JP2023523664A - 改善されたネオエピトープワクチン及びがんを治療するための方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は、新生物ワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法、ならびに、患者におけるがんを治療するための方法におけるそれらの使用に関する。ある態様では、がんを治療するための方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種を投与すること、を含む。ステップ（ａ）及びステップ（ｂ）で投与されるペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除するように設計されている。【選択図】なし
Description
関連出願及び参照による組み込み
本出願は、２０１９年１１月１８日出願の米国仮出願第６２／９３６，６５４号、２０２０年１月１０日出願の米国仮出願第６２／９５９，４３９号、及び２０２０年２月２７日出願の米国仮出願第６２／９８２，１７２号に対する優先権を主張するものであり、それぞれのその全体は参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０１９年１１月１８日出願の米国仮出願第６２／９３６，６５４号、２０２０年１月１０日出願の米国仮出願第６２／９５９，４３９号、及び２０２０年２月２７日出願の米国仮出願第６２／９８２，１７２号に対する優先権を主張するものであり、それぞれのその全体は参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書と共に同時に出願の国際出願代理人整理番号第Ｙ８６５２－９９００６号、２０２０年１月１０日出願の米国仮出願第６２／９５９，４４０号、及び２０２０年２月２７日出願の米国仮出願第６２／９８２，１７３号を参照する（それぞれのその全体は参照により本明細書に組み込まれる）。２０２０年２月２７日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０２００８９号及び２０１９年２月２７日出願の米国仮出願第６２／８１１，２０７号を参照する（それぞれのその全体は参照により本明細書に組み込まれる）。２０２０年５月５日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０３１３５７号、ならびに２０１９年５月３日出願の米国仮出願第６２／８４２，８００号、２０１９年７月３１日出願の米国仮出願第６２／８８０，９６５号、２０１９年１１月８日出願の米国仮出願第６２／９３３，６５１号、及び２０１９年５月３日出願の米国仮出願連番第６２／９３２，６５４号を参照する（それぞれのその全体は参照により本明細書に組み込まれる）。
上記の出願、及びその中またはその特許出願中に引用される全ての文献（「出願で引用した文献」）、ならびに出願で引用した文献で引用または参照される全ての文献、及び本明細書で引用した文献内において引用または参照される全ての文献（「本明細書で引用した文献」）は、本明細書または参照により本明細書に組み込まれる任意の文献内において言及する任意の製品用の任意の製造業者の取扱説明書、説明書、製品仕様書及び製品パンフレットとともに、参照により本明細書に組み込まれ、本発明の実施において採用され得る。より具体的には、全ての参照文献は、それぞれの個々の文献が参照により組み込まれることが明示的及び個別に示されるかのように、同程度に参照により組み込まれる。
配列表
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出された配列表を含み、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。上記ＡＳＣＩＩのコピー（２０２０年１１月１８日に作成）の名称はＹ８６５２－９９００７．ｔｘｔであり、そのサイズは６２，３１９バイトである。
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出された配列表を含み、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。上記ＡＳＣＩＩのコピー（２０２０年１１月１８日に作成）の名称はＹ８６５２－９９００７．ｔｘｔであり、そのサイズは６２，３１９バイトである。
本発明の実施形態は、新生物ワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法、ならびに、患者におけるがんを治療するための方法におけるそれらの使用に関する。より詳細には、本発明の実施形態は、対象におけるがんを治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種を投与すること、を含む。重要なことに、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドと、ステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドの両方は、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除するように設計されている。特定及び設計された共通のネオエピトープは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫に利用することができ、それを使用することによって、幅広い集団のがん患者（例えば、限定するわけではないが、膀胱癌患者）に対するがんネオアンチゲンベースワクチンの迅速な製造が可能となり得る。共通のネオエピトープ倉庫を、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドと共に使用することにより、患者における新生物特異的ネオアンチゲンの最適な利用が可能となる。
アブレーション技術（例えば、外科的処置、凍結／熱処理、超音波、高周波、及び放射線）及び化学的技術（例えば、医薬品、細胞傷害／化学療法剤、モノクローナル抗体、及びこれらの様々な組み合わせ）を含む多くの既存のがん療法が存在している。しかしながら、これらの療法は往々にして、重大なリスク、有害副作用、及び極めて高い費用、ならびに不確かな効果を伴う。
さらに最近において、臨床試験では、患者自身の免疫系を利用することにより患者のがんを効果的に制御する精密がん免疫療法の潜在能に光をあてている。このような精密がん免疫療法は、個別化ワクチンにおける、新生物特異的ネオアンチゲンの患者特異的プールの特定及び使用を含む。しかしながら、このようなワクチンは、個々の患者のゲノム（がん細胞のゲノムと非がん細胞のゲノムの両方を含む）のシークエンシング、及び、個々の患者に含まれていることが確認されているネオアンチゲンの組み合わせを含む個別化組成物の製造を必要とする。それゆえ、このような患者特異的な新生物特異的ネオアンチゲンを含有するワクチンには、設計及び投与するためにかなりの量の時間及び労力が必要となることがある。
さらに、新生物ワクチンを調製するためのいくつかの異なる方法が採用されている一方で、最近の研究では、標的新生物を効果的に治療するための強力なＣＤ８＋エフェクターＴ細胞応答及びＣＤ４＋エフェクターＴ細胞応答を確立させることの難しさが強調されている。この難しさは、ネオアンチゲンベースワクチン中に、制御性Ｔ細胞によって認識されることによりその制御性Ｔ細胞を活性化させ得る抑制性Ｔ細胞ネオエピトープが偶発的に含まれることに起因する場合があり、それにより、腫瘍細胞に対する効果的な免疫応答が阻害される場合がある。さらに、自己に由来するエピトープとＴＣＲ接触部を共有する抗原由来エピトープを認識するＴ細胞は、それらＴ細胞が末梢へと放出され得る前に、胸腺選択中に欠失またはアネルギー性になり得る。それゆえ、これらのＴ細胞を標的とするワクチン成分は無効となり得る。その一方で、交差反応性エピトープを標的とするワクチン誘導性免疫応答は、本発明者らの相同性検索によって特定された交差反応性エピトープのホモログを標的とする望ましくない自己免疫応答を誘導し得る。その結果として、ワクチンの安全性が低下し得る。それゆえ、ネオアンチゲンベースワクチン中に、その他の有害なＴ細胞（自己免疫応答をもたらし得る潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞に加えて、アネルギー性Ｔ細胞を含む）によって認識されることによりその有害なＴ細胞を活性化させ得るその他の有害なＴ細胞－ネオエピトープが偶発的に含まれることにより、腫瘍細胞に対する効果のない免疫応答もまたもたらされ得る。
免疫寛容は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、Ｔ細胞、Ｂ細胞、サイトカイン、ケモカイン、及び表面受容体の間の複雑な相互作用によって制御されている。最初の自己／非自己識別は、骨髄の上皮細胞が未成熟Ｔ細胞に対する特定の自己タンパク質エピトープを発現する新生児成長中の胸腺内で生じる。自己抗原を高親和性で認識するＴ細胞は欠失されるが、中程度の親和性を有する自己反応性Ｔ細胞は時として、欠失を回避して、いわゆる「天然」制御性Ｔ細胞へと変換され得る。これらの天然制御性Ｔ細胞は末梢へと輸送されて、潜在的な自己免疫応答を制御するのに役立つ。
寛容の第２の形態は末梢において生じる。この場合、活性化Ｔ細胞は、ある特定の免疫抑制性サイトカイン及びケモカイン、例えば、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、及びＣＣＬ１９などの作用を介して、「適応」制御性Ｔ細胞表現型へと変換される。これらの「適応」制御性Ｔ細胞の考えられる役割としては、侵入病原体の成功裏の排除に続いて免疫応答を抑制すること、アレルギー反応によって引き起こされる過剰な炎症を制御すること、低レベルまたは慢性の感染症によって引き起こされる過剰な炎症を制御すること、または場合により、有益な共生細菌を標的とする炎症反応を制御すること、が挙げられる。
天然制御性Ｔ細胞（自然制御性Ｔ細胞と適応制御性Ｔ細胞の両方を含む）は、末梢における免疫制御の重要な構成要素である。例えば、自然制御性Ｔ細胞がそのＴＣＲによって活性化されると、自然制御性Ｔ細胞は免疫調節サイトカイン及びケモカインを発現する。活性化された自然制御性Ｔ細胞は、接触依存性メカニズム及び接触非依存性メカニズムを介して、近傍のエフェクターＴ細胞を抑制し得る。加えて、これらの細胞が放出するサイトカイン（ＩＬ－１０及びＴＧＦ－βを含むがこれらに限定されない）は、抗原特異的適応制御性Ｔ細胞を誘導することができる。しかしながら、制御性Ｔ細胞活性が自己免疫の防止に不可欠であるとはいえ、過剰な制御性Ｔ細胞の作用が腫瘍細胞に対する効果的な免疫応答を阻害する場合がある（Ｎｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，“Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ Ｃｅｌｌｓ ｉｎ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，”Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １２７：７５９－７６７（２０１０））。事実、制御性Ｔ細胞活性の下方制御は、抗がん療法を改善するための有効なツールとして使用されている（Ｇｒａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｅｌｉｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ Ｃｅｌｌｓ ｉｓ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｆｏｒ ａｎ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｔｕｍｏｒ Ｌｙｓａｔｅ－Ｐｕｌｓｅｄ Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ Ｃｅｌｌｓ ｉｎ ａ Ｍｕｒｉｎｅ Ｇｌｉｏｍａ Ｍｏｄｅｌ，”Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １２２：１７９４－１８０２（２００８）、Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ Ｔｕｍｏｒ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ Ｃｅｌｌｓ Ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｔｈｅ Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ Ａｄｏｐｔｉｖｅ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｍｕｒｉｎｅ Ａｃｕｔｅ Ｍｙｅｌｏｉｄ Ｌｅｕｋｅｍｉａ，”Ｂｌｏｏｄ １１４：３７９３－３８０２（２００９））。それゆえ、腫瘍細胞に対する効果的な免疫応答の阻害を防止するために、ネオアンチゲンベースワクチンを含む新生物ワクチン中に、制御性Ｔ細胞によって認識されることによりその制御性Ｔ細胞を活性化させ得る抑制性Ｔ細胞ネオエピトープが偶発的に含まれることを回避しなければならない。
このように、がんを治療するため及びネオアンチゲンベースワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法に対する要望が依然として存在している。より詳細には、共通のネオエピトープを含む第１のワクチンと、それに続く、対象特異的ネオエピトープを含む第２のワクチン（例えば、第１のワクチンの約３週間後に投与される）の両方（共通のネオエピトープと対象特異的ネオエピトープの両方は、対象内において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する）を利用した、対象におけるがんを治療するための戦略、組成物、及び方法に対する要望が依然として存在している。ある態様では、第１のワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫から製造される。
それゆえ、本発明の実施形態は、新生物ワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法、ならびに、対象における新生物（例えば、がん）を治療するための方法におけるその使用を提供する。より詳細には、本発明の実施形態は、対象における新生物を治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃのポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表ＣのポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種を投与すること、を含む。ある態様では、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。特定及び設計された共通のネオエピトープは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫に利用することができ、それを使用することによって、幅広い集団のがん患者（例えば、限定するわけではないが、膀胱癌患者）に対するがんネオアンチゲンベースワクチンの迅速な製造が可能となり得る。１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドと共に共通のネオエピトープ倉庫を使用することにより、患者における新生物特異的ネオアンチゲンの最適な利用が可能となる。
１つの実施形態は、対象における新生物を治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃのポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表ＣのポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。１つの実施形態は、対象における免疫応答を誘導するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃのポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表ＣのポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである。上記の方法の態様では、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドのそれぞれは、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコアアミノ酸配列を有し、任意選択的に、コア配列のＣ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。上記の方法の態様では、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドのそれぞれは、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有し、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、隣接アミノ酸を有するポリペプチドが、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列のように同一のＨＬＡ分子になおも結合可能である（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）場合、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、隣接アミノ酸を有する上記ポリペプチドは、同一のＨＬＡ分子になおも結合可能であり（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列と同一のＴＣＲ特異性を保持している。ある態様では、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有し、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有する。ある態様では、上記隣接アミノ酸配列は、天然タンパク質においてその内部に含まれているペプチドまたはポリペプチドにも隣接している隣接アミノ酸配列である。ある態様では、本明細書に記載の上記隣接アミノ酸配列は、ＭＨＣ安定化領域として機能し得る。より長いペプチドを使用することにより、患者細胞による内在性プロセシングが可能となり得、より効果的な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導がもたらされ得る。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミノ基でキャップ付加されていてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）形態または塩形態のいずれかであってもよく、修飾、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などを含まないまたは含むのいずれかであってもよい。
上記の方法の態様では、本明細書に記載の表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）は、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない。
上記の方法の態様では、方法は、対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出すること及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認すること、ならびに、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、本明細書に記載の表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）のうちの１種または複数種を投与すること、をさらに含む。ある態様では、本明細書に記載の表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない。
上記の方法の態様では、本明細書に記載の表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含む１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、対象に由来する新生物試料（例えば、腫瘍組織、例えば、膀胱癌腫瘍組織など）における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認する１週間以内に投与される。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープは、ｉ）特定された共通の新生物特異的変異を評価して、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定すること、及び、ｉｉ）ステップ（ｉ）の上記変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）このような特定されたネオエピトープを共通のネオエピトープから排除すること、を含む方法によって特定される。
上記の方法の態様では、共通の新生物特異的変異は新生物特異的体細胞変異である。ある態様では、新生物特異的変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、挿入及び欠失（インフレーム変異とフレームシフト変異の両方を生成し得る）、ならびに、その他の大規模再構成、限定するわけではないが例えば、染色体の逆位、重複、挿入、欠失、または転座などである。ある態様では、ＳＮＶ、挿入、及び欠失を含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ、挿入及び欠失（非同義変異であり得る）、ならびにその他の大規模再構成を含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。ある態様では、ＳＮＶを含む共通の新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ（非同義変異であり得る）、インデル、及びフレームシフトを含む共通の新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の共通の変異である。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉ）で共通の新生物特異的変異を評価して、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定することは、ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている）、ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きな群のペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドを共通のネオエピトープとして特定すること、を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉ）で共通の新生物特異的変異を評価して、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。更なる態様では、ステップ（ｉ）における、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定するための上記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）アルゴリズムを使用することを含む。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉ）で上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、上記変異によってコードされている上記特定された共通のネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認することを含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、上記変異によってコードされている上記特定された共通のネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープとして特定される。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定された共通のネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定された共通のネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定された共通のネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉｉ）で上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、制御性Ｔ細胞及びその他の有害なＴ細胞との交差反応性を予測するアルゴリズムを使用して、特定された共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む。ある特定の態様では、アルゴリズムはＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムである。更なる態様では、特定された共通のネオエピトープは、交差反応性スコアが所定のカットオフ超である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるが、例えば、交差反応性スコアを用いて、自己抗原と比較した潜在的なネオエピトープを評価し、対象のＭＨＣに十分に結合すること及び／または対象のプロテオームに頻発していることが測定または計算された交差反応性ネオエピトープを特定または識別する。ある特定の態様では、共通のネオエピトープのＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）スコアは、２以上である（更なる態様では、３以上）。ある態様では、方法は、特定された共通のネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む。ある態様では、共通のネオエピトープは、上記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉ）で上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、特定された共通のネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することを含む。ある態様では、共通のネオエピトープは、上記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。
上記の方法の態様では、方法は、ｉｉｉ）少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、ステップ（ｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、薬学的に許容されるアジュバント及び／または担体と共に投与される。ある態様では、アジュバントはポリ－ＩＣＬＣを含む。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、ステップ（ａ）において投与される。上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている場合に、ステップ（ａ）において投与されない。
上記の方法の態様では、方法は、対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出すること及び／または対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認すること、ならびに、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、をさらに含む。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または、１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認する１週間以内に投与される。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種は、ｉ）対象の新生物標本における新生物特異的変異を特定すること、ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されているネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））、及びｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているこのような特定されたネオエピトープを対象特異的ネオエピトープから排除すること、を含む方法によって特定される。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉ）で新生物特異的変異を特定することは、新生物を有すると診断された対象に由来する新生物標本及び非新生物標本の完全または部分的なゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトーム間の配列差異を特定することを含む。ある態様では、非新生物標本は、新生物を有すると診断された対象に由来する。更なる態様では、新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む。ある態様では、ステップ（ｉ）で新生物特異的変異を特定することは、非新生物試料に存在しない変異をそれぞれが含む複数種の核酸配列を新生物から選択することを含む。ある態様では、新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは、新生物標本のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。
上記の方法の態様では、新生物特異的変異は新生物特異的体細胞変異である。ある態様では、新生物特異的変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、挿入及び欠失（インフレーム変異とフレームシフト変異の両方を生成し得る）、ならびに、その他の大規模再構成、限定するわけではないが例えば、染色体の逆位、重複、挿入、欠失、または転座などである。ある態様では、ＳＮＶ、挿入、及び欠失を含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ、挿入及び欠失（非同義変異であり得る）、ならびにその他の大規模再構成を含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。ある態様では、ＳＮＶを含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ（非同義変異であり得る）、インデル、及びフレームシフトを含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉ）で新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１つによってコードされている）、ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きな群のペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドをネオエピトープとして特定すること、を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉ）で新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。更なる態様では、ステップ（ｉｉ）における、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するための上記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）アルゴリズムを使用することを含む。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉｉ）で上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、上記変異によってコードされている上記特定されたネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認することを含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、上記変異によってコードされている上記特定されたネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープとして特定される。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにある。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある。更なる態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉｉ）で上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを使用して、特定されたネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む。更なる態様では、特定されたネオエピトープは、ネオエピトープのＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）スコアが２以上（更なる態様では、３以上）である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測される。ある態様では、方法は、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。
上記の方法の態様では、ステップ（ｉｉｉ）で上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することを含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。
上記の方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
ある態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、薬学的に許容されるアジュバント及び／または担体と共に投与される。ある態様では、アジュバントはポリ－ＩＣＬＣを含む。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドでおおよそ３週間投与される。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０種のペプチドまたはポリペプチドを含む。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む３～２０種の選択されたペプチドまたはポリペプチドを含む。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～１００アミノ酸の全長を有する。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドのうちのそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～４０アミノ酸、８～３０アミノ酸、８～２５アミノ酸、８～２３アミノ酸、８～２０アミノ酸、または８～１５アミノ酸の全長を有する。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、本明細書で開示する少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含む。上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃのポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである３～２０種のペプチドまたはポリペプチドを含む。上記の方法の態様では、本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃのポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～１００アミノ酸の全長を有する。ある態様では、本明細書で開示するそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～４０アミノ酸、８～３０アミノ酸、８～２５アミノ酸、８～２３アミノ酸、８～２０アミノ酸、または８～１５アミノ酸の全長を有する。
上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、本明細書で開示する１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０種のペプチドまたはポリペプチドを含む。ある態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む３～２０種の選択されたペプチドまたはポリペプチドを含む。ある態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～１００アミノ酸の全長を有する。ある態様では、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドのうちのそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、８～４０アミノ酸、８～３０アミノ酸、８～２５アミノ酸、８～２３アミノ酸、８～２０アミノ酸、または８～１５アミノ酸の全長を有する。
上記の方法の態様では、方法は、抗免疫抑制剤の投与をさらに含む。ある態様では、抗免疫抑制剤は、チェックポイント遮断調節剤、例えば、チェックポイント遮断阻害剤及び免疫チェックポイント刺激剤などを含む。
上記の方法の態様では、新生物は固形腫瘍である。ある態様では、新生物は、膀胱癌、乳癌、脳癌、結腸癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、黒色腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、または精巣癌である。ある態様では、新生物は膀胱癌である。
ある実施形態では、本発明は、上記の方法に使用するための組成物及びキットを提供する。ある実施形態では、本発明は、対象における新生物の治療に使用するための、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを含む組成物を提供し、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。ある実施形態では、本発明は、対象における新生物の治療に使用するための、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含む組成物を提供し、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む１種または複数種の特定された対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。
ある実施形態では、本発明は、対象における新生物の治療に使用するための、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを含む組成物、及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含む組成物を提供し、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。
ある実施形態では、本発明は、上記の態様及び特性のそれぞれを採用したキット及び組成物を提供する。
本明細書で開示する主題のこれら及び追加の実施形態及び特性は、本明細書に記載の図及び発明を実施するための形態を参照することにより明らかとなるであろう。
上記の発明の概要と下記の発明を実施するための形態の両方は例示であり、請求項に記載の本発明の更なる説明を提供することを意図しているということを理解されたい。発明の概要も下記の発明を実施するための形態も、発明の概要または発明を実施するための形態で言及する特定の特性に本発明の範囲を定義または限定することを意図するものではない。
本発明の様々な実施形態の個々の詳細を記載して、ある特定の態様を説明するが、本発明の範囲を限定するものではない。添付の特許請求の範囲において定義される本実施形態の範囲を逸脱することなく、修正及び変化形態が可能であることは当業者に明らかである。より具体的には、本発明の実施形態の一部の態様を好ましいまたは特に有利なものとして本明細書において特定し得たとしても、本発明の実施形態がこれらの好ましい態様に限定されないものとみなされる。
特に定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本明細書で開示する主題が属する技術分野の当業者が一般に理解する意味と同一の意味を有する。
臨床試験では、がん適応症全体にわたり患者のがんを効果的に制御する個別化がん免疫療法の潜在能に光をあてている。このような精密がん免疫療法は、個別化ワクチンにおける、新生物特異的ネオアンチゲンの患者特異的プールの特定及び使用を含む。しかしながら、このような個別化ワクチンは、個々の患者のゲノム（がん細胞のゲノムと非がん細胞のゲノムの両方を含む）のシークエンシング、及び、個々の患者に含まれている特定されたネオアンチゲンの組み合わせを含む個別化組成物の製造を必要とする。それゆえ、このような患者特異的な新生物特異的ネオアンチゲンには、設計及び投与するためのかなりの量の時間及び労力が必要となることがある。さらに、新生物ワクチンを調製するためのいくつかの異なる方法が採用されている一方で、最近の研究では、標的新生物を効果的に治療するための強力なＣＤ８＋エフェクターＴ細胞応答及びＣＤ４＋エフェクターＴ細胞応答を確立させることの難しさが強調されている。この難しさは、ネオアンチゲンベースワクチン中に、制御性Ｔ細胞によって認識されることによりその制御性Ｔ細胞を活性化させ得る抑制性Ｔ細胞ネオエピトープが偶発的に含まれること（それにより、腫瘍細胞に対する効果的な免疫応答が阻害される場合がある）、及び／または、ネオアンチゲンベースワクチン中に、その他の有害なＴ細胞（自己免疫応答をもたらし得る潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞に加えて、アネルギー性Ｔ細胞を含む）によって認識されることによりその有害なＴ細胞を活性化させ得るその他の有害なＴ細胞－ネオエピトープが偶発的に含まれること、に起因する場合がある。このように、ネオアンチゲンベースワクチンに関連する改善された組成物及び方法に対する要望が依然として存在している。
本発明の実施形態は、共通の新生物ワクチンを製造してこれらの問題を克服するための改善された戦略、組成物、及び方法に関する。対象におけるがんを治療するための本明細書で開示する戦略、組成物、及び方法は、共通のネオエピトープを含む第１のワクチンと、それに続く、対象特異的ネオエピトープを含む第２のワクチン（例えば、第１のワクチンの約３週間後に投与される）の両方を利用しており、共通のネオエピトープと対象特異的ネオエピトープの両方は、対象内において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。ある態様では、第１のワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫から製造されるが、それを使用することによって、幅広い集団のがん患者（例えば、限定するわけではないが、膀胱癌患者）に対するがんネオアンチゲンベースワクチンの迅速な製造が可能となり得る。事実、ある態様では、本明細書で開示するネオエピトープのうちの１０のパネルは膀胱癌集団のおおよそ２５％をカバーし、本明細書で開示するネオエピトープのうちの２０のパネルは膀胱癌集団のおおよそ３３％をカバーし、本明細書で開示するネオエピトープのうちの３９のパネルは膀胱癌集団のおおよそ４０％をカバーしている。それに続いて、本明細書で開示する戦略及び方法を使用して対象特異的ネオエピトープを含むワクチンを設計し、対象に投与してもよい。共通のネオエピトープワクチンをそれに続いて投与する対象特異的ネオエピトープワクチンと共に組み合わせて使用することにより、患者における新生物特異的ネオアンチゲンの最適な利用が可能となる。
その他のワクチンパイプラインと比較した、新生物ワクチンを製造するための本明細書で開示する戦略、組成物、及び方法の更なる固有の特性は、ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の共通のネオエピトープと対象特異的ネオエピトープの両方を予測する能力、及び、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）によって認識されることによりその制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞を活性化させ得るネオエピトープを特定してから排除する能力である。例えば、本発明者らは、非同義変異に基づいて、共通のネオエピトープ（例えば、膀胱癌患者における３９の特定された「極めて頻繁な」非同義変異に基づいて）と対象特異的ネオエピトープの両方を特定、設計、及び選択するために、ＡＮＣＥＲ（商標）システムを使用した。本明細書で開示する特定、設計、及び選択された共通のネオエピトープ及び対象特異的ネオエピトープは、幅広く様々なＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩアレルに限定される。腫瘍特異的ネオエピトープを特定、特性決定、及び選別するための登録商標のあるプラットフォームであるＡＮＣＥＲ（商標）は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）（共通の新生物ワクチンと対象特異的新生物ワクチンの両方に使用する上記新生物特異的変異によってコードされている確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用）及びＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）（制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用、及び、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが予測されているこのような特定されたネオエピトープの、共通の新生物ワクチン及び対象特異的新生物ワクチンに使用するネオエピトープからの排除用）を活用しており、これらは、感染症の前向きワクチン研究において広く有効となっている最先端の予測アルゴリズムである（Ｍｏｉｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２０１５，１１（９）：２３１２；Ｗａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．２０１７，７（１）１２８３）。他のｉｎ ｓｉｌｉｃｏパイプラインと比較したＡＮＣＥＲ（商標）の固有の特徴は、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを正確に予測して、寛容またはＴｒｅｇエピトープ、及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合可能なエピトープを特定するその能力である。潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／または潜在的な有害Ｔ細胞誘導性ネオエピトープを特定及び排除するための、共通のネオアンチゲン配列及び対象特異的ネオアンチゲン配列を含むネオアンチゲン配列のスクリーニングは、費用及び所要時間を最小化しつつより高い品質の候補を含む新規ワクチンを強化及び設計する可能性を提供する。
それゆえ、本発明は、共通の新生物ワクチン及び対象特異的新生物ワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法に関する。より詳細には、本発明の実施形態は、新生物ワクチンを製造するための改善された戦略、組成物、及び方法、ならびに、対象における新生物（例えば、がん）を治療するための方法におけるその使用に関する。より詳細には、本発明の実施形態は、対象における新生物を治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表ＣのポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種を投与すること、を含む。ある態様では、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、以下でより詳細に論じるとおり、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。
定義
本明細書で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容上明確に別様に示されない限り、「少なくとも１つ」を含む複数形を含むことを意味している。「または」とは、「及び／または」のことを意味する。本明細書で使用する場合、用語「及び／または」及び「１つまたは複数の」は、付随する列挙要素の全ての組み合わせを含む。
本明細書で使用する場合、「約」という用語は、当該技術分野における通常の許容範囲の範囲内、例えば、平均値の２標準偏差以内として理解される。「約」は、記載した値の５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、または０．０１％以内として理解され得る。文脈から特に明らかでない限り、本明細書で提供する全ての数値は、「約」という用語によって修飾されている。
本明細書で使用する場合、「抗原」という用語は、免疫応答を誘導する任意の物質のことを意味する。ある態様では、「抗原」は、抗体またはＴリンパ球（Ｔ細胞）と特異的に反応する任意の物質、好ましくは、ペプチドまたはタンパク質に関する。本発明によれば、「抗原」という用語は、少なくとも１つのエピトープを含む任意の分子を含む。好ましくは、「抗原」は、任意選択的にプロセシング後、その「抗原」（その「抗原」を発現する細胞を含む）に特異的であることが好ましい免疫反応を誘導する分子である。「抗原」は、細胞によって提示されることが好ましく、「抗原」に対する免疫反応をもたらすＭＨＣ分子との関係において、疾患細胞、とりわけがん細胞を含む抗原提示細胞によって提示されることが好ましい。「抗原」は、天然抗原に相当するまたは天然抗原に由来する生成物であることが好ましい。このような天然抗原としては、腫瘍抗原、例えば、腫瘍細胞の一部、例えば、細胞質、細胞表面、または細胞核に由来し得る、腫瘍細胞内において発現しているタンパク質またはペプチド、とりわけ、主に細胞内でまたは腫瘍細胞の表面抗原として発生しているタンパク質またはペプチドなどが挙げられる。
本明細書で使用する場合、「生体試料」という用語は、生物に由来する組織、細胞、または分泌物の任意の試料のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する」、及び「有する」などの用語は、米国特許法に属する意味を有し得、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」などのことを意味し得、同様に、「から本質的になる」または「本質的になる」は、米国特許法に属する意味を有し、その用語は、列挙されたものの基本的または新規の特徴が列挙されたものを超えるものの存在によって変化しない限りにおいて、列挙されたものを超えるものの存在を可能とするオープンエンドではあるが、先行技術の実施形態を排除する。
本明細書で使用する場合、「対照」という用語は、基準条件または参照条件のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「疾患」という用語は、細胞、組織、または器官の正常な機能を障害または阻害する任意の症状または障害のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「有効量」という用語は、未治療患者と比較して疾患（例えば、新生物／腫瘍）の症候を改善するのに必要な量のことを意味する。疾患の治療的治療のために本発明を実施するために使用される「有効量」の活性化合物（複数可）は、投与方法、対象の年齢、体重、及び総合的な健康状態に応じて変化する。最終的には、主治医または獣医が適切な量及び用量レジメンを決定する。このような量は「有効」量と呼ばれる。
本明細書で使用する場合、「フラグメント」とは、ポリペプチドまたは核酸分子の一部のことを意味する。この部分は、参照核酸またはポリペプチドの全長の少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％を含有していることが好ましい。フラグメントは、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、もしくは１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、またはそれ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸を含有していてもよい。
本明細書で使用する場合、「免疫応答」という用語は、がん性細胞、転移性腫瘍細胞、悪性黒色腫、侵入病原体、病原体に感染した細胞もしくは組織、または、自己免疫または病理学的な炎症の場合における正常ヒト細胞もしくは組織への選択的な損傷、それらの破壊、または、人体からのそれらの排除をもたらす、リンパ球、抗原提示細胞、食細胞、顆粒球、及び／または上記の細胞または肝臓が産生する可溶性巨大分子（抗体、サイトカイン、及び補体を含む）の共同作用のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「免疫シナプス」という用語は、所与のＴ細胞エピトープが細胞表面ＭＨＣ複合体とＴＣＲの両方に同時に結合することによって形成されたタンパク質複合体のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「単離」という用語は、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそのフラグメント、バリアント、もしくは誘導体が、それが自然に結合しているその他の生体物質から本質的に排除されていること、または、例えば、本発明のポリペプチドを発現するように遺伝子組換えされた組換え宿主細胞に由来するその他の生体物質を実質的に含まないことを意味する。
本明細書で使用する場合、「主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）」、「ＭＨＣ分子」、「ＭＨＣタンパク質」、または「ＨＬＡタンパク質」という用語は、とりわけ、タンパク質抗原のタンパク質分解開裂によって生じたペプチドに結合し、潜在的なＴ細胞エピトープを提示し、そのペプチドを細胞表面へと輸送して、特定の細胞、とりわけ、細胞傷害性Ｔリンパ球またはヘルパー Ｔ細胞に対し、そのペプチドをその細胞表面に提示できるタンパク質のことを意味するものと理解されるものとする。ゲノム内の主要組織適合遺伝子複合体は、細胞表面上に発現した遺伝子産物が内在性抗原及び／または外来抗原に結合してそれらを提示することによって免疫学的プロセスを制御するのに重要な遺伝子領域を含む。主要組織適合遺伝子複合体は、異なるタンパク質をコードする２つの遺伝子群、すなわち、ＭＨＣクラスＩの分子及びＭＨＣクラスＩＩの分子に分類される。２つのＭＨＣクラスの分子は異なる抗原供給源に特化されている。ＭＨＣクラスＩの分子は、内在的に合成された抗原、例えば、ウイルスタンパク質及び腫瘍抗原を提示する。ＭＨＣクラスＩＩの分子は、外来供給源から生じたタンパク質抗原、例えば、細菌生成物を提示する。２つのＭＨＣクラスの細胞生物学及び発現パターンは、これらの異なる役割に適合している。クラスＩのＭＨＣ分子は重鎖及び軽鎖で構成されており、約８～１１のアミノ酸、しかし一般的には９または１０のアミノ酸のペプチドと結合して、このペプチドが好適な結合モチーフを有している場合に、このペプチドを細胞傷害性Ｔリンパ球に提示することができる。クラスＩのＭＨＣ分子が結合するペプチドは、内在性タンパク質抗原に由来している。クラスＩのＭＨＣ分子の重鎖は、好ましくは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、またはＨＬＡ－Ｃモノマーであり、軽鎖はβ－２－ミクログロブリンである。クラスＩＩのＭＨＣ分子はα鎖及びβ鎖で構成されており、約１２～２５のアミノ酸のペプチドに結合して、このペプチドが好適な結合モチーフを有している場合に、このペプチドをヘルパー Ｔ細胞に提示することができる。クラスＩＩのＭＨＣ分子が結合するペプチドは一般的に、外来タンパク質抗原の細胞外物質に由来している。α鎖及びβ鎖はとりわけ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＰモノマーである。
