JP2023542536A - オリゴ糖組成物及び使用方法 - Google Patents
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Abstract
本開示の態様は、オリゴ糖組成物及びその製造方法に関する。炎症性及び免疫障害及び疾患の処置のための炎症を減少させるためのマイクロバイオーム代謝療法としてオリゴ糖組成物を使用する方法も提供される。【選択図】図１０
Description
本開示は、オリゴ糖組成物及びその使用に関する。
人間の健康の維持又は回復は、多くの課題に直面しており、その多くは効果的な治療選択肢の欠如に起因する。具体的には、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）及びクローン病（ＣＤ）を含み、米国では約３００万人が罹患しており、有効な治療選択肢がない慢性の再発性免疫介在性腸疾患である。ＩＢＤの病因はあまり理解されていないが、感受性個体において腸の恒常性を変化させ、炎症を引き起こす遺伝的、環境的、腸バリア及び免疫学的因子の相互作用によって引き起こされると考えられている。ＩＢＤ等の疾患及び障害のための新規な治療及び処置レジメンが引き続き必要とされている。
いくつかの態様によれば、例えば、疾患を処置するために、腸内マイクロバイオーム器官の機能的出力を駆動するために有用なオリゴ糖組成物を利用するマイクロバイオーム代謝療法が本明細書で提供される。本開示のいくつかの態様は、オリゴ糖組成物が、対象におけるブチラート、アセタート及び／又はプロピオナート等の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルを増加させるのに有用であり、病原性細菌と比較して共生細菌の増殖及び存在を促進するのに有用であり、自己免疫障害及びアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）及びクローン病（ＣＤ））を含む多数の炎症性及び免疫障害を治療するのに有用な２つの機能的結果であるという認識に関する。したがって、本明細書に記載のいくつかの態様では、本開示のオリゴ糖組成物は、潰瘍性大腸炎を含む炎症性及び免疫障害の治療に有効である。
いくつかの態様では、複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物が本明細書で提供され、複数のオリゴ糖は、以下の表のシグナル２、３及び１１のうちの１つ以上を含む多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特徴付けられ、
ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される。
ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、２個又は３個のシグナル２、３及び１１を含み、シグナル２は０．３４～２．０１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３は７．２８～２５．７１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１は７．９３～１２．６９の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２は、０．６８～１．６８の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３は、１０．９７～２２．０２の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１は、８．８８～１１．７４の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル５を更に含み、ここで、シグナル５は、０．２３～３．８７の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル５を更に含み、ここで、シグナル５は、０．９６～３．１４の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル１、４、６、７、８、９及び１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）を更に含み、ここで、少なくともシグナル１、４、６、７、８、９及び１０は、以下のように定義される。
いくつかの実施形態では、シグナル１～１１の少なくとも１つは、以下のように定義される。
本明細書のいくつかの態様は、複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であり、複数のオリゴ糖は、以下の表のシグナル２、３及び１１のうちの１つ以上を含む多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特徴付けられ、ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２は、０．７７～１．７０の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３は、１０．５２～２２．１４の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１は、９．１４～１１．５９の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２は、１．０５～１．４５の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３は、１２．９４～１８．９０の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１は、９．７３～１０．９９の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル５を更に含み、ここで、シグナル５は、０．７７～３．２４の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル５を更に含み、ここで、シグナル５は、１．２６～２．４２の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、シグナル１、４、６、７、８、９及び１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）を更に含み、ここで、少なくともシグナル１、４、６、７、８、９及び１０は、以下のように定義される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、以下のように定義されるオリゴ糖組成物のシグナル１～１１の少なくとも１つを含む。
いくつかの実施形態では、シグナル１～１１の１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって画定される積分領域は、以下のように更に画定される。
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータを使用して、コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、組成物のサンプルを、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験（例えば、５００ＭＨｚで動作するＮＭＲ装置において）に供することによって得られる。
取得パラメータ
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータを使用して、コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、組成物のサンプルを、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験（例えば、６００ＭＨｚで動作するＮＭＲ装置において）に供することによって得られる。
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータを使用して、コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、組成物のサンプルを、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験（例えば、６００ＭＨｚで動作するＮＭＲ装置において）に供することによって得られる。
取得パラメータ
１Ｈキャリア周波数＝６００．１３ＭＨｚ
１３Ｃキャリア周波数＝１５０．９１ＭＨｚ
パルスシーケンス＝ｈｓｑｃｅｄｅｔｇｐｓｉｓｐ２．３
取得次元の点数＝２０４８
取得次元のスペクトル範囲＝６．７５ｐｐｍ～０．２５ｐｐｍ
間接的次元の点数＝５１２
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１．５秒
単結合１Ｈ～１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４５Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
間接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
処理＝直接的次元の２０４８の複素点、間接的次元の２０４８の複素点
前方線形予測＝３２個の係数、５１２個の予測点
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、オリゴ糖組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、サンプルはＤ２Ｏに溶解される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、脱モノマー化手順に供されている。
１Ｈキャリア周波数＝６００．１３ＭＨｚ
１３Ｃキャリア周波数＝１５０．９１ＭＨｚ
パルスシーケンス＝ｈｓｑｃｅｄｅｔｇｐｓｉｓｐ２．３
取得次元の点数＝２０４８
取得次元のスペクトル範囲＝６．７５ｐｐｍ～０．２５ｐｐｍ
間接的次元の点数＝５１２
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１．５秒
単結合１Ｈ～１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４５Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
間接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
処理＝直接的次元の２０４８の複素点、間接的次元の２０４８の複素点
前方線形予測＝３２個の係数、５１２個の予測点
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、オリゴ糖組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、サンプルはＤ２Ｏに溶解される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、脱モノマー化手順に供されている。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１０％未満のモノマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５％未満のモノマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２％未満のモノマーを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される。
いくつかの態様では、複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物が本明細書で提供され、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカルのうちの１つ以上を含む：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの５．３１～７．１５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１４～５．９３ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．９８～２．９９ｍｏｌ％を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル。
複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカルのうちの１つ以上を含む：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの５．３１～７．１５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１４～５．９３ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．９８～２．９９ｍｏｌ％を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴ糖は、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、以下のモノマーラジカルの１つ以上を更に含む：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの６．２９～１２．８４ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．７３～３．４６％ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．３６～４．２８ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１２～４．４５ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．６５～５．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４３～０．８２ｍｏｌ％を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．９２～９．５８ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４１～１．９９ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８８～１．２１ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．１４～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６９～２．２７ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９３～５．２６ｍｏｌ％を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．９１～１．６８ｍｏｌ％を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～３．１０ｍｏｌ％を占める２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの６．２９～１２．８４ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．７３～３．４６％ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．３６～４．２８ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１２～４．４５ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．６５～５．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４３～０．８２ｍｏｌ％を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．９２～９．５８ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４１～１．９９ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８８～１．２１ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．１４～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６９～２．２７ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９３～５．２６ｍｏｌ％を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．９１～１．６８ｍｏｌ％を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～３．１０ｍｏｌ％を占める２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、複数のオリゴ糖を含み、各オリゴ糖は、複数のモノマーラジカルを含み、
複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカルのうちの１つ以上を含む：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７９～７．７５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１１．６４～２２．２４ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２０～７．０６ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８９～３．６３ｍｏｌ％を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル。
複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカルのうちの１つ以上を含む：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７９～７．７５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１１．６４～２２．２４ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２０～７．０６ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８９～３．６３ｍｏｌ％を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴ糖は、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、以下のモノマーラジカルの１つ以上を更に含む：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．５２～１５．２１ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．４９～４０．０２ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６４％～４．８２ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２２～５．０３ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．１０～５．１３ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９９～６．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～１．９３％ｍｏｌ％を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．５２～１０．３９ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～３．１５ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４９～１．４５ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．６７ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４１～３．１０ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．６０～５．６５ｍｏｌ％を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～１．８５ｍｏｌ％を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～３．５１ｍｏｌ％を占める２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．３５ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．５２～１５．２１ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．４９～４０．０２ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６４％～４．８２ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２２～５．０３ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．１０～５．１３ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９９～６．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～１．９３％ｍｏｌ％を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．５２～１０．３９ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～３．１５ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４９～１．４５ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．６７ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４１～３．１０ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．６０～５．６５ｍｏｌ％を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～１．８５ｍｏｌ％を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～３．５１ｍｏｌ％を占める２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．３５ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴ糖は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の、ラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴ糖は、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む。
いくつかの実施形態では、モノマーラジカルのモル百分率は、過メチル化アッセイを使用して決定され、過メチル化アッセイは、ガスクロマトグラフィ質量分析（ＧＣ－ＭＳ）の分析を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）は、約ＤＰ１１～約ＤＰ１９である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）は、約ＤＰ１３～約ＤＰ１７である。いくつかの実施形態では、組成物は８５％を超えるＤＰ２＋を含む。いくつかの実施形態では、組成物は８７～９５％のＤＰ２＋を含む。いくつかの実施形態では、組成物は８９～９３％のＤＰ２＋を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、５８～９４％の総食物繊維（乾燥基準）を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、６５％～８７％の総食物繊維（乾燥ベース）を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、式（Ｉ）を含む複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義され、
オリゴ糖組成物は、
（ａ）正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を用いてガラクトースモノマーを含む反応混合物を形成することと、
（ｂ）反応混合物をその沸点に維持するのに十分な熱を反応混合物に伝達することによって、反応混合物中の酸触媒オリゴ糖形成を促進することと、
を含むプロセスによって製造される。
オリゴ糖組成物は、
（ａ）正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を用いてガラクトースモノマーを含む反応混合物を形成することと、
（ｂ）反応混合物をその沸点に維持するのに十分な熱を反応混合物に伝達することによって、反応混合物中の酸触媒オリゴ糖形成を促進することと、
を含むプロセスによって製造される。
いくつかの実施形態では、工程（ｂ）は、全ガラクトースモノマー含有量に対する正に帯電した水素イオンのモル比が適切な範囲内にあるような量で、正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を反応混合物に充填することを含む。いくつかの実施形態では、工程（ａ）及び（ｂ）は同時に行われる。いくつかの実施形態において、工程（ａ）は、撹拌条件下で反応混合物を１００℃～１６０℃の範囲の温度に加熱することを含む。いくつかの実施形態において、工程（ａ）は、撹拌条件下で反応混合物を１３０℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む。いくつかの実施形態では、工程（ａ）は、均質性及び均一な熱伝達を達成するのに適した条件下で、温度（例えば、室温から）を約１３６℃まで徐々に上昇させることを含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１４％の範囲になるまで、反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃（１３０℃～１４０℃であってもよい）の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃（１３０℃～１４０℃であってもよい）の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃（１３０℃～１４０℃であってもよい）の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む。
いくつかの実施形態では、酸触媒は、表１による１つ又は複数の物理的及び化学的特性を有する強酸カチオン交換樹脂であり、及び／又は触媒は、＞３．０ｍｍｏｌ／ｇのスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／ｇのカチオン部分を含む。いくつかの実施形態では、触媒は、４５～５０重量％の公称含水量を有する。いくつかの実施形態では、酸触媒は可溶性触媒である。いくつかの実施形態では、可溶性触媒は有機酸である。いくつかの実施形態では、可溶性触媒は、弱有機酸である。いくつかの実施形態では、可溶性触媒はクエン酸である。
いくつかの実施形態では、プロセスは、（ｃ）反応混合物の温度を５５℃～９５℃の範囲の温度（例えば、８５℃、９０℃）にしながら、例えば水を使用して反応混合物をクエンチすることを更に含む。いくつかの実施形態では、プロセス（例えば、大規模プロセス、例えば、５０Ｌ、２０００Ｌ、又は５０Ｌを超えるプロセス）は、（ｃ）反応混合物の温度を２０℃～４０℃の範囲の温度（例えば、２０℃、２５℃）にしながら、例えば水を使用して反応混合物をクエンチすることを更に含む。
いくつかの実施形態では、プロセスは、（ｄ）酸触媒からオリゴ糖組成物を分離することを更に含む。いくつかの実施形態では、当該分離することは、濾過によって触媒を除去することを含む。いくつかの実施形態において、（ｄ）は、濾過前に反応混合物を約１００℃未満に冷却することを含む。
いくつかの実施形態において、プロセスは、（ｅ）（ｄ）のオリゴ糖組成物を水で約４０～５５重量％（４５～５５重量％であってもよい）の濃度に希釈すること、（ｆ）希釈組成物をカチオン交換樹脂に通過させること、（ｇ）希釈組成物を脱色ポリマー樹脂に通過させること、及び／又は（ｈ）希釈組成物をアニオン交換樹脂に通過させること、を更に含み、（ｆ）、（ｇ）及び（ｈ）の各々は、任意の順序で１回又は複数回行うことができる。
いくつかの態様では、対象の炎症を軽減する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、対象の炎症を軽減する方法は、有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含む。
いくつかの態様では、炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、炎症性及び免疫障害を有するか、又は有することが疑われる対象を処置する方法は、対象の胃腸管に有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を投与し、それにより対象を処置することを含む。
いくつかの態様では、炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含み、オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、炎症性腸疾患を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患を有するか、又は有することが疑われる対象を処置する方法は、対象の胃腸管に有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を投与し、それにより対象を処置することを含む。
いくつかの態様では、炎症性腸疾患を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含み、オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態において、炎症性及び免疫障害は、慢性炎症性障害である。いくつかの実施形態において、慢性炎症性障害は、炎症性腸疾患である。
いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患はクローン病である。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患は、肉芽腫性大腸炎である。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患は不確定大腸炎である。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患は便流変更性大腸炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は回腸のう炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患はベーチェット病である。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患は顕微鏡的大腸炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、憩室症関連大腸炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患はコラーゲン性大腸炎である。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患はリンパ球性大腸炎である。いくつかの態様において、炎症性腸疾患は小児期発症の炎症性腸疾患である。
いくつかの態様では、対象における短鎖脂肪酸の相対的又は絶対的存在量を増加させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、対象における短鎖脂肪酸の相対存在量又は絶対存在量を増加させる方法は、有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含む。
いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸の相対的又は絶対的存在量は、ベースライン測定値（例えば、ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％又は３０％増加する。
いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸は、ブチラート、アセタート及び／又はプロピオナートである。
いくつかの態様では、対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的又は絶対的存在量を減少させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法は、有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含む。いくつかの実施形態では、炎症誘発性及び／又は病原性細菌は、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及び／又はルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）である。
いくつかの態様では、対象における共生細菌の相対的又は絶対的存在量を増加させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、対象における共生細菌の相対存在量又は絶対存在量を増加させる方法は、有効量の本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象の胃腸管に投与することを含む。いくつかの実施形態では、共生細菌は、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び／又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）である。
いくつかの実施形態において、対象はヒト対象である。いくつかの実施形態において、対象は、新生児（早産児、満期産児）、１歳までの乳児、小児（例えば、１歳～１２歳）、十代の若者（例えば、１３～１９歳）、成人（例えば、２０～６４歳）、又は高齢者（例えば、６５歳以上）である。
いくつかの実施形態において、方法は、オリゴ糖組成物を腸（例えば、大腸）に投与することを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、対象に自己投与される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、経口送達のための医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、対象に経口投与される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、対象に１日１回又は１日２回投与される。
いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、対象の胃腸管）における全短鎖脂肪酸の存在量又は濃度を増加させる。
いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、対象の胃腸管）におけるブチレートの存在量又は濃度を増加させる。いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、対象の胃腸管）におけるプロピオナートの存在量又は濃度を増加させる。いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、対象の胃腸管）におけるアセタートの存在量又は濃度を増加させる。
いくつかの実施形態では、総ＳＣＦＡの存在量は、ベースライン測定値（例えば、ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する。いくつかの実施形態では、ブチラート、プロピオナート、及びアセタートの少なくとも１つの存在量は、ベースライン測定値（例えば、ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する。
いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の共生細菌の増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）。いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内のパラバクテロイデス及びバクテロイデスの増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）。
いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性及び／又は病原性細菌の存在量の減少を引き起こす。いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性エンテロバクター科の存在量の減少を引き起こす。
いくつかの実施形態実施形態では、方法は、ベースライン測定値と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリンのレベルの低下をもたらす。いくつかの実施形態では、糞便カルプロテクチンのレベルは、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する。いくつかの実施形態では、糞便カルプロテクチンのレベルは、ベースライン測定値と比較して少なくとも６５％低下する。いくつかの実施形態では、糞便ラクトフェリンのレベルは、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する。
いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子の枯渇を引き起こす。いくつかの実施形態では、接着性浸潤性大腸菌に関連する遺伝子は、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、及びｏｍｐＣである。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、少なくとも２０、３０、４０又は５０日間投与される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５６日間又は１０週間投与される。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、２０～１００日間、任意選択的に５０～７５日間投与される。
いくつかの実施形態では、対象は潰瘍性大腸炎を有し、オリゴ糖組成物の投与は、ベースライン測定値と比較して、潰瘍性大腸炎疾患活性の減少をもたらす。いくつかの実施形態では、潰瘍性大腸炎疾患活性の低下は、単純臨床大腸炎活動性指数（Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ：ＳＣＣＡＩ）複合スコアを用いて測定される。
いくつかの実施形態では、標準治療処置を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、標準治療処置は、５－ＡＳＡ（メサラミン）、アザチオプリン、ベドリズマブ、インフリキシマブ、又はアダリムマブである。
いくつかの態様は、対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における炎症に関連する１つ以上のバイオマーカ（例えば、糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリン）のレベルを低下させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を、ベースライン測定値と比較して、１つ以上のバイオマーカのレベルを低下させるための有効量で対象に投与することを含む、方法を提供する。
いくつかの態様は、対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の病原性共生生物（例えば、エンテロバクター科等の炎症促進性細菌分類群）の存在量を減少させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を対象に有効量で投与して、１つ以上の病原性共生生物の存在量を減少させることを含む、方法を提供する。
いくつかの態様は、対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の共生分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の存在量を増加させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を有効量で対象に投与して、１つ以上の共生分類群の存在量を増加させることを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、１つ又は複数のバイオマーカのレベル、１つ又は複数の病原性共生生物の存在量、並びに／あるいは１つ又は複数の共生分類群の存在量は、対象からの糞便／便サンプルで測定される。
本明細書に記載の組成物及び方法は、オリゴ糖組成物は対象の炎症を軽減するのに有用であるという発見に基づいている。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象において増大したレベルのブチラート、プロピオナート及びアセタート等の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生するのに有用である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象（例えば、対象の胃腸管）における共生微生物（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）と比較して、炎症誘発性微生物分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）の存在量を減少させるために有用である。いくつかの実施形態において、炎症は、対象におけるＳＣＦＡの増大したレベル及び／又は対象（例えば、対象の胃腸管）における炎症促進性微生物の低下した相対的存在量に起因して対象において低下する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、自己免疫障害及びアレルギー性障害を含む炎症性障害及び免疫障害を治療するために有用である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患の治療において有用である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び小児期発症の炎症性腸疾患の治療に有用である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）等の炎症性腸疾患を治療することにおいて有用である。
本開示のいくつかの態様は、対象において、異なるタイプの短鎖脂肪酸、例えばブチレート、プロピオナート及びアセタートの濃度を調節することができる、例えば増加させることができるオリゴ糖組成物を同定するために行われた広範なスクリーニング実行の結果に基づく。数百の特有なオリゴ糖組成物を、エキソビボ状況においてヒト胃腸管のマイクロバイオームに対するそれらの効果についてアッセイした。スクリーニングで試験されたオリゴ糖組成物は、異なる糖モノマー、例えばデキストロースモノマー、キシロースモノマー等を使用して、異なる反応温度を含む条件下で、様々な期間にわたって、及び／又は異なる触媒条件の存在下で生成された。このスクリーニングの実行から、選択されたオリゴ糖組成物は、ＳＣＦＡ（例えば、ブチラート、プロピオナート及びアセタート）の非常に効果的なモジュレーターとして同定された。
ブチラート、プロピオナート及びアセタート等のＳＣＦＡは、対象の胃腸管における健康な上皮機能、免疫恒常性及び炎症の維持において重要な役割を果たす。更に、ＳＣＦＡは、腸上皮を刺激して、病原性細菌に対してコロニー形成耐性を発揮させ、胃腸管における調節性Ｔ細胞の分化及び機能を促進する。ブチラートは、胃腸管の上皮細胞のエネルギー源として使用され、上皮の完全性の維持を促進する。上皮の完全性の維持は、自然免疫細胞及び適応免疫細胞の不適切な活性化を防ぐために重要である。ブチラートは、上皮細胞及び免疫細胞の表面に提示されるＧタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）を活性化し、並びにこれらの細胞型の核内のヒストンデアセチラーゼを阻害する。これらの宿主細胞標的の関与は、胃腸管における免疫機能及び免疫恒常性の適切なバランスを促進する。プロピオナートはまた、これらの同じＧＰＣＲを活性化することによって腸免疫恒常性を促進することができる。対象の胃腸管内のこれらのＳＣＦＡのレベルの上昇は、胃腸管内の炎症の減少及び／又は炎症の可能性の減少に対応する。したがって、本明細書中に記載される選択されたオリゴ糖組成物の対象への投与は、当該対象においてＳＣＦＡレベルの増加を引き起こし、最終的には、炎症の減少及び／又は胃腸管における炎症の可能性の減少をもたらす。
高レベルのＳＣＦＡを産生することに加えて、選択されたオリゴ糖組成物の発酵は、共生細菌（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の増殖をもたらし、胃腸管において栄養的に競争力のあるエコシステムを作り出す。この競合環境は、腸恒常性を破壊し、有害な炎症性免疫応答を刺激し得る炎症誘発性病原性細菌（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）によるコロニー形成を予防、遅延又は制限するのに役立つ。選択されたオリゴ糖組成物の投与から生じる炎症促進性微生物の相対的存在量を減少させるための胃腸管の微生物エコシステムのシフトは、胃腸管における炎症の減少及び／又は炎症の可能性の減少を引き起こす。
したがって、いくつかの実施形態では、このオリゴ糖組成物は、ディスバイオシス、共生細菌と比較して高い相対的存在量の病原性細菌、及び／又は低レベルのＳＣＦＡを有する対象を治療するのに特に有用である。いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性及び免疫障害を治療するために有用である。いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、自己免疫障害及びアレルギー性障害を治療するために有用である。いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、慢性炎症性障害を治療するために有用である。いくつかの実施形態では、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患（例えば潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び小児期発症の炎症性腸疾患）を治療するのに有用である。炎症性及び免疫障害、特に胃腸管に影響を及ぼす慢性炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患）の顕著な特徴は、腸内マイクロバイオームの組成の著しい変化、ディスバイオシスであり、炎症誘発性分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）の存在の増加及び正常な免疫活性に関連する共生生物の多様性の減少を示す複数の臨床研究にわたる再現可能な所見を有する。したがって、短鎖脂肪酸の産生の増加及び／又は対象の胃腸管における炎症誘発性細菌と比較した共生細菌の存在量の増加（例えば、本明細書中に記載されるような選択されたオリゴ糖組成物の対象の胃腸管への投与から生じる）は、慢性炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）等の炎症性及び免疫障害の治療を導く可能性がある。
いくつかの実施形態では、選択されたオリゴ糖組成物は、（ａ）有益な細菌による増殖、代謝、及び／又は栄養素利用を刺激して、栄養素競合を介して病原性増殖を間接的に制限することによって、並びに／あるいは炎症を軽減する際に腸上皮機能を補助するＳＣＦＡ及び他の微生物代謝産物の産生を促進することによって、炎症、例えば慢性胃腸管及び／又は全身性炎症（例えば、潰瘍性大腸炎に関連する炎症）を軽減するように機能する。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、図９によって記載される機構の１つ以上又は全てを使用して炎症を軽減すると考えられ、ここで、例えば、オリゴ糖組成物は、ＳＣＦＡ及び他の有用な代謝産物を産生する有益な分類群（例えば、共生分類群）の成長を優先的に支援し、（細菌）病原性共生生物又は病原体の成長を支援しない。
ＳＣＦＡ及び他の代謝産物は腸上皮を支持し、腸炎症を調節し、これはバリア機能の改善をもたらし得る。宿主上皮及び腸内マイクロバイオームのこれらの変化は、ＵＣ対象のＧＩ管炎症を直接低下させる可能性があり、全身性炎症を更に制限する。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するために有用である。潰瘍性大腸炎は、大腸及び直腸の粘膜に再発性炎症及び潰瘍を引き起こす。ＵＣの正確な病態生理学は知られていないが、複数の証拠は、腸の恒常性を変化させ、それによって免疫媒介性炎症を引き起こす遺伝的及び環境的要因の合流によって疾患が引き起こされることを示唆している。ＵＣは、疾患活動性及び進行の３つのグループ分け－軽度活動性（２～４の修正Ｍａｙｏスコア）、中程度活動性（５～７の中程度Ｍａｙｏスコア）及び重度活動性（８～９の修正Ｍａｙｏスコア）を含む。軽度のＵＣ活性を有する対象は、一般に、血液を伴う又は伴わない４回／日以下の便及び表在粘膜における限定的な紅斑を有し、典型的には生物製剤未経験であり、寛解及びフレアを促進するための長期の５－ＡＳＡを有し、一般に短期ステロイドによって管理される。中程度のＵＣ活性を有する対象は、一般に、５回以上の便／日を有し、軽度であるが、下痢及び内視鏡検査における中程度の結腸潰瘍に起因する貧血が増加している。中程度のＵＣ活性を有する典型的な対象は、５－ＡＳＡ治療後に軽度から中程度に進行し、典型的にはＩＳ／ステロイド及び初期の生物製剤（例えば、抗ＴＮＦ、ベドリズマブ）で治療される。重度のＵＣ活性を有する対象は、一般に、８回以上の便／日の大量の血性下痢を有し、内視鏡検査により粘膜血管マーキングの喪失が明らかにされる。中等度から重度に進行する患者は、主に生物製剤及び小分子で治療され、結腸切除術が最終選択として考えられる。
ＵＣ患者の大部分は、男性の中でわずかに上昇した有病率を伴って３０歳～４０歳で診断され（男性はＵＣ患者の約６０％を構成する）、３０歳～５０歳の間に最悪の症状を経験する。患者が加齢するにつれて、ＵＣの疾患活動性は低下する傾向がある。遺伝的素因はＵＣを発症するための重要なリスク因子と考えられているが、炎症の発症には環境的トリガーが必要であり得ることが示唆されている。ＵＣ患者は、自己免疫性腸外症状（例えば、関節リウマチ、原発性硬化性胆管炎）の形態の併存症を経験することが多く、したがって、ＵＣ治療に加えて、他の自己免疫状態に対する追加の医学的又は薬理学的介入を必要とし得る。
ＵＣは、微生物糞便検査、内視鏡検査、バイオマーカ分析、及び日常的な血液パネルを使用して診断することができる。最初の微生物糞便試験を使用して、ＰＣＲを介して結腸炎症（例えば、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．Ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）感染症）の感染性原因を決定することができるが、一般的な腸内寄生虫について顕微鏡糞便分析を行うこともできる。ＵＣ診断は、内視鏡検査によって、例えば、結腸粘膜にわたる連続的な潰瘍形成を同定するために確認され得る（疾患組織の「スキップエリア」はクローン病の診断を支持する）。ＵＣ診断のためのバイオマーカ分析は、いくつかの実施形態では、寛解を監視するためのＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルの毎年の試験を含む。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患、例えばクローン病（ＣＤ）を治療するために有用である。クローン病は、胃腸管の炎症（特に小腸及び結腸の最後の部分）を引き起こし、腹痛、重度の下痢、疲労、体重減少及び栄養失調をもたらす。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、肉芽腫性大腸炎等炎症性腸疾患を治療するために有用である。肉芽腫性大腸炎は、胃腸管の炎症、壁の肥厚及び壁の層別化の喪失を引き起こす。いくつかの実施形態では、肉芽腫性大腸炎は回腸末端で最も一般的である。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患、例えば不確定大腸炎を治療するために有用である。不確定大腸炎は、胃腸管の炎症及び炎症性腸疾患の典型的な症状を特徴とする。いくつかの実施形態において、対象は、組織学的結果が他の炎症性腸疾患（例えば、ＵＣ又はＣＤ）のいずれについても決定的でないため、不確定大腸炎と診断される。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、便流変更性大腸炎等の炎症性腸疾患を治療するために有用である。便流変更性大腸炎は、外科的処置の合併症（例えば、回腸瘻造設術又は人工肛門造設術）に起因する結腸の炎症であり、処置後１年以内に起こることが多い。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、回腸のう炎等の炎症性腸疾患を治療するために有用である。回腸のう炎は、潰瘍性大腸炎又は胃腸管の他の疾患、特定の他の疾患等の他の炎症性腸疾患を治療するための外科的処置（例えば、Ｊパウチ手術）中に生じるパウチの内側の炎症である。Ｊパウチ手術を受けた患者の約２５～５０％が回腸のう炎を経験する。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、炎症性腸疾患、例えばベーチェット病を治療するために有用である。ベーチェット病は、全身の血管炎症を引き起こすまれな障害である。いくつかの実施形態では、胃腸管は、中程度から重度の炎症、腹痛、下痢及び出血を経験する。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、顕微鏡的大腸炎等の炎症性腸疾患を治療するために有用である。顕微鏡的大腸炎は、持続的な水様性下痢を引き起こす大腸の炎症を引き起こす。いくつかの実施形態では、顕微鏡的大腸炎は、コラーゲン性大腸炎（結腸組織中のコラーゲンの厚い層を特徴とする）、リンパ球性大腸炎（結腸組織中のリンパ球の増加を特徴とする）、又は不完全顕微鏡的大腸炎（コラーゲン性大腸炎及びリンパ球性大腸炎の特徴の組合わせを特徴とする）として更に分類される。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、憩室症関連大腸炎等の炎症性腸疾患を治療するために有用である。憩室症関連大腸炎は、憩室疾患に罹患したＳ状結腸の慢性炎症を特徴とする。炎症は、管腔粘膜に位置し得る。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、小児期発症の炎症性腸疾患等の炎症性腸疾患を治療するために有用である。小児期発症の炎症性腸疾患は、典型的には結腸に炎症を引き起こし、標準治療薬に耐性であり得、１７歳未満の人が罹患する。
