JP2023508942A - Nkg2d、cd16及びclec12aに結合するタンパク質 - Google Patents

Nkg2d、cd16及びclec12aに結合するタンパク質 Download PDF

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Abstract

本明細書に記載されているのは、NKG2D受容体、CD16、及びCLEC12Aに結合する多重特異性結合タンパク質、多重特異性結合タンパク質を含む医薬組成物、及びがんの治療に有用な治療方法である。本出願は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびにCLEC12Aに結合する、多重特異性結合タンパク質を提供する。そのようなタンパク質は、2種以上のNK活性化受容体に係合し得、天然リガンドがNKG2Dに結合することをブロックし得る。

Description

本出願は、2020年5月6日に出願された米国仮出願第63/020,798号の優先権を主張し、その全体が参照により本明細書に援用される。
配列表
本願では、ASCIIテキスト形式のコンピューター可読形式(CRF)の配列表を全体として、参照することにより、援用する。配列表のテキストファイルには、「14247-540-228_SEQ_LISTING」とタイトル付けされ、2021年5月3日に作成され、サイズは291,375バイトである。
発明の分野
本出願は、細胞上のNKG2D、CD16及びCLEC12Aに結合する多重特異性結合タンパク質、そのようなタンパク質を含む医薬組成物、及びがんの治療を含む、そのようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法に関する。
かなりの研究努力にもかかわらず、がんは世界中の国々で引き続き重大な臨床的及び財政的負担となっている。世界保健機関(WHO)によると、これは2番目に多い死因である。外科、放射線療法、化学療法、生物学的療法、免疫療法、ホルモン療法、幹細胞移植、及び精密医療は、既存の治療法の中にある。これらの分野での広範な研究にもかかわらず、特に最も攻撃的ながんに対する非常に効果的で治療的な解決策はまだ特定されていない。さらに、既存の抗がん治療法の多くには、かなりの有害な副作用がある。
がん免疫療法は、特異性が高く、患者自身の免疫系を使用してがん細胞の破壊を促進し得るので、望ましい。二重特異性T細胞エンゲージャーなどの融合タンパク質は、腫瘍細胞及びT細胞に結合して、腫瘍細胞の破壊を促進する、文献に記載されているがん免疫療法である。特定の腫瘍関連抗原に結合する抗体は、文献に記載されている。例えば、WO2016/134371及びWO2015/095412を参照のこと。
ナチュラルキラー(NK)細胞は、自然免疫系の構成要素であり、循環リンパ球のおよそ15%を占める。NK細胞は、実質上、全ての組織に浸潤し、かつもともとは、事前に感作させておく必要なく腫瘍細胞を効果的に殺滅する能力を有するものとして特徴付けられた。活性化されたNK細胞は、細胞傷害性T細胞と同様の方法で 、すなわち、パーフォリン及びグランザイムを含む細胞溶解性顆粒、ならびにデスレセプター経路を介して標的細胞を殺滅する。活性化NK細胞はまた、標的組織への他の白血球の動員を促進するIFN-γ及びケモカインなどの炎症性サイトカインも分泌する。
NK細胞は、その表面上にある様々な活性化受容体及び阻害性受容体を介してシグナルに応答する。例えば、NK細胞が健康な自己細胞に遭遇した場合、その活性は、キラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR)の活性化によって阻害される。あるいは、NK細胞が外来細胞またはがん細胞に遭遇すると、それらはそれらの活性化受容体(例えば、NKG2D、NCR、DNAM1)を介して活性化される。NK細胞はまた、その表面上にあるCD16受容体を介し、一部の免疫グロブリンの定常領域によっても活性化される。NK細胞の活性化に対する全体的な感受性は、刺激シグナル及び阻害性シグナルの総和に依存する。NKG2Dは、本質的に全てのナチュラルキラー細胞によって発現されるII型膜貫通タンパク質であり、NKG2Dは活性化受容体として機能する。NKG2Dは、共刺激受容体として機能するT細胞にも見られる。NKG2Dを介してNK細胞機能を調節する能力は、悪性腫瘍を含むさまざまな治療状況で有用である。
C型レクチンドメインファミリー12メンバーA(CLEC12A)は、C型レクチン様分子-1(CLL-1)または 骨髄性阻害性C型レクチン様受容体(MICL)としても公知であり、C型レクチン/C型レクチン様ドメイン(CTL/CTLD)スーパーファミリーのメンバーである。このファミリーのメンバーは、共通のタンパク質折り畳みを共有し、かつ細胞接着、細胞間シグナル伝達、糖タンパク質代謝回転、ならびに炎症及び免疫応答における役割などの多様な機能を有する。タイプII膜貫通糖タンパク質であるCLEC12Aは、白血病幹細胞の急性骨髄性白血病患者の90%以上で過剰発現しているが、正常な造血細胞では過剰発現していない。
いくつかのバイオテクノロジー及び製薬会社によって行われた多くの努力にもかかわらず、特定のCLEC12Aを標的とした生物製剤の開発は、優れた開発性特性を備えた抗体が存在しないせいで妨げられている。CLEC12A抗体を発見する際の課題は、抗原の複雑さに起因する可能性がある。CLEC12Aは、201個のアミノ酸を有する細胞外ドメイン内に6つの潜在的なN-グリコシル化部位を有するモノマーの高度にグリコシル化されたタンパク質である。6つのN-グリコシル化部位のうち4つは、分子の膜近位ドメインにクラスター化されており、細胞表面での標的の提示に関与している可能性がある。異なる細胞型の表面でのCLEC12Aのグリコシル化状態のバリエーションが報告されている(Marshall et al.,(2006) Eur J Immunol.36(8):2159-69)。
したがって、がんの治療に使用するためにCLEC12Aに結合する新しくかつ有用なタンパク質の分野での必要性が残っている。
国際公開第2016/134371号 国際公開第2015/095412号
Marshall et al.,(2006) Eur J Immunol.36(8):2159-69
本出願は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびにCLEC12Aに結合する、多重特異性結合タンパク質を提供する。そのようなタンパク質は、2種以上のNK活性化受容体に係合し得、天然リガンドがNKG2Dに結合することをブロックし得る。特定の実施形態では、このタンパク質は、ヒトのNK細胞を刺激し得る。いくつかの実施形態では、このタンパク質は、ヒト、ならびにげっ歯類及びカニクイザルなどの他の種において、NK細胞を刺激し得る。本明細書に開示されるタンパク質のいずれか1つを含む製剤;タンパク質を発現する1つ以上の核酸を含む細胞、及びタンパク質を使用して腫瘍細胞死を増強する方法も提供される。
したがって、一態様では、本出願は、以下を含むタンパク質を提供する:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位;
ここで、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位は、以下を含む:
(i)それぞれが配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含む、相補性決定領域1(CDR1)、相補性決定領域2(CDR2)、及び相補性決定領域3(CDR3)を含む重鎖可変ドメイン(VH);ならびにそれぞれが配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む軽鎖可変ドメイン(VL);
(ii)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(iii)それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(v)それぞれ配列番号221、166、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号240、226、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(v)それぞれ配列番号206、166、及び241のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号245、239、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(vi)それぞれ配列番号221、236、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号152、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(vii)それぞれ配列番号159、170、及び183のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号186、188、及び189のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(viii)それぞれ配列番号197、202、及び207のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに配列番号211、212、及び214のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(ix)それぞれ配列番号220、222、及び257のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号224、225、及び227のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(x)それぞれ配列番号230、231、及び232のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号233、234、及び235のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL。
いくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位は、それぞれ配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。いくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位は、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む。
特定の実施形態では、VHは、配列番号335と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号336と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VHは、配列番号270と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号271と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VHは、配列番号178と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号289と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VHは、配列番号335のアミノ酸配列を含み、VLは配列番号336のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VHは、配列番号270のアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号271のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VHは、配列番号178のアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号289のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VH及びVLは、配列番号143及び144;147及び144;244及び144;178及び144;256及び144;143及び163;143及び167;143及び171;または174及び175のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
いくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位は、一本鎖フラグメント変数(scFv)として存在し、ここで、このscFvは、配列番号274、145、146、149、150、153、154、156、157、160、161、164、165、168、169、172、173、176、177、180、及び181から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、scFvは、配列番号274のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、scFvは、配列番号180のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位は、それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む。
特定の実施形態では、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位は、以下を含む:
(i)それぞれ、配列番号195、196、187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号198、199、201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(ii)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(iii)それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL。
特定の実施形態では、VHは、配列番号148と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号203と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、VHは、配列番号148のアミノ酸配列を含み、及びVLは、配列番号203のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、VH及びVLは、それぞれ配列番号162及び203;210及び203;162及び218;148及び218;または210と218のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第2に、抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号184、185、204、205、208、209、215、216、252、253、254及び255から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、scFvは、配列番号204のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、先行する実施形態の第2の抗原結合部位は、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する。
別の態様では、本出願は、以下を含むタンパク質を提供し:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位;
ここで、第2の抗原結合部位が、前記グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定される場合、20nM以下の解離定数(K)でヒトCLEC12Aに結合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、SPRによって測定されるように、1nM以下のKでヒトCLEC12Aに結合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、K244Q置換を含むヒトCLEC12Aに結合する。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、タンパク質は、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインまたはその一部を含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はFabフラグメントであり、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位はscFvである。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はscFvであり、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位はFabフラグメントである。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、タンパク質は、CLEC12Aに結合する追加の抗原結合部位をさらに含む。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はscFvであり、CLEC12Aに結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれFabフラグメントである。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はscFvであり、CLEC12Aに結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれscFvである。特定の実施形態では、第2の及び追加の抗原結合部位のアミノ酸配列は同一である。特定の実施形態では、第2の及び追加の抗原結合部位のアミノ酸配列は異なる。
別の態様では、本出願は、以下を含むタンパク質を提供し:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位、
ここで、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、Fabフラグメントであり、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位はscFvである。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するscFvは、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結される。特定の実施形態では、ヒンジは、アミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するそれぞれのscFvは、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結される。特定の実施形態では、ヒンジは、アミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するscFv内で、scFvの重鎖可変ドメインは、scFvの軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する。特定の実施形態では、ジスルフィド架橋は、Kabat番号付けスキームの下で番号付けされた、重鎖可変ドメインのC44と軽鎖可変ドメインのC100との間で形成される。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、scFvの重鎖可変ドメインは、scFvの軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する。特定の実施形態では、ジスルフィド架橋は、重鎖可変ドメインのC44と軽鎖可変ドメインのC100との間に形成され、Kabat番号付けスキームの下で番号付けされる。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するscFv内で、重鎖可変ドメインは、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結されている。特定の実施形態では、可塑性リンカーは、(GS)を含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、重鎖可変ドメインは、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結されている。特定の実施形態では、可塑性リンカーは、(GS)を含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するscFv内で、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのC末端に配置される。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのC末端に配置される。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するscFv内で、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのN末端に配置される。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのN末端に配置される。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合するFabフラグメントは、抗原結合部位とFcまたはその部分との間には配置されない。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、CLEC12Aに結合するFabフラグメントが、抗原結合部位とFcまたはその部分との間に配置されることはない。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、それぞれ配列番号81、82、及び112のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、以下を含む:
