KR20230066416A - 마이크로바이옴 조성물의 방법 및 용도 - Google Patents

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조티 아마라나트 고빈단
엘람파리티 자야마니
프리티 에이치. 채터
무케쉬 채터
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마블바이옴 인코포레이티드
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Abstract

조성물(예: 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는)의 방법 및 용도가 제공된다.

Description

마이크로바이옴 조성물의 방법 및 용도
관련 출원에 대한 상호참조
본 출원은 미국 가특허출원 제63/077,544호(2020년 9월 11일 출원)에 대한 우선권을 주장하며, 그 전체 내용은 참조에 의해 본 명세서에 포함된다.
일반적으로 대사체는 유기체, 세포 또는 조직 내에 존재하는 대사산물로 이해된다. 유기체, 세포 또는 조직 내에 존재하는 하나 이상 대사산물의 수준은 특정 질병, 장애 또는 병태와 관련될 수 있다.
본 개시는 본원에 기재된 바와 같은 조성물이 대상체(subject)(예: 포유동물(예: 인간, 마우스 등))의 대사체(metabolome)를 조절하는 데 사용될 수 있다는 통찰을 제공한다. 본 개시는 특히 조성물을 대상체에게 투여하는 효과를 평가하고 그러한 조성물의 투여 시 대상체의 대사산물 또는 대사체 수준의 효과 및/또는 조절을 확인하거나 특성화하는 데 사용될 수 있는 기술을 설명한다. 일부 실시예에서, 조절될 수 있는 대사산물은 특정 질병, 장애 또는 병태와 관련될 수 있다. 일부 실시예에서, 이러한 기술은 특정 대상체(예: 환자) 또는 환자 집단에서 균주 대사산물 수준 차이를 식별하는 데 유용할 수 있다(예: 개시된 조성물의 투여 전후). 그에 따라 본 개시는 또한 특정 대상체(예: 환자) 및/또는 집단에서 개시된 조성물의 특성 및 효과를 확인 및/또는 평가하는 데 유용할 수 있는 기술을 제공하고, 따라서 개별 대상체의 대사체(예: 하나 이상의 대사산물 수준)가 건강 상태에 어떻게 차등적으로 영향을 미치는지에 대한 대상체별 정보를 제공한다. 예를 들어, 일부 실시예에서, 본원이 제공하는 기술은 대상체별 샘플에 기초하여 대상체에게 감수성이 있을 가능성이 큰 질병, 장애 또는 병태를 확인하고 개시된 조성물을 투여함으로써 이러한 질병, 장애 또는 병태를 치료 및/또는 예방하는 데 유용할 수 있다(예: 피험자의 대사체를 조절하여). 따라서, 본 명세서에 기재된 기술은 특정 질병, 장애 또는 병태를 스크리닝하고 이러한 질병, 장애 또는 병태를 치료 및/또는 예방하기 위한 진단 도구로서 유용할 수 있다.
본 개시는 특히 대상체의 샘플에서 하나 이상의 대사산물의 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 실시예에서, 대상체는 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물을 받았다. 일부 실시예에서, 대상체는 하나 이상의 리포폴리사카라이드(lipopolysaccharide)를 포함하는 조성물을 받았다. 일부 실시예에서, 대상체는 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 받았다. 일부 실시예에서, 대상체는 하나 이상의 미생물 균주 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 받았다.
일부 실시예에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 실시예에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시예에서, 대상체는 질병, 장애 또는 병태를 앓고 있거나 앓을 위험이 있다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 포유동물 마이크로바이옴(microbiome)으로부터 유래한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 인간 마이크로바이옴으로부터 유래한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 대상체의 마이크로바이옴으로부터 유래한다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 표 5로부터 선택된다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 또는 이들의 조합이다. 일부 실시예에서, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시예에서, 조성물은 2종 이상의 미생물 균주를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물은 5종 이상의 미생물 균주를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물은 10종 이상의 미생물 균주를 포함한다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 리포폴리사카라이드는 대장균(Escherichia coli), 살모넬라 속(Salmonella sp.), 시겔라 속(Shigella sp.), 슈도모나스 속(Pseudomonas sp.), 모락셀라 속(Moraxella sp.), 헬리코박터 속(Helicobacter sp.), 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas sp.), 비델로비브리오 속(Bdellovibrio sp.), 레지오넬라 속(Legionella sp.), 아세트산 박테리아(acetic acid bacteria), 시아노박테리아 (cyanobacteria), 스피로헤타(spirochaetes), 녹색 유황, 녹색 비황 박테리아 또는 이들의 조합으로부터 유래한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 리포폴리사카라이드는 대장균으로부터 유래한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 리포폴리사카라이드는 대장균 0111.B4로부터 유래한다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물은 표 1, 표 2, 표 3, 표 4 또는 이들의 조합으로부터의 하나 이상 대사산물을 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물은 표 1, 표 2, 표 3, 표 4 또는 이들의 조합으로부터 선택된다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물 중 적어도 하나는 질병, 장애 또는 병태와 관련된다.
일부 실시예에서, 샘플은 세포 또는 조직이거나 이를 포함한다. 일부 실시 예에서 샘플은 체액이거나 체액을 포함한다. 일부 실시예에서, 샘플은 양수, 방수, 복수, 담즙, 골수, 혈액, 모유, 뇌척수액, 귀지, 유미액, 차임, 사정액, 내림프, 삼출물, 대변, 위산, 위액, 림프액, 점액, 심낭액, 외림프액, 복막액, 흉막액, 고름, 류, 타액, 피지, 정액, 혈청, 스메그마(smegma), 가래, 활액, 땀, 눈물, 소변, 질 분비물, 유리액, 토사물, 간질액, 림프액, 혈장, 점액, 소화액, 대변 및/또는 이들의 조합 또는 성분(들)이거나 이를 포함한다.
일부 실시예에서, 대상으로부터의 샘플 내 하나 이상의 대사산물의 수준을 결정하는 것은 대상으로부터의 샘플 내 하나 이상의 대사산물의 수준을 정량화하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 수준은 하나 이상 대사산물의 존재 또는 부재이다. 일부 실시예에서, 수준은 하나 이상 대사산물의 농도이다.
일부 실시예에서, 방법은 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 방법은 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 더 포함한다. 일부 실시예에서, 방법은 하나 이상의 미생물 균주 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 더 포함한다.
일부 실시예에서, 방법은 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 동시에 투여한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 순차적으로 투여한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물 및 하나 이상의 리포폴리사카라이드를 포함하는 조성물을 상이한 투여 경로를 통해 투여한다.
일부 실시예에서, 방법은 대상체의 샘플 내 하나 이상 대사산물의 수준을 기준 값과 비교하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 기준 값은 대조군 기준 값이다. 일부 실시예에서, 대조군 기준 값은 이전에 결정된 값 또는 문헌에서의 값과 같은 역사적 값이다. 일부 실시예에서, 기준 값은 대상체의 대조군 샘플에서 하나 이상 대사산물의 수준이며, 대조군 샘플은 대상체가 하나 이상의 미생물 균주, 하나 이상의 리포폴리사카라이드, 또는 둘 다이다.
일부 실시예에서, 방법은 대조군 기준 값과 비교하여 샘플에서 하나 이상 대사산물의 결정된 수준 사이의 비율 차이를 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시예에서, 방법은 하나 이상의 미생물 균주가 대상체에서 하나 이상 대사산물의 수준을 조절하는지를 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 방법은 투여된 하나 이상의 미생물 균주가 대상체에서 하나 이상 대사산물의 수준을 조절한다고 결정된 경우, 하나 이상의 미생물 균주의 적어도 서브세트를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물은 대상체가 앓고 있거나 발병 위험이 있는 질병, 장애 또는 병태와 관련된다.
일부 실시예에서, 방법은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 방법이다.
일부 실시예에서, 방법은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상의 미생물 균주의 능력을 특성화하는 방법이다.
일부 실시예에서, 방법은 대상체의 대사체를 특성화하는 방법이다.
일부 실시예에서, 방법은 대상체에서 질병, 장애 또는 병태를 치료 또는 개선하는 방법이며, 여기서 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된다.
본 발명은 특히 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 표 5에 열거된 미생물 균주 중 하나 이상이다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 표 5에 열거된 미생물 균주 중 둘 이상이다. 일부 실시예에서, 하나 또는 더 많은 미생물 균주는 표 5에 열거된 미생물 균주 중 다섯 이상이다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 표 5에 열거된 미생물 균주 중 열 이상이다.
본 발명은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 또는 이들의 조합을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시예에서, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 둘 이상의 미생물 균주를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 다섯 이상의 미생물 균주를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시예에서, 조성물은 약학 조성물이다. 일부 실시예에서, 조성물은 약학적으로 허용되는 담체(carrier)를 포함한다.
일부 실예에서, 조성물은 섭취 가능한 품목이다.
본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 조성물이 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 데 사용하기 위한 것임을 제공한다.
본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 조성물이 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상 미생물 균주의 능력을 특성화하는 데 사용하기 위한 것임을 제공한다.
본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 조성물이 대상체의 대사체를 특성화하는 데 사용하기 위한 것임을 제공한다.
본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 조성물이 대상체의 질병, 장애 또는 병태를 치료 또는 개선하는 데 사용하기 위한 것이며, 여기서 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된 것임을 제공한다.
본 발명은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하기 위한 본원에 기재된 바와 같은 조성물의 용도를 제공한다.
본 발명은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상 미생물 균주의 능력을 특성화하기 위한 본원에 기재된 바와 같은 조성물의 용도를 제공한다.
본 발명은 대상체의 대사체를 특성화하기 위한 본원에 기재된 바와 같은 조성물의 용도를 제공한다.
본 발명은 대상체에서 질병, 장애 또는 병태를 치료하거나 개선하기 위한 본원에 기재된 바와 같은 조성물의 용도를 제공하며, 여기서 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된다.
본 발명에 포함되는 이러한 양태 및 다른 양태는 하기 및 청구범위에 더욱 상세히 기재되어 있다.
정의
본 발명의 범위는 하기의 청구범위에 의해 정의되며 본원에 기재된 특정한 실시예에 한정되지 않는다. 당업자는 본원에서 제시한 실시예와 동등하거나 청구범위에 속하는 수정 또는 개량에 착안할 수 있을 것이다. 본원에서 쓰인 용어는 별도로 명시하지 않는 한 당 업계에서 이해하는 의미를 따른다. 특정 용어는 하기에 명시적으로 정의하였다. 본 명세서 전반에 걸쳐 당업자는 용어의 의미를 명확하게 이해할 수 있을 것이다.
청구항에서 청구요소를 명시할 때 사용하는 "첫 번째", "두 번째", "세 번째" 등의 서수는 어느 청구요소가 또 다른 청구요소에 대하여 우선순위가 높거나 실행하는 순서가 앞선다는 것을 의미하지 않는다. 이는 특정 이름을 가진 하나의 청구항 요소를 동일한 이름을 가진 다른 요소와 구별하기 위한 라벨에 지나지 않는다.
관사 "한" 및 "하나"는 별도로 명시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함하는 것으로 이해해야 한다. 그룹의 하나 이상의 구성원 사이에 "또는(or)"을 포함하는 청구항 또는 설명은, 별도로 명시하지 않는 한, 그룹 구성원 중 하나, 하나 이상 또는 모두가 해당 제품 또는 프로세스에 존재하거나, 이용되거나, 또는 이들과 관련이 있는 것으로 간주해야 한다. 일부 실시예에서는 그룹의 구성원 하나가 해당 제품 또는 프로세스에 존재하거나, 이용되거나, 또는 그와 관련이 있다. 일부 실시예에서는 그룹 구성원의 하나 이상이 해당 제품 또는 프로세스에 존재하거나, 이용되거나, 또는 그와 관련이 있다. 해당 발명은, 청구항 중 하나 이상에서의 제한사항, 요소, 조항, 설명 등 하나 이상을 동일한 기본청구항에 속하는 청구항에 도입한 수정, 조합 및 순열을 모두 포함하되, 별도로 명시하거나 모순 또는 불일치가 발생할 가능성이 크다는 것이 당업자에게 명백한 경우는 예외로 한다. 요소를 목록(예:Markush 그룹 또는 유사한 형식)으로 표시하는 경우, 요소의 각 하위 그룹 또한 공개하는 것으로 간주해야 하며, 임의의 요소는 그룹에서 제외할 수 있음을 이해해야 한다. 일반적으로 실시예 또는 양태가 특정 요소, 특징 등을 "포함하는(comprise)" 것으로 규정되는 경우 특정 실시예 또는 양태는 해당 요소, 특징 등으로 "구성(consist)"되거나 "본질적으로 구성(consist essentially)"되는 것이다. 복잡해지는 것을 피하기 위해 본원에서는 실시예의 설명을 단순화했다. 본원에서의 인용 여부에 상관없이, 임의의 실시예 또는 양태는 청구범위에서 명시적으로 배제될 수 있다.
투여: 본원의 "투여(administration)"는 일반적으로 대상 또는 시스템에 제제를 전달하기 위해 해당 대상 또는 시스템에 조성물을 투여하는 것을 의미한다. 일부 실시예에서, 제제는 조성물이거나 이에 포함된다. 일부 실시예에서, 제제는 조성물 또는 조성물의 성분 하나 이상의 대사를 통해 생성된다. 당업자는 적절한 상황에서 대상체, 예를 들어 인간에게 투여하기 위해 활용할 수 있는 각종 경로를 인지할 것이다. 예를 들어, 일부 실시예에서 안구, 경구, 비경구, 국소 투여 등을 적용해도 좋다. 일부 실시예에서, 기관지(예: 기관지 점적), 협측, 진피(예: 진피, 피내, 피내, 경피 등에 국소 투여), 장, 동맥내, 피내, 위내, 골수내, 근육내, 비강내, 복강내, 척추강내, 정맥내, 뇌실내, 특정 기관 내(예: 간내), 점막, 비강, 경구, 직장, 피하, 설하, 국소, 기관(예: 기관내 점적), 질, 유리체 투여를 적용해도 좋다. 일부 실시예에서, 단일 용량의 투여만이 가능해도 좋다. 일부 실시예에서, 일정한 횟수의 용량을 투여해도 좋다. 일부 실시예에서, 투여는 간헐적(예: 시간상 분리된 복수의 용량) 및/또는 주기적(예: 공통의 기간으로 분리되어 있는 개별 용량) 투약을 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 투여는 적어도 선택된 시간 동안의 연속 투여(예: 관류)와 관련이 되어도 좋다. 세포의 투여는 전달한 세포 또는 세포의 구성요소의 적어도 일부가 생존 가능한 상태로 유지되는 대상체의 희망 위치로 세포를 전달하는 임의의 적절한 경로에 실시해도 좋다. 대상체에게 투여한 후 세포의 생존 기간은 짧게는 몇 시간, 이를테면 24시간에서 며칠, 길게는 몇 년일 수 있다. 이 경우 장기 생착이라고 한다. 일부 실시예에서, 투여는 하나 이상의 박테리아 대사산물 및/또는 부산물을 포함하되 완전 생존이 가능한 박테리아 세포는 없는 박테리아 추출물 또는 제제의 전달을 포함한다.