いくつかの実施形態において、小児期発症の炎症性腸疾患は、早期発症炎症性腸疾患（１０歳未満での疾患発症を特徴とする）、非常に早期発症の炎症性腸疾患（６歳未満での疾患発症を特徴とする）、乳児炎症性腸疾患（２歳未満での疾患発症を特徴とする）、又は新生児炎症性腸疾患（２８日未満での疾患発症を特徴とする）として更に分類される。
定義された用語の説明を含む本開示の更なる態様を以下に提供する。
Ｉ．定義
撹拌条件：本明細書で使用される場合、「撹拌条件」という用語は、固体（例えば、固体触媒）の分散、熱伝達の均一性、又は他の同様のパラメータに関して、混合物（例えば、ガラクトースモノマーを含む反応混合物）の実質的に均一又は均質な状態を促進又は維持する条件を指す。撹拌条件は、一般に、反応混合物の撹拌、振盪及び／又は混合を含む。いくつかの実施形態では、撹拌条件は、気体又は他の液体を溶液に添加することを含み得る。いくつかの実施形態では、触媒、例えば酸触媒の実質的に均一又は均質な分布を維持するために撹拌条件が使用される。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物を合成するために、単糖調製物を、均一及び均質な熱伝達を達成するために適切な条件下で酸触媒の存在下で加熱する。
撹拌条件：本明細書で使用される場合、「撹拌条件」という用語は、固体（例えば、固体触媒）の分散、熱伝達の均一性、又は他の同様のパラメータに関して、混合物（例えば、ガラクトースモノマーを含む反応混合物）の実質的に均一又は均質な状態を促進又は維持する条件を指す。撹拌条件は、一般に、反応混合物の撹拌、振盪及び／又は混合を含む。いくつかの実施形態では、撹拌条件は、気体又は他の液体を溶液に添加することを含み得る。いくつかの実施形態では、触媒、例えば酸触媒の実質的に均一又は均質な分布を維持するために撹拌条件が使用される。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物を合成するために、単糖調製物を、均一及び均質な熱伝達を達成するために適切な条件下で酸触媒の存在下で加熱する。
およそ：本明細書で使用される場合、「およそ」又は「約」という用語は、対象の１つ又は複数の値に適用される場合、記載された基準値と同様の値を指す。特定の実施形態では、「およそ」又は「約」という用語は、特に明記しない限り、又は文脈から明らかでない限り（そのような数が可能な値の１００％を超える場合を除く）、記載された基準値のいずれかの方向（より大きいか又はより小さい）において１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％未満内の範囲を指す。
有効量：本明細書で使用される場合、「有効量」という用語は、例えば対象又は患者において生物学的応答を誘発するのに必要かつ十分なオリゴ糖組成物の投与量又は濃度を指す。いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、対象において（例えば、対象の胃腸管において）短鎖脂肪酸（例えば、ブチラート、プロピオナート、及び／又はアセタート）の濃度を増加させることができる。いくつかの実施形態では、有効量のオリゴ糖組成物は、少なくとも１つの微生物種の濃度又は数を調節する、例えば増加又は減少させることができる。いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、対象における炎症誘発性微生物及び／又は病原体（例えば、薬物又は抗生物質耐性病原体、又はＭＤＲ病原体）の獲得、コロニー形成を減少させるか、又は蓄積を減少させることができる。いくつかの実施形態では、有効量のオリゴ糖組成物は、共生微生物と比較して炎症誘発性及び／又は病原性微生物の存在量を減少させることができる。いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、自己免疫障害及びアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患）を有する対象を治療することができる。いくつかの実施形態では、有効量のオリゴ糖組成物は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患を治療することができる。いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、対象（例えば、症状の重症度又は数）における自己免疫障害及びアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患）の症状を調節する、例えば減少させることができる。いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、対象における酵素の活性又はレベルを調節する、例えば、増加又は減少させることができる。いくつかの実施形態では、有効量のオリゴ糖組成物は、代謝産物のプロセシングを調節する、例えば増加又は減少させることができる。
ガラクトースモノマー：本明細書で使用される場合、「ガラクトースモノマー」という用語は、一般に、Ｄ－ガラクトースとして知られるガラクトースモノマーのＤ－異性体を指す。
単糖調製物：本明細書で使用される場合、「単糖調製物」という用語は、ガラクトースモノマーを含む調製物を指す。いくつかの実施形態では、単糖調製物は、ガラクトースモノマーを含む。
オリゴ糖：本明細書で使用される場合、「オリゴ糖」という用語（いくつかの文脈では「オリゴ糖」という用語と互換的に使用され得る）は、グリコシド結合（少なくとも２の重合度（ＤＰ）を有する（例えばＤＰ２＋））を介して互いに結合したガラクトースモノマーを含む糖分子を指す。いくつかの実施形態では、オリゴ糖は、グリコシド結合によって連結された少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、又は少なくとも１０個の単糖サブユニットを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖は、グリコシド結合によって連結された３～２０、４～１６、５～１５、８～１２、５～２５、１０～２５、２０～５０、４０～８０、又は７５～１００個の単糖の範囲である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖は、少なくとも１つの１，２、１，３、１，４、及び／又は１，６のグリコシド結合を含む。オリゴ糖は直鎖状であっても分岐状であってもよい。オリゴ糖は、α配置の１つ又は複数のグリコシド結合及び／又はβ配置の１つ又は複数のグリコシド結合を有し得る。
医薬組成物：本明細書で使用される場合、「医薬組成物」は、疾患の緩和、治療、又は予防において薬理活性又は他の直接的な効果を有する組成物、及び／又はその完成した剤形若しくは製剤を指し、ヒトでの使用のためのものである。医薬組成物又は医薬製剤は、典型的には、優良医薬品製造基準（ＧＭＰ）条件下で製造される。医薬組成物又は製剤は、無菌又は非無菌であり得る。非無菌の場合、そのような医薬組成物又は製剤は、典型的には、米国薬局方（ＵＳＰ）又は欧州薬局方（ＥＰ）に記載されているような非無菌医薬品の微生物学的仕様及び基準を満たす。本明細書に記載される任意のオリゴ糖組成物は、医薬組成物として製剤化され得る。
対象：本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト対象又は患者を指す。
対象には、新生児（早産児、満期産児）、１歳までの乳児、小児（例えば、１歳～１２歳）、十代の若者（例えば、１３～１９歳）、成人（例えば、２０～６４歳）、及び高齢者（例えば、６５歳以上）が含まれ得る。いくつかの実施形態において、対象は、新生児（出生から１ヶ月）、乳児（１ヶ月～２歳）、発育中の小児（２歳～１２歳）及び青年（１２歳～１６歳）を含む、小児集団又はその亜集団である。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象である。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象と比較して、低下したレベルのＳＣＦＡ、例えば、ブチラート、プロピオナート及び／又はアセタートを有する患者である。いくつかの実施形態では、対象は、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害）を有する。いくつかの実施形態において、対象は炎症性腸疾患を有する。いくつかの実施形態では、対象は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、又は小児期発症の炎症性腸疾患を有する。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象と比較して、共生細菌（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）のレベルが低下している。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象と比較して、病原性細菌（例えばエンテロバクター科）のレベルが上昇している。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象と比較して、共生細菌に対して高い割合の病原性細菌を有する。いくつかの実施形態では、対象は、２０歳～７０歳、２０歳～６０歳、２５歳～６０歳、又は２５歳～５５歳である。いくつかの実施形態では、対象は、例えば炎症性腸疾患（例えば、ＵＣ、ＣＤ）に加えて、例えば自己免疫状態、例えば関節リウマチ等の少なくとも１つの併存症を有する。一実施形態では、対象は、軽度の疾患（例えば、軽度ＵＣ）を呈する。例えば、対象は、潰瘍性大腸炎についてのＭａｙｏスコア／疾患活動性指数（ＤＡＩ）が２～４であり、例えば、１日当たり４回未満の排便があり、血液及び表在性粘膜の限定的な紅斑を有する又は有さない。一実施形態では、対象は、中等度の疾患（例えば、中程度のＵＣ）を呈する。例えば、対象は、潰瘍性大腸炎についてのＭａｙｏスコア／疾患活動性指数（ＤＡＩ）が５～７であり、例えば、１日当たり５回以上の排便があり、軽度であるが、下痢及び内視鏡検査で結腸の中等度の潰瘍化による貧血が増加している。一実施形態では、対象は、重度の疾患（例えば、重度のＵＣ）を呈する。例えば、対象は、潰瘍性大腸炎についてのＭａｙｏスコア／疾患活動性指数（ＤＡＩ）が８～９、例えば、大量の血性下痢の１日当たり８回以上の排便があり、内視鏡検査で粘膜血管マーキングの喪失が明らかになる。一実施形態では、対象は、軽度から中等度の疾患（例えば、軽度から中等度のＵＣ）を呈する。一実施形態では、対象は、中等度～重度の疾患（例えば、中等度～重度のＵＣ）を呈する。
治療及び治療すること：本明細書で使用される場合、「治療する」及び「治療」という用語は、特定の有害な状態、障害、若しくは疾患にかかりやすい、又は状態、障害、若しくは疾患を発症する疑いがある若しくは発症するリスクがある無症候性対象における、症状の重症度及び／又は頻度の低下に影響を及ぼし、症状及び／又はその根本的な原因を排除し、並びに／あるいは損傷の改善又は修復を促進し、並びに／又は有害な状態、障害、又は疾患を予防するための、対象（例えば、有害な状態、障害又は疾患に罹患している症候性対象）への組成物の投与を指す。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物で対象を治療すると、対象の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えばブチレート、プロピオナート及び／又はアセタートの相対レベル又は絶対レベルが調節される、例えば上昇する。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害）の重症度が低下する。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）の重症度が低下する。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）を有するか又は有すると疑われる人の生活の質が向上する。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）を有するか又は有すると疑われる人の症状（例えば、下痢、発熱、疲労、腹痛、血便、炎症、体重減少）の数及び／又は重症度が低下する。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）の悪化、進行又は発症が防止される。いくつかの実施形態において、対象をオリゴ糖組成物で治療することにより、慢性炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）の症状の再発の数及び／又は割合が低下する。
いくつかの実施形態において、対象の集団をオリゴ糖組成物で治療することにより、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）を有するか有する疑いがある処置された人の平均生活の質が高まる。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物で対象の集団を治療すると、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病）を有するか有する疑いがある治療された人の症状（例えば、下痢、発熱、疲労、腹痛、血便、炎症、体重減少）の平均数及び／又は重症度が低下する。いくつかの実施形態では、対象をオリゴ糖組成物で治療すると、対照又は標準治療と比較して、症状の数、症状の重症度、疾患の重症度、及び治療されている疾患の進行の１つ又は複数において少なくとも５％の改善（例えば、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、５０％の改善）が得られる。例えば、症状の臨床的寛解、例えば１０週間後、２６週間後又は５２週間後（例えば、治療開始後）である。治療は、糞便カルプロテクチン、糞便ラクトフェリン及び糞便リポカリン等の炎症に関連するバイオマーカを含む１つ又は複数の疾患関連バイオマーカを測定することによって評価され得る。代替において、又は加えて、治療は、粘膜治癒（例えば、腸内層）を評価することによって評価され得る。代替において、又は加えて、治療は、例えば、対象の腸症状、情動的健康、全身系及び社会的機能を評価する３２項目の炎症性腸疾患質問票（ＩＢＤＱ－３２）を使用して、生活の質（ＱｏＬ）を評価することによって評価され得る。一実施形態では、ＱｏＬスコアは自己報告することができる。単純臨床大腸炎活動性指数（ＳＣＣＡＩ）複合スコアを用いて治療を評価してもよい（例えば、Ｗａｌｍｓｌｅｙ，Ｒ Ｓ；Ａｙｒｅｓ，Ｒ Ｃ Ｓ；Ｐｏｕｎｄｅｒ，Ｒ Ｅ；Ａｌｌａｎ，Ｒ Ｎ（１９９８）．“Ａ ｓｉｍｐｌｅ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｏｌｉｔｉｓ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ”．Ｇｕｔ．４３（１）：２９－３２．において報告されているように）。
ＩＩ．オリゴ糖組成物
ヒト対象において炎症を低下させるためのオリゴ糖組成物及びその使用方法が本明細書で提供される。
ヒト対象において炎症を低下させるためのオリゴ糖組成物及びその使用方法が本明細書で提供される。
一態様では、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物が本明細書で提供され、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、ガラクトースモノマーを含む調製物を１００℃～１６０℃、１００℃～１２０℃、１１０℃～１３０℃、１２０℃～１４０℃、１３０℃～１５０℃又は約１３５℃の範囲の温度に最初に加熱することを最初に含むプロセスによって製造される。加熱は、撹拌条件下で行うことができる。加熱は、均一性及び均一な熱伝達を達成するために適切な条件下で、温度（例えば、室温から）を約１３０℃、約１３５℃、約１４０℃、約１４５℃、又は約１５０℃まで徐々に上昇させることを含んでもよい。
正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を調製物に添加する（例えば、加熱前）。いくつかの実施形態では、酸触媒は固体触媒である。いくつかの実施形態では、触媒は、表１による１つ又は複数の物理的及び化学的特性を有する強酸カチオン交換樹脂である。いくつかの実施形態では、触媒は、３．０ｍｍｏｌ／ｇ超のスルホン酸部分及び１．０ｍｍｏｌ／ｇ未満のカチオン性部分を含む。特定の実施形態では、触媒は、４５～５０重量％の公称含水量を有する。いくつかの実施形態では、触媒は可溶性触媒、例えば有機酸触媒である。いくつかの実施形態では、触媒は、クエン酸、酢酸、酪酸又はプロピオン酸である。
特定の実施形態では、触媒は、ガラクトースモノマーと同時に添加される。
いくつかの実施形態では、調製物に触媒を充填した後、得られた反応混合物を、酸触媒オリゴ糖形成を促進する条件下、大気圧及び１００℃～１６０℃、１００℃～１２０℃、１１０℃～１３０℃、１２０℃～１４０℃、１３０℃～１５０℃、又は約１３５℃の範囲の温度で保持する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全ガラクトースモノマー含有量の重量パーセントが２～１４％（２～５％、４～８％、５～１３％、７～１０％、７～１１％、９～１４％、又は８～１２％であってもよい）の範囲内になると、反応混合物はクエンチされる。クエンチは、典型的には、水（例えば、脱イオン水）を使用して反応混合物を希釈し、反応混合物の温度を５５℃～９５℃に徐々に低下させることを含む。いくつかの実施形態では、クエンチに使用される水は約９５℃である。水は、混合物の固化を回避するのに十分な条件下で反応混合物に添加することができる。特定の実施形態において、水は、蒸発によって反応混合物から除去され得る。いくつかの実施形態において、反応混合物は、５０～５５重量パーセントの溶解した固体を含有し得る。いくつかの実施形態において、クエンチは、種々の高温での選択されたオリゴ糖組成物の安定性を実証する図８及び実施例１９の開示に従って適時に行われるべきである。
最後に、精製されたオリゴ糖組成物を得るために、組成物は、典型的には、クエンチされた反応混合物を水で約３５～６０重量パーセント（３５～５０重量パーセントであってもよい）の濃度及び約８５℃未満の温度（例えば、室温）に希釈し、次いで混合物をフィルタ又は一連のクロマトグラフィ樹脂に通すことによるものである。いくつかの実施形態において、最終的な精製されたオリゴ糖組成物は、いかなるクロマトグラフィ樹脂も使用せずに、クエンチされた反応混合物を水で約３５～６０重量パーセント（３５～５０重量パーセントであってもよい）の濃度及び約８５℃未満（例えば、室温）の温度に希釈することによって得られる。いくつかの実施形態では、組成物は酸触媒から分離される。特定の実施形態では、使用されるフィルタは０．４５μｍフィルタである。あるいは、一連のクロマトグラフィ樹脂を使用してもよく、一般に、カチオン交換樹脂、アニオン交換樹脂、及び／又は脱色ポリマー樹脂を含む。いくつかの実施形態では、樹脂のタイプのいずれか又は全ては、任意の順序で１回又は複数回使用され得る。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、室温での貯蔵時の微生物増殖に必要なレベルより低いレベルの水を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、大規模プロセス（例えば、５０Ｌスケール超、５００～５０００Ｌ、１０００～５０００Ｌ、１０００～４０００Ｌ、１０００～３０００Ｌ、１５００～３０００Ｌ、例えば反応器のサイズ）によって製造される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を製造するための大規模プロセスは、例えば、実施例１２によって記載されるように、５０Ｌプロセス（例えば、５０Ｌ反応器）である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を製造するための大規模プロセスは、例えば、実施例１３によって記載されるように、２０００Ｌプロセス（例えば、２０００Ｌ反応器）である。当業者は、利用可能な反応器及び利用可能な機器（例えば、反応器、撹拌器、インペラ、モータ等のサイズ、形状、材料等の選択）に基づいて、本明細書に記載の大規模プロセス（例えば、実施例１２及び１３によって記載されるように）を変更する方法を理解するであろう。例えば、実施例１３に記載される大規模プロセス（２０００Ｌスケール）の修正は、沸点（例えば、約１１２℃）から反応維持温度（例えば、約１３０℃）への温度上昇を変更すること（例えば、温度上昇の加速又は減速）を含み得、及び／又は、例えば、反応材料の粘度の増加を可能にするために、撹拌速度を段階的に変更すること（例えば、反応器及びそのモータによる電力使用を低減するために）を含み得る。
特定の実施形態では、全てのオリゴ糖の平均重合度は、１１～１９、任意選択的に１３～１７の範囲である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、４５～５５重量パーセントの範囲の水を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１９００～２８００、任意選択的に２２１４～２７１５の範囲のＭＷｗ（重量平均分子量）（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２０７０～３０９０の範囲のＭＷｗ（重量平均分子量）（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１０５０～１２５０、任意選択的に１０９５～１２０１の範囲のＭＷｎ（数平均分子量）（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１１１０～１３５０の範囲のＭＷｎ（数平均分子量）（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、２．５０～３．５０の範囲のｐＨを有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、２．００～５．００、任意選択的に２．００－４．８０の範囲のｐＨを有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８９～９４重量パーセントの範囲内の少なくとも２の重合度（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、８５～９５重量％、任意選択的に８８～９０重量％の範囲の少なくとも２の重合度（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８０～９８重量パーセントの範囲内の少なくとも２の重合度（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。
更に、いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、脱モノマー化され得る。いくつかの実施形態では、脱モノマー化は、残留糖類モノマーの除去を含む。いくつかの実施形態において、脱モノマー化は、クロマトグラフィ樹脂を使用して行われる。したがって、いくつかの実施形態では、存在するモノマーの割合に応じて異なる組成物を調製することができる。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１％、約３％、約５％、約１０％、又は約１５％のモノマー含有量に脱モノマー化される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１～３％、約３～６％、約５～８％、約７～１０％、又は約１０～１５％のモノマー含有量に脱モノマー化される。一実施形態において、オリゴ糖組成物は、１％未満のモノマー含量まで脱モノマー化される。一実施形態において、オリゴ糖組成物は、約７％～１０％のモノマー含量まで脱モノマー化される。一実施形態において、オリゴ糖組成物は、約０．１％～２％未満のモノマー含量まで脱モノマー化される。一実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１％～３％のモノマー含量まで脱モノマー化される。一実施形態では、脱モノマー化は浸透圧分離によって達成される。第２の実施形態では、脱モノマー化は、タンジェンシャルフロー濾過（ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ ｆｌｏｗ ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ：ＴＦＦ）によって達成される。第３の実施形態では、脱モノマー化は、エタノール沈殿によって達成される。
いくつかの実施形態において、異なるモノマー含有量を有するオリゴ糖組成物はまた、総食物繊維、水分、総食物繊維（乾燥基準）、又はデキストロース当量（ＤＥ）パーセントについて異なる測定値を有し得る。いくつかの実施形態では、総食物繊維は、ＡＯＡＣ２０１１．２５の方法に従って測定される。いくつかの実施形態において、水分は、６０℃の真空オーブンを使用することによって測定される。いくつかの実施形態では、総食物繊維量（乾燥基準）が計算される。いくつかの実施形態では、ＤＥパーセントは、Ｆｏｏｄ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｃｏｄｅｘ（ＦＣＣ）に従って測定される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５８～９４パーセント（乾燥基準）の総食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、６５～８７パーセント（乾燥基準）の総食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、７３～８１パーセント（乾燥基準）の総食物繊維含有量を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５０～８０、５５～８０、６０～８０、５０～７０、５５～７０、６０～７０、５０～６５、５５～６５、又は６０～６５パーセント（乾燥基準）の総食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、（乾燥ベースで）約５０、約５５、約５８、約６０、約６２、又は約６５％の総食物繊維含有量を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５８～９４パーセント（乾燥基準）の総水溶性食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、６５～８７パーセント（乾燥基準）の総水溶性食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、７３～８１パーセント（乾燥基準）の総水溶性食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５０～８０、５５～８０、６０～８０、５０～７０、５５～７０、６０～７０、５０～６５、５５～６５、又は６０～６５パーセント（乾燥基準）の総水溶性食物繊維含有量を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、（乾燥ベースで）約５０、約５５、約５８、約６０、約６２、又は約６５％の総水溶性食物繊維含有量を有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５～５０パーセントの総還元糖含有量（デキストロース当量（ＤＥ）（乾燥固体））を有する。
いくつかの実施形態において、本明細書において提供される方法によるオリゴ糖組成物の製造は、バッチプロセス又は連続プロセスで行うことができる。例えば、１つの実施形態において、オリゴ糖組成物がバッチプロセスで製造され、この場合、反応器の内容物が撹拌条件（例えば、連続的に混合又はブレンドされる）に供され、反応の生成物の全部又はかなりの量が除去される（例えば、単離及び／又は回収）。
特定の実施形態では、触媒を使用する方法は、水性環境で行われる。１つの適切な水性溶媒は水であり、様々な供給源から得ることができる。一般に、いくつかの実施形態では、イオン種が触媒の有効性を低下させる可能性があるため、イオン種の濃度がより低い水源（例えば、ナトリウム、リン、アンモニウム、又はマグネシウムの塩）を使用してもよい。水性溶媒が水であるいくつかの実施形態では、水は１０％未満のイオン種（例えば、ナトリウム、リン、アンモニウム、マグネシウムの塩）を有する。水性溶媒が水であるいくつかの実施形態では、水は、少なくとも０．１メガオームセンチメートル、少なくとも１メガオームセンチメートル、少なくとも２メガオームセンチメートル、少なくとも５メガオームセンチメートル、又は少なくとも１０メガオームセンチメートルの抵抗率を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法の反応が進行すると、水（発生した水等）が１つ又は複数の糖モノマーの各グリコシド結合で生成される。特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、反応混合物中に存在する水の量並びに／あるいは水とモノマー若しくは触媒の比を一定期間にわたって監視することを更に含み得る。したがって、いくつかの実施形態では、反応混合物の含水量は、反応の過程にわたって、例えば、生成された発生水を除去して変化させることができる。適切な方法を使用して、例えば蒸留等による蒸発を含む、反応混合物中の水（例えば、発生水）を除去することができる。いくつかの実施形態において、方法は、反応混合物に水を含めることを含む。特定の実施形態において、方法は、蒸発によって反応混合物から水を除去することを含む。
特定の実施形態では、調製物は、正に帯電した水素イオンを含む酸触媒が充填される。
いくつかの実施形態では、酸触媒は固体触媒（例えば、Ｄｏｗｅｘ Ｍａｒａｔｈｏｎ Ｃ）である。いくつかの実施形態では、酸触媒は可溶性触媒（例えば、クエン酸）である。
いくつかの実施形態では、正に帯電した水素イオンと全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、適切な範囲内である。いくつかの実施形態において、正に帯電した水素イオンと全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、０．０１～０．１、０．０２～０．０８、０．０３～０．０６又は０．０５～０．０６の範囲である。いくつかの実施形態では、正に帯電した水素イオンと全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、０．００３～０．０１、０．００５～０．０２、０．０１～０．０２、０．０１～０．０３、０．０２～０．０３、０．０２～０．０４、０．０３～０．０５、０．０３～０．０８、０．０４～０．０７、０．０５～０．１、０．０５～０．２、０．１～０．２、０．１～０．３、又は０．２～０．３の範囲である。
いくつかの実施形態において、可溶性酸触媒（例えば、クエン酸触媒）と全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、適切な範囲にある。いくつかの実施形態において、可溶性酸触媒（例えば、クエン酸触媒）と全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、０．０１～０．１、０．０２～０．０８、０．０３～０．０６、又は０．０５～０．０６の範囲である。いくつかの実施形態において、可溶性酸触媒（例えば、クエン酸触媒）と全ガラクトースモノマー含有量とのモル比は、０．００３～０．０１、０．００５～０．０２、０．０１～０．０２、０．０１～０．０３、０．０２～０．０３、０．０２～０．０４、０．０３～０．０５、０．０３～０．０８、０．０４～０．０７、０．０５～０．１、０．０５～０．２、０．１～０．２、０．１～０．３、又は０．２～０．３の範囲である。
いくつかの実施形態において、水を反応混合物に添加して、反応混合物の温度を１００℃以下にすることによって反応をクエンチする。いくつかの実施形態では、クエンチに使用される水は脱イオン水である。いくつかの実施形態では、クエンチに使用される水はＵＳＰ水である。いくつかの実施形態において、水は、約６０℃～約１００℃の温度を有する。特定の実施形態では、クエンチに使用される水は約９５℃である。いくつかの実施形態において、水は、混合物の固化を回避するのに十分な条件下で反応混合物に添加される。
反応混合物の粘度は、反応の過程にわたって測定及び／又は変更することができる。一般に、粘度は、流動に対する流体の内部抵抗（例えば、「厚さ」）の測定値を指し、センチポアズ（ｃＰ）又はパスカル秒で表される。いくつかの実施形態において、反応混合物の粘度は、約１００ｃＰ～約９５，０００ｃＰ、約５，０００ｃＰ～約７５，０００ｃＰ、約５，０００～約５０，０００ｃＰ、又は約１０，０００～約５０，０００ｃＰである。特定の実施形態において、反応混合物の粘度は、約５０ｃＰ～約２００ｃＰである。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されるオリゴ糖組成物は、１つ又は複数の更なる処理工程に供され得る。追加の処理工程は、例えば、精製工程を含み得る。精製工程は、例えば、分離、脱モノマー化、希釈、濃縮、濾過、脱塩若しくはイオン交換、クロマトグラフィ分離、若しくは脱色、又はそれらの任意の組合わせを含み得る。
特定の実施形態において、本明細書中に記載される方法は、希釈工程を更に含む。いくつかの実施形態では、希釈のために脱イオン水が使用される。特定の実施形態では、ＵＳＰ水が希釈のために使用される。特定の実施形態では、希釈後、オリゴ糖組成物は、約５～７５、２５～６５、３５～６５、４５～５５、又は４７～５３重量％の範囲の水を含む。特定の実施形態では、希釈後、オリゴ糖組成物は、約３５～６５重量％の範囲の水を含む。特定の実施形態では、希釈後、オリゴ糖組成物は、約４０～５０重量％の範囲の水を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、脱色工程を更に含む。生成された１つ又は複数のオリゴ糖組成物は、例えば、吸収剤、活性炭、クロマトグラフィ（例えば、イオン交換樹脂を使用する）、及び／又は濾過（例えば、精密濾過）による処理を含む適切な方法を使用して脱色工程を経てもよい。
いくつかの実施形態において、製造された１つ又は複数のオリゴ糖組成物は、塩、鉱物及び／又は他のイオン種を除去するための材料と接触させられる。例えば、特定の実施形態では、生成された１つ又は複数のオリゴ糖組成物は、アニオン交換カラムに流される。
他の実施形態において、生成されたオリゴ糖組成物は、アニオン性／カチオン性交換カラム対を通って流れる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、濃縮工程を更に含み得る。例えば、いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、濃縮オリゴ糖組成物を生成するために蒸発（例えば、真空蒸発）に供され得る。他の実施形態では、オリゴ糖組成物を噴霧乾燥工程に供して、オリゴ糖粉末を製造することができる。特定の実施形態において、オリゴ糖組成物は、蒸発工程及び噴霧乾燥工程の両方に供され得る。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物を凍結乾燥（例えば、フリーズドライ）工程に供して、水を除去し、粉末生成物を生成する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、分画工程を更に含む。調製及び精製されたオリゴ糖組成物は、その後、例えば、高速液体クロマトグラフィ、吸着／脱着（例えば、低圧活性化炭素クロマトグラフィ）又は濾過（例えば、限外濾過又はダイアフィルトレーション）を含む当技術分野で公知の任意の方法を使用して分子量によって分離され得る。特定の実施形態では、オリゴ糖組成物を、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９８％超の短（約ＤＰ１－２）種、中（約ＤＰ３－１０）種、長（約ＤＰ１１－１８）種、又は超長（約ＤＰ＞１８）種を表すプールに分離する。
特定の実施形態において、調製されたオリゴ糖組成物は、炭素質材料への吸着によって分画され、１％、５％、１０％、２０％、５０％又は１００％の濃度の水中の有機溶媒の混合物で材料を洗浄することによってその後の分画が脱着される。一実施形態では、吸着材料は活性炭である。別の実施形態では、吸着材料は、体積又は重量で５％、１０％、２０％、３０％、４０％、又は５０％の部分の活性炭と珪藻土又はセライト５４５等の増量剤との混合物である。
更なる実施形態において、調製されたオリゴ糖組成物は、高速液体クロマトグラフィシステムを通過させることによって分離される。特定の変形例では、調製されたオリゴ糖組成物は、イオン親和性クロマトグラフィ、親水性相互作用クロマトグラフィ、又はゲル浸透及びゲル濾過を含むサイズ排除クロマトグラフィによって分離される。
いくつかの実施形態において、触媒は、濾過によって除去される。特定の実施形態では、濾過中に触媒を除去するために０．４５μｍフィルタが使用される。他の実施形態では、低分子量材料は濾過法によって除去される。特定の変形例では、低分子量材料は、透析、限外濾過、ダイアフィルトレーション、又はタンジェンシャルフロー濾過によって除去され得る。特定の実施形態では、濾過は、静的透析チューブ装置で行われる。他の実施形態では、濾過は動的流動濾過システムで行われる。他の実施形態では、濾過は遠心力駆動濾過カートリッジ内で行われる。特定の実施形態において、反応混合物は、濾過前に約８５℃未満に冷却される。
特定の実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度は、１１～１９の範囲である。
特定の実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度は、１０～１６の範囲である。特定の実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度は、１３～１７の範囲である。特定の実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度は、約１５である。いくつかの実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度は、５～２０、６～１９、１１～１６、１２～１８、１０～１７、７～１５、７～１２、７～１０、７～８、９～１０、１０～１１、１１～１１、１１～１５、１２～１３、１２～１４、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１７～１８、１５～２０、３～８、４～７、又は５～６の範囲である。いくつかの実施形態において、全てのオリゴ糖の平均重合度（ＤＰ）は、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、又は約２１である。
特定の実施形態では、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントは、６～１２の範囲内である。特定の実施形態では、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントは、８～１０の範囲内である。特定の実施形態では、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントは、５～１３の範囲内である。特定の実施形態では、オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントは、６～７の範囲内である。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、Ｈ－［Ｃ６Ｈ９－１１Ｏ５］ｎ－ＯＨの式を含むポリマーの混合物であり、ここで、混合物の単一ポリマー中のモノマー単位の総数は、２～約６０（ｎ＝２～６０）の範囲であり、約１５．１のモノマー単位の混合物の平均値を有する。各モノマー単位は、非置換であってもよく、任意のグリコシド異性体によって別のガラクトース単位で単独で、二重に、又は三重に置換されていてもよい。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５～７５重量パーセントの範囲の水を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２５～６５重量パーセントの範囲の水を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、３５～６５重量パーセントの範囲の水を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、４５～５５重量パーセントの範囲の水を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２２１４～２７１５の範囲のＭＷｗ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１８１６～３０７０の範囲のＭＷｗ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１４００～３５００、１８００～３１００、１５００～２０００、１７００～２２００、１９００～２４００、２１００～２６００、２３００～２８００、２５００～３０００、又は２７００～３２００の範囲のＭＷｗ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１０９５～１２０１の範囲のＭＷｎ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１０１１～１２９９の範囲のＭＷｎ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、９００～１１００、１０００～１２００、１１００～１４００、１２００～１５００、１３００～１６００、又は１４００～１７００の範囲のＭＷｎ（ｇ／ｍｏｌ）を有するオリゴ糖を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、１．５０～６．００の範囲のｐＨを有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、１．５０～５．００の範囲のｐＨを有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、２．００～４．００の範囲のｐＨを有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物を含む溶液は、２．５０～３．５０の範囲のｐＨを有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１３％～約３０％の範囲の分岐度を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１５％～約２６％の範囲の分岐度を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２０％～２１％の範囲の分岐度を有するオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５～５０％、５～４０％、５～３０％、５～２０％、５～１５％、１０～５０％、１０～４０％、１０～３０％、１０～２５％、１５～３０％、又は１５～２０％の範囲の分岐度を有するオリゴ糖を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８０～１００重量パーセントの範囲の２つ以上の繰返し単位（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８７～９６重量パーセントの範囲の２つ以上の繰返し単位（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８８～９４重量パーセントの範囲の２つ以上の繰返し単位（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、９０～９２重量パーセントの範囲の２つ以上の繰返し単位（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、８０～８５、８５～８７、８６～８８、８７～９０、８８～９１、８９～９２、９０～９３、９１～９４、９２～９５、９３～９６、又は９５～９８重量％の範囲の２つ以上の繰返し単位（ＤＰ２＋）を有するオリゴマーを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１．８～２．４の多分散指数（ＰＤＩ）を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２．０～２．３の多分散指数（ＰＤＩ）を有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１．０～１．２、１．２～１．３、１．３～１．４、１．４～１．５、１．５～１．６、１．７～１．８、１．８～２．０、２．０～２．２、２．２～２．４、又は２．４～２．６のＰＤＩを有する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約１．６、約１．７、約１．８、約１．９、約２．０、約２．１、約２．２、約２．３又は約２．４のＰＤＩを有する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中のオリゴ糖のＭＷｗ、ＭＷｎ、ＰＤＩ、モノマー含有量（ＤＰ１）及び／又はＤＰ２＋値は、実施例６に記載のサイズ排除クロマトグラフィ法を用いて決定される。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、８０～８５、８５～８７、８６～８８、８７～９０、８８～９１、８９～９２、９０～９３、９１～９４、又は９２～９５重量％の範囲の少なくとも３つの連結モノマー単位（ＤＰ３＋）を有するオリゴマーを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、６．４％～１１．４％のモノマー（ＤＰ１）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、５％～１０％、７％～１２％、１１％～１８％、１０％～１５％、又は１２％～１７％のモノマー（ＤＰ１）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、少なくとも２つの連結されたモノマー単位（ＤＰ２＋）を有する８８．６％～９４．６％のオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、少なくとも２つの連結されたモノマー単位（ＤＰ２＋）を有する８０％～８１％、８１％～８２％、８２％～８３％、８４％～８５％、８５％～８６％、８６％～８７％、８７％～８８％、８８％～９０％、又は８９％～９５％のオリゴマーを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、少なくとも３つの連結されたモノマー単位（ＤＰ３＋）を有する８４％～８５％、８５％～８６％、８６％～８７％、８７％～８８％、又は８８％～９０％のオリゴマーを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．１０％未満の全不純物（モノマーを除く）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．０５％未満の全不純物（モノマーを除く）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．２０％、０．１５％、０．１０％、又は０．０５％未満の全不純物（モノマーを除く）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．１０％ｗ／ｗ未満のグルクロン酸、０．１０％ｗ／ｗ未満の乳酸、０．１０％ｗ／ｗ未満のギ酸、０．１０％ｗ／ｗ未満の酢酸、及び０．１０％ｗ／ｗ未満のヒドロキシメチルフルフラール（ＨＭＦ）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、検出不能なレベルの乳酸、ギ酸、レブリン酸及びＨＭＦを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．１９％ｗ／ｗのクエン酸を含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、０．１５～０．２２％ｗ／ｗ、０．１０～１．００％ｗ／ｗ、０．５０～１．５０％ｗ／ｗ、１．００～２．００％ｗ／ｗ、２．００～３．００％ｗ／ｗ、２．００～２．５０％ｗ／ｗ又は２．５０～３．００％ｗ／ｗのクエン酸を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２２１４～２７１５のＭＷｗ、１０９５～１２０１のＭＷｎ、及び／又は２．０～２．３のＰＤＩを含む。
特定の実施形態では、ＮＭＲによって分析されるオリゴ糖組成物は単糖モノマー（ＤＰ１）を含有し、すなわち、ＤＰ１成分はＮＭＲ分析の前に組成物から除去されない。例えば、いくつかの実施形態において、ＮＭＲによって分析されるオリゴ糖組成物は、１０％～－２５％のＤＰ１モノマーを含有する。特定の実施形態では、ＮＭＲによって分析される組成物は、脱モノマー化され、すなわち、組成物のＤＰ１成分の一部又は全部が、ＮＭＲ分析の前に、例えば実施例８に記載される方法によって除去される。例えば、いくつかの実施形態において、ＮＭＲによって分析されるオリゴ糖組成物は、０．０５％～１０％のＤＰ１モノマーを含有する。
本明細書に記載され、本明細書に記載される方法に従って調製されたオリゴ糖組成物は、過メチル化分析を使用して特性決定され、従来技術の組成物から区別することができる。例えば、Ｚｈａｏ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．’Ｒａｐｉｄ，ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ，’ ＰＮＡＳ Ｍａｒｃｈ ４，１９９７ ９４（５）１６２９－１６３３；Ｋａｉｌｅｍｉａ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．’Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂｙ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ：Ａ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｒｅｃｅｎｔ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓ，’Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．２０１４ Ｊａｎ ７；８６（１）：１９６－２１２を参照されたい。したがって、別の態様では、例えばヒトにおいて最小限に消化可能な複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物が本明細書で提供され、複数のオリゴ糖はモノマーラジカルを含む。複数のオリゴ糖中の異なる種類のモノマーラジカルのモル百分率は、実施例９に記載の過メチル化アッセイを使用して定量することができる。過メチル化アッセイは、組成物の脱モノマー化サンプルに対して行われる。
