JP2023516733A - 疾患についてのプロテオミクススクリーニング - Google Patents

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Abstract

原発性免疫不全症（ＰＩＤＤ）についての臨床診断及び新生児スクリーニングが記載されている。ＰＩＤＤは、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症を含む。加えて、血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン及びＣＤ３デルタ）についての細胞特異的マーカーは、疾患の診断についての裏付けを与える二次マーカーとして使用されうる。

Description

本出願は、本明細書において完全に明示されたかのように、その全体において参照により本明細書に組み込まれる、２０２０年３月３日に出願された、米国仮特許出願第６２／９８４，７４４号に対する優先権を主張する。
連邦政府の後援を受けた調査研究又は開発に関する言明
本出願は、米国国立衛生研究所により与えられる助成金第ＨＤ０９８１８０号及び同第ＡＩ１２３１３５号の下にある政府助成によりなされた。米国連邦政府は、本発明において、一定の権利を有する。
配列表に関する言明
本出願と関連する配列表は、紙原稿ではなく、テキストフォーマットで提供され、本明細書への参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、２Ｇ８５０３９＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは、２０１ＫＢであり、２０２１年３月２日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して、電子的に提出されている。
本開示は、原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）についての臨床診断及び新生児スクリーニングを提供する。ＰＩＤＤは、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症を含む。開示されているアッセイは、他の供給源及び時点のうち、出生時に、既に定期的に回収されている乾燥血液スポットから、これらの障害を検出しうる。加えて、血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン及びＣＤ３デルタ）についての細胞特異的マーカーは、疾患の診断についての裏付けを与える二次マーカーとして使用されうる。これらの障害の早期検出は、これらは各々症状が現れると致死性でありうるので、患者の転帰を大幅に改善する。
効果的な処置が利用可能な疾患は、多数にのぼる。しかし、これらの多数の疾患について、症状が現れると、疾患は、既に致死性である、又は不可逆的損傷をもたらしている。このような疾患の例は、原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）を含む。
先天性免疫異常（ＩＥＩ）ともまた称される、原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）は、免疫系の構成要素が、逸失している、又は不適正に機能する、４１６を超える、希少な遺伝障害の群である。ＰＩＤＤの例は、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症を含む。ＰＩＤＤの早期検出は、潜在的に致死性の感染症及び慢性後遺症の制御及び防止において極めて重要である。
ＰＩＤＤの処置は、臨床症状が現れる前の診断が可能であれば、著明に増強される。新生児スクリーニング（ＮＢＳ）は、米国において毎年出生する４００万人の乳児に対して義務づけられた、標準的な公的予防スクリーニング検査である。ＮＢＳは、通例、出生の２４～４８時間後に実施される血液検査を伴う。スクリーニングは、濾紙上に被着させた新生児のかかとの血液のうちの数滴を使用する。乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を含有する濾紙は、検査が行われるまで保管されうる。
ＮＢＳ評価を行うために、乾燥血液のパンチは、ＤＢＳから採取され、出生には明らかでないが、後の生涯において深刻な健康問題を引き起こす障害を指し示す、血液中の特異物質（マーカー又はバイオマーカーと呼ばれる）の存在又は非存在を検出するように、検査室検査が実施される。スクリーニングされる障害は、州により変動するが、大半の州は、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症についてスクリーニングする。ＮＢＳは、患者の転帰を改善し、罹患個体における、長期にわたる身体障害を回避する一方、同時に、医療費も低減するのに、極めて効果的であることが実証されている。
ＳＣＩＤは、近年、ＮＢＳパネルへと追加されている。残念ながら、他の致死性であるが、処置可能な「非ＳＣＩＤ」免疫不全症の大半について、現在のところ、広範にわたり費用効果的なスクリーニング法は利用可能でない。
有益であっても、多くの障害がスクリーニングされない１つの理由は、検査室検査に、障害と関連するマーカーを、信頼できる形で測定することができなかったことである。この不可能性の１つの理由は、障害が、極めて低濃度である、又は標的障害に特異的でないマーカーと関連することである。この状況において、マーカーのレベルと、患者の状態との相関を、信頼できる形で確立することは困難である。
選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）は、低存在度のマーカーの正確な定量を可能とする方法である。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの利用は、一般に、以下のステップ：（ｉ）障害の存在又は非存在を指し示す標的タンパク質を選択するステップ；（ｉｉ）存在する場合、標的タンパク質を含む生物学的試料の、生物学的試料中の全てのタンパク質を、ペプチドと呼ばれる、小型の断片へと消化する酵素により処理するステップ；（ｉｉｉ）標的タンパク質に由来する、選択されたペプチドマーカーを富化するステップ並びに（ｉｖ）質量分析計により、富化された目的のペプチドを解析及び定量するステップを伴う。
近年、Ｊｕｎｇら（Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２０１７、１６：８６２～８７１）は、ＤＢＳに由来する、ウィルソン病と関連するタンパク質マーカーである、ＡＴＰ７Ｂを定量する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの使用について記載した。これは、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭが、低存在度のマーカーを、保管されたＤＢＳから、信頼できる形で検出するのに使用されうることについての最初の実証であり、広範な障害パネルについてスクリーニングする手法を使用する可能性を開いた。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ（ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０５４８５６）により、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症及びＷＤを診断するための、シグネチャーペプチドマーカー及びそれらに結合する抗体が開発されている。
国際特許出願番号第ＵＳ２０１９／０５４８５６号明細書
Ｊｕｎｇら、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２０１７、１６：８６２～８７１
しかし、このようなアッセイの多くの態様は、診断される障害、各障害について入手可能なバイオマーカー、目的のペプチドを富化しうる分子的実体を開発する可能性及び質量分析計内の、各目的のペプチドの挙動に依存する。これらの態様及びさらなる態様の全ては、障害を、信頼できる形で検出しうるアッセイを達成するように、注意深い検討及び実験を要求する。特定の実施形態において、障害の診断は、臨床症状が現れる前に、ＤＢＳを使用するＮＢＳパネルにより行われる。
（発明の要旨）
本開示は、対象（例えば、新生児）を、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についてスクリーニングするのに使用されうる、マルチプレックスアッセイの開発について記載する。特定の実施形態において、方法は、Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤを有する個体を同定するステップを含む。アッセイは、重大であり、しばしば致死性である臨床症状が現れる前に、これらの障害を、信頼できる形で診断することにより、罹患個体についての転帰を、著明に改善しうる。特定の実施形態において、血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての細胞特異的マーカーは、疾患の診断についての裏付けを与える二次マーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。アッセイは、既存の新生児スクリーニング（ＮＢＳ）手順の一部として、既に定期的に回収されている乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を使用して、これらの障害と関連するマーカーの存在又は非存在を検出しうる。特定の実施形態において、対象から得られた、口腔スワブ試料、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）試料又は白血球（ＷＢＣ）試料は、アッセイにおいて使用される。
本開示は、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）を使用して、信頼できる形で検出及び定量されうる、障害の各々と関連するペプチドについて記載する。本開示はまた、ペプチドを富化するのに使用されうる、高親和性抗体も提供する。
本明細書において提出される図面の一部は、カラーにおいてよりよく理解されうる。出願人は、カラー版の図面を、元の提出の一部と考え、後の手続きにおいて、図面の本カラー画像に対する権利を保持する。
Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 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Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての、選択反応モニタリング質量分析連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ）のために使用される、標的タンパク質及びペプチド配列並びに血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）及びＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ））についての二次マーカーを示す図である。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。総質量、親イオン質量、娘ｙ－イオン質量及び娘ｂ－イオン質量もまた示される。 ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ－ＭＳ工程の概略的例示を示す図である。 選択されたトランジションによる、各標的ペプチドについての、フラグメントスペクトルを示す図である。 選択されたトランジションによる、各標的ペプチドについての、フラグメントスペクトルを示す図である。 選択されたトランジションによる、各標的ペプチドについての、フラグメントスペクトルを示す図である。 シグネチャーペプチドについての、内因性多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トレースを示す図である。 シグネチャーペプチドについての、内因性多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トレースを示す図である。 シグネチャーペプチドについての、内因性多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トレースを示す図である。 シグネチャーペプチドについての、内因性多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トレースを示す図である。 シグネチャーペプチドについての、内因性多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トレースを示す図である。 各シグネチャーペプチドについての線形曲線を示す図である（図５Ａ）。 高フェムトモル範囲プロットが、解析される全濃度範囲を表す図である（図５Ｂ）。低フェムトモル範囲プロットは、図５Ａのプロットから拡大された、低濃度領域を表す。 全てのシグネチャーペプチドの測定濃度、診断、遺伝情報及び現行処置を含む患者情報を示す図である。Ｎ／Ａ＝該当なしである。 全てのシグネチャーペプチドの測定濃度、診断、遺伝情報及び現行処置を含む患者情報を示す図である。Ｎ／Ａ＝該当なしである。 血小板マーカーである、ＣＤ４２ １２８及びＣＤ４２ １５４についてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析が、対応する血小板レベルの変化を示す図である（＊＊＊＊ｐ＜０．００１）。 血小板マーカーである、ＣＤ４２ １２８及びＣＤ４２ １５４についてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析が、対応する血小板レベルの変化を示す図である（＊＊＊＊ｐ＜０．００１）。 Ｘ－ＣＧＤ、ＤＯＣＫ８欠損症及びＡＤＡ欠損症患者における、一次シグネチャーペプチドである、ＣＹＢＢ５０９、ＤＯＣＫ８ １２７２及びＡＤＡ９３についてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析を示す図である（＊ｐ＜０．０５）。 Ｘ－ＣＧＤ、ＤＯＣＫ８欠損症及びＡＤＡ欠損症患者における、一次シグネチャーペプチドである、ＣＹＢＢ５０９、ＤＯＣＫ８ １２７２及びＡＤＡ９３についてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析を示す図である（＊ｐ＜０．０５）。 Ｘ－ＣＧＤ、ＤＯＣＫ８欠損症及びＡＤＡ欠損症患者における、一次シグネチャーペプチドである、ＣＹＢＢ５０９、ＤＯＣＫ８ １２７２及びＡＤＡ９３についてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析を示す図である（＊ｐ＜０．０５）。 ＰＩＤＤ患者のＤＢＳ中に見出される、ＮＫ細胞マーカーである、ＣＤ５６ １２２のレベルを示す図である。 ＨＴ及び標準ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する、ＰＩＤＤ患者の識別の比較を示す図である（＊＊＊＝ｐ＜０．００５）。 ＨＴ及び標準ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する、ＰＩＤＤ患者の識別の比較を示す図である（＊＊＊＝ｐ＜０．００５）。 ＨＴ及び標準ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する、ＰＩＤＤ患者の識別の比較を示す図である（＊＊＊＝ｐ＜０．００５）。 以下を含む、本開示の例示的配列を示す図である。
Figure 2023516733000002
Figure 2023516733000003
Figure 2023516733000004
効果的な処置が利用可能な疾患は、多数にのぼる。しかし、これらの多数の疾患について、症状が現れると、疾患は、既に致死性である、又は不可逆的損傷をもたらしている。原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）は、この良い例である。
先天性免疫異常（ＩＥＩ）ともまた称される、原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）は、免疫系の構成要素が、逸失している、又は不適正に機能する、４１６を超える、希少な遺伝障害の群である。個別には希少であるが、ＰＩＤＤの組合せ発生数は、１２００人中約１人であると推定される（Ｔａｎｇｙｅら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０２０、印刷中；ＭｃＣｕｓｋｅｒ，Ｃ．、Ｊ．Ｕｐｔｏｎ及びＲ．Ｗａｒｒｉｎｇｔｏｎ、「Ｐｒｉｍａｒｙ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ」、Ａｌｌｅｒｇｙ，ａｓｔｈｍａ，ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ：ｏｆｆｉｃｉａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｃａｎａｄｉａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１８年、１４巻（増刊２号）：６１～６１頁；Ｋｏｂｒｙｎｓｋｉら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１４、３４（８）：９５４～６１頁）。適切に診断され、処置されると、患者は、しばしば、比較的正常な生活を送ることができる（Ｋａｖｅｒｉら、Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１１年、１６４巻、増刊２号：２～５頁；Ｒａｊｅ，Ｎ．及びＣ．Ｄｉｎａｋａｒ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ ｃｌｉｎｉｃｓ ｏｆ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ、２０１５、３５（４）：５９９～６２３頁）。障害に応じて、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）、酵素置換療法（ＥＲＴ）又は遺伝子治療による、治癒的療法もまた可能である（Ｒａｊｅ，Ｎ．及びＣ．Ｄｉｎａｋａｒ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ ｃｌｉｎｉｃｓ ｏｆ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ、２０１５、３５（４）：５９９～６２３頁；Ａｙｄｉｎら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１５、３５（２）：１８９～９８頁；Ｇａｓｐａｒら、Ｂｌｏｏｄ、２００９、１１４（１７）：３５２４～３２頁；Ｍｏｒａｔｔｏら、Ｂｌｏｏｄ、２０１１、１１８（６）：１６７５～８４頁；Ｐａｒｔａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１７、３７（６）：５４８～５５８頁；Ｓｔａａｌら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ、２０１９、７（４４３）；Ｆｅｒｒｕａら、Ｌａｎｃｅｔ Ｈａｅｍａｔｏｌ、２０１９、６（５）：ｅ２３９～ｅ２５３頁）。ほぼどのような場合にも、ＰＩＤＤの早期検出は、潜在的に致死性の感染症及び慢性後遺症の制御及び防止において極めて重要である（Ｇｒｕｎｅｂａｕｍら、ＪＡＭＡ、２００６、２９５（５）：５０８～１８頁；Ｋａｎａｒｉｏｕら、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｈｅｍａｔｏｌ、２０１８、２５（１）：７～１２頁）。
早期の介入は、ＰＩＤＤを、臨床において診断することの困難及び簡単な集団スクリーニングのためのツールの欠如により限定されている。検査室における査定は、典型的に、再発性感染症及び／又は慢性感染症の証拠により導かれる。臨床査定の後、診断の確認に要求される検査室検査は、しばしば、免疫細胞サブセット解析、患者の白血球におけるタンパク質の発現及び／又は酵素活性を含む、技術的要求の大きい解析を伴う（Ｂｏｎｉｌｌａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１５、１３６（５）：１１８６～１２０５、ｅ７８頁）。現在、全ての検査は、全血液試料又は単離末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）試料を要求するので、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）により、これらの臨床診断法を実施することが不可能である。遺伝子的シーケンシングが、最もしばしば、最終確認として使用される（Ｂｏｎｉｌｌａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１５、１３６（５）：１１８６～１２０５、ｅ７８頁）。
かかと用のスティックによる、侵襲性が小さな回収試料を使用する、操作が簡略な質量分析アッセイは、疑われるＰＩＤＤについての迅速なスクリーニングを可能とする。タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ベースのプロテオミクスアッセイの感度及び特異度は、ＤＢＳ抽出物中の存在度が極めて低度であるペプチドを、信頼できる形で測定し、これにより、それらが表すタンパク質を定量するのに利用されうる（Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１８、９（２７５６）；Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０２０、１１；ｄｅＷｉｌｄｅら、Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ、２００８、５４（１２）：１９６１～８）。さらに、ＤＢＳを使用して、ＰＩＤＤ患者を検出することが可能なアッセイであれば、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）において適用可能であり、潜在的に致死性の感染症が発生する前に、患者の識別を可能とする。重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）及び無ガンマグロブリン血症の一部形態について、ＤＢＳに由来する、Ｔ細胞受容体切除サークル（ＴＲＥＣ）及びカッパ欠失エレメント組換えサークル（ＫＲＥＣ）のための新生児スクリーニングが存在する。しかし、ＴＲＥＣ／ＫＲＥＣ解析は、複数のＳＣＩＤ亜型（例えば、ＡＤＡ欠損症、ＺＡＰ７０欠損症及びＭＨＣ欠損症）を、高頻度において逸失し、他のＰＩＤＤについてのＮＢＳは、現在のところ、スクリーニング法の欠如のために存在しない（Ｋｗａｎら、ＪＡＭＡ、２０１４、３１２（７）：７２９～３８頁；Ｃｈａｎ及びＰｕｃｋ、Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００５、１１５（２）：３９１～８頁；Ｂａｋｅｒら、Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００９、１２４（３）：５２２～７頁；Ｃｈａｓｅら、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１０、１０（６）：５２１～５頁；ｌａ Ｍａｒｃａら、Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１３、１３１（６）：１６０４～１０頁）。しかしながら、近年の進展は、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損性ＳＣＩＤ及びプリンヌクレオシドホスホリラーゼ欠損症に関連する代謝物並びに免疫細胞プロファイルについての後成的マーカーをスクリーニングする能力を裏付けている（ｌａ Ｍａｒｃａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ、２０１４、８８：２０１～２０６頁；Ｂａｒｏｎら、Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ、２０１８、１０（４５２）；ｌａ Ｍａｒｃａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１４、１３４（１）：１５５～１５９、ｅ３頁）。
ＳＣＩＤとは、Ｔ細胞及びＢ細胞など、感染症に対抗する免疫細胞の発生及び機能に関与する異なる遺伝子における突然変異により引き起こされる、希少な障害の群である。１２を超える遺伝子が、ＳＣＩＤに関与している。最もしばしば、ＳＣＩＤは、１つが母親から遺伝し、１つが父親から遺伝した、特定の遺伝子の両方のコピーが、欠損を含有する、常染色体劣性パターンにおいて遺伝する。Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤ（Ｘ－ＳＣＩＤ）は、男性に主に影響を及ぼし、Ｘ染色体に配置された、インターロイキン（ＩＬ）受容体サブユニット共通ガンマ鎖（ＩＬ２ＲＧ）をコードする遺伝子における突然変異により引き起こされる。この受容体サブユニットは、ＩＬ２、ＩＬ４、ＩＬ７、ＩＬ９、ＩＬ１５及びＩＬ２１の受容体複合体を含む、少なくとも６つの異なるインターロイキン受容体複合体により共有されている。ＩＬ２ＲＧ遺伝子内の突然変異は、リンパ球の発生及び機能に重要な、複数のサイトカイン経路の遮断を介して、免疫系の重大な欠損をもたらす。この種のＳＣＩＤを有する男性は、白血球の増殖及び発生が異常である。結果として、これらの男性は、Ｔ細胞及びナチュラルキラー細胞の数が減少し、Ｂ細胞が機能しなくなる。ＳＣＩＤ患者は、通例、幼少期に、重症の細菌感染症、ウイルス感染症、又は真菌感染症に罹患し、しばしば、肺の瘢痕化、慢性下痢及び発育不全を被る。乳児が、造血幹細胞の移植、遺伝子治療又は酵素療法などの免疫再生処置を受けなければ、状態は、通例、生後１又は２年以内に致死性となる。
常染色体劣性ＳＣＩＤの周知の形態は、乳児が、Ｔ細胞の存続に必要なＡＤＡ酵素を欠く、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症により引き起こされる。ＳＣＩＤを有する罹患者は、事実上、細菌、ウイルス及び真菌からの全ての免疫保護を欠くので、致死性でありうる感染症の反復及び遷延に陥りやすい。ＡＤＡ欠損症を有する大半の個体は、生後最初の６カ月間以内に、ＳＣＩＤを有すると診断される。時間経過にわたり、罹患個体は、慢性肺損傷、栄養不良及び他の健康問題を発症しうる。ＡＤＡとは、プリンの分解に必要な酵素である。現行の処置選択肢は、酵素置換療法、同種造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）及び自家遺伝子治療を含む。
Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）とは、ある特定の細菌及び真菌により引き起こされた感染症に対する、体内の感受性を増大させる、遺伝性ＰＩＤＤである、ＣＧＤの最も一般的な形態である。ＣＧＤを有する患者は、好中球が欠損しており、これらの細胞は、過酸化水素を産生できないため、感染に対抗できない。感染部位又は炎症部位における免疫細胞塊は、肉芽腫形態と呼ばれる。これらの重症感染症は、皮膚又は骨の感染症及び内臓における膿瘍を含みうる。ＣＧＤを有する小児は、しばしば、出生時には健常であるが、乳児期又は幼少期において、重症感染症を発症する。Ｘ－ＣＧＤは、チトクロームｂ－２４５ベータ鎖と呼ばれるタンパク質（また、ｐ９１－ｐｈｏｘとしても公知である）をコードする、ＣＹＢＢ遺伝子内の突然変異により引き起こされる。チトクロームｂ－２４５は、他のサブユニットと共に、ＮＡＤＰＨオキシダーゼと呼ばれる酵素複合体を形成し、これは、免疫系において、必須の役割を果たす。ＣＧＤのための治療選択肢は、予防的抗生剤及び抗真菌薬、インターフェロン－ガンマ注入及び急性感染症に対する積極的管理を含む。骨髄移植は、ＣＧＤを治癒させうるが、この治療は、煩雑であり、移植候補者及びドナーの選択を注意深く行わなければならない。
Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）は、エプスタイン－バーウイルス（ＥＢＶ）による感染に対する免疫系応答の欠損により特徴づけられる、希少な、遺伝性ＰＩＤＤであり、重症の致死性肝炎、抗体又は免疫グロブリンの、血液中レベル及び体内分泌物中レベルの異常な低下（低ガンマグロブリン血症）並びに／又はある特定の種類のリンパ組織の悪性腫瘍（Ｂ細胞リンパ腫）を結果としてもたらしうる。ＸＬＰ１は、Ｔ細胞とＢ細胞との双方向的刺激において、主要な役割を果たすタンパク質をコードする、ＳＨ２Ｄ１Ａ遺伝子内の突然変異により引き起こされる。ＥＢＶへの曝露の前に、罹患個体が識別される場合、致死性の感染性単球症及び他の症状の発生を防止する一助とするように、ＥＢＶ抗体を伴う、免疫グロブリン（静脈内ガンマグロブリン）の注入が推奨されうる。ＥＢＶ曝露に続発するＸＬＰを有すると診断された罹患個体において、処置は、日和見感染症及び／又は静脈内ガンマグロブリン療法を防止する一助とするように、抗生剤の投薬を含みうる。Ｂ細胞リンパ腫を発症する罹患個体は、手術、放射線及び／又は化学療法により処置される場合がある。
家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）は、免疫系が、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、Ｂ細胞及びマクロファージを含む、過剰に多くの活性化免疫細胞（リンパ球）を産生する障害（組織球症）である。過剰量の、サイトカインと呼ばれる免疫系タンパク質もまた産生される。この免疫系の過剰活性化は、発熱を引き起こし、肝臓及び脾臓を損傷する結果として、これらの臓器の腫大をもたらす。骨髄中の血液産生細胞もまた、血球貪食と呼ばれる過程において破壊される。結果として、罹患個体は、貧血を有し、血小板数が低減する。血小板の低減は、あざをできやすくし、出血の異常を引き起こす。ＦＨＬ２とは、Ｔ細胞内及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞内において見出され、細胞の破壊及び免疫系の調節に関与する、パーフォリンタンパク質をコードする、ＰＲＦ１遺伝子における突然変異により引き起こされる。同種造血細胞移植は、ＦＨＬ２のための治癒法でありうる。エマパルマブは、原発性血球貪食性リンパ組織球増多症を有する成人患者及び小児患者の処置として、ＦＤＡにより承認されている。
毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）は、神経系、免疫系及び他の体内系に影響を及ぼす、希少な遺伝性障害である。この障害は、幼少期に始まる、運動協調困難（運動失調）の進行並びに眼及び皮膚の表面において生じる、毛細血管拡張症と呼ばれる、拡大血管の小クラスターにより特徴づけられる。免疫系が弱化した罹患個体は、肺感染症にかかりやすく、がんを発症する危険性を増大させる。罹患個体は、それらの血液中に、高量の、アルファ－フェトプロテイン（ＡＦＰ）と呼ばれるタンパク質を有する傾向がある。毛細血管拡張性運動失調症は、ＤＮＡ損傷後における細胞の分裂の調節において役割を果たす酵素をコードする、ＡＴＭ遺伝子における突然変異により引き起こされる。毛細血管拡張性運動失調症のための処置は、症状のコントロールへと方向付けられ、呼吸器感染症のための、抗生薬による治療、気管支及び肺の体位ドレナージ並びにガンマグロブリンの注入；毛細血管拡張症の拡大及び重症度をコントロールするための、日光への不要な曝露の回避；ビタミンＥ療法；不明瞭な発語及び不随意的筋収縮を支援する薬物であるジアゼパム（Ｖａｌｉｕｍ）の投与並びに理学療法を含む。
分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ；Ｂ細胞機能不全）は、ＰＩＤＤの、最も一般的な形態のうちの１つである。ＣＶＩＤは、免疫系を、細菌及びウイルスに対して防御できないまま放置する結果として、耳、副鼻腔及び気道に主に影響を及ぼす、再発性感染症及び重症感染症をもたらす抗体欠損症により特徴づけられる。ＣＶＩＤ罹患者のうちの約２５パーセントは、血液細胞に影響を及ぼすことから、白血球数又は血小板数の減少、貧血、関節炎及び内分泌障害など、他の状態を引き起こしうる、自己免疫障害を有する。ＣＶＩＤの一部の形態において、患者は、肺、リンパ節、肝臓、皮膚又は他の臓器において、肉芽腫を発症する。ＣＶＩＤは、多くの遺伝的由来を有するが、典型的に、Ｂ細胞の機能不全、低減又は非存在を特徴とする。ＣＶＩＤのための処置は、免疫グロブリン置換、予防的抗生剤並びに自己免疫性疾患及び肉芽腫性疾患の管理を含む。
細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症とは、免疫グロブリンＥレベルの上昇、好酸球（疾患対抗白血球の種類）レベルの上昇並びに再発性のブドウ球菌感染症及びウイルス感染症により特徴づけられる、遺伝性障害である。ＤＯＣＫ８とは、細胞のアクチン骨格の調節に関与するタンパク質であり、ＤＯＣＫ８は、多くのがんにおいて失われ、ＤＯＣＫ８欠損者は、悪性腫瘍を発症しやすいので、また、腫瘍抑制因子でもありうる。ＤＯＣＫ８欠損症のための処置は、感染症の防止及び処置に焦点を絞り、広域スペクトル抗生剤；局所抗生剤；トリメトプリム／スルファメトキサゾール、ペニシリン及びセファロスポリンを含む全身抗生剤並びに抗真菌剤；白血球機能を改善するクロモグリク酸ナトリウム；皮膚状態のためのイソトレチノイン；静脈内免疫グロブリン；インターフェロンガンマ；オマリズマブ；シクロスポリンＡ；ＨＳＣＴ；骨髄移植並びに手術による処置を含む。
糖タンパク質Ｉｂ（ＧＰＩｂ）としてもまた公知のＣＤ４２は、血小板上のＧＰＩｂ－Ｖ－ＩＸ複合体の構成要素である。ＧＰＩｂ－Ｖ－ＩＸ複合体は、フォンウィレブラント因子（ＶＷＦ）に結合して、血管損傷部位における、血小板の接着及び血小板血栓の形成を可能とする。
神経細胞接着分子（ＮＣＡＭ）としてもまた公知の、ＣＤ５６は、ニューロン、グリア及び骨格筋の表面上に発現する、同種親和性の結合性糖タンパク質である。特に、ＣＤ５６の発現は、ＮＫ細胞と関連する。神経系統関与のマーカーであることに加えて、ＣＤ５６の発現はまた、造血系においても見出される。ＣＤ５６は、ガンマデルタ（γδ）Τ細胞及び活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞並びに樹状細胞を含む、他のリンパ球上においても検出されている。ＮＣＡＭは細胞間接着、神経突起の成長、シナプス可塑性並びに学習及び記憶において役割を有する分子として含意されている。
ＣＤ３イプシロン（ＣＤ３ε）とは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）－ＣＤ３複合体の一部を形成するポリペプチドである。ＣＤ３ε鎖は、ＣＤ３δ、ＣＤ３γ及びＣＤ３ζ鎖と共に、獲得免疫応答に重要な、下流におけるシグナル伝達経路を活性化させる、細胞膜を介する、ＴＣＲ媒介性シグナルの伝達の一因となる。Ｔ細胞の活性化時の、シグナル伝達におけるその役割に加えて、ＣＤ３εは、適正なＴ細胞発生においても機能する。ＣＤ３εは、２つのヘテロ二量体である、ＣＤ３δ／ＣＤ３ε及びＣＤ３γ／ＣＤ３εを形成することにより、ＴＣＲ－ＣＤ３複合体のアセンブリーを誘発する。ＣＤ３εはまた、ＣＤ３ε細胞質領域内に存在するエンドサイトーシス配列を介して、ＴＣＲ－ＣＤ３複合体の内部化及び細胞表面における下方調節においても機能する。
ＣＤ３デルタ（ＣＤ３δ）は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）－ＣＤ３複合体の一部を形成するポリペプチドである。ＣＤ３δ鎖は、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ及びＣＤ３ζ鎖と共に、獲得免疫応答に重要な、下流におけるシグナル伝達経路を活性化させる、細胞膜を介する、ＴＣＲ媒介性シグナルの伝達の一因となる。Ｔ細胞の活性化時の、シグナル伝達におけるその役割に加えて、ＣＤ３δは、細胞内ＴＣＲ－ＣＤ３複合体の適正なアセンブリー及び表面発現においても機能する。ＣＤ３δは、胸腺細胞（胸腺内のリンパ球）の分化において、重要な役割を果たす。機能的なＴＣＲ－ＣＤ３複合体の非存在下において、胸腺細胞は、適正な分化が不可能である。ＣＤ３δは、ＣＤ４Ｔ細胞又はＣＤ８Ｔ細胞の活性化及び陽性選択を可能とする相互作用である、ＣＤ４及びＣＤ８との相互作用により、ＴＣＲと、共受容体であるＣＤ４及びＣＤ８との間において、機能的連関を確立する。
乾燥血液スポット（ＤＢＳ）による、頑健なスクリーニング方法が、新生児期において、患者を識別しうるならば、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症は、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）のための、強力な候補疾患となる。例えば、先天性ＰＩＤＤの大部分は、特異的タンパク質の低減又は非存在を結果としてもたらすので、これらの標的タンパク質の直接的な定量は、魅力的な潜在的スクリーニングツールを表す。
ＮＢＳ評価を行うために、乾燥血液のパンチは、ＤＢＳから採取され、出生には明らかでないが、後の生涯において深刻な健康問題を引き起こす障害を指し示す、血液中の特異物質（マーカー又はバイオマーカーと呼ばれる）の存在又は非存在を検出するように、検査室検査が実施される。スクリーニングされる障害は、州により変動するが、大半の州は、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症についてスクリーニングする。ＮＢＳは、患者の転帰を改善し、罹患個体における、長期にわたる身体障害を回避する一方、同時に、医療費も低減するのに、極めて効果的であることが実証されている。残念ながら、検出は、しばしば、血液細胞内の、極めて低度のタンパク質濃度及びＤＢＳ中に存在する、限定的な血液容量により限定される。
タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）は、１９９０年代において、初めて、ＮＢＳへと適用され、複数の代謝物についての、迅速なスクリーニングへの道を開き、これにより、出生時に回収されたＤＢＳ試料による、複数の疾患についての、迅速なスクリーニングへの道を開いた（Ｃｈａｃｅ Ｊ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．、Ｗｉｌｅｙ－Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ、２００９、４４：１６３～１７０；Ｍｉｌｌｉｎｇｔｏｎら、Ｊ．Ｉｎｈｅｒｉｔ．Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓ．、１９９０、１３：３２１～３２４；Ｓｗｅｅｔｍａｎら、Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ、２００６、１１７：Ｓ３０８～Ｓ３１４；Ａｌｍａｎｎａｉら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｅｄｉａｔｒ．、２０１６、２８：６９４～６９９；Ｗａｔｓｏｎら、Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．、Ｎａｔｕｒｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ、２００６、１Ｓ～２５２Ｓ頁；Ｃｈａｃｅら、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．、１９９３、３９：６６～７１）。トリプル四重極質量分析計上において実施された、選択反応モニタリング質量分析（ＳＲＭ－ＭＳ）は、正確な、ハイスループットであり、解析的に頑健な特異的バイオマーカーの定量をさらに可能とし；このようにして、ＳＲＭ－ＭＳは、今や、世界中の臨床ＮＢＳ検査室において、標準治療となっている（Ｃｈａｃｅ ＤＨ Ｊ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．、Ｗｉｌｅｙ－Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ、２００９、４４：１６３～１７０；Ｃｈａｃｅ及びＫａｌａｓ、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２００５、３８：２９６～３０９；Ｄｏｔｔら、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｔｉｃｓ Ｐａｒｔ Ａ、Ｗｉｌｅｙ Ｓｕｂｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ａ Ｗｉｌｅｙ Ｃｏｍｐａｎｙ、２００６、１４０：８３７～８４２）。
ＭＳ／ＭＳは、特異的な酵素欠損を伴う、多様な先天性代謝異常を検出するために、濃縮された、上流における代謝物の測定に依拠する。このことは、代謝物の蓄積が存在しない、又は現在のところ検証されていない、ＰＩＤＤなどの疾患への、その適用を許さなかった。この理由のために、フローサイトメトリー又はウェスタンブロット法など、タンパク質ベースのアッセイが、大半の突然変異が、タンパク質産物の非存在又は減少をもたらす、ウィスコット－アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）及びその軽度の表現型である、Ｘ連鎖血小板減少症（ＸＬＴ）などの疾患についての第１選択の探索法として使用されている（Ｑａｓｉｍら、Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．、２００１、１１３：８６１～８６５；Ｊｉｎら、Ｂｌｏｏｄ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ、２００４、１０４：４０１０～４０１９）。これらの手法は、患者に由来する、無傷血液試料又は無傷細胞が利用可能であることを要求することから、供給源に乏しい領域からの患者についての、集団ベースのスクリーニング又は検査を不可能としている。
既に、ＰＢＭＣのトリプシン消化物に由来する、ＢＴＫ、ＷＡＳＰ及びＴ細胞マーカーであるＣＤ３εについての、シグネチャーペプチドの定量のための、ＭＳベースの手法は、それぞれ、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、ＷＡＳ及びＳＣＩＤをスクリーニングするのに使用されうることが示された（Ｋｅｒｆｏｏｔら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ、２０１２、６（７～８）：３９４～４０２頁）。全てのＳＣＩＤ患者は、遺伝的異質性にも拘わらず、Ｔ細胞リンパ球減少症を共有するので、ＣＤ３εは、Ｔ細胞数の一般的表示物として選び出された。盲検化研究における各患者は、それらのそれぞれの疾患に特異的なシグネチャーペプチドを欠損していた（すなわち、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）を欠くＸＬＡ患者及びＷＡＳタンパク質（ＷＡＳＰ）を逸失するＷＡＳ患者など）。
ＳＲＭ－ＭＳは、タンパク質分解により作出されたシグネチャーペプチドを、目的のタンパク質の化学量論的サロゲートとして活用する。これは、次に、試料中において、このタンパク質を発現させる、特定の細胞型の数を推定するのに使用されうる（すなわち、血液中のＣＤ３＋Ｔ細胞の量を指し示すための、ＣＤ３εの定量）。各シグネチャーペプチドに対する、ＭＳの高特異性は、３つの物理化学的特性（高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）による分離時における、その質量、保持時間及び結果として得られる、標的特異的フラグメンテーションパターン）により付与される（Ｋｅｎｎｅｄｙら、Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、２０１４、１１：１４９～１５５）。典型的な定量限界を、１ｍＬ当たりのタンパク質１００～１０００ｎｇの範囲とする、これらの進展にも拘わらず、血液又は血漿など、複雑なマトリックスの使用は、しばしば、ＳＲＭ－ＭＳベースのアッセイによる、低存在度の標的の正確な定量を不可能とする。これは、細胞内だけにおいて発現する標的タンパク質の非存在又はレベルの低下を結果としてもたらす、多くのＰＩＤＤに対する適用可能性を限定する（ｄｅ Ｓａｉｎｔ Ｂａｓｉｌｅら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ、２００４、１１４：１５１２～１５１７）。
