JP2023545907A - 新規共刺激ドメインを含むキメラ抗原受容体及びその使用 - Google Patents

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Abstract

【要約】リガンド結合ドメインと、膜貫通ドメインと、NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを含む共刺激ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインと、を含むキメラ抗原受容体を提供する。また、このようなキメラ抗原受容体を含む改変免疫細胞、及び例えば癌、自己免疫疾患、感染などの疾患の治療におけるそれらの改変免疫細胞の使用も提供される。【選択図】図1

Description

本発明は免疫治療分野に属する。より具体的に、本発明は、新規共刺激ドメインを含むキメラ抗原受容体、このようなキメラ抗原受容体を含む改変免疫細胞及びその使用に関する。
近年、癌免疫治療技術が急速に発展し、特に、キメラ抗原受容体T細胞(CAR-T)に関連する免疫療法は、血液腫瘍の治療において優れた臨床効果を奏する。CAR-T細胞免疫療法は、T細胞をin vivoで遺伝子改変を行って、腫瘍抗原を認識できるようにさせ、所定数まで増殖した後、患者体内に再注入して癌細胞を殺すことによって、腫瘍を治療するという目的を達成するものである。
現在、技術の発展に伴い、四世代の異なるCAR構造が出てくる。第一世代のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、例えばCD3ζなどの一次シグナル伝達ドメインのみを含むので、CAR付きの細胞(例えばCAR-T細胞)は、活性が低く、in vivoでの生存時間が短い。第二世代のCARは、例えばCD28又は4-1BBなどの共刺激ドメインを導入し、細胞が継続的に増殖できるようにして、抗腫瘍活性を高める。第三世代のCARは、2つの共刺激ドメイン(例えばCD28+4-1BB)を含み、第四世代CARは、サイトカイン又は共刺激リガンドが加入されてT細胞応答がさらに増強し、又は自殺遺伝子が加入されて需要の際にCAR-T細胞を自己破壊させる。現在の臨床研究で、依然としてほどんど第二世代のCAR構造を使用している。
しかし、CAR-T細胞療法は、臨床応用において、例えば血液腫瘍の治療で腫瘍の再発が多く、固形腫瘍の治療で応答率が高くないなどのいくつかの問題がまだ存在し、これらは、複雑な腫瘍微小環境、CAR-T細胞枯渇などの要素によって引き起される可能性がある。
故に、従来のCART細胞療法を改善して、in vivoでのCAR-T細胞の増殖を促進し、腫瘍微小環境の免疫抑制効果に抵抗し、腫瘍に対するCAR-T細胞療法の全体的な治療効果を高める必要がある。
故に、第1態様で、本発明は、リガンド結合ドメインと、膜貫通ドメインと、NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを含む共刺激ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインと、を含むキメラ抗原受容体を提供する。
一実施形態において、前記NK活性化受容体は、2B4、DNAM-1及びLFA-1から選択され、より好ましくは2B4である。
一実施形態において、前記NK活性化受容体のリガンドは、CD48、CD112、CD155、ICAM1、ICAM2又はICAM3から選択され、より好ましくはCD155及びICAM-3である。
好ましい一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体に含まれる共刺激ドメインは、CD155、ICAM3及び2B4などのタンパク質から選択されるものの細胞内ドメインを含む。一実施形態において、前記CD155の細胞内ドメインは、配列番号29で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、ICAM3の細胞内ドメインは、配列番号27で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、2B4の細胞内ドメインは、配列番号31で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、前記共刺激ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD8、CD27、CD28、CD30、CD40、CD83、CD134(OX40)、CD137(4-1BB)、CD270(HVEM)、CD272(BTLA)、CD276(B7-H3)、CD278(ICOS)、CD357(GITR)、DAP10、DAP12、LAT、NKG2C、SLP76、PD-1、LIGHT、TRIM、CD94、LTB、ZAP70及びそれらの組み合わせ等のタンパク質から選択されるもののシグナル伝達ドメインを更に含む。好ましくは、前記共刺激ドメインは、CD27、CD28、CD134、CD137又はCD278のシグナル伝達ドメイン又はそれらの組み合わせを更に含み、より好ましくは、CD28及び/又はCD137のシグナル伝達ドメインを更に含む。
一実施形態において、前記リガンド結合ドメインは、抗体又はその抗原結合部分である。
一実施形態において、前記リガンド結合ドメインは、免疫グロブリン分子、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv断片、scFv抗体断片、重鎖抗体、直線状抗体、sdAb又はナノ抗体から選択される。
一実施形態において、前記リガンド結合ドメインは、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD14、CD15、CD46、CD70、TSHR、CD19、CD123、CD22、BAFF-R、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、GPRC5D、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、メソテリン、IL-llRa、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、AFP、Folate受容体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、CS1、CD138、NCAM、Claudin18.2、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-I受容体、CAIX、LMP2、gploo、bcr-abl、チロシナーゼ、EphA2、Fucosyl GMl、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o-アセチル-GD2、Folate受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-la、MAGE-A1、ポッドプロテイン、HPV E6、E7、MAGE Al、ETV6-AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos関連抗原1、p53、p53変異体、前立腺特異的タンパク質、サバイビン及びテロメラーゼ、PCTA-l/Galectin 8、MelanA/MARTl、Ras変異体、hTERT、肉腫転座ブレークポイント、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、Cyclin Bl、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B 1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES 1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、腸内カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、IGLL1、PD1、PDL1、PDL2、TGFβ、APRIL、NKG2D、NKG2Dリガンド、及び/又は病原体特異抗原、ビオチン化分子、HIV、HCV、HBV及び/又は他の病原体によって発現される分子、並びに/或いはネオエピトープ又はネオ抗原から選択される1つ又は複数のターゲットに結合される。好ましくは、前記リガンド結合ドメインは、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD123、CD138、CD171、MUC1、AFP、Folate受容体α、CEA、PSCA、PSMA、Her2、EGFR、IL13Ra2、GD2、NKG2D、EGFRvIII、CS1、BCMA、メソテリン及びそれらの任意の組み合わせから選択されるターゲットに結合される。
一実施形態において、前記膜貫通ドメインは、TCRα鎖、TCRβ鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、CD3ζサブユニット、CD3εサブユニット、CD3γサブユニット、CD3δサブユニット、CD45、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD33、CD28、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137及びCD154等のタンパク質の膜貫通ドメインから選択される。
一実施形態において、前記細胞内シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b及びCD66dなどのタンパク質のシグナル伝達ドメインから選択され、好ましくは、CD3ζのシグナル伝達ドメインである。
本発明は、上記した新規キメラ抗原受容体をコードする核酸分子と、前記核酸分子を含むベクターとを更に提供する。
第2態様で、本発明は、上記した新規キメラ抗原受容体、核酸分子又はベクターを含む改変免疫細胞をさらに提供する。
一実施形態において、前記改変免疫細胞において、共刺激ドメインとして用いられる対応の内因性NK活性化受容体又はリガンドの発現は、抑制され又はサイレンシングされる。好ましい一実施形態において、前記NK活性化受容体は2B4であり、前記NK活性化受容体のリガンドはCD155又はICAM3である。
一実施形態において、前記改変免疫細胞は、CD52、GR、dCK、TCR/CD3遺伝子(例えばTRAC、TRBC、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ)と、MHC関連遺伝子(HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、HLA-DPA、HLA-DQ、HLA-DRA、TAP1、TAP2、LMP2、LMP7、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITA)と、例えばPD1、LAG3、TIM3、CTLA4、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、PDCD1、HAVCR2、BTLA、CD160、TIGIT、CD96、CRTAM、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、FAS、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT、FOXP3、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2及びGUCY1B3等の免疫チェックポイント遺伝子と、から選択される少なくとも1種類をさらに含む遺伝子の発現が抑制され又はサイレンシングされる。好ましくは、前記改変免疫細胞は、TRAC、TRBC、HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITA、PD1、LAG3、TIM3、CTLA4から選択される少なくとも1種類をさらに含む遺伝子の発現が抑制され又はサイレンシングされる。
一実施形態において、前記改変免疫細胞は、T細胞、マクロファージ、樹状細胞、単核細胞、NK細胞又はNKT細胞から選択される。好ましくは、前記T細胞は、CD4+/CD8+T細胞、CD4+ヘルパーT細胞、CD8+T細胞、腫瘍浸潤細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、γδ-T細胞又はαβ-T細胞である。一実施形態において、免疫細胞は、例えば成体幹細胞、胚性幹細胞、臍帯血幹細胞、前駆細胞、骨髄幹細胞、人工多能性幹細胞、全能性幹細胞、または造血幹細胞等の幹細胞から派生される。
