JP2023513477A - Ｐｌａ２ｇ２ｄアンタゴニストによる癌またはウイルス感染を処置するための方法および組成物 - Google Patents

Ｐｌａ２ｇ２ｄアンタゴニストによる癌またはウイルス感染を処置するための方法および組成物 Download PDF

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Abstract

本出願は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニスト（ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニストなど）を含む疾患（癌または感染性疾患など）を処置する方法を提供する。本出願はまた、天然に存在しないＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを提供する。本出願は一態様において、個体における癌またはウイルス感染を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、米国仮出願第６２／９６８，０６０号（２０２０年１月３０日に出願された）に基づく優先権の利益を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの配列表の提出物
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの以下の提出物の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる：配列表（ファイル名：１９６８８２０００１４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ、記録日：２０２１年１月２９日、サイズ：３４ＫＢ）のコンピュータ可読形式（ＣＲＦ）。
本出願の分野
本発明は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストを含む疾患または症状を処置するための方法および組成物に関する。
背景
免疫系が感染または疾患に応答する機構は、自然免疫および適応免疫の要素間の複雑な相互作用に依存する。免疫応答の望ましくない抑制は、患者自身の免疫系または疾患もしくは感染と戦うための免疫療法などの有望な処置にとって大きな障害として残っている。例えば、免疫療法で患者を処置する努力における基本的な問題は、腫瘍担持状態が腫瘍および宿主の妨害された免疫系の両方に由来する免疫抑制機構に関連し、それによって治療が理想的な有効性を達成するのを妨げることである。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許、特許出願および公開特許出願の開示は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願の簡潔な要旨
本出願は、疾患または症状（癌またはウイルス感染など）を処置する方法を提供する。
本出願は一態様において、個体における癌またはウイルス感染を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上の触媒部位を遮断する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５によるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のＨ６７触媒部位を標的とする。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、または遺伝子編集システムを含む。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する薬剤（ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの免疫細胞への結合を遮断する薬剤またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄの活性を阻害する薬剤など）を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分を含む融合タンパク質または免疫コンジュゲートである。いくつかの実施形態において、第二の部分は、サイトカインを含む。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄよりも高い親和性で免疫細胞に結合する。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、阻害性ポリペプチドは、安定化ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、安定化ドメインはＦｃドメインである。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、約５０～約２００アミノ酸の長さを有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号１または５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置に突然変異を有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号３、４、７、または８のアミノ酸配列を含む。
上記の方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態では、疾患または症状は癌である。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、増加したレベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、疾患または症状はウイルス感染である。いくつかの実施形態では、感染部位は、増加したレベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。
上記の方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、癌組織または感染部位に直接投与される。
上記の方法のいずれかによるいくつかの実施形態では、アンタゴニストは、約０．００１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。
上記の方法のいずれかによるいくつかの実施形態では、個体は、アンタゴニストの投与後に癌組織または感染部位において免疫細胞の数が増加している。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は活性化Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、癌組織または感染部位における免疫細胞の数は、アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％（例えば少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１倍、２倍、３倍、４倍、または５倍）増加する。
上記の方法のいずれかによるいくつかの実施形態では、癌組織または感染部位の免疫細胞は、アンタゴニストの投与後に増加したレベルのサイトカインを産生する。いくつかの実施形態では、サイトカインはＩＦＮγおよび／またはＩＬ－２である。いくつかの実施形態では、サイトカインのレベルは、アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％（例えば少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１倍、２倍、３倍、４倍、または５倍）増加する。
図１Ａ～１Ｄは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄがヒトの（図１Ａ）肺腺癌、（図１Ｂ）トリプルネガティブ乳癌、（図１Ｃ）生肝細胞癌腫、および（図１Ｄ）胃腺癌において高度に差次的に発現されることを示す。ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４およびＴＩＧＩＴの相対的発現および有意性も示されている。 図１Ａ～１Ｄは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄがヒトの（図１Ａ）肺腺癌、（図１Ｂ）トリプルネガティブ乳癌、（図１Ｃ）生肝細胞癌腫、および（図１Ｄ）胃腺癌において高度に差次的に発現されることを示す。ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４およびＴＩＧＩＴの相対的発現および有意性も示されている。
図２Ａは、可溶性ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下でＰＢＭＣ由来のＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖を用量依存的に抑制することを示す。
図２Ｂは、ＰＢＭＣ由来ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖に対するヒＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質の効果の定量的グラフを示す。
図３Ａ～３Ｃは、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下で、異なるＰＢＭＣドナーにおいてＴ細胞増殖を用量依存的に抑制することを示す。フローサイトメトリーによって分析したＴ細胞ＣＦＳＥ増殖を左側に示し、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖のパーセントの定量的表現を右側に示す。 図３Ａ～３Ｃは、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下で、異なるＰＢＭＣドナーにおいてＴ細胞増殖を用量依存的に抑制することを示す。フローサイトメトリーによって分析したＴ細胞ＣＦＳＥ増殖を左側に示し、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖のパーセントの定量的表現を右側に示す。 図３Ａ～３Ｃは、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下で、異なるＰＢＭＣドナーにおいてＴ細胞増殖を用量依存的に抑制することを示す。フローサイトメトリーによって分析したＴ細胞ＣＦＳＥ増殖を左側に示し、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖のパーセントの定量的表現を右側に示す。
図４Ａ～４Ｂは、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、異なるドナーにわたってＴ細胞増殖の抑制と相関してＩＦＮγおよびＩＬ－２レベルを用量依存的に抑制することを示す。 図４Ａ～４Ｂは、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、異なるドナーにわたってＴ細胞増殖の抑制と相関してＩＦＮγおよびＩＬ－２レベルを用量依存的に抑制することを示す。
図５は、固定化ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下でＰＢＭＣ培養物中のＴ細胞増殖を用量依存的に抑制することを示す。フローサイトメトリーによって分析したＴ細胞ＣＦＳＥ増殖を左側に示し、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖のパーセントの定量的表現を右側に示す。
図６は、固定化ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下で、単離されたＴ細胞培養物の増殖を用量依存的に抑制することを示す。フローサイトメトリーによって分析したＴ細胞ＣＦＳＥ増殖を左側に示し、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖のパーセントの定量的表現を右側に示す。
図７Ａは、そのシグナルペプチド（最初の２０アミノ酸）、カルシウム結合部位、触媒部位、Ｎ結合型グリコシル化部位および活性部位を含むヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質（配列番号２２）の目的の構造的および機能的特徴を示す。Ｈ６７Ｑ触媒部位突然変異体を作製して、酵素欠損ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質を作製した。
図７Ｂ～７Ｃは、Ｈ４７Ｑ－ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ触媒突然変異体が、ＣＤ４＋（７Ｂ）およびＣＤ８＋（７Ｃ）Ｔ細胞に対する免疫抑制機能の大部分を保持することを示す。 図７Ｂ～７Ｃは、Ｈ４７Ｑ－ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ触媒突然変異体が、ＣＤ４＋（７Ｂ）およびＣＤ８＋（７Ｃ）Ｔ細胞に対する免疫抑制機能の大部分を保持することを示す。
図８は、様々なＰＬＡ２小分子阻害剤のための一般的な阻害剤であるＬＹ３１５９２０が、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄによる免疫抑制を救済しないことを示す。
図９Ａ～９Ｃは、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃが、対照－Ｆｃタンパク質と比較して、異なるドナーＴ細胞において活性化ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞に優先的に結合することを示す。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、刺激されていないＴ細胞にわずかに結合するが、Ｔ細胞を刺激すると結合は劇的に増加する。図９Ｃは、刺激されたＴ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ結合の定量的表示を示す。 図９Ａ～９Ｃは、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃが、対照－Ｆｃタンパク質と比較して、異なるドナーＴ細胞において活性化ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞に優先的に結合することを示す。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、刺激されていないＴ細胞にわずかに結合するが、Ｔ細胞を刺激すると結合は劇的に増加する。図９Ｃは、刺激されたＴ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ結合の定量的表示を示す。 図９Ａ～９Ｃは、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃが、対照－Ｆｃタンパク質と比較して、異なるドナーＴ細胞において活性化ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞に優先的に結合することを示す。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、刺激されていないＴ細胞にわずかに結合するが、Ｔ細胞を刺激すると結合は劇的に増加する。図９Ｃは、刺激されたＴ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ結合の定量的表示を示す。
図１０Ａは、Ｓｗｉｓｓモデルに基づく予測自動化３Ｄ構造を示す。
図１０Ｂは、異なるＰＬＡ２グループの２つのファミリーメンバーのＰＬＡ２Ｇ２Ｄに対する配列相同性を示す。上から下への配列番号は、配列番号２２～３２である。
図１０Ｃは、ヒトに対する異なる種からのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの配列相同性を示す。ヒト（配列番号３３）、マウス（配列番号３４）、ラット（配列番号３５）、アカゲザル（配列番号３６）およびチンパンジー（配列番号３７）。
図１１Ａは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウト（ＫＯ）マウス（ｎ＝１６）に移植した同系皮下ＭＣ３８結腸腺癌腫瘍の平均腫瘍体積が、野生型（ＷＴ）Ｃ５７ＢＬ６マウス（ｎ＝１６）と比較して有意に減少していることを示す。図１１Ｂは、各群の個々の動物の腫瘍成長速度論を示す。
図１１Ｃは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウト（ＫＯ）マウス（ｎ＝１６）に移植した同系皮下Ｂ１６Ｆ１０黒色腫腫瘍の平均腫瘍体積が、野生型（ＷＴ）Ｃ５７ＢＬ６マウス（ｎ＝１６）と比較して有意に減少していることを示す。図１１Ｄは、各群の個々の動物の腫瘍成長速度論を示す。
図１１Ｅは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウト（ＫＯ）マウス（ｎ＝１６）に移植した同系皮下Ｅ．Ｇ７－ＯＶＡ Ｔ細胞リンパ腫腫瘍の平均腫瘍体積が、野生型（ＷＴ）Ｃ５７ＢＬ６マウス（ｎ＝１６）と比較して有意に減少していることを示す。図１１Ｆは、各群の個々の動物の腫瘍成長速度論を示す。
図１２Ａは、ＰＢＭＣ培養物中の活性化Ｔ細胞に結合するＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃの平均蛍光強度（ＭＦＩ）が抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体によって遮断され得ることを示す。
図１２Ｂ～１２Ｃは、Ｔ細胞活性化ＰＢＭＣ培養物におけるＩＬ－２およびＩＦＮγレベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ媒介性抑制が、機能遮断抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体の添加によって逆転され得ることを示す。
本発明の詳細な説明
本出願は、一態様では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストを投与することを含む疾患または症状（癌または感染性疾患など）を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する薬剤（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分を含む薬剤など）を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする核酸薬剤（ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスＲＮＡなど）を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する薬剤を含む。本出願は、別の態様では、処置に使用することができる阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドなどの天然に存在しないポリペプチドを提供する。
本出願は、少なくとも部分的に、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄが、免疫系の重要なプレイヤーであるＴ細胞を抑制するのに重要な役割を果たすという著しい発見に基づいている。具体的には、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、ＣＤ８＋低腫瘍よりもＣＤ８＋高腫瘍において５６倍高く発現されることが見出された。実施例においてより詳細に示されるように、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の両方の増殖、活性化および／またはサイトカイン産生を直接的および間接的（例えば、抗原提示細胞との架橋を介して）の両方で阻害することができ、これは、癌などの疾患、特に癌組織などの疾患組織における免疫応答の有意なレベルの抑制をもたらし得る。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性は、免疫応答の抑制におけるその役割に部分的にしか寄与しないこと、およびＰＬＡ２Ｇ２ＤがＴ細胞、特に活性化Ｔ細胞に直接結合することができることも見出された。理論に束縛されるものではないが、Ｔ細胞に対するＰＬＡ２Ｇ２Ｄの抑制機能の少なくとも一部は、細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合によって発揮されると考えられる。本出願は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ経路を標的とするアンタゴニスト（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分または阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む薬剤など）を使用して、例えば癌および感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）を含む免疫応答が抑制される疾患または症状を処置する有望な新規方法を初めて有する。
Ｉ．定義
特に明記しない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本出願が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。さらに、本明細書に記載の方法または材料と類似または同等の任意の方法または材料を、本出願の実施において使用することができる。本出願の目的のために、以下の用語が定義される。
本明細書で「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語で記載される本出願の実施形態は、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」および／または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」ことを含むことが理解される。
本明細書で使用される場合、「野生型（ｗｉｌｄ ｔｙｐｅ）」という用語は、当業者によって理解される当技術分野の用語であり、突然変異体（ｍｕｔａｎｔ）または変異体（ｖａｒｉａｎｔ）の形態とは区別される自然界で生じる生物、株、遺伝子または特徴の典型的な形態を意味する。
本明細書で使用される場合、「変異体（ｖａｒｉａｎｔ）」という用語は、自然界で生じるものから逸脱したパターンを有する性質の発現を意味すると解釈されるべきである。
「天然に存在しない（ｎｏｎ－ｎａｔｕｒａｌｌｙ ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ）」または「操作された（ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ）」という用語は互換的に使用され、人の手の関与を示す。核酸分子またはポリペプチドに言及する場合、この用語は、核酸分子またはポリペプチドが、それらが自然界で天然に会合し、自然界で見出される、少なくとも１つの他の成分を少なくとも実質的に含まないことを意味する。
本明細書で使用される場合、「発現（ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」は、ポリヌクレオチドがＤＮＡ鋳型から（ｍＲＮＡまたは他のＲＮＡ転写物などに）転写されるプロセス、および／または転写されたｍＲＮＡが続いてペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に翻訳されるプロセスを指す。転写物およびコードされるポリペプチドは、集合的に「遺伝子産物」と呼ばれることがある。ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡに由来する場合、発現は、真核細胞におけるｍＲＮＡのスプライシングを含み得る。
「治療剤（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｇｅｎｔ）」、「治療可能な薬剤（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｃａｐａｂｌｅ ａｇｅｎｔ）」または「処置剤（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｇｅｎｔ）」という用語は互換的に使用され、個体への投与時に何らかの有益な効果を付与する分子または化合物を指す。有益な効果には、診断判定の有効化；疾患、症候、障害、または病的症状の改善；疾患、症候、障害または症状の発症の減少または予防；および概して、疾患、症候、障害または病的症状に対抗することが含まれる。
「抗体」という用語は、その最も広い意味で使用され、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、ヒト化抗体、キメラ抗体、全長抗体およびその抗原結合フラグメントを含むがこれらに限定されない様々な抗体構造を包含する。抗体および／または抗体フラグメントは、マウス抗体、ウサギ抗体、ヒト抗体、完全ヒト化抗体、ラクダ抗体可変ドメインおよびヒト化バージョン、サメ抗体可変ドメインおよびヒト化バージョン、ならびにラクダ化抗体可変ドメインに由来し得る。
本明細書で同定されるポリペプチドおよび抗体配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」または「相同性」は、任意の保存的置換を配列同一性の一部として考慮して配列を整列させた後の、比較されるポリペプチド中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、Ｍｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）、またはＭＵＳＣＬＥソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して、当技術分野の技術の範囲内である様々な方法で達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大アラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書の目的のために、％アミノ酸配列同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＭＵＳＣＬＥ（Ｅｄｇａｒ，Ｒ．Ｃ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３２（５）：１７９２－１７９７，２００４；Ｅｄｇａｒ，Ｒ．Ｃ．，ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ５（１）：１１３，２００４（これらはそれぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる））を使用して生成される。
「相同」とは、２つのポリペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性または配列同一性を指す。２つの比較された配列の両方の位置が同じ塩基またはアミノ酸モノマーサブユニットによって占められている場合、例えば２つのＤＮＡ分子のそれぞれの位置がアデニンによって占められている場合、分子はその位置で相同である。二つの配列間の相同性のパーセントは、比較した位置の数で割った２つの配列が共有する一致または相同位置の数を１００倍した関数である。例えば、２つの配列中の１０個の位置のうち６個が一致または相同である場合、２つの配列は６０％相同である。例として、ＤＮＡ配列ＡＴＴＧＣＣおよびＴＡＴＧＧＣは、５０％の相同性を共有する。一般に、２つの配列が最大の相同性を得るように並べられた場合に比較が行われる。
本明細書で使用される「エピトープ」という用語は、抗体またはダイアボディが結合する抗原上の原子またはアミノ酸の特定の群を指す。２つの抗体または抗体部分は、抗原に対する競合的結合を示す場合、抗原内の同じエピトープに結合し得る。
「ポリペプチド」または「ペプチド」という用語は、本明細書では、限定されないが糖タンパク質を含む、すべての長さのタンパク質フラグメント、融合タンパク質および修飾タンパク質を含むすべての種類の天然および合成タンパク質、ならびにすべての他の種類の修飾タンパク質（例えば、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、パルミトイル化、グリコシル化、酸化、ホルミル化、アミド化、ポリグルタミル化、ＡＤＰ－リボシル化、ペグ化、ビオチン化などから生じるタンパク質）を包含するために使用される。
本明細書で使用される場合、「特異的に結合する」、「特異的に認識する」および「に特異的である」という用語は、標的と抗体（ダイアボディなど）との間の結合などの測定可能かつ再現性のある相互作用を指す。特定の実施形態では、特異的結合は、生物学的分子（例えば、細胞表面受容体）を含む分子の異種集団の存在下での標的の存在を決定する。例えば、標的（エピトープであり得る）を特異的に認識する抗体は、他の分子への結合よりも高い親和性、結合活性で、より容易に、および／またはより長い持続時間でこの標的に結合する抗体（ダイアボディなど）である。いくつかの実施形態では、無関係な分子に対する抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定して、標的に対する抗体の結合の約１０％未満である。いくつかの実施形態では、標的に特異的に結合する抗体は、≦１０－５Ｍ、≦１０－６Ｍ、≦１０－７Ｍ、≦１０－８Ｍ、≦１０－９Ｍ、≦１０－１０Ｍ、≦１０－１１Ｍ、または≦１０－１２Ｍの解離定数（ＫＤ）を有する。いくつかの実施形態では、抗体は、異なる種由来のタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、特異的結合は、排他的結合を含み得るが、それを必要としない。抗体または抗原結合ドメインの結合特異性は、当技術分野で公知の方法によって実験的に決定することができる。そのような方法は、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、ＥＣＬ、ＩＲＭＡ、ＥＩＡ、ＢＩＡＣＯＲＥＴＭおよびペプチドスキャンを含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「組成物（ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）」または「組成物（ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ）」は、本出願の組成物を含み、それに適用可能である。本出願はまた、本明細書に記載の成分を含む医薬組成物を提供する。
本明細書で使用される場合、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」または「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、臨床結果を含む有益なまたは所望の結果を得るためのアプローチである。本出願の目的のために、有益なまたは所望の臨床結果には、それだけに限らないが、以下のうちの１つまたは複数が含まれる：疾患に起因する１またはそれを超える症候の緩和、疾患の程度の縮小、疾患の安定化（例えば、疾患の悪化の予防または遅延）、疾患の拡大（例えば、転移）の予防または遅延、疾患の再発の予防または遅延、疾患の進行の遅延または減速、疾患状態の改善、疾患の寛解（部分的または全体）の提供、疾患を処置するに必要な１またはそれを超える他の医薬の用量の低下、疾患の進行の遅延、生活の質の向上、および／または生存期間の延長。本出願の方法は、処置のこれらの態様のいずれか１またはそれを超える態様を企図する。処置される個体に対する利益は、統計的に有意であるか、または患者もしくは医師にとって少なくとも知覚可能である。
本明細書で使用される「有効量」という用語は、特定の状態、障害、症状、または疾患を処置する、例えばその症候（例えば、臨床的または亜臨床的症候）のうちの１つまたは複数を改善、軽減、減少、および／または遅延させるのに十分な薬剤または組成物の量を指す。治療的使用のために、有益または所望の結果には、例えば、疾患の発症中に現れるその合併症および中間病理学的表現型を含む、疾患に起因する１またはそれを超える症候（生化学的、組織学的および／または行動的）を低下させること、疾患に罹患している人の生活の質を高めること、疾患を処置するために必要な他の医薬の用量を低下させること、別の医薬の効果を増強すること、疾患の進行を遅延させること、および／または患者の生存を延長することが含まれる。癌に関して、有効量は、癌組織を収縮させるおよび／または癌組織の成長速度を低下させる、または癌における他の望ましくない細胞増殖を予防もしくは遅延させるのに十分な量を含む。いくつかの実施形態では、有効量は、癌の発症を遅延させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、有効量は、再発を予防または遅延させるのに十分な量である。有効量は、１またはそれを超える投与で投与することができる。癌の場合、有効量の薬物または組成物は：（ｉ）腫瘍細胞の数を減少し得る；（ｉｉ）腫瘍サイズを減少し得る；（ｉｉｉ）末梢器官への腫瘍細胞浸潤を阻害、阻止、ある程度減速させ、好ましくは停止させ得る；（ｉｖ）腫瘍転移を阻害し得る（すなわち、ある程度減速させ、好ましくは停止させ得る）；（ｖ）腫瘍成長を阻害する；（ｖｉ）腫瘍の発生および／または再発を予防または遅延させ得る；および／または（ｖｉｉ）癌に関連する１またはそれを超える症候をある程度軽減させ得る。有効成分の組み合わせが投与される場合、有効量の組み合わせは、個別に投与された場合に有効であったであろう各成分の量を含んでも含まなくてもよいことに留意されたい。必要とされる正確な量は、個体の種、年齢および全般的な症状、処置される症状の重症度、使用される特定の薬物（複数可）、投与様式などに応じて、個体ごとに異なる。