(i)それぞれ、配列番号81、82、及び97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(ii)それぞれ配列番号81、82、及び84のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに、それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、第1の抗原結合部位のVHは、配列番号95と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、そして、第1の抗原結合部位のVLは、配列番号85と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位のVHは、配列番号95のアミノ酸配列を含み;そして、第1の抗原結合部位のVLは、配列番号85のアミノ酸配列を含む。
本明細書に開示されるタンパク質のいくつかの実施形態では、抗体Fcドメインは、ヒトIgG1抗体Fcドメインである。いくつかの実施形態では、抗体Fcドメインまたはその部分は、配列番号118と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号付けられた、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118と比較して、1つ以上の変異を含む。特定の実施形態では、抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号付けられたQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eから選択される1つ以上の変異を、配列番号118に対して、含む。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖は、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118に対して、1つ以上の変異を含み;抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号付けられたQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号136と比較して、1つ以上の変異を含む。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖は、配列番号118に対してK360E及びK409W置換を含み;抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号が付けられた、配列番号136と比較して、Q347R、D399V及びF405T置換を含む。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖は、配列番号118に対してY349C置換を含み;抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号付けられた配列番号136と比較して、S354C置換を含む。
別の態様では、本出願は、以下を含むタンパク質を提供する:
(a)配列番号259のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド;
(b)配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド;及び
(c)配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチド。
別の態様では、本出願は、以下を含むタンパク質を提供する:
(a)配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド;
(b)配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド;及び
(c)配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチド。
別の態様では、本出願は、本明細書で開示されるタンパク質、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物を提供する。
別の態様では、本出願は、本明細書に開示されるタンパク質及びpH7.0以上の緩衝液を含む医薬製剤を提供する。いくつかの実施形態では、この製剤のpHは、7.0~8.0の間である。いくつかの実施形態では、この緩衝液はクエン酸塩を含む。特定の実施形態では、このクエン酸塩の濃度は、10~20mMである。いくつかの実施形態では、この緩衝液は、さらにリン酸塩を含む。いくつかの実施形態では、緩衝液は、糖または糖アルコールをさらに含む。特定の実施形態では、この糖または糖アルコールは二糖である。特定の実施形態では、この二糖は、スクロースである。いくつかの実施形態では、医薬製剤中の糖または糖アルコールの濃度は、200~300mMである。特定の実施形態では、医薬製剤中の糖または糖アルコールの濃度は、約250mMである。いくつかの実施形態では、この緩衝液は、非イオン性サーファクタントをさらに含む。特定の実施形態では、非イオン性サーファクタントはポリソルベートを含む。特定の実施形態では、このポリソルベートは、ポリソルベート80である。いくつかの実施形態では、医薬製剤中のポリソルベート80の濃度は、0.005%~0.05%である。特定の実施形態では、医薬製剤中のポリソルベート80の濃度は、約0.01%である。いくつかの実施形態では、NaClの濃度は、もしあれば、医薬製剤において約1mM以下である。いくつかの実施形態では、タンパク質の濃度は、10~200mg/mLである。特定の実施形態では、タンパク質の濃度は約20mg/mLである。
いくつかの実施形態では、この医薬製剤は、pH7.0で、約20mMのクエン酸塩、約250mMのスクロース、及び約0.01%のポリソルベート80を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、約20mg/mLのタンパク質、約20mMのリン酸カリウム、約10mMのクエン酸ナトリウム、及び約125mM塩化ナトリウムをpH7.8で含む。
別の態様では、本出願は、本明細書に開示されるタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞を提供する。
別の態様では、本出願は、腫瘍細胞死を増強する方法、腫瘍細胞及びナチュラルキラー細胞を有効量のタンパク質、医薬組成物、または本明細書に開示される医薬製剤に曝露することを含む方法を提供する。
別の態様では、本出願は、がんを処置する方法を提供し、この方法は、本明細書で開示されるタンパク質、医薬組成物またはその医薬製剤の有効な量を、それを必要とする対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、そのがんは、血液学的悪性腫瘍である。特定の実施形態では、この血液学的悪性腫瘍は、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群より選択される。
いくつかの実施形態では、AMLは、未分化型急性骨髄芽球性白血病、最小分化型急性骨髄芽球性白血病、分化型急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病(APL)、急性骨髄単球性白血病、好酸球増大症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病(AMKL)、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球形質細胞様樹状細胞腫瘍(BPDCN)から選択される。特定の実施形態では、AMLは、AML白血病幹細胞(LSC)上のCLL-1の発現を特徴とする。特定の実施形態では、LSCは、CD34、CD38、CD123、TIM3、CD25、CD32、及びCD96から選択される細胞膜マーカーをさらに発現する。
いくつかの実施形態では、AMLは、微小残存病変(MRD)である。特定の実施形態では、MRDは、FLT3-ITD((Fms様チロシンキナーゼ3)-遺伝子内縦列重複(ITD))、NPM1(ヌクレオフォスミン1)、DNMT3A(DNAメチルトランスフェラーゼ遺伝子DNMT3A)、及びIDH(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1及び2(IDH1及びIDH2))から選択される変異の有無によって特徴付けられる。
特定の実施形態では、MDSは、多血球系異形成を伴うMDS(MDS-MLD)、単一血球系統の異形成を伴うMDS(MDS-SLD)、環状鉄芽球を伴うMDS(MDS-RS)、芽球増大を伴うMDS(MDS-EB)、染色体異常(isolated del)(5q)を伴うMDS、及びMDS、未分類型MDS(MDS-U)から選択される。特定の実施形態では、MDSは、一次MDSまたは二次MDSである。
いくつかの実施形態では、ALLは、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される。いくつかの実施形態では、MPNは、真性赤血球増大症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される。いくつかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される。いくつかの実施形態では、リンパ腫は、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される。特定の実施形態では、がんは、CLEC12Aを発現する。
ヘテロ二量体、多重特異性抗体、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の図示である。各アームは、NKG2D結合ドメイン、または腫瘍関連抗原に対応する結合ドメインのいずれかを表し得る。いくつかの実施形態では、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインは、共通の軽鎖を共有し得る。
多重特異性結合タンパク質、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の5つの例示的なフォーマットを図示する。Aに示すように、NKG2D結合ドメインまたは腫瘍関連抗原結合ドメインのいずれかが、scFvフォーマットをとってもよい(左アーム)。NKG2Dを標的とするscFv、腫瘍関連抗原を標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域を含む抗体は、本明細書ではF3-TriNKETと呼ばれる。腫瘍関連抗原を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域/ドメイン(CD16に結合する)を含む抗体は、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる(E)。Bに示すように、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインの両方が、scFvフォーマットをとり得る。C~Dは、腫瘍関連抗原に結合する2つの抗原結合部位、及びヘテロ二量体化抗体定常領域に融合したNKG2D結合部位を含む、3つの抗原結合部位を有する抗体の図示である。これらの抗体フォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる。Cは、2つの腫瘍関連抗原結合部位が、Fabフラグメントフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Dは、腫瘍関連抗原結合部位が、scFvフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Eは、腫瘍を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びCD16に結合するヘテロ二量体化抗体定常領域/ドメイン(「CDドメイン」)を含む三重特異性抗体(TriNKET)を表す。この抗体フォーマットは、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる。特定の例示的な多重特異性結合タンパク質では、抗体定常領域上のヘテロ二量体化変異は、1つの定常ドメイン上にK360E及びK409W;ならびに反対側の定常ドメイン上にQ347R、D399V、及びF405T(CDドメインでは三角形のロックアンドキー形状として示されている)を含む。Fabフラグメントの重鎖と軽鎖可変ドメインとの間の太字のバーは、ジスルフィド結合を表している。 多重特異性結合タンパク質、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の5つの例示的なフォーマットを図示する。Aに示すように、NKG2D結合ドメインまたは腫瘍関連抗原結合ドメインのいずれかが、scFvフォーマットをとってもよい(左アーム)。NKG2Dを標的とするscFv、腫瘍関連抗原を標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域を含む抗体は、本明細書ではF3-TriNKETと呼ばれる。腫瘍関連抗原を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域/ドメイン(CD16に結合する)を含む抗体は、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる(E)。Bに示すように、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインの両方が、scFvフォーマットをとり得る。C~Dは、腫瘍関連抗原に結合する2つの抗原結合部位、及びヘテロ二量体化抗体定常領域に融合したNKG2D結合部位を含む、3つの抗原結合部位を有する抗体の図示である。これらの抗体フォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる。Cは、2つの腫瘍関連抗原結合部位が、Fabフラグメントフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Dは、腫瘍関連抗原結合部位が、scFvフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Eは、腫瘍を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びCD16に結合するヘテロ二量体化抗体定常領域/ドメイン(「CDドメイン」)を含む三重特異性抗体(TriNKET)を表す。この抗体フォーマットは、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる。特定の例示的な多重特異性結合タンパク質では、抗体定常領域上のヘテロ二量体化変異は、1つの定常ドメイン上にK360E及びK409W;ならびに反対側の定常ドメイン上にQ347R、D399V、及びF405T(CDドメインでは三角形のロックアンドキー形状として示されている)を含む。Fabフラグメントの重鎖と軽鎖可変ドメインとの間の太字のバーは、ジスルフィド結合を表している。 多重特異性結合タンパク質、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の5つの例示的なフォーマットを図示する。Aに示すように、NKG2D結合ドメインまたは腫瘍関連抗原結合ドメインのいずれかが、scFvフォーマットをとってもよい(左アーム)。NKG2Dを標的とするscFv、腫瘍関連抗原を標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域を含む抗体は、本明細書ではF3-TriNKETと呼ばれる。腫瘍関連抗原を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域/ドメイン(CD16に結合する)を含む抗体は、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる(E)。Bに示すように、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインの両方が、scFvフォーマットをとり得る。C~Dは、腫瘍関連抗原に結合する2つの抗原結合部位、及びヘテロ二量体化抗体定常領域に融合したNKG2D結合部位を含む、3つの抗原結合部位を有する抗体の図示である。これらの抗体フォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる。Cは、2つの腫瘍関連抗原結合部位が、Fabフラグメントフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Dは、腫瘍関連抗原結合部位が、scFvフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Eは、腫瘍を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びCD16に結合するヘテロ二量体化抗体定常領域/ドメイン(「CDドメイン」)を含む三重特異性抗体(TriNKET)を表す。この抗体フォーマットは、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる。特定の例示的な多重特異性結合タンパク質では、抗体定常領域上のヘテロ二量体化変異は、1つの定常ドメイン上にK360E及びK409W;ならびに反対側の定常ドメイン上にQ347R、D399V、及びF405T(CDドメインでは三角形のロックアンドキー形状として示されている)を含む。Fabフラグメントの重鎖と軽鎖可変ドメインとの間の太字のバーは、ジスルフィド結合を表している。 多重特異性結合タンパク質、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の5つの例示的なフォーマットを図示する。Aに示すように、NKG2D結合ドメインまたは腫瘍関連抗原結合ドメインのいずれかが、scFvフォーマットをとってもよい(左アーム)。NKG2Dを標的とするscFv、腫瘍関連抗原を標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域を含む抗体は、本明細書ではF3-TriNKETと呼ばれる。腫瘍関連抗原を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域/ドメイン(CD16に結合する)を含む抗体は、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる(E)。Bに示すように、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインの両方が、scFvフォーマットをとり得る。C~Dは、腫瘍関連抗原に結合する2つの抗原結合部位、及びヘテロ二量体化抗体定常領域に融合したNKG2D結合部位を含む、3つの抗原結合部位を有する抗体の図示である。これらの抗体フォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる。Cは、2つの腫瘍関連抗原結合部位が、Fabフラグメントフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Dは、腫瘍関連抗原結合部位が、scFvフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Eは、腫瘍を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びCD16に結合するヘテロ二量体化抗体定常領域/ドメイン(「CDドメイン」)を含む三重特異性抗体(TriNKET)を表す。この抗体フォーマットは、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる。特定の例示的な多重特異性結合タンパク質では、抗体定常領域上のヘテロ二量体化変異は、1つの定常ドメイン上にK360E及びK409W;ならびに反対側の定常ドメイン上にQ347R、D399V、及びF405T(CDドメインでは三角形のロックアンドキー形状として示されている)を含む。Fabフラグメントの重鎖と軽鎖可変ドメインとの間の太字のバーは、ジスルフィド結合を表している。 多重特異性結合タンパク質、例えば、三重特異性結合タンパク質(TriNKET)の5つの例示的なフォーマットを図示する。Aに示すように、NKG2D結合ドメインまたは腫瘍関連抗原結合ドメインのいずれかが、scFvフォーマットをとってもよい(左アーム)。NKG2Dを標的とするscFv、腫瘍関連抗原を標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域を含む抗体は、本明細書ではF3-TriNKETと呼ばれる。腫瘍関連抗原を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びヘテロ二量体化された抗体定常領域/ドメイン(CD16に結合する)を含む抗体は、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる(E)。Bに示すように、NKG2D結合ドメイン及び腫瘍関連抗原結合ドメインの両方が、scFvフォーマットをとり得る。C~Dは、腫瘍関連抗原に結合する2つの抗原結合部位、及びヘテロ二量体化抗体定常領域に融合したNKG2D結合部位を含む、3つの抗原結合部位を有する抗体の図示である。これらの抗体フォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる。Cは、2つの腫瘍関連抗原結合部位が、Fabフラグメントフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Dは、腫瘍関連抗原結合部位が、scFvフォーマットであり、NKG2D結合部位がscFvフォーマットであることを図示している。Eは、腫瘍を標的とするscFv、NKG2Dを標的とするFabフラグメント、及びCD16に結合するヘテロ二量体化抗体定常領域/ドメイン(「CDドメイン」)を含む三重特異性抗体(TriNKET)を表す。この抗体フォーマットは、本明細書ではF3’-TriNKETと呼ばれる。特定の例示的な多重特異性結合タンパク質では、抗体定常領域上のヘテロ二量体化変異は、1つの定常ドメイン上にK360E及びK409W;ならびに反対側の定常ドメイン上にQ347R、D399V、及びF405T(CDドメインでは三角形のロックアンドキー形状として示されている)を含む。Fabフラグメントの重鎖と軽鎖可変ドメインとの間の太字のバーは、ジスルフィド結合を表している。