一実施形態において、本発明は、本発明に記載の改変免疫細胞、核酸分子又はベクターと、多種薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物をさらに提供する。
第3態様で、本発明は、被験者に対して本発明に記載の免疫細胞又は医薬組成物を有効量だけ投与することを含む癌、感染症又は自己免疫疾患を有する前記被験者を治療する方法を更に提供する。
一実施形態において、本発明は、癌、感染又は自己免疫疾患を治療する薬の調製における、本発明による新規キメラ抗原受容体、核酸分子、ベクター、改変免疫細胞又は医薬組成物の使用をさらに提供する。
本発明のキメラ抗原受容体のメリットとしては、(1)NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを追加の共刺激ドメインとして提供するが、単一の従来の共刺激ドメイン、例えばCD28又は4-1BBに比べると、より強い活性化能力を有し、CAR細胞の殺傷能力を向上させること、(2)汎用型CAR細胞の場合に、ホストNK細胞による外因性CAR細胞への殺傷を抑制するために、CAR細胞における内因性NK活性化受容体又はそのリガンドの発現を抑制し又はサイレンシングさせる可能性があり、このような場合に、CARには対応する抑制され又はサイレンシングされたNK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインが共刺激ドメインとして含まれると、CAR細胞の殺傷活性を顕著に向上させることができることにある。
発明の内容
別段の指定がない限り、本明細書で使用されるすべての科学用語および技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
キメラ抗原受容体
本明細書で使用されるように、「キメラ抗原受容体」又は「CAR」という用語とは、人工的に構築されたハイブリッドペプチドを指し、このハイブリッドペプチドは一般的にリガンド結合ドメイン(例えば抗体又はその抗原結合部分)、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含み、各ドメインの間にリンカーにより連結される。CARは、抗体の抗原結合特性を用いてMHC制限なしにT細胞と他の免疫細胞の特異性及び反応性を選択されたターゲットに新たにリダイレクトすることができる。非MHC制限抗原認識は、CARを発現する免疫細胞に抗原処理に関連しない抗原認識能力を付与するため、腫瘍逃避の主要なメカニズムを迂回する。
第1態様で、本発明は、リガンド結合ドメインと、膜貫通ドメインと、NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを含む共刺激ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインと、を含むキメラ抗原受容体を提供する。
共刺激ドメインは、共刺激分子からの細胞内機能性シグナル伝達ドメインであり、前記共刺激分子の細胞内ドメインの全体、又はその機能断片を含む。「共刺激分子」とは、T細胞において共刺激リガンドに特異的に結合されることによって、T細胞の共刺激反応(例えば増殖)を仲介する同源結合配偶体を指す。従来のキメラ抗原受容体は、CD28又は4-1BBの細胞内ドメインを共刺激ドメインとして使用する。本発明のキメラ抗原受容体は、新規共刺激ドメインであるNK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを含む。本発明は、NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインが新規共刺激ドメインとして加入されると、CAR細胞による標的細胞への殺傷活性を顕著に増加し、特に対応の内因性NK活性化受容体又はそのリガンドのCAR細胞内における発現が抑制され又はサイレンシングされた場合にそうであることを見出した。
本明細書で使用される「NK活性化受容体」という用語とは、通常、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(Immunoreceptor tyrosine-based activation motif,ITAM)を有し、或いはNK細胞活性を活性化できるNK細胞表面受容体を指す。「NK活性化受容体のリガンド」或いは「NK活性化リガンド」とは、NK活性化受容体に結合される分子を指す。NK活性化受容体の主要機能としては、NK細胞を活性化し、細胞毒性作用を発揮させサイトカインを放出させることである。NK細胞は、活性化受容体と抑制性受容体との間のバランスによって活性化状態を調整する。一般な場合には、NK抑制性受容体は、シグナル伝達バランスにおいて支配的な役割を果たし、NK細胞の活性を抑制することによって、自体細胞の殺傷を回避する。しかし、MHC―Iクラス分子の発現の異常時に、例えば人為的に抑制され又はノックアウトされた場合に、NK活性化受容体が主導し、NK細胞がこのようなMHC-Iの発現が異常である細胞を「非自己」として認識して殺傷する。
一実施形態において、NK活性化受容体は2B4である。2B4は、CD244とも呼ばられ、膜タンパク質であり、NK細胞、CD8+T細胞、単核細胞及び顆粒細胞の表面に広く発現される。2B4の細胞外領域は、1つのV型免疫グロブリンドメインと1つのC2型免疫グロブリン様ドメインを有するが、膜貫通領域には任意の荷電アミノ酸が含有されず、細胞内ドメインには免疫受容体チロシンスイッチモチーフ(Immunoreceptor tyrosine-based inhibitory switch motif,ITSM)が含有され、このモチーフは、アダプタータンパク質SAP、EAT-2、DRTなどの細胞質SH2領域によって認識されることができる。2B4架橋によっては、ITSMのチロシンをリン酸化し、アダプタータンパク質を募集し、2B4とSAPによって形成された複合体はNK細胞を活性化できる。2B4は独立した受容体ではなく、NK細胞の共刺激受容体として、その起動が他のNCR受容体との協力に依存している。2B4のリガンドはCD48であり、造血細胞株および一部のBリンパ球に高度に発現される。故に、一実施形態において、NK活性化受容体のリガンドはCD48である。
一実施形態において、NK活性化受容体はDNAM-1である。DNAM-1は、CD226とも呼ばれ、NK細胞が機能を発揮するように起動する主要な共刺激受容体である。DNAM-1は、2つの免疫グロブリンV様ドメインの細胞外領域、1つの膜貫通領域、及びチロシンとセリン残基の潜在的なリン酸化部位を含む細胞質領域を含む。DNAM-1は、T細胞、NK細胞、NKT細胞、単核細胞、顆粒細胞及び血小板を含む様々な血液細胞に発現される。DNAM-1はCD155とCD112との共通受容体である。CD112は、単純ヘルペスウイルス受容体であり、ヒトネクチン(nectin)ファミリーに属し、Ca2+非依存性IgSF接着分子であり、そのファミリーメンバー間に同源又は異源の形式で互いに作用し、細胞間接着を引き起こす。CD155は、nectin構造と類似し、ポリオウイルス受容体(Polyclonal Antibody to Poliovirus Receptor,PVR)とも呼ばられる。故に、一実施形態において、NK活性化受容体のリガンドはCD112及びCD155から選択される。
一実施形態において、NK活性化受容体はLFA-1である。LFA-1は、αサブユニット(CD11a)及びβサブユニット(CD18)という2本のポリペプチド鎖が非共有結合によって連結されたものである。LFA-1のリガンドは、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであるICAM1、ICAM2及びICAM3を含み、それらが細胞間の接着分子であり、損傷部位の上皮細胞への白血球の局在化および接着において重要な役割を果たす。ICAM1は、例えばリンパ球、内皮細胞、単核細胞、腫瘍細胞などの様々な細胞に発現され、且つサイトカインの誘導調整を受けることができる。ICAM2は、白血球、内皮細胞及び血小板に発現されることができるが、ICAM3は白血球のみに発現され、この両者は、サイトカインの誘導調整を受けない。この三種類のリガンドはそれぞれLFA-1のαサブユニット内の異なる領域に結合される。ICAM分子とLFA-1との間の相互結合は、細胞傷害性T細胞及びNK細胞の仲介する免疫殺傷へ所要の共刺激シグナルを提供して、免疫反応を活性化する。研究によると、ICAM1は、NKG2Dが仲介するNK細胞による結腸直腸癌細胞への殺傷作用を増強することができると表明される。故に、一実施形態において、NK活性化受容体のリガンドはICAM1、ICAM2及びICAM3から選択される。
一実施形態において、2B4、CD48、DNAM-1、CD112、CD155、LFA-1、ICAM1、ICAM2又はICAM3などのタンパク質から選択されるもの、より好ましくは2B4、CD155及びICAM3の細胞内ドメインは、本発明のキメラ抗原受容体の共刺激ドメインとして用いられてもい。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体は2B4の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含み、配列番号31で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は、配列番号32で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体はCD155の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含み、配列番号29で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は、配列番号30で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体はICAM3の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含み、配列番号27で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は、配列番号28で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体は、他の既知のNK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含んでもよく、このような実例は、例えばNKG2C、NKG2E、NKG2D、NKG2F、NKG2HのようなNKG2ファミリータンパク質と、例えばHLA-E、Qa1b、MICA、MICB、ULBP1、ULBP2、ULBP3、ULBP4、ULBP5、ULBP6、Rae-1、H60、MULT1等のようなNKG2ファミリータンパク質に結合されるリガンドと、例えばNKp30、NKp44、NKp46又はNKp80のような天然細胞毒性受容体(Natural cytotoxicity receptors,NCR)ファミリーと、例えばB7-H6、BAG6、PfEMP1、HSPGS、AICLのような天然細胞毒性受容体に結合されるリガンドと、例えばKIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、KIR3DS1等のようなKIR-Sファミリーに結合されるリガンドと、例えばCD2のようなコアクチベーター受容体と、例えばCD58、CD59のようなコアクチベーター受容体に結合されるリガンドと、例えばSTAT1、JAK1、IFNGR2、JAK2、IFNGR1等のようなIFNγシグナル伝達経路関連分子と、を含むが、それらに限定されない。
本発明で提供されるNK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインは、共刺激ドメインとするほかに、本発明のキメラ抗原受容体は、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD8、CD27、CD28、CD30、CD40、CD83、CD134(OX40)、CD137(4-1BB)、CD270(HVEM)、CD272(BTLA)、CD276(B7-H3)、CD278(ICOS)、CD357(GITR)、DAP10、DAP12、LAT、NKG2C、SLP76、PD-1、LIGHT、TRIM、CD94、LTB又はZAP70、好ましくは4-1BB、CD28、CD27、OX40又はその組み合わせ、より好ましくは4-1BB、CD28などのタンパク質の細胞内ドメインから選択される1つ以上の追加の共刺激ドメインを含んでもよい。一実施形態において、本発明のCARは、2B4の細胞内ドメイン及び4-1BBの細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明のCARは、CD155の細胞内ドメイン及び4-1BBの細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明のCARは、ICAM3の細胞内ドメイン及び4-1BBの細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明のCARは、2B4の細胞内ドメイン及びCD28の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明のCARは、CD155の細胞内ドメイン及びCD28の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明のCARは、ICAM3の細胞内ドメイン及びCD28の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。
