JP2023513702A - イヌの腸疾患およびディスバイオシスのための微生物組成物および使用方法 - Google Patents

Abstract

本開示は、微生物の新規株を含む単離された微生物－微生物アンサンブルおよびそれらを含む組成物に関する。さらに、本開示は、イヌにおける胃腸疾患またはディスバイオシスを治療または予防する方法において、記載される微生物、微生物組成物、およびそれらを含む組成物を利用する方法を教示する。特定の態様では、本開示は、ＧＩの病因または自己免疫によって引き起こされる罹患および死亡を治療または予防する方法を提供する。【選択図】図６

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年２月１０日に出願された米国仮特許出願第６２／９７２，３３７号、および２０２０年９月２５日に出願された米国仮特許出願第６３／０８３，１７８号の優先権の利益を主張するものであり、これらの各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

本開示は、特に、イヌにおける腸疾患またはディスバイオシスの予防および治療に用途を有する、単離された生物学的に純粋な微生物に関する。開示された微生物は、その単離された生物学的に純粋な状態で利用されてもよく、また組成物に製剤化されてもよい。本開示は、開示される微生物の少なくとも２つのメンバーを含有する微生物アンサンブル、ならびに当該微生物アンサンブルを利用する方法を提供する。さらに、本開示は、イヌの胃腸マイクロバイオームを調節する方法を提供する。

配列表に関する記述
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、ＡＳＢＩ＿０１８＿０３ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは１１２ｋｂで、２０２１年２月９日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。

イヌは、胃腸（ＧＩ）管、皮膚、ならびに口腔、眼表面および膣などの他の上皮および組織ニッチに微生物が定着する。ＧＩ管は、豊富で多様な微生物群集を保有する。これは複雑なシステムであり、細菌の多様な菌株を含む、多くの異なる種または生物の群集に環境またはニッチを提供する。数百種類の異なる種が、健康な動物のＧＩ管内に共生群集を形成してもよく、この生物の相体は、出生時から進化して、最終的に機能的に成熟した微生物集団を形成する。これらの集団における、微生物株間、および微生物と宿主、例えば宿主免疫系との間の相互作用は、微生物の分布に影響を及ぼす資源の利用可能性および競争により、群集構造を形成する。そのような資源は、食物、場所、成長する空間の利用可能性、または微生物が付着し得る物理的構造であり得る。例えば、宿主の食餌は、ＧＩ管内細菌叢の形成に関与する。

健康な微生物叢は、広範な病原体に対する定着抵抗性、必須栄養素の生合成および吸収、ならびに健康な腸上皮および適切に制御された全身免疫を維持する免疫刺激を含む、複数の利益を宿主に提供する。ディスバイオシスまたは一般的な腸疾患では、微生物叢の組成と機能が失われるか、大幅に変化する可能性があり、病原体に対する感受性の増加、代謝プロファイルの変化、または局所または全身性炎症または自己免疫を引き起こす可能性のある炎症誘発性シグナルの誘導をもたらす。したがって、腸内微生物叢は、腸の様々な病原性感染を含む、多くの疾患および障害の病因において重要な役割を果たしている。例えば、正常な腸内微生物叢が広域抗生物質の使用によって妨害された場合、イヌは病原性感染症に対してよりかかりやすくなる。これらの疾患および障害の多くは、動物の生活の質を著しく低下させ、致死的となり得る慢性疾患である。

これまでのところ、イヌにおける腸内マイクロバイオームの交換または補給は、主に、ヨーグルトに典型的に見られる凍結乾燥微生物の経口補給、および便移植に限定されている。どちらの例も、様々な程度の腸ディスバイオシス状態を治療する可能性がある。経口サプリメントは、使用がより簡単であるが、最も効果の高い適切な微生物を選択することは困難である。糞便移植は、宿主間で感染性またはアレルゲン性物質を伝染させる可能性があり、ドナーから患者へ潜在的に数百の未知の株を伝染させる可能性があり、かつ大規模で実施することが困難であるため、最終手段の手技であるとみなされる。さらに、糞便移植は、本質的に標準化されていず、一貫性がなく、様々な望ましい物質および／または望ましくない物質が任意の所与の提供で伝達され得る。したがって、感染に対する動物の感受性を低下させ、かつ／または健康な腸内微生物叢の回復を促進することによって、腸疾患に引き寄せられる一連の疾患および病態のスペクトルを治療するために利用することができる、定義された組成物に対するニーズがある。

したがって、イヌにおける腸疾患およびディスバイオシス障害に対する、効果的で、明確で、かつ再現可能な治療が必要である。商業的可能性を有する治療剤を調製するために、我々は、それらの細菌株についての我々の理解、および細菌組成物の有用性および商業化を強化する特性の我々の分析に基づいて、複数の有益な特性を有する単離された細菌株の細菌組成物を設計した。

したがって、腸疾患およびＧＩディスバイオシス、特に重篤な病原性感染症の治療のため、ならびに一般的なＧＩの健康の維持のため、耐久性があり、効率的で、効果的な組成物および方法の必要性に応じて、我々は、腸疾患に応答して、または予防の観点で、イヌを治療するための組成物および方法を提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、（ａ）配列番号１～３３３から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する１つ以上の細菌を含む精製された微生物集団と、（ｂ）イヌ投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号１９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号１９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号１７２と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号１７２を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号２３７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号２３７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２６を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２８と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２８を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３２９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３３０と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３３０を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、精製された微生物集団は、配列番号３３１を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される１６Ｓ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、および３２６の１６Ｓ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１の１６Ｓ核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、胞子で構成される。いくつかの実施形態では、微生物組成物はワックスに埋め込まれている。いくつかの実施形態では、微生物組成物は封入されている。いくつかの実施形態では、封入された微生物組成物は、糖ポリマー、寒天ポリマー、アガロースポリマー、タンパク質ポリマー、および脂質ポリマーからなる群から選択されるポリマーを含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、ガラスマトリックス中に保存されている。

いくつかの実施形態では、１つ以上の担体は、食用飼料グレード材料、アルミノケイ酸塩含有ミネラル、ゼオライト、炭酸カルシウム、プレバイオティックス、および香味剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、プレバイオティックスは、イヌリン、オリゴ糖、および／またはビタミンである。いくつかの実施形態では、１つ以上の担体は、イヌリン、炭酸カルシウム、活性炭、および／またはユッカである。いくつかの実施形態では、香味剤は、乾燥酵母、チーズ香味剤、牛肉香味剤、魚香味剤、鶏肉香味剤、および／または豚肉香味剤である。

いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、当該組成物の１グラム当たり約１０^２～約１０^１５個の細胞の濃度で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で組成物中に存在する。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、動物飼料と混合されるか、または動物飼料の上に振りかけられる。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、溶液、懸濁液、またはエマルションとして製剤化される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、丸剤として製剤化される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、食物として製剤化される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、ドライフード、ウェットフード、キブル、またはローフードとして製剤化される。

いくつかの実施形態では、本開示は、（ａ）（ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、（ｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、（ｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、（ｉｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、（ｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、（ｖｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、（ｖｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、（ｖｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および（ｉｘ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａからなる群から選択される、少なくとも１つの単離された微生物株と、（ｂ）イヌの投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物を提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおいて少なくとも１つの望ましい形質を付与する方法を提供し、方法は、本明細書に記載の微生物組成物のイヌへの投与を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの所望の形質が、便の硬さの改善、規則的な便通の増加、下痢の発生率の低減、便秘の発生率の低減、排便時の怒責の軽減、抗生物質による副作用の低減、口腔衛生の改善、より生き生きとした目、活力の増加、食欲亢進、毛並みおよび毛質の向上、感染性疾患もしくは非感染性疾患の発生率の低減、寿命の延長、ならびに／またはイヌのパフォーマンスの向上からなる群から選択される。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおける胃腸の健康を維持または改善する方法を提供し、方法は、本明細書に記載の微生物組成物のイヌへの投与を含む。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防する方法を提供し、方法は、本明細書に記載の微生物組成物をイヌに投与することを含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、イヌにおける下痢の発生率を低減させ、便の硬さを改善させ、排便時の怒責を低減させ、便秘を低減させ、規則的な便通を増加させ、ディスバイオシスを低減させ、かつ／または腸疾患を低減させる。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌのマイクロバイオームを調節する方法を提供し、この方法は、本明細書に記載の組成物をイヌに投与することを含む。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームの調節は、マイクロバイオームの１つ以上の細菌の割合の増加であり、この増加は、１つ以上の細菌が投与されなかったイヌと比較して測定される。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームの調節は、組成物の投与前のマイクロバイオームに存在する１つ以上の細菌の割合の減少であり、この減少は、組成物の投与前のイヌのマイクロバイオームと比較して測定される。

いくつかの実施形態では、本開示は、病原性微生物の定着に対するイヌの耐性を増加させる方法を提供し、方法は、本明細書に記載の組成物の投与を含み、イヌの胃腸管に定着する病原体の能力が低減される。

いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも１つの病原性微生物の存在に対してイヌを治療する方法を提供し、方法は、本明細書に記載される組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、組成物の投与後、少なくとも１つの病原性微生物の相対存在量が、胃腸管内の５％未満の相対存在量まで減少する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの病原性微生物の相対存在量が、胃腸管内の１％未満の相対存在量まで減少する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの病原性微生物は、胃腸管内では検出不能である。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、イヌの生存期間を通して１日１回投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、イヌの生存期間を通して１日２回投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、１カ月の期間、２カ月の期間、３カ月の期間、６カ月の期間、もしくは１２カ月の期間にわたって、１日１回、１日２回、１日３回、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、２週間に１回、または１カ月に１回、イヌに投与される。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントを提供し、当該飼料サプリメントは、（ａ）イヌにおいて自然には発生しない濃度で存在する本明細書に記載の微生物組成物と、（ｂ）許容可能な担体と、を含む。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントを提供し、当該飼料サプリメントは、（ａ）配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、（ｂ）許容可能な担体と、を含み、１つ以上の細菌が、当該組成物１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントを提供し、当該飼料サプリメントは、（ａ）配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、（ｂ）許容可能な担体と、を含み、１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントを提供し、当該飼料サプリメントは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．は、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で、イヌ飼料サプリメント中に存在する。

いくつかの実施形態では、本開示は、イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントを提供し、当該飼料サプリメントは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．は、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する。

いくつかの実施形態では、本開示は、表１の微生物株のうちのいずれか１つから選択される単離された微生物株を提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下からなる群から選択される、単離された微生物株を提供する：（ａ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、（ｂ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、（ｃ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、（ｄ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、（ｅ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、（ｆ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、（ｇ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、（ｈ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および（ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａ。

いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号１～３３３のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含む、単離された微生物株を提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載される単離された微生物株の実質的に純粋な培養物を提供する。

特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約
本出願に記載されるいくつかの微生物は、１８１５ Ｎ．Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔ．，Ｐｅｏｒｉａ，ＩＬ ６１６０４，ＵＳＡにある、Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ（ＵＳＤＡ）Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ（ＡＲＳ） Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ（登録商標））に寄託された。本出願に記載されるいくつかの微生物は、６０ Ｂｉｇｅｌｏｗ Ｄｒｉｖｅ，Ｅａｓｔ Ｂｏｏｔｈｂａｙ，Ｍａｉｎｅ ０４５４４，ＵＳＡにある、Ｂｉｇｅｌｏｗ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｍａｒｉｎｅ Ａｌｇａｅ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａに寄託された。本出願に記載されるいくつかの微生物は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１０８，ＵＳＡにある、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）に寄託された。

寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の条件に基づいて行われた。ＡＴＣＣ、ＮＲＲＬ、およびＢｉｇｅｌｏｗ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｍａｒｉｎｅ Ａｌｇａｅ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａの受入番号および対応する寄託日を表１に提供する。

表１では、微生物のＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して予測される最も近い分類群を、１列目に列挙する。以下の表に指定された株は、少なくとも２０１９年４月以降、Ｎａｔｉｖｅ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌｓ，Ｉｎｃ．の実験室に寄託されている。

１つ以上の活性微生物株の絶対存在量を決定するための方法の一実施形態の一般的なワークフローを示す。 １つ以上のメタデータ（環境）パラメーターを有する、試料中の１つ以上の、または２つ以上の活性微生物株の共起を決定する方法で、その後、決定された関係のネットワーク上でクラスター解析および群集検出方法を活用する、一実施形態の一般的なワークフローを示す。 本開示で使用するための標的微生物のＭＩＣスコアのカットオフリストを示し、抗ＩＢＤ／抗下痢状態に寄与する多くの微生物は、約０．５ ＭＩＣ超で発生し、ＩＢＤ／下痢状態に寄与する多くの微生物は、約０．５ ＭＩＣ未満で発生している。 さらに、ＩＢＤ／下痢の治療および予防に有効であると予想される、３つの社会的に異なる群の出現を示す。 微生物によって共有されるネットワーク連結数（Ｘ軸）の関数として、ＩＢＤ／下痢状態（Ｙ軸上のＭＩＣスコアによって示される）における影響を示す。２つの集団、ＩＢＤ／下痢状態に寄与する微生物、および抗ＩＢＤ／下痢状態に寄与する微生物が出現する。 高度に連結された微生物および連結されていない微生物に関連するＩＢＤ／下痢状態（プロおよび抗）を示し、高度に連結された微生物は、抗ＩＢＤ／下痢状態（高ＭＩＣスコア）に寄与する傾向を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃１の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃１の糞便マイクロバイオームの分類学的多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃１の糞便マイクロバイオームの属レベルでの分類群を示す。微生物サプリメントは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ（図５Ａ～５Ｃ）を含む。 イヌにおける４つの個々のケーススタディの主座標解析（ＰＣｏＡ）を示す。イヌ＃１および＃４は、３０日間にわたって、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇが補充された健康なイヌであった。イヌ＃２および＃３は、慢性腸疾患と診断されたイヌであり、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅが３０日間にわたって補充された。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃２の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントを毎日投与する前後の、イヌ＃２の糞便マイクロバイオームの分類学的多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃２の糞便マイクロバイオームの属レベルでの分類群を示す。微生物サプリメントは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅを含む（図７Ａ～７Ｃ）。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃３の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃３の糞便マイクロバイオームの分類学的多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃３の糞便マイクロバイオームの属レベルでの分類群を示す。微生物サプリメントは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ（図８Ａ～８Ｃ）を含む。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃４の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃４の糞便マイクロバイオームの分類学的多様性を示す。 ３０日間にわたる微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃４の糞便マイクロバイオームの属レベルでの分類群を示す。微生物サプリメントは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ（図９Ａ～９Ｃ）を含む。 個々の微生物単離株（Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６ＡおよびＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ）が、インビトロでＥ．ｃｏｌｉと競合する能力を示す。

定義
以下の用語は、当業者によって十分理解されていると思われるが、以下の定義は、本開示の主題の説明を容易にするために記載される。

用語「ａ」または「ａｎ」は、その実体のうちの１つ以上を指してもよく、すなわち、複数の指示対象を指してもよい。そのため、用語「ａ」または「ａｎ」、「１つ以上」および「少なくとも１つ」は、本明細書では互換的に使用される。さらに、無期限の記事「ａ」または「ａｎ」による「要素」への言及は、文脈上明らかに要素の１つのみが存在することを要求しない限り、複数の要素が存在する可能性を排除するものではない。

本明細書全体を通して、「一実施形態」、「実施形態」、「一態様」、または「態様」は、実施形態に関連して記載される特定の特徴、構造、または特性が、本開示の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。したがって、本明細書全体を通して様々な場所における語句の「一実施形態では」または「実施形態では」という句の出現は、必ずしもすべて同じ実施形態を指すとは限らない。さらに、特定の特徴、構造、または特性は、１つ以上の実施形態で、任意の適切な様式で組み合わせることができる。

本明細書で使用される場合、特定の実施形態では、数値に先行する場合の用語「約」または「およそ」は、値のプラスまたはマイナス１０％の範囲を示す。

本明細書で使用される場合、用語「微生物（ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ）」または「微生物（ｍｉｃｒｏｂｅ）」は広義に解釈されるべきである。これらの用語は、互換的に使用され、限定されないが、２つの原核ドメイン、細菌および古細菌、真核生物の真菌および原生動物、ならびにウイルスを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、表１の「微生物」、または参照により組み込まれる「微生物」を指す。この特徴付けは、表の予測された分類学的微生物識別子だけでなく、表に列挙された微生物の同定された株も指すことができる。

用語「微生物群集（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）」は、２つ以上の種または株を含む微生物の群を意味する。微生物アンサンブルとは異なり、微生物群集は、共通の機能を実行する必要はなく、または関心のある表現型形質（例えば、ＧＩ腸疾患またはディスバイオシスの減少）などの認識可能なパラメーターに関与するか、またはそれにつながるか、またはそれに相関する必要もない。

本明細書で使用される場合、「単離」、「単離された」、「単離された微生物」、および同様の用語は、１つ以上の微生物が、特定の環境（例えば、土壌、水、動物組織）で関連する材料の少なくとも１つから分離されたことを意味することが意図される。

本開示の微生物は、胞子および／または植物細胞を含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の微生物は、生育可能であるが培養不可能な（ＶＢＮＣ）状態、または静止状態の微生物を含む。Ｌｉａｏ ａｎｄ Ｚｈａｏ（米国特許出願公開第２０１５／２６７１６３Ａ１号）を参照されたい。いくつかの実施形態では、本開示の微生物は、バイオフィルム中の微生物を含む。Ｍｅｒｒｉｔｔ ｅｔ ａｌ．（米国特許第７，４２７，４０８号）を参照されたい。

したがって、その自然発生的な環境には「単離された微生物」は存在せず、むしろ、本明細書に記載される様々な技術を通して、微生物は、その自然環境から取り出され、非自然発生的な存在状態に置かれている。したがって、単離された株または単離された微生物は、例えば、生物学的に純粋な培養物として、または許容可能な担体と関連した胞子（または株の他の形態）として存在し得る。

本明細書で使用される場合、「胞子」または「胞子類」は、生存および分散に適応した細菌および真菌によって産生される構造を指す。胞子は一般に休眠構造として特徴付けられるが、胞子は発芽過程を通して分化することができる。発芽は、代謝活性、成長、および生殖が可能な栄養細胞への胞子の分化である。単一の胞子の発芽は、単一の真菌または細菌の栄養細胞をもたらす。真菌胞子は無性生殖の単位であり、場合によっては真菌のライフサイクルにおいて必要な構造である。細菌の胞子は、通常、栄養細胞の生存または成長に対して非伝導性であり得る生存状態のための構造である。

本明細書で使用される場合、「微生物組成物」は、本開示の１つ以上の微生物を含む組成物を指し、いくつかの実施形態では、微生物組成物は本開示の動物に投与される。

本明細書で使用される場合、「担体」、「許容可能な担体」、または「医薬担体」は、化合物が投与される際の希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルを指す。こうした担体は、石油、動物、植物、または合成起源のものを含む、水および油などの滅菌液体であり得、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油などである。水または水溶液生理食塩水溶液、および水性デキストロースおよびグリセロール溶液は、好ましくは担体として用いられ、いくつかの実施形態では、注射可能な溶液として用いられる。いくつかの実施形態では、ゲル化剤は担体として用いられる。別の方法として、担体は、限定されるものではないが、結合剤（圧縮丸剤用）、グライダント（ｇｌｉｄａｎｔ）、封入剤（ｅｎｃａｐｓｕｌａｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、風味剤、および着色剤のうちの１つ以上を含む、固形剤形の担体であり得る。担体の選択は、意図される投与経路および標準的な薬務に関して選択することができる。Ｈａｒｄｅｅ ａｎｄ Ｂａｇｇｏ（１９９８．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ．２^ｎｄ Ｅｄ．ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ．５０４ ｐｇ．）、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎ（１９７０．Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ．１７^ｔｈ Ｅｄ．Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．）、およびＢｌａｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（米国特許出願公開第２０１１／０２８０８４０Ａ１号）を参照されたい。

いくつかの態様では、担体は、砂または砂の粒子など、構造が顆粒状であってもよい。さらなる態様では、担体は、湿性または湿潤の担体とは対照的に、乾燥していてもよい。いくつかの態様では、担体は、フラクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルト－オリゴ糖、ラクチトール、ラクトスクロース、ラクツロース、ピロデキストリン、大豆オリゴ糖、トランスガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、およびビタミンから選択される栄養物質および／またはプレバイオティックス物質であり得る。いくつかの態様では、担体は固体または液体形態であり得る。いくつかの態様では、担体は、ゼオライト、炭酸カルシウム、アルミノケイ酸塩含有ミネラル、炭酸マグネシウム、トレハロース、キトサン、シェラック、アルブミン、デンプン、脱脂粉乳、スイートホエイ粉末、マルトデキストリン、ラクトース、およびイヌリンであり得る。いくつかの態様では、担体は水または生理食塩水である。

いくつかの態様では、１つ以上の担体はゼオライトであってもよい。いくつかの態様では、ゼオライトは、天然のゼオライトまたは合成ゼオライトである。いくつかの態様では、ゼオライトは、輝沸石、方沸石、菱沸石、斜プチロル沸石、ソーダフッ石、束沸石、およびフィリップサイトから選択される。

用語「バイオアンサンブル」、「微生物アンサンブル」、または「合成アンサンブル」は、本開示の方法、システム、および／または装置によって同定され、自然発生的環境および／または自然界に存在するものではない比率または量で天然に存在するものではない１つ以上の活性微生物を含む組成物を指す。バイオアンサンブルは、共通の機能を実行するとして記載され得る、または関心のある表現型形質（例えば、ＧＩ腸疾患またはディスバイオシスの発症率減少）などの認識可能なパラメーターに関与するか、またはそれにつながる、またはそれと相関するものとして記載され得る、個々の微生物種、または種の株の微生物群集のサブセットである。バイオアンサンブルは、微生物の２つ以上の種または種の株を含んでもよい。場合により、微生物は、共生的に群集内で共存する。

本開示の特定の態様では、単離された微生物は、単離された生物学的に純粋な培養物として存在する。当業者であれば、特定の微生物の単離された生物学的に純粋な培養物は、当該培養物が他の生物を実質的に含まず（科学的理由の範囲内において）、問題の個々の微生物のみを含有することを示すと理解するであろう。培養物は、様々な濃度の当該該微生物を含有し得る。本開示は、単離された生物学的に純粋な微生物が、しばしば「純度の低い、または不純な材料とは、必然的に異なる」ことに注意する。例えば、Ｉｎ ｒｅ Ｂｅｒｇｓｔｒｏｍ，４２７ Ｆ．２ｄ １３９４，（ＣＣＰＡ １９７０）（精製されたプロスタグランジンについての議論）、Ｉｎ ｒｅ Ｂｅｒｇｙ，５９６ Ｆ．２ｄ ９５２（ＣＣＰＡ １９７９）（精製された微生物についての議論）を参照されたく、また、Ｐａｒｋｅ－Ｄａｖｉｓ ＆ Ｃｏ．ｖ．Ｈ．Ｋ．Ｍｕｌｆｏｒｄ ＆ Ｃｏ．，１８９ Ｆ．９５（Ｓ．Ｄ．Ｎ．Ｙ．１９１１）（Ｌｅａｒｎｅｄ Ｈａｎｄ 精製されたアドレナリンについての議論）、ａｆｆ’ｄ ｉｎ ｐａｒｔ，ｒｅｖ’ｄ ｉｎ ｐａｒｔ，１９６ Ｆ．４９６（２ｄ Ｃｉｒ．１９１２）も参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる。さらに、いくつかの態様では、本開示は、単離された生物学的に純粋な微生物培養物内に見出さなければならない、濃度または純度限界の特定の定量的尺度を提供する。特定の実施形態では、これらの純度値の存在は、本開示の微生物を、天然状態に存在するそれらの微生物と区別するさらなる属性である。例えば、Ｍｅｒｃｋ ＆ Ｃｏ．ｖ．Ｏｌｉｎ Ｍａｔｈｉｅｓｏｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｒｐ．，２５３ Ｆ．２ｄ １５６（４ｔｈ Ｃｉｒ．１９５８）（微生物により産生されるビタミンＢ１２の純度制限について議論）を参照されたい。

本明細書で使用される場合、「個々の単離物」は、１つ以上の他の微生物からの分離後の、微生物の単一の属、種、または株の優勢を含む組成物または培養物を意味すると解釈するべきである。この句は、微生物が単離または精製された程度を示すものと解釈されるべきではない。しかしながら、「個々の分離株」は、微生物の実質的に１つの属、種、または株のみを含むことができる。

本明細書で使用される場合、「マイクロバイオーム」とは、動物の消化管または胃腸管に生息する微生物の集まりおよび微生物の物理的環境を指す（すなわち、マイクロバイオームは、生物的および物理的構成要素を有する）。マイクロバイオームは流動性があり、多くの自然発生的および人工的な条件（例えば、食事の変更、疾患、抗菌剤、追加の微生物の流入など）によって調節され得る。ＧＩマイクロバイオームの調節は、１つ以上の本開示の組成物の投与を介して達成でき、次のような形態を取ることができる：（ａ）微生物の特定の科、属、種、もしくは機能的分類を増加もしくは減少させること（すなわち、ＧＩマイクロバイオームの生物学的構成要素の変更）および／または（ｂ）ＧＩ管内の揮発性脂肪酸を増加または減少させること、ｐＨを増加または減少させること、胃腸の健康に重要な任意の他の物理的パラメーターを増加または減少させること（すなわち、ＧＩマイクロバイオームの非生物的構成要素の変更）。

本明細書で使用される場合、「プロバイオティクス」は、実質的に純粋な微生物（すなわち、単一の分離株）または所望の微生物の混合物を指し、微生物叢を回復させるためにイヌに投与することができる任意の追加の構成要素も含み得る。本開示のプロバイオティクスまたは微生物接種剤組成物は、微生物が胃腸管の環境を生き延びること、すなわち、低ｐＨに抵抗し、および胃腸環境で増殖することを可能にするために、薬剤とともに投与され得る。いくつかの実施形態では、本組成物（例えば、微生物組成物）は、いくつかの態様ではプロバイオティクスである。

本明細書で使用される場合、「プレバイオティックス」は、１つ以上の所望の微生物の数および／または活性を増加させる薬剤を指す。本開示の方法に有用であり得るプレバイオティックスの非限定的な例としては、フラクトオリゴ糖（例えば、オリゴフルクトース、イヌリン、イヌリン型フルクタン）、ガラクトオリゴ糖、アミノ酸、アルコール、およびそれらの混合物が挙げられる。Ｒａｍｉｒｅｚ－Ｆａｒｉａｓ ｅｔ ａｌ．（２００８．Ｂｒ．Ｊ．Ｎｕｔｒ．４：１－１０）およびＰｏｏｌ－Ｚｏｂｅｌ ａｎｄ Ｓａｕｅｒ（２００７．Ｊ．Ｎｕｔｒ．１３７：２５８０－２５８４、および補足版）を参照されたい。

本明細書で使用される場合、用語「増殖培地」は、微生物の増殖を支持するのに好適な任意の培地である。一例として、培地は、ガストリン補助寒天、ＬＢ培地、血清、および組織培養ゲルを含む、天然または人工であってもよい。当然のことながら、培地は単独で、または１つ以上の他の培地と組み合わせて使用され得る。また、外因性栄養素の添加の有無に関わらず使用され得る。

本明細書で使用される場合、用語「相対存在量」は、胃腸管または器官系に存在する総微生物の数またはパーセンテージに対する、当該胃腸管または他の器官系に存在する微生物の数またはパーセンテージである。相対存在量はまた、存在する細菌、真菌、ウイルス、および／または原虫の総数またはパーセンテージに対する、細菌、真菌、ウイルス、および／または原虫などの特定のタイプの微生物について決定されてもよい。一実施形態では、相対存在量は、ＰＣＲによって決定される。別の実施形態では、相対存在量は、胃腸管または他の対象器官系からの試料に対して実施されるコロニー形成単位アッセイ（ｃｆｕ）またはプラーク形成単位アッセイ（ｐｆｕ）によって決定される。

培地は、追加の化合物または構成要素、例えば、特定の微生物群との相互作用および／または選択を支援し得る構成要素で、補正または強化されてもよい。例えば、抗生物質（ペニシリンなど）または滅菌剤（例えば、第四級アンモニウム塩および酸化剤）が存在でき、および／または物理的条件（例えば、塩分、栄養素（例えば、有機および無機ミネラル（例えば、リン、窒素塩、アンモニア、カリウム、およびコバルトおよびマグネシウムなどの微量栄養素）、ｐＨ、および／または温度）、メチオニン、プレバイオティックス、イオノフォアおよびベーターグルカンを補正できる。

本明細書で使用される場合、用語「イヌ」は、Ｃａｎｉｓ、Ａｔｅｌｏｃｙｎｕｓ、Ｃｅｒｄｏｃｙｏｎ、Ｃｈｒｙｓｏｃｙｏｎ、Ｃｕｏｎ、Ｄｕｓｉｃｙｏｎ、Ｌｙｃａｌｏｐｅｘ、Ｌｙｃａｏｎ、Ｎｙｃｔｅｒｅｕｔｅ、Ｏｔｏｃｙｏｎ、Ｓｐｅｏｔｈｏｓ、Ｕｒｏｃｙｏｎ、およびＶｕｌｐｅｓ属の哺乳動物を含む。

本明細書で使用される場合、用語「イヌ（ｃａｎｉｎｅ）」および「イヌ（ｃａｎｉｄ）」は、以下のような哺乳動物を指すために同義で使用される：家庭犬、コミミイヌ、コヨーテ、ジャッカル、セグロジャッカル、ヨコスジジャッカル、オオカミ、アビシニアンオオカミ、アフリカンゴールデンウルフ、ハイイロオオカミ、ディンゴ、カニクイイヌ、タテガミオオカミ、ドール、クルペオギツネ、ダーウィンキツネ、スジオイヌ、パンパスキツネ、セチュラキツネ、リカオン、タヌキ、バッドイヤードッグ（ｂａｔ－ｅａｒｅｄ ｄｏｇ）、ヤブイヌ、ハイイロギツネ、シマハイイロギツネ、ホッキョクギツネ、ベンガルギツネ、ブランフォードギツネ、ケープギツネ、コサックギツネ、フェネックギツネ、キットギツネ、オグロスナギツネ、アカギツネ、ギンギツネ、オジロスナギツネ、スイフトギツネ、およびチベットスナギツネ、またはその雑種および／もしくは交雑種を含む。

本明細書で使用される場合、「改善された」とは、対照群と比較して、または当該特性に関連する既知の平均量と比較して、関心のある特性の改善を包含するように幅広く解釈されるべきである。本開示では、「改善された」は、データに統計的に有意であること（すなわち、ｐ＜０．０５）を必ずしも要求するものではなく、むしろ、ある値（例えば、平均治療値）が、別の値（例えば、平均管理値）とは異なることを実証するいずれかの定量化可能な違いは、「改善された」レベルまで上昇する可能性がある。

本明細書で使用される場合、「阻害および抑制」および類似の用語は、完全な阻害または抑制を必要とすると解釈されるべきではないが、いくつかの実施形態においてこれは望ましい場合がある。

本明細書で使用される場合、用語「マーカー」または「固有マーカー」は、微生物株の固有の微生物タイプ、微生物株、または活性の指標である。マーカーは、生体試料中で測定することができ、限定されないが、リボソームＲＮＡ遺伝子などの核酸ベースのマーカー、ペプチドまたはタンパク質ベースのマーカー、および／または代謝物もしくは他の小分子マーカーを含む。

本明細書で使用される場合、用語「代謝物」は、代謝の中間体または産物である。一実施形態における代謝物は、小分子である。代謝物は、酵素に対する燃料、構造、シグナル伝達、刺激および阻害効果、酵素の補因子として、防御において、および他の生物との相互作用においてなど、様々な機能を有する（色素、付臭剤、およびフェロモンなど）。一次代謝物は、正常な成長、発達、および繁殖に直接関与する。二次代謝物は、これらのプロセスに直接関与しないが、通常は重要な生態学的機能を有する。代謝物の例としては、限定されないが、抗生物質および樹脂およびテルペンなどの色素が挙げられる。いくつかの抗生物質は、一次代謝物である、トリプトファンから生成されるアクチノマイシンなど、一次代謝物を前駆体として使用する。本明細書で使用される場合、代謝物は、小さな親水性炭水化物、大きな疎水性脂質、および複雑な天然化合物を含む。

本明細書で使用される場合、用語「遺伝子型」は、個々の細胞、細胞培養物、組織、生物、または生物群の遺伝子構成を指す。

本明細書で使用される場合、用語「アレル」は、遺伝子の１つ以上の代替形態のいずれかを意味し、そのアレルはすべて、少なくとも１つの形質または特徴に関連する。二倍体細胞では、所与の遺伝子の２つのアレルは、１対の相同染色体上の対応する遺伝子座を占有する。本開示は、実施形態では、ＱＴＬ、すなわち、１つ以上の遺伝子または調節配列を含み得るゲノム領域に関するため、場合によっては、アレルではなく、より正確には、「ハプロタイプ」（すなわち、染色体セグメントのアレル）を指すが、これらの例では、「アレル」という用語は、「ハプロタイプ」という用語を含むと理解されるべきである。アレルが、類似の表現型を発現する場合、アレルは同一であるとみなされる。配列の違いは可能であるが、表現型に影響を与えない限り重要ではない。

本明細書で使用される場合、用語「遺伝子座（ｌｏｃｕｓ）」（ｌｏｃｉ（複数））は、例えば、遺伝子または遺伝子マーカーが見出される、染色体上の特定の場所または場所または部位を意味する。

本明細書で使用される場合、用語「遺伝的に連結された」は、交配を介して分離することが困難であるように、育種中に高い割合で共遺伝性である２つ以上の形質を指す。

本明細書で使用される場合、「組換え」または「組換え事象」は、染色体の交差または独立した取り合わせを指す。用語「組換え」は、組換え事象の結果として生じる新しい遺伝子構成を有する生物体を指す。

本明細書で使用される場合、用語「分子マーカー」または「遺伝子マーカー」は、核酸配列の特徴の差異を可視化する方法で使用される指標を指す。こうした指標の例としては、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）マーカー、増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）マーカー、一塩基多型（ＳＮＰ）、挿入変異、マイクロサテライトマーカー（ＳＳＲ）、配列特性化された増幅領域（ＳＣＡＲ）、切断された増幅多型配列（ＣＡＰＳ）マーカーもしくはアイソザイムマーカー、あるいは特定の遺伝子位置および染色体位置を定義する、本明細書に記載されるマーカーのまたは組み合わせである。マーカーは、１６Ｓまたは１８Ｓ ｒＲＮＡをコードするポリヌクレオチド配列、および内部転写スペーサー（ＩＴＳ）配列をさらに含み、これは、小サブユニットと大サブユニットｒＲＮＡ遺伝子の間に見出される配列であり、互いに比較した場合に、相互間の関係または区別を明らかにするのに特に有用であることが証明されている。アレル近傍の分子マーカーのマッピングは、分子生物学的手法に習熟した平均的な人によって実施され得る手順である。

主要なｒＲＮＡサブユニット１６Ｓの一次構造は、保存領域、可変領域、および超可変領域の特定の組み合わせを含み、それらは異なる速度で進化し、ドメインなどの非常に古代の系統、および属などのより近代の系統の両方の解明を可能にする。１６Ｓサブユニットの二次構造は、残基の約６７％の塩基対となる約５０個のヘリックスを含む。これらの高度に保存された二次構造特徴は、機能的に極めて重要であり、複数の配列アライメントおよび系統発生解析における位置相同性を確保するために使用できる。過去数十年にわたり、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子は最も配列決定された分類学的マーカーとなっており、細菌および古細菌の現在の系統的分類の礎となっている（Ｙａｒｚａ ｅｔ ａｌ．２０１４．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏ．１２：６３５－４５）。

２つの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子に対して９４．５％以下の配列同一性は、別個の属に対する強力な証拠であり、８６．５％以下は別個の科に対する強力な証拠であり、８２％以下は別個の目に対する強力な証拠であり、７８．５％は別個の鋼に対する強力な証拠であり、７５％以下は別個の門に対する強力な証拠である。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列の比較解析により、培養微生物の分類だけでなく、多くの環境配列の分類にも有用な分類学的閾値を確立することが可能となる。Ｙａｒｚａ ｅｔ ａｌ．２０１４．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏ．１２：６３５－４５）。

本明細書で使用される場合、用語「形質」は、特徴または表現型を指す。例えば 本開示のいくつかの実施形態に関連して、胃腸ディスバイオシスの発生率の減少、胃腸ディスバイオシスの重症度の減少、下痢の発生率の減少、下痢の重症度の減少、過敏性腸疾患（ＩＢＤ）の発生率の減少、過敏性腸疾患の重症度の減少、胃腸病原体の定着の発生率の減少、胃腸病原体誘発性疾患の発生率の減少、胃腸病原体の輸送頻度の減少、糞便中に存在する一次胆汁酸の量の減少、糞便中に存在する二次胆汁酸の増加、ＧＩ管における脂肪酸産生の増加、多糖類およびリグニン分解の増加、脂肪、デンプン、および／またはタンパク質消化の増加、ｐＨバランスの増加、ビタミンの利用可能性の増加、死亡の可能性または発生率の低下、罹患の可能性または発生率の低下、抗菌剤の産生の増加、ビタミンの哺乳動物および／または微生物合成の増加、胃腸マイクロバイオームのアルファ多様性の低下、および／またはそれらの組み合わせであり、当該増加または減少が、当該組成物を投与されていない動物と比較することによって決定される。

用語「形質」はまた、全身的または胃腸管内で産生または利用可能となる短鎖脂肪酸、中鎖脂肪酸、および長鎖脂肪酸の優勢に引き付けられてもよく、消化性の改善、セルロース、リグニン、およびヘミセルロースの分解の増加、例えば酢酸、プロピオン酸、およびブチリン酸などのＧＩまたは全身脂肪酸の濃度の増加、などである。

形質は、優性もしくは劣性で、または部分的もしくは不完全な優性で遺伝し得る。形質は、単一遺伝子（すなわち、単一の遺伝子座によって決定される）または多遺伝子性（すなわち、複数の遺伝子座によって決定される）であってもよく、または１つ以上の遺伝子の環境との相互作用から生じる場合もある。

本開示の文脈では、形質はまた、１つ以上のイヌ遺伝子および１つ以上の微生物遺伝子の相互作用から生じる場合がある。

本明細書で使用される場合、用語「ホモ接合性」は、２つの同一のアレルが特定の遺伝子座に存在するが、二倍体生物の細胞内の相同染色体の対応する対に個別に位置付けられるとき、存在する遺伝的状態を意味する。反対に、本明細書で使用される場合、用語「ヘテロ接合性」は、２つの異なるアレルが特定の遺伝子座に存在するが、二倍体生物の細胞内の相同染色体の対応する対に個別に位置付けられるときに存在する遺伝的状態を意味する。

本明細書で使用される場合、用語「表現型」は、個々の細胞、細胞培養物、生物体（例えば、イヌ）、または個体の遺伝子構成（すなわち、遺伝子型）と環境との間の相互作用から生じる生物群の観察可能な特徴を指す。

本明細書で使用される場合、核酸配列またはタンパク質配列を記述する際の用語「キメラ」または「組換え」は、少なくとも２つの異種ポリヌクレオチド、または２つの異種ポリペプチドを単一の巨大分子に連結させるか、または少なくとも１つの天然核酸もしくはタンパク質配列の１つ以上の要素を再構成する核酸、またはタンパク質配列を指す。例えば、用語「組換え」は、例えば、化学合成によるか、または遺伝子工学技術によって単離された核酸のセグメントの操作による、そうでなければ分離した２つの配列のセグメントの人工的な組み合わせを指すことができる。

