JP2023522588A - 個別化された治療用抗がんワクチン - Google Patents
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Abstract
本発明は、個別化された治療用抗がんワクチン、そのような抗がんワクチンが使用されるがんの処置方法の他に、該ワクチンを製造する方法に関する。【選択図】図１
Description
本発明は、個別化された治療用抗がんワクチン、そのような抗がんワクチンが使用されるがんの処置方法の他に、該ワクチンを製造する方法に関する。
がんの処置は、特に、生存を意義深く増加させてきた早期検出及び診断に起因して、過去数十年にかけて改善されてきたが、がんを有すると診断された患者の約６０％のみが診断後に５年生存する。使用されているがん処置のほとんどは外科的処置、放射線及び細胞傷害性化学療法薬であるが、それらはすべて深刻な副作用を有する。過去数年において、患者自身の免疫系の助けと共にがん細胞を標的化するがん免疫療法、即ち抗がんワクチンが関心を集めており、その理由は、そのような療法は、伝統的ながん処置において見られる副作用の一部を低減させ得るか、又は排除することさえあり得るからである。
免疫学の基礎は自己－非自己の識別に基づく。感染性疾患を誘導する病原体のほとんどは、宿主により認識されて免疫応答を惹起し得る分子シグネチャーを含有する。しかしながら、腫瘍細胞は正常細胞に由来し、一般にいかなる分子シグネチャーも発現しないため、それらを正常細胞から区別することはより困難となる。それにもかかわらず、ほとんどの腫瘍細胞は異なる種類の腫瘍抗原を発現する。これらは、共有腫瘍抗原、即ち複数の個体において同じ種類の腫瘍により発現されるか、若しくは複数の個体において様々な腫瘍により発現される抗原であり得るか、又は特定の患者において見出される患者特異的抗原であり得る。
共有腫瘍抗原としては、過剰発現されるか又は異常に発現される細胞タンパク質、がん遺伝子又は腫瘍抑制因子遺伝子中の突然変異及びウイルス抗原が挙げられる。患者特異的腫瘍抗原は、問題とするタンパク質のアミノ酸配列における変化に繋がる腫瘍ゲノム中の１つ以上の突然変異に起因して生じ得る。これらとしては、非同義突然変異、フレームシフト突然変異、融合抗原及びイントロン保持抗原が挙げられる。
本発明者らは、ワクチンが設計及び生産された患者中に存在する共有腫瘍抗原に対する免疫応答、並びに任意選択的に追加的に患者特異的腫瘍抗原に対する免疫応答を産生させる個別化された抗がんワクチンは、腫瘍細胞の増殖を制御又は阻害するために必要な抗がん免疫応答を向上させることを発見した。
定義
腫瘍は、固形腫瘍と、体液、例えば血液中に見出される腫瘍細胞との両方のために本明細書の文脈において使用される。
腫瘍は、固形腫瘍と、体液、例えば血液中に見出される腫瘍細胞との両方のために本明細書の文脈において使用される。
患者特異的腫瘍抗原、患者特異的がん抗原及び患者特異的抗原は、特異的な個体／患者において見出される腫瘍抗原のために本明細書において交換可能に使用され、前記腫瘍抗原は、患者の正常細胞と比較して腫瘍細胞中に見出される１つ以上の突然変異を含む。
患者特異的腫瘍エピトープ、患者特異的がんエピトープ、患者特異的エピトープ及びネオエピトープは、患者特異的腫瘍抗原に含まれるペプチドであって、１つ以上の免疫原性突然変異を含むペプチドのために本明細書において交換可能に使用される。
患者特異的腫瘍エピトープ配列、患者特異的がんエピトープ配列、患者特異的エピトープ配列及びネオエピトープ配列は、該エピトープ／ネオエピトープをコードする核酸配列又は該エピトープ／ネオエピトープを含むアミノ酸配列を記載するために本明細書において交換可能に使用される。
共有腫瘍抗原、共有がん抗原及び共有抗原は、複数の個体において同じ種類の腫瘍により発現されるか、又は複数の個体において様々な腫瘍により発現される腫瘍抗原を記載するために本明細書において交換可能に使用される。
共有腫瘍抗原配列、共有がん抗原配列及び共有抗原配列は、共有抗原の部分若しくは全体をコードする核酸配列又は該部分若しくは全体を含むアミノ酸配列を記載するために本明細書において交換可能に使用される。
患者提示共有（patient-present shared）腫瘍抗原、患者提示共有がん抗原及び患者提示共有抗原は、前記患者中に存在するか、又は存在することが同定されている共有腫瘍抗原を記載するために本明細書において交換可能に使用される。
患者提示共有腫瘍抗原配列、患者提示共有がん抗原配列及び患者提示共有抗原配列は、患者提示共有抗原の部分若しくは全体をコードする核酸配列又は該部分若しくは全体を含むアミノ酸配列を記載するために本明細書において交換可能に使用される。
個別化された治療用抗がんワクチンは、個体中に既に存在する腫瘍細胞を認識してそのような腫瘍細胞の増殖を制御又は阻害することができる免疫応答を刺激する目的と共に特異的な個体／患者のために設計及び生産されるワクチンを記載するために使用される。
個体及び患者は本明細書において交換可能に使用され、がんを有するか、又はがんを有することが疑われる特異的な人間を表す。
発明の詳細な説明
がんは、突然変異に起因して細胞の異常な、制御されない増殖を開始する１つ又は少数の細胞により患者の正常組織から発症する。がん細胞は突然変異しているが、ゲノムのほとんどはインタクトであり、患者における残りの細胞と同一である。腫瘍を攻撃する１つのアプローチは、個体／患者における任意の腫瘍は独特であり、患者特異的突然変異は、特定の患者に独特の、患者特異的突然変異型タンパク質（腫瘍特異的抗原）の発現に繋がるという知識に基づく。これらの腫瘍特異的及び患者特異的抗原は、患者の正常細胞中のいかなるタンパク質とも同一でない。したがって、そのような患者特異的抗原は、問題とする患者のために特異的に生産される治療用抗がんワクチン、即ち個別化された治療用抗がんワクチンのための好適な標的であるはずである。この種類の抗がんワクチンに伴う課題は、患者特異的抗原がそれらの予測される治療有効性に従ってワクチンに含めるために選択されるが、一部のものは臨床的状況において予想される治療有効性を示すが、すべてがそれを示すわけではないということである。改善の必要性が存在する。
がんは、突然変異に起因して細胞の異常な、制御されない増殖を開始する１つ又は少数の細胞により患者の正常組織から発症する。がん細胞は突然変異しているが、ゲノムのほとんどはインタクトであり、患者における残りの細胞と同一である。腫瘍を攻撃する１つのアプローチは、個体／患者における任意の腫瘍は独特であり、患者特異的突然変異は、特定の患者に独特の、患者特異的突然変異型タンパク質（腫瘍特異的抗原）の発現に繋がるという知識に基づく。これらの腫瘍特異的及び患者特異的抗原は、患者の正常細胞中のいかなるタンパク質とも同一でない。したがって、そのような患者特異的抗原は、問題とする患者のために特異的に生産される治療用抗がんワクチン、即ち個別化された治療用抗がんワクチンのための好適な標的であるはずである。この種類の抗がんワクチンに伴う課題は、患者特異的抗原がそれらの予測される治療有効性に従ってワクチンに含めるために選択されるが、一部のものは臨床的状況において予想される治療有効性を示すが、すべてがそれを示すわけではないということである。改善の必要性が存在する。
共有腫瘍抗原は、同じがん種を有する患者の間で、又は患者及びがん種の間で、多くの腫瘍により発現されることが見出されている。一例はＨＰＶ１６抗原であり、これはすべての頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）患者の約５０％において発現されるが、異なるがん、例えば子宮頸がん及び外陰扁平上皮癌（ｖＳＣＣ）を有する患者においても発現されるウイルス抗原である。これらの共有抗原の多くは、免疫原性であるとして及び／又は特異的なＨＬＡクラスＩ若しくはクラスＩＩ対立遺伝子上に提示されることが以前に特徴付けられている。共有抗原は、多くの患者において使用される一般向けの治療用抗がんワクチンに含まれ得る（例えば国際公開第２０１３／０９２８７５号パンフレットを参照）。しかしながら、この種類の抗がんワクチンは一部の患者において臨床的有効性を示すが、他の患者において治療有効性は全く又はほとんど見られない。
Ｔ細胞応答は、各々の患者のＨＬＡ分子上のがんエピトープのプロセシング及び提示に依存する。ＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ分子の多様性に起因して、複数の患者において使用される一般向けのワクチンは、通常、広範囲のＨＬＡ分子上に存在するエピトープを抗原が含む可能性を最適化するために大きい全長抗原を含む。しかしながら、患者は、その特定の患者のＨＬＡ分子にマッチするエピトープを含む抗原のより短い配列を必要とするにすぎない。それゆえ、あらゆる患者におけるすべての腫瘍抗原をカバーする一般向けの抗がんワクチンを設計及び製造することはできない。
更に、１つの腫瘍抗原のみを標的化する一般向けの治療用抗がんワクチンは、腫瘍において一般的に見出される腫瘍不均質性を無視しており、１つの抗原に対する免疫圧力は、異なる突然変異を有する腫瘍クローンを結果としてもたらし得る。
本発明は、患者提示共有抗原を標的化し、任意選択的に追加的に患者特異的抗原を標的化する、個別化された治療用抗がんワクチンを提示する。これは、患者特異的抗原のみを含む抗がんワクチンと比較して又は共有抗原を含む一般向けの抗がんワクチンと比較して治療効果を増加させる。
本発明のワクチンに含められる患者提示共有抗原は、既知の免疫原性、既知の発現パターン並びに特異的なＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ分子に対する既知の結合性(binding)を有することができる。患者提示共有抗原に特異的なＴ細胞は、腫瘍まで移動して腫瘍微環境に影響し、そのため追加の腫瘍特異的Ｔ細胞が腫瘍細胞を攻撃できる可能性を増加させることができる。腫瘍は様々な程度まで遺伝子不均質（ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｉｃ）であり、そのためワクチンに含まれる患者提示共有抗原の異なるサブセットを発現する腫瘍細胞から構成され得る。本発明による個別化されたワクチン中に患者提示共有抗原及び任意選択的に患者特異的抗原を含めることは、腫瘍へと移動する活性化されたＴ細胞の閾値に達した場合の免疫微環境におけるシフトに起因して複数の又はすべての腫瘍細胞の認識及び殺傷の可能性を増加させる。
本発明によるワクチンは、腫瘍細胞に対する免疫を提供するために通常の適応免疫系を使用する。適応免疫系は、あらゆる抗原が、抗原提示と呼ばれるプロセスの間の特異的抗原の認識により特異的に前記抗原に対する免疫応答を誘起するという点において特異的である。適応免疫系の細胞はリンパ球、特にはＢ細胞及びＴ細胞である。Ｂ細胞は液性免疫応答に関与する一方、Ｔ細胞は細胞媒介性免疫応答に関与する。
特に、本発明によるワクチンは、腫瘍抗原に対するＴ細胞の活性化を通じて細胞媒介性免疫応答を誘起するために設計される。Ｔ細胞は、下記に議論されるようにエピトープがプロセシングされ、ＭＨＣ分子に複合体化して提示される場合にエピトープを認識する。
本発明によるワクチンに含まれる共有抗原及び任意選択的に患者特異的抗原の患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列は、ＭＨＣ分子のペプチド結合性の溝中にＭＨＣ－ペプチド複合体として提示されるように設計される。主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子の２つの主要なクラス、ＭＨＣ Ｉ及びＭＨＣ ＩＩがある。ＭＨＣ（クラス）Ｉ及びＭＨＣ（クラス）ＩＩという用語は、ＨＬＡ（クラス）Ｉ及びＨＬＡ（クラス）ＩＩと本明細書において交換可能に使用される。ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）はヒトにおける主要組織適合複合体である。
ＭＨＣ Ｉは、身体中のすべての有核細胞の細胞表面上に見出される。ＭＨＣ Ｉの１つの機能は、細胞傷害性Ｔ細胞に対して細胞内からの非自己タンパク質のペプチドを提示することである。ＭＨＣ Ｉペプチド複合体は、細胞傷害性Ｔ細胞に対してペプチドを提示する細胞の形質膜に挿入され、それにより、特定のＭＨＣ－ペプチド複合体に対する細胞傷害性Ｔ細胞の活性化が惹起される。ペプチドは、ＭＨＣ Ｉ分子中の溝の中に配置されるため、ペプチドは約８～１０アミノ酸の長さであることが許容される。
ＭＨＣ ＩＩ分子は、通常は抗原提示細胞、例えば樹状細胞、単核食細胞、一部の内皮細胞、胸腺上皮細胞、及びＢ細胞上にのみ見出される分子のファミリーである。
ＭＨＣ Ｉとは異なり、ＭＨＣクラスＩＩ分子により提示される抗原は細胞外タンパク質に由来する。細胞外タンパク質は、エンドサイトーシスを受け、リソソーム中で消化され、及び結果としてもたらされるペプチドはＭＨＣクラスＩＩ分子上にロードされ、次に細胞表面において提示される。ＭＨＣクラスＩＩ分子の抗原結合性の溝は、両方の端部において開いており、一般に１５～２４アミノ酸残基の長さの、より長いペプチドを提示することができる。
ＭＨＣクラスＩ分子は、通常はＣＤ８＋ Ｔ細胞（又はＣＤ８＋細胞）と呼ばれる、Ｔ細胞上のＣＤ８及び補助受容体により認識される一方、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、通常はＣＤ４＋ Ｔ細胞（又はＣＤ４＋細胞）と呼ばれる、Ｔ細胞上のＣＤ４及び補助受容体により認識される。
本発明の個別化された抗がんワクチンは、３つのユニット、即ち標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットを含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。二量体化ユニットに起因して、ポリペプチドは二量体タンパク質、いわゆるワクチボディ（ｖａｃｃｉｂｏｄｙ）を形成する。
３つのユニットをコードする遺伝子は、１つの遺伝子として発現されるように遺伝子操作される。インビボで発現される場合、ポリペプチド／二量体タンパク質は抗原提示細胞（ＡＰＣ）を標的化し、これは、同一の標的化されない抗原と比較して増強されたワクチン効力を結果としてもたらす。
第１の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチドに関する。
第２の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、ポリペプチドに関する。
第３の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、二量体タンパク質に関する。
第４の態様において、本発明は、免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
１つの実施形態において、本発明は、免疫学的に有効な量の、
（ａ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；並びに
（ｂ）医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
（ａ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；並びに
（ｂ）医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
別の実施形態において、本発明は、免疫学的に有効な量の、
（ａ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる二量体タンパク質又はポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、二量体タンパク質又はポリペプチド；並びに
（ｂ）医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
（ａ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる二量体タンパク質又はポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、二量体タンパク質又はポリペプチド；並びに
（ｂ）医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンに関する。
本発明によるポリヌクレオチド、ポリペプチド、二量体タンパク質及び個別化された治療用抗がんワクチンに含まれる抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分を含む。１つの実施形態において、患者提示共有抗原は、過剰発現される細胞タンパク質、異常に発現される細胞タンパク質、がん精巣抗原、ウイルス抗原、分化抗原、突然変異型がん遺伝子、突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子、がん胎児性抗原、共有融合抗原、共有イントロン保持抗原、ダークマター抗原（ｄａｒｋ ｍａｔｔｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ）、スプライセオソーム突然変異により引き起こされる共有抗原及びフレームシフト突然変異により引き起こされる共有抗原からなる群から選択される共有抗原である。
１つの実施形態において、患者提示共有抗原は、過剰発現されるか又は異常に発現されるヒト細胞タンパク質、即ち正常な健常細胞及び組織と比較して腫瘍中に増加したレベルで見出される細胞タンパク質である。そのような過剰発現されるか又は異常に発現される細胞タンパク質の例としては、腫瘍タンパク質Ｄ５２、Ｈｅｒ－２／ｎｅｕ、ｈＴＥＲＴ（テロメラーゼ）及びサバイビンが挙げられる。別の実施形態において、患者提示共有抗原は、その発現がヒト悪性腫瘍中の他に正常な精巣組織中で起こるがん精巣抗原である。がん精巣抗原の例としては、ＭＡＧＥ－Ａ、ＭＡＧＥ－Ｂ、ＧＡＧＥ、ＰＡＧＥ－１、ＳＳＸ、ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０（ＳＳＸ２）、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＬＡＧＥ－１及びＳＣＰ－１が挙げられる。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は、分化抗原、例えばチロシナーゼ及びＴＲＰ－２である。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原はウイルス抗原である。ウイルス抗原の例としては、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、エプスタイン－バーウイルス（ＥＢＶ）、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（ＫＳＨＶ）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ又はＭＣＰｙＶ）、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）及びヒトＴリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）が挙げられる。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は突然変異型がん遺伝子である。突然変異型がん遺伝子の例としては、ＫＲＡＳを含む、ＲＡＳ突然変異、ＰＩＫ３ＣＡ突然変異及びＥＧＦＲ突然変異が挙げられる。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は、突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子である。例としては、突然変異型ｐ５３、突然変異型ｐＲＢ、突然変異型ＢＣＬ２及び突然変異型ＳＷＩ／ＳＮＦが挙げられる。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は、がん胎児性抗原、例えばアルファ－フェトプロテイン又は癌胎児性抗原である。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は、共有イントロン保持抗原又はフレームシフト突然変異により引き起こされる共有抗原、例えばＣＤＸ２若しくはＣＡＬＲである。更に別の実施形態において、患者提示共有抗原は、スプライセオソーム突然変異により引き起こされる共有抗原である。一例は、ＳＦ３Ｂ１突然変異のような突然変異により引き起こされる抗原である。
任意のがん抗原について、患者ががんを示すときに免疫寛容が起こっている可能性がある。抗がんワクチンは、ワクチンに組み込まれた抗原に対する免疫応答を特異的に惹起するべきである。選択された抗原に対する末梢性免疫寛容は弱い又は強いものであり得る。患者は、正常組織においても発現される共有抗原、即ちヒト細胞タンパク質、例えば過剰発現される抗原及び分化抗原に対して中枢性免疫寛容を確立する可能性がより高い。そのような共有抗原配列又はその部分を抗原性ユニットに（単独で、又は他の患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列と共に）組み込むことにより、抗原性ユニットを含む本発明によるワクチンは、腫瘍微環境に影響して腫瘍に対する患者の免疫応答を抑制／寛容型の免疫応答から炎症促進型の免疫応答に変化させるために充分に強い及び広い免疫応答を誘発できる可能性がある。これは、いくつか（ｓｅｖｅｒａｌ）の他の抗原に対する寛容を壊すことを助け得るため、患者のためのかなりの臨床的利益となり得る。上記の概念は、がん免疫セットポイントのひっくり返し（ｔｉｐｐｉｎｇ）として参照され得る。
そのため、１つの実施形態において、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列は、ヒト細胞タンパク質、好ましくは過剰発現されるか若しくは異常に発現されるヒト細胞タンパク質又は分化抗原である、共有抗原である。
少なくとも１つの患者提示共有抗原は、患者の組織又は体液中で当該技術分野において公知の方法により検出されてもよく、該方法としては以下が挙げられる：
・患者のゲノム又はエクソームのシークエンシング、及び任意選択的に、例えば突然変異型がん遺伝子又は突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子を同定するための、全ゲノム／エクソーム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・突然変異型タンパク質の存在を検出するための患者の腫瘍組織の免疫組織化学；
・ウイルス抗原又はがん遺伝子中の既知の突然変異の存在を検出するためのＲＴ－ＰＣＲ；
・血清試料中の突然変異型腫瘍タンパク質に対する抗体を使用するＥＬＩＳＡ；
・腫瘍組織のＲＮＡ－ｓｅｑ及び共有抗原の発現／過剰発現を検出するための健常組織との比較；
・イントロン保持抗原を同定するための未加工ＲＮＡ配列データにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原のエレメントである転位性エレメントを同定するための全ゲノム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原を同定するための未加工全エクソーム／ＲＮＡ配列データにおける短いリピートの検出；
・共有ウイルス抗原を同定するためのＲＮＡ－ｓｅｑデータ；並びに
・患者の腫瘍試料のＲＮＡ－ｓｅｑの、患者自身の健常組織又はＧＴＥＸ／ＨＰＡ遺伝子発現データに対するコホート／データベース（例えばＴＣＧＡ）のいずれかとの比較。
・患者のゲノム又はエクソームのシークエンシング、及び任意選択的に、例えば突然変異型がん遺伝子又は突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子を同定するための、全ゲノム／エクソーム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・突然変異型タンパク質の存在を検出するための患者の腫瘍組織の免疫組織化学；
・ウイルス抗原又はがん遺伝子中の既知の突然変異の存在を検出するためのＲＴ－ＰＣＲ；
・血清試料中の突然変異型腫瘍タンパク質に対する抗体を使用するＥＬＩＳＡ；
・腫瘍組織のＲＮＡ－ｓｅｑ及び共有抗原の発現／過剰発現を検出するための健常組織との比較；
・イントロン保持抗原を同定するための未加工ＲＮＡ配列データにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原のエレメントである転位性エレメントを同定するための全ゲノム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原を同定するための未加工全エクソーム／ＲＮＡ配列データにおける短いリピートの検出；
・共有ウイルス抗原を同定するためのＲＮＡ－ｓｅｑデータ；並びに
・患者の腫瘍試料のＲＮＡ－ｓｅｑの、患者自身の健常組織又はＧＴＥＸ／ＨＰＡ遺伝子発現データに対するコホート／データベース（例えばＴＣＧＡ）のいずれかとの比較。
好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列、又は免疫原性であることが既知である、例えば、他の患者において免疫原性応答を以前に示しているか、他の患者において免疫応答を誘発することが記載されているか、若しくは特定の患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測されるそのような抗原配列の部分を含む。別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１つ以上の部分、例えば、免疫原性であることが既知であるか又は特定の患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される１つ以上のエピトープを含む。更なる好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１つ以上の部分、例えば、免疫原性であることが既知であるか又は特定の患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測される１つ以上のエピトープを含む。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、特定の患者のＨＬＡ対立遺伝子による提示のために好適な長さを有する患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分を含む。そのため、１つの実施形態において、患者提示共有抗原配列又はその部分は７～３０アミノ酸の長さである。別の実施形態において、患者提示共有抗原配列又はその部分は、７～１０アミノ酸の長さ又は１３～３０アミノ酸の長さ、例えば７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５アミノ酸、例えば９アミノ酸の長さを有する。
抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の全長を含むことができるか、又はその１つ以上の部分を含むことができる。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列の１つの部分を含む。別の実施形態において、抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列のいくつかの部分を含む。抗原性ユニットは、１つより多くの患者提示共有抗原配列、即ちいくつかの患者共有抗原の配列を、各々全長で、又は各々のそのような抗原の１つ以上の部分で含むことができる。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、１つの患者提示共有抗原配列の全長及び１つ又はいくつかの他の患者提示共有抗原の配列の１つ以上の部分、例えば１つの他の患者提示共有抗原の配列の１つの部分又は１つの他の患者提示共有抗原の配列のいくつかの部分又はいくつかの他の患者提示共有抗原の各々の配列の１つの部分又はいくつかの他の患者提示共有抗原の一部若しくは各々の配列のいくつかの部分を含む。好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、いくつかの患者提示共有抗原の配列、例えばいくつかの患者提示共有抗原の配列のいくつかの部分、より好ましくはいくつかの患者提示共有抗原のいくつかのエピトープであって、免疫原性であることが既知であるか若しくは特定の患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に、好ましくは特定の患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測されるエピトープを含む。
更に別の実施形態において、抗原性ユニットは、１つ以上の患者提示共有抗原の全長及び１つ以上の患者提示共有がん抗原の１つ以上の部分を含む。例としては以下が挙げられる：
・１つの患者提示共有抗原の全長及び１つの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・いくつかの患者提示共有がん抗原を各々全長で及び１つの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・１つの患者提示共有抗原の全長及びいくつかの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・いくつかの患者提示共有がん抗原を各々全長で及びいくつかの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット。
・１つの患者提示共有抗原の全長及び１つの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・いくつかの患者提示共有がん抗原を各々全長で及び１つの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・１つの患者提示共有抗原の全長及びいくつかの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット；並びに
・いくつかの患者提示共有がん抗原を各々全長で及びいくつかの患者提示共有がん抗原の１つ以上のエピトープを含む抗原性ユニット。
更に別の実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の全長又は１つより多くの患者提示共有抗原配列の全長を含む。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、１～１０個の患者提示共有抗原配列の全長を含む。別の実施形態において、抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列の１～３０個の部分を、長いペプチド配列、例えば約２８～１００アミノ酸の長さのペプチド配列、又はそのような長いペプチド配列をコードする核酸配列の形態で含み、長いペプチド配列は、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される複数のエピトープを含む。更に別の実施形態において、抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列の１～５０個の部分を、患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される短いペプチド配列／エピトープ又はそのような短いペプチド配列／エピトープをコードする核酸配列の形態で含む。
１つの実施形態において、３～５０個の患者提示共有抗原配列が抗原性ユニットに含まれ、これは例えば、３～３０個の配列、例えば３～２０個の配列、例えば３～１５個の配列、又は例えば３～１０個の配列である。
別の実施形態において、５～５０個の患者提示共有抗原配列が抗原性ユニットに含まれ、これは例えば、５～３０個の配列、例えば５～２５個の配列、例えば５～２０個の配列、例えば５～１５個の配列又は例えば５～１０個の配列である。
更なる実施形態において、１０～５０個の患者提示共有抗原配列が抗原性ユニットに含まれ、これは例えば、１０～４０個の配列、例えば１０～３０個の配列、例えば１０～２５個の配列、例えば１０～２０個の配列又は例えば１０～１５個の配列である。
腫瘍が、例えば、抗がんワクチンの標的である抗原の発現をシャットダウンすることにより、免疫系から逃避することを回避するために、複数の異なる患者提示共有抗原の配列及び任意選択的に複数の異なる患者特異的抗原の配列を抗原性ユニットに含めることが好ましい。一般に、免疫系から逃避するために腫瘍がシャットダウンすることが必要な遺伝子が多くなればなるほど、腫瘍が実際に、依然として増殖又は生存さえも可能なままそれらのすべてをシャットダウンする能力を実際に有する可能性はより低くなる。更には、腫瘍は、各々の及びあらゆる患者提示共有抗原又は患者特異的抗原が腫瘍細胞のすべてにより発現されるわけではないという点において不均質であり得る。
よって、好ましい実施形態において、アプローチは、腫瘍細胞により発現されるより多くの腫瘍抗原を認識することができるＴ細胞を活性化させることにより効率的に腫瘍を攻撃するために可能な限り多くの患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列を本発明のワクチンの抗原性ユニットに含めることである。また、すべての患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列が同じ抗原提示細胞に効率的に取り込まれることを確実にするために、それらは、別々のペプチドの代わりに１つのアミノ酸鎖であるように、又は１つのアミノ酸鎖（即ち抗原性ユニット）をコードするように構成される。しかしながら、上記のように、本発明のワクチンの目的は、抗原性ユニットに含まれる患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列に対して患者のＴ細胞を活性化させることであり、あまりにも多くのそのような配列を抗原性ユニットに含めることはＴ細胞の希釈を結果としてもたらし得る。したがって、抗原性ユニットに含めるための最適な患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列を選択することが重要である。
最適な患者提示共有抗原配列は、免疫原性であることが既知のものである。好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１つ以上の部分、例えば免疫原性であることが既知であるか又は特定の患者のＨＬＡ対立遺伝子に、好ましくは患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測される１つ以上のエピトープを含む。
抗原性ユニットを「最大限活用する」ことが好ましく、即ち抗原性ユニットは、抗原性ユニットの免疫原性に寄与しない最低の可能な数のアミノ酸／配列を含む。例として、全長の患者提示共有抗原配列を抗原性ユニットに含めることは、そのような配列が、免疫原性であることが既知であるか又は特定の患者のＨＬＡ対立遺伝子に結合することが予測される少数のエピトープのみを含有し、及び配列の残余が抗原性ユニットの免疫原性に寄与しない場合に、あまり好ましくない。一方、そのような配列が、一緒に近くにあるいくつかの又は多くのそのようなエピトープを含有する場合、患者提示共有抗原配列の全長を含めることが合理的であり得る。
抗原性ユニットは１つ以上の患者特異的抗原配列を更に含んでもよい。患者特異的抗原は、患者の腫瘍のゲノム又はエクソームをシークエンシングすることにより同定されてもよい。患者の正常組織のエクソームと比較して、そのような配列は１つ以上の突然変異を含む。突然変異は、少なくとも１つのアミノ酸における変化に繋がる任意の突然変異であってもよい。よって、突然変異は、以下のうちの１つであってもよい：
・アミノ酸における変化に繋がる非同義突然変異
・フレームシフト及びそれにより突然変異後に方向が完全に異なるオープンリーディングフレームに繋がる突然変異
・停止コドンが改変又は欠失されて、腫瘍特異的なエピトープを有するより長いタンパク質に繋がるリードスルー突然変異
・独特の腫瘍特異的なタンパク質配列に繋がるスプライス突然変異
・２つのタンパク質のジャンクションにおいて腫瘍特異的なエピトープを有するキメラタンパク質を生じさせる染色体再編成。
・アミノ酸における変化に繋がる非同義突然変異
・フレームシフト及びそれにより突然変異後に方向が完全に異なるオープンリーディングフレームに繋がる突然変異
・停止コドンが改変又は欠失されて、腫瘍特異的なエピトープを有するより長いタンパク質に繋がるリードスルー突然変異
・独特の腫瘍特異的なタンパク質配列に繋がるスプライス突然変異
・２つのタンパク質のジャンクションにおいて腫瘍特異的なエピトープを有するキメラタンパク質を生じさせる染色体再編成。
