JP2023535232A - 眼疾患の処置のための組成物および方法 - Google Patents

眼疾患の処置のための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、レーバー先天性黒内障の治療のための医薬組成物、および医薬組成物を使用してレーバー先天性黒内障を処置する方法に関する。【選択図】図１

Description

関連出願
この出願は、２０２０年７月２１日に提出された中国特許出願第２０２０１０７０４９４６．１号と２０２１年４月８日に提出された中国特許出願第２０２１１０３７８９７９．６号の優先権の利益を主張する。その各々全体は、参照による本明細書に援用される。
配列表
本出願は配列表を包含しており、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体を引用することで本明細書に組み込まれる。２０２１年７月１４日に作成されたＡＳＣＩＩのコピーは、５７８３７－７０６＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、４７，０８７バイトのサイズである。
レーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）は、珍しい遺伝的な目の疾患（それは誕生の時、または生涯の早期に重症の視力障害として明示する）と、典型的には最初の２０年以内に生じるビジョンの全損です。ＬＣＡの明示は患部と関連する遺伝子突然変異に対して異なるように依存することです。
レチノイドｉｓｏｍｅｒｏｈｙｄｒｏｌａｓｅと呼ばれた網膜色素上皮に特有の６５のｋＤａタンパク質（ＲＰＥ６５）は、寸法の中で６５ ｋＤａで、ＲＰＥ６５遺伝子による人間におけるエンコードされます。ＲＰＥ６５は、脊椎動物（それらは網膜色素上皮（ＲＰＥ）における示される）の視サイクルへの酵素で、また、棒細胞および円すい細胞においてあります。ＲＰＥ６５の欠損はＬＣＡの帰着するかもしれません。それは、ＬＣＡ事例の約６％から１６％を占めます。
現在、有効にＬＣＡを処置することができる薬物と方法を開発する芸術の必要性があります。本の開示は、ＬＣＡなどのｉｎｈｅｒｉｔａｔｅｄされた眼疾患を有効に処置することができる組成物、医薬組成物と方法を提供します。
１つの態様では、本の開示は、ＲＰＥ６５ポリペプチドの暗号配列を含む発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを含む組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を提供します。そこでは暗号配列はコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列（配列番号：ある）と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいます。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含みます。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、暗号配列はＣｐＧジヌクレオチドを含みません。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの増加した数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６００％を含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約１００から２００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、環境パラメータは、以下からなる群から選択される：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は配列番号の１つ以上に対して少なくとも８０％の同一性を持っています：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は配列番号の１つ以上に対して少なくとも９０％の同一性を持っています：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は配列番号の１つ以上に対して少なくとも９５％の同一性を持っています：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は配列番号の１つ以上に対して少なくとも９８％の同一性を持っています：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は配列番号の１つ以上に対して少なくとも９９％の同一性を持っています：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子はさらにＡＡＶカプシド・タンパク質を含みます。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はそれについて血清型ＡＡＶ２または変異体からです、それについてＡＡＶ５または変異体をセロタイプで分ける、または血清型ＡＡＶ８または変異体、それについて。
いくつかの実施形態では、発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスはさらにプロモーターを含みます。そして、プロモーターは暗号配列に操作しやすくリンクされます。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織特効薬プロモーターです。いくつかの実施形態では、眼組織の特有のプロモーターは、ＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーターと卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーター、または光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから選択されます。
いくつかの実施形態では、発現カセット・シーケンスは、３’終わりでさらにＷＰＲＥシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は、３’終わりでさらにポリ（Ａ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）シーケンスは、シミアンウイルス４０遅いポリ（Ａ）（ＳＶ４０ｐＡ）、ヒト成長ホルモン・ポリ（Ａ）（ｈＧＨｐＡ）とウシ成長ホルモン・ポリ（Ａ）（ｂＧＨｐＡ）のうちの１つです。いくつかの実施形態では、ヒドロゲルはさらに造影剤を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはさらに逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスは変異体逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスです。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはたった３００のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２００から５００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含みます。いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質は、ＡＢＣＡ４、ＲＤＨ１２、ＲＤＨ８、ＲＢＰ３、ＲＢＰ１、ＬＲＡＴ、ＲＬＢＰ１、ＲＤＨ１０またはＲＤＨ１１から構成される群から選択されます。いくつかの実施形態では、暗号配列は、リンカーをエンコードするシーケンスによる他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスに関係があります。幾つかの実施形態において、リンカーはペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは、２Ａペプチドのシーケンスを含みます。
様々な態様において、本開示は、以下を含むソフトゼラチンカプセルを提供する：（ｉ） アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質をエンコードする第１のポリヌクレオチド、と（ｉｉ）ＲＰＥ６５ポリペプチド（そこでシーケンスはコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいる）をエンコードするシーケンスを含む別のポリヌクレオチド。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＲＰＥ６５暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含みます。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、試料は細胞を含まない。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシド・タンパク質はそれについて血清型ＡＡＶ２または変異体からです、それについてＡＡＶ５または変異体をセロタイプで分ける、または血清型ＡＡＶ８または変異体、それについて。
いくつかの実施形態では、最初のポリヌクレオチドはコドン最適化されます。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはプロモーターを含みます。そして、プロモーターはシーケンスに操作しやすくリンクされます。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織特効薬プロモーターです。いくつかの実施形態では、眼組織に特有のプロモーターは、ＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーターと卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーター、または光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから選択されます。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはたった３００のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２００から５００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、シーケンスは、３’終わりでさらにＷＰＲＥシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは、３’終わりでさらにポリ（Ａ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）シーケンスはＳＶ４０ｐＡ、ｈＧＨｐＡとｂＧＨｐＡのうちの１つです。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはさらに詰め物をする人シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはさらに逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスは変異体逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスです。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは、他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含みます。いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質は、ＡＢＣＡ４、ＲＤＨ１２、ＲＤＨ８、ＲＢＰ３、ＲＢＰ１、ＬＲＡＴ、ＲＬＢＰ１、ＲＤＨ１０またはＲＤＨ１１から構成される群から選択されます。いくつかの実施形態では、シーケンスは、リンカーをエンコードするシーケンスによる他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスに関係があります。リンカーは切断可能なリンカーです。いくつかの実施形態では、リンカーは、２Ａペプチドのシーケンスを含みます。
別の態様では、本の開示は、宿主細胞の本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを導入することを含む組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を調製する方法を提供します。別の態様では、本の開示は組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を提供します。それは、宿主細胞の本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを導入することを含む方法による調製されています。いくつかの実施形態では、方法は宿主細胞への本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを示すことを含みます。いくつかの実施形態では、宿主細胞はヒト細胞、動物細胞または昆虫細胞です。幾つかの実施形態において、細胞は分裂細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞はＨＥＫ２９３細胞またはその誘導体です。幾つかの実施形態において、細胞は分裂細胞である。いくつかの実施形態では、方法はｂａｃｍｉｄ ＤＮＡおよび／またはバキュロウィルスを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法はＲＰＥ６５発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法はｒＡＡＶキャップ発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにＲＰＥ６５発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにｒＡＡＶキャップ発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、本の開示のパッケージにされたｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子を得るために宿主細胞（Ｓｆ９細胞のような）を感染させるために２つのバキュロウィルスを混合することをさらに含みます。
別の態様では、本の開示は、その必要性のある対象におけるレーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）を処置するために医薬組成物を提供します。それは、本の開示と薬学的に許容可能な担体のｒＡＡＶ粒子を含みます。
別の態様では、本の開示は、ＬＣＡおよび指示の処置のための本の開示の医薬組成物を含むキットを提供します。
別の態様における、本の開示は、処置するレーバーの医薬組成物を提供する、必要性への対象の先天性の黒内障（ＬＣＡ）それの、対象への本の開示の治療上有効な量のｒＡＡＶ粒子または医薬組成物を投与することを含みます。いくつかの実施形態では、治療上有効な量のｒＡＡＶ粒子または医薬組成物は、ｉｎｔｒａｖｉｔｒｅａｌな注入、網膜下の注入またはｓｕｐｒａｃｈｏｒｏｉｄａｌな注入による投与されます。いくつかの実施形態では、治療上有効な量はｒＡＡＶ粒子の１×１０９－１×１０１３です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は各眼のためのベクター・ゲノム（ｖｇ）の１つの×１０９－１×１０１３です。別の態様では、本の開示は、ＲＰＥ６５の変異に関連した眼疾患の処置のための薬物の調製の本明細書に記載されているようなｒＡＡＶ粒子の使用を提供します。別の態様では、本の開示は、対象における相続した網膜の疾患（ＩＲＤ）を処置することのための薬物の調製の本明細書に記載されているようなｒＡＡＶ粒子の使用を提供します。いくつかの実施形態では、癌は潜伏ウイルス感染に関連する。いくつかの実施形態では、ＩＲＤは対象のＲＰＥ６５遺伝子の両方のコピーにおいて変異のためです。いくつかの実施形態では、ＩＲＤは、対象のＲＰＥ６５遺伝子の１つのコピーにおいて１つ以上の変異のためです。いくつかの実施形態では、組成物は、円形状である。
図１は、最適化されたＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるポリヌクレオチド発現カセット構造の部品の回路図です。
本発明の様々な実施形態が本明細書中に示され記述された一方、そのような実施形態が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多数の変形、変化、及び置換は、本開示から逸脱することなく、当業者によって現在想到されるものである。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、利用されることもあることを理解されたい。
他に指示がない限り、本明細書に開示されたいくつかの実施形態の実行は、免疫学、生化学、化学、分子生物学、微生物学、細胞生物学、ゲノミクスと組換えＤＮＡの従来の技術を使用します。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋと緑、分子クローニングを参照してください：実験手引き書（４番目の版（２０１２））；分子生物学（Ｆ。Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら、編集者）のシリーズの現在のプロトコル；酵素学（アカデミックプレス社）、ＰＣ ２のシリーズ方法：実際的なアプローチ（Ｍ．Ｊ．マックファーソン、Ｂ．Ｄ．くびきとＧ．Ｒ．テーラーの編集者（１９９５））、ハーローとレーン、編集者（１９８８） 抗体、実験手引き書と動物細胞の培養：基本技術と専門の適用（６番目の版（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ、ｅｄ（２０１０）。））のマニュアル。
定義
本明細書及び特許請求の範囲で使用されるように、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容が他に明確に示していない限り、複数の参照を含む。例えば、用語「ｒＡＡＶ粒子」は１つ以上のｒＡＡＶ粒子を含みます。
用語「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、当業者によって決定されるような特定の値の許容可能な誤差範囲内であることを意味し、これは、その値がどのように測定または決定されるか、例えば測定システムの限界に部分的に左右される。芸術の実行に応じて、例えば、「に関して」１つの標準偏差よりある以上の内に意味するかもしれません。代替的に、「約」とは所定の値の最大で２０％、最大で１０％、最大で５％、または最大で１％の範囲内を意味し得る。代替的に、とりわけ生体系または生物学的プロセスに関して、この用語は１桁以内、好ましくはある値の５倍、より好ましくは２倍以内を意味することがある。特有の値が適用およびクレームの記載された場合、それは仮定されるべきです、特有の値の許容可能な誤差範囲内の方法「に関する」用語、でないならば、そうでなければ述べました。
本明細書に用いられるように、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」と「タンパク質」は、あらゆる長さのアミノ酸ポリマーを参照するために交換可能に本明細書に用いられます。環状で、ポリマーは線状かもしれないしまたは分岐したかもしれません。それは修正済のアミノ酸を含むことができ、非アミノ酸による中断することができます。用語は、またラベルを付ける構成要素を有する接合などの硫酸化、グリコシレーション、アセチル化、アセチル化、リン酸化、ヨウ素化、メチル化、酸化、蛋白質分解、リン酸化、ｉｓｏｐｒｅｎｙｌａｔｉｏｎ、ラセミ化、セレン化、タンパク質（例えばａｒｇｉｎｙｌａｔｉｏｎ）へのアミノ酸の転移ＲＮＡを媒介とした付加、ｕｂｉｑｕｉｔｉｎａｔｉｏｎまたは他の動作によるのような、修飾されたアミノ酸ポリマーを含みます。本明細書に用いられるように、用語「アミノ酸」は参照します、に、自然でおよび／または不自然か、合成の、アミノ酸類似体およびｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｓと同様にグリシンとＤまたはＬの光学異性体を含むアミノ酸。所与のタンパク質から「誘導した」ポリペプチドまたはアミノ酸配列順序は、ポリペプチドの起源を表します。むしろ、ポリペプチドは、実質的にシーケンスの中でエンコードされたポリペプチドのアミノ酸配列順序と同じであるアミノ酸配列順序、またはその部分をしています、部分は、どこで少なくとも１０－２０のアミノ酸または少なくとも２０－３０のアミノ酸から構成されるか、または少なくとも３０－５０のアミノ酸、またはシーケンスの中でエンコードされたポリペプチドに免疫学的に同一視することができます。用語は、また所与の核酸配列から発現されたポリペプチドを含みます。本明細書に用いられるように、用語「領域」はタンパク質またはペプチドの他の一部と物理的にまたは機能的に識別されるタンパク質の一部を表します。物理的に定義された領域は、非常に疎水性か親水性の膜結合型のものまたは細胞質の境界などのアミノ酸配列順序を含みます。領域も、遺伝子複製による引き起こされた内部相同による例えば定義することができます。機能的に定義された領域には異なる生物学的機能があります。例えば、抗原束縛領域は抗原を拘束力のある単位または抗原に結合する抗体の一部を表します。連続的なアミノ酸配列順序による機能的に定義された領域をエンコードする必要はありません。そして、機能的に定義された領域は１つ以上の物理的に定義された領域を含んでいるかもしれません。
本明細書に用いられるように、用語「アミノ酸」は、アミノ酸類似体およびｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｓを含み、これらに限定されずにもＤまたはＬの光学異性体を含み、これらに限定されずにも、生まれつきの名人および／または不自然か合成アミノ酸を表します。標準の１つのレターまたは３－レター・コードはアミノ酸を指定するために用いられます。アミノ酸は、当技術においてよく知られているあるレターと３レターの略語による典型的に本明細書に示されます。例えば、アラニンはＡまたはアラバマによる表わされるかもしれません。
ポリペプチドの場合には、本明細書に用いられるように、「シーケンス」はアミノ末端からカルボキシ末端へ方角のポリペプチドへのアミノ酸のシーケンスです。そこでは互いに隣接している残基はシーケンスの中でポリペプチドの一次構造において接触します。シーケンスは、また１つまたは２つの方角の追加の残基を含むと知られていたポリペプチドの一部の線状のシーケンスかもしれません。