本明細書で使用される場合、「合成ヌクレオチド配列」または「合成ポリヌクレオチド配列」は、自然界で起こることは知られていない、または自然発生的ではないヌクレオチド配列である。一般的に、このような合成ヌクレオチド配列は、他の任意の天然のヌクレオチド配列と比較した場合、少なくとも１つのヌクレオチドの違いを含むことになる。

本明細書で使用される場合、用語「核酸」は、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチドのいずれか、またはそれらの類似体のいずれかの任意の長さのヌクレオチドの高分子形態を指す。この用語は、分子の一次構造を指し、したがって二本鎖ＤＮＡおよび一本鎖ＤＮＡ、ならびに二本鎖ＲＮＡおよび一本鎖ＲＮＡを含む。また、メチル化および／またはキャップされた核酸などの修飾核酸、修飾塩基を含有する核酸、骨格修飾などを含む。用語「核酸」および「ヌクレオチド配列」は、互換的に使用される。

本明細書で使用される場合、用語「遺伝子」は、生物学的機能と関連するＤＮＡの任意のセグメントを指す。したがって、遺伝子には、それらの発現に必要なコード配列および／または調節配列が含まれるが、これらに限定されない。遺伝子はまた、例えば、他のタンパク質に対する認識配列を形成する非発現ＤＮＡセグメントを含んでもよい。遺伝子は、関心の供給源からのクローニング、または公知もしくは予測される配列情報からの合成を含む、様々な供給源から取得することができ、所望のパラメーターを有するよう設計された配列を含んでもよい。

本明細書で使用される場合、用語「相同」または「ホモログ」または「オルソログ」は、当技術分野で公知であり、共通の祖先またはファミリーメンバーを共有し、配列同一性の程度に基づいて決定される関連配列を指す。用語「相同性」、「相同」、「実質的に類似」、「実質的に対応する」は、本明細書では互換的に使用される。それらは、１つ以上のヌクレオチド塩基の変化が、遺伝子発現を媒介するか、または特定の表現型を精製する核酸断片の能力に影響を与えない核酸断片を指す。これらの用語はまた、最初の非修飾断片と比較して、結果として生じる核酸断片の機能特性を実質的に変化させない１つ以上のヌクレオチドの欠失または挿入などの、本開示の核酸断片の修飾を指す。したがって、当業者が理解するであろうように、本開示は、特定の例示的な配列よりも多くのものを包含する。これらの用語は、ある１つの種、亜種、変種、培養株または株で見出される遺伝子と、別の種、亜種、変種、培養株または株にある対応するまたは同等の遺伝子との間の関係を記述する。本開示の目的のために、相同配列を比較する。「相同配列」または「ホモログ」または「オルソログ」は、機能的に関連すると考えられるか、信じられるかまたは知られている。機能的関係は、（ａ）配列同一性の程度および／または（ｂ）同一もしくは類似の生物学的機能を含むがこれらに限定されない、いくつかの方法のうちのいずれか１つで示され得る。好ましくは、（ａ）および（ｂ）の両方が示されている。相同性は、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ３０，ｓｅｃｔｉｏｎ ７．７１８，Ｔａｂｌｅ ７．７１で論じられているような、当技術分野で容易に利用可能なソフトウェアプログラムを使用して決定することができる。いくつかのアラインメントプログラムは、ＭａｃＶｅｃｔｏｒ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｌｔｄ、Ｏｘｆｏｒｄ，Ｕ．Ｋ．）、ＡＬＩＧＮ Ｐｌｕｓ（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ａｎｄ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）、およびＡｌｉｇｎＸ（Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）である。別のアラインメントプログラムは、デフォルトのパラメーターを使用するＳｅｑｕｅｎｃｈｅｒ（Ｇｅｎｅ Ｃｏｄｅｓ、Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，Ｍｉｃｈｉｇａｎ）である。

本明細書で使用される場合、用語「ヌクレオチド変化」は、例えば、当該技術分野でよく理解されているヌクレオチド置換、欠失、および／または挿入を指す。例えば、変異は、サイレント置換、付加、または欠失を生じさせるが、コードされたタンパク質の特性または活性、またはタンパク質の作成方法を変化させない変化を含有する。

本明細書で使用される場合、用語「タンパク質修飾」は、例えば、当該技術分野でよく理解されているアミノ酸置換、アミノ酸修飾、欠失、および／または挿入を指す。

本明細書で使用される場合、核酸またはポリペプチドの「少なくとも一部分」または「断片」という用語は、このような配列の最小サイズの特性を有する部分、または全長分子に至るまでのおよび全長分子を含む、全長分子の任意のより大きな断片を、部分を意味する。本開示のポリヌクレオチドの断片は、遺伝子調節エレメントの生物学的に活性な部分をコードすることができる。遺伝子調節エレメントの生物学的に活性な部分は、遺伝子調節エレメントを含む本開示のポリヌクレオチドのうちの１つの一部分を単離し、本明細書に記述されるように活性を評価することによって調製することができる。同様に、ポリペプチドの一部は、全長ポリペプチドに至るまで、４アミノ酸、５アミノ酸、６アミノ酸、７アミノ酸などであり得る。使用される部分の長さは、特定の用途に依存する。ハイブリダイゼーションプローブとして有用な核酸の一部分は、１２ヌクレオチドと短くてもよく、いくつかの実施形態では、２０ヌクレオチドである。エピトープとして有用なポリペプチドの一部分は、４アミノ酸と短くてもよい。全長ポリペプチドの機能を実行するポリペプチドの一部分は、一般に４アミノ酸より長い。

バリアントポリヌクレオチドはまた、ＤＮＡシャッフリングなどの変異原性および組換え原性手順に由来する配列を包含する。そのようなＤＮＡシャッフリングの戦略は、当該技術分野で公知である。例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９４）ＰＮＡＳ ９１：１０７４７－１０７５１、Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ ３７０：３８９－３９１、Ｃｒａｍｅｒｉ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１５：４３６－４３８、Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７２：３３６－３４７；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９７）ＰＮＡＳ ９４：４５０４－４５０９、Ｃｒａｍｅｒｉ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ ３９１：２８８－２９１、および米国特許第５，６０５，７９３号および第５，８３７，４５８号を参照されたい。本明細書に開示されるポリヌクレオチドのＰＣＲ増幅にあたり、オリゴヌクレオチドプライマーは、目的とする任意の生物から抽出されたｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡからの対応するＤＮＡ配列を増幅するためのＰＣＲ反応で使用するために設計することができる。ＰＣＲプライマーおよびＰＣＲクローニングを設計する方法は、当該技術分野で一般的に公知であり、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）で開示されている。また、Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．（１９９０）ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）、Ｉｎｎｉｓ ａｎｄ Ｇｅｌｆａｎｄ，ｅｄｓ．（１９９５）ＰＣＲ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）、およびＩｎｎｉｓ ａｎｄ Ｇｅｌｆａｎｄ，ｅｄｓ．（１９９９）ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）も参照されたい。ＰＣＲの公知の方法には、限定されるものではないが、対のプライマー、ネステッドプライマー、単一特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的ミスマッチのプライマーなどを使用する方法が含まれる。

本明細書で使用される場合、用語「プライマー」は、増幅標的にアニーリングしてＤＮＡポリメラーゼを付着させることができ、それによって、プライマー伸長産物の合成が誘導される条件下に置かれたときに、すなわちヌクレオチドの存在下で、およびＤＮＡポリメラーゼなどの重合剤の存在下で、適切な温度およびｐＨで、ＤＮＡ合成の開始点としての役割を果たすオリゴヌクレオチドを指す。（増幅）プライマーは、増幅における最大効率のために一本鎖であることが好ましい。プライマーは、オリゴデオキシリボヌクレオチドであることが好ましい。プライマーは、重合剤の存在下で伸長生成物の合成をプライミングするのに十分長くなければならない。プライマーの正確な長さは、プライマーの温度および組成（Ａ／Ｔ対Ｇ／Ｃ含量）を含む、多くの要因に依存する。一対の双方向性プライマーは、ＰＣＲ増幅などのＤＮＡ増幅の技術分野で一般的に使用される、１つのフォワードプライマーと１つのリバースプライマーからなる。

用語「ストリンジェンシー」または「ストリンジェントハイブリダイゼーション条件」は、ハイブリッドの安定性、例えば、温度、塩濃度、ｐＨ、ホルムアミド濃度などに影響を与えるハイブリダイゼーション条件を指す。これらの条件は、プライマーまたはプローブの標的核酸配列への特異的結合を最大化し、非特異的結合を最小化するために、経験的に最適化される。使用される用語は、プローブまたはプライマーが、他の配列よりも検出可能に大きい程度まで（例えば、バックグラウンドの少なくとも２倍）、その標的配列にハイブリダイズする条件への言及を含む。ストリンジェントな条件は、配列依存性であり、異なる状況では異なる。より長い配列は、より高温で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、定義されたイオン強度およびｐＨでの特定の配列の熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、相補的標的配列の５０％が、完全に一致したプローブまたはプライマーにハイブリダイズする温度（定義されたイオン強度およびｐＨ下）である。典型的には、ストリンジェントな条件は、塩濃度がｐＨ７．０～８．３で、約１．０Ｍ Ｎａ＋イオン未満、典型的には約０．０１～１．０Ｍ Ｎａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブまたはプライマー（例えば、１０～５０ヌクレオチド）の場合は少なくとも約３０℃、長いプローブまたはプライマー（例えば、５０ヌクレオチド超）については少なくとも約６０℃であるものである。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドなどの不安定化剤の添加によっても達成され得る。例示的な低ストリンジェント条件または「低下したストリンジェンシー条件」には、３０％ホルムアミド、１Ｍ ＮａＣｌ、１％ ＳＤＳの緩衝液での３７℃でのハイブリダイゼーション、および２×ＳＳＣでの４０℃での洗浄が含まれる。例示的な高ストリンジェンシー条件には、５０％ホルムアミド、１Ｍ ＮａＣｌ、１％ ＳＤＳ中３７℃でのハイブリダイゼーション、および０．１×ＳＳＣでの６０℃での洗浄が含まれる。ハイブリダイゼーション手順は、当該技術分野で周知であり、例えばＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，１９９８およびＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，２００１に記載されている。いくつかの実施形態では、ストリンジェント条件は、４５℃で、１ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡ、０．５～２０％（例えば、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％）のドデシル硫酸ナトリウムを含有する０．２５ＭのＮａ２ＨＰＯ４緩衝液（ｐＨ７．２）におけるハイブリダイゼーション、続いて、５５℃～６５℃で０．１％（ｗ／ｖ）のドデシル硫酸ナトリウムを含有するＳＳＣで５×洗浄である。

本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、コード配列または機能性ＲＮＡの発現を制御することができるＤＮＡ配列を指す。プロモーター配列は、近位のおよびより遠位の上流要素からなり、後者はエンハンサーと呼ばれることが多い。したがって、「エンハンサー」は、プロモーター活性を刺激することができるＤＮＡ配列であり、プロモーターの本来の要素、またはプロモーターのレベルもしくは組織特異性を強化するために挿入される異種要素であってもよい。プロモーターは、その全体が天然遺伝子に由来するものでもよく、または自然界に存在する異なるプロモーターに由来する異なる要素から構成されてもよく、または合成ＤＮＡセグメントを含むことさえある。異なるプロモーターは、異なる組織もしくは細胞型において、または異なる発達段階において、または異なる環境条件に応答して、遺伝子の発現を方向付ける場合があることが当業者によって理解される。たいていの場合、制御配列の正確な境界が完全には定義されていないため、いくつかのバリエーションのＤＮＡ断片は同一のプロモーター活性を有し得ることがさらに認識される。

本明細書で使用される場合、「構成的プロモーター」は、ほとんどの条件下で、および／またはほとんどの発達段階中に活性であるプロモーターである。バイオテクノロジーで使用される発現ベクターに構成的プロモーターを使用することには、次のようないくつかの利点がある：例えば、トランスジェニック細胞または生物を選択するために使用されるタンパク質の高レベルの産生、容易な検出および定量を可能にするレポータータンパク質またはスコア化可能マーカーの高レベルの発現、調節転写システムの一部である転写因子の高レベルの産生、生物において遍在する活性を必要とする化合物の産生、および発達のすべての段階で必要な化合物の産生。非限定的な例示的な構成的プロモーターとしては、ＣａＭＶ ３５Ｓプロモーター、オパインプロモーター、ユビキチンプロモーター、アルコールデヒドロゲナーゼプロモーターなどが挙げられる。

本明細書で使用される場合、「非構成的プロモーター」は、特定の条件下で、特定のタイプの細胞で、および／または特定の発達段階の間に活性であるプロモーターである。例えば、組織特異的、組織優先、細胞型特異的、細胞型優先、誘導性プロモーター、および発達制御下のプロモーターは、非構成性プロモーターである。発生制御下のプロモーターの例としては、特定の組織において優先的に転写を開始するプロモーターが挙げられる。

本明細書で使用される場合、「誘導性」または「抑制性」のプロモーターは、化学的または環境的要因の制御下にあるプロモーターである。誘導性プロモーターによる転写に影響を与え得る環境条件の例としては、嫌気性条件、特定の化学物質、光の存在、酸性または塩基性条件などが挙げられる。

本明細書で使用される場合、「組織特異的」プロモーターは、特定の組織でのみ転写を開始するプロモーターである。遺伝子の構成的発現とは異なり、組織特異的発現は、いくつかの相互作用レベルの遺伝子調節の結果である。そのため、当技術分野では、時には、特定の組織における導入遺伝子の効率的かつ信頼できる発現を達成するために、相同なまたは近縁の種からのプロモーターを使用することが望ましい。これは、科学文献および特許文献の両方に見られる特定の組織から単離された大量の組織特異的プロモーターの主な理由の１つである。

本明細書で使用される場合、用語「作動可能に連結された」は、一方の機能が他方によって制御されるように、単一の核酸断片上の核酸配列の会合を指す。例えば、プロモーターは、そのコード配列の発現を調節できる場合（すなわち、コード配列がプロモーターの転写制御下にある）、コード配列と作動可能に連結されている。コード配列は、センスまたはアンチセンス方向で調節配列に動作可能に連結され得る。別の例では、本開示の相補的ＲＮＡ領域は、直接的または間接的に、標的ｍＲＮＡに５’、もしくは標的ｍＲＮＡに３’または標的ｍＲＮＡ内で作動可能に連結されてもよく、あるいは第１の相補的領域は標的ｍＲＮＡに対して５’であり、その補体は３’である。

本明細書で使用される場合、句「組換え構築物」、「発現構築物」、「キメラ構築物」、「構築物」、および「組換えＤＮＡ構築物」は、本明細書では互換的に使用される。組換え構築物は、核酸断片、例えば、自然界では一緒には見出されない調節配列およびコード配列、の人工的組み合わせを含む。例えば、キメラ構築物は、異なる供給源に由来する調節配列およびコード配列、または同じ供給源に由来するが自然界で見られるものとは異なる方法で配置された調節配列およびコード配列を含んでもよい。こうした構築物は、単独で使用することができ、またはベクターと組み合わせて使用することができる。ベクターを使用する場合、ベクターの選択は、宿主細胞を形質転換するために使用される方法に依存し、これは当業者に周知である。例えば、プラスミドベクターを使用することができる。当業者は、本開示の単離された核酸断片のいずれかを含む宿主細胞を首尾よく形質転換、選択、および増殖させるためにベクター上に存在するべき遺伝的要素を十分に認識している。当業者は、異なる独立した形質転換事象が、異なる発現のレベルおよびパターンをもたらすことも認識し（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，（１９８５）ＥＭＢＯ Ｊ．４：２４１１－２４１８、Ｄｅ Ａｌｍｅｉｄａ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ２１８：７８－８６）、したがって、所望の発現レベルおよびパターンを示す系統を得るために、複数の事象をスクリーニングしなければならない。このようなスクリーニングは、特に、ＤＮＡのサザン解析、ｍＲＮＡ発現のノーザン解析、タンパク質発現の免疫ブロット分析、または表現型分析によって達成され得る。ベクターは、プラスミド、ウイルス、バクテリオファージ、プロウイルス、ファージミド、トランスポゾン、人工染色体などであってもよく、それらは自律的に複製されるか、または宿主細胞の染色体に組み込まれ得る。ベクターはまた、裸のＲＮＡポリヌクレオチド、裸のＤＮＡポリヌクレオチド、同じ鎖内のＤＮＡおよびＲＮＡの両方から構成されるポリヌクレオチド、ポリリジンコンジュゲートＤＮＡまたはＲＮＡ、ペプチドコンジュゲートＤＮＡまたはＲＮＡ、リポソームコンジュゲートＤＮＡなどであってもよく、これらは自律的に複製されない。本明細書で使用される場合、用語「発現」は、機能性最終産物、例えばｍＲＮＡまたはタンパク質（前駆体または成熟）の産生を指す。

いくつかの実施形態では、細胞または生物は、少なくとも１つの異種形質を有する。本明細書で使用される場合、用語「異種形質」は、外因性ＤＮＡセグメント、異種ポリヌクレオチド、または異種核酸によって形質転換された宿主細胞またはトランスジェニック生物に付与される表現型を指す。表現型の様々な変化は、本開示にとって興味深いものであり、ＧＩ腸疾患およびディスバイオシスの重症度の減少（例えば、下痢の減少、出血性下痢など）などを含むがこれらに限定されない。これらの結果は、本開示の方法および組成物を使用して、生物における異種産物の発現または内因性産物の発現の増加を提供することによって達成され得る。

本明細書で使用される場合、用語「ＭＩＣ」は、最大情報係数を意味する。ＭＩＣは、本開示の活性微生物株と少なくとも１つの測定されたメタデータ（例えば、ＧＩディスバイオシスまたは腸疾患を治療／予防する能力）との間のスコア（ＭＩＣスコア）を特定する、ノンパラメトリックネットワーク解析の一種である。さらに、２０１６年７月２２日に出願された米国特許出願第１５／２１７，５７５号（２０１７年１月１０日に米国特許第９，５４０，６７６号として発行）は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

次に、図２に示すように、最大情報係数（ＭＩＣ）が、株とメタデータ３０２１ａの間、および株３０２１ｂの間で計算される。結果はプールされ、すべての関係およびそれに対応するＭＩＣスコア３０２２のリストが作成される。関係スコアが所与の閾値３０２３を下回る場合、その関係は、無関係な３０２３ｂとみなされ／認定される。関係が所与の閾値３０２３を上回る場合、関係は、関連する２０２３ａとみなされ／認定され、さらにネットワーク分析３０２４の対象となる。以下のコードフラグメントは、一実施形態による、このような分析のための例示的な方法論を示している。

Ｒｅａｄ ｔｏｔａｌ ｌｉｓｔ ｏｆ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｆｉｌｅ ａｓ ｌｉｎｋｓ

ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ＝０．８

ｆｏｒ ｉ ｉｎ ｒａｎｇｅ（ｌｅｎ（ｌｉｎｋｓ））：
ｉｆ ｌｉｎｋｓ＞＝ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ
ｍｕｌｔｉｐｌｉｅｒ［ｉ］＝１
ｅｌｓｅ
ｍｕｌｔｉｐｌｉｅｒ［ｉ］＝０
ｅｎｄ ｉｆ

ｌｉｎｋｓ＿ｔｅｍｐ＝ｍｕｌｔｉｐｌｉｅｒ＊ｌｉｎｋｓ
ｆｉｎａｌ＿ｌｉｎｋｓ＝ｌｉｎｋｓ＿ｔｅｍｐ［ｌｉｎｋｓ＿ｔｅｍｐ！＝０］

ｓａｖｅｔｘｔ（ｏｕｔｐｕｔ＿ｆｉｌｅ，ｆｉｎａｌ＿ｌｉｎｋｓ）
ｏｕｔｐｕｔ＿ｆｉｌｅ．ｃｌｏｓｅ（）

いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、少なくとも約０．１、少なくとも約０．１５、少なくとも約０．２、少なくとも約０．２５、少なくとも約０．３、少なくとも約０．３５、少なくとも約０．４、少なくとも約０．４５、少なくとも約０．５、少なくとも約０．５５、少なくとも約０．６、少なくとも約０．６５、少なくとも約０．７、少なくとも約０．７５、少なくとも約０．８０、少なくとも約０．８５、少なくとも約０．９、または少なくとも約０．９５のＭＩＣスコアを有する１つ以上の細菌および／または１つ以上の真菌を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、少なくとも０．１、少なくとも０．１５、少なくとも０．２、少なくとも０．２５、少なくとも０．３、少なくとも０．３５、少なくとも０．４、少なくとも０．４５、少なくとも０．５、少なくとも０．５５、少なくとも０．６、少なくとも０．６５、少なくとも０．７、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９、または少なくとも０．９５のＭＩＣスコアを有する１つ以上の細菌および／または１つ以上の真菌を含む。

ネットワーク分析の出力に基づいて、活性株は、選択された株を含有する製品（例えば、アンサンブル、凝集体、および／または他の合成グループ）を調製するために、３０２５選択される。ネットワーク分析の出力は、さらなる製品組成試験のための株の選択の情報を提供するのにも使用され得る。

閾値の使用は、分析および決定のために上記で論じられている。閾値は、実装およびアプリケーションに応じて、以下のように設定することができる：（１）経験的に決定される（例えば、分布レベルに基づいて低レベルの読み取りの特定もしくは重要な部分を除去する数にカットオフを設定する）、（２）ゼロ以外の任意の値、（３）パーセント／パーセンタイルに基づく、（４）正規化された第２のマーカー（すなわち、活性）の読み取りが、正規化された第１のマーカー（細胞数）読み取りよりも大きい株のみ、（５）活性と、量もしくは細胞数との間のｌｏｇ２倍率変化、（６）正規化された第２のマーカー（活性）の読み取りが、試料全体（および／または試料セット）の第２のマーカー（活性）の読み取りの平均よりも大きい、および／または統計的閾値（すなわち、有意性検定）に加えて上記の任意の大きさの閾値。

本明細書で使用される場合、「保存安定性」は、本開示に従って製剤化された微生物によって獲得された機能的特性および新しい有用性を指し、これは、当該微生物が、胃腸管内のその自然環境の外側（すなわち、著しく異なる特性）で有用／活性状態で存在することを可能にする。したがって、保存安定性は、本開示の製剤／組成物によって作製される機能的属性であり、保存安定性組成物に製剤化された微生物が、利用される特定の製剤に応じて決定され得る一定期間、胃腸管の外部および周囲条件下に存在し得ることを示すが、しかし一般的に、微生物は、少なくとも数日間、概して少なくとも１週間、周囲条件下で安定である組成物中に存在するように製剤化され得ることを意味する。したがって、「保存安定なイヌのサプリメント」は、本開示の１つ以上の微生物を含む組成物であり、当該微生物が、周囲条件下で少なくとも１週間組成物が安定であるように組成物中に製剤化されており、この組成物に含まれる微生物（例えば、全細胞、胞子、または溶解細胞）が、投与された場合、１つ以上の有益な表現型特性をイヌに付与することができる（例えば、ＧＩの健康の改善、および／または胃腸マイクロバイオームの調節）ことを意味する

先行出願
本件の主題は、以前のＡｓｃｕｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．出願の主題とは別個のものである。本開示の微生物の１６Ｓおよび／またはＩＴＳ配列は、任意の以前のＮａｔｉｖｅ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌｓ，Ｉｎｃ．出願のものとは別個のものと考えられる。

単離された微生物
いくつかの態様では、本開示は、表１に提示される新規の微生物株を含む単離された微生物を提供する。

他の態様では、本開示は、表１で同定された微生物の単離された全微生物培養物を提供する。これらの培養物は、様々な濃度の微生物を含んでもよい。

いくつかの態様では、本開示は、イヌにおける関心のある表現型形質を増加させるために、表１から選択される１つ以上の微生物を利用することを提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下の分類学的ファミリーに属する単離された微生物種を提供する－Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ。

さらなる実施形態では、単離された微生物種は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩ、Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ａｃｉｄｉｃａｌｄｕｓ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｅｌｌｕｌｓｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ、Ｋａｎｄｌｅｒｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｔｈｅｒｍａｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＩＩ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｇｌａｕｔｉａ、Ｓａｒｃｉｎａ、Ｊｅｏｔｇａｌｉｂａｃａ、およびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａの属から選択され得る。

さらに、本開示は、表１で同定される微生物の特徴と実質的に類似した特徴を有する微生物に関する。

本開示で同定された、単離された微生物種、および当該種の新規株は、イヌに有益な特性または形質を付与することができる。

例えば、表１に記載されている単離された微生物、または当該微生物の微生物集団は、胃腸ディスバイオシスの発生率の減少、胃腸ディスバイオシスの重症度の減少、下痢の発生率の減少、下痢の重症度の減少、過敏性腸疾患（ＩＢＤ）の発生率の減少、過敏性もしくは炎症性腸疾患の重症度の減少、慢性腸疾患の発生率の減少、慢性腸疾患の重症度の減少、胃腸病原体の定着の発生率の減少、胃腸病原体誘発性疾患の発生率の減少、胃腸病原体の輸送頻度の減少、糞便中に存在する一次胆汁酸の量の減少、糞便中に存在する二次胆汁酸の増加、ＧＩ管における脂肪酸産生の増加、脂肪、デンプン、および／またはタンパク質消化の増加、ｐＨバランスの増加、ビタミンの利用可能性の増加、死亡の可能性または発生率の低下、罹患の可能性または発生率の低下、抗菌剤の産生の増加、ビタミンの哺乳動物および／または微生物合成の増加、胃腸マイクロバイオームのアルファ多様性の低下、および／またはそれらの組み合わせを促進することができ、当該増加または減少が、当該組成物を投与されていない動物と比較することによって決定される。

Ｈｅｉｎｋｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１９．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ．７：７５；１８ｐｇｓ）は、腸内微生物における二次胆汁酸代謝と、炎症性腸疾患におけるこれらの腸内微生物の明確な代謝能力との間の関連性を特定した。腸内マイクロバイオームは、全体的な胆汁酸産生および二次胆汁酸産生を調節する能力があるようである。

いくつかの実施形態では、単離された微生物株は、遺伝子改変された本開示の微生物である。いくつかの実施形態では、遺伝子改変または組換え微生物は、当該微生物において自然には発生しないポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、微生物は異種ポリヌクレオチドを含んでもよい。さらなる実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、微生物生来の１つ以上のポリヌクレオチドに作動可能に連結されてもよい。

いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、レポーター遺伝子または選択マーカーであってもよい。いくつかの実施形態では、レポーター遺伝子は、蛍光タンパク質ファミリー（例えば、ＧＦＰ、ＲＦＰ、ＹＦＰなど）、β－ガラクトシダーゼ、またはルシフェラーゼのいずれかから選択されてもよい。いくつかの実施形態では、選択マーカーは、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ、アミノグリコシドアデニルトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、アセトラクターゼシンターゼ、ブロモキシニルニトリラーゼ、β－グルクロニダーゼ、ジヒドロゴレートレダクターゼ、およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼから選択され得る。いくつかの実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、１つ以上のプロモーターに作動可能に連結されてもよい。

いくつかの実施形態では、単離された微生物株は、セルラーゼ（例えば、エンドセルラーゼ、エキソセルラーゼ、およびグルコシダーゼ）、ペクチナーゼ、アミラーゼ、アミロペクチナーゼ、リグニナーゼ、およびフィターゼから選択されるトランスジェニックまたは天然ポリペプチドを発現する。

微生物組成物
いくつかの態様では、本開示は、表１で同定された微生物の中から選択される少なくとも任意の２つの微生物の組み合わせを含む微生物組成物を提供する。いくつかの態様では、本開示は、表１で同定された微生物の中から選択される少なくとも１つの微生物を含む微生物組成物を提供する。

特定の実施形態では、本開示の組成物は、２つの微生物、または３つの微生物、または４つの微生物、または５つの微生物、または６つの微生物、または７つの微生物、または８つの微生物、または９つの微生物、または１０以上の微生物を含む。組成物の当該微生物は、異なる微生物種、または異なる微生物種株である。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下の属に属する少なくとも１つまたは少なくとも２つの単離された微生物種を含む、微生物組成物を提供する：Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩ、Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ａｃｉｄｉｃａｌｄｕｓ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｅｌｌｕｌｓｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ、Ｋａｎｄｌｅｒｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｔｈｅｒｍａｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＩＩ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｇｌａｕｔｉａ、Ｓａｒｃｉｎａ、Ｊｅｏｔｇａｌｉｂａｃａ、およびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ。これらの前述の属の種の特定の新規株は、表１に見出すことができる。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下の科に属する少なくとも１つまたは少なくとも２つの単離された微生物種を含む、微生物組成物を提供する：Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ。

これらの前述の属の種の特定の新規株は、表１に見出すことができる。

特定の態様では、本開示は、表２～８にグループ化された種を含む微生物組成物を提供する。表２～８に関し、文字Ａ～Ｉは、以下で定義される、本開示の微生物の非限定的な選択を表す。
Ａ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、
Ｂ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、
Ｃ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、
Ｄ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、
Ｅ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、
Ｆ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ
Ｇ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、
Ｈ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、および
Ｉ＝表１で特定された菌株表示Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、表２～８の任意のメンバーグループから選択され得る。

単離された微生物－原材料
特定の実施形態では、本組成物の微生物は、同じ動物に関連して天然に見られない。いくつかの態様では、微生物種または株は、同じ品種のイヌには見られない。いくつかの態様では、微生物種または株は、同じ年齢または同じおおよその年齢のイヌには見られない。いくつかの態様では、微生物種または株は、同じ食餌を与えられたイヌには見られない。いくつかの態様では、微生物種または株は、同じおおよその活動レベルを有するイヌには見られない。いくつかの態様では、微生物群集を形成する微生物種はすべて、同じ地理的位置からの動物に関連して見出される。他の態様では、組成物を形成する各微生物種は、異なる地理的位置からのものである。地理的位置は、地域の主要な土壌タイプ、地域の主要な気候、地域に存在する主要な植物群集、地域に存在する主要な植物群集、地域間の距離、地域における平均降雨量などに基づいて定義することができる。

いくつかの実施形態では、本組成物の微生物は、同じ動物の種に関連して天然に見出されない。いくつかの実施形態では、本組成物の微生物は、同じ動物の種に見られるが、地理的地域によって分離される。

特定の実施形態では、本開示の方法によって誘導される微生物群集のメンバーである少なくとも１つの微生物種は、その表現型形質が教示された方法に基づいて増加されるべき動物の位置から少なくとも約１ｍ、１０ｍ、１００ｍ、１ｋｍ、１０ｋｍ、１００ｋｍ、１，０００ｋｍ、１０，０００ｋｍ、２０，０００ｋｍ、３０，０００ｋｍ、または４０，０００ｋｍの地理的地域の原産であるか、またはそこから獲得されたものである。

本開示の微生物は、場所の中でもとりわけ米国の様々な場所で、イヌの胃腸管から取得された。

単離された微生物－微生物培養技術
表１の微生物は、１６ｓ ｒＲＮＡ配列に対するＲｉｂｏｓｏｍａｌ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＲＤＰ）の分類ツール、およびＩＴＳ ｒＲＮＡ配列に対するＵｓｅｒ－ｆｒｉｅｎｄｌｙ Ｎｏｒｄｉｃ ＩＴＳ Ｅｃｔｏｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ（ＵＮＩＴＥ）データベースを利用することによって、それらの最も近い分類群と適合した。最も近い分類に適合する微生物の例は、Ｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２．ＰＬＯＳ ｏｎｅ．７（３）：ｅ３２４９１）、Ｓｃｈｌｏｓｓ ａｎｄ Ｗｅｓｔｃｏｔｔ（２０１１．Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．７７（１０）：３２１９－３２２６）、およびＫｏｌｊａｌｇ ｅｔ ａｌ．（２００５．Ｎｅｗ Ｐｈｙｔｏｌｏｇｉｓｔ．１６６（３）：１０６３－１０６８）に見出される。

本開示の微生物の分離、同定、および培養は、標準的な微生物学的技術を使用して実施することができる。このような技術の例は、Ｇｅｒｈａｒｄｔ，Ｐ．（ｅｄ．） Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９９４）およびＬｅｎｎｅｔｔｅ，Ｅ．Ｈ．（ｅｄ．） Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９８０）に見出すことができ、それら各々が参照により組み込まれる。

単離は、標本を固体培地（例えば、栄養寒天プレート）上に画線することにより、本明細書に記載される表現型形質（例えば、グラム陽性／陰性、好気的／嫌気的に胞子を形成することができる、細胞形態、炭素源代謝、酸／塩基産生、酵素分泌、代謝分泌など）によって特徴付けられる単一コロニーを得ることによって、かつ汚染された培養物で作業する可能性を低減することによって、達成され得る。

例えば、本開示の微生物については、生物学的に純粋な分離株は、生物学的試料の継代培養の繰り返しを介して取得することができ、各継代培養の後に固体培地上に画線して、個々のコロニーまたはコロニー形成単位を得る。凍結乾燥細菌の調製、解凍、および増殖させる方法は、一般的に知られており、例えば、Ｇｈｅｒｎａ，Ｒ．Ｌ．ａｎｄ Ｃ．Ａ．Ｒｅｄｄｙ．２００７．Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｏｎ，ｐ１０１９－１０３３．Ｉｎ Ｃ．Ａ．Ｒｅｄｄｙ，Ｔ．Ｊ．Ｂｅｖｅｒｉｄｇｅ，Ｊ．Ａ．Ｂｒｅｚｎａｋ，Ｇ．Ａ．Ｍａｒｚｌｕｆ，Ｔ．Ｍ．Ｓｃｈｍｉｄｔ，ａｎｄ Ｌ．Ｒ．Ｓｎｙｄｅｒ，ｅｄｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．１０３３頁、参照により本明細書に組み込まれる。したがって、グリセロールを含有する溶液中で－７０℃で長期保存された凍結乾燥液体製剤および培養物は、本開示の製剤を提供する際に使用することが企図される。

本開示の微生物は、好気性条件下で、あるいは嫌気性条件下で、液体媒体中で増殖させることができる。本開示の細菌株を成長させるための培地は、炭素源、窒素源、および無機塩、ならびにビタミン、アミノ酸、核酸などの特別に必要とされる物質を含む。微生物の増殖に使用され得る適切な炭素源の例としては、限定されるものではないが、デンプン、ペプトン、酵母エキス、アミノ酸、グルコース、アラビノース、マンノース、グルコサミン、マルトースなどの糖類、酢酸、フマル酸、アジピン酸、プロピオン酸、クエン酸、グルコン酸、リンゴ酸、ピルビン酸、マロン酸などの有機酸の塩、エタノールおよびグリセロールなどのアルコール、大豆油、米ぬか油、オリーブ油、トウモロコシ油、ゴマ油などの油脂が挙げられる。添加される炭素源の量は、炭素源の種類に応じて異なり、典型的には、培地１リットル当たり１～１００グラムである。好ましくは、グルコース、デンプン、および／またはペプトンは、主要炭素源として０．１～５％（Ｗ／Ｖ）の濃度で培地中に含有される。本開示の細菌株の増殖に使用され得る適切な窒素源の例としては、限定されないが、アミノ酸、酵母エキス、トリプトン、牛肉エキス、ペプトン、硝酸カリウム、硝酸アンモニウム、塩化アンモニウム、硫酸アンモニウム、リン酸アンモニウム、アンモニア、またはそれらの組み合わせが挙げられる。窒素源の量は、窒素源のタイプに応じて異なり、典型的には、培地１リットル当たり０．１～３０グラムである。無機塩類、リン酸二水素カリウム、リン酸水素二カリウム、リン酸水素二ナトリウム、硫酸マグネシウム、塩化マグネシウム、硫酸第二鉄、硫酸第一鉄、塩化第二鉄、塩化第一鉄、硫酸第一マンガン、塩化第一マンガン、硫酸亜鉛、塩化亜鉛、硫酸銅、塩化カルシウム、塩化ナトリウム、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウムを、単独でまたは組み合わせて使用することができる。無機酸の量は、無機塩の種類に応じて異なり、典型的には、培地１リットル当たり０．００１～１０グラムである。特別に必要とされる物質の例には、ビタミン、核酸、酵母エキス、ペプトン、肉エキス、麦芽エキス、乾燥酵母、およびそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。培養は、微生物株の増殖を可能にする温度で、本質的に２０℃～４６℃の間で実施することができる。いくつかの態様では、温度範囲は３０℃～３９℃である。最適な増殖のために、いくつかの実施形態では、培地はｐＨ６．０～７．４に調整され得る。市販の培地、例えばＤｉｆｃｏ、Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩから入手可能なＮｕｔｒｉｅｎｔ ＢｒｏｔｈまたはＮｕｔｒｉｅｎｔ Ａｇａｒなどもまた、微生物株を培養するために使用され得ることが理解されよう。培養時間は、使用される培養培地のタイプおよび主要な炭素源としての糖の濃度に応じて異なり得ることが理解されよう。

いくつかの態様では、培養は２４～９６時間持続する。このようにして得られた微生物細胞は、当該技術分野で周知の方法を使用して単離される。例としては、膜濾過および遠心分離が挙げられるが、これらに限定されない。ｐＨは、水酸化ナトリウム等を用いて調整されてもよく、培養物は、水分が４％以下になるまで、凍結乾燥機を用いて乾燥されてもよい。微生物共培養は、上記のように各株を増殖させることによって得ることができる。いくつかの態様では、微生物の多系統培養物は、上に記載された２つ以上の株を増殖させることによって得ることができる。適合する培養条件を用いることができる場合、微生物株は一緒に培養することができることが理解されよう。

単離された微生物－微生物株
微生物は、すべての利用可能な表現型データおよび遺伝子型データをコンセンサス分類に組み入れた、多相分類学に基づく属に区別することができる（Ｖａｎｄａｍｍｅ ｅｔ ａｌ．１９９６．Ｐｏｌｙｐｈａｓｉｃ ｔａｘｏｎｏｍｙ，ａ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ １９９６，６０：４０７－４３８）。種を定義するための１つの受け入れられた遺伝子型の方法は、全体的なゲノム関連性に基づくものであり、標準的な条件下で、５℃以下のΔＴ_ｍ（相同ハイブリッドと異種ハイブリッドとの融解温度の違い）を有するＤＮＡ－ＤＮＡハイブリダイゼーションを使用して、およそ７０％以上の関連性を共有する株は、同じ種のメンバーとみなされる。したがって、前述の７０％の閾値よりも多くを共有する集団は、同じ種のバリアントとみなすことができる。種を定義するための別の許容可能な遺伝子型の方法は、本開示のマーカー遺伝子を単離し、これらの遺伝子を配列決定し、これらの配列決定された遺伝子を複数の単離物またはバリアントから整列させることである。配列決定された遺伝子のうちの１つ以上が少なくとも９７％の配列同一性を共有している場合、微生物は、同じ種に属すると解釈される。

１６Ｓまたは１８Ｓ ｒＲＮＡ配列またはＩＴＳ配列は、種および株を区別するためにしばしば使用され、前述の配列のうちの１つが参照配列からの特定の％配列同一性未満を共有している場合、配列が取得された２つの生物体は、異なる種または株であると言われる。

したがって、微生物が、１６Ｓもしくは１８Ｓ ｒＲＮＡ配列、またはＩＴＳ１もしくはＩＴＳ２配列にわたって少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を共有している場合、微生物は、同じ種の微生物であるとみなすことができる。

さらに、ある種の微生物株を、１６Ｓもしくは１８Ｓ ｒＲＮＡ配列、またはＩＴＳ１もしくはＩＴＳ２配列にわたって少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を共有するものとして定義することができる。

一実施形態では、本開示の微生物株には、配列番号１～３３３のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含むものが含まれる。

さらなる実施形態では、本開示の微生物株には、配列番号１～３３３のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含むものが含まれる。

参照配列に対する２３Ｓ ｒＲＮＡ配列との比較もまた可能である。

培養不可能な微生物は、表現型決定がない場合、多くの場合、特定の種に割り当てることができず、微生物は、その１６Ｓもしくは１８Ｓ ｒＲＮＡ配列、またはＩＴＳ配列が、既知の種との同一性の原則に従う場合、属内でｃａｎｄｉｄａｔｕｓ指定を付与され得る。