安定同位体標準及び抗ペプチド抗体による捕捉（ＳＩＳＣＡＰＡ）ともまた称される、ペプチドＳＲＭ連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）は、抗ペプチド抗体を利用して、ＳＲＭ－ＭＳ解析の前に、生物学的試料複合体から、目的のペプチドを精製及び富化することにより、ＳＲＭ－ＭＳアッセイの感度を増大させる（Ｚｈａｏら、Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ、２０１１、５３：２８１２；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２０１０、９：１８４～１９６；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２０１２、１１：Ｍ１１１．０１５３４７；Ｋｕｈｎら、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．、２００９、５５：１１０８～１１１７；Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２００４、３（２）：２３５～２４４；Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１８、９（２７５６）；Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０２０、１１；Ｊｕｎｇら、Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ、２０１７、１６（２）：８６２～８７１頁）。代表的ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ工程は、図２に例示される。
抗ペプチド抗体を使用する、シグネチャーペプチドバイオマーカーの免疫親和性富化は、目的のペプチドを、生物学的マトリックスの複合体から単離する。これは、試料マトリックスを簡素化し、バックグラウンドを低減し、解析物を濃縮して、液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）アッセイの感度を増強する（Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ、２００４、３（２）：２３５～４４頁；Ａｎｄｅｒｓｏｎ及びＨｕｎｔｅｒ、Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２００６、５（４）：５７３～８８頁）。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、血液中に、ピコモル単位の低濃度において存在するタンパク質の定量を、高度の再現性により可能とする（Ｗｈｉｔｅａｋｅｒら、Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２０１０、９（１）：１８４～９６頁；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒら、Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ、２０１４、１３（４）：２１８７～９６頁；Ｈｏｏｆｎａｇｌｅら、Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ、２００８、５４（１１）：１７９６～８０４頁；Ｈｏｏｆｎａｇｌｅら、Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ、２０１６、６２（１）：４８～６９頁；Ｋｕｈｎら、Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２０１２、１１（６）：Ｍ１１１．０１３８５４頁）。この方法を、４０例の患者試料についての盲検化スクリーニングに使用したところ、これらの患者試料それぞれのペプチド内において、全てが有意に低減され、診断カットオフは、分子的に確認されたＸＬＡ（ｎ＝２６）、ＷＡＳ（ｎ＝１１）のあらゆる症例及びＳＣＩＤの症例３例中２例の陽性の識別を可能とした（Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１８、９（２７５６））。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイの多くの態様は、診断される障害、各障害について入手可能なバイオマーカー、目的のペプチドを富化しうる分子的実体を開発する可能性及び質量分析計内の、各目的のペプチドの挙動に依存する。これらの態様及びさらなる態様の全ては、障害を、信頼できる形で検出しうる、信頼できるアッセイを達成するように、注意深い検討及び実験を要求する。特定の実施形態において、障害の診断は、臨床症状が現れる前に、ＤＢＳを使用するＮＢＳパネルにより行われる。
本開示は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症を信頼できる形で診断する、マルチプレックスｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ法を提供する。加えて、細胞特異的マーカーである、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、血小板（ＣＤ４２）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）及びＴ細胞（ＣＤ３ε及びＣＤ３δ）を定量することにより、診断の裏付けとなる情報をもたらす二次マーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。本明細書において開示されたマルチプレックスｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症において低減される、又は非存在であるタンパク質のペプチドに対して生じた抗ペプチド抗体を利用しうる。
ここで、本開示の以下の態様：（Ｉ）生物学的試料の回収及び処理；（ＩＩ）Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症についてのペプチドマーカー並びに二次ペプチドマーカーである、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε及びＣＤ３δ；（ＩＩＩ）生物学的試料中のタンパク質の、酵素による消化；（ＩＶ）ペプチドマーカーを富化する抗体；（Ｖ）変異体；（ＶＩ）ペプチドの富化戦略；（ＶＩＩ）液体クロマトグラフィー（ＬＣ）；（ＶＩＩＩ）質量分析（ＭＳ）；（ＩＸ）使用法；（Ｘ）キット；（ＸＩ）例示的実施形態；（ＸＩＩ）実施例並びに（ＸＩＩＩ）結語について、より詳細に記載されている。これらの見出しは、構成だけを目的として提供されるものであり、本開示の範囲又は解釈を限定するものではない。
（Ｉ）生物学的試料の回収及び処理：特定の実施形態において、本開示の方法において使用されうる生物学的試料は、血液又は細胞に由来する試料を含む。特定の実施形態において、本開示の方法において使用される試料は、ＤＢＳである。特定の実施形態において、対象に由来する全血液は、血液を濾紙カードへ置き、血液を乾燥させることにより調製されうる。
特定の実施形態において、対象に由来する全血液は、任意の抗凝固剤中に回収されうる。特定の実施形態において、対象に由来する全血液は、ヘパリン中に回収されうる。ＤＢＳは、スポット１つ当たり５０～１００μＬ（例えば、７０μＬ）の血液を、濾紙カード（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓａｖｅｒ（商標）９０３（登録商標）Ｃａｒｄ、Ｗｈａｔｍａｎ Ｉｎｃ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）へとピペッティングし、室温において乾燥させることにより調製されうる。特定の実施形態において、血液は、濾紙カード上において、一晩にわたり乾燥させる。ＤＢＳは、例えば、使用まで、プラスティック製の密封バッグ内、－８０℃において保管されうる。特定の実施形態において、全ＤＢＳは、本開示のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイにおいて使用されうる。特定の実施形態において、ＤＢＳに由来する、１つ以上の３ｍｍパンチは、本開示のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイにおいて使用されうる。特定の実施形態において、ＤＢＳは、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００により可溶化させうる。
特定の実施形態において、本開示の方法において使用される試料は、口腔スワブ試料又は粘膜試料から得られた細胞を含む。特定の実施形態において、粘膜試料は、口腔試料、鼻腔試料、生殖器試料、及び直腸試料を含む（Ｅｓｐｉｎｏｓａ－ｄｅ Ａｑｕｉｎｏら（２０１７）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｃｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ、８：３７０～３７８）。特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、頬又は口腔に由来する細胞を含む。特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、以下：ＣＨＬＡ（２０１６年４月４日）、「Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ」、ＣＨＬＡ－Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ；同上（２０１６年７月２７日）、「Ｂｕｃｃａｌ ＤＮＡ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ」、Ｐａｔｈｗａｙ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ；（２０１７年１２月１４日）、「Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ Ｓａｍｐｌｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ」、Ｏｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ；ＰＤＸＬ（２０１７年１１月２８日）、「Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ－ＰｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄＤｘ Ｌａｂｓ」［Ｖｉｄｅｏ］、ＹｏｕＴｕｂｅ、Ｏｎ Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ：ｙｏｕｔｕｂｅ／３ｆｔｖＨｋｆＭ７１ｏ？ｔ＝１４６及びＣｅｎｔｅｒｓ ｏｆ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ（ＣＤＣ）（２０２０年７月８日）、「Ｉｎｔｅｒｉｍ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｃｏｌｌｅｃｔｉｎｇ，ｈａｎｄｌｉｎｇ，ａｎｄ ｔｅｓｔｉｎｇ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ ｆｏｒ Ｃｏｖｉｄ－１９」、Ｏｎ Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ：ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ／２０１９－ｎｃｏｖ／ｌａｂ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ－ｃｌｉｎｉｃａｌ－ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ．ｈｔｍｌに記載されているプロトコールに従い、対象から得られうる。
特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、以下のプロトコールにより、対象から得られうる。試料の回収の前に、患者は、少なくとも３０分間にわたり、喫煙をしない、飲食をしない、ガムを噛まない、又はそれらの歯を磨かない。スワブは、先端部が、任意の物体又は表面に接触しないことを確認ながら、パッケージから、注意深く取り出される。スワブは、口腔へと挿入され、頬、歯及び上歯肉の間の、口腔の一方の側へと配置される。スワブの先端部は、１つの頬の内側に押し当てられ、前後に、上下に、円を描くようにこすりつけられる。把持部は、全先端部を、頬に由来する細胞により覆うように、こする間回転させる。先端部が、回収工程において、歯、歯肉及び口唇に接触することは許容されない。スワブが、唾液により過飽和することは許容されない。回収の後、スワブは、歯、歯肉又は口唇に接触させずに、口腔から取り出される。スワブは、室温において、少なくとも３０分間にわたり空気乾燥させる。把持部を除去されたスワブは、クライオジェニックバイアル内において保管されうる。ステップは、第２のスワブにより、反対側の頬において反復されうる。口腔スワブ試料は、回収後、２～８℃において、７２時間以下にわたり、又は、７２時間を超える場合、冷凍庫内、－８０℃以下において保管されうる。特定の実施形態において、口腔スワブによる細胞の回収は、少なくとも３０秒間にわたりうる。特定の実施形態において、口腔スワブによる細胞の回収は、最大限の粘膜表面からなされうる。特定の実施形態において、対象１人当たり１～５例の口腔スワブ試料が回収されうる。特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、滅菌表面上において、少なくとも５分間、少なくとも１０分間、少なくとも１５分間、少なくとも２０分間、少なくとも２５分間、少なくとも３０分間以上にわたり空気乾燥させうる。特定の実施形態において、対象は、試料回収の前に、それらの口腔を、清浄水によりすすぐことができる。特定の実施形態において、試料回収領域は、別個のスワブを使用して、生理食塩液により湿らせられる場合がある。特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、２５℃、２０℃、１５℃、１０℃、５℃、０℃、－５℃、－１０℃、－１５℃、－２０℃以下において保管されうる。特定の実施形態において、口腔スワブ試料は、－２０℃において、１～２週間にわたり保管されうる。特定の実施形態において、口腔試料は、スワブではなく、水及び／又は口腔洗浄液から回収されうる（Ｍｉｃｈａｌｃｚｙｋら（２００４）、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、３７（２）：２６２～２６９）。
特定の実施形態において、口腔スワブに由来する細胞試料は、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００により可溶化させうる。特定の実施形態において、タンパク質は、Ｅｓｐｉｎｏｓａ－ｄｅ Ａｑｕｉｎｏら（２０１７）に記載されているプロトコールに従い、口腔スワブ試料から単離されうる。特定の実施形態において、口腔スワブに由来する細胞試料は、ＴＲＩｚｏｌ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）など、適切な緩衝液により抽出される場合があり、核酸沈殿の後における上清は、タンパク質の抽出のために使用されうる。特定の実施形態において、タンパク質は、アセトンにより沈殿させる場合があり、タンパク質ペレットは、適切な緩衝液（例えば、２．５％グリセロールを補充した９５％エタノール中の塩酸グアニジン）中に再懸濁させる場合があり、ペレットは、超音波処理により分散させる場合があり、ペレットは、遠心分離され洗浄される場合があり、ペレットは、乾燥させる場合があり、ペレットは、適切な緩衝液（例えば、ＰＢＳ及びドデシル硫酸ナトリウム）中において可溶化させうる。特定の実施形態において、可溶化させたペレットは、１００℃において加熱され、次いで、使用のための上清を得るように遠心分離されうる。
特定の実施形態において、本開示の方法において使用される試料は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む。ＰＢＭＣは、末梢血から生じ、骨髄中に常在する造血幹細胞（ＨＳＣ）に由来する。ＰＢＭＣとは、核が球形の血液細胞であり、単球、リンパ球（Ｔ細胞、Ｂ細胞及びＮＫ細胞を含む）、樹状細胞及び幹細胞を含む、多くの種類の細胞を含みうる。ＰＢＭＣは、密度勾配遠心分離（例えば、Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ）及び／又は白血球アフェレーシス（Ｋｅｒｆｏｏｔら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ、２０１２、６（７～８）：３９４～４０２；Ｇｒｉｅｖｉｎｋら（２０１６）、Ｂｉｏｐｒｅｓｅｒｖ Ｂｉｏｂａｎｋ、１４（５）：４１０～４１５；Ｃｏｒｋｕｍら（２０１５）、ＢＭＣ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１６：４８；Ｊｉａら（２０１８）、Ｂｉｏｐｒｅｓｅｒｖ Ｂｉｏｂａｎｋ、１６（２）：８２～９１）により単離されうる。密度勾配遠心分離は、細胞の密度により、細胞を分離する。特定の実施形態において、全血液又は軟膜層は、密度媒質の上又は下において、遠心分離後に、２つの層を混合せずに層状化されうる。特定の実施形態において、ＰＢＭＣは、血漿と密度勾配媒質との界面における淡白色層であると考えられる。特定の実施形態において、Ｆｉｃｏｌｌ－Ｈｙｐａｑｕｅ及びＦｉｃｏｌｌ溶液を、採取される血液から分離するゲルプラグを含有する、Ｖａｃｕｔａｉｎｅｒ（登録商標）採血チューブが使用されうる（細胞調製チューブ（ＣＰＴ（商標）、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）；Ｐｕｌｅｏら（２０１７）、Ｂｉｏ－ｐｒｏｔｏｃｏｌ、７（２）：ｅ２１０３）。特定の実施形態において、遠心分離の前に、密度勾配媒質と試料とを混合せずに保つ挿入物を伴ってデザインされた、ＳｅｐＭａｔｅ（商標）チューブ（ＳＴＥＭＣＥＬＬ（商標）Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ、ＣＡ）も使用されうる。白血球アフェレーシス器は、ドナーから全血液を採取し、高速遠心分離を使用して、血漿、赤血球及び顆粒球を含む残りの血液部分を、ドナーへと戻しながら、標的ＰＢＭＣ画分を分離する自動式デバイスである。特定の実施形態において、単離ＰＢＭＣは、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００により可溶化させうる。
特定の実施形態において、本開示の方法において使用される試料は、白血球（ＷＢＣ）を含む。白血球としてもまた公知のＷＢＣは、免疫系の一部であり、体内を、感染症及び外来の侵入者から保護する。特定の実施形態において、ＷＢＣは、顆粒球（多形核細胞）、リンパ球（単核細胞）及び単球（単核細胞）を含む。特定の実施形態において、単核細胞又は多形核細胞の富化は、抗体コンジュゲート磁気ビーズによる、特定の細胞型の陽性選択又は陰性選択を使用しうる（Ｚｈｏｕら（２０１２）、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１９（７）：１０６５～１０７４）。特定の実施形態において、ＷＢＣは、リンパ球及び単球を含むが、顆粒球を含まない。特定の実施形態において、ＷＢＣは、塩化アンモニウムなどの溶解試薬を使用して、赤血球を溶解させる工程により単離されうる。特定の実施形態において、単核ＷＢＣは、上記において記載された通り、密度勾配遠心分離により単離されうる。特定の実施形態において、単離ＷＢＣは、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００により可溶化させうる。
（ＩＩ）Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症についてのペプチドマーカー並びに二次ペプチドマーカーである、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε及びＣＤ３δ：理論的に、標的タンパク質からのタンパク質分解により生じるペプチドは多い。これらは、モノクローナル抗体作製のための、潜在的候補物質でありうる。しかしながら、最良の潜在的候補物質ペプチドは、ＭＳ／ＭＳによるそれらの特徴のスクリーニングの後で選び出された。対応するモノクローナル抗体を開発するように、感度及び特異度が最高度であるシグネチャーペプチドが選択され、臨床試料を使用して検証された。特定の実施形態において、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイのスループットを増大させ、アッセイにより要求される費用及び時間を低減するように、マルチプレックス解析に、複数のペプチド及び抗体が組み入れられうる。
典型的に、目的のタンパク質を化学量論的に表すように、目的のタンパク質に固有であり、ＭＳ実験において一貫して観察される、１つ又は２つのプロテオタイプシグネチャーペプチドが選択される（Ｍａｌｌｉｃｋら、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ、２００７、２５：１２５～１３１）。シグネチャーペプチドは、前出のＭＳ実験における検出により選択される場合もあり、ＭＳにより観察可能である可能性が最も高いペプチドを予測するコンピュータ解析用ツールの使用により選択される場合もあり、これらの両方の組合せにより選択される場合もある。特定の実施形態において、中程度の疎水性を伴い、５～２２アミノ酸の長さのトリプシン消化ペプチドが選択されうる。極親水性ペプチド及び極疎水性ペプチドは、ＨＰＬＣにおける保持時間の変動及び表面への接触の喪失に起因して、安定性が低下しうる。特定の実施形態において、メチオニン残基（酸化）、Ｎ末端のグルタミン（環化）、アスパラギンに続くグリシン又はプロリン（脱アミド化しやすい）及び二塩基性末端（例えば、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＲＫなど、リシン又はアルギニン残基への近接は、消化効率の変動に対する潜在的可能性を有する）は、所望されない場合がある（Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ及びＰａｕｌｏｖｉｃｈ、Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ｍｅｄ．、２０１１、３１（３）：３８５～３９６）。短鎖ペプチド及びプロリン残基を含有するペプチドは、ＳＲＭのためのよりよい標的でありうる（Ｌａｎｇｅら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２００８、４：２２２）。
特定の実施形態において、ペプチドは、ＣＹＢＢ、ＳＨ２Ｄ１Ａ（ＳＡＰ）、ＰＲＦ－１、ＡＴＭ、ＣＤ１９、ＩＬ２ＲＧ、ＡＤＡ、ＤＯＣＫ８、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ又はこれらの組合せの部分を含む。特定の実施形態において、ペプチドは、図１に示された、配列番号１～１５及び２１０～２１７を含む。
特定の実施形態において、本開示の抗体の例示的ＣＤＲ配列は、表１Ａに示される。特定の実施形態において、本開示の抗体の例示的な重鎖可変（ＶＨ）ドメイン配列及び軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン配列は、表１Ｂに示される。特定の実施形態において、本開示の例示的ペプチド及び例示的抗体の配列番号は、表１Ｃに示される。
Figure 2023516733000005
Figure 2023516733000006
Figure 2023516733000007
Figure 2023516733000008
Figure 2023516733000009
（ＩＩＩ）生物学的試料中のタンパク質の、酵素による消化：ＤＢＳ中、口腔スワブに由来する細胞試料中、ＰＢＭＣ内又はＷＢＣ内のタンパク質は、ＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳによる解析の前に、免疫親和性精製により、さらに選択されうるペプチドを作製するように、タンパク質分解にかけられうる。タンパク質分解は、ペプシン、ａｒｇ－Ｃプロテイナーゼ、ａｓｐ－Ｎエンドペプチダーゼ、ＢＮＰＳ－スカトール、カスパーゼ１、カスパーゼ２、カスパーゼ３、カスパーゼ４、カスパーゼ５、カスパーゼ６、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、カスパーゼ１０、キモトリプシン、クロストリパイン（クロストリジオペプチダーゼＢ）、エンテロキナーゼ、第Ｘａ因子、グルタミルエンドペプチダーゼ、グランザイムＢ、ｌｙｓＣ、プロリン－エンドペプチダーゼ、プロテイナーゼＫ、ブドウ球菌ペプチダーゼＩ、テルモリシン、トロンビン及びトリプシンなどの部位特異的エンドプロテアーゼを使用して達せられうる。特異的に部位を切断する化学物質もまた使用されうる。酵素及び／又は化学物質の組合せは、所望の解析物を得るのに使用されうる。
特定の実施形態において、ＤＢＳ中、口腔スワブに由来する細胞試料中、ＰＢＭＣ内又はＷＢＣ内のタンパク質は、トリプシンにより、ペプチドへと消化されうる。トリプシンは、作出されるペプチドの質量は、大半の質量分析計（２０００ｍ／ｚ以下）の検出能力と適合性であり、理論的なトリプシン作出ペプチドのデータベースの作成のために、効率的アルゴリズムが利用可能であるため、Ｃ末端を、もっぱら、アルギニン残基及びリシン残基へと切断し、ペプチドを作出するのに好ましい選択でありうる。高度な切断特異性、アベイラビリティー及び低廉さは、トリプシンの他の利点である。トリプシンによるタンパク質の処理により形成されるペプチドは、トリプシン消化ペプチドとして公知である。
（ＩＶ）ペプチドマーカーを富化する抗体：抗体は、天然であれ、部分的に合成により作製されたのであれ、完全に合成により作製されたのであれ、１つ以上の免疫グロブリン遺伝子又はこれらの断片により実質的にコードされたポリペプチドリガンドを含む。抗体は、エピトープ（例えば、抗原）に、特異的に（又は選択的に）結合し、これを認識する。抗体は、免疫グロブリンの結合性ドメインと相同である、又は大部分が相同である結合性ドメインを有する、任意のタンパク質を含みうる。抗体は、モノクローナル抗体の場合もあり、ポリクローナルの場合もある。抗体は、ヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥなどのうちのいずれかを含む、任意の免疫グロブリンクラスのメンバーでありうる。認知された免疫グロブリン遺伝子は、軽鎖定常領域遺伝子である、カッパ及びラムダ、重鎖定常領域遺伝子である、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン及びミュー並びに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。抗体の「Ｆｃ」部分とは、１つ以上の重鎖定常領域ドメインである、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含むが、重鎖可変領域を含まない、免疫グロブリン重鎖の部分を指す。
無傷抗体は、ジスルフィド結合により相互接続された、少なくとも２つの重（Ｈ）鎖と、２つの軽（Ｌ）鎖とを含みうる。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書において、ＶＨ又はＶＨと略記される）と、重鎖定常領域とから構成される。重鎖定常領域は、３つのドメインである、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書において、ＶＬ又はＶＬと略記される）と、軽鎖定常領域とから構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメインである、ＣＬを含む。ＶＨ領域及びＶＬ領域は、より保存的な、フレームワーク領域（ＦＲ）と称される領域を散在させた、超可変性を有する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される領域へと、さらに細分されうる。各ＶＨ及び各ＶＬは、アミノ末端から、カルボキシ末端へと、以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４において配置された、３つのＣＤＲと、４つのＦＲとから構成される。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する、結合性ドメインを含有する。抗体の定常領域は、免疫系の多様な細胞（例えば、エフェクター細胞）、及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含む、宿主組織又は因子への、免疫グロブリンの結合を媒介しうる。
所与のＣＤＲ又はＦＲの、正確なアミノ酸配列の境界は、Ｋａｂａｔら（１９９１）「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，」、５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（Ｋａｂａｔによる番号付けスキーム）；Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉら（１９９７）、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ２７３：９２７～９４８（Ｃｈｏｔｈｉａによる番号付けスキーム）；Ｍａｃｃａｌｌｕｍら（１９９６）、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ２６２：７３２～７４５（Ｃｏｎｔａｃｔによる番号付けスキーム）；Ｍａｒｔｉｎら（１９８９）、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、８６：９２６８～９２７２（ＡｂＭによる番号付けスキーム）；Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ Ｐら（２００３）、Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２７（１）：５５～７７（ＩＭＧＴによる番号付けスキーム）並びにＨｏｎｅｇｇｅｒ及びＰｌｕｃｋｔｈｕｎ（２００１）、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ、３０９（３）：６５７～６７０（「Ａｈｏ」による番号付けスキーム）により記載されているスキームを含む、多数の周知のスキームのいずれかを使用して、たやすく決定されうる。所与のＣＤＲ又はＦＲの境界は、同定のために使用されたスキームに応じて変動しうる。例えば、Ｋａｂａｔスキームが、構造アライメントに基づくのに対し、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは、構造情報に基づく。番号付けは、Ｋａｂａｔによるスキーム及びＣｈｏｔｈｉａによるスキームのいずれについても、挿入文字、例えば、「３０アミノ酸」により調整される挿入及び一部の抗体内に現れる欠失を伴う、最も一般的な抗体領域の配列長に基づく。２つのスキームは、ある特定の挿入及び欠失（「インデル」）を、異なる位置に配置する結果として、示差的な番号付けをもたらす。Ｃｏｎｔａｃｔスキームは、複合体の結晶構造についての解析に基づき、多くの点において、Ｃｈｏｔｈｉａによる番号付けスキームと同様である。特定の実施形態において、本明細書において開示された抗体のＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔによる番号付けに従う。
抗体断片は、全長未満である、抗体の任意の誘導体又は部分を含む。特定の実施形態において、抗体断片は、全長抗体の、結合パートナーとしての特異的結合能のうちの少なくとも重要部分を保持する。抗体断片の例は、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆａｂ’－ＳＨ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、Ｆｖ断片、ｄｓＦｖ断片ダイアボディー及びＦｄ断片並びに／又は本明細書において記載されたエピトープに特異的に結合する、免疫グロブリンの、任意の生物学的に有効な断片を含む。抗体又は抗体断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、合成抗体、キメラ抗体、二特異性抗体、ミニボディー及び直鎖状抗体の全部又は一部を含む。
単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）とは、短いリンカーペプチドにより接続された、免疫グロブリンの、重鎖及び軽鎖の可変領域の融合タンパク質である。Ｆｖ断片は、抗体の単一のアームの、ＶＬドメイン及びＶＨドメインを含む。Ｆｖ断片の２つのドメインである、ＶＬ及びＶＨは、別個の遺伝子によりコードされるが、例えば、組換え法を使用して、ＶＬ領域と、ＶＨ領域とが対合して、一価分子（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ））を形成する、単一のタンパク質鎖となることを可能とする合成リンカーにより接合されうる。Ｆｖ及びｓｃＦｖに関する、さらなる情報について、例えば、Ｂｉｒｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４２（１９８８）、４２３～４２６；Ｈｕｓｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５（１９８８）、５８７９～５８８３；Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ、「Ｔｈｅ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」、１１３巻、Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ及びＭｏｏｒｅ（編）、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９４）、２６９～３１５；ＷＯ１９９３／１６１８５；米国特許第５，５７１，８９４号並びに米国特許第５，５８７，４５８号を参照されたい。
Ｆａｂ断片とは、ＶＬドメイン、ＶＨドメイン、ＣＬドメイン及びＣＨ１ドメインを含む一価抗体断片である。Ｆ（ａｂ’）２断片とは、ヒンジ領域において、ジスルフィド架橋により連結された、２つのＦａｂ断片を含む、二価断片である。インビボにおける半減期を延長した、Ｆａｂ断片及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照されたい。ダイアボディーは、二価でありうる、２つのエピトープ結合性部位を含む。例えば、ＥＰ０４０４０９７；ＷＯ１９９３／０１１６１及びＨｏｌｌｉｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９０（１９９３）、６４４４～６４４８を参照されたい。二重親和性再標的化抗体（ＤＡＲＴ（商標）；ダイアボディーフォーマットに基づくが、さらなる安定性のために、Ｃ末端のジスルフィド架橋を特徴とする（Ｍｏｏｒｅら、Ｂｌｏｏｄ、１１７、４５４２～５１（２０１１）））もまた、使用されうる。抗体断片はまた、単離ＣＤＲも含みうる。抗体断片の総説について、Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．、９（２００３）、１２９～１３４を参照されたい。
抗体断片は、任意の手段により作製されうる。例えば、抗体断片は、無傷抗体の断片化により、酵素的に、又は化学的に作製される場合もあり、部分的抗体配列をコードする遺伝子から、組換えにより作製される場合もある。代替的に、抗体断片は、完全に、又は部分的に合成により作製される場合もある。抗体断片は、単鎖抗体断片を含みうる。別の実施形態において、断片は、例えば、ジスルフィド連結により、一体に連結された、複数の鎖を含みうる。断片はまた、多分子複合体も含みうる。機能的抗体断片は、典型的に、少なくとも５０アミノ酸を含む場合があり、より典型的に、少なくとも２００アミノ酸を含む。
特定の実施形態において、組換え免疫グロブリンが作製されうる。Ｃａｂｉｌｌｙ、ＵＳ４，８１６，５６７及びＱｕｅｅｎら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、８６：１００２９～１００３３（１９８９）を参照されたい。
指し示される通り、特定の実施形態において、操作抗体又は抗原結合性断片の結合性ドメインは、リンカーを介して接合されうる。リンカーとは、操作抗体又は抗原結合性断片の結合性ドメインの間において、可撓性及びコンフォメーション運動の余地をもたらしうるアミノ酸配列である。任意の適切なリンカーが使用されうる。リンカーの例は、Ｃｈｅｎら、Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．、２０１３年１０月１５日、６５（１０）：１３５７～１３６９において見出されうる。リンカーは、標的への、所望の機能的なドメインの提示に応じて、可撓性の場合もあり、非可撓性の場合もあり、半可撓性の場合もある。一般に使用される可撓性リンカーは、ＧＧＳＧＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号１５４）、ＧＧＳＧＧＧＳＧＳＧ（配列番号１５５）及びＧＧＳＧＧＧＳＧ（配列番号１５６）などのＧｌｙ－Ｓｅｒリンカーを含む。さらなる例は、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１５７）；ＧＧＧＳＧＧＧＳ（配列番号１５８）及びＧＧＳＧＧＳ（配列番号１５９）を含む。ＣＨ３単独又はＣＨ２ＣＨ３配列など、１つ以上の抗体ヒンジ領域及び／又は免疫グロブリン重鎖定常領域を含むリンカーもまた使用されうる。
一部の状況において、可撓性リンカーは、特定の使用に必要とされる、結合性ドメインの距離又は配置を維持することができない。これらの場合、非可撓性又は半可撓性リンカーは、有用でありうる。非可撓性リンカー又は半可撓性リンカーの例は、プロリンリッチリンカーを含む。特定の実施形態において、プロリンリッチリンカーとは、偶然だけに基づき期待されるより多くのプロリン残基を有するペプチド配列である。特定の実施形態において、プロリンリッチリンカーとは、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４８％、少なくとも５０％又は少なくとも５１％のプロリン残基を有するリンカーである。プロリンリッチリンカーの特定の例は、プロリンリッチ唾液タンパク質（ＰＲＰ）の断片を含む。
当業者により、抗体は、様々な翻訳後修飾を受ける場合があることもまた理解される。これらの修飾の種類及び程度は、しばしば、抗体を発現させるのに使用される宿主細胞系のほか、培養条件に依存する。このような修飾は、グリコシル化の変動、メチオニン酸化、ジケトピペラジンの形成、アスパラギン酸の異性体化及びアスパラギンの脱アミド化を含みうる。
モノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得られた抗体を含む、すなわち、モノクローナル抗体の作製時に発生しうる、可能な変異体であって、一般に、少量で存在する、このような変異体を除き、集団を構成する個々の抗体は、同一であり、かつ／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対して方向付けられた、異なる抗体を典型的に含む、ポリクローナル抗体調製物と対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して方向付けられている。この種の抗体は、単一の抗体産生ハイブリドーマの娘細胞により産生される。モノクローナル抗体は、典型的に、それが結合する、いかなるエピトープに対しても、単一の結合親和性を提示する。
「モノクローナル」という修飾語は、均一の抗体集団から得られた抗体の性格を指し示し、任意の特定の方法による抗体の作製を要求するとは考えられない。モノクローナル抗体は、１つの種類の抗原だけを認識する。本明細書におけるモノクローナル抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の部分が、特定の種に由来する、又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体内の、対応する配列と同一である、又はこれらと相同であるのに対し、鎖の残りの部分は、別の種に由来する、又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体内の、対応する配列並びにこのような抗体の断片と同一である、又はこれらと相同である、「キメラ」抗体（免疫グロブリン）を含む。当技術分野において、抗体を作製するための技法が周知であり、例えば、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、１９８８；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、「Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」 Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、１９９９；Ｔｉｃｋｌｅら、ＪＡＬＡ：Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｕｔｏｍａｔｉｏｎ、２００９、１４（５）：３０３～３０７；Ｂａｂｃｏｏｋら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９６、９３：７８４３～７８４８並びにＵＳ５，６２７，０５２において記載されている。
特定の実施形態において、「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の、単一の結合性部位と、その結合パートナー（例えば、抗原）との、非共有結合的相互作用の総計の強度を指す。そうでないことが指し示されない限りにおいて、本明細書において使用された、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体及びペプチド）の間の、１：１の相互作用を反映する、内因性の結合親和性を指す。分子Ｘの、そのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（ＫＤ）又は会合定数（ＫＡ）により表されうる。親和性は、当技術分野で公知の、一般的な方法により測定されうる。
特定の実施形態において、「～に結合する」とは、抗体の結合性ドメインが、その標的ペプチドと、１０－８Ｍ以下、特定の実施形態において、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ、特定の実施形態において、１０－５Ｍ～１０－１０Ｍ、特定の実施形態において、１０－５Ｍ～１０－７Ｍ、特定の実施形態において、１０－８Ｍ～１０－１３Ｍ又は、特定の実施形態において、１０－９Ｍ～１０－１３Ｍの解離定数（ＫＤ）により会合することを意味する。用語はさらに、結合性ドメインが、存在する、他の生体分子に結合しない（例えば、他の生体分子に、１０－４Ｍ以上、特定の実施形態において、１０－４Ｍ～１Ｍの解離定数（ＫＤ）により結合する）ことを指し示すのにも使用されうる。
特定の実施形態において、「～に結合する」とは、抗体の結合性ドメインが、その標的ペプチドと、１０７Ｍ－１以上、特定の実施形態において、１０５Ｍ－１～１０１３Ｍ－１、特定の実施形態において、１０５Ｍ－１～１０１０Ｍ－１、特定の実施形態において、１０５Ｍ－１～１０８Ｍ－１、特定の実施形態において、１０７Ｍ－１～１０１３Ｍ－１又は、特定の実施形態において、１０７Ｍ－１～１０８Ｍ－１の親和性定数（すなわち、会合定数であるＫＡ）により会合することを意味する。用語はさらに、結合性ドメインが、存在する、他の生体分子に結合しない（例えば、他の生体分子に、１０４Ｍ－１以下、特定の実施形態において、１０４Ｍ－１～１Ｍ－１の会合定数（ＫＡ）により結合する）ことを指し示すのにも使用されうる。