本明細書に用いられるように、「同一性」、「相同」または「シーケンス同一性」は２つ以上のポリヌクレオチド・シーケンス、または２つ以上のポリペプチド配列間の類似点または互換性を順番に並べるために参照します。２つの異なるアミノ酸配列順序間のシーケンス同一性、類似性または相同が測定される時、プログラムを用いること、のような、針またはＢｅｓｔＦｉｔを浮き彫りにする、デフォルト設定は用いられてもよい。または、ｂｌｏｓｕｍ４５またはｂｌｏｓｕｍ８０などの適切な得点するマトリックスは同一性、類似性または相同のスコアを最適化するために選択されてもよい。むしろ、同族のポリヌクレオチドはそれらである、それは厳格な条件の下で交雑する、として、本明細書に定義された、および少なくとも７０％のシーケンス同一性を持っている、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは９５％、より好ましくは９７％、より好ましくは９８％そして、さえ、より好ましくは９９％これらのシーケンスに比較されました。比較可能な長さのシーケンスが最適に整列する時、同族のポリペプチドはむしろ少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％を持っているか、少なくとも９７％、または少なくとも９８％が同一性を順番に並べるか、または少なくとも９９％のシーケンス同一性があります。
本明細書に用いられるように、「パーセンテージ・シーケンス同一性（％）」は、最大のパーセンテージ・シーケンス同一性を得るのに必要で、シーケンス同一性の一部としていかなる保存的置換もとることがない場合、シーケンスを整列させて、ギャップを導入した後に別の参照ポリペプチド配列またはその部分のアミノ酸残基に同一の質問シーケンスのアミノ酸残基のパーセンテージとして定義されます。パーセントアミノ酸配列同一性を測定するための整列は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公に利用可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当業者内にある様々な方法で達成することができる。当業者は、比較されている配列の全体にわたる最大の整列を達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含む整列を測定するための、適切なパラメーターを測定することができる。パーセンテージ同一性は定義されたポリペプチド配列全体の長さの間測定されるかもしれないし、またはより短い長さ（例えば少なくとも５つ、１０（少なくとも）の、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、または少なくとも２００連続する残基の破片などのより大きな定義されたポリペプチド配列から得られた破片の長さ）の間測定されるかもしれません。これらの長さは単に典型的です。そして、パーセンテージ同一性が測定することができる長さを記載するために表、図面または本明細書にリストするシーケンスにおける示されるシーケンスによる支持されたいかなる破片長さも用いることができることが、理解されるに違いありません。
本明細書に記載されたタンパク質は、参照シーケンスに関する１つ以上の変異をしているかもしれません。その変異は、欠失、挿入または、付加、またはアミノ酸残基の置換または、置換かもしれません。「欠失」は、１つ以上のアミノ酸残基の不足によりアミノ酸配列順序の変化を表します。「挿入」または「付加」は、基準シーケンスに比較して、１つ以上のアミノ酸残基の付加によりアミノ酸配列順序の変化を表します。「置換」または「置換」は、異なるアミノ酸を有する１つ以上のアミノ酸の置換を表します。本明細書に、参照シーケンスに関する抗原を拘束力のある単位の変異は、抗原を拘束力のある単位を参照シーケンスに比較することにより測定することができます。比較のシーケンスの最適な配列は、芸術のあらゆる既知の方法に応じて果たすことができます。
本明細書に用いられたように、用語「分離された」ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその破片が自然界において通常の状況の下で関連している、細胞・他の構成要素から分離されることを指します。当業者は、それらの自然発生の相当物から識別するためには、非自然発生のポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその破片が「分離される必要がない」ことを知っています。加えて、１つの単位体積当たりの分子の濃縮または数がそれらの自然発生の相当物より、またはその相当物未満で（「分離する」）（「集中する」）大きいので、「濃縮」ポリヌクレオチド、「分離された」ポリヌクレオチドまたは「希釈された」ポリヌクレオチド、またはペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその破片は、それらの自然発生の相当物から識別可能です。豊富化は１つの単位体積当たりの解決の重量などの絶対量に基づいて、測定されるかもしれないか、またはそれを第２に関連があって測定することができます、出所混合物においてある潜在的に妨げる種類。
用語「ポリヌクレオチド」、「核酸」、「ヌクレオチド」と「オリゴヌクレオチド」は、交換可能に用いられます。彼らは、ヌクレオチド（デオキシリボヌクレオチドもリボヌクレオチドも）の重合体の形またはあらゆる長さのアナログを表します。ポリヌクレオチドは任意の三次元構造を有し得、任意の未知または既知の機能を行い得る。以下はポリヌクレオチドの制限しない例です：遺伝子または遺伝子破片のコーディング、連鎖解析、エキソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組み換えのポリヌクレオチド、枝分かれさせられたポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、あらゆるシーケンスの分離されたＤＮＡ、あらゆるシーケンスの分離されたＲＮＡ、核酸プローブ、入門書、オリゴヌクレオチドまたは合成ＤＮＡから測定された座または非コードの領域。ポリヌクレオチドは、メチル化されたヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログなど修飾されたヌクレオチドを含むかもしれない。ヌクレオチド構造への変異は、存在する場合、ポリマーの組立ての前に、またはその組立ての後に与えることができます。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド構成要素によって阻止され得る。ポリヌクレオチドは、標識化構成要素との抱合によってなど、重合の後にさらに修飾され得る。
ポリヌクレオチドに適用された時、「組み換えである」ことはポリヌクレオチドがクローニング、制限消化および／または連結反応ステップの様々な組み合わせの生成物であることを意味します、および他の手順、それは生産する、構築する、自然界の中で発見されたポリヌクレオチドと異なる
「遺伝子」、「遺伝子破片」という用語は交換可能に本明細書に用いられます。彼らは、転写および翻訳の後に特有のタンパク質をエンコードすることができる少なくとも１つの読取枠を含むポリヌクレオチドを表します。遺伝子または遺伝子破片はゲノムかもしれません、ｃＤＮＡまたは合成物、ポリヌクレオチドが少なくとも１つの読取枠を含む限り（それは全コード領域またはそのセグメントを覆うかもしれません）。
「操作しやすくリンクしているか」、「有効にリンクした」用語は並置を表します、どこで、構成要素、そのため、記載された、それらがそれらの意図した方法の中で機能することを可能にする関係のあります。例えば、プロモーター・シーケンスが暗号配列の転写を促進する場合、プロモーター・シーケンスは暗号配列に操作しやすくリンクされます。
本明細書に用いられるように、「発現」はポリヌクレオチドがｍＲＮＡへ転写される手順および／または手順をそばに表します、どれがｍＲＮＡ（また「転写」と呼ばれた）を転写したかは、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質へ次に変換されます。転写とエンコードされたポリペプチドは総体として遺伝子産物と呼ばれます。ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡから誘導した場合、発現は真核細胞のｍＲＮＡのスプライシングを含むかもしれません。
本明細書に用いられるように、用語「ベクター」は核酸送達（ポリヌクレオチドはそれへ挿入することができる）の手法を表します。ベクターが挿入されたポリヌクレオチドによるエンコードされたタンパク質を示すことができる時、ベクターは発現ベクトルと呼ばれます。ベクターは変態、形質導入またはトランスフェクションを介して宿主細胞へ導入することができます。その結果、それが運ぶ遺伝物質要素は宿主細胞で示すことができます。ベクターは以下を含み、これらに限定されずに当業者によく知られています：プラスミド；ファージミド；酵母人工染色体（ＹＡＣ）、バクテリア人工染色体（ＢＡＣ）またはＰ１を派生した人工染色体（ＰＡＣ）などの人工染色体；ラムダ・バクテリオファージまたはＭ１３バクテリオファージと、動物ウイルスとその他同種のものなどのバクテリオファージ。ベクターが含んでいるが、逆トランスクリプターゼ・ウィルス（レンチウイルスを含む）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウィルス（例えば単純疱疹ウイルス）、ポックスウイルス、バキュロウィルス、乳頭腫ウイルスとパポバウイルス（例えばシミアンウイルス４０）に限定的でないように、用いることができる動物ウイルス。ベクターは、プロモーター・シーケンス、転写開始シーケンス、エンハンサー配列、選択要素とレポーター遺伝子を含み、これらに限定されずに、発現をコントロールする様々な要素を含んでいるかもしれません。加えて、ベクターは、また複製部位の起源を含んでいるかもしれません。
本明細書に用いられるように、用語「宿主細胞」はベクター（それは含む）を導入するために用いることができるが、制限されない細胞、大腸菌または枯草菌などの原核細胞、酵母菌またはアスペルギルス属などの菌による細胞、Ｓ２ショウジョウバエ細胞またはＳｆ９などの昆虫細胞または繊維芽細胞、ＣＨＯ細胞、コス細胞、ＮＳＯ細胞、ＨｅＬａ細胞、ＢＨＫ細胞、ＨＥＫ２９３細胞またはその誘導体などの動物とヒト細胞を表します。
「本明細書に用いられるように、有効な量は少なくとも特定の条件の測定可能な改善または予防を達成するのに必要な最低額を表します。ここの有効な量は、患者の疾患状態、時代、ジェンダー、重量と他の要素によって変化するかもしれません。有効な量は、また治療の中で治療の利益がいかなる有毒または悪影響にもまさる量です。癌または腫瘍の処置では、有効な薬物量は次の効果がありえます：癌細胞の数を減らすこと、縮小する腫瘍サイズ、周辺の器官へ抑止的な癌細胞浸潤、抑止的な腫瘍転移、抑止的な腫瘍の増殖、ある程度まで、および／または、１つ以上の症状の緩和、疾患に関連した、ある程度まで。有効な量はある以上回分で投与することができます。
用語「レシピエント」、「個体」、「被験体」、「宿主」、及び「患者」は、本明細書で互換的に使用され、診断、処置、又は治療が所望される任意の哺乳動物被験体、特にヒトを指す。
本明細書に用いられるように、「治療」、「治療」という用語は希望の薬学でおよび／または生理的な効果を得ることを表します。この効果は、病気またはその症状を完全にまたは部分的に予防する点では予防的であり得、および／または、病気および／またはその病気に起因する副作用の部分的または完全な安定化または治癒の観点からは治療的なこともある。「処置」がマウス、ラット、ウサギ、ブタ、霊長類、人間を含むこと他の類人猿などの哺乳動物への疾患のいかなる処置（特に人間）も包含し用語は次のものを含みます本明細書で使用される場合、（ａ） 対象の生じることから、疾患または症状の予防、疾患または症状に弱いかもしれないが、まだ分析されない；（ｂ）病徴を阻害すること；（ｃ） その疾患の発現を防ぐこと；（ｄ）病徴を緩和すること；（ｅ）疾患または症状の回帰を引き起こすこと；または、これらの組み合わせである。本明細書に用いられるような用語「キット」は、使用のためのともにまたは営利上パッケージにされた組み合わせを表します、有効。例えば、本の開示のキットは、本の開示の組成物と組成物またはキットを用いるための指示を含むかもしれません。用語「指示」は、治療薬のコマーシャル・パッケージの通常含まれている説明の挿入物を表します。それは、適応症、使用、量、投与、併用に関する情報、禁忌および／またはそのような治療薬の使用に関する警告を含んでいます。
「コドン最適化」はコドンが特有のシステム（例えば特有の種類または一群の種類）において発現には打ってつけのことができるように、核酸配列を構築するコドンを変更することを表します。例えば、核酸配列は哺乳動物細胞へのより効率的な発現のための最適化されます。同意語のコドンの存在により、コドン最適化は、エンコードされたタンパク質のアミノ酸配列順序を変更しません。様々なコドン最適化方法は、米国の特許の番号５，７８６，４６４と６，１１４，１４８の開示されたものなどの技術で知られています。「同意語のコドン」は、同じアミノ酸をエンコードするコドンを表します。
レーバー先天性黒内障および他の疾患
本明細書に提供されて、１つの態様で、疾患またはｃｏｎｄｉｔｉｏｎｉｎを処置するための組成物と方法である、対象。疾患または症状は相続した網膜の疾患（ＩＲＤ）になりえます。いくつかの実施形態では、ＩＲＤはＲＰＥ６５遺伝子の変異による引き起こされます。いくつかの実施形態では、ＩＲＤは、対象のＲＰＥ６５遺伝子の両方のコピーの変異による引き起こされます。いくつかの実施形態では、十分な生細胞は対象の網膜の残ります。いくつかの実施形態では、疾患または症状はレーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）です。
レーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）はすべての遺伝的な網膜の疾患の約６％を占めて、珍しい遺伝的な目の疾患で、遺伝的な網膜症の最も重大な形です。ＬＣＡは、小児における先天的失明（それは誕生の時、または生涯の早期に重症の視力障害として通常明示する）と、最初の２０年以内に生じる視覚の全損の最も一般的な原因です。ＬＣＡの開発中に、患者の疾患の症状は網膜の機能不全、眼運動（眼振）、視力障害、瞳孔不反応性と結局盲目を含みます。
ＬＣＡは通常常染色体性劣性遺伝病です。現在まで、ＬＣＡに関連する１８の遺伝子が確認されました。そして、これらの遺伝子への変異は通常ＬＣＡの原因です。これらの１８の遺伝子によれば、人（ＯＭＩＭ）におけるオンライン・メンデル遺伝は、さらにＬＣＡを１８の異なる型へ分類します。異なる型のＬＣＡと、その上に関連する遺伝子情報は、表１の下に示されます。
レチノイドｉｓｏｍｅｒｏｈｙｄｒｏｌａｓｅと呼ばれた網膜色素上皮に特有の６５のｋＤａに（ＲＰＥ６５）は、カロチン様のオキシゲナーゼ族に属し、脊椎動物の視サイクルへの酵素で、人間におけるＲＰＥ６５遺伝子によるエンコードされます。
ＲＰＥ６５は、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞における主として示され、また、棒細胞および円すい細胞においてあります。それは、光形質導入手順中に全越レチニルエステルを１１－ｃｉｓ－レチノールに変換する原因です。および、その後、他の酵素の作用の下では、１１－ｃｉｓ－レチノールは、脳による光を検出することのための光形質導入経路を活性化するように活発な視物質を形成するためにオプシンに順番に和解した１１－ｃｉｓ－レチナールに酸化させます。
ＲＰＥ６５の機能的な欠損はＬＣＡ２の帰着する場合があります。それは、すべてのＬＣＡ事例の約６％から１６％を占めます。研究は、通常の機能性を有するＲＰＥ６５を有するＲＰＥ６５機能不良がある目の細胞の補足がＬＣＡを改善する場合があることを示しました。
組み換えＡＡＶベクター
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）はパルボウイルス科ファミリーのもので、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）ウィルスです。ＡＡＶゲノムは長さおよそ４．７キロベースで、ＤＮＡ鎖の両端と、レプおよびキャップと呼ばれる２つの読取枠（ＯＲＦ）で逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含むことができます。
「ＡＡＶ逆方向末端反復」（ＩＴＲ）シーケンスは約１４５のヌクレオチドのシーケンスになりえます、それは自然な単鎖のＡＡＶゲノムの両端で存在します。ＩＴＲは、アデノ随伴ウイルス・ゲノムにおける効率的な複製のために用いられた対称な核酸配列です。それは複製起点としてウィルスＤＮＡ合成のために用いることができ、組み換えのＡＡＶベクターの必要な構造の構成要素でありえます。
「レプ」はポリヌクレオチドを含むことができます、順番に並べる、４のレプ・タンパク質ｒｅｐ７８のエンコード、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、およびＡＡＶの生活環のために必要なｒｅｐ４０。「キャップ」はポリヌクレオチドを含むことができます、コード化ＡＡＶカプシド・タンパク質ＶＰ１、ＶＰ２とＶＰ３を順番に並べる。そこではＶＰ１、ＶＰ２とＶＰ３が対話することができるＡＡＶカプシド・タンパク質はｉｃｏｓｉｔｅｔｒａｈｅｄｒａｌな対称なＡＡＶカプシドを形成します。
ＡＡＶは有効に感染させる場合があります、分割および／または無分裂のヒト細胞、および、そのゲノムは、宿主細胞ゲノムへの１回の染色体のサイトへ統合することができます。最も重要なことには、ＡＡＶは多くの人々の体の存在しますが、現在の調査はＡＡＶがいかなる疾患にも関連しないと信じます。その高い安全性、低い免疫原性、広い宿主領域と動物への外因性の遺伝子の長期的な安定した発現を調停する能力に基づいて、ＡＡＶは遺伝子治療の中で最も有望なベクターシステムになりました。
現在まで、１３の異なるＡＡＶが、ＡＡＶ血清型または感染した組織の違いまたは細胞（すなわちＡＡＶ１－ＡＡＶ１３）に応じて確認されました。および、表２の下に示されるように、異なるＡＡＶは特有の細胞型のトランスフェクションの有利なベクターシステムとして開発されています。多くのＡＡＶ血清型の中で、２（ＡＡＶ２）をセロタイプで分ける、最も広く調査されるもので１つ用いた、それは網膜の上皮、光受容細胞、骨格筋、中枢神経系と肝細胞などを感染させる場合があり、進行におけるベクターとして多くの臨床研究のために用いられました。
本明細書に用いられるように、用語「組み換えのＡＡＶベクター（ｒＡＡＶベクター）」は１つ含んでいるポリヌクレオチド・ベクターを表します。または、より異種のシーケンス（すなわち非－ＡＡＶ－派生した核酸配列）は２つのＡＡＶ逆方向末端反復シーケンス（ＩＴＲ）による側面に位置しました。ＡＡＶレプとキャップ・タンパク質を示すホスト細胞においてある時、ｒＡＡＶベクターはＡＡＶウイルス粒子へ複製しパッケージにすることができます。
「組み換えのＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ウィルス」または「ｒＡＡＶウイルス粒子」は、少なくともあるつのＡＡＶカプシド・タンパク質によるカプセルに入れられたｒＡＡＶベクターからできているＡＡＶウイルス粒子を表します。ｒＡＡＶウイルス粒子の産生のために現在用いられたホスト細胞は、昆虫細胞からも２９３個の細胞、コス細胞、ＨｅＬａ細胞、ＫＢ細胞と他の哺乳動物細胞株などの哺乳動物からも誘導した細胞型になりえます。ｒＡＡＶウイルス粒子はｒＡＡＶプラスミドの提供により哺乳動物細胞培養系の中で生むことができます。しかしながら、ほとんどの上記の哺乳動物細胞培養系の出力は治験と工業規模産生の必要条件を満たすのが困難です。Ｓｆ９細胞などの昆虫細胞を用いるｒＡＡＶウイルス粒子プロダクション・システムは、最近同様に開発されています。しかしながら、昆虫細胞のＡＡＶを生成するために、ＡＡＶカプシド・タンパク質の正しい理論混合比を得るためにいくつかの変異をなさなければなりません。
バキュロウィルスはバキュロウイルス科ファミリーが所有しており、９０ｋｂおよび２３０ｋｂの間のゲノム・サイズを有する二重らせん構造のサーキュラーＤＮＡウィルスです。バキュロウィルスはもっぱら節足動物において寄生し、６００を超える種類の昆虫を感染させると知られています。１９８３年には、スミスらが、成功裡にＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞系統Ｓｆ９における人間β－インターフェロンを示すためにＡｕｔｏｇｒａｐｈａ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ多重カプシド核多角体ウイルス（ＡｃＭＮＰＶ）を用いて、初めてバキュロウィルス発現システム（ｍｏｌ細胞Ｂｉｏｌ、１９８３年、３： ２１５６－２１６５）を作出しました。その時以来、バキュロウィルス発現システムは継続的に改善され開発されており、広く非常に用いられている真核生物の発現システムになりました。２００２年には、Ｕｒａｂｅらが、バキュロウィルスに感染したＳｆ９昆虫細胞がＡＡＶ複製を支持することができることを確認しました。彼らは、Ｓｆ９細胞と成功裡に準備したｒＡＡＶウイルス粒子を共同感染させるためにＡＡＶのレプ遺伝子、キャップ遺伝子とＩＴＲコア発現要素を運ぶ３つの組み換えのバキュロウィルスをそれぞれ用いました。この根拠の上で、研究者は、ｒＡＡＶウイルス粒子の大規模調製のために、より適しているシステムを連続的に開発しました。
現在、バキュロウィルス発現システムを用いるｒＡＡＶウイルス粒子の大規模調製の２つの方法が主としてあります：２つのＢａｃシステムと、細胞系統をパッケージにすることに依存する１つのＢａｃシステム。ｒＡＡＶウイルス粒子を調製するために２つのＢａｃシステムを用いる主な過程は、バキュロウィルス・ゲノムへＡＡＶレプ遺伝子とキャップ遺伝子を統合し、ＩＴＲコア発現要素と、別のバキュロウィルス・ゲノムへ興味のある標的遺伝子を統合し、次に、標的遺伝子を運ぶｒＡＡＶウイルス粒子を生むために上に記載された２つの組み換えのバキュロウィルスを用いて、ホスト細胞を共同感染させることです。ｒＡＡＶウイルス粒子を調製するために細胞系統をパッケージにすることに依存する１つのＢａｃシステムを用いる主な過程は、レプ遺伝子とキャップ遺伝子の発現を引き起こすパッケージング細胞系統を最初に確立することです。このパッケージング細胞系統は、レプ遺伝子とキャップ遺伝子の発現要素を統合します、レプ遺伝子とキャップ遺伝子は、どこでバキュロウィルス後期遺伝子発現の調節の下に配置されるか、強いプロモーターｐｏｌｙｈｅｄｒｉｎ（ｐｏｌｈ）および／またはｐ１０、それぞれレプおよびキャップに加えて、ｈｒ２エンハンサー配列および／またはＡＡＶのレプ・タンパク結合シーケンスは、さらに付加です。ＡＡＶ ＩＴＲと標的遺伝子を含んでいる組み換えのバキュロウィルスに感染する後、レプ遺伝子、およびパッケージング細胞系統への遺伝子をしのぐ、発現するために引き起こされる、標的遺伝子に統合されたｒＡＡＶウイルス粒子の帰着すること
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターはかつてはｒＡＡＶウイルス粒子に入れて標的遺伝子を運びました、また１つ以上を含んでもよい「発現調整する要素。」本明細書に用いられたように、用語「発現調整する要素」異種のポリヌクレオチドの転写と翻訳を促進するポリヌクレオチド・シーケンスを含む操作しやすくリンクしたポリヌクレオチドの発現に影響する核酸配列に言及します。本の開示における用いることができる調整する要素が含むが、限定的でない発現、プロモーター、エンハンサー、信号を結合するイントロン、ポリ（１つの）、逆方向末端反復（ＩＴＲ）などを含む。