Triomab形態のTriNKETを表したものであり、IgGのような形状を維持する3機能性の二重特異性抗体である。このキメラは、2つの親抗体に由来する、それぞれ1つの軽鎖及び1つの重鎖を有する、2つの半抗体からなる。トリオマブ形態は、1/2のラット抗体及び1/2のマウス抗体を含むヘテロ二量体構築物であり得る。
KiH Common Light Chain形態のTriNKETを表したものであり、ノブイントゥホール(KIH)テクノロジーが含まれている。KiHは、標的1及び2に結合する2つのFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化変異によって安定化されたFcを含むヘテロ二量体である。KiHフォーマットのTriNKETは、2つの異なる重鎖及び両方の重鎖と対になる共通の軽鎖を含む、標的1及び標的2に結合する2つのFabフラグメントを有するヘテロ二量体構築物であり得る。
二重可変ドメイン免疫グロブリン(DVD-Ig(商標))形態のTriNKETを表したものであり、可塑性天然リンカーを介して2つのモノクローナル抗体の標的結合ドメインを結合し、4価のIgG様分子を生成する。DVD-Ig(商標)は、抗原2を標的とする可変ドメインが、抗原1を標的とするFabフラグメントの可変ドメインのN末端に融合されている、ホモ二量体構築物である。DVD-Ig(商標)形態には正常なFcが含まれている。
直交性Fabフラグメントインターフェース(Ortho-Fab)形態のTriNKETの提示であり、これは、Fcに融合した標的1及び標的2に結合する2つのFabフラグメントを含むヘテロ二量体構築物である。軽鎖(LC)-重鎖(HC)の対合は、直交インターフェースによって保証される。ヘテロ二量体化は、Fcの変異によって保証される。
ツーインワン(2-in-1)IgフォーマットでのTriNKETの提示である。
ES形態のTriNKETの提示であり、これは、Fcに融合された標的1及び標的2に結合する2つの異なるFabフラグメントを含むヘテロ二量体構築物である。ヘテロ二量体化は、Fcの静電ステアリング変異によって保証される。
Fabアーム交換形態のTriNKETの図示である:重鎖及び結合した軽鎖(半分子)を別の分子の重鎖-軽鎖の対と交換することによってFabフラグメントアームを交換し、二重特異性をもたらす抗体。Fabアーム交換形態(cFae)は、標的1及び2に結合する2つのFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化変異によって安定化されたFcを含むヘテロ二量体である。
標的1及び2に結合する2つのFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化突然変異によって安定化されたFcを含むヘテロ二量体である、SEED Body形態のTriNKETの提示である。
ロイシンジッパーを使用して2つの異なるHCのヘテロ二量体化を誘導する、LuZ-Y形態のTriNKETを表したものである。LuZ-Y形態は、Fcに融合した標的1及び2に結合する2つの異なるscFabを含むヘテロ二量体である。ヘテロ二量体化は、FcのC末端に融合したロイシンジッパーモチーフによって保証される。
Cov-X-Body形態のTriNKETの提示である。
A~Bは、κλ-Body形態のTriNKETの提示であり、これは、ヘテロ二量体化変異によって安定化されたFcに融合した2つの異なるFabフラグメントを有するヘテロ二量体構築物である:抗原1を標的とする1つのFabフラグメントにはカッパLCが含まれ、抗原2を標的とする第2のFabフラグメントにはラムダLCが含まれる。Aは、κλ-Bodyの一形態の例示的な提示である。Bは、別のκλ-Bodyの例示的な提示である。
どちらもFcドメインに融合している、標的1に結合するFabフラグメント及び標的2に結合するscFabを含む、Oasc-Fabヘテロ二量体構築物である。ヘテロ二量体化は、Fcドメインの変異によって保証される。
DuetMabであり、これは、抗原1及び2に結合する2つの異なるFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化変異によって安定化されたFcを含むヘテロ二量体構築物である。Fabフラグメント1及び2には、軽鎖と重鎖の正しい対合を保証する示差的S-S架橋が含まれている。
CrossmAbであり、これは、標的1及び2に結合する2つの異なるFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化変異によって安定化されたFcを有するヘテロ二量体構築物である。CLドメイン及びCH1ドメイン、ならびにVHドメイン及びVLドメインが切り替えられ、例えば、CH1は、VLとインラインで融合され、CLはVHとインラインで融合される。
Fit-Igであり、これは抗原2に結合するFabフラグメントが、抗原1に結合するFabフラグメントのHCのN末端に融合されているホモ二量体構築物である。この構築物は、野生型Fcを含む。
hCLEC12Aに結合するマウスハイブリドーマ上清から収集された抗体のバイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)プロファイルを示す一連のトレースである。 hCLEC12Aに結合するマウスハイブリドーマ上清から収集された抗体のバイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)プロファイルを示す一連のトレースである。
hCLEC12A(図19A)及びcCLEC12A(図19B)に結合するマウスmAbサブクローンから収集された抗体のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
PL21 AML細胞株への精製されたCLEC12Aサブクローンの結合を示す折れ線グラフである。
グリコシル化、脱グリコシル化、及び脱シアル化hCLEC12Aに結合する抗体16B8.C8及び9F11.B7のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
抗体16B8.C8に由来するTriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 抗体16B8.C8に由来するTriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 抗体16B8.C8に由来するTriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 抗体16B8.C8に由来するTriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
hCLEC12Aを標的とするTriNKET F3’-1304、F3’-1295及び対照CLEC12A-TriNKETのhCLEC12A発現細胞株RMA-hCLEC12Aへの結合を示す折れ線グラフである。
F3’-1295及び対照CLEC12A-TriNKETの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株HL60のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
TriNKET F3’-1295及びF3’-1602の示差走査熱量測定(DSC)分析を示す折れ線グラフである。
TriNKET F3’-1295及びF3’-1602のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 TriNKET F3’-1295及びF3’-1602のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
hCLEC12Aを標的とするTriNKET F3’-1295、F3’-1602、及び対照CLEC12A-TriNKETのhCLEC12A発現細胞株Ba/F3(A)、野生型Ba/F3(B)、がん株HL60(C)、及びがん株PL21(D)への結合を示す折れ線グラフである。
F3’-1295、F3’-1602、及び対照CLEC12A-TriNKETの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21(図28A)及びHL60(図28B)のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
F3’-1295(図29A)及びF3’-1602(図29B)のキャピラリー等電点電気泳動(cIEF)によって決定された等電点(pI)を示す折れ線グラフである。
F3’-1602 TriNKET及びF3’-1295 TriNKETのフローサイトメトリーに基づく多重特異性試薬(PSR)分析を示す。
hF3’-1602 TriNKET及びF3-TriNKET AB0010のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
hCLEC12Aを発現するBa/F3(A)、がん株HL60(B)、及び野生型Ba/F3(C)に対するhF3’-1602 TriNKET及びF3-TriNKET AB0010の結合を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKET及びF3-TriNKET AB0010の存在下でのKHYG-CD16V細胞(A)及び初代NK細胞(B)を使用したCLEC12A発現がん細胞株PL21のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hCLEC12Aを発現するBa/F3(A)及びがん株HL60(B)への9F11.B7及びhF3’-1602 TriNKET及びF3-TriNKET AB0010に由来するTriNKETの結合を示す折れ線グラフである。
9F11.B7に由来するTriNKETの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株HL60のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKET及びAB0192の存在下でのKHYG-CD16V細胞(A)及び初代NK細胞(B)を使用したCLEC12A発現がん細胞株HL60のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKET及び親mAbの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21(A)及びTHP-1(B)のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKETのがん細胞株HL60(A)及びPL21(B)への結合を示す折れ線グラフである。
hCLEC12Aを発現するBa/F3(A)、ならびにがん細胞株HL60(B)及びPL21(C)へのCLEC12Aを標的とするTriNKET、親mAb、及びAB0237 NKG2DデッドアームバリアントTriNKETの結合を示す折れ線グラフである。 hCLEC12Aを発現するBa/F3(A)、ならびにがん細胞株HL60(B)及びPL21(C)へのCLEC12Aを標的とするTriNKET、親mAb、及びAB0237 NKG2DデッドアームバリアントTriNKETの結合を示す折れ線グラフである。 hCLEC12Aを発現するBa/F3(A)、ならびにがん細胞株HL60(B)及びPL21(C)へのCLEC12Aを標的とするTriNKET、親mAb、及びAB0237 NKG2DデッドアームバリアントTriNKETの結合を示す折れ線グラフである。
細胞株PL21(図40A)及びHL60(図40B)に対するCLEC12A標的化TriNKET及び親mAbの表面保持を示す棒グラフである。
hF3’-1602 TriNKET、AB0192及び親mAbの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21(図41A)及びHL60(図41B)のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKETの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21(図42A)及びHL60(図42B)のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKET、親mAb、またはそのNKG2Dデッドバリアントの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21のCD8-T細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
血球へのhF3’-1602 TriNKET(灰色)、親mAb(白色)、及び対照IgG(黒色)の結合を示す一連のヒストグラムである。
組換えヒトCD64に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 組換えヒトCD64に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
CD32aH131に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 CD32aH131に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCD32A R131対立遺伝子(FCγRIIa R131)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32A R131対立遺伝子(FCγRIIa R131)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCD16a高親和性対立遺伝子V158(FCγRIIIa V158)に対して結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCD16a低親和性対立遺伝子F158(FCγRIIIa F158)に対して結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16a低親和性対立遺伝子F158(FCγRIIIa F158)に対して結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD32b(FCγRIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCD16b(FCγRIIIb)に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
カニクイザル(cyno)CD16に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 カニクイザル(cyno)CD16に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 カニクイザル(cyno)CD16に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 カニクイザル(cyno)CD16に結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
pH6.0で測定された、ヒトFcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、ヒトFcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、ヒトFcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、ヒトFcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
pH6.0で測定された、カニクイザル(cyno)FcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、カニクイザル(cyno)FcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、カニクイザル(cyno)FcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 pH6.0で測定された、カニクイザル(cyno)FcRnに結合するhF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ対照のSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトCLEC12Aに結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトCLEC12Aに結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ヒトNKG2Dに結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 ヒトNKG2Dに結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
組換えカニクイザル(cyno)NKG2D(cNKG2D)細胞外ドメイン(ECD)に結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 組換えカニクイザル(cyno)NKG2D(cNKG2D)細胞外ドメイン(ECD)に結合するhF3’-1602 TriNKETのSPRプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
他方のTriNKETアームの結合における一方のTriNKETアームの占有についてSPRによって決定された標的結合を示す折れ線グラフである。
NKG2D TriNKETアーム及びCD16aの相乗効果についてSPRによって決定された標的結合を示す折れ線グラフである。 NKG2D TriNKETアーム及びCD16aの相乗効果についてSPRによって決定された標的結合を示す折れ線グラフである。
hCLEC12A発現細胞株Ba/F3(図60A)、野生型Ba/F3(図60B)、がん株HL60(図60C)、及びがん株PL21(図60D)に対するhCLEC12A-TriNKET F3’-1295、F3’-1602、及び対照CLEC12A-TriNKETの結合を示す折れ線グラフである。 hCLEC12A発現細胞株Ba/F3(図60A)、野生型Ba/F3(図60B)、がん株HL60(図60C)、及びがん株PL21(図60D)に対するhCLEC12A-TriNKET F3’-1295、F3’-1602、及び対照CLEC12A-TriNKETの結合を示す折れ線グラフである。 hCLEC12A発現細胞株Ba/F3(図60A)、野生型Ba/F3(図60B)、がん株HL60(図60C)、及びがん株PL21(図60D)に対するhCLEC12A-TriNKET F3’-1295、F3’-1602、及び対照CLEC12A-TriNKETの結合を示す折れ線グラフである。
F3’-1602 TriNKETのフローサイトメトリーに基づく多重特異性試薬(PSR)分析を示す。 F3’-1602 TriNKETのフローサイトメトリーに基づく多重特異性試薬(PSR)分析を示す。
ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトCLEC12Aに対する1でのF3’-1602 TriNKETの相対的結合(Zスコア)を示す棒グラフである。
hF3’-1602 TriNKET CLEC12A結合アームの疎水性パッチのモデルを示している。
hF3’-1602 TriNKET CLEC12A結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。 hF3’-1602 TriNKET CLEC12A結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。 hF3’-1602 TriNKET CLEC12A結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。
hF3’-1602 TriNKET NKG2D結合アームの疎水性パッチのモデルを示す。
hF3’-1602 TriNKET NKG2D結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。 hF3’-1602 TriNKET NKG2D結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。 hF3’-1602 TriNKET NKG2D結合アームのCDR長、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。
hF3’-1602 TriNKETの疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)分析を示す折れ線グラフである。
hF3’-1602 TriNKETについてcIEFによって決定されたpIを示す折れ線グラフである。
hCLEC12Aに結合するhF3’-1602の配列ライアビリティ修正バリアントを示す一連のフローサイトメトリープロットである。 hCLEC12Aに結合するhF3’-1602の配列ライアビリティ修正バリアントを示す一連のフローサイトメトリープロットである。 hCLEC12Aに結合するhF3’-1602の配列ライアビリティ修正バリアントを示す一連のフローサイトメトリープロットである。 hCLEC12Aに結合するhF3’-1602の配列ライアビリティ修正バリアントを示す一連のフローサイトメトリープロットである。 hCLEC12Aに結合するhF3’-1602の配列ライアビリティ修正バリアントを示す一連のフローサイトメトリープロットである。
hF3’-1602 TriNKET及びライアビリティ修正バリアントの存在下でのCLEC12A発現がん細胞株PL21のNK細胞媒介性溶解を示す折れ線グラフである。
HST製剤中のF3’-1602への3倍段階希釈(300nM~0.41nM)でのhCLEC12Aの結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
HST製剤中のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 HST製剤中のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
HST製剤中のF3’-1602のhCD16aV158への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。
HST製剤中のF3’-1602のストレス試料及び対照試料の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解パーセンテージを示すグラフである。
対照及びストレスのF3’-1602におけるCDRH3ペプチドの一連の抽出イオンクロマトグラムである。
リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中でのhCLEC12AのF3’-1602への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
hNKG2Dへのリン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602の結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 hNKG2Dへのリン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602の結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
hCD16a V158へのリン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中でのF3’-1602の結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。
リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602のストレス試料及び対照試料の存在下における、NKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解パーセンテージを示すグラフである。
CST製剤で40℃で4週間インキュベートした後、F3’-1602に対して3倍段階希釈(300nM~0.41nM)のhCLEC12Aが結合することを示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
CST製剤で2~8℃で及び25℃で4週間インキュベートした後、3倍段階希釈(300nM~0.41nM)のhCLEC12AがF3’-1602に結合することを示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。 CST製剤で2~8℃で及び25℃で4週間インキュベートした後、3倍段階希釈(300nM~0.41nM)のhCLEC12AがF3’-1602に結合することを示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
CST製剤中のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 CST製剤中のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
CST製剤中のF3’-1602のhCD16aV158への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。
CST製剤中のF3’-1602のストレス試料及び対照試料の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解パーセンテージを示すグラフである。
pH5.0のストレス下でのインキュベーション後のF3’-1602のcIEFプロファイルである。
pH8.0のストレス下でのインキュベーション後のF3’-1602のcIEFプロファイルである。
pH5のストレス後のF3’-1602への3倍段階希釈(300nM~0.41nM)でのhCLEC12Aの結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
pH8のストレス後のF3’-1602への3倍段階希釈(300nM~0.41nM)でのhCLEC12Aの結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
pH5のストレス後のf3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の反応測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 pH5のストレス後のf3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の反応測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
pH8のストレス後のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 pH8のストレス後のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
pH5ストレス後のF3’-1602の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解のパーセンテージを示すグラフである。
pH8のストレス後のF3’-1602の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解のパーセンテージを示すグラフである。
強制酸化ストレス後のhCLEC12AのF3’-1602への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
強制酸化ストレス後のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 強制酸化ストレス後のF3’-1602のhNKG2Dへの結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
強制酸化ストレス後のF3’-1602の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解のパーセンテージを示すグラフである。
低pH保持後のhCLEC12AのF3’-1602への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。
低pH保持後のHNKG2DへのF3’-1602の結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。 低pH保持後のHNKG2DへのF3’-1602の結合を示す一連のグラフである。上のパネルは、キャプチャーされたmFc-hNKG2D(9.77nM~5μM)に注入されたF3’-1602の生データを表す色付きのセンサーグラムである。黒のオーバーレイは、生データの1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネルは、対応する分析対象物の濃度に対してプロットされた定常状態の応答測定値を表している。青い線は、定常状態K値を表す。
低pH保持後のF3’-1602のhCD16a V158への結合を示す一連の色付きセンサーグラムである。
低pH保持後のF3’-1602の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL21細胞の溶解のパーセンテージを示すグラフである。
PEG-6000中の10mM酢酸ナトリウム緩衝液pH5.0におけるF3’-1602の溶解度を示すグラフである。
濃度の関数としてのF3’-1602モノマー含有量のパーセンテージを示すグラフである。
熱ストレス条件後のF3’フォーマットのTriNKETF3’-1602(図102A)及びF3フォーマットのTriNKET AB0010(図102B)の存在下でのNKG2D及びCD16a発現KHYG-1-CD16a細胞によるPL-21細胞の溶解率を示すグラフである。
酵母ディスプレイ親和性成熟ライブラリー構築の図解である。A:pET1596 scFvCDRH3のBamHI制限酵素部位による置換。B:以前に導入されたBamHI制限部位でのCDRH3変異ライブラリーオリゴの挿入。C:BamHI線形化プラスミド及びライブラリーオリゴの酵母へのエレクトロポレーションとそれに続く酵母での相同組換え。 酵母ディスプレイ親和性成熟ライブラリー構築の図解である。A:pET1596 scFvCDRH3のBamHI制限酵素部位による置換。B:以前に導入されたBamHI制限部位でのCDRH3変異ライブラリーオリゴの挿入。C:BamHI線形化プラスミド及びライブラリーオリゴの酵母へのエレクトロポレーションとそれに続く酵母での相同組換え。 酵母ディスプレイ親和性成熟ライブラリー構築の図解である。A:pET1596 scFvCDRH3のBamHI制限酵素部位による置換。B:以前に導入されたBamHI制限部位でのCDRH3変異ライブラリーオリゴの挿入。C:BamHI線形化プラスミド及びライブラリーオリゴの酵母へのエレクトロポレーションとそれに続く酵母での相同組換え。
マウス免疫からAB0089までの発見プロセスを示している。上のパネルは、表面プラズモン共鳴(SPR)によるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。各バリアントの結合親和性及びEC50が示されている。BM、逆突然変異。 マウス免疫からAB0089までの発見プロセスを示している。上のパネルは、表面プラズモン共鳴(SPR)によるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。各バリアントの結合親和性及びEC50が示されている。BM、逆突然変異。 マウス免疫からAB0089までの発見プロセスを示している。上のパネルは、表面プラズモン共鳴(SPR)によるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。各バリアントの結合親和性及びEC50が示されている。BM、逆突然変異。 マウス免疫からAB0089までの発見プロセスを示している。上のパネルは、表面プラズモン共鳴(SPR)によるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。各バリアントの結合親和性及びEC50が示されている。BM、逆突然変異。
CDRH3酵母ライブラリー17のFACS分析を示している。1nMのCLEC12A-Hisでソートされたアフィニティー成熟酵母ディスプレイライブラリーの選択の最初のラウンド(A)。1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第2ラウンド(B)。0.1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第3ラウンド(C)。1nMのCLEC12Aへの酵母細胞で提示されたライブラリー17-R3の結合(D)。10nMのCLEC12Aで酵母細胞で提示された元のクローンpET1596の結合(E)。 CDRH3酵母ライブラリー17のFACS分析を示している。1nMのCLEC12A-Hisでソートされたアフィニティー成熟酵母ディスプレイライブラリーの選択の最初のラウンド(A)。1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第2ラウンド(B)。0.1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第3ラウンド(C)。1nMのCLEC12Aへの酵母細胞で提示されたライブラリー17-R3の結合(D)。10nMのCLEC12Aで酵母細胞で提示された元のクローンpET1596の結合(E)。 CDRH3酵母ライブラリー17のFACS分析を示している。1nMのCLEC12A-Hisでソートされたアフィニティー成熟酵母ディスプレイライブラリーの選択の最初のラウンド(A)。1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第2ラウンド(B)。0.1nMのCLEC12A-Hisでソートされた選択の第3ラウンド(C)。1nMのCLEC12Aへの酵母細胞で提示されたライブラリー17-R3の結合(D)。10nMのCLEC12Aで酵母細胞で提示された元のクローンpET1596の結合(E)。
CDRH2酵母ライブラリー30のFACS分析を示している。ライブラリー17から同定された最良のクローンのバックグラウンド上に構築されたCDRH2を無作為化することによって生成された開始酵母ディスプレイライブラリー(GDYGDSLDY(配列番号322) CDRH3)(A)。ソーティングは、両方のラウンドで1nMのCLEC12A-Hisで実行した。それぞれ、CLEC12A-Hisによるラウンド1(B)及びラウンド2(C)の選択後のフローサイトメトリー分析。10nMのCLEC12A-Hisで酵母細胞に提示されたpET1596の結合(D)。 CDRH2酵母ライブラリー30のFACS分析を示している。ライブラリー17から同定された最良のクローンのバックグラウンド上に構築されたCDRH2を無作為化することによって生成された開始酵母ディスプレイライブラリー(GDYGDSLDY(配列番号322) CDRH3)(A)。ソーティングは、両方のラウンドで1nMのCLEC12A-Hisで実行した。それぞれ、CLEC12A-Hisによるラウンド1(B)及びラウンド2(C)の選択後のフローサイトメトリー分析。10nMのCLEC12A-Hisで酵母細胞に提示されたpET1596の結合(D)。
ライブラリー30から特定された改良された親和性クローン(A)とpET1596(B)及びAB0237(C)との比較である。 ライブラリー30から特定された改良された親和性クローン(A)とpET1596(B)及びAB0237(C)との比較である。 ライブラリー30から特定された改良された親和性クローン(A)とpET1596(B)及びAB0237(C)との比較である。
AB0089の概略図である。ヘテロ二量体化変異及び操作された鎖間ジスルフィド架橋により、IgG1Fcの効率的な鎖の対合が保証される。scFvは、ヒト化及び配列ライアビリティが修正されたCLEC12A mAb16B8.C8から誘導される。scFvは、VHとVLとの間の操作されたジスルフィド架橋によって安定化される。
EW-RVTFcヘテロ二量体のX線結晶構造である。EW-RVT Fcヘテロ二量体の全体構造とヒト野生型(WT)IgG1 Fcホモ二量体(PDB ID:3AVE)との重ね合わせ(図109A)。W-VT相互作用の対の領域の拡大図(図109B)。E-R相互作用の対の領域の拡大図(図109C)。
EW-RVTS-Sヘテロ二量体Fcの結晶構造を、349C(CH3A)と354C(CH3B)の残基の間に形成された非対称ジスルフィド結合の拡大図とともに示している。
3つの異なる方向でのCLEC12A結合scFvのリボン図モデル(上のパネル)と、同じ方向の対応する表面電荷分布(下のパネル)を示している。3つの方向が示されている:正面(左パネル:正面図;中央パネル:背面図)及び抗原係合表面(右パネル:上面図)の両方。
AB0089のCLEC12A標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。矢印は、進行した臨床段階のmAbを基準にして、AB0089のCLEC12A標的化scFvが位置するラインを指している。内側の2本の点線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)。最も外側の2本の点線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
正(左)及び負の電荷(中央)を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性(右)を示している。AB0089のCLEC12A標的化アームの表面電荷及び電荷対称性分析。矢印は、AB0089のCLEC12A標的化scFvが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置するラインを指している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)が、さらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。 正(左)及び負の電荷(中央)を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性(右)を示している。AB0089のCLEC12A標的化アームの表面電荷及び電荷対称性分析。矢印は、AB0089のCLEC12A標的化scFvが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置するラインを指している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)が、さらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
3つの異なる方向のリボン図を備えたNKG2D結合Fabを示している。正面(左パネル:正面図、中央パネル:背面図)及び抗原結合表面(右パネル:上面図)の両方。
AB0089のNKG2D標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。矢印は、進行した臨床段階のmAbを基準にして、AB0089のNKG2D標的化アームが、位置するラインを指している。内側の2本の点線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)。最も外側の2本の点線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
AB0089のNKG2D標的化アームの表面電荷の分析及び疎水性分析を示している。矢印は、377の後期治療用抗体のデータベースを参照したAB0089のNKG2D標的化アームの位置を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)、がさらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。 AB0089のNKG2D標的化アームの表面電荷の分析及び疎水性分析を示している。矢印は、377の後期治療用抗体のデータベースを参照したAB0089のNKG2D標的化アームの位置を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)、がさらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