本開示の抗体は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、毛細血管拡張性運動失調症、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症の診断及び二次ペプチドマーカーである、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε及びＣＤ３δの評価のために、ＳＲＭアッセイにおいて検出される本明細書において記載されているペプチドの、免疫親和性富化のために使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３ε及びＣＤ３δは、ＳＣＩＤを診断するための一次マーカーとして使用されうる。高親和性抗体についての、特定の実施形態は、抗ＣＹＢＢ１３１、抗ＣＹＢＢ５０９、抗ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、抗ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０、抗ＰＲＦ２１５、抗ＰＲＦ４４１、抗ＡＴＭ７９８、抗ＡＴＭ１５４４、抗ＡＴＭ１５６１、抗ＣＤ１９ ４１、抗ＣＤ１９ ５５、抗ＣＤ１９ ２１０、抗ＣＤ１９ ５０５、抗ＩＬ２ＲＧ２９５、抗ＩＬ２ＲＧ３１６、抗ＡＤＡ９３、抗Ｄｏｃｋ８ １２７２、抗ＣＤ４２ １２８、抗ＣＤ４２ １５４、抗ＣＤ５６ １２２、抗ＣＤ３ε７４、抗ＣＤ３δ２４及び抗ＣＤ３δ１３３を含む。
特定の実施形態において、例示的抗体は、表１Ａ～１Ｃ及び図１１に提示された配列番号の、ＶＨ ＣＤＲ、重鎖、ＶＨドメイン、ＬＨ ＣＤＲ、軽鎖及びＶＬドメインを含む。
特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダー配列を伴う、重鎖コード配列又は軽鎖コード配列を含む。特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダー配列を伴う、重鎖可変ドメインコード配列又は軽鎖可変ドメインコード配列を含む。特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダーペプチドを伴う、重鎖アミノ酸配列又は軽鎖アミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダーペプチドを伴わない、重鎖アミノ酸配列又は軽鎖アミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダーペプチドを伴う、重鎖可変ドメインアミノ酸配列又は軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、例示的抗体は、リーダーペプチドを伴わない、重鎖可変ドメインアミノ酸配列又は軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。
（Ｖ）変異体：本明細書において開示され、言及される配列の変異体もまた含まれる。機能的変異体は、タンパク質の生理学的効果に実質的に影響を与えない、１つ以上の残基の付加又は置換を含む。機能的断片は、タンパク質の生理学的効果に実質的に影響を与えない、１つ以上の欠失又は切断を含む。実質的な影響の欠如は、結合研究において、同等な結果を、実験により観察することにより確認されうる。結合性ドメインの機能的変異体及び機能的断片は、それらのコグネイト抗原又はリガンドに、野生型参照と同等なレベルにおいて結合する。
どのアミノ酸残基が、生物学的活性を消失させずに置換されうるのか、挿入されうるのか、又は欠失されうるのかを決定する指針は、ＤＮＡＳＴＡＲ（商標）（Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）ソフトウェアなど、当技術分野において周知のコンピュータプログラムを使用して見出されうる。好ましくは、本明細書において開示されたタンパク質変異体内のアミノ酸変化は、保存的アミノ酸変化、すなわち、同様な帯電アミノ酸又は非帯電アミノ酸の置換である。保存的アミノ酸変化は、それらの側鎖において類縁のアミノ酸のファミリーの１つの置換を伴う。
ペプチド又はタンパク質において、当業者には、アミノ酸の適切な保存的置換が公知であり、一般に、結果として得られる分子の生物学的活性を変更せずになされる。当業者は、一般に、ポリペプチドの非必須領域における、単一のアミノ酸置換は、生物学的活性を、実質的に変更しないことを認識する（例えば、Ｗａｔｓｏｎら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ」、４版、１９８７、Ｔｈｅ Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ Ｐｕｂ．Ｃｏ．、２２４頁を参照されたい）。自然発生のアミノ酸は一般に、以下の保存的置換ファミリー：群１：アラニン（Ａｌａ）、グリシン（Ｇｌｙ）、セリン（Ｓｅｒ）及びトレオニン（Ｔｈｒ）；群２：（酸性）：アスパラギン酸（Ａｓｐ）及びグルタミン酸（Ｇｌｕ）；群３：（酸性；極性残基、負帯電残基及びこれらのアミドとしてもまた分類される）：アスパラギン（Ａｓｎ）、グルタミン（Ｇｌｎ）、Ａｓｐ及びＧｌｕ；群４：Ｇｌｎ及びＡｓｎ；群５：（塩基性；極性残基、正帯電残基としてもまた分類される）：アルギニン（Ａｒｇ）、リシン（Ｌｙｓ）及びヒスチジン（Ｈｉｓ）；群６（大型脂肪族、非極性残基）：イソロイシン（Ｉｌｅ）、ロイシン（Ｌｅｕ）、メチオニン（Ｍｅｔ）、バリン（Ｖａｌ）及びシステイン（Ｃｙｓ）；群７（非帯電極性）：チロシン（Ｔｙｒ）、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ及びＴｈｒ；群８（大型芳香族残基）：フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、トリプトファン（Ｔｒｐ）及びＴｙｒ；群９（非極性）：プロリン（Ｐｒｏ）、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ及びＴｒｐ；群１１（脂肪族）：Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ及びＩｌｅ；群１０（小型脂肪族、非極性又は微弱極性残基）：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ及びＧｌｙ並びに群１２（硫黄含有）：Ｍｅｔ及びＣｙｓへと分けられる。さらなる情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ（１９８４）、「Ｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙにおいて見出されうる。
このような変化を施す場合、アミノ酸の疎水性指数が検討されうる。当技術分野において、相互作用性生物学的機能の、タンパク質への付与における、アミノ酸の疎水性指数の重要性は、一般に理解されている（Ｋｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、１９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、１５７（１）、１０５～３２）。各アミノ酸は、その疎水性特徴及び電荷特徴に基づき、疎水性指数が割り当てられている（Ｋｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、１９８２）。これらの値は、Ｉｌｅ（＋４．５）；Ｖａｌ（＋４．２）；Ｌｅｕ（＋３．８）；Ｐｈｅ（＋２．８）；Ｃｙｓ（＋２．５）；Ｍｅｔ（＋１．９）；Ａｌａ（＋１．８）；Ｇｌｙ（－０．４）；Ｔｈｒ（－０．７）；Ｓｅｒ（－０．８）；Ｔｒｐ（－０．９）；Ｔｙｒ（－１．３）；Ｐｒｏ（－１．６）；Ｈｉｓ（－３．２）；グルタミン酸（－３．５）；Ｇｌｎ（－３．５）；アスパラギン酸（－３．５）；Ａｓｎ（－３．５）；Ｌｙｓ（－３．９）及びＡｒｇ（－４．５）である。
ある特定のアミノ酸は、同様の疎水性指数又は疎水性スコアを有する、他のアミノ酸により置換され、なおかつ、同様の生物学的活性を有するタンパク質を結果としてもたらしうる、すなわち、生物学的、機能的に同等なタンパク質を得うることが当技術分野において公知である。このような変化を施す場合、それらの疎水性値が±２以内のアミノ酸置換が好ましく、それらの疎水性値が±１以内の置換が、特に好ましく、それらの疎水性値が±０．５以内の置換が、なおより特に好ましい。類似のアミノ酸による置換が、親水性に基づき、効果的になされうることもまた当技術分野において理解される。
米国特許第４，５５４，１０１号において詳述されている通り、以下の親水性値：Ａｒｇ（＋３．０）；Ｌｙｓ（＋３．０）；アスパラギン酸（＋３．０±１）；グルタミン酸（＋３．０±１）；Ｓｅｒ（＋０．３）；Ａｓｎ（＋０．２）；Ｇｌｎ（＋０．２）；Ｇｌｙ（０）；Ｔｈｒ（－０．４）；Ｐｒｏ（－０．５±１）；Ａｌａ（－０．５）；Ｈｉｓ（－０．５）；Ｃｙｓ（－１．０）；Ｍｅｔ（－１．３）；Ｖａｌ（－１．５）；Ｌｅｕ（－１．８）；Ｉｌｅ（－１．８）；Ｔｙｒ（－２．３）；Ｐｈｅ（－２．５）；Ｔｒｐ（－３．４）が、アミノ酸残基へと割り当てられている。アミノ酸は、同様の親水性値を有する別のアミノ酸により置換され、なおかつ、生物学的に同等であり、特に、免疫学的に同等なタンパク質を得うることが理解される。このような変化において、それらの親水性値が±２以内のアミノ酸置換が好ましく、それらの親水性値が±１以内の置換が、特に好ましく、それらの親水性値が±０．５以内の置換が、なおより特に好ましい。
上記において概括された通り、アミノ酸置換は、アミノ酸側鎖置換基の相対的類似性、例えば、それらの疎水性、親水性、電荷、サイズなどに基づきうる。
特定の実施形態において、結合性ドメインのＶＨ領域は、公知の抗体又は本明細書において開示された抗体のＶＨに由来しうる、又はこれらに基づく場合があり、任意選択的に、公知の抗体又は本明細書において開示された抗体のＶＨと比較された場合に、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）挿入、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）欠失、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換又は非保存的アミノ酸置換）又は上記において言及された変化の組合せを含有しうる。挿入、欠失又は置換は、各ＣＤＲが、変化を含まない、又は１つ、２つ若しくは３つ以下の変化を含み、修飾ＶＨ領域を含有する結合性ドメインが、その標的に、野生型の結合性ドメインと同様の親和性により、特異的に結合しうることを条件として、この領域の、アミノ末端若しくはカルボキシ末端又は両末端を含む、ＶＨ領域内のいずれかの位置に存在しうる。
特定の実施形態において、結合性ドメイン内のＶＬ領域は、公知の抗体又は本明細書において開示された抗体のＶＬに由来する、又はこれらに基づき、任意選択的に、公知の抗体又は本明細書において開示された抗体のＶＬと比較された場合に、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）挿入、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）欠失、１つ以上の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０の）アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）又は上記において言及された変化の組合せを含有する。挿入、欠失又は置換は、各ＣＤＲが、変化を含まない、又は１つ、２つ若しくは３つ以下の変化を含み、修飾ＶＬ領域を含有する結合性ドメインが、その標的に、野生型の結合性ドメインと同様の親和性により、特異的に結合しうることを条件として、この領域の、アミノ末端若しくはカルボキシ末端又は両末端を含む、ＶＬ領域内のいずれかの位置に存在しうる。
別の箇所において指し示された通り、遺伝子配列の変異体は、コードされる産物の機能に、統計学的に有意な程度において影響を及ぼさない、コドン最適化変異体、配列多型、スプライス変異体及び／又は突然変異を含みうる。
タンパク質配列、核酸配列及び遺伝子配列の変異体はまた、本明細書において開示されたタンパク質配列、核酸配列及び遺伝子配列に対する、少なくとも７０％の配列同一性、８０％の配列同一性、８５％の配列同一性、９０％の配列同一性、９５％の配列同一性、９６％の配列同一性、９７％の配列同一性、９８％の配列同一性又は９９％の配列同一性を有する配列も含む。
「配列同一性％」とは、配列を比較することにより決定された、２つ以上の配列の間の関係を指す。当技術分野において、「同一性」とはまた、このような配列の連なりの間のマッチにより決定された、タンパク質配列、核酸配列又は遺伝子配列の間の配列類縁性の程度も意味する。「同一性」（「類似性」と称されることが多い）は、「Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．編）、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ（１９８８）；「Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ」（Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．編）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ（１９９４）；「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ」、Ｉ部（Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．及びＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．編）、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、ＮＪ（１９９４）；「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ｖｏｎ Ｈｅｉｊｎｅ，Ｇ．編）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（１９８７）及び「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ」（Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．及びＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．編）、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ（１９９２）において記載された方法を含む（がこれらに限定されない）、公知の方法により、たやすく計算されうる。同一性を決定する、好ましい方法は、被験配列の間の最も良好なマッチをもたらすようにデザインされる。同一性及び類似性を決定する方法は、一般に入手可能なコンピュータプログラムにおいてコード化されている。配列アライメント及び同一性パーセントの計算は、ＬＡＳＥＲＧＥＮＥバイオインフォマティクス計算スイート（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）の、Ｍｅｇａｌｉｇｎプログラムを使用して実施されうる。配列の多重アライメントもまた、Ｃｌｕｓｔａｌアライメント法（Ｈｉｇｇｉｎｓ及びＳｈａｒｐ、ＣＡＢＩＯＳ、５、１５１～１５３（１９８９））を、デフォルトのパラメータ（ギャップペナルティー＝１０、ギャップ長ペナルティー＝１０）により使用して実施されうる。関与性のプログラムはまた、ＧＣＧプログラムスイート（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｐａｃｋａｇｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ９．０、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）；ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２１５：４０３～４１０（１９９０））；ＤＮＡＳＴＡＲ（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）及びＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎによるアルゴリズムを組み込む、ＦＡＳＴＡプログラム（Ｐｅａｒｓｏｎ、「Ｃｏｍｐｕｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．」、［Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ．Ｓｙｍｐ．］（１９９４）、会合日：１９９２年１月１１～２０日、編者：Ｓｕｈａｉ，Ｓａｎｄｏｒ、出版元：Ｐｌｅｎｕｍ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．）も含む。本開示の文脈において、解析のために、配列解析ソフトウェアが使用される場合、解析の結果は、参照されたプログラムの「デフォルト値」に基づくことが理解される。本明細書において使用された、「デフォルト値」とは、最初に初期化されたときに、ソフトウェアにより元からロードされていた、値又はパラメータの任意のセットを意味する。
（ＶＩ）ペプチドの富化戦略：ＳＲＭの前における、所望のペプチド標的の富化は、当技術分野で公知の任意の手段により達せられうる。試料からの、夥多タンパク質分子種の、免疫吸着ベースの枯渇、沈殿、クロマトグラフィー、電気泳動、溶媒分配、免疫沈殿、免疫電気泳動及びイムノクロマトグラフィーを含む、多数の富化手順が利用可能である。特定の実施形態において、試料の消化物からの、個別のトリプシン消化ペプチドの、特異的抗体ベースの捕捉のために、ＳＩＳＣＡＰＡ法が使用されうる（Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００４、３：２３５～２４４；ＵＳ７，６３２，６８６）。
特定の実施形態において、本明細書において開示された抗体など、ペプチドマーカーに結合する抗体は、固体支持体に付着しうる。特定の実施形態は、抗体が、クロマトグラフィー媒質へと、共有結合的にカップリングした親和性カラムを使用する。特定の実施形態において、ＳＩＳＣＡＰＡ富化において、ＰＯＲＯＳ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）ナノカラムが使用され、高度な結合能を特徴とし、比較的高濃度の抗体が、標的ペプチドの迅速な富化、及び様々な官能基を有するカラムを調製する能力を可能とする。代替的に、抗体は、ビーズ、磁気ビーズ又は他の固体粒子に付着しうる。１つの付着手段は、ビーズにコーティングされたタンパク質への、抗体のコンジュゲーションである。例えば、プロテインＧコーティング粒子は、好ましい配向性において、抗体の結合をもたらす。抗体による、ビーズの、直接的なコーティングなど、他の付着手段が使用されうる。磁性粒子は、抗体へのカップリングを可能とする、広範にわたる化学反応において利用可能である。粒子に付着した抗体による富化は、並行した試料の処理を可能としうる。質量分析による解析のための、プレート内の溶離を伴う、ＳＩＳＣＡＰＡ富化ステップのための、９６ウェルプレート内の磁性粒子の処理は、自動化されている。他の特定の実施形態は、ナノフロークロマトグラフィーシステムと接続されて、ビーズ操作ステップを実施するために開発された、新規のビーズトラップデバイス（Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２００９、８（５）：９９５～１００５）を使用する。これは、溶離ステップと解析ステップとの間に、容器に付着したペプチドの喪失を最小化する。ペプチドの富化はまた、ピペット先端部に、抗ペプチド抗体を固定化することによっても実施されうる（Ｎｅｌｓｏｎら、Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．、１９９５、６７（７）：１１５３～１１５８）。抗体に結合したペプチドの、遊離ペプチドからの分離の後、結合したペプチドは、溶離されうる。任意の溶離手段が使用されうる。効率的であることが見出されている、１つの溶離手段は、５％酢酸／３％アセトニトリルである。特定のペプチドに効率的な、他の酸及び他の濃度の酢酸を含む、他の溶離手段も使用されうる。
（ＶＩＩ）液体クロマトグラフィー（ＬＣ）：特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳの前に、１つ以上のＬＣ精製ステップが実施される。富化されたペプチドの混合物（移動相）は、カラムの移動相及び定常相に対する、それらの重量及び親和性に基づき、ペプチドを分離するように、材料（定常相）を充填されたカラムを流過しうる。従来のＬＣ解析は、試料成分と、カラム充填材料との化学的相互作用に依拠し、カラムを通る試料の層流が、目的の解析物の、被検試料からの分離のベースである。当業者は、このようなカラム内の分離は、拡散工程であることを理解する。様々なカラム充填材料が、クロマトグラフィーによる試料の分離に利用可能であり、適切な分離プロトコールの選択は、試料の特徴、目的の解析物、存在する干渉物質及びそれらの特徴などに依存する、経験的工程である。必要（例えば、精製される化合物の構造、極性及び可溶性）に応じて、多様な充填物化学反応が使用されうる。特定の実施形態において、カラムは、極性、イオン交換（カチオン及びアニオンの両方）、疎水性相互作用、フェニル、Ｃ－２カラム、Ｃ－８カラム、Ｃ－１８カラム、多孔性ポリマー上の極性コーティング又は市販されている他のカラムである。クロマトグラフィー時に、材料の分離は、溶離剤（また、「移動相」としても公知である）の選択、勾配溶離の選択及び勾配条件、温度などの選択などの変数の影響を受ける。特定の実施形態において、解析物は、目的の解析物は、カラム充填材料により、可逆的に保持されるが、１つ以上の他の材料は保持されない条件下において、試料を、カラムへと適用することにより精製されうる。これらの実施形態において、目的の解析物が、カラムにより保持される、第１の移動相条件が援用され、この後、保持されなかった材料が洗い流されたら、保持された材料を、カラムから除去するように、第２の移動相条件が援用されうる。代替的に、解析物は、試料を、目的の解析物が、１つ以上の他の材料と比較して、示差的速度において溶離される移動相条件下において、カラムへと適用することにより精製されうる。上記において論じられた通り、このような手順は、１つ以上の目的の解析物の量を、試料の、１つ以上の他の成分と比べて富化しうる。特定の実施形態において、ＬＣは、マイクロフローＬＣ（ｍｉｃｒｏＬＣ）である。マイクロフローＬＣにおいて、クロマトグラフィーによる分離は、１分間当たり低値マイクロリットル範囲の流量を使用して実施される。特定の実施形態において、ＬＣは、ナノフローＬＣ（ｎａｎｏＬＣ）である。ナノフローＬＣ（ｎａｎｏＬＣ）において、クロマトグラフィーによる分離は、１分間当たり３００ナノリットルの流量を使用して実施される。流速の緩徐化は、この種のクロマトグラフィーによりもたらされる、大きな濃度効率に起因する、高解析感度を結果としてもたらす（Ｃｕｔｉｌｌａｓ、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ、２００５、１：６５～７１）。
（ＶＩＩＩ）質量分析（ＭＳ）：質量分析計は、気相イオンの質量対電荷（ｍ／ｚ）比へと変換されうるパラメータを測定する、気相イオン分光計を含む。質量分析とは、気相イオンを検出する、質量分析計の使用を指す。質量分析計は、一般に、イオン供給源及び質量分析計を含む。質量分析計の例は、飛行時間（ＴＯＦ）、磁気セクター、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクター分析計及びこれらのハイブリッド装置である。レーザー脱着質量分析計は、解析物を脱着し、蒸発させ、イオン化する手段として、レーザーエネルギーを使用する質量分析計を含む。タンデム質量分析計は、２つの連続段階にわたり、イオン混合物中のイオンを含むイオンの、ｍ／ｚベースの弁別又は測定を実施することが可能な、任意の質量分析計を含む。タンデム質量分析計という語句は、２つの連続段階にわたり、ｍ／ｚベースの、イオンの弁別又は測定を、空間的タンデムにおいて実施することが可能な、２つの質量分析計を有する質量分析計を含む。タンデム質量分析計という語句は、２つの連続段階にわたり、ｍ／ｚベースの、イオンの弁別又は測定を、時間的タンデムにおいて実施することが可能な、単一の質量分析計を有する質量分析計をさらに含む。したがって、タンデム質量分析計という語句は、Ｑｑ－ＴＯＦ質量分析計、イオントラップ質量分析計、イオントラップ－ＴＯＦ質量分析計、ＴＯＦ－ＴＯＦ質量分析計、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計、静電セクター－磁気セクター質量分析計、トリプル四重極質量分析計及びこれらの組合せを明示的に含む。
質量分析におけるイオン化は、試料中の解析物がイオン化される工程を含む。このような解析物は、さらなる解析に使用される、帯電分子となりうる。例えば、試料のイオン化は、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）、レーザースプレーイオン化（ＬＳＩ）大気圧化学イオン化（ＡＰＣＩ）、光イオン化、電子イオン化、高速原子衝撃法（ＦＡＢ）／液体二次イオン化（ＬＳＩＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱着イオン化（ＭＡＬＤＩ）、電界イオン化、電界脱着、サーモスプレー／プラズマスプレーイオン化及び粒子ビームイオン化により実施されうる。当業者は、イオン化法の選択が、測定される解析物、試料の種類、検出器の種類、ネガティブモードと対比されるポジティブモードの選択などに基づき決定されうることを理解する。
質量分析計は、イオン化塊を採取し、ｍ／ｚ比に基づき、それらを分離し、それらを、イオン化塊が検出され、その後、デジタル出力へと変換される、検出器へと出力する質量分析計の構成要素を含む。ｍ／ｚ比を決定するために適する質量分析計は、四重極質量分析計、飛行時間（ＴＯＦ）質量分析計、磁気又は静電セクター質量分析計及びイオントラップ（例えば、イオンサイクロトロン共鳴）質量分析計を含む。
選択反応モニタリング（ＳＲＭ）－ＭＳアッセイは、所与の目的のタンパク質についての、所定のペプチドセットをターゲティングする。ＳＲＭとは、親イオン又は前駆体イオンである、特定の質量のイオンが、タンデム質量分析の第１段階において選択され、前駆体イオンに対するフラグメンテーション反応のイオン生成物が、検出のための、質量分析の第２段階において選択される、タンデム質量分析モードである。選択された前駆体イオン及びフラグメントイオンと関連するｍ／ｚ値の特異的対は、トランジションと称される。各シグネチャーペプチドについて、最適のシグナル強度をもたらし、標的ペプチドを、試料中に存在する他の分子種から弁別するフラグメントイオンが同定される。トランジションの最適化は、効果的なＳＲＭアッセイに寄与する。、いくつかのこのようなトランジション（前駆体イオン／フラグメントイオンの対）が、時間経過にわたりモニタリングされるが、これは、特異的トランジションについての保持時間及びシグナル強度を座標として伴う、クロマトグラフィートレースのセットをもたらす。シグネチャーペプチドについてのＳＲＭ－ＭＳ解析は、一般に、シグネチャーペプチドのｍ／ｚに対応する前駆体イオンを選択的に単離し、ペプチド特異的フラグメントイオンについて選択的にモニタリングする能力を伴う装置である、トリプル四重極質量分析計（ＱＱＱ－ＭＳ）上において実施される。ＳＲＭ解析において、特異性は、複数の質量分析計（質量フィルター）に依存する。第１の四重極は、所望の親イオン又は前駆体イオンを選択するものとする。第３の四重極は、（１つ以上の）フラグメントイオンについてモニタリングするものとする。フラグメントイオンは、第２の四重極内において衝突により誘導される解離を介して発生する。共溶離されたバックグラウンドイオンは、極めて効果的に除外されるので、２つのレベルにわたる質量選択は、高度な選択性を可能とする。試料中の全ての解析物について走査する、従来型のタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）実験と異なり、ＳＲＭ解析は、特定の解析物を、選択的にターゲティングする（フィルターをかける）が、これは、従来型の「フルスキャン」法と比較した、１又は２桁の感度の増大へと変換される。加えて、ＳＲＭは、５桁以下の広範なダイナミックレンジにわたり、直線性の応答をもたらす。これは、高度な複合混合物中の、低存在度のタンパク質の検出を可能とする。したがって、ＳＲＭとは、バックグラウンド干渉が低度な、高度に特異的な検出／モニタリング法である。複数の親イオンが、単一のＭＳ試行においてモニタリングされる場合、この種の解析は、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）として公知である。ＭＲＭ解析を使用すると、複数のタンパク質及び複数のタンパク質領域（シグネチャーペプチド）は、単一の質量分析試行においてモニタリングされうる。選択反応モニタリング／多重反応モニタリング質量分析（ＳＲＭ／ＭＲＭ－ＭＳ）は、例えば、ＵＳ８，３８３，４１７、ＷＯ２０１３／１０６６０３及びＵＳ２０１３／１０５６８４において記載されている。
特定の実施形態において、以下のパラメータ：（１）所与のタンパク質のトリプシン消化ペプチドの富化；（２）ＬＣカラム上における、ペプチドの保持時間（ＲＴ）；（３）ペプチド前駆体イオンのｍ／ｚ値；（４）前駆体イオンをイオン化するのに使用された、デクラスタリング電位；（５）ペプチド前駆体イオンから発生したフラグメントイオンのｍ／ｚ値及び（６）特定のペプチドのために最適化されたペプチド前駆体イオンをフラグメント化するのに使用された衝突エネルギー（ＣＥ）は、タンパク質についてのＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳアッセイを、特定のＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳシステム下において指定するのに使用されうる。ＲＴは、解析物の注入と溶離との間において経過した時間を含む。デクラスタリング電位（ＤＰ）は、イオンクラスターを溶解させ、解離する電位を含む。ＤＰはまた、製造元により、「フラグメンター電圧」又は「イオントランスファーキャピラリーオフセット電圧」としても公知である。衝突エネルギー（ＣＥ）は、コリジョンセルへと加速化されるときに、前駆体イオンが受けるエネルギーの量を含む。
本明細書において開示された方法による、ペプチドの正確な定量を容易とするために、目的のペプチドの同位体標識化合成形のセットが、内部標準物質としての使用のために、既知量において、試料へと添加されうる。同位体標識化ペプチドは、対応するサロゲートペプチドと同一な物理的特性及び化学的特性を有するので、クロマトグラフィーカラムから共溶離され、結果として得られる質量スペクトル上において、容易に同定可能である（Ｇｅｒｂｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｓｓｏ．Ｓｃｉ．、２００３、１００：６９４０～６９４５；Ｋｉｒｋｐａｔｒｉｃｋら、Ｍｅｔｈｏｄｓ、２００５、３５：２６５～２７３）。所与のペプチド内のアミノ酸が標識化されうる同位体は、１３Ｃ、２Ｈ、１５Ｎ、１７Ｏ、１８Ｏ及び３４Ｓを含む。特定の実施形態において、ペプチドは、標識化重同位体である１３Ｃ及び／又は１５Ｎである。標識化標準物質の添加は、タンパク質分解性消化の前になされる場合もあり、この後になされる場合もある。特定の実施形態において、標識化内部標準ペプチドは、タンパク質分解性消化の後に添加される。当業者には、同位体標識化ペプチドを合成する方法が公知である。したがって、特定の実施形態において、被験試料は、内部標準ペプチドを含有する。特定の実施形態において、内部標準ペプチドは、参照シグネチャーペプチドを含む。特定の実施形態において、シグネチャーペプチド濃度は、（ｉ）シグネチャーペプチドのピーク面積の、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳアッセイから得られる、その対応する参照シグネチャーペプチドのピーク面積との比較から計算された比と、（ｉｉ）参照シグネチャーペプチドの既知の濃度とを組み合わせることにより決定されうる。参照標準物質として選択され、定量に適するペプチドは、場合によって、クォントタイプペプチド（Ｑペプチド）と称される。Ｑペプチドは、プロテオタイプペプチドの特徴の全てを含むが、また、アーチファクトの修飾及び／又は不完全な切断を根絶するように、参照ペプチドを構成しうる残基に対して制限も設ける（Ｈｏｌｍａｎら、Ｂｉｏａｎａｌｙｓｉｓ、２０１２、４（１４）：１７６３～１７８６）。
１つ以上の所与のタンパク質の絶対定量レベルは、１つの生物学的試料中の所与のタンパク質に由来する、個々のペプチドのＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピーク面積が、「スパイクされた」既知量の内部標準物質のＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピーク面積と比較される、ＳＲＭ／ＭＲＭ法により決定されうる。特定の実施形態において、内部標準物質は、１つ以上の重同位体により標識化された、１つ以上のアミノ酸残基を含有する、同じ正確なペプチドの合成形である。このような同位体標識化内部標準物質は、質量分析が、天然のペプチドシグネチャーピークと異なり、顕著に異なり、比較ピークとして使用されうる、予測可能であり、一貫した、ＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピークを生成するように合成される。したがって、内部標準物質が、既知量において、生物学的試料由来のタンパク質調製物へとスパイクされ、質量分析により解析される場合、天然ペプチドのシグネチャーピーク面積は、内部標準ペプチドのシグネチャーピーク面積と比較され、この数値的比較は、生物学的試料由来の元のタンパク質調製物中に存在する、天然ペプチドの絶対モル濃度及び／又は絶対重量を指し示す。フラグメントペプチドについての絶対定量データは、試料ごとに解析されるタンパク質の量に従い提示される。絶対定量は、個々の生物学的試料中及び個々の試料の全コホート内の、絶対タンパク質量への洞察を得るように、単一の試料中及び／又は多くの試料にわたる、多くのペプチドにわたり、したがって、タンパク質にわたり、同時に実施されうる。
ペプチドの絶対定量のための別の戦略は、イコライザーペプチドを介する等モル濃度である。この方法は、ジペプチドとしての、目的の同位体標識化Ｑペプチドの化学合成を伴う。共通のアミノ酸配列は、ＱペプチドのＮ末端に配置され、イコライザーペプチドと称される。可溶化及びタンパク質分解性消化の後、Ｑペプチドの量は、単一の光標識化ペプチドへの参照を介して、正確に決定されうる。次いで、絶対定量を容易とするように、適量の各標準ペプチドが、目的の試料へと添加されうる（消化の前に、又はタンパク質分解の前に）（Ｈｏｌｚｍａｎｎら、Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．、２００９、８１：１０２５４～１０２６１）。絶対定量はまた、定量用コンカタマー（ＱｃｏｎＣＡＴ）タンパク質も援用しうる。（Ｂｅｙｎｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、２００５、２：５８７～５８９；Ｊｏｈｎｓｏｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．、２００９、２０：２２１１～２２２０；Ｄｉｎｇら、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２０１１、１０：３６５２～３６５９；Ｃａｒｒｏｌｌら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＆ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２０１１年９月１９日：ｍｃｐ－Ｍ１１１）。この戦略において、いくつかの目的のタンパク質に由来する標準ペプチドの、親和性タグ付け連結である、組換え人工タンパク質が、安定同位体について富化された培地中において増殖させた、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）内において異種作製される。次いで、ＱｃｏｎＣＡＴタンパク質は、親和性精製され、試料と共に共消化され、ＱｃｏｎＣＡＴタンパク質が構成される全ての「重い」Ｑペプチドの化学量論的混合物を生成し、天然のタンパク質由来のタンパク質分解性ペプチド及び内部標準物質が後に解析される。ペプチド連結標準物質（ＰＣＳ）と称する、ＱｃｏｎＣＡＴ法の変化形は、それらの内因性環境を反映する、人工タンパク質配列内のＱペプチドの間のフランキング領域を使用する（Ｋｉｔｏら、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２００７、６：７９２～８００）。他の特定の実施形態は、絶対定量用タンパク質標準物質（ＰＳＡＱ）（Ｂｒｕｎら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２００７、６：２１３９～２１４９）を使用する。ＰＳＡＱは、組換えタンパク質を使用するが、いくつかのタンパク質からのペプチドの連結ではなく、定量される全タンパク質は、安定同位体標識化形態において発現させる。次いで、１つ以上のＰＳＡＱは、定量を容易とするように、試料の前消化物へと添加されうる。
特定の実施形態は、強度ベースの測定（Ａｍｅｒｉｃａ及びＣｏｒｄｅｗｅｎｅｒ、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２００８、８：７３１～７４９）又はスペクトルカウンティング（Ｌｕｎｄｇｒｅｎら、Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、２０１０、７：３９～５３）など、タンパク質定量のための無標識戦略を使用する。
所与のペプチドの相対定量レベルを得るために、１つの生物学的試料中の、所与のタンパク質に由来する、個々のペプチド又は複数ペプチドの質量分析由来のシグネチャーピーク面積（又はピークが十分に分解されている場合におけるピーク高）が、同じＳＲＭ／ＭＲＭ法を使用して、１つ以上のさらなる生物学的試料及び異なる生物学的試料中の同じタンパク質に由来する同じ１つ以上のペプチドについて決定されたシグネチャーピーク面積と比較されうる。この方式により、所与のタンパク質に由来する、１つ以上の特定のペプチドの量が、同じ被験条件下において、２つ以上の生物学的試料にわたり、同じタンパク質に由来する同じ１つ以上のペプチドと比べて決定される。加えて、相対定量は、ＳＲＭ／ＭＲＭ法による、この所与のタンパク質についての、このペプチドについてのシグネチャーピーク面積を、生物学的試料に由来する、同じタンパク質調製物中の、異なるタンパク質に由来する、別の異なる１つ以上のペプチドについてのシグネチャーピーク面積と比較することにより単一の試料中の単一のタンパク質に由来する、所与の１つ以上のペプチドについて決定されうる。この方式により、所与のタンパク質に由来する、特定のペプチドの量が、したがって、所与のタンパク質の量が、同じ試料中の、別のタンパク質と比べて決定される。これらの手法は、試料間及び試料中の、同じタンパク質又は異なるタンパク質に由来する、別の１つ以上のペプチドの量に照らした、所与のタンパク質に由来する、個々の１つ以上のペプチドの定量をもたらし、この場合、シグネチャーピーク面積により決定された量は、生物学的試料由来のタンパク質調製物中のペプチドの、容量に対する絶対重量であるのか、重量に対する絶対重量であるのかに拘わらず、別の量に対する、１つの量の相対量である。異なる試料の間の、個々のシグネチャーピーク面積についての相対定量データは、試料ごとに解析されたタンパク質の量に照らして正規化されうる。相対定量は、相対タンパク質量への洞察を得るように、単一の試料中及び／又は多くの試料にわたる、多くのペプチドにわたり、同時に実施されうる。