共刺激ドメインである4-1BB及びCD28の細胞内ドメインは、当業者によって知られている。例えば、4-1BBの細胞内ドメインは、配列番号9で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は配列番号10で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。CD28の細胞内ドメインは、配列番号7で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は配列番号8で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
本明細書で使用されるように、「リガンド結合ドメイン」とは、リガンド(例えば抗原)に結合可能な任意の構成又はその機能性バリアントを指す。リガンド結合ドメインは抗体構造であってもよく、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、リコンビナント抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ネズミ抗体、キメラ抗体及びその抗原結合断片を含むが、それらに限定されない。例えば、リガンド結合ドメインは、免疫グロブリン分子、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv断片、scFv、ジスルフィド連結Fv(scFv)、抗体の重鎖可変領域(VH)又は軽鎖可変領域(VL)、直線状抗体、重鎖抗体、シングルドメイン抗体(Single domain antibody,sdAb)、ナノ抗体(Nanobody,Nb)、組換えフィブロネクチンドメイン、anticalin及びDARPIN等を含むが、それらに限定されなく、好ましくは免疫グロブリン分子、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv断片、scFv、直線状抗体、重鎖抗体、sdAb及びナノ抗体から選択され、より好ましくはFab、Fab’、F(ab’)2、scFv、重鎖抗体、sdAb及びナノ抗体から選択される。本発明で、リガンド結合ドメインは、単価又は二価であってもよいし、単一特異性、二重特異性または多重特異性抗体であってもよい。「Fab」とは、免疫グロブリン分子がパパインによって分解されて生じた2つの同一断片のうちのいずれか1つであり、ジスルフィドにより連結された完全軽鎖及び重鎖N端部分からなり、重鎖N端部分が重鎖可変領域及びCH1を含む。完全のIgGに比べると、FabはFc断片を有せず、流動性及び組織浸透能力が高く、且つ抗体効果を仲介せずに抗原に単価で結合されることができる。
「単鎖抗体」又は「scFv」は、抗体重鎖可変領域(VH)と軽鎖可変領域(VL)とがリンカーにより連結された抗体である。リンカーの最適長さ及び/又はアミノ酸組成を選択することができる。リンカーの長さは、scFvの可変領域の折り畳み及び相互作用の状況に明らかに影響をもたらす。実際に、短いリンカー(例えば5~10個のアミノ酸にある)を使用すると、鎖内折り畳みを防止することができる。リンカーの大きさ及び組成の選択について、例えば、Hollinger等,1993Proc Natl Acad.Sci.U.S.A.90:6444-6448、アメリカ専利出願公報番号2005/0100543、2005/0175606、2007/0014794、及びPCT公報番号WO2006/020258及びWO2007/024715を参照し、その全文が引用されて本明細書に合併する。scFvは、例えばVH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHのような、任意の順序で連結されるVH及びVLを含んでもよい。
「重鎖抗体」とは、軽鎖が自然に欠損している抗体を指し、この抗体は1つの重鎖可変領域と、従来のCH2およびCH3領域を含み、主にラクダ科で存在する。近年、軟骨魚において軽鎖又は他のタンパク質分子を含まない重鎖抗体に類似する抗原受容体(new or nurse shark antigen receptor,NAR)が発見された。NAR分子は、膜貫通および分泌方式でIgサブタイプと同様の機能特性を持つため、免疫グロブリンネオアンチゲン受容体(Ig new antigen receptor,IgNAR)とも呼ばられる。
「シングルドメイン抗体」又は「sdAb」とは、軽鎖抗体可変領域又は重鎖抗体可変領域のみからなる遺伝子改変抗体を指す。ラクダ科において発見されたsdAbは重鎖抗体可変領域のみを含み、VHH又は「ナノ抗体」と呼ばられ、元の重鎖抗体に相当する構造安定性、及び抗原との結合活性を有し、ターゲット抗原に結合可能な現在既知の最小単位である。基本のVHHは、N端からC端にかけて、FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4という構造を有し、CDRが相補性決定領域、FRがフレームワーク領域を指す。
「機能性バリアント」又は「機能性断片」という用語は、基本的に親アミノ酸配列を含むが、この親アミノ酸配列に比べて少なくとも1つのアミノ酸修飾(置換、欠失、挿入など)のバリアントを含有し、条件として前記バリアントが親アミノ酸配列の生物活性を保留することである。例えば、抗体について、その機能断片はその抗原結合部分である。一実施形態において、前記アミノ酸修飾は、保守的な修飾が好ましい。
本明細書で使用されるように、「保守的な修飾」という用語は、当該アミノ酸配列を含有する抗体又は抗体断片の結合特徴を明らかに影響又は変更しないアミノ酸修飾を指す。これらの保守的な修飾はアミノ酸置換、添加及び欠失を含む。修飾は、当分野での既知の標準技術、例えば部位特異的変異導入及びPCR仲介による変異導入により、本発明のキメラ抗原受容体に導入される。保守的なアミノ酸置換は、アミノ酸残基は、類似する側鎖を有するアミノ酸残基に置換えられることである。類似する側鎖を有するアミノ酸残基ファミリーは当分野で定義され、塩基性側鎖(例えばリジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えばアスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えばグリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えばアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、ホルマジンチオニン、トリプトファン)、β-分岐側鎖(例えばスレオニン、バリン、イソロイシン)及び芳香族側鎖(例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含む。保守的な修飾は、例えば極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性及び/又は係わる残基の両親媒性の類似性に応じて選択されてもよい。
従って、「機能性バリアント」又は「機能性断片」は、親アミノ酸配列に少なくとも75%、好ましくは少なくとも76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有し、且つ親アミノ酸の生物活性、例えば結合活性を保留する。
本明細書で使用されるように、「配列同一性」という用語は、2つの(ヌクレオチド又はアミノ酸)配列が比較において同一位置で同じ残基を有する程度を表し、且つ一般的にパーセンテージとして表される。好ましくは、同一性は、比較される配列の全体長さで決められる。従って、完全に同じ配列を有する2つのコピーは、100%の同一性を有する。当業者は、いくつかのアルゴリズムが標準パラメータを用いて配列同一性を特定することに用いられてもよく、例えばBlast(Altschul等(1997)Nucleic Acids Res.25:3389-3402)、Blast2(Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410)、Smith-Waterman(Smith等(1981)J.Mol.Biol.147:195-197)及びClustalWであると認識している。
リガンド結合ドメインの選択は、認識対象である具体的な疾患状態に関する標的細胞における細胞表面マーカー、例えば腫瘍特異的抗原又は腫瘍関連抗原によって決められる。従って、一実施形態において、本発明のリガンド結合ドメインは、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD14、CD15、CD46、CD70、TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、メソテリン、IL-l lRa、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、Folate受容体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-I受容体、CAIX、LMP2、gplOO、bcr-abl、チロシナーゼ、EphA2、Fucosyl GMl、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o-アセチル-GD2、Folate受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-la、MAGE-A1、ポッドプロテイン、HPV E6、E7、MAGE Al、ETV6-AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos関連抗原1、p53、p53変異体、前立腺特異的タンパク質、サバイビン及びテロメラーゼ、PCTA-l/Galectin 8、MelanA/MARTl、Ras変異体、hTERT、肉腫転座ブレークポイント、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、Cyclin Bl、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B 1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES 1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、腸内カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、IGLL1、PD1、PDL1、PDL2、TGFβ、APRIL、Claudin18.2、NKG2D、NKG2Dリガンド、及び/又は病原体特異抗原、ビオチン化分子、HIV、HCV、HBV及び/又は他の病原体によって発現される分子、並びに/或いはネオエピトープ又はネオ抗原から選択される1つ又は複数のターゲットに結合される。好ましくは、前記ターゲットは、CD7、CD19、CD20、CD22、BAFF-R、CD33、EGFRvIII、BCMA、GPRC5D、PSMA、ROR1、FAP、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、CAIX、WT1、NY-ESO-1、CD79a、CD79b、GPC3、Claudin18.2、NKG2D及びそれらの任意の組み合わせから選択される。ターゲティング対象である抗原により、本発明のCARは、この抗原に対して特異性を有するリガンド結合ドメインを含むように設計されてもよい。例えば、CD19がターゲティング対象である抗原であれば、CD19抗体は本発明のリガンド結合ドメインとして用いられることができる。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体は、CD19を標的にする。故に、好ましい一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体は、(i)それぞれ配列番号33、34及び35で示されるCDR-L1、CDR-L2及びCDR-L3と、配列番号36、37及び38で示されるCDR-H1、CDR-H2及びCDR-H3と、を含み、又は(ii)それぞれ配列番号39、40及び41で示されるCDR-L1、CDR-L2及びCDR-L3と、配列番号42、43及び44で示されるCDR-H1、CDR-H2及びCDR-H3と、を含む抗CD19抗体を含む。好ましくは、前記抗CD19抗体は、配列番号1の1-107位又は配列番号25の1-107位で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%、99%又は100%の配列同一性を有する軽鎖可変領域配列と、配列番号1の123-242位又は配列番号25の123-238位で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%、99%又は100%の配列同一性を有する重鎖可変領域配列と、含む。