いくつかの実施形態において、複数のオリゴ糖は、ラジカル（１）～（２０）から選択される２つ以上のモノマーラジカルを含む：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１１～１５．０２ｍｏｌ％（６．２９～１２．８４ｍｏｌ％であってもよい）を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１７．７４～３１．２８ｍｏｌ％（２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．４８～３．７０ｍｏｌ％（２．７３～３．４６％ｍｏｌ％であってもよい）を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７０～７．７６ｍｏｌ％（５．３１～７．１５ｍｏｌ％であってもよい）を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．０５～４．５８ｍｏｌ％（３．３６～４．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．０１～４．５６ｍｏｌ％（４．１２～４．４５ｍｏｌ％であってもよい）を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．２４～６．２８ｍｏｌ％（４．６５～５．８７ｍｏｌ％であってもよい）を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．３０～０．９５ｍｏｌ％（０．４３～０．８２ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル； （９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．７０～１１．８０ｍｏｌ％（２．９２～９．５８ｍｏｌ％であってもよい）を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル； （１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１２．０７～２０．７６ｍｏｌ％（１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％であってもよい）を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．２２～２．１９ｍｏｌ％（１．４１～１．９９ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．７７～１．３２ｍｏｌ％（０．８８～１．２１ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０９～０．３２ｍｏｌ％（０．１４～０．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４９～２．４６ｍｏｌ％（１．６９～２．２７ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．４９～５．７０ｍｏｌ％（３．９３～５．２６ｍｏｌ％であってもよい）を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．５４～６．５２ｍｏｌ％（４．１４～５．９３ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６５～３．３２ｍｏｌ％（１．９８～２．９９ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６５～１．９４ｍｏｌ％（０．９１～１．６８ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～４．１４ｍｏｌ％（０．０１～３．１０ｍｏｌ％であってもよい）を表す２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．４４ｍｏｌ％（０．０１～０．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１１～１５．０２ｍｏｌ％（６．２９～１２．８４ｍｏｌ％であってもよい）を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１７．７４～３１．２８ｍｏｌ％（２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．４８～３．７０ｍｏｌ％（２．７３～３．４６％ｍｏｌ％であってもよい）を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７０～７．７６ｍｏｌ％（５．３１～７．１５ｍｏｌ％であってもよい）を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．０５～４．５８ｍｏｌ％（３．３６～４．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．０１～４．５６ｍｏｌ％（４．１２～４．４５ｍｏｌ％であってもよい）を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．２４～６．２８ｍｏｌ％（４．６５～５．８７ｍｏｌ％であってもよい）を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．３０～０．９５ｍｏｌ％（０．４３～０．８２ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３－ガラクトフラノースジラジカル； （９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．７０～１１．８０ｍｏｌ％（２．９２～９．５８ｍｏｌ％であってもよい）を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル； （１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１２．０７～２０．７６ｍｏｌ％（１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％であってもよい）を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．２２～２．１９ｍｏｌ％（１．４１～１．９９ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．７７～１．３２ｍｏｌ％（０．８８～１．２１ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０９～０．３２ｍｏｌ％（０．１４～０．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４９～２．４６ｍｏｌ％（１．６９～２．２７ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．４９～５．７０ｍｏｌ％（３．９３～５．２６ｍｏｌ％であってもよい）を占める４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．５４～６．５２ｍｏｌ％（４．１４～５．９３ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６５～３．３２ｍｏｌ％（１．９８～２．９９ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，６－ガラクトピラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６５～１．９４ｍｏｌ％（０．９１～１．６８ｍｏｌ％であってもよい）を占める３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～４．１４ｍｏｌ％（０．０１～３．１０ｍｏｌ％であってもよい）を表す２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．４４ｍｏｌ％（０．０１～０．２８ｍｏｌ％であってもよい）を占める２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１４～３０％が１，２グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１６．７～２６．２％が１，２グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約２０％又は約２１％は、１，２グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約８．７～３３．６％（約１２．４～２８．０％であってもよい）は１，２グリコシド結合である。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１５～５０％、１５～４０％、１５～３０％、１５～２０％、２０～４０％、２０～３０％、２５～５０％、２５～３０％、又は３０～４５％が１，２グリコシド結合である。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約１５～３２％は、１，３グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約２１％又は約２２％は、１，３グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１７．４～２７．８％は、１，３グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約１１．０～３４．４％（１４．４～２９．２％であってもよい）は、１，３グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１０～５０％、１５～４０％、１５～３０％、１５～２５％、１０～４０％、１０～３０％、１０～２５％、１５～３０％、又は１５～２０％が１，３グリコシド結合である。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約１０～２２％は、１，４グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約１６％は、１，４グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の１１．９～１９．７％は、１，４グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約９．５～２３．５％（１１．４～２０．４％であってもよい）は、１，４グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の５～３５％、１０～３０％、１０～２５％、１０～２０％、５～２０％、５～１５％、又は２０～３０％が１，４グリコシド結合である。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約２４～５７％は、１，６グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約３９％又は約４０％は、１，６グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の２９．４～５０．１％は、１，６グリコシド結合である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の約２０．９～５７．８％（２７．６～５０．２％であってもよい）は、１，６グリコシド結合である。いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物中の全グリコシド結合の２５～６０％、２５～５０％、２５～４０％、３０～６０％、３０～５０％、３０～４０％、又は３５～４５％が１，６グリコシド結合である。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、２６～４９％の総フラノースを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、約３８％又は約４４％の総フラノースを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１９～７１（２８～６１％であってもよい）の総フラノースを含む。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、１５～７５％、１５～６５％、１５～５０％、１５～４０％、２０～４０％、２５～３５％又は２５～４０％の総フラノースを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物は、少なくとも１つのガラクトフラノース又はガラクトピラノース基を含む。
いくつかの実施形態において、モノマーラジカル（１）～（２０）を表２に示されるモル百分率で含む複数のオリゴ糖を含む、オリゴ糖組成物が提供される。
選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを特徴付ける過メチル化データは、実施例９及び１６に記載されている。表３に示すように、選択されたオリゴ糖組成物中に存在するモノマーラジカルを記載する全ての試験されたバッチ及び複製にわたる標準偏差（ｓｔｄ．ｄｅｖ．）を有する平均データを示すために、実施例９及び１６に記載されたこれらのデータの複合体を以下に提供する。
特定の実施形態では、オリゴ糖組成物はモノマーを含まない（例えば、脱モノマー化）。他の実施形態では、オリゴ糖組成物はモノマーを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような、モノマーラジカル（１）～（２０）を含むか、又はそれから本質的になる複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物が提供される。いくつかの実施形態において、少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、又は少なくとも１０）の対応するモル百分率が表２に示されるラジカル（１）～（２０）から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、又は少なくとも１０）のモノマーラジカルを含む複数のオリゴ糖を含む、オリゴ糖組成物が提供される。いくつかの実施形態において、モノマーラジカル（１）～（２０）を表２に示されるモル百分率で含むか、又はそれらからなる複数のオリゴ糖を含む、オリゴ糖組成物が提供される。
本明細書に記載され、本明細書に記載される方法に従って調製されたオリゴ糖組成物は、二次元ヘテロ核ＮＭＲを使用して特性決定され、先行技術の組成物と区別することができる。したがって、別の態様では、複数のオリゴ糖を含む、例えばヒトにおいて消化されにくいオリゴ糖組成物が提供され、複数のオリゴ糖は、表４のシグナル１～１１の１つ又は複数を含む多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルを特徴とし、スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される。
したがって、別の態様では、複数のオリゴ糖を含む、例えばヒトにおいて消化されにくいオリゴ糖組成物が提供され、複数のオリゴ糖は、表５のシグナル１～１１の１つ又は複数を含む多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルを特徴とし、スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、以下の表６のように定義されるオリゴ糖組成物のシグナル１～１１の少なくとも１つを含む。
選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを特性決定するＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルは、実施例８及び１５に記載されている。実施例８及び１５に記載されるデータの複合体は、表７において以下のように定義される平均ＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルを提供する。
本明細書で使用される場合、「異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲ」という用語は、「異核種単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）ＮＭＲ」という用語と互換的に使用することができる。
本明細書で使用される場合、「曲線下面積」又は「ＡＵＣ」という用語は、ＮＭＲスペクトル（例えば、選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルのシグナル１～１１の相対サイズ）のピーク／シグナルの相対サイズ（すなわち、相対強度、相対体積）を指す。本明細書で定義されるＡＵＣ又はピーク／シグナルの相対サイズは、楕円形を使用した積分領域の積分を表す。楕円形状は、長軸座標及び短軸座標によって定義され得る。長軸座標（Ｆ２寸法；１Ｈ）及び短軸座標（Ｆ１寸法；１３Ｃ）で定義される楕円形状の例を図６Ｃに示す。したがって、その楕円形の範囲内で積分して楕円形の上又は下の体積を得ることによってＡＵＣを決定することができる。
いくつかの実施形態において、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特性決定される複数のオリゴ糖を有するオリゴ糖組成物は、表８において以下のように定義される１Ｈ積分領域及び１３Ｃ積分領域を有するシグナル１～１１のうちの１つ以上を含む：
いくつかの実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータを使用して、コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、オリゴ糖組成物のサンプルを多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異種核単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験に供することによって得られる。
パルスシーケンス図（図５）
取得パラメータ
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
特定の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、サンプルは重水素化溶媒中の溶液である。適切な重水素化溶媒としては、重水素化アセトニトリル、重水素化アセトン、重水素化メタノール、Ｄ２Ｏ及びそれらの混合物が挙げられる。特定の実施形態では、重水素化溶媒はＤ２Ｏである。更に、いくつかの実施形態において、ＨＳＱＣ ＮＭＲによって特徴付けられるオリゴ糖組成物は、１０％未満のモノマー（例えば、８％、６％、５％、４％、２％、又は１％未満のモノマー）を含むように脱モノマー化手順に供されている。
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
特定の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、サンプルは重水素化溶媒中の溶液である。適切な重水素化溶媒としては、重水素化アセトニトリル、重水素化アセトン、重水素化メタノール、Ｄ２Ｏ及びそれらの混合物が挙げられる。特定の実施形態では、重水素化溶媒はＤ２Ｏである。更に、いくつかの実施形態において、ＨＳＱＣ ＮＭＲによって特徴付けられるオリゴ糖組成物は、１０％未満のモノマー（例えば、８％、６％、５％、４％、２％、又は１％未満のモノマー）を含むように脱モノマー化手順に供されている。
特定の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、実施例８に記載の条件を使用して得られる。
例示的なオリゴ糖組成物は、本明細書に記載の手順に従って調製され得る。
ＩＩＩ．使用方法
炎症の軽減を必要とする対象において炎症を軽減する方法を本明細書中に提供する。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に記載の選択されたオリゴ糖組成物を対象（例えば、対象の胃腸管）に投与して、対象の炎症を減少させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、炎症性及び免疫障害（例えば、自己免疫性及びアレルギー性障害）を有する対象又は有することが疑われる対象における炎症を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、慢性炎症障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、ＵＣ又はＣＤ）を有する対象又は有することが疑われる対象における炎症を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象（例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）等の慢性炎症障害を有するか、有することが疑われる対象）における局所炎症（例えば、腸炎症）を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象における局所炎症（例えば、腸炎症）、例えば、局所炎症の重症度及び／又は炎症を起こした局所領域（例えば、炎症の腸領域）のサイズを減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び小児期発症の炎症性腸疾患を有するか、又は有することが疑われる対象において、炎症を減少させるために使用され得る。
炎症の軽減を必要とする対象において炎症を軽減する方法を本明細書中に提供する。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に記載の選択されたオリゴ糖組成物を対象（例えば、対象の胃腸管）に投与して、対象の炎症を減少させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、炎症性及び免疫障害（例えば、自己免疫性及びアレルギー性障害）を有する対象又は有することが疑われる対象における炎症を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、慢性炎症障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、ＵＣ又はＣＤ）を有する対象又は有することが疑われる対象における炎症を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象（例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）等の慢性炎症障害を有するか、有することが疑われる対象）における局所炎症（例えば、腸炎症）を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象における局所炎症（例えば、腸炎症）、例えば、局所炎症の重症度及び／又は炎症を起こした局所領域（例えば、炎症の腸領域）のサイズを減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び小児期発症の炎症性腸疾患を有するか、又は有することが疑われる対象において、炎症を減少させるために使用され得る。
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）等の炎症障害の治療は、便及び／又は血液中の炎症のバイオマーカのレベルを決定することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、炎症は局所的に（例えば、局所腸炎症）評価される。いくつかの実施形態では、炎症は全身的に（例えば、全身炎症）評価される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される選択されたオリゴ糖組成物のヒト対象への投与は、炎症の１つ又は複数のバイオマーカ（例えば、便／糞便サンプル中）の調節をもたらす。選択されたオリゴ糖組成物によって調節される炎症のバイオマーカの例としては、カルプロテクチン（例えば、糞便カルプロテクチン）、ラクトフェリン（例えば、糞便ラクトフェリン）及びリポカリン（例えば糞便リポカリン）が挙げられる。選択されたオリゴ糖組成物によって調節され得る炎症のバイオマーカの更なる例としては、高感度Ｃ反応性タンパク質（ｈｓＣＲＰ）、ＬＰＳ結合タンパク質（ＬＢＰ）、腸脂肪酸結合タンパク質（Ｉ－ＦＡＢＰ）、ＴＮＦα、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１３、ＩＬ－８及びＩＬ－１０が挙げられる。
カルプロテクチンは、好中球、単球及びマクロファージ等の病原体に対する免疫応答に関与する細胞に見られるタンパク質バイオマーカである（Ｇａｙａ ｅｔ ａｌ，２００２，ＱＪＭ：Ａｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｖｏｌｕｍｅ ９５，Ｉｓｓｕｅ ９，Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２００２，Ｐａｇｅｓ ５５７－５５８；Ｒｏｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ，２００４，Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，３９：１０，１０１７－１０２０）。これは、好中球中の細胞質タンパク質の６０％も占め得る。腸の炎症中、好中球は腸上皮を通って腸内腔に移動し、便中のカルプロテクチンの量が増加する（Ｍａｓｏｏｄｉ ｅｔ ａｌ，２０１１，Ｇｅｒ Ｍｅｄ Ｓｃｉ）。糞便カルプロテクチンのレベルは、腸管腔内の好中球の数と相関し、クローン病及び潰瘍性大腸炎等の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）において上昇する（Ｋｏｎｉｋｏｆｆ Ｍ．Ｒ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．２００６ Ｊｕｎ；１２（６）：５２４－３４）。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物、例えば有効量のオリゴ糖組成物を対象に投与すると、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチンのレベルが少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％低下する。いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチンのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、又は９０～１００％低下させる。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、約１週間、２週間、４週間、６週間、８週間、１０週間、１２週間、２６週間、５２週間の治療（例えば対象への選択されたオリゴ糖の有効量の、例えば、最初の投与後）以内に、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便中カルプロテクチンレベルの低下を引き起こす。
いくつかの実施形態では、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便中カルプロテクチンのレベルは、オリゴ糖組成物を対象に投与した後、２００μｇ／ｇ、１５０μｇ／ｇ、１００μｇ／ｇ、７５μｇ／ｇ、又は５０μｇ／ｇ未満である。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物、例えば有効量のオリゴ糖組成物を対象に投与すると、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便ラクトフェリンのレベルが少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％低下する。いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便ラクトフェリンのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、又は９０～１００％低下させる。
いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、約１週間、２週間、４週間、６週間、８週間、１０週間、１２週間、２６週間、５２週間の治療（例えば対象への選択されたオリゴ糖の有効量の、例えば、最初の投与後）以内に、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便ラクトフェリンレベルの低下を引き起こす。
いくつかの実施形態において、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便ラクトフェリンのレベルは、オリゴ糖組成物を対象に投与した後で２０μｇ／ｇ、１５μｇ／ｇ、１０μｇ／ｇ、５μｇ／ｇ又は３μｇ／ｇ未満である。
いくつかの実施形態では、オリゴ糖組成物、例えば有効量のオリゴ糖組成物を対象に投与すると、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便リポカリンのレベルが少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％低下する。いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、基準測定値（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便リポカリンのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、又は９０～１００％低下させる。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、約１週間、２週間、４週間、６週間、８週間、１０週間、１２週間、２６週間、５２週間の治療（例えば対象への選択されたオリゴ糖の有効量の、例えば、最初の投与後）以内に、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便リポカリンレベルの低下を引き起こす。
いくつかの実施形態において、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便リポカリンのレベルは、オリゴ糖組成物を対象に投与した後で２０００ｎｇ／ｇ未満、１５００ｎｇ／ｇ未満、１０００ｎｇ／ｇ未満、５００ｎｇ／ｇ未満、又は２５０ｎｇ／ｇ未満である。
いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン、糞便ラクトフェリン及び／又は糞便リポカリンのレベルの低下を引き起こすが、カルプロテクチン、ラクトフェリン及び／又はリポカリンの血漿レベルの同様の低下は引き起こさない。これは、いくつかの実施形態では、選択されたオリゴ糖組成物が局所的に、例えば局所的な腸炎症に作用し得ることを示す。
本明細書に記載されるオリゴ糖組成物は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えばブチラート、アセタート及びプロピオナートのレベルを調節、例えば増加させるために使用され得る。実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を使用して、例えば炎症性状態又は疾患、例えば慢性炎症性状態、例えば炎症性腸疾患、例えばＵＣ及びＣＤを示す対象において、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えばブチラート、アセタート及びプロピオナートのレベルを調節、例えば上昇させることができる。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナートのレベルを対象において増加させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、対象の胃腸管における短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナートのレベルを増加させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物を対象に投与することによって、対象におけるブチラートの濃度を増加させる方法が、本明細書中に提供される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物を対象に投与することによって、対象におけるプロピオナートの濃度を増加させる方法が、本明細書中に提供される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物を対象に投与することによって、対象におけるアセタートの濃度を増加させる方法が、本明細書中に提供される。
本明細書に記載されるオリゴ糖組成物は、共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症誘発性微生物の存在量を調節、例えば減少させるために使用され得る。実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を使用して、例えば炎症状態又は疾患、例えば慢性炎症状態、例えば炎症性腸疾患、例えばＵＣ及びＣＤを示す対象において、共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症誘発性微生物の存在量を調節、例えば減少させることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、共生微生物（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の成長及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を促進するために使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を使用して、病原性共生生物及び／又は炎症誘発性微生物分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）の増殖及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を減少させることができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を使用して、病原性及び／又は炎症誘発性細菌に対する共生細菌の比を増加させることができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象に投与することによって、対象（例えば、対象の胃腸管）における共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症誘発性微生物の存在量を減少させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象に投与することによって、対象（例えば、対象の胃腸管）における病原性及び／又は炎症誘発性微生物と比較して共生微生物の存在量を増加させる方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物を投与することによって）対象のＳＣＦＡ（例えば、ブチラート、プロピオナート、及び／又はアセタート）の総濃度又は総量を増加させることによって、炎症の減少を必要とする対象の炎症を減少させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物を対象、例えば炎症状態又は疾患、例えば慢性炎症状態、例えば炎症性腸疾患、例えばＵＣ及びＣＤを示す対象に投与することによって、対象（例えば、対象の胃腸管）の共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症促進性微生物の存在量を減少させることによって、炎症の減少を必要とする対象の炎症を減少させる方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を有するか又は有することが疑われる対象において、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナートのレベルを増加させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、それを必要とする対象において、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナート（例えば、胃腸管において）のレベルを増加させるのに有効な量で、対象に投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を有するか又は有することが疑われる対象における（例えば、対象の胃腸管における）共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症誘発性微生物の存在量を減少させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物は、それを必要とする対象における共生微生物と比較して病原性及び／又は炎症誘発性微生物の存在量を減少させるのに有効な量で、対象（例えば、対象の胃腸管）に投与される。
いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、共生細菌と比較して高い相対的存在量の病原性細菌、及び／又は低レベルのＳＣＦＡに関連するディスバイオシス及び疾患又は障害の治療に有効である。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を治療するのに有効である。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、潰瘍性大腸炎の治療において有効である。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、クローン病の治療において有効である。
いくつかの実施形態において、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害）を有する対象へのオリゴ糖組成物の投与は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナート（例えば、対象の胃腸管において）のレベルを増加させる。いくつかの実施形態において、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を有する対象へのオリゴ糖組成物の投与は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば、ブチラート、アセタート及びプロピオナート（例えば、対象の胃腸管において）のレベルを増加させる。
いくつかの実施形態では、対象における微生物コミュニティの組成及び／又は微生物群の代謝産物を調節する、例えば環境を調節する、例えば短鎖脂肪酸（例えば、ブチラート、アセタート、及び／又はプロピオナート）のレベルを調節（例えば、増加）する方法が提供される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、プロピオン酸産生細菌（例えば、パラバクテロイデス門に属する）の増殖及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を促進する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、ブチラート産生細菌（例えば、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））の増殖及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を促進する。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、微生物群を調節し、ＧＩ管の環境を変更させるのに有効な量で投与される（例えば、ｐＨの変更、乳酸の変更、微生物密度の変更等）。
いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）全短鎖脂肪酸のレベルの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２５％、１５０％又は２００％の増加を引き起こす。いくつかの実施形態では、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）全短鎖脂肪酸レベルの１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、９０～１１０％、１００～１２５％、１１０～１５０％、１２５～１７５％又は１５０～２００％の増加を引き起こす。
いくつかの実施形態では、対象における短鎖脂肪酸のベースライン測定の基準は、Ｖｅｎｅｇａｓ，Ｄ．Ｐ．ｅｔ．ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ Ｃｈａｉｎ Ｆａｔｔｙ Ａｃｉｄｓ（ＳＣＦＡｓ）－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｇｕｔ Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｔｓ Ｒｅｌｅｖａｎｃｅ ｆｏｒ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓｅａｓｅｓ．，Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，Ｖｏｌ．１０，Ａｒｔ．２７７，１１ Ｍａｒｃｈ ２０１９に記載されている通りである。いくつかの実施形態では、対象における短鎖脂肪酸のベースライン測定の基準は、Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｊ．Ｈ．ｅｔ．ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ ｃｈａｉｎ ｆａｔｔｙ ａｃｉｄｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｌａｒｇｅ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ，ｐｏｒｔａｌ，ｈｅｐａｔｉｃ ａｎｄ ｖｅｎｏｕｓ ｂｌｏｏｄ．，Ｇｕｔ，１９８７，２８，１２２１－１２２７に記載されている通りである。
いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）ブチラートのレベルの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２５％、１５０％又は２００％の増加を引き起こす。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）ブチラートのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、９０～１１０％、１００～１２５％、１１０～１５０％、１２５～１７５％又は１５０～２００％増加させる。
いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）アセタートのレベルの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２５％、１５０％又は２００％の増加を引き起こす。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）アセタートのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、９０～１１０％、１００～１２５％、１１０～１５０％、１２５～１７５％又は１５０～２００％増加させる。
いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値）と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）プロピオナートのレベルの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２５％、１５０％又は２００％の増加を引き起こす。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定と比較して、対象における（例えば、対象の胃腸管における）プロピオナートのレベルを１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、９０～１１０％、１００～１２５％、１１０～１５０％、１２５～１７５％又は１５０～２００％増加させる。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される組成物及び方法は、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害）の少なくとも１つの症状（例えば、１、２、３、又は４以上）を治療するために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される組成物及び方法は、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）の少なくとも１つの症状（例えば、１、２、３、又は４以上）を治療するために使用され得る。炎症性腸疾患の症状としては、下痢の頻度、下痢の重症度、腹痛及び痙攣、軟便、血便、直腸痛、直腸出血、便意切迫、便意切迫にもかかわらず排便できないこと、体重減少、食欲不振、疲労及び発熱が挙げられる。
いくつかの実施形態において、自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を有する対象を処置することは、オリゴ糖組成物の投与と標準治療処置とを組み合わせることを含む。標準治療処置には、ステロイド、コルチコステロイド（例えば、プレドニゾン及び／又はブデソニド）、免疫調節薬（例えば、アザチオプリン、メルカプトプリン、シクロスポリン及び／又はトファシチニブ）、アミノサリチレート（例えば、５－アミノサリチル酸及びその誘導体、スルファサラジン（Ａｚｕｌｆｉｄｉｎｅ）、メサラミン（Ａｓａｃｏｌ ＨＤ、Ｄｅｌｚｉｃｏｌ他）、バルサラジド（Ｃｏｌａｚａｌ）、及びオルサラジン（Ｄｉｐｅｎｔｕｍ））及び生物製剤（例えば、抗ＴＮＦ分子、例えば、アダリムマブ、インフリキシマブ、ゴリムマブ、セルトリズマブペゴール、抗インテグリン分子、例えば、ナタリズマブ、ベドリズマブ、及び／又はＩＬ－１２及び／又はＩＬ－２３アゴニスト、例えば、ウステキヌマブ）が含まれる。いくつかの実施形態では、潰瘍性大腸炎を有する対象を治療することは、標準治療処置（例えば、コルチコステロイド、ステロイド、アミノサリチレート、免疫調節薬、生物製剤等による治療）と同時にオリゴ糖組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、クローン病を有する対象を治療することは、標準治療処置（例えば、コルチコステロイド、ステロイド、アミノサリチレート、免疫調節薬、生物製剤等による治療）と同時にオリゴ糖組成物を投与することを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなオリゴ糖組成物を必要とする自己免疫障害及び／又はアレルギー性障害（例えば、慢性炎症性障害、例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、肉芽腫性大腸炎、不確定大腸炎、便流変更性大腸炎、回腸のう炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、憩室症関連大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎及び／又は小児期発症の炎症性腸疾患）を有する対象は、当該障害のための手術（例えば、胃腸管の損傷部分を除去するため）又は標準治療処置介入（例えば、コルチコステロイド、ステロイド、アミノサリチレート、免疫調節薬、生物製剤等による治療）を以前に受けたことがある対象である。
本明細書で提供される化合物及び組成物は、対象のマイクロバイオームに存在する細菌分類群（例えば、１、２、３、４、５以上の分類群）を調節する方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、調節は、炎症誘発性及び／又は病原性微生物分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）の存在量（例えば、相対的存在量）の減少を含む。いくつかの実施形態では、調節は、共生微生物分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）と比較した炎症誘発性及び／又は病原性微生物分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）の存在量の減少を含む。いくつかの実施形態では、調節は、エンテロバクター科及び／又はルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の存在量（例えば、相対的存在量）の減少を含む。いくつかの実施形態では、調節は、エンテロバクター科エシェリヒア（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）及び／又はルミノコッカス科フィーカリバクテリウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の存在量（例えば、相対的存在量）の減少を含む。いくつかの実施形態では、調節は、共生微生物分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス由来の分類群）の存在量（例えば、相対的存在量）の増加を含む。いくつかの実施形態では、調節は、パラバクテロイデス及びエイセンベルギエラ（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇｉｅｌｌａ）の存在量（例えば、相対的存在量）の増加を含む。いくつかの実施形態では、調節は、炎症誘発性及び／又は病原性微生物分類群（例えば、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ）由来の分類群）と比較した共生微生物分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス由来の分類群）の存在量の増加を含む。いくつかの実施形態では、調節は、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）及び／又はタネレラ科（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）の存在量（例えば、相対的存在量）の増加を含む。いくつかの実施形態では、調節は、バクテロイデス科バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、タネレラ科パラバクテロイデス（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａｃｅａｅ Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、エシェリヒア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）及び／又はシトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）の存在量（例えば、相対的存在量）の減少を含む。いくつかの実施形態では、調節は、例えば、別の分類群に対する、又は調節の非存在下で観察されるであろうものに対する、分類群の相対組成の変化又は分類群の相対存在量の変化等の、マイクロバイオームの構造の変化を含む。他の実施形態では、調節は、遺伝子発現の変化、遺伝子コピー数の変化、ＤＮＡの全体的存在量、遺伝子産物のレベル（例えば、ＲＮＡ又はタンパク質）、又はマイクロバイオームの代謝出力、又は宿主の機能的経路の変化（例えば、遺伝子発現、遺伝子産物のレベル、又は宿主細胞若しくは宿主プロセスの代謝出力の変化）等の、マイクロバイオームの機能の変化を含む。参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１２２８８９号及び国際公開第２０１６／１７２６５７号に開示されている微生物分類群を調節する方法は、本明細書に記載の方法における使用に適している。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、プロピオン酸産生細菌（例えば、パラバクテロイデス門に属する）の増殖及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を促進する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、ブチラート産生細菌（例えば、ラクノスピラ科及びユーバクテリウム科）の増殖及び／又は存在量（例えば、相対的存在量）を促進する。
本明細書に記載の方法は、本明細書に記載の組成物、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む組成物を、分類群を調節するのに有効な量で対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、細菌分類群の存在量は、組成物が投与された場合、他の分類群に対して（又はある時点から別の時点に対して）増加し得、増加は、少なくとも５％、１０％、２５％５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％の増加又は少なくとも１０００％の増加であり得る。細菌分類群の存在量はまた、組成物が投与された場合、他の分類群と比較して（又はある時点から別の時点と比較して）減少し得、その減少は、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の減少、又は少なくとも９９．９％の減少であり得る。組成物の投与は、対象の胃腸マイクロバイオームにおける所望の及び／又は所望でない細菌分類群の存在量を調節することができる。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載の組成物、例えば、本明細書中に記載のオリゴ糖組成物を含む組成物は、１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の細菌分類群の全（胃腸）集団における相対的提示／存在量の成長（及び総数）を調節する（例えば、実質的に増加又は実質的に減少）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む組成物は、（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の共生細菌分類群の１つ又は複数の増殖、例えば総（胃腸）コミュニティの総数又は相対的提示／存在量を実質的に増加させる。いくつかの実施形態では、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む本明細書に記載の組成物は、増殖、例えばパラバクテロイデス及びバクテロイデスの全（胃腸）コミュニティの総数又は相対的な提示／存在量を実質的に増加させる。いくつかの実施形態において、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む本明細書に記載の組成物は、成長、例えば、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）及び／又はタネレラ科（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）の全（胃腸）コミュニティにおける総数又は相対的な提示／存在量を実質的に増加させる。