シグネチャーペプチドレベルは、濃度単位（例えば、ピコモル／Ｌ）により表されうる。特定の実施形態において、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症、ＤＯＣＫ８欠損症、二次ペプチドマーカーであるＣＤ４２、二次ペプチドマーカーであるＣＤ５６、二次ペプチドマーカーであるＣＤ３ε、二次ペプチドマーカーであるＣＤ３δ又はこれらの組合せについてスクリーニングされる対象に由来する被検試料中の、シグネチャーペプチドの平均濃度は、正常対照試料中の、対応するペプチドの平均濃度と比較されうる。特定の実施形態において、正常対照試料は、１例以上の正常対照対象に由来する場合もあり、正常対照対象の集団に由来する場合もある。特定の実施形態において、正常対照対象は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症、ＤＯＣＫ８欠損症、血小板の欠損、ＮＫ細胞の欠損及び／又はＴ細胞の欠損を有さない、又はこれらを有することが既知ではない対象を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症、ＤＯＣＫ８欠損症、ＣＤ４２の欠損、ＣＤ５６の欠損、ＣＤ３εの欠損、ＣＤ３δの欠損又はこれらの組合せと関連する遺伝子突然変異を有さない対象を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＹＢＢ５０９シグネチャーペプチドの平均濃度は、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、５００ピコモル／Ｌ～２９００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び７００ピコモル／Ｌ～２８００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＹＢＢ５０９シグネチャーペプチドの平均濃度は、３００ピコモル／Ｌ、４００ピコモル／Ｌ、５００ピコモル／Ｌ、６００ピコモル／Ｌ、７００ピコモル／Ｌ、８００ピコモル／Ｌ、９００ピコモル／Ｌ、１０００ピコモル／Ｌ、１１００ピコモル／Ｌ、１２００ピコモル／Ｌ、１３００ピコモル／Ｌ、１４００ピコモル／Ｌ、１５００ピコモル／Ｌ、１６００ピコモル／Ｌ、１７００ピコモル／Ｌ、１８００ピコモル／Ｌ、１９００ピコモル／Ｌ、２０００ピコモル／Ｌ、２１００ピコモル／Ｌ、２２００ピコモル／Ｌ、２３００ピコモル／Ｌ、２４００ピコモル／Ｌ、２５００ピコモル／Ｌ、２６００ピコモル／Ｌ、２７００ピコモル／Ｌ、２８００ピコモル／Ｌ、２９００ピコモル／Ｌ、３０００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＡＤＡ９３シグネチャーペプチドの平均濃度は、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、１０００ピコモル／Ｌ～４９００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び１１００ピコモル／Ｌ～４８００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＡＤＡ９３シグネチャーペプチドの平均濃度は、９００ピコモル／Ｌ、１０００ピコモル／Ｌ、１１００ピコモル／Ｌ、１２００ピコモル／Ｌ、１３００ピコモル／Ｌ、１４００ピコモル／Ｌ、１５００ピコモル／Ｌ、１６００ピコモル／Ｌ、１７００ピコモル／Ｌ、１８００ピコモル／Ｌ、１９００ピコモル／Ｌ、２０００ピコモル／Ｌ、２１００ピコモル／Ｌ、２２００ピコモル／Ｌ、２３００ピコモル／Ｌ、２４００ピコモル／Ｌ、２５００ピコモル／Ｌ、２６００ピコモル／Ｌ、２７００ピコモル／Ｌ、２８００ピコモル／Ｌ、２９００ピコモル／Ｌ、３０００ピコモル／Ｌ、３１００ピコモル／Ｌ、３２００ピコモル／Ｌ、３３００ピコモル／Ｌ、３４００ピコモル／Ｌ、３５００ピコモル／Ｌ、３６００ピコモル／Ｌ、３７００ピコモル／Ｌ、３８００ピコモル／Ｌ、３９００ピコモル／Ｌ、４０００ピコモル／Ｌ、４１００ピコモル／Ｌ、４２００ピコモル／Ｌ、４３００ピコモル／Ｌ、４４００ピコモル／Ｌ、４５００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＤＯＣＫ８ １２７２シグネチャーペプチドの平均濃度は、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度、８０ピコモル／Ｌ～５３０ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び９０ピコモル／Ｌ～５００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＤＯＣＫ８ １２７２シグネチャーペプチドの平均濃度は、７０ピコモル／Ｌ、７５ピコモル／Ｌ、８０ピコモル／Ｌ、８５ピコモル／Ｌ、９０ピコモル／Ｌ、９５ピコモル／Ｌ、１００ピコモル／Ｌ、１２５ピコモル／Ｌ、１５０ピコモル／Ｌ、１７５ピコモル／Ｌ、２００ピコモル／Ｌ、２２５ピコモル／Ｌ、２５０ピコモル／Ｌ、２７５ピコモル／Ｌ、３００ピコモル／Ｌ、３２５ピコモル／Ｌ、３５０ピコモル／Ｌ、３７５ピコモル／Ｌ、４００ピコモル／Ｌ、４２５ピコモル／Ｌ、４５０ピコモル／Ｌ、４７５ピコモル／Ｌ、５００ピコモル／Ｌ、５２５ピコモル／Ｌ、５５０ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ４２ １２８シグネチャーペプチドの平均濃度は、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、５０００ピコモル／Ｌ～１８０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び６０００ピコモル／Ｌ～１７５００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ４２ １２８シグネチャーペプチドの平均濃度は、４０００ピコモル／Ｌ、４５００ピコモル／Ｌ、５０００ピコモル／Ｌ、５５００ピコモル／Ｌ、６０００ピコモル／Ｌ、６５００ピコモル／Ｌ、７０００ピコモル／Ｌ、７５００ピコモル／Ｌ、８０００ピコモル／Ｌ、８５００ピコモル／Ｌ、９０００ピコモル／Ｌ、９５００ピコモル／Ｌ、１００００ピコモル／Ｌ、１０５００ピコモル／Ｌ、１１０００ピコモル／Ｌ、１１５００ピコモル／Ｌ、１２００００ピコモル／Ｌ、１２５００ピコモル／Ｌ、１３０００ピコモル／Ｌ、１３５００ピコモル／Ｌ、１４０００ピコモル／Ｌ、１４５００ピコモル／Ｌ、１５０００ピコモル／Ｌ、１５５００ピコモル／Ｌ、１６０００ピコモル／Ｌ、１６５００ピコモル／Ｌ、１７０００ピコモル／Ｌ、１７５００ピコモル／Ｌ、１８０００ピコモル／Ｌ、１８５００ピコモル／Ｌ、１９０００ピコモル／Ｌ、１９５００ピコモル／Ｌ、２００００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ４２ １５４シグネチャーペプチドの平均濃度は、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、９０００ピコモル／Ｌ～２９０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び１００００ピコモル／Ｌ～２８０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ４２ １５４シグネチャーペプチドの平均濃度は、８０００ピコモル／Ｌ、９０００ピコモル／Ｌ、１００００ピコモル／Ｌ、１１０００ピコモル／Ｌ、１２０００ピコモル／Ｌ、１３０００ピコモル／Ｌ、１４０００ピコモル／Ｌ、１５０００ピコモル／Ｌ、１６０００ピコモル／Ｌ、１７０００ピコモル／Ｌ、１８０００ピコモル／Ｌ、１９０００ピコモル／Ｌ、２００００ピコモル／Ｌ、２１０００ピコモル／Ｌ、２２０００ピコモル／Ｌ、２３０００ピコモル／Ｌ、２４０００ピコモル／Ｌ、２５０００ピコモル／Ｌ、２６０００ピコモル／Ｌ、２７０００ピコモル／Ｌ、２８０００ピコモル／Ｌ、２９０００ピコモル／Ｌ、３００００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ５６ １２２シグネチャーペプチドの平均濃度は、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、７００ピコモル／Ｌ～４５００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び８００ピコモル／Ｌ～４０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＣＤ５６ １２２シグネチャーペプチドの平均濃度は、６００ピコモル／Ｌ、７００ピコモル／Ｌ、８００ピコモル／Ｌ、９００ピコモル／Ｌ、１０００ピコモル／Ｌ、１１００ピコモル／Ｌ、１２００ピコモル／Ｌ、１３００ピコモル／Ｌ、１４００ピコモル／Ｌ、１５００ピコモル／Ｌ、１６００ピコモル／Ｌ、１７００ピコモル／Ｌ、１８００ピコモル／Ｌ、１９００ピコモル／Ｌ、２０００ピコモル／Ｌ、２１００ピコモル／Ｌ、２２００ピコモル／Ｌ、２３００ピコモル／Ｌ、２４００ピコモル／Ｌ、２５００ピコモル／Ｌ、２６００ピコモル／Ｌ、２７００ピコモル／Ｌ、２８００ピコモル／Ｌ、２９００ピコモル／Ｌ、３０００ピコモル／Ｌ、３１００ピコモル／Ｌ、３２００ピコモル／Ｌ、３３００ピコモル／Ｌ、３４００ピコモル／Ｌ、３５００ピコモル／Ｌ、３６００ピコモル／Ｌ、３７００ピコモル／Ｌ、３８００ピコモル／Ｌ、３９００ピコモル／Ｌ、４０００ピコモル／Ｌ、４１００ピコモル／Ｌ、４２００ピコモル／Ｌ、４３００ピコモル／Ｌ、４４００ピコモル／Ｌ、４５００ピコモル／Ｌ、４６００ピコモル／Ｌ、４７００ピコモル／Ｌ、４８００ピコモル／Ｌ、４９００ピコモル／Ｌ、５０００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＡＴＭ１５６１シグネチャーペプチドの平均濃度は、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、２５ピコモル／Ｌ～９０ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び３０ピコモル／Ｌ～８０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＡＴＭ１５６１シグネチャーペプチドの平均濃度は、２０ピコモル／Ｌ、２５ピコモル／Ｌ、３０ピコモル／Ｌ、３５ピコモル／Ｌ、４０ピコモル／Ｌ、４５ピコモル／Ｌ、５０ピコモル／Ｌ、５５ピコモル／Ｌ、６０ピコモル／Ｌ、６５ピコモル／Ｌ、７０ピコモル／Ｌ、７５ピコモル／Ｌ、８０ピコモル／Ｌ、８５ピコモル／Ｌ、９０ピコモル／Ｌ、９５ピコモル／Ｌ、１００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＰＲＦ２１５シグネチャーペプチドの平均濃度は、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度、１１ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度及び１２ピコモル／Ｌ～８０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態において、正常対照対象の集団に由来するＤＢＳ中の、ＰＲＦ２１５シグネチャーペプチドの平均濃度は、１０ピコモル／Ｌ、１５ピコモル／Ｌ、２０ピコモル／Ｌ、２５ピコモル／Ｌ、３０ピコモル／Ｌ、３５ピコモル／Ｌ、４０ピコモル／Ｌ、４５ピコモル／Ｌ、５０ピコモル／Ｌ、５５ピコモル／Ｌ、６０ピコモル／Ｌ、６５ピコモル／Ｌ、７０ピコモル／Ｌ、７５ピコモル／Ｌ、８０ピコモル／Ｌ、８５ピコモル／Ｌ、９０ピコモル／Ｌ、９５ピコモル／Ｌ、１００ピコモル／Ｌ、１１０ピコモル／Ｌ、１１５ピコモル／Ｌ、１２０ピコモル／Ｌ、１２５ピコモル／Ｌ、１３０ピコモル／Ｌ、１３５ピコモル／Ｌ、１４０ピコモル／Ｌ、１４５ピコモル／Ｌ、１５０ピコモル／Ｌ、１５５ピコモル／Ｌ、１６０ピコモル／Ｌ、１６５ピコモル／Ｌ、１７０ピコモル／Ｌ、１７５ピコモル／Ｌ、１８０ピコモル／Ｌ、１８５ピコモル／Ｌ、１９０ピコモル／Ｌ、１９５ピコモル／Ｌ、２００ピコモル／Ｌ以上の濃度を含む。
１つ以上の標準ペプチドは、関連技術分野において公知の任意の方法により合成されうる。このような合成ペプチドは、１つ以上の天然の修飾を有するアミノ酸をさらに含みうる。このような天然の修飾は、グルタミン及びアスパラギンの脱アミノ化、アミノ化、酸化並びにヒドロキシル化を含みうる。
（ＩＸ）使用法：本開示の方法は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症のうちの１つ以上を有する個体を同定するステップを含む。特定の実施形態において、方法は、Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤを有する個体を同定するステップを含む。特定の実施形態において、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症を有する個体の診断は、早期に、例えば、ＮＢＳの一部として、又は障害の症状が、個体において明白となる前に実施される。特定の実施形態において、識別又は診断は、二次ペプチドマーカーである、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ又はこれらの組合せの使用を含む。特定の実施形態において、二次マーカーであるＣＤ４２は、血小板のレベルについての情報をもたらしうる。特定の実施形態において、二次マーカーであるＣＤ５６は、ＮＫ細胞のレベルについての情報をもたらしうる。特定の実施形態において、ＣＤ３εは、Ｔ細胞のレベルについての情報をもたらす二次マーカーとして使用される。特定の実施形態において、ＣＤ３δは、Ｔ細胞のレベルについての情報をもたらす二次マーカーとして使用される。特定の実施形態において、ＣＤ３εは、ＳＣＩＤを有する個体を診断するための一次マーカーとして使用される。特定の実施形態において、ＣＤ３δは、ＳＣＩＤを有する個体を診断するための一次マーカーとして使用される。
本開示の方法は、ＤＢＳ試料、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ試料又はＷＢＣ試料を得るステップを含む。特定の実施形態において、ＤＢＳ試料、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ試料又はＷＢＣ試料は、本明細書において記載された方法に従い得られる。特定の実施形態において、ＤＢＳ試料、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ試料又はＷＢＣ試料は、ＤＢＳ、口腔スワブ、ＰＢＭＣ若しくはＷＢＣのレポジトリー又は将来の試験のために、ＤＢＳ試料、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ試料若しくはＷＢＣ試料を保管する検査室から得られる。
本開示の方法は、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣにおけるタンパク質を、消化酵素により消化するステップを含む。特定の実施形態において、１つ以上のＤＢＳパンチ、全ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣは、適切な緩衝液中に可溶化させ、上記において記載された、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣにおいて存在するタンパク質を、ペプチド断片へと消化するのに適切な消化酵素が添加されうる。特定の実施形態において、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣは、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００により可溶化させ、トリプシンにより消化しうる。
本開示の方法は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症のスクリーニングにおいて使用されるシグネチャーペプチドを富化するステップを含む。シグネチャーペプチドは、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢ１３１；Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢ５０９；ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａ１９；ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａ１１０；ＦＨＬ２についてのＰＲＦ２１５；ＦＨＬ２についてのＰＲＦ４４１；ＡＴについてのＡＴＭ７９８；ＡＴについてのＡＴＭ１５４４；ＡＴについてのＡＴＭ１５６１；ＣＶＩＤについてのＣＤ１９ ４１；ＣＶＩＤについてのＣＤ１９ ５５；ＣＶＩＤについてのＣＤ１９ ２１０；ＣＶＩＤについてのＣＤ１９ ５０５；ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧ２９５；ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧ３１６；ＳＣＩＤについてのＣＤ３ε７４；ＳＣＩＤについてのＣＤ３δ２４；ＳＣＩＤについてのＣＤ３δ１３３；ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡ９３；ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８ １２７２；血小板レベルについてのＣＤ４２ １２８；血小板レベルについてのＣＤ４２ １５４；ＮＫ細胞レベルについてのＣＤ５６ １２２；Ｔ細胞レベルについてのＣＤ３ε７４；Ｔ細胞レベルについてのＣＤ３δ２４及びＴ細胞レベルについてのＣＤ３δ１３３を含む。特定の実施形態において、シグネチャーペプチドを富化するステップは、消化された生物学的試料に由来するペプチド断片の混合物を、シグネチャーペプチドを認識する、１つ以上の結合性実体と接触させることを含む。特定の実施形態において、結合性実体は、抗体又はその抗原結合性断片である。特定の実施形態において、抗体は、表１Ａ～１Ｃ及び図１１に開示された抗体を含む。特定の実施形態において、本開示の抗体のアミノ酸配列は、配列番号２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５９、６０、６２、６３、６５、６６、６８、６９、７７、７８、８０、８１、８９、９０、９２、９３、９５、９６、９８、９９、１０７、１０８、１１０、１１１、１１９、１２０、１２２、１２３、１３１、１３２、１３４、１３５、１４３、１４４、１４６、１４７、１４９、１５０、１５２、１５３、１６８、１６９、１７２、１７３、１７６、１７７、１８０及び１８１を含む。特定の実施形態において、本開示の抗体のコード配列は、配列番号２２、２５、２８、３１、４０、４３、４６、４９、５８、６１、６４、６７、７６、７９、８８、９１、９４、９７、１０６、１０９、１１８、１２１、１３０、１３３、１４２、１４５、１４８、１５１、１６６、１６７、１７０、１７１、１７４、１７５、１７８、１７９及び１８２～２０９を含む。特定の実施形態において、抗体は、ＣＹＢＢ１３１；ＣＹＢＢ５０９；ＳＨ２Ｄ１Ａ１９；ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０；ＰＲＦ２１５；ＰＲＦ４４１；ＡＴＭ７９８；ＡＴＭ１５４４；ＡＴＭ１５６１；ＣＤ１９ ４１；ＣＤ１９ ５５；ＣＤ１９ ２１０；ＣＤ１９ ５０５；ＩＬ２ＲＧ２９５；ＩＬ２ＲＧ３１６；ＡＤＡ９３；ＤＯＣＫ８ １２７２；ＣＤ４２ １２８；ＣＤ４２ １５４；ＣＤ５６ １２２；ＣＤ３ε７４；ＣＤ３δ２４及びＣＤ３δ１３３に結合する抗体を含む。
特定の実施形態において、抗体は、配列番号１を含むＣＹＢＢペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、配列番号１６～２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２及び３３を含む抗体は、配列番号２を含むＣＹＢＢペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号１６０～１６５、１６８、１６９、１７２、１７３、１７６、１７７、１８０及び１８１を含む抗体は、配列番号３を含むＳＨ２Ｄ１Ａペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号４を含むＳＨ２Ｄ１Ａペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号３４～３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０及び５１を含む抗体は、配列番号５を含むＰＲＦ－１ペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号６を含むＰＲＦ－１ペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号５２～５７、５９、６０、６２、６３、６５、６６、６８及び６９を含む抗体は、配列番号７を含むＡＴＭペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１０を含むＡＴＭペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１１を含むＡＴＭペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号７０～７５、７７、７８、８０及び８１を含む抗体は、配列番号８を含むＣＤ１９ペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号９を含むＣＤ１９ペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号１０を含むＣＤ１９ペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１２を含むＣＤ１９ペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１３を含むＩＬ２ＲＧペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１４を含むＩＬ２ＲＧペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号８２～８７、８９、９０、９２、９３、９５、９６、９８及び９９を含む抗体は、配列番号１１を含むＡＤＡペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号１００～１０５、１０７、１０８、１１０及び１１１を含む抗体は、配列番号１２を含むＤＯＣＫ８ペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号１１２～１１７、１１９、１２０、１２２及び１２３を含む抗体は、配列番号１３を含むＣＤ４２ペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、配列番号１２４～１２９、１３１、１３２、１３４及び１３５を含む抗体は、配列番号１４を含むＣＤ４２ペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、配列番号１３６～１４１、１４３、１４４、１４６、１４７、１４９、１５０、１５２及び１５３を含む抗体は、配列番号１５を含むＣＤ５６ペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１５のＣＤ３εペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１６のＣＤ３δペプチドを富化するのに使用される。特定の実施形態において、抗体は、配列番号２１７のＣＤ３δペプチドを富化するのに使用される。
特定の実施形態において、それらのコグネイトシグネチャーペプチドに結合する、表１Ａ～１Ｃ及び図１１に開示された、１つ以上の抗体の任意の組合せは、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についてスクリーニングするのに使用されうる。特定の実施形態において、それらのコグネイトシグネチャーペプチドに結合する、表１Ａ～１Ｃ及び図１１に開示された、１つ以上の抗体の任意の組合せは、集団を、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についてスクリーニングするのに使用されうる。特定の実施形態において、方法は、Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤを有する個体を同定するステップを含む。
本開示の方法は、ＭＳ解析の前に、免疫親和性富化ペプチドに対して、液体クロマトグラフィーを、任意選択的に実施して、ペプチドを分離するステップを含む。液体クロマトグラフィーは、ペプチドを、それらの重量並びにカラムの移動相及び定常相に対する親和性に基づき分離しうる。
本開示の方法は、免疫親和性富化ペプチドに対して、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳを実施して、所与のシグネチャーペプチドの量を定量するステップを含む。特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、上記において記載された通りに実行される。特定の実施形態において、シグネチャーペプチドの定量は、既知の量において、アッセイへと導入された、参照ペプチドを使用するステップを含む。特定の実施形態において、参照ペプチドは、参照ペプチドが、例えば、１つ以上の重同位体で、参照ペプチドを、シグネチャーペプチドから識別するように、示差的に標識化されていることを除き、あらゆる点において、シグネチャーペプチドと同一でありうる。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＹＢＢペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＹＢＢペプチドは、配列番号１を含む。特定の実施形態において、ＣＹＢＢペプチドは、配列番号２を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＳＨ２Ｄ１Ａペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＳＨ２Ｄ１Ａペプチドは、配列番号３を含む。特定の実施形態において、ＳＨ２Ｄ１Ａペプチドは、配列番号４を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＰＲＦ－１ペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＰＲＦ－１ペプチドは、配列番号５を含む。特定の実施形態において、ＰＲＦ－１ペプチドは、配列番号６を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＡＴＭペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＡＴＭペプチドは、配列番号７を含む。特定の実施形態において、ＡＴＭペプチドは、配列番号２１０を含む。特定の実施形態において、ＡＴＭペプチドは、配列番号２１１を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ１９ペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＤ１９ペプチドは、配列番号８を含む。特定の実施形態において、ＣＤ１９ペプチドは、配列番号９を含む。特定の実施形態において、ＣＤ１９ペプチドは、配列番号１０を含む。特定の実施形態において、ＣＤ１９ペプチドは、配列番号２１２を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＩＬ２ＲＧペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＩＬ２ＲＧペプチドは、配列番号２１３を含む。特定の実施形態において、ＩＬ２ＲＧペプチドは、配列番号２１４を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＡＤＡペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＡＤＡペプチドは、配列番号１１を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＤＯＣＫ８ペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＤＯＣＫ８ペプチドは、配列番号１２を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ４２ペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＤ４２ペプチドは、配列番号１３を含む。特定の実施形態において、ＣＤ４２ペプチドは、配列番号１４を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ５６ペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＤ５６ペプチドは、配列番号１５を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ３εペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＤ３εペプチドは、配列番号２１５を含む。
特定の実施形態において、ＳＲＭ－ＭＳ又はＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ３δペプチドの低減又は非存在を検出する。特定の実施形態において、ＣＤ３δペプチドは、配列番号２１６を含む。特定の実施形態において、ＣＤ３δペプチドは、配列番号２１７を含む。
特定の実施形態は、本明細書において記載されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する、時間経過にわたる、シグネチャーペプチドレベルについての、対象のモニタリングを含む。特定の実施形態において、対象は、本明細書において記載された、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の徴候又は症状を呈する、又はＸ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についての処置を受けつつあるため、本明細書において開示されたシステム及び方法に従うモニタリングについて選択される。
本明細書において開示された、特定の実施形態は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症について処置される対象における処置の有効性の決定であって、１つ以上の処置の前において、１つ以上の処置時に、かつ／若しくはこれらの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ；本明細書において記載されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する処置の前に、対象におけるシグネチャーペプチドレベルを検出するステップ；本明細書において記載されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用する、１つ以上の処置時に、若しくはこれらの後に、対象におけるシグネチャーペプチドレベルを検出するステップ；及び処置時若しくは処置後におけるシグネチャーペプチドレベルが、処置前におけるシグネチャーペプチドレベルより高度である場合に、処置が、効果的であることを決定する、又は処置時若しくは処置後におけるシグネチャーペプチドレベルが、処置前におけるシグネチャーペプチドレベル以下である場合に、処置が、効果的でないことを決定するステップを含む決定を含む。特定の実施形態において、生物学的試料は、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣを含む。特定の実施形態において、対象は、Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤについて処置されつつある。
特定の実施形態において、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症について処置される対象における処置の有効性の決定は、１つ以上の処置が継続されるべきなのか、中断されるべきなのか、新たな処置が実施されるべきなのかについての導きとなりうる。特定の実施形態において、１つ以上の処置時又はこれらの後の対象におけるシグネチャーペプチドレベルが、１つ以上の処置前の対象におけるシグネチャーペプチドレベルより高度である場合に、１つ以上の処置は、継続されうる。特定の実施形態において、対象における１つ以上の処置時又はこれらの後のシグネチャーペプチドレベルが、正常対照対象又はＸ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／若しくはＤＯＣＫ８欠損症に罹患していない対照対象において測定されたシグネチャーペプチドレベルの、１％を超える、５％を超える、１０％を超える、１５％を超える、２０％を超える、２５％を超える、３０％を超える、３５％を超える、４０％を超える、４５％を超える、５０％を超える、５５％を超える、６０％を超える、６５％を超える、７０％を超える、７５％を超える、８０％を超える、８５％を超える、９０％を超える、９５％を超える、１００％を超えるレベル以上である場合に、１つ以上の処置は、中断されうる。特定の実施形態において、処置時又は処置後の対象におけるシグネチャーペプチドレベルが、処置前の対象におけるシグネチャーペプチドレベル以下である、又はシグネチャーペプチドが非存在である場合に、新たな処置は、実施されうる。
本明細書において開示された、特定の実施形態は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症について処置される対象へと投与されたタンパク質治療剤の薬物動態プロファイルの測定であって、１つ以上のタンパク質治療剤の投与前に、対象に由来する生物学的試料を得、１つ以上のタンパク質治療剤の投与時に、かつ／又はこの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ；本明細書において記載されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用して、１つ以上のタンパク質治療剤の投与前の対象におけるシグネチャーペプチドレベルを検出するステップ；本明細書において記載されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用して、１つ以上のタンパク質治療剤の投与時又は投与後の対象におけるシグネチャーペプチドレベルを検出し、これにより、投与されたタンパク質治療剤の薬物動態プロファイルを測定するステップを含む測定を含む。特定の実施形態において、生物学的試料は、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣを含む。特定の実施形態において、対象は、Ｘ連鎖ＳＣＩＤ又はＩＬ２ＲＧ欠損ＳＣＩＤについて処置されつつある。
特定の実施形態において、シグネチャーペプチドレベルについての尺度の「安定」とは、同じ対象における、先行値との比較との関係において査定された尺度であり、シグネチャーペプチドレベルが、前回の測定から、有意に変化していないこと（ｔ検定又はｐ値、例えば、＞０．０５であるｐ値など、当技術分野において公知の統計学的尺度により決定された）を表す。特定の実施形態において、尺度の「安定」とは、同じ患者における、先行値との比較との関係において査定された尺度であり、シグネチャーペプチドレベルが、先行する測定値群（例えば、直前の３、４、又は５回にわたる測定値の群）の総計又は平均から、有意に変化していないこと（ｔ検定又はｐ値、例えば、＞０．０５であるｐ値など、当技術分野において公知の統計学的尺度により決定された）を表す。
シグネチャーペプチドレベルについての尺度の「不変」とは、同じ患者における、先行値との比較との関係において査定された尺度であり、特定の対象におけるスコアが、参照シグネチャーペプチドレベルに近づく、又はこれから遠ざかる、統計学的に有意な変化を達成しないことを表す。特定の実施形態において、尺度の「不変」とは、同じ患者における、先行値との比較との関係において、又は先行する測定値群（例えば、直前の３、４、又は５回にわたる測定値の群）の総計若しくは平均から査定された尺度である。
特定の実施形態において、本開示の抗体はまた、生化学検査の結果が両義的である患者及び、遺伝子検査により、意義不明の変異体（ＶＵＳ）のキャリアである患者についてのＸ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及びＤＯＣＫ８欠損症の診断のために、補完的臨床試験においても使用されうる。特定の実施形態において、本明細書において開示された、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢ；ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａ；ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１；ＡＴについてのＡＴＭ；ＣＶＩＤについてのＣＤ１９；ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧ；ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡ及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８をコードする遺伝子内において、ＶＵＳを有する対象は、ＶＵＳが、これらの対象において、それぞれのシグネチャーペプチドレベルに影響を及ぼすのかどうかを決定するように、本開示のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイについて調べられる場合がある。
特定の実施形態において、所定のカットオフ値は、所与のシグネチャーペプチドについての閾値として使用される。閾値を上回る、所与のシグネチャーペプチドの濃度は、アッセイされた生物学的試料（例えば、ＤＢＳ、口腔スワブに由来する細胞、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ）が、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症に罹患していない個体に由来することを指し示す。閾値を下回る所与のシグネチャーペプチドの濃度又はシグネチャーペプチドの非存在は、アッセイされたＤＢＳが、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症に罹患した個体に由来することを指し示す。特定の実施形態において、閾値は、正常対照集団についての解析及びこの集団内の所与のシグネチャーペプチドの濃度の標準偏差（ＳＤ）の計算により決定されうる。閾値は、所与のシグネチャーペプチドの平均濃度に由来する、ある特定のＳＤに設定されうる。特定の実施形態において、閾値は、所与のシグネチャーペプチドの平均濃度から、－１ＳＤ、－１．１ＳＤ、－１．２ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．９ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．１ＳＤ、－２．２ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．９ＳＤ、－３．０ＳＤ以上のＳＤである。Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症又はＤＯＣＫ８欠損症の診断又はスクリーニングについての特定の実施形態において、閾値は、正常対照集団についての解析及びこの集団内の、所与のシグネチャーペプチドの濃度の、ＡＴＰ７Ｂ（Ｊｕｎｇら、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．、２０１７、１６：８６２～８７１）の内因性濃度に対する比の標準偏差（ＳＤ）の計算により決定されうる。各ＰＩＤＤについての、ペプチド濃度カットオフは、各シグネチャーペプチドの平均濃度又は所与のシグネチャーペプチドの濃度の、ＡＴＰ７Ｂの内因性濃度に対する比に由来する、ある特定のＳＤに設定されうる。
特定の実施形態において、本開示のシグネチャーペプチドについての閾値濃度は、正常対照集団における、対応するシグネチャーペプチドの平均濃度から、－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、ＣＹＢＢ５０９ペプチドについての閾値濃度は、２５０ピコモル／Ｌ以下、２４０ピコモル／Ｌ以下、２３０ピコモル／Ｌ以下、２２０ピコモル／Ｌ以下、２１０ピコモル／Ｌ以下、２００ピコモル／Ｌ以下、１９０ピコモル／Ｌ以下、１８５ピコモル／Ｌ以下、１８０ピコモル／Ｌ以下、１７５ピコモル／Ｌ以下、１７０ピコモル／Ｌ以下、１６５ピコモル／Ｌ以下、１６０ピコモル／Ｌ以下、１５５ピコモル／Ｌ以下、１５０ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＣＹＢＢ５０９ペプチドについての閾値濃度は、１８８ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＡＤＡ９３ペプチドについての閾値濃度は、５００ピコモル／Ｌ以下、４９０ピコモル／Ｌ以下、４８０ピコモル／Ｌ以下、４７０ピコモル／Ｌ以下、４６０ピコモル／Ｌ以下、４５０ピコモル／Ｌ以下、４４０ピコモル／Ｌ以下、４３０ピコモル／Ｌ以下、４２０ピコモル／Ｌ以下、４１０ピコモル／Ｌ以下、４００ピコモル／Ｌ以下、３９０ピコモル／Ｌ以下、３８０ピコモル／Ｌ以下、３７０ピコモル／Ｌ以下、３６０ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＡＤＡ９３ペプチドについての閾値濃度は、４７０ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＤＯＣＫ８ １２７２ペプチドについての閾値濃度は、１００ピコモル／Ｌ以下、９０ピコモル／Ｌ以下、８０ピコモル／Ｌ以下、７０ピコモル／Ｌ以下、６０ピコモル／Ｌ以下、５０ピコモル／Ｌ以下、４０ピコモル／Ｌ以下、３０ピコモル／Ｌ以下、２０ピコモル／Ｌ以下、１０ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＤＯＣＫ８ １２７２ペプチドについての閾値濃度は、６３ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＣＤ４２ １２８ペプチドについての閾値濃度は、４０００ピコモル／Ｌ以下、３９００ピコモル／Ｌ以下、３８００ピコモル／Ｌ以下、３７００ピコモル／Ｌ以下、３６００ピコモル／Ｌ以下、３５００ピコモル／Ｌ以下、３４００ピコモル／Ｌ以下、３３００ピコモル／Ｌ以下、３２００ピコモル／Ｌ以下、３１００ピコモル／Ｌ以下、３０００ピコモル／Ｌ以下、２９００ピコモル／Ｌ以下、２８００ピコモル／Ｌ以下、２７００ピコモル／Ｌ以下、２６００ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＣＤ４２ １２８ペプチドについての閾値濃度は、３４３５ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＣＤ４２ １５４ペプチドについての閾値濃度は、８０００ピコモル／Ｌ以下、７９００ピコモル／Ｌ以下、７８００ピコモル／Ｌ以下、７７００ピコモル／Ｌ以下、７６００ピコモル／Ｌ以下、７５００ピコモル／Ｌ以下、７４００ピコモル／Ｌ以下、７３００ピコモル／Ｌ以下、７２００ピコモル／Ｌ以下、７１００ピコモル／Ｌ以下、７０００ピコモル／Ｌ以下、６９００ピコモル／Ｌ以下、６８００ピコモル／Ｌ以下、６７００ピコモル／Ｌ以下、６６００ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＣＤ４２ １５４ペプチドについての閾値濃度は、７４５０ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＣＤ５６ １２２ペプチドについての閾値濃度は、６００ピコモル／Ｌ以下、５９０ピコモル／Ｌ以下、５８０ピコモル／Ｌ以下、５７０ピコモル／Ｌ以下、５６０ピコモル／Ｌ以下、５５０ピコモル／Ｌ以下、５４０ピコモル／Ｌ以下、５３０ピコモル／Ｌ以下、５２０ピコモル／Ｌ以下、５１０ピコモル／Ｌ以下、５００ピコモル／Ｌ以下、４９０ピコモル／Ｌ以下、４８０ピコモル／Ｌ以下、４７０ピコモル／Ｌ以下、４６０ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＣＤ５６ １２２ペプチドについての閾値濃度は、４８２ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＡＴＭ１５６１ペプチドについての閾値濃度は、１８ピコモル／Ｌ以下、１７ピコモル／Ｌ以下、１６ピコモル／Ｌ以下、１５ピコモル／Ｌ以下、１４ピコモル／Ｌ以下、１３ピコモル／Ｌ以下、１２ピコモル／Ｌ以下、１１ピコモル／Ｌ以下、１０ピコモル／Ｌ以下、９ピコモル／Ｌ以下、８ピコモル／Ｌ以下、７ピコモル／Ｌ以下、６ピコモル／Ｌ以下、５ピコモル／Ｌ以下、４ピコモル／Ｌ以下、３ピコモル／Ｌ以下、２ピコモル／Ｌ以下、１ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＡＴＭ１５６１ペプチドについての閾値濃度は、１５ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＰＲＦ２１５ペプチドについての閾値濃度は、１１ピコモル／Ｌ以下、１０ピコモル／Ｌ以下、９ピコモル／Ｌ以下、８ピコモル／Ｌ以下、７ピコモル／Ｌ以下、６ピコモル／Ｌ以下、５ピコモル／Ｌ以下、４ピコモル／Ｌ以下、３ピコモル／Ｌ以下、２ピコモル／Ｌ以下、１ピコモル／Ｌ以下、０．９ピコモル／Ｌ以下、０．８ピコモル／Ｌ以下、０．７ピコモル／Ｌ以下、０．６ピコモル／Ｌ以下、０．５ピコモル／Ｌ以下、０．４ピコモル／Ｌ以下、０．３ピコモル／Ｌ以下、０．２ピコモル／Ｌ以下、０．１ピコモル／Ｌ以下を含む。特定の実施形態において、ＰＲＦ２１５ペプチドについての閾値濃度は、１０ピコモル／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、シグネチャーペプチドは、所与の疾患の診断又はスクリーニングのための一次バイオマーカーであると考えられうる。一次シグネチャーペプチドは、所与の疾患を診断又はスクリーニングするのに、最初に使用されるペプチドを含みうる。特定の実施形態において、一次バイオマーカーは、特異的疾患を、直接診断するのに使用されうる。特定の実施形態において、一次バイオマーカーは、対応するタンパク質の消化から、再現可能な形で得られる場合があり、免疫親和性富化のための高親和性抗体を有し、かつ／又は独立の液体クロマトグラフィーカラム及び／又は質量分析装置にわたり再現可能である。特定の実施形態において、ＣＹＢＢペプチドは、Ｘ－ＣＧＤを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＳＨ２Ｄ１Ａペプチドは、ＸＬＰ１を有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＰＲＦ－１ペプチドは、ＦＨＬ２を有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＡＴＭペプチドは、ＡＴを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ１９ペプチドは、ＣＶＩＤを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＩＬ２ＲＧペプチドは、ＳＣＩＤを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３εペプチドは、ＳＣＩＤを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３δペプチドは、ＳＣＩＤを有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＡＤＡペプチドは、ＡＤＡ欠損症を有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＤＯＣＫ８ペプチドは、ＤＯＣＫ８欠損症を有する対象をスクリーニングするための、一次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、シグネチャーペプチドは、所与の疾患の診断又はスクリーニングのための二次バイオマーカーであると考えられうる。二次シグネチャーペプチドは、一次バイオマーカーによる、所与の疾患の診断又はスクリーニングを確認するのに、二次的に使用されるペプチドを含みうる。特定の実施形態において、ＣＤ４２は、血小板のレベルを評価するための二次バイオマーカーでありうる。特定の実施形態において、ＣＤ５６は、ＮＫ細胞のレベルについての二次バイオマーカーでありうる。特定の実施形態において、ＣＤ５６は、多様な免疫不全症について裏付けとなる、二次バイオマーカーでありうる。特定の実施形態において、ＣＤ３εは、Ｔ細胞のレベルを評価するための二次バイオマーカーとして使用されうる。特定の実施形態において、ＣＤ３δは、Ｔ細胞のレベルを評価するための二次バイオマーカーとして使用されうる。
