JP2023536902A - Glut1発現のためのアデノ随伴ウイルスベクターおよびその使用 - Google Patents

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Abstract

本明細書では、GLUT1タンパク質またはその機能的バリアントを発現するためのベクターとして組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ビリオンを使用した、GLUT1欠損症症候群および関連障害のための遺伝子療法が提供される。rAAVビリオンは、内皮特異的プロモーター、例えば、FLT-1またはTie-1プロモーターを使用してもよい。キャプシドは、AAV6、AAV8、AAV9、AAVrh.74、またはAAVrh.10キャプシドまたはその機能的バリアントであってもよい。他のプロモーターまたはキャプシドを使用してもよい。さらに、rAAVビリオンの大脳内および/または静脈内などによる治療方法、ならびにその他の組成物および方法が提供される。TIFF2023536902000029.tif203166

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2021年8月5日に出願された米国特許出願第63/061,726号に対する優先権を主張するものであり、本内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表に関する記述
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名前は、ROPA_018_01WO_ST25.txtである。テキストファイルは約190KBで、2021年8月3日に作成され、EFS-Webを介して電子的に提出されている。
背景
グルコーストランスポーター1(GLUT1)をコードするSLC2A1遺伝子の突然変異は、GLUT1欠損症症候群(GLUT1 DS)と呼ばれる神経発達障害と関連している。GLUT1 DSは、常染色体優性障害であり、しばしば、ハプロ不全を生じ、症候性ヘテロ接合性をもたらすde novo変異を伴う散発性疾患として存在する。
GLUT1はインスリン非依存グルコーストランスポーターである。デビボ病としても知られる古典的なGLUT1 DSを有する患者は、低脳グルコース値に苦しみ、以下を特徴とする表現型を呈する:早期発症発作(中央値12か月)、発達遅延、後天性小頭症(頭部成長の減速)、複雑な運動の障害(痙縮、運動失調、ジストニア)、発作性眼頭運動、および髄液糖減少症、または脳脊髄液(CSF)低グルコース濃度。疾患の臨床経過から、早期治療の重要性が明らかである。Alter et al.J.Child Neurol.30(2):160-169(2015)(非特許文献1)。GLUT1は、血管形成および血液脳関門(BBB)の維持を含む、内皮細胞の機能に関与している。しかしながら、ハプロ不全マウスモデルにおける研究は、BBBの物理的完全性を維持する上でのGLUT1の役割に関する矛盾する証拠を提供している。GLUT1の内皮細胞系統特異的ノックアウトは、内皮エネルギーの可用性を低下させ、遊走に影響を与えることなく増殖を減少させ、それによって発生血管形成を遅らせるが(Veys et al.,Circ.Res.2020;127:466-482(非特許文献2))、特に内皮細胞においてGLUT1発現を回復させる効果は試験されていない。
疾患の治療戦略は以下にて概説される、Tang et al.Ann.Clin.Trans.Neurol.2019;6(9):1923-1932(非特許文献3)。現在の標準的なケアはケトン食療法であり、これはグルコースの代わりとなるケトンのレベルを血液中で上昇させて脳に利用可能にする。トリグリセリドトリヘプタノインを用いた治療は、ケトン食療法の代わりとして提案されている。アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターを使用した遺伝子療法も試みられている。ニューロンにおいてGLUT1欠損症を標的とする、ニューロン特異的プロモーター(例えば、シナプシン)の制御下でGLUT1をコードするAAV9ベクターは、若い出生後のマウスモデルにおいて試験されている。他の研究では、構成的プロモーター(例えば、CMVプロモーター)または内因性GLUT1遺伝子のプロモーターを使用した。抗痙攣剤の炭酸脱水酵素阻害剤アセタゾラミドおよびその他を含む、様々な小分子も試験されている。
GLUT1のハプロ不全は、脳血管形成を停止し、比較的小さな脳微小血管系をもたらし、これは内皮先端細胞のグルコース依存性に関連し得るが、Tangらは、内皮細胞における低GLUT1が、この病理を誘発させるかどうかは、まだ調査されていないことを観察した。GLUT1タンパク質は、乏突起膠細胞、小膠細胞、および上衣細胞を含む追加の脳細胞で発現する。
遺伝子療法によるGLUT1 DSの対処には、複数の課題が存在する。臨床的に意義のある効果を達成するために、必要とされるベクターを用いたCNSのカバレッジの程度、およびどのようなGLUT1の治療レベルが必要とされるかは、両方とも非常に予測不可能である。
GLUT1欠損症症候群の治療に対する満たされていないニーズがある。本明細書で提供される遺伝子療法は、このニーズに対処するものである。
Alter et al.J.Child Neurol.30(2):160-169(2015) Veys et al.,Circ.Res.2020;127:466-482 Tang et al.Ann.Clin.Trans.Neurol.2019;6(9):1923-1932
概要
本発明は、概して、GLUT1をコードするポリヌクレオチドまたはその機能的バリアントのアデノ随伴ウイルス(AAV)ベースの送達を用いた神経系疾患または障害のための遺伝子療法に関する。
GLUT1欠損症症候群(DS)は、適切な神経機能の欠如に根ざした臨床症状を有する神経発達障害であるが、本遺伝子療法は、理論に拘束されることなく、中枢神経系(CNS)における血管系の発達および血管形成の誘導に関与する内皮細胞を標的にし得る。発達中の中枢神経系CNS血管系へのAAVの直接送達は、その後の内皮先端細胞におけるGLUT1タンパク質の発現を伴い、血管形成および神経発達の重要なウィンドウ中にCNS全体にわたって血管の成長および形成を促進し得る。
一態様では、本開示は、GLUT1またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列を含み、プロモーターに動作可能に連結される発現カセットを提供する。
一部の実施形態では、プロモーターが、内皮プロモーター、任意選択的に、Tie-1プロモーター、Tie-2(TEK)プロモーター、FLT-1プロモーター、FLK-1(KDR)プロモーター、ICAM-2プロモーター、VE-カドヘリン(CDH5)プロモーター、VWFプロモーター、ENGプロモーター、PDGFBプロモーター、ESM1プロモーター、APLNプロモーター、またはクローディン-5(Ple261)プロモーターであり、内皮プロモーターはGlut1プロモーターではない。
一部の実施形態では、プロモーターが、FLT-1プロモーターである。
一部の実施形態では、FLT-1プロモーターが、ヒトFLT-1(hFTL-1)プロモーターである。
一部の実施形態では、hFTL-1プロモーターが、配列番号1と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する。
一部の実施形態では、プロモーターが、Tie-1プロモーターである。
一部の実施形態では、Tie-1プロモーターが、ヒトTie-1(hTie-1)プロモーターである。
一部の実施形態では、hFTL-1プロモーターが、配列番号2と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する。
一部の実施形態では、プロモーターが、血管内皮-カドヘリン(VE-カドヘリン)プロモーターである。
一部の実施形態では、VE-カドヘリンプロモーターが、ヒトVE-カドヘリン(hVE-カドヘリン)プロモーターである。
一部の実施形態では、hVE-カドヘリンプロモーターが、配列番号3と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する。
一部の実施形態では、プロモーターが、ユビキタスプロモーターである。
一部の実施形態では、プロモーターが、CMVプロモーターである。
一部の実施形態では、プロモーターが、CAGプロモーターである。
一部の実施形態では、発現カセットが、ポリAシグナル、任意選択的にヒト成長ホルモン(hGH)ポリAを含む。
一部の実施形態では、発現カセットが、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)、任意選択的にWPRE(x)を含む。
一部の実施形態では、発現カセットが、配列番号4と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する配列を含む3’非翻訳領域(3’UTR)を含む。
一部の実施形態では、GLUT1をコードするポリヌクレオチド配列が、SLC2A1ポリヌクレオチドである。
一部の実施形態では、SLC2A1ポリヌクレオチドが、ヒトSLC2A1ポリヌクレオチドである。
一部の実施形態では、GLUT1をコードするポリヌクレオチド配列が、配列番号5と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する。
一部の実施形態では、発現カセットが、5’および3’逆位末端反復(ITR)に、任意選択的にAAV2 ITRに、隣接する。
一部の実施形態では、発現カセットが、配列番号8~16、配列番号97、配列番号99、および配列番号101のいずれか一つと少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する。
別の態様では、本開示は、本開示の発現カセットのいずれか一つを含む遺伝子療法ベクターを提供する。
一部の実施形態では、遺伝子療法ベクターは、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターである。
一部の実施形態では、rAAVベクターは、AAV6、AAV8、AAV9、またはAAVrh.74、AAVrh.10ベクターまたはその機能的バリアントである。
一部の実施形態では、rAAVベクターは、AAV2ベクターではない。
一部の実施形態では、rAAVベクターは、配列番号76~82のいずれか一つと90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有するキャプシドタンパク質を含む。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象において疾患または障害を治療および/または予防する方法であって、本開示のいずれか一つに記載のベクターを対象に投与する工程を含む、方法を提供する。
一部の実施形態では、疾患または障害は、神経障害である。
一部の実施形態では、疾患または障害は、グルコーストランスポーター1欠損症症候群(GLUT1 DS)またはデビボ病である。
一部の実施形態では、ベクターは、脳室内(ICV)注射により投与される。
一部の実施形態では、投与は、脳内でGLUT1をコードするポリヌクレオチド配列の発現の増加をもたらし、および/またはCSF中のグルコースレベルもしくは乳酸レベルの増加をもたらし、任意選択的に参照rAAVベクターと比較して増加したレベルで、任意選択的に増加は、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%またはそれを超える増加である。
一部の実施形態では、投与は、任意選択的に参照rAAVベクターと比較して増加したレベルで、脳内でGLUT1タンパク質の発現をもたらす。
一部の実施形態では、ベクターは、1E11ベクターゲノム(vg)、1E12vg、1E13、1E14、2E14または3E14の用量で投与される。
別の態様では、本開示は、細胞においてGLUT1を発現する方法であって、細胞を本開示のベクターのいずれかと接触させる工程を含む、方法を提供する。
一部の実施形態では、細胞は、内皮細胞である。
一部の実施形態では、内皮細胞は、インビボ内皮細胞である。
一部の実施形態では、細胞は、ニューロンである。
一部の実施形態では、ニューロンは、インビボニューロンである。
一部の実施形態では、方法は、対象へのベクターのインビボ投与を含む。
さらなる態様では、本開示は、ポリヌクレオチド(例えば、ベクターゲノム)、医薬組成物、キット、および他の組成物および方法を提供する。
様々な他の態様および実施形態が、以下の詳細な説明に開示されている。本発明は、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される。