１つのアプローチは、配列空間内の密接に関連する種の多数の系統の分布を観察し、他のクラスターから十分に分解された系統のクラスターを特定することである。このアプローチは、複数のコア（ハウスキーピング）遺伝子の連結配列を使用してクラスタリングパターンを評価することによって開発され、多遺伝子座位配列解析（ＭＬＳＡ）または多遺伝子座位配列系統発生解析と呼ばれている。ＭＬＳＡは、現在の分類学的方法によって非常に密接に関連する種に割り当てられる多数の系統のクラスタリングパターンを探索し、属内またはより広範な分類学的グループ内の少数の系統間の関係を調べ、特定の分類学的問題に対処するために、首尾よく使用されてきた。より一般的には、この方法は、細菌種が存在するかどうか、すなわち、類似の系統の大規模な集団が常に十分に分解されたクラスターに分類されるかどうか、または場合によってはクラスターへの明確な分類が観察されない遺伝的連続体が存在するかどうかを求めるために使用され得る。

より正確に属を決定するため、形態学的、生化学的、および生理学的特徴などの表現型形質の決定が、参照属の原型と比較するために行われる。コロニー形態には、色調、形状、色素形成、粘液の産生などが含まれ得る。細胞の特徴は、形状、サイズ、グラム反応、細胞外物質、内生胞子の存在、べん毛の存在および位置、運動性、および封入体として記載される。生化学的および生理学的特徴は、様々な温度範囲、ｐＨ、塩分および大気条件での生物の増殖、様々な唯一の炭素および窒素源の存在下での増殖を記載する。当業者であれば、本開示の属を定義する表現型形質に関して合理的に通知を受けるであろう。

一実施形態では、本明細書に教示される微生物は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列およびＩＴＳ配列を利用して同定された。１６Ｓ ｒＲＮＡは、細菌識別に有用な種／株特異性特徴的配列を提供することができる超可変領域を含有し、またＩＴＳ配列もまた真菌識別に有用な種／株特異性特徴的配列を提供することができることが当技術分野で知られている。

ｒＲＮＡ遺伝子および／またはＩＴＳ配列を使用した系統発生分析は、共通属に属する「実質的に類似した」種を定義するため、および所定のタクソノミクス種の「実質的に類似した」株を定義するためにも使用される。さらに、単離株の生理学的および／または生化学的特性を利用して、イヌにおける有利な挙動または結果をもたらす可能性のある菌株間のわずかな差異と有意な差異の両方を強調することができる。

本開示の組成物は、真菌胞子および細菌胞子、真菌胞子および細菌栄養細胞、真菌栄養細胞および細菌胞子、真菌栄養細胞および細菌栄養細胞の組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、細菌を胞子の形態でのみ含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、細菌を栄養細胞の形態でのみ含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、真菌の非存在下で細菌を含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、細菌の非存在下で真菌を含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、ＶＢＮＣ細菌および／または真菌を含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、静止状態の細菌および／または真菌を含む。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、休眠細菌および／または真菌を含む。

細菌胞子は、内生胞子およびアキネートを含んでいてもよい。真菌胞子には、非射出胞子、射出胞子、自生胞子、不動胞子、遊走子、栄養胞子、大胞子、小胞子、減数胞子、厚膜胞子、夏胞子、冬胞子、卵胞子、果胞子、四分胞子、胞子嚢胞子、接合胞子、子嚢胞子、担子胞子、子嚢胞子、およびさび胞子（ａｓｃｉｏｓｐｏｒｅ）を挙げることができる。

いくつかの実施形態では、本開示の動物への投与時に、組成物の胞子が発芽する。いくつかの実施形態では、組成物の胞子は、本開示の動物への投与時にのみ発芽する。

微生物組成物
いくつかの実施形態では、本開示の微生物は微生物組成物に組み合わされる。

いくつかの実施形態では、微生物組成物が、動物飼料、例えば、穀物や穀物の副産物（大麦、トウモロコシ、オーツ、ソルガム、小麦、蒸溜機の穀物、スイートブラン（ｓｗｅｅｔ ｂｒａｎ）など）、デンプン（タピオカなど）、タンパク質（オイルシードケーキ、野菜廃棄物、トウモロコシ副産物、小麦副産物など）、脂肪分の少ない動物性タンパク質（鶏肉、七面鳥肉、アヒル肉、牛肉、バッファロー肉、イノシシ肉、ブタ肉、魚肉、ラム肉、ウサギ肉など）、動物性粉（鶏肉粉、牛肉粉、イノシシ肉粉、豚肉粉、水牛肉粉、骨粉、魚粉、ウサギ肉粉、ラム肉粉、七面鳥肉粉、アヒル肉粉など）、動物性脂肪（牛脂肪、鶏脂、獣脂など）、および／または非窒素タンパク質を含む。微生物組成物のための動物飼料は、市販の乾燥動物飼料または湿潤動物飼料をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、ビタミンおよび／またはその代謝物、ミネラル、尿素、微量元素、乳化剤、香料物（ａｒｏｍａｔｉｚｉｎｇ ｐｒｏｄｕｃｔ）、結合剤、着色剤、付臭剤、増粘剤、抗生物質などを含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、イオノフォア、ワクチン、抗生物質、駆虫剤、殺ウイルス剤、殺線虫剤；メチオニン、グルタミン、バリン、グリシン、システイン、ホモシステイン、アスパラギン酸、およびアルギニンなどのアミノ酸、魚油、オレガノ、カルニチン、パントイン酸塩、パントテン酸塩、およびアスパラギン酸塩、および酵素などの生物活性分子のうちの１つ以上を含む。

いくつかの実施形態では、ビタミンは、ビタミンＢ５、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ６、Ｂ９、Ｂ１２、Ｈ、Ｃ、Ａ、Ｄ、Ｅ、またはＫ、およびそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、ビタミンＢ５、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ６、Ｂ９、Ｂ１２、Ｈ、Ｃ、Ａ、Ｄ、Ｅ、および／またはＫを合成する微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、ビタミンＢ５を合成する微生物を含む。いくつかの実施形態では、ビタミンＢ５、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ６、Ｂ９、Ｂ１２、Ｈ、Ｃ、Ａ、Ｄ、Ｅ、またはＫの代謝物は、本開示の微生物組成物の１つ以上の構成要素として企図される。一実施形態では、パントテン酸塩は本開示の微生物組成物の構成要素である。一実施形態では、本開示の微生物組成物の構成要素は、哺乳動物または微生物の生合成によって利用される１つ以上の前駆体を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は固体である。固体組成物が使用される場合、限定されるものではないが、ミネラルアース担体、食品グレード担体、および／または植物起源の担体を含む１つ以上の担体材料を含むことが望まれ得る。そのような担体の例には、限定されるものではないが、シリカ、タルク、カオリン、石灰岩、チョーク、粘土、ドロマイト、珪藻土、活性炭、硫酸カルシウム、硫酸マグネシウム、酸化マグネシウム、ゼオライト、炭酸カルシウム、炭酸マグネシウム、トレハロース、キトサン、シェラック、アルブミン、デンプン、ユッカ根、脱脂粉乳、スイートホエイ粉末、マルトデキストリン、ラクトース、イヌリン、デキストロース、乳清タンパク質、小麦粉（例えば、ひよこ豆粉、サツマイモ粉、または大豆粉）、ユッカ、砂糖、大豆かす、マルトデキストリン、スパイス、ハーブ、シリアルミール、樹皮ミール、木粉、およびナッツシェルミール（ｎｕｔｓｈｅｌｌ ｍｅａｌ）が含まれる。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は液体である。さらなる実施形態において、液体は、水もしくはアルコールもしくは生理食塩水もしくは炭水化物溶液を含み得る溶媒、および他の動物に安全な溶媒を含む。いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、動物に安全なポリマー、カルボキシメチルセルロース、デンプン、ポリビニルアルコールなどの結合剤を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、シリカ、粘土、種子または海草の天然抽出物、セルロースの合成誘導体、グアルガム、ローカストビーンガム、アルギン酸塩、およびメチルセルロースなどの増粘剤を含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、加工デンプン、ポリビニルアルコール、キサンタンガムなどの沈降防止剤を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、乾燥酵母、チーズ香味剤、魚香味剤、豚肉香味剤、鶏肉香味剤、および／または牛肉香味剤などの香味剤を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、ニトロソ、ニトロ、モノアゾ、ビスアゾ、およびポリアゾを含むアゾ、アクリジン、アントラキノン、アジン、ジフェニルメタン、インダミン、インドフェノール、メチン、オキサジン、フタロシアニン、チアジン、チアゾール、トリアリールメタン、キサンテンに分類された有機発色団を含む着色剤を含む。いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、鉄、マンガン、ホウ素、銅、コバルト、モリブデン、および亜鉛の塩などの微量栄養素を含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、天然および人工の両方の染料を含む。いくつかの実施形態では、染料は緑色である。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、動物に安全な殺ウイルス剤、寄生虫駆除剤、殺細菌剤、殺真菌剤、または殺線虫剤を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、糖類（例えば、単糖類、二糖類、三糖類、多糖類、オリゴ糖類など）、高分子糖類、脂質、高分子脂質、リポ多糖類、タンパク質、高分子タンパク質、リポタンパク質、核酸、核酸ポリマー、シリカ、無機塩、およびそれらの組み合わせを含む。さらなる実施形態では、微生物組成物は、寒天、アガロース、ゲルライト、ジェランガムなどのポリマーを含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、プラスチックカプセル、エマルション（例えば、水および油）、膜、および人工膜を含む。いくつかの実施形態では、エマルションまたは連結ポリマー溶液は、本開示の微生物組成物を含み得る。Ｈａｒｅｌ ａｎｄ Ｂｅｎｎｅｔｔ（米国特許第８，４６０，７２６ Ｂ２号）を参照されたい。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、１つ以上の脱酸素剤、脱窒剤（ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｅ）、硝化剤（ｎｉｔｒｉｆｉｅｒ）、重金属キレート剤、および／または脱塩素剤（ｄｅｃｈｌｏｒｉｎａｔｏｒ）、ならびにそれらの組み合わせを含む。一実施形態では、１つ以上の脱酸素剤、脱窒剤（ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｅｒ）、硝化剤、重金属キレート剤、および／または脱塩素剤は、微生物組成物が、動物に投与される食物および／または水と混合されると、化学的に活性ではない。一実施形態では、１つ以上の脱酸素剤、脱窒剤、窒化剤、重金属キレート剤、および／または脱塩素剤は、動物に投与されたとき、化学的に活性ではない。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、固体形態（例えば、分散凍結乾燥胞子）または液体形態（貯蔵媒体中に散在する微生物）で生じる。いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、投与直前に液体に乾燥形態で液体に添加され、懸濁液を形成する。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、１つ以上の防腐剤を含む。防腐剤は、液体または気体の配合物であってもよい。防腐剤は、単糖類、二糖類、三糖類、多糖類、酢酸、アスコルビン酸、アスコルビン酸カルシウム、エリソルビン酸、イソアスコルビン酸、エリスロビン酸（ｅｒｙｔｈｒｏｂｉｃ ａｃｉｄ）、硝酸カリウム、アスコルビン酸ナトリウム、エリスロビン酸ナトリウム、イソアスコルビン酸ナトリウム、硝酸ナトリウム、亜硝酸ナトリウム、窒素、安息香酸、ソルビン酸カルシウム、アルギン酸エチルラウロイル、ｐ－ヒドロキシ安息香酸メチル、メチルパラベン、酢酸カリウム、安息香酸カリウム、亜硫酸水素カリウム、二酢酸カリウム、乳酸カリウム、メタ重亜硫酸カリウム、ソルビン酸カリウム、ｐ－ヒドロキシ安息香酸プロピル、プロピルパラベン、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、亜硝酸ナトリウム、二酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、ｐ－ヒドロキシ安息香酸メチルのナトリウム塩、ｐ－ヒドロキシ安息香酸プロピルのナトリウム塩、硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、亜ジチオン酸ナトリウム、亜硫酸、プロピオン酸カルシウム、二炭酸ジメチル、ナタマイシン、ソルビン酸カリウム、亜硫酸水素カリウム、ピロ亜硫酸カリウム、プロピオン酸、二酢酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、ソルビン酸ナトリウム、ソルビン酸、アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、ステアリン酸アスコルビル、ブチルヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、ブチル化ヒドロキシルアニソール（ＢＨＡ）、クエン酸、モノグリセリドおよび／またはジグリセリドのクエン酸エステル、Ｌ－システイン、Ｌ－システイン塩酸塩、グアヤク脂（ｇｕｍ ｇｕａｉａｃｕｍ）、グアヤク脂（ｇｕｍ ｇｕａｉａｃ）、レシチン、クエン酸レシチン（ｌｅｃｉｔｈｉｎ ｃｉｔｒａｔｅ）、クエン酸モノグリセリド、クエン酸モノイソプロピル、没食子酸プロピル、メタ重亜硫酸ナトリウム、酒石酸、三級ブチルヒドロキノン、塩化第一スズ、チオジプロピオン酸、ジラウリルチオジプロピオネート、ジステアリルチオジプロピオネート、エトキシキン、二酸化硫黄、ギ酸、またはトコフェロール（類）のうちの１つ以上から選択できる。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、糞便臭を低減する担体を含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、糞便臭を低減させるために活性炭を含む。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、糞便臭を低減させるためにユッカ根を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、胞子形態、栄養細胞形態、および／または溶解細胞形態の細菌および／または真菌細胞を含む。一実施形態では、溶解細胞形態は、例えば、死細胞に結合するマイコトキシンなどのマイコトキシン結合剤として作用する。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、冷蔵庫（３５－４０°Ｆ）で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、冷蔵庫（３５～４０°Ｆ）で、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、冷蔵庫（３５～４０°Ｆ）で、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、室温（６８～７２°Ｆ）で、または５０～７７°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、室温で（６８～７２°Ｆ）で、または５０～７７°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、室温で（６８～７２°Ｆ）で、または５０～７７°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、－２３～３５°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、－２３～３５°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、－２３～３５°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、７７～１００°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、７７～１００°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、７７～１００°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、１０１～２１３°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、１０１～２１３°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間保存安定性がある。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、１０１～２１３°Ｆで、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、約７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、約１～１００、約１～９５、約１～９０、約１～８５、約１～８０、約１～７５、約１～７０、約１～６５、約１～６０、約１～５５、約１～５０、約１～４５、約１～４０、約１～３５、約１～３０、約１～２５、約１～２０、約１～１５、約１～１０、約１～５、約５～１００、約５～９５、約５～９０、約５～８５、約５～８０、約５～７５、約５～７０、約５～６５、約５～６０、約５～５５、約５～５０、約５～４５、約５～４０、約５～３５、約５～３０、約５～２５、約５～２０、約５～１５、約５～１０、約１０～１００、約１０～９５、約１０～９０、約１０～８５、約１０～８０、約１０～７５、約１０～７０、約１０～６５、約１０～６０、約１０～５５、約１０～５０、約１０～４５、約１０～４０、約１０～３５、約１０～３０、約１０～２５、約１０～２０、約１０～１５、約１５～１００、約１５～９５、約１５～９０、約１５～８５、約１５～８０、約１５～７５、約１５～７０、約１５～６５、約１５～６０、約１５～５５、約１５～５０、約１５～４５、約１５～４０、約１５～３５、約１５～３０、約１５～２５、約１５～２０、約２０～１００、約２０～９５、約２０～９０、約２０～８５、約２０～８０、約２０～７５、約２０～７０、約２０～６５、約２０～６０、約２０～５５、約２０～５０、約２０～４５、約２０～４０、約２０～３５、約２０～３０、約２０～２５、約２５～１００、約２５～９５、約２５～９０、約２５～８５、約２５～８０、約２５～７５、約２５～７０、約２５～６５、約２５～６０、約２５～５５、約２５～５０、約２５～４５、約２５～４０、約２５～３５、約２５～３０、約３０～１００、約３０～９５、約３０～９０、約３０～８５、約３０～８０、約３０～７５、約３０～７０、約３０～６５、約３０～６０、約３０～５５、約３０～５０、約３０～４５、約３０～４０、約３０～３５、約３５～１００、約３５～９５、約３５～９０、約３５～８５、約３５～８０、約３５～７５、約３５～７０、約３５～６５、約３５～６０、約３５～５５、約３５～５０、約３５～４５、約３５～４０、約４０～１００、約４０～９５、約４０～９０、約４０～８５、約４０～８０、約４０～７５、約４０～７０、約４０～６５、約４０～６０、約４０～５５、約４０～５０、約４０～４５、約４５～１００、約４５～９５、約４５～９０、約４５～８５、約４５～８０、約４５～７５、約４５～７０、約４５～６５、約４５～６０、約４５～５５、約４５～５０、約５０～１００、約５０～９５、約５０～９０、約５０～８５、約５０～８０、約５０～７５、約５０～７０、約５０～６５、約５０～６０、約５０～５５、約５５～１００、約５５～９５、約５５～９０、約５５～８５、約５５～８０、約５５～７５、約５５～７０、約５５～６５、約５５～６０、約６０～１００、約６０～９５、約６０～９０、約６０～８５、約６０～８０、約６０～７５、約６０～７０、約６０～６５、約６５～１００、約６５～９５、約６５～９０、約６５～８５、約６５～８０、約６５～７５、約６５～７０、約７０～１００、約７０～９５、約７０～９０、約７０～８５、約７０～８０、約７０～７５、約７５～１００、約７５～９５、約７５～９０、約７５～８５、約７５～８０、約８０～１００、約８０～９５、約８０～９０、約８０～８５、約８５～１００、約８５～９５、約８５～９０、約９０～１００、約９０～９５、９５～１００週間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、１～１００、１～９５、１～９０、１～８５、１～８０、１～７５、１～７０、１～６５、１～６０、１～５５、１～５０、１～４５、１～４０、１～３５、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、５～１００、５～９５、５～９０、５～８５、５～８０、５～７５、５～７０、５～６５、５～６０、５～５５、５～５０、５～４５、５～４０、５～３５、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１０～１００、１０～９５、１０～９０、１０～８５、１０～８０、１０～７５、１０～７０、１０～６５、１０～６０、１０～５５、１０～５０、１０～４５、１０～４０、１０～３５、１０～３０、１０～２５、１０～２０、１０～１５、１５～１００、１５～９５、１５～９０、１５～８５、１５～８０、１５～７５、１５～７０、１５～６５、１５～６０、１５～５５、１５～５０、１５～４５、１５～４０、１５～３５、１５～３０、１５～２５、１５～２０、２０～１００、２０～９５、２０～９０、２０～８５、２０～８０、２０～７５、２０～７０、２０～６５、２０～６０、２０～５５、２０～５０、２０～４５、２０～４０、２０～３５、２０～３０、２０～２５、２５～１００、２５～９５、２５～９０、２５～８５、２５～８０、２５～７５、２５～７０、２５～６５、２５～６０、２５～５５、２５～５０、２５～４５、２５～４０、２５～３５、２５～３０、３０～１００、３０～９５、３０～９０、３０～８５、３０～８０、３０～７５、３０～７０、３０～６５、３０～６０、３０～５５、３０～５０、３０～４５、３０～４０、３０～３５、３５～１００、３５～９５、３５～９０、３５～８５、３５～８０、３５～７５、３５～７０、３５～６５、３５～６０、３５～５５、３５～５０、３５～４５、３５～４０、４０～１００、４０～９５、４０～９０、４０～８５、４０～８０、４０～７５、４０～７０、４０～６５、４０～６０、４０～５５、４０～５０、４０～４５、４５～１００、４５～９５、４５～９０、４５～８５、４５～８０、４５～７５、４５～７０、４５～６５、４５～６０、４５～５５、４５～５０、５０～１００、５０～９５、５０～９０、５０～８５、５０～８０、５０～７５、５０～７０、５０～６５、５０～６０、５０～５５、５５～１００、５５～９５、５５～９０、５５～８５、５５～８０、５５～７５、５５～７０、５５～６５、５５～６０、６０～１００、６０～９５、６０～９０、６０～８５、６０～８０、６０～７５、６０～７０、６０～６５、６５～１００、６５～９５、６５～９０、６５～８５、６５～８０、６５～７５、６５～７０、７０～１００、７０～９５、７０～９０、７０～８５、７０～８０、７０～７５、７５～１００、７５～９５、７５～９０、７５～８５、７５～８０、８０～１００、８０～９５、８０～９０、８０～８５、８５～１００、８５～９５、８５～９０、９０～１００、９０～９５、９５～１００週間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、約１～３６、約１～３４、約１～３２、約１～３０、約１～２８、約１～２６、約１～２４、約１～２２、約１～２０、約１～１８、約１～１６、約１～１４、約１～１２、約１～１０、約１～８、約１～６、約１～４、約１～２、約４～３６、約４～３４、約４～３２、約４～３０、約４～２８、約４～２６、約４～２４、約４～２２、約４～２０、約４～１８、約４～１６、約４～１４、約４～１２、約４～１０、約４～８、約４～６、約６～３６、約６～３４、約６～３２、約６～３０、約６～２８、約６～２６、約６～２４、約６～２２、約６～２０、約６～１８、約６～１６、約６～１４、約６～１２、約６～１０、約６～８、約８～３６、約８～３４、約８～３２、約８～３０、約８～２８、約８～２６、約８～２４、約８～２２、約８～２０、約８～１８、約８～１６、約８～１４、約８～１２、約８～１０、約１０～３６、約１０～３４、約１０～３２、約１０～３０、約１０～２８、約１０～２６、約１０～２４、約１０～２２、約１０～２０、約１０～１８、約１０～１６、約１０～１４、約１０～１２、約１２～３６、約１２～３４、約１２～３２、約１２～３０、約１２～２８、約１２～２６、約１２～２４、約１２～２２、約１２～２０、約１２～１８、約１２～１６、約１２～１４、約１４～３６、約１４～３４、約１４～３２、約１４～３０、約１４～２８、約１４～２６、約１４～２４、約１４～２２、約１４～２０、約１４～１８、約１４～１６、約１６～３６、約１６～３４、約１６～３２、約１６～３０、約１６～２８、約１６～２６、約１６～２４、約１６～２２、約１６～２０、約１６～１８、約１８～３６、約１８～３４、約１８～３２、約１８～３０、約１８～２８、約１８～２６、約１８～２４、約１８～２２、約１８～２０、約２０～３６、約２０～３４、約２０～３２、約２０～３０、約２０～２８、約２０～２６、約２０～２４、約２０～２２、約２２～３６、約２２～３４、約２２～３２、約２２～３０、約２２～２８、約２２～２６、約２２～２４、約２４～３６、約２４～３４、約２４～３２、約２４～３０、約２４～２８、約２４～２６、約２６～３６、約２６～３４、約２６～３２、約２６～３０、約２６～２８、約２８～３６、約２８～３４、約２８～３２、約２８～３０、約３０～３６、約３０～３４、約３０～３２、約３２～３６、約３２～３４、約３４～３６カ月間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、１～３６、１～３４、１～３２、１～３０、１～２８、１～２６、１～２４、１～２２、１～２０、１～１８、１～１６、１～１４、１～１２、１～１０、１～８、１～６、１～４、１～２、４～３６、４～３４、４～３２、４～３０、４～２８、４～２６、４～２４、４～２２、４～２０、４～１８、４～１６、４～１４、４～１２、４～１０、４～８、４～６、６～３６、６～３４、６～３２、６～３０、６～２８、６～２６、６～２４、６～２２、６～２０、６～１８、６～１６、６～１４、６～１２、６～１０、６～８、８～３６、８～３４、８～３２、８～３０、８～２８、８～２６、８～２４、８～２２、８～２０、８～１８、８～１６、８～１４、８～１２、８～１０、１０～３６、１０～３４、１０～３２、１０～３０、１０～２８、１０～２６、１０～２４、１０～２２、１０～２０、１０～１８、１０～１６、１０～１４、１０～１２、１２～３６、１２～３４、１２～３２、１２～３０、１２～２８、１２～２６、１２～２４、１２～２２、１２～２０、１２～１８、１２～１６、１２～１４、１４～３６、１４～３４、１４～３２、１４～３０、１４～２８、１４～２６、１４～２４、１４～２２、１４～２０、１４～１８、１４～１６、１６～３６、１６～３４、１６～３２、１６～３０、１６～２８、１６～２６、１６～２４、１６～２２、１６～２０、１６～１８、１８～３６、１８～３４、１８～３２、１８～３０、１８～２８、１８～２６、１８～２４、１８～２２、１８～２０、２０～３６、２０～３４、２０～３２、２０～３０、２０～２８、２０～２６、２０～２４、２０～２２、２２～３６、２２～３４、２２～３２、２２～３０、２２～２８、２２～２６、２２～２４、２４～３６、２４～３４、２４～３２、２４～３０、２４～２８、２４～２６、２６～３６、２６～３４、２６～３２、２６～３０、２６～２８、２８～３６、２８～３４、２８～３２、２８～３０、３０～３６、３０～３４、３０～３２、３２～３６、３２～３４、３４～３６カ月間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、約１～３６、約１～３４、約１～３２、約１～３０、約１～２８、約１～２６、約１～２４、約１～２２、約１～２０、約１～１８、約１～１６、約１～１４、約１～１２、約１～１０、約１～８、約１～６、約１～４、約１～２、約４～３６、約４～３４、約４～３２、約４～３０、約４～２８、約４～２６、約４～２４、約４～２２、約４～２０、約４～１８、約４～１６、約４～１４、約４～１２、約４～１０、約４～８、約４～６、約６～３６、約６～３４、約６～３２、約６～３０、約６～２８、約６～２６、約６～２４、約６～２２、約６～２０、約６～１８、約６～１６、約６～１４、約６～１２、約６～１０、約６～８、約８～３６、約８～３４、約８～３２、約８～３０、約８～２８、約８～２６、約８～２４、約８～２２、約８～２０、約８～１８、約８～１６、約８～１４、約８～１２、約８～１０、約１０～３６、約１０～３４、約１０～３２、約１０～３０、約１０～２８、約１０～２６、約１０～２４、約１０～２２、約１０～２０、約１０～１８、約１０～１６、約１０～１４、約１０～１２、約１２～３６、約１２～３４、約１２～３２、約１２～３０、約１２～２８、約１２～２６、約１２～２４、約１２～２２、約１２～２０、約１２～１８、約１２～１６、約１２～１４、約１４～３６、約１４～３４、約１４～３２、約１４～３０、約１４～２８、約１４～２６、約１４～２４、約１４～２２、約１４～２０、約１４～１８、約１４～１６、約１６～３６、約１６～３４、約１６～３２、約１６～３０、約１６～２８、約１６～２６、約１６～２４、約１６～２２、約１６～２０、約１６～１８、約１８～３６、約１８～３４、約１８～３２、約１８～３０、約１８～２８、約１８～２６、約１８～２４、約１８～２２、約１８～２０、約２０～３６、約２０～３４、約２０～３２、約２０～３０、約２０～２８、約２０～２６、約２０～２４、約２０～２２、約２２～３６、約２２～３４、約２２～３２、約２２～３０、約２２～２８、約２２～２６、約２２～２４、約２４～３６、約２４～３４、約２４～３２、約２４～３０、約２４～２８、約２４～２６、約２６～３６、約２６～３４、約２６～３２、約２６～３０、約２６～２８、約２８～３６、約２８～３４、約２８～３２、約２８～３０、約３０～３６、約３０～３４、約３０～３２、約３２～３６、約３２～３４、約３４～３６年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、冷蔵温度（３５～４０°Ｆ）で、室温（６８～７２°Ｆ）で、５０～７７°Ｆで、－２３～３５°Ｆで、７０～１００°Ｆで、または１０１～２１３°Ｆで、１～３６、１～３４、１～３２、１～３０、１～２８、１～２６、１～２４、１～２２、１～２０、１～１８、１～１６、１～１４、１～１２、１～１０、１～８、１～６、１～４、１～２、４～３６、４～３４、４～３２、４～３０、４～２８、４～２６、４～２４、４～２２、４～２０、４～１８、４～１６、４～１４、４～１２、４～１０、４～８、４～６、６～３６、６～３４、６～３２、６～３０、６～２８、６～２６、６～２４、６～２２、６～２０、６～１８、６～１６、６～１４、６～１２、６～１０、６～８、８～３６、８～３４、８～３２、８～３０、８～２８、８～２６、８～２４、８～２２、８～２０、８～１８、８～１６、８～１４、８～１２、８～１０、１０～３６、１０～３４、１０～３２、１０～３０、１０～２８、１０～２６、１０～２４、１０～２２、１０～２０、１０～１８、１０～１６、１０～１４、１０～１２、１２～３６、１２～３４、１２～３２、１２～３０、１２～２８、１２～２６、１２～２４、１２～２２、１２～２０、１２～１８、１２～１６、１２～１４、１４～３６、１４～３４、１４～３２、１４～３０、１４～２８、１４～２６、１４～２４、１４～２２、１４～２０、１４～１８、１４～１６、１６～３６、１６～３４、１６～３２、１６～３０、１６～２８、１６～２６、１６～２４、１６～２２、１６～２０、１６～１８、１８～３６、１８～３４、１８～３２、１８～３０、１８～２８、１８～２６、１８～２４、１８～２２、１８～２０、２０～３６、２０～３４、２０～３２、２０～３０、２０～２８、２０～２６、２０～２４、２０～２２、２２～３６、２２～３４、２２～３２、２２～３０、２２～２８、２２～２６、２２～２４、２４～３６、２４～３４、２４～３２、２４～３０、２４～２８、２４～２６、２６～３６、２６～３４、２６～３２、２６～３０、２６～２８、２８～３６、２８～３４、２８～３２、２８～３０、３０～３６、３０～３４、３０～３２、３２～３６、３２～３４、３４～３６年間保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、開示された温度および／または温度範囲ならびに時間範囲のいずれかにおいて、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、または９８％の相対湿度で、保存安定性がある。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、０．７５０、０．７００、０．６５０、０．６００、０．５５０、０．５００、０．４７５、０．４５０、０．４２５、０．４００、０．３７５、０．３５０、０．３２５、０．３００、０．２７５、０．２５０、０．２２５、０．２００、０．１９０、０．１８０、０．１７０、０．１６０、０．１５０、０．１４０、０．１３０、０．１２０、０．１１０、０．１００、０．０９５、０．０９０、０．０８５、０．０８０、０．０７５、０．０７０、０．０６５、０．０６０、０．０５５、０．０５０、０．０４５、０．０４０、０．０３５、０．０３０、０．０２５、０．０２０、０．０１５、０．０１０、または０．００５未満の水分活性（ａ_ｗ）を有する。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、約０．７５０、約０．７００、約０．６５０、約０．６００、約０．５５０、約０．５００、約０．４７５、約０．４５０、約０．４２５、約０．４００、約０．３７５、約０．３５０、約０．３２５、約０．３００、約０．２７５、約０．２５０、約０．２２５、約０．２００、約０．１９０、約０．１８０、約０．１７０、約０．１６０、約０．１５０、約０．１４０、約０．１３０、約０．１２０、約０．１１０、約０．１００、約０．０９５、約０．０９０、約０．０８５、約０．０８０、約０．０７５、約０．０７０、約０．０６５、約０．０６０、約０．０５５、約０．０５０、約０．０４５、約０．０４０、約０．０３５、約０．０３０、約０．０２５、約０．０２０、約０．０１５、約０．０１０、または約０．００５未満の水分活性（ａ_ｗ）を有する。

水分活性値は、飽和水性溶液（Ｍｕｌｔｏｎ，“Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｄ’Ａｎａｌｙｓｅ Ｅ Ｄｅ Ｃｏｎｔｒｏｌｅ Ｄａｎｓ Ｌｅｓ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ Ａｇｒｏａｌｉｍｅｎｔａｉｒｅｓ”ＡＰＲＩＡ（１９８１））の方法によって、または生存可能なＲｏｂｏｔｒｏｎｉｃ ＢＴ湿度計もしくは他の湿度計もしくは湿度計を使用した直接測定によって決定される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、少なくとも２つの異なる微生物を含み、そして少なくとも２つの微生物が、１：２、１：３、１：３、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１１、１：１２、１：１３、１：１４、１：１５、１：１６、１：１７、１：１８、１：１９、１：２０、１：２１、１：２２、１：２３、１：２４、１：２５、１：２６、１：２７、１：２８、１：２９、１：３０、１：４０、１：５０、１：６０、１：１００、１：１２５、１：１５０、１：１７５、または１：２００またはその逆の比率で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、微生物組成物は少なくとも３つの異なる微生物を含み、３つの微生物が１：２：１、１：１：２、２：２：１、１：３：１、１：１：３、３：１：１、３：３：１、１：５：１、１：１：５、５：１：１、５：５：１、または１：５：５の比率で組成物中に存在する。

一部の態様では、微生物組成物は、プロバイオティック微生物を含む。一部の態様では、微生物組成物は、プレバイオティックス物質を含む。一部の態様では、プロバイオティック微生物は、腸病原体を競合的に排除することが知られている。

封入組成物
いくつかの実施形態では、本開示の微生物または微生物組成物は、封入組成物に封入される。封入組成物は、イヌの胃腸管に入る前に、外部ストレッサーから微生物を保護する。いくつかの実施形態では、外部ストレッサーは、ペレット化および押出しに関連する熱的および物理的ストレッサーを含む。いくつかの実施形態では、外部ストレッサーは、組成物中に存在する化学物質を含む。封入組成物はさらに、嫌気性微生物に対する好気性環境の酸化ストレスを最小化するなど、微生物に有益であり得る環境を作り出す。微生物の封入組成物、および微生物を封入する方法についてはＫａｌｓｔａ ｅｔ ａｌ．（ＵＳ５，１０４，６６２Ａ）、Ｆｏｒｄ（ＵＳ５，７３３，５６８Ａ）、およびＭｏｓｂａｃｈ ａｎｄ Ｎｉｌｓｓｏｎ（ＵＳ４，６４７，５３６Ａ）を参照されたい。

一実施形態では、本開示の組成物は、耐熱性および熱抵抗性と互換的に使用される、熱耐性を示す。一実施形態では、本開示の熱耐性組成物は、飼料製造、本開示の飼料および組成物の混合、高熱環境下における貯蔵などに関連する高温に対する耐性がある。一実施形態では、本開示の熱耐性組成物は、熱殺傷および細胞壁成分および細胞内環境の変性に対して耐性である。

一実施形態では、本開示の組成物は、酸耐性および塩基耐性と互換的に使用されるｐＨ耐性を示す。一実施形態では、本開示のｐＨ耐性組成物は、１つ以上の飼料調製工程に関連する低ｐＨの耐性である。一実施形態では、本開示のｐＨ耐性組成物は、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、近位結腸、遠位結腸、および直腸などの動物の胃腸管の１つ以上の環境に関連する低ｐＨに対する耐性がある。一実施形態では、本開示のｐＨ耐性組成物は、１つ以上の飼料調製工程に関連する高ｐＨに対する耐性がある。一実施形態では、本開示のｐＨ耐性組成物は、１つ以上の飼料調製工程に関連するｐＨの急速な変動（高～低、低～高、高～中性、低～中性、中性～高、および中性～低）に対する耐性がある。一実施形態では、本開示のｐＨ耐性組成物は、胃などの動物の胃腸管内の１つ以上の環境に関連する低ｐＨに対する耐性がある。

一実施形態では、封入は、リザーバー型の封入である。一実施形態では、封入はマトリックス型の封入である。一実施形態では、封入は、コーティングされたマトリックス型の封入である。Ｂｕｒｇａｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１．Ｊ．Ｆｏｏｄ Ｅｎｇ．１０４：４６７－４８３）は、多数の封入の実施形態および技術を開示するものであり、それらはすべて参照により組み込まれる。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物が、以下のうちの１つ以上に封入されている：ジェランガム、キサンタンガム、Ｋカラギーナン、酢酸フタル酸セルロース、キトサン、デンプン、乳脂肪、乳清タンパク質、Ｃａ－アルギン酸塩、ラフチロース（ｒａｆｔｉｌｏｓｅ）、ラフチリン（ｒａｆｔｉｌｉｎｅ）、ペクチン、糖類、グルコース、マルトデキストリン、アラビアゴム、グァー、種子粉、アルギン酸塩、デキストリン、デキストラン、セルロース、ゼラチン、ゼラチン、アルブミン、カゼイン、グルテン、アカシアガム、トラガカント、ワックス、パラフィン、ステアリン酸、モノジグリセリド、およびジグリセリド。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、ポリマー、炭水化物、糖、プラスチック、ガラス、多糖類、脂質、ワックス、油、脂肪酸、またはグリセリドのうちの１つ以上によって封入される。一実施形態では、微生物組成物はグルコースによって封入される。一実施形態では、微生物組成物は、グルコース含有組成物によって封入される。一実施形態では、微生物組成物の製剤は、グルコース封止剤を含む。一実施形態では、微生物組成物の製剤は、グルコース封入組成物を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物の封入は、押出し、乳化、コーティング、凝集、凍結乾燥、ガラス化、発泡乾燥（ｆｏａｍ ｄｒｙｉｎｇ）、蒸発による保存、真空乾燥、または噴霧乾燥によって実施される。

いくつかの実施形態では、本開示の封入組成物は、ガラス化される。いくつかの実施形態では、封入は、ガラス質の非結晶性固体状態を形成する物質の存在下で本開示の組成物を乾燥させるプロセス、ガラス化として知られるプロセス、およびそのようにすることで組成物を封入することを含む。いくつかの実施形態では、ガラス化された組成物は、典型的には微生物を破壊または分解する分解条件から保護される。多くの一般的な物質は、ガラス化の特性を有する。すなわち、特定の条件下でガラス状固体状態を形成する。これらの物質には、ショ糖およびマルトースを含むいくつかの糖、ならびにポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などの他のより複雑な化合物が含まれる。任意の溶液が乾燥すると、溶液中の分子は結晶化するか、またはガラス化することができる。広範な不均整を有する溶質は、乾燥中の結晶の核形成を妨げるため、優れたガラス化剤であり得る。スクロースの存在下でラフィノースなど、別の物質の結晶化を阻害する物質は、組み合わされた物質が優れたガラス化を形成する結果となり得る。米国特許第５，２９０，７６５号および第９，４６９，８３５号を参照されたい。

いくつかの実施形態では、ガラス化物質に封入された微生物組成物が生成される。ガラス化組成物は、細胞を含む混合物を選択することと、乾燥中に当該混合物を保護しかつ破壊反応を阻害するために、当該混合物を十分な量の１つ以上のガラス化溶質と組み合わせることと、当該組み合わせを、当該組み合わせが凍結する温度よりも高くかつ当該ガラス化溶質がガラス化状態を達成する温度よりも低い温度で、ほぼ標準大気圧で、当該組み合わせが実質的に乾燥するまで当該組み合わせを乾燥剤または乾燥条件に曝露することによって乾燥させることと、によって作成することができる。

一実施形態では、封入組成物は、固体シェル材料に封入された多数の液体コアを有するマイクロカプセルを含む。本開示の目的のために、コアの「多数性」は、２つ以上として定義される。

有用な可融性シェル材料の第１のカテゴリーは、通常は固体脂肪のもので、これは、すでに好適な硬さを有する脂肪、ならびにそれらの融点が本開示の目的を果たすのに十分に高くなるまで水素化される動物または植物性油脂を含む。所望のプロセスおよび貯蔵温度、ならびに選択される特定の材料に応じて、特定の脂肪は、通常は固体または通常は液体の材料のいずれかであり得る。本明細書で使用される場合、「通常は固体」および「通常は液体」という用語は、得られるマイクロカプセルを貯蔵するための所望の温度での材料の状態を指す。脂肪および水素化油は厳密にいえば融点を有しないため、本明細書では用語「融点」は、可融性材料が十分に軟化または液体となって、うまく乳化し噴霧冷却する最低温度を記載するために使用され、したがって、シェル材料がコリンコアの放出を防止するのに十分な完全性を有する最高温度にほぼ一致する。「融点」は、はっきりとした融点を有しない他の材料について、同様に本明細書に定義される。