本明細書で使用される「同時投与」という用語は、併用療法における第一の治療および第二の治療が、約１５分以下、例えば約１０、５、または１分以下のいずれかの時間間隔で投与されることを意味する。第一および第二の治療が同時に投与される場合、第一および第二の治療は、同じ組成物（例えば、第一および第二の治療の両方を含む組成物）または別々の組成物に含まれ得る（例えば、第一の治療が一方の組成物に含まれ、第二の治療が他方の組成物に含まれる）。
本明細書で使用される場合、「逐次的な投与」という用語は、併用療法における第一の治療および第二の治療が、約１５分を超える、例えば約２０、３０、４０、５０、６０分、またはそれを超えるいずれかを超える時間間隔で投与されることを意味する。第一の治療または第二の治療のいずれかが最初に投与されてもよい。第一および第二の治療は、同じまたは異なるパッケージまたはキットに含まれ得る別々の組成物に含まれる。
本明細書で使用される場合、「同時投与」という用語は、併用療法における第一の治療の投与と第二の治療の投与とが互いに重複することを意味する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容され得る」または「薬理学的に適合され得る」とは、生物学的にまたは他の点で望ましくないものではない材料を意味し、例えば、材料は、いかなる有意な望ましくない生物学的効果を引き起こさずに、またはそれが含有される組成物の他の成分のいずれとも有害な方法で相互作用することなく、患者に投与される医薬組成物に組み込まれ得る。薬学的に許容され得る担体または賦形剤は、好ましくは毒物学的試験および製造試験の必要な基準を満たしており、および／または米国食品医薬品局もしくは他の州／連邦政府によって作成された不活性成分ガイドに含まれているか、または哺乳動物、より具体的にはヒトにおける使用のために米国薬局方もしくは他の一般に認識されている薬局方に記載されている。
「担体」という用語は、化合物と共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルを指す。そのような医薬担体は、滅菌液体、例えば水および油、例えば石油、動物、植物または合成起源のもの、例えば落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などであり得る。水または水溶液の生理食塩水および水性デキストロースおよびグリセロール溶液が、特に注射用溶液の担体として好ましく用いられる。あるいは、担体は、（圧縮丸剤用の）結合剤、滑剤、カプセル化剤、香味料、および着色剤のうちの１つまたは複数を含むがこれらに限定されない固体剤形担体であり得る。適切な医薬担体は、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎによる「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」に記載されており、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
「腫瘍」という用語は、典型的には制御されない細胞成長を特徴とし、組織の良性または悪性の異常な成長を含む哺乳動物における生理学的症状を指すかまたは説明する。「腫瘍」という用語は癌を含む。
「個体」、「対象」、および「患者」という用語は、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、げっ歯類、または霊長類を含むがこれらに限定されない哺乳動物を指すために本明細書では互換的に使用される。いくつかの実施態様では、個体はヒトである。好ましい実施形態では、個体はヒトである。
本明細書における値またはパラメータの「約」への言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする変動を含む（および説明する）。例えば、「約Ｘ」という記載は、「Ｘ」という記載を含む。特定の実施形態では、範囲は、所与の値または範囲の１桁以内、好ましくは５０％以内、より好ましくは２０％以内、さらにより好ましくは１０％以内、さらにより好ましくは５％以内であり得る。「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語に包含される許容可能な変動は、研究中の特定のシステムに依存し、当業者によって容易に理解され得る。
ここでいう「約Ｘ～Ｙ」は、「約Ｘ～約Ｙ」と同義である。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「方法（ａ ｍｅｔｈｏｄ）」への言及は、本明細書に記載されたおよび／または本開示を読めば当業者には明らかになるであろう種類の１またはそれを超える方法および／またはステップを含む。当業者に明らかなように、評価され、選択され、および／または処置を受けている個体は、そのような活動を必要とする個体である。
本開示の実施は、特に明記しない限り、当該分野の技術範囲内である、統計分析、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、および生化学の従来の技術を使用する。そのようなツールおよび技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．３ｒｄ ｅｄ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；Ａｕｓｕｂｅｌら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；Ｂｏｎｉｆａｃｉｎｏら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；Ｃｏｌｉｇａｎら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；Ｃｏｉｃｏら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；Ｃｏｌｉｇａｎら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；および、Ｅｎｎａら、ｅｄｓ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．：Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪに詳細に記載されている。さらなる技術は、例えば、米国特許第７，９１２，６９８号および米国特許出願第公開第２０１１／０２０２３２２号および第２０１１／０３０７４３７号において説明されており、これらの各々は、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
使用された用語および表現は、限定ではなく説明の用語として使用され、そのような用語および表現の使用は、示され説明された特徴またはその一部の均等物を排除するものではなく、特許請求される技術の範囲内で様々な改変が可能である。
ＩＩ．処置方法
本出願は、一態様では、個体における疾患または症状（癌または感染性疾患など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを個体に投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する薬剤（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分を含む薬剤など）を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする核酸薬剤（ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスＲＮＡなど）を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する薬剤を含む。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する薬剤（例えば、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する薬剤またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄの活性を阻害する薬剤）を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞（例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分、例えばサイトカイン（炎症促進性サイトカインなど）を含む第二の部分を含む融合タンパク質または免疫コンジュゲートである。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における感染性疾患（例えばウイルス感染性疾患）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する薬剤（例えば、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する薬剤またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄの活性を阻害する薬剤）を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞（例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分を含む融合タンパク質または免疫コンジュゲートである。いくつかの実施形態では、第二の部分は、サイトカイン（例えば、炎症促進性サイトカイン）を含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド（例えば、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ペプチド）を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ（例えば野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ）よりも高い親和性で免疫細胞に結合する。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞（例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、安定化ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、安定化ドメインはＦｃドメインである。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、約５０～約２００アミノ酸の長さを有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、ａ）配列番号１もしくは５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置の突然変異、またはｂ）配列番号５による８０位のグリシン（Ｇ８０）に対応する位置の突然変異を有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号３、４および７～１２からなる群より選択されるアミノ酸配列またはその変異体を含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）を処置する方法であって、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ（例えば野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ）よりも高い親和性で免疫細胞に結合する。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞（例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、安定化ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、安定化ドメインはＦｃドメインである。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、約５０～約２００アミノ酸の長さを有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、ａ）配列番号１もしくは５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置の突然変異、またはｂ）配列番号５による８０位のグリシン（Ｇ８０）に対応する位置の突然変異を有する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号３、４および７～１２からなる群より選択されるアミノ酸配列またはその変異体を含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現を阻害する核酸薬剤を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、核酸薬剤は、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現を阻害する核酸薬剤を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供し、個体は、癌組織内の高いＴ細胞浸潤を有する。いくつかの実施形態では、高いＴ細胞浸潤は、癌組織中の高い数、割合または密度のＴ細胞（例えば、ＣＤ３Ｔ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４Ｔ細胞、活性化ＣＤ８Ｔ細胞）を含む。いくつかの実施形態では、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数よりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％多い場合、高いＴ細胞浸潤が存在する。いくつかの実施形態では、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数の少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍である場合、高いＴ細胞浸潤が存在する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中の対応するＴ細胞の数は、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中の対応するＴ細胞の平均数である。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカーによって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。免疫抑制性腫瘍微小環境（ＴＭＥ）を示すバイオマーカーの例としては、ａ）組織中のＭ２マクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋ＣＤ１６３＋細胞）の高い数、割合および／または密度；ｂ）免疫チェックポイント剤（例えば、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１）の高い発現レベルが挙げられる。これらのバイオマーカーを評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）方法および鑑定する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）方法は公知である。例えば、Ｈｅｎｓｌｅｒら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｆｏｒ ＩｍｍｕｎｏＴｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ２０２０；８：ｅ０００９７９；Ｃｈｅｎら、Ｊ Ｂｉｏｍｅｄ Ｓｃｉ ２６，７８（２０１９）；Ｔｅｎｇら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１５ Ｊｕｎ １；７５（１１）：２１３９－２１４５を参照のこと。いくつかの実施形態では、核酸薬剤は、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現を阻害する核酸薬剤を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供し、個体は、癌組織内のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルよりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％高い場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルの少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、または５０倍である場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルは、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの平均発現レベルである。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカー（例えば、高Ｍ２マクロファージ、またはＰＤ－１もしくはＰＤ－Ｌ１などの免疫チェックポイント剤の高発現）によって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、核酸薬剤は、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現を阻害する核酸薬剤を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供し、個体は、ａ）癌組織内の高いＴ細胞浸潤（例えばＣＤ３Ｔ細胞、例えばＣＤ４Ｔ細胞、例えばＣＤ８Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ３またはＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞）、および／またはｂ）癌組織内の高いＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、癌組織内の高いＴ細胞浸潤（例えば、高ＣＤ３Ｔ細胞、高ＣＤ８Ｔ細胞、高ＣＤ４Ｔ細胞、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ８Ｔ細胞、または活性化ＣＤ４Ｔ細胞）に基づいて、処置のために個体を選択することをさらに含む。高いＴ細胞浸潤は、ａ）腫瘍内のＴ細胞（例えば、ＣＤ３Ｔ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４Ｔ細胞、活性化ＣＤ ８Ｔ細胞）の数を評価すること、およびｂ）その数を参照組織中の対応するＴ細胞の数と比較することによって決定することができる。いくつかの実施形態では、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数よりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％多い場合、高いＴ細胞浸潤が存在する。いくつかの実施形態では、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数の少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍である場合、高いＴ細胞浸潤が存在する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中の対応するＴ細胞の数は、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中の対応するＴ細胞の平均数である。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカーによって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。免疫抑制性腫瘍微小環境（ＴＭＥ）を示すバイオマーカーの例としては、ａ）組織中のＭ２マクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋ＣＤ１６３＋細胞）の高い数、割合および／または密度；ｂ）免疫チェックポイント剤（例えば、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１）の高い発現レベルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、上記の方法は、癌組織内のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルに基づいて処置のために個体を選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルよりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％高い場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルの少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、または５０倍である場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルは、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの平均発現レベルである。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカー（例えば、高Ｍ２マクロファージ、またはＰＤ－１もしくはＰＤ－Ｌ１などの免疫チェックポイント剤の高発現）によって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の方法は、処置のために個体を選択することを含み、個体は、ａ）癌組織内の高いＴ細胞浸潤（例えばＣＤ３Ｔ細胞、例えばＣＤ４Ｔ細胞、例えばＣＤ８Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ３またはＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞）、および／またはｂ）癌組織内の高いＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現を有する。
いくつかの実施形態では、個体における完成性疾患（ウイルス感染性疾患など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現を阻害する核酸薬剤を含む有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、核酸薬剤は、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における癌（固形腫瘍、結腸癌、黒色腫、またはＴ細胞リンパ腫など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上の触媒部位を遮断する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄを特異的に阻害する薬剤を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５によるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のＨ６７触媒部位を標的とする。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄへのカルシウムの結合を妨害する。いくつかの実施形態では、薬剤は、配列番号１または５によるＨ４７、Ｇ４９、Ｇ５１、およびＤ６８のうちの１つまたは複数の残基へのカルシウムの結合を遮断する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄの酵素活性を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％特異的に低下させる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、癌組織は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、癌は、進行性または悪性の腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
いくつかの実施形態では、個体における完成性疾患（ウイルス感染性疾患など）を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる有効量のアンタゴニストを個体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上の触媒部位を遮断する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄを特異的に阻害する薬剤を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５によるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のＨ６７触媒部位を標的とする。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄへのカルシウムの結合を妨害する。いくつかの実施形態では、薬剤は、配列番号１または５によるＨ４７、Ｇ４９、Ｇ５１、およびＤ６８のうちの１つまたは複数の残基へのカルシウムの結合を遮断する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄの酵素活性を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％特異的に低下させる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織（例えば、健常個体における対応する組織）と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、本方法は、第二の薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、同時または並行して投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストと第二の薬剤は、逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、非経口投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
本明細書に記載のアンタゴニストの投与はまた、局所免疫応答を促進し、免疫細胞（Ｔ細胞など）の増殖および／または活性化を促進し、好ましい腫瘍微小環境を促進するために有用であり得る。いくつかの実施形態では、癌（固形腫瘍など）を有する個体の癌組織における局所免疫応答を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、感染（ウイルス感染など）を有する個体の感染部位における局所免疫応答を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、癌（固形腫瘍など）を有する個体の癌組織におけるＴ細胞の増殖および／または活性化を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、感染（ウイルス感染など）を有する個体の感染部位におけるＴ細胞の増殖および／または活性化を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、癌（固形腫瘍など）を有する個体の癌組織における好ましい腫瘍微小環境を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与するこｋとを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、感染（ウイルス感染など）を有する個体の感染部位における好ましい腫瘍微小環境を促進する方法であって、本明細書に記載のアンタゴニストのいずれかを投与することを含む方法を提供する。「好ましい腫瘍微小環境を促進」は、一般に、癌治療（免疫療法など）に耐性の腫瘍組織の、癌治療に対する耐性が低い腫瘍組織への変換を指すか、またはそれを含む。
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニスト
アンタゴニストは、抗体、ポリペプチド、ペプチド、ポリヌクレオチド、ペプチド模倣体、天然産物、炭水化物、アプタマー、アビマー、アンチカリン、スピーゲルマー、またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする（すなわち、阻害または下方制御する）小分子のいずれかであり得る。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする（すなわち、阻害または下方制御する）。薬剤となり得る具体例を以下に記載する。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、融合タンパク質（例えば、半減期延長ドメイン（例えば、Ｆｃドメイン）を含む融合タンパク質など）である。
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ（ホスホリパーゼＡ２群ＩＩＤ、ｓＰＬＡ２－ＩＩＤ）は、ホスホリパーゼＡ２ファミリーの分泌メンバーである。ホスホリパーゼＡ２ファミリーメンバーは、グリセロリン脂質のｓｎ－２脂肪酸エステル結合を加水分解してリゾリン脂質および遊離脂肪酸を産生する。現在までに、１０個のｓＰＬＡ２アイソフォーム（ＩＢ、ＩＩＡ、ＩＩＣ、ＩＩＤ、ＩＩＥ、ＩＩＦ、ＩＩＩ、Ｖ、ＸおよびＸＩＩ）が哺乳動物において同定されている。グループＩＩＩアイソフォームを除くこれらのアイソフォームは、高度に保存された触媒部位、Ｃａ ２＋結合ループ、および１４～１９ｋＤａの共通分子量を有する。これらのｓＰＬＡ２アイソフォームのうち、ｓＰＬＡ２－ＩＩＡ、ｓＰＬＡ２－ＩＩＣ、ｓＰＬＡ２－ＩＩＤ、ｓＰＬＡ２－ＩＩＥ、ｓＰＬＡ２－ＩＩＦおよびｓＰＬＡ２－Ｖは、グループＩＩサブファミリーｓＰＬＡ２と呼ばれることが多い同じ染色体遺伝子座（１ｐ３４－ｐ３６）を有する。グループＩＩサブファミリーｓＰＬＡ２の生物学的特徴は、ｓＰＬＡ２－ＩＩＣ（ヒトの偽遺伝子）を除くほとんどすべてのアイソフォームが炎症および免疫過程に関連することである。
ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、正確に保存された位置に１４個のシステインを有する塩基性タンパク質（ｐＩ約８．７）である。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、おそらくそのカチオン性のために、培養細胞で過剰発現された場合に、インビトロでヘパリンまたは細胞表面上の硫酸ヘパリンに結合する。
いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、配列番号１または２に記載のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、配列番号５または６に記載のアミノ酸配列を含む。
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニスト
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルを低下させる。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒活性を完全に阻害または遮断しない（例えば、全触媒活性の約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％または１０％以下の触媒活性を遮断する）。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒活性を阻害も遮断もしない。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する薬剤（ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの免疫細胞への結合を遮断する薬剤またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄの活性を阻害する薬剤など）（Ｔ細胞など、活性化Ｔ細胞など、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞など、活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞など）を含む。
Ａ．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する薬剤
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを認識し、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄに特異的に結合する薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体など）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断または低下させる。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％低下させる。いくつかの実施形態では、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合は、細胞表面上の硫酸ヘパリンを介した結合から独立している。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体によって認識されるＰＬＡ２Ｇ２ＤはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである。いくつかの実施形態では、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、配列番号１のアミノ酸配列またはヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの天然変異体を含むかまたは有する。いくつかの実施形態では、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの天然変異体は腫瘍組織に由来する。いくつかの実施形態では、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの天然変異体はウイルス感染部位に由来する。
Ｓｗｉｓｓモデルに基づいて予測されたＰＬＡ２Ｇ２Ｄの３Ｄ構造を図１０Ａに示す。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＱ６５、Ｈ７３、Ｓ８０、Ｈ９６、およびＲ１２１のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、または５つ）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。（Ｑ６５、Ｈ７３、Ｓ８０、Ｈ９６およびＲ１２１は、天然変異体を変化させる部位である。）いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＲ１２１～Ｃ１４５由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＶ３２～Ａ５９由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、Ｔ６０～Ｔ７６由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＱ７７～Ｙ８５由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＧ２１～Ｑ３１由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＹ８６～Ｗ１０３由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１によるＣ１０４～Ｒ１２１由来のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、エピトープは不連続エピトープである。いくつかの実施形態では、エピトープは連続エピトープである。
異なるＰＬＡ２グループの２つのファミリーメンバーに対するヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの配列相同性を分析し、図１０Ｂに示す。異なる種のＰＬＡ２Ｇ２Ｄに対するヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの配列相同性を分析し、図１０Ｃに示す。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、ａ）他のＰＬＡ２グループの２つのファミリーメンバーにおける対応する残基とは異なる位置および／またはｂ）他の種におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄと同じ位置に１またはそれを超える残基を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置２２、２３、２５、２６、２７、または３１のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置３６、３７、３８、４２、４３、５５、または５９のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置６２、６５、６６、７２、７３、または７６のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置７７、８０、８１、８３、８４、または８５のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置８７、８９、９０、９２、９３、９４、９６、９８、９９、１００、１０１、１０２、または１０３のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置１０５、１０６、１０７、１０８、１１０、１１４、１１５、１１７、１１９、または１２０のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置１２３、１２４、１２７、１２９、１３０、１３１、１３２、１３４、１３５、１３６、１３７、１３９、１４１、１４４、または１４５のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分は、配列番号１による位置２２、２６、３１、３６、４２、４３、７２、７３、７６、７７、８０、８１、８３、８５、８７、８９、９０、９２、９４、９６、１００、１０１、１０２、１０３、１０６、１１０、１１４、１１５、１１７、１２０、１３４、１３５、１３６、１４１、または１４４のアミノ酸のうちのいずれか１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、またはそれを超える）を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、エピトープは不連続エピトープである。いくつかの実施形態では、エピトープは連続エピトープである。
いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ポリクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、モノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、抗ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ヒト化またはキメラである。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、全長抗体または免疫グロブリン誘導体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は抗原結合フラグメントであり、例えば、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖフラグメント、ジスルフィド安定化Ｆｖフラグメント（ｄｓＦｖ）、（ｄｓＦｖ）２、ＶＨＨ、Ｆｖ－Ｆｃ融合物、ｓｃＦｖ－Ｆｃ融合物、ｓｃＦｖ－Ｆｖ融合物、ダイアボディ、トリボディおよびテトラボディからなる群より選択される抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ｓｃＦｖである。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ＦａｂまたはＦａｂ’である。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、キメラ、ヒト、部分的ヒト化、完全ヒト化、または半合成である。抗体および／または抗体フラグメントは、マウス抗体、ウサギ抗体、ヒト抗体、完全ヒト化抗体、ラクダ抗体可変ドメインおよびヒト化バージョン、サメ抗体可変ドメインおよびヒト化バージョン、ならびにラクダ化抗体可変ドメインに由来し得る。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、Ｆｃフラグメント（本明細書に記載のＦｃフラグメントのいずれかなど）を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、およびそれらの組み合わせおよびハイブリッドからのＦｃフラグメントからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＦｃフラグメントはヒトＩｇＧに由来する。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、または組み合わせもしくはハイブリッドＩｇＧのＦｃ領域を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒活性を完全に阻害または遮断しない（例えば、全触媒活性の約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％または１０％以下の触媒活性を遮断する）。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒活性を阻害も遮断もしない。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、Ｔ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％を遮断する。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体は、Ｔ細胞活性化を少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に回復させることができる。Ｔ細胞の活性化は、例えば、そのサイトカイン分泌レベルによって示され得る。例示的なサイトカインには、ＩＬ－２およびＩＦＮ－γが含まれる。
エピトープマッピング
抗体部分がエピトープ領域内に結合するかどうかの決定は、当業者に公知の方法で行うことができる。そのようなマッピング／特徴付け方法の一例として、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体のエピトープ領域は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質中の露出アミン／カルボキシルの化学修飾を使用してエピトープ「フットプリント」によって決定され得る。そのようなフットプリント技術の１つの具体例は、受容体およびリガンドタンパク質アミドプロトンの水素／重水素交換、結合、および逆交換が起こり、タンパク質結合に関与する骨格アミド基が逆交換から保護され、したがって重水素化されたままであるＨＸＭＳ（質量分析によって検出される水素－重水素交換）の使用である。この時点で、関連領域を、消化性タンパク質分解、高速マイクロボア高速液体クロマトグラフィ分離、および／またはエレクトロスプレーイオン化質量分析によって同定することができる。例えば、Ｅｈｒｉｎｇ Ｈ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｖｏｌ．２６７（２）ｐｐ．２５２－２５９（１９９９）；Ｅｎｇｅｎ，Ｊ．Ｒ．ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｌ．（２００１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７３，２５６Ａ－２６５Ａを参照のこと。それぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。適切なエピトープ同定技術の別の例は、核磁気共鳴エピトープマッピング（ＮＭＲ）であり、典型的には、遊離抗原および抗体などの抗原結合ペプチドと複合体化した抗原の二次元ＮＭＲスペクトルにおけるシグナルの位置を比較する。抗原は、典型的には、ＮＭＲスペクトルにおいて抗原に対応するシグナルのみが見られ抗原結合ペプチドからのシグナルは見られないように、１５Ｎで選択的に同位体標識される。抗原結合ペプチドとの相互作用に関与するアミノ酸に由来する抗原シグナルは、典型的には、遊離抗原のスペクトルと比較して複合体のスペクトルにおける位置をシフトさせ、結合に関与するアミノ酸をそのように同定することができる。例えば、Ｅｒｎｓｔ Ｓｃｈｅｒｉｎｇ Ｒｅｓ Ｆｏｕｎｄ Ｗｏｒｋｓｈｏｐ．２００４；（４４）：１４９－６７；Ｈｕａｎｇら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２８１（１）ｐｐ．６１－６７（１９９８）；およびＳａｉｔｏ ａｎｄ Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ．１９９６ Ｊｕｎ；９（３）：５１６－２４を参照のこと。それぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
エピトープマッピング／特徴付けは、質量分析法を用いて行うこともできる。例えば、Ｄｏｗｎａｒｄ，Ｊ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．２０００ Ａｐｒ；３５（４）：４９３－５０３およびＫｉｓｅｌａｒ ａｎｄ Ｄｏｗｎａｒｄ，Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．１９９９ Ｍａｙ １；７１（９）：１７９２－１８０１を参照のこと。それぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。プロテアーゼ消化技術はまた、エピトープのマッピングおよび同定の文脈において有用であり得る。抗原決定基関連領域／配列は、プロテアーゼ消化、例えばＰＬＡ２Ｇ２Ｄに対して約１：５０の比のトリプシンまたはｐＨ７～８でのｏ／ｎ消化、続いてペプチド同定のための質量分析（ＭＳ）分析によって決定することができる。抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合剤によりトリプシン切断から保護されたペプチドは、その後、トリプシン消化に対して個別化されたサンプルと、抗体とインキュベートされた後にトリプシンなどによる消化に対して個別化されたサンプルとの比較によって同定することができる（それにより、結合剤のフットプリントが明らかになる）。キモトリプシン、ペプシンなどの他の酵素もまた、または代替的に、同様のエピトープ特徴付け方法で使用することができる。さらに、酵素消化は、潜在的な抗原決定基配列が、表面に露出しておらず、したがって、免疫原性／抗原性に関してほとんど関連しないＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド（例えば、配列番号１に記載のポリペプチドなど）の領域内にあるかどうかを分析するための迅速な方法を提供することができる。
部位特異的突然変異誘発は、結合エピトープの解明に有用な別の技術である。例えば、「アラニン－スキャニング」では、タンパク質セグメント内の各残基がアラニン残基で再配置され、結合親和性に対する結果が測定される。突然変異が結合親和性の有意な減少をもたらす場合、それは結合に関与している可能性が最も高い。構造エピトープに特異的なモノクローナル抗体（すなわち、折り畳まれていないタンパク質に結合しない抗体）を使用して、アラニン置換がタンパク質の全体的な折り畳みに影響を及ぼさないことを検証することができる。例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９５；２６７：３８３－３８６；およびＷｅｌｌｓ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １９９６；９３：１－６を参照のこと。
電子顕微鏡法をエピトープ「フットプリント」に使用することもできる。例えば、Ｗａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ １９９２；３５５：２７５－２７８は、凍結電子顕微鏡コピー、三次元画像再構成、およびＸ線結晶学の協調適用を使用して、天然のカウピーモザイクウイルスのキャプシド表面上のＦａｂフラグメントの物理的フットプリントを決定した。
エピトープ鑑定（ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ）のための「ラベルフリー」アッセイの他の形態としては、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ、ＢＩＡＣＯＲＥ）および反射干渉分光法（ＲｉｆＳ）が挙げられる。例えば、Ｆａｇｅｒｓｔａｍら、Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ １９９０；３：２０８－１４；Ｎｉｃｅら、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａ－ｔｏｇｒ．１９９３；６４６：１５９－１６８；Ｌｅｉｐｅｒｔら、Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．１９９８；３７：３３０８－３３１１；Ｋｒｏｇｅｒら、Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ ａｎｄ Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ ２００２；１７：９３７－９４４を参照のこと。
免疫コンジュゲート
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する薬剤は、第二の部分をさらに含む。いくつかの実施形態では、第二の部分は、治療剤を含む。いくつかの実施形態において、第二の部分は、標識を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分は、リンカー（「リンカー」の章に記載されるリンカーのいずれかなど）を介して連結される。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤は細胞傷害剤である。いくつかの実施形態では、細胞傷害剤は化学療法剤である。いくつかの実施形態では、細胞傷害剤は成長阻害剤である。いくつかの実施形態では、細胞傷害剤は毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそのフラグメント）である。いくつかの実施形態では、細胞傷害剤は放射性アイソタイプ（すなわち、放射性結合体）である。
免疫コンジュゲートは、組織（腫瘍など）への薬物部分の標的化送達、およびいくつかの実施形態ではその中の細胞内蓄積を可能にし、コンジュゲートされていない薬物の全身投与は、正常細胞に対して許容できないレベルの毒性をもたらし得る（Ｐｏｌａｋｉｓ Ｐ．（２００５）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ５：３８２－３８７）。
抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、強力な細胞傷害性薬物を抗原発現腫瘍細胞に標的化することによって抗体および細胞傷害性薬物の両方の特性を組み合わせ（Ｔｅｉｃｈｅｒ，Ｂ．Ａ．（２００９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｓ ９：９８２－１００４）、それによって有効性を最大化し、オフターゲット毒性を最小化することによって治療指数を増強する標的化化学療法分子である（Ｃａｒｔｅｒ，Ｐ．Ｊ．ａｎｄ Ｓｅｎｔｅｒ Ｐ．Ｄ．（２００８）Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｊｏｕｒ：１４（３）：１５４－１６９；Ｃｈａｒｉ，Ｒ．Ｖ．（２００８）ＡＣＣ．Ｃｈｅｎ．Ｒｅｓ．４１．９８－１０７。
癌の処置との関連において、本出願のＡＤＣ化合物には、抗癌活性を有するものが含まれる。いくつかの実施形態では、ＡＤＣ化合物は、薬物部分にコンジュゲートされた、すなわち共有結合した抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、リンカーを介して薬物部分に共有結合している。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、リンカー（本明細書に記載のリンカーなど）を介して抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分に連結される。いくつかの実施形態では、リンカーは切断可能である。いくつかの実施形態では、リンカーは切断不可能である。
本出願の抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、有効用量の薬物を腫瘍組織に選択的に送達し、それにより、治療指数（「治療域」）を増加させながら、より大きな選択性、すなわちより低い有効用量が達成され得る。抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の薬物部分は、細胞傷害効果または細胞増殖抑制効果を有する任意の化合物、部分または基を含み得る。薬物部分は、チューブリン結合、ＤＮＡ結合またはインターカレーション、ならびにＲＮＡポリメラーゼ、タンパク質合成、および／またはトポイソメラーゼの阻害を含むがこれらに限定されない機構によって、それらの細胞傷害効果および細胞増殖抑制効果を付与し得る。例示的な薬物部分には、メイタンシノイド、ドラスタチン、アウリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ネモビシンおよびその誘導体、ＰＮＵ－１５９６８２、アンスラシークライン、デュオカルマイシン、ビンカアルカロイド、タキサン、トリコテセン、ＣＣ１０６５、カンプトテシン、エリナフィド、ならびに細胞傷害活性を有するそれらの立体異性体、イソステア、類似体、および誘導体が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の免疫コンジュゲートの産生は、例えば、米国特許第９，５６２，０９９号および米国特許第７，５４１，０３４号に見出すことができ、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
融合タンパク質
いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分を含む融合タンパク質を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する。
いくつかの実施形態では、第二の部分は、Ｆｃフラグメント（本明細書に記載のＦｃフラグメントのいずれかなど）を含む。いくつかの実施形態では、半減期延長部分は、アルブミン結合部分（例えば、アルブミン結合抗体部分）である。
いくつかの実施形態において、第二の部分は、サイトカインを含む。いくつかの実施形態において、サイトカインは、炎症誘発性サイトカイン（例えば、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－６またはＩＬ－１０）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分は、リンカー（「リンカー」の章に記載されるリンカーのいずれかなど）を介して連結される。
１．Ｆｃフラグメント
「Ｆｃ領域」、「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端非抗原結合領域を指す。この用語は、天然Ｆｃ領域および変異体Ｆｃ領域を含む。いくつかの実施形態では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、重鎖のＣｙｓ２２６からカルボキシル末端まで延在する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、Ｆｃ領域の構造または安定性に影響を及ぼすことなく、存在しても存在しなくてもよい。本明細書において別段の指定がない限り、ＩｇＧまたはＦｃ領域中のアミノ酸残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１に記載されているように、ＥＵインデックスとも呼ばれる抗体のＥＵナンバリングシステムに従う。
いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、およびそれらの組み合わせおよびハイブリッドからのＦｃフラグメントからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、およびそれらの組み合わせおよびハイブリッドからのＦｃフラグメントからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、対応する野生型Ｆｃフラグメントと比較して減少したエフェクター機能（例えば、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）のレベルによって測定して、少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％または９５％減少したエフェクター機能）を有する。
いくつかの実施形態では、ＦｃフラグメントはＩｇＧ１ Ｆｃフラグメントである。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ１ Ｆｃフラグメントは、Ｌ２３４Ａ突然変異および／またはＬ２３５Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態では、ＦｃフラグメントはＩｇＧ２またはＩｇＧ４ Ｆｃフラグメントである。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、Ｓ２２８Ｐ、Ｆ２３４Ａおよび／またはＬ２３５Ａ突然変異を含むＩｇＧ４ Ｆｃフラグメントである。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、Ｎ２９７Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃフラグメントは、Ｎ２９７Ｇ突然変異を含む。
２．リンカー
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫コンジュゲートまたは融合タンパク質は、リンカーを介して第二の部分に融合した本明細書に記載の抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む。
抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫コンジュゲートまたは融合タンパク質において使用されるリンカーの長さ、柔軟性の程度および／または他の特性は、限定されないが、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの親和性、特異性もしくは結合活性、および／またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上に存在する１またはそれを超える特定の抗原もしくはエピトープに対する親和性、特異性もしくは結合活性を含む特性にいくつかの影響を及ぼし得る。例えば、より長いリンカーは、２つの隣接する抗体部分が互いに立体的に干渉しないことを確実にするように選択され得る。いくつかの実施形態では、リンカー（ペプチドリンカーなど）は、隣接する抗体部分が互いに対して自由に動くことができるように、柔軟な残基（グリシンおよびセリンなど）を含む。例えば、グリシン－セリン二重鎖は、適切なペプチドリンカーであり得る。いくつかの実施形態では、リンカーは非ペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーはペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは切断不可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは切断可能なリンカーである。
他のリンカーの考慮事項には、得られる抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫コンジュゲートまたは融合タンパク質の物理的または薬物動態学的特性、例えば溶解度、親油性、親水性、疎水性、安定性（多かれ少なかれ安定性および計画された分解）、剛性、柔軟性、免疫原性、抗体結合の調節、ミセルまたはリポソームに組み込まれる能力などへの影響が含まれる。
ペプチドリンカー
本明細書に記載されるリンカーのいずれか１つまたはすべては、ペプチドリンカーであり得る。ペプチドリンカーは、天然に存在する配列または天然に存在しない配列を有し得る。例えば、重鎖のみの抗体のヒンジ領域に由来する配列が、リンカーとして使用され得る。例えば、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる国際公開第１９９６／３４１０３号を参照されたい。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、ＣＰＰＣＰのアミノ酸配列、天然ＩｇＧ１ヒンジ領域に見出される配列を含む。
ペプチドリンカーは、任意の適切な長さであり得る。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーの長さは、約１ａａ～約１０ａａ、約１ａａ～約２０ａａ、約１ａａ～約３０ａａ、約５ａａ～約１５ａａ、約１０ａａ～約２５ａａ、約５ａａ～約３０ａａ、約１０ａａ～約３０ａａ、約３０ａａ～約５０ａａ、約５０ａａ～約１００ａａ、または約１ａａ～約１００ａａのいずれかである。
このようなペプチドリンカーの本質的な技術的特徴は、前記ペプチドリンカーが重合活性を含まないことである。二次構造の促進の非存在を含むペプチドリンカーの特徴は当技術分野で公知であり、例えばＤａｌｌ’Ａｃｑｕａら（Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９８）３７，９２６６－９２７３），Ｃｈｅａｄｌｅら、（Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ（１９９２）２９，２１－３０）およびＲａａｇ ａｎｄ Ｗｈｉｔｌｏｗ（ＦＡＳＥＢ（１９９５）９（１），７３－８０に記載されており、各々、あらゆる目的のためにそれらの全体が参照により組み込まれる）。「ペプチドリンカー」との関連における特に好ましいアミノ酸はＧｌｙである。さらに、二次構造も促進しないペプチドリンカーが好ましい。分子の互いに対する連結は、例えば、遺伝子工学によって提供することができる。融合され操作可能に連結された抗体構築物を調製し、それらを哺乳動物細胞または細菌において発現させるための方法は、当技術分野で周知である（例えば、国際公開第９９／５４４４０号、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎ．Ｙ．１９８９ ａｎｄ １９９４またはＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，２００１（それぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる））。
いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、プロテアーゼ、例えばマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）によって切断されない安定なリンカーである。
いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、堅固な三次元構造を採用せず、むしろ、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄと第二の部分との間に柔軟性を提供するなど、ポリペプチド（例えば、第一および／または第二の成分）に柔軟性を提供する傾向がある。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、柔軟なリンカーである。例示的な柔軟なリンカーとしては、グリシンポリマー（Ｇ）ｎ（配列番号１３）、グリシン－セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ（配列番号１４）、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号１５）、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１６）、および（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１７）を含み、ｎは少なくとも１の整数である）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、および当技術分野で公知の他の柔軟なリンカーが挙げられる。グリシンおよびグリシン－セリンポリマーは比較的構造化されていないため、成分間の中性テザーとして機能することができる。グリシンは、アラニンよりもはるかに多くのｐｈｉ－ｐｓｉ空間にアクセスし、より長い側鎖を有する残基よりもはるかに制限されない（Ｓｃｈｅｒａｇａ，Ｒｅｖ．Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍ．１１ １７３－１４２（１９９２）を参照のこと）。当業者は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの設計が、全体または部分的に柔軟であるリンカーを含むことができ、その結果、リンカーが、柔軟なリンカー部分、ならびに所望の免疫コンジュゲートまたは融合タンパク質構造を提供するために柔軟性が低い構造を与える１またはそれを超える部分を含み得ることを認識するであろう。
さらに、例示的なリンカーはまた、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１６）などのアミノ酸配列を含み、ｎは１～８の整数であり、例えば、（ＧＧＧＧＳ）３（配列番号１８；以下「（Ｇ４Ｓ）３」または「ＧＳ３」という）、または（ＧＧＧＧＳ）６（配列番号１９；以下「（Ｇ４Ｓ）６」または「ＧＳ６」という）。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、（ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳ）ｎ（配列番号２０）のアミノ酸配列を含み、ｎは１～３の整数である。
天然リンカーは、その機能を発揮するために、らせん、β鎖、コイル／ベンドおよびターンなどの二次構造において様々な立体配座をとる。αヘリックス構造中のリンカーは、タンパク質ドメインを効果的に分離するための剛性スペーサとして機能し、したがってそれらの好ましくない相互作用を減少させ得る。Ｐｒｏリッチ配列を有する非ヘリカルリンカーは、リンカーの剛性を高め、ドメイン間干渉を減少させる機能を果たし得る。いくつかの実施形態では、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分および第二の部分は、Ａ（ＥＡＡＡＫ）４Ａ（配列番号２１）のアミノ酸配列を有するαヘリカルリンカーによって互いに連結されている。
非ペプチドリンカー
本明細書に記載のリンカーのいずれか１つまたはすべては、成分またはフラグメントがそれぞれの活性、例えば標的ＰＬＡ２Ｇ２Ｄへの結合、第二の部分の機能（ＦｃＲまたはサイトカイン受容体への結合など）を保持する限り、２つの分子に結合する任意の化学反応によって達成することができる。この結合は、多くの化学的機構、例えば共有結合、親和性結合、インターカレーション、配位結合および錯化を含み得る。いくつかの実施形態では、結合は共有結合である。共有結合は、既存の側鎖の直接縮合または外部架橋分子の組み込みのいずれかによって達成することができる。多くの二価または多価連結剤は、本発明の抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体に第二の部分などのタンパク質分子をカップリングするのに有用である。例えば、代表的なカップリング剤は、チオエステル、カルボジイミド、スクシンイミドエステル、ジイソシアネート、グルタルアルデヒド、ジアゾベンゼンおよびヘキサメチレンジアミンなどの有機化合物を含むことができる。この列挙は、当技術分野で公知の様々なクラスのカップリング剤を網羅することを意図するものではなく、むしろ、より一般的なカップリング剤の例である（あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれるＫｉｌｌｅｎ ａｎｄ Ｌｉｎｄｓｔｒｏｍ，Ｊｏｕｒ．Ｉｍｍｕｎ．１３３：１３３５－２５４９（１９８４）；Ｊａｎｓｅｎら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ６２：１８５－２１６（１９８２）；およびＶｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８（１９８７）を参照のこと）。
本出願において適用され得るリンカーは、文献に記載されている（例えば、参照によりその全体があらゆる目的のために組み込まれる、ＭＢＳ（Ｍ－マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル）の使用を記載しているＲａｍａｋｒｉｓｈｎａｎ，Ｓ．ら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４４：２０１－２０８（１９８４）を参照のこと）。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される非ペプチドリンカーとしては：（ｉ）ＥＤＣ（１－エチル－３－（３－ジメチルアミノ－プロピル）カルボジイミド塩酸塩；（ｉｉ）ＳＭＰＴ（４－スクシンイミジルオキシカルボニル－アルファ－メチル－アルファ－（２－プリジル－ジチオ）－トルエン（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍ．Ｃｏ．，Ｃａｔ．（２１５５８Ｇ）；（ｉｉｉ）ＳＰＤＰ（スクシンイミジル－６［３－（２－ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ヘキサノエート（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍ．Ｃｏ．，Ｃａｔ＃２１６５１Ｇ）；（ｉｖ）スルホ－ＬＣ－ＳＰＤＰ（スルホスクシンイミジル６［３－（２－ピリジルジチオ）－プロピアンアミド］ヘキサノエート（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍ．Ｃｏ．Ｃａｔ．＃２１６５－Ｇ）；および（ｖ）ＥＤＣにコンジュゲートしたスルホ－ＮＨＳ（Ｎ－ヒドロキシスルホ－スクシンイミド：Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍ．Ｃｏ．，Ｃａｔ．＃２４５１０）が挙げられる。
上記のリンカーは、異なる属性を有する成分を含有し、したがって異なる物理化学的特性を有するＰＬＡ２Ｇ２Ｄに結合する薬剤（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫コンジュゲートまたは融合タンパク質など）をもたらす。例えば、アルキルカルボキシレートのスルホ－ＮＨＳエステルは、芳香族カルボキシレートのスルホ－ＮＨＳエステルよりも安定である。ＮＨＳエステル含有リンカーは、スルホ－ＮＨＳエステルよりも可溶性が低い。また、リンカーＳＭＰＴは、立体障害ジスルフィド結合を含み、安定性の高い融合タンパク質を形成することができる。ジスルフィド結合はインビトロで切断されて利用可能な融合タンパク質が少なくなるため、ジスルフィド結合は一般に、他の結合よりも安定性が低い。特に、スルホ－ＮＨＳは、カルボジイミド・カップリングの安定性を高めることができる。カルボジイミド・カップリング（ＥＤＣなど）は、スルホ－ＮＨＳと組み合わせて使用すると、カルボジイミド・カップリング反応単独よりも加水分解に対して耐性の高いエステルを形成する。
Ｂ．阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドまたはその変異体
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ（例えば、野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ）と免疫細胞との間の結合を完全にまたは部分的に遮断する（例えば、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄと免疫細胞との間の結合を少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％遮断する）阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドの使用を含む。本出願は、一態様では、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む新規の天然に存在しないポリペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは可溶性ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは膜に結合している。いくつかの実施形態では、膜結合阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは免疫細胞に結合するが、免疫細胞におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を誘因しない。いくつかの実施形態では、膜結合阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは免疫細胞に結合し、免疫細胞におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を減衰させる。いくつかの実施形態では、膜結合阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、遺伝子編集システムまたはｍＲＮＡ送達ビヒクルによって導入される。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、天然に存在するＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、天然に存在するＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、自己免疫疾患または炎症性疾患（慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）など）を有するヒトに由来する。一部の実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、Ｔａｋａｂａｔａｋｅら（Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ．２００５ Ｎｏｖ １；１７２（９）：１０９７－１０４）またはＩｇａｒａｓｈｉら（Ｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ．２００９；７８（３）：３１２－２１）に記載される多型に対応する位置に突然変異を有する。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号１または５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置に突然変異を含む。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号３、４、７、または８のアミノ酸配列またはその変異体を含む。いくつかの実施形態では、変異体は、配列番号３、４、７、または８のアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％）の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号５によるＧ８０に対応する位置に突然変異を含む。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号９または１０のアミノ酸配列またはその変異体を含む。いくつかの実施形態では、変異体は、配列番号９または１０のアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％）の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号５による、ａ）位置６７のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置の突然変異、およびｂ）Ｇ８０に対応する位置の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号１１または１２のアミノ酸配列またはその変異体を含む。いくつかの実施形態では、変異体は、配列番号１１または１２のアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％）の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、２２、２３、２５、２６、２７、３１、３６、３７、３８、４２、４３、５５、５９、６２、６５、６６、７２、７３、７６、７７、８０、８１、８３、８４、８５、８７、８９、９０、９２、９３、９４、９６、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０８、１１０、１１４、１１５、１１７、１１９、１２０、１２３、１２４、１２７、１２９、１３０、１３１、１３２、１３４、１３５、１３６、１３７、１３９、１４１、１４４、および１４５の位置にある残基のうちの少なくとも１つまたは複数（例えば約少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４５、５０、またはすべて）をさらに含み、アミノ酸ナンバリングは配列番号１に基づく。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、２２、２６、３１、３６、４２、４３、７２、７３、７６、７７、８０、８１、８３、８５、８７、８９、９０、９２、９４、９６、１００、１０１、１０２、１０３、１０６、１１０、１１４、１１５、１１７、１２０、１３４、１３５、１３６、１４１、または１４４の位置にある残基のうちの少なくとも１つまたは複数（例えば約少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、またはすべて）をさらに含み、アミノ酸ナンバリングは配列番号１に基づく。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異体は天然変異体である。いくつかの実施形態では、変異体は非保存的置換を含まない。いくつかの実施形態において、変異体は、１またはそれを超える保存的置換のみを含む。いくつかの実施形態では、１またはそれを超える保存的置換は、「好ましい置換」という見出しの下の以下の表１に示される置換を含むかまたはこれからなる。
Figure 2023513477000002
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄよりも高い親和性で免疫細胞に結合する。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄと免疫細胞との間の結合のＫＤの最大半分、１／５、１／１０、１／２０、１／５０、１／１００、１／１０００で免疫細胞に結合する。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、安定化ドメインをさらに含む。安定化ドメインは、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを安定化する（例えば、インビボでの阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドの半減期の延長させる）任意のドメインであり得る。いくつかの実施形態において、安定化ドメインは、Ｆｃフラグメントを含む。例示的なＦｃフラグメントには、「Ｆｃフラグメント」の章に記載されているものが含まれる。
いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、約５０～約１０００アミノ酸長、例えば約５０～８００、５０～５００、５０～４００、５０～３００または５０～２００アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、阻害性ポリペプチドは、約５０～約１００アミノ酸、約１００～約１５０アミノ酸、または約１５０アミノ酸～約２００アミノ酸長さである。
Ｃ．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする核酸薬剤
いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ（ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄなど）を標的とする核酸薬剤（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡなど）を含む。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ｓｉＲＮＡまたはＲＮＡｉを含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、アンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、短いヘアピンリボ核酸（ｓｈＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）を含む。
当業者は、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）またはｓｉＲＮＡ特異的標的化ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを選択し得る。選択される核酸は、ＲＮＡｉもしくはｓｉＲＮＡ、またはそのような産物をコードする核酸であるときがある。本明細書で使用される「ＲＮＡｉ」という用語は、特定のｍＲＮＡの分解を媒介し、遺伝子発現を低下または排除するために使用することもできる二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を指す。本明細書で使用される「低分子干渉核酸」、「ｓｉＮＡ」、「低分子干渉ＲＮＡ」、「ｓｉＲＮＡ」、「低分子干渉核酸分子」、「低分子干渉オリゴヌクレオチド分子」、または「化学修飾低分子干渉核酸分子」という用語は、遺伝子に対する任意の核酸分子を指す。例えば、ｓｉＲＮＡは、例えばＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」または遺伝子サイレンシングを配列特異的に媒介することによって、遺伝子発現またはウイルス複製を阻害または下方制御することができる。例えば、Ｚａｍｏｒｅら、２０００，Ｃｅｌｌ，１０１，２５－３３；Ｂａｓｓ，２００１，Ｎａｔｕｒｅ，４１１，４２８－４２９；Ｅｌｂａｓｈｉｒら、２００１，Ｎａｔｕｒｅ，４１１，４９４－４９８；およびＫｒｅｕｔｚｅｒら、国際公開第ＷＯ００／４４８９５号；Ｚｅｒｎｉｃｋａ－Ｇｏｅｔｚら、国際公開第ＷＯ ０１／３６６４６号；Ｆｉｒｅ，国際公開第ＷＯ９９／３２６１９号；Ｐｌａｅｔｉｎｃｋら、国際公開第ＷＯ００／０１８４６号；ＭｅｌｌｏおよびＦｉｒｅ，国際公開第ＷＯ０１／２９０５８号；Ｄｅｓｃｈａｍｐｓ－Ｄｅｐａｉｌｌｅｔｔｅ，国際公開第ＷＯ９９／０７４０９号；およびＬｉら、国際公開第ＷＯ００／４４９１４号；Ａｌｌｓｈｉｒｅ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８１８－１８１９；Ｖｏｌｐｅら、２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８３３－１８３７；Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２１５－２２１８；およびＨａｌｌら、２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２３２－２２３７；Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ ａｎｄ Ｚａｍｏｒｅ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２０５６－６０；ＭｃＭａｎｕｓら、２００２，ＲＮＡ，８，８４２－８５０；Ｒｅｉｎｈａｒｔら、２００２，Ｇｅｎｅ＆Ｄｅｖ．，１６，１６１６－１６２６；およびＲｅｉｎｈａｒｔ＆Ｂａｒｔｅｌ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８３１）を参照のこと。ｓｉＲＮＡの長さは、毒性を示さない限り、特に制限されない。修飾ＲＮＡｉおよびｓｉＲＮＡの例としては、ＳＴＥＡＬＴＨ（商標）形態（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ．）、米国特許出願公開第２００４／００１４９５６号（出願番号１０／３５７，５２９）および２００５年２月２日に出願された米国特許出願公開第１１／０４９，６３６号）、および以下に記載される他の形態を含む。
ｓｉＲＮＡは、自己相補的なセンス領域およびアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子であり得、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有する。ｓｉＲＮＡは、一方の鎖がセンス鎖であり、他方がアンチセンス鎖である２つの別々のオリゴヌクレオチドから組み立てることができ、アンチセンス鎖およびセンス鎖は自己相補的である（すなわち、各鎖は、他方の鎖のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み；例えば、アンチセンス鎖およびセンス鎖が二重または二本鎖構造を形成する場合、例えば二本鎖領域は約１９塩基対である）；アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部の中のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む。あるいは、ｓｉＲＮＡは、単一オリゴヌクレオチドから組み立てられ、ｓｉＲＮＡの自己相補的センス領域およびアンチセンス領域は、核酸ベースまたは非核酸ベースのリンカー（複数可）によって連結される。ｓｉＲＮＡは、自己相補的なセンス領域およびアンチセンス領域を有する二重鎖、非対称二重鎖、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有する。ｓｉＲＮＡは、２つまたはそれを超えるループ構造を有する環状一本鎖ポリヌクレオチドならびに自己相補的センス領域およびアンチセンス領域を含むステムであり得、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、インビボまたはインビトロのいずれかでプロセシングされて、ＲＮＡｉを媒介することができる活性ｓｉＲＮＡ分子を生成することができる。ｓｉＲＮＡはまた、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含むことができ（例えば、そのようなｓｉＲＮＡ分子が、ｓｉＲＮＡ分子内に標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列の存在を必要としない場合）、一本鎖ポリヌクレオチドは、５’－ホスフェート（例えば、Ｍａｒｔｉｎｅｚら、２００２，Ｃｅｌｌ．，１１０，５６３－５７４およびＳｃｈｗａｒｚら、２００２，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ，１０，５３７－５６８を参照）または５’，３’－ジホスフェートなどの末端ホスフェート基をさらに含むことができる。特定の実施形態では、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、別個のセンス配列およびアンチセンス配列または領域を含み、センス領域およびアンチセンス領域は、当技術分野で公知のヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合しているか、あるいはイオン性相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、および／またはスタッキング相互作用によって非共有結合している。一定の実施形態では、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。別の実施形態では、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、標的遺伝子の発現の阻害を引き起こす様式で標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。
２本のＲＮＡ鎖が対をなすｓｉＲＮＡの二本鎖ＲＮＡ部分は、完全に対をなす形態に限定されず、ミスマッチ（対応するヌクレオチドが相補的でない）、バルジ（一方の鎖の対応する相補的ヌクレオチドが欠けている）等による非対合部分を含み得る。非対合部分は、ｓｉＲＮＡ形成を妨害しない程度に含まれ得る。本明細書で使用される「バルジ」は、１～２個の非対合ヌクレオチドを含むことが多く、２本のＲＮＡ鎖が対合するｓｉＲＮＡの二本鎖ＲＮＡ領域は１～７個を含むときもあり、１～５個のバルジを含むときもある。さらに、本明細書で使用される「ミスマッチ」は、２本のＲＮＡ鎖が対合するｓｉＲＮＡの二本鎖ＲＮＡ領域に、時には１～７個、時折１～５個の数で含まれる。しばしば利用されるミスマッチでは、ヌクレオチドの一方はグアニンであり、他方はウラシルである。そのようなミスマッチは、センスＲＮＡをコードするＤＮＡにおけるＣからＴ、ＧからＡ、またはそれらの混合物への突然変異に起因するが、特にこれらに限定されない。さらに、本発明では、２つのＲＮＡ鎖が対合するｓｉＲＮＡの二本鎖ＲＮＡ領域は、バルジおよびミスマッチの両方を含有し得、これらは合計して、時には１～７個、時折１～５個の数になる。ｓｉＲＮＡの末端構造は、ｓｉＲＮＡがそのＲＮＡｉ効果に起因して標的遺伝子発現をサイレンシングすることを可能にする限り、平滑または粘着性（オーバーハング）であってもよい。
本明細書で使用される場合、ｓｉＲＮＡ分子は、ＲＮＡのみを含有する分子に限定される必要はなく、化学的に修飾されたヌクレオチドおよび非ヌクレオチドをさらに包含する。さらに、本明細書で使用される場合、ＲＮＡｉという用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティックなどの配列特異的ＲＮＡ干渉を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。例えば、本発明のｓｉＲＮＡ分子を使用して、遺伝子を転写後レベルおよび転写前レベルの両方でエピジェネティックにサイレンシングすることができる。非限定的な例では、本発明のｓｉＲＮＡ分子による遺伝子発現のエピジェネティック調節は、遺伝子発現を変化させるためのクロマチン構造のｓｉＲＮＡ媒介修飾から生じ得る（例えば、Ｖｅｒｄｅｌら、２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６７２－６７６；Ｐａｌ－Ｂｈａｄｒａら、２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６６９－６７２；Ａｌｌｓｈｉｒｅ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８１８－１８１９；Ｖｏｌｐｅら、２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８３３－１８３７；Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２１５－２２１８；およびＨａｌｌら、２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２３２－２２３７を参照のこと）。
ＲＮＡｉは、当業者に公知の方法によって設計され得る。一例では、ｓｉＲＮＡは、機能性に基づいてＲＮＡｉ配列、例えば１０００個の配列を分類することによって設計され得、官能基は８５％を超えるノックダウン活性を有すると分類され、非官能基は８５％未満のノックダウン活性を有すると分類される。官能基および非官能基の両方について、全ＲＮＡｉ標的配列について塩基組成の分布を計算した。次いで、官能基および非官能基の塩基分布の比を使用して、ＲＮＡｉ配列の各位置に対するスコアマトリックスを構築することができる。所与の標的配列について、各位置の塩基がスコア化され、次いで、すべての位置の乗算の対数比が最終スコアとされる。このスコアシステムを使用して、機能的ノックダウン活性と対数比スコアとの非常に強い相関が見出され得る。標的配列が選択されると、それは、Ｕｎｉｇｅｎｅデータベースに対する高速ＮＣＢＩ ｂｌａｓｔ および低速Ｓｍｉｔｈ Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム検索の両方によってフィルタリングされ、遺伝子特異的ＲＮＡｉまたはｓｉＲＮＡを同定することができる。最後の１２塩基において少なくとも１つのミスマッチを有する配列が選択され得る。
アンチセンス核酸は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄをコードする核酸を阻害するために当業者によって設計、調製および／または利用され得る。「アンチセンス」核酸は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄまたはフラグメントをコードする「センス」核酸に相補的なヌクレオチド配列を指す（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に相補的である）。アンチセンス核酸は、コード鎖全体、またはその一部、またはその実質的に同一の配列に相補的であり得る。別の実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。
アンチセンス核酸は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄヌクレオチド配列によってコードされるｍＲＮＡのコード領域全体に相補的であり得、多くの場合、アンチセンス核酸は、ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対するオリゴヌクレオチドアンチセンスである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域、例えば、目的の標的遺伝子ヌクレオチド配列の－１０領域と＋１０領域との間の領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約７、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０またはそれを超えるヌクレオチド長であり得る。アンチセンス核酸は、標準的な手順を使用して化学合成または酵素ライゲーション反応を使用して構築することができる。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、または分子の生物学的安定性を増加もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二重鎖の物理的安定性を増加させるように設計された様々に修飾されたヌクレオチドを使用して化学的に合成することができる（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドを使用することができる）。アンチセンス核酸はまた、核酸がアンチセンス配向でサブクローニングされた発現ベクターを使用して生物学的に産生され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下のサブセクションでさらに説明される、目的の標的核酸に対するアンチセンス配向である。）。
