JP2023540562A - Ｒｎａをキャッピングするための組成物および方法 - Google Patents

Ｒｎａをキャッピングするための組成物および方法 Download PDF

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チェン，クリストファー
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ヴァーヴ・セラピューティクス，インコーポレーテッド
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    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]

Abstract

本明細書では、５’末端領域修飾ｍＲＮＡの組成物および調製のための方法が提供される。特に本開示は、新規ｍＲＮＡ ５’末端領域モチーフおよび配列イニシエーターに、したがって、これらのモチーフおよび配列イニシエーターの機能性の状況を測定し得るアッセイと共に、関する。本明細書においてさらに提供されるのは、冠動脈疾患に関連する状態を治療する組成物および方法である。

Description

相互参照
[0001]本出願は、その全体が参照によって、本明細書に組み込まれる、２０２０年９月４日に出願された米国仮特許出願第６３／０７４，９９３号の利益を主張する。
開示の分野
[0002]本開示は、ＲＮＡに、特に例えば、新規ｍＲＮＡ ５’末端領域モチーフ（またはｍＲＮＡキャップ）およびそのイニシエーターが挙げられるｍＲＮＡ分子の５’末端領域に関する。
[0003]ｍＲＮＡの５’末端領域は、ｍＲＮＡに安定性をもたらすことができ（例えば、５’エキソヌクレアーゼに対する保護をもたらすことによって）、ＲＮＡスプライシング、ｍＲＮＡ輸送およびタンパク質翻訳を支援する他の活性に関与し得ることから真核生物ｍＲＮＡ分子の重要な構造的および／または機能的特徴であり得る。通常のｍＲＮＡ Ｃａｐの構造エレメントは、５’末端で三リン酸（ｐｐｐ）架橋に連結された逆位７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）をしばしば含み、そのリン酸架橋は次いでｍＲＮＡ転写物の第１のヌクレオチド（Ｎ１）に連結されている。本明細書に記載の５’末端領域ｍＲＮＡモチーフおよびその配列イニシエーターは、通常のｍＲＮＡ Ｃａｐとはいくつかの点で異なっており、例えば、それらは化学的に修飾された逆位７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）ヌクレオシド構造および／または修飾された三リン酸（ｐｐｐ）結合を含むことが挙げられる。多くの場合、通常のＣａｐは、ｍＲＮＡ分子の製造における最も高価な成分の１つである。そのため、キャッピング効率および／またはｍＲＮＡ収率を維持しているか、または改善している、通常のＣａｐに対する代替物は、各々独立して本分野の重要な態様である。
[0004]新規ｍＲＮＡ ５’末端領域モチーフおよびイニシエーターが、これにより本明細書に記載される。
[0005]一態様では、式（Ｉ）：
Figure 2023540562000002
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むインビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000003
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0006]別の態様では、本明細書に記載の式（Ｉ）の化合物は、以下の条件（ｉ）から（ｉｉｉ）：（ｉ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨまたは－Ｓ－であること；（ｉｉ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；ならびに（ｉｉｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であることのうちの１つまたは複数を満たす。
[0007]別の態様では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であること；Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；またはＡ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であることを満たす。
[0008]一態様では、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000004
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むインビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000005
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0009]一態様では、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000006
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むインビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000007
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0010]別の態様では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＯＣＨ３、－、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。別の態様では、式中、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。別の態様では、Ｚ４およびＺｎは独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。別の態様では、各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。別の態様では、Ｙ２、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである。別の態様では、Ｘ２およびＸ３は独立して、－Ｏ－または－Ｓ－である。
[0011]一態様では、５’末端領域モチーフ（Ｉ’）：
Figure 2023540562000008
を有するｍＲＮＡ配列であって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000009
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
５’末端領域モチーフ（Ｉ’）を有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0012]別の態様では、式（Ｉ）は、以下の条件（ｉ）から（ｉｉｉ）：（ｉ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨまたは－Ｓ－であること；（ｉｉ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；ならびに（ｉｉｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であること、のうちの１つまたは複数を満たす。別の態様では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－ＳＨまたは－Ｓ－であり；Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つは＝Ｓであり；またはＡ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つは－Ｓ－である。
[0013]一態様では、本明細書に記載される、５’末端領域モチーフ（ＩＩ’）：
Figure 2023540562000010
を有するｍＲＮＡ配列、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000011
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
５’末端領域モチーフ（ＩＩ’）を有するｍＲＮＡ配列。
[0014]一態様では、本明細書に記載される、５’末端領域モチーフ（ＩＩ’’）：
Figure 2023540562000012
を有するｍＲＮＡ配列、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000013
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
５’末端領域モチーフ（ＩＩ’’）を有するｍＲＮＡ配列。
[0015]一態様では、５’末端領域モチーフが表１の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物である、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0016]別の態様では、５’末端領域モチーフが表２の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物である、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0017]別の態様では、５’末端領域モチーフが表３の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物である、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0018]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＯＣＨ３、－または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0019]５’末端領域を有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。
[0020]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｚ４およびＺｎは独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。
[0021]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。
[0022]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｂ１は
Figure 2023540562000014
である。
[0023]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｂ１は
Figure 2023540562000015
である。
[0024]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｂ１は
Figure 2023540562000016
である。
[0025]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ１はフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である。
[0026]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ１はフッ素である。
[0027]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ１は－ＯＨである。
[0028]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。
[0029]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ２はフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である。
[0030]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ２はフッ素である。
[0031]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ２は－ＯＨである。
[0032]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。
[0033]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｑ１およびＱ４は－ＣＨ２Ｏ－である。
[0034]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0035]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｙ１およびＹ３は＝Ｏである。
[0036]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｙ２、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである。
[0037]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの１つまたは複数は＝Ｓである。
[0038]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｙ２は＝Ｓである。
[0039]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｙ４は＝Ｓである。
[0040]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは＝Ｏである。
[0041]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｘ１、Ｘ４、およびＸｎは－Ｏ－である。
[0042]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｘ２およびＸ３は独立して、－Ｏ－または－Ｓ－である。
[0043]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｘ３は－Ｏ－である。
[0044]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの１つまたは複数は－Ｓ－である。
[0045]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0046]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｘ４は－Ｓ－である。
[0047]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは－Ｏ－である。
[0048]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0049]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの１つまたは複数は－Ｓ－である。
[0050]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ａは－Ｓ－であり、Ａ１およびＡ２は－Ｏ－である。
[0051]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ａ２は－Ｓ－でありＡおよびＡ１は－Ｏ－である。
[0052]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0053]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、ｐは０である。
[0054]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、ｐは１である。
[0055]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、ｐは２である。
[0056]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである。
[0057]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｂ２はアデニンであり、Ｂ３はグアニンである。
[0058]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｂ２はグアニンであり、Ｂ３はアデニンである。
[0059]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、タンパク質発現が増加する。
[0060]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｑ１およびＱ４は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－であり；各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎは独立して、
＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１は
Figure 2023540562000017
である。
[0061]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｑ１およびＱ４は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－であり；各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１は
Figure 2023540562000018
である。
[0062]５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列の別の態様では、Ｑ１およびＱ４は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－であり；各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１は
Figure 2023540562000019
である。
[0063]別の態様では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列およびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載の化合物を含み、ＤＮＡテンプレートが、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチド、ヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋３位に第３のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が少なくともヌクレオチド＋１、＋２および＋３位でＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、複合体が本明細書に記載される。
[0064]別の態様では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列およびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載の化合物を含み、ＤＮＡテンプレートが、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が少なくともヌクレオチド＋１および＋２位でＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、複合体が本明細書に記載される。
[0065]別の態様では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子が本明細書に記載される。別の態様では、ＲＮＡはガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含む。別の態様では、ＲＮＡはｍＲＮＡを含む。
[0066]別の態様では、ｍＲＮＡを発現させる方法であって、ｍＲＮＡを発現するように本明細書に記載のｍＲＮＡを細胞可溶化物に導入するステップを含む方法が本明細書に記載される。別の態様では、方法は、ｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップをさらに含む。別の態様では、方法において本明細書に記載され、ｍＲＮＡの発現レベルは、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含まない対応するｍＲＮＡと比較して少なくとも２倍、３倍、４倍、６倍、８倍、または２０倍多い。別の態様では、本明細書に記載され、方法はＨｅＬａ細胞を含む。
[0067]別の態様では、（ａ）本明細書に記載の化合物によるキャップされたｍＲＮＡを含む製剤を細胞レポーター株に接触させるステップと、（ｂ）前記細胞レポーター株におけるＲＩＧ－Ｉ活性化を測定するステップとを含む、ｍＲＮＡから生じる細胞性免疫刺激を検出する方法が本明細書に記載される。別の態様では、レポーター株はＨＥＫ－Ｌｕｃｉａ ＲＩＧ－Ｉモデルである。別の態様では、本明細書に記載の細胞性免疫刺激は、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも２０％、５０％、７０％、１００％、および１５０％低減している。
[0068]別の態様では、ＩＶＴ反応を使用して本明細書に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を生成する方法であって、（ａ）ＤＮＡテンプレート、ポリメラーゼ酵素、ホスホロチオエート基（ＰＳ）を含むｍＲＮＡ配列モチーフおよびヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）を、前記ｍＲＮＡ配列モチーフ対前記ＮＴＰの特定の比で混合して混合物を生成するステップと（ｂ）前記混合物を特定の温度および期間でインキュベートするステップと、（ｃ）前記混合物から５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列を採取し、精製するステップを含む方法が本明細書に記載される。別の態様では、モル比は１：５であり、方法は、少なくとも８０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：２．５であり、方法は、少なくとも８５％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：１．６７であり、方法は、少なくとも９０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：１．２５であり、方法は、少なくとも９０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１．０：１．０であり、方法は、少なくとも８０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：５であり、方法は、少なくとも８０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：２．５であり、方法は、少なくとも８５％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：１．６７であり、方法は、少なくとも９０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１：１．２５であり、方法は、少なくとも９０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる。別の態様では、モル比は１．０：１．０であり、方法は、少なくとも８０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる。別の態様では、ＮＴＰはＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＵＴＰ、修飾ＮＴＰ、またはこれらの組合せである。別の態様では、修飾ＮＴＰはＮ１－メチルシュードウリジン（ｐｓｅｕｄｏｒｉｄｉｎｅ）である。
[0069]別の態様では、本明細書に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子を含有する細胞が本明細書に記載される。
[0070]別の態様では、本明細書に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子から翻訳されたポリペプチドを含有する細胞が本明細書に記載される。
[0071]別の態様では、本明細書に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子および１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的組成物が本明細書に記載される。別の態様では、医薬品は、脂質ナノ粒子を含む。別の態様では、薬学的組成物は、脂質ナノ粒子中にカプセル化されている。別の態様では、薬学的組成物は、哺乳動物への投与の際に薬理学的効果を誘発するように、１つまたは複数の目的の遺伝子のうちの１つまたは複数の特定の位置を標的とするように設計された１つまたは複数のシングルガイドＲＮＡをさらに含む。
[0072]別の態様では、ＲＮＡ分子を合成するための方法であって、本明細書に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列をＲＮＡポリメラーゼを含む混合物に導入するステップと、ＲＮＡ分子の転写を可能にするのに十分な時間、前記混合物をインキュベートするステップとを含む方法が本明細書に記載される。別の態様では、混合物は、ＤＮＡテンプレートおよびヌクレオシド三リン酸（ｔｒｉｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）をさらに含む。
[0073]別の態様では、遺伝子編集の方法であって、ＲＮＡ分子または薬学的組成物を細胞に導入するステップを含み、ＲＮＡ分子がガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含み、ＲＮＡ分子が細胞において翻訳される、方法が本明細書に記載される。
[0074]別の態様では、冠動脈疾患のリスクの低減を必要とする対象における冠動脈疾患のリスクを低減するための方法であって、対象に、本明細書に記載の薬学的組成物の有効量を投与するステップを含む方法が本明細書に記載される。
参照による組み込み
[0075]本明細書で言及された全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも各個々の刊行物、特許、または特許出願が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
[0076]発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載され、本明細書に記載のｍＲＮＡの５’末端領域構造において具体化される。本発明の特徴および利点のより良い理解は、本発明の原理が利用される５’末端領域構造または化合物（場合により、本明細書においてモチーフと呼ばれる）の例示的な実施形態を説明する以下の詳細な説明、および添付の図面を参照することによって得られるであろう。
[0077]図１Ａは、ホスホロチオエート修飾５’末端イニシエーターならびに１００７ａとして本明細書において識別される５’末端領域モチーフを有する対応するインビトロ転写ｍＲＮＡを示す。 [0078]図１Ｂは、ホスホロチオエート修飾５’末端イニシエーターならびに１１０７ａとして本明細書において識別される５’末端領域モチーフを有する対応するインビトロ転写ｍＲＮＡを示す。 [0079]図２は、異なる５’末端イニシエーターを使用して調製されたｍＲＮＡの生産収率の比較を示す。 [0080]図３は、異なる５’末端イニシエーターを使用して調製されたｍＲＮＡの間でのｍＲＮＡ全長純度の比較を示す。 [0081]図４は、異なる５’末端イニシエーターを使用して調製されたｍＲＮＡの間でのｍＲＮＡキャッピング効率の比較を示す。 [0082]図５は、ＨｅＬａ細胞可溶化物における異なる５’末端領域モチーフを含むｍＲＮＡのタンパク質発現を示す。 [0083]図６は、一次ヒトヘパトサイトにおける異なる５’末端領域モチーフを含むｍＲＮＡのタンパク質発現を示す。 [0084]図７は、マウスにおけるインビボでの異なる５’末端領域モチーフを含むｍＲＮＡによってコードされるタンパク質を使用したＡＢＥ塩基編集の比較を示す。 [0085]図８は、ＨＥＫ２９３細胞における異なる５’末端領域モチーフを含むｍＲＮＡの免疫刺激を示す。
[0086]様々な実施形態の完全な理解を提供するために、この説明の特定の詳細を記載する。しかしながら、当業者は、本開示がこれらの詳細なしで実施され得ることを理解するであろう。他の例では、実施形態の説明を不必要に曖昧にすることを避けるために、周知の構造および／または方法を詳細に示しても説明もしていない。文脈上別段の要求がない限り、以下に続く明細書および特許請求の範囲全体を通じて、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの語句のその変形は、オープンで包括的な意味で、すなわち、「限定するものではないが、～を含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ，ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」として解釈されるべきである。さらに、本明細書で提供される見出しは便宜上のものにすぎず、特許請求される開示の範囲または意味を解釈するものではない。本明細書で使用されているセクションの見出しは、構成のみを目的としており、説明されている主題を限定するものとして解釈されるべきではない。
[0087]治療応用のために生理学的に重要なタンパク質をコードするメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）は、遺伝物質を送達するためにＤＮＡベースのプラスミドおよびウイルスベクターを超える顕著な利点を示してきた。そのような重要な利点として、（ｉ）ウイルスまたはプラスミド組込みから生じる場合があるゲノム損傷の可能性と比較した場合の安全性レベルの改善の可能性、（ｉｉ）ｍＲＮＡ送達の際のさらに即時のタンパク質発現（プラスミドを用いて一般に生じる遅延した応答とは異なる）、（ｉｉｉ）タンパク質の発現についてのロバストな用量依存的調節、および（ｉｖ）プラスミドおよびウイルスベクターの製造と比較してｍＲＮＡの大規模合成の単純化を促進できることが挙げられる。
[0088]メッセンジャーＲＮＡは、実質的に任意の周知のタンパク質用にコードでき、当業者に周知の種々の方法によって特定の細胞、組織および器官に送達され得る。送達されると、そのようなｍＲＮＡは、標的細胞または組織内でリボソームタンパク質発現を誘導でき、コードされたタンパク質の潜在的に何百個のコピーの産生を単一のｍＲＮＡ分子からもたらす。
[0089]活性ｍＲＮＡ分子中に存在するいくつかの構造的エレメントは、コードされたタンパク質を効率的に翻訳するために利用される。これらのエレメントのうちの１つは、ｍＲＮＡの５’末端領域である。天然に存在するｍＲＮＡでは、５’末端領域は、真核生物ｍＲＮＡ分子（およびいくつかのウイルス）の重要な特徴であるＣａｐ構造を含む。そのようなＣａｐ構造は、タンパク質翻訳、５’エキソヌクレアーゼ保護、スプライシング、およびｍＲＮＡ輸送に関与することが周知である。天然に存在する５’Ｃａｐの一致した構造エレメントは、三リン酸（ｐｐｐ）架橋を通じてｍＲＮＡの５’末端に連結された逆位７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）であり、このリン酸架橋は、ｍＲＮＡ転写物の第１のヌクレオチド（Ｎ１）に連結されている。一般にｍ７Ｇ（ｐｐｐ）Ｎ１と表されるこの５’Ｃａｐ部分は、ｃａｐ－０と呼ばれる。Ｎ１リボース環上の２’－ヒドロキシルのメチル化（すなわち、ｃａｐ－１）は、自己ＲＮＡの識別子を提供し得ることが周知であり、それにより、自然免疫系からｍＲＮＡを保護するために役立ち、次いでタンパク質発現を改善し得る。このｍ７Ｇ（ｐｐｐ）Ｎ１ｍ ｃａｐ－１構造は、ｍＲＮＡのインビトロ転写（ＩＶＴ）において使用される周知の通常のｃａｐ部分である。
[0090]本明細書で本発明者らは、新規ｍＲＮＡ ５’末端領域モチーフおよびイニシエーターを示す。これらの新規設計は、ｍ７Ｇ部分のプリン塩基の修飾；三リン酸架橋におけるホスホロチオエート（ＰＳ）置換およびリン酸ジエステル結合の化学修飾、非標準塩基での５’末端領域ヌクレオチドの置換、５’末端領域ヌクレオチドオリゴマーの伸長、ならびにリボース環の化学修飾を含む。具体的には、これらのｍＲＮＡ ５’末端領域構造は、ｍＲＮＡの末端の５’末端領域として作用し、ｍＲＮＡに安定性を提供する。モチーフの化学構造は、ｍＲＮＡ活性ならびに翻訳開始および伸長の速度を促進ならびに／または調節でき；５’エキソヌクレアーゼ活性によるｍＲＮＡキャップ除去を防止するか、または干渉する障壁を生じることによってｍＲＮＡを保護でき；キャッピング効率に影響を与え、免疫刺激性副産生物の形成を低減してｍＲＮＡの安全性を改善でき；ならびに、ＩＶＴ反応の際のＤＮＡテンプレートに対する結合親和性を調節することによってｍＲＮＡ製造性を促進できる。
定義
[0091]別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本開示の実施または試験において、本明細書に記載のものと同様または同等の方法および材料を使用し得るが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書で引用された全ての参考文献は、完全に記載されているかのように、参照によりその全体が組み込まれている。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ら、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ 第３版、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ ２００１）；ＭａｒｃＨ、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ、Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ 第５版、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ ２００１）；およびＳａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ 第３版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（Ｃｏｌｄ ＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ、ＮＹ ２００１）は、当業者に、本出願で使用される多くの用語に対する一般的なガイドを提供する。
[0092]本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形「ａ（１つの、ある）」、「ａｎ（１つの、ある）」、および「ｔｈｅ（この、その）」は、内容が明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。「または」という用語は、一般に、内容が明確に別段の指示をしない限り、「および／または」を含む意味で使用されることにも留意されたい。
[0093]置換基の数を示す場合、「１つまたは複数」という用語は、１つの置換基から置換の可能な最大数、例えば、１つの水素の置き換えから置換基による全ての水素の置き換えまでという範囲を指す。
[0094]「任意の」または「任意選択で」という用語は、その後に記述される事象または状況が発生する必要はないが、その事象または状況が発生する場合および発生しない場合が記述に含まれることを意味する。
[0095]本明細書で使用される「核酸」という用語は、一般に、１つまたは複数の核酸塩基、ヌクレオシド、またはヌクレオチドを指し、この用語には、ポリ核酸塩基、ポリヌクレオシド、およびポリヌクレオチドが含まれる。核酸には、ポリヌクレオチド、モノヌクレオチド、およびオリゴヌクレオチドが含まれ得る。核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの混合物を含んでもよく、一本鎖、二本鎖、または部分的に一本鎖もしくは二本鎖であってもよく、二次構造を形成してもよい。いくつかの実施形態では、核酸は、複数の二本鎖セグメントおよび一本鎖セグメントを有する。例えば、核酸は、ポリヌクレオチド例えば、その中に複数の二本鎖セグメントを持つｍＲＮＡを含んでもよい。
[0096]「ｍＲＮＡ配列イニシエーター」、「ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター」および「イニシエーター」という用語は、リボまたはデオキシリボまたはキメラリボ／デオキシリボオリゴヌクレオチド、１本鎖を一般に指して本明細書において互換的に用いられ、天然に存在してもまたは合成であってもよく、約２から約１０ヌクレオチド、約３から約８ヌクレオチドまたは約３から約５ヌクレオチドの間の配列を通常含んでもよい。ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、１つまたは複数の修飾基を含有してもよい。ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、プライマー、例えば、オリゴヌクレオチドプライマーであってもよい。ｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、ＲＮＡ、ＤＮＡ、および／または他の修飾ヌクレオシドを含んでもよい。当業者は、ＤＮＡテンプレート配列の転写のために適切であるｍＲＮＡ配列イニシエーターを設計および調製し得る。
[0097]ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、キャップされたプライマーまたはキャップされたオリゴヌクレオチド類似体であってもよい。例えば、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターは、開始キャップされたオリゴヌクレオチド類似体、または５’末端にＣａｐ０、Ｃａｐ１、Ｃａｐ２もしくはＴＭＧ－Ｃａｐ構造を有する開始キャップされたオリゴヌクレオチドを含有し得る。場合によっては、キャップされたイニシエーター、例えば、キャップされたプライマーまたはキャップされたオリゴヌクレオチド類似体は、非修飾またはオープン３’－ＯＨ基を有し、３’末端へのＮＴＰの組込みを通じてＲＮＡポリメラーゼによって伸長され得る。場合によっては、本明細書に記載のイニシエーターは、必要な成分：ＤＮＡテンプレート（例えば、ＤＮＡプラスミド）、ＲＮＡポリメラーゼ、ヌクレオシド５’－三リン酸および適切な緩衝液を含有する転写系においてプロモーターの調節下でインビトロ転写を開始できる。イニシエーターは、ＲＮＡポリメラーゼのための有効な基質である末端３’－ＯＨ基を保有するオリゴヌクレオチドであってもよい。ある特定の実施形態では、イニシエーターは、ＲＮＡポリメラーゼのための基質であり、３’末端へのＮＴＰの組込みにより伸長され得る。いくつかの実施形態では、イニシエーターは、開始部位でＤＮＡテンプレートに相補的である。
[0098]本明細書で使用される「非置換」または「非修飾」という用語は、ｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰｓ）の文脈では、修飾されていない開始キャップされたイニシエーターおよびＮＴＰを一般に指す。
[0099]本明細書で使用される「修飾された開始キャップされたイニシエーター」という用語は、配列イニシエーター内に１つまたは複数の追加的修飾基または部分を含有する開始キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターを一般に指す。
[0100]本明細書で使用される「修飾基または部分」という用語は、ｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、その位置の開始プライマーに結合し得る、または置換され得る任意の化学部分を一般に指し、限定するものではないが、糖、ヌクレオシド塩基、三リン酸架橋、および／またはヌクレオチド間リン酸が挙げられる（例えば、米国特許出願第２００７０２８１３０８号）。キャップされたイニシエーターの修飾基は、転写のプロセスと適合性である任意の性質の基であってもよい。
[0101]本明細書で使用される「ヌクレオチド間結合」という用語は、イニシエーター、例えば、オリゴヌクレオチドプライマーまたは核酸の２つのヌクレオシドを結合する１つまたは複数の結合を一般に指し、天然リン酸ジエステル結合または化学修飾された核酸骨格結合であってもよい。
[0102]本明細書で使用される「ポリヌクレオチド」という用語は、一般に、２つ以上の結合した核酸サブユニット、例えばヌクレオチドを含む分子を指し、「オリゴヌクレオチド」と交換可能に使用され得る。例えば、ポリヌクレオチドは、核酸塩基－アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ）を保有する対応するヌクレオシドまたはそのバリアントおよび組合せから選択される１つまたは複数のヌクレオチドを含んでもよい。ヌクレオチドは一般に、ヌクレオシド、および少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のリン酸（ＰＯ３）基を含む。ヌクレオチドには、核酸塩基、五炭糖（リボースまたはデオキシリボースのいずれか）、および１つまたは複数のリン酸基が挙げられる。リボヌクレオチドには、糖がリボースであるヌクレオチドが挙げられる。デオキシリボヌクレオチドには、糖がデオキシリボースであるヌクレオチドが挙げられる。ヌクレオチドは、ヌクレオシド一リン酸、ヌクレオシド二リン酸、ヌクレオシド三リン酸またはヌクレオシドポリリン酸であり得る。例えば、ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）などのデオキシリボヌクレオシドポリリン酸であってもよく、例示的なｄＮＴＰには、デオキシアデノシン三リン酸（ｄＡＴＰ）、デオキシシチジン三リン酸（ｄＣＴＰ）、デオキシグアノシン三リン酸（ｄＧＴＰ）、ウリジン三リン酸（ｄＵＴＰ）およびデオキシチミジン三リン酸（ｄＴＴＰ）が挙げられる。ｄＮＴＰはまた、発光タグまたはマーカー（例えば、フルオロフォア）などの検出可能なタグも含んでもよい。例えば、ヌクレオチドは、プリン（例えば、ＡもしくはＧ、またはそれらのバリアント）またはピリミジン（例えば、Ｃ、ＴもしくはＵ、またはそれらのバリアント）であり得る。いくつかの実施例では、ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、またはそれらの誘導体もしくはバリアントである。例示的なポリヌクレオチドとしては、限定するものではないが、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、プラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、小型核ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、前駆体ｍＲＮＡ（プレｍＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ（ａｓＲＮＡ）、および異核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）が挙げられ、ヌクレオチド配列と、一本鎖、二本鎖、三本鎖、らせん、ヘアピン、ステムループ、バルジなどのその任意の構造的実施形態の両方を含む。場合によっては、ポリヌクレオチドは環状である。ポリヌクレオチドは、様々な長さを有し得る。例えば、ポリヌクレオチドは、少なくとも約７塩基、８塩基、９塩基、１０塩基、２０塩基、３０塩基、４０塩基、５０塩基、１００塩基、２００塩基、３００塩基、４００塩基、５００塩基、１キロベース（ｋｂ）、２ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋｂ、１０ｋｂ、５０ｋｂ、またはそれ以上の長さを有し得る。ポリヌクレオチドは、細胞または組織から単離され得る。例えば、ポリヌクレオチド配列は、単離および精製されたＤＮＡ／ＲＮＡ分子、合成ＤＮＡ／ＲＮＡ分子、および／または合成ＤＮＡ／ＲＮＡ類似体を含み得る。
[0103]ポリヌクレオチドは、非環式（ａｃｙｌｉｃ）および炭素環式ヌクレオチドを含む、非標準ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体および／または修飾ヌクレオチドを含む、１つまたは複数のヌクレオチドバリアントを含み得る。修飾ヌクレオチドの例としては、限定するものではないが、ジアミノプリン、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルキューオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、キューオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、５－メチル－２－チオウラシル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６－ジアミノプリンなどが挙げられる。場合によっては、ヌクレオチドは、三リン酸部分への修飾を含む、それらのリン酸部分の修飾を含み得る。このような修飾の非限定的な例としては、より長いリン酸鎖（例えば、４、５、６、７、８、９、１０個以上のリン酸部分を有するリン酸鎖）およびチオール部分による修飾（例えば、α－チオ三リン酸およびベータチオ三リン酸））が挙げられる。核酸分子はまた、塩基部分で（例えば、典型的には相補的ヌクレオチドとの水素結合を形成するのに利用できる１つまたは複数の原子で、および／または相補的なヌクレオチドと水素結合を典型的には形成できない１つまたは複数の原子で）、糖部分またはリン酸骨格で修飾されてもよい。核酸分子はまた、アミノアリル １－ｄＵＴＰ（ａａ－ｄＵＴＰ）およびアミノヘキシルアクリルアミド－ｄＣＴＰ（ａｈａ－ｄＣＴＰ）などのアミン修飾基を含んでもよく、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＮＨＳ）などのアミン反応性部分の共有結合を可能にする。本開示のオリゴヌクレオチドにおける標準的なＤＮＡ塩基対またはＲＮＡ塩基対の代替物は、１立方ｍｍあたりのビット密度におけるさらなる高密度、より高い安全性（天然毒素の偶発的または意図的な合成に対する耐性）、光プログラムポリメラーゼにおけるより容易な識別、または下位二次構造をもたらし得る。デノボおよび／または増幅合成のための天然および変異のポリメラーゼと適合するそのような代替塩基対は、Ｂｅｔｚ Ｋ、ＭａｌｙｓｈｅｖＤａ、Ｌａｖｅｒｇｎｅ Ｔ、Ｗｅｌｔｅ Ｗ、Ｄｉｅｄｅｒｉｃｈｓ Ｋ、Ｄｗｙｅｒ ＴＪ、Ｏｒｄｏｕｋｈａｎｉａｎ Ｐ、Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ ＦＥ、Ｍａｒｘ Ａ．Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．２０１２，８（７）：６１２－４に記載されており、これは、全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
[0104]本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「ペプチド」という用語は互換的に使用され、ペプチド結合を介して連結されたアミノ酸残基のポリマーを指し、２つ以上のポリペプチド鎖から構成され得る。「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「ペプチド」という用語は、アミド結合を通じて一緒に結合された少なくとも２つのアミノ酸モノマーのポリマーを指す。アミノ酸は、Ｌ光学異性体であっても、またはＤ光学異性体であってもよい。より具体的には、「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「ペプチド」という用語は、特定の順序で、例えば、タンパク質をコードする遺伝子またはＲＮＡのヌクレオチドの塩基配列によって決定される順序で、２つ以上のアミノ酸から構成される分子を指す。タンパク質は、体の細胞、組織、および器官の構造、機能、および調節に不可欠であり、各タンパク質には独自の機能がある。例は、ホルモン、酵素、抗体、およびそれらの任意のフラグメントである。場合によっては、タンパク質は、タンパク質の一部、例えばタンパク質のドメイン、サブドメイン、またはモチーフであり得る。場合によっては、タンパク質は、天然に存在する（または少なくとも既知の）タンパク質のアミノ酸配列に１つまたは複数のアミノ酸残基が、挿入、欠失、および／または置換されている、タンパク質のバリアント（または変異）であってもよい。タンパク質またはそのバリアントは、天然であっても、または組換え体であってもよい。
[0105]本明細書で使用される場合、「ハイブリダイズする」とは、転写反応の際に適切にストリンジェントな条件下でワトソン・クリック塩基対形成規則に従って、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターがＤＮＡテンプレートにアニーリングし始めるプロセスを指す。核酸ハイブリダイゼーション技術は、当該技術分野で周知である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ、Ｎ．Ｙ．を参照のこと。少なくとも所望のレベルの相補性を有する配列は安定してハイブリダイズするが、相補性がより低い配列はハイブリダイズしないように、ハイブリダイゼーション／洗浄条件の適切なストリンジェンシーを決定する方法は、当業者は理解している。ハイブリダイゼーションの条件およびパラメーターの例については、例えば、その全てが、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ、Ｎ．Ｙ．；Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ら １９９４、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｓｅｃａｕｃｕｓ、Ｎ．Ｊを参照のこと。特定の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、２０～１００ヌクレオチド長の核酸分子間で起こり得る。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００連続するヌクレオチド間で起こり得る。いくつかの実施形態では、ハイブリダイズする核酸分子は、許容される、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０までのミスマッチを含んでもよい。
[0106]本明細書で使用される場合、「相補体」、「相補的」または「相補性」とは、複合体、例えば、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーおよびＤＮＡテンプレートの文脈では、標準的なワトソン／クリック塩基対形成規則を指す。例えば、配列「５’－Ａ－Ｇ－Ｔ－Ｃ－３’」は、配列「３’－Ｔ－Ｃ－Ａ－Ｇ－５’」に相補的である。特定の非天然または合成ヌクレオチドは、本明細書に記載の核酸に含まれてもよく；これらは、塩基および糖修飾ヌクレオシド、ヌクレオチド、ならびに核酸、例えばイノシン、７－デアザグアノシン、２’－Ｏ－メチルグアノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン、シュードウリジン、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびにペプチド核酸（ＰＮＡ）を含むがこれらに限定されない。相補性は完全である必要はなく；二本鎖は、ミスマッチ塩基対、縮重（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ）、または非対応ヌクレオチドを含有する場合がある。当業者は、例えば、オリゴヌクレオチドの長さ、オリゴヌクレオチドの塩基組成および配列、ミスマッチ塩基対の発生頻度、イオン強度、ハイブリダイゼーション緩衝液の成分および反応条件が挙げられる多数の変数を考慮して二本鎖安定性を経験的に決定できる。
[0107]相補性は、２つの核酸鎖のすべてのヌクレオチド塩基が、認められている塩基対形成規則に従ってマッチしている場合に「完全な」もしくは「完全」であり得、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡ標的の一部のヌクレオチド塩基だけが、認められている塩基対形成規則にマッチしている場合に「部分的」であり得る、または２つの核酸鎖のヌクレオチド塩基のいずれも、認められている塩基対形成規則に従ってマッチしていない場合に「存在しない」可能性がある。キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えばキャップされたプライマー、とＤＮＡテンプレートとの間の相補性の程度は、開始キャップされたオリゴヌクレオチドとＤＮＡテンプレートとの間のハイブリダイゼーションの強度に、および対応する反応の効率に著しい効果を有し得る。相補性という用語は、個々のヌクレオチドを参照して使用されてもよい。例えば、オリゴヌクレオチド内の特定のヌクレオチドは、別の鎖内のヌクレオチドへのその相補性について、もしくは対照的に相補性の欠如について、またはキャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターの残りの部分とＤＮＡ鎖との間の相補性の比較について言及され得る。
[0108]本明細書で使用される場合、「完全な（ｃｏｍｐｌｅｔｅ）」、「完全（ｔｏｔａｌ）」または「完全に（ｐｅｒｆｅｃｔｌｙ）」相補的という用語は、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡ標的のヌクレオチド塩基が、認められている塩基対形成規則にそれぞれ正確にマッチしていることを意味する。
[0109]本明細書で使用される場合、「実質的に相補的」という用語は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする２つの配列を指す。当業者は、実質的に相補的な配列がその全長に沿ってハイブリダイズする必要がないことを理解するであろう。特に、実質的に相補的な配列は、標的配列にハイブリダイズしない塩基の連続配列を含んでもよく、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列にハイブリダイズする塩基の連続配列に対して３’または５’に位置してもよい。
[0110]本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド」という用語は、天然で見出されるすべての形態のヌクレオシド塩基およびフラノシドを含む、天然に存在するすべてのヌクレオシドを含む。天然に存在するヌクレオシドにおいて最も一般的に見出される塩基環は、プリンおよびピリミジン環である。天然に存在するプリン環として、例えば、アデニン、グアニン、およびＮ６－メチルアデニンが挙げられる。天然に存在するピリミジン環として、例えば、シトシン、チミン、５－メチルシトシン、シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｙｌ）が挙げられる。天然に存在するヌクレオシドとして、例えば、限定するものではないが、アデノシン、グアノシン、シチジン、チミジン、ウリジン、イノシン、７－メチルグアノシンまたはシュードウリジンのリボ、２’－Ｏ－メチルまたは２’－デオキシリボ誘導体が挙げられる。
[0111]本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド類似体」、「修飾されたヌクレオシド」または「ヌクレオシド誘導体」という用語は、本明細書に記載の合成ヌクレオシドを含む。ヌクレオシド誘導体は、保護基を含むか、または含まずに修飾塩基または／および糖部分を有するヌクレオシドも含み、例えば、２’－デオキシ－２’－フルオロウリジン、５－フルオロウリジンなどが挙げられる。本明細書で提供する化合物および方法は、そのような塩基環およびその合成類似体、ならびに非天然ヘテロ環置換された塩基糖、および非環式置換された塩基糖を含む。本開示で利用され得る他のヌクレオシド誘導体として、例えば、ＬＮＡヌクレオシド、ハロゲン－置換プリン（例えば、６－フルオロプリン）、ハロゲン置換ピリミジン、Ｎ６－エチルアデニン、Ｎ４－（アルキル）－シトシン、５－エチルシトシンなどが挙げられる（米国特許第６，７６２，２９８号）。
[0112]本明細書で使用される場合、「ユニバーサル塩基」、「縮重塩基」、「ユニバーサル塩基類似体」および「縮重塩基類似体」という用語は、例えば、ある特定の実施形態では天然ＮＴＰ（例えば、ＡＴＰ、ＵＴＰ、ＣＴＰおよびＧＴＰ）または他の特定のＮＴＰのうちの１つについての置換基としてＲＮＡポリメラーゼによって認識され得る、人工塩基を含むヌクレオシド類似体を含む。ユニバーサル塩基または縮重塩基は、Ｌｏａｋｅｓ、Ｄ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２９：２４３７－２４４７（２００１）；Ｃｒｅｙ－Ｄｅｓｂｉｏｌｌｅｓ、Ｃ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、３３：１５３２－１５４３（２００５）；Ｋｉｎｃａｉｄ、Ｋ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、３３：２６２０－２６２８（２００５）；Ｐｒｅｐａｒａｔａ、Ｆ Ｐ、Ｏｌｉｖｅｒ、Ｊ Ｓ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｂｉｏｌ．７５３－７６５（２００４）；およびＨｉｌｌ、Ｆ．ら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５：４２５８－４２６３（１９９８））に記載されている。
[0113]本明細書で使用される場合、「修飾ＮＴＰ」という用語は、糖、塩基、三リン酸鎖またはこれら３種の位置の任意の組合せを含む任意の位置で結合した化学部分の基を有するヌクレオシド５’－三リン酸を指す。そのようなＮＴＰの例は、例えば、“Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ Ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ａｎａｌｏｇｓ：Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，”Ｖａｇｈｅｆｉ，Ｍ．、編、Ｔａｙｌｏｒ ａｎｄ Ｆｒａｎｃｉｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ（２００５）に見出され得る。
[0114]本明細書で使用される場合、「特異的」という用語は、５’キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーター配列およびＤＮＡテンプレートにハイブリダイズするその能力を参照して使用される場合、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡ鎖が整列された場合に、ＤＮＡテンプレートの一部に少なくとも５０％配列同一性を有する配列である。好ましい場合があるさらに高いレベルの配列同一性として、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、および最も好ましくは１００％配列同一性が挙げられる。
[0115]プリン核酸塩基のアデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン核酸塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）などの「非修飾」または「天然」核酸塩基に加えて、当業者に公知の多くの修飾された核酸塩基または核酸塩基模倣体が、本明細書に記載の化合物に適している。非修飾または天然核酸塩基を修飾または置き換えて、特性が改善されたオリゴヌクレオチドを提供してもよい。例えば、ヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチドは、これらの塩基を用いて、または合成および天然核酸塩基（例えば、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、イソグアニシン、またはツベルシジン）および本明細書に記載のオリゴマー修飾のいずれか１つを用いて調製し得る。あるいは、上記の塩基および「ユニバーサル塩基」のいずれかの置換または修飾された類似体を使用してもよい。天然塩基が非天然および／またはユニバーサル塩基によって置き換えられる場合、ヌクレオチドは、本明細書において修飾核酸塩基および／または核酸塩基修飾を含むと言われる。修飾核酸塩基および／または核酸塩基修飾にはまた、コンジュゲート部分、例えば、本明細書に記載のリガンドを含む、天然、非天然、およびユニバーサル塩基も含まれる。核酸塩基とのコンジュゲーションに好ましいコンジュゲート部分としては、適切なアルキル、アルケニル、またはアミド結合を有するリンカーを介して核酸塩基にコンジュゲートされ得るカチオン性アミノ基が挙げられる。