抗原性ユニットは、１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含んでもよい。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、１つ以上の（いくつかの）患者特異的抗原配列を含む。別の実施形態において、抗原性ユニットは、そのような１つ以上の患者特異的抗原配列の１つ以上の部分、好ましくは１つ以上の患者特異的エピトープを含む。
エピトープは、好ましくは、上記に議論されるＭＨＣ分子による提示のために好適な長さを有する。そのため、好ましい実施形態において、エピトープは７～３０アミノ酸の長さである。より好ましくは、７～１０アミノ酸の長さを有するエピトープ配列又は１３～３０アミノ酸の長さを有するエピトープ配列、例えば７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５アミノ酸のアミノ酸の長さを有するエピトープ配列である。
好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者特異的エピトープ又は少なくとも５つの患者（ｐａｔｅｎｔ）特異的なエピトープ又は少なくとも１０個の患者特異的エピトープを含む。別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１５個の患者特異的エピトープ、例えば少なくとも２０個の患者特異的エピトープを含む。
１つの実施形態において、３～５０個の患者特異的抗原配列が抗原性ユニットに含まれ、これは例えば３～３０個の配列、例えば３～２０個の配列、例えば３～１５個の配列又は例えば３～１０個の配列である。好ましい実施形態において、そのような配列はエピトープである。
別の実施形態において、５～５０個の患者特異的抗原配列が抗原性ユニットに含まれ、これは例えば５～３０個の配列、例えば５～２５個の配列、例えば５～２０個の配列、例えば５～１５個の配列又は例えば５～１０個の配列である。好ましい実施形態において、そのような配列はエピトープである。
更なる実施形態において、１０～５０個の患者特異的抗原配列が抗原性ユニットに含まれてもよく、これは例えば１０～４０個の配列、例えば１０～３０個の配列、例えば１０～２５個の配列、例えば１０～２０個の配列又は例えば１０～１５個の配列である。好ましい実施形態において、そのような配列はエピトープである。
特に、抗原性ユニットに含められる患者特異的抗原配列が短いエピトープ、例えばわずか数アミノ酸の長さである場合、短いエピトープは、両側においてアミノ酸配列により隣接されるように抗原性ユニットに含まれる。好ましくは、短いエピトープは、エピトープがプロセシングされた後に抗原提示細胞により提示されることを確実にするために２つの隣接配列の本質的に中央に配置される。隣接配列は、好ましくは、抗原中のエピトープに隣接するアミノ酸配列である。
以下は、患者提示共有抗原配列及びその部分に適用され、及び存在する場合、患者特異的抗原配列及びその部分にも適用される。そのため、以下において、抗原配列という用語は、患者提示共有抗原配列及びその部分並びに患者特異的抗原配列及びその部分の両方をカバーするために使用され、及びそれが意図される。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、各々の抗原配列の１つのコピーを含み、その結果、例えば１０個の異なるそのような配列が抗原性ユニットに含まれる場合、前記抗原性ユニットを含むワクチンは、１０個すべての異なる抗原配列に対して細胞媒介性免疫応答を誘発する。
しかしながら、少数の抗原のみが同定されているか、又は同定された抗原の少数のみが充分に免疫原性である／患者のＨＬＡ対立遺伝子に結合することが既知であるか若しくは予測されるといういずれかの理由のため、少数のみの抗原配列が抗原性ユニットに含まれる場合、抗原性ユニットは、抗原に対する免疫応答を強化するために特定の抗原配列の少なくとも２つのコピーを含んでもよい。
抗原性ユニットの長さは、主に、それに含まれる抗原配列の長さの他にそれらの数により決定される。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、７～２０００アミノ酸、例えば２１～２０００アミノ酸、好ましくは約３０アミノ酸～約１５００アミノ酸、より好ましくは約５０～約１０００アミノ酸、例えば約１００～約５００アミノ酸又は約１００～約４００アミノ酸又は約１００～約３００アミノ酸を含む。
抗原配列が抗原性サブユニット中に無作為に編成されている場合に腫瘍に対する妥当な免疫応答を得ることが可能であるが、免疫応答を増強するために抗原性ユニット中にそれらを編成するための以下の方法のうちの少なくとも１つに従うことが好ましい：
抗原性ユニットは、Ｎ末端の開始及びＣ末端の終了を有するポリペプチドとして記載され得る。抗原性ユニットは、好ましくはユニットリンカーを介して、二量体化ユニットに接続される。抗原性ユニットは、ポリペプチド／二量体タンパク質のＣＯＯＨ末端又はＮＨ２末端のいずれかに位置する。抗原性ユニットはポリペプチド／二量体タンパク質のＣＯＯＨ末端にあることが好ましい。
抗原配列は好ましくはリンカーにより分離されている。１つの実施形態において、末端抗原配列、即ち二量体化ユニットに接続されない抗原性ユニットの末端に位置する抗原配列を除くすべては抗原性サブユニット中に編成されており、各々のサブユニットは抗原配列及びサブユニットリンカーからなる。リンカーによる抗原配列の分離に起因して、各々の抗原は、最適な様式で免疫系に提示される。
１つの実施形態において、抗原配列は、最も高い抗原性から最も低い抗原性へと抗原性ユニットのＮ末端の開始から抗原性ユニットのＣ末端の終了への方向において、好ましくは二量体化ユニットから抗原性ユニットのＣ末端の終了に向かう方向において、編成される。
別の実施形態において、特に親水性／疎水性が抗原配列の間で大きく変動する場合、最も疎水性の抗原性配列が抗原性ユニットの実質的に中央に配置され、並びに最も親水性の抗原配列が抗原性ユニットの開始及び／又は終点に配置されることが好ましい。
真に抗原性ユニットの中央における配置は、抗原性ユニットが奇数個の抗原配列を含む場合にのみ可能であるので、この文脈における「実質的に」という用語は、最も疎水性の抗原配列が可能な限り中央の近くに配置されている偶数個の抗原配列を含む抗原性ユニットを指す。例として、抗原性ユニットは、５つの抗原性サブユニットを含み、各々の抗原性サブユニットは、以下：１－２－３＊－４－５として編成された異なる抗原配列を含み；１、２、３＊、４及び５の各々は異なる抗原配列であり、－はリンカーであり、＊は、抗原性ユニットの中央に配置された最も疎水性の抗原配列を指し示す。
別の例において、抗原性ユニットは、６つの抗原性サブユニットを含み、各々の抗原性サブユニットは、以下：１－２－３＊－４－５－６又は代替的に以下：１－２－４－３＊－５－６として編成された異なる抗原配列を含み；１、２、３＊、４、５及び６の各々は異なる抗原配列であり、－はリンカーであり、＊は、抗原性ユニットの実質的に中央に配置された最も疎水性の抗原配列を指し示す。
代替的に、抗原配列は、親水性の抗原配列と疎水性の抗原配列との間で交互に編成されていてもよい。
更には、ＧＣリッチ抗原配列は、ＧＣクラスターを回避するために互いに隣接して編成されるべきではない。好ましい実施形態において、１つのＧＣリッチ抗原配列には、第２のＧＣリッチ抗原配列が後続する前に少なくとも１つの非ＧＣリッチ抗原配列が後続している。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、抗原配列を以下の順序：Ｅ７｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ６において含む。好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１４を含む。
別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１４及び配列番号１５を含む。配列番号１５は、抗原配列を以下の順序：
Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６
において含む。
Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６
において含む。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７において含む。好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１６を含む。
別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１６及び配列番号１７を含む。配列番号１７は、抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５０６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３０２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７００｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５３５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６７０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２９４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４９９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２５｜リンカー Ｔ１Ｄ４９１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４３０｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８２において含む。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、抗原配列を以下の順序：ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｅ６において含む。好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１８を含む。
別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは配列番号１８及び配列番号１９を含む。配列番号１９は、抗原配列を以下の順序：Ｔ１Ｄ２２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１４４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４４１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２３４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８８｜リンカー｜Ｅ６において含む。
抗原性ユニットは、１つの抗原配列を他の抗原配列から分離する１つ以上のリンカー、及び抗原性ユニットを二量体化ユニットに接続するリンカー（以下、ユニットリンカーとも呼ばれる）を更に含んでもよい。１つ以上のリンカーは、各々の抗原配列が最適な様式で免疫系に提示され、抗原性ユニットが本発明のワクチンに含まれる場合に、ワクチンの有効性を増加させることを確実にする。
１つ以上のリンカーは、好ましくは、非免疫原性であるように設計され、好ましくは柔軟性でもあり、それにより、抗原性ユニットが多くの数の抗原配列を含む場合であっても、抗原配列が最適な方式でＴ細胞に提示されることが可能となる。
好ましくは、１つ以上のリンカーの長さは、柔軟性を保証するために４～２０アミノ酸である。別の好ましい実施形態において、１つ以上のリンカーの長さは、８～２０アミノ酸、例えば８～１５アミノ酸、例えば８～１２アミノ酸又は例えば１０～１５アミノ酸である。特定の実施形態において、１つ以上のリンカーの長さは１０アミノ酸である。
具体的実施形態において、抗原性ユニットは１０個の抗原配列を含み、これらの配列の間のリンカーは、８～２０アミノ酸、例えば８～１５アミノ酸、例えば８～１２アミノ酸又は例えば１０～１５アミノ酸の長さを有する。特定の実施形態において、抗原性ユニットは１０個の抗原配列を含み、及びこれらの配列の間のリンカーは１０アミノ酸の長さを有する。
１つ以上のリンカーは、好ましくは、すべて同じヌクレオチド又はアミノ酸配列を有する。しかしながら、抗原配列の１つ以上がリンカーに類似したアミノ酸モチーフを含む場合、その抗原配列の隣接するリンカーを異なる配列のリンカーで置換することは利点となり得る。更に、抗原配列／リンカージャンクションがそれ自体の中に免疫原性エピトープを構成することが予測される場合、異なる配列のリンカーが使用されてもよい。
１つ以上のリンカーは、好ましくは、セリン（Ｓ）－グリシン（Ｇ）リンカーであるか、又はセリン－グリシンアミノ酸配列、例えばＧＧＧＧＳ、ＧＧＧＳＳ、ＧＧＧＳＧ、ＧＧＧＧＳ若しくはその複数バリアント、例えばＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ若しくは（ＧＧＧＧＳ）m、（ＧＧＧＳＳ）m、（ＧＧＧＳＧ）mをコードするヌクレオチドを含むか若しくはそれからなり、ここで、ｍは、１～５、１～４又は１～３の整数である。好ましい実施形態において、ｍは２である。
好ましい実施形態において、セリン－グリシンリンカーは、少なくとも１つのロイシン（Ｌ）、例えば少なくとも２つ又は少なくとも３つのロイシンを更に含む。セリン－グリシンリンカーは、例えば、１、２、３又は４つのロイシンを含んでもよい。好ましくは、セリン－グリシンリンカーは１つのロイシン又は２つのロイシンを含む。
１つの実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＧＳ、ＧＬＧＧＳ、ＧＧＬＧＳ、ＧＧＧＬＳ又はＧＧＧＧＬを含むか又はそれからなる。別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＧ、ＧＬＧＳＧ、ＧＧＬＳＧ、ＧＧＧＬＧ又はＧＧＧＳＬを含むか又はそれからなる。更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＳ、ＧＬＧＳＳ、ＧＧＬＳＳ、ＧＧＧＬＳ又はＧＧＧＳＬを含むか又はそれからなる。
更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＬＧＳ、ＧＬＧＬＳ、ＧＬＬＧＳ、ＬＧＧＬＳ又はＧＬＧＧＬを含むか又はそれからなる。更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＬＳＧ、ＧＬＬＳＧ、ＧＧＬＳＬ、ＧＧＬＬＧ又はＧＬＧＳＬを含むか又はそれからなる。更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＬＳＳ、ＧＬＧＬＳ、ＧＧＬＬＳ、ＧＬＧＳＬ又はＧＬＧＳＬを含むか又はそれからなる。
別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、１０アミノ酸の長さを有し、及び１つのロイシン又は２つのロイシンを含むセリン－グリシンリンカーである。
１つの実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＧＳＧＧＧＧＳ、ＧＬＧＧＳＧＧＧＧＳ、ＧＧＬＧＳＧＧＧＧＳ、ＧＧＧＬＳＧＧＧＧＳ又はＧＧＧＧＬＧＧＧＧＳを含むか又はそれからなる。別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＧ ＧＧＧＳＧ、ＧＬＧＳＧＧＧＧＳＧ、ＧＧＬＳＧＧＧＧＳＧ、ＧＧＧＬＧＧＧＧＳＧ又はＧＧＧＳＬＧＧＧＳＧを含むか又はそれからなる。更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＳＧＧＧＳＳ、ＧＬＧＳＳＧＧＧＳＳ、ＧＧＬＳＳＧＧＧＳＳ、ＧＧＧＬＳＧＧＧＳＳ又はＧＧＧＳＬＧＧＧＳＳを含むか又はそれからなる。
更なる実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＧＳＬＧＧＧＳ、ＧＬＧＧＳＧＬＧＧＳ、ＧＧＬＧＳＧＧＬＧＳ、ＧＧＧＬＳＧＧＧＬＳ又はＧＧＧＧＬＧＧＧＧＬを含むか又はそれからなる。別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＧＬＧＧＳＧ、ＧＬＧＳＧＧＬＧＳＧ、ＧＧＬＳＧＧＧＬＳＧ、ＧＧＧＬＧＧＧＧＬＧ又はＧＧＧＳＬＧＧＧＳＬを含むか又はそれからなる。更に別の実施形態において、１つ以上のリンカーは、配列ＬＧＧＳＳＬＧＧＳＳ、ＧＬＧＳＳＧＬＧＳＳ、ＧＧＬＳＳＧＧＬＳＳ、ＧＧＧＬＳＧＧＧＬＳ又はＧＧＧＳＬＧＧＧＳＬを含むか又はそれからなる。
１つの実施形態において、抗原性ユニットは、９つのリンカーにより分離された１０個の抗原配列を含み、即ち末端配列は、リンカーではなく、抗原配列である。別の実施形態において、抗原性ユニットは、１４個のリンカーにより分離された１５個の抗原配列又は１９個のリンカーにより分離された２０個の抗原配列を含む。
別の実施形態において、抗原性ユニットは、リンカーにより分離された１０～２０個又は１０～２５個の抗原配列を含む。好ましくは、前記リンカーは１０アミノ酸の長さを有する。リンカーはまた、本明細書において上記に定義されるような任意の長さ、例えば５～１２アミノ酸を有してもよい。
代替的に、１つ以上のリンカーは、ＧＳＡＴリンカー、即ち１つ以上のグリシン、セリン、アラニン及びスレオニン残基を含むリンカー、並びにＳＥＧリンカー、即ち１つ以上のセリン、グルタミン酸及びグリシン残基を含むリンカー又はこれらの複数バリアントからなる群から選択されてもよい。
抗原性ユニット及び二量体化ユニットは、好ましくは、ユニットリンカーにより接続されている。ポリヌクレオチドの構築を促すためにユニットリンカーは制限部位を含んでもよい。ユニットリンカーはＧＬＧＧＬリンカー又はＧＬＳＧＬリンカーであることが好ましい。
本発明のワクチンは、抗原提示細胞を標的化する標的化ユニットを含む。標的化ユニットに起因して、本発明のポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンは、樹状細胞（ＤＣ）、好中球及び他の免疫細胞の誘引に繋がる。そのため、標的化ユニットを含むポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンは、抗原性ユニットを特異的な細胞に標的化するだけでなく、特異的な免疫細胞をポリヌクレオチド／ポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンの投与部位に動員することにより応答増幅効果（アジュバント効果）を追加的に促す。この独特の機序は、臨床的状況において大きな有用性を有し、ワクチン自体がアジュバント効果を提供するので、患者はいかなる追加のアジュバントもなしに本発明のワクチンを与えられることができる。
「標的化ユニット」という用語は、本明細書において使用される場合、その抗原性ユニットを有するポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンを抗原提示細胞に、ＣＤ４＋ Ｔ細胞へのＭＨＣクラスＩｌ拘束性提示のため又はＭＨＣクラスＩ拘束によるＣＤ８＋ Ｔ細胞への交差提示を提供するために送達するユニットを指す。
標的化ユニットは、二量体化ユニットを通じて抗原性ユニットに接続されており、後者はポリペプチド／二量体タンパク質のＣＯＯＨ末端又はＮＨ2末端のいずれかにある。抗原性ユニットはポリペプチド／二量体タンパク質のＣＯＯＨ末端にあることが好ましい。
標的化ユニットは、本発明のポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンを、妥当な抗原提示細胞上に発現される表面分子、例えば樹状細胞（ＤＣ）のサブセット上に排他的に発現される分子に標的化するように設計される。
ＡＰＣ上のそのような標的表面分子の例は、ＨＬＡ、分化クラスター１４（ＣＤ１４）、分化クラスター４０（ＣＤ４０）、ケモカイン受容体及びＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）である。ケモカイン受容体としては、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン受容体１（ＣＣＲ１）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン受容体３（ＣＣＲ３）及びＣ－Ｃモチーフケモカイン受容体５（ＣＣＲ５）並びにＸＣＲ１が挙げられる。Ｔｏｌｌ様受容体は、例えば、ＴＬＲ－２、ＴＬＲ－４及び／又はＴＬＲ－５を含んでもよい。
本発明のポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンは、例えば、ＨＬＡ、ＣＤ１４、ＣＤ４０、若しくはＴｏｌｌ様受容体に対して特異性を有する１つ以上の抗体結合性領域；リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ケモカインのような天然リガンド、例えばＣ－Ｃモチーフリガンド５（ＣＣＬ５若しくはＲＡＮＴＥＳ）とも呼ばれるケモカインリガンド５若しくはマクロファージ炎症性タンパク質アルファ（ＣＣＬ３若しくはＭＩＰ－１ａ／ＭＩＰ１－α）；ケモカインモチーフリガンド１若しくは２（ＸＣＬ１若しくはＸＣＬ２）又は例えばフラジェリンのような細菌抗原を含むか又はそれからなる標的化ユニットによって前記表面分子に標的化され得る。
１つの実施形態において、標的化ユニットは、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質に対して親和性を有する。そのため、１つの実施形態において、標的化ユニットをコードするヌクレオチド配列は、抗ＨＬＡ－ＤＰ、抗ＨＬＡ－ＤＲ及び抗汎ＨＬＡクラスＩＩからなる群から選択されるＭＨＣクラスＩＩタンパク質に対して特異性を有する抗体可変ドメイン（ＶＬ及びＶＨ）をコードする。
別の実施形態において、標的化ユニットは、ＣＤ４０、ＴＬＲ－２、ＴＬＲ－４及びＴＬＲ－５からなる群から選択される表面分子に対して親和性を有する。そのため、１つの実施形態において、標的化ユニットをコードするヌクレオチド配列は、抗ＣＤ４０、抗ＴＬＲ－２、抗ＴＬＲ－４及び抗ＴＬＲ－５に対して特異性を有する抗体可変ドメイン（ＶＬ及びＶＨ）をコードする。１つの実施形態において、標的化ユニットをコードするヌクレオチド配列はフラジェリンをコードする。フラジェリンは、ＴＬＲ－５に対して親和性を有する。
好ましくは、標的化ユニットは、ＣＣＲ１、ＣＣＲ３及びＣＣＲ５から選択されるケモカイン受容体に対して親和性を有する。より好ましくは、標的化ユニットをコードするヌクレオチド配列は、ＡＰＣの細胞表面上に発現されるそのコグネイト受容体、ＣＣＲ１及びＣＣＲ５に結合する、ケモカインヒトマクロファージ炎症性タンパク質アルファ（ｈＭＩＰ－１アルファ；ＬＤ７８ベータとも呼ばれ、以下において（ｈ）ＭＩＰ１α及びＬＤ７８βとしても表される）をコードする。
本発明のポリペプチド／二量体タンパク質／ワクチンのそのコグネイト受容体への結合は、ＡＰＣにおける内部移行及び小ペプチドへのタンパク質の分解に繋がり、該小ペプチドはＭＨＣ分子上にロードされ、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞に提示されて、腫瘍特異的な免疫応答を誘導する。刺激されると、活性化されたＣＤ４＋ Ｔ細胞からの助けと共に、ＣＤ８＋ Ｔ細胞は、同じ抗原を発現する腫瘍細胞を標的化して殺傷する。
本発明の１つの実施形態において、標的化ユニットは、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。好ましい実施形態において、標的化ユニットは、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８５％の配列同一性、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。１つの実施形態において、標的化ユニットは配列番号１のアミノ酸配列２４～９３を含む。
より好ましい実施形態において、標的化ユニットは、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８０％の配列同一性、例えば配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８５％、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％、例えば少なくとも１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。
「二量体化ユニット」という用語は、本明細書において使用される場合、抗原性ユニットと標的化ユニットとの間のヌクレオチド又はアミノ酸の配列を指す。そのため、二量体化ユニットは、抗原性ユニット及び標的化ユニットを接続するために役立ち、並びに２つの単量体ポリペプチドの二量体タンパク質への二量体化を促す。更には、二量体化ユニットはまた、ポリペプチド／二量体タンパク質における柔軟性を提供して、ＡＰＣ上の表面分子への標的化ユニットの最適な結合を、たとえそれらが可変的な距離に位置していたとしても可能とする。二量体化ユニットは、これらの要求を果たす任意のユニットであってもよい。
よって、１つの実施形態において、二量体化ユニットはヒンジ領域を含んでもよい。別の実施形態において、二量体化ユニットは、二量体化を促す別のドメインを含む。更に別の実施形態において、二量体化ユニットは、ヒンジ領域及び二量体化を促す別のドメインを含む。１つの実施形態において、ヒンジ領域及び他のドメインは、リンカー（二量体化ユニットリンカー）を通じて接続されてもよい。更に別の実施形態において、二量体化ユニットは、ヒンジ領域、二量体化ユニットリンカー及び二量体化を促す別のドメインを含み、二量体化ユニットリンカーは、ヒンジ領域と二量体化を促す他のドメインとの間に位置する。
「ヒンジ領域」という用語は、二量体化を促す二量体タンパク質のペプチド配列を指す。換言すれば、「ヒンジ領域」という用語は、２つのポリペプチドの接合に寄与する、即ち二量体タンパク質の形成に寄与する二量体化ユニットに含まれるアミノ酸配列を指す。
更に、ヒンジ領域は、ユニットの間の柔軟なスペーサーとして機能して、たとえ二量体タンパク質の２つの標的化ユニットが可変的な距離で発現される場合であっても、それらがＡＰＣ上の２つの標的分子に同時に結合することを可能とする。ヒンジ領域は、Ｉｇに由来するもの、例えばＩｇＧ３に由来するものであってもよい。ヒンジ領域は、Ｉｇ由来ヒンジ領域の１つ以上の部分を含んでもよい。ヒンジ領域は、共有結合、例えばシステインの間のジスルフィド架橋の形成を通じて二量体化に寄与してもよい。そのため、１つの実施形態において、ヒンジ領域は、１つ以上の共有結合を形成する能力を有する。共有結合は例えばジスルフィド架橋であることができる。
１つの実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～１２０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するヒンジエクソンｈ１及びヒンジエクソンｈ４（ヒトヒンジ領域１及びヒトヒンジ領域４）を含む。
好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～１２０に対して少なくとも８５％の配列同一性、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％又は例えば少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するヒンジエクソンｈ１及びヒンジエクソンｈ４を含む。好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～１２０を有するヒンジエクソンｈ１及びヒンジエクソンｈ４を含む。
１つの実施形態において、二量体化を促す他のドメインは、免疫グロブリンドメイン、例えばカルボキシ末端Ｃドメイン（Ｃドメイン）、例えばＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメイン若しくはカルボキシ末端Ｃドメイン（即ちＣＨ３ドメイン）、又はＣドメイン若しくはそのバリアントと実質的に同一の配列である。好ましくは、二量体化を促す他のドメインは、ＩｇＧに由来するカルボキシ末端Ｃドメインである。より好ましくは、二量体化を促す他のドメインは、ＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインである。
１つの実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列１３１～２３７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインを含む。
好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列１３１～２３７に対して少なくとも８５％の配列同一性、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％又は例えば少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインを含む。好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列１３１～２３７を有するＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインを含む。
免疫グロブリンドメインは、非共有結合性相互作用、例えば疎水性相互作用を通じて二量体化に寄与する。そのため、１つの実施形態において、免疫グロブリンドメインは、非共有結合性相互作用を介して二量体を形成する能力を有する。好ましくは、非共有結合性相互作用は疎水性相互作用である。
二量体化ユニットがＣＨ３ドメインを含む場合、それはＣＨ２ドメインを含まないことが好ましい。更に、二量体化ユニットがＣＨ２ドメインを含む場合、それはＣＨ３ドメインを含まないことが好ましい。
好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、ヒンジエクソンｈ１及びヒンジエクソンｈ４、第３のリンカー（又は二量体化ユニットリンカー）並びにヒトＩｇＧ３のＣＨ３ドメインからなるポリペプチドからなる。
本発明の１つの実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８５％の配列同一性、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、又は例えば少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
より好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８０％の配列同一性、例えば配列番号２のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８５％、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％、例えば１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。
よりいっそう好ましい実施形態において、二量体化ユニットは、配列番号２のアミノ酸配列９４～２３７からなる。
１つの実施形態において、ヒンジ領域を他のドメインに接続するリンカー（二量体化ユニットリンカー）が二量体化ユニット中に存在する。別の実施形態において、リンカーが存在し、それはＧ３Ｓ２Ｇ３ＳＧリンカーである。代替的な実施形態において、二量体化ユニットリンカーは、グリシン－セリンリッチリンカー、好ましくはＧＧＧＳＳＧＧＧＳＧであり、即ち二量体化ユニットは、グリシン－セリンリッチ二量体化ユニットリンカーを含み、好ましくは二量体化ユニットリンカーはＧＧＧＳＳＧＧＧＳＧである。二量体化ユニットは、抗原性ユニット及び標的化ユニットに対して任意の配向性を有してもよいことが理解されるべきである。１つの実施形態において、抗原性ユニットは、（例えばユニットリンカーを介して）二量体化ユニットのＣＯＯＨ末端にあり、標的化ユニットは二量体化ユニットのＮ末端にある。別の実施形態において、抗原性ユニットは二量体化ユニットのＮ末端にあり、標的化ユニットは二量体化ユニットのＣＯＯＨ末端にある。抗原性ユニットは二量体化ユニットのＣＯＯＨ末端にあることが好ましい。
好ましい実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列を更に含む。シグナルペプチドは、ポリペプチド中の標的化ユニットの配向性に依存して、標的化ユニットのＮ末端又は標的化ユニットのＣ末端のいずれかに位置する。シグナルペプチドは、ポリヌクレオチドをトランスフェクトされた細胞において前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの分泌を可能とするように構築される。
任意の好適なシグナルペプチドが使用されてもよい。好適なペプチドの例は、Ｉｇ ＶＨシグナルペプチド、例えば配列番号９ａ、ヒトＴＰＡシグナルペプチド、例えば配列番号１０及び配列番号１のアミノ酸配列１～２３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むシグナルペプチドである。代替的な実施形態において、シグナルペプチドはヒトＭＩＰ１－αシグナルペプチドである。
好ましい実施形態において、シグナルペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列１～２３に対して少なくとも８５％、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％、例えば１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。代替的な実施形態において、シグナルペプチドは配列番号１のアミノ酸配列１～２３を含む。
より好ましい実施形態において、シグナルペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列１～２３に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、例えば少なくとも８６％、例えば少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、例えば少なくとも８９％、例えば少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、例えば少なくとも９２％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％、例えば１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。代替的な実施形態において、シグナルペプチドは配列番号１のアミノ酸配列１～２３からなる。
配列同一性は、以下のように決定されてもよい：高いレベルの配列同一性は、第２の配列が第１の配列に由来する可能性を指し示す。アミノ酸配列同一性は、２つのアライメントされた配列の間の同一のアミノ酸配列を要求する。そのため、参照配列と７０％のアミノ酸同一性を共有する候補配列は、アライメント後に、候補配列中のアミノ酸の７０％が参照配列中の対応するアミノ酸と同一であることを要求する。同一性は、コンピュータ分析、限定なく例えば、ＣｌｕｓｔａｌＷコンピュータアライメントプログラム（Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｄ．， Ｔｈｏｍｐｓｏｎ Ｊ．， Ｇｉｂｓｏｎ Ｔ．， Ｔｈｏｍｐｓｏｎ Ｊ．Ｄ．， Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｄ．Ｇ．， Ｇｉｂｓｏｎ Ｔ．Ｊ．， １９９４． ＣＬＵＳＴＡＬ Ｗ： ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｔｈｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｔｈｒｏｕｇｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ， ｐｏｓｉｔｉｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｇａｐ ｐｅｎａｌｔｉｅｓ ａｎｄ ｗｅｉｇｈｔ ｍａｔｒｉｘ ｃｈｏｉｃｅ． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２２：４６７３－４６８０）、及びそれにおいて示唆されるデフォルトのパラメーターの補助により決定されてもよい。このプログラムをそのデフォルトの設定と共に使用して、クエリ及び参照ポリペプチドの成熟（生物活性）部分がアライメントされる。完全に保存された残基の数がカウントされ、参照ポリペプチドの長さにより除算される。それを行う際に、クエリ配列の部分を形成する任意のタグ又は融合タンパク質配列は、アライメント及び配列同一性のその後の決定において無視される。