本明細書において開示された方法は、本明細書において開示された組成物及び方法による、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についてのスクリーニングの転帰に基づく、対象（例えば、ヒト）の処置を含む。対象の処置は、治療有効量の送達を含む。治療有効量は、有効量、予防処置及び／又は治療処置をもたらす量を含む。
「有効量」とは、対象において、所望の生理学的変化を結果としてもたらすのに必要な組成物の量である。例えば、有効量は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症について、症状の緩和、症状の消失又は治癒をもたらしうる。有効量は、しばしば、調査研究を目的として投与される。本明細書において開示された有効量は、疾患の発生、進行及び／又は消失の評価に関与性の動物モデル又はインビトロアッセイにおいて、統計学的に有意な効果を引き起こしうる。
特定の実施形態は、「予防処置」としての組成物の投与を含みうる。予防処置は、処置が、障害を発症する危険性を減殺する、又は減少させる目的で投与されるように、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の徴候若しくは症状を提示しない対象、又はＸ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の早期の徴候又は症状だけを提示する対象へと投与される予防処置を含む。したがって、予防処置は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症に対する防止処置として機能する。
特定の実施形態において、予防処置は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の発生を防止しうる、遅延させうる、又は低減しうる。特定の実施形態において、予防処置は、ＰＩＤＤのための抗生剤の使用など、他の防止措置の前に、これらと共時的に、又はこれらの後に施されうる。特定の実施形態において、予防処置は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症と関連する症状又は合併症の重症度を防止しうる、又は低減しうる。
Ｘ－ＣＧＤについての症状及び合併症は、細菌感染症及び真菌感染症；肉芽腫；肺、肝臓、脾臓、骨若しくは皮膚の膿瘍；リンパ節の腫脹；下痢の遷延並びに／又は慢性鼻水を含む。ＸＬＰ１についての症状及び合併症は、発熱；疲労感、体重減少；食欲減退；リンパ節の腫大及び／又はがんを発症する危険性の増大を含む。ＦＨＬ２についての症状及び合併症は、発熱；浮腫；肝脾腫大；肝機能不全；神経機能障害；発作及び／又は運動失調を含む。ＡＴについての症状及び合併症は、運動協調の低下；精神発達遅滞；歩行の遅延及び／又は日光に曝露された皮膚領域の変色を含む。ＣＶＩＤについての症状及び合併症は、呼吸問題；慢性咳；体重減少を引き起こす下痢；耳感染症；副鼻腔感染症及び／又は再発性肺感染症を含む。ＳＣＩＤについての症状及び合併症は、呼吸器感染症、耳感染症、口腔カンジダ症、他の病原菌性感染症、気管支炎、肺炎、下痢及び発育障害を含む。ＡＤＡ欠損症についての症状及び合併症は、肺炎；慢性下痢；皮膚発赤及び／又は発達遅滞を含む。ＤＯＣＫ８欠損症についての症状及び合併症は、湿疹；呼吸器感染症及び／又は皮膚ブドウ球菌感染症を含む。
「治療処置」は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の症状又は徴候を提示する対象へと投与される処置を含み、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の、これらの徴候又は症状を減殺する、又は消失させる目的で、対象へと投与される。特定の実施形態において、治療処置は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断された対象のために、免疫機能をもたらしうる。特定の実施形態において、治療処置は、本明細書において記載された症状及び合併症など、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の症状及び合併症を低減しうる、制御しうる、又は消失させうる。
予防処置と、治療処置とは、相互に排除的である必要はなく、特定の実施形態において、投与された投与量は、１つを超える処置種類を達しうる。
特定の実施形態において、治療有効量は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断された対象のために、免疫系機能をもたらす。したがって、特定の実施形態において、本明細書において開示された処置法は、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症などの障害のための、幹細胞移植、免疫グロブリン注入、抗生剤注入及び／又は遺伝子治療を含む。特定の実施形態において、処置法は、ＡＤＡ欠損症のための酵素療法を含む。免疫機能の施与は、細菌感染、ウイルス感染又は寄生虫感染の頻度又は数の減少、平均余命の延長及び／又は発育の延長を含む。
特定の実施形態において、治療用組成物の投与は、別個のアジュバントの投与に伴われる場合がある。例示的アジュバントは、アラム、ベントナイト、ラテックス及びアクリル粒子；不完全フロイントアジュバント、完全フロイントアジュバント；水酸化アルミニウムなど、アルミニウムベースの塩；カルシウムベースの塩；シリカ又は任意のＴＬＲ生物学的リガンド；Ｓｉｇｍａアジュバントシステム（ＳＡＳ）；Ｒｉｂｉアジュバントを含む。
投与のために、治療有効量（本明細書においてまた、用量とも称される）は、初期において、インビトロアッセイ及び／又は動物モデル研究からの結果に基づき推定されうる。このような情報は、目的の対象において有用な用量を、より正確に決定するのに使用されうる。特定の対象へと投与される、実際の用量は、標的、体重、状態の重症度、過去の治療的介入又は共時的な治療的介入、対象の特発性疾患及び投与経路を含む、物理的因子及び生理学的因子などのパラメータを考慮に入れる、医師、獣医師又は研究者により決定されうる。
細胞の治療有効量は、１ｋｇ当たりの細胞１０４個～１ｋｇ当たりの細胞１０９個の範囲でありうる。特定の実施形態において、細胞の治療有効量は、１ｋｇ当たりの細胞１０４個、１ｋｇ当たりの細胞１０５個、１ｋｇ当たりの細胞１０６個、１ｋｇ当たりの細胞１０７個、１ｋｇ当たりの細胞１０８個、１ｋｇ当たりの細胞１０９個以上を含みうる。
有用な用量は、０．１～５μｇ／ｋｇ又は０．５～１μｇ／ｋｇの範囲でありうる。特定の実施形態において、用量は、１μｇ／ｋｇ、１５μｇ／ｋｇ、３０μｇ／ｋｇ、５０μｇ／ｋｇ、５５μｇ／ｋｇ、７０μｇ／ｋｇ、９０μｇ／ｋｇ、１５０μｇ／ｋｇ、３５０μｇ／ｋｇ、５００μｇ／ｋｇ、７５０μｇ／ｋｇ、１０００μｇ／ｋｇ、０．１～５ｍｇ／ｋｇ又は０．５～１ｍｇ／ｋｇを含みうる。特定の実施形態において、用量は、１ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、７０ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、３００ｍｇ／ｋｇ、５００ｍｇ／ｋｇ、７００ｍｇ／ｋｇ、１０００ｍｇ／ｋｇ以上を含みうる。
治療有効量は、処置レジメン（例えば、毎日、隔日、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、毎週、２週間ごと、３週間ごと、毎月、２カ月ごと、３カ月ごと、４カ月ごと、５カ月ごと、６カ月ごと、７カ月ごと、８カ月ごと、９カ月ごと、１０カ月ごと、１１カ月ごと又は毎年）の経過中に、単回投与又は複数回投与を実施することにより達成されうる。
（Ｘ）キット：先天性障害について調べるキットもまた、提供される。キットは、採血用の穿刺ランセット、血液滴を回収する濾紙カード、頬細胞を回収するスワブ、血液を回収するチューブ、ＤＢＳ又は細胞を可溶化させる溶液並びにＤＢＳ又は細胞におけるマーカータンパク質を消化するのに適切な緩衝液及び酵素を含みうる。キットは、ＣＹＢＢ、ＳＨ２Ｄ１Ａ（ＳＡＰ）、ＰＲＦ－１、ＡＴＭ、ＣＤ１９、ＩＬ２ＲＧ、ＡＤＡ、ＤＯＣＫ８、ＣＤ４２、ＣＤ５６、ＣＤ３ε及び／又はＣＤ３δの非存在又は低減について評価する、抗ペプチド結合剤（例えば、抗体）及び／又は試薬若しくは備品を含む、１つ以上の容器をさらに含みうる。特定の実施形態において、キットは、以下の抗ペプチド抗体：抗ＣＹＢＢ１３１、抗ＣＹＢＢ５０９、抗ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、抗ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０、抗ＰＲＦ２１５、抗ＰＲＦ４４１、抗ＡＴＭ７９８、抗ＡＴＭ１５４４、抗ＡＴＭ１５６１、抗ＣＤ１９ ４１、抗ＣＤ１９ ５５、抗ＣＤ１９ ２１０、抗ＣＤ１９ ５０５、抗ＩＬ２ＲＧ２９５、抗ＩＬ２ＲＧ３１６、抗ＡＤＡ９３、抗Ｄｏｃｋ８ １２７２、抗ＣＤ４２ １２８、抗ＣＤ４２ １５４及び／又は抗ＣＤ５６ １２２、抗ＣＤ３ε７４、抗ＣＤ３δ２４及び／又は抗ＣＤ３δ１３３を含む、１つ以上の容器を含む。抗体は、カラム又はビーズなどの固体支持体上に固定化させうる。キットは、ペプチドを抗体から放出する、溶離緩衝液をさらに含みうる。特定の実施形態において、キットは、シグネチャーペプチドの絶対定量を実施する、１つ以上の標識化参照ペプチドを含みうる。特定の実施形態において、キットはまた、ガーゼ、滅菌粘着テープ、手袋、チューブなど、キットを、効果的に使用するのに必要とされる、必須の検査用備品及び／又は医療用備品の一部又は全部も含みうる。本明細書において記載されたキットのうちのいずれかの内容物には、変動がなされうる。
キットの構成要素は、保管及び後の使用のために調製されうる。このような容器は、キットの製造、使用又は販売を規制する政府機関により規定された形態の通知であって、要求された場合、製造、使用又は販売についての機関による承認を反映する通知を伴いうる。
任意選択的に、キットは、方法においてキットを使用するための指示をさらに含む。多様な実施形態において、指示は、キットの使用と関連する結果を解釈するのに適切な指示；関連廃棄物の適正な処理などを含みうる。指示は、キット内に提供された指示書の形態の場合もあり、指示は、キット自体の部分に印字される場合もある。指示は、紙片、パンフレット、小冊子、ＣＤ－ＲＯＭ又はコンピュータ－読取り型デバイスの形態の場合もあり、ウェブサイトなど、遠隔地における指示への道筋を提供する場合もある。
下記の例示的実施形態及び実施例は、本開示の特定の実施形態を裏付けるように組み入れられる。当業者は、本開示に照らして、本明細書において開示された、詳細な実施形態に対して、多くの変化がなされる場合があるが、本開示の精神及び範囲から逸脱せずに、やはり、類似する結果又は同様の結果を得ることを認識されたい。
（ＸＩ）例示的実施形態
１．対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、及び細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についてスクリーニングする方法であって、
対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
生物学的試料に由来するタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
ＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸ－ＣＧＤを有すると診断し；
ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＤＡ欠損症を有すると診断し；
ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断するステップ
を含む方法。
２．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及びＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップ
をさらに含む、実施形態１に記載の方法。
３．第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象における血小板レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態２に記載の方法。
４．ＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象におけるナチュラルキラー細胞レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態２又は３に記載の方法。
５．フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について対象を追加的にスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、実施形態１～４のいずれか一項に記載の方法。
６．生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、実施形態１～５のいずれか一項に記載の方法。
７．対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についてスクリーニングする方法であって、
対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
生物学的試料に由来するタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号４の、ＸＬＰ１についての第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合し、配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号９の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸ－ＣＧＤを有すると診断し；
第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸＬＰ１を有すると診断し；
第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＦＨＬ２を有すると診断し；
第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＴを有すると診断し；
第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＣＶＩＤを有すると診断し；
第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＳＣＩＤを有すると診断し；
ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＤＡ欠損症を有すると診断し；かつ／又は
ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断するステップ
を含む方法。
８．ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／又は第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較した後に、対象におけるＴ細胞レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態７に記載の方法。
９．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップ
をさらに含む、実施形態７又は８に記載の方法。
１０．第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又は第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象における血小板レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態９に記載の方法。
１１．ＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象におけるナチュラルキラー細胞レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態９又は１０に記載の方法。
１２．フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について対象を追加的にスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、実施形態７～１１のいずれか一項に記載の方法。
１３．対象における、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、毛細血管拡張性運動失調症、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の臨床症状の非存在下において実施される、実施形態７～１２のいずれか一項に記載の方法。
１４．生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、実施形態７～１３のいずれか一項に記載の方法。
１５．酵素が、トリプシンである、実施形態７～１４のいずれか一項に記載の方法。
１６．各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差（ＳＤ）から計算される、実施形態７～１５のいずれか一項に記載の方法。
１７．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度が、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６に記載の方法。
１８．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態１６又は１７に記載の方法。
１９．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度が、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２０．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．５ＳＤ～－１ＳＤを含む、実施形態１６～１９のいずれか一項に記載の方法。
２１．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度が、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
２２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態１６～２１のいずれか一項に記載の方法。
２３．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度が、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～２２のいずれか一項に記載の方法。
２４．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．１ＳＤ～－１．６ＳＤを含む、実施形態１６～２３のいずれか一項に記載の方法。
２５．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度が、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～２４のいずれか一項に記載の方法。
２６．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態１６～２５のいずれか一項に記載の方法。
２７．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～２６のいずれか一項に記載の方法。
２８．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態１６～２７のいずれか一項に記載の方法。
２９．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～２８のいずれか一項に記載の方法。
３０．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．７５ＳＤ～－１．２５ＳＤを含む、実施形態１６～２９のいずれか一項に記載の方法。
３１．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度が、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１６～３０のいずれか一項に記載の方法。
３２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．７５ＳＤ～－２．２５ＳＤを含む、実施形態１６～３１のいずれか一項に記載の方法。
３３．配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号２７のＶＨドメイン；配列番号３３のＶＬドメイン；配列番号２４の重鎖又は配列番号３０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～３２のいずれか一項に記載の方法。
３４．配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１７３のＶＨドメイン；配列番号１８１のＶＬドメイン；配列番号１６９の重鎖又は配列番号１７７の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～３３のいずれか一項に記載の方法。
３５．配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号４５のＶＨドメイン；配列番号５１のＶＬドメイン；配列番号４２の重鎖又は配列番号４８の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～３４のいずれか一項に記載の方法。
３６．配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号６３のＶＨドメイン；配列番号６９のＶＬドメイン；配列番号６０の重鎖又は配列番号６６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～３５のいずれか一項に記載の方法。
３７．配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号７８のＶＨドメイン；又は配列番号８１のＶＬドメインのうちの１つ以上を含む、実施形態７～３６のいずれか一項に記載の方法。
３８．配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号９３のＶＨドメイン；配列番号９９のＶＬドメイン；配列番号９０の重鎖又は配列番号９６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～３７のいずれか一項に記載の方法。
３９．配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１０８のＶＨドメイン及び／又は配列番号１１１のＶＬドメインを含む、実施形態７～３８のいずれか一項に記載の方法。
４０．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１２０のＶＨドメイン及び／又は配列番号１２３のＶＬドメインを含む、実施形態７～３９のいずれか一項に記載の方法。
４１．配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１３２のＶＨドメイン及び／又は配列番号１３５のＶＬドメインを含む、実施形態７～４０のいずれか一項に記載の方法。
４２．配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１４７のＶＨドメイン；配列番号１５３のＶＬドメイン；配列番号１４４の重鎖又は配列番号１５０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７～４１のいずれか一項に記載の方法。
４３．１つ以上の生物学的試料中の、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての１つ以上のシグネチャーペプチドを検出する方法であって、
１つ以上の生物学的試料を得るステップ；
各生物学的試料のうちの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号４の、ＸＬＰ１についての第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合し、配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号９の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
並びに
富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定し、これにより、１つ以上の生物学的試料中の、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についての１つ以上のシグネチャーペプチドを検出するステップ
を含む方法。
４４．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定し、これにより、血小板及び／又はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出すること
により、血小板及び／又はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出するステップ
をさらに含む、実施形態４３に記載の方法。
４５．１つ以上の生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、実施形態４３又は４４に記載の方法。
４６．酵素が、トリプシンである、実施形態４３～４５のいずれか一項に記載の方法。
４７．各シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップをさらに含む、実施形態４３～４６のいずれか一項に記載の方法。
４８．各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差（ＳＤ）から計算される、実施形態４３～４７のいずれか一項に記載の方法。
４９．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度が、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８に記載の方法。
５０．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態４８又は４９に記載の方法。
５１．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度が、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～５０のいずれか一項に記載の方法。
５２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．５ＳＤ～－１ＳＤを含む、実施形態４８～５１のいずれか一項に記載の方法。
５３．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度が、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～５２のいずれか一項に記載の方法。
５４．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態４８～５３のいずれか一項に記載の方法。
５５．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度が、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～５４のいずれか一項に記載の方法。
５６．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．１ＳＤ～－１．６ＳＤを含む、実施形態４８～５５のいずれか一項に記載の方法。
５７．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度が、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～５６のいずれか一項に記載の方法。
５８．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態４８～５７のいずれか一項に記載の方法。
５９．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～５８のいずれか一項に記載の方法。
６０．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態４８～５９のいずれか一項に記載の方法。
６１．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～６０のいずれか一項に記載の方法。
６２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．７５ＳＤ～－１．２５ＳＤを含む、実施形態４８～６１のいずれか一項に記載の方法。
６３．正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度が、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態４８～６２のいずれか一項に記載の方法。
６４．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．７５ＳＤ～－２．２５ＳＤを含む、実施形態４８～６３のいずれか一項に記載の方法。
６５．配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号２７のＶＨドメイン；配列番号３３のＶＬドメイン；配列番号２４の重鎖又は配列番号３０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６４のいずれか一項に記載の方法。
６６．配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１７３のＶＨドメイン；配列番号１８１のＶＬドメイン；配列番号１６９の重鎖又は配列番号１７７の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６５のいずれか一項に記載の方法。
６７．配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号４５のＶＨドメイン；配列番号５１のＶＬドメイン；配列番号４２の重鎖又は配列番号４８の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６６のいずれか一項に記載の方法。
６８．配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号６３のＶＨドメイン；配列番号６９のＶＬドメイン；配列番号６０の重鎖又は配列番号６６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６７のいずれか一項に記載の方法。
６９．配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号７８のＶＨドメイン；又は配列番号８１のＶＬドメインのうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６８のいずれか一項に記載の方法。
７０．配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号９３のＶＨドメイン；配列番号９９のＶＬドメイン；配列番号９０の重鎖又は配列番号９６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～６９のいずれか一項に記載の方法。
７１．配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１０８のＶＨドメイン及び／又は配列番号１１１のＶＬドメインを含む、実施形態４３～７０のいずれか一項に記載の方法。
７２．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１２０のＶＨドメイン及び／又は配列番号１２３のＶＬドメインを含む、実施形態４３～７１のいずれか一項に記載の方法。
７３．配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１３２のＶＨドメイン及び／又は配列番号１３５のＶＬドメインを含む、実施形態４３～７２のいずれか一項に記載の方法。
７４．配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１４７のＶＨドメイン；配列番号１５３のＶＬドメイン；配列番号１４４の重鎖又は配列番号１５０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態４３～７３のいずれか一項に記載の方法。
７５．Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症について処置される対象における、１つ以上の処置の有効性を決定する方法であって、
１つ以上の処置の前に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
生物学的試料のうちの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号４の、ＸＬＰ１についての第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合し、配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号９の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、１つ以上の処置の前の対象における各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；
１つ以上の処置時に又はこれらの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ、これらを消化するステップ、これらを富化するステップ、及びこれらに対して実施するステップを反復するステップ；
並びに
１つ以上の処置が、
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、Ｘ－ＣＧＤに対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＸＬＰ１に対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＦＨＬ２に対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度より高い場合に、ＡＴに対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＣＶＩＤに対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＳＣＩＤに対して効果的であり；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度より高い場合に、ＡＤＡ欠損症に対して効果的であり；かつ／又は
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、所定の閾値濃度以上である場合に、ＤＯＣＫ８欠損症に対して効果的である
ことを決定する、
又は
１つ以上の処置が、
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、Ｘ－ＣＧＤに対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＸＬＰ１に対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＦＨＬ２に対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＡＴに対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第４のＣＤ１９シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＣＶＩＤに対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＳＣＩＤに対して効果的でなく；
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度以下である、又はＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＡＤＡ欠損症に対して効果的でなく；かつ／又は
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度以下である、又はＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＤＯＣＫ８欠損症に対して効果的でない
ことを決定するステップ
を含む方法。
７６．１つ以上の処置の前における、生物学的試料中の、
配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化すること
により、対象における１つ以上の処置の有効性を決定するステップ；
富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、１つ以上の処置の前の対象における各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；
１つ以上の処置時に又はこれらの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ、これらを消化するステップ、これらを富化するステップ、及びこれらに対して実施するステップを反復するステップ；
並びに
１つ以上の処置が、
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、対応する第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度より高い場合に
効果的であることを決定する、
又は
１つ以上の処置が、
１つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、対応する第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度以下である、又は第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドが非存在である場合に
効果的でないことを決定するステップ
をさらに含む、実施形態７５に記載の方法。
７７．生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、実施形態７５又は７６に記載の方法。
７８．酵素が、トリプシンである、実施形態７５～７７のいずれか一項に記載の方法。
７９．各シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップをさらに含む、実施形態７５～７８のいずれか一項に記載の方法。
８０．各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差（ＳＤ）から計算される、実施形態７５～７９のいずれか一項に記載の方法。
８１．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度が、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０に記載の方法。
８２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態８０又は８１に記載の方法。
８３．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度が、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～８２のいずれか一項に記載の方法。
８４．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．５ＳＤ～－１ＳＤを含む、実施形態８０～８３のいずれか一項に記載の方法。
８５．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度が、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～８４のいずれか一項に記載の方法。
８６．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態８０～８５のいずれか一項に記載の方法。
８７．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度が、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～８６のいずれか一項に記載の方法。
８８．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度の－２．１ＳＤ～－１．６ＳＤを含む、実施形態８０～８７のいずれか一項に記載の方法。
８９．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度が、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～８８のいずれか一項に記載の方法。
９０．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．５ＳＤ～－２ＳＤを含む、実施形態８０～８９のいずれか一項に記載の方法。
９１．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～９０のいずれか一項に記載の方法。
９２．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．２５ＳＤ～－１．７５ＳＤを含む、実施形態８０～９１のいずれか一項に記載の方法。
９３．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～９２のいずれか一項に記載の方法。
９４．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度の－１．７５ＳＤ～－１．２５ＳＤを含む、実施形態８０～９３のいずれか一項に記載の方法。
９５．正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度が、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態８０～９４のいずれか一項に記載の方法。
９６．対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度の－２．７５ＳＤ～－２．２５ＳＤを含む、実施形態８０～９５のいずれか一項に記載の方法。
９７．配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号２７のＶＨドメイン；配列番号３３のＶＬドメイン；配列番号２４の重鎖又は配列番号３０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～９６のいずれか一項に記載の方法。