유사체: 본원의 "유사체(analog)"는 기준 물질과 하나 이상의 특정한 구조적 특징, 요소, 구성요소 또는 부분을 공유하는 물질을 의미한다. 일반적으로 "유사체"는 핵심 또는 합의 구조를 공유하는 등 기준 물질과 상당한 구조적 유사성을 보이되 특정한 개별 방식에서 상이한 물질이다. 일부 실시예에서, 유사체는, 예를 들자면 기준 물질을 화학적으로 조작하여 기준 물질로부터 생성할 수 있는 물질이다. 일부 실시예에서, 유사체는 기준 물질을 생성하는 것과 실질적으로 유사한(예: 복수의 단계를 공유) 합성 프로세스로 생성할 수 있는 물질을 말한다. 일부 실시예에서, 유사체는 기준 물질 생성 시 사용한 것과는 다른 합성 프로세스로 생성하기도 한다.
대략: 하나 이상의 해당 값에 적용하는 것으로 명시한 기준 값과 유사한 값을 포함한다. 특정 실시예에서, "대략" 또는 "약"은, 별도로 명시하지 않는 한, 기재된 기준 값을 중심으로 ±10% 내(초과와 미만을 모두 포함)에 해당하는 값을 말한다(해당 수치가 가능한 값의 100%를 초과하는 경우는 예외로 한다).
유사한: 본원의 "유사한(comparable)"은 동일하지는 않되 허용 범위 내에서 충분히 유사한 둘 이상의 제제, 개체, 상황, 조건 집합, 주제 등을 가리키며, 당업자는 관찰한 상이점 또는 유사점에 근거하여 결론을 합리적으로 도출하였음을 이해한다. 일부 실시예에서, 조건, 상황, 개체 또는 집단의 유사한 집합은 실질적으로 동일한 특징 여러 개와 하나 또는 소수의 다양한 특징을 특성화한 것이다. 당업자는 문맥에서, 유사한 것으로 간주하기 위해서 임의의 환경하에 상기 작용제, 실체, 환경, 조건 등 2가지 이상이 얼마나 동일해야 하는지를 이해할 수 있을 것이다. 예를 들어, 당업자는 다양한 상황, 개체, 또는 집단의 집합 하에 또는 이를 사용하여 얻은 결과 또는 관측한 현상 간의 차이가 변화하는 특성의 변이로 인해 발생하거나 또는 변이를 나타낸다는 합리적인 결론을 보장하기에 충분한 숫자와 유형에서의 실질적으로 동일한 특성을 특징으로 하는 경우 상황, 개체, 또는 집단의 집합은 서로 유사하다고 할 수 있음을 이해할 것이다.
보존성: 본원에서 쓰이는 바와 같이, '보존성'이란 유사한 화학적 특성(예: 전하 또는 소수성)을 가지는 측쇄 R 기를 포함하는 또 다른 아미노산 잔기로 아미노산 잔기를 치환하는 것을 포함하는 보존성 아미노산 치환을 지칭하는 것이다. 일반적으로, 보존성 아미노산 치환은 단백질의 필요한 기능적 성질, 예를 들어 리간드에 결합하는 수용체의 능력을 실제로 변화시키지 않을 것이다. 유사한 화학적 특성을 갖는 측쇄를 가지는 아미노산기의 예로는 글리신(Gly, G), 알라닌(Ala, A), 발린(Val, V), 류신(Leu, L) 등의 지방족 측쇄, 이소류신(Ile, I); 세린(Ser, S), 트레오닌(Thr, T)과 같은 지방족-히드록실 측쇄, 아스파라긴(Asn, N) 및 글루타민(Gln, Q) 등의 아미드 함유 측쇄, 페닐알라닌(Phe, F), 티로신(Tyr, Y), 트립토판(Trp, W) 등의 방향족 측쇄, 라이신(Lys, K), 아르기닌(Arg, R), 히스티딘(His, H) 등의 염기성 측쇄, 아스파르트산(Asp, D) 및 글루탐산(Glu, E) 등의 산성 측쇄, 스테인(Cys, C) 및 메티오닌(Met, M) 등의 황 함유 측쇄를 들 수 있다. 보존성 아미노산 치환기의 예로는, 발린/류신/이소류신(Val/Leu/Ile, V/L/I), 페닐알라닌/티로신(Phe/Tyr, F/Y), 라이신/아르기닌(Lys/Arg, K/R), 알라닌/발린(Ala/Val, A/V), 글루타메이트/아스파테이트(Glu/Asp, E/D), 아스파라긴/글루타민(Asn/Gln, N/Q)을 들 수 있다. 일부 실시예에서, 보존성 아미노산 치환은, 예를 들어 단백질 내 임의의 천연 잔기를 알라닌 스캐닝 돌연변이유발에 쓰이는 것과 같은 알라닌으로 치환하는 것이어도 좋다. 일부 실시예에서는, 본원에 원용되어 있는 Gonnet, GH et al., 1992, Science 256:1443-1445에서 개시하는 PAM250 로그 우도 매트릭스에서 양의 값을 가지는 보존성 치환을 실시한다. 일부 실시예에서, 치환은 PAM250 로그 우도 매트릭스에서 치환이 음이 아닌 값을 가지는 중도적인 보존성 치환이다.
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대조군: 본원에서 "대조군(control)"이란 당 업계에서 통용되는 바와 같이 결과를 비교하기 위한 기준을 말한다. 일반적으로 대조군은 변수에 대해 결론을 내리기 위해 변수를 분리하여 실험의 무결성을 높일 때 쓰인다. 일부 실시예에서, 대조군은 대조약(comparator)을 제공하기 위해 시험 반응 또는 분석과 동시에 수행하는 반응 또는 분석을 말한다. "대조군"에는 "대조군 동물"도 포함된다. "대조군 동물"은 본원에 기재한 바와 같이 변형이 있거나, 본원에 기재한 것과 다른 변형이 있거나, 변형이 없어도 좋다(야생동물). 첫 번째 실험에서는 "테스트"(즉, 테스트 중인 변수)를 적용한다. 두 번째 실험에서는 "대조군"으로 실험한다. 즉, 테스트 중인 변수를 적용하지 않는다. 일부 실시예에서, 대조군은 과거 대조군(이전에 이행한 시험 또는 분석, 또는 이전에 알려진 양 또는 결과)이다. 일부 실시예에서, 대조군은 인쇄 기록 또는 다른 방식으로 저장한 기록이거나 이를 포함한다. 대조군은 양성 대조군 또는 음성 대조군이어도 좋다.
판정, 결정, 측정, 평가, 검정, 분석: 판정, 결정, 측정, 평가, 검정, 분석은 모든 형태의 측정을 지칭하며, 각자의 표현을 대체하여 사용할 수 있다. 임의의 요소의 유무를 판정하는 것을 포함한다. 상기 용어는 정량 및/또는 정성 판정을 모두 포함한다. 분석은 상대적이거나 절대적일 수 있다. "유무의 검정"은 존재하는 것의 양을 판정하거나 존재 여부를 판정하는 것을 말한다.
투여 형태: 당업자는 용어 "투여 형태"가 대상체에 투여하기 위한 제제(예: 치료제)의 물리적으로 별개의 단위를 지칭할 수 있음을 이해할 것이다. 일반적으로 각 단위는 미리 결정된 양의 제제를 포함한다. 일부 실시예에서는, 해당 관련 집단에 투여할 때 희망하거나 유익한 결과와 상관관계가 있는 것으로 결정된 투여 요법(즉, 치료적 투여 요법)의 투여에 적합한 단위 투여량(또는 이의 전체 분획)을 가리킨다. 당업자는 특정 대상체에게 투여되는 치료 조성물 또는 제제의 총량은 한 명 이상의 주치의가 결정하며 다중 투여 형태의 투여를 포함할 수 있음을 이해할 것이다.
투여 요법: 당업자는 "투여 요법"은 일반적으로 시간 간격을 두고 구분하며, 대상체에게 개별적으로 투여하는 단위 용량 세트(대개 하나 이상)를 가리킨다는 사실을 이해할 것이다. 일부 실시예에서, 임의의 제제에는 권장 투여 요법이 있으며, 이는 1회 이상의 용량을 수반한다. 일부 실시예에서, 투여 요법은 시간 간격으로 각각 구분되어 있는 복수의 용량을 포함한다. 일부 실시예에서, 개별 용량은 동일한 길이의 기간으로 서로 분리된다. 일부 실시예에서, 투여 요법은 복수의 용량 및 개별 용량을 분리하는 적어도 2개의 상이한 기간을 포함한다. 일부 실시예에서, 투여 요법 내의 투여는 모두 동일한 단위 투여량을 가진다. 일부 실시예에서, 투여 요법 내의 투여는 투여량이 상이할 수 있다. 일부 실시예에서, 투여 요법은 제1 투여량의 제1 투여에 이어 제1 투여량과 상이한 제2 투여량을 가지는 추가 투여 1회 이상을 포함한다. 일부 실시예에서, 투여 요법은 제1 투여의 제1 투여에 이어 제1 투여량과 동일한 제2 투여량을 가지는 추가 투여 1회 이상을 포함한다. 일부 실시예에서, 투여 요법은 관련 집단에 투여했을 시 희망하거나 유익한 결과와 상관관계를 가진다.
조작: 일반적으로 조작(engineered)은 사람의 손으로 조작하는 것을 말한다. 예를 들어, 세포 또는 유기체를 조작하여 유전 정보를 변경한 경우(예: 이전에 존재하지 않았던 새로운 유전 물질을 형질전환, 교배, 체세포 혼성화, 형질감염, 형질도입 또는 기타 기전으로 도입하거나, 또는 이전에 존재하는 유전 물질을 치환 또는 결실 돌연변이, 또는 교배 프로토콜로 변경 또는 제거하는 경우) "조작(engineered)"한 것으로 간주할 수 있다. 당업자가 이해하는 일반적인 관행에 따라, 조작 폴리뉴클레오티드 또는 세포의 자손은, 실제 조작을 실시한 것은 전 단계의 개체였다 해도 일반적으로 여전히 "조작"한 것으로 볼 수 있다.
부형제: 본 명세서에서는, 희망하는 일관성 또는 안정화 효과를 부여하거나 이에 기여하기 위해 약학 조성물에 포함할 수 있는 불활성(예: 비치료적) 제제를 가리킨다. 일부 실시예에서, 적합한 약제학적 부형제의 예로는 전분, 글루코스, 락토스, 수크로스, 젤라틴, 맥아, 쌀, 밀가루, 백악, 실리카겔, 나트륨 스테아레이트, 글리세롤 모노스테아레이트, 활석, 염화나트륨, 건조 탈지유, 글리세롤, 프로필렌, 글리콜, 물, 에탄올 등을 들 수 있다.
관능성: 본 명세서에 있어 "관능성" 생물학적 분자는 해당 분자를 특성화하는 특성 및/또는 활성을 나타내는 형태의 생물학적 분자를 가리킨다. 생물학적 분자는 관능이 두 가지일 수도 있고(이관능성), 그보다 더 많을 수도 있다(다관능성).
유전자: 본 명세서에서는 생성물(예: RNA 생성물 및/또는 폴리펩티드 생성물)을 코딩하는 염색체 내의 DNA 서열을 가리킨다. 일부 실시예에서, 유전자는 코딩 서열(특정 생성물을 코딩하는 서열)을 포함한다. 일부 실시예에서, 유전자는 비코딩 서열을 포함한다. 일부 특정 실시예에서, 유전자는 코딩(예: 엑손) 서열과 비코딩(예: 인트론) 서열을 모두 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 유전자는 유전자 발현의 하나 이상의 측면(예: 세포 유형 특이적 발현, 유도 발현 등)을 제어하거나 영향을 미칠 수 있는 조절 서열(예: 프로모터, 인핸서 등) 및/또는 인트론 서열을 포함할 수 있다. 본 개시에서 쓰이는 “유전자”는 일반적으로 폴리펩티드 또는 그 단편을 코딩하는 핵산의 일부를 지칭하며, 조절 서열을 임의로 포함할 수 있다. 당업자는 조절 서열의 포함 여부를 문맥상 쉽게 파악할 수 있을 것이다. 이는 “유전자”를 비단백질 코딩 발현 단위에 적용하는 것을 배제하기 위한 것이 아니며, 본 문서에서는 대부분의 경우 폴리펩티드 코딩 핵산을 지칭한다는 것을 명확히 하기 위한 것이다.
개선, 증가, 향상, 억제 또는 감소: 본 명세서에서, “개선”, “증가”, “향상”, “억제”, “감소” 또는 그 동의어는 베이스라인(기준선) 또는 그 외 기준 측정값에 대한 값을 가리키는 말이다. 일부 실시예에서, 임의의 값은 베이스라인 또는 그 외 기준 측정값과 통계적으로 유의한 차이가 있다. 일부 실시예에서, 적절한 기준 측정값은 특정 작용제 또는 치료가 존재하거나 존재하지 않는(예: 작용제 또는 치료 적용 전후) 유사한 조건하에, 혹은 적절하고 유사한 참조 제제가 존재하는 유사한 조건하에 특정 시스템에서 얻은 측정값이거나 그를 포함할 수 있다. 일부 실시예에서, 적절한 기준 측정값은 관련 작용제 또는 치료의 존재하에 특정 방식으로 반응할 것으로 알려졌거나 예상되는 유사한 시스템에서의 측정값이거나 그를 포함할 수 있다. 일부 실시예에서, 적절한 기준 값은 음의 기준 값이다. 일부 실시예에서, 적절한 기준값은 양의 기준값이다.