他の臨床段階の治療用mAbと比較したAB0089で使用されるヒトアクセプターフレームワークを示している。フェーズI+由来の400+mAbを含む臨床段階の抗体データベースで頻繁に使用されるヒト生殖細胞系列に対するAB0089で使用されるフレームワークのベンチマーク。 他の臨床段階の治療用mAbと比較したAB0089で使用されるヒトアクセプターフレームワークを示している。フェーズI+由来の400+mAbを含む臨床段階の抗体データベースで頻繁に使用されるヒト生殖細胞系列に対するAB0089で使用されるフレームワークのベンチマーク。
分子の鎖組成(A)ならびにTreg調整EpiMatrixタンパク質免疫原性スケール(B)上のAB0089の鎖H、S、及びLの位置を示すAB0089の漫画的表現を示す。 分子の鎖組成(A)ならびにTreg調整EpiMatrixタンパク質免疫原性スケール(B)上のAB0089の鎖H、S、及びLの位置を示すAB0089の漫画的表現を示す。
TriNKET精製プロセスのフロー図を示している。
MabSelectプロテインAキャプチャー溶出クロマトグラムを示している。
IEXローディング用にpH調整及び濾過されたプロテインA溶出液のSEC分析を示している。
AB0089プロテインAのロード、フロースルー、及び溶出液のSDS-PAGE分析を示している。吸光度の読み取りに基づいて、15μlを「プロテインAロード」及び「プロテインA FT」レーンにロードし、2μgを「プロテインA溶出レーン」にロードした。主要なバンド 約120kDaはAB0089に対応する。
Poros XS陽イオン交換クロマトグラムを示している。
AB0089 CIEXのロード及び溶出画分のSDS-PAGE分析を示している。吸光度の読み取りに基づいて、レーンには約2.0μgのタンパク質を含む。主要なバンド約120kDaはAB0089である。
AB0089ロットAB0089-002の還元(「R」)及び非還元(「NR」)SDS-PAGEを示している。分子の3つの鎖(S、H、及びL)はRレーンでラベル付けされている。NRレーンのF3’はAB0089を指す。
精製されたAB0089ロットAB0089-002のSEC分析を示しており、積分ピーク面積によって決定される100%モノマーを示す。
AB0089ロットAB0089-002のインタクトな質量分析を示している。インタクトなAB0089のLC-MS分析は、126,129.1 Daの理論質量とよく一致する観測された質量(126,130.0 Da)を示した。
AB0089のCE-SDS分析、R(左パネル)及びAB0089のCE-SDS分析、NR(右パネル)を示している。 AB0089のCE-SDS分析、R(左パネル)及びAB0089のCE-SDS分析、NR(右パネル)を示している。
cIEFによるAB0089の電荷プロファイルを示しており、これは、AB0089が8.52±0.0のpIで主要なピークを示したことを示している。
HICによるAB0089の疎水性分析のクロマトグラムを示しており、これは、AB0089が非常に純粋で均質であることを示している。
3つの異なる製剤でDSC分析によって評価されたAB0089の熱安定性を示している:PBS pH7.4(A)、HST pH6.0(A)、及びCST、pH7.0(A)。
AB0089の予測されたジスルフィドマップを示している。
scFv(非還元及び還元)の操作されたジスルフィド対の抽出イオンクロマトグラム(XIC)、及びそのペプチド対の最も強い電荷状態を示している。
CH3-CH3分子間Fc操作ジスルフィドの同定を示している。
SPRによって試験されたAB0089へのヒトCLEC12Aの結合を示している。 SPRによって試験されたAB0089へのヒトCLEC12Aの結合を示している。
CLEC12AのAB0089及びテポジタマブベースの分子間結合が2状態モデルに一致していることを示している。
CLEC12Aを発現する同質遺伝子細胞株及びAMLがん細胞株(PL-21及びHL-60)へのAB0089の結合のFACS評価を示している。
CLEC12A(K244)WT(左パネル)及びカニクイザル(cyno)CLEC12A(cCLEC12A)(右パネル)と比較した、遺伝的バリアントCLEC12A(Q244)(中央パネル)へのAB0089の結合を示している。 CLEC12A(K244)WT(左パネル)及びカニクイザル(cyno)CLEC12A(cCLEC12A)(右パネル)と比較した、遺伝的バリアントCLEC12A(Q244)(中央パネル)へのAB0089の結合を示している。
示差的にグリコシル化されたCLEC12A:hCLEC12A未処理(左パネル)、hCLEC12A脱シアル化(中央パネル)、及びhCLEC12A完全脱グリコシル化(右パネル)に対するAB0089結合を示している。 示差的にグリコシル化されたCLEC12A:hCLEC12A未処理(左パネル)、hCLEC12A脱シアル化(中央パネル)、及びhCLEC12A完全脱グリコシル化(右パネル)に対するAB0089結合を示している。
SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0089の結合を示している。上部パネル:色付きのセンサーグラムは生データを表す。黒のオーバーレイは、1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネル:定常状態親和性適合。4つの独立したBiacoreチャネルからのデータが示される。ラインは、定常状態KD値を表す。 SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0089の結合を示している。上部パネル:色付きのセンサーグラムは生データを表す。黒のオーバーレイは、1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネル:定常状態親和性適合。4つの独立したBiacoreチャネルからのデータが示される。ラインは、定常状態KD値を表す。 SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0089の結合を示している。上部パネル:色付きのセンサーグラムは生データを表す。黒のオーバーレイは、1:1の反応速度論的適合を示す。下のパネル:定常状態親和性適合。4つの独立したBiacoreチャネルからのデータが示される。ラインは、定常状態KD値を表す。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a(V158)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a(V158)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a(V158)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブのカニクイザルCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのカニクイザルCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのカニクイザルCD64(FcγRI)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのカニクイザルCD64(FcγRI)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a H131(FcγRIIa H131)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a H131(FcγRIIa H131)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a R131(FcγRIIa R131)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a R131(FcγRIIa R131)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a R131(FcγRIIa R131)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブのヒトCD32a R131(FcγRIIa R131)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a F158(FcγRIIIa F158)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a F158(FcγRIIIa F158)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a F158(FcγRIIIa F158)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16a F158(FcγRIIIa F158)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRII)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRII)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。
AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。 AB0089及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。
AB0089がCD16a及びNKG2Dに同時に係合すると、強い結合が生じることを示している。
CLEC12A及びNKG2Dの結合アームのAB0089同時係合を示している。 CLEC12A及びNKG2Dの結合アームのAB0089同時係合を示している。
SPRによるAB0237、AB0192、及び3つのCLEC12A結合参照TriNKETに関連する、AB0089の結合エピトープの比較の要約である。AB0089とhCLEC12Aとの相互作用は、AB0237、及び2つの対照分子cFAE-A49 CLL1-Merus及びcFAE-A49 テポジタマブ(Tepoditamab)によってブロックされたが、Genentech-h6E7ベースの分子によってはブロックされず、これは、AB0089結合エピトープがMerus-CLL1及びテポジタマブと重複することを示している。
HL60及びPL21細胞を用いたKHYG-1-CD16aVを介した細胞毒性アッセイにおけるAB0089の効力を示している。
AB0089が、がん細胞の一次NKを介した細胞溶解を強力に増強し、親のmAbを上回っていることを示している。
PSRアッセイ(図157A)、ならびに既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)(図157B)と比較したPSR結合AB0089の概略図を示す。 PSRアッセイ(図157A)、ならびに既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)(図157B)と比較したPSR結合AB0089の概略図を示す。 PSRアッセイ(図157A)、ならびに既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)(図157B)と比較したPSR結合AB0089の概略図を示す。
ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較して、ヒトCLEC12Aに対して、1μg/mlでのAB0089の相対結合(Zスコア)を示している。相対的な結合Zスコア(y軸)とAB0089の上位24個の識別された結合パートナー(x軸)を示すプロット。hCLEC12aは、位置1にプロットされ、Zスコアは150.61である。
対照試料と比較したHST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0089のSEC分析を示しており、AB0089が高い安定性を示したことを示している。
対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0089のCE-SDS分析を示している。非還元(NR)(左パネル)及び還元(R)(右パネル)。 対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0089のCE-SDS分析を示している。非還元(NR)(左パネル)及び還元(R)(右パネル)。
AB0089がHST中、pH6.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。 AB0089がHST中、pH6.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。 AB0089がHST中、pH6.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。
HST、pH6.0で40℃で4週間後のAB0089効力を示している。
SEC分析で測定した対照試料と比較して、AB0089がCST、pH7.0、40℃で4週間のインキュベーション後に高い安定性を示したことを示している。
対照試料と比較して、CST、pH7.0で40℃で4週間後、CE-SDSによってAB0089の断片化が観察されなかったことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。 対照試料と比較して、CST、pH7.0で40℃で4週間後、CE-SDSによってAB0089の断片化が観察されなかったことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。
AB0089がCST中、pH7.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。 AB0089がCST中、pH7.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。 AB0089がCST中、pH7.0において40℃で4週間後に安定であり、hCLEC12A(図161A)、hNKG2D(図161B)、またはhCD16aV(図161C)への結合に影響を及ぼさないことを示す。
長期の熱ストレスが、対照と比較して、CST中、pH7.0で40℃で4週間後、AB0089の効力に影響を与えなかったことを示している。
AB0089のCLEC12a標的化アームのCDRH3を含むトリプシンペプチドの抽出イオンクロマトグラムであり、これでは、ピーク形状の手動検査に基づいて、CLEC12A結合CDRH3を含むペプチドのアスパラギン酸異性化の証拠は観察されなかったことが示された。
SEC分析であって、これは強制酸化後の酸化AB0089と対照試料との間で単量体含有量に差がないことを示している。
対照試料と比較して、強制酸化後にCE-SDSによってAB0089の断片化が観察されなかったことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。 対照試料と比較して、強制酸化後にCE-SDSによってAB0089の断片化が観察されなかったことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。
酸化ストレスが、活性タンパク質含有量またはhCLEC12A(図170A、上部パネル)、hNKG2D(図170B、中央パネル)、及びhCD16Av(図170C、下部パネル)対する親和性に有意な影響を及ぼさなかったことを示す。 酸化ストレスが、活性タンパク質含有量またはhCLEC12A(図170A、上部パネル)、hNKG2D(図170B、中央パネル)、及びhCD16Av(図170C、下部パネル)対する親和性に有意な影響を及ぼさなかったことを示す。 酸化ストレスが、活性タンパク質含有量またはhCLEC12A(図170A、上部パネル)、hNKG2D(図170B、中央パネル)、及びhCD16Av(図170C、下部パネル)対する親和性に有意な影響を及ぼさなかったことを示す。
AB0089が強制酸化において安定していることを示している。
SEC分析であり、AB0089は高pHストレス(pH8.0、40℃、2週間)下で安定していることを示している。
CE-SDS分析であり、AB0089が長期間の高pHストレス(pH8、40℃、2週間)後に低レベルの劣化AB0089を示したことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。 CE-SDS分析であり、AB0089が長期間の高pHストレス(pH8、40℃、2週間)後に低レベルの劣化AB0089を示したことを示している。NR(左パネル)及びR(右パネル)。
cIEFであり、AB0089が長期間の高pH曝露(pH8、40℃、2週間)後に酸性シフトを示したことを示している。
長期間の高pH8.0のストレス(pH8、40℃、2週間)後のストレス試料と対照試料との間で、活性タンパク質の量またはhCLEC12A(図175A、上部パネル)、hNKG2D(図175B、中央パネル)、またはhCD16aV(図175C、下部パネル)の親和性に有意差がなかったことを示している。 長期間の高pH8.0のストレス(pH8、40℃、2週間)後のストレス試料と対照試料との間で、活性タンパク質の量またはhCLEC12A(図175A、上部パネル)、hNKG2D(図175B、中央パネル)、またはhCD16aV(図175C、下部パネル)の親和性に有意差がなかったことを示している。 長期間の高pH8.0のストレス(pH8、40℃、2週間)後のストレス試料と対照試料との間で、活性タンパク質の量またはhCLEC12A(図175A、上部パネル)、hNKG2D(図175B、中央パネル)、またはhCD16aV(図175C、下部パネル)の親和性に有意差がなかったことを示している。
AB0089の効力が長期間の高pHストレス(pH8、40℃、2週間)後に約2分の1に減少したことを示している。
SEC分析であり、AB0089は低pHストレス(pH5.0、40℃、2週間)下で高度に安定していることを示している。
長期の低pHストレス(pH5.0 40℃、2週間)後のAB0089のCE-SDS分析であり、低レベルのAB0089分解が非還元(左パネル)及び還元(右パネル)CE-SDSによって検出されたことを示している。 長期の低pHストレス(pH5.0 40℃、2週間)後のAB0089のCE-SDS分析であり、低レベルのAB0089分解が非還元(左パネル)及び還元(右パネル)CE-SDSによって検出されたことを示している。
cIEF分析であり、低pHストレスに曝露されたAB0089が電荷プロファイルのわずかな酸性シフトを示すことを示している。
長期間の低pHストレス(pH5.0、40℃、2週間)の後、hCLEC12A(図180A、上部パネル)、hNKG2D(図180B、中央パネル)、またはhCD16aV(図180C、下部パネル)に関して活性タンパク質含有量またはAB0089親和性に有意差がなかったことを示している。 長期間の低pHストレス(pH5.0、40℃、2週間)の後、hCLEC12A(図180A、上部パネル)、hNKG2D(図180B、中央パネル)、またはhCD16aV(図180C、下部パネル)に関して活性タンパク質含有量またはAB0089親和性に有意差がなかったことを示している。 長期間の低pHストレス(pH5.0、40℃、2週間)の後、hCLEC12A(図180A、上部パネル)、hNKG2D(図180B、中央パネル)、またはhCD16aV(図180C、下部パネル)に関して活性タンパク質含有量またはAB0089親和性に有意差がなかったことを示している。
AB0089の効力が、長期間の低pHストレス(pH5.0 40℃、2週間)後も対照試料の効力と同様のままであることを示している。
AB0089のCLEC12a標的化アームのCDRH3を含むトリプシンペプチドの抽出イオンクロマトグラムであり、これでは、ピーク形状の手動検査に基づいて、低pH(pH5.0)への長期曝露後、CLEC12A結合CDRH3を含むペプチド中のアスパラギン酸異性化の証拠は示されなかった。
AB0089が6サイクルの凍結/解凍後に安定していることを示すSEC分析である。
6回の凍結/解凍サイクル後のAB0089のCE-SDS分析であり、還元(右パネル)または非還元CE-SDS(左パネル)によって純度の低下が検出されなかったことを示す。 6回の凍結/解凍サイクル後のAB0089のCE-SDS分析であり、還元(右パネル)または非還元CE-SDS(左パネル)によって純度の低下が検出されなかったことを示す。
SEC分析であり、AB0089は攪拌ストレス(室温で300rpm、ディープウェルプレートで3日間)後に安定していることを示している。 SEC分析であり、AB0089は攪拌ストレス(室温で300rpm、ディープウェルプレートで3日間)後に安定していることを示している。
SEC分析であり、AB0089が、単量体の損失パーセント損失を最小限に抑えながら175mg/ml超の濃縮を可能にしたことを示している。
AB0089が、単量体を損失することなく、濃度(最大178mg/ml))に修正可能であることを示すグラフである。
低pH保持前後のプロテインA溶出液のSEC分析であり、AB0089が生物製剤の製造に使用される低pH保持/ウイルス不活化条件で非常に安定していることを示している。