対象において利用される場合、アンチセンス核酸は、典型的には、ポリペプチドをコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするかまたはそれに結合し、それにより、例えば転写および／または翻訳を阻害することによってポリペプチドの発現を阻害するように、対象に（例えば、組織部位への直接注射によって）投与されるか、またはインサイチュで生成される。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的とするように修飾され得、次いで、全身投与される。全身投与のために、アンチセンス分子は、例えば、細胞表面の受容体または抗原に結合するペプチドまたは抗体にアンチセンス核酸分子を連結することによって、選択された細胞表面上に発現される受容体または抗原に特異的に結合するように修飾され得る。本明細書に記載のベクターを使用して、アンチセンス核酸分子を細胞に送達することもできる。十分な細胞内濃度のアンチセンス分子は、ｐｏｌ ＩＩまたはｐｏｌ ＩＩＩプロモーターなどの強力なプロモーターをベクター構築物に組み込むことによって達成される。アンチセンス核酸分子は、アルファ－アノマー核酸分子であるときがある。アルファ－アノマー核酸分子は、通常のベータ単位とは対照的に、鎖が互いに平行に走る相補的ＲＮＡと特異的二本鎖ハイブリッドを形成する（Ｇａｕｌｔｉｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１５：６６２５－６６４１（１９８７））。アンチセンス核酸分子はまた、２’－ｏ－メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：６１３１－６１４８（１９８７））またはキメラＲＮＡ－ＤＮＡ類似体（Ｉｎｏｕｅら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．２１５：３２７－３３０（１９８７））を含むことができる。アンチセンス核酸は、ＤＮＡもしくはＰＮＡまたは前述の任意の他の核酸誘導体から構成されるときがある。
いくつかの実施形態では、アンチセンス核酸はリボザイムである。Ａｉｄヌクレオチド配列に対する特異性を有するリボザイムは、そのようなヌクレオチド配列に相補的な１またはそれを超える配列、およびｍＲＮＡ切断を担う公知の触媒領域を有する配列（例えば、米国特許第．５，０９３，２４６号またはＨａｓｅｌｈｏｆｆ ａｎｄ Ｇｅｒｌａｃｈ，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５８５－５９１（１９８８））を含み得る。例えば、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ Ｌ－１９ ＩＶＳ ＲＮＡの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列がｍＲＮＡにおいて切断されるヌクレオチド配列に相補的である場合に利用されることがある（例えば、Ｃｅｃｈら、米国特許第４，９８７，０７１号；およびＣｅｃｈら、米国特許第５，１１６，７４２号）。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ ｍＲＮＡ配列はまた、ＲＮＡ分子のプールから特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡを選択するために利用され得る（例えば、Ｂａｒｔｅｌ＆Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１４１１－１４１８（１９９３））。
いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする核酸薬剤は、Ａｉｄ核酸と三重らせん構造を形成することができる核酸である。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現は、本明細書で言及されるヌクレオチド配列または実質的に同一の配列の調節領域（例えば、プロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化して、標的細胞における遺伝子の転写を妨げる三重らせん構造を形成することによって阻害され得る（例えば、Ｈｅｌｅｎｅ，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．６（６）：５６９－８４（１９９１）；Ｈｅｌｅｎｅら、Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７－３６（１９９２）；およびＭａｈｅｒ，Ｂｉｏａｓｓａｙｓ １４（１２）：８０７－１５（１９９２）を参照のこと。三重らせん形成は、「スイッチバック」核酸分子を生成することによって増強され得る。スイッチバック分子は、最初に二重鎖の一方の鎖と、次いで他方の鎖と塩基対合するように、交互の５’－３’、３’－５’様式で合成され、二重鎖の一方の鎖にプリンまたはピリミジンのかなりのストレッチが存在する必要性を排除する。
Ｄ．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするゲノム編集システム
いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするゲノム編集システムを含む。いくつかの実施形態では、ゲノム編集システムは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの標的ＤＮＡ配列のゲノム編集を誘導するための操作された（例えば、プログラム可能または標的化可能な）ＤＮＡヌクレアーゼなどのＤＮＡヌクレアーゼを含む。ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓ）ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、他のエンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼ、それらの変異体、それらのフラグメント、およびそれらの組み合わせを含むがこれらに限定されない任意の適切なＤＮＡヌクレアーゼを使用することができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、改変ＰＬＡ２Ｇ２Ｄが免疫細胞（例えばＴ細胞、例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）をもはや抑制しないか、または野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄよりも少ない程度にしか免疫細胞を抑制しないように、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを改変することを含む。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、改変ＰＬＡ２Ｇ２Ｄが免疫細胞（例えばＴ細胞、例えば活性化Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、例えば活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）にもはや結合しないか、または野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄよりも少ない程度にしか免疫細胞に結合しないように、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを改変することを含む。いくつかの実施形態では、改変は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの変異体（本明細書に記載のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの変異体のいずれかなど）を含む導入遺伝子を挿入することを含む。いくつかの実施形態では、変異体ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、配列番号１に基づくＨ６７に突然変異を有する。いくつかの実施形態では、変異体ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、配列番号１に基づくＨ６７Ａ突然変異を有する。
Ｅ．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する薬剤
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する（すなわち、脂肪酸を加水分解する）薬剤を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄの酵素活性を特異的に阻害する薬剤を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、配列番号１または５に示されるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８ Ｄｙａｄの酵素活性を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％特異的に低下させる薬剤を含む。
いくつかの実施形態では、薬剤は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄへのカルシウムの結合を妨害する。いくつかの実施形態では、薬剤は、配列番号１または５によるＨ４７、Ｇ４９、Ｇ５１、およびＤ６８のうちの１つまたは複数の残基へのカルシウムの結合を遮断する。
疾患または症状
本明細書中に記載される方法は、疾患のあまり効果的でない処置に少なくとも部分的に寄与する免疫応答が身体において抑制される疾患および症状に適用可能である。例示的な疾患には、癌または感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）が含まれる。
癌
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される疾患または症状は、癌である。本明細書中に記載される方法のいずれかを使用して処置され得る癌には、任意のタイプの癌が含まれる。本出願に記載の薬剤で処置される癌のタイプには、癌腫、芽細胞腫、肉腫、良性および悪性腫瘍、ならびに悪性腫瘍、例えば肉腫、癌腫、および黒色腫が含まれるが、これらに限定されない。成人腫瘍／癌および小児腫瘍／癌も含まれる。
様々な実施形態において、癌は、早期癌、非転移性癌、原発性癌、進行癌、局所進行癌、転移性癌、寛解状態の癌、再発性癌、アジュバント環境における癌、ネオアジュバント環境における癌、または治療に対して実質的に抵抗性の癌である。
いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍である。
いくつかの実施形態では、癌は液体腫瘍である。
いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルよりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％高い場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが（例えば、免疫組織化学によって評価される）、参照組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルの少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、または５０倍である場合、癌組織はＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高い発現レベルを有する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルは、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄの平均発現レベルである。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカー（例えば、高Ｍ２マクロファージ、またはＰＤ－１もしくはＰＤ－Ｌ１などの免疫チェックポイント剤の高発現）によって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。
いくつかの実施形態では、癌組織は、癌組織中に高いＴ細胞浸潤（例えば、高ＣＤ３Ｔ細胞、高ＣＤ８Ｔ細胞、高ＣＤ４Ｔ細胞、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ８Ｔ細胞、または活性化ＣＤ４Ｔ細胞）を有する。いくつかの実施形態では、癌組織は、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数よりも少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％多い場合、高いＴ細胞浸潤を有する。いくつかの実施形態では、癌中のＴ細胞の数が、参照組織中の対応するＴ細胞の数の少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍である場合、高いＴ細胞浸潤が存在する。いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織中の対応するＴ細胞の数は、同一または類似の癌を有する個体の群（１０、３０、５０、１００個体など）中の同じ組織中の対応するＴ細胞の平均数である。いくつかの実施形態では、参照組織は、バイオマーカー（例えば、高Ｍ２マクロファージ、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１などの免疫チェックポイント剤の高発現、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高発現レベル）によって示されるように、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。
いくつかの実施形態では、癌は、参照組織と比較して、癌組織中の免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態では、癌は、参照組織と比較して、癌組織中の活性化免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態において、癌組織は、参照組織と比較して、サイトカイン（例えば、炎症促進性サイトカイン、例えば、ＩＦＮγまたはＩＬ－２）の低下したレベル（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）を有する。
いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織は、癌も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。免疫応答の抑制は、ａ）免疫細胞（例えば、ＣＤ３＋細胞）の数；ｂ）免疫細胞の増殖／拡大状態；ｃ）免疫細胞の活性化状態；および／またはｄ）サイトカインレベルを測定することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、ａ）～ｄ）のうちのいずれか１つまたは複数は、癌組織において測定される。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞など）である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞など）である。
本出願の方法によって処置され得る癌の例としては、限定されないが、肛門癌、星細胞腫（例えば、小脳および大脳）、基底細胞癌腫、膀胱癌腫、骨癌、（骨肉腫および悪性線維性組織球腫）、脳腫瘍（例えば、神経膠腫、脳幹神経膠腫、小脳または大脳星細胞腫（例えば、星状細胞腫、悪性神経膠腫、髄芽腫および神経膠芽腫）、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌（例えば、子宮癌）、食道癌、眼癌（例えば、眼内黒色腫および網膜芽細胞腫）、胃部（胃）癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌、肝細胞（肝臓）癌（例えば、肝癌腫および肝細胞腫）、肝臓癌、肺癌（例えば、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、および肺の扁平上皮癌腫）、髄芽腫、黒色腫、中皮腫、骨髄異形成症候群、鼻咽頭癌、神経芽腫、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、腹膜の癌、下垂体腫瘍、直腸癌、腎癌、腎盂および尿管癌（移行細胞癌）、横紋筋肉腫、皮膚癌（例えば、非黒色腫（例えば、扁平上皮癌）、黒色腫およびメルケル細胞癌腫）、小腸癌、扁平上皮癌、精巣癌、甲状腺癌、および結節性硬化症が挙げられる。癌のさらなる例は、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，１９ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，§ｏｎ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｍｅｒｃｋ Ｓｈａｒｐ＆Ｄｏｈｍｅ Ｃｏｒｐ．，２０１１（ＩＳＢＮ ９７８－０－９１１９１０－１９－３）；Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，§ｏｎ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｍｅｒｃｋ Ｓｈａｒｐ＆Ｄｏｈｍｅ Ｃｏｒｐ．，２０１８（ＩＳＢＮ ９７８－０－９１１－９１０４２－１）（Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌｓのインターネット・ウェブサイトの２０１８ 年デジタルオンライン版）；およびＳＥＥＲ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｃｏｄｉｎｇ ａｎｄ Ｓｔａｇｉｎｇ Ｍａｎｕａｌ ２０１６に見出すことができ、これらはそれぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
いくつかの実施形態では、疾患または症状は結腸癌である。
いくつかの実施形態では、疾患または症状は黒色腫である。
いくつかの実施形態では、疾患または症状はＴ細胞リンパ腫である。
感染性疾患
いくつかの実施形態では、疾患または症状は感染性疾患である。いくつかの実施形態では、感染性疾患はウイルス感染性疾患である。
いくつかの実施形態では、ウイルス感染性疾患は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、ピコルナウイルス、ポリオウイルス、エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、インフルエンザウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス、風疹ウイルス、脳炎ウイルス、狂犬病ウイルス、ヘルペスウイルス、パピローマウイルス、ポリオーマウイルス、ＲＳＶ、アデノウイルス、黄熱病ウイルス、デングウイルス、パラインフルエンザウイルス、出血性ウイルス、水痘ウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、パラインフルエンザウイルス、レオウイルス、オルビウイルス、ロタウイルス、パルボウイルス、アフリカブタ熱ウイルス、麻疹、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、２０１９－ｎＣｏＶ）、エボラウイルス、流行性耳下腺炎またはノーウォークウイルスによる感染を特徴とする。いくつかの実施形態では、ウイルス感染性疾患は、ＣＭＶ、ＥＢＶ、ＨＢＶ、ＫＳＨＶ、ＨＰＶ、ＭＣＶ、ＨＴＬＶ－１、ＨＩＶ－１、またはＨＣＶなどの発癌性ウイルスによる感染を特徴とする。いくつかの実施形態では、ウイルス感染性疾患の発症および／または進行に関与するタンパク質をコードする１またはそれを超える遺伝子には、ＲＳＶヌクレオカプシド、Ｐｒｅ－ｇｅｎ／Ｐｒｅ－Ｃ、Ｐｒｅ－Ｓ１、Ｐｒｅ－Ｓ２／Ｓ、Ｘ、ＨＢＶ保存配列、ＨＩＶ Ｇａｇポリタンパク質（ｐ５５）、ＨＩＶ Ｐｏｌポリタンパク質、ＨＩＶ Ｇａｇ－Ｐｏｌ前駆体（ｐ１６０）、ＨＩＶマトリックスタンパク質（ＭＡ、ｐ１７）、ＨＩＶカプシドタンパク質（ＣＡ、ｐ２４）、ＨＩＶスペーサーペプチド１（ＳＰ１、ｐ２）、ＨＩＶヌクレオカプシドタンパク質（ＮＣ、ｐ９）、ＨＩＶスペーサーペプチド２（ＳＰ２、ｐ１）、ＨＩＶ Ｐ６タンパク質、ＨＩＶ逆転写酵素（ＲＴ、ｐ５０）、ＨＩＶ ＲＮａｓｅ Ｈ（ｐ１５）、ＨＩＶインテグラーゼ（ＩＮ、ｐ３１）、ＨＩＶプロテアーゼ（ＰＲ、ｐ１０）、ＨＩＶ Ｅｎｖ（ｇｐ１６０）、ｇｐ１２０、ｇｐ４１、ＨＩＶトランス活性化因子（Ｔａｔ）、ビリオンタンパク質の発現のＨＩＶ調節因子（Ｒｅｖ）、ＨＩＶレンチウイルスタンパク質Ｒ（Ｖｐｒ）、ＨＩＶ Ｖｉｆ、ＨＩＶ陰性因子（Ｎｅｆ）、ＨＩＶウイルスタンパク質Ｕ（Ｖｐｕ）、ヒトＣＣＲ５、ｍｉＲ－１２２、ＥＢＯＶポリメラーゼＬ、ＶＰ２４、ＶＰ４０、ＧＰ／ｓＧＰ、ＶＰ３０、ＶＰ３５、ＮＰＣ１、およびＴＩＭ－１（これらの突然変異体を含む）をコードする遺伝子が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ウイルス感染性疾患は、コロナウイルスによる感染を特徴とする。いくつかの実施形態では、ウイルス感染性疾患は、インフルエンザウイルスによる感染を特徴とする。
感染部位とは、ウイルスがかなりの数で出現し、および／またはかなりの損傷を引き起こす体内の組織を指す。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織と比較して、増加した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する。いくつかの実施形態では、感染部位におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、参照組織と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％増加する。いくつかの実施形態では、感染部位におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、参照組織と比較して、少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、または５倍増加する。
いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織と比較して、感染部位中の免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態では、感染部位は、参照組織と比較して、感染部位中の活性化免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態において、感染部位は、参照組織と比較して、サイトカイン（例えば、炎症促進性サイトカイン、例えば、ＩＦＮγまたはＩＬ－２）の低下したレベル（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）を有する。
いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織は、ウイルス感染（同じタイプのウイルス感染など）も有するが感染部位での免疫応答の抑制が少ない個体における対応する組織である。免疫応答の抑制は、ａ）免疫細胞の数；ｂ）免疫細胞の増殖／拡大状態；ｃ）免疫細胞の活性化状態；および／またはｄ）サイトカインレベルを測定することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、循環中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞など）である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞など）である。
個体
いくつかの実施形態では、個体は、哺乳動物（ヒトなど）である。
いくつかの実施形態では、個体は、疾患組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高発現に基づいて、処置のために選択される。いくつかの実施形態では、組織は癌組織である。いくつかの実施形態では、組織は感染部位である。
いくつかの実施形態では、感染部位におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、参照組織と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％増加する。いくつかの実施形態では、感染部位におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、参照組織と比較して、少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、または５倍増加する。
いくつかの実施形態では、個体は、抑制された免疫応答の指標に基づいて、処置のために選択される。いくつかの実施形態では、個体は、疾患組織において抑制された免疫応答を有する。いくつかの実施形態では、組織は癌組織である。いくつかの実施形態では、組織は感染部位である。
上記のように、免疫応答の抑制は、ａ）免疫細胞の数；ｂ）免疫細胞の増殖／拡大状態；ｃ）免疫細胞の活性化状態；および／またはｄ）サイトカインレベルを測定することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、循環中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞など）である。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞（活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞など）である。
いくつかの実施形態では、個体は、参照組織と比較して、組織（癌組織または感染部位など）中の免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態では、個体は、参照組織と比較して、組織（癌組織または感染部位など）中の活性化免疫細胞（例えば、活性化Ｔ細胞、活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞、または活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞）の数が低下（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）している。いくつかの実施形態では、個体は、参照組織と比較して、組織（例えば癌組織または感染部位）中のサイトカイン（例えば、炎症促進性サイトカイン、例えば、ＩＦＮγまたはＩＬ－２）の低下したレベル（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％の低下）を有する。
いくつかの実施形態では、参照組織は、健常個体における対応する組織である。いくつかの実施形態では、参照組織は、同一または類似の疾患または症状も有するが癌組織における免疫応答の抑制がより少ない個体における対応する組織である。
いくつかの実施形態では、個体は、免疫系が損なわれている。
いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも約６０、６５、７０、７５、８０、８５、または９０歳である。
いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも１つの以前の治療を有する。いくつかの実施形態では、以前の治療は、放射線治療、化学療法および／または免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、個体は、以前の治療に対して抵抗性、難治性、または再発性である。
併用療法
本出願はまた、疾患または症状（癌または感染性疾患など）を処置するために、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを個体に投与する方法であって、第二の薬剤または治療を投与することをさらに含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は、疾患または症状を処置するための標準的なまたは一般的に使用される薬剤または治療である。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、第二の薬剤または治療と同時に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、第二の薬剤または治療と共に投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、第二の薬剤または治療と逐次的に投与される。
癌のための例示的な併用療法
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は化学療法剤を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は手術を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は放射線治療を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は細胞治療（例えば、免疫細胞（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）を含む細胞治療）を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療は血管形成阻害剤を含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤は化学療法剤である。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は代謝拮抗剤である。いくつかの実施形態では、代謝拮抗剤は５－ＦＵである。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤は免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、抗ＰＤ－１抗体またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、抗ＰＤ－Ｌ１抗体またはそのフラグメントである。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞（例えば免疫細胞、例えばＴ細胞）を含む。
感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）のための例示的な併用療法。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はヌクレオチド類似体を含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はヌクレオシド類似体を含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はプロテアーゼ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はロピナビルを含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はリトナビルを含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はノイラミニダーゼ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はザナミビルを含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はオセルタミビルを含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はペラミビルを含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はＣａｐ依存性エンドヌクレアーゼ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はバロキサビルを含む。
いくつかの実施形態では、第二の薬剤または治療はシアリダーゼを含む。
第二の薬剤およびアンタゴニストは、逐次的に、共にまたは同時に投与することができる。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、アンタゴニストの前に投与される。いくつかの実施形態では、第二の薬剤は、アンタゴニストの後に投与される。
投与レジメンおよび投与経路
