JP2023541064A - 方法及びマイクロバイオーム組成物の使用 - Google Patents

Abstract

方法及び（例えば、１種以上の微生物株を含む）組成物の使用が開示される。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年９月１１日に出願された米国仮特許出願第６３／０７７，５４４号の優先権を主張するものであり、上記出願の全体の内容が本明細書に援用される。

一般に、メタボロームは、生物、細胞、または組織内に存在する代謝産物であると理解されている。生物、細胞、または組織内に存在する１種以上の代謝産物のレベルは、特定の疾患、障害、または疾病（condition）に関連する可能性がある。

本開示は、本明細書に記載の組成物を使用して、対象（例えば哺乳動物（例えばヒト、マウスなど））のメタボロームを調節することが可能であるという洞察を提供する。とりわけ、本開示は、組成物（例えばマイクロバイオーム組成物）を対象に投与することの効果を評価する、ならびにかかる組成物の投与に際して、対象の代謝産物またはメタボロームのレベルの影響及び／もしくは調節を特定または特性評価するために使用することが可能な技術について記載する。一部の実施形態では、調節される可能性がある代謝産物は、ある特定の疾患、障害、または疾病に関連する場合がある。かかる技術は、特定の対象（例えば、患者）または（例えば、開示される組成物の投与の前後の）集団における代謝産物レベルの差異を識別するために有用である可能性がある。したがって、本開示はまた、開示される組成物の特定の対象（例えば、患者）における性質及び効果を評価し、ひいては個々の対象のメタボロームがどのように対象の健康状態に差次的影響を及ぼすかについての対象特異的な情報を提供するために有用である可能性のある技術も提供する。例えば、一部の実施形態では、本明細書に提供される技術は、対象特異的試料中のメタボロームに基づいて、対象が罹患しやすい可能性がある疾患、障害、もしくは疾病を特定する、ならびに（例えば、対象のメタボロームを調節するために）開示される組成物を投与することによって、かかる疾患、障害、もしくは疾病を治療する及び／または予防するために有用である可能性がある。故に、本明細書に記載の技術は、特定の疾患、障害、もしくは疾病をスクリーニングするための診断ツールとして、ならびにかかる疾患、障害、もしくは疾病の治療及び／または予防に有用である可能性がある。

とりわけ、本開示は、対象由来の試料中の１種以上の代謝産物のレベルを測定することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、対象は、１種以上の微生物株を含む組成物を含む組成物を摂取している。一部の実施形態では、対象は、１種以上のリポ多糖を含む組成物を摂取している。一部の実施形態では、対象は、１種以上の微生物株を含む組成物及び１種以上のリポ多糖を含む組成物を摂取している。一部の実施形態では、対象は、１種以上の微生物株及び１種以上のリポ多糖を含む組成物を摂取している。

一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害、もしくは疾病に罹患しているか、または罹患するリスクがある。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株は哺乳動物マイクロバイオームに由来する。一部の実施形態では、１種以上の微生物株はヒトマイクロバイオームに由来する。一部の実施形態では、１種以上の微生物株は上記対象のマイクロバイオームに由来する。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株は表５から選択される。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、またはそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．を含むまたはそれらからなる。

一部の実施形態では、組成物は２種以上の微生物株を含む。一部の実施形態では、組成物は５種以上の微生物株を含む。一部の実施形態では、組成物は１０種以上の微生物株を含む。

一部の実施形態では、１種以上のリポ多糖は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｐ．、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｓｐ．、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ ｓｐ．、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、酢酸菌、シアノバクテリア、スピロヘータ、緑色硫黄細菌、緑色非硫黄細菌、またはそれらの組み合わせに由来する。一部の実施形態では、１種以上のリポ多糖はＥ．ｃｏｌｉ由来である。一部の実施形態では、１種以上のリポ多糖はＥ．ｃｏｌｉ ０１１１．Ｂ４由来である。

一部の実施形態では、１種以上の代謝産物は、表１、表２、表３、表４、またはそれらの組み合わせの１種以上の代謝産物を含む。一部の実施形態では、１種以上の代謝産物は、表１、表２、表３、表４、またはそれらの組み合わせから選択される。一部の実施形態では、１種以上の代謝産物の少なくとも１種は、疾患、障害、または疾病に関連する。

一部の実施形態では、試料は細胞もしくは組織であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、試料は、羊水、房水、腹水、胆汁、骨髄、血液、母乳、脳脊髄液、耳垢、乳び、キームス、射精液（ejaculate）、内リンパ液、滲出液、糞便、胃酸、胃液、リンパ、粘液、心膜液、外リンパ液、腹水、胸膜液、膿、粘膜分泌物、唾液、皮脂、精液（semen）、血清、恥垢、痰、滑液、汗、涙、尿、膣分泌物、硝子体液、嘔吐物、間質液、リンパ液、血漿、粘液、消化液、便、及び／またはそれらの組み合わせもしくは成分（複数可）であるか、あるいはそれらを含む。

一部の実施形態では、対象由来の試料中の１種以上の代謝産物のレベルを測定することは、上記対象由来の上記試料中の１種以上の代謝産物のレベルを定量することを含む。一部の実施形態では、レベルは１種以上の代謝産物の有無である。一部の実施形態では、レベルは１種以上の代謝産物の濃度である。

一部の実施形態では、方法は、上記対象に１種以上の微生物株を含む組成物を投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、上記対象に１種以上のリポ多糖を含む組成物を投与することをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、上記対象に１種以上の微生物株及び１種以上のリポ多糖を含む組成物を投与することをさらに含む。

一部の実施形態では、方法は、上記対象に１種以上の微生物株を含む組成物及び１種以上のリポ多糖を含む組成物を投与することを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株を含む組成物及び１種以上のリポ多糖を含む組成物は同時に投与される。一部の実施形態では、１種以上の微生物株を含む組成物及び１種以上のリポ多糖を含む組成物は、逐次的に投与される。一部の実施形態では、１種以上の微生物株を含む組成物及び１種以上のリポ多糖を含む組成物は、異なる投与経路を介して投与される。

一部の実施形態では、方法は、上記対象由来の試料中の１種以上の代謝産物のレベルを基準値と比較することを含む。一部の実施形態では、基準値は対照基準値である。一部の実施形態では、対照基準値は、以前に測定された値または文献中の値などの実績のある値である。一部の実施形態では、基準値は、上記対象が上記１種以上の微生物株、１種以上のリポ多糖、または両方を摂取する前に上記対象から得られた、上記対象由来の対照試料中の１種以上の代謝産物のレベルである。

一部の実施形態では、方法は、測定された試料中の１種以上の代謝産物のレベルの、対照基準値と比較した差異の率を測定することを含む。

一部の実施形態では、方法は、１種以上の微生物株が、対象における１種以上の代謝産物のレベルを調節するかどうかを判定することを含む。一部の実施形態では、方法は、投与された１種以上の微生物株が対象における１種以上の代謝産物のレベルを調節していることが判定された場合に、上記対象に１種以上の微生物株の少なくとも部分集合を投与することを含む。一部の実施形態では、１種以上の代謝産物は、上記対象が罹患している、もしくは発症するリスクがある疾患、障害、または疾病に関連する。

一部の実施形態では、方法は、対象における１種以上の代謝産物の調節方法である。

一部の実施形態では、方法は、１種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力の特性評価方法である。

一部の実施形態では、方法は、対象のメタボロームの特性評価方法である。

一部の実施形態では、方法は、対象における疾患、障害、もしくは疾病の治療または改善方法であって、上記疾患、障害、もしくは疾病が１種以上の代謝産物に関連する上記治療または改善方法である。

本開示は、とりわけ、１種以上の微生物株を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、表５に列挙される１種以上の微生物株である。一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、表５に列挙される２種以上の微生物株である。一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、表５に列挙される５種以上の微生物株である。一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、表５に列挙される１０種以上の微生物株である。

本開示は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、またはそれらの組み合わせを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．からなる群から選択される少なくとも２種の微生物株を含む。一部の実施形態では、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．からなる群から選択される少なくとも５種の微生物株を含む。一部の実施形態では、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．を含むまたはそれらからなる。

一部の実施形態では、組成物は医薬組成物である。一部の実施形態では、組成物は薬学的に許容される担体を含む。

一部の実施形態では、組成物は摂取可能な品目である。

本開示は、本明細書に記載の組成物が、対象における１種以上の代謝産物を調節するのに使用するためのものであることを規定する。

本開示は、本明細書に記載の組成物が、１種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力を特性評価するのに使用するためのものであることを規定する。

本開示は、本明細書に記載の組成物が、対象のメタボロームを特性評価するのに使用するためのものであることを規定する。

本開示は、本明細書に記載の組成物が、対象における、１種以上の代謝産物に関連する疾患、障害、もしくは疾病を治療または改善するのに使用するためのものであることを規定する。

本開示は、対象における１種以上の代謝産物を調節するための、本明細書に記載の組成物の使用を提供する。

本開示は、１種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力を特性評価するための、本明細書に記載の組成物の使用を提供する。

本開示は、対象のメタボロームを特性評価するための、本明細書に記載の組成物の使用を提供する。

本開示は、対象における疾患、障害、もしくは疾病を治療または改善するための、本明細書に記載の組成物の使用であって、上記疾患、障害、もしくは疾病が１種以上の代謝産物に関連する、上記使用を提供する。

本開示により包含されるこれらの態様及び他の態様は、下記及び特許請求の範囲でさらに詳述される。

定義
本発明の範囲は、本明細書に添付される特許請求の範囲によって定義され、本明細書に記載のある特定の実施形態によって限定されるものではない。本明細書を査読して、当業者であれば、記載されるかかる実施形態と均等であり得るか、またはさもなければ特許請求の範囲内にあり得る種々の修正形態を認識しよう。一般に、本明細書で使用される用語は、別途明確に指示されない限り、当該技術分野におけるそれらの理解される意味に従う。ある特定の用語の明示的な定義が下記に提供されるが、本明細書全体を通した特定の事例におけるこれらの用語及び他の用語の意味は、当業者には文脈から明確となろう。

特許請求の範囲において請求項の要素を修飾するような「第１」、「第２」、「第３」等といった順序を示す用語の使用は、それ自体、１つの請求項の要素の、別の請求項の要素に勝るいかなる優先順位、優位性、もしくは順序、または方法の行為が実施される時間的順序をも含意するものではなく、むしろ、単に、請求項の要素を区別するために、ある特定の名称を有する１つの請求項の要素を、（順序を示す用語の使用を除いて）同じ名称を有する別の要素から区別するためのラベルとして使用される。

本明細書で使用される「ａ」及び「ａｎ」という冠詞は、それとは反対の明確な指示がない限り、複数形の指示対象を含むように理解されるべきである。ある群の１つまたは複数の成員間に「または」を含む請求項または説明は、それとは反対の指示があるか、または別途文脈から明らかでない限り、当該群の成員のうちの１つ、１つよりも多く、または全てが所与の産物またはプロセスに存在するか、用いられるか、またはさもなければそれと関連性がある場合、該当すると見なされる。一部の実施形態では、群の厳密に１つの成員が、所与の産物またはプロセスに存在するか、用いられるか、またはさもなければそれと関連性がある。一部の実施形態では、１つよりも多く、または全ての群の成員が、所与の産物またはプロセスに存在するか、用いられるか、またはさもなければそれと関連性がある。別途指示されない限り、または矛盾もしくは不整合が起こることが当業者に明白でない限り、本発明は、列挙された請求項のうちの１つまたは複数からの１つまたは複数の限定、要素、条項、記述用語等が同じ基本請求項に従属する別の請求項（または、関連性がある場合、任意の他の請求項）に導入されている、全ての変形形態、組み合わせ、及び順列を包含することを理解されたい。要素がリストとして提示される場合（例えば、マーカッシュ群または類似の形式で）、当該要素の各下位群もまた開示されると共に、任意の要素（複数可）が当該群から除去され得ることを理解されたい。一般に、実施形態または態様が特定の要素、特徴等を「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と称される場合、ある特定の実施形態または態様は、かかる要素、特徴等「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔ）」、またはそれら「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」ことが理解されるべきである。簡略化の目的で、本明細書においてそれらの実施形態は、各実例全てではっきりと具体的には定められていない。任意の実施形態または態様が特許請求の範囲から明示的に除外される可能性があり、これはその特定の除外事項が明細書で列挙されているかどうかを問わないこともまた理解されるべきである。