「プロモーター」はＤＮＡ塩基配列です、置いた、標的生成物をエンコードする異種のポリヌクレオチド・シーケンスに隣接している、および通常操作しやすく異種のポリヌクレオチドなどの隣接したシーケンスにリンクされます。プロモーターは、一般に異種のポリヌクレオチドの量を増加します、プロモーターなしでそれに比較して示されました。
「エンハンサー」はプロモーターの活動を増強するシーケンスです。プロモーターと異なり、エンハンサーはプロモーター作用をしておらず、プロモーター（すなわち上流にまたは下流にプロモーターの）に関連のあるその位置と無関係に通常機能することができます。本の開示における用いることができるエンハンサーエレメント（またはその部分）の制限しない例は、バキュロウィルス・エンハンサーと、昆虫細胞の中で見つけられたエンハンサーエレメントを含みます。
「詰め物をする人シーケンス」は、より大きな核酸分子（ベクターのような）の含まれていたヌクレオチド配列を表し、２つの核酸形質（プロモーターおよび暗号配列の間でのような）間の希望の間隔を生成するかまたは希望の長さに核酸分子を延長するために通常用いられます。詰め物をする人シーケンスはタンパク質暗号情報を含んでおらず、未知の／合成起源があってもよい、および／またはより大きな核酸分子内の他の核酸配列に無関係です。
コドン最適化
タンパク質を構成する２０のアミノ酸と、アミノ酸をエンコードする６４のコドンがあります。アミノ酸は各々少なくとも１つのコドンに相当します。そして、１つのアミノ酸は６つまでのコドン（縮重暗号）に相当する場合があります。異なる生体（同じ生体の異なるタンパク質をコード化する遺伝子さえ）も、縮重暗号の異なる使用頻度を持っており、特定の優先度があります。それらの中で、高周波を有するコドンは好ましいコドンと呼ばれます。そして、めったに用いられないものはまれか低周波のコドンと呼ばれます。遺伝子コドンの最適化は、好ましいコドンを利用し、低い利用を有するまれか低周波のコドンを回避し、遺伝子転写の後にｍＲＮＡの二次構造を単純化し、高性能発現の助けになり、発現に不利で、ＧＣ含有量を調節しているモチーフを低減しているモチーフをｉｃｏｒｐｏｒａｔｉｎｇすること等により、タンパク質発現レベルを増加する場合があります。多くの一般的なコドン最適化原理がありますが、これらの一般的な最適化原理は、一様に単一の遺伝子治療ベクターに適用することができません。異なる一般的な最適化原理は互いに否定するかもしれません。例えば、ＣｐＧ島の組成物またはコード領域のＧＣ含有量の変更は、コドン利用優先度の選択に影響するかもしれません。加えて、異なるコドン最適化は異なる翻訳後修飾と異なる生物活性に至るかもしれません。
本の開示はヌクレオチド配列コード化ＲＰＥ６５ポリペプチドを提供します。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列はコドン最適化されます。コドン最適化の後、ヌクレオチド配列は、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列に比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約９５％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約９０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約８０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約７０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約４０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約３０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約２０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドに約１０％以下を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％をせいぜい含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６０％をせいぜい含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％をせいぜい含みます。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった２０のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１９のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１８のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１７のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１６のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１５のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１４のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１３のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１２のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１１のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１０のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった９つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった８つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった７つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった６つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった５つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった４つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった３つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった２つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はたった１つのＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５はＣｐＧジヌクレオチドを含みません。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は５から２０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は５から１５のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は１２から２０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は２から１０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は０から５つのＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの増加した数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約２００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約３００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約４００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、ＣｐＧジヌクレオチドの約７００％を含みます。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は１００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は１５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は２００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は２５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は３００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は約５０から３００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は約１００から２５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は約１５０から２００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は約１５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は約１００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたシーケンス・コード化ＲＰＥ６５は、配列番号から構成される群から選択されたシーケンスを含みます：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：２．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９８％の同一性が少しもなくあります：３．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：４．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：５．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９８％の同一性が少しもなくあります：６．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：７．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：８．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：９．幾つかの実施形態では、ＣＨ１配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６を含む。１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：１０．
いくつかの実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシド・タンパク質をエンコードするヌクレオチド配列はコドン最適化されます。コドン最適化の後、ヌクレオチド配列は、野性型ＡＡＶカプシド・タンパク質ヌクレオチド配列に比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいます。いくつかの実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）レプ・タンパク質をエンコードするヌクレオチド配列はコドン最適化されます。コドン最適化の後、ヌクレオチド配列は、野性型ＡＡＶレプ・タンパク質ヌクレオチド配列に比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいます。
組成物
一態様では、本開示はマイクロ流体デバイスを提供し、該マイクロ流体デバイスは：（ｉ） アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質をエンコードする第１のポリヌクレオチド、と（ｉｉ）ＲＰＥ６５ポリペプチドをエンコードするシーケンスを含む別のポリヌクレオチド。一態様では、本開示はマイクロ流体デバイスを提供し、該マイクロ流体デバイスは：（ｉ） アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質をエンコードする第１のポリヌクレオチド、と（ｉｉ）ＲＰＥ６５ポリペプチド（そこでシーケンスはコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいる）をエンコードするシーケンスを含む別のポリヌクレオチド。
本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドはあらゆる哺乳動物とその変異体から誘導したＲＰＥ６５かもしれません。いくつかの実施形態では、哺乳動物は含みます、しかし制限されない、霊長類（例えば人間）、ウシ、犬歯、ネコ科の動物とげっ歯動物（例えばモルモット、ラットまたはマウス）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドはそれについて人間を派生したＲＰＥ６５または変異体です。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも７５％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも８０％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも８５％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９０％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９５％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９６％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９７％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９８％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に対して少なくとも９９％の同一性を持っているシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ヒトＲＰＥ６５に比較して、１つ以上のアミノ酸変異、置換、欠失または付加があるシーケンスを含みます。
本明細書に記載された組成物は、ＲＰＥ６５ポリペプチドをエンコードするシーケンスを含むポリヌクレオチドを含むことができます。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤのシーケンスを少しもなく含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも７５％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８５％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９６％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９７％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９８％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９９％の同一性が少しもなくあるシーケンスを含みます：１．いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤに少しもなく比較して、１つ以上のアミノ酸変異、置換、欠失または付加があるシーケンスを含みます：１．
いくつかの実施形態では、ＲＰＥ６５ポリペプチドをエンコードするシーケンスを含むポリヌクレオチドが本明細書に提供されます。対応する野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、そこではシーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＲＰＥ６５ポリペプチドをエンコードするシーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約９０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約８０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約７０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約６０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約４０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約３０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約２０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約１０％を含みます。
いくつかの実施形態では、シーケンスはたった２０のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、試料は細胞を含まない。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの増加した数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約２００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約３００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約４００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約５００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約６００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、シーケンスは、ＣｐＧジヌクレオチドの約７００％を含みます。
いくつかの実施形態では、シーケンスは５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは１００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは１５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは２００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは２５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは３００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは約５０から３００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは約１００から２５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、シーケンスは約１５０から２００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。幾つかの実施形態において、軟膏剤は約５％の蜜ろうを含む。幾つかの実施形態において、軟膏剤は約５％の蜜ろうを含む。
いくつかの実施形態では、芽細胞腫は以下からなる群から選択される：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列は含むか、または配列番号です：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：１０．
いくつかの実施形態では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質はあらゆるＡＡＶ血清型からかもしれません。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はＡＡＶ血清型ある（ＡＡＶ１）とＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）からかもしれません、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）とＡＡＶは、３（血清型３Ａと３Ｂを含むＡＡＶ３）とＡＡＶをセロタイプで分けます、４（ＡＡＶ４）とＡＡＶをセロタイプで分ける、５（ＡＡＶ５）とＡＡＶをセロタイプで分ける、６（ＡＡＶ６）とＡＡＶをセロタイプで分ける、７（ＡＡＶ７）をセロタイプで分ける、既知のＡＡＶ血清型８（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ血清型９（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ血清型１０（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ血清型１１（ＡＡＶ１１）、ＡＡＶ血清型１２（ＡＡＶ１２）、ＡＡＶ血清型１３（ＡＡＶ１３）、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶ。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ＡＡＶタンパク質に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ＡＡＶタンパク質に比較して、ＡＡＶタンパク質には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はそれについて血清型ＡＡＶ２または変異体からです、それについてＡＡＶ５または変異体をセロタイプで分ける、または血清型ＡＡＶ８または変異体、それについて。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はキャップ・タンパク質を含みます。いくつかの実施形態では、最初のポリヌクレオチドは、キャップ・タンパク質をエンコードするシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質は、機能的なＡＡＶカプシド（すなわち、ＤＮＡをパッケージにすることができ、標的細胞を感染させることができること）を形成することができる技術における既知のあらゆる構造タンパク質かもしれません。いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質はＶＰ１、ＶＰ２とＶＰ３を含みます。いくつかの実施形態における、キャップ・タンパク質ニーズ、それが機能的なＡＡＶカプシドを生成することができる限り、ＶＰ１、ＶＰ２とＶＰ３のすべてを含むとは限りません。いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質はＶＰ１およびＶＰ２を含みます。いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質はＶＰ１およびＶＰ３を含みます。いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質はＶＰ２およびＶＰ３を含みます。幾つかの実施形態において、構築物はミニサークルを標的遺伝子含む。幾つかの実施形態において、構築物はミニサークルを標的遺伝子含む。幾つかの実施形態において、構築物はミニサークルを標的遺伝子含む。