いくつかの実施形態では、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む組成物は、（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の細菌分類群の１つ又は複数の増殖、例えば総（胃腸）コミュニティの総数又は相対的提示／存在量を実質的に減少させる。いくつかの実施形態では、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む本明細書に記載の組成物は、エンテロバクター科及び／又はルミノコッカス科の全（胃腸）コミュニティの増殖、例えば総数又は相対的提示／存在量を実質的に減少させる。いくつかの実施形態では、例えば本明細書に記載のオリゴ糖組成物を含む本明細書に記載の組成物は、エンテロバクター科エシェリキア（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）及び／又はルミノコッカス科フィーカリバクテリウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の全（胃腸）コミュニティの増殖、例えば総数又は相対的提示／存在量を実質的に減少させる。
いくつかの実施形態において、選択されたオリゴ糖組成物の対象（例えば、対象の腸）への投与は、対象（例えば、対象の糞便サンプル中で測定した場合）の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子の枯渇（すなわち、レベルの低下）を引き起こす。レベルの評価（例えば、メタゲノム評価）は、接着性浸潤性大腸菌の濃度及び存在量を評価するための機構を表す。いくつかの実施形態では、接着性浸潤性エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子のレベルの評価は、大腸菌遺伝子のパンゲノームを定量化するために使用されるパンゲノームベースのフィロゲノム解析（ＰａｎＰｈｌＡｎ）（例えば、メタゲノムデータの）を使用して行われる（例えば、そのような遺伝子の９０％アミノ酸同一性遺伝子クラスタのパンゲノーム参照を使用する）。これらの細菌分類群は、潰瘍性大腸炎等の炎症性腸疾患の病因に関与している。例えば、Ｐａｌｍｅｌａ Ｃ．，ｅｔ ａｌ．“Ａｄｈｅｒｅｎｔ－ｉｎｖａｓｉｖｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｉｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ，”Ｇｕｔ ２０１８；６７：５７４－５８７を参照されたい。接着性浸潤性大腸菌に関連する遺伝子としては、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、ｏｍｐＣ、ｆｉｍオペロン／ｆｉｍＨ、ｃｈｉＡ、ｎｌｐＩ、ｙｆｇＬ、ｉｂｅＡ、ａｆａＣ、ｖａｔ－ＡＩＥＣ、ｆｌｉＣ、ｖｇｒＧ、ｈｃｐ、ｖａｓＤ、ｖａｓＧ、ｉｍｐＬ、ｉｍｐＫ、及び当業者に公知の他の遺伝子が挙げられ得る。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値、例えば対象の糞便サンプル中で測定された測定値）と比較して、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性エシェリキア・コリ（例えば、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、ｏｍｐＣ）に関連する遺伝子の枯渇（すなわち、レベルの低下）を引き起こす。いくつかの実施形態において、対象へのオリゴ糖組成物の投与は、参照測定（例えば、組成物の投与前に得られた測定値、例えば対象の糞便サンプル中で測定された測定値）に対して１～１０％、５～２０％、１０～２５％、２０～４０％、３０～５０％、４０～６０％、５０～７０％、６０～８０％、７０～９０％、８０～１００％、９０～１００％、対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（例えば、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、ｏｍｐＣ）に関連する遺伝子の枯渇（すなわち、レベルの低下）を引き起こす。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、例えば、参照の細菌の分類群又は種よりも高い割合で、成長、例えば、コレステロールを消費する細菌の分類群及び種の全体的な（胃腸）コミュニティにおける総数又は相対的な提示／存在量を調節する。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、例えば、経口投与のための再構成（例えば、水中で）のための粉末として製剤化される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、経口投与のために固体形態（例えば、チュアブル錠又はガム状）で製剤化される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、供給チューブによる送達のための医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、完全非経口栄養（ＴＰＮ）による送達のための医薬組成物として製剤化される。
オリゴ糖組成物は、対象に毎日、毎週、隔週又は毎月投与され得る。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に毎日投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に１日に２回以上（例えば、１日２回、３回又は４回）投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に週に２回以上（例えば、週に２回、３回又は４回）投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、連続して１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間又は１０週間にわたって１日に１回又は２回対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に慢性的に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月又はそれを超えて連続して対象に投与される。いくつかの実施形態では、より高い用量が最初に、例えば１～２週間、１～４週間、１～６週間、１～８週間、１～１０週間、１～１２週間投与され、用量は、例えば対象への長く続く又は長期投与のために減少する（例えば、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％）。
いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、毎日又は毎週、慢性障害（例えば、炎症性腸疾患）を有する対象に投与され得る。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、慢性障害（例えば、炎症性腸疾患）を有する対象に、障害を治療するのに有効な量で１日２回投与され得る。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物は、最大耐量で１日２回、慢性障害（例えば、炎症性腸疾患）を有する対象に投与され得る。
いくつかの実施形態において、有効量のオリゴ糖組成物は、合計５～２００グラム、５～１５０グラム、５～１００グラム、５～７５グラム、５～５０グラム、５～２５グラム、１０～５０グラム、２５～５０グラム、３０～６０グラム、５０～７５グラム、５０～１００グラム、又は４０～８０グラムが１日に投与される。
本開示のオリゴ糖組成物は、対象によって十分に許容される（例えば、オリゴ糖組成物は、対象において、不快感、例えば、ガスの生成又は胃腸の不快感を引き起こさないか、又は最小限にしか引き起こさない）。いくつかの実施形態では、５～２００グラム、５～１５０グラム、５～１００グラム、５～７５グラム、５～５０グラム、５～２５グラム、１０～５０グラム、２５～５０グラム、３０～６０グラム、５０～７５グラム、５０～１００グラム、又は４０～８０グラムの総１日用量が対象によって十分に忍容性である。いくつかの実施形態において、オリゴ糖組成物の最大耐量は、１日に投与される５～２００グラム、５～１５０グラム、５～１００グラム、５～７５グラム、５～５０グラム、５～２５グラム、１０～５０グラム、２５～５０グラム、３０～６０グラム、５０～７５グラム、５０～１００グラム、４０～８０グラム又はそれを超えるグラムである。単回又は単回用量で対象に投与される本明細書に記載のオリゴ糖組成物の任意の投与量は、対象によって十分に忍容され得る。
いくつかの実施形態では、単回又は単回用量で対象に投与されるオリゴ糖組成物の量は、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）等の同様の量の市販の低消化性糖よりも対象によって忍容される。市販の低消化性糖は、例えば高用量で、対象（例えば、Ｇｒａｂｉｔｓｋｅ，Ｈ．Ａ．，Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｆｏｏｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ，４９：３２７－３６０（２００９）を参照されたい）において忍容性が低いことが当技術分野で公知である。例えば、ＦＯＳの忍容性研究は、１日当たり２０グラムのＦＯＳが軽度の胃腸症状を引き起こし、１日当たり３０グラムのＦＯＳが大きな不快感及び胃腸症状を引き起こすことを示している。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるオリゴ糖組成物は、共生又はプロバイオティクス細菌分類群及び一般に安全と認められる（ＧＲＡＳ）細菌又は公知の共生又はプロバイオティクス微生物と同時投与される。いくつかの実施形態では、プロバイオティクス又は共生細菌分類群（又はその調製物）を、対象へのオリゴ糖組成物の投与前又は投与後に対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、プロバイオティクス又は共生細菌分類群（又はその調製物）を、対象へのオリゴ糖組成物の投与と同時に対象に投与することができる。
共生又はプロバイオティクス細菌はプロバイオティクスとも呼ばれる。プロバイオティクスは、発酵中にプロバイオティクス細菌によって生成される代謝産物を含み得る。これらの代謝産物は、発酵培地に、例えば宿主生物（例えば、対象）に放出され得るか、又は細菌内に貯蔵され得る。プロバイオティック細菌には、例えば治療用量で与えられた場合に宿主動物に対して有益な機能を果たす細菌、細菌ホモジネート、細菌タンパク質、細菌抽出物、細菌発酵上清及びそれらの組合わせが含まれる。
有用なプロバイオティクスとしては、少なくとも１種の乳酸及び／又は酢酸及び／又はプロピオン酸産生細菌、例えばグルコース及びラクトース等の炭水化物を分解することによって乳酸及び／又は酢酸及び／又はプロピオン酸を産生する微生物が挙げられる。好ましくは、プロバイオティクス細菌は乳酸菌である。実施形態では、乳酸菌は、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ロイコノストック（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、ペディオコッカス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、及びビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）を含む。
適切なプロバイオティクス細菌はまた、宿主の腸内微生物バランスを改善することによって宿主に有益に影響を及ぼす他の細菌、例えば限定されないが、サッカロミセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、デバロミセス属（Ｄｅｂａｒｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、ピキア属（Ｐｉｃｈｉａ）及びトルロプシス属（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）等の酵母、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）及びペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）等のかび並びにトルロプシス属（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）、並びに他の細菌、例えば限定されないが、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、メリソコッカス属（Ｍｅｌｉｓｓｏｃｏｃｃｕｓ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、ミクロコッカス属（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、ワイセラ属（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、アエロコッカス属（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びオエノコッカス属（Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ）、並びにそれらの組合わせを含み得る。
本明細書の開示において有用な乳酸菌の非限定的な例としては、ストレプトコッカス・ラクティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・クレモリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ジアセチラクティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｉａｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ビフィズス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・デルブルエキ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｋｉｉ）、ラクトバチルス・サーモフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・フェルメンティ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィドゥム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、
ビフィドバクテリウム・ブレーべ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）及びペディオコッカス・セレビシアエ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）及びそれらの組合わせ、特にラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、及びそれらの組合わせの株が含まれる。
ビフィドバクテリウム・ブレーべ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）及びペディオコッカス・セレビシアエ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）及びそれらの組合わせ、特にラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、及びそれらの組合わせの株が含まれる。
本開示において特に有用な共生細菌又はプロバイオティクス細菌には、（ヒト投与のために）ヒト起源のもの（又はプロバイオティクス細菌が投与されている哺乳動物の起源のもの）、宿主に対して非病原性であり、技術的プロセスに抵抗し（すなわち、処理中及び送達ビヒクル中に生存可能かつ活性なままであり得る）、胃酸性度及び胆汁毒性に耐性であり、腸上皮組織に付着し、胃腸管に定着し、抗菌物質を産生し、宿主における免疫応答を調節し、代謝活性に影響を及ぼすもの（例えば、コレステロール同化、ラクターゼ活性、ビタミン産生）が含まれる。
共生細菌又はプロバイオティクス細菌は、単一の株又は複数の株の組合わせとして使用することができ、プロバイオティクス細菌の用量中の細菌の総数は、用量当たり約１ｘ１０３～約１ｘ１０１４、又は約１ｘ１０～約１ｘ１０１２、又は約１ｘ１０７～約１ｘ１０１１ＣＦＵである。
共生又はプロバイオティクス細菌は、プロバイオティクス細菌が生存しているが「仮死状態」又は傾眠状態にある間にオリゴ糖組成物と製剤化することができる。一旦凍結乾燥されると、プロバイオティクス細菌の１つ又は複数の生存培養物は、培養物を再生するであろう水分への曝露を最小限に抑えるように取り扱われるが、これは、一旦再生されると、培養物は、すぐに高水分環境又は培地中で培養されない限り、高い罹患率を経験し得るからである。更に、罹患率を低下させるために高温（特に水分の存在下）への曝露の可能性を低減するために培養物を取り扱う。
プロバイオティクス細菌は、粉末の乾燥形態で使用することができる。プロバイオティクス細菌はまた、オリゴ糖組成物中又は別個のオリゴ糖組成物中で投与することができ、オリゴ糖組成物と同時に又は異なる時間に投与することができる。
適切な他のプロバイオティクス細菌としては、ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、Ｂ．アニマリス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ）、Ｂ．ビフィダム（Ｂ．ｂｉｆｉｄｕｍ）、Ｂ．ロンガム（Ｂ．ｌｏｎｇｕｍ）、Ｂ．ダドリセンティス（Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、及びＢ．インファンティス（Ｂ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）が挙げられる。
実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物中及び／又はそれと組み合わせて使用することができる共生細菌分類群は、アッケルマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、Ｂ．アニマリス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ）、Ｂ．ビフィダム（Ｂ．ｂｉｆｉｄｕｍ）、Ｂ．ロンガム（Ｂ．ｌｏｎｇｕｍ）、Ｂ．アドレセンティス（Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、Ｂ．ブレーベ（Ｂ．ｂｒｅｖｅ）、及びＢ．インファンティス（Ｂ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）を含む）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（Ｌ．アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌ．ヘルベティカス（Ｌ．ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌ．ビフィズス（Ｌ．ｂｉｆｉｄｕｓ）、Ｌ．ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｌ．フェルメンティ（Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｉｉ）、Ｌ．サリバリウス（Ｌ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、Ｌ．パラカゼイ（Ｌ．ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌ．ブレビス（Ｌ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｌ．デルブルエッキイ（Ｌ．ｄｅｌｂｒｕｅｋｉｉ）、Ｌ．サーモフィルス（Ｌ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、Ｌ．クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）、Ｌ．ラムノサス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、Ｌ．レウテリ（Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉ）、Ｌ．ファーメンタム（Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、Ｌ．プランタルム（Ｌ．ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、Ｌ．スポロゲネス（Ｌ．ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、及びＬ．ブルガリカス（Ｌ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）を含む）、ペプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）及び／又はストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（Ｓ．ラクティス（Ｓ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｓ．クレモリス（Ｓ．ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、Ｓ．ディアセチラクティス（Ｓ．ｄｉａｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ）、Ｓ．サーモフィレス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）を含む）を含む。
実施形態では、本明細書に記載のオリゴ糖組成物中で及び／又はそれと組み合わせて使用することができる共生細菌分類群、例えばＧＲＡＳ株は、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）ＧＢＩ－３０、６０８６；ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ）亜種ラクティス（Ｌａｃｔｉｓ）ＢＢ－１２；ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）ヤクルト（Ｙａｋｕｌｔ）；ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）３５６２４；ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ）亜種ラクティス（Ｌａｃｔｉｓ）ＵＮＯ１９（ＤＲ１０）；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）ＢＢ５３６；エシェリヒア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｍ－１７；エシェリヒア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ１９１７；ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＤＤＳ－１；ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＬＡ－５；ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＮＣＦＭ；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）ＤＮ１１４－００１（ラクトバチルス・カゼイの１つ又は複数免疫（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ Ｉｍｍｕｎｉｔａｓ）／防御（Ｄｅｆｅｎｓｉｓ））；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）ＣＲＬ４３１；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）Ｆ１９；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）Ｓｔｌ ｌ（又はＮＣＣ２４６１）；ラクトバチルス・ジョンソニ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）Ｌａｉ（ラクトバチルスＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニＮＣＣ５３３）；ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）Ｌ１Ａ；ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）２９９Ｖ；ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）ＡＴＴＣ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリＳＤ２１１２）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＡＴＣＣ５３０１３；ラクトバチルス・ラムノサスＬＢ２１；サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ブラウディ（ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）ｌｙｏ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＧＲ－１及びラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕ ｒｅｕｔｅｒｉ）ＲＣ－１４との混合物；ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）ＢＢ－１２又はＢＬ－０４との混合物；ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）の混合物；及びラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）Ｒ００５２、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）Ｒ００１１及び／又はラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＧＧ（ＬＧＧ）の混合物を含む。
ＩＶ．キット
キットも企図される。例えば、キットは、オリゴ糖組成物の単位剤形、及び治療における組成物の使用説明書を含む添付文書を含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は乾燥粉末形式で提供される。いくつかの実施形態では、組成物は、溶液、粉末又は錠剤で提供される。キットは、それを必要とする対象による使用のための適切な包装中にオリゴ糖組成物を含む。本明細書に記載される組成物のいずれも、キットの形態で包装することができる。キットは、治療の全経過又は治療の一部に十分な量のオリゴ糖組成物を含むことができる。オリゴ糖組成物の用量は個別に包装することができ、又はオリゴ糖組成物はバルクで、又はそれらの組合わせで提供することができる。したがって、一実施形態において、キットは、適切な包装において、治療レジメンにおける投薬点に対応するオリゴ糖組成物の個々の用量を提供し、ここで、その用量は、１つ又は複数のパケットに包装される。
キットも企図される。例えば、キットは、オリゴ糖組成物の単位剤形、及び治療における組成物の使用説明書を含む添付文書を含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は乾燥粉末形式で提供される。いくつかの実施形態では、組成物は、溶液、粉末又は錠剤で提供される。キットは、それを必要とする対象による使用のための適切な包装中にオリゴ糖組成物を含む。本明細書に記載される組成物のいずれも、キットの形態で包装することができる。キットは、治療の全経過又は治療の一部に十分な量のオリゴ糖組成物を含むことができる。オリゴ糖組成物の用量は個別に包装することができ、又はオリゴ糖組成物はバルクで、又はそれらの組合わせで提供することができる。したがって、一実施形態において、キットは、適切な包装において、治療レジメンにおける投薬点に対応するオリゴ糖組成物の個々の用量を提供し、ここで、その用量は、１つ又は複数のパケットに包装される。
キットは更に、指示、予想される結果、証明、説明、警告、臨床データ、医療専門家向けの情報等の書面材料を含むことができる。一実施形態では、キットは、キットが医療専門家の指示の下でのみ使用されることを示すラベル又は他の情報を含む。容器は、スクープ、シリンジ、ボトル、カップ、アプリケータ又は他の測定装置若しくはサービングデバイスを更に含むことができる。
［実施例］
［実施例１］
オリゴ糖組成物の存在下の健康な人の便サンプル中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生
数百の異なる合成オリゴ糖組成物（合計４３１の組成物）を、健康な糞便サンプル中の代謝産物（例えば、短鎖脂肪酸、例えば、アセタート、プロピオナート及びブチラート）のレベルを調節する（例えば、低減する）能力について試験した。
［実施例１］
オリゴ糖組成物の存在下の健康な人の便サンプル中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生
数百の異なる合成オリゴ糖組成物（合計４３１の組成物）を、健康な糞便サンプル中の代謝産物（例えば、短鎖脂肪酸、例えば、アセタート、プロピオナート及びブチラート）のレベルを調節する（例えば、低減する）能力について試験した。
糞便サンプルをドナーから採取し、凍結し、使用するまで－８０℃で保存した。凍結糞便サンプルを嫌気性チャンバに移し、解凍させ、１５％グリセロールを補充したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で固形分２０％の最終濃度までホモジナイズした。次いで、２０％の糞便スラリーを濾過して大きな破片を除去し、一定分量に分け、嫌気性チャンバから取り出し、直ちにドライアイス上で凍結した後、－８０℃で保存した。実験の当日に、各２０％糞便スラリーの１ｍＬ一定分量を解凍し、嫌気性チャンバ中で最終濃度１％になるように細菌増殖培地（０．１％ｗ／ｖトリプチカーゼペプトン及び０．７５ｍＭ尿素を補充したクロストリジウム最小培地）に希釈した。次いで、１％糞便スラリー溶液を、滅菌水（陰性対照）又はオリゴ糖調製物の調製物（最終濃度０．５％）を含有する９６ディープウェルプレートのウェルに分注した。各サンプルを３連で調製した。糞便微生物培養物を嫌気的に３７℃で４５時間インキュベートした。最初のエクスビボスクリーニングを、健康な対象からの３つの異なる糞便微生物群で実施した。
４５時間のインキュベーション期間の後、糞便微生物培養物を含む９６ウェル深ウェルプレートを嫌気性チャンバから取り出し、氷上に保つ。プレートを４℃で１０分間の遠心分離（３，０００×ｇ）によって沈降させた。糞便マイクロバイオーム培養上清及びペレットを回収し、－８０℃で保存した。上清サンプルを解凍し、水素炎イオン化検出器（ＧＣ－ＦＩＤ）を備えたガスクロマトグラフィによって分析して、糞便サンプル中に産生された短鎖脂肪酸（アセタート、プロピオナート、及びブチラート）の濃度を定量した。
正規化ＳＣＦＡ濃度は、オリゴ糖組成物を用いた値から陰性対照を用いた各ＳＣＦＡの値を差し引くことによって計算した。この計算は、選択したオリゴ糖組成物がこれらのアッセイ条件下でブチラート産生を増加させる程度を決定するために行った。
数百の試験されたオリゴ糖組成物のうちの１つ、この文書全体を通して記載されるような選択されたオリゴ糖組成物（例えば、実施例２～４、１２及び１３の方法によって製造される場合）は、ブチラート産生を有意に増加させると決定された（陰性対照と比較して、３つの試験された糞便コミュニティにわたる４．２ｍＭブチラートの増加中央値）（図１９）。
［実施例２］
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの１００ｇスケールのオリゴ糖組成物の製造 実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１００グラム規模で合成するための手順を開発した。１００ｇのガラクトース及び８５％の溶解固形分の出発濃度を達成するのに十分な量の水を反応容器（１Ｌの三口丸底フラスコ）に添加した。反応容器には、オーバーヘッドスターラで構成された加熱マントルを装備した。プローブ熱電対をセプタムを通して容器内に配置し、プローブ先端が撹拌ブレードの上方に位置し、反応容器の壁と接触しないようにした。触媒を添加する前に、反応容器に還流位置で冷却器を装備した。
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの１００ｇスケールのオリゴ糖組成物の製造 実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１００グラム規模で合成するための手順を開発した。１００ｇのガラクトース及び８５％の溶解固形分の出発濃度を達成するのに十分な量の水を反応容器（１Ｌの三口丸底フラスコ）に添加した。反応容器には、オーバーヘッドスターラで構成された加熱マントルを装備した。プローブ熱電対をセプタムを通して容器内に配置し、プローブ先端が撹拌ブレードの上方に位置し、反応容器の壁と接触しないようにした。触媒を添加する前に、反応容器に還流位置で冷却器を装備した。
この手順では、触媒としてクエン酸（１．５～３％ｗ／ｗ）を使用し、クエンチのために脱イオン水を使用した。触媒の添加後、反応容器を蒸留位置に装備して、反応の過程全体を通して過剰の水を除去した。
温度制御装置を目標温度（１３０～１４０℃）に設定し、周囲（大気圧）圧力下でシロップの温度が目標温度になった時に、容器の内容物の撹拌を開始して、糖固体の均一な熱伝達及び溶融を促進した。
触媒を添加したら、ＨＰＬＣによって反応を追跡することによって決定して、約２．５～５時間連続混合下で反応を目標温度に維持した。次に、一定の撹拌を維持しながら加熱を止めた。
次いで、約６０ｍＬの脱イオン（ＤＩ）水（室温）をゆっくり添加して反応を停止させて、生成物混合物を希釈及び冷却して、５０～６０重量％の溶解固形分の最終濃度を目標とした。この実施例のいくつかの実施形態では、６０～１００ｍＬの脱イオン（ＤＩ）水（室温）をゆっくり添加して生成物混合物を希釈及び冷却し、４５－６５重量％の溶解固形分の最終濃度を目標とすることによって、反応をクエンチした。一般に、加水速度は、オリゴ糖組成物を冷却し、希釈する際の混合物の粘度を制御するために行った。
［実施例３］
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの１０ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１０キログラム規模で合成するための手順を開発した。９．１ｋｇの無水ガラクトース、０．２７ｋｇのクエン酸無水酸触媒及び１．４５ｋｇの水を反応容器（２２ＬのＬｉｔｔｌｅｆｏｒｄ－Ｄａｙ ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ ｐｌｏｗミキサー）に添加した。蒸留凝縮器ユニットを反応器に取り付けた。内容物を約３０ＲＰＭで撹拌し、容器の温度を３．５～４．０時間かけて大気圧で約１３６℃まで徐々に上昇させた。混合物を１～１．５時間温度に維持し、その後、加熱を停止し、予熱した水を反応器の内容物の温度が１２０℃に低下するまで６０ｍＬ／分の速度で、次いで反応器の内容物の温度が１１０℃に低下するまで１５０ｍＬ／分で、次いで合計７．５ｋｇの水が添加され、反応器の内容物の温度が１００℃未満に低下するまで４８０ｍＬ／分で、反応混合物に徐々に添加した。更なる希釈のために、更に１．６ｋｇの水を反応器に添加した。反応混合物を容器から排出し、１７．０～１７．６ｋｇの粗オリゴ糖を水溶液として得た（約４９～５２重量％）。
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの１０ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１０キログラム規模で合成するための手順を開発した。９．１ｋｇの無水ガラクトース、０．２７ｋｇのクエン酸無水酸触媒及び１．４５ｋｇの水を反応容器（２２ＬのＬｉｔｔｌｅｆｏｒｄ－Ｄａｙ ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ ｐｌｏｗミキサー）に添加した。蒸留凝縮器ユニットを反応器に取り付けた。内容物を約３０ＲＰＭで撹拌し、容器の温度を３．５～４．０時間かけて大気圧で約１３６℃まで徐々に上昇させた。混合物を１～１．５時間温度に維持し、その後、加熱を停止し、予熱した水を反応器の内容物の温度が１２０℃に低下するまで６０ｍＬ／分の速度で、次いで反応器の内容物の温度が１１０℃に低下するまで１５０ｍＬ／分で、次いで合計７．５ｋｇの水が添加され、反応器の内容物の温度が１００℃未満に低下するまで４８０ｍＬ／分で、反応混合物に徐々に添加した。更なる希釈のために、更に１．６ｋｇの水を反応器に添加した。反応混合物を容器から排出し、１７．０～１７．６ｋｇの粗オリゴ糖を水溶液として得た（約４９～５２重量％）。
カチオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ８８Ｈ）カラム、脱色ポリマー樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）ＯｐｔｉＰｏｒｅ ＳＤ－２）２カラム、及びアニオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ７７ＷＢＡ）カラムを通液してオリゴ糖組成物を精製した。次いで、約４３重量％の濃度を有する得られた精製された物質を、真空回転蒸発によって固形分約７０重量％の最終濃度まで濃縮して、精製されたオリゴ糖組成物を得た。
［実施例４］
固形酸触媒を使用したガラクトースからの１００ｇスケールのオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１００グラム規模で合成するための手順を開発した。１００ｇのガラクトース及び８５％の溶解固形分の出発濃度を達成するのに十分な量の水を反応容器（１Ｌの三口丸底フラスコ）に添加した。反応容器には、オーバーヘッドスターラで構成された加熱マントルを装備した。プローブ熱電対をセプタムを通して容器内に配置し、プローブ先端が撹拌ブレードの上方に位置し、反応容器の壁と接触しないようにした。触媒を添加する前に、反応容器に還流位置で冷却器を装備した。
固形酸触媒を使用したガラクトースからの１００ｇスケールのオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を１００グラム規模で合成するための手順を開発した。１００ｇのガラクトース及び８５％の溶解固形分の出発濃度を達成するのに十分な量の水を反応容器（１Ｌの三口丸底フラスコ）に添加した。反応容器には、オーバーヘッドスターラで構成された加熱マントルを装備した。プローブ熱電対をセプタムを通して容器内に配置し、プローブ先端が撹拌ブレードの上方に位置し、反応容器の壁と接触しないようにした。触媒を添加する前に、反応容器に還流位置で冷却器を装備した。
この手順では、触媒として湿潤（水分含有量４５～５５％）Ｄｏｗｅｘ Ｍａｒａｔｈｏｎ－Ｃ、Ｈ＋形態（１～５％ｗ／ｗ、乾燥基準）及び急冷のための脱イオン水を使用した。触媒の添加後、反応容器を蒸留位置に装備して、反応の過程全体を通して過剰の水を除去した。
温度制御装置を目標温度（１３０～１４５℃）に設定し、周囲（大気圧）圧力下でシロップの温度が目標温度になった時に、容器の内容物の撹拌を開始して、糖固体の均一な熱伝達及び溶融を促進した。
触媒を添加したら、ＨＰＬＣによって反応を追跡することによって決定して、約２～４時間連続混合下で反応を目標温度に維持した。次に、一定の撹拌を維持しながら加熱を止めた。
次いで、約６０ｍＬの脱イオン（ＤＩ）水（室温）をゆっくり添加して反応を停止させて、生成物混合物を希釈及び冷却して、５０～６０重量％の溶解固形分の最終濃度を目標とした。この実施例のいくつかの実施形態では、生成物混合物を５０～６５重量％の溶解固形分の最終濃度にした。一般に、加水速度は、オリゴ糖組成物を冷却し、希釈する際の混合物の粘度を制御するために行った。クエンチしたら、固体触媒をフリットガラス漏斗を用いて濾別する。
［実施例５］
脱モノマー化手順
実施例２～４、１２及び１３で生成された選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを、以下に記載される２つの手順のうちの１つを使用して脱モノマー化した。
脱モノマー化手順
実施例２～４、１２及び１３で生成された選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを、以下に記載される２つの手順のうちの１つを使用して脱モノマー化した。
クロマトグラフィ法
イオン交換樹脂で処理した後（例えば、本明細書に記載されるように）、Ｂｒｉｘ屈折計で測定されるように、選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチをロータリーエバポレーターで約５０Ｂｒｉｘまで濃縮した。得られたシロップ（乾燥基準で最大４ｇ）を、ルアーチップシリンジを使用してＴｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｒｆ Ｇｏｌｄアミンカラム（固定相５５グラム）に充填した。Ｂｉｏｔａｇｅ ＳＮＡＰ ＫＰ－ＮＨカートリッジ等の他の同様のカラムも使用することができる。サンプルを、５５カラム体積にわたって２０／８０～５０／５０（ｖ／ｖ）の脱イオン水／ＡＣＮ移動相勾配を使用するＥＬＳＤ検出器を装備したＢｉｏｔａｇｅ Ｉｓｏｌｅｒａで精製した。Ｔｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ Ｒｆ等の他のフラッシュクロマトグラフィシステムも使用することができる。流量は、カラム及びシステムの製造業者の仕様に従って設定した。モノマー画分が約１６カラム容量で完全に溶出した後、オリゴ糖組成物の残りが溶出し、回収されるまで移動相を１００％水に設定した。モノマーを含まない画分を回転蒸発によって濃縮して、脱モノマー化生成物を得た。
イオン交換樹脂で処理した後（例えば、本明細書に記載されるように）、Ｂｒｉｘ屈折計で測定されるように、選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチをロータリーエバポレーターで約５０Ｂｒｉｘまで濃縮した。得られたシロップ（乾燥基準で最大４ｇ）を、ルアーチップシリンジを使用してＴｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｒｆ Ｇｏｌｄアミンカラム（固定相５５グラム）に充填した。Ｂｉｏｔａｇｅ ＳＮＡＰ ＫＰ－ＮＨカートリッジ等の他の同様のカラムも使用することができる。サンプルを、５５カラム体積にわたって２０／８０～５０／５０（ｖ／ｖ）の脱イオン水／ＡＣＮ移動相勾配を使用するＥＬＳＤ検出器を装備したＢｉｏｔａｇｅ Ｉｓｏｌｅｒａで精製した。Ｔｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ Ｒｆ等の他のフラッシュクロマトグラフィシステムも使用することができる。流量は、カラム及びシステムの製造業者の仕様に従って設定した。モノマー画分が約１６カラム容量で完全に溶出した後、オリゴ糖組成物の残りが溶出し、回収されるまで移動相を１００％水に設定した。モノマーを含まない画分を回転蒸発によって濃縮して、脱モノマー化生成物を得た。
エタノール沈殿
実施例２～４、１２及び１３で生成された選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを、イオン交換樹脂で処理した後（例えば、本明細書に記載されるように）、Ｂｒｉｘ屈折計で測定して約２５Ｂｒｉｘまで回転蒸発器で濃縮した。１００ｍＬの濃縮オリゴ糖組成物を、１０ｍＬ／分以下の速度で９００ｍＬの純粋なＵＳＰグレードのエタノールを含有する激しく撹拌したビーカーに注いだ。添加が完了したら、沈殿した固体を室温又はそれよりわずかに低い温度で更に１５分間撹拌した。懸濁液を５℃で４時間、４０００ｒｐｍで遠心分離した。上清をデカントし、沈殿した固体（ペレット）を水に溶解して２５Ｂｒｉｘの最終濃度にし、＞６５Ｂｒｉｘに再濃縮した。次いで、このシロップを希釈して２５Ｂｒｉｘに戻し、もう一度濃縮して残留エタノールを確実に除去した。得られたシロップを２５Ｂｒｉｘに希釈し戻し、－７８℃に冷却し、凍結乾燥して、脱モノマー化生成物を得た。
実施例２～４、１２及び１３で生成された選択されたオリゴ糖組成物の個々のバッチを、イオン交換樹脂で処理した後（例えば、本明細書に記載されるように）、Ｂｒｉｘ屈折計で測定して約２５Ｂｒｉｘまで回転蒸発器で濃縮した。１００ｍＬの濃縮オリゴ糖組成物を、１０ｍＬ／分以下の速度で９００ｍＬの純粋なＵＳＰグレードのエタノールを含有する激しく撹拌したビーカーに注いだ。添加が完了したら、沈殿した固体を室温又はそれよりわずかに低い温度で更に１５分間撹拌した。懸濁液を５℃で４時間、４０００ｒｐｍで遠心分離した。上清をデカントし、沈殿した固体（ペレット）を水に溶解して２５Ｂｒｉｘの最終濃度にし、＞６５Ｂｒｉｘに再濃縮した。次いで、このシロップを希釈して２５Ｂｒｉｘに戻し、もう一度濃縮して残留エタノールを確実に除去した。得られたシロップを２５Ｂｒｉｘに希釈し戻し、－７８℃に冷却し、凍結乾燥して、脱モノマー化生成物を得た。
［実施例６］
サイズ排除クロマトグラフィ
実施例１に記載し、実施例２～４、１２及び１３に記載の方法に従って製造した、選択したオリゴ糖組成物のバッチの重量平均分子量（ＭＷｗ）、数平均分子量（ＭＷｎ）、及び多分散性指数（ＰＤＩ）をＳＥＣ ＨＰＬＣによって決定した。
サイズ排除クロマトグラフィ
実施例１に記載し、実施例２～４、１２及び１３に記載の方法に従って製造した、選択したオリゴ糖組成物のバッチの重量平均分子量（ＭＷｗ）、数平均分子量（ＭＷｎ）、及び多分散性指数（ＰＤＩ）をＳＥＣ ＨＰＬＣによって決定した。
方法
これらの方法は、直列の以下の２つのカラム：Ｓｈｏｄｅｘ ＯＨｐａｋ ＳＢ－８０２ ＨＱ、８．０ｘ３００ｍｍ、８μｍ、Ｐ／Ｎ Ｆ６４２９１００及びＳｈｏｄｅｘ ＯＨｐａｋ ＳＢ－８０３ ＨＱ、８．０ｘ３００ｍｍ、６μｍ、Ｐ／Ｎ Ｆ６４２９１０２を備えた屈折率（ＲＩ）検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １１００の使用を含んでいた。当技術分野で公知の同等のカラムを使用することもできる。
これらの方法は、直列の以下の２つのカラム：Ｓｈｏｄｅｘ ＯＨｐａｋ ＳＢ－８０２ ＨＱ、８．０ｘ３００ｍｍ、８μｍ、Ｐ／Ｎ Ｆ６４２９１００及びＳｈｏｄｅｘ ＯＨｐａｋ ＳＢ－８０３ ＨＱ、８．０ｘ３００ｍｍ、６μｍ、Ｐ／Ｎ Ｆ６４２９１０２を備えた屈折率（ＲＩ）検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １１００の使用を含んでいた。当技術分野で公知の同等のカラムを使用することもできる。
移動相（０．１ＭのＮａＮＯ３）は、３４ｇのＮａＮＯ３（ＡＣＳグレード試薬）を秤量し、２０００ｍＬの脱イオン（ＤＩ）水（ＭｉｌｉＱ水フィルタ由来）に溶解することによって調製した。溶液を０．２μｍフィルタで濾過した。
２０ｍｇの標準を別個の２０ｍＬシンチレーションバイアルに秤量し、２．０ｍＬのＤＩ水を各バイアルに添加することによって、ポリマー標準溶液（１０．０ｍｇ／ｍＬ）を調製した。
サンプルＡを二連で調製した。約３００ｍｇのオリゴ糖組成物サンプルを２０ｍＬのシンチレーションバイアルに秤量し、１０ｍＬのＤＩ水を添加した。溶液を混合し、０．２μｍポリエーテルスルホン膜を備えたＡｃｒｏｄｉｓｃ ２５ｍｍシリンジフィルタを通して濾過した。サンプルＢを二連で調製した。約２１０ｍｇのオリゴ糖サンプルを２０ｍＬのシンチレーションベイルに秤量し、１０ｍＬのＤＩ－水を添加した。溶液を混合し、０．２μｍのポリエーテルスルホン膜を有するＡｃｒｏｄｉｓｃ ２５ｍｍシリンジフィルタで濾過した。
カラム温度及びＲＩ検出器をそれぞれ４０℃に設定し、ＲＩ検出器のパージをオンにしてサンプルを運転する少なくとも２時間前に、流速を０．７～０．９ｍＬ／分に設定した。
ＤＩ水からなるブランクサンプルを実行した。各標準のサンプルを実行した。サンプルＡを実行した。サンプルＢを実行した。
いくつかの実験では、サンプルを実行する前に、全てのサンプルの注入量は１０μＬであり、実行時間は２８分であり、検出器のパージをオフにし、許容可能なベースラインが得られるまでポンプを０．７～０．９ｍＬ／分で実行した。１５～２２分の間のピークを積分した。
他の実験では、サンプルを実行する前に、全てのサンプルの注入量は１０μＬであり、実行時間は４０分であり、検出器のパージをオフにし、許容可能なベースラインが得られるまでポンプを０．７～０．９ｍＬ／分で実行した。
Ｅｍｐｏｗｅｒ ３ソフトウェアの較正曲線適合タイプを３次に設定した。分子量分布及び多分散性は、広いピークについてＥｍｐｏｗｅｒ ３ソフトウェアを使用して計算した。生成物ピーク（ＤＰ２＋）のＭｗ、Ｍｎ及び多分散性を報告した。
結果
実施例３に記載のプロセスを用いて１０ｋｇ規模で製造された選択されたオリゴ糖組成物の６バッチを、上記のＳＥＣ法を用いて分析した。実施例２に記載のプロセスによって製造された選択されたオリゴ糖組成物の小規模バッチを脱モノマー化した。
実施例３に記載のプロセスを用いて１０ｋｇ規模で製造された選択されたオリゴ糖組成物の６バッチを、上記のＳＥＣ法を用いて分析した。実施例２に記載のプロセスによって製造された選択されたオリゴ糖組成物の小規模バッチを脱モノマー化した。
実施例３に従って生産されたオリゴ糖組成物のアッセイされたバッチは、２４４３ｇ／ｍｏｌの平均ＭＷｗ（２２１４～２７１５ｇ／ｍｏｌの範囲）、１１５５ｇ／ｍｏｌの平均ＭＷｎ（１０９５～１２０１ｇ／ｍｏｌの範囲）及び２．１の平均ＰＤＩ（２．０～２．３の範囲）を有するオリゴ糖を含んでいた。アッセイしたバッチは、９１．１％の平均ＤＰ２＋（９０．０～９１．９の範囲）及び１５．１の平均重合度（ＤＰ）（１３．６～１６．７の範囲）を更に含んでいた。
実施例１３に記載のプロセスを用いて５００ｋｇ（２０００Ｌ）スケールで製造された選択されたオリゴ糖組成物の４つのバッチを、上記のＳＥＣ法を用いて分析した。実施例１３に従って生産されたオリゴ糖組成物のアッセイされたバッチは、２０５６ｇ／ｍｏｌの平均ＭＷｗ（１９６８～２１０９ｇ／ｍｏｌの範囲）及び１１０７ｇ／ｍｏｌの平均ＭＷｎ（１０７１～１１３８ｇ／ｍｏｌの範囲）を有するオリゴ糖を含んでいた。アッセイしたバッチは、８９．１％の平均ＤＰ２＋（８８．１～９０．２％の範囲）及び１２．７の平均重合度（ＤＰ）（１２．１～１３．０の範囲）を更に含んでいた。
［実施例７］
不純物を決定するためのＳＥＣ ＨＰＬＣ方法
実施例３のプロセスによって生成された選択されたオリゴ糖組成物のバッチ及びサンプルの残留有機酸不純物及び関連物質の存在をＳＥＣ ＨＰＬＣによって決定した。
不純物を決定するためのＳＥＣ ＨＰＬＣ方法
実施例３のプロセスによって生成された選択されたオリゴ糖組成物のバッチ及びサンプルの残留有機酸不純物及び関連物質の存在をＳＥＣ ＨＰＬＣによって決定した。
方法
これらの方法は、ガードカラム（Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＭｉｃｒｏＧｕａｒｄ Ｃａｔｉｏｎ Ｈ＋Ｃａｒｔｒｉｄｇｅ、ＰＩＮ１２５－０１２９、又は同等品）及びＢｉｏ－Ｒａｄ Ａｍｉｎｅｘ ＨＰＸ－８７Ｈ、３００ｘ７．８ｍｍ、９μｍ、ＰＩＮ１２５－０１４０カラム又は同等物を備えた屈折率（ＲＩ）検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ１１００の使用を伴った。
これらの方法は、ガードカラム（Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＭｉｃｒｏＧｕａｒｄ Ｃａｔｉｏｎ Ｈ＋Ｃａｒｔｒｉｄｇｅ、ＰＩＮ１２５－０１２９、又は同等品）及びＢｉｏ－Ｒａｄ Ａｍｉｎｅｘ ＨＰＸ－８７Ｈ、３００ｘ７．８ｍｍ、９μｍ、ＰＩＮ１２５－０１４０カラム又は同等物を備えた屈折率（ＲＩ）検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ１１００の使用を伴った。
移動相（水中２５ｍＭのＨ２ＳＯ４）は、ボトルに２０００ｍＬのＤＩ－水を充填し、２．７ｍＬのＨ２ＳＯ４をゆっくり添加することによって調製した。溶液を０．２μｍフィルタで濾過した。
標準溶液は、５０±２ｍｇの参照標準を１００ｍＬメスフラスコに測定し、移動相を１００ｍＬマークに加え、よく混合することによって調製した。
選択したオリゴ糖組成物のサンプル（サンプルＡ）を２連で調製した。約１０００ｍｇのオリゴ糖サンプルを１０ｍＬメスフラスコに量り取り、移動相をマークまで加えた。溶液を混合し、０．２μｍのポリエーテルスルホン膜を備えたＰＥＳシリンジフィルタを通して濾過した。
選択したオリゴ糖組成物のサンプル（サンプルＢ）を２連で調製した。約７００ｍｇのオリゴ糖サンプルを１０ｍＬメスフラスコに量り取り、移動相をマークまで加えた。溶液を混合し、０．２μｍのポリエーテルスルホン膜を備えたＰＥＳシリンジフィルタを通して濾過した。
カラム温度を５０℃に設定し、ＲＩ検出器のパージをオンにしてＲＩ検出器の温度を５０℃に設定してサンプルを実行する少なくとも２時間前に、流速を０．６５ｍＬ／分に設定した。
全てのサンプルの注入量が５０μＬであり、実行時間が４０分であるサンプルを実行する前に、検出器のパージをオフにし、許容可能なベースラインが得られるまでポンプを０．６５ｍＬ／分で実行した。
ＤＩ水からなるブランクサンプルを実行した。標準、サンプルＡ、及びサンプルＢをそれぞれ独立して実行した。
７．５分（グルクロン酸）、９．４分（マレイン酸）、１１．３分（レボグルコサン）、１１．９分（乳酸）、１３．１分（ギ酸）、１４．２分（酢酸）、１５．５分（レブリン酸）、３１．８分（ヒドロキシメチルフルフラール、ＨＭＦ）、及び８．３分（グルコース）のピークを積分した。Ｅｍｐｏｗｅｒ ３ソフトウェアの較正曲線適合タイプを３次に設定した。