本明細書に有用な脂肪および油の具体的な例（そのいくつかは硬化を必要とする）は、以下の通りである：動物性油脂、例えば牛脂、羊脂、子羊脂、ラードまたは豚脂、魚脂、および鯨油、植物油、例えばキャノーラ油、綿実油、ピーナッツ油、トウモロコシ油、オリーブ油、大豆油、ヒマワリ油、ベニバナ油、ココナッツ油、パーム油、あまに油、キリ油、およびヒマシ油、脂肪酸モノグリセリドおよびジグリセリド、遊離脂肪酸、例えばステアリン酸、パルミチン酸、およびオレイン酸、ならびにそれらの混合物。上記油脂のリストは、すべてを網羅するものではなく、例示に過ぎない。

脂肪酸の具体的な例には、リノール酸、γ－リノール酸、ジホモ－γ－リノレン酸、アラキドン酸、ドコサテトラエン酸、バクセン酸、ネルボン酸、ミード酸、エルカ酸、ゴンド酸、エライジン酸、オレイン酸、パリトレイン酸（ｐａｌｉｔｏｌｅｉｃ ａｃｉｄ）、ステアリドン酸、エイコサペンタエン酸、吉草酸、カプロン酸、エナント酸、カプリル酸、ペラルゴン酸、カプリン酸、ウンデシル酸、ラウリン酸、トリデシル酸、ミリスチン酸、ペンタデシル酸、パルミチン酸、マルガリン酸、ステアリン酸、ノナデシル酸、アラキジン酸、ヘンイコシル酸、ベヘン酸、トリコシル酸、リグノセリン酸、ペンタコシル酸（ｐｅｎｔａｃｏｓｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、セロチン酸、ヘプタコシル酸（ｈｅｐｔａｃｏｓｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、モンタン酸、ノナコシル酸（ｎｏｎａｃｏｓｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、メリシン酸、ヘナトリアコンチル酸（ｈｅｎａｔｒｉａｃｏｎｔｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、ラッセロン酸（ｌａｃｃｅｒｏｉｃ ａｃｉｄ）、シリル酸（ｐｓｙｌｌｉｃ ａｃｉｄ）、ゲダ酸、セロプラスチン酸、ヘキサトリアコンチル酸（ｈｅｘａｔｒｉａｃｏｎｔｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、ヘプタトリアコンタン酸、およびオクタトリアコンタン酸を含む。

シェル材料を封入するのに有用な可融性材料の別のカテゴリーは、ワックスのものである。本明細書での使用が企図される代表的なワックスは以下の通りである：動物性ロウ、例えばミツロウ、ラノリン、シェルワックス、およびシナロウ（Ｃｈｉｎｅｓｅ ｉｎｓｅｃｔ ｗａｘ）、植物ロウ、例えばカルナウバ、カンデリラ、ベイベリー、およびサトウキビなどのもの、鉱ロウ、例えばパラフィン、微結晶性石油、オゾケライト、セレシン、およびモンタン、合成ロウ、例えば低分子量ポリオレフィン（例えばＣＡＲＢＯＷＡＸ）およびポリオールエーテル－エステル（例えばソルビトール）、フィッシャー・トロプシュ法合成ワックス、ならびにそれらの混合物。コアが水性である場合、ＣＡＲＢＯＷＡＸおよびソルビトールなどの水溶性ワックスは本明細書では企図されない。

本明細書に有用なさらに他の可融性化合物は、ロジン、バルサム、シェラック、およびそれらの混合物などの可融性天然樹脂である。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物は、本開示に記載されるワックスなどのワックスに埋め込まれる。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物は、ワックスボール（ｗａｘ ｂａｌｌ）に埋め込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物は、ワックスボールに埋め込まれる前にすでに封入されている。いくつかの実施形態では、ワックスボールは、１０微生物、２０ミクロン、３０ミクロン、４０ミクロン、５０ミクロン、６０ミクロン、７０ミクロン、８０ミクロン、９０ミクロン、１００ミクロン、１５０ミクロン、２００ミクロン、２５０ミクロン、３００ミクロン、３５０ミクロン、４００ミクロン、４５０ミクロン、５００ミクロン、５５０ミクロン、６００ミクロン、６５０ミクロン、７００ミクロン、７５０ミクロン、８００ミクロン、８５０ミクロン、９００ミクロン、９５０ミクロン、または１，０００ミクロンである。

いくつかの実施形態では、ワックスボールが、約１０微生物、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロン、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンである。

いくつかの実施形態では、ワックスボールが１０～２０ミクロン、１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、１０～５０ミクロン、１０～６０ミクロン、１０～７０ミクロン、１０～８０ミクロン、１０～９０ミクロン、１０～１００ミクロン、１０～２５０ミクロン、１０～５００ミクロン、１０～７５０ミクロン、１０～１，０００ミクロン、２０～３０ミクロン、２０～４０ミクロン、２０～５０ミクロン、２０～６０ミクロン、２０～７０ミクロン、２０～８０ミクロン、２０～９０ミクロン、２０～１００ミクロン、２０～２５０ミクロン、２０～５００ミクロン、２０～７５０ミクロン、２０～１，０００ミクロン、３０～４０ミクロン、３０～５０ミクロン、３０～６０ミクロン、３０～７０ミクロン、３０～８０ミクロン、３０～９０ミクロン、３０～１００ミクロン、３０～２５０ミクロン、３０～５００ミクロン、３０～７５０ミクロン、３０～１，０００ミクロン、４０～５０ミクロン、４０～６０ミクロン、４０～７０ミクロン、４０～８０ミクロン、４０～９０ミクロン、４０～１００ミクロン、４０～２５０ミクロン、４０～５００ミクロン、４０～７５０ミクロン、４０～１，０００ミクロン、５０～６０ミクロン、５０～７０ミクロン、５０～８０ミクロン、５０～９０ミクロン、５０～１００ミクロン、５０～２５０ミクロン、５０～５００ミクロン、５０～７５０ミクロン、５０～１，０００ミクロン、６０～７０ミクロン、６０～８０ミクロン、６０～９０ミクロン、６０～１００ミクロン、６０～２５０ミクロン、６０～５００ミクロン、６０～７５０ミクロン、６０～１，０００ミクロン、７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、７０～９０ミクロン、７０～１００ミクロン、７０～２５０ミクロン、７０～５００ミクロン、７０～７５０ミクロン、７０～１，０００ミクロン、８０～９０ミクロン、８０～１００ミクロン、８０～２５０ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～７５０ミクロン、８０～１，０００ミクロン、９０～１００ミクロン、９０～２５０ミクロン、９０～５００ミクロン、９０～７５０ミクロン、９０～１，０００ミクロン、１００～２５０ミクロン、１００～５００ミクロン、１００～７５０ミクロン、１００～１，０００ミクロン、２５０～５００ミクロン、２５０～７５０ミクロン、２５０～１，０００ミクロン、５００～７５０ミクロン、５００～１，０００ミクロン、または７５０～１，０００ミクロンである。

いくつかの実施形態では、ワックスボールが約１０～２０ミクロン、約１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、約１０～５０ミクロン、約１０～６０ミクロン、約１０～７０ミクロン、約１０～８０ミクロン、約１０～９０ミクロン、約１０～１００ミクロン、約１０～２５０ミクロン、約１０～５００ミクロン、約１０～７５０ミクロン、約１０～１，０００ミクロン、約２０～３０ミクロン、約２０～４０ミクロン、約２０～５０ミクロン、約２０～６０ミクロン、約２０～７０ミクロン、約２０～８０ミクロン、約２０～９０ミクロン、約２０～１００ミクロン、約２０～２５０ミクロン、約２０～５００ミクロン、約２０～７５０ミクロン、約２０～１，０００ミクロン、約３０～４０ミクロン、約３０～５０ミクロン、約３０～６０ミクロン、約３０～７０ミクロン、約３０～８０ミクロン、約３０～９０ミクロン、約３０～１００ミクロン、約３０～２５０ミクロン、約３０～５００ミクロン、約３０～７５０ミクロン、約３０～１，０００ミクロン、約４０～５０ミクロン、約４０～６０ミクロン、約４０～７０ミクロン、約４０～８０ミクロン、約４０～９０ミクロン、約４０～１００ミクロン、約４０～２５０ミクロン、約４０～５００ミクロン、約４０～７５０ミクロン、約４０～１，０００ミクロン、約５０～６０ミクロン、約５０～７０ミクロン、約５０～８０ミクロン、約５０～９０ミクロン、約５０～１００ミクロン、約５０～２５０ミクロン、約５０～５００ミクロン、約５０～７５０ミクロン、約５０～１，０００ミクロン、約６０～７０ミクロン、約６０～８０ミクロン、約６０～９０ミクロン、約６０～１００ミクロン、約６０～２５０ミクロン、約６０～５００ミクロン、約６０～７５０ミクロン、約６０～１，０００ミクロン、約７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、約７０～９０ミクロン、約７０～１００ミクロン、約７０～２５０ミクロン、約７０～５００ミクロン、約７０～７５０ミクロン、約７０～１，０００ミクロン、約８０～９０ミクロン、約８０～１００ミクロン、約８０～２５０ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～７５０ミクロン、約８０～１，０００ミクロン、約９０～１００ミクロン、約９０～２５０ミクロン、約９０～５００ミクロン、約９０～７５０ミクロン、約９０～１，０００ミクロン、約１００～２５０ミクロン、約１００～５００ミクロン、約１００～７５０ミクロン、約１００～１，０００ミクロン、約２５０～５００ミクロン、約２５０～７５０ミクロン、約２５０～１，０００ミクロン、約５００～７５０ミクロン、約５００～１，０００ミクロン、または約７５０～１，０００ミクロンである。

本開示によれば、様々な補助材料が、可融性材料への組み込みのために企図される。例えば、抗酸化物質、光安定剤、色素およびレーキ、香味料、精油、固化防止剤、充填剤、ｐＨ安定剤、糖類（単糖類、二糖類、三糖類、および多糖類）などは、本開示に対するその有用性を損なわない量で可融性材料に組み込まれ得る。

本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約０．１重量％～約５０重量％、約１重量％～約３５重量％、または約５重量％～約３０重量％を構成する。いくつかの実施形態では、本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約３０重量％以下を構成する。いくつかの実施形態では、本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約５重量％を構成する。コア材料は、マイクロカプセルの企図された貯蔵温度で液体または固体のいずれかとして企図される。

コアは、医薬技術分野で周知の他の添加剤を含んでもよく、食用糖類、例えばスクロース、グルコース、マルトース、フルクトース、ラクトース、セロビオース、単糖類、二糖類、三糖類、および多糖類、およびその混合物、人工甘味料、例えばアスパルテーム、サッカリン、シクラミン酸塩、およびその混合物、食用酸、例えば酢酸（ビネガー）、クエン酸、アスコルビン酸、酒石酸、およびその混合物、食用デンプン、例えばコーンスターチ、植物タンパク質加水分解物、水溶性ビタミン、例えばビタミンＣ、水溶性薬剤、水溶性栄養材料、例えば硫酸第一鉄、香味料、塩、グルタミン酸一ナトリウム、抗菌剤、例えばソルビン酸、抗真菌剤、例えばソルビン酸カリウム、ソルビン酸、安息香酸ナトリウム、および安息香酸、食品グレードの顔料および色素、ならびにそれらの混合物を含む。他の潜在的に有用な補足的コア材料は、当業者に明らかであろう。

安定したエマルションの形成を助けるために、乳化剤を使用することができる。代表的な乳化剤としては、モノステアリン酸グリセリル、ポリソルベートエステル、エトキシ化モノグリセリドおよびジグリセリド、ならびにそれらの混合物が挙げられる。

加工を容易にするため、特に合理的に安定したエマルションの形成を成功させるために、コア材料およびシェル材料の粘度は、エマルションが形成される温度で類似している必要がある。特に、センチポアズ単位または同等の単位で表され、両方ともエマルションの温度で測定されるシェルの粘度対コアの粘度の比は、約２２：１～約１：１、望ましいのは約８：１～約１：１、好ましくは約３：１～約１：１であるべきである。１：１の比率が理想的であるが、列挙された範囲内の粘度比が有用である。

封入組成物は、上記に開示したマイクロカプセル組成物に限定されない。いくつかの実施形態では、封入組成物は、毒性作用なしに天然または合成でありうる接着性ポリマーに微生物組成物を封入する。いくつかの実施形態では、封入組成物は、糖マトリックス、ゼラチンマトリックス、ポリマーマトリックス、シリカマトリックス、デンプンマトリックス、フォームマトリックス、ガラス／ガラスマトリックスなどから選択されるマトリックスであってもよい。Ｐｉｒｚｉｏ ｅｔ ａｌ．（米国特許第７，４８８，５０３号）を参照されたい。いくつかの実施形態では、封入組成物は、ポリビニルアセテート、ポリビニルアセテートコポリマー、エチレンビニルアセテート（ＥＶＡ）コポリマー、ポリビニルアルコール、ポリビニルアルコールコポリマー、エチルセルロース、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロースおよびカルボキシメチルセルロースを含むセルロース、ポリビニルピロリドン、デンプン、加工デンプン、デキストリン、マルトデキストリン、アルギン酸塩およびキトサンを含む多糖類、単糖類、脂肪、油を含む脂肪酸、ゼラチンおよびゼインを含むタンパク質、アラビアゴム、シェラック、塩化ビニリデンおよび塩化ビニリデンコポリマー、リグノスルホン酸カルシウム、アクリルコポリマー、ポリビニルアクリレート、ポリエチレンオキシド、アクリルアミドポリマーおよびコポリマー、ポリヒドロキシエチルアクリレート、メチルアクリルアミドモノマー、ならびにポリクロロプレンから選択され得る。

いくつかの実施形態では、封入組成物は、少なくとも１層の封入を含む。いくつかの実施形態では、封入組成物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０層の封入／封入剤を含む。

いくつかの実施形態では、封入組成物は、少なくとも２層の封入を含む。いくつかの実施形態では、封入の各層は、組成物に異なる特性を付与する。いくつかの実施形態では、２つの連続する層は、同じ特性を付与しない。いくつかの実施形態では、少なくとも２層の封入のうちの少なくとも１つの層は、熱安定性、保存安定性、耐紫外線性、耐湿性、疎水性、親水性、疎油性（ｌｉｐｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙ）、親油性、ｐＨ安定性、耐酸性、および耐塩基性を付与する。

いくつかの実施形態では、封入組成物は、２層の封入を含み、第１の層は、熱安定性および／または保存安定性を与え、第２の層は、ｐＨ耐性を提供する。

いくつかの実施形態では、封入層は、封入層の中心に保持される微生物組成物の徐放性を付与する。いくつかの実施形態では、層の数が多いほど、投与後の微生物組成物が曝露される前の時間が長くなる。

いくつかの実施形態では、本開示の封入シェルは、最大１０μｍ、２０μｍ、３０μｍ、４０μｍ、５０μｍ、６０μｍ、７０μｍ、８０μｍ、９０μｍ、１００μｍ、１１０μｍ、１２０μｍ、１３０μｍ、１４０μｍ、１５０μｍ、１６０μｍ、１７０μｍ、１８０μｍ、１９０μｍ、２００μｍ、２１０μｍ、２２０μｍ、２３０μｍ、２４０μｍ、２５０μｍ、２６０μｍ、２７０μｍ、２８０μｍ、２９０μｍ、３００μｍ、３１０μｍ、３２０μｍ、３３０μｍ、３４０μｍ、３５０μｍ、３６０μｍ、３７０μｍ、３８０μｍ、３９０μｍ、４００μｍ、４１０μｍ、４２０μｍ、４３０μｍ、４４０μｍ、４５０μｍ、４６０μｍ、４７０μｍ、４８０μｍ、４９０μｍ、５００μｍ、５１０μｍ、５２０μｍ、５３０μｍ、５４０μｍ、５５０μｍ、５６０μｍ、５７０μｍ、５８０μｍ、５９０μｍ、６００μｍ、６１０μｍ、６２０μｍ、６３０μｍ、６４０μｍ、６５０μｍ、６６０μｍ、６７０μｍ、６８０μｍ、６９０μｍ、７００μｍ、７１０μｍ、７２０μｍ、７３０μｍ、７４０μｍ、７５０μｍ、７６０μｍ、７７０μｍ、７８０μｍ、７９０μｍ、８００μｍ、８１０μｍ、８２０μｍ、８３０μｍ、８４０μｍ、８５０μｍ、８６０μｍ、８７０μｍ、８８０μｍ、８９０μｍ、９００μｍ、９１０μｍ、９２０μｍ、９３０μｍ、９４０μｍ、９５０μｍ、９６０μｍ、９７０μｍ、９８０μｍ、９９０μｍ、１０００μｍ、１０１０μｍ、１０２０μｍ、１０３０μｍ、１０４０μｍ、１０５０μｍ、１０６０μｍ、１０７０μｍ、１０８０μｍ、１０９０μｍ、１１００μｍ、１１１０μｍ、１１２０μｍ、１１３０μｍ、１１４０μｍ、１１５０μｍ、１１６０μｍ、１１７０μｍ、１１８０μｍ、１１９０μｍ、１２００μｍ、１２１０μｍ、１２２０μｍ、１２３０μｍ、１２４０μｍ、１２５０μｍ、１２６０μｍ、１２７０μｍ、１２８０μｍ、１２９０μｍ、１３００μｍ、１３１０μｍ、１３２０μｍ、１３３０μｍ、１３４０μｍ、１３５０μｍ、１３６０μｍ、１３７０μｍ、１３８０μｍ、１３９０μｍ、１４００μｍ、１４１０μｍ、１４２０μｍ、１４３０μｍ、１４４０μｍ、１４５０μｍ、１４６０μｍ、１４７０μｍ、１４８０μｍ、１４９０μｍ、１５００μｍ、１５１０μｍ、１５２０μｍ、１５３０μｍ、１５４０μｍ、１５５０μｍ、１５６０μｍ、１５７０μｍ、１５８０μｍ、１５９０μｍ、１６００μｍ、１６１０μｍ、１６２０μｍ、１６３０μｍ、１６４０μｍ、１６５０μｍ、１６６０μｍ、１６７０μｍ、１６８０μｍ、１６９０μｍ、１７００μｍ、１７１０μｍ、１７２０μｍ、１７３０μｍ、１７４０μｍ、１７５０μｍ、１７６０μｍ、１７７０μｍ、１７８０μｍ、１７９０μｍ、１８００μｍ、１８１０μｍ、１８２０μｍ、１８３０μｍ、１８４０μｍ、１８５０μｍ、１８６０μｍ、１８７０μｍ、１８８０μｍ、１８９０μｍ、１９００μｍ、１９１０μｍ、１９２０μｍ、１９３０μｍ、１９４０μｍ、１９５０μｍ、１９６０μｍ、１９７０μｍ、１９８０μｍ、１９９０μｍ、２０００μｍ、２０１０μｍ、２０２０μｍ、２０３０μｍ、２０４０μｍ、２０５０μｍ、２０６０μｍ、２０７０μｍ、２０８０μｍ、２０９０μｍ、２１００μｍ、２１１０μｍ、２１２０μｍ、２１３０μｍ、２１４０μｍ、２１５０μｍ、２１６０μｍ、２１７０μｍ、２１８０μｍ、２１９０μｍ、２２００μｍ、２２１０μｍ、２２２０μｍ、２２３０μｍ、２２４０μｍ、２２５０μｍ、２２６０μｍ、２２７０μｍ、２２８０μｍ、２２９０μｍ、２３００μｍ、２３１０μｍ、２３２０μｍ、２３３０μｍ、２３４０μｍ、２３５０μｍ、２３６０μｍ、２３７０μｍ、２３８０μｍ、２３９０μｍ、２４００μｍ、２４１０μｍ、２４２０μｍ、２４３０μｍ、２４４０μｍ、２４５０μｍ、２４６０μｍ、２４７０μｍ、２４８０μｍ、２４９０μｍ、２５００μｍ、２５１０μｍ、２５２０μｍ、２５３０μｍ、２５４０μｍ、２５５０μｍ、２５６０μｍ、２５７０μｍ、２５８０μｍ、２５９０μｍ、２６００μｍ、２６１０μｍ、２６２０μｍ、２６３０μｍ、２６４０μｍ、２６５０μｍ、２６６０μｍ、２６７０μｍ、２６８０μｍ、２６９０μｍ、２７００μｍ、２７１０μｍ、２７２０μｍ、２７３０μｍ、２７４０μｍ、２７５０μｍ、２７６０μｍ、２７７０μｍ、２７８０μｍ、２７９０μｍ、２８００μｍ、２８１０μｍ、２８２０μｍ、２８３０μｍ、２８４０μｍ、２８５０μｍ、２８６０μｍ、２８７０μｍ、２８８０μｍ、２８９０μｍ、２９００μｍ、２９１０μｍ、２９２０μｍ、２９３０μｍ、２９４０μｍ、２９５０μｍ、２９６０μｍ、２９７０μｍ、２９８０μｍ、２９９０μｍ、または３０００μｍの厚さであり得る。

いくつかの実施形態では、本開示の封入組成物は、０．７５０、０．７００、０．６５０、０．６００、０．５５０、０．５００、０．４７５、０．４５０、０．４２５、０．４００、０．３７５、０．３５０、０．３２５、０．３００、０．２７５、０．２５０、０．２２５、０．２００、０．１９０、０．１８０、０．１７０、０．１６０、０．１５０、０．１４０、０．１３０、０．１２０、０．１１０、０．１００、０．０９５、０．０９０、０．０８５、０．０８０、０．０７５、０．０７０、０．０６５、０．０６０、０．０５５、０．０５０、０．０４５、０．０４０、０．０３５、０．０３０、０．０２５、０．０２０、０．０１５、０．０１０、または０．００５未満の水分活性（ａ_ｗ）を有する。

いくつかの実施形態では、本開示の封入組成物は、約０．７５０、約０．７００、約０．６５０、約０．６００、約０．５５０、約０．５００、約０．４７５、約０．４５０、約０．４２５、約０．４００、約０．３７５、約０．３５０、約０．３２５、約０．３００、約０．２７５、約０．２５０、約０．２２５、約０．２００、約０．１９０、約０．１８０、約０．１７０、約０．１６０、約０．１５０、約０．１４０、約０．１３０、約０．１２０、約０．１１０、約０．１００、約０．０９５、約０．０９０、約０．０８５、約０．０８０、約０．０７５、約０．０７０、約０．０６５、約０．０６０、約０．０５５、約０．０５０、約０．０４５、約０．０４０、約０．０３５、約０．０３０、約０．０２５、約０．０２０、約０．０１５、約０．０１０、または約０．００５未満の水分活性（ａ_ｗ）を有する。

一実施形態では、微生物は、最初に、１つ以上の糖、糖アルコール、二糖類、三糖類、多糖類、塩、アミノ酸、アミノ酸塩、またはポリマーを含み得る賦形剤とともに、噴霧乾燥、凍結乾燥、または泡沫乾燥によって乾燥される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、１０ミクロン、２０ミクロン、３０ミクロン、４０ミクロン、５０ミクロン、６０ミクロン、７０ミクロン、８０ミクロン、９０ミクロン、１００ミクロン、１５０ミクロン、２００ミクロン、２５０ミクロン、３００ミクロン、３５０ミクロン、４００ミクロン、４５０ミクロン、５００ミクロン、５５０ミクロン、６００ミクロン、６５０ミクロン、７００ミクロン、７５０ミクロン、８００ミクロン、８５０ミクロン、９００ミクロン、９５０ミクロン、または１，０００ミクロンのサイズに粉砕される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、約１０微生物、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロン、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンのサイズに粉砕される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、１０～２０ミクロン、１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、１０～５０ミクロン、１０～６０ミクロン、１０～７０ミクロン、１０～８０ミクロン、１０～９０ミクロン、１０～１００ミクロン、１０～２５０ミクロン、１０～５００ミクロン、１０～７５０ミクロン、１０～１，０００ミクロン、２０～３０ミクロン、２０～４０ミクロン、２０～５０ミクロン、２０～６０ミクロン、２０～７０ミクロン、２０～８０ミクロン、２０～９０ミクロン、２０～１００ミクロン、２０～２５０ミクロン、２０～５００ミクロン、２０～７５０ミクロン、２０～１，０００ミクロン、３０～４０ミクロン、３０～５０ミクロン、３０～６０ミクロン、３０～７０ミクロン、３０～８０ミクロン、３０～９０ミクロン、３０～１００ミクロン、３０～２５０ミクロン、３０～５００ミクロン、３０～７５０ミクロン、３０～１，０００ミクロン、４０～５０ミクロン、４０～６０ミクロン、４０～７０ミクロン、４０～８０ミクロン、４０～９０ミクロン、４０～１００ミクロン、４０～２５０ミクロン、４０～５００ミクロン、４０～７５０ミクロン、４０～１，０００ミクロン、５０～６０ミクロン、５０～７０ミクロン、５０～８０ミクロン、５０～９０ミクロン、５０～１００ミクロン、５０～２５０ミクロン、５０～５００ミクロン、５０～７５０ミクロン、５０～１，０００ミクロン、６０～７０ミクロン、６０～８０ミクロン、６０～９０ミクロン、６０～１００ミクロン、６０～２５０ミクロン、６０～５００ミクロン、６０～７５０ミクロン、６０～１，０００ミクロン、７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、７０～９０ミクロン、７０～１００ミクロン、７０～２５０ミクロン、７０～５００ミクロン、７０～７５０ミクロン、７０～１，０００ミクロン、８０～９０ミクロン、８０～１００ミクロン、８０～２５０ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～７５０ミクロン、８０～１，０００ミクロン、９０～１００ミクロン、９０～２５０ミクロン、９０～５００ミクロン、９０～７５０ミクロン、９０～１，０００ミクロン、１００～２５０ミクロン、１００～５００ミクロン、１００～７５０ミクロン、１００～１，０００ミクロン、２５０～５００ミクロン、２５０～７５０ミクロン、２５０～１，０００ミクロン、５００～７５０ミクロン、５００～１，０００ミクロン、または７５０～１，０００ミクロンのサイズに粉砕される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、約１０～２０ミクロン、約１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、約１０～５０ミクロン、約１０～６０ミクロン、約１０～７０ミクロン、約１０～８０ミクロン、約１０～９０ミクロン、約１０～１００ミクロン、約１０～２５０ミクロン、約１０～５００ミクロン、約１０～７５０ミクロン、約１０～１，０００ミクロン、約２０～３０ミクロン、約２０～４０ミクロン、約２０～５０ミクロン、約２０～６０ミクロン、約２０～７０ミクロン、約２０～８０ミクロン、約２０～９０ミクロン、約２０～１００ミクロン、約２０～２５０ミクロン、約２０～５００ミクロン、約２０～７５０ミクロン、約２０～１，０００ミクロン、約３０～４０ミクロン、約３０～５０ミクロン、約３０～６０ミクロン、約３０～７０ミクロン、約３０～８０ミクロン、約３０～９０ミクロン、約３０～１００ミクロン、約３０～２５０ミクロン、約３０～５００ミクロン、約３０～７５０ミクロン、約３０～１，０００ミクロン、約４０～５０ミクロン、約４０～６０ミクロン、約４０～７０ミクロン、約４０～８０ミクロン、約４０～９０ミクロン、約４０～１００ミクロン、約４０～２５０ミクロン、約４０～５００ミクロン、約４０～７５０ミクロン、約４０～１，０００ミクロン、約５０～６０ミクロン、約５０～７０ミクロン、約５０～８０ミクロン、約５０～９０ミクロン、約５０～１００ミクロン、約５０～２５０ミクロン、約５０～５００ミクロン、約５０～７５０ミクロン、約５０～１，０００ミクロン、約６０～７０ミクロン、約６０～８０ミクロン、約６０～９０ミクロン、約６０～１００ミクロン、約６０～２５０ミクロン、約６０～５００ミクロン、約６０～７５０ミクロン、約６０～１，０００ミクロン、約７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、約７０～９０ミクロン、約７０～１００ミクロン、約７０～２５０ミクロン、約７０～５００ミクロン、約７０～７５０ミクロン、約７０～１，０００ミクロン、約８０～９０ミクロン、約８０～１００ミクロン、約８０～２５０ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～７５０ミクロン、約８０～１，０００ミクロン、約９０～１００ミクロン、約９０～２５０ミクロン、約９０～５００ミクロン、約９０～７５０ミクロン、約９０～１，０００ミクロン、約１００～２５０ミクロン、約１００～５００ミクロン、約１００～７５０ミクロン、約１００～１，０００ミクロン、約２５０～５００ミクロン、約２５０～７５０ミクロン、約２５０～１，０００ミクロン、約５００～７５０ミクロン、約５００～１，０００ミクロン、または約７５０～１，０００ミクロンのサイズに粉砕される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸、または脂肪アルコールと組み合わされて、約１０微生物、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロンであり、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンのビーズに噴霧凝固される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸、または脂肪アルコールと組み合わされて、１０～２０ミクロン、１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、１０～５０ミクロン、１０～６０ミクロン、１０～７０ミクロン、１０～８０ミクロン、１０～９０ミクロン、１０～１００ミクロン、１０～２５０ミクロン、１０～５００ミクロン、１０～７５０ミクロン、１０～１，０００ミクロン、２０～３０ミクロン、２０～４０ミクロン、２０～５０ミクロン、２０～６０ミクロン、２０～７０ミクロン、２０～８０ミクロン、２０～９０ミクロン、２０～１００ミクロン、２０～２５０ミクロン、２０～５００ミクロン、２０～７５０ミクロン、２０～１，０００ミクロン、３０～４０ミクロン、３０～５０ミクロン、３０～６０ミクロン、３０～７０ミクロン、３０～８０ミクロン、３０～９０ミクロン、３０～１００ミクロン、３０～２５０ミクロン、３０～５００ミクロン、３０～７５０ミクロン、３０～１，０００ミクロン、４０～５０ミクロン、４０～６０ミクロン、４０～７０ミクロン、４０～８０ミクロン、４０～９０ミクロン、４０～１００ミクロン、４０～２５０ミクロン、４０～５００ミクロン、４０～７５０ミクロン、４０～１，０００ミクロン、５０～６０ミクロン、５０～７０ミクロン、５０～８０ミクロン、５０～９０ミクロン、５０～１００ミクロン、５０～２５０ミクロン、５０～５００ミクロン、５０～７５０ミクロン、５０～１，０００ミクロン、６０～７０ミクロン、６０～８０ミクロン、６０～９０ミクロン、６０～１００ミクロン、６０～２５０ミクロン、６０～５００ミクロン、６０～７５０ミクロン、６０～１，０００ミクロン、７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、７０～９０ミクロン、７０～１００ミクロン、７０～２５０ミクロン、７０～５００ミクロン、７０～７５０ミクロン、７０～１，０００ミクロン、８０～９０ミクロン、８０～１００ミクロン、８０～２５０ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～５００ミクロン、８０～７５０ミクロン、８０～１，０００ミクロン、９０～１００ミクロン、９０～２５０ミクロン、９０～５００ミクロン、９０～７５０ミクロン、９０～１，０００ミクロン、１００～２５０ミクロン、１００～５００ミクロン、１００～７５０ミクロン、１００～１，０００ミクロン、２５０～５００ミクロン、２５０～７５０ミクロン、２５０～１，０００ミクロン、５００～７５０ミクロン、５００～１，０００ミクロン、または７５０～１，０００ミクロンのビーズに噴霧凝固される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸、または脂肪アルコールと組み合わされて、約１０～２０ミクロン、約１０～３０ミクロン、１０～４０ミクロン、約１０～５０ミクロン、約１０～６０ミクロン、約１０～７０ミクロン、約１０～８０ミクロン、約１０～９０ミクロン、約１０～１００ミクロン、約１０～２５０ミクロン、約１０～５００ミクロン、約１０～７５０ミクロン、約１０～１，０００ミクロン、約２０～３０ミクロン、約２０～４０ミクロン、約２０～５０ミクロン、約２０～６０ミクロン、約２０～７０ミクロン、約２０～８０ミクロン、約２０～９０ミクロン、約２０～１００ミクロン、約２０～２５０ミクロン、約２０～５００ミクロン、約２０～７５０ミクロン、約２０～１，０００ミクロン、約３０～４０ミクロン、約３０～５０ミクロン、約３０～６０ミクロン、約３０～７０ミクロン、約３０～８０ミクロン、約３０～９０ミクロン、約３０～１００ミクロン、約３０～２５０ミクロン、約３０～５００ミクロン、約３０～７５０ミクロン、約３０～１，０００ミクロン、約４０～５０ミクロン、約４０～６０ミクロン、約４０～７０ミクロン、約４０～８０ミクロン、約４０～９０ミクロン、約４０～１００ミクロン、約４０～２５０ミクロン、約４０～５００ミクロン、約４０～７５０ミクロン、約４０～１，０００ミクロン、約５０～６０ミクロン、約５０～７０ミクロン、約５０～８０ミクロン、約５０～９０ミクロン、約５０～１００ミクロン、約５０～２５０ミクロン、約５０～５００ミクロン、約５０～７５０ミクロン、約５０～１，０００ミクロン、約６０～７０ミクロン、約６０～８０ミクロン、約６０～９０ミクロン、約６０～１００ミクロン、約６０～２５０ミクロン、約６０～５００ミクロン、約６０～７５０ミクロン、約６０～１，０００ミクロン、約７０～８０ミクロン ７０～９０ミクロン、約７０～９０ミクロン、約７０～１００ミクロン、約７０～２５０ミクロン、約７０～５００ミクロン、約７０～７５０ミクロン、約７０～１，０００ミクロン、約８０～９０ミクロン、約８０～１００ミクロン、約８０～２５０ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～５００ミクロン、約８０～７５０ミクロン、約８０～１，０００ミクロン、約９０～１００ミクロン、約９０～２５０ミクロン、約９０～５００ミクロン、約９０～７５０ミクロン、約９０～１，０００ミクロン、約１００～２５０ミクロン、約１００～５００ミクロン、約１００～７５０ミクロン、約１００～１，０００ミクロン、約２５０～５００ミクロン、約２５０～７５０ミクロン、約２５０～１，０００ミクロン、約５００～７５０ミクロン、約５００～１，０００ミクロン、または約７５０～１，０００ミクロンのビーズに噴霧凝固される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸、または脂肪アルコールならびに水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールと組み合わされて、そのサイズが本明細書に記載されるビーズに噴霧凝固される。いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、または糖アルコールは、崩壊剤として機能する。いくつかの実施形態では、ビーズが動物のＧＩ管に分散されると、崩壊剤は細孔を形成する。

いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、投与されてから１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０分以内に崩壊剤が溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、投与されてから約１、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、または約６０分以内に崩壊剤が溶解するように改変されている。

いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、投与されてから１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、または１２時間以内に崩壊剤が溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成物は、投与されてから約１、約１．５、約２、約２．５、約３、約３．５、約４、約４．５、約５、約５．５、約６、約６．５、約７、約７．５、約８、約８．５、約９、約９．５、約１０、約１０．５、約１１、約１１．５、または約１２時間以内に崩壊剤が溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、崩壊剤が、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０℃の温度で溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、崩壊剤が、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２８、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、少なくとも約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、少なくとも約４５、少なくとも約４６、少なくとも約４７、少なくとも約４８、少なくとも約４９、または少なくとも約５０℃の温度で溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、崩壊剤が、少なくとも３．８、３．９、４．４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８．０、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９．０、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、または１０．０のｐＨで溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖類、糖、ポリペプチド、タンパク質、または糖アルコールの組成は、崩壊剤が、少なくとも約３．８、少なくとも約３．９、少なくとも約４．少なくとも約４．１、少なくとも約４．２、少なくとも約４．３、少なくとも約４．４、少なくとも約４．５、少なくとも約４．６、少なくとも約４．７、少なくとも約４．８、少なくとも約４．９、少なくとも約５．０、少なくとも約５．１、少なくとも約５．２、少なくとも約５．３、少なくとも約５．４、少なくとも約５．５、少なくとも約５．６、少なくとも約５．７、少なくとも約５．８、少なくとも約５．９、少なくとも約６．０、少なくとも約６．２、少なくとも約６．３、少なくとも約６．４、少なくとも約６．５、少なくとも約６．６、少なくとも約６．７、少なくとも約６．８、少なくとも約６．９、少なくとも約７．０、少なくとも約７．１、少なくとも約７．２、少なくとも約７．３、少なくとも約７．４、少なくとも約７．５、少なくとも約７．６、少なくとも約７．７、少なくとも約７．８、少なくとも約７．９、少なくとも約８．０、少なくとも約８．１、少なくとも約８．２、少なくとも約８．３、少なくとも約８．４、少なくとも約８．５、少なくとも約８．６、少なくとも約８．７、少なくとも約８．８、少なくとも約８．９、少なくとも約９．０、少なくとも約９．１、少なくとも約９．２、少なくとも約９．３、少なくとも約９．４、少なくとも約９．５、少なくとも約９．６、少なくとも約９．７、少なくとも約９．８、少なくとも約９．９、または少なくとも約１０．０のｐＨで溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ポリマー、多糖類、糖、糖アルコール、ゲル、ワックス、脂肪、脂肪アルコール、または脂肪酸でコーティングされる

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ポリマー、多糖類、糖、糖アルコール、ゲル、ワックス、脂肪、脂肪アルコール、または脂肪酸でコーティングされる。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが投与されてから１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０分以内に溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが投与されてから約１、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、または約６０分以内に溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが投与されてから１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、または１２時間以内に溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが投与されてから約１、約１．５、約２、約２．５、約３、約３．５、約４、約４．５、約５、約５．５、約６、約６．５、約７、約７．５、約８、約８．５、約９、約９．５、約１０、約１０．５、約１１、約１１．５、または約１２時間以内に溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０℃の温度で溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２８、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、少なくとも約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、少なくとも約４５、少なくとも約４６、少なくとも約４７、少なくとも約４８、少なくとも約４９、または少なくとも約５０℃の温度で溶解するように改変される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが少なくとも３．８、３．９、４．４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８．０、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９．０、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０．０のｐＨで溶解するように改変される。いくつかの実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、コーティングが少なくとも約３．８、少なくとも約３．９、少なくとも約４．少なくとも約４．１、少なくとも約４．２、少なくとも約４．３、少なくとも約４．４、少なくとも約４．５、少なくとも約４．６、少なくとも約４．７、少なくとも約４．８、少なくとも約４．９、少なくとも約５．０、少なくとも約５．１、少なくとも約５．２、少なくとも約５．３、少なくとも約５．４、少なくとも約５．５、少なくとも約５．６、少なくとも約５．７、少なくとも約５．８、少なくとも約５．９、少なくとも約６．０、少なくとも約６．２、少なくとも約６．３、少なくとも約６．４、少なくとも約６．５、少なくとも約６．６、少なくとも約６．７、少なくとも約６．８、少なくとも約６．９、少なくとも約７．０、少なくとも約７．１、少なくとも約７．２、少なくとも約７．３、少なくとも約７．４、少なくとも約７．５、少なくとも約７．６、少なくとも約７．７、少なくとも約７．８、少なくとも約７．９、少なくとも約８．０、少なくとも約８．１、少なくとも約８．２、少なくとも約８．３、少なくとも約８．４、少なくとも約８．５、少なくとも約８．６、少なくとも約８．７、少なくとも約８．８、少なくとも約８．９、少なくとも約９．０、少なくとも約９．１、少なくとも約９．２、少なくとも約９．３、少なくとも約９．４、少なくとも約９．５、少なくとも約９．６、少なくとも約９．７、少なくとも約９．８、少なくとも約９．９、または少なくとも約１０．０のｐＨで溶解するように改変される。