図1は、ベクターゲノムの様々な非限定的な例に対するベクター図を示す。 同上。 図2は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号17である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号8)である。 同上。 図3は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号19である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号10)である。 同上。 図4は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号21である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号12)である。 同上。 図5は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号96である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号97)である。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列の代替は、配列番号23である。発現カセットの代替は、配列番号14である。 同上。 図6は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号25である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号16)である。 同上。 図7は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号98である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号99)である。 同上。 図8は、ベクターゲノムの非限定的な例のベクター図を示す。ベクターゲノムの全ポリヌクレオチド配列は、配列番号100である。大文字の部分は、発現カセット(配列番号101)である。 同上。 図9。hGlut1タンパク質CHO-Lec2細胞のAAV9-媒介発現である。CHO-Lec2細胞は、いくつかの内皮特異的プロモーター(すなわちhFLT1、mTie1またはhGlut1)のうちの一つ、またはユビキタスCMVプロモーターによって駆動されるhGut1導入遺伝子タンパク質を発現するAAV9ベクターで、形質導入された。[SLC2A1=GLUT1遺伝子〕。 図10A~10C。ヒト脳微小血管系内皮細胞(hCMEC/d3)のトランスフェクション後の導入遺伝子タンパク質(Glut1-GFP)の発現。図10A。Glut1-GFP導入遺伝子の発現を駆動するいくつかの内皮細胞プロモーターのうちの一つを含有する構築物を用いたトランスフェクションの72時間後のGFP蛍光である。図10B。二つのユビキタスプロモーター(CMVまたはCAG)、Glut1を含まない対照ベクター(CMV-GFP)、またはトランスフェクションなし(NFXなし)のうちの一つを含有する構築物を用いたトランスフェクション後72時間のGFP蛍光である。Operetta CLS(商標)(PerkinElmer(登録商標))を使用して取得された画像。図10C。対象プロモーター(hFLT1、mTie、hTie、またはhGlut1)、およびGLUT1(SLC2A1)遺伝子(T2A リンク-GFP)、ならびにAAV2逆位末端反復(ITR)に隣接した調節エレメントを含有する発現カセットの図である。 図11A~11C。ヒトGLUT1(SLC2A1)の発現後のhCMEC/d3細胞における2-デオキシ-D-グルコース(グルコース)取り込みである。ヒト脳微小血管内皮細胞(hCMEC/d3)を、CAG-GFP(陰性対照)のいずれかを発現するプラスミド、またはいくつかの内皮特異的プロモーター(すなわち、hFLT1、mTie1もしくはhGlut1)のうちの一つによって、またはユビキタスCMVプロモーターによって駆動されるhGLUT1-t2A-eGFP導入遺伝子を用いてトランスフェクトした。グルコース取り込みは、培地中の0.5mMの2-デオキシ-D-グルコース(2-DG)を有する発光ベースのキット(Promega(登録商標))を使用して測定された。グルコース取り込みは、位相差画像法を使用して総細胞によって正規化された〔エラーバーは、S.E.Mを表す;状態当たりn=6の複製〕。図11A。グルコース(2-DG)取り込みは、最初の実験で、トランスフェクションの72時間後に測定された。図11B。グルコース(2-DG)取り込みは、第二の実験において、トランスフェクションの72時間後に測定された。図11C。グルコース(2-DG)取り込みは、トランスフェクションの96時間後に測定された。 図12A~12B。ヒトGLUT1(SLC2A1)の発現後のhCMEC/d3細胞における2-デオキシ-D-グルコース(グルコース)取り込みである。ヒト脳微小血管内皮細胞(hCMEC/d3)を、いくつかの内皮特異的プロモーター(すなわち、hFLT1、mTie1またはhGlut1)のうちの一つによって、またはユビキタスCMVプロモーターによって駆動されるhGLUT1-t2A-eGFP導入遺伝子を発現するプラスミドでトランスフェクトした。非トランスフェクトhCMEC/d3は、対照(CON)として使用された。グルコース取り込みは、培地中の2-デオキシ-D-グルコースの様々な濃度(0mM、0.1mM、0.5mMまたは1.0mM)を有する発光ベースのキット(Promega(登録商標))を使用して測定された。グルコース取り込みは、製造業者の推奨に従って実施されたRealTime-GloMT細胞生存率アッセイ(Promega(登録商標))を用いた多重化により、細胞単位で正規化された。図12Aは、ヒトGlut1(SLC2A1)を72時間の時点で発現させた後のhCMEC/d3細胞におけるグルコース取り込みを示す。図12Bは、ヒトGlut1(SLC2A1)を96時間の時点で発現させた後のhCMEC/d3細胞におけるグルコース取り込みを示す。 図13。hCMEC/d3細胞におけるhGLUT1(SLC2A1)のAAV9-媒介発現後の2-デオキシ-D-グルコース(グルコース)取り込み。ヒト脳微小血管内皮細胞(hCMEC/d3)を、CAG-GFP(陰性対照)のいずれかを発現するAAV9ベクター(3x10ベクターゲノム/細胞)、またはいくつかの内皮特異的プロモーター(すなわち、hFLT1、mTie1もしくはhGlut1)のうちの一つによって、またはユビキタスCMVプロモーターによって駆動されるhGLUT1導入遺伝子を用いて形質導入した。グルコース(2-DG)取り込みは、発光ベースのGlucose Uptake-Gloキット(Promega(登録商標))を使用して形質導入後72時間で測定され、RealTime-Glo MT細胞生存率アッセイ(Promega(登録商標))を使用して細胞当たりで正規化された〔エラーバーは、S.E.Mを表す;状態当たりn=4の複製〕。
発明の詳細な説明
定義
セクション見出しは、組織目的のみを目的としており、記述された主題を特定の態様または実施形態に限定するものとして解釈されるべきではない。
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が関連する当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等の方法および材料を本発明の実施において使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。本明細書に記載されたすべての刊行物、特許出願、特許、およびその他の参考文献は、その全体が参照により明示的に組み込まれる。矛盾する場合は、定義を含めて本明細書が優先される。更に、本明細書に記載される材料、方法、および実施例は、例示に過ぎず、限定することを意図するものではない。
本明細書に記載されるすべての刊行物および特許は、それぞれの個々の刊行物または特許が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されているかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾する場合は、本明細書の任意の定義を含めて本出願が優先される。しかしながら、本明細書に引用される任意の参照文献、記事、刊行物、特許、特許公開、および特許出願の言及は、有効な先行技術を構成するか、または世界の任意の国で共通の一般知識の一部を形成するという承認または任意の形態の提案とされるものではなく、またそのように解釈されるべきではない。
本記載では、別段の示唆がない限り、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比範囲、または整数範囲は、列挙された範囲内の任意の整数の値、および適切な場合にはその分数(例えば、整数の10分の1および100分の1など)を含むと理解されるべきである。用語「約」は、数字または数の直前にある場合、その数字または数がプラスまたはマイナス10%の範囲であることを意味する。本明細書で使用される場合、用語「a」および「an」は、別段の示唆がない限り、列挙された構成要素のうちの「一つ以上」を指すことが理解されるべきである。代替物(例えば、「または」)の使用は、代替物のいずれか一方、両方、またはそれらの任意の組み合わせのいずれかを意味すると理解されるべきである。用語「および/または」は、選択肢の一方または両方を意味すると理解されるべきである。本明細書で使用される場合、用語「含む(include)」および「含む(comprise)」は同義で使用される。
本明細書で使用される場合、用語「同一性」および「同一である」は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列に関して、BLASTアルゴリズムによって生成されたアライメントなどの、その「クエリー」配列と「対象」配列とのアライメントにおける、完全に一致している残基のパーセンテージを指す。同一性は、特に明記しない限り、対象配列の全長にわたって計算される。したがって、クエリー配列が、対象配列と整列しているときに、対象配列中の残基の少なくともx%(切り捨て)が、クエリー配列中の対応する残基と完全に一致するように整列される場合、クエリー配列は、対象配列と「少なくともx%の同一性を共有する」。対象配列が可変位置(例えば、Xで示される残基)を有する場合、クエリー配列中の任意の残基へのアライメントは、一致としてカウントされる。
本明細書で使用される場合、「AAVベクター」または「rAAVベクター」は、AAV末端反復配列(ITR)が隣接する一つ以上の対象ポリヌクレオチド(または導入遺伝子)を含む組換えベクターを指す。かかるAAVベクターは、repおよびcap遺伝子産物をコードし発現するプラスミドでトランスフェクトされた宿主細胞中に存在するとき、複製され、感染性ウイルス粒子にパッケージングされ得る。あるいは、AAVベクターは、rep遺伝子とcap遺伝子を発現するように安定的に操作された宿主細胞を使用して、感染性粒子にパッケージングされてもよい。
本明細書で使用される場合、「AAVビリオン」または「AAVウイルス粒子」または「AAVベクター粒子」は、少なくとも一つのAAVキャプシドタンパク質およびキャプシド化ポリヌクレオチドAAVベクターから構成されるウイルス粒子を指す。本明細書で使用される場合、粒子が、異種ポリヌクレオチド(すなわち、哺乳動物細胞に送達される導入遺伝子などの野生型AAVゲノム以外のポリヌクレオチド)を含む場合、通常、これは、「AAVベクター粒子」または単に「AAVベクター」と呼ばれる。したがって、AAVベクター粒子の産生は、ベクターがAAVベクター粒子内に含まれるため、必然的にAAVベクターの産生を含む。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、真核細胞においてポリヌクレオチドからのRNA転写の開始を促進することができるポリヌクレオチド配列を指す。
本明細書で使用される場合、「ベクターゲノム」は、ベクター(例えば、rAAVビリオン)によってパッケージングされたポリヌクレオチド配列を指し、隣接配列(AAV中、逆位末端反復)を含む。用語「発現カセット」および「ポリヌクレオチドカセット」は、隣接ITR配列間のベクターゲノムの部分を指す。「発現カセット」は、ベクターゲノムが、発現を駆動するエレメント(例えば、プロモーター)に動作可能に連結された遺伝子産物をコードする少なくとも一つの遺伝子を含むことを意味する。
本明細書で使用される場合、用語「必要とする患者」または「必要とする対象」は、本明細書に開示される組換え遺伝子療法ベクターまたは遺伝子編集システムを用いた治療または改善に適している疾患、障害、または状態のリスクのあるまたは罹患している患者または対象を指す。必要とする患者または対象は、例えば、中枢神経系に関連する障害と診断された患者または対象であってもよい。対象は、SLC2A1遺伝子内の突然変異、またはSLC2A1遺伝子のすべてもしくは一部の欠失、または遺伝子調節配列を有してもよく、これらはGLUT1タンパク質の異常な発現を引き起こす。「対象」および「患者」は、本明細書では互換的に使用される。本明細書に記載される方法によって治療される対象は、新生児、幼児、年少者または成人であってよい。
本明細書で使用される場合、用語「バリアント」または「機能的バリアント」は、互換的に、親タンパク質の一つまたは複数の所望の活性を保持する親タンパク質と比較して、一つ以上のアミノ酸置換、挿入、または欠失を有するタンパク質を指す。
