JP2023548083A

JP2023548083A - セリアックスプルー病を治療するための組成物及び方法

Info

Publication number: JP2023548083A
Application number: JP2023525049A
Authority: JP
Inventors: プルツ，イングリッド，スワンソン; ウルフ．クランシー; シーゲル，ジャスティン，ブルームフィールド; ティンバーグ，クリスティーン，イレイン; スチュワート，ランス; ベイカー，デイビッド
Original assignee: University of California
Current assignee: University of California
Priority date: 2020-10-30
Filing date: 2021-10-29
Publication date: 2023-11-15
Also published as: AU2021368118A1; KR20230093323A; TW202233834A; CO2023006731A2; MX2023004807A; CN116829166A; CA3195929A1; AR123961A1; AU2021368118A9; WO2022094177A1; EP4237554A1

Abstract

本開示は、グルテンタンパク質、例えばグリアジンを切断可能なポリペプチド、当該ポリペプチドをコードする核酸分子、当該ポリペプチドを含む医薬組成物、ならびに、セリアックスプルー病及び／または非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）を治療するための、これらの使用に関する。【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、２０２０年１０月３０日に出願された、米国仮出願第６３／１０８，１６３号の優先権の利益を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。

配列表の参照
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２１年１０月１５日に作成された上記ＡＳＣＩＩのコピーは、名前が７２８１＿５０ＷＯ２＿Ｓｅｑｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔであり、サイズが３１，５９９バイトである。

開示の分野
本開示は、グルテンペプチド、例えばグリアジンを切断可能な組成物、及び、セリアックスプルー病を含む、グルテン過敏症の治療におけるその使用に関する。

セリアックスプルーは、「グルテン」として知られている、小麦、大麦、及びライ麦製品で見出される食品タンパク質が、遺伝的に素因のある個体の小腸において免疫応答を誘発する、非常に流行している疾患である。結果的に生じる炎症は、小腸の絨毛の分解をもたらし得、栄養素の吸収を妨害する。症状は、小児期初期または後年に現れ得、重症度の範囲は幅広く、下痢、疲労、及び体重減少から、腹部膨満、貧血、及び神経学的症状までの範囲に及ぶ。食事からグルテンを完全に取り除くことを除いて、この、命を脅かす疾患に対する効果的な治療法は現在存在しない。セリアックスプルーは、大部分が過小診断されている状態であるものの、アメリカ及びヨーロッパにおけるその有症率は、人口の０．５～１．０％と推定されている。セリアックスプルーに加えて、人口のかなりの割合が、グルテンの摂取により引き起こされるが、セリアック病とはメカニズムが異なる、非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の病状を患うと考えられているが、症状はしばしば、セリアックスプルーの症状と区別不可能である。ヒト消化管の、過酷かつ非常に酸性の環境において、グルテン由来のペプチドを特異的かつ効率的に分解する、厳しい物理的及び化学的要件が原因で、好適な自然に存在する酵素を、セリアック病及びＮＣＧＳに対する経口治療薬として識別することは困難である。グルテンペプチドは、腸に入る際にすぐに免疫応答を開始するために、セリアック病用のあらゆる経口酵素治療薬が、消化区画内でこれらの免疫原性グルテン領域を破壊することにより、これらのグルテンペプチドが、炎症に因る腸損傷を引き起こさないようにすることが必須である。

本開示のある特定の態様は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関する。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様では、配列番号６のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基はＳｅｒである。いくつかの態様では、配列番号６のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基はＧｌｕである。いくつかの態様では、配列番号６のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基はＡｓｐである。

いくつかの態様では、ポリペプチドはグリアジンを切断可能である。

本開示のある特定の態様は、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関する。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様では、配列番号３のアミノ酸２７８に対応するアミノ酸残基はＳｅｒである。いくつかの態様では、配列番号３のアミノ酸７８に対応するアミノ酸残基はＧｌｕである。いくつかの態様では、配列番号３のアミノ酸８２に対応するアミノ酸残基はＡｓｐである。

本開示のある特定の態様は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様では、ポリペプチドはヒスチジンタグを含み、ヒスチジンタグは、ポリペプチドのＣ末端で融合する。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、配列番号１７で示されるアミノ酸配列（ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ）を含む。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、配列番号１５で示されるアミノ酸配列（Ｘ_ＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸ_ＮＨＨＨＨＨＨ）［式中、Ｘ_Ｎは、１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］を含む、切断可能なヒスチジンタグを含むがこれに限定されない、切断可能なヒスチジンタグを含む。いくつかの態様では、切断可能なヒスチジンタグは、配列番号１６で示されるアミノ酸配列（ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ）を含む。

本開示のある特定の態様は、本明細書で開示するポリペプチドをコードする核酸分子に関する。

本開示のある特定の態様は、本明細書で開示する核酸分子を含む核酸発現ベクターに関する。

本開示のある特定の態様は、本明細書で開示する核酸分子または核酸発現ベクターを含む組換え宿主細胞に関する。

本開示のある特定の態様は、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示する核酸分子、本明細書で開示する核酸発現ベクター、本明細書で開示する組換え宿主細胞、またはこれらの任意の組み合わせ、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物に関する。

本開示のある特定の態様は、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の治療方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う個体に、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療するのに効果的な量の、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示する核酸分子、本明細書で開示する核酸発現ベクター、本明細書で開示する組換え宿主細胞、または、本明細書で開示する医薬組成物を投与することを含む、上記方法に関する。いくつかの態様では、ポリペプチド、核酸分子、核酸発現ベクター、組換え宿主細胞、または医薬組成物は、経口投与される。

いくつかの態様では、本開示は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ポリペプチドのＮ末端における第１のアミノ酸は、Ｓｅｒ（Ｓ）である。いくつかの態様では、ポリペプチドは、グリアジナーゼ活性を有する。

いくつかの態様では、本開示は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端にＭｅｔ（Ｍ）を含まない。

いくつかの態様では、本開示は、配列番号２３で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、配列番号２３内のＸａａは、Ｍｅｔ（Ｍ）ではない。

いくつかの態様では、本開示は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ポリペプチドのＮ末端における第１のアミノ酸は、Ｓｅｒ（Ｓ）であり、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様では、Ｎ末端からＣ末端にかけての、ポリペプチドの最初の２つのＮ末端アミノ酸は、Ｓｅｒ－Ａｓｐ（ＳＤ）である。いくつかの態様では、Ｎ末端からＣ末端にかけての、ポリペプチドの最初の３つのＮ末端アミノ酸は、Ｓｅｒ－Ａｓｐ－Ｍｅｔ（ＳＤＭ）である。いくつかの態様では、Ｎ末端からＣ末端にかけての、ポリペプチドの最初の４つのＮ末端アミノ酸は、Ｓｅｒ－Ａｓｐ－Ｍｅｔ－Ｇｌｕ（ＳＤＭＥ）である。

いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む。

本明細書で開示するポリペプチドのいくつかの態様では、配列番号１のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基は、Ｓｅｒである。本明細書で開示するポリペプチドのいくつかの態様では、配列番号１のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基は、Ｇｌｕである。本明細書で開示するポリペプチドのいくつかの態様では、配列番号１のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基は、Ａｓｐである。

本開示のいくつかの態様では、ポリペプチドは、グリアジンを切断可能である。いくつかの態様では、ポリペプチドは、Ｋｕｍａ０１１と比較して改善された酵素活性を有する。

いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドはヒスチジンタグをさらに含み、ヒスチジンタグは、Ｃ末端でポリペプチドに融合する。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、配列番号１７で示されるアミノ酸配列（ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ）を含む。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、配列番号１５で示されるアミノ酸配列（ＸＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸＮＨＨＨＨＨＨ）［式中、ＸＮは、１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］を含む、切断可能なヒスチジンタグを含むがこれに限定されない、切断可能なヒスチジンタグを含む。いくつかの態様では、切断可能なヒスチジンタグは、配列番号１６で示されるアミノ酸配列（ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ）を含む。

いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載するポリペプチドをコードする核酸分子に関する。いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載する核酸分子を含む核酸発現ベクターに関する。

いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載する核酸分子または核酸発現ベクターを含む組換え宿主細胞に関する。いくつかの態様では、宿主細胞は原核性である。いくつかの態様では、宿主細胞は真核性である。

いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載するポリペプチド、核酸分子、核酸発現ベクター、もしくは組換え宿主細胞、またはこれらの任意の組み合わせと、薬学的に許容される担体と、を含む医薬組成物に関する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の治療方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う上記対象に、上記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療するのに効果的な量の、本明細書に記載するポリペプチド、核酸分子、核酸発現ベクター、組換え宿主細胞、または医薬組成物を投与することで、上記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療することを含む、上記方法に関する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）に関連する炎症を低減する方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う上記対象に、上記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳに関連する炎症を低減するのに効果的な量の、本明細書に記載するポリペプチド、核酸分子、核酸発現ベクター、組換え宿主細胞、または医薬組成物を投与することにより、上記炎症を低減することを含む、上記方法に関する。いくつかの態様では、ポリペプチド、核酸分子、核酸発現ベクター、組換え宿主細胞、または医薬組成物は、経口投与される。

いくつかの態様では、本開示は、食品中のグルテンを分解する方法であって、上記食品を、上記グルテンを分解するのに効果的な量の、本明細書に記載するポリペプチドまたは医薬組成物と接触させることにより、上記食品中の上記グルテンを分解することを含む、上記方法に関する。

いくつかの態様では、本開示は、食品中のグリアジンを分解する方法であって、上記食品を、上記グリアジンを分解するのに効果的な量の、本明細書に記載するポリペプチドまたは医薬組成物と接触させることにより、上記食品中の上記グリアジンを分解することを含む、上記方法に関する。

いくつかの態様では、方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンの、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％を分解する。いくつかの態様では、方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンを、約１．５時間未満、約１時間未満、約４５分未満、約４０分未満、約３０分未満、約２５分未満、約２０分未満、約１５分未満、約１０分未満、または約５分未満で分解する。いくつかの態様では、方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンを、約６．５未満、約６．０未満、約５．５未満、約５．０未満、約４．５未満、約４．０未満、約３．５未満、約３．０未満、約２．５未満、約２．０未満、または約１．５未満のｐＨ値の下で分解する。

本開示は、グリアジンペプチドを分解可能なグリアジナーゼを提供する。本開示のいくつかの態様は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ポリペプチドのＮ末端における第１のアミノ酸は、Ｓｅｒ（Ｓ）である。いくつかの態様では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端にＭｅｔ（Ｍ）を含まない。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。