結果
実施例３のプロセスによって製造された選択されたオリゴ糖の６つのバッチを、上記の方法を用いて試験した。選択されたオリゴ糖組成物のサンプルは、０．１９％ｗ／ｗのクエン酸（０．１８～０．１９％ｗ／ｗの範囲）並びに検出不能なレベルの乳酸、ギ酸、レブリン酸及びＨＭＦを含んでいた。
実施例３のプロセスによって製造された選択されたオリゴ糖の６つのバッチを、上記の方法を用いて試験した。選択されたオリゴ糖組成物のサンプルは、０．１９％ｗ／ｗのクエン酸（０．１８～０．１９％ｗ／ｗの範囲）並びに検出不能なレベルの乳酸、ギ酸、レブリン酸及びＨＭＦを含んでいた。
［実施例８］
Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を用いたＨＳＱＣ ＮＭＲ分析手順
実施例１に記載され、実施例２及び３に記載されているように製造された、選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの測定を、Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して、以下に記載されるプロトコルに従って行った。
Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を用いたＨＳＱＣ ＮＭＲ分析手順
実施例１に記載され、実施例２及び３に記載されているように製造された、選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの測定を、Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して、以下に記載されるプロトコルに従って行った。
方法
サンプル調製：
オリゴ糖組成物の予め凍結乾燥した固体サンプル３０ｍｇを、内部標準として０．１％アセトンを含む３００μＬのＤ２Ｏに溶解した。次いで、溶液を３ｍｍのＮＭＲ管に入れた。
サンプル調製：
オリゴ糖組成物の予め凍結乾燥した固体サンプル３０ｍｇを、内部標準として０．１％アセトンを含む３００μＬのＤ２Ｏに溶解した。次いで、溶液を３ｍｍのＮＭＲ管に入れた。
ＮＭＲ実験：
各サンプルを、Ｚ軸勾配を有するＸＤＢブロードバンドプローブを備えた４９９．８３ＭＨｚ（１２５．６９ＭＨｚ、１３Ｃ）で動作し、１３Ｃに調整し、２５℃で動作するＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲで分析した。コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異種核単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験に各サンプルを供した。以下のパルスシーケンス図並びに取得及び処理パラメータを使用して、各サンプルのＮＭＲスペクトルを得た。
各サンプルを、Ｚ軸勾配を有するＸＤＢブロードバンドプローブを備えた４９９．８３ＭＨｚ（１２５．６９ＭＨｚ、１３Ｃ）で動作し、１３Ｃに調整し、２５℃で動作するＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲで分析した。コヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して、多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異種核単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）実験に各サンプルを供した。以下のパルスシーケンス図並びに取得及び処理パラメータを使用して、各サンプルのＮＭＲスペクトルを得た。
パルスシーケンス図（図５）
取得パラメータ
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
スペクトル解析
得られたスペクトルを、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓａｎｔｉａｇｏ ｄｅ Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）製のＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。スペクトルは、内部アセトンシグナル（１Ｈ－２．２２ｐｐｍ；１３Ｃ－３０．８ｐｐｍ）を基準とし、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方でＲｅｇｉｏｎ２Ｄ法を使用して位相調整した。９０度シフトサインを用いたアポダイゼーションを、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方で適用した。各スペクトルについて、個々のシグナル（Ｃ－Ｈ相関）を、楕円形状を有する「所定の積分領域」を使用してそれらのそれぞれのピークの積分によって定量化した。図６Ｂは、選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲピーク／シグナル１～１１の座標を定義する積分領域を示す。図６Ｃは、長軸座標（Ｆ２寸法；１Ｈ）及び短軸座標（Ｆ１寸法；１３Ｃ）で規定される楕円形状の一例を示す。得られた積分領域の表及びスペクトルからの値は、値が合計のパーセンテージを表すために１００の合計に正規化した。ピーク積分領域は、モノマーに関連するピークを回避し、スペクトルの際立った特徴に焦点を合わせるために選択された。
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
スペクトル解析
得られたスペクトルを、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓａｎｔｉａｇｏ ｄｅ Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）製のＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。スペクトルは、内部アセトンシグナル（１Ｈ－２．２２ｐｐｍ；１３Ｃ－３０．８ｐｐｍ）を基準とし、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方でＲｅｇｉｏｎ２Ｄ法を使用して位相調整した。９０度シフトサインを用いたアポダイゼーションを、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方で適用した。各スペクトルについて、個々のシグナル（Ｃ－Ｈ相関）を、楕円形状を有する「所定の積分領域」を使用してそれらのそれぞれのピークの積分によって定量化した。図６Ｂは、選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲピーク／シグナル１～１１の座標を定義する積分領域を示す。図６Ｃは、長軸座標（Ｆ２寸法；１Ｈ）及び短軸座標（Ｆ１寸法；１３Ｃ）で規定される楕円形状の一例を示す。得られた積分領域の表及びスペクトルからの値は、値が合計のパーセンテージを表すために１００の合計に正規化した。ピーク積分領域は、モノマーに関連するピークを回避し、スペクトルの際立った特徴に焦点を合わせるために選択された。
結果
実施例３に記載のプロセスに従って製造された６バッチの選択されたオリゴ糖組成物（１５．１（±１．３）の平均ＤＰを有する）及び実施例２に記載のプロセスに従って製造された２バッチの選択されたオリゴ糖組成物を、上述のＮＭＲ法を用いて分析した。
実施例３に記載のプロセスに従って製造された６バッチの選択されたオリゴ糖組成物（１５．１（±１．３）の平均ＤＰを有する）及び実施例２に記載のプロセスに従って製造された２バッチの選択されたオリゴ糖組成物を、上述のＮＭＲ法を用いて分析した。
選択されたオリゴ糖組成物のバッチのサンプルを、実施例５に記載のエタノール沈殿手順に従って脱モノマー化した後、ＨＳＱＣ ＮＭＲによって分析した。選択されたオリゴ糖組成物のバッチのサンプルも、脱モノマー化せずにＨＳＱＣ ＮＭＲによって分析した。特に、脱モノマー化前後のサンプルのＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの分析は、実質的に同様のピークを提供した（例えば、シグナル１～１１における類似の相対ＡＵＣ値）。表９は、楕円形状を境界付ける（すなわち、定義する）所定の積分領域又は座標を提供する。
以下の表１０に示すように、実施例２及び３に記載のプロセスに従って製造された（かつ、非モノマー化されていない）選択されたオリゴ糖組成物の全８バッチのＮＭＲスペクトルについて収集した各ピークの相対サイズ（曲線下面積（ＡＵＣ））を更に決定した：
実施例２及び３に記載のプロセスに従って製造され、実施例５に記載のエタノール沈殿手順に従って脱モノマー化された選択されたオリゴ糖組成物の全８バッチのＮＭＲスペクトルについて収集された各ピークの相対サイズ（曲線下面積（ＡＵＣ））を、以下の表１１に示すように更に決定した：
以下の表１２に示すように、実施例３に記載のプロセスに従って製造された（かつ、非モノマー化されていない）選択されたオリゴ糖組成物の全６バッチのＮＭＲスペクトルについて収集した各ピークの相対サイズ（曲線下面積（ＡＵＣ））を更に決定した：
市販のオリゴ糖（ガラクトオリゴ糖、ラクトース、メリビオース、ヒト乳オリゴ糖２－ａ－Ｌ－フコピラノシル－Ｄ－ラクトース、及びヒト乳オリゴ糖ラクトース－Ｎ－ネオテトラオース）のサンプルを上記のようにＨＳＱＣ ＮＭＲで分析した。市販の各オリゴ糖のＮＭＲスペクトルに、選択したオリゴ糖の割り当てられたピーク積分領域（すなわち、表９のピークシグナル１～１１）を重ね、以下に示すように、それらの積分領域のそれぞれの相対ＡＵＣを決定した。これらの実験は、選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルが、試験した市販のオリゴ糖のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルと有意に異なることを実証している（表１３）。
［実施例９］
過メチル化解析を用いたグリコシド結合分布の決定
選択したオリゴ糖組成物のサンプルについて、実施例２のプロセスで作製したグリコシド結合分布の測定を、以下のプロトコルに従って、パーメチル化解析を用いて行った。サンプルを、過メチル化分析の前に脱モノマー化した。
過メチル化解析を用いたグリコシド結合分布の決定
選択したオリゴ糖組成物のサンプルについて、実施例２のプロセスで作製したグリコシド結合分布の測定を、以下のプロトコルに従って、パーメチル化解析を用いて行った。サンプルを、過メチル化分析の前に脱モノマー化した。
使用した試薬は、メタノール、酢酸、ホウ素重水素化ナトリウム、炭酸ナトリウム、ジクロロメタン、イソプロパノール、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、及び無水酢酸であった。装置は、加熱ブロック、乾燥装置、キャピラリーカラム及びＲＩＤ／ＭＳＤ検出器を備えたガスクロマトグラフ、並びに３０メートルのＲＴＸ（登録商標）－２３３０（ＲＥＳＴＥＫ）を含んでいた。全ての誘導手順はフード内で行った。
アルジトールアセテートの調製
Ａ．標準的な調製
以下の標準分析物：アラビノース、ラムノース、フコース、キシロース、マンノース、ガラクトース、グルコース、及びイノシトールの１ｍｇ／ｍＬ溶液を調製した。標準品は、アラビノース、キシロース、フコース、グルコース、マンノース、及びガラクトースのそれぞれ５０μＬとイノシトール２０μＬとをバイアル内で混合して調製した。その後、標準物を凍結乾燥した。
Ａ．標準的な調製
以下の標準分析物：アラビノース、ラムノース、フコース、キシロース、マンノース、ガラクトース、グルコース、及びイノシトールの１ｍｇ／ｍＬ溶液を調製した。標準品は、アラビノース、キシロース、フコース、グルコース、マンノース、及びガラクトースのそれぞれ５０μＬとイノシトール２０μＬとをバイアル内で混合して調製した。その後、標準物を凍結乾燥した。
Ｂ．サンプル調製
バイアル内で１００～５００μｇの選択されたオリゴ糖組成物（分析天秤で秤量）を２０μｇ（２０μＬ）のイノシトールと混合することによって、各サンプルを調製した。
バイアル内で１００～５００μｇの選択されたオリゴ糖組成物（分析天秤で秤量）を２０μｇ（２０μＬ）のイノシトールと混合することによって、各サンプルを調製した。
Ｃ．加水分解
２００μＬの２Ｍのチフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を１つ又は複数のサンプルに添加した。
２００μＬの２Ｍのチフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を１つ又は複数のサンプルに添加した。
サンプルを含むバイアルにしっかりと蓋をし、加熱ブロック上で１２１℃で２時間インキュベートした。２時間後、サンプルを加熱ブロックから取り出し、室温まで冷却した。次いで、サンプルをＮ２／空気で乾燥させた。２００μＬのＩＰＡ（イソプロパノール）を添加し、Ｎ２／空気で再び乾燥させた。この加水分解工程（ＴＦＡを１２１℃で２時間添加；イソプロパノールによる洗浄）を２回繰り返した。
サンプルについて記載したように、標準をＴＦＡを用いて同様に加水分解に供した。
Ｄ．還元及びアセチル化
１０ｍｇ／ｍＬのホウ素重水素化ナトリウム溶液を１Ｍの水酸化アンモニウム中で調製した。この溶液２００μＬをサンプルに添加した。次いで、サンプルを室温で少なくとも１時間又は一晩インキュベートした。ホウ素重水素化ナトリウム溶液とのインキュベーション後、氷酢酸５滴をサンプルに添加し、続いてメタノール５滴を添加した。次いで、サンプルを乾燥させた。５００μＬの９：１のＭｅＯＨ：ＨＯＡｃをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（２回繰り返した）。次いで、５００μＬのＭｅＯＨをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（１回繰り返す）。これにより、サンプルバイアルの側面に硬い外皮のある白色残渣が生じた。
１０ｍｇ／ｍＬのホウ素重水素化ナトリウム溶液を１Ｍの水酸化アンモニウム中で調製した。この溶液２００μＬをサンプルに添加した。次いで、サンプルを室温で少なくとも１時間又は一晩インキュベートした。ホウ素重水素化ナトリウム溶液とのインキュベーション後、氷酢酸５滴をサンプルに添加し、続いてメタノール５滴を添加した。次いで、サンプルを乾燥させた。５００μＬの９：１のＭｅＯＨ：ＨＯＡｃをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（２回繰り返した）。次いで、５００μＬのＭｅＯＨをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（１回繰り返す）。これにより、サンプルバイアルの側面に硬い外皮のある白色残渣が生じた。
次いで、２５０μＬの無水酢酸をサンプルバイアルに添加し、サンプルをボルテックスして溶解させた。２３０μＬの濃ＴＦＡをサンプルに添加し、サンプルを５０℃で２０分間インキュベートした。サンプルを加熱から取り出し、室温まで冷却した。約１ｍＬのイソプロパノールを添加し、サンプルを乾燥させた。次いで、約２００μＬのイソプロパノールを添加し、サンプルを再び乾燥させた。次いで、約１ｍＬの０．２Ｍの炭酸ナトリウムをサンプルに添加し、穏やかに混合した。約２ｍＬのジクロロメタンを最後にサンプルに添加し、その後ボルテックスし、短時間遠心分離した。水性最上層を廃棄した。１ｍＬの水を添加し、サンプルをボルテックスし、短時間遠心分離した。この工程を繰り返した後、有機層（底部）を除去し、別のバイアルに移した。サンプルをＮ２／空気を用いて約１００μＬの最終体積まで濃縮した。次いで、１μＬの最終サンプルをＧＣ－ＭＳに注入した。
ＧＣ温度プログラムＳＰ２３３０をＧＣ－ＭＳ分析に利用した。初期温度は８０℃であり、初期時間は２．０分であった。最初の勾配は３０℃／分の速度であり、最終温度は１７０℃であり、最終時間は０．０分であった。第２の勾配は４℃／分の速度であり、最終温度は２４０℃であり、最終時間は２０．０分であった。
ハコモリメチル化によるポリ糖及びオリゴ糖のグリコシル結合解析
Ａ．ＮａＯＨ塩基の調製
ガラス製スクリュートップチューブ内で、１００μＬの５０／５０ＮａＯＨ溶液及び２００μＬの乾燥ＭｅＯＨを合わせた。ＮａＯＨにはプラスチックピペットを使用し、ＭｅＯＨにはガラスピペットを使用した。溶液を短時間ボルテックスし、約４ｍＬの乾燥ＤＭＳＯを添加し、溶液を再びボルテックスした。チューブを遠心分離して溶液を濃縮し、ＤＭＳＯ及び塩をペレットからピペットで取り出した。ペレットから全ての水を除去するために、前の２つの工程を約４回繰り返した。全ての白色残渣をチューブの側面から除去した。全ての残渣が除去され、ペレットが透明になったら、約１ｍＬの乾燥ＤＭＳＯを添加し、溶液をボルテックスした。次いで、塩基を使用する準備ができた。塩基は、それが必要とされるたびに新しく調製した。
Ａ．ＮａＯＨ塩基の調製
ガラス製スクリュートップチューブ内で、１００μＬの５０／５０ＮａＯＨ溶液及び２００μＬの乾燥ＭｅＯＨを合わせた。ＮａＯＨにはプラスチックピペットを使用し、ＭｅＯＨにはガラスピペットを使用した。溶液を短時間ボルテックスし、約４ｍＬの乾燥ＤＭＳＯを添加し、溶液を再びボルテックスした。チューブを遠心分離して溶液を濃縮し、ＤＭＳＯ及び塩をペレットからピペットで取り出した。ペレットから全ての水を除去するために、前の２つの工程を約４回繰り返した。全ての白色残渣をチューブの側面から除去した。全ての残渣が除去され、ペレットが透明になったら、約１ｍＬの乾燥ＤＭＳＯを添加し、溶液をボルテックスした。次いで、塩基を使用する準備ができた。塩基は、それが必要とされるたびに新しく調製した。
Ｂ．過メチル化
各サンプルは、６００～１０００μｇの選択されたオリゴ糖組成物（分析天秤で秤量）を２００μＬのＤＭＳＯと混合することによって調製した。オリゴ糖組成物が溶解するまで、サンプルを一晩撹拌した。
各サンプルは、６００～１０００μｇの選択されたオリゴ糖組成物（分析天秤で秤量）を２００μＬのＤＭＳＯと混合することによって調製した。オリゴ糖組成物が溶解するまで、サンプルを一晩撹拌した。
等量のＮａＯＨ塩基（４００μＬ）をサンプルに添加し、その後、サンプルを撹拌機に戻し、１０分間十分に混合した。１００μＬのヨードメタン（ＣＨ３Ｉ）をサンプルに添加した。サンプルを撹拌機で２０分間混合し、次いで、前の工程（ＮａＯＨ塩基及びヨードメタンの添加）を繰り返した。
約２ｍＬの超純水をサンプルに添加し、サンプルが濁るようによく混合した。ピペットの先端をチューブの底部のサンプル溶液に入れ、ＣＨ３Ｉを非常に低い空気流で吹き飛ばした。サンプルは、ＣＨ３Ｉが泡立つにつれて透明になった。ピペットを溶液の周りに移動させて、ＣＨ３Ｉが全てなくなったことを確認した。次いで、約２ｍＬの塩化メチレンを添加し、溶液をボルテックスによって３０秒間十分に混合した。次いで、サンプルを遠心分離し、上部水層を除去した。約２ｍＬの水を添加し、サンプルを混合し、次いで短時間遠心分離し、次いで上部水層を除去した。塩化メチレン及び水の添加を繰り返した。有機下層を除去し、別の管に移し、Ｎ２を用いて乾燥させた。アルジトールアセテートで分析を続けた。
Ｃ．加水分解
２００μＬの２Ｍのチフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を１つ又は複数のサンプルに添加した。
２００μＬの２Ｍのチフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を１つ又は複数のサンプルに添加した。
サンプルを含むバイアルにしっかりと蓋をし、加熱ブロック上で１２１℃で２時間インキュベートした。２時間後、サンプルを加熱ブロックから取り出し、室温まで冷却した。次いで、サンプルをＮ２／空気で乾燥させた。２００μＬのＩＰＡ（イソプロパノール）を添加し、Ｎ２／空気で再び乾燥させた。この加水分解工程（ＴＦＡを１２１℃で２時間添加；イソプロパノールによる洗浄）を２回繰り返した。
Ｄ．還元及びアセチル化
１０ｍｇ／ｍＬのホウ素重水素化ナトリウム溶液を１Ｍの水酸化アンモニウム中で調製した。この溶液２００μＬをサンプルに添加した。次いで、サンプルを室温で少なくとも１時間又は一晩インキュベートした。ホウ素重水素化ナトリウム溶液とのインキュベーション後、氷酢酸５滴をサンプルに添加し、続いてメタノール５滴を添加した。次いで、サンプルを乾燥させた。５００μＬの９：１のＭｅＯＨ：ＨＯＡｃをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（２回繰り返した）。次いで、５００μＬのＭｅＯＨをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（１回繰り返す）。これにより、サンプルバイアルの側面に硬い外皮のある白色残渣が生じた。
１０ｍｇ／ｍＬのホウ素重水素化ナトリウム溶液を１Ｍの水酸化アンモニウム中で調製した。この溶液２００μＬをサンプルに添加した。次いで、サンプルを室温で少なくとも１時間又は一晩インキュベートした。ホウ素重水素化ナトリウム溶液とのインキュベーション後、氷酢酸５滴をサンプルに添加し、続いてメタノール５滴を添加した。次いで、サンプルを乾燥させた。５００μＬの９：１のＭｅＯＨ：ＨＯＡｃをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（２回繰り返した）。次いで、５００μＬのＭｅＯＨをサンプルに添加し、続いて乾燥させた（１回繰り返す）。これにより、サンプルバイアルの側面に硬い外皮のある白色残渣が生じた。
次いで、２５０μＬの無水酢酸をサンプルバイアルに添加し、サンプルをボルテックスして溶解させた。２３０μＬの濃ＴＦＡをサンプルに添加し、サンプルを５０℃で２０分間インキュベートした。サンプルを加熱から取り出し、室温まで冷却した。約１ｍＬのイソプロパノールを添加し、サンプルを乾燥させた。次いで、約２００μＬのイソプロパノールを添加し、サンプルを再び乾燥させた。次いで、約１ｍＬの０．２Ｍの炭酸ナトリウムをサンプルに添加し、穏やかに混合した。約２ｍＬのジクロロメタンを最後にサンプルに添加し、その後ボルテックスし、短時間遠心分離した。水性最上層を廃棄した。１ｍＬの水を添加し、サンプルをボルテックスし、短時間遠心分離した。この工程を繰り返した後、有機層（底部）を除去し、別のバイアルに移した。サンプルをＮ２／空気を用いて約１００μＬの最終体積まで濃縮した。次いで、１μＬの最終サンプルをＧＣ－ＭＳに注入した。
ＧＣ温度プログラムＳＰ２３３０をＧＣ－ＭＳ分析に利用した。初期温度は８０℃であり、初期時間は２．０分であった。最初の勾配は３０℃／分の速度であり、最終温度は１７０℃であり、最終時間は０．０分であった。第２の勾配は４℃／分の速度であり、最終温度は２４０℃であり、最終時間は２０．０分であった。
結果
実施例３に記載のプロセスによって製造した６バッチの脱モノマー化オリゴ糖組成物について、上記の方法を用いて過メチル化データを収集した。各バッチを二連で分析した。
実施例３に記載のプロセスによって製造した６バッチの脱モノマー化オリゴ糖組成物について、上記の方法を用いて過メチル化データを収集した。各バッチを二連で分析した。
表１４において、脱モノマー化オリゴ糖組成物のこれら６つのバッチに存在するラジカルに関するデータを以下に提供する。
［実施例１０］
選択されたオリゴ糖組成物は、エクスビボ糞便サンプル中のＳＣＦＡ産生を増加させる 健康な対象の糞便懸濁液中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生を増加させるための実施例３に記載のプロセスによって産生される式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖から構成される選択されたオリゴ糖組成物の能力を評価した。
選択されたオリゴ糖組成物は、エクスビボ糞便サンプル中のＳＣＦＡ産生を増加させる 健康な対象の糞便懸濁液中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生を増加させるための実施例３に記載のプロセスによって産生される式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖から構成される選択されたオリゴ糖組成物の能力を評価した。
健康な対象からの８つの糞便サンプルを収集し、凍結し、使用するまで－８０℃で保存した。凍結糞便サンプルを嫌気性チャンバに移し、解凍させ、１５％グリセロールを補充したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で固形分２０％の最終濃度までホモジナイズした。次いで、２０％の糞便スラリーを濾過して大きな破片を除去し、一定分量に分け、嫌気性チャンバから取り出し、直ちにドライアイス上で凍結した後、－８０℃で保存した。実験の当日に、各２０％糞便スラリーの１ｍＬ一定分量を解凍し、嫌気性チャンバ中で最終濃度１％になるように細菌増殖培地（０．１％ｗ／ｖトリプチカーゼペプトン及び０．７５ｍＭ尿素を補充したクロストリジウム最小培地）に希釈した。次いで、１％糞便スラリー溶液を、滅菌水（陰性対照）又はオリゴ糖調製物の調製物（最終濃度０．５％）を含有する９６ディープウェルプレートのウェルに分注した。各サンプルを３連で調製した。糞便微生物培養物を嫌気的に３７℃で４５時間インキュベートした。
４５時間のインキュベーション期間の後、糞便微生物培養物を含む９６ウェル深ウェルプレートを嫌気性チャンバから取り出し、氷上に保つ。プレートを４℃で１０分間の遠心分離（３，０００×ｇ）によって沈降させた。糞便マイクロバイオーム培養上清及びペレットを回収し、－８０℃で保存した。上清サンプルを解凍し、水素炎イオン化検出器（ＧＣ－ＦＩＤ）を備えたガスクロマトグラフィによって分析して、糞便サンプル中に産生された短鎖脂肪酸（アセタート、プロピオナート、及びブチラート）の濃度を定量した。
選択されたオリゴ糖組成物との糞便コミュニティのインキュベーションは、試験した糞便コミュニティ全体で約５．１ｍＭの総ＳＣＦＡの産生中央値（陰性対照と比較して４．６ｍＭの増加）をもたらした（図１）。特に、選択されたオリゴ糖組成物は、８つの糞便コミュニティのそれぞれにおいてブチラート産生を増加させた。
ブチラートに加えて、選択されたオリゴ糖組成物はまた、これらの糞便コミュニティからのアセタート及びプロピオナートの産生を増加させた。糞便コミュニティを選択されたオリゴ糖組成物とインキュベーションすることにより、２７．４ｍＭの総ＳＣＦＡ（すなわち、アセタート、プロピオナート、及びブチラートの合計）の中央濃度の産生がもたらされた（図２Ａ）。逆に、陰性対照は、わずか５．６ｍＭの総ＳＣＦＡの産生をもたらした。選択されたオリゴ糖組成物によって引き起こされる総ＳＣＦＡ産生のこの増加は、ブチラート及びプロピオナートの相対的割合の変動を示した。選択されたオリゴ糖組成物とインキュベートした８つの糞便コミュニティのうち４つでは、産生された全ＳＣＦＡの２０～４０％がブチラートであったが、プロピオナートは全ＳＣＦＡのより小さい割合を構成した（図２Ｂ）。他の４つの糞便コミュニティでは、プロピオナートは、ブチラートよりも産生された全ＳＣＦＡのより大きな割合を構成した。
選択されたオリゴ糖組成物がどのようにして糞便コミュニティの分類学的組成を変化させたかを決定するために、糞便微生物培養ペレットを１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンシングに供した。培養ペレットを解凍し、製造業者の指示に従ってＭａｇＡｔｔｒａｃｔ ＰｏｗｅｒＭｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ＤＮＡ／ＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用してゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）抽出に供した。Ｑｕａｎｔ－ｉＴ Ｐｉｃｏｇｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡアッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いてｇＤＮＡを定量し、１ｎｇ／μＬに正規化した。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）及び配列決定を、以前に記載された修正プロトコル（Ｃａｐｏｒａｓｏ ｅｔ ａｌ．２０１１）を使用して行った。簡潔には、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ４領域を標的とするバーコード化プライマーを使用してＰＣＲ産物を増幅した。続いて、ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ＰＣＲ精製システム（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用してＰＣＲ産物を精製した。ＰＣＲ産物を精製し、１％アガロースゲル上で泳動し、臭化エチジウムで染色し、画像化して正しいアンプリコンの存在を確実にした。精製されたＰＣＲ濃度を定量し（ｇＤＮＡについて上記のように）、４ｎＭの濃度に正規化し、プールして、５μＬの各アンプリコンからなる最終ライブラリーを作製した。Ｃａｐｏｒａｓｏ ｅｔ ａｌ．２０１１に概説されているように、ＭｉＳｅｑ試薬キットｖ２（５００サイクル）を使用してＩｌｌｕｍｉｎａ Ｍｉｓｅｑで１６Ｓ ｒＲＮＡシーケンシングを行った。
選択されたオリゴ糖組成物は、試験した８つのコミュニティのそれぞれにおいて陰性対照と比較して、エンテロバクター科（ｆａｍｉｌｙ Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の病原性共生生物の相対存在量を有意に減少させた（図３Ａ）。選択されたオリゴ糖組成物はまた、共生属パラバクテロイデス及びバクテロイデスの相対存在量を有意に増加させた（図３Ｂ）。
これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、総ＳＣＦＡを確実かつ一貫して増加させることを集合的に実証しており、共生細菌（すなわち、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の量を増加させ、病原性共生生物（すなわち、エンテロバクター科）の量を減少させる。
［実施例１１］
潰瘍性大腸炎疾患を有する患者における選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び忍容性を評価するためのヒト試験
実施例３～４、１２及び１３に記載されるプロセスによって製造されるような選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び忍容性を、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を有する患者において評価した。更なる観察には、患者のマイクロバイオーム並びに選択されたバイオマーカ及び健康評価の変化が含まれた。適格患者（１８～７５歳）は、経口メサラミン及び／又はプリン類似体による治療中に軽度から中等度のＵＣ症状を有していた。
潰瘍性大腸炎疾患を有する患者における選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び忍容性を評価するためのヒト試験
実施例３～４、１２及び１３に記載されるプロセスによって製造されるような選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び忍容性を、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を有する患者において評価した。更なる観察には、患者のマイクロバイオーム並びに選択されたバイオマーカ及び健康評価の変化が含まれた。適格患者（１８～７５歳）は、経口メサラミン及び／又はプリン類似体による治療中に軽度から中等度のＵＣ症状を有していた。
軽度から中等度のＵＣ症状を有する１０人の患者を試験に入れた。試験は、図４に詳述されているように、スクリーニング期間（１４±２日）、治療期間（５６±３日）及び追跡調査期間（２８±３日）からなった。
組み入れ基準及び除外基準を満たした患者は、１４日間＋２スクリーニング期間に入る資格があり、血液及び便のサンプルを採取し、３日間の食事日誌を完成させた。
選択基準には以下が含まれた：
・男性又は女性、１８歳以上７５歳以下
・ボディマス指数≧１８．５かつ＜４５ｋｇ／ｍ２
・内視鏡検査によるＵＣ（＞１年）の診断確認
・スクリーニングの１週間以内に１日当たり３回以上８回未満の腸管運動を伴う軽度から中等度のＵＣ症状
・治験責任医師（ＰＩ）の判断に基づくスクリーニング来院前の少なくとも４週間のＵＣ症状
・患者が潰瘍性大腸炎のための投薬を受けていた場合、患者は無作為化の２週間前まで安定した投薬レジメンを継続した。
・男性又は女性、１８歳以上７５歳以下
・ボディマス指数≧１８．５かつ＜４５ｋｇ／ｍ２
・内視鏡検査によるＵＣ（＞１年）の診断確認
・スクリーニングの１週間以内に１日当たり３回以上８回未満の腸管運動を伴う軽度から中等度のＵＣ症状
・治験責任医師（ＰＩ）の判断に基づくスクリーニング来院前の少なくとも４週間のＵＣ症状
・患者が潰瘍性大腸炎のための投薬を受けていた場合、患者は無作為化の２週間前まで安定した投薬レジメンを継続した。
除外基準には以下が含まれた。
・クローン病又は不確定疾患の可能性のある又は確認された診断
・ＩＢＤ又は他の病因、例えば性感染症、肛門外傷、サルモネラ感染症及び／又は赤痢菌感染症に起因して直腸に限定される孤立性遠位直腸炎の以前の病歴。
・ＩＢＤ又は他の病因、例えば性感染症、肛門外傷、サルモネラ感染症及び／又は赤痢菌感染症に起因して直腸に限定される孤立性遠位直腸炎の以前の病歴。
・スクリーニング前の過去２８日間の抗生物質治療
・任意の非ＵＣ関連の免疫抑制若しくは自己免疫状態、又は任意の非ＵＣ関連の免疫抑制若しくは自己免疫状態に対する治療は除外される。全身コルチコステロイド＞プレドニゾン１０ｍｇ ＱＤを除外した。
・任意の非ＵＣ関連の免疫抑制若しくは自己免疫状態、又は任意の非ＵＣ関連の免疫抑制若しくは自己免疫状態に対する治療は除外される。全身コルチコステロイド＞プレドニゾン１０ｍｇ ＱＤを除外した。
・定義されるプリン類似体以外の免疫抑制薬及び全身コルチコステロイドを用いない任意の免疫抑制状態又は免疫抑制薬による治療
・初期糞便カルプロテクチン＜２５０μｇ／ｇを有する患者
患者は、安全性評価を完了するためにベースライン（１日目）の直接訪問を予定した。
・初期糞便カルプロテクチン＜２５０μｇ／ｇを有する患者
患者は、安全性評価を完了するためにベースライン（１日目）の直接訪問を予定した。
３日間の食事日誌を返却し、患者は、生化学的マーカ及びマイクロバイオーム組成を評価するために採血し、便サンプルを採取した。単純臨床大腸炎活動性指数（ＳＣＣＡＩ）複合スコア及び平均疲労重症度スケール（ＦＳＳ）を投与した。これらの評価の完了後、患者は、管理下で、選択されたオリゴ糖組成物の最初の用量を消費するように指示された。
次いで、患者を退院させ、選択したオリゴ糖組成物を自宅で１日２回経口摂取し続け、以下に描写するように用量漸増を行った。
患者は、各研究来院前の１週間の３日間の食事日誌を完成させ、スクリーニング（－１４日目＋２日間）、ベースライン（１日目）、治療終了（５６日目）及びフォローアップ（８４日目±２日間）に参加した。有害作用を記録するログは、患者が自宅で毎日完成させ、各現場スタッフが直接、電話、及び仮想訪問で検討した。
３０日目（±２日間）に、患者にインタビューして試験の遵守を確認し、健康状態又は治療下で発現した有害作用（ＴＥＡＥ）の変化を評価し、ＳＣＣＡＩを投与した。
治療の最終日（５６日目；摂取期間の終了）に、患者は３日間の食事日誌を返却し、ＴＥＡＥログを再調査した。便サンプル及び血液を収集し、ＳＣＣＡＩ及びＦＳＳを投与し、次いで、患者は２８日間の追跡調査期間に入った。追跡期間中、患者は３日間の食事日誌及びＴＥＡＥログを完了した。便サンプルをフォローアップ期間の最後に収集して、生化学的マーカ及びマイクロバイオーム組成の変化を評価した。
８４日後、対象は本研究を完了した。８４日目までに完了した患者に、８週間後に接触して、ＵＣ Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ、ＳＣＣＡＩを完了させ、便及び血液サンプル（可能であれば血液サンプルを採取した）を提供して、炎症並びにマイクロバイオームの構造及び機能のバイオマーカに対する試験製品摂取の３ヶ月後の選択されたオリゴ糖組成物の撤退の効果を評価した。
１４日目及び４４日目（両方とも±３日間）に、患者は、試験の遵守をレビューし、健康状態又はＴＥＡＥの変化を評価するために電話を受けた。
患者は、以下の投与スケジュールに従って、投与される各用量について１日２回、少なくとも１２０ｍＬの水で再構成した後、選択されたオリゴ糖組成物を経口摂取した。
安全性及び忍容性を以下に基づいて決定した：
・因果関係、重症度及び重症度評価を含む任意の治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ）を経験している患者の数
・耐容性：治療関連有害事象（ＡＥ）及びＡＥによる中断
・ベースラインからの変化：
ｏバイタルサイン
ｏ安全性検査室分析
・物理的検査
以下の探索的エンドポイントのパラメータが含まれる。
・因果関係、重症度及び重症度評価を含む任意の治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ）を経験している患者の数
・耐容性：治療関連有害事象（ＡＥ）及びＡＥによる中断
・ベースラインからの変化：
ｏバイタルサイン
ｏ安全性検査室分析
・物理的検査
以下の探索的エンドポイントのパラメータが含まれる。
・核酸配列決定によって測定されるアルファ多様性、分類学及び細菌の存在量（エンテロバクター科を含む；便の総グラム及び１グラムに対して）のベースラインから研究処置の終了までの変化
・便及び血液における炎症の生化学的及び他のバイオマーカにおけるベースラインから摂取期間の終わりまでの変化
・対象において実行中と摂取終了との間に観察されたものと比較した、エクスビボ培養系を使用した際の臨床実行中のサンプルと選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーション後の細菌分類群（すなわち、腸内マイクロバイオーム組成物）の相対存在量の測定。
・便及び血液における炎症の生化学的及び他のバイオマーカにおけるベースラインから摂取期間の終わりまでの変化
・対象において実行中と摂取終了との間に観察されたものと比較した、エクスビボ培養系を使用した際の臨床実行中のサンプルと選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーション後の細菌分類群（すなわち、腸内マイクロバイオーム組成物）の相対存在量の測定。
・単純臨床大腸炎活動性指数（ＳＣＣＡＩ）複合スコアのベースラインから摂取期間の終わりまでの変化
・平均疲労重症度尺度（ＦＳＳ）スコアのベースラインから摂取期間の終わりまでの変化
・平均ＦＳＳスコアにおける、摂取期間の終わりまでの疲労（平均ＦＳＳスコア≧４として定義される）を有する患者の割合
・平均ＦＳＳスコアにおける、追跡期間の終わりまでの疲労（平均ＦＳＳスコア≧４として定義される）を有する患者の割合
・入院、ＵＣのための医療専門家への非日常的な訪問等の医療利用
結果
スクリーニング時及び摂取期間終了時に患者から採取した糞便サンプル中のカルプロテクチンを、ＥｌｉＡカルプロテクチン２試験（Ｐｈａｄｉａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて測定した。糞便カルプロテクチンの濃度は、スクリーニングから摂取終了まで、試験で調査した１０名の参加者にわたって中央値６８．７％減少した（図１５Ａ）。糞便カルプロテクチンは、１０名の参加者のうち７名において少なくとも５０％減少した。表１８は、初期スクリーニング時（選択されたオリゴ糖組成物の投与前）、摂取終了時（選択されたオリゴ糖組成物の投与後）の各参加者の糞便カルプロテクチン（μｇ／ｇ糞便）のレベルを提供し、パーセント変化を含む。
・平均疲労重症度尺度（ＦＳＳ）スコアのベースラインから摂取期間の終わりまでの変化
・平均ＦＳＳスコアにおける、摂取期間の終わりまでの疲労（平均ＦＳＳスコア≧４として定義される）を有する患者の割合
・平均ＦＳＳスコアにおける、追跡期間の終わりまでの疲労（平均ＦＳＳスコア≧４として定義される）を有する患者の割合
・入院、ＵＣのための医療専門家への非日常的な訪問等の医療利用
結果
スクリーニング時及び摂取期間終了時に患者から採取した糞便サンプル中のカルプロテクチンを、ＥｌｉＡカルプロテクチン２試験（Ｐｈａｄｉａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて測定した。糞便カルプロテクチンの濃度は、スクリーニングから摂取終了まで、試験で調査した１０名の参加者にわたって中央値６８．７％減少した（図１５Ａ）。糞便カルプロテクチンは、１０名の参加者のうち７名において少なくとも５０％減少した。表１８は、初期スクリーニング時（選択されたオリゴ糖組成物の投与前）、摂取終了時（選択されたオリゴ糖組成物の投与後）の各参加者の糞便カルプロテクチン（μｇ／ｇ糞便）のレベルを提供し、パーセント変化を含む。
カルプロテクチンは、好中球、単球及びマクロファージ等の病原体に対する免疫応答に関与する細胞に見られるタンパク質である（Ｇａｙａ ｅｔ ａｌ，２００２，Ｑ Ｊ Ｍｅｄ；Ｒｏｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ，２００４，Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ）。これは、好中球中の細胞質タンパク質の６０％も占め得る。腸の炎症中、好中球は腸上皮を通って腸内腔に移動し、便中のカルプロテクチンの量が増加する（Ｍａｓｏｏｄｉ ｅｔ ａｌ，Ｇｅｒ Ｍｅｄ Ｓｃｉ．２０１１ Ｆｅｂ １６；９：Ｄｏｃ０３．）。糞便カルプロテクチンのレベルは、腸管腔内の好中球の数と相関し、クローン病及び潰瘍性大腸炎等の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）において上昇する（Ｋｏｎｉｋｏｆｆ Ｍ．Ｒ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．２００６ Ｊｕｎ；１２（６）：５２４－３４）。
腸炎症の他の２つのタンパク質バイオマーカも、スクリーニング時（摂取前）及び摂取期間の終わりに患者から採取した糞便サンプルで測定した。糞便ラクトフェリン及びリポカリンを、ＥＬＩＳＡアッセイ（ＢｉｏＶｅｎｄｏｒ）を使用して測定した。糞便ラクトフェリン濃度は、スクリーニングから摂取終了まで、試験した６名の参加者にわたって６９．２％の中央値だけ減少した（図１５Ｂ）。糞便ラクトフェリン濃度は、６名の参加者のうち５名で少なくとも５０％低下した。糞便ラクトフェリンは、ＩＢＤ疾患活性の特異的かつ選択的なバイオマーカであることが示されている（Ｄａｉ ｅｔ ａｌ，Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，Ｖｏｌｕｍｅ ４２，２００７－Ｉｓｓｕｅ １２，Ｐａｇｅｓ １４４０－１４４４，２００７）。
糞便リポカリン濃度は、低下したレベルに向かう傾向を示し、６名の参加者のうち３名で低下した。
炎症の糞便バイオマーカのこれらの減少は、選択されたオリゴ糖組成物の潰瘍性大腸炎を有する患者への投与から生じる局所腸炎症の減少を示唆し、本明細書に記載される選択されたオリゴ糖組成物が、ＵＣを含む炎症性腸疾患等の炎症性疾患を有する患者の治療に有用であり得ることを示唆する。
疾患活動性はまた、摂取期間の前及び終了時に単純臨床大腸炎活動性指数（ＳＣＣＡＩ）を使用して試験参加者において評価した。ＳＣＣＡＩは、この尺度を使用して評価した８名の参加者のうち５名で減少した（図１６）。
５名の試験参加者の血漿サンプルで炎症の追加のタンパク質バイオマーカも測定した。
これらのバイオマーカには、高感度Ｃ反応性タンパク質（ｈｓＣＲＰ）、カルプロテクチン、リポカリン及びＬＰＳ結合タンパク質（ＬＢＰ）が含まれた。腸上皮の完全性、腸脂肪酸結合タンパク質（Ｉ－ＦＡＢＰ）のバイオマーカも血漿サンプルで測定した。これらの血漿バイオマーカの小さな変化が、摂取期間後に観察された。しかしながら、摂取前の各バイオマーカのレベルは一般に低く、健康な対象に対して予想される範囲内であった。
全身性炎症のバイオマーカとしてのサイトカインのパネルを血漿サンプルで測定した。
このパネルには、ＴＮＦα、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１３、ＩＬ－８及びＩＬ－１０が含まれた。これらのサイトカインの小さな変化のみが観察された。これらのサイトカインのレベルは、一般に、摂取時に低く、健康な対象に対して予想される範囲内であった。
パラバクテロイデス属（共生分類群のメンバー）及びエンテロバクター科（病原性共生生物分類群のメンバー）のメタゲノム相対存在量を、スクリーニング時及び摂取期間の最後に５人の患者において調べた。対象から採取した糞便サンプルで評価したところ、パラバクテロイデスの相対存在量は５人の患者のうち４人で増加し（図１７Ａ）、エンテロバクター科の相対存在量は選択したオリゴ糖組成物での処置後に５人の参加者全員で減少した（図１７Ｂ）。これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、潰瘍性大腸炎を有するヒト患者の腸内マイクロバイオームを変化させることができることを実証している。具体的には、これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、潰瘍性大腸炎を有するヒト患者において、病原性共生生物（例えばエンテロバクター科）と比較して共生生物分類群（例えば、パラバクテロイデス）の存在量を増加させたことを実証している。
メタゲノミクスはまた、選択されたオリゴ糖の投与が接着性浸潤性大腸菌病原性共生生物の減少を引き起こすことを明らかにするために利用された。接着性浸潤性大腸菌に関連する毒性シグネチャを同定するために、パンゲノームベースの系統ゲノム解析（ＰａｎＰｈｌＡｎ）を使用して、９０％アミノ酸同一性遺伝子クラスタのパンゲノーム参照を使用して大腸菌遺伝子のパンゲノームを定量した。遺伝子参照の存在量をＫＥＧＧ ＫＯ遺伝子ファミリー分類レベルに集約した。この分析は、接着性浸潤性大腸菌分離株（ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、及びｏｍｐＣ）に関連する３つの遺伝子アノテーションが、選択されたオリゴ糖組成物の摂取後に減少したことを実証した。これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、潰瘍性大腸炎を有するヒト患者の腸内マイクロバイオームにおける接着性浸潤性大腸菌の存在量を減少させることができることを実証している。これは、接着性浸潤性大腸菌が潰瘍性大腸炎の病因に関与しているため、重要である。
データは、選択されたオリゴ糖が、炎症性腸疾患、例えばＵＣ及びＣＤ等の炎症性疾患に関与するいくつかの経路／機構に影響を及ぼすことができることを示唆している（例えば、図９を参照されたい）。データは、選択されたオリゴ糖が、（ａ）ＳＣＦＡ（例えば、ブチラート）を増加させ（図１、図２、１０及び図１９）、（ｂ）共生生物の存在量を増加させ（例えば、パラバクテロイデス）、病原性共生生物（例えばエンテロバクター科）（図３、図１２、図１３、図１４、及び図１７）、及び大腸菌（図１８）の存在量を減少させ、（ｃ）腸炎症を減少させ（例えば、糞便カルプロテクチン及びラクトフェリン）（図１５）、（ｄ）生活の質（ＱｏＬ、例えばＳＣＣＡＩスコア）を改善する（図１６）ことを示唆している。まとめると、データは、本明細書に記載の選択されたオリゴ糖組成物が、炎症性疾患、例えば炎症性腸疾患、例えばＵＣ及びＣＤを示す患者の処置に有用であることを示唆している。
［実施例１２］
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの２５ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を２５キログラム規模で合成するための手順を開発した。２５ｋｇの無水ガラクトース、０．３８ｋｇのクエン酸無水酸触媒及び６．５ｋｇの水を、蒸留凝縮器ユニットを備えた反応容器（油ジャケット付き５０Ｌ連続撹拌タンク反応器（ＣＳＴＲ））に添加した。内容物を約１２０ｒｐｍで撹拌し、容器の温度を２～４．０時間かけて大気圧で約１３０℃まで上昇させた。混合物を更に３～５時間温度に維持し、その後、加熱を停止し、衝突冷却手順を開始した。３０分間冷却した後、６Ｌの予熱水（急冷水）を５００ｍＬ／分の速度で反応混合物に素早く加えた。全ての急冷水を加えたら、反応器の内容物を完全に溶解するまで混合し、５５℃以下の内部温度に冷却した。反応混合物を容器から排出し、水溶液として約４５～５０ｋｇの粗オリゴ糖を得た（約４７－５５重量％）。
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの２５ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を２５キログラム規模で合成するための手順を開発した。２５ｋｇの無水ガラクトース、０．３８ｋｇのクエン酸無水酸触媒及び６．５ｋｇの水を、蒸留凝縮器ユニットを備えた反応容器（油ジャケット付き５０Ｌ連続撹拌タンク反応器（ＣＳＴＲ））に添加した。内容物を約１２０ｒｐｍで撹拌し、容器の温度を２～４．０時間かけて大気圧で約１３０℃まで上昇させた。混合物を更に３～５時間温度に維持し、その後、加熱を停止し、衝突冷却手順を開始した。３０分間冷却した後、６Ｌの予熱水（急冷水）を５００ｍＬ／分の速度で反応混合物に素早く加えた。全ての急冷水を加えたら、反応器の内容物を完全に溶解するまで混合し、５５℃以下の内部温度に冷却した。反応混合物を容器から排出し、水溶液として約４５～５０ｋｇの粗オリゴ糖を得た（約４７－５５重量％）。
オリゴ糖組成物を０．４５ミクロンフィルタに流すことによって精製し、約４５～５０ｋｇの濾過した組成物を得た。
［実施例１３］
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの５００ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を５００キログラム（２０００Ｌ）規模で合成するための手順を開発した。１２５ｋｇの水を最初に清浄なガラスライニングされた２０００Ｌの連続撹拌タンク反応器に添加した。水を約６０ｒｐｍで撹拌し、反応器のジャケットを８５℃に加熱した。次いで、５００ｋｇの無水ガラクトース及び７．５ｋｇのクエン酸無水酸触媒を反応器に添加した。
可溶性酸触媒を使用したガラクトースからの５００ｋｇスケールの選択されたオリゴ糖組成物の製造
実施例１に記載の選択されたオリゴ糖組成物を５００キログラム（２０００Ｌ）規模で合成するための手順を開発した。１２５ｋｇの水を最初に清浄なガラスライニングされた２０００Ｌの連続撹拌タンク反応器に添加した。水を約６０ｒｐｍで撹拌し、反応器のジャケットを８５℃に加熱した。次いで、５００ｋｇの無水ガラクトース及び７．５ｋｇのクエン酸無水酸触媒を反応器に添加した。
内容物を約６０ｒｐｍで撹拌し、容器の温度を２～４．０時間かけて大気圧で約１３０℃まで上昇させた。混合物を少なくとも更に５時間温度に維持し、その後、加熱を停止し、数時間以内に内容物の温度を２５℃以下に低下させる冷却手順を開始した。反応器のジャケットの温度を下げ、約１９０ｋｇの熱水（６５℃）を約１０分かけて反応器の内容物に加えた。次いで、反応器のジャケットの温度を更に下げ、更に約３１０ｋｇの室温水を反応器の内容物に加え、内容物を室温まで冷却した。
続いて、オリゴ糖組成物を０．４５ミクロンフィルタに流すことによって精製した。
［実施例１４］
噴霧乾燥手順
実施例１３で製造された選択したオリゴ糖組成物の個々のバッチを噴霧乾燥した。回転アトマイザーを備えたＳＰＸ Ａｎｈｙｄｒｏ ＭｉｃｒａＳｐｒａｙ ４００機器のチャンバを不活性化して、チャンバ内の酸素濃度を＜１％にした。乾燥ガス流を開始し、４４０ｋｇ／ｈｒに設定した。乾燥ガス流が安定したら、噴霧乾燥装置を以下の設定点に設定した：（ｉ）噴霧乾燥機圧力設定点＝１０５０ｍｂａｒ；（ｉｉ）噴霧乾燥器チャンバ表皮ヒーター＝６０℃；（ｉｉｉ）再循環ファン予熱器＝２０℃；（ｉｖ）スチームヒーター入口＝９０℃；（ｖ）回転霧化速度＝２５０００ＲＰＭ；（ｖｉ）サイクロンスキンヒーター＝９０℃；（ｖｉｉ）Ｂａｇｈｏｕｓｅ皮膚ヒーター＝４０℃。上記の噴霧乾燥機プロセスパラメータが安定したら、ブランク溶液（精製水）の電源を入れ、７．５ｋｇ／時に設定した。スチームヒーター入口温度を１４５℃に上げた。
噴霧乾燥手順
実施例１３で製造された選択したオリゴ糖組成物の個々のバッチを噴霧乾燥した。回転アトマイザーを備えたＳＰＸ Ａｎｈｙｄｒｏ ＭｉｃｒａＳｐｒａｙ ４００機器のチャンバを不活性化して、チャンバ内の酸素濃度を＜１％にした。乾燥ガス流を開始し、４４０ｋｇ／ｈｒに設定した。乾燥ガス流が安定したら、噴霧乾燥装置を以下の設定点に設定した：（ｉ）噴霧乾燥機圧力設定点＝１０５０ｍｂａｒ；（ｉｉ）噴霧乾燥器チャンバ表皮ヒーター＝６０℃；（ｉｉｉ）再循環ファン予熱器＝２０℃；（ｉｖ）スチームヒーター入口＝９０℃；（ｖ）回転霧化速度＝２５０００ＲＰＭ；（ｖｉ）サイクロンスキンヒーター＝９０℃；（ｖｉｉ）Ｂａｇｈｏｕｓｅ皮膚ヒーター＝４０℃。上記の噴霧乾燥機プロセスパラメータが安定したら、ブランク溶液（精製水）の電源を入れ、７．５ｋｇ／時に設定した。スチームヒーター入口温度を１４５℃に上げた。
噴霧乾燥機の出口温度が約９０℃に安定した後、溶媒供給をブランク溶液（精製水）から供給溶液（選択されたオリゴ糖組成物）に変更し、供給速度を１５．０ｋｇ／時間に調整した。噴霧乾燥されたオリゴ糖組成物を、器具によって乾燥させながら８００Ｌの円錐容器に回収した。
［実施例１５］
Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を用いた選択されたオリゴ糖組成物の大規模バッチのＨＳＱＣ ＮＭＲ分析
実施例１に記載され、実施例１２及び１３に記載されるように製造された選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの決定を、Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して得、実施例８に記載されるＨＳＱＣ ＮＭＲ方法に従って、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ ＲｅｓｅａｒｃｈのＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。
Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を用いた選択されたオリゴ糖組成物の大規模バッチのＨＳＱＣ ＮＭＲ分析