投与：本明細書で使用されるとき、「投与」という用語は、典型的には、対象または系への薬剤の送達を達成するための対象または系への組成物の投与を指す。一部の実施形態では、薬剤は、組成物であるか、または組成物中に含まれる。一部の実施形態では、薬剤は、組成物またはその１つもしくは複数の構成成分の代謝を介して生成される。当業者であれば、適切な状況下で、対象、例えばヒトへの投与に利用され得るさまざまな経路を認識しよう。例えば、一部の実施形態では、投与は、眼、経口、非経口、局所等であってもよい。一部の特定の実施形態では、投与は、気管支（例えば、気管支点滴によって）、頬側、皮膚（これは例えば、真皮、皮内、皮膚間（ｉｎｔｅｒｄｅｒｍａｌ）、経皮等への局所のうちの１つまたは複数であってもよいし、またはそれを含んでもよい）、経腸、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、具体的な臓器内（例えば、肝臓内）、粘膜、鼻腔、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管（例えば、気管内点滴によって）、膣、硝子体等であってもよい。本開示によって提供される多くの実施形態では、投与は、経口投与である。一部の実施形態では、投与は、単回用量のみを伴い得る。一部の実施形態では、投与は、一定数の用量の適用を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、断続的である（例えば、時間を置いた複数の用量）投薬及び／または周期的（例えば、共通の一定期間を置いた個々の用量）投薬を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、少なくとも選択される一定期間にわたる継続的投薬（例えば、灌流）を伴い得る。細胞の投与は、送達された細胞または細胞の構成成分の少なくとも一部分が生存可能なままである、対象における所望の部位への送達をもたらす任意の適切な経路によることができる。対象への投与後の細胞の生存可能な期間は、数時間（例えば、２４時間）ほどの短さから、数日間まで、数年間ほどにも長い（すなわち、長期的生着）可能性がある。一部の実施形態では、投与は、細菌の１つまたは複数の代謝産物及び／または副産物を含むが、完全に生存可能な細菌細胞を欠いた、細菌抽出物または調製物の送達を含む。

類似体：本明細書で使用されるとき、「類似体」という用語は、参照物質と１つまたは複数の特定の構造的特徴、要素、構成成分、または部分を共有する物質を指す。典型的には、「類似体」は、例えば、コアまたはコンセンサス構造を共有して、参照物質との顕著な構造的類似性を示すが、同時にある特定の個別的な様式で異なる。一部の実施形態では、類似体は、例えば参照物質の化学的操作によって、参照物質から生成され得る物質である。一部の実施形態では、類似体は、参照物質を生成する合成プロセスに実質的に類似した（例えば、それと複数の工程を共有する）合成プロセスの実施を通して生成され得る物質である。一部の実施形態では、類似体は、参照物質を生成するために使用される合成プロセスとは異なる合成プロセスの実施を通して生成されるか、生成され得る。

およそ：目的とする１つまたは複数の値に適用されるとき、定められる基準値に類似した値を含む。ある特定の実施形態では、「およそ」または「約」という用語は、別途定められるか、または別途文脈から明らかでない限り、定められる基準値の±１０％以内（それ超または未満）に該当するさまざまな値を指す（かかる数が可能な値の１００％を超える場合を除く）。

同等：本明細書で使用されるとき、「同等」という用語は、互いに同一でない可能性があるが、それらの間の比較を許容するのに十分に類似しており、これにより、当業者であれば、観察される差異または類似性に基づいて結論が合理的に導かれ得るということを理解しよう、２つ以上の薬剤、実体、状態、条件の組、対象等を指す。一部の実施形態では、同等の条件の組、状況、個体、または集団は、複数の実質的に同一の特徴及び１つまたは少数の変化のある特徴によって特徴付けられる。当業者であれば、文脈において、任意の所与の状況で、２つ以上のかかる薬剤、実体、状態、条件の組等が同等と見なされるにはどの程度の同一性が必要とされるかを理解しよう。例えば、当業者であれば、異なる状況、個体、もしくは集団の組の下で、または異なる状況、個体、もしくは集団の組により得られた結果または観察される現象の差異が、変化のある特徴における変動によって引き起こされるか、またはその変動を示すものであるという合理的な結論を保証するのに十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、状況、個体、または集団の組が互いに同等であることを理解しよう。

保存的：本明細書で使用されるとき、あるアミノ酸残基の、類似の化学的特性（例えば、電荷または疎水性度）を持つ側鎖Ｒ基を有する別のアミノ酸残基との置換を含む、保存的アミノ酸置換について説明する場合の事例を指す。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の目的とする機能的特性、例えば、受容体がリガンドに結合する能力を実質的に変化させない。類似の化学的特性を持つ側鎖を有するアミノ酸の群の例としては、グリシン（Ｇｌｙ、Ｇ）、アラニン（Ａｌａ、Ａ）、バリン（Ｖａｌ、Ｖ）、ロイシン（Ｌｅｕ、Ｌ）、及びイソロイシン（Ｉｌｅ、Ｉ）等の脂肪族側鎖；セリン（Ｓｅｒ、Ｓ）及びトレオニン（Ｔｈｒ、Ｔ）等の脂肪族－ヒドロキシル側鎖；アスパラギン（Ａｓｎ、Ｎ）及びグルタミン（Ｇｌｎ、Ｑ）等のアミド含有側鎖；フェニルアラニン（Ｐｈｅ、Ｆ）、チロシン（Ｔｙｒ、Ｙ）、及びトリプトファン（Ｔｒｐ、Ｗ）等の芳香族側鎖；リジン（Ｌｙｓ、Ｋ）、アルギニン（Ａｒｇ、Ｒ）、及びヒスチジン（Ｈｉｓ、Ｈ）等の塩基性側鎖；アスパラギン酸（Ａｓｐ、Ｄ）及びグルタミン酸（Ｇｌｕ、Ｅ）等の酸性側鎖；ならびにシステイン（Ｃｙｓ、Ｃ）及びメチオニン（Ｍｅｔ、Ｍ）等の硫黄含有側鎖が挙げられる。保存的アミノ酸置換基には、例えば、バリン／ロイシン／イソロイシン（Ｖａｌ／Ｌｅｕ／Ｉｌｅ、Ｖ／Ｌ／Ｉ）、フェニルアラニン／チロシン（Ｐｈｅ／Ｔｙｒ、Ｆ／Ｙ）、リジン／アルギニン（Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ｋ／Ｒ）、アラニン／バリン（Ａｌａ／Ｖａｌ、Ａ／Ｖ）、グルタミン酸／アスパラギン酸（Ｇｌｕ／Ａｓｐ、Ｅ／Ｄ）、及びアスパラギン／グルタミン（Ａｓｎ／Ｇｌｎ、Ｎ／Ｑ）が含まれる。一部の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発において使用されるような、タンパク質における任意の天然残基の、アラニンとの置換であり得る。一部の実施形態では、Ｇｏｎｎｅｔ，Ｇ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：１４４３－１４４５（同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される）に開示されるＰＡＭ２５０対数尤度行列において正値を有する、保存的置換が行われる。一部の実施形態では、置換は中程度に保存的な置換であり、当該置換は、ＰＡＭ２５０対数尤度行列において非負値を有する。

対照：本明細書で使用されるとき、結果が照らし合わせて比較される基準である、当該技術分野で理解される「対照」の意味を指す。典型的には、対照は、変数についての結論を出すためにかかる変数を分離することによって実験における完全性を増強するために使用される。一部の実施形態では、対照は、比較物を提供するために試験反応またはアッセイと同時に実施される反応またはアッセイである。「対照」はまた、「対照動物」も含む。「対照動物」は、本明細書に記載されるような改変、本明細書に記載されるのとは異なる改変を有する場合もあれば、改変を有しない（すなわち、野生型動物）場合もある。１つの実験では、「試験」（すなわち試験されている変数）が適用される。第２の実験では、「対照」、すなわち試験されている変数は、適用されない。一部の実施形態では、対照は、既存対照（すなわち、以前に実施された試験もしくはアッセイ、または既知である量もしくは結果の）である。一部の実施形態では、対照は、印刷または別の方法で保存された記録であるか、またはそれを含む。対照は、陽性対照または陰性対照であり得る。

決定する、測定する、評価する、評価する、アッセイする、及び分析する：決定する、測定する、評価する、評価する、アッセイする、及び分析する、とは、本明細書で任意の形態の測定を指すように互換的に使用され、ある要素が存在するか否かを決定することを含む。これらの用語は、定量的決定及び／または定性的決定の両方を含む。アッセイは、相対的または絶対的であり得る。「の存在に関してアッセイする」とは、存在する何かしらのものの量を決定すること及び／またはそれが存在するかもしくは不在であるか否かを決定することであり得る。

剤形：当業者であれば、「剤形」という用語が、対象への投与のための、薬剤（例えば、治療剤）の物理的に個別的な単位を指して使用され得ることを理解しよう。典型的には、かかる各単位は、既定量の薬剤を含有する。一部の実施形態では、かかる量は、関連性のある集団に投与された場合に所望の転帰または有益な転帰と相関すると決定された投薬レジメンに（すなわち、治療的投薬レジメンに）従った投与に適切な、単位投薬量（またはその全部）である。当業者は、特定の対象に投与される治療用組成物または治療剤の総量が１名または複数名の主治医によって決定され、複数の剤形の投与を伴ってもよいことを理解する。

投薬レジメン：当業者であれば、「投薬レジメン」という用語が、典型的には一定期間を置いて、対象に個々に投与される一組の単位用量（典型的には１つよりも多く）を指して使用され得ることを理解しよう。一部の実施形態では、所与の薬剤は、推奨される投薬レジメンを有し、この投薬レジメンが１回または複数回の用量を伴ってもよい。一部の実施形態では、投薬レジメンは、複数の用量を含み、これらの各々が他の用量から時間を置かれる。一部の実施形態では、個々の用量は、同じ長さの一定期間を互いに置かれ、一部の実施形態では、投薬レジメンは、複数の用量を含み、個々の用量が少なくとも２つの異なる一定期間を置かれる。一部の実施形態では、投薬レジメン内の全ての用量が、同じ単位用量のものである。一部の実施形態では、投薬レジメン内の異なる用量は、異なる量のものである。一部の実施形態では、投薬レジメンは、第１の用量での第１の用量、続いて第１の用量とは異なる第２の用量での１つまたは複数の追加用量を含む。一部の実施形態では、投薬レジメンは、第１の用量での第１の用量、続いて第１の用量と同じ第２の用量での１つまたは複数の追加用量を含む。一部の実施形態では、投薬レジメンは、関連性のある集団にわたって投与された場合に所望の転帰または有益な転帰と相関する。