１．定義
本開示を一層容易に理解することができるようにするために、ある特定の用語をまず定義する。本明細書において別途定義されない限り、本開示に関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。用語の意味及び範囲は明確であろうが、何らかの潜在的な曖昧さが発生する場合は、本明細書で提供する定義を、あらゆる辞書または外的な定義に優先する。

さらに、パラメーターの値、または値の範囲が列挙される場合はいつでも、列挙される値の中間にある値及び範囲もまた、本開示の一部であると意図されることに留意されなければならない。

本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「ある、１つの（ａ：不定冠詞）」、「ある、１つの（ａｎ：不定冠詞）」及び「この、その（ｔｈｅ：定冠詞）」という単数形には、複数の言及物が含まれる。本明細書で使用する「及び」は、別に明示的に言及されている場合を除いて、「または」と同義で用いられる。「備える」、「有する」、「含む」、及び「含有する」という用語は、別様が述べられない限り、オープンエンドの用語（すなわち、「含むがそれに限定されない」ことを意味する）であると解釈されるものである。本明細書の値の範囲の列挙は、本明細書で別様が示されない限り、単に、列挙される、または範囲内に収まるそれぞれの別個の値を個々に指す速記方法としての役割を果たすことが意図され、それぞれの別個の値は、個々に列挙されるかのように、本明細書に組み込まれる。

「約」または「およそ」という用語は、所与の値または範囲の、通常１０％以内、５％以内、またはより好ましくは、１％以内を意味する。

「アミノ酸」という用語は、２０種類の一般的な、自然に存在するアミノ酸を指す。自然に存在するアミノ酸としては、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、アスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）、グルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ；Ｈ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、リジン（Ｌｙｓ；Ｋ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、プロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、トレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）、及びバリン（Ｖａｌ；Ｖ）が挙げられる。

「セリアック病」及び「セリアックスプルー病」という用語は同じ意味で用いられ、小麦粉での主たるタンパク質であるグルテン内での免疫原性ペプチド、及び関連するタンパク質への炎症反応を特徴とする病状を指す。摂取の際、αグリアジンが部分的に、胃腸プロテアーゼにより分解され、「グリアジン」と本明細書では呼ばれるオリゴペプチドになる。グリアジンは、その異常に高いプロリン及びグルタミンの含有量に因り、胃の状態におけるさらなるタンパク質分解に耐性がある。

本明細書で使用する場合、「保存的なアミノ酸置換」は、あるアミノ酸残基が、類似した化学特性（例えば、電荷または疎水性）を有する側鎖（Ｒ基）を有する別のアミノ酸残基によって置換されるものである。一般に、保存的なアミノ酸置換は、タンパク質の機能特性を実質的に変化させない。２つ以上のアミノ酸配列が保存的置換によって互いに異なる場合、配列同一性パーセントまたは類似性の程度が、置換の保存的な性質によって補正されるように上方調整されてもよい。この調整を行う手段は、当業者に周知である。例えば、参照により本明細書に組み込まれるＰｅａｒｓｏｎ（１９９４）ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４：３０７－３３１を参照されたい。同様の化学的性質を備えた側鎖を有するアミノ酸の群の例としては、（１）脂肪族側鎖：グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシン；（２）脂肪族－ヒドロキシル側鎖：セリン及びトレオニン；（３）アミド含有側鎖：アスパラギン及びグルタミン；（４）芳香族側鎖：フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファン；（５）塩基性側鎖：リジン、アルギニン、及びヒスチジン；（６）酸性側鎖：アスパラギン酸及びグルタミン酸、が挙げられ、（７）硫黄含有側鎖はシステイン及びメチオニンである。好ましい保存的アミノ酸置換の群は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リシン－アルギニン、アラニン－バリン、グルタミン酸－アスパラギン酸、及びアスパラギン－グルタミンである。あるいは、保存的置換は、参照により本明細書に組み込まれている、Ｇｏｎｎｅｔｅｔａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ２５６：１４４３－１４４５に開示されている、ＰＡＭ２５０ｌｏｇ－可能性マトリックスにおいて、正の値を有する任意の変化である。「中程度の保存的」置換とは、ＰＡＭ２５０ｌｏｇ－可能性マトリックスにおける、負でない値を有する任意の変化である。

本明細書で使用する場合、「分解する」及び「分解」という用語は、標的、例えばポリペプチド、例えばグルテン、グリアジン、及び関連するタンパク質を破壊または分解し、さらに小さいオリゴペプチドにすることを意味する。ある特定の実施形態では、グリアジンの分解により、セリアック病と関連する免疫原性ペプチドの減少及び／または除去がもたらされる。

本明細書で使用する場合、「グリアジナーゼ」という用語は、効果的に１種類以上のグリアジンを分解できるポリペプチド（酵素）を指す。本明細書で使用する場合、「グリアジン」という用語は、グルテンのプロリン（Ｐ）及びグルタミン（Ｑ）リッチなペプチド構成成分を指す。例示的なグリアジンは、ＰＱＬＰ（配列番号９）またはＰＱＱＰ（配列番号１０）モチーフ（ＰＦＰＱＰＱＬＰＹ（配列番号１１）及び／またはＰＦＰＱＰＱＱＰＦ（配列番号１２）など）を含む。ある特定の態様では、グリアジナーゼは、酸性条件下、例えばｐＨ４以下で、１種類以上のグリアジンを分解する。

本明細書で使用する場合、「変異」という用語は、ポリペプチド内の１個以上のアミノ酸の、または、ポリヌクレオチド内の１個以上のヌクレオチドの、挿入、欠失、または置換を指す。

本明細書で使用する場合、「バリアント」という用語は、参照ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと比較して、１つ以上のアミノ酸またはヌクレオチドの挿入、置換、または欠失を含む、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指す。ある特定の態様では、バリアントポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、参照ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸またはヌクレオチド配列同一性、例えば、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有する。いくつかの態様では、参照ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのバリアントは、参照ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの、１つ以上の機能、活性、及び／または構造を維持する。例えば、本明細書で開示するグリアジナーゼのバリアントは、グルテン及び／またはグリアジンを効果的に分解する機能を維持する。別の例において、グリアジナーゼをコードするポリヌクレオチドバリアントは、機能的グリアジナーゼをコードする。

通常、配列解析ソフトウェアを使用して配列同一性を測定する。タンパク質分析ソフトウェアは、保存的なアミノ酸置換を含む種々の置換、欠失、及び他の修飾に割り当てられた類似性の尺度を使用して、類似する配列をマッチングさせる。例えば、ＧＣＧソフトウェアは、「Ｇａｐ」及び「Ｂｅｓｔｆｉｔ」などのプログラムを含有し、これらは、デフォルトパラメーターを用いて使用して、異なる生物種に由来する相同ポリペプチドなどの密接に関連するポリペプチド間、または野生型タンパク質とそのムテインとの間の、配列相同性または配列同一性を決定することができる。例えば、ＧＣＧＶｅｒｓｉｏｎ６．１を参照のこと。ポリペプチド配列は、ＧＣＧＶｅｒｓｉｏｎ６．１内のプログラムである、デフォルトまたは推奨パラメーターを使用するＦＡＳＴＡを使用して、比較することもできる。ＦＡＳＴＡ（例えば、ＦＡＳＴＡ２及びＦＡＳＴＡ３）は、問い合わせ配列と検索配列の間で最も重複している領域のアラインメント及び配列同一性（％）を提供する（上記Ｐｅａｒｓｏｎ（２０００））。使用することで、本開示の配列を、異なる生命体由来の多数の配列を含有するデータベースと比較することができるアルゴリズムの、別の非限定例は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ、例えば、デフォルトパラメーターを用いるＢＬＡＳＴＰまたはＴＢＬＡＳＴＮである。例えば、それぞれが本明細書中に全体が参照により組み込まれる、Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０及びＡｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．（１９９７）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２５：３３８９－４０２を参照されたい。

本明細書で使用する場合、「治療」または「治療すること」とは、有益な効果、例えば、疾患または障害の少なくとも１つの症状の改善を生み出す行為を指す。有益な効果は、ベースラインと比較した改善、即ち、方法に従った治療の開始前の測定または観察からの改善の形態をとることができる。有益な効果は、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）を特徴とする、（過形成及び絨毛萎縮を含む）小腸の絨毛の分解をもたらし得る損傷、例えば炎症の、停止、低速化、遅延、または安定化の形態もまたとることができる。効果的な治療は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳの少なくとも１つの症状の緩和または予防を指し得る。このような効果的な治療は、例えば、下痢、腹部疼痛、栄養不良、貧血、骨粗鬆症、または任意の既知の症状などの、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳの腸内及び／または腸外臨床症状を低減し得、症状の悪化を阻害し；以前に障害を有した患者におけるセリアックスプルーの再発を制限もしくは予防し；セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳの症候を以前に有した患者における、症状の再発を制限もしくは予防し；及び／または、セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳが発症するリスクのある、もしくは、セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳの臨床的効果をまだ示していない対象における、セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳの発症を制限する。

いくつかの態様では、治療は、小腸内の炎症を軽減する。炎症の効果的な軽減は、治療前の炎症と比較して、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、または約１００％の、炎症の軽減を含むことができる。炎症の軽減は、任意の手段により測定することができる。

グルテンに対する過敏症を経験する任意の個体を、本開示の方法に従い治療することができる。いくつかの態様では、個体はセリアックスプルーを患っている。いくつかの態様では、個体はＮＣＧＳを患っている。いくつかの態様では、個体はヒト対象である。いくつかの態様では、個体は、グルテン過敏症に関連する１つ以上の症状を経験している。いくつかの態様では、個体は無症状である。

本明細書で使用する場合、「効果的な量」とは、グルテン過敏症、例えば、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳの１つ以上の症状の重症度または頻度の低下を誘発するのに十分なポリペプチドの量を指す。

本明細書で開示するポリペプチドは、上で開示したものなどの医薬組成物として製剤化することができ、従来の薬学的に許容される担体、アジュバント、及びビヒクルを含有する投薬単位製剤で、経口、非経口、吸入スプレー、または局所を含む、任意の好適な経路で投与することができる。