ヌクレオチド配列をアライメントするためにＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムが同様に使用されてもよい。配列同一性は、アミノ酸配列について指し示したものと類似した方法で算出されてもよい。
配列の比較のために利用される別の好ましい数学的アルゴリズムは、Ｍｙｅｒｓ ａｎｄ Ｍｉｌｌｅｒ， ＣＡＢＩＯＳ （１９８９）のアルゴリズムである。そのようなアルゴリズムは、ＦＡＳＴＡ配列アライメントソフトウェアパッケージの部分であるＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている（Ｐｅａｒｓｏｎ ＷＲ， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ２０００， １３２：１８５－２１９）。Ａｌｉｇｎは、大域的なアライメントに基づいて配列同一性を算出する。Ａｌｉｇｎ０は、配列の末端におけるギャップに対してペナルティを課さない。アミノ酸配列を比較するためにＡＬＩＧＮ及びＡｌｉｇｎ０プログラムを利用する場合に、－１２／－２のギャップオープニング／エクステンションペナルティを伴うＢＬＯＳＵＭ５０置換マトリックスが好ましくは使用される。
本発明のワクチンは、上記されるポリヌクレオチドを含んでもよい。ポリヌクレオチドは、二本鎖又は一本鎖のいずれかの、ＤＮＡヌクレオチド配列又はＲＮＡヌクレオチド配列、例えばゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、及びＲＮＡ配列を含んでもよい。
ポリヌクレオチドは、本発明によるポリペプチドを発現するために種に対して最適化されることが好ましく、即ちポリヌクレオチド配列はヒトコドンに最適化されることが好ましい。
本発明のワクチンは、上記に定義されるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドを更に含んでもよい。ポリペプチドは、本発明によるワクチンの製造のためにインビトロで発現されてもよく、又はポリペプチドは、個体／患者への上記に定義されるポリヌクレオチドの投与の結果としてインビボで発現されてもよい。
二量体化ユニットの存在に起因して、ポリペプチドが発現された場合に二量体タンパク質が形成される。二量体タンパク質は、ホモ二量体、即ち２つのポリペプチド鎖が同一であり、結果的に同一の抗原配列を含むホモ二量体であってもよく、又は二量体タンパク質は、抗原性ユニット中にコードされる２つの異なる単量体ポリペプチドを含むヘテロ二量体であってもよい。抗原配列の量が抗原性ユニットのための上限サイズを超えている場合に後者は妥当であり得る。しかしながら、二量体タンパク質はホモ二量体タンパク質であることが好ましい。
第５の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクターであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、ベクターに関する。
ベクターは、宿主細胞へのトランスフェクション及び上記されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド／二量体タンパク質の発現のためのもの、即ち発現ベクター、例えばＤＮＡプラスミドである。
ベクターは、上記される様々なユニット、特には抗原性ユニットの容易な交換を可能とすることが好ましい。１つの実施形態において、ベクターは、ｐＵＭＶＣ４ａベクター又はＮＴＣ９３８５Ｒベクター骨格を含むベクターであってもよい。抗原性ユニットは、５’部位がＧＬＧＧＬ／ＧＬＳＧＬリンカー中に組み込まれており、３’部位がベクター中の停止コドンの後に含まれるＳｆｉＩ制限酵素カセットにより制限された抗原性ユニットカセットで交換されてもよい。
第６の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む宿主細胞であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、宿主細胞に関する。
第７の態様において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクターを含む宿主細胞であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、宿主細胞に関する。
好適な宿主細胞は、原核生物、酵母、昆虫又は高等真核細胞を含む。好ましい実施形態において、宿主細胞は、ヒト細胞、好ましくはがん患者の細胞、より好ましくは、その少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的にその１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分の由来となる同じがん患者の細胞である。
本発明によるワクチンは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列が、前記ワクチンのワクチン接種を受ける患者において、例えば患者の腫瘍組織又は体液、例えば血液において同定されるという意味において個別化された治療用抗がんワクチンである。
よって、第８の態様において、本発明は、免疫学的に有効な量の上記に定義される二量体タンパク質、又はポリペプチドを含む個別化された治療用抗がんワクチンを、該ポリペプチドをインビトロで製造することにより調製する方法に関する。
ポリペプチド及びタンパク質のインビトロ合成は、当業者に公知の任意の好適な方法により、例えばペプチド合成又は当該技術分野において公知の好適な発現系のいずれかにおけるポリペプチドの発現、続いて精製により、実行されてもよい。
よって、１つの実施形態において、本発明は、免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、二量体タンパク質；又は
（ｉｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリペプチド
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンを、二量体タンパク質又はポリペプチドをインビトロで製造することにより調製する方法であって、
（ａ）細胞にポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
（ｂ）細胞を培養すること；
（ｃ）細胞から発現された二量体タンパク質又はポリペプチドを収集及び精製すること、並びに
（ｄ）ステップｃ）から得られた二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、方法を提供する。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、二量体タンパク質；又は
（ｉｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリペプチド
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンを、二量体タンパク質又はポリペプチドをインビトロで製造することにより調製する方法であって、
（ａ）細胞にポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
（ｂ）細胞を培養すること；
（ｃ）細胞から発現された二量体タンパク質又はポリペプチドを収集及び精製すること、並びに
（ｄ）ステップｃ）から得られた二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、方法を提供する。
好ましい実施形態において、ステップｃ）からの二量体タンパク質又はポリペプチドは、前記医薬的に許容される担体中に溶解させられる。
医薬的に許容される担体は、好ましくは、水性の医薬的に許容される担体、例えば水又は緩衝液である。１つの実施形態において、ワクチンはアジュバントを更に含む。
精製は、任意の好適な方法、例えばクロマトグラフィー、遠心分離、又は差次的な溶解性に従って実行されてもよい。
第９の態様において、本発明は、免疫学的に有効な量の上記に定義されるポリヌクレオチドを含む個別化された治療用抗がんワクチンをインビトロで調製する方法に関する。
そのため、１つの実施形態において、本発明は、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む免疫学的に有効な量のポリヌクレオチドを含む個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、方法を提供し、方法は、
ａ．ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ．任意選択的にポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ．ステップａ）からのポリヌクレオチド又はステップｂ）から（ｆｏｒｍ）のベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む。
ａ．ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ．任意選択的にポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ．ステップａ）からのポリヌクレオチド又はステップｂ）から（ｆｏｒｍ）のベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む。
ポリヌクレオチドは、当業者に公知の任意の好適な方法により調製されてもよい。例えば、ポリヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド合成装置を使用して化学合成により調製されてもよい。
特に、より小さいヌクレオチド配列、例えば標的化ユニット、二量体化ユニット及び／又は抗原性ユニットの部分をコードするヌクレオチド配列等は、個々に合成され、次にライゲートされて、ベクター骨格に含めるための最終ポリヌクレオチドが製造されてもよい。
個別化された治療用抗がんワクチンに含まれる抗原性ユニットの設計のために、ワクチンを調製する方法に先行して、抗原性ユニットに含まれるべき抗原配列（即ち患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列）を同定する方法が為される。
患者提示共有抗原は、以下を含む当該技術分野において公知の方法により（当該技術分野において公知の方法により得られる）患者の（腫瘍）組織又は体液において同定されてもよい：
・患者のゲノム又はエクソームのシークエンシング、及び任意選択的に、例えば突然変異型がん遺伝子又は突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子を同定するための、全ゲノム／エクソーム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・突然変異型タンパク質の存在を検出するための患者の腫瘍組織の免疫組織化学；
・ウイルス抗原又はがん遺伝子中の既知の突然変異の存在を検出するためのＲＴ－ＰＣＲ；
・血清試料中の突然変異型腫瘍タンパク質に対する抗体を使用するＥＬＩＳＡ；
・腫瘍組織のＲＮＡ－ｓｅｑ及び共有抗原の発現／過剰発現を検出するための健常組織との比較；
・イントロン保持抗原を同定するための未加工ＲＮＡ配列データにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原のエレメントである転位性エレメントを同定するための全ゲノム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原を同定するための未加工全エクソーム／ＲＮＡ配列データにおける短い反復の検出；
・共有ウイルス抗原を同定するためのＲＮＡ－ｓｅｑデータ；並びに
・患者の腫瘍試料のＲＮＡ－ｓｅｑの、患者自身の健常組織又はＧＴＥＸ／ＨＰＡ遺伝子発現データに対するコホート／データベース（例えばＴＣＧＡ）のいずれかとの比較。
・患者のゲノム又はエクソームのシークエンシング、及び任意選択的に、例えば突然変異型がん遺伝子又は突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子を同定するための、全ゲノム／エクソーム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・突然変異型タンパク質の存在を検出するための患者の腫瘍組織の免疫組織化学；
・ウイルス抗原又はがん遺伝子中の既知の突然変異の存在を検出するためのＲＴ－ＰＣＲ；
・血清試料中の突然変異型腫瘍タンパク質に対する抗体を使用するＥＬＩＳＡ；
・腫瘍組織のＲＮＡ－ｓｅｑ及び共有抗原の発現／過剰発現を検出するための健常組織との比較；
・イントロン保持抗原を同定するための未加工ＲＮＡ配列データにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原のエレメントである転位性エレメントを同定するための全ゲノム－ｓｅｑデータにおけるテーラーメイドのソフトウェアによる検索；
・ダークマター抗原を同定するための未加工全エクソーム／ＲＮＡ配列データにおける短い反復の検出；
・共有ウイルス抗原を同定するためのＲＮＡ－ｓｅｑデータ；並びに
・患者の腫瘍試料のＲＮＡ－ｓｅｑの、患者自身の健常組織又はＧＴＥＸ／ＨＰＡ遺伝子発現データに対するコホート／データベース（例えばＴＣＧＡ）のいずれかとの比較。
好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、免疫原性であることが既知である少なくとも１つの患者提示共有抗原配列を含む。別の好ましい実施形態において、抗原性ユニットは、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１つ以上の部分、例えば免疫原性であることが既知であるか又は特定の患者のＨＬＡ対立遺伝子に結合することが予測される１つ又は複数のエピトープを含む。患者特異的抗原配列が抗原性ユニットに含まれる場合、抗原性ユニットは、好ましくは、予測される免疫原性を有する患者特異的抗原配列を含む。
そのため、同定された患者提示共有抗原及び患者特異的抗原は、抗原性ユニットに含まれる場合に本発明のワクチンを最も有効なものとする配列を見出すために更に処理されてもよい。そのような処理のための方法及び配列は、前記抗原がどのように同定されたか、即ちそのような処理のための基礎を形成するデータに依存して行われる。１つの実施形態において、本発明のワクチンに含められる抗原配列の処理及び選択は、以下のように実行される：
１）文献及び／又は１つ以上のデータベースにおける検索が実行されて、共有抗原に関する情報及びその配列、並びに好ましくはそれらの発現パターン、免疫原性、エピトープ及びＨＬＡ提示に関する情報が取得される。そのような検索は、同定された抗原が患者提示共有抗原又は患者特異的抗原であるかどうかを決定するために実行される。
２）同定された抗原が患者提示共有抗原であると決定された場合、その配列が研究されて、患者特異的なＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測されるエピトープ、好ましくはすべてのエピトープが同定される。患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子は、例えば、正常組織、例えば血液細胞をシークエンシングすることにより決定される。予測は、当該技術分野において公知の予測ツール、即ち当該技術分野において公知の予測ソフトウェア、例えばＮｅｔＭＨＣｐａｎ及び類似したツールにより実行されてもよい。
３）患者提示共有抗原のうちの、患者のＨＬＡクラスＩ／ＩＩ対立遺伝子のうちの１つ以上に対して予測される結合を示す最も有望な、即ち最も免疫原性の配列が抗原性ユニットに含めるために選択される。１つの実施形態において、例えば、少数のみの有望なエピトープがステップ２において同定された場合、又は非免疫原性配列のより長いストレッチがエピトープの間に存在する場合、多数の最小のエピトープが選択される。別の実施形態において、患者の特異的なＨＬＡ対立遺伝子に結合するいくつかのエピトープを含むより長い配列が選択される。更に別の実施形態において、全長配列が抗原性ユニットに含めるために選択される。
４）任意選択的に、最も有望な患者特異的抗原配列、例えばエピトープが、そのような配列の予測される免疫原性並びに患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子に対する結合に基づいて抗原性ユニットに含めるために選択される。
１）文献及び／又は１つ以上のデータベースにおける検索が実行されて、共有抗原に関する情報及びその配列、並びに好ましくはそれらの発現パターン、免疫原性、エピトープ及びＨＬＡ提示に関する情報が取得される。そのような検索は、同定された抗原が患者提示共有抗原又は患者特異的抗原であるかどうかを決定するために実行される。
２）同定された抗原が患者提示共有抗原であると決定された場合、その配列が研究されて、患者特異的なＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測されるエピトープ、好ましくはすべてのエピトープが同定される。患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子は、例えば、正常組織、例えば血液細胞をシークエンシングすることにより決定される。予測は、当該技術分野において公知の予測ツール、即ち当該技術分野において公知の予測ソフトウェア、例えばＮｅｔＭＨＣｐａｎ及び類似したツールにより実行されてもよい。
３）患者提示共有抗原のうちの、患者のＨＬＡクラスＩ／ＩＩ対立遺伝子のうちの１つ以上に対して予測される結合を示す最も有望な、即ち最も免疫原性の配列が抗原性ユニットに含めるために選択される。１つの実施形態において、例えば、少数のみの有望なエピトープがステップ２において同定された場合、又は非免疫原性配列のより長いストレッチがエピトープの間に存在する場合、多数の最小のエピトープが選択される。別の実施形態において、患者の特異的なＨＬＡ対立遺伝子に結合するいくつかのエピトープを含むより長い配列が選択される。更に別の実施形態において、全長配列が抗原性ユニットに含めるために選択される。
４）任意選択的に、最も有望な患者特異的抗原配列、例えばエピトープが、そのような配列の予測される免疫原性並びに患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子に対する結合に基づいて抗原性ユニットに含めるために選択される。
患者特異的抗原配列が抗原性ユニットに含められる場合、そのような抗原が同定され、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子が決定されたら、次のステップは、そのような配列の予測される免疫原性並びに患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子に対する結合に基づいてその最も有望な配列、例えばエピトープを選択することである。
腫瘍突然変異は、腫瘍及び正常組織のシークエンシング並びに得られた配列の比較を行うことにより発見される。様々な方法が、個体のＤＮＡ又はＲＮＡ中の特定の突然変異又は対立遺伝子の存在を検出するために利用可能である。例えば、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、マイクロプレートアレイダイアゴナルゲル電気泳動（ＭＡＤＧＥ）、パイロシークエンシング、オリゴヌクレオチド特異的ライゲーション、ＴａｑＭａｎシステムを含む技術の他に、様々なＤＮＡ「チップ」技術、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＳＮＰチップが応用されてもよい。代替的に、直接的なタンパク質シークエンシングにより突然変異を同定する方法が実行されてもよい。
腫瘍エクソーム中の恐らくは数百又は数千の突然変異のうち、最も有望な配列が、予測的ＨＬＡ結合性アルゴリズムに基づいてインシリコで選択される。その意図は、すべての妥当なエピトープを同定すること、並びに順位付け又はスコア付けの後に、抗原性ユニットに含められる配列を決定することである。
例えば以下のうちの１つの、任意の好適なアルゴリズムが使用されてもよい：
ペプチド－ＭＨＣ結合性の利用可能なフリーソフトウェア分析（ＩＥＤＢ及びＮｅｔＭＨＣｐａｎ）は以下のウェブサイトからダウンロードされ得る：
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ／
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣ／
ペプチド－ＭＨＣ結合性の利用可能なフリーソフトウェア分析（ＩＥＤＢ及びＮｅｔＭＨＣｐａｎ）は以下のウェブサイトからダウンロードされ得る：
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ワクチン設計のための最適な配列を予測するための商業的に利用可能な進化したソフトウェアは下記において見出される：
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｉｔｙ．ｃｏｍ／
ｈｔｔｐｓ：／／ｏｍｉｃｔｏｏｌｓ．ｃｏｍ／ｔ－ｃｅｌｌ－ｅｐｉｔｏｐｅｓ－ｃａｔｅｇｏｒｙ
ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｇｒｉｆｆｉｔｈｌａｂ／ｐＶＡＣ－Ｓｅｑ
ｈｔｔｐ：／／ｃｒｄｄ．ｏｓｄｄ．ｎｅｔ／ｒａｇｈａｖａ／ｃａｎｃｅｒｔｏｐｅ／ｈｅｌｐ．ｐｈｐ
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｐｉｖａｘ．ｃｏｍ／ｔａｇ／ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ／
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各々の突然変異はその抗原性に関してスコア付けされ、最も抗原性のエピトープが選択され、抗原性ユニット中に最適に編成される。
そのため、１つの実施形態において、本発明は、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；並びに
ｅ）ステップｄ）において選択された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ
を含む、方法を提供する。
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；並びに
ｅ）ステップｄ）において選択された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ
を含む、方法を提供する。
別の実施形態において、本発明は、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定し、及び前記患者の腫瘍組織中の１つ以上の患者特異的抗原を同定するステップ；
ｂ）患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ；
ｃ）同定された少なくとも１つの患者提示共有抗原又はその部分及び同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ；
ｄ）少なくとも１つの患者特異的共有抗原又はその１つ以上の部分及び１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；並びに
ｅ）ステップｄ）において選択された少なくとも１つの患者特異的共有抗原又はその１つ以上の部分及び１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ
を含む、方法を提供する。
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定し、及び前記患者の腫瘍組織中の１つ以上の患者特異的抗原を同定するステップ；
ｂ）患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ；
ｃ）同定された少なくとも１つの患者提示共有抗原又はその部分及び同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ；
ｄ）少なくとも１つの患者特異的共有抗原又はその１つ以上の部分及び１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；並びに
ｅ）ステップｄ）において選択された少なくとも１つの患者特異的共有抗原又はその１つ以上の部分及び１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ
を含む、方法を提供する。
１つの実施形態において、ステップｅ）において調製されるポリヌクレオチド配列は、本明細書に記載される標的化ユニット及び本明細書に記載される二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を更に含む。
好ましい実施形態において、調製されたポリヌクレオチド配列は発現ベクター中にクローニングされる。更に別の好ましい実施形態において、ステップｅ）のポリヌクレオチド配列は、二量体化ユニット及び標的化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングされる。
更に別の実施形態において、ポリヌクレオチド又はベクターは、医薬的に許容される担体と混合される。
最終ワクチンが次に、以下：
－ 上記に定義されるポリヌクレオチド
－ 上記に定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
－ 上記に定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド鎖を含む二量体タンパク質
のうちの１つを含むように製造される。
－ 上記に定義されるポリヌクレオチド
－ 上記に定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
－ 上記に定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド鎖を含む二量体タンパク質
のうちの１つを含むように製造される。
ワクチンは、医薬的に許容される担体を更に含み、並びに他の医薬的に許容される賦形剤、例えば安定化剤、アジュバント、緩衝剤及び同種のものを更に含んでもよい。
医薬的に許容される担体としては、食塩水、緩衝食塩水、例えばＰＢＳ、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、無菌等張水性緩衝液、及びこれらの組合せが挙げられるがこれらに限定されない。
特に、ポリペプチド／タンパク質を含むワクチンについて、医薬的に許容される賦形剤は、ポリ－ＩＣＬＣ、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ １５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ ＥＶ１ Ｐ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ．ＲＴＭ、ベクターシステム、ＰＬＧＡマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、ベータ－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ＡｑｕｉｌａのＱＳ２１ ｓｔｉｍｕｌｏｎ、バジメザン、並びに／又はＡｓＡ４０４（ＤＭＸＡＡ）を含むがこれらに限定されない。
特に、発現ベクターに含まれるポリヌクレオチドを含むワクチンについて、ワクチンは、細胞のトランスフェクションを容易にする分子及び／又は免疫応答を増強するためのケモカイン若しくはサイトカインをコードするヌクレオチド配列を含むプラスミドの形態のアジュバントを含んでもよい。
ワクチンは、患者への投与のための任意の好適な製剤、例えば皮内又は筋肉内注射のための液体製剤に製剤化される。
ワクチンは、ポリペプチド／タンパク質ワクチン又はポリヌクレオチドワクチンのいずれかのために好適な任意の様式で投与されてもよく、例えば、注射により皮内に、筋肉内に、皮下に、又は粘膜若しくは上皮塗布により例えば鼻腔内に、経口的に、経腸的に、又は膀胱に投与されてもよい。
特に、ワクチンがポリヌクレオチドワクチンである場合、ワクチンは好ましくは筋肉内に又は皮内に投与される。
１つの実施形態において、ワクチンは結節内注射により投与される。本明細書において使用される場合、「結節内注射」という用語は、ワクチンがリンパ節中に注射されることを意味する。
上記される方法により調製される本発明の個別化された治療用抗がんワクチンは、１２週未満以内、例えば９週未満以内又は８週未満以内又は６週未満以内又は４週以内に得られてもよい。
処置されるがんは、任意のがん、例えばがん細胞が、共有がん抗原及び任意選択的に患者特異的がん抗原を結果としてもたらす変更を含むがんであってもよい。がんは、原発性腫瘍、転移又は両方であってもよい。変更について調べられる腫瘍は原発性腫瘍又は転移であってもよい。１つの実施形態において、処置されるがんは、高い抗原負荷を有することが公知のがん、例えば黒色腫、肺がん、腎臓、頭頸部又は膀胱がんである。別の実施形態において、処置されるがんは固形がん又は液性がんである。固形がんの例は、固体塊、例えば腫瘍を形成するがんである。液性がんの例は、体液中に存在するがん、例えばリンパ腫又は血液がんである。本発明のワクチンで処置され得るがんの例は、乳がん、卵巣がん、結腸がん、前立腺がん、骨がん、結腸直腸がん、胃がん、リンパ腫、悪性黒色腫、肝臓がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、膵臓がん、甲状腺がん、腎臓がん、胆管のがん、脳のがん、子宮頸がん、膀胱がん、食道がん、ホジキン病及び副腎皮質がんである。
好ましい実施形態において、処置は、上記のようなポリヌクレオチドを含むワクチンを用いて行われ、例えばポリヌクレオチドは、ＤＮＡ又はＲＮＡであり、好ましくはベクターに含まれる。
本発明のポリヌクレオチドワクチンを筋肉内に、例えば大きい筋肉内に、例えば肩、臀部又は大腿中の大きい筋肉内に注射することが好ましい。本発明のポリペプチド／二量体タンパク質は局所的に産生され、妥当な免疫細胞が本質的にそれらの産生の部位においてポリペプチド／二量体タンパク質を内部移行させ、即ち血流に達するポリペプチド／二量体タンパク質は実質的に存在しないことが見出されている。
ポリヌクレオチドワクチンを注射する任意の好適な方法が使用されてもよく、それは例えば、ジェットインジェクターの使用によるもの又はエレクトロポレーションにより補助されるものである。
ワクチンは単一の投薬として投与されてもよく、又は投与は繰り返されてもよい。ワクチン投与が繰り返される場合、Ｔ細胞の疲弊を回避するために、それは少なくとも３週の間隔で投与されることが好ましい。
よって、１つの実施形態において、投薬レジメンは、０、３及び６週目並びにその後に患者が臨床的利益を有する限り４週毎のワクチン接種である。ワクチンは、１年もの間投与されてもよい。
ワクチンは、免疫学的に有効な量のポリヌクレオチド／ポリペプチド／二量体タンパク質を含む。「免疫学的に有効な量」により、上述の化合物を用いてワクチン接種されている患者において免疫応答を誘発するために要求されるそのような化合物の量が意味される。そのような免疫応答を指し示す非限定的なパラメーターとしては、以下のうちの１つ以上が挙げられる：腫瘍の成長の停止及び／又はその拡大の停止及び／又は腫瘍のサイズの低減、疾患進行における低減又は安定した疾患、即ちがんがより遅い速度で進行するか、若しくは進行しないこと。これは、腫瘍がより遅い速度で成長するか若しくは成長しないこと及び／又はより遅く拡大するか若しくは拡大しないこと、例えばリンパ節まで拡大することも転移を形成することもないこと及び／又はより悪性とならないことを含む。そのような免疫応答を指し示す他の非限定的なパラメーターは、（重量及び／又は体積の観点における）腫瘍縮小；個々の腫瘍コロニーの数における減少；腫瘍排除；並びに無増悪生存期間である。最終的に、医師は投薬量を決定し、投薬量は変動可能であり、年齢、体重、並びに処置されている患者の全般的状態、処置されているがんの重症度、医師の判断並びに本発明の個別化されたワクチンの特定の性質及び特性に依存し得る。１つの実施形態において、投薬量は、典型的には、ＤＮＡワクチンについて０．３～６ｍｇの範囲内であり、ポリペプチド／タンパク質ワクチンについて５μｇ～５ｍｇの範囲内である。
第１０の態様において、本発明は、患者においてがんを処置する方法であって、免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、前記患者において存在する少なくとも１つの共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に前記患者に特異的な１つ以上の抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む個別化された治療用抗がんワクチンを患者に投与することを含む、方法を提供する。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、前記患者において存在する少なくとも１つの共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に前記患者に特異的な１つ以上の抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む個別化された治療用抗がんワクチンを患者に投与することを含む、方法を提供する。
そのため、本発明は、患者においてがんを処置する方法であって、患者のために特異的に調製された、本発明による個別化された治療用抗がんワクチンを患者に投与することを含む、方法を提供する。
代替的に、本発明は、患者においてがんを処置する方法における使用のための、免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンであって、ワクチンが患者のために特異的に調製されたものである、ワクチンを提供する。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンであって、ワクチンが患者のために特異的に調製されたものである、ワクチンを提供する。
更に、本発明は、患者におけるがんの処置用の医薬の生産のための、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質
の使用であって；ポリヌクレオチド、ポリペプチド又は二量体タンパク質が、患者のために特異的に調製されたものである、使用を提供する。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質
の使用であって；ポリヌクレオチド、ポリペプチド又は二量体タンパク質が、患者のために特異的に調製されたものである、使用を提供する。
本発明によるワクチン処置は、任意の他の抗がん処置、例えば放射線療法、化学療法、及び外科的処置と組み合わせられてもよい。
本発明によるワクチン処置はまた、チェックポイント遮断阻害剤処置と組み合わせられてもよい。
実施例１：本発明のポリヌクレオチド／ポリペプチド／二量体タンパク質及びワクチンに含まれる抗原性ユニットの設計
抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列における以下のバリエーションと共に設計されてもよい。
Ａ．全長配列
Ｂ． ＨＬＡ最適化配列。抗原性ユニットに含めるための選択された配列は、最も免疫原性のエピトープ、即ち患者のＨＬＡ Ｉ及び／又はＨＬＡ ＩＩ分子に対して高い結合親和性を有するエピトープをカバーするように最適化される。
Ｃ．患者のＨＬＡ Ｉ及び／又はＨＬＡ ＩＩ分子に対して予測される結合性を有するエピトープ。
Ｄ． Ａ＋Ｃの組合せ
Ｅ． Ｂ＋Ｃの組合せ
Ｆ． Ａ＋Ｂの組合せ
抗原性ユニットは、患者提示共有抗原配列における以下のバリエーションと共に設計されてもよい。
Ａ．全長配列