本明細書で使用されるように、「膜貫通ドメイン」という用語は、キメラ抗原受容体を免疫細胞(例えばリンパ球、NK細胞又はNKT細胞)表面に発現させ、且つ免疫細胞の標的細胞に対する細胞応答をガイドするペプチド構造を指す。膜貫通ドメインは、天然又は合成のものであってもよいし、任意の膜結合タンパク質又は膜貫通タンパク質に由来してもよい。キメラ抗原受容体と標的抗原とが結合する場合に、膜貫通ドメインはシグナル伝達を行うことができる。特に本発明における膜貫通ドメインに適用され、例えばTCRα鎖、TCRβ鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、CD3ζサブユニット、CD3εサブユニット、CD3γサブユニット、CD3δサブユニット、CD45、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD33、CD28、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154及びその機能性断片に由来してもよい。或いは、膜貫通ドメインは合成したものであってもよく、且つ主に疎水性残基、例えばロイシンとバリンを含んでもよい。好ましくは、前記膜貫通ドメインは、CD8α鎖又はCD28に由来し、配列番号3又は5で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は配列番号4又は6で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体は、リガンド結合ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置するヒンジ領域を含んでもよい。本明細書で使用されるように、「ヒンジ領域」という用語は、一般的に膜貫通ドメインをリガンド結合ドメインに連結するように機能する任意のオリゴペプチドまたはポリペプチドを指す。具体的には、ヒンジ領域は、リガンド結合ドメインに対してより高い柔軟性とアクセス性を提供するように用いられる。ヒンジ領域は、最大300個のアミノ酸、好ましくは10~100個のアミノ酸、最も好ましくは25~50個のアミノ酸を含んでもよい。ヒンジ領域は、全部又は一部が天然分子に由来し、例えば全部又は一部がCD8、CD4又はCD28の細胞外領域に由来し、又は全部又は一部が抗体定常領域に由来してもよい。或いは、ヒンジ領域は、自然に発生するヒンジ配列に対応する合成配列であってもよいし、又は完全に合成したヒンジ配列であってもよい。好ましい実施形態において、前記ヒンジ領域は、CD8α鎖、FcγRIIIα受容体、CD28、IgG4又はIgG1のヒンジ領域部分を含み、より好ましくはCD8α、CD28又はIgG4からのヒンジであり、配列番号19、21又は23で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、或いは、そのコード配列は配列番号20、22又は24で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
本明細書で使用されるように、「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語とは、エフェクター機能シグナルを形質導入し、細胞が所定機能を行うように指導するタンパク質部分を指し、一次シグナル伝達ドメインとも呼ばられる。細胞内シグナル伝達ドメインは、リガンド結合ドメインが抗原に結合された細胞内シグナル伝達を担うことによって、免疫細胞及び免疫反応の活性化を招く。言い換えると、細胞内シグナル伝達ドメインは、CARを発現する免疫細胞の正常のエフェクター機能の少なくとも1種類を担う。例えば、T細胞のエフェクター機能は、細胞溶解活性又はヘルパー活性であってもよく、サイトカインの分泌を含む。
一実施形態において、本発明のキメラ抗原受容体に含まれる細胞内シグナル伝達ドメインは、抗原受容体結合後に一緒に機能してシグナル伝達を誘導するT細胞受容体及び共刺激受容体の細胞質配列と、これらの配列の任意のデリバティブ又はバリアントと、同一又は類似の機能を有する任意の合成配列であってもよい。細胞内シグナル伝達ドメインは、沢山の免疫受容体チロシン活性化モチーフ(Immunoreceptor Tyrosine-based Activation Motifs,ITAM)を含んでもよい。本発明の細胞内シグナル伝達ドメインの非限定的な例は、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b及びCD66dなどの細胞内ドメインを含むが、それらに限定されない。好ましい実施形態において、本発明のCARのシグナル伝達ドメインは、CD3ζの細胞内ドメインを含んでもよく、配列番号11又は13で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又はそのコード配列は、配列番号12又は14で示されるヌクレオチド配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、共刺激ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインは、任意の順序で操作可能に連結されてもよい。例えば、共刺激ドメインが近位端に位置し、細胞内シグナル伝達ドメインが遠位端に位置するようにしてもよいし、或いは、共刺激ドメインが遠位端に位置し、細胞内シグナル伝達ドメインが近位端に位置するようにしてもよい。2つ以上の共刺激ドメインを含む場合に、共刺激ドメインは細胞内シグナル伝達ドメインの一側又は両側に位置してもよい。
一実施形態において、本発明のCARは、細胞、例えばT細胞で発現される場合に、新生タンパク質が小胞体まで導入されてから細胞表面まで導入されるように、シグナルペプチドを含んでもよい。シグナルペプチドのコアは、長い疎水性アミノ酸セグメントを含んでもよく、単一のα-螺旋を形成する傾向がある。シグナルペプチドの末端には、一般的にシグナルペプチダーゼによって認識、カットされたアミノ酸セグメントがある。シグナルペプチダーゼは、移行中又は完成後にカットされ、遊離シグナルペプチド及び成熟タンパク質が生成する。その後、遊離シグナルペプチドは特定のプロテアーゼに消化される。本発明に適用可能なシグナルペプチドは、当業者によって周知されるものであり、例えばCD8α、IgG1、GM-CSFRα、B2M等から派生されるシグナルペプチドである。一実施形態において、本発明に適用可能なシグナルペプチドは、配列番号15又は17で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、又は当該シグナルペプチドのコード配列は、配列番号16又は18で示されるアミノ酸配列に少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する。
一実施形態において、本発明のCARは、CARの発現時間をコントロールするようにスイッチ構造をさらに含んでもよい。例えば、スイッチ構造は、二量体化ドメインの形式であってもよく、その対応するリガンドとの結合によりコンフォメーションの変化を引き起こし、細胞外結合ドメインを露出させることにより、それをターゲティング対象抗原に結合させてシグナル伝達通路を活性化する。或いは、スイッチドメインにより結合ドメインとシグナル伝達ドメインをそれぞれ連結し、スイッチドメインが互いに結合される(例えば誘導化合物の存在で)場合のみに、結合ドメイン及びシグナル伝達ドメインは、二量体によって連結されてシグナル通路を活性化するようにしてもよい。スイッチ構造は、マスキングペプチドの形式であってもよい。マスキングペプチドは、細胞外結合ドメインをマスクし、ターゲティング対象抗原との結合を阻止することができ、例えばプロテアーゼによってマスキングペプチドがカットされた後、細胞外結合ドメインを露出させて、1つの「通常」ののCAR構造とする。当業者の知っている様々なスイッチ構造はいずれも本発明に適用できる。
一実施形態において、本発明のCARは自殺遺伝子を含んでもよく、即ち、外因性物質によって誘導される1つの細胞死シグナルを発現させて需要時(例えば深刻な副作用を引き起こす時)にCAR細胞を除去する。例えば、自殺遺伝子は、插入されたエピトープの形式であってもよく、例えばCD20エピトープ、RQR8等であり、需要時に、これらのエピトープをターゲティングする抗体又は試薬を加入することでCAR細胞を除去することができる。自殺遺伝子は、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV-TK)であってもよく、この遺伝子は、細胞がガンシクロビルの治療を受けて誘導されて死亡するようにできる。自殺遺伝子はiCaspase-9であってもよく、例えばAP1903、AP20187等のような化学誘発剤によりiCaspase-9を二量体化させるように誘導して、下流のCaspase3分子を活性化し、アポトーシスを引き起こす。当業者の知っている様々な自殺遺伝子はいずれも本発明に適用できる。
核酸とベクター
本発明は、本発明のキメラ抗原受容体をコードする核酸配列を含む核酸分子をさらに提供する。本発明は、このような核酸分子を含むベクターを更に提供する。
本明細書で使用されるように、「核酸分子」という用語は、リボヌクレオチド及びデオキシリボヌクレオチドの配列、例えば修飾済又は未修飾のRNA又はDNA、それぞれが単鎖及び/又は双鎖の形式である直線状又は環状、又はそれらの混合物(ハイブリッド分子を含む)を含む。故に、本発明に係わる核酸は、DNA(例えばdsDNA、ssDNA、cDNA)、RNA(例えばdsRNA、ssRNA、mRNA、ivtRNA)、それらの組み合わせ又はデリバティブ(例えばPNA)を含む。好ましくは、前記核酸は、DNA又はRNA、より好ましくはmRNAである。
核酸は、通常のホスホジエステル結合又は非通常の結合(例えばアミド結合、ペプチド核酸(PNA)で発見されたもの)を含んでもよい。本発明の核酸は、例えばトリチル化塩基と珍しい塩基(例えばイノシン)のような1種類又は複数種類の修飾塩基を含んでもよい。化学、酵素又は代謝修飾を含む他の修飾も想到でき、本発明のマルチチェーンCARはポリヌクレオチドから発現されればいい。核酸は分離の形式で提供されてもよい。一実施形態において、核酸は、例えば転写制御要素(プロモーター、エンハンサー、オペレーター、リプレッサー、及び転写終結シグナルを含む)、リボソーム結合部位、イントロン等の調節配列を含んでもよい。
本発明の核酸配列に対してコドン最適化を行い、所要の宿主細胞(例えば免疫細胞)において最適な発現を行うことができ、或いは、細菌、酵母又は昆虫細胞での発現に用いられる。コドン最適化とは、対象配列に存在する所定の物種の高度発現の遺伝子において一般的に珍しいコドンを、このような物種の高度発現の遺伝子において一般的に普通のコドンに置き換え、置換前後のコドンコードが同一であるアミノ酸を指す。従って、最適なコドンの選択は、宿主ゲノムのコドン使用バイアスに決められる。
本明細書で使用されるように、「ベクター」という用語は、(外因性)の遺伝子材料を宿主細胞に転移するためのメディエーター核酸分子であり、この宿主細胞において前記核酸分子は、例えばコピーされ、且つ/又は発現されてもよい。