[0116]本明細書において用いる場合、「非修飾」または「天然」核酸塩基としては、プリン塩基のアデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）が挙げられる。例示的な修飾核酸塩基としては、限定するものではないが、他の合成および天然核酸塩基、例えば、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌバラリン、イソグアニシン、ツベルシジン、２－（ハロ）アデニン、２－（アルキル）アデニン、２－（プロピル）アデニン、２－（アミノ）アデニン、２－（アミノアルキルル）アデニン、２－（アミノプロピル）アデニン、２－（メチルチオ）－Ｎ６－（イソペンテニル）アデニン、６－（アルキル）アデニン、６－（メチル）アデニン、７－（デアザ）アデニン、８－（アルケニル）アデニン、８－（アルキル）アデニン、８－（アルキニル）アデニン、８－（アミノ）アデニン、８－（ハロ）アデニン、８－（ヒドロキシル）アデニン、８－（チオアルキル）アデニン、８－（チオール）アデニン、Ｎ６－（イソペンチル）アデニン、Ｎ６－（メチル）アデニン、Ｎ６、Ｎ６－（ジメチル）アデニン、２－（アルキル）グアニン、２－（プロピル）グアニン、６－（アルキル）グアニン、６－（メチル）グアニン、７－（アルキル）グアニン、７－（メチル）グアニン、７－（デアザ）グアニン、８－（アルキル）グアニン、８－（アルケニル）グアニン、８－（アルキニル）グアニン、８－（アミノ）グアニン、８－（ハロ）グアニン、８－（ヒドロキシル）グアニン、８－（チオアルキル）グアニン、８－（チオール）グアニン、Ｎ－（メチル）グアニン、２－（チオ）シトシン、３－（デアザ）－５－（アザ）シトシン、３－（アルキル）シトシン、３－（メチル）シトシン、５－（アルキル）シトシン、５－（アルキニル）シトシン、５－（ハロ）シトシン、５－（メチル）シトシン、５－（プロピニル）シトシン、５－（プロピニル）シトシン、５－（トリフルオロメチル）シトシン、６－（アゾ）シトシン、Ｎ４－（アセチル）シトシン、３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウラシル、２－（チオ）ウラシル、５－（メチル）－２－（チオ）ウラシル、５－（メチルアミノメチル）－２－（チオ）ウラシル、４－（チオ）ウラシル、５－（メチル）－４－（チオ）ウラシル、５－（メチルアミノメチル）－４－（チオ）ウラシル、５－（メチル）－２，４－（ジチオ）ウラシル、５－（メチルアミノメチル）－２，４－（ジチオ）ウラシル、５－（２－アミノプロピル）ウラシル、５－（アルキル）ウラシル、５－（アルキニル）ウラシル、５－（アリルアミノ）ウラシル、５－（アミノアリル）ウラシル、５－（アミノアルキル）ウラシル、５－（グアニジニウマルキル）ウラシル、５－（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル、５－（シアノアルキル）ウラシル、５－（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル、５－（ジメチルアミノアルキル）ウラシル、５－（ハロ）ウラシル、５－（メトキシ）ウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸、５－（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル、５－（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル、５－（プロピニル）ウラシル、５－（プロピニル）ウラシル、５－（トリフルオロメチル）ウラシル、６－（アゾ）ウラシル、ジヒドロウラシル、Ｎ－（メチル）ウラシル、５－ウラシル（すなわち、シュードウラシル）、２－（チオ）シュードウラシル、４－（チオ）シュードウラシル、２，４－（ジチオ）シュードウラシル、５－（アルキル）シュードウラシル、５－（メチル）シュードウラシル、５－（アルキル）－２－（チオ）シュードウラシル、５－（メチル）－２－（チオ）シュードウラシル、５－（アルキル）－４－（チオ）シュードウラシル、５－（メチル）－４－（チオ）シュードウラシル、５－（アルキル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、５－（メチル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１－メチルシュードウラシル（Ｎ１－メチルシュードウラシル）、１－置換シュードウラシル、１－置換２（チオ）－シュードウラシル、１－置換４－（チオ）シュードウラシル、１－置換２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１－（アミノカルボニルエチルエニル）－シュードウラシル、１－（アミノカルボニルエチルエニル）－２（チオ）－シュードウラシル、１－（アミノカルボニルエチルエニル）－４－（チオ）シュードウラシル、１－（アミノカルボニルエチルエニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１－（アミノアルキルアミノカルボニルエチルエニル）－シュードウラシル、１－（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチルエニル）－２（チオ）－シュードウラシル、１－（アミノアルキルアミノカルボニルエチルエニル）－４－（チオ）シュードウラシル、１－（アミノアルキルアミノカルボニルエチルエニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－置換－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－置換１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－（グアニジニウマルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－（グアニジニウマルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－（グアニジニウマルキル－ヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－（グアニジニウマルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、１，３，５－（トリアザ）－２，６－（ジオキサ）－ナフタレン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、ツベルシジン、イソグアニシン、イノシニル、２－アザ－イノシニル、７－デアザ－イノシニル、ニトロイミダゾリル、ニトロピラゾリル、ニトロベンゾイミダゾリル、ニトロインダゾリル、アミノインドリル、ピロロピリミジニル、３－（メチル）イソカルボスチリリル、５－（メチル）イソカルボスチリリル、３－（メチル）－７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、７－（アザ）インドリル、６－（メチル）－７－（アザ）インドリル、イミジゾピリジニル、９－（メチル）－イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、プロピニル－７－（アザ）インドリル、２，４，５－（トリメチル）フェニル、４－（メチル）インドリル、４，６－（ジメチル）インドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、ジフルオロトリル、４－（フルオロ）－６－（メチル）ベンゾイミダゾール、４－（メチル）ベンゾイミダゾール、６－（アゾ）チミン、２－ピリジノン、５－ニトロインドール、３－ニトロピロール、６－（アザ）ピリミジン、２－（アミノ）プリン、２，６－（ジアミノ）プリン、５－置換ピリミジン、Ｎ２－置換プリン、Ｎ６－置換プリン、０６－置換プリン、置換１，２，４－トリアゾール、ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、パラ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ｏｒｉ／ｚｏ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ｂｉｓ－ｏｒｉ／ｚｏ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、パラ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ｏｒｉ／ｚｏ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ｂｉｓ－ｏｒｉ／ｚｏ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－７－アミノ－ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－ピリドピリミジン－３－イル、または任意のＯ－アルキル化もしくはＮ－アルキル化されたその誘導体が挙げられる。あるいは、上記の塩基および「ユニバーサル塩基」のいずれかの置換または修飾類似体が使用されてもよい。ユニバーサル核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二重鎖の活性に実質的に影響を与えることなく、４つの天然に存在する核酸塩基の全てと塩基対を形成し得る任意の核酸塩基である。いくつかの例示的なユニバーサル核酸塩基としては、限定するものではないが、２，４－ジフルオロトルエン、ニトロピロリル、ニトロインドリル、８－アザ－７－デアザデニン、４－フルオロ－６－メチルベンズイミダズル、４－メチルベンジミダズル、３－メチルイソカルボスチリリル、５－メチルイソカルボスチリリル、３－メチル－７－プロピニルイソカルボスチリリル、７－アザインドリル、６－メチル－７－アザインドリル、イミジゾピリジニル、９－メチル－イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７－プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル－７－アザインドリル、２，４，５－トリメチルフェニル、４－メチリノリル、４，６－ジメチルインドリル、フェニル、ナプタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、およびそれらの構造誘導体（例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、Ｌｏａｋｅｓ、２００１、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２９、２４３７－２４４７を参照のこと）が挙げられる。さらなる核酸塩基としては、米国特許第３，６８７，８０８号に開示される核酸塩基；２００９年３月２６日出願の国際出願番号ＰＣＴ ＵＳ０９／０３８４２５に開示される核酸塩基；ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、８５８－８５９頁、Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ編 Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、１９９０に開示される核酸塩基；Ｅｎｇｌｉｓｈら、Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ、１９９１、３０、６１３に開示される核酸塩基；Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｈｅｒｄｅｗｉｊｉｎ，Ｐ．編、Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ、２００８に開示される核酸塩基；ならびにＳａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．、１５章、ｄｓＲＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、２８９－３０２頁、Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．およびＬｅｂｌｅｕ，Ｂ．編、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、１９９３に開示される核酸塩基が挙げられる。上記の全ての内容が参照によって本明細書に組み込まれる。
[0117]本明細書で使用される場合、「生物学的サンプル」という用語は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、バイオマーカー、および／または代謝物を調製できるかまたは抽出でき、検査し得る任意の生物学的材料を意味する。非限定的な例には、全血、血漿、唾液、頬スワブ、糞便検体、尿検体、細胞塊、または任意の他の体液もしくは組織が含まれる。
[0118]本明細書で使用される「投与する」、「投与すること、投与するステップ」、「投与」などの用語は、生物学的作用の所望の部位への化合物または組成物の送達を可能にするために使用され得る方法を指す。これらの方法としては、限定するものではないが、経口経路（ｐ．ｏ．）、十二指腸内経路（ｉ．ｄ．）、非経口注射（例としては、静脈内（ｉ．ｖ．）、皮下（ｓ．ｃ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、静脈内または注入（ｉｎｆｕｓｉｏｎ）（ｉｎｆ））、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）（ｔｏｐ．）および直腸（ｐ．ｒ．）投与が挙げられる。当業者は、本明細書に記載の化合物および方法で使用できる投与技術に精通している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化合物および組成物は経口投与される。
[0119]本明細書で使用される「併用投与（co-administration）」などの用語は、選択された治療剤の単一の患者への投与を包含することを意味し、薬剤が同じ患者または異なる投与経路、または同時もしくは異なる時間で投与される治療レジメンを含むことが意図される。
[0120]本明細書で使用される「有効量」または「治療有効量」という用語は、処置されている疾患または状態の１つまたは複数の症状をある程度緩和する（例えば、疾患の１つまたは複数の徴候、症状、もしくは原因の減少および／または軽減、あるいは生物系の他の任意の所望の変更）、投与される薬剤または化合物の十分な量を指す。例えば、治療用途の「有効量」は、１つまたは複数の疾患症状を臨床的に有意に減少させる薬剤の量であり得る。適切な「有効な」量は、個々の症例で、用量漸増試験などの技術を使用して決定し得る。
[0121]本明細書で使用される「増強する」または「増強する」という用語は、所望の効果の量、効力または期間のいずれかを増加または延長することを意味する。
[0122]本明細書で使用される場合、「炭水化物」は、各炭素原子に結合した酸素、窒素または硫黄原子を有する少なくとも６個の炭素原子（直鎖状、分枝状、または環状であってもよい）を有する１つまたは複数の単糖単位から構成される炭水化物自体である化合物；あるいは各炭素原子に結合した酸素、窒素または硫黄原子を有する、少なくとも６個の炭素原子（直鎖状、分枝状または環状であってもよい）を各々が有する１つまたは複数の単糖単位から構成される炭水化物部分をその一部として有する化合物、のいずれかを指す。代表的な炭水化物としては、糖類（約４～９個の単糖単位を含む単糖、二糖、三糖、およびオリゴ糖）、ならびにデンプン、グリコーゲン、セルロースおよび多糖ゴムなどの多糖が挙げられる。特定の単糖としては、Ｃ５以上（好ましくはＣ５～Ｃ８）の糖が挙げられ；二糖および三糖には、２つまたは３つの単糖単位（好ましくはＣ５～Ｃ８）を有する糖が挙げられる。
[0123]「単糖」という用語は、アロース、アルトロース、アラビノース、クラジノース、エリスロース、エリスルロース、フルクトース、Ｄ－フシトール、Ｌ－フシトール、フコサミン、フコース、フクロース、ガラクトサミン、Ｄ－ガラクトサミニトール、Ｎ－アセチル－ガラクトサミン、ガラクトース、グルコサミン、Ｎ－アセチル－グルコサミン、グルコサミニトール、グルコース、グルコース－６－リン酸グロースグリセルアルデヒド、Ｌ－グリセロ－Ｄ－マンノス－ヘプロース、グリセロール、グリセロン、グロースイドース、リキソース、マンノサミン、マンノース、マンノース－６－リン酸、プシコース、キノボース、キノボサミン、ラムニトール、ラムノサミン、ラムノース、リボース、リブロース、セドヘプツロース、ソルボース、タガトース、タロース、酒石酸、トロース、キシロースおよびキシルロースのラジカルを、包含する。単糖は、Ｄ配置であっても、またはＬ配置であってもよい。単糖類はさらに、デオキシ糖（アルコール性ヒドロキシ基が水素で置き換え）、アミノ糖（アルコール性ヒドロキシ基がアミノ基で置き換え）、チオ糖（アルコール性ヒドロキシ基がチオールで置き換え、またはＣ＝ＯがＣ＝Ｓで置き換え、または環状形態の環酸素が硫黄で置き換え）、セレノ糖、テルロ糖、アザ糖（環炭素が窒素で置き換え）、イミノ糖（環酸素が窒素で置き換え）、ホスファノ糖（環酸素がリンで置き換え）、リン糖（環炭素がリンで置き換え）、Ｃ－置換単糖（非末端炭素原子の水素が炭素で置き換え）、不飽和単糖、アルジトール（カルボニル基がＣＨＯＨ基で置き換え）、アルドン酸（アルデヒド基がカルボキシ基で置き換え）、ケトアルドン酸、ウロン酸、アルダル酸などであってもよい。アミノ糖としては、アミノ単糖、好ましくはガラクトサミン、グルサミン、マンノサミン、フコスミン、キナボサミン、ノイラミン酸、ムラミン酸、ラクトースジアミン、アコサミン、バシロサミン、ダウノサミン、デソサミン、フォロサミン、ガロサミン、カノサミン、カノサミン、マイカミノース、ミオサミン、ペルソサミン、ニューモサミン、プルプロサミン、ロドスミンが挙げられる。単糖などはさらに置換されてもよいことが理解される。
[0124]「二糖類」、「三糖類」および「多糖類」という用語は、アベクオース、アクラボース、アミセトース、アミロペクチン、アミロース、アピオース、アルカノース、アスカリロース、アスコルビン酸、ボイビノース、セロビオース、セロトリオース、セルロース、カコトリオース、カルコース、キチン、コリトース、シクロデキストリン、シマロース、デキストリン、２－デオキシリボース、２－デオキシグルコースジギノース、ジギタロース、ジギトキソース、エバロース、エベミトロース、フラクトオリゴ糖、ガルトオリゴ糖、ゲンチアノース、ゲニチオビオース、グルカン、グルコゲン、グリコーゲン、ハマメロス、ヘパリン、イヌリン、イソレボグルコセノン、イソマルトース、イソマルトトリオース、イソパノース、コジビオース、ラクトース、ラクトサミン、ラクトースジアミン、ラミナラビオース、レボグルコサン、レボグルコセノン、β－マルトース、マルトリオース、マンナンオリゴ糖、アムニノトリオース、メレジトース、メリビオース、ムラミン酸、ミカロース、マイシノース、ノイラミン酸、ミゲロース、ノジリマイコン、ノビオース、オレアンドロース、パノース、パラトース、プランテオース、プリムベロース、ラフィノース、ロドン、ルチノース、オレアンドロース、パノース、パラトース、プランテオース、プリムベロース、ラフィノース、ロジンオース、ルチノース、サルメントース、セドヘプツロース、セドヘプツロサン、ソラトリオース、ソホロース、スタキオース、ストレプトース、スクロース、α，α－トレハロース、トラハロサミン、ツラノース、チベロス、キシロビオース、ウンベリフェロースなどを包含する。さらに、「二糖」、「三糖」および「多糖」などは、さらに置換され得ることが理解される。二糖類には、アミノ糖およびそれらの誘導体、特に、Ｃ－４’位で誘導体化されたミカミノースまたはＣ－６’位で誘導体化された４デオキシ－３－アミノ－グルコースも含まれる。
[0125]「対象」または「患者」という用語は、哺乳動物を包含する。哺乳動物の例には、限定するものではないが、哺乳動物クラスの任意のメンバー；ヒト、非ヒト霊長類、例えば、チンパンジー、ならびに他の類人猿およびサル種；ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタなどの家畜；ウサギ、イヌ、およびネコなどの家畜；ラット、マウス、モルモットなどのげっ歯類を含む実験動物などが挙げられる。一態様では、哺乳動物はヒトである。本明細書で使用される「動物」という用語は、ヒトおよび非ヒト動物を含む。一実施形態では、「非ヒト動物」は、哺乳動物、例えばラットまたはマウスなどのげっ歯類である。一実施形態では、非ヒト動物はマウスである。
[0126]本明細書で使用される「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」または「治療」という用語は、疾患または状態の少なくとも１つの症状を軽減、寛解または改善すること、追加の症状を予防すること、疾患または状態を阻害すること、例えば、疾患または状態の発症を抑止すること、疾患または状態を緩和すること、疾患または状態の退行を生じること、疾患または状態によって引き起こされた状態の緩和、あるいは疾患または状態の症状の予防的および／または治療的停止を含む。「治療する」という用語は、以下に述べるように、「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔ）」、「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」、および「予防」という概念をさらに包含する。排除されないが、障害または状態を治療するステップは、その障害、状態、またはそれに関連する症状が完全に排除されることは必要としないことが理解される。
[0127]疾患状態の「予防する」または「予防」という用語は、疾患状態にさらされる可能性があるか、またはその素因があるが、まだその病状の症状を経験も呈示もしていない対象において、疾患状態の臨床症状が発生しないようにすることを意味する。
[0128]「薬学的組成物」および「薬学的製剤」（または「製剤」）という用語は、交換可能に使用され、対象、例えばそれを必要としているヒトに投与される１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤と共に、治療有効量の活性薬学的成分を含む混合物または溶液を意味する。
[0129]本明細書で使用される用語「薬学的組合せ」という用語は、複数の薬学的有効成分を混合または組み合わせることにより得られる製品を意味し、その有効成分の固定および非固定の両方の組合せを含む。「固定された組合せ」という用語は、有効成分、例えば、本明細書に記載の化合物および助剤の両方が、単一の実体または用量の形態で同時に患者に投与されることを意味する。「固定されていない組合せ」という用語は、有効成分、例えば、本明細書に記載の化合物および助剤が、別個の実体として、同時に、併用して、または特定の介在時間制限なしで逐次的に患者に投与され、そのような投与は、患者の体内で２つの化合物の有効レベルを提供することを意味する。後者は、カクテル療法、例えば、３つ以上の有効成分の投与にも適用される。
[0130]「薬学的に許容される」という用語は、一般に安全で、毒性がなく、生物学的にも他の方法でも望ましくないものではなく、獣医およびヒトの薬学的使用に許容される薬学的組成物を調製するのに有用な材料の属性を意味する。「薬学的に許容される」とは、化合物の生物学的活性または特性を無効にせず、比較的無毒である担体または希釈剤などの材料を指してもよく、例えば、その材料は望ましくない生物学的効果を引き起こすことなく、またはそれが含まれている組成物の任意の成分のいずれかと有害な方法で相互作用することもなく、個体に投与され得る。
[0131]「薬学的に許容される賦形剤」、「薬学的に許容される担体」、「薬学的に許容されるビヒクル」、および「治療的に不活性な賦形剤」という用語は、互換的に使用してもよく、治療活性を有さず、投与される対象に非毒性である薬学的組成物中の任意の薬学的に許容される成分、例えば、医薬品の製剤化に使用される崩壊剤、結合剤、充填剤、溶媒、緩衝剤、等張化剤、安定剤、抗酸化剤、界面活性剤、担体、希釈剤、賦形剤、防腐剤または潤滑剤などを意味する。
[0132]「塩基編集（ｂａｓｅ ｅｄｉｔｉｎｇ）」および「塩基修正（ｂａｓｅ ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ）」という用語は、塩基修飾をもたらす標的遺伝子内の標的配列における塩基の変化または変異を示すために交換可能に使用される。特定の実施形態では、塩基編集は、標的配列の単一の塩基で起こる。好ましい実施形態では、塩基編集は、標的配列の二本鎖切断を伴わない。
[0133]本明細書で使用される「ｓｉＲＮＡ」という用語は、ＲＮＡ転写物の標的切断を媒介する薬剤を指す。これらの薬剤は、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として公知の細胞質の多タンパク質複合体と関連している。ＲＮＡ干渉を誘導するのに有効な薬剤は、本明細書ではｓｉＲＮＡ、ＲＮＡｉ薬剤、またはｉＲＮＡ薬剤とも呼ばれる。本明細書で使用するｓｉＲＮＡという用語には、マイクロＲＮＡおよびプレマイクロＲＮＡが含まれる。本明細書で使用される「ｓｉＲＮＡ活性」および「ＲＮＡｉ活性」という用語は、ｓｉＲＮＡによる遺伝子サイレンシングを指す。
[0134]「２’－Ｏ－メトキシエチル」（２’－ＭＯＥ、２’－Ｏ（ＣＨ２）２－ＯＣＨ３および２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ともいう）という用語は、フロシル環の２’位のＯ－メトキシ－エチル修飾を指す。２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖は修飾糖である。
[0135]「２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオチド」という用語は、２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖部分を含むヌクレオチドを意味する。
[0136]「５－メチルシトシン」という用語は、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは修飾核酸塩基である。
[0137]「オキソ」という用語は、＝Ｏ置換基を指す。
[0138]「アルキル」という用語は、１個から２０個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りの部分に結合している、直鎖または分枝炭化水素鎖基を指す。最大で１０個の炭素原子を含むアルキルは、Ｃ１～Ｃ１０アルキルと呼ばれ、同様に、例えば、最大で６個の炭素原子を含むアルキルは、Ｃ１～Ｃ６アルキルである。他の数の炭素原子を含むアルキル（および本明細書で定義される他の部分）も同様に表される。アルキル基としては、限定するものではないが、Ｃ１～Ｃ１０アルキル、Ｃ１～Ｃ９アルキル、Ｃ１～Ｃ８アルキル、Ｃ１～Ｃ７アルキル、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ１～Ｃ５アルキル、Ｃ１～Ｃ４アルキル、Ｃ１～Ｃ３アルキル、Ｃ１～Ｃ２アルキル、Ｃ２～Ｃ８アルキル、Ｃ３～Ｃ８アルキルおよびＣ４～Ｃ８アルキルが挙げられる。代表的なアルキル基としては、限定するものではないが、メチル、エチル、ｎ－プロピル、１－メチルエチル（ｉ－プロピル）、ｎ－ブチル、ｉ－ブチル、ｓ－ブチル、ｎ－ペンチル、１，１－ジメチルエチル（ｔ－ブチル）、３－メチルヘキシル、２－メチルヘキシル、１－エチル－プロピルなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、アルキルはメチルまたはエチルである。いくつかの実施形態では、アルキルは－ＣＨ（ＣＨ３）２または－Ｃ（ＣＨ３）３である。本明細書において特に断りのない限り、アルキル基は、以下に記載するように任意選択で置換されていてもよい。「アルキレン」または「アルキレン鎖」は、分子の残りをラジカル基に連結する直鎖または分枝鎖の二価炭化水素鎖を指す。いくつかの実施形態では、アルキレンは、－ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＨ２－、または－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、アルキレンは、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、アルキレンは、－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、アルキレンは、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２－である。
[0139]「アルコキシ」という用語は、式－ＯＲのラジカルを指し、式中、Ｒは定義されたアルキル基である。本明細書において特に断りのない限り、アルコキシ基は、以下に記載するように任意選択で置換されていてもよい。代表的なアルコキシ基としては、限定するものではないが、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、ブトキシ、ペントキシが挙げられる。いくつかの実施形態では、アルコキシはメトキシである。いくつかの実施形態では、アルコキシはエトキシである。
[0140]「アルキルアミノ」という用語は、式－ＮＨＲまたは－ＮＲＲのラジカルを指し、ここで、各Ｒは独立して、上で定義したアルキル基である。本明細書において特に断りのない限り、アルキルアミノ基は、以下に記載するように任意選択で置換されていてもよい。
[0141]「アルケニル」という用語は、少なくとも１つの炭素－炭素二重結合が存在する種類のアルキル基を指す。一実施形態では、アルケニル基は、式－Ｃ（Ｒ）＝ＣＲ２を有し、ここで、Ｒはアルケニル基の残りの部分を指し、同じであっても異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、ＲはＨまたはアルキルである。いくつかの実施形態では、アルケニルは、エテニル（すなわちビニル）、プロペニル（すなわちアリル）、ブテニル、ペンテニル、ペンタジエニルなどから選択される。アルケニル基の非限定的な例としては、－ＣＨ＝ＣＨ２、－Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨ２、－ＣＨ＝ＣＨＣＨ３、－Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨＣＨ３、および－ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２が挙げられる。構造に応じて、アルケニル基は一価または二価（すなわち、アルケニレン基）であってもよい。
[0142]「アルキニル」という用語は、少なくとも１つの炭素－炭素三重結合が存在する種類のアルキル基を指す。したがって、「アルキニレン」は、二価のアルキニル基を指す場合がある。一実施形態では、アルケニル基は、式－Ｃ≡Ｃ－Ｒを有し、ここでＲはアルキニル基の残りの部分を指す。いくつかの実施形態では、ＲはＨまたはアルキルである。いくつかの実施形態では、アルキニルは、エチニル、プロピニル、ブチニル、ペンチニル、ヘキシニルなどから選択される。アルキニル基の非限定的な例としては、－Ｃ≡ＣＨ、－Ｃ≡ＣＣＨ３－Ｃ≡ＣＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２Ｃ≡ＣＨが挙げられる。
[0143]「アリール」という用語は、環を形成する原子の各々が炭素原子である芳香環を指す。アリール基は、任意選択で置換されてもよい。アリール基の例としては、限定するものではないが、フェニルおよびナフチルが挙げられる。いくつかの実施形態では、アリールはフェニルである。構造に応じて、アリール基は一価または二価（すなわち、「アリーレン」基）であってもよい。本明細書で特に断りのない限り、「アリール」という用語または接頭辞「ａｒ－」（「アラルキル」など）は、任意選択で置換されてもよいアリールラジカルを含むことを意味する。いくつかの実施形態では、アリール基は部分的に還元されて、本明細書で定義されるシクロアルキル基を形成する。いくつかの実施形態では、アリール基は完全に還元されて、本明細書で定義されるシクロアルキル基を形成する。いくつかの実施形態では、アリール基は、Ｃ６～Ｃ１４アリールである。いくつかの実施形態では、アリール基は、Ｃ６～Ｃ１０アリールである。
[0144]「シクロアルキル」という用語は、環を形成する原子（すなわち、骨格原子）の各々が炭素原子である、単環式または多環式の非芳香族ラジカルを指す。いくつかの実施形態では、シクロアルキルは、飽和または部分不飽和である。いくつかの実施形態では、シクロアルキルは、スピロ環または架橋化合物である。いくつかの実施形態では、シクロアルキルは芳香環と縮合している（この場合、シクロアルキルは非芳香環炭素原子を介して結合されている）。シクロアルキル基には、３～１０個の環原子を有する基が含まれる。代表的なシクロアルキルとしては、限定するものではないが、３～１０個の炭素原子、３～８個の炭素原子、３～６個の炭素原子、または３～５個の炭素原子を有するシクロアルキルが挙げられる。単環式シクロアルキルラジカルとしては、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、およびシクロオクチルが挙げられる。いくつかの実施形態では、単環式シクロアルキルは、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチルまたはシクロヘキシルである。いくつかの実施形態では、単環式シクロアルキルは、シクロペンテニルまたはシクロヘキセニルである。いくつかの実施形態では、単環式シクロアルキルは、シクロペンテニルである。多環式基としては、例えば、アダマンチル、１，２－ジヒドロナフタレニル、１，４－ジヒドロナフタレニル、テトライニル、デカリニル、３，４－ジヒドロナフタレニル－１（２Ｈ）－オン、スピロ［２．２］ペンチル、ノルボルニルおよびビシクロ［１．１．１］ペンチルが挙げられる。本明細書において特に断りのない限り、シクロアルキル基は任意選択で置換されていてもよい。構造に応じて、シクロアルキル基は一価または二価（すなわち、シクロアルキレン基）であってもよい。
[0145]「ハロアルキル」という用語は、アルキル基の水素原子の少なくとも１つが同じまたは異なるハロゲン原子、特にフルオロ原子で置き換えられているアルキル基を意味する。ハロアルキルの例としいては、モノフルオロ－、ジフルオロ－またはトリフルオロ－メチル、－エチルまたは－プロピル、例えば、３，３，３－トリフルオロプロピル、２－フルオロエチル、２，２，２－トリフルオロエチル、フルオロメチル、またはトリフルオロメチルが挙げられる。「ペルハロアルキル」という用語は、アルキル基の全ての水素原子が同じまたは異なるハロゲン原子で置き換えられているアルキル基を意味する。
[0146]「ヘテロアルキレン」という用語は、アルキルの１つまたは複数の炭素原子がＯ、ＮまたはＳ原子で置き換えられている、上記のアルキル基を指す。「ヘテロアルキレン」または「ヘテロアルキレン鎖」は、分子の残りをラジカル基に連結する直鎖または分枝鎖の二価ヘテロアルキル鎖を指す。本明細書で特に断りのない限り、ヘテロアルキルまたはヘテロアルキレン基は、以下に記載するように置換されていてもよい。代表的なヘテロアルキレン基としては、限定するものではないが、－ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ－、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ－、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ－が挙げられる。
[0147]「ヘテロシクロアルキル」という用語は、窒素、酸素、および硫黄から選択される少なくとも１つのヘテロ原子を含むシクロアルキル基を指す。本明細書で特に断りのない限り、ヘテロシクロアルキル基は、単環式または二環式の環系であってもよく、これは縮合（アリールまたはヘテロアリール環と縮合する場合、ヘテロシクロアルキルは非芳香族環原子を介して結合される）または架橋の環系を含んでもよい。ヘテロシクリル基中の窒素、炭素または硫黄原子は、任意選択で酸化されていてもよい。窒素原子は、任意選択で四級化されていてもよい。ヘテロシクロアルキル基は部分的または完全に飽和されている。ヘテロシクロアルキル基の例としては、限定するものではないが、ジオキソラニル、チエニル［１，３］ジチアニル、テトラヒドロキノリル、テトラヒドロイソキノリル、デカヒドロキノリル、デカヒドロイソキノリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、イソチアゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、オクタヒドロインドリル、オクタヒドロイソインドリル、２－オキソピペラジニル、２－オキソピペリジニル、２－オキソピロリジニル、オキサゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、４－ピペリドニル、ピロリジニル、ピラゾリジニル、キヌクリジニル、チアゾリジニル、テトラヒドロフリル、トリチアニル、テトラヒドロピラニル、チオモルホリニル、チアモルホリニル、１－オキソ－チオモルホリニル、１，１－ジオキソ－チオモルホリニルが挙げられる。ヘテロシクロアルキルという用語には、また単糖、二糖、およびオリゴ糖を含むがこれらに限定されない炭水化物の全ての環形も含まれる。特に断りのない限り、ヘテロシクロアルキルは環に２～１２個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロシクロアルキルは、環に２～１０個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロシクロアルキルは、環内に２～１０個の炭素および１個または２個のＮ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロシクロアルキルは、環内に２～１０個の炭素および３または４個のＮ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロシクロアルキルは、環内に２～１２個の炭素、０～２個のＮ原子、０～２個のＯ原子、０～２個のＰ原子、および０～１個のＳ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロシクロアルキルは、環内に２個～１２個の炭素、１個～３個のＮ原子、０個～１個のＯ原子、および０個～１個のＳ原子を有する。ヘテロシクロアルキル中の炭素原子の数に言及するとき、ヘテロシクロアルキル中の炭素原子の数は、ヘテロシクロアルキルを構成する原子（すなわち、ヘテロシクロアルキル環の骨格原子）の総数（ヘテロ原子を含む）と同じではないことが理解される。本明細書において特に断りのない限り、ヘテロシクロアルキル基は任意選択で置換されていてもよい。本明細書で使用される「ヘテロシクロアルキレン」という用語は、二価のヘテロシクロアルキル基を指す場合がある。
[0148]「ヘテロアリール」という用語は、窒素、酸素、および硫黄から選択される１つまたは複数の環ヘテロ原子を含むアリール基を指す。ヘテロアリールは単環式または二環式である。単環式ヘテロアリールの具体例としては、ピリジニル、イミダゾリル、ピリミジニル、ピラゾリル、トリアゾリル、ピラジニル、テトラゾリル、フリル、チエニル、イソオキサゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソチアゾリル、ピロリル、ピリダジニル、トリアジニル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、フラザニル、インドリジン、インドール、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、１，８－ナフチリジン、およびプテリジンが挙げられる。単環式ヘテロアリールの具体例としては、ピリジニル、イミダゾリル、ピリミジニル、ピラゾリル、トリアゾリル、ピラジニル、テトラゾリル、フリル、チエニル、イソオキサゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソチアゾリル、ピロリル、ピリダジニル、トリアジニル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、およびフラザニルが挙げられる。二環式ヘテロアリールの具体例としては、インドリジン、インドール、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、１，８－ナフチリジン、およびプテリジンが挙げられる。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、チアゾリル、チエニル、チアジアゾリルまたはフリルである。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、環内に０～６個のＮ原子を含有する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、環内に１～４個のＮ原子を含有する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、環内に４～６個のＮ原子を含有する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、環内に０～４個のＮ原子、０～１個のＯ原子、０～１個のＰ原子、および０～１個のＳ原子を含有する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、環内に１～４個のＮ原子、０～１個のＯ原子、および０～１個のＳ原子を含有する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、Ｃ１～Ｃ９ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、単環式ヘテロアリールは、Ｃ１～Ｃ５ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、単環式ヘテロアリールは、５員または６員のヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、二環式ヘテロアリールは、Ｃ６～Ｃ９ヘテロアリールである。いくつかの実施形態において、ヘテロアリール基は、部分的に還元されて、本明細書で定義されるヘテロシクロアルキル基を形成する。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は完全に還元されて、本明細書で定義されるヘテロシクロアルキル基を形成する。構造に応じて、ヘテロアリール基は一価であってもまたは二価（すなわち、「ヘテロアリーレン」基）であってもよい。
[0149]「置換された」、「置換基」などの用語は、別段の指示がない限り、特定の置換基の基で個々にかつ独立して、所与の構造中の１つまたは複数の水素基を置き換えるステップを指してもよく、この置換基としては、限定するものではないが、以下：Ｄ、ハロゲン、－ＣＮ、－ＮＨ２、－ＮＨ（アルキル）、－Ｎ（アルキル）２、－ＯＨ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ（アルキル）、－Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（アルキル）２、－Ｓ（＝Ｏ）２ＮＨ２、－Ｓ（＝Ｏ）２ＮＨ（アルキル）、－Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（アルキル）２、アルキル、シクロアルキル、フルオロアルキル、ヘテロアルキル、アルコキシ、フルオロアルコキシ、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アリールオキシ、アルキルチオ、アリールチオ、アルキルスルホキシド、アリールスルホキシド、アルキルスルホン、およびアリールスルホンが挙げられる。いくつかの他の実施形態では、任意選択の置換基は独立して、Ｄ、ハロゲン、－ＣＮ、－ＮＨ２、－ＮＨ（ＣＨ３）、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＯＨ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２（Ｃ１～Ｃ４アルキル）、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）、－Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｃ１～Ｃ４アルキル）２、－Ｓ（＝Ｏ）２ＮＨ２、－Ｓ（＝Ｏ）２ＮＨ（Ｃ１～Ｃ４アルキル）、－Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｃ１～Ｃ４アルキル）２、Ｃ１～Ｃ４アルキル、Ｃ３～Ｃ６シクロアルキル、Ｃ１～Ｃ４フルオロアルキル、Ｃ１～Ｃ４ヘテロアルキル、Ｃ１～Ｃ４アルコキシ、Ｃ１～Ｃ４フルオロアルコキシ、－ＳＣ１～Ｃ４アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｃ１～Ｃ４アルキル、および－Ｓ（＝Ｏ）２（Ｃ１～Ｃ４アルキル）から選択される。いくつかの実施形態では、任意の置換基は独立してＤ、ハロゲン、－ＣＮ、－ＮＨ２、－ＯＨ、－ＮＨ（ＣＨ３）、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＮＨ（シクロプロピル）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＦ３、－ＯＣＨ３、および－ＯＣＦ３から選択される。いくつかの実施形態では、置換基は、前述の基の１つまたは２つで置換されている。いくつかの実施形態では、脂肪族炭素原子（非環状または環状）上の任意の置換基としては、オキソ（＝Ｏ）が挙げられる。
[0150]「非置換」という用語は、特定の基が置換基を持たないことを意味する。「任意選択で置換されてもよい」という用語は、特定の基が置換されていないか、または可能な置換基の群から独立して選択される１つまたは複数の置換基によって置換されていることを意味する。置換基の数を示す場合、「１つまたは複数」という用語は、１つの置換基から可能な限り多くの置換まで、すなわち置換基による１個の水素の置き換えから全ての水素の置き換えまでを意味する。
[0151]「約」とは、値の±１０％以内を意味する。例えば、「マーカーを約５０％増加し得る」と記載されている場合、マーカーが４５％～５５％の間で増加し得ることを意味する。
[0152]「活性剤」とは、個体に投与された場合に治療効果をもたらす、薬学的組成物中の１種または複数の物質を意味する。
[0153]「投与単位」とは、医薬品が提供される形態、例えば、丸薬、錠剤、または当該技術分野で知られている他の剤形を意味する。特定の実施形態では、剤形は、凍結乾燥アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。特定の実施形態では、剤形は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。
[0154]「用量」とは、単回投与で、または特定の期間に提供される医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態では、用量は、１回、２回、またはそれ以上のボーラス、錠剤、または注射で投与されてもよい。例えば、皮下投与が望まれる特定の実施形態では、所望の用量は、１回の注射では容易に対応できない量を必要とするため、所望の用量を達成するために２回以上の注射を使用してもよい。特定の実施形態では、医薬品は、長期間または連続的に注入によって投与される。用量は、１時間、１日、１週間、または１か月あたりの医薬品の量として表してもよい。用量はまた、対象組織の質量あたりの医薬用製剤または薬物物質の質量（例えば、ｍｇ／ｋｇまたはｇ／ｋｇ）で表してもよい。
[0155]「改変されたヌクレオシド間結合」とは、天然に存在するヌクレオシド間結合からの置換または任意の変化を指す。例えば、ホスホロチオエート結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
[0156]「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、５－メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。「非修飾核酸塩基」とは、プリン塩基のアデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、およびウラシル（Ｕ）を意味する。
[0157]「修飾ヌクレオシド」とは、少なくとも１つの修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。
[0158]「修飾ヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合および／または修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを意味する。
[0159]「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを意味する。
[0160]「修飾糖」は、天然糖からの置換または変化を指す。例えば、２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖は修飾糖である。
[0161]「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における化学的に異なる領域のパターンを意味する。
[0162]「スタチン」とは、ＨＭＧ－ＣｏＡレダクターゼの活性を阻害する薬剤を意味する。
[0163]「心血管の疾患または障害の症状」とは、心血管の疾患または障害に起因し付随する現象であって、その指標として機能する現象を意味する。例えば、狭心症；胸痛；呼吸困難；動悸；虚弱；めまい；悪心；発汗；頻脈；徐脈；不整脈；心房細動；下肢の腫れ；チアノーゼ；倦怠感；失神；顔のしびれ；手足のしびれ；跛行もしくは筋肉のけいれん；腹部の膨満；または発熱は、心血管疾患または障害の症状である。
[0164]「標的核酸」および「標的配列」とは、ゲノム編集組成物によって標的され得る核酸を指す。例えば、ＡＮＧＰＴＬ３遺伝子内またはそれに隣接する標的ＤＮＡ配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼに関連するガイドヌクレオチドによって標的化され得る。
[0165]生物学的材料中のポリペプチドの検出および／または測定のための方法は、当該技術分野で周知であり、これには、限定するものではないが、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、および様々なプロテオミクス技術が挙げられる。ポリペプチドを測定または検出する例示的な方法は、ＥＬＩＳＡなどのイムノアッセイである。このタイプのタンパク質定量は、特定の抗原を捕捉し得る抗体、および捕捉された抗原を検出し得る二次抗体に基づいてもよい。ポリペプチドの検出および／または測定のための例示的なアッセイは、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．およびＬａｎｅ，Ｄ．Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、（１９８８）、Ｃｏｌｄ ＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓに記載されている。
[0166]生物学的材料中のＲＮＡの検出および／または測定の方法は、当該技術分野で周知であり、これには、限定するものではないが、ノーザンブロッティング、ＲＮＡ保護アッセイ、ＲＴ ＰＣＲが挙げられる。適切な方法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第４版）Ｂｙ Ｍｉｃｈａｅｌ Ｒ．Ｇｒｅｅｎ、Ｊｏｓｅｐｈ Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｐｅｔｅｒ ＭａｃＣａｌｌｕｍ ２０１２、２、０２８ｐｐ、ＩＳＢＮ ９７８－１－９３６１１３－４２－２に記載されている。
[0167]リボ核タンパク質（ＲＮＰ）は、ＲＮＡを含む核タンパク質を指す。ＲＮＰは、リボ核酸とＲＮＡ結合タンパク質の複合体であってもよい。このような組合せは、タンパク質－ＲＮＡ複合体と呼ばれることもある。これらの複合体は、限定するものではないが、ＤＮＡ複製、ＤＮＡ修飾、遺伝子発現、ＲＮＡの代謝および修飾、ならびにプレｍＲＮＡスプライシングを含む、いくつかの生物学的機能で機能し得る。
[0168]本明細書で使用される場合、「バイオマーカー」または「マーカー」という用語は、患者由来のサンプルを、心血管疾患または障害などの病的状態と関連するものとして分類するために使用され得る任意の生化学的マーカー、血清学的マーカー、遺伝子マーカー、または他の臨床的もしくは超音波検査的特徴を指すために交換可能に使用される。
[0169]本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、限定するものではないが、ポリクローナルであっても、もしくはモノクローナルであってもよく、任意のクラスおよびアイソタイプであってもよい免疫グロブリン分子の集団、または免疫グロブリン分子のフラグメントを含む。免疫グロブリンには、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭという５つの主要なクラスがあり、これらのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１（ヒト）、ＩｇＡ２（ヒト）、ＩｇＡａ（イヌ）、ＩｇＡｂ（イヌ）、ＩｇＡｃ（イヌ）、およびＩｇＡｄ（イヌ）に分割され得る。そのようなフラグメントは、一般に、抗原に特異的に結合する抗体分子の部分を含む。例えば、当該技術分野でＦａｂ、Ｆａｂ’またはＦ（ａｂ’）２として公知の免疫グロブリン分子のフラグメントは、抗体という用語の意味に含まれる。
[0170]本明細書で使用される「標識」という用語は、検出可能な化合物、組成物、または固体支持体であって、モノクローナル抗体またはタンパク質に直接的または間接的に（例えば、共有結合または非共有結合によって、単独でまたはカプセル化して）コンジュゲートし得るものを指す。この標識は、それ自体で検出可能であってもよく（例えば、放射性同位体標識、化学発光色素、電気化学標識、金属キレート、ラテックス粒子、または蛍光標識）、または酵素標識の場合、検出可能な基質化合物または組成物の化学的変化を触媒し得る（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなどの酵素など）。本開示で使用される標識は、限定するものではないが、アルカリホスファターゼ；グルコース－６－リン酸デヒドロゲナーゼ（「Ｇ６ＰＤＨ」）；西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）；イソルミノールなどの化学発光剤、フルオレセインおよびローダミン化合物などの蛍光剤；リボザイム；ならびに色素であってもよい。標識とはまた、それ自体が検出可能な特異的結合分子であってもよい（例えば、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、ジギオキシゲニン、マルトース、オリゴヒスチジン、例えば、ヘキサヒスチジン、２，４－ジニトロベンゼン、フェニルアルセネート、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡなど）。標識の利用は、電磁放射線の検出または直接可視化などの手段によって検出され、任意選択では測定され得るシグナルを生成する。
[0171]「実質的な結合」または「実質的に結合する」とは、特定のアッセイ条件下でのアッセイ混合物中の分子間の特異的結合または認識の量を指す。その最も広い態様では、実質的な結合は、第１分子が第２分子に結合も認識できないことと、第１分子が第３分子に結合も認識できないこととの間の差に関連し、その差は意味のあるアッセイを可能にして、分子の相対濃度、ならびにインキュベーションの時間および温度を含む特定の一連のアッセイ条件下で、特異的結合を識別するために実施するのに十分である。別の態様では、１つの分子は、第１の分子が第２の分子に対して、例えば、分子の相対濃度およびインキュベーションを含む、特定の一連のアッセイ条件下で、第３の分子に対して示される反応性の２５％未満、例えば１０％未満、例えば５％未満の反応性を示す場合、交差反応性の意味で別の分子を結合または認識することは実質的に不可能である。特異的結合は、いくつかの広く知られている方法、例えば、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、またはウェスタンブロットアッセイなどを使用して試験され得る。
[0172]本明細書で使用される用語「実質的に同じアミノ酸配列」には、天然に存在するアミノ酸配列と類似しているが同一ではないアミノ酸配列が含まれる。例えば、フラジェリンタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するアミノ酸配列、例えばポリペプチドは、天然に存在するフラジェリンタンパク質のアミノ酸配列と比較して、アミノ酸の付加、欠失、または置換などの１つまたは複数の修飾を有し得、ただし、これは改変されたポリペプチドが、免疫反応性などのフラジェリンの少なくとも１つの生物学的活性を実質的に保持するという条件下である。２つの配列間の「類似性パーセンテージ」とは、一致する残基または２つの配列によって共有される保存的残基を含む位置の数を、比較される位置の数で割って１００倍した関数である。これに関して、配列内の保存的残基とは残基であって、対応する参照残基と物理的または機能的に類似している、例えば、類似のサイズ、形状、電荷、化学的特性、例としては、共有結合または水素結合などを形成する能力を有する残基である。
[0173]「ターゲティング部分」という用語は、選択された標的、例えば、細胞、細胞型、組織、器官、体の領域、またはコンパートメント、例えば、細胞、組織、または器官コンパートメントに対して増強された親和性を提供する任意の分子を指す。いくつかの例示的なターゲティング部分としては、限定するものではないが、抗体、抗原、炭水化物塩基部分、葉酸塩、受容体リガンド、炭水化物、アプタマー、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、ＰＳＭＡ、エンドセリン、ＧＣＰＩＩ、ソマトスタチン、ＬＤＬおよびＨＤＬリガンドが挙げられる。
[0174]「異種」という用語は、自然界では互いに同じ関係では通常見出されない任意の２つ以上の核酸またはポリペプチド配列を指す。例えば、異種核酸は、典型的には、組換えによって産生され、例えば、ある供給源由来のプロモーターおよび別の供給源由来のコード領域など、新しい機能的核酸を作製するように配置された無関係の遺伝子由来の２つ以上の配列を有する。同様に、異種ポリペプチドは、多くの場合、自然界では互いに同じ関係では見出されない２つ以上の部分配列を指す（例えば、融合タンパク質）。
[0175]本明細書で使用される場合、「フラグメント」という用語は、そのフラグメントが疾患患者の血清中の少なくとも１つの抗体との反応性を保持するという条件で、全長タンパク質のアミノ酸のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質セグメントを含む。
[0176]「エピトープ」とは、ポリペプチドに特異的な抗体、例えばＩＢＤ関連抗体上のパラトープによる結合について認識される、ポリペプチド上の抗原決定基である。
[0177]「臨床因子」という用語には、疾患に関連する患者の症状が含まれる。心血管疾患についての臨床的要因の例としては、限定するものではないが、狭心症；胸痛；呼吸困難；動悸；衰弱；めまい；悪心；発汗；頻脈；徐脈；不整脈；心房細動；下肢の腫れ；チアノーゼ；倦怠感；失神；顔のしびれ；手足のしびれ；跛行もしくは筋肉のけいれん；腹部の膨満；または発熱が挙げられる。いくつかの実施形態では、心血管疾患の診断は、統計アルゴリズムを使用して患者における１つまたは複数のマーカーの存在またはレベルを分析することと、患者が１つまたは複数の臨床因子を有するか否かを決定することとの組合せに基づく。
[0178]「予後」という用語は、病的状態、例えば心血管疾患、または疾患からの回復という可能性のある経過および転帰の予測を含む。いくつかの実施形態では、統計アルゴリズムの使用によって、患者の心血管疾患の予後が得られる。例えば、予後は、手術、１つまたは複数の臨床的要因の発生、消化器系のがんの発生または疾患からの回復であり得る。
[0179]本明細書において参照される「ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム」という用語は、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質をコードするｍＲＮＡから翻訳されたＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質およびシングルガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質は、固有のヌクレオチド鎖切断（ｅｎｄｏｎｕｃｌｅｏｌｙｉｔｃ）活性を有し得る。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、ガイドＲＮＡ媒介遺伝子変更を促進する。タンパク質をコードするｍＲＮＡから産生された１つまたは複数のタンパク質は、目的の遺伝子標的セグメント内の塩基もしくは核酸塩基および／または遺伝子編集を促進できる。
[0180]本明細書では、核酸剤などの治療剤の標的送達のための方法および組成物が提供される。本明細書で使用される治療剤は、標的化送達を支援するために、ターゲティング部分に接続または会合され得る。例えば、治療剤とターゲティング部分とはコンジュゲートを形成し得る。治療剤は、ガイドＲＮＡなどの核酸と複合体を形成した核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼ系を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡは、化学修飾されていてもよい。いくつかの実施形態では、修飾ガイドＲＮＡは、ＤＮＡの挿入または欠失によって遺伝子が変更、操作、編集、および修飾され得る、遺伝子に関連する任意の疾患、障害、または状態の治療のための医薬品の調製に使用され得る。本開示のさらなる態様によれば、修飾ガイドＲＮＡは、１つもしくは複数のヌクレオチドまたはＤＮＡのセグメント（ａｓｅｇｍｅｎｔ）を欠失、置換、修復または挿入するステップによって遺伝子を変更するために使用され得る。これは、微生物または動物、特に哺乳動物、より具体的にはヒトで行うことができる。ヒト細胞または組織は、インビトロで本開示のガイドＲＮＡおよび当該技術分野で公知のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して遺伝的に変更または修正され、次いで、それを必要とする患者に戻され得る。本開示の別の態様では、本開示による修飾ガイドＲＮＡ、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、および薬学的に許容される担体または賦形剤を含む薬学的組成物が提供される。この薬学的組成物は、本開示の修飾ガイドＲＮＡを有するベクターまたは細胞を含み得る。
化合物
[0181]一態様では、式（Ｉ）：
Figure 2023540562000020
またはその塩もしくは溶媒和化合物のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中
Ｂ１は
Figure 2023540562000021
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６であり、
ただし、（ｉ）Ｚ１、Ｚ２、およびＺ３が水素であるか；（ｉｉ）Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であるか；（ｉｉｉ）Ｑ２およびＱ３が酸素であるか；（ｉｖ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であるか；（ｖ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであるか；または（ｖｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－である、
式（Ｉ）またはその塩もしくは溶媒和化合物のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0182]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ａ）：
Figure 2023540562000022
の構造を有する。
[0183]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｂ）：
Figure 2023540562000023
の構造を有する。
[0184]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｃ）：
Figure 2023540562000024
の構造を有する。
[0185]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｄ）：
Figure 2023540562000025
の構造を有する。
[0186]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｅ）：
Figure 2023540562000026
の構造を有する。
[0187]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｆ）：
Figure 2023540562000027
の構造を有する。
[0188]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター（ｉｎｉｔａｔｏｒ）は、式（Ｉ－ｇ）：
Figure 2023540562000028
の構造を有する。
[0189]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（Ｉ－ｈ）：
Figure 2023540562000029
の構造を有する。