Ｂ． ＨＬＡ最適化配列。抗原性ユニットに含めるための選択された配列は、最も免疫原性のエピトープ、即ち患者のＨＬＡ Ｉ及び／又はＨＬＡ ＩＩ分子に対して高い結合親和性を有するエピトープをカバーするように最適化される。
Ｃ．患者のＨＬＡ Ｉ及び／又はＨＬＡ ＩＩ分子に対して予測される結合性を有するエピトープ。
Ｄ． Ａ＋Ｃの組合せ
Ｅ． Ｂ＋Ｃの組合せ
Ｆ． Ａ＋Ｂの組合せ
上記の患者提示共有抗原配列は例えばＨＰＶ１６であってもよい。全長配列を含むケースＤ及びＦにおいて、ケースＤは、例えば、全長配列としてのＨＰＶ１６ Ｅ７（Ａ）とＨＰＶ Ｅ６からのエピトープ（Ｃ）との組合せであってもよく、ケースＦは、例えば、全長配列としてのＨＰＶ１６ Ｅ７（Ａ）とＨＬＡ最適化配列（Ｂ）との組合せであってもよい。上述の例は、１つの単一の患者提示共有抗原であるがその２つの異なる領域を含む。別の実施形態において、ケースＤ及びＦは、第１の患者提示共有抗原、例えばＨＰＶ１６ Ｅ７の全長配列（Ａ）と、第２の患者共有抗原、例えばＫＲＡＳのエピトープ（Ｃ）又はＨＬＡ最適化配列（Ｂ）との組合せに関する。
そのため、抗原性ユニットは、１つの患者提示共有抗原からのＡ～Ｆを含んでもよく、又はいくつかの患者提示共有抗原からのＡ～Ｆを含んでもよい。
配列Ａ～Ｆは、本明細書において提供される方法に従って抗原性ユニット中に編成される。異なる抗原性ユニットの設計が、例えば最適な抗原性ユニットの設計を決定するために実施例３に記載されるように、動物モデルにおいて評価されてもよい。抗原特異的な免疫原性の広さ、強さ及び動態は、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴ分析により決定され得る。
抗腫瘍有効性は、腫瘍チャレンジ実験において試験され得る。
実施例２：本発明によるポリヌクレオチドの構築
本発明によるポリヌクレオチドが設計され、それは以下のユニット及び構成要素を含む：
本発明によるポリヌクレオチドが設計され、それは以下のユニット及び構成要素を含む：
実施例３：本発明によるポリヌクレオチド／ポリペプチド／二量体ペプチド及びワクチンに含まれる抗原性ユニットに含めるための患者提示共有抗原の配列の選択
頭頸部の扁平上皮癌を示す２人の患者、患者１及び２の血液試料及び腫瘍組織試料を得た。血液試料をエクソームシークエンシングのために分析して健常細胞におけるエクソンを特徴付けた。腫瘍組織試料をエクソームシークエンシングのために分析して腫瘍組織におけるエクソンを特徴付け、ＲＮＡ－ｓｅｑのために分析して各々の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを評価した。ＥＬＩＳＡにおいて抗ＨＰＶ１６抗体を使用してＨＰＶ１６共有抗原の存在を同定した。
頭頸部の扁平上皮癌を示す２人の患者、患者１及び２の血液試料及び腫瘍組織試料を得た。血液試料をエクソームシークエンシングのために分析して健常細胞におけるエクソンを特徴付けた。腫瘍組織試料をエクソームシークエンシングのために分析して腫瘍組織におけるエクソンを特徴付け、ＲＮＡ－ｓｅｑのために分析して各々の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを評価した。ＥＬＩＳＡにおいて抗ＨＰＶ１６抗体を使用してＨＰＶ１６共有抗原の存在を同定した。
最も免疫原性の配列を見出すために、各々の患者のＨＬＡクラスＩ及びＩＩ対立遺伝子を正常組織（血液細胞）のシークエンシングにより決定した。以下のＨＬＡクラスＩ及びＩＩ対立遺伝子が見出された：
ＨＰＶは環状二本鎖ＤＮＡゲノムを有し、該ゲノムは、約８ｋｂのサイズであり、８つの遺伝子をコードし、そのうちのＥ６及びＥ７は形質転換特性を有する。ウイルスＥ６及びＥ７タンパク質は、健常細胞の悪性細胞への変換に関与することが公知である。それぞれ腫瘍抑制因子ｐ５３及びｐＲＢと会合するＨＰＶ１６ Ｅ６及びＥ７タンパク質の能力は、これらのウイルスタンパク質が腫瘍を誘導する機序として示唆されている。そのため、ＨＰＶ１６のＥ６及びＥ７配列は、既知の共有腫瘍抗原であり、抗原性ユニットに含めるためのそれらの中の配列を見出すために選択した。患者のＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に対する結合の予測を、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ ４．０ソフトウェアを使用して実行した。
患者１：
ＨＰＶ １６ Ｅ６：
各々９アミノ酸の長さの計１６個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１６個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図２及び表３）。
ＨＰＶ １６ Ｅ６：
各々９アミノ酸の長さの計１６個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１６個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図２及び表３）。
そのため、患者１のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され、これは以下を含んでもよい：
Ａ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ６配列（１５１アミノ酸）
Ｂ． １６個のエピトープの一部、例えば図１の左側に示される１２個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、６５アミノ酸、即ち全長配列の４３％を含有する。
Ｃ． ２つのＨＬＡクラスＩ最適化配列であって、第１の配列が１６個のエピトープのうちの１２個を含み、第２の配列がエピトープのうちの３個を含むもの（図１）。そのため、組み合わせられた２つの配列は１６個のエピトープのうちの１５個を含み、９２アミノ酸、即ち全長配列の６１％を含有する。
Ｄ． ＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、１６個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの１２個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの９個を含み、そのため３２個のＨＬＡクラスＩ／クラスＩＩエピトープのうちの２１個を含むもの（図２、ボックス）。この配列は、６５アミノ酸、即ち全長配列の４３％を含有する。
Ａ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ６配列（１５１アミノ酸）
Ｂ． １６個のエピトープの一部、例えば図１の左側に示される１２個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、６５アミノ酸、即ち全長配列の４３％を含有する。
Ｃ． ２つのＨＬＡクラスＩ最適化配列であって、第１の配列が１６個のエピトープのうちの１２個を含み、第２の配列がエピトープのうちの３個を含むもの（図１）。そのため、組み合わせられた２つの配列は１６個のエピトープのうちの１５個を含み、９２アミノ酸、即ち全長配列の６１％を含有する。
Ｄ． ＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、１６個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの１２個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの９個を含み、そのため３２個のＨＬＡクラスＩ／クラスＩＩエピトープのうちの２１個を含むもの（図２、ボックス）。この配列は、６５アミノ酸、即ち全長配列の４３％を含有する。
Ｃ又はＤを抗原性ユニットに含めることが好ましい。
ＨＰＶ１６ Ｅ７：
各々９アミノ酸の長さの計９個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１２個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図４及び表４）
各々９アミノ酸の長さの計９個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１２個のエピトープは、患者１のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図４及び表４）
そのため、患者１のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され、これは以下を含んでもよい：
Ｅ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ７配列（９８アミノ酸）
Ｆ． ９個のエピトープの一部、例えば図３に示される下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、５６アミノ酸、即ち全長配列の５７％を含有する。
Ｇ． ２つのＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、第１の配列が９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの２個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの７個を含み、第２の配列が９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの４個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの５個を含むもの（図４、ボックス）。そのため、組み合わせられた２つの配列は、９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの６個及びＨＬＡクラスＩＩエピトープのすべてを含む。組み合わせられた２つの配列は、５４アミノ酸、即ち全長配列の５５％を含有する。
Ｅ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ７配列（９８アミノ酸）
Ｆ． ９個のエピトープの一部、例えば図３に示される下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、５６アミノ酸、即ち全長配列の５７％を含有する。
Ｇ． ２つのＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、第１の配列が９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの２個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの７個を含み、第２の配列が９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの４個及び１６個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの５個を含むもの（図４、ボックス）。そのため、組み合わせられた２つの配列は、９個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの６個及びＨＬＡクラスＩＩエピトープのすべてを含む。組み合わせられた２つの配列は、５４アミノ酸、即ち全長配列の５５％を含有する。
Ｆ又はＧを抗原性ユニットに含めることが好ましい。
上記に基づいて、患者１のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され、これは、Ｃ、Ｄ、Ｆ及びＧの少なくとも１つ若しくはＣ、Ｄ、Ｆ及びＧのすべて又はこれらの２つの記載される極端な場合の間のこれらの任意の組合せを含む。
患者２：
ＨＰＶ１６ Ｅ６
各々９アミノ酸の長さの計１４個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１４個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図６及び表５）。
ＨＰＶ１６ Ｅ６
各々９アミノ酸の長さの計１４個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１４個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図６及び表５）。
そのため、患者２のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され、これは以下を含んでもよい；
Ｈ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ６配列（１５１アミノ酸）
Ｉ． １４個のエピトープの一部、例えば図５に示される１１個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、５７アミノ酸、即ち全長配列の３８％を含有する。
Ｊ． ＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、１４個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの１１個及び１４個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの８個を含み、そのため２８個のＨＬＡクラスＩ／クラスＩＩエピトープのうちの１９個を含むもの（図６、ボックス）。この配列は、５９アミノ酸、即ち全長配列の３９％を含有する。
Ｈ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ６配列（１５１アミノ酸）
Ｉ． １４個のエピトープの一部、例えば図５に示される１１個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、５７アミノ酸、即ち全長配列の３８％を含有する。
Ｊ． ＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、１４個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの１１個及び１４個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの８個を含み、そのため２８個のＨＬＡクラスＩ／クラスＩＩエピトープのうちの１９個を含むもの（図６、ボックス）。この配列は、５９アミノ酸、即ち全長配列の３９％を含有する。
Ｊを抗原性ユニットに含めることが好ましい。
ＨＰＶ１６ Ｅ７
各々９アミノ酸の長さの計１０個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１１個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図８及び表６）。
各々９アミノ酸の長さの計１０個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測され、各々９アミノ酸の長さの計１１個のエピトープは、患者２のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測された（図８及び表６）。
そのため、以下を含む患者２のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され得る：
Ａ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ７配列（９８アミノ酸）
Ｂ． １０個のエピトープの一部、例えば図７に示される６個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、２６アミノ酸、即ち全長配列の２７％を含有する。
Ｃ． ２個のＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、第１の配列が１０個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの６個及び１１個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの６個を含み、第２の配列が１０個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの２個及び１１個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの５個を含むもの（図８、ボックス）。そのため、組み合わせられた２つの配列は、１１個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの８個及びＨＬＡクラスＩＩエピトープのすべてを含む。組み合わせられた２つの配列は、４５アミノ酸、即ち全長配列の４５％を含有する。
Ａ．全長ＨＰＶ１６ Ｅ７配列（９８アミノ酸）
Ｂ． １０個のエピトープの一部、例えば図７に示される６個の下線を引いたエピトープを含むＨＬＡクラスＩ最適化配列。この配列は、２６アミノ酸、即ち全長配列の２７％を含有する。
Ｃ． ２個のＨＬＡクラスＩ／ＨＬＡクラスＩＩ最適化配列であって、第１の配列が１０個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの６個及び１１個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの６個を含み、第２の配列が１０個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの２個及び１１個のＨＬＡクラスＩＩエピトープのうちの５個を含むもの（図８、ボックス）。そのため、組み合わせられた２つの配列は、１１個のＨＬＡクラスＩエピトープのうちの８個及びＨＬＡクラスＩＩエピトープのすべてを含む。組み合わせられた２つの配列は、４５アミノ酸、即ち全長配列の４５％を含有する。
Ｌ又はＭを抗原性ユニットに含めることが好ましい。
上記に基づいて、患者２のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットが設計され、これは、Ｊ、Ｌ及びＭの少なくとも１つ若しくはＪ、Ｌ及びＭのすべて又はこれらの２つの記載される極端な場合の間のこれらの任意の組合せを含む。
患者１と２、即ち図２と図６及び図４と図８とを比較すると、本発明によるワクチンに含めるための最適な配列は２人の患者の間でかなり異なることが明らかである。
実施例４：患者特異的抗原及び患者提示共有抗原を含むワクチンの比較
患者特異的抗原配列のみを含むワクチンの有効性を、患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列を含む本発明によるワクチンの有効性と比較するために、マウスＴＣ－２腫瘍モデルを使用する。
患者特異的抗原配列のみを含むワクチンの有効性を、患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列を含む本発明によるワクチンの有効性と比較するために、マウスＴＣ－２腫瘍モデルを使用する。
ＴＣ－２腫瘍細胞株中に存在する共有抗原及び特異的抗原を、本明細書に記載されるように同定、処理及び選択する、即ち抗原性ユニットに含めるための共有抗原配列は、ＭＨＣ分子に対するそれらの結合性に基づいて選択され、特異的抗原配列は、インシリコ免疫原性予測方法において追加のパラメーターに基づいて選択される。抗原性ユニットに含めるために選択される共有抗原はウイルス抗原ＨＰＶ１６であり、そのＥ６及びＥ７タンパク質の部分をコードする配列を選択した。
すべての選択された抗原配列を商業的な供給業者、例えばＧｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ、ＵＳ）に注文し、ＬＤ７８ベータ標的化ユニット及びｈＩｇＧ３二量体化ユニットをコードする配列を含む発現ベクターｐＵＭＶＣ４ａ中にクローニングする。
ベクター１の抗原性ユニットは共有抗原配列のみを含み、ベクター２の抗原性ユニットは、共有抗原配列及び特異的抗原配列の両方を含む。
正確なワクチボディ形成を検証するために、ベクターを用いてＨＥＫ２９３細胞へのトランスフェクトを行い、上清中のワクチボディタンパク質をウエスタンブロット及び／又はサンドイッチＥＬＩＳＡにより同定する。エンプティｐＵＭＶＣ４ａベクターを陰性対照として含める。インタクトなホモ二量体タンパク質形成は以下のように確認される：トランスフェクトされた細胞からの上清中のタンパク質をウエスタンブロットにおいて抗ｈＭＩＰ－１アルファ抗体により、二量体タンパク質が単量体に還元されることを結果としてもたらす還元剤の存在下、又は還元剤の非存在下において検出する。
２０μｇのそれぞれベクター１及び２を水性緩衝液と混合することによりワクチンを調製する。ワクチンをマウスの前脛骨筋において筋肉内に注射し、続いてＴｒｉＧｒｉｄ、Ｉｃｈｏｒ、（ＵＳ）を使用してエレクトロポレーションを行う。１３日目に、マウスを安楽死させ、脾臓を採取する。
Ｔ細胞応答をＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳｐｏｔにより評価する。本発明によるワクチンは、特異的抗原配列のみを含むワクチンと比較してより高い、より広いＴ細胞応答を誘導することを我々は観察する。
実施例５：個々の本発明による治療用抗がんＤＮＡワクチン
個々の本発明による治療用抗がんＤＮＡワクチンは、規制当局のガイドラインによる本発明によるポリヌクレオチドを含むベクターのＧＭＰ生産、並びにＤＮＡワクチンの充填及び最終製剤化により調製されてもよい。ベクターは、それを無菌食塩水溶液、例えばＰＢＳに、２～６ｍｇ／ｍｌの濃度で溶解させることにより製剤化されてもよい。ワクチンは、続いてのエレクトロポレーションあり若しくはなしで皮内若しくは筋肉内のいずれかに投与されてもよく、又は代替的にジェットインジェクターを用いて投与されてもよい。
個々の本発明による治療用抗がんＤＮＡワクチンは、規制当局のガイドラインによる本発明によるポリヌクレオチドを含むベクターのＧＭＰ生産、並びにＤＮＡワクチンの充填及び最終製剤化により調製されてもよい。ベクターは、それを無菌食塩水溶液、例えばＰＢＳに、２～６ｍｇ／ｍｌの濃度で溶解させることにより製剤化されてもよい。ワクチンは、続いてのエレクトロポレーションあり若しくはなしで皮内若しくは筋肉内のいずれかに投与されてもよく、又は代替的にジェットインジェクターを用いて投与されてもよい。
実施例６：本発明によるポリヌクレオチド／ポリペプチド／二量体ペプチド及びワクチンに含まれる抗原性ユニットに含めるための患者提示共有抗原（及び患者特異的抗原）の配列の選択
頭頸部の扁平上皮癌を示す３人の患者（患者１、２及び３）の血液試料及び腫瘍組織試料を得た。血液試料をエクソームシークエンシングのために分析して健常細胞におけるエクソンを特徴付けた。腫瘍組織試料をエクソームシークエンシングのために分析して腫瘍組織におけるエクソンを特徴付け、ＲＮＡ－ｓｅｑのために分析して各々の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを評価した。
頭頸部の扁平上皮癌を示す３人の患者（患者１、２及び３）の血液試料及び腫瘍組織試料を得た。血液試料をエクソームシークエンシングのために分析して健常細胞におけるエクソンを特徴付けた。腫瘍組織試料をエクソームシークエンシングのために分析して腫瘍組織におけるエクソンを特徴付け、ＲＮＡ－ｓｅｑのために分析して各々の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを評価した。
ＰＣＲを使用してＨＰＶ１６共有抗原の存在を同定した。ＮＹ－ＥＳＯ－１の異所性発現をＥＬＩＳＡにおいて抗ＮＹ－ＥＳＯ－１抗体により決定した。各々の患者についての患者特異的抗原配列を、本出願及び国際公開第２０１７／１１８６９５号パンフレット（参照により本明細書に組み入れられる）において以前に記載されたように同定した。
ＮＹ－ＥＳＯ－１（がん／精巣抗原１Ｂとしても公知）は、様々な悪性腫瘍においてｍＲＮＡ及びタンパク質レベルで再発現されるが、成体組織におけるその正常な発現は生殖細胞及び胎盤細胞に制限されることが見出されているがん精巣抗原（ＣＴＡ）のファミリーに属するタンパク質である。ＮＹ－ＥＳＯ－１の発現は広範囲の腫瘍種類において報告されている。
ＨＰＶについて、ＨＰＶ１６のＥ６及びＥ７配列は、既知の共有腫瘍抗原であり、抗原性ユニットに含めるためのそれらの中の配列を見出すために選択した。
最も免疫原性の配列を見出すために、各々の患者のＨＬＡクラスＩ及びＩＩ対立遺伝子を正常組織（血液細胞）のシークエンシングにより決定した。患者のＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に対するＨＰＶ１６ Ｅ６／Ｅ７配列及びＮＹ－ＥＳＯ－１配列の結合の予測を、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ ４．０ソフトウェアを使用して実行した。（患者のＨＬＡ対立遺伝子にマッチしない）陽性Ｔ細胞応答を誘発したことが文献から既知であるＩＥＤＢデータベースからの配列を分析に含めた。
患者１、２及び３について見出されたＨＬＡクラスＩ及びＩＩ対立遺伝子は、下記の表に列記される：
患者１：
患者１のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１４を含み、上記の表の右列に記載される配列を以下の順序：Ｅ７｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ６で含む。
患者１のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための第２の抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１５を含み、上記の表の右列に記載される配列及び追加的に１７個の患者特異的抗原配列を含む。最も疎水性の配列は抗原性ユニットの実質的に中央に配置され、最も親水性の配列は抗原性ユニットの始まり及び終わりに配置された。グリシン－セリンリンカーが配列の間に挿入された。抗原性ユニットは配列を以下の順序で含み、Ｔ１Ｄは患者特異的抗原配列を表す：
Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６。
Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６。
患者２：
患者２のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１６を含み、上記の表の右列に記載される配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７で含む。
患者２のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための第２の抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１７を含み、上記の表の右列に記載される配列及び追加的に１７個の患者特異的抗原配列を含む。最も疎水性の配列は抗原性ユニットの実質的に中央に配置され、最も親水性の配列は抗原性ユニットの始まり及び終わりに配置された。グリシン－セリンリンカーが配列の間に挿入された。抗原性ユニットは配列を以下の順序で含み、Ｔ１Ｄは患者特異的抗原配列を表す：
Ｅ６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５０６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３０２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７００｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５３５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６７０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２９４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４９９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２５｜リンカー Ｔ１Ｄ４９１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４３０｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８２。
Ｅ６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５０６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３０２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７００｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５３５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６７０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２９４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４９９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２５｜リンカー Ｔ１Ｄ４９１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４３０｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８２。
患者３：
患者３のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１８を含み、上記の表の右列に記載される配列を以下の順序：ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｅ６で含む。
患者３のための個別化された治療用抗がんワクチンに含めるための第２の抗原性ユニットを設計し、これは配列番号１９を含み、上記の表の右列に記載される配列及び追加的に１７個の患者特異的抗原配列を含む。最も疎水性の配列は抗原性ユニットの実質的に中央に配置され、最も親水性の配列は抗原性ユニットの始まり及び終わりに配置された。グリシン－セリンリンカーが配列の間に挿入された。抗原性ユニットは配列を以下の順序で含み、Ｔ１Ｄは患者特異的抗原配列を表す：
Ｔ１Ｄ２２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１４４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４４１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２３４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８８｜リンカー｜Ｅ６。
Ｔ１Ｄ２２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１４４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４４１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２３４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８８｜リンカー｜Ｅ６。
実施例７：本発明によるＤＮＡワクチンの免疫原性
共有抗原配列及び／又はネオエピトープを含むＤＮＡワクチンの設計：
表１４に示されるユニット／部分をコードするヌクレオチド配列を含む５つのＤＮＡワクチン（構築物）を設計した：
共有抗原配列及び／又はネオエピトープを含むＤＮＡワクチンの設計：
表１４に示されるユニット／部分をコードするヌクレオチド配列を含む５つのＤＮＡワクチン（構築物）を設計した：
１０個のＣＴ２６ネオエピトープを含むＤＮＡワクチンＶＢ４０９７：
この構築物を、患者特異的抗原配列、即ち、ネオエピトープを含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
この構築物を、患者特異的抗原配列、即ち、ネオエピトープを含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
マウス結腸がん細胞株ＣＴ２６の以前に記載されたエクソームシークエンシング及びＲＮＡシークエンシングは、数百～数千の腫瘍特異的な非同義突然変異を明らかにした。インシリコの方法を使用して潜在的な免疫原性の配列、即ち、ネオエピトープを同定し、それらのうちの１０個（表１５）をＶＢ４０９７の抗原性ユニットに含めるために選択した。同定された１０個のネオエピトープの各々は、２７アミノ酸からなるペプチドである。末端ネオエピトープを除くすべてをサブユニット中に編成し、各々のサブユニットは１つのネオエピトープ及び１つの柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）からなる。
ＶＢ４０９７は、配列番号２０のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
ＮＹ－ＥＳＯ－１配列又はその部分を含むＤＮＡワクチンＶＢ４１００、ＶＢ４１０１及びＶＢ４１０２。
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
ヒトニューヨーク食道扁平上皮癌１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）は、いくつかのがん種において異常に発現される高度に免疫原性のがん精巣抗原であることが示されている。ＮＹ－ＥＳＯ－１はＣＴ２６がん細胞株において内因性に発現されないが、インシリコの方法を使用して、いくつかの免疫原性配列は、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいてマウスＭＨＣクラスＩ及びＩＩに結合することが予測された。上記の構築物を、患者提示共有抗原配列を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
３つのＮＹ－ＥＳＯ－１構築物をそのため設計した：
・ＮＹ－ＥＳＯ－１の全長を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１００。ＶＢ４１００は、配列番号２１のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
・ＭＨＣクラスＩ抗原であることが予測されるＮＹ－ＥＳＯ－１配列のアミノ酸８１～８８を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１０１。ＶＢ４１０１は、配列番号２２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
・ＭＨＣクラス及びクラスＩＩ抗原であることが予測されるいくつかの抗原を含有するＮＹ－ＥＳＯ－１配列のアミノ酸８１～１２６を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１０２。ＶＢ４１０２は、配列番号２３のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
・ＮＹ－ＥＳＯ－１の全長を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１００。ＶＢ４１００は、配列番号２１のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
・ＭＨＣクラスＩ抗原であることが予測されるＮＹ－ＥＳＯ－１配列のアミノ酸８１～８８を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１０１。ＶＢ４１０１は、配列番号２２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
・ＭＨＣクラス及びクラスＩＩ抗原であることが予測されるいくつかの抗原を含有するＮＹ－ＥＳＯ－１配列のアミノ酸８１～１２６を含む抗原性ユニットを有するＶＢ４１０２。ＶＢ４１０２は、配列番号２３のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
構築物に含まれる様々なＮＹ－ＥＳＯ－１配列を表１６に示す。
１０個のＣＴ２６ネオエピトープ及びＮＹ－ＥＳＯ－１配列の全長配列を含むＤＮＡワクチンＶＢ４１０５