本明細書で使用する場合、「ＭＨＣ結合モチーフ」という用語は、特定のＭＨＣアレルへの結合性を予測する、タンパク質配列内におけるアミノ酸のパターンのことを意味する。
本明細書で使用する場合、「ＭＨＣリガンド」という用語は、１種または複数種の特定のＭＨＣアレルに結合することができるポリペプチドのことを意味する。「ＨＬＡリガンド」という用語は、「ＭＨＣリガンド」という用語と交換することができる。その表面上にＭＨＣ／リガンド複合体を発現する細胞は、「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）と呼ばれる。同様に、本明細書で使用する場合、「ＭＨＣ結合ペプチド」という用語は、ＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するペプチドに関する。ＭＨＣクラスＩ／ペプチド複合体の場合、より長いまたはより短いペプチドは有効であり得るが、結合ペプチドは一般的に８～１０アミノ酸長である。ＭＨＣクラスＩＩ／ペプチド複合体の場合、結合ペプチドは一般的に１０～２５アミノ酸長、とりわけ１３～１８アミノ酸長である一方、より長いまたはより短いペプチドもまた有効であり得る。
本明細書で使用する場合、「エピトープ」という用語は、抗原などの分子の内部の抗原決定基、すなわち、とりわけ、ＭＨＣ分子との関係において提示された際に免疫系が認識する、例えば、Ｔ細胞が認識する分子の一部またはフラグメントのことを意味する。腫瘍抗原などのタンパク質のエピトープは、好ましくは、上記タンパク質の連続的または不連続的な部分を含み、好ましくは５～１００、好ましくは５～５０、より好ましくは８～３０、最も好ましくは１０～２５アミノ酸長であり、例えば、エピトープは、好ましくは８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５アミノ酸長であってもよい。本発明との関係におけるエピトープがＴ細胞エピトープであることがとりわけ好ましい。
本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」という用語は、アミノ酸のポリマーのことを意味し、特定の長さのことを意味しないことから、ペプチド、オリゴペプチド、及びタンパク質は、ポリペプチドの定義内に含まれる。本明細書で使用する場合、ポリペプチドは、組換え細胞及び非組換え細胞から単離した際に細胞性物質を実質的に含まない場合、または、化学合成した際に化学的前駆体またはその他の化学物質を含まない場合に、「単離」または「精製」されたと言われる。しかしながら、本発明のポリペプチドは、細胞内において通常は結合していない別のポリペプチド（例えば、非相同ポリペプチド）に結合、連結していてもよく、または、その別のポリペプチドの内部に挿入されていてもよく、それでもなお、「単離」または「精製」された状態である。ポリペプチドを組換え的に製造する場合、ポリペプチドはまた、培地、例えば、ポリペプチド配合物の容積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満に相当する培地を実質的に含んでいなくてもよい。
本明細書で使用する場合、「ネオエピトープ」という用語は、正常な非がん性細胞または生殖細胞系細胞などの参照物質内には存在していないががん細胞内には存在しているＴ細胞エピトープのことを意味する。このことは、とりわけ、正常な非がん性細胞または生殖細胞系細胞内に、対応するエピトープが存在している状態を含むが、がん細胞内の１つまたは複数の変異によって、ネオエピトープが生じるようにエピトープの配列が変化する。このことはまた、正常な非がん性細胞または生殖細胞系細胞内にＴ細胞エピトープが存在していない状態を含むが、がん細胞内の１つまたは複数の変異によって、新しいネオエピトープが生じるように配列が変化する。ある態様では、本発明の「ネオエピトープ」は、新生物患者／対象に固有の新生物特異的変異によってコードされていてもよく（例えば、がん細胞とがん細胞が存在している対象の両方に特異的なエピトープ）、本明細書では「対象特異的ネオエピトープ」と呼ぶこともある。ある態様では、本発明の「ネオエピトープ」は、新生物（例えば、膀胱癌）を患う対象の集団中の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、または５％超の対象における新生物（例えば、がん）細胞内に存在する新生物特異的変異によってコードされていてもよく、本明細書では「共通のネオエピトープ」と呼ぶこともある。ある態様では、「共通のネオエピトープ」は、新生物（例えば、膀胱癌）を患う対象の集団中の２人以上、３人以上、４人以上、５人以上などの対象に存在していてもよい。
本明細書で使用する場合、「ネオアンチゲン」または「ネオアンチゲン性」という用語は、ゲノムコードタンパク質のアミノ酸配列を変化させる新生物特異的変異（複数可）に起因する腫瘍抗原の部類のことを意味する。「ネオアンチゲン」は、対象特異的ネオエピトープまたは共通のネオエピトープを含む１種または複数種のネオエピトープを含んでいてもよい。「対象特異的ネオエピトープ」とは、新生物患者／対象に固有の新生物特異的変異（例えば、がん細胞とがん細胞が存在している対象の両方に特異的な変異）のことを意味する。「共通の新生物特異的変異」とは、新生物、例えば、特定のタイプの新生物、例えば、膀胱癌などを患う対象の集団中の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、または５％超の対象における新生物（例えば、がん）細胞内に存在する新生物特異的変異のことを意味する。ある態様では、「共通の新生物特異的変異」とは、新生物、例えば、特定のタイプの新生物、例えば、膀胱癌などを患う対象の集団中の２人以上、３人以上、４人以上、５人以上などの対象における新生物（例えば、がん）細胞内に存在する新生物特異的変異のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「新生物」という用語は、細胞の異常増殖、不適切に低いレベルのアポトーシス、またはその両方によって引き起こされたまたはもたらされた任意の疾患のことを意味する。新生物は、良性、前悪性、または悪性であってもよい。がんは新生物の例である。がんの非限定例としては、白血病（例えば、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病）、真性多血症、リンパ腫（例えば、ホジキン病、非ホジキン病）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、重鎖病、及び固形腫瘍、例えば、肉腫及びがん腫（例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性がん、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、希突起膠腫、神経鞘腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、及び網膜芽細胞腫）などが挙げられる。リンパ増殖性障害もまた増殖性疾患とみなされる。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」という用語は、連邦政府または州政府の監督機関により承認されているまたは承認可能であること、または、ヒトを含む動物における使用用に米国薬局方またはその他の一般に認められた薬局方に記載されていることを意味する。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤」などの用語は、薬剤と共に対象に投与することができ、治療量の薬剤を送達するのに十分な用量で投与する際に薬剤の薬理活性を損なわず非毒性である、賦形剤、担体、または希釈剤のことを意味する。
本明細書で提供する範囲は、範囲内の全ての値の略記であると理解すべきである。例えば、１～２５の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５からなる群からの任意の数値、数値の組み合わせ、または下位範囲に加えて、上記整数間にある全ての１０進値、例えば、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、及び１．９などを含むものと理解すべきである。下位範囲については、範囲のいずれかの終点から延びる「入れ子下位範囲」がとりわけ考えられる。例えば、例示的な１～２５の範囲の入れ子下位範囲は、一方の方向における１～５、１～１０、１～１５、及び１～２０、または、もう一方の方向における２５～２０、２５～１５、２５～１０、及び２５～５を含み得る。
本明細書で使用する場合、「制御性Ｔ細胞」、「Ｔｒｅｇ」などの用語は、細胞間接触及び抑制的サイトカイン産生を含む様々な異なるメカニズムを介した、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）誘導、増殖、及び／またはサイトカイン産生の抑制または下方制御を含む免疫エフェクター機能を抑制するＴ細胞の亜集団のことを意味する。ある態様では、ＣＤ４＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ４、ＣＤ２５、及びＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。
本明細書で使用する場合、「制御性Ｔ細胞エピトープ」（「Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ」）という用語は、寛容原性応答を引き起こし（Ｗｅｂｅｒ ＣＡ ｅｔ ａｌ．，（２００９），Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ，６１（１１）：９６５－７６）、ＭＨＣ分子に結合することができ、血中天然Ｔｒｅｇに結合する（すなわち、血中天然Ｔｒｅｇと相互作用してそれを活性化させる）ことができる（自然Ｔｒｅｇ及び／または適応Ｔｒｅｇを含む態様において）「Ｔ細胞エピトープ」のことを意味する。ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。
本明細書で使用する場合、「Ｔ細胞エピトープ」という用語は、７～３０アミノ酸長であり、ＭＨＣ分子（例えば、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子）に特異的に結合して特定のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用することができるＭＨＣリガンドまたはタンパク質決定因子のことを意味する。本発明で使用する場合、Ｔ細胞（例えば、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞、例えば、潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞など）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）Ｔ細胞エピトープ（例えば、ネオエピトープ、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅなど）との関係における「結合する」、「結合」などの用語は、ＭＨＣ分子（例えば、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子）に結合した際に、Ｔ細胞エピトープがＴ細胞のＴＣＲと相互作用してＴ細胞を活性化させることができる（アネルギー性Ｔ細胞の場合には、機能的不活性化を含む）ということを意味する。一般的に、Ｔ細胞エピトープは直鎖状であり特定の三次元特性を発現しない。Ｔ細胞エピトープは変性溶媒の存在による影響を受けない。Ｔ細胞エピトープと相互作用する能力は、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ法を用いて予測することができる（Ｄｅ Ｇｒｏｏｔ ＡＳ ｅｔ ａｌ．，（１９９７），ＡＩＤＳ Ｒｅｓ Ｈｕｍ Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ，１３（７）：５３９－４１；Ｓｃｈａｆｅｒ ＪＲ ｅｔ ａｌ．，（１９９８），Ｖａｃｃｉｎｅ，１６（１９）：１８８０－４；Ｄｅ Ｇｒｏｏｔ ＡＳ ｅｔ ａｌ．，（２００１），Ｖａｃｃｉｎｅ，１９（３１）：４３８５－９５；Ｄｅ Ｇｒｏｏｔ ＡＲ ｅｔ ａｌ．，（２００３），Ｖａｃｃｉｎｅ，２１（２７－３０）：４４８６－５０４（その全ての全体は参照により本明細書に組み込まれる））。
本明細書で使用する場合、「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」という用語は、ＡＰＣの表面上に提示されたＭＨＣ／リガンド複合体の特定のレパートリーに結合することができるＴ細胞が発現するタンパク質複合体のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「ワクチン」という用語は、投与時に免疫応答、とりわけ、細胞性免疫応答を誘導する医薬品製剤（医薬組成物）または製品のことを意味し、病原体または疾患細胞、例えば、新生物（例えば、がん細胞）などを認識して攻撃する。疾患の予防または治療のためにワクチンを使用してもよい。それゆえ、ワクチンは、抗原を含む薬剤であり、ワクチン接種による特定の防御及び保護物質を生じさせるためにヒトまたは動物に使用される。「個別化新生物ワクチン」などの用語は、特定の新生物患者に関係し、新生物（例えば、がん）ワクチンを個々の新生物患者のニーズまたは特殊な事情に適合させることを意味する。「共通の新生物ワクチン」などの用語は、新生物（例えば、がん）ワクチンを新生物患者の集団のニーズに適合させることを意味する。
対象における新生物を治療するため及び／または免疫応答を誘導するための方法
１つの実施形態は、対象における新生物を治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。１つの実施形態は、対象における免疫応答を誘導するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。ステップ（ａ）における有効量の、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたはこのようなものを含む医薬組成物、及びステップ（ｂ）における有効量の、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたはこのようなものを含む医薬組成物、を対象に投与することにより、固形腫瘍、例えば、肺癌、乳癌、結腸癌、卵巣癌、脳癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、悪性黒色腫、非黒色腫皮膚癌などに加えて、血液腫瘍及び／または悪性腫瘍、例えば、小児期白血病及びリンパ腫など、多発性骨髄腫、ホジキン病、リンパ球及び皮膚由来のリンパ腫、急性及び慢性白血病、例えば、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、または慢性骨髄性白血病など、形質細胞新生物、リンパ性新生物、及びＡＩＤＳに関連するがんを含むがこれらに限定されない多種多様ながんのための治療を提供することができるということが理解されよう。特定の態様では、がんは膀胱癌である。
１つの実施形態は、対象における新生物を治療するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。１つの実施形態は、対象における免疫応答を誘導するための方法に関し、その方法は、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する。ステップ（ａ）における有効量の、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたはこのようなものを含む医薬組成物、及びステップ（ｂ）における有効量の、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたはこのようなものを含む医薬組成物、を対象に投与することにより、固形腫瘍、例えば、肺癌、乳癌、結腸癌、卵巣癌、脳癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、悪性黒色腫、非黒色腫皮膚癌などに加えて、血液腫瘍及び／または悪性腫瘍、例えば、小児期白血病及びリンパ腫など、多発性骨髄腫、ホジキン病、リンパ球及び皮膚由来のリンパ腫、急性及び慢性白血病、例えば、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、または慢性骨髄性白血病など、形質細胞新生物、リンパ性新生物、及びＡＩＤＳに関連するがんを含むがこれらに限定されない多種多様ながんのための治療を提供することができるということが理解されよう。特定の態様では、がんは膀胱癌である。
例えば、改善されたネオアンチゲンベース膀胱癌ワクチンを製造するために、本発明者らは、膀胱癌患者のミュータノームから個人的なネオアンチゲン及び共通のネオアンチゲンを特定した。本発明者らは、研究を行った膀胱癌患者（ｎ＝４１１）のミュータノームに生じた非同義変異（例えば、ミスセンス、インデル、及びフレームシフト変異を含む）のうちの９９．０２％が個人的なネオアンチゲン（合計８２，５７２の個人的なネオアンチゲンが特定された）である一方で、０．９８％が共通のネオアンチゲン（合計８２０の共通のネオアンチゲンが特定された）であることを明らかにした。本発明者らは、特定された共通のネオアンチゲンのうち、３９の非同義変異（４．７％）が膀胱癌患者ミュータノームのうちの１％に存在していることを明らかにした。そこで、「極めて頻繁な」変異は、その変異がネオエピトープをコードしている限りにおいて、既製ワクチンのための潜在的な標的として機能する。
その後、本発明者らは、これら３９の特定された「極めて頻繁な」非同義変異に基づいて、共通のネオエピトープを特定、設計、及び選択するために、ＡＮＣＥＲ（商標）システムを使用した。これらの共通のネオエピトープは、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む。これらの本明細書で開示する、特定、設計、及び選択された共通のネオエピトープは、幅広く様々なＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩアレルに限定される。腫瘍特異的ネオエピトープを特定、特性決定、及び選別するための登録商標のあるプラットフォームであるＡＮＣＥＲ（商標）は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）（共通の新生物ワクチンに使用する上記新生物特異的変異によってコードされている確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用）及びＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）（制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用、及び、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが予測されているこのような特定されたネオエピトープの、共通の新生物ワクチンに使用する共通のネオエピトープからの排除用）を活用しており、これらは、感染症の前向きワクチン研究において広く有効となっている最先端の予測アルゴリズムである（Ｍｏｉｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２０１５；Ｗａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．２０１７）。他のｉｎ ｓｉｌｉｃｏパイプラインと比較したＡＮＣＥＲ（商標）の固有の特徴は、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを正確に予測して、寛容またはＴｒｅｇエピトープ、及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合可能なエピトープを特定するその能力である。潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／または潜在的な有害Ｔ細胞誘導性ネオエピトープを特定及び排除するための、共通のネオアンチゲン配列及び対象特異的ネオアンチゲン配列を含むネオアンチゲン配列のスクリーニングは、費用及び所要時間を最小化しつつより高い品質の候補を含む新規ワクチンを強化及び設計する可能性を提供する。
このように、対象における新生物を治療するため及び／または免疫応答を誘導するための上記の方法の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである。ある態様では、上記少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドは、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有し、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、上記少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドは、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有し、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、隣接アミノ酸を有するペプチドが、上記隣接アミノ酸を有さない上記ペプチドのように同一のＨＬＡ分子になおも結合可能である（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）場合、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、隣接アミノ酸を有する上記ポリペプチドは、同一のＨＬＡ分子になおも結合可能であり（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列と同一のＴＣＲ特異性を保持している。ある態様では、上記隣接アミノ酸配列は、天然タンパク質においてその内部に含まれているペプチドまたはポリペプチドにも隣接している隣接アミノ酸配列である。ある態様では、本明細書に記載の上記隣接アミノ酸配列は、ＭＨＣ安定化領域として機能し得る。より長いペプチドを使用することにより、患者細胞による内在性プロセシングが可能となり得、より効果的な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導がもたらされ得る。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミノ基でキャップ付加されていてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）形態または塩形態のいずれかであってもよく、修飾、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などを含まないまたは含むのいずれかであってもよい。
ある態様では、本明細書に記載の上記少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）、少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドに含まれる上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドに含まれる上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、このような少なくとも１種の設計ペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸は、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫として提供され得る。このような設計ペプチドもしくはポリペプチド、または上記設計ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を使用することによって、膀胱癌患者を含む幅広い集団のがん患者に適用するための共通のネオアンチゲンベースワクチンを迅速に製造することができる。上記ペプチドまたはポリペプチドの態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、単離、合成、または組換えであってもよい。
対象における新生物を治療するため及び／または免疫応答を誘導するための上記の方法の態様では、共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、共通のネオエピトープは、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られていないまたは確認されていない（例えば、予測されていない）。例えば、上記の方法の態様では、ワクチンなどの医薬品製剤中に含まれていてもよい、本明細書で開示する表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）は、共通のネオエピトープが、対象に由来する新生物試料において検出／コードされている表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃに開示されている共通の新生物特異的変異（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「変異」と表示した列で示す）によってコードされている、共通のネオエピトープが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「ＨＬＡ限定」と表示した列で示す）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、共通のネオエピトープが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、ステップ（ａ）において対象に投与される。ある特定の態様では、共通のネオエピトープは、共通のネオエピトープが、対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、共通のネオエピトープが、対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、共通のネオエピトープが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「ＨＬＡ限定」と表示した列で示す）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、ステップ（ａ）において対象に投与されない。例えば、上記の方法の態様では、本明細書で開示する表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、ワクチンなどの医薬品製剤中の）は、共通のネオエピトープが、対象に由来する新生物試料において検出及び／またはコードされていない表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃに開示されている共通の新生物特異的変異（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「変異」と表示した列で示す）によってコードされている、共通のネオエピトープが、対象のＭＨＣタンパク質（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「ＨＬＡ限定」と表示した列で示すようなＭＨＣ）に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または、共通のネオエピトープが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「ＨＬＡ排除」と表示した列で示すようなＭＨＣ）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、ステップ（ａ）において、膀胱癌を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない。
このように、上記の免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する態様では、方法のステップ（ａ）は、共通のネオエピトープが、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、共通のネオエピトープが、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）場合に、対象に由来する新生物試料（例えば、腫瘍組織、例えば、膀胱癌腫瘍組織など）における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認すること、及び、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、をさらに含む。ある態様では、方法はさらに、共通のネオエピトープが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る対象のＭＨＣタンパク質（表Ａ、表Ｂ、及び表Ｃ内の「ＨＬＡ排除」と表示した列で示すようなＭＨＣ）に結合することが知られていないまたは確認されていない（例えば、予測されていない）場合に、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）のうちの１種または複数種を投与すること、を任意選択的に含む。上記の方法のある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む適切なペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）は、対象に由来する新生物試料（例えば、腫瘍組織、例えば、膀胱癌腫瘍組織など）における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認する１週間以内に投与される。
・ステップ（ａ）の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープの特定
上記の免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する態様では、ステップ（ａ）で投与するための１種または複数種の特定された共通のネオエピトープは、ｉ）新生物を有すると診断された対象の新生物標本における共通の新生物特異的変異を特定すること、ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された共通の新生物特異的変異を評価して、共通の新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定すること、及び、ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは予測されているこのような特定されたネオエピトープを、共通の新生物ワクチンに使用する共通のネオエピトープから排除すること、を含む方法を用いて特定される。共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖ）対象のための、ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸は、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫として提供され得る。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した対象のための、少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を使用して製造され得る。
上記の免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する態様では、ステップ（ａ）で投与するための１種または複数種の特定された共通のネオエピトープは、ｉ）新生物を有すると診断された対象の新生物標本における共通の新生物特異的変異を特定すること、ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された共通の新生物特異的変異を評価して、共通の新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定すること、及び、ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは予測されているこのような特定されたネオエピトープを、共通の新生物ワクチンに使用する共通のネオエピトープから排除すること、を含む方法を用いて特定される。共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖ）対象のための、ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸は、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫として提供され得る。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した対象のための、少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を使用して製造され得る。
ある態様では、ステップ（ａ）で投与するための共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法は、ｉ）対象の新生物標本に由来する特定された共通の新生物特異的変異を評価して（例えば、新生物を有すると診断された上記の対象の態様において）、共通の新生物ワクチンに使用する上記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定すること、及び、ｉｉ）ステップ（ｉ）の上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）このような特定されたネオエピトープを、共通の新生物ワクチンに使用する共通のネオエピトープから排除すること、を含む。共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｉｉ）少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、ステップ（ｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｉｖ）対象のための、ステップ（ｉｉｉ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸は、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫として提供され得る。なおも更なる態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で提供した対象のための、少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を使用して製造され得る。
〇共通の新生物特異的変異の特定
ある態様では、共通の新生物特異的変異（例えば、共通のがん特異的変異）を特定するためのステップは、新生物標本（例えば、患者の新生物標本、または対象の集団内の対象もしくはそれぞれの対象に由来する新生物標本）のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。ある態様では、新生物標本は、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有しているまたは含有していることが予想される任意の試料、例えば、患者に由来する身体試料などに関する。ある態様では、身体試料は、任意の組織試料、例えば、血液、新生物試料（例えば、原発性腫瘍または腫瘍転移／循環腫瘍細胞）から得た組織試料、または、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有する任意のその他の試料などであってもよい。特定の態様では、新生物は膀胱癌である。
ある態様では、共通の新生物特異的変異（例えば、共通のがん特異的変異）を特定するためのステップは、新生物標本（例えば、患者の新生物標本、または対象の集団内の対象もしくはそれぞれの対象に由来する新生物標本）のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。ある態様では、新生物標本は、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有しているまたは含有していることが予想される任意の試料、例えば、患者に由来する身体試料などに関する。ある態様では、身体試料は、任意の組織試料、例えば、血液、新生物試料（例えば、原発性腫瘍または腫瘍転移／循環腫瘍細胞）から得た組織試料、または、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有する任意のその他の試料などであってもよい。特定の態様では、新生物は膀胱癌である。
ある態様では、共通の新生物特異的変異を特定するためのステップは、新生物標本（例えば、患者の新生物標本、または対象の集団内の対象もしくはそれぞれの対象に由来する新生物標本）から得た配列情報を、参照試料、例えば、正常な非新生物細胞（例えば、非がん性細胞）、例えば、体細胞または生殖細胞系の組織／細胞などの核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡなど）をシークエンシングすることにより得た配列情報などと比較することを含む。ある態様では、参照試料は、新生物試料を得たのと同一の新生物患者、または異なる個体から得てもよい。ある態様では、参照試料は、任意の組織試料、例えば、非新生物組織に由来する血液または試料などであってもよい。ある態様では、正常なゲノム生殖細胞系ＤＮＡは、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から得てもよい。
ある態様では、共通の新生物特異的変異は、患者の１種または複数種の新生物細胞（例えば、がんまたは腫瘍細胞）内に存在する全ての共通の新生物特異的（例えば、がん特異的）変異を含んでいてもよく、または、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する共通の新生物特異的変異のうちのごく一部のことを意味していてもよい。それゆえ、本発明は、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する全ての共通の新生物特異的変異の特定を含んでいてもよく、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する共通の新生物特異的変異のうちのごく一部の特定を含んでいてもよい。ある態様では、本発明の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法は、十分な数の共通のネオエピトープが本明細書で開示する戦略、方法、及び組成物に含まれることを提供する、多くの共通の新生物特異的変異の特定を提供する。
ある態様では、変異は、新生物患者（例えば、がん患者、例えば、膀胱癌患者など）の新生物標本（例えば、腫瘍標本）内の共通の新生物特異的変異（例えば、体細胞変異）であり、それら共通の新生物特異的変異は、新生物標本のゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトームと非新生物標本のゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトームの間の配列差異を特定することによって特定され得る。ある態様では、体細胞変異を含む共通の新生物特異的変異は、新生物標本のゲノム、好ましくは完全ゲノム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のゲノム、好ましくは完全ゲノムの共通の新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。ある態様では、体細胞変異を含む共通の新生物特異的変異は、新生物標本のエキソーム、好ましくは完全エキソーム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のエキソーム、好ましくは完全エキソームの共通の新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。ある態様では、体細胞変異を含む共通の新生物特異的変異は、新生物標本のトランスクリプトーム、好ましくは完全トランスクリプトーム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のトランスクリプトーム、好ましくは完全トランスクリプトームの共通の新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。
ある態様では、ステップ（ｉ）において、共通の新生物特異的変異を特定するために、本発明に従い、「従来の」シークエンシング法及び次世代シークエンシング（ＮＧＳ）技術を含むがこれらに限定されない、当該技術分野において周知の任意の好適なシークエンシング法を使用してもよい。「次世代シークエンシング」または「ＮＧＳ」とは、サンガー化学反応として知られている「従来の」シークエンシング法とは対照的に、完全ゲノムを小さな断片へと切断することによって核酸鋳型を全長ゲノムに沿ってランダムに同時並行的に読む全てのハイスループットシークエンシング技術のことを意味する。当該技術分野において周知のとおり、このようなＮＧＳ技術（超並列シークエンシング技術としても周知）は、完全ゲノム、エキソーム、トランスクリプトーム（ゲノムの全ての転写配列）、またはメチローム（ゲノムの全てのメチル化配列）の核酸配列情報を、ごく短期間、例えば、１～２週間以内、好ましくは１～７日間以内、または最も好ましくは２４時間未満以内に出力することができ、原則的に、単一細胞シークエンシング法を可能とする。市販または当該技術分野において周知の複数のＮＧＳプラットフォームを使用してもよい。このようなＮＧＳ技術／プラットフォームの非限定例としては、ライゲーションによるシークエンシング法、イオン半導体シークエンシング技術、パイロシークエンシング技術、１分子シークエンシング技術、１分子シークエンシングのためのナノ技術、及び１分子シークエンシングのための電子顕微鏡ベースの技術が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、ある態様では、新生物特異的変異を特定するために、当該技術分野において周知の「第３世代シークエンシング」法を使用してもよい。ある態様では、当該技術分野において周知の直接タンパク質シークエンシング技術を用いて、新生物特異的変異を特定してもよい。さらに、ある態様では、当該技術分野において周知のＭＨＣ多量体を使用することによって、新生物特異的変異を特定してもよい。
このように、ステップ（ａ）の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、共通の新生物特異的変異を特定するためのステップは、新生物を有すると診断された対象に由来する新生物標本及び非新生物標本の完全または部分的なゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトーム間の配列差異を特定することを含む。ある態様では、非新生物標本は、新生物を有すると診断された対象に由来する。更なる態様では、共通の新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む。ある態様では、共通の新生物特異的変異を特定するためのステップは、非新生物試料に存在しない変異をそれぞれが含む複数種の核酸配列を新生物から選択することを含む。ある態様では、共通の新生物特異的変異を特定することは、新生物標本のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。
ステップ（ａ）の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、共通の新生物特異的変異は新生物特異的体細胞変異である。ある態様では、新生物特異的変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、挿入及び欠失（インフレーム変異とフレームシフト変異の両方を生成し得る）、ならびに、その他の大規模再構成、限定するわけではないが例えば、染色体の逆位、重複、挿入、欠失、または転座などである。ある態様では、ＳＮＶ、挿入、及び欠失を含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ、挿入及び欠失（非同義変異であり得る）、ならびにその他の大規模再構成を含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。ある態様では、ＳＮＶを含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ（非同義変異であり得る）、インデル、及びフレームシフトを含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。ある態様では、対象は膀胱癌を有すると診断されている。
〇共通のネオエピトープの特定
ステップ（ａ）の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、特定された共通の新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、どの共通の新生物特異的変異が共通のネオエピトープ、好ましくは、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測するための有効なアルゴリズム（例えば、限定するわけではないが、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）、ｎｅｔＭＨＣｐａｎ、ＮｅｔＭＨＣ、ｎｅｔＭＨＣｃｏｎｓ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＨＬＡ＿ＢＩＮＤ）を使用することを含む。例えば、有効なアルゴリズムを使用して、特定された共通の新生物特異的変異及びその対応する関連天然抗原のバイオインフォマティクス解析を実施して、どの特定された共通の新生物特異的変異が共通のネオエピトープ（好ましくは、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能な共通のネオエピトープ）を生じさせるかを予測してもよく、ある態様では、どの特定された共通の新生物特異的変異が、関連天然抗原と比較してより効果的に、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能な共通のネオエピトープを生じさせるかを予測してもよい。それゆえ、ある態様では、新生物を有すると診断された対象の新生物標本に由来する特定された共通の新生物特異的変異を評価して、共通の新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））は、十分に有効なアルゴリズムの使用を含む。
ステップ（ａ）の共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、特定された共通の新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、どの共通の新生物特異的変異が共通のネオエピトープ、好ましくは、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測するための有効なアルゴリズム（例えば、限定するわけではないが、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）、ｎｅｔＭＨＣｐａｎ、ＮｅｔＭＨＣ、ｎｅｔＭＨＣｃｏｎｓ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＨＬＡ＿ＢＩＮＤ）を使用することを含む。例えば、有効なアルゴリズムを使用して、特定された共通の新生物特異的変異及びその対応する関連天然抗原のバイオインフォマティクス解析を実施して、どの特定された共通の新生物特異的変異が共通のネオエピトープ（好ましくは、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能な共通のネオエピトープ）を生じさせるかを予測してもよく、ある態様では、どの特定された共通の新生物特異的変異が、関連天然抗原と比較してより効果的に、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能な共通のネオエピトープを生じさせるかを予測してもよい。それゆえ、ある態様では、新生物を有すると診断された対象の新生物標本に由来する特定された共通の新生物特異的変異を評価して、共通の新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））は、十分に有効なアルゴリズムの使用を含む。
ある態様では、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定するための上記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）アルゴリズムを使用することを含む。ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）は、推定上のＴ細胞エピトープの存在でタンパク質配列をスクリーニングするのに使用される、ＥｐｉＶａｘが開発した登録商標のあるコンピュータアルゴリズムである。このアルゴリズムは、ＭＨＣ分子に結合する９及び１０－ｍｅｒペプチドの予測用のマトリックスを使用する。それぞれのマトリックスは、ポケットプロファイル法（Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１７：５５５－５６１，１９９９）に類似しているが同一ではない方法によって説明されるアミノ酸結合親和性に関連する位置特異的係数に基づいている。入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、変異ペプチド及び非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－Ａアレル及びＨＬＡ－Ｂアレル）及びＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に対する予測された結合親和性でスコア付けする。ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）生スコアを、無作為に生成した大きなサンプルのペプチド（例えば、限定するわけではないが、無作為に生成した１０，０００のペプチド）のスコアに対して正規化する。得られた「Ｚ」スコアは正規分布しており、アレル全体にわたり直接比較することができる。得られた「Ｚ」スコアを記録する。ある態様では、理論上任意の試料の上位５％であるアレル特異的ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）Ｚスコアを有する任意の９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒペプチド（例えば、１．６４超のＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）Ｚスコアを有する）は、推定上のＴ細胞エピトープとみなされる。ある態様では、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）は、１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドをネオエピトープとして特定する。これまでの研究もまた、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）が公開されたＭＨＣリガンド及びＴ細胞エピトープを正確に予測することを示している。
ある態様では、共通の新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定することは、以下のステップ、
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている）、
ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、
ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドを共通のネオエピトープとして特定すること、
のうちの１つまたは複数を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている）、
ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、
ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドを共通のネオエピトープとして特定すること、
のうちの１つまたは複数を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。
ある態様では、共通の新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ試験を含む。より詳細には、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアを測定することは、１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定するため及び１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ ＭＨＣ結合アッセイ（当該技術分野において周知）を含んでいてもよい。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ解析に類似しているが、入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイで、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－Ａアレル及びＨＬＡ－Ｂアレル）に対する結合親和性でスコア付けするが、このような結合アッセイは当該技術分野において周知である。ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイにおいてＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に結合するエピトープの試験の場合、入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ５または１０アミノ酸分末尾に重複している重複した１５－ｍｅｒまたは２０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが５または１０アミノ酸分末尾に重複している重複した１５－ｍｅｒまたは２０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイで、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に対する結合親和性でスコア付けするが、このような結合アッセイは当該技術分野において周知である。