本明細書で使用される場合、「遺伝的破壊」は、遺伝子における機能の部分的または完全な喪失または異常な活動を意味する。例えば、対象は、対象の少なくとも一部の細胞(例えば、内皮細胞および/またはニューロン)において、GLUT1タンパク質の発現を減少させるか、またはGLUT1タンパク質の喪失もしくは異常機能をもたらす、SLC2A1遺伝子の発現または機能における遺伝的破壊に苦しみ得る。
本明細書で使用される場合、「治療する」とは、疾患または障害の一つまたは複数の症状を改善することを指す。用語「予防する」は、疾患もしくは障害の一つまたは複数の症状の発症を遅延もしくは中断すること、またはSLC2A1関連神経系疾患もしくは障害、例えば、GLUT1欠損症症候群(GLUT1 DS)の進行を遅らせることを指す。
GLUT1タンパク質またはポリヌクレオチド
本開示は、グルコーストランスポーター1(GLUT1)タンパク質に関連する組成物および使用方法を企図する。SLC2A1における様々な変異は、GLUT1 DSと関連していることが知られている。遺伝性およびde novo変異の両方が観察されている。一部の事例では、ヘテロ接合性ミスセンス変異は、疾患を引き起こすのに十分である。
GLUT1のポリペプチド配列は以下の通りである。
MEPSSKKLTGRLMLAVGGAVLGSLQFGYNTGVINAPQKVIEEFYNQTWVHRYGESILPTTLTTLWSLSVAIFSVGGMIGSFSVGLFVNRFGRRNSMLMMNLLAFVSAVLMGFSKLGKSFEMLILGRFIIGVYCGLTTGFVPMYVGEVSPTALRGALGTLHQLGIVVGILIAQVFGLDSIMGNKDLWPLLLSIIFIPALLQCIVLPFCPESPRFLLINRNEENRAKSVLKKLRGTADVTHDLQEMKEESRQMMREKKVTILELFRSPAYRQPILIAVVLQLSQQLSGINAVFYYSTSIFEKAGVQQPVYATIGSGIVNTAFTVVSLFVVERAGRRTLHLIGLAGMAGCAILMTIALALLEQLPWMSYLSIVAIFGFVAFFEVGPGPIPWFIVAELFSQGPRPAAIAVAGFSNWTSNFIVGMCFQYVEQLCGPYVFIIFTVLLVLFFIFTYFKVPETKGRTFDEIASGFRQGGASQSDKTPEELFHPLGADSQV
(配列番号:26)。
一部の実施形態では、GLUT1タンパク質は、配列番号:26)と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリペプチド配列を含む。
一部の実施形態では、本開示は、キャプシドおよびベクターゲノムを含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ビリオンを提供し、ベクターゲノムは、プロモーターに動作可能に連結されたGLUT1タンパク質またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本開示は、キャプシドおよびベクターゲノムを含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ビリオンを提供し、ベクターゲノムは、プロモーターに動作可能に連結されたGLUT1タンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を含む。GLUT1タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含み得る。
ATGGAGCCCAGCAGCAAGAAGCTGACGGGTCGCCTCATGCTGGCCGTGGGAGGAGCAGTGCTTGGCTCCCTGCAGTTTGGCTACAACACTGGAGTCATCAATGCCCCCCAGAAGGTGATCGAGGAGTTCTACAACCAGACATGGGTCCACCGCTATGGGGAGAGCATCCTGCCCACCACGCTCACCACGCTCTGGTCCCTCTCAGTGGCCATCTTTTCTGTTGGGGGCATGATTGGCTCCTTCTCTGTGGGCCTTTTCGTTAACCGCTTTGGCCGGCGGAATTCAATGCTGATGATGAACCTGCTGGCCTTCGTGTCCGCCGTGCTCATGGGCTTCTCGAAACTGGGCAAGTCCTTTGAGATGCTGATCCTGGGCCGCTTCATCATCGGTGTGTACTGCGGCCTGACCACAGGCTTCGTGCCCATGTATGTGGGTGAAGTGTCACCCACAGCCCTTCGTGGGGCCCTGGGCACCCTGCACCAGCTGGGCATCGTCGTCGGCATCCTCATCGCCCAGGTGTTCGGCCTGGACTCCATCATGGGCAACAAGGACCTGTGGCCCCTGCTGCTGAGCATCATCTTCATCCCGGCCCTGCTGCAGTGCATCGTGCTGCCCTTCTGCCCCGAGAGTCCCCGCTTCCTGCTCATCAACCGCAACGAGGAGAACCGGGCCAAGAGTGTGCTAAAGAAGCTGCGCGGGACAGCTGACGTGACCCATGACCTGCAGGAGATGAAGGAAGAGAGTCGGCAGATGATGCGGGAGAAGAAGGTCACCATCCTGGAGCTGTTCCGCTCCCCCGCCTACCGCCAGCCCATCCTCATCGCTGTGGTGCTGCAGCTGTCCCAGCAGCTGTCTGGCATCAACGCTGTCTTCTATTACTCCACGAGCATCTTCGAGAAGGCGGGGGTGCAGCAGCCTGTGTATGCCACCATTGGCTCCGGTATCGTCAACACGGCCTTCACTGTCGTGTCGCTGTTTGTGGTGGAGCGAGCAGGCCGGCGGACCCTGCACCTCATAGGCCTCGCTGGCATGGCGGGTTGTGCCATACTCATGACCATCGCGCTAGCACTGCTGGAGCAGCTACCCTGGATGTCCTATCTGAGCATCGTGGCCATCTTTGGCTTTGTGGCCTTCTTTGAAGTGGGTCCTGGCCCCATCCCATGGTTCATCGTGGCTGAACTCTTCAGCCAGGGTCCACGTCCAGCTGCCATTGCCGTTGCAGGCTTCTCCAACTGGACCTCAAATTTCATTGTGGGCATGTGCTTCCAGTATGTGGAGCAACTGTGTGGTCCCTACGTCTTCATCATCTTCACTGTGCTCCTGGTTCTGTTCTTCATCTTCACCTACTTCAAAGTTCCTGAGACTAAAGGCCGGACCTTCGATGAGATCGCTTCCGGCTTCCGGCAGGGGGGAGCCAGCCAAAGTGACAAGACACCCGAGGAGCTGTTCCATCCCCTGGGGGCTGATTCCCAAGTG
(配列番号5)
一部の実施形態では、GLUT1タンパク質をコードするポリヌクレオチド配列は、コドン最適化配列である。GLUT1タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含み得る。
ATGGAACCATCATCCAAAAAGCTGACCGGACGACTGATGCTTGCAGTTGGCGGTGCGGTCTTGGGGAGCCTGCAGTTTGGGTACAATACTGGCGTAATCAATGCCCCGCAGAAGGTTATTGAAGAATTTTACAATCAAACGTGGGTACATCGCTACGGTGAATCCATTCTTCCTACAACTCTGACCACACTCTGGAGCCTTTCTGTAGCGATTTTTTCCGTCGGGGGCATGATAGGATCATTTTCCGTCGGTCTTTTTGTGAACCGCTTTGGCCGGAGAAATTCCATGCTGATGATGAATCTTCTCGCTTTCGTGAGTGCCGTCCTCATGGGATTTAGTAAACTGGGTAAATCTTTCGAGATGTTGATACTGGGGAGATTTATTATCGGCGTGTATTGTGGTTTGACCACGGGCTTTGTACCAATGTATGTTGGCGAGGTTTCTCCGACAGCATTGAGAGGTGCACTCGGGACCTTGCACCAGTTGGGCATCGTAGTAGGAATCCTTATAGCGCAAGTTTTCGGGCTCGATTCCATCATGGGGAACAAAGATCTCTGGCCATTGCTCCTCTCAATAATTTTTATACCGGCATTGCTTCAGTGTATTGTTCTTCCTTTTTGCCCAGAGTCCCCTAGGTTCCTGCTCATAAACAGGAATGAGGAGAATCGCGCTAAGTCCGTGTTGAAAAAACTTAGGGGAACTGCAGACGTTACTCACGATTTGCAAGAGATGAAGGAGGAATCTAGGCAAATGATGCGCGAGAAGAAGGTTACCATACTCGAACTCTTCCGCTCCCCCGCGTACAGGCAGCCCATTCTTATCGCGGTCGTCTTGCAGTTGTCACAACAGTTGAGTGGGATTAATGCAGTTTTCTATTATAGCACGTCCATATTTGAAAAAGCAGGCGTCCAACAACCTGTCTATGCAACTATAGGCTCAGGCATTGTAAACACAGCGTTTACTGTAGTATCACTGTTTGTCGTTGAGCGGGCTGGTCGAAGGACCTTGCACCTCATAGGACTGGCGGGCATGGCGGGCTGTGCGATTCTTATGACAATTGCGCTCGCGCTGTTGGAACAGCTTCCGTGGATGTCCTATCTCTCTATAGTAGCAATATTTGGATTTGTTGCATTTTTTGAAGTTGGGCCCGGACCTATCCCCTGGTTCATCGTCGCGGAGCTCTTTTCCCAAGGCCCAAGACCGGCTGCCATTGCTGTTGCAGGCTTCTCAAACTGGACGAGTAATTTCATAGTAGGTATGTGTTTCCAGTATGTTGAACAGCTCTGTGGGCCCTATGTCTTTATCATCTTTACTGTGTTGCTCGTGTTGTTCTTTATCTTCACTTATTTCAAAGTACCCGAGACAAAGGGCAGGACGTTTGACGAGATTGCATCTGGTTTTAGACAAGGAGGTGCCTCACAGAGTGATAAAACCCCGGAGGAATTGTTTCATCCGCTGGGAGCCGACTCACAGGTC
(配列番号27)
任意選択的に、ベクターゲノムをコードするポリヌクレオチド配列は、GCCACCATGG(配列番号28)を含むがこれに限定されないコザック配列を含んでもよい。コザック配列は、GLUT1タンパク質またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列と重複してもよい。例えば、ベクターゲノムは、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列(コザックは下線あり)を含んでもよい。
gccaccATGGAGCCCAGCAGCAAGAAGCTGACGGGTCGCCTCATGCTGGCCGTGGGAGGAGCAGTGCTTGGCTCCCTGCAGTTTGGCTACAACACTGGAGTCATCAATGCCCCCCAGAAGGTGATCGAGGAGTTCTACAACCAGACATGGGTCCACCGCTATGGGGAGAGCATCCTGCCCACCACGCTCACCACGCTCTGGTCCCTCTCAGTGGCCATCTTTTCTGTTGGGGGCATGATTGGCTCCTTCTCTGTGGGCCTTTTCGTTAACCGCTTTGGCCGGCGGAATTCAATGCTGATGATGAACCTGCTGGCCTTCGTGTCCGCCGTGCTCATGGGCTTCTCGAAACTGGGCAAGTCCTTTGAGATGCTGATCCTGGGCCGCTTCATCATCGGTGTGTACTGCGGCCTGACCACAGGCTTCGTGCCCATGTATGTGGGTGAAGTGTCACCCACAGCCCTTCGTGGGGCCCTGGGCACCCTGCACCAGCTGGGCATCGTCGTCGGCATCCTCATCGCCCAGGTGTTCGGCCTGGACTCCATCATGGGCAACAAGGACCTGTGGCCCCTGCTGCTGAGCATCATCTTCATCCCGGCCCTGCTGCAGTGCATCGTGCTGCCCTTCTGCCCCGAGAGTCCCCGCTTCCTGCTCATCAACCGCAACGAGGAGAACCGGGCCAAGAGTGTGCTAAAGAAGCTGCGCGGGACAGCTGACGTGACCCATGACCTGCAGGAGATGAAGGAAGAGAGTCGGCAGATGATGCGGGAGAAGAAGGTCACCATCCTGGAGCTGTTCCGCTCCCCCGCCTACCGCCAGCCCATCCTCATCGCTGTGGTGCTGCAGCTGTCCCAGCAGCTGTCTGGCATCAACGCTGTCTTCTATTACTCCACGAGCATCTTCGAGAAGGCGGGGGTGCAGCAGCCTGTGTATGCCACCATTGGCTCCGGTATCGTCAACACGGCCTTCACTGTCGTGTCGCTGTTTGTGGTGGAGCGAGCAGGCCGGCGGACCCTGCACCTCATAGGCCTCGCTGGCATGGCGGGTTGTGCCATACTCATGACCATCGCGCTAGCACTGCTGGAGCAGCTACCCTGGATGTCCTATCTGAGCATCGTGGCCATCTTTGGCTTTGTGGCCTTCTTTGAAGTGGGTCCTGGCCCCATCCCATGGTTCATCGTGGCTGAACTCTTCAGCCAGGGTCCACGTCCAGCTGCCATTGCCGTTGCAGGCTTCTCCAACTGGACCTCAAATTTCATTGTGGGCATGTGCTTCCAGTATGTGGAGCAACTGTGTGGTCCCTACGTCTTCATCATCTTCACTGTGCTCCTGGTTCTGTTCTTCATCTTCACCTACTTCAAAGTTCCTGAGACTAAAGGCCGGACCTTCGATGAGATCGCTTCCGGCTTCCGGCAGGGGGGAGCCAGCCAAAGTGACAAGACACCCGAGGAGCTGTTCCATCCCCTGGGGGCTGATTCCCAAGTG