操作された：一般に、「操作された」という用語は、人為的に操られた態様を指す。例えば、細胞または生物は、その遺伝子情報が変化するように操られた（例えば、以前には存在しなかった新たな遺伝物質が、例えば形質転換、交配、体細胞交雑、トランスフェクション、形質導入、または他の機構によって導入された、あるいは以前から存在していた遺伝物質が、例えば置換もしくは欠失変異によって、または交配プロトコルによって変化または除去される）場合、「操作された」と見なされる。慣習として、また当業者に理解されるように、操作されたポリヌクレオチドまたは細胞の子孫は、典型的には、実際の操作が先の実体に対して実施されたものであっても、依然として「操作された」と称される。

賦形剤：本明細書で使用されるとき、例えば、所望の稠度または安定化効果を提供するかまたはその一助とするために、薬学的組成物中に含まれ得る不活性（例えば、非治療的）薬剤を指す。一部の実施形態では、好適な薬学的賦形剤には、例えば、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、細粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール等が含まれ得る。

機能的：本明細書で使用されるとき、「機能的」生体分子とは、それが特徴とする性質及び／または活性を表す形態にある生体分子である。生体分子は、２つの機能（すなわち、二機能性）または多くの機能（すなわち、多機能性）を有してもよい。

遺伝子：本明細書で使用されるとき、産物（例えば、ＲＮＡ産物及び／またはポリペプチド産物）をコードする、染色体中のＤＮＡ配列を指す。一部の実施形態では、遺伝子は、コード配列（すなわち、特定の産物をコードする配列）を含む。一部の実施形態では、遺伝子は、非コード配列を含む。一部の特定の実施形態では、遺伝子は、コード（例えば、エクソン）配列及び非コード（例えば、イントロン）配列の両方を含んでもよい。一部の実施形態では、遺伝子は、例えば、遺伝子発現の１つまたは複数の態様（例えば、細胞種特異的発現、誘導性発現等）を制御またはそれに影響し得る、１つまたは複数の調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサー等）及び／またはイントロン配列を含んでもよい。明確さを目的として、本開示で使用されるとき、「遺伝子」という用語は、一般に、ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸の一部分を指すことについて注記する。当業者には文脈から明確となろうが、この用語は任意選択で、調節配列を包含してもよい。この定義は、非タンパク質コード発現単位への「遺伝子」という用語の適用を排除することは意図されないが、本明細書で使用される場合のこの用語が、ほとんどの場合、ポリペプチドコード核酸を指すことを明確にすることが意図される。

改善する、増加させる、強化する、阻害する、または低減する：本明細書で使用されるとき、「改善する」、「増加させる」、「増大させる」、「阻害する」、「低減する」という用語、またはその文法上の同等物は、ベースラインまたは他の参照測定値に対して相対的である値を示す。一部の実施形態では、値は、ベースラインまたは他の参照測定値との統計学的に有意な差である。一部の実施形態では、適切な参照測定値は、特定の薬剤もしくは治療の存在を除いて（例えば、その前及び／または後）さもなければ同等の条件下、または適切な同等の参照薬剤の存在下での、特定の系における（例えば、単一の個体における）測定値であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、適切な参照測定値は、関連性のある薬剤または治療の存在下で特定の様式で応答することが知られるまたは予想される同等の系における測定値であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、適切な参照は、陰性参照であり、一部の実施形態では、適切な参照は、陽性参照である。

単離された：本明細書で使用されるとき、（１）当初産出された（自然界及び／または実験環境を問わず）ときにはそれが関連していた構成成分の少なくとも一部から分離された、及び／または（２）人為的に設計、産出、調製、及び／または製造された、物質及び／または実体を指す。一部の実施形態では、単離された物質または実体は、濃縮されてもよく、一部の実施形態では、単離された物質または実体は、純粋であってもよい。一部の実施形態では、単離された物質及び／または実体は、それらが当初関連していた他の構成成分の約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超から分離され得る。一部の実施形態では、単離された薬剤は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。本明細書で使用されるとき、物質は、それが他の構成成分を実質的に含まない場合、「純粋」である。一部の実施形態では、当業者には理解されようが、物質は、例えば１つまたは複数の担体または賦形剤（例えば、緩衝液、溶媒、水等）等のある特定の他の構成成分と組み合わされた後にも、依然として「濃縮された」、「単離された」、またはさらには「純粋」と見なされ得る。かかる実施形態では、物質の単離または純度パーセントは、かかる担体または賦形剤を含めずに算出される。当業者は、（例えば、分留、抽出、沈殿、または他の分離のうちの１つまたは複数を使用して）物質または薬剤を単離する（例えば、濃縮または精製する）ためのさまざまな技術を認識している。

レベル：本明細書で使用される場合、用語「レベル」とは、物質（例えば、代謝産物）の量（ａｍｏｕｎｔ）または量（ｑｕａｎｔｉｔｙ）の尺度を指す。一部の実施形態では、レベルは単に物質の有無である場合がある。物質のレベルは、複数の方法または形式で表すことができる。例えば、一部の実施形態では、レベルは、パーセンテージ（％）、重量の尺度（例えば、ｍｇ、μｇ、ｎｇなど）、濃度の尺度（例えば、ｍｇ／ｍＬ、μｇ／ｍＬ、ｎｇ／ｍＬなど）、体積の尺度（例えば、ｍＬ、μＬ、ｎＬなど）として、変化率などで表すことができる。

代謝産物：本明細書で使用される場合、用語「代謝産物」とは、代謝中に生成されるまたは使用される物質（例えば、小分子、高分子、有機化合物、または無機化合物）を指す。代謝は一般に、物質（例えば、食品、薬物、化学物質、細胞、または組織）が化学的に分解される過程として理解される。一部の実施形態では、代謝産物は最終産物である。一部の実施形態では、代謝産物は中間体である。例示的な代謝産物を、本明細書、例えば添付書類１－１、ならびに図１～４及び７～１４に示す。例示的な代謝経路を、本明細書、例えば添付書類１－２、及び図７～１４に示す。

薬学的組成物：本明細書で使用されるとき、「薬学的組成物」という用語は、活性薬剤が１つまたは複数の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化されている組成物を指す。一部の実施形態では、活性薬剤は、関連性のある集団に投与された場合に既定の治療効果を達成する統計学的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適切な単位用量で存在する。一部の実施形態では、薬学的組成物は、以下のために適応させたものを含めて、固体または液体形態での投与用に特別に製剤化されてもよい：経口投与、例えば、飲薬（水性または非水性液剤または懸濁剤）、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身性吸収を目的としたもの、巨丸剤、散剤、顆粒剤、舌に適用するためのパスタ剤、カプセル剤、散剤等。一部の実施形態では、活性薬剤は、細胞または細胞集団（例：例えばＥＥＳ微生物の培養物）であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、活性薬剤は、細胞または細胞集団（例：培養物）の抽出物または構成成分であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、活性薬剤は、単離された、精製された、または純粋な化合物であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、活性薬剤は、インビトロで（例えば、化学合成及び／または酵素的合成を介して）合成されたものであってもよい。一部の実施形態では、活性薬剤は、天然産物（その天然源から単離されたか、またはインビトロで合成されたかを問わず）であってもよいし、またはそれを含んでもよい。

薬学的に許容される：本明細書で使用されるとき、例えば、本明細書に開示されるような薬学的組成物を製剤化するために使用される担体、希釈剤、または賦形剤を参照して使用され得る「薬学的に許容される」という用語は、当該担体、希釈剤、または賦形剤が、組成物のその他の成分と適合性であると共に、そのレシピエントにとって有害でないことを意味する。

薬学的に許容される担体：本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される担体」という用語は、対象化合物を１つの臓器または身体部分から別の臓器または身体部分に運搬または輸送することに関与する、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料等の薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であると共に、対象（例えば、患者）にとって有害でないという意味で「許容される」必要がある。薬学的に許容される担体としての役目を果たすことができる材料のいくつかの例としては、ラクトース、グルコース、及びスクロース等の糖；トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン等のデンプン；ナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、及び酢酸セルロース等のセルロース及びその誘導体；トラガカント末；麦芽；ゼラチン；タルク；ココアバター及び坐剤ワックス等の賦形剤；ピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及び大豆油等の油；プロピレングリコール等のグリコール；グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール等のポリオール；オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル等のエステル；寒天；水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム等の緩衝剤；アルギン酸；発熱物質不含水；等張食塩水；リンゲル液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル、ポリカーボネート、及び／またはポリ無水物；ならびに薬学的製剤に用いられる他の無毒の適合性物質が挙げられる。

予防：本明細書で使用される「予防」という用語は、特定の疾患、障害、または疾病の１つまたは複数の症状の発現の遅延、及び／またはその頻度及び／または重症度の低減を指す。一部の実施形態では、予防は、特定の疾患、障害、または疾病に罹患しやすい集団において、当該疾患、障害、または疾病の１つまたは複数の症状の発症、頻度、及び／または強度の統計学的に有意な減少が観察される場合、薬剤が当該疾患、障害、または疾病を「予防する」と見なされるように、集団を基準として評価される。一部の実施形態では、予防は、例えば、疾患、障害、または疾病の発現が所定の一定期間遅延された場合、完全と見なされ得る。

参照：本明細書で使用されるとき、相対して比較が実施される基準または対照を説明する。例えば、一部の実施形態では、目的とする薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値が、参照または対照となる薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値と比較される。一部の実施形態では、参照または対照は、目的とする試験または決定と実質的に同時に試験及び／または決定される。一部の実施形態では、参照または対照は、任意選択で有形的媒体において具体化された、既存参照または既存対照である。典型的には、当業者には理解されようが、参照または対照は、評価を受けているものと同等の条件または状況下で決定または特性評価される。当業者であれば、特定の可能な参照または対照に対する信頼性及び／またはそれとの比較の正当性を示すのに十分な類似性が存在する場合について理解しよう。一部の実施形態では、参照は、陰性対照参照であり、一部の実施形態では、参照は、陽性対照参照である。

リスク：文脈から理解されようが、疾患、障害、及び／または疾病の「リスク」とは、特定の個体が疾患、障害、及び／または疾病を発症する尤度を指す。一部の実施形態では、リスクは、パーセンテージとして表される。一部の実施形態では、リスクは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または最大１００％である。一部の実施形態では、リスクは、参照試料または参照試料群に関連するリスクに対して相対的なリスクとして表される。一部の実施形態では、参照試料または参照試料群は、疾患、障害、疾病、及び／または事象の既知のリスクを有する。一部の実施形態では、参照試料または参照試料群は、特定の個体と同等の個体に由来する。一部の実施形態では、相対リスクは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ超である。