本開示の態様は全て、別様に文脈が明示的に指示しない限り、組み合わせて使用することができる。引用される全ての参考文献は、その全体が参照により組み込まれる。別途言及されない限り、本出願の中で利用されている技術を、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，１９８９，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ）、ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１８５，ｅｄｉｔｅｄｂｙＤ．Ｇｏｅｄｄｅｌ，１９９１．ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＧｕｉｄｅｔｏＰｒｏｔｅｉｎＰｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎｉｎＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｍ．Ｐ．Ｄｅｕｔｓｈｃｅｒ，ｅｄ．，（１９９０）ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、ＰＣＲＰｒｏｔｏｃｏｌｓ：ＡＧｕｉｄｅｔｏＭｅｔｈｏｄｓａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓ，ｅｔａｌ．１９９０．ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＣｕｌｔｕｒｅｏｆＡｎｉｍａｌＣｅｌｌｓ：ＡＭａｎｕａｌｏｆＢａｓｉｃＴｅｃｈｎｉｑｕｅ，２^ｎｄＥｄ．（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ．１９８７．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．ＮｅｗＹｏｒｋ，ＮＹ）、ＧｅｎｅＴｒａｎｓｆｅｒａｎｄＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＰｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｐｐ．１０９－１２８，ｅｄ．Ｅ．Ｊ．Ｍｕｒｒａｙ，ＴｈｅＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓＩｎｃ．，Ｃｌｉｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、及び、Ａｍｂｉｏｎ１９９８Ｃａｔａｌｏｇ（Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）などの、いくつかの周知の参考文献のいずれかに見出すことができる。

２．本開示の組成物
本開示は、グリアジンを効果的に分解するグリアジナーゼを提供する。本開示は、少なくとも部分的には、本明細書に記載する、Ｋｕｍａ０１１と比較して１つ以上の変異を含有する様々なポリペプチドが、Ｋｕｍａ０１１、ならびに、ＳＣ－ＰＥＰ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓカプセル化ペプチダーゼ）及びエンドプロテアーゼＥＰＢ２などの、他の既知のグリアジナーゼと比較して、増加したグリアジン分解活性を含む、改善された性質を有するという発見に基づく。ある特定の実施形態では、本明細書で記載する様々なポリペプチドは、酸性条件下で、Ｋｕｍａ０１１及び他の既知のグリアジナーゼよりも、改善されたグリアジナーゼ活性を有する。

いくつかの態様では、本開示は、配列番号６で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供し、（ａ）残基４６７はＳｅｒであり、残基２６７はＧｌｕであり、残基２７１はＡｓｐであり、（ｂ）ポリペプチドは、２２１、２６２Ｅ、２６８、２６９、２７０、３１９Ａ、３２０、３５４Ｅ／Ｑ／Ｒ／Ｙ、３５８Ｓ／Ｑ／Ｔ、３６８Ｆ／Ｑ、３９９、４０２、４０６、４２４、４４９、４６１、４６３、１０５、１７１、１７２、１７３、１７４、及び４５６からなる群から選択される１つ以上の残基において、配列番号６と比較してアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、２２１、２６２Ｅ、２６８、２６９、２７０、３１９Ａ、３２０、３５４Ｅ／Ｑ／Ｒ／Ｙ、３５８Ｓ／Ｑ／Ｔ、３６８Ｆ／Ｑ、３９９、４０２、４０６、４２４、４４９、４６１、及び４６３からなる群から選択される１つ以上の残基において、配列番号６と比較してアミノ酸置換を含む。

本明細書で参照されるＫｕｍａ０１０は、Ｋｕｍａ０１０配列のＣ末端で、ヒスチジンタグ配列ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ（配列番号１７）へのアミノ結合により連結されたＫｕｍａ０１１を含む。

表１に示す配列内の、太字体の残基は、未処理ポリペプチドに存在する（即ち、処理中に切断された）Ｎ末端部分を表し、及び、太字体ではないフォントは、処理版のポリペプチドに存在する残基（即ち、成熟ペプチド配列）を表す。括弧内の数は残基番号を表し、２つの数字が「／」により分離される場合、左側の数字は未処理版における残基番号であり、右側の数は処理版における残基番号である。配列番号６は、未処理版のＫｕｍａ０１１であり、配列番号３は、処理版のＫｕｍａ０１１である。そのため、配列番号６で示されるアミノ酸配列（完全長Ｋｕｍａ０１１ポリペプチド）を含むポリペプチドは必然的に、配列番号３で示されるアミノ酸配列（成熟Ｋｕｍａ０１１ポリペプチド）もまた含む。配列番号１は、未処理版のＫｕｍａ０６２－Ｍであり、配列番号８は、処理版のＫｕｍａ０６２－Ｍである。そのため、配列番号１で示されるアミノ酸配列（完全長Ｋｕｍａ０６２－Ｍポリペプチド）を含むポリペプチドは必然的に、配列番号８で示されるアミノ酸配列（成熟Ｋｕｍａ０６２－Ｍポリペプチド）もまた含む。

いくつかの態様では、本開示のグリアジナーゼは、そのＮ末端にセリン（ＳｅｒまたはＳ）を有する。いくつかの態様では、本開示のグリアジナーゼは、そのＮ末端にＳＤモチーフを有する。いくつかの態様では、本開示のグリアジナーゼは、そのＮ末端にＳＤＭモチーフを有する。いくつかの態様では、本開示のグリアジナーゼは、そのＮ末端にＳＤＭＥ（配列番号２１）を有する。このような態様では、最初のアミノ酸（そのＮ末端から位置１のポリペプチド）はＳであり、２番目のアミノ酸（そのＮ末端から位置２のポリペプチド）はＤであり、３番目のアミノ酸（そのＮ末端から位置３のポリペプチド）はＭであり、４番目のアミノ酸（そのＮ末端から位置４のポリペプチド）はＥである。いくつかの態様では、オリゴペプチドはそのＮ末端で、Ｎ末端のＳに結合し、そのＮ末端でＳに隣接するアミノ酸はメチオニン（Ｍ）ではない。

いくつかの態様では、ポリペプチド（例えば、グリアジナーゼ）は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基において、Ｓｅｒを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基において、Ｇｌｕを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基において、Ａｓｐを含む。

いくつかの態様では、ポリペプチド（例えば、グリアジナーゼ）は、配列番号８に示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸２７８に対応するアミノ酸残基において、Ｓｅｒを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸７８に対応するアミノ酸残基において、Ｇｌｕを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸８２に対応するアミノ酸残基において、Ａｓｐを含む。

いくつかの態様では、ポリペプチド（例えば、グリアジナーゼ）は、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含み、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸２７８に対応するアミノ酸残基においてＳｅｒを、配列番号３のアミノ酸７８に対応するアミノ酸残基においてＧｌｕを、及び、配列番号３のアミノ酸８２に対応するアミノ酸残基においてＡｓｐを含む。

いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端またはＣ末端に、１個以上のアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも１つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも２つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも３つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも４つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも５つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも１つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも２つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも３つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも４つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１または６で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも５つのアミノ酸の欠失を含む。

いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端またはＣ末端に、１個以上のアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも１つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも２つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも３つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも４つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｎ末端に少なくとも５つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも１つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも２つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも３つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも４つのアミノ酸の欠失を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３または８で示されるアミノ酸配列と比較して、Ｃ末端に少なくとも５つのアミノ酸の欠失を含む。

以下の実施例で開示されるように、本開示のいくつかの態様に従ったポリペプチドは、例えば、セリアックスプルーの治療で使用するための、改善されたポリペプチドである。ポリペプチドは、配列番号４（ＫＵＭＡＭＡＸ（商標）、以下Ｋｕｍａ０１０と呼ばれる；本明細書中に、その全体が参照により組み込まれるＷＯ２０１３／０２３１５１を参照されたい。）に対応する、処理された（即ち、成熟）ポリペプチド、または前処理（即ち、完全長）ポリペプチドのいずれかのバリアントである。セリアックスプルーを治療するためのポリペプチドは、大部分のセリアックスプルー患者において、免疫応答の大半を担うと考えられている、「グリアジン」として知られているグルテンのプロリン（Ｐ）及びグルタミン（Ｑ）リッチな構成成分を分解可能である。本開示のポリペプチドは、セリアックスプルーの治療に有用であると開示されている、Ｋｕｍａ０１１及び他のポリペプチド（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０１５／０２３７２８及びＷＯ２０１６／２００８８０を参照されたい。）と比較して、ｐＨ４で、ＰＱＬＰ（配列番号９）またはＰＱＱＰ（配列番号１０）モチーフ（グリアジンの代表的な基質である、ＰＦＰＱＰＱＬＰＹ（配列番号１１）及び／またはＰＦＰＱＰＱＱＰＦ（配列番号１２）など）を有するペプチドの分解において、優れた活性を示し、及び／または、ポリペプチドの作製の改善を示す。したがって、本開示のポリペプチドは、セリアックスプルーを治療するための、著しく改善された治療薬を構成する。

いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドは、ＰＦＰＱＰＱＬＰＹ（配列番号１１）、ＰＦＰＱＰＱＱＰＦ（配列番号１２）、ＬＱＬＱＰＦＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＰＦ（配列番号１３）、及び／またはＦＬＱＰＱＱＰＦＰＱＱＰＱＱＰＹＰＱＱＰＱＱＰＦＰＱ（配列番号１４）から選択されるアミノ酸配列を含むペプチドを、ｐＨ４で分解可能である。

本開示の第１態様のポリペプチドは、前処理版の、本開示のポリペプチド酵素を含む。

本開示の第１態様のポリペプチドは、処理版の、本開示のポリペプチド酵素を含み、ｐＨ４でＰＦＰＱＰＱＬＰＹ（配列番号１１）ペプチド、及び／またはＰＦＰＱＰＱＱＰＦ（配列番号１２）ペプチドを、ならびにＬＱＬＱＰＦＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＰＦ（配列番号１３）及び／またはＦＬＱＰＱＱＰＦＰＱＱＰＱＱＰＹＰＱＱＰＱＱＰＦＰＱ（配列番号１４）を分解もする。

本明細書で使用する場合、「少なくとも７５％同一」、または、「少なくとも７５％の配列同一性を有する」とは、参照配列と比較して、例えば、配列番号１～８から選択されるアミノ酸配列と比較して、ポリペプチドの、その完全長アミノ酸配列と（あらゆるアミノ酸置換、欠失、付加、または挿入を含む）の違いが２５％以下であることを意味する。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号１（前処理）または配列番号８（処理済み）に従ったアミノ酸配列と、少なくとも７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含むか、これからなる。