(配列番号29)
一部の実施形態では、コザック配列は、以下のうちのいずれか一つを含むまたはからなる代替コザック配列である:
(gcc)gccRccAUGG(配列番号30)
AGNNAUGN;
ANNAUGG;
ACCAUGG、および
GACACCAUGG(配列番号31)。
一部の実施形態では、ベクターゲノムは、コザック配列を含まない。
ベクターゲノム
本開示のAAVビリオンは、ベクターゲノムを含む。ベクターゲノムは、発現カセット(またはポリヌクレオチド配列の発現を必要としない遺伝子編集用途のためのポリヌクレオチドカセット)を含んでもよい。任意の好適な逆位末端反復(ITR)を使用してもよい。ITRは、キャプシドと同じ血清型由来であってもよく、または異なる血清型由来であってもよい(例えば、AAV2 ITRが使用され得る)。
一部の実施形態では、5’ITRは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
(配列番号32)
一部の実施形態では、5’ITRは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
GCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTTGTAGTTAATGATTAACCCGCCATGCTACTTATCTACGTA
(配列番号6)
一部の実施形態では、5’ITRは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
CTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTTGTAGTTAATGATTAACCCGCCATGCTACTTATCTACGTA
(配列番号33)
一部の実施形態では、3’ITRは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
(配列番号34)
一部の実施形態では、3’ITRは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
TACGTAGATAAGTAGCATGGCGGGTTAATCATTAACTACAAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGC
(配列番号7)
一部の実施形態では、ベクターゲノムは、例えば、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である一つ以上のフィラー(filler)配列を含む。
GCGGCAATTCAGTCGATAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGATTTAAATACGCGCTCTCTTAAGGTAGCCCCGGGACGCGTCAATTGACTACAAACCGAGTATCTGCAGAGGGCCCTGCGTATG(配列番号35)
CTTCTGAGGCGGAAAGAACCAGATCCTCTCTTAAGGTAGCATCGAGATTTAAATTAGGGATAACAGGGTAATGGCGCGGGCCGC(配列番号36)
GTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACATTTCTGCTCACTGCAACCTCCTCCTCCCTGGGTTC(配列番号37)
プロモーター
一部の実施形態では、GLUT1タンパク質またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列は、プロモーターに動作可能に連結される。
本開示は、様々なプロモーターの使用を企図する。本開示の実施形態で有用なプロモーターとしては、限定されないが、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)プロモーター、またはCMVエンハンサーと、ニワトリベータ-アクチンプロモーターおよびウサギベータ-グロビン遺伝子の一部(CAG)とから構成されるプロモーター配列が挙げられる。場合によっては、プロモーターは合成プロモーターであってもよい。合成プロモーターの例は、Schlabach et al PNAS USA 107(6):2538-43(2010)により提供される。一部の実施形態では、プロモーターは、以下と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
ACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTCGAGGTGAGCCCCACGTTCTGCTTCACTCTCCCCATCTCCCCCCCCTCCCCACCCCCAATTTTGTATTTATTTATTTTTTAATTATTTTGTGCAGCGATGGGGGCGGGGGGGGGGGGGGCGCGCGCCAGGCGGGGCGGGGCGGGGCGAGGGGCGGGGCGGGGCGAGGCGGAGAGGTGCGGCGGCAGCCAATCAGAGCGGCGCGCTCCGAAAGTTTCCTTTTATGGCGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCTATAAAAAGCGAAGCGCGCGGCGGGCGG
(配列番号38)
一部の実施形態では、GLUT1タンパク質、またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列は、誘導性プロモーターに動作可能に連結される。誘導性プロモーターは、薬剤の添加若しくは蓄積に応答して、または薬剤の除去、分解、若しくは希釈に応答して、ポリヌクレオチド配列を転写的に発現させるか、または転写的に発現させないように構成され得る。薬剤は薬物であってもよい。薬剤は、テトラサイクリンまたはその誘導体の一つであってもよく、これには限定されないが、ドキシサイクリンが含まれる。場合によっては、誘導性プロモーターは、tet-onプロモーター、tet-offプロモーター、化学的に調節されたプロモーター、物理的に調節されたプロモーター(すなわち、光の存在若しくは不在、または低温若しくは高温に応答するプロモーター)である。誘導性プロモーターには、重金属イオン誘導性プロモーター(マウス乳腺腫瘍ウイルス(mMTV)プロモーターまたは様々な成長ホルモンプロモーターなど)、およびT7 RNAポリメラーゼの存在下で活性なT7ファージ由来のプロモーターが含まれる。誘導性プロモーターのこのリストは非限定的である。
場合によっては、プロモーターは、非神経細胞よりもニューロンで発現を駆動することができるプロモーターなどの組織特異的プロモーターである。一部の実施形態では、組織特異的プロモーターは、ニューロン特異的プロモーターである。一部の実施形態では、組織特異的プロモーターは、hSYN1(ヒトシナプシン)、INA(アルファインターネキシン)、NES(ネスチン)、TH(チロシンヒドロキシラーゼ)、FOXA2(フォークヘッドボックスA2)、CaMKII(カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII)、およびNSE(ニューロン特異的エノラーゼ)を含むがこれに限定されない、任意の様々なニューロン特異的プロモーターから選択される。場合によっては、プロモーターはユビキタスプロモーターである。「ユビキタスプロモーター」は、実験条件または臨床条件下で組織特異的ではないプロモーターを指す。場合によっては、ユビキタスプロモーターは、CMV、CAG、UBC、PGK、EF1-アルファ、GAPDH、SV40、HBV、ニワトリベータ-アクチン、およびヒトベータ-アクチンプロモーターのうちのいずれか一つである。
一部の実施形態では、プロモーター配列は、表3から選択される。一部の実施形態では、プロモーターは、配列番号1~3および39~51と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
(表3)
Figure 2023536902000002
Figure 2023536902000003
Figure 2023536902000004
Figure 2023536902000005
Figure 2023536902000006
Figure 2023536902000007
Figure 2023536902000008
Figure 2023536902000009
Figure 2023536902000010
Figure 2023536902000011
Figure 2023536902000012
Figure 2023536902000013
Figure 2023536902000014
Figure 2023536902000015
Figure 2023536902000016
好ましい実施形態では、ベクターゲノムは、配列番号1と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。好ましい実施形態では、ベクターゲノムは、配列番号2と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。好ましい実施形態では、ベクターゲノムは、配列番号3と、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
プロモーターの更なる例示的な例は、シミアンウイルス40由来のSV40後期プロモーター、バキュロウイルス多面体エンハンサー/プロモーターエレメント、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV tk)、サイトメガロウイルス(CMV)由来の最初期プロモーター、およびLTRエレメントを含む様々なレトロウイルスプロモーターである。多種多様な他のプロモーターが既知であり、当技術分野で一般的に利用可能であり、多くのそのようなプロモーターの配列は、GenBankデータベースなどの配列データベースで利用可能である。
その他の調節エレメント
場合によっては、本開示のベクターは、エンハンサー、イントロン、ポリAシグナル、2Aペプチドコード配列、WPRE(ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント)、およびHPRE(B型肝炎転写後調節エレメント)からなる群から選択される一つまたは複数の調節エレメントを更に含む。
一部の実施形態では、ベクターはCMVエンハンサーを含む。
特定の実施形態では、ベクターは、一つまたは複数のエンハンサーを含む。特定の実施形態では、エンハンサーは、CMVエンハンサー配列、GAPDHエンハンサー配列、β-アクチンエンハンサー配列、またはEF1-αエンハンサー配列である。前述の配列は、当該技術分野で公知である。例えば、CMV最初期(IE)エンハンサーの配列は、以下のとおりである。
CGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATG
(配列番号52)
特定の実施形態では、ベクターは、一つまたは複数のイントロンを含む。特定の実施形態では、イントロンは、ウサギグロビンイントロン配列、ニワトリβ-アクチンイントロン配列、合成イントロン配列、またはEF1-αイントロン配列である。
ある特定の実施形態では、ベクターはポリA配列を含む。特定の実施形態では、ポリA配列は、ウサギグロビンポリA配列、ヒト成長ホルモンポリA配列、ウシ成長ホルモンポリA配列、PGKポリA配列、SV40ポリA配列、またはTKポリA配列である。一部の実施形態では、ポリAシグナルは、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル(bGHpA)であってもよい。
特定の実施形態では、ベクターは、一つまたは複数の転写物安定化エレメントを含む。特定の実施形態では、転写物安定化エレメントは、WPRE配列、HPRE配列、足場付着領域、3’UTR、または5’UTRである。特定の実施形態では、ベクターは、5’UTRおよび3’UTRの両方を含む。
一部の実施形態では、ベクターは、表4から選択される5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、ベクターゲノムは、配列番号53~61のいずれか一つと、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
(表4)
Figure 2023536902000017