動物飼料
いくつかの態様では、動物飼料は、ドライフード、キブル、ウェットフード、お菓子、クッキー、ビスケット、冷凍フード、生鮮フード、保存フード、脱水フード、低温殺菌フード、ローフード、フリーズドライフード、および家庭調理フードを含む。いくつかの態様では、動物飼料はペットフードである。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、動物飼料と混合される。いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、動物飼料の上に振りかけられる。いくつかの実施形態では、動物飼料は、キブル、ウェットフード、ドライフード、ローフードなどの様々な形態で存在し得る。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、飼料自体に混合される。一実施形態では、本開示の組成物は、飼料粉砕機で飼料に混合される。一実施形態では、本開示の組成物は、給餌の直前に飼料中にまたは飼料上で混合される。

いくつかの実施形態では、本開示の飼料は、水、プレミックス（複数可）、市販の配合飼料、およびそれらの混合物で補充されてもよい。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、動物飼料と混合されてもよい。動物飼料の個々の成分は、動物に飼料を与える前に微生物組成物と混合されてもよい。本開示の微生物組成物は、飼料と混合され、キブルにペレット化（ｐｅｌｌｅｔｅｄ）されてもよい。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、動物の発達の様々な段階で動物飼料と混合されてもよい。

微生物組成物の投与
いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、経口経路を介して動物に投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、胃腸管への直接注射経路を介して投与される。さらなる実施形態において、直接注射投与は、微生物組成物を胃に直接送達する。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、頬腔、口腔、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、近位結腸、遠位結腸、および直腸に投与される。いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、肛門を介して動物に投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、動物の頬腔、口腔、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、近位結腸、遠位結腸、および直腸に向けられる。さらなる実施形態では、肛門投与は、挿入された座薬の形態である。

いくつかの実施形態では、微生物組成物が、合計で、または少なくとも０．５ｍＬ、１ｍＬ、２ｍＬ、３ｍＬ、４ｍＬ、５ｍＬ、６ｍＬ、７ｍＬ、８ｍＬ、９ｍＬ、１０ｍＬ、１１ｍＬ、１２ｍＬ、１３ｍＬ、１４ｍＬ、１５ｍＬ、１６ｍＬ、１７ｍＬ、１８ｍＬ、１９ｍＬ、２０ｍＬ、２１ｍＬ、２２ｍＬ、２３ｍＬ、２４ｍＬ、２５ｍＬ、２６ｍＬ、２７ｍＬ、２８ｍＬ、２９ｍＬ、３０ｍＬ、３１ｍＬ、３２ｍＬ、３３ｍＬ、３４ｍＬ、３５ｍＬ、３６ｍＬ、３７ｍＬ、３８ｍＬ、３９ｍＬ、４０ｍＬ、４１ｍＬ、４２ｍＬ、４３ｍＬ、４４ｍＬ、４５ｍＬ、４６ｍＬ、４７ｍＬ、４８ｍＬ、４９ｍＬ、５０ｍＬ、６０ｍＬ、７０ｍＬ、８０ｍＬ、９０ｍＬ、１００ｍＬ、２００ｍＬ、３００ｍＬ、４００ｍＬ、５００ｍＬ、６００ｍＬ、７００ｍＬ、８００ｍＬ、９００ｍＬ、または１，０００ｍＬを含む投与用量で投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、合計で、または少なくとも、１０^１８、１０^１７、１０^１６、１０^１５、１０^１４、１０^１３、１０^１２、１０^１１、１０^１０、１０^９、１０^８、１０^７、１０^６、１０^５、１０^４、１０^３、または１０^２個の微生物細胞を含む用量で投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、飼料と混合され、投与は、飼料とともに微生物組成物の摂取することにより行われる。いくつかの実施形態では、微生物組成物の用量が、組成物の１グラム当たりまたは１ミリリットル当たり１０^２～１０^１２、１０^３～１０^１２、１０^４～１０^１２、１０^５～１０^１２、１０^６～１０^１２、１０^７～１０^１２、１０^８～１０^１２、１０^９～１０^１２、１０^１０～１０^１２、１０^１１～１０^１２、１０^２～１０^１１、１０^３～１０^１１、１０^４～１０^１１、１０^５～１０^１１、１０^６～１０^１１、１０^７～１０^１１、１０^８～１０^１１、１０^９～１０^１１、１０^１０～１０^１１、１０^２～１０^１０、１０^３～１０^１０、１０^４～１０^１０、１０^５～１０^１０、１０^６～１０^１０、１０^７～１０^１０、１０^８～１０^１０、１０^９～１０^１０、１０^２～１０^９、１０^３～１０^９、１０^４～１０^９、１０^５～１０^９、１０^６～１０^９、１０^７～１０^９、１０^８～１０^９、１０^２～１０^８、１０^３～１０^８、１０^４～１０^８、１０^５～１０^８、１０^６～１０^８、１０^７～１０^８、１０^２～１０^７、１０^３～１０^７、１０^４～１０^７、１０^５～１０^７、１０^６～１０^７、１０^２～１０^６、１０^３～１０^６、１０^４～１０^６、１０^５～１０^６、１０^２～１０^５、１０^３～１０^５、１０^４～１０^５、１０^２～１０^４、１０^３～１０^４、１０^２～１０^３、１０^１２、１０^１１、１０^１０、１０^９、１０^８、１０^７、１０^６、１０^５、１０^４、１０^３、または１０^２個の合計微生物細胞が存在するように投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物の投与用量が、１０^２～１０^１８、１０^３～１０^１８、１０^４～１０^１８、１０^５～１０^１８、１０^６～１０^１８、１０^７～１０^１８、１０^８～１０^１８、１０^９～１０^１８、１０^１０～１０^１８、１０^１１～１０^１８、１０^１２～１０^１８、１０^１３～１０^１８、１０^１４～１０^１８、１０^１５～１０^１８、１０^１６～１０^１８、１０^１７～１０^１８、１０^２～１０^１２、１０^３～１０^１２、１０^４～１０^１２、１０^５～１０^１２、１０^６～１０^１２、１０^７～１０^１２、１０^８～１０^１２、１０^９～１０^１２、１０^１０～１０^１２、１０^１１～１０^１２、１０^２～１０^１１、１０^３～１０^１１、１０^４～１０^１１、１０^５～１０^１１、１０^６～１０^１１、１０^７～１０^１１、１０^８～１０^１１、１０^９～１０^１１、１０^１０～１０^１１、１０^２～１０^１０、１０^３～１０^１０、１０^４～１０^１０、１０^５～１０^１０、１０^６～１０^１０、１０^７～１０^１０、１０^８～１０^１０、１０^９～１０^１０、１０^２～１０^９、１０^３～１０^９、１０^４～１０^９、１０^５～１０^９、１０^６～１０^９、１０^７～１０^９、１０^８～１０^９、１０^２～１０^８、１０^３～１０^８、１０^４～１０^８、１０^５～１０^８、１０^６～１０^８、１０^７～１０^８、１０^２～１０^７、１０^３～１０^７、１０^４～１０^７、１０^５～１０^７、１０^６～１０^７、１０^２～１０^６、１０^３～１０^６、１０^４～１０^６、１０^５～１０^６、１０^２～１０^５、１０^３～１０^５、１０^４～１０^５、１０^２～１０^４、１０^３～１０^４、１０^２～１０^３、１０^１８、１０^１７、１０^１６、１０^１５、１０^１４、１０^１３、１０^１２、１０^１１、１０^１０、１０^９、１０^８、１０^７、１０^６、１０^５、１０^４、１０^３、または１０^２個の合計微生物細胞を含む。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、配列番号１～３３３から選択される１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たりまたは１ミリリットル当たり、１０^２～１０^１２、１０^３～１０^１２、１０^４～１０^１２、１０^５～１０^１２、１０^６～１０^１２、１０^７～１０^１２、１０^８～１０^１２、１０^９～１０^１２、１０^１０～１０^１２、１０^１１～１０^１２、１０^２～１０^１１、１０^３～１０^１１、１０^４～１０^１１、１０^５～１０^１１、１０^６～１０^１１、１０^７～１０^１１、１０^８～１０^１１、１０^９～１０^１１、１０^１０～１０^１１、１０^２～１０^１０、１０^３～１０^１０、１０^４～１０^１０、１０^５～１０^１０、１０^６～１０^１０、１０^７～１０^１０、１０^８～１０^１０、１０^９～１０^１０、１０^２～１０^９、１０^３～１０^９、１０^４～１０^９、１０^５～１０^９、１０^６～１０^９、１０^７～１０^９、１０^８～１０^９、１０^２～１０^８、１０^３～１０^８、１０^４～１０^８、１０^５～１０^８、１０^６～１０^８、１０^７～１０^８、１０^２～１０^７、１０^３～１０^７、１０^４～１０^７、１０^５～１０^７、１０^６～１０^７、１０^２～１０^６、１０^３～１０^６、１０^４～１０^６、１０^５～１０^６、１０^２～１０^５、１０^３～１０^５、１０^４～１０^５、１０^２～１０^４、１０^３～１０^４、１０^２～１０^３、１０^１２、１０^１１、１０^１０、１０^９、１０^８、１０^７、１０^６、１０^５、１０^４、１０^３、１０^２個の細胞の濃度で微生物組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌は、微生物組成物中に、当該組成物の１グラム当たりまたは１ミリリットル当たり少なくとも１０^２、１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１２、１０^１１、１０^１３、１０^１４、１０^１５個の細胞の濃度で存在する。

いくつかの実施形態では、組成物は１日に１回以上投与される。いくつかの態様では、組成物は、動物が給餌されるたびに食物とともに投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、１日に１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は１日１回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は１日２回投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、週に１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、月に１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、年に１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、その生存期間を通して動物に投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、若年の動物にのみ投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、成体の動物にのみ投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、高齢の動物にのみ投与される。いくつかの態様では、微生物組成物は、動物の予想寿命の最初の５％、１０％、１５％、２０％または２５％の間に動物に投与される。いくつかの態様では、微生物組成物は、動物の予想寿命の最後の５％、１０％、１５％、２０％または２５％の間に動物に投与される。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、健康全般を改善するために動物に慢性的に投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、健康全般を改善するために動物の生存期間を通して、１日１回、１日２回、１日３回、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、２週間に１回、または月に１回、投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた長期投与は、イヌにおける１つ以上の形質を改善する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた長期投与は、下痢を低減させ、便の硬さを改善させ、感染性または非感染性疾患の発生率を低減させ、寿命を延長し、かつ／または動物のパフォーマンスを改善する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた長期投与は、胃腸の健康を改善し、炎症を低減させ、かつ／または胃腸マイクロバイオームを安定化させる。

いくつかの実施形態では、微生物組成物は、健康全般を改善するために動物に急性投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、動物の健康全般を改善するために、１カ月の期間、２カ月の期間、３カ月の期間、６カ月の期間、または１２カ月の期間にわたって、１日１回、１日２回、１日３回、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、２週間に１回、または１カ月に１回、投与される。いくつかの実施形態では、微生物組成物は、１カ月の期間にわたって１日１回投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた急性投与は、イヌにおける１つ以上の形質を改善する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた急性投与は、下痢を低減させ、ディスバイオシスを低減させ、腸疾患を低減させ、感染性または非感染性疾患の発生率を低減させ、寿命を延長し、かつ／または動物のパフォーマンスを改善する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を用いた急性投与は、胃腸の健康を改善し、炎症を低減させ、かつ／または胃腸マイクロバイオームを安定化させる。

いくつかの実施形態では、動物に与えられる食餌のタイプは、動物に投与される微生物組成物のタイプに対応する。いくつかの実施形態では、ＧＩディスバイオシスまたはＧＩ腸疾患を呈する動物は、第１の微生物組成物を受ける。いくつかの実施形態では、第１の微生物組成物を受けている動物は、ＧＩディスバイオシスまたはＧＩ腸疾患の重症度の減少のために、第２の微生物組成物（第１のものとは異なる）を投与される。いくつかの実施形態では、第１の微生物組成物を投与された動物は、ＧＩディスバイオシスまたはＧＩ腸疾患の重症度の減少のために、第３の微生物組成物（第１および第２のものとは異なっている）を投与される。いくつかの実施形態では、少なくとも第１、少なくとも第２、または少なくとも第３の微生物組成物を投与された動物は、胃腸管内の健康な微生物叢状態を維持するために、後続する微生物組成物（以前に投与された微生物組成物とは異なる）を投与される。

いくつかの実施形態では、ＧＩディスバイオシスまたはＧＩ腸疾患を呈する動物は、第１の微生物組成物を受ける。さらなる実施形態では、異なる食餌を与えられた同じ動物は、第２の微生物組成物を受けるが、第１の微生物組成物は、第２の微生物組成物とは異なる。いくつかの実施形態では、異なる食餌をさらに与えられた同じ動物は、第３の微生物組成物を受けるが、第１の微生物組成物は、第２および第３の微生物組成物とは異なる。いくつかの実施形態では、異なる食餌をさらに与えられた同じ動物は、第４の微生物組成物を受けるが、第１の微生物組成物は、第２、第３、および第４の微生物組成物とは異なる。いくつかの実施形態では、異なる食餌をさらに与えられた同じ動物は、第５の微生物組成物を受けるが、第１の微生物組成物は、第２、第３、第４、および第５の微生物組成物とは異なる。

いくつかの実施形態では、飼料は、コーティングを正確に、安全に、かつ効率的に適用するように特別に設計および製造された処理適用装置の使用を通して、混合、噴霧、またはそれらの組み合わせの従来の方法を使用して、本明細書に開示される微生物および／または微生物組成物の１つ以上の層で均一にコーティングすることができる。こうした装置は、ロータリーコーター、ドラムコーター、流動床技術、噴流層、ロータリーミスト、またはそれらの組み合わせなどの様々なタイプのコーティング技術を使用する。本開示のもののような液体処理は、回転する「アトマイザー」ディスクまたはスプレーノズルのいずれかを介して適用することができ、これは、スプレーパターンを通して移動するときに微生物組成物を飼料上に均等に分配する。いくつかの態様では、その後飼料は、さらに一定期間期間混合またはタンブルして、追加の処理分配および乾燥を達成する。

いくつかの実施形態では、本開示の飼料のコーティングは、最大１０μｍ、２０μｍ、３０μｍ、４０μｍ、５０μｍ、６０μｍ、７０μｍ、８０μｍ、９０μｍ、１００μｍ、１１０μｍ、１２０μｍ、１３０μｍ、１４０μｍ、１５０μｍ、１６０μｍ、１７０μｍ、１８０μｍ、１９０μｍ、２００μｍ、２１０μｍ、２２０μｍ、２３０μｍ、２４０μｍ、２５０μｍ、２６０μｍ、２７０μｍ、２８０μｍ、２９０μｍ、３００μｍ、３１０μｍ、３２０μｍ、３３０μｍ、３４０μｍ、３５０μｍ、３６０μｍ、３７０μｍ、３８０μｍ、３９０μｍ、４００μｍ、４１０μｍ、４２０μｍ、４３０μｍ、４４０μｍ、４５０μｍ、４６０μｍ、４７０μｍ、４８０μｍ、４９０μｍ、５００μｍ、５１０μｍ、５２０μｍ、５３０μｍ、５４０μｍ、５５０μｍ、５６０μｍ、５７０μｍ、５８０μｍ、５９０μｍ、６００μｍ、６１０μｍ、６２０μｍ、６３０μｍ、６４０μｍ、６５０μｍ、６６０μｍ、６７０μｍ、６８０μｍ、６９０μｍ、７００μｍ、７１０μｍ、７２０μｍ、７３０μｍ、７４０μｍ、７５０μｍ、７６０μｍ、７７０μｍ、７８０μｍ、７９０μｍ、８００μｍ、８１０μｍ、８２０μｍ、８３０μｍ、８４０μｍ、８５０μｍ、８６０μｍ、８７０μｍ、８８０μｍ、８９０μｍ、９００μｍ、９１０μｍ、９２０μｍ、９３０μｍ、９４０μｍ、９５０μｍ、９６０μｍ、９７０μｍ、９８０μｍ、９９０μｍ、１０００μｍ、１０１０μｍ、１０２０μｍ、１０３０μｍ、１０４０μｍ、１０５０μｍ、１０６０μｍ、１０７０μｍ、１０８０μｍ、１０９０μｍ、１１００μｍ、１１１０μｍ、１１２０μｍ、１１３０μｍ、１１４０μｍ、１１５０μｍ、１１６０μｍ、１１７０μｍ、１１８０μｍ、１１９０μｍ、１２００μｍ、１２１０μｍ、１２２０μｍ、１２３０μｍ、１２４０μｍ、１２５０μｍ、１２６０μｍ、１２７０μｍ、１２８０μｍ、１２９０μｍ、１３００μｍ、１３１０μｍ、１３２０μｍ、１３３０μｍ、１３４０μｍ、１３５０μｍ、１３６０μｍ、１３７０μｍ、１３８０μｍ、１３９０μｍ、１４００μｍ、１４１０μｍ、１４２０μｍ、１４３０μｍ、１４４０μｍ、１４５０μｍ、１４６０μｍ、１４７０μｍ、１４８０μｍ、１４９０μｍ、１５００μｍ、１５１０μｍ、１５２０μｍ、１５３０μｍ、１５４０μｍ、１５５０μｍ、１５６０μｍ、１５７０μｍ、１５８０μｍ、１５９０μｍ、１６００μｍ、１６１０μｍ、１６２０μｍ、１６３０μｍ、１６４０μｍ、１６５０μｍ、１６６０μｍ、１６７０μｍ、１６８０μｍ、１６９０μｍ、１７００μｍ、１７１０μｍ、１７２０μｍ、１７３０μｍ、１７４０μｍ、１７５０μｍ、１７６０μｍ、１７７０μｍ、１７８０μｍ、１７９０μｍ、１８００μｍ、１８１０μｍ、１８２０μｍ、１８３０μｍ、１８４０μｍ、１８５０μｍ、１８６０μｍ、１８７０μｍ、１８８０μｍ、１８９０μｍ、１９００μｍ、１９１０μｍ、１９２０μｍ、１９３０μｍ、１９４０μｍ、１９５０μｍ、１９６０μｍ、１９７０μｍ、１９８０μｍ、１９９０μｍ、２０００μｍ、２０１０μｍ、２０２０μｍ、２０３０μｍ、２０４０μｍ、２０５０μｍ、２０６０μｍ、２０７０μｍ、２０８０μｍ、２０９０μｍ、２１００μｍ、２１１０μｍ、２１２０μｍ、２１３０μｍ、２１４０μｍ、２１５０μｍ、２１６０μｍ、２１７０μｍ、２１８０μｍ、２１９０μｍ、２２００μｍ、２２１０μｍ、２２２０μｍ、２２３０μｍ、２２４０μｍ、２２５０μｍ、２２６０μｍ、２２７０μｍ、２２８０μｍ、２２９０μｍ、２３００μｍ、２３１０μｍ、２３２０μｍ、２３３０μｍ、２３４０μｍ、２３５０μｍ、２３６０μｍ、２３７０μｍ、２３８０μｍ、２３９０μｍ、２４００μｍ、２４１０μｍ、２４２０μｍ、２４３０μｍ、２４４０μｍ、２４５０μｍ、２４６０μｍ、２４７０μｍ、２４８０μｍ、２４９０μｍ、２５００μｍ、２５１０μｍ、２５２０μｍ、２５３０μｍ、２５４０μｍ、２５５０μｍ、２５６０μｍ、２５７０μｍ、２５８０μｍ、２５９０μｍ、２６００μｍ、２６１０μｍ、２６２０μｍ、２６３０μｍ、２６４０μｍ、２６５０μｍ、２６６０μｍ、２６７０μｍ、２６８０μｍ、２６９０μｍ、２７００μｍ、２７１０μｍ、２７２０μｍ、２７３０μｍ、２７４０μｍ、２７５０μｍ、２７６０μｍ、２７７０μｍ、２７８０μｍ、２７９０μｍ、２８００μｍ、２８１０μｍ、２８２０μｍ、２８３０μｍ、２８４０μｍ、２８５０μｍ、２８６０μｍ、２８７０μｍ、２８８０μｍ、２８９０μｍ、２９００μｍ、２９１０μｍ、２９２０μｍ、２９３０μｍ、２９４０μｍ、２９５０μｍ、２９６０μｍ、２９７０μｍ、２９８０μｍ、２９９０μｍ、または３０００μｍの厚さである。

いくつかの実施形態では、微生物細胞は、任意の数の組成物上に自由にコーティングされてもよく、またはそれらが、組成物上にコーティングされる前に、液体または固体組成物に製剤化されてもよい。例えば、微生物を含む固体組成物は、固体担体が胞子または細胞懸濁液に含浸されるまで固体担体を胞子の懸濁液と混合することによって調製することができる。次に、この混合物を乾燥させて、所望の粒子を得ることができる。

いくつかの他の実施形態では、本開示の固体または液体の微生物組成物は、例えば、活性炭、ミネラル、ビタミン、プレバイオティックス、オリゴ糖、繊維などの機能性薬剤、および製品の品質またはそれらの組み合わせを改善することができる他の薬剤をさらに含有することが企図される。

当技術分野で公知の前述の方法の使用におけるコーティング方法および組成物は、本開示の実施形態のうちの１つを追加することによってそれらが改変されるときに特に有用であり得る。それらの適用のためのこのようなコーティング方法および装置は、例えば、米国特許第８，０９７，２４５号および第７，９９８，５０２号、ならびにＰＣＴ特許公開第ＷＯ２００８／０７６９７５号、第ＷＯ２０１０／１３８５２２号、第ＷＯ２０１１／０９４４６９号、第ＷＯ２０１０／１１１３４７号、および第ＷＯ２０１０／１１１５６５号に開示されており、それら各々が参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物または微生物組成物は、互いに接触する微生物または微生物組成物のうちの１つ以上の存在下で、本明細書に記載される形質のうちの１つ以上に対する相乗効果を呈示する。教示された方法によって得られる相乗効果は、例えば、Ｃｏｌｂｙの式（すなわち、（Ｅ）＝Ｘ＋Ｙ－（Ｘ＊Ｙ／１００））に従って定量化することができる。Ｃｏｌｂｙ，Ｒ．Ｓ．，“Ｃａｌｃｕｌａｔｉｎｇ Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｉｃ ａｎｄ Ａｎｔａｇｏｎｉｓｔｉｃ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｏｆ Ｈｅｒｂｉｃｉｄｅ Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ，”１９６７．Ｗｅｅｄｓ．Ｖｏｌ．１５，ｐｐ．２０－２２を参照されたく、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。したがって、「相乗的」は、相加量を超えて増加した結果／パラメーター／効果を反映することを意図している。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物または微生物組成物は、ドレンチを介して投与されてもよい。一実施形態では、ドレンチは経口ドレンチである。ドレンチ投与は、微生物または微生物組成物を含む液体を動物の頬腔および／または食道に注入／放出するドレンチキット／アプリケーター／注射器を利用することを含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物または微生物組成物は、徐放様式で投与されてもよい。組成物は、化学組成物でコーティングされてもよく、または微生物もしくは微生物組成物を代わりに一度に一定期間にわたって放出する機械的装置もしくはカプセル中に含有されてもよい。一実施形態では、微生物または微生物組成物は、徐放カプセルで動物に投与される。一実施形態では、組成物は、化学組成物でコーティングされてもよく、または摂取後数時間の期間に微生物または微生物組成物を一度に放出する機械的装置もしくはカプセルに含有されてもよい。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物は、１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２４、１～２５、１～３０、１～３５、１～４０、１～４５、１～５０、１～５５、１～６０、１～６５、１～７０、１～７５、１～８０、１～８５、１～９０、１～９５、または１～１００時間の徐放様式で投与される。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物は、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、１～１１、１～１２、１～１３、１～１４、１～１５、１～１６、１～１７、１～１８、１～１９、１～２０、１～２１、１～２２、１～２３、１～２４、１～２５、１～２６、１～２７、１～２８、１～２９、または１～３０日間の徐放様式で投与される。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、錠剤、圧縮錠剤、丸剤、粉末、顆粒、溶液、懸濁液、エマルション、エリキシル、ローション、クリーム、ゲル、軟膏、チンキ剤、ペースト、発泡剤、エアロゾル、洗浄剤、噴霧剤、座薬、または包帯剤などの製剤を含む、イヌへの投与のための様々な製剤を使用し得る。結果として得られる製剤の形態は、意図される投与方法（例えば、経口投与、経腸投与、非経口投与、および皮膚、鼻腔、または頬腔への局所投与）を含む、多くの要因に依存する。

いくつかの実施形態では、微生物または微生物組成物の経口投与は、固体または液体組成物の形態であってもよい。固形剤形は、錠剤、カプセル、顆粒、および原末であってもよい。経口錠剤のタイプには、圧縮され、噛み砕けるトローチ剤および錠剤が含まれ、それらは腸溶コーティングされ、糖衣され、またはフィルムコーティングされてもよい。カプセルは硬質または軟質のゼラチンカプセルであってもよく、一方で顆粒および粉末は、当業者に公知の他の成分と組み合わされて非発泡性または発泡性の形態で提供されてもよい。他の実施形態では、経口投与剤形は、浸透圧放出制御経口送達システム（ＯＲＯＳ：ｏｓｍｏｔｉｃ－ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｒｅｌｅａｓｅ ｏｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍ）であってもよい。他の実施形態では、経口投与剤形は、マトリックス埋め込み型剤形または関連デバイスを含み得る。いくつかの実施形態では、本発明の経口投与剤形は、口腔内崩壊錠を含み得る。錠剤で利用される薬学的に許容可能な担体としては、結合剤、滑沢剤、希釈剤、崩壊剤、着色剤、香味剤、および湿潤剤が挙げられる。

液体経口投与剤形には、水溶液、エマルション、懸濁液、溶液、および／または非発泡性顆粒から再構成された懸濁液、ならびに発泡性顆粒から再構成された発泡性調製物が含まれる。水溶液には、例えば、エリキシルおよびシロップが含まれる。エリキシルは、透明で甘味がある含水アルコール調製物である。エリキシルで使用される薬学的に許容可能な担体は溶媒を含む。シロップは、例えばスクロースなどの糖の濃縮水溶液であり、防腐剤を含むことができる。エマルションは、１つの液体が、もう１つの液体全体に細球体の形態で分散されている（典型的には水中油型または油中水型）二相系である。エマルションで使用される薬学的に許容可能な担体は、非水性液体、乳化剤および防腐剤である。懸濁液は、薬学的に許容可能な懸濁剤および防腐剤を使用できる。液体経口投与剤形へ再構成される、非発泡性顆粒中で使用される薬学的に許容可能な物質は、希釈剤、甘味料および湿潤剤を含む。液体経口投与剤形へ再構成される、発泡性顆粒中で使用される薬学的に許容可能な物質は、有機酸および二酸化炭素源を含有してもよい。着色剤および香味剤は、上記の剤形のすべてで使用できる。

微生物
本明細書で使用される場合、用語「微生物」は広義に解釈されるべきである。これには、限定されるものではないが、２つの原核ドメインである細菌および古細菌、ならびに真核生物の真菌、原生動物、およびウイルスが含まれる。

一例として、微生物は、以下の属の種を含むことができる：Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩ、Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ａｃｉｄｉｃａｌｄｕｓ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｅｌｌｕｌｓｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ、Ｋａｎｄｌｅｒｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｔｈｅｒｍａｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＩＩ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｇｌａｕｔｉａ、Ｓａｒｃｉｎａ、Ｊｅｏｔｇａｌｉｂａｃａ、およびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ。

特定の実施形態において、微生物は培養不可能である。これは、微生物が培養可能であることが知られていない、または当業者に公知の方法を使用して培養することが困難であることを意味すると解釈されるべきである。

一実施形態では、微生物は、動物（例えば、哺乳動物、は虫類、鳥類など）、土壌（例えば、根圏）、空気、水（例えば、海洋、淡水、廃水汚泥）、堆積物、油、植物（例えば、根、葉、茎）、農産物、および極限環境（例えば、酸鉱山排水または熱水系）から取得される。さらなる実施形態では、海洋、川、または湖などの海洋環境または淡水環境から得られた微生物。さらなる実施形態では、微生物は、水域の表面、または水域の任意の深さ（例えば、深海試料）からのものであり得る。

本開示の微生物は、実質的に純粋な培養物または混合培養物中で単離することができる。それらは、濃縮され、希釈され、または原料物質に見出される自然な濃度で提供され得る。例えば、塩類堆積物からの微生物は、淡水中に堆積物を懸濁し、堆積物を底部に落下させることによって、本開示で使用するために単離することができる。微生物の大部分を含有する水は、適切な沈降期間の後、デカンテーションにより除去され、イヌのＧＩ管に投与されてもよく、または濾過もしくは遠心分離により濃縮され、適切な濃度に希釈され、塩の大部分が除去された状態でイヌのＧＩ管に投与されてもよい。さらなる例として、鉱化源または毒性源からの微生物は、動物への損傷の可能性を最小化するため、イヌへの適用のための微生物を回収するように同様に処理されてもよい。

別の実施形態では、微生物は、微生物が天然に存在する原料物質から単離されない、粗製形態で使用される。例えば、微生物は、それらが存在する原料物質、例えば、糞便物質、胃腸管に見られる他の組成物と組み合わせて提供される。この実施形態では、原料物質は、１つ以上の微生物種を含み得る。

いくつかの実施形態では、微生物の混合集団が本開示の方法で使用される。

微生物が原料物質（例えば、それらが天然に存在する物質）から単離される本開示の実施形態では、当業者に容易に知られているであろういくつかの標準技術のいずれか１つまたは組み合わせを使用することができる。しかしながら、一例として、これらは一般に、単一の微生物の固体または液体培養物を実質的に純粋な形で、通常は固体微生物成長媒体の表面上の物理的分離によって、もしくは液体微生物培地への体積希釈単離によって、得ることができるプロセスを用いる。これらのプロセスには、乾燥材料、液体懸濁液、スラリー、またはホモジネートからの単離が含まれてもよく、その場合、材料は、適切な固体ゲル増殖培地上に薄層で広げられ、または滅菌培地に作製され液体または固体培養培地に接種される材料の段階希釈が含まれる。

必須ではないが、一実施形態では、微生物を含有する材料は、材料中のすべての微生物を増殖させ、材料中の特定の微生物を除去する、かつ／または材料中の微生物の分布をシフトさせるために、単離プロセス前に前処理されてもよい。次いで、微生物を、上記に開示した通り、富化された材料から単離することができる。

特定の実施形態では、本明細書で前述したように、微生物は粗製形態で使用することができ、動物または培地から単離する必要はない。例えば、ＧＩディスバイオシスを減少させるために有益であると同定された微生物を含む糞便、または増殖培地を取得して、方法の次のラウンドのための微生物の粗製源として、または方法の終了時に微生物の粗製源として使用してもよい。例えば、新鮮な糞便を取得し、任意選択的に処理することができる。

マイクロバイオームのシフトと微生物の豊富さ
いくつかの実施形態では、胃腸マイクロバイオームを含むイヌのマイクロバイオームは、幅広い代謝能力を有する多様な微生物の到達を含む。マイクロバイオームは、食事、動物の代謝の変化、および育種などの様々な要因によって影響を受ける。一次分解の最終生成物は、最終的に、水素および二酸化炭素とともに様々な有機酸を産生する一連の微生物を維持する。マイクロバイオームの複雑で相互連結した性質のため、食餌、ひいては一次分解の基質を変更すると、両方の有機酸プロファイルが変化し、腸内微生物の代謝にカスケード効果を及ぼす可能性がある。

いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載の微生物組成物を投与して、イヌのマイクロバイオームを調節またはシフトさせることに関心がある。マイクロバイオームを調節するために微生物組成物を投与する追加の方法は、国際ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１８／２１８２１１号に記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、マイクロバイオームは、胃腸管の１つ以上のセクションへの１つ以上の微生物の投与を通じて、シフトされる。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームは、胃腸管への１つ以上の微生物の投与を通じてシフトされる。さらなる実施形態では、１つ以上の微生物は、表１から選択される微生物である。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームシフトまたは調節は、本開示の１つ以上の微生物の投与前に存在した特定の微生物の減少または喪失を含む。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームシフトまたは調節は、本開示の１つ以上の微生物の投与前に存在した微生物の増加を含む。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームシフトまたは調節は、本開示の１つ以上の微生物の投与前に存在しなかった１つ以上の微生物の獲得を含む。さらなる実施形態では、１つ以上の微生物の獲得は、投与された微生物組成物に特異的に含まれていなかった微生物である。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物の投与は、投与された微生物が少なくとも１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０日間マイクロバイオームに存在するように、マイクロバイオームの持続的な調節をもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物の投与は、投与された微生物が少なくとも１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間マイクロバイオームに存在するように、マイクロバイオームの持続的な調節をもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物の投与は、投与された微生物が少なくとも１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、２～１０、２～９、２～８、２～７、２～６、２～５、２～４、２～３、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、３～５、３～４、４～１０、４～９、４～８、４～７、４～６、４～５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、６～１０、６～９、６～８、６～７、７～１０、７～９、７～８、８～１０、８～９、９～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２カ月間マイクロバイオームに存在するように、マイクロバイオームの持続的な調節をもたらす。

いくつかの実施形態では、投与された微生物の存在は、胃腸管をサンプリングし、プライマーを使用して、投与された微生物の１６Ｓもしくは１８Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはＩＴＳ ｒＤＮＡ配列を増幅することによって検出される。いくつかの実施形態では、投与される微生物は、表１から選択される微生物のうちの１つ以上である。いくつかの実施形態では、投与される微生物は、配列番号１～３３１から選択されるｒＤＮＡ配列を含む微生物のうちの１つ以上である。

いくつかの実施形態では、イヌのマイクロバイオームは、胃腸サンプルから収集されたポリヌクレオチドを増幅することによって測定され、ポリヌクレオチドは、１６Ｓもしくは１８Ｓ ｒＤＮＡ断片、または微生物ｒＤＮＡのＩＴＳ ｒＤＮＡ断片であり得る。一実施形態では、マイクロバイオームは、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）によってフィンガープリントされ、この方法では、増幅されたｒＤＮＡ断片は、それらが変性する場所によってソートされ、同じイヌのマイクロバイオームを経時的に比較するもしくは複数のマイクロバイオームを比較するために使用され得るゲルの固有のバンドパターンを形成する。別の実施形態では、マイクロバイオームは、末端制限断片長多型（ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（Ｔ－ＲＦＬＰ））の方法によってフィンガープリントされ、この方法では、標識されたＰＣＲ断片が、制限酵素を使用して消化され、次いでサイズによってソートされる。さらなる実施形態では、Ｔ－ＲＦＬＰ法から収集されたデータは、非計量多次元尺度構成法（ｎＭＤＳ）の序列およびＰＥＲＭＡＮＯＶＡ統計によって評価され、マイクロバイオームにおける差異を識別し、マイクロバイオームにおけるシフトの識別および測定を可能にする。Ｃｏｅｌｈｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８．ＢＭＣ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ，６：１２）を参照されたい。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、以下の分類群のうちの１つ以上に属する微生物の数および／またはタイプを増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ ＸＶＩＩ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｎｏｓｐｉｒａｃｅａ、Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩ、Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ａｃｉｄｉｃａｌｄｕｓ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ、Ｋａｎｄｌｅｒｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ、Ｂｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｔｈｅｒｍａｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＩＩ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、およびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを減少させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低減させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％減少させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを減少させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低減させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％減少させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、揮発性脂肪酸（ＶＦＡ）産生微生物の数および／またはタイプを増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、ＶＦＡは、酢酸、酪酸、プロピオン酸、イソ酪酸、イソ吉草酸、および吉草酸を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、ＶＦＡ産生微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、ＶＦＡ産生微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、動物のタンパク質源として利用される微生物の数および／またはタイプを増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、動物のタンパク質源として利用される微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、動物のタンパク質源として利用される微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物のイヌへの投与は、ＧＩ管内の微生物の数、タイプ、および／または相対存在量が増加するが、微生物の数、タイプ、および／または相対存在量の増加が、イヌの後腸には呈示されないマイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、ビタミン合成微生物の数および／またはタイプを増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、ビタミン合成微生物の数および／またはタイプを少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、ビタミン合成微生物の数および／またはタイプを少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、微生物群集の全体的なアルファ多様性を低減させる、マイクロバイオームのシフトを生じさせる。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、微生物群集の全体的なアルファ多様性を少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％低減させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物組成物の投与は、微生物群集の全体的なアルファ多様性を少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％低減させる、マイクロバイオームのシフトをもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物の投与は、マイクロバイオームの調節またはシフトをもたらし、これはさらに、所望の表現型または改善された形質をもたらす。

イヌ微生物組成の多様性
イヌは、ＧＩ管の微生物多様性に関して、高度な動物間変動性を示すことが見出されている。ＧＩ管の微生物組成の変動性の増加は、安定した微生物組成に到達する能力の低下につながる可能性がある。低い変動性ではこんどは、動物の生存率に影響を及ぼす健康、体重、および他の特性に著しい差異をもたらす。Ｓｈａｂａｔ ＳＫＢ ｅｔ ａｌ．（ＩＳＭＥ Ｊ １０：２９５８－２９７２）を参照されたい。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の微生物および／または微生物組成物の投与は、イヌにおける腸内マイクロバイオームの変動性を減少させ、安定なイヌマイクロバイオームをさらに確立する。

いくつかの実施形態では、腸マイクロバイオームの変動性は、１つ以上の場所で胃腸管内に存在する種の総数として測定される。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の微生物および／または微生物組成物の投与は、胃腸マイクロバイオームが安定状態に到達するのに必要な時間を短縮する。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の微生物および／または微生物組成物の投与は、本開示のイヌが胃腸マイクロバイオームの安定状態に到達すること、ＧＩマイクロバイオームの変動性の低減をもたらす。

いくつかの実施形態では、イヌのＧＩマイクロバイオームが約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１２０、約１３０、約１４０、約１５０、約１６０、約１７０、約１８０、約１９０、約２００、約２５０、約３００、約４００、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、約１，０００、約１，５００、約２，０００、約２，５００、約３，０００、約３，５００、約４，０００、約４，５００、約５，０００、約５，５００、約６，０００、約６，５００、約７，０００、約７，５００、約８，０００、約８，５００、約９，０００、約９，５００、または約１０，０００の異なる種を含有する場合、ＧＩマイクロバイオームの安定状態に到達する。

いくつかの実施形態では、イヌのＧＩマイクロバイオームが約１０～約５０、約１０～約１００、約５０～約１００、約５０～約２００、約１００～約１５０、約１００～約２００、約１００～約４００、約２００～約５００、約２００～約７００、約４００～約８００、約５００～約１，０００、約５００～約２，０００、約１，０００～約２，０００、約１，０００～約５，０００、約５，０００～約７，０００、約５，０００～約１０，０００、または約８，０００～約１０，０００の異なる種を含有する場合、イヌの腸内マイクロバイオームの安定状態に到達する。

いくつかの実施形態では、飼料移行中のイヌの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％は、本開示の１つ以上の微生物および／または生物アンサンブルの投与後に安定状態に到達する。

ＭＩＣ スコアリング
本明細書に提供される方法によれば、試料は、試料中の１つ以上の微生物タイプの存在を検出するために処理される（図１、１００１；図２、２００１）。試料中の１つ以上の微生物タイプの絶対数が決定される（図１、１００２；図２、２００２）。１つ以上の生物タイプの存在および少なくとも１つの生物タイプの絶対数の決定は、並列または連続的に実施することができる。例えば、細菌（すなわち、ある微生物タイプ）および真菌（すなわち、第２の微生物タイプ）を含む微生物群集を含む試料の場合、一実施形態のユーザーは、試料中の生物タイプの一方または両方の存在を検出する（図１、１００１；図２、２００１）。さらなる実施形態では、ユーザーは、試料中の少なくとも１つの生物タイプの絶対数を決定する。この例では、試料中の細菌、真菌、またはそれらの組み合わせの数である（図１、１００２；図２、２００２）。