[0190]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＦである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0191]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＦである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0192]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0193]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0194]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0195]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２は独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態ではＢ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0196]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３は独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0197]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0198]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎのうちの少なくとも１つはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎのうちの少なくとも１つはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。
[0199]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0200]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0201]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。
[0202]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。
[0203]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0204]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0205]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0206]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0207]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0208]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨＣＨ３である。
[0209]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨＣＨ３である。
[0210]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨＣＨ３である。
[0211]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨＣＨ３である。
[0212]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨＣＨ３である。
[0213]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0214]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0215]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0216]式（Ｉ）、（Ｉ－ａ）、（Ｉ－ｂ）、（Ｉ－ｃ）、（Ｉ－ｄ）、（Ｉ－ｅ）、（Ｉ－ｆ）、（Ｉ－ｇ）、または（Ｉ－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0217]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－ＳＨである。
[0218]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－Ｓ－である。
[0219]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つは＝Ｓである。
[0220]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つは－Ｓ－である。
[0221]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎのうちの少なくとも１つは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３およびＺ１は－ＯＣＨ３である。式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎのうちの少なくとも１つは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。
[0222]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４のうちの少なくとも１つは－ＯＣＨ３である。式（Ｆｏｒｍａｕｌａ）（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４のうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0223]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。
[0224]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。
[0225]式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0226]一態様では、モチーフ（Ｉ’）：
Figure 2023540562000030
の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列であって、
[0227]
[0228]式中
[0229]Ｂ１は
Figure 2023540562000031
であり；
[0230]各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
[0231]各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
[0232]各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
[0233]各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
[0234]各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
[0235]各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
[0236]各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
[0237]各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
[0238]ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６であり
[0239]ただし、（ｉ）Ｚ１、Ｚ２、およびＺ３が水素であるか；（ｉｉ）Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であるか；（ｉｉｉ）Ｑ２およびＱ３が酸素であるか；（ｉｖ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であるか；（ｖ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであるか；または（ｖｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－である、
５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0240]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ａ）：
Figure 2023540562000032
の構造を有する。
[0241]
[0242]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｂ）：
Figure 2023540562000033
の構造を有する。
[0243]
[0244]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｃ）：
Figure 2023540562000034
の構造を有する。
[0245]
[0246]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｄ）：
Figure 2023540562000035
の構造を有する。
[0247]
[0248]
[0249]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｅ）：
Figure 2023540562000036
の構造を有する。
[0250]
[0251]
[0252]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｆ）：
Figure 2023540562000037
の構造を有する。
[0253]
[0254]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｇ）：
Figure 2023540562000038
の構造を有する。
[0255]
[0256]いくつかの実施形態では、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列は、モチーフ（Ｉ’－ｈ）：
Figure 2023540562000039
の構造を有する。
[0257]
[0258]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＦである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0259]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＦである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0260]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0261]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0262]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0263]
[0264]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２は独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態ではＢ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0265]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３は独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0266]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0267]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎのうちの少なくとも１つはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎのうちの少なくとも１つはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。
[0268]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0269]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0270]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。
[0271]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。
[0272]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0273]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0274]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0275]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0276]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0277]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨＣＨ３である。
[0278]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨＣＨ３である。
[0279]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨＣＨ３である。
[0280]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨＣＨ３である。
[0281]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨＣＨ３である。
[0282]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0283]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0284]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0285]モチーフ（Ｉ’）、（Ｉ’－ａ）、（Ｉ’－ｂ）、（Ｉ’－ｃ）、（Ｉ’－ｄ）、（Ｉ’－ｅ）、（Ｉ’－ｆ）、（Ｉ’－ｇ）、または（Ｉ’－ｈ）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0286]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－ＳＨである。
[0287]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－Ｓ－である。
[0288]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つは＝Ｓである。
[0289]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つは－Ｓ－である。
[0290]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎのうちの少なくとも１つは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３およびＺ１は－ＯＣＨ３である。モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎのうちの少なくとも１つは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。
[0291]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４のうちの少なくとも１つは－ＯＣＨ３である。式（Ｆｏｒｍａｕｌａ）（Ｉ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１、Ｑ２、Ｑ３、およびＱ４のうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｑ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0292]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。
[0293]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。
[0294]モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、モチーフ（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0295]一態様では、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000040
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中
Ｂ１は
Figure 2023540562000041
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
式（ＩＩ）の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0296]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0297]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0298]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎ独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0299]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。
[0300]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＣＨ３である。
[0301]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0302]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0303]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0304]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0305]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0306]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0307]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0308]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0309]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0310]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0311]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0312]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0313]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0314]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0315]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0316]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＣＨ３である。
[0317]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＣＨ３である。
[0318]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＣＨ３である。
[0319]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＣＨ３である。
[0320]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＣＨ３である。
[0321]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0322]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0323]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0324]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ）、（ＩＩ－ｂ）、（ＩＩ－ｃ）、（ＩＩ－ｄ）、（ＩＩ－ｅ）、（ＩＩ－ｆ）、（ＩＩ－ｇ）、（ＩＩ－ｈ）、（ＩＩ－ｉ）、（ＩＩ－ｊ）、（ＩＩ－ｋ）、（ＩＩ－ｌ）、（ＩＩ－ｍ）、（ＩＩ－ｎ）、（ＩＩ－ｏ）、（ＩＩ－ｐ）、（ＩＩ－ｑ）、（ＩＩ－ｒ）、（ＩＩ－ｓ）、（ＩＩ－ｔ）、または（ＩＩ－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0325]いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000042
である。いくつかの実施形態では、各Ｂ２およびＢ３は独立して（ｉｎｄｅｐｅｎｄｎｅｎｔｌｙ）、アデニンまたはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。
[0326]いくつかの実施形態では、各Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、およびＺ４は独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態ではＺ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨであり、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１およびＺ３は－ＯＣＨ３であり、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’、Ｚ’’、およびＺ’’’は水素である。
[0327]いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ２－である。いくつかの実施形態ではＱ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0328]いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４は－Ｏ－であり、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0329]いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏであり、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３は＝Ｏであり、Ｙ４は＝Ｓである。
[0330]いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0331]いくつかの実施形態では、ｐは０である。
[0332]一態様では、５’末端領域モチーフ（モチーフ（ＩＩ’）：
Figure 2023540562000043
を有するｍＲＮＡ配列であって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000044
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
５’末端領域モチーフ（モチーフ（ＩＩ’）を有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0333]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２は、独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0334]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0335]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎ独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0336]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。
[0337]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＣＨ３である。
[0338]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0339]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0340]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0341]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0342]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0343]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0344]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0345]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0346]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0347]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0348]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0349]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0350]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0351]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0352]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0353]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＣＨ３である。
[0354]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＣＨ３である。
[0355]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＣＨ３である。
[0356]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＣＨ３である。
[0357]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＣＨ３である。
[0358]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0359]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0360]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0361]モチーフ（ＩＩ’）、（ＩＩ’－ａ）、（ＩＩ’－ｂ）、（ＩＩ’－ｃ）、（ＩＩ’－ｄ）、（ＩＩ’－ｅ）、（ＩＩ’－ｆ）、（ＩＩ’－ｇ）、（ＩＩ’－ｈ）、（ＩＩ’－ｉ）、（ＩＩ’－ｊ）、（ＩＩ’－ｋ）、（ＩＩ’－ｌ）、（ＩＩ’－ｍ）、（ＩＩ’－ｎ）、（ＩＩ’－ｏ）、（ＩＩ’－ｐ）、（ＩＩ’－ｑ）、（ＩＩ’－ｒ）、（ＩＩ’－ｓ）、（ＩＩ’－ｔ）、または（ＩＩ’－ｕ）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0362]いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000045
である。いくつかの実施形態では、各Ｂ２およびＢ３は独立して（ｉｎｄｅｐｅｎｄｎｅｎｔｌｙ）、アデニンまたはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。
[0363]いくつかの実施形態では、各Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、およびＺ４は独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態ではＺ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨであり、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１およびＺ３は－ＯＣＨ３であり、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’、Ｚ’’、およびＺ’’’は水素である。
[0364]いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ２－である。いくつかの実施形態ではＱ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0365]いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４は－Ｏ－であり、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0366]いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏであり、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３は＝Ｏであり、Ｙ４は＝Ｓである。
[0367]いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0368]いくつかの実施形態では、ｐは０である。
[0369]一態様では、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000046
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、
式中
Ｂ１は
Figure 2023540562000047
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、
式（ＩＩ）の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含むｍＲＮＡ配列イニシエーターが本明細書に記載される。
[0370]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ１は、
Figure 2023540562000048
である。いくつかの実施形態では、Ｂ１は、
Figure 2023540562000049
である。いくつかの実施形態では、Ｂ１は、
Figure 2023540562000050
である。
[0371]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0372]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0373]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎ独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0374]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、またはＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＣＨ３である。
[0375]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＣＨ３である。
[0376]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0377]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0378]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0379]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0380]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0381]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0382]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0383]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－’ｍ）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0384]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0385]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0386]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0387]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0388]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0389]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0390]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0391]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＣＨ３である。
[0392]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＣＨ３である。
[0393]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＣＨ３である。
[0394]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＣＨ３である。
[0395]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＣＨ３である。
[0396]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0397]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0398]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0399]式（ＩＩ）、（ＩＩ－ａ’）、（ＩＩ－ｂ’）、（ＩＩ－ｃ’）、（ＩＩ－ｄ’）、（ＩＩ－ｅ’）、（ＩＩ－ｆ’）、（ＩＩ－ｇ’）、（ＩＩ－ｈ’）、（ＩＩ－ｉ’）、（ＩＩ－ｊ’）、（ＩＩ－ｋ’）、（ＩＩ－ｌ’）、（ＩＩ－ｍ’）、（ＩＩ－ｎ’）、（ＩＩ－ｏ’）、（ＩＩ－ｐ’）、（ＩＩ－ｑ’）、（ＩＩ－ｒ’）、（ＩＩ－ｓ’）、（ＩＩ－ｔ’）、または（ＩＩ－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0400]
[0401]いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000051
である。いくつかの実施形態では、各Ｂ２およびＢ３は独立して（ｉｎｄｅｐｅｎｄｎｅｎｔｌｙ）、アデニンまたはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。
[0402]いくつかの実施形態では、各Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、およびＺ４は独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態ではＺ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨであり、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１およびＺ３は－ＯＣＨ３であり、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’、Ｚ’’、およびＺ’’’は水素である。
[0403]いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ２－である。いくつかの実施形態ではＱ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0404]いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４は－Ｏ－であり、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0405]いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏであり、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３は＝Ｏであり、Ｙ４は＝Ｓである。
[0406]いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0407]いくつかの実施形態では、ｐは０である。
[0408]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ａ）：
Figure 2023540562000052
の構造を有する。
[0409]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ａ’）：
Figure 2023540562000053
の構造を有する。
[0410]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｂ）：
Figure 2023540562000054
の構造を有する。
[0411]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｂ’）：
Figure 2023540562000055
の構造を有する。
[0412]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｃ）：
Figure 2023540562000056
の構造を有する。
[0413]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｃ’）：
Figure 2023540562000057
の構造を有する。
[0414]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｄ）：
Figure 2023540562000058
の構造を有する。
[0415]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｄ’）：
Figure 2023540562000059
の構造を有する。
[0416]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｅ）：
Figure 2023540562000060
の構造を有する。
[0417]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｅ’）：
Figure 2023540562000061
の構造を有する。
[0418]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｆ）：
Figure 2023540562000062
の構造を有する。
[0419]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｇ）：
Figure 2023540562000063
の構造を有する。
[0420]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｇ’）：
Figure 2023540562000064
の構造を有する。
[0421]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｈ）：
Figure 2023540562000065
の構造を有する。
[0422]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｈ’）：
Figure 2023540562000066
の構造を有する。
[0423]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｉ）：
Figure 2023540562000067
の構造を有する。
[0424]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－Ｉ’）：
Figure 2023540562000068
の構造を有する。
[0425]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｊ）：
Figure 2023540562000069
の構造を有する。
[0426]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｊ’）：
Figure 2023540562000070
の構造を有する。
[0427]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｋ）：
Figure 2023540562000071
の構造を有する。
[0428]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｋ’）：
Figure 2023540562000072
の構造を有する。
[0429]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｌ）：
Figure 2023540562000073
の構造を有する。
[0430]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｌ’）：
Figure 2023540562000074
の構造を有する。
[0431]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｍ）：
Figure 2023540562000075
の構造を有する。
[0432]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｍ’）：
Figure 2023540562000076
の構造を有する。
[0433]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｎ）：
Figure 2023540562000077
の構造を有する。
[0434]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｎ’）：
Figure 2023540562000078
の構造を有する。
[0435]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｏ）：
Figure 2023540562000079
の構造を有する。
[0436]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｏ’）：
Figure 2023540562000080
の構造を有する。
[0437]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｐ）：
Figure 2023540562000081
の構造を有する。
[0438]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｐ’）：
Figure 2023540562000082
の構造を有する。
[0439]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｑ）：
Figure 2023540562000083
の構造を有する。
[0440]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｑ’）：
Figure 2023540562000084
の構造を有する。
[0441]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｒ）：
Figure 2023540562000085
の構造を有する。
[0442]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｒ’）：
Figure 2023540562000086
の構造を有する。
[0443]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｓ）：
Figure 2023540562000087
の構造を有する。
[0444]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｓ’）：
Figure 2023540562000088
の構造を有する。
[0445]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｔ）：
Figure 2023540562000089
の構造を有する。
[0446]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｔ’）：
Figure 2023540562000090
の構造を有する。
[0447]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｕ）：
Figure 2023540562000091
の構造を有する。
[0448]いくつかの実施形態では、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、式（ＩＩ－ｕ’）：
Figure 2023540562000092
の構造を有する。
[0449]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｂは独立して、天然核酸塩基である。式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｂは独立して、修飾核酸塩基である。式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｂは独立して、非天然核酸塩基である。
[0450]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000093
である。
[0451]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000094
である。
[0452]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ１はフッ素である。
[0453]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。
[0454]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。
[0455]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素である。
[0456]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。
[0457]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。
[0458]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態ではＱ１は－ＣＨ２Ｏ－である。
[0459]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－Ｏ－である。
[0460]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。
[0461]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－Ｏ－である。
[0462]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。
[0463]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。
[0464]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。
[0465]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。
[0466]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。
[0467]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。
[0468]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。
[0469]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの１つまたは複数は＝Ｓである。
[0470]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。
[0471]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。
[0472]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。
[0473]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは＝Ｏである。
[0474]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｘ１、Ｘ４、およびＸｎは－Ｏ－である。
[0475]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。
[0476]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。
[0477]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの１つまたは複数は－Ｓ－である。
[0478]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0479]（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。
[0480]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。
[0481]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは－Ｏ－である。
[0482]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0483]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの１つまたは複数は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。
[0484]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。
[0485]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである。
[0486]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである。
[0487]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである。
[0488]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。
[0489]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。
[0490]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－である。
[0491]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、各Ｙｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである。
[0492]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000095
である。
[0493]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２は－Ｏ－であり；Ｑ３は－Ｏ－であり；各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；Ｂ１は
Figure 2023540562000096
である。
[0494]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２は－Ｏ－であり；Ｑ３は－Ｏ－であり；各Ｘｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎは独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；Ｂ１は
Figure 2023540562000097
である。
[0495]式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。式（ＩＩ）または式（ＩＩ－ａ）から（ＩＩ－ｕ’）のいくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。
[0496]一態様では、５’末端領域モチーフ（モチーフ（ＩＩ”）：
Figure 2023540562000098
を有するｍＲＮＡ配列であって、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000099
であり：
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５または６である、
５’末端領域モチーフ（モチーフ（ＩＩ”）を有するｍＲＮＡ配列が本明細書に記載される。
[0497]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000100
である。いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000101
である。いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000102
である。
[0498]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ２独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はプリンである。
[0499]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂ３独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂ３はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はプリンである。
[0500]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｂｎ独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基。いくつかの実施形態では、Ｂｎはアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはシトシンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはチミンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、Ｂｎはプリンである。
[0501]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、またはＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’は－ＳＣＨ３である。
[0502]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ（ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’は－ＳＣＨ３である。
[0503]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ’’’は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0504]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ１は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0505]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ２は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ２はＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３である。
[0506]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ３は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0507]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚ４は水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は水素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４はフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ４は－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0508]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｚｎは水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは水素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎはフッ素である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＳＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚｎは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
[0509]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0510]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ１は－ＣＨ＝ＣＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ４は－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0511]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0512]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＣＦ２－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｑ３は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0513]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0514]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0515]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0516]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0517]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＣＨ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｘｎは－ＯＣＨ２ＣＨ３である。
[0518]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ１は＝ＮＣＨ３である。
[0519]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ２は＝ＮＣＨ３である。
[0520]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ３は＝ＮＣＨ３である。
[0521]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙ４は＝ＮＣＨ３である。
[0522]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＨである。いくつかの実施形態では、Ｙｎは＝ＮＣＨ３である。