試料：本明細書で使用されるとき、「試料」という用語は、典型的には、目的とする源から得られたまたはそれに由来する材料のアリコートを指す。一部の実施形態では、目的とする源は、生物源または環境源である。一部の実施形態では、目的とする源は、細胞または生物、例えば、微生物、植物、または動物（例えば、ヒト）であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、目的とする源は、生体組織または生体液であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、生体組織または生体液は、羊水、房水、腹水（ａｓｃｉｔｅｓ）、胆汁、骨髄、血液、母乳、脳脊髄液、耳垢、乳糜、糜粥、射精液、内リンパ液、滲出液、便、胃酸、胃液、リンパ液、粘液、心膜液、外リンパ液、腹水（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、胸水、膿汁、粘膜分泌物、唾液、皮脂、精液、血清、恥垢、痰、滑液、汗、涙、尿、膣分泌液、硝子体液、嘔吐物、血漿、粘液、消化液、便、及び／またはそれらの組み合わせもしくは構成成分（複数可）であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、生体液は、細胞内液、細胞外液、血管内液（血漿）、間質液、リンパ液、及び／または細胞透過液であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、生体液は、植物滲出液であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、生体組織または試料は、例えば、吸引、生検（例えば、微細針または組織生検）、スワブ（例えば、口腔、鼻腔、皮膚、または膣のスワブ）、掻き取り、外科手術、洗浄（ｗａｓｈｉｎｇ）または洗浄（ｌａｖａｇｅ）（例えば、気管支肺胞上皮、管、鼻腔、眼、口腔、子宮、膣、または他の洗浄（ｗａｓｈｉｎｇ）もしくは洗浄（ｌａｖａｇｅ））によって得られてもよい。一部の実施形態では、生体試料は、個体から得られた細胞であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、試料は、任意の適切な手段によって目的とする源から直接得られた「一次試料」である。一部の実施形態では、文脈から明確となろうが、「試料」という用語は、一次試料の処理によって（例えば、一次試料の１つもしくは複数の構成成分を除去することによって及び／または１つもしくは複数の薬剤を一次試料に添加することによって）得られる調製物を指す。例えば、半透膜を使用したろ過。かかる「処理済み試料」は、例えば、試料から抽出された、または一次試料を、核酸の増幅もしくは逆転写、ある特定の構成成分の単離及び／または精製等といった１つもしくは複数の技法に供することによって得られた、核酸またはタンパク質を含んでもよい。

低分子：本明細書で使用されるとき、「低分子」という用語は、約３，０００ダルトンを下回る分子量を有する小さな有機または無機分子を指す。一般に、低分子は、３，０００ダルトン（Ｄａ）未満の分子量を有してもよい。低分子は、例えば、少なくとも約１００Ｄａ～約３，０００Ｄａ（例えば、約１００～約３，０００Ｄａ、約１００～約２５００Ｄａ、約１００～約２，０００Ｄａ、約１００～約１，７５０Ｄａ、約１００～約１，５００Ｄａ、約１００～約１，２５０Ｄａ、約１００～約１，０００Ｄａ、約１００～約７５０Ｄａ、約１００～約５００Ｄａ、約２００～約１５００、約５００～約１０００、約３００～約１０００Ｄａ、または約１００～約２５０Ｄａ）であり得る。

対象：本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、提供される治療が適用される個体を指す。一部の実施形態では、対象は、動物である。一部の実施形態では、対象は、哺乳動物、例えば、本明細書に記載されるような疾患、障害、または疾病を経験しているか、またはそれに罹患しやすい哺乳動物である。一部の実施形態では、動物は、脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、（特に高等霊長類）、ヒツジ、イヌ、齧歯類（例えば、マウスまたはラット）、モルモット、ヤギ、ブタ、ネコ、ウサギ、またはウシ等の哺乳動物である。一部の実施形態では、動物は、ニワトリ、両生類、爬虫類、または無脊椎動物モデルＣ．ｅｌｅｇａｎｓ等の非哺乳動物である。一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、対象は、本明細書に記載されるような１つまたは複数の疾患、障害、または疾病に罹っているか、またはそれに罹患しやすい。一部の実施形態では、対象は、本明細書に記載されるような１つまたは複数の疾患、障害、または疾病の１つまたは複数の症状を呈する。一部の実施形態では、対象は、本明細書に記載されるような１つまたは複数の疾患、障害、または疾病であると診断されている。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害、または疾病を診断及び／または治療するためのある特定の療法を受けているか、または受けたことがある。別の実施形態では、対象は、疾患モデルとしての実験動物または代用動物である。

実質的に：本明細書で使用されるとき、目的とする特性または性質の全範囲もしくは程度またはほぼ全範囲もしくは程度を示している定性的状態を指す。生物学分野の当業者であれば、生物学的現象及び化学的現象が完了に向かう及び／または完全性に進行する、または絶対的な結果を達成するもしくは回避することは、仮にあったとしてもまれであることを理解しよう。「実質的に」という用語は、したがって、多くの生物学的現象及び化学的現象に固有の完全性の潜在的な欠如を捕捉するために本明細書で使用される。

治療レジメン：「治療レジメン」は、その用語が本明細書で使用されるとき、関連性のある集団にわたるその投与が所望のまたは有益な治療転帰と相関し得る、投薬レジメンを指す。

治療上有効量：本明細書で使用されるとき、それが投与される目的である所望の効果を生み出す量を意味する。一部の実施形態では、この用語は、治療的投薬レジメンに従って、疾患、障害、及び／または疾病に罹っているか、またはそれに罹患しやすい集団に投与された場合に、疾患、障害、及び／または疾病を治療するのに十分である量を指す。一部の実施形態では、治療上有効量は、疾患、障害、及び／または疾病の１つまたは複数の症状の発生率及び／または重症度を低減する、及び／またはその発現を遅延させる量である。当業者であれば、「治療上有効量」という用語が、特定の個体において成功裏の治療が達成されることを実際には必要としないことを理解しよう。むしろ、治療上有効量は、かかる治療を必要とする患者に投与された場合に、顕著な数の対象において特定の所望の薬理学的応答を提供するような量であり得る。一部の実施形態では、治療上有効量への言及は、１つまたは複数の具体的な組織（例えば、疾患、障害、または疾病に罹患した組織）または流体（例えば、血液、唾液、血清、汗、涙、尿等）中で測定されるような量への言及であり得る。当業者であれば、一部の実施形態において、治療上有効量の特定の薬剤または療法が、単回用量で製剤化及び／または投与されてもよいことを理解しよう。一部の実施形態では、治療上有効な薬剤は、例えば投薬レジメンの一部として、複数の用量で製剤化及び／または投与されてもよい。

治療：本明細書で使用されるとき、「治療」（また、「治療する」または「治療すること」）という用語は、特定の疾患、障害、及び／または疾病の１つまたは複数の症状、特徴、及び／または原因を部分的または完全に緩和する、改善させる、軽減する、阻害する、その発現を遅延させる、その重症度を低減する、及び／またはその発生率を低減する療法の任意の適用を指す。一部の実施形態では、かかる治療は、関連性のある疾患、障害、及び／または疾病の徴候を呈していない対象、及び／または疾患、障害、及び／または疾病の初期徴候のみを呈する対象の治療であり得る。代替として、または追加として、かかる治療は、関連性のある疾患、障害、及び／または疾病の１つまたは複数の確立された徴候を呈する対象の治療であり得る。一部の実施形態では、治療は、関連性のある疾患、障害、及び／または疾病に罹っていると診断された対象の治療であり得る。一部の実施形態では、治療は、関連性のある疾患、障害、及び／または疾病の増加した発症リスクに統計学的に相関する１つまたは複数の感受性因子を有することが知られる対象の治療であり得る。

（表１）ＣＴ１０組成物で治療した雌マウスにおける代謝産物レベルの、擬似治療と比較した変化率、及びＣＴ１０組成物中に存在する各微生物種における代謝産物の対応するレベルを示すデータを表にしたものである。代謝産物レベルが最も高かった微生物種は、太字で陰影が付けられている。 （表２）ＣＴ１０組成物で治療した雄マウスにおける代謝産物レベルの、擬似治療と比較した変化率、及びＣＴ１０組成物中に存在する各微生物種における代謝産物の対応するレベルを示すデータを表にしたものである。代謝産物レベルが最も高かった微生物種は、太字で陰影が付けられている。 （表３）ＬＰＳ組成物を注射した雌マウスにおいて測定した代謝産物レベルの、擬似注射による治療と比較した変化率を示すデータを表にしたものである。また、ＣＴ１０組成物で治療し、ＬＰＳ組成物を注射した雌マウスにおいて測定した代謝産物レベルの、擬似注射による治療と比較した変化率も示す。 （表４）ＬＰＳ組成物を注射した雌マウスにおいて測定した代謝産物レベルの、擬似注射による治療と比較した変化率を示すデータを表にしたものである。また、ＣＴ１０組成物で治療し、ＬＰＳ組成物を注射した雄マウスにおいて測定した代謝産物レベルの、擬似注射による治療と比較した変化率も示す。 ＰＣＡの結果を示すデータを含む図である。ＰＣ１及びＰＣ２は、それぞれ第１の主成分及び第２の主成分を示す。カッコ内の数値は測定した寄与率である。プロットラベルは試料名である。「ＰＣＡスコア」には、それぞれの成分について測定された寄与比が含まれる。「因子負荷量」には、それぞれの成分に使用された因子負荷量が含まれる。 検出された階層的クラスタ分析（ＨＣＡ）の結果を示すデータを含む図である。横軸及び縦軸は試料名及びピークを示す。ＨＣＡはピーク時に実行した。次いで、ピーク間の距離をツリー図に表示した。ヒートマップには、正規化されたＨＣＡの検出値がヒートマップとして含まれる。 例示的なパスウェイマップ（一次代謝の概要）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（中心炭素代謝）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（尿素サイクル関連代謝）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（脂質及びアミノ酸代謝）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（分岐鎖及び芳香族アミノ酸）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（ヌクレオチド代謝）を示す図である。この検討で検出された代謝産物を経路マップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。Ｎ．Ｄ．は代謝産物が検出されなかったことを示す。 例示的なパスウェイマップ（補酵素の代謝）を示す図である。この検討で検出された代謝産物をパスウェイマップ上にプロットした。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。は代謝産物が検出されなかったことを示す。 対照群及び治療群において検出された他の代謝産物のレベルを示す図である。棒／線はそれぞれ、対照（青）、治療（赤）における各代謝産物の相対的な面積を表す。

微生物調製物（複数可）及び／または構成成分（複数可）
本開示は、マイクロバイオームの１種以上の微生物株を評価、特性評価、及び特定するための系及び方法を提供する。かかる系及び方法は、ヒト、家畜、及び／またはペットの健康に影響を及ぼす１種以上の微生物株を、それらのそれぞれのメタボロームを調節することによって、評価、特性評価、及び特定するのに有用であり得る。一部の実施形態では、ヘビ、トカゲ、サカナ、またはトリのマイクロバイオーム由来の１種以上の微生物株を評価、特性評価、及び特定すること。一部の実施形態では、哺乳類マイクロバイオーム由来の１種以上の微生物株を評価、特性評価、及び特定すること。哺乳類マイクロバイオームは、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、またはブタマイクロバイオームであり得る。一部の実施形態では、本明細書に記載の系または方法において使用されるマイクロバイオームは、疾患もしくは疾病を予防または治療する可能性がある。

マイクロバイオームは、微生物増殖を支持する生物の任意の系または組織から単離され得る。例えば、マイクロバイオームは、皮膚マイクロバイオーム、口腔マイクロバイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、脳マイクロバイオーム、肺マイクロバイオーム、または泌尿生殖器マイクロバイオームであり得る。消化管マイクロバイオームに見出される例示的な微生物株のリストは、下記で表５に含められる。当業者であれば、マイクロバイオーム試料を当該技術分野で既知の種々の様式で得ることができることを理解しよう。例えば、皮膚、口腔、鼻腔、肺、または泌尿生殖器マイクロバイオーム試料は、スワブまたは組織掻き取りを使用して得ることが可能である。一部の実施形態では、消化管マイクロバイオームは、便から試料採取することが可能である。皮膚マイクロバイオーム、口腔マイクロバイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、脳マイクロバイオーム、肺マイクロバイオーム、または泌尿生殖器マイクロバイオーム試料は、生検を介して得ることが可能である。

一部の実施形態では、マイクロバイオームは、健常個体、または特定の疾患もしくは障害に罹っていないかもしくはその発症リスクがない個体のマイクロバイオームである。一部の実施形態では、マイクロバイオームは、特定の疾患または障害に罹っているかまたはその発症リスクがある個体のマイクロバイオームである。一部の実施形態では、マイクロバイオームは、特定の疾患または障害に罹っていることが知られる個体のマイクロバイオームである。一部の実施形態では、ヒトマイクロバイオームは、１つまたは複数の疾患または疾病のリスクが知られていないヒトのマイクロバイオームである。