実施例１に記載され、実施例１２及び１３に記載されるように製造された選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの決定を、Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して得、実施例８に記載されるＨＳＱＣ ＮＭＲ方法に従って、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ ＲｅｓｅａｒｃｈのＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。
結果
実施例８に記載のＨＳＱＣ ＮＭＲ法を用いて、実施例１２に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物の単一バッチ（ガラクトース２５ｋｇ；５０Ｌスケール）及び実施例１３に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物（ガラクトース５００ｋｇ；２０００Ｌスケール）（１２．７（±０．４）の平均ＤＰを有する）を分析した。ＨＳＱＣ ＮＭＲ分析の前に、実施例５に記載のエタノール沈殿手順を用いてサンプルを脱モノマー化した。
実施例８に記載のＨＳＱＣ ＮＭＲ法を用いて、実施例１２に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物の単一バッチ（ガラクトース２５ｋｇ；５０Ｌスケール）及び実施例１３に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物（ガラクトース５００ｋｇ；２０００Ｌスケール）（１２．７（±０．４）の平均ＤＰを有する）を分析した。ＨＳＱＣ ＮＭＲ分析の前に、実施例５に記載のエタノール沈殿手順を用いてサンプルを脱モノマー化した。
選択されたオリゴ糖組成物の分析されたバッチのＮＭＲスペクトルについて収集された各ピークの相対サイズ（すなわち、楕円形状を有する表９の所定の積分領域を使用したピーク／シグナル１～１１の積分；本明細書では曲線下面積（ＡＵＣ）と呼ぶ）を以下の表１５に示すように決定した。
選択されたオリゴ糖組成物の大規模バッチ（実施例１２及び１３に記載のプロセスを使用して生成されたもの）のこれらのＨＳＱＣ ＮＭＲデータは、実施例２～４に記載のプロセスを使用して生成された選択されたオリゴ糖組成物のバッチについて実証された所定の積分領域を使用したピーク／シグナル１～１１の実質的に同様の相対積分を提供する。
したがって、これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物を大規模（例えば、ガラクトース５００ｋｇ；２０００Ｌスケール）で製造しても、選択されたオリゴ糖組成物の化学的特性は有意に変化させないことを実証している。
上で分析した２０００Ｌバッチのうちの１つ（２０００Ｌバッチ＃１）を、実施例１４に記載の噴霧乾燥手順に更に供した。噴霧乾燥手順に従って、噴霧乾燥組成物３０ｍｇ（実施例５に記載のエタノール沈殿手順を用いて脱モノマー化した後）を、内部標準として０．１％アセトンを含む３００μＬのＤ２Ｏに溶解することによって、噴霧乾燥組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲ分析のために調製した。次いで、溶液を３ｍｍ ＮＭＲ管に入れ、実施例８に記載のＨＳＱＣ ＮＭＲ法を使用した。以下の表１６に示すように、選択したオリゴ糖組成物の分析したバッチのＮＭＲスペクトルについて収集した各ピークの相対サイズ（すなわち、楕円形状を有する表９の所定の積分領域を使用したピーク／シグナル１～１１の積分；本明細書では曲線下面積（ＡＵＣ）と呼ぶ）を決定し、噴霧乾燥前の２０００Ｌバッチ＃１のＮＭＲスペクトルと比較した：
噴霧乾燥前後の２０００Ｌバッチ＃１のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルは互いに実質的に類似しており、各ピークの相対サイズ（すなわち、楕円形状を有する表９の所定の積分領域を使用したピーク／シグナル１～１１の積分；本明細書では曲線下面積（ＡＵＣ）と呼ぶ）にわずかな変動しかない。したがって、これらのＨＳＱＣ ＮＭＲデータは、噴霧乾燥が、選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトル及び化学的特性にほとんど又は全く影響を及ぼさないことを実証している。
［実施例１６］
過メチル化分析を用いた選択されたオリゴ糖組成物の大規模バッチのグリコシド結合分布の決定
実施例９に記載の方法に従って、実施例１に記載の、実施例１２及び１３に記載のように製造された選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのグリコシド結合分布の測定を、過メチル化分析を用いて行った。サンプルを、過メチル化分析の前に脱モノマー化した。この実施例において、実施例１２に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物の単一バッチ（ガラクトース２５ｋｇ；５０Ｌスケール）及び実施例１３に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物（ガラクトース５００ｋｇ；２０００Ｌスケール）（１２．７（±０．４）の平均ＤＰを有する）を試験した。
過メチル化分析を用いた選択されたオリゴ糖組成物の大規模バッチのグリコシド結合分布の決定
実施例９に記載の方法に従って、実施例１に記載の、実施例１２及び１３に記載のように製造された選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのグリコシド結合分布の測定を、過メチル化分析を用いて行った。サンプルを、過メチル化分析の前に脱モノマー化した。この実施例において、実施例１２に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物の単一バッチ（ガラクトース２５ｋｇ；５０Ｌスケール）及び実施例１３に記載のプロセスに従って製造された選択オリゴ糖組成物（ガラクトース５００ｋｇ；２０００Ｌスケール）（１２．７（±０．４）の平均ＤＰを有する）を試験した。
結果
過メチル化データを収集し、各バッチを３回の技術的反復で分析した。脱モノマー化オリゴ糖組成物のこれらのバッチに存在するラジカルに関する３つの技術的反復実験の標準偏差（ｓｔｄ．ｄｅｖ．）の平均データを以下の表１７に示す。
過メチル化データを収集し、各バッチを３回の技術的反復で分析した。脱モノマー化オリゴ糖組成物のこれらのバッチに存在するラジカルに関する３つの技術的反復実験の標準偏差（ｓｔｄ．ｄｅｖ．）の平均データを以下の表１７に示す。
［実施例１７］
選択されたオリゴ糖組成物のスペクトルにおけるＨＳＱＣ ＮＭＲピーク／シグナルの割り当て
実施例１に記載され、実施例１２及び１３に記載されるように製造された選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの決定を、選択されたオリゴ糖組成物内に存在する別個の結合型に属するとしてアノテーションされるべき特定のピーク／シグナルを割り当てるために、以下に記載されるプロトコルに従ってＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して行った。
選択されたオリゴ糖組成物のスペクトルにおけるＨＳＱＣ ＮＭＲピーク／シグナルの割り当て
実施例１に記載され、実施例１２及び１３に記載されるように製造された選択されたオリゴ糖組成物のＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの決定を、選択されたオリゴ糖組成物内に存在する別個の結合型に属するとしてアノテーションされるべき特定のピーク／シグナルを割り当てるために、以下に記載されるプロトコルに従ってＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲ装置を使用して行った。
方法
サンプル調製：
オリゴ糖組成物の予め凍結乾燥した固体サンプル３０ｍｇを、内部標準として０．１％アセトンを含む３００μＬのＤ２Ｏに溶解した。次いで、溶液を３ｍｍのＮＭＲ管に入れた。
サンプル調製：
オリゴ糖組成物の予め凍結乾燥した固体サンプル３０ｍｇを、内部標準として０．１％アセトンを含む３００μＬのＤ２Ｏに溶解した。次いで、溶液を３ｍｍのＮＭＲ管に入れた。
ＮＭＲ実験：
各サンプルを、１Ｈ／１９Ｆ、１３Ｃ、１５Ｎ、３１Ｐを有するＣＰ ＱＣＩプローブを備えた６００ＭＨｚで動作するＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲで分析した。
各サンプルを、１Ｈ／１９Ｆ、１３Ｃ、１５Ｎ、３１Ｐを有するＣＰ ＱＣＩプローブを備えた６００ＭＨｚで動作するＢｒｕｋｅｒ ＮＭＲで分析した。
各サンプルを、以下のパルスシーケンス図を使用して、ＰＥＰ及び反転、バックインセプトに勾配を有するリフォーカス及びマッチドスイープ断熱パルスを使用して、位相感受性多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ＨＳＱＣ）に供した。
パルスシーケンス図
取得パラメータ
１Ｈキャリア周波数＝６００．１３ＭＨｚ
１３Ｃキャリア周波数＝１５０．９１ＭＨｚ
パルスシーケンス＝ｈｓｑｃｅｄｅｔｇｐｓｉｓｐ２．３
取得次元の点数＝２０４８
取得次元のスペクトル範囲＝６．７５ｐｐｍ～０．２５ｐｐｍ
間接的次元の点数＝５１２
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１．５秒
単結合１Ｈ～１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４５Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
間接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
処理＝直接的次元の２０４８の複素点、間接的次元の２０４８の複素点
前方線形予測＝３２個の係数、５１２個の予測点
スペクトル分析及び結果
得られたスペクトルを、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓａｎｔｉａｇｏ ｄｅ Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）製のＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。スペクトルは、内部アセトンシグナル（１Ｈ－２．２２ｐｐｍ；１３Ｃ－３０．８ｐｐｍ）を基準とし、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方でＲｅｇｉｏｎ２Ｄ法を使用して位相調整した。９０度シフトサインを用いたアポダイゼーションを、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方で適用した。選択されたオリゴ糖内に存在する別個の結合型に属するピーク／シグナルの割り当ては、“１Ｈ ＮＭＲ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ－ｒｅｐｏｒｔｅｒ－ｇｒｏｕｐ ｃｏｎｃｅｐｔ”（Ｌｅｅｕｗｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３４３（２００８），１１１４－１１１９）、文献の化学シフト、Ｈ２ＢＣ及びＨＭＢＣ相関のような戦略に基づいた。分析に使用した二量体は以下を含んでいた（Ｃａｒｂｏｓｙｎｔｈ，Ｉｎｃ）：Ｇａｌｐ－ｂ（１－２）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－２）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－３）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－３）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－４）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－４）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－６）－Ｇａｌｐ及びＧａｌｐ－ａ（１－６）－Ｇａｌｐ。リンケージ存在量を過メチル化データと比較し、文献値及び他のオリゴ糖組成物と相互参照した。割り当ては、図７Ａ～図７Ｂに提供されている。
１Ｈキャリア周波数＝６００．１３ＭＨｚ
１３Ｃキャリア周波数＝１５０．９１ＭＨｚ
パルスシーケンス＝ｈｓｑｃｅｄｅｔｇｐｓｉｓｐ２．３
取得次元の点数＝２０４８
取得次元のスペクトル範囲＝６．７５ｐｐｍ～０．２５ｐｐｍ
間接的次元の点数＝５１２
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１．５秒
単結合１Ｈ～１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４５Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
間接的次元の窓関数＝Ｑｓｉｎｅ ２
処理＝直接的次元の２０４８の複素点、間接的次元の２０４８の複素点
前方線形予測＝３２個の係数、５１２個の予測点
スペクトル分析及び結果
得られたスペクトルを、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓａｎｔｉａｇｏ ｄｅ Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）製のＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して分析した。スペクトルは、内部アセトンシグナル（１Ｈ－２．２２ｐｐｍ；１３Ｃ－３０．８ｐｐｍ）を基準とし、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方でＲｅｇｉｏｎ２Ｄ法を使用して位相調整した。９０度シフトサインを用いたアポダイゼーションを、Ｆ２次元及びＦ１次元の両方で適用した。選択されたオリゴ糖内に存在する別個の結合型に属するピーク／シグナルの割り当ては、“１Ｈ ＮＭＲ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ－ｒｅｐｏｒｔｅｒ－ｇｒｏｕｐ ｃｏｎｃｅｐｔ”（Ｌｅｅｕｗｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３４３（２００８），１１１４－１１１９）、文献の化学シフト、Ｈ２ＢＣ及びＨＭＢＣ相関のような戦略に基づいた。分析に使用した二量体は以下を含んでいた（Ｃａｒｂｏｓｙｎｔｈ，Ｉｎｃ）：Ｇａｌｐ－ｂ（１－２）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－２）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－３）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－３）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－４）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ａ（１－４）－Ｇａｌｐ、Ｇａｌｐ－ｂ（１－６）－Ｇａｌｐ及びＧａｌｐ－ａ（１－６）－Ｇａｌｐ。リンケージ存在量を過メチル化データと比較し、文献値及び他のオリゴ糖組成物と相互参照した。割り当ては、図７Ａ～図７Ｂに提供されている。
［実施例１８］
選択されたオリゴ糖組成物の安定性
選択されたオリゴ糖組成物の安定性を、選択されたオリゴ糖組成物を高温で一定期間インキュベートすることによって評価した。選択されたオリゴ糖組成物（５０％ｗ：ｖ）のサンプルの１５０ｍＬ一定分量を、油ジャケット付き２５０ｍＬ反応器内で目標温度（７０℃、８０℃、９０℃又は１００℃）にし、次いで、６時間の期間にわたって定期的にサンプリングした（ｔ０＝目標温度に達した点）。実施例６に記載の方法を使用してＳＥＣでサンプルを実行して、様々な時点でＭｗ、Ｍｎ及びＤＰ２＋の割合を決定した。図８は、インキュベーションの終点（すなわち、時間＝６時間）における選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＭｗ、Ｍｎ及びＤＰ２＋のパーセントを示す。選択されたオリゴ糖組成物の構造的完全性は、水の存在下で７０℃及び８０℃の温度に長期間（すなわち、６時間）曝露することによる影響を最小限に抑えられる。しかし、水の存在下でのより高い温度への曝露は、加水分解及びＭｗ、Ｍｎ及び％ＤＰ２＋によって測定される選択されたオリゴ糖組成物に含まれるオリゴ糖の平均長さの短縮をもたらし得る。
選択されたオリゴ糖組成物の安定性
選択されたオリゴ糖組成物の安定性を、選択されたオリゴ糖組成物を高温で一定期間インキュベートすることによって評価した。選択されたオリゴ糖組成物（５０％ｗ：ｖ）のサンプルの１５０ｍＬ一定分量を、油ジャケット付き２５０ｍＬ反応器内で目標温度（７０℃、８０℃、９０℃又は１００℃）にし、次いで、６時間の期間にわたって定期的にサンプリングした（ｔ０＝目標温度に達した点）。実施例６に記載の方法を使用してＳＥＣでサンプルを実行して、様々な時点でＭｗ、Ｍｎ及びＤＰ２＋の割合を決定した。図８は、インキュベーションの終点（すなわち、時間＝６時間）における選択されたオリゴ糖組成物のサンプルのＭｗ、Ｍｎ及びＤＰ２＋のパーセントを示す。選択されたオリゴ糖組成物の構造的完全性は、水の存在下で７０℃及び８０℃の温度に長期間（すなわち、６時間）曝露することによる影響を最小限に抑えられる。しかし、水の存在下でのより高い温度への曝露は、加水分解及びＭｗ、Ｍｎ及び％ＤＰ２＋によって測定される選択されたオリゴ糖組成物に含まれるオリゴ糖の平均長さの短縮をもたらし得る。
これは、選択されたオリゴ糖組成物の化学構造が、７０℃及び８０℃の高温で長期間（すなわち、６時間）保持されることによる影響をほとんど受けないことを示唆している。
更に、これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物（例えば、実施例１２及び１３を使用した大規模での製造）の製造後の後処理工程（例えば、急冷）が、これらのデータを考慮して選択されたオリゴ糖組成物の構造的完全性を維持するために適時に行われるべきであることを示唆している。例えば、選択されたオリゴ糖組成物を冷却するために、選択されたオリゴ糖組成物の製造後の反応混合物のクエンチは、本実施例に従って適時に行われるべきである。
［実施例１９］
選択されたオリゴ糖組成物は、エクスビボ培養系における健康な対象からの糞便サンプル中のＳＣＦＡの産生を増加させる。
選択されたオリゴ糖組成物は、エクスビボ培養系における健康な対象からの糞便サンプル中のＳＣＦＡの産生を増加させる。
１０人の健康な対象からの糞便サンプルを、０．７５ｍＭ尿素及び０．１％（ｗ／ｖ）トリプチカーゼペプトンが補充されたクロストリジウム最小培地（Ｔｈｅｒｉｏｔ ｅｔ ａｌ，２０１４，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ）中で、（陰性対照）なしで、又は選択されたオリゴ糖組成物と共に、最終濃度０．５％（ｗ／ｖ）で３７℃で４５時間嫌気的にインキュベートした。各糞便サンプルのインキュベーションを３回の生物学的反復実験で行った。インキュベーション後、サンプルを遠心分離によって沈降させ、培養上清を回収した。フレームイオン化検出を用いたガスクロマトグラフィ（ＧＣ－ＦＩＤ）を用いて、培養上清中のＳＣＦＡ濃度を定量した。
サンプル反復物全体の平均ＳＣＦＡ値を箱ひげプロットに含め、両側対応のあるｔ検定（図１０）を用いてｐ値を決定した。選択されたオリゴ糖組成物は、陰性対照の１５．２ｍＭと比較して、１０個の糞便サンプルにわたるＳＣＦＡの産生を４７．０ｍＭの中央濃度まで増加させた。更に、選択されたオリゴ糖組成物は、試験した１０の糞便サンプルのそれぞれにおいて、３つのＳＣＦＡ（すなわち、アセタート、プロピオナート、及びブチラート）のそれぞれを増加させた。選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションは、陰性対照（水）との１０．０ｍＭアセタート、３．１ｍＭプロピオナート及び２．１ｍＭブチラートの中央値と比較して、２７．８ｍＭアセタート、１５．０ｍＭプロピオナート及び６．１ｍＭブチラートの中央値をもたらした。
ゲノムＤＮＡ濃度はまた、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ｐｒｉｃｏＧｅｅｎ ｄｓＤＮＡアッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して決定した。ゲノムＤＮＡを、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドプライマーを用いた定量ＰＣＲに供した。抽出されたゲノムＤＮＡの濃度及び培養物の単位体積当たりの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のコピー数は、各培養物中の細菌の存在量の測定値である。選択されたオリゴ糖組成物とインキュベートした糞便サンプルにわたるゲノムＤＮＡ濃度の中央値は、陰性対照の２．７ｎｇ／μＬと比較して３０．２ｎｇ／μＬであった。同様に、選択されたオリゴ糖組成物と共にインキュベートした糞便サンプルからの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子コピーの中央値は、陰性対照についての２．２×１０７コピー／μＬと比較して１．１×１０８コピー／μＬであった。ゲノムＤＮＡ濃度及び１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子コピーの両方について、選択されたオリゴ糖組成物と陰性対照との間の差は、両側対応のあるｔ検定によって決定されるように、統計学的に有意であった（ｐ値＜０．０００１）。
これらの結果は、選択されたオリゴ糖組成物が、異なる健康な対象からの糞便マイクロバイオームによって一貫して発酵（消費）されることを実証している。この発酵は、バランスのとれたＳＣＦＡ産生プロファイルをもたらし、選択されたオリゴ糖組成物が、アセタート、プロピオナート及びブチラート等のＳＣＦＡを産生する多様なセットの共生腸細菌の堅牢な増殖及び代謝を支持することを示唆している。
［実施例２０］
選択されたオリゴ糖組成物は、エキソビボ培養系における健康な対象からの糞便サンプル中の便マイクロバイオームを調節する
選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションによって生じる分類学的組成物のシフトを理解するために、糞便マイクロバイオームをショットガンメタゲノムシーケンシング（Ｄｉｖｅｒｓｉｇｅｎ，ＭＮ ＵＳＡ）によって特性決定した。ショットガン・メタゲノム配列決定ライブラリーを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームでの配列決定の前にＮｅｘｔｅｒａＸＴキットを使用して、ライブラリー当たり少なくとも１０００万リードまで調製した。ショットガンメタゲノムシーケンシングデータからの分類群カウント表は、ＲｅｆＳｅｑ ｖ８７の種当たり最初の２０株を含むデータベースを使用してＳＨＯＧＵＮパイプラインによって生成された。Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓの非類似性は、全てのサンプル間の属レベルの分類群表で計算した。非計量多次元尺度構成法（ＮＭＤＳ）調整プロットでは、選択されたオリゴ糖組成物と共にインキュベートされた糞便サンプルは、対照サンプルとは異なるマイクロバイオーム組成を表すクラスタを形成する（図１１）。これは、対照内（標準偏差０．０７５で平均０．３５）及び選択されたオリゴ糖組成物と９５％信頼区間でインキュベートしたサンプル内（標準偏差０．１２３で平均０．２９９）のよりコヒーレントなクラスタに対する０．５３の平均Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓシフト（標準偏差０．０６）として定量化される。これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、一貫性のない入力マイクロバイオーム組成物プロファイルを有する対象又はサンプルにおいてインキュベートされた場合でさえ（例えば、選択されたオリゴ糖組成物の投与前）、一貫性のあるマイクロバイオーム組成物プロファイルをもたらし得ることを示唆している。
選択されたオリゴ糖組成物は、エキソビボ培養系における健康な対象からの糞便サンプル中の便マイクロバイオームを調節する
選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションによって生じる分類学的組成物のシフトを理解するために、糞便マイクロバイオームをショットガンメタゲノムシーケンシング（Ｄｉｖｅｒｓｉｇｅｎ，ＭＮ ＵＳＡ）によって特性決定した。ショットガン・メタゲノム配列決定ライブラリーを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームでの配列決定の前にＮｅｘｔｅｒａＸＴキットを使用して、ライブラリー当たり少なくとも１０００万リードまで調製した。ショットガンメタゲノムシーケンシングデータからの分類群カウント表は、ＲｅｆＳｅｑ ｖ８７の種当たり最初の２０株を含むデータベースを使用してＳＨＯＧＵＮパイプラインによって生成された。Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓの非類似性は、全てのサンプル間の属レベルの分類群表で計算した。非計量多次元尺度構成法（ＮＭＤＳ）調整プロットでは、選択されたオリゴ糖組成物と共にインキュベートされた糞便サンプルは、対照サンプルとは異なるマイクロバイオーム組成を表すクラスタを形成する（図１１）。これは、対照内（標準偏差０．０７５で平均０．３５）及び選択されたオリゴ糖組成物と９５％信頼区間でインキュベートしたサンプル内（標準偏差０．１２３で平均０．２９９）のよりコヒーレントなクラスタに対する０．５３の平均Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓシフト（標準偏差０．０６）として定量化される。これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、一貫性のない入力マイクロバイオーム組成物プロファイルを有する対象又はサンプルにおいてインキュベートされた場合でさえ（例えば、選択されたオリゴ糖組成物の投与前）、一貫性のあるマイクロバイオーム組成物プロファイルをもたらし得ることを示唆している。
［実施例２１］
選択されたオリゴ糖組成物は、選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーション後に個々の糞便サンプルにおいて分類学的変化を生じる。
選択されたオリゴ糖組成物は、選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーション後に個々の糞便サンプルにおいて分類学的変化を生じる。
選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションによって調節された（例えば、相対的又は絶対的存在量の増加又は減少された）属及び種を同定するために、マイクロバイオームの属及び種の分類群表を、対照に対する選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションの平均０．１％及びｌｏｇ２倍比について濾過した。これにより、健康な対象において一貫して濃縮された共生分類群のセット（例えば、パラバクテロイデス、エイセンベルギエラ、及び一貫して枯渇した病原性共生生物のセット（例えば、エシェリキア、クレブシエラ、シゲラ、シトロバクター）が産生された（図１２）。マイクロバイオーム組成物の自然な違いにもかかわらず、選択されたオリゴ糖組成物は、共生細菌のセットを選択的かつ一貫して濃縮し、病原性共生生物を一貫して枯渇させることができた。具体的には、選択されたオリゴ糖組成物は、パラバクテロイデス属に属する分類群を濃縮した。健康な対象の１０個の糞便サンプルにわたるパラバクテロイデス属の相対存在量の中央値は、陰性対照（水）の０．２％から選択されたオリゴ糖組成物の４０．４％に増加した（図１３Ａ）。パラバクテロイデス属は、広範囲のグリカン利用システムをコードし、典型的にはグリカン発酵の副産物としてプロピオン酸を産生する細菌からなるバクテロイデス門に属する（Ｒｅｉｃｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ，Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ ｖｏｌｕｍｅ ８，ｐａｇｅｓ１３２３－１３３５（２０１４））。パラバクテロイデス属はまた、糞便マイクロバイオーム移植後のＵＣ患者における寛解に関連することが示された（Ｐａｒａｍｓｏｔｈｙ ｅｔ ａｌ，Ｌａｎｃｅｔ．２０１７ Ｍａｒ ２５；３８９（１００７５）：１２１８－１２２８．）。パラバクテロイデス属のメンバーに加えて、選択されたオリゴ糖組成物は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門の特定の分類群も濃縮した。選択されたオリゴ糖組成物は、エイセンベルギエラ属及びフシカテニバクター（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ）属（両方ともラクノスピラ科に属する）の相対的存在量を増加させた。このファミリーには、エイセンベルギエラ・タイイ（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇｉｅｌｌａ ｔａｙｉ）（選択されたオリゴ糖組成物によって濃縮された）種を含む、グリカン発酵の副産物としてブチラートを産生する多数の種が含まれる。選択されたオリゴ糖組成物はまた、ラクノスピラ科の２つの分類されていない種、並びにユーバクテリウム属の分類されていない種を濃縮した。
バクテロイデス門及びラクノスピラ科のメンバーは、健康な非ＩＢＤ対照と比較して、ＩＢＤ患者の糞便サンプル中で枯渇していることが示されたため、これらの濃縮は注目に値する（Ｆｒａｎｋ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ Ａｕｇｕｓｔ ２１，２００７ １０４（３４）１３７８０－１３７８５）。更に、これらの細菌群によって産生されるブトレート及びプロピオナートは、結腸上皮細胞のためのエネルギー源を提供し、上皮の完全性及び機能を支持し、腸免疫応答を調節して大腸炎を軽減する（Ｐｒｙｄｅ ｅｔ ａｌ，ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｌｅｔｔ．２００２ Ｄｅｃ １７；２１７（２）：１３３－９．；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ，ＳＣＩＥＮＣＥ，１ Ｆｅｂ ２０１３，Ｖｏｌ ３３９，Ｉｓｓｕｅ ６１１９，ｐｐ．５４８－５５４），Ａｒｐａｉａ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ．２０１３ Ｄｅｃ １９；５０４（７４８０）：４５１－５．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ１２７２６．Ｅｐｕｂ ２０１３ Ｎｏｖ １３．）。具体的には、選択されたオリゴ糖組成物は、エンテロバクター科（これは、いくつかの病原性共生生物分類群を有することが知られている）に属する分類群を枯渇させた。１０の糞便サンプルにわたるエンテロバクター科の相対存在量の中央値は、陰性対照（水）の３８．２％から選択されたオリゴ糖組成物の１０．８％に減少した（図１３Ｂ）。選択されたオリゴ糖組成物はまた、エシェリヒア属、シゲラ属、サルモネラ属及びシトロバクター属等のエンテロバクター科のいくつかの属の相対存在量を減少させた。これらのデータは、選択されたオリゴ糖組成物が、エンテロバクター科、潰瘍性大腸炎の患者の疾患に関連する分類学的群に属する多数の異なる病原性共生生物分類群を枯渇させることができることを示す（Ｃａｒｕｓｏ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０２０ Ｊｕｌ；２０（７）：４１１－４２６．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５７７－０１９－０２６８－７．）。
［実施例２２］
選択されたオリゴ糖組成物は、単一培養で共生細菌の増殖及び存在量を選択的に支持し、病原性共生生物の増殖を支持しなかった。
選択されたオリゴ糖組成物は、単一培養で共生細菌の増殖及び存在量を選択的に支持し、病原性共生生物の増殖を支持しなかった。
糞便サンプルのエキソビボインキュベーション後に観察された分類学的濃縮及び枯渇は、特定の共生細菌が、選択されたオリゴ糖組成物を増殖のための基質として利用する能力を有するが、病原体はその能力を欠くことを示唆した。選択された共生及び病原性共生生物種を、選択されたオリゴ糖組成物なし（陰性対照）又は０．５％ｗ／ｖの選択されたオリゴ糖組成物又はグルコースあり（陽性対照）の培養培地中で嫌気的にインキュベートした。ＢｉｏＴｅｋ Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ分光光度計を使用して、各培養物の光学密度を１５分ごとに２４～４８時間測定した。各培養を３回の生物学的反復で行った。平均最大光学密度値を培養反復にわたって決定し、バープロットに含めた。選択されたオリゴ糖組成物は、陰性対照と比較して、２つの異なるパラバクテロイデス種（パラバクテロイデス・メルデ及びパラバクテロイデス・ジスタンソニス）の強い増殖を支持し、これらの種が選択されたオリゴ糖組成物を発酵に利用することができることを示した（図１４Ａ）。選択されたオリゴ糖組成物はまた、陰性対照と比較して３つの異なるバクテロイデス種（バクテロイデス・ユニフォルミス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン及びバクテロイデス・カッカ）の増殖レベルを支持し、これらの種も選択されたオリゴ糖組成物を増殖基質として使用することができることを実証した。逆に、病原性共生生物であるエシェリキア・コリ、クレブシエラ・ニューモニエ、エンテロバクター・クロアカ、及びサルモネラ・エンテリカでは、陰性対照と比較して増殖は観察されなかった（図１４Ｂ）。
エシェリキア・コリ及びクレブシエラ・ニューモニエの５つの異なる株、並びにエンテロバクター・クロアカの３つの異なる株を試験した。他の種のそれぞれ１つの株を試験した。病原性共生生物棒グラフに示される個々の点は、試験した種の個々の株の平均値を表す。
これらのデータは、パラバクテロイデス属及びバクテロイデス属の共生細菌が、選択されたオリゴ糖組成物を増殖基質として利用することができるが、エンテロバクター科の病原性共生生物種はその能力を欠いていることを示す。エクスビボメタゲノムシーケンシングデータと共に、これらの単一培養データは、選択されたオリゴ糖組成物が共生腸内細菌の増殖を選択的に支持し、潰瘍性大腸炎に罹患している患者の腸に定着する病原性共生生物よりも生態学的利点を与えることができることを示している。
［実施例２３］
メサラミンは、選択されたオリゴ糖組成物のエクスビボ発酵に影響を及ぼさない。
メサラミンは、選択されたオリゴ糖組成物のエクスビボ発酵に影響を及ぼさない。
メサラミン等の５－アミノサリチル酸（５－ＡＳＡ）は、軽度から中等度の潰瘍性大腸炎を有する患者を治療するための標準治療化合物である。選択したオリゴ糖組成物がメサリンの存在下で微生物分類群の増殖を支持する能力を決定した。１０人の健康な対象からの糞便サンプルを、選択されたオリゴ糖組成物なし（陰性対照）又は選択されたオリゴ糖組成物ありの補充クロストリジウム最小培地中で嫌気的にインキュベートした。選択されたオリゴ糖組成物を有するサンプルも、０．０、０．５、２、８、３２、１２５、又は５００μＭのメサラミンと共にインキュベートした。各糞便サンプルのインキュベーションを３回の生物学的反復実験で行った。インキュベーション後、サンプルを遠心分離によって沈降させ、培養上清をＧＣ－ＦＩＤによるＳＣＦＡ定量のために回収した。
以前に観察されたように、選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションは、陰性対照（水）と比較して、総ＳＣＦＡ並びにアセタート、ブチラート及びプロピオナートのそれぞれの濃度を個々に増加させた。重要なことに、メサラミンとインキュベートしたサンプルのいずれも、選択したオリゴ糖組成物によるＳＣＦＡ産生に有意差を示さなかった。
メサラミンが影響を受けたかどうかを理解するために、選択されたオリゴ糖組成物とのインキュベーションによって生じる分類学的組成物のシフトを理解するために、糞便サンプルを１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンシングによって特性決定した。ゲノムＤＮＡを、ＤＮｅａｓｙ ＰｏｗｅｒＳｏｉｌ抽出プレート（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して糞便サンプルから抽出し、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡアッセイ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して定量した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームで少なくとも２５０００リードまで配列決定する前に、５１５Ｆ／８０６Ｒプライマーセットを用いたＰＣＲ増幅によって１６Ｓ ｒＲＮＡライブラリーを調製した。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列を、生配列のＵＮＯＩＳＥクラスタリング及びノイズ除去、続いてＤＡＤＡ２／ＲＤＰ分類学的呼び出しによって分析した。１０個の糞便サンプルからのサンプルの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定を、選択されたオリゴ糖組成物と共に及びメサラミンを用いずにインキュベートしたサンプルのＢｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓ相違を用いて比較した。試験した全ての５－ＡＳＡ濃度は、反復配列決定の相違（０．０６（Ｓ．Ｄ．０．０３））に類似する平均Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓ相違（０．０６（Ｓ．Ｄ．０．０２））を有し、メサラミンの存在が、選択されたオリゴ糖組成物によって産生される糞便マイクロバイオーム組成物に対する影響が非常に低いことを示唆した。比較として、選択されたオリゴ糖組成物と共に、及びメサラミンを用いずにインキュベートしたサンプル内の変動は０．３１（Ｓ．Ｄ．０．０５）であり、陰性対照との非類似性は０．４６（Ｓ．Ｄ．０．０３）であった。まとめると、これらの結果は、メサラミンが、健康な対象からの糞便サンプルにおける選択されたオリゴ糖組成物のエクスビボ発酵を妨害しないことを示した。
［実施例２４］
潰瘍性大腸炎疾患を有する患者を処置するための選択されたオリゴ糖組成物の能力を評価するための臨床試験
実施例３～４、１２及び１３に記載のプロセスによって生成される選択されたオリゴ糖組成物の能力を、軽度から中程度に活動性の潰瘍性大腸炎を有する参加者における選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び有効性を評価するための第２Ａ相無作為化二重盲検対照多施設試験において潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者を治療する能力について評価する。ＵＣ活性を、３～７の修正Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ）（軽度として３～４及び中等度として５～７のＭＭＳを含む）によって決定する。ＭＭＳ３～４（軽度）の参加者の登録は、ＥＭＳが２でない限り、試験集団全体の約３０％に制限される。ランダム化の前に、１７０μｇ／ｇ以上の糞便カルプロテクチン（ＦＣ）レベルが必要である。最大９０名の参加者が登録される。
潰瘍性大腸炎疾患を有する患者を処置するための選択されたオリゴ糖組成物の能力を評価するための臨床試験
実施例３～４、１２及び１３に記載のプロセスによって生成される選択されたオリゴ糖組成物の能力を、軽度から中程度に活動性の潰瘍性大腸炎を有する参加者における選択されたオリゴ糖組成物の安全性及び有効性を評価するための第２Ａ相無作為化二重盲検対照多施設試験において潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者を治療する能力について評価する。ＵＣ活性を、３～７の修正Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ）（軽度として３～４及び中等度として５～７のＭＭＳを含む）によって決定する。ＭＭＳ３～４（軽度）の参加者の登録は、ＥＭＳが２でない限り、試験集団全体の約３０％に制限される。ランダム化の前に、１７０μｇ／ｇ以上の糞便カルプロテクチン（ＦＣ）レベルが必要である。最大９０名の参加者が登録される。
試験は２段階で行われる。スクリーニング期間の完了後、段階１に無作為化された参加者は、高用量の選択されたオリゴ糖組成物又は対照を最初の２週間にわたって用量漸増様式で受けて、残りの８週間の最大投与量に達する。約４５名の参加者が段階１の治療を完了した後、中間解析（ＩＡ）を計画する。段階１の登録が完了すると、段階２の登録が直ちに始まる。ＩＡの結果は、全９０名の参加者に対して登録が継続されているかどうか、又は試験が中止されているかどうかを決定する。段階２で無作為化された参加者は、最初の２週間にわたって用量漸増様式で低用量の選択されたオリゴ糖組成物又は対照を投与されて、残りの８週間の最大投与量に達する。
スクリーニング期間：図２０は、試験デザインの概要を提供する。参加者はインフォームドコンセント用紙にサインし、－２８日目～０日目にスクリーニング評価を完了する。
参加者は、糞便カルプロテクチン、糞便代謝産物及びマイクロバイオームの評価のための最初の朝の便サンプルを提供するように求められる。ベースライン検査室評価のために血液サンプルを収集する。参加者は、１日の排便回数及び直腸出血を記録する。内視鏡検査が、集中的に読み取られる内視鏡的Ｍａｙｏサブスコア（ＥＭＳ）及び改変された及び総Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ／ＴＭＳ）の記録のために行われる。３～７のＭＭＳ当たりの適格参加者を試験に無作為化される。組織学の中心的な読取りもまた、無作為化に適格な参加者において得られる。参加者は、スクリーニング期間の完了のために２８日間まで許容される。
治療期間：１日目に、参加者は、血清学的バイオマーカ評価のために採血し、最初の朝のＦＣ便サンプルを採取する。参加者は、電子日記を使用してＩＢＤＱ及び２成分Ｍａｙｏスコア（すなわち、排便回数サブスコア及び直腸出血サブスコア）を完了するように指示される。参加者は無作為化され、管理下の施設で最初の用量の試験薬が投与され、その後、自宅で１０週間、１日２回（ＢＩＤ）経口的に試験薬の自己投与を継続するために解放される。治療期間中のその後の来院時の試験評価には、Ｍａｙｏスコア（ベースライン及び治療終了時の医師の総合評価）、ＩＢＤＱ、実験室分析のための血液サンプルの採取、並びに最初の朝のＦＣ便サンプルの採取及びマイクロバイオーム便サンプルの採取が含まれる。ＥＭＳ及び組織学の中央読取りのための内視鏡検査は、ＥＯＴ来院時又はＥＯＴの１週間前以内に行われる。試験を早期に中止する参加者は置き換えられない。
選択されたオリゴ糖組成物は、以下の滴定スケジュールに従って経口的に摂取される、水１２０ｍＬ中で再構成するための粉末（９ｇ小袋）として供給される。
段階１：
高用量の選択されたオリゴ糖組成物（３６ｇ ＢＩＤまで増量）
１～７日目：選択されたオリゴ糖組成物を９ｇ ＢＩＤで投与
８～１４日目：選択されたオリゴ糖組成物を１８ｇ ＢＩＤで投与
１５～７０日目：選択されたオリゴ糖組成物を３６ｇ ＢＩＤで投与
段階２：
低用量の選択されたオリゴ糖組成物（１８ｇ ＢＩＤまで増量）
１～７日目：選択されたオリゴ糖組成物を９ｇ ＢＩＤで投与
８～７０日目：選択されたオリゴ糖組成物を１８ｇ ＢＩＤで投与
追跡来院：ＥＯＴ来院の２週間後、合計３つの最初の朝の便サンプルを来院前の５日間にわたって収集し、血清学的バイオマーカ評価のために来院時に血液サンプルを採取する。
高用量の選択されたオリゴ糖組成物（３６ｇ ＢＩＤまで増量）
１～７日目：選択されたオリゴ糖組成物を９ｇ ＢＩＤで投与
８～１４日目：選択されたオリゴ糖組成物を１８ｇ ＢＩＤで投与
１５～７０日目：選択されたオリゴ糖組成物を３６ｇ ＢＩＤで投与
段階２：
低用量の選択されたオリゴ糖組成物（１８ｇ ＢＩＤまで増量）
１～７日目：選択されたオリゴ糖組成物を９ｇ ＢＩＤで投与
８～７０日目：選択されたオリゴ糖組成物を１８ｇ ＢＩＤで投与
追跡来院：ＥＯＴ来院の２週間後、合計３つの最初の朝の便サンプルを来院前の５日間にわたって収集し、血清学的バイオマーカ評価のために来院時に血液サンプルを採取する。
選択基準には以下が含まれた。
スクリーニング前の少なくとも３ヶ月間のＵＣによる無作為化の時点で１８歳以上７５歳以下の男性又は女性であること。
インフォームドコンセントを自発的に提供し、提供することができる。
ボディマス指数≧１７かつ＜４０ｋｇ／ｍ２を有する。
３～７の修正Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ）、１又は２のＥＭＳ、及び１を超える出血Ｍａｙｏサブスコア（ＢＭＳ）によって証明されるように、軽度から中等度のＵＣを有する。
ＥＭＳが２でない限り、ＥＭＳを１～３０％に制限し、ＭＭＳを３又は４～３０％に制限する。
スクリーニング内視鏡検査を無作為化前の２８日以内に実施する。
スクリーニング前のＵＣ投薬：
ＵＣ薬で現在治療されていない場合：スクリーニング前の２８日間、ＵＣ薬を服用していない。
ＵＣ薬で現在治療されていない場合：スクリーニング前の２８日間、ＵＣ薬を服用していない。
現在ＵＣ薬で治療されている場合：スクリーニング前の２８日間、ＵＣ薬の安定したレジメンを有する。ＵＣレジメンは、１日９ｍｇ超のブデソニド又は１日１０ｍｇ超のプレドニゾン（又は同等のコルチコステロイド）を含むことができない。排他的投薬の全リストを参照されたい。
参加者は、試験期間中、任意の現行のサプリメント及びビタミンの同じレジメンを継続する意思がなければならない。
糞便カルプロテクチン＞１７０μｇ／ｇ（スクリーニングＶ１で決定される）を有すること。
除外基準には以下が含まれた。
クローン病、不確定疾患又は顕微鏡的大腸炎の病歴。
他の病因、例えば、性感染症、肛門外傷、サルモネラ感染症及び／又は赤痢菌感染症に関連する炎症性腸疾患。
ＵＣの病歴は肛門縁の１５ｃｍ上に限定された。
既知の便検査では、スクリーニング前の３０日間以内に卵及び／又は寄生虫又は病原性便培養が陽性である。
参加者は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）のＰＣＲ便検査が陰性でなければならない。陽性ＰＣＲ検査を受けた参加者は、便培養を使用して１回再検査され得る。
試験を妨げる可能性がある既知の活動性ＣＯＶＩＤ－１９感染又は合併症を有する参加者。
スクリーニングＶ１前の２４週間以内の腸に関連する主な腹腔内手術及び／又は試験中の計画された侵襲的手術／入院／処置（試験期間中の計画された下部内視鏡を含む）。
既知又は疑われる毒性の巨大結腸又は小腸細菌の過剰増殖の参加者
過去に憩室炎、胃バイパス、人工肛門造設、結腸切除、回腸嚢肛門吻合術（ＩＰＡＡ）、又は以前の腸手術の病歴を有する参加者。低侵襲手術（胆嚢切除術又は虫垂切除術等）を受けた参加者は、治験責任医師（ＰＩ）の裁量で登録することができる。
過去に憩室炎、胃バイパス、人工肛門造設、結腸切除、回腸嚢肛門吻合術（ＩＰＡＡ）、又は以前の腸手術の病歴を有する参加者。低侵襲手術（胆嚢切除術又は虫垂切除術等）を受けた参加者は、治験責任医師（ＰＩ）の裁量で登録することができる。
生物製剤又は小分子（例えば、インフリキシマブ、アダリムマブ、ゴリムマブ、セルトリズマブ、ベドリズマブ、ウステキヌマブ、ナタリズマブ、ヤヌスキナーゼ／シグナル伝達兼転写活性化因子［Ｊａｋ－Ｓｔａｔ］阻害剤、及びスフィンゴシン－１－リン酸［Ｓ１Ｐ］アゴニスト）をスクリーニング前の２４週間以内に使用した。
スクリーニング来院前にステロイド浣腸若しくは坐剤又はメサラミン浣腸若しくは坐剤を中止することができない。
スクリーニング前の最後の２４週間以内に糞便マイクロバイオーム移植（ＦＭＴ）を受けた。
対照成分（エリスリトール）又は選択されたオリゴ糖組成物の成分（例えば、ガラクトース）を含有する食品に対する既知のアレルギー又は不耐性；例えば、ガラクトース血症の参加者。
スクリーニング前７日以内の任意の下痢止め薬の使用。この参加基準に合格しなかった参加者は、最後の下痢止め薬の使用後７日以上で再スクリーニングすることができる。
スクリーニング前２８日以内の全身抗生物質治療（経口又は注射）
現在、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）又はアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）が正常値の上限（ＵＬＮ）の２．５倍を超えて上昇している、及び／又は総ビリルビンがＵＬＮの１．５倍を超えて上昇している参加者。
現在、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）又はアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）が正常値の上限（ＵＬＮ）の２．５倍を超えて上昇している、及び／又は総ビリルビンがＵＬＮの１．５倍を超えて上昇している参加者。
ＰＩの意見で、参加者の安全性若しくはコンプライアンス、又は試験結果の解釈に影響を及ぼし得る、心血管、腎臓、肝臓、内分泌、感染性、血液学、腫瘍学、神経精神又は免疫媒介障害の事前診断。参加者の２型糖尿病が治験責任医師の判断で管理されており、症候性の高血糖又は低血糖事象の影響を受けておらず、非インスリン薬が過去１２週間にわたって安定している場合、それらを含めると考えることができる。
スクリーニング来院前２８日以内又は５半減期のいずれか長い方の他の治験薬による治療。
主要エンドポイントには、以下が含まれる。
・患者の糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン（ＦＣ）の１０週目のベースラインからの変化。
副次エンドポイントには、以下が含まれる。
・治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ）を経験している参加者の数
・治療関連有害事象（ＴＲＡＥ）を経験している参加者の数
ＴＲＡＥによる治療中断を有する参加者の数
バイタルサイン、安全性検査室分析、身体検査におけるベースラインからの変化
探索的エンドポイントには、以下が含まれる。
・治療関連有害事象（ＴＲＡＥ）を経験している参加者の数
ＴＲＡＥによる治療中断を有する参加者の数
バイタルサイン、安全性検査室分析、身体検査におけるベースラインからの変化
探索的エンドポイントには、以下が含まれる。
・総Ｍａｙｏスコアの個々の構成要素及び構成要素の組合わせを使用した寛解中の参加者の割合
・修正Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ）における１０週目のベースラインからの変化。ＭＭＳは、便頻度サブスコア（ＳＭＳ）、直腸出血サブスコア（ＢＭＳ）、及び内視鏡的Ｍａｙｏサブスコア（ＥＭＳ）のみからなる。
・修正Ｍａｙｏスコア（ＭＭＳ）における１０週目のベースラインからの変化。ＭＭＳは、便頻度サブスコア（ＳＭＳ）、直腸出血サブスコア（ＢＭＳ）、及び内視鏡的Ｍａｙｏサブスコア（ＥＭＳ）のみからなる。
・Ｇｅｂｏｅｓ Ｉｎｄｅｘの１０週目のベースラインからの変化
３２項目炎症性腸疾患質問票（ＩＢＤＱ－３２）のベースラインからの変化
均等物及び用語法
本明細書に例示的に記載された開示は、本明細書に具体的に開示されていない任意の１つ又は複数の要素、１つ又は複数の制限がない状態で適切に実施することができる。したがって、例えば、本明細書の各例では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」、及び「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語のいずれかは、他の２つの用語のいずれかと置き換えることができる。使用されている用語及び表現は、限定ではなく説明の用語として使用されており、そのような用語及び表現の使用において、示され説明された特徴又はその一部の任意の均等物を除外することは意図されていないが、本開示の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、本開示は好ましい実施形態によって具体的に開示されているが、本明細書に開示された概念の任意の特徴、修正及び変形は当業者によって使用されてもよく、そのような修正及び変形は本開示の範囲内であると見なされることを理解されるべきである。
３２項目炎症性腸疾患質問票（ＩＢＤＱ－３２）のベースラインからの変化
均等物及び用語法
本明細書に例示的に記載された開示は、本明細書に具体的に開示されていない任意の１つ又は複数の要素、１つ又は複数の制限がない状態で適切に実施することができる。したがって、例えば、本明細書の各例では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」、及び「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語のいずれかは、他の２つの用語のいずれかと置き換えることができる。使用されている用語及び表現は、限定ではなく説明の用語として使用されており、そのような用語及び表現の使用において、示され説明された特徴又はその一部の任意の均等物を除外することは意図されていないが、本開示の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、本開示は好ましい実施形態によって具体的に開示されているが、本明細書に開示された概念の任意の特徴、修正及び変形は当業者によって使用されてもよく、そのような修正及び変形は本開示の範囲内であると見なされることを理解されるべきである。
更に、本開示の特徴又は態様がマーカッシュ群又は代替物の他のグループ化に関して記載されている場合、当業者は、本開示がそれによってマーカッシュ群又は他の群の任意の個々のメンバー又はメンバーのサブグループに関しても記載されることを認識するであろう。