Figure 2023536902000018
Figure 2023536902000019
Figure 2023536902000020
Figure 2023536902000021
一部の実施形態では、ベクターは、表5から選択される3’非翻訳領域を含む。一部の実施形態では、ベクターゲノムは、配列番号62~70のいずれか一つと、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
(表5)
Figure 2023536902000022
Figure 2023536902000023
Figure 2023536902000024
Figure 2023536902000025
Figure 2023536902000026
一部の実施形態では、ベクターは、表6から選択されるポリアデニル化(ポリA)シグナルを含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルは、配列番号71~75のいずれか一つと、少なくとも75%、80%、85%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列を含む。
(表6)
Figure 2023536902000027
Figure 2023536902000028
例示的ベクターゲノムは、配列番号17~25として提供される図2~8に示される。各配列の大文字の部分は、発現カセット(配列番号8~16、配列番号97、配列番号99、および配列番号101)である。一部の実施形態では、ベクターゲノムは、任意選択的に小文字でITR配列を有するまたは有さない、配列番号8~16、配列番号97、配列番号99、および配列番号101のいずれか一つと、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。コード配列は下線付きである。発現カセットは大文字である。
アデノ随伴ウイルスベクター
アデノ随伴ウイルス(AAV)は複製欠損パルボウイルスであり、その一本鎖DNAゲノムは約4.7kbの長さであり、二つの約145ヌクレオチド逆位末端反復(ITR)を含む。AAVには複数の既知のバリアントがあり、抗原エピトープによって分類される場合、血清型と呼ばれることもある。AAV血清型のゲノムのヌクレオチド配列は既知である。例えば、AAV-1の全ゲノムは、GenBank登録番号NC_002077で提供され、AAV-2の全ゲノムは、GenBank登録番号NC_001401およびSrivastava et al.,J.Virol.,45:555-564(1983)で提供され、AAV-3の全ゲノムは、GenBank登録番号NC_1829で提供され、AAV-4の全ゲノムは、GenBank登録番号NC_001829で提供され、AAV-5のゲノムは、GenBank登録番号AF085716で提供され、AAV-6の全ゲノムは、GenBank登録番号NC_00 1862で提供され、AAV-7およびAAV-8ゲノムの少なくとも一部は、それぞれGenBank登録番号AX753246およびAX753249で提供され、AAV-9のゲノムは、Gao et al.,J.Virol.,78:6381-6388(2004)で提供され、AAV-10のゲノムはMol.Ther.,13(1):67-76 (2006)で提供され、AAV-11ゲノムはVirology,330(2):375-383(2004)で提供される。AAVrh.74ゲノムの配列は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第9,434,928号で提供されている。ウイルスDNA複製(rep)、キャプシド形成/パッケージング、および宿主細胞染色体組込みを導くシス作用配列は、AAV ITR内に含まれる。三つのAAVプロモーター(それらの相対マップ位置からp5、p19、およびp40と命名)は、rep遺伝子およびcap遺伝子をコードする二つのAAV内部オープンリーディングフレームの発現を駆動する。単一のAAVイントロン(ヌクレオチド2107および2227)のディファレンシャルスプライシング(differential splicing)と連動して二つのrepプロモーター(p5およびp19)は、rep遺伝子から四つのrepタンパク質(rep78、rep68、rep52、およびrep40)を産生する。Repタンパク質は、ウイルスゲノムの複製を最終的に担う複数の酵素特性を有する。cap遺伝子は、p40プロモーターから発現され、三つのキャプシドタンパク質VP1,VP2、およびVP3をコードする。選択的スプライシングおよび非コンセンサス翻訳開始部位は、三つの関連するキャプシドタンパク質の産生に関与する。単一のコンセンサスポリアデニル化部位は、AAVゲノムのマップ位置95にある。AAVのライフサイクルと遺伝学は、Muzyczka,Current Topics in Microbiology and Immunology,158:97-129(1992)で概説されている。
AAVは、例えば遺伝子療法などで外来DNAを細胞に送達するためのベクターとして魅力的な独自の特徴を有している。培養中の細胞のAAV感染は非細胞変性であり、ヒトおよび他の動物の自然感染は無症状および無症候性である。更に、AAVは多くの哺乳動物細胞に感染し、インビボで多くの異なる組織を標的化する可能性を許容する。更に、AAVはゆっくりと分裂する細胞と分裂しない細胞に形質導入し、転写的に活性な核エピソーム(染色体外エレメント)として、これらの細胞の生存期間に本質的に存続することができる。AAVプロウイルスゲノムは、プラスミド内にクローン化DNAとして挿入され、これにより組換えゲノムの構築が実現可能となる。更に、AAV複製およびゲノムのキャプシド化を指示するシグナルは、AAVゲノムのITR内に含まれているため、ゲノムの内部約4.3kbの一部またはすべて(複製および構造キャプシドタンパク質、rep-capをコードする)は、外来DNAで置換されてもよい。AAVベクターを生成するために、repタンパク質およびcapタンパク質をトランスで提供してもよい。AAVのもう一つの重要な特徴は、AAVが非常に安定した強力なウイルスであることである。アデノウイルスの不活化に使用される条件(56°~65℃で数時間)に容易に耐え、AAVの低温保存の重要性を軽減する。AAVは凍結乾燥することもできる。最後に、AAV感染細胞は重複感染に耐性がない。
rAAVゲノム中のAAV DNAは、組換えウイルスが誘導され得る任意のAAVバリアントまたは血清型由来であってもよく、AAVバリアントまたは血清型には、AAV-1、 AAV-2、AAV-3、AAV-4、AAV-5、AAV-6、AAV-7、AAV-8、AAV-9、AAV-10、AAV-11、AAV-12、AAV-13、およびAAVrh10が含まれるが、これらに限定されない。シュードタイプ化されたrAAVの製造は、例えば、WO01/83692に開示されている。キャプシド変異を伴うrAAVなどの他のタイプのrAAVバリアントも意図されている。例えば、Marsic et al.,Molecular Therapy,22(11):1900-1909(2014)を参照されたい。様々なAAV血清型のゲノムのヌクレオチド配列は、当該技術分野で公知である。
場合によっては、rAAVは自己相補的なゲノムを含む。本明細書で定義されるように、「自己相補的」または「二本鎖」ゲノムを含むrAAVは、McCarty et al.に記載されるように、rAAVのコード領域が分子内二本鎖DNA鋳型を形成するように構成されるように操作されたrAAVを指す。自己相補的な組換えアデノ随伴ウイルス(scAAV)ベクターは、DNA合成とは独立した効率的な形質導入を促進する。Gene Therapy.8(16):1248-54(2001)。本開示は、感染(形質導入のような)時に、rAAVゲノムの第二の鎖の細胞介在性合成を待つのではなく、scAAVの二つの相補的な半分が、すぐに複製及び転写ができる一つの二重鎖DNA(dsDNA)ユニットを形成するので、場合によっては、自己相補的ゲノムを含むrAAVの使用を企図する。rAAVに見られる完全コード容量(4.7~6kb)の代わりに、自己相補的ゲノムを含むrAAVは、その量の約半分(約2.4kb)しか保持できないことが理解されよう。
他の場合では、rAAVベクターは一本鎖のゲノムを含む。本明細書で定義されるように、「単一標準」ゲノムは、自己相補的ではないゲノムを指す。ほとんどの場合、非組換えAAVは一本鎖DNAゲノムを有している。rAAVは、細胞の効率的な形質導入を達成するためにscAAVであるべきといういくつかの兆候があった。しかしながら、本開示は、rAAVベクターの他の遺伝子改変が、標的細胞において最適な遺伝子転写を得るために有益であり得るという理解の下で、自己相補的ゲノムではなく、一本鎖ゲノムを有するかもしれないrAAVベクターを企図している。場合によっては、本開示は、マウス眼の前眼部への効率的な遺伝子導入を達成できる一本鎖rAAVベクターに関する。Wang et al.Single stranded adeno-associated virus achieves efficient gene transfer to anterior segment in the mouse eye.PLoS ONE 12(8):e0182473(2017)を参照されたい。
場合によっては、rAAVベクターは、血清型AAV1、AAV2、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、 AAVrh10、又はAAVrh74のベクターである。シュードタイプ化されたrAAVの産生は、例えば、WO 01/83692に開示されている。キャプシド変異を伴うrAAVなどの他のタイプのrAAVバリアントも意図されている。例えば、Marsic et al.,Molecular Therapy,22(11):1900-1909(2014)を参照されたい。場合によっては、rAAVベクターは血清型AAV9のベクターである。いくつかの実施形態では、当該rAAVベクターは、血清型AAV9のベクターであり、一本鎖ゲノムを含む。いくつかの実施形態では、当該rAAVベクターは、血清型AAV9のベクターであり、自己相補的ゲノムを含む。いくつかの実施形態では、rAAVベクターは、AAV2の逆位末端反復(ITR)の配列を含む。一部の実施形態では、rAAVベクターはAAV2ゲノムを含み、その結果、rAAVベクターはAAV-2/9ベクター、AAV-2/6ベクター、またはAAV-2/8ベクターである。
最も良く知られているAAVに対する完全長配列およびキャプシド遺伝子の配列は、米国特許第8,524,446号に提供され、その全体が本明細書に組み込まれる。
AAVベクターは、野生型AAV配列を含んでよく、または野生型AAV配列に対する一つ以上の改変を含んでもよい。ある特定の実施形態では、AAVベクターは、キャプシドタンパク質、例えば、VP1,VP2および/またはVP3内に、例えば置換、欠失、または挿入などの一つ以上のアミノ酸改変を含む。特定の実施形態では、改変は、AAVベクターが対象に提供されるとき、免疫原性の低下をもたらす。
rAAVのキャプシドタンパク質は、rAAVが内皮細胞、またはより具体的には内皮先端細胞などの対象の特定標的組織に標的化されるように改変されてもよい。一部の実施形態ではは、rAAVは対象の脳室内に直接注射される。