단리(isolated): 본 명세서에서는, (1) 처음 생산했을 때 (자연 및/또는 실험 환경에서) 관련 구성요소의 적어도 일부에서 단리하거나, (2) 사람 손으로 설계, 생산, 준비, 제조한 물질 및/또는 독립체를 가리킨다. 일부 실시예에서, 단리 물질 또는 독립체를 농축해도 좋다. 일부 실시예에서, 단리 물질 또는 독립체가 순수해도 좋다. 일부 실시예에서, 단리 물질 및/또는 독립체는 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99%를 넘는 그 외 구성요소에서 단리한 것이다. 일부 실시예에서, 단리 제제의 순도는 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99%를 넘는다. 본 명세서에서 물질에 실질적으로 다른 성분이 없는 경우 그 물질은 "순수"하다. 일부 실시예에서, 당업자가 이해하는 바와 같이, 물질은 1종 이상의 담체 또는 부형제(예: 완충액, 용매, 물) 등 그 외의 특정 구성요소와 결합한 후에도 “농축”, “단리” 또는 “순수”할 수 있다. 일부 실시예에서, 물질의 단리율 또는 순도는 담체 또는 부형제를 제외하고 산출한다. 당업자는 물질 또는 제제를 단리(예: 농축 또는 정제)하는 다양한 기술(예: 분별, 추출, 침전 또는 기타 분리 중 하나 이상을 적용)을 숙지하고 있다.
수준: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "수준"은 물질(예: 대사산물)의 양 또는 정량의 척도를 의미한다. 일부 실시예에서, 수준은 단순히 물질의 존재 또는 부재일 수 있다. 물질의 수준은 다양한 방식이나 형식으로 표현될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시예에서, 수준은 백분율(%), 중량 측정(예: mg, μg, ng 등), 농도 측정(예: mg/mL, μg/mL, ng/mL 등), 부피 측정(예: mL, μL, nL 등), % 변화 등으로 표시될 수 있다.
대사산물: 본원에서 사용되는 용어 "대사산물"은 대사 동안 만들어지거나 사용되는 물질(예: 소분자, 거대분자, 유기 화합물 또는 무기 화합물)을 의미한다. 대사는 일반적으로 물질(예: 식품, 약물, 화학 물질, 세포 또는 조직)이 화학적으로 분해되는 과정으로 이해된다. 일부 실시예에서, 대사산물은 최종 생성물이다. 일부 실시예에서, 대사산물은 중간체이다. 예시적인 대사산물은 본원, 예컨대 부록 1-1 및 도 1 내지 4 및 7 내지 14에 제공된다. 예시적인 대사 경로는 본원, 예컨대 부록 1-2 및 도 7 내지 14에 제공된다.
약학 조성물: 본 명세서의 "약학 조성물"은 하나 이상의 약학적으로 허용되는 담체와 함께 제형화된 활성제를 포함하는 조성물을 지칭한다. 일부 실시예에서, 활성제는 관련 집단에 투여할 때 소정의 치료 효과를 달성할 통계적으로 유의한 확률을 나타내는 치료 또는 투여 요법으로 투여하기에 적합한 단위 용량으로 존재한다. 일부 실시예에서, 약학 조성물은 경구 투여에 적합한 고체 또는 액체 투여형으로 특별히 제제화할 수 있으며, 예로는 드렌치(수성 또는 비수성 용액 또는 현탁액), 정제(예: 협측, 설하 및 전신 흡수), 덩어리(bolus), 분말, 과립, 혀에 바르는 페이스트, 캡슐, 분말 등을 들 수 있다. 일부 실시예에서, 활성제는 세포 또는 세포 집단(예: 배양물, 이를테면 EES 미생물)의 추출물 또는 구성요소이거나 그를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 활성제는 단리, 정제, 또는 순수 화합물이거나 이를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 활성제는 시험관 내에서 합성해도 좋다(예: 화학적 및/또는 효소적 합성). 일부 실시예에서, 활성제는 천연 생성물이거나 이를 포함해도 좋다. 해당 천연 생성물은 천연 공급원에서 유래한 것이어도 좋고, 시험관 내에서 합성한 것이어도 좋다.
약학적으로 허용되는: 본 명세서에서 "약학적으로 허용되는"이란 표현은 본원이 개시하는 약학 조성물을 제형화하는 데 사용되는 담체, 희석제 또는 부형제와 관련하여 쓰일 수 있는 표현이다. 이 경우 해당 담체, 희석제 또는 부형제는 조성물의 그 외 성분과 상용성이고 수용자에게 해를 끼치지 않는다.
약학적으로 허용 가능한 담체: 본 명세서에서 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질과 같은 약학적으로 허용 가능한 물질, 조성물 또는 비히클을 의미하며, 하나의 기관 또는 신체의 일부로부터, 다른 기관 또는 신체의 일부로 대상 화합물을 운반(carry) 또는 운송(transport)하는 것에 관여한다. 각 담체는 "허용"된다는 것은 제형의 다른 성분과 상용할 수 있고 대상체(예: 환자)에게 해를 끼치지 않음을 의미한다. 약학적으로 허용 가능한 담체로 작용할 수 있는 물질의 예시로는, 락토스, 글루코스, 수크로스 등의 당; 옥수수 전분 및 감자 전분 등의 전분; 나트륨 카복시 메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트 등의 셀룰로오스 및 그 유도체; 분말 트래거캔스(tragacanth); 맥아; 젤라틴; 활석; 코코아 버터 및 좌약 왁스 등의 부형제; 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유, 대두유 등의 오일; 프로필렌 글리콜 등의 글리콜; 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜 등의 폴리올; 에틸 올레이트 및 에틸 라우레이트 등의 에스테르; 한천; 수산화 마그네슘 및 수산화 알루미늄 등의 완충제; 알긴산; 발열원이 없는 물; 식염수; 링거 용액; 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카보네이트 및/또는 폴리 무수물; 제약 제형에 쓰이는 기타 무독성 양립성 물질을 들 수 있다.
예방: 본 명세서에 있어서 "예방"은 특정 질병, 장애 또는 병태의 하나 이상의 증상 발병을 지연하거나, 빈도 및/또는 중증도를 감소시키는 것을 의미한다. 일부 실시예에서, 예방은 집단 기반으로 평가하며, 질병, 장애 또는 병태의 증상 하나 이상의 발달, 빈도 및/또는 강도의 통계적으로 유의한 감소를 해당 질병, 장애 또는 병태에 취약한 집단에서 관측한 경우, 특정 질병, 장애 또는 병태를 “예방하는” 것으로 간주한다. 일부 실시예에서, 질병, 장애 또는 병태의 발병이 사전에 정한 기간 동안 지연된 경우 완전히 예방한 것으로 간주할 수 있다.
기준: 본 명세서에서는 비교를 실시하는 기준 또는 대조군을 가리키는 말이다. 예를 들어 일부 실시예에서, 관심 대상인 제제, 동물, 개체, 집단, 샘플, 서열 또는 값은 기준 또는 대조군의 제제, 동물, 개체, 집단, 샘플, 서열 또는 값과 비교한다. 일부 실시예에서, 관심 대상인 시험 또는 판정과 실질적으로 동시에 기준 또는 대조군에 대한 실험 및/또는 판정을 실시한다. 일부 실시예에서, 기준 또는 대조군은 과거의(historical) 기준 또는 대조군이며, 필요에 따라 유형 매체(tangible medium)로 구현할 수 있다. 일반적으로 기준 또는 대조군은 평가 대상과 유사한 조건 또는 상황 하에서 판정 또는 특성화를 실시한다. 당업자는 충분한 유사성이 존재하는 경우 기준 또는 대조군에 대한 의존 및/또는 비교를 정당화할 수 있음을 이해할 것이다. 일부 실시예에서, 기준은 음성 대조군 기준이다. 일부 실시예에서, 기준은 양성 대조군 기준이다.
위험도: 문맥에 따라, 질병, 장애 및/또는 병태의 "위험도"는 특정 개인에게서 해당 질병, 장애 및/또는 병태가 발병할 가능성을 나타낸다. 일부 실시예에서, 위험도는 백분율로 표현한다. 일부 실시예에서, 위험도는 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 또는 최대 100%이다. 일부 실시예에서 위험도는 기준 샘플 또는 기준 샘플 그룹과 관련한 위험에 대한 위험도로 나타낸다. 일부 실시예에서 기준 샘플 또는 기준 샘플 그룹은 질병, 장애, 병태 및/또는 사례에 대하여 주지의 위험도를 나타낸다. 일부 실시예에서, 기준 샘플 또는 기준 샘플 그룹은 특정 개인과 유사한 개인에게서 유래한다. 일부 실시예에서, 상대적 위험도는 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 이상이다.
샘플: 본 명세서에서 “샘플”은 일반적으로 관심 대상 공급원에게서 취득하거나 파생한 물질의 분취량을 가리킨다. 일부 실시예에서, 관심 대상 공급원은 생물학적 또는 환경적 공급원이다. 일부 실시예에서, 관심 대상 공급원은 미생물, 식물 또는 동물(예: 인간) 등의 세포 또는 유기체이거나 이를 포함할 수 있다. 일부 실시예에서, 관심 대상 공급원은 생물학적 조직 또는 유체이거나 이를 포함한다. 일부 실시예에서, 생물학적 조직 또는 유체는 양수, 방수, 복수, 담즙, 골수, 혈액, 모유, 뇌척수액, 귀지, 유미, 사정액, 내림프, 삼출물, 대변, 위산, 위액, 림프, 점액, 심낭액, 외림프, 복막액, 흉막액, 고름, 류머티즘, 타액, 피지, 정액, 혈청, 귀두지, 가래, 활액, 땀, 눈물, 소변, 질 분비물, 유리체액, 구토물, 혈장, 점액, 소화액, 대변 및/또는 이들의 조합 또는 그 성분이거나 이를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 생물학적 유체는 세포내 유체, 세포외 유체, 혈관내 유체(혈장), 간질 유체, 림프액, 및/또는 경세포 유체이거나 이를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 생물학적 유체는 식물 삼출물이거나 이를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 생물학적 조직 또는 샘플은 흡인, 생검(예: 가는 바늘 또는 조직 생검), 면봉(예: 구강, 비강, 피부 또는 질을 면봉으로 닦음), 긁기, 수술, 세척 또는 세정(예: 기관지 폐포, 도관, 비강, 안구, 구강, 자궁, 질, 혹은 그 외의 세척 또는 제정)으로 얻어도 좋다. 일부 실시예에서, 생물학적 샘플은 개체에서 취득한 세포이거나 이를 포함한다. 일부 실시예에서, 샘플은 임의의 적절한 수단으로 관심 대상 공급원에게서 직접 얻은 "일차 샘플"이다. 일부 실시예에서, 문맥상 명백한 경우, "샘플"은 일차 샘플을 가공함으로써(예: 하나 이상의 구성요소를 제거하거나 하나 이상의 약제를 첨가함으로써) 수득하는 제제를 가리킨다. 예를 들어, 반투과성 막을 사용한 여과를 들 수 있다. 해당 "가공 샘플"은 예를 들어 샘플에서 추출되거나 핵산의 증폭 또는 역전사, 특정 구성요소의 단리 및/또는 정제와 같은 하나 이상의 기술을 1차 샘플에 적용하여 얻은 핵산 또는 단백질을 포함할 수 있다.
소분자: 본 명세서에서 "소분자"는 분자량이 약 3,000달톤 미만인 작은 유기 또는 무기 분자를 의미한다. 일반적으로 소분자는 3,000달톤(Da) 미만의 분자량을 가져도 좋다. 소분자는, 예를 들어, 적어도 약 100Da~약 3,000Da(예: 약 100Da~3,000 Da, 약 100Da~약 2500Da, 약 100Da~약 2,000Da, 약 100Da~약 1,750Da, 약 100Da~약 1,500Da, 약 100Da~약 1,250Da, 약 100Da~약 1,000Da, 약 100Da~약 750Da, 약 100Da~약 500Da, 약 200Da~약 1500Da, 약 500Da~약 1000Da, 약 300Da~약 1000Da, 또는 약 100Da~약 250Da)여도 좋다.
대상체: 본 명세서에서 "대상체(subject)"는 치료를 받는 개체를 의미한다. 일부 실시예에서, 대상체는 동물이다. 일부 실시예에서, 대상체는 포유동물, 예를 들어 본원에 기재된 질병, 장애 또는 병태를 경험하거나 이에 취약한 포유동물이다. 일부 실시예에서, 동물은 척추동물, 예를 들어 포유동물, 개중에서도 비인간 영장류(특히 고등 영장류), 양, 개, 설치류(예: 마우스 또는 래트), 기니피그, 염소, 돼지, 고양이, 토끼 또는 소이다. 일부 실시예에서, 동물은 닭, 양서류, 파충류, 또는 무척추동물 모델 C. elegans 등의 비포유동물이다. 일부 실시예에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시예에서, 대상체는 본원에 기재된 질병, 장애 또는 병태를 하나 이상 앓고 있거나 이에 취약하다. 일부 실시예에서, 대상체는 본원에 기재된 하나 이상의 질병, 장애 또는 병태의 증상을 하나 이상 나타낸다. 일부 실시예에서, 대상체는 본원에 기재된 하나 이상의 질병, 장애 또는 병태로 진단받았다. 일부 실시예에서, 대상체는 질병, 장애 또는 병태를 진단 및/또는 치료하기 위해 특정 요법을 받고 있거나 받은 적이 있다. 또 다른 실시예에서, 대상체는 실험동물 또는 질병 모델로서의 동물 대체물이다.
실질적으로(substantially): 여기에서 사용된 바와 같이, 관심 있는 특성 또는 속성의 전체 또는 거의 전체 범위 또는 정도를 나타내는 정성적 조건을 나타낸다. 생물학 분야의 당업자는 생물학적 및 화학적 현상이 설령 발생하는 경우에도 완전히 종료하거나 완전하게 진행하는 일이 드물며, 절대적인 결과를 달성하거나 회피한다는 사실을 이해할 것이다. 때문에 “실질적으로”는, 많은 생물학적 및 화학적 현상에 내재하는 완전함의 잠재적 결여를 나타내기 위하여 쓰인다.
치료 요법: 본 명세서에서 "치료 요법"은 관련 집단에 대해 투여 시 희망하거나 유익한 치료 결과와 연관을 보이는 투여 요법을 지칭한다.