ある態様では、自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めるためのステップ、生の結合スコア（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ法を用いて測定されたかまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ法を用いて測定されたかを問わない）は、正規またはＺ分布に沿うように調整される。生の結合スコアを、以下、
のとおり、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔの自然に認められるアミノ酸頻度に従い、大きな数（例えば、１０，０００）の無作為９－または１０－ｍｅｒアミノ酸配列のセットの平均（μ）結合スコア及び標準偏差（σ）に基づいて正規化する。
のとおり、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔの自然に認められるアミノ酸頻度に従い、大きな数（例えば、１０，０００）の無作為９－または１０－ｍｅｒアミノ酸配列のセットの平均（μ）結合スコア及び標準偏差（σ）に基づいて正規化する。
正規化結合スコアは、結合スコアまたは結合の可能性と呼ばれることもあるが、この正規分布の上位５％以内は、潜在的に免疫原性でありさらに検討する価値のある「ヒット」として定義される。これらのペプチドは、中程度から高い親和性でＭＨＣ分子に結合する有意な可能性を有し、その結果として、専業的な抗原提示細胞（ＡＰＣ）、例えば、樹状細胞またはマクロファージなどと非専業的なＡＰＣの両方の表面上（これらのペプチドはそこで、通過するＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によって応答及び潜在的に結合され得る）に提示される有意な可能性を有している。
ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７、及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある残基の任意の組み合わせにあるアミノ酸残基を特定することを含む。
共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するため、とりわけ、共通の新生物特異的変異を評価して、知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、特定された共通のネオエピトープは任意選択的に、ペプチド－ＭＨＣ結合、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化の実験的確認、及び／または、ＲＮＡレベルにおける遺伝子発現の確認によって、さらに確認されてもよい。このような実験的確認は、当該技術分野において周知のｉｎ ｖｉｔｒｏ技術及び／またはｉｎ ｖｉｖｏ技術を含んでいてもよい。
〇ネオエピトープの特定、及び制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）共通のネオエピトープからのそれらネオエピトープの排除
ワクチン製剤中に、制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープに加えて、その他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するネオエピトープが偶発的に含まれることにより、強力なＴ細胞介在性腫瘍制御が阻害される場合がある。共通のネオアンチゲン配列をスクリーニングして、潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ、及びその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するネオエピトープを特定及び排除すること（例えば、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングツールを含む専用ツールを使用して）は、より高い品質の候補を含む新規の共通のネオアンチゲンワクチンを設計するのに重要となり得る。
ワクチン製剤中に、制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープに加えて、その他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するネオエピトープが偶発的に含まれることにより、強力なＴ細胞介在性腫瘍制御が阻害される場合がある。共通のネオアンチゲン配列をスクリーニングして、潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ、及びその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するネオエピトープを特定及び排除すること（例えば、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングツールを含む専用ツールを使用して）は、より高い品質の候補を含む新規の共通のネオアンチゲンワクチンを設計するのに重要となり得る。
このように、ある態様では、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合する（例えば、結合して活性化させる）ことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、上記変異によってコードされている上記特定された共通のネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認することを含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、上記変異によってコードされている上記特定されたネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープとして特定される。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７、及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある残基の任意の組み合わせにあるアミノ酸残基を特定することを含む。
ある態様では、上記変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、コードされているＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ限定の特定された共通のネオエピトープ、及びその対応する非変異エピトープのうちのそれぞれの自己との類似性の程度を特性決定するために、ＭＨＣに結合する高い可能性を示すそれぞれの特定された共通のネオエピトープまたはエピトープ配列に対して相同性スクリーニングを実施することを含む。参照プロテオーム内の２つ以上（及び更なる態様では、３つ以上）の交差反応性マッチを有するＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩの共通のネオエピトープ及びＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩの対応する非変異エピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類され、寛容されるまたは制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するより高い可能性を示すものとみなされる。
ある態様では、相同性スクリーニングを使用して、参照プロテオーム内に一般的に存在するＴＣＲ接触残基の組み合わせを含有するエピトープを排除する。ある態様では、相同性スクリーニングは、任意のタンパク質配列内に含まれる全ての予測されたエピトープを解析して、それぞれの予測されたエピトープを、ＭＨＣ結合アグレトープとＴＣＲ結合エピトープの両方のその構成アミノ酸成分に分類することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープ（ＴＣＲ結合残基、ＴＣＲ接触エピトープ、ＴＣＲ接触残基、またはＴＣＲ接触部と呼ばれることもある）が、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープ（ＭＨＣ接触部、ＭＨＣ接触残基、ＭＨＣ結合残基、またはＭＨＣ結合面と呼ばれることもある）は、１、４、６、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、９、及び１０位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある一方で、１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。
次に、それぞれの配列を、タンパク質のデータベース（例えば、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース（Ｕｎｉｐｒｏｔプロテオーム番号ＵＰ０００００５６４０、Ｒｅｖｉｅｗｅｄ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔセット））に由来するヒトタンパク質のデータベース）に対してスクリーニングする。交差保存エピトープ、または、互換ＭＨＣ結合アグレトープ（すなわち、入力（変異）ペプチドとその参照非変異対応物の両方のアグレトープは、同一のＭＨＣアレルに結合することが予測される）を有する参照プロテオームに由来するペプチド、及び厳密に同一のＴＣＲ接触エピトープについては戻す。エピトープの相同性スコアは、参照プロテオーム内のマッチング交差保存ＭＨＣ結合ペプチドの数に対応している。言い換えると、エピトープｅの相同性スコアＨeは、以下、
Ｈe＝｜Ｘe｜、
（式中、
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
Ｈe＝｜Ｘe｜、
（式中、
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
ひいては、所与のペプチドまたはタンパク質の相同性スコアは、そのペプチドまたはタンパク質に含まれるそれぞれ個々のエピトープの平均相同性スコアに対応している。言い換えると、ペプチドｐの相同性スコアＨpは、以下、
（式中、
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
ある態様では、次に、それぞれの変異配列に対して解析処理を実行して、以下となるように、アミノ酸配列内の部分列が存在し得るかどうかを確認する。
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している。
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している。
この解析処理には、制御性Ｔ細胞、その他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）、及び特定された共通のネオエピトープ配列に由来するその他の高度に交差保存されたエピトープに結合する推定上のエピトープを含有するアミノ酸部分列を排除する効果がある。得られた共通のネオエピトープ配列は、自己配列との低い程度の類似性を示すエピトープまたはネオエピトープのみを含有している。上記基準の部分列マッチングが存在し得ない場合、共通のネオエピトープ配列は、共通の新生物特異的ワクチンに使用する検討から棄却される。逆に、例えば、ＩＥＤＢデータベースから抽出した、免疫原性であることが知られている既知の感染症由来エピトープのセットに対して、または、その他の既知の免疫原性配列または一般的な病原体由来配列のセットに対して、同一の相同性解析を実施してもよい。この解析には、その他の既知または推定上のエフェクターＴ細胞エピトープとの高い程度の相同性を共有する共通のネオエピトープ候補を特定する目的がある。このような共通のネオエピトープを含有する共通のネオアンチゲンはワクチン製剤用に優先され得る。
ある態様では、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、特定されたネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを使用することを含む。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、直鎖状ペプチドフラグメントではなくゲノム配列全体にわたる、推定上のＴ細胞エピトープ及びそのＴＣＲ接触残基を比較することによって、生の配列アライメントによっては捕捉されない抗原認識の特徴を考察する、相同性解析ツールである。ある態様では、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、エピトープを９－ｍｅｒフレームまたは１０－ｍｅｒフレームに分解し、それぞれの９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒをＭＨＣ結合アグレトープ及びＴＣＲ結合エピトープに分類する。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープ（ＴＣＲ結合残基、ＴＣＲ接触エピトープ、ＴＣＲ接触残基、またはＴＣＲ接触部と呼ばれることもある）が、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープ（ＭＨＣ接触部、ＭＨＣ接触残基、ＭＨＣ結合残基、またはＭＨＣ結合面と呼ばれることもある）は、１、４、６、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、９、及び１０位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある一方で、１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。次に、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、消化管マイクロバイオーム（例えば、ヒト消化管マイクロバイオーム）を構成する細菌性生物及びウイルス性生物に由来するタンパク質配列、ゲノム（例えば、ヒトゲノム）に由来する自家タンパク質、ならびに、ウイルス性病原体及び細菌性病原体（例えば、ヒトウイルス性病原体及びヒト細菌性病原体）を含む、予めツールに読み込んだ多くの大規模な配列データベースにわたり、潜在的に交差反応性のＴＣＲ接触エピトープを検索する。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、異なる長さのペプチドがＭＨＣと相互作用するが、ペプチドがより長かったとしても、任意のペプチド内のほとんどのＴ細胞エピトープが最低９または１０アミノ酸にマッピング可能であることから、９－ｍｅｒ及び／または１０－ｍｅｒの検索に焦点をあてる。更なる態様では、特定された共通のネオエピトープは、ネオエピトープの出力ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）スコアが２以上（更なる態様では、３以上）である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測される。
ある態様では、方法は、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。上記のとおり、ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、活性化後に、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。
共通の新生物ワクチンのための共通のネオエピトープを特定するための方法の態様では、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することを含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。上記のとおり、ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、活性化後に、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、交差反応性または自己反応性のＴ細胞応答は、非同義アミノ酸置換を含有し自家ｐＡＰＣによって提示されるネオエピトープペプチドを使用したＴ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ感作によって試験される。このｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコルは、Ｗｕｌｌｎｅｒ ｅｔ ａｌ．が確立した方法（Ｗｕｌｌｎｅｒ Ｄ，Ｚｈｏｕ Ｌ，Ｂｒａｍｈａｌｌ Ｅ，Ｋｕｃｋ Ａ，Ｇｏｌｅｔｚ ＴＪ，Ｓｗａｎｓｏｎ Ｓ，Ｃｈｉｒｍｕｌｅ Ｎ，Ｊａｗａ Ｖ．Ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＰＢＭＣ Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ Ａｓｓａｙ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０ Ｏｃｔ；１３７（１）：５－１４（その全体は参照により組み込まれる））に従っていてもよい。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ感作後にネオエピトープペプチドへと伸びるＴ細胞は、対応する天然または野生型（非変異）のペプチドエピトープに対する反応性について試験される。天然のペプチド配列に対する反応性は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２を含むがこれらに限定されないサイトカイン産生、及び／または、ＣＤ１０７ａ及びグランザイムＢを含むがこれらに限定されないＴ細胞エフェクター機能のマーカーを測定することによって確認される。
〇上記特定された共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドの設計
ある態様では、方法は、本明細書で開示する少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、少なくとも１種の設計ペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を使用して、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を製造してもよい。上記ペプチドまたはポリペプチドの態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、単離、合成、または組換えであってもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミノ基でキャップ付加されていてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）形態または塩形態のいずれかであってもよく、修飾、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などを含まないまたは含むのいずれかであってもよい。
ある態様では、方法は、本明細書で開示する少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む。ある態様では、少なくとも１種の設計ペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を使用して、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を製造してもよい。上記ペプチドまたはポリペプチドの態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、単離、合成、または組換えであってもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミノ基でキャップ付加されていてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）形態または塩形態のいずれかであってもよく、修飾、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などを含まないまたは含むのいずれかであってもよい。
なおも更なる態様では、方法は、少なくとも１種の設計または提供ペプチドもしくはポリペプチドまたは提供した核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。ある態様では、方法は、対象のための、少なくとも１種の設計または提供ペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することを含み、上記共通のネオエピトープは、対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、及び／または、上記共通のネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）。ある態様では、ワクチンは、「既製の」予め供給された共通のネオエピトープ倉庫を使用して製造され得る。上記ペプチドまたはポリペプチドの態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、単離、合成、または組換えであってもよい。
・ステップ（ｂ）の対象特異的新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープの特定
上記の免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する態様では、ステップ（ｂ）で投与するための１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープは、ｉ）新生物を有すると診断された対象の新生物標本における新生物特異的変異を特定すること、ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））、及びｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは予測されているこのような特定されたネオエピトープを、個別化新生物ワクチンに使用する対象特異的ネオエピトープから排除すること、を含む方法を用いて特定される。個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
上記の免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する態様では、ステップ（ｂ）で投与するための１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープは、ｉ）新生物を有すると診断された対象の新生物標本における新生物特異的変異を特定すること、ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））、及びｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは予測されているこのような特定されたネオエピトープを、個別化新生物ワクチンに使用する対象特異的ネオエピトープから排除すること、を含む方法を用いて特定される。個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
上記の方法の態様では、ステップ（ｂ）で投与するための１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープは、ｉ）特定された新生物を有すると診断された対象の新生物標本に由来する特定された新生物特異的変異を評価して、個別化新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））、及びｉｉ）ステップ（ｉ）の上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）このような特定されたネオエピトープを、個別化新生物ワクチンに使用する対象特異的ネオエピトープから排除すること、を含む方法を用いて特定される。個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｉｉ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
〇対象特異的新生物特異的変異の特定
ある態様では、新生物特異的変異（例えば、がん特異的変異）を特定するためのステップは、新生物標本（例えば、患者の新生物標本）のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。ある態様では、新生物標本は、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有しているまたは含有していることが予想される任意の試料、例えば、患者に由来する身体試料などに関する。ある態様では、身体試料は、任意の組織試料、例えば、血液、新生物試料（例えば、原発性腫瘍または腫瘍転移／循環腫瘍細胞）から得た組織試料、または、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有する任意のその他の試料などであってもよい。
ある態様では、新生物特異的変異（例えば、がん特異的変異）を特定するためのステップは、新生物標本（例えば、患者の新生物標本）のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。ある態様では、新生物標本は、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有しているまたは含有していることが予想される任意の試料、例えば、患者に由来する身体試料などに関する。ある態様では、身体試料は、任意の組織試料、例えば、血液、新生物試料（例えば、原発性腫瘍または腫瘍転移／循環腫瘍細胞）から得た組織試料、または、新生物細胞（例えば、腫瘍またはがん細胞）を含有する任意のその他の試料などであってもよい。
ある態様では、新生物特異的変異を特定するためのステップは、新生物標本から得た配列情報を、参照試料、例えば、正常な非新生物細胞（例えば、非がん性細胞）、例えば、体細胞または生殖細胞系の組織／細胞などの核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡなど）をシークエンシングすることにより得た配列情報などと比較することを含む。ある態様では、参照試料は新生物患者または異なる個体から得てもよい。ある態様では、参照試料は、任意の組織試料、例えば、非新生物組織に由来する血液または試料などであってもよい。ある態様では、正常なゲノム生殖細胞系ＤＮＡは、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から得てもよい。
ある態様では、新生物特異的変異は、患者の１種または複数種の新生物細胞（例えば、がんまたは腫瘍細胞）内に存在する全ての新生物特異的（例えば、がん特異的）変異を含んでいてもよく、または、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する新生物特異的変異のうちのごく一部のことを意味していてもよい。それゆえ、本発明は、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する全ての新生物特異的変異の特定を含んでいてもよく、患者の１種または複数種の新生物細胞内に存在する新生物特異的変異のうちのごく一部の特定を含んでいてもよい。ある態様では、本発明の個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法は、十分な数のネオエピトープが本明細書で開示する戦略、方法、及び組成物に含まれることを提供する、多くの新生物特異的変異の特定を提供する。
ある態様では、変異は、新生物患者（例えば、がん患者）の新生物標本（例えば、腫瘍標本）内の新生物特異的変異（例えば、体細胞変異）であり、それら共通の新生物特異的変異は、新生物標本のゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトームと非新生物標本のゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトームの間の配列差異を特定することによって特定され得る。ある態様では、体細胞変異を含む新生物特異的変異は、新生物標本のゲノム、好ましくは完全ゲノム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のゲノム、好ましくは完全ゲノムの新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。ある態様では、体細胞変異を含む新生物特異的変異は、新生物標本のエキソーム、好ましくは完全エキソーム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のエキソーム、好ましくは完全エキソームの新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。ある態様では、体細胞変異を含む新生物特異的変異は、新生物標本のトランスクリプトーム、好ましくは完全トランスクリプトーム中において特定される。それゆえ、本発明は、１種または複数種の新生物細胞のトランスクリプトーム、好ましくは完全トランスクリプトームの新生物特異的変異の全てまたは一部を特定することを含んでいてもよい。
ある態様では、ステップ（ｉ）において、新生物特異的変異を特定するために、本発明に従い、「従来の」シークエンシング法及び次世代シークエンシング（ＮＧＳ）技術を含むがこれらに限定されない、当該技術分野において周知の任意の好適なシークエンシング法を使用してもよい。「次世代シークエンシング」または「ＮＧＳ」とは、サンガー化学反応として知られている「従来の」シークエンシング法とは対照的に、完全ゲノムを小さな断片へと切断することによって核酸鋳型を全長ゲノムに沿ってランダムに同時並行的に読む全てのハイスループットシークエンシング技術のことを意味する。当該技術分野において周知のとおり、このようなＮＧＳ技術（超並列シークエンシング技術としても周知）は、完全ゲノム、エキソーム、トランスクリプトーム（ゲノムの全ての転写配列）、またはメチローム（ゲノムの全てのメチル化配列）の核酸配列情報を、ごく短期間、例えば、１～２週間以内、好ましくは１～７日間以内、または最も好ましくは２４時間未満以内に出力することができ、原則的に、単一細胞シークエンシング法を可能とする。市販または当該技術分野において周知の複数のＮＧＳプラットフォームを使用してもよい。このようなＮＧＳ技術／プラットフォームの非限定例としては、ライゲーションによるシークエンシング法、イオン半導体シークエンシング技術、パイロシークエンシング技術、１分子シークエンシング技術、１分子シークエンシングのためのナノ技術、及び１分子シークエンシングのための電子顕微鏡ベースの技術が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、ある態様では、新生物特異的変異を特定するために、当該技術分野において周知の「第３世代シークエンシング」法を使用してもよい。ある態様では、当該技術分野において周知の直接タンパク質シークエンシング技術を用いて、新生物特異的変異を特定してもよい。さらに、ある態様では、当該技術分野において周知のＭＨＣ多量体を使用することによって、新生物特異的変異を特定してもよい。
このように、個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異を特定するためのステップは、新生物を有すると診断された対象に由来する新生物標本及び非新生物標本の完全または部分的なゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトーム間の配列差異を特定することを含む。ある態様では、非新生物標本は、新生物を有すると診断された対象に由来する。更なる態様では、新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む。ある態様では、新生物特異的変異を特定するためのステップは、非新生物試料に存在しない変異をそれぞれが含む複数種の核酸配列を新生物から選択することを含む。ある態様では、新生物特異的変異を特定することは、新生物標本のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異は新生物特異的体細胞変異である。ある態様では、新生物特異的変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、挿入及び欠失（インフレーム変異とフレームシフト変異の両方を生成し得る）、ならびに、その他の大規模再構成、限定するわけではないが例えば、染色体の逆位、重複、挿入、欠失、または転座などである。ある態様では、ＳＮＶ、挿入、及び欠失を含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ、挿入及び欠失（非同義変異であり得る）、ならびにその他の大規模再構成を含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。ある態様では、ＳＮＶを含む新生物特異的変異は、非同義変異である。ある態様では、ＳＮＶ（非同義変異であり得る）、インデル、及びフレームシフトを含む新生物特異的変異は、新生物を有すると診断された対象の新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である。
〇対象特異的ネオエピトープの特定
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、どの新生物特異的変異がネオエピトープ、とりわけ、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測するための有効なアルゴリズム（例えば、限定するわけではないが、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）、ｎｅｔＭＨＣｐａｎ、ＮｅｔＭＨＣ、ｎｅｔＭＨＣｃｏｎｓ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＨＬＡ＿ＢＩＮＤ）を使用することを含む。例えば、有効なアルゴリズムを使用して、特定された新生物特異的変異及びその対応する関連天然抗原のバイオインフォマティクス解析を実施して、どの特定された新生物特異的変異が患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測してもよく、ある態様では、どの特定された新生物特異的変異が、関連天然抗原と比較してより効果的に、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測してもよい。それゆえ、ある態様では、特定された新生物を有すると診断された対象の新生物標本に由来する特定された新生物特異的変異を評価して、個別化新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））は、十分に有効なアルゴリズムの使用を含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、どの新生物特異的変異がネオエピトープ、とりわけ、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測するための有効なアルゴリズム（例えば、限定するわけではないが、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）、ｎｅｔＭＨＣｐａｎ、ＮｅｔＭＨＣ、ｎｅｔＭＨＣｃｏｎｓ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＨＬＡ＿ＢＩＮＤ）を使用することを含む。例えば、有効なアルゴリズムを使用して、特定された新生物特異的変異及びその対応する関連天然抗原のバイオインフォマティクス解析を実施して、どの特定された新生物特異的変異が患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測してもよく、ある態様では、どの特定された新生物特異的変異が、関連天然抗原と比較してより効果的に、患者のＭＨＣアロタイプに結合可能なネオエピトープを生じさせるかを予測してもよい。それゆえ、ある態様では、特定された新生物を有すると診断された対象の新生物標本に由来する特定された新生物特異的変異を評価して、個別化新生物ワクチンに使用する上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定すること（上記ネオエピトープは、対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている））は、十分に有効なアルゴリズムの使用を含む。
ある態様では、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するための上記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）アルゴリズムを使用することを含む。ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）は、推定上のＴ細胞エピトープの存在でタンパク質配列をスクリーニングするのに使用される、ＥｐｉＶａｘが開発した登録商標のあるコンピュータアルゴリズムである。このアルゴリズムは、ＭＨＣ分子に結合する９及び１０－ｍｅｒペプチドの予測用のマトリックスを使用する。それぞれのマトリックスは、ポケットプロファイル法（Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１７：５５５－５６１，１９９９）に類似しているが同一ではない方法によって説明されるアミノ酸結合親和性に関連する位置特異的係数に基づいている。入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、変異ペプチド及び非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－Ａアレル及びＨＬＡ－Ｂアレル）及びＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に対する予測された結合親和性でスコア付けする。ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）生スコアを、無作為に生成した大きなサンプルのペプチド（例えば、限定するわけではないが、無作為に生成した１０，０００のペプチド）のスコアに対して正規化する。得られた「Ｚ」スコアは正規分布しており、アレル全体にわたり直接比較することができる。得られた「Ｚ」スコアを記録する。ある態様では、理論上任意の試料の上位５％であるアレル特異的ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）Ｚスコアを有する任意の９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒペプチド（例えば、１．６４超のＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）Ｚスコアを有する）は、推定上のＴ細胞エピトープとみなされる。ある態様では、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）は、１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドをネオエピトープとして特定する。これまでの研究もまた、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）が公開されたＭＨＣリガンド及びＴ細胞エピトープを正確に予測することを示している。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定することは、以下のステップ、
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている）、
ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、
ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドをネオエピトープとして特定すること、
のうちの１つまたは複数を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定すること（上記変異ペプチドは上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている）、
ｂ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定すること（非変異ペプチドは、コードされた上記新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である）、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び、
ｅ）１）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または、２）変異ペプチドが、予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、非変異ペプチドが、予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、変異ペプチドをネオエピトープとして特定すること、
のうちの１つまたは複数を含む。更なる態様では、１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、新生物特異的変異を評価して、上記変異によってコードされている知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ試験を含む。より詳細には、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアを測定することは、１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定するため及び１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ ＭＨＣ結合アッセイ（当該技術分野において周知）を含んでいてもよい。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ解析に類似しているが、入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが８または９アミノ酸分末尾に重複している重複した９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイで、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－Ａアレル及びＨＬＡ－Ｂアレル）に対する結合親和性でスコア付けするが、このような結合アッセイは当該技術分野において周知である。ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイにおいてＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に結合するエピトープの試験の場合、入力配列は、それぞれのフレームがそれぞれ５または１０アミノ酸分末尾に重複している重複した１５－ｍｅｒまたは２０－ｍｅｒフレームに分解される。それゆえ、ある態様では、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドの入力配列は、それぞれのフレームが５または１０アミノ酸分末尾に重複している重複した１５－ｍｅｒまたは２０－ｍｅｒフレームに分解される。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイで、ステップ（ａ）の変異ペプチド及びステップ（ｂ）の非変異ペプチドから得られたフレームのそれぞれを、ＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するわけではないがＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に対する結合親和性でスコア付けするが、このような結合アッセイは当該技術分野において周知である。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した十分に大きなセットのペプチド（例えば、少なくとも１０，０００）の結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の変異ペプチドとステップ（ｂ）の非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めるためのステップ、生の結合スコア（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ法を用いて測定されたかまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ法を用いて測定されたかを問わない）は、正規またはＺ分布に沿うように調整される。生の結合スコアを、以下、
「正規化結合スコア」＝（「生の結合スコア」－μ）／σ
のとおり、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔの自然に認められるアミノ酸頻度に従い、大きな数（例えば、１０，０００）の無作為９－または１０－ｍｅｒアミノ酸配列のセットの平均（μ）結合スコア及び標準偏差（σ）に基づいて正規化する。
「正規化結合スコア」＝（「生の結合スコア」－μ）／σ
のとおり、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔの自然に認められるアミノ酸頻度に従い、大きな数（例えば、１０，０００）の無作為９－または１０－ｍｅｒアミノ酸配列のセットの平均（μ）結合スコア及び標準偏差（σ）に基づいて正規化する。
正規化結合スコアは、結合スコアまたは結合の可能性と呼ばれることもあるが、この正規分布の上位５％以内は、潜在的に免疫原性でありさらに検討する価値のある「ヒット」として定義される。これらのペプチドは、中程度から高い親和性でＭＨＣ分子に結合する有意な可能性を有し、その結果として、専業的な抗原提示細胞（ＡＰＣ）、例えば、樹状細胞またはマクロファージなどと非専業的なＡＰＣの両方の表面上（これらのペプチドはそこで、通過するＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によって応答及び潜在的に結合され得る）に提示される有意な可能性を有している。
ある態様では、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、変異ペプチド及び非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７、及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある残基の任意の組み合わせにあるアミノ酸残基を特定することを含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するため、とりわけ、新生物特異的変異を評価して、知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するための方法の態様では、特定されたネオエピトープは任意選択的に、ペプチド－ＭＨＣ結合、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化の実験的確認、及び／または、ＲＮＡレベルにおける遺伝子発現の確認によって、さらに確認されてもよい。このような実験的確認は、当該技術分野において周知のｉｎ ｖｉｔｒｏ技術及び／またはｉｎ ｖｉｖｏ技術を含んでいてもよい。
〇制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定及び排除
上記のとおり、本明細書で開示するデータは、腫瘍由来ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）を腫瘍へと動員し得るという可能性を示唆している。それゆえ、ワクチン製剤中に、制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／またはその他の有害なＴ細胞誘導性ネオエピトープ（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）が偶発的に含まれることにより、強力なＴ細胞介在性腫瘍制御が阻害される場合がある。ネオアンチゲン配列をスクリーニングして、潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／またはその他の有害なＴ細胞誘導性ネオエピトープを特定及び排除すること（例えば、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングツールを含む専用ツールを使用して）は、より高い品質の候補を含む新規のワクチンを設計するのに重要となり得る。
上記のとおり、本明細書で開示するデータは、腫瘍由来ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）を腫瘍へと動員し得るという可能性を示唆している。それゆえ、ワクチン製剤中に、制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／またはその他の有害なＴ細胞誘導性ネオエピトープ（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）が偶発的に含まれることにより、強力なＴ細胞介在性腫瘍制御が阻害される場合がある。ネオアンチゲン配列をスクリーニングして、潜在的な制御性Ｔ細胞誘導性ネオエピトープ及び／またはその他の有害なＴ細胞誘導性ネオエピトープを特定及び排除すること（例えば、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングツールを含む専用ツールを使用して）は、より高い品質の候補を含む新規のワクチンを設計するのに重要となり得る。
このように、個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合する（例えば、結合して活性化させる）ことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、上記変異によってコードされている上記特定されたネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認すること、を含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、上記変異によってコードされている上記特定されたネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープとして特定される。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある。ある態様では、上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７、及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあるアミノ酸残基を特定することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの上記変異ペプチド及び上記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認するためのステップは、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの１、３、４、５、６、７、８、及び９位にある残基の任意の組み合わせにあるアミノ酸残基を特定することを含む。
ある態様では、上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、コードされているＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ限定の特定されたネオエピトープ、及びその対応する非変異エピトープのうちのそれぞれの自己との類似性の程度を特性決定するために、ＭＨＣに結合する高い可能性を示すそれぞれの特定されたネオエピトープまたはエピトープ配列に対して相同性スクリーニングを実施することを含む。参照プロテオーム内の２つ以上（及び更なる態様では、３つ以上）の交差反応性マッチを有するＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのネオエピトープ及びＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩの対応する非変異エピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類され、寛容されるまたは制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するより高い可能性を示すものとみなされる。
ある態様では、相同性スクリーニングを使用して、参照プロテオーム内に一般的に存在するＴＣＲ接触残基の組み合わせを含有するエピトープを排除する。ある態様では、相同性スクリーニングは、任意のタンパク質配列内に含まれる全ての予測されたエピトープを解析して、それぞれの予測されたエピトープを、ＭＨＣ結合アグレトープとＴＣＲ結合エピトープの両方のその構成アミノ酸成分に分類することを含む。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープ（ＴＣＲ結合残基、ＴＣＲ接触エピトープ、ＴＣＲ接触残基、またはＴＣＲ接触部と呼ばれることもある）が、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープ（ＭＨＣ接触部、ＭＨＣ接触残基、ＭＨＣ結合残基、またはＭＨＣ結合面と呼ばれることもある）は、１、４、６、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、９、及び１０位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある一方で、１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。
次に、それぞれの配列を、タンパク質のデータベース（例えば、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース（Ｕｎｉｐｒｏｔプロテオーム番号ＵＰ０００００５６４０、Ｒｅｖｉｅｗｅｄ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔセット））に由来するヒトタンパク質のデータベース）に対してスクリーニングする。交差保存エピトープ、または、互換ＭＨＣ結合アグレトープ（すなわち、入力（変異）ペプチドとその参照非変異対応物の両方のアグレトープは、同一のＭＨＣアレルに結合することが予測される）を有する参照プロテオームに由来するペプチド、及び厳密に同一のＴＣＲ接触エピトープについては戻す。エピトープの相同性スコアは、参照プロテオーム内のマッチング交差保存ＭＨＣ結合ペプチドの数に対応している。言い換えると、エピトープｅの相同性スコアＨeは、以下、
Ｈe＝｜Ｘe｜、
（式中、
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
Ｈe＝｜Ｘe｜、
（式中、
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
ひいては、任意のペプチドまたはタンパク質の相同性スコアは、そのペプチドまたはタンパク質に含まれるそれぞれ個々のエピトープの平均相同性スコアに対応している。言い換えると、ペプチドｐの相同性スコアＨ＿ｐは、以下、
（式中、
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
ある態様では、次に、それぞれの変異配列に対して解析処理を実行して、
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
ことになるように、アミノ酸配列内の部分列が存在し得るかどうかを確認する。
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
ことになるように、アミノ酸配列内の部分列が存在し得るかどうかを確認する。