低pH保持後、AB0089の電荷プロファイルが変化しないままであることを示している。
hCLEC12a、hNKG2D、及びCD16aVに対するAB0089の親和性が、低pH保持の影響を受けなかったことを示している。 hCLEC12a、hNKG2D、及びCD16aVに対するAB0089の親和性が、低pH保持の影響を受けなかったことを示している。 hCLEC12a、hNKG2D、及びCD16aVに対するAB0089の親和性が、低pH保持の影響を受けなかったことを示している。
AB0089の効力が低pH保持ステップ後に変化しなかったことを示している。
SEC分析であって、低pH保持後に単量体%のプロファイルに変化が観察されなかったことを示す。 SEC分析であって、低pH保持後に単量体%のプロファイルに変化が観察されなかったことを示す。
低pH保持がAB0089の電荷プロファイルに有意な影響を与えなかったことを示している。
AB0089がPL21AML細胞のヒトNK細胞毒性を強力に増強することを示している。精製したヒトNK細胞を一晩休ませ、翌日、DELFIAアッセイのために標識したPL21標的細胞と共培養した。CLEC12A TriNKET AB0089または親mAbAB0305の用量滴定は、10nMから開始して調製し、共培養に添加した。アッセイは、合計6人の健康なNK細胞ドナーを用いて実施した。示されているのは代表的な結果である。特異的溶解を試験物質の濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0192がHL60AML細胞のヒトNK細胞毒性を強力に増強することを示している。精製したヒトNK細胞を一晩休ませ、翌日、DELFIAアッセイのために標識したHL60標的細胞と共培養した。CLEC12A TriNKET AB0089または親mAbAB0305の用量滴定は、10nMから開始して調製し、共培養に添加した。アッセイは、合計4人の健康なNK細胞ドナーを用いて実施した。示されているのは代表的な結果である。特異的溶解を試験物質の濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0192がPL21AML細胞のヒトNK細胞毒性を強力に増強することを示している。精製したヒトNK細胞を一晩休ませ、翌日、DELFIAアッセイのために、標識したPL21標的細胞と共培養した。CLEC12A TriNKET AB0192または親mAb AB0306の用量滴定は、10nMから開始して調製し、共培養に添加した。アッセイは、合計6人の健康なNK細胞ドナーを用いて実施した。示されているのは代表的な結果である。特異的溶解を試験物質の濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0192がHL60 AML細胞のヒトNK細胞毒性を強力に増強することを示している。精製したヒトNK細胞を一晩休ませ、翌日、DELFIAアッセイのために標識したHL60標的細胞と共培養した。CLEC12A TriNKET AB0192または親mAb AB0306の用量滴定は、10nMから開始して調製し、共培養に添加した。アッセイは、合計4人の健康なNK細胞ドナーを用いて実施した。示されているのは代表的な結果である。特異的溶解を試験物質の濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0089活性が可溶性MIC-Aの存在によって影響されないことを示している。精製したヒトNK細胞を一晩休ませ、翌日、DELFIA標識PL21標的細胞と共培養ウェル中に準備した。AB0089及びAB0305の用量滴定を調製し、可溶性MIC-A-Fcを各試験物質の滴定シリーズに20ng/mLに添加した。用量漸増は、4パラメーターの非線形回帰モデルに適合した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0089はPL21 AML細胞に対するヒトNK細胞によるIFNγ産生及び脱顆粒を誘導することを示している。凍結したPBMCを解凍し、AB0089、AB0305、またはF3’-パリビズマブの用量滴定の存在下でPL21標的細胞と共培養した。インキュベーション後、CD107aの脱顆粒及びIFNγの細胞内蓄積のFACS分析のために細胞を調製した。示されている図は、試験された3人のPBMCドナーの代表である。誘導されたIFNγ+CD107+NK細胞の割合を濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0089は、HL60 AML細胞に対するヒトNK細胞によるIFNγ産生及び脱顆粒を誘導することを示している。凍結したPBMCを解凍し、AB0089、AB0305、またはF3’-パリビズマブの用量滴定の存在下でHL60標的細胞と共培養した。インキュベーション後、CD107aの脱顆粒及びIFNγの細胞内蓄積のFACS分析のために細胞を調製した。示されている図は、試験された3人のPBMCドナーの代表である。誘導されたIFNγ+CD107+NK細胞の割合を濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
CLEC12ATriNKETがPL21AML細胞に対してM0-マクロファージADCP活性を誘導することを示している。in vitroで生成されたM0マクロファージを、細胞トレースバイオレットで標識し、細胞トレースバイオレットで標識し、細胞トレースCFSE標識PL21標的細胞と8:1のE:T比で共培養した。2時間後、フローサイトメトリー分析用に細胞を準備した。二重陽性細胞トレースバイオレット/CFSE細胞は食作用事象と見なされた。アッセイは、3人の独立したドナーに由来するマクロファージを用いて実施され、示された図が代表的な結果である。標的細胞の食作用のパーセンテージを、試験物質の濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
AB0089がPL21AML細胞に対してCDCを刺激しないことを示している。AB0089は、5%のヒト血清を含む細胞培養培地でBATDA標識PL21細胞と60分間インキュベートした。ヒトIgG1アイソタイプ対照は陰性対照として機能したが、抗MHCクラスIクローンW6/32は、陽性対照として使用した。標的細胞の特異的溶解を濃度に対してプロットし、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させて効力値を生成した。データポイントは、平均±標準偏差を表す。
CLEC12Aを発現する細胞株へのCLEC12A-TriNKETの結合を示している。CLEC12A TriNKET及びそれらの親mAbの用量反応結合を、ヒトCLEC12Aを過剰発現するBa/F3細胞で分析した(A)。CLEC12Aの内因性発現を伴うヒトがん細胞株(B)HL60及び(C)PL21を使用して、トランスフェクトされた細胞株での結果を裏付けた。示されている図は、表201に要約されている3つの独立した実験の結果を表している。 CLEC12Aを発現する細胞株へのCLEC12A-TriNKETの結合を示している。CLEC12A TriNKET及びそれらの親mAbの用量反応結合を、ヒトCLEC12Aを過剰発現するBa/F3細胞で分析した(A)。CLEC12Aの内因性発現を伴うヒトがん細胞株(B)HL60及び(C)PL21を使用して、トランスフェクトされた細胞株での結果を裏付けた。示されている図は、表201に要約されている3つの独立した実験の結果を表している。 CLEC12Aを発現する細胞株へのCLEC12A-TriNKETの結合を示している。CLEC12A TriNKET及びそれらの親mAbの用量反応結合を、ヒトCLEC12Aを過剰発現するBa/F3細胞で分析した(A)。CLEC12Aの内因性発現を伴うヒトがん細胞株(B)HL60及び(C)PL21を使用して、トランスフェクトされた細胞株での結果を裏付けた。示されている図は、表201に要約されている3つの独立した実験の結果を表している。
CLEC12A TriNKETに曝露されたAML細胞株でのCLEC12A表面保持を示している。(A)HL60及び(B)PL21細胞上のCLEC12A表面保持を、37℃で2時間、40nMで試験物質に曝露した後に測定した。試験物質は飽和濃度で使用し、ヒトIgGFc特異的二次抗体を使用して検出した。37℃で2時間後の染色強度を、氷上で2時間インキュベートした細胞での同じ試験物質の染色強度に正規化して、細胞表面に保持されたCLEC12Aのパーセンテージを導き出した。データバーは重複ウェルの平均を表しており、エラーバーは標準偏差を表す。示されている図は、表202に要約されている3つの独立した実験の結果を表している。
37℃で2時間後にAB0237に正規化されたAB0089結合を示している。AB0089とAB0237の結合を、氷上または37℃で2時間インキュベートした後のHL60細胞で比較した。ヒストグラムは以下のことを表している:(上から下に1番目)AB0237 2時間37℃、(上から下に2番目)AB0237氷上で2時間、(上から下に3番目)AB0089 37℃で2時間、(上から下へ4番目)AB0089氷上で2時間。全ての試験物質の結合は、抗ヒトIgGFcフルオロフォアコンジュゲート抗体で検出した。
AB0089が10の一次AML患者試料にまたがってCLEC12A+芽球に結合することを示している。一次AML骨髄及びPBMC試料は商業的供給業者から入手した。表3を参照のこと。試料は、表1の抗体パネルに従ってフローサイトメトリー分析用に調製した。ヒストグラムは、AML芽球の染色を以下のように表している:上から下に4番=hIgG1アイソタイプ対照、上から下に3番目=AB0305-CF568、上から下に2番目=AB0089-CF568、上から下に1番目=抗CLEC12 50C1-CF568。
AB0089が、10の一次AML患者試料にまたがってCLEC12A+CD34+CD38-細胞に結合することを示している。一次AML骨髄及びPBMC試料は、商業的供給業者から入手した。表200を参照のこと。表198の抗体パネルに従って、フローサイトメトリー分析用に試料を調製した。試料はさらにCD34+CD38-亜集団でゲートして、白血病幹細胞を濃縮した。ヒストグラムは以下のようにCD34+CD38-芽球での染色を示す:上から下へ4番目=hIgG1アイソタイプ対照、上から下に3番目=AB0305-CF568、上から下に2番目=AB0089-CF568、上から下に1番目=抗CLEC12 50C1-CF568。
免疫からAB0192までの経路を示している。上のパネルは、SPRによるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。 免疫からAB0192までの経路を示している。上のパネルは、SPRによるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。 免疫からAB0192までの経路を示している。上のパネルは、SPRによるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。 免疫からAB0192までの経路を示している。上のパネルは、SPRによるCLEC12A結合の結果を表している。下のパネルは、CLEC12A+ PL-21AMLがん細胞への結合を示している。
AB0192の概略図を示している。専有的なヘテロ二量体化変異及び操作された鎖間ジスルフィド架橋により、IgG1Fcの効率的な鎖の対合が保証される。scFvは、ヒト化及び配列ライアビリティが修正されたCLEC12A mAb9F11.B7から誘導される。scFvは、VHとVLとの間の操作されたジスルフィド架橋によって安定化される。
AB0192を構成する3つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列を示している。鎖S:抗CLEC12AscFv-CH2-CH3(ヒト化配列、CDRは太字で下線なし、逆突然変異は太字で下線付き、操作されたscFvジスルフィドはイタリック体で太字、ならびにヘテロ二量体化のFc変異及び操作されたCH3ジスルフィドは太字でない下線付き)。鎖H:抗NKGD VH-CH1-CH2-CH3(完全ヒト、CDRは太字で下線が引かれておらず、ヘテロ二量体化のためのFc変異、及び操作されたCH3ジスルフィドは太字ではなく下線が引かれている)。鎖L:抗NKGD VL-CL(完全ヒト、CDRは太字で下線なし)。
他の臨床段階の治療用mAbと比較したAB0192で使用されるヒトアクセプターフレームワークを示している。フェーズI+由来の400+mAbを含む臨床段階の抗体データベースで頻繁に使用されるヒト生殖細胞系列に対するAB0192で使用されるフレームワークのベンチマーク。 他の臨床段階の治療用mAbと比較したAB0192で使用されるヒトアクセプターフレームワークを示している。フェーズI+由来の400+mAbを含む臨床段階の抗体データベースで頻繁に使用されるヒト生殖細胞系列に対するAB0192で使用されるフレームワークのベンチマーク。
3つの異なる方向でのCLEC12A結合scFvのリボン図モデル(上のパネル)、及び同じ方向の対応する表面電荷分布(下のパネル)を示している。抗CLEC12A scFvの電荷分布は分極化されており(「上面図」、下のパネル)、負に帯電した残基が主にCDRH3及びCDRL2内に存在する。3つの方向が示されている:正面(左パネル:正面図;中央パネル:背面図)及び抗原係合表面(右パネル:上面図)の両方。
AB0192のCLEC12A標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。矢印は、AB0192のCLEC12A標的化scFvが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置する場所を示している。内側の点線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)。最も外側の点線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
正電荷と負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。矢印は、AB0192のCLEC12A標的化scFvが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置する場所を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)、がさらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。 正電荷と負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。矢印は、AB0192のCLEC12A標的化scFvが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置する場所を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)、がさらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
3つの異なる方向でのNKG2D結合Fabアーム(上のパネル)、及び同じ方向のそれらの対応する表面電荷分布(下のパネル)のリボン図モデルを示している。3つの方向が示されている:正面(左パネル:正面図;中央パネル:背面図)及び抗原結合表面(右パネル:上面図)の両方。
AB0192のNKG2D標的化アームのCDR長及び表面疎水性分析のパッチを示している。矢印は、AB0192のNKG2D標的化Fabが、進行した臨床段階のmAbを基準にして位置する場所を示している。内側の点線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)。最も外側の点線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
正電荷及び負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。矢印は、377の後期治療用抗体のデータベースを参照したAB0192のNKG2D標的化Fabの位置を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)が、さらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。 正電荷及び負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。矢印は、377の後期治療用抗体のデータベースを参照したAB0192のNKG2D標的化Fabの位置を示している。各プロットには、2つの破線があり-一方は狭く、もう一方はさらに実線に近づいている。実線に近い破線は2SDを示す(この領域内の参照分子の95%超)が、さらに実線に近い破線は3SDを示す(この領域内の参照分子の99.7%超)。
A及びBは、Tregで調整されたEpiMatrixタンパク質免疫原性スケールでのAB0192鎖の位置を示している。Aは、AB0192の漫画的表現を示している。Bは、Treg調整免疫原性タンパク質スケールでのAB0192の鎖H、S、及びLの位置を示している。 A及びBは、Tregで調整されたEpiMatrixタンパク質免疫原性スケールでのAB0192鎖の位置を示している。Aは、AB0192の漫画的表現を示している。Bは、Treg調整免疫原性タンパク質スケールでのAB0192の鎖H、S、及びLの位置を示している。
AB0192の2ステッププラットフォーム精製の概略図を示している。左パネル:精製プロセスの最初のステップの前後のAB0192のSDS-PAGE分析(タンパク質Aキャプチャー)。中央のパネル:プロテインAステップ後及びcIEXステップ後のAB0192のSEC分析。右パネル:精製AB0192の還元及び非還元SDS-PAGE。 AB0192の2ステッププラットフォーム精製の概略図を示している。左パネル:精製プロセスの最初のステップの前後のAB0192のSDS-PAGE分析(タンパク質Aキャプチャー)。中央のパネル:プロテインAステップ後及びcIEXステップ後のAB0192のSEC分析。右パネル:精製AB0192の還元及び非還元SDS-PAGE。 AB0192の2ステッププラットフォーム精製の概略図を示している。左パネル:精製プロセスの最初のステップの前後のAB0192のSDS-PAGE分析(タンパク質Aキャプチャー)。中央のパネル:プロテインAステップ後及びcIEXステップ後のAB0192のSEC分析。右パネル:精製AB0192の還元及び非還元SDS-PAGE。 AB0192の2ステッププラットフォーム精製の概略図を示している。左パネル:精製プロセスの最初のステップの前後のAB0192のSDS-PAGE分析(タンパク質Aキャプチャー)。中央のパネル:プロテインAステップ後及びcIEXステップ後のAB0192のSEC分析。右パネル:精製AB0192の還元及び非還元SDS-PAGE。
LC-MS分析を使用したAB0192(ロットAB0192-005)のインタクト質量分析を示している。AB0192理論質量=126,429.5Da.AB0192ロットAB0192-005観測質量=126,429.9Da.
精製されたAB0192(ロットAB0192-005)のSEC(Superdex 200)分析を示しており、これによって、積分されたピーク面積によって決定して99%超の単量体が示された。
CE-SDSによる非還元条件(「NR」;左パネル)及び還元条件(「R」;右パネル)によるAB0192(ロットAB0192-005)の純度を示している。 CE-SDSによる非還元条件(「NR」;左パネル)及び還元条件(「R」;右パネル)によるAB0192(ロットAB0192-005)の純度を示している。
AB0192(ロットAB0192-005)のcIEFプロファイルを示している。
HICによるAB0192の疎水性分析を示している。
図225A~図225Cは、3つの異なる緩衝系におけるAB0192のDSC分析を示している。PBS pH7.4(A)、HST、pH6.0(B)及びCST、pH7.0(C)。 図225A~図225Cは、3つの異なる緩衝系におけるAB0192のDSC分析を示している。PBS pH7.4(A)、HST、pH6.0(B)及びCST、pH7.0(C)。 図225A~図225Cは、3つの異なる緩衝系におけるAB0192のDSC分析を示している。PBS pH7.4(A)、HST、pH6.0(B)及びCST、pH7.0(C)。
AB0192の予測されるジスルフィドマップを示している。
scFv(非還元及び還元)の操作されたジスルフィド対の抽出イオンクロマトグラム(XIC)、及びそのペプチド対の最も強い電荷状態を示している。
CH3-CH3分子間Fc操作ジスルフィドの存在を示している。
SPRによって試験されたヒトCLEC12AへのAB0192の結合を示している。 SPRによって試験されたヒトCLEC12AへのAB0192の結合を示している。
SPRによって試験されたCLEC12A(K244)WT及びカニクイザルcyno CLEC12Aと比較した、ヒトCLEC12A(Q244)の遺伝的バリアントへのAB0192の結合を示している。 SPRによって試験されたCLEC12A(K244)WT及びカニクイザルcyno CLEC12Aと比較した、ヒトCLEC12A(Q244)の遺伝的バリアントへのAB0192の結合を示している。
SPRによって試験された示差的にグリコシル化されたCLEC12AへのAB0192の結合を示している。 SPRによって試験された示差的にグリコシル化されたCLEC12AへのAB0192の結合を示している。