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAV2 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAV2キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAV2キャプシドは、例えば、以下などの参照AAV2キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDTLSEGIRQWWKLKPGPPPPKPAERHKDDSRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDRQLDSGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEPVKTAPGKKRPVEHSPVEPDSSSGTGKAGQQPARKRLNFGQTGDADSVPDPQPLGQPPAAPSGLGTNTMATGSGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSTWMGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMVPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTNTPSGTTTQSRLQFSQAGASDIRDQSRNWLPGPCYRQQRVSKTSADNNNSEYSWTGATKYHLNGRDSLVNPGPAMASHKDDEEKFFPQSGVLIFGKQGSEKTNVDIEKVMITDEEEIRTTNPVATEQYGSVSTNLQRGNRQAATADVNTQGVLPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPSTTFSAAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVNVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号76)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAV9 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAV9キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAV9キャプシドは、例えば、以下などの参照AAV9キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号77)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAV6 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAV6キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAV6キャプシドは、例えば、以下などの参照AAV6キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPFGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPATPAAVGPTTMASGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSASTGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLNRTQNQSGSAQNKDLLFSRGSPAGMSVQPKNWLPGPCYRQQRVSKTKTDNNNSNFTWTGASKYNLNGRESIINPGTAMASHKDDKDKFFPMSGVMIFGKESAGASNTALDNVMITDEEEIKATNPVATERFGTVAVNLQSSSTDPATGDVHVMGALPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL
(配列番号78)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAVrh.10 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAVrh.10キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAVrh.10キャプシドは、例えば、以下などの参照AAVrh.10キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPIGEPPAGPSGLGSGTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYQFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTDGTYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号79)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAV8 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAV8キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAV8キャプシドは、例えば、以下などの参照AAV8キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGATNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFTYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQTTGGTANTQTLGFSQGGPNTMANQAKNWLPGPCYRQQRVSTTTGQNNNSNFAWTAGTKYHLNGRNSLANPGIAMATHKDDEERFFPSNGILIFGKQNAARDNADYSDVMLTSEEEIKTTNPVATEEYGIVADNLQQQNTAPQIGTVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQSKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTSVDFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号80)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAVrh.74 rAAVビリオンである。キャプシドの多くは、AAVrh.74キャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAVrh.74キャプシドは、例えば、以下などの参照AAVrh.74キャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVESPVKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPIGEPPAGPSGLGSGTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号81)
一部の実施形態では、rAAVビリオンは、AAV-PHP.B rAAVビリオンまたはその神経栄養性のバリアントであり、例えば、国際特許公開第WO2015/038958A1号および第WO2017/100671A1号に開示されているものなどであるが、これらに限定されない。例えば、AAVキャプシドは、配列TLAVPFK(配列番号83)またはKFPVALT(配列番号84)からの少なくとも4つの連続アミノ酸を含んでもよく、例えば、AAV9のアミノ酸588および589をコードする配列の間に挿入される。
キャプシドの多くは、AAV-PHP.Bキャプシドまたはその機能的バリアントである。一部の実施形態では、AAV-PHP.Bキャプシドは、例えば、以下などの参照AAV-PHP.Bキャプシドと少なくとも98%、99%、または100%の同一性を共有する。
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
(配列番号82)
本開示のrAAVビリオンに使用される更なるAAVキャプシドには、国際特許公開第WO2009/012176A2号および第WO2015/168666A2号に開示されているものが含まれる。
理論に拘束されるものではないが、本発明者らは、AAV9ベクターまたはAAVrh.10ベクターが、ベクターの広範なCNS分布を付与するであろうと決定した。理論に拘束されるものではないが、本発明者らはさらに、AAV6ベクターが標的内皮細胞にいくらかの特異性を提供し得ると決定した。AAV8およびAAVrh.10を含むがこれに限定されない他のベクター血清型を使用してもよい。
一部の実施形態では、rAAVベクターはAAV2ベクターではない。理論に拘束されるものではないが、本発明者らは、場合によっては、AAV2ベクターの使用が、内皮細胞に加えて、または内皮細胞の代わりに神経細胞の形質導入をもたらすと決定した。理論に拘束されるものではないが、本発明者らはさらに、CNS内のAAV2ベクターの広がりは、ヘパラン硫酸プロテオグリカン(HSPG)受容体とのその相互作用によって制限されることを決定した。
医薬組成物およびキット
一態様では、本開示は、本開示のrAAVビリオンと、一つまたは複数の薬学的に許容可能な担体、希釈剤、または賦形剤と、を含む医薬組成物を提供する。
例えば、注射による投与の目的のために、滅菌水溶液などの様々な溶液を使用することができる。このような水溶液は、所望により緩衝されてもよく、液体希釈剤は、生理食塩水またはグルコースによって最初に等張することができる。遊離酸(DNAは酸性リン酸基を含有する)または薬理学的に許容可能な塩としてのrAAVの溶液は、例えば0.001%または0.01%のPoloxamer 188などの界面活性剤と好適に混合された水中で調製することができる。rAAVの分散体は、グリセロール、液体ポリエチレングリコールおよびその混合物、ならびに油中で調製されてもよい。通常の保存および使用の条件下で、これらの調製物は、微生物の増殖を防ぐための防腐剤を含有する。この関連で、使用される滅菌水性媒体はすべて、当業者に周知の標準技術によって容易に取得可能である。
注射可能な使用に適した医薬品形態としては、これらに限定されないが、滅菌水溶液または分散液、並びに滅菌注射溶液または分散液の即時調製のための滅菌粉末が挙げられる。いずれの場合も、形態は滅菌されており、容易に注射可能な(syringability)程度に流動的でなければならない。製造および保管の条件下で安定であり、細菌および真菌などの微生物の汚染作用に対して保護されていなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど)、それらの好適な混合物、および植物油を含有する溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散体の場合に必要な粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなどによってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば、糖または塩化ナトリウムを含めることが好ましい。注射用組成物の長期間の吸収は、吸収を遅らせる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンの使用によってもたらされ得る。
滅菌注射可能な溶液は、必要に応じて、上記で列挙された様々な他の成分と、適切な溶媒中に必要な量のrAAVを組み込み、その後に濾過滅菌することにより調製され得る。一般的に、分散剤は、滅菌された活性成分を、基本的な分散媒体および上記で列挙されたものから必要とされる他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌された注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥技術であり、活性成分に加えて、事前に滅菌濾過された溶液からの任意の追加の所望の成分の粉末が得られる。
別の態様では、本開示は、本開示のrAAVビリオンと使用説明書とを含む、キットを含む。
使用方法
ある態様において、本開示は、細胞においてGLUT1活性を増加させる方法を提供し、この方法は、細胞を本開示のrAAVと接触させることを含む。別の態様では、本開示は、対象におけるGLUT1活性を増加させる方法を提供し、この方法は、本開示のrAAVに投与することを含む。一部の実施形態では、細胞および/または対象は、SLC2A1メッセンジャーRNAまたはGLUT1タンパク質の発現レベルおよび/または活性が欠損しており、および/またはSLC2A1における機能喪失突然変異を含む。細胞は、内皮細胞、例えば、内皮先端細胞であってもよい。
一部の実施形態では、本方法は、内皮先端細胞の正常な機能を回復させる。一部の実施形態では、方法は、細胞培養および/またはインビボでのGLUT1トランスポータータンパク質発現レベルを回復させる。一部の実施形態では、本方法は、細胞培養および/またはインビボでの正常なグルコース輸送および代謝(例えば、解糖、乳酸産生)を回復させる。一部の実施形態では、本方法は、中枢神経系(CNS)における正常な血管形成および/または微小血管系の発達を回復させる。
治療方法
別の態様では、本開示は、疾患または障害の治療を必要とする対象においてそれを治療する方法を提供し、この方法は、有効量の本開示のrAAVビリオンを対象に投与することを含む。一部の実施形態では、疾患又は障害は、神経系疾患または障害である。一部の実施形態では、対象は、SLC2A1発現または機能における遺伝的破壊に苦しむ。一部の実施形態では、疾患または障害は、GLUT1欠損症症候群(GLUT1 DS)である。
GLUT1タンパク質のCNSへのAAV-媒介送達は、寿命を延ばし、神経変性、早期発症発作、発達遅延、後天性小頭症(頭部成長の減速)、複雑な運動の障害(痙縮、運動失調、ジストニア)、発作性眼頭運動、および/または低乳酸および/または脳脊髄液低グルコース濃度(髄液糖減少症)を、予防、減少、軽減、または減退させ得る。一部の実施形態では、本方法は、例えば、新生児、幼児、または年少者の疾患経過の早期での治療を提供する。
本明細書に開示される方法は、脳および/またはCNSにおける効率的な生体分布を提供し得る。それらは、すべての、またはかなりの割合の内皮細胞(例えば、内皮先端細胞)において持続的な発現をもたらし得る。特に、本明細書に開示される方法は、対象の成長および老化を通して、GLUT1タンパク質の長期継続的な発現を提供し得る。
併用療法も本発明によって企図される。本発明の方法の標準的な医学的治療(例えば、コルチコステロイド又は局所的減圧薬)との組み合わせが、新規の療法との組み合わせと同様に、具体的に企図される。場合によっては、対象は、本明細書に記載されるrAAVの投与に対する免疫反応を防止または低減するためにステロイドおよび/または免疫抑制剤の組み合わせで治療され得る。