치료 유효량: 본 명세서에서 투여 시 목적하는 효과를 생성하는 양을 의미한다. 일부 실시예에서, 해당 용어는 치료적 투여 요법에 따라 질병, 장애 및/또는 병태를 앓거나 이에 취약한 집단에 투여하는 경우 질병, 장애 및/또는 병태의 치료에 충분한 양을 가리킨다. 일부 실시예에서, 치료 유효량은 질병, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상의 발생 및/또는 중증도를 저하시키거나 발병을 지연시키는 양이다. 당업자는 "치료 유효량"이 실제로 특정 개인에게서 치료를 성공시켰다는 사례가 필요하지 않음을 이해할 것이다. 치료 유효량은 해당 치료를 필요로 하는 대상체(예: 환자)에게 투여될 때 상당한 수의 대상체에서 특정한 원하는 약리학적 반응을 제공하는 양일 수 있다. 일부 실시예에서, 치료 유효량은 하나 이상의 특정 조직(예: 질병, 장애 또는 병태에 영향을 받는 조직) 또는 체액(예: 혈액, 타액, 혈청, 땀, 눈물, 소변 등)에서 측정한 양에 해당한다. 당업자는 일부 실시예에서 치료 유효량의 특정 약제 또는 요법이 단일 용량으로 제형화 및/또는 투여할 수 있음을 이해할 것이다. 일부 실시예에서, 치료적 유효 약제는 예를 들어 투약 양생법의 일부로서 복수의 용량으로 제형화 및/또는 투여할 수 있다.
치료: 본 명세서의 "치료"(또한 "치료하다" 또는 "치료하는)는 특정 질병, 장애 및/또는 병태의 증상에 대하여, 부분적으로 또는 완전히 완화, 개선, 억제, 발병 지연, 중증도 감소, 특징 및/또는 원인 중 하나 이상의 제거를 시행하는 것을 말한다. 일부 실시예에서, 해당 치료는 관련 질병, 장애 및/또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체 및/또는 질병, 장애 및/또는 병태의 초기 징후만을 나타내는 대상체를 위한 것이어도 좋다. 대안적으로, 또는 추가로, 해당 치료는 관련 질병, 장애 및/또는 병태의 확립된 징후를 하나 이상 나타내는 대상에 대한 것이어도 좋다. 일부 실시예에서, 치료는 관련 질병, 장애 및/또는 병태를을 앓는 것으로 진단을 받은 대상체의 치료여도 좋다. 일부 실시예에서, 치료는 관련 질병, 장애 및/또는 병태의 증가한 발병 위험과 통계학적으로 관련이 있는 하나 이상의 민감성 인자를 가지는 것으로 알려진 대상체의 치료여도 좋다.
도 1(표 1)은 모의 처리와 비교하여 CT10 조성물로 처리된 암컷 마우스에서 대사산물 수준의 % 변화 및 CT10 조성물에 존재하는 각각의 미생물 종에서 상응하는 대사산물의 수준을 나타내는 데이터를 표로 작성한다. 대사산물 수준이 가장 높은 미생물 종은 굵게 표시되고 음영 처리된다.
도 2(표 2)는 모의 처리와 비교하여 CT10 조성물로 처리된 수컷 마우스에서 대사산물 수준의 % 변화 및 CT10 조성물에 존재하는 각각의 미생물 종에서 상응하는 대사산물의 수준을 나타내는 데이터를 표로 작성한다. 대사산물 수준이 가장 높은 미생물 종은 굵게 표시되고 음영 처리된다.
도 3은 모의-주사된 처리와 비교하여 LPS 조성물로 주사된 암컷 마우스에서 측정된 대사산물 수준의 % 변화를 보여주는 데이터를 표로 나타낸다. CT10 조성물로 처리되고 LPS 조성물로 주사된 암컷 마우스에서 모의-주사된 처리와 비교하여 측정된 대사산물 수준의 % 변화 또한 보여준다.
도 4는 모의-주사된 처리와 비교하여 LPS 조성물로 주사된 수컷 마우스에서 측정된 대사산물 수준의 % 변화를 보여주는 데이터를 표로 나타낸다. CT10 조성물로 처리되고 LPS 조성물로 주사된 수컷 마우스에서 모의-주사된 처리와 비교하여 측정된 대사산물 수준의 % 변화 또한 보여준다.
도 5는 PCA 결과를 보여주는 데이터를 포함한다. PC1과 PC2는 각각 제1 주성분과 제2 주성분을 보여준다. 괄호 안의 숫자는 결정된 기여율이다. 플롯 표지(plot label)는 샘플 이름이다. "PCA 점수"에는 각 성분에 대해 측정된 기여 율이 포함된다. "인자 적재값(Factor Loading)"에는 각 성분에 사용된 인자 적재값 이 포함된다.
도 6은 검출된 HCA(계층적 클러스터 분석) 결과를 나타내는 데이터를 포함한다. 가로축과 세로축은 샘플 이름과 피크를 나타낸다. HCA는 피크에서 수행되었다. 그런 다음 피크 사이의 거리가 수형도에 표시되었다. 히트맵에는 HCA의 정규화된 검출 값이 히트맵으로 포함된다.
도 7은 예시적인 경로 맵(1차 대사 개요)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 8은 예시적인 경로 맵(중앙 탄소 대사)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 9는 예시적인 경로 맵(요소 회로 관련 대사)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 10은 예시적인 경로 맵(지질 및 아미노산 대사)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 11은 예시적인 경로 맵(분지사슬 및 방향족 아미노산)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 12는 예시적인 경로 맵(뉴클레오티드 대사)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 13은 예시적인 경로 맵(코엔자임 대사)을 나타낸다. 이 연구에서 검출된 대사산물은 경로 맵에 표시되었다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다. N.D.는 대사산물이 검출되지 않았음을 나타낸다.
도 14는 대조군과 처리군에서 검출된 다른 대사산물의 수준을 나타낸다. 막대/선은 각각 대조(청색), 처리(적색)에서 각 대사산물의 상대적 영역을 나타낸다.
미생물 제제 및/또는 구성요소
본 개시는 마이크로바이옴의 하나 이상의 미생물 균주를 평가, 특성화 및 식별하기 위한 시스템 및 방법을 제공한다. 해당 시스템 및 방법은 개별 대사체를 조절하여 인간, 가축 및/또는 애완동물의 건강에 영향을 미치는 하나 이상의 미생물 균주를 평가, 특성화 및 식별하는 데 유용하다. 일부 실시예에서, 뱀, 도마뱀, 물고기, 또는 새의 마이크로바이옴에서 얻은 하나 이상의 미생물 균주를 평가, 특성화 및 확인하는 단계를 포함한다. 일부 실시예에서, 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 하나 이상의 미생물 균주를 평가, 특성화 및 확인하는 단계를 포함한다. 포유동물 마이크로바이옴은 개, 고양이, 말, 소, 양, 염소 또는 돼지의 마이크로바이옴이어도 좋다. 일부 실시예에서, 본원에 기재된 시스템 또는 방법에 쓰이는 마이크로바이옴은 질병 또는 병태를 예방하거나 치료할 수 있다.
마이크로바이옴은 미생물 성장을 지원하는 유기체의 모든 시스템이나 조직에서 분리할 수 있다. 예를 들어, 마이크로바이옴은 피부 마이크로바이옴, 구강 마이크로바이옴, 비강 마이크로바이옴, 위장 마이크로바이옴, 뇌 마이크로바이옴, 폐 마이크로바이옴, 또는 비뇨생식기 마이크로바이옴이어도 좋다. 위장 마이크로바이옴에서 발견되는 미생물 균주의 사례를 표 5에 정리하였다. 당업자는 마이크로바이옴 샘플이 당 업계 주지의 다양한 방식으로 얻을 수 있음을 이해할 것이다. 예를 들어, 피부, 구강, 비강, 폐 또는 비뇨생식기의 마이크로바이옴 샘플은 면봉 또는 조직 스크래퍼로 얻을 수 있다. 일부 실시예에서, 위장 마이크로바이옴을 대변에서 채취할 수 있다. 피부 마이크로바이옴, 구강 마이크로바이옴, 비강 마이크로바이옴, 위장 마이크로바이옴, 뇌 마이크로바이옴, 폐 마이크로바이옴, 마이크로바이옴, 또는 비뇨생식기 마이크로바이옴은 생검으로 얻을 수 있다.
일부 실시예에서, 마이크로바이옴은 건강한 개체 또는 특정 질병 또는 장애를 앓지 않거나 발병할 위험이 없는 개체의 마이크로바이옴이다. 일부 실시예에서, 마이크로바이옴은 특정 질병 또는 장애를 앓거나 발병할 위험이 있는 개체의 마이크로바이옴이다. 일부 실시예에서, 마이크로바이옴은 특정 질병 또는 장애를 앓고 있는 것으로 알려진 개체의 마이크로바이옴이다. 일부 실시예에서, 인간 마이크로바이옴은 하나 이상의 질병 또는 병태에 대한 위험도가 알려지지 않은 인간의 마이크로바이옴이다.
일부 실시예에서, 마이크로바이옴은 기준 마이크로바이옴이다. 기준 마이크로바이옴은 건상자 또는 특정 질병 또는 장애를 앓지 않거나 발병할 위험이 없는 개체의 마이크로바이옴일 수 있다. 일부 경우에, 기준 마이크로바이옴은 평가 또는 특성화 대상인 마이크로바이옴과 동일한 개체에서 유래하되 상이한 시간대에 획득한 것이어도 좋다. 일부 경우에, 기준 마이크로바이옴은 평가 또는 특성화 대상인 마이크로바이옴과 동일한 개체에서 유래하되 상이한 시스템 또는 조직에서 획득한 것이어도 좋다.
일부 실시예에서, 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합은 마이크로바이옴에서 발견되는 해당 균주와는 상이한 상대량으로 평가, 특성화 또는 확인할 수 있다. 예를 들어, 단일 균주에 대한 반응으로 세포 또는 유기체의 하나 이상의 대사 산물 수준의 조절 효과는 그 밖의 미생물 균주와 함께 마이크로바이옴에 자연적으로 존재하더라도 본원에 기재된 시험관내 방법(예: 포유동물) 또는 포유동물(예: 마우스, 인간 등)을 사용하는 생체내 방법을 사용하여 평가, 특성화 또는 확인할 수 있다. 또 다른 예로, 2종의 미생물 균주에 대한 반응으로 세포 또는 유기체의 하나 이상 대사산물 수준의 조절 효과는 추가 미생물 균주와 함께 마이크로바이옴에 자연적으로 존재하더라도 본원에 기재된 방법을 사용하여 평가, 특성화 또는 확인할 수 있다.
미생물 균주의 추출물, 성분 또는 화합물 또한 본원에 기재된 방법을 사용하여 2종의 균주를 평가, 특성화 또는 확인할 수 있다. 일부 경우에, 유기체(예: 포유동물)의 하나 이상 대사산물 수준에 영향을 미치는 것으로 결정된 미생물 균주의 추출물, 성분 또는 화합을 평가, 특성화 또는 확인할 수 있다. 유기체(예: 포유동물)의 하나 이상의 대사 산물 수준에 영향을 미치는 미생물 균주의 추출물, 성분 또는 화합물을 평가, 특성화 또는 식별하는 것은 마이크로바이옴의 잠재적인 바이오마커, 표적 또는 보호제에 관한 추가 정보를 제공할 수 있다.
미생물 균주의 추출물을 제조하거나 그로부터 추출물, 성분 또는 화합물을 단리 또는 처리(예: 하나 이상의 성분 또는 화합물을 단리 및/또는 정제)할 수 있는 각종 기술은 당 업계에서 이미 주지의 것이다. 하나 이상의 유기 추출, 진공 농축, 크로마토그래피 등을 예시로 들 수 있다.
생물학적 영향 평가
본 개시는 본원에 기재된 바와 같은 조성물(예: 마이크로바이옴 조성물)이 조성물(들)을 유기체와 접촉(예: 조성물을 먹이는 것, 투여하는 것)시킴으로써 유기체(예: 포유동물(예: 인간 ))의 하나 이상 수준의 대사산물(예: 대사체)을 확인, 특성화 또는 조절하기 위해 사용될 수 있다는 통찰을 제공한다. 일부 실시예에서, 유기체는 질병, 장애 또는 병태(예: 포유동물 질병, 장애 또는 병태)를 앓거나 앓을 위험이 있을 수 있다. 하나 이상의 조성물이 하나 이상 대사산물의 수준(예: 질병, 장애 또는 병태를 나타낼 수 있음)에 영향을 미치는지를 결정하기 위해, 하나 이상의 조성물과 접촉한 샘플에서 하나 이상 대사산물의 수준을 관찰, 측정 또는 평가할 수 있다. 예를 들어, 하나 이상 대사산물의 수준은 상이한 시간(예: 조성물의 투여 전, 조성물의 투여 후, 조성물의 투여 중 등)에 샘플에서 관찰, 측정 또는 평가될 수 있다. 본원에 개시된 바와 같은 조성물이 상기 유기체의 대사체에 영향을 미치는지 여부를 결정하기 위해 유기체의 다양한 대사산물 수준을 관찰, 측정 또는 평가할 수 있다. 단지 몇 가지 예로서, 본원에 개시된 조성물이 유기체에 영향을 미치는지 여부를 결정하기 위해 그 수준이 관찰, 측정 또는 평가될 수 있는 대사산물은 예컨대 부록 1-1 및 도 1 내지 4 및 도 7 내지 14에 열거된 것들을 포함한다.
일부 실시예에서, 본원에 기재된 방법은 제1 샘플과 제2 샘플을 활용한다. 일부 실시예에서, 제1 샘플은 기준 샘플이다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 조성물, 예컨대 CT10 조성물과 접촉(예: 투여 또는 섭취)되는 대상체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 제1 시점에서 조성물, 예컨대 CT10 조성물과 접촉(예: 투여 또는 섭취)되는 대상체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 조성물, 예컨대 CT10 조성물과 접촉(예: 투여 또는 섭취)되기 전에 대상체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 건강한 개체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 질병, 장애 또는 병태를 앓고 있거나 그에 대한 위험이 있을 수 있는 개체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 대조군 샘플이다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 음성 대조군 샘플이다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 양성 대조군 샘플이다. 일부 실시예에서, 기준 샘플은 이력 기준(예: 대조군 샘플에 걸친 값)일 수 있다. 일부 실시예에서 기준 샘플은 인쇄 출판물(예: 교과서, 저널 등)에서 나온 것일 수 있다.