この解析処理には、制御性Ｔ細胞、その他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）、及び特定されたネオエピトープ配列に由来するその他の高度に交差保存されたエピトープに結合する推定上のエピトープを含有するアミノ酸部分列を排除する効果がある。得られた配列は、自己配列との低い程度の類似性を示すエピトープまたはネオエピトープのみを含有している。上記基準の部分列マッチングが存在し得ない場合、ネオエピトープ配列は、個別化新生物特異的ワクチンに使用する検討から棄却される。逆に、例えば、ＩＥＤＢデータベースから抽出した、免疫原性であることが知られている既知の感染症由来エピトープのセットに対して、または、その他の既知の免疫原性配列または一般的な病原体由来配列のセットに対して、同一の相同性解析を実施してもよい。この解析には、その他の既知または推定上のエフェクターＴ細胞エピトープとの高い程度の相同性を共有するネオエピトープ候補を特定する目的がある。このようなネオエピトープを含有するネオアンチゲンはワクチン製剤用に優先され得る。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む。ある態様では、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを使用して、特定されたネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、直鎖状ペプチドフラグメントではなくゲノム配列全体にわたる、推定上のＴ細胞エピトープ及びそのＴＣＲ接触残基を比較することによって、生の配列アライメントによっては捕捉されない抗原認識の特徴を考察する、相同性解析ツールである。ある態様では、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、エピトープを９－ｍｅｒフレームまたは１０－ｍｅｒフレームに分解し、それぞれの９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒをＭＨＣ結合アグレトープ及びＴＣＲ結合エピトープに分類する。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープ（ＴＣＲ結合残基、ＴＣＲ接触エピトープ、ＴＣＲ接触残基、またはＴＣＲ接触部と呼ばれることもある）が、特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープ（ＭＨＣ接触部、ＭＨＣ接触残基、ＭＨＣ結合残基、またはＭＨＣ結合面と呼ばれることもある）は、１、４、６、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、及び９位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある一方で、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、１、２、３、９、及び１０位にある（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせ（例えば、限定するわけではないが、３、５、７、及び８位、２、５、７、及び８位、２、３、５、及び７位など）にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にある一方で、９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。ある態様では、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＴＣＲ結合エピトープが、特定されたネオエピトープまたはエピトープの１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある一方で、１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープまたはエピトープのＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲ接触残基に対する相補的な表面である（両方共アミノ末端からカウントして）。次に、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、消化管マイクロバイオーム（例えば、ヒト消化管マイクロバイオーム）を構成する細菌性生物及びウイルス性生物に由来するタンパク質配列、ゲノム（例えば、ヒトゲノム）に由来する自家タンパク質、ならびに、ウイルス性病原体及び細菌性病原体（例えば、ヒトウイルス性病原体及びヒト細菌性病原体）を含む、予めツールに読み込んだ多くの大規模な配列データベースにわたり、潜在的に交差反応性のＴＣＲ接触エピトープを検索する。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、異なる長さのペプチドがＭＨＣと相互作用するが、ペプチドがより長かったとしても、任意のペプチド内のほとんどのＴ細胞エピトープが最低９または１０アミノ酸にマッピング可能であることから、９－ｍｅｒ及び／または１０－ｍｅｒの検索に焦点をあてる。更なる態様では、特定されたネオエピトープは、ネオエピトープの出力ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）スコアが２以上（更なる態様では、３以上）である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測される。
ある態様では、方法は、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。上記のとおり、ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、活性化後に、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、上記変異によってコードされている特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを特定するためのステップは、特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することを含む。ある態様では、ネオエピトープは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される。上記のとおり、ある態様では、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＬ－１０及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、グランザイムＢ及びパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、及び活性化後のＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されないある特定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする。ある態様では、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、活性化されると、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、及び／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ある態様では、ＣＤ８+Ｔｒｅｇはまた、活性化後に、グランザイムＢ及び／またはパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化後の発現を特徴とする、標的細胞の直接殺傷による免疫抑制効果を発揮し得る。ある態様では、交差反応性または自己反応性のＴ細胞応答は、非同義アミノ酸置換を含有し自家ｐＡＰＣによって提示されるネオエピトープペプチドを使用したＴ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ感作によって試験され得る。このｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコルは、Ｗｕｌｌｎｅｒ ｅｔ ａｌ．が確立した方法（Ｗｕｌｌｎｅｒ Ｄ，Ｚｈｏｕ Ｌ，Ｂｒａｍｈａｌｌ Ｅ，Ｋｕｃｋ Ａ，Ｇｏｌｅｔｚ ＴＪ，Ｓｗａｎｓｏｎ Ｓ，Ｃｈｉｒｍｕｌｅ Ｎ，Ｊａｗａ Ｖ．Ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＰＢＭＣ Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ Ａｓｓａｙ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０ Ｏｃｔ；１３７（１）：５－１４（その全体は参照により組み込まれる））に従っていてもよい。次に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ感作後にネオエピトープペプチドへと伸びるＴ細胞は、対応する天然または野生型（非変異）のペプチドエピトープに対する反応性について試験される。天然のペプチド配列に対する反応性は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２を含むがこれらに限定されないサイトカイン産生、及び／または、ＣＤ１０７ａ及びグランザイムＢを含むがこれらに限定されないＴ細胞エフェクター機能のマーカーを測定することによって確認される。
〇上記特定された新生物特異的変異によってコードされている対象特異的ネオエピトープを含むポリペプチドのランク付け
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを、個別化新生物ワクチンなどの免疫原性組成物におけるその有用性でランク付けすること、をさらに含む。それゆえ、ある態様では、上記特定された新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む特定された対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、個別化新生物ワクチンなどの免疫原性組成物におけるエピトープとしてのその有用性でランク付けされる。ある態様では、方法は、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドが解析されて、提供される対応するワクチンにおけるその有用性で選択される、手作業またはコンピュータベースの解析プロセスを含む。ある態様では、上記解析プロセスはコンピュータアルゴリズムベースのプロセスである。好ましくは、上記解析プロセスは、対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを、免疫原性となるその能力の確認（例えば、予測）に応じて特定及び／またはランク付けすること、を含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを、個別化新生物ワクチンなどの免疫原性組成物におけるその有用性でランク付けすること、をさらに含む。それゆえ、ある態様では、上記特定された新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む特定された対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、個別化新生物ワクチンなどの免疫原性組成物におけるエピトープとしてのその有用性でランク付けされる。ある態様では、方法は、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドが解析されて、提供される対応するワクチンにおけるその有用性で選択される、手作業またはコンピュータベースの解析プロセスを含む。ある態様では、上記解析プロセスはコンピュータアルゴリズムベースのプロセスである。好ましくは、上記解析プロセスは、対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを、免疫原性となるその能力の確認（例えば、予測）に応じて特定及び／またはランク付けすること、を含む。
ある態様では、上記特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを、個別化新生物ワクチンなどの免疫原性組成物におけるエピトープとしてのその有用性でランク付けすることは、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドに関連する１つまたは複数の特徴を確認すること（例えば、予測すること）を含み、特徴は、免疫原性関連特性、シークエンシング関連特性、及び／または生理化学関連特性を含む。
ある態様では、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドの確認された免疫原性関連特性は、ＭＨＣクラスＩネオエピトープのカウント、ＭＨＣクラスＩネオエピトープのパーセンタイルランク、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩ限定制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）誘導可能性、ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのカウント、ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのパーセンタイルランク、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩＩ限定制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）誘導可能性、及び／または、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＭＨＣクラスＩネオエピトープとＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの両方を含有しているかどうか、のうちの１つまたは複数を含んでいてもよい。
ある態様では、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドの確認されたシークエンシング関連特性は、必要とされる場合、関連転写物の発現レベル、腫瘍ＤＮＡにおける変異のカバレッジ、すなわち、変異のゲノム位置にオーバーラップしている固有シークエンシングリードの数、腫瘍ＤＮＡにおける変異のバリアントアレル割合（ＶＡＦ）、すなわち、シークエンシングリードにわたり認められた変異の０～１の相対頻度、及び／または、その他のシークエンシングメタデータ、のうちの１つまたは複数を含んでいてもよい。
ある態様では、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドの確認された生理化学関連特性は、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）の正味電荷、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つの荷電残基を含有しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）内におけるシステイン（Ｃ）のカウント、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのシステイン（Ｃ）を含有し負に荷電しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がポリ－プロリンモチーフ（「ＰＰ」）を含有しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのメチオニン（Ｍ）を含有しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＮ末端グルタミン（Ｑ）を含有しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が最後の位置または最後から２番目の位置にグリシン（Ｇ）及び／またはプロリン（Ｐ）を含有しているかどうか、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が「ＤＧ」、「ＤＳ」、「ＤＡ」、または「ＤＮ」モチーフを含有しているかどうか、及び／または、最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のハイドロパシー指数、のうちの１つまたは複数を含んでいてもよい。
ある態様では、方法は、確認された特徴に基づいて、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドのそれぞれをランク付けすることをさらに含む。ある態様では、上位５～３０（その中の全ての値及び範囲を含む）にランク付けされた、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、個別化新生物ワクチン中に含まれる。ある態様では、特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、実施例１で開示するランク付けスキームに従い、スコア付け及びランク付けされる。
〇上記特定された新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む対象特異的ペプチドの設計
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。
個別化新生物ワクチンのための対象特異的ネオエピトープを特定するための方法の態様では、方法は、ｉｖ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、上記ペプチドまたはポリペプチドは、上記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ものと特定されていない場合、上記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む。ある態様では、方法は、ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または上記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供することをさらに含む。なおも更なる態様では、方法は、ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供することをさらに含む。
本明細書で使用する場合、「治療すること」という用語は、予防的治療及び治療的治療を含むがこれらに限定されない、新生物（例えば、がんまたは固形腫瘍、例えば、膀胱癌など）の任意の治療に関する。「治療すること」は、新生物の改善をもたらす任意の効果、例えば、予防すること、減少させること、低下させること、調節すること、または排除することを含む。例えば、がん状態を「治療すること」またはがん状態の「治療」は、がんを阻害すること、すなわち、がんまたはその臨床症候の進行を抑えること、または、がんを軽減すること、すなわち、がんまたはその臨床症候の一時的または永続的な後退をもたらすこと、を含む。「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的治療」などとは、疾患または症状を有していないがそれらのリスクがあるまたはそれらを発症しやすい対象において、疾患または症状を発症する確率を低下させることを意味する。
「対象」としては、哺乳動物、例えば、ヒト、伴侶動物（例えば、イヌ、ネコ、トリなど）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ、ニワトリなど）、及び実験動物（例えば、ラット、マウス、モルモット、トリなど）が挙げられる。本明細書で開示する方法のある特定の態様では、有効量を投与される対象は哺乳動物、より詳細には、ヒトである。
新生物（例えば、がんまたは固形腫瘍、例えば、膀胱癌など）の治療と関連させて本明細書で定義する「有効量」とは、新生物（例えば、がん細胞または腫瘍）の増殖を低下させる、抑制する、阻害する、または別様に抑止する量のことである。「有効量」は、新生物及びその重症度、ならびに治療する哺乳動物の年齢、体重などによって様々である。対象に投与する本発明の組成物の量ならびにタイミング及び投与スケジュールは、疾患のタイプ及び重症度、ならびに個体の特徴、例えば、総合的な健康状態、年齢、性別、体重、及び薬物に対する耐性などによって決まる。新生物疾患の程度、重症度、及びタイプによっても決まる。当業者は、これら及びその他の因子に応じて、適切な用量及び用量スケジュールを決定することができる。
免疫応答を誘導するための方法または新生物（例えば、膀胱癌）を治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する一部の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチド、または医薬組成物は、対象の身体の特定の１つの罹患領域または複数の罹患領域へと局所的に送達してもよい。一部の実施形態では、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は全身的に投与してもよい。例えば、がんを治療するための方法を必要とする対象においてそれを実施する一部の実施形態では、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は経口投与される。本明細書で開示する方法によれば、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は、固体または液体として経口投与してもよい。その他の実施形態では、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は静脈内投与される。本明細書で開示する方法によれば、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は、液剤、懸濁剤、またはエマルション剤として静脈内投与してもよい。代替的に、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物はまた、リポソーム懸濁剤として、吸入、静脈内、または筋肉内で投与してもよい。
本発明の組成物はまた、１種または複数種の別の治療用化合物と組み合わせて投与してもよい。それゆえ、一部の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチド、または医薬組成物は、１種または複数種の別の治療用化合物と共に投与される。本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドを用いた治療を１種または複数種の別の治療用化合物と組み合わせることによって、がんの治療の治療効果が実現可能となるということが理解されよう。「別の治療用化合物」という用語は他の抗がん剤または治療薬を含む。このような組み合わせの選択は、疾患のタイプ、対象の年齢及び総合的な健康状態、疾患進行のアグレッシブさ、ならびに、組み合わせを含む薬剤に耐える対象の能力を含むがこれらに限定されない様々な因子によって決まる。例えば、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物は、腫瘍サイズを縮小させるのに有効なその他の薬剤及び治療レジメン（例えば、放射線療法、外科手術、化学療法、ホルモン治療、及び／または遺伝子療法）と組み合わせてもよい。さらに、一部の実施形態では、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物を、疾患の副作用、または、例えば、対象に鎮痛をもたらす別の治療薬のうちの１種の副作用を治療する１種または複数種の薬剤と組み合わせることが望ましい場合がある。
それゆえ、「別の治療用化合物」という用語としては、様々な抗がん剤または抗がん治療薬、例えば、抗新生物薬または化学療法剤としても知られている化合物などが挙げられる。これらの薬剤を、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチド、または医薬組成物と組み合わせて使用してもよい。このような化合物としては、アルキル化剤、ＤＮＡインターカレーター、タンパク質合成阻害剤、ＤＮＡ合成またはＲＮＡ合成の阻害剤、ＤＮＡ塩基アナログ、トポイソメラーゼ阻害剤、抗血管新生薬、及びテロメラーゼ阻害剤またはテロメアＤＮＡ結合化合物が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、好適なアルキル化剤としては、アルキルスルホネート、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなど、アジリジン、例えば、ベンゾジゼパ、カルボコン、メツレデパ、及びウレデパなど、エチレンイミン及びメチルメラミン、例えば、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロールメラミンなど、ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、及びウラシルマスタードなど、ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチンなど、が挙げられる。
化学療法用タンパク質合成阻害剤もまた、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドと組み合わせてもよい。このような阻害剤としては、アブリン、アウリントリカルボン酸、クロラムフェニコール、コリシンＥ３、シクロヘキシミド、ジフテリア毒素、エデインＡ、エメチン、エリスロマイシン、エチオニン、フッ化物、５－フルオロトリプトファン、フシジン酸、グアニリルメチレンジホスホネート及びグアニリルイミドジホスフェート、カナマイシン、カスガマイシン、キロマイシン、ならびにＯ－メチルスレオニンが挙げられる。
加えて、タンパク質合成阻害剤もまた、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドと組み合わせてもよい。このような阻害剤としては、モデシン、ネオマイシン、ノルバリン、パクタマイシン、パロモマイシン、ピューロマイシン、リシン、志賀毒素、ショウドマイシン、スパルソマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、テトラサイクリン、チオストレプトン、及びトリメトプリムが挙げられる。さらに、ＤＮＡ合成の阻害剤は、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドと組み合わせてもよい。このような阻害剤としては、アルキル化剤、例えば、硫酸ジメチル、マイトマイシンＣ、ナイトロジェンマスタード及びサルファマスタードなど、挿入剤、例えば、アクリジン染料、アクチノマイシン、アドリアマイシン、アントラセン、ベンゾピレン、臭化エチジウム、プロピジウムジヨージドインターツウィニング（ｐｒｏｐｉｄｉｕｍ ｄｉｉｏｄｉｄｅ－ｉｎｔｅｒｔｗｉｎｉｎｇ）など、ならびに、ジスタマイシン及びネトロプシンなどの薬剤が挙げられる。トポイソメラーゼ阻害剤、例えば、クーママイシン、ナリジクス酸、ノボビオシン、及びオキソリン酸など、細胞分裂の阻害剤（コルセミド、コルヒチン、ビンブラスチン、及びビンクリスチンを含む）、ならびにＲＮＡ合成阻害剤（アクチノマイシンＤ、α－アマニチン、及びその他の真菌アマトキシン、コルジセピン（３′－デオキシアデノシン）、ジクロロリボフラノシルベンゾイミダゾール、リファンピシン、ストレプトバリシン、及びストレプトリジギンを含む）はまた、好適ながん治療を提供するための１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む本明細書で開示するペプチドもしくはポリペプチドまたは医薬組成物と組み合わせてもよい。
それゆえ、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドと組み合わせて使用してもよい現行の化学療法剤としては、アドリマイシン、５－フルオロウラシル（５ＦＵ）、エトポシド、カンプトテシン、アクチノマイシン－Ｄ、マイトマイシン、シスプラチン、過酸化水素、カルボプラチン、プロカルバジン、メクロレタミン、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、ニトロソウレア、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリコマイシン、タモキシフェン、タキソール、トランスプラチン、ビンブラスチン、及びメトトレキサートなどが挙げられるがこれらに限定されない。
別の治療薬は、同一の経路または異なる経路を用いて投与してもよい。例えば、選択された組み合わせの第１の治療薬を静脈内注射で投与してもよく、その一方で、組み合わせのもう一方の治療薬を経口投与してもよい。代替的に、例えば、全ての治療薬を経口投与してもよく、または、全ての治療薬を静脈内注射で投与してもよい。治療薬を投与する順番は厳密には重要ではない。
・ステップ（ａ）の１種または複数種の特定された共通のネオエピトープまたはステップ（ｂ）の１種または複数種の対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド
ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含む）、及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、を含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドは、様々な長さであってもよい。例えば、１種または複数種の共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、本明細書に記載のとおりに設計してもよい。さらに、ある態様では、対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも１種の特定されたネオエピトープ（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープ、及び／または、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープ、及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）のアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである少なくとも１種の特定されたネオエピトープ、ならびに任意選択的に、少なくとも１種の特定されたネオエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸、を含む。ある態様では、本発明は、少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコアアミノ酸配列を有するペプチドまたはポリペプチド（任意選択的に、コアアミノ酸配列のＣ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有する）に関し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、本発明は、少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有するペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）（任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有する）に関し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、隣接アミノ酸を有するポリペプチドが、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列のように同一のＨＬＡ分子になおも結合可能である（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）場合、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、隣接アミノ酸を有する上記ポリペプチドは、同一のＨＬＡ分子になおも結合可能であり（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列と同一のＴＣＲ特異性を保持している。ある態様では、上記隣接アミノ酸配列は、天然タンパク質における少なくとも１種の特定されたネオエピトープにも隣接している隣接アミノ酸配列である。
ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含む）、及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド、を含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドは、様々な長さであってもよい。例えば、１種または複数種の共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、本明細書に記載のとおりに設計してもよい。さらに、ある態様では、対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも１種の特定されたネオエピトープ（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープ、及び／または、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒまたは１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープ、及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）のアミノ酸配列を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである少なくとも１種の特定されたネオエピトープ、ならびに任意選択的に、少なくとも１種の特定されたネオエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸、を含む。ある態様では、本発明は、少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコアアミノ酸配列を有するペプチドまたはポリペプチド（任意選択的に、コアアミノ酸配列のＣ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有する）に関し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、本発明は、少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有するペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）（任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有する）に関し、これらの隣接アミノ酸の総数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０、または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、隣接アミノ酸を有するポリペプチドが、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列のように同一のＨＬＡ分子になおも結合可能である（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）場合、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る（例えば、全ての隣接アミノ酸が一方の末端に付加され得る、またはアミノ酸が両方の末端に均等または任意のその他の比率で付加され得る）。ある態様では、隣接アミノ酸を有する上記ポリペプチドは、同一のＨＬＡ分子になおも結合可能であり（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持している）、上記隣接アミノ酸を有さない上記ポリペプチドコア配列と同一のＴＣＲ特異性を保持している。ある態様では、上記隣接アミノ酸配列は、天然タンパク質における少なくとも１種の特定されたネオエピトープにも隣接している隣接アミノ酸配列である。
ある態様では、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ及び／またはＣ末端方向に延びる追加の隣接アミノ酸を含んでいてもよい。ある態様では、このような追加の隣接配列は、３以上、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、及びさらに５０以上のアミノ酸（それらの間の任意の値または範囲を含む）を含んでいてもよく、Ｎ末端またはＣ末端においてペプチドまたはポリペプチド配列に隣接していてもよい。ある態様では、上記ペプチドまたはポリペプチドは、天然タンパク質においてその内部に含まれている共通のネオエピトープ（または、本明細書で開示する、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチド）または対象特異的ネオエピトープにも隣接しているアミノ酸配列に隣接していてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル及びＣ末端アミノ基でキャップ付加されていてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）形態または塩形態のいずれかであってもよく、修飾、例えば、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などを含まないまたは含むのいずれかであってもよい。
ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドを「単離」または「精製」してもよく、それは、組換え細胞及び非組換え細胞から単離した際に細胞性物質を実質的に含まない、または、化学合成した際に化学的前駆体またはその他の化学物質を含まないということを意味する。しかしながら、本発明のペプチドまたはポリペプチドは、細胞内において通常は結合していない別のポリペプチド（例えば、非相同ポリペプチド）に結合、連結していてもよく、または、その別のポリペプチドの内部に挿入されていてもよく、それでもなお、「単離」または「精製」された状態である。
ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドは、限定するわけではないが、約８～約１００（その中の任意の値または範囲を含む）のアミノ酸残基を含んでいてもよい。ある態様では、ペプチドまたはポリペプチドは、１００超のアミノ酸残基を含んでいてもよい。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むそれぞれのペプチドもしくはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）または１種または複数種の対象特異的ネオエピトープを含むそれぞれのペプチドもしくはポリペプチドは、８～４０アミノ酸、８～３０アミノ酸、８～２５アミノ酸、８～２３アミノ酸、８～２０アミノ酸、または８～１５アミノ酸の長さを有する。ある態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドは、ペプチドまたはポリペプチドを投与された患者のＭＨＣ分子に結合することが確認されている（例えば、予測されている）少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含んでいてもよく、それぞれの少なくとも１種のネオエピトープは、アミノ酸（例えば、１～１２アミノ酸長の）の伸長部を含み、その伸長部は、場合により、ペプチドまたはポリペプチドの生化学的特性（例えば、限定するわけではないが、溶解性または安定性）を向上させる、または、ペプチドの効率的なプロテアソームプロセシングの可能性を向上させる役割を果たす。
１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチド及びポリペプチドを含む）及び１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む、本発明のペプチドまたはポリペプチドの態様では、それぞれの１種または複数種の特定されたネオエピトープは、リンカー、とりわけ、中性リンカーによって隔てられていてもよい。「リンカー」という用語は、２つのペプチドドメイン、例えば、エピトープまたはワクチン配列などの間に付加され上記ペプチドドメインを連結するペプチドのことを意味する。ある態様では、リンカー配列は、それぞれの１種または複数種の特定されたネオエピトープ間の立体障害を低下させるために使用され、適切に翻訳され、それぞれの１種または複数種の特定されたネオエピトープのプロセシングを支援するまたは可能とする。ある態様では、リンカーは免疫原性配列エレメントをほとんど有していないはずまたは有していないはずである。例えば、ある態様では、本発明は、別のペプチドまたはポリペプチドに共に連結、融合、または結合した（例えば、インフレームで融合した、化学的に連結した、または別様に結合した）１種または複数種の本明細書で開示する共通のペプチドまたはポリペプチド及び／または対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含むコンカテマーポリペプチドまたはペプチドに関する。このような別のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の本明細書で開示する共通のペプチドまたはポリペプチド及び／または対象特異的ペプチドまたはポリペプチドであってもよく、または、目的の別のペプチドまたはポリペプチド、例えば、従来の腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）などであってもよい。ある態様では、コンカテマーペプチドは、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上の本明細書で開示する共通のペプチドまたはポリペプチド及び／または対象特異的ペプチドまたはポリペプチドで構成されている。その他の態様では、コンカテマーペプチドまたはポリペプチドは、１０００以上、１０００以下、９００以下、５００以下、１００以下、７５以下、５０以下、４０以下、３０以下、２０以下、または１００以下の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含む。さらにその他の実施形態では、コンカテマーペプチドは、共に連結、融合、または結合した３～１００、５～１００、１０～１００、１５～１００、２０～１００、２５～１００、３０～１００、３５～１００、４０～１００、４５～１００、５０～１００、５５～１００、６０～１００、６５～１００、７０～１００、７５～１００、８０～１００、９０～１００、５～５０、１０～５０、１５～５０、２０～５０、２５～５０、３０～５０、３５～５０、４０～５０、４５～５０、１００～１５０、１００～２００、１００～３００、１００～４００、１００～５００、５０～５００、５０～８００、５０～１，０００、または１００～１，０００の本明細書で開示する共通のペプチドまたはポリペプチド及び／または対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを有する。コンカテマーポリペプチドのそれぞれのペプチドまたはポリペプチドは、１つまたは複数のリンカーを任意選択的に有していてもよく、リンカーは任意選択的に、ペプチドまたはポリペプチドのＮ及び／またはＣ末端に隣接した開裂しやすい部位であってもよい。このようなコンカテマーペプチドでは、２種以上のペプチド（本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含む）は、それらのペプチドの間に開裂しやすい部位を有していてもよい。代替的に、２種以上のペプチド（本明細書で開示する対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを含む）は、互いに直接連結していてもよく、または、開裂しやすい部位ではないリンカーを介して連結していてもよい。
本明細書で使用する場合、２種のペプチドまたはポリペプチド（またはポリペプチドの領域）は、アミノ酸配列が、少なくとも約４５～５５％、一般的には少なくとも約７０～７５％、より一般的には少なくとも約８０～８５％、より一般的には約９０％超、及びより一般的には９５％超、またはそれ以上相同または同一である場合、実質的に相同または同一である。２種のアミノ酸配列または２種の核酸配列の相同性パーセントまたは同一性パーセントを求めるために、それらの配列を最適比較目的のためにアラインする（例えば、もう一方のポリペプチドまたは核酸分子との最適アライメントのために、一方のポリペプチドまたは核酸分子の配列内にギャップを導入してもよい）。次に、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置にあるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。一方の配列内のある位置に、もう一方の配列内の対応する位置にあるものと同一のアミノ酸残基またはヌクレオチドが存在する場合、それら分子はその位置において相同である。本明細書で使用する場合、アミノ酸または核酸「相同性」はアミノ酸または核酸「同一性」と同等である。２つの配列間の相同性パーセントは、配列により共有される同一位置の数の関数である（例えば、相同性パーセント＝同一位置の数／位置の総数×１００）。
ある態様では、本発明はまた、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（ステップ（ａ）における投与用）、及び少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（ステップ（ｂ）における投与用）を包含し、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープまたは対象特異的ネオエピトープは、より低い程度の同一性を有しているが、１種または複数種の同一機能を実施するのに十分な類似性を有している。例えば、本発明は、より低い程度の同一性を有しているが、１種または複数種の同一機能を実施するのに十分な類似性を有している、本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを包含する。類似性は保存されたアミノ酸置換によって決まる。このような置換は、ポリペプチド内の任意のアミノ酸を特徴が類似した別のアミノ酸で置換する置換である。保存的置換は表現型的にサイレントであると考えられる。一般的に保存的置換として認められるものは、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、及びＩｌｅの間の一方からもう一方への置換、ヒドロキシル残基Ｓｅｒ及びＴｈｒの交換、酸性残基Ａｓｐ及びＧｌｕの交換、アミド残基Ａｓｎ及びＧｌｎの間の置換、塩基性残基Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、及びＡｒｇの交換、及び、芳香族残基Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、及びＴｙｒの間の置換である。どのアミノ酸変化が表現型的にサイレントであると考えられるかに関するガイダンスが存在している（Ｂｏｗｉｅ ＪＵ ｅｔ ａｌ．，（１９９０），Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４７（４９４８）：１３０６１０（その全体は参照により本明細書に組み込まれる））。
ある態様では、ステップ（ａ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープのバリアント、または、ステップ（ｂ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープのバリアントは、１つまたは複数の置換、欠失、挿入、逆位、融合、及びトランケート、またはこれらのうちのいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列が異なっていてもよい。例えば、本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドは、１つまたは複数の置換、欠失、挿入、逆位、融合、及びトランケート、またはこれらのうちのいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列が異なっていてもよい。ある態様では、ステップ（ａ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープのバリアント、または、ステップ（ｂ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープのバリアントは、完全に機能的であってもよく（例えば、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性を保持している）、１つまたは複数の活性における機能を欠いていてもよい。完全に機能的なバリアントは一般的に、保存的変異、または重要ではない残基または重要ではない領域における変異のみを含有しており、この場合、一般的には、ＭＨＣ接触残基がもたらすＭＨＣ結合は保存されている。ある態様では、機能的バリアントはまた、機能における変化をもたらさないまたは機能における重要ではない変化をもたらす類似したアミノ酸の置換を含有していてもよい（例えば、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性を保持している）。代替的に、このような置換は、ある程度、良い方または悪い方に、機能に影響を及ぼし得る。非機能的バリアントは一般的に、１つまたは複数の非保存的アミノ酸置換、欠失、挿入、逆位、またはトランケート、または、重要な残基または重要な領域における置換、挿入、逆位、または欠失を含有しており、この場合、一般的には、ＴＣＲ接触残基である。
ある態様では、本発明はまた、本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドのフラグメントを含むステップ（ａ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの本明細書で開示する少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープのフラグメント、または、ステップ（ｂ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの本明細書で開示する少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープのフラグメント、を含む。ある態様では、本発明はまた、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドのバリアントのフラグメントを含む、本明細書に記載の特定されたネオエピトープのバリアントのフラグメントを包含する。ある態様では、本明細書で使用する場合、フラグメントは、少なくとも約９連続アミノ酸を含む。有用なフラグメント（及び本明細書に記載の特定された共通のネオエピトープまたは特定された対象特異的ネオエピトープのバリアントのフラグメント）としては、特定されたネオエピトープの生物学的活性、とりわけ、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性のうちの１つまたは複数を保持しているフラグメントが挙げられる。生物学的に活性なフラグメントは、例えば、約９、１２、１５、１６、２０、もしくは３０、またはそれ以上のアミノ酸長（それらの間の任意の値または範囲を含む）である。ある態様では、フラグメントは、不連続（その他のアミノ酸またはポリペプチドに融合していない）であってもよく、または、より大きなポリペプチドの内部にあってもよい。ある態様では、いくつかのフラグメントは、単一のより大きなポリペプチドの内部に含まれていてもよい。ある態様では、宿主内における発現用に設計されたフラグメントは、ポリペプチドフラグメントのアミノ末端に融合した非相同プレ及びプロポリペプチド領域、ならびにフラグメントのカルボキシル末端に融合した別の領域を有していてもよい。
ある態様では、ステップ（ａ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）の少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープ、及び、ステップ（ｂ）で投与するためのペプチドまたはポリペプチドの少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープは、アレルもしくは配列バリアント（「変異体」）またはそのアナログを含んでいてもよい。ある態様では、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープまたは対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、化学修飾（例えば、ペグ化、グリコシル化）を含んでいてもよい。ある態様では、変異体は、本発明の核酸分子によってコードされているポリペプチドが実施するのと同一の機能、とりわけ、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性を保持している。ある態様では、変異体は、ＭＨＣ分子への強化された結合性をもたらし得る。ある態様では、変異体は、ＴＣＲへの強化された結合性をもたらし得る。別の例では、変異体は、ＭＨＣ分子及び／またはＴＣＲへの結合性における低下をもたらし得る。ＴＣＲには結合するがＴＣＲを介したシグナル伝達については可能としない変異体もまた考えられる。
ある態様では、ステップ（ａ）で投与するための少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）、及び、ステップ（ｂ）で投与するための少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、その薬学的に許容される塩を含んでいてもよい。ペプチドまたはポリペプチドの「薬学的に許容される塩」とは、薬学的に許容され、親ペプチドまたはポリペプチドの所望の薬理活性を有している塩のことを意味する。本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される塩」とは、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドの誘導体のことを意味し、このような化合物は、その酸性塩または塩基性塩を生成することによって変性される。薬学的に許容される塩の例としては、アミンなどの塩基性残基の無機酸塩または有機酸塩、カルボン酸などの酸性残基のアルカリ塩または有機塩などが挙げられるがこれらに限定されない。薬学的に許容される塩としては、例えば、非毒性の無機酸または有機酸から形成された親化合物の従来の非毒性塩または四級アンモニウム塩が挙げられる。例えば、このような従来の非毒性塩としては、２－アセトキシ安息香酸、２－ヒドロキシエタンスルホン酸、酢酸、アスコルビン酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、重炭酸、炭酸、クエン酸、エデト酸、エタンジスルホン酸、１，２－エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、グリコリルアルサニル酸、ヘキシルレゾルシン酸、ヒドラバミン酸、臭化水素酸、塩酸、ヨウ化水素酸、ヒドロキシマレイン酸、ヒドロキシナフトエ酸、イセチオン酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリルスルホン酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、ナプシル酸、硝酸、シュウ酸、パモ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、リン酸、ポリガラクツロン酸、プロピオン酸、サリチル酸、ステアリン酸、サブ酢酸（ｓｕｂａｃｅｔｉｃ）、コハク酸、スルファミン酸、スルファニル酸、硫酸、タンニン酸、酒石酸、トルエンスルホン酸から選択される無機酸及び有機酸、ならびに一般的に生じているアミン酸、例えば、グリシン、アラニン、フェニルアラニン、アルギニンなどから誘導した非毒性塩が挙げられるがこれらに限定されない。