本開示のポリペプチドのいずれの態様のポリペプチドも、（態様に応じて）列挙される残基の、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４個全てにおいて、配列番号１または配列番号８のアミノ酸置換を含むことができる。

本開示の第１態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、２２１Ｄ／Ｎ／Ｑ／Ｈ、２６２Ｅ、２６８Ｓ／Ｔ／Ａ、２６９Ｌ／Ｔ、２７０Ａ／Ｔ／Ｖ、３１９Ａ、３５４Ｅ／Ｑ／Ｒ／Ｙ、３５８Ｓ／Ｑ／Ｔ、３６８Ｆ／Ｑ、３９９Ｑ、４０２Ｓ／Ｑ、４０６Ｓ、４２４Ｋ、４４９Ｅ／Ｎ／Ｑ、４６１Ｒ、及び４６３Ａ／Ｌ／Ｍ／Ｑ／Ｒ／Ｔ／Ｖからなる群から選択される１つ以上の残基において、配列番号６の１つ以上のアミノ酸置換を含む。全体をとおして使用される場合、数は、配列番号６または配列番号３ポリペプチド配列における残基番号を示し、数の右側の、１文字でのアミノ酸の略称は、配列番号６または３における当該位置に存在するアミノ酸残基と比較して、取り得るアミノ酸置換を示す。

本開示の第１態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは、残基３９９及び４４９において、配列番号６のアミノ酸置換を含む。一態様では、ポリペプチドは、アミノ酸置換３９９Ｑ及び４４９Ｑを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、位置３９９にＱを、位置４４９にＱを含む。

本開示の第１態様のポリペプチドのさらなる態様において、ポリペプチドは、３５８Ｓ及び４６３Ｔを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置３５８にＳを、及び、（ｉｉ）位置４６３にＴを、または、（ｉ）～（ｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。

本開示の第１態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、２６２Ｅ、２６９Ｔ、３５４Ｑ、３５８Ｓ、３９９Ｑ、４４９Ｑ、及び４６３Ｔを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置２６２にＥを、（ｉｉ）位置２６９にＴを、（ｉｉｉ）位置３５４にＱを、（ｉｖ）位置３５８にＳを、（ｖ）位置３９９にＱを、（ｖｉ）位置４４９にＱを、及び、（ｖｉｉ）位置４６３にＴを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。これらのポリペプチドは、Ｋｕｍａ０３０及びそのバリアントとして示されるポリペプチドにより例示されるように、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示される実施例において包括的に特徴付けられている。本開示の第１態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは３１９Ａ、３６８Ｆ、３９９Ｑ、４４９Ｑ、及びＩ４６３Ｔを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置３１９にＡを、（ｉｉ）位置３６８にＦを、（ｉｉｉ）位置３９９にＱを、（ｉｖ）位置４４９にＱを、及び、（ｖ）位置４６３にＴを、または、（ｉ）～（ｖ）のいずれかの組み合わせを含む。これらのポリペプチドは、Ｋｕｍａ０４０及びそのバリアントとして示されるポリペプチドにより例示されるように、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示される実施例において包括的に特徴付けられている。本開示の第１態様のポリペプチドのさらなる態様において、ポリペプチドは、２６２Ｅ、２６９Ｔ、２７０Ｖ、３５４Ｑ、３５８Ｓ、３９９Ｑ、及びＡ４４９Ｑを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置２６２にＥを、（ｉｉ）位置２６９にＴを、（ｉｉｉ）位置２７０にＶを、（ｖｉ）位置３５４にＱを、（ｖ）位置３５８にＳを、（ｖｉ）位置３９９にＱを、及び（ｖｉｉ）位置４４９にＱを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。これらのポリペプチドは、Ｋｕｍａ０５０及びそのバリアントとして示されるポリペプチドにより例示されるように、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示される実施例において包括的に特徴付けられている。本開示の第１態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、２６２Ｅ、２６９Ｔ、３２０Ｍ、３５４Ｑ、３５８Ｓ、３９９Ｑ、４４９Ｑ、及び４６３Ｔを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置２６２にＥを、（ｉｉ）位置２６９にＴを、（ｉｉｉ）位置３２０にＭを、（ｖｉ）位置３５４にＱを、（ｖ）位置３５８にＳを、（ｖｉ）位置３９９にＱを、及び（ｖｉｉ）位置４４９にＱを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。これらのポリペプチドは、Ｋｕｍａ０６０及びそのバリアントとして示されるポリペプチドにより例示されるように、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示される実施例において包括的に特徴付けられている。本開示の第１態様のポリペプチドのまたさらなる態様において、ポリペプチドは、３１９Ａ、３２０Ｍ、３６８Ｆ、３９９Ｑ、４４９Ｑ、及び４６３Ｔを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置３１９にＡを、（ｉｉ）位置３２０にＭを、（ｉｉｉ）位置３６８にＦを、（ｖ）位置３９９にＱを、及び、（ｖ）位置４４９にＱを、または、（ｉ）～（ｖ）のいずれかの組み合わせを含む。これらのポリペプチドは、Ｋｕｍａ０７０及びそのバリアントとして示されるポリペプチドにより例示されるように、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示される実施例において包括的に特徴付けられている。本明細書で使用する場合、「Ｋｕｍａ０２０」、「Ｋｕｍａ０３０」、「Ｋｕｍａ０４０」、「Ｋｕｍａ０５０」、及び「Ｋｕｍａ０７０」という用語は、ＷＯ２０１６／２００８８０に開示されているものと同じ表記を有する、同じポリペプチドを意味する。

本開示の第１態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは、１０５、１７１、１７２、１７３、１７４、及び４５６からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸の位置において、配列番号６のアミノ酸置換を含む。一態様では、アミノ酸置換は１０５Ｈ；１７１Ｒ、Ａ、もしくはＳ；１７２Ｒ、Ａ、もしくはＳ；１７３ＲもしくはＳ、１７４Ｓ、及び／または４５６Ｖである。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置１０５にＨを、（ｉｉ）位置１７１にＲ、Ａ、もしくはＳを、（ｉｉｉ）位置１７２にＲ、Ａ、もしくはＳを、（ｉｖ）位置１７３にＲもしくはＳを、（ｖ）位置１７４にＳを、（ｖｉ）位置４５６にＶを、または、（ｖｉｉ）（ｉ）～（ｖｉ）のいずれかの組み合わせを含む。別の態様では、アミノ酸置換は、１７１Ｒ、１７２Ｒ、及び／または４５６Ｖである。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号６のナンバリングに基づき、（ｉ）位置１７１にＲを、（ｉｉ）位置１７２にＲを、（ｉｉｉ）位置４５６にＶを、または、（ｉｖ）（ｉ）～（ｉｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。

本開示の第２態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、３２Ｄ／Ｎ／Ｑ／Ｈ、７３Ｅ、７９Ｓ／Ｔ／Ａ、８０Ｌ／Ｔ、８１Ａ／Ｔ／Ｖ、１３０Ａ、１６５Ｅ／Ｑ／Ｒ／Ｙ、１６９Ｓ／Ｑ／Ｔ、１７９Ｆ／Ｑ、２１０Ｑ、２１３Ｓ／Ｑ、２１７Ｓ、２３５Ｋ、２６０Ｅ／Ｎ／Ｑ、２７２Ｒ、及び２７４Ａ／Ｌ／Ｍ／Ｑ／Ｒ／Ｔ／Ｖからなる群から選択される１つ以上の残基において、配列番号３の１つ以上のアミノ酸置換を含む。本開示の第２態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは、残基２１０及び２６０において、配列番号３のアミノ酸置換を含む。本開示の第２態様のポリペプチドのさらなる態様において、ポリペプチドは、アミノ酸置換２１０Ｑ及び２６０Ｑを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置２１０にＱを、（ｉｉ）位置２６０にＱを、または、（ｉ）～（ｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、１６９Ｓ及び２７４Ｔを含む。（Ｋｕｍａ０２０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づいて、（ｉ）位置１６９にＳを、（ｉｉ）位置２７４にＴを、または（ｉｖ）（ｉ）～（ｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは、７３Ｅ、８０Ｔ、１６５Ｑ、１６９Ｓ、２１０Ｑ、２６０Ｑ、及び２７４Ｔを含む。（Ｋｕｍａ０３０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置７３にＥを、（ｉｉ）位置８０にＴを、（ｉｉｉ）位置１６５にＱを、（ｉｖ）位置１６９にＳを、（ｖ）位置２１０にＱを、（ｖｉ）位置２６０にＱを、及び、（ｖｉｉ）位置２７４にＴを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドのさらなる態様において、ポリペプチドは、１３０Ａ、１７９Ｆ、２１０Ｑ、２６０Ｑ、及び２７４Ｔを含む。（Ｋｕｍａ０４０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置１３０にＡを、（ｉｉ）位置１７９にＦを、（ｉｉｉ）位置２１０にＱを、（ｉｖ）位置２６０にＱを、（ｖ）位置２７４にＴを、または、（ｉ）～（ｖ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドのまたさらなる態様において、ポリペプチドは、７３Ｅ、８０Ｔ、８１Ｖ、１６５Ｑ、１６９Ｓ、２１０Ｑ、及び２６０Ｑを含む。（Ｋｕｍａ０５０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置７３にＥを、（ｉｉ）位置８０にＴを、（ｉｉｉ）位置８１にＶを、（ｉｖ）位置１６５にＱを、（ｖ）位置１６９にＳを、（ｖｉ）位置２１０にＱを、（ｖｉｉ）位置２６０にＱを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドの一態様では、ポリペプチドは、７３Ｅ、８０Ｔ、３２０Ｍ、１６５Ｑ、１６９Ｓ、２１０Ｑ、２６０Ｑ、及び２７４Ｔを含む。（Ｋｕｍａ０６０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置７３にＥを、（ｉｉ）位置８０にＴを、（ｉｉｉ）位置３２０にＭを、（ｉｖ）位置１６５にＱを、（ｖ）位置１６９にＳを、（ｖｉ）位置２１０にＱを、（ｖｉｉ）位置２６０にＱを、及び、（ｖｉｉｉ）位置２７４にＴを、または、（ｉ）～（ｖｉｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドの別の態様では、ポリペプチドは、１３０Ａ、１３１Ｍ、１７９Ｆ、２１０Ｑ、２６０Ｑ、及び２７４Ｔを含む。（Ｋｕｍａ０７０属）。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、（ｉ）位置１３０にＡを、（ｉｉ）位置１３１にＭを、（ｉｉｉ）位置１７９にＦを、（ｉｖ）位置２１０にＱを、（ｖ）位置２６０にＱを、（ｖｉ）位置２７４にＴを、または、（ｉ）～（ｖｉ）のいずれかの組み合わせを含む。本開示の第２態様のポリペプチドのまたさらなる態様において、ポリペプチドは、２６７からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸の位置において、配列番号３のアミノ酸置換を含む。一態様では、アミノ酸置換は２６７Ｖである。このような態様では、ポリペプチドは、配列番号３のナンバリングに基づき、位置２６７にＶを含む。