ベクターは一般的にターゲティングベクターと発現ベクターを含む。「ターゲティングベクター」は、例えば同源リコンビナントにより又は特異的標的部位での配列のハイブリッドリコンビナーゼを用いて分離した核酸を細胞内部まで送達する媒体である。「発現ベクター」は、異種核酸配列(例えば、本発明のキメラ抗原受容体ペプチドをコードするそれらの配列)の適合な宿主細胞での転写及びそれらのmRNAの翻訳に用いられるベクターである。本発明に適用できる適当なベクターは当分野で既知されるものであり、たくさん購買され取得されることができる。一実施形態において、本発明のベクターは、プラスミド、例えばレトロウィルス、レンチウィルス、アデノウィルス、ワクシニアウィルス、ラウス肉腫ウィルス(RSV)のようなウィルス、ポリオーマウィルス及びアデノ随伴ウィルス(AAV)等、ファージ、ファージミド、コスミド及び人工染色体(BACとYACを含む)を含むが、それらに限定されない。ベクター自身は一般的にヌクレオチド配列であり、一般的に挿入物(遺伝子導入)を含むDNA配列と、ベクターの「スケルトン」である大きい配列である。改変ベクターには、一般的に宿主細胞での自己複製の起源(ポリヌクレオチドの安定的発現の必要があれば)、選択マーカー及び制限酵素切断部位(例えばマルチクローニングサイト,MCS)も含む。ベクターは、プロモーター、ポリAテール(polyA)、3’UTR、エンハンサー、ターミネーター、インシュレーター、オペレーター、選択マーカー、レポーター遺伝子、ターゲティング配列及び/又はタンパク質精製タグ等のエレメントをさらに含んでもよい。具体的な一実施形態で、前記ベクターは、インビトロ転写のベクターである。
改変免疫細胞
本発明は、本発明のキメラ抗原受容体、核酸分子又はベクターを含む改変免疫細胞を提供する。
本明細書で使用されるように、「免疫細胞」という用語とは、1種類又は多種のエフェクター機能(例えば、細胞傷害性細胞の活性への殺傷、サイトカインの分泌、ADCC及び/又はCDCの誘導)を有する免疫システムの任意の細胞を指す。例えば、免疫細胞は、T細胞、マクロファージ、樹状細胞、単核細胞、NK細胞及び/又はNKT細胞である。一実施形態において、免疫細胞は、例えば成体幹細胞、胚性幹細胞、臍帯血幹細胞、前駆細胞、骨髄幹細胞、人工多能性幹細胞、全能性幹細胞、または造血幹細胞等の幹細胞から派生される。好ましくは、免疫細胞はT細胞である。T細胞は、任意のT細胞であってもよく、例えば原代T細胞のようなin vitroで培養されたT細胞、或いはJurkat、SupT1等のようなin vitroで培養されたT細胞株からのもの、又は被験者から取得されたT細胞である。被験者の実例は、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット及びそれらの遺伝子組み換え種を含む。T細胞は、末梢血単核細胞、骨髓、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位からの組織、腹水、胸水、脾臓組織、腫瘍の複数のソースから取得されることができる。T細胞は、濃縮され又は精製されてもよい。T細胞は、任意の発育段階にあってもよく、CD4+CD8+T細胞、CD4+ヘルパーT細胞(例えばTh1及びTh2細胞)、CD8+T細胞(例えば、細胞傷害性T細胞)、CD4-CD8-T細胞、腫瘍浸潤細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、γδ-T細胞、αβ-T細胞等を含むが、それらに限定されない。好ましい一実施形態において、免疫細胞は、ヒトT細胞である。当業者に既知される多種技術、例えばFicoll分離を用いて被験者の血液からT細胞を取得することができる。
当分野での既知の一般的な方法(例えば形質導入、トランスフェクション、形質転換等)を採用して、キメラ抗原受容体をコードする核酸配列及び任意の外因性遺伝子を免疫細胞に導入する。「トランスフェクション」は、核酸分子又はポリヌクレオチド(ベクターを含む)を標的細胞に導入するプロセスである。一例としては、RNAトランスフェクションであり、即ち、RNA(例えばインビトロ転写のRNA,ivtRNA)を宿主細胞に導入するプロセスである。この用語は、主に真核細胞での非ウイルスアプローチに用いられる。「形質導入」という用語は一般的にウィルスの仲介する核酸分子又はポリヌクレオチドの転移を説明するためのものである。動物細胞のトランスフェクションは、材料摂取を許容するように、一般的に細胞膜の一時的に開かれる孔または「穴」に係わる。リン酸カルシウムを用い、エレクトロポレーション、細胞押し出しにより、又カチオン性脂質と材料とを混合させて細胞膜に融合してそれらのキャリアを内部に沈着する脂質体が生成し、トランスフェクションを行うことができる。真核宿主細胞のトランスフェクションに用いる例示的技術は、脂質ベシクル媒介の取り込み、ヒートショック媒介の取り込み、リン酸カルシウム媒介のトランスフェクション(リン酸カルシウム/DNA共沈)、マイクロインジェクション及びエレクトロポレーションを含む。「形質転換」という用語は、核酸分子又はポリヌクレオチド(ベクターを含む)が細菌中、非動物真核細胞(植物細胞を含む)中の非ウィルスへも転移することを説明するためのものである。従って、形質転換は、細菌又は非動物真核細胞の遺伝子変更であり、細胞膜によりその周囲から直接的に取り込んでから外因性の遺伝子材料(核酸分子)に組み込んで生成される。形質転換は、人工手段により実現されてもよい。形質転換の発生のために、細胞又は細菌は有能な状態であればならない。原核形質転換について、技術は、ヒートショック媒介の取り込み、完全細胞の細菌プロトプラストとの融合、マイクロインジェクション及びエレクトロポレーションを含む。核酸又はベクターを免疫細胞に導入すると、当業者は、一般的な技術により取得した免疫細胞を増殖、活性化することができる。
一実施形態において、前記改変免疫細胞において、共刺激ドメインとして用いられる対応の内因性NK活性化受容体又はリガンドの発現は、抑制され又はサイレンシングされる。汎用型CAR細胞を調製して、移植片対宿主病のリスクを軽減する場合に、通常、CAR細胞における内因性MHC関連遺伝子、例えばHLA、B2M、CIITA、RFX5等をノックアウトすることによって、CAR細胞が受容体のT細胞から攻撃され、さらにCAR細胞の生存と有効性に影響することを回避する。しかしながら、あるNK抑制性受容体、例えばNKG2Aも、MHC関連遺伝子に結合される。このような結合によって、通常の状況下でNK細胞における抑制シグナルが支配的な地位を占め、細胞を「自己」として認識し、攻撃しないようになる。故に、CAR細胞における内因性MHC関連遺伝子の発現を抑制又はサイレンシングさせると、患者体内のNK細胞の抑制シグナルが解除され、活性化シグナルが支配的になるようにし、その結果、CAR細胞は患者体内のNK細胞によって「非自己」として認識され、殺傷する。このような場合に、NK細胞の活性化シグナルを減少し、in vivo でのNK細胞による外因性CAR細胞への殺傷を低減させるように、CAR細胞における内因性NK活性化受容体又はそのリガンドの発現を抑制又はサイレンシングさせる必要がある可能である。
発明者は初めて、NK活性化受容体又はそのリガンドの発現が抑制され又はサイレンシングされたCAR細胞において、対応する抑制され又はサイレンシングされたNK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインが共刺激ドメインとして含まれるのは、CAR細胞の殺傷活性を顕著に向上させることができ、NK活性化リガンドの発現が抑制され又はサイレンシングされたCAR細胞において、対応する抑制され又はサイレンシングされたNK活性化リガンド又はその受容体の細胞内ドメインが共刺激ドメインとして含まれるのは、CAR細胞の殺傷活性を顕著に向上させることができることを発見した。
故に、一実施形態において、本発明の改変免疫細胞の内因性NK活性化リガンドであるCD155の発現は、抑制され又はサイレンシングされ、かつその発現したキメラ抗原受容体は、CD155細胞内ドメイン又はCD155の受容体(例えばDNAM-1)の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明の改変免疫細胞の内因性NK活性化リガンドICAM3の発現は、抑制され又はサイレンシングされ、かつその発現したキメラ抗原受容体は、ICAM3の細胞内ドメイン又はICAM3の受容体(例えばLFA-1)の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。一実施形態において、本発明の改変免疫細胞の内因性NK活性化受容体である2B4の発現は、抑制され又はサイレンシングされ、かつその発現したキメラ抗原受容体は、2B4の細胞内ドメイン又は2B4のリガンド(例えばCD48)の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含む。
また、発明者は、NK活性化リガンド又はその受容体の発現を単独に抑制又はサイレンシングさせるのは、in vivo での改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)の増殖レベルを高めるとともにその耐久性を延ばして、腫瘍細胞への継続的な殺傷効果を向上させ、in vivo での腫瘍抑制効果を改善することができることを予想外に発見した。
故に、一実施形態において、本発明は、NK活性化受容体又はそのリガンドの発現が抑制され又はサイレンシングされ、前記NK活性化受容体が2B4、DNAM-1及びLFA-1から選択され、前記NK活性化受容体のリガンドがCD48、CD112、CD155、ICAM1、ICAM2及びICAM3から選択され、好ましくはCD48又はICAM3の発現が抑制され又はサイレンシングされる改変免疫細胞をさらに提供する。
好ましい一実施形態において、NK活性化リガンド又はその受容体の発現が抑制され又はサイレンシングされた改変免疫細胞は、キメラ抗原受容体又は組換えT細胞受容体をさらに発現する。より好ましくは、NK活性化リガンド又はその受容体の発現が抑制され又はサイレンシングされた改変免疫細胞は、リガンド結合ドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体をさらに発現し、前記共刺激ドメインは、CD27、CD28、CD134、CD137又はCD278のシグナル伝達ドメイン又はそれらの組み合わせから選択される。別の一実施形態において、NK活性化リガンド又はその受容体の発現が抑制され又はサイレンシングされた改変免疫細胞の発現したキメラ抗原受容体には、前記NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインが含まれない。
一実施形態において、移植片対宿主病のリスクを軽減するために、前記改変免疫細胞は、CD52、GR、dCK、TCR/CD3遺伝子(例えばTRAC、TRBC、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ)と、MHC関連遺伝子(HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、HLA-DPA、HLA-DQ、HLA-DRA、TAP1、TAP2、LMP2、LMP7、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITA)と、例えばPD1、LAG3、TIM3、CTLA4、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、PDCD1、HAVCR2、BTLA、CD160、TIGIT、CD96、CRTAM、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、FAS、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT、FOXP3、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2及びGUCY1B3等の免疫チェックポイント遺伝子と、から選択される少なくとも1種類をさらに含む遺伝子の発現が抑制され又はサイレンシングされる。好ましくは、前記改変免疫細胞は、TRAC、TRBC、HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITA、PD1、LAG3、TIM3、CTLA4、より好ましくは、TRAC、TRBC、HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITAから選択される少なくとも1種類をさらに含む遺伝子の発現が抑制され又はサイレンシングされる。
遺伝子発現を抑制し又は遺伝子をサイレンシングさせる方法は、当業者に周知される。例えば、アンチセンスRNA、RNAデコイ、RNAアプタマー、siRNA、shRNA/miRNA、トランスドミナントネガティブタンパク質(TNP)、キメラ/融合タンパク質、ケモカインリガンド、抗感染細胞タンパク質、細胞内抗体(sFv)、ヌクレオシド類似体(NRTI)、非ヌクレオシド類似体(NNRTI)、インテグラーゼ阻害剤(オリゴヌクレオチド、ジヌクレオチド及び化学剤)及びプロテアーゼ阻害剤を用いて遺伝子の発現を抑制することができる。また、例えば大範囲のヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALEヌクレアーゼ又はCRISPRシステムにおけるCas酵素によりDNAブレークを仲介して、遺伝子をサイレンシングさせることもできる。