ステップ（ａ）で投与するための少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）、及び、ステップ（ｂ）で投与するための少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、周知のｉｎ ｖｉｔｒｏ法及びｉｎ ｖｉｖｏ法を含むペプチドまたはポリペプチドを製造するための任意の周知の方法を用いて製造してもよい。ｉｎ ｖｉｔｒｏ製造は当該技術分野において周知の様々な方法を用いて行ってもよいが、それらの方法としては、ペプチドまたはポリペプチドの化学合成技術、標準的な分子生物学的技術を用いたタンパク質、ポリペプチド、またはペプチドの発現、天然供給源からのタンパク質またはペプチドの単離、ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳、に続く、発現させたペプチド／ポリペプチドの任意の必要な精製が挙げられる。代替的に、少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、腫瘍特異的ネオアンチゲンをコードする分子（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルス発現系など）を対象に導入し、その結果、コードされた腫瘍特異的ネオアンチゲンを発現させることによって、ｉｎ ｖｉｖｏで製造してもよい。
ある態様では、本発明はまた、本発明の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（コンカテマーペプチドを含む）の全てまたは一部をコードする核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ベクター、ウイルス、またはハイブリッド）を提供する。明確にさせると、このような核酸は、ペプチドまたはポリペプチドの使用を取り替えるまたはそれと共に使用するのいずれかで、本明細書で開示する対象における新生物を治療するための方法または対象における免疫応答を誘導するための方法のステップ（ａ）及びステップ（ｂ）において投与してもよい。ある態様では、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）をコードする、または、少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏでネオエピトープを製造してもよい。ポリヌクレオチドは、例えば、一本鎖及び／または二本鎖のいずれかのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、または、当該技術分野において周知の天然または安定化形態のポリヌクレオチドであってもよい。ポリペプチドを発現させることができる発現ベクターもまた調製してもよい。異なる細胞型用の発現ベクターは当該技術分野において周知であり、過度な実験をすることなく選択することができる。一般的に、ＤＮＡは、発現用の適切な方向及び適切な読み枠で、プラスミドなどの発現ベクターへと挿入される。必要に応じ、ＤＮＡは、所望の宿主（例えば、細菌）が認識する適切な転写及び翻訳制御性対照ヌクレオチド配列へと連結させてもよいが、このような対照は一般的に、発現ベクター内において利用可能である。次に、標準的な技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．を参照のこと）を使用して、ベクターをクローニング用の宿主細菌へと導入する。
ある態様では、本発明は、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（コンカテマーペプチドを含む）（本明細書で開示する、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）または少なくとも１種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドを含む発現ベクター、ならびにその発現ベクターを含有する宿主細胞に関し、それらもまた検討される。ペプチドまたはポリペプチドは、所望のネオエピトープをコードするＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子の形態で提供してもよい。本発明の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、単一の発現ベクターによってコードされていてもよい。このような核酸分子は、例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡワクチンの形態で、ネオアンチゲン性ペプチド／ポリペプチドを必要とする対象へとそれらをｉｎ ｖｉｖｏで送達するための媒体として機能し得る。
ある態様では、本明細書で開示するペプチドまたはポリペプチドは、均一となるように精製してもよく、または部分的に精製してもよい。しかしながら、少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドが均一となるように精製されていない製剤が有用であるということを理解すべきである。重要な特性は、製剤が、かなりの量のその他の構成成分の存在下においてでも、少なくとも１種のネオエピトープの所望の機能を可能とするということである。それゆえ、本発明は様々な程度の純度を包含する。一実施形態では、「細胞性物質を実質的に含まない」という表現は、約３０％未満（乾燥重量）のその他のタンパク質（例えば、混入タンパク質）、約２０％未満のその他のタンパク質、約１０％未満のその他のタンパク質、約５％未満のその他のタンパク質、約４％未満のその他のタンパク質、約３％未満のその他のタンパク質、約２％未満のその他のタンパク質、約１％未満のその他のタンパク質、またはその中の任意の値または範囲を有する少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドの製剤を含む。
ある態様では、本発明のペプチドまたはポリペプチドを組換え的に製造する場合、上記ペプチドまたはポリペプチドはまた、培地を実質的に含んでいなくてもよく、例えば、培地は、ペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸製剤の容積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満に相当する。「化学的前駆体またはその他の化学物質を実質的に含まない」という表現は、ペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸の製剤がその合成に関する化学的前駆体またはその他の化学物質から分離されているということを含む。「化学的前駆体またはその他の化学物質を実質的に含まない」という表現は、例えば、約３０％未満（乾燥重量）の化学的前駆体またはその他の化学物質、約２０％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、約１０％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、約５％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、約４％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、約３％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、約２％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質、または約１％未満の化学的前駆体またはその他の化学物質を有するペプチドまたはポリペプチドの製剤を含んでいてもよい。
医薬組成物
ある態様では、本明細書に記載のステップ（ａ）で投与するための１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（コンカテマーペプチドを含む）またはステップ（ｂ）で投与するための１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、医薬組成物、例えば、ステップ（ａ）用の共通の新生物ワクチンまたはステップ（ｂ）用の個別化新生物ワクチンなどへと製剤化されてもよく、免疫応答を誘導するためまたは対象の新生物を治療するために、本明細書で開示するとおり、対象に投与されてもよい。
ある態様では、本明細書に記載のステップ（ａ）で投与するための１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド（コンカテマーペプチドを含む）またはステップ（ｂ）で投与するための１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチドは、医薬組成物、例えば、ステップ（ａ）用の共通の新生物ワクチンまたはステップ（ｂ）用の個別化新生物ワクチンなどへと製剤化されてもよく、免疫応答を誘導するためまたは対象の新生物を治療するために、本明細書で開示するとおり、対象に投与されてもよい。
それゆえ、更なる実施形態は、本明細書で開示する対象における新生物を治療するための方法または対象における免疫応答を誘導するための方法のステップ（ａ）に使用する医薬組成物に関し、組成物は、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチド、または、上記複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドをコードする１種または複数種の核酸を含み、１種または複数種の特定されたネオエピトープは、対象における新生物特異的エフェクターＴ細胞応答を誘導する。ある態様では、本発明は、ステップ（ａ）に使用する医薬組成物に関し、上記組成物は、本明細書で開示する表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含み、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメント及びバリアント）は、対象における膀胱癌特異的エフェクターＴ細胞応答を誘導する。ある態様では、ステップ（ａ）に使用する、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチド、または、上記複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドをコードする１種または複数種の核酸は、本明細書で開示する方法を用いて選択及び製造される。
同様に、更なる実施形態は、本明細書で開示する対象における新生物を治療するための方法または対象における免疫応答を誘導するための方法のステップ（ｂ）に使用する医薬組成物に関し、組成物は、１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチド、または、上記複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドをコードする１種または複数種の核酸を含み、１種または複数種の特定されたネオエピトープは、対象における新生物特異的エフェクターＴ細胞応答を誘導する。ある態様では、ステップ（ｂ）に使用する、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチド、または、上記複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドをコードする１種または複数種の核酸は、本明細書で開示する方法を用いて選択及び製造される。
ある態様では、本明細書に記載の医薬組成物は薬学的に許容される賦形剤をさらに含んでいてもよい。「薬学的に許容される賦形剤」とは、概ね安全、非毒性であり、生物学的にも他の点でも有害ではない医薬組成物の調製に有用な賦形剤のことを意味し、獣医学的な用途に加えヒトの医薬品用途に許容される賦形剤を含む。それゆえ、「医薬賦形剤」という用語は、本発明の化合物（複数可）以外の任意の成分を記載するために本明細書で使用される。医薬賦形剤の例としては、希釈剤、香味剤、可溶化剤、滑沢剤、懸濁化剤、結合剤、防腐剤、湿潤剤、錠剤崩壊剤、または封入材として機能し得る１種または複数種の物質が挙げられる。賦形剤の選択は、個々の投与方法、溶解性及び安定性に対する賦形剤の影響、及び剤形の性質などの因子にかなりの程度依存している。「医薬賦形剤」は、１種のこのような賦形剤と２種以上のこのような賦形剤の両方を含む。
ある態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、ヒトまたは動物への投与のための薬学的に許容される担体を含んでいてもよい。それゆえ、医薬組成物は、固体または液体として経口投与してもよく、または、液剤、懸濁剤、またはエマルション剤として筋肉内投与または静脈内投与してもよい。代替的に、医薬組成物は、リポソーム懸濁剤として、吸入、静脈内、または筋肉内で投与してもよい。一部の実施形態では、医薬組成物は経口投与用に製剤化される。その他の実施形態では、医薬組成物は静脈内投与用に製剤化される。
ある態様では、本明細書に記載の医薬組成物は薬学的に許容されるアジュバントを含んでいてもよい。このようなアジュバントとしては、ポリ－ＩＣＬＣ、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、アンプリヴァックス、ＡＳ １５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、オンタック、ＰＥＰＴＥＬ、ベクター系、ＰＬＧＡ微粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロゾーム及びその他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ならびにＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１ ｓｔｉｍｕｌｏｎを挙げることができるがこれらに限定されない。医薬組成物の態様では、アジュバントはポリ－ＩＣＬＣを含む。ＴＬＲ９アゴニストＣｐＧ及び合成二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）ＴＬＲ３リガンドポリ－ＩＣＬＣは、現在臨床開発中の最も有望な新生物ワクチンアジュバントのうちの２つである。前臨床試験において、ポリ－ＩＣＬＣは、ＬＰＳ及びＣｐＧと比較した場合に、最も強力なＴＬＲアジュバントであると考えられる。このことは、ポリ－ＩＣＬＣの、炎症性サイトカインの誘導、及びＩＬ－１０の刺激の欠如、ならびにＤＣにおける高レベルの共刺激分子の維持に起因しているものと考えられる。ポリ－ＩＣＬＣは、平均長約５０００ヌクレオチドのポリＩ鎖及びポリＣ鎖で構成される合成的に調製された二本鎖ＲＮＡであり、ポリリジン及びカルボキシメチルセルロースを加えることによって熱変性及び血清ヌクレアーゼによる加水分解に対して安定化されている。この化合物は、ＴＬＲ３、及びＭＤＡ５のＲＮＡヘリカーゼドメイン（その両方はＰＡＭＰファミリーのメンバーである）を活性化させ、ＤＣ及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の活性化、及び、Ｉ型インターフェロン、サイトカイン、及びケモカインの混合生成をもたらす。
本明細書に記載の医薬組成物（本明細書で開示する新生物を治療するための方法または免疫応答を誘導するための方法のステップ（ａ）またはステップ（ｂ）のいずれかに使用する）の態様では、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープ（ステップ（ａ）用）または対象特異的ネオエピトープ（ステップ（ｂ）用）を含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドはそれぞれ、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープまたは対象特異的ネオエピトープをそれぞれが含む、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０種のペプチドまたはポリペプチドを含む。例えば、ある態様では、ステップ（ａ）で投与するための医薬組成物は、本明細書に記載の表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアントを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０種のペプチドまたはポリペプチド（最大４０種のペプチドまたはポリペプチドを含む）（それらの間の任意の値または範囲を含む）（例えば、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるコア配列を有する１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドであり、任意選択的に、Ｃ末端及び／またはＮ末端上の１～１２のアミノ酸の伸長部を有し、隣接アミノ酸は、任意の比率でＣ末端及びＮ末端に分布し得る）を含んでいてもよい。ある態様では、このようなポリペプチドは、上記のとおり、リンカー、とりわけ、中性リンカーによって隔てられていてもよい。ある態様では、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含む複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープをそれぞれが含む本明細書で開示する３～２０種の選択されたペプチドまたはポリペプチドを含む。
医薬組成物の態様では、上記複数種の選択されたペプチドまたはポリペプチドをコードする１種または複数種の核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｍＲＮＡである。
医薬組成物の態様では、医薬組成物は抗免疫抑制剤をさらに含む。ある態様では、抗免疫抑制剤は、以下に記載するチェックポイント遮断阻害剤またはその他の別の治療用アジュバントを含む。
以下の実施例は本発明の特定の特徴及び態様の例示を目的としたものであり、その範囲を限定するものと解釈すべきではない。
実施例１
Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ枯渇個別化がんワクチンを用いたワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
臨床試験では、がん適応症全体にわたり患者の腫瘍を効果的に制御する精密がん免疫療法の潜在能に光をあてている。しかしながら、最近の研究では、強力なＣＤ８＋Ｔ細胞応答及びＣＤ４＋Ｔ細胞応答を確立させることの難しさが強調されている。本発明者らは、不十分ながんワクチン性能が、ネオアンチゲンワクチン中に、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）によって認識され得る抑制性Ｔ細胞ネオエピトープが偶発的に含まれることに部分的に起因する場合があるという仮説を立てた。
Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ枯渇個別化がんワクチンを用いたワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
臨床試験では、がん適応症全体にわたり患者の腫瘍を効果的に制御する精密がん免疫療法の潜在能に光をあてている。しかしながら、最近の研究では、強力なＣＤ８＋Ｔ細胞応答及びＣＤ４＋Ｔ細胞応答を確立させることの難しさが強調されている。本発明者らは、不十分ながんワクチン性能が、ネオアンチゲンワクチン中に、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）によって認識され得る抑制性Ｔ細胞ネオエピトープが偶発的に含まれることに部分的に起因する場合があるという仮説を立てた。
この仮説を検証するために、本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）システムを使用して、ＣＴ２６同系結腸癌マウスモデルに由来するネオエピトープを特定及び選択した。腫瘍特異的ネオエピトープを特定、特性決定、及び選別するための登録商標のあるプラットフォームであるＡＮＣＥＲ（商標）は、ＥＰＩＭＡＴＲＩＸ（登録商標）（個別化新生物ワクチンに使用する上記新生物特異的変異によってコードされている確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用）及びＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）（制御性Ｔ細胞に結合することが確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープの特定用、及び、制御性Ｔ細胞に結合することが予測されているこのように特定されたネオエピトープの、個別化新生物ワクチンに使用する対象特異的ネオエピトープからの排除用）を活用しており、これらは、感染症の前向きワクチン研究において広く有効となっている最先端の予測アルゴリズムである（Ｍｏｉｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２０１５；Ｗａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．２０１７）。その他のｉｎ ｓｉｌｉｃｏパイプラインと比較したＡＮＣＥＲ（商標）の固有の特性は、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを正確に予測して、寛容またはＴｒｅｇエピトープを特定するその能力である。
１．１ Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ枯渇ＣＴ２６ワクチンのバイオインフォマティクス設計
個人的な供給源及び公開供給源（Ｃａｓｔｌｅ ｅｔ ａｌ．ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２０１４）からＣＴ２６ミュータノーム及びトランスクリプトームを読み込んだ。それぞれ個人的なミュータノーム及び公開ミュータノームからの３，２６７及び３，０２３のバリアントをスクリーニングして、両方のデータセットに共通する１，７８７のＳＮＶを抽出した。これらのうちの１，００２の変異は、トランスクリプトームデータに基づく発現の証拠を示す遺伝子内に含まれていた。ある態様では、トランスクリプトームデータ中において検出されないバリアントを排除するこのステップは、この情報が利用できないケースなどのその他の解析においては省略され得る。潜在的な候補のリストをさらに絞るために、本発明者らの解析では、腫瘍ＤＮＡにおける少なくとも３０×のカバレッジを有する３７８のバリアントに焦点をあてた。
個人的な供給源及び公開供給源（Ｃａｓｔｌｅ ｅｔ ａｌ．ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２０１４）からＣＴ２６ミュータノーム及びトランスクリプトームを読み込んだ。それぞれ個人的なミュータノーム及び公開ミュータノームからの３，２６７及び３，０２３のバリアントをスクリーニングして、両方のデータセットに共通する１，７８７のＳＮＶを抽出した。これらのうちの１，００２の変異は、トランスクリプトームデータに基づく発現の証拠を示す遺伝子内に含まれていた。ある態様では、トランスクリプトームデータ中において検出されないバリアントを排除するこのステップは、この情報が利用できないケースなどのその他の解析においては省略され得る。潜在的な候補のリストをさらに絞るために、本発明者らの解析では、腫瘍ＤＮＡにおける少なくとも３０×のカバレッジを有する３７８のバリアントに焦点をあてた。
試験中の３７８のバリアントのそれぞれについて、変異及び野生型（すなわち正常）の２３－ｍｅｒアミノ酸配列のペアを抽出した。１１－ｍｅｒ隣接部に取り囲まれた中心部に変異を置くように変異配列を設計した。この長さにより、ペプチド設計用の隣接残基を付加しつつ、変異とオーバーラップしている全ての９－ｍｅｒフレーム及び１０－ｍｅｒフレームを特性決定することが可能となる。
変異ペプチド及び正常ペプチドのそれぞれのペアを、ネオエピトープの特定及び特性決定用のＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームにアップロードした。先ず、それぞれのペプチドをオーバーラップしている９－ｍｅｒフレーム及び１０－ｍｅｒフレームに分解した。本発明者らは次に、Ｂａｌｂ／ｃ ＭＨＣクラスＩ（Ｈ２－Ｄｄ及びＨ２－Ｋｄ）アレル及びＭＨＣクラスＩＩ（Ｉ－Ａｄ、Ｉ－Ｅｄ）アレルに結合する可能性について、それぞれのフレームを評価した。ヒト解析用に、患者のＭＨＣクラスＩ（ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ）アレル及びＭＨＣクラスＩＩ（ＨＬＡ－ＤＲＢ１）アレルに結合する可能性について、それぞれのフレームを評価してもよい。本発明者らのプロセスは、この日まで、１，２８４のＨＬＡ－Ａアレル、９３３のＨＬＡ－Ｂアレル、及び６１２のＨＬＡ－ＤＲＢ１アレルを裏付けている。予測が容易に入手可能ではないＭＨＣアレルを患者が発現している場合、患者アレルと本発明者らの参照アレルの間の相同性解析を実施してもよい。この解析用に、本発明者らは、患者アレルのＭＨＣ結合ポケットに由来するアミノ酸配列を抽出して、そのアミノ酸配列を、本発明者らの確実なモデルのアレルに由来する結合ポケットと比較する。ＭＨＣ結合ポケットが参照アレルのＭＨＣ結合ポケットと少なくとも９０％相同である任意の裏付けられていない患者アレルを本発明者らの解析に含ませてもよく、そこでは、相同参照アレル用のモデルを使用して、患者アレルに結合するフレームの可能性を評価する。これらの相同性解析を実施することにより、本発明者らが、本発明者らの裏付けを、追加の１，４１２のＨＬＡ－Ａアレル、１，８７２のＨＬＡ－Ｂアレル、及び９４９のＨＬＡ－ＤＲＢ１アレルへと拡張することが可能となる。
それぞれのフレームバイアレル「評価」は、予測されたＭＨＣ結合親和性に関する記載（すなわち、予測されたＭＨＣ結合親和性の測定）である。生の結合スコアは、正規またはＺ分布に沿うように調整される。生の結合スコアを、以下、
のとおり、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ（ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｄｏｃｓ／ｒｅｌｎｏｔｅｓ／ｒｅｌｓｔａｔ．ｈｔｍｌ）の自然に認められるアミノ酸頻度に従い、１０，０００の無作為９－または１０－ｍｅｒアミノ酸配列のセットの平均（μ）結合スコア及び標準偏差（σ）に基づいて正規化する。
正規化結合スコアは、本明細書において結合スコアまたは結合の可能性と呼ぶが、この正規分布の上位５％以内は、「ヒット」、すなわち、潜在的に免疫原性でありさらに検討する価値のあるものとして定義される。これらのペプチドは、中程度から高い親和性でＭＨＣ分子に結合する有意な可能性を有し、その結果として、専業的な抗原提示細胞（ＡＰＣ）、例えば、樹状細胞またはマクロファージなどと非専業的なＡＰＣの両方の表面上（これらのペプチドはそこで、通過するＴ細胞によって応答され得る）に提示される有意な可能性を有している。
ネオエピトープを特定するために、変異配列で予測されたＴ細胞エピトープを正常マッチ配列と比較する。以下の場合に、変異配列に由来するＴ細胞エピトープをネオエピトープと表示する。
－ＭＨＣに結合するＴ細胞エピトープの可能性が、本発明者らの予想分布の上位５パーセンタイル内に含まれ、かつ、正常マッチ配列のＭＨＣに結合するその可能性が、予想分布の上位１０パーセンタイル未満内に含まれる、または、
－ＭＨＣに結合するＴ細胞エピトープの可能性が、本発明者らの予想分布の上位５パーセンタイル内に含まれ、正常マッチ配列のＭＨＣに結合するその可能性が、予想分布の上位１０パーセンタイル内に含まれ、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している。
－ＭＨＣに結合するＴ細胞エピトープの可能性が、本発明者らの予想分布の上位５パーセンタイル内に含まれ、かつ、正常マッチ配列のＭＨＣに結合するその可能性が、予想分布の上位１０パーセンタイル未満内に含まれる、または、
－ＭＨＣに結合するＴ細胞エピトープの可能性が、本発明者らの予想分布の上位５パーセンタイル内に含まれ、正常マッチ配列のＭＨＣに結合するその可能性が、予想分布の上位１０パーセンタイル内に含まれ、かつ、変異ペプチドと非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している。
ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、変異ペプチド及び非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にある。
加えて、カスタマイズした相同性検索を使用して、ＭＨＣに結合する高い可能性を示す配列をスクリーニングし、参照プロテオーム内に一般的に存在するＴＣＲ接触残基の組み合わせを含有するエピトープを排除する。この相同性スクリーニングでは、先ず、任意のタンパク質配列内に含まれる全ての予測されたエピトープを考察して、それぞれの予測されたエピトープを、その構成アグレトープ及びエピトープに分類する。次に、それぞれの配列を、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース（Ｕｎｉｐｒｏｔプロテオーム番号ＵＰ００００００５８９、Ｒｅｖｉｅｗｅｄ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔセット）に由来するマウスタンパク質のデータベースに対してスクリーニングする。ヒト解析用に、次に、それぞれの配列を、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース（Ｕｎｉｐｒｏｔプロテオーム番号ＵＰ０００００５６４０、Ｒｅｖｉｅｗｅｄ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔセット）に由来するヒトタンパク質のデータベースに対してスクリーニングしてもよい。
交差保存エピトープ、または、互換ＭＨＣ結合アグレトープ（すなわち、入力（変異）ペプチドとその参照非変異対応物の両方のアグレトープは、同一のＭＨＣアレルに結合することが予測される）を有する参照プロテオームに由来するペプチド、及び厳密に同一のＴＣＲ接触エピトープが戻される。エピトープの相同性スコアは、参照プロテオーム内のマッチング交差保存ＭＨＣ結合ペプチドの数に対応している。言い換えると、エピトープｅの相同性スコアＨeは、以下、
（式中、
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
Ｘeは、エピトープｅと同一のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩに限定され、エピトープｅと同一のＴＣＲ接触エピトープを提示する、参照プロテオームに由来するＭＨＣ結合ペプチドのセットに相当する）
のとおりに計算される。
ひいては、任意のペプチドまたはタンパク質の相同性スコアは、そのペプチドまたはタンパク質に含まれるそれぞれ個々のエピトープの平均相同性スコアに対応している。言い換えると、ペプチドｐの相同性スコアＨpは、以下、
（式中、
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
－Ｅは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープのセットに相当し、
－Ｈeは、上で定義したとおり、エピトープｅの相同性スコアに相当する）
のとおりに計算される。
自己に由来するエピトープとＴＣＲ接触部を共有する抗原由来エピトープを認識するＴ細胞は、それらＴ細胞が末梢へと放出され得る前に、胸腺選択中に欠失またはアネルギー性になり得る。それゆえ、これらのＴ細胞を標的とするワクチン成分は無効となり得る。その一方で、交差反応性エピトープを標的とするワクチン誘導性免疫応答は、本発明者らの相同性検索によって特定された交差反応性エピトープのホモログを標的とする望ましくない自己免疫応答を誘導し得る。その結果として、ワクチンの安全性は低下し得る。ＩＥＤＢデータベース（ｉｅｄｂ．ｏｒｇ）中に含まれるＭＨＣクラスＩＩ限定Ｔ細胞エピトープのレビューは、高い相同性スコアと認められたＩＬ－１０の産生の間には統計的に有意な相関があり、高い相同性スコアと認められたＩＬ－４の産生の間には統計的に有意な逆相関があるということを示している（例えば、Ｍｏｉｓｅ ｅｔ ａｌ．ｉＶａｘ：Ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｔｏｏｌｋｉｔ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｅｐｉｔｏｐｅ－ｄｒｉｖｅｎ ｖａｃｃｉｎｅｓ．Ｈｕｍａｎ Ｖａｃｃｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２０１５；１１（９）：２３１２－２１（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。逆に、例えば、ＩＥＤＢデータベースから抽出した、免疫原性であることが知られている既知の感染症由来エピトープのセットに対して、または、その他の既知の免疫原性配列または一般的な病原体由来配列のセットに対して、同一の相同性解析を実施してもよい。この解析には、その他の既知または推定上のエフェクターＴ細胞エピトープとの高い程度の相同性を共有するネオエピトープ候補を特定する目的がある。このようなネオエピトープを含有するペプチドまたはポリペプチド（または、上記ペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸）はワクチン製剤用に優先され得る。
コードされているＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ限定のエピトープ及びネオエピトープのうちのそれぞれの自己との類似性の程度を特性決定するために、それぞれの変異配列に上記の相同性スクリーニングを実施する。参照プロテオーム内の２つ以上の交差反応性マッチを有するＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのエピトープ及びＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのネオエピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類され、寛容されるまたは制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するより高い可能性を示すものとみなされる。次に、それぞれの変異配列に対して最適化処理を実行して、以下となるように、アミノ酸配列内の部分列が存在し得るかどうかを確認する。
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している。
－少なくとも１種のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、部分列においてコードされている、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している、
－部分列においてコードされている全てのＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ限定エピトープが、参照プロテオーム内の２つ以下の交差反応性マッチを有している。
この処理には、推定上のＴｒｅｇｉｔｏｐｅ及び／またはその他の推定上の有害なＴ細胞エピトープ（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞に結合するエピトープを含む）、及び変異配列に由来するその他の高度に交差保存されたエピトープを含有するアミノ酸部分列を排除する効果がある。得られた最適化配列は、自己配列との低い程度の類似性を示すエピトープまたはネオエピトープのみを含有している。上記基準の部分列マッチングが存在し得ない場合、変異配列は検討から棄却される。
３７８の解析変異配列のうちの１３５を最適化して、低い程度の自己類似性を示すＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープを含有するアミノ酸配列を得ることができた。次に、これら１３５の配列（１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）を、以下の特性、
－免疫原性関連特性、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープのカウント、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能、
〇ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープ（ある態様では、そのうちの１種または複数種を含んでいてもよい）のカウント、
〇ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＭＨＣクラスＩネオエピトープとＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの両方を含有しているかどうか、
－シークエンシング関連特性（ある態様では、以下のうちの１種または複数種を含んでいてもよい）、
〇関連転写物の発現レベル、
〇腫瘍ＤＮＡにおける変異のカバレッジ、すなわち、変異のゲノム位置にオーバーラップしている固有シークエンシングリードの数、
〇腫瘍ＤＮＡにおける変異のバリアントアレル割合（ＶＡＦ）、すなわち、シークエンシングリードにわたり認められた変異の０～１の相対頻度、
〇必要に応じて、その他のシークエンシングメタデータ、
－生理化学関連特性（ある態様では、以下のうちの１種または複数種を含んでいてもよい）、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）の正味電荷、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つの荷電残基を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）内におけるシステイン（Ｃ）のカウント、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのシステイン（Ｃ）を含有し負に荷電しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がポリ－プロリンモチーフ（「ＰＰ」）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのメチオニン（Ｍ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＮ末端グルタミン（Ｑ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が最後の位置または最後から２番目の位置にグリシン（Ｇ）及び／またはプロリン（Ｐ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が「ＤＧ」、「ＤＳ」、「ＤＡ」、または「ＤＮ」モチーフを含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のハイドロパシー指数、
のうちの１つまたは複数に従ってランク付けした。
－免疫原性関連特性、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープのカウント、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能、
〇ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープ（ある態様では、そのうちの１種または複数種を含んでいてもよい）のカウント、
〇ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＭＨＣクラスＩＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＭＨＣクラスＩネオエピトープとＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの両方を含有しているかどうか、
－シークエンシング関連特性（ある態様では、以下のうちの１種または複数種を含んでいてもよい）、
〇関連転写物の発現レベル、
〇腫瘍ＤＮＡにおける変異のカバレッジ、すなわち、変異のゲノム位置にオーバーラップしている固有シークエンシングリードの数、
〇腫瘍ＤＮＡにおける変異のバリアントアレル割合（ＶＡＦ）、すなわち、シークエンシングリードにわたり認められた変異の０～１の相対頻度、
〇必要に応じて、その他のシークエンシングメタデータ、
－生理化学関連特性（ある態様では、以下のうちの１種または複数種を含んでいてもよい）、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）の正味電荷、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つの荷電残基を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）内におけるシステイン（Ｃ）のカウント、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのシステイン（Ｃ）を含有し負に荷電しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がポリ－プロリンモチーフ（「ＰＰ」）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのメチオニン（Ｍ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＮ末端グルタミン（Ｑ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が最後の位置または最後から２番目の位置にグリシン（Ｇ）及び／またはプロリン（Ｐ）を含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が「ＤＧ」、「ＤＳ」、「ＤＡ」、または「ＤＮ」モチーフを含有しているかどうか、
〇最適化ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のハイドロパシー指数、
のうちの１つまたは複数に従ってランク付けした。
以下のスコアリングスキーム（ある態様では、イタリック体かつ太字としたスコア｛本翻訳では［ ］内で示す｝（例えば、ポイント及び／またはパーセンテージ）は調整される場合があり、ある態様では、スコアリングスキームは、以下のスコアリングステップ／ペナルティ適用ステップのうちの１つまたは複数を含んでいてもよい）に従って、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）にスコアを割り当ててもよい。
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープのカウント（［最大２０ポイント］）、
〇１種以下のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇２種のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［８０％］のポイント（すなわち、１６ポイント）を割り当てる
〇３種以上のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる。
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープのカウント（［最大２０ポイント］）、
〇１種以下のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇２種のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［８０％］のポイント（すなわち、１６ポイント）を割り当てる
〇３種以上のＭＨＣクラスＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる。
図１は、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に、そのＭＨＣクラスＩネオエピトープ含有量に基づいて割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク（最大［２０ポイント］）、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは５％（それを含む）～２．５％（それを含まない）に収まる）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含まない）～２．５％（それを含む）に収まる）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含む）内に収まる）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク（最大［２０ポイント］）、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは５％（それを含む）～２．５％（それを含まない）に収まる）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含まない）～２．５％（それを含む）に収まる）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含む）内に収まる）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
図２は、ＭＨＣクラスＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクに基づいて、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのカウント（最大［１０ポイント］）、
〇１種以下のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇２種のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［８０％］のポイント（すなわち、８ポイント）を割り当てる
〇３種以上のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのカウント（最大［１０ポイント］）、
〇１種以下のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇２種のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［８０％］のポイント（すなわち、８ポイント）を割り当てる
〇３種以上のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
図３は、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に、そのＭＨＣクラスＩＩネオエピトープ含有量に基づいて割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク（最大［５ポイント］）、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは５％（それを含む）～２．５（それを含まない）に収まる）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含まない）～２．５％（それを含む）に収まる）に［５０％］のポイント（すなわち、２．５ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含む）内に収まる）に［１００％］のポイント（すなわち、５ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランク（最大［５ポイント］）、
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは５％（それを含む）～２．５（それを含まない）に収まる）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含まない）～２．５％（それを含む）に収まる）に［５０％］のポイント（すなわち、２．５ポイント）を割り当てる
〇ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）（ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクは１％（それを含む）内に収まる）に［１００％］のポイント（すなわち、５ポイント）を割り当てる
図４は、ＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの最小パーセンタイルランクに基づいて、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープとＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの両方の存在（最大［２０ポイント］）、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープのみまたはＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのみを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇少なくとも１種のＭＨＣクラスＩネオエピトープ及び少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能（最大［５ポイント］）、
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０］（それを含む）～［０．２５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコア（上で計算した）を有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０．２５］（それを含む）～［０．５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、２．５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０．５］（それを含む）～［１］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１０％］のポイント（すなわち、０．５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［１］（それを含む）超のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩネオエピトープとＭＨＣクラスＩＩネオエピトープの両方の存在（最大［２０ポイント］）、
〇ＭＨＣクラスＩネオエピトープのみまたはＭＨＣクラスＩＩネオエピトープのみを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇少なくとも１種のＭＨＣクラスＩネオエピトープ及び少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能（最大［５ポイント］）、
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０］（それを含む）～［０．２５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコア（上で計算した）を有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０．２５］（それを含む）～［０．５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、２．５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［０．５］（それを含む）～［１］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１０％］のポイント（すなわち、０．５ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩ限定平均カバレッジまたは［１］（それを含む）超のＭＨＣクラスＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
図５は、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に、そのＭＨＣクラスＩ相同性スコアに基づいて割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－ＭＨＣクラスＩＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能（最大［２０ポイント］）、
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０］（それを含む）～［０．２５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０．２５］（それを含む）～［０．５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０．５］（それを含む）～［１］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１０％］のポイント（すなわち、２ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［１］（それを含む）超のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
－ＭＨＣクラスＩＩ限定Ｔｒｅｇ誘導潜在能（最大［２０ポイント］）、
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０］（それを含む）～［０．２５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０．２５］（それを含む）～［０．５］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［０．５］（それを含む）～［１］（それを含まない）のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１０％］のポイント（すなわち、２ポイント）を割り当てる
〇参照プロテオーム内のＭＨＣクラスＩＩ限定平均カバレッジまたは［１］（それを含む）超のＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアを有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
図６は、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に、そのＭＨＣクラスＩＩ相同性スコアに基づいて割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－転写物発現（例えば、当該技術分野において周知のとおりに計算される百万あたりの転写物、ＴＰＭによる）（最大［３０ポイント］）、
〇発現がＴＰＭの上位［１０％］内にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、３０ポイント）を割り当てる
〇発現がＴＰＭの上位［２５％］未満にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇発現がＴＰＭの上位［２５％］～［１０％］にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に直線的に分布したパーセントのポイントを割り当てる
－転写物発現（例えば、当該技術分野において周知のとおりに計算される百万あたりの転写物、ＴＰＭによる）（最大［３０ポイント］）、
〇発現がＴＰＭの上位［１０％］内にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、３０ポイント）を割り当てる