個体（ヒトなど）に投与される本明細書に記載されるアンタゴニストおよびいくつかの実施形態では第二の薬剤の用量は、特定の組成物、投与方法、ならびに処置される疾患または症状の特定の種類およびステージによって異なり得る。量は、疾患または症状に対する治療応答などの望ましい応答をもたらすのに十分でなければならない。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤の量は、治療有効量である。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、個体における免疫応答の抑制を低下させるのに十分な量である。免疫応答の抑制の低下の有無および抑制の低下の程度は、以下のいずれかによって示すことができる。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、アンタゴニストの投与後に免疫細胞（例えばＴ細胞、例えばＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）の数を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％増加させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、循環中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、免疫細胞は骨髄細胞（樹状細胞など）を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＮＫ細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞の数は、アンタゴニストの投与後約１、２、３、４、５、６、または７日に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、アンタゴニストの投与後に活性化免疫細胞（例えば活性化ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）の数を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％増加させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、循環中の活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、免疫細胞は骨髄細胞（樹状細胞など）を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＮＫ細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、活性化免疫細胞の数は、アンタゴニストの投与後約１、２、３、４、５、６、または７日に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、アンタゴニストの投与後に免疫細胞または活性化免疫細胞の増殖を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％増加させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、循環中の免疫細胞または活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の免疫細胞または活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の免疫細胞または活性化免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、免疫細胞は骨髄細胞（樹状細胞など）を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞はＮＫ細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞または活性化免疫細胞の増殖は、アンタゴニストの投与後約１、２、３、４、５、６、または７日に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、アンタゴニストの投与後にサイトカインレベル（例えば、炎症促進性サイトカイン、例えば、ＩＦＮγまたはＩＬ－２）を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％増加させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、疾患組織中のサイトカインレベルが評価される。いくつかの実施形態では、サイトカインのレベルは、アンタゴニストの投与後約１、２、３、４、５、６、または７日に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、投与後に抑制性免疫細胞を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、抑制性免疫細胞は制御性Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、抑制性免疫細胞は骨髄由来サプレッサー細胞を含む。いくつかの実施形態では、循環中の抑制性免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、疾患組織中の抑制性免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、リンパ組織（リンパ節など）中の抑制性免疫細胞が評価される。いくつかの実施形態では、抑制性免疫細胞の数は、アンタゴニストの投与後約１、２、３、４、５、６、または７日に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、アンタゴニストの投与後に個体における体液性免疫応答を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％増加させるのに十分な量である。体液性免疫応答は、疾患関連抗原を標的とする抗体（ＩｇＧ抗体など）または循環中にそのような抗体を産生する形質芽細胞を測定することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、体液性免疫応答は、アンタゴニストの投与後約７～２８日（例えば、約７～１４日）に評価される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストの量は、処置前の同じ個体における対応する腫瘍サイズ、癌細胞の数、または腫瘍成長速度と比較して、または処置を受けていない他の個体における対応する活性と比較して、腫瘍のサイズの低下をもたらす、癌細胞の数を低下させる、または腫瘍の成長速度を少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％のいずれか低下させるのに十分な量である。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、約０．００１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ総体重、例えば、約０．００５μｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１μｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１μｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。
本明細書に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤組成物は、静脈内、動脈内、腹腔内、膀胱内、皮下、髄腔内、肺内、筋肉内、気管内、眼内、局所、経皮、経口、または吸入によって投与される。いくつかの実施形態では、アンタゴニストおよび／または第二の薬剤は、静脈内投与される。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織に直接投与される。
ＩＩＩ．診断および予後診断の方法
本明細書で提供されるのはまた、個体を診断または予後診断する方法であって、ＩＩ章に記載の処置または免疫療法を含む異なる治療に対する個体の適合性を判定すること、ＩＩ章に記載の方法または異なる治療に対する個体の応答性の可能性を判定することを含む方法を含む。
いくつかの実施形態では、個体の疾患組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現のレベルを測定することを含む、個体の処置に対する適合性を判定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、個体は癌を有し、組織は腫瘍組織である。いくつかの実施形態では、個体は、感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）を有し、組織は感染部位である。
いくつかの実施形態では、癌（固形腫瘍など）を有する個体における予後診断の方法であって、インビトロまたはインビボで腫瘍サンプル中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルを測定することを含み、参照レベルと比較してより高いＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、治療（免疫療法など）に応答しないかまたはほとんど応答しない可能性がより高いことを示す方法が提供される。いくつかの実施形態では、参照レベルは、個体における非腫瘍サンプルまたは癌を有しない異なる個体（または個体群）における対応する組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現（平均ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現など）のレベルである。
いくつかの実施形態では、感染性疾患（ウイルス感染性疾患など）を有する個体における予後診断の方法であって、インビトロまたはインビボで感染部位由来のサンプル中のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルを測定することを含み、参照レベルと比較してより高いＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現レベルは、治療（免疫療法など）に応答しないかまたはほとんど応答しない可能性がより高いことを示す方法が提供される。いくつかの実施形態では、参照レベルは、個体における非感染部位サンプルまたは感染性疾患を有しない異なる個体（または個体群）における対応する組織におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現（平均ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ発現など）のレベルである。
いくつかの実施形態では、治療は細胞治療（ＣＡＲ－Ｔ細胞治療など）を含む。
いくつかの実施形態では、治療は、個体における免疫応答の抑制を評価することをさらに含む。免疫応答抑制を評価する例示的な方法は上記で論じられる。
ＩＶ．調製方法、核酸、ベクター、宿主細胞および培養培地
いくつかの実施形態では、アンタゴニスト（例えば、本明細書に記載のＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするｓｉＲＮＡ、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ剤、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する薬剤）を調製する方法、および薬剤、核酸構築物、ベクター、宿主細胞、または薬剤の調製中に産生される培養培地を含む組成物が提供される。
ポリペプチドの発現および産生
本明細書に記載されるＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする薬剤（例えば、ＩＩ章に記載の抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分を含むポリペプチド）および阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを標的とする薬剤は、以下に記載されるものを含む、当技術分野における任意の公知の方法を使用して調製することができる。
抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分を含むポリペプチド
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするモノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得ることができ、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る天然に存在する可能性のある突然変異および／または翻訳後修飾（例えば、異性化、アミド化）を除いて同一である。したがって、修飾語「モノクローナル」は、個別の抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。例えば、モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ法を使用して作製され得るか、または組換えＤＮＡ法（米国特許第４，８１６，５６７号）によって作製され得る。ハイブリドーマ法では、マウスまたは他の適切な宿主動物、例えばハムスターまたはラマを上記のように免疫化して、免疫化に使用したタンパク質に特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生することができるリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球をインビトロで免疫化することができる。次いで、リンパ球を、ポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を使用して骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成するＧｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９－１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６）。
免疫化剤は、典型的には、抗原タンパク質またはその融合変異体を含む。一般に、ヒト起源の細胞が望まれる場合は末梢血リンパ球（「ＰＢＬ」）が使用されるか、または、非ヒト哺乳動物源が望まれる場合は脾臓細胞もしくはリンパ節細胞が使用される。次いで、ポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を使用してリンパ球を不死化細胞株と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成する。Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（１９８６），ｐｐ．５９－１０３は、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウス骨髄腫細胞株が使用される。このようにして調製されたハイブリドーマ細胞は、好ましくは、融合されていない親骨髄腫細胞の成長または生存を阻害する１またはそれを超える物質を含有する適切な培養培地に播種されて成長する。例えば、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマの培養培地には、典型的には、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンが含まれる（ＨＡＴ培地）。
好ましい不死化骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定した高レベル産生を支持し、ＨＡＴ培地などの培地に感受性であるものである。これらの中でも、ネズミ骨髄腫株、例えば、ＭＯＰＣ－２１およびＭＰＣ－１１マウス腫瘍（Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．ＵＳＡから入手可能）、およびＳＰ－２細胞（およびその誘導体、例えばＸ６３－Ａｇ８－６５３）（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．ＵＳＡ．から入手可能）に由来するものが好ましい。ヒト骨髄腫およびマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）、これらはそれぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。）。
ハイブリドーマ細胞が成長している培養培地を、抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイする。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって、またはインビトロ結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって決定される。
ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、所望の抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイすることができる。好ましくは、モノクローナル抗体の結合親和性および特異性は、免疫沈降によって、またはインビトロ結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）もしくは酵素結合アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって決定することができる。そのような技術およびアッセイは、当技術分野において公知である。例えば、結合親和性は、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｍｕｎｓｏｎら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）によって決定され得る。
所望の特異性、親和性および／または活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定された後、限界希釈手順によってクローンをサブクローニングし、標準的な方法（Ｇｏｄｉｎｇ、上記）によって成長させることができる。この目的に適した培養培地には、例えば、Ｄ－ＭＥＭまたはＲＰＭＩ－１６４０培地が含まれる。さらに、ハイブリドーマ細胞を、哺乳動物において腫瘍としてインビボで成長させることができる。
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ－セファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィなどの従来の免疫グロブリン精製手順によって培養培地、腹水、または血清から適切に分離される。
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ法、例えば米国特許第４，８１６，５６７号に記載されている方法によって、上記のとおりに作製され得る。モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され、配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、そのようなＤＮＡの好ましい供給源として働く。単離されると、ＤＮＡは発現ベクターに入れられてもよく、発現ベクターはその後、免疫グロブリンタンパク質を産生しない大腸菌細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞または骨髄腫細胞などの宿主細胞にトランスフェクトされ、そのような組換え宿主細胞においてモノクローナル抗体を合成する。抗体をコードするＤＮＡの細菌における組換え発現に関する総説論文としては、Ｓｋｅｒｒａら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：２５６－２６２（１９９３）およびＰｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｓ．１３０：１５１－１８８（１９９２）が挙げられる。
さらなる実施形態では、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２－５５４（１９９０）に記載されている技術を使用して生成された抗体ファージライブラリーから抗体を単離することができる。Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１－５９７（１９９１）（これらはそれぞれ、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる）には、ファージライブラリーを使用したマウス抗体およびヒト抗体の単離がそれぞれ記載されている。その後の刊行物は、鎖シャッフリングによる高親和性（ｎＭ範囲）のヒト抗体の産生（Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９－７８３（１９９２））、ならびにコンビナトリアル感染およびインビボ組換え（Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２１：２２６５－２２６６（１９９３））を、非常に大きなファージライブラリーを構築するための戦略として記載している。したがって、これらの技術は、モノクローナル抗体を単離するための従来のモノクローナル抗体ハイブリドーマ技術の実行可能な代替法である。
ＤＮＡはまた、例えば、相同マウス配列の代わりにヒト重鎖定常ドメインおよび軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することによって（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１（１９８４））、または非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の全部または一部を免疫グロブリンコード配列に共有結合することによって改変され得る。典型的には、そのような非免疫グロブリンポリペプチドは、抗体の定常ドメインに置換されるか、または抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインに置換されて、抗原に対して特異性を有する１つの抗原結合部位および異なる抗原に対して特異性を有する別の抗原結合部位を含むキメラ二価抗体を作製する。
本明細書に記載のモノクローナル抗体は一価であってもよく、その調製は当技術分野で周知である。例えば、１つの方法は、免疫グロブリン軽鎖および改変重鎖の組換え発現を含む。重鎖は、重鎖架橋を防ぐために、一般にＦｃ領域の任意の点でトランケートされる。あるいは、関連するシステイン残基は、架橋を防ぐために、別のアミノ酸残基で置換されていてもよく、または欠失されていてもよい。インビトロ法はまた、一価抗体を調製するのにも適している。そのフラグメント、特にＦａｂフラグメントを産生するための抗体の消化は、当技術分野で公知の日常的な技術を用いて達成することができる。
キメラ抗体またはハイブリッド抗体はまた、架橋剤を含む方法を含む合成タンパク質化学における公知の方法を使用してインビトロで調製され得る。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応を使用して、またはチオエーテル結合を形成することによって構築され得る。この目的に適した試薬の例としては、イミノチオラートおよびメチル－４－メルカプトブチリミデートが挙げられる。
ポリペプチドをコードする核酸分子
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体など）またはポリペプチド（阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドなど）のいずれか１つをコードするポリヌクレオチドが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されるような方法のいずれか１つを使用して調製されるポリヌクレオチドが提供される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の重鎖をコードするポリヌクレオチドおよび軽鎖をコードするポリヌクレオチドの両方を含む。いくつかの実施形態では、第一の核酸分子は、重鎖をコードする第一のポリヌクレオチドを含み、第二の核酸分子は、軽鎖をコードする第二のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ｓｃＦｖ（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ ｓｃＦｖ）をコードする核酸分子が提供される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
いくつかのこのような実施形態では、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の重鎖および軽鎖は、１つの核酸分子から、または２つの別個の核酸分子から、２つの別個のポリペプチドとして発現される。いくつかの実施形態では、例えば抗体がｓｃＦｖである場合、単一ポリヌクレオチドは、共に連結された重鎖と軽鎖の両方を含む単一ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、翻訳されると重鎖または軽鎖のＮ末端に位置するリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を含む。上述のように、リーダー配列は、天然の重鎖または軽鎖リーダー配列であってもよく、または別の異種リーダー配列であってもよい。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドはＤＮＡである。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドはＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。
核酸分子は、当技術分野で従来の組換えＤＮＡ技術を使用して構築され得る。いくつかの実施形態では、核酸分子は、選択された宿主細胞における発現に適した発現ベクターである。
核酸構築物
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドのいずれか１つを含む核酸構築物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の方法を使用して調製された核酸構築物が提供される。
いくつかの実施形態では、核酸構築物は、ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは遺伝子に対応し、プロモーターは遺伝子の野生型プロモーターである。
ベクター
「ベクター」、「クローニングベクター」および「発現ベクター」という用語は、宿主を遺伝子改変し、導入された配列の発現（例えば、転写および翻訳）を促進するために、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列（例えば、外来遺伝子）を宿主細胞に導入することができるビヒクルを意味する。ベクターとしては、プラスミド、合成されたＲＮＡおよびＤＮＡ分子、ファージ、ウイルスなどが挙げられる。特定の実施形態では、ベクターはウイルスベクターであり、例えば、限定されないが、ウイルスベクターは、アデノウイルス、アデノ随伴、アルファウイルス、ヘルペス、レンチウイルス、レトロウイルス、またはワクシニアウイルスである。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）のいずれか１つの重鎖および／または軽鎖をコードする任意のポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド）をコードする任意のポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の核酸構築物を含むベクターが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の方法を使用して調製されたベクターが提供される。任意のポリペプチド（抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体または阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドなど）をコードするポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。そのようなベクターとしては、限定されないが、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、ベクターは、重鎖をコードする第一のポリヌクレオチド配列および軽鎖をコードする第二のポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖および軽鎖は、２つの別個のポリペプチドとしてベクターから発現される。
いくつかの実施形態では、第一のベクターは、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の重鎖をコードするポリヌクレオチドを含み、第二のベクターは、抗体（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体）の軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、第一のベクターおよび第二のベクターは、同様の量（同様のモル量または同様の質量など）で宿主細胞にトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、第一のベクターおよび第二のベクターの５：１～１：５のモル比または質量比が宿主細胞にトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターと軽鎖をコードするベクターについて１：１～１：５の質量比が使用される。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターと軽鎖をコードするベクターについて１：２の質量比が使用される。
いくつかの実施形態では、ＣＨＯもしくはＣＨＯ由来細胞またはＮＳＯ細胞におけるポリペプチドの発現に最適化されたベクターが選択される。例示的なそのようなベクターは、例えば、Ｒｕｎｎｉｎｇ Ｄｅｅｒら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：８８０－８８９（２００４）に記載されている。
特定の実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。一定の実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、およびワクシニアウイルスベクターであり得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ベクターは非ウイルスベクターである。ウイルスベクターは、プラスミドまたはトランスポゾン（ＰｉｇｇｙＢａｃ－またはＳｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾンなど）であり得る。
宿主細胞
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意のポリペプチド、核酸構築物および／またはベクターを含む宿主細胞が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の方法を使用して調製された宿主細胞が提供される。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、発酵条件下で、本明細書に記載のポリペプチド（抗体または阻害性ポリペプチドなど）のいずれかを産生することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体または阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド）は、原核細胞、例えば細菌細胞；または真核細胞、例えば真菌細胞（酵母など）、植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞で発現され得る。そのような発現は、例えば、当技術分野で公知の手順に従って行われ得る。ポリペプチドを発現するために使用され得る例示的な真核細胞には、ＣＯＳ７細胞を含むＣＯＳ細胞；２９３－６Ｅ細胞を含む２９３細胞；ＣＨＯ細胞（ＣＨＯ－Ｓ、ＤＧ４４Ｌｅｃ１３ ＣＨＯ細胞、およびＦＵＴ８ ＣＨＯ細胞を含む）；ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）；およびＮＳＯ細胞が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体または阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド）は、酵母で発現され得る。例えば、米国特許出願公開第２００６／０２７００４５号を参照されたい。いくつかの実施形態では、特定の真核宿主細胞は、所望の抗体の重鎖および／または軽鎖に所望の翻訳後修飾を行う能力に基づいて選択される。例えば、いくつかの実施形態では、ＣＨＯ細胞は、２９３細胞で産生される同じポリペプチドよりも高いレベルのシアリル化を有するポリペプチドを産生する。