一実施形態では、試料、またはその一部分は、フローサイトメトリー（ＦＣ）分析に供され、１つ以上の微生物タイプの存在および／または数を検出する（図１、１００１、１００２；図２、２００１、２００２）。１つのフローサイトメーターの実施形態では、個々の微生物細胞は、少なくとも約３００＊ｓ^－１、または少なくとも約５００＊ｓ^－１、または少なくとも約１０００＊ｓ^－１の速度で、照射ゾーンを通過する。しかしながら、当業者であれば、この速度は、使用される機器の種類に応じて変化し得ることを認識するであろう。電子的にゲーティングされる検出器は、散乱された光の程度を表すパルスの大きさを測定する。これらのパルスの大きさは、電子的に「ビン」または「チャネル」にソートされ、チャネル数に対する特定の定量的特性（例えば、細胞染色特性、直径、細胞膜）を有する細胞数のヒストグラムの表示を可能にする。こうした分析は、本明細書に記載の実施形態では、細菌、真菌、線虫、原生動物、古細菌、藻類、渦鞭毛藻類、ウイルス、ウイロイドなどの、「微生物タイプ」ビンである、各「ビン」内の細胞数の決定を可能にする。

一実施形態では、試料は、１つ以上の蛍光色素で染色され、蛍光色素は、特定の微生物タイプに特異的であり、フローサイトメーターまたは蛍光顕微鏡法などの蛍光を利用する他の何らかの検出法および定量法を介して検出することができる。方法は、試料中の所与の生物タイプの細胞数および／または細胞体積の定量化を提供することができる。さらなる実施形態では、本明細書に記載されるように、フローサイトメトリーを利用して、酵素発現、細胞表面タンパク質発現などの生物タイプの固有の第１のマーカーおよび／または固有の第２のマーカーの存在および量を決定する。例えば、光散乱対細胞膜染色からの蛍光（対タンパク質染色またはＤＮＡ染色からの蛍光）の２変数または３変数のヒストグラムまたは等高線プロットも生成することができ、したがって、集団全体の細胞間の関心対象の様々な特性の分布の印象を得ることができる。このようなマルチパラメーターフローサイトメトリーデータの多くの表示は、一般的に使用されており、本明細書に記載される方法での使用に適している。

１つ以上の微生物タイプの存在および数を検出するために試料を処理する一実施形態では、顕微鏡アッセイが採用される（図１、１００１、１００２）。一実施形態では、顕微鏡は光学顕微鏡であり、可視光およびレンズシステムを使用して、小さな試料の画像を拡大する。デジタル画像は、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラによって捕捉することができる。他の顕微鏡的技術としては、走査電子顕微鏡および透過電子顕微鏡法が挙げられるが、これらに限定されない。微生物タイプは、本明細書に提供される態様に従って可視化および定量化される。

本開示の別の実施形態では、１つ以上の微生物タイプの存在および数を検出するために、各試料、またはその一部が蛍光顕微鏡に供される。様々な蛍光色素を使用して、試料中の細胞を直接染色し、上述したフローサイトメトリーだけでなく、落射蛍光顕微鏡を使用して総細胞数を定量化することができる。微生物を定量化するための有用な色素としては、限定されるものではないが、アクリジンオレンジ（ＡＯ）、４，６－ジアミノ－２フェニルインドール（ＤＡＰＩ）、および５－シアノ－２，３ジトリルテトラゾリウムクロリド（ＣＴＣ）が挙げられる。生細胞は、２つの核酸染色剤を含むＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｋｉｔ（Ｂａｃ－Ｌｉｇｈｔ（商標））などの生存率染色方法によって推定することができ、緑色蛍光ＳＹＴＯ ９（商標）色素は、すべての膜に浸透し、赤色蛍光ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）色素は、損傷した膜で細胞を浸透する。そのため、膜が損傷を受けた細胞は赤色に染色され、膜が損傷を受けていない細胞は緑色に染色される。蛍光インサイチュハイブリダイゼーション法（ＦＩＳＨ）は、落射蛍光顕微鏡法を拡張し、特定の生物の迅速な検出および列挙を可能にする。ＦＩＳＨは、試料中の生物ＤＮＡに特異的に結合する蛍光標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（通常は１５～２５塩基対）を使用し、落射蛍光または共焦点レーザー走査顕微鏡（ＣＬＳＭ）を使用して細胞の可視化を可能にする。触媒レポーター沈着蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＣＡＲＤ－ＦＩＳＨ）は、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）で標識されたオリゴヌクレオチドプローブを使用して、研究対象の微生物から得られたシグナルの強度を増幅することによって、ＦＩＳＨ法を改善する。ＦＩＳＨは、微生物群集を特徴付けるために他の技術と組み合わせることができる。１つの組み合わせ技術は、高親和性ペプチド核酸（ＰＮＡ）－ＦＩＳＨであり、プローブは、細胞外高分子物質（ＥＰＳ）マトリックスを貫通する強化された能力を有する。別の例は、細胞生存率キットをＦＩＳＨと組み合わせる、飲料水分配システムでの消毒の効率を評価するために使用されている、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ－ＦＩＳＨである。

別の実施形態では、各試料、またはその一部分は、微生物タイプの存在および少なくとも１つの微生物タイプの絶対数を決定するために、ラマン顕微分光法に供される（図１、１００１－１００２；図２、２００１－２００２）。ラマン顕微分光法は、単一細胞のラマンスペクトル（ＳＣＲＳ）を検出および測定できる非破壊かつ標識のない技術である。典型的なＳＣＲＳは、単一細胞の固有の生化学的「フィンガープリント」を提供する。ＳＣＲＳは、核酸、タンパク質、炭水化物、および脂質を含む、その中の生体分子の豊富な情報を含み、異なる細胞種、生理学的変化、および細胞表現型の特徴評価を可能にする。ラマン顕微鏡は、異なる細胞バイオマーカーの化学結合によるレーザー光の散乱を検査する。ＳＣＲＳは、１つの単一細胞中のすべての生体分子のスペクトルの総和であり、細胞の表現型プロファイルを示す。遺伝子発現の結果としての細胞表現型は、通常遺伝子型を反映する。したがって、同一の増殖条件下では、異なる微生物タイプが、それらの遺伝子型の違いに対応する別個のＳＣＲＳを与え、したがって、それらのラマンスペクトルによって識別することができる。

さらに別の実施形態では、試料、またはその一部が、微生物タイプの存在および少なくとも１つの微生物タイプの数を決定するために、遠心分離にかけられる（図１、１００１－１００２；図２、２００１－２００２）。このプロセスは、遠心分離器によって生成される遠心力を使用して、不均質な混合物を沈降させる。混合物のより密度の高い成分は、遠心分離器の軸から離れて移動し、混合物のより密度の低い成分は、軸に向かって移動する。遠心分離により、試料を細胞質、膜、および細胞外部分に分画することができる。また、関心のある生物学的分子の局在化情報を決定するのに使用することができる。さらに、遠心分離を使用して、全微生物群集ＤＮＡを分画することができる。原核生物群が異なれば、ＤＮＡのグアニン＋シトシン（Ｇ＋Ｃ）含量も異なるため、Ｇ＋Ｃ含量に基づく密度勾配遠心分離は、生物のタイプおよび各タイプに関連する細胞数を区別する方法である。この技術は、群集ＤＮＡ全体の分画されたプロファイルを生成し、Ｇ＋Ｃ含量の関数としてＤＮＡの存在量を示す。全群集ＤＮＡは、高度に精製された画分に物理的に分離され、各々が異なるＧ＋Ｃ含量を表し、それらは例えば、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）／増幅リボソームＤＮＡ制限酵素断片解析（ＡＲＤＲＡ）（本明細書の考察を参照）などの追加の分子技術によって分析され、全微生物群集の多様性および１つ以上の微生物タイプの存在／量を評価することができる。

別の実施形態では、試料、またはその一部分は、微生物タイプの存在および少なくとも１つの微生物タイプの数を決定するために染色される（図１、１００１～１００２；図２、２００１～２００２）。染色剤および色素を使用して、生体組織、細胞または細胞内の小器官を可視化することができる。染色剤は、顕微鏡、フローサイトメトリー、またはゲル電気泳動と併用して、異なる微生物タイプに固有の細胞または生物分子を可視化またはマークすることができる。インビボ染色は、生体組織を染色するプロセスであり、インビトロ染色は、その生物学的環境から取り出された細胞または構造を染色することを意味する。本明細書に記載される方法とともに使用する特定の染色技術の例としては、限定するものではないが、細菌のグラム状態を判定するためのグラム染色、内生胞子の存在を特定するための内生胞子染色、チール－ネルゼン染色、組織の薄片を調べるためヘマトキシリンとエオシンの染色、様々な体分泌物からの細胞試料を調べるためのパパニコロウ染色、炭水化物の過ヨウ素酸シッフ染色、周囲の結合組織から細胞を区別するための３色染色プロトコルを使用するマッソントリクローム、血液または骨髄サンプルを調べるためのロマノフスキー染色（またはライト染色、ジェンナー染色、メイ‐グリンヴァルト染料、レーシュマン染色およびギムザ染色を含む一般的な変形）、タンパク質とＤＮＡを明らかにするための銀染色、脂質ためのスダン染色ならびに真正内生胞子（ｔｒｕｅ ｅｎｄｏｓｐｏｒｅ）を検出するためのおよびコンクリン染色（Ｃｏｎｋｌｉｎ’ｓ ｓｔａｉｎｉｎｇ）が挙げられる。一般的な生物学的染色剤には、細胞周期決定のためのアクリジンオレンジ、酸ムチンのためのビスマルクブラウン、グリコーゲンのためのカルミン、核のためのカルミンミョウバン（ｃａｒｍｉｎｅ ａｌｕｍ）、タンパク質のためのクマシーブルー、神経細胞質の酸性成分のためのクレシルバイオレット、細胞壁のためのクリスタルバイオレット、核のためのＤＡＰＩ、細胞質物質、細胞膜、一部の細胞外構造および赤血球のためのエオシン、ＤＮＡのための臭化エチジウム、コラーゲン、平滑筋またはミトコンドリアのための酸性フクシン、核のためのヘマトキシリン、ＤＮＡのためのヘキスト染色、デンプンのためのヨウ素、ギメネス染色技法における細菌のためおよび胞子のためのマラカイトグリーン、クロマチンのためのメチルグリーン、動物細胞のためのメチレンブルー、ニッスル物質のためのニュートラルレッド、核のためのナイルブルー、親油性実体（ｌｉｐｏｈｉｌｉｃ ｅｎｔｉｔｙ）のためのナイルレッド、脂質のための四酸化オスミウム、蛍光顕微鏡のためのローダミン、核のためのサフラニンが挙げられる。染色剤はまた、透過型電子顕微鏡でもコントラストを高めるために使用され、リンタングステン酸、四酸化オスミウム、四酸化ルテニウム、モリブデン酸アンモニウム、ヨウ化カドミウム、カルボヒドラジド、塩化第二鉄、ヘキサミン、三塩化インジウム、硝酸ランタン、酢酸鉛、クエン酸鉛、硝酸鉛（ＩＩ）、過ヨウ素酸、リンモリブデン酸、フェリシアン化カリウム、フェロシアニドカリウム、ルテニウムレッド、硝酸銀、銀プロテイネート、塩化金酸ナトリウム、硝酸タリウム、チオセミカルバジド、酢酸ウラニル、硝酸ウラニル、および硫酸バナジルを含む。

別の実施形態では、試料、またはその一部分は、微生物タイプの存在および少なくとも１つの微生物タイプの数を決定するために、質量分析（ＭＳ）に供される（図１、１００１～１００２；図２、２００１～２００２）。以下で論じるように、ＭＳは、試料中の１つ以上の固有のマーカーの存在および発現を検出するためにも使用され得る（図１、１００３～１００４；図２、２００３－２００４）。ＭＳは、例えば、微生物タイプに特有のタンパク質および／またはペプチドマーカーの存在および量を検出するために、したがって、試料中のそれぞれの微生物タイプの数の評価を提供するために使用される。定量化は、安定した同位体標識または標識なしのいずれかであってもよい。ペプチドのデノボ配列決定はまた、ＭＳ／ＭＳスペクトルまたは配列タギング（データベースと照合できる短いタグを作成する）から直接行うこともできる。ＭＳはまた、タンパク質の翻訳後修飾を明らかにし、代謝物を特定することもできる。ＭＳは、質量分解能および決定を向上させるために、クロマトグラフィーおよび他の分離技術（例えば、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、イオン移動度など）と組み合わせて使用することができる。

別の実施形態では、試料、またはその一部が、微生物タイプの存在および少なくとも１つの微生物タイプの数を決定するために脂質分析に供される（図１、１００１～１００２；図２、２００１～２００２）。脂肪酸は、細胞バイオマスの比較的一定の割合で存在し、群集内で微生物タイプを区別できる微生物細胞には特徴的な脂肪酸が存在する。一実施形態では、脂肪酸は、鹸化と続く誘導体化により抽出され、それぞれの脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）を得、その後、ガスクロマトグラフィーによって分析される。次いで、一実施形態のＦＡＭＥプロファイルを、参照ＦＡＭＥデータベースと比較し、多変量統計解析によって脂肪酸および対応する微生物シグネチャーを特定する。

本明細書に提供される方法の態様では、試料またはその部分（例えば、試料アリコート）中の固有の第１のメーカーの数、および固有の第１のマーカーの各々の存在量を測定する（図１、１００３；図２、２００３）。固有のマーカーは、微生物株のマーカーである。当業者であれば、プローブされ、測定される固有のマーカーに応じて、試料全体を分析する必要はないことを理解すべきである。例えば、固有のマーカーが細菌株に固有である場合、試料の真菌部分を分析する必要はない。上述のように、いくつかの実施形態では、試料中の１つ以上の生物タイプの絶対存在量を測定することは、例えば、フローサイトメトリーを介して、生物タイプによって試料を分離することを含む。

生物株に固有の任意のマーカーを本明細書に採用することができる。例えば、マーカーには、限定されるものではないが、小サブユニットリボソームＲＮＡ遺伝子（１６Ｓ／１８Ｓ ｒＤＮＡ）、大サブユニットリボソームＲＮＡ遺伝子（２３Ｓ／２５Ｓ／２８Ｓ ｒＤＮＡ）、介在（ｉｎｔｅｒｃａｌａｒｙ）５．８Ｓ遺伝子、シトクロムｃオキシダーゼ、ベータチューブリン、伸長因子、ＲＮＡポリメラーゼ、および内部転写スペーサー（ＩＴＳ）が含まれ得る。

リボソームＲＮＡ遺伝子（ｒＤＮＡ）、特に小サブユニットリボソームＲＮＡ遺伝子、すなわち真核生物の場合は１８Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子（１８Ｓ ｒＤＮＡ）、原核生物の場合は１６Ｓ ｒＲＮＡ（１６Ｓ ｒＤＮＡ）が、微生物群集における生物の種類および株の評価の主ば標的となっている。しかしながら、大サブユニットリボソームＲＮＡ遺伝子である２８Ｓ ｒＤＮＡも標的とされている。ｒＤＮＡは、（ｉ）すべての既知の生物において偏在している、（ｉｉ）それらは保存領域と可変領域の両方を有する、（ｉｉｉ）比較に利用可能なそれらの配列の指数関数的に拡大するデータベースが存在する、ために分類学的識別に適している。試料の群集解析では、保存領域は、対応するユニバーサルＰＣＲおよび／またはシーケンシングプライマーのアニーリング部位としての役目を果たし、一方で可変領域は、系統発生的分化に使用することができる。さらに、細胞内のｒＤＮＡのコピー数が多いため、環境試料からの検出が容易になる。

１８Ｓ ｒＤＮＡと２８Ｓ ｒＤＮＡの間に位置する内部転写スペーサー（ＩＴＳ）も標的化されている。ＩＴＳは転写されるが、リボソームの組み立て前にスプライジングにより離れる。ＩＴＳ領域は、２つの高度に可変的なスペーサー、ＩＴＳ１およびＩＴＳ２ならびに介在５．８Ｓ遺伝子で構成されている。このｒＤＮＡオペロンは、ゲノム中の複数のコピーで生じる。ＩＴＳ領域はリボソーム成分をコードしないため、非常に多様である。

一実施形態では、固有のＲＮＡマーカーは、ｍＲＮＡマーカー、ｓｉＲＮＡマーカー、またはリボソームＲＮＡマーカーであってもよい。

タンパク質をコードする機能遺伝子は、本明細書では固有の第１のマーカーとして使用することができる。このようなマーカーには、限定されないが、リコンビナーゼＡ遺伝子ファミリー（細菌ＲｅｃＡ、古細菌ＲａｄＡおよびＲａｄＢ、真核生物Ｒａｄ５１およびＲａｄ５７、ファージＵｖｓＸ）、転写開始および伸長に関与するＲＮＡポリメラーゼサブユニット（ＲｐｏＢ）遺伝子、シャペロニンが含まれる。候補マーカー遺伝子は、細菌と古細菌についても特定されている：リボソームタンパク質Ｓ２（ｒｐｓＢ）、リボソームタンパク質Ｓ１０（ｒｐｓＪ）、リボソームタンパク質Ｌ１（ｒｐｌＡ）、翻訳伸長因子ＥＦ－２、翻訳開始因子ＩＦ－２、メタロエンドペプチダーゼ、リボソームタンパク質Ｌ２２、ｆｆｈシグナル認識粒子タンパク質、リボソームタンパク質Ｌ４／Ｌ１ｅ（ｒｐｌＤ）、リボソームタンパク質Ｌ２（ｒｐｌＢ）、リボソームタンパク質Ｓ９（ｒｐｓＩ）、リボソームタンパク質Ｌ３（ｒｐｌＣ）、フェニルアラニル－ｔＲＮＡシンテターゼベータサブユニット、リボソームタンパク質Ｌ１４ｂ／Ｌ２３ｅ（ｒｐｌＮ）、リボソームタンパク質Ｓ５、リボソームタンパク質Ｓ１９（ｒｐｓＳ）、リボソームタンパク質Ｓ７、リボソームタンパク質Ｌ１６／Ｌ１０Ｅ（ｒｐｌＰ）、リボソームタンパク質Ｓ１３（ｒｐｓＭ）、フェニルアラニル－ｔＲＮＡシンテターゼαサブユニット、リボソームタンパク質Ｌ１５、リボソームタンパク質Ｌ２５／Ｌ２３、リボソームタンパク質Ｌ６（ｒｐｌＦ）、リボソームタンパク質Ｌ１１（ｒｐｌＫ）、リボソームタンパク質Ｌ５（ｒｐｌＥ）、リボソームタンパク質Ｓ１２／Ｓ２３、リボソームタンパク質Ｌ２９、リボソームタンパク質Ｓ３（ｒｐｓＣ）、リボソームタンパク質Ｓ１１（ｒｐｓＫ）、リボソームタンパク質Ｌ１０、リボソームタンパク質Ｓ８、ｔＲＮＡプソイドウリジンシンターゼＢ、リボソームタンパク質Ｌ１８Ｐ／Ｌ５Ｅ、リボソームタンパク質Ｓ１５Ｐ／Ｓ１３ｅ、ポルホビリノーゲンデアミナーゼ、リボソームタンパク質Ｓ１７、リボソームタンパク質Ｌ１３（ｒｐｌＭ）、ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ（ｒｐｓＥ）、リボヌクレアーゼＨＩＩおよびリボソームタンパク質Ｌ２４。細菌のその他のマーカー遺伝子候補には、以下が含まれる：転写伸長タンパク質ＮｕｓＡ（ｎｕｓＡ）、ｒｐｏＢ ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼサブユニットベータ（ｒｐｏＢ）、ＧＴＰ結合タンパク質ＥｎｇＡ、ｒｐｏＣ ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼサブユニットベータ’、ｐｒｉＡプライモソーム集合タンパク質、転写修復カップリング因子、ＣＴＰシンターゼ（ｐｙｒＧ）、ｓｅｃＹプレタンパク質トランスロカーゼサブユニットＳｅｃＹ、ＧＴＰ結合タンパク質Ｏｂｇ／ＣｇｔＡ、ＤＮＡポリメラーゼＩ、ｒｐｓＦ ３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ６、ｐｏＡ ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼサブユニットアルファ、ペプチド鎖終結因子１、ｒｐｌＩ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ９、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ、ｔｓｆ伸長因子Ｔｓ（ｔｓｆ）、ｒｐｌＱ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ１７、ｔＲＮＡ（グアニン－Ｎ（１）－）－メチルトランスフェラーゼ（ｒｐｌＳ）、ｒｐｌＹ 推定５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２５、ＤＮＡ修復タンパク質ＲａｄＡ、グルコース阻害性分裂タンパク質Ａ、リボソーム結合因子Ａ、ＤＮＡミスマッチ修復タンパク質ＭｕｔＬ、ｓｍｐＢ ＳｓｒＡ結合タンパク質（ｓｍｐＢ）、Ｎ－アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ、Ｓ－アデノシル－メチルトランスフェラーゼＭｒａＷ、ＵＤＰ－Ｎ－アセチルムラモイルアラニン－Ｄ－グルタメートリガーゼ、ｒｐｌＳ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ１９、ｒｐｌＴ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２０（ｒｐｌＴ）、ｒｕｖＡホリデイジャンクションＤＮＡヘリカーゼ、ｒｕｖＢホリデイジャンクションＤＮＡヘリカーゼＢ、ｓｅｒＳセリル－ｔＲＮＡシンテターゼ、ｒｐｌＵ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２１、ｒｐｓＲ ３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１８、ＤＮＡミスマッチ修復タンパク質ＭｕｔＳ、ｒｐｓＴ ３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０、ＤＮＡ修復タンパク質ＲｅｃＮ、ｆｒｒリボソームリサイクル因子（ｆｒｒ）、組換えタンパク質ＲｅｃＲ、機能不明のタンパク質ＵＰＦ００５４、ｍｉａＡ ｔＲＮＡイソペンテニルトランスフェラーゼ、ＧＴＰ結合タンパク質ＹｃｈＦ、染色体複製開始剤タンパク質ＤｎａＡ、デホスホ－ＣｏＡキナーゼ、１６Ｓ ｒＲＮＡプロセシングタンパク質ＲｉｍＭ、ＡＴＰ－コーン（ｃｏｎｅ）ドメインタンパク質、１－デオキシ－Ｄ－キシルロース５－リン酸レダクトイソメラーゼ、２Ｃ－メチル－Ｄ－エリトリトール２，４－シクロ二リン酸シンターゼ、脂肪酸／リン脂質合成タンパク質ＰｌｓＸ、ｔＲＮＡ（Ｉｌｅ）－リジンシンテターゼ、ｄｎａＧ ＤＮＡプライマーゼ（ｄｎａＧ）、ｒｕｖＣホリデイジャンクションリゾルバーゼ、ｒｐｓＰ ３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１６、リコンビナーゼＡ ｒｅｃＡ、リボフラビン生合成タンパク質ＲｉｂＦ、グリシル－ｔＲＮＡシンテターゼベータサブユニット、ｔｒｍＵ ｔＲＮＡ（５－メチルアミノメチル－２－チオウリジル酸）－メチルトランスフェラーゼ、ｒｐｍＩ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３５、ｈｅｍＥウロポルフィリノーゲンデカルボキシラーゼ、桿状決定タンパク質（Ｒｏｄ ｓｈａｐｅ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）、ｒｐｍＡ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２７（ｒｐｍＡ）、ペプチジル－ｔＲＮＡヒドロラーゼ、翻訳開始因子ＩＦ－３（ｉｎｆＣ）、ＵＤＰ－Ｎ－アセチルムラミル－トリペプチドシンテターゼ、ｒｐｍＦ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ３２、ｒｐＩＬ ５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ７／Ｌ１２（ｒｐＩＬ）、ｌｅｕＳロイシル－ｔＲＮＡシンテターゼ、ｌｉｇＡ ＮＡＤ依存性ＤＮＡリガーゼ、細胞分裂タンパク質ＦｔｓＡ、ＧＴＰ結合タンパク質ＴｙｐＡ、ＡＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼ、ＡＴＰ結合サブユニットＣｌｐＸ、ＤＮＡ複製および修復タンパク質ＲｅｃＦおよびＵＤＰ－Ｎ－アセチルエノールピルボイルグルコサミンレダクターゼ。

リン脂質脂肪酸（ＰＬＦＡ）もまた、本明細書に記載される方法に従って、固有の第１のマーカーとして使用され得る。ＰＬＦＡは、微生物の増殖中に迅速に合成され、貯蔵分子には見出されず、細胞死の間に急速に分解するため、現在の生存群集の正確な個体数調査を提供する。すべての細胞は、脂肪酸（ＦＡ）を含有し、これは抽出され、エステル化されて脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）を形成することができる。ＦＡＭＥをガスクロマトグラフィー質量分析法を用いて分析すると、得られたプロファイルは、試料中の微生物の「フィンガープリント」を構成する。ドメイン細菌および真核生物の生物の膜の化学組成は、エステル型結合によってグリセロールに連結された脂肪酸から構成される（リン脂質脂肪酸（ＰＬＦＡ））。対照的に、古細菌の膜脂質は、エーテル型結合によってグリセロールに結合される、長い分岐炭化水素から構成される（リン脂質エーテル脂質（ＰＬＥＬ））。これは、３つのドメインを区別するために最も広く使用されている非遺伝子基準の１つである。これに関連して、様々なアシル鎖によって特徴付けられる微生物細胞膜に由来するリン脂質は、そのような脂質構造の多様性が、特定の微生物分類に関連し得るため、優れたシグネチャー分子である。

本明細書に提供されるように、生物株が活性であるかを判定するために、第１のマーカーと同一であっても異なっていてもよい１つ以上の固有の第２のマーカーの発現レベルを測定する（図１、１００４；図２、２００４）。固有の第１のマーカーが上記に記載されている。固有の第２のマーカーは、微生物活性のマーカーである。例えば、一実施形態では、上述の第１のマーカーのいずれかのｍＲＮＡまたはタンパク質発現は、本開示の目的のために固有の第２のマーカーとみなされる。

一実施形態では、第２のマーカーの発現レベルが、閾値レベル（例えば、対照レベル）を超えるか、または閾値レベルにある場合、微生物は活性であるとみなされる（図１、１００５；図２、２００５）。一実施形態では、第２のマーカーの発現レベルが、いくつかの実施形態では対照レベルである閾値レベルと比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、または少なくとも約３０％変化するかどうかで、活性が判定される。

一実施形態では、第２の固有のマーカーを、タンパク質、ＲＮＡ、または代謝物レベルで測定する。固有の第２のマーカーは、第１の固有のマーカーと同一であるか、または異なっている。

上述のように、本明細書に記載される方法に従って、いくつかの固有の第１のマーカーおよび固有の第２のマーカーを検出することができる。さらに、固有の第１のマーカーの検出および定量化は、当業者に公知の方法に従って実施される（図１、１００３～１００４；図２、２００３～２００４）。

一実施形態では、核酸配列決定（例えば、ｇＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｒＲＮＡ、ｍＲＮＡ）を使用して、固有の第１のマーカーおよび／または固有の第２のマーカーの絶対細胞数を決定する。配列決定のプラットフォームには、Ｒｏｃｈｅ／４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａ、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｏｎ ＴｏｒｒｅｎｔおよびＮａｎｏｐｏｒｅから入手可能なサンガー配列決定法およびハイスループット配列決定法が挙げられるが、これらに限定するものではない。配列決定法は、特定のＤＮＡまたはＲＮＡ配列のアンプリコン配列決定法、または全メタゲノム／トランスクリプトームショットガンシーケンシング法であってもよい。

従来のサンガー配列決定（Ｓａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９７７）ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｗｉｔｈ ｃｈａｉｎ－ｔｅｒｍｉｎａｔｉｎｇ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７４，ｐｐ．５４６３－５４６７、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）は、インビトロＤＮＡ複製中のＤＮＡポリメラーゼによる鎖終結ジデオキシヌクレオチドの選択的な組み込みに依存し、本明細書に記載される方法での使用に適している。

別の実施形態では、試料、またはその一部を、核酸の抽出、適切なプライマーによる関心対象のＤＮＡ（ｒＲＮＡ遺伝子など）の増幅、および配列決定ベクターを使用したクローンライブラリーの構築に供する。次いで、選択されたクローンをサンガー配列決定により配列決定し、関心対象のＤＮＡのヌクレオチド配列を回収し、試料中の固有の微生物株の数の計算を可能にする。

Ｒｏｃｈｅ／４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓからの４５４パイロシーケンシングは、長い読み取りが得られ、本明細書に記載される方法で利用可能である（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔｕｒｅ，４３７，ｐｐ．３７６－３８０、米国特許第６，２７４，３２０号、第６，２５８，５６８号、第６，２１０，８９１号、これら各々が、すべての目的に対しその全体が本明細書に組み込まれる）。配列決定される核酸（例えば、アンプリコンまたは噴霧されたゲノム／メタゲノムＤＮＡ）は、ＰＣＲまたはライゲーションによっていずれかの末端に付着した特定のアダプターを有する。アダプターを有するＤＮＡを、油中水型エマルション中に懸濁される小さなビーズに固定する（理想的には、１つのビーズが１つのＤＮＡ断片を有する）。次いで、エマルションＰＣＲ工程を実施して、各ＤＮＡ断片の複数のコピーを作製し、各ビーズが、同じＤＮＡ断片のクローン化コピーを多数含有するビーズのセットを得る。次いで、各ビーズを、シーケンシングバイシンセシス（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂｙ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）反応に必要な酵素も含有する光ファイバーチップのウェルに入れる。塩基（Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴなど）の添加は、ピロリン酸放出を誘発し、これにより、光のフラッシュを生成し、これを記録して各ウェルのＤＮＡ断片の配列を推定する。最大１，０００塩基長の読み取りで１回の実行当たり、約１００万回の読み取りを達成できる。ペアエンドシーケンシング（Ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を行うことができ、これは、それぞれが所与のＤＮＡ断片の一端から始まる、読み取りの対を生成する。分子バーコードを作成し、多重化反応においてアダプター配列と関心対象の配列との間に配置することができ、各配列をバイオインフォマティックス的に試料に割り当てることができる。

Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａ配列決定法は、約２５塩基対（ｂｐ）～約３００ｂｐの平均読み取り長を生成する（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ，６：３７３－３８２、Ｌａｎｇｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４年）．ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １５，ｐ．６３、Ｆａｄｒｏｓｈ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ２，ｐ．６、Ｃａｐｏｒａｓｏ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＩＳＭＥ Ｊ，６，ｐ．１６２１－１６２４、Ｂｅｎｔｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ａｃｃｕｒａｔｅ ｗｈｏｌｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｕｓｉｎｇ ｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．Ｎａｔｕｒｅ，４５６：５３－５９）。この配列決定技術はまた、シーケンシングバイシンセシスであるが、可逆的なダイターミネーターと、オリゴ付着領域を有するフローセルとを用いる。配列決定されるＤＮＡ断片は、いずれかの末端に特異的なアダプターを有し、断片の末端にハイブリダイズする特異的なオリゴヌクレオチドで満たされたフローセル上で洗浄される。次に、各断片を複製して、同一の断片のクラスターを作製する。次いで、可逆的なダイターミネーターヌクレオチドをフローセル上で洗浄し、所定の時間付着させる。過剰なヌクレオチドを洗い流し、フローセルを画像化し、可逆的ターミネーターを除去し、これによってプロセスが繰り返し可能になり、ヌクレオチドをその後のサイクルで追加し続けることができる。それぞれ３００塩基長のペアエンドリードを達成することができる。Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームは、１回のランで各読み取りごとに１２５塩基を有する４０億個の断片をペアエンド方式で生成することができる。バーコードは試料の多重化にも使用できるが、インデキシングプライマーを使用する。

ＳＯＬｉＤ（Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）プロセスは、「シーケンシングバイライゲーション（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂｙ－ｌｉｇａｔｉｏｎ）」アプローチであり、第１のマーカーおよび／または第２のマーカーの存在および存在量を検出するために、本明細書に記載される方法とともに使用することができる（図１、１００３～１００４；図２、２００３～２００４）（Ｐｅｃｋｈａｍ ｅｔ ａｌ．ＳＯＬｉＤ（商標） Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ２－Ｂａｓｅ Ｅｎｃｏｄｉｎｇ．Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ：Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２００７、Ｍｉｔｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｕｓｉｎｇ ＳＯＬｉＤ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ＳＯＬｉＤ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１４（Ｓｕｐｐｌ ５）：Ｓ１６、Ｍａｒｄｉｓ（２００８）Ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｍｅｔｈｏｄｓ．Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ，９：３８７－４０２、各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。配列決定しようとする試料からＤＮＡ断片のライブラリーを調製し、これを用いてクローン性ビーズ集団を調製し、そこでは各磁気ビーズの表面上に１種の断片のみが存在する。磁気ビーズに付着した断片は、ユニバーサルＰ１アダプター配列を有するため、すべての断片の開始配列は既知であり、同一である。プライマーは、ライブラリー鋳型内のＰ１アダプター配列にハイブリダイズする。４つの蛍光標識した二塩基プローブのセットは、配列決定プライマーへのライゲーションに対して競合する。二塩基プローブの特異性は、各ライゲーション反応において第１塩基および第２塩基ごとに調べることによって達成される。最終的な読み取り長を決定するサイクル数で、ライゲーション、検出、および切断の複数のサイクルを実行する。ＳＯＬｉＤプラットフォームは、１回の実行当たり最大３０億の読み取りを生成でき、７５塩基長の読み取りが可能である。ペアエンドシーケンシングが利用可能であり、本明細書で使用することができるが、対の第２の読み取りはわずか３５塩基長である。Ｉｌｌｕｍｉｎａが使用するシステムと同様のシステムを介して試料の多重化が可能であり、別個のインデキシングの実行が可能である。

Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔシステムは、４５４シーケンシング法と同様に、第１のマーカーおよび／または第２のマーカーの存在および存在量を検出するための、本明細書に記載される方法での使用に適している（図１、１００３～１００４；図２、２００３～２００４）。それは、ＤＮＡ断片が付着したビーズを含有するマイクロウェルのプレートを使用する。しかしながら、塩基組み込みを検出する方式である点で、他のすべてのシステムとは異なる。伸長中のＤＮＡ鎖に塩基が加えられると、プロトンが遊離し、これは周囲のｐＨをわずかに変化させる。ｐＨ感受性の高いマイクロ検出器は、プレート上のウェルと関連付けられており、これらの変化が起った場合を記録する。異なる塩基（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ）を、ウェルを通して順次洗浄することで、各ウェルからの配列を推測することができる。Ｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｎプラットフォームは、２００塩基の読み取り長を有する最大５０００万の読み取りを１回の実行当たり生成できる。Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｍａｃｈｉｎｅプラットフォームは、より長い４００塩基の読み取り長を有する。二方向の配列決定が利用可能である。多重化は、標準的なインライン分子バーコード配列決定法を介して可能である。

Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＰａｃＢｉｏ）ＳＭＲＴシーケンシングは、単一分子のリアルタイムシーケンシングアプローチを使用し、一実施形態では、第１のマーカーおよび／または第２のマーカーの存在および存在量を検出するために、本明細書に記載される方法とともに使用される（図１、１００３～１００４；図２、２００３～２００４）。ＰａｃＢｉｏシーケンシングシステムは、増幅工程を必要とせず、この点で他の主要な次世代シーケンシングシステムとは一線を画している。一実施形態では、配列決定は、多くのゼロモード導波路（ＺＭＷ）検出器を含有するチップ上で実行される。ＤＮＡポリメラーゼはＺＭＷ検出器に付着し、ＤＮＡ鎖が合成される際に、リン酸化した色素標識ヌクレオチド取り込みをリアルタイムで画像化する。ＰａｃＢｉｏシステムでは、非常に長い読み取り長（平均約４，６００塩基）と、１回の実行当たりの非常に多くの読み取り数（約４７，０００）が得られる。典型的な「ペアエンド」アプローチは、ＰａｃＢｉｏでは使用されない。読み取りが通常十分に長いため、断片がＣＣＳを介して複数回、各端から独立して配列決定されることなく被覆され得るほど十分に長いためである。ＰａｃＢｉｏによる多重化は、独立した読み取りを伴わず、むしろ標準的な「インライン」バーコードモデルに従う。

第１の固有のマーカーがＩＴＳゲノム領域である一実施形態では、自動リボソーム遺伝子間スペーサー分析（ＡＲＩＳＡ）が一実施形態で使用され、試料中の微生物株の数および同一性が決定される（図１、１００３；図２、２００３）（Ｒａｎｊａｒｄ ｅｔ ａｌ．（２００３）．Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ５，ｐｐ．１１１１－１１２０、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる）。ＩＴＳ領域は、長さおよびヌクレオチド配列の両方に有意な異種性を有する。蛍光標識フォワードプライマーおよび自動ＤＮＡシーケンサーの使用により、分離の高分解能およびハイスループットが可能となる。各試料に内部標準を含めることで、一般的な断片のサイズを正確に設定できる。

別の実施形態では、増幅リボソームＤＮＡ制限酵素切断解析（ＡＲＤＲＡ）として知られる、ＰＣＲ増幅ｒＤＮＡ断片の断片長多型（ＲＦＬＰ）を使用して、固有の第１のマーカーおよび試料中のその存在量を特徴付ける（図１、１００３；図２、２００３）（詳細については、Ｍａｓｓｏｌ－Ｄｅｙａ ｅｔ ａｌ．（１９９５年）．Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂ．Ｅｃｏｌ．Ｍａｎｕａｌ．３．３．２、ｐｐ．１－１８を参照されたく、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる）。一般的なプライマーを使用してＰＣＲによりｒＤＮＡ断片を生成し、制限酵素で消化し、アガロースゲルまたはアクリルアミドゲル中で電気泳動し、臭化エチジウムまたは硝酸銀で染色する。

固有の第１のマーカーの存在および存在量の検出に使用される１つのフィンガープリンティング技術は、一本鎖高次構造多型法（ＳＳＣＰ）である（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．（１９９６）．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ６２，ｐｐ．３１１２－３１２０、Ｓｃｈｅｉｎｅｒｔ ｅｔ ａｌ．（１９９６）．Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２６，ｐｐ．１０３－１１７、Ｓｃｈｗｉｅｇｅｒ ａｎｄ Ｔｅｂｂｅ（１９９８）．Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６４，ｐｐ．４８７０－４８７６、それら各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。この技術では、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子に特異的なプライマーを用いて得られたＰＣＲ産物などのＤＮＡ断片を変性させ、非変性ゲル上で直接電気泳動する。分離は、電気泳動移動度に影響を及ぼす一本鎖ＤＮＡのサイズおよび折り畳みコンフォメーションの差異に基づいている。電気泳動中のＤＮＡ鎖の再アニーリングは、ＰＣＲにおいて１つのリン酸化プライマーを使用し、続いてラムダエキソヌクレアーゼによるリン酸化鎖を特異的に消化すること、および１つのビオチン化プライマーを使用して変性後の一方の一本鎖の磁気分離を実施することを含む、いくつかの戦略によって防止することができる。所与の微生物組成物における優勢な集団の同一性を評価するために、一実施形態では、バンドを切り出して配列決定するか、またはＳＳＣＰパターンを特異的プローブでハイブリダイズさせることができる。ゲルマトリックス、温度、およびゲルへのグリセロールの添加などの電気泳動条件は、分離に影響を与え得る。

配列決定に基づく方法に加えて、第２のマーカーの発現（例えば、遺伝子、タンパク質発現）を定量化するための他の方法は、１つ以上の第２のマーカーの発現レベルを決定するための本明細書に提供される方法とともに使用に適している（図１、１００４；図２、２００４）。例えば、定量的ＲＴ－ＰＣＲ、マイクロアレイ分析、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）などの線形増幅技術はすべて、本明細書に記載される方法での使用に適格であり、当業者に公知の方法に従って実施することができる。