ＶＰ１、ＶＰ２とＶＰ３はあらゆるＡＡＶ血清型から誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ＶＰ１はＡＡＶ血清型ある（ＡＡＶ１）とＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）から誘導しているかもしれません、ＡＡＶ血清型２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）とＡＡＶは、３（血清型３Ａと３Ｂを含むＡＡＶ３）とＡＡＶをセロタイプで分けます、４（ＡＡＶ４）とＡＡＶをセロタイプで分ける、５（ＡＡＶ５）とＡＡＶをセロタイプで分ける、６（ＡＡＶ６）とＡＡＶをセロタイプで分ける、７（ＡＡＶ７）をセロタイプで分ける、既知のＡＡＶ血清型８（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ血清型９（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ血清型１０（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ血清型１１（ＡＡＶ１１）、ＡＡＶ血清型１２（ＡＡＶ１２）、ＡＡＶ血清型１３（ＡＡＶ１３）、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶ。いくつかの実施形態では、ＶＰ１は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ１ｓが引き出した野性型に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ１ｓが引き出した野性型に比較して、ＶＰ１には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、ＶＰ２は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ＶＰ２は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ２ｓが引き出した野性型に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ２ｓが引き出した野性型に比較して、ＶＰ２には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、ＶＰ３は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ＶＰ３は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ３ｓが引き出した野性型に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８からＶＰ３ｓが引き出した野性型に比較して、ＶＰ３には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
例えばいくつかの実施形態では、キャップはＶＰ１、ＶＰ２および／またはＡＡＶの同じ血清型から誘導したＶＰ３を含みます、キャップはＶＰ１、ＶＰ２および／またはＡＡＶ２から誘導したＶＰ３を含むかもしれません。いくつかの実施形態では、キャップはＶＰ１、ＶＰ２および／またはＡＡＶの異なる血清型から誘導したＶＰ３を含みます。例えば、キャップはＶＰ１、ＶＰ２および／またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８のうちのいずれか１つ以上から誘導したＶＰ３を含むかもしれません、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４とＡＡＶ－２ｉ８。
いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質をエンコードするシーケンスは、プロモーターに操作しやすくリンクされます。プロモーターは、キャップの発現を駆り立てることができる技術における既知のあらゆる適切なプロモーターかもしれません。いくつかの実施形態では、プロモーターは、組織特異的プロモーター、構成するプロモーターまたは取り締まれるプロモーターかもしれません。例えばいくつかの実施形態では、プロモーターは異なる出所から選択されるかもしれません、プロモーターは、ウイルスのプロモーター、プラント・プロモーターと哺乳類のプロモーターになりえます。
プロモーターの例は含みます、しかし制限されない、ヒト－サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）即時の初期のエンハンサー／プロモーター、シミアンウイルス４０の初期のエンハンサー／プロモーター、ＪＣポリオーマウイルス・プロモーター、ミエリン塩基性蛋白質（ＭＢＰ）または神経膠線維酸性蛋白質（ＧＦＡＰ）プロモーター、単純疱疹ウイルス（ＨＳＶ－ある）潜伏期関連のプロモーター（ＬＡＰ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーター、ニューロンに特有のプロモーター（ＮＳＥ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）プロモーター、ｈＳＹＮ、メラニン凝集ホルモン（ＭＣＨ）プロモーター、ＣＢＡ、マトリックス・メタロプロテイン・プロモーター（ＭＰＰ）、鶏β－アクチン・プロモーター、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター。
いくつかの実施形態では、プロモーターは昆虫細胞の発現のために適しているプロモーターです。いくつかの実施形態における、昆虫細胞の発現のために適しているプロモーター、含む、しかし制限されない、ｐｏｌｈプロモーター、ｐ１０プロモーター、基礎的なプロモーター、誘導可能なプロモーター、Ｅ１プロモーターまたはΔＥ１プロモーター。幾つかの実施形態において、プロモータは構成型プロモータである。幾つかの実施形態において、プロモータは構成型プロモータである。
いくつかの実施形態では、キャップ・タンパク質をエンコードするヌクレオチド配列の３’終了は、さらにポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」を含みます。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」の長さは、約１－５００ ｂｐから及ぶことができます。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（１つの）シーケンス」の長さはそうでありえます、しかし制限されない、ある、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０の、３０、５０、１００、２００、または５００ヌクレオチド．
いくつかの実施形態では、本の開示の組成物のさらに含まれていたＡＡＶタンパク質は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）レプ・タンパク質を含みます。いくつかの実施形態では、最初のポリヌクレオチドは、ＡＡＶレプ・タンパク質をエンコードするシーケンスを含みます。そこではレプ・タンパク質は、ｒＡＡＶウイルス粒子へ複製しパッケージにするあらゆるｒＡＡＶベクターのために必要な複製タンパク質かもしれません。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質はｒｅｐ７８、ｒｅｐ６８、ｒｅｐ５２とｒｅｐ４０を含みます。いくつかの実施形態における、レプ・タンパク質ニーズ、ｒｅｐ７８のすべてを含むとは限らない、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、およびｒｅｐ４０、ｒＡＡＶベクターがパッケージにすることをそれがｒＡＡＶウイルス粒子へ可能にすることができる限り。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質は、ｒｅｐ７８、ｒｅｐ６８、ｒｅｐ５２とｒｅｐ４０のうちのいかなる３も含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質は、ｒｅｐ７８、ｒｅｐ６８、ｒｅｐ５２とｒｅｐ４０のうちのいかなる２も含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質は、ｒｅｐ７８、ｒｅｐ６８、ｒｅｐ５２とｒｅｐ４０のうちのいずれか１つを含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質はｒｅｐ７８およびｒｅｐ５２を含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質はｒｅｐ７８およびｒｅｐ４０を含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質はｒｅｐ６８およびｒｅｐ５２を含みます。いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質はｒｅｐ６８およびｒｅｐ４０を含みます。
ｒｅｐ７８（ｒｅｐ６８）はｒｅｐ５２します。そして、ｒｅｐ４０はあらゆるＡＡＶ血清型から誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ７８は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ７８は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ７８ｓに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ７８ｓに比較して、ｒｅｐ７８には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、ｒｅｐ６８は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ６８は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ６８ｓに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ６８ｓに比較して、ｒｅｐ６８には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、ｒｅｐ５２は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ５２は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ５２ｓに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ５２ｓに比較して、ｒｅｐ５２には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、ｒｅｐ４０は、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ４０は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ４０ｓに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ｒｅｐ４０ｓに比較して、ｒｅｐ４０には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。
いくつかの実施形態では、レプはｒｅｐ７８を含みます、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、および／または例えば、ＡＡＶの同じ血清型から誘導したｒｅｐ４０、レプはｒｅｐ７８を含むかもしれません、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、および／またはＡＡＶ２から誘導したｒｅｐ４０。いくつかの実施形態では、レプはｒｅｐ７８を含みます、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、および／または例えば、ＡＡＶの異なる血清型から誘導したｒｅｐ４０、レプはｒｅｐ７８を含むかもしれません、ｒｅｐ６８する、ｒｅｐ５２する、および／またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他の既知のＡＡＶのうちのいずれか１つ以上から誘導したｒｅｐ４０。
いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質をエンコードするシーケンスは、プロモーターに操作しやすくリンクされます。プロモーターは、レプの発現を駆り立てることができる技術における既知のあらゆる適切なプロモーターになりえます。いくつかの実施形態では、プロモーターは、組織特異的プロモーター、構成するプロモーターまたは取り締まれるプロモーターになりえます。例えばいくつかの実施形態では、プロモーターは異なる出所から選択することができます、プロモーターは、ウイルスのプロモーター、プラント・プロモーターと哺乳類のプロモーターになりえます。
プロモーターの例は含みます、しかし制限されない、ヒト－サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）即時の初期のエンハンサー／プロモーター、シミアンウイルス４０の初期のエンハンサー／プロモーター、ＪＣポリオーマウイルス・プロモーター、ミエリン塩基性蛋白質（ＭＢＰ）または神経膠線維酸性蛋白質（ＧＦＡＰ）プロモーター、単純疱疹ウイルス（ＨＳＶ－ある）潜伏期関連のプロモーター（ＬＡＰ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーター、ニューロンに特有のプロモーター（ＮＳＥ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）プロモーター、ｈＳＹＮ、メラニン凝集ホルモン（ＭＣＨ）プロモーター、ＣＢＡ、マトリックス・メタロプロテイン・プロモーター（ＭＰＰ）、鶏β－アクチン・プロモーター、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター。
いくつかの実施形態では、プロモーターは昆虫細胞の発現のために適しているプロモーターです。いくつかの実施形態における、昆虫細胞の発現のために適しているプロモーター、含む、しかし制限されない、ｐｏｌｈプロモーター、ｐ１０プロモーター、基礎的なプロモーター、誘導可能なプロモーター、Ｅ１プロモーターまたはΔＥ１プロモーター。幾つかの実施形態において、プロモータは構成型プロモータである。幾つかの実施形態において、プロモータは構成型プロモータである。
いくつかの実施形態では、レプ・タンパク質をエンコードするヌクレオチド配列の３’終了は、さらにポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」を含みます。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」の長さは、約１－５００ ｂｐから及ぶかもしれません。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（１つの）シーケンス」の長さはそうかもしれません、しかし制限されない、ある、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０の、３０、５０、１００、２００、または５００ヌクレオチド．
いくつかの実施形態では、キャップおよびレプは同じＡＡＶ血清型から誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、キャップおよびレプは、同じＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８または既知の他のＡＡＶから誘導しているかもしれません、および変異体。
例えばいくつかの実施形態では、キャップおよびレプは異なるＡＡＶ血清型から誘導しているかもしれません、キャップおよびレプはＡＡＶ１から誘導しているかもしれない、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８または他のＡＡＶ、知られていた、それぞれ。例えば、いくつかの実施形態では、キャップはＡＡＶ２から誘導しているかもしれません。そして、レプはＡＡＶ５から誘導しています。
いくつかの実施形態では、最初のポリヌクレオチドはコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質の暗号配列はコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、ＡＡＶキャップ・タンパク質の暗号配列はコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、ＡＡＶレプ・タンパク質の暗号配列はコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、プロモーターの暗号配列はコドン最適化されます。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはプロモーターを含みます。そして、プロモーターはシーケンスに操作しやすくリンクされます。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織特効薬プロモーターです。いくつかの実施形態では、眼組織に特有のプロモーターは、ＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーターと卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーター、または光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから選択されます。
いくつかの実施形態では、シーケンスは、３’終わりでさらにＷＰＲＥシーケンスを含みます。
いくつかの実施形態では、シーケンスは、３’終わりでポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」をさらに含みます。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」の長さは、約１－５００ ｂｐから及ぶかもしれません。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（１つの）シーケンス」の長さはそうかもしれません、しかし制限されない、ある、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０の、３０、５０、１００、２００、または５００ヌクレオチド．いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）シーケンスの長さは、５から１００、５から５０、１０から５０、１０から２５、２５から５０または２５－７５のヌクレオチドです。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）シーケンスはＳＶ４０ｐＡ、ｈＧＨｐＡとｂＧＨｐＡのうちの１つです。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはさらに１つ以上の他の調節配列を含みます。調節配列は含みます、しかし制限されない、信号、ポリアデニル化信号、詰め物をする人シーケンス、終端装置、タンパク質低下信号、内部リボソーム・エントリー要素（ＩＲＥＳ）、２Ａシーケンス等を結合する逆方向末端反復（ＩＴＲ）、エンハンサー。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはさらにエンハンサー領域を含みます。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域はシミアンウイルス４０エンハンサー、即時の初期のサイトメガロウィルス・エンハンサー、ＩＲＢＰエンハンサーと、免疫グロブリン遺伝子から誘導したエンハンサーを含みます。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域は、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサーは眼組織に特有のプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域は、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーターに下流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサーは、眼組織に特有のプロモーターに下流に位置します。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはさらに逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは少なくとも１つの逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは２つの逆方向末端反復シーケンス（ＩＴＲ）を含みます。いくつかの実施形態では、第１および第２の経路は同じである。一実施形態において、２つのペン先構成要素は互いから絶縁される。いくつかの実施形態では、逆方向末端反復シーケンス（ＩＴＲ）はＡＡＶから誘導したＩＴＲです。いくつかの実施形態では、ＩＴＲは、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶのＩＴＲから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ＩＴＲは、１つ以上の塩基変異、挿入または欠失をそれがターミナルの反復配列として希望の作用を保持する限り、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導した野性型ＩＴＲに比較します、ウイルス粒子の標的遺伝子、パッケージングおよび／または統合の複製等のような。