９８．配列番号３の、ＸＬＰ１についての第１のＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１７３のＶＨドメイン；配列番号１８１のＶＬドメイン；配列番号１６９の重鎖又は配列番号１７７の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～９７のいずれか一項に記載の方法。
９９．配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号４５のＶＨドメイン；配列番号５１のＶＬドメイン；配列番号４２の重鎖又は配列番号４８の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～９８のいずれか一項に記載の方法。
１００．配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号６３のＶＨドメイン；配列番号６９のＶＬドメイン；配列番号６０の重鎖又は配列番号６６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～９９のいずれか一項に記載の方法。
１０１．配列番号８の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号７８のＶＨドメイン；又は配列番号８１のＶＬドメインのうちの１つ以上を含む、実施形態７５～１００のいずれか一項に記載の方法。
１０２．配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号９３のＶＨドメイン；配列番号９９のＶＬドメイン；配列番号９０の重鎖又は配列番号９６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～１０１のいずれか一項に記載の方法。
１０３．配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１０８のＶＨドメイン及び／又は配列番号１１１のＶＬドメインを含む、実施形態７５～１０２のいずれか一項に記載の方法。
１０４．配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１２０のＶＨドメイン及び／又は配列番号１２３のＶＬドメインを含む、実施形態７５～１０３のいずれか一項に記載の方法。
１０５．配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１３２のＶＨドメイン及び／又は配列番号１３５のＶＬドメインを含む、実施形態７５～１０４のいずれか一項に記載の方法。
１０６．配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１４７のＶＨドメイン；配列番号１５３のＶＬドメイン；配列番号１４４の重鎖又は配列番号１５０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、実施形態７５～１０５のいずれか一項に記載の方法。
１０７．対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症のスクリーニングのためのアッセイであって、
（ｉ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号６７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号８の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドに結合する、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
を含む抗体又はその抗原結合性断片；
並びに／又は
（ｉｉ）配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号４の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１０の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１１の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；及び／又は
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片；
並びに／又は
（ｉｉｉ）参照シグネチャーペプチドであって、
配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
配列番号４の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号８の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチド；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチド；及び／又は
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチド
を含む参照シグネチャーペプチド
を含むアッセイ。
１０８．（ｉｖ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
を含む抗体又はその抗原結合性断片；
並びに／又は
（ｖ）参照シグネチャーペプチドであって、
配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；
配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；及び／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチド
を含む参照シグネチャーペプチド
をさらに含む、実施形態１０７に記載のアッセイ。
１０９．参照シグネチャーペプチドが、同位体標識化されている、実施形態１０７又は１０８に記載のアッセイ。
１１０．抗体又はその抗原結合性断片が、磁気ビーズに付着している、実施形態１０７～１０９のいずれか一項に記載のアッセイ。
１１１．配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１２．ＶＨドメインが、配列番号２７に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号２４に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号３３に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号３０に明示されている、実施形態１１１に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１３．配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１４．ＶＨドメインが、配列番号１７３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号１６９に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号１８１に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号１７７に明示されている、
実施形態１１３に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１５．配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１６．ＶＨドメインが、配列番号４５に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号４２に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号５１に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号４８に明示されている、実施形態１１５に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１７．配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１８．ＶＨドメインが、配列番号６３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号６０に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号６９に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号６６に明示されている、
実施形態１１７に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１１９．配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２０．ＶＨドメインが、配列番号７８に明示され、ＶＬドメインが、配列番号８１に明示されている、実施形態１１９に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２１．配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２２．ＶＨドメインが、配列番号９３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号９０に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号９９に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号９６に明示されている、実施形態１２１に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２３．配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２４．ＶＨドメインが、配列番号１０８に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１１１に明示されている、実施形態１２３に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２５．配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２６．ＶＨドメインが、配列番号１２０に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１２３に明示されている、実施形態１２５に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２７．配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２８．ＶＨドメインが、配列番号１３２に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１３５に明示されている、実施形態１２７に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１２９．配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１３０．ＶＨドメインが、配列番号１４７に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号１４４に明示され；
ＶＬドメインが、配列番号１５３に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号１５０に明示されている、実施形態１２９に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
１３１．（ｉ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号６７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号８の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、配列番号７０のＣＤＲ１、配列番号７１のＣＤＲ２及び配列番号７２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号７３のＣＤＲ１、配列番号７４のＣＤＲ２及び配列番号７５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドに結合する、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
を含む抗体又はその抗原結合性断片；
並びに／又は
（ｉｉ）配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号４の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１０の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１１の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；及び／又は
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
並びに／又は
（ｉｉｉ）参照シグネチャーペプチドであって、
配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
配列番号４の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
配列番号８の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチド；
配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチド；
配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチド；
配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；
配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；及び／又は
配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチド
を含む参照シグネチャーペプチド
を含むキット。
１３２．濾紙カード；パンチツール；口腔スワブ；クライオジェニックバイアル；血液回収チューブ；消化酵素；消化緩衝液；抗体又はその抗原結合性断片のための固体支持体及び溶離緩衝液のうちの１つ以上をさらに含む、実施形態１３１に記載のキット。
１３３．参照シグネチャーペプチドが、同位体標識化されている、実施形態１３１又は１３２に記載のキット。
１３４．抗体又はその抗原結合性断片が、磁気ビーズに付着している、実施形態１３１～１３３のいずれか一項に記載のキット。
（ＸＩＩ）実施例：下記の実施例において記載されているデータのうちの少なくとも一部は、Ｃｏｌｌｉｎｓら、「Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」、１１巻、論文４６４（２０２０年４月）において公表されている。
［実施例１］ 概要
マルチプレックス化選択反応モニタリング連動ペプチド免疫親和性富化（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）パネルを、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）に由来する、３つの原発性免疫不全症障害（ＰＩＤＤ）特異的タンパク質及び３つの細胞型特異的タンパク質を表す、６つのシグネチャーペプチドの同時スクリーニングのために作出した。ウィスコット－アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｄｏｃｋ８欠損症及びアデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症を表す、２例のＸＬＡ保因者を含む、２９例のＰＩＤＤ患者試料に由来する試料中において、各疾患を表すペプチドは、正常対照と比べて、著明に低減され、患者識別は、臨床診断及び分子診断と、優れて一致した。マルチプレックスパネルにはまた、血小板（ＣＤ４２）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞（ＣＤ５６）についての細胞特異的マーカーも組み入れられた。ＷＡＳ患者において、ＣＤ４２レベルは、著明に低減されることが見出され、特徴的な血小板減少症と符合した。骨髄移植の前後に解析されたＷＡＳ患者は、処置後における、ＷＡＳタンパク質及び血小板ＣＤ４２の正常化を示し、ＰＩＤＤ処置の効果を裏付け、これについてモニタリングする、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの能力を強調した。ハイスループットｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ法は、高容量新生児スクリーニング（ＮＢＳ）のワークフロー要件をみたす、２．５分間の試行時間において、ＰＩＤＤ特異的ペプチドをスクリーニングする。このハイスループット法は、標準ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ ＰＩＤＤパネルと同一な結果をもたらした。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによるペプチド解析は、回収及び搬送が容易なＤＢＳから、ＰＩＤＤ患者を同定及び研究するための、頑健な潜在的可能性がある臨床診断法を表し、ＮＢＳを介する、早期のＰＩＤＤ診断に対する、大きな潜在的可能性を裏付ける。
６つのシグネチャーペプチドバイオマーカーを使用して、６つの、分子的に規定されたＰＩＤＤについて、ＤＢＳをスクリーニングするのに、マルチプレックス化プロテオミクス診断パネルを開発した。標的ＰＩＤＤの最新のセットは、ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ）（Ｗｈｉｔｍｏｒｅ及びＧａｓｐａｒ、「Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」、２０１６、７：３１４～３１４頁；Ｆｌｉｎｎ及びＧｅｎｎｅｒｙ、Ｏｒｐｈａｎｅｔ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｒａｒｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ、２０１８、１３（１）：６５頁）、細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症（Ａｙｄｉｎら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０１５、３５（２）：１８９～９８頁；Ｅｎｇｅｌｈａｒｄｔら、Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００９、１２４（６）：１２８９～３０２ ｅ４頁）、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（ＸＬ－ＣＧＤ）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群（ＸＬＰ１；ＳＨ２Ｄ１Ａ欠損症）及び家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）を含む。これらの状態についてのシグネチャーペプチドは、特異的ＰＩＤＤについての直接的診断のための一次マーカーとして用いられる。神経細胞接着分子（ＣＤ５６）及び糖タンパク質Ｉｂ（ＣＤ４２）など、二次タンパク質マーカーについての解析は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞及び血小板それぞれのカウントについての情報を生成することにより、特異的診断のための裏付けをもたらす。まとめると、上記の状態と関連する、６つのペプチドバイオマーカーを、マルチプレックスアッセイにおいて、同時に定量することができた。
シグネチャーペプチドに対する、抗ペプチドモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の作出は、ポリクローナル抗体（ｐＡｂ）と比べて、より大きな特異性、再現性及びバッチ間の一貫性をもたらす。正常対照範囲を確立し、盲検化試料セットを使用して、患者を、対照から差別化する能力について調べる一方、二次マーカーは、結果として得られる、造血系及び免疫系に対する効果についての情報をもたらした。最後に、高度に転換可能であり、診断解析及びハイスループット（ＨＴ）ＮＢＳのいずれにも適する、マルチプレックス法を開発した。
材料及び方法
乾燥血液スポット試料：本プロトコールは、管理治験審査委員会により承認された。全ての対象は、ヘルシンキ宣言に従い、説明同意文書を提出した。正常対照血液試料は、ＢｉｏＩＶＴ（Ｈｉｃｋｓｖｉｌｌｅ、ＮＹ）から購入した。Ｕｎｉｖｅｒｓｉｄａｄｅ Ｆｅｄｅｒａｌ ｄｅ Ｕｂｅｒｌａｎｄｉａ（Ｕｂｅｒｌａｎｄｉａ、Ｂｒａｚｉｌ）に由来する試料を含む患者試料は、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙにより提供された。さらなる患者試料は、説明同意文書を得た後で、米国国立衛生研究所（Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ）により回収された。指先穿刺又は７０μＬの血液（１２ｍｍのスポット１つ当たり）のピペッティングにより、試料を、濾紙カード（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓａｖｅｒ９０３、Ｐｉｓｃａｙａｗａｙ、ＮＪ）へと調製した。次いで、試料を、室温において、一晩にわたり乾燥させ、ＳＣＨへと搬送し、使用まで、－８０℃において保管した。１７５例の正常対照に由来するＤＢＳ試料を解析した。８例のＷＡＳ患者試料、１１例のＸＬＡ患者及び２例の保因者、１例のＤＯＣＫ８欠損患者、３例のＸＬ－ＣＧＤ患者、１例のＡＲ－ＣＧＤ患者並びに６例のＡＤＡ欠損患者に由来する試料を含む、合計２９例のＰＩＤＤ患者に由来するＤＢＳを解析した。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ試薬：Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００（Ｔ９２８４－１００ｍＬ）、ＴＰＣＫ－ｔｒｅａｔｅｄ Ｗｏｒｔｈｉｎｇｔｏｎ Ｔｒｙｐｓｉｎ（ＬＳ００３７４０）及び（３－［３－コールアミドプロピル＝ジメチルアンモニオ］－１－プロパンスルホネート）（ＣＨＡＰＳ）（型番：２８３００）洗浄剤は、Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）から得た。重炭酸アンモニウム（Ａｍｂｉｃ）（Ａ６１４１－２５Ｇ）は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから購入した。アセトニトリル（ＡＣＮ）（型番：Ａ９５５、Ｏｐｔｉｍａ ＬＣ／ＭＳ ｇｒａｄｅ）、酢酸（ＡＡ）（型番：Ａ１１３５０、Ｏｐｔｉｍａ ＬＣ／ＭＳ ｇｒａｄｅ）、水（型番：Ｗ６、Ｏｐｔｉｍａ ＬＣ／ＭＳ ｇｒａｄｅ）、ギ酸（ＦＡ）（型番：Ａ１１７、Ｏｐｔｉｍａ ＬＣ／ＭＳ ｇｒａｄｅ）、リン酸緩衝食塩液（１倍濃度ＰＢＳ；型番：１００１０－０２３）、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）及びトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（ＴＲＩＳ）緩衝液は、Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）から得た。
同位体標識化内部標準（ＩＳ）ペプチドは、Ａｔｌａｎｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ（Ｌｅｗｉｓｂｕｒｇ、ＰＡ）又はＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）から購入した。ＩＳペプチドは、＞９５％まで精製され、安定重同位体により標識化されたＣ末端のリシン又はアルギニンを組み込むように合成された。標識化（１３Ｃ又は１５Ｎ）は、＋８（Ｌｙｓ）又は＋１０（Ａｒｇ）ドルトン（Ｄａ）の質量シフトを結果としてもたらす。アリコートは、使用まで、５％ＡＣＮ／０．１％ＦＡ中、－８０℃において保管した。
ＰＩＤＤ内部標準（ＩＳ）ペプチドは、Ｈ２Ｏ中に１倍濃度のＰＢＳ＋１５％のＡＣＮ＋０．１％のＦＡ＋０．０３％のＣＨＡＰＳ中の５００倍濃度混合物として保管し、使用の直前に希釈した。最終ペプチドの、原液ミックス中濃度及びペプチド捕捉実験を、表２に示す。
Figure 2023516733000010
シグネチャーペプチドの選択及び抗体の作製：候補シグネチャーペプチドの選択は、ＳＩＳＣＡＰＡアッセイについて公表されているＣＰＴＡＣガイドライン（Ｈｏｏｆｎａｇｌｅら、Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ、２０１６、６２（１）：４８～６９頁）に従い行った。略述すると、候補物質は、トリプシン消化ペプチドを作出する、コンピュータ上のタンパク質消化により生成した。これらの配列は、長さ及び疎水性に基づき区別した。潜在的な切断の逸失、メチオニン及び公知の翻訳後修飾を有するペプチドは除外した。ＢＬＡＳＴツールを使用して、最終候補ペプチドをプロテオームにおける固有性についてスクリーニングした。複数の候補ペプチドが存在した場合、最終ペプチドは、ＭＳ応答に基づき選択した。抗体作製のための、最終的なペプチド選択は、ＭＳ応答を、同等の濃度において比較することにより行った。シグネチャーペプチドについてのフラグメント化パターンを、図３に提示する。
抗体の作製は、以下の通りに実施した。ペプチド配列を、Ｎ末端システインと共に合成し、アジュバントタンパク質へとコンジュゲートさせてから、ウサギを免疫化した。力価及び活性が高度な末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、動物から単離し、次いで、Ｂ細胞を培養した。次いで、単離応答Ｂ細胞のｃＤＮＡをクローニングし、哺乳動物発現系において、さらなるスクリーニングのために、抗体を発現させた。Ｂ細胞の培養及び抗体クローンの発現の後、ＥＬＩＳＡ及びｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ法を使用して、モノクローナル発生に対する適性を決定するように、抗体について調べた。
代替的に、上記の通りに、ペプチドの合成及びアジュバントのコンジュゲーションを行ってから、マウスを免疫化した。応答動物に由来するＢ細胞を単離し、ハイブリドーマ細胞系を作製した。粗採血及びハイブリドーマ発生後の複数の段階において、ＥＬＩＳＡ及びｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ法を使用して、モノクローナル発生に対する適性を決定するように、抗体について調べた。
抗体ビーズ試薬の作製：Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）製のプロテインＧコート磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ；型番：１０００４Ｄ）と共にインキュベートし、これを、まず、１倍濃度のＰＢＳ＋０．０３％のＣＨＡＰＳにより洗浄し、保管緩衝液を除去する、磁気によるビーズの単離（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ；型番：２０－４０００）（Ｔｅｍｅｃｕｌａ、ＣＡ）を行うことにより、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）ビーズを作製した。ピペッティングによりビーズを混合し、その後、磁石により単離した。この洗浄手順を、合計３回にわたり反復した。最後に、μｇ単位のｍＡｂ：μＬ単位のビーズの比を１：２．５として、適量のｍＡｂ原液を、単離ビーズへと添加した。次いで、カップリングのために、抗体及びビーズを、４℃において、一晩にわたりタンブリングした。最後に、固定化ｍＡｂ連結ビーズを、１倍濃度のＰＢＳ＋０．０３％のＣＨＡＰＳにより、２回にわたり洗浄し、０．４μｇ／μＬの濃度において再懸濁させた。
ＤＢＳの抽出、トリプシン消化及び免疫親和性富化：タンパク質の抽出及びトリプシン消化は、既に報告されている手順（Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１８、９（２７５６）；Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０２０、１１）を改変して行った。直径６．３５ｍｍのパンチ２片を、ＤＢＳカードから採取し、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ）製の９６ウェルプレート（ＭＡＳＴＥＲＢＬＯＣＫ、Ｇｒｅｉｎｉｅｒ；型番：７８６２０１）に入れた。これらのパンチを、３００μＬの５０ｍＭの重炭酸アンモニウム緩衝液中に０．１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００中に浸漬した。次いで、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）を、Ｈ２Ｏ中に、０．２Ｍ ＤＴＴの濃度において添加した。ボルテックスの後、攪拌しながら、３７℃において、３０分間にわたり、タンパク質の抽出を進めた。タンパク質抽出の後、３００μＬの抽出上清を除去し、新たなプレートへと移してから、６０μｇのトリプシンを添加し、３７℃において、２時間にわたるインキュベーションを行った。結果として得られるペプチド混合物を、ペプチドの免疫親和性富化のために直接使用した。
消化されたペプチド混合物へと、１５μＬの１Ｍ ＴＲＩＳ（ｐＨ８；型番：１５５６８－０２５）及び１５μＬの１倍濃度内部標準ミックスを直接添加した。ＰＩＤＤシグネチャーペプチド内部標準物質についての最終ＩＳ濃度を、表２に示す。次に、ｍＡｂ－ビーズを、表２に一覧される質量において、直接添加した。抗ペプチド抗体によるペプチドの捕捉を可能とするように、結果として得られる溶液を、４℃において、攪拌しながら、一晩にわたりインキュベートした。
インキュベーションの後、９６ウェル磁気プレート（Ａｌｐａｑｕａ Ｍａｇｎｕｍ ＥＸ；型番：Ａ０００３８０）（Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）を使用して、ｍＡｂ－ビーズをプルダウンし、１倍濃度ＰＢＳ＋０．０１％ＣＨＡＰＳにより、２回にわたり洗浄して、オフターゲットペプチドを除去した。各洗浄の後、磁石により、ｍＡｂ－ビーズを、回収してから、さらなる洗浄緩衝液により再懸濁させた。最終回洗浄の後、磁石により回収してから、５％ＡＡ＋３％ＡＣＮを含有する、３０μＬの溶離水溶液を添加した。捕捉されたペプチドを、１０００ｒｐｍにおいて、５分間にわたり、ビーズから溶離させた。最後に、磁石により、ビーズを回収し、溶離したペプチドを、解析のために、ＬＣ／ＭＳ用バイアル又は未使用の９６ウェルプレートへと移した。４又は５×３．１２５ｍｍのパンチに由来する、必要量より少量のＤＢＳが入手可能な試料について解析した。これらの場合には、抗体インプット量を除き、全ての容量を、状況に応じて調整した。
液体クロマトグラフィー／質量分析：単離ペプチド混合物に対するＬＣ－ＭＳ／ＭＳは、Ｗａｔｅｒｓ Ｘｅｖｏ ＴＱ－ＸＳ ｗｉｔｈ Ｉｏｎｋｅｙ ｓｏｕｒｃｅ ａｎｄ ｄｕａｌ Ｍ－Ｃｌａｓｓ ｇｒａｄｉｅｎｔ ａｎｄ ｌｏａｄｉｎｇ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ ｐｕｍｐｓ（Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ）上において実施した。クロマトグラフィー溶媒は、Ａ：Ｈ２Ｏ＋０．１％ＦＡ及びＢ：ＡＣＮ＋０．１％ＦＡであった。最初のステップとして、ペプチドを、Ｍ－Ｃｌａｓｓ Ｔｒａｐ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８カラム（３００μＭ×２５ｍｍ、１００Ａ、５ｕＭ）へと、Ａ：Ｂを、９８：２とする、２０μＬ／分の一定流により、３分間にわたりロードする。ローディングの後、試料流を逆転させる。ペプチドは、トラップカラムから溶離させ、１５０μＭ×１００ｍｍ ＢＥＨ Ｃ１８ｉｏｎｋｅｙ（１３０Ａ、１．７μＭ）を使用して分離する。勾配流条件は、２０分間及び２．５分間の両方の勾配について示す（表３）。ＳＲＭトランジションは、Ｑ１四重極及びＱ３四重極の両方の単位分解能の範囲内において得た。滞留時間は、質量飛程の間の休止時間を、３ミリ秒間として、５ミリ秒間であり、全サイクル時間は、１．５秒間であった。各ペプチドについての前駆体質量及びフラグメント質量は、最高強度のトランジションを生成するように選び出した。前駆体質量、フラグメント質量及び衝突エネルギーは、生成されるシグナルを最適化するように微調整した。各ペプチドについての内因性ＳＲＭトレースを図４に示す。
勾配設定値を、表３に示す。トランジションは、滞留時間を、１０ミリ秒間とし、質量飛程の間の休止時間を、５ミリ秒間とする結果としてのサイクル時間を０．７５秒間として、単位／単位分解能において得た。
Figure 2023516733000011
データ解析：ＳＲＭデータは、Ｓｋｙｌｉｎｅ（ＭａｃＣｏｓｓ Ｌａｂ、オープンソースソフトウェア、Ｓｅａｔｔｌｅ、ＷＡ、Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ：ｓｋｙｌｉｎｅ．ｍｓ／ｐｒｏｊｅｃｔ／ｈｏｍｅ／ｂｅｇｉｎ．ｖｉｅｗ）を使用して解析した。内因性シグネチャーペプチドの濃度は、内因性ペプチドシグナルを、ペプチド抽出物へと、既知の濃度において添加された、同位体ＩＳのシグナルと比較することにより生成した。統計学的解析は、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用して行った。ペプチドの還元は、各ペプチドについて、正常対照に対して比較された一元ＡＮＯＶＡを使用して解析した。
方法の性能の評価：反応曲線を作成して、アッセイ直線性並びに検出限界及び定量限界を確立した。各試料について、正常対照ＤＢＳに由来するパンチ（２×６．３５ｍｍのパンチ）を抽出し、消化した。消化の後、試料をプールし、一貫した内因性ペプチドシグナルを生成するように、再アリコート分割した。アリコート分割された試料へと、８つの異なる濃度（０倍濃度、０．０５倍濃度、０．１倍濃度、０．５倍濃度、１倍濃度、２倍濃度、５倍濃度及び５０倍濃度）のＩＳを添加した。各濃度は、三連において添加した。ＩＳを添加した後、記載された通りに、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭワークフローを完遂した。ペプチド溶離の後、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ解析のために、試料を、２つのバイアルへと分割し、２つの個別の勾配（２０分間及び２．５分間）において流過させて、それぞれの解析値を比較した。反応曲線用試料を、標準勾配及びハイスループット（ＨＴ）勾配の両方において試行にかけた。
アッセイのアッセイ内精度及びアッセイ間精度は、５つの個別の実験日において、内因性ペプチド濃度を定量することにより決定した。各日、全ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ工程を通して、５回の反復アッセイを行った。変動係数（ＣＶ）は、実験日の試料セット内及び実験日の試料セット間について決定した。ＣＶ用試料は、標準勾配及びＨＴ勾配の両方を試行にかけた。
内因性タンパク質及び内因性ペプチドの安定性について研究するために、同じＤＢＳカードを、時間経過にわたり解析した。３つの個別のＤＢＳカードを、ＲＴ及び３７℃において保管し、－２０℃において保持された試料と比較し、保管温度の効果を決定した。ペプチド濃度の測定は、インキュベーションの７日後に行った。各試料は、三連において解析した。
患者試料の解析：患者試料は、患者及び対照を含有する、混合試料セットの作出により、盲検化方式において解析した。初期診断の確立のために、全試料セットを、２０分間の標準勾配において試行にかけた。解析の後、診断カットオフに照らした比較により、患者状態を予測してから、盲検化を解除した。標準法と、ＨＴ法との一致について検討するために、２．５分間のＨＴ勾配を使用して、１７例の試料及び２０例の正常対照のサブセットを解析した。
結果
ペプチドの選択及び抗体の開発：代表的バイオマーカーペプチドとして選び出されたシグネチャーペプチド配列を、分子量並びに定量的解析のために使用される親イオン及び娘イオンと共に、表４に一覧する。
各配列に対して、モノクローナル抗体を作出した。最終的な抗体を、内因性シグネチャーペプチドを、高親和性により捕捉するそれらの能力及び解析物に対するそれらの干渉の欠如について選び出した。
Figure 2023516733000012
Figure 2023516733000013
Figure 2023516733000014
一次マーカーは、特異的関連ＰＩＤＤについての直接的な診断のために使用する。二次マーカーは、造血関連標的についてのマーカーに関連する情報を提供する。
方法の性能の評価：直線性、ＬＯＤ、ＬＯＱ、標準勾配条件についてのアッセイ内ＣＶ及びアッセイ間ＣＶ並びに安定性を含む解析性能指数を、表５に示す。全てのペプチドは、１７．６フェムトモルのＬＯＤ及び３０フェムトモルのＬＯＱを有したＣＤ４２ １２８を除き、１０フェムトモル未満のＬＯＤ値及びＬＯＱ値を有した。直線範囲のプロットを、図５Ａ、５Ｂに示す。全てのペプチド濃度は、＜２０％のＣＶにより再現可能であった。典型的に、これは、試料の試行間の変動の許容限界である。ＨＴ勾配による解析についての解析性能指数を、表６に示す。ＬＯＤ値が、２．５分間の試行と、２０分間の試行との間において、同等であったのに対し、ＬＯＱ値は、ＨＴ法へと移行すると、ＣＤ５６ １２２、ＡＤＡ９３及びＣＹＢＢ５０９を除き、各場合において増大した。アッセイ内ＣＶが、高速法と共に増大する傾向を示したのに対し、残りの数値は、ＤＯＣＫ８ １２７２を除く、全てのペプチドについて、２０％未満にとどまった。
加えて、ＣＤ４２ １２８を除く全ての場合において、－２０℃において保管された試料と比べた、ＲＴ又は３７℃の７日間にわたる保管における、ペプチド濃度の変化は、２０％未満であった。この血小板マーカーは、ＲＴ及び３７℃において保管された場合に、それぞれ、２５．５％及び２７．９％の増大を示した。
Figure 2023516733000015
一次マーカーは、関連ＰＩＤＤについての直接的な診断のために使用する。二次マーカーは、造血関連標的についてのマーカーに関連する情報を提供する。
Figure 2023516733000016
一次マーカーは、関連ＰＩＤＤについての直接的な診断のために使用する。二次マーカーは、造血関連標的についてのマーカーに関連する情報を提供する。
正常対照の範囲：１２５例の正常対照試料についての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析を実施して、正常の範囲を設定した。これらの範囲を使用して、患者を同定しうる、診断カットオフ値を確立した。各状態における、各ペプチドについての平均値、標準偏差及び診断カットオフ値を、表７に示す。
Figure 2023516733000017
患者試料：シグネチャーペプチド濃度、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ並びに臨床診断、遺伝情報及び処置を、図６に示す。
ＣＤ４２ １２８について、７例中６例の非処置ＷＡＳ患者が、診断カットオフを下回ったのに対し、研究における他の全ての患者は、正常レベルのＣＤ４２ １２８を有した（図７Ａ）。ＣＤ４２ １５４について、全ての非処置ＷＡＳ患者は、規定された診断カットオフを下回った（図７Ｂ）。しかし、ＣＤ４２ １５４は、偽陽性数及び検出可能なペプチドを伴わない試料の数を増大させた。これは、質量変化を引き起こし、ペプチドの検出に干渉する、公知の多型に潜在的に起因する。最後に、試料２０－Ａ及び２０－Ｂは、治癒的ＢＭＴの前後に、同じ患者から回収した。ＢＭＴの後、この患者は、各ペプチドについて、ＣＤ４２ １２８レベル及びＣＤ４２ １５４レベルが、診断カットオフを上回った（図７Ａ、７Ｂ）。最後に、患者１４は、ＣＤ４２ １２８レベルが、診断カットオフを上回った。全ての非標的ペプチドは、これらの患者について、正常の範囲内にあり、他の患者は、ＣＤ４２ １２８のレベルも、診断カットオフを下回らなかった。
確認されたＸ－ＣＧＤ患者のＤＢＳは、ＣＹＢＢ濃度が、正常から低減されていることが見出された。Ｘ－ＣＧＤ患者におけるＣＹＢＢの平均濃度は、４６．９ピコモル／Ｌであった（図８Ａ）。常染色体劣性（ＡＲ）－ＣＧＤ患者２４は、ＣＹＢＢ濃度が、１８７．４ピコモル／Ｌ ＣＹＢＢ５０９の診断カットオフを大きく上回る、１，１７２．６ピコモル／Ｌであった。全ての非標的ペプチドは、これらの患者について、正常の範囲内にあった。
ＤＯＣＫ８欠損症患者（ＤＢＳ２５）（図８Ｂ）は、ＤＯＣＫ８ １２７２ペプチド濃度が、１８．２ピコモル／Ｌであった。これは、３６５．３ピコモル／Ｌ（ｐ＜０．０５）の正常対照平均及び６２．２ピコモル／Ｌの診断カットオフと比較した場合に、著明に低減されている。全ての非標的ペプチドは、この患者について、正常の範囲内にあり、他の患者は、ＤＯＣＫ８ １２７２のカットオフレベルを下回らなかった。
ＡＤＡ欠損症患者２６～３１に由来するＤＢＳは、ＡＤＡ９３値が可変的であった（図８Ｃ）。患者２８、３０及び３１のＡＤＡ９３濃度は、４６９．１ピコモル／Ｌに設定された診断カットオフを大きく下回る、１５．６ピコモル／Ｌ、２．０ピコモル／Ｌ及び２．３ピコモル／Ｌであった。患者２６、２７及び２９のペプチド濃度は、カットオフレベルを上回った。患者２７が、平均に近い３２３２．１ピコモル／ＬのＡＤＡ９３濃度を有したのに対し、患者２６及び２９は、ペプチド濃度を、それぞれ、６５４０．７ピコモル／Ｌ及び７４１５．１ピコモル／Ｌに上昇させた。５例の患者は、何らかの形態の処置を受けつつあった。患者２８及び３０は、ＰＥＧ－ＡＤＡ ＥＲＴを併用されており、患者２６、２７及び２９は、これらのＡＤＡ欠損症を管理するように、常套的なＲＢＣ輸血を受けた。患者３１は、非処置であり、ＡＤＡ欠損症であった。他のＰＩＤＤ患者も正常対照試料も、ＡＤＡ９３のレベルが、カットオフ濃度を下回らなかった。
全ての患者試料は、ＮＫ細胞マーカーである、ＣＤ５６ １２２レベルが、正常対照により決定された診断カットオフを上回った（図９）。
患者試料についてのハイスループット（ＨＴ）解析：１７例の患者試料によるサブセットは、集団スクリーニングに適する、最適化された２．５分間のＨＴ勾配を使用して解析した。ＨＴ解析により、さらなる偽陽性は創出されず、診断は、標準的ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法による診断とマッチした（図１０Ａ～１０Ｃ）。高ＣＶが、ＤＯＣＫ８ １２７２を、ＨＴ法解析から除外する理由であった。
本研究は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭが、ＤＢＳ中に存在する低存在度のタンパク質を直接定量することにより、３つの遺伝子的に規定されたＰＩＤＤを有する患者を正確に識別する、高感度アッセイであることを裏付けた。ＡＤＡ欠損症、ＤＯＣＫ８欠損症及びＸ－ＣＧＤを有する患者は、同時にスクリーニングされうる。二次（すなわち、直接診断的ではない）タンパク質マーカーである、血小板についてのＣＤ４２及びＮＫ細胞についてのＣＤ５６の解析を介して、新たな、裏付けとなる情報が得られる。データはまた、本方法が、高感度であり、時間経過にわたり再現可能であり、直線性範囲が広く、容易に転換可能であることも指し示す。
全てのＷＡＳ患者は、遺伝子的に、かつ、生化学的に確認された症例であった。二次血小板マーカーである、ＣＤ４２ １２８及びＣＤ４２ １５４が、ＷＡＳ患者において低減されたことは、循環血小板の低減と符合した。患者試料１４は、ＣＤ４２ １２８のレベルが、低レベルながら、診断カットオフを上回る、唯一のＷＡＳ患者であることが見出された。患者１４が、解析時に、脾臓摘出術又は血小板輸血を受けたのかどうかは不明である。したがって、ＣＤ４２シグネチャーペプチドは、ＤＢＳ中の血小板レベルを表す。興味深いことに、同じ患者を、治癒的ＨＳＣＴの前（患者２０－Ａ）及び後（患者２０－Ｂ）において解析したところ、二次血小板マーカーである、ＣＤ４２ １２８及びＣＤ４２ １５４は、ＨＳＣＴ後における診断カットオフを上回って上昇した。