CLEC12A+同質遺伝子、ならびにHL60及びPL21 AML細胞へのAB0192の結合を示している。
SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0192の結合を示している。 SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0192の結合を示している。 SPRによって試験されたヒトNKG2DへのAB0192の結合を示している。
hCD16a V158対立遺伝子へのAB0192の結合を示している。 hCD16a V158対立遺伝子へのAB0192の結合を示している。 hCD16a V158対立遺伝子へのAB0192の結合を示している。
AB0192がCD16a及びNKG2Dに同時に結合し、強力な結合を生じることを示している。AB0192は、NKG2D(グラフの右側に示されている中央の線)、CD16a(グラフの右側に示されている下の線)、または混合されたCD16a及びNKG2D(グラフの右側に示されている上の線)の表面に注入される。表面は最大の親和性効果のために最適化されていないことに注意のこと。
キャプチャーされたAB0192がhCLEC12A及びhNKG2Dで順次飽和することを示している。標的は、BiacoreチップにキャプチャーされたAB0192上に順次注入された。上のパネルは、hCLEC12A(100nM)の結合と、それに続くキャプチャーされたAB0192へのhNKG2D(7μM)の結合を表している。下のパネルは、標的結合の逆の順序を示している(ヒトNKG2D結合とそれに続くhCLEC12A)。相対的結合化学量論(占有されていないキャプチャーされたAB0192への各標的の結合と比較して)を表218に示す。 キャプチャーされたAB0192がhCLEC12A及びhNKG2Dで順次飽和することを示している。標的は、BiacoreチップにキャプチャーされたAB0192上に順次注入された。上のパネルは、hCLEC12A(100nM)の結合と、それに続くキャプチャーされたAB0192へのhNKG2D(7μM)の結合を表している。下のパネルは、標的結合の逆の順序を示している(ヒトNKG2D結合とそれに続くhCLEC12A)。相対的結合化学量論(占有されていないキャプチャーされたAB0192への各標的の結合と比較して)を表218に示す。
AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD64(FcγRI)への結合を示している。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)H131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。
組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD32a(FcγRIIa)R131対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 組換えヒトCD16a(FcγRIIIa)F158対立遺伝子へのAB0192及びトラスツズマブの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルCD16(FcγRIII)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD32b(FcγRIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトCD16b(FcγRIIIb)への結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。 AB0192及びトラスツズマブの組換えヒトFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因する。
AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。 AB0192及びトラスツズマブの組換えカニクイザルFcRnへの結合を示している。各分子の上のパネルは、生の結合センサーグラムを表しているが、下のパネルは定常状態の親和性モデルへの適合を表す。分子間の見かけの最大結合応答の相違は、分子量の相違に起因するものである。
他のCLEC12A結合TriNKETに対するAB0192のエピトープビニングを示している。
対応するmAb対照と比較した、一次NK媒介細胞毒性アッセイにおけるAB0192の効力を示す。
A及びBは、PSRアッセイにおけるAB0192の非特異性分析を示している。A:PSRアッセイの概略図;B:既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)と比較したPSR結合AB0089。 A及びBは、PSRアッセイにおけるAB0192の非特異性分析を示している。A:PSRアッセイの概略図;B:既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)と比較したPSR結合AB0089。 A及びBは、PSRアッセイにおけるAB0192の非特異性分析を示している。A:PSRアッセイの概略図;B:既知のPSR結合を有する抗体(リツキシマブ)及び既知の非特異性を有さない抗体(トラスツズマブ)と比較したPSR結合AB0089。
HuProt(商標)ヒトプロテオームマイクロアレイアッセイにおけるAB0089の相対Zスコアを示している。相対的な結合Zスコア(y軸)対AB0089の上位24個の識別された結合パートナー(x軸)を示すプロット。hCLEC12aは、位置1にプロットされ、Zスコアは150.06である。
対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0192のSEC分析を示している。 対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0192のSEC分析を示している。
対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0192のCE-SDS分析を示している。非還元状態は左側のパネルに表示される。還元された状態が右側のパネルに表示される。 対照と比較した、HST中、pH6.0で40℃で4週間後のAB0192のCE-SDS分析を示している。非還元状態は左側のパネルに表示される。還元された状態が右側のパネルに表示される。
AB0192がHST中、pH6.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。 AB0192がHST中、pH6.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。 AB0192がHST中、pH6.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。
対照試料と、HST中で、KHYG-1-CD16aを介した細胞毒性アッセイでpH6.0で40℃で4週間後のAB0192のストレス試料との間で効力に差がなかったことを示している。
SEC分析で測定した場合、CST中、pH7.0で40℃で4週間後のAB0192の最小凝集を示している。 SEC分析で測定した場合、CST中、pH7.0で40℃で4週間後のAB0192の最小凝集を示している。
CE-SDS分析で測定した場合、対照と比較して、CST中、pH7.0で40℃で4週間後のAB0192の最小の断片化を示している。 CE-SDS分析で測定した場合、対照と比較して、CST中、pH7.0で40℃で4週間後のAB0192の最小の断片化を示している。
AB0192がCST中、pH7.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。 AB0192がCST中、pH7.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。 AB0192がCST中、pH7.0で4週間40℃のストレス後に安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないことを示している。
対照試料と、CST中で、KHYG-1-CD16a細胞毒性アッセイでpH7.0で40℃で4週間後のAB0192のストレス試料との間で効力に差がなかったことを示している。
対照と比較した強制酸化ストレス後のAB0192のSEC分析を示しており、単量体含有量の有意な減少がないことが示された。 対照と比較した強制酸化ストレス後のAB0192のSEC分析を示しており、単量体含有量の有意な減少がないことが示された。
対照と比較した強制酸化後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、純度が高いままであることが示された。 対照と比較した強制酸化後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、純度が高いままであることが示された。
AB0192が酸化ストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。 AB0192が酸化ストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。 AB0192が酸化ストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。
KHYG-1-CD16aを介した細胞毒性アッセイでの強制酸化後のAB0192の効力が対照試料と類似していたことを示している。
長期間の低pH曝露(pH5.0、40℃、14日)後のAB0192のSEC分析を示しており、単量体の損失がないことが示された。 長期間の低pH曝露(pH5.0、40℃、14日)後のAB0192のSEC分析を示しており、単量体の損失がないことが示された。
長期間の低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、非還元及び還元CE-SDSによって検出された純度の相違が1%未満であることが示された。非還元状態が左側のパネルに表示される。還元された状態が右側のパネルに表示される。 長期間の低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、非還元及び還元CE-SDSによって検出された純度の相違が1%未満であることが示された。非還元状態が左側のパネルに表示される。還元された状態が右側のパネルに表示される。
AB0192が低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。 AB0192が低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。 AB0192が低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後に安定していること;CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がなかったことを示している。
cIEFによる長期の低pHストレス(pH5.0、40℃、14日)後のAB0192の電荷分析を示しており、対照とpH5のストレス試料とでは相違は見られない。
長期pH5.0のストレス後のAB0192の効力が、KHYG-1-CD16a細胞毒性アッセイの対照と比較して変化しなかったことを示している。
長期間の高pHストレス(pH8.0、40℃、14日)後のAB0192のSEC分析を示しており、これは、1.6%の単量体の損失があったことを示している。 長期間の高pHストレス(pH8.0、40℃、14日)後のAB0192のSEC分析を示しており、これは、1.6%の単量体の損失があったことを示している。
長期間の高pHストレス(pH8.0、40℃、14日)後のAB0192のCE-SDS分析を示している。純度のわずかな相違は、非還元(左)条件及び還元(右)条件で検出された。 長期間の高pHストレス(pH8.0、40℃、14日)後のAB0192のCE-SDS分析を示している。純度のわずかな相違は、非還元(左)条件及び還元(右)条件で検出された。
AB0192が高pHストレス後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がないことを示している。 AB0192が高pHストレス後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がないことを示している。 AB0192が高pHストレス後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響がないことを示している。
cIEFによる長期間の高pHストレス(pH8.0、40℃、14日)後のAB0192の電荷分析を示しており、対照試料と比較してpH8のストレス試料では酸性シフトしている。
KHYG-1-CD16aV細胞毒性アッセイによって評価されるように、高pH8.0のストレスへの長期曝露後のAB0192の効力が有意に影響を受けなかったことを示している。
単量体の損失がないことを示した対照と比較して6サイクルの凍結/解凍後のAB0192のSEC分析を示している。 単量体の損失がないことを示した対照と比較して6サイクルの凍結/解凍後のAB0192のSEC分析を示している。
凍結解凍ストレス後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、これによって、還元(右パネル)または非還元(左パネル)のいずれの条件でも純度が低下しないことが示された。 凍結解凍ストレス後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、これによって、還元(右パネル)または非還元(左パネル)のいずれの条件でも純度が低下しないことが示された。
対照と比較した攪拌ストレス後のAB0192のSEC分析を示しており、これは、単量体の損失がないことを示した。 対照と比較した攪拌ストレス後のAB0192のSEC分析を示しており、これは、単量体の損失がないことを示した。
対照と比較した攪拌ストレス後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、これは、還元(右パネル)または非還元(左パネル)によって検出された断片化の増大がないことを示している。 対照と比較した攪拌ストレス後のAB0192のCE-SDS分析を示しており、これは、還元(右パネル)または非還元(左パネル)によって検出された断片化の増大がないことを示している。
pH保持試料対対照のSEC分析を示しており、これは、低pH保持後にプロファイルの変化が観察されなかったことを示していた。 pH保持試料対対照のSEC分析を示しており、これは、低pH保持後にプロファイルの変化が観察されなかったことを示していた。
対照と比較した低pH保持後のAB0192のcIEF分析を示しており、これは、低pH保持がAB0192の電荷プロファイルに測定可能な影響を与えなかったことを示している。
AB0192が低pH保持後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないこと、を示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。 AB0192が低pH保持後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないこと、を示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。 AB0192が低pH保持後も安定していること:CLEC12A、NKG2D、またはCD16aの結合には影響はないこと、を示している。最大結合シグナルのわずかな相違は、キャプチャーレベルの相違を反映している。
KHYG1-CD16aを介した細胞毒性アッセイで低pH保持後のAB0192の効力を示しており、これは、低pH保持ステップ後もAB0192の効力が変化していないことを示した。
低pH保持の前後のhCLEC12AへのAB0089の結合を示している。絶対最大シグナルのわずかな相違は、AB0089のキャプチャーレベルの相違を反映している。
低pH保持後にAB0089が安定していることを示している。低pH保持と対照試料の効力の間に差は観察されなかった。
本出願は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびに腫瘍関連抗原に結合する、多重特異性結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、腫瘍関連抗原に結合する追加の抗原結合部位をさらに含む。本出願はまた、自己免疫疾患及びがんの治療などの目的のために、そのような多重特異性結合タンパク質を含む医薬組成物、ならびにそのような多重特異性タンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法を提供する。本出願に記載の多重特異性結合タンパク質の種々の態様が下記のセクションに記載されるが、しかしながら、1つの特定のセクションに記載される多重特異性結合タンパク質の種々の態様は、いずれの特定のセクションにも限定されるものではない。
本出願の理解を促進するために、多数の用語及び語句を下記に定義する。
本明細書で使用される場合、用語「a」、及び「an」とは、「1つ以上」を意味し、文脈が不適切でない限り複数形を含む。
本明細書において用いる場合、「抗原結合部位」という用語は、抗原結合に関与する免疫グロブリン分子の部分を指す。ヒト抗体において、抗原結合部位は、重鎖(「H」)鎖及び軽(「L」)鎖のN末端可変(「V」)領域のアミノ酸残基によって形成される。「超可変領域」と呼ばれる、重鎖及び軽鎖のV領域内の3つの高度に多岐のストレッチが、「フレームワーク領域」または「FR」として公知の、より保存された隣接ストレッチ間に挿入される。したがって、「FR」という用語は、免疫グロブリン内の超可変領域間、及びそれに隣接して天然に見出されるアミノ酸配列を指す。ヒト抗体分子において、軽鎖の3つの超可変領域及び重鎖の3つの超可変領域は、三次元空間でお互いに対して配置され、抗原結合表面を形成する。抗原結合表面は、結合抗原の三次元表面に対して相補的であり、重鎖及び軽鎖のそれぞれの3つの超可変領域は、「相補性決定領域」または「CDR」と呼ばれる。ラクダ及び軟骨魚などの特定の動物では、抗原結合部位は、「単一ドメイン抗体」を提供する、単一の抗体鎖によって形成される。抗原結合部位は、インタクトな抗体に、抗原結合表面を保持する抗体の抗原結合フラグメントに、またはペプチドリンカーを使用して重鎖可変ドメインを、単一のポリペプチドの軽鎖可変ドメインに対して接続する、scFvなどの組換えポリペプチドに存在し得る。
本明細書で使用される「腫瘍関連抗原」という用語は、がんに関連するタンパク質、糖タンパク質、ガングリオシド、炭水化物、脂質を含むがこれらに限定されない任意の抗原を意味する。このような抗原は、悪性細胞で、または腫瘍微小環境、例えば、腫瘍関連血管、細胞外マトリックス、間葉系間質、もしくは免疫浸潤で発現され得る。本開示の好ましい実施形態では、「腫瘍関連抗原」という用語は、CLEC12Aを指す。
本明細書で使用される場合、「対象」及び「患者」という用語は、本明細書に記載される方法及び組成物によって治療される生物体を指す。そのような生物体としては、好ましくは、限定するものではないが、哺乳動物(例えば、マウス、サル、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコなど)が挙げられ、及び、より好ましくは、ヒトが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「有効量」という用語は、有益なまたは所望の結果をもたらすのに十分な化合物(例えば、本発明の化合物)の量を指す。有効量は、1回以上の投与、適用または投与量で投与されてもよく、特定の製剤または投与経路に限定されることを意図するものではない。本明細書で使用される場合、「治療する」という用語は、任意の効果、例えば、病態、疾患、障害などの改善をもたらす、例えば、低下、低減、調節、改良、もしくは排除、またはそれらの症状の改良を含む。
本明細書で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、活性薬剤と、その組成物をin vivoまたはex vivoの治療的使用に本質的に好適にさせる不活性または活性な担体との組み合わせを指す。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、任意の標準的な薬学的担体、例えば、リン酸緩衝生理食塩水、水、エマルジョン(例えば、水中油型または油中水型のエマルジョン)、及びさまざまな種類の湿潤剤を指す。この組成物はまた、安定剤及び保存剤を含み得る。担体、安定化剤及びアジュバントの例に関しては、例えば、Martin,Remington’s Pharmaceutical Sciences,15th Ed.,Mack Publ.Co.,Easton,PA [1975]を参照のこと。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される塩」という用語は、本出願に記載の化合物の任意の薬学的に許容される塩(例えば、酸または塩基)であって、対象への投与後に本出願に記載の化合物またはその活性代謝産物もしくは残基を提供し得る塩を指す。当業者に公知であるように、本出願に記載の化合物の「塩」は、無機または有機の酸及び塩基から誘導され得る。例示的な酸としては、限定するものではないが、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、過塩素酸、フマル酸、マレイン酸、リン酸、グリコール酸、乳酸、サリチル酸、コハク酸、トルエン-p-スルホン酸、酒石酸、酢酸、クエン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ギ酸、安息香酸、マロン酸、ナフタレン-2-スルホン酸、ベンゼンスルホン酸などが挙げられる。シュウ酸などの他の酸は、それ自体は薬学的に許容されるものではないが、本出願に記載の化合物及びそれらの薬学的に許容される酸付加塩を得る際の中間体として有用な塩の調製に採用され得る。