〇発現がＴＰＭの上位［２５％］未満にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇発現がＴＰＭの上位［２５％］～［１０％］にある転写物に由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に直線的に分布したパーセントのポイントを割り当てる
図７は、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に、その起源転写物の発現パーセンタイルランクに基づいて割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－当該技術分野において周知のとおりに計算したカバレッジ（最大［１ポイント］）、
〇腫瘍ＤＮＡにおける［２０］未満のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇腫瘍ＤＮＡにおける［２０］～［５０］（厳密には、未満）のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、０．５ポイント）を割り当てる
〇腫瘍ＤＮＡにおける［５０］以上のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、１ポイント）を割り当てる
－当該技術分野において周知のとおりに計算したカバレッジ（最大［１ポイント］）、
〇腫瘍ＤＮＡにおける［２０］未満のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
〇腫瘍ＤＮＡにおける［２０］～［５０］（厳密には、未満）のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、０．５ポイント）を割り当てる
〇腫瘍ＤＮＡにおける［５０］以上のカバレッジを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、１ポイント）を割り当てる
図８は、腫瘍ＤＮＡにおけるその変異カバレッジに基づいて、ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
－当該技術分野において周知のとおりに計算したバリアントアレル割合（ＶＡＦ）（最大［２０ポイント］）、
〇同系モデルのミュータノームに由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）について、
■［０．５］未満のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
■［０．５］～［０．７５］（厳密には、未満）のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
■［０．７５］以上のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
〇患者のミュータノームに由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）について、
■［０．１］未満のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
■［０．１］～［０．２５］（厳密には、未満）のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
■［０．２５］以上のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
－当該技術分野において周知のとおりに計算したバリアントアレル割合（ＶＡＦ）（最大［２０ポイント］）、
〇同系モデルのミュータノームに由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）について、
■［０．５］未満のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
■［０．５］～［０．７５］（厳密には、未満）のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
■［０．７５］以上のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
〇患者のミュータノームに由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）について、
■［０．１］未満のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［０％］のポイント（すなわち、０ポイント）を割り当てる
■［０．１］～［０．２５］（厳密には、未満）のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［５０％］のポイント（すなわち、１０ポイント）を割り当てる
■［０．２５］以上のＶＡＦを有する変異を含有するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に［１００％］のポイント（すなわち、２０ポイント）を割り当てる
図９Ａ～図９Ｂは、腫瘍ＤＮＡにおける変異のバリアントアレル頻度（ＶＡＦ）に基づいて、同系モデル（図９Ａ）または患者（図９Ｂ）のミュータノームに由来するネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）候補に割り当てられたポイントを示す例示的なグラフである。
その後、ポイントを合計して１００ポイントスケールに正規化するが、そこで、完全なネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）、言い換えると、最大数のポイントを割り当てられたネオアンチゲンは、１００とスコア付けされることとなる。
以下の場合、重度のペナルティ（目下、１００ポイントの差引きに設定され、１００ポイント正規化の前後に割り当てられてもよい）は、候補ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に割り当てられてもよい。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が荷電残基を有していない、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が無正味電荷を有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも２つのシステインを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのシステインを含有し負に荷電している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＮ末端グルタミンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がポリ－プロリンモチーフを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が２以上のハイドロパシー指数を有している。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が荷電残基を有していない、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が無正味電荷を有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも２つのシステインを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのシステインを含有し負に荷電している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がＮ末端グルタミンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）がポリ－プロリンモチーフを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が２以上のハイドロパシー指数を有している。
以下の場合、中程度のペナルティ（目下、１０ポイントの差引きに設定されている）は、候補ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に割り当てられてもよい。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が１つのシステインを含有している。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が１つのシステインを含有している。
以下の場合、軽度のペナルティ（目下、１ポイントの差引きに設定されている）は、候補ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）に割り当てられてもよい。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が負に荷電している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのメチオニンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が最後の位置または最後から２番目の位置にグリシン及び／またはプロリンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が「ＤＧ」、「ＤＳ」、「ＤＡ」、または「ＤＮ」モチーフを含有している。
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が負に荷電している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が少なくとも１つのメチオニンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が最後の位置または最後から２番目の位置にグリシン及び／またはプロリンを含有している、または
－ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）が「ＤＧ」、「ＤＳ」、「ＤＡ」、または「ＤＮ」モチーフを含有している。
代替的に、以下のスコアリングスキームに従って、スコアを割り当ててもよい（明確にさせると、このプロセスはＣＴ２６ペプチドをランク付けするためには使用しなかった。
（式中、
－Ｓpはペプチドｐのスコアに相当し、
－Ｃ１pはペプチドｐのＭＨＣクラスＩ限定免疫原性潜在能に相当し、
－Ｃ２pはペプチドｐのＭＨＣクラスＩＩ限定免疫原性潜在能に相当し、
－Ｆpは、腫瘍生検におけるペプチドｐによってコードされている変異の観察頻度に相当し、
－Ｅpは、認められた発現分布のパーセンタイルランクとして表される、腫瘍生検におけるペプチドｐによってコードされている変異の発現（ある態様では、変異を含有する遺伝子の発現）に相当する）。
－Ｓpはペプチドｐのスコアに相当し、
－Ｃ１pはペプチドｐのＭＨＣクラスＩ限定免疫原性潜在能に相当し、
－Ｃ２pはペプチドｐのＭＨＣクラスＩＩ限定免疫原性潜在能に相当し、
－Ｆpは、腫瘍生検におけるペプチドｐによってコードされている変異の観察頻度に相当し、
－Ｅpは、認められた発現分布のパーセンタイルランクとして表される、腫瘍生検におけるペプチドｐによってコードされている変異の発現（ある態様では、変異を含有する遺伝子の発現）に相当する）。
ペプチドｐのＭＨＣクラスＩ限定免疫原性潜在能Ｃ１pは、以下のとおりに計算される。
（式中、
－α1（例えば、通常、１に設定される）及びβ1（例えば、通常、２に設定され、それは、「参照プロテオーム内の２つ以上の交差反応性マッチを有するエピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類される」という上で定義した方法の状況に相当する）は所定の定数であり、
－Ｅ１pは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープのセットに相当し、
－Ｚ１pは、標準的なＺスコアを使用して表される、ペプチドｐ内のそれぞれのＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープのパーセンタイルランクの合計に相当し、
－Ｚ１eは、標準的なＺスコアを使用して表される、ＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープｅのパーセンタイルランクに相当し、
－Ｈ１pは、上で定義したとおり、ペプチドｐのＭＨＣクラスＩ限定相同性スコアであり、
－Ｈ１eは、上で定義したとおり、ネオエピトープｅのＭＨＣクラスＩ限定相同性スコアである）。
－α1（例えば、通常、１に設定される）及びβ1（例えば、通常、２に設定され、それは、「参照プロテオーム内の２つ以上の交差反応性マッチを有するエピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類される」という上で定義した方法の状況に相当する）は所定の定数であり、
－Ｅ１pは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープのセットに相当し、
－Ｚ１pは、標準的なＺスコアを使用して表される、ペプチドｐ内のそれぞれのＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープのパーセンタイルランクの合計に相当し、
－Ｚ１eは、標準的なＺスコアを使用して表される、ＭＨＣクラスＩ限定ネオエピトープｅのパーセンタイルランクに相当し、
－Ｈ１pは、上で定義したとおり、ペプチドｐのＭＨＣクラスＩ限定相同性スコアであり、
－Ｈ１eは、上で定義したとおり、ネオエピトープｅのＭＨＣクラスＩ限定相同性スコアである）。
ペプチドｐのＭＨＣクラスＩＩ限定免疫原性潜在能Ｃ２pは、以下のとおりに計算される。
（式中、
－α2（例えば、通常、１に設定される）及びβ2（例えば、通常、２に設定され、それは、「参照プロテオーム内の２つ以上の交差反応性マッチを有するエピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類される」という上で定義した方法の状況に相当する）は所定の定数であり、
－Ｅ２pは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープのセットに相当し、
－Ｚ２pは、標準的なＺスコアを使用して表される、ペプチドｐ内のそれぞれのＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープのパーセンタイルランクの合計に相当し、
－Ｚ２eは、標準的なＺスコアを使用して表される、ＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープｅのパーセンタイルランクに相当し、
－Ｈ２pは、上で定義したとおり、ペプチドｐのＭＨＣクラスＩＩ限定相同性スコアであり、
－Ｈ２eは、上で定義したとおり、ネオエピトープｅのＭＨＣクラスＩＩ限定相同性スコアである）。
－α2（例えば、通常、１に設定される）及びβ2（例えば、通常、２に設定され、それは、「参照プロテオーム内の２つ以上の交差反応性マッチを有するエピトープは、自己との高い程度の類似性を示すものとして分類される」という上で定義した方法の状況に相当する）は所定の定数であり、
－Ｅ２pは、ペプチドｐ内のＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープのセットに相当し、
－Ｚ２pは、標準的なＺスコアを使用して表される、ペプチドｐ内のそれぞれのＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープのパーセンタイルランクの合計に相当し、
－Ｚ２eは、標準的なＺスコアを使用して表される、ＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープｅのパーセンタイルランクに相当し、
－Ｈ２pは、上で定義したとおり、ペプチドｐのＭＨＣクラスＩＩ限定相同性スコアであり、
－Ｈ２eは、上で定義したとおり、ネオエピトープｅのＭＨＣクラスＩＩ限定相同性スコアである）。
次に、候補ネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）をそのスコアに従って高から低へとランク付けする。２０の最も高くランク付けしたネオアンチゲン（例えば、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）を本発明者らのＣＴ２６ ＡＮＣＥＲ（商標）ワクチン用に選択したが、それらについては表１に示す。
１．２ ｉｎ ｖｉｖｏ試験デザイン
ＡＮＣＥＲ（商標）設計ＣＴ２６ワクチンの効果をＢａｌｂ／ｃマウスで試験した。マウスを３つの群、１）ＰＢＳ対照、２）ポリ－ＩＣＬＣ（溶媒）、３）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ポリ－ＩＣＬＣに分けた。
－群１：ＰＢＳ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
－群２：ポリ－ＩＣＬＣ、５０μｇ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
－群３：５μｇ／ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（合計１００μｇのＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド）＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
ＡＮＣＥＲ（商標）設計ＣＴ２６ワクチンの効果をＢａｌｂ／ｃマウスで試験した。マウスを３つの群、１）ＰＢＳ対照、２）ポリ－ＩＣＬＣ（溶媒）、３）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ポリ－ＩＣＬＣに分けた。
－群１：ＰＢＳ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
－群２：ポリ－ＩＣＬＣ、５０μｇ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
－群３：５μｇ／ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（合計１００μｇのＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド）＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ、５、８、１２、１５、１９、２２、及び２６日目の皮下注射。
０日目に、全てのマウス（Ｎ＝群あたり１０匹のマウス）に０％マトリゲル中の３＊１０5のＣＴ２６腫瘍細胞を注射した。腫瘍容積が２，０００ｍｍ3に到達するかまたは４５日目かのどちらか早い方でマウスを屠殺した。
１．３ ポリ－ＩＣＬＣはＣＴ２６モデルにおける全身腫瘍組織量を制御できない
図１０Ａ～図１０Ｂは、ＰＢＳ対照群（図１０Ａ）及びポリ－ＩＣＬＣ群（図１０Ｂ）におけるＣＴ２６腫瘍増殖を示している。個々のマウスはより淡い濃淡で示している。より濃い濃淡は平均腫瘍増殖±ＳＥＭを示している。マウスの半数がエンドポイントに到達するまで平均値をプロットする。群２（ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したマウス）は、群１（ＰＢＳで免疫化したマウス）と比較して全身腫瘍組織量の減少を示さなかった。これらの結果は、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒによってこれまでに報告されている実験と一致している。群１のマウスのうちの５０％未満は２８日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの７匹（７０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群１のマウスのいずれも、４５日間の実験を生存しなかった。同様に、群２のマウスのうちの５０％未満は２８日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの６匹（６０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群２のマウスのいずれも、４５日間の実験を生存しなかった。
図１０Ａ～図１０Ｂは、ＰＢＳ対照群（図１０Ａ）及びポリ－ＩＣＬＣ群（図１０Ｂ）におけるＣＴ２６腫瘍増殖を示している。個々のマウスはより淡い濃淡で示している。より濃い濃淡は平均腫瘍増殖±ＳＥＭを示している。マウスの半数がエンドポイントに到達するまで平均値をプロットする。群２（ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したマウス）は、群１（ＰＢＳで免疫化したマウス）と比較して全身腫瘍組織量の減少を示さなかった。これらの結果は、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒによってこれまでに報告されている実験と一致している。群１のマウスのうちの５０％未満は２８日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの７匹（７０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群１のマウスのいずれも、４５日間の実験を生存しなかった。同様に、群２のマウスのうちの５０％未満は２８日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの６匹（６０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群２のマウスのいずれも、４５日間の実験を生存しなかった。
１．４ ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドワクチンは全身腫瘍組織量を最大４５％減少させる
図１１Ａ～図１１Ｂは、ＰＢＳ対照群（図１１Ａ）及びＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド群（図１１Ｂ）におけるＣＴ２６腫瘍増殖を示している。個々のマウスはより淡い濃淡で示している。より濃い濃淡は平均腫瘍増殖±ＳＥＭを示している。マウスの半数がエンドポイントに到達するまで平均値をプロットする。群３（ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドワクチン＋ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したマウス）は、群１と比較して長期間にわたる生存を示した。マウスのうちの７０％が２８日目までにエンドポイントに到達した群１とは対照的に、群３のマウスのうちの５０％のみがその日までにエンドポイントに到達した。群３のマウスのうちの５０％未満は３２日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの８匹（８０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群３のマウスのうちの２匹（２０％）は４５日間の実験を生存した。
図１１Ａ～図１１Ｂは、ＰＢＳ対照群（図１１Ａ）及びＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド群（図１１Ｂ）におけるＣＴ２６腫瘍増殖を示している。個々のマウスはより淡い濃淡で示している。より濃い濃淡は平均腫瘍増殖±ＳＥＭを示している。マウスの半数がエンドポイントに到達するまで平均値をプロットする。群３（ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドワクチン＋ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したマウス）は、群１と比較して長期間にわたる生存を示した。マウスのうちの７０％が２８日目までにエンドポイントに到達した群１とは対照的に、群３のマウスのうちの５０％のみがその日までにエンドポイントに到達した。群３のマウスのうちの５０％未満は３２日目を越えて生存し、１０匹のマウスのうちの８匹（８０％）はその日までに少なくとも２，０００ｍｍ3の腫瘍容積に到達した。群３のマウスのうちの２匹（２０％）は４５日間の実験を生存した。
図１２は、ＰＢＳ対照群、ポリ－ＩＣＬＣ群、及びＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド群における平均（±ＳＥＭ）ＣＴ２６腫瘍増殖を示している。マウスの半数がエンドポイントに到達するまで平均値をプロットする。加えて、腫瘍増殖は、群１及び群２と比較して群３において減少した。最も高い腫瘍増殖阻害は２１日目及び２５日目に認められ、そこで、全身腫瘍組織量は、群２と比較して群３においてそれぞれ４５％及び３８％減少した。
実施例２
自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のＩＦＮ－γ応答の抑制
ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームを使用して、ＣＴ２６バリアントを潜在的なワクチン候補ペプチドとして特定及びランク付けした。このリストから、ＣＴ２６結腸直腸癌同系マウスモデル（上記を参照のこと）用に開発したペプチドベースワクチンの開発に利用する、２０種のネオアンチゲンを選択した。
自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のＩＦＮ－γ応答の抑制
ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームを使用して、ＣＴ２６バリアントを潜在的なワクチン候補ペプチドとして特定及びランク付けした。このリストから、ＣＴ２６結腸直腸癌同系マウスモデル（上記を参照のこと）用に開発したペプチドベースワクチンの開発に利用する、２０種のネオアンチゲンを選択した。
推定上の「自己類似」ネオエピトープを、ワクチン候補に対する免疫原性応答を抑制するその潜在能ゆえに、特定及び排除する重要性を実証するために、本発明者らは、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）に基づいて、高い程度の自己類似性を示すＣＴ２６ネオエピトープを特定し、それらＣＴ２６ネオエピトープがワクチン製剤中に含まれることがそれらワクチン製剤の免疫原性をどのように変化させるかを試験した。
２．１ ＣＴ２６自己類似配列の選択
個人的なＣＴ２６ミュータノーム及び公開ＣＴ２６ミュータノームから抽出した３７８のバリアントをＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムでスクリーニングして、マウス配列との高い程度の類似性を示すネオアンチゲン配列を特定した。推定上の「自己類似」制御性Ｔ細胞ネオエピトープを生成する、これら３７８のＳＮＶのうちの３５及び２４はそれぞれ、ＭＨＣクラスＩＩ及びＭＨＣクラスＩに限定された。これらＭＨＣクラスＩＩ限定配列のうちの１０は、潜在的な製造性の問題ゆえに、または、ＭＨＣに結合する限定的な潜在能を有する推定上のＴｒｅｇネオエピトープの存在ゆえに、排除された。
個人的なＣＴ２６ミュータノーム及び公開ＣＴ２６ミュータノームから抽出した３７８のバリアントをＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムでスクリーニングして、マウス配列との高い程度の類似性を示すネオアンチゲン配列を特定した。推定上の「自己類似」制御性Ｔ細胞ネオエピトープを生成する、これら３７８のＳＮＶのうちの３５及び２４はそれぞれ、ＭＨＣクラスＩＩ及びＭＨＣクラスＩに限定された。これらＭＨＣクラスＩＩ限定配列のうちの１０は、潜在的な製造性の問題ゆえに、または、ＭＨＣに結合する限定的な潜在能を有する推定上のＴｒｅｇネオエピトープの存在ゆえに、排除された。
残り２５のＭＨＣクラスＩＩ限定配列については、最も高度に交差保存されたネオエピトープを含有するネオアンチゲンを優先するために、手作業で精査した。言い換えると、参照マウスプロテオーム内の適合性のあるＴＣＲ接触部との最も多い数の相同性マッチを有するＭＨＣクラスＩＩ限定ネオエピトープをコードするネオアンチゲンを、残りのネオアンチゲンよりも優先した。ｉｎ ｖｉｖｏ免疫原性試験に使用するために、１０種のＭＨＣクラスＩＩ「自己類似」ネオアンチゲンをこのリスト（表２に示す）から選択した。表２の配列は、任意選択的なＮ末端キャップ及びＣ末端キャップ（それぞれ、Ａｃ及びＮＨ2）を備えた状態で示されている。
加えて、フォローアップｉｎ ｖｉｖｏ試験に使用するために、１０種のＭＨＣクラスＩ「自己類似」ネオアンチゲンを選択した（表３に示す）。表３の配列は、任意選択的なＮ末端キャップ及びＣ末端キャップ（それぞれ、Ａｃ及びＮＨ2）を備えた状態で示されている。
２．２ 試験デザイン
Ｂａｌｂ／ｃマウスを３つの群、Ａ）溶媒対照、Ｂ）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋アジュバント、Ｃ）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）ＭＨＣクラスＩＩ選択ペプチド＋アジュバント、に分けた。全てのワクチンは、アジュバントのポリ－ＩＣＬＣを加えて製剤化した。Ｈｉｌｔｏｎｏｌとしても知られているポリ－ＩＣＬＣは、パターン認識受容体（ＰＲＲ）用の合成二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）アゴニスト、及びＴＬＲ３アゴニストである。群Ａ、群Ｂ、及び群Ｃは最初のワクチン接種を受け、それに続いて、最初のワクチン接種の２週間後及び４週間後にワクチンのブーストを受けた。最後のブーストの７～１０日後に全てのマウスを屠殺し、脾細胞単離及びＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイ用に脾臓を採取した。
群Ａ：２００ｕＬ中の５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ
群Ｂ：５ｕｇ／ペプチドの２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド、合計１００ｕｇのペプチド、５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ、２００ｕＬ
群Ｃ：５ｕｇ／ペプチドの２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋１０種のＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）ＭＨＣクラスＩＩ自己類似ペプチド、合計１５０ｕｇのペプチド、５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ、２００ｕＬ
Ｂａｌｂ／ｃマウスを３つの群、Ａ）溶媒対照、Ｂ）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋アジュバント、Ｃ）ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）ＭＨＣクラスＩＩ選択ペプチド＋アジュバント、に分けた。全てのワクチンは、アジュバントのポリ－ＩＣＬＣを加えて製剤化した。Ｈｉｌｔｏｎｏｌとしても知られているポリ－ＩＣＬＣは、パターン認識受容体（ＰＲＲ）用の合成二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）アゴニスト、及びＴＬＲ３アゴニストである。群Ａ、群Ｂ、及び群Ｃは最初のワクチン接種を受け、それに続いて、最初のワクチン接種の２週間後及び４週間後にワクチンのブーストを受けた。最後のブーストの７～１０日後に全てのマウスを屠殺し、脾細胞単離及びＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイ用に脾臓を採取した。
群Ａ：２００ｕＬ中の５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ
群Ｂ：５ｕｇ／ペプチドの２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド、合計１００ｕｇのペプチド、５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ、２００ｕＬ
群Ｃ：５ｕｇ／ペプチドの２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋１０種のＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）ＭＨＣクラスＩＩ自己類似ペプチド、合計１５０ｕｇのペプチド、５０ｕｇのポリ－ＩＣＬＣ、２００ｕＬ
単離脾細胞を播種してから、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（ＣＴ２６＿プール）、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ペプチド（ＣＴ２６－Ｔｒｅｇ＿プール）、クラスＩペプチドプールに加えて、個々のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドＣＴ２６－１（ＣＴ２６＿ペプチド１）及びＣＴ２６－２０（ＣＴ２６＿ペプチド１）で刺激した。プレートを一晩培養してから読み取った。陽性結果は、バックグラウンドと比較したスポット形成細胞、５０超のＳＦＣ／百万脾細胞、及びバックグラウンドと比較した２倍超の刺激指数として定義した。統計的有意性は、スチューデントｔ検定（マウス－抗原対抗原刺激無しに加えて、群比較で）によって求めた（ｐ＜０．０５）。
２．３ ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは免疫原性である
図１３Ａ～図１３Ｂは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドＩＦＮγ応答を示している。ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプール、クラスＩのみのプール、及び個々のペプチドＣＴ２６－１は、ＣＴ２６ペプチドでワクチン接種したマウスにおいて有意なエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を誘導した。この刺激条件において、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ペプチドは認識されず、陽性結果は測定されなかった。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ポリ－ＩＣＬＣでワクチン接種したマウスにおいて免疫原性であることが確認された。ＣＴ２６プールに対する想起応答は、培地のみで刺激した細胞と比較して有意に高いエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激した（図１３）。ＣＴ２６－Ｔｒｅｇペプチドプールで刺激した細胞においてＩＦＮγ応答が測定されなかったことは、ＣＴ２６ペプチドのみでワクチン接種したマウスにおいて、無関係なペプチドが認識されないということを示した。加えて、ＣＴ２６ネオアンチゲンは、クラスＩプールに対する陽性応答によって示されているとおり、ＣＤ８＋特異的Ｔ細胞応答を刺激することができた。個々のエピトープに対する応答は様々であった。ＣＴ２６－１（クラスＩ及びクラスＩＩ）エピトープが免疫原性であると考えられる一方で、ＣＴ２６－２０（クラスＩ）はそうではなかった（データは省略）。
図１３Ａ～図１３Ｂは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドＩＦＮγ応答を示している。ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプール、クラスＩのみのプール、及び個々のペプチドＣＴ２６－１は、ＣＴ２６ペプチドでワクチン接種したマウスにおいて有意なエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を誘導した。この刺激条件において、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ペプチドは認識されず、陽性結果は測定されなかった。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド＋ポリ－ＩＣＬＣでワクチン接種したマウスにおいて免疫原性であることが確認された。ＣＴ２６プールに対する想起応答は、培地のみで刺激した細胞と比較して有意に高いエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激した（図１３）。ＣＴ２６－Ｔｒｅｇペプチドプールで刺激した細胞においてＩＦＮγ応答が測定されなかったことは、ＣＴ２６ペプチドのみでワクチン接種したマウスにおいて、無関係なペプチドが認識されないということを示した。加えて、ＣＴ２６ネオアンチゲンは、クラスＩプールに対する陽性応答によって示されているとおり、ＣＤ８＋特異的Ｔ細胞応答を刺激することができた。個々のエピトープに対する応答は様々であった。ＣＴ２６－１（クラスＩ及びクラスＩＩ）エピトープが免疫原性であると考えられる一方で、ＣＴ２６－２０（クラスＩ）はそうではなかった（データは省略）。
２．４ ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ ＭＨＣクラスＩＩ「自己類似」Ｔｒｅｇネオアンチゲンペプチドはネオアンチゲン免疫応答を抑制する
図１４Ａ～図１４Ｂは、ＣＴ２６ ＭＨＣクラスＩＩ「自己類似」ペプチドがＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドに対するＩＦＮｙ応答を抑制していることを示している。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプールは、群Ｂのワクチン接種マウスにおいて、エピトープ特異的応答を示す群Ａにおいては認められなかった強力なＩＦＮγ応答を誘導した（図１４Ａ～図１４Ｂ）。ＣＴ２６ペプチドプール及びクラスＩプールはまた、群Ａと比較した場合に、群Ｂのマウスにおいて強力なエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激することができたが、群Ｃに投与するワクチンにＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ＭＨＣクラスＩＩエピトープを加えると、ＩＦＮγ応答が有意に低下する。
図１４Ａ～図１４Ｂは、ＣＴ２６ ＭＨＣクラスＩＩ「自己類似」ペプチドがＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドに対するＩＦＮｙ応答を抑制していることを示している。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプールは、群Ｂのワクチン接種マウスにおいて、エピトープ特異的応答を示す群Ａにおいては認められなかった強力なＩＦＮγ応答を誘導した（図１４Ａ～図１４Ｂ）。ＣＴ２６ペプチドプール及びクラスＩプールはまた、群Ａと比較した場合に、群Ｂのマウスにおいて強力なエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激することができたが、群Ｃに投与するワクチンにＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ＭＨＣクラスＩＩエピトープを加えると、ＩＦＮγ応答が有意に低下する。
ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド応答は、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドのみを受けた群Ｂと比較して、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドとＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）選択ネオアンチゲンの両方で免疫化した群Ｃのマウスにおいて抑制される。
実施例１及び実施例２の結論
本試験の目的は、ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームが、ネオエピトープがんワクチンに使用可能なミュータノームに由来するペプチドを成功裏に予測することができるという前臨床概念実証研究があることから、結腸直腸癌細胞モデルであるＣＴ２６から選択したネオエピトープの免疫原性を評価することであった。本データは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドを用いたワクチン接種が、ナイーブＢａｌｂ／ｃマウスにおいて強力な新規のエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激するということを示している。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、クラスＩペプチドプール及びクラスＩＩペプチドプールに加えて、クラスＩのみのペプチドプールを含み、ＡＮＣＥＲ（商標）が成功裏に免疫原性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを特定したことを示唆している。さらに、推定上の「自己類似」制御性Ｔ細胞ネオエピトープを含有する特定されたＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプールを用いた刺激に対して認められるＩＦＮγ応答を抑制することにより、免疫抑制能を示した。それゆえ、免疫原性ではなく寛容を誘導する能力を有し得る任意のネオエピトープを検討することには価値がある。ＡＮＣＥＲ（商標）を用いたＴ細胞エピトープのＭＨＣ及びＴＣＲ接触残基の解析により、エピトープ表現型の予測が可能となり、ワクチン中における任意の潜在的な免疫寛容を排除するのに役立ち得る。
本試験の目的は、ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームが、ネオエピトープがんワクチンに使用可能なミュータノームに由来するペプチドを成功裏に予測することができるという前臨床概念実証研究があることから、結腸直腸癌細胞モデルであるＣＴ２６から選択したネオエピトープの免疫原性を評価することであった。本データは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドを用いたワクチン接種が、ナイーブＢａｌｂ／ｃマウスにおいて強力な新規のエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激するということを示している。ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、クラスＩペプチドプール及びクラスＩＩペプチドプールに加えて、クラスＩのみのペプチドプールを含み、ＡＮＣＥＲ（商標）が成功裏に免疫原性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを特定したことを示唆している。さらに、推定上の「自己類似」制御性Ｔ細胞ネオエピトープを含有する特定されたＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチドプールを用いた刺激に対して認められるＩＦＮγ応答を抑制することにより、免疫抑制能を示した。それゆえ、免疫原性ではなく寛容を誘導する能力を有し得る任意のネオエピトープを検討することには価値がある。ＡＮＣＥＲ（商標）を用いたＴ細胞エピトープのＭＨＣ及びＴＣＲ接触残基の解析により、エピトープ表現型の予測が可能となり、ワクチン中における任意の潜在的な免疫寛容を排除するのに役立ち得る。
実施例３
Ｔ細胞はＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６ワクチン製剤との高い多官能性を示す
３．１ 方法
ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の多官能性を評価するために、それぞれの細胞型における、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６」）刺激後のサイトカイン産生をフローサイトメトリーで評価した。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いた刺激後、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６でワクチン接種したマウスは、サイトカイン産生ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度の増加を示し、ＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋産生ＣＤ４＋集団は最大の増加を示した（図１５Ａ～図１５Ｂ）。図１５Ａ～図１５Ｂは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６免疫化が多官能性ＣＤ４Ｔ細胞及びＣＤ８Ｔ細胞を刺激することを示している。ポリ－ＩＣＬＣまたはＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したナイーブマウスから採取した脾細胞のフローサイトメトリー評価。平均＋ＳＥＭ。ＩＦＮγを分泌するその他の集団もまた、劇的にではないが、増加していた。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、類似したサイトカイン発現パターンを示し、サイトカイン分泌細胞の最も高い頻度はＩＦＮ＋ＩＬ－２＋であり、その他のＩＦＮγ＋分泌集団の増加はより少なかった。
Ｔ細胞はＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６ワクチン製剤との高い多官能性を示す
３．１ 方法
ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の多官能性を評価するために、それぞれの細胞型における、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６」）刺激後のサイトカイン産生をフローサイトメトリーで評価した。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いた刺激後、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６でワクチン接種したマウスは、サイトカイン産生ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度の増加を示し、ＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋産生ＣＤ４＋集団は最大の増加を示した（図１５Ａ～図１５Ｂ）。図１５Ａ～図１５Ｂは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６免疫化が多官能性ＣＤ４Ｔ細胞及びＣＤ８Ｔ細胞を刺激することを示している。ポリ－ＩＣＬＣまたはＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣで免疫化したナイーブマウスから採取した脾細胞のフローサイトメトリー評価。平均＋ＳＥＭ。ＩＦＮγを分泌するその他の集団もまた、劇的にではないが、増加していた。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、類似したサイトカイン発現パターンを示し、サイトカイン分泌細胞の最も高い頻度はＩＦＮ＋ＩＬ－２＋であり、その他のＩＦＮγ＋分泌集団の増加はより少なかった。
３．２ 結果
本試験の目的は、本発明者らのＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームが、ネオエピトープワクチン（例えば、共通のネオエピトープワクチンまたは個別化ネオエピトープワクチン）に使用するミュータノームに由来するペプチドを成功裏に予測することができるということを実証するために、マウス結腸直腸癌モデルであるＣＴ２６から選択したネオエピトープの免疫原性を評価することであった。本データは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いたワクチン接種が、ナイーブ雌Ｂａｌｂ／ｃマウスにおいて強力な新規のエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激するということを示している。さらに、特定されたＣＴ２６－Ｔｒｅｇ－ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いた刺激に対して認められるＩＦＮγ応答を抑制する免疫抑制活性を示した。このことは、免疫原性ではなく寛容を誘導する能力を有し得るネオエピトープを特定することの価値を示している。ＡＮＣＥＲ（商標）を用いたＴ細胞エピトープのＭＨＣ及びＴＣＲ接触残基の解析により、Ｔ細胞応答の表現型の予測が可能となり、ワクチン中における任意の潜在的な免疫寛容を排除するのに役立ち得る。
本試験の目的は、本発明者らのＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームが、ネオエピトープワクチン（例えば、共通のネオエピトープワクチンまたは個別化ネオエピトープワクチン）に使用するミュータノームに由来するペプチドを成功裏に予測することができるということを実証するために、マウス結腸直腸癌モデルであるＣＴ２６から選択したネオエピトープの免疫原性を評価することであった。本データは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いたワクチン接種が、ナイーブ雌Ｂａｌｂ／ｃマウスにおいて強力な新規のエピトープ特異的ＩＦＮγ応答を刺激するということを示している。さらに、特定されたＣＴ２６－Ｔｒｅｇ－ネオアンチゲンペプチドは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を用いた刺激に対して認められるＩＦＮγ応答を抑制する免疫抑制活性を示した。このことは、免疫原性ではなく寛容を誘導する能力を有し得るネオエピトープを特定することの価値を示している。ＡＮＣＥＲ（商標）を用いたＴ細胞エピトープのＭＨＣ及びＴＣＲ接触残基の解析により、Ｔ細胞応答の表現型の予測が可能となり、ワクチン中における任意の潜在的な免疫寛容を排除するのに役立ち得る。
実施例４
（予言的）Ｔｒｅｇ誘導性ネオエピトープの特定及びＴ細胞区画に対するその影響の特性決定
４．１ 方法
本実験では、本発明者らは、コンピュータで導き出した推定上の自己類似ネオエピトープのプールからの、制御性Ｔ細胞を誘導するＴｒｅｇｉｔｏｐｅ配列の特定を実証する。Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド及びＴｒｅｇ応答を誘導することが予測される１０種のネオアンチゲンペプチドの混合物でナイーブＢａｌｂ／ｃ動物を免疫化する。脾臓を３５日目に採取する。脾細胞を、
－２０種の（Ｔエフェクター「Ｔｅｆｆ」）ネオアンチゲンペプチド
－２０種の（Ｔｅｆｆ）ネオアンチゲンペプチド＋１０種の（Ｔｒｅｇ）自己類似ネオアンチゲンペプチド
－２０種の（Ｔｅｆｆ）ネオアンチゲンペプチド＋１種の（Ｔｒｅｇ）自己類似ネオアンチゲンペプチド（１０種の自己類似配列のそれぞれについて１つの培養液）
の存在下で培養する。
（予言的）Ｔｒｅｇ誘導性ネオエピトープの特定及びＴ細胞区画に対するその影響の特性決定
４．１ 方法
本実験では、本発明者らは、コンピュータで導き出した推定上の自己類似ネオエピトープのプールからの、制御性Ｔ細胞を誘導するＴｒｅｇｉｔｏｐｅ配列の特定を実証する。Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド及びＴｒｅｇ応答を誘導することが予測される１０種のネオアンチゲンペプチドの混合物でナイーブＢａｌｂ／ｃ動物を免疫化する。脾臓を３５日目に採取する。脾細胞を、
－２０種の（Ｔエフェクター「Ｔｅｆｆ」）ネオアンチゲンペプチド
－２０種の（Ｔｅｆｆ）ネオアンチゲンペプチド＋１０種の（Ｔｒｅｇ）自己類似ネオアンチゲンペプチド
－２０種の（Ｔｅｆｆ）ネオアンチゲンペプチド＋１種の（Ｔｒｅｇ）自己類似ネオアンチゲンペプチド（１０種の自己類似配列のそれぞれについて１つの培養液）
の存在下で培養する。
読み取り：フローサイトメトリー。
４．２ 予想結果
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンを含む培養液は、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を誘導する。
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲン及び１０種のＴｒｅｇネオアンチゲンを含む培養液は、対照（２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンのみ）と比較して、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を低下させる。ＣＤ３＋ＣＤ２５高Ｆｏｘｐ３高ＣＤ４＋Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は増殖し得る。
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲン及び１０種のＴｒｅｇネオアンチゲンを含む一部の培養液は、対照（２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンのみ）と比較して、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を低下させる。ＣＤ３＋ＣＤ２５高Ｆｏｘｐ３高ＣＤ４＋Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は増殖し得る。
活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞及び活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を低下させることができる自己類似ネオアンチゲンはＴｒｅｇｉｔｏｐｅとして分類される。
４．２ 予想結果
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンを含む培養液は、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を誘導する。
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲン及び１０種のＴｒｅｇネオアンチゲンを含む培養液は、対照（２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンのみ）と比較して、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を低下させる。ＣＤ３＋ＣＤ２５高Ｆｏｘｐ３高ＣＤ４＋Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は増殖し得る。
－２０種のＴｅｆｆネオアンチゲン及び１０種のＴｒｅｇネオアンチゲンを含む一部の培養液は、対照（２０種のＴｅｆｆネオアンチゲンのみ）と比較して、ＣＤ３＋ＣＤ２５中ＦｏｘＰ３低ＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＣＤ３＋ＣＤ２５中Ｆｏｘｐ３低ＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞）の増殖を低下させる。ＣＤ３＋ＣＤ２５高Ｆｏｘｐ３高ＣＤ４＋Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は増殖し得る。
活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞及び活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を低下させることができる自己類似ネオアンチゲンはＴｒｅｇｉｔｏｐｅとして分類される。
実施例５
（予言的）自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
５．１ 方法