[0523]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａは－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａは－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0524]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ１は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0525]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（ＣＨ３）－である。いくつかの実施形態では、Ａ２は－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－である。
[0526]モチーフ（ＩＩ”）、（ＩＩ”－ａ’）、（ＩＩ”－ｂ’）、（ＩＩ”－ｃ’）、（ＩＩ”－ｄ’）、（ＩＩ”－ｅ’）、（ＩＩ”－ｆ’）、（ＩＩ”－ｇ’）、（ＩＩ”－ｈ’）、（ＩＩ”－ｉ’）、（ＩＩ”－ｊ’）、（ＩＩ”－ｋ’）、（ＩＩ”－ｌ’）、（ＩＩ”－ｍ’）、（ＩＩ”－ｎ’）、（ＩＩ”－ｏ’）、（ＩＩ”－ｐ’）、（ＩＩ”－ｑ’）、（ＩＩ”－ｒ’）、（ＩＩ”－ｓ’）、（ＩＩ”－ｔ’）、または（ＩＩ”－ｕ’）の化合物のいくつかの実施形態では、ｐは０、１、２、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｐは０である。いくつかの実施形態では、ｐは１である。いくつかの実施形態では、ｐは２である。いくつかの実施形態では、ｐは３である。いくつかの実施形態では、ｐは４である。いくつかの実施形態では、ｐは５である。いくつかの実施形態では、ｐは６である。
[0527]
[0528]いくつかの実施形態では、Ｂ１は
Figure 2023540562000103
である。いくつかの実施形態では、各Ｂ２およびＢ３は独立して（ｉｎｄｅｐｅｎｄｎｅｎｔｌｙ）、アデニンまたはグアニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ２はアデニンである。いくつかの実施形態では、Ｂ３はグアニンである。
[0529]いくつかの実施形態では、各Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、およびＺ４は独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態ではＺ２は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ１、Ｚ２、およびＺ４は－ＯＨであり、Ｚ３は－ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｚ１およびＺ３は－ＯＣＨ３であり、Ｚ２およびＺ４は－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｚ’、Ｚ’’、およびＺ’’’は水素である。
[0530]いくつかの実施形態では、Ｑ１およびＱ４は－ＯＣＨ２－である。いくつかの実施形態ではＱ２およびＱ３は－Ｏ－である。
[0531]いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｏ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４は－Ｏ－であり、Ｘ２は－Ｓ－である。
[0532]いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ３、およびＹ４は＝Ｏであり、Ｙ２は＝Ｓである。いくつかの実施形態では、Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３は＝Ｏであり、Ｙ４は＝Ｓである。
[0533]いくつかの実施形態では、Ａ、Ａ１、およびＡ２は－Ｏ－である。
[0534]いくつかの実施形態では、ｐは０である。
[0535]ある特定の実施形態では、配列イニシエーター化合物は、表１に記載されるとおりである。
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[0536]いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるのは、薬学的に許容される塩または薬学的に許容される溶媒和化合物、あるいは表１から選択される１つまたは複数の配列イニシエーター化合物から作製／製造される１つまたは複数のｍＲＮＡを含む薬学的組成物であって、ｍＲＮＡが１つまたは複数の薬学的に活性なタンパク質をコードする、薬学的組成物である。
[0537]ある特定の実施形態では、配列イニシエーター化合物は、表２に記載されるとおりである。
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[0538]いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるのは、薬学的に許容される塩または薬学的に許容される溶媒和化合物、あるいは表２から選択される１つまたは複数の配列イニシエーター化合物から作製／製造される１つまたは複数のｍＲＮＡを含む薬学的組成物であって、ｍＲＮＡが１つまたは複数の薬学的に活性なタンパク質をコードする、薬学的組成物である。
[0539]ある特定の実施形態では、配列イニシエーター化合物は、表３に記載されるとおりである。
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[0540]いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるのは、薬学的に許容される塩または薬学的に許容される溶媒和化合物、あるいは表３から選択される１つまたは複数の配列イニシエーター化合物から作製／製造される１つまたは複数のｍＲＮＡを含む薬学的組成物である。
[0541]別の態様では、本明細書に記載されるのは、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、本明細書に記載の化合物を含み、（ａ）ＤＮＡテンプレートは、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチド、ヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチド、およびヌクレオチド＋３位に第３のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに（ｂ）ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、少なくともヌクレオチド＋１、＋２、および＋３位においてＤＮＡテンプレートにハイブリダイズされる、複合体である。
[0542]別の態様では、本明細書に記載されるのは、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、本明細書に記載の化合物を含み、（ａ）ＤＮＡテンプレートは、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに（ｂ）ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが、少なくともヌクレオチド＋１位および＋２位においてＤＮＡテンプレートにハイブリダイズされる、複合体である。
[0543]薬学的組成物
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化合物は、薬学的組成物に製剤化される。薬学的組成物は、薬学的に使用することができる調製物への活性化合物の処理を促進する１つまたは複数の薬学的に許容される不活性成分を使用して従来の方法で製剤化される。適切な製剤化は、選択された投与経路に依存する。本明細書に記載の薬学的組成物の要約は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， Ｎｉｎｅｔｅｅｎｔｈ Ｅｄ （Ｅａｓｔｏｎ， Ｐａ．： Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ， １９９５）；Ｈｏｏｖｅｒ， Ｊｏｈｎ Ｅ．， Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．， Ｅａｓｔｏｎ， Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ １９７５；Ｌｉｂｅｒｍａｎ， Ｈ．Ａ．およびＬａｃｈｍａｎ， Ｌ．， Ｅｄｓ．， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ， Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｎ．Ｙ．， １９８０；およびＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｅｄ． （Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ１９９９）に見出すことができ、なお、これらは、そのような開示のために参照により本明細書に組み入れられる。
[0544]薬学的組成物は、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物と１つまたは複数の他の化学化合物（すなわち、薬学的に許容される成分）、例えば、担体、賦形剤、結合剤、充填剤、懸濁化剤、矯臭剤、甘味剤、崩壊剤、分散剤、界面活性剤、潤滑剤、着色剤、希釈剤、可溶化剤、湿潤化剤、可塑剤、安定化剤、浸透促進剤、湿潤剤、消泡剤、酸化防止剤、防腐剤、またはそれらの１つまたは複数の組合せなど、との混合物であり得る。薬学的組成物は、生物への化合物の投与を容易にする。
[0545]本明細書に記載の組成物は、非経口、静脈内、皮内、筋肉内、結腸内、直腸内、または腹腔内を含む様々な方法で対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物またはその薬学的に許容される塩は、対象の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、非経口、静脈内、筋肉内、または経口において投与することができる。本明細書に記載の配列イニシエーター化合物を含む経口剤は、経口投与に適した任意の形態、例えば、液剤、錠剤、カプセルなど、であり得る。経口製剤は、胃での溶解を防止または低減するために、さらにコーティングまたは処理され得る。本開示の組成物は、当該技術分野で公知の任意の好適な方法を使用して対象に投与することができる。本開示での使用に適した製剤および送達方法は、一般に当該技術分野で周知である。例えば、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物は、薬学的に許容される希釈剤、担体、または賦形剤を含む薬学的組成物として製剤化することができる。この組成物は、大体の生理学的な条件に必要な薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ調整剤および緩衝剤、等張化剤、湿潤剤など、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどを含み得る。
[0546]本明細書に記載の薬学的製剤は、複数の投与経路による様々な方法、例えば、これらに限定されるわけではないが、経口、非経口（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄内注射、髄腔内、直接心室内、腹腔内、リンパ内、鼻腔内注射）、鼻腔内、頬側、局所または経皮投与経路など、によって対象に投与可能であり得る。本明細書に記載の薬学的製剤としては、これらに限定されるわけではないが、水性液体分散物、自己乳化分散物、固溶体、リポソーム分散物、エアロゾル、固体剤形、粉末、即時放出製剤、制御放出製剤、急速溶解製剤、錠剤、カプセル、丸薬、遅延放出製剤、持続放出製剤、パルス放出製剤、多粒子製剤、ならびに混合即時放出および制御放出の製剤が挙げられる。
[0547]いくつかの実施形態では、薬学的製剤は、錠剤の形態である。他の実施形態では、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物を含有する薬学的製剤は、カプセルの形態である。一態様では、経口投与のための液体製剤剤形は、これらに限定されるわけではないが、水性経口分散液、エマルジョン、溶液、エリキシル、ゲル、およびシロップを含む群から選択される水性懸濁液または溶液の形態である。
[0548]吸入による投与の場合、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物は、エアロゾル、ミスト、または粉末としての使用のために製剤化することができる。頬側または舌下投与の場合、組成物は、従来の方法で製剤化された錠剤、ロゼンジ、またはゲルの形態を取り得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の配列イニシエーター化合物は、経皮投与剤形として調製することができる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明される配列イニシエーター化合物は、筋肉内、皮下、または静脈内注射に適した薬学的組成物へと製剤化することができる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明される配列イニシエーター化合物は、局所的に投与することができ、ならびに、様々な局所投与可能な組成物、例えば、溶液、懸濁液、ローション、ゲル、ペースト、薬用スティック、バーム、クリーム、または軟膏など、へと製剤化することができる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明される配列イニシエーター化合物は、直腸用組成物、例えば、浣腸剤、直腸用ゲル、直腸用泡状物、直腸用エアロゾル、坐剤、ゼリー状坐剤、または保持浣腸剤など、において製剤化することができる。
[0549]一態様では、本明細書に説明されるのは、本明細書に開示されたＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子と１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤とを含む薬学的組成物である。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、脂質ナノ粒子を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、脂質ナノ粒子においてカプセル化される。
[0550]転写
真核生物では、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の転写は、ＲＮＡポリメラーゼＩＩによって行われる。これは、複合調節を伴う複雑な多サブユニットの酵素である。インビトロにおいて大規模転写を行うために、研究では、一般的に、Ｔ７、Ｔ３、ＳＰ６、Ｋ１－５、Ｋ１Ｅ、Ｋ１Ｆ、またはＫ１１バクテリオファージから得られる単一サブユニットファージポリメラーゼが使用される。ポリメラーゼのこのファミリーは、アクセサリータンパク質を必要とせずならびに開始ヌクレオチド配列の最小の制限を有する、約１７のヌクレオチドによる単一の最小のプロモーター配列を有する。本願は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ（Ｔ７ ＲＮＡＰ）に焦点を合わせているが、当業者は、本開示が、他のＲＮＡポリメラーゼによって実施することができることを理解するであろう。
[0551]Ｔ７ ＲＮＡＰは、少なくとも２つのタンパク質状態で存在する。第１は、「不稔的複合体（ａｂｏｒｔｉｖｅ ｃｏｍｐｌｅｘ）」と呼ばれ、転写開始に関連する。第２は、「伸長複合体」と呼ばれる非常に進行性のコンホーメーションである。インビトロ転写は、６つのステップに分けることができる：１）プロモーター配列へのＲＮＡポリメラーゼの結合、２）転写の開始、３）その際にポリメラーゼが頻繁にＤＮＡテンプレートおよび短い不稔的転写物を放出する不稔的転写と呼ばれる非進行性伸長、４）開鎖複合体から閉鎖複合体への変換、５）進行性伸長、および６）転写終了。転写の間に作製されるかなりの量のＲＮＡは、約２～８のヌクレオチド長さの短い不稔的断片からなる（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １９：３２４５～３２５３ （１９８０）； Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ９：３１～４５ （１９８１）； Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １５：８７８３～８７９８ （１９８７）； Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２７：３９６６～３９７４ （１９８８））。約１０～１４の塩基の合成の後、ＲＮＡポリメラーゼは、不稔的サイクルから逃れ、同時に、プロモーターＤＮＡとの配列特異的接触を失い、進行性伸長複合体を形成し、それにおいて、ＲＮＡ鎖は、配列非依存性の方法において延長される（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １８３：１６５～１７７ （１９８５）； Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ８３：３６１４～３６１８ （１９８６）； Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． ７：３３７１～３３７９ （１９８７））。
[0552]最も活性なクラスＩＩＩのＴ７プロモーターに対するコンセンサス配列は、転写開始部位の上流の１７ｂｐの配列および下流の６ｂｐの配列を含む（Ｃｅｌｌ １６：８１５～２５． （１９７９））。最初に転写されたヌクレオチドの位置は、一般的に、ＲＮＡの＋１転写物ヌクレオチドと呼ばれ、２番目に転写されたヌクレオチドの位置は、＋２転写物ヌクレオチドというように呼ばれる（表２）。転写の際、２本の鎖が溶融して、転写バブルを形成し、ならびに二本鎖体の下鎖（表４に示される３’から５’）は、転写のためのテンプレートである。＋３以上の転写物ヌクレオチドの場合、テンプレート鎖は、主にワトソン－クリック型の塩基対形成相互作用によって、転写されたヌクレオチドの同一性を定義する。ここで、最初のＲＮＡ転写物ヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、テンプレートの＋１ヌクレオチドとして定義される。表４に示される例において、＋１転写物ヌクレオチドはＧであり、＋１テンプレートヌクレオチドはＣである。同様に、＋４転写物ヌクレオチドはＡであり、＋４テンプレートヌクレオチドはＴである。
Figure 2023540562000205
[0553]ＤＮＡポリメラーゼと異なり、Ｔ７ ＲＮＡＰは、プライマーの非存在下においてＲＮＡ合成を開始する。開始における最初の段階は、デノボＲＮＡ合成と呼ばれ、ＲＮＡポリメラーゼが、ＤＮＡテンプレートの特定の配列を認識し、＋１位および＋２位におけるテンプレート残基に対して相補的なヌクレオチド三リン酸の最初の対を選択し、ホスホジエステル結合の形成を触媒することにより、ジヌクレオチドを形成する。開始ヌクレオチドは、ポリメラーゼに対して、伸長の際に使用したものより低い親和性を有する。Ｋｄ値は、最初の開始ＮＴＰに対して２ｍＭであり、２番目に対しては８０μＭであり、その一方で、伸長の際のＮＴＰに対して、Ｋｄはおよそ５μＭである（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． （２００７） ３７０， ２５６～２６８）。デノボ合成は、転写の際の律速段階であることが分かっている。Ｔ７ ＲＮＡＰは、開始ヌクレオチドとして、ＧＴＰに対する強いバイアスを示す（Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２４８： ２２３５～２２４４ （１９７３））。ゲノムにおける１７のＴ７プロモーターの中で、１５が、ＧＴＰによって開始し（ならびに１３がｐｐｐＧｐＧによって開始する）、その一方で、転写伸長の際に明確なＮＴＰ優先性は存在しない（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３７０：２５６～２６８ （２００７））。Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼは、＋１位においてＡをコードするプロモーターにおいて不十分に開始し、その代わり、転写が支配的に開始し、その場合、＋２位においてＧがコードされる（Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７８：２８１９～２８２３ （２００３））。
[0554]デノボＲＮＡ合成の際、開始ヌクレオチドの結合は、主に、塩基スタッキングから生み出された自由エネルギー、ポリメラーゼ残基の間の特定の相互作用、開始ヌクレオチドのグアニン部分、および塩基相補性相互作用によって達成される（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３７０：２５６～２６８ （２００７））。
[0555]Ｔ７ ＲＮＡＰも短鎖オリゴヌクレオチドプライマーによって開始することができることが知られている。例えば、Ｔ７ゲノムにおける１３のプロモーターは、ｐｐｐＧｐＧによって開始する（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３７０：２５６～２６８ （２００７））。いくつかのグループは、Ｔ７ ＲＮＡＰがジヌクレオチドプライマーから開始することができることを示した（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２４：５７１６～５７２３ （１９８５））。Ａｘｅｌｒｏｄらは、キャップされていないＧｐＡジヌクレオチドが、それぞれ２’－デオキシシチジンおよび２’－デオキシチミジンである＋１および＋２テンプレートヌクレオチドから開始することができる（「ＣＴ」テンプレート）ことを示した。彼らの反応条件は、２００マイクロモル（μＭ）の二量体および１００μＭのＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、およびＵＴＰであった。彼らの反応混合物は、１００μＭの３’ｄＡＴＰ、３’ｄＣＴＰ３’ｄＵＴＰ、または５０μＭ３’ｄＧＴＰも含んでいた。彼らは、ＧｐＡ開始されたＲＮＡのみを観察し、ＧｐＡ開始されたＲＮＡとＧＴＰ開始からの５’三リン酸ＲＮＡの混合物は観察しなかった。これは、おそらく、採用した反応条件に起因する。１００μＭのＧＴＰは、最初の開始グアノシンに対するＴ７ポリメラーゼの２ｍＭのＫｄよりかなり低い（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． （２００７） ３７０， ２５６～２６８）。ＧＴＰは、開始オリゴヌクレオチドと開始に対して競合するため、低いＧＴＰ濃度の使用は、ＧｐＡ開始を支持するが、結果として、低い転写収率を生じる（最大計算収率は、反応の＜１５０ｕｇ／ｍＬであると見積もられた）。ＡｐＧ、ＣｐＧ、ＵｐＧ、またはＧｐＧによって「ＣＴ」テンプレートにおいて転写を開始する場合、彼らは、追加の非テンプレート５’ヌクレオチド（それぞれ、Ａ、Ｃ、Ｕ、またはＧ）によるＲＮＡ転写物の形成を観察した。
[0556]５’－キャップされたＲＮＡの調製のために本明細書で提供される方法および組成物としては、これらに限定されるわけではないが、ｍＲＮＡ、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、小核小体ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、小カハール体特異的（ｓｍａｌｌ ｃａｊａｌ ｂｏｄｙ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ）ＲＮＡ（ｓｃａＲＮＡ）が挙げられる。これらの方法は、ＤＮＡテンプレートによるプロモーター制御されたＲＮＡ合成のためにヌクレオシド５’－三リン酸（ＮＴＰ）およびＲＮＡポリメラーゼと共に、ｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、Ｃａｐを含むオリゴヌクレオチドプライマーの使用を伴う。ある特定の態様では、この方法は、ＲＮＡ合成、特にキャップされたｍＲＮＡの合成、における有用性を提供する開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。例示的開始オリゴヌクレオチドプライマーは、天然のＲＮＡ分子のＣａｐ０、Ｃａｐ１、Ｃａｐ２、またはＴＭＧ－Ｃａｐに類似する構造を有し、それは、ＲＮＡの５’位のペナルチメートＣａｐ１および隣のペナルチメートＣａｐ２に２’－Ｏ－メチル化ヌクレオシドユニットを含む。天然のＣｐａ０構造は、２’－Ｏ－メチル化ヌクレオチドユニットを有さない。
[0557]ＲＮＡの調製のための方法および組成物としては、これらに限定されるわけではないが、ｍＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｃａＲＮＡ、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、ならびに、分子の５’末端またはその付近に修飾を有するトランスファー－メッセンジャーＲＮＡ（ｔｍＲＮＡ）が挙げられる。これらの方法は、ＲＮＡのＤＮＡテンプレートによるプロモーター制御された合成のための、イニシエーター、例えば、Ｃａｐの有無の開始オリゴヌクレオチドプライマー、ヌクレオシド５’－三リン酸（ＮＴＰ）、およびＲＮＡポリメラーゼの使用を伴う。ある特定の態様では、この方法は、ＲＮＡ合成；特に５’修飾ＲＮＡの合成、における有用性を提供する構造修飾を有する修飾された開始オリゴヌクレオチドプライマーを使用する。
[0558]例示的開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、開鎖３’－ＯＨ基を有し、これは、プライマーの３’－末端にヌクレオチドユニットを加えることによってＤＮＡテンプレート上でのＲＮＡのＲＮＡポリメラーゼ媒介性合成の開始を可能にする。開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、転写開始部位においてテンプレートＤＮＡ配列に対して実質的に相補的である（すなわち、開始部位は、プロモーター配列の３’末端のより近くに位置され、プロモーター配列と重なってもよい）。
ある特定の実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、プライマーの３’末端から開始する主に一方向（「フォワード」）のＲＮＡの合成を対象にする。ある特定の態様および実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、ＲＮＡ合成の開始のために任意のヌクレオシド５’－三リン酸に勝り、それによって、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーによって開始するＲＮＡの生産を最大化し、ならびに５’－三リン酸ヌクレオシド（典型的にはＧＴＰ）によって開始するＲＮＡの生産を最小化する。
[0559]インビトロ転写によるｍＲＮＡの製造は、高活性ファージＲＮＡポリメラーゼ（Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、および他のもの）を利用する。ＲＮＡポリメラーゼは、テンプレートヌクレオチド配列の前でＤＮＡプラスミド構築物に組み込まれた特定のプロモーターの制御下において機能する。転写プロセスは、通常、プリンヌクレオシド５’－三リン酸（典型的にはＧＴＰ）によって始まり、ＲＮＡポリメラーゼが終止配列に達するかまたはＤＮＡテンプレートを完成するまで続く。
[0560]上記において説明されるように、Ｃａｐ０を含むｍＣＡＰジヌクレオチド類似体である７ｍＧ（５’）ｐｐｐ（５’） Ｎが、インビトロ転写の開始のために使用された（例えば、ＲＮＡ １： ９５７－９６７ （１９９５））。これらのジヌクレオチド類似体を使用して作製されるキャップされたＲＮＡ分子は、Ｃａｐ０を含む。しかしながら、合成されたキャップされたＲＮＡ分子の約５０％のみが、正しい「フォワード」方向性のＣａｐ０を有する。Ｃａｐ０を有するＲＮＡからＣａｐ１を有するＲＮＡへ変換するために、追加の酵素反応は、（ヌクレオシド－２’－Ｏ）メチルトランスフェラーゼを使用して実施されなければならない。しかしながら、この変換は、定量的ではなく；制御するのは簡単ではなく、残ったＣａｐ０ ＲＮＡをＣａｐ１ ＲＮＡから分離することは困難である。さらに、転写開始に対するＮＴＰ（詳細にはＧＴＰ）との競合は、作製された活性キャップされたＲＮＡ分子の量をさらに減少させる。
[0561]さらに、リボース上の３’位および／または２’位がブロックされた修飾７ｍＧ残基を有する、修飾されたジヌクレオチド類似体、例えば、７ｍＧ３’Ｏｍｅ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｎおよび他の関連するＡＲＣＡ類似体などが、インビトロ転写の開始のために使用された（例えば、ＲＮＡ ７：１４８６－１４９５ （２００１））。これらのＡＲＣＡキャップ類似体は、「フォワード」方向においてのみＲＮＡ合成を対象にしており、したがって、５’－末端（７ｍＧ残基に対する２’および／または３’修飾を有する）上に（天然）Ｃａｐ０を有するＲＮＡ分子を生成する。そのようなＲＮＡは、標準的ジヌクレオチド類似体７ｍＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｎを使用して調製されたＲＮＡと比較して翻訳システムにおいてより活性である。ＡＲＣＡ Ｃａｐ０を有するＲＮＡからＡＲＣＡ Ｃａｐ１を有するＲＮＡへ変換するために、追加の酵素反応は、前に説明したジヌクレオチド類似体にとって必要なのと同様に、（ヌクレオシド－２’－Ｏ）メチルトランスフェラーゼによって実施されなければならない。この方法は、ｍＣＡＰジヌクレオチド類似体に対して詳細に説明されたのと同じ欠点を有しており；Ｃａｐ０を有するＲＮＡからＡＲＣＡ Ｃａｐ１を有するＲＮＡへの変換は、定量的ではなく；反応は、制御するのが簡単ではなく、残ったＣａｐ０ ＲＮＡをＣａｐ１ ＲＮＡから分離することは困難であり、転写開始に対するＮＴＰ（詳細にはＧＴＰ）との競合は、作製された活性キャップされたＲＮＡ分子の量をさらに減少させる。
[0562]３’末端グアノシン残基を有する短いオリゴヌクレオチドプライマー（２ｍｅｒから６ｍｅｒ）が、インビトロ転写の開始のために使用されてきた（Ｐｉｔｕｌｌｅ， Ｃ．ら， Ｇｅｎｅ， １１２：１０１～１０５ （１９９２））。これらのオリゴヌクレオチドプライマーは、修飾および非修飾のリボヌクレオシド残基を含んだ（例えば、修飾リボヌクレオシド残基は、２’－Ｏ－メチル化ヌクレオシド残基および２’－デオキシリボヌクレオシド残基を含んだ）。より短いオリゴヌクレオチドプライマー（二量体から四量体）は、実質的に、転写開始のためにＧＴＰに勝るが、その一方で、より長いプライマー（五量体から六量体）は、ＧＴＰと比較して、転写の開始においてそれほど効率的ではない。それは、これらのより長いプライマーは（それらが設計されたように）、開始部位においてＤＮＡテンプレートに対して低いパーセントの相補性を有するためである。対照的に、二量体であるＡＧは（それらが設計されたように）、開始部位においてＤＮＡテンプレートに対して相補的であった。このセクションにおいて説明される、オリゴヌクレオチドプライマーを使用して作製されるＲＮＡ分子は、内部２’－Ｏ－メチル化されたヌクレオシドを有したが、５’Ｃａｐ０、Ｃａｐ１、Ｃａｐ２、またはＴＭＧ－ｃａｐを含まなかった。キャップ構造を有さないＲＮＡを、Ｃａｐ１、Ｃａｐ２、またはＴＭＧ－キャップ構造を有するＲＮＡへと変換するためには、キャッピング酵素を使用する追加の酵素反応が生じなければならないであろう。しかしながら、そのような変換は、上記において述べられたものと同じ欠点を有する。
[0563]キャップ構造を含む他の短いＲＮＡオリゴヌクレオチドおよび内部２’－Ｏ－メチル化ヌクレオチド残基は、化学的に調製されてきた（Ｏｈｋｕｂｏら， Ｏｒｇ． Ｌｅｔｔｅｒｓ １５：４３８６～４３８９ （２０１３））。これらの短いキャップされたオリゴヌクレオチドは、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼおよび相補的ＤＮＡ表在性異物オリゴヌクレオチドを使用する、長いＲＮＡの「切頂された（ｄｅｃａｐｉｔａｔｅｄ）」（５’キャップ構造を有さない）断片によってライゲードされた。この化学酵素的方法を使用して合成された最終的なＲＮＡは、内部２’－Ｏ－メチル化ヌクレオシド残基および５’－ＴＭＧ－キャップ構造の両方を有した。しかしながら、このライゲーションアプローチを使用した場合、短いキャップされたＲＮＡ（＜２００－ｍｅｒ）のみが調製された。その上、収率も低かった（１５～３０％）。Ｔ４ ＤＮＡライゲーション反応を制御し最適化するのは容易ではなく、ならびに、それは、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法を使用する困難な分離プロセスおよび残ったキャップされていないＲＮＡからのキャップされたＲＮＡの単離を必要とする。ＰＡＧＥ法による、残ったキャップされていないｍＲＮＡからの長い（５００～１００００塩基）キャップされたｍＲＮＡの分離は、実現可能ではない。
[0564]最後に、５’－修飾ヌクレオチドまたは５’－修飾モノヌクレオチドまたは５’－修飾ジヌクレオチド、典型的にはグアノシンの誘導体が、ＲＮＡのインビトロ転写を開始するために使用されてきた（Ｇｅｎｅ， １１２：１０１～１０５ （１９９２）およびＢｉｏｃｏｎｊｕｇ． Ｃｈｅｍ．， １０３７１～３７８ （１９９９））。これらのイニシエーターヌクレオシドおよびヌクレオチドは、標識または親和性基（例えば、ビオチン）を有し得、ならびに、ＲＮＡの５’－末端に組み込まれた場合、合成されたＲＮＡの容易な検出、単離、および精製を可能にするであろう。この５’－標識またはタグ付けされたＲＮＡは、いくつかの用途にとって必要であり得る。しかしながら、この戦略は、Ｃａｐ０、Ｃａｐ１、Ｃａｐ２、またはＴＭＧ－キャップ構造を有するｍＲＮＡの調製には使用されなかった。
[0565]本開示のある特定の態様では、本明細書に記載のキャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターの組成物が提供される。関連する態様では、本明細書に記載のキャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーターを使用してＲＮＡが合成される方法である。
[0566]ｍＲＮＡ配列イニシエーター
本明細書で提供されるのは、ＲＮＡ合成に使用され得るｍＲＮＡ配列イニシエーターである。ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、開始部位においてＤＮＡテンプレートの配列に対して相補的であり得るハイブリダイゼーション配列を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法および組成物での使用のためのイニシエーターのハイブリダイゼーション配列の長さは、テンプレートヌクレオチド配列の同一性ならびにこのイニシエーターがＤＮＡテンプレートにハイブリダイズされる、またはインビトロ転写の際に使用される温度を含むいくつかの要因に依存する。転写での使用のためのキャップされたイニシエーターの特定のヌクレオチド配列の所望の長さの決定は、当業者によってまたは常套的実験によって容易に決定することができる。例えば、核酸またはオリゴヌクレオチドの長さは、所望のハイブリダイゼーション特異性または選択性に基づいて決定され得る。
[0567]ｍＲＮＡ配列イニシエーターは、キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーであり得る。いくつかの実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー（逆５’－５’キャップヌクレオチドを含む）のヌクレオチド長さは、３から約９の間であり、いくつかの実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー（Ｃａｐを含む）のヌクレオチド長さは、３から約７の間であり、いくつかの実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー（Ｃａｐを含む）のヌクレオチド長さは、３から約５の間であり、ならびにいくつかの実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー（Ｃａｐを含む）のヌクレオチド長さは、約３である。イニシエーター、例えば、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー、内のハイブリダイゼーション配列の長さは、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの全長に等しいかまたはより短くあり得る。
[0568]ハイブリダイゼーション配列の存在は、強制的に、イニシエーター、例えば、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーを、開始部位にて、所望の方向（すなわち、「フォワード」方向）においてのみＤＮＡテンプレートの相補的配列に支配的に揃えさせる。いくつかの実施形態では、フォワード方向において、ＲＮＡ転写物は、逆グアノシン残基によって始まる。正しくない「リバース」方向に対する、ＤＮＡテンプレート上でのプライマーアライメントのフォワード方向の優性は、ハイブリダイゼーション複合体の熱力学によって維持される。後者は、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーのハイブリダイゼーション配列の長さおよびＤＮＡテンプレートによるハイブリダイゼーションに関与する塩基の同一性によって決定され得る。所望のフォワード方向でのハイブリダイゼーションは、ＤＮＡテンプレートおよび開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーがハイブリダイズされるかまたはインビトロ転写の際に使用される温度および反応条件にも依存し得る。
[0569]標準的ＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、またはＵＴＰによる開始の効率と比較して、例示的イニシエーター、例えば、本開示の開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、転写開始の効率を高める。いくつかの実施形態では、ＲＮＡの合成が主に開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーから始まり、転写混合物におけるいかなるＮＴＰからでない場合、転写開始は、増強されると考えられる。増強された転写開始の効率は、結果として、ＲＮＡ転写物のより高い収率をもたらす。増強された転写開始の効率は、開始キャップされたプライマーを用いない従来法によるＲＮＡの合成と比べて約１０％、約２０％、約４０％、約６０％、約８０％、約９０％、約１００％、約１５０％、約２００％、または約５００％まで増加され得る。ある特定の実施形態では、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、転写開始に対してＮＴＰ（詳細にはＧＴＰ）に勝る。当業者は、基質活性のレベルおよび開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの効率を容易に決定することができる。基質の効率を決定する方法の一例は、実施例１３）に示される。ある特定の実施形態では、開始は、ＮＴＰよりむしろキャップされたオリゴヌクレオチドプライマーから行われ、結果として、より高いレベルの転写ｍＲＮＡのキャッピングを生じる。
[0570]いくつかの態様では、置換または修飾を有する開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーを使用してＲＮＡを合成する方法が提供される。いくつかの態様では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの置換および修飾は、実質的に、ＲＮＡの合成を阻害しない。常套的試験合成を実施することにより、修飾された開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーによって望ましい合成結果を得ることができるか否かを決定することができる。当業者は、そのような常套的実験を実施することにより、望ましい結果を得ることができるか否かを決定することができる。開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの置換または修飾としては、例えば、１つまたは複数の修飾されたヌクレオシド塩基、１つまたは複数の修飾された糖、１つまたは複数の修飾されたインターヌクレオチド結合、および／または１つまたは複数の修飾された三リン酸架橋が挙げられる。
[0571]本明細書で提供される方法および組成物の１つまたは複数の修飾基を含み得るイニシエーター、例えば、修飾された開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、開鎖３’－ＯＨ基上へＮＴＰを組み入れることによって、ＤＮＡテンプレート上においてＲＮＡポリメラーゼによって延長することができる。開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、天然ＲＮＡおよびＤＮＡヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、またはヌクレオシド類似体を含み得る。開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、天然インターヌクレオチドホスホジエステル結合またはそれらの修飾、あるいはその組合せを含み得る。
[0572]一実施形態では、修飾基は、酵素反応媒体の温度が高くなるほど高い比率において修飾された開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーから解離する、熱的に易動性な基であり得る。オリゴヌクレオチドおよびＮＴＰに対する熱的に易動性な基の例は、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ３６：ｅ１３１ （２００８）、Ｃｏｌｌｅｃｔ． Ｓｙｍｐ． Ｓｅｒ．， １０：２５９～２６３ （２００８）、およびＡｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ８１：４９５５～４９６２ （２００９）に記載される。
[0573]いくつかの態様では、少なくとも１つまたは複数のＮＴＰが転写反応に加えられる場合に合成されるＲＮＡが、本明細書において開示される修飾を有し得る方法が提供される。いくつかの態様では、少なくとも１つのＮＴＰの修飾は、ＲＮＡのＲＮＡポリメラーゼ媒介性合成を実質的に阻害しない。ＮＴＰの修飾は、例えば、１つまたは複数の修飾されたヌクレオシド塩基、１つまたは複数の修飾された糖、１つまたは複数の修飾された５’－三リン酸を含み得る。ＮＴＰの修飾は、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの３’－末端上に組み入れられ得、それは、転写を阻害せず、プライマーのさらなる延長を支援する。
[0574]別の実施形態では、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの修飾基は、検出可能な標識または検出可能なマーカーであり得る。したがって、転写後、検出可能な標識またはマーカーを含む標的ＲＮＡは、サイズ、質量、色、および／または親和性捕捉によって識別することができる。いくつかの実施形態では、検出可能な標識またはマーカーは、蛍光色素であり；ならびに親和性捕捉標識は、ビオチンである。ある特定の実施形態では、転写反応の１つまたは複数の成分（開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーおよび／またはＮＴＰ）は、検出可能な標識またはマーカーによって標識され得る。したがって、転写後、ＲＮＡ分子は、例えば、サイズ、質量、親和性捕捉、または色によって識別することができる。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、蛍光色素であり；ならびに親和性捕捉標識は、ビオチンである。
[0575]本開示のｍＲＮＡ配列イニシエーターを合成するために、標準的化学合成法および酵素合成法が用いられ得、それは、本明細書の実施例のセクションで開示される。
[0576]キット
転写を行うためのｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むキットも想到される。例えば、キットは、一般的なＲＮＡ（例えば、ＦＬｕｃ ｍＲＮＡ）の合成のための全ての転写試薬を含み得る。より詳細には、キットは、以下：ｍＲＮＡ配列イニシエーター；転写のためにマークされた容器；ＲＮＡ合成を実施するための説明書；ならびに、１つまたは複数の修飾または非修飾の開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマー、１つまたは複数の非修飾ＮＴＰ、１つまたは複数の修飾ＮＴＰ（例えば、シュードウリジン５’－三リン酸）、ＲＮＡポリメラーゼ、他の酵素、反応緩衝剤、マグネシウム、およびＤＮＡテンプレートからなる群から選択される１つまたは複数の試薬を含み得る。
[0577]本開示のｍＲＮＡ配列イニシエーターは、様々な開始ヌクレオシド、ヌクレオチド、およびオリゴヌクレオチドの使用、あるいはＣａｐ０構造を含むポリホスフェートジヌクレオチド誘導体、例えば、ｍＣＡＰおよびＡＲＣＡなどの使用を伴う現在の方法および組成物に勝る著しい利点を有する。ｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーは、既存の転写システムおよび試薬に適合し得、追加の酵素または試薬を必要としない。加えて、開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーの使用は、いくつかの非酵素ステップおよび酵素ステップ（例えば、キャッピングおよび２’－Ｏ－メチル化など）を不要にし、結果として、プロセスの複雑さおよびＲＮＡ合成のコストを低減する。
[0578]本明細書に記載の例示の方法は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ媒介性転写反応に関し、転写反応において使用するための当技術分野において既知のいくつかの他のＲＮＡポリメラーゼは、本開示の組成物および方法によって利用され得る。利用され得る天然または突然変異バリアントを含む他の酵素としては、例えば、ＳＰ６およびＴ３ ＲＮＡポリメラーゼ、ならびに、熱安定性ＲＮＡポリメラーゼなどの他の供給源に由来するＲＮＡポリメラーゼが挙げられる。
[0579]いくつかの核酸複製および増幅方法は、プロセスの一部として転写を含み得る。中でも特に、これらの方法は、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）および核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、ＤＮＡおよびＲＮＡ配列決定、ならびに当技術分野で既知の他の核酸延長反応である。当業者は、将来に開発される様々な転写反応を含めた転写方法の代わりにまたはそれと一緒に他の方法を使用してもよいことを理解するであろう。
[0580]治療用途
一態様では、本明細書で説明されるのは、冠動脈疾患のリスクの低減を必要とする対象における冠動脈疾患のリスクを低減するための方法であって、対象に本明細書に記載の薬学的組成物の有効量を投与するステップを含む方法である。
[0581]一態様では、本明細書で説明されるのは、キャップされたｍＲＮＡ配列イニシエーター、例えば、薬学的組成物において治療薬として使用するための開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーを含むｍＲＮＡの製造、細胞の医療状態を治療するための細胞へのキャップされたイニシエーターを含むＲＮＡの導入、あるいは宿主細胞に対する治療効果を有し得るタンパク質を産生するためにこれらのＲＮＡを利用する細胞へのキャップされたイニシエーターを含むＲＮＡの導入である。
[0582]キャップされたイニシエーターを含むＲＮＡを利用して、ある状態を治療する方法の１つは、本明細書に記載のキャップされたイニシエーターを含むＲＮＡまたはそのようなＲＮＡを含む組成物を、症状／総体的徴候の重症度が減少され得るかまたは排除され得るような状態を有するかまたは有することが疑われる対象に投与するステップを含む。
[0583]本明細書に記載のキャップされたイニシエーターを含むＲＮＡは、薬学的に許容される担体および／または薬学的に許容される塩において４ｍｇ／ｍｌ以下の濃度で製剤化された場合、症状および／または総体的徴候の低減を生じるために、薬学的に許容される担体のみによる未治療の個体より、少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上効果的である。
[0584]薬学的組成物は、注射または特定の状態を治療するための当業者既知の他の適切な経路による投与のために製剤化され得る。非経口投与のための注射可能な組成物は、典型的には、好適な溶液および／または薬学的担体、例えば、無菌生理食塩水などの中において活性化合物を含む。組成物は、脂質またはリン脂質、リポソーム懸濁液、または水性エマルション、における懸濁液として製剤化してもよい。
[0585]様々な組成物および／または製剤を調製するための方法は、当業者に既知であり、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ （１９ｔｈ Ｅｄ．， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ， １９９５）を参照されたい。投与される組成物は、標的細胞または組織での所望のタンパク質の発現を増加させるために、大量の選択された化合物を薬学的に安全で有効な量において含有するであろう。
[0586]いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、上記のように、少なくとも０．１％（ｗ／ｖ）の化合物を含有し、いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、０．１％超の化合物を含有し、いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大で約１０％までの化合物を含有し、いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大で約５％までの化合物を含有し、ならびに、いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大で約１％（ｗ／ｖ）までの化合物を含有する。好適な濃度の選択は、所望の用量、頻度、および活性剤の送達の方法などの要因に依存する。
[0587]対象、例えば、哺乳動物またはヒトなどの治療のために、投薬量は、対象の体重および健康状態全般、治療される状態、症状の重症度などの要因に基づいて決定される。投薬量および濃度は、望ましくない副作用を避けつつ所望の効果を生じるように決定される。主題の化合物の典型的投薬量は、ヒト患者の場合、約０．０００５ｍｇ／日から５００ｍｇ／日の範囲であり、ある特定の実施形態では約１～１００ｍｇ／日の範囲である。例えば、より多い用量の投薬計画は、例えば、５０～１００、７５～１００、または５０～７５ｍｇ／日を含み、より少ない用量の投薬計画は、例えば、１～５０、２５～５０、または１～２５ｍｇ／日を含む。
[0588]ＲＮＡ修飾
本明細書で提供されるのは、標的エクスビボおよびインビボ送達システムにとって好適なイニシエーター、例えば、本明細書に記載の開始キャップされたオリゴヌクレオチドプライマーなど、で修飾されたＲＮＡ分子である。修飾ＲＮＡ分子は、２つ以上の連結したリボ核酸サブユニットを含み得る。非限定的な修飾ＲＮＡの例としては、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、小型核ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、前駆体ｍＲＮＡ（プレｍＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ（ａｓＲＮＡ）、および異核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）が挙げられる。本明細書に記載の修飾ＲＮＡは、ＲＮＡ配列およびその任意の構造的実施形態の両方、例えば、一本鎖、二本鎖、三本鎖、環状、らせん、ヘアピン、ステムループ、バルジなどを包含する。修飾ＲＮＡは、少なくとも約３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００、または５００塩基の長さを含み得る。修飾ＲＮＡは、少なくとも約１キロベース（ｋｂ）、２ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂ、５０ｋｂ、またはそれ以上の長さを含み得る。いくつかの実施形態では、修飾ＲＮＡは、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）である。ｇＲＮＡは、シングルガイドＲＮＡであっても、またはデュアルガイドＲＮＡであってもよい。いくつかの実施形態では、修飾ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡは、細胞から単離しても、または組織から単離してもよい。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡはＤＮＡから転写され得る。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡは化学的に合成されてもよい。
[0589]特定の実施形態では、本明細書で提供される修飾ＲＮＡ分子は、ＲＮａｓｅまたは他のエキソヌクレアーゼによる分解に対して耐性がある。特定の実施形態では、本明細書で提供される修飾ＲＮＡ分子は、エンドヌクレアーゼによる分解を防ぐために安定化される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される修飾ＲＮＡ分子は、インビボ送達に適しており、非修飾ＲＮＡと比較して、細胞性免疫受容体活性化（例えば、ＴＬＲ、ＲＩＧ－Ｉ）の誘導が少ない。ＲＮＡ修飾は、全体が両方とも参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｉｅｂｏｌｄ（２００８）Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．Ａｐｒ ２９；６０（７）：８１３－２３）およびＳｏｒｒｅｎｔｉｎｏ（１９９８）Ｃｅｌｌｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．Ａｕｇ；５４（８）：７８５－９４に記載されているとおりである。
[0590]本明細書に記載のヌクレオチドは、合成されても、または化学修飾されてもよい。例えば、本明細書で提供されるガイドＲＮＡは、合成または化学修飾されたガイドＲＮＡであってもよい。修飾されるガイドＲＮＡ中のヌクレオチドは、ガイドＲＮＡとＣａｓ９との結合領域中の１つまたは複数のヌクレオチド、および／またはガイドＲＮＡと標的ＤＮＡとの結合領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドであってもよい。ガイドＲＮＡの残りの非修飾のヌクレオチドは、塩基の２’－ＯＨ位置へのＣａｓ９の結合を最小限に抑えるために特定する必要があるヌクレオチドであり得る。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、ヌクレオチドの糖部分の２’位で修飾され得る。いくつかの実施形態において、糖部分の２’－ＯＨ基は、Ｈ、ＯＲ、Ｒ、ハロ、ＳＨ、ＳＲ、Ｈ２、ＮＨＲ、Ｎ（Ｒ）２またはＣＮから選択される基によって置き換えられ、ここでＲはＣ１～Ｃ６アルキル、アルケニルまたはアルキニルであり、ハロは、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩである。他の修飾としては、逆位の（デオキシ）無塩基、アミノ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＣＮ、ＣＦ、メトキシ、イミダゾール、カルボキシレート、チオエート、Ｃ１～Ｃ１０低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリルまたはアラルキル、ヘテロシクロアルキル（ｈｅｔｅｒｏｚｙｃｌｏａｌｋｙｌ）；ヘテロシクロアルカリール（ｈｅｔｅｒｏｚｙｃｌｏａｌｋａｒｙｌ）；アミノアルキルアミノ；ポリアルキルアミノまたは置換シリルが挙げられる。特定の配列および修飾を有するＲＮＡを作製する方法は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｅｌｌｉｎｇｅｒら（２０１１）、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ，１３３、１１５４０；米国特許第８，２０２，９８３号；Ｋｕｍａｒら、（２００７）、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ、１２９、６８５９－６４；ＷＯ２０１３１７６８４４において、当業者に公知である。
[0591]いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドは合成であってもよい。例えば、ｍＲＮＡは、化学的に合成されたｍＲＮＡであってもよい。合成ＲＮＡの生産量は、配列および修飾に基づいている。２’－Ｏ－メチル修飾は、ＲＮＡ合成中のカップリングの有効性または効率を高め、したがって、化学的に合成されたＲＮＡの収量を増加させることが示されている。さらに、ヌクレオチドは、ホスホロチオエートによって修飾され得る。ホスホチオエート（ホスホロチオエート）（ＰＳ）結合は、オリゴヌクレオチドのリン酸骨格の非架橋酸素を硫黄原子に置換する。したがって、本開示の例示的なヌクレオチドとしては、限定するものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ類、例としては、β－Ｄ－リボ配置を有するＬＮＡ、α－Ｌ－リボ配置を有するａ－ＬＮＡ（ＬＮＡのジアステレオマー）、２’－アミノ官能化を有する２’－アミノ－ＬＮＡ、および２’－アミノ官能化を有する２’－アミノ－ａ－ＬＮＡ）またはそのハイブリッドが挙げられる。
標的送達のためのコンジュゲート
[0592]本明細書では、ｍＲＮＡ、ガイドＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ＤＮＡ、ペプチド、または他の微小分子もしくは高分子などの薬剤の標的送達に適したコンジュゲートが提供される。コンジュゲートは、エクスビボまたはインビボでの標的送達のための１つまたは複数のアプタマー、リガンド、または部分を含み得る。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、ターゲティング部分（またはリガンド）、リンカー、およびターゲティング部分に接続された活性剤（またはペイロード）を含む。活性剤は、治療剤、予防剤、または診断／予後剤であってもよい。活性剤は、対象における生理学的機能（例えば、遺伝子発現）を操作する能力を有し得る。活性剤は、ガイドＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ＤＮＡ、またはペプチドであってもよい。活性剤は、リンカーを介して、非共有結合を介して、核酸塩基の対合形成を介して、またはそれらの任意の組合せによって、ターゲティング部分と結合され得る。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、式：Ｘ－Ｙ－Ｚを有する単一の活性剤と単一のターゲティング部分との間のコンジュゲートであってもよく、式中、Ｘは、ターゲティング部分であり；Ｙはリンカーであり；かつＺはガイドＲＮＡである。特定の実施形態では、１つのターゲティングリガンドを２つ以上の活性剤にコンジュゲートしてもよく、このコンジュゲートは式：Ｘ－（Ｙ－Ｚ）ｎを有する。例えば、このコンジュゲートは、ガイドＲＮＡおよびｍＲＮＡを含み得る。特定の実施形態では、１つの活性剤を２つ以上のターゲティングリガンドに連結してもよく、このコンジュゲートは式：（Ｘ－Ｙ）ｎ－Ｚを有する。他の実施形態では、１つまたは複数のターゲティング部分は、コンジュゲート式が（Ｘ－Ｙ－Ｚ）ｎであり得る１つまたは複数の活性ペイロードに結合され得る。様々な組合せにおいて、コンジュゲートの式は、例えば、Ｘ－Ｙ－Ｚ－Ｙ－Ｘ、（Ｘ－Ｙ－Ｚ）ｎ－Ｙ－Ｚ、またはＸ－Ｙ－（Ｘ－Ｙ－Ｚ）ｎであってもよく、ここでＸはターゲティング部分であり；Ｙはリンカーであり；Ｚは活性剤、例えば、ガイドＲＮＡである。コンジュゲート中の各部分の数は、薬剤の種類、コンジュゲートのサイズ、送達標的、コンジュゲートのパッケージングに使用される粒子、他の活性剤（例えば、免疫学的アジュバント）および投与経路に応じて変動し得る。Ｘ、Ｙ、およびＺの各存在は、同じでも異なっていてもよく、例えば、コンジュゲートは、複数の種類のターゲティング部分、複数の種類のリンカー、および／または複数の種類の活性剤を含んでもよく、ｎは１以上の整数である。いくつかの実施形態では、ｎは１～５０の間、または２～２０の間、または５～４０の間の整数である。いくつかの実施形態では、ｎは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０の整数であってもよい。
[0593]いくつかの実施形態では、ウイルス、ポリマーおよびリポソーム製剤、細胞透過性ペプチド、アプタマー、リガンド、またはコンジュゲートおよび抗体アプローチを使用して、活性剤、例えばガイドＲＮＡを細胞および組織に送達し得る。部分またはリガンドは、ガイドＲＮＡを特定の器官、組織、または細胞、例えば肝臓の肝細胞に対して誘導し得、ターゲティング部分と呼んでもよい。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷およびクリアランスを含むがこれらに限定されない、付着分子（例えば、ｍＲＮＡまたはガイドＲＮＡ）の１つまたは複数の特性を改変する。