医薬組成物
本発明は、活性剤として本発明に記載のキメラ抗原受容体、核酸分子、ベクター又は改変免疫細胞と、多種薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物とをさらに提供する。
本明細書で使用されるように、「薬学的に許容される賦形剤」という用語は、被験者および有効成分と薬理学的および/または生理学的に適合する(即ち、何らかの希望しない局部又は全身の作用を果たすことがなく、所要の治療効果を果たす)ベクター及び/又は賦形剤を指し、本分野で周知される(例えばRemington’s Pharmaceutical Sciences.Edited by Gennaro AR,19th ed.Pennsylvania:Mack Publishing Company,1995参照)。薬学的に許容される賦形剤の実例は、充填剤、結合剤、崩壊剤、コーティング剤、吸着剤、粘着防止剤、流動促進剤、酸化防止剤、香料、着色剤、甘味料、溶媒、共溶媒、緩衝剤、キレート剤、界面活性剤、希釈剤、湿潤剤、防腐剤、乳化剤、コーティング剤、等張剤、吸収遅延剤、安定剤および等張化剤を含むが、それらに限定されない。当業者は、適当な賦形剤を選択して本発明の所望の医薬組成物を調製することを知っている。本発明に用いる医薬組成物における例示的賦形剤は、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、及び水である。通常、適当な賦形剤の選択は、特に使用される活性剤、治療対象の疾患及び医薬組成物の所望の剤型によって決められる。
本発明に係わる医薬組成物は、複数の経路で投与される。一般的に、非経口で投与を完了する。非経口投与法は、局所、動脈内、筋肉内、皮下、髄内、くも膜下腔内、心室内、静脈内、腹腔内、子宮内、膣内、舌下、または鼻腔内で投与することを含む。
本発明の医薬組成物は、例えば固体、液体、気体、凍結乾燥形態等の各種形式で調製されることができ、特に軟膏、クリーム、経皮パッチ、ゲル、粉末、錠剤、溶液、エアゾール、顆粒、丸剤、懸濁液、乳液、カプセル、シロップ、エリキシル剤、エキス剤、チンキ剤、液体エキス剤抽出物の形態であってもよく、或いは、特に所要の施用方法に適用する形態である。本発明で既知の薬を製造するプロセスは、例えば、ルーチンの混合、溶解、造粒、糖衣製造、製粉、乳化、カプセル化、封入または凍結乾燥のプロセスを含んでもよい。例えば本明細書に記載の免疫細胞を含む医薬組成物は一般的に溶液の形態で提供され、且つ好ましくは薬学的に許容される緩衝剤を含む。
本発明に係わる医薬組成物は、治療及び/又は治療対象の疾患の予防に適用する1種類又は多種の他の薬剤と組み合わせて投与されることもできる。組み合わせに適用する薬剤の好ましい実例は、例えばシスプラチン、メイタンシン誘導体、ラチェルマイシン(rachelmycin)、カリケアマイシン(calicheamicin)、ドセタキセル、エトポシド、ゲムシタビン、イホスファミド、イリノテカン、メルファラン、ミトキサントロン、ソルフィマーポルフィリンナトリウムII(sorfimer sodiumphotofrin II)、テモゾロミド、トポテカン、グルクロン酸トリメトレキサート(trimetreate glucuronate)、アウリスタチンE(auristatin E)、ビンクリスチン及びアドリアマイシン等の既知の抗癌薬と、例えばリシン、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素A、DNA酵素及びRNA酵素等のペプチド細胞毒素と、例えばヨウ素131、レニウム186、インジウム111、イリジウム90、ビスマス210及び213、アクチニウム225及びアスタチン213等の放射性核種と、例えば抗体指向性酵素プロドラッグのプロドラッグと、例えば血小板因子4、黒色腫増殖刺激タンパク質等の免疫刺激剤と、例えば抗CD3抗体又はその断片のような抗体又はその断片と、補体活化剤と、ヘテロタンパク質ドメインと、ホモタンパク質ドメインと、ウイルス/細菌タンパク質ドメインと、ウィルス/細菌ペプチドと、を含む。また、本発明の医薬組成物は、例えば化学療法、放射線療法等の他の1種類又は多種の治療方法と組み合わせて使用されてもよい。
治療への応用
本発明は、被験者に対して本発明に記載の免疫細胞又は医薬組成物を有効量だけ投与することを含む癌、感染症または自己免疫疾患を有する前記被験者を治療する方法を更に提供する。従って、本発明は、癌、感染又は自己免疫疾患を治療する薬の調製における、前記キメラ抗原受容体、核酸分子、ベクター、改変免疫細胞及び医薬組成物の使用を更にカバーする。
一実施形態において、被験者に対して有效量の本発明の免疫細胞及び/又は医薬組成物を直接的に投与する。
別の一実施形態において、本発明の治療方法は、生体外治療である。具体的には、この方法は、(a)免疫細胞を含むサンプルを提供するステップと、(b)in vitroで、本発明のキメラ抗原受容体及び外因性遺伝子(存在する場合)を前記免疫細胞に導入し、前記免疫細胞における特定の遺伝子の発現を任意選択的に抑制又はサイレンシングさせ(需要の場合)、修飾された免疫細胞を取得するステップと、(c)前記修飾された免疫細胞を、それを必要とする被験者に投与するステップと、を含む。好ましくは、ステップ(a)で提供される免疫細胞は、マクロファージ、樹状細胞、単核細胞、T細胞、NK細胞及び/又はNKT細胞から選択され、且つ前記免疫細胞は、当分野での既知の一般的方法で被験者のサンプル(特に血液サンプル)から取得されることができる。しかし、本発明のキメラ抗原受容体を発現し、本明細書に記載の所要の生物効果機能を発揮することができる他の免疫細胞を使用してもよい。また、一般的に選択された免疫細胞は、被験者の免疫システムに適合し、即ち好ましくは前記免疫細胞は免疫原性応答を誘発しない。例えば、「ユニバーサル受容細胞」、即ち所要の生物効果機能を発揮する普遍的に適合する生体外培養及び増殖によるリンパ球を使用してもよい。このような細胞の使用は、被験者自身のリンパ球を取得、且つ/又は提供する必要がなくなる。ステップ(c)の生体外導入は、エレクトロポレーションを介して本明細書に記載の核酸又はベクターを免疫細胞に導入し、又はウィルスベクターにより免疫細胞を感染することによって実施されることができ、前記ウィルスベクターは、上記したレンチウィルスベクター、アデノウィルスベクター、アデノ随伴ウィルスベクター又はレトロウィルスベクターである。想到できる他の方法は、トランスフェクション試剤(例えば脂質体)又は一過性RNAトランスフェクションの使用を含む。
一実施形態において、前記免疫細胞は、自家又は同種異系の細胞であり、好ましくはT細胞、マクロファージ、樹状細胞、単核細胞、NK細胞及び/又はNKT細胞、より好ましくはT細胞、NK細胞又はNKT細胞である。
本明細書で使用されるように、「自家」という用語とは、個体に由来する任意の材料が後に当該同一個体に再びに導入されるという意味である。
本明細書で使用されるように、「同種異系」という用語は、任意の材料が当該材料に導入された個体と同一物種の異なる動物又は異なる患者に由来するという意味である。1つ又は複数の遺伝子座の所在する遺伝子が異なる場合に、2つ又はより多い個体が互い同種異系のものであると認定される。いくつかの場合に、同一物種のそれぞれの個体の同種異系材料の遺伝子における相違によっては、抗原相互作用が発生する可能性が高い。
本明細書で使用されるように、「被験者」という用語は、哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、人間以外の霊長類動物、マウス、ラット、犬、猫、馬又は牛であってもよいが、これらの実例に限定されない。人間以外の哺乳動物は、癌動物モデルを代表する被験者として有利的に用いられる。好ましくは、前記被験者はヒトである。
一実施形態において、前記癌は、脳神経膠腫、芽細胞腫、肉腫、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳・中枢神経癌、乳癌、腹膜癌、子宮頸癌、絨毛癌、結腸・直腸癌、結合組織癌、消化器系癌、子宮内膜癌、食道癌、眼癌、頭頸部癌、胃癌(胃腸癌を含む)、神経膠芽腫(GBM)、肝臓癌、肝細胞腫、上皮内腫瘍、腎臓癌、喉頭癌、肝臓腫瘍、肺癌(例えば小細胞肺癌、非小細胞肺癌、腺癌及び扁平上皮癌)、黒色腫、骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌(例えば唇、舌、口及び咽頭)、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、中皮腫、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、直腸癌、呼吸器系癌、唾液腺癌、皮膚癌、扁平上皮癌、胃癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮又は子宮内膜癌、泌尿器系悪性腫瘍、外陰癌、Waldenstromマクログロブリン血症、リンパ腫(例えばB細胞リンパ腫(低悪性度/濾胞性非ホジキンリンパ腫(NHL)、小リンパ球性(SL)NHL、中等度/濾胞性NHL、中等度びまん性NHL、高度免疫芽細胞性NHL、高度リンパ芽球性NHL、高度切れ込みの無い小細胞型NHL、大塊疾患NHLを含む)、マントル細胞リンパ腫、AIDS関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、MALTリンパ腫、辺縁帯リンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞様樹状突起細胞腫瘍等のホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫を含む)、白血病(急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、例えば急性骨髄芽球性白血病(未分化および部分分化を含む)、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、赤白血病、急性巨核芽球性白血病等の急性非リンパ性白血病のような急性白血病と、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性単球性白血病のような慢性白血病と、有毛細胞白血病、前リンパ球性白血病、形質細胞白血病、成人T細胞白血病、好酸球性白血病、好塩基性白血病等の他の特殊なタイプの白血病と、を含む)、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、悪性リンパ増殖性疾患、骨髄異形成、多発性骨髄腫、骨髄形成異常、及び移植後リンパ増殖性疾患(PTLD)から選択される。好ましくは、本発明の改変免疫細胞又は医薬組成物を用いて治療する疾患は、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、脳神経膠腫、膵臓癌、胃癌等から選択される。
一実施形態において、前記感染は、ウィルス、細菌、真菌及び寄生虫による感染を含むが、それらに限定されない。
一実施形態において、前記自己免疫疾患は、I型糖尿病、セリアック病、グレーブス病、炎症性腸疾患、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、アジソン病、シェーグレン症候群、橋本甲状腺炎、重症筋無力症、血管炎、悪性貧血及び全身性エリテマトーデス等を含むが、それらに限定されない。
以下、図面を参照しながら実例を合わせて本発明を詳細に説明する。説明すべきこととして、当業者は、本発明の図面及びその実施例が例示なものに過ぎず、本発明に対する任意の制限を構成しないと理解するはずである。矛盾しない場合、本出願における実施例及び実施例における特徴は互いに組み合わせることができる。
bbzi3-CAR T細胞及びbbz155-CAR T細胞におけるscFvの発現レベルを示す。 bbzi3-CAR T細胞及びbbz155-CAR T細胞による標的細胞への殺傷効果を示す。 bbzi3-CAR T細胞及びbbz155-CAR T細胞のサイトカイン放出レベルを示す。 中でも対応する内因性NK活性化受容体のリガンドがノックアウトされたCAR-T細胞scFvの発現レベルを示す。 中でも対応する内因性NK活性化受容体のリガンドがノックアウトされたCAR-T細胞による標的細胞への殺傷効果を示す。 中でも対応する内因性NK活性化受容体のリガンドがノックアウトされたCAR-T細胞のサイトカイン放出レベルを示す。 bbz2B4-CAR T細胞、及びその中のCD48がノックアウトされたCAR-T細胞のscFv発現レベルを示す。 bbz2B4-CAR T細胞、及びその中のCD48がノックアウトされたCAR-T細胞による標的細胞への殺傷効果を示す。 マウス体内でのi3KO-bbz-CAR T細胞及びbbz-CAR T細胞の増殖レベルの経時変化を示す。 i3KO-bbz-CAR T細胞及びbbz-CAR T細胞処理を受けたマウスの腫瘍負荷の経時変化を示す。