一部の実施形態では、マイクロバイオームは、参照マイクロバイオームである。参照マイクロバイオームは、健常個体、または特定の疾患もしくは障害に罹っていないかもしくはその発症リスクがない個体のマイクロバイオームであり得る。一部の事例では、参照マイクロバイオームは、評価または特性評価されることになるマイクロバイオームと同じ個体に由来してもよいが、異なる時間に得られたものである。一部の事例では、参照マイクロバイオームは、評価または特性評価されることになるマイクロバイオームと同じ個体に由来してもよいが、異なる系または組織から得られたものである。

一部の実施形態では、個々の微生物株または微生物株の組み合わせは、かかる株（単一種または複数種）がマイクロバイオーム中に見出されるのとは異なる相対量で評価、特性評価、または特定されてもよい。例えば、本明細書に記載のインビトロでの方法（例えば哺乳動物細胞）または哺乳動物（例えば、マウス、ヒトなど）を使用するインビボでの方法を使用して、単一の株に応答して、細胞もしくは生物の１種以上の代謝産物のレベルが調節されることの効果が、たとえ天然では上記単一の株がマイクロバイオーム中に他の微生物株と共に存在するとしても、評価、特性評価、または特定されてもよい。別の例として、本明細書に記載の方法を使用して、２種の微生物株に応答して、細胞もしくは生物の１種以上の代謝産物のレベルが調節されることの効果が、たとえ天然では上記２種の微生物株がマイクロバイオーム中にさらなる微生物株と共に存在するとしても、評価、特性評価、または特定されてもよい。

また、本明細書に記載の方法を使用して、微生物株の抽出物、構成成分、または化合物が、評価、特性評価、または特定されてもよい。一部の実例では、生物（例えば哺乳動物）の１種以上の代謝産物のレベルに影響を及ぼすと判定された微生物株の抽出物、構成成分、または化合物が、評価、特性評価、または特定されてもよい。生物（例えば哺乳動物）の１種以上の代謝産物のレベルに影響を及ぼす微生物株の抽出物、構成成分、もしくは化合物を評価、特性評価、または特定することにより、マイクロバイオームにおける潜在的なバイオマーカー、標的、または保護的因子についてのさらなる情報が提供される可能性がある。

微生物株の抽出物を調製する、及び／または微生物株から抽出物、構成成分、もしくは化合物を単離する、または処理する（例えば、それから１つまたは複数の構成成分または化合物を単離及び／または精製する）ために使用することができる、さまざまな技術が当該技術分野で公知である。ほんの少数の例を挙げると、かかる技術は、例えば、有機抽出、真空濃縮、クロマトグラフィー等のうちの１種以上を含んでもよい。

生物学的影響の評価
本開示は、本明細書に記載の組成物（例えばマイクロバオイオーム組成物）を使用し、上記組成物（複数可）を生物と接触させる（例えば、上記生物に上記組成物を摂食させる、投与する）ことによって、生物（例えば哺乳動物（例えばヒト））の代謝産物（例えばメタボローム）の１つ以上のレベルを特定、特性評価、または調節することが可能であるという洞察を提供する。一部の実施形態では、生物は、疾患、障害、もしくは疾病に罹患しているか、またはそれらに罹患するリスクがあってもよい。１種以上の組成物が１種以上の代謝産物（例えば、疾患、障害、または疾病の指標となり得る代謝産物）のレベルに影響を与えるかどうかを判定するために、1種以上の組成物と接触させた試料中の１種以上の代謝産物のレベルを、観測、測定、または評価してもよい。本明細書に開示の組成物が上記生物のメタボロームに影響を与え得るかどうかを判定するために、生物の種々の代謝産物レベルを観測、測定、または評価してもよい。ほんの少数の例として、本明細書に開示の組成物が生物に影響を与えるかどうかを判定するために、そのレベルが観測、測定、または評価されていてもよい代謝産物としては、例えば、添付書類１－１、ならびに図１～４及び図７～１４に列挙される代謝産物が挙げられる。

一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、第１の試料及び第２の試料を利用する。一部の実施形態では、第１の試料は、参照試料である。一部の実施形態では、参照試料は、組成物、例えば、ＣＴ１０組成物に接触した（例えば、上記組成物を投与されたまたは摂食した）対象から得られた試料であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は、第１の時点で組成物、例えば、ＣＴ１０組成物に接触した（例えば、上記組成物を投与されたまたは摂食した）対象から得られた試料であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は、組成物、例えば、ＣＴ１０組成物と接触する（例えば、上記組成物を投与されるまたは摂食する）前に対象から得られた試料であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は、健康な個体から得られた試料であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は、疾患、障害、または疾病に罹患しているか、またはそれらのリスクを有する可能性がある個体から得られた試料であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は対照試料である。一部の実施形態では、参照試料は陰性対照試料である。一部の実施形態では、参照試料は陽性対照試料である。一部の実施形態では、参照試料は実績のある基準値（例えば、対照試料全体にわたる値）であってもよい。一部の実施形態では、参照試料は、出版された刊行物（例えば、教科書、雑誌など）に由来するものであってもよい。

一部の実施形態では、第２の試料は試験試料であってもよい。一部の実施形態では、試験試料は、組成物、例えば、ＣＴ１０組成物に接触した（例えば、上記組成物を投与されたまたは摂食した）対象から得られた試料であってもよい。一部の事例では、対象（患者または集団）は、疾患、障害、または疾病に罹患しているか、またはそれらのリスクがあってもよい。一部の事例では、１種以上の疾患、障害、または疾病に対する未知のリスクのある患者。一部の実施形態では、試験は、第２の時点で組成物、例えば、ＣＴ１０組成物に接触した（例えば、上記組成物を投与されたまたは摂食した）対象から得られた試料であってもよい。

一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、試験試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベル（例えばメタボローム）を、参照試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベル（例えばメタボローム）と比較することを含む。一部の実施形態では、試験試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルを参照試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルと比較することによって、本明細書に記載の組成物を、代謝産物レベルを調節するのに有用であると評価、特性評価、または特定することができる。一部の実施形態では、試験試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルを参照試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルと比較することによって、本明細書に開示の組成物が、疾患、障害、もしくは疾病の表現型の重症度または発生率を増加させることを判定することができる。一部の実施形態では、試験試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルを参照試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルと比較することによって、本明細書に開示の組成物が、疾患、障害、もしくは疾病の表現型の重症度または発生率を低下させることを判定することができる。一部の実施形態では、試験試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルを参照試料から得られた１つ以上の代謝産物のレベルと比較することによって、本明細書に開示の組成物が、疾患、障害、もしくは疾病の表現型の重症度または発生率に影響を及ぼさないことを判定することができる。

本明細書で提供される組成物及び方法は、哺乳動物の疾患、障害、または疾病に影響を及ぼす１つ以上の代謝産物のレベルを評価、特性評価、または特定する上で有用であり可能性がある。本開示はまた、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、疾患、障害、または疾病に関連するメタボロームシグネチャーを規定及び／または特性評価することができるという認識も提供する。さらに、本開示は、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、疾患、障害、または疾病の１つ以上の特徴（例えば、重症度、療法への応答性等）に関連するメタボロームシグネチャーを規定及び／または特性評価することができるという認識も提供する。例えば、複数の代謝産物のレベルが、例えば、複数の個体にわたって疾患、障害、または疾病の重症度の増加に関連すると判定される場合、当該の代謝産物のレベル、ならびにそれらの相対量を、重症度の増加した疾患、障害、または疾病の発症のリスクがある個体を特定するためのシグネチャーとして使用することが可能である。別の例として、複数の代謝産物のレベルが、例えば単一の個体において、ある特定の時点で（例えば、治療からの離脱後に）、疾患、障害、または疾病の重症度の増加に関連すると判定される場合、当該の代謝産物のレベル、ならびにそれらの相対量を、当該の個体がいつ重症度の増加した疾患、障害、または疾病を発症するリスクがあるかを特定するためのシグネチャーとして使用することが可能である。

本開示はまた、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、個体を疾患、障害、または疾病であると診断することができるという認識も提供する。実際、本明細書で提供される組成物及び方法の使用を通して判定された、疾患、障害、または疾病に関連するメタボロームシグネチャーを使用して、個体を早期診断する及び／またはリスクがある個体として特定することができる。

本開示はまた、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、個体における疾患、障害、または疾病の進行を監視することが可能であるという認識も提供する。例えば、疾患、障害、または疾病の重症度を増加させると判定された代謝産物のレベルによって相対量が減少する場合、それは、例えば治療または免疫応答によって、当該疾患、障害、または疾病が和らげられていることを示す場合がある。

本開示はまた、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、治療（例えば、治療薬、栄養補助剤、及び／またはプロバイオティクス）を個々の患者に適合させることが可能であるという洞察も提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物及び方法は、「個別化された」治療薬を提供することができる。一部の場合には、個体内の代謝産物のレベルを評価、特性評価、または特定して、上記個体が疾患、障害、または疾病を有するかどうかを判定することができる。その結果に基づいて、上記個体を１種以上の組成物で治療して、代謝産物のレベル（すなわち、上記個体のメタボローム）を調整することができる。一部の事例では、これは、上記個体が罹患しているかまたは発症のリスクがある疾患、障害、または疾病に影響を及ぼすことになろう。例えば、個体が、疾患、障害、または疾病の重症度を減少させると判定されている１つ以上の代謝産物のレベルが相対的に低いと判定されている場合、疾患、障害、または疾病の重症度を減少させると判定されている１種以上の組成物の上記個体（またはその抽出物、構成成分、もしくは化合物）への投与は、当該個体の疾患または疾病の重症度を和らげる場合がある。

本開示は、本明細書で提供される組成物及び方法を使用して、疾患、障害、または疾病を再帰的に治療、予防、または改善することが可能であるであるという洞察を提供する。一部の実施形態では、例えば、本明細書で開示される１種以上の組成物を、対象の代謝産物レベルに対する１種以上の組成物の効果を測定した後に、対象に投与（例えば、摂食させる、注射するなど）してもよい。一部の実施形態では、組成物を１回投与してもよい。一部の実施形態では、組成物を複数回投与してもよい。一部の実施形態では、組成物を、毎日、毎週、隔週、毎月、隔月などで投与してもよい。これらの事例のそれぞれにおいて、１種以上の代謝産物のレベルを監視してもよい。一部の実施形態では、組成物の投与前に、１種以上の代謝産物（例えば、メタボローム）のレベルを監視してもよい。一部の実施形態では、組成物の投与後に、１種以上の代謝産物（例えば、メタボローム）のレベルを監視してもよい。

医薬組成物
個々の微生物株または微生物株の組み合わせを含む組成物が本明細書に提供される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の方法を使用して、評価、特定、特性評価、またはアッセイされた、哺乳動物のマイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、その抽出物、及び／またはその構成成分を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、評価、特定、特性評価、またはアッセイされた、哺乳動物のマイクロバイオーム由来の２種以上、３種以上、４種以上、５種以上、６種以上、７種以上、８種以上、９種以上、または１０種以上の微生物株、その抽出物、及び／またはその構成成分を含む、組成物が本明細書に提供される。

一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、下記の表５に列挙される２種以上、３種以上、４種以上、５種以上、６種以上、７種以上、８種以上、９種以上、または１０種以上の微生物株を含む。