[0594]本明細書に記載の活性剤に結合し得る例示的な部分としては、限定するものではないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、色素、コレステロール部分などの脂質部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１９８９、８６、６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．、１９９４、４、１０５３）；チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオ－ル（Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ａｎｎ．ＮＹ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、１９９２、６６０、３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．、１９９３、３、２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１９９２、２０、５３３）；脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓら、ＥＭＢＯ Ｊ．、１９９１、１０、１１１；Ｋａｂａｎｏｖら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、１９９０、２５９、３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋら、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ、１９９３、７５、４９）；リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチルアンモニウム－ｌ，２－ジ－０－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．、１９９５、３６、３６５１；Ｓｈｅａら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１９９０、１８、３７７７）；ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ、１９９５、１４、９６９）；アダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．、１９９５、３６、３６５１）；パルミチル基（Ｍｉｓｈｒａら、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ、１９９５、１２６４、２２９）；またはオクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅら、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．、１９９６、２７７、９２３）が挙げられる（全ての引用文献は、その全体が本明細書に援用される）。ターゲティング部分には、天然に存在する分子、または組換えもしくは合成の分子が挙げられ、これには、限定するものではないが、ポリリジン（ＰＬＬ）、ポリＬ－アスパラギン酸、ポリＬ－グルタミン酸、スチレン－無水マレイン酸コポリマー、ポリ（Ｌ－ラクチド－ｃｏ－糖化）コポリマー、ジビニルエーテル－無水マレイン酸コポリマー、Ｎ－（２－ヒドロキシプロピル）メタクリルアミドコポリマー（ＨＭＰＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ、例えば、ＰＥＧ－２Ｋ、ＰＥＧ－５Ｋ、ＰＥＧ－１０Ｋ、ＰＥＧ－１２Ｋ、ＰＥＧ－１５Ｋ、ＰＥＧ－２０Ｋ、ＰＥＧ－４０Ｋ）、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリウレタン、ポリ（２－エチルアクリル酸）、Ｎ－イソプロピルアクリルアミドポリマー、ポリホスファジン、ポリエチレンイミン、カチオン基、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、シュードペプチド－ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン脂質、カチオンポルフィリン、ポリアミンの四級塩、チロトロピン、メラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、サーファクタントプロテインＡ、ムチン、グリコシル化ポリアミノ酸、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸、アプタマー、アシアロフェツイン、ヒアルロン酸、プロコラーゲン、免疫グロブリン（例えば、抗体）、インスリン、トランスフェリン、アルブミン、糖アルブミンコンジュゲート、インターカレート剤（例えば、アクリジン）、架橋剤（例えば、ソラレン、マイトマイシンＣ）、ポルフィリン（例えば、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン）、多環式芳香族炭化水素（例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン）、人工エンドヌクレアーゼ（例えば、ＥＤＴＡ）、親油性分子（例えば、ステロイド、胆汁酸、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、０３－（オレオイル）リトコール酸、０３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、またはフェノキサジン）、ペプチド（例えば、αらせんペプチド、両親媒性ペプチド、ＲＧＤペプチド、細胞透過性ペプチド、エンドソーム分解／融合性ペプチド）、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射標識マーカー、酵素、ハプテン（例えば、ビオチン）、輸送／吸収促進剤（例えば、ナプロキセン、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸）、合成リボヌクレアーゼ（例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾルクラスター、アクリジン－イミダゾールコンジュゲート、テトラアザマクロ環のＥｕ３＋複合体）、ジニトロフェニル、ＨＲＰ、ＡＰ、抗体、ホルモンおよびホルモン受容体、レクチン、炭水化物、多価炭水化物、ビタミン（例えば、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＫ、ビタミンＢ、例えば、葉酸、Ｂ１２、リボフラビン、ビオチン、およびピリドキサール）、ビタミン補因子、リポ多糖、ｐ３８ ＭＡＰキナーゼの活性化因子、ＮＦ－κＢの活性化因子、タクソン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャプラキノライド、ラトランキュリンＡ、ファロイジン、スウィンホリドＡ、インダノシン、ミオセルビン、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦａｌｐｈａ）、インターロイキン－１ベータ、ガンマインターフェロン、天然または組換え低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、天然または組換え高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、および細胞透過剤（例えば、ヘリカル細胞透過剤）、ペプチドおよびペプチド模倣リガンド、例えば、ＤまたはＬペプチドなどの天然に存在するかまたは修飾されたペプチドを有するもの；α、β、またはγペプチド；Ｎ－メチルペプチド；アザペプチド；１つまたは複数のアミドを有するペプチド、すなわちペプチド結合を１つまたは複数の尿素、チオ尿素、カルバメート、またはスルホニル尿素結合で置き換えたペプチド；または環状ペプチド；両親媒性ペプチド、例としては、限定するものではないが、セクロピン、ライコトキシン、パラダキシン、ブフォリン、ＣＰＦ、ボンビニン様ペプチド（ＢＬＰ）、カテリシジン、セラトトキシン、Ｓ．ｃｌａｖａペプチド、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、マガイニン、ブレビニン－２、デルマセプチン、メリチン、プレウロシジン、Ｈ２Ａペプチド、アフリカツメガエルペプチド、エスクレンチニス－１、およびカエリンが挙げられる。ペプチド模倣体（本明細書ではオリゴペプチド模倣体とも呼ばれる）は、天然ペプチドと同様の定義された三次元構造に折りたたむことができる分子である。ペプチドまたはペプチド模倣リガンドまたは部分は、約５～５０アミノ酸長、例えば、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０アミノ酸長であり得る。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、他のペプチド、例えば、ソマトスタチン、オクテオチド、ＬＨＲＨ（黄体形成ホルモン放出ホルモン）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）結合ペプチド、アプチドまたは二座ペプチド、ＲＧＤ含有ペプチド、タンパク質足場、例えば、フィブロネクチンドメイン、単一ドメイン抗体、安定なｓｃＦｖ、または他のホーミングペプチドであってもよい。非限定的な例として、タンパク質またはペプチドベースのターゲティング部分は、タンパク質、例えば、トロンボスポンジン、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、アネキシンＶ、インターフェロン、アンギオスタチン、エンドスタチン、サイトカイン、トランスフェリン、ＧＭ－ＣＳＦ（顆粒球－マクロファージコロニー－刺激因子）、または血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、（血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、塩基性線維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ）、および上皮増殖因子（ＥＧＦ）などの増殖因子であってもよい。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、抗体、抗体フラグメント、ＲＧＤペプチド、葉酸、または前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）であってもよい。いくつかの実施形態では、タンパク質足場は、抗体由来のタンパク質足場であってもよい。非限定的な例としては、単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）、ナノボディ、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、抗原結合フラグメント（Ｆａｂ）、アビボディ、ミニボディ、ＣＨ２Ｄドメイン、Ｆｃａｂ、および二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）分子が挙げられる。いくつかの実施形態では、ｓｃＦｖは安定したｓｃＦｖであり、ここで、ｓｃＦｖは超安定特性を有する。いくつかの実施形態では、ナノボディは、ラクダ科抗体の単一可変ドメイン（ＶＨＨ）に由来し得る。
[0595]いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、標的細胞、マーカー、または特定の細胞の表面に排他的または主に存在する分子を認識するか、または結合する。例えば、ターゲティング部分は、腫瘍抗原に結合し、活性化剤、例えば、ガイドＲＮＡ－Ｃａｓ複合体を悪性細胞へ誘導し得る。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、細胞内タンパク質を認識する。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、コンジュゲートを特定の組織、細胞、または細胞内の位置に誘導する（例えば、三価のＮ－アセチルガラクトサミンは、哺乳動物のヘパトサイトの表面のアシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰＲ）を標的にする；Ｎａｉｒら Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． ２０１４， １３６， １６９５８、また、ＵＳ１７／１９２，７０９も参照されたい）。ターゲティング部分は、コンジュゲートを培養中もしくは生物全体、またはその両方に誘導し得る。いずれの場合も、ターゲティング部分は、標的細胞の表面または内部に存在する受容体に結合し得、このターゲティング部分は、有効な特異性、親和性および結合力で受容体に結合する。他の実施形態では、ターゲティング部分は、コンジュゲートを肝臓、腎臓、肺、または膵臓などの特定の組織に標的する。他の場合には、ターゲティング部分は、コンジュゲートを網状内皮もしくはリンパ系の細胞に、またはマクロファージもしくは好酸球などの専門的な食細胞に誘導し得る。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、ＲＴＫ受容体、ＥＧＦ受容体、セリンまたはトレオニンキナーゼ、Ｇタンパク質カップリングされた受容体、メチルＣｐＧ結合タンパク質、細胞表面糖タンパク質、癌幹細胞抗原またはマーカー、炭酸脱水酵素、細胞溶解性Ｔリンパ球抗原、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、細胞外酵素、グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー共受容体、グリピカン関連内在性膜プロテオグリカン、熱ショックタンパク質、低酸素誘導型タンパク質、多剤耐性トランスポーター、腫瘍関連マクロファージマーカー、腫瘍関連炭水化物抗原、ＴＮＦ受容体ファミリーメンバー、膜貫通タンパク質、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー、腫瘍分化抗原、亜鉛依存性メタロエキソペプチダーゼ、亜鉛輸送体、ナトリウム依存性膜貫通輸送タンパク質、レクチンのＳＩＧＬＥＣファミリーのメンバー、またはマトリックスメタロプロテイナーゼを認識し得る。
[0596]ターゲティング部分は、核酸塩基、糖部分、または核酸、例えば、ガイドＲＮＡまたはｍＲＮＡのヌクレオシド間結合にコンジュゲートし得る。プリン核酸塩基またはその誘導体へのコンジュゲーションは、環内原子および環外原子を含む任意の位置で起こり得る。いくつかの実施形態では、プリン核酸塩基の２位、６位、７位、または８位が、ある部分に結合している。ピリミジン核酸塩基またはその誘導体へのコンジュゲーションはまた、任意の位置でも起こり得る。いくつかの実施形態では、ピリミジン核酸塩基の２位、５位、および６位をある部分で置換してもよい。ある部分が核酸塩基にコンジュゲートする場合、好ましい位置とは、ハイブリダイゼーションを妨げない、すなわち、塩基対合に必要な水素結合相互作用を妨げない位置である。
[0597]ヌクレオシドの糖部分へのコンジュゲーションは、任意の炭素原子で発生し得る。コンジュゲート部分に結合し得る糖部分の炭素原子の例としては、２’、３’、および５’炭素原子が挙げられる。ガンマ位はまた、脱塩基残基などのコンジュゲート部分に結合することもできる。ヌクレオシド間結合は、コンジュゲート部分を有することもできる。リン含有結合（例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオテート、ホスホロアミデートなど）の場合、コンジュゲート部分は、リン原子にまたはリン原子に結合したＯ、Ｎ、またはＳ原子に対して直接結合し得る。アミンまたはアミドを含むヌクレオシド間結合（例えば、ＰＮＡ）の場合、コンジュゲート部分は、アミンまたはアミドの窒素原子にまたは隣接する炭素原子に結合し得る。
[0598]オリゴヌクレオチドのコンジュゲートを調製するための多数の方法がある。一般に、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド上の反応基（例えば、ＯＨ、ＳＨ、アミン、カルボキシル、アルデヒドなど）と、コンジュゲート部分上の反応基とを接触させることによって、コンジュゲート部分に結合される。いくつかの実施形態では、一方の反応基は求電子性であり、他方は求核性である。例えば、求電子基はカルボニル含有官能基であってもよく、求核基は、アミンまたはチオールであってもよい。核酸および関連するオリゴマー化合物の、連結基の有無によるコンジュゲーションの方法は、文献、例えば、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ、ＣｒｏｏｋｅおよびＬｅＢｌｅｕ編、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌｓ．、１９９３、第１７章などに十分記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0599]ターゲティング部分は、ＲＮＡ－ＲＮＡまたはＲＮＡ－ＤＮＡの塩基対合およびハイブリダイゼーションを介して、ガイドＲＮＡなどの本明細書に記載の活性剤または治療用核酸に結合され得る。いかなる理論にも拘束されることを意図するものではないが、ターゲティング部分は、活性剤、例えばガイドＲＮＡまたはｍＲＮＡを認識するか、またはそれに結合し得るカップリング配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、ガイドＲＮＡの５’部分、３’部分、または中間部分にハイブリダイズし得るカップリング配列を含む。カップリング配列とハイブリダイズするガイドＲＮＡは、伸長部を含んでもよい。例えば、カップリング配列は、ガイドＲＮＡの伸長配列とハイブリダイズし得、それによってガイドＲＮＡを所望のインビボ、エキソビボ、細胞間または細胞内の位置に誘導する一方で、ＣＲＩＳＰＲ酵素との相互作用または標的配列との結合などのガイドＲＮＡ機能は影響を受けない。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡは、ポリヌクレオチドテールを含む伸長部を含む。いくつかの実施形態では、ガイド核酸は、それぞれ、ポリ（Ｕ）テール、ポリ（Ａ）テール、またはカップリング配列のポリ（Ａ）テールとハイブリダイズし得る、ポリ（Ａ）テール、ポリ（Ｕ）テールまたはポリ（Ｔ）テールを含む。いくつかの実施形態では、ガイド核酸は、（Ａ）ｎまたは（Ｕ）ｎの配列を含むガイドＲＮＡであり得る。いくつかの実施形態では、ガイド核酸はＤＮＡを含んでもよく、（Ａ）ｎまたは（Ｔ）ｎの配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、カップリング配列は、（Ａ）ｎ、（Ｕ）ｎまたは（Ｔ）ｎの配列を含み得る。すぐに使用されるように、ｎは１～２００までの任意の整数であり得る。
[0600]カップリング配列は、核酸活性剤またはその一部との配列同一性または相補性を共有し得る。いくつかの実施形態では、カップリング配列は、本明細書に記載のガイドＲＮＡまたはそのようなガイドＲＮＡの一部と少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有し得る。いくつかの実施形態では、カップリング配列は、本明細書に記載のガイドＲＮＡの相補的配列と少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、の少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の同一性、またはそのようなガイドＲＮＡの一部の相補性を共有し得る。いくつかの実施形態では、カップリング配列は、ガイドＲＮＡの少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４、少なくとも４５、少なくとも４６、少なくとも４７、少なくとも４８、少なくとも４９、少なくとも５０、少なくとも５１、少なくとも５２、少なくとも５３、少なくとも５４、少なくとも５５、少なくとも５６、少なくとも５７、少なくとも５８、少なくとも５９、少なくとも６０、少なくとも６１、少なくとも６２、少なくとも６３、少なくとも６４、少なくとも６５、少なくとも６６、少なくとも６７、少なくとも６８、少なくとも６９、少なくとも７０、少なくとも７１、少なくとも７２、少なくとも７３、少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７、少なくとも７８、少なくとも７９、少なくとも８０、少なくとも８１、少なくとも８２、少なくとも８３、少なくとも８４、少なくとも８５、少なくとも８６、少なくとも８７、少なくとも８８、少なくとも８９、少なくとも９０、少なくとも９１、少なくとも９２、少なくとも９３、少なくとも９４、少なくとも９５、少なくとも９６、少なくとも９７、少なくとも９８、少なくとも９９、または少なくとも１００連続する核酸塩基との同一性または相補性、またはその相補性を含み得る。
[0601]いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、化学修飾されたカップリング配列を含むか、またはそれに関連付けられ得る。いくつかの実施形態では、カップリング配列は、治療用核酸、例えば、ガイドＲＮＡ、またはその一部とハイブリダイズする伸長部を含む。いくつかの実施形態では、カップリング配列の伸長部は、化学修飾されてもよい。いくつかの実施形態では、治療用核酸、例えば、ガイドＲＮＡは、伸長部を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡの伸長部は、化学修飾されてもよい。
[0602]ターゲティング部分は、担体を介して本明細書に記載の核酸に結合し得る。担体は、（ｉ）少なくとも１つの「骨格結合ポイント」、好ましくは２つの「骨格結合ポイント」、および（ｉｉ）少なくとも１つの「テザリング結合ポイント」を含んでもよい。本明細書で使用される「骨格結合点」とは、官能基、例えば、ヒドロキシル基、または一般に、オリゴヌクレオチドの骨格、例えばリン酸塩、または修飾リン酸塩、例えば硫黄含有骨格への担体モノマーの組み込みに利用可能であり、それに適している結合を指す。「テザリング結合点」（ＴＡＰ）は、選択された部分を結合する担体モノマーの原子、例えば、炭素原子またはヘテロ原子（骨格結合点を提供する原子とは異なる）を指す。選択された部分は、例えば炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖であってもよい。任意選択で、選択された部分は介在するテザーによって担体モノマーに結合される。したがって、担体は、多くの場合、アミノ基などの官能基を含むか、または一般に、構成原子へのリガンドなどの別の化学物質の組み込みまたはテザリングに適した結合を提供する。核酸のコンジュゲートの調製を教示する代表的な米国特許としては、限定するものではないが、その内容がその全体が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第４，８２８，９７９号；同第４，９４８，８８２号；同第５，２１８，１０５号；同第５，５２５，４６５号；同第５，５４１，３１３号；同第５，５４５，７３０号；同第５，５５２，５３８号；同第５，５７８，７１７号、同第５，５８０，７３１号；同第５，５８０，７３１号；同第５，５９１，５８４号；同第５，１０９，１２４号；同第５，１１８，８０２号；同第５，１３８，０４５号；同第５，４１４，０７７号；同第５，４８６，６０３号；同第５，５１２，４３９号；同第５，５７８，７１８号；同第５，６０８，０４６号；同第４，５８７，０４４号；同第４，６０５，７３５号；同第４，６６７，０２５号；同第４，７６２，７７９号；同第４，７８９，７３７号；同第４，８２４，９４１号；同第４，８３５，２６３号；同第４，８７６，３３５号；同第４，９０４，５８２号；同第４，９５８，０１３号；同第５，０８２，８３０号；同第５，１１２，９６３号；同第５，２１４，１３６号；同第５，０８２，８３０号；同第５，１１２，９６３号；同第５，１４９，７８２号；同第５，２１４，１３６号；同第５，２４５，０２２号；同第５，２５４，４６９号；同第５，２５８，５０６号；同第５，２６２，５３６号；同第５，２７２，２５０号；同第５，２９２，８７３号；同第５，３１７，０９８号；同第５，３７１，２４１号、同第５，３９１，７２３号；同第５，４１６，２０３号、同第５，４５１，４６３号；同第５，５１０，４７５号；同第５，５１２，６６７号；同第５，５１４，７８５号；同第５，５６５，５５２号；同第５，５６７，８１０号；同第５，５７４，１４２号；同第５，５８５，４８１号；同第５，５８７，３７１号；同第５，５９５，７２６号；同第５，５９７，６９６号；同第５，５９９，９２３号；同第５，５９９，９２８号；同第５，６７２，６６２号；同第５，６８８，９４１号；同第５，７１４，１６６号；同第６，１５３，７３７号；同第６，１７２，２０８号；同第６，３００，３１９号；同第６，３３５，４３４号；同第６，３３５，４３７号；同第６，３９５，４３７号；同第６，４４４，８０６号；同第６，４８６，３０８号；同第６，５２５，０３１号；同第６，５２８，６３１号；同第６，５５９，２７９号が挙げられる。
[0603]ターゲティング部分は活性剤、例えば、ガイドＲＮＡにリンカーを介して結合し得る。リンカーは、１つまたは複数の活性剤およびターゲティング部分リガンドに結合してコンジュゲートを形成し得、このコンジュゲートは少なくとも１つの活性剤、例えば、ガイドＲＮＡまたはガイドＲＮＡ－Ｃａｓ複合体を、標的細胞への送達時に放出する。リンカーは、エステル結合、ジスルフィド、アミド、アシルヒドラゾン、エーテル、カルバメート、カーボネート、および尿素から独立して選択される官能基によって、ターゲティング部分および活性剤に結合されてもよい。あるいは、リンカーは、チオールとマレイミド、アジドとアルキンとの間のコンジュゲーションによって提供されるような切断不可能な基によって、ターゲティング部分または活性剤のいずれかに結合し得る。いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、１つまたは複数のリンカーを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つまたは複数のリンカーは、ターゲティング部分の一部をターゲティング部分の異なる一部に接続する。
[0604]リンカーは、各々独立して、エチレングリコール、プロピレングリコール、アミド、エステル、エーテル、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール、およびヘテロアリールからなる群から選択される１つまたは複数の官能基を含んでもよく、ここで、アルキル、アルケニル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール、およびヘテロアリール基の各々は、ハロゲン、シアノ、ニトロ、ヒドロキシル、カルボキシル、カルバモイル、エーテル、アルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アミド、カルバメート、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアリール、ヘテロシクリルから各々独立して選択される、１つまたは複数の基で置換されていてもよく、ここで、各々のカルボキシル、カルバモイル、エーテル、アルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アミド、カルバメート、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルの各々は、ハロゲン、シアノ、ニトロ、ヒドロキシル、カルボキシル、カルバモイル、エーテル、アルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アミド、カルバメート、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアリール、ヘテロシクリルから各々独立して選択される１つまたは複数の基で任意選択で置換される。いくつかの実施形態では、リンカーは独立して、リン酸塩、ホスホロチオエート、アミド、エーテル、オキシム、ヒドラジンまたはカルバメートを含む。
[0605]いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｃ１～Ｃ１０直鎖アルキル、Ｃ１～Ｃ１０直鎖Ｏ－アルキル、Ｃ１～Ｃ１０直鎖置換アルキル、Ｃ１～Ｃ１０直鎖置換Ｏ－アルキル、Ｃ４～Ｃ１３分枝鎖アルキル、Ｃ４～Ｃ１３分岐鎖Ｏ－アルキル、Ｃ２～Ｃ１２直鎖アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２直鎖Ｏ－アルケニル、アラルキル、Ｃ３～Ｃ１２直鎖置換アルケニル、Ｃ３～Ｃ１２直鎖置換Ｏ－アルケニル、ポリエチレングリコール、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリ（ラクチド－ｃｏ－グリコリド）、ポリカプロラクトン（ｐｏｌｙｃａｒｐｒｏｌａｃｔｏｎｅ）、ポリシアノアクリレート、ケトン、アリール、複素環、コハク酸エステル、アミノ酸、芳香族基、エーテル、クラウンエーテル、尿素、チオ尿素、アミド、プリン、ピリミジン、ビピリジン（ｂｙｐｉｒｉｄｉｎｅ）、架橋剤として作用するインドール誘導体、キレート剤、アルデヒド、ケトン、ビスアミン、ビスアルコール、複素環構造、アジリン、ジスルフィド、チオエーテル、ヒドラゾンおよびそれらの組合せを独立して含んでもよい。例えば、リンカーは、Ｃ３直鎖アルキルであっても、またはケトンであってもよい。リンカーのアルキル鎖は、１つまたは複数の置換基またはヘテロ原子で置換されてもよい。いくつかの実施形態では、リンカーのアルキル鎖は任意選択で、－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－ＮＲ、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－から選択される１つまたは複数の原子または基によって中断され得る。
[0606]いくつかの実施形態では、リンカーは切断可能であり得、切断されて活性剤を放出する。切断可能な官能基は、インビボで加水分解されてもよいし、または例えばカテプシンＢによって酵素的に加水分解されるように設計されてもよい。本明細書において使用される「切断可能な」リンカーとは、物理的または化学的に切断され得る任意のリンカーを指す。物理的切断の例は、光、放射性放出または熱による切断であり得、化学的切断の例としては、酸化還元反応、加水分解、ｐＨ依存的切断による切断が挙げられる。
[0607]リンカーは、直接結合、または酸素もしくは硫黄などの原子、ＮＲ１、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ、ＳＯ、ＳＯ２、ＳＯ２ＮＨなどの単位、または原子の鎖、例えば、限定されないが、置換または非置換アルキル、置換または非置換アルケニル、置換もしくは非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘテロシクリルアルキニル、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、アルキニルヘテロアリールを含んでもよく、ここで１つまたは複数のメチレンは、Ｏ、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２、Ｎ（Ｒ’）、Ｃ（Ｏ）、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換の複素環によって中断されても、終わらせられてもよく；ここでＲ’は、水素、アシル、脂肪族または置換脂肪族である。一実施形態では、リンカーは、１～２４原子、好ましくは４～２４原子、好ましくは６～１８原子、より好ましくは８～１８原子、最も好ましくは８～１６原子である。
[0608]一実施形態では、リンカーは、少なくとも１つの切断可能な連結基を含む。特定の実施形態では、リンカーは分岐リンカーである。分岐リンカーの分岐点は、少なくとも三価であってもよいが、四価、五価もしくは六価の原子、またはそのような複数の原子価を示す基であってもよい。特定の実施形態では、分岐点は、－Ｎ、－Ｎ（Ｏ）－Ｃ、－Ｏ－Ｃ、－Ｓ－Ｃ、－ＳＳ－Ｃ、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｏ）－Ｃ、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｏ）－Ｃ、－Ｎ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）－Ｃ、または－Ｎ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｃであり；式中、Ｑは、各存在について、独立して、Ｈまたは任意選択で置換アルキルである。他の実施形態では、分岐点は、グリセロールまたはグリセロール誘導体である。
[0609]一実施形態では、リンカーは酵素によって切断され得る。非限定的な例として、リンカーは、細胞内ペプチダーゼによって切断されるポリペプチド部分であってもよい（例えば、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｇｏｖｉｎｄａｎに対するＷＯ２０１００９３３９５のＡＡ）。Ｇｏｖｉｎｄａｎは、リンカー中のＡＡが、Ａｌａ－Ｌｅｕ、Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｌｅｕ、およびＡｌａ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｌｅｕなどのジペプチド、トリペプチド、またはテトラペプチドであってもよいことを教示している。別の例では、切断可能なリンカーは分枝ペプチドであってもよい。分枝ペプチドリンカーは、酵素切断部位を提供する２つ以上のアミノ酸部分を含んでもよい。ＤｕｂｏｗｃｈｉｋのＷＯ１９９８０１９７０５に開示されている任意の分枝ペプチドリンカー（その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）は、本開示のコンジュゲートにおけるリンカーとして使用され得る。別の例として、リンカーは、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｇｏｖｉｎｄａｎらに対する米国特許第８８７７９０１号に開示されたリソソームで切断可能なポリペプチドを含んでもよい。別の例として、リンカーは、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｆｉｒｅｓｔｏｎｅらの米国特許第６２１４３４５号に開示されている任意のＹおよびＺ構造など、腫瘍関連プロテアーゼによって選択的に酵素的に切断可能なタンパク質ペプチド配列を含んでもよい。
[0610]いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能な連結基を含んでもよい。切断可能な連結基とは、細胞外では十分に安定であるが、標的細胞に入る際に切断されて、リンカーが一緒に保持している２つの部分を放出する基である。好ましい実施形態では、切断可能な連結基は、対象の血液中においてよりも、標的細胞内で、または第１の基準条件（例えば、細胞内条件を模倣するかまたは表すために選択し得る）下で、または第２の参照条件（例えば、血液または血清に見られる条件を模倣するかまたは表すために選択され得る）の下で、少なくとも１０倍以上、好ましくは少なくとも１００倍速く切断される。切断可能な連結基は、切断剤、例えば、ｐＨ、酸化還元電位、または分解分子の存在の影響を受けやすい場合がある。一般に、切断剤は、血清または血液中よりも細胞内でより優先的であるか、またはより高いレベルもしくは活性で見られる。このような分解剤の例としては、特定の基質に対して選択されるか、または基質特異性を持たない酸化還元剤が挙げられ、これには、例えば、細胞内に存在する酸化酵素もしくは還元酵素またはメルカプタンなどの還元剤（還元によって酸化還元切断可能な連結基を分解し得る）；エステラーゼ；酸性環境を創出し得るエンドソームまたは薬剤、例えば、ｐＨ５以下にするもの；一般的な酸、ペプチダーゼ（基質特異的である可能性がある）、およびホスファターゼとして作用することにより、酸切断可能な連結基を加水分解または分解し得る酵素が挙げられる。
[0611]ジスルフィド結合などの切断可能な連結基は、ｐＨの影響を受けやすい可能性がある。ヒト血清のｐＨは７．４であるが、平均細胞内ｐＨはわずかに低く、約７．１～７．３の範囲である。エンドソームは５．５～６．０の範囲で、より酸性のｐＨを有し、リソソームは約５．０でさらに酸性のｐＨを有する。いくつかのリンカーは、好ましいｐＨで切断される切断可能な連結基を有し、それによってカチオン性脂質を、細胞内のリガンドから、または細胞の所望のコンパートメントに放出する。
[0612]リンカーは、特定の酵素によって切断可能な切断可能な連結基を含み得る。リンカーに組み込まれる切断可能な連結基の種類は、標的とされる細胞に依存し得る。例えば、肝臓ターゲティングリガンドは、エステル基を含むリンカーを介してカチオン性脂質に結合し得る。肝臓細胞は、エステラーゼが豊富であるため、リンカーは、エステラーゼが豊富でない細胞タイプよりも肝臓細胞でより効率的に切断される。エステラーゼが豊富な他の細胞型としては、肺、腎皮質、および精巣の細胞が挙げられる。
[0613]切断可能な連結基の１つのクラスは、還元または酸化によって切断される酸化還元切断可能な連結基である。還元的に切断可能な連結基の例は、ジスルフィド連結基（－Ｓ－Ｓ－）である。候補の切断可能な連結基が、適切な「還元的に切断可能な連結基」であるか否か、または例えば、特定のＲＮＡ部分および特定の標的化剤との使用に適しているか否かを判断するには、本明細書に記載の方法を調べてもよい。例えば、候補は、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、または細胞、例えば標的細胞で観察される切断速度を模倣する当該技術分野で公知の試薬を使用する他の還元剤とのインキュベーションによって評価し得る。候補は、血液または血清条件を模倣するように選択された条件下で評価してもよい。好ましい実施形態では、候補化合物は、血液中で最大１０％まで切断される。好ましい実施形態では、有用な候補化合物は、血液中（または細胞外条件を模倣するために選択されたインビトロ条件下）と比較して、細胞内（または細胞内条件を模倣するために選択されたインビトロ条件下）で少なくとも２、４、１０または１００倍速く分解される。候補化合物の切断速度は、細胞内培地を模倣するように選択された条件下で、および細胞外培地を模倣するために選択された条件と比較して、標準的な酵素動力学アッセイを使用して決定し得る。
[0614]いくつかの実施形態では、リンカーは、リン酸ベースの切断可能な連結基を含んでもよい。リン酸ベースの切断可能な連結基は、リン酸基を分解または加水分解する薬剤によって切断される。細胞内のリン酸基を切断する薬剤の例は、細胞内のホスファターゼなどの酵素である。リン酸塩ベースの連結基（すなわち、リン含有連結またはリン含有リンカー）の例は、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－、Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＲｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、リン酸塩ベースの連結基は、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｓ－Ｓ－である。いくつかの実施形態では、リン酸塩ベースのリンカーは、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－である。
[0615]いくつかの実施形態では、リンカーは、酸で切断可能な連結基を含んでもよい。酸切断可能な連結基は、酸性条件下で切断される連結基である。好ましい実施形態では、酸切断可能な連結基は、ｐＨが約６．５以下（例えば、約６．０、５．５、５．０以下）の酸性環境で、または一般的な酸として作用し得る酵素などの薬剤によって切断される。細胞内では、エンドソームおよびリソソームなどの特定の低ｐＨオルガネラが、酸で切断可能な連結基の切断環境を提供し得る。酸で切断可能な連結基の例としては、限定するものではないが、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸のエステルが挙げられる。酸で切断可能な基は、一般式－Ｃ＝ＮＮ－、Ｃ（Ｏ）Ｏ、または－ＯＣ（Ｏ）を有し得る。好ましい実施形態は、エステルの酸素に結合した炭素（アルコキシ基）が、アリール基、置換アルキル基、またはジメチルペンチルもしくはｔ－ブチルなどの第三級アルキル基である場合である。これらの候補は、上記のものと同様の方法を使用して評価され得る。
[0616]いくつかの実施形態において、リンカーは、エステルベースの連結基を含んでもよい。エステルベースの切断可能な連結基は、細胞内のエステラーゼおよびアミダーゼなどの酵素によって切断される。エステルベースの切断可能な連結基の例としては、限定するものではないが、アルキレン、アルケニレン、およびアルキニレン基のエステルが挙げられる。エステル切断可能な連結基は、一般式－Ｃ（Ｏ）Ｏ－または－ＯＣ（Ｏ）－を有する。これらの候補は、上記のものと同様の方法を使用して評価され得る。
[0617]いくつかの実施形態において、リンカーは、ペプチドベースの連結基を含んでもよい。ペプチドベースの切断可能な連結基は、細胞内のペプチダーゼおよびプロテアーゼなどの酵素によって切断される。ペプチドベースの切断可能な連結基は、オリゴペプチド（例えば、ジペプチド、トリペプチドなど）およびポリペプチドを生成するためにアミノ酸間で形成されるペプチド結合である。ペプチドベースの切断可能な基には、アミド基（－Ｃ（Ｏ）ＮＨ－）は含まれない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレンまたはアルキネレン（ａｌｋｙｎｅｌｅｎｅ）の間で形成され得る。ペプチド結合は、ペプチドおよびタンパク質を生成するためにアミノ酸間で形成される特殊な種類のアミド結合である。ペプチドベースの切断基は、一般に、ペプチドを生成するアミノ酸とタンパク質との間に形成されるペプチド結合（すなわち、アミド結合）に限定され、アミド官能基全体は含まれない。ペプチドベースの切断可能な連結基は、一般式－ＮＨＣＨＲＡＣ（Ｏ）ＮＨＣＨＲＢＣ（Ｏ）－を有し、ここでＲＡおよびＲＢは２つの隣接するアミノ酸のＲ基である。
[0618]ペプチド結合を含むリンカーは、肝臓細胞および滑膜細胞などのペプチダーゼが豊富な細胞型を標的とする場合に使用してもよい。
[0619]一般に、候補の切断可能な連結基の適合性は、候補の連結基を切断する分解剤（または条件）の能力を試験することによって評価し得る。また、血液中または他の非標的組織と接触したときの切断に抵抗する能力について、切断可能な連結基の候補を試験することも望ましいであろう。したがって、第１の状態が標的細胞における切断を示すように選択され、第２の状態が他の組織または体液、例えば、血液または血清における切断を示すように選択される場合、第１の状態と第２の状態との間の切断に対する相対的な感受性を決定し得る。評価は、無細胞系、細胞内、細胞培養、臓器もしくは組織培養、または動物全体で行うことができる。好ましい実施形態では、有用な候補化合物は、血液または血清（または細胞外条件を模倣するために選択されたインビトロ条件下）と比較して、細胞内（または細胞内条件を模倣するために選択されたインビトロ条件下）で少なくとも２、４、１０または１００倍速く切断される。
[0620]いくつかの実施形態では、ＭＡ００４ ｍＲＮＡは、配列番号０００１のｍＲＮＡ配列を含む（表５）。いくつかの実施形態では、ＭＡ００４ ｍＲＮＡの配列と別の配列との間の類似性の程度は、少なくとも５０％同一、５５％同一、６０％同一、６５％同一、７０％同一、７５％同一、８０％同一、８５％同一、９０％同一、９５％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、または１００％同一であり得る。表５において使用されるように、大文字のヌクレオチドのＡ、Ｇ、およびＣは、それぞれ、リボヌクレオチドアデニン、グアニン、およびシトシンを示している。表５において使用されるように、小文字のｕ’は、Ｎ１－メチルシュードウリジンを示している。
[0621]配列同一性のパーセントは、コンピュータプログラムまたは直接配列比較を使用して算出することができる。２つの配列の間の同一性を決定するための好ましいコンピュータプログラム法としては、これらに限定されるわけではないが、ＧＣＧプログラムパッケージ、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴＰ、およびＴＢＬＡＳＴＮが挙げられる（例えば、Ｄ． Ｗ． Ｍｏｕｎｔ， ２００１， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ： Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．を参照されたい）。ＢＬＡＳＴＰおよびＴＢＬＡＳＴＮプログラムは、ＮＣＢＩおよび他の供給元から公的に利用可能である。Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムも、パーセント同一性を決定するために使用することができる。アミノ酸配列比較のための例示的パラメーターは、以下：１）ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈからのアルゴリズム（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ４８：４４３～４５３ （１９７０））；２）ＨｅｎｔｉｋｏｆｆおよびＨｅｎｔｉｋｏｆｆからのＢＬＯＳＳＵＭ６２比較マトリックス（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ．， ８９：１０９１５～１０９１９ （１９９２））；３）ｇａｐ ｐｅｎａｌｔｙ＝１２；および４）ｇａｐ ｌｅｎｇｔｈ ｐｅｎａｌｔｙ＝４を含む。これらのパラメーターを用いる有用なプログラムは、「ギャップ」プログラム（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ， Ｍａｄｉｓｏｎ， Ｗｉｓ．）として公的に利用可能であり得る。前述のパラメーターは、ポリペプチド比較のためのデフォルトのパラメーターである（エンドギャップに対してペナルティーなし）。あるいは、ポリペプチド配列の同一性は、以下の方程式を使用して算出することができる：％同一性－（同じ残基の数）／（アミノ酸残基におけるアライメント長）×１００。この計算のために、アライメント長は、内部ギャップを含むが、末端ギャップは含まない。
[0622]
Figure 2023540562000206
Figure 2023540562000207
Figure 2023540562000208
[0623]標的配列
[0624]本開示は、ゲノム編集組成物などの活性剤または治療剤、ならびにその標的送達のための方法および組成物を提供する。本明細書に記載の治療剤は、標的核酸分子上の標的配列を修飾、変更、または切断することを目的とするゲノム編集組成物を含んでもよい。例えば、活性剤は、標的配列に修飾をもたらし得る核酸または核酸－タンパク質複合体を含んでもよい。
[0625]標的配列は、ＤＮＡ配列であっても、またはＲＮＡ配列であってもよい。いくつかの実施形態では、活性剤または治療剤は、ＲＮＡ干渉因子を含んでもよい。いくつかの実施形態では、活性剤は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、マイクロＲＮＡ、抗マイクロＲＮＡまたはアンチミール、スーパーミール、アンタゴミール、リボザイム、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、デコイオリゴヌクレオチド、スプライススイッチングオリゴヌクレオチド、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ活性化因子、またはＵｌアダプターを含んでもよい。活性剤は、標的配列を認識し得、標的配列の切断および／または分解を媒介し得る。いくつかの実施形態では、活性剤または治療剤は、ガイドＲＮＡを含んでもよい。ガイドＲＮＡは、Ｃａｓ９などのＣＲＩＳＰＲ酵素などの核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼ、または機能ドメインをさらに含むその融合タンパク質と複合体を形成し得る。標的配列は、核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼドメインによって認識され得る。標的配列は、核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼドメインによって切断されてもよく、および／または機能的ドメイン、例えば、デアミナーゼドメイン、メチラーゼドメイン、メチルトランスフェラーゼドメイン、活性化ドメイン、リプレッサードメイン、ヌクレアーゼドメイン、トランスポザーゼドメイン、またはリコンビナーゼドメインによって修飾されてもよい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ガイドＲＮＡによって標的核酸分子の標的配列に誘導され得、ここでガイドＲＮＡはハイブリダイズし、Ｃａｓタンパク質が標的配列を切断する。いくつかの実施形態では、標的配列は、ガイドＲＮＡのターゲティング配列に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡのターゲティング配列とその対応する標的配列との間の相補性の程度は、約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡの標的配列およびターゲティング配列は、１００％相補的であり得る。他の実施形態では、ガイドＲＮＡの標的配列およびターゲティング配列は、少なくとも１つのミスマッチを含んでもよい。例えば、ガイドＲＮＡの標的配列およびターゲティング配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のミスマッチを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡの標的配列およびターゲティング配列は、１～６個のミスマッチを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡの標的配列およびターゲティング配列は、５個または６個のミスマッチを含んでもよい。
[0626]標的配列の長さは、使用されるヌクレアーゼ系に依存し得る。例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系の標的配列は、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、または５０を超えるヌクレオチド長を含み得る。いくつかの実施形態では、標的配列は、１８～２４ヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、１９～２１ヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、２０ヌクレオチド長を含んでもよい。ニッカーゼが使用される場合、標的配列は、ＤＮＡ分子の反対側の鎖上の一対のニッカーゼによって認識される一対の標的配列を含んでもよい。
[0627]いくつかの実施形態では、活性剤または治療剤は、メガヌクレアーゼ系を含んでもよい。メガヌクレアーゼの標的配列は、１２～４０またはそれ以上のヌクレオチド長を含んでもよい。ＺＦＮが使用される場合、標的配列は、ＤＮＡ分子の反対側の鎖上の一対のＺＦＮによって認識される２つの半標的配列を含んでもよく、その間に相互連結配列があってもよい。いくつかの実施形態では、ＺＦＮの各半標的配列は、独立して、９、１２、１５、１８、またはそれ以上のヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＺＦＮの相互接続配列は、４～２０ヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＺＦＮの相互接続配列は、５～７ヌクレオチド長を含んでもよい。
[0628]ＴＡＬＥＮが使用される場合、標的配列は、ＤＮＡ分子の反対側の鎖上の一対のＴＡＬＥＮによって認識される２つの半標的配列を同様に含み、その間に相互連結配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＴＡＬＥＮの各半標的配列は、１０～２０以上のヌクレオチド長を独立して含み得る。いくつかの実施形態では、ＴＡＬＥＮの相互接続配列は、４～２０ヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＴＡＬＥＮの相互接続配列は、１２～１９ヌクレオチド長を含んでもよい。
[0629]いくつかの実施形態では、標的配列は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ複合体によって認識される短い配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）に隣接し得る。プロトスペーサー隣接モチーフ、またはＰＡＭは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ複合体の標的結合に不可欠である。通常、ＰＡＭは、ＣａｓヌクレアーゼのＤＮＡ標的配列の直後にある２～６塩基対のＤＮＡ配列である。ＰＡＭは、５’ＰＡＭであっても、または３’ＰＡＭであってもよい。ＰＡＭの正確な配列は、Ｃａｓタンパク質の種類に依存する。例えば、典型的なＳｐＣａｓ９結合には、カノニカルＰＡＭとしても公知の３’－ＮＧＧ－５’ＰＡＭが必要であり、ここで、ＮはＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのいずれかである。特定のアミノ酸置換、例えば、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｇ１２１８Ｒ、および／またはＴ１３３７Ｒを有するＳｐＣａｓ９は、ＮＧＡ ＰＡＭまたはＮＧＣＧ ＰＡＭを認識し得る。ＳａＣａｓ９結合には、３’－ＮＮＧＲＲＴ－５’ＰＡＭが必要である。特定のアミノ酸置換、例えば、Ｋ７８１Ｅ、Ｋ６９７Ｎ、Ｈ１０１４Ｒを有するＳａＣａｓ９は、ＮＮＮＲＲＴ ＰＡＭを認識し得る。
[0630]いくつかの実施形態では、ＰＡＭは、標的配列の３’末端の１、２、３、または４ヌクレオチドに隣接するか、または１、２、３、または４ヌクレオチド内にあり得る。ＰＡＭの長さおよび配列は、使用されるＣａｓ９タンパク質に依存し得る。例えば、ＰＡＭは、参照により本明細書に組み込まれる、Ｒａｎら、Ｎａｔｕｒｅ、５２０：１８６－１９１（２０１５）の図１に開示されているものを含む、特定のＣａｓ９タンパク質またはＣａｓ９オルソログのコンセンサスまたは特定のＰＡＭ配列から選択され得る。いくつかの実施形態では、ＰＡＭは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０ヌクレオチド長を含んでもよい。非限定的な例示的なＰＡＭ配列としては、ＮＧＧ、ＮＧＧＮＧ、ＮＧ、ＮＡＡＡＡＮ、ＮＮＡＡＡＡＷ、ＮＮＮＮＡＣＡ、ＧＮＮＮＣＮＮＡ、およびＮＮＮＮＧＡＴＴが挙げられる（Ｎは任意のヌクレオチドと定義され、ＷはＡまたはＴと定義される）。いくつかの実施形態では、ＰＡＭ配列はＮＧＧであってもよい。いくつかの実施形態では、ＰＡＭ配列は、ＮＧＧＮＧであってもよい。いくつかの実施形態では、ＰＡＭ配列はＮＮＡＡＡＡＷであってもよい。Ｈｕら、Ｅｖｏｌｖｅｄ Ｃａｓ９ ｖａｒｉａｎｔｓ ｗｉｔｈ ｂｒｏａｄ ＰＡＭ ｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｈｉｇｈ ＤＮＡ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ、Ｎａｔｕｒｅ２０１８ ５５６（７６９９）：５７－６３に記載されている追加の進化したＣａｓバリアントおよびＰＡＭ配列は、その全体が本明細書に組み込まれている。
[0631]標的核酸分子は、細胞にとって内因性または外因性の任意のＤＮＡまたはＲＮＡ分子であり得る。本明細書で使用される「内因性配列」という用語は、細胞に固有の配列を指す。「外因性配列」という用語は、細胞にとって天然ではない配列、または細胞のゲノムにおける天然の位置が異なる位置にある配列を指す。いくつかの実施形態では、標的核酸分子は、細胞由来または細胞内のプラスミド、ゲノムＤＮＡ、または染色体であり得る。いくつかの実施形態では、標的核酸分子の標的配列は、細胞由来または細胞内のゲノム配列であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は原核細胞であり得る。他の実施形態では、細胞は真核細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞は哺乳動物細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞はげっ歯類細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞はヒト細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞は肝臓細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞は肝細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞は、実質細胞、類洞内皮細胞、貪食クッパー細胞、または星状細胞であり得る。さらなる実施形態では、標的配列はウイルス配列であり得る。さらに他の実施形態では、標的配列は、合成配列であり得る。いくつかの実施形態では、標的配列は、ヒト染色体などの真核生物の染色体上にあり得る。
[0632]いくつかの実施形態では、標的配列は、遺伝子のコード配列、遺伝子のイントロン配列、遺伝子の転写制御配列、遺伝子の翻訳制御配列、または遺伝子間の非コード配列に位置し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子はタンパク質コード遺伝子であり得る。他の実施形態では、遺伝子は非コードＲＮＡ遺伝子であってもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、疾患関連遺伝子の全部または一部を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、冠動脈疾患に関連する遺伝子の全部または一部を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、アポリポタンパク質をコードする遺伝子の少なくとも一部を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、Ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ Ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／Ｋｅｘｉｎ Ｔｙｐｅ ９（ＰＣＳＫ９）、アンジオポエチン様タンパク質３（ＡＮＧＰＴＬ３）、アポリポプロテインＣ３（ＡＰＯＣ３）、アポリポプロテインＡ（ＬＰＡ）、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ－Ｒ）、Ｍｙｏｓｉｎ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎまたはｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｄｅｇｒａｄｅｒ ｏｆ ｔｈｅ ＬＤＬ受容体（ＩＤＯＬ）、トランスチレチン（ＴＴＲ）、アンチトロンビン、ＡＴ３、アポリポプロテインＢ（ＡｐｏＢ）、あるいはＨｕｐをコードする遺伝子の少なくとも一部を含み得る。本開示は、標的遺伝子の発現および活性を操作するための修飾の使用、例えば、機能獲得型ＰＣＳＫ９バリアントの効果を打ち消すための突然変異の不安定化の使用も想定する。
[0633]例示的標的遺伝子およびヒト起源のファミリーの他のメンバーの核酸配列ならびにいくつかの動物のものは、例えば、ＮＣＢＩウェブサイトまたはＥＮＳＥＭＢＬウェブサイトなどから、公的に利用可能である。例としては、これらに限定されるわけではないが、以下の配列：野生型ＰＣＳＫ９遺伝子（ＮＧ＿００９０６１．１）、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／ｋｅｘｉｎ ｔｙｐｅ ９（ＰＣＳＫ９）、第１染色体上のＲｅｆＳｅｑＧｅｎｅ（ＬＲＧ＿２７５）；ヒトＡＰＯＣ３ 預託番号ＮＰ＿００００３１．１、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＮＧ＿００８９４９．１；マウス、ラット、およびモンキーＡＰＯＣ３核酸配列 それぞれ、Ｅｎｓｅｍｂｌアクセッション番号ＥＮＳＭＵＳＧ００００００３２０８１、ＥＮＳＲＮＯＧ００００００４７５０３、およびＥＮＳＭＦＡＧ０００００００１８３７；例えば、ＮＧ＿０２８１６９．１において提供されるヒトＡＮＧＰＴＬ３；マウス、ラット、およびモンキーＡＮＧＰＴＬ３核酸配列 それぞれ、Ｅｎｓｅｍｂｌアクセッション番号ＥＮＳＭＵＳＧ００００００２８５５３、ＥＮＳＲＮＯＧ０００００００８６３８、およびＥＮＳＭＦＡＧ０００００００７０８３が挙げられ、上記の配列のそれぞれは、その全体が本明細書に組み入れられる。
[0634]いくつかの実施形態では、標的配列を本明細書に記載のゲノム編集組成物と接触させると、標的配列内または標的配列に隣接する塩基編集イベントが生じる。例えば、標的配列内または標的配列に隣接する標的塩基（例えば、Ｃ塩基）は、核酸誘導型ヌクレアーゼドメインおよびデアミナーゼドメインを含む融合タンパク質を含む、本開示に開示されるゲノム編集組成物との接触の結果として、Ｔ塩基に変換され得る。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの上流（の５’末端）に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの上流（５’末端）の位置１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０塩基対に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの上流（５’末端）の１３～１７塩基対内の位置に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの上流（５’末端）の１３～１７塩基対の外側の位置に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基対は、ＰＡＭの上流（５’末端）の１０～１５塩基対の位置に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの上流の１１～１２塩基対の位置に位置する。いくつかの実施形態では、標的塩基は、ＰＡＭの１１塩基対上流（５’末端）である。いくつかの実施形態では、標的塩基は、標的配列、例えば、ＡＮＧＰＴＬ３をコードするポリヌクレオチド（例えば、ＡＮＧＰＴＬ３遺伝子座）のコード領域（例えばエクソン）に位置する。例えば、ＡＮＧＰＴＬ３遺伝子座のコード領域における塩基の変換は、ＡＮＧＰＴＬ３タンパク質配列におけるアミノ酸変化、すなわち変異をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は機能喪失変異である。いくつかの実施形態では、変異は、標的配列のコード領域、例えば、ＡＮＧＰＴＬ３遺伝子のコード領域に未成熟終止コドンを導入し得る。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、天然に生じる機能喪失変異である。いくつかの実施形態では、変異、例えば、Ｇ１０６Ｒ、Ｌ２５３Ｆ、Ａ４４３Ｔ、Ｒ９３Ｃ、Ｇ２４Ｄ、Ｓ４７Ｆ、Ｒ４６Ｈ、Ｓ１５３Ｎ、またはＨ１９３Ｙ変異は、ＰＣＳＫ９遺伝子のコード領域に位置する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、未成熟終止コドンをＡＮＧＰＴＬ３遺伝子のコード領域に導入する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異を、ＡＰＯＣ３遺伝子のコード領域に導入し得る（例えば、Ｒ１９Ｘ変異）。いくつかの実施形態では、機能喪失変異を低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬ－Ｒ）タンパク質に導入し得る。いくつかの実施形態では、ＬＤＬ受容体の誘導性分解因子（ＩＤＯＬ）タンパク質に機能喪失変異を導入し得る。
[0635]いくつかの実施形態では、標的配列は、標的配列の非コード領域、例えば、標的遺伝子のイントロンまたはスプライシング部位に位置する。いくつかの実施形態では、標的配列は、スプライシング部位に位置し、そのような標的塩基の編集は、標的遺伝子ｍＲＮＡの選択的スプライシングを引き起こす。いくつかの実施形態では、選択的スプライシングは、機能喪失変異をもたらすことにつながる。いくつかの実施形態では、選択的スプライシングは、標的ｍＲＮＡにおける未成熟終止コドンまたはフレームシフトの導入をもたらし、切断された、不安定な、または折り畳み欠陥のあるポリペプチドをもたらす。いくつかの実施形態において、終止コドンは、アポリポタンパク質をコードする遺伝子のコード配列中の正常な終止コドンの上流に導入され得る（「未成熟終止コドン」と呼ばれる）。いくつかの実施形態では、終止コドンを標的遺伝子のコード領域に導入してもよい。未成熟終止コドンは未成熟翻訳終結を引き起こし、その結果、切断された非機能的なタンパク質が生じ、ナンセンスを介したｍＲＮＡ減衰経路を介してｍＲＮＡの急速な分解が誘導される。例えば、Ｂａｋｅｒら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ１６（３）：２９３－２９９、２００４；Ｃｈａｎｇら、Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ７６：５１－７４、２００７；およびＢｅｈｍ－Ａｎｓｍａｎｔら、Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ２０（４）：３９１－３９８、２００６（これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと。本明細書に記載のゲノム編集組成物を使用して、複数の編集イベントを標的配列に導入してもよい。例えば、ゲノム編集組成物は、標的遺伝子における二本鎖切断、欠失、挿入、フレームシフト、復帰、または他の変更を誘導する核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼを含んでもよい。例えば、ゲノム編集組成物は、いくつかのアミノ酸を変換して終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）を作り出し得る核酸誘導型プログラム可能ヌクレアーゼ－デアミナーゼ融合タンパク質を含んでもよい。