일부 실시예에서, 제2 샘플은 테스트 샘플일 수 있다. 일부 실시예에서, 테스트 샘플은 조성물, 예컨대 CT10 조성물과 접촉(예: 투여 또는 섭취)되는 대상체로부터 얻은 샘플일 수 있다. 일부 경우에, 대상체(예: 환자 또는 집단)는 질병, 장애 또는 병태를 앓고 있거나 위험에 처해 있을 수 있다. 어떤 경우에, 대상체(예: 환자 또는 집단)는 하나 이상의 질병, 장애 또는 병태에 대한 알려지지 않은 위험이 있을 수 있다. 일부 실시예에서, 테스트는 제2 시점에 조성물, 예컨대 CT10 조성물과 접촉(예: 투여 또는 섭취)된 대상체로부터 얻은 샘플일 수 있다.
일부 실시예에서, 본원에 기재된 방법은 테스트 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준(예: 대사체)을 기준 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준(예: 대사체)과 비교하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 테스트 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준을 기준 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준과 비교함으로써, 본원에 기재된 조성물은 대사산물 수준을 조절하는 데 유용한 것으로 평가, 특성화 또는 확인될 수 있다. 일부 실시예에서, 테스트 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준을 기준 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준과 비교함으로써, 본원에 개시된 바와 같은 조성물이 질병, 장애 또는 병태 표현형의 중증도 또는 발병률을 증가시키는 것으로 결정될 수 있다. 일부 실시예에서, 테스트 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준을 기준 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준과 비교함으로써, 본원에 개시된 바와 같은 조성물이 질병, 장애 또는 병태 표현형의 중증도 또는 발병률을 감소시키는 것으로 결정될 수 있다. 일부 실시예에서, 테스트 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준을 기준 샘플로부터 얻은 하나 이상의 대사산물 수준과 비교함으로써, 본원에 개시된 바와 같은 조성물이 질병, 장애 또는 병태 표현형의 중증도 또는 발병률에 영향을 미치지 않는 것으로 결정될 수 있다.
본원에 제공된 조성물 및 방법은 포유동물 질병, 장애 또는 병태에 영향을 미치는 하나 이상의 대사산물 수준을 평가, 특성화 또는 확인하는 데 유용할 수 있다. 본 개시는 또한 본원에 제공된 조성물 및 방법이 질병, 장애 또는 병태와 관련된 대사체 시그니처를 정의 및/또는 특성화하는 데 사용될 수 있다는 인식을 제공한다. 추가로, 본 개시는 본원에 제공된 조성물 및 방법이 질병, 장애 또는 병태의 하나 이상의 특징(예: 중증도, 요법에 대한 반응성 등)과 관련된 대사체 시그니처를 정의 및/또는 특성화하는 데 사용될 수 있다는 인식을 제공한다. 예를 들어, 예컨대 다수의 개인에 걸쳐, 다수의 대사산물 수준이 질병, 장애 또는 병태의 중증도 증가와 관련된 것으로 결정되는 경우, 대사체 수준과 상대적인 양은 질병, 장애 또는 병태의 중증도가 증가할 위험이 있는 개체를 식별하기 위한 신호로 사용될 수 있다. 또 다른 예로서, 예컨대 단일 개체에서 특정 시간에(예: 치료에서 제외된 후), 다중 대사산물 수준이 질병, 장애 또는 병태의 증가된 중증도와 연관되는 것으로 결정되면, 대사산물 수준과 상대적인 양은 개체가 질병, 장애 또는 병태의 중증도가 증가할 위험이 있는 시기를 식별하기 위한 신호로 사용될 수 있다.
본 개시는 또한 본원에 제공된 조성물 및 방법이 질병, 장애 또는 병태를 갖는 개체를 진단하는 데 사용될 수 있다는 인식을 제공한다. 사실상, 본원에 제공된 조성물 및 방법의 사용을 통해 결정된 질병, 장애 또는 병태와 관련된 대사체 시그니처를 사용하여 개체를 조기에 진단하고/하거나 위험에 처한 개체로 식별할 수 있다.
본 개시는 또한 본원에 제공된 조성물 및 방법이 개인의 질병, 장애 또는 병태의 진행을 모니터링하는 데 사용될 수 있다는 인식을 제공한다. 예를 들어, 질병, 장애 또는 병태의 중증도를 증가시키는 것으로 결정된 대사산물 수준이 상대적인 양으로 감소하는 경우, 이는 예컨대 치료 또는 면역 반응에 의해 질병, 장애 또는 병태가 완화되고 있음을 나타낼 수 있다.
본 개시는 또한 본원에서 제공하는 조성물 및 방법이 개별 환자에 대한 치료법(예: 치료법, 기능식품 및/또는 프로바이오틱스)을 맞춤화하는 데 사용할 수 있음을 시사한다. 일부 실시예에서, 본원에서 제공하는 조성물 및 방법은 "맞춤형" 요법을 제공할 수 있다. 어떤 경우에는 개체 내의 대사산물 수준을 평가, 특성화 또는 식별하여 질병, 장애 또는 병태가 있는지 결정할 수 있다. 결과에 기초하여 개체는 대사산물 수준(즉, 그들의 대사체)을 조정하기 위해 하나 이상의 조성물로 치료될 수 있다. 어떤 경우에는 개체가 앓고 있거나 발병할 위험이 있는 질병, 장애 또는 병태에 영향을 미친다. 예를 들어, 개체가 질병, 장애 또는 병태의 중증도를 감소시키는 것으로 결정된 하나 이상의 대사산물 수준을 비교적 소량 가지고 있는 것으로 판정이 난 경우, 질병, 장애 또는 병태의 중증도를 감소시키는 것으로 판정이 난 하나 이상의 조성물(또는 그 추출물, 성분 또는 화합물)을 개체에게 투여하여 개체의 질병 또는 병태의 중증도를 완화할 수 있다.
본 개시는 본원에 제공된 조성물 및 방법이 질병, 장애 또는 병태를 반복적으로 치료, 예방 또는 완화하는 데 사용될 수 있다는 통찰을 제공한다. 일부 실시예에서, 예컨대, 본원에 개시된 하나 이상의 조성물은 대상체의 대사산물 수준에 대한 하나 이상 조성물의 효과를 결정한 후 대상체에게 투여(예: 섭취, 주사 등)될 수 있다. 일부 실시예에서, 조성물은 1회 투여될 수 있다. 일부 실시예에서, 조성물은 1회 넘게 투여될 수 있다. 일부 실시예에서, 조성물은 매일, 매주, 격주, 매월, 격월 등으로 투여될 수 있다. 이러한 각각의 경우에 하나 이상의 대사산물 수준을 모니터링할 수 있다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물(예: 대사체)의 수준은 조성물의 투여 전에 모니터링될 수 있다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 대사산물(예: 대사체)의 수준은 조성물의 투여 후에 모니터링될 수 있다.
약학 조성물
개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합을 포함하는 조성물을 본원에서 제공한다. 일부 실시예에서, 본원이 제공하는 조성물은 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합을 포함하며, 그에 대한 평가, 확인, 특성화 또는 분석에는 본원에 기재된 방법을 사용하였다. 일부 실시예에서, 본원이 제공하는 조성물은 포유동물 마이크로바이옴 중 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상 또는 10개 이상의 미생물 균주, 아울러 그 추출물, 및/또는 그 성분을 포함하며, 그에 대한 평가, 확인, 특성화 또는 분석에서 본원에 기재된 바와 같은 방법을 사용하였다.
일부 실시예에서, 본원이 제공하는 조성물은 하기 표 5에 열거하는 미생물 균주 중 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상 또는 10개 이상을 포함한다.
인간 장내 마이크로바이옴에서 발견되는 예시적인 미생물 균주
Bacteroides pectinophilus Exiguobacterium mexicanum
Acetobacter sp Faecalibacterium prausnitzii
Acetobacterium tundrae Faecalitalea cylindroides
Achromobacter aegrifaciens Finegoldia magna
Achromobacter insuavis Flavonifractor plautii
Achromobacter piechaudii Flintibacter butyricus
Achromobacter xylosoxidans Fusicatenibacter saccharivorans
Acidaminococcus fermentans Fusobacterium gonidiaformans
Acidaminococcus intestini Fusobacterium mortiferum
Acinetobacter baumannii Fusobacterium nucleatum
Acinetobacter junii Fusobacterium ulcerans
Actinomyces sp. Fusobacterium varium
Agathobacter rectalis Gardnerella vaginalis
Agathobaculum butyriciproducens Gemella haemolysans
Aggregatibacter segnis Gemella sanguinis
Akkermansia muciniphila Gemmiger formicilis
Alistipes finegoldii Gluconacetobacter sp
Alistipes indistinctus Gluconobacter sp
Alistipes onderdonkii Gordonibacter pamelaeae
Alistipes putredinis Granulicatella adiacens
Alistipes shahii Grimontia hollisae
Allisonella histaminiformans Haemophilus parainfluenzae
Anaerobaculum hydrogeniformans Harryflintia acetispora
Anaerococcus hydrogenalis Helicobacter bilis
Anaerococcus octavius Helicobacter bizzozeronii
Anaerococcus prevotii Helicobacter canadensis
Anaerococcus tetradius Helicobacter cinaedi
Anaerococcus vaginalis Helicobacter pullorum
Anaerofilum agile Helicobacter pylori
Anaerofustis stercorihominis Helicobacter winghamensis
Anaerosporobacter mobilis Holdemanella biformis
Anaerostipes caccae Holdemania filiformis
Anaerostipes hadrus Holdemania massiliensis
Anaerostipes rhamnosivorans Hungatella effluvii
Anaerotruncus colihominis Hungatella hathewayi
Anaerovorax odorimutans Intestinimonas butyriciproducens
Arcobacter butzleri Kineothrix alysoides
Asaccharobacter celatus Kingella oralis
Atopobium parvulum Klebsiella pneumoniae
Atopobium vaginae Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae
Bacillus cereus Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
Bacillus coagulans Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis
Bacillus licheniformis Klebsiella quasipneumoniae subsp. quasipneumoniae
Bacillus pseudomycoides Klebsiella singaporensis
Bacillus sonorensis Klebsiella variicola
Bacillus toyonensis Lachnobacterium bovis
Bacillus wiedmannii Lachnospira multipara
Bacteroides caccae Lachnospira pectinoschiza
Bacteroides cellulosilyticus Lactobacillus acidophilus
Bacteroides clarus Lactobacillus amylolyticus
Bacteroides coprocola Lactobacillus amylovorus
Bacteroides coprophilus Lactobacillus antri
Bacteroides dorei Lactobacillus brevis subsp. Gravesensis
Bacteroides eggerthii Lactobacillus buchneri
Bacteroides faecis Lactobacillus casei
Bacteroides finegoldii Lactobacillus coryniformis subsp. Coryniformis
Bacteroides fluxus Lactobacillus crispatus
Bacteroides fragilis Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus
Bacteroides intestinalis Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus
Bacteroides massiliensis Lactobacillus delbrueckii subsp. Lactis
Bacteroides nordii Lactobacillus fermentum
Bacteroides oleiciplenus Lactobacillus fructivorans
Bacteroides ovatus Lactobacillus gasseri
Bacteroides plebeius Lactobacillus helveticus
Bacteroides salanitronis Lactobacillus hilgardii
Bacteroides salyersiae Lactobacillus iners
Bacteroides stercoris Lactobacillus jensenii
Bacteroides thetaiotaomicron Lactobacillus johnsonii
Bacteroides uniformis Lactobacillus mucosae
Bacteroides vulgatus Lactobacillus oris
Bacteroides xylanisolvens Lactobacillus paracasei
Bacteroides xylanolyticus Lactobacillus paracasei subsp. tolerans
Barnesiella intestinihominis Lactobacillus pentosus
Bartonella clarridgeiae Lactobacillus plantarum subsp. plantarum
Bartonella quintana str. Toulouse Lactobacillus reuteri
Bifidobacterium adolescentis Lactobacillus rhamnosus
Bifidobacterium angulatum Lactobacillus rogosae
Bifidobacterium animalis Lactobacillus ruminis
Bifidobacterium bifidum Lactobacillus salivarius
Bifidobacterium breve Lactobacillus ultunensis
Bifidobacterium catenulatum Lactobacillus vaginalis
Bifidobacterium coryneforme Lactococcus formosensis
Bifidobacterium dentium Lactococcus garvieae
Bifidobacterium faecale Lactococcus lactis subsp. Cremoris
Bifidobacterium gallicum Lactococcus lactis subsp. lactis
Bifidobacterium longum Lactonifactor longoviformis
Bifidobacterium longum subsp. infantis Laribacter hongkongensis
Bifidobacterium longum subsp. longum Lautropia mirabilis
Bifidobacterium longum subsp. suis Leptotrichia buccalis
Bifidobacterium pseudocatenulatum Leptotrichia hofstadii
Bifidobacterium pseudolongum Leuconostoc lactis
Bifidobacterium stercoris Leuconostoc mesenteroides subsp. Cremoris
Bilophila wadsworthia Listeria grayi
Bittarella massiliensis Listeria monocytogenes
Blautia coccoides Longicatena caecimuris
Blautia faecis Marvinbryantia formatexigens
Blautia glucerasea Megamonas funiformis
Blautia hansenii Megamonas rupellensis
Blautia hydrogenotrophica Megasphaera elsdenii
Blautia luti Megasphaera indica
Blautia obeum Megasphaera micronuciformis
Blautia producta Megasphaera paucivorans
Blautia schinkii Methanobrevibacter smithii
Blautia stercoris Methanomassiliicoccus luminyensis
Blautia wexlerae Methanosphaera stadtmanae
Bradyrhizobium japonicum Methylobacterium radiotolerans
Burkholderia ambifaria Mitsuokella jalaludinii
Burkholderia cenocepacia Mitsuokella multacida
Burkholderia glumae Mobiluncus mulieris
Burkholderia multivorans Mogibacterium timidum
Burkholderia plantarii Mogibacterium vescum
Butyricicoccus faecihominis Moraxella catarrhalis
Butyricicoccus pullicaecorum Morganella morganii subsp. morganii
Butyricimonas faecihominis Murdochiella asaccharolytica
Butyricimonas paravirosa Mycobacterium abscessus
Butyricimonas virosa Mycobacterium tuberculosis
Butyrivibrio crossotus Mycoplasma hominis
Campylobacter coli Neisseria cinerea
Campylobacter concisus Neisseria flavescens
Campylobacter curvus Neisseria macacae
Campylobacter gracilis Neisseria mucosa
Campylobacter hominis Neisseria sicca
Campylobacter jejuni subsp. Jejuni Neisseria subflava
Campylobacter showae Nitrobacter hamburgensis
Campylobacter upsaliensis Nitrobacter winogradskyi
Candidatus Dorea massiliensis Odoribacter laneus
Candidatus Stoquefichus massiliensis Odoribacter splanchnicus
Capnocytophaga gingivalis Olsenella profusa
Capnocytophaga sputigena Olsenella scatoligenes
Cardiobacterium hominis Olsenella uli
Catenibacterium mitsuokai Oribacterium sinus
Catonella morbi Oscillibacter ruminantium
Cedecea lapagei Oscillibacter valericigenes
Citrobacter amalonaticus Oscillospira guilliermondii
Citrobacter freundii Oxalobacter formigenes
Citrobacter koseri Paenibacillus jamilae
Citrobacter youngae Paenibacillus kribbensis
Clostridium acetobutryicum Paenibacillus riograndensis
Clostridium aerotolerans Paeniclostridium sordellii
Clostridium aldenense Parabacteroides distasonis
Clostridium aminophilum Parabacteroides goldsteinii
Clostridium aminovalericum Parabacteroides gordonii
Clostridium amygdalinum Parabacteroides johnsonii
Clostridium asparagiforme Parabacteroides merdae
Clostridium baratii Paraprevotella clara
Clostridium bartlettii Paraprevotella xylaniphila
Clostridium beijerinckii Parasutterella excrementihominis
Clostridium bifermentans Parasutterella secunda
Clostridium bolteae Parvimonas micra
Clostridium butyricum Pediococcus acidilactici
Clostridium celerecrescens Pediococcus pentosaceus
Clostridium cf. saccharolyticum Peptoniphilus duerdenii
Clostridium citroniae Peptoniphilus grossensis
Clostridium clariflavum Peptoniphilus harei
Clostridium clostridioforme Peptoniphilus indolicus
Clostridium cocleatum Peptostreptococcus anaerobius
Clostridium colinum Phascolarctobacterium faecium
Clostridium difficile Phascolarctobacterium succinatutens
Clostridium glycyrrhizinilyticum Porphyromonas asaccharolytica
Clostridium hathewayi Porphyromonas endodontalis
Clostridium herbivorans Porphyromonas gingivalis
Clostridium hiranonis Prevotella bivia
Clostridium hylemonae Prevotella buccae
Clostridium innocuum Prevotella copri
Clostridium lactatifermentans Prevotella disiens
Clostridium lavalense Prevotella marshii
Clostridium leptum Prevotella melaninogenica
Clostridium methoxybenzovorans Prevotella nigrescens
Clostridium methylpentosum Prevotella pallens
Clostridium nexile Prevotella salivae
Clostridium orbiscindens Prevotella stercorea
Clostridium oroticum Prevotella tannerae
Clostridium perfringens Prevotella timonensis
Clostridium polysaccharolyticum Propionibacterium acnes
Clostridium propionicum Propionibacterium avidum
Clostridium ramosum Propionibacterium namnetense
Clostridium rectum Proteus mirabilis
Clostridium saccharogumia Proteus penneri
Clostridium saccharolyticum Providencia alcalifaciens
Clostridium sardiniense Providencia rettgeri
Clostridium saudii Providencia rustigianii
Clostridium scindens Providencia stuartii
Clostridium sordellii Pseudoflavonifractor capillosus
Clostridium sphenoides Ralstonia sp.