Ｘ連鎖ＣＧＤ患者もまた、ＣＹＢＢシグネチャーペプチドについてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析を使用して、たやすく識別された（図８Ａ）。患者２１～２３についてのＣＹＢＢ５０９濃度は、１８７．４ピコモル／Ｌの診断カットオフを、大きく下回った。この解析は、ＣＹＢＢ遺伝子において突然変異を有するＸ－ＣＧＤ患者に特異的であるが、ＮＡＤＰＨ複合体内の他の構成要素の喪失によりもたらされる、疾患の常染色体劣性形態については特異的でない。これは、正常なＣＹＢＢ５０９レベルを示した、ＡＲ－ＣＧＤ患者２４についての解析において明らかである（図６）。ＣＧＤのＡＲ形態を同定するには、個々のＮＡＤＰＨ構成要素に、ＣＹＢＡ又はＮＣＦ１－３を表す、他のシグネチャーペプチドを添加しうる。フローサイトメトリーによるＮＡＤＰＨオキシダーゼ測定は、静脈穿刺により採血された静脈血及び生存率が限定的な好中球を要求するため、ＤＢＳに由来するｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、臨床スクリーニングのための、強力な代替的技術を表す。
ＤＯＣＫ８欠損症についての一次マーカーについての解析は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭが、患者を、対照からたやすく差別化することを示す（図８Ｂ）。ＤＯＣＫ８ １２７２の解析のために、健常対照は、３６５．３±１３４．７ピコモル／Ｌの平均ペプチド濃度を示した。診断カットオフは、平均濃度を下回る、６２．２ピコモル／Ｌ又は２．２５ＳＤに設定した。ＤＢＳから測定する場合に、これらの方法により解析されたＤＯＣＫ８試料は、極低濃度のＤＯＣＫ８ １２７２を有した。興味深いことに、本実施例において研究された患者は、フローサイトメトリーにより、１０％のＤＯＣＫ８陽性ＰＢＭＣを有する、復帰突然変異表現型を有することが見出された。ＤＯＣＫ８欠損症の診断は、しばしば、復帰突然変異に起因して困難であり、特化したフローサイトメトリーワークフローを必要とするので、大半又は全ての患者表現型を明確に差別化することが可能である、頑健なアッセイであれば、復帰突然変異に関わらず、識別を、大幅に簡略化する（Ｊｉｎｇら、Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２０１４、１３３（６）：１６６７～１６７５頁）。加えて、シーケンシングは、１つの対立遺伝子における、大きな欠失の、高頻度の存在に起因して、困難でありうる。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断法は、このアッセイが、ＤＢＳ内に存在する全ての細胞についてのグローバル解析であるため、復帰突然変異に対して、より耐性でありうる。したがって、ある特定のＰＢＭＣサブセットは、ＤＯＣＫ８の復帰突然変異の発現を呈しうるが、全体としての総タンパク質濃度は、劇的に低減される。かつての研究は、ほぼ全てのＤＯＣＫ８患者が、極低度のＤＯＣＫ８タンパク質発現を有することを示唆しているため（Ｅｎｇｅｌｈａｒｄｔら、Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００９、１２４（６）：１２８９～３０２ ｅ４頁）、大半の患者は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより、陽性とスクリーニングされることが期待される。全ての他の患者が、正常レベルのＤＯＣＫ８ １２７２を示すことは、このバイオマーカーが、ＤＯＣＫ８欠損症に特徴的であることを示唆する。
１例のＡＤＡ患者は、非処置であったが、２．３ピコモル／Ｌの、極めて低減されたＡＤＡ９３濃度を有した。スクリーニングされた５例のＡＤＡ欠損症患者は、それらの障害について、何らかの形態の酵素置換処置（ＥＲＴ）を施されており、処置の形態は、患者を識別するｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの能力に影響を与えた（図８Ｃ）。患者２８及び３０は、ＰＥＧ化ＡＤＡ ＥＲＴ（Ａｄａｇｅｎ（登録商標）；ｐｅｇａｄｅｍａｓｅ ｂｏｖｉｎｅ、Ｌｅａｄｉａｎｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）を施されていたにも拘わらず、シグネチャーペプチドであるＡＤＡ９３を使用して、適正に診断された。これらの患者において、ＡＤＡレベルは、１５．６ピコモル／Ｌ及び２．０ピコモル／Ｌと、極めて低度であり（それぞれ、患者２８及び３０）、４６９．１ピコモル／Ｌのカットオフ値を大きく下回った。処置のために使用された組換えＡＤＡ酵素は、ウシ由来であり、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる内因性ヒトＡＤＡの定量に干渉しない（Ｂｏｏｔｈ及びＧａｓｐａｒ、Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ：ｔａｒｇｅｔｓ ＆ ｔｈｅｒａｐｙ、２００９、３：３４９～３５８頁）。しかし、ブラジルからの患者２６、２７及び２９は、ＲＢＣが、著明レベルのＡＤＡを有するので、外因性酵素を施すように、赤血球輸血により処置されていた（Ｆａｒｇｏら、Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｙ、２０１３、１６０（４）：５４７～５５４頁）。半減期を９０日間とすると、毎週の間隔においてＲＢＣ輸血を受けるＡＤＡ欠損患者は、それらの血液中に、安定レベルのＲＢＣ関連ヒトＡＤＡを有し、この結果として、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイにおいて、正常の見かけを呈する。これは、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより測定された、患者２６、２７及び２９のそれぞれにおける、６５４０．７、３２３２．１及び７４１５．４ピコモル／ＬのＡＤＡ９３レベルと符合する。患者２６におけるタンパク質レベルは実際、２９１４．０ピコモル／Ｌ ＡＤＡ９３の平均正常値より有意に高度であるが、これは、輸血時における、ＲＢＣ数の増大に起因しうる。これらの結果は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭはまた、遺伝子治療若しくはＢＭＴなど、処置の有効性を決定する、又は外因的に送達されたタンパク質治療剤の薬物動態プロファイルを測定するためのツールとしても機能しうることを示唆する。
本実施例における、ＡＤＡ処置のさらなる証拠は、正常ＮＫ細胞マーカーである、ＣＤ５６ １２２の濃度の形を取る場合もある（図９）。ＡＤＡ欠損症は、通常、患者におけるＮＫ細胞濃度の低減を結果としてもたらす、ＳＣＩＤのＴ／Ｂ／ＮＫ型である。患者２８は、試料の回収時において、ＰＥＧ－ＡＤＡ（Ａｄａｇｅｎ（登録商標））処置を受けつつあったが、これについては、処置により、患者におけるリンパ球濃度を増大させることが示された（Ｂｏｏｔｈ及びＧａｓｐａｒ、Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ：ｔａｒｇｅｔｓ ＆ ｔｈｅｒａｐｙ、２００９、３：３４９～３５８頁）。同様に、患者２６及び２７における輸血処置は、絶対リンパ球数を増大させうる（Ｓｃｈｍａｌｓｔｉｅｇら、Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９７７、１１（４）：４９３～４９３頁）。まとめると、これらのデータは、治療的介入の成功及び造血系及び免疫系に対する潜在的帰結についての情報をもたらす。
２０分間の試行時間は、臨床診断ツールとして使用される、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ解析に十分であるが、ＮＢＳに必要な試料スループットを達成するために、この解析時間は、著明に短縮される必要がある。この問題に取り組むために、２．５分間の試料試行時間を活用するＨＴ勾配をデザインした。十分なペプチドシグナル及び短時間の解析的試行内における分離を維持するように、ペプチドトランジション及び保持時間のウィンドウを最適化した。全体として、ＭＳ走査速度のために、モニタリングされるトランジションの数を低減すること、したがって、全体としてのシグナルを低減することが必要であった。この低減にも拘わらず、ＨＴ法についての検出限界は、これらが有意に高値であった、ＡＤＡ９３、ＣＤ４２ １５４及びＣＤ５６ １２２を除く、全ての場合において同様であった（表６）。これに対し、ＣＹＢＢ５０９、ＡＤＡ９３及びＣＤ５６ １２２を除く、全てのペプチドについて、ＬＬＯＱは、数倍増大した。これらの結果も、同様に、ＨＴ解析による、モニタリングされたトランジションの減少、各ピークにわたり測定されたデータ点の減少及びペプチド共溶離量の増大のための、全体としてのシグナルの低減に起因する。大半の場合において、アッセイ内ＣＶは増大したが、ＤＯＣＫ８を除く、あらゆる場合において、２０％を下回る変動を保持した。ＨＴ解析では、ＤＯＣＫ８ １２７２の濃度解析の再現が不良であったが、これは、ペプチド保持時間のシフト及び解像度の喪失に起因する。本勾配条件下において、ＤＯＣＫ８ １２７２は、ＮＢＳのためのシグネチャーペプチド候補物質として不良となり、標準条件下において解析される必要がある。ＨＴ解析のために、ＤＯＣＫ８についてのさらなる候補物質ペプチドが探索される。
前出の試行に由来する、盲検化試料セットを、２．５分間のＨＴ勾配法により解析した（図１０Ａ～１０Ｃ）。この試料セット内において解析された患者について、表示の条件は、標準勾配の条件に合致した。これらの患者及び正常対照についての結果を、図１０Ａ～１０Ｃに示す。一次マーカーであるＣＹＢＢ５０９及びＡＤＡ９３について、ＨＴ解析により、偽陽性はもたらされなかった。これらの結果は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ及び本研究におけるペプチドバイオマーカーが、集団ベースのＮＢＳ研究に要求されるＨＴ解析に適することを示唆する。
これらの標的ＰＩＤＤ障害は、新生児スクリーニングのための、強力な潜在的候補物質を表す障害として選び出した。これらは、予防的抗生剤及びＩＶ免疫グロブリンを含む、効果的処置、又はＨＳＣＴ若しくは遺伝子治療を含む、治癒選択肢が存在する、比較的高頻度の障害である。頑健な新生児スクリーニング法がなければ、しばしば、これらの比較的希少な先天性ＰＩＤＤを疑い、適正な診断を確立し、効果的処置又は治癒的手順に着手するための措置を講じる前に、多大な時間がかかる。生後１年以内のこの時期に、患者は、致死性の感染症及びそれらの非処置状態の、他の否定的な帰結に陥りやすい。ＮＢＳにより識別された家族についての遺伝子カウンセリングもまた、大きな価値を有しうる。これらの事実は、本研究に含まれるＰＩＤＤが、新生児スクリーニングのための、優れた候補疾患であり、患者集団及び医療システムに、著明な利益をもたらすことを示唆する。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、操作上簡略、迅速、廉価であり、ＤＢＳに由来する単一の試行において、患者１例当たり複数の状態を含むように、マルチプレックス化されるため、ＰＩＤＤについてのＮＢＳスクリーニングのための、魅力的な潜在的プラットフォームである。医師に、参照先となる関連の増大をもたらすように、二次細胞マーカーを組み入れる場合、２．５分間のＨＴ試行は、１分間当たり２状態又は１分間当たり３．２バイオマーカーの試行時間に相当する。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、ＤＢＳから同時に、３例の先天性ＰＩＤＤを、効果的に同定する一方、免疫系についてのさらなる関連を提供しうる。免疫不全症が疑われる場合、多数の比較的希少な免疫障害についての簡単な試験は、大きな診断的価値をもたらす。このｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ ＰＩＤＤパネルは、一晩にわたる、高度にマルチプレックス化されたアッセイにより、複数の状態について、明確な結果をもたらすことが可能であり、遺伝子産物が、高頻度には存在しない、他のＰＩＤＤへと、さらに拡張されうる。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる抽出、消化及び富化は、操作が簡単であり、大半の場合、現行の臨床ワークフローに適する。ＤＢＳカードは、非侵襲的に回収され、室温において、容易に送付されうるので、ＤＢＳから抽出された小血液容量による、このアッセイの実施可能性は、重要かつ時宜に適う。ＰＩＤＤを示唆する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの結果は、さらなる試験及び遺伝シーケンシングに対する必要の決定において、計り知れない価値を有する。加えて、アッセイは、フローサイトメトリー又はリンパ球サブセット情報と同様の、免疫系についての関連を示す二次情報ももたらしうる。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、しばしば、診断が困難な場合もあり、時間を費やす場合もある疾患について、明確な結果をもたらし、現行の臨床ワークフローに対する、頑健な補強である。
［仮想実施例２］ 毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）を診断するための、ＡＴＭシグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
ＡＴを有する患者又はＡＴを有することが疑われる患者に由来する、ＤＢＳ（上記において記載された）、口腔スワブ試料、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）を、正常対照に由来する、対応する試料と共に、実施例１及び本明細書の別の箇所において記載された通りに、シグネチャーペプチドである、ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せを使用する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。
口腔スワブ試料：管理治験審査委員会は、口腔スワブ試料についてのプロトコールを承認しており、全ての対象は、説明同意文書を提出している。正常対照についての口腔スワブ試料は、市販品の販売元から得られる。全ての口腔スワブ試料は、検査室内、－２０℃又は－８０℃において保管する。盲検試料は、送付者により提供されたＩＤにより標識化及び識別され、同意を経た患者試料は、受領時に、検査室ＩＤが与えられる。Ｎｙｌｏｎ Ｆｌｏｃｋｅｄ Ｄｒｙ Ｓｗａｂｓ ｉｎ Ｐｅｅｌ Ｐｏｕｃｈｅｓ、Ｃｏｐａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ５０２ＣＳ０１は、Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ；型番：２３－６００－９５１）から得る。２ｍＬ Ｃｒｙｏｇｅｎｉｃ Ｓｔｏｒａｇｅ Ｖｉａｌｓ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｔｈｒｅａｄは、Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ；型番：１２－５６７－５０１）から得る。口腔スワブ試料の回収は、ＣＨＬＡ（２０１６年４月４日）、「Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ」、ＣＨＬＡ－Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ；同上（２０１６年７月２７日）、「Ｂｕｃｃａｌ ＤＮＡ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ」、Ｐａｔｈｗａｙ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ；（２０１７年１２月１４日）、「Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ Ｓａｍｐｌｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ」、Ｏｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ；ＰＤＸＬ（２０１７年１１月２８日）、「Ｂｕｃｃａｌ Ｓｗａｂ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ－ＰｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄＤｘ Ｌａｂｓ」［Ｖｉｄｅｏ］、ＹｏｕＴｕｂｅ、Ｏｎ Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ：ｙｏｕｔｕｂｅ／３ｆｔｖＨｋｆＭ７１ｏ？ｔ＝１４６及びＣｅｎｔｅｒｓ ｏｆ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ（ＣＤＣ）（２０２０年７月８日）、「Ｉｎｔｅｒｉｍ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｃｏｌｌｅｃｔｉｎｇ，ｈａｎｄｌｉｎｇ，ａｎｄ ｔｅｓｔｉｎｇ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ ｆｏｒ Ｃｏｖｉｄ－１９」、Ｏｎ Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ：ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ／２０１９－ｎｃｏｖ／ｌａｂ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ－ｃｌｉｎｉｃａｌ－ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ．ｈｔｍｌに記載されているプロトコールに従いうる。ＤＢＳについて、上記において記載された通り、可溶化及び消化のために、細胞を含有する、口腔スワブの先端部を、チューブへと切り取る。
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及び白血球（ＷＢＣ）：ＰＢＭＣ及びＷＢＣは、Ｋｅｒｆｏｏｔら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ、２０１２、６（７～８）：３９４～４０２；Ｇｒｉｅｖｉｎｋら（２０１６）、Ｂｉｏｐｒｅｓｅｒｖ Ｂｉｏｂａｎｋ、１４（５）：４１０～４１５；Ｃｏｒｋｕｍら（２０１５）、ＢＭＣ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１６：４８及びＪｉａら（２０１８）、Ｂｉｏｐｒｅｓｅｒｖ Ｂｉｏｂａｎｋ、１６（２）：８２～９１及びＺｈｏｕら（２０１２）、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１９（７）：１０６５～１０７４において記載されているプロトコールなど、当技術分野で公知のプロトコールにより回収されうる。単離されたＰＢＭＣ又はＷＢＣは、ＤＢＳについて、上記において記載された通り、可溶化させることができ、細胞由来のタンパク質は、消化することができる。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断を、臨床診断と比較する。入手可能な場合、ＡＴＭ遺伝子についての遺伝情報及び処置情報を、各患者について得る。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＳＣＩＤ（ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＸＬＰ１（ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０又はこれらの組合せ）；ＦＨＬ２（ＰＲＦ２１５、ＰＲＦ４４１又はこれらの組合せ）；ＣＶＩＤ（ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０、ＣＤ１９ ５０５又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）；Ｔ細胞レベル（ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
［仮想実施例３］ 家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）を診断するための、ＰＲＦシグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
ＦＨＬ２を有する患者又はＦＨＬ２を有することが疑われる患者に由来する、ＤＢＳ、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ（本明細書において記載された）を、正常対照に由来する、対応する試料と共に、実施例１及び本明細書の別の箇所において記載された通りに、シグネチャーペプチドである、ＰＲＦ２１５及び／又はＰＲＦ４４１を使用する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断を、臨床診断と比較する。入手可能な場合、ＰＲＦ－１遺伝子についての遺伝情報及び処置情報を、各患者について得る。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＳＣＩＤ（ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＸＬＰ１（ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０又はこれらの組合せ）；ＡＴ（ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せ）；ＣＶＩＤ（ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０、ＣＤ１９ ５０５又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）；Ｔ細胞レベル（ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
［仮想実施例４］ Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）を診断するための、ＳＨ２Ｄ１Ａ（ＳＡＰ）シグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
ＸＬＰ１を有する患者又はＸＬＰ１を有することが疑われる患者に由来する、ＤＢＳ、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ（本明細書において記載された）を、正常対照に由来する、対応する試料と共に、実施例１及び本明細書の別の箇所において記載された通りに、シグネチャーペプチドである、ＳＨ２Ｄ１Ａ１９及び／又はＳＨ２Ｄ１Ａ１１０を使用する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断を、臨床診断と比較する。入手可能な場合、ＳＡＰ遺伝子についての遺伝情報及び処置情報を、各患者について得る。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＳＣＩＤ（ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＦＨＬ２（ＰＲＦ２１５、ＰＲＦ４４１又はこれらの組合せ）；ＡＴ（ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せ）；ＣＶＩＤ（ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０、ＣＤ１９ ５０５又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）；Ｔ細胞レベル（ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
［仮想実施例５］ 分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）を診断するための、ＣＤ１９シグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
ＣＶＩＤを有する患者又はＣＶＩＤを有することが疑われる患者に由来する、ＤＢＳ、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ（本明細書において記載された）を、正常対照に由来する、対応する試料と共に、本明細書において記載された通りに、シグネチャーペプチドである、ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０及び／又はＣＤ１９ ５０５を使用する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断を、臨床診断と比較する。入手可能な場合、ＣＤ１９遺伝子についての遺伝情報及び処置情報を、各患者について得る。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＳＣＩＤ（ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＦＨＬ２（ＰＲＦ２１５、ＰＲＦ４４１又はこれらの組合せ）；ＡＴ（ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せ）；ＸＬＰ１（ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）；Ｔ細胞レベル（ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
［仮想実施例６］ 重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）を診断するための、ＩＬ２ＲＧ及び／又はＣＤ３シグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
ＳＣＩＤを有する患者又はＳＣＩＤを有することが疑われる患者に由来する、ＤＢＳ、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ（本明細書において記載された）を、正常対照に由来する、対応する試料と共に、本明細書において記載された通りに、シグネチャーペプチドである、ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４及び／又はＣＤ３δ１３３を使用する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによる診断を、臨床診断と比較する。入手可能な場合、ＩＬ２ＲＧ、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ及び／又はＳＣＩＤにおいて突然変異した他の遺伝子についての遺伝情報及び処置情報を、各患者について得る。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＦＨＬ２（ＰＲＦ２１５、ＰＲＦ４４１又はこれらの組合せ）；ＡＴ（ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せ）；ＸＬＰ１（ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０又はこれらの組合せ）；ＣＶＩＤ（ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０、ＣＤ１９ ５０５又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）；Ｔ細胞レベル（ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４、ＣＤ３δ１３３又はこれらの組合せ）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
［仮想実施例７］ Ｔ細胞のレベルを測定するための、ＣＤ３シグネチャーペプチドについての、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ
対象に由来するＤＢＳ、口腔スワブ試料、ＰＢＭＣ又はＷＢＣ（本明細書において記載された）及び正常対照を、シグネチャーペプチドである、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４及び／又はＣＤ３δ１３３を使用して、任意の対象におけるＴ細胞のレベルを測定する、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭにより解析する。特定の実施形態において、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、シグネチャーペプチドである、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４及び／又はＣＤ３δ１３３を、ＳＣＩＤについての診断を裏付ける二次バイオマーカーとして使用する。シグネチャーペプチドである、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４及び／又はＣＤ３δ１３３が、ＳＣＩＤについての診断を裏付ける二次バイオマーカーとして使用される場合、ＳＣＩＤを診断する一次シグネチャーペプチドは、ＩＬ２ＲＧ２９５、ＩＬ２ＲＧ３１６、ＣＤ３ε７４、ＣＤ３δ２４及び／又はＣＤ３δ１３３を含みうる。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、Ｘ－ＣＧＤ（ＣＹＢＢ１３１、ＣＹＢＢ５０９又はこれらの組合せ）；ＡＤＡ欠損症（ＡＤＡ９３）；ＤＯＣＫ８欠損症（Ｄｏｃｋ８ １２７２）；ＦＨＬ２（ＰＲＦ２１５、ＰＲＦ４４１又はこれらの組合せ）；ＡＴ（ＡＴＭ７９８、ＡＴＭ１５４４、ＡＴＭ１５６１又はこれらの組合せ）；ＸＬＰ１（ＳＨ２Ｄ１Ａ１９、ＳＨ２Ｄ１Ａ１１０又はこれらの組合せ）；ＣＶＩＤ（ＣＤ１９ ４１、ＣＤ１９ ５５、ＣＤ１９ ２１０、ＣＤ１９ ５０５又はこれらの組合せ）；血小板レベル（ＣＤ４２ １２８、ＣＤ４２ １５４又はこれらの組合せ）；ＮＫ細胞レベル（ＣＤ５６ １２２）又はこれらの組合せについて調べるためのシグネチャーペプチドを含む、他のシグネチャーペプチドと共にマルチプレックス化することができる。
（ＸＩＩＩ）結語：本明細書において開示された各実施形態は、その、特定の言明された要素、ステップ、成分又は構成要素を含みうる、これらから本質的になりうる、又はこれらからなりうる。したがって、「～を含む」又は「～を含むこと」という用語は、「～を含む、これらからなる、又はこれらから本質的になる」と復唱するように解釈されるべきである。「～を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」又は「～を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」という移行用語は、「～を有するがこれらに限定されない」を意味し、指定されていない要素、ステップ、成分又は構成要素の、多量における包含もなお可能とする。「～からなること」という移行句は、指定されていない、任意の要素、ステップ、成分又は構成要素を除外する。「～から本質的になること」という移行句は、実施形態の範囲を、指定された要素、ステップ、成分又は構成要素及び実施形態に、実質的に影響を及ぼさない、要素、ステップ、成分又は構成要素に限定する。実質的な効果は、新生児から得られたＤＢＳ、本明細書において開示された抗体及びｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを利用して、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症を信頼できる形で診断する能力の、統計学的に有意な低減を引き起こす。
そうでないことが指し示されない限りにおいて、本明細書及び特許請求の範囲において使用された、成分の数量、分子量、反応条件などの特性を表す、全ての数は、全ての場合において、「約」という用語により修飾されていると理解されるものとする。したがって、逆の指示がない限り、本明細書及び付属の特許請求の範囲に明示された数値パラメータは、本発明により得られることが求められた所望の特性に応じて変動しうる近似値である。少なくとも、同等物についての原則の適用を、特許請求の範囲に限定しようとする試みとしてではなく述べると、各数値パラメータは、少なくとも、報告された有効数字の桁数に照らして、通常の丸めの技法を適用することにより理解されるものとする。さらなる明確さが要求された場合、「約」という用語は、言明された数値又は範囲と共に使用された場合に、当業者により、この用語へと、合理的に帰せられた意味を有する、すなわち、言明された値から±２０％；言明された値から±１９％；言明された値から±１８％；言明された値から±１７％；言明された値から±１６％；言明された値から±１５％；言明された値から±１４％；言明された値から±１３％；言明された値から±１２％；言明された値から±１１％；言明された値から±１０％；言明された値から±９％；言明された値から±８％；言明された値から±７％；言明された値から±６％；言明された値から±５％；言明された値から±４％；言明された値から±３％；言明された値から±２％又は言明された値から±１％の範囲内の、言明された値又は範囲よりいくぶんか大きな値若しくは範囲又はいくぶんか小さな値若しくは範囲を描示する。
広範囲にわたる本発明について説明する、数値範囲及びパラメータは、近似値であるが、具体例において明示された数値は、可能な限り正確に報告されている。しかし、任意の数値は、固有に、それらのそれぞれの試験測定値において見出された標準偏差から必然的に生じる、ある特定の誤差を含有する。
本発明について記載する文脈において（とりわけ、以下の特許請求の範囲の文脈において）使用された、用語「ある（ａ）」、「ある（ａｎ）」、「その」及び同様の指示対象は、本明細書においてそうでないことが指し示されない限り、又は、文脈により、明確に逆の記載がない限り、単数形及び複数形の両方を対象とすると理解されるものとする。本明細書における、値の範囲の列挙は、ある範囲内に収まる各個別の値に、個別に言及する簡略法として用いられることだけを意図するものである。本明細書において、そうでないことが指し示されない限りにおいて、各個別の値は、それが、本明細書において、個別に列挙された場合と同様に、本明細書へと組み込まれる。本明細書において記載された全ての方法は、本明細書においてそうでないことが指し示されない限り、又は、文脈により、明確に逆の記載がない限り、任意の適切な順序において実施されうる。本明細書において提供された、ありとあらゆる例又は例示的な表現（例えば、「など」）の使用は、本発明を、よりよく例示することだけを意図するものであり、別の形において特許請求されている、本発明の範囲に対して、限定を付与するものではない。本明細書における、いかなる表現も、任意の特許請求されていない要素を、本発明の実施に不可欠であると指し示すものとして理解されないものとする。
本明細書において開示された、本発明の、代替的な要素又は実施形態の群分けは、限定として理解されないものとする。各群のメンバーは、個別に言及及び特許請求される場合もあり、本明細書において見出された、群の他のメンバー又は他の要素との、任意の組合せにおいて言及及び特許請求される場合もある。群の、１つ以上のメンバーが、簡便性及び／又は特許性を理由として、群内に組み入れられる場合もあり、群から削除される場合もあることが予期される。任意のこのような組入れ又は削除が生じる場合、本明細書は、改変された群を含有すると考えられ、したがって、付属の特許請求の範囲において使用された、全てのマーカッシュ群についての、文書による記載を実現する。
本明細書において、本発明者らに公知である、本発明を実行するための、最良の方式を含む、本発明の、ある特定の実施形態が記載されている。当然ながら、前出の記載を読めば、これらの記載された実施形態に対する変動は、当業者に明らかとなる。本発明者は、当業者が、必要に応じて、このような変動を援用することを期待しており、本発明者らは、本発明が、本明細書において具体的に記載されたのとは別の形において実施されることを意図する。したがって、本発明は、本明細書に付属の特許請求の範囲において列挙された対象物に対する、全ての改変及びこれらの同等物を、適用可能な法規により許容されたものとして含む。さらに、本明細書においてそうでないことが指し示されない限り、又は、文脈により、明確に逆の記載がない限り、上記において記載された要素の、これらの全ての可能な変動における、任意の組合せは、本発明に包摂される。
さらに、本明細書を通して、特許、出版刊行物、雑誌論文及び他の文書（本明細書において参照された材料）への、多くの参照がなされている。参照された材料の各々は、それらの参照された教示について、それらの全体において、参照により本明細書に個別に組み込まれる。
本明細書において開示された、本発明の実施形態は、本発明の原理を例示することが理解されるものとする。援用されうる、他の改変も、本発明の範囲内にありうる。したがって、限定ではなく、例を目的とする、本発明の代替的な構成は、本明細書における教示に従い利用されうる。したがって、本発明は、示され、記載されている通りに、正確に限定されるわけではない。
本明細書において示された詳細は、本発明の好ましい実施形態についての例として、例示的な議論だけを目的とするものであり、本発明の、多様な実施形態の、原理及び概念的側面についての、最も有用であり、たやすく理解される記載であると考えられるものを提供することを大義として提示されている。この点で、図面及び／又は例と共に理解された記載は、当業者に、本発明のいくつかの形態が、実際に、どのようにして実施されうるのかを明らかとするので、本発明の構造的詳細を、本発明についての根本的な理解に必要である以上に詳細に示す、いかなる試みもなされていない。
本開示において使用された、定義及び説明は、例において、明確に、曖昧さを廃する形において改変されない限りにおいて、又は意味の適用が、任意の構築を、無意味又は本質的に無意味とする場合、将来における、任意の構築において、統制的であることを意味し、このことが意図される。用語の構築が、用語を無意味又は本質的に無意味とする場合、定義は、「Ｗｅｂｓｔｅｒ’ｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ」、３版又は「Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ａｔｔｗｏｏｄ Ｔら編、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、２００６）など、当業者に公知の辞書から理解されるものとする。

Claims (90)

  1. 対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についてスクリーニングする方法であって、
    対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
    生物学的試料に由来するタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、ＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
    富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
    ＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸ－ＣＧＤを有すると診断し；
    ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＤＡ欠損症を有すると診断し；
    ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、又はＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断するステップ
    を含む方法。
  2. 配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
    富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及びＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
    第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及びＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップ
    をさらに含む、請求項１に記載の方法。
  3. 第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象における血小板レベルを評価するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
  4. ＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象におけるナチュラルキラー細胞レベルを評価するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
  5. フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について対象を追加的にスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、請求項１に記載の方法。
  6. 生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、請求項１に記載の方法。
  7. 対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についてスクリーニングする方法であって、
    対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
    生物学的試料に由来するタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
    配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
    富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
    第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸ－ＣＧＤを有すると診断し；
    ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、若しくはＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＸＬＰ１を有すると診断し；
    第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＦＨＬ２を有すると診断し；
    第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＴを有すると診断し；
    第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＣＶＩＤを有すると診断し；
    第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度未満である、又は第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＳＣＩＤを有すると診断し；
    ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、若しくはＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＡＤＡ欠損症を有すると診断し；かつ／又は
    ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度未満である、若しくはＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、対象がＤＯＣＫ８欠損症を有すると診断するステップ
    を含む方法。