別の実施形態では、試料、またはその一部を、第１のマーカーおよび／または第２のマーカーの存在および存在量を検出するために定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に供する（図１、１００３－１００４；図２、２００３－２００４）。特異的微生物株活性は、転写されたリボソームおよび／またはメッセンジャーＲＮＡ（ｒＲＮＡおよびｍＲＮＡ）の相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）への逆転写と、それに続くＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）によって測定される。

別の実施形態では、試料、またはその一部を、第１のマーカーおよび／または第２のマーカーの存在および存在量を検出するためにＰＣＲベースのフィンガープリンティング技術に供する（図１、１００３－１００４；図２、２００３－２００４）。ＰＣＲ産物は、ヌクレオチド組成物に基づいて電気泳動によって分離することができる。異なるＤＮＡ分子間の配列変動は、溶解挙動に影響を与えるため、異なる配列を有する分子は、ゲル内の異なる位置での移動を停止する。したがって、電気泳動プロファイルを、異なるバンドまたはピークの位置および相対強度によって定義することができ、多様性指標の計算のために数値データに変換することができる。バンドはまた、ゲルから切り出され、その後配列決定されて、群集メンバーの系統的所属を明らかにすることができる。電気泳動方法には、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、一本鎖高次構造多型分析（ＳＳＣＰ）、制限酵素断片長多型解析（ＲＦＬＰ）または増幅リボソームＤＮＡ制限酵素切断解析（ＡＲＤＲＡ）、末端制限酵素断片長多型解析（Ｔ－ＲＦＬＰ）、自動リボソーム遺伝子間スペーサー分析（ＡＲＩＳＡ）、ランダム増幅多型ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、ＤＮＡ増幅フィンガープリンティング（ＤＡＦ）およびＢｂ－ＰＥＧ電気泳動が挙げられるがこれらに限定されない。

別の実施形態では、試料、またはその一部分を、固有の第１のマーカーの存在量および／または固有の第２のマーカーの存在／存在量を決定するためにマイクロアレイまたはマイクロ流体などのチップベースのプラットフォームに供する（図１、１００３～１００４；図２、２００３～２００４）。ＰＣＲ産物を、試料中の全ＤＮＡから増幅し、マイクロアレイに固定化した既知の分子プローブに直接ハイブリダイズさせる。蛍光標識したＰＣＲアンプリコンをプローブにハイブリダイズさせた後、共焦点レーザー走査顕微鏡の使用によって陽性シグナルをスコアリングする。マイクロアレイ技術により、試料を複製とともに迅速に評価することが可能となり、これは微生物群集解析において大きな利点である。一般に、マイクロアレイ上のハイブリダイゼーションシグナル強度は、標的生物の存在量に正比例し得る。ユニバーサル高密度１６Ｓマイクロアレイ（例えば、ＰＨＹＬＯＣＨＩＰ）は、いくつかの培養微生物種および「候補門」を標的とした１６ＳｒＲＮＡ遺伝子の約３０，０００個のプローブを含有する。これらのプローブは、１２１種の画定された原核生物の目をすべて標的とし、細菌と古細菌の８，７４１種の同時検出を可能にする。微生物群集のプロファイリングに使用される別のマイクロアレイは、機能遺伝子アレイ（Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｅｎｅ Ａｒｒａｙ）（ＦＧＡ）である。ＰＨＹＬＯＣＨＩＰとは異なり、ＦＧＡは主に特定の細菌の代謝群を検出するように設計されている。したがって、ＦＧＡは、群集構造を明らかにするだけでなく、インサイチュでの群集代謝能にも光を当てる。ＦＧＡは、既知の生物学的機能を有する遺伝子由来のプローブを含有するため、微生物群集組成を生態系の機能に結びつけるのに有用である。ＧＥＯＣＨＩＰと称されるＦＧＡは、アンモニア酸化、メタン酸化、および窒素固定などの様々な生物地球化学的、生態学的、および環境的プロセスに関与する、すべての既知の代謝遺伝子由来の＞２４，０００個のプローブを含有する。

タンパク質発現アッセイは、一実施形態では、１つ以上の第２のマーカーの発現レベルを決定するために本明細書に記載の方法とともに使用される（図１、１００４；図２、２００４）。例えば、一実施形態では、質量分析または酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などのイムノアッセイを利用して、１つ以上の固有の第２のマーカーの発現レベルを定量化し、１つ以上の固有の第２のマーカーはタンパク質である。

一実施形態では、試料、またはその一部分を、ブロモデオキシウリジン（ＢｒｄＵ）組み込みに供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。チミジンの合成ヌクレオシド類似体であるＢｒｄＵを、複製細胞の新たに合成されたＤＮＡに組み込むことができる。次いで、ＢＲｄＵに特異的な抗体を、塩基類似体の検出に使用することができる。したがって、ＢｒｄＵ組み込みは、本明細書に記載される方法の一実施形態による微生物の活性の尺度である、ＤＮＡを活発に複製している細胞を同定する。ＢｒｄＵ組み込みをＦＩＳＨと組み合わせて使用して、標的細胞の同一性および活性を提供することができる。

一実施形態では、試料、またはその一部を、ＦＩＳＨと組み合わせたマイクロオートラジオグラフィー（ＭＡＲ）に供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。ＭＡＲ－ＦＩＳＨは、放射性基質の細胞への組み込み、オートラジオグラフィーを使用した活性細胞の検出、およびＦＩＳＨを使用した細胞の同定に基づく。単一細胞の解像度での活性細胞の検出および識別は、顕微鏡で行われる。ＭＡＲ－ＦＩＳＨは、全細胞、プローブ標的細胞、および所与の放射標識物質を組み込んでいる細胞の割合に関する情報を提供する。本方法は、標的微生物のインサイチュ機能の評価を提供し、微生物のインビボ生理学を研究するための有効なアプローチである。ＭＡＲ－ＦＩＳＨと組み合わせた細胞特異的基質取り込みの定量のために開発された技術は、定量的ＭＡＲ（ＱＭＡＲ）として知られている。

一実施形態では、試料、またはその一部分を、ＦＩＳＨ（ラマンＦＩＳＨ）と組み合わせた安定同位体ラマン分光法に供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。この技術は、安定同位体プロービング、ラマン分光法、およびＦＩＳＨを組み合わせて、代謝プロセスを特定の生物体と関連付ける。細胞による安定同位体の組み込みの割合は光散乱に影響を与え、タンパク質およびｍＲＮＡ成分を含む標識した細胞成分について測定可能なピークシフトをもたらす。ラマン分光法を使用して、細胞が、限定されないが以下に挙げられる化合物を合成したかどうかを同定することができる：油（アルカンなど）、脂質（トリアシルグリセロール（ＴＡＧ）など）、特定のタンパク質（例えばヘムタンパク質、金属タンパク質）、シトクロム（例えば、Ｐ４５０、シトクロムｃ）、クロロフィル、発色団（集光性色素カロテノイドおよびロドプシンなど）、有機ポリマー（ポリヒドロキシアルカノエート（ＰＨＡ）、ポリヒドロキシブチラート（ＰＨＢ）など）、ホパノイド、ステロイド、デンプン、硫化物、硫酸塩および二次代謝物（ビタミンＢ１２など）。

一実施形態では、試料、またはその一部をＤＮＡ／ＲＮＡ安定同位体プロービング（ＳＩＰ）に供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。ＳＩＰは、特定の代謝経路に関連する微生物の多様性を決定することを可能にし、炭素および窒素化合物の利用に関与する微生物の研究に一般的に適用されている。関心対象の基質を、安定同位体（例えば、^１３Ｃまたは^１５Ｎ）で標識し、試料に添加する。基質を代謝できる微生物のみが、基質を細胞内に組み込む。続いて、^１３Ｃ－ＤＮＡおよび^１５Ｎ－ＤＮＡを、密度勾配遠心分離により単離し、メタゲノミクス解析に使用することができる。ＲＮＡ自体が細胞活動を反映しているため、ＲＮＡベースのＳＩＰは、ＳＩＰ研究で使用するための応答性の高いバイオマーカーになり得る。

一実施形態では、試料、またはその一部分を、同位体アレイに供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。同位体アレイは、ハイスループット様式で活性微生物群集を機能的および系統発生的にスクリーニングすることを可能にする。この技術では、基質取り込みプロファイルをモニタリングするためのＳＩＰと、活性微生物群集の分類学的同一性を決定するためのマイクロアレイ技術の組み合わせを使用する。試料を増殖の過程で微生物バイオマスに組み込まれるようになる^１４Ｃ標識基質とインキュベートする。^１４Ｃ標識ｒＲＮＡを、非標識ｒＲＮＡから分離し、次いで蛍光色素で標識する。蛍光標識したｒＲＮＡを、系統マイクロアレイにハイブリダイズさせ、その後、放射性および蛍光シグナルをスキャンする。したがって、この技術により、複雑な微生物群集の代謝的に活性な微生物による微生物群集の組成および特異的基質の消費の同時研究が可能となる。

一実施形態では、試料、またはその一部を、メタボロミクスアッセイに供して、第２の固有のマーカーのレベルを決定する（図１、１００４；図２、２００４）。メタボロミクスは、生物細胞、組織、器官、または生物における、すべての代謝物、細胞プロセスの最終産物の収集を表すメタボロームを研究する。この方法は、特定の代謝物プロファイルを異なる微生物に関連付けることを可能にするため、微生物および／または微生物媒介プロセスの存在をモニタリングするために使用することができる。微生物活性に関連する細胞内および細胞外代謝物のプロファイルは、ガスクロマトグラフィー質量分析法（ＧＣ－ＭＳ）などの技術を使用して取得することができる。メタボローム試料の複雑な混合物は、ガスクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、およびキャピラリー電気泳動などの技術によって分離することができる。代謝物の検出は、質量分析、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、イオン移動度分光法、電気化学検出（ＨＰＬＣと組み合わせた）、および放射性標識（薄層クロマトグラフィーと組み合わせた場合）によって行うことができる。

本明細書に記載される実施形態に従って、試料中の１つ以上の活性微生物株の存在およびそれぞれの数を決定する（図１、１００６；図２、２００６）。例えば、第１のマーカーの数および存在をアッセイすることによって得られた株同一性情報を解析して、固有の第１のマーカーの出現数を決定し、それによって固有の微生物株を表現する（例えば、配列決定アッセイにおける配列読み取りの数を計数することによって）。一実施形態では、この値は、第１のメーカーの全配列読み取りの割合として表し、特定の微生物タイプの固有の微生物株の割合を与えることができる。さらなる実施形態では、この割合に微生物タイプの数（工程１００２または２００２で取得、図１および図２を参照）を乗じて、試料および所与の体積における１つ以上の微生物株の絶対存在量を与える。

上述のように、第２の固有のマーカー発現のレベルが、閾値レベルにあるか、閾値よりも高い、例えば、対照レベルよりも少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％高い場合、１つ以上の微生物株は活性であるとみなされる。

本開示の別の態様では、１つ以上の微生物株の絶対存在量を決定するための方法は、複数の試料において決定される（図２、特に２００７を参照）。微生物株が活性として分類されるためには、試料うちの１つにおいてのみ活性である必要がある。試料は、同じ供給源から複数の時点にわたって採取されてもよく、または異なる環境源（例えば、異なる動物）由来であってもよい。

一実施形態では試料における絶対存在量値は、１つ以上の活性微生物株を環境パラメーターと関連付けるために、使用される（図２、２００８）。一実施形態では、環境パラメーターは、第２の活性微生物株の存在である。１つ以上の活性微生物株を環境パラメーターに関連付けることは、一実施形態では、相関またはネットワーク解析によって、株およびパラメーターの共起性を判定することによって実施される。

一実施形態では、１つ以上の活性微生物株と環境パラメーターとの共起性を判定することは、ネットワーク内の複数もしくは単一の株と環境パラメーターとの連結性を測定するためネットワークおよび／またはクラスター解析法を含み、ネットワークは、共通または類似の環境パラメーターを共有する２つ以上の試料の集合である。別の実施形態では、ネットワークおよび／またはクラスター解析法は、試料中の２つ以上の活性微生物株の共起性を決定するために適用されてもよい（図２、２００８）。別の実施形態では、ネットワーク解析は、変数間の連結性を確立するための相互情報を含むノンパラメトリックアプローチを含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、連鎖解析、モジュール性解析、ロバスト性測定、中間性測定、連結性測定、推移性測定、中心性測定、またはそれらの組み合わせを含む（図２、２００９）。別の実施形態では、クラスター解析法は、連結性モデル、部分空間モデル、分布モデル、密度モデル、または重心モデルを構築すること、および／またはＬｏｕｖａｉｎ、Ｂｒｏｎ－Ｋｅｒｂｏｓｃｈ、Ｇｉｒｖａｎ－Ｎｅｗｍａｎ、Ｃｌａｕｓｅｔ－Ｎｅｗｍａｎ－Ｍｏｏｒｅ、Ｐｏｎｓ－Ｌａｔａｐｙ、およびＷａｋｉｔａ－Ｔｓｕｒｕｍｉアルゴリズムなどの群集検出アルゴリズムを使用することを含む（図２、２０１０）。

一実施形態では、クラスター解析法は、モジュール性最適化に基づくヒューリスティック方法である。さらなる実施形態では、クラスター解析方法は、Ｌｏｕｖａｉｎ法である（例えば、Ｂｌｏｎｄｅｌ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｆａｓｔ ｕｎｆｏｌｄｉｎｇ ｏｆ ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ ｉｎ ｌａｒｇｅ ｎｅｔｗｏｒｋｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｍｅｃｈａｎｉｃｓ：Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ，Ｖｏｌｕｍｅ ２００８，Ｏｃｔｏｂｅｒ ２００８に記載された方法を参照されたい。当該文献はすべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる）。

別の実施形態では、ネットワーク分析は、リンクマイニングおよび予測、集団分類、リンクベースのクラスタリング、関係類似性、またはそれらの組み合わせを通したネットワークの予測モデリングを含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、微分方程式に基づく集団のモデリングを含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、Ｌｏｔｋａ－Ｖｏｌｔｅｒｒａモデリングを含む。

一実施形態では、試料中の１つ以上の活性微生物株を環境パラメーターに関連付ける（例えば、共起性を判定する）ことは、環境パラメーターおよび微生物株の関連性を示すリンケージを加えたマトリックスを作成することを含む。

一実施形態では、工程２００７で得られた複数の試料データ（例えば、各時点が個々の試料に対応する、２つ以上の時点で収集され得る２つ以上の試料にわたる）を集計する。さらなる実施形態では、各試料中の１つ以上の微生物株の各々の細胞数を、関連性マトリックス（いくつかの実施形態では、存在量マトリックスとすることができる）に保存する。一実施形態では、関連性マトリックスは、関連性（例えば、存在量）データで重み付けされたルールマイニングアプローチを使用して、特定の時点試料中の活性微生物株間の関連を識別するために使用される。一実施形態では、フィルタを適用して重要でない規則を除去する。

一実施形態では、１つ以上の活性微生物株、または２つ以上の活性微生物株の絶対存在量を、例えば、共起判定を介して、１つ以上の環境パラメーター（図２、２００８）に関連付ける。環境パラメーターは、解析される試料に応じてユーザーによって選択され、本明細書に記載される方法によって制限されない。環境パラメーターは、試料自体のパラメーター、例えば、ｐＨ、温度、試料中のタンパク質量であり得る。あるいは、環境パラメーターは、微生物群集の同一性の変化に影響を及ぼすパラメーターである（すなわち、微生物群集の「同一性」が、微生物株のタイプおよび／または群集内の特定の微生物株の数によって特徴付けられる場合）か、または微生物群集の同一性の変化によって影響を受けるパラメーターである。一実施形態では、環境パラメーターは、同じ試料中に存在する、微生物群集内の第２の微生物株の存在、活性および／または存在量である。

本明細書に記載するいくつかの実施形態では、環境パラメーターは、メタデータパラメーターと呼ばれる。

メタデータパラメーターの他の例には、試料が得られた宿主からの遺伝情報（例えば、ＤＮＡ変異情報）、試料ｐＨ、試料温度、特定のタンパク質またはｍＲＮＡの発現、周囲環境／エコシステムの栄養条件（例えば、１つ以上の栄養素のレベルおよび／または同一性） 、疾患に対する感受性または耐性、疾患の発症または進行、毒素に対する試料の感受性または耐性、生体外物質化合物（医薬品）の有効性、天然産物の生合成、またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。

例えば、一実施形態によれば、図２の方法（すなわち、２００１～２００７）に従って、微生物株数の変化は、複数の試料にわたって計算される。経時的な１つ以上の活性株の株数変化を集計し（例えば、最初に工程２００６に従って活性であるとして識別された１つ以上の株）、変化の方向性を注目する（すなわち、負の値は減少を示し、正の値は増加を示す）。時間の経過に伴う細胞の数をネットワークとして表し、微生物株はノードを表し、存在量で重み付けしたルールはエッジを表す。マルコフ連鎖およびランダムウォークを利用して、ノード間の連結性を判定し、クラスターを定義する。一実施形態におけるクラスターを、望ましいメタデータに関連付けられたクラスターを識別するために、メタデータを使用してフィルタリングする（図２、２００８）。

さらなる実施形態では、時間の経過に伴う細胞数変化と、標的クラスターに存在する株とを統合することによって、微生物株を重要性に従ってランク付けし、最も大きい細胞数の変化を最も高くランク付けする。

イヌ病原体耐性および排除
いくつかの態様では、本開示は、胃腸管の病原性微生物を排除するように、本明細書に記載の１つ以上の微生物組成物をイヌに投与することに向けられる。いくつかの実施形態では、本開示は、さらに胃腸管内の病原性微生物の定着を防止するために、本明細書に記載される微生物組成物を投与することに向けられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物の投与は、イヌの外皮および気道から病原体をさらに排除し、および／または外皮上および気道内の病原体の定着を防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物の投与は、漏出性腸／腸透過性、ヒスタミンのレベル、リポ多糖類（ＬＰＳ）の産生、炎症、鼓脹症、下痢、ＧＩディスバイオシス、ＧＩ腸疾患、出血性下痢、および／またはＧＩ病原体誘発性疾患の発生率を低減させる。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物は、イヌの胃腸管に定着し、これは病原性微生物の定着を防止し得る。いくつかの実施形態では、本開示の微生物は、イヌの後腸に定着し、これは病原性微生物の定着を防止し得る。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物は、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、または０．０１％未満の相対存在量でイヌの胃腸管に存在する１つ以上の微生物を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の微生物組成物の投与後、１つ以上の微生物が、少なくとも０．５％、１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の相対存在量で、イヌの胃腸管に存在する。

イヌの病原性微生物には以下が挙げられる：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐｕｌｌｏｒｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ ｉｎｓｉｄｉｏｓａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｌａｒｉ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｓｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｓｐ．、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｕｂｅｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、および腸管病原性、腸管侵入性、または腸管出血性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの病原性株、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｍａｎｎｈｅｉｍｉａ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃａ、Ｈｉｓｔｏｐｈｉｌｕｓ ｓｏｍｎｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｓｐ．、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｐ．、ならびにＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐ．。

いくつかの実施形態では、病原性微生物には、ウイルス病原体を含む。いくつかの実施形態では、病原性微生物は、イヌおよびヒトの両方に病原性である。いくつかの実施形態では、病原微生物は、イヌまたはヒトのいずれかに対して病原性である。

いくつかの実施形態では、本開示の組成物のイヌへの投与は、投与された微生物が胃腸管内に存在する微生物病原体を打ち負かすように、胃腸マイクロバイオームの構成を調節する。いくつかの実施形態では、微生物病原体を保有するイヌへの本開示の組成物の投与は、病原体を打ち負かし、イヌの病原体を排除する。いくつかの実施形態では、本開示の組成物の投与は、宿主免疫を刺激し、微生物病原体の排除を助ける。いくつかの実施形態では、本開示の組成物の投与は、イヌの微生物病原体を減少させまたは排除する静菌成分および／または殺菌成分を生成する微生物を導入する。（米国特許第８，３４５，０１０号）。

いくつかの態様では、本開示の微生物は病原体を打ち負かし、病原体がＧＩ管に定着するのを防止し、ＧＩ上皮またはＧＩ粘膜上の付着部位に付着するのを防止する。いくつかの態様では、本開示の微生物は、病原体の成長を阻害する抗微生物の産生のために病原体が定着するのを防ぐ。いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ管の炎症状態を低減する。いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ管の上皮の炎症状態を低減する。いくつかの態様では、本開示の微生物は、胃腸管の上皮下細胞および組織の炎症状態を低減する。

いくつかの態様では、本開示の微生物の投与は、ＧＩ管内の粘膜層の保護をもたらす。いくつかの態様では、本開示の微生物の投与は、ＧＩ管によって産生される粘膜の増加をもたらす。いくつかの態様では、本開示の微生物の投与は、ＧＩ粘膜の生化学的分解の発生率の減少をもたらす。いくつかの態様では、本開示の微生物の投与は、ＧＩ管の粘膜層を通過してＧＩ内皮細胞に局在する病原体の能力の低下をもたらす。いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ内皮細胞へのアクセスを得ることによる病原体の発生を予防または減少させる粘膜シールドを生成する。

いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ管内の結合部位について１つ以上のイヌＧＩ病原体を打ち負かし、それによって病原体の定着または病原体の細胞内もしくは細胞間アクセスを防止する。

いくつかの態様では、本開示の微生物は、病原体の定着に有利に働くであろうｐＨシフトを防止するために、胃腸管の様々なサブコンパートメントまたはセクションの典型的な生理学的ｐＨを補正または維持することができる。いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ管のｐＨ／酸化還元バランスに寄与する二酸化炭素および／または水素を利用する微生物を含む。いくつかの態様では、本開示の微生物は、ＧＩ管のｐＨ／酸化還元バランスに寄与するＶＦＡ産生微生物を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物を投与後に微生物生着菌または微生物病原体を用いてイヌにチャレンジすることは、微生物生着菌または微生物病原体が、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、または０．０１％を超える相対存在量まで増殖することを防止する。さらなる実施形態において、本開示の１つ以上の組成物を投与後に、微生物生着菌または微生物病原体を用いてイヌにチャレンジすることは、微生物生着菌または微生物病原体が、イヌに定着するのを防止する。

いくつかの実施形態では、微生物生着菌または微生物病原体の排除が、本開示の１つ以上の組成物の投与後２５日未満、２４日未満、２３日未満、２２日未満、２１日未満、２０日未満、１９日未満、１８日未満、１７日未満、１６日未満、１５日未満、１４日未満、１３日未満、１２日未満、１１日未満、１０日未満、９日未満、８日未満、７日未満、６日未満、５日未満、４日未満、３日未満、または２日未満で起こる。

いくつかの実施形態では、微生物生着菌または微生物病原体の排除が、本開示の１つ以上の組成物の投与後１～３０日、１～２５日、１～２０日、１～１５日、１～１０日、１～５日、５～３０日、５～２５日、５～２０日、５～１５日、５～１０日、１０～３０日、１０～２５日、１０～２０日、１０～１５日、１５～３０日、１５～２５日、１５～２０日、２０～３０日、２０～２５日、または２５～３０日以上で起こる。

改善された形質
多様な微生物集団がイヌの胃腸管に生息する。胃腸管内の微生物の酵素活性は、飼料中の化学物質および分子を単純な糖および揮発性脂肪酸に分解するために重要である。この酵素活性は、飼料からのエネルギーを抽出するために重要であり、より効率的な分解は最終的に動物により多くのエネルギーを提供する。飼料中に存在する可溶性糖の一部は、酪酸、プロピオン酸、および酢酸などの揮発性脂肪酸に変換される。揮発性脂肪酸は、飼料の繊維性成分および非繊維性成分の両方の消化から生じる。

いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載の微生物組成物をイヌに投与して、体重、胃腸の健康、消化化学、飼料消化性、糞排泄、病原性微生物の定着の防止、および病原性微生物の排除の態様の調節を通じて、１つ以上の形質を改善することに向けられる。いくつかの態様では、本開示はさらに、本明細書の微生物組成物をイヌに投与することにより、胃腸ディスバイオシスの発生率の減少、胃腸ディスバイオシスの重症度の減少、下痢の発生率の減少、下痢の重症度の減少、過敏性腸疾患（ＩＢＤ）の発生率の減少、過敏性腸疾患の重症度の減少、腸疾患の重症度の低下、腸疾患の発症率の低下、胃腸病原体の定着の発生率の減少、胃腸病原体誘発性疾患の発生率の減少、胃腸病原体の輸送頻度の減少、糞便中に存在する一次胆汁酸の量の減少、糞便中に存在する二次胆汁酸の増加、および／またはそれらの組み合わせ、を達成することに向けられている。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の微生物組成物を投与すると、イヌにおける少なくとも１つの形質が改善される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの改善された形質は、以下からなる群から選択される：胃腸ディスバイオシスの発生率の減少、胃腸ディスバイオシスの重症度の減少、下痢の発生率の減少、下痢の重症度の減少、過敏性腸疾患（ＩＢＤ）の発生率の減少、過敏性腸疾患の重症度の減少、腸疾患の重症度の減少、腸疾患の発症率の減少、胃腸病原体の定着の発生率の減少、胃腸病原体誘発性疾患の発生率の減少、胃腸病原体の輸送頻度の減少、糞便中に存在する一次胆汁酸の量の減少、糞便中に存在する二次胆汁酸の増加、ＧＩ管における脂肪酸産生の増加、多糖類およびリグニン分解の増加、脂肪、デンプン、および／またはタンパク質消化の増加、ｐＨバランスの増加、ビタミンの利用可能性の増加、死亡の可能性または発生率の低下、罹患の可能性または発生率の低下、抗菌剤の産生の増加、ビタミンの哺乳動物および／または微生物合成の増加、胃腸マイクロバイオームのアルファ多様性の低下、便の硬さの改善、規則的な便通の増加、排便時の怒責の軽減、口腔衛生の改善、抗生物質による副作用の低減、より生き生きとした目、活力の増加、食欲亢進、毛並みおよび毛質の向上、寿命の延長および／またはそれらの組み合わせであり、当該増加または減少が、当該組成物を投与されていない動物と比較することによって決定される。

いくつかの実施形態では、イヌのディスバイオシス事象の数は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、ＧＩにおける出血性下痢の発生率は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、二次性胆汁酸の発生は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。いくつかの態様では、二次性胆汁酸は、デオキシコール酸およびリトコール酸を含む。

いくつかの実施形態では、一次性胆汁酸の発生は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少する。いくつかの態様では、一級胆汁酸は、コール酸およびケノデオキシコール酸を含む。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の微生物を投与されたイヌは、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、ＧＩ管における緩衝能力が、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。

いくつかの実施形態では、過敏性腸疾患の発生率は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、ＧＩ管における微生物病原体の定着は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、胃腸管の微生物のアルファ多様性は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、胃腸管における抗菌剤の産生は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％より増加する。

いくつかの実施形態では、胃腸管におけるビタミンの産生は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％より増加する。

いくつかの実施形態では、膨満感の発生率は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低減する。

いくつかの実施形態では、１つ以上の揮発性脂肪酸の合成は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。

いくつかの実施形態では、動物の体重は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。

いくつかの実施形態では、動物の体重増加率は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。

いくつかの実施形態では、動物におけるリポ多糖産生は、本開示の組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少する。

いくつかの実施形態では、動物飼料の効率および消化率を改善することが望ましい。いくつかの実施形態では、動物飼料からのリグノセルロース成分の分解を増加させることが望ましい。リグノセルロース系成分には、リグニン、セルロース、およびヘミセルロースが含まれる。

いくつかの実施形態では、胃腸管内の脂肪酸の濃度を増加させることが望ましい。脂肪酸には、酢酸、プロピオン酸、および酪酸が含まれる。いくつかの実施形態では、有益な微生物組成物の破壊を防止するために、胃腸管内のｐＨバランスを維持することが望ましい。

いくつかの実施形態では、イヌによって生成されるメタンおよび糞尿（ｍａｎｕｒｅ）の量を減少させることが望ましい。

いくつかの実施形態では、一次胆汁酸の量の減少が望ましい。さらなる実施形態において、二次胆汁酸の量の増加が望ましい。

いくつかの実施形態では、乾物の摂取量を改善することが望ましい。いくつかの実施形態では、飼料摂取量を改善することが望ましい。いくつかの実施形態では、イヌが摂取する飼料および／または乾物の窒素利用効率を改善することが望ましい。

いくつかの実施形態では、本開示の改善された形質は、本記載微生物組成物の投与の結果である。微生物組成物は、消化管の生化学的性質が、本開示の微生物組成物を投与されていないイヌの胃腸管よりも胃腸管液および固体基質がより効率的かつ完全にサブコンポーネントおよび代謝物に分解されるように変化するように、イヌのＧＩマイクロバイオームを調節すると考えられる。

いくつかの実施形態では、効率の増加および胃腸管基質の分解の増加は、本開示の改善された形質の増加をもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物の投与は、ＧＩディスバイオシスおよび／または下痢の重症度の減少をもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物の投与は、結腸がん、炎症性腸疾患、慢性下痢、肥満、腸疾患、およびビタミンおよび脂肪などの栄養素の吸収不良などの腸障害の発症の可能性の減少をもたらす。いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物の投与は、炎症性腸疾患、慢性下痢、肥満、腸疾患、およびビタミンおよび脂肪などの栄養素の吸収不良などの腸障害の重症度の減少をもたらす。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物の投与は、抗生物質の存在下または非存在下での飼料効率の改善をもたらす。

Ｚｉｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｉｎｄｅｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｏｏｄａ ｅｔ ａｌ．，ａｎｄ Ｂａｒｋｏ ｅｔ ａｌ．は、イヌにおけるプロバイオティック微生物の検査に関する一般的な知識を提供する。Ｚｉｅｓｅ ｅｔ ａｌ．（２０１８．ＰＬＯＳ ＯＮＥ．１３（９）：ｅ０２０４６９１；Ｓｉｎｄｅｒｎ ｅｔ ａｌ．（２０１９．Ｊ Ｖｅｔ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ．３３：１００－１０５）、Ｈｏｏｄａ ｅｔ ａｌ．（２０１２．Ａｎｉｍａｌ ｈｅａｌｔｈ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｒｅｖｉｅｗｓ．１３（１）：７８－８８）、およびＢａｒｋｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８．Ｊ Ｖｅｔ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ．３２：９－２５）を参照されたい。

いくつかの実施形態では、本開示の１つ以上の組成物の投与は、１つ以上の組成物を投与されていないものと比較して、イヌの体温の低下をもたらす。さらなる実施形態において、温度の低下は、少なくとも０．２°Ｆ、少なくとも０．４°Ｆ、少なくとも０．６°Ｆ、少なくとも０．８°Ｆ、少なくとも１°Ｆ、少なくとも１．２°Ｆ、少なくとも１．４°Ｆ、少なくとも１．６°Ｆ、少なくとも１．８°Ｆ、少なくとも２°Ｆ、少なくとも２．２°Ｆ、少なくとも２．４°Ｆ、少なくとも２．６°Ｆ、少なくとも２．８°Ｆ、少なくとも３°Ｆ、少なくとも３．２°Ｆ、少なくとも３．４°Ｆ、少なくとも３．６°Ｆ、少なくとも３．８°Ｆ、少なくとも４°Ｆ、少なくとも４．２°Ｆ、少なくとも４．４°Ｆ、少なくとも４．６°Ｆ、少なくとも４．８°Ｆ、少なくとも５°Ｆ、少なくとも５．２°Ｆ、少なくとも５．４°Ｆ、少なくとも５．６°Ｆ、少なくとも５．８°Ｆ、または少なくとも６°Ｆである。

さらなる実施形態において、温度の低下は、約０．２°Ｆ、約０．４°Ｆ、約０．６°Ｆ、約０．８°Ｆ、約１°Ｆ、約１．２°Ｆ、約１．４°Ｆ、約１．６°Ｆ、約１．８°Ｆ、約２°Ｆ、約２．２°Ｆ、約２．４°Ｆ、約２．６°Ｆ、約２．８°Ｆ、約３°Ｆ、約３．２°Ｆ、約３．４°Ｆ、約３．６°Ｆ、約３．８°Ｆ、約４°Ｆ、約４．２°Ｆ、約４．４°Ｆ、約４．６°Ｆ、約４．８°Ｆ、約５°Ｆ、約５．２°Ｆ、約５．４°Ｆ、約５．６°Ｆ、約５．８°Ｆ、または約６°Ｆである。

いくつかの実施形態では、本開示の形質の任意の１つ以上の増加は、本開示の１つ以上の微生物組成物を投与されていない動物と比較して、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％の増加である。

いくつかの実施形態では、本開示の形質の任意の１つ以上の増加は、本開示の１つ以上の微生物組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．１％、少なくとも０．２％、少なくとも０．３％、少なくとも０．４％、少なくとも０．５％、少なくとも０．６％、少なくとも０．７％、少なくとも０．８％、少なくとも０．９％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の増加である。

いくつかの実施形態では、本開示の形質の任意の１つ以上の減少は、本開示の１つ以上の微生物組成物を投与されていない動物と比較して、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％の減少である。

いくつかの実施形態では、本開示の形質の任意の１つ以上の減少は、本開示の１つ以上の微生物組成物を投与されていない動物と比較して、少なくとも０．１％、少なくとも０．２％、少なくとも０．３％、少なくとも０．４％、少なくとも０．５％、少なくとも０．６％、少なくとも０．７％、少なくとも０．８％、少なくとも０．９％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の減少である

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の種の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の属の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の科の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の綱の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の目の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与が、本開示の任意の１つ以上の門の倍率変化、増加または減少をもたらし、１つ以上の微生物を投与されなかったイヌと比較して、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．２、少なくとも４．４、少なくとも４．６、少なくとも４．８、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０倍の倍率変化、増加または減少をもたらす。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意の１つ以上のタイプの微生物の相対存在量の変化をもたらし、その結果、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意またはより多くのタイプの微生物が、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意の１つ以上のタイプの微生物の相対存在量の変化をもたらし、その結果、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意またはより多くのタイプの微生物が、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意の１つ以上のタイプの微生物の相対存在量の変化をもたらし、その結果、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意またはより多くのタイプの微生物が、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意の１つ以上のタイプの微生物の相対存在量の変化をもたらし、その結果、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意またはより多くのタイプの微生物が、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意の１つ以上のタイプの微生物の相対存在量の変化をもたらし、その結果、本明細書に開示される１つ以上の分類群に属する任意またはより多くのタイプの微生物が、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つ以上の微生物の投与は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓの相対存在量の変化をもたらし、その結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ目の細菌が、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％の相対存在量でＧＩ管に存在する。

いくつかの態様では、本開示の１つまたは微生物をイヌに投与すると、存在する微生物集団（種、属、科、目、綱、門）がシフトし、その結果、投与前にＧＩ管中に存在する第１の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、投与前のＧＩ管内に存在する第２の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、投与前のＧＩ管内に存在する第３の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、投与前にＧＩ管内に存在する第４の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、投与前のＧＩ管内に存在する第５の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、投与前のＧＩ管内に存在する第６の微生物の集団が、投与後に存在量が増加し、および／または投与前にＧＩ管中に存在する第７の微生物の集団が、投与後に存在量が増加する。

いくつかの態様では、上記の１つ以上の微生物または１つ以上の微生物組成物のうちの任意の１つ以上に関する倍率変化、マイクロバイオームシフト、および／または相対存在量の変化は、投与後１週目、２週目、３週目、４週目、５週目、６週目、７週目、８週目、９週目、１０週目、１１週目、１２週目、１３週目、１４週目、１５週目、１６週目、１７週目、１８週目、１９週目、または２０週目で発生する。

いくつかの態様では、上記の１つ以上の微生物または１つ以上の微生物組成物のうちの任意の１つ以上に関する倍率変化、マイクロバイオームシフト、および／または相対存在量の変化は、１回目投与後、連続投与を毎日、毎週、または毎月続けながら、１週目、２週目、３週目、４週目、５週目、６週目、７週目、８週目、９週目、１０週目、１１週目、１２週目、１３週目、１４週目、１５週目、１６週目、１７週目、１８週目、１９週目、または２０週目で発生する。

ネットワーク解析
一実施形態では、ネットワークおよび／またはクラスター解析法は、ネットワーク内の１つ以上の系統の連結性を測定するために使用され、ネットワークは、共通または類似の環境パラメーターを共有する２つ以上の試料の集合である。一実施形態では、ネットワーク解析は、連鎖解析、モジュール性解析、ロバスト性測定、中間性測定、連結性測定、推移性測定、中心性測定、またはそれらの組み合わせを含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、リンクマイニングおよび予測、ソーシャルネットワーク理論、集団分類、リンクベースのクラスタリング、関係類似性、またはそれらの組み合わせによるネットワークの予測モデリングを含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、相互情報、最大情報係数（ＭＩＣ）計算、または連結性を確立するための変数間の他のノンパラメトリック方法を含む。別の実施形態では、ネットワーク解析は、微分方程式に基づく集団のモデリングを含む。さらに別の実施形態では、ネットワーク解析は、Ｌｏｔｋａ－Ｖｏｌｔｅｒｒａモデリングを含む。

環境パラメーターは、試料自体のパラメーター、例えば、ｐＨ、温度、試料中のタンパク質量であり得る。あるいは、環境パラメーターは、微生物群集の同一性の変化に影響を及ぼすパラメーターである（すなわち、微生物群集の「同一性」が、微生物株のタイプおよび／または群集内の特定の微生物株の数によって特徴付けられる場合）か、または微生物群集の同一性の変化によって影響を受けるパラメーターである。一実施形態では、環境パラメーターは、同じ試料中に存在する、微生物群集内の第２の微生物株の存在、活性および／または存在量である。いくつかの実施形態では、環境パラメーターは、メタデータパラメーターと呼ばれる。

メタデータパラメーターの他の例には、試料が得られた宿主からの遺伝情報（例えば、ＤＮＡ変異情報）、試料ｐＨ、試料温度、特定のタンパク質またはｍＲＮＡの発現、周囲環境／エコシステムの栄養条件（例えば、１つ以上の栄養素のレベルおよび／または同一性） 、疾患に対する感受性または耐性、疾患の発症または進行、毒素に対する試料の感受性または耐性、生体外物質化合物（医薬品）の有効性、天然産物の生合成、またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。

クラスター解析法は、連結性モデル、部分空間モデル、分布モデル、密度モデル、または重心モデルを構築することを含む。

例えば、図２の方法ステップ２００８を実施するためのネットワークおよびクラスターベースの解析は、モジュールを介して実施することができる。本明細書で使用される場合、コンポーネントおよび／またはモジュールは、例えば、任意のアセンブリ、説明書、および／または動作可能に結合された電気コンポーネントのセットであり得、例えば、メモリ、プロセッサ、電気トレース、光コネクタ、ソフトウェア（ハードウェアで実行）などを含み得る。

診断
いくつかの実施形態では、試料（血清、糞便、ＧＩ液、組織、血液など）は、イヌから採取される。いくつかの実施形態では、試料は、１つ以上の化学物質または微生物集団の存在および／または量についてアッセイされる。いくつかの実施形態では、１つ以上の化学物質または微生物集団の存在または非存在は、本開示に記載される望ましい形質の診断である。いくつかの態様では、微生物集団の構成は、疾患状態または健康状態などの特定の状態の診断に役立つものである。いくつかの態様では、病状は、出血性腸疾患、下痢性腸疾患、出血前腸疾患（ｐｒｅ－ｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｙ）、下痢前腸疾患（ｐｒｅ－ｄｉａｒｒｈｅａｌ ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｙ）、および単純なＧＩディスバイオシスである。