幾つかの実施形態において、第２モノマー単位は更に、１以上のポリエチレングリコール・セクションを含む。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター・シーケンスの上流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター・シーケンスに下流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは眼組織に特有のプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、眼組織に特有のプロモーターに下流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、５’ＩＴＲシーケンスの５’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、５’ＩＴＲシーケンスの３’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、５’ＩＴＲシーケンスの５’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、３’ＩＴＲシーケンスの５’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、３’ＩＴＲシーケンスの３’終わりに位置します。
いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスの長さが０．１ｋｂ－５ｋｂぐらいあるかもしれません、のような、しかし０．１ｋｂ ０．２ｋｂ ０．３ｋｂ制限されない、０．４ｋｂ、０．５ｋｂ、０．６ｋｂ、０．７ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、あるｋｂ、１．１ｋｂ、１．２ｋｂ、１．３ｋｂ、１．４ｋｂ、１．５ｋｂ、１．６ｋｂ、１．７ｋｂ、１．８ｋｂ、１．９ｋｂ、２ｋｂ、２．１ｋｂ、２．２ ｋｂ、２．３ ｋｂ、２．４ ｋｂ、２．５ ｋｂ、２．６ ｋｂ、２．７ ｋｂ、２．８ ｋｂ、２．９ ｋｂ、３ｋｂ、３．１ ｋｂ、３．２ ｋｂ、３．３ ｋｂ、３．４ ｋｂ、３．５ ｋｂ、３．６ ｋｂ、３．７ ｋｂ、３．８ ｋｂ、３．９ ｋｂ、４．０ ｋｂ、４．１ ｋｂ、４．２ ｋｂ、４．３ ｋｂ、４．４ ｋｂ、４．５ ｋｂ、４．６ ｋｂ、ｋｂ（４．７）、または、、。（４．８）（４．９ ｋｂまたは５．０ ｋｂ）
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは、１つ以上の他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含みます。いくつかの実施形態では、環境パラメータは、以下からなる群から選択される：ＡＴＰを拘束力のあるカセット・サブ家族Ａ部材４（ＡＢＣＡ４）、レチノールデヒドロゲナーゼ１２（＜ＲＤＨ１２＞）、レチノールデヒドロゲナーゼ８（ＲＤＨ８）、レチノール結合蛋白質３（ＲＢＰ ３）、レチノール結合蛋白質ある（ＲＢＰある）、レシチン・レチノール・アシル基転移酵素（＜ＬＲＡＴ＞）、レチナールデヒド結合蛋白質ある（Ｒｌｂｐ１）、レチノールデヒドロゲナーゼ１０（ＲＤＨ１０）とレチノールデヒドロゲナーゼ・ヒドロゲナーゼ１１（ＲＤＨ１１）。
いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスは、リンカーをエンコードするシーケンスによるシーケンスにリンクされます。幾つかの実施形態において、リンカーはペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは、２Ａペプチドのシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、２Ａペプチドは、口蹄疫ウィルス（ＦＭＤＶ）、ウマの鼻炎Ａウィルス（ＥＲＡＶ）、Ｔｈｏｓｅａａｓｉｇｎａウィルス（ＴａＶ）またはブタのｔｅｓｃｈｅｎウィルス（ＰＴＶ－ある）から誘導した２Ａペプチドなどのアフタウイルスまたはカルジオウイルスから誘導した２Ａペプチドから選択されるかもしれません。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、組成物は、半円形状である。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスはコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質はコドン最適化されます。いくつかの実施形態では、リンカー・シーケンスはコドン最適化されます。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドはたった５００のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。
いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２００から５００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２５０から４５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約３００から４００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２００から４００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２００から３００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２１０から２９０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２２０から２８０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２３０から２７０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２４０から２６０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは約２５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
組換えＡＡＶウイルス粒子
１つの態様では、本の開示は、ＲＰＥ６５ポリペプチドの暗号配列を含む発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを含む組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を提供します。いくつかの実施形態では、暗号配列はコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいます。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約９０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約８０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約７０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約４０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約３０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約２０％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約１０％を含みます。
いくつかの実施形態では、暗号配列はたった２５のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、暗号配列はＣｐＧジヌクレオチドを含みません。幾つかの実施形態において、Ｂは、少なくとも１、２、３、４、５、又は６つのＲＢ基で置換される。いくつかの実施形態では、暗号配列は５から１５のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は７から１２のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は０から１０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの増加した数を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約２００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約３００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約４００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約５００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約６００％を含みます。いくつかの実施形態では、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、暗号配列は、ＣｐＧジヌクレオチドの約７００％を含みます。
いくつかの実施形態では、暗号配列は５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は１００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は１５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は２００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は２５０ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は３００ものＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約５０から３００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約１００から２５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約１５０から２００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約１５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、暗号配列は約１００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。
いくつかの実施形態では、芽細胞腫は以下からなる群から選択される：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：２．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：３．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：４．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：５．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：６．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：７．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：８．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：９．いくつかの実施形態では、ＰＲＰＦ３ゲノム配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１である。１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも８０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９０％の同一性が少しもなくあります：１０．いくつかの実施形態では、暗号配列にはＳＥＱ ＩＤへの少なくとも９５％の同一性が少しもなくあります：１０．
いくつかの実施形態では、ＲＰＥ６５ポリペプチドはｒＡＡＶ粒子による宿主細胞の感染症の後に宿主細胞における示されます。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルより高い。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１．１倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１．２倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１．３倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１．４倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ２倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ２．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ３倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ３．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ４倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ４．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ５．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ６倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ６．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ７倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ７．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ８倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ８．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ９倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ９．５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１０倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１１倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１２倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１３倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１４倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ１５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ２０倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ２５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ３０倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ３５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ４０倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ４５倍です。いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５ポリペプチドの発現レベルは、宿主細胞の野性型ＲＰＥ６５暗号配列を含んでいるｒＡＡＶ粒子の発現レベルのおよそ５０倍です。
いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子による示された、ＲＰＥ６５メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）の安定性は野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡより高い。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、宿主細胞のより長い半減期を持っています。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約１０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約２０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約３０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約４０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約５０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約６０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約７０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約８０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約９０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡに比較して、半減期を約１００％増加します。
いくつかの実施形態では、宿主細胞へのｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドの安定性は野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドより高い。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、宿主細胞のより長い半減期を持っています。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約１０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約２０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約３０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約４０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約５０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約６０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約７０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約８０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約９０％増加します。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドは、野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ポリペプチドに比較して、半減期を約１００％増加します。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子の含まれていたＲＰＥ６５ ＤＮＡには野性型ＲＰＥ６５ ＤＮＡより対象の低い免疫原性があります。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡには野性型ＲＰＥ６５暗号配列による示されたＲＰＥ６５ ｍＲＮＡより対象の低い免疫原性があります。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶ粒子はさらにＡＡＶタンパク質を含みます。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はあらゆるＡＡＶ血清型からかもしれません。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はＡＡＶ血清型ある（ＡＡＶ１）とＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）からかもしれません、ＡＡＶ血清型２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）とＡＡＶは、３（血清型３Ａと３Ｂを含むＡＡＶ３）とＡＡＶをセロタイプで分けます、４（ＡＡＶ４）とＡＡＶをセロタイプで分ける、５（ＡＡＶ５）とＡＡＶをセロタイプで分ける、６（ＡＡＶ６）とＡＡＶをセロタイプで分ける、７（ＡＡＶ７）をセロタイプで分ける、既知のＡＡＶ血清型８（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ血清型９（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ血清型１０（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ血清型１１（ＡＡＶ１１）、ＡＡＶ血清型１２（ＡＡＶ１２）、ＡＡＶ血清型１３（ＡＡＶ１３）、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶ。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ＡＡＶタンパク質に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはより多くの同一性を持っています。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２変異体（ＡＡＶ２．７ｍ８、ＡＡＶ２（コッドＹ－Ｆ）とＡＡＶ２ｔＹＦのような）、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４またはＡＡＶ－２ｉ８から誘導した野性型ＡＡＶタンパク質に比較して、ＡＡＶタンパク質には１つ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加があります。いくつかの実施形態では、ＡＡＶタンパク質はそれについて血清型ＡＡＶ２または変異体からです、それについてＡＡＶ５または変異体をセロタイプで分ける、または血清型ＡＡＶ８または変異体、それについて。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列はさらにプロモーターを含みます。そして、プロモーターは暗号配列に操作しやすくリンクされます。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織特効薬プロモーターです。いくつかの実施形態では、眼組織に特有のプロモーターは、ＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーターと卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーター、または光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから選択されます。