治療有効量のrAAVベクター、例えば、脳室内(ICV)または大槽内(ICM)注射は、脳重量で、約1e12vg/kg~約5e12vg/kg、または約1e13vg/kg~約5e13vg/kg、または約1e14vg/kg~約5e14vg/kg、または約1e15vg/kg~約5e15vg/kgのrAAVの用量である。本発明はまた、これらの範囲のrAAVベクターを含む組成物を含む。
例えば、特定の実施形態では、治療有効量のrAAVベクターは、約1e10vg、約2e10vg、約3e10vg、約4e10vg、約5e10vg、約6e10vg、約7e10vg、約8e10vg、約9e10vg、約1e12vg、約2e12vg、約3e12vg、約4e12vg、約4e13vg、および4e14vgの用量である。本発明はまた、これらの用量のrAAVベクターを含む組成物を含む。
一部の実施形態では、例えば、ICV注射が行われる場合、治療有効量のrAAVベクターは、1e10vg/半球~2e14vg/半球の範囲、または約1e10vg/半球、約1e11vg/半球、約1e12vg/半球、約1E13vg/半球、または約1e14vg/半球の用量である。一部の実施形態では、例えば、ICM注射が行われる場合、治療有効量のrAAVベクターは、合計2e10vg~合計2e14vgの範囲、または合計約2e10vg、合計約2e11vg、合計約2e12vg、合計約2e13vg、または合計約2e14vgの用量である。
一部の実施形態では、治療用組成物は、注入された治療用組成物の体積当たり、約1e9、1e10、または1e11を超えるrAAVベクターのゲノムを含む。実施形態の場合では、治療用組成物は、1mL当たりおよそ1e11、1e12、1e13、または1e14を超えるrAAVベクターのゲノムを含む。ある特定の実施形態では、治療用組成物は、1mL当たり約1e14、1e13または1e12未満のrAAVベクターのゲノムを含む。
患者における機能改善、臨床的有用性または有効性のエビデンスは、発作性眼頭運動の分析、発作頻度減少の代替マーカー(全般性強直性間代発作およびミオクロニー発作)、脳脊髄液中の乳酸および/またはグルコース濃度(CSF)、発達障害、舞踏病、ジストニア、および小頭症の評価によって評価され得る。認知機能、運動機能、言語機能の測定には、Columbia Neurological Score、Composite Intellectual Estimate、Adaptive Behavior Composite、言語・非言語認知能力、視覚と運動の統合、6分間歩行テストなどの標準的な疾患評価尺度を使用する。ピーボディ発達運動尺度2(PDMS-2)およびベイリー乳幼児発達尺度3を含む認知・発達評価を、子供の障害のレベルに応じて適用する。粗大運動機能測定(GFMF-88)、小児障害評価表(PEDI)。これらの尺度、あるいは類似の尺度、ならびに患者の申告によるQOLに関する成果として、3段階評価(平均持続時間の減少、変化なし、増加)のCaregiver Global Impression of Change in Seizure Duration(CGICSD)、Pediatric Quality of Life Inventory(PedsQL(商標))およびVineland Adaptive Behavior Scales-2nd などが疾患の構成要素の改善を実証し得る。ベースラインおよび治療後の脳磁気共鳴撮像は、年齢を適合させた患者の対照データおよびGLUT1欠損症患者の過去のデータと比較して、患者の年齢に応じた脳容積の改善または正常化を示し得る。
臨床的有用性は、寿命の延長、神経発達の正常化、髄液中のグルコース濃度の正常化、発作性眼頭運動頻度の減少または大きさの減少、てんかん発作活動(ミオクロニー、クローニー、全般性剛直間代性の、および/またはてんかん性の痙攣など)の減少または消失、痙縮、ジストニア、および/または運動失調などの複合運動障害の改善または解消、ならびにColumbia Neurological Scoreおよび/または6分間歩行テストの成績の改善または正常化によって確認することができる。神経保護作用および/または神経回復作用の証拠は、先に述べた全ての測定基準および/または磁気共鳴画像法(MRI)において、全体の脳の大きさ、小頭症および/または皮質および/または小脳の萎縮の欠如を特徴づけることにより明らかになり得る。
一部の実施形態では、方法は、内因性Glut1プロモーターまたはユビキタスプロモーターを含むベクターを接触させた細胞、または投与された対象の細胞と比較して、細胞によるグルコース取り込みの増加をもたらす。場合によっては、増加は、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%である。場合によっては、増加は、少なくとも1.1倍、少なくとも1.2倍、少なくとも1.3倍、少なくとも1.4倍、少なくとも1.5倍、少なくとも1.6倍、少なくとも1.7倍、または少なくとも1.8倍である。ベクターは、本明細書に開示される任意のベクターであり得る。細胞は、内皮細胞または神経細胞であり得る。例えば、本方法は、in vitroまたはin vivoのいずれにおいても、ヒト脳微小血管系内皮細胞によるグルコースの取り込みを増加させ得る。
組成物の投与
組成物の有効用量の投与は、限定されないが、静脈内、大脳内、髄腔内、大槽内、または脳室内投与を含む、当技術分野の標準的な経路によるものであり得る。場合によっては、投与は、静脈内、脳内、くも膜下腔内、大槽内、または脳室内注射を含む。投与は、トレンデレンブルク傾斜を伴う、又は伴わないくも膜下腔内注射によって行われてもよい。大槽内(ICM)送達は、髄腔内(IT)空間でのカテーテル挿入を介して達成され得る。脳室内注射は、脳磁気共鳴撮像(MRI)誘導による脳神経外科標的化を介して達成され得る。
一部の実施形態では、本開示は、有効用量の本発明のrAAVおよび組成物の全身投与を提供する。例えば、全身投与は、全身が影響を受けるように循環系に投与され得る。全身投与には、注射または点滴による静脈内投与が含まれる。
特に、本発明のrAAVの投与は、rAAV組換えベクターを動物の標的組織に輸送する任意の物理的方法を使用することによって達成され得る。投与には、以下に限定されないが、中枢神経系(CNS)または脳脊髄液(CSF)への注射、および/または脳への直接の注射が含まれる。
一部の実施形態では、本開示の方法は、脳室内、大槽内、くも膜下腔内、または脳実質内の送達を含む。注入は、注入ポンプを使用して、専用カニューレ、カテーテル、シリンジ/針を使用して行われてもよい。任意選択的に、注射部位の標的化は、MRIガイドイメージングを用いて達成されてもよい。投与は、有効量のrAAVビリオン、またはrAAVビリオンを含む医薬組成物のCNSへの送達を含み得る。これらは、例えば、片側脳室内注入法、両側脳室内注入法、トレンデレンブルク傾斜手順を伴う大槽内(intracisternal magna)注入、またはトレンデレンブルク傾斜処置を伴わない大槽内注入、トレンデレンブルク傾斜処置を伴うくも膜下腔内注入、またはトレンデレンブルク傾斜処置を伴わないくも膜下腔内注入を介して達成され得る。本開示の組成物は、更に静脈内投与されてもよい。
CNSへの直接送達には、脳室内、片側または両側、特定の神経細胞領域、あるいは神経細胞標的を含むより一般的な脳領域を標的とすることが考えられる。個々の患者の脳室内空間、脳領域および/または神経標的の選択、並びにその後のAAVの術中送達は、多数の撮像技術(MRI、CT、MRIマージと組み合わせたCT)を使用して、任意の数のソフトウェア計画プログラム(例えば、Stealth System、Clearpoint Neuronavigation System、Brainlab、Neuroinspireなど)を採用することによって達成することができる。脳室内空間または脳領域の標的化および送達には、標準的な定位固定フレーム(Leksell、CRW)の使用が関与するか、または術中MRIの有無に関わらず、フレームレスアプローチを使用することができる。AAVの実際の送達は、AAVベクターの吸着を防止するために、材料で被覆した内側ルーメンを有する、または有さない針またはカニューレを通した注射による場合がある(例えば、Smartflowカニューレ、MRI Interventionsカニューレ)。送達デバイスは、シリンジと、事前に注入速度と注入量がプログラムされた自動注入ポンプまたはマイクロ注入ポンプからなる。シリンジ/針の組み合わせ、または針のためのガイドカニューレのみは、定位固定フレームと直接インターフェイスで接続されてもよい。注入は、一定の流量、または対流性強化送達による変動速度を含みうる。
実施例1:前臨床生物活性および有効性
組換えAAVビリオンは、図2~8に開示されるベクターゲノムを使用して産生される。これらは、GLUT1欠損疾患の結果として、疾患モデルマウスで評価される。一つのモデルは、GLUT1遺伝子をflox化し、構成的プロモーターまたは内皮特異的プロモーター(例えば、Tie-2)からCre/loxを発現する遺伝子改変動物と交配させたものである。得られたマウスは、GLUT1座位でヘテロ接合性ヌルであり、ヒト疾患を模倣する発達表現型を呈する。GLUT1欠損の第二のモデルマウスは、マウスGLUT-1遺伝子のプロモーターとエクソン1領域の標的破壊によって作製されたヘテロ接合型ハプロ不全マウス(GLUT-1+/-マウス)である。その他の動物モデルとしては、GLUT1遺伝子がS324P点変異を有するGLUT1 DSモデルを含み得る。
遺伝子発現および用量反応は、in vitro(内皮細胞株および神経細胞株を使用)およびin vivo(野生型およびGLUT1 DSモデルマウスを使用)で評価される。培養細胞(ヒト胚性腎細胞293、HEK293;ヒト臍帯静脈内皮細胞、 HUVEC;ヒト脳由来内皮細胞、bEND3;ヒト脳微小血管系内皮細胞、 HBEC-5i;ヒト脳微小血管内皮細胞株、hCMEC/D3(血液脳関門モデル);ヒトグリア性オリゴデンドロシスハイブリッド細胞、MO3.13;ヒト神経芽細胞腫、SLC2A1発現ベクターでトランスフェクトされたSH-SY5Y)は、定量リアルタイムPCR分析によって形質導入効率を、ELISAおよび/またはウェスタンブロットによりGLUT1レベルを明らかにする。AAVベクター構築物の概念および有効性の証明は、GLUT1 DSマウスを用いて、GLUT1 DS変異マウス対照との比較で、免疫標識によるCNSでの導入遺伝子(GLUT1タンパク質)の発現、CNSでの脳毛細血管密度の増強および/または血管サイズの増加、ポジトロン断層法(PET)による脳糖化の増加、CSFグルコースレベルまたは乳酸レベルおよび/またはCSF/血中グルコース比の増加、CSF乳酸レベルの増加、および回転ロードや垂直ポール評価などの標準的評価による運動性能の向上によってin vivoで明らかにされるであろう。GLUT1 DSマウスを用いたin vivoでの遺伝子発現と有効性は、AAVベクター構築物を静脈内または脳室内への直接注入により投与し、これらの投与経路を単独または組み合わせて使用することにより明らかになるであろう。
実施例2:内皮プロモーターを用いたGLUT1発現のIN VITRO評価
ヒト脳微小血管系内皮細胞(hCMEC/D3)を使用して、in vitroで遺伝子発現を評価した。hFLT1、mTIE1、hGlut1、またはCMVプロモーターの制御下でSLC2A1をコードするAAV9ベクター(図10Cに図示)をトランスフェクトしたhCMEC/D3細胞によるGlut1の発現を評価した(図9)。内皮プロモーター(hFLT1およびmTIE1)からの発現は、Glut1プロモーターからの発現と同等であり、CMVプロモーターからの発現よりもはるかに低いものであった。これらの構築物間の発現レベルの類似したパターンが、免疫蛍光顕微鏡法によって観察された(図10Aおよび図10B)。
驚くべきことに、内皮プロモーターの制御下で遺伝子をトランスフェクションまたは形質導入したヒト脳微小血管系内皮細胞による2-デオキシ-D-グルコース(2-DG)の取り込みは、制御Glut1プロモーターよりも大きく、hFLT-1プロモーターは最高レベルの2-DG(グルコース)の取り込みを示した(図11A~11C、図12および図13)。hFLT-1プロモーター構築物でのより大きな2-DG(グルコース)取り込みの発見はまた、2-DG濃度の範囲(図12A;0、0.1、0.5、および1mM)およびトランスフェクション後の様々な時点(図12B)で観察され、いくつかの事例において、CMVプロモーターで観察されるものと同等またはわずかに大きいことが見いだされた(図11A~11C;図12A、図12B;図13)。
図9は、ヒト脳微小血管系内皮細胞(hCMEC/d3)のトランスフェクション後の導入遺伝子タンパク質(Glut1-GFP)の発現である。
図10A。Glut1-GFP導入遺伝子の発現を駆動するいくつかの内皮細胞プロモーターのうちの一つを含有する構築物を用いたトランスフェクションの72時間後のGFP蛍光である。
図10B。二つのユビキタスプロモーター(CMVまたはCAG)、Glut1を含まない対照ベクター(CMV-GFP)、またはトランスフェクションなし(NFXなし)のうちの一つを含有する構築物を用いたトランスフェクション後72時間のGFP蛍光である。Operetta CLS(商標)(PerkinElmer(登録商標))を使用して取得された画像。