この構築物を、患者提示共有抗原配列及び患者特異的抗原配列（ネオエピトープ）を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。それは、ＮＹ－ＥＳＯ－１の全長配列及び表１に示される１０個のＣＴ２６ネオエピトープを含む抗原性ユニットを含み、それらの各々は、柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）により、以後のネオエピトープ又はＮＹ－ＥＳＯ－１配列から分離されている。ＶＢ４１０５は、配列番号２４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
この構築物を、患者提示共有抗原配列及び患者特異的抗原配列（ネオエピトープ）を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。それは、ＮＹ－ＥＳＯ－１の全長配列及び表１に示される１０個のＣＴ２６ネオエピトープを含む抗原性ユニットを含み、それらの各々は、柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）により、以後のネオエピトープ又はＮＹ－ＥＳＯ－１配列から分離されている。ＶＢ４１０５は、配列番号２４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
陰性対照ＶＢ１０２６：
この構築物は、上述の構築物と同一であるが、ユニットリンカーも抗原性ユニットも含まない。それは陰性対照として役立つ。ＶＢ１０２６は、配列番号２５のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
この構築物は、上述の構築物と同一であるが、ユニットリンカーも抗原性ユニットも含まない。それは陰性対照として役立つ。ＶＢ１０２６は、配列番号２５のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
構築物を含む発現ベクターの構築並びに構築物によりコードされるインタクトな二量体タンパク質の発現及び分泌の確認：
すべての上述の構築物の抗原性ユニットの配列をＧｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ、ＵＳＡ）に注文し、発現ベクターｐＵＭＶＣ４ａ；上記の表１４に記載されるシグナルペプチド、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むマスタープラスミド中にクローニングした。
すべての上述の構築物の抗原性ユニットの配列をＧｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ、ＵＳＡ）に注文し、発現ベクターｐＵＭＶＣ４ａ；上記の表１４に記載されるシグナルペプチド、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むマスタープラスミド中にクローニングした。
ＨＥＫ２９３細胞（ＡＴＣＣ）に上記の構築物を一過的にトランスフェクトした。簡潔に述べれば、２×１０5個の細胞／ウェルを、１０％のＦＢＳ増殖培地を含む２４ウェル組織培養プレートにプレーティングし、生産者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により示唆される条件下でＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（登録商標） ２０００試薬を使用して１μｇのそれぞれのＤＮＡプラスミドをトランスフェクトした。トランスフェクトされた細胞を次に最大５日間３７℃で５％のＣＯ2と共に維持した。その後に抗ｈＩｇＧ（ＣＨ３ドメイン）、ｈＭＩＰ－１α及びそれぞれの抗原性ユニットに特異的な抗体を使用する上清のサンドイッチＥＬＩＳＡによる構築物によりコードされるタンパク質の発現の特徴付けのために細胞上清を採取した。
構築物の免疫原性の評価：
構築物を用いてワクチン接種されたマウスにおいてインビボで誘発されたＴ細胞免疫応答を測定することにより構築物の免疫原性を決定した。
構築物を用いてワクチン接種されたマウスにおいてインビボで誘発されたＴ細胞免疫応答を測定することにより構築物の免疫原性を決定した。
雌６週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスはＪａｎｖｉｅｒ Ｌａｂｓ（Ｆｒａｎｃｅ）から得られた。すべての動物は、Ｒａｄｉｕｍ Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）における動物施設において飼育された。すべての動物プロトコールは、Ｎｏｒｗｅｇｉａｎ Ｆｏｏｄ Ｓａｆｅｔｙ Ａｕｔｈｏｒｉｔｙ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）により承認された。抗原性ユニットを含む構築物の試験のために群当たり５匹のマウスを使用した一方、陰性対照のために群当たり３匹のマウスを使用した。
２０μｇの構築物を筋肉内に２回、即ち、０日目及び２１日目に投与し、続いてエレクトロポレーションを行った。脾臓を２８日目に収集した。
脾臓をセルストレーナー中でマッシュして単一細胞懸濁液を得た。試験される各々の構築物について、単一細胞懸濁液の部分を使用し、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（商標）枯渇を使用してＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞を精製した。総脾臓細胞、ＣＤ４枯渇脾臓細胞及びＣＤ８枯渇脾臓細胞を次に、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいてＩＮＦ－γの産生について試験した。表１５に示される１０個のネオエピトープを使用して、構築物ＶＢ４０９７及びＶＢ４１０５を用いてワクチン接種されたマウスから採取された脾臓細胞を再刺激し、下記の表１７に示されるＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを使用して、前記表に指し示される構築物を用いてワクチン接種されたマウスから採取された脾臓細胞を再刺激した。
構築物ＶＢ４０９７、ＶＢ４１００及びＶＢ４１０５の免疫原性の比較
構築物ＶＢ４０９７（１０個のネオエピトープ）、ＶＢ４１００（ＮＹ－ＥＳＯ－１全長）、及びＶＢ４１０５（１０個のネオエピトープ及びＮＹ－ＥＳＯ－１全長）を、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について表１５（ＶＢ４０９７及びＶＢ４１０５）並びに表１７（ＶＢ４１００及びＶＢ４１０５）のペプチドに対して比較した。
構築物ＶＢ４０９７（１０個のネオエピトープ）、ＶＢ４１００（ＮＹ－ＥＳＯ－１全長）、及びＶＢ４１０５（１０個のネオエピトープ及びＮＹ－ＥＳＯ－１全長）を、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について表１５（ＶＢ４０９７及びＶＢ４１０５）並びに表１７（ＶＢ４１００及びＶＢ４１０５）のペプチドに対して比較した。
図９に示されるように、陰性対照ＶＢ１０２６を用いてワクチン接種されたマウスは、ネオエピトープ及びＮＹ－ＥＳＯ－ペプチド配列の両方に対して低い基礎免疫原性を示した。
両方とも同じ１０個のＣＴ２６ネオエピトープを含むＶＢ４０９７及びＶＢ４１０５は、抗原性ユニットが１０個のネオエピトープのみを含む（ＶＢ４０９７）のか、それとも追加的にＮＹ－ＥＳＯ－１の全長配列を含む（ＶＢ４１０５）のかに依存せずに、１０個のネオエピトープに対して類似した総Ｔ細胞応答（ＩＮＦ－γ応答）を誘導する（図９、灰色バー）。
また、両方ともＮＹ－ＥＳＯ－１の全長配列を含むＶＢ４１００及びＶＢ４１０５は、抗原性ユニットがＮＹ－ＥＳＯ－１の全長配列のみを含む（ＶＢ４１００）のか、それとも追加的に１０個のネオエピトープを含む（ＶＢ４１０５）のかに依存せずに、表１７に示されるように再刺激のために使用されたペプチドに対して類似した総Ｔ細胞応答（ＩＮＦ－γ応答）を誘導する（図９、黒バー）。
ＶＢ４１０５について、１０個のネオエピトープを含むＶＢ４０９７の抗原性ユニットへのＮＹ－ＥＳＯ－１全長配列の追加は、ＮＹ－ＥＳＯ－１に対する免疫原性の追加に起因して、ＶＢ４０９７でのワクチン接種により誘発されるものと比較してより高い総Ｔ細胞応答を誘発した。
患者提示共有抗原を含む本発明によるワクチンは、患者特異的抗原（ネオエピトープ）を含むワクチンの免疫応答に類似した免疫応答を誘発できることをこれらの結果は指し示す。更に、患者提示共有抗原及び患者特異的抗原（ネオエピトープ）の両方を抗原性ユニットに含めることに利益があることをこれらの結果は指し示す。
構築物ＶＢ４１００、ＶＢ４１０１及びＶＢ４１０２の免疫原性の比較
インシリコの方法を使用して、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～８８からなるエピトープは、ＭＨＣクラスＩに強く結合してＣＤ８＋ Ｔ細胞を活性化させる（ａｃｔｉｖｅ）ことが予測された一方、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～１２６からなるペプチドは、いくつかのＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ抗原を含有することが予測された。したがって、構築物ＶＢ４１００（ＮＹ－ＥＳＯ－１全長）、ＶＢ４１０１（ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～８８）及びＶＢ４１０２（ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～１２６）を構築し、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について比較した。
インシリコの方法を使用して、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～８８からなるエピトープは、ＭＨＣクラスＩに強く結合してＣＤ８＋ Ｔ細胞を活性化させる（ａｃｔｉｖｅ）ことが予測された一方、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～１２６からなるペプチドは、いくつかのＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ抗原を含有することが予測された。したがって、構築物ＶＢ４１００（ＮＹ－ＥＳＯ－１全長）、ＶＢ４１０１（ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～８８）及びＶＢ４１０２（ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～１２６）を構築し、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について比較した。
最初に、３つの構築物を、予測されるアミノ酸８１～８８領域に対してＣＤ８＋ Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について比較した。構築物を用いてワクチン接種されたマウスの脾臓細胞から単離されたＣＤ８＋ Ｔ細胞を、表１６に示されるアミノ酸８１～８８の最小エピトープを用いて再刺激した。図１０に示されるように、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸８１～８８からなるエピトープは実際に強いＣＤ８＋ Ｔ細胞エピトープであることを実験は裏付けた。更に、この領域の免疫原性は、エピトープが抗原性ユニット中の唯一の配列である（ＶＢ４１０１）のか、それとも抗原性ユニットがより長いＮＹ－ＥＳＯ－１配列又は全長ＮＹ－ＥＳＯ－１配列を含むのかどうかに依存しない。
次に、ＶＢ４１０２をＶＢ４１００と比較して、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸配列８１～１２６中のいくつかの予測されるＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ抗原は全長ＮＹ－ＥＳＯ－１配列と類似した応答を誘発するかどうかを評価した。構築物を用いてワクチン接種されたマウスの脾臓細胞から単離されたＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞を、表１７に示されるペプチドを用いて再刺激した。図１１に示されるように、両方とも単離されたＣＤ８＋（図１１Ｂ）及びＣＤ４＋ Ｔ細胞（図１１Ｃ）からの、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸配列８１～１２６は、総Ｔ細胞応答（図１１Ａ）の観点において、ＮＹ－ＥＳＯ－１全長配列よりも強い応答を誘発する。
インシリコの方法を使用することにより、強い免疫応答を誘発することが予測される患者提示共有抗原の短い（より短い）配列／エピトープが同定され得ることをこれらの結果は示唆する。患者提示共有抗原のより長い配列又は全長配列の代わりにそのような配列／エピトープを本発明のワクチンの抗原性ユニットに含めることにより、他の患者提示共有抗原及び／又は患者特異的抗原／ネオエピトープの配列を含むために抗原性ユニット中に空間が残される。これは、そのような個々の抗がんワクチンを与えられる患者がワクチンに対して強い免疫応答を示す可能性を増強する。
実施例８：本発明によるＤＮＡワクチンの免疫原性
共有抗原配列及び／又はネオエピトープを含むＤＮＡワクチンの設計：
表１８に示されるユニット／部分をコードするヌクレオチド配列を含む６つのＤＮＡワクチン（構築物）を設計した：
共有抗原配列及び／又はネオエピトープを含むＤＮＡワクチンの設計：
表１８に示されるユニット／部分をコードするヌクレオチド配列を含む６つのＤＮＡワクチン（構築物）を設計した：
１０個のＢ１６ネオエピトープを含むＤＮＡワクチンＶＢ４１１８：
この構築物を、患者特異的抗原配列、即ちネオエピトープを含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
この構築物を、患者特異的抗原配列、即ちネオエピトープを含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
マウス黒色腫細胞株Ｂ１６．Ｆ１０の以前に記載されたエクソームシークエンシング及びＲＮＡシークエンシングは、数百～数千の腫瘍特異的な非同義突然変異を明らかにした。インシリコの方法を使用して潜在的な免疫原性の配列、即ちネオエピトープを同定し、それらのうちの１０個（表１９）をＶＢ４１１８の抗原性ユニットに含めるために選択した。同定された１０個のネオエピトープの各々は、２７アミノ酸からなるペプチドである。末端ネオエピトープを除くすべてをサブユニット中に編成し、各々のサブユニットは１つのネオエピトープ及び１つの柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）からなる。
ＶＢ４１１８は、配列番号２６のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
ＴＲＰ－２配列を含むＤＮＡワクチンＶＢ４１１９及びフレームシフト抗原を含むＶＢ４１２７
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。
チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＲＰ－２）はメラノサイト系列正常分化タンパク質である。この共有抗原（分化抗原）は、インビボでＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＢ１６黒色腫細胞の腫瘍拒絶を誘導することが公知である。文献において、表２０に示される９アミノ酸の長さのＭＨＣクラスＩエピトープ（ＴＲＰ－２のアミノ酸１８０～１８８）は、ＴＲＰ－２の抗腫瘍効果の原因となる免疫原性配列として同定されている。
ＶＢ４１１９は、配列番号２７のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
フレームシフト突然変異は、ヌクレオチドのインデル（挿入又は欠失）がＤＮＡリーディングフレームにおけるシフトに繋がる場合に生じるＤＮＡ突然変異である。結果的に、インデル後のＤＮＡ配列全体は不正確に読み取られ、結果としてもたらされるタンパク質は変更される。腫瘍細胞において生じるフレームシフト突然変異は、高度に免疫原性であり得る新規のペプチド配列を生成し、更に、同一のフレームシフト抗原が異なる患者にわたり生じ得るため、共有抗原がんワクチンのための有望な標的となる（Ｂａｌｌｈａｕｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｃｏｍｍｕｎ． １１， ２０２０， １－１３を参照）。表２１に示される３つのフレームシフト抗原がインシリコの方法により免疫原性であるとして同定されており、ＶＢ４１２７構築物においてコードされる。抗原性ユニットにおいて、それらは、柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）により互いから分離されている。
ＶＢ４１２７は、配列番号２８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
１０個のＢ１６ネオエピトープ及びＴＲＰ－２エピトープ（ＶＢ４１２１）又は１０個のＢ１６ネオエピトープ及び３個のフレームシフト抗原（ＶＢ４１２８）又は１０個のＢ１６ネオエピトープ、ＴＲＰ－２エピトープ及び３個のフレームシフト抗原（ＶＢ４１３０）を含むＤＮＡワクチン
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列及び患者特異的抗原配列（ネオエピトープ）を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。各々の構築物は、表１９に示される１０個のＢ１６ネオエピトープを含む抗原性ユニットを含み、それらのＢ１６ネオエピトープの各々は、以後のネオエピトープ又は共有抗原配列から柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）により分離されている。同じリンカーを使用して、そのような配列のいくつかを含む構築物中の共有抗原配列を分離した。ＶＢ４１２１は、配列番号２９のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなり；ＶＢ４１２８は、配列番号３０のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなり、ＶＢ４１３０は、配列番号３１のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
これらの構築物を、患者提示共有抗原配列及び患者特異的抗原配列（ネオエピトープ）を含む個別化されたＤＮＡワクチンのモデルとして選択した。各々の構築物は、表１９に示される１０個のＢ１６ネオエピトープを含む抗原性ユニットを含み、それらのＢ１６ネオエピトープの各々は、以後のネオエピトープ又は共有抗原配列から柔軟性グリシン－セリンリンカー（ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ）により分離されている。同じリンカーを使用して、そのような配列のいくつかを含む構築物中の共有抗原配列を分離した。ＶＢ４１２１は、配列番号２９のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなり；ＶＢ４１２８は、配列番号３０のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなり、ＶＢ４１３０は、配列番号３１のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ配列からなる。
実施例７に記載される構築物ＶＢ１０２６を陰性対照として使用した。
構築物を含む発現ベクターの構築並びに構築物によりコードされるインタクトな二量体タンパク質の発現及び分泌の確認
上述の構築物を含む発現ベクターを実施例７に記載されるように構築した。構築物によりコードされるインタクトな二量体タンパク質の発現及び分泌を実施例７に記載されるように確認した。
上述の構築物を含む発現ベクターを実施例７に記載されるように構築した。構築物によりコードされるインタクトな二量体タンパク質の発現及び分泌を実施例７に記載されるように確認した。
構築物の免疫原性の評価
構築物を用いてワクチン接種されたマウスにおいてインビボで誘発されたＴ細胞免疫応答を測定することにより構築物の免疫原性を決定した。
構築物を用いてワクチン接種されたマウスにおいてインビボで誘発されたＴ細胞免疫応答を測定することにより構築物の免疫原性を決定した。
雌６週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスはＪａｎｖｉｅｒ Ｌａｂｓ（Ｆｒａｎｃｅ）から得られた。すべての動物は、Ｒａｄｉｕｍ Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）における動物施設において飼育された。すべての動物プロトコールは、Ｎｏｒｗｅｇｉａｎ Ｆｏｏｄ Ｓａｆｅｔｙ Ａｕｔｈｏｒｉｔｙ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）により承認された。抗原性ユニットを含む構築物の試験のために群当たり５匹のマウスを使用した一方、陰性対照のために群当たり３匹のマウスを使用した。
２０μｇの構築物を筋肉内に０日目に投与し、続いてエレクトロポレーションを行った。ワクチン接種されたマウスから脾臓を１４日目に収集した。実施例７に記載されるように収集された脾臓を処理し、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを実行した。
表１９に示される１０個のネオエピトープを使用して、構築物ＶＢ４１１８、ＶＢ４１２１、ＶＢ４１２８、及びＶＢ４１３０を用いてワクチン接種されたマウスから採取された脾臓細胞を再刺激した。表２０におけるＴＲＰ－２ペプチドを使用して、構築物ＶＢ４１１９、ＶＢ４１２１、及びＶＢ４１３０を用いてワクチン接種されたマウスから採取された脾臓細胞を再刺激した。下記の表２２に示されるフレームシフトペプチドを使用して、構築物ＶＢ４１２７、ＶＢ４１２８、及びＶＢ４１３０を用いてワクチン接種されたマウスから採取された脾臓細胞を再刺激した。
構築物ＶＢ４１１８、ＶＢ４１１９、ＶＢ４１２１、ＶＢ４１２７、ＶＢ４１２８、及びＶＢ４１３０の免疫原性の比較
構築物ＶＢ４１１８（１０個のネオエピトープ）、ＶＢ４１１９（ＴＲＰ－２）、ＶＢ４１２１（１０個のネオエピトープ及びＴＲＰ－２）、ＶＢ４１２７（３個のフレームシフト抗原）、ＶＢ４１２８（１０個のネオ抗原及び３個のフレームシフト抗原）、並びにＶＢ４１３０（１０個のネオエピトープ、３個のフレームシフト抗原及びＴＲＰ－２）を、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について、適用可能な場合、表１９、表２０、及び表２２におけるペプチドに対して比較した。
構築物ＶＢ４１１８（１０個のネオエピトープ）、ＶＢ４１１９（ＴＲＰ－２）、ＶＢ４１２１（１０個のネオエピトープ及びＴＲＰ－２）、ＶＢ４１２７（３個のフレームシフト抗原）、ＶＢ４１２８（１０個のネオ抗原及び３個のフレームシフト抗原）、並びにＶＢ４１３０（１０個のネオエピトープ、３個のフレームシフト抗原及びＴＲＰ－２）を、Ｔ細胞免疫応答を誘発する能力について、適用可能な場合、表１９、表２０、及び表２２におけるペプチドに対して比較した。
図１２に示されるように、陰性対照ＶＢ１０２６を用いてワクチン接種されたマウスは、試験されたすべてのペプチドに対して低い基礎免疫原性を示した。
患者特異的抗原のみを含むワクチンのモデル構築物（ＶＢ４１１８）並びに患者提示共有抗原のみを含むワクチンのモデル構築物（ＶＢ４１１９及びＶＢ４１２７）の両方は、ワクチン接種されたマウスにおいて免疫応答を誘発する。
すべて同じ１０個のＢ１６ネオエピトープを含むＶＢ４１１８、ＶＢ４１２１、ＶＢ４１２８、及びＶＢ４１３０は、抗原性ユニットが１０個のネオエピトープのみを含む（ＶＢ４１１８）のか、それとも追加的にＴＲＰ－２エピトープ（ＶＢ４１２１）、３個のフレームシフト抗原（ＶＢ４１２８）又はＴＲＰ－２エピトープ及び３個のフレームシフト抗原（ＶＢ４１３０）を含むのかどうかに依存せずに、１０個のネオエピトープに対して類似した総Ｔ細胞応答（ＩＮＦ－γ応答）を誘導する（図１２、黒バー）。
更に、共有抗原をネオエピトープ構築物に追加することは、より広い及び増加した総Ｔ細胞応答に繋がり、最も高い総Ｔ細胞応答は、１０個のネオエピトープ、３個のフレームシフト抗原及びＴＲＰ－２エピトープをコードする構築物（ＶＢ４１３０）について観察されることを図１２は示す。
また、患者提示共有抗原を含む本発明によるワクチンは、患者特異的抗原（ネオエピトープ）を含むワクチンの免疫応答に類似した免疫応答を誘発できることをこの研究の結果は指し示す。更に、異なる種類の共有抗原及び患者特異的抗原（ネオエピトープ）を抗原性ユニットに含めることによる増加したより広い総Ｔ細胞応答の利益があることをこれらの結果は指し示す。
配列
配列番号１
シグナルペプチド（ａａ １～２３）及び成熟ペプチド（ｈＭＩＰ１α／ＬＤ７８－ベータ、ａａ ２４～９３）を含むＣ－Ｃモチーフケモカイン３様１前駆体：
配列番号２
配列番号３
リンカー、アミノ酸配列：ＧＬＳＧＬ
配列番号４
リンカー、アミノ酸配列：ＧＬＧＧＬ
配列番号５
ヒンジ領域１（ヒトＩｇＧ３ ＵＨヒンジ）、１２アミノ酸：ＥＬＫＴＰＬＧＤＴＴＨＴ
配列番号６
ヒンジ領域４（ヒトＩｇＧ３、ＭＨヒンジ、１５アミノ酸）：ＥＰＫＳＣＤＴＰＰＰＣＰＲＣＰ
配列番号７
Ｇｌｙ－Ｓｅｒリンカー：ＧＧＧＳＳＧＧＧＳＧ
配列番号８
ｈＣＨ３ ＩｇＧ３、アミノ酸配列：
配列番号９
シグナルペプチド
ＭＮＦＧＬＲＬＩＦＬＶＬＴＬＫＧＶＱＣ
配列番号１０
シグナルペプチド
ＭＤＡＭＫＲＧＬＣＣＶＬＬＬＣＧＡＶＦＶＳＰ
配列番号１１：ＨＰＶ１６ Ｅ６
配列番号１２：ＨＰＶ１６ Ｅ７
配列番号１３：ＮＹ－ＥＳＯ－１
配列番号１４（３０２アミノ酸）
抗原配列を以下の順序：Ｅ７｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
配列番号１５（９２４アミノ酸）
抗原配列を以下の順序：Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
配列番号１６（２２７アミノ酸）
抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７で含む抗原性ユニット
配列番号１７（８５０アミノ酸）
抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５０６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３０２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７００｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５３５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６７０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２９４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４９９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２５｜リンカー Ｔ１Ｄ４９１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４３０｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８２で含む抗原性ユニット。
配列番号１８（２２１アミノ酸）：
抗原配列を以下の順序：ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
配列番号１９（８３１アミノ酸）
抗原配列を以下の順序：Ｔ１Ｄ２２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１４４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４４１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２３４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８８｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
配列番号２０
ＶＢ４０９７のアミノ酸配列
配列番号２１
ＶＢ４１００のアミノ酸配列
配列番号２２
ＶＢ４１０１のアミノ酸配列
配列番号２３
ＶＢ４１０２のアミノ酸配列
配列番号２４
ＶＢ４１０５のアミノ酸配列
配列番号２５
ＶＢ１０２６のアミノ酸配列
配列番号２６
ＶＢ４１１８のアミノ酸配列
配列番号２７
ＶＢ４１１９のアミノ酸配列
配列番号２８
ＶＢ４１２７のアミノ酸配列
配列番号２９
ＶＢ４１２１のアミノ酸配列
配列番号３０
ＶＢ４１２８のアミノ酸配列
配列番号３１
ＶＢ４１３０のアミノ酸配列
配列番号３２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６～１５
ＱＥＲＰＲＫＬＰＱ
配列番号３３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８～１７
ＲＰＲＫＬＰＱＬＣ
配列番号３４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２３～３２
ＩＨＤＩＩＬＥＣＶ
配列番号３５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２４～３３
ＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号３６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２６～３５
ＩＩＬＥＣＶＹＣＫ
配列番号３７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸３５～４４
ＱＱＬＬＲＲＥＶＹ
配列番号３８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４２～５１
ＶＹＤＦＡＲＲＤＬ
配列番号３９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４３～５２
ＹＤＦＡＲＲＤＬＣ
配列番号４０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４４～５３
ＤＦＡＲＲＤＬＣＩ
配列番号４１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４５～５４
ＦＡＲＲＤＬＣＩＶ
配列番号４２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６０～６９
ＹＡＶＲＤＫＣＬＫ
配列番号４３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６２～７１
ＶＲＤＫＣＬＫＦＹ
配列番号４４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８１～９０
ＹＳＬＹＧＴＴＬＥ
配列番号４５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２５～１３４
ＦＨＮＩＲＧＲＷＴ
配列番号４６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１３１～１４０
ＲＷＴＧＲＣＭＳＣ
配列番号４７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１４３～１５２
ＳＲＴＲＲＥＴＱＬ
配列番号４８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１６～３１
ＣＴＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣ
配列番号４９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１７～３２
ＴＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶ
配列番号５０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１８～３３
ＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号５１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１９～３４
ＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹＣ
配列番号５２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２０～３５
ＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹＣＫ
配列番号５３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸３４～４９
ＫＱＱＬＬＲＲＥＶＹＤＦＡＲＲ
配列番号５４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～６４
ＤＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲ
配列番号５５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５０～６５
ＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤ
配列番号５６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５１～６６
ＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤＫ
配列番号５７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７８～９３
ＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号５８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９５～１１０
ＰＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰ
配列番号５９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９６～１１１
ＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬ
配列番号６０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９７～１１２
ＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣ
配列番号６１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９８～１１３
ＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰ
配列番号６２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９９～１１４
ＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰＥ
配列番号６３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２１～１３６
ＫＫＱＲＦＨＮＩＲＧＲＷＴＧＲ
配列番号６４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～１６
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬ
配列番号６５
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸２２～３１
ＬＹＧＹＧＱＬＮＤ
配列番号６６