本発明のすべての実施例で使用されるT細胞は、Ficoll-PaqueTM PREMIUM(GE Healthcare,商品番号17-5442-02)によって白血球除去で健康なドナーから分離された初代ヒトCD4+CD8+T細胞である。
実施例1.CAR T細胞の調製
CD8αシグナルペプチド(配列番号15)、抗CD19scFv(配列番号1)、CD8αヒンジ領域(配列番号19)、CD8α膜貫通領域(配列番号3)、4-1BBの細胞内ドメイン(配列番号9)、CD3ζの細胞内ドメイン(配列番号11)、及び 追加の共刺激ドメインであるNK活性化リガンドの細胞内ドメイン(CD155の細胞内ドメイン(配列番号29)又はICAM3の細胞内ドメイン(配列番号27))のようなタンパク質をコードする配列を合成し、それをpLVXベクター(Public Protein/Plasmid Library(PPL),商品番号:PPL00157-4a)にクローンするとともに、シーケンスによりターゲットシーケンスの正しい挿入を確認する。
無菌管に3mlのOpti-MEM(Gibco,商品番号31985-070)に加入して上記プラスミドを希釈してから、プラスミド:ウイルス包装ベクター:ウイルスエンベロープベクター=4:2:1という比率で、包装ベクターpsPAX2(Addgene,商品番号12260)及びエンベロープベクターpMD2.G(Addgene,商品番号12259)を加入する。そして、120ulのX-treme GENE HP DNAトランスフェクション試剤(Roche,商品番号06366236001)を加入し、すぐに均一に混ぜて、室温で15分間孵化させ、その後、プラスミド/ベクター/トランスフェクション試剤混合物を293T細胞の培養瓶に一滴ずつ加入する。24時間及び48時間の後にウイルスを収集し、それを合わせた後に、超遠心分離して(25000g,4℃,2.5時間)濃縮レンチウイルスを取得する。
DynaBeads CD3/CD28 CTSTM(Gibco,商品番号40203D)を用いてT細胞を活性化し、37℃及び5%のCO2で1日間培養する。そして、濃縮レンチウイルスを加入し、3日間連続培養後に、bbzi3-CAR及びbbz155-CARを発現するT細胞を取得する。追加の共刺激ドメインを含まないbbz-CAR T細胞(即ち、CD8αシグナルペプチド-抗CD19 scFv-CD8αのヒンジ領域-CD8αの膜貫通領域-4-1BBの細胞内ドメイン-CD3ζの細胞内ドメイン)、及び未修飾の野生型T細胞(NT)は、コントロールとして使用される。
37℃及び5%のCO2で11日間培養した後、Biotin-SP(long spacer)AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG,F(ab’) Fragment Specific(min X Hu,Bov,Hrs Sr Prot)(jackson immunoresearch,商品番号115-065-072)を一次抗体とし、APC Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554067)又はPE Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554061)を二次抗体として用い、フローサイトメトリーによりCAR-T細胞におけるscFvの発現レベルを検出し、結果を図1に示す。
これからわかるように、本発明で調製されるCAR T細胞におけるscFvは、いずれも効果的に発現されることができる。
実施例2:CAR T細胞による標的細胞への殺傷効果及びサイトカイン放出
2.1 標的細胞への殺傷能力の検出
まず、1x10/孔でルシフェリン遺伝子を持つNalm6標的細胞を96孔プレートに入れ、その後、2:1のエフェクター:標的比(即ちエフェクターT細胞と標的細胞との比率)でNT細胞、bbz-CAR T細胞、bbzi3-CAR T細胞及びbbz155-CAR T細胞を96孔プレートに入れて一緒に培養し、16~18時間の後にマイクロプレートリーダーを用いて蛍光値を測定する。計算式:(標的細胞蛍光平均値-サンプル蛍光平均値)/標的細胞蛍光平均値×100%に基づいて、殺傷効率を算出して取得し、結果を図2に示す。
これからわかるように、従来構造のbbz-CAR T細胞に比べると、さらにNK活性化リガンドICAM3又はCD155の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含むと、CAR T細胞の殺傷能力を顕著に増強させることができる。
2.2 サイトカイン放出レベルの検出
(1)細胞共培養上澄み液の収集
1x10/孔の濃度で標的細胞Nalm6又は非標的細胞Jurkatを96孔プレートに入れ、その後、1:1の比率で本発明のNT細胞、bbz-CAR T細胞、bbzi3-CAR T細胞及びbbz155-CAR T細胞をそれぞれ標的細胞又は非標的細胞とともに培養し、18~24時間後に細胞共培養上澄み液を収集する。
(2)上清におけるIL-2及びIFN-γの分泌量のELISA検出
捕獲抗体Purified anti-human IL2 Antibody(Biolegend,商品番号500302)又はPurified anti-human IFN-γAntibody(Biolegend,商品番号506502)を用いて96孔プレートを被覆させて4℃で1晩孵化させ、その後、抗体溶液を除去し、2%のBSA(sigma,商品番号V900933-1kg)含有の250μLのPBST(0.1%トゥイーン含有の1XPBS)溶液を加入し、37℃で2時間孵化させる。そして、250μLのPBST(0.1%トゥイーン含有の1XPBS)を用いてプレートを3回洗浄する。各孔に50μLの細胞共培養上澄み液又は標準品を加入し、37℃で1時間孵化させ、その後、250μLのPBST(0.1%トゥイーン含有の1XPBS)を用いてプレートを3回洗浄する。そして、各孔にそれぞれ50μLの検出抗体であるAnti-Interferon gamma抗体[MD-1](Biotin)(abcam,商品番号ab25017)を加入し、37℃で1時間孵化させた後、250μLのPBST(0.1%トゥイーン含有の1XPBS)を用いてプレートを3回洗浄する。HRP Streptavidin(Biolegend,商品番号405210)を再加入して、37℃で30分間孵化させた後、上澄み液を放棄し、250μLのPBST(0.1%トゥイーン含有の1XPBS)を加入し、5回洗浄する。各孔に50μLのTMB基質溶液を加入する。反応を室温で暗い場所で30分間発生させ、その後、各孔に50μLの1mol/L HSOを加入して反応を停止させる。反応の停止中の30分間において、マイクロプレートリーダーを用いて450nmにおける吸光度を検出し、標準曲線(標準品の読み取り値及び濃度に基づいて描いたもの)に基づいてサイトカインの含有量を算出し、結果を図3に示す。
これからわかるように、従来構造のbbz-CAR T細胞に比べると、さらにNK活性化リガンドICAM3又はCD155の細胞内ドメインを共刺激ドメインとして含むと、CAR T細胞のサイトカイン放出レベルを顕著に増強させることができる。
実施例3. NK活性化リガンドがノックアウトされたCART細胞
CRISP/Cas9システムによりbbzi3-CAR及びbbz155-CAR T細胞における対応するNK活性化リガンドをそれぞれノックアウトし、ICAM3がノックアウトされたi3KO-bbzi3-CAR T細胞及びCD155がノックアウトされた155KO-bbz155-CAR T細胞を取得する。同じ方式でbbz-CAR T細胞におけるICAM3又はCD155をノックアウトし、中でも、ICAM3がノックアウトされたi3KO-bbz-CAR T細胞及びCD155がノックアウトされた155KO-bbz-CAR T細胞を取得する。
CAR T細胞を37℃及び5%のCO2で11日間培養した後、APC-anti human CD155(biolegend,商品番号337618)及びPE-anti human ICAM3(biolegend,商品番号330005)抗体を用いて、フローサイトメトリーによりCD155及びICAM3の遺伝子編集効率を検出し、結果を下記の表1に示す。
表1.遺伝子編集効率
これからわかるように、各種類のNK活性化リガンドはいずれも効果的にノックアウトされる。
37℃及び5%のCO2で11日間培養した後に、Biotin-SP(long spacer)AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG,F(ab’) Fragment Specific(min X Hu,Bov,Hrs Sr Prot)(jackson immunoresearch,商品番号115-065-072)を一次抗体とし、APC Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554067)又はPE Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554061)を二次抗体として用い、フローサイトメトリーにより上記CAR T細胞におけるscFvの発現レベルを検出し、結果を図4に示す。
これからわかるように、本発明で調製されるCAR T細胞におけるscFvは、いずれも効果的に発現されることができる。
実施例2.1に記載の方法に基づいて上記CAR T細胞によるNalm6標的細胞への殺傷能力を検出し、結果を図5に示す。
これからわかるように、対応するNK活性化リガンドがノックアウトされた後、さらにNK活性化リガンドの細胞内ドメインを含むのは、CAR-T細胞の殺傷能力を顕著に増強することができる。
実施例2.2に記載の方法に基づいて上記CAR T細胞とNalm6標的細胞との共培養後のサイトカイン放出レベルを検出し、結果を図6に示す。
これからわかるように、対応するNK活性化リガンドがノックアウトされた後、さらにNK活性化リガンドの細胞内ドメインを含むCAR T細胞は、より強いIFN-γ分泌能力を有する。また、i3KO-bbz-CAR Tグループに比べると、i3KO-bbzi3-CAR Tグループの細胞IL-2の分泌レベルも、顕著に増強する。上記結果から、NK活性化リガンドがノックアウトされた背景で、さらに対応するNK活性化リガンドの細胞内ドメインを含むと、CAR-T細胞のサイトカイン分泌能力を増強させることができると表明される。
実施例4 NK活性化受容体細胞内セグメントを発現するCAR T細胞
実施例1における方式に基づいてbbz2B4-CAR T細胞を調製するが、bbz-CAR T細胞との相違としては、単にCAR構造にさらにNK活性化受容体2B4の細胞内ドメイン(配列番号31)が追加の共刺激ドメインとして含まれる点である。同時に、CRISP/Cas9システムによりbbz-CAR T細胞及びbbz2B4-CAR T細胞におけるCD48遺伝子(即ち2B4のリガンド)をノックアウトし、そのうち、CD48がノックアウトされた48KO-bbz-CAR T細胞及び48KO-bbz2B4-CAR T細胞を取得する。
CAR T細胞を37℃及び5%のCO2で11日間培養した後、CD48が効果的にノックアウトされたことを確認するように、PE-anti human CD48(biolegend,商品番号336708)を用いてCD48の遺伝子編集効率を検出し、結果を下記の表2に示す。
表2.遺伝子編集効率
37℃及び5%のCO2で11日間培養した後に、Biotin-SP(long spacer)AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG,F(ab’) Fragment Specific(min X Hu,Bov,Hrs Sr Prot)(jackson immunoresearch,商品番号115-065-072)を一次抗体とし、APC Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554067)又はPE Streptavidin(BD Pharmingen,商品番号554061)を二次抗体として用い、フローサイトメトリーにより上記CAR T細胞におけるscFvの発現レベルを検出し、結果を図7に示す。
これからわかるように、本発明で調製されるCAR T細胞におけるscFvは、いずれも効果的に発現されることができる。
実施例2における2.1の方式に基づいて上記CAR T細胞によるNalm6細胞への殺傷効果を検出する(図8)。結果として、従来構造のCAR T細胞(即ちbbz-CAR)に比べても、或いは中でも、NK活性化リガンドCD48がノックアウトされたCAR-T細胞(即ち、48KO-bbz-CAR)に比べても、さらにCAR構造にNK活性化リガンドの受容体2B4の細胞内ドメインが追加の共刺激ドメインとして含まれると、いずれもCAR T細胞の殺傷能力を顕著に増強させることができることが示される。