[0636]いくつかの実施形態では、ＬＤＬ媒介コレステロールクリアランス経路における２つ以上のタンパク質因子への変異の同時導入が提供される。例えば、いくつかの実施形態では、変異は、ＡＮＧＰＴＬ３、ＰＣＳＫ９、ＬＤＬＲ、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＩＤＯＬ、および他のＬＤＬ媒介経路関与遺伝子のうちの１つまたは複数、好ましくは少なくとも２つに同時に導入され得る。いくつかの実施形態において、機能喪失変異は、ＡＮＧＰＴＬ３、ＰＣＳＫ９、ＡＰＯＢ、および別のＬＤＬ媒介経路関与遺伝子の１つまたは複数、好ましくは少なくとも２つに同時に導入され得る。いくつかの実施形態では、変異は、ＡＮＧＰＴＬ３、ＰＣＳＫ９、ＬＤＬＲ、およびＩＤＯＬに同時に導入され得る。機能喪失変異を２つ以上のタンパク質に同時に導入するために、複数のガイドヌクレオチド配列が使用される。
[0637]いくつかの実施形態では、標的配列は、足場部位または遺伝子座制御領域など、クロマチン構成の態様を制御するゲノム内の非遺伝子機能部位に位置し得る。いくつかの実施形態では、標的配列は、遺伝的セーフハーバー部位、すなわち、安全な遺伝子修飾を容易にする遺伝子座であり得る。
テンプレート
[0638]いくつかの実施形態では、切断された標的核酸分子の修復中に、少なくとも１つのテンプレートが基質として提供され得る。いくつかの実施形態では、テンプレートは、例えば、高忠実度相同組換えなどの相同組換えに使用され得る。いくつかの実施形態において、相同組換えは、テンプレート配列の標的核酸分子への組み込みをもたらし得る。いくつかの実施形態では、単一のテンプレートまたは同じテンプレートの複数のコピーが提供され得る。他の実施形態では、相同組換えが２つ以上の標的部位で起こり得るように、２つ以上のテンプレートが提供され得る。例えば、細胞内の単一の遺伝子、または細胞内の２つの異なる遺伝子を修復するために、異なるテンプレートが提供され得る。いくつかの実施形態では、異なるテンプレートが独立したコピー数で提供され得る。
[0639]いくつかの実施形態では、テンプレートは、核酸の切断部位でのＤＮＡ鎖侵入を必要とする相同性指向の修復に使用され得る。いくつかの実施形態では、相同性指向修復は、テンプレート配列の標的核酸分子へのコピーをもたらし得る。いくつかの実施形態では、単一のテンプレートまたは同じテンプレートの複数のコピーが提供され得る。他の実施形態では、異なる配列を有する２つ以上のテンプレートが、相同性指向修復によって２つ以上の部位に挿入され得る。例えば、細胞内の単一の遺伝子、または細胞内の２つの異なる遺伝子を修復するために、異なるテンプレートが提供され得る。いくつかの実施形態では、異なるテンプレートが独立したコピー数で提供され得る。
[0640]いくつかの実施形態では、テンプレートは、非相同末端結合によって媒介される挿入として、切断された核酸に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、テンプレート配列は、切断部位付近の核酸配列と類似性を有さない。いくつかの実施形態では、テンプレート配列（例えば、テンプレート中のコード配列）は、切断部位付近の核酸配列と類似性を有さない。テンプレート配列は、切断部位近くの標的配列と類似または同一の配列を有し得る標的配列が隣接してもよい。いくつかの実施形態では、単一のテンプレートまたは同じテンプレートの複数のコピーが提供され得る。他の実施形態では、異なる配列を有する２つ以上のテンプレートを、非相同末端結合によって２つ以上の部位に挿入してもよい。例えば、細胞に単一のテンプレートを挿入するために、または細胞に２つの異なるテンプレートを挿入するために、異なるテンプレートが提供され得る。いくつかの実施形態では、異なるテンプレートが独立したコピー数で提供され得る。
[0641]いくつかの実施形態では、テンプレート配列は、標的細胞の内因性配列に対応し得る。いくつかの実施形態では、内因性配列は、細胞のゲノム配列であり得る。いくつかの実施形態では、内因性配列は、染色体配列であっても、または染色体外配列であってもよい。いくつかの実施形態では、内因性配列は、細胞のプラスミド配列であり得る。いくつかの実施形態では、テンプレート配列は、切断部位またはその近くで細胞内の内因性配列の一部と実質的に同一であり得るが、少なくとも１つのヌクレオチド変化を含んでもよい。いくつかの実施形態では、切断された標的核酸分子のテンプレートによる修復は、標的核酸分子の１つまたは複数のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換を含む変異をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、標的配列を含む遺伝子から発現されるタンパク質に１つまたは複数のアミノ酸変化をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、標的遺伝子から発現されるＲＮＡに１つまたは複数のヌクレオチド変化をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、標的遺伝子の発現レベルを変更させ得る。いくつかの実施形態では、変異は、標的遺伝子の発現の増加または減少をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は遺伝子ノックダウンをもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は遺伝子ノックアウトをもたらし得る。いくつかの実施形態では、切断された標的核酸分子のテンプレートによる修復は、標的遺伝子のエクソン配列、イントロン配列、転写制御配列、翻訳制御配列、または非コード配列の置き換えをもたらし得る。
[0642]他の実施形態では、テンプレート配列は外因性配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、外因性配列は、外因性配列の標的核酸分子への組み込みの際に、細胞が、組み込まれた配列によってコードされるタンパク質またはＲＮＡを発現し得るように、外因性プロモーター配列に作動可能に連結されたタンパク質またはＲＮＡコード配列を含み得る。他の実施形態では、外因性配列の標的核酸分子への組み込みの際に、組み込まれた配列の発現は、内因性プロモーター配列によって調節され得る。いくつかの実施形態では、外因性配列は、染色体配列であってもまたは染色体外配列であってもよい。いくつかの実施形態では、外因性配列は、タンパク質またはタンパク質の一部をコードするｃＤＮＡ配列を提供し得る。さらに他の実施形態では、外因性配列は、エクソン配列、イントロン配列、転写制御配列、翻訳制御配列、または非コード配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、外因性配列の組み込みは、遺伝子ノックインをもたらし得る。
[0643]テンプレートは、任意の適切な長さであってもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートは、１０、１５、２０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、５００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、５０００、５５００、６０００、またはそれ以上の長さのヌクレオチドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートは、標的配列を含む標的核酸分子の一部（すなわち、「相同アーム」）に相補的なヌクレオチド配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、相同性アームは、１０、１５、２０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、５００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００またはそれ以上のヌクレオチド長を含んでもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートは、標的核酸分子上の切断部位の上流または下流に位置する配列に相補的な相同性アームを含んでもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートは、切断部位の上流および下流にそれぞれ位置する配列に相補的な第１のヌクレオチド配列および第２の相同性アームを含んでもよい。テンプレートが２つの相同性アームを含む場合、各アームは同じ長さであっても、または異なる長さであってもよく、相同性アーム間の配列は、相同性アーム間の標的配列と実質的に類似もしくは同一であってもよく、またはまったく無関係であってもよい。いくつかの実施形態では、テンプレート上の第１のヌクレオチド配列と、切断部位の上流の配列との間、およびテンプレート上の第２のヌクレオチド配列と切断部位の下流の配列との間の相補性の程度は、相同組換え、例えば、テンプレートと標的核酸分子との間の高忠実度相同組換えなどを可能にし得る。いくつかの実施形態では、相補性の程度は、約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。いくつかの実施形態では、相補性の程度は、約９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。いくつかの実施形態では、相補性の程度は、約９８％、９９％、または１００％であり得る。いくつかの実施形態では、相補性の程度は１００％であり得る。いくつかの実施形態、例えば、テンプレートが非相同末端結合によって媒介される挿入として切断された核酸に組み込まれる、本明細書に記載のテンプレートでは、テンプレートは相同性アームを有さない。いくつかの実施形態では、相同性アームを有さないテンプレートは、例えば本明細書に記載されるように、テンプレート配列の一方または両方の末端に隣接する標的配列を含む。いくつかの実施形態では、相同性アームを有さないテンプレートは、テンプレート配列の両端に隣接する標的配列を含む。いくつかの実施形態では、テンプレート配列の末端に隣接する標的配列は、約１０～５０ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、テンプレート配列の末端に隣接する標的配列は、約１０～２０ヌクレオチド、約１５～２０ヌクレオチド、約２０～２５ヌクレオチド、または約２０～３０ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、テンプレート配列の末端に隣接する標的配列は、約１７～２３ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、テンプレート配列の末端に隣接する標的配列は、約２０ヌクレオチドである。
[0644]いくつかの実施形態では、テンプレートとゲノム配列との間で相同組換えが起こる場合、核酸分子はテンプレートから発現される。いくつかの実施形態では、例えば、テンプレートは核酸分子を発現するためのプロモーターを有さないか、および／またはＡＴＧ転写開始部位がコード配列から除去される。
送達
[0645]本明細書では、ヌクレアーゼ系を用いて細胞内の核酸分子を編集するための方法および組成物、ならびにその標的送達が提供される。いくつかの実施形態では、核酸は、ある遺伝子をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、疾患または障害に関連する遺伝子をコードする核酸配列を含む。
[0646]本明細書に記載の核酸を含む活性剤、例えば、修飾ガイドＲＮＡは、所望のインビボ位置への標的送達のために、１つまたは複数のターゲティング部分とコンジュゲートされ得る。ガイドＲＮＡコンジュゲートまたはガイドＲＮＡ－タンパク質複合体コンジュゲートは、例えば、ウイルス感染またはバクテリオファージ感染、トランスフェクション、コンジュゲーション、プロトプラスト融合、リポフェクション、脂質粒子またはベシクル形質導入、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈殿、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）媒介トランスフェクション、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介トランスフェクション、リポソーム媒介トランスフェクション、例えば、カチオン性リポソーム、パーティクルガン技術、リン酸カルシウム沈殿、せん断駆動細胞透過、細胞透過性ペプチドへの融合、その後の細胞接触、マイクロインジェクション、およびナノ粒子媒介送達によって媒介されるトランスフェクションなど、当該技術分野で公知の任意の方法を介して細胞に導入され得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ系は、ウイルス感染を介して細胞に導入され得る。いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼ系は、バクテリオファージ感染を介して細胞に導入され得る。リポソームとしては、１，２－ジオレイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）リポソーム、Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ）のＤｉＬａ２リポソーム、１，２－ジリノレイルオキシ－３－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ－ＤＭＡ）、２，２－ジリノレイル－４－（２－ジメチルアミノエチル）－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ）、および限定するものではないが、ＤＯＸＩＬ（登録商標）（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｈｏｒｓｈａｍ、ＰＡ））などの小分子薬物を送達し得るリポソームから形成されるものが挙げられる。
[0647]いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法および組成物は、本明細書で説明されるベクター系を細胞に導入するステップを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、ヌクレアーゼ系を全体的または部分的にコードする。いくつかの実施形態では、ベクター系は、１つ、２つ、３つ、またはそれ以上のベクターを含む。いくつかの実施形態では、細胞へのベクター系の導入は、ベクターが失われる、例えば、自己破壊の標的となる間、編集された核酸分子を有する安定な細胞株をもたらし得る。いくつかの実施形態では、細胞は真核細胞である。真核細胞の非限定的な例としては、酵母細胞、植物細胞、昆虫細胞、無脊椎動物由来の細胞、脊椎動物由来の細胞、哺乳動物細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、およびヒト細胞が挙げられる。いくつかの実施形態では、真核細胞は哺乳動物細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞はげっ歯類細胞であってもよい。いくつかの実施形態では、真核細胞はヒト細胞であってもよい。同様に、標的配列は、任意のそのような細胞に由来する場合もあるし、または任意のそのような細胞内にある場合もある。
[0648]いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド、例えばガイドＲＮＡまたはｍＲＮＡは、官能化された脂質二重層または脂質－ポリカチオン複合体の間の架橋を有し得る、脂質ベシクル中に製剤化され得る。リポソーム製剤は、限定するものではないが、カチオン性脂質構成要素の選択、カチオン性脂質飽和度、ペグ化の性質、全成分の比、およびサイズなどの生物物理学的パラメーター、またはポリカチオン組成によって影響され得る。一実施形態では、本明細書に記載の薬学的組成物は、限定するものではないが、以前に記載され、インビトロおよびインビボでのオリゴヌクレオチド送達に適切であることが示されている、安定化プラスミド脂質粒子（ＳＰＬＰ）または安定化核酸脂質粒子（ＳＮＡＬＰ）の合成から形成される組成物などのリポソームを含んでもよい。脂質ナノ粒子は、脂質ナノ粒子が粘膜バリアを貫通し得るように、粒子の表面特性を変えるように操作してもよい。粘液は、限定するものではないが、口腔（例えば、頬および食道の膜および扁桃腺組織）、眼、胃腸（例えば、胃、小腸、大腸、結腸、直腸）、呼吸器（例えば、鼻、咽頭、気管および気管支の膜）、生殖器（例えば、膣、頸部および尿道の膜）などの粘膜組織に位置する。製剤は、１０～２００ｎｍより大きいナノ粒子を使用し得、これは、より高い薬物カプセル化効率、および大きすぎて粘膜バリアを介して迅速に拡散できないと考えられていた広範囲の薬物の持続的送達を提供する能力のために好ましいものである。ナノ粒子の動的輸送は、光退色後の蛍光回復（ＦＲＡＰ）および高解像度複数粒子追跡（ＭＰＴ）を使用して測定し得る。製剤は、制御放出および／または標的送達のために作製され得る。粘液を透過するように操作された脂質ナノ粒子としては、表面改変剤、例えば、限定するものではないが、ｍＲＮＡ、アニオン性タンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン）、界面活性剤（例えば、臭化ジメチルジオクタデシルアンモニウムなどのカチオン性界面活性剤）、糖または糖誘導体（例えば、シクロデキストリン）、核酸、ポリマー（例えば、ヘパリン、ポリエチレングリコールおよびポロキサマー）、粘液溶解剤（例えば、Ｎ－アセチルシステイン、オオヨモギ、ブロメライン、パパイン、クレロデンドラム、アセチルシステイン、ブロムヘキシン、カルボシステイン、エプラジノン、メスナ、アンブロキソール、ソブレロール、ドミオドール、レトステイン、ステプロニン、チオプロニン、ゲルソリン、サイモシンβ４、ドルナーゼアルファ、ネルテネキシン、エルドステイン）およびｒｈＤＮａｓｅを含む種々のＤＮａｓｅが挙げられる。表面改変剤は、粒子の表面に埋め込まれるかもしくは絡み合わされるか、または脂質ナノ粒子の表面に（例えば、コーティング、吸着、共有結合、または他のプロセスによって）、配置もしくは分散され得る。
[0649]さらなる実施形態において、本開示のガイドＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲシステムは、限定するものではないが、ＡＴＵＰＬＥＸ（商標）システム、ＤＡＣＣシステム、ＤＢＴＣシステムおよび他のｓｉＲＮＡ－リポプレックス技術などのリポプレックスとして製剤化され得る。リポソーム、リポプレックス、または脂質ナノ粒子を使用して、例えば、細胞トランスフェクションの増加、コードされたタンパク質の翻訳の増加、または安定性の増加によって、修飾ガイドＲＮＡの有効性を改善し得る。細胞透過性ペプチドは、細胞内空間への送達を促進するポリカチオンに付着した細胞透過性ペプチド配列、例えば、ＨＩＶ由来ＴＡＴペプチド、ペネトラチン、トランスポータン、またはｈＣＴ由来細胞浸透ペプチドなどの本開示の薬学的製剤と共に使用してもよい。別の実施形態では、特定の細胞型を標的とする脂質ナノ粒子を使用してもよい。あるいは、脂質ナノ粒子は、対象に注射されたときにゲルを形成し得る、当該技術分野で公知の任意のポリマーまたはヒドロゲルにカプセル化し得る。別の非限定的な例として、脂質ナノ粒子は、生分解性であり得るポリマーマトリックスにカプセル化され得る。さらに別の実施形態では、薬学的組成物は持続放出製剤であってもよい。さらなる実施形態では、持続放出製剤は皮下送達用であってもよい。持続放出製剤としては、限定するものではないが、ＰＬＧＡミクロスフェア、エチレンビニルアセテート（ＥＶＡｃ）、ポロキサマー、ＧＥＬＳＩＴＥ（登録商標）（Ｎａｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．Ａｌａｃｈｕａ、ＦＬ）、ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）（Ｈａｌｏｚｙｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、外科用シーラント、例えば、フィブリノゲンポリマー（Ｅｔｈｉｃｏｎ Ｉｎｃ．Ｃｏｒｎｅｌｉａ、ＧＡ）、ＴＩＳＳＥＬＬ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ、ＩＬ）、ＰＥＧベースのシーラント、およびＣＯＳＥＡＬ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ、ＩＬ）が挙げられ得る。
[0650]いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡなどの本明細書に記載の核酸は、ＣＲＩＳＰＲ酵素と複合体を形成し得る。いくつかの実施形態では、複合体の一部または全部を、１つまたは複数のベクターを含むベクター系を介して送達し得る。いくつかの実施形態では、ベクターはＤＮＡベクターであってもよい。他の実施形態では、ベクターはＲＮＡベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮＡベクターはｍＲＮＡ、例えば、Ｃａｓ９などのヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡであってもよい。いくつかの実施形態では、ベクターは環状であり得る。他の実施形態では、ベクターは線状であってもよい。非限定的な例示的なベクターとしては、プラスミド、ファージミド、コスミド、人工染色体、ミニ染色体、トランスポゾン、ウイルスベクター、および発現ベクターが挙げられる。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼはＲＮＡベクターによって、例えばｍＲＮＡとして提供され、テンプレートはウイルスベクターによって提供される。いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、その野生型対応物から遺伝子修飾され得る。例えば、ウイルスベクターは、クローニングを容易にするため、またはベクターの１つまたは複数の特性が変化するように、１つまたは複数のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換を含んでもよい。このような特性としては、パッケージング能力、形質導入効率、免疫原性、ゲノム組み込み、複製、転写、および翻訳が挙げられる。いくつかの実施形態では、ウイルスがより大きなサイズを有する外因性配列をパッケージングできるように、ウイルスゲノムの一部を欠失させてもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、形質導入効率が向上している場合がある。いくつかの実施形態では、宿主においてウイルスによって誘導される免疫応答を低下させてもよい。いくつかの実施形態では、宿主ゲノムへのウイルス配列の組み込みを促進するウイルス遺伝子（例えば、インテグラーゼなど）は、ウイルスが非組み込みになるように変異されてもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは複製欠損であってもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ベクター上のコード配列の発現を駆動するための外因性転写または翻訳制御配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスはヘルパー依存性であり得る。例えば、ウイルスは、ベクターを増幅してウイルス粒子にパッケージ化するのに必要なウイルス成分（例えば、ウイルスタンパク質など）を供給するために、１つまたは複数のヘルパーウイルスを必要とし得る。そのような場合、ウイルス成分をコードする１つまたは複数のベクターを含む１つまたは複数のヘルパー構成要素を、本明細書に記載のベクター系と共に宿主細胞に導入してもよい。他の実施形態では、ウイルスはヘルパーフリーであり得る。例えば、ウイルスは、任意のヘルパーウイルスなしでベクターを増幅およびパッケージングし得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のベクター系は、ウイルスの増幅およびパッケージングに必要なウイルス成分もコードし得る。
[0651]非限定的な例示的なウイルスベクターとしては、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ－１）ベクター、バクテリオファージＴ４、バキュロウイルスベクター、およびレトロウイルスベクターが挙げられる。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはＡＡＶベクターであってもよい。他の実施形態では、ウイルスベクターはレンチウイルスベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、レンチウイルスは非組み込み型であってもよい。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルスベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、アデノウイルスは、高クローニング能力または「ガットレス」アデノウイルスであってよく、５’および３’逆方向末端反復（ＩＴＲ）およびパッケージングシグナル（Ψ）以外の全てのコードウイルス領域がウイルスから欠失されており、そのパッケージング能力が高まる。さらに他の実施形態では、ウイルスベクターはＨＳＶ－１ベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、ＨＳＶ－１ベースのベクターはヘルパー依存性であり、他の実施形態ではヘルパー非依存性である。例えば、パッケージング配列のみを保持するアンプリコンベクターは、パッケージングのための構造的構成要素を含むヘルパーウイルスが必要であるが、必須ではないウイルス機能を削除する３０ｋｂが欠失されたＨＳＶ－１ベクターにはヘルパーウイルスは必要ない。追加の実施形態では、ウイルスベクターはバクテリオファージＴ４であってもよい。いくつかの実施形態では、バクテリオファージＴ４は、ウイルスの頭部が空になったときに、任意の線状または環状のＤＮＡまたはＲＮＡ分子をパッケージ化し得る場合がある。さらなる実施形態では、ウイルスベクターは、バキュロウイルスベクターであってもよい。さらに別の実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターであってもよい。より小さいクローニング能力を有するＡＡＶまたはレンチウイルスベクターを使用する実施形態では、本明細書に開示されるベクター系の全ての構成要素を送達するために、２つ以上のベクターを使用することが必要であり得る。例えば、１つのＡＡＶベクターは、Ｃａｓ９タンパク質をコードする配列を含んでもよいが、第２のＡＡＶベクターは、１つまたは複数のガイド配列および１つまたは複数のテンプレートのコピーを含んでもよい。
[0652]特定の実施形態では、ウイルスベクターを改変して、特定の組織または細胞型を標的とし得る。例えば、ウイルス表面タンパク質は、ウイルスタンパク質がその天然の細胞表面受容体に結合するのを減少または排除するように変更され得る。いくつかの実施形態において、ベクターは、肝臓特異的送達のために改変され得る。表面タンパク質は、所望の細胞型に特異的な受容体と相互作用するように操作され得る。ウイルスベクターは、限定的またはリダイレクトされた向性を含む、宿主の向性を変更した可能性がある。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、第１の結合部分を発現または提示するように操作され得る。第１の結合部分は、ウイルス表面タンパク質または糖タンパク質に融合するか、ウイルスにコンジュゲートするか、ビリオンに化学的に架橋するか、ウイルスエンベロープに結合するか、または任意の他の適切な方法によってウイルスベクターに結合し得る。第１の結合部分は、第２の結合部分に結合し得、これを使用してウイルスを所望の細胞型に誘導し得る。いくつかの実施形態では、第１の結合部分は、アビジン、ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、カプタアビジン、または別のビオチン結合部分であり、第２の結合部分はビオチンまたはその類似体である。次いで、ビオチン化された標的化剤をウイルスベクター上のアビジンに結合させ、ウイルスを所望の細胞型に誘導するために使用され得る。例えば、Ｔ４ベクターは、その表面タンパク質の１つまたは複数にビオチン結合部分を提示するように操作され得る。次いで、そのようなＴ４ベクターの細胞特異性は、選択した細胞に向けられたビオチン化抗体またはリガンドを結合することによって変更され得る。別の実施形態では、第１および第２の結合部分は、ハプテンおよび抗ハプテン結合タンパク質；ジゴキシゲニンおよび抗ジゴキシゲニン結合タンパク質；フルオレセインおよび抗フルオレセイン結合タンパク質；または結合パートナーである任意の他の適切な第１および第２の結合部分である。
[0653]いくつかの実施形態では、ベクターは、細胞内で１つまたは複数のコード配列の発現を駆動し得る場合がある。いくつかの実施形態では、細胞は、例えば細菌細胞などの原核細胞であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は、例えば、酵母、植物、昆虫、または哺乳動物細胞などの真核細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞は哺乳動物細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞はげっ歯類細胞であり得る。いくつかの実施形態では、真核細胞はヒト細胞であり得る。異なる種類の細胞で発現を駆動するのに適したプロモーターは、当該技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、プロモーターは野生型であり得る。他の実施形態では、プロモーターは、より効率的または有効な発現のために改変され得る。さらに他の実施形態では、プロモーターは切断されてもその機能は保持されている場合がある。例えば、プロモーターは、ウイルスへのベクターの適切なパッケージングに適した通常のサイズであっても、または減少したサイズであってもよい。
[0654]いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書に記載のヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列の１つのコピーを含んでもよい。他の実施形態では、ベクター系は、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列の２つ以上のコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、少なくとも１つの転写または翻訳制御配列に作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、少なくとも１つのプロモーターに作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、少なくとも１つの転写または翻訳制御配列に作動可能に連結され得る。
[0655]いくつかの実施形態では、プロモーターは、構成的、誘導的、または組織特異的であり得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは構成的プロモーターであり得る。非限定的な例示的な構成プロモーターとしては、サイトメガロウイルス前初期プロモーター（ＣＭＶ）、シミアンウイルス（ＳＶ４０）プロモーター、アデノウイルス主要後期（ＭＬＰ）プロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）プロモーター、伸長因子アルファ（ＥＦ１α）プロモーター、ユビキチンプロモーター、アクチンプロモーター、チューブリンプロモーター、免疫グロブリンプロモーター、それらの機能的フラグメント、または前述のいずれかの組合せが挙げられる。いくつかの実施形態では、プロモーターはＣＭＶプロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは切断されたＣＭＶプロモーターであり得る。他の実施形態では、プロモーターはＥＦ１αプロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは誘導性プロモーターであり得る。非限定的な例示的な誘導性プロモーターとしては、熱ショック、光、化学物質、ペプチド、金属、ステロイド、抗生物質、またはアルコールによって誘導可能なプロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、誘導性プロモーターは、例えば、Ｔｅｔ－Ｏｎ（登録商標）プロモーター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）など、低い基礎（非誘導型）発現レベルを有するプロモーターであってもよい。いくつかの実施形態では、プロモーターは、組織特異的プロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、組織特異的プロモーターは、肝臓組織で排他的または主に発現される。非限定的な例示的な組織特異的プロモーターとしては、Ｂ２９プロモーター、ＣＤ１４プロモーター、ＣＤ４３プロモーター、ＣＤ４５プロモーター、ＣＤ６８プロモーター、デスミンプロモーター、エラスターゼ－１プロモーター、エンドグリンプロモーター、フィブロネクチンプロモーター、Ｆｌｔ－１プロモーター、ＧＦＡＰプロモーター、ＧＰＩＩｂプロモーター、ＩＣＡＭ－２プロモーター、ＩＮＦ－βプロモーター、Ｍｂプロモーター、Ｎｐｈｓｌプロモーター、ＯＧ－２プロモーター、ＳＰ－Ｂプロモーター、ＳＹＮ１プロモーター、およびＷＡＳＰプロモーターが挙げられる。
[0656]いくつかの実施形態では、ベクターは、Ｃａｓタンパク質、またはＣａｓ９タンパク質の一部、例えば、Ｃａｓタンパク質またはＣｐｆ１タンパク質をコードし得る。ベクター系は、本明細書に記載のガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含むベクターをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、ベクター系は、ガイドＲＮＡの１つのコピーを含んでもよい。他の実施形態では、ベクター系は、ガイドＲＮＡの２つ以上のコピーを含んでもよい。２つ以上のガイドＲＮＡを有する実施形態では、ガイドＲＮＡは、それらが異なる標的配列を標的とするか、またはＣａｓ９ ＲＮＰ複合体内の活性または安定性などの他の異なる特性を有するように、同一でなくてもよい。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、少なくとも１つの転写または翻訳制御配列に作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、少なくとも１つのプロモーターに作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ（Ｐｏｌ ＩＩＩ）によって認識され得る。Ｐｏｌ ＩＩＩプロモーターの非限定的な例としては、Ｕ６、Ｈ１およびｔＲＮＡプロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、マウスまたはヒトＵ６プロモーターに作動可能に連結され得る。他の実施形態では、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、マウスまたはヒトＨ１プロモーターに作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、マウスまたはヒトｔＲＮＡプロモーターに作動可能に連結され得る。２つ以上のガイドＲＮＡを有する実施形態では、発現を駆動するために使用されるプロモーターは同じであっても異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡのｃｒＲＮＡをコードするヌクレオチドおよびガイドＲＮＡのｔｒａｃｒ ＲＮＡをコードするヌクレオチドは、同じベクター上に提供され得る。いくつかの実施形態では、ｃｒＲＮＡをコードするヌクレオチドおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡをコードするヌクレオチドは、同じプロモーターによって駆動され得る。いくつかの実施形態では、ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡは、単一の転写物に転写され得る。例えば、ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡは、単一の転写物から処理されて、二重分子ガイドＲＮＡを形成し得る。あるいは、ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡは、単一分子ガイドＲＮＡに転写され得る。他の実施形態では、ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡは、同じベクター上のそれらの対応するプロモーターによって駆動され得る。さらに他の実施形態では、ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒ ＲＮＡは、異なるベクターによってコードされ得る。
[0657]いくつかの実施形態では、ベクター系は、本明細書に記載のテンプレートを含むベクターをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、テンプレートの１つのコピーを含んでもよい。他の実施形態では、ベクター系は、テンプレートの複数のコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、テンプレートの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、テンプレートの４、５、６、７、８、またはそれ以上のコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、テンプレートの５、６、７、またはそれ以上のコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、テンプレートの６つのコピーを含んでもよい。テンプレートの複数のコピーは、同じまたは異なるベクター上に配置されてもよい。テンプレートの複数のコピーは、互いに隣接していてもよいし、他のヌクレオチド配列またはベクターエレメントによって分離されていてもよい。他の実施形態では、相同組換えが２つ以上の標的部位で起こり得るように、２つ以上のテンプレートが提供され得る。例えば、細胞内の単一の遺伝子、または細胞内の２つの異なる遺伝子を修復するために、異なるテンプレートが提供され得る。いくつかの実施形態では、異なるテンプレートが独立したコピー数で提供され得る。
[0658]ベクター系は、１～３個のベクターを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ベクター系は、１つの単一ベクターを含んでもよい。他の実施形態では、ベクター系は、２つのベクターを含んでもよい。追加の実施形態では、ベクター系は、３つのベクターを含んでもよい。
[0659]いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列およびテンプレートは、同じまたは別個のベクター上に位置し得る。いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列およびテンプレートは、同じベクター上に位置し得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列およびテンプレートは、別個のベクター上に位置し得る。配列は、ベクター上で任意の順序で、同じ方向または異なる方向に配向されてもよい。
[0660]いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列およびテンプレートは、同じまたは別個のベクター上に位置し得る。いくつかの実施形態では、配列の全てが同じベクター上に位置し得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の配列が同じベクター上に位置し得る。配列は、ベクター上で任意の順序で、同じ方向または異なる方向に配向されてもよい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列およびガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、同じベクター上に位置してもよい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列およびテンプレートは、同じベクター上に位置してもよい。特定の実施形態では、ベクター系は、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第１のベクター、およびテンプレートまたはテンプレートの複数のコピーをコードするヌクレオチド配列を含む第２のベクターを含んでもよい。
[0661]いくつかの実施形態では、テンプレートは、ベクター系によってコードされるヌクレアーゼ系によって、それが配置されているベクターから放出され得る。いくつかの実施形態では、テンプレートは、ｍＲＮＡから提供されるＣａｓ９タンパク質によってベクターから放出され得る。テンプレートは、ガイドＲＮＡによって認識される少なくとも１つの標的配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートは、テンプレートの５’末端および３’末端で標的配列に隣接していてもよい。Ｃａｓ９タンパク質の発現およびガイドＲＮＡの送達の際に、ガイドＲＮＡは、ハイブリダイズし得、Ｃａｓ９タンパク質は、テンプレートがベクターから放出されるように、テンプレートの両端で標的配列を切断し得る。さらなる実施形態では、テンプレートは、テンプレートの５’末端および３’末端でヌクレアーゼによって認識される標的配列を有することによって、ベクター系によりコードされるヌクレアーゼによってベクターから放出され得る。テンプレートのいずれかの末端の標的配列は、ＰＡＭ配列がテンプレートにより近くなるように配向され得る。このような配向では、ベクターからの放出後にテンプレートの末端に残る非テンプレート核酸は少なくなる。いくつかの実施形態では、テンプレートに隣接する標的配列は、同じであってもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートに隣接する標的配列は、例えば、ＨＲ、ＨＤＲ、または非相同末端結合によって、テンプレートが組み込まれる、切断部位で見出される標的配列と同じであってもよい。他の実施形態では、テンプレートに隣接する標的配列は、異なっていてもよい。例えば、テンプレートの５’末端の標的配列は、１つのガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼによって認識され得、テンプレートの３’末端の標的配列は、別のガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼによって認識され得る。
[0662]いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ系をコードするベクターは、発現されるヌクレアーゼ系の量を制御するための自己破壊（または「自己切断」または「自己不活化」）ベクター系を作成するために、ベクター内に少なくとも１つの標的配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、自己破壊ベクター系は、ヌクレアーゼ活性の量の減少をもたらす。さらなる実施形態において、自己破壊ベクター系は、ベクター核酸の量の減少をもたらす。この系がＣａｓ９を含む実施形態では、標的配列を認識するガイドＲＮＡも含む。このようにして、ヌクレアーゼ系の滞留時間および／または活性レベルを一時的に制御して、ヌクレアーゼ系の過剰発現に伴う悪影響を回避し得る。そのような悪影響には、例えば、ヌクレアーゼによるオフターゲット効果が含まれ得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼの発現時に、ヌクレアーゼが、ヌクレアーゼをコードする配列を含むベクター中の標的配列を認識して切断するように、１つまたは複数の標的配列をベクター上の任意の場所に配置してもよい。自己破壊ベクターの１つまたは複数の標的配列は同じであってもよい。必要に応じて、自己破壊ベクターは、複数の標的配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列での切断は、例えばＣａｓ９などのヌクレアーゼ系の少なくとも１つの構成要素の発現を低下させ得る。いくつかの実施形態では、切断は、ヌクレアーゼ転写物の発現を低下させ得る。例えば、標的配列は、切断がコード領域の破壊をもたらすように、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列内に位置し得る。他の実施形態では、標的配列は、ヌクレアーゼをコードするベクター上の非コード領域内に位置し得る。いくつかの実施形態では、標的配列は、切断がプロモーター配列の破壊をもたらすように、ヌクレアーゼの発現を駆動するプロモーター内に位置し得る。例えば、ベクターは、Ｃａｓ９配列を標的とする標的配列（およびそれに対応するガイドＲＮＡ）を含んでもよい。特定の実施形態において、標的配列は、プロモーターとヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列との間に位置し得、その結果、切断がそのプロモーターからのコード配列の分離をもたらす。特定の実施形態では、ヌクレアーゼコード配列外の標的配列およびヌクレアーゼコード配列内の標的配列が含まれる。
[0663]いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質をコードするベクターは、ガイドＲＮＡによって認識される少なくとも１つの標的配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、標的配列は、Ｃａｓ９タンパク質およびガイドＲＮＡの発現の際に、ガイドＲＮＡがハイブリダイズし、Ｃａｓ９タンパク質がＣａｓ９タンパク質をコードするベクター内の標的配列を切断するように、ベクター上の任意の場所に位置し得る。いくつかの実施形態では、標的配列での切断は、Ｃａｓ９タンパク質転写物の発現を低下させ得る。例えば、標的配列は、切断がコード領域の破壊をもたらすように、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列内に位置し得る。他の実施形態では、標的配列は、Ｃａｓ９タンパク質をコードするベクター上の非コード領域内に位置し得る。いくつかの実施形態において、標的配列は、切断がプロモーター配列の破壊をもたらすように、Ｃａｓ９タンパク質の発現を駆動するプロモーター内に位置し得る。いくつかの実施形態において、標的配列は、切断がコード配列の破壊をもたらすように、Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列内に位置してもよい。他の実施形態において、標的配列は、プロモーターとＣａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列との間に位置し得、その結果、切断がそのプロモーターからのコード配列の分離をもたらす。
[0664]テンプレートの放出のため、ベクターの自己破壊のため、および細胞内のヌクレアーゼ系による標的化のための標的配列は、同じであっても異なっていてもよい。例えば、テンプレートの放出が同時にヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９タンパク質）の発現の破壊をもたらすように、テンプレートの３’末端の標的配列は、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９タンパク質）の発現を駆動するプロモーター内に存在してもよい。いくつかの実施形態では、テンプレートに隣接する標的配列、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９タンパク質）の発現を妨害するための標的配列、および細胞内の標的核酸分子中の標的配列の両方が、シングルガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼによって認識される同じ配列であってもよい。したがって、いくつかの実施形態では、ベクター系は、１つの種類の標的配列のみを含んでもよく、ヌクレアーゼ系は、１つのガイドＲＮＡのみを含んでもよい。他の実施形態では、これらの標的配列は、異なるガイドＲＮＡによって認識される異なる配列を含んでもよい。
[0665]いくつかの実施形態では、ベクター系は、標的細胞に送達された後にのみ発現を開始する誘導性プロモーターを含んでもよい。非限定的な例示的な誘導性プロモーターとしては、熱ショック、光、化学物質、ペプチド、金属、ステロイド、抗生物質、またはアルコールによって誘導可能なプロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、誘導性プロモーターは、例えば、Ｔｅｔ－Ｏｎ（登録商標）プロモーター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）など、低い基礎（非誘導型）発現レベルを有するプロモーターであってもよい。
[0666]追加の実施形態では、ベクター系は、特定の組織に送達された後にのみ発現を開始する組織特異的プロモーターを含んでもよい。非限定的な例示的な組織特異的プロモーターとしては、アルブミンプロモーター、α－１アンチトリプシンプロモーター、ヘモペキシンプロモーター、Ｂ２９プロモーター、ＣＤ１４プロモーター、ＣＤ４３プロモーター、ＣＤ４５プロモーター、ＣＤ６８プロモーター、デスミンプロモーター、エラスターゼ－１プロモーター、エンドグリンプロモーター、フィブロネクチンプロモーター、Ｆｌｔ－１プロモーター、ＧＦＡＰプロモーター、ＧＰＩＩｂプロモーター、ＩＣＡＭ－２プロモーター、ＩＮＦ－βプロモーター、Ｍｂプロモーター、Ｎｐｈｓｌプロモーター、ＯＧ－２プロモーター、ＳＰ－Ｂプロモーター、ＳＹＮ１プロモーター、およびＷＡＳＰプロモーターが挙げられる。特定の実施形態では、組織特異的プロモーターは、アルブミンプロモーター、α－１アンチトリプシンプロモーター、Ｂ型肝炎ウイルスコアプロモーター、またはヘモペキシン遺伝子プロモーターである。肝臓特異的プロモーターを調べる方法は、Ｋｒａｍｅｒら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ７（３）：３７５－３８５（２００３）に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0667]本開示のいくつかの実施形態において、ヌクレアーゼ系の活性は、ヌクレアーゼ系の発現された構成要素の滞留時間、量、および／または活性を調節することによって一時的に調節され得る。例えば、本明細書に記載されるように、ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼの細胞内半減期を改変し得るタンパク質ドメインと融合され得る。２つ以上のベクターが関与する特定の実施形態（例えば、本明細書に記載の構成要素が２つ以上の別個のベクター上にコードされるベクター系）では、ヌクレアーゼ系の活性は、ベクターが送達されるタイミングを制御することによって一時的に調節され得る。例えば、いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ系をコードするベクターは、テンプレートをコードするベクターの前にヌクレアーゼを送達し得る。他の実施形態では、テンプレートをコードするベクターは、ヌクレアーゼ系をコードするベクターより前にテンプレートを送達し得る。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ系およびテンプレートをコードするベクターは、同時に送達される。特定の実施形態では、同時に送達されるベクターは、例えば、ヌクレアーゼ、テンプレート、および／またはガイドＲＮＡ成分を一時的に送達する。さらなる実施形態では、ベクター上のコード配列から転写されたＲＮＡ（例えば、ヌクレアーゼ転写物など）は、ＲＮＡの細胞内半減期を改変し、および／または翻訳制御を調節し得る少なくとも１つのエレメントをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡの半減期を延長してもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮＡの半減期が減少する場合がある。いくつかの実施形態では、このエレメントは、ＲＮＡの安定性を高め得る。いくつかの実施形態では、このエレメントは、ＲＮＡの安定性を低下させ得る。いくつかの実施形態では、このエレメントは、ＲＮＡの３’ＵＴＲ内にあってもよい。いくつかの実施形態では、このエレメントは、ポリアデニル化シグナル（ＰＡ）を含んでもよい。いくつかの実施形態では、このエレメントは、キャップ、例えばｍＲＮＡの上流末端を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＰＡは、ＲＮＡの３’ＵＴＲに付加され得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、転写後に細胞内でより迅速に分解されるように、ＰＡを含まなくてもよい。いくつかの実施形態では、このエレメントは、少なくとも１つのＡＵリッチエレメント（ＡＲＥ）を含んでもよい。ＡＲＥは、組織タイプ、細胞タイプ、タイミング、細胞局在、および環境に依存する方法で、ＡＲＥ結合タンパク質（ＡＲＥ－ＢＰ）によって結合され得る。いくつかの実施形態では、不安定化エレメントは、ＲＮＡの崩壊を促進し、ＲＮＡの安定性に影響を与え、または翻訳を活性化し得る。いくつかの実施形態では、ＡＲＥは、５０～１５０ヌクレオチドの長さを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＡＲＥは、配列ＡＵＵＵＡの少なくとも１つのコピーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＡＲＥをＲＮＡの３’ＵＴＲに付加してもよい。いくつかの実施形態では、エレメントは、ウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＰ）の転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）であり得、これは転写物からの発現を増強するために三次構造を作り出す。さらなる実施形態では、このエレメントは、例えば、Ｚｕｆｆｅｒｅｙら、Ｊ Ｖｉｒｏｌ、７３（４）：２８８６－９２（１９９９）およびＦｌａｊｏｌｅｔら、Ｊ Ｖｉｒｏｌ、７２（７）：６１７５－８０（１９９８）に記載されているように、転写物からの発現を増強し得る修飾および／または短縮されたＷＰＲＥ配列である。いくつかの実施形態では、ＷＰＲＥまたは等価物を、ＲＮＡの３’ＵＴＲに付加してもよい。いくつかの実施形態では、このエレメントは、急速にまたはゆっくりと崩壊する転写物に富む他のＲＮＡ配列モチーフから選択され得る。
[0668]本開示の実施形態はまた、本明細書に記載のベクター系で患者を治療するステップも包含する。いくつかの実施形態では、この方法は、本明細書に記載のベクター系を患者に投与するステップを含んでもよい。この方法は、単一の治療法として、または当該技術分野で利用可能な他の治療法と組み合わせて使用してもよい。いくつかの実施形態では、患者は、疾患関連遺伝子に変異（例えば、挿入、欠失、置換、染色体転座など）を有し得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、患者における疾患関連遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換を含む変異をもたらし得る。特定の実施形態は、疾患関連遺伝子における患者の変異を修復する方法を含んでもよい。いくつかの実施形態では、変異は、疾患関連遺伝子から発現されるタンパク質において１つまたは複数のアミノ酸変化をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、疾患関連遺伝子から発現されるＲＮＡに１つまたは複数のヌクレオチド変化をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、疾患関連遺伝子の発現レベルを変化させ得る。いくつかの実施形態では、変異は、遺伝子の発現の増加または減少をもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異は、患者において遺伝子ノックダウンをもたらし得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、疾患関連遺伝子における患者の変異の修正をもたらし得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、患者において遺伝子ノックアウトをもたらし得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、疾患関連遺伝子のエクソン配列、イントロン配列、転写制御配列、翻訳制御配列、または非コード配列の置き換えをもたらし得る。
[0669]いくつかの実施形態では、ベクター系の投与により、テンプレートの外因性配列が患者のゲノムＤＮＡに組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、外因性配列は、外因性プロモーター配列に作動可能に連結されたタンパク質またはＲＮＡコード配列を含んでもよく、これにより、外因性配列が患者のゲノムＤＮＡに組み込まれると、患者は、組み込まれた配列によってコードされるタンパク質またはＲＮＡを発現し得る。外因性配列は、補足的または置き換えタンパク質コード配列または非コード配列を提供し得る。例えば、ベクター系の投与は、患者における疾患関連遺伝子の変異部分の置き換えをもたらし得る。いくつかの実施形態では、変異部分は、疾患関連遺伝子のエクソンを含んでもよい。他の実施形態において、外因性配列の組み込みは、患者のゲノムＤＮＡ上に存在する内因性プロモーター配列からの組み込み配列の発現をもたらし得る。例えば、ベクター系の投与は、疾患関連遺伝子の機能的遺伝子産物の供給をもたらし、患者の変異を修正し得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、タンパク質またはタンパク質の一部をコードするｃＤＮＡ配列の組み込みをもたらし得る。さらに他の実施形態では、ベクター系の投与は、患者のゲノムＤＮＡへのエクソン配列、イントロン配列、転写制御配列、翻訳制御配列、または非コード配列の組み込みをもたらし得る。いくつかの実施形態において、ベクター系の投与は、患者における遺伝子ノックインをもたらし得る。
投与
[0670]本明細書では、細胞内の標的核酸を編集するための方法および組成物が提供される。本明細書においてさらに提供されるのは、対象の細胞における標的遺伝子の機能および活性を改変するための薬学的組成物および方法である。本明細書に記載のゲノム編集組成物は、その組成物を必要とする対象に対して、治療有効量で投与して、高循環コレステロールレベルおよび／または冠動脈疾患に関連する状態、例えば、高コレステロール血症、総コレステロール値の上昇、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）レベルの上昇、ＬＤＬコレステロールレベルの上昇、高密度リポタンパク質レベルの低下、脂肪肝、冠状動脈性心疾患、虚血、脳卒中、末梢血管疾患、血栓症、２型糖尿病、高血圧、アテローム性動脈硬化症、肥満、アルツハイマー病、神経変性、およびそれらの組合せを治療し得、非経口、静脈内、皮内、筋肉内、結腸内、直腸内または腹腔内を含む様々な方法で対象に投与され得る。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、対象の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって、薬学的に許容される塩と同時投与され得る。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、肝臓組織などの特定の組織に直接注射され得る。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、非経口、静脈内、筋肉内、または経口で投与され得る。経口製剤は、胃での溶解を防止または低減するために、さらにコーティングまたは処理され得る。本開示の組成物は、当該技術分野で公知の任意の適切な方法を使用して対象に投与され得る。本開示で使用するのに適した製剤および送達方法は、一般に当該技術分野で周知である。例えば、本開示の組成物は、薬学的に許容される希釈剤、担体、または賦形剤を含む薬学的組成物として製剤化され得る。この組成物は、ほぼ生理学的な条件に必要な薬学的に許容される補助物質、例としては、ｐＨ調整剤および緩衝剤、等張化剤、湿潤剤など、例えば酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどを含んでもよい。
[0671]本明細書に記載の薬学的製剤は、経口、非経口（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄内注射、髄腔内、直接脳室内、腹腔内、リンパ内、鼻腔内注射）、鼻腔内、頬側、局所または経皮投与経路を含むがこれらに限定されない複数の投与経路による様々な方法で対象に投与可能であり得る。本明細書に記載の薬学的製剤としては、限定するものではないが、水性液体分散物、自己乳化分散物、固溶体、リポソーム分散物、エアゾール、固体剤形、粉末、即時放出製剤、制御放出製剤、急速溶解製剤、錠剤、カプセル、丸薬、遅延放出製剤、持続放出製剤、パルス放出製剤、多粒子製剤、ならびに混合即時放出および制御放出の製剤が挙げられる。
[0672]いくつかの実施形態では、薬学的製剤は錠剤の形態である。他の実施形態では、本明細書に記載の組成物または阻害剤を含有する薬学的製剤は、カプセルの形態である。一態様では、経口投与のための液体製剤剤形は、水性経口分散液、エマルジョン、溶液、エリキシル、ゲル、およびシロップを含むがこれらに限定されない群から選択される水性懸濁液または溶液の形態である。
[0673]吸入による投与のために、本明細書に記載の組成物または阻害剤は、エアロゾル、ミストまたは粉末として使用するために製剤化され得る。口腔または舌下投与の場合、組成物は、従来の方法で製剤化された錠剤、ロゼンジ、またはゲルの形態を取り得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または阻害剤は、経皮剤形として調製され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または阻害剤は、筋肉内、皮下、または静脈内注射に適した薬学的組成物に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または阻害剤は、局所投与されてもよく、溶液、懸濁液、ローション、ゲル、ペースト、薬用スティック、バーム、クリームまたは軟膏などの様々な局所投与可能な組成物に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または阻害剤は、浣腸、直腸ゲル、直腸泡状物、直腸エアロゾル、坐剤、ゼリー坐剤、または保持浣腸などの直腸用組成物に製剤化され得る。
投与量