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸３８～４７
ＩＤＧＰＡＧＱＡＥ
配列番号６７
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸４８～５７
ＤＲＡＨＹＮＩＶＴ
配列番号６８
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸５５～６４
ＶＴＦＣＣＫＣＤＳ
配列番号６９
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸６６～７５
ＲＬＣＶＱＳＴＨＶ
配列番号７０
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７２～８１
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥ
配列番号７１
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７３～８２
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤ
配列番号７２
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸８５～９４
ＧＴＬＧＩＶＣＰＩ
配列番号７３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸４～１９
ＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥ
配列番号７４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸５～２０
ＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴ
配列番号７５
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸６～２１
ＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴ
配列番号７６
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～２２
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤ
配列番号７７
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸８～２３
ＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬ
配列番号７８
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸９～２４
ＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬＹ
配列番号７９
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸１０～２５
ＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬＹＧ
配列番号８０
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７０～８５
ＱＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭ
配列番号８１
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７１～８６
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧ
配列番号８２
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７２～８７
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴ
配列番号８３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７３～８８
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号８４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７４～８９
ＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬＧ
配列番号８５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１６～２５
ＣＴＥＬＱＴＴＩＨ
配列番号８６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４２～５１
ＶＹＤＦＡＲＲＤＬ
配列番号８７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４５～５４
ＦＡＲＲＤＬＣＩＶ
配列番号８８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５２～６１
ＩＶＹＲＤＧＮＰＹ
配列番号８９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５４～６３
ＹＲＤＧＮＰＹＡＶ
配列番号９０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６８～７７
ＫＦＹＳＫＩＳＥＹ
配列番号９１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７３～８２
ＩＳＥＹＲＨＹＣＹ
配列番号９２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７５～８４
ＥＹＲＨＹＣＹＳＬ
配列番号９３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８０～８９
ＣＹＳＬＹＧＴＴＬ
配列番号９４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８４～９３
ＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号９５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８８～９７
ＬＥＱＱＹＮＫＰＬ
配列番号９６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９１～１００
ＱＹＮＫＰＬＣＤＬ
配列番号９７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１１～２０
ＲＨＬＤＫＫＱＲＦ
配列番号９８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２～２１
ＲＦＨＮＩＲＧＲＷ
配列番号９９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１８～３３
ＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号１００
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～６４
ＤＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲ
配列番号１０１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５０～６５
ＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤ
配列番号１０２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５１～６６
ＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤＫ
配列番号１０３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７４～８９
ＳＥＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬ
配列番号１０４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７５～９０
ＥＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥ
配列番号１０５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７６～９１
ＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱ
配列番号１０６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７７～９２
ＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱ
配列番号１０７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７８～９３
ＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号１０８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９６～１１１
ＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬ
配列番号１０９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９７～１１２
ＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣ
配列番号１１０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９８～１１３
ＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰ
配列番号１１１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９９～１１４
ＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰＥ
配列番号１１２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２１～１３６
ＫＫＱＲＦＨＮＩＲＧＲＷＴＧＲ
配列番号１１３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸３～１２
ＧＤＴＰＴＬＨＥＹ
配列番号１１４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～１６
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬ
配列番号１１５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９～１８
ＨＥＹＭＬＤＬＱＰ
配列番号１１６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１５～２４
ＬＱＰＥＴＴＤＬＹ
配列番号１１７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１９～２８
ＴＴＤＬＹＧＹＧＱ
配列番号１１８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２０～２９
ＴＤＬＹＧＹＧＱＬ
配列番号１１９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４４～５３
ＱＡＥＰＤＲＡＨＹ
配列番号１２０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～５８
ＲＡＨＹＮＩＶＴＦ
配列番号１２１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７１～８０
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬ
配列番号１２２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７９～８８
ＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号１２３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸０３～１８
ＧＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰ
配列番号１２４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４～１９
ＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥ
配列番号１２５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５～２０
ＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴ
配列番号１２６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６～２１
ＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴ
配列番号１２７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７～２２
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤ
配列番号１２８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８～２３
ＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬ
配列番号１２９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７０～８５
ＱＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭ
配列番号１３０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７１～８６
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧ
配列番号１３１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７２～８７
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴ
配列番号１３２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７３～８８
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号１３３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７４～８９
ＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬＧ
配列番号１３４
Ｔ１Ｄ３２０
配列番号１３５
Ｔ１Ｄ８１４
配列番号１３６
Ｔ１Ｄ１８２
配列番号１３７
Ｔ１Ｄ６８９
配列番号１３８
Ｔ１Ｄ３３９
配列番号１３９
Ｔ１Ｄ４２８
配列番号１４０
Ｔ１Ｄ５７２
配列番号１４１
Ｔ１Ｄ３５９
配列番号１４２
Ｔ１Ｄ４８８
配列番号１４３
Ｔ１Ｄ５５４
配列番号１４４
Ｔ１Ｄ２７２
配列番号１４５
Ｔ１Ｄ２１０
配列番号１４６
Ｔ１Ｄ８４９
配列番号１４７
Ｔ１Ｄ４
配列番号１４８
Ｔ１Ｄ７７
配列番号１４９
Ｔ１Ｄ７１７
配列番号１５０
Ｔ１Ｄ５８６
配列番号１５１
Ｔ１１Ｄ３２３
配列番号１５２
Ｔ１１Ｄ５０６
配列番号１５３
Ｔ１１Ｄ１２
配列番号１５４
Ｔ１１Ｄ３１５
配列番号１５５
Ｔ１１Ｄ３０２
配列番号１５６
Ｔ１１Ｄ７００
配列番号１５７
Ｔ１１Ｄ５３５
配列番号１５８
Ｔ１１Ｄ３５８
配列番号１５９
Ｔ１１Ｄ６７０
配列番号１６０
Ｔ１１Ｄ２９４
配列番号１６１
Ｔ１１Ｄ３３６
配列番号１６２
Ｔ１１Ｄ４９９
配列番号１６３
Ｔ１１Ｄ４２５
配列番号１６４
Ｔ１１Ｄ４９１
配列番号１６５
Ｔ１１Ｄ３１４
配列番号１６６
Ｔ１１Ｄ４３０
配列番号１６７
Ｔ１１Ｄ５８２
配列番号１６８
Ｔ１Ｄ２２３
配列番号１６９
Ｔ１Ｄ１６４
配列番号１７０
Ｔ１Ｄ５６
配列番号１７１
Ｔ１Ｄ３６
配列番号１７２
Ｔ１Ｄ１２９
配列番号１７３
Ｔ１Ｄ２７４
配列番号１７４
Ｔ１Ｄ６２
配列番号１７５
Ｔ１Ｄ５
配列番号１７６
Ｔ１Ｄ１４４
配列番号１７７
Ｔ１Ｄ４４１
配列番号１７８
Ｔ１Ｄ３６８
配列番号１７９
Ｔ１Ｄ２３４
配列番号１８０
Ｔ１Ｄ１６２
配列番号１８１
Ｔ１Ｄ３９
配列番号１８２
Ｔ１Ｄ２７２
配列番号１８３
Ｔ１Ｄ３２８
配列番号１８４
Ｔ１Ｄ１８８
配列番号１８５
Ｃ－ｐｅｐＭ１
配列番号１８６
Ｃ－ｐｅｐＭ６
配列番号１８７
Ｃ－ｐｅｐＭ８
配列番号１８８
Ｃ－ｐｅｐＭ２９
配列番号１８９
Ｃ－ｐｅｐＭ３１
配列番号１９０
Ｃ－ｐｅｐＭ４３
配列番号１９１
Ｃ－ｐｅｐＭ８９
配列番号１９２
Ｃ－ｐｅｐ１４９
配列番号１９３
Ｃ－ｐｅｐＭ１７１
配列番号１９４
Ｃ－ｐｅｐＭ１７３
配列番号１９５
ＶＢ ４１０１アミノ酸８１～８８
ＲＧＰＥＳＲＬＬ
配列番号１９６
ＶＢ４１０２アミノ酸８１～１２６
配列番号１９７
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１
ＭＱＡＥＧＲＧＴＧＧＳＴＧＤＡ
配列番号１９８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２
ＴＧＧＳＴＧＤＡＤＧＰＧＧＰＧ
配列番号１９９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－３
ＡＤＧＰＧＧＰＧＩＰＤＧＰＧＧ
配列番号２００
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－４
ＧＩＰＤＧＰＧＧＮＡＧＧＰＧＥ
配列番号２０１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－５
ＧＮＡＧＧＰＧＥＡＧＡＴＧＧＲ
配列番号２０２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－６
ＥＡＧＡＴＧＧＲＧＰＲＧＡＧＡ
配列番号２０３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－７
ＲＧＰＲＧＡＧＡＡＲＡＳＧＰＧ
配列番号２０４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－８
ＡＡＲＡＳＧＰＧＧＧＡＰＲＧＰ
配列番号２０５
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－９
ＧＧＧＡＰＲＧＰＨＧＧＡＡＳＧ
配列番号２０６
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１０
ＰＨＧＧＡＡＳＧＬＮＧＣＣＲＣ
配列番号２０７
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１１
ＧＬＮＧＣＣＲＣＧＡＲＧＰＥＳ
配列番号２０８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１２
ＣＧＡＲＧＰＥＳＲＬＬＥＦＹＬ
配列番号２０９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１３
ＲＧＰＥＳＲＬＬＥＦＹＬＡＭＰ
配列番号２１０
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１４
ＳＲＬＬＥＦＹＬＡＭＰＦＡＴＰ
配列番号２１１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１５
ＬＡＭＰＦＡＴＰＭＥＡＥＬＡＲ
配列番号２１２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１６
ＰＭＥＡＥＬＡＲＲＳＬＡＱＤＡ
配列番号２１３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１７
ＲＲＳＬＡＱＤＡＰＰＬＰＶＰＧ
配列番号２１４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１８
ＤＡＰＰＬＰＶＰＧＶＬＬＫＥＦ
配列番号２１５
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１９
ＡＰＰＬＰＶＰＧＶＬＬＫＥＦＴ
配列番号２１６
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２０
ＧＶＬＬＫＥＦＴＶＳＧＮＩＬＴ
配列番号２１７
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２１
ＴＶＳＧＮＩＬＴＩＲＬＴＡＡＤ
配列番号２１８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２２
ＴＩＲＬＴＡＡＤＨＲＱＬＱＬＳ
配列番号２１９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２３
ＤＨＲＱＬＱＬＳＩＳＳＣＬＱＱ
配列番号２２０
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２４
ＳＩＳＳＣＬＱＱＬＳＬＬＭＷＩ
配列番号２２１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２５
ＱＬＳＬＬＭＷＩＴＱＣＦＬＰＶ
配列番号２２２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２６
ＩＴＱＣＦＬＰＶＦＬＡＱＰＰＳ
配列番号２２３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２７
ＶＦＬＡＱＰＰＳＧＱＲＲ
配列番号２２４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２８
ＲＧＰＥＳＲＬＬ
配列番号２２５
Ｂ－ｐｅｐＭ２
配列番号２２６
Ｂ－ｐｅｐＭ７
配列番号２２７
Ｂ－ｐｅｐＭ３６
配列番号２２８
Ｂ－ｐｅｐＭ７８
配列番号２２９
Ｂ－ｐｅｐＭ７９
配列番号２３０
Ｂ－ｐｅｐＭ８２
配列番号２３１
Ｂ－ｐｅｐＭ８３
配列番号２３２
Ｂ－ｐｅｐＭ８４
配列番号２３３
Ｂ－ｐｅｐＭ８５
配列番号２３４
Ｂ－ｐｅｐＭ８６
配列番号２３５
ＶＢ４１１９アミノ酸１８０～１８８
ＳＶＹＤＦＦＶＷＬ
配列番号２３６
Ｂ－ｐｅｐＭ１０８
ＹＩＳＤＨＭＫＶＨＳＰＳＰＣＬ
配列番号２３７
Ｂ－ｐｅｐＭ１１５－Ｍ１２２
配列番号２３８
Ｂ－ｐｅｐＭ１４１－Ｍ１４２
配列番号２３９
Ｂ－ｐｅｐＭ１０８
ＹＩＳＤＨＭＫＶＨＳＰＳＰＣＬ
配列番号２４０
Ｂ－ｐｅｐＭ１１５
ＥＧＷＱＴＣＷＧＲＳＲＫＨＷＧ
配列番号２４１
Ｂ－ｐｅｐＭ１１６
ＧＲＳＲＫＨＷＧＳＴＷＮＧＳＡ
配列番号２４２
Ｂ－ｐｅｐＭ１１７
ＧＳＴＷＮＧＳＡＲＬＳＰＧＳＴ
配列番号２４３
Ｂ－ｐｅｐＭ１１８
ＡＲＬＳＰＧＳＴＬＷＶＭＲＩＣ
配列番号２４４
Ｂ－ｐｅｐＭ１１９
ＴＬＷＶＭＲＩＣＬＲＳＬＧＩＡ
配列番号２４５
Ｂ－ｐｅｐＭ１２０
ＣＬＲＳＬＧＩＡＲＴＷＬＳＣＲ
配列番号２４６
Ｂ－ｐｅｐＭ１２１
ＡＲＴＷＬＳＣＲＳＴＳＲＫＣＳ
配列番号２４７
Ｂ－ｐｅｐＭ１２２
ＲＳＴＳＲＫＣＳＰＡＦＰＡＳＳ
配列番号２４８
Ｂ－ｐｅｐＭ１４１
配列番号２４９
Ｂ－ｐｅｐＭ１４２
配列番号１
シグナルペプチド（ａａ １～２３）及び成熟ペプチド（ｈＭＩＰ１α／ＬＤ７８－ベータ、ａａ ２４～９３）を含むＣ－Ｃモチーフケモカイン３様１前駆体：
リンカー、アミノ酸配列：ＧＬＳＧＬ
配列番号４
リンカー、アミノ酸配列：ＧＬＧＧＬ
配列番号５
ヒンジ領域１（ヒトＩｇＧ３ ＵＨヒンジ）、１２アミノ酸：ＥＬＫＴＰＬＧＤＴＴＨＴ
配列番号６
ヒンジ領域４（ヒトＩｇＧ３、ＭＨヒンジ、１５アミノ酸）：ＥＰＫＳＣＤＴＰＰＰＣＰＲＣＰ
配列番号７
Ｇｌｙ－Ｓｅｒリンカー：ＧＧＧＳＳＧＧＧＳＧ
配列番号８
ｈＣＨ３ ＩｇＧ３、アミノ酸配列：
シグナルペプチド
ＭＮＦＧＬＲＬＩＦＬＶＬＴＬＫＧＶＱＣ
配列番号１０
シグナルペプチド
ＭＤＡＭＫＲＧＬＣＣＶＬＬＬＣＧＡＶＦＶＳＰ
配列番号１１：ＨＰＶ１６ Ｅ６
抗原配列を以下の順序：Ｅ７｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
抗原配列を以下の順序：Ｔ１Ｄ３２０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６８９｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４８８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５５４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２１０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ８４９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７１７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８６｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７で含む抗原性ユニット
抗原配列を以下の順序：Ｅ６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５０６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３０２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ７００｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５３５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３５８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６７０｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２９４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４９９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４２５｜リンカー Ｔ１Ｄ４９１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３１４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４３０｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５８２で含む抗原性ユニット。
抗原配列を以下の順序：ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
抗原配列を以下の順序：Ｔ１Ｄ２２３｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１２９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ５｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１４４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ４４１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３６８｜リンカー｜ＮＹ－ＥＳＯ－１｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２３４｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１６２｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３９｜リンカー｜Ｔ１Ｄ２７２｜リンカー｜Ｅ７｜リンカー｜Ｔ１Ｄ３２８｜リンカー｜Ｔ１Ｄ１８８｜リンカー｜Ｅ６で含む抗原性ユニット。
ＶＢ４０９７のアミノ酸配列
ＶＢ４１００のアミノ酸配列
ＶＢ４１０１のアミノ酸配列
ＶＢ４１０２のアミノ酸配列
ＶＢ４１０５のアミノ酸配列
ＶＢ１０２６のアミノ酸配列
ＶＢ４１１８のアミノ酸配列
ＶＢ４１１９のアミノ酸配列
ＶＢ４１２７のアミノ酸配列
ＶＢ４１２１のアミノ酸配列
ＶＢ４１２８のアミノ酸配列
ＶＢ４１３０のアミノ酸配列
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６～１５
ＱＥＲＰＲＫＬＰＱ
配列番号３３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８～１７
ＲＰＲＫＬＰＱＬＣ
配列番号３４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２３～３２
ＩＨＤＩＩＬＥＣＶ
配列番号３５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２４～３３
ＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号３６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２６～３５
ＩＩＬＥＣＶＹＣＫ
配列番号３７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸３５～４４
ＱＱＬＬＲＲＥＶＹ
配列番号３８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４２～５１
ＶＹＤＦＡＲＲＤＬ
配列番号３９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４３～５２
ＹＤＦＡＲＲＤＬＣ
配列番号４０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４４～５３
ＤＦＡＲＲＤＬＣＩ
配列番号４１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４５～５４
ＦＡＲＲＤＬＣＩＶ
配列番号４２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６０～６９
ＹＡＶＲＤＫＣＬＫ
配列番号４３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６２～７１
ＶＲＤＫＣＬＫＦＹ
配列番号４４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８１～９０
ＹＳＬＹＧＴＴＬＥ
配列番号４５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２５～１３４
ＦＨＮＩＲＧＲＷＴ
配列番号４６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１３１～１４０
ＲＷＴＧＲＣＭＳＣ
配列番号４７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１４３～１５２
ＳＲＴＲＲＥＴＱＬ
配列番号４８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１６～３１
ＣＴＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣ
配列番号４９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１７～３２
ＴＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶ
配列番号５０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１８～３３
ＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号５１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１９～３４
ＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹＣ
配列番号５２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２０～３５
ＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹＣＫ
配列番号５３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸３４～４９
ＫＱＱＬＬＲＲＥＶＹＤＦＡＲＲ
配列番号５４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～６４
ＤＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲ
配列番号５５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５０～６５
ＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤ
配列番号５６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５１～６６
ＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤＫ
配列番号５７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７８～９３
ＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号５８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９５～１１０
ＰＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰ
配列番号５９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９６～１１１
ＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬ
配列番号６０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９７～１１２
ＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣ
配列番号６１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９８～１１３
ＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰ
配列番号６２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９９～１１４
ＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰＥ
配列番号６３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２１～１３６
ＫＫＱＲＦＨＮＩＲＧＲＷＴＧＲ
配列番号６４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～１６
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬ
配列番号６５
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸２２～３１