塩基の例としては、限定するものではないが、アルカリ金属(例えば、ナトリウム)水酸化物、アルカリ土類金属(例えば、マグネシウム)水酸化物、アンモニア、及び式NW (式中、Wは、C1-4アルキルである)等の化合物等が挙げられる。
例示的な塩としては、限定するものではないが、酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、硫酸水素塩、酪酸塩、クエン酸塩、ショウノウ酸塩、カンファースルホン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、フルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシエタンスルホン酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、シュウ酸塩、パルモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、フェニルプロピオン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸、トシル酸塩、ウンデカン酸塩などが挙げられる。塩の他の例としては、例えば、Na、NH 、及びNW (式中WはC1-4アルキル基である)等の適切なカチオンと化合される、本出願に記載される化合物のアニオンが挙げられる。
治療用途のためには、本出願に記載の化合物の塩が薬学的に許容されるとして考慮される。しかしながら、薬学的に許容されない酸及び塩基の塩も、例えば、薬学的に許容される化合物の調製または精製において、使用が認められ得る。
本明細書で使用される場合、CLEC12A(CLL-1、DCAL-2、MICL、及びCD371としても公知)とは、Uniprotアクセッション番号Q5QGZ9のタンパク質ならびに関連するアイソフォーム及びオルソログを指す。
説明全体を通して、組成物が特定の構成成分を有する、包含する、もしくは含むものとして記載される場合、またはプロセス及び方法が特定のステップを有する、包含する、もしくは含むものとして記載される場合、列挙される構成成分から本質的になるか、またはそれらからなる本出願に記載の組成物が存在し、列挙される処理ステップから本質的になるか、またはそれらからなる本出願によるプロセス及び方法が存在することが更に企図される。
一般的事項として、パーセンテージを明記する組成物は、特に指定がない限り、重量による。さらに、変数が定義を伴わない場合には、当該変数の以前の定義が優先される。
Figure 2023508942000002
Figure 2023508942000003
Figure 2023508942000004
I.タンパク質
本出願は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびにCLEC12Aに結合する、多重特異性結合タンパク質を提供する。多重特異性結合タンパク質は、本明細書に記載の医薬組成物及び治療方法において有用である。ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体に対する多重特異性結合タンパク質の結合は、腫瘍細胞を発現する腫瘍細胞の破壊に向かってナチュラルキラー細胞の活性を増強する。腫瘍抗原を発現する腫瘍細胞への多重特異性結合タンパク質の結合は、これらの細胞をナチュラルキラー細胞に近接させ、ナチュラルキラー細胞による腫瘍細胞の直接的及び間接的な破壊を促進する。NKG2D、CD16、及び別の標的に結合する多重特異性結合タンパク質は、国際出願公開番号WO2018148445及びWO2019157366(参照により本明細書に組み込まれていない)に開示されている。いくつかの例示的な多重特異性結合タンパク質のさらなる説明は、以下に提供される。
多重特異性結合タンパク質の最初の成分は、NKG2D受容体発現細胞に結合する抗原結合部位であり、この細胞としては、限定するものではないが、NK細胞、γδT細胞、及びCD8αβ T細胞が挙げられる。NKG2Dが結合すると、多重特異性結合タンパク質は、ULBP6及びMICAなどの天然リガンドがNKG2Dに結合してNK細胞を活性化することをブロックし得る。
多重特異性結合タンパク質の第2の構成要素は、腫瘍関連抗原であるCLEC12Aに結合する抗原結合部位である。腫瘍関連抗原発現細胞は、例えば、胃癌、食道癌、肺癌、乳癌(例えば、トリプルネガティブ乳癌)、結腸直腸癌、卵巣癌、食道癌、子宮癌、子宮頸癌、頭頸部癌、神経膠腫、及び膵臓癌、または急性骨髄性白血病などの特定の血液悪性腫瘍などの固形腫瘍の適応症に見出され得る。
多重特異性結合タンパク質の第3の構成要素は、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、肥満細胞及び濾胞樹状細胞を含む白血球の表面にあるFc受容体であるCD16を発現する細胞に結合する抗体Fcドメインまたはその一部または抗原結合部位である。
多重特異性結合タンパク質の追加の抗原結合部位は、同じ腫瘍関連抗原に結合し得る。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はscFvであり、腫瘍関連抗原に結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれFabフラグメントである。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はscFvであり、腫瘍関連抗原に結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれscFvである。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はFabフラグメントであり、腫瘍関連抗原に結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれscFvである。特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位はFabであり、腫瘍関連抗原に結合する第2の及び追加の抗原結合部位はそれぞれFabフラグメントである。
この抗原結合部位はそれぞれ、抗体重鎖可変ドメイン及び抗体軽鎖可変ドメイン(例えば、抗体のように配置されるか、または一緒に融合されてscFvを形成する)を組み込んでもよく、または1つ以上の抗原結合部位は、ラクダ抗体のようなVH抗体もしくは軟骨魚に見られる抗体のようなVNAR抗体などの単一ドメイン抗体であってもよい。
いくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位は、第1の抗原結合部位に存在する軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを組み込む。
本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、様々なフォーマットをとり得る。例えば、1つのフォーマットは、第1の免疫グロブリン重鎖、第1の免疫グロブリン軽鎖、第2の免疫グロブリン重鎖及び第2の免疫グロブリン軽鎖を含むヘテロ二量体の多重特異性抗体である(図1)。この第1の免疫グロブリン重鎖は、第1のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメイン、第1の重鎖可変ドメイン、及び任意選択で第1のCH1重鎖ドメインを含む。この第1の免疫グロブリン軽鎖は、第1の軽鎖可変ドメイン及び任意選択で第1の軽鎖定常ドメインを含む。この第1の免疫グロブリン軽鎖は、第1の免疫グロブリン重鎖と一緒になって、NKG2Dに結合する抗原結合部位を形成する。この第2の免疫グロブリン重鎖は、第2のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメイン、第2の重鎖可変ドメイン、及び任意選択で第2のCH1重鎖ドメインを含む。この第2の免疫グロブリン軽鎖は、第2の軽鎖可変ドメイン及び任意選択で第2の軽鎖定常ドメインを含む。この第2の免疫グロブリン軽鎖は、第2の免疫グロブリン重鎖と一緒になって、CLEC12Aに結合する抗原結合部位を形成する。いくつかの実施形態では、この第1のFcドメイン及び第2のFcドメインは一緒になって、CD16に結合し得る(図1)。いくつかの実施形態では、この第1の免疫グロブリン軽鎖は、第2の免疫グロブリン軽鎖と同一である。
別の例示的なフォーマットは、第1の免疫グロブリン重鎖、第2の免疫グロブリン重鎖、及び免疫グロブリン軽鎖を含むヘテロ二量体の多重特異性抗体を含む(例えば、図2A)。いくつかの実施形態では、第1の免疫グロブリン重鎖は、リンカーまたは抗体ヒンジのいずれかを介して、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメイン(対になってNKG2Dを結合するか、またはCLEC12Aを結合する)から構成される一本鎖可変フラグメント(scFv)に融合した第1のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメインを含む。この第2の免疫グロブリン重鎖は、第2のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメイン、第2の重鎖可変ドメイン、及びCH1重鎖ドメインを含む。この免疫グロブリン軽鎖は、軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2の免疫グロブリン重鎖は、免疫グロブリン軽鎖と対になり、NKG2Dに結合するか、または腫瘍関連抗原に結合し、ただし、第1のFcドメインが、NKG2Dに結合するscFvに融合されると、免疫グロブリン軽鎖と対になった第2の免疫グロブリン重鎖は、腫瘍関連抗原に結合するが、NKG2Dには結合せず、その逆も同様であるという条件である。いくつかの実施形態では、第一の免疫グロブリン重鎖結合におけるscFvはCLEC12Aに結合し;そして、第2の免疫グロブリン重鎖の重鎖可変ドメイン及び免疫グロブリン軽鎖の軽鎖可変ドメインは、対になると、NKG2Dに結合する(例えば、図2E)。いくつかの実施形態では、第1の免疫グロブリン重鎖のscFvは、NKG2Dに結合し;そして、第2の免疫グロブリン重鎖の重鎖可変ドメイン及び免疫グロブリン軽鎖の軽鎖可変ドメインは、対になると、CLEC12Aに結合する。いくつかの実施形態では、第1のFcドメイン及び第2のFcドメインは一緒になって、CD16に結合し得る(例えば、図2A)。
別の例示的なフォーマットは、第1の免疫グロブリン重鎖、及び第2の免疫グロブリン重鎖を含むヘテロ二量体の多重特異性抗体を含む(例えば、図2B)。いくつかの実施形態では、第1の免疫グロブリン重鎖は、リンカーまたは抗体ヒンジのいずれかを介して、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメイン(対になってNKG2Dを結合するか、またはCLEC12Aを結合する)から構成される一本鎖可変フラグメント(scFv)に融合した第1のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2の免疫グロブリン重鎖は、リンカーまたは抗体ヒンジのいずれかを介して、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメイン(対になってNKG2Dを結合するか、または腫瘍関連抗原を結合する)から構成される一本鎖可変フラグメント(scFv)に融合した第2のFc(ヒンジ-CH2-CH3)ドメインを含み、ただし、第1のFcドメインがNKG2Dに結合するscFvに融合すると、scFvに融合した第2のFcドメインが腫瘍関連抗原に結合するが、NKG2Dには結合せず、その逆も同様であるという条件である。いくつかの実施形態では、第1のFcドメイン及び第2のFcドメインは一緒になって、CD16に結合し得る(例えば、図2B)。
いくつかの実施形態では、上記の一本鎖可変フラグメント(scFv)は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている。いくつかの実施形態では、ヒンジは、アミノ酸Ala-SerまたはGly-Serを含む。いくつかの実施形態では、ヒンジは、NKG2Dに結合するscFvを接続し、抗体重鎖定常ドメインは、アミノ酸Ala-Serを含む。いくつかの実施形態では、ヒンジは、腫瘍関連抗原に結合するscFvを接続し、抗体重鎖定常ドメインは、アミノ酸Gly-Serを含む。いくつかの他の実施形態では、ヒンジは、アミノ酸Ala-Ser及びThr-Lys-Glyを含む。ヒンジ配列は、標的抗原への結合の可塑性を提供し、可塑性と最適な形状との間のバランスをとり得る。
いくつかの実施形態では、上記の一本鎖可変フラグメント(scFv)は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成して、scFvの安定性を増強する。例えば、ジスルフィド架橋は、重鎖可変ドメインのC44残基と軽鎖可変ドメインのC100残基との間に形成され得る(アミノ酸位置は、Kabatの下で番号付けした)。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結されている。任意の適切なリンカー、例えば、(GS)リンカー((GlyGlyGlyGlySer)(配列番号119))が用いられ得る。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのN末端に配置されている。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのC末端に配置されている。
本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、1つ以上の追加の抗原結合部位をさらに含み得る。追加の抗原結合部位(複数可)は、任意選択でリンカー配列を介して、定常領域CH2ドメインのN末端または定常領域CH3ドメインのC末端に融合され得る。特定の実施形態では、追加の抗原結合部位(複数可)は、必要に応じてジスルフィド安定化され、四価または三価の多重特異性結合タンパク質をもたらす一本鎖可変領域(scFv)の形態をとる。例えば、多重特異性結合タンパク質は、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位、腫瘍関連抗原に結合する追加の抗原結合部位、及び抗体定常領域またはその一部(CD16またはCD16に結合する第4の抗原結合部位に結合するのに十分である)を含む。これらの抗原結合部位のいずれかは、Fabフラグメントまたは上記のscFvなどのscFvのいずれかの形態をとり得る。
いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位とは異なる腫瘍関連抗原のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位と同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位と同じ重鎖及び軽鎖CDR配列を含む。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位と同じ重鎖及び軽鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位と同じアミノ酸配列(複数可)を有する。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位の重鎖及び軽鎖可変ドメイン配列とは異なる重鎖及び軽鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの実施形態では、追加の抗原結合部位は、第2の抗原結合部位の配列とは異なるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位及び追加の抗原結合部位は、異なる腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位及び追加の抗原結合部位は、異なる抗原に結合する。例示的なフォーマットが図2C及び図2Dに示されている。したがって、多重特異性結合タンパク質は、腫瘍関連抗原の二価の係合を提供し得る。多重特異性タンパク質による腫瘍関連抗原の二価の係合は、腫瘍細胞表面上の腫瘍関連抗原を安定化し、腫瘍細胞に対するNK細胞の細胞毒性を増強し得る。多重特異性タンパク質による腫瘍関連抗原の二価の係合は、腫瘍細胞への多重特異性タンパク質のより強力な結合を付与し得、それにより、腫瘍細胞に向かう、特に低レベルの腫瘍関連抗原を発現する腫瘍細胞に向かうNK細胞のより強力な細胞毒性応答を促進する。
多重特異性結合タンパク質は、追加のフォーマットを取り得る。いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、IgGのような形状を維持する三機能性の二重特異性抗体であるトリオマブ形態である。このキメラは、2つの親抗体に由来する、それぞれ1つの軽鎖及び1つの重鎖を有する、2つの半抗体からなる。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、KiH形態であり、これは、ノブイントゥホール(KiH)技術を含む。KiHには、C3ドメインを操作して、各重鎖に「ノブ」または「ホール」を作成し、ヘテロ二量体化を促進することを含む。「ノブイントゥホール(Knobs-into-Holes)(KiH)」Fc技術の背後にあるコンセプトは、小さな残基をかさばる残基(例えば、EU番号付けのT366WCH3A)で置き換えることにより、1つのCH3ドメイン(CH3A)に「ノブ」を導入することであった。「ノブ」に対応するために、ノブに最も近い隣接残基をより小さな残基(例えば、T366S/L368A/Y407VCH3B)で置き換えることによって他のCH3ドメイン(CH3B)上で相補性「ホール」表面を作成した。「ホール」変異は、構造化ガイドファージライブラリースクリーニング(Atwell S、Ridgway JB、Wells JA、Carter P.、Stable heterodimers from remodeling the domain interface of a homodimer using a phage display library,J.Mol.Biol.(1997)270(1):26-35)によって最適化された。KiH FcバリアントのX線結晶構造(Elliott JM、Ultsch M、Lee J、Tong R、Takeda K、Spiess C、et al.、Antiparallel conformation of knob and hole aglycosylated half-antibody homodimers is mediated by a CH2-CH3 hydrophobic interaction.J.Mol.Biol.(2014)426(9):1947-57;Mimoto F、Kadono S、Katada H、Igawa T、Kamikawa T、Hattori K.Crystal structure of a novel asymmetrically engineered Fc variant with improved affinity for FcγRs.Mol.Immunol.(2014)58(1):132-8)によって、ヘテロ二量体化は、CH3ドメイン間コア界面での立体相補性によって駆動される疎水性相互作用によって熱力学的に有利であり、一方でノブ-ノブ及びホール-ホール界面は、それぞれ、立体障害及び好ましい相互作用の破壊に起因してホモ二量体化を支持しないことが実証された。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、二重可変ドメイン免疫グロブリン(DVD-Ig(商標))形態であり、これは、可塑性の天然に存在するリンカーを介して2つのモノクローナル抗体の標的結合ドメインを組み合わせ、4価のIgG様分子を生じる。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、直交Fabインターフェース(オルソFab)形態である。オルトFab IgGアプローチ(Lewis SM、Wu X、Pustilnik A、Sereno A、Huang F、Rick HL、et al.、Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface.Nat.Biotechnol.(2014)32(2):191-8)では、構造ベースの領域設計では、他のFabフラグメントに変更を加えることなく、1つのFabフラグメントのみでLC及びHCVH-CH1インターフェイスに相補的な変異が導入される。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、2-イン-1のIgフォーマットである。いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、ES形態であり、これは、Fcに