いくつかの実施形態では、本開示は、動物の病状を決定する方法に向けられる。いくつかの実施形態では、方法は、第１の時点で、血液、血清、糞便、および／またはＧＩ粘膜の第１の試料を収集することと、第２の時点で、血液、血清、糞便、および／またはＧＩ粘膜の第２の試料を収集することと、血液、血清、糞便、および／またはＧＩ粘膜中の化学物質または微生物の集団の存在および濃度について試料をアッセイすることと、を含む。

参照による組み込み
本明細書に引用されるすべての参考文献、論文、刊行物、特許、特許公開、および特許出願は、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる。しかし、本明細書に引用される参考文献、論文、刊行物、特許、特許公開、および特許出願の言及は、それらが有効な従来技術を構成している、または世界中のどの国においても共通の一般知識の一部を形成していること承認、または何らかの形の示唆として解釈するものではなく、するべきではない。

以下の実施例は、本明細書に記載される方法および組成物を説明する目的で提供される。これらの実施例は、本開示を示された実施形態に限定することを意図するものではない。その中の変更および本開示に包含されるその他の使用は、当業者によって認識されるであろう。

実施例１．イヌのシリアル食餌試験
この研究の目的は、食餌期間中および食餌期間の間の微生物集団を決定することである。

イヌの実験群を、対照食、高シリアル含量食、および回復食の３つの食餌のうちの１つ置く。３群のそれぞれは、異なる食事を同時に摂取し、各グループを同時にサブシーケンス食に切り替える。

糞便試料を毎日収集し、腸内マイクロバイオームの組成、および様々な食事にわたってそれがどのように変化するか、および様々な食事間の遷移を決定する。

結果は、少なくとも、様々な食餌中に存在量が増加または減少する微生物のタイプまたはクラスを特定し、イヌが異なる食事に対してより効率的に適応するのを補助し得る微生物または微生物集団に関する洞察を提供することが期待される。

実施例２．家庭用犬の調査
本試験の目的は、健康な対照イヌを含む本開示の微生物組成物の投与中および投与後にＧＩディスバイオシスを呈するイヌの微生物集団を決定すること、ならびにイヌを非ＧＩディスバイオシス状態に戻す際の投与された微生物組成物の有効性を評価することである。

本試験には、生活様式および食餌の変化に対する制御を試みるため複数のイヌを有する家庭のイヌからのデータが含まれる。

実施例３．家庭用犬の調査
本試験の目的は、過敏性腸疾患および／または出血性下痢などのＧＩ腸内毒素症を呈するイヌの微生物集団を決定すること、ならびに本開示の微生物組成物を投与されているときにイヌの微生物集団を決定することである。データ収集には、単に糞便の出力に依存する代わりに、結腸内の複数の部位から試料を採取するための結腸内視鏡試料が含まれる。データ収集には、結腸内視鏡検査中に採取された試料の組織組織学がさらに含まれる。健康なイヌ由来の試料を対照として利用する。

実施例４．胃腸障害を有するイヌにおける微生物補充試験
本試験の目的は、慢性腸疾患などの胃腸障害と診断されたイヌにおける微生物補充の有効性を判断することである。

実験群のイヌには、以下から選択される１つ以上の微生物が３０日間にわたって投与される：Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ（配列番号３２６）、Ａｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ（配列番号３２７）、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ（配列番号２３７）、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ（配列番号１９）、Ａｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ（配列番号３２８）、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ（配列番号１７２）、Ａｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ（配列番号３２９）、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ（配列番号３３０）、またはＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａ（配列番号３３１）。対照群のイヌは、３０日間にわたって治療を受けないか、またはプラセボの投与を受ける。

３０日間にわたって微生物の補充を受けたイヌは、便の状態、排便の頻度、食欲、および全体的な健康状態の改善を示すことが期待される。

実施例５．健康なイヌにおける微生物補充試験
本試験の目的は、健康なイヌ、すなわち胃腸障害と診断されていないイヌにおける微生物補充の有効性を判断することである。

実験群のイヌには、以下から選択される１つ以上の微生物が３０日間にわたって投与される：Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ（配列番号３２６）、Ａｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ（配列番号３２７）、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ（配列番号２３７）、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ（配列番号１９）、Ａｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ（配列番号３２８）、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ（配列番号１７２）、Ａｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ（配列番号３２９）、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ（配列番号３３０）、またはＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａ（配列番号３３１）。対照群のイヌは、３０日間にわたって治療を受けないか、またはプラセボの投与を受ける。

３０日間にわたって微生物の補充を受けたイヌは、便の状態、排便の頻度、食欲、および全体的な健康状態の改善を示すことが期待される。微生物補充を受けるイヌは、下痢の発生率の減少を示すことが期待される。

実施例６．揮発性脂肪酸産生および炭素源同定のためのイヌ微生物の分析
本実施例は、微生物単離株または濃縮物の揮発性脂肪酸を生成する能力を評価する。ＨＰＬＣを使用して、使用済み培地中の酢酸、酪酸、およびプロピオン酸の濃度を測定した。

純粋な単離株については、（固形嫌気性培地上の）各所望の株からの単一コロニーを、株の好ましいリッチ培地に接種した。濃縮物を、新鮮なイヌ糞便試料から所望の培地に接種した。様々な培地レシピを使用して、様々な関連する生理学的条件下でイヌの胃腸管を模倣した。培養物および培地ブランクを、培養物で有意な増殖が見られるまで、それらの最適な条件でインキュベートした。６００ｎｍおよび４２０ｎｍで吸光度読み取りを行い、各培養物の増殖を決定した。

純粋培養株ＩＤを、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングで確認した。濃縮物およびその対応する試料の接種を、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングして、標的株の有無を決定した。これらの配列決定データセットを細胞数データと統合し、標的株がインビトロで増殖したかどうかを判定した。

各培養物のアリコートを、０．２２μｍのポリエーテルスルホン膜を通して滅菌濾過して、ＨＰＬＣにより分析するために滅菌酸洗浄した１５ｍＬガラス試料バイアルに入れた。ＨＰＬＣ反応は、Ｍｉｃｈｉｇａｎ Ｓｔａｔｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｉｏｅｃｏｎｏｍｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅで実施された。ＨＰＬＣパラメーター：カラムは、ＢｉｏＲａｄ Ａｍｉｎｅｘ ＨＰＸ－８７Ｈ、６０℃、０．５ｍＬ／分の移動相０．００３２５Ｎ Ｈ_２ＳＯ_４、５００ｐｓｉ、３５Ｃ ＲＩ検出器、実行時間４５分、注入量５μＬである。様々な化合物の生成を、試料の測定値を適切なブランクと比較することによって評価した。培養物および培地ブランクについて、酢酸、酪酸、およびプロピオン酸の濃度を定量した。

ＨＰＬＣ分析の結果を以下の表９に示す。「＋」は消費を表し、「－」は産生を表し、「０」は変化なしを表す。

実施例７．健康なイヌにおける微生物補充試験
本試験の目的は、健康なイヌ、すなわち胃腸障害と診断されていないイヌにおける微生物補充の有効性を判断することである。具体的には、この試験は、便の硬さを改善し、胃腸の健康をサポートする微生物補充の有効性を調べる。

方法
４０匹のイヌに、微生物コンソーシアム（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ）を毎日１回、３０日間投与した。微生物コンソーシアムは粉末として製剤化され、ドッグフードに振りかけることによって１日１回投与された。微生物組成物は、以下の表１０に提示される。

イヌの飼い主は、イヌの健康および便の硬さの様々な側面を評価するために、３０日間の前後に完了すべき調査を受けた。健康観察は、３０日間の投与期間中、飼い主によって行われた。必要に応じて追加の観察を行った。

Ｐｕｒｉｎａ Ｆｅｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇシステムを使用して、便の質を定量した。糞便スコア１は便秘とみなされ、糞便スコア２または３が理想的な便の硬さを表し、糞便スコア４以上が下痢の様々な段階を表す。

結果
３０日間の投与期間後に３３の調査回答を受領した。１匹のイヌは、無関係な健康事象を経験し、３０日間の投与期間の途中で補給の摂取を中止した。このイヌを、その後の分析で除かれた。

天然微生物（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ）の投与は、３２匹のイヌのうち２９匹の便の硬さをサポートまたは改善することが見出された。１１匹のイヌは、理想的ではないスコア（すなわち便秘または下痢スコア）で始まり、３０日間の終了時に２または３にシフトした。便の硬さが悪いと報告している３匹のイヌのうち、２匹のイヌが２または３のスコアから５のスコアにシフトした。三匹目のイヌは下痢で試験を開始し、微生物サプリメントの投与後に変化は示されなかった。

便の質の改善に加えて、より規則的な便通およびより良好な便の硬さ、排便時のより少ない怒責、口腔衛生の改善、抗生物質による副作用の緩和、より生き生きとした目、活力の増加、食欲亢進、毛並みおよび毛質の向上など、他の利益も報告された。

これらの結果は、Ａｓｃｕｓ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓ９＿０Ｇによる毎日の微生物補充が、大部分のイヌにおける便の硬さの改善をサポートまたは改善し、追加的な健康上の利益をもたらすことを示す。したがって、これらの微生物の毎日の補充は、イヌにおける全体的な健康と幸福をサポートすることが示された。

実施例８．健康なイヌにおける微生物補充のケーススタディ（イヌ＃１）
この試験の目的は、健康なイヌにおいて、便の硬さを改善し、胃腸の健康をサポートする微生物補充の有効性を検査することである。

方法
健康なイヌを３０日間の試験に登録した（イヌ＃１）。イヌに、微生物コンソーシアム（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ）を毎日１回、３０日間投与した。微生物コンソーシアムは、担体として炭酸カルシウムおよびイヌリンを含有する粉末として製剤化された。微生物組成物は、以下の表１１に提示される。

イヌの飼い主は、イヌの健康および便の硬さの様々な側面を評価するために、３０日間の前後に完了すべき調査を受けた。健康観察もまた、３０日間の投与期間中、飼い主によって行われた。必要に応じて追加の観察を行った。

Ｐｕｒｉｎａ Ｆｅｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇシステムを使用して、便の質を定量した。糞便スコア１は便秘とみなされ、糞便スコア２または３が理想的な便の硬さを表し、糞便スコア４以上が下痢の様々な段階を表す。また、マイクロバイオーム分析のために、３０日間の投与期間の前と後に糞便試料を採取した。

結果
Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇのイヌへの投与は、いかなる異常な健康観察も引き起こさなかった。投与期間中もおよび追跡期間中も、胃腸障害は認められなかった。イヌの飼い主は、Ｐｕｒｉｎａ Ｓｃｏｒｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍに基づく微生物の投与の前後に、便の硬さが２であると報告した。

イヌ＃１の投与前の糞便マイクロバイオームを投与後の糞便マイクロバイオームと比較し、微生物群集全体的をより健康な状態へとシフトさせる微生物補充の有効性を評価した。

これまでの研究によると、アルファの多様性の低下が、健康なマイクロバイオームの一般的な特徴であることが見出されている。図５Ａは、投与前（左）および投与後（右）の、イヌ＃１の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。イヌにおけるアルファの多様性の低下は、健康なイヌにおいて以前より観察されている。投与後、イヌ＃１の糞便マイクロバイオームはアルファ多様性の低下を示し、糞便マイクロバイオームの投与後の状態が投与前の状態よりも最適であることを示唆する。

マイクロバイオームの分類学的多様性も、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇの３０日間の毎日の投与の前と後に調査された。図５Ｂに示すように、イヌ＃１のマイクロバイオーム組成は、微生物の投与後にシフトした。分類学的情報によると、３０日間後に最もシフトした属の１つは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ）（図５Ｃ）であった。４匹のケーススタディイヌ（本明細書および以下の実施例で論じる）すべてのＰＣｏＡ解析は、イヌ＃１のマイクロバイオームが微生物補充後の健康状態と類似したままであることを示唆した（図６）。

まとめると、このケーススタディから得られた糞便マイクロバイオームデータは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇの３０日間の投与が、健康なイヌにおけるマイクロバイオームの安定性をサポートできることを示唆している。急性のディスバイオティック事象の場合、微生物の毎日の投与は、組成物の安定性および頑健性を促進することによって、重度のマイクロバイオームシフトによる健康への影響を低減し得る。

実施例９．慢性腸疾患を有するイヌにおける微生物補充のケーススタディ（イヌ＃２）
この試験の目的は、慢性腸疾患を有するイヌにおいて、便の硬さを改善し、胃腸の健康をサポートする微生物補充の有効性を検査することである。

方法
慢性腸疾患と診断されたイヌを、３０日間の試験に登録した（イヌ＃２）。イヌに、微生物コンソーシアム（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ）を毎日１回、３０日間投与した。微生物コンソーシアムは、担体として炭酸カルシウムおよびイヌリンを含有する粉末として製剤化された。微生物組成物は、以下の表１２に提示される。

イヌの飼い主は、イヌの健康および便の硬さの様々な側面を評価するために、３０日間の前後に完了すべき調査を受けた。健康観察もまた、３０日間の投与期間中、飼い主によって行われた。必要に応じて追加の観察を行った。

Ｐｕｒｉｎａ Ｆｅｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇシステムを使用して、便の質を定量した。糞便スコア１は便秘とみなされ、糞便スコア２または３が理想的な便の硬さを表し、糞便スコア４以上が下痢の様々な段階を表す。また、マイクロバイオーム分析のために、３０日間の投与期間の前と後に糞便試料を採取した。

結果
イヌ＃２への微生物サプリメント（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ）の投与は、いかなる異常な健康観察も引き起こさなかった。投与期間中もおよび追跡期間中も、胃腸障害は認められなかった。イヌの飼い主は、Ｐｕｒｉｎａ Ｓｃｏｒｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍに基づく便の硬さが２から３にシフトしたと報告した。彼はまた、より規則的な便通、より多くの活力および食欲亢進を有していた。飼い主は、微生物の投与により、イヌの脱毛症を改善され、皮膚上の暗い色素沈着の斑点が減少したことを観察した。

イヌ＃２の投与前の糞便マイクロバイオームを投与後の糞便マイクロバイオームと比較し、全体的な微生物群集をより健康な状態へとシフトさせる微生物補充の有効性を評価した。

図７Ａは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅを含有する微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃２の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。これまでの研究によると、アルファの多様性の低下が、健康なマイクロバイオームの一般的な特徴であることが見出されている。イヌ＃２の糞便マイクロバイオームはアルファ多様性の低下を示し、糞便マイクロバイオームの投与後の状態が投与前の状態よりも最適であることを示唆する。

マイクロバイオームの分類学的多様性も、微生物サプリメントの投与の前と後に調査した。イヌ＃２のマイクロバイオームは、微生物の投与後にシフトした（図７Ｂ）。分類学的情報によると、３０日間後に最もシフトした属の１つは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ）（図７Ｃ）であった。４匹のケーススタディイヌすべてのＰＣｏＡ解析は、イヌ＃２のマイクロバイオームがシフトし、微生物補充後の健康なマイクロバイオーム状態とより類似していることを示唆した（図６）。

まとめると、本ケーススタディから得られた糞便マイクロバイオームデータは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅを含む微生物サプリメントを３０日間投与することが、そのような慢性腸症を有するイヌのマイクロバイオームをサポートし、健康なマイクロバイオーム状態により類似するように組成をシフトさせることができることを示唆している。微生物の毎日の投与は、慢性腸疾患の重症度を低減し得る。

実施例１０．慢性腸疾患を有するイヌにおける微生物補充のケーススタディ（イヌ＃３）
この試験の目的は、慢性腸疾患を有するイヌにおいて、便の硬さを改善し、胃腸の健康をサポートする微生物補充の有効性を検査することである。

方法
慢性腸疾患の診断を有するイヌを、３０日間の試験に登録した（イヌ＃３）。イヌに、微生物コンソーシアム（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ）を毎日１回、３０日間投与した。微生物コンソーシアムは、担体として炭酸カルシウムおよびイヌリンを含有する粉末として製剤化された。微生物組成物は、以下の表１３に提供される。

イヌの飼い主は、イヌの健康および便の硬さの様々な側面を評価するために、３０日間の前後に完了すべき調査を受けた。健康観察もまた、３０日間の投与期間中、飼い主によって行われた。必要に応じて追加の観察を行った。

Ｐｕｒｉｎａ Ｆｅｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇシステムを使用して、便の質を定量した。糞便スコア１は便秘とみなされ、糞便スコア２または３が理想的な便の硬さを表し、糞便スコア４以上が下痢の様々な段階を表す。また、マイクロバイオーム分析のために、３０日間の投与期間の前と後に糞便試料を採取した。

結果
イヌ＃３への微生物サプリメント（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ）の投与は、いかなる異常な健康観察も引き起こさなかった。イヌ＃３は、関連のない健康事象のため、投与期間の途中で抗生物質投与レジメンを開始した。イヌの飼い主は、微生物が抗生物質投与の副作用を軽減するのに役立ったと報告した。

イヌ＃３の投与前の糞便マイクロバイオームを投与後の糞便マイクロバイオームと比較し、全体的な微生物群集をより健康な状態へとシフトさせる天然微生物の有効性を評価した。

図８Ａは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅを含有する微生物サプリメントの毎日の投与の前後の、イヌ＃３の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。これまでの研究によると、アルファの多様性の低下が、健康なマイクロバイオームの一般的な特徴であることが見出されている。微生物投与後、イヌ＃３の糞便マイクロバイオームはアルファ多様性の低下を示し、糞便マイクロバイオームの投与後の状態が投与前の状態よりも最適であることを示唆する。

マイクロバイオームの分類学的多様性も、微生物の投与の前と後に調査した。微生物の投与後、マイクロバイオーム組成はシフトした（図８Ｂ）。この変化の一部は、抗生物質の使用によるものである可能性がある。分類学的レベルの情報を調査すると、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓを含むいくつかの微生物群の存在量が劇的に減少したことが明らかになった。他のケーススタディと同様に、３０日間後に最も増加した属の１つは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ）（図８Ｃ）であった。４匹のケーススタディイヌすべてのＰＣｏＡ解析は、イヌ＃３のマイクロバイオームがシフトし、微生物補充後の健康なマイクロバイオーム状態とより類似していることを示唆した（図６）。

まとめると、本ケーススタディから得られた糞便マイクロバイオームデータは、天然微生物を３０日間投与することが、そのような慢性腸疾患を有するイヌのマイクロバイオームをサポートし、健康なマイクロバイオーム状態により類似するように組成をシフトさせることができることを示唆している。抗生物質の使用は、既存のマイクロバイオームを不安定化することによって、マイクロバイオームをより迅速に健康な状態へとシフトすることを可能にし得る。微生物の毎日の投与は、慢性腸疾患の重症度を低減し得る。

実施例１１．健康なイヌにおける微生物補充のケーススタディ（イヌ＃４）
この試験の目的は、健康なイヌにおいて、便の硬さを改善し、胃腸の健康をサポートする微生物補充の有効性を検査することである。

方法
１匹の健康なイヌを３０日間の試験に登録した（イヌ＃４）。イヌに、微生物コンソーシアム（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ）を毎日１回、３０日間投与した。微生物コンソーシアムは、担体として炭酸カルシウムおよびイヌリンを含有する粉末として製剤化された。微生物組成物は、以下の表１４に提示される。

イヌの飼い主は、イヌの健康および便の硬さの様々な側面を評価するために、３０日間の前後に完了すべき調査を受けた。健康観察もまた、３０日間の投与期間中、飼い主によって行われた。必要に応じて追加の観察を行った。

Ｐｕｒｉｎａ Ｆｅｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇシステムを使用して、便の質を定量した。糞便スコア１は便秘とみなされ、糞便スコア２または３が理想的な便の硬さを表し、糞便スコア４以上が下痢の様々な段階を表す。また、マイクロバイオーム分析のために、３０日間の投与期間の前と後に糞便試料を採取した。

結果
イヌへの微生物のＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇの投与は、いかなる異常な健康観察も引き起こさなかった。投与期間中もおよび追跡期間中も、胃腸障害は認められなかった。イヌの飼い主は、Ｐｕｒｉｎａ Ｓｃｏｒｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍに基づく微生物の投与の前後に、便の硬さが２であると報告した。

イヌ＃４の投与前の糞便マイクロバイオームを投与後の糞便マイクロバイオームと比較し、全体的な微生物群集をより健康な状態へとシフトさせる微生物補充の有効性を評価した。

図９Ａは、３０日間のＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇの毎日の投与の前と後の、イヌ＃４の糞便マイクロバイオームのアルファ多様性を示す。これまでの研究によると、アルファの多様性の低下が、健康なマイクロバイオームの一般的な特徴であることが見出されている。イヌ＃４の糞便マイクロバイオームは、微生物補充後のアルファ多様性の低下を示し、糞便マイクロバイオームの投与後の状態が投与前の状態よりも最適であることを示唆する（図９Ａ）。

マイクロバイオームの分類学的多様性も、微生物補充の前と後に調査した。イヌ＃４のマイクロバイオームは、微生物の投与後にわずかにシフトした（図９Ｂ）。分類学的情報によると、３０日間後に最もシフトした属の１つは、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ（Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ）（図９Ｃ）であった。４匹のケーススタディイヌすべてのＰＣｏＡ解析は、イヌ＃４のマイクロバイオームが微生物補充後の健康状態と類似したままであることを示唆した（図６）。

まとめると、このケーススタディから得られた糞便マイクロバイオームデータは、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇの３０日間の投与が、健康なイヌにおけるマイクロバイオームの安定性をサポートできることを示唆している。急性のディスバイオティック事象の場合、微生物の毎日の投与は、組成物の安定性および頑健性を促進することによって、重度のマイクロバイオームシフトによる健康への影響を低減し得る。
実施例１２．Ｅ．ｃｏｌｉに対する競争的排除

過去の研究によると、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ）の過剰増殖は、他の点では健康なイヌにおける急性下痢の原因物質である可能性があることが示されている。本試験の目的は、個々の微生物単離株が胃腸管内のＥ．ｃｏｌｉと競合する能力を試験することであった。

Ｅ．ｃｏｌｉに対する潜在的な抗微生物活性を調査するために、インビトロアッセイを設計した。Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、Ａｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、Ａｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、Ａｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、Ａｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、およびＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａを、非病原性Ｅ．ｃｏｌｉを含む固体ＴＳＢ上に播種した。プレートを嫌気性に一晩培養し、翌日に排除ゾーンを観察した。

図１０に示すように、２つの系統は、Ｅ．ｃｏｌｉの菌叢において透明なハローを生成した：Ａｓｃｕｓｋ９＿５４６ＡおよびＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ。これらの結果は、これらの微生物による微生物の補充が、イヌの胃腸管におけるＥ．ｃｏｌｉの過剰増殖によって引き起こされる下痢の発生率および重症度を低減する可能性が高いことを示す。

本発明のさらなる実施形態
本開示によって企図されるその他の主題は、以下の番号の付いた実施形態に記載される。
１．微生物組成物であって、
（ａ）配列番号１～３３３から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する１つ以上の細菌を含む精製された微生物集団と、
（ｂ）イヌの投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物。
２．精製された微生物集団が、配列番号１９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
３．精製された微生物集団が、配列番号１９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
４．精製された微生物集団が、配列番号１７２と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
５．精製された微生物集団が、配列番号１７２を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
６．精製された微生物集団が、配列番号２３７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
７．精製された微生物集団が、配列番号２３７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
８．精製された微生物集団が、配列番号３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
９．精製された微生物集団が、配列番号３２６を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１０．精製された微生物集団が、配列番号３２７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１１．精製された微生物集団が、配列番号３２７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１２．精製された微生物集団が、配列番号３２８と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１３．精製された微生物集団が、配列番号３２８を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１４．精製された微生物集団が、配列番号３２９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１５．精製された微生物集団が、配列番号３２９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１６．精製された微生物集団が、配列番号３３０と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１７．精製された微生物集団が、配列番号３３０を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１８．精製された微生物集団が、配列番号３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
１９．精製された微生物集団が、配列番号３３１を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２０．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２１．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２２．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２３．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、および３２６の１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２４．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２５．１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１の１６Ｓ核酸配列を含む、実施形態１に記載の微生物組成物。
２６．微生物組成物が、胞子で構成されている、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の微生物組成物。
２７．微生物組成物が、ワックスに埋め込まれている、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の微生物組成物。
２８．微生物組成物が、封入されている、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の微生物組成物。
２９．封入された微生物組成物が、糖ポリマー、寒天ポリマー、アガロースポリマー、タンパク質ポリマー、および脂質ポリマーからなる群から選択されるポリマーを含む、実施形態２８に記載の微生物組成物。
３０．微生物組成物が、ガラスマトリックス中に保存されている、実施形態２８に記載の微生物組成物。
３１．１つ以上の担体が、食用飼料グレード材料、アルミノケイ酸塩含有ミネラル、ゼオライト、炭酸カルシウム、プレバイオティックス、および香味剤からなる群から選択される、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の微生物組成物。
３２．プレバイオティックが、イヌリン、オリゴ糖、および／またはビタミンである、実施形態３１に記載の微生物組成物。
３３．１つ以上の担体が、イヌリン、炭酸カルシウム、活性炭、および／またはユッカである、実施形態３２に記載の微生物組成物。
３４．香味剤が、乾燥酵母、チーズ香味剤、牛肉香味剤、魚香味剤、鶏肉香味剤、および／または豚肉香味剤である、実施形態３１に記載の微生物組成物。
３５．１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たり約１０^２～約１０^１５個の細胞の濃度で組成物中に存在する、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の微生物組成物。
３６．１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で組成物中に存在する、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の微生物組成物。
３７．微生物組成物が、動物飼料と混合されるか、または動物飼料の上に振りかけられる、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の微生物組成物。
３８．微生物組成物が、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、溶液、懸濁液、またはエマルションとして製剤化される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の微生物組成物。
３９．微生物組成物が、丸剤として製剤化される、実施形態３８に記載の微生物組成物。
４０．微生物組成物が、食物として製剤化される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の微生物組成物。
４１．微生物組成物は、ドライフード、ウェットフード、キブル、またはローフードとして製剤化される、実施形態４０に記載の微生物組成物。
４２．微生物組成物であって、
（ａ）
（ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、
（ｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、
（ｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、
（ｉｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、
（ｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、
（ｖｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、
（ｖｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、
（ｖｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および
（ｉｘ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａからなる群から選択される、少なくとも１つの単離された微生物株と、
（ｂ）イヌの投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物。
４３．イヌにおいて少なくとも１つの望ましい形質を付与する方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の微生物組成物のイヌへの投与を含む、方法。
４４．少なくとも１つの望ましい形質が、便の硬さの改善、規則的な便通の増加、下痢の発生率の低減、便秘の発生率の低減、排便時の怒責の軽減、抗生物質による副作用の低減、口腔衛生の改善、より生き生きとした目、活力の増加、食欲亢進、毛並みおよび毛質の向上、感染性疾患もしくは非感染性疾患の発生率の低減、寿命の延長、ならびに／またはイヌのパフォーマンスの向上からなる群から選択される、実施形態４３に記載の方法。
４５．イヌにおける胃腸の健康を維持または改善する方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の微生物組成物をイヌに投与することを含む、方法。
４６．イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防する方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の微生物組成物のイヌへの投与を含む、方法。
４７．微生物組成物が、イヌにおける下痢の発生率を低減させ、便の硬さを改善させ、排便時の怒責を低減させ、便秘を低減させ、規則的な便通を増加させ、ディスバイオシスを低減させ、および／または腸疾患を低減させる、実施形態４５または４６に記載の方法。
４８．イヌのマイクロバイオームを調節する方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物をイヌに投与することを含む、方法。
４９．マイクロバイオームの調節が、マイクロバイオームの１つ以上の細菌の割合の増加であり、増加が、１つ以上の細菌が投与されなかったイヌと比較して測定される、実施形態４８に記載の方法。
５０．マイクロバイオームの調節が、組成物の投与前のマイクロバイオーム中に存在する１つ以上の細菌の割合の減少であり、減少が、組成物の投与前のイヌのマイクロバイオームと比較して測定される、実施形態４８に記載の方法。
５１．病原性微生物の定着に対するイヌの耐性を増加させる方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物の投与を含み、イヌの胃腸管に定着する病原体の能力が低減される、方法。
５２．少なくとも１つの病原性微生物の存在に対してイヌを治療する方法であって、方法が、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物の投与を含む、方法。
５３．組成物の投与後、少なくとも１つの病原性微生物の相対存在量が、胃腸管内の５％未満の相対存在量まで減少する、実施形態５２に記載の方法。
５４．少なくとも１つの病原性微生物の相対存在量が、胃腸管内の１％未満の相対存在量まで減少する、実施形態５３に記載の方法。
５５．少なくとも１つの病原性微生物が、胃腸管内では検出不能である、実施形態５３に記載の方法。
５６．微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日１回投与される、実施形態４３～５５のいずれか１つに記載の方法。
５７．微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日２回投与される、実施形態４３～５５のいずれか１つに記載の方法。
５８．微生物組成物が、１カ月の期間、２カ月の期間、３カ月の期間、６カ月の期間、または１２カ月の期間にわたって、１日１回、１日２回、１日３回、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、２週間に１回、または１カ月に１回、イヌに投与される、実施形態４３～５５のいずれか１つに記載の方法。
５９．イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、飼料サプリメントが、
（ａ）イヌにおいて自然には発生しない濃度で存在する、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の微生物組成物と、
（ｂ）許容可能な担体と、を含む、イヌ飼料サプリメント。
６０．イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、飼料サプリメントが、
（ａ）配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、
（ｂ）許容可能な担体と、を含み、
１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
６１．イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントであって、飼料サプリメントが、
（ａ）配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、
（ｂ）許容可能な担体と、を含み、
１つ以上の細菌が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
６２．イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、飼料サプリメントが、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
６３．イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントであって、飼料サプリメントが、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．が、当該組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度でイヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
６４．表１の微生物株のうちのいずれか１つから選択される単離された微生物株。
６５．以下からなる群から選択される単離された微生物株、
（ａ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、
（ｂ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、
（ｃ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、
（ｄ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、
（ｅ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、
（ｆ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、
（ｇ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、
（ｈ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および
（ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ ９＿２Ａ。
６６．配列番号１～３３３のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含む、単離された微生物株。
６７．実施形態６４～６６のいずれか１つに記載の単離された微生物株の実質的に純粋な培養物。

Claims (70)

1. 微生物組成物であって、
   （ａ）配列番号１～３３３から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する１つ以上の細菌を含む精製された微生物集団と、
   （ｂ）イヌの投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物。
2. 前記精製された微生物集団が、配列番号１９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
3. 前記精製された微生物集団が、配列番号１９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
4. 前記精製された微生物集団が、配列番号１７２と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
5. 前記精製された微生物集団が、配列番号１７２を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
6. 前記精製された微生物集団が、配列番号２３７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
7. 前記精製された微生物集団が、配列番号２３７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
8. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
9. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２６を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
10. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２７と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
11. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２７を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
12. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２８と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
13. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２８を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
14. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２９と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
15. 前記精製された微生物集団が、配列番号３２９を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
16. 前記精製された微生物集団が、配列番号３３０と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
17. 前記精製された微生物集団が、配列番号３３０を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
18. 前記精製された微生物集団が、配列番号３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
19. 前記精製された微生物集団が、配列番号３３１を含む１６Ｓ核酸配列を有する細菌を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
20. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
21. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、および３２６～３３１から選択される１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
22. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
23. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、および３２６の１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
24. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
25. 前記１つ以上の細菌が、配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１の１６Ｓ核酸配列を含む、請求項１に記載の微生物組成物。
26. 前記微生物組成物が、胞子で構成されている、請求項１に記載の微生物組成物。
27. 前記微生物組成物が、ワックスに埋め込まれている、請求項１に記載の微生物組成物。
28. 前記微生物組成物が、封入されている、請求項１に記載の微生物組成物。
29. 前記封入された微生物組成物が、糖ポリマー、寒天ポリマー、アガロースポリマー、タンパク質ポリマー、および脂質ポリマーからなる群から選択されるポリマーを含む、請求項２８に記載の微生物組成物。
30. 前記微生物組成物が、ガラスマトリックス中に保存されている、請求項２８に記載の微生物組成物。
31. 前記１つ以上の担体が、食用飼料グレード材料、アルミノケイ酸塩含有ミネラル、ゼオライト、炭酸カルシウム、プレバイオティックス、および香味剤からなる群から選択される、請求項１に記載の微生物組成物。
32. 前記プレバイオティックスが、イヌリン、オリゴ糖、および／またはビタミンである、請求項３１に記載の微生物組成物。
33. 前記１つ以上の担体が、イヌリン、炭酸カルシウム、活性炭、および／またはユッカである、請求項３２に記載の微生物組成物。
34. 前記香味剤が、乾燥酵母、チーズ香味剤、牛肉香味剤、魚香味剤、鶏肉香味剤、および／または豚肉香味剤である、請求項３１に記載の微生物組成物。
35. 前記１つ以上の細菌が、前記組成物の１グラム当たり約１０^２～約１０^１５個の細胞の濃度で前記組成物中に存在する、請求項１に記載の微生物組成物。
36. 前記１つ以上の細菌が、前記組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で前記組成物中に存在する、請求項１に記載の微生物組成物。
37. 前記微生物組成物が、動物飼料と混合されるか、または動物飼料の上に振りかけられる、請求項１に記載の微生物組成物。
38. 前記微生物組成物が、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、溶液、懸濁液、またはエマルションとして製剤化される、請求項１に記載の微生物組成物。
39. 前記微生物組成物が、丸剤として製剤化される、請求項３８に記載の微生物組成物。
40. 前記微生物組成物が、食物として製剤化される、請求項１に記載の微生物組成物。
41. 前記微生物組成物が、ドライフード、ウェットフード、キブル、またはローフードとして製剤化される、請求項４０に記載の微生物組成物。
42. 微生物組成物であって、
    （ａ）
    （ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、
    （ｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、
    （ｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、
    （ｉｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、
    （ｖ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、
    （ｖｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、
    （ｖｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、
    （ｖｉｉｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および
    （ｉｘ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａからなる群から選択される、少なくとも１つの単離された微生物株と、
    （ｂ）イヌの投与に適した１つ以上の担体と、を含む、微生物組成物。
43. イヌにおいて少なくとも１つの望ましい形質を付与する方法であって、前記方法が、請求項１に記載の微生物組成物の前記イヌへの投与を含む、方法。
44. 前記少なくとも１つの望ましい形質が、便の硬さの改善、規則的な便通の増加、下痢の発生率の低減、便秘の発生率の低減、排便時の怒責の軽減、抗生物質による副作用の低減、口腔衛生の改善、より生き生きとした目、活力の増加、食欲亢進、毛並みおよび毛質の向上、感染性疾患もしくは非感染性疾患の発生率の低減、寿命の延長、ならびに／または前記イヌのパフォーマンスの向上からなる群から選択される、請求項４３に記載の方法。
45. イヌにおける胃腸管の健康を維持または改善する方法であって、前記方法が、請求項１に記載の微生物組成物の前記イヌへの投与を含む、方法。
46. イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防する方法であって、前記方法が、請求項１に記載の微生物組成物の前記イヌへの投与を含む、方法。
47. 前記微生物組成物が、前記イヌにおける下痢の発生率を低減させ、便の硬さを改善させ、排便時の怒責を低減させ、便秘を低減させ、規則的な便通を増加させ、ディスバイオシスを低減させ、かつ／または腸疾患を低減させる、請求項４５に記載の方法。
48. イヌのマイクロバイオームを調節する方法であって、前記方法が、請求項１に記載の組成物を前記イヌに投与することを含む、方法。
49. 前記マイクロバイオームの前記調節が、前記マイクロバイオームの１つ以上の細菌の割合の増加であり、前記増加が、前記１つ以上の細菌が投与されなかったイヌと比較して測定される、請求項４８に記載の方法。
50. 前記マイクロバイオームの前記調節が、前記組成物の投与前の前記マイクロバイオーム中に存在する１つ以上の細菌の割合の減少であり、前記減少が、前記組成物の投与前の前記イヌの前記マイクロバイオームと比較して測定される、請求項４８に記載の方法。
51. 病原性微生物の定着に対するイヌの耐性を増加させる方法であって、前記方法が、請求項１に記載の組成物の投与を含み、前記イヌの胃腸管に定着する前記病原体の能力が低減される、方法。
52. 少なくとも１つの病原性微生物の存在に対してイヌを治療する方法であって、前記方法が、請求項１に記載の組成物の投与を含む、方法。
53. 前記組成物の投与後、前記少なくとも１つの病原性微生物の相対存在量が、前記胃腸管内の５％未満の相対存在量まで減少する、請求項５２に記載の方法。
54. 前記少なくとも１つの病原性微生物の前記相対存在量が、前記胃腸管内の１％未満の相対存在量まで減少する、請求項５３に記載の方法。
55. 前記少なくとも１つの病原性微生物が、前記胃腸管内では検出不能である、請求項５３に記載の方法。
56. 前記微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日１回投与される、請求項４３に記載の方法。
57. 前記微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日２回投与される、請求項４３に記載の方法。
58. 前記微生物組成物が、１カ月の期間、２カ月の期間、３カ月の期間、６カ月の期間、もしくは１２カ月の期間にわたって、１日１回、１日２回、１日３回、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、２週間に１回、または１カ月に１回、前記イヌに投与される、請求項４６に記載の方法。
59. イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、前記飼料サプリメントが、
    （ａ）前記イヌにおいて自然には発生しない濃度で存在する、請求項１に記載の微生物組成物と、
    （ｂ）許容可能な担体と、を含む、イヌ飼料サプリメント。
60. イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、前記飼料サプリメントが、
    （ａ）配列番号１９、１７２、および３２６と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、
    （ｂ）許容可能な担体と、を含み、
    前記１つ以上の細菌が、前記組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で前記イヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
61. イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントであって、前記飼料サプリメントが、
    （ａ）配列番号１９、１７２、２３７、３２６、３２８、３３０、および３３１と少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含む１つ以上の細菌と、
    （ｂ）許容可能な担体と、を含み、
    前記１つ以上の細菌が、前記組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で前記イヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
62. イヌにおいて望ましい表現型形質を増加させることができるイヌ飼料サプリメントであって、前記飼料サプリメントが、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、
    前記Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．が、前記組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で前記イヌ飼料サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
63. イヌにおける胃腸ディスバイオシスまたは胃腸疾患を治療または予防するためのイヌ飼料サプリメントであって、前記飼料サプリメントが、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．と、許容可能な担体と、を含み、
    前記Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｓｐ．が、前記組成物の１グラム当たり少なくとも１０^２個の細胞の濃度で前記イヌ供給サプリメント中に存在する、イヌ飼料サプリメント。
64. 表１の微生物株のうちのいずれか１つから選択される単離された微生物株。
65. 以下からなる群から選択される単離された微生物株、
    （ａ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７２号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５４６Ａ、
    （ｂ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７３号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿６７２Ａ、
    （ｃ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７４号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２１０Ｂ、
    （ｄ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿５１Ｇ、
    （ｅ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３３Ｅ、
    （ｆ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９７７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿０Ｇ、
    （ｇ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８７号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿３８Ａ、
    （ｈ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８６号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿１７Ａ、および
    （ｉ）ＮＲＲＬ受入寄託第Ｂ－６７９８５号として寄託されたＡｓｃｕｓｋ９＿２Ａ。
66. 配列番号１～３３３のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含む、単離された微生物株。
67. 請求項６４に記載の単離された微生物株の実質的に純粋な培養物。
68. 前記微生物組成物が、前記イヌにおける下痢の発生率を低減させ、便の硬さを改善させ、排便時の怒責を低減させ、便秘を低減させ、規則的な便通を増加させ、ディスバイオシスを低減させ、かつ／または腸疾患を低減させる、請求項４６に記載の方法。
69. 前記微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日１回投与される、請求項４５に記載の方法。
70. 前記微生物組成物が、イヌの生存期間を通して１日２回投与される、請求項４５に記載の方法。

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