また、出願人は、従来のCAR-T細胞に比べると、さらにNK活性化リガンドCD48をノックアウトすることによっても、CAR-T細胞による標的細胞への殺傷能力を顕著に向上させることをさらに予想外に発見した(図8を参照,bbz-CAR vs 48KO-bbz-CAR)。
実施例5 NK活性化リガンドがノックアウトされたCAR-T細胞のin vivo での抗腫瘍効果
NK活性化リガンドのノックアウトによるCAR-T細胞体内機能への影響をさらに検証するために、発明者は下記の実験を行った。
15匹の8週齢の健康な雌NCGマウスを、NTグループ(ネガティブコントロール)、bbz-CAR Tグループ(ポジティブコントロール)、i3KO-bbz-CAR Tグループの3グループに分けた。0日目(D0)に、各マウスの尾静脈に5×10個のRaji細胞を注射した。3日間後(D3)、グループ分けに応じて、各マウスの尾静脈に2×10個のNT細胞、bbz-CAR T細胞又はi3KO-bbz-CAR T細胞を注射した。in vivoでの腫瘍負荷及びCAR T細胞増殖の変化を、フローサイトメトリーにより定期的に評価した。
図9は、マウス体内でのCAR T細胞の増殖レベルの経時変化を示す。D21以降、i3KO-bbz-CAR T細胞の増殖レベルは、従来のbbz-CAR T細胞の増殖レベルよりもはるかに高いことがわかった。さらに、bbz-CAR T細胞は、D28以降にマウス体内で検出されない一方、i3KO-bbz-CAR T細胞は、マウス体内でD48まで増殖し続けた。これは、NK活性化リガンドICAM3をノックアウトすると、in vivoでのCAR T細胞の増殖レベルが向上し、in vivoでのCAR T細胞の生存時間を延長できることを示す。
図10は、マウス体内腫瘍負荷の経時変化を示す。NTグループに比べて、bbz-CAR T細胞及びi3KO-bbz-CAR T細胞はいずれも腫瘍の成長を効果的に抑制できることがわかった。しかし、D39から、bbz-CAR Tグループのマウス体内の腫瘍は再発し始めたが、i3KO-bbz-CAR Tグループのマウス体内の腫瘍は抑制され続けた。
上記データは、NK活性化リガンド(例えばICAM3)のみをノックアウトすることで、in vivoでのCAR T細胞の耐久性を延ばして、腫瘍細胞への持続的な殺傷効果を向上させ、in vivoでの腫瘍抑制効果を改善し、マウスの生存率を高めることができることを示す。
説明すべきこととして、上記は、本発明の好ましい実施例に過ぎなく、本発明を制限するものではなく、当業者にとって、本発明は様々の変更及び変化を行うことができる。当業者によって理解されるように、本発明の思想と原則で行われたいかなる修正、同等置換、改善などは、いずれも本発明の保護範囲内に含まれるべきである。

Claims (21)

  1. リガンド結合ドメインと、膜貫通ドメインと、NK活性化受容体又はそのリガンドの細胞内ドメインを含む共刺激ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインと、を含むキメラ抗原受容体であって、前記NK活性化受容体は2B4、DNAM-1及びLFA-1から選択され、前記NK活性化受容体のリガンドはCD48、CD112、CD155、ICAM1、ICAM2及びICAM3から選択されるキメラ抗原受容体。
  2. 前記共刺激ドメインは、CD155、ICAM3及び2B4などのタンパク質から選択されるタンパク質の細胞内ドメインを含む請求項1に記載のキメラ抗原受容体。
  3. 前記CD155の細胞内ドメインは、配列番号25で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、ICAM3の細胞内ドメインは、配列番号27で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有し、2B4の細胞内ドメインは、配列番号27で示されるアミノ酸配列に少なくとも90%、95%、97%又は99%又は100%の配列同一性を有する請求項2に記載のキメラ抗原受容体。
  4. 前記共刺激ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD8、CD27、CD28、CD30、CD40、CD83、CD134、CD137、CD270、CD272、CD276、CD278、CD357、DAP10、DAP12、LAT、NKG2C、SLP76、PD-1、LIGHT、TRIM、CD94、LTB、ZAP70及びそれらの組み合わせ等のタンパク質から選択されるタンパク質のシグナル伝達ドメインを更に含む請求項1から3のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  5. 前記共刺激ドメインは、CD27、CD28、CD134、CD137又はCD278のシグナル伝達ドメイン又はそれらの組み合わせを更に含む請求項1から3のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  6. 前記リガンド結合ドメインは、免疫グロブリン分子、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv断片、scFv、直線状抗体、重鎖抗体、sdAb又はナノ抗体から選択される請求項1から5のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  7. 前記リガンド結合ドメインは、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD14、CD15、CD46、CD70、TSHR、CD19、CD123、CD22、BAFF-R、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、GPRC5D、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、メソテリン、IL-l lRa、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、AFP、Folate受容体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、CS1、CD138、NCAM、Claudin18.2、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-I受容体、CAIX、LMP2、gploo、bcr-abl、チロシナーゼ、EphA2、Fucosyl GMl、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o-アセチル-GD2、Folate受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-la、MAGE-A1、ポッドプロテイン、HPV E6、E7、MAGE Al、ETV6-AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos関連抗原1、p53、p53変異体、前立腺特異的タンパク質、サバイビン及びテロメラーゼ、PCTA-l/Galectin 8、MelanA/MARTl、Ras変異体、hTERT、肉腫転座ブレークポイント、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、Cyclin Bl、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B 1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES 1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、腸内カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、IGLL1、PD1、PDL1、PDL2、TGFβ、APRIL、NKG2D、NKG2Dリガンド、及び/又は病原体特異抗原、ビオチン化分子、HIV、HCV、HBV及び/又は他の病原体によって発現される分子、並びに/或いはネオエピトープ又はネオ抗原から選択される1つ又は複数のターゲットに結合される請求項1から6のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  8. 前記膜貫通ドメインは、TCRα鎖、TCRβ鎖、TCRγ鎖、TCRδ鎖、CD3ζサブユニット、CD3εサブユニット、CD3γサブユニット、CD3δサブユニット、CD45、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD33、CD28、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137及びCD154等のタンパク質の膜貫通ドメインから選択される請求項1から7のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  9. 前記細胞内シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b及びCD66d等のタンパク質のシグナル伝達ドメインから選択される請求項1から8のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  10. 請求項1から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体をコードする核酸分子。
  11. 請求項10に記載の核酸分子を含むベクター。
  12. 請求項1から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体、請求項10に記載の核酸分子、又は請求項11に記載のベクターを含む改変免疫細胞。
  13. 前記改変免疫細胞において、共刺激ドメインとして用いられる対応の内因性NK活性化受容体又はリガンドの発現は、抑制され又はサイレンシングされる請求項12に記載の改変免疫細胞。
  14. NK活性化受容体又はそのリガンドの発現が抑制され又はサイレンシングされ、前記NK活性化受容体が2B4、DNAM-1及びLFA-1から選択され、前記NK活性化受容体のリガンドがCD48、CD112、CD155、ICAM1、ICAM2及びICAM3から選択される改変免疫細胞。
  15. TRAC、TRBC、HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、RFX5、RFXAP、RFXANK、CIITA、PD1、LAG3、TIM3、CTLA4から選択される少なくとも1種類をさらに含む遺伝子の発現が抑制され又はサイレンシングされる請求項12から14のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  16. 前記免疫細胞は、T細胞、マクロファージ、樹状細胞、単核細胞、NK細胞、又はNKT細胞から選択される請求項12から15のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  17. 前記免疫細胞は、成体幹細胞、胚性幹細胞、臍帯血幹細胞、前駆細胞、骨髓幹細胞、人工多能性幹細胞、全能性幹細胞又は造血幹細胞から派生される請求項12から16のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  18. 前記免疫細胞は、キメラ抗原受容体又は組換えT細胞受容体をさらに発現する請求項12から16のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  19. 前記免疫細胞は、リガンド結合ドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体をさらに発現し、前記共刺激ドメインは、CD27、CD28、CD134、CD137又はCD278のシグナル伝達ドメイン又はそれらの組み合わせから選択される請求項18に記載の改変免疫細胞。
  20. 請求項12から19のいずれか一項に記載の改変免疫細胞と、多種薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物。
  21. 癌、感染又は自己免疫疾患を治療する薬の調製における、請求項1から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体、請求項10に記載の核酸分子、請求項11に記載のベクター、請求項12から19のいずれか一項に記載の改変免疫細胞又は請求項20に記載の医薬組成物の使用。
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