図10C。対象プロモーター(hFLT1、mTie、hTie、またはhGlut1)、およびGLUT1(SLC2A1)遺伝子(T2A リンク-GFP)、ならびにAAV2逆位末端反復(ITR)に隣接した調節エレメントを含有する発現カセットの図である。
図11A~11C。ヒトGLUT1(SLC2A1)の発現後のhCMEC/d3細胞における2-デオキシ-D-グルコース(グルコース)取り込みである。ヒト脳微小血管内皮細胞(hCMEC/d3)に、CAG-GFP(CON;陰性対照)、またはいくつかの内皮特異的プロモーター(すなわち、hFLT1、mTie、hTieまたはhGlut1)またはユビキタスCMVまたはCAGプロモーターによるhGLUT1-t2A-eGFP導入遺伝子を発現するプラスミドをトランスフェクションさせた。グルコース取り込みは、培地中の0.5mMの2-デオキシグルコース(2-DG)を有する発光ベースのキット(Promega(登録商標))を使用して測定された。グルコース(2-DG)取り込みは、位相差画像法を使用して全細胞で正規化された〔エラーバーは、S.E.Mを表す;状態当たりn=6の複製〕。
図11A。グルコース(2-DG)取り込みは、最初の実験で、トランスフェクションの72時間後に測定された。
図11B。グルコース(2-DG)取り込みは、第二の実験において、トランスフェクションの72時間後に測定された。
図11C。グルコース(2-DG)取り込みは、トランスフェクションの96時間後に測定された。
図12A。ヒトGlut1(SLC2A1)の発現後のhCMEC/D3細胞における72時間時点のグルコース(2-DG)取り込みを示す。
図12B。ヒトGlut1(SLC2A1)の発現後のhCMEC/D3細胞における96時間時点のグルコース(2-DG)取り込みを示す。
図13。hCMEC/D3細胞におけるhGLUT1(SLC2A1)のAAV9を介する発現に伴う2-デオキシ-D-グルコース(グルコース)の取り込みを示す。ヒト脳微小血管内皮細胞(hCMEC/d3)を、CAG-GFP(陰性対照)のいずれかを発現するAAV9ベクター(3x10 ベクターゲノム/細胞)、またはいくつかの内皮特異的プロモーター(すなわち、hFLT1、mTie1もしくはhGlut1)のうちの一つによって、またはユビキタスCMVプロモーターによって駆動されるhGLUT1導入遺伝子を用いて形質導入した。グルコース(2-DG)取り込みは、発光ベースのGlucose Uptake-Gloキット(Promega(登録商標))を使用して形質導入後72時間で測定され、RealTime-Glo MT細胞生存率アッセイ(Promega(登録商標))を使用して細胞当たりで正規化された〔エラーバーは、S.E.Mを表す;状態当たりn=4の複製〕。
実施例3:GLUT1欠損動物モデルにおける内皮プロモーターを用いたAAV9を介したGLUT1発現のIN VIVO評価
GLUT1欠損症症候群(DS)モデルマウスにおいて、AAV9を介したGlut1トランスポータータンパク質の発現のin vivo効果を評価する一連の実験を実施する。このモデルでは、マウスGLUT-1遺伝子のプロモーターとエクソン1領域の標的破壊によりヘテロ接合型ハプロ不全マウス(GLUT-1 +/-マウス)を用い、発作性、低血糖、小頭症、運動機能の障害など、ヒトGLUT DSの特徴を示す(Wang et al,Hum Mol Gen,2006;Tang et al.,Nat Comm,2016)。AAV9構築物は、ユビキタスプロモーター(CMV)またはいくつかの内皮細胞プロモーター(hFLT-1、mTie、hGlut1)のいずれかによってGLUT1導入遺伝子を発現させ、異なる用量および異なる投与経路(静脈内または脳室内)で評価される。AAV9ベクターを用いた投与後、内皮細胞プロモーター媒介GLUT1導入遺伝子発現が、モデルマウスの機能障害および病理学的障害をどの程度予防または軽減できるかが評価される。ヘテロ接合ハプロ不全マウスに投与されたAAV9媒介Glut1タンパク質発現の潜在的な有益な効果は、未処置のGLUT-1 +/-対照マウスとの比較で明らかとなり、体重増加の改善または正常化、運動試験(例えば、回転ロッド、垂直ポール評価)での行動性能、CSFグルコースレベル、脳重量、および脳微小血管構造の完全性およびサイズ(例えば、脳毛細血管密度、血管サイズ、血管分岐点数など)からなる。

Claims (45)

  1. プロモーターに動作可能に連結された、GLUT1またはその機能的バリアントをコードするポリヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  2. 前記プロモーターが、内皮プロモーター、任意選択的にTie-1プロモーター、Tie-2(TEK)プロモーター、FLT-1プロモーター、FLK-1(KDR)プロモーター、ICAM-2プロモーター、VE-カドヘリン(CDH5)プロモーター、VWFプロモーター、ENGプロモーター、PDGFBプロモーター、ESM1プロモーター、APLNプロモーター、またはクローディン-5(Ple261)プロモーターであり、ただし、前記内皮プロモーターはGlut1プロモーターではない、請求項1に記載の発現カセット。
  3. 前記プロモーターが、FLT-1プロモーターである、請求項1または請求項2に記載の発現カセット。
  4. 前記FLT-1プロモーターが、ヒトFLT-1(hFLT-1)プロモーターである、請求項3に記載の発現カセット。
  5. 前記hFLT-1プロモーターが、配列番号1と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する、請求項4に記載の発現カセット。
  6. 前記プロモーターが、Tie-1プロモーターである、請求項1または請求項2に記載の発現カセット。
  7. 前記Tie-1プロモーターが、ヒトTie-1(hTie-1)プロモーターである、請求項6に記載の発現カセット。
  8. 前記hTie-1プロモーターが、配列番号2と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する、請求項7に記載の発現カセット。
  9. 前記プロモーターが、血管内皮-カドヘリン(VE-カドヘリン)プロモーターである、請求項1または請求項2に記載の発現カセット。
  10. 前記VE-カドヘリンプロモーターが、ヒトVE-カドヘリン(hVE-カドヘリン)プロモーターである、請求項9に記載の発現カセット。
  11. 前記hVE-カドヘリンプロモーターが、配列番号3と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する、請求項10に記載の発現カセット。
  12. 前記プロモーターが、ユビキタスプロモーターである、請求項1に記載の発現カセット。
  13. 前記プロモーターが、CMVプロモーターである、請求項1または請求項12に記載の発現カセット。
  14. 前記プロモーターが、CAGプロモーターである、請求項1または請求項12に記載の発現カセット。
  15. ポリAシグナル、任意選択的にヒト成長ホルモン(hGH)ポリAを含む、請求項1~14のいずれか一項に記載の発現カセット。
  16. ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)、任意選択的にWPRE(x)を含む、請求項1~15のいずれか一項に記載の発現カセット。
  17. 配列番号4と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する配列を含む3’非翻訳領域(3’UTR)を含む、請求項1~16のいずれか一項に記載の発現カセット。
  18. GLUT1をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、SLC2A1ポリヌクレオチドである、請求項1~17のいずれか一項に記載の発現カセット。
  19. 前記SLC2A1ポリヌクレオチドが、ヒトSLC2A1ポリヌクレオチドである、請求項18に記載の発現カセット。
  20. GLUT1をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号5と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する、請求項17~19のいずれか一項に記載の発現カセット。
  21. 5’および3’逆位末端反復(ITR)に、任意選択的にAAV2 ITRに、任意選択的に配列番号6または配列番号7と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有するITRに、隣接する、請求項1~20のいずれか一項に記載の発現カセット。
  22. 配列番号8~16、配列番号97、配列番号99、および配列番号101のいずれか一つと少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有する、請求項1~21のいずれか一項に記載の発現カセット。
  23. 請求項1~21のいずれか一項に記載の発現カセットを含む、遺伝子療法ベクター。
  24. 前記遺伝子療法ベクターが、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターである、請求項23に記載のベクター。
  25. 前記rAAVベクターが、AAV6、AAV8、AAV9、AAVrh.74、またはAAVrh.10ベクターまたはその機能的バリアントである、請求項24に記載のベクター。
  26. 前記rAAVベクターが、AAV2ベクターではない、請求項24または請求項25に記載のベクター。
  27. 前記rAAVベクターが、配列番号15~17のいずれか一つと90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を共有するキャプシドタンパク質を含む、請求項24~26のいずれか一項に記載のベクター。
  28. それを必要とする対象において疾患または障害を治療および/または予防する方法であって、請求項23~27のいずれか一項に記載のベクターを前記対象に投与する工程を含む、方法。
  29. 前記疾患または障害が、神経障害である、請求項28に記載の方法。
  30. 前記疾患または障害が、グルコーストランスポーター1欠損症症候群(GLUT1DS)またはデビボ病である、請求項28または請求項29に記載の方法。
  31. 前記ベクターが、脳室内(ICV)注射により投与される、請求項28~30のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記投与が、任意選択的に参照rAAVベクターと比較して増加したレベルで、脳内でGLUT1をコードする前記ポリヌクレオチド配列の発現をもたらす、請求項28~31のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記投与が、任意選択的に参照rAAVベクターと比較して増加したレベルで、脳内のGLUT1タンパク質の発現の増加、ならびに/またはCSF中のグルコースレベルおよび/もしくは乳酸レベルの増加をもたらし、任意選択的に前記増加が、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%またはそれを超える増加である、請求項28~32のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記ベクターが、1E12ベクターゲノム(vg)、1E13vg、1E14vg、または3E14vgの用量で投与される、請求項28~33のいずれか一項に記載の方法。
  35. 内因性Glut1プロモーターまたはユビキタスプロモーターを使用して実施される方法と比較して、脳微小血管系内皮細胞によるグルコース取り込みの増加を引き起こす、請求項28~34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 細胞においてGLUT1を発現する方法であって、前記細胞を請求項23~27のいずれか一項に記載のベクターと接触させる工程を含む、方法。
  37. 前記細胞が、内皮細胞である、請求項36に記載の方法。
  38. 前記内皮細胞が、脳微小血管系内皮細胞である、請求項37に記載の方法。
  39. 前記内皮細胞が、インビボ内皮細胞である、請求項37または請求項38に記載の方法。
  40. 前記細胞がニューロンである、請求項36に記載の方法。
  41. 前記ニューロンが、インビボニューロンである、請求項40に記載の方法。
  42. 対象への前記ベクターのインビボ投与を含む、請求項36~40のいずれか一項に記載の方法。
  43. 前記ベクターが、前記細胞によるグルコース取り込みの、内因性Glut1プロモーターまたはユビキタスプロモーターを含むベクターと接触した細胞と比較した増加を引き起こす、請求項36~41のいずれか一項に記載の方法。
  44. 請求項23~27のいずれか一項に記載のベクターを含む、医薬組成物。
  45. 請求項23~27のいずれか一項に記載のベクターまたは請求項43に記載の医薬組成物および任意選択的に使用説明書を含む、キット。
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