本開示の任意の態様のポリペプチドのさらなる態様では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＣ末端にヒスチジンタグをさらに含み、ポリペプチドの単離を容易にする。任意の好適なヒスチジンタグを使用することができる。一態様においてタグは、ＴＥＶプロテアーゼ切断部位（ＥＮＬＹＦＱＳ）（配列番号１８）に結合し、精製後に、ＴＥＶプロテアーゼによる効率的な除去を可能にする。例えば、タグは、アミノ酸配列ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ（配列番号１７）を含むことができる、または、これからなることができる。別の態様では、ヒスチジンタグは切断可能なヒスチジンタグであり、Ｈｉｓタグの、一層容易な除去を可能にする。一態様では、切断可能なヒスチジンタグは、アミノ酸配列Ｘ_ＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸ_ＮＨＨＨＨＨＨ［式中、Ｘ_Ｎは１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］（配列番号１５）を含む。一非限定例では、切断可能なヒスチジンタグは、アミノ酸配列ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ（配列番号１６）を含む。

本開示のポリペプチドの任意の態様の一態様では、アミノ酸置換は、配列番号６または配列番号３と比較して、表２または３に記載される置換のうちの１つ以上を含んでよい。これらの位置における置換は、一般に十分許容される（即ち、一般に、活性における微小な影響をもたらす、または、全く影響しない）、及び、場合によっては、本開示のポリペプチドの活性を２０％超増加させることが見出された。

本開示のポリペプチドの任意の態様の別の実施形態では、アミノ酸置換は、配列番号６または配列番号３と比較して、表３に記載される置換のうちの１つ以上を含み得る。

本開示のポリペプチドの任意の態様の別の実施形態では、本開示のポリペプチドの各残基におけるアミノ酸は、コンピューターによる変異導入分析により予測される、ポリペプチド酵素内の各位置における、可能性のある変異全てを列挙する、表４に記載するとおりであり得る。ＷＯ２０１６／２００８８０に開示されている実施例に記載のとおり、変異は、活性における様々なアミノ酸置換の効果を試験する変性プライマーを用いて、活性部位（残基２６１～２６４、２６６～２６７、２７０、３１７～３２０、３５０～３５４、３６８、３９７、４０３～４０４、４４６、４４８、４５６、及び４６３～４６８）で見出された、各位置において試験した。活性と干渉しなかった変異を、表４に反映されているとおりに、本開示のポリペプチドに組み込むことができる。

いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチド配列は、ヒスチジンタグをさらに含む。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、ポリペプチドのＣ末端にてポリペプチドに融合する。任意の好適なヒスチジンタグを使用することができる。いくつかの態様では、ヒスチジンタグは、ＴＥＶプロテアーゼ切断部位（ＥＮＬＹＦＱＳ）（配列番号１８）に結合して、精製後にＴＥＶプロテアーゼによる、ヒスチジンタグの効率的な除去を可能とする。例えば、タグは、アミノ酸配列ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ（配列番号１７）を含むことができる、または、これからなることができる。別の態様では、切断可能なヒスチジンタグが、アミノ酸配列Ｘ_ＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸ_ＮＨＨＨＨＨＨ［式中、Ｘ_Ｎは、１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］（配列番号１５）を含む、ポリペプチド配列のＣ末端において組み込まれる。一非限定例では、切断可能なヒスチジンタグは、アミノ酸配列ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ（配列番号１６）を含む。

表５に示すように、Ｋｕｍａ０１０／０１１アミノ酸配列に対応する点置換が、触媒活性に影響を及ぼし得る。表５は、様々なグリアジンペプチド配列の分解の触媒における、個々の変異の有効性を列挙する。ＷＯ２０１６／２００８８０に開示されている例は、特定の個々の、及び組み合わせの変異体に関するさらなるデータを示す。

ある特定の態様では、本開示は、ポリペプチドの産生を改善する少なくとも１つの変異を含むポリペプチドを提供する。いくつかの態様では、産生を改善する変異は、以下の３つのカテゴリーのうちの１つの改善をもたらす：１．精製方法の変更；２．収率の増加、及び、３．酵素による自己プロセシングが精製中に生じる可能性を低下させることで、分析を簡素化すること。本明細書で開示するポリペプチドのタンパク質分解活性により除去可能なＨｉｓタグを付加することで、カテゴリー１となり、Ｒ１０５Ｈ変異体は、約２倍収率を改善するようであり、この変異をカテゴリー２とし、位置１７１～１７４における変異は、これらの変異体をカテゴリー３とする。

本出願全体で使用するとおり、「ポリペプチド」という用語は、自然に存在するか、合成由来であるかにかかわらず、サブユニットアミノ酸の配列を意味する、その最も広い意味で使用される。本開示のポリペプチドは、Ｌ－アミノ酸、Ｄ－アミノ酸（インビボで、Ｌ－アミノ酸特異的プロテアーゼに耐性を有する）、または、Ｄ及びＬ－アミノ酸の組み合わせを含んでよい。本明細書に記載するポリペプチドは、化学的に合成されてよい、または、組換えにより発現してよい。ポリペプチドは、例えば、ＰＥＧ化、ＨＥＳ化、ＰＡＳ化、またはグリコシル化により、他の化合物に結合して、インビボでの半減期の増加を促進し得る。そのような結合は、当業者により理解されるように、共有または非共有であることができる。いくつかの態様では、ポリペプチドは、精製または検出のために使用可能な任意のリンカー（ＦＬＡＧまたはＨｉｓタグなど）を含むがこれらに限定されない、任意の他の好適なリンカーに結合する。

Ａ．核酸
別の態様では、本開示は、本開示の任意の態様のポリペプチドをコードする単離核酸を提供する。Ｋｕｍａ０６２－Ｍをコードする例示的な核酸を以下に示す。
AGTGATATGGAAAAACCGTGGAAAGAAGGTGAAGAAGCCCGCGCAGTGCTGCAAGGTCATGCTCGTGCGCAGGCACCGCAAGCAGTCGATAAAGGCCCGGTGGCAGGTGACGAACGCATGGCTGTTACCGTGGTTCTGCGTCGCCAGCGTGCAGGTGAACTGGCGGCCCACGTGGAACGTCAAGCAGCTATTGCTCCGCATGCGCGCGAACACCTGAAACGTGAAGCGTTTGCGGCCAGTCATGGTGCGTCCCTGGATGACTTTGCCGAACTGCGTCGCTTCGCAGATGCTCACGGCCTGGCGCTGGACCGTGCAAACGTTGCAGCTGGCACCGCCGTTCTGTCTGGTCCGGACGATGCAATCAATCGCGCTTTTGGTGTGGAACTGCGTCATTTCGATCACCCGGACGGCTCATATCGTTCGTACCTGGGTGAAGTCACCGTGCCGGCCAGTATTGCACCGATGATCGAAGCGGTTCTGGGCCTGGATACGCGTCCGGTCGCCCGCCGTCGTTTTCGTATGCAGCGTCGCGCAGAAGGCGGTTTCGAAGCTCGTTCCCAAGCGGCGGCACCGACCGCATATACGCCGCTGGATGTTGCGCAGGCCTACCAATTTCCGGAAGGTCTGGACGGCCAGGGTCAATGCATTGCCATTATCGAACTGGGCGGTGGCTATGATGAAGCTTCACTGGCGCAGTACTTCGCGTCGCTGGGCGTGCCGGCACCGCAAGTCGTGAGTGTTTCCGTCGATGGTGCGAGCAACCAGCCGACCGGTGATCCGGAAGGTCCGGACGGTGAAGTGACCCTGGATATCGAAGTTGCAGGCGCTCTGGCGCCGGGTGCCAAATTTGCAGTGTATTTCGCGCCGGATACCACTGCCGGTTTTCTGGACGCGATTACCACGGCCATCCACGATCCGACGCTGAAACCGAGCGTTGTCTCAATTTCGTGGAGCATGCCGGAAGACAGCTGGACCTCTGCTGCGATCGCCGCAATGAACCGTGCGTTTCTGGATGCTGCGGCCCTGGGTGTGACCGTTCTGGCAGCTGCGGGCGACCAGGGTTCTACGAGCGGCGAACAGGACGGTCTGTATCATGTGCATTTCCCGGCCGCATCACCGTACGTTCTGGCGTGCGGTGGCACGCGCCTGGTCGCATCGGGTGGCCGTATTGCGCAGGAAACCGTCTGGAACCAGGGTCCGGACGGTGGTGCAACGGGTGGCGGTGTGAGCCGCATCTTCCCGCTGCCGGCATGGCAGGAACACGCTAACGTTCCGCCGTCTGCAAATCCGGGCGCGAGCAGCGGCCGTGGTGTCCCGGATCTGGCTGGTAATGCGGACCCGCAGACCGGTTATGAAGTGGTTATTGATGGCGAAGCAACCGTCACCGGCGGTACGAGCGCCGTGGCACCGCTGTTTGCTGCGCTGGTTGCGCGTATTAACCAGAAACTGGGCAAAGCAGTTGGTTATCTGAATCCGACCCTGTACCAACTGCCGGCAGATGTTTTCCATGACATCACGGAGGGTAACAATGATATTGCAAACCGTGCGCAGATTTATCAAGCAGGTCCGGGCTGGGACCCGTGTACCGGTCTGGGTTCACCGATTGGTGTGCGTCTGCTGCAAGCACTGTTGCCGAGTGCCTCCCAGCCGCAACCGTGA
配列番号２２