本発明を説明する文脈における（特に以下の特許請求の範囲の文脈における）用語「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」並びに同様の指示対象の使用は、本明細書に別段の指示がない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、単数及び複数の両方を包含すると解釈されるべきである。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、及び「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」という用語は、特に明記しない限り、オープンエンドな用語（すなわち、「含むが、限定されない」を意味する）として解釈されるべきである。本明細書における値の範囲の列挙は、本明細書に別段の指示がない限り、範囲内に含まれる各別個の値を個別に参照する簡略方法として機能することを意図しているにすぎず、各別個の値は、本明細書に個別に列挙されているかのように本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の全ての方法は、本明細書に別段の指示がない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で実行することができる。本明細書で提供されるありとあらゆる例又は例示的な言語（例えば、「等」）の使用は、単に本発明をよりよく明らかにすることを意図しており、特に請求されない限り、本発明の範囲に限定を課すものではない。本明細書におけるいかなる言語も、特許請求されていない要素を本発明の実施に必須であると示すと解釈されるべきではない。
本発明の実施形態を本明細書で説明する。これらの実施形態の変形は、前述の説明を読めば当業者には明らかとなり得る。
本発明者らは、当業者がそのような変形を適切に使用することを期待しており、本発明者らは、本発明が本明細書に具体的に記載されている以外の方法で実施されることを意図している。したがって、本発明は、適用法によって許容されるように、添付の特許請求の範囲に列挙された主題の全ての修正及び均等物を含む。更に、本明細書に別段の指示がない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、その全ての可能な変形における上述の要素の任意の組合わせが本発明に包含される。当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、又は日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
本発明者らは、当業者がそのような変形を適切に使用することを期待しており、本発明者らは、本発明が本明細書に具体的に記載されている以外の方法で実施されることを意図している。したがって、本発明は、適用法によって許容されるように、添付の特許請求の範囲に列挙された主題の全ての修正及び均等物を含む。更に、本明細書に別段の指示がない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、その全ての可能な変形における上述の要素の任意の組合わせが本発明に包含される。当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、又は日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
（付記）
［１］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、前記複数のオリゴ糖が、以下の表のシグナル２、３及び１１のうちの１つ以上を含む多重度編集勾配強化 １ Ｈ－ １３ Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特徴付けられ、
ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して １ Ｈ中心位置及び １３ Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、前記スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［２］ ２個又は３個のシグナル２、３及び１１を含み、シグナル２が０．３４～２．０１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３が７．２８～２５．７１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１が７．９３～１２．６９の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］に記載のオリゴ糖組成物。
［３］ ２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２が、０．６８～１．６８の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３が、１０．９７～２２．０２の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１が、８．８８～１１．７４の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］又は［２］に記載のオリゴ糖組成物。
［４］ シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．２３～３．８７の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］～［３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［５］ シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．９６～３．１４の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］～［４］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［６］ シグナル１、４、６、７、８、９、及び１０のうちの１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）を更に含み、少なくともシグナル１、４、６、７、８、９、及び１０が以下のように定義される、［１］～［５］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［７］ シグナル１～１１の少なくとも１つが以下のように定義される、［１］～［６］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［８］ シグナル１～１１の
１
Ｈ中心位置及び
１３
Ｃ中心位置によって定義される積分領域が、以下のように更に定義される、［１］～［７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［９］ 前記ＮＭＲスペクトルが、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータ：
パルスシーケンス図（図５）
取得パラメータ
１ Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３ Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合 １ Ｈ－ １３ Ｃ結合定数＝Ｊ ＣＨ ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ ２ Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
を使用するコヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して多重度編集勾配強化 １ Ｈ－ １３ Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ｈｅｔｅｒｏｎｕｃｌｅａｒ ｓｉｎｇｌｅ ｑｕａｎｔｕｍ ｃｏｈｅｒｅｎｃｅ：ＨＳＱＣ）実験に、前記組成物のサンプルを供することによって得られる、［１］～［８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１０］ 前記ＮＭＲスペクトルが、前記オリゴ糖組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、前記サンプルがＤ ２ Ｏに溶解している、［１］～［７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１１］ 前記オリゴ糖組成物が脱モノマー化手順に供されている、［１］～［８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１２］ 前記脱モノマー化手順がエタノール沈殿である、［１１］に記載のオリゴ糖組成物。
［１３］ １０％未満又は５％未満のモノマーを含む、［１］～［１２］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１４］ ２％未満のモノマーを含む、［１］～［１１］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１５］ 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
（Ｉ）
式中、式（Ｉ）中のＲが、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、［１４］に記載のオリゴ糖組成物。
［１６］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの５．３１～７．１５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１４～５．９３ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．９８～２．９９ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［１７］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、［１６］に記載のオリゴ糖組成物。
［１８］ 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの６．２９～１２．８４ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．７３～３．４６％ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．３６～４．２８ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１２～４．４５ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．６５～５．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４３～０．８２ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．９２～９．５８ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４１～１．９９ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８８～１．２１ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．１４～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６９～２．２７ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９３～５．２６ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．９１～１．６８ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～３．１０ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、［１６］又は［１７］に記載のオリゴ糖組成物。
［１９］ 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の、ラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、［Ｂ３］に記載のオリゴ糖組成物。
［２０］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、［１６］～［１９］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２１］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７９～７．７５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１１．６４～２２．２４ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２０～７．０６ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８９～３．６３ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［２２］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、［２１］に記載のオリゴ糖組成物。
［２３］ 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．５２～１５．２１ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．４９～４０．０２ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６４％～４．８２ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２２～５．０３ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．１０～５．１３ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９９～６．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～１．９３％ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．５２～１０．３９ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～３．１５ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４９～１．４５ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．６７ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４１～３．１０ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．６０～５．６５ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～１．８５ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～３．５１ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．３５ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、［２１］又は［２２］に記載のオリゴ糖組成物。
［２４］ 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個のラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、［２３］に記載のオリゴ糖組成物。
［２５］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、［２１］～［２４］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２６］ モノマーラジカルのモル百分率が、過メチル化アッセイを使用して決定され、前記過メチル化アッセイが、ガスクロマトグラフィ質量分析（ＧＣ－ＭＳ）分析を含む、［１６］～［２５］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２７］ 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲが、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、［１６］～［２６］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２８］ 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１１～約ＤＰ１９である、［１］～［２７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２９］ 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１３～約ＤＰ１７である、［１］～［２８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３０］ ８７～９５％のＤＰ２＋を含む、［１］～［２９］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３１］ ８９～９３％のＤＰ２＋を含む、［１］～［３０］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３２］ ５８～９４％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、［１］～［３１］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３３］ ６５～８７％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、［１］～［３２］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３４］ 次式を含む複数のオリゴ糖を含む［１］～［３３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物であって、
式（Ｉ）：
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式中、式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）で上記にように定義され、
前記オリゴ糖組成物は、
（ａ）正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を用いてガラクトースモノマーを含む反応混合物を形成することと、
（ｂ）前記反応混合物をその沸点に維持するのに十分な熱を前記反応混合物に伝達することによって、前記反応混合物中の酸触媒オリゴ糖形成を促進することと、
を含むプロセスによって製造される、
［１］～［３３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３５］ 工程（ｂ）が、全ガラクトースモノマー含有量に対する正に帯電した水素イオンのモル比が適切な範囲内にあるような量で、正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を前記反応混合物に充填することを含む、［３４］に記載の組成物。
［３６］ 工程（ａ）及び（ｂ）が同時に起こる、［３４］又は［３５］に記載の組成物。
［３７］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１００℃～１６０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３４］～［３６］のいずれか一項に記載の組成物。
［３８］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１２８℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３７］に記載の組成物。
［３９］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１３０℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３８］に記載の組成物。
［４０］ 工程（ａ）が、均質及び均一な熱伝達を達成するための適切な条件下で、前記温度（例えば、室温から）を約１３６℃まで徐々に上昇させることを含む、［３４］～［３８］のいずれか一項に記載の組成物。
［４１］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４２］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４１］のいずれか一項に記載の組成物。
［４３］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４２］のいずれか一項に記載の組成物。
［４４］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４５］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４６］ 前記酸触媒が、表１による１つ又は複数の物理的及び化学的特性を有する強酸カチオン交換樹脂であり、並びに／又は前記触媒が、＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／ｇカチオン部分を含む、［３４］～［４５］のいずれか一項に記載の組成物。
［４７］ 前記触媒が４５～５０重量パーセントの公称含水量を有する、［４６］に記載の組成物。
［４８］ 前記酸触媒が可溶性触媒である、［３４］～［４５］のいずれか一項に記載の組成物。
［４９］ 前記可溶性触媒が有機酸である、［４８］に記載の組成物。
［５０］ 前記可溶性触媒が弱有機酸である、［４８］又は［４９］に記載の組成物。
［５１］ 前記可溶性触媒がクエン酸である、［４８］～［５０］のいずれか一項に記載の組成物。
［５２］ 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を５５℃～９５℃の範囲内の温度（例えば、８５℃、９０℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、［３４］～［５１］のいずれか一項に記載の組成物。
［５３］ 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を２０℃～４０℃の範囲内の温度（例えば、２０℃、２５℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、［３４］～［５１］のいずれか一項に記載の組成物。
［５４］ 前記プロセスが、
（ｄ）前記酸触媒からオリゴ糖組成物を分離することを更に含む、［５２］に記載の組成物。
［５５］ （ｄ）において、前記分離することが、濾過によって前記触媒を除去することを含む、［５４］に記載の組成物。
［５６］ （ｄ）濾過前に前記反応混合物を約１００℃未満に冷却することを含む、［５４］又は［５５］に記載の組成物。
［５７］ 前記プロセスが、
（ｅ）（ｄ）の前記オリゴ糖組成物を水で約４０～５５重量％、任意選択的に４５～５５重量％の濃度に希釈すること、
（ｆ）前記希釈組成物をカチオン交換樹脂に通過させること、
（ｇ）前記希釈組成物を脱色ポリマー樹脂に通過させること、及び／又は
（ｈ）前記希釈組成物をアニオン交換樹脂に通過させること、を更に含み、
（ｆ）、（ｇ）及び（ｈ）の各々は、任意の順序で１回又は複数回行うことができる、［５４］～［５６］のいずれか一項に記載の組成物。
［５８］ 対象の炎症を軽減する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象の炎症を軽減する方法。
［５９］ 前記対象の胃腸管の炎症を軽減する、［５８］に記載の方法。
［６０］ 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［６１］ 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、
炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［６２］ 前記炎症性及び免疫障害が慢性炎症性障害である、［６０］又は［６１］記載の方法。
［６３］ 前記慢性炎症性障害が炎症性腸疾患である、［６２］に記載の方法。
［６４］ 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６５］ 前記炎症性腸疾患がクローン病である、［６４］に記載の方法。
［６６］ 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、［６４］に記載の方法。
［６７］ 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６８］ 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６９］ 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、［６３］記載の方法。
［７０］ 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、［６３］に記載の方法。
［７１］ 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７２］ 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、［６３に記載の方法。
［７３］ 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７４］ 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７５］ 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、［６３］に記載の方法。
［７６］ 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［７７］ 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲは、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）中のＲは、独立して、式（Ｉ）中で上記のように定義される、
炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［７８］ 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求７７］に記載の方法。
［７９］ 前記炎症性腸疾患がクローン病である、［７７］に記載の方法。
［８０］ 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８１］ 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８２］ 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８３］ 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、［７７］に記載の方法。
［８４］ 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、［７７］に記載の方法。
［８５］ 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、［７７に記載の方法。
［８６］ 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８７］ 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８８］ 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８９］ 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、［７７］に記載の方法。
［９０］ 対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
［９１］ 短鎖脂肪酸の相対的又は絶対的存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％又は３０％増加する、［９０］に記載の方法。
［９２］ 短鎖脂肪酸が、ブチレート、アセタート及び／又はプロピオナートである、［９０］又は［９１］記載の方法。
［９３］ 対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法。
［９４］ 前記炎症誘発性及び／又は病原性細菌がエンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及び／又はルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）である、［９３］に記載の方法。
［９５］ 対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
［９６］ 前記共生細菌がパラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び／又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）である、［９５］に記載の方法。
［９７］ 前記対象がヒト対象である、［５８］～［９６］のいずれか一項に記載の方法。
［９８］ 前記対象が新生児（早産児、満期産児）、１歳までの乳児、小児（例えば、１歳～１２歳）、十代の若者（例えば、１３～１９歳）、成人（例えば、２０～６４歳）、又は高齢者（例えば、６５歳以上）である、［９７］に記載の方法。
［９９］ 前記方法が、前記オリゴ糖組成物を腸（例えば、大腸）に投与することを含む、［５８］～［９８］のいずれか一項に記載の方法。
［１００］ 前記オリゴ糖組成物が前記対象に自己投与される、［５８］～［９９］のいずれか一項に記載の方法。
［１０１］ 前記オリゴ糖組成物が経口送達用の医薬組成物として製剤化される、［５８］～［１００］のいずれか一項に記載の方法。
［１０２］ 前記オリゴ糖組成物が前記対象に経口投与される、［５８］～［１０１］のいずれか一項に記載の方法。
［１０３］ 前記オリゴ糖組成物が１日１回又は１日２回前記対象に投与される、［５８］～１０２］のいずれか一項に記載の方法。
［１０４］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）における全短鎖脂肪酸の存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０３］のいずれか一項に記載の方法。
［１０５］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるブチラートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０４］のいずれか一項に記載の方法。
［１０６］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるプロピオナートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０５］のいずれか一項に記載の方法。
［１０７］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるアセタートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０６］のいずれか一項に記載の方法。
［１０８］ 総ＳＣＦＡの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、［１０４］～［１０７］のいずれか一項に記載の方法。
［１０９］ ブチラート、プロピオナート、及びアセタートの少なくとも１つの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）に対して少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、［１０４］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１０］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の共生細菌の増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、［５８～［１０９］のいずれか一項に記載の方法。
［１１１］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内のパラバクテロイデス及びバクテロイデスの増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、［５８］～［１１０］のいずれか一項に記載の方法。
［１１２］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性及び／又は病原性細菌の存在量の減少を引き起こす、［５８］～［１１１］のいずれか一項に記載の方法。
［１１３］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性エンテロバクター科の存在量の減少を引き起こす、［５８］～［１１２］のいずれか一項に記載の方法。
［１１４］ 前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、前記対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリンのレベルの低下をもたらす、［５８］～［１１３］のいずれか一項に記載の方法。
［１１５］ 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１６］ 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも６５％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１７］ 糞便ラクトフェリンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１８］
前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子の枯渇を引き起こす、［５８～１１７に記載の方法。
［１１９］
前記接着性浸潤性大腸菌に関連する遺伝子が、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、及びｏｍｐＣである、［１１８に記載の方法。
［１２０］ 前記オリゴ糖組成物が、少なくとも２０、３０、４０又は５０日間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２１］ 前記オリゴ糖組成物が、５６日間又は１０週間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２２］ 前記オリゴ糖組成物が、２０～１００日間、任意選択的に５０～７５日間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２３］ 前記対象が潰瘍性大腸炎を有し、前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、潰瘍性大腸炎疾患活性の減少をもたらす、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２４］ 前記潰瘍性大腸炎疾患活性の減少が、単純臨床大腸炎活動性指数（Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ：ＳＣＣＡＩ）複合スコアを用いて測定される、［１２３に記載の方法。
［１２５］ 標準治療処置を投与することを更に含む、［５８］～［１２４］のいずれか一項に記載の方法。
［１２６］ 前記標準治療処置が、５－ＡＳＡ（メサラミン）、アザチオプリン、ベドリズマブ、インフリキシマブ、又はアダリムマブである、［１２５］に記載の方法。
［１２７］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における炎症に関連する１つ以上のバイオマーカ（例えば、糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリン）のレベルを低下させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を、ベースライン測定値と比較して、前記１つ以上のバイオマーカのレベルを低下させるための有効量で前記対象に投与することを含む、方法。
［１２８］ 前記１つ以上のバイオマーカのレベルが、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、［１２７］に記載の方法。
［１２９］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の病原性共生生物（例えば、エンテロバクター科等の炎症促進性細菌分類群）の存在量を減少させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象に有効量で投与して、前記１つ以上の病原性共生生物の存在量を減少させることを含む、方法。
［１３０］ 前記１つ以上の病原性共生生物の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプル中で測定される、［１２９］に記載の方法。
［１３１］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の共生分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の存在量を増加させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を有効量で前記対象に投与して、前記１つ以上の共生分類群の存在量を増加させることを含む、方法。
［１３２］ 前記１つ以上の共生分類群の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、［１３１］に記載の方法。
（付記）
［１］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、前記複数のオリゴ糖が、以下の表のシグナル２、３及び１１のうちの１つ以上を含む多重度編集勾配強化 １ Ｈ－ １３ Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特徴付けられ、
ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して １ Ｈ中心位置及び １３ Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、前記スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［３］ ２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２が、０．６８～１．６８の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３が、１０．９７～２２．０２の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１が、８．８８～１１．７４の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］又は［２］に記載のオリゴ糖組成物。
［４］ シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．２３～３．８７の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］～［３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［５］ シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．９６～３．１４の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、［１］～［４］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［６］ シグナル１、４、６、７、８、９、及び１０のうちの１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）を更に含み、少なくともシグナル１、４、６、７、８、９、及び１０が以下のように定義される、［１］～［５］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
パルスシーケンス図（図５）
１ Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３ Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合 １ Ｈ－ １３ Ｃ結合定数＝Ｊ ＣＨ ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ ２ Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
を使用するコヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して多重度編集勾配強化 １ Ｈ－ １３ Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ｈｅｔｅｒｏｎｕｃｌｅａｒ ｓｉｎｇｌｅ ｑｕａｎｔｕｍ ｃｏｈｅｒｅｎｃｅ：ＨＳＱＣ）実験に、前記組成物のサンプルを供することによって得られる、［１］～［８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１０］ 前記ＮＭＲスペクトルが、前記オリゴ糖組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、前記サンプルがＤ ２ Ｏに溶解している、［１］～［７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１１］ 前記オリゴ糖組成物が脱モノマー化手順に供されている、［１］～［８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１２］ 前記脱モノマー化手順がエタノール沈殿である、［１１］に記載のオリゴ糖組成物。
［１３］ １０％未満又は５％未満のモノマーを含む、［１］～［１２］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１４］ ２％未満のモノマーを含む、［１］～［１１］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［１５］ 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
式中、式（Ｉ）中のＲが、独立して、水素、及び式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、（Ｉｄ）から選択され、
［１６］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの５．３１～７．１５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１４～５．９３ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．９８～２．９９ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［１７］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、［１６］に記載のオリゴ糖組成物。
［１８］ 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの６．２９～１２．８４ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．７３～３．４６％ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．３６～４．２８ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１２～４．４５ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．６５～５．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４３～０．８２ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．９２～９．５８ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４１～１．９９ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８８～１．２１ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．１４～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６９～２．２７ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９３～５．２６ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．９１～１．６８ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～３．１０ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、［１６］又は［１７］に記載のオリゴ糖組成物。
［１９］ 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の、ラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、［Ｂ３］に記載のオリゴ糖組成物。
［２０］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、［１６］～［１９］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２１］ 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７９～７．７５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１１．６４～２２．２４ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２０～７．０６ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８９～３．６３ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
［２２］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、［２１］に記載のオリゴ糖組成物。
［２３］ 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．５２～１５．２１ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．４９～４０．０２ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６４％～４．８２ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２２～５．０３ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．１０～５．１３ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９９～６．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～１．９３％ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．５２～１０．３９ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～３．１５ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４９～１．４５ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．６７ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４１～３．１０ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．６０～５．６５ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～１．８５ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～３．５１ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．３５ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、［２１］又は［２２］に記載のオリゴ糖組成物。
［２４］ 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個のラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、［２３］に記載のオリゴ糖組成物。
［２５］ 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、［２１］～［２４］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２６］ モノマーラジカルのモル百分率が、過メチル化アッセイを使用して決定され、前記過メチル化アッセイが、ガスクロマトグラフィ質量分析（ＧＣ－ＭＳ）分析を含む、［１６］～［２５］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２７］ 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
［２８］ 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１１～約ＤＰ１９である、［１］～［２７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［２９］ 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１３～約ＤＰ１７である、［１］～［２８］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３０］ ８７～９５％のＤＰ２＋を含む、［１］～［２９］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３１］ ８９～９３％のＤＰ２＋を含む、［１］～［３０］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３２］ ５８～９４％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、［１］～［３１］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３３］ ６５～８７％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、［１］～［３２］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３４］ 次式を含む複数のオリゴ糖を含む［１］～［３３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物であって、
式（Ｉ）：
前記オリゴ糖組成物は、
（ａ）正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を用いてガラクトースモノマーを含む反応混合物を形成することと、
（ｂ）前記反応混合物をその沸点に維持するのに十分な熱を前記反応混合物に伝達することによって、前記反応混合物中の酸触媒オリゴ糖形成を促進することと、
を含むプロセスによって製造される、
［１］～［３３］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
［３５］ 工程（ｂ）が、全ガラクトースモノマー含有量に対する正に帯電した水素イオンのモル比が適切な範囲内にあるような量で、正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を前記反応混合物に充填することを含む、［３４］に記載の組成物。
［３６］ 工程（ａ）及び（ｂ）が同時に起こる、［３４］又は［３５］に記載の組成物。
［３７］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１００℃～１６０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３４］～［３６］のいずれか一項に記載の組成物。
［３８］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１２８℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３７］に記載の組成物。