いくつかの実施形態では、発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスは、３’終わりでさらにＷＰＲＥシーケンスを含みます。
いくつかの実施形態では、発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスは、３’終わりでポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」をさらに含みます。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（Ａ）シーケンス」の長さは、約１－５００ ｂｐから及ぶかもしれません。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シーケンスまたは「ポリ（１つの）シーケンス」の長さはそうかもしれません、しかし制限されない、ある、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０の、３０、５０、１００、２００、または５００ヌクレオチド．いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）シーケンスはＳＶ４０ｐＡ、ｈＧＨｐＡとｂＧＨｐＡのうちの１つです。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはさらに他の調節配列を含みます。調節配列は含みます、しかし制限されない、信号、ポリアデニル化信号、詰め物をする人シーケンス、終端装置、タンパク質低下信号、内部リボソーム・エントリー要素（ＩＲＥＳ）、２Ａシーケンス等を結合する逆方向末端反復（ＩＴＲ）、エンハンサー。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはさらにエンハンサー領域を含みます。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域はシミアンウイルス４０エンハンサー、即時の初期のサイトメガロウィルス・エンハンサー、ＩＲＢＰエンハンサーと、免疫グロブリン遺伝子から誘導したエンハンサーを含みます。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域は、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサーは眼組織に特有のプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサー領域は、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーターに下流に位置します。いくつかの実施形態では、エンハンサーは、眼組織に特有のプロモーターに下流に位置します。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはさらに逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは少なくとも１つの逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは２つの逆方向末端反復シーケンス（ＩＴＲ）を含みます。いくつかの実施形態では、第１および第２の経路は同じである。一実施形態において、２つのペン先構成要素は互いから絶縁される。いくつかの実施形態では、逆方向末端反復シーケンス（ＩＴＲ）はＡＡＶから誘導したＩＴＲです。いくつかの実施形態では、ＩＴＲは、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶのＩＴＲから誘導しているかもしれません。いくつかの実施形態では、ＩＴＲは、１つ以上の塩基変異、挿入または欠失をそれがターミナルの反復配列として希望の作用を保持する限り、既知のＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａおよび３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ－Ｒｈ１０、ＡＡＶ－Ｒｈ７４、ＡＡＶ－２ｉ８と他のＡＡＶから誘導した野性型ＩＴＲに比較します、ウイルス粒子の標的遺伝子、パッケージングおよび／または統合の複製等のような。
いくつかの実施形態では、流体カートリッジはさらに、２つ以上の気泡トラップを含む。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター・シーケンスの上流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫとＥＦ１ａプロモーター・シーケンスに下流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは眼組織に特有のプロモーターの上流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、眼組織に特有のプロモーターに下流に位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、５’ＩＴＲシーケンスの５’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、５’ＩＴＲシーケンスの３’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、３’ＩＴＲシーケンスの５’終わりに位置します。いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスは、３’ＩＴＲシーケンスの３’終わりに位置します。
いくつかの実施形態では、詰め物をする人シーケンスの長さが０．１ｋｂ－５ｋｂぐらいあるかもしれません、のような、しかし０．１ｋｂ ０．２ｋｂ ０．３ｋｂ制限されない、０．４ｋｂ、０．５ｋｂ、０．６ｋｂ、０．７ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、あるｋｂ、１．１ｋｂ、１．２ｋｂ、１．３ｋｂ、１．４ｋｂ、１．５ｋｂ、１．６ｋｂ、１．７ｋｂ、１．８ｋｂ、１．９ｋｂ、２ｋｂ、２．１ｋｂ、２．２ ｋｂ、２．３ ｋｂ、２．４ ｋｂ、２．５ ｋｂ、２．６ ｋｂ、２．７ ｋｂ、２．８ ｋｂ、２．９ ｋｂ、３ｋｂ、３．１ ｋｂ、３．２ ｋｂ、３．３ ｋｂ、３．４ ｋｂ、３．５ ｋｂ、３．６ ｋｂ、３．７ ｋｂ、３．８ ｋｂ、３．９ ｋｂ、４．０ ｋｂ、４．１ ｋｂ、４．２ ｋｂ、４．３ ｋｂ、４．４ ｋｂ、４．５ ｋｂ、４．６ ｋｂ、ｋｂ（４．７）、または、、。（４．８）（４．９ ｋｂまたは５．０ ｋｂ）
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、１つの他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含みます。いくつかの実施形態では、環境パラメータは、以下からなる群から選択される：ＡＴＰを拘束力のあるカセット・サブ家族Ａ部材４（ＡＢＣＡ４）、レチノールデヒドロゲナーゼ１２（＜ＲＤＨ１２＞）、レチノールデヒドロゲナーゼ８（ＲＤＨ８）、レチノール結合蛋白質３（ＲＢＰ ３）、レチノール結合蛋白質ある（ＲＢＰある）、レシチン・レチノール・アシル基転移酵素（＜ＬＲＡＴ＞）、レチナールデヒド結合蛋白質ある（Ｒｌｂｐ１）、レチノールデヒドロゲナーゼ１０（ＲＤＨ１０）とレチノールデヒドロゲナーゼ・ヒドロゲナーゼ１１（ＲＤＨ１１）。
いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスは、リンカーをエンコードするシーケンスによる暗号配列にリンクされます。幾つかの実施形態において、リンカーはペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、切断可能なリンカーは、２Ａペプチドのシーケンスを含みます。いくつかの実施形態では、２Ａペプチドは、口蹄疫ウィルス（ＦＭＤＶ）、ウマの鼻炎Ａウィルス（ＥＲＡＶ）、Ｔｈｏｓｅａａｓｉｇｎａウィルス（ＴａＶ）またはブタのｔｅｓｃｈｅｎウィルス（ＰＴＶ－ある）から誘導した２Ａペプチドなどのアフタウイルスまたはカルジオウイルスから誘導した２Ａペプチドから選択されるかもしれません。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は－ＮＲ８－である。いくつかの実施形態では、組成物は、円形状である。いくつかの実施形態では、等張液はＰＢＳである。いくつかの実施形態では、他の治療のタンパク質は最適化されます。幾つかの実施形態において、リンカーはヘテロアルキルである。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドはたった５００のＣｐＧジヌクレオチドしか含みません。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態において、バイオマーカーパネルは３つ未満のバイオマーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２００から５００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２５０から４５０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約３００から４００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２００から４００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２００から３００のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２１０から２９０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２２０から２８０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２３０から２７０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２４０から２６０のＣｐＧジヌクレオチドを含みます。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは約２５０のＣｐＧ ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ．Ｉｎを含みます、別の態様、本の開示は、宿主細胞の本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを導入することを含む組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を調製する方法を提供します。別の態様では、本の開示は組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子を提供します。それは、宿主細胞の本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを導入することを含む方法による調製されています。いくつかの実施形態では、方法は宿主細胞への本明細書に記載された発現カセット・ポリヌクレオチド・シーケンスを示すことを含みます。いくつかの実施形態では、宿主細胞はヒト細胞、動物細胞または昆虫細胞です。いくつかの実施形態では、細胞は哺乳動物の細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は分裂細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞はＨＥＫ２９３細胞またはその誘導体です。幾つかの実施形態において、細胞は分裂細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は分裂細胞である。いくつかの実施形態において、インスリン産生細胞は島細胞である。いくつかの実施形態では、方法はｂａｃｍｉｄ ＤＮＡおよび／またはバキュロウィルスを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法はＲＰＥ６５発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法はｒＡＡＶキャップ発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを生成することを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにＲＰＥ６５発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、バキュロウィルスを生成するためにｒＡＡＶキャップ発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを有する宿主細胞をトランスフェクトすることを含みます。いくつかの実施形態では、方法は、本の開示のパッケージにされたｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子を得るために宿主細胞（Ｓｆ９細胞のような）を感染させるために２つのバキュロウィルスを混合することをさらに含みます。
いくつかの実施形態では、本の開示の組成物は当技術における既知のあらゆる方法による宿主細胞へ送達することができます。いくつかの実施形態では、方法は含みます、しかし制限されない、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈澱反応、リポソーム仲裁等。いくつかの実施形態では、組成物は、宿主細胞へ安定してトランスフェクトされます。いくつかの実施形態では、組成物は、宿主細胞へ一時的にトランスフェクトされます。いくつかの実施形態では、宿主細胞はｒＡＡＶウイルス粒子を生むために用いられます。
必要ならば、ｒＡＡＶウイルス粒子は、当業者に知られていた従来方式による宿主細胞から分離し精製することができます。例えば、ｒＡＡＶウイルス粒子は、遠心分離、ＨＰＬＣ、疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）、陰イオン交換クロマトグラフィー、陽イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、限外濾過、ゲル電気泳動、アフィニティークロマトグラフィーおよび／または他の浄化技術を用いて精製することができます。
治療用組成物
１つの態様では、ｄｅｃｒｉｂｅｄされたｒＡＡＶ粒子または記載された組成物を含む医薬組成物が本明細書に提供されます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、本の開示、薬学的に許容可能な担体または賦形剤のｒＡＡＶ粒子を含みます。
本明細書で使用されるように、「薬学的にまたは治療的に許容可能な担体」とは、活性成分の生物学的活性の有効性に干渉せず、宿主または患者に毒性ではない担体媒体を指す。医薬製剤における用いられる担体の型は、治療の化合物の投与の方法に左右されるでしょう。様々な投与経路のために医薬組成物を調製する多くの方法が当該技術分野で周知である。「薬学的に許容可能な眼の担体」は、直接にまたは間接的に眼に、の上でまたはの近くで本の開示のｒＡＡＶウイルス粒子を送達するために用いることができる、薬学的に許容可能な担体または賦形剤を表します。
開示のいくつかの実施形態では、医薬組成物は、適切な溶媒への本の開示のｒＡＡＶウイルス粒子を溶かすことにより調製されています。適切な溶媒は含みます、しかし制限されない、常水、食塩水（例えばＮａＣｌ）、緩衝液（例えば燐酸塩緩衝食塩水（ＰＢＳ））または他の溶媒。特定の実施形態では、ウィルス粒子医薬組成物は界面活性剤（例えばＰｏｌｏｘａｍｅｒ、ｐｌｕｒｏｎｉｃな酸Ｆ６８）を含むかもしれません。特定の実施形態において、溶媒はＴＨＦである。特定の実施形態では、ウィルス粒子医薬組成物は塩化ナトリウム、リン酸ナトリウムとｐｏｌｏｘａｍｅｒを含みます。幾つかの実施形態において、眼用組成物は、光増感剤を含まない。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は懸濁液である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は溶液である。
本明細書に記載された医薬組成物はあらゆる適切な量のｒＡＡＶ粒子を含むことができます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｍＬにつき１ｘ１０１４ベクター・ゲノム（ｖｇ）への１ｘ１０９を含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｍＬについて１ｘ１０１３ ｖｇへの１ｘ１０１０を含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｍＬについて５ｘ１０１２ ｖｇへの５ｘ１０１０を含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｍＬについて１ｘ１０１２ ｖｇへの１ｘ１０１１を含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、体積への０．１から５ ｍＬを含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、体積への０．２から０．５ ｍＬを含みます。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、体積への０．１からあるｍＬを含みます。
処置方法
１つの態様では、本の適用は、あるの変異またはＲＰＥ６５遺伝子の両方のコピーによる引き起こされたものなどの相続した網膜の疾患を処置する方法を提供します。１つの態様では、本の適用は、レーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）を処置する方法を提供します。いくつかの実施形態では、方法は治療上有効な量のｒＡＡＶウイルス粒子を投与することを含みます、本明細書に記述した、および／またはその必要性のある対象への本の開示の医薬組成物。いくつかの実施形態では、対象はＲＰＥ６５遺伝子の両方のコピーの変異による相続した網膜の疾患を引き起こします。いくつかの実施形態では、被験体はＣＴＣＬを有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶウイルス粒子および／または医薬組成物は当技術における既知のあらゆる適切な方法による対象に投与することができます。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶウイルス粒子および／または医薬組成物は、結膜下か、眼球後か、ｐｅｒｉｏｃｕｌａｒ、ｉｎｔｒａｖｉｔｒｅａｌか、網膜下か、ｓｕｐｒａｃｈｏｒｏｉｄａｌか、眼内の投与によるのような眼にローカルに投与されるかもしれません。いくつかの実施形態、ｒＡＡＶウイルス粒子および／または医薬組成物における、網膜下の注入を介して投与されます。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶウィルス粒子を含む医薬組成物は、医学的に毒性の合格水準で希望の生物学的作用を達成する、治療上有効な量における提供されます。組成物の量は、投与経路とその病気の重症度に依存して変動することもある。投与量は処置される各患者の体重、年齢、性別、および／または症状の程度に依存して調節されてもよい。正確な量と投与経路は、参加する医者または獣医による結局測定されるでしょう。当然、ルーチン量変化は、患者の年齢と重量と、処置される条件の厳しさに左右されて必要かもしれません。
いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０５に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０６です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０７です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０８です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０９です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０１０です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０１１です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１３ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０１２です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１２ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０６に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１２ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０７に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１２ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０８に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１２ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０９に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１×１０１２ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０１０に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１×１０１０ ｒＡＡＶウイルス粒子への１×１０９です。