ＬＹＧＹＧＱＬＮＤ
配列番号６６
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸３８～４７
ＩＤＧＰＡＧＱＡＥ
配列番号６７
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸４８～５７
ＤＲＡＨＹＮＩＶＴ
配列番号６８
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸５５～６４
ＶＴＦＣＣＫＣＤＳ
配列番号６９
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸６６～７５
ＲＬＣＶＱＳＴＨＶ
配列番号７０
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７２～８１
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥ
配列番号７１
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７３～８２
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤ
配列番号７２
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸８５～９４
ＧＴＬＧＩＶＣＰＩ
配列番号７３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸４～１９
ＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥ
配列番号７４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸５～２０
ＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴ
配列番号７５
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸６～２１
ＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴ
配列番号７６
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～２２
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤ
配列番号７７
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸８～２３
ＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬ
配列番号７８
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸９～２４
ＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬＹ
配列番号７９
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸１０～２５
ＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬＹＧ
配列番号８０
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７０～８５
ＱＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭ
配列番号８１
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７１～８６
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧ
配列番号８２
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７２～８７
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴ
配列番号８３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７３～８８
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号８４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７４～８９
ＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬＧ
配列番号８５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１６～２５
ＣＴＥＬＱＴＴＩＨ
配列番号８６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４２～５１
ＶＹＤＦＡＲＲＤＬ
配列番号８７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４５～５４
ＦＡＲＲＤＬＣＩＶ
配列番号８８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５２～６１
ＩＶＹＲＤＧＮＰＹ
配列番号８９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５４～６３
ＹＲＤＧＮＰＹＡＶ
配列番号９０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６８～７７
ＫＦＹＳＫＩＳＥＹ
配列番号９１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７３～８２
ＩＳＥＹＲＨＹＣＹ
配列番号９２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７５～８４
ＥＹＲＨＹＣＹＳＬ
配列番号９３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８０～８９
ＣＹＳＬＹＧＴＴＬ
配列番号９４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８４～９３
ＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号９５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８８～９７
ＬＥＱＱＹＮＫＰＬ
配列番号９６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９１～１００
ＱＹＮＫＰＬＣＤＬ
配列番号９７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１１～２０
ＲＨＬＤＫＫＱＲＦ
配列番号９８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２～２１
ＲＦＨＮＩＲＧＲＷ
配列番号９９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１８～３３
ＥＬＱＴＴＩＨＤＩＩＬＥＣＶＹ
配列番号１００
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～６４
ＤＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲ
配列番号１０１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５０～６５
ＬＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤ
配列番号１０２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５１～６６
ＣＩＶＹＲＤＧＮＰＹＡＶＲＤＫ
配列番号１０３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７４～８９
ＳＥＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬ
配列番号１０４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７５～９０
ＥＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥ
配列番号１０５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７６～９１
ＹＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱ
配列番号１０６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７７～９２
ＲＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱ
配列番号１０７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７８～９３
ＨＹＣＹＳＬＹＧＴＴＬＥＱＱＹ
配列番号１０８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９６～１１１
ＬＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬ
配列番号１０９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９７～１１２
ＣＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣ
配列番号１１０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９８～１１３
ＤＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰ
配列番号１１１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９９～１１４
ＬＬＩＲＣＩＮＲＱＫＰＬＣＰＥ
配列番号１１２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１２１～１３６
ＫＫＱＲＦＨＮＩＲＧＲＷＴＧＲ
配列番号１１３
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸３～１２
ＧＤＴＰＴＬＨＥＹ
配列番号１１４
ＨＰＶ Ｅ７のアミノ酸７～１６
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬ
配列番号１１５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸９～１８
ＨＥＹＭＬＤＬＱＰ
配列番号１１６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１５～２４
ＬＱＰＥＴＴＤＬＹ
配列番号１１７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸１９～２８
ＴＴＤＬＹＧＹＧＱ
配列番号１１８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸２０～２９
ＴＤＬＹＧＹＧＱＬ
配列番号１１９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４４～５３
ＱＡＥＰＤＲＡＨＹ
配列番号１２０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４９～５８
ＲＡＨＹＮＩＶＴＦ
配列番号１２１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７１～８０
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬ
配列番号１２２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７９～８８
ＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号１２３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸０３～１８
ＧＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰ
配列番号１２４
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸４～１９
ＤＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥ
配列番号１２５
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸５～２０
ＴＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴ
配列番号１２６
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸６～２１
ＰＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴ
配列番号１２７
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７～２２
ＴＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤ
配列番号１２８
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸８～２３
ＬＨＥＹＭＬＤＬＱＰＥＴＴＤＬ
配列番号１２９
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７０～８５
ＱＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭ
配列番号１３０
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７１～８６
ＳＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧ
配列番号１３１
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７２～８７
ＴＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴ
配列番号１３２
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７３～８８
ＨＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬ
配列番号１３３
ＨＰＶ Ｅ６のアミノ酸７４～８９
ＶＤＩＲＴＬＥＤＬＬＭＧＴＬＧ
配列番号１３４
Ｔ１Ｄ３２０
Ｔ１Ｄ８１４
Ｔ１Ｄ１８２
Ｔ１Ｄ６８９
Ｔ１Ｄ３３９
Ｔ１Ｄ４２８
Ｔ１Ｄ５７２
Ｔ１Ｄ３５９
Ｔ１Ｄ４８８
Ｔ１Ｄ５５４
Ｔ１Ｄ２７２
Ｔ１Ｄ２１０
Ｔ１Ｄ８４９
Ｔ１Ｄ４
Ｔ１Ｄ７７
Ｔ１Ｄ７１７
Ｔ１Ｄ５８６
Ｔ１１Ｄ３２３
Ｔ１１Ｄ５０６
Ｔ１１Ｄ１２
Ｔ１１Ｄ３１５
Ｔ１１Ｄ３０２
Ｔ１１Ｄ７００
Ｔ１１Ｄ５３５
Ｔ１１Ｄ３５８
Ｔ１１Ｄ６７０
Ｔ１１Ｄ２９４
Ｔ１１Ｄ３３６
Ｔ１１Ｄ４９９
Ｔ１１Ｄ４２５
Ｔ１１Ｄ４９１
Ｔ１１Ｄ３１４
Ｔ１１Ｄ４３０
Ｔ１１Ｄ５８２
Ｔ１Ｄ２２３
Ｔ１Ｄ１６４
Ｔ１Ｄ５６
Ｔ１Ｄ３６
Ｔ１Ｄ１２９
Ｔ１Ｄ２７４
Ｔ１Ｄ６２
Ｔ１Ｄ５
Ｔ１Ｄ１４４
Ｔ１Ｄ４４１
Ｔ１Ｄ３６８
Ｔ１Ｄ２３４
Ｔ１Ｄ１６２
Ｔ１Ｄ３９
Ｔ１Ｄ２７２
Ｔ１Ｄ３２８
Ｔ１Ｄ１８８
Ｃ－ｐｅｐＭ１
Ｃ－ｐｅｐＭ６
Ｃ－ｐｅｐＭ８
Ｃ－ｐｅｐＭ２９
Ｃ－ｐｅｐＭ３１
Ｃ－ｐｅｐＭ４３
Ｃ－ｐｅｐＭ８９
Ｃ－ｐｅｐ１４９
Ｃ－ｐｅｐＭ１７１
Ｃ－ｐｅｐＭ１７３
ＶＢ ４１０１アミノ酸８１～８８
ＲＧＰＥＳＲＬＬ
配列番号１９６
ＶＢ４１０２アミノ酸８１～１２６
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１
ＭＱＡＥＧＲＧＴＧＧＳＴＧＤＡ
配列番号１９８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２
ＴＧＧＳＴＧＤＡＤＧＰＧＧＰＧ
配列番号１９９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－３
ＡＤＧＰＧＧＰＧＩＰＤＧＰＧＧ
配列番号２００
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－４
ＧＩＰＤＧＰＧＧＮＡＧＧＰＧＥ
配列番号２０１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－５
ＧＮＡＧＧＰＧＥＡＧＡＴＧＧＲ
配列番号２０２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－６
ＥＡＧＡＴＧＧＲＧＰＲＧＡＧＡ
配列番号２０３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－７
ＲＧＰＲＧＡＧＡＡＲＡＳＧＰＧ
配列番号２０４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－８
ＡＡＲＡＳＧＰＧＧＧＡＰＲＧＰ
配列番号２０５
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－９
ＧＧＧＡＰＲＧＰＨＧＧＡＡＳＧ
配列番号２０６
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１０
ＰＨＧＧＡＡＳＧＬＮＧＣＣＲＣ
配列番号２０７
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１１
ＧＬＮＧＣＣＲＣＧＡＲＧＰＥＳ
配列番号２０８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１２
ＣＧＡＲＧＰＥＳＲＬＬＥＦＹＬ
配列番号２０９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１３
ＲＧＰＥＳＲＬＬＥＦＹＬＡＭＰ
配列番号２１０
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１４
ＳＲＬＬＥＦＹＬＡＭＰＦＡＴＰ
配列番号２１１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１５
ＬＡＭＰＦＡＴＰＭＥＡＥＬＡＲ
配列番号２１２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１６
ＰＭＥＡＥＬＡＲＲＳＬＡＱＤＡ
配列番号２１３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１７
ＲＲＳＬＡＱＤＡＰＰＬＰＶＰＧ
配列番号２１４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１８
ＤＡＰＰＬＰＶＰＧＶＬＬＫＥＦ
配列番号２１５
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－１９
ＡＰＰＬＰＶＰＧＶＬＬＫＥＦＴ
配列番号２１６
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２０
ＧＶＬＬＫＥＦＴＶＳＧＮＩＬＴ
配列番号２１７
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２１
ＴＶＳＧＮＩＬＴＩＲＬＴＡＡＤ
配列番号２１８
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２２
ＴＩＲＬＴＡＡＤＨＲＱＬＱＬＳ
配列番号２１９
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２３
ＤＨＲＱＬＱＬＳＩＳＳＣＬＱＱ
配列番号２２０
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２４
ＳＩＳＳＣＬＱＱＬＳＬＬＭＷＩ
配列番号２２１
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２５
ＱＬＳＬＬＭＷＩＴＱＣＦＬＰＶ
配列番号２２２
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２６
ＩＴＱＣＦＬＰＶＦＬＡＱＰＰＳ
配列番号２２３
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２７
ＶＦＬＡＱＰＰＳＧＱＲＲ
配列番号２２４
ＮＹ－ＥＳＯ＿Ｐｅｐ－２８
ＲＧＰＥＳＲＬＬ
配列番号２２５
Ｂ－ｐｅｐＭ２
Ｂ－ｐｅｐＭ７
Ｂ－ｐｅｐＭ３６
Ｂ－ｐｅｐＭ７８
Ｂ－ｐｅｐＭ７９
Ｂ－ｐｅｐＭ８２
Ｂ－ｐｅｐＭ８３
Ｂ－ｐｅｐＭ８４
Ｂ－ｐｅｐＭ８５
Ｂ－ｐｅｐＭ８６
ＶＢ４１１９アミノ酸１８０～１８８
ＳＶＹＤＦＦＶＷＬ
配列番号２３６
Ｂ－ｐｅｐＭ１０８
ＹＩＳＤＨＭＫＶＨＳＰＳＰＣＬ
配列番号２３７
Ｂ－ｐｅｐＭ１１５－Ｍ１２２
Ｂ－ｐｅｐＭ１４１－Ｍ１４２
Ｂ－ｐｅｐＭ１０８
ＹＩＳＤＨＭＫＶＨＳＰＳＰＣＬ
配列番号２４０
Ｂ－ｐｅｐＭ１１５
ＥＧＷＱＴＣＷＧＲＳＲＫＨＷＧ
配列番号２４１
Ｂ－ｐｅｐＭ１１６
ＧＲＳＲＫＨＷＧＳＴＷＮＧＳＡ
配列番号２４２
Ｂ－ｐｅｐＭ１１７
ＧＳＴＷＮＧＳＡＲＬＳＰＧＳＴ
配列番号２４３
Ｂ－ｐｅｐＭ１１８
ＡＲＬＳＰＧＳＴＬＷＶＭＲＩＣ
配列番号２４４
Ｂ－ｐｅｐＭ１１９
ＴＬＷＶＭＲＩＣＬＲＳＬＧＩＡ
配列番号２４５
Ｂ－ｐｅｐＭ１２０
ＣＬＲＳＬＧＩＡＲＴＷＬＳＣＲ
配列番号２４６
Ｂ－ｐｅｐＭ１２１
ＡＲＴＷＬＳＣＲＳＴＳＲＫＣＳ
配列番号２４７
Ｂ－ｐｅｐＭ１２２
ＲＳＴＳＲＫＣＳＰＡＦＰＡＳＳ
配列番号２４８
Ｂ－ｐｅｐＭ１４１
Ｂ－ｐｅｐＭ１４２
実施形態Ａ：
１．免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチン。
１．免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチン。
２．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、過剰発現される細胞タンパク質、異常に発現される細胞タンパク質、がん精巣抗原、ウイルス抗原、分化抗原、突然変異型がん遺伝子及び突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子、がん胎児性抗原、共有融合抗原、共有イントロン保持抗原、ダークマター抗原及びスプライセオソーム突然変異又はフレームシフト突然変異により引き起こされる共有抗原からなる群から選択される共有抗原である、実施形態Ａ１に記載のワクチン。
３．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、ヒト細胞タンパク質、好ましくは過剰発現されるか若しくは異常に発現されるヒト細胞タンパク質、又は分化抗原である共有抗原である、実施形態Ａ１又はＡ２のいずれかに記載のワクチン。
４．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、免疫原性であることが既知であるか、又はその１つ以上の部分が、免疫原性であることが既知であるか、若しくは前記患者のＨＬＡクラスＩ若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子、好ましくは前記患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ａ１～Ａ３のいずれかに記載のワクチン。
５．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、前記患者のＨＬＡ対立遺伝子による提示のために好適な長さ、好ましくは７～３０アミノ酸の長さを有する、実施形態Ａ１～Ａ４のいずれかに記載のワクチン。
６． １つより多くの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、実施形態Ａ１～Ａ５のいずれかに記載のワクチン。
７．いくつかの患者提示共有抗原の配列又はその１つ以上の部分、好ましくはいくつかの患者提示共有抗原の配列のいくつかの部分、より好ましくはいくつかの患者提示共有抗原のいくつかのエピトープを含み、前記エピトープが、免疫原性であることが既知であるか、又は前記特定の患者のＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ａ６に記載のワクチン。
８．前記抗原性ユニットが、１つ以上の患者提示共有抗原配列の全長、好ましくは１～１０個の患者提示共有抗原配列の全長を含む、実施形態Ａ１～Ａ７のいずれかに記載のワクチン。
９．前記抗原性ユニットが、長いペプチド配列、好ましくは約２８～１００アミノ酸のペプチド配列の形態の患者提示共有抗原配列の１～３０個の部分を含む、実施形態Ａ１～Ａ７のいずれかに記載のワクチン。
１０．前記長いペプチド配列が、前記患者のＨＬＡクラスＩ又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される複数のエピトープを含む、実施形態Ａ９に記載のワクチン。
１１．前記抗原性ユニットが、短いペプチド配列／エピトープの形態の患者提示共有抗原配列の１～５０個の部分を含む、実施形態Ａ１～Ａ７のいずれかに記載のワクチン。
１２．前記短いペプチド配列／エピトープが、前記患者のＨＬＡクラスＩ又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ａ１１に記載のワクチン。
１３．前記短いペプチド配列／エピトープが、７～３０アミノ酸、例えば７～１０又は１３～３０アミノ酸の長さを有する、実施形態Ａ１１～Ａ１２のいずれかに記載のワクチン。
１４． １つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、先行する実施形態Ａ１～Ａ１３のいずれかに記載のワクチン。
１５．いくつかの患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、実施形態Ａ１４に記載のワクチン。
１６．前記患者特異的抗原配列の１つ以上の部分、好ましくは１つ以上の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ａ１５に記載のワクチン。
１７． ７～３０アミノ酸、例えば７～１０又は１３～３０アミノ酸の長さを有する１つ以上の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ａ１６に記載のワクチン。
１８．抗原性ユニットが、少なくとも１０個の患者特異的エピトープ、好ましくは少なくとも１５個の患者特異的エピトープ、例えば少なくとも２０個の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ａ１４～Ａ１７のいずれかに記載のワクチン。
１９．前記抗原性ユニットが、２１～２０００アミノ酸、好ましくは約３０アミノ酸～約１５００アミノ酸、より好ましくは約５０～約１０００アミノ酸、例えば約１００～約５００アミノ酸又は約１００～約４００アミノ酸又は約１００～約３００アミノ酸を含む、先行する実施形態Ａ１～Ａ１８のいずれかに記載のワクチン。
２０．前記抗原性ユニットが、１つ以上のリンカー、好ましくは１つ以上の非免疫原性及び／又は柔軟性リンカーを含む、先行する実施形態Ａ１～Ａ１９のいずれかに記載のワクチン。
２１．前記１つ以上のリンカーの長さが４～２０アミノ酸である、実施形態Ａ２０に記載のワクチン。
２２．前記１つ以上のリンカーが前記抗原配列を互いから分離する、実施形態Ａ２０～Ａ２１のいずれかに記載のワクチン。
２３．前記二量体化ユニットが、任意選択的にリンカーを通じて接続された、ヒンジ領域及び任意選択的に二量体化を促す別のドメインを含む、先行する実施形態Ａ１～Ａ２２のいずれかに記載のワクチン。
２４．前記ヒンジ領域がＩｇに由来する、実施形態Ａ２３に記載のワクチン。
２５．前記ヒンジ領域が、１つ以上の共有結合、好ましくはジスルフィド架橋の形態の共有結合を形成する能力を有する、実施形態Ａ２３及びＡ２４のいずれか１つに記載のワクチン。
２６．二量体化を促す前記別のドメインが、免疫グロブリンドメイン、好ましくはカルボキシ末端Ｃドメイン、又は前記Ｃドメインと実質的に同一の配列又はそのバリアントである、実施形態Ａ２３～Ａ２５のいずれか１つに記載のワクチン。
２７．前記カルボキシ末端ＣドメインがＩｇＧに由来する、実施形態Ａ２６に記載のワクチン。
２８．前記二量体化ユニットの前記免疫グロブリンドメインが、好ましくは非共有結合性相互作用を介して、より好ましくは疎水性相互作用である非共有結合性相互作用を介して、ホモ二量体化する能力を有する、実施形態Ａ２６及びＡ２７のいずれか１つに記載のワクチン。
２９．前記二量体化ユニットがＣＨ２ドメインを含まない、実施形態Ａ２３～Ａ２８のいずれか１つに記載のワクチン。
３０．前記二量体化ユニットが、前記第３のリンカーを通じてヒトＩｇＧ３のＣH３ドメインに接続されたヒンジエクソンｈ１及びｈ４からなる、実施形態Ａ２３～Ａ２９のいずれか１つに記載のワクチン。
３１．前記二量体化ユニットが、配列番号３のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態Ａ２３～Ａ３０のいずれか１つに記載のワクチン。
３２．前記抗原性ユニット及び前記二量体化ユニットが、リンカー、好ましくは制限部位を含むリンカーを通じて接続されている、先行する実施形態Ａ１～Ａ３１のいずれかに記載のワクチン。
３３．前記標的化ユニットが、ＣＣＲ１、ＣＣＲ３及びＣＣＲ５から選択されるケモカイン受容体に対して親和性を有する、先行する実施形態Ａ１～Ａ３２のいずれかに記載のワクチン。
３４．前記標的化ユニットが、ＣＤ１４、ＣＤ４０、若しくはＴｏｌｌ様受容体若しくはリガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド、又はケモカイン、例えばＲＡＮＴＥＳ若しくはＭＩＰ－１ａ又は細菌抗原、例えばフラジェリンに対して特異性を有する抗体結合性領域を含む、先行する実施形態Ａ１～Ａ３３のいずれかに記載のワクチン。
３５．前記標的化ユニットが、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質、好ましくは抗ＨＬＡ－ＤＰ、抗ＨＬＡ－ＤＲ及び抗汎ＨＬＡクラスＩＩからなる群から選択されるＭＨＣクラスＩＩタンパク質に対して親和性を有する、実施形態Ａ１～Ａ３３のいずれかに記載のワクチン。
３６．前記標的化ユニットが、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、実施形態Ａ１～Ａ３３のいずれかに記載のワクチン。
３７．前記ポリヌクレオチドがシグナルペプチドを更にコードする、先行する実施形態Ａ１～Ａ３６のいずれかに記載のワクチン。
３８．前記ペプチド中の前記標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットが、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットというＮ末端からＣ末端への順序にある、先行する実施形態Ａ１～Ａ３７のいずれかに記載のワクチン。
３９．前記ポリヌクレオチド配列がヒトコドンに最適化されている、先行する実施形態Ａ１～Ａ３８のいずれかに記載のワクチン。
４０．前記ポリヌクレオチド配列がＤＮＡヌクレオチド配列又はＲＮＡヌクレオチド配列である、先行する実施形態Ａ１～Ａ３９のいずれかに記載のワクチン。
４１．実施形態Ａ１～Ａ４０のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド。
４２．実施形態Ａ４１に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
４３．実施形態Ａ１～Ａ４０のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドを含むか、又は実施形態Ａ４２に記載のベクターを含む、宿主細胞。
４４．患者に投与されて前記患者において二量体タンパク質の産生を誘導するために製剤化された実施形態Ａ４１に記載のポリヌクレオチド。
４５．実施形態Ａ１～Ａ４０のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド。
４６． ２つの実施形態Ａ４５に記載のポリペプチドからなる二量体タンパク質。
４７．ホモ二量体タンパク質である、実施形態Ａ４６に記載の二量体タンパク質。
４８．医薬としての使用のための、実施形態Ａ４１に記載のポリヌクレオチド又は実施形態Ａ４５に記載のポリペプチド又は実施形態Ａ４６～Ａ４７のいずれかに記載の二量体タンパク質。
４９．免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記二量体タンパク質；又は
（ｉｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリペプチド
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）細胞に前記ポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
ｂ）前記細胞を培養すること；
ｃ）前記細胞から発現された前記二量体タンパク質又は前記ポリペプチドを収集及び精製すること、並びに
ｄ）ステップｃ）から得られた前記二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記二量体タンパク質；又は
（ｉｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリペプチド
を含む、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）細胞に前記ポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
ｂ）前記細胞を培養すること；
ｃ）前記細胞から発現された前記二量体タンパク質又は前記ポリペプチドを収集及び精製すること、並びに
ｄ）ステップｃ）から得られた前記二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
５０．標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む免疫学的に有効な量のポリヌクレオチドを含む個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分、及び任意選択的に１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含み、前記方法が、
ａ．前記ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ．任意選択的に前記ポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ．ステップａ）からの前記ポリヌクレオチド又はステップｂ）からの前記ベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
ａ．前記ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ．任意選択的に前記ポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ．ステップａ）からの前記ポリヌクレオチド又はステップｂ）からの前記ベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
５１．前記ポリヌクレオチドを調製する前に、患者提示共有抗原及び患者特異的抗原を同定するステップ、前記患者のＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子を同定するステップ、免疫原性に基づいて患者提示共有抗原配列及び任意選択的に患者特異的抗原配列を選択するステップを含む、実施形態Ａ４９又はＡ５０に記載の方法。
５２．患者においてがんを処置する方法であって、前記患者に実施形態Ａ１～Ａ４０のいずれかに記載のワクチンを投与することを含む、前記方法。
５３．前記ワクチンがポリヌクレオチドを含み、及び皮内に又は筋肉内に投与される、実施形態Ａ５２に記載の方法。
５４．前記ポリヌクレオチドがＤＮＡである、実施形態Ａ５３に記載の方法。