一部の実施形態では、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、またはそれらの組み合わせを含む、組成物が本明細書に提供される。一部の実施形態では、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．のうちの少なくとも２個、それらのうちの少なくとも３個、それらのうちの少なくとも４個、それらのうちの少なくとも５個、それらのうちの少なくとも６個、それらのうちの少なくとも７個、それらのうちの少なくとも８個、それらのうちの少なくとも９個、またはそれらの全てを含む。一部の実施形態では、例えば、組成物は、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．のすべて含み、且つＣＴ１０組成物、ＣＴ１０カクテルなどを含む、但しそれらに限定されない別称で呼ばれてもよい。

一部の実施形態では、死滅させた（例えば、加熱死した）、哺乳類マイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ。代替として、一部の実施形態では、哺乳類マイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせは、生存可能なまたは生きている細胞を含んでもよい。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、例えば、哺乳類マイクロバイオーム由来の、生存可能なまたは生存している個々の微生物株または微生物株の組み合わせを含む。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株は、本明細書に記載されるような、例えば、哺乳類マイクロバイオーム由来の、生存可能なまたは生存している個々の微生物株または微生物株の組み合わせを含み、１つもしくは複数の細胞培養物及び／またはその上清もしくはペレット、及び／またはそれから形成された粉末を含み、及び／またはそれらの使用を通して製剤化される。

一部の実施形態では、本開示に従って使用するための組成物は、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）への投与（例えば、経口投与）用の、薬学的組成物である。薬学的組成物は、典型的には、活性薬剤（例えば、哺乳類マイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、その抽出物、及び／またはその構成成分）と、薬学的に許容される担体とを含む。ある特定の例示的な薬学的に許容される担体には、例えば、薬学的投与と適合性である食塩水、溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等が含まれる。

一部の実施形態では、本開示に従って使用するための医薬組成物は、１つまたは複数の補助活性化合物を含んでもよく、及び／またはそれと併用投与されてもよい。ある特定の実施形態では、かかる補助活性薬剤には、ショウガ、クルクミン、プロバイオティクス（例えば、以下の属のうちの１種以上のプロバイオティクス株：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、及び／またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｆｉｊａｎ，Ｉｎｔ Ｊ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｒｅｓ Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ．２０１４ Ｍａｙ；１１（５）：４７４５－４７６７を参照されたい（同文献は参照により本明細書に援用される））；プレバイオティクス（プロバイオティクス細菌の増殖を支持する一助となる非消化性食品成分、例えば、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）及びイヌリン等のフラクタン、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）等のガラクタン、難消化性デンプン、ペクチン、ベータ－グルカン、及びキシロオリゴ糖等の食物繊維（Ｈｕｔｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１６ Ｆｅｂ；３７：１－７（同文献は参照により本明細書に援用される））、ならびにそれらの組み合わせが含まれ得る。

薬学的組成物は、典型的には、その意図される投与経路と適合性であるように製剤化される。投与経路の例としては、経口投与が挙げられる。好適な薬学的組成物を製剤化する方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ ｅｄ．，２００５、及び一連の書籍、Ｄｒｕｇｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ：ａ Ｓｅｒｉｅｓ ｏｆ Ｔｅｘｔｂｏｏｋｓ ａｎｄ Ｍｏｎｏｇｒａｐｈｓ（Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ）を参照されたい。経口組成物は、一般に、不活性希釈剤または食用担体を含む。ほんの少数の例を挙げると、一部の実施形態では、経口製剤は、シロップ剤、液剤、錠剤、トローチ、グミ、カプセル剤、例えば、ゼラチンカプセル剤、散剤、ゲル剤、フィルム剤等であってもよいし、またはそれを含んでもよい。

一部の実施形態では、薬学的に適合性の結合剤、及び／またはアジュバント材料が、薬学的組成物の一部として含まれ得る。一部の特定の実施形態では、薬学的組成物は、例えば、以下の不活性成分、または類似の性質の化合物のうちのいずれか１個または複数を含有し得る：微晶質セルロース、トラガカントガム、もしくはゼラチン等の結合剤；デンプンもしくはラクトース等の賦形剤、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、もしくはトウモロコシデンプン等の崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムもしくはステロテ（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ）等の滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素等の流動促進剤；スクロースもしくはサッカリン等の甘味剤；またはペパーミント、サリチル酸メチル、もしくはオレンジ風味等の香味剤。一部の実施形態では、組成物は、そのままで摂取するか、または食品もしくは液体（水等）に振りかけるかもしくはその中に混合することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような哺乳動物に投与され得る組成物は、哺乳類マイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、その抽出物、及び／またはその構成成分を含む（例えば、それを補充されている）、摂取可能な品目（例えば、食品または飲料）であってもよいし、またはそれを含んでもよい。

一部の実施形態では、食品は、バー、キャンディ、焼き物、シリアル、塩味スナック、パスタ、チョコレート、及び他の固形食品、ならびにヨーグルト、スープ、及びシチューを含めた液状または半固形食品、ならびにスムージー、シェイク、ジュース、及び他の炭酸または非炭酸飲料等の飲料のうちの１個または複数であり得るか、またはそれを含み得る。一部の実施形態では、食品は、哺乳類マイクロバイオーム由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、その抽出物、及び／またはその構成成分を混ぜ入れることによって、対象によって調製される。

組成物は、本明細書に記載の方法における投与または使用に向けた説明書と一緒に、キット、容器、パック、またはディスペンサーに含まれ得る。

本開示を査読して、当業者であれば、一部の実施形態において、本明細書に記載されるような組成物（例えば、薬学的組成物）が、関連性のある化合物を産生する（例えば、それを産生した及び／または産生している）１つまたは複数の細胞、組織、または生物（例えば、植物もしくは微生物の細胞、組織、または生物）であってもよいし、またはそれを含んでもよいことを理解しよう。

当業者であれば、一部の実施形態において、組成物及び／または調製物を調製するため、及び／または調製するため（また特に薬学的組成物を調製するため）の技術が、例えば、品質管理の一部として、化合物、調製物、または組成物を評価または特性評価する１つまたは複数のステップを含んでもよいことを理解しよう。一部の実施形態では、アッセイされた材料が、関連性のある評価に関する既定の仕様を満たさない場合、それは破棄される。一部の実施形態では、かかるアッセイされた材料が、既定の仕様を実際満たす場合、それは本明細書に記載されるように処理され続ける。

一部の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、哺乳類マイクロバイオームの由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、特に、哺乳類疾患または疾病に罹っているかまたはそのリスクがある哺乳動物における哺乳類疾患または疾病の重症度または発生率を減少させると特定、特性評価、または評価された、微生物株（複数可）のコロニー形成を促進し得る。一部の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、哺乳類マイクロバイオームの由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、特に、哺乳類疾患または疾病に罹っているかまたはそのリスクがある哺乳動物における哺乳類疾患または疾病の重症度または発生率を増加させると特定、特性評価、または評価された、微生物株（複数可）のコロニー形成を減衰させ得る。一部の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、哺乳類マイクロバイオームの由来の個々の微生物株または微生物株の組み合わせ、特に、哺乳類疾患または疾病の重症度または発生率には影響を及ぼさないが、哺乳類疾患または疾病に罹っているかまたはそのリスクがある哺乳動物における哺乳類疾患または疾病の重症度または発生率を増加させると特定、特性評価、または評価された１種以上の微生物株を打ち負かすことができると特定、特性評価、または評価された、微生物株（複数可）のコロニー形成を促進し得る。

一部の実施形態では、組成物中の１種以上の微生物株の各々は、１０^１～１０^１５コロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む。一部の実施形態では、組成物中の１種以上の微生物株の各々は、１０^６～１０^１５ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、組成物中の１種以上の微生物株の各々は、同じ数のＣＦＵを含む。一部の実施形態では、組成物中の１種以上の微生物株の一部は、異なる数のＣＦＵを含む。

一部の実施形態では、組成物は、総計１０^６～１０^１５ＣＦＵを含む。

一部の実施形態では、薬学的組成物は、具体的な哺乳動物の（例えば、ヒトの）マイクロバイオームに基づいて、その具体的な哺乳動物（例えば、具体的なヒト、例えば、患者）に適合される。一部の実施形態では、薬学的組成物は、個々の哺乳動物（例えば、ヒト）のマイクロバイオームに特有である。一部の実施形態では、薬学的組成物は、哺乳動物（例えば、ヒト）の集団のマイクロバイオームに特有である。哺乳動物の集団には、家族、同じ地域の場所（例えば、近隣、都市、州、または国）における哺乳動物、同じ疾患または疾病を有する哺乳動物、特定の年齢または年齢範囲の哺乳動物、特定の食餌（例えば、食物、食物源、またはカロリー摂取）を消費する哺乳動物が含まれ得るが、これらに限定されない。

治療方法
本開示は、本明細書に記載の組成物が、対象の治療において有用であり得ることを認識している。本開示によって提供される方法は、ある特定の疾患、障害、及び疾病の治療のための方法を含む。一部の実施形態では、関連性のある疾患、障害、及び疾病は、神経変性疾患、障害、または疾病であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、神経変性疾患、障害、または疾病は、アルツハイマー病であり得る。一部の実施形態では、関連性のある疾患、障害、及び疾病は、眼内血管新生性疾患、障害、または疾病であってもよいし、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、神経変性疾患、障害、または疾病は、糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、加齢性黄斑変性症、または緑内障であり得る。

一般に、本開示によって提供される治療方法は、治療上有効量の本明細書に記載されるような組成物を単独で、または他の組成物及び／または治療と組み合わせて、かかる治療を必要とする、またはそれを必要とすると決定された対象に投与することを伴う。

一部の実施形態では、本明細書に提供される治療方法は、予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）または予防的（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）であり、例えば、顕著な症状を呈する前及び／または神経変性疾患、障害、もしくは疾病に関連する特定の予想される誘因に曝露される前に、対象に投与されてもよい。一部の実施形態では、本明細書に提供される治療方法は、治療的であり、例えば、神経変性疾患、障害、または疾病に関連する顕著な症状を発症した後に、対象に投与されてもよい。

一部の実施形態では、提供される治療方法は、哺乳動物、例えば、本明細書に記載されるような疾患、障害、または疾病を経験している哺乳動物である対象に投与される。一部の実施形態では、対象は、ヒト対象または非ヒト獣医学的対象、例えば、類人猿、ネコ、イヌ、サル、もしくはブタである。

多くの実施形態では、治療は、神経変性疾患、障害、または疾病に関連する疾患、障害、または疾病の少なくとも１つの症状を改善させることを伴う。一部の実施形態では、治療方法は、予防的であり得る。

一部の実施形態では、該方法は、神経変性疾患、障害、または疾病に関連すると予想される治療の適用前、その最中（例えば、それと同時に）、またはその後での、治療上有効量の本明細書に開示される組成物の投与を含み得る。

一部の実施形態では、本明細書に記載されるような治療を受ける対象は、例えば、本明細書に記載されるような疾患、障害、または疾病（例えば、神経変性疾患、障害、または疾病）の１つまたは複数の症状または特徴を治療することが意図され得る、他の治療（例えば、薬物治療／療法、外科手術等）を受けている場合があり、及び／またはそれを受けたことがある場合があり、これにより、提供される組成物は、関連性のある疾患、障害、または疾病を治療するためにかかる他の療法（すなわち治療）と組み合わせて投与される。