単離された核酸配列は、ＲＮＡまたはＤＮＡを含んでよい。本明細書で使用する場合、「単離された核酸」とは、ゲノム内、またはｃＤＮＡ配列内で、周囲にあるその通常の核酸配列から除去されているものである。そのような、単離された核酸配列は、ポリＡ配列、修飾コザック配列、ならびに、エピトープタグ、エクスポートシグナル、ならびに分泌シグナル、核局在化シグナル、及び原形質膜局在化シグナルをコードする配列を含むがこれらに限定されない、コードされたタンパク質の発現及び／または精製を促進するのに有用な、さらなる配列を含んでよい。本明細書の教示に基づき、どの核酸配列が本開示のポリペプチドをコードするかは、当業者に明らかであろう。

さらなる態様では、本開示は、好適な調節配列に作動可能に連結している、本開示の任意の態様の単離された核酸を含む、核酸発現ベクターを提供する。「組換え発現ベクター」は、遺伝子産物の発現に影響を及ぼすことが可能な任意の調節配列に、核酸コード領域または遺伝子を作動可能に連結するベクターを含む。本開示の核酸配列に作動可能に連結された「調節配列」は、核酸分子の発現に影響を及ぼすことが可能な核酸配列である。核酸配列の発現を指示する機能を有しているのであれば、調節配列は、核酸配列に隣接している必要はない。故に、例えば、介在する、翻訳されていないがなおかつ転写された配列が、プロモーター配列と核酸配列との間に存在し得、そのプロモーター配列は、依然としてコード配列に「作動可能に連結された」と見なされ得る。そのような他の調節配列としては、ポリアデニル化シグナル、終結シグナル、及びリボソーム結合部位が挙げられるが、これらに限定されない。このような発現ベクターは、限定されるものではないが、プラスミド及びウイルスベースの発現ベクターを含む、当該技術分野において既知の任意の種類であることができる。哺乳類系において、開示された核酸配列の発現を駆動するために使用される調節配列は、構成的（ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＲＳＶ、アクチン、ＥＦを含むがこれらに限定されない、様々なプロモーターのいずれかにより駆動される）であるか、または、誘発性（テトラサイクリン、エクジソン、ステロイド応答性を含むがこれらに限定されない、多数の誘導性プロモーターのいずれかにより駆動される）であってよい。原核細胞のトランスフェクションに使用するための発現ベクターの構築もまた、当該技術分野において周知であり、それ故、標準的な技術により実現することができる。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ，ａｎｄＭａｎｉａｔｉｓ，ｉｎ：ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ，ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，１９８９、ＧｅｎｅＴｒａｎｓｆｅｒａｎｄＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＰｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｐｐ．１０９－１２８，ｅｄ．Ｅ．Ｊ．Ｍｕｒｒａｙ，ＴｈｅＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓＩｎｃ．，Ｃｌｉｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．、及びｔｈｅＡｍｂｉｏｎ１９９８Ｃａｔａｌｏｇ（Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）を参照されたい。発現ベクターは、エピソームとして、または、宿主染色体ＤＮＡへの組み込みによるいずれかで、宿主生物内で複製可能でなければならない。好ましい一態様では、発現ベクターはプラスミドを含む。しかし、本開示は、ウイルスベクターなどの、等価な機能を果たす他の発現ベクターを含むことを意図している。

Ｂ．宿主細胞
別の態様では、本開示は、本開示の核酸発現ベクターを含む組換え宿主細胞を提供する。組換えタンパク質を産生可能な任意の宿主細胞を、本明細書で開示する方法で使用することができる。宿主細胞は、原核性または真核性のいずれかであることができる。いくつかの態様では、宿主細胞は原核細胞である。好適な原核生物宿主細胞の非限定例としては、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ、Ｒｏｄｈｏｂａｃｔｅｒｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏａｌｔｅｒｏｍｏｎａｓｈａｌｏｐｌａｎｋｔｉｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｓｐ．ｓｔｒａｉｎＡｃ１０、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓｉＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｕｔｉｄａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｈａｌｏｍｏｎａｓｅｌｏｎｇａｔａ、Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒｓａｌｅｘｉｇｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓｌｉｖｉｄａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓｇｒｉｓｅｕｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａｌａｃｔａｍｄｕｒａｎｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｍｅｇｍａｔｉｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍａｍｍｏｎｉａｇｅｎｅｓ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｌａｃｔｏｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉ、及びＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｇａｓｓｅｒｉが挙げられる。いくつかの態様では、宿主細胞は真核細胞である。好適な真核性宿主細胞の非限定例としては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及びＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｎｉｄｕｌａｎｓが挙げられる。細胞は、一過的に、または安定して、トランスフェクトまたは形質導入されることができる。原核及び真核細胞への、発現ベクターのこのようなトランスフェクション及び形質導入は、標準的な細菌の形質転換、リン酸カルシウムの共沈、電気穿孔法、または、リポソームが媒介する、ＤＥＡＥデキストランが媒介する、ポリカチオンが媒介する、もしくはウイルスが媒介するトランスフェクションを含むがこれらに限定されない、当該技術分野において既知の任意の技術により実現することができる。例えば、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，１９８９，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ）、ＣｕｌｔｕｒｅｏｆＡｎｉｍａｌＣｅｌｌｓ：ＡＭａｎｕａｌｏｆＢａｓｉｃＴｅｃｈｎｉｑｕｅ，２^ｎｄＥｄ．（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ．１９８７．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．ＮｅｗＹｏｒｋ，ＮＹ）を参照されたい。本開示に従ったポリペプチドの産生方法は、本開示のさらなる一部である。方法は、（ａ）ポリペプチドの発現を行う条件下で、本開示の本態様に従い宿主を培養するステップと、（ｂ）任意選択的に、発現したポリペプチドを回収するステップと、を含む。発現したポリペプチドは、無細胞抽出物、細胞ペレットから回収することができるか、または培地から回収することができる。組換えにより発現したポリペプチドを精製する方法は、当業者に周知である。

Ｃ．医薬組成物
さらなる態様では、本開示は、本開示の任意の態様または態様のポリペプチド、核酸、核酸発現ベクター、及び／または組換え宿主細胞と、薬学的に許容される担体と、を含む医薬組成物を提供する。本開示の医薬組成物は、例えば、後述の本開示の方法で使用することができる。医薬組成物は、本開示のポリペプチド、核酸などに加えて、（ａ）凍結防止剤、（ｂ）界面活性剤、（ｃ）充填剤、（ｄ）張度調節剤、（ｅ）安定剤、（ｆ）防腐剤、及び／または（ｇ）緩衝液を含んでよい。

いくつかの態様では、医薬組成物中の緩衝液は、トリス緩衝液、ヒスチジン緩衝液、リン酸緩衝液、クエン酸緩衝液、または酢酸緩衝液である。医薬組成物は、凍結防止剤、例えば、スクロース、ソルビトール、またはトレハロースもまた含んでよい。ある特定の態様では、医薬組成物は、防腐剤、例えば、塩化ベンザルコニウム、ベンゼトニウム、クロルヘキシジン、フェノール、ｍ－クレゾール、ベンジルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロロブタノール、ｏ－クレゾール、ｐ－クレゾール、クロロクレゾール、フェニル水銀硝酸塩、チメロサール、安息香酸、及びこれらの様々な混合物を含む。他の態様では、医薬組成物は、グリシンなどの充填剤を含む。さらに他の態様では、医薬組成物は、界面活性剤、例えば、ポリソルベート－２０、ポリソルベート－４０、ポリソルベート－６０、ポリソルベート－６５、ポリソルベート－８０、ポリソルベート－８５、ポロキサマー１８８、モノラウリル酸ソルビタン、モノパルミチン酸ソルビタン、モノステアリン酸ソルビタン、モノオレイン酸ソルビタン、トリラウリン酸ソルビタン、トリステアリン酸ソルビタン、トリオレアステソルビタン（ｓｏｒｂｉｔａｎｔｒｉｏｌｅａｓｔｅ）、またはこれらの組み合わせを含む。医薬組成物は、張度調節剤、例えば、ヒトの血液に、製剤を実質的に等張、または等浸透圧にする化合物もまた含んでよい。例示的な張度調節剤としては、スクロース、ソルビトール、グリシン、メチオニン、マンニトール、デキストロース、イノシトール、塩化ナトリウム、アルギニン、及び塩酸アルギニンが挙げられる。他の態様では、医薬組成物はさらに、安定剤、例えば、対象となるタンパク質と組み合わせたときに、凍結乾燥または液体形態での、対象となるタンパク質の、化学的及び／または物理的不安定さを実質的に防止する、または低減する分子を含む。例示的な安定剤としては、スクロース、ソルビトール、グリシン、イノシトール、塩化ナトリウム、メチオニン、アルギニン、及び塩酸アルギニンが挙げられる。

本開示のポリペプチド、核酸などは、医薬組成物中において単なる活性剤であってよく、または、組成物は、使用目的に対して適切な、１種以上の他の活性剤をさらに含んでよい。

本明細書に記載する医薬組成物は一般に、本明細書に記載する化合物と、薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤と、の組み合わせを含む。そのような組成物は実質的に、薬学的に許容されない構成成分を実質的に含まない、即ち、本願の出願時に、米国の規制要求事項により許可されているものを下回る量の、薬学的に許容されない構成成分を含有する。本態様のいくつかの態様では、化合物が水に溶解する、または懸濁する場合、組成物は任意選択的に、追加の薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤をさらに含む。他の態様では、本明細書に記載する医薬組成物は、固体医薬組成物（例えば、錠剤、カプセルなど）である。

本明細書に記載する組成物は、米国監督官庁により記載されるように、栄養補助食品として提供することもまた可能である。

これらの組成物は、薬学技術分野において周知の方法で調製することができ、任意の好適な経路により投与することができる。好ましい態様では、医薬組成物及び製剤は、経口投与向けに設計される。従来の薬学的担体、水性、粉末、または油性基剤、増粘剤等は、必須であるか、または望ましい場合がある。

医薬組成物は、錠剤、丸薬、粉末、ロゼンジ、サッシェ、カシェ剤、エリキシル剤、懸濁液、エマルション、溶液、シロップ、エアロゾル（固体として、または液体媒質中）、例えば、最大１０重量％の活性化合物を含有する軟膏、軟質及び硬質ゼラチンカプセル、無菌注射液、及び、無菌包装粉末を含むがこれらに限定されない任意の好適な形態で存在することができる。