所望の宿主細胞への１またはそれを超える核酸の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染などを含むがこれらに限定されない任意の方法によって達成され得る。非限定的な例示的方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（２００１）に記載されており、参照によりその全体があらゆる目的のために組み込まれる。核酸は、任意の適切な方法に従って、所望の宿主細胞に一過性または安定にトランスフェクトされ得る。
本発明はまた、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドまたはベクターのいずれかを含む宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む宿主細胞を提供する。目的の抗体、ポリペプチドまたはタンパク質をコードする遺伝子を単離する目的で、異種ＤＮＡを過剰発現することができる任意の宿主細胞を使用することができる。哺乳動物宿主細胞の非限定的な例には、ＣＯＳ、ＨｅＬａおよびＣＨＯ細胞が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣＴ公開番号ＷＯ８７／０４４６２も参照されたい。適切な非哺乳動物宿主細胞には、原核生物（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＢ．ｓｕｂｔｉｌｌｉｓ）および酵母（例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓａｅ、Ｓ．ｐｏｍｂｅ；またはＫ．ｌａｃｔｉｓ）が含まれる。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは無細胞系で産生される。非限定的な例示的な無細胞系は、例えば、Ｓｉｔａｒａｍａｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４９８：２２９－４４（２００９）；Ｓｐｉｒｉｎ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：５３８－４５（２００４）；Ｅｎｄｏら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｄｖ．２１：６９５－７１３（２００３）に記載されている。
ポリペプチドの精製
ポリペプチド（例えば、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体、例えば阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチド）は、任意の適切な方法によって精製され得る。そのような方法には、アフィニティーマトリックスまたは疎水性相互作用クロマトグラフィの使用が含まれるが、これらに限定されない。適切なアフィニティーリガンドとしては、ＲＯＲ１ ＥＣＤおよび抗体定常領域に結合するリガンドが挙げられる。いくつかの実施形態では、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＡ／Ｇ、または抗体アフィニティカラムを使用して定常領域に結合し、Ｆｃフラグメントを含む抗体を精製することができる。疎水性相互作用クロマトグラフィ、例えばブチルまたはフェニルカラムもまた、抗体などのいくつかのポリペプチドの精製に適し得る。イオン交換クロマトグラフィ（例えば、陰イオン交換クロマトグラフィおよび／または陽イオン交換クロマトグラフィ）もまた、抗体などのいくつかのポリペプチドの精製に適し得る。混合モードクロマトグラフィ（例えば、逆相／陰イオン交換、逆相／陽イオン交換、親水性相互作用／陰イオン交換、親水性相互作用／陽イオン交換など）もまた、抗体などのいくつかのポリペプチドの精製にも適し得る。ポリペプチドを精製する多くの方法が当技術分野で公知である。
Ｖ．組成物、キットおよび製造品
本出願はまた、本明細書に記載される方法のいずれかで使用するための組成物、キット、医薬、および単位剤形を提供する。
組成物
本明細書に記載されるアンタゴニストのいずれも、他の薬剤、賦形剤、または安定剤を含む組成物（製剤など）中に存在することができる。
いくつかの実施形態では、組成物は、疾患組織へのアンタゴニストの送達を促進する標的薬剤または担体をさらに含む。例示的な担体としては、リポソーム、ミセル、ナノ分散アルブミンおよびその修飾物、ポリマーナノ粒子、デンドリマー、異なる組成の無機ナノ粒子が挙げられる。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、ナノキャリアにパッケージングされる。いくつかの実施形態では、ナノキャリアは、約２０ｎｍ～約２００ｎｍの平均直径を有する。いくつかの実施形態では、ナノキャリアは、約５０ｎｍの平均直径を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のアンタゴニストは、血清タンパク質（アルブミンなど）でコーティングされる。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、オプソニンでコーティングされる。
いくつかの実施形態では、アンタゴニストは、疾患組織（上記の癌組織または感染部位など）へのアンタゴニストの送達を促進する部分を含むか、またはそれと連結される。いくつかの実施形態では、部分は、疾患組織（癌組織など）または疾患組織内の細胞上に発現（例えば、過剰発現）またはクラスター化された抗原に結合する。いくつかの実施形態において、抗原は腫瘍関連抗原（例えば、Ｈｅｒ２、葉酸受容体、ＣＤ４４）である。例えば、Ｒｏｓｅｎｂｌｕｍら、Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８ Ａｐｒ １２；９（１）：１４１０を参照されたい。
いくつかの実施形態では、組成物は、ヒトへの投与に適している。いくつかの実施形態では、組成物は、獣医学的状況において、飼育用ペットおよび農業用動物などの哺乳動物への投与に適している。アンタゴニストを含む組成物の多種多様な適切な製剤が存在する。以下の製剤および方法は単なる例示であり、決して限定するものではない。経口投与に適した製剤は、（ａ）水、生理食塩水、またはオレンジジュースなどの希釈剤に溶解した有効量の化合物などの液体溶液、（ｂ）それぞれが固体または顆粒として所定量の活性成分を含有するカプセル、サシェまたは錠剤、（ｃ）適切な液体中の懸濁液、および（ｄ）適切なエマルジョンからなり得る。錠剤形態は、ラクトース、マンニトール、コーンスターチ、ジャガイモデンプン、微結晶セルロース、アカシア、ゼラチン、コロイド状二酸化ケイ素、クロスカルメロースナトリウム、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、および他の賦形剤、着色剤、希釈剤、緩衝剤、湿潤剤、保存剤、香味剤、および薬理学的に適合され得る賦形剤のうちの１つまたは複数を含むことができる。ロゼンジ形態は、香料、通常スクロースおよびアカシアまたはトラガカント中に活性成分を含むことができ、ならびにトローチは、ゼラチンおよびグリセリンまたはスクロースおよびアカシアなどの不活性基剤中に活性成分を含み、エマルジョン、ゲルなどは、活性成分に加えて、当技術分野で公知のような賦形剤を含む。
適切な担体、賦形剤、および希釈剤の例としては、限定されないが、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、生理食塩水、シロップ、メチルセルロース、メチル－およびプロピルヒドロキシベンゾエート、タルク、ステアリン酸マグネシウム、および鉱油が挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書で論じられる担体と共にアンタゴニストを含む組成物は、乾燥製剤（凍結乾燥組成物など）中に存在する。製剤は、潤滑剤、湿潤剤、乳化剤および懸濁化剤、保存剤、甘味剤または香味剤をさらに含むことができる。
非経口投与に適した製剤には、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、および製剤を意図するレシピエントの血液と適合可能にする溶質を含有することができる水性および非水性の等張滅菌注射液、ならびに懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、および保存剤を含むことができる水性および非水性滅菌懸濁液が含まれる。製剤は、アンプルおよびバイアルなどの単位用量または複数用量の密封容器で提供することができ、使用直前に、注射用の滅菌液体賦形剤、例えば水の添加のみを必要とするフリーズドライ（凍結乾燥）の状態で保存することができる。即時注射溶液および懸濁液は、前述の種類の滅菌粉末、顆粒、および錠剤から調製することができる。注射用製剤が好ましい。
いくつかの実施形態では、組成物は、約４．５～約９．０のｐＨ範囲（例えば、約５．０～約８．０、約６．５～約７．５、および約６．５～約７．０のいずれかのｐＨ範囲を含む）を有するように製剤化される。いくつかの実施形態では、組成物のｐＨは、約６以上、例えば約６．５、７、または８のいずれか以上（約８など）に製剤化される。組成物はまた、グリセロールなどの適切な等張性調整剤の添加によって血液と等張にすることができる。
キット
本明細書で提供されるキットは、アンタゴニストまたは本明細書に記載のアンタゴニストおよび／もしくは他の薬剤（複数可）を含む医薬組成物を含む１またはそれを超える容器を含み、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかに従って使用するための説明書をさらに含む。キットは、処置に適した個体の選択の説明をさらに含み得る。本発明のキットに供給される説明書は、典型的には、ラベルまたは添付文書（例えば、キットに含まれる紙シート）上の書面の説明書であるが、機械可読説明書（例えば、磁気または光ストレージディスク上で実行される命令）も許容され得る。
いくつかの実施形態において、キットは、ａ）抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体部分を含む薬剤またはその薬学的に許容され得る塩を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストおよび薬学的に許容され得る担体を含む組成物、および必要に応じて、ｂ）疾患または症状の処置のための薬剤を投与するための説明書を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫コンジュゲートである。
いくつかの実施形態において、キットは、ａ）阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストおよび薬学的に許容され得る担体を含む組成物、および必要に応じて、ｂ）疾患または症状の処置のための薬剤を投与するための説明書を含む。いくつかの実施形態では、阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドは、配列番号３、４および７～１２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、キットは、ａ）ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とする核酸薬剤（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡ）またはその薬学的に許容され得る塩を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストおよび薬学的に許容され得る担体を含む組成物、および必要に応じて、ｂ）疾患または症状の処置のための薬剤を投与するための説明書を含む。
いくつかの実施形態において、キットは、ａ）ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするゲノム編集システムまたはその薬学的に許容され得る塩を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストおよび薬学的に許容され得る担体を含む組成物、および必要に応じて、ｂ）疾患または症状の処置のための薬剤を投与するための説明書を含む。
いくつかの実施形態において、キットは、ａ）ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性を阻害する薬剤またはその薬学的に許容され得る塩を含むＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とするアンタゴニストおよび薬学的に許容され得る担体を含む組成物、および必要に応じて、ｂ）疾患または症状の処置のための薬剤を投与するための説明書を含む。
本発明のキットは適切な包装中にある。適切な包装には、バイアル、ボトル、瓶、フレキシブル包装（例えば、密封されたマイラーまたはビニール袋）などが含まれるが、これらに限定されない。キットは、必要に応じて、緩衝液および解釈情報などの追加の成分を提供し得る。したがって、本出願は、バイアル（密封バイアルなど）、ボトル、瓶、フレキシブル包装などを含む製造品も提供する。
いくつかの実施形態では、キットは、個体へのアンタゴニスト、または薬剤および／またはさらなる治療剤を含む組成物の送達を容易にする１またはそれを超える成分を含む。いくつかの実施形態では、キットは、例えば、個体への細胞の送達に適したシリンジおよび針などを含む。そのような実施形態では、アンタゴニストまたは薬剤を含む組成物は、バッグまたは１またはそれを超えるバイアル内のキットに含まれ得る。いくつかの実施形態では、キットは、個体へのアンタゴニスト、または薬剤を含む組成物の静脈内または動脈内送達を促進する成分を含む。いくつかの実施形態では、アンタゴニストまたは薬剤を含む組成物は、例えばボトルまたはバッグ（例えば、細胞を含む約１．５Ｌまでの溶液を収容することができる血液バッグまたは同様のバッグ）内に含まれてもよく、キットは、個体へのアンタゴニストまたは薬剤を含む組成物の送達に適したチューブおよび針をさらに含む。
組成物の使用に関する説明書は、一般に、意図する処置のための投与量、投与スケジュール、および投与経路に関する情報を含む。容器は、単位用量、バルクパッケージ（例えば、複数回用量パッケージ）またはサブ単位用量であり得る。例えば、長期間、例えば１日、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、２週間、３週間、４週間、６週間、８週間、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、またはそれを超えるいずれかの期間、個体の有効な処置を提供するのに十分な用量の本明細書に開示される亜鉛を含むキットが提供され得る。キットはまた、複数の単位用量の医薬組成物および使用説明書を含み得、薬局、例えば病院の薬局および調剤薬局での保管および使用に十分な量で包装され得る。
例示的な実施形態
実施形態１。 個体における癌またはウイルス感染を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを前記個体に投与することを含む方法。
実施形態２。 アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄを標的とするアンタゴニストである、実施形態１に記載の方法。
実施形態３。 前記ＰＬＡ２Ｇ２ＤがヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである、実施形態２に記載の方法。
実施形態４。 前記アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる、実施形態２または実施形態３に記載の方法。
実施形態５。 ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする前記アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上の触媒部位を遮断する、実施形態４に記載の方法。
実施形態６。 前記アンタゴニストが、配列番号１または５によるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のＨ６７触媒部位を標的とする、実施形態５に記載の方法。
実施形態７。 前記アンタゴニストが、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、または遺伝子編集システムを含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８。 アンタゴニストが、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害する薬剤（ＰＬＡ２Ｇ２Ｄの免疫細胞への結合を遮断する薬剤またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄの活性を阻害する薬剤など）を含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９。 前記免疫細胞がＴ細胞である、実施形態８に記載の方法。
実施形態１０。 前記アンタゴニストが抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１。 前記抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体がモノクローナル抗体である、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１２。 前記アンタゴニストが、第二の部分をさらに含む融合タンパク質である、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１３。 前記第二の部分がサイトカインを含む、実施形態１２に記載の方法。
実施形態１４。 前記アンタゴニストが、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５。 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄに対してよりも高い親和性で前記免疫細胞に結合する、実施形態１４に記載の方法。
実施形態１６。 前記免疫細胞がＴ細胞である、実施形態１５に記載の方法。
実施形態１７。 阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが安定化ドメインをさらに含む、実施形態１４～１６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８。 前記安定化ドメインがＦｃドメインである、実施形態１７に記載の方法。
実施形態１９。 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが約５０～約２００アミノ酸の長さを有する、実施形態１４～１８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０。 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、配列番号１もしくは５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置の突然変異を有する、実施形態１４～１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１。 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、配列番号３、４、７または８のアミノ酸配列またはその変異体を含む、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２２。 疾患または症状が癌である、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３。 前記癌が固形腫瘍である、実施形態２２に記載の方法。
実施形態２４。 前記癌が進行性または悪性の腫瘍である、実施形態２２または実施形態２３に記載の方法。
実施形態２５。 前記癌が、増大した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する、実施形態２２～２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６。 前記癌が、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される、実施形態２２～２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７。 疾患または症状がウイルス感染である、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８。 感染部位が、増加したレベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する、実施形態２７に記載の方法。
実施形態２９。 第二の薬剤を投与することをさらに含む、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３０。 前記第二の薬剤が、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される、実施形態２９に記載の方法。
実施形態３１。 前記第二の薬剤が免疫調節薬である、実施形態３０に記載の方法。
実施形態３２。 前記免疫調節薬が免疫チェックポイント阻害剤である、実施形態３１に記載の方法。
実施形態３３。 前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３４。 前記第二の薬剤が、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む、実施形態３３に記載の方法。
実施形態３５。 前記アンタゴニストと前記第二の薬剤が同時または並行して投与される、実施形態２９～３４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３６。 前記アンタゴニストと前記第二の薬剤が逐次的に投与される、実施形態２９～３４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３７。 前記アンタゴニストおよび／または前記第二の薬剤が非経口投与される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３８。 前記アンタゴニストが癌組織または感染部位に直接投与される、実施形態２２～３７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３９。 前記アンタゴニストが、約０．００１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態１～３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４０。 個体が、前記アンタゴニストの投与後に前記癌組織または前記感染部位において免疫細胞の数が増加している、実施形態２２～３９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４１。 前記免疫細胞がＴ細胞である、実施形態４０に記載の方法。
実施形態４２。 前記Ｔ細胞が活性化Ｔ細胞である、実施形態４０または実施形態４１記載の方法。
実施形態４３。 前記癌組織または前記感染部位における免疫細胞の数が、前記アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％増加する、実施形態４０～４２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４４。 前記癌組織または前記感染部位の免疫細胞が、前記アンタゴニストの投与後に増加したレベルのサイトカインを産生する、実施形態２２～４３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４５。 前記サイトカインがＩＦＮγおよび／またはＩＬ－２である、実施形態４４に記載の方法。
実施形態４６。 前記サイトカインのレベルが、前記アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％増加する、実施形態３９または実施形態４０記載の方法。
以下の実施例は、本出願の純粋に例示を意図しており、したがって、決して本発明を限定すると見なされるべきではない。以下の実施例および詳細な説明は、限定ではなく例示として提供される。
実施例１．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路の同定
癌に関与する新しいシグナル伝達経路を同定するために、遺伝子発現プロファイルを研究した。
具体的には、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）のバッチ補正ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットを、国立癌研究所のＧｅｎｏｍｉｃ Ｄａｔａ Ｃｏｍｍｏｎｓ ＰａｎＣａｎＡｔｌａｓウェブサイト（（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｄｃ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／ａｂｏｕｔ－ｄａｔａ／ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｐａｎｃａｎａｔｌａｓ）からダウンロードした。全癌データセットを以下の腫瘍タイプに分離した：膀胱尿路上皮癌腫（ＢＬＣＡ）、乳房浸潤癌腫（ＢＲＣＡ）、ＣＯＡＤ（結腸腺癌）、ＥＳＣＡ（食道癌腫）、頭頸部扁平上皮癌腫（ＨＮＳＣ）、腎臓嫌色素（ＫＩＣＨ）、ＫＩＲＣ（腎明細胞癌腫）、ＫＩＲＰ（腎腎乳頭細胞癌腫）、ＬＩＨＣ（肝細胞癌腫）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌腫（ＬＵＳＣ）、卵巣漿液性腺癌（ＯＶ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）、直腸腺癌（ＲＥＡＤ）、前立腺腺癌（ＳＡＲＣ）、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺癌腫（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮ－ＢＲＣＡ）、および子宮体部子宮内膜癌腫（ＵＣＥＣ）。各腫瘍タイプについて、以下の分析を行った：一貫して発現が低い遺伝子（例えば、サンプルの８０％よりも多くにカウントがない遺伝子）を除去し、ｌｏｇ２（ｘ＋１）を使用してデータを対数変換した。次いで、加重遺伝子共発現ネットワーク解析（ＷＧＣＮＡ）Ｒパッケージを使用して、遺伝子共発現ネットワークを構築し、高度に相関する遺伝子のクラスターを同定した。Ｌａｎｇｆｅｌｄｅｒ，Ｐ．＆Ｈｏｒｖａｔｈ，Ｓ．ＷＧＣＮＡ：ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋ ａｎａｌｙｓｉｓ．ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ９，（２００８）を参照されたい。
Ｔシグネチャー遺伝子を含有するクラスターを抽出し、ＲパッケージｃｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒを使用して遺伝子オントロジー分析を実施して、クラスターがＴ細胞関連経路について濃縮されていることを確認した。Ｙｕ Ｇ，Ｗａｎｇ Ｌ，Ｈａｎ Ｙ，Ｈｅ Ｑ（２０１２）．「ｃｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒ：ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｔｈｅｍｅｓ ａｍｏｎｇ ｇｅｎｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓ．」ＯＭＩＣＳ：Ａ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１６（５），２８４－２８７．ｄｏｉ：１０．１０８９／ｏｍｉ．２０１１．０１１８を参照されたい。次いで、発現データセットをこのＴシグネチャー遺伝子クラスター内の遺伝子にサブセット化し、サンプルを、クラスタリングアルゴリズムのｋ－ｍｅａｎｓクラスタリング、距離尺度のユークリッド、および最大クラスター数ｋ＝２０を使用して、ＲパッケージＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓを使用してクラスタリングした。Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ｍ，Ｈａｙｅｓ，Ｎｅｉｌ Ｄ（２０１０）．「ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ：ａ ｃｌａｓｓ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｔｏｏｌ ｗｉｔｈ ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔｓ ａｎｄ ｉｔｅｍ ｔｒａｃｋｉｎｇ．」Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２６（１２），１５７２－１５７３．を参照されたい。ｋとｋ－１を比較するＣＤＦ曲線下面積の相対変化を示す累積分布関数（ＣＤＦ）プロットおよびデルタ面積プロットを使用して、クラスターの最適数を特定した。次いで、各クラスター内の遺伝子の発現値を合計して、各クラスターを説明する単一の要約値を生成した。最も高い遺伝子発現クラスター内の腫瘍を「ホット」と標識し、最も低い遺伝子発現クラスター内の腫瘍を「コールド」と標識した。次に、腫瘍のＲＮＡ－ｓｅｑリード・カウント・マトリックスを、Ｋａｌｌｉｓｔｏを使用して処理されたＴＣＧＡからのＲＮＡ－ｓｅｑデータを含む、Ｇｏｏｇｌｅ Ｃｌｏｕｄ Ｐｉｌｏｔ ＲＮＡ－Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｆｏｒ ＣＣＬＥ ａｎｄ ＴＣＧＡ ｐｒｏｊｅｃｔ ｄａｔａ ｒｅｐｏｒｔｏｒｙ（ｈｔｔｐｓ：／／ｏｓｆ．ｉｏ／ｇｑｒｚ９／）からダウンロードした。Ｔａｔｌｏｗ，Ｐ．＆Ｐｉｃｃｏｌｏ，Ｓ．Ｒ．Ａ ｃｌｏｕｄ－ｂａｓｅｄ ｗｏｒｋｆｌｏｗ ｔｏ ｑｕａｎｔｉｆｙ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ－ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｅｖｅｌｓ ｉｎ ｐｕｂｌｉｃ ｃａｎｃｅｒ ｃｏｍｐｅｎｄｉａ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ６，（２０１６）を参照されたい。転写レベルデータを遺伝子レベルに合計し、サブセットをタンパク質コード遺伝子に合計した。次に、Ｒパッケージｌｉｍｍａを使用して差次的発現分析を実行して、「ホット」サンプルを「コールド」サンプルと比較した。Ｒｉｔｃｈｉｅ ＭＥ，Ｐｈｉｐｓｏｎ Ｂ，Ｗｕ Ｄ，Ｈｕ Ｙ，Ｌａｗ ＣＷ，Ｓｈｉ Ｗ，Ｓｍｙｔｈ ＧＫ（２０１５）．「ｌｉｍｍａ ｐｏｗｅｒｓ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｅｓ ｆｏｒ ＲＮＡ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｓｔｕｄｉｅｓ．」 Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，４３（７），ｅ４７．を参照されたい。差次的発現の結果を、ＲパッケージＥｎｈａｎｃｅｄＶｏｌｃａｎｏを使用して可視化した。Ｂｌｉｇｈｅ Ｋ，Ｒａｎａ Ｓ，Ｌｅｗｉｓ Ｍ（２０１９）を参照されたい。ＥｎｈａｎｃｅｄＶｏｌｃａｎｏ：着色およびラベリングが強化された公開準備済みのｖｏｌｃａｎｏプロット。Ｒパッケージバージョン１．４．０、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｋｅｖｉｎｂｌｉｇｈｅ／ＥｎｈａｎｃｅｄＶｏｌｃａｎｏ．
結果は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄが４つのタイプの癌において高度に差次的に発現されることを示唆している。図１Ａ～図１Ｄを参照されたい。特異的かつ顕著に、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、ＣＤ８＋低腫瘍と比較して、ＣＤ８＋高腫瘍において５６倍高く発現された。
実施例２．Ｔ細胞活性化の抑制におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの役割