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物に特定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅを加えることにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。本実験は実施例４に類似しているが、腫瘍増殖阻害を測定する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含み１０種の自己類似ネオエピトープを含むまたは含まない２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンでＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
（予言的）自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
５．１ 方法
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物に特定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅを加えることにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。本実験は実施例４に類似しているが、腫瘍増殖阻害を測定する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含み１０種の自己類似ネオエピトープを含むまたは含まない２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンでＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
５．２ 予想結果
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、１０種の自己類似ネオエピトープの混合物の存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％未満低下するはずである。
－理想的には、中央腫瘍増殖は、１０種の自己類似ネオエピトープの混合物の存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて３０％未満低下するはずである（それゆえ、そのモデルにおける自己類似ネオエピトープの存在により、中央腫瘍増殖が少なくとも２０％、好ましくはより多く低下するはずである）。
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、１０種の自己類似ネオエピトープの混合物の存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％未満低下するはずである。
－理想的には、中央腫瘍増殖は、１０種の自己類似ネオエピトープの混合物の存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて３０％未満低下するはずである（それゆえ、そのモデルにおける自己類似ネオエピトープの存在により、中央腫瘍増殖が少なくとも２０％、好ましくはより多く低下するはずである）。
実施例６
（予言的）自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
６．１ 方法
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物に、これまでの試験において特定された特定のＴｒｅｇｉｔｏｐｅを加えることにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。本実験は実施例２に類似しているが、免疫原性の代わりに腫瘍増殖阻害を測定する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含み特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むまたは含まない２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンでＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
（予言的）自己類似ネオエピトープをペプチドワクチンと共に同時投与した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
６．１ 方法
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物に、これまでの試験において特定された特定のＴｒｅｇｉｔｏｐｅを加えることにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。本実験は実施例２に類似しているが、免疫原性の代わりに腫瘍増殖阻害を測定する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含み特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むまたは含まない２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンでＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
６．２ 予想結果
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％未満低下するはずである。
－理論上、中央腫瘍増殖は、特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて３０％未満低下するはずである（それゆえ、そのモデルにおけるＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在により、中央腫瘍増殖が少なくとも２０％、好ましくはより多く低下するはずである）。
実施例７
（予言的）Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有するように設計されたペプチドワクチン及びＴｒｅｇを誘導する潜在能を有するペプチドワクチンを比較した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％未満低下するはずである。
－理論上、中央腫瘍増殖は、特定の十分に特性決定されたＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在下、ワクチンで免疫化したマウスにおいて３０％未満低下するはずである（それゆえ、そのモデルにおけるＴｒｅｇｉｔｏｐｅの存在により、中央腫瘍増殖が少なくとも２０％、好ましくはより多く低下するはずである）。
実施例７
（予言的）Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有するように設計されたペプチドワクチン及びＴｒｅｇを誘導する潜在能を有するペプチドワクチンを比較した際のワクチン接種後の腫瘍増殖阻害
７．１ 方法
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物と、同一の腫瘍株に対応する、自己類似ネオエピトープ（Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅを含む）が排除されていない２０種のネオアンチゲンの混合物を比較することにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。２０種のその他のネオアンチゲンはまた、当該技術分野において周知の方法に従って選択される。当該技術分野において周知の方法を使用して設計された２０種のネオアンチゲンが、その免疫原性を低下させることによりその抗腫瘍効果の強度を低下させることが知られているある特定の数（少なくとも１種）の自己類似ペプチド及び／またはＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むことが予想される。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含む２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチン、及び、目下の自己及びＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含む２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンで、ＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
本実験では、本発明者らは、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのない２０種のネオアンチゲンペプチド（少なくとも、それらネオアンチゲンペプチドはＴｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する）の混合物と、同一の腫瘍株に対応する、自己類似ネオエピトープ（Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅを含む）が排除されていない２０種のネオアンチゲンの混合物を比較することにより、マウスＣＴ２６ネオエピトープワクチンの腫瘍増殖阻害の低下を実証する。ＣＴ２６腫瘍株用のネオエピトープベースワクチンを設計する。Ｔｒｅｇを誘導する低い潜在能を有する２０種のネオアンチゲンをワクチン用に選択する。２０種のその他のネオアンチゲンはまた、当該技術分野において周知の方法に従って選択される。当該技術分野において周知の方法を使用して設計された２０種のネオアンチゲンが、その免疫原性を低下させることによりその抗腫瘍効果の強度を低下させることが知られているある特定の数（少なくとも１種）の自己類似ペプチド及び／またはＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むことが予想される。生理食塩水、ポリ－ＩＣＬＣを含む２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチン、及び、目下の自己及びＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含む２０種のネオアンチゲンをコードするネオエピトープベースワクチンで、ＣＴ２６保有マウスを免疫化する（Ｎ＝群あたり１２匹のマウス）。最長６０日間にわたり腫瘍容積をモニターする。
７．２ 予想結果
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのないワクチンと比較して、自己ペプチド及びＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むネオアンチゲンに対応するワクチンにおいて低下するはずである（理想的には、本発明者らは、群間における１０％の低下、好ましくは２０％、より好ましくは３０％などを観察するであろう）。
－中央腫瘍増殖は、生理食塩水を受けたマウスと比較して、ワクチンで免疫化したマウスにおいて５０％超低下するはずである。
－中央腫瘍増殖は、Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅのないワクチンと比較して、自己ペプチド及びＴｒｅｇｉｔｏｐｅを含むネオアンチゲンに対応するワクチンにおいて低下するはずである（理想的には、本発明者らは、群間における１０％の低下、好ましくは２０％、より好ましくは３０％などを観察するであろう）。
実施例８
（予言的）ＣＴ２６マウスにおけるＡＮＣＥＲ（商標）選択自己類似エピトープの寛容誘導性質の確認
８．１ 方法
ＡＮＣＥＲ（商標）パイプラインは、がんワクチンに対する免疫応答を改善させるために、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを使用して、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを排除する。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は感染症の前向きワクチン研究において有効とされている。この目的において提案される試験の目標は、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇがＴｒｅｇを誘導可能であることを実証することである。ＣＴ２６モデルを使用した予備試験では、本発明者らは、ナイーブＢａｌｂ／ｃマウスにおいて、最適に設計されたネオエピトープワクチンと同時投与されたＴｒｅｇ－ネオＡｇのプールが、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを含まないワクチン接種と比較して、ＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔ応答を５倍減少させることを実証した（ｐ＝０．００３）。この知見に基づいて、本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６」）と同時投与された個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇでペプチド免疫化したナイーブマウスにおけるＴｒｅｇ応答の誘導を評価することによって、それぞれのＴｒｅｇ－ネオＡｇの免疫抑制能を評価する。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６に対するＩＦＮγ応答を抑制することが示されＴｒｅｇ表現型を有するＴ細胞によって認識されるＴｒｅｇ－ネオＡｇは、ＣＴ２６モデルにおけるワクチン効果に対するその影響を評価するための更なる試験用に選択される。
（予言的）ＣＴ２６マウスにおけるＡＮＣＥＲ（商標）選択自己類似エピトープの寛容誘導性質の確認
８．１ 方法
ＡＮＣＥＲ（商標）パイプラインは、がんワクチンに対する免疫応答を改善させるために、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを使用して、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを排除する。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は感染症の前向きワクチン研究において有効とされている。この目的において提案される試験の目標は、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇがＴｒｅｇを誘導可能であることを実証することである。ＣＴ２６モデルを使用した予備試験では、本発明者らは、ナイーブＢａｌｂ／ｃマウスにおいて、最適に設計されたネオエピトープワクチンと同時投与されたＴｒｅｇ－ネオＡｇのプールが、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを含まないワクチン接種と比較して、ＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔ応答を５倍減少させることを実証した（ｐ＝０．００３）。この知見に基づいて、本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ＣＴ２６ネオアンチゲンペプチド（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６」）と同時投与された個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇでペプチド免疫化したナイーブマウスにおけるＴｒｅｇ応答の誘導を評価することによって、それぞれのＴｒｅｇ－ネオＡｇの免疫抑制能を評価する。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６に対するＩＦＮγ応答を抑制することが示されＴｒｅｇ表現型を有するＴ細胞によって認識されるＴｒｅｇ－ネオＡｇは、ＣＴ２６モデルにおけるワクチン効果に対するその影響を評価するための更なる試験用に選択される。
８．２ 免疫化
ポリ－ＩＣＬＣアジュバント（５０μｇ）を用いて製剤化したＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６（５μｇ／ペプチド）と共に、１０種のＣＴ２６－Ｔｒｅｇ－ネオＡｇのそれぞれを個別に皮下（ｓ．ｃ．）注射することにより、Ｂａｌｂ／ｃマウスの群（Ｎ＝６）を感作し、その後、２週間のインターバルをあけて２回ブーストする。比較群は、同一の免疫化スケジュールに続いて、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６のみを含有する同様に製剤化されたワクチンを受ける。対照は、生理食塩水及びポリ－ＩＣＬＣを単独で受けるマッチ群を含む。
ポリ－ＩＣＬＣアジュバント（５０μｇ）を用いて製剤化したＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６（５μｇ／ペプチド）と共に、１０種のＣＴ２６－Ｔｒｅｇ－ネオＡｇのそれぞれを個別に皮下（ｓ．ｃ．）注射することにより、Ｂａｌｂ／ｃマウスの群（Ｎ＝６）を感作し、その後、２週間のインターバルをあけて２回ブーストする。比較群は、同一の免疫化スケジュールに続いて、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６のみを含有する同様に製剤化されたワクチンを受ける。対照は、生理食塩水及びポリ－ＩＣＬＣを単独で受けるマッチ群を含む。
８．３ 予想結果
自己類似エピトープの免疫抑制機能の評価。最後の免疫化の１週間後、個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇの抑制効果をＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで評価する。脾細胞をＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６で刺激する。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６のみを受けたマウスと比較した、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇで免疫化したマウスにおけるＩＦＮγ分泌ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６特異的細胞の数の減少により、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを潜在的なＴｒｅｇ誘導性エピトープとして特定し、フローサイトメトリーによるＴ細胞表現型の確認を待機する（以下を参照のこと）。
自己類似エピトープの免疫抑制機能の評価。最後の免疫化の１週間後、個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇの抑制効果をＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで評価する。脾細胞をＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６で刺激する。ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６のみを受けたマウスと比較した、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇで免疫化したマウスにおけるＩＦＮγ分泌ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６特異的細胞の数の減少により、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを潜在的なＴｒｅｇ誘導性エピトープとして特定し、フローサイトメトリーによるＴ細胞表現型の確認を待機する（以下を参照のこと）。
プレコートプレートを備えた比色定量Ｍａｂｔｅｃｈ ＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔキットを製造業者のプロトコルに従って使用し、エピトープ特異的脾細胞の頻度を測定する。１０％ウシ胎児血清を補足したＲＰＭＩ １６４０（Ｇｉｂｃｏ）中の洗浄済み脾細胞をウェルあたり２．５×１０5の細胞で加える。抗原刺激を三重で行うが、その抗原刺激は、（ｉ）１０μｇ／ｍｌ（ペプチドあたり０．５μｇ／ｍｌに相当）で加えた２０種のＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６ペプチド、及び（ｉｉ）０．５μｇ／ｍｌの個々のＴｒｅｇ－ｎｅｏＡｇを含む。３つのウェルを陽性対照としての２μｇ／ｍｌのコンカナバリンＡで刺激し、０．０２％ ＤＭＳＯを含有する培地を入れた６つの複製ウェルをバックグラウンド測定用に使用する。Ｚｅｉｓｓ高解像度自動化ＥＬＩＳｐｏｔリーダーシステム及び付属ＫＳ ＥＬＩＳｐｏｔソフトウェアを使用して、生のスポットカウントをＺｅｌｌＮｅｔ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ，Ｉｎｃ．で記録する。結果をペプチドウェル内のＳＦＣの平均数として計算し、百万細胞に調節する。スポットの平均数が、（ｉ）バックグラウンドの少なくとも２倍多い（刺激指数≧２）、（ｉｉ）百万の脾細胞あたりバックグラウンドを上回る５０超のＳＦＣ（２０，０００の細胞あたり１回の応答）、及び（ｉｉｉ）マンホイットニーＵ検定において模擬免疫化マウスのスポット平均数とは統計的に異なっている（ｐ＜０．０５）場合に、免疫化マウスの応答を陽性とみなす。免疫化群（Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを含む及び含まないＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６）間におけるＳＦＣ数の差異を、マンホイットニーＵ検定を用いた統計的有意性（ｐ＜０．０５）で評価する。
実施例９
エピトープ特異的Ｔ細胞表現型
９．１ 方法
四量体技術及びフローサイトメトリーを使用して、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを認識するＴ細胞の表現型を特定する。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを含有するＰＥまたはＡＰＣ標識ＭＨＣ ＩＩ四量体（Ｉ－Ａd／Ｉ－Ｅd）をＮＩＨ Ｔｅｔｒａｍｅｒ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙで作製する。死細胞を生細胞と識別するためのｆｉｘａｂｌｅ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ｓｔａｉｎ ４５０と共に脾細胞を培養してから、マウスの免疫化に使用したＴｒｅｇ－ネオＡｇに対応する四量体で染色し、次に、Ｔｒｅｇの検出及びＴｒｅｇのその他の細胞型（ＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１４、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＣＤ１０３、ＩＣＯＳ）との識別を同時に行うための細胞表面マーカーに対する所定のパネルの抗体で染色する。ＰＭＡ－イオノマイシンを用いた刺激後にＦｏｘＰ３、Ｔ－ｂｅｔ、ＩＬ－１０、及びＴＧＦ－β１に対する細胞内染色でＴｒｅｇをＴｅｆｆ／Ｔｈ１細胞とさらに機能的に識別し、ブレフェルディンＡで分泌を遮断し、表面染色後の固定及び透過処理を行う。ＢＤ Ｆｏｒｔｅｓｓａサイトメーター上でフローサイトメトリー測定を実施する。試料あたり５００，０００～１，０００，０００のイベントが収集される。データ解析：ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して収集データを解析する。リンパ球／シングレット／生存／ＣＤ４５+ＣＤ３+ＣＤ４+ＣＤ８-ＣＤ１４-ＣＤ１９-イベントで細胞をゲーティングする。エピトープ特異的Ｔｒｅｇ細胞を、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを受けていないマウスと比較してＴｒｅｇ－ネオＡｇで免疫化したマウスにおいてＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＣＤ１０３、及び／またはＩＣＯＳの頻度、及び／またはＭＦＩが高い四量体結合ＣＤ４+ＣＤ２５+ＦｏｘＰ３+Ｔ－ｂｅｔ-細胞として定義する。ポアソンモデルに基づいて、バックグラウンドを上回る２標準偏差に相当するより低い閾値をそれぞれの集団パターン用に設定する。この閾値未満の値を０に設定する。絶対値ではなく応答パターンの比較用に、総応答内のそれぞれ個々の応答パターンの比率を計算する。群間の比較はウィルコクソンの順位和検定に基づく。統計的有意性は、ペアワイズ比較用にｐ＜０．０５、及び多重比較用にｐ＜０．０１として定義される。
エピトープ特異的Ｔ細胞表現型
９．１ 方法
四量体技術及びフローサイトメトリーを使用して、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを認識するＴ細胞の表現型を特定する。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを含有するＰＥまたはＡＰＣ標識ＭＨＣ ＩＩ四量体（Ｉ－Ａd／Ｉ－Ｅd）をＮＩＨ Ｔｅｔｒａｍｅｒ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙで作製する。死細胞を生細胞と識別するためのｆｉｘａｂｌｅ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ｓｔａｉｎ ４５０と共に脾細胞を培養してから、マウスの免疫化に使用したＴｒｅｇ－ネオＡｇに対応する四量体で染色し、次に、Ｔｒｅｇの検出及びＴｒｅｇのその他の細胞型（ＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１４、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＣＤ１０３、ＩＣＯＳ）との識別を同時に行うための細胞表面マーカーに対する所定のパネルの抗体で染色する。ＰＭＡ－イオノマイシンを用いた刺激後にＦｏｘＰ３、Ｔ－ｂｅｔ、ＩＬ－１０、及びＴＧＦ－β１に対する細胞内染色でＴｒｅｇをＴｅｆｆ／Ｔｈ１細胞とさらに機能的に識別し、ブレフェルディンＡで分泌を遮断し、表面染色後の固定及び透過処理を行う。ＢＤ Ｆｏｒｔｅｓｓａサイトメーター上でフローサイトメトリー測定を実施する。試料あたり５００，０００～１，０００，０００のイベントが収集される。データ解析：ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して収集データを解析する。リンパ球／シングレット／生存／ＣＤ４５+ＣＤ３+ＣＤ４+ＣＤ８-ＣＤ１４-ＣＤ１９-イベントで細胞をゲーティングする。エピトープ特異的Ｔｒｅｇ細胞を、Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを受けていないマウスと比較してＴｒｅｇ－ネオＡｇで免疫化したマウスにおいてＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＣＤ１０３、及び／またはＩＣＯＳの頻度、及び／またはＭＦＩが高い四量体結合ＣＤ４+ＣＤ２５+ＦｏｘＰ３+Ｔ－ｂｅｔ-細胞として定義する。ポアソンモデルに基づいて、バックグラウンドを上回る２標準偏差に相当するより低い閾値をそれぞれの集団パターン用に設定する。この閾値未満の値を０に設定する。絶対値ではなく応答パターンの比較用に、総応答内のそれぞれ個々の応答パターンの比率を計算する。群間の比較はウィルコクソンの順位和検定に基づく。統計的有意性は、ペアワイズ比較用にｐ＜０．０５、及び多重比較用にｐ＜０．０１として定義される。
９．２ 予想結果
全１０種のＴｒｅｇ－ネオＡｇが図１４に示す５倍低いＩＦＮγ応答に等しく寄与しているというのはありそうもない。それゆえ、本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６に対するＩＦＮγ応答を有意に低下させＴｒｅｇ応答を生成する推定の３～５の個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇを特定することを予想する。統計上有意に低い応答を誘導しないＴｒｅｇ－ネオＡｇは、全１０種のＴｒｅｇ－ネオＡｇが共に送達される際に認められる５倍の低下に最小限寄与し得、代替的に、それらＴｒｅｇ－ネオＡｇは、クローン欠失またはアネルギーの結果として寛容され得る。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇのいずれもが個別にＩＦＮγ応答を低下させないというのはありそうもないが可能である。たとえこれが事実であったとしても、本発明者らは、ネオエピトープワクチン中においては「将来性のない」寛容エピトープを避ける必要があるということを依然として学んでいる。
全１０種のＴｒｅｇ－ネオＡｇが図１４に示す５倍低いＩＦＮγ応答に等しく寄与しているというのはありそうもない。それゆえ、本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６に対するＩＦＮγ応答を有意に低下させＴｒｅｇ応答を生成する推定の３～５の個々のＴｒｅｇ－ネオＡｇを特定することを予想する。統計上有意に低い応答を誘導しないＴｒｅｇ－ネオＡｇは、全１０種のＴｒｅｇ－ネオＡｇが共に送達される際に認められる５倍の低下に最小限寄与し得、代替的に、それらＴｒｅｇ－ネオＡｇは、クローン欠失またはアネルギーの結果として寛容され得る。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇのいずれもが個別にＩＦＮγ応答を低下させないというのはありそうもないが可能である。たとえこれが事実であったとしても、本発明者らは、ネオエピトープワクチン中においては「将来性のない」寛容エピトープを避ける必要があるということを依然として学んでいる。
実施例１０
（予言的）キャップ付加ペプチド対キャップ非付加ペプチドの比較
免疫原性ペプチドのＮ末端またはＣ末端に対する修飾が親分子とは異なる特性を誘導し得るということはよく知られている。調整され得るパラメータ（限定するわけではないが）は、
－ペプチドの半減期
－細胞局在化
－細胞分布
－エンドソーム脱出、及び移行のメカニズム
－細胞内への放出の動態及び収率
－ＨＬＡへの提示
である。
（予言的）キャップ付加ペプチド対キャップ非付加ペプチドの比較
免疫原性ペプチドのＮ末端またはＣ末端に対する修飾が親分子とは異なる特性を誘導し得るということはよく知られている。調整され得るパラメータ（限定するわけではないが）は、
－ペプチドの半減期
－細胞局在化
－細胞分布
－エンドソーム脱出、及び移行のメカニズム
－細胞内への放出の動態及び収率
－ＨＬＡへの提示
である。
複合体キャッピングが免疫ペプチドのオーバーラップ特性を劇的に変化させ得るということもまた、当該技術分野において周知である。複合体キャッピングファミリーのメンバーとしてはリポペプチド及びアナログが挙げられる。本実施例では、本発明者らは、Ｎ末端をアセチル化で修飾する効果とＣ末端をアミド化で修飾する効果を比較すること、それらのＴ細胞応答のｉｎ ｖｉｖｏ誘導を比較すること、及び、ＣＴ２６マウスモデルにおけるそれらの抗腫瘍増殖効果を比較することを目的とする。
実施例１１
（予言的）推定上のＴｒｅｇエピトープを有さないＣＴ２６マウスのワクチン接種後に減少した全身腫瘍組織量の確認
１１．１ 方法
これらの試験の目標は、ＣＴ２６モデルを使用して、ネオエピトープワクチン効果に対するＴｒｅｇ－ネオＡｇの有害な影響を実証することである。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを用いたワクチン接種の２つのアプローチを評価する。１つ目では、Ｔｒｅｇ誘導性Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを使用する。２つ目では、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを用いることなくＡＮＣＥＲ（商標）を使用して発見されたネオエピトープを使用する。その他のパイプラインと比較したＡＮＣＥＲ（商標）の固有の特性であるＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンの評価により、ネオエピトープ選択プロセスにおけるその重要性が確立される。加えて、これらのワクチンの免疫原性を評価して、最適に設計されたＡＮＣＥＲ（商標）ＣＴ２６ワクチンと比較する。
（予言的）推定上のＴｒｅｇエピトープを有さないＣＴ２６マウスのワクチン接種後に減少した全身腫瘍組織量の確認
１１．１ 方法
これらの試験の目標は、ＣＴ２６モデルを使用して、ネオエピトープワクチン効果に対するＴｒｅｇ－ネオＡｇの有害な影響を実証することである。Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを用いたワクチン接種の２つのアプローチを評価する。１つ目では、Ｔｒｅｇ誘導性Ｔｒｅｇ－ネオＡｇを使用する。２つ目では、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）アルゴリズムを用いることなくＡＮＣＥＲ（商標）を使用して発見されたネオエピトープを使用する。その他のパイプラインと比較したＡＮＣＥＲ（商標）の固有の特性であるＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンの評価により、ネオエピトープ選択プロセスにおけるその重要性が確立される。加えて、これらのワクチンの免疫原性を評価して、最適に設計されたＡＮＣＥＲ（商標）ＣＴ２６ワクチンと比較する。
１１．２ 腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６ネオエピトープワクチンの治療効果の評価
本発明者らは先ず、腫瘍移植後の２つの異なる時点において腫瘍保有動物を免疫化することによるペプチド－アジュバントワクチン接種の投与スケジュール、及び３回の異なるブーストスケジュールを最適化する。Ｂａｌｂ／ｃマウスに３×１０5のＣＴ２６腫瘍細胞を皮下注射する。本発明者らは、腫瘍保有マウスの３つの群（１０匹のマウス／群）に対して、ポリ－ＩＣＬＣを用いて製剤化したＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を、腫瘍移植の４日後、以下のスケジュール、群１の４、１２、２０日目、群２の４、１８日目、群３の４、７、１０、１３、１６、１９、２２日目に、皮下でワクチン接種を行う。２つの追加の群に対して、腫瘍移植の１０日後、以下のスケジュール、群４の１０、１８、２６日目、群５の１０、１３、１６、１９、２２日目で、ワクチン接種を行う。本発明者らは、この目的の最初のパートで決定した最適な投与スケジュールを使用して、ＣＴ２６腫瘍保有マウスをＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣで免疫化する。腫瘍移植マウスの比較群は、目的１の有効なＴｒｅｇ－ネオＡｇと共に、または、同一の免疫化スケジュールを使用してＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく発見されたＣＴ２６ネオエピトープペプチドを含有する同様に製剤化されたワクチンと共に、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣを受ける。対照は、生理食塩水またはポリ－ＩＣＬＣを単独で受ける腫瘍移植マウスのマッチ群を含む。対応するセットのマウスに、ワクチン及び、２週間にわたる隔週の５ｍｇ／ｋｇ用量の抗ＰＤ－１抗体（ＲＭＰ１－１４）を使用したＣＰＩの組み合わせ療法を受けさせ、抗ＰＤ－１単剤療法と比較する。
本発明者らは先ず、腫瘍移植後の２つの異なる時点において腫瘍保有動物を免疫化することによるペプチド－アジュバントワクチン接種の投与スケジュール、及び３回の異なるブーストスケジュールを最適化する。Ｂａｌｂ／ｃマウスに３×１０5のＣＴ２６腫瘍細胞を皮下注射する。本発明者らは、腫瘍保有マウスの３つの群（１０匹のマウス／群）に対して、ポリ－ＩＣＬＣを用いて製剤化したＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を、腫瘍移植の４日後、以下のスケジュール、群１の４、１２、２０日目、群２の４、１８日目、群３の４、７、１０、１３、１６、１９、２２日目に、皮下でワクチン接種を行う。２つの追加の群に対して、腫瘍移植の１０日後、以下のスケジュール、群４の１０、１８、２６日目、群５の１０、１３、１６、１９、２２日目で、ワクチン接種を行う。本発明者らは、この目的の最初のパートで決定した最適な投与スケジュールを使用して、ＣＴ２６腫瘍保有マウスをＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣで免疫化する。腫瘍移植マウスの比較群は、目的１の有効なＴｒｅｇ－ネオＡｇと共に、または、同一の免疫化スケジュールを使用してＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく発見されたＣＴ２６ネオエピトープペプチドを含有する同様に製剤化されたワクチンと共に、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６／ポリ－ＩＣＬＣを受ける。対照は、生理食塩水またはポリ－ＩＣＬＣを単独で受ける腫瘍移植マウスのマッチ群を含む。対応するセットのマウスに、ワクチン及び、２週間にわたる隔週の５ｍｇ／ｋｇ用量の抗ＰＤ－１抗体（ＲＭＰ１－１４）を使用したＣＰＩの組み合わせ療法を受けさせ、抗ＰＤ－１単剤療法と比較する。
１１．３ 腫瘍進行
試験のエンドポイント（２，０００ｍｍ3の腫瘍容積または４５日目のいずれか、どちらか早い方）まで、ノギス測定で腫瘍進行を隔週で追跡する。実験の結果から生存曲線を作成する。それぞれのワクチン候補の効果を、未治療動物と比較して向上した生存率として定義する。ログランク検定を使用して生存関数を比較する。二元配置ＡＮＯＶＡを使用して、その治療効果について異なるワクチン治療群を比較する。テューキーの事後解析を使用して、それぞれのワクチンがその他の群と比較して差別化された治療効果を有しているかどうかを調査する。群あたり１０匹のマウス（ｎ＝１０）のサンプルサイズは、０．０５の第一種過誤を考慮し、平均２８．８％の標準偏差を有するワクチン群間のエンドポイントまでの中央時間（ＴＴＥ）における５．９７日間の差異を検出するための０．８０の検定力を有する。
１１．４ 免疫モニタリング試験
ワクチン群及び対照群あたりの別の６匹のマウスに由来するＴＩＬ及び脾細胞の移植後２１日目におけるネオアンチゲンに対する応答について、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、及びＴＮＦβ用のｅｘ ｖｉｖｏ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて解析する。フローサイトメトリー解析を使用して、ＣＤ４+及びＣＤ８+Ｔ細胞の脾臓及びＴＩＬ集団（ＣＤ４５／ＣＤ３／ＣＤ４／ＣＤ８発現）、Ｔｒｅｇの数及び頻度（ＣＤ２５／ＦｏｘＰ３発現）、Ｔｒｅｇの機能（ＣＤ２５ ＭＦＩ）、ＣＤ８+Ｔ細胞エフェクター及び消耗状態（ＧｚｍＡ／ＬＡＧ－３発現及びＰＤ－１ ＭＦＩ）を特性決定する。腫瘍関連Ｔｒｅｇがサプレッサーマクロファージ集団の制御に関連するとされていることから、本発明者らは、Ｍ１及びＭ２頻度の変化について腫瘍のＩＨＣを実施する（Ｆ４／８０／ｉＮＯＳ／Ａｒｇ－１）。
ワクチン群及び対照群あたりの別の６匹のマウスに由来するＴＩＬ及び脾細胞の移植後２１日目におけるネオアンチゲンに対する応答について、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、及びＴＮＦβ用のｅｘ ｖｉｖｏ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて解析する。フローサイトメトリー解析を使用して、ＣＤ４+及びＣＤ８+Ｔ細胞の脾臓及びＴＩＬ集団（ＣＤ４５／ＣＤ３／ＣＤ４／ＣＤ８発現）、Ｔｒｅｇの数及び頻度（ＣＤ２５／ＦｏｘＰ３発現）、Ｔｒｅｇの機能（ＣＤ２５ ＭＦＩ）、ＣＤ８+Ｔ細胞エフェクター及び消耗状態（ＧｚｍＡ／ＬＡＧ－３発現及びＰＤ－１ ＭＦＩ）を特性決定する。腫瘍関連Ｔｒｅｇがサプレッサーマクロファージ集団の制御に関連するとされていることから、本発明者らは、Ｍ１及びＭ２頻度の変化について腫瘍のＩＨＣを実施する（Ｆ４／８０／ｉＮＯＳ／Ａｒｇ－１）。
１１．５ 予想結果
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６が未治療マウスと比較して腫瘍増殖を有意に低下させ、抗ＰＤ－１組み合わせ療法が腫瘍制御をさらに高める（場合によっては、完全な制御を発揮する）ものと予想する。Ｔｒｅｇ誘導が腫瘍増殖を促進することから、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープを含有するワクチンを受けたマウスにおける腫瘍増殖は、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープを含有しないワクチンを接種したマウスにおけるよりも有意に高いものと予想され、これらのマウスにおける腫瘍制御は、未治療マウスにおけるものと類似し得る、または場合により、未治療マウスにおけるものよりも悪くなり得る。ＣＰＩ療法はこれらのマウスにおける腫瘍制御を改善し得るが、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を受けたマウスにおいて認められる組み合わせ効果には近づかない。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンで治療したマウスは、ＣＰＩを用いない状態または用いた状態で、同様に応答するものと予想される。本発明者らは、腫瘍及び全身における免疫応答がこれらの腫瘍増殖予想と相関関係にあるものと予想し、それはすなわち、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を受けたマウスの腫瘍における高いマルチサイトカイン産生性ＣＤ４Ｔ細胞及びＣＤ８Ｔ細胞、より低いＴｒｅｇ頻度、脾臓におけるＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６ペプチドに対する高いＩＦＮγ応答である。潜在的な課題は、「次善」ワクチンとの区別が不可能なＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６で治療したマウスにおける腫瘍制御である。このことは、最適なワクチン投与レジメンが未治療マウスと比較して腫瘍増殖を有意に遅らせることを示すＣＴ２６モデルの予備データ（データは省略）を本発明者らが有しているとはいえ、課題であり得る。本発明者らは、この課題に対処するために、ワクチン用量を増加させてもよく、または用量の数を増加させてもよい。加えて、腫瘍増殖がワクチン間の差異を観察するには速すぎる場合、本発明者らは、移植するＣＴ２６細胞の数を滴定してもよい。
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６が未治療マウスと比較して腫瘍増殖を有意に低下させ、抗ＰＤ－１組み合わせ療法が腫瘍制御をさらに高める（場合によっては、完全な制御を発揮する）ものと予想する。Ｔｒｅｇ誘導が腫瘍増殖を促進することから、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープを含有するワクチンを受けたマウスにおける腫瘍増殖は、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープを含有しないワクチンを接種したマウスにおけるよりも有意に高いものと予想され、これらのマウスにおける腫瘍制御は、未治療マウスにおけるものと類似し得る、または場合により、未治療マウスにおけるものよりも悪くなり得る。ＣＰＩ療法はこれらのマウスにおける腫瘍制御を改善し得るが、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を受けたマウスにおいて認められる組み合わせ効果には近づかない。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンで治療したマウスは、ＣＰＩを用いない状態または用いた状態で、同様に応答するものと予想される。本発明者らは、腫瘍及び全身における免疫応答がこれらの腫瘍増殖予想と相関関係にあるものと予想し、それはすなわち、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６を受けたマウスの腫瘍における高いマルチサイトカイン産生性ＣＤ４Ｔ細胞及びＣＤ８Ｔ細胞、より低いＴｒｅｇ頻度、脾臓におけるＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６ペプチドに対する高いＩＦＮγ応答である。潜在的な課題は、「次善」ワクチンとの区別が不可能なＡＮＣＥＲ（商標）－ＣＴ２６で治療したマウスにおける腫瘍制御である。このことは、最適なワクチン投与レジメンが未治療マウスと比較して腫瘍増殖を有意に遅らせることを示すＣＴ２６モデルの予備データ（データは省略）を本発明者らが有しているとはいえ、課題であり得る。本発明者らは、この課題に対処するために、ワクチン用量を増加させてもよく、または用量の数を増加させてもよい。加えて、腫瘍増殖がワクチン間の差異を観察するには速すぎる場合、本発明者らは、移植するＣＴ２６細胞の数を滴定してもよい。
実施例１２
（予言的）７つの独立した試験を含む大規模マルチパラメータマウスＣＴ２６試験
適切な対照を含む大規模マウスＣＴ２６腫瘍試験を実施することが本発明者らの意図である。試験は８つの独立した試験群に関する洞察を本発明者らに与えるものでなければならないことから、８つの適切に制御された試験を作成する。対照を含む試験全体の設計については図１６に開示している。
（予言的）７つの独立した試験を含む大規模マルチパラメータマウスＣＴ２６試験
適切な対照を含む大規模マウスＣＴ２６腫瘍試験を実施することが本発明者らの意図である。試験は８つの独立した試験群に関する洞察を本発明者らに与えるものでなければならないことから、８つの適切に制御された試験を作成する。対照を含む試験全体の設計については図１６に開示している。
１２．１ 試験＃１：腫瘍増殖阻害モデルにおける本発明者らのワクチンの効果（群１、群４、及び群５を含む）
目標は、ＡＮＣＥＲ（商標）が腫瘍増殖を制御するネオアンチゲンを選択するという概念実証を実証することである。
このことを実証するマウス群は、
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
を含む。
目標は、ＡＮＣＥＲ（商標）が腫瘍増殖を制御するネオアンチゲンを選択するという概念実証を実証することである。
このことを実証するマウス群は、
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
を含む。
１２．２ 試験＃２：抗ＰＤ１との相乗効果（群１、群３、群４、群５、及び群１３を含む）
目標は、ワクチン接種及びチェックポイント阻害剤療法の腫瘍制御への寄与を確認することである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・抗ＰＤ－１
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水＋抗ＰＤ－１。
目標は、ワクチン接種及びチェックポイント阻害剤療法の腫瘍制御への寄与を確認することである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・抗ＰＤ－１
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水＋抗ＰＤ－１。
１２．３ 試験＃３：抗ＣＴＬＡ４との相乗効果（群１、群２、群４、群５、及び群１２を含む）
目標は、ワクチン接種及びチェックポイント阻害剤療法の腫瘍制御への寄与を確認することである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・抗ＣＴＬＡ－４
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水＋抗ＣＴＬＡ４。
目標は、ワクチン接種及びチェックポイント阻害剤療法の腫瘍制御への寄与を確認することである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・抗ＣＴＬＡ－４
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水＋抗ＣＴＬＡ４。
１２．４ 試験＃４：自己及び／またはＴｒｅｇｉｔｏｐｅの効果（群１、群４、群５、群６、群９、群１０、及び群１１を含む）
目標は、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープがネオアンチゲンワクチン効果に対して有する効果を示すことである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・１０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
目標は、Ｔｒｅｇ誘導性エピトープがネオアンチゲンワクチン効果に対して有する効果を示すことである。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・１０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）＋１０種の自己類似ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
１２．５ 試験＃５：自己及び／またはＴｒｅｇｉｔｏｐｅを排除する効果（１、４、６、及び８を含む）
目標は、ネオアンチゲン選択及びワクチン効果に対するＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）の効果を示すことである。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、本明細書で開示する戦略、方法、及び組成物を競合と区別する重要なツールである。２０種の配列をＡＮＣＥＲ（商標）で選択するが、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）結果を考慮に入れることはない。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド－ＪＭＸ無し（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
目標は、ネオアンチゲン選択及びワクチン効果に対するＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）の効果を示すことである。ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）は、本明細書で開示する戦略、方法、及び組成物を競合と区別する重要なツールである。２０種の配列をＡＮＣＥＲ（商標）で選択するが、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）結果を考慮に入れることはない。
このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド－ＪＭＸ無し（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
１２．６ 試験＃６：キャップ付加ペプチドの効果（１、４、５、及び６を含む）
目標は、キャップ付加ペプチドまたはキャップ非付加ペプチドを含有するワクチンの効果を比較することである。デフォルトはキャップ非付加である。キャップ付加により、ワクチン効果を高めるペプチド特性、例えば、半減期または抗原プロセシングなどが変化し得る。
・このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
目標は、キャップ付加ペプチドまたはキャップ非付加ペプチドを含有するワクチンの効果を比較することである。デフォルトはキャップ非付加である。キャップ付加により、ワクチン効果を高めるペプチド特性、例えば、半減期または抗原プロセシングなどが変化し得る。
・このことを実証するマウス群は、以下を含む。
・生理食塩水
・ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ非付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水
・２０種のＡＮＣＥＲ（商標）ペプチド（キャップ付加）／ポリ－ＩＣＬＣ／生理食塩水。
１２．６ 予想結果
本試験に含まれるそれぞれの群において認められる効果は、図１７に記載の範囲に従うものと予想される。
本試験に含まれるそれぞれの群において認められる効果は、図１７に記載の範囲に従うものと予想される。
図１７．それぞれの試験群の予想相対効果。対照群（群１、群２、群３、群４）、ＡＮＣＥＲ誘導ワクチンを試験する群（群５、群６、群７）、ワクチンにおけるＴｒｅｇエピトープの効果を試験する群（群８、群９、群１０、群１１）、及びＡＮＣＥＲ誘導ワクチンとチェックポイント阻害剤の間の相乗効果を試験する群（群１２、群１３）について相対効果を示す。
実施例１３
ＣＴ２６マウス腫瘍モデルを使用したポリ－ＩＣＬＣを用いたまたは用いていない抗腫瘍活性
１３．１ 方法
本実験の目標は、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ネオアンチゲンを含有するペプチドワクチン中にアジュバントポリ－ＩＣＬＣを含ませるための要件を決定することであった。本実験用に、雌Ｂａｌｂ／ｃマウスに３×１０5のＣＴ２６マウス結腸腫瘍細胞を皮下移植した。ノギス測定で腫瘍増殖をモニターし、腫瘍移植の４５日後かまたは腫瘍容積が２０００ｍｍ3に到達するかのどちらか早い方でマウスを屠殺した。
ＣＴ２６マウス腫瘍モデルを使用したポリ－ＩＣＬＣを用いたまたは用いていない抗腫瘍活性
１３．１ 方法
本実験の目標は、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ネオアンチゲンを含有するペプチドワクチン中にアジュバントポリ－ＩＣＬＣを含ませるための要件を決定することであった。本実験用に、雌Ｂａｌｂ／ｃマウスに３×１０5のＣＴ２６マウス結腸腫瘍細胞を皮下移植した。ノギス測定で腫瘍増殖をモニターし、腫瘍移植の４５日後かまたは腫瘍容積が２０００ｍｍ3に到達するかのどちらか早い方でマウスを屠殺した。
４つのワクチン群を試験した（ｎ＝１０匹のマウス／群）。
群１＝ＰＢＳのみ
群２＝ＰＢＳ＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ
群３＝２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択（キャップ非付加）ペプチド＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ
群４＝２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択（キャップ非付加）ペプチドのみ
群１＝ＰＢＳのみ
群２＝ＰＢＳ＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ
群３＝２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択（キャップ非付加）ペプチド＋５０μｇのポリ－ＩＣＬＣ
群４＝２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択（キャップ非付加）ペプチドのみ
ペプチドワクチンは、５μｇ／ペプチドの濃度の２０種の異なるＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチド（免疫化あたり１００μｇのペプチドの総用量）で構成されていた。マウスの免疫化は、腫瘍移植の４日後に開始して、３週間にわたり週に２回、腫瘍移植とは反対側の脇腹に皮下で行った。
１３．２ 結果