３．本開示の方法
別の態様では、本開示は、セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳを患う個体に、上記セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳを治療するのに効果的な量の、本開示のポリペプチドからなる群から選択される１種以上のポリペプチドを投与すること、または、これらのポリペプチドの１種以上を使用して、セリアックスプルーもしくはＮＣＧＳを患う個体による、摂取用食物を加工することを含む、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の治療方法を提供する。

ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。

ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含む。

ある特定の態様では、方法は、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う対象に、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを投与することを含み、ポリペプチドは、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含み、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸２７８に対応するアミノ酸残基においてＳｅｒを、配列番号３のアミノ酸７８に対応するアミノ酸残基においてＧｌｕを、及び、配列番号３のアミノ酸８２に対応するアミノ酸残基においてＡｓｐを含む。

ある特定の態様では、本開示は、食品中のグルテンを分解する方法であって、上記食品を、上記グルテンを分解するのに効果的な量の、本明細書で上記したポリペプチドと接触させることにより、上記食品中の上記グルテンを分解することを含む、上記方法を提供する。

ある特定の態様では、本開示は、食品中のグルテンを分解する方法であって、上記食品を、上記グルテンを分解するのに効果的な量の、本明細書で上記した医薬組成物と接触させることにより、上記食品中の上記グルテンを分解することを含む、上記方法を提供する。

ある特定の態様では、本開示は、食品中のグリアジンを分解する方法であって、上記食品を、上記グリアジンを分解するのに効果的な量の、本明細書で記載するポリペプチドまたは医薬組成物と接触させることにより、上記食品中の上記グルテンを分解することを含む、上記方法を提供する。いくつかの態様では、方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンの、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％を分解する。いくつかの態様では、本明細書で開示する方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンを、約１．５時間未満、約１時間未満、約４５分未満、約４０分未満、約３０分未満、約２５分未満、約２０分未満、約１５分未満、約１０分未満、または約５分未満で分解することができる。いくつかの態様では、本明細書で開示する方法は、食品中のグルテンまたはグリアジンを、約６．５未満、約６．０未満、約５．５未満、約５．０未満、約４．５未満、約４．０未満、約３．５未満、または約３．０未満のｐＨ値の下で分解することができる。

本開示のポリペプチドは、大部分のセリアックスプルー患者において、免疫応答の大半を担うと考えられている、「グリアジン」として知られているグルテンのプロリン（Ｐ）及びグルタミン（Ｑ）リッチな構成成分を分解可能であることを、本開示の発明者らは発見した。本開示のポリペプチドは、セリアックスプルーの治療に有用であると開示されている（ＷＯ２０１５／０２３７２８）、Ｋｕｍａ０１０／０１１及び他のポリペプチドと比較して、ｐＨ４で、ＰＱＬＰ（配列番号９）またはＰＱＱＰ（配列番号１０）モチーフ（グリアジンの代表的な基質である、ＰＦＰＱＰＱＬＰＹ（配列番号１１）及び／またはＰＦＰＱＰＱＱＰＦ（配列番号１２）など）を有するペプチドの分解において、優れた活性を示す。したがって、本開示のポリペプチドは、セリアックスプルー及びＮＣＧＳを治療するための、著しく改善された治療薬を構成する。

ある特定の態様では、本明細書で開示するポリペプチドの医薬組成物及び／または製剤は、経口投与される。経口投与の経路の非限定例としては、錠剤、丸薬、ロゼンジ、エリキシル剤、懸濁液、エマルション、溶液、シロップ、またはこれらの任意の組み合わせの使用が挙げられる。ある特定の態様では、本明細書で開示するポリペプチドを含む医薬組成物は、対象が物質、例えば、１種以上のグルテンタンパク質を含む食物を消化する前に、対象に投与される。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドを含む医薬組成物は、対象が物質、例えば、１種以上のグルテンタンパク質を含む食物を消化するのと同時に、対象に投与される。いくつかの態様では、本明細書で開示するポリペプチドを含む医薬組成物は、対象が物質、例えば、１種以上のグルテンタンパク質を含む食物を消化した後に、対象に投与される。

投薬レジメンは、最適な所望の応答（例えば、治療または予防応答）をもたらすように調整され得る。好適な用量範囲は、例えば、０．１ｕｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲であってよく、あるいは、０．５ｕｇ／ｋｇ～５０ｍｇ／ｋｇ、１ｕｇ／ｋｇ～２５ｍｇ／ｋｇ、または、５ｕｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ体重であってよい。ポリペプチドは、主治医により決定されるように、単回ボーラスで送達することができ、または、２回以上（例えば、２、３、４、５、またはそれ以上の回数で）投与されることができる。

本開示は、以下の実施例によってさらに説明されるが、これは限定と解釈されるべきではない。引用される引用元、例えば、本明細書で引用される参考文献、公報、データベース、データベースのエントリーは全て、引用中で明示的に記述されていない場合であっても、参照により本出願に組み込まれる。引用元の記述と本願が矛盾する場合、本願の記述が優先する。

章及び表の見出しは、限定を意図するものではない。

実施例１：Ｋｕｍａ０６２－Ｍによる、全粒粉パンにおけるグルテンの分解
本研究は、Ｋｕｍａ０６２－Ｍがグルテンを効果的に分解することができることを示す。

胃での消化の、実験室でのシミュレーションを、ヒトの胃での消化を表すように設計した。パン試料をまず、人工唾液内ですり潰して咀嚼をシミュレートした後、塩酸を加えて酸性化した。特に指示がない限り、胃での消化のｐＨは３．６～４．５であった。試料をブレンドして、狭いピペットの先端を通る材料を適切に提示する能力を確保した（なぜなら、ＥＬＩＳＡ法では、必要により非常に小さい体積を用いるからである）が、示される場合、試料はすり潰しただけであった。食事試料は、食事のアリコートを個別のチューブに画分して、消化プロセスを始める前には、４００～８００ｍＬの最終総体積を有した。ペプシン及び／またはグリアジナーゼＫｕｍａ０６２－Ｍを添加することで、消化を開始した。次に、試料を、示した時点において、体温（３７℃）でインキュベートした。全粒粉パン／食事消化実験の大部分において、食物の、幽門弁を通っての十二指腸への放出が開始される前に、食物が胃の中で撹乳される平均のラグタイムが３０～６０分であるため、試料は、３０分間で消化するようにさせた。存在する酵素を全て、不可逆的に失活する温度まで加熱することにより、消化期間の終了時に酵素活性を終了させた。

消化試料中のグルテンを、メーカーによりもたらされる指示に従い、Ｒ５Ｒｉｄａｓｃｒｅｅｎ（商標）ＥＬＩＳＡキット（Ｒ－Ｂｉｏｐｈａｒｍ）、またはＧ１２Ｇｌｕｔｅｎｔｏｘ（登録商標）ＥＬＩＳＡキット（Ｂｉｏｍｅｄａｌ）により定量化した。これらのキットは、モノクローナル抗体の、Ｒ５（ＱＱＰＦＰを認識する）、またはＧ１２（ＱＰＱＬＰＹを認識する）（それぞれ、配列番号１９及び配列番号２０）のいずれかに基づく。これらのエピトープは、免疫優性断片を全て含む、グルテンの免疫原性断片の大部分に存在する。Ｇ１２抗体は、αグリアジンの免疫原性領域を検出するが、Ｒ５抗体は、ωグリアジン及びγグリアジンの免疫原性領域を検出する。Ｒ５ＥＬＩＳＡ法は、未加工食物におけるグルテン濃度を推定するのに効果的であることが示されているものの、Ｒ５抗体により認識されるグルテンの分画は、部分的には、グルテンをペプシンでインキュベートした後に減少することを、我々は見出した。ペプシンは、Ｇ１２抗体により認識される分画である、３３ｍｅｒ断片ＬＱＬＱＰＦＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＬＰＹＰＱＰＱＰＦ８（配列番号１３）に対してはさほど効果的でないことが示されている。Ｒ５抗体とは異なり、Ｇ１２抗体による、グルテンエピトープの検出は、影響を受けていないか、またはさらに、ペプシンによる消化によりわずかに増加したことが頻繁に観察された。このことは、ペプシンによる処理によって、グルテンのＱＰＱＬＰＹ（配列番号２０）エピトープ含有領域が、Ｇ１２抗体に対してより利用可能となることを示唆している。本実施例では、両方のＥＬＩＳＡベースの方法を使用して、グリアジナーゼが、免疫原性グリアジンの全部の３つのファミリー：α、ω、及びγグリアジンの量を低下させる能力を評価した。以下で詳述する実験の１つにおいて、インハウスＧ１２ベースのＥＬＩＳＡ法を使用した。このインハウスで開発した方法は、市販されているキットよりも安価であるものの、低濃度のグルテンの定量においては、信頼性が低い。したがって、本方法は、試料間の相対差を評価するためだけに使用した。

表６は、Ｋｕｍａ０６２－Ｍが、模擬胃内消化においてグルテンを効果的に分解することができることを示す。ペプシンは少量で、模擬胃内消化においてグルテンを分解することができる。

実施例２：異なるｐＨにおける、Ｋｕｍａ０６２－Ｍによる全粒粉パンでのグルテンの分解
本研究は、異なるｐＨ値において、Ｋｕｍａ０６２－Ｍがグルテンを分解する能力を評価するためのものである。

模擬胃内消化用のプロトコルは、実施例１におけるものとほぼ同様である。パンのスラリーは、以下のｐＨレベル、すなわち３．９、４．５、５．０、５．５、及び５．９で生成した。ｐＨ５．９は、人工唾液ですり潰した後に、ＨＣｌなしで、水のみをスラリーに添加した際のパンのｐＨであった。

表７は、Ｋｕｍａ０６２－Ｍが、様々なｐＨ値でグルテンを効率的に分解することができることを示す。

実施例３：Ｋｕｍａ０６２－Ｍによる、ファーストフードの食事におけるグルテンの分解
本研究は、他の食品タンパク質の存在下においてさえも、Ｋｕｍａ０６２Ｍが、グルテンに対して著しい活性を維持可能であるか否かを評価するためのものである。