Clostridium spiroforme Robinsoniella peoriensis
Clostridium sporogenes Roseburia cecicola
Clostridium sticklandii Roseburia faecis
Clostridium straminisolvens Roseburia hominis
Clostridium symbiosum Roseburia intestinalis
Clostridium tertium Roseburia inulinivorans
Clostridium thermocellum Rothia dentocariosa
Clostridium xylanolyticum Ruminococcus albus
Clostridium xylanovorans Ruminococcus bromii
Collinsella aerofaciens Ruminococcus callidus
Collinsella intestinalis Ruminococcus faecis
Collinsella stercoris Ruminococcus gnavus
Collinsella tanakaei Ruminococcus lactaris
Coprobacillus cateniformis Ruminococcus obeum
Coprobacter fastidiosus Ruminococcus torques
Coprococcus catus Ruthenibacterium lactatiformans
Coprococcus comes Sarcina ventriculi
Coprococcus eutactus Sellimonas intestinalis
Corynebacterium ammoniagenes Senegalimassilia anaerobia
Corynebacterium matruchotii Shigella boydii
Corynebacterium pseudogenitalium Shigella dysenteriae
Corynebacterium tuberculostearicum Shigella flexneri
Deinococcus radiodurans Shigella sonnei
Dermabacter hominis Slackia faecicanis
Desulfotomaculum guttoideum Slackia isoflavoniconvertens
Desulfovibrio legallis Slackia piriformis
Desulfovibrio piger Solobacterium moorei
Dialister invisus Staphylococcus caprae
Dialister microaerophilus Staphylococcus epidermidis
Dialister succinatiphilus Staphylococcus hominis subsp. Hominis
Dielma fastidiosa Staphylococcus lugdunensis
Dorea formicigenerans Staphylococcus warneri
Dorea longicatena Streptococcus agalactiae
Dysgonomonas mossii Streptococcus anginosus
Edwardsiella tarda Streptococcus anginosus subsp. whileyi
Eggerthella lenta Streptococcus australis
Eggerthella sinensis Streptococcus bovis
Eikenella corrodens Streptococcus constellatus subsp. constellatus
Eisenbergiella tayi Streptococcus equinus
Enhydrobacter aerosaccus Streptococcus gallolyticus subsp. pasteuri
Enterobacter aerogenes Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus
Enterobacter asburiae Streptococcus gordonii
Enterobacter cancerogenus Streptococcus gordonii str. Challis
Enterobacter cloacae Streptococcus infantarius
Enterobacter hormaechei Streptococcus infantarius subsp. coli
Enterobacter kobei Streptococcus infantarius subsp. Infantarius
Enterobacter ludwigii Streptococcus infantis
Enterobacter xiangfangensis Streptococcus lactarius
Enterococcus asini Streptococcus lutetiensis
Enterococcus avium Streptococcus mutans
Enterococcus casseliflavus Streptococcus parasanguinis
Enterococcus durans Streptococcus pasteurianus
Enterococcus faecalis Streptococcus pleomorphus
Enterococcus faecium Streptococcus rubneri
Enterococcus gallinarum Streptococcus salivarius
Enterococcus hirae Streptococcus salivarius subsp. salivarius
Enterococcus mundtii Streptococcus sanguinis
Enterococcus raffinosus Streptococcus thermophilus
Enterococcus raffinosus Streptococcus vestibularis
Erysipelotrichaceae bacterium Subdoligranulum variabile
Escherichia albertii Succinatimonas hippei
Escherichia coli Sutterella parvirubra
Escherichia fergusonii Sutterella stercoricanis
Eubacterium biforme Sutterella wadsworthensis
Eubacterium callanderi Terrisporobacter glycolicus
Eubacterium contortum Turicibacter sanguinis
Eubacterium cylindroides Ureaplasma parvum
Eubacterium desmolans Vagococcus penaei
Eubacterium dolichum Varibaculum cambriense
Eubacterium eligens Veillonella sp.
Eubacterium hadrum Veillonella dispar
Eubacterium hallii Veillonella parvula
Eubacterium infirmum Veillonella rogosae
Eubacterium limosum Veillonella tobetsuensis
Eubacterium oxidoreducens Vibrio cholerae
Eubacterium ramulus Vibrio furnissii
Eubacterium rectale Vibrio mimicus
Eubacterium ruminantium Victivallis vadensis
Eubacterium saburreum Weissella cibaria
Eubacterium siraeum Weissella confusa
Eubacterium sulci Weissella paramesenteroides
Eubacterium tortuosum Xenorhabdus nematophila
Eubacterium ventriosum Yersinia enterocolitica subsp. Palearctica
Eubacterium xylanophilum Yersinia pseudotuberculosis
Eubacterium yurii subsp. Margaretiae
일부 실시예에서, 본원이 제공하는 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 중에 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상 또는 전부를 포함한다. 일부 실시예에서, 예를 들어, 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 모두를 포함하고, CT10 조성물, CT10 칵테일 등을 포함하되 이에 국한되지 않는 다른 이름으로 언급될 수 있다.
일부 실시예에서, 사멸한(예: 가열로 사멸) 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합을 포함한다. 또는, 일부 실시예에서, 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합은 생존 가능하거나 살아있는 세포를 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 예를 들어 포유동물 마이크로바이옴으로부터의 생존 가능하거나 살아 있는 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합을 포함한다.
일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주는 본원에 기재된 바와 같이, 하나 이상의 세포 배양물 및/또는 그 상청액 또는 펠릿, 또는 그에서 형성한 분말을 포함하거나 그로부터 제형화한, 예를 들어 포유동물 마이크로바이옴으로부터 얻은 생존 가능하거나 살아 있는 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합을 포함한다.
일부 실시예에서, 본 개시에 따라 사용하기 위한 조성물은, 예를 들어 포유동물(예: 인간)에 투여(예: 경구 투여)하기 위한 약학 조성물이다. 의약조성물은 전형적으로 활성제( 예: 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합, 그 추출물, 및/또는 성분) 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함한다. 약학적으로 허용되는 담체의 예로는 식염수, 용매, 분산 매질, 코팅, 항균제 및 항진균제, 등장성 및 흡수 지연제 등을 들 수 있으며, 약학적 투여와 양립할 수 있다.
일부 실시예에서, 본 개시에 따라 사용하기 위한 의약조성물은 1종 이상의 보조 활성제를 포함하거나 그와 병용 투여해도 좋다. 특정 실시예에서, 상기 보조 활성제는 생강, 커큐민, 프로바이오틱스(예: 락토바실러스, 비피도박테리움 속, 사카로마이세스, 엔테로코커스, 스트렙토코커스, 페디오코커스 , 류코노스톡, 바실러스 및/또는 대장균 중 하나 이상의 프로바이오틱 균주)(본원에 참조로 포함된 Fijan, Int J Environ Res Public Health. 2014 May; 11(5): 4745-4767을 참조), 프리바이오틱스(프로바이오틱 박테리아의 성장을 지원하는 소화 불가능한 식품 성분, 예: 프락토올리고당(FOS) 및 이눌린과 같은 프럭탄(fructan), 갈락토올리고당(GOS)과 같은 갈락탄, 저항성 전분, 펙틴, 베타-글루칸 및 자일로올리고당과 같은 식이 섬유)(본원에 참조로 포함된 Hutkins et al., Curr Opin Biotechnol. 2016 Feb; 37: 1-7을 참조) 및 이들의 조합을 포함할 수 있다.
약학 조성물은 의도한 투여 경로와 양립 가능하도록 제형화된다. 투여 경로의 예로는 경구 투여를 들 수 있다. 적합한 약학 조성물을 제형화하는 방법은 당 업계에 공지되어 있으며, 예를 들어 Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st ed., 2005; and the books in the series Drugs and the Pharmaceutical Sciences: a Series of Textbooks and Monographs (Dekker, NY) 시리즈의 저서를 참조할 수 있다. 경구 조성물은 일반적으로 비활성 희석제 또는 식용 담체를 포함한다. 예를 들자면, 일부 실시예에서, 경구 제형은 시럽, 액체, 정제, 트로키(troche), 구미, 캡슐(예: 젤라틴 캡슐), 분말, 젤, 필름 등이거나 이를 포함해도 좋다.
일부 실시예에서, 약학적으로 적합한 결합제 및/또는 보조제 물질은 경구 조성물의 일부로 포함될 수 있다. 일부 특정 실시예에서, 약학 조성물은 예를 들어 미세결정질 셀룰로오스, 트래거캔스 검 또는 젤라틴 등의 결합제; 전분 또는 유당 등의 부형제; 알긴산, 프리모겔 또는 옥수수 전분 등의 붕해제; 마그네슘 스테아레이트 또는 스테로테스 등의 윤활제; 콜로이드성 이산화규소 등의 활택제; 자당 또는 사카린 등의 감미료; 페퍼민트, 메틸 살리실레이트 또는 오렌지 향료 등의 향미제와 같은 불활성 성분 중 임의의 하나 이상, 또는 그와 유사한 성질의 화합물을 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 조성물은 그대로 섭취해도 좋고, 식품 또는 액체(예: 물) 상에 뿌리거나 혼합해도 좋다. 일부 실시예에서, 본원에 기재된 바와 같이 포유동물에게 투여할 수 있는 조성물은 포유동물 마이크로바이옴으로부터 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합, 그 추출물, 및/또는 그 성분을 포함하는(예: 보충) 섭취 가능한 물품(예: 식품 또는 음료)이거나 이를 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 식품은 바, 사탕, 구운 식품, 시리얼, 짠 스낵, 파스타, 초콜릿, 및 기타 고형 식품, 그 밖에도 요구르트, 수프 및 스튜를 포함하는 액체 또는 반고체 식품, 스무디, 쉐이크, 주스 및 기타 탄산 또는 비 탄산음료와 같은 음료 중 하나 이상이거나 이를 포함할 수 있다. 일부 실시예에서, 대상체는 포유동물 마이크로바이옴에서 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합, 그 추출물, 및/또는 그 성분을 혼합함으로써 식품을 제조한다.
조성물은 투여 또는 본원에 기재된 방법에서의 사용을 위한 설명서와 함께 키트, 용기, 팩 또는 디스펜서에 수납할 수 있다.
당업자는 본 개시를 읽고, 일부 실시예에서 본원에 개시된 조성물(예: 약학 조성물)이 관련 화합물을 생성하는(생성한 및/또는 생성 중인) 세포, 조직, 유기체(예: 식물 또는 미생물 세포, 조직 또는 유기체)이거나 이를 포함한다는 사실을 이해할 것이다.
당업자는, 일부 실시예에서 조성물 및/또는 제제의 제조, 및/또는 제조(특히 약학 조성물의 제조)를 위한 기술은, 예를 들어 품질 관리의 일부로서 화합물, 제제 또는 조성물을 평가하거나 특성화하는 하나 이상의 단계를 포함해도 좋음을 이해할 것이다. 일부 실시예에서, 분석 물질은 관련 평가에 관한 소정의 사양을 충족하지 못하면 폐기처분 한다. 일부 실시예에서, 해당 분석 물질이 소정의 사양을 충족하는 경우, 본원에 기재된 바와 같이 계속 처리한다.