Ｔ細胞活性化に対するヒＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃの効果を、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）または単離されたＴ細胞培養物において評価した。Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ Ｐｌｕｓ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）での遠心分離によって健康なヒトドナーからの白血球除去系（ＬＲＳ）チャンバからＰＢＭＣを単離し、３７℃で１２分間、５μＭ ＣＦＳＥ溶液（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）で標識し、洗浄した。次いで、９６ウェル丸底プレートのウェルあたり２ｘ１０５個の標識ＰＢＭＣを、示されるように、２００μｌのＲＰＭＩ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）の最終容量で、可溶性０～２０μｇ／ｍｌヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃまたは対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）の存在下で、１μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）および０．２μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（ＣＤ２８．２、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で刺激した。ＰＢＭＣ培養物を３７℃で７２時間インキュベートした後、上清を回収し、ＭＳＤ Ｖ－ｐｌｅｘアッセイ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を使用してＩＦＮγおよびＩＬ－２レベルについて測定した。ＰＢＭＣ培養物内のＴ細胞増殖を、フルオロフォア・コンジュゲート抗ＣＤ３、抗ＣＤ４および抗ＣＤ８抗体（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）およびＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ｆｉｘａｂｌｅ死細胞染色剤（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）で細胞を染色し、ＢＤ ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ Ｘ－２０フローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）で実行することによって同時に評価した。ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用してＦＡＣＳデータを分析した。
可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃの添加は、ＣＦＳＥ生成追跡によって測定されるように、刺激されたＰＢＭＣ培養物におけるＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖を用量依存的に抑制した。図２Ａ～２Ｂは、漸増濃度のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃを用いた１人のＰＢＭＣドナーについてのＣＦＳＥヒストグラムおよびＴ細胞増殖の定量化を示す。図３Ａ～３Ｃは、さらに３人の独立ＰＢＭＣドナーについてのＣＦＳＥヒストグラムおよび増殖の定量化を示し、漸増濃度の可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖を用量依存的に抑制したが、同等の濃度の対照－Ｆｃタンパク質は有意な効果を有しなかった。図４Ａ～４Ｂは、Ｔ細胞増殖と一致して、異なるＰＢＭＣ培養物中のＩＦＮγおよびＩＬ－２のレベルが、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質の濃度を増加させることによって同様に用量依存的および有意に低下したが、対照－Ｆｃでは低下しなかったことを示す。
ＰＢＭＣ培養物中のＴ細胞増殖に対する固定化ＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質の効果を評価するために、ＰＢＭＣが調製されて抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体と共に添加される前日に、１００μｌの０～１０μｇ／ｍｌヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃまたは対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質をＰＢＳ中４℃で一晩、９６ウェル平底プレートにコーティングしたことを除いて、同じアッセイを利用した。図５は、プレート表面にコーティングされた固定化ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質もまた、刺激されたＰＢＭＣ培養物においてＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖を抑制したことを示す。
単離Ｔ細胞に対するＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質の効果を評価するために、９６ウェル平底プレートを４℃で一晩、１００μｌのＰＢＳ中の０～１０μｇ／ｍｌのヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃまたは対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質ならびに１μｇ／ｍｌ抗ＣＤ３（ＯＫＴ３）および０．２μｇ／ｍｌ抗ＣＤ２８（ＣＤ２８．２）でコーティングした。翌日、プレートをＰＢＳで２回洗浄した後、Ｔ細胞を添加した。Ｔ細胞を、Ｐａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用してＰＢＭＣから単離し、上記のようにＣＦＳＥで標識した。１ｘ１０５個の精製および標識されたＴ細胞を、コーティングさｒせたプレートの各ウェルに２００μｌのＲＰＭＩの最終体積で加えた。Ｔ細胞を３７℃で７２時間増殖させた後、ＭＳＤによるＩＦＮγおよびＩＬ－２分析のために上清を回収し、増殖をＦＡＣＳによって分析した。
図６は、ヒト固定化ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質が、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激の存在下で、単離されたＴ細胞培養物の増殖を用量依存的に抑制することを示す。しかし、可溶性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質をプレート上にコーティングする代わりに単離Ｔ細胞培養物に添加した場合、Ｔ細胞に対する抑制効果はなかった（データは示さず）。まとめると、これらの結果は、ＰＬＡ２Ｇ２ＤがＴ細胞の機能的抑制を誘発するためには、抗原提示細胞による架橋またはプレート表面への固定化による架橋が必要であることを示唆している。
実施例３．ＰＬＡ２Ｇ２ＤによるＴ細胞抑制
ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、Ｎ末端２０残基シグナルペプチド、高度に保存されたＣａ２＋結合部位および触媒Ｈｉｓ－Ａｓｐ二分子からなる１４５アミノ酸分泌タンパク質である。これらの要素に加えて、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、高度の安定性に寄与する７つのジスルフィド結合を特徴とする。図７Ａは、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄタンパク質の目的の一般的な構造的および機能的特徴を示す。
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ酵素活性がその免疫抑制機能に必要であるかどうかを評価するために、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄの高度に保存された触媒Ｈｉｓ６７－Ａｓｐ６８二分子にＨ６７Ｑ突然変異を導入した。簡潔には、Ｃ末端上のヒトＩｇＧ１－Ｆｃ ｃＤＮＡにインフレームで融合したヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ ｃＤＮＡを、残基６７におけるＨｉｓ→Ｇｌｎ置換に対応するＣＡＣ→ＣＡＧ点突然変異を用いて合成した。構築物を高発現哺乳動物ベクターにクローニングし、ＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクトした。上清に含まれる分泌ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｈ６７Ｑ－Ｆｃタンパク質をプロテインＡアフィニティークロマトグラフィにより精製した。精製ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｈ６７Ｑ－Ｆｃタンパク質を上記のようにＰＢＭＣ培養物において使用し、Ｔ細胞抑制活性について野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃおよび対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃと比較した。
図７Ｂ～７Ｃは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｈ６７Ｑ－Ｆｃ触媒突然変異体が、０．５μｇ／ｍｌ～５μｇ／ｍｌの用量でＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞上の免疫抑制機能の大部分を保持し、１０μｇ／ｍｌの用量で有意に低下した抑制を示したことを示す。
あるいは、０～２５μＭのｓＰＬＡ２阻害剤ＬＹ３１５９２０またはＤＭＳＯ対照を添加して、上記の野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質の存在下でのＰＢＭＣ培養Ｔ細胞増殖を評価した。図８は、ＬＹ３１５９２０がＰＬＡ２Ｇ２Ｄによって誘導された免疫抑制を逆転させないことを示す。
実施例４．活性化Ｔ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合
ＰＬＡ２Ｇ２ＤがインビトロでＴ細胞に直接結合することによって免疫抑制を誘発するかどうかを決定するために、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合のレベルを休止および活性化初代ヒトＴ細胞で評価した。Ｐａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用してＰＢＭＣからＴ細胞を単離し、抗ヒトＣＤ２、ＣＤ３およびＣＤ２８抗体（ヒトＴ細胞Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ／Ｅｘｐａｎｓｉｏｎキット、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）をロードしたビーズの存在下または非存在下、ＲＰＭＩ中、３７℃で４８時間培養した。次いで、刺激されたまたは刺激されていないＴ細胞を採取し、洗浄し、０～１０μｇ／ｍｌのヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質またはヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質と共に４℃で３０分間インキュベートした。細胞をＰＢＳで３回洗浄し、次いで、Ａｌｅｘａ ４８８コンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ１抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で４℃にて３０分間染色し、洗浄し、次いで、ＦＡＣＳによって分析した。
図９Ａ～９Ｃは、ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃが、対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質と比較して、２つの異なるドナーＴ細胞において活性化ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞に優先的に結合することを示す。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄは、刺激されていないＴ細胞にわずかに結合するが、Ｔ細胞を刺激すると結合は劇的に増加する。図９Ｃは、刺激されたＴ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ結合の定量的表示を示す。ヘパリン硫酸プロテオグリカン（ＨＳＰＧ）の添加は、Ｔ細胞のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃ結合を部分的に減少させたが、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞増殖の抑制を変化させなかった（データは示さず）。これは、ＰＬＡ２Ｇ２ＤのＴ細胞への結合に潜在的に関連する免疫抑制が、細胞表面上の硫酸ヘパリンを介した結合に依存しないことを示唆している。
実施例５．ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ欠損マウスにおける同系腫瘍成長
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウトマウスを、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９媒介性遺伝子編集を使用してＣ５７ＢＬ６マウスからマウスＰｌａ２ｇ２ｄ遺伝子のエクソン２を欠失させることによって作製した。これらのマウスにおける機能的Ｐｌａ２ｇ２ｄ遺伝子の非存在を確認するために、野生型マウスおよびノックアウトマウスから脾臓を採取し、ＴＲＩＺｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して全ＲＮＡを単離した。全ＲＮＡをリアルタイムＲＴ－ＰＣＲに供して、Ｐｌａ２ｇ２ｄｍＲＮＡを検出した。Ｈｐｒｔ１（ヒポキサンチン－グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）ｍＲＮＡレベルも対照として測定した。結果は、ノックアウトマウスはＰｌａ２ｇ２ｄ発現が欠損していることを実証した。
腫瘍成長に対するＰｌａ２ｇ２ｄ欠損の影響を評価するために、マウス同系腫瘍細胞株ＭＣ３８（結腸腺癌）、Ｂ１６Ｆ１０（黒色腫）およびＥ．Ｇ７－ＯＶＡ（Ｔ細胞リンパ腫）を、同齢の野生型Ｃ５７ＢＬ６（ＷＴ）またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウトマウスに移植した。１００ｕｌのＰＢＳに懸濁した１ｘ１０６個のＭＣ３８またはＥ．Ｇ７－ＯＶＡ細胞、または５ｘ１０５個のＢ１６Ｆ１０細胞をＷＴ（ｎ＝１６）またはＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウトマウス（ｎ＝１６）に皮下注射し、腫瘍成長を２日毎または３日毎に監視した。腫瘍体積を、式：腫瘍体積＝０．５×長さ×幅２を使用して計算した。体重も毎週モニタリングした。マウスを３～４週間後、または指定されたエンドポイントに達したときに屠殺した。
図１１Ａ～１１Ｆに示すように、３つすべての同系腫瘍細胞株の腫瘍成長は、野生型マウスと比較してＰＬＡ２Ｇ２Ｄノックアウトマウスにおいて有意に減少し、腫瘍進行におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの役割を示し、潜在的な免疫療法としてのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの標的阻害を支持した。
実施例６．抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄモノクローナル抗体によるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫抑制機能の撹乱
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ免疫抑制が抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体によって中和および逆転され得るかどうかを実証するために、本発明者らは、マウスを免疫化し、ハイブリドーマを作製することによってＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合モノクローナル抗体を開発した。
活性化Ｔ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合の遮断
上記の実施例（図９Ａ～９Ｃ）に示されるように、本発明者らは、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄが活性化Ｔ細胞に優先的に結合するが、休止Ｔ細胞には最小限しか結合しないことを見出し、ＰＬＡ２Ｇ２ＤがＴ細胞の活性化時にＴ細胞に直接結合することによって抑制的シグナル伝達を付与し得ることが示唆された。したがって、本発明者らは、抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体が活性化Ｔ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合を妨害し、潜在的に免疫抑制を阻止し得るかどうかを決定するアッセイを考案した。ヒトＰＢＭＣ培養物内のＴ細胞を、３７℃で２４時間、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で刺激した。次いで、ＰＢＭＣ培養物を回収し、洗浄し、１０μｇ／ｍｌのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体（自社開発）またはマウスＩｇＧ２ａアイソタイプ対照抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の存在下、２μｇ／ｍｌのヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質または対照ヒトＩｇＧ１－Ｆｃタンパク質と共に４℃で３０分間インキュベートした。細胞をＰＢＳで３回洗浄し、次いで、フルオロフォア・コンジュゲート抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ４抗体および抗ＣＤ８抗体（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）ならびにＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ｆｉｘａｂｌｅ死細胞染色剤（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）と共にＰＥコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ１抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で４℃で３０分間染色し、洗浄し、次いで、ＦＡＣＳによって分析した。
図１２Ａは、２つの代表的なＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合抗体が、ゲーティングされたＴ細胞上のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ染色の平均蛍光強度（ＭＦＩ）によって測定されるように、活性化されたＴ細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を減少させることができることを示す。対照的に、対照マウスＩｇＧ２ａアイソタイプ対照は、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ結合に影響を及ぼさなかった。
ＰＢＭＣ培養物におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄ依存性Ｔ細胞抑制の逆転
ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体がＴ細胞機能のＰＬＡ２Ｇ２Ｄ依存性抑制を中和することができるかどうかを決定するために、本発明者らは、上記（図４Ａ～４Ｂ）のＰＬＡ２ＧＤ抑制活性を実証するために本発明者らが取ったものと同様のアプローチを使用した。９６ウェル丸底プレートのウェルあたり２ｘ１０５個のＰＢＭＣを含有する３連ウェルを、示されるように、２００μｌのＲＰＭＩ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）の最終容量で、１μｇ／ｍｌの可溶性ヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ－Ｆｃタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）および１０μｇ／ｍｌのＰＬＡ２ＧＤ抗体または対照ｍＩｇＧ２ａアイソタイプ対照抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の存在下で、１μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）および０．２μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（ＣＤ２８．２、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で刺激した。ＰＢＭＣ培養物を３７℃で４８時間インキュベートした後、上清を回収し、ＭＳＤ Ｖ－ｐｌｅｘアッセイ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を使用してＩＬ－２およびＩＦＮγレベルについて測定した。
図１２Ｂ～１２Ｃは、２つの代表的な機能遮断ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体が、このアッセイにおいて、ＩＬ－２およびＩＦＮγ分泌レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄが媒介する抑制を救済することができることを示す。
実施例７．腫瘍を処置するためのＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体の使用
腫瘍成長に対するＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体の影響を評価するために、マウス同系腫瘍細胞株ＭＣ３８（結腸腺癌）、Ｂ１６Ｆ１０（黒色腫）およびＥ．Ｇ７－ＯＶＡ（Ｔ細胞リンパ腫）を、同齢の野生型Ｃ５７ＢＬ６マウスに移植する。１ｘ１０６個のＭＣ３８またはＥ．Ｇ７－ＯＶＡ細胞、または１００ｕｌのＰＢＳに懸濁した５ｘ１０５個のＢ１６Ｆ１０細胞を、Ｃ５７ＢＬ６マウスに皮下注射する。腫瘍体積が５０～１５０ｍｍ３の範囲にある場合、マウスを対照群および処置群にランダム化する。ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を、ランダム化後１、４、７、および１１日目にＩＰ注射によって１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与する。腫瘍成長を２日毎または３日毎に監視する。腫瘍体積を、式：腫瘍体積＝０．５×長さ×幅２を使用して計算する。体重も毎週モニタリングする。マウスを３～４週間後、または指定されたエンドポイントに達したときに屠殺する。
Figure 2023513477000003
Figure 2023513477000004
Figure 2023513477000005

Claims (46)

  1. 個体における癌またはウイルス感染を処置する方法であって、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする有効量のアンタゴニストを前記個体に投与することを含む方法。
  2. 前記アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄを阻害または下方制御するアンタゴニストである、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ＰＬＡ２Ｇ２ＤがヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄである、請求項２に記載の方法。
  4. 前記アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄの酵素活性レベルを低下させる、請求項２または請求項３に記載の方法。
  5. ＰＬＡ２Ｇ２Ｄシグナル伝達経路を標的とする前記アンタゴニストがＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上の触媒部位を遮断する、請求項４に記載の方法。
  6. 前記アンタゴニストが、配列番号１または５によるヒトＰＬＡ２Ｇ２Ｄ上のＨ６７触媒部位を標的とする、請求項５に記載の方法。
  7. 前記アンタゴニストが、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、または遺伝子編集システムを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記アンタゴニストが免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項８に記載の方法。
  10. 前記アンタゴニストが抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記抗ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ抗体がモノクローナル抗体である、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記アンタゴニストが、第二の部分をさらに含む融合タンパク質または免疫コンジュゲートである、請求項１０に記載の方法。
  13. 前記第二の部分がサイトカインを含む、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記アンタゴニストが、免疫細胞へのＰＬＡ２Ｇ２Ｄの結合を遮断する阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、野生型ＰＬＡ２Ｇ２Ｄよりも高い親和性で前記免疫細胞に結合する、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項１５に記載の方法。
  17. 阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが安定化ドメインをさらに含む、請求項１４～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記安定化ドメインがＦｃドメインである、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが約５０～約２００アミノ酸の長さを有する、請求項１４～１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、ａ）配列番号１もしくは５による６７位のヒスチジン（Ｈ６７）に対応する位置の突然変異、またはｂ）配列番号５による８０位のグリシン（Ｇ８０）に対応する位置の突然変異を有する、請求項１４～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記阻害性ＰＬＡ２Ｇ２Ｄポリペプチドが、配列番号３、４および７～１２からなる群より選択されるアミノ酸配列またはその変異体を含む、請求項２０に記載の方法。
  22. 疾患または症状が癌である、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記癌が固形腫瘍である、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記癌が進行性または悪性の腫瘍である、請求項２２または請求項２３に記載の方法。
  25. 前記癌が、増大した発現レベルのＰＬＡ２Ｇ２Ｄを有する、請求項２２～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記癌が、肺癌、乳癌、肝臓癌、胃癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、膵臓癌、腎臓癌、前立腺癌、尿路上皮癌、精巣癌、卵巣癌および黒色腫からなる群から選択される、請求項２２～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 疾患または症状がウイルス感染である、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
  28. 感染部位におけるＰＬＡ２Ｇ２Ｄの発現レベルが非感染部位の発現レベルよりも高い、請求項２７に記載の方法。
  29. 第二の薬剤を投与することをさらに含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記第二の薬剤が、化学療法剤、免疫調節薬、抗血管形成剤、成長阻害剤および抗新生物剤からなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記第二の薬剤が免疫調節薬である、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記免疫調節薬が免疫チェックポイント阻害剤である、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ２、ＰＤ－１、ＣＤ４７、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＤ２７、４－１ＢＢまたはＢ７Ｈ４を特異的に標的とする、請求項２８に記載の方法。
  34. 前記第二の薬剤が、腫瘍抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体を含む細胞を含む、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記アンタゴニストと前記第二の薬剤が同時または並行して投与される、請求項２９～３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記アンタゴニストと前記第二の薬剤が逐次的に投与される、請求項２９～３４のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記アンタゴニストおよび／または前記第二の薬剤が非経口投与される、請求項１～３６のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記アンタゴニストが癌組織または感染部位に直接投与される、請求項２２～３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記アンタゴニストが、約０．００１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項１～３８のいずれか一項に記載の方法。
  40. 個体が、前記アンタゴニストの投与後に前記癌組織または前記感染部位において免疫細胞の数が増加している、請求項２２～３９のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記Ｔ細胞が活性化Ｔ細胞である、請求項４０または請求項４１に記載の方法。
  43. 前記癌組織または前記感染部位における免疫細胞の数が、前記アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％増加する、請求項４０～４２のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記癌組織または前記感染部位の免疫細胞が、前記アンタゴニストの投与後に増加したレベルのサイトカインを産生する、請求項２２～４３のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記サイトカインがＩＦＮγおよび／またはＩＬ－２である、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記サイトカインのレベルが、前記アンタゴニストの投与後に少なくとも約５％増加する、請求項３９または請求項４０に記載の方法。
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