模擬胃内消化用のプロトコルは、実施例１におけるものとほぼ同様である。バニラミルクシェークは、１０グラムのタンパク質を含有する（およそ。ＭｃＤｏｎａｌｄｓ（登録商標）製の同様のサイズのミルクシェークとの比較）と推定されたが、ハンバーガーのパティは、７グラムのタンパク質を含有すると推定された。胃での消化の際の食事のｐＨは、４．０～４．５であった。対照食事におけるハンバーガーのパンの量を、ハンバーガー及びシェークの食事におけるパンと同じ量に調整した。ハンバーガー及びシェークの食事の、胃での消化の際の体積は５００ｍＬであった。対照食事も５００ｍＬに調整した。すり潰してブレンドした後の食事スラリーのアリコートを、より小さなチューブに画分し、グルテナーゼ酵素及びペプシンを、これらのアリコートに添加した。Ｋｕｍａ０６２－Ｍに対して、酵素濃度は７００μｇ／ｍＬまたは７０μｇ／ｍＬであった。食事を、３０分間または５分間消化した。ＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓＮｉｇｅｒ由来のプロリルエンドプロテアーゼ（ＡＮ－ＰＥＰ）、及びＥＰＢ２／ＳＣＰＥＰもまた、本研究に含めた。

表８及び９は、Ｋｕｍａ０６２－Ｍが、他の食品タンパク質の存在下でグルテンを効果的に分解できることを示す。表８は、Ｇ１２ＥＬＩＳＡアッセイを用いた結果を示す。表９は、Ｒ５ＥＬＩＳＡアッセイを用いた結果を示す。

均等物
当業者は、ほんの日常的な実験を使用して、本開示の特定の態様に対する多くの均等物を認識するか、または確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。

態様
Ｅ１．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。

Ｅ２．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１に記載のポリペプチド。

Ｅ３．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１またはＥ２に記載のポリペプチド。

Ｅ４．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ３のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ５．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ４のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ６．配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む、Ｅ１～５のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ７．配列番号６のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基がＳｅｒである、Ｅ１～Ｅ６のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ８．配列番号６のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基がＧｌｕである、Ｅ１～Ｅ７のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ９．配列番号６のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基がＡｓｐである、Ｅ１～Ｅ８のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１０．グリアジンを切断可能な、Ｅ１～Ｅ９のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１１．配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。

Ｅ１２．配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１１に記載のポリペプチド。

Ｅ１３．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１１またはＥ１２に記載のポリペプチド。

Ｅ１４．配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１１～Ｅ１３のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１５．配列番号８で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ１１～Ｅ１４のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１６．配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む、Ｅ１１～１５のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１７．配列番号３のアミノ酸２７８に対応するアミノ酸残基がＳｅｒである、Ｅ１１～Ｅ１６のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１８．配列番号３のアミノ酸７８に対応するアミノ酸残基がＧｌｕである、Ｅ１１～Ｅ１７のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ１９．配列番号３のアミノ酸８２に対応するアミノ酸残基がＡｓｐである、Ｅ１１～Ｅ１８のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２０．グリアジンを切断可能な、Ｅ１１～Ｅ１９のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２１．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む、前記ポリペプチド。

Ｅ２２．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ２１に記載のポリペプチド。

Ｅ２３．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ２１またはＥ２２に記載のポリペプチド。

Ｅ２４．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ２１～Ｅ２３のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２５．配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、Ｅ２１～Ｅ２４のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２６．配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む、Ｅ２１～Ｅ２５のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２７．配列番号６のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基がＳｅｒである、Ｅ２１～Ｅ２６のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２８．配列番号６のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基がＧｌｕである、Ｅ２１～Ｅ２７のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ２９．配列番号６のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基がＡｓｐである、Ｅ２１～Ｅ２８のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ３０．グリアジンを切断可能な、Ｅ２１～Ｅ２９のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ３１．ヒスチジンタグをさらに含み、上記ヒスチジンタグがポリペプチドのＣ末端で融合する、Ｅ１～Ｅ３０のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ３２．
ヒスチジンタグが、配列番号１７で示されるアミノ酸配列（ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ）を含む、Ｅに記載のポリペプチド。

Ｅ３３．ヒスチジンタグが、配列番号１５で示されるアミノ酸配列（Ｘ_ＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸ_ＮＨＨＨＨＨＨ）［式中、Ｘ_Ｎは、１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］を含む、切断可能なヒスチジンタグを含むがこれに限定されない、切断可能なヒスチジンタグを含む、Ｅ３２またはＥ３３に記載のポリペプチド。

Ｅ３４．切断可能なヒスチジンタグが、配列番号１６で示されるアミノ酸配列（ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ）を含む、Ｅ３１～Ｅ３３のいずれか１つに記載のポリペプチド。

Ｅ３５．Ｅ１～Ｅ３４のいずれか１つに記載のポリペプチドをコードする核酸分子。

Ｅ３６．Ｅ３５に記載の核酸分子を含む核酸発現ベクター。

Ｅ３７．Ｅ３５に記載の核酸分子、または、Ｅ３６に記載の核酸発現ベクターを含む、組換え宿主細胞。

Ｅ３８．Ｅ１～Ｅ３４のいずれか１つに記載のポリペプチド、Ｅ３５に記載の核酸分子、Ｅ３６に記載の核酸発現ベクター、Ｅ３７に記載の組換え宿主細胞、またはこれらの任意の組み合わせ、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。

Ｅ３９．セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の治療方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う個体に、前記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療するのに効果的な量の、Ｅ１～Ｅ３４のいずれか１つに記載のポリペプチド、請求項３５に記載の核酸分子、請求項３６に記載の核酸発現ベクター、請求項３７に記載の組換え宿主細胞、または、請求項３８に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。

Ｅ４０．前記ポリペプチド、前記核酸分子、前記核酸発現ベクター、前記組換え宿主細胞、または前記医薬組成物が、経口投与される、Ｅ３９に記載の方法。

Claims

配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドのＮ末端における第１のアミノ酸がＳｅｒ（Ｓ）である、前記ポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、前記ポリペプチドのＮ末端にＭｅｔ（Ｍ）を含まない、前記ポリペプチド。
配列番号２３で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、配列番号２３内のＸａａが、Ｍｅｔ（Ｍ）ではない、前記ポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドのＮ末端における第１のアミノ酸がＳｅｒ（Ｓ）であり、前記ポリペプチドが、配列番号８で示されるアミノ酸配列を含む、前記ポリペプチド。
Ｎ末端からＣ末端にかけての、前記ポリペプチドの最初の２つのＮ末端アミノ酸がＳｅｒ－Ａｓｐ（ＳＤ）である、請求項１～４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１で示されるアミノ酸配列を含む、請求項１～９７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１のアミノ酸４６７に対応するアミノ酸残基がＳｅｒである、請求項１～１０のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１のアミノ酸２６７に対応するアミノ酸残基がＧｌｕである、請求項１～１１のいずれか１項に記載のポリペプチド。
配列番号１のアミノ酸２７１に対応するアミノ酸残基がＡｓｐである、請求項１～１０のいずれか１項に記載のポリペプチド。
前記ポリペプチドがグリアジンを切断可能である、請求項１～１３のいずれか１項に記載のポリペプチド。
ヒスチジンタグをさらに含み、前記ヒスチジンタグが前記ポリペプチドのＣ末端で融合する、請求項１～１４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
前記ヒスチジンタグが、配列番号１７で示されるアミノ酸配列（ＧＳＴＥＮＬＹＦＱＳＧＡＬＥＨＨＨＨＨＨ）を含む、請求項１５に記載のポリペプチド。
前記ヒスチジンタグが、配列番号１５で示されるアミノ酸配列（Ｘ_ＮＰＱ（Ｌ／Ｑ）ＰＸ_ＮＨＨＨＨＨＨ）［式中、Ｘ_Ｎは、１～２５個のアミノ酸残基のリンカーである。］を含む、切断可能なヒスチジンタグを含むがこれに限定されない、切断可能なヒスチジンタグを含む、請求項１５または１６に記載のポリペプチド。
前記切断可能なヒスチジンタグが、配列番号１６で示されるアミノ酸配列（ＧＳＳＧＳＳＧＳＱＰＱＬＰＹＧＳＳＧＳＳＧＳＨＨＨＨＨＨ）を含む、請求項１７に記載のポリペプチド。
請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
請求項１９に記載の核酸分子を含む核酸発現ベクター。
請求項１９に記載の核酸分子、または、請求項２０に記載の核酸発現ベクターを含む、組換え宿主細胞。
前記宿主細胞が原核性である、請求項２１に記載の組換え宿主細胞。
前記宿主細胞が真核性である、請求項２１に記載の組換え宿主細胞。
請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチド、請求項１９に記載の核酸分子、請求項２０に記載の核酸発現ベクター、請求項２１～２３のいずれか１項に記載の組換え宿主細胞、またはこれらの任意の組み合わせ、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
対象における、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）の治療方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う前記対象に、前記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療するのに効果的な量の、請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチド、請求項１９に記載の核酸分子、請求項２０に記載の核酸発現ベクター、請求項２１～２３のいずれか１項に記載の組換え宿主細胞、または、請求項２４に記載の医薬組成物を投与することで、前記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを治療することを含む、前記方法。
対象における、セリアックスプルーまたは非セリアック・グルテン過敏症（ＮＣＧＳ）に関連する炎症を低減する方法であって、セリアックスプルーまたはＮＣＧＳを患う前記対象に、前記セリアックスプルーまたはＮＣＧＳに関連する炎症を低減するのに効果的な量の、請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチド、請求項１９に記載の核酸分子、請求項２０に記載の核酸発現ベクター、請求項２１～２３のいずれか１項に記載の組換え宿主細胞、または、請求項２４に記載の医薬組成物を投与することで、前記炎症を低減することを含む、前記方法。
前記ポリペプチド、前記核酸分子、前記核酸発現ベクター、前記組換え宿主細胞、または前記医薬組成物が、経口投与される、請求項２６に記載の方法。
食品中のグルテンを分解する方法であって、前記食品を、前記グルテンを分解するのに効果的な量の、請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチド、または、請求項２４に記載の医薬組成物と接触させることにより、前記食品中の前記グルテンを分解することを含む、前記方法。
食品中のグリアジンを分解する方法であって、前記食品を、前記グリアジンを分解するのに効果的な量の、請求項１～１８のいずれか１項に記載のポリペプチド、または、請求項２４に記載の医薬組成物と接触させることにより、前記食品中の前記グリアジンを分解することを含む、前記方法。
前記方法が、前記食品中の前記グルテンまたはグリアジンの、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％を分解する、請求項２８または２９に記載の方法。