일부 실시예에서, 본원이 제공하는 약학 조성물은 포유동물 마이크로바이옴으로부터 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합의 집락화 (colonization)를 촉진하며, 상기 미생물 균주는 특히 포유동물의 질병 또는 병태를 앓고 있거나 발병할 위험이 있는 포유동물에서, 포유동물의 질병 또는 병태의 중증도 또는 발병률을 감소시키는 것이 식별, 특성화 또는 검증되어 있다. 일부 실시예에서, 본원이 제공하는 약학 조성물은 포유동물 마이크로바이옴으로부터 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합의 집락화를 촉진하며, 상기 미생물 균주는 특히 포유동물의 질병 또는 병태를 앓고 있거나 발병할 위험이 있는 포유동물에서, 포유동물의 질병 또는 병태의 중증도 또는 발병률을 증가시키는 것이 식별, 특성화 또는 검증되어 있다. 일부 실시예에서, 본원이 제공하는 약학 조성물은 포유동물 마이크로바이옴으로부터 얻은 개별 미생물 균주 또는 미생물 균주의 조합의 집락화를 촉진하며, 상기 미생물 균주는 특히 포유동물의 질병 또는 병태를 앓고 있거나 발병할 위험이 있는 포유동물에서, 포유동물의 질병 또는 병태의 중증도 또는 발병에 일절 영향을 끼치지 않는 것으로 식별, 특성화 또는 검증되어 있으나, 한편으로는 포유동물 질병 또는 상태의 중증도 또는 발병률을 증가시키는 것으로 식별, 특성화 또는 검증되어 있는 하나 이상의 미생물 균주를 압도할 수 있음이 식별, 특성화 또는 검증되어 있다.
일부 실시예에서, 조성물 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 101~1015 CFU(콜로니 형성 단위)를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 106~1015 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 조성물 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 CFU 수가 동일하다. 일부 실시예에서, 조성물 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 CFU 수가 상이하다.
일부 실시예에서, 조성물은 총 106~1015 CFU를 포함한다.
일부 실시예에서, 약학 조성물은 포유동물(예: 인간)의 마이크로바이옴에 기초하여 특정 포유동물(예: 특정 인간 환자)에 맞춰 제조한다. 일부 실시예에서, 약학 조성물은 개별 포유동물(예: 인간)의 마이크로바이옴에 특이적이다. 일부 실시예에서, 약학 조성물은 포유동물(예: 인간) 집단의 마이크로바이옴에 특이적이다. 포유동물의 개체군은, 가족, 동일한 지역 위치에 있는 포유동물(예: 이웃, 도시, 주 또는 국가), 동일한 질병 또는 병태를 가진 포유동물, 특정 연령 또는 연령대의 포유동물, 특정 식단(예: 음식, 식단, 또는 열량)을 섭취하는 포유동물을 포함할 수 있다.
치료법
본 개시는 본원에 기재된 조성물이 대상체의 치료에 유용할 수 있음을 시사한다. 본 개시가 제공하는 방법은 특정 질병, 장애 및 병태의 치료법을 포함한다. 일부 실시예에서, 관련 질병, 장애 및 병태는 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태거나 이를 포함할 수 있다. 일부 실시예에서, 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태는 알츠하이머병일 수 있다. 일부 실시예에서, 관련 질병, 장애 또는 병태는 안구 신생혈관 질병 또는 장애거나 이를 포함해도 좋다. 일부 실시예에서, 신경퇴행성 질병 또는 병태는 당뇨병성 망막병증, 미숙아 망막병증, 노인성 황반 변성, 또는 녹내장이다.
일반적으로, 본 개시가 제공하는 치료법은 치료 유효량의 본원에 기재된 바와 같은 조성물을 단독으로 또는 그 외의 조성물 및/또는 치료와 조합하여 이를 필요로 하거나 해당 치료가 필요한 것으로 여겨지는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시예에서, 본원에서 제공하는 치료법은 예방적이며, 예를 들어 유의미한 증상을 나타내기 전에 및/또는 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태와 관련된 특정 유도에 노출되기 전에 대상체에게 투여해도 좋다. 일부 실시예에서, 본원에서 제공하는 치료법은 치료적이며, 예를 들어 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태와 관련된 유의한 증상이 일어난 후 대상체에게 투여해도 좋다.
일부 실시예에서, 본원에서 제공하는 치료법은 포유동물인 대상체, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 질병, 장애 또는 병태를 경험하는 포유동물이다. 일부 실시예에서, 대상체는 인간 또는 인간이 아닌 수의학의 대상체, 예를 들어 유인원, 고양이 개, 원숭이 또는 돼지이다.
일부 실시예에서, 치료는 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태와 관련된 질병, 장애 또는 병태의 적어도 하나의 증상을 개선하는 것을 포함한다. 일부 실시예에서, 치료법은 예방적일 수 있다.
일부 실시예에서, 방법은 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태와과 연관이 있을 것으로 여겨지는 치료의 투여 전, 투여 중(예: 병용), 또는 투여 후에 본원에 개시된 조성물의 치료 유효량을 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 본원에 기재된 바와 같은 치료를 받는 대상체는 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 질병, 장애 또는 병태(예: 신경퇴행성 질병, 장애 또는 병태) 중 하나 이상의 증상 또는 특징의 치료를 의도한 치료(예: 약학적 치료/요법, 외과적 치료 등)를 받고 있거나 받았을 수 있다. 따라서 본원이 제공하는 조성물은 관련 질병, 장애 또는 병태를 치료하기 위해 상기 그 외의 요법(즉, 치료)과 조합하여 투여한다.
일부 실시예에서, 본원에 기재된 조성물은 하나 이상의 약학적으로 허용되는 담체를 함유하는 형태로 투여해도 좋다. 적합한 담체는 이전에 설명한 바와 같으며, 조성물의 원하는 형태 및 투여 방식에 따라 다양하게 쓰일 수 있다. 예를 들어, 약학적으로 허용되는 담체는 희석제 또는 부형제, 예를 들어 충전제, 결합제, 습윤제, 붕해제, 표면 활성제, 활택제 및 윤활제를 포함할 수 있다. 담체는 고체(분말 포함), 액체, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 각 담체는 바람직하게는 조성물의 다른 성분과 상용성이며, "허용 가능"하다는 것은 대상체에게 해를 끼치지 않는다는 의미이다. 담체는 생물학적으로 허용가능하고 불활성일 수 있다(이를테면 조성물이 적절한 부위에 전달될 때까지 생물학적 물질의 생존력을 유지하도록 허용한다).
정제, 알약, 캡슐, 트로키 등은 예를 들어 미세결정질 셀룰로오스, 트래거캔스 검 또는 젤라틴 등의 결합제; 전분 또는 유당 등의 부형제; 알긴산, 프리모겔 또는 옥수수 전분 등의 붕해제; 마그네슘 스테아레이트 또는 스테로테스 등의 윤활제; 콜로이드성 이산화규소 등의 활택제; 자당 또는 사카린 등의 감미료; 페퍼민트, 메틸 살리실레이트 또는 오렌지 향료 등의 향미제와 같은 불활성 성분 중 임의의 하나 이상, 또는 그와 유사한 성질의 화합물을 포함해도 좋다. 이는 단지 예시를 위한 것이며 한정을 의도하지 않는다.
경구 조성물은 비활성 희석제 또는 식용 담체를 포함한다. 경구 치료 투여의 목적을 위해, 활성 화합물은 부형제와 혼입해도 좋고, 정제, 로젠지, 알약, 트로키 또는 캡슐(예: 젤라틴 캡슐)의 형태로 사용해도 좋습니다. 경구 조성물은 또한 본 개시내용의 조성물을 식품과 조합함으로써 제조할 수 있다. 일부 실시예에서, 미생물은 식품 품목에 제제화해도 좋다. 본원에 기재된 방법 및 조성물에 쓰이는 식품 품목은 아이스 캔디, 치즈, 크림, 초콜릿, 우유, 육류, 음료, 피클, 케피어(kefir), 미소, 사우어크라우트(saurkraut) 등을 예로 들 수 있으나, 이에 한정되지는 않는다. 또 다른 실시예에서, 식품 품목은 주스, 탄산음료, 차 음료, 드링크, 젤리 음료, 기능성 음료; 맥주 등의 알코올 음료; 쌀 식품, 국수, 빵, 파스타 등의 탄수화물 함유 식품; 생선, 햄, 소시지, 해산물 페이스트 제품 등의 페이스트 제품; 카레, 전분 소스를 곁들인 음식, 중국 수프 등의 레토르트 파우치 제품; 수프; 우유, 유제품 음료, 아이스크림 및 요구르트와 같은 유제품; 된장, 발효음료, 장아찌 등의 발효물; 콩 제품; 비스킷, 쿠키 등의 제과류, 캔디류, 츄잉껌류, 구미류, 젤리류 등의 냉과자, 크림카라멜, 냉동과자류; 즉석 스프, 즉석 간장 스프 등의 인스턴트 식품을 포함해도 좋다. 미생물을 사멸시키는 것을 방지하기 위해 미생물 균주와 혼합한 후 식품 준비를 조리할 필요가 없는 것이 바람직하다. 한 실시예에서, 투여에 사용하는 음식, 예를 들어 향미를 가한 얼음물을 냉각시킨다. 특정 실시예에서, 식품 품목은 잠재적으로 알레르기를 유발하는 식품 품목이 아니다(예를 들어, 대두, 밀, 땅콩, 견과류, 유제품, 계란, 조개류 또는 생선이 아님). 약학적으로 상용성인 결합제 및/또는 보조제는 조성물의 일부로 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 본원에 기재된 조성물은 투여한 세포로 대상체의 마이크로바이옴을 달성하는 투여 요법에 따라 대상체에게 투여된다. 일부 실시예에서, 조성물은 단일 투여량으로 대상체에게 투여한다. 일부 실시예에서, 조성물을 복수의 투여량으로 대상체에게 투여한다. 일부 실시예에서, 조성물의 투여량은 1일 2회, 매일, 매주 또는 매월 대상체에게 투여한다.
일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 101~1015 CFU(콜로니 형성 단위)를 포함한다. 일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 106~1015 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 CFU 수가 동일하다. 일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 CFU 수가 상이하다.
일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 106~1015 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 투여량 중 하나 이상의 미생물 균주 각각은 107~1015 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주의 투여량은 50억~2000억 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주의 투여량은 50억~500억 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주의 투여량은 50억~200억 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주의 투여량은 500억~1000억 CFU를 포함한다. 일부 실시예에서, 하나 이상의 미생물 균주의 투여량은 1000억~2000억 CFU를 포함한다.
실시예
하기 실시예는 본원에 기재된 방법 및 조성물을 제조하고 사용하는 방법을 당업자에게 설명하기 위한 것으로, 본 개시의 범위를 한정하지 않는다.
실시예 1: 마우스 혈장의 대사체 프로파일
연구 목적 : 모세관 전기영동 비행시간 질량분석법(CE-TOFMS)에 의한 마우스 혈장 내 이온 대사산물 분석.
요약 : 양이온성 및 음이온성 대사산물에 대한 2가지 모드에서 CE-TOFMS를 사용하여 마우스 혈장의 10개 샘플에서 대사체 분석을 수행하였다. 196개의 대사체(양이온 모드에서 119개 대사체 및 음이온 모드에서 77개 대사체)가 검출되었다.
재료 및 방법 :
재료: 마우스를 대조군 또는 처리군(CT10 조성물)으로 처리한 후, 이들의 혈액/혈장 샘플을 대사산물의 수준 변화에 대해 분석하였다. 30~50 마이크로리터(동물 체중에 따라 다름)의 인산염 완충 식염수(PBS)를 대조군으로 사용했다. CT10의 경우, 개별 박테리아 균주의 106 CFU를 PBS에서 함께 조합하고 하루에 한 번 경구 위관 영양법으로 동물에게 제공했다. 총 박테리아 농도는 107 CFU였다. 샘플에 대해 대사체 분석을 수행했다. 샘플은 아래 표 6에 열거되어 있다.
샘플 정보
이름 군 희석 (양이온)* 희석 (음이온)*
1 대조 (PBS) 1 3
7 1 3
3 1 3
4 1 3
2 처리 (CT10) 1 3
5 1 3
6 1 3
8 1 3
9 1 3
10 1 3
* 측정을 위한 희석 배수
샘플 제조: 각각의 50 μL 샘플을 내부 표준(20 μM)을 함유하는 200 μL의 메탄올과 혼합하고 혼합하였다. 그런 다음 Milli-Q 물(150 μL)을 첨가하고 완전히 혼합했다. 용액(300 μL)을 5-kDa 컷오프 필터(ULTRAFREE-MC-PLHCC, Human Metabolome Technologies, Yamagata, Japan)를 통해 여과하여 거대분자를 제거하였다. 여액을 원심 농축하고 측정 직전에 50 μL의 초순수에 재현탁하였다.
측정 : 하기 조건에서 CE-TOFMS 기반 대사체 분석의 양이온 및 음이온 모드에서 화합물을 측정하였다. CE-MS 분석의 분석 품질을 향상시키기 위해, 측정을 위해 샘플을 표 6에 나타낸 바와 같이 희석하였다.
양이온성 대사산물(양이온 모드)
장치
Agilent CE-TOFMS 시스템(Agilent Technologies Inc.) 기계 3번
모세관: 용융 실리카 모세관 내경 50 μm x 80 cm
분석 조건
런버퍼(Run buffer): 양이온 버퍼 용액 (p/n: H3301-1001)
헹굼 버퍼: 양이온 버퍼 용액(p/n: H3301-1001)
샘플 주입: 압력 주입 50 mbar, 10초
CE 전압: 포지티브, 30kV
MS 이온화: ESI 포지티브
MS 모세관 전압: 4,000 V
MS 스캔 범위: m/z 50~1,000
시스액(Sheath liquid): HMT 시스액(p/n: H3301-1020)
음이온 대사산물(음이온 모드)
장치
Agilent CE-TOFMS 시스템(Agilent Technologies Inc.) 기계 2번
모세관: 용융 실리카 모세관 내경 50 μm x 80cm
분석 조건
런버퍼: 음이온 완충 용액(p/n: I3302-1023)
헹굼 버퍼: 음이온 버퍼 용액(p/n: I3302-1023)
샘플 주입: 압력 주입 50 mbar, 22초
CE 전압: 포지티브, 30 kV
MS 이온화: ESI 네거티브
MS 모세관 전압: 3,500 V
MS 스캔 범위: m/z 50~1,000
시스액: HMT 시스액(p/n: H3301-1020)
데이터 처리 및 분석 :
데이터 처리: CE-TOFMS 분석에서 검출된 피크는 m/z, 마이그레이션 시간(MT) 및 피크 면적을 포함하는 피크 정보를 얻기 위해 자동 통합 소프트웨어(Keio University에서 개발된 MasterHands ver. 2.17.1.11)를 사용하여 추출되었다. 피크 면적은 다음 식에 의해 상대 피크 면적으로 변환되었다.