いくつかの実施形態では、治療上有効な量が１つの用量当たり１×１０２０ベクター・ゲノム（ｖｇ）への１×１０５に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１６ ｖｇへの１×１０６です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１４ ｖｇへの１×１０７です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１３ ｖｇへの１×１０８です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１３ ｖｇへの１×１０９です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１３ ｖｇへの１×１０１０です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１３ ｖｇへの１×１０１１です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１３ ｖｇへの１×１０１２です。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１つの用量当たり１×１０１２ ｖｇへの１×１０６に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１つの用量当たり１×１０１２ ｖｇへの１×１０７に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１つの用量当たり１×１０１２ ｖｇへの１×１０８に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１つの用量当たり１×１０１２ ｖｇへの１×１０９に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量が、１つの用量当たり１×１０１２ ｖｇへの１×１０１０に一般に関係しています。いくつかの実施形態では、治療上有効な量は１つの用量当たり１×１０１０ ｖｇへの１×１０９です。
いくつかの実施形態では、送達された体積は約０．０１のｍＬ－あるｍＬです。幾つかの実施形態において、注入量は約０．５ｍＬ～約１ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．５ｍＬ～約１ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．５ｍＬ～約１ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．１ｍＬ～約１．８ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．５ｍＬ～約１ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．０５ｍＬ～約２ｍＬである。幾つかの実施形態において、注入量は約０．５ｍＬ～約１ｍＬである。
いくつかの実施形態では、投与の度数がある日当たり２、３、４、または５倍を含む日につき少なくとも一度あるかもしれません。代替的に、処置レジメンは、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、３２日、３３日、３４日、３５日、３６日、３７日、３８日、３９日、４０日、４１日、４２日、４３日、４４日、４５日、４６日、４７日、４８日、４９日、５０日、６０日、７０日、８０日、９０日、１００日、１５０日、２００日、２５０日、３００日、４００日、５００日、７５０日、１０００日、または１０００日以上にわたって続くことがある。
いくつかの実施形態では、投与は医薬組成物を弱めることを含みます。例えば、医薬組成物は、１：１からあるに希釈することができます：投与に先立った１００の比率。いくつかの実施形態では、医薬組成物は希釈されます、１：１０、投与に先立って。
いくつかの実施形態では、投与は、１つの眼当たりの一回量を含みます。対象の各眼への投与はあるでありえます、同じか異なる日。いくつかの実施形態における、対象の各眼への投与、分かれている日（例えば少なくともある日、２日、３日、４日、５日、６日、７日）または１０日に別々に果たされます。いくつかの実施形態における、対象の各眼への投与、多くとも４５日３０日２０日果たされる（１５日、１０日）、７日、または３日、別々に。いくつかの実施形態における、対象の各眼への投与、６日ほどに別々に果たされます。
いくつかの実施形態では、別の治療剤は、記載された医薬組成物を有する同時にまたは連続して投与することができます。幾つかの実施形態において、第２の治療剤はアドリアマイシンである。例えば、経口コルチコステロイドは、全体にある～３０日のための０．１～４０ｍｇ／ｋｇ／日で投与することができます。いくつかの実施形態では、経口コルチコステロイドは、全体に７日のためのあるｍｇ／ｋｇ／日で投与されます。いくつかの実施形態では、経口コルチコステロイドは、医薬組成物の投与のある、２、３、４、５、６、または７日前に、より投与されます。いくつかの実施形態では、経口コルチコステロイドは、医薬組成物の投与の１２、１５または以上日後に次５、６、７、８、９、１０と１１に先細りになる用量を有する投与されます。
いくつかの実施形態では、対象は少なくとも１２か月の年齢です。いくつかの実施形態では、被検体は動物である。いくつかの実施形態では、被験体は小児である。いくつかの実施形態では、被検体は動物である。幾つかの実施形態において、被験体は少なくとも４０歳以上の年齢である。幾つかの実施形態において、被験体は少なくとも４０歳以上の年齢である。幾つかの実施形態において、被験体は少なくとも４０歳以上の年齢である。
キット
別の態様では、本の開示は、本の開示と指示の医薬組成物を含むＬＣＡを処置するためにキットを提供します。いくつかの実施形態では、指示はＬＣＡを処置するために医薬組成物を投与する方法を示すために用いられます。
幾つかの実施形態において、コーティングは更にポリマーを含む。いくつかの実施形態では、包装容器は本明細書に記載された医薬組成物を送達するように構成されます。いくつかの実施形態では、包装容器はバイアル、滴瓶、ボトル、チューブと注射器を含みます。いくつかの実施形態では、包装容器は医薬組成物を投与するために用いられる滴瓶です。いくつかの実施形態では、包装容器は医薬組成物を投与するために用いられる注射器です。
本発明の幾つかの実施形態は、制限されるものとして解釈されるべきでない、以下の実施例により更に例示される。当業者は、開示の実施形態の実行においてよく操作された技術が本明細書に記述し従って、これらの実施形態をインプリメントするための好ましい方法を構成すると考えられるかもしれない、と次の実施例において開示された技術が相当すると理解するでしょう。しかしながら、開示の蒸留酒と範囲から外れずに、本明細書に開示された特有の実施形態における多くの変化が行なわれるかもしれないし、なお、同じか同様の結果を達成するかもしれないことはこの開示に照らして当業者による理解されるでしょう。
以下の実施例は本発明を更に例示する。これらの実施例は、単に本の開示を説明するように意図され、本の開示の制限として解釈されるべきではありません。
実施例１ 組換えＡＡＶベクターの設計とクローニング
それらの対応するプロモーターと共にｒＡＡＶから誘導したキャップおよびレプの暗号配列は、ＡＡＶタンパク質をエンコードするポリヌクレオチドを得るためにｐＦａｓｔＢａｃ１ベクターへそれぞれクローンを作られました。ｒＡＡＶのカプシド・タンパク質ＶＰ１の暗号配列は配列番号です：１７；カプシド・タンパク質ＶＰ２の暗号配列は配列番号です：１８；および、カプシド・タンパク質ＶＰ３の暗号配列は配列番号です：１９．ＳＥＱ ＩＤの中で少しもなく示されるＲＰＥ６５ポリペプチドをエンコードする野性型ヌクレオチド配列のコドン：ある、最適化されました。具体的には、ＲＰＥ６５の最適化されたヌクレオチド配列がＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含むことを保証している間、ＲＰＥ６５遺伝子へのそれほど頻繁に用いられていないコドンは同義的に後任になられました。コドンに最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列によるエンコードされたアミノ酸配列順序は、ＳＥＱ ＩＤの中で少しもなく示されるＲＰＥ６５ポリペプチドのアミノ酸配列順序に一致しています：１．言いかえれば、コドンに最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列によるエンコードされたアミノ酸配列順序は、配列番号です：１１．最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列は配列番号です：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
本の適用の最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列、ＣＡＧプロモーター（例えば配列番号： １２）とＩＴＲと共に、最適化されたＲＰＥ６５シーケンスを含んでいるポリヌクレオチドを得るの、両端でのシーケンスはｐＦａｓｔＢａｃ１ベクターへクローンを作られました。そこでは、図あるの示されるように、最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列の３’終了は、さらにポリ（１つの）シーケンスｈＧＨｐＡ（例えば配列番号： １３）、ＳＶ４０ｐＡ（例えば配列番号： １５）またはｂＧＨｐＡ（例えば配列番号： １４）へと続くかもしれません。最適化されたＲＰＥ６５ヌクレオチド配列の３’終了は、さらにＷＰＲＥシーケンス（例えば配列番号： １６）へと続くかもしれません。両端でのＩＴＲシーケンスはプロモーターとポリ（Ａ）の後ろにに先立っています。
実施例２ 組み換えのＡＡＶウイルス粒子の調製
ＡＡＶタンパク質をエンコードするポリヌクレオチド、と実施例あるにおいて得られた、最適化されたＲＰＥ６５シーケンスを含んでいるポリヌクレオチドは、レプ・キャップとＲＰＥ６５発現シーケンスｂａｃｍｉｄ ＤＮＡを生成するＤＨ１０Ｂａｃ、それぞれおよびその後別々にに形質転換されました、バキュロウィルスを生成するトランスフェクトされたＳｆ９昆虫細胞、得るＳｆ９細胞を感染させる２つのバキュロウィルスの混合により続いた、本の適用のパッケージにされたｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子。加えて、ＡＡＶタンパク質をエンコードするポリヌクレオチド、と最適化されたＲＰＥ６５シーケンスを含んでいるポリヌクレオチドも、本の適用のパッケージにされたｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子を得るために助手プラスミドベクトルを有するＨＥＫ２９３細胞へ共同トランスフェクトすることができます。最終的に、ｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子は勾配超遠心分離による精製されました。
実施例３ 生体外のホスト細胞のＲＰＥ６５の発現
ＲＰＥ６５に最適化された発現プラスミドを有するトランスフェクトされたホスト細胞は効率的にＲＰＥ６５ポリペプチドを示すことができます。野性型ＲＰＥ６５発現プラスミドと比較して、本の適用のＲＰＥ６５に最適化されたプラスミド、ＲＰＥ６５ポリペプチドの著しくより高い発現効率を持っています。本の開示のＲＰＥ６５に最適化されたポリヌクレオチドまたは抑制ｐｌａｍｓｉｄの野性型ＲＰＥ６５ポリヌクレオチドを有するＨＥＫ２９３細胞をトランスフェクトした後に、それぞれ、ＨＥＫ２９３細胞は集められました。そして、ＲＰＥ６５の発現レベルはウェスタンブロッティングを用いて測定されました。結果は参照として抑制の中で野性型ＲＰＥ６５の発現レベルをとって、それを示しました、他の群の正規化された発現レベルはあった、として、以下に（３つの独立した実験における測定された）：ＲＰＥ００１の発現レベルは０．３６、０．５８と０．２０でした；ＲＰＥ００２の発現レベルは０．７６、０．９３と０．６１でした；ＲＰＥ００３の発現レベルは２．４３、２．４２と１．０５でした；ＲＰＥ００４の発現レベルは８．００、２．６０と３．７０でした；ＲＰＥ００５の発現レベルは５．４８、１．１９と３．５２でした；および、ＲＰＥ００６の発現レベルは２．６０、１．３１と３．０２でした。
ＭＯＩ＝１Ｅ５の用量で本の開示の最適化されたＲＰＥ６５と抑制の野性型ＲＰＥ６５を含んでいるｒＡＡＶ粒子を有するＨＥＫ２９３細胞を汚染した後に、ＲＰＥ６５タンパク質を示す陽性細胞はフローサイトメトリーを用いて測定されました。結果は以下（２－３の独立した実験における測定された）でした：野性型ＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５陽性細胞速度は９．８４％と４．５％です、ＲＰＥ００１のＲＰＥ６５陽性細胞速度は４．７１％だった、３．５％と５．０２％；ＲＰＥ００２のＲＰＥ６５陽性細胞速度は３．９５％、６．０８％と４．７４％でした；ＲＰＥ００３のＲＰＥ６５陽性細胞速度は３．０４％、５．２２％と４．３６％でした；ＲＰＥ００４のＲＰＥ６５陽性細胞速度は２８．８％、３１％と２７．４％でした；ＲＰＥ００５のＲＰＥ６５陽性細胞速度は６．６６％、９．６５％と１１％でした；ＲＰＥ００６のＲＰＥ６５陽性細胞速度は９．２５％、１３．６％と１４．１％でした；および、ＲＰＥ００７のＲＰＥ６５陽性細胞速度は１８．９％、２７％と２２．６％でした。
ＭＯＩ＝５Ｅ５の用量で本の開示の最適化されたＲＰＥ６５と抑制の野性型ＲＰＥ６５を含んでいるｒＡＡＶ粒子を有するＨＥＫ２９３細胞を汚染した後に、ＲＰＥ６５タンパク質を示す陽性細胞はフローサイトメトリーを用いて測定されました。結果は以下（２－３の独立した実験における測定された）でした：野性型ＡＡＶ粒子のＲＰＥ６５陽性細胞速度は１３．３％と９．２７％でした、ＲＰＥ００１のＲＰＥ６５陽性細胞速度は７．８８％だった、９．１１％と２．９４％；ＲＰＥ００２のＲＰＥ６５陽性細胞速度は９．６１％、９．１３％と６．８４％でした；ＲＰＥ００３のＲＰＥ６５陽性細胞速度は７．７３％、１１．５％と７．３９％でした；ＲＰＥ００４のＲＰＥ６５陽性細胞速度は３４．７％、４１％と３４．３％でした；ＲＰＥ００５のＲＰＥ６５陽性細胞速度は２２．９％、２０．９％と１２．４％でした；ＲＰＥ００６のＲＰＥ６５陽性細胞速度は１９．４％、２４．２％と１５．５％でした；および、ＲＰＥ００７のＲＰＥ６５陽性細胞速度は３８．８％、３２．７％と２５．５％でした。
ＭＯＩ＝１Ｅ５の用量で本の開示の最適化されたＲＰＥ６５と抑制の野性型ＲＰＥ６５を含んでいるＡＡＶ粒子を有するＨＥＫ２９３細胞を汚染した後に、発現レベルはウェスタンブロッティングを用いて測定されました。結果は次のことを示した、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞のＲＰＥ６５タンパク質の発現レベルをとること、参照としてのＲＰＥ００１ ＡＡＶ粒子に感染した、他の群の正規化された発現レベルはあった、として、以下に（２－３の独立した実験における測定された）：野性型の発現レベルは１．４６および２．２０でした；ＲＰＥ００２の発現レベルは１．１７、０．６３と０．９１でした；ＲＰＥ００３の発現レベルは１．６１、１．３４と１．３４でした；ＲＰＥ００４の発現レベルは１１．６３、５．１３と７．４７でした；ＲＰＥ００５の発現レベルは２．６０、２．０３と２．０９でした；ＲＰＥ００６の発現レベルは２．７０、２．９４と３．１０でした；および、ＲＰＥ００７の発現レベルは４．７０、８．２４と７．２０でした。
ＭＯＩ＝５Ｅ５の用量で本の開示の最適化されたＲＰＥ６５と抑制の野性型ＲＰＥ６５を含んでいるＡＡＶ粒子を有するＨＥＫ２９３細胞を汚染した後に、ＲＰＥ６５の発現レベルはウェスタンブロッティングを用いて測定されました。結果は次のことを示した、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞のＲＰＥ６５タンパク質の発現レベルをとること、参照としてのＲＰＥ００１ ＡＡＶ粒子に感染した、他の群の正規化された発現レベルはあった、として、以下に（２－３の独立した実験における測定された）：野性型の発現レベルは２．９３および３．１８でした；ＲＰＥ００２の発現レベルは０．９１、０．６８と１．４５でした；ＲＰＥ００３の発現レベルは２．１０、１．７５と２．１９でした；ＲＰＥ００４の発現レベルは１７．４４、３．９４と１１．５６でした；ＲＰＥ００５の発現レベルは３．９５、１．６５と０．６４でした；ＲＰＥ００６の発現レベルは３．７３、２．９４と０．７１でした；および、ＲＰＥ００７の発現レベルは８．３５、４．５１と１０．１５でした。上記の結果は、感染率とＲＰＥ６５におけるＲＰＥ６５の発現レベルの両方が本の開示のｒＡＡＶ粒子を最適化したことを示しました、抑制の野性型ＲＰＥ６５ ＡＡＶ粒子のものより著しく高かった。
実施例４ Ｂ６（Ａ）－ＲＰＥ６５ＲＤ１２マウスへのＲＡＡＶ／最適化されたＲＰＥ６５の治療効果
Ｂ６（Ａ）－Ｒｐｅ６５ｒｄ１２マウスはｒＡＡＶ／最適化されたＲＰＥ６５の生体内の治療効果を測定するために用いられました。それらの中で、抑制は、ｒＡＡＶを伴わないブランクのビヒクル緩衝剤を用いました。そして、目標実験群は精製されたｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子、ＲＰＥ００３、ＲＰＥ００４、ＲＰＥ００６、ＲＰＥ００７と、網膜下の注入のために実施例２から生成されたＷＴを用いました。具体的には、網膜下の注射剤は誕生の１４日後にＲｐｅ６５ｒｄ１２マウスの上で果たされました。外科用顕微鏡は手順の間じゅう用いられました。そして、針はセルフシールの鞏膜のトンネルがある創傷を作出して、強膜を介して接線的に挿入されました。ウイルス浮遊液の約あるμｌが網膜下のスペースへ注入されました。そして、両方は検眼鏡調査による可視の胞状網膜剥離の帰着しました。１つまたはマウスの両方の眼は、ｒＡＡＶを伴わないブランクのビヒクル緩衝剤、またはｒＡＡＶ／最適化された（ＲＰＥ６５）ウイルス粒子を注入されました。注入のために用いられたウイルス粒子の用量は各眼のための５×１０９ ｖｇでした。
注入の後、当業者によく知られている網膜電位図（ＥＲＧ）はマウスの眼を観測するために用いられました。ＥＲＧは、刺激をつけるために網膜細胞の電気的な反応を測定することにより、レチナール作用をテストする、非侵襲性の手法です。ＥＲＧ試験は目の疾患と網膜の変性を査定するためにしばしば用いられます。そして、それは人間またはマウスの眼における用いることができます。２つの型のＥＲＧ試験があります：暗順応のＥＲＧと明所視のＥＲＧ。それらの中で、暗順応のＥＲＧは暗順応のＡ波および暗順応のＢ波を含みます。暗順応のＥＲＧは、最大の桿状体ａｃｔｉｖｉａｔｉｏｎと感度を達成するために夜通し暗順応の後に棒細胞の賦活を引き起こすために低い激しさのフラッシュを用います。Ａ波は、桿状体光受容体の作用を測定します。そして、Ｂ波は、網膜細胞の光受容体の刺激に対する下流の反応を測定します。一方の波の振幅読み出しの減少と増加は、レチナール作用の疾患進行と回復をそれぞれ示すことができます。明所視のＥＲＧは、円すい細胞の賦活を引き起こし、かつ光刺激の期間の後に棒細胞の反応を阻害するために高い激しさのフラッシュを用います。
網膜の作用の回復を査定するＥＲＧの使用は、当業者によく知られている技術的な方法です。例えば、見る、実験配列、研究物質、マウス調製、ＥＲＧ環境とデータ処理の詳細を含むＥＲＧプロトコルは、網膜電図記録法（Ｇ。Ｂｅｎｃｈｏｒｉｎら、バイオＰｒｏｔｏｃ。２０１７）によるネズミ科の網膜の作用の評価の記載されています。
マウスはすべて、実験の日の前に少なくとも１２時間夜通し暗順応で、調製中にｒｅｄｆｉｌｔｅｒｅｄされた光源を単に用いることにより暗順応にしておかれました。マウスは３７ °Ｃに熱したプラットフォームに配置され、硫酸アトロピン、塩酸フェニレフリンと塩酸プロパラカインを含んでいる目薬を有する処置されました。その後、目薬は除去されました。そして、それらの眼は、軟膏を有する水和させられて次におかれました。Ａ波およびＢ波の両方のための、である、パルス激しさはあるｃｄ秒／ｍ２です。マイクロソフト・エクセルとＧｒａｐｈＰａｄプリズムはデータを分析するために用いられます。
注入治療のあるか月後に、網膜の作用の回復は暗順応のＥＲＧ Ａ波とＢ波による評価されました。暗順応のＥＲＧは、注入（評価の最後の時間点）の後の３か月まで毎月その後果たされました。の結果は表７にまとめられる。
加えて、この研究は、また抑制および目標実験群の中で網膜の構造の変化を評価するために網膜の底画像化と光学の統一断層撮影法（オクタ）技術を用いました。研究の終わりに、マウス眼組織の試料は蛍光抗体法および免疫組織化学が網膜の構造とヒトＲＰＥ６５タンパク質の発現レベルを評価するために集められました。
配列表
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１つのＡＴＧＴＣＴＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＡＧＣＡＴＣＣＴＧＣＴＧＧＴＧＧＴＴＡＣＡＡＧＡＡＡＣＴＧＴＴＴＧＡＡＡＣＴＧＴＧＧＡＧＧＡＡＣＴＧＴＣＣＴＣＧＣＣＧＣＴＣＡＣＡＧＣＴＣＡＴＧＴＡＡＣＡＧＧＣＡＧＧＡＴＣＣＣＣＣＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＣＡＧＴＣＴＣＣＴＴＣＧＡＴＧＴＧＧＧＣＣＡＧＧＡＣＴＣＴＴＴＧＡＡＧＴＴＧＧＡＴＣＴＧＡＧＣＣＡＴＴＴＴＡＣＣＡＣＣＴＧＴＴＴＧＡＴＧＧＧＣＡＡＧＣＣＣＴＣＣＴＧＣＡＣＡＡＧＴＴＴＧＡＣＴＴＴＡＡＡＧＡＡＧＧＡＣＡＴＧＴＣＡＣＡＴＡＣＣＡＣＡＧＡＡＧＧＴＴＣＡＴＣＣＧＣＡＣＴＧＡＴＧＣＴＴＡＣＧＴＡＣＧＧＧＣＡＡＴＧＡＣＴＧＡＧＡＡＡＡＧＧＡＴＣＧＴＣＡＴＡＡＣＡＧＡＡＴＴＴＧＧＣ、ＡＣＣＴＧＴＧＣＴＴＴＣＣＣＡＧＡＴＣＣＣＴＧＣＡＡＧＡＡＴＡＴＡＴＴＴＴＣＣＡＧＧＴＴＴＴＴＴＴＣＴＴＡＣＴＴＴＣＧＡＧＧＡＧＴＡＧＡＧＧＴＴＡＣＴＧＡＣＡＡＴＧＣＣＣＴＴＧＴＴＡＡＴＧＴＣＴＡＣＣＣＡＧＴＧＧＧＧＧＡＡＧＡＴＴＡＣＴＡＣＧＣＴＴＧＣＡＣＡＧＡＧＡＣＣＡＡＣＴＴＴＡＴＴＡＣＡＡＡＧＡＴＴＡＡＴＣＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＧＧＡＧＡＣＡＡＴＴＡＡＧＣＡＧＧＴＴＧＡＴＣＴＴＴＧＣＡＡＣＴＡＴＧＴＣＴＣＴＧＴＣＡＡＴＧＧＧＧＣＣＡＣＴＧＣＴＣＡＣＣＣＣＣＡＣＡＴＴＧＡＡＡＡＴＧＡＴＧＧＡＡＣＣＧＴＴＴＡＣＡＡＴＡＴＴＧＧＴＡＡＴＴＧＣＴＴＴＧＧＡＡＡＡＡＡＴＴＴＴＴＣＡＡＴＴＧＣＣＴＡＣＡＡＣＡＴＴＧＴＡＡＡＧ、ＡＴＣＣＣＡＣＣＡＣＴＧＣＡＡＧＣＡＧＡＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＣＣＡＡＴＡＡＧＣＡＡＧＴＣＡＧＡＧＡＴＣＧＴＴＧＴＡＣＡＡＴＴＣＣＣＣＴＧＣＡＧＴＧＡＣＣＧＡＴＴＣＡＡＧＣＣＡＴＣＴＴＡＣＧＴＴＣＡＴＡＧＴＴＴＴＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＣＣＡＡＣＴＡＴＡＴＣＧＴＴＴＴＴＧＴＧＧＡＧＡＣＡＣＣＡＧＴＣＡＡＡＡＴＴＡＡＣＣＴＧＴＴＣＡＡＧＴＴＣＣＴＴＴＣＴＴＣＡＴＧＧＡＧＴＣＴＴＴＧＧＧＧＡＧＣＣＡＡＣＴＡＣＡＴＧＧＡＴＴＧＴＴＴＴＧＡＧＴＣＣＡＡＴＧＡＡＡＣＣＡＴＧＧＧＧＧＴＴＴＧＧＣＴＴＣＡＴＡＴＴＧＣＴＧＡＣＡＡＡＡＡＡＡＧＧＡＡＡＡＡＧＴＡＣＣＴＣＡＡＴＡＡＴＡＡＡＴＡＣＡＧＡＡＣＴＴＣＴＣＣＴＴＴＣＡＡＣＣＴＣＴＴＣ、ＣＡＴＣＡＣＡＴＣＡＡＣＡＣＣＴＡＴＧＡＡＧＡＣＡＡＴＧＧＧＴＴＴＣＴＧＡＴＴＧＴＧＧＡＴＣＴＣＴＧＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＧＧＡＴＴＴＧＡＧＴＴＴＧＴＴＴＡＴＡＡＴＴＡＣＴＴＡＴＡＴＴＴＡＧＣＣＡＡＴＴＴＡＣＧＴＧＡＧＡＡＣＴＧＧＧＡＡＧＡＧＧＴＧＡＡＡＡＡＡＡＡＴＧＣＣＡＧＡＡＡＧＧＣＴＣＣＣＣＡＡＣＣＴＧＡＡＧＴＴＡＧＧＡＧＡＴＡＴＧＴＡＣＴＴＣＣＴＴＴＧＡＡＴＡＴＴＧＡＣＡＡＧＧＣＴＧＡＣＡＣＡＧＧＣＡＡＧＡＡＴＴＴＡＧＴＣＡＣＧＣＴＣＣＣＣＡＡＴＡＣＡＡＣＴＧＣＣＡＣＴＧＣＡＡＴＴＣＴＧＴＧＣＡＧＴＧＡＣＧＡＧＡＣＴＡＴＣＴＧＧＣＴＧＧＡＧＣＣＴＧＡＡＧＴＴＣＴＣＴＴＴＴＣＡＧＧＧＣＣＴＣＧＴＣＡＡＧＣＡＴＴＴ、ＧＡＧＴＴＴＣＣＴＣＡＡＡＴＣＡＡＴＴＡＣＣＡＧＡＡＧＴＡＴＴＧＴＧＧＧＡＡＡＣＣＴＴＡＣＡＣＡＴＡＴＧＣＧＴＡＴＧＧＡＣＴＴＧＧＣＴＴＧＡＡＴＣＡＣＴＴＴＧＴＴＣＣＡＧＡＴＡＧＧＣＴＣＴＧＴＡＡＧＣＴＧＡＡＴＧＴＣＡＡＡＡＣＴＡＡＡＧＡＡＡＣＴＴＧＧＧＴＴＴＧＧＣＡＡＧＡＧＣＣＴＧＡＴＴＣＡＴＡＣＣＣＡＴＣＡＧＡＡＣＣＣＡＴＣＴＴＴＧＴＴＴＣＴＣＡＣＣＣＡＧＡＴＧＣＣＴＴＧＧＡＡＧＡＡＧＡＴＧＡＴＧＧＴＧＴＡＧＴＴＣＴＧＡＧＴＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＧＣＣＣＡＧＧＡＧＣＡＧＧＡＣＡＡＡＡＧＣＣＴＧＣＴＴＡＴＣＴＣＣＴＧＡＴＴＣＴＧＡＡＴＧＣＣＡＡＧＧＡＣＴＴＡＡＧＴＧＡＡＧＴＴＧＣＣＣＧＧＧＣＴＧＡＡＧＴＧＧＡＧＡＴＴ、ＡＡＣＡＴＣＣＣＴＧＴＣＡＣＣＴＴＴＣＡＴＧＧＡＣＴＧＴＴＣＡＡＡＡＡＡＴＣＴＴＧＡ