［３９］ 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１３０℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、［３８］に記載の組成物。
［４０］ 工程（ａ）が、均質及び均一な熱伝達を達成するための適切な条件下で、前記温度（例えば、室温から）を約１３６℃まで徐々に上昇させることを含む、［３４］～［３８］のいずれか一項に記載の組成物。
［４１］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４２］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４１］のいずれか一項に記載の組成物。
［４３］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４２］のいずれか一項に記載の組成物。
［４４］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４５］ 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、［３４］～［４０］のいずれか一項に記載の組成物。
［４６］ 前記酸触媒が、表１による１つ又は複数の物理的及び化学的特性を有する強酸カチオン交換樹脂であり、並びに／又は前記触媒が、＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／ｇカチオン部分を含む、［３４］～［４５］のいずれか一項に記載の組成物。
［４７］ 前記触媒が４５～５０重量パーセントの公称含水量を有する、［４６］に記載の組成物。
［４８］ 前記酸触媒が可溶性触媒である、［３４］～［４５］のいずれか一項に記載の組成物。
［４９］ 前記可溶性触媒が有機酸である、［４８］に記載の組成物。
［５０］ 前記可溶性触媒が弱有機酸である、［４８］又は［４９］に記載の組成物。
［５１］ 前記可溶性触媒がクエン酸である、［４８］～［５０］のいずれか一項に記載の組成物。
［５２］ 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を５５℃～９５℃の範囲内の温度（例えば、８５℃、９０℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、［３４］～［５１］のいずれか一項に記載の組成物。
［５３］ 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を２０℃～４０℃の範囲内の温度（例えば、２０℃、２５℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、［３４］～［５１］のいずれか一項に記載の組成物。
［５４］ 前記プロセスが、
（ｄ）前記酸触媒からオリゴ糖組成物を分離することを更に含む、［５２］に記載の組成物。
［５５］ （ｄ）において、前記分離することが、濾過によって前記触媒を除去することを含む、［５４］に記載の組成物。
［５６］ （ｄ）濾過前に前記反応混合物を約１００℃未満に冷却することを含む、［５４］又は［５５］に記載の組成物。
［５７］ 前記プロセスが、
（ｅ）（ｄ）の前記オリゴ糖組成物を水で約４０～５５重量％、任意選択的に４５～５５重量％の濃度に希釈すること、
（ｆ）前記希釈組成物をカチオン交換樹脂に通過させること、
（ｇ）前記希釈組成物を脱色ポリマー樹脂に通過させること、及び／又は
（ｈ）前記希釈組成物をアニオン交換樹脂に通過させること、を更に含み、
（ｆ）、（ｇ）及び（ｈ）の各々は、任意の順序で１回又は複数回行うことができる、［５４］～［５６］のいずれか一項に記載の組成物。
［５８］ 対象の炎症を軽減する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象の炎症を軽減する方法。
［５９］ 前記対象の胃腸管の炎症を軽減する、［５８］に記載の方法。
［６０］ 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［６１］ 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［６２］ 前記炎症性及び免疫障害が慢性炎症性障害である、［６０］又は［６１］記載の方法。
［６３］ 前記慢性炎症性障害が炎症性腸疾患である、［６２］に記載の方法。
［６４］ 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６５］ 前記炎症性腸疾患がクローン病である、［６４］に記載の方法。
［６６］ 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、［６４］に記載の方法。
［６７］ 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６８］ 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［６９］ 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、［６３］記載の方法。
［７０］ 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、［６３］に記載の方法。
［７１］ 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７２］ 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、［６３に記載の方法。
［７３］ 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７４］ 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、［６３］に記載の方法。
［７５］ 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、［６３］に記載の方法。
［７６］ 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［７７］ 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。
［７８］ 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求７７］に記載の方法。
［７９］ 前記炎症性腸疾患がクローン病である、［７７］に記載の方法。
［８０］ 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８１］ 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８２］ 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８３］ 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、［７７］に記載の方法。
［８４］ 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、［７７］に記載の方法。
［８５］ 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、［７７に記載の方法。
［８６］ 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８７］ 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８８］ 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、［７７］に記載の方法。
［８９］ 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、［７７］に記載の方法。
［９０］ 対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
［９１］ 短鎖脂肪酸の相対的又は絶対的存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％又は３０％増加する、［９０］に記載の方法。
［９２］ 短鎖脂肪酸が、ブチレート、アセタート及び／又はプロピオナートである、［９０］又は［９１］記載の方法。
［９３］ 対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法。
［９４］ 前記炎症誘発性及び／又は病原性細菌がエンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及び／又はルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）である、［９３］に記載の方法。
［９５］ 対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
［９６］ 前記共生細菌がパラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び／又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）である、［９５］に記載の方法。
［９７］ 前記対象がヒト対象である、［５８］～［９６］のいずれか一項に記載の方法。
［９８］ 前記対象が新生児（早産児、満期産児）、１歳までの乳児、小児（例えば、１歳～１２歳）、十代の若者（例えば、１３～１９歳）、成人（例えば、２０～６４歳）、又は高齢者（例えば、６５歳以上）である、［９７］に記載の方法。
［９９］ 前記方法が、前記オリゴ糖組成物を腸（例えば、大腸）に投与することを含む、［５８］～［９８］のいずれか一項に記載の方法。
［１００］ 前記オリゴ糖組成物が前記対象に自己投与される、［５８］～［９９］のいずれか一項に記載の方法。
［１０１］ 前記オリゴ糖組成物が経口送達用の医薬組成物として製剤化される、［５８］～［１００］のいずれか一項に記載の方法。
［１０２］ 前記オリゴ糖組成物が前記対象に経口投与される、［５８］～［１０１］のいずれか一項に記載の方法。
［１０３］ 前記オリゴ糖組成物が１日１回又は１日２回前記対象に投与される、［５８］～１０２］のいずれか一項に記載の方法。
［１０４］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）における全短鎖脂肪酸の存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０３］のいずれか一項に記載の方法。
［１０５］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるブチラートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０４］のいずれか一項に記載の方法。
［１０６］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるプロピオナートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０５］のいずれか一項に記載の方法。
［１０７］ 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるアセタートの存在量又は濃度を増加させる、［５８］～［１０６］のいずれか一項に記載の方法。
［１０８］ 総ＳＣＦＡの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、［１０４］～［１０７］のいずれか一項に記載の方法。
［１０９］ ブチラート、プロピオナート、及びアセタートの少なくとも１つの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）に対して少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、［１０４］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１０］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の共生細菌の増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、［５８～［１０９］のいずれか一項に記載の方法。
［１１１］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内のパラバクテロイデス及びバクテロイデスの増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、［５８］～［１１０］のいずれか一項に記載の方法。
［１１２］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性及び／又は病原性細菌の存在量の減少を引き起こす、［５８］～［１１１］のいずれか一項に記載の方法。
［１１３］ 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性エンテロバクター科の存在量の減少を引き起こす、［５８］～［１１２］のいずれか一項に記載の方法。
［１１４］ 前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、前記対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリンのレベルの低下をもたらす、［５８］～［１１３］のいずれか一項に記載の方法。
［１１５］ 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１６］ 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも６５％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１７］ 糞便ラクトフェリンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、［１１４］に記載の方法。
［１１８］
前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子の枯渇を引き起こす、［５８～１１７に記載の方法。
［１１９］
前記接着性浸潤性大腸菌に関連する遺伝子が、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、及びｏｍｐＣである、［１１８に記載の方法。
［１２０］ 前記オリゴ糖組成物が、少なくとも２０、３０、４０又は５０日間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２１］ 前記オリゴ糖組成物が、５６日間又は１０週間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２２］ 前記オリゴ糖組成物が、２０～１００日間、任意選択的に５０～７５日間投与される、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２３］ 前記対象が潰瘍性大腸炎を有し、前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、潰瘍性大腸炎疾患活性の減少をもたらす、［５８］～［１１９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２４］ 前記潰瘍性大腸炎疾患活性の減少が、単純臨床大腸炎活動性指数（Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ：ＳＣＣＡＩ）複合スコアを用いて測定される、［１２３に記載の方法。
［１２５］ 標準治療処置を投与することを更に含む、［５８］～［１２４］のいずれか一項に記載の方法。
［１２６］ 前記標準治療処置が、５－ＡＳＡ（メサラミン）、アザチオプリン、ベドリズマブ、インフリキシマブ、又はアダリムマブである、［１２５］に記載の方法。
［１２７］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における炎症に関連する１つ以上のバイオマーカ（例えば、糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリン）のレベルを低下させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を、ベースライン測定値と比較して、前記１つ以上のバイオマーカのレベルを低下させるための有効量で前記対象に投与することを含む、方法。
［１２８］ 前記１つ以上のバイオマーカのレベルが、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、［１２７］に記載の方法。
［１２９］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の病原性共生生物（例えば、エンテロバクター科等の炎症促進性細菌分類群）の存在量を減少させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象に有効量で投与して、前記１つ以上の病原性共生生物の存在量を減少させることを含む、方法。
［１３０］ 前記１つ以上の病原性共生生物の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプル中で測定される、［１２９］に記載の方法。
［１３１］ 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の共生分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の存在量を増加させる方法であって、［１］～［５７］のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を有効量で前記対象に投与して、前記１つ以上の共生分類群の存在量を増加させることを含む、方法。
［１３２］ 前記１つ以上の共生分類群の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、［１３１］に記載の方法。
Claims (132)
- 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、前記複数のオリゴ糖が、以下の表のシグナル２、３及び１１のうちの１つ以上を含む多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子相関（ＨＳＱＣ）ＮＭＲスペクトルによって特徴付けられ、
ここで、シグナル１～１１のそれぞれについての曲線下面積（ＡＵＣ）は、楕円形を使用して１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって定義される積分領域の積分を得ることによって決定され、ここで、前記スペクトルは、２％未満のモノマーを有するオリゴ糖組成物のサンプルを使用して生成される、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。
- ２個又は３個のシグナル２、３及び１１を含み、シグナル２が０．３４～２．０１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３が７．２８～２５．７１の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１が７．９３～１２．６９の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、請求項１に記載のオリゴ糖組成物。
- ２個又は３個のシグナル２、３、及び１１を含み、シグナル２が、０．６８～１．６８の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル３が、１０．９７～２２．０２の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有し、シグナル１１が、８．８８～１１．７４の範囲のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、請求項１又は２に記載のオリゴ糖組成物。
- シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．２３～３．８７の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、請求項１～３のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- シグナル５を更に含み、シグナル５が、０．９６～３．１４の範囲内のＡＵＣ（シグナル１～１１の総面積の％）を有する、請求項１～４のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- シグナル１、４、６、７、８、９、及び１０のうちの１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）を更に含み、少なくともシグナル１、４、６、７、８、９、及び１０が以下のように定義される、請求項１～５のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- シグナル１～１１の少なくとも１つが以下のように定義される、請求項１～６のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- シグナル１～１１の１Ｈ中心位置及び１３Ｃ中心位置によって定義される積分領域が、以下のように更に定義される、請求項１～７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記ＮＭＲスペクトルが、以下のパルスシーケンス図、取得パラメータ及び処理パラメータ：
パルスシーケンス図（図５）
１Ｈキャリア周波数＝４ｐｐｍ
１３Ｃキャリア周波数＝６５ｐｐｍ
取得次元の点数＝５９６
取得次元のスペクトル範囲＝６．２３ｐｐｍ～１．８３ｐｐｍ
間接的次元の点数＝３００の複素点
間接的次元のスペクトル範囲＝１２０ｐｐｍ～１０ｐｐｍ
リサイクル遅延＝１秒
単結合１Ｈ－１３Ｃ結合定数＝ＪＣＨ＝１４６Ｈｚ
スキャン数＝８
温度＝２９８～２９９Ｋ
溶媒＝Ｄ２Ｏ
処理パラメータ
直接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、７．６６Ｈｚ
間接的次元の窓関数＝ガウシアンブロードニング、２６．４８Ｈｚ
処理＝直接的次元の５１２の複素点、間接的次元の１０２４の複素点
を使用するコヒーレンス選択のためのエコー－アンチエコー方式を使用して多重度編集勾配強化１Ｈ－１３Ｃ異核種単一量子コヒーレンス（ｈｅｔｅｒｏｎｕｃｌｅａｒ ｓｉｎｇｌｅ ｑｕａｎｔｕｍ ｃｏｈｅｒｅｎｃｅ：ＨＳＱＣ）実験に、前記組成物のサンプルを供することによって得られる、請求項１～８のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。 - 前記ＮＭＲスペクトルが、前記オリゴ糖組成物のサンプルをＨＳＱＣ ＮＭＲに供することによって得られ、前記サンプルがＤ２Ｏに溶解している、請求項１～７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記オリゴ糖組成物が脱モノマー化手順に供されている、請求項１～８のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記脱モノマー化手順がエタノール沈殿である、請求項１１に記載のオリゴ糖組成物。
- １０％未満又は５％未満のモノマーを含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- ２％未満のモノマーを含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
- 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの５．３１～７．１５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．８１～１９．０２ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１４～５．９３ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．９８～２．９９ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。 - 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、請求項１６に記載のオリゴ糖組成物。
- 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの６．２９～１２．８４ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２０．４５～２８．２８ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．７３～３．４６％ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．３６～４．２８ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．１２～４．４５ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．６５～５．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４３～０．８２ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．９２～９．５８ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．４１～１．９９ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８８～１．２１ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．１４～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．６９～２．２７ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９３～５．２６ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．９１～１．６８ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～３．１０ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．０１～０．２８ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、請求項１６又は１７に記載のオリゴ糖組成物。 - 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の、ラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、請求項Ｂ３に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、請求項１６～１９のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物であって、各オリゴ糖は複数のモノマーラジカルを含み、
前記複数のオリゴ糖は、以下のモノマーラジカル：
（４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの４．７９～７．７５ｍｏｌ％を占める３－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１１．６４～２２．２４ｍｏｌ％を占める６－ガラクトピラノースモノラジカル；
（１６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２０～７．０６ｍｏｌ％を占める３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，６－ガラクトフラノースジラジカル；並びに／あるいは
（１７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．８９～３．６３ｍｏｌ％を占める、２，６－ガラクトピラノースジラジカル
のうちの１つ又は複数を含む、
複数のオリゴ糖を含むオリゴ糖組成物。 - 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（４）、（１０）、（１６）及び（１７）から選択される少なくとも２、３又は４個のモノマーラジカルを含む、請求項２１に記載のオリゴ糖組成物。
- 以下のモノマーラジカル：
（１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．５２～１５．２１ｍｏｌ％を占めるｔ－ガラクトフラノースモノラジカル；
（２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１３．４９～４０．０２ｍｏｌ％を占める、ｔ－ガラクトピラノースモノラジカル；
（３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６４％～４．８２ｍｏｌ％を占める２－ガラクトフラノース及び／又は２－グルコフラノースモノラジカル；
（５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの２．２２～５．０３ｍｏｌ％を占める３－ガラクトフラノースモノラジカル；
（６）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．１０～５．１３ｍｏｌ％を占める２－ガラクトピラノースモノラジカル；
（７）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．９９～６．８７ｍｏｌ％を占める４－ガラクトピラノース及び／又は５－ガラクトフラノースモノラジカル；
（８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～１．９３％ｍｏｌ％を占める、２，３－ガラクトフラノースジラジカル；
（９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの１．５２～１０．３９ｍｏｌ％を占める６－ガラクトフラノースモノラジカル；
（１１）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～３．１５ｍｏｌ％を占める３，４－ガラクトピラノース及び／又は３，５－ガラクトフラノース及び／又は２，３－ガラクトピラノースジラジカル；
（１２）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４９～１．４５ｍｏｌ％を占める、２，４－グルコピラノース及び／又は２，５－グルコフラノース及び／又は２，４－ガラクトピラノース及び／又は２，５－ガラクトフラノースジラジカル；
（１３）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．６７ｍｏｌ％を占める、２，３，４－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１４）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．４１～３．１０ｍｏｌ％を占める、３，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１５）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの３．６０～５．６５ｍｏｌ％を占める、４，６－ガラクトピラノース及び／又は５，６－ガラクトフラノースジラジカル；
（１８）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．６８～１．８５ｍｏｌ％を占める、３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は３，５，６－ガラクトフラノース及び／又は２，３，６－ガラクトフラノーストリラジカル；
（１９）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～３．５１ｍｏｌ％を占める、２，３，６－ガラクトピラノース及び／又は２，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，５，６－ガラクトフラノーストリラジカル；並びに／あるいは
（２０）複数のオリゴ糖中のモノマーラジカルの０．００～０．３５ｍｏｌ％を占める、２，３，４，６－ガラクトピラノース及び／又は２，３，５，６－ガラクトフラノース四級ラジカル
のうちの１つ又は複数を更に含む、請求項２１又は２２に記載のオリゴ糖組成物。 - 前記複数のオリゴ糖が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個のラジカル（１）～（３）、（５）～（９）、（１１）～（１５）及び（１８）～（２０）から選択されるモノマーラジカルを含む、請求項２３に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記複数のオリゴ糖が、ラジカル（１）～（２０）から選択されるモノマーラジカルのそれぞれを含む、請求項２１～２４のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- モノマーラジカルのモル百分率が、過メチル化アッセイを使用して決定され、前記過メチル化アッセイが、ガスクロマトグラフィ質量分析（ＧＣ－ＭＳ）分析を含む、請求項１６～２５のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記オリゴ糖組成物が、式（Ｉ）から本質的になる複数のオリゴ糖を含み、
- 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１１～約ＤＰ１９である、請求項１～２７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 前記オリゴ糖組成物の平均重合度（ＤＰ）が約ＤＰ１３～約ＤＰ１７である、請求項１～２８のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- ８７～９５％のＤＰ２＋を含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- ８９～９３％のＤＰ２＋を含む、請求項１～３０のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- ５８～９４％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、請求項１～３１のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- ６５～８７％の総食物繊維（乾燥基準）を含む、請求項１～３２のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。
- 次式を含む複数のオリゴ糖を含む請求項１～３３のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物であって、
式（Ｉ）：
前記オリゴ糖組成物は、
（ａ）正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を用いてガラクトースモノマーを含む反応混合物を形成することと、
（ｂ）前記反応混合物をその沸点に維持するのに十分な熱を前記反応混合物に伝達することによって、前記反応混合物中の酸触媒オリゴ糖形成を促進することと、
を含むプロセスによって製造される、
請求項１～３３のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物。 - 工程（ｂ）が、全ガラクトースモノマー含有量に対する正に帯電した水素イオンのモル比が適切な範囲内にあるような量で、正に帯電した水素イオンを含む酸触媒を前記反応混合物に充填することを含む、請求項３４に記載の組成物。
- 工程（ａ）及び（ｂ）が同時に起こる、請求項３４又は３５に記載の組成物。
- 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１００℃～１６０℃の範囲の温度に加熱することを含む、請求項３４～３６のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１２８℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、請求項３７に記載の組成物。
- 工程（ａ）が、撹拌条件下で前記反応混合物を１３０℃～１４０℃の範囲の温度に加熱することを含む、請求項３８に記載の組成物。
- 工程（ａ）が、均質及び均一な熱伝達を達成するための適切な条件下で、前記温度（例えば、室温から）を約１３６℃まで徐々に上昇させることを含む、請求項３４～３８のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１２８℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、請求項３４～４０のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、請求項３４～４１のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、１３０℃～１４０℃の範囲の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、請求項３４～４２のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが５～１３％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、請求項３４～４０のいずれか一項に記載の組成物。
- 工程（ｂ）が、前記オリゴ糖組成物中のガラクトースモノマーの重量パーセントが７～１１％の範囲になるまで、前記反応混合物を、大気圧又は真空下、約１３６℃の温度、酸触媒によるオリゴ糖組成物の形成を促進する条件下で維持することを含む、請求項３４～４０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記酸触媒が、表１による１つ又は複数の物理的及び化学的特性を有する強酸カチオン交換樹脂であり、並びに／又は前記触媒が、＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／ｇカチオン部分を含む、請求項３４～４５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記触媒が４５～５０重量パーセントの公称含水量を有する、請求項４６に記載の組成物。
- 前記酸触媒が可溶性触媒である、請求項３４～４５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記可溶性触媒が有機酸である、請求項４８に記載の組成物。
- 前記可溶性触媒が弱有機酸である、請求項４８又は４９に記載の組成物。
- 前記可溶性触媒がクエン酸である、請求項４８～５０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を５５℃～９５℃の範囲内の温度（例えば、８５℃、９０℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、請求項３４～５１のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記プロセスが、
（ｃ）前記反応混合物の温度を２０℃～４０℃の範囲内の温度（例えば、２０℃、２５℃）にしながら、例えば水を使用して前記反応混合物をクエンチすることを更に含む、請求項３４～５１のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記プロセスが、
（ｄ）前記酸触媒からオリゴ糖組成物を分離することを更に含む、請求項５２に記載の組成物。 - （ｄ）において、前記分離することが、濾過によって前記触媒を除去することを含む、請求項５４に記載の組成物。
- （ｄ）濾過前に前記反応混合物を約１００℃未満に冷却することを含む、請求項５４又は５５に記載の組成物。
- 前記プロセスが、
（ｅ）（ｄ）の前記オリゴ糖組成物を水で約４０～５５重量％、任意選択的に４５～５５重量％の濃度に希釈すること、
（ｆ）前記希釈組成物をカチオン交換樹脂に通過させること、
（ｇ）前記希釈組成物を脱色ポリマー樹脂に通過させること、及び／又は
（ｈ）前記希釈組成物をアニオン交換樹脂に通過させること、を更に含み、
（ｆ）、（ｇ）及び（ｈ）の各々は、任意の順序で１回又は複数回行うことができる、請求項５４～５６のいずれか一項に記載の組成物。 - 対象の炎症を軽減する方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象の炎症を軽減する方法。
- 前記対象の胃腸管の炎症を軽減する、請求項５８に記載の方法。
- 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。
- 炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
炎症性及び免疫障害を有するか又は有する疑いがある対象を治療する方法。 - 前記炎症性及び免疫障害が慢性炎症性障害である、６０又は６１記載の方法。
- 前記慢性炎症性障害が炎症性腸疾患である、請求項６２に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項６４に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、請求項６４に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、請求項６３記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、請求項６３に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、請求項６３に記載の方法。
- 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。
- 炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法であって、有効量のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与し、それにより前記対象を治療することを含み、前記オリゴ糖組成物は、５～２０の平均重合度を有し、式（Ｉ）から選択される複数のオリゴ糖を含み、
炎症性腸疾患を有するか、又は有する疑いがある対象を治療する方法。 - 前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が肉芽腫性大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が不確定大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が便流変更性大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が回腸のう炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がベーチェット病である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が顕微鏡的大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が憩室症関連大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がコラーゲン性大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患がリンパ球性大腸炎である、請求項７７に記載の方法。
- 前記炎症性腸疾患が小児期発症の炎症性腸疾患である、請求項７７に記載の方法。
- 対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における短鎖脂肪酸の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
- 短鎖脂肪酸の相対的又は絶対的存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％又は３０％増加する、請求項９０に記載の方法。
- 短鎖脂肪酸が、ブチレート、アセタート及び／又はプロピオナートである、９０又は９１記載の方法。
- 対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における炎症誘発性及び／又は病原性細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を減少させる方法。
- 前記炎症誘発性及び／又は病原性細菌がエンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及び／又はルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）である、請求項９３に記載の方法。
- 対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法であって、有効量の請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象の胃腸管に投与することを含む、対象における共生細菌の相対的存在量又は絶対的存在量を増加させる方法。
- 前記共生細菌がパラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）及び／又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）である、請求項９５に記載の方法。
- 前記対象がヒト対象である、請求項５８～９６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が新生児（早産児、満期産児）、１歳までの乳児、小児（例えば、１歳～１２歳）、十代の若者（例えば、１３～１９歳）、成人（例えば、２０～６４歳）、又は高齢者（例えば、６５歳以上）である、請求項９７に記載の方法。
- 前記方法が、前記オリゴ糖組成物を腸（例えば、大腸）に投与することを含む、請求項５８～９８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が前記対象に自己投与される、請求項５８～９９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が経口送達用の医薬組成物として製剤化される、請求項５８～１００のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が前記対象に経口投与される、請求項５８～１０１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が１日１回又は１日２回前記対象に投与される、請求項５８～１０２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）における全短鎖脂肪酸の存在量又は濃度を増加させる、請求項５８～１０３のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるブチラートの存在量又は濃度を増加させる、請求項５８～１０４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるプロピオナートの存在量又は濃度を増加させる、請求項５８～１０５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象（例えば、前記対象の胃腸管）におけるアセタートの存在量又は濃度を増加させる、請求項５８～１０６のいずれか一項に記載の方法。
- 総ＳＣＦＡの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）と比較して、少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、請求項１０４～１０７のいずれか一項に記載の方法。
- ブチラート、プロピオナート、及びアセタートの少なくとも１つの存在量が、ベースライン測定値（例えば、前記ベースライン測定値は治療前に決定される）に対して少なくとも５％、１０％、２０％、又は３０％増加する、請求項１０４～１０８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の共生細菌の増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、請求項５８～１０９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内のパラバクテロイデス及びバクテロイデスの増殖を促進する（例えば、それらの相対的存在量を増加させる）、請求項５８～１１０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性及び／又は病原性細菌の存在量の減少を引き起こす、請求項５８～１１１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の炎症誘発性エンテロバクター科の存在量の減少を引き起こす、請求項５８～１１２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、前記対象に属する便／糞便サンプル中の糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリンのレベルの低下をもたらす、請求項５８～１１３のいずれか一項に記載の方法。
- 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、請求項１１４に記載の方法。
- 糞便カルプロテクチンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも６５％低下する、請求項１１４に記載の方法。
- 糞便ラクトフェリンのレベルが、ベースライン測定値と比較して少なくとも５０％低下する、請求項１１４に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象の胃腸管のマイクロバイオーム内の接着性浸潤性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）に関連する遺伝子の枯渇を引き起こす、請求項５８～１１７に記載の方法。
- 前記接着性浸潤性大腸菌に関連する遺伝子が、ｆｉｍＨ、ｏｍｐＡ、及びｏｍｐＣである、請求項１１８に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が、少なくとも２０、３０、４０又は５０日間投与される、請求項５８～１１９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が、５６日間又は１０週間投与される、請求項５８～１１９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴ糖組成物が、２０～１００日間、任意選択的に５０～７５日間投与される、請求項５８～１１９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が潰瘍性大腸炎を有し、前記オリゴ糖組成物の投与が、ベースライン測定値と比較して、潰瘍性大腸炎疾患活性の減少をもたらす、請求項５８～１１９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記潰瘍性大腸炎疾患活性の減少が、単純臨床大腸炎活動性指数（Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ：ＳＣＣＡＩ）複合スコアを用いて測定される、請求項１２３に記載の方法。
- 標準治療処置を投与することを更に含む、請求項５８～１２４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標準治療処置が、５－ＡＳＡ（メサラミン）、アザチオプリン、ベドリズマブ、インフリキシマブ、又はアダリムマブである、請求項１２５に記載の方法。
- 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における炎症に関連する１つ以上のバイオマーカ（例えば、糞便カルプロテクチン、糞便リポカリン及び／又は糞便ラクトフェリン）のレベルを低下させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を、ベースライン測定値と比較して、前記１つ以上のバイオマーカのレベルを低下させるための有効量で前記対象に投与することを含む、方法。
- 前記１つ以上のバイオマーカのレベルが、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、請求項１２７に記載の方法。
- 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の病原性共生生物（例えば、エンテロバクター科等の炎症促進性細菌分類群）の存在量を減少させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を前記対象に有効量で投与して、前記１つ以上の病原性共生生物の存在量を減少させることを含む、方法。
- 前記１つ以上の病原性共生生物の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプル中で測定される、請求項１２９に記載の方法。
- 対象、任意選択的に炎症性疾患を示す対象における１つ以上の共生分類群（例えば、パラバクテロイデス及びバクテロイデス）の存在量を増加させる方法であって、請求項１～５７のいずれか一項に記載のオリゴ糖組成物を有効量で前記対象に投与して、前記１つ以上の共生分類群の存在量を増加させることを含む、方法。
- 前記１つ以上の共生分類群の存在量が、前記対象からの糞便／便サンプルにおいて測定される、請求項１３１に記載の方法。
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