피크 검출 한계는 신호 대 잡음 비; S/N = 3에 따라 결정되었다.
Figure pct00002
피크 주석: HMT의 표준 라이브러리와 m/z 및 MT를 기반으로 알려진- 알려지지 않은 피크 라이브러리에서 추정 대사산물을 할당했다. 허용 오차는 MT에서 ±0.5분, m/z에서 ±10 ppm(아래 식을 사용하여 계산된 질량 오류)이다. 여러 피크에 동일한 후보가 할당된 경우 후보에 분기 번호가 지정되었다.
Figure pct00003
표적 대사산물의 정량적 추정: 표적 대사산물의 절대 정량화를 수행하였다. 모든 대사산물 농도는 내부 표준의 면적에 대한 각 대사산물의 피크 면적을 정규화하고 단일 점(100 μM 또는 50 μM) 보정으로 얻은 표준 곡선을 사용하여 계산했다.
통계 분석(PCA, HCA): 계층적 군집 분석(HCA) 및 주성분 분석(PCA)은 통계 분석 소프트웨어(HMT에서 개발됨)로 수행되었다. 분석 결과는 첨부된 엑셀 파일에 자세히 나타내었다.
경로 맵에 플로팅: 추정 대사산물을 갖는 피크의 프로파일은 VANTED(실험 데이터를 포함하는 네트워크의 시각화 및 분석) 소프트웨어를 사용하여 대사 경로 맵에 표시되었다. 경로 맵에 사용된 일부 대사산물의 약어는 HMT 표준 라이브러리(부록 1)의 약어와 다르다. 경로 맵은 인간 세포에 존재하는 것으로 알려진 대사 경로를 기반으로 작성하였다.
결과:
추정 대사산물: CE-TOFMS 측정에서, 196개 피크(각각 양이온 모드에서 119개 및 음이온 모드에서 77개)가 검출되었고 주석이 달렸다(표 7).
연구 그룹 간의 비교 분석: 검출된 196개 피크에 대한 결과는 표 7에 요약되어 있다.
표적 대사산물의 정량적 추정: 표적 대사산물 중에서, 64개의 대사산물(각각 양이온 모드에서 40개 및 음이온 모드에서 24개)을 검출하여 정량화하였다(표 8).
통계 분석(PCA, HCA): PCA 결과를 도 5에 나타내었다. HCA 결과는 히트맵을 이용하여 표시하였다(표 6).
경로 맵에 플로팅: 획득한 대사체 데이터의 그래프를 생성하고 다음 대사 경로 맵에 겹쳐 놓았다. 1차 대사 개요, 중앙 탄소 대사, 요소 회로, 지질 대사, 아미노산 대사, 뉴클레오티드 대사 및 코엔자임 대사(도 7~14).
이들 결과는 본원에 개시된 바와 같은 마이크로바이옴 조성물이 포유동물(예: 마우스)의 대사체를 조절하고 치료 측면을 가질 수 있음을 입증한다.
실시예 2: 하나 이상의 대사산물 수준 또는 대사체에 영향을 미치는 미생물 균주의 특성화
실시예 2.1: 하나 이상의 조성물로 처리된 마우스의 대사체 분석
수컷 및 암컷 마우스에 다음 중 어느 하나를 투여하였다. (i) 그룹 I: CT10 조성물; (ii) 그룹 II: 대장균 O111:B4로부터 유도된 리포폴리사카라이드(LPS); (iii) 그룹 III: 음성 대조군으로 모의; 및 (iv) 그룹 IV: LPS 조성물에 이은 CT10 조성물. 각 그룹에는 5마리의 동물이 포함되었다. 그룹 I 및 IV의 경우, CT10 조성물의 개별 박테리아 균주의 106 CFU를 PBS에서 함께 조합하고 하루에 한 번 경구 위관 영양법으로 동물에게 제공했다. 따라서 총 박테리아 농도는 107 CFU였다. 그룹 II 및 IV의 경우, PBS 중 1 마이크로그램/mL의 LPS를 복강내 주사로 투여하였다. 그룹 III의 경우 모의 용액은 30 mL의 PBS를 복강내 주사했다. 주사 24시간 후 동물을 희생시켜 혈장 샘플을 채취하였다.
양이온성 및 음이온성 대사산물에 대한 2가지 모드에서 CE-TOFMS(Agilent Technologies Inc.)를 사용하여 마우스 혈장 샘플에 대해 대사체 분석을 수행하였다. CT10 조성물로 처리된 암컷 마우스에서 104개의 대사산물 수준이 증가한 반면, 수컷 마우스에서는 대조군/모의군 각각의 대사산물 수준에 비해 88개의 대사산물 수준이 증가하였다(도 1 및 2, 도 1a 및 2a 참조). 이 대사산물 중 19개는 성별과 관계없이 증가했다.
CT10 칵테일의 10종 미생물 각각의 대사체 분석도 수행하였다. 구체적으로, 각각의 미생물 종에 대해, 세포 및 이들의 상응하는 사용된 배지 모두에 대한 대사체 분석을 수행하였다. 이 데이터를 사용하여 마우스 혈장에서 증가된 각 대사산물의 잠재적 기원(도 1 및 2, 도 1a 및 도 2a 참조)을 매핑하였다. CT10 조성물-처리 암컷 마우스 혈장에서 증가한 104개의 대사산물 중 93개의 대사산물이 CT10 조성물의 다른 박테리아 종에 비해 적어도 하나의 박테리아에서 높은 수준으로 검출되었다. 또한, 어떤 미생물에서도 11개의 대사산물이 검출되지 않았다(표 1 참조). 이러한 대사산물은 CT10 조성물 처리에 대한 반응으로 생체 내에서 생성된 것 같다는 가설이 있다. 유사하게, CT10 조성물-처리 수컷 마우스 혈장에서 증가한 88개의 대사산물 중, 74개의 대사산물이 CT10 조성물의 다른 박테리아 종과 비교하여 적어도 하나의 박테리아에서 높은 수준으로 검출되었다. 75개의 대사산물이 CT10 조성물로 처리된 수컷 및 암컷 모두에서 높은 수준으로 검출된다.
또한, 모의 또는 LPS 조성물을 투여한 수컷 및 암컷 마우스의 혈장 샘플에 대한 대사체 분석을 수행하였다. LPS 처리에 대한 반응으로 암컷에서 37개의 대사산물과 수컷에서 97개의 대사산물의 수준이 증가했다(도 3 및 4, 표 3 및 4a 참조). 이 대사산물 중 17개는 성별과 관계없이 LPS 주사에 반응하여 증가하였다. 암컷 마우스에서 LPS 주사에 반응하여 수준이 증가한 37개의 대사산물 중 34개의 대사산물 수준이 LPS 조성물 및 CT10 조성물을 투여한 IV 그룹에서 감소하였다(표 3). 수컷 마우스에서 LPS 주사에 반응하여 수준이 증가한 97개의 대사산물 중 LPS 조성물 및 CT10 조성물을 투여한 IV 그룹에서 89개의 대사산물 수준이 감소하였다(표 4).
이들 결과는 마이크로바이옴 조성물 및/또는 LPS 조성물이 비록 상이하지만 수컷 및 암컷 포유동물(예: 마우스) 모두의 대사체를 조절함을 입증한다.
그 외의 실시예
당업자는 본 개시를 다양하게 변경, 수정 및 개선할 수 있으며, 변경, 수정 및 개선 또한 본 개시의 일부로 간주하고 본 발명의 범위에 속하는 것으로 본다. 전술한 설명 및 도면은 예시일 뿐이며, 본 개시에 기재된 임의의 발명은 모두 하기에 기재한 청구의 범위에 속한다.
당업자는 본원에 기재된 바와 같은 검정 또는 기타 공정에서 수득한 값에 편차 또는 표준오차범위가 있음을 이해한다. 본 발명의 배경을 설명하고 본 발명의 실시에 관한 추가 세부사항을 제공하기 위해 본원에서 인용한 간행물, 웹사이트 및 기타 참고 자료는 전문이 본원에 원용된 것으로 간주한다.
본 발명의 실시예를 상세하게 설명하였으나, 이는 청구항이 정의하는 본 발명의 범위를 제한하지 않으며, 설명만을 목적으로 한다. 그 외의 양태, 이점, 및 변형은 하기의 청구 범위 내에 속한다.
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Claims (47)

  1. 방법에서,
    대상체(subject)의 샘플에서 하나 이상 대사산물의 수준을 결정하는 단계를 포함하고,
    상기 대상체는,
    (i) 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물;
    (ii) 하나 이상의 리포폴리사카라이드(lipopolysaccharide)를 포함하는 조성 물; 또는
    (iii) 이들의 조합을 받은, 방법.
  2. 제1항에서,
    상기 대상체는 포유동물인, 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에서,
    상기 대상체는 인간인, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 미생물 균주는 포유동물 마이크로바이옴으로부터 유래하는, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 미생물 균주는 인간 마이크로바이옴으로부터 유래하는, 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 미생물 균주는 상기 대상체의 마이크로바이옴으로부터 유래하는, 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 미생물 균주는 표 5로부터 선택되는, 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 미생물 균주는 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 또는 이들의 조합인, 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 2종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 방법.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 5종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 10종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)을 포함하는, 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 리포폴리사카라이드는 대장균으로부터 유래되는, 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 리포폴리사카라이드는 대장균 0111.B4로부터 유래되는, 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 대사산물은 표 1, 표 2, 표 3, 표 4 또는 이들의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에서,
    상기 하나 이상의 대사산물 중 적어도 하나는 질병, 장애 또는 병태와 관련된, 방법.
  17. 제16항에서,
    상기 대상체는 질병, 장애 또는 병태를 앓고 있거나 앓을 위험이 있는, 방법.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에서,
    상기 샘플은 세포 또는 조직이거나 이를 포함하는, 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에서,
    상기 샘플은 체액이거나 체액을 포함하는, 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에서,
    상기 샘플은 양수, 방수, 복수, 담즙, 골수, 혈액, 모유, 뇌척수액, 귀지, 유미, 차임, 사정액, 내림프, 삼출물, 대변, 위산, 위액, 림프액, 점액, 심낭액, 외림프액, 복막액, 흉수, 고름, 류, 타액, 피지, 정액, 혈청, 스메그마(smegma), 가래, 윤활액, 땀, 눈물, 소변, 질 분비물, 유리액, 토사물, 간질액, 림프액, 혈장, 점액, 소화액, 대변 및/또는 이들의 조합 또는 성분(들)이거나 이를 포함하는, 방법.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에서,
    상기 대상체의 샘플 내 하나 이상의 대사산물의 수준을 결정하는 단계는 상기 대상체의 샘플 내 하나 이상 대사산물의 수준을 정량화하는 것을 포함하는, 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에서,
    하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 것을 더 포함하는, 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에서,
    상기 대상체의 샘플 내 하나 이상 대사산물의 수준을 기준 값과 비교하는 것을 더 포함하는, 방법.
  24. 제23항에서,
    상기 기준 값은 대조군 기준 값인, 방법.
  25. 제23항에서,
    상기 기준 값은 상기 대상체의 대조군 샘플 중 하나 이상 대사산물의 수준이고, 상기 대조군 샘플은 상기 대상체가 하나 이상의 미생물 균주, 리포폴리사카라이드 또는 둘 다를 받기 전에 상기 대상체로부터 얻은, 방법.
  26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에서,
    상기 방법은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 방법인, 방법.
  27. 제21항 내지 제25항 중 어느 한 항에서,
    상기 방법은 대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상의 미생물 균주의 능력을 특성화하는 방법인, 방법.
  28. 제21항 내지 제25항 중 어느 한 항에서,
    상기 방법은 대상체의 대사체를 특성화하는 방법인, 방법.
  29. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 질병, 장애 또는 병태를 치료 또는 개선하는 방법이고,
    상기 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된, 방법.
  30. 표 5에 열거된 하나 이상의 미생물 균주를 포함하는 조성물.
  31. 제30항에서,
    표 5에 열거된 2종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 조성물.
  32. 제30항 또는 제31항에서,
    표 5에 열거된 5종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 조성물.
  33. 제30항 내지 제32항 중 어느 한 항에서,
    표 5에 열거된 10종 이상의 미생물 균주를 포함하는, 조성물.
  34. 글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.) 또는 이들의 조합을 포함하는 조성물.
  35. 제34항에서,
    글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2종의 미생물 균주를 포함하는, 조성물.
  36. 제34항 또는 제35항에서,
    글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 5종의 미생물 균주를 포함하는, 조성물.
  37. 제34항 내지 제36항 중 어느 한 항에서,
    글루코나세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 테리스포로박터 글리콜리쿠스(Terrisporobacter glycolicus), 코프로코커스 속(Coprococcus sp.), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum), 파에니바실러스 속(Paenibacillus sp.), 베일로넬라 속(Veillonella sp.), 비피도박테리움 속(Bifidobacterium sp.), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 애시드아미노코쿠스 속(Acidaminococcus sp.)을 포함하는, 조성물.
  38. 제30항 내지 제37항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 약학 조성물인, 조성물.
  39. 제30항 내지 제38항 중 어느 한 항에서,
    상기 조성물은 섭취 가능한 품목인, 조성물.
  40. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 데 사용하기 위한, 조성물.
  41. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상의 미생물 균주의 능력을 특성화하는 데 사용하기 위한, 조성물.
  42. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체의 대사체를 특성화하는 데 사용하기 위한, 조성물.
  43. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 질병, 장애 또는 병태를 치료 또는 개선하는 데 사용하기 위한 조성물로서, 상기 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된, 조성물.
  44. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하기 위한 조성물의 용도.
  45. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 하나 이상의 대사산물을 조절하는 하나 이상 미생물 균주의 능력을 특성화하기 위한 조성물의 용도.
  46. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체의 대사체를 특성화하기 위한 조성물의 용도.
  47. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에서,
    대상체에서 질병, 장애 또는 병태를 치료 또는 개선하기 위한 조성물의 용도로서, 상기 질병, 장애 또는 병태는 하나 이상의 대사산물과 관련된 용도.
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