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６ＡＡＴＣＡＡＣＣＴＣＴＧＧＡＴＴＡＣＡＡＡＡＴＴＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＴＧＡＣＴＧＧＴＡＴＴＣＴＴＡＡＣＴＡＴＧＴＴＧＣＴＣＣＴＴＴＴＡＣＧＣＴＡＴＧＴＧＧＡＴＡＣＧＣＴＧＣＴＴＴＡＡＴＧＣＣＴＴＴＧＴＡＴＣＡＴＧＣＴＡＴＴＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＴＧＧＣＴＴＴＣＡＴＴＴＴＣＴＣＣＴＣＣＴＴＧＴＡＴＡＡＡＴＣＣＴＧＧＴＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＴＴＡＴＧＡＧＧＡＧＴＴＧＴＧＧＣＣＣＧＴＴＧＴＣＡＧＧＣＡＡＣＧＴＧＧＣＧＴＧＧＴＧＴＧＣＡＣＴＧＴＧＴＴＴＧＣＴＧＡＣＧＣＡＡＣＣＣＣＣＡＣＴＧＧＴＴＧＧＧＧＣＡＴＴＧＣＣＡＣＣＡＣＣＴＧＴＣＡＧＣＴＣＣＴＴＴＣＣＧＧＧＡＣＴＴＴＣＧＣＴＴＴＣＣＣＣＣＴＣＣＣＴＡＴＴＧＣＣＡＣＧＧＣＧ、ＧＡＡＣＴＣＡＴＣＧＣＣＧＣＣＴＧＣＣＴＴＧＣＣＣＧＣＴＧＣＴＧＧＡＣＡＧＧＧＧＣＴＣＧＧＣＴＧＴＴＧＧＧＣＡＣＴＧＡＣＡＡＴＴＣＣＧＴＧＧＴＧＴＴＧＴＣＧＧＧＧＡＡＧＣＴＧＡＣＧＴＣＣＴＴＴＣＣＡＴＧＧＣＴＧＣＴＣＧＣＣＴＧＴＧＴＴＧＣＣＡＣＣＴＧＧＡＴＴＣＴＧＣＧＣＧＧＧＡＣＧＴＣＣＴＴＣＴＧＣＴＡＣＧＴＣＣＣＴＴＣＧＧＣＣＣＴＣＡＡＴＣＣＡＧＣＧＧＡＣＣＴＴＣＣＴＴＣＣＣＧＣＧＧＣＣＴＧＣＴＧＣＣＧＧＣＴＣＴＧＣＧＧＣＣＴＣＴＴＣＣＧＣＧＴＣＴＴＣＧＣＣＴＴＣＧＣＣＣＴＣＡＧＡＣＧＡＧＴＣＧＧＡＴＣＴＣＣＣＴＴＴＧＧＧＣＣＧＣＣＴＣＣＣＣＧＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７ＭＡＡＤＧＹＬＰＤＷＬＥＤＴＬＳＥＧＩＲＱＷＷＫＬＫＰＧＰＰＰＰＫＰＡＥＲＨＫＤＤＳＲＧＬＶＬＰＧＹＫＹＬＧＰＦＮＧＬＤＫＧＥＰＶＮＥＡＤＡＡＡＬＥＨＤＫＡＹＤＲＱＬＤＳＧＤＮＰＹＬＫＹＮＨＡＤＡＥＦＱＥＲＬＫＥＤＴＳＦＧＧＮＬＧＲＡＶＦＱＡＫＫＲＶＬＥＰＬＧＬＶＥＥＰＶＫＴＡＰＧＫＫＲＰＶＥＨＳＰＶＥＰＤＳＳＳＧＴＧＫＡＧＱＱＰＡＲＫＲＬＮＦＧＱＴＧＤＡＤＳＶＰＤＰＱＰＬＧＱＰＰＡＡＰＳＧＬＧＴＮＴＭＡＴＧＳＧＡＰＭＡＤＮＮＥＧＡＤＧＶＧＮＳＳＧＮＷＨＣＤＳＴＷＭＧＤＲＶＩＴＴＳＴＲＴＷＡＬＰＴＹＮＮＨＬＹＫＱＩＳＳＱＳＧＡＳＮＤＮＨＹＦＧＹＳＴＰＷＧＹＦＤＦＮＲＦＨＣＨＦＳＰＲＤＷＱＲＬＩＮＮＮＷＧＦＲＰＫＲＬＮ、ＦＫＬＦＮＩＱＶＫＥＶＴＱＮＤＧＴＴＴＩＡＮＮＬＴＳＴＶＱＶＦＴＤＳＥＹＱＬＰＹＶＬＧＳＡＨＱＧＣＬＰＰＦＰＡＤＶＦＭＶＰＱＹＧＹＬＴＬＮＮＧＳＱＡＶＧＲＳＳＦＹＣＬＥＹＦＰＳＱＭＬＲＴＧＮＮＦＴＦＳＹＴＦＥＤＶＰＦＨＳＳＹＡＨＳＱＳＬＤＲＬＭＮＰＬＩＤＱＹＬＹＹＬＳＲＴＮＴＰＳＧＴＴＴＱＳＲＬＱＦＳＱＡＧＡＳＤＩＲＤＱＳＲＮＷＬＰＧＰＣＹＲＱＱＲＶＳＫＴＳＡＤＮＮＮＳＥＹＳＷＴＧＡＴＫＹＨＬＮＧＲＤＳＬＶＮＰＧＰＡＭＡＳＨＫＤＤＥＥＫＦＦＰＱＳＧＶＬＩＦＧＫＱＧＳＥＫＴＮＶＤＩＥＫＶＭＩＴＤＥＥＥＩＲＴＴＮＰＶＡＴＥＱＹＧＳＶＳＴＮＬＱＲＧＮＲＱＡＡＴＡＤＶＮＴＱＧＶＬＰＧＭＶＷＱＤＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡＫＩＰＨＴ、ＤＧＨＦＨＰＳＰＬＭＧＧＦＧＬＫＨＰＰＰＱＩＬＩＫＮＴＰＶＰＡＮＰＳＴＴＦＳＡＡＫＦＡＳＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＥＩＥＷＥＬＱＫＥＮＳＫＲＷＮＰＥＩＱＹＴＳＮＹＮＫＳＶＮＶＤＦＴＶＤＴＮＧＶＹＳＥＰＲＰＩＧＴＲＹＬＴＲＮＬ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８ＴＡＰＧＫＫＲＰＶＥＨＳＰＶＥＰＤＳＳＳＧＴＧＫＡＧＱＱＰＡＲＫＲＬＮＦＧＱＴＧＤＡＤＳＶＰＤＰＱＰＬＧＱＰＰＡＡＰＳＧＬＧＴＮＴＭＡＴＧＳＧＡＰＭＡＤＮＮＥＧＡＤＧＶＧＮＳＳＧＮＷＨＣＤＳＴＷＭＧＤＲＶＩＴＴＳＴＲＴＷＡＬＰＴＹＮＮＨＬＹＫＱＩＳＳＱＳＧＡＳＮＤＮＨＹＦＧＹＳＴＰＷＧＹＦＤＦＮＲＦＨＣＨＦＳＰＲＤＷＱＲＬＩＮＮＮＷＧＦＲＰＫＲＬＮＦＫＬＦＮＩＱＶＫＥＶＴＱＮＤＧＴＴＴＩＡＮＮＬＴＳＴＶＱＶＦＴＤＳＥＹＱＬＰＹＶＬＧＳＡＨＱＧＣＬＰＰＦＰＡＤＶＦＭＶＰＱＹＧＹＬＴＬＮＮＧＳＱＡＶＧＲＳＳＦＹＣＬＥＹＦＰＳＱＭＬＲＴＧＮＮＦＴＦＳＹＴＦＥＤＶＰＦＨＳＳＹＡＨＳＱＳＬＤＲＬＭＮＰＬＩＤＱＹＬＹＹＬＳＲＴＮ、ＴＰＳＧＴＴＴＱＳＲＬＱＦＳＱＡＧＡＳＤＩＲＤＱＳＲＮＷＬＰＧＰＣＹＲＱＱＲＶＳＫＴＳＡＤＮＮＮＳＥＹＳＷＴＧＡＴＫＹＨＬＮＧＲＤＳＬＶＮＰＧＰＡＭＡＳＨＫＤＤＥＥＫＦＦＰＱＳＧＶＬＩＦＧＫＱＧＳＥＫＴＮＶＤＩＥＫＶＭＩＴＤＥＥＥＩＲＴＴＮＰＶＡＴＥＱＹＧＳＶＳＴＮＬＱＲＧＮＲＱＡＡＴＡＤＶＮＴＱＧＶＬＰＧＭＶＷＱＤＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡＫＩＰＨＴＤＧＨＦＨＰＳＰＬＭＧＧＦＧＬＫＨＰＰＰＱＩＬＩＫＮＴＰＶＰＡＮＰＳＴＴＦＳＡＡＫＦＡＳＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＥＩＥＷＥＬＱＫＥＮＳＫＲＷＮＰＥＩＱＹＴＳＮＹＮＫＳＶＮＶＤＦＴＶＤＴＮＧＶＹＳＥＰＲＰＩＧＴＲＹＬＴＲＮＬ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９ＭＡＴＧＳＧＡＰＭＡＤＮＮＥＧＡＤＧＶＧＮＳＳＧＮＷＨＣＤＳＴＷＭＧＤＲＶＩＴＴＳＴＲＴＷＡＬＰＴＹＮＮＨＬＹＫＱＩＳＳＱＳＧＡＳＮＤＮＨＹＦＧＹＳＴＰＷＧＹＦＤＦＮＲＦＨＣＨＦＳＰＲＤＷＱＲＬＩＮＮＮＷＧＦＲＰＫＲＬＮＦＫＬＦＮＩＱＶＫＥＶＴＱＮＤＧＴＴＴＩＡＮＮＬＴＳＴＶＱＶＦＴＤＳＥＹＱＬＰＹＶＬＧＳＡＨＱＧＣＬＰＰＦＰＡＤＶＦＭＶＰＱＹＧＹＬＴＬＮＮＧＳＱＡＶＧＲＳＳＦＹＣＬＥＹＦＰＳＱＭＬＲＴＧＮＮＦＴＦＳＹＴＦＥＤＶＰＦＨＳＳＹＡＨＳＱＳＬＤＲＬＭＮＰＬＩＤＱＹＬＹＹＬＳＲＴＮＴＰＳＧＴＴＴＱＳＲＬＱＦＳＱＡＧＡＳＤＩＲＤＱＳＲＮＷＬＰＧＰＣＹＲＱＱＲＶＳＫＴＳＡＤＮＮＮＳＥＹＳＷＴＧＡＴＫＹＨＬＮＧＲＤ、ＳＬＶＮＰＧＰＡＭＡＳＨＫＤＤＥＥＫＦＦＰＱＳＧＶＬＩＦＧＫＱＧＳＥＫＴＮＶＤＩＥＫＶＭＩＴＤＥＥＥＩＲＴＴＮＰＶＡＴＥＱＹＧＳＶＳＴＮＬＱＲＧＮＲＱＡＡＴＡＤＶＮＴＱＧＶＬＰＧＭＶＷＱＤＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡＫＩＰＨＴＤＧＨＦＨＰＳＰＬＭＧＧＦＧＬＫＨＰＰＰＱＩＬＩＫＮＴＰＶＰＡＮＰＳＴＴＦＳＡＡＫＦＡＳＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＥＩＥＷＥＬＱＫＥＮＳＫＲＷＮＰＥＩＱＹＴＳＮＹＮＫＳＶＮＶＤＦＴＶＤＴＮＧＶＹＳＥＰＲＰＩＧＴＲＹＬＴＲＮＬ

Claims (72)

  1. ＲＰＥ６５ポリペプチド（そこでは上述の暗号配列はコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいる）の暗号配列を含むポリヌクレオチド・シーケンスを含む組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）パーティクル。
  2. 請求項１のｒＡＡＶパーティクル（上述の野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、そこでは上述の暗号配列はＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含む）。
  3. 請求項２のｒＡＡＶパーティクル（上述の野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、そこでは上述の暗号配列はＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含む）。
  4. 請求項１～３のうちのいずれか１つ（そこでは上述の暗号配列は２０未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）のｒＡＡＶパーティクル。
  5. 請求項４のｒＡＡＶパーティクル（そこでは上述の暗号配列は１０未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  6. 請求項５のｒＡＡＶパーティクル（そこでは上述の暗号配列はＣｐＧジヌクレオチドを含まない）。
  7. 請求項１のｒＡＡＶパーティクル（そこでは上述の暗号配列は配列番号から構成される群から選択される）：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
  8. 請求項１のｒＡＡＶパーティクル（そこでは配列番号から構成される群から選択されたシーケンスに対して上述の暗号配列は少なくとも９５％のシーケンス同一性を持っている）：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
  9. 請求項１～８のうちのいずれか１つのｒＡＡＶパーティクル、さらにＡＡＶカプシド・タンパク質を含むこと
  10. 請求項９のｒＡＡＶ粒子、そこで、ＡＡＶカプシド・タンパク質がそれの血清型２ ＡＡＶタンパク質、血清型５ ＡＡＶタンパク質、血清型８ ＡＡＶタンパク質または破片または、変異体であると言います。
  11. 請求項１～１０のうちのいずれか１つ（そこではポリヌクレオチド・シーケンスはさらにプロモーターを含み、プロモーターが暗号配列に操作しやすくリンクされる）のｒＡＡＶ粒子。
  12. 請求項１１のｒＡＡＶ粒子（そこではプロモーターはＣＭＶ、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織の特有のプロモーターである）。
  13. 請求項１２のｒＡＡＶ粒子（そこではＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーター、卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーターまたは光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから眼組織の特有のプロモーターは選択される）。
  14. 請求項１～１３のうちのいずれか１つ（そこでは上述のポリヌクレオチド・シーケンスは３’終わりでさらにＷＰＲＥシーケンスを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  15. 請求項１～１４のうちのいずれか１つ（そこでは上述のポリヌクレオチド・シーケンスは３’終わりでさらにポリ（Ａ）シーケンスを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  16. 請求項１５のｒＡＡＶ粒子。（そこではポリ（１つの）シーケンスはＳＶ４０ｐＡ、ｈＧＨｐＡまたはｂＧＨｐＡである）
  17. 装置はさらにスタッファー配列を含むことを特徴とする、請求項１－１６のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド。
  18. 請求項１～１７のうちのいずれか１つ（そこでは一層のポリヌクレオチド・シーケンスは逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  19. 請求項１８のｒＡＡＶ粒子。（そこでは逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスは変異体逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスである）
  20. 請求項１～１９のうちのいずれか１つ（そこでは上述のポリヌクレオチドは高々３００のＣｐＧジヌクレオチドを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  21. 請求項１～２０のうちのいずれか１つ（そこでは上述のポリヌクレオチドは高々２５０のＣｐＧジヌクレオチドを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  22. 請求項１～２１のうちのいずれか１つ（そこでは上述のポリヌクレオチドは約２００から５００のＣｐＧジヌクレオチドを含む）のｒＡＡＶ粒子。
  23. 請求項１～２２のうちのいずれか１つ（そこではポリヌクレオチドは１つの他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含む）のｒＡＡＶ粒子。
  24. 請求項２３のｒＡＡＶ粒子（そこではＡＢＣＡ４、ＲＤＨ１２、ＲＤＨ８、ＲＢＰ３、ＲＢＰ１、ＬＲＡＴ、ＲＬＢＰ１、ＲＤＨ１０とＲＤＨ１１から構成される群から別の治療のタンパク質は選択される）。
  25. 請求項２３または２４のｒＡＡＶ粒子（そこでは上述の暗号配列はリンカー・シーケンスによる別の治療のタンパク質のシーケンスに関係がある）。
  26. 請求項２５のｒＡＡＶ粒子（そこでは上述のリンカーは切断可能なリンカーである）。
  27. 請求項２５または２６のｒＡＡＶ粒子（そこでは上述のリンカーは２Ａペプチドを含む）。
  28. 組成物であって、（ｉ） アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質をエンコードする第１のポリヌクレオチド、と（ｉｉ）ＲＰＥ６５ポリペプチド（そこで上述のシーケンスはコドン最適化され、野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、ＣｐＧジヌクレオチドの変更された数を含んでいる）をエンコードするシーケンスを含む別のポリヌクレオチド。
  29. 請求項２８の組成物（上述の野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、そこでは上述のシーケンスはＣｐＧジヌクレオチドの減少数を含む）。
  30. 請求項２９の組成物（上述の野性型ＲＰＥ６５ヌクレオチド配列と比較して、そこでは上述のシーケンスはＣｐＧジヌクレオチドの約５０％を含む）。
  31. 請求項２８～３０の組成物（そこでは上述のシーケンスは２０未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  32. 請求項３１の組成物（そこでは上述のシーケンスは１０未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  33. 請求項３２の組成物（そこでは上述のシーケンスはＣｐＧジヌクレオチドを含まない）。
  34. 請求項２８の組成物（そこでは上述のシーケンスは配列番号から構成される群から選択される）：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
  35. 請求項２８の組成物（そこでは配列番号から構成される群から選択されたシーケンスに対して上述のシーケンスは少なくとも９５％のシーケンス同一性を持っている）：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：ＳＥＱ ＩＤ、Ｎｏ：１０．
  36. 請求項２８～３５の組成物、そこで、ＡＡＶタンパク質がそれの血清型２ ＡＡＶタンパク質、血清型５ ＡＡＶタンパク質、血清型８ ＡＡＶタンパク質または破片または、変異体であると言います。
  37. 請求項２８～３６の組成物（そこでは上述の第１のポリヌクレオチドはコドン最適化される）。
  38. 請求項２８～３７の組成物、そこで、第２のポリヌクレオチドがプロモーターを含むと言った、シーケンスにプロモーターが操作しやすくリンクしたと言いました。
  39. 請求項３８の組成物、プロモーターはＣＭＶです、ＣＡＧ、ＭＮＤＵ３、ＰＧＫ、ＥＦ１ａ、Ｕｂｃプロモーターまたは眼組織の、特有のプロモーター。
  40. 請求項３９の組成物（そこではＲＰＥ ６５遺伝子プロモーター、ヒト網膜の結合蛋白質（ＣＲＡＬＢＰ）遺伝子プロモーター、ネズミ科の１１－ｃｉｓ－レチノール脱水素酵素（ＲＤＨ）遺伝子プロモーター、ロドプシン・プロモーター、ロドプシン・キナーゼ・プロモーター、コラーゲン分解酵素阻害３（Ｔｉｍｐ３）プロモーター、光受容体レチノール結合蛋白質プロモーター、卵黄様黄斑ジストロフィ２プロモーターまたは光受容体間類網膜の結合蛋白質（ＩＲＢＰ）プロモーターから眼組織の特有のプロモーターは選択される）。
  41. 請求項２８～４０の組成物（そこでは上述の第２のポリヌクレオチドは３００未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  42. 請求項４１の組成物（そこでは上述の第２のポリヌクレオチドは２５０未満のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  43. 請求項２８～４２の組成物（そこでは上述の第２のポリヌクレオチドは約２００－５００のＣｐＧジヌクレオチドを含む）。
  44. 請求項２８～４３の組成物、第２のポリヌクレオチド・シーケンスは、どこでさらに３つでＷＰＲＥシーケンスを含むか’終了。
  45. 請求項２８～４４の組成物、第２のポリヌクレオチド・シーケンスは、どこでさらに３つでポリＡシーケンスを含むか’終了。
  46. 請求項４５の組成物。（そこではポリ（１つの）シーケンスはシミアンウイルス４０遅いポリ（１つの）（ＳＶ４０ｐＡ）、ヒト成長ホルモン・ポリ（１つの）（ｈＧＨｐＡ）またはウシ成長ホルモン・ポリ（１つの）（ｂＧＨｐＡ）である）
  47. 請求項２８～４６の組成物（そこでは上述の第２のポリヌクレオチドはさらに詰め物をする人シーケンスを含む）。
  48. 請求項４７の組成物、そこで、第２のポリヌクレオチドがさらに逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスを含むと言いました。
  49. 請求項４８の組成物。（そこでは逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスは変異体逆方向末端反復（ＩＴＲ）シーケンスである）
  50. 請求項２８～４９の組成物、そこで、第２のポリヌクレオチドが１つの他の治療のタンパク質をエンコードするシーケンスをさらに含むと言いました。
  51. 請求項５０の組成物（そこでは別の治療のタンパク質はＡＢＣＡ４、ＲＤＨ１２、ＲＤＨ８、ＲＢＰ３、ＲＢＰ１、ＬＲＡＴ、ＲＬＢＰ１、ＲＤＨ１０またはＲＤＨ１１である）。
  52. 請求項４９の組成物（そこではシーケンスと別の治療のタンパク質のシーケンスはリンカーによる接続される）。
  53. リンカーが切断可能である、請求項５２に記載の組成物。
  54. 請求項５２または５３の組成物（そこではリンカーは２Ａペプチドを含む）。
  55. 宿主細胞へ請求項２８～５４のうちのいずれか１つの組成物を導入することにより調製された組み換えのアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子。
  56. 請求項５５のｒＡＡＶ粒子（そこでは上述の宿主細胞はヒト細胞、動物細胞または昆虫細胞である）。
  57. 請求項５６のｒＡＡＶ粒子（そこでは昆虫細胞はＳｆ９細胞である）。
  58. 請求項１～２７のうちのいずれか１つのｒＡＡＶ粒子または請求項２８～５４のうちのいずれか１つの組成物を含む宿主細胞。
  59. 宿主細胞の請求項２７－５２のうちのいずれか１つの組成物を導入することを含むｒＡＡＶ粒子を調製する方法。
  60. 請求項５９の方法（そこでは上述の宿主細胞はヒト細胞、動物細胞または昆虫細胞である）。
  61. 請求項６０の方法（そこでは宿主細胞はＳｆ９細胞である）。
  62. 請求項６０の方法（そこでは宿主細胞はＨＥＫ２９３細胞またはその誘導体である）。
  63. 請求項６２の方法（そこでは宿主細胞はＨＥＫ２９３Ｔ細胞である）。
  64. 請求項５８～６３、さらに含む生成するｂａｃｍｉｄ ＤＮＡおよび／またはバキュロウィルスのうちのいずれか１つの方法。
  65. 請求項１～２７のうちのいずれか１つまたは５５から５７と薬学的に許容可能な担体のｒＡＡＶ粒子を含むレーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）を処置するための医薬組成物。
  66. 請求項６５と指示の医薬組成物を含むキット。
  67. 対象における相続した網膜の疾患（ＩＲＤ）を処置することのための薬物の調製の請求項ある～２７のうちのいずれか１つまたは５５から５７のｒＡＡＶ粒子に使用してください。
  68. 請求項６７に記載のｒＡＡＶ粒子（そこではＩＲＤは対象のＲＰＥ６５遺伝子の両方のコピーにおいて変異のためである）の使用。
  69. 請求項１～２７または５５から５７のうちのいずれか１つの治療上有効な量のｒＡＡＶ粒子または対象への請求項６５の医薬組成物を投与することを含むその必要性のある対象におけるレーバーの先天性の黒内障（ＬＣＡ）を処置する方法。
  70. 請求項６９の方法（そこではｉｎｔｒａｖｉｔｒｅａｌな注入、網膜下の注入またはｓｕｐｒａｃｈｏｒｏｉｄａｌな注入による請求項１～２７のうちのいずれか１つのｒＡＡＶ粒子または請求項６５の医薬組成物は投与される）。
  71. 請求項６９または７０の方法（そこでは治療上有効な量はｒＡＡＶ粒子の１つの×１０９ －１×１０１３である）。
  72. 請求項６９または７０の方法（そこでは治療上有効な量は各眼のためのベクター・ゲノム（ｖｇ）の１つの×１０９ －１×１０１３である）。
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