５５．前記ポリヌクレオチドがＲＮＡである、実施形態Ａ５３に記載の方法。
５６．投与が、ジェットインジェクターを用いて実行される、請求項Ａ５２～Ａ５５のいずれかに記載の方法。
５７．投与がエレクトロポレーションにより補助される、請求項Ａ５２～Ａ５６のいずれかに記載の方法。
実施形態Ｂ
１．免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチン。
１．免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義されるポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチン。
２．前記抗原性ユニットが１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を更に含む、実施形態Ｂ１に記載のワクチン。
３．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、過剰発現される細胞タンパク質、異常に発現される細胞タンパク質、がん精巣抗原、ウイルス抗原、分化抗原、突然変異型がん遺伝子、突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子、がん胎児性抗原、共有融合抗原、共有イントロン保持抗原、ダークマター抗原、スプライセオソーム突然変異により引き起こされる共有抗原及びフレームシフト突然変異により引き起こされる共有抗原からなる群から選択される共有抗原の配列である、実施形態Ｂ１又はＢ２のいずれかに記載のワクチン。
４．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、ヒト細胞タンパク質である共有抗原の配列である、実施形態Ｂ１～Ｂ３のいずれかに記載のワクチン。
５．前記ヒト細胞タンパク質が、過剰発現されるか若しくは異常に発現されるヒト細胞タンパク質又は分化抗原である、実施形態Ｂ４に記載のワクチン。
６．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分が、免疫原性であることが既知であるか、又は前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ｂ１～Ｂ５のいずれかに記載のワクチン。
７．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分が、前記患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ｂ６に記載のワクチン。
８．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又は前記その１つ以上の部分が、前記患者のＨＬＡ対立遺伝子による提示のために好適な長さを有する、実施形態Ｂ１～Ｂ７のいずれかに記載のワクチン。
９．前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又は前記その１つ以上の部分が７～３０アミノ酸の長さを有する、実施形態Ｂ８に記載のワクチン。
１０．前記抗原性ユニットが、１つより多くの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、実施形態Ｂ１～Ｂ９のいずれかに記載のワクチン。
１１．前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原の配列又はその１つ以上の部分を含む、実施形態Ｂ１０に記載のワクチン。
１２．前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原の配列のいくつかの部分を含む、実施形態Ｂ１１に記載のワクチン。
１３．前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原のいくつかのエピトープを含み、前記エピトープが、免疫原性であることが既知であるか、又は前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ｂ１２に記載のワクチン。
１４．前記抗原性ユニットが、１つ以上の患者提示共有抗原配列の全長を含む、実施形態Ｂ１～Ｂ１３のいずれかに記載のワクチン。
１５．前記抗原性ユニットが、１～１０個の患者提示共有抗原配列の全長を含む、実施形態Ｂ１４に記載のワクチン。
１６．前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１～３０個の部分を含む、実施形態Ｂ１～Ｂ１５のいずれかに記載のワクチン。
１７．前記１～３０個の部分が２８～１００アミノ酸の長さを有する、実施形態Ｂ１６に記載のワクチン。
１８．前記部分が、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される複数のエピトープを含む、実施形態Ｂ１７に記載のワクチン。
１９．前記抗原性ユニットが、エピトープの形態の１～５０個の患者提示共有抗原配列を含む、実施形態Ｂ１～Ｂ１８のいずれかに記載のワクチン。
２０．前記エピトープが、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、実施形態Ｂ１９に記載のワクチン。
２１．前記エピトープが７～３０アミノ酸の長さを有する、実施形態Ｂ１９～Ｂ２０のいずれかに記載のワクチン。
２２．前記抗原性ユニットが、いくつかの患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、実施形態Ｂ２～Ｂ２１のいずれかに記載のワクチン。
２３．前記抗原性ユニットが、前記いくつかの患者特異的抗原配列の１つ以上の部分を含む、実施形態Ｂ２２に記載のワクチン。
２４．前記抗原性ユニットが１つ以上の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ｂ２～Ｂ２３のいずれかに記載のワクチン。
２５．前記１つ以上の患者特異的エピトープが７～３０アミノ酸の長さを有する、実施形態Ｂ２４に記載のワクチン。
２６．抗原性ユニットが少なくとも５個の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ｂ２４～Ｂ２５のいずれかに記載のワクチン。
２７．前記抗原性ユニットが少なくとも１０個の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ｂ２４～Ｂ２５のいずれかに記載のワクチン。
２８．前記抗原性ユニットが少なくとも１５個の患者特異的エピトープを含む、実施形態Ｂ２４～Ｂ２５のいずれかに記載のワクチン。
２９．前記抗原性ユニットが７～２０００アミノ酸を含む、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ２８のいずれかに記載のワクチン。
３０．前記抗原性ユニットが３０～１５００アミノ酸を含む、実施形態Ｂ２９に記載のワクチン。
３１．前記抗原性ユニットが５０～１０００アミノ酸を含む、実施形態Ｂ２９に記載のワクチン。
３２．前記抗原性ユニットが１つ以上のリンカーを含む、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ３１のいずれかに記載のワクチン。
３３．前記１つ以上のリンカーが非免疫原性及び／又は柔軟性リンカーである、実施形態Ｂ３２に記載のワクチン。
３４．前記１つ以上のリンカーの長さが４～２０アミノ酸である、実施形態Ｂ３２又はＢ３３のいずれかに記載のワクチン。
３５．前記１つ以上のリンカーが前記抗原配列を互いから分離する、実施形態Ｂ３２～Ｂ３４のいずれかに記載のワクチン。
３６．前記二量体化ユニットがヒンジ領域を含む、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ３５のいずれかに記載のワクチン。
３７．前記ヒンジ領域が、好ましくはジスルフィド架橋の形態の、１つ以上の共有結合を形成する能力を有する、実施形態Ｂ３６に記載のワクチン。
３８．前記ヒンジ領域がＩｇに由来する、実施形態Ｂ３６又はＢ３７のいずれかに記載のワクチン。
３９．前記二量体化ユニットが、二量体化を促す別のドメインを更に含む、実施形態Ｂ３６～Ｂ３８のいずれかに記載のワクチン。
４０．前記他のドメインが、免疫グロブリンドメイン、好ましくは免疫グロブリン定常ドメインである、実施形態Ｂ３９に記載のワクチン。
４１．前記他のドメインが、ＩｇＧに由来する、好ましくはＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインである、実施形態Ｂ３９又はＢ４０のいずれかに記載のワクチン。
４２．前記二量体化ユニットが、リンカー、好ましくは前記ヒンジ領域と二量体化を促す前記他のドメインとを接続するリンカーを更に含む、実施形態Ｂ３６～Ｂ４１のいずれかに記載のワクチン。
４３．前記二量体化ユニットが、リンカーを通じてヒトＩｇＧ３のＣＨ３ドメインに接続されたヒンジエクソンｈ１及びｈ４を含む、実施形態Ｂ３６～Ｂ４２のいずれかに記載のワクチン。
４４．前記二量体化ユニットが、配列番号３のアミノ酸配列９４～２３７に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態Ｂ３６～Ｂ４３のいずれかに記載のワクチン。
４５．前記二量体化ユニットが配列番号３のアミノ酸配列９４～２３７からなる、実施形態Ｂ３６～Ｂ４４のいずれかに記載のワクチン。
４６．前記抗原性ユニット及び前記二量体化ユニットが、リンカー、好ましくは制限部位を含むリンカーを通じて接続されている、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ４５のいずれかに記載のワクチン。
４７．前記標的化ユニットが抗原提示細胞を標的化する、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ４６のいずれかに記載のワクチン。
４８．前記標的化ユニットが、前記抗原提示細胞上の表面分子と相互作用する部分であるか、又は前記部分を含む、実施形態Ｂ４７に記載のワクチン。
４９．前記表面分子が、ＨＬＡ、ＣＤ１４、ＣＤ４０、ケモカイン受容体及びＴｏｌｌ様受容体からなる群から選択される、実施形態Ｂ４８に記載のワクチン。
５０．前記標的化ユニットが、可溶性ＣＤ４０リガンド、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ－１α、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、フラジェリン、抗ＨＬＡ－ＤＰ、抗ＨＬＡ－ＤＲ、抗汎ＨＬＡクラスＩＩ又は抗ＣＤ４０、抗ＴＬＲ－２、抗ＴＬＲ－４若しくは抗ＴＬＲ－５に対して特異性を有する抗体可変ドメインを含むか又はそれからなる、実施形態Ｂ４７～Ｂ４９のいずれかに記載のワクチン。
５１．前記標的化ユニットがＭＩＰ－１αを含むか又はそれからなる、実施形態Ｂ５０に記載のワクチン。
５２．前記標的化ユニットが、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態Ｂ５１に記載のワクチン。
５３．前記標的化ユニットが、配列番号１のアミノ酸配列２４～９３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる、実施形態Ｂ５２に記載のワクチン。
５４．前記標的化ユニットが配列番号１のアミノ酸配列２４～９３からなる、実施形態Ｂ５３に記載のワクチン。
５５．ポリヌクレオチド、好ましくはＲＮＡ又はＤＮＡを含む、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ５４のいずれかに記載のワクチン。
５６．前記ポリヌクレオチドがヒトコドンに最適化されている、実施形態Ｂ５５に記載のワクチン。
５７．前記ポリヌクレオチドが、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列を更に含む、実施形態Ｂ５５又はＢ５６のいずれかに記載のワクチン。
５８．前記シグナルペプチドが、Ｉｇ ＶＨシグナルペプチド、ヒトＴＰＡシグナルペプチド及びヒトＭＩＰ１－αシグナルペプチドからなるリストから選択される、実施形態Ｂ５７に記載のワクチン。
５９．前記シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列１～２３に対して少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態Ｂ５７～Ｂ５８のいずれかに記載のワクチン。
６０．前記シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列１～２３に対して少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる、実施形態Ｂ５９に記載のワクチン。
６１．前記シグナルペプチドが配列番号１のアミノ酸配列１～２３からなる、実施形態Ｂ６０に記載のワクチン。
６２．前記ポリペプチド中の前記標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットが、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットというＮ末端からＣ末端への順序にあるか、又は前記ポリヌクレオチド中の前記標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットが、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットという５’から３’への順序にある、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ６１のいずれかに記載のワクチン。
６３．前記医薬的に許容される担体が、食塩水、緩衝食塩水、ＰＢＳ、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、無菌等張水性緩衝液、及びこれらの組合せからなる群から選択される、先行する実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかに記載のワクチン。
６４．実施形態Ｂ１の個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）前記同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；
ｅ）ステップｄ）において選択された前記少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ；
ｆ）前記ポリヌクレオチド配列を、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングするステップ；並びに
ｇ）ステップｆにおいて得られた前記発現ベクターを医薬的に許容される担体と混合するステップ
を含む、前記方法。
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）前記同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；
ｅ）ステップｄ）において選択された前記少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ；
ｆ）前記ポリヌクレオチド配列を、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングするステップ；並びに
ｇ）ステップｆにおいて得られた前記発現ベクターを医薬的に許容される担体と混合するステップ
を含む、前記方法。
６５．実施形態Ｂ２に記載の個別化された抗がんワクチンを調製するための実施形態Ｂ６４に記載の方法であって、前記方法が、
ステップａ）において、前記患者の前記腫瘍組織において１つ以上の患者特異的抗原を同定すること
ステップｃ）において、前記同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測すること
ステップｄ）において、１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択すること
を更に含み；
並びにステップｅ）の前記ポリヌクレオチド配列が、ステップｄ）において選択された前記１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を更に含む、
前記方法。
ステップａ）において、前記患者の前記腫瘍組織において１つ以上の患者特異的抗原を同定すること
ステップｃ）において、前記同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測すること
ステップｄ）において、１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択すること
を更に含み；
並びにステップｅ）の前記ポリヌクレオチド配列が、ステップｄ）において選択された前記１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を更に含む、
前記方法。
６６．実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド。
６７．実施形態Ｂ６６に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
６８．実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドを含むか、又は実施形態Ｂ６７に記載のベクターを含む、宿主細胞。
６９．患者に投与されて前記患者において二量体タンパク質の産生を誘導するために製剤化された実施形態Ｂ６６に記載のポリヌクレオチド。
７０．実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド。
７１．２つの実施形態Ｂ７０において定義される２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質。
７２．ホモ二量体タンパク質である、実施形態Ｂ７１に記載の二量体タンパク質。
７３．医薬としての使用のための、実施形態Ｂ６６に記載のポリヌクレオチド又は実施形態Ｂ７０に記載のポリペプチド又は実施形態Ｂ７１若しくはＢ７２のいずれかに記載の二量体タンパク質。
７４．免疫学的に有効な量の、実施形態Ｂ１～Ｂ５４のいずれかにおいて定義される二量体タンパク質又は実施形態Ｂ１～Ｂ５４のいずれかにおいて定義されるポリペプチドを含む、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）細胞に実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
ｂ）前記細胞を培養すること；
ｃ）前記細胞から発現された前記二量体タンパク質又は前記ポリペプチドを収集及び精製すること；並びに
ｄ）ステップｃ）から得られた前記二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
ａ）細胞に実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドをトランスフェクトすること；
ｂ）前記細胞を培養すること；
ｃ）前記細胞から発現された前記二量体タンパク質又は前記ポリペプチドを収集及び精製すること；並びに
ｄ）ステップｃ）から得られた前記二量体タンパク質又はポリペプチドを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
７５．免疫学的に有効な量の実施形態Ｂ１～Ｂ６２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドを含む、個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）前記ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ）任意選択的に前記ポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ）ステップａ）からの前記ポリヌクレオチド又はステップｂ）からの前記ベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
ａ）前記ポリヌクレオチドを調製すること；
ｂ）任意選択的に前記ポリヌクレオチドを発現ベクター中にクローニングすること及び
ｃ）ステップａ）からの前記ポリヌクレオチド又はステップｂ）からの前記ベクターを医薬的に許容される担体と混合すること
を含む、前記方法。
７６．がんを有する患者を処置する方法であって、前記患者のために特異的に調製された、実施形態Ｂ１～Ｂ６３のいずれかに記載のワクチンを前記患者に投与することを含む、前記方法。
７７．前記ワクチンがポリヌクレオチドを含み、及び皮内に又は筋肉内に投与される、実施形態Ｂ７６に記載の方法。
７８．前記ポリヌクレオチドがＤＮＡである、実施形態Ｂ７７に記載の方法。
７９．前記ポリヌクレオチドがＲＮＡである、実施形態Ｂ７８に記載の方法。
８０．投与が、ジェットインジェクターを用いて実行される、実施形態Ｂ７６～Ｂ７９のいずれかに記載の方法。
８１．投与がエレクトロポレーションにより補助される、実施形態Ｂ７６～Ｂ８０のいずれかに記載の方法。
８２．患者においてがんを処置する方法における使用のための、実施形態Ｂ１～Ｂ６３のいずれかに記載のワクチンであって、前記患者のために特異的に調製されている、前記ワクチン。
８３．患者におけるがんの処置用の医薬の生産のための、実施形態Ｂ６６に記載のポリヌクレオチド又は実施形態Ｂ７０に記載のポリペプチド又は実施形態Ｂ７１若しくはＢ７２のいずれかに記載の二量体タンパク質の使用であって、前記ポリヌクレオチド、ポリペプチド又は二量体タンパク質が、前記患者のために特異的に調製されている、前記使用。
８４．実施形態Ｂ６６に記載のポリヌクレオチドを調製する方法であって、
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）前記同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；
ｅ）ステップｄ）において選択された前記少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ；並びに
ｆ）前記ポリヌクレオチド配列を、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングするステップ
を含む、前記方法。
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）前記同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；
ｅ）ステップｄ）において選択された前記少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ；並びに
ｆ）前記ポリヌクレオチド配列を、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングするステップ
を含む、前記方法。
８５．前記方法が、
ステップａ）において、前記患者の前記腫瘍組織において１つ以上の患者特異的抗原を同定すること
ステップｃ）において、前記同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測すること
ステップｄ）において、１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択すること
を更に含み；
並びにステップｅ）の前記ポリヌクレオチド配列が、ステップｄ）において選択された前記１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を更に含む、
実施形態Ｂ８４に記載の方法。
ステップａ）において、前記患者の前記腫瘍組織において１つ以上の患者特異的抗原を同定すること
ステップｃ）において、前記同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測すること
ステップｄ）において、１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択すること
を更に含み；
並びにステップｅ）の前記ポリヌクレオチド配列が、ステップｄ）において選択された前記１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を更に含む、
実施形態Ｂ８４に記載の方法。
Claims (44)
- 免疫学的に有効な量の、
（ｉ）標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列若しくはその１つ以上の部分を含む、前記ポリヌクレオチド；又は
（ｉｉ）（ｉ）において定義される前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）において定義される前記ポリヌクレオチドによりコードされる２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質；並びに
医薬的に許容される担体
を含む、個別化された治療用抗がんワクチン。 - 前記抗原性ユニットが１つ以上の患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を更に含む、請求項１に記載のワクチン。
- 前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、過剰発現される細胞タンパク質、異常に発現される細胞タンパク質、がん精巣抗原、ウイルス抗原、分化抗原、突然変異型がん遺伝子、突然変異型腫瘍抑制因子遺伝子、がん胎児性抗原、共有融合抗原、共有イントロン保持抗原、ダークマター抗原、スプライセオソーム突然変異により引き起こされる共有抗原及びフレームシフト突然変異により引き起こされる共有抗原からなる群から選択される共有抗原の配列である、請求項１又は２のいずれかに記載のワクチン。
- 前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列が、ヒト細胞タンパク質である共有抗原の配列である、請求項１～３のいずれかに記載のワクチン。
- 前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又はその１つ以上の部分が、免疫原性であることが既知であるか、又は前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、請求項１～４のいずれかに記載のワクチン。
- 前記少なくとも１つの患者提示共有抗原配列又は前記その１つ以上の部分が、前記患者のＨＬＡ対立遺伝子による提示のために好適な長さを有し、好ましくは７～３０アミノ酸の長さを有する、請求項１～５のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原の配列又はその１つ以上の部分を含む、請求項１～６のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原の配列のいくつかの部分を含む、請求項７に記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、いくつかの患者提示共有抗原のいくつかのエピトープを含み、前記エピトープが、免疫原性であることが既知であるか、又は前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／若しくはＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、請求項８に記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、１つ以上の患者提示共有抗原配列の全長を含む、請求項１～９のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、少なくとも１つの患者提示共有抗原配列の１～３０個の部分を含む、請求項１～１０のいずれかに記載のワクチン。
- 前記部分が、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される複数のエピトープを含む、請求項１１に記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、エピトープの形態の１～５０個の患者提示共有抗原配列を含む、請求項１～１２のいずれかに記載のワクチン。
- 前記エピトープが、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することが予測される、請求項１３に記載のワクチン。
- 前記エピトープが７～３０アミノ酸の長さを有する、請求項１３～１４のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、いくつかの患者特異的抗原配列又はその１つ以上の部分を含む、請求項２～１５のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが１つ以上の患者特異的エピトープを含む、請求項２～１６のいずれかに記載のワクチン。
- 前記１つ以上の患者特異的エピトープが７～３０アミノ酸の長さを有する、請求項１７に記載のワクチン。
- 抗原性ユニットが少なくとも５個の患者特異的エピトープを含む、請求項１７～１８のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが７～２０００アミノ酸を含む、請求項１～１９のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニットが、１つ以上のリンカー、好ましくは前記抗原配列を互いから分離する１つ以上のリンカーを含む、請求項１～２０のいずれかに記載のワクチン。
- 前記二量体化ユニットが、ヒンジ領域、好ましくはＩｇに由来するヒンジ領域を含む、請求項１～２１のいずれかに記載のワクチン。
- 前記二量体化ユニットが、二量体化を促す別のドメイン、好ましくは免疫グロブリンドメイン、より好ましくは免疫グロブリン定常ドメインを更に含む、請求項２２に記載のワクチン。
- 前記他のドメインが、ＩｇＧに由来する、好ましくはＩｇＧ３に由来するカルボキシ末端Ｃドメインである、請求項２２又は２３のいずれかに記載のワクチン。
- 前記二量体化ユニットが、リンカー、好ましくは前記ヒンジ領域と二量体化を促す前記他のドメインとを接続するリンカーを更に含む、請求項２２～２４のいずれかに記載のワクチン。
- 前記二量体化ユニットが、リンカーを通じてヒトＩｇＧ３のＣＨ３ドメインに接続されたヒンジエクソンｈ１及びｈ４を含む、請求項２２～２５のいずれかに記載のワクチン。
- 前記抗原性ユニット及び前記二量体化ユニットが、リンカー、好ましくは制限部位を含むリンカーを通じて接続されている、請求項１～２６のいずれかに記載のワクチン。
- 前記標的化ユニットが抗原提示細胞を標的化し、好ましくは前記標的化ユニットが、前記抗原提示細胞上の表面分子と相互作用する部分であるか、又は前記部分を含み、好ましくは表面分子が、ＨＬＡ、ＣＤ１４、ＣＤ４０、ケモカイン受容体及びＴｏｌｌ様受容体からなる群から選択される、請求項１～２７のいずれかに記載のワクチン。
- 前記標的化ユニットが、可溶性ＣＤ４０リガンド、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ－１α、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、フラジェリン、抗ＨＬＡ－ＤＰ、抗ＨＬＡ－ＤＲ、抗汎ＨＬＡクラスＩＩ又は抗ＣＤ４０、抗ＴＬＲ－２、抗ＴＬＲ－４若しくは抗ＴＬＲ－５に対して特異性を有する抗体可変ドメインを含むか又はそれからなり、好ましくはＭＩＰ－１αを含むか又はそれからなる、請求項２８に記載のワクチン。
- ポリヌクレオチド、好ましくはＲＮＡ又はＤＮＡを含む、請求項１～２９のいずれかに記載のワクチン。
- 前記ポリヌクレオチドが、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列を更に含む、請求項３０に記載のワクチン。
- 前記ポリペプチド中の前記標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットが、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットというＮ末端からＣ末端への順序にあるか、又は前記ポリヌクレオチド中の前記標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットが、標的化ユニット、二量体化ユニット及び抗原性ユニットという５’から３’への順序にある、請求項１～３１のいずれかに記載のワクチン。
- 前記医薬的に許容される担体が、食塩水、緩衝食塩水、ＰＢＳ、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、無菌等張水性緩衝液、及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１～３２のいずれかに記載のワクチン。
- 請求項１に記載の個別化された治療用抗がんワクチンを調製する方法であって、
ａ）患者の腫瘍組織又は体液中の少なくとも１つの患者提示共有抗原を同定するステップ
ｂ）前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ対立遺伝子を決定するステップ
ｃ）前記同定された少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測するステップ
ｄ）少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択するステップ；
ｅ）ステップｄ）において選択された前記少なくとも１つの抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を含む抗原性ユニットを含むポリヌクレオチド配列を調製するステップ；
ｆ）前記ポリヌクレオチド配列を、標的化ユニット及び二量体化ユニットをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター中にクローニングするステップ；並びに
ｇ）ステップｆにおいて得られた前記発現ベクターを医薬的に許容される担体と混合するステップ
を含む、前記方法。 - 請求項２に記載の個別化された抗がんワクチンを調製するための、請求項３４に記載の方法であって、前記方法が、
ステップａ）において、前記患者の前記腫瘍組織において１つ以上の患者特異的抗原を同定すること
ステップｃ）において、前記同定された１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分の免疫原性を、前記患者のＨＬＡクラスＩ及び／又はＩＩ対立遺伝子に対するそれらの予測される結合性により予測すること
ステップｄ）において、１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分を、ステップｃ）において予測されたそれらの免疫原性に基づいて選択すること
を更に含み；
並びにステップｅ）の前記ポリヌクレオチド配列が、ステップｄ）において選択された前記１つ以上の患者特異的抗原又はその１つ以上の部分をコードするヌクレオチド配列を更に含む、
前記方法。 - 請求項１～３２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド。
- 請求項３６に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項１～３２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチドを含むか、又は請求項３７に記載のベクターを含む、宿主細胞。
- 請求項１～３２のいずれかにおいて定義されるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド。
- 請求項３９において定義される２つのポリペプチドからなる二量体タンパク質。
- ホモ二量体タンパク質である、請求項４０に記載の二量体タンパク質。
- 医薬としての使用のための、請求項３６に記載のポリヌクレオチド又は請求項３９に記載のポリペプチド又は請求項４０若しくは４１のいずれかに記載の二量体タンパク質。
- がんを有する患者を処置する方法であって、前記患者のために特異的に調製された、請求項１～３３のいずれかに記載のワクチンを前記患者に投与することを含む、前記方法。
- 前記ワクチンがポリヌクレオチドを含み、及び皮内に又は筋肉内に投与される、請求項４３に記載の方法。
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