一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、１つまたは複数の薬学的に許容される担体を含有する形態で投与され得る。好適な担体は、以前に記載されており、所望の形態及び組成物の投与様式によりさまざまである。例えば、薬学的に許容される担体には、充填剤、結合剤、湿潤剤、崩壊剤、界面活性剤、流動促進剤、及び滑沢剤等の希釈剤または賦形剤が含まれ得る。典型的には、担体は、固体（粉末を含む）、液体、またはそれらの任意の組み合わせであってもよい。各担体は、好ましくは、組成物中の他の成分と適合性であると共に、対象にとって有害でないという意味で「許容される」。担体は、生物学的に許容されると共に、不活性であり得る（例えば、それは組成物が、適切な部位に送達されるまで生体材料の生存率を維持することを可能にする）。

錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ等は、以下の成分、または類似の性質の化合物のうちのいずれかを含有し得る：微晶質セルロース、トラガカントガム、もしくはゼラチン等の結合剤；デンプンもしくはラクトース等の賦形剤、アルギン酸、プリモゲル、もしくはトウモロコシデンプン等の崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムもしくはステロテ等の滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素等の流動促進剤；スクロースもしくはサッカリン等の甘味剤；またはペパーミント、サリチル酸メチル、オレンジ風味、または他の好適な風味等の香味剤。これらは、例を目的とするにすぎず、限定することは意図されない。

経口組成物は、不活性希釈剤または食用担体を含み得る。経口での治療的投与の目的において、活性化合物は、賦形剤と共に組み込まれ、錠剤、ロゼンジ、薬用ドロップ、トローチ、またはカプセル剤、例えば、ゼラチンカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、本開示の組成物を食品と組み合わせることによっても調製され得る。一部の実施形態では、微生物は、食料品中に製剤化され得る。本明細書に記載の方法及び組成物と共に使用される食料品のいくつかの非限定的な例としては、アイスキャンディ、チーズ、クリーム、チョコレート、乳、肉、飲料、香の物、ケフィア、味噌、ザワークラウト等が挙げられる。他の実施形態では、食料品は、ジュース、清涼飲料水、茶系飲料、ドリンク剤（ｄｒｉｎｋ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）、ゼリー飲料、及び機能性飲料；ビール等のアルコール飲料；米加工食品、麺類、パン、及びパスタ等の炭水化物含有食品；魚、ハム、ソーセージ、水産練り製品等の練り製品；カレー、濃厚なあんかけソースをかけた食品、及び中華スープ等のレトルトパウチ製品；スープ；乳、乳飲料、アイスクリーム、及びヨーグルト等の乳製品；味噌、発酵飲料、及び漬物等の発酵製品；豆製品；ビスケット、クッキー等、キャンディ、チューインガム、グミを含む種々の菓子製品、ゼリー、カスタードプリン、及び冷凍デザートを含む冷たいデザート；即席スープ及び即席味噌汁等の即席食品；ならびにその同等物であり得る。食品調製物は、あらゆる微生物の死滅を回避するために微生物株（複数可）と混和した後に調理を必要としないことが好ましい。一実施形態では、投与に使用される食品は、冷やした、例えば、氷冷フレーバー水である。ある特定の実施形態では、食料品は、潜在的にアレルゲン性の食料品でない（例えば、ダイズ、コムギ、ピーナッツ、ツリーナッツ、乳製品、卵、貝、または魚でない）。薬学的に適合性の結合剤、及び／またはアジュバント材料が、組成物の一部として含まれ得る。

一部のかかる実施形態では、本明細書に記載の組成物は、投与された細胞との対象のマイクロバイオームの集団を達成する投薬レジメンに従って、対象に投与される。一部の実施形態では、組成物は、単回用量で対象に投与される。一部の実施形態では、組成物は、複数の用量で対象に投与される。一部の実施形態では、組成物の用量は、対象に１日２回、毎日、毎週、または毎月投与される。

一部の実施形態では、１用量中の１種以上の微生物株の各々は、１０^１～１０^１５コロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む。一部の実施形態では、１用量中の１種以上の微生物株の各々は、１０^６～１０^１５ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１用量中の１種以上の微生物株の各々は、同じ数のＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１用量中の１種以上の微生物株の一部は、異なる数のＣＦＵを含む。

一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、総計１０^６～１０^１５ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、総計１０^７～１０^１５ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、５０～２０００億ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、５０～５００億ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、５０～２００億ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、５００～１０００億ＣＦＵを含む。一部の実施形態では、１種以上の微生物株の１用量は、１０００～２０００億ＣＦＵを含む。

以下の実施例は、本明細書に記載の方法及び組成物をどのように作製し、使用するかについて当業者に対して説明するように提供されており、本開示の範囲を限定することは意図されない。

実施例１：マウス血漿のメタボロームプロファイル
検討の目的：キャピラリー電気泳動飛行時間型質量分析法（ＣＥ－ＴＯＦＭＳ）によるマウス血漿中のイオン性代謝産物の分析

概要：カチオン性及びアニオン性代謝産物の２つのモードでＣＥ－ＴＯＦＭＳを使用して、１０個のマウス血漿の試料においてメタボローム分析を実施した。１９６種の代謝産物（陽イオンモードで１１９種の代謝産物、陰イオンモードで７７種の代謝産物）が検出された。

材料及び方法：
材料：マウスを対照または治療薬（ＣＴ１０組成物）で処置し、次いでこれらのマウスの血液／血漿試料の代謝産物レベルの変化を分析した。（動物の体重に応じて）３０～５０マイクロリットルのリン酸緩衝生理学的食塩水（ＰＢＳ）を対照として使用した。ＣＴ１０については、１０^６ ＣＦＵのそれぞれの個々の細菌株をＰＢＳ中で混合し、１日１回経口胃管栄養法でマウスに投与した。総細菌濃度は１０^７ ＣＦＵであった。上記試料に対してメタボローム分析を行った。上記試料を以下の表６に示す。

試料調製：それぞれ５０μＬの試料を、内部標準（２０μＭ）を含む２００μＬのメタノールと混合し、混合した。次いで、Ｍｉｌｌｉ－Ｑ水（１５０μＬ）を加えてよく混合した。この溶液（３００μＬ）を５ｋＤａカットオフのフィルター（ＵＬＴＲＡＦＲＥＥ－ＭＣ－ＰＬＨＣＣ、Ｈｕｍａｎ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｙａｍａｇａｔａ，Ｊａｐａｎ）を通してろ過して高分子を除去した。ろ液を遠心濃縮し、測定の直前に５０μＬの超純水中に再懸濁した。

測定：化合物を、カチオン及びアニオンモードのＣＥ－ＴＯＦＭＳに基くメタボローム分析にて、以下の条件で測定した。ＣＥ－ＭＳ分析の分析品質を向上させるために、測定時に試料を表６に示すように希釈した。
カチオン性代謝産物（カチオンモード）
装置
Ａｇｉｌｅｎｔ ＣＥ－ＴＯＦＭＳシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）機器番号３
キャピラリー：フューズドシリカキャピラリー 内径５０μｍ×８０ｃｍ
分析条件
分析用緩衝液：カチオン緩衝溶液（ｐ／ｎ：Ｈ３３０１－１００１）
洗浄用緩衝液：カチオン緩衝溶液（ｐ／ｎ：Ｈ３３０１－１００１）
試料注入：加圧注入 ５０ｍｂａｒ、１０秒
ＣＥ電圧：正、３０ｋＶ
ＭＳイオン化：ＥＳＩポジティブ
ＭＳキャピラリー電圧：４，０００Ｖ
ＭＳ走査範囲：ｍ／ｚ ５０～１，０００
シース液：ＨＭＴシース液（ｐ／ｎ：Ｈ３３０１－１０２０）
アニオン性代謝産物（アニオンモード）
装置
Ａｇｉｌｅｎｔ ＣＥ－ＴＯＦＭＳシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓＩｎｃ．）機器番号２
キャピラリー：フューズドシリカキャピラリー 内径５０μｍ×８０ｃｍ
分析条件
分析用緩衝液：アニオン緩衝溶液（ｐ／ｎ：Ｉ３３０２－１０２３）
洗浄用緩衝液：アニオン緩衝溶液（ｐ／ｎ：Ｉ３３０２－１０２３）
試料注入：加圧注入 ５０ｍｂａｒ、２２秒
ＣＥ電圧：正、３０ｋＶ
ＭＳイオン化：ＥＳＩネガティブ
ＭＳキャピラリー電圧：３，５００Ｖ
ＭＳ走査範囲：ｍ／ｚ ５０～１，０００
シース液：ＨＭＴシース液（ｐ／ｎ：Ｈ３３０１－１０２０）

データ処理及び解析：
データ処理：ＣＥ－ＴＯＦＭＳ分析において検出されたピークを、ｍ／ｚ、移動時間（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｔｉｍｅ）（ＭＴ）、及びピーク面積を含むピーク情報を取得するために、自動積分ソフトウェア（Ｋｅｉｏ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙによって開発されたＭａｓｔｅｒＨａｎｄｓ ｖｅｒ．２．１７．１．１１）を使用して抽出した。次いで、ピーク面積を次の式によって相対ピーク面積に変換した。ピーク検出限界は、シグナル－雑音比；Ｓ／Ｎ＝３に基づいて決定した。

ピークのアノテーション：次に、ｍ／ｚ及びＭＴに基づき、ＨＭＴの標準ライブラリ及び既知／未知のピークライブラリから、推定される代謝産物の帰属を行った。公差はＭＴで±０．５分、ｍ／ｚで±１０ｐｐｍであった（質量誤差は以下の式を使用して計算した）。いくつかのピークが同一の候補に帰属された場合には、当該候補に枝番を付した。

標的代謝産物の定量的推定：標的代謝産物の絶対的定量を実施した。各代謝産物のピーク面積を内部標準の面積に対して正規化すること、及び一点（１００μＭまたは５０μＭ）キャリブレーションによって得られた検量線を使用することにより、すべての代謝産物濃度を算出した。

統計的解析（ＰＣＡ、ＨＣＡ）：統計的解析ソフトウェア（ＨＭＴで開発）により階層的クラスター分析（ＨＣＡ）及び主成分分析（ＰＣＡ）を実施した。解析結果を添付のＥｘｃｅｌファイルに詳細に示した。

パスウェイマップ上へのプロット：ＶＡＮＴＥＤ（Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｎｅｔｗｏｒｋｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｄａｔａ）４ソフトウェアを使用して、推定される代謝産物を含むピークのプロファイルを代謝パスウェイマップ上に示した。上記パスウェイマップで使用されている一部の代謝産物の略語は、ＨＭＴの標準ライブラリ（添付書類１）におけるの略語とは異なる。上記パスウェイマップは、ヒト細胞中に存在することが公知である代謝経路に基づいて作成した。

結果：
推定される代謝産物：ＣＥ－ＴＯＦＭＳ測定から１９６のピーク（カチオンモードで１１９、アニオンモードで７７）が検出され、アノテーションを行った（表７）。

試験群間の比較分析：１９６の検出されたピークについて、結果を表７にまとめる。

標的代謝産物の定量的推定：標的代謝産物のうち、６４種の代謝産物（カチオンモードで４０種、アニオンモードで２４種）が検出され、定量した（表８）。

統計的解析（ＰＣＡ、ＨＣＡ）：ＰＣＡの結果を図５に示した。ＨＣＡの結果をヒートマップを使用して表示した（図６）。

パスウェイマップ上へのプロット：得られたメタボロームデータのグラフを作成し、以下の代謝パスウェイマップ、すなわち、一次代謝の概要、中心炭素代謝、尿素回路、脂質代謝、アミノ酸代謝、ヌクレオチド代謝、及び補酵素の代謝のそれぞれの上に重ね合わせた（図７～１４）。