図１８は、同系ＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を制御するためにポリ－ＩＣＬＣと共に投与したＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドワクチンの効果を示すグラフである。ポリ－ＩＣＬＣの不在下で投与したペプチドワクチンでは、溶媒（ＰＢＳまたはポリ－ＩＣＬＣのみ）を受けた動物と比較して、腫瘍増殖を制御できなかった。腫瘍移植の２５日後において統計的に有意な腫瘍増殖制御を示す唯一の群が、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドとポリ－ＩＣＬＣの両方を受けた群であったことをデータが示した。ポリ－ＩＣＬＣのみでは、ＰＢＳのみを受けたマウスと比較して腫瘍増殖動態の差異を示さなかった。ポリ－ＩＣＬＣの不在下でＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドを受けたマウスはまた、非ペプチド対照またはポリ－ＩＣＬＣのみと比較して腫瘍増殖を制御できなかった。これらの結果は、腫瘍増殖を制御するために、ポリ－ＩＣＬＣなどのアジュバントをペプチドワクチン注射に含ませることの必要性を示している。
図１８は、同系ＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を制御するためにポリ－ＩＣＬＣと共に投与したＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドワクチンの効果を示すグラフである。ポリ－ＩＣＬＣの不在下で投与したペプチドワクチンでは、溶媒（ＰＢＳまたはポリ－ＩＣＬＣのみ）を受けた動物と比較して、腫瘍増殖を制御できなかった。腫瘍移植の２５日後において統計的に有意な腫瘍増殖制御を示す唯一の群が、ＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドとポリ－ＩＣＬＣの両方を受けた群であったことをデータが示した。ポリ－ＩＣＬＣのみでは、ＰＢＳのみを受けたマウスと比較して腫瘍増殖動態の差異を示さなかった。ポリ－ＩＣＬＣの不在下でＡＮＣＥＲ（商標）選択ペプチドを受けたマウスはまた、非ペプチド対照またはポリ－ＩＣＬＣのみと比較して腫瘍増殖を制御できなかった。これらの結果は、腫瘍増殖を制御するために、ポリ－ＩＣＬＣなどのアジュバントをペプチドワクチン注射に含ませることの必要性を示している。
実施例１４（予言的）
ＭＢ４９マウス膀胱モデルにおける最適な免疫原性を有するネオエピトープワクチンの製造
１４．１ 方法
ネオエピトープワクチン製造において、プロセスが製品である。ミュータノーム及びＨＬＡタイプが人毎に異なることから、同一のネオエピトープワクチンは２つとない。逆に、有効なワクチンを製造するプロセスは変化しない。それゆえ、本発明者らは、２種以上のがんモデルにおいて端から端まで成功する本明細書で開示するネオエピトープワクチン製造プロセスを示すことを提案する。本発明者らは、ヒト膀胱癌とかなり類似していることからマウス移行性ＭＢ４９腫瘍モデルを選択したが、ヒト膀胱癌とかなり類似しているということがマウス移行性ＭＢ４９腫瘍モデルを、新規免疫療法を試験するための興味深いモデルとしている。ＭＢ４９株は、長期初代培養の２日目の化学発がん性物質７，１２－ジメチルベンズ［ａ］アントラセン（ＤＭＢＡ）を用いた単回の２４時間処理によって変換されたＣ５７ＢＬ／６マウス膀胱上皮細胞から誘導される。膀胱内への注射後、マウスは３～７日間以内に尿路上皮癌を形成するが、浸潤リンパ球はフローサイトメトリーを用いて検出することができる。これらの腫瘍はＰＤ－Ｌ１を発現するが、ＰＤ－Ｌ１はＩＦＮγによって上方制御される。この目的において、本発明者らは、ＭＢ４９腫瘍モデルをシークエンスし、Ｔｅｆｆ及びＴｒｅｇネオエピトープを生成する変異を特定し、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いて及び用いることなくＡＮＣＥＲ（商標）選択ＭＢ４９ネオエピトープワクチン（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９」）を設計し、腫瘍保有動物におけるＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９ワクチンの抗腫瘍効果を確認することを提案する。
ＭＢ４９マウス膀胱モデルにおける最適な免疫原性を有するネオエピトープワクチンの製造
１４．１ 方法
ネオエピトープワクチン製造において、プロセスが製品である。ミュータノーム及びＨＬＡタイプが人毎に異なることから、同一のネオエピトープワクチンは２つとない。逆に、有効なワクチンを製造するプロセスは変化しない。それゆえ、本発明者らは、２種以上のがんモデルにおいて端から端まで成功する本明細書で開示するネオエピトープワクチン製造プロセスを示すことを提案する。本発明者らは、ヒト膀胱癌とかなり類似していることからマウス移行性ＭＢ４９腫瘍モデルを選択したが、ヒト膀胱癌とかなり類似しているということがマウス移行性ＭＢ４９腫瘍モデルを、新規免疫療法を試験するための興味深いモデルとしている。ＭＢ４９株は、長期初代培養の２日目の化学発がん性物質７，１２－ジメチルベンズ［ａ］アントラセン（ＤＭＢＡ）を用いた単回の２４時間処理によって変換されたＣ５７ＢＬ／６マウス膀胱上皮細胞から誘導される。膀胱内への注射後、マウスは３～７日間以内に尿路上皮癌を形成するが、浸潤リンパ球はフローサイトメトリーを用いて検出することができる。これらの腫瘍はＰＤ－Ｌ１を発現するが、ＰＤ－Ｌ１はＩＦＮγによって上方制御される。この目的において、本発明者らは、ＭＢ４９腫瘍モデルをシークエンスし、Ｔｅｆｆ及びＴｒｅｇネオエピトープを生成する変異を特定し、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いて及び用いることなくＡＮＣＥＲ（商標）選択ＭＢ４９ネオエピトープワクチン（「ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９」）を設計し、腫瘍保有動物におけるＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９ワクチンの抗腫瘍効果を確認することを提案する。
１４．２ ＭＢ４９発現ミュータノームの定義
本発明者らは、標準的な次世代シークエンシング技術を使用してＭＢ４９エキソーム及びトランスクリプトームをシークエンスし、腫瘍特異的変異を特定するための確立されたバイオインフォマティクス法を使用する。非同義変異をもたらす一塩基多型、インフレーム挿入及び欠失（例えば、インデル）、ならびにフレームシフト挿入及び欠失（例えば、フレームシフト）は、ネオエピトープ予測を進歩させる。
本発明者らは、標準的な次世代シークエンシング技術を使用してＭＢ４９エキソーム及びトランスクリプトームをシークエンスし、腫瘍特異的変異を特定するための確立されたバイオインフォマティクス法を使用する。非同義変異をもたらす一塩基多型、インフレーム挿入及び欠失（例えば、インデル）、ならびにフレームシフト挿入及び欠失（例えば、フレームシフト）は、ネオエピトープ予測を進歩させる。
１４．３ ＭＢ４９ネオエピトープの予測
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームを使用して、防御性Ｔｅｆｆ及び阻害性Ｔｒｅｇを誘導する潜在能を有する腫瘍特異的ＣＤ８+Ｔ細胞ネオエピトープ及び腫瘍特異的ＣＤ４+Ｔ細胞ネオエピトープを特定する。これら高品質なＭＨＣクラスＩネオエピトープ及びＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含ませるために、可能であれば、それぞれの変異の周辺にネオＡｇ配列を設計する。所定の基準、例えば、（ｉ）ＭＨＣクラスＩ結合能及びＭＨＣクラスＩＩ結合能、ならびにＴＣＲ接触部の相同性、（ｉｉ）転写物の存在量及びクローン性、及び（ｉｉｉ）疎水性（例えば、本明細書で開示する）などに基づいてネオＡｇをランク付けした後に、上位２０種のＴｅｆｆネオＡｇをワクチン設計用に選択する。
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）プラットフォームを使用して、防御性Ｔｅｆｆ及び阻害性Ｔｒｅｇを誘導する潜在能を有する腫瘍特異的ＣＤ８+Ｔ細胞ネオエピトープ及び腫瘍特異的ＣＤ４+Ｔ細胞ネオエピトープを特定する。これら高品質なＭＨＣクラスＩネオエピトープ及びＭＨＣクラスＩＩネオエピトープを含ませるために、可能であれば、それぞれの変異の周辺にネオＡｇ配列を設計する。所定の基準、例えば、（ｉ）ＭＨＣクラスＩ結合能及びＭＨＣクラスＩＩ結合能、ならびにＴＣＲ接触部の相同性、（ｉｉ）転写物の存在量及びクローン性、及び（ｉｉｉ）疎水性（例えば、本明細書で開示する）などに基づいてネオＡｇをランク付けした後に、上位２０種のＴｅｆｆネオＡｇをワクチン設計用に選択する。
１４．４ ワクチン製造
ＣＴ２６モデルにおいて実現させた作業と同様に、本発明者らは、本発明者らのバイオインフォマティクスによって特定された上位２０種のネオＡｇに相当する上位２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＭＢ４９ネオエピトープ（ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９）を合成し、それらを例示的なアジュバントとしてのポリ－ＩＣＬＣと配合する。より具体的には、本発明者らは、マルチペプチド合成装置を使用して、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）プロセスを用い、トリフルオロ酢酸塩としてのペプチド（平均して１５～２５アミノ酸残基）を合成する。ワクチン中に含まれるペプチドは完全に合成であるが、それらペプチドは完全に、天然の非修飾アミノ酸で構成されている。全てのペプチドは、分析証明書付きの非ＧＭＰ品質基準で製造される。２０種のペプチドを、個々のペプチドの溶解性に応じて最大４％のジメチルスルホキシドを含有する水または等張ブドウ糖中に溶解させ、その後、ポリ－ＩＣＬＣ（０．５ｍｇ）と混合する。
ＣＴ２６モデルにおいて実現させた作業と同様に、本発明者らは、本発明者らのバイオインフォマティクスによって特定された上位２０種のネオＡｇに相当する上位２０種のＡＮＣＥＲ（商標）選択ＭＢ４９ネオエピトープ（ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９）を合成し、それらを例示的なアジュバントとしてのポリ－ＩＣＬＣと配合する。より具体的には、本発明者らは、マルチペプチド合成装置を使用して、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）プロセスを用い、トリフルオロ酢酸塩としてのペプチド（平均して１５～２５アミノ酸残基）を合成する。ワクチン中に含まれるペプチドは完全に合成であるが、それらペプチドは完全に、天然の非修飾アミノ酸で構成されている。全てのペプチドは、分析証明書付きの非ＧＭＰ品質基準で製造される。２０種のペプチドを、個々のペプチドの溶解性に応じて最大４％のジメチルスルホキシドを含有する水または等張ブドウ糖中に溶解させ、その後、ポリ－ＩＣＬＣ（０．５ｍｇ）と混合する。
１４．５ 腫瘍保有マウスにおけるＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９の治療効果の評価
麻酔下、カテーテルを介して、Ｃ５７ＢＬ／６マウスの膀胱内に１×１０5の腫瘍細胞を点滴する。膀胱の天然環境における腫瘍は、皮下モデルにおけるよりも良好に増殖し、３日間以内に成長する。このモデルの生存期間は最長３週間である。ポリ－ＩＣＬＣを用いて製剤化されたＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９の皮下注射で１０匹のマウスの群を感作する。腫瘍点滴マウスの比較群は、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく発見されたＭＢ４９ネオエピトープペプチドを含有する同様に製剤化されたワクチンを受ける。免疫化スケジュールは、目的２で実施した投与スケジュール試験において決定したとおりである。対照は、生理食塩水またはポリ－ＩＣＬＣを単独で受ける腫瘍移植マウスのマッチ群を含む。対応する群のマウスに、２週間にわたる隔週の５ｍｇ／ｋｇ用量で投与する抗ＰＤ－１（ＲＭＰ１－１４）と組み合わせたワクチンを受けさせ、抗ＰＤ－１単剤療法と比較する。
麻酔下、カテーテルを介して、Ｃ５７ＢＬ／６マウスの膀胱内に１×１０5の腫瘍細胞を点滴する。膀胱の天然環境における腫瘍は、皮下モデルにおけるよりも良好に増殖し、３日間以内に成長する。このモデルの生存期間は最長３週間である。ポリ－ＩＣＬＣを用いて製剤化されたＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９の皮下注射で１０匹のマウスの群を感作する。腫瘍点滴マウスの比較群は、ＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく発見されたＭＢ４９ネオエピトープペプチドを含有する同様に製剤化されたワクチンを受ける。免疫化スケジュールは、目的２で実施した投与スケジュール試験において決定したとおりである。対照は、生理食塩水またはポリ－ＩＣＬＣを単独で受ける腫瘍移植マウスのマッチ群を含む。対応する群のマウスに、２週間にわたる隔週の５ｍｇ／ｋｇ用量で投与する抗ＰＤ－１（ＲＭＰ１－１４）と組み合わせたワクチンを受けさせ、抗ＰＤ－１単剤療法と比較する。
ルシフェラーゼ導入を用いて、試験のエンドポイント（２，０００ｍｍ3の腫瘍容積または４５日目のいずれか、どちらか早い方）まで、生体内イメージング（Ｘｅｎｏｇｅｎ ＩＶＩＳ ２００光学イメージングシステム）で腫瘍進行を隔週で追跡する。実験の結果から生存曲線を作成する。それぞれのワクチン候補の効果を、後の時点で測定する。
１４．６ 免疫モニタリング試験
ワクチン群及び対照群あたりの別の６匹のマウスに由来するＴＩＬ及び脾細胞の腫瘍移植後２１日目におけるネオアンチゲンに対する応答について、上記の実験用に記載したのと同一のプロトコルに従って解析する。
ワクチン群及び対照群あたりの別の６匹のマウスに由来するＴＩＬ及び脾細胞の腫瘍移植後２１日目におけるネオアンチゲンに対する応答について、上記の実験用に記載したのと同一のプロトコルに従って解析する。
１４．７ 予想結果
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９が未処置マウスまたはＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンで処置したマウスと比較して腫瘍増殖を有意に低下させ、抗ＰＤ－１組み合わせ療法が腫瘍制御をさらに高める（場合によっては、完全な制御を発揮する）ものと予想する。
本発明者らは、ＡＮＣＥＲ（商標）－ＭＢ４９が未処置マウスまたはＪＡＮＵＳＭＡＴＲＩＸ（商標）を用いることなく設計されたワクチンで処置したマウスと比較して腫瘍増殖を有意に低下させ、抗ＰＤ－１組み合わせ療法が腫瘍制御をさらに高める（場合によっては、完全な制御を発揮する）ものと予想する。
実施例１５（予言的）
ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＨＬＡペプチド結合アッセイ
患者の全エキソームシークエンシングデータから特定された個々の腫瘍特異的変異ペプチド（例えば、本明細書で開示する、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＨＬＡ結合を、ｉｎ ｖｉｔｒｏ競合結合アッセイで試験することによって確認する。このアッセイでは、試験ペプチドの結合親和性を、結合親和性が既知の対照ペプチドによるＨＬＡ結合の阻害を測定することによって確かめる。試験ペプチドを、対応するＨＬＡ分子と共に、所定濃度の対照ペプチドと、数種類の濃度で培養する。対照ペプチドのＨＬＡ分子への結合が阻害されるレベルをそれぞれの試験ペプチド濃度で測定し、これらのデータを使用して、アッセイで評価する特定のＨＬＡ分子に対する試験ペプチドの結合親和性を確認する。
ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＨＬＡペプチド結合アッセイ
患者の全エキソームシークエンシングデータから特定された個々の腫瘍特異的変異ペプチド（例えば、本明細書で開示する、１種または複数種の特定されたネオエピトープを含むペプチドまたはポリペプチド）のＨＬＡ結合を、ｉｎ ｖｉｔｒｏ競合結合アッセイで試験することによって確認する。このアッセイでは、試験ペプチドの結合親和性を、結合親和性が既知の対照ペプチドによるＨＬＡ結合の阻害を測定することによって確かめる。試験ペプチドを、対応するＨＬＡ分子と共に、所定濃度の対照ペプチドと、数種類の濃度で培養する。対照ペプチドのＨＬＡ分子への結合が阻害されるレベルをそれぞれの試験ペプチド濃度で測定し、これらのデータを使用して、アッセイで評価する特定のＨＬＡ分子に対する試験ペプチドの結合親和性を確認する。
実施例１６（予言的）
ｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコル
患者特異的ＨＬＡ分子へのペプチド結合を確認した後、本発明者らは、患者のＴ細胞が腫瘍特異的変異ペプチド（例えば、少なくとも１種の特定されたネオエピトープ（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）のアミノ酸配列、ならびに任意選択的に、少なくとも１種の特定されたネオエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチド）を認識してそれらに応答する能力を測定する。患者ＨＬＡ分子と結合することが確認された変異ペプチドを合成して、患者由来の専業的な抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）、例えば、自家樹状細胞またはＣＤ４０Ｌで増殖した自家Ｂ細胞などを興奮させるのに使用する。ＩＬ－２及びＩＬ－７の存在下における、ペプチドで興奮させた自家ｐＡＰＣを用いた毎週のｉｎ ｖｉｔｒｏ再刺激を使用して、患者由来Ｔ細胞を増殖させる。数週間の培養後、ＩＦＮ－γ放出を測定するためのＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、増殖したＴ細胞のペプチド－ＨＬＡ特異的反応性を試験する。クロム放出アッセイなどのｉｎ ｖｉｔｒｏ殺傷アッセイ、または患者Ｔ細胞クローンを用いた同等の方法を使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞応答の更なる特性決定を実施してもよい。Ｔ細胞クローンは、ペプチドで興奮させた自家ｐＡＰＣを使用し、標準的なプロトコルに従った限界希釈による追加のクローニングステップを含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ刺激によって作製される。
ｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコル
患者特異的ＨＬＡ分子へのペプチド結合を確認した後、本発明者らは、患者のＴ細胞が腫瘍特異的変異ペプチド（例えば、少なくとも１種の特定されたネオエピトープ（及び／またはそのフラグメントまたはバリアント）のアミノ酸配列、ならびに任意選択的に、少なくとも１種の特定されたネオエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチド）を認識してそれらに応答する能力を測定する。患者ＨＬＡ分子と結合することが確認された変異ペプチドを合成して、患者由来の専業的な抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）、例えば、自家樹状細胞またはＣＤ４０Ｌで増殖した自家Ｂ細胞などを興奮させるのに使用する。ＩＬ－２及びＩＬ－７の存在下における、ペプチドで興奮させた自家ｐＡＰＣを用いた毎週のｉｎ ｖｉｔｒｏ再刺激を使用して、患者由来Ｔ細胞を増殖させる。数週間の培養後、ＩＦＮ－γ放出を測定するためのＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、増殖したＴ細胞のペプチド－ＨＬＡ特異的反応性を試験する。クロム放出アッセイなどのｉｎ ｖｉｔｒｏ殺傷アッセイ、または患者Ｔ細胞クローンを用いた同等の方法を使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞応答の更なる特性決定を実施してもよい。Ｔ細胞クローンは、ペプチドで興奮させた自家ｐＡＰＣを使用し、標準的なプロトコルに従った限界希釈による追加のクローニングステップを含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ刺激によって作製される。
実施例１７（予言的）
阻害性Ｔｒｅｇペプチド配列の評価
エフェクターＴ細胞機能を抑制することができる阻害性の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）応答を活性化させるペプチド配列の能力は、破傷風トキソイドバイスタンダー抑制アッセイ（ＴＴＢＳＡ）と呼ばれるｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを使用して評価する。このアッセイは、破傷風トキソイドに特異的なメモリーＴ細胞の機能を抑制するＴｒｅｇの能力に基づいている。破傷風トキソイドを用いた免疫化歴を有する患者に由来する末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を培養することにより、破傷風トキソイド特異的ＣＤ４+エフェクターＴ細胞の増殖がもたらされる。Ｔｒｅｇが認識するペプチドを破傷風トキソイドと共にｉｎ ｖｉｔｒｏで加えると、破傷風トキソイド特異的ＣＤ４+エフェクターＴ細胞の活性化及び増殖がＴｒｅｇによって用量依存的に阻害される。このエフェクターＴ細胞の活性化及び増殖の阻害は、ペプチド特異的Ｔｒｅｇ活性の指標として使用される。
阻害性Ｔｒｅｇペプチド配列の評価
エフェクターＴ細胞機能を抑制することができる阻害性の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）応答を活性化させるペプチド配列の能力は、破傷風トキソイドバイスタンダー抑制アッセイ（ＴＴＢＳＡ）と呼ばれるｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを使用して評価する。このアッセイは、破傷風トキソイドに特異的なメモリーＴ細胞の機能を抑制するＴｒｅｇの能力に基づいている。破傷風トキソイドを用いた免疫化歴を有する患者に由来する末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を培養することにより、破傷風トキソイド特異的ＣＤ４+エフェクターＴ細胞の増殖がもたらされる。Ｔｒｅｇが認識するペプチドを破傷風トキソイドと共にｉｎ ｖｉｔｒｏで加えると、破傷風トキソイド特異的ＣＤ４+エフェクターＴ細胞の活性化及び増殖がＴｒｅｇによって用量依存的に阻害される。このエフェクターＴ細胞の活性化及び増殖の阻害は、ペプチド特異的Ｔｒｅｇ活性の指標として使用される。
実施例１８（予言的）
阻害性Ｔｒｅｇペプチド配列の評価
交差反応性または自己反応性のＴ細胞応答は、非同義アミノ酸置換を含有し自家ｐＡＰＣによって提示されるネオエピトープペプチドを使用したＴ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ感作によって試験される。このｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコルは、Ｗｕｌｌｎｅｒ ｅｔ ａｌ．が確立した方法（Ｗｕｌｌｎｅｒ Ｄ，Ｚｈｏｕ Ｌ，Ｂｒａｍｈａｌｌ Ｅ，Ｋｕｃｋ Ａ，Ｇｏｌｅｔｚ ＴＪ，Ｓｗａｎｓｏｎ Ｓ，Ｃｈｉｒｍｕｌｅ Ｎ，Ｊａｗａ Ｖ．Ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＰＢＭＣ Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ Ａｓｓａｙ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０ Ｏｃｔ；１３７（１）：５－１４（その全体は参照により組み込まれる））に従っていてもよい。次に、ネオエピトープペプチドへのｉｎ ｖｉｔｒｏ感作後に拡張するＴ細胞が、対応する天然または野生型（非変異）のペプチドエピトープに対する反応性について試験される。天然のペプチド配列に対する反応性は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２を含むがこれらに限定されないサイトカイン産生、及び／または、ＣＤ１０７ａ及びグランザイムＢを含むがこれらに限定されないＴ細胞エフェクター機能のマーカーを測定することによって確認される。
阻害性Ｔｒｅｇペプチド配列の評価
交差反応性または自己反応性のＴ細胞応答は、非同義アミノ酸置換を含有し自家ｐＡＰＣによって提示されるネオエピトープペプチドを使用したＴ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ感作によって試験される。このｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫原性プロトコルは、Ｗｕｌｌｎｅｒ ｅｔ ａｌ．が確立した方法（Ｗｕｌｌｎｅｒ Ｄ，Ｚｈｏｕ Ｌ，Ｂｒａｍｈａｌｌ Ｅ，Ｋｕｃｋ Ａ，Ｇｏｌｅｔｚ ＴＪ，Ｓｗａｎｓｏｎ Ｓ，Ｃｈｉｒｍｕｌｅ Ｎ，Ｊａｗａ Ｖ．Ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＰＢＭＣ Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ Ａｓｓａｙ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０ Ｏｃｔ；１３７（１）：５－１４（その全体は参照により組み込まれる））に従っていてもよい。次に、ネオエピトープペプチドへのｉｎ ｖｉｔｒｏ感作後に拡張するＴ細胞が、対応する天然または野生型（非変異）のペプチドエピトープに対する反応性について試験される。天然のペプチド配列に対する反応性は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２を含むがこれらに限定されないサイトカイン産生、及び／または、ＣＤ１０７ａ及びグランザイムＢを含むがこれらに限定されないＴ細胞エフェクター機能のマーカーを測定することによって確認される。
本発明の実施形態を詳細に例示及び記載してきたが、別の態様及び実施形態が添付の特許請求の範囲によって定義されるクレームの範囲内であることを当業者は理解するであろう。
Claims (69)
- 対象における新生物を治療するための方法であって、（ａ）１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、及びそれに続いて、（ｂ）１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む有効量の１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを投与すること、を含み、ステップ（ａ）で投与される１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む前記ペプチドまたはポリペプチド、及びステップ（ｂ）で投与される１種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む前記対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）ネオエピトープを排除する、前記方法。
- １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、
場合に、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアント、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの前記ポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである、請求項１に記載の方法。 - 表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアント、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの前記ポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている、
場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない、請求項２に記載の方法。 - 対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出すること及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認すること、ならびに、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、
場合に、表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアント、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの前記ポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドのうちの１種または複数種を投与すること、
をさらに含む、請求項１から請求項３のいずれか１項に記載の方法。 - 表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアント、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの前記ポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかである前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている、
場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない、請求項４に記載の方法。 - １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド（表Ａ（配列番号：１０５～１６３）、表Ｂ（配列番号：１６４～３５０）、及び／または表Ｃの１種または複数種のペプチドまたはポリペプチド、及び／またはそのフラグメント及びバリアント、ならびに任意選択的に、表Ａ、表Ｂ、及び／または表Ｃの前記ポリペプチドのＮ末端及び／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になるかであるペプチドまたはポリペプチドを含む）は、対象に由来する新生物試料（例えば、腫瘍組織、例えば、膀胱癌腫瘍組織など）における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認する１週間以内に投与される、請求項１から請求項５のいずれか１項に記載の方法。
- 前記１種または複数種の特定された共通のネオエピトープは、
ｉ）対象の新生物標本に由来する特定された共通の新生物特異的変異を評価して、前記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている共通のネオエピトープを特定すること、
ｉｉ）ステップ（ｉ）の前記変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞に結合することが知られているまたは確認されているこのように特定されたネオエピトープを前記共通のネオエピトープから排除すること、
を含む方法によって特定される、請求項１に記載の方法。 - 前記共通の新生物特異的変異は共通の新生物特異的体細胞変異である、請求項７に記載の方法。
- 前記共通の新生物特異的体細胞変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、インフレーム挿入、インフレーム欠失、フレームシフト挿入、及びフレームシフト欠失である、請求項７または請求項８のいずれか１項に記載の方法。
- 前記共通の新生物特異的体細胞変異は、新生物を有すると診断された前記対象の前記新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である、請求項７または請求項８のいずれか１項に記載の方法。
- ステップ（ｉ）で前記共通の新生物特異的変異を評価して、前記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている共通のネオエピトープを特定することは、
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定することであって、前記変異ペプチドは前記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている、前記測定すること、
ｂ）前記１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定することであって、前記非変異ペプチドは、前記コードされた前記共通の新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である、前記測定すること、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した少なくとも１０，０００のペプチドの結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の前記変異ペプチドとステップ（ｂ）の前記非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び
ｅ）
１）前記変異ペプチドが、前記予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、前記非変異ペプチドが、前記予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または
２）前記変異ペプチドが、前記予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、前記非変異ペプチドが、前記予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、前記変異ペプチドと前記非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、
前記変異ペプチドを共通のネオエピトープとして特定すること、
を含む、請求項７から請求項１０のいずれか１項に記載の方法。 - 前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である、請求項１１に記載の方法。
- 前記１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である、請求項１１に記載の方法。
- 前記１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である、請求項１２に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にある、請求項１４に記載の方法。
- ステップ（ｉ）で前記共通の新生物特異的変異を評価して、前記変異によってコードされている知られているまたは確認されている共通のネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む、請求項７から請求項１５のいずれか１項に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）における、前記共通の新生物特異的変異によってコードされている知られているまたは確認されている共通のネオエピトープを特定するための前記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、推定上のＴ細胞エピトープでタンパク質配列をスクリーニングするためのアルゴリズムを使用することを含む、請求項１６に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）で前記共通の新生物特異的変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、前記変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認することを含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、前記変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープとして特定される、請求項７から請求項１７のいずれか１項に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定された共通のネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定された共通のネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定された共通のネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定された共通のネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある、請求項１８に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）で前記変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む、請求項７から請求項１９のいずれか１項に記載の方法。
- 前記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、制御性Ｔ細胞との交差反応性を予測するアルゴリズムを使用して、前記特定された共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む、請求項２０に記載の方法。
- 特定された共通のネオエピトープは、前記共通のネオエピトープのスコアが所定のカットオフ超である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測される、請求項２１に記載の方法。
- ステップ（ｉｉｉ）で前記変異によってコードされている前記特定された共通のネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、前記特定された共通のネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞に結合するかどうかを確認することを含む、請求項７から請求項２０のいずれか１項に記載の方法。
- 共通のネオエピトープは、前記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される、請求項２３に記載の方法。
- 前記特定された共通のネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む、請求項２０から請求項２２のいずれか１項に記載の方法。
- 共通のネオエピトープは、前記共通のネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される、請求項２５に記載の方法。
- ｉｉｉ）少なくとも１種のペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、前記ペプチドまたはポリペプチドは、前記共通のネオエピトープが、ステップ（ｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているものと特定されていない場合、前記共通の新生物特異的変異によってコードされている少なくとも１種の特定された共通のネオエピトープを含む、請求項７から請求項２６のいずれか１項に記載の方法。
- ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）で設計した前記少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または前記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供すること
をさらに含む、請求項２７に記載の方法。 - ｖ）ステップ（ｉｖ）で提供した前記少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供すること
をさらに含む、請求項２８に記載の方法。 - １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、薬学的に許容されるアジュバント及び／または担体と共に投与される、請求項１から請求項２９のいずれか１項に記載の方法。
- １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、
前記対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または
有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）
場合に、ステップ（ａ）において投与される、請求項１から請求項３０のいずれか１項に記載の方法。 - １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている、
場合に、ステップ（ａ）において投与されない、請求項１から請求項３１のいずれか１項に記載の方法。 - 対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出すること及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認すること、ならびに、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出された共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、
場合に、１種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドを投与すること、
をさらに含む、請求項１から請求項３２のいずれか１項に記載の方法。 - １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象に由来する新生物試料において検出されていない共通の新生物特異的変異によってコードされている、
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、前記対象のＭＨＣタンパク質に結合しないことが知られているまたは確認されている、及び／または
前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドが、有害または抑制的な免疫応答をもたらし得る前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている、
場合に、新生物を有することが疑われているまたは有している対象には投与されない、請求項３３に記載の方法。 - １種または複数種の特定された共通のネオエピトープを含む前記１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドは、対象に由来する新生物試料における１種または複数種の腫瘍特異的変異を検出する及び／または前記対象に存在するＨＬＡアロタイプを確認する１週間以内に投与される、請求項７から請求項３４のいずれか１項に記載の方法。
- １種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む対象特異的ペプチドまたはポリペプチドのうちの前記１種または複数種は、
ｉ）対象の新生物標本における新生物特異的変異を特定すること、
ｉｉ）ステップ（ｉ）で特定された前記新生物特異的変異を評価して、前記変異によってコードされている知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することであって、前記ネオエピトープは前記対象のＭＨＣタンパク質に結合することが知られているまたは確認されている（例えば、予測されている）、前記特定すること、及び
ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定し、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているこのような特定されたネオエピトープを前記対象特異的ネオエピトープから排除すること、
を含む方法によって特定される、請求項１に記載の方法。 - ステップ（ｉ）で新生物特異的変異を特定することは、新生物を有すると診断された前記対象に由来する新生物標本及び非新生物標本の完全または部分的なゲノム、エキソーム、及び／またはトランスクリプトーム間の配列差異を特定することを含む、請求項３６に記載の方法。
- 新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む、請求項３６または請求項３７のいずれか１項に記載の方法。
- ステップ（ｉ）で新生物特異的変異を特定することは、非新生物試料に存在しない変異をそれぞれが含む複数種の核酸配列を前記新生物から選択することを含む、請求項３６または請求項３７のいずれか１項に記載の方法。
- 新生物特異的変異を特定することまたは配列差異を特定することは、前記新生物標本のゲノムＤＮＡ及び／またはＲＮＡをシークエンシングすることを含む、請求項３６または請求項３７のいずれか１項に記載の方法。
- 前記非新生物標本は、新生物を有すると診断された前記対象に由来する、請求項３７に記載の方法。
- 前記新生物特異的変異は新生物特異的体細胞変異である、請求項３６から請求項４１のいずれか１項に記載の方法。
- 前記新生物特異的体細胞変異は、一塩基多型（ＳＮＶ）、インフレーム挿入、インフレーム欠失、フレームシフト挿入、及びフレームシフト欠失である、請求項３６から請求項４１のいずれか１項に記載の方法。
- 前記新生物特異的体細胞変異は、新生物を有すると診断された前記対象の前記新生物標本においてコードされているタンパク質の変異である、請求項４２または請求項４３に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）で前記新生物特異的変異を評価して、前記変異によってコードされている知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、
ａ）１種または複数種のＭＨＣ分子に対する変異ペプチドの結合スコアを測定することであって、前記変異ペプチドは前記新生物特異的変異のうちの少なくとも１種によってコードされている、前記測定すること、
ｂ）前記１種または複数種のＭＨＣ分子に対する非変異ペプチドの結合スコアを測定することであって、前記非変異ペプチドは、前記コードされた前記新生物特異的変異のうちの少なくとも１つ以外は変異ペプチドと同一である、前記測定すること、
ｃ）自然に認められるアミノ酸頻度を使用して無作為に生成した少なくとも１０，０００のペプチドの結合スコアの予想分布と比較した、ステップ（ａ）の前記変異ペプチドとステップ（ｂ）の前記非変異ペプチドの両方の結合スコアのパーセンタイルランクを求めること、
ｄ）前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドのＴＣＲ接触アミノ酸残基を確認すること、及び
ｅ）
１）前記変異ペプチドが、前記予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、前記非変異ペプチドが、前記予想分布の上位１０パーセンタイル未満の測定結合スコアを有する場合、または
２）前記変異ペプチドが、前記予想分布の上位５パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、前記非変異ペプチドが、前記予想分布の上位１０パーセンタイル内の測定結合スコアを有し、かつ、前記変異ペプチドと前記非変異ペプチドの間に少なくとも１つのミスマッチＴＣＲ接触アミノ酸が存在している場合に、
前記変異ペプチドをネオエピトープとして特定すること、
を含む、請求項３６から請求項４４のいずれか１項に記載の方法。 - 前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドは両方共、９アミノ酸長である、または、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドは両方共、１０アミノ酸長である、請求項４５に記載の方法。
- 前記１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である、請求項４５に記載の方法。
- 前記１種または複数種のＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である、請求項４６に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒ変異ペプチド及び９－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒ変異ペプチド及び１０－ｍｅｒ非変異ペプチドの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記変異ペプチド及び前記非変異ペプチドの４、５、６、７、８、及び９位にある、請求項４８に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）で前記新生物特異的変異を評価して、前記変異によってコードされている知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む、請求項３６から請求項４９のいずれか１項に記載の方法。
- ステップ（ｉｉ）における、前記変異によってコードされている知られているまたは確認されているネオエピトープを特定するための前記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、推定上のＴ細胞エピトープでタンパク質配列をスクリーニングするためのアルゴリズムを使用することを含む、請求項５０に記載の方法。
- ステップ（ｉｉｉ）で前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープが、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有しているかどうかを確認することを含み、ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触部を共有していることが確認された、前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープは、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープとして特定される、請求項３６から請求項５１のいずれか１項に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの２、３、５、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位にある、請求項５２に記載の方法。
- ステップ（ｉｉｉ）で前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験を含む、請求項３６から請求項５３のいずれか１項に記載の方法。
- 前記ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ試験は、制御性Ｔ細胞との交差反応性を予測するアルゴリズムを使用して、前記特定されたネオエピトープが、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測されるかどうかを解析することを含む、請求項５４に記載の方法。
- 特定されたネオエピトープは、前記ネオエピトープのスコアが所定のカットオフ超である場合に、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合すると予測される、請求項５５に記載の方法。
- ステップ（ｉｉｉ）で前記変異によってコードされている前記特定されたネオエピトープを評価して、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているネオエピトープを特定することは、前記特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することを含む、請求項３６から請求項５３のいずれか１項に記載の方法。
- ネオエピトープは、前記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される、請求項５７に記載の方法。
- 前記特定されたネオエピトープがｉｎ ｖｉｔｒｏで制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合するかどうかを確認することをさらに含む、請求項５４から請求項５６のいずれか１項に記載の方法。
- ネオエピトープは、前記ネオエピトープが、制御性Ｔ細胞の活性化、増殖、及び／またはＩＬ－１０またはＴＧＦ－βの産生をもたらす場合に、制御性Ｔ細胞に結合することが確認される、請求項５９に記載の方法。
- ｉｖ）少なくとも１種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドを設計することをさらに含み、前記ペプチドまたはポリペプチドは、前記ネオエピトープが、ステップ（ｉｉｉ）において、制御性Ｔ細胞及び／またはその他の有害なＴ細胞（潜在的な宿主交差反応性を有するＴ細胞及び／またはアネルギー性Ｔ細胞を含む）に結合することが知られているまたは確認されているものと特定されていない場合、前記変異によってコードされている少なくとも１種の特定されたネオエピトープを含む、請求項３６から請求項６０のいずれか１項に記載の方法。
- ｖ）ステップ（ｉｖ）で設計した前記少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチド、または前記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を提供すること
をさらに含む、請求項６１に記載の方法。 - ｖｉ）ステップ（ｖ）で提供した前記少なくとも１種のペプチドもしくはポリペプチドまたは核酸を含むワクチンを提供すること
をさらに含む、請求項６２に記載の方法。 - １種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む前記１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、薬学的に許容されるアジュバント及び／または担体と共に投与される、請求項１から請求項６３のいずれか１項に記載の方法。
- １種または複数種の特定された対象特異的ネオエピトープを含む前記１種または複数種の対象特異的ペプチドまたはポリペプチドは、有効量の１種または複数種のペプチドまたはポリペプチドでおおよそ３週間投与される、請求項１から請求項６４のいずれか１項に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある、請求項１４に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある、請求項１８に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触アミノ酸残基は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある、請求項４８に記載の方法。
- ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、２、３、５、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、及び８位、１、４、５、６、７及び８位、または１、３、４、５、６、７、及び８位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、及び８位の残基の任意の組み合わせにあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、前記特定されたネオエピトープの４、５、６、７、８、及び９位、１、４、５、６、７、８、及び９位、または１、３、４、５、６、７、８、及び９位にあり、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０－ｍｅｒの特定されたネオエピトープの前記ＴＣＲ接触部は、アミノ末端からカウントして、１、３、４、５、６、７、８、及び９位の残基の任意の組み合わせにある、請求項５２に記載の方法。
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