[0674]投与のための適切な投与量または有効量は、当業者によって認識されるように、治療される特定の状態、状態の重症度、年齢、身体状態、サイズ、性別および体重を含む個々の対象パラメーター、治療の期間、同時治療の性質（ある場合）、特定の投与経路、ならびに医療従事者の知識および専門知識の範囲内の同様の要因に応じて変化する。投与量の決定に関与する要因は、通常の試験以外に追加の実験を行うことなく、当業者に公知である。個々の成分またはそれらの組合せの最大用量、すなわち妥当な医学的判断による最高安全用量を使用することが一般に好ましい。半減期などの経験的な考慮事項は、一般的に投与量の決定に貢献する。例えば、ヒト化抗体または完全ヒト抗体由来の領域を含むポリペプチドなどのヒト免疫系と適合する治療剤を使用して、ポリペプチドの半減期を延長し、ポリペプチドが宿主の免疫系によって攻撃されるのを防ぐことができる。
[0675]投与の頻度は、治療の過程で決定および調整してもよく、必ずしもそうではないが、一般に、疾患の治療および／または抑制および／または改善および／または遅延に基づく。あるいは、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの徐放製剤が適切であり得る。持続放出を達成するための様々な製剤およびデバイスが、当該技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、投薬量は、毎日、隔日、３日ごと、４日ごと、５日ごと、もしくは６日ごとである。いくつかの実施形態では、投薬頻度は、毎週、２週間ごと、４週間ごと、５週間ごと、６週間ごと、７週間ごと、８週間ごと、９週間ごと、もしくは１０週間ごとであり；または毎月１回、２ヶ月ごと、３ヶ月ごと、またはそれ以上である。この治療の進行状況は、従来の技術およびアッセイによって簡単に監視される。
[0676]投薬レジメンは、経時的に変化し得る。いくつかの実施形態では、正常体重の成人対象について、約０．０１～１０００ｍｇ／ｋｇの範囲の用量を投与してもよい。いくつかの実施形態では、用量は１～２００ｍｇである。いくつかの実施形態では、用量は、約０．０１～０．０５ｍｇ／ｋｇの間、約０．０１～０．１ｍｇ／ｋｇの間、約０．０１～１ｍｇ／ｋｇの間、約０．０１～１０ｍｇ／ｋｇの間、約０．０１～１００ｍｇ／ｋｇの間、０．０１～５００ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～１ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～５ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～１０ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～１００ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～５００ｍｇ／ｋｇの間、約０．１～１０００ｍｇ／ｋｇの間、約１～５ｍｇ／ｋｇの間、約１～１０ｍｇ／ｋｇの間、約１～１００ｍｇ／ｋｇの間、約１～５００ｍｇ／ｋｇの間、約１～１０００ｍｇ／ｋｇの間、約１０～１００ｍｇ／ｋｇの間、約１０～５００ｍｇ／ｋｇの間、約１０～１０００ｍｇ／ｋｇの間、または約１００～１０００ｍｇ／ｋｇの間という範囲であってもよい。特定の投薬レジメン、すなわち用量、タイミングおよび反復は、特定の対象およびその対象の病歴、ならびにポリペプチドまたはポリヌクレオチドの特性（ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの半減期、および当該技術分野で周知の他の考慮事項など）に依存する。
[0677]当業者には明らかであるように、本明細書に記載の治療剤の適切な投薬量は、使用される特定の薬剤（またはその組成物）、製剤および投与経路、疾患の種類および重篤度、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドが予防または治療目的で投与されるかどうか、以前の治療、対象の病歴およびアンタゴニストに対する応答、ならびに主治医の裁量に依存する。典型的には、臨床医は、所望の結果を達成する用量に達するまでポリペプチドを投与する。
[0678]１つまたは複数の治療用組成物、例えばポリペプチド、ポリヌクレオチド、またはＲＮＰの投与は、例えば、レシピエントの生理的状態、投与の目的が治療的か予防的か、および当業者に公知の他の要因に応じて、連続的であっても、または断続的であってもよい。ポリペプチドの投与は、予め選択された期間にわたって本質的に連続的であってもよいし、例えば、疾患の発症前、発症中、または発症後のいずれかに一連の間隔をあけた投与であってもよい。
生物学的サンプル
[0679]サンプル、例えば生物学的サンプルは、対象から採取され得る。生物学的サンプルは、複数の生物学的サンプルを含んでもよい。複数の生物学的サンプルは、２つ以上の生物学的サンプル；例えば、約２～１０００、２～５００、２～２５０、２～１００、２～７５、２～５０、２～２５、２～１０、１０～１０００、１０～５００、１０～２５０、１０～１００、１０～７５、１０～５０、１０～２５、２５～１０００、２５～５００、２５～２５０、２５～１００、２５～７５、２５～５０、５０～１０００、５０～５００、５０～２５０、５０～１００、５０～７５、６０～７０、１００～１０００、１００～５００、１００～２５０、２５０～１０００、２５０～５００、５００～１０００、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、またはそれ以上のサンプルを含んでもよい。この生物学的サンプルは、複数の対象から得られてもよく、複数のセットの複数のサンプルが得られる。この生物学的サンプルは、約２～約１０００以上の対象；例えば、約２～１０００、２～５００、２～２５０、２～１００、２～５０、２～２５、２～２０、２～１０、１０～１０００、１０～５００、１０～２５０、１０～１００、１０～５０、１０～２５、１０～２０、１５～２０、２５～１０００、２５～５００、２５～２５０、２５～１００、２５～５０、５０～１０００、５０～５００、５０～２５０、５０～１００、１００～１０００、１００～５００、１００～２５０、２５０～１０００、２５０～５００、５００～１０００、または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、６８、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、または１０００以上の対象から得てもよい。
[0680]生物学的サンプルは、ヒト対象から得てもよい。生物学的サンプルは、異なる年齢のヒト対象から取得できる。ヒト対象とは、出生前（例えば、胎児）、子供（例えば、新生児、乳児、幼児、思春期前）、思春期、青春期、または成人（例えば、早期成人、中年、高齢者）であり得る。ヒト対象は、約０ヶ月～約１２０歳以上であり得る。ヒト対象は、約０～約１２ヶ月齢；例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月齢であってもよい。ヒト対象は約０歳から１２歳の間；例えば、約０～３０日齢；約１ヶ月～１２ヶ月齢；約１歳～３歳齢；約４歳～５歳齢；約４歳～１２歳齢；約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２歳齢であってもよい。ヒト対象は、約１３歳～１９歳齢；例えば、約１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９歳齢であってもよい。ヒト対象は、約２０歳～約３９歳齢；例えば、約２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、または３９歳齢であってもよい。ヒト対象は、約４０歳～約５９歳齢；例えば、約４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、または５９歳齢であってもよい。ヒト対象は５９歳以上；例えば、約６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９，９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、または１２０歳齢であってもよい。ヒト対象は、生きている対象または死亡した対象を含んでもよい。ヒト対象としては、男性対象および／または女性対象を含んでもよい。
[0681]生物学的サンプルは、例えば細胞、組織、体液もしくは分泌物、またはそれらに由来する遺伝子発現産物（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡなどの核酸；タンパク質またはタンパク質フラグメントなどのポリペプチド）由来の遺伝子の発現レベルの決定を可能にする任意の適切な供給源から得てもよい。生物学的サンプルの性質は、対象の性質に依存し得る。生物学的サンプルが、単細胞生物または未分化組織を有する多細胞生物である対象由来のサンプルである場合、この生物学的サンプルは、細胞培養のサンプル、生物の切除物、または生物全体などの細胞を含んでもよい。生物学的サンプルが多細胞生物に由来する場合、生物学的サンプルは、組織サンプル、体液サンプル、または分泌物であり得る。
[0682]生物学的サンプルは、異なる組織から取得できる。組織という用語は、共通の発生起源であり、類似または同一の機能を有する細胞の集合体を含むことを意味する。組織という用語はまた、異なる起源を有し得る細胞の機能的分類および組織化であり得る、臓器を包含することを意味する。生物学的サンプルは、任意の組織から得ることができる。
[0683]生物学的サンプルは、１つまたは複数のヒトまたは非ヒト動物由来の異なる組織サンプルから得てもよい。適切な組織としては、結合組織、筋肉組織、神経組織、上皮組織、またはそれらの一部もしくは組合せが含まれ得る。適切な組織としてはまた、肺、心臓、血管（例えば、動脈、静脈、毛細血管）、唾液腺、食道、胃、肝臓、胆嚢、膵臓、結腸、直腸、肛門、視床下部、下垂体、松果体、甲状腺、副甲状腺、副腎、腎臓、尿管、膀胱、尿道、リンパ節、扁桃腺、アデノイド、胸腺、脾臓、皮膚、筋肉、脳、脊髄、神経、卵巣、卵管、子宮、膣組織、乳腺、精巣、輸精管、精嚢、前立腺、陰茎組織、咽頭、喉頭、気管、気管支、横隔膜、骨髄、毛包の全部もしくは一部、またはそれらの組合せを含んでもよい。ヒトまたはヒト以外の動物由来の生物学的サンプルとしてはまた、体液、分泌物、または排泄物を含んでもよい；例えば、生物学的サンプルは、房水、硝子体液、胆汁、血液、血清、母乳、脳脊髄液、内リンパ、外リンパ、女性の膣液、羊水、胃液、月経、粘液、腹水、胸水、唾液、皮脂、精液、汗、涙、膣分泌物、嘔吐物、尿、糞のサンプル、またはそれらの組合せが挙げられ得る。生物学的サンプルは、健康な組織、疾患の組織、疾患の疑いのある組織、またはそれらの組合せに由来する場合がある。
[0684]いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、流体サンプル、例えば、血液、血清、痰、尿、精液、または他の生物学的流体のサンプルである。特定の実施形態では、サンプルは血液サンプルである。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、組織における疾患の有無を決定するために採取された組織サンプルなどの組織サンプルである。特定の実施形態では、サンプルは甲状腺組織のサンプルである。
[0685]生物学的サンプルは、疾患進行の異なる段階または異なる状態にある対象から得てもよい。疾患の進行の異なる段階または異なる状態としては、健康、一次症状の発症時、二次症状の発症時、三次症状の発症時、一次症状の経過中、二次症状の経過中、三次症状の経過中、一次症状終了後、二次症状終了後、三次症状終了後、一次症状終了後、二次症状終了後、三次症状終了後、またはそれらの組合せが挙げられる。疾患の進行の異なる段階とは、疾患と診断された後、または疾患の疑いがある期間の一定期間であり；例えば、少なくとも約、または少なくとも、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４時間；１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７または２８日；１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０週間；１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月；１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０年後に疾患と診断されるか、または疾患を有すると疑われる。疾患の進行の異なる段階または異なる状態としては、行動または状態の前、最中、または後が挙げられ得る；例えば、薬物による治療、手術による治療、手順による治療、標準治療手順の実施、休息、睡眠、食事、絶食、ウォーキング、ランニング、認知課題の遂行、性行為、思考、ジャンプ、排尿、リラックスする、動けなくなる、感情的にトラウマを負う、ショックを受けるなど。
[0686]本開示の方法は、対象または対象のセット由来の生物学的サンプルの分析を提供する。対象は、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、イヌ、ネコ、ブタ、魚などを含むがこれらに限定されない任意の動物（例えば、哺乳動物）であり得る。本方法および組成物は、本明細書に記載されるように、ヒト由来の生物学的サンプルに適用し得る。
[0687]生物学的サンプルは、本明細書で提供される生検法、綿棒採取、掻き取り、瀉血、または任意の他の適切な方法などの当該技術分野で公知の方法によって得ることができる。生物学的サンプルは、本開示のキットの構成要素を使用して取得、保存、または輸送され得る。場合によっては、本開示の方法による分析、特徴付け、または診断のために、複数の甲状腺サンプルなどの複数の生物学的サンプルを得ることができる。場合によっては、本開示の方法による診断または特徴付けのために、１つの組織タイプ（例えば、甲状腺）由来の１つまたは複数のサンプルおよび別の組織タイプ（例えば、口腔）由来の１つまたは複数のサンプルなどの複数の生物学的サンプルを得てもよい。場合によっては、１つの組織タイプ（例えば、甲状腺）由来の１つまたは複数のサンプルと、別の組織（例えば、口腔）由来の１つまたは複数のサンプルなど、複数のサンプルは、同時にまたは異なる時間に取得してもよい。場合によっては、異なる時点で取得されたサンプルが、異なる方法で保存および／または分析される。例えば、細胞学的分析によって（例えば、通常の染色を使用して）サンプルを入手し、分析してもよい。場合によっては、細胞学的分析の結果に基づいて、対象からさらなるサンプルを得ることができる。疾患または状態、例えば、冠動脈疾患の診断には、医師、看護師、または他の医療専門家による対象の検査が含まれる場合がある。検査は、通常の検査の一部である場合もあれば、次のいずれかを含むがこれらに限定されない特定の苦痛に起因する検査である場合もある：疼痛、病気、病気の予測、疑わしいしこりまたは塊の存在、疾患、または状態。この対象は、疾患または状態を認識している場合と認識していない場合がある。医療専門家は、検査用の生物学的サンプルを入手できる。場合によっては、医療専門家は、生物学的サンプルの提出のために対象を検査センターまたは研究所に紹介し得る。本明細書で提供される取得方法としては、細針吸引、コア針生検、真空補助生検、切開生検、切除生検、パンチ生検、剃毛生検または皮膚生検を含む生検の方法が挙げられる。場合によっては、本明細書で提供される方法および組成物は、ＦＮＡによって得られた生物学的サンプルからのデータのみに適用される。場合によっては、本明細書で提供される方法および組成物は、ＦＮＡまたは外科的生検によって得られた生物学的サンプルからのデータのみに適用される。場合によっては、本明細書で提供される方法および組成物は、外科的生検によって得られた生物学的サンプル由来のデータのみに適用される。生物学的サンプルは、非侵襲的な方法で取得できる。このような方法としては、限定するものではないが、皮膚または子宮頸部の擦過、頬の拭き取り、唾液の採取、尿の採取、糞の採取、月経、涙、または精液の採取が挙げられる。生物学的サンプルは、生検、肺胞または肺洗浄、針吸引、または瀉血を含むがこれらに限定されない手順などの侵襲的手順によって得ることができる。生検の方法としてはさらに、切開生検、切除生検、パンチ生検、剃毛生検、または皮膚生検が挙げられる。針吸引の方法は、細針吸引、コア針生検、真空支援生検、または大きなコア生検をさらに含んでもよい。十分な量の生物学的材料を確保するために、本明細書の方法によって複数の生物学的サンプルを得てもよい。生物学的サンプルを得るための一般的な方法も当該技術分野で知られており、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＲａｍｚｙ、Ｉｂｒａｈｉｍ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｓｐｉｒａｔｉｏｎ Ｂｉｏｐｓｙ２００１にさらに記載されている。生物学的サンプルは、甲状腺結節または疑わしい甲状腺腫瘍の細針吸引物であってもよい。細針吸引サンプリング手順は、超音波、Ｘ線、またはその他の画像装置を使用して手引きされ得る。
[0688]場合によっては、さらなる診断のために、腫瘍専門医、外科医、または内分泌専門医などの専門家に対象を紹介してもよい。専門家は、同様に、検査のために生物学的サンプルを取得するか、または生物学的サンプルの提出のために個人を検査センターまたは研究所に紹介し得る。いずれにせよ、生物学的サンプルは、医師、看護師、または他の医療専門家、例えば、医療技術者、内分泌専門医、細胞専門医、採血専門医、放射線専門医、または呼吸器専門医によって入手され得る。医療専門家は、サンプルに対して実施する適切な試験もしくはアッセイを示し得、または本開示の分子プロファイリング事業は、どのアッセイまたは試験が最も適切に示されるかについて相談し得る。分子プロファイリングビジネスは、コンサルティング業務、サンプルの取得および／または保存、材料、または提供される全ての製品およびサービスに対して、個人またはその医療もしくは保険提供者に請求できる。
[0689]医療専門家は、初期診断またはサンプルの取得に関与する必要はない。あるいは、市販のキットを使用してサンプルを入手してもよい。キットは、本明細書に記載の前記サンプルを得る手段、検査のためにサンプルを保存する手段、およびキットの適切な使用のための説明書を含んでもよい。場合によっては、分子プロファイリングサービスがキットの購入価格に含まれる。それ以外の場合、分子プロファイリングサービスは別途請求される。
[0690]分子プロファイリング事業による使用に適した生物学的サンプルは、試験される個体の組織、細胞、核酸、遺伝子、遺伝子フラグメント、発現産物、遺伝子発現産物、および／または遺伝子発現産物フラグメントを含む任意の材料であり得る。サンプルの適合性および／または妥当性を決定する方法が提供される。生物学的サンプルとしては、限定するものではないが、組織、細胞、および／または個体の細胞または個体の細胞に由来する生物学的材料が挙げられ得る。サンプルは、細胞または組織の不均一集団であっても、または均一集団であってもよい。生物学的サンプルは、本明細書に記載の分析方法に適したサンプルを提供できる当該技術分野で公知の任意の方法を使用して得ることができる。
[0691]生物学的サンプルの取得は、キットの使用によって支援され得る。生物学的サンプルを入手、保管、および／または輸送するための材料を含むキットが提供され得る。キットは、例えば、生物学的サンプルの収集のための、例えば、材料および／または器具（例えば、滅菌スワブ、滅菌綿、消毒剤、針、注射器、メス、麻酔スワブ、ナイフ、キュレットブレード、液体窒素など）を含んでもよい。キットは、例えば、生物学的サンプルの保存および／または保存のための材料および／または器具（例えば、容器；氷、アイスパック、コールドパック、ドライアイス、液体窒素などの温度制御のための材料；化学保存剤、または緩衝液、例えば、ホルムアルデヒド、ホルマリン、パラホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、アルコール、例えば、エタノールまたはメタノール、アセトン、酢酸、ＨＯＰＥ固定液（ヘペス－グルタミン酸緩衝液媒介有機溶媒保護効果）、ヘパリン、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、ＴＡＰＳ、ビシン、トリス、トリシン、ＴＡＰＳＯ、ＨＥＰＥＳ、ＴＥＳ、ＭＯＰＳ、ＰＩＰＥＳ、カコジル酸、ＳＳＣ、ＭＥＳ、リン酸緩衝液；プロテアーゼ阻害剤、例えば、アプロチニン、ベスタチン、カルパイン阻害剤ＩおよびＩＩ、キモスタチン、Ｅ－６４、ロイペプチン、アルファ－２－マクログロブリン、ペファブロックＳＣ、ペプスタチン、フッ化フェニルメタンスルホニル、トリプシン阻害剤；ＤＮＡｓｅ阻害剤、例えば、２－メルカプトエタノール、２－ニトロ－５－チシアノ安息香酸、カルシウム、ＥＧＴＡ、ＥＤＴＡ、ドデシル硫酸ナトリウム、ヨードアセテートなど；ＲＮＡｓｅ阻害剤、例えば、リボヌクレアーゼ阻害タンパク質；二重蒸留水；ＤＥＰＣ（ジエチルプロカーボネート）処理水など）を含んでもよい。キットには使用説明書が含まれている場合がある。キットは、輸送に適した容器として提供されてもよく、またはそれを含んでもよい。輸送用コンテナは、断熱コンテナであってもよい。輸送用コンテナは、回収業者（例えば、研究所、医療センター、遺伝子検査会社など）に対して自己宛てであってもよい。キットは、家庭用または医療専門家による使用のために対象に提供され得る。あるいは、キットは、医療専門家に直接提供され得る。
[0692]１つまたは複数の生物学的サンプルを、所与の対象から得てもよい。場合によっては、約１～約５０の生物学的サンプルが所与の対象から得られる。例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～７、１～５、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～１５、５～１０、１０～５０、１０～４０、１０～２５、１０～２０、２５～５０、２５～４０、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０，１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０個の生物学的サンプルを、所与の対象から取得できる。所与の対象由来の複数の生物学的サンプルは、同じ供給源（例えば、同じ組織）、例えば、複数の血液サンプル、または複数の組織サンプル、または複数の供給源（例えば、複数の組織）から得てもよい。所与の対象由来の複数の生物学的サンプルは、同時にまたは異なる時間に取得してもよい。所与の対象由来の複数の生物学的サンプルは、同じ条件または異なる条件で取得してもよい。所与の対象由来の複数の生物学的サンプルは、対象の同じ疾患進行または異なる疾患進行で得てもよい。複数の生物学的サンプルが特定の対象由来の同じ供給源（例えば、同じ組織）から収集された場合、サンプルは単一のサンプルに組み合わせることができる。この方法でサンプルを組み合わせると、試験および／または分析に十分な材料が確実に入手され得る。
[0693]さらに、本明細書に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子も、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含む。
[0694]さらに、本明細書に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子を含む細胞も、本明細書に記載される。
[0695]さらに、本明細書に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子から翻訳されたポリペプチドを含む細胞も、本明細書に記載される。
[0696]さらに、以下：
ａ．本明細書に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを、ＲＮＡポリメラーゼを含む混合物に導入するステップ、および
ｂ．ＲＮＡ分子の転写を可能にするのに十分な時間、混合物をインキュベートするステップ
を含む、ＲＮＡ分子を合成する方法も、本明細書に記載される。
[0697]さらに、本明細書に記載のＲＮＡ分子または本明細書に記載の薬学的組成物を細胞に導入するステップを含む、遺伝子編集の方法であって、ＲＮＡ分子が、ガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含み、ＲＮＡ分子は、細胞内において翻訳される、方法も、本明細書に記載される。
[0698]以下の実施例は、本開示をよりよく説明するために提供されるものであり、本開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。特定の材料が言及されている範囲において、それは単に例示を目的としており、開示を限定することを意図していない。当業者は、発明能力を行使することなく、また本開示の範囲から逸脱することなく、同等の手段または反応物を開発し得る。
キャップ構造の合成
実施例１
トリヌクレオチドキャップ１００７ａ、１０３２ａ、１０３７ａ、１１０７ａ、１１１２ａ、１１３７ａ、１１４１ａ、３１０２ａ、３１０７ａ、３２０７ａ、３２１２ａ、１００７ｃ、１１１２ｃ、３１０２ｃ、３１０７ｃ、３２０７ｃ、および３２１２ｃの調製
[0699]ジヌクレオチド５’－ホスフェート７は、以下の標準的固相オリゴヌクレオチド合成および脱保護プロトコルによって固体支持体１およびホスホラミダイト３から調製される（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， １９９３， ２０， ８１～１１４； ＡＣＳ Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． ２０１５， １０， １１８１～１１８７における方法、なお、これらは、参照により本明細書に組み入れられる）。ホスホラミダイト２は、商業的供給元から購入され、および／またはカスタム合成される。支持体に結合した完全に保護されたジヌクレオチド３の脱トリチル化は、支持体上に５’－脱保護されたジヌクレオチド中間体をもたらす。このようにして得られた中間体は、報告された手順に従って５’－リン酸化剤４と反応させる（欧州特許出願公開第８１６３６８（Ａ１）号、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ／ｓｏｌｉｄ－ｃｈｅｍｉｃａｌ－ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ－ｒｅａｇｅｎｔ－ｉｉ．ｈｔｍｌ， Ｔｈｅ Ｇｌｅｎ Ｒｅｐｏｒｔ， ２０１１， ２３， １０－１１）。カップリングおよび酸化の後、５’－リン酸化ジヌクレオチドは、塩基で処理され、その後にＨＰＬＣ精製によって、完全に脱保護されたジヌクレオチド５’－ホスフェート５が得られる（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ／ｓｏｌｉｄ－ｃｈｅｍｉｃａｌ－ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ－ｒｅａｇｅｎｔ－ｉｉ．ｈｔｍｌ）。
[0700]化合物１２は、報告された手順に従って、グアノシンあるいは２’および／または３’糖－修飾グアノシンから調製される（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１６， ４４， ９５７８； ＲＮＡ， ２００１， ７， １４８６；国際公開第２０１７／０５３２９７（Ａ１）号）。化合物１２は、文献に記載されるようにジヌクレオチド５’－一リン酸５とカップリングされ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１６， ４４， ９５７８、国際公開第２０１７／０５３２９７（Ａ１）号）、所望の化合物１００７ａ、１０３２ａ、１０３７ａ、１１０７ａ、１１１２ａ、１１３７ａ、１１４１ａ、３１０２ａ、３１０７ａ、３２０７ａ、３２１２ａ、１００７ｃ、１１１２ｃ、３１０２ｃ、３１０７ｃ、３２０７ｃ、および３２１２ｃをもたらす。
[0701]概して実施例１に記載されるように、化合物１００７ａおよび１１０７ａ（図１）を合成した。約１グラムの最終量の化合物１００７ａを生成し；この材料を質量分析法およびＨＰＬＣによってキャラクタリゼーションしたところ、１１６１ダルトンの実測質量および９８．４％の純度を有していた。さらに、約２５０ミリグラムの最終量の化合物１１０７ａを生成し；この材料を質量分析法およびＨＰＬＣによってキャラクタリゼーションしたところ、１１６１ダルトンの実測質量および９７．５％の純度を有していた。これらの化合物を、実施例５に記載されるように、ｍＲＮＡイニシエーターとして使用した。
実施例２
[0702]トリヌクレオチドキャップ１００２ｅおよび１００７ｅの調製
Figure 2023540562000210
[0703]化合物１３は、イノシンあるいは２’および／または３’糖－修飾イノシンから調製される（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１６， ４４， ９５７８； ＲＮＡ， ２００１， ７， １４８６；国際公開第２０１７／０５３２９７（Ａ１）号）。次いで、化合物１３は、ジヌクレオチド５’－一リン酸５とカップリングされ、上記の実施例１に記載されるように、化合物１００２ｅおよび１００７ｅをもたらす。
実施例３
トリヌクレオチドキャップ１００２ｉおよび１００７ｉの調製
Figure 2023540562000211
[0704]化合物１４は、ネブラリンあるいは２’および／または３’糖－修飾ネブラリンから調製される。次いで、化合物１３は、ジヌクレオチド５’－一リン酸５とカップリングされ、上記の実施例１に記載されるように、化合物１００２ｉおよび１００７ｉをもたらす。
実施例４
テトラヌクレオチドキャップ５２０３、５２０４、５２０７、５２０８、５２０９、５２１０、および５２１１の調製
[0705]トリヌクレオチド５’－一リン酸７は、ジヌクレオチド５’－一リン酸の合成のための、実施例１に記載の以下の同様の手順によって、固体支持体１から調製される。５’－ホスホリル化剤４との反応の前に、追加のホスホラミダイトが、標準的固相オリゴヌクレオチド条件下において、完全保護された固体支持体に結合したジヌクレオチドの５’－末端にカップリングされる。このようにして得られた化合物７は、次いで、化合物１２と反応して、化合物５２０３、５２０４、５２０７、５２０８、５２０９、５２１０、および５２１１をもたらす。
実施例５
テトラヌクレオチドキャップ５２０１および５２０５の調製
Figure 2023540562000213
[0706]所望の化合物５２０１および５２０５は、実施例１～４に記載の化合物７および化合物１３から調製される。
実施例６
テトラヌクレオチドキャップ５２０２および５２０６の調製
Figure 2023540562000214
所望の化合物５２０２および５２０６は、実施例１～４に記載の化合物７および化合物１４から調製される。
実施例７
[0707]５’キャップされたｍＲＮＡのワンポット調製
Ａ．ｍＲＮＡの作製
５’末端イニシエーター１００７ａ（図１Ａ）を使用して、ＡＢＥおよびルシフェラーゼタンパク質をコードするキャップされたｍＲＮＡを調製した。この実施例においてならびに本明細書に記載の全ての他の実施例に対して、ＡＢＥ ｍＲＮＡ配列は、ＭＡ００４（配列番号０００１）であり、ルシフェラーゼｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＸＭ＿０３１４７３１９７．１に記載のフォティヌス・ピラリス（Ｐｈｏｔｉｎｕｓ ｐｙｒａｌｉｓ）（ホタル）ルシフェラーゼ配列であった。これらのｍＲＮＡは、当技術分野において周知の様々な方法によって作製することができる。本明細書で使用されるそのような方法の１つは、Ｔ７ポリメラーゼ；または他の実施形態では、追加のＲＮＡポリメラーゼバリアントを使用するインビトロ転写（ＩＶＴ）であった。ｍＲＮＡを作製するためのこのＩＶＴ反応は、Ｔ７ ポリメラーゼプロモーターおよび関連する調節配列、ｍＲＮＡコード配列（ＣＤＳ）、３’および５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、ポリＡテール、ならびにｍＲＮＡの安定性およびインビボ性能を促進および調整するための追加の配列エレメントを含む線形化されたＤＮＡテンプレートを使用した。ＩＶＴ前は、ＤＮＡテンプレートは、プラスミドの形態であったが；他の実施形態では、ＤＮＡテンプレートは、ＰＣＲ産物、合成ＤＮＡ産物、または任意の他の二本鎖ＤＮＡ構築物の形態である。ランオフ転写を促進するために、制限消化酵素によるＤＮＡテンプレートの線形化を実施した。典型的なＩＶＴ反応には、Ｔ７ポリメラーゼ、ＤＮＡテンプレート、ＲＮａｓｅ阻害剤、キャップ類似体、無機ピロホスファターゼ、ならびに天然に存在するリボヌクレオチド（ｒＮＴＰ）、例えば、ＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、およびＮ１－メチルシュードウリジン三リン酸などが含まれ；いくつかの実施形態では、ＮＴＰは、ＵＴＰまたは修飾ＮＴＰ、例えば、シュードウリジン、５’メチルシチジン、５－メトキシウリジン、Ｎ６－メチルアデノシン、およびＮ４－アセチルシチジンなどを含む。１００７ａ５’末端イニシエーターを、ＡＴＰ、ＧＴＰ、ＣＴＰ、およびＮ１－メチルシュードウリジン三リン酸と共に、１：１のイニシエーター対ＮＴＰモル比および実施例５（Ｂ）に記載の追加の比率においてＩＶＴ反応に加えた。ポリＡテールは、転写の際にｍＲＮＡに加えられたＤＮＡテンプレートにおいてコードされ；いくつかの場合では、ポリＡテールは、ＲＮＡリガーゼ酵素を使用したＩＶＴ反応の後にｍＲＮＡに加えられる。最後に、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼをこの混合物に加え、ＩＶＴ反応を３７℃で約１～４時間実施した。ＩＶＴの後、ＤＮＡテンプレートを除去するために、ＤＮａｓｅを転写混合物に加え；いくつかの場合では、残留するＤＮＡが、クロマトグラフィーによって除去される。残留する反応生成物および不純物を除去するために、このｍＲＮＡを精製し、１ｍＭのクエン酸緩衝液において貯蔵した。生産収率およびｍＲＮＡ全長純度のキャラクタリゼーションを、当技術分野で既知のＵＶ分光分析およびキャピラリーゲル電気泳動法によって実施した。５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡをコードするＡＢＥの最終生産収率は、ＩＶＴ反応物１ｍｌあたり約３．３ｍｇであり（図２）、ならびに、ｍＲＮＡは、約８８％の全長純度を有した（図３）。比較として、当技術分野で既知の市販のキャッピング化合物である５’末端領域モチーフ１００２ａを有するｍＲＮＡをコードするＡＢＥの生産収率は、ＩＶＴ反応物１ｍｌあたり約３．８ｍｇであり（図２）、ｍＲＮＡは、約８６％の全長純度を有した（図３）。同様のＩＶＴおよび精製プロセスを使用して、ＳｐＣａｓ９、Ｃａｓ１２ｂ、ＣＢＥ、および他のＡＢＥをコードするｍＲＮＡを作製し；全ての場合において、ＤＮＡテンプレート、反応条件、および精製パラメーターを、目的の特定の遺伝子に対して最適化した。
[0708]同様に、５’末端領域１１０７ａ（図１Ｂ）を有するｍＲＮＡをコードするＡＢＥを作製し、上記のパラグラフに記載のようにキャラクタリゼーションした。５’末端領域１１０７ａを有するｍＲＮＡの最終生産収率は、ＩＶＴ反応物１ｍｌあたり約３．３ｍｇであり（図２）、約８６％の全長純度を有した（図３）。
[0709]同様に、三リン酸架橋、ホスホジエステル結合、リボース環官能基、およびテトラヌクレオチド塩基に対する追加の修飾ならびに他の修飾を含む、例示的トリヌクレオチド５’末端イニシエーター１００７ｅ、１００７ｉ、１００２ｅ、１００２ｉ、１０３２ａ、１０３７ａ、１１１２ａ、１１３７ａ、１１４１ａ、３１０２ａ、３１０７ａ、３２０７ａ、３２１２ａ、１００７ｃ、１１０７ｃ，１１１２ｃ、３１０２ｃ、３１０７ｃ、３２０７ｃ、３２１２ｃ、５２１２、５２１３、および５２１４（表１に記載）を使用して、上記の５’キャップされたｍＲＮＡを作製する。
[0710]同様に、例示的テトラヌクレオチド５’末端イニシエーター５２０１、５２０２、５２０３、５２０４、５２０５、５２０６、５２０７、５２０８、５２０９、５２１０、および５２１１（表１に記載）を使用して、上記の５’キャップされたｍＲＮＡを作製する。
[0711]同様に、他の実施形態において、表１に示されるトリヌクレオチドおよびテトラヌクレオチド５’末端イニシエーターを使用することにより、上記パラグラフに記載の５’キャップされたｍＲＮＡを作製することができ、ならびに、この実施例および生成されたデータにより認められるように、これらは、この実施例の結果に基づく同様の特性を示すであろう。
[0712]Ｂ．ｍＲＮＡ ５’末端イニシエーター対ＮＴＰのモル比の調節
ＩＶＴ反応で生成されるキャップされたｍＲＮＡの量は、反応混合物中のＮＴＰに対するキャップの比率に正比例する（Ｓｔｅｐｉｎｓｋｉ， Ｊ．ら， ＲＮＡ． ２００６， ７， １４８６～１４９５）。ＩＶＴ反応における５’末端イニシエーター対ＮＴＰの比は、主にキャップされるｍＲＮＡの量に影響を及ぼすが、それは、キャップが、ｍＲＮＡの５’末端での挿入に対してＮＴＰと競合し得るからである。ジヌクレオチドキャップ構造に対する典型的なイニシエーター対ＮＴＰの比は、４：１であり、トリヌクレオチドキャップ構造に対する典型的なイニシエーター対ＮＴＰのモル比は、１：１であり、この場合、ＮＴＰは、ＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＵＴＰ、あるいは修飾ＮＴＰ、例えば、Ｎ１－メチルシュードウリジンなどのいずれかを表している。ジヌクレオチドキャップに対する４：１の比と、トリヌクレオチドキャップに対する１：１の比の両方において、結果として得られるｍＲＮＡは、少なくとも８０％は５’末端においてキャップされ、ならびに最大で２０％までがキャップされていないような転写物の混合物を有するであろうし、これは、８０％のキャッピング効率としても説明される。キャッピング効率は、キャップされたｍＲＮＡの測定量をキャップされたｍＲＮＡおよびキャップされていないｍＲＮＡの総量で割ったものである。したがって、同じ量のキャップされた５’末端を含む最終ｍＲＮＡ産物を生成するために必要なインプットキャップがより少ないため、トリヌクレオチドキャップは、ジヌクレオチドキャップより効率的なキャッピング化合物と見なすことができる。いくつかの場合では、ジヌクレオチドキャップより少ないイニシエーター対ＮＴＰ比において高い（＞９０％）キャッピング効率を生じるトリヌクレオチドキャップの能力は、ＤＮＡテンプレートに対するトリヌクレオチドキャップの高い親和性に起因し得る。いくつかの場合では、最適なキャップ対ＮＴＰ比は、キャップ構造の組成によって変わり得、キャップ構造の修飾は、キャッピング効率に影響を及ぼし得る。例えば、ホスホロチオエート骨格修飾を有するキャップ構造は、１：１のイニシエーター対ＮＴＰ比において、従来のリン酸ジエステル骨格と比較してキャッピング効率の減少を示し得るが、それは、ホスホロチオエート基が、相補的核酸のハイブリダイゼーション強度を弱め得るためである。予想外なことに、ホスホロチオエート含有化合物１００７ａによってキャップされたｍＲＮＡは、１：１から１：２．５の範囲のイニシエーター対ＮＴＰ比において９０％を超えるキャッピング効率を有しており（図４）；これは、同様の生産条件を使用して従来のリン酸ジエステル含有５’末端イニシエーター１００２ａによってキャップされたｍＲＮＡのキャッピング効率と同様であった。同様に、トリヌクレオチドイニシエーター１００７ｅ、１００７ｉ、１０３７ａ、１１１２ａ、１１４１ａ、３１０７ａ、３２１２ａ、１００７ｃ、１１１２ｃ、３１０７ｃ、３２１２ｃ、５２１４、および最初の２つの開始ヌクレオチドの間にホスホロチオエート結合を有する表１に記載の他のトリヌクレオチドキャップ構造は、前の実施例に見られた観察に基づいて、化合物１００２ａと比較して同様のキャッピング効率も有することが予想される。
[0713]キャップ構造における三リン酸架橋のホスホロチオエート修飾は、当技術分野で周知である三リン酸架橋修飾ジヌクレオチドキャップを含むｍＲＮＡのキャッピング効率および生産を減じるとは予想されない。興味深いことに、ｍＲＮＡは、キャップ化合物１１０７ａ（図２）によって作製され、それは、三リン酸架橋のホスホロチオエート修飾を含むトリヌクレオチドキャップを、１：１から１：１．６７の範囲のイニシエーター対ＮＴＰ比において、＞９０％のキャッピング効率にてｍＲＮＡに組み込むことができることを実証した（図４）。同様に、表１に記載の三リン酸架橋のホスホロチオエート修飾を有するトリヌクレオチドキャップ構造は、前の実施例に見られる観察に基づいて、５’末端イニシエーター１１０７ａと比較して同様のキャッピング効率を有すると予想される。
[0714]さらに、表１に記載のテトラヌクレオチドキャップ化合物５２０１、５２０２、５２０３、５２０４、５２０５、５２０６、５２０７、５２０８、５２０９、５２１０、５２１１、および他のキャップ構造も、トリヌクレオチドキャップおよびジヌクレオチドキャップと比較して増加したテトラヌクレオチドキャップのハイブリダイゼーション強度に起因して、１：１以下のイニシエーター対ＮＴＰ比において、＞９０％のキャッピング効率にて、ｍＲＮＡを生成し得る。
[0715]さらに、化合物１００７ａおよび１１０７ａによって作製されたｍＲＮＡに見られるように、１：１から１：５の範囲のイニシエーター対ＮＴＰ比は、生成される全長ｍＲＮＡの量を減少させず（図３）、そのため、本明細書に記載の化学的に修飾されたキャップ化合物は、広範な反応条件においてｍＲＮＡイニシエーターとして機能することができた。この実施例および生成されたデータにより認められているように、この実施例の結果に基づいて、表１に記載の残りの化合物は、同様の特性を示すであろうことが想到される。
[0716]Ｃ．ｍＲＮＡキャッピング効率の決定
存在するｍＲＮＡの総量に対するキャップされたｍＲＮＡの量、すなわち、キャッピング効率は、当技術分野で周知の多くの方法によって測定することができる。そのような方法の１つは、小さい断片へのｍＲＮＡの消化とその後のクロマトグラフ分離および検出である。いくつかの場合では、消化は、配列特異的ＲＮＡまたはＤＮＡヌクレアーゼまたは切断酵素によって実施される。キャップされたＲＮＡのクロマトグラフ分離および測定は、典型的には、ＨＰＬＣ、ＦＰＬＣ、薄層クロマトグラフィー、ゲル電気泳動法、またはキャピラリーゲル電気泳動技術によって実施される。キャップされたＲＮＡまたはキャップされていないｍＲＮＡの識別は、質量分析法によって確認される。
実施例８
[0717]キャップされたＲＮＡの安定性の測定
ｍＲＮＡからのキャップの除去、すなわち、デキャッピングは、細胞内でのｍＲＮＡの分解における一般的な開始ステップである。報告されているデキャッピングおよびｍＲＮＡ分解を測定するための方法は、キャップされたｍＲＮＡの安定性を評価するために使用される（Ｇｒｕｄｚｉｅｎ， Ｅ．ら， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２００６， ２８１， １８５７～１８６７）。デキャッピング酵素の相互作用を防ぐキャップ構造は、細胞内でのｍＲＮＡの安定性および半減期を改善し得る。例えば、５’末端領域モチーフ１０３２ａ、１０３７ａ、１１０７ａ、５２０７ａ、１１１２ａ、１１３７ａ、１１４１ａ、５２０８、３２０７ａ、３２１２ａ、１１０７ｃ、１１１２ｃ、３２０７ｃ、および３２１２ｃを有するｍＲＮＡは、ｄｃｐ２デキャッピング酵素の活性を阻害し得る三リン酸結合におけるホスホロチオエート修飾を含む。同様に、前の実施例の結果に基づいて、三リン酸結合におけるホスホロチオエート修飾を含む表１に記載の他の化合物も、ｄｃｐ２デキャッピング酵素の活性を阻害し得る。エキソヌクレアーゼ活性を阻害するキャップ修飾によって、ｍＲＮＡの安定性も改善され得る。例えば、５’末端領域モチーフ１００７ａ、１００７ｅ、１００７ｉ、１０３７ａ、１１１２ａ、１１４１ａ、３１０７ａ、３２１２ａ、１００７ｃ、１１１２ｃ、３１０７ｃ、３２１２ｃ、５２０３、５２０４、５２０５、５２０６、５２０９、５２１０、５２１１、５２１４を有するｍＲＮＡに存在するような、キャップ構造における最初の２つまたは３つの開始ヌクレオチドの間へのホスホロチオエート修飾の導入は、細胞内でのｍＲＮＡ分解の速度を低下させ得る。同様に、キャップ構造の最初の２つまたは３つの開始ヌクレオチドの間にホスホロチオエート修飾を有する表１に記載の他の化合物は、前の実施例によってわかるように、細胞内でのｍＲＮＡ分解の速度を低下させ得る。
実施例９
[0718]ＨｅＬａ細胞および可溶化物におけるキャップされたルシフェラーゼｍＲＮＡの翻訳
ＨｅＬａ細胞を、５％ＣＯ２雰囲気下において、３７℃で、１０％ＦＢＳを伴うＲＰＭＩにおいて培養する。細胞を、製造元の推奨播種条件により適切なサイズのウェルプレートに播種する。一晩のインキュベーション後に、細胞を、単層形成に対して確認し、次いで、ＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸなどのトランスフェクション剤を使用してトランスフェクトする。溶液Ａ：所望の量のルシフェラーゼｍＲＮＡがＯｐｔｉＭＥＭにおいて希釈され、溶液Ｂ：ＯｐｔｉＭＥＭ中におけるＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸと混合される。溶液ＡおよびＢを混合した後、混合物を、室温で２０分間インキュベートし、次いで、細胞の各ウェルに滴加する。次いで、タンパク質へのｍＲＮＡの発現を可能にするために、細胞を、３７℃で１２～７２時間インキュベートする。細胞を回収し、Ｐｒｏｍｅｇａルシフェラーゼアッセイシステムプロトコルにより、ルシフェラーゼタンパク質レベルを測定するために準備を整える。いくつかの場合では、ｍＲＮＡを、タンパク質発現のための細胞成分を含むＨｅＬａ可溶化物に直接投与するが、このアプローチは、トランスフェクション剤の使用を必要としない。例えば、５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡをコードするルシフェラーゼを市販のＨｅＬａ可溶化物インビトロ翻訳キットに加えて、ルシフェラーゼタンパク質を生成させる。ルシフェリン基質の存在下でのルミネセンス光生成によって測定したときのルシフェラーゼタンパク質活性を、ルミネセンス検出プレートリーダーによって測定した。このアッセイで測定される相対発光量（Ｒｅｌａｔｉｖｅ Ｌｉｇｈｔ Ｕｎｉｔ）は、ｍＲＮＡから翻訳されたルシフェラーゼタンパク質の量に比例する。レファレンスとして市販の５’末端イニシエーター１００２ａを用いて作製したｍＲＮＡを使用して、この実施例の結果を比較した。この実施例において、イニシエーター１００７ａを有するｍＲＮＡは、イニシエーター１００２ａを有するｍＲＮＡより約２倍高いルシフェラーゼ活性を生じた（図５）。この実施例および生成されたデータにより認められるように、この実施例の結果に基づいて、表１に記載の残りの化合物は、同様の特性を示すであろうことが想到される。
実施例１０
[0719]ゲノム編集のための初代ヘパトサイト細胞におけるキャップされたｍＲＮＡの翻訳
初代ヒト肝臓ヘパトサイト（ｈＰＨ）、初代カニクイザル肝臓ヘパトサイト（ｃＰＨ）、または初代マウス肝臓ヘパトサイト（ｍＰＨ）を、製造元のプロトコルによって培養する。簡単に言えば、細胞を解凍し、ヘパトサイト解凍培地に再懸濁させ、その後に、４℃で１０分間、１００ｇにおいて遠心分離処理する。上清を捨て、ペレット化された細胞を、ヘパトサイト播種培地に再懸濁させる。各バイアル瓶は、２４ウェルプレートへの播種に使用される約５００万の細胞を含む。播種した細胞を、５％ＣＯ２雰囲気下、３７℃において、組織培養インキュベーターにおいて４～６時間定着および付着させる。インキュベーション後、細胞を、単層形成に対して確認する。次いで、インキュベート培地を、新鮮なヘパトサイトメンテナンス培地と取り換える。したがって、細胞は、ＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸなどのトランスフェクション剤を使用したトランスフェクションの準備ができている。溶液Ａ：所望の量のシングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）が、１：１ｗｔ比のＯｐｔｉＭＥＭ中のｍＲＮＡと混合される。溶液Ｂ：ＯｐｔｉＭＥＭ中のＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸ。溶液ＡおよびＢを混合した後、混合物を室温で２０分間インキュベートし、次いで、インキュベートした溶液を、細胞の各ウェルに滴加する。次いで、細胞を、３７℃で３日間、そのままにする。細胞を回収し、Ｔｈｅｒｍｏ Ｋｉｎｇｆｉｓｈｅｒ器具を使用したゲノムＤＮＡ抽出のために準備を整える。抽出したゲノムＤＮＡを、ＰＣＲによって処理し、次いで、ゲノム編集を解析するために、増幅されたＰＣＲ産物をＮＧＳ（ＭｉＳｅｑ）に供した。いくつかの場合では、ｈＰＨに、上記のｍＲＮＡをコードするＡＢＥをトランスフェクトし、翻訳されたＡＢＥタンパク質のレベルを使用してｍＲＮＡ機能を評価した。例えば、５’末端領域モチーフ１００７ａおよび１１０７ａを有するｍＲＮＡを、上記のｈＰＨ細胞にトランスフェクトし、この細胞を溶解させ、ＡＢＥタンパク質レベルをＥＬＩＳＡによって測定した。レファレンスとして市販のイニシエーター１００２ａを用いて作製したＡＢＥ ｍＲＮＡを使用して、この実施例の結果を比較した。この実施例において、５末端領域モチーフ１００７ａおよび１１０７ａを有するｍＲＮＡは、５’末端領域モチーフ１００２ａを有するｍＲＮＡと比較して同様のＡＢＥタンパク質レベルを生成した（図６）。この実施例および生成されたデータにより認められているように、表１に記載の残りの化合物は、この実施例の結果に基づいて、同様の特性を示すであろうことが想到される。
実施例１１
[0720]ゲノム編集のためのマウスにおけるインビボでのキャップされたｍＲＭＡの翻訳
Ａ．インビトロトランスフェクションおよびインビボ評価のためのＬＮＰ調製
個々のペイロードに対するいくつかの最適化により、製造元のプロトコルに従ってＰｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｎａｎｏｓｙｓｔｅｍｓ ＮａｎｏＡｓｓｅｍｂｌｒシステムを使用して、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）をマイクロフルイデイック混合により作製する。結果として得られるＬＮＰを、０．２ミクロンフィルターを使用して濾過し、４℃で貯蔵するかまたは８０℃で凍結する。
[0721]Ｂ．マウスでのインビボ評価
これらの研究に使用するＬＮＰを、マウスＡＮＧＰＴＬ３（ｍＡＮＧＰＴＬ３）および／またはマウスＰＣＳＫ９（ｍＰＣＳＫ９）遺伝子を標的にする化学的に合成されたｓｇＲＮＡとＳｐＣａｓ９またはＡＢＥ８．８ ｍＲＮＡを１：１重量比において含むように、上記の実施例６（Ａ）に記載のとおりに調製し、５～１０ｍｌ／ｋｇの総量において、Ｃ５７ＢＬ／６マウス（ｎ＝５）に側部尾静脈または後眼窩腔によって静脈内投与する。投薬の４または５日後に、剖検において、編集効率のＮＧＳ測定、ならびに血清ＰＣＳＫ９、トリグリセリド、およびコレステロール分析のために、肝臓および血液を採取する。
[0722]Ｃ．ゲノムＤＮＡ単離
製造元のプロトコルに従って、ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ Ｆｌｅｘ自動化抽出機器においてビーズベースの抽出キットＭａｇＭＡＸ－９６ ＤＮＡ Ｍｕｌｔｉ－Ｓａｍｐｌｅ Ｋｉｔを使用して、ゲノムＤＮＡを、およそ２０マイクロリットルの全マウス肝臓溶解物から単離する。製造元のプロトコルに従って、マウスの肝臓全体をＦａｓｔＰｒｅｐ－２４システムを使用して溶解させる。肝臓を、０．５ｍＬのＰＢＳを伴う２ｍＬの溶解マトリックス管にロードする。抽出したゲノムＤＮＡは、さらに使用するまで４℃で貯蔵するか、長期貯蔵のために－８０℃で貯蔵する。
[0723]Ｄ．次世代シーケンシング（ＮＧＳ）および編集効率の解析
遺伝子編集の程度を決定するために、次世代シーケンシング、またはディープシーケンシングを、目的の領域に対して実施する。製造元のプロトコルに従って、Ｎｅｘｔｅｒａ ＸＴ ＤＮＡライブラリ調製キット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用してサンプルを調製する。簡潔に説明すると、最初に目的の領域を増幅するために２回のＰＣＲを行い、次に、ディープシーケンシングおよび初期産物に対するサンプル識別に必要なＤＮＡ配列を加える。製造元のプロトコルに従って、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ機器において最終アンプリコンを配列決定する。
[0724]ペアエンドリード（ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ ｒｅａｄ）を、ＣＲＩＳＰＲｅｓｓｏ２パイプラインによって解析する（Ｃｌｅｍｅｎｔ， Ｋ．ら， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２０１９， ３７， ２２４～２２６）。簡潔に説明すると、低品質リード（ｌｏｗ－ｑｕａｌｉｔｙ ｒｅａｄｓ）をフィルタリングし、アダプター配列をリードからトリムし、ペアエンドリードをマージして、アンプリコン配列に対してアラインメントする。アライメントしたリードの総数に対して挿入または欠失を支持するリードの数として編集パーセンテージを計算する。ＡＢＥに対して、アライメントしたリードの総数に対して挿入または欠失を支持するリードの数として編集パーセンテージを計算する。
[0725]いくつかの場合では、ｍＰＣＳＫ９を標的にするｓｇＲＮＡと５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡをコードするＡＢＥとを用いて、ＬＮＰを製剤化し、マウスにインビボにおいて投与し、編集効率を、実施例１１に記載されるように評価した。この実施例の結果を、レファレンスとして市販の５’末端イニシエーター１００２ａを用いて作製したｍＲＮＡをコードするＡＢＥを使用して比較した。この実施例において、５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡは、５’末端領域モチーフ１００２ａを有するｍＲＮＡと比較して同様のヘパトサイト編集レベルを生じた（図７）。この実施例および生成されたデータにより認められるように、この実施例の結果に基づいて、表１の残りの化合物は同様の特性を示すであろうことが想到される。
実施例１２
[0726]マウスにおけるインビボでのまたはインビトロでのＨＥＫ２９３細胞モデルにおけるキャップされたｍＲＮＡの免疫刺激の決定
ＬＮＰを調製し、実施例１１（Ａ、Ｂ）のようにマウスにインビボにおいて投与する。適切な時点、典型的には、投薬の１～４８時間後と終了時点との間において、ある間隔で血液を採取し、当技術分野において周知の技術によって血清または血漿へと処理する。血清または血漿のサイトカインおよびケモカインのレベルを、Ｖ－ＰＬＥＸサイトカインおよびケモカイン検出キットを使用して測定する。サイトカインおよびケモカインのレベルを、緩衝液のみで処理した動物ならびに治療動物の投薬前サンプルと比較する。いくつかの場合では、キャップされたｍＲＮＡの免疫刺激を、レポーター細胞株、例えば、ＩＦＮ刺激応答エレメント、例えば、キャップされていないｍＲＮＡなどの存在下でルシフェラーゼシグナルを生じる、ＨＥＫ－Ｌｕｃｉａ ＲＩＧ－Ｉ細胞レポーターモデルなど、へのインビトロトランスフェクションの後に評価する。この細胞モデルを培養し、実施例７に記載されるようにトランスフェクトして、ルシフェラーゼ活性を、ルシフェラーゼ活性キットおよびプレートリーダーを使用して測定する。キャップされていないｍＲＮＡは、ＲＩＧ－Ｉ依存性ＩＦＮ免疫反応を生じ、キャップされたｍＲＮＡは、この免疫刺激を減少させる。この実施例において、５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡは、ＨＥＫ－Ｌｕｃｉａ ＲＩＧ－Ｉ細胞レポーターモデルを使用してキャップされていないｍＲＮＡと比較した場合、減少したＲＩＧ－Ｉ活性を示した（図８）。さらに、５’末端領域モチーフ１００７ａを有するｍＲＮＡは、キャップ構造への化学修飾の結果としてＲＩＧ－Ｉ活性化を増加するようには見えなかった。この実施例の結果を、レファレンスとして市販の５’末端イニシエーター１００２ａを用いて作製したｍＲＮＡを使用して比較した。この実施例および生成されたデータにより認められるように、この実施例の結果に基づいて、表１の残りの化合物は、同様の特性を示すであろうことが想到される。
[0727]他の実施形態
先述の説明から、様々な用法および条件に採用するために本明細書に記載される開示に対して変更および修正を行ってもよいことは明らかであろう。そのような実施形態も以下の特許請求の範囲内である。
[0728]本明細書における変数の任意の定義における要素のリストの列挙は、任意の単一での要素またはリストの要素との組合わせ（または部分組合わせ）としてのその変数の定義を含む。本明細書における実施形態の列挙は、任意の単一での実施形態として、あるいは任意の他の実施形態またはその一部と組合わせにおいて、その実施形態を含む。
[0729]本明細書で言及された全ての特許および刊行物は、それぞれの独立した特許および刊行物が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
[0730]特定の実施例および多数の実施形態が、前述の態様および態様の組合せを示すために提供されてきたが、例示的または開示された実施形態の任意の態様またはそれらの組合せは、限定するものではないが、別の実施形態を構成するためにそれらから除外され得、任意のこのような実施形態は、別のかつ独立した請求項を構成し得ると企図されることが認識され、理解されるべきである。同様に、１つまたは複数の実施形態の任意の態様または態様の組合せはまた、１つまたは複数の実施形態の任意の態様または態様の組合せに含まれるか、それらと組み合わされてもよいこと、およびそれらの全てのそのような組合せが本開示の範囲内におさまり、限定するものではないが、別々のかつ独立した請求項として提示され得ることが本明細書において企図されることが認識され、理解されるべきである。したがって、ある請求項に提示された任意の特徴が別の請求項に含まれ得ることを理解されたい。１つの請求項に示された任意の特徴は、その特徴のない請求項を構成するために請求項から除かれてもよい。１つの請求項に提示された任意の特徴は、別の請求項の任意の特徴と組み合わされてもよく、これらのそれぞれは本明細書で企図されている。以下の列挙された条項は、前述の実施形態および実施例の態様および態様の組合せのさらなる例示的な例である。
１．インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（Ｉ）：
Figure 2023540562000215
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000216
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾、または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６であり、
ただし、式（Ｉ）の化合物が、以下の条件（ｉ）から（ｉｉｉ）：（ｉ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨまたは－Ｓ－であること；（ｉｉ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；ならびに（ｉｉｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であることのうちの１つまたは複数を満たす、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２．Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であるか；Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであるか；またはＡ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－である、条項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３．インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000217
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000218
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４．インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（ＩＩ）：
Figure 2023540562000219
の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
式中、
Ｂ１は
Figure 2023540562000220
であり；
各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５．イニシエーターが、式（Ｉ－ａ）：
Figure 2023540562000221
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６．イニシエーターが、式（Ｉ－ｂ）：
Figure 2023540562000222
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７．イニシエーターが、式（Ｉ－ｃ）：
Figure 2023540562000223
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
８．イニシエーターが、式（Ｉ－ｄ）：
Figure 2023540562000224
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
９．イニシエーターが、式（Ｉ－ｅ）：
Figure 2023540562000225
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１０．イニシエーターが、式（Ｉ－ｆ）：
Figure 2023540562000226
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１１．イニシエーターが、式（Ｉ－ｇ）：
Figure 2023540562000227
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１２．イニシエーターが、式（Ｉ－ｈ）：
Figure 2023540562000228
の構造を有する、条項１のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１３．イニシエーターが、式（ＩＩ－ａ）：
Figure 2023540562000229
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１４．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｂ）：
Figure 2023540562000230
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１５．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｃ）：
Figure 2023540562000231
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１６．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｄ）：
Figure 2023540562000232
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１７．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｅ）：
Figure 2023540562000233
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１８．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｆ）：
Figure 2023540562000234
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
１９．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｇ）：
Figure 2023540562000235
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２０．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｈ）：