これらの結果は、本明細書に開示されるマイクロバイオーム組成物が哺乳動物（例えばマウス）のメタボロームを調節し、且つ治療的側面を有する場合があることを示している。

実施例２：１つ以上の代謝産物のレベルまたはメタボロームに影響を与える微生物株の特性評価
実施例２．１：１種以上の組成物で治療したマウスのメタボローム分析
雄及び雌マウスに、（ｉ）群Ｉ：ＣＴ１０組成物、（ｉｉ）群ＩＩ：Ｅ．ｃｏｌｉ Ｏｌ１１：Ｂ４由来のリポ多糖（ＬＰＳ）、（ｉｉｉ）群ＩＩＩ：陰性対照としての擬似薬、及び（ｉｖ）群ＩＶ：ＬＰＳ組成及びそれに続くＣＴ１０組成のいずれかを投与した。各群には５頭のマウスが含まれていた。群Ｉ及び群ＩＶについては、ＣＴ１０組成物中の１０^６ ＣＦＵのそれぞれの個々の細菌株をＰＢＳ中で混合し、１日１回経口胃管栄養法でマウスに投与した。したがって、総細菌濃度は１０^７ ＣＦＵであった。群ＩＩ及び群ＩＶについては、ＰＢＳ中の１マイクログラム／ｍＬのＬＰＳを腹腔内注射によって投与した。群ＩＩＩについては、擬似薬溶液は３０ｍＬのＰＢＳであり、腹腔内注射した。注射の２４時間後に、マウスを屠殺し、血漿試料を採取した。

マウス血漿試料に対し、ＣＥ－ＴＯＦＭＳ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）を、カチオン性及びアニオン性代謝産物に関して２つのモードで使用して、メタボローム分析を実施した。対照／擬似薬群におけるそれぞれの代謝産物のレベルと比較して、ＣＴ１０組成物で治療した雌マウスにおいては１０４種の代謝産物のレベルが上昇した一方、雄マウスおいては８８種の代謝産物が増加した（図１及び図２、表１及び表２を参照のこと）。これらの代謝産物のうち、１９種が性別に関係なく増加した。

ＣＴ１０カクテル由来の１０種の微生物種のそれぞれのメタボローム分析も実施した。詳細には、微生物種のそれぞれについて、両方の細胞及び両方の細胞に対応する使用済み培地に対してメタボローム分析を実施した。このデータを使用して、マウス血漿中で増加したそれぞれの代謝産物の潜在的な起源をマッピングした（図１及び図２、表１及び表２を参照のこと）。ＣＴ１０組成物の他の細菌種と比較して、ＣＴ１０組成物で治療した雌マウスの血漿中で増加した１０４種の代謝産物のうち、９３種の代謝産物が、少なくとも１種の細菌において高レベルで検出された。さらに、１１種の代謝産物がいずれの微生物においても検出されなかった（表１を参照のこと）。これらの代謝産物は、ＣＴ１０組成物での治療に応答して、インビボで生成した可能性が高いという仮説が立てられる。同様に、ＣＴ１０組成物の他の細菌種と比較して、ＣＴ１０組成物で治療した雄マウスの血漿中で増加した８８種の代謝産物のうち、７４種の代謝産物が、少なくとも１つの細菌において高レベルで検出された。ＣＴ１０組成物で治療した雄及び雌の両方において、７５種の代謝産物が高レベルで検出される。

さらに、擬似薬またはＬＰＳ組成物のいずれかを投与した雄及び雌マウスの血漿試料に対するメタボローム分析を実施した。ＬＰＳによる治療に応答して、雌では３７種の代謝産物及び雄では９７種の代謝産物のレベルが上昇した（図３及び図４、表３及び表４を参照のこと）。これらの代謝産物のうち、１７種の上記代謝産物が、性別に関係なくＬＰＳの注射に応答して増加した。雌マウスにおいては、ＬＰＳの注射に応答してそのレベルが上昇した３７種の代謝産物のうち、ＬＰＳ組成物及びＣＴ１０組成物を投与された群ＩＶでは、３４種の代謝産物のレベルが低下した（表３）。雄マウスにおいては、ＬＰＳの注射に応答してそのレベルが上昇した９７種の代謝産物のうち、ＬＰＳ組成物及びＣＴ１０組成物を投与された群ＩＶでは、８９種の代謝産物レベルが低下した（表４）。

これらの結果は、マイクロバイオーム組成物及び／またはＬＰＳ組成物が、異なる形態ではあるが、雄と雌の両方の哺乳動物（例えばマウス）のメタボロームを調節することを示している。

他の実施形態
当業者であれば本開示に対する種々の変更形態、修正形態、及び改善形態に容易に想到することが、当業者には理解されよう。かかる変更形態、修正形態、及び改善形態は、本開示の一部であることが意図されると共に、本発明の趣旨及び範囲内にあることが意図される。したがって、上述の説明及び図面は単なる例にすぎず、本開示に記載されるいずれの発明も、添付の特許請求の範囲によってさらに詳述される。

当業者であれば、本明細書に記載されるようなアッセイまたは他のプロセスにおいて得られた値に起因する典型的な標準偏差または誤差を理解しよう。本発明の背景を説明するため、及びその実施に関する追加の詳細を提供するために本明細書で参照される刊行物、ウェブサイト、及び他の参考資料は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
本発明の実施形態は、発明を実施するための形態と併せて説明されているが、上記の説明は例示説明を意図しており、本発明の範囲を限定することは意図されず、本発明の範囲は添付の特許請求によって定義されることを理解されたい。他の態様、利点、及び修正形態が、添付の特許請求の範囲内にある。

添付書類３ 検出された代謝産物
情報
表７ 「推定される代謝産物」
・ピーク識別子は分析モード及び番号を含む。アルファベットは測定モード、すなわち、カチオン（Ｃ）モード及びアニオン（Ａ）モードを示す。
・「化合物名」に列挙される推定される代謝産物は、ｍ／ｚ及びＭＴに基づいて帰属された。「ＰｕｂＣｈｅｍ識別子／ＨＭＤＢ 識別子／ペプチド」に列挙されるものは、ｍ／ｚのみに基づいて帰属した。
・「Ｎ．Ｄ．」及び「Ｎ．Ａ．」は、それぞれ「検出されず」及び「該当なし」を表す。
・「比率」は２つの示した群の間で計算した（左側：分子、右側：分母）・
「ｐ値」はｔ検定に基づいて計算した。
・それぞれの結果に関する情報を表の脚注に示した。

Claims (47)

1. 対象由来の試料中の１種以上の代謝産物のレベルを測定することを含む方法であって、
   前記対象が、
   （ｉ）１種以上の微生物株を含む組成物、
   （ｉｉ）１種以上のリポ多糖を含む組成物、または
   （ｉｉｉ）それらの組み合わせ
   を摂取している、前記方法。
2. 前記対象が哺乳動物である、請求項１に記載の方法。
3. 前記対象がヒトである、請求項１または２に記載の方法。
4. 前記１種以上の微生物株が哺乳動物マイクロバイオームに由来する、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
5. 前記１種以上の微生物株がヒトマイクロバイオームに由来する、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
6. 前記１種以上の微生物株が前記対象のマイクロバイオームに由来する、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
7. 前記１種以上の微生物株が表５から選択される、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記１種以上の微生物株が、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、またはそれらの組み合わせである、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
9. 前記組成物が２種以上の微生物株を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
10. 前記組成物が５種以上の微生物株を含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
11. 前記組成物が１０種以上の微生物株を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
12. 前記組成物が、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．を含む、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。
13. 前記１種以上のリポ多糖がＥ．ｃｏｌｉ由来である、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
14. 前記１種以上のリポ多糖がＥ．ｃｏｌｉ ０１１１．Ｂ４由来である、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
15. 前記１種以上の代謝産物が、表１、表２、表３、表４、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。
16. 前記１種以上の代謝産物の少なくとも１種が、疾患、障害、または疾病に関連する、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
17. 前記対象が、前記疾患、障害、もしくは疾病に罹患しているか、または罹患するリスクがある、請求項１６に記載の方法。
18. 前記試料が細胞もしくは組織であるか、またはそれを含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記試料が体液であるか、または体液を含む、請求項１～１８のいずれか１項に記載の方法。
20. 前記試料が、羊水、房水、腹水、胆汁、骨髄、血液、母乳、脳脊髄液、耳垢、乳び、キームス、射精液、内リンパ液、滲出液、糞便、胃酸、胃液、リンパ、粘液、心膜液、外リンパ液、腹水、胸膜液、膿、粘膜分泌物、唾液、皮脂、精液、血清、恥垢、痰、滑液、汗、涙、尿、膣分泌物、硝子体液、嘔吐物、間質液、リンパ液、血漿、粘液、消化液、便、及び／またはそれらの組み合わせもしくは成分（複数可）であるか、あるいはそれらを含む、請求項１～１９のいずれか１項に記載の方法。
21. 前記対象由来の試料中の１種以上の代謝産物のレベルを測定することが、前記対象由来の前記試料中の１種以上の代謝産物のレベルを定量することを含む、請求項１～２０のいずれか１項に記載の方法。
22. 前記対象に１種以上の微生物株を含む前記組成物を投与することをさらに含む、請求項１～２１のいずれか１項に記載の方法。
23. 前記対象由来の前記試料中の１種以上の代謝産物のレベルを基準値と比較することをさらに含む、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。
24. 前記基準値が対照基準値である、請求項２３に記載の方法。
25. 前記基準値が、前記対象が前記１種以上の微生物株、１種以上のリポ多糖、または両方を摂取する前に前記対象から得られた、前記対象由来の対照試料中の１種以上の代謝産物のレベルである、請求項２３に記載の方法。
26. 対象における１種以上の代謝産物の調節方法である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
27. １種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力の特性評価方法である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
28. 対象のメタボロームの特性評価方法である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
29. 対象における疾患、障害、もしくは疾病の治療または改善方法であって、前記疾患、障害、もしくは疾病が１種以上の代謝産物に関連する、前記治療または改善方法である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
30. 表５に列挙される１種以上の微生物株を含む組成物。
31. 表５に列挙される２種以上の微生物株を含む、請求項３０に記載の組成物。
32. 表５に列挙される５種以上の微生物株を含む、請求項３０または３１に記載の組成物。
33. 表５に列挙される１０種以上の微生物株を含む、請求項３０～３２のいずれか１項に記載の組成物。
34. Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、またはそれらの組み合わせを含む組成物。
35. Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．からなる群から選択される少なくとも２種の微生物株を含む、請求項３４に記載の組成物。
36. Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．からなる群から選択される少なくとも５種の微生物株を含む、請求項３４または３５に記載の組成物。
37. Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．を含む、請求項３４～３６のいずれか１項に記載の組成物。
38. 前記組成物が医薬組成物である、請求項３０～３７のいずれか１項に記載の組成物。
39. 前記組成物が摂取可能な品目である、請求項３０～３８のいずれか１項に記載の組成物。
40. 対象における１種以上の代謝産物を調節するのに使用するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物。
41. １種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力を特性評価するのに使用するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物。
42. 対象のメタボロームを特性評価するのに使用するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物。
43. 対象における、１種以上の代謝産物に関連する疾患、障害、もしくは疾病を治療または改善するのに使用するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物。
44. 対象における１種以上の代謝産物を調節するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物の使用。
45. １種以上の微生物株の、対象における１種以上の代謝産物を調節する能力を特性評価するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物の使用。
46. 対象のメタボロームを特性評価するための、請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物の使用。
47. 対象における疾患、障害、もしくは疾病を治療または改善するための請求項３０～３９のいずれか１項に記載の組成物の使用であって、前記疾患、障害、もしくは疾病が１種以上の代謝産物に関連する、前記使用。

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