  8. ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／又は第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較した後に、対象におけるＴ細胞レベルを評価するステップをさらに含む、請求項７に記載の方法。
  9. 配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
    富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；並びに
    第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップ
    をさらに含む、請求項７に記載の方法。
  10. 第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又は第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象における血小板レベルを評価するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
  11. ＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度を比較した後に、対象におけるナチュラルキラー細胞レベルを評価するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
  12. フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について対象を追加的にスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、請求項７に記載の方法。
  13. 対象におけるＸ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、毛細血管拡張性運動失調症、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症の臨床症状の非存在下において実施される、請求項７に記載の方法。
  14. 生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、請求項７に記載の方法。
  15. 酵素が、トリプシンである、請求項７に記載の方法。
  16. 各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、請求項７に記載の方法。
  17. 各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、請求項９に記載の方法。
  18. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度が、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１６に記載の方法。
  19. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度が、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１６に記載の方法。
  20. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度が、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１６に記載の方法。
  21. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度が、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１６に記載の方法。
  22. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度が、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１６に記載の方法。
  23. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１７に記載の方法。
  24. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１７に記載の方法。
  25. 正常対照対象の集団由来の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度が、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項１７に記載の方法。
  26. 配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号２７のＶＨドメイン；配列番号３３のＶＬドメイン；配列番号２４の重鎖又は配列番号３０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項７に記載の方法。
  27. 配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１７３のＶＨドメイン；配列番号１８１のＶＬドメイン；配列番号１６９の重鎖又は配列番号１７７の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項７に記載の方法。
  28. 配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号４５のＶＨドメイン；配列番号５１のＶＬドメイン；配列番号４２の重鎖又は配列番号４８の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項７に記載の方法。
  29. 配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号６３のＶＨドメイン；配列番号６９のＶＬドメイン；配列番号６０の重鎖又は配列番号６６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項７に記載の方法。
  30. 配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号９３のＶＨドメイン；配列番号９９のＶＬドメイン；配列番号９０の重鎖又は配列番号９６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項７に記載の方法。
  31. 配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１０８のＶＨドメイン及び／又は配列番号１１１のＶＬドメインを含む、請求項７に記載の方法。
  32. 配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１２０のＶＨドメイン及び／又は配列番号１２３のＶＬドメインを含む、請求項９に記載の方法。
  33. 配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１３２のＶＨドメイン及び／又は配列番号１３５のＶＬドメインを含む、請求項９に記載の方法。
  34. 配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１４７のＶＨドメイン；配列番号１５３のＶＬドメイン；配列番号１４４の重鎖又は配列番号１５０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項９に記載の方法。
  35. １つ以上の生物学的試料中の、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症についての１つ以上のシグネチャーペプチドを検出する方法であって、
    １つ以上の生物学的試料を得るステップ；
    各生物学的試料のうちの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
    配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化するステップ；
    並びに
    富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定し、これにより、１つ以上の生物学的試料中の、Ｘ－ＣＧＤ、ＸＬＰ１、ＦＨＬ２、ＡＴ、ＣＶＩＤ、ＳＣＩＤ、ＡＤＡ欠損症及び／又はＤＯＣＫ８欠損症についての１つ以上のシグネチャーペプチドを検出するステップ
    を含む方法。
  36. 配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、各シグネチャーペプチドの濃度を決定し、これにより、血小板及び／又はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出すること
    により、血小板及び／又はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出するステップ
    をさらに含む、請求項３５に記載の方法。
  37. １つ以上の生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、請求項３５に記載の方法。
  38. 酵素が、トリプシンである、請求項３５に記載の方法。
  39. 各シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
  40. 各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の対応する１つ以上の生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、請求項３９に記載の方法。
  41. 各シグネチャーペプチドの濃度を、対応する所定の閾値濃度と比較するステップをさらに含む、請求項３６に記載の方法。
  42. 各シグネチャーペプチドについての対応する所定の閾値濃度が、正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、請求項４１に記載の方法。
  43. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの平均濃度が、３００ピコモル／Ｌ～３０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４０に記載の方法。
  44. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの平均濃度が、１０ピコモル／Ｌ～２００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４０に記載の方法。
  45. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの平均濃度が、２０ピコモル／Ｌ～１００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４０に記載の方法。
  46. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの平均濃度が、９００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４０に記載の方法。
  47. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの平均濃度が、７０ピコモル／Ｌ～５５０ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４０に記載の方法。
  48. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、４０００ピコモル／Ｌ～２００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４２に記載の方法。
  49. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの平均濃度が、８０００ピコモル／Ｌ～３００００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４２に記載の方法。
  50. 正常対照対象の集団由来の１つ以上の対応する生物学的試料中の、配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの平均濃度が、６００ピコモル／Ｌ～５０００ピコモル／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項４２に記載の方法。
  51. 配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号２７のＶＨドメイン；配列番号３３のＶＬドメイン；配列番号２４の重鎖又は配列番号３０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３５に記載の方法。
  52. 配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１７３のＶＨドメイン；配列番号１８１のＶＬドメイン；配列番号１６９の重鎖又は配列番号１７７の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３５に記載の方法。
  53. 配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号４５のＶＨドメイン；配列番号５１のＶＬドメイン；配列番号４２の重鎖又は配列番号４８の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３５に記載の方法。
  54. 配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号６３のＶＨドメイン；配列番号６９のＶＬドメイン；配列番号６０の重鎖又は配列番号６６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３５に記載の方法。
  55. 配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号９３のＶＨドメイン；配列番号９９のＶＬドメイン；配列番号９０の重鎖又は配列番号９６の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３５に記載の方法。
  56. 配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１０８のＶＨドメイン及び／又は配列番号１１１のＶＬドメインを含む、請求項３５に記載の方法。
  57. 配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１２０のＶＨドメイン及び／又は配列番号１２３のＶＬドメインを含む、請求項３６に記載の方法。
  58. 配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１３２のＶＨドメイン及び／又は配列番号１３５のＶＬドメインを含む、請求項３６に記載の方法。
  59. 配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドの富化のために使用される抗体又はその抗原結合性断片が、配列番号１４７のＶＨドメイン；配列番号１５３のＶＬドメイン；配列番号１４４の重鎖又は配列番号１５０の軽鎖のうちの１つ以上を含む、請求項３６に記載の方法。
  60. Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症について処置される対象における、１つ以上の処置の有効性を決定する方法であって、
    １つ以上の処置の前に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ；
    生物学的試料のうちの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドをもたらすステップ；
    配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについての第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについての第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドを、第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドを、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合し、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についての第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合し、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についての第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドを、第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についての第１のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第１のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についての第２のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第２のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についての第３のＡＴＭシグネチャーペプチドを、第３のＡＴＭシグネチャーペプチドに結合し、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについての第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについての第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについての第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドを、第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについての第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについての第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドを、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについての第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第１のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについての第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドを、第２のＣＤ３ｄδシグネチャーペプチドに結合する、抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドを、ＡＤＡシグネチャーペプチドに結合し、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドを、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体又はその抗原結合性断片により富化するステップ；
    富化されたペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、１つ以上の処置の前の対象における各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；
    １つ以上の処置時に又はこれらの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ、これらを消化するステップ、これらを富化するステップ、及びこれらに対して実施するステップを反復するステップ；
    並びに
    １つ以上の処置が、
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、Ｘ－ＣＧＤに対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＸＬＰ１に対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＦＨＬ２に対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度より高い場合に、ＡＴに対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＣＶＩＤに対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの対応する濃度より高い場合に、ＳＣＩＤに対して効果的であり；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度より高い場合に、ＡＤＡ欠損症に対して効果的であり；かつ／又は
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、所定の閾値濃度以上である場合に、ＤＯＣＫ８欠損症に対して効果的である
    ことを決定する、
    又は
    １つ以上の処置が、
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＣＹＢＢシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＹＢＢシグネチャーペプチドが非存在である場合に、Ｘ－ＣＧＤに対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又はＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＸＬＰ１に対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＰＲＦ－１シグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＰＲＦ－１シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＦＨＬ２に対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＡＴＭシグネチャーペプチド、第２のＡＴＭシグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＡＴＭシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＡＴに対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＣＤ１９シグネチャーペプチド、第２のＣＤ１９シグネチャーペプチド及び／若しくは第３のＣＤ１９シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＣＶＩＤに対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドの対応する濃度以下である、又は第１のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、第２のＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド、ＣＤ３εシグネチャーペプチド、第１のＣＤ３δシグネチャーペプチド及び／若しくは第２のＣＤ３δシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＳＣＩＤに対して効果的でなく；
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＡＤＡシグネチャーペプチドの濃度以下である、又はＡＤＡシグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＡＤＡ欠損症に対して効果的でなく；かつ／又は
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、ＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドの濃度以下である、又はＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドが非存在である場合に、ＤＯＣＫ８欠損症に対して効果的でない
    ことを決定するステップ
    を含む方法。
  61. １つ以上の処置の前における、生物学的試料中の、
    配列番号１３の、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；
    配列番号１４の、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドを、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化し；かつ／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドを、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合し、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体若しくはその抗原結合性断片により富化すること
    により、対象における１つ以上の処置の有効性を決定するステップ；
    富化された第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／又はＣＤ５６シグネチャーペプチドに対して、液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実施して、１つ以上の処置の前の対象における各シグネチャーペプチドの濃度を決定するステップ；
    １つ以上の処置時に又はこれらの後に、対象に由来する生物学的試料を得るステップ、これらを消化するステップ、これらを富化するステップ、及びこれらに対して実施するステップを反復するステップ；
    並びに
    １つ以上の処置が、
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、対応する第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度より高い場合に
    効果的であることを決定する、
    又は
    １つ以上の処置が、
    １つ以上の処置時若しくはこれらの後における、第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度が、１つ以上の処置の前における、対応する第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドの濃度以下である、又は第１のＣＤ４２シグネチャーペプチド、第２のＣＤ４２シグネチャーペプチド及び／若しくはＣＤ５６シグネチャーペプチドが非存在である場合に
    効果的でないことを決定するステップ
    をさらに含む、請求項６０に記載の方法。
  62. 生物学的試料が、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）、口腔スワブ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）又は白血球（ＷＢＣ）である、請求項６０に記載の方法。
  63. 対象における、Ｘ連鎖慢性肉芽腫症（Ｘ－ＣＧＤ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性症候群１（ＸＬＰ１）、家族性血球貪食性リンパ組織球増多症２（ＦＨＬ２）、毛細血管拡張性運動失調症（ＡＴ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症及び／又は細胞質分裂デディケーター８（ＤＯＣＫ８）欠損症のスクリーニングのためのアッセイであって、
    （ｉ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号６７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドに結合する、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
    を含む抗体又はその抗原結合性断片；
    並びに／又は
    （ｉｉ）配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１０の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１１の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；及び／又は
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体若しくはその抗原結合性断片；
    並びに／又は
    （ｉｉｉ）参照シグネチャーペプチドであって、
    配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
    配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチド；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチド；及び／又は
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチド
    を含む参照シグネチャーペプチド
    を含むアッセイ。
  64. （ｉｖ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
    配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
    を含む抗体又はその抗原結合性断片；
    並びに／又は
    （ｖ）参照シグネチャーペプチドであって、
    配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；
    配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；及び／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチド
    を含む参照シグネチャーペプチド
    をさらに含む、請求項６３に記載のアッセイ。
  65. 参照シグネチャーペプチドが、同位体標識化されている、請求項６３に記載のアッセイ。
  66. 参照シグネチャーペプチドが、同位体標識化されている、請求項６４に記載のアッセイ。
  67. 抗体又はその抗原結合性断片が、磁気ビーズに付着している、請求項６３に記載のアッセイ。
  68. 抗体又はその抗原結合性断片が、磁気ビーズに付着している、請求項６４に記載のアッセイ。
  69. 配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  70. ＶＨドメインが、配列番号２７に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号２４に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号３３に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号３０に明示されている、
    請求項６９に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  71. 配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  72. ＶＨドメインが、配列番号１７３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号１６９に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号１８１に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号１７７に明示されている、
    請求項７１に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  73. 配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  74. ＶＨドメインが、配列番号４５に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号４２に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号５１に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号４８に明示されている、
    請求項７３に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  75. 配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号５７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  76. ＶＨドメインが、配列番号６３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号６０に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号６９に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号６６に明示されている、
    請求項７５に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  77. 配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  78. ＶＨドメインが、配列番号９３に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号９０に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号９９に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号９６に明示されている、
    請求項７７に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  79. 配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  80. ＶＨドメインが、配列番号１０８に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１１１に明示されている、請求項７９に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  81. 配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  82. ＶＨドメインが、配列番号１２０に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１２３に明示されている、請求項８１に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  83. 配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  84. ＶＨドメインが、配列番号１３２に明示され、ＶＬドメインが、配列番号１３５に明示されている、請求項８３に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  85. 配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  86. ＶＨドメインが、配列番号１４７に明示され、かつ／又は重鎖が、配列番号１４４に明示され；
    ＶＬドメインが、配列番号１５３に明示され、かつ／又は軽鎖が、配列番号１５０に明示されている、
    請求項８５に記載の組換え抗体又はその抗原結合性断片。
  87. （ｉ）抗体又はその抗原結合性断片であって、
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６のＣＤＲ１、配列番号１７のＣＤＲ２及び配列番号１８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１９のＣＤＲ１、配列番号２０のＣＤＲ２及び配列番号２１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチドに結合する、配列番号１６０のＣＤＲ１、配列番号１６１のＣＤＲ２及び配列番号１６２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１６３のＣＤＲ１、配列番号１６４のＣＤＲ２及び配列番号１６５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２及び配列番号３６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号３７のＣＤＲ１、配列番号３８のＣＤＲ２及び配列番号３９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する、配列番号５２のＣＤＲ１、配列番号５３のＣＤＲ２及び配列番号５４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号５５のＣＤＲ１、配列番号５６のＣＤＲ２及び配列番号６７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチドに結合する、配列番号８２のＣＤＲ１、配列番号８３のＣＤＲ２及び配列番号８４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号８５のＣＤＲ１、配列番号８６のＣＤＲ２及び配列番号８７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１００のＣＤＲ１、配列番号１０１のＣＤＲ２及び配列番号１０２のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１０３のＣＤＲ１、配列番号１０４のＣＤＲ２及び配列番号１０５のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１１２のＣＤＲ１、配列番号１１３のＣＤＲ２及び配列番号１１４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１１５のＣＤＲ１、配列番号１１６のＣＤＲ２及び配列番号１１７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；
    配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１２４のＣＤＲ１、配列番号１２５のＣＤＲ２及び配列番号１２６のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１２７のＣＤＲ１、配列番号１２８のＣＤＲ２及び配列番号１２９のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；並びに／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチドに結合する、配列番号１３６のＣＤＲ１、配列番号１３７のＣＤＲ２及び配列番号１３８のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン並びに配列番号１３９のＣＤＲ１、配列番号１４０のＣＤＲ２及び配列番号１４１のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン
    を含む抗体又はその抗原結合性断片；
    並びに／又は
    （ｉｉ）配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１０の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１１の、ＡＴについてのＡＴＭシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；及び／又は
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチドに結合する抗体又はその抗原結合性断片；
    並びに／又は
    （ｉｉｉ）参照シグネチャーペプチドであって、
    配列番号１の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
    配列番号２の、Ｘ－ＣＧＤについてのＣＹＢＢシグネチャーペプチド；
    配列番号３の、ＸＬＰ１についてのＳＨ２Ｄ１Ａシグネチャーペプチド；
    配列番号５の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
    配列番号６の、ＦＨＬ２についてのＰＲＦ－１シグネチャーペプチド；
    配列番号２１０の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号２１１の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号７の、毛細血管拡張性運動失調症についてのＡＴＭシグネチャーペプチド；
    配列番号９の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号１０の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号２１２の、ＣＶＩＤについてのＣＤ１９シグネチャーペプチド；
    配列番号２１３の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
    配列番号２１４の、ＳＣＩＤについてのＩＬ２ＲＧシグネチャーペプチド；
    配列番号２１５の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３εシグネチャーペプチド；
    配列番号２１６の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
    配列番号２１７の、ＳＣＩＤについてのＣＤ３δシグネチャーペプチド；
    配列番号１１の、ＡＤＡ欠損症についてのＡＤＡシグネチャーペプチド；
    配列番号１２の、ＤＯＣＫ８欠損症についてのＤＯＣＫ８シグネチャーペプチド；
    配列番号１３の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；
    配列番号１４の、ＣＤ４２シグネチャーペプチド；及び／又は
    配列番号１５の、ＣＤ５６シグネチャーペプチド
    を含む参照シグネチャーペプチド
    を含むキット。
  88. 濾紙カード；パンチツール；口腔スワブ；クライオジェニックバイアル；血液回収チューブ；消化酵素；消化緩衝液；抗体又はその抗原結合性断片のための固体支持体及び溶離緩衝液のうちの１つ以上をさらに含む、請求項８７に記載のキット。
  89. 参照シグネチャーペプチドが、同位体標識化されている、請求項８７に記載のキット。
  90. 抗体又はその抗原結合性断片が、磁気ビーズに付着している、請求項８７に記載のキット。
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