Figure 2023540562000236
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２１．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｉ）：
Figure 2023540562000237
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２２．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｊ）：
Figure 2023540562000238
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２３．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｋ）：
Figure 2023540562000239
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２４．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｌ）：
Figure 2023540562000240
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２５．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｍ）：
Figure 2023540562000241
の構造を有する、条項１７または１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２６．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｎ）：
Figure 2023540562000242
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２７．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｏ）：
Figure 2023540562000243
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２８．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｐ）：
Figure 2023540562000244
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
２９．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｑ）：
Figure 2023540562000245
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３０．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｒ）：
Figure 2023540562000246
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３１．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｓ）：
Figure 2023540562000247
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３２．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｔ）：
Figure 2023540562000248
の構造を有する、条項１８のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３３．イニシエーターが、式（ＩＩ－ｕ）：
Figure 2023540562000249
の構造を有する、条項１８に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３４．Ｚ３が水素、フッ素、－ＯＨ、－ＯＣＨ３、－または－ＯＣＨ２ＣＨ３である、条項１～１８のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３５．Ｚ３が－ＯＣＨ３である、条項４８に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３６．各Ｚ４およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、条項４８に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３７．各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、条項１～１８のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３８．Ｂ１が
Figure 2023540562000250
である、条項１８または２５～５１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
３９．Ｂ１が
Figure 2023540562000251
である、条項１８または２５～５１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４０．Ｂ１が
Figure 2023540562000252
である、条項１８または２５～５１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４１．Ｚ１がフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である、条項１～３０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４２．Ｚ１がフッ素である、条項５５に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４３．Ｚ１が－ＯＨである、条項５５に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４４．Ｚ１が－ＯＣＨ３である、条項５５に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４５．Ｚ２がフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である、条項１～３０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４６．Ｚ２がフッ素である、条項５９に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４７．Ｚ２が－ＯＨである、条項５９に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４８．Ｚ２が－ＯＣＨ３である、条項５９に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
４９．Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－である、条項１～６２のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５０．各Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－である、条項１～６３のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５１．各Ｙ１およびＹ３が＝Ｏである、条項１～６４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５２．各Ｙ２、Ｙ４、およびＹｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである、条項１～６４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５３．Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの１つまたは複数が＝Ｓである、条項１～６４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５４．Ｙ２が＝Ｓである、条項６７に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５５．Ｙ４が＝Ｓである、条項６７に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５６．各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎが＝Ｏである、条項１～６４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５７．各Ｘ１、Ｘ４、およびＸｎが－Ｏ－である、条項１～７０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５８．各Ｘ２およびＸ３が独立して、－Ｏ－または－Ｓ－である、条項１～７０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
５９．Ｘ３が－Ｏ－である、条項７２に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６０．Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの１つまたは複数が－Ｓ－である、条項１～７０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６１．Ｘ２が－Ｓ－である、条項７４に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６２．Ｘ４が－Ｓ－である、条項７４に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６３．各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎが－Ｏ－である、条項１～７０のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６４．各Ａ、Ａ１、およびＡ２が－Ｏ－である、条項１～７７のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６５．Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの１つまたは複数が－Ｓ－である、条項１～７７のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６６．Ａが－Ｓ－であり、Ａ１およびＡ２が－Ｏ－である、条項１～７７または７９のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６７．Ａ２が－Ｓ－であり、ＡおよびＡ１が－Ｏ－である、条項１～７７または７９のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６８．Ａ、Ａ１、およびＡ２が－Ｏ－である、条項１～７７のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
６９．ｐが０である、条項１、１７または４８～８１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７０．ｐが１である、条項１、１７または４８～８１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７１．ｐが２である、条項１、１７または４８～８１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７２．各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎが独立して、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである、条項１～８５のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７３．Ｂ２がアデニンであり、Ｂ３がグアニンである、条項８６に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター（ｉｎｉｔａｔｏｒ）。
７４．Ｂ２がグアニンであり、Ｂ３がアデニンである、条項８６に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７５．タンパク質発現が増加する、条項１から８８のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７６．Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
Figure 2023540562000253
である、条項１８～４７に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７７．Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
Figure 2023540562000254
である、条項１８～４７に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７８．Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
Figure 2023540562000255
である、条項１８～４７に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
７９．Ｂ２がアデニンである、条項８６～９２に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
８０．Ｂ３がグアニンである、条項８６～９２に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
８１．ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが条項１～９４のいずれか１項に記載の化合物を含み、ＤＮＡテンプレートが、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチド、ヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋３位に第３のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびにＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが少なくともヌクレオチド＋１、＋２および＋３位でＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、複合体。
８２．ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが条項１～９４のいずれか１項に記載の化合物を含み、ＤＮＡテンプレートが、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびにＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターが少なくともヌクレオチド＋１および＋２位でＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、複合体。
８３．条項１～９４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子。
８４．ＲＮＡがガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含む、条項９７に記載のＲＮＡ。
８５．ｍＲＮＡを含む条項９７に記載のＲＮＡ。
８６．ｍＲＮＡを発現させる方法であって、（ａ）条項９９に記載のｍＲＮＡを細胞またはその細胞可溶化物に接触させるステップと、（ｂ）ｍＲＮＡを発現させるステップとを含む方法。
８７．ｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップをさらに含む、条項１００に記載の方法。
８８．ｍＲＮＡの発現レベルが、ＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含まない対応するｍＲＮＡと比較して少なくとも６倍、８倍、または２０倍多い、条項１００に記載の方法。
８９．細胞がＨｅＬａ細胞である、条項１００に記載の方法。
９０．キャップされたｍＲＮＡの細胞性免疫刺激を低減する方法であって、（ａ）条項１から９４のいずれか１項に記載のキャップされたｍＲＮＡを細胞レポーター株に接触させるステップと、（ｂ）前記細胞レポーター株におけるＲＩＧ－Ｉ活性化を測定するステップとを含む方法。
９１．前記細胞レポーター株が、ＨＥＫ－Ｌｕｃｉａ ＲＩＧ－Ｉモデルである、条項１０４に記載の方法。
９２．細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも２０％低減している、条項１０４または１０５のいずれか１項に記載の方法。
９３．細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも５０％低減している、条項１０６に記載の方法。
９４．細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも７０％低減している、条項１０７に記載の方法。
９５．細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも１００％低減している、条項１０８に記載の方法。
９６．細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも１５０％低減している、条項１０９に記載の方法。
９７．条項１～９４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子を含有する細胞。
９８．条項１～９４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子から翻訳されたポリペプチドを含有する細胞。
９９．条項１～９４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターを含むＲＮＡ分子および１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的組成物。
１００．脂質ナノ粒子を含む、条項１２６に記載の薬学的組成物。
１０１．ＲＮＡが脂質ナノ粒子中にカプセル化されている、条項１２６に記載の薬学的組成物。
１０２．ＲＮＡ分子を合成するための方法であって、
ａ．条項１～９４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーターをＲＮＡポリメラーゼを含む混合物に導入するステップと、
ｂ．ＲＮＡ分子の転写を可能にするのに十分な時間、混合物をインキュベートするステップと
を含む方法。
１０３．混合物がＤＮＡテンプレートおよびヌクレオシド三リン酸（ｔｒｉｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｓ）をさらに含む、条項８１に記載の方法。
１０４．遺伝子編集の方法であって、条項９７もしくは９８に記載のＲＮＡ分子または条項１２６～１２９のいずれか１項に記載の薬学的組成物を細胞に導入するステップを含み、ＲＮＡ分子がガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含み、ＲＮＡ分子が細胞において翻訳される、方法。
１０５．冠動脈疾患のリスクの低減を必要とする対象における冠動脈疾患のリスクを低減するための方法であって、対象に、条項１２６～１２９のいずれか１項に記載の薬学的組成物の有効量を投与するステップを含む方法。

Claims (133)

  1. インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（Ｉ）：
    Figure 2023540562000256
     の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000257
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾、または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６であり、
    ただし、式（Ｉ）の化合物が、以下の条件（ｉ）から（ｉｉｉ）：（ｉ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨまたは－Ｓ－であること；（ｉｉ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；ならびに（ｉｉｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であることのうちの１つまたは複数を満たす、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  2. Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であるか；Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであるか；またはＡ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－である、請求項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  3. インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（ＩＩ）：
    Figure 2023540562000258
     の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000259
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
    各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  4. インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーターであって、式（ＩＩ）：
    Figure 2023540562000260
     の化合物またはその塩もしくは溶媒和化合物を含み、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000261
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
    Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、インビトロ転写（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  5. 前記イニシエーターが、式（Ｉ－ａ）：
    Figure 2023540562000262
     の構造を有する、請求項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  6. 前記イニシエーターが、式（Ｉ－ｂ）：
    Figure 2023540562000263
     の構造を有する、請求項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  7. 前記イニシエーターが、式（Ｉ－ｃ）：
    Figure 2023540562000264
     の構造を有する、請求項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  8. 前記イニシエーターが、式（Ｉ－ｄ）：
    Figure 2023540562000265
     の構造を有する、請求項１に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  9. Ｚ３が水素、フッ素、－ＯＨ、－ＯＣＨ３、－、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である、請求項１から４のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  10. Ｚ３が－ＯＣＨ３である、請求項９に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  11. 各Ｚ４およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、請求項９に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  12. 各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、請求項１から１１のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  13. 各Ｙ２、Ｙ４、およびＹｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである、請求項１から１２のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  14. 各Ｘ２およびＸ３が独立して、－Ｏ－または－Ｓ－である、請求項１から１３のいずれか１項に記載のＩＶＴ ｍＲＮＡ配列イニシエーター。
  15. ５’末端領域モチーフ（Ｉ’）：
    Figure 2023540562000266
     を有するｍＲＮＡ配列であって、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000267
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６であり、
    ただし、式（Ｉ）の化合物が、以下の条件（ｉ）から（ｉｉｉ）：（ｉ）Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨまたは－Ｓ－であること；（ｉｉ）Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであること；ならびに（ｉｉｉ）Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－であることのうちの１つまたは複数を満たす、５’末端領域モチーフ（Ｉ’）を有するｍＲＮＡ配列。
  16. Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの少なくとも１つが－ＳＨもしくは－Ｓ－であるか；Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、もしくはＹｎのうちの少なくとも１つが＝Ｓであるか；またはＡ、Ａ１、およびＡ２のうちの少なくとも１つが－Ｓ－である、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  17. ５’末端領域モチーフ（ＩＩ’）：
    Figure 2023540562000268
     を有するｍＲＮＡ配列であって、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000269
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ１およびＺ’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
    各Ｚ２およびＺ’’は独立して、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、５’末端領域モチーフ（ＩＩ’）を有するｍＲＮＡ配列。
  18. ５’末端領域モチーフ（ＩＩ”）：
    Figure 2023540562000270
     を有するｍＲＮＡ配列であって、
    式中、
    Ｂ１は
    Figure 2023540562000271
     であり；
    各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎは独立して、天然、修飾または非天然核酸塩基であり；
    各Ｚ’およびＺ’’は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ（ＣＨ３）、－ＮＨ２、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、または－ＳＣＨ３であり；
    Ｚ’’’は水素、フッ素、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｚ１およびＺ２は独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＳＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＳＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、またはＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ３であり；
    各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎは独立して、水素、フッ素、－ＯＨ、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ３、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ２ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＯＣＨ（ＣＨ３）２、－ＳＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３であり；
    各Ｑ１およびＱ４は独立して、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－、－ＣＨ２Ｏ－、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ２ＣＦ２－、－ＣＨ２ＮＨ２－、－ＣＨ２ＮＨ（ＣＨ３）－、または－ＣＨ２Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｑ２およびＱ３は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＣＦ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；
    各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎは独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ２、－ＮＨＣＨ３、－ＮＨ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ（ＣＨ３）２、－ＯＣＨ３、または－ＯＣＨ２ＣＨ３であり；
    各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎは独立して、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨ、または＝ＮＣＨ３であり；
    各Ａ、Ａ１、およびＡ２は独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＣＨ２－、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、または－Ｎ（Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ３）－であり；ならびに
    ｐ＝０、１、２、３、４、５、または６である、５’末端領域モチーフ（ＩＩ”）を有するｍＲＮＡ配列。
  19. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ａ）：
    Figure 2023540562000272
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ａ）を有するｍＲＮＡ配列。
  20. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｂ）：
    Figure 2023540562000273
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｂ）を有するｍＲＮＡ配列。
  21. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｃ）：
    Figure 2023540562000274
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｃ）を有するｍＲＮＡ配列。
  22. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｄ）：
    Figure 2023540562000275
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｄ）を有するｍＲＮＡ配列。
  23. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｅ）：
    Figure 2023540562000276
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｅ）を有するｍＲＮＡ配列。
  24. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｆ）：
    Figure 2023540562000277
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｆ）を有するｍＲＮＡ配列。
  25. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｇ）：
    Figure 2023540562000278
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｇ）を有するｍＲＮＡ配列。
  26. 前記モチーフが、モチーフ（Ｉ’－ｈ）：
    Figure 2023540562000279
     の構造を有する、請求項１５に記載の５’末端領域モチーフ（Ｉ’－ｈ）を有するｍＲＮＡ配列。
  27. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ａ）：
    Figure 2023540562000280
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ａ）を有するｍＲＮＡ配列。
  28. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｂ）：
    Figure 2023540562000281
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｂ）を有するｍＲＮＡ配列。
  29. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｃ）：
    Figure 2023540562000282
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｃ）を有するｍＲＮＡ配列。
  30. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｄ）：
    Figure 2023540562000283
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｄ）を有するｍＲＮＡ配列。
  31. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｅ）：
    Figure 2023540562000284
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｅ）を有するｍＲＮＡ配列。
  32. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｆ）：
    Figure 2023540562000285
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｆ）を有するｍＲＮＡ配列。
  33. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｇ）：
    Figure 2023540562000286
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｇ）を有するｍＲＮＡ配列。
  34. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｈ）：
    Figure 2023540562000287
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｈ）を有するｍＲＮＡ配列。
  35. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｉ）：
    Figure 2023540562000288
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｉ）を有するｍＲＮＡ配列。
  36. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｊ）：
    Figure 2023540562000289
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｊ）を有するｍＲＮＡ配列。
  37. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｋ）：
    Figure 2023540562000290
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｋ）を有するｍＲＮＡ配列。
  38. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｌ）：
    Figure 2023540562000291
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｌ）を有するｍＲＮＡ配列。
  39. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｍ）：
    Figure 2023540562000292
     の構造を有する、請求項１７または１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｍ）を有するｍＲＮＡ配列。
  40. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｎ）：
    Figure 2023540562000293
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｎ）を有するｍＲＮＡ配列。
  41. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｏ）：
    Figure 2023540562000294
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｏ）を有するｍＲＮＡ配列。
  42. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｐ）：
    Figure 2023540562000295
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｐ）を有するｍＲＮＡ配列。
  43. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｑ）：
    Figure 2023540562000296
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｑ）を有するｍＲＮＡ配列。
  44. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｒ）：
    Figure 2023540562000297
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｒ）を有するｍＲＮＡ配列。
  45. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｓ）：
    Figure 2023540562000298
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｓ）を有するｍＲＮＡ配列。
  46. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｔ）：
    Figure 2023540562000299
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｔ）を有するｍＲＮＡ配列。
  47. 前記モチーフが、モチーフ（ＩＩ’－ｕ）：
    Figure 2023540562000300
     の構造を有する、請求項１８に記載の５’末端領域モチーフ（ＩＩ’－ｕ）を有するｍＲＮＡ配列。
  48. Ｚ３が水素、フッ素、－ＯＨ、－ＯＣＨ３、－、または－ＯＣＨ２ＣＨ３である、請求項１５から１８のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  49. Ｚ３が－ＯＣＨ３である、請求項４８に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  50. 各Ｚ４およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、請求項４８に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  51. 各Ｚ３、Ｚ４、およびＺｎが独立して、－ＯＨまたは－ＯＣＨ３である、請求項１５から１８のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  52. Ｂ１が、
    Figure 2023540562000301
     である、請求項１８または２５から５１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  53. Ｂ１が、
    Figure 2023540562000302
     である、請求項１８または２５から５１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  54. Ｂ１が、
    Figure 2023540562000303
     である、請求項１８または２５から５１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  55. Ｚ１がフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である、請求項１５から３０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  56. Ｚ１がフッ素である、請求項５５に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  57. Ｚ１が－ＯＨである、請求項５５に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  58. Ｚ１が－ＯＣＨ３である、請求項５５に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  59. Ｚ２がフッ素、－ＯＨ、または－ＯＣＨ３である、請求項１５から３０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  60. Ｚ２がフッ素である、請求項５９に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  61. Ｚ２が－ＯＨである、請求項５９に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  62. Ｚ２が－ＯＣＨ３である、請求項５９に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  63. Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－である、請求項１５から６２のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  64. 各Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－である、請求項１５から６３のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  65. 各Ｙ１およびＹ３が＝Ｏである、請求項１５から６４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  66. 各Ｙ２、Ｙ４、およびＹｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓである、請求項１５から６４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  67. Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎのうちの１つまたは複数が＝Ｓである、請求項１５から６４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  68. Ｙ２が＝Ｓである、請求項６７に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  69. Ｙ４が＝Ｓである、請求項６７に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  70. 各Ｙ１、Ｙ２、Ｙ３、Ｙ４、およびＹｎが＝Ｏである、請求項１５から６４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  71. 各Ｘ１、Ｘ４、およびＸｎが－Ｏ－である、請求項１５から７０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  72. 各Ｘ２およびＸ３が独立して、－Ｏ－または－Ｓ－である、請求項１５から７０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  73. Ｘ３が－Ｏ－である、請求項７２に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  74. Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎのうちの１つまたは複数が－Ｓ－である、請求項１５から７０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  75. Ｘ２が－Ｓ－である、請求項７４に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  76. Ｘ４が－Ｓ－である、請求項７４に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  77. 各Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸｎが－Ｏ－である、請求項１５から７０のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  78. 各Ａ、Ａ１、およびＡ２が－Ｏ－である、請求項１５から７７のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  79. Ａ、Ａ１、およびＡ２のうちの１つまたは複数が－Ｓ－である、請求項１５から７７のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  80. Ａが－Ｓ－であり、Ａ１およびＡ２が－Ｏ－である、請求項１５から７７または７９のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  81. Ａ２が－Ｓ－であり、ＡおよびＡ１が－Ｏ－である、請求項１５から７７または７９のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  82. Ａ、Ａ１、およびＡ２が－Ｏ－である、請求項１５から７７のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  83. ｐが０である、請求項１５、１７または４８から８１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  84. ｐが１である、請求項１５、１７または４８から８１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  85. ｐが２である、請求項１５、１７または４８から８１のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  86. 各Ｂ２、Ｂ３、およびＢｎが独立して、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、ヒポキサンチン、またはプリンである、請求項１５から８５のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  87. Ｂ２がアデニンであり、Ｂ３がグアニンである、請求項８６に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  88. Ｂ２がグアニンであり、Ｂ３がアデニンである請求項８６に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  89. タンパク質発現が増加する、請求項１５から８８のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  90. Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
    Figure 2023540562000304
     である、請求項１８から４７に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  91. Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
    Figure 2023540562000305
     である、請求項１８から４７に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  92. Ｑ１およびＱ４が－ＣＨ２Ｏ－であり；Ｑ２およびＱ３が－Ｏ－であり；各Ｘｎが独立して、－ＯＨ、－ＳＨ、Ｏ－、またはＳ－であり；各Ｙｎが独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；ならびにＢ１が
    Figure 2023540562000306
     である、請求項１８から４７に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  93. Ｂ２がアデニンである、請求項８６から９２に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  94. Ｂ３がグアニンである、請求項８６から９２に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列。
  95. ５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列およびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列が請求項１５から９４のいずれか１項に記載の化合物を含み、
    前記ＤＮＡテンプレートが、ヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチド、ヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋３位に第３のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに
    ５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列が少なくともヌクレオチド＋１、＋２および＋３位で前記ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、
    複合体。
  96. ５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列およびＤＮＡテンプレートを含む複合体であって、５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列が請求項１５から９４のいずれか１項に記載の化合物を含み、
    前記ＤＮＡテンプレートがヌクレオチド＋１位に第１のヌクレオチドおよびヌクレオチド＋２位に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み；ならびに
    ５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列が少なくともヌクレオチド＋１および＋２位で前記ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズしている、
    複合体。
  97. 請求項１５から９４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子。
  98. ガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含む、請求項９７に記載のＲＮＡ。
  99. ｍＲＮＡを含む、請求項９７に記載のＲＮＡ。
  100. ｍＲＮＡを発現させる方法であって、前記ｍＲＮＡを発現するように請求項９９に記載のｍＲＮＡを細胞可溶化物に導入するステップを含む方法。
  101. 前記ｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップをさらに含む、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記ｍＲＮＡの発現レベルが、５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含まない対応するｍＲＮＡと比較して少なくとも２倍、３倍、４倍、６倍、８倍、または２０倍多い、請求項１００に記載の方法。
  103. 前記細胞がＨｅＬａ細胞である、請求項１００に記載の方法。
  104. ｍＲＮＡから生じる細胞性免疫刺激を検出する方法であって、（ａ）請求項１５から９４のいずれか１項に記載のキャップされたｍＲＮＡを含む製剤を細胞レポーター株に接触させるステップと、（ｂ）前記細胞レポーター株におけるＲＩＧ－Ｉ活性化を測定するステップとを含む方法。
  105. 前記細胞レポーター株が、ＨＥＫ－Ｌｕｃｉａ ＲＩＧ－Ｉモデルである、請求項１０４に記載の方法。
  106. 細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも２０％低減している、請求項１０４または１０５のいずれか１項に記載の方法。
  107. 細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも５０％低減している、請求項１０６に記載の方法。
  108. 細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも７０％低減している、請求項１０７に記載の方法。
  109. 細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも１００％低減している、請求項１０８に記載の方法。
  110. 細胞性免疫刺激が、キャップされていないｍＲＮＡと比較して少なくとも１５０％低減している、請求項１０９に記載の方法。
  111. ＩＶＴ反応を使用して請求項１５から９９のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を生成する方法であって、（ａ）ＤＮＡテンプレート、ポリメラーゼ酵素、ホスホロチオエート基を含むｍＲＮＡ配列イニシエーターおよびヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）を、前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対前記ＮＴＰの特定の比で混合して混合物を生成するステップと（ｂ）前記混合物を特定の温度および期間でインキュベートするステップと、（ｃ）前記混合物から５’末端領域モチーフを有する前記ｍＲＮＡ配列を採取し、精製するステップとを含む方法。
  112. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：５であり、少なくとも８０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  113. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が１：２．５であり、少なくとも８５％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  114. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１．６７であり、少なくとも９０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  115. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１．２５であり、少なくとも９０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  116. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１であり、少なくとも９０％のキャッピング効率で少なくとも８０％の収率をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  117. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：５であり、少なくとも８０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ミリリットル（ｍＬ）あたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  118. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：２．５であり、少なくとも８５％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ｍＬあたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  119. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１．６７であり、少なくとも９０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ｍＬあたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  120. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１．２５であり、少なくとも９０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ｍＬあたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  121. 前記ｍＲＮＡ配列イニシエーター対ＮＴＰの前記モル比が約１：１であり、少なくとも９０％のキャッピング効率でＩＶＴ反応物１ｍＬあたり少なくとも３ｍｇのｍＲＮＡの収量をもたらすことができる、請求項１１１に記載の方法。
  122. 前記ＮＴＰがＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＵＴＰもしくは修飾ＮＴＰまたはこれらの組合せである、請求項１１１に記載の方法。
  123. 前記修飾ＮＴＰがＮ１－メチルシュードウリジンの５’三リン酸である、請求項１２２に記載の方法。
  124. 請求項１５から９４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子を含有する細胞。
  125. 請求項１５から９４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子から翻訳されたポリペプチドまたはタンパク質を含有する細胞。
  126. 請求項１５から９４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列を含むＲＮＡ分子および１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的組成物。
  127. 哺乳動物への投与の際に薬理学的効果を誘発するように、１つまたは複数の目的の遺伝子のうちの１つまたは複数の特定の位置を標的とするように設計された１つまたは複数のシングルガイドＲＮＡをさらに含む、請求項１２６に記載の薬学的組成物。
  128. 脂質ナノ粒子を含む、請求項１２６に記載の薬学的組成物。
  129. 前記ＲＮＡが脂質ナノ粒子中にカプセル化されている、請求項１２６に記載の薬学的組成物。
  130. ＲＮＡ分子を合成するための方法であって、
    ａ．請求項１５から９４のいずれか１項に記載の５’末端領域モチーフを有するｍＲＮＡ配列をＲＮＡポリメラーゼを含む混合物に導入するステップと、
    ｂ．ＲＮＡ分子の転写を可能にするのに十分な時間、前記混合物をインキュベートするステップと
    を含む方法。
  131. 前記混合物がＤＮＡテンプレートおよびヌクレオシド三リン酸（ｔｒｉｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｓ）をさらに含む、請求項８１に記載の方法。
  132. 遺伝子編集の方法であって、請求項９７もしくは９８に記載のＲＮＡ分子または請求項１２６から１２９のいずれか１項に記載の薬学的組成物を細胞に導入するステップを含み、前記ＲＮＡ分子がガイドＲＮＡまたはヌクレアーゼｍＲＮＡを含み、ＲＮＡ分子が前記細胞において翻訳される、方法。
  133. 冠動脈疾患のリスクの低減を必要とする対象における冠動脈疾患のリスクを低減するための方法であって、前記対象に、請求項１２６から１２９のいずれか１項に記載の薬学的組成物の有効量を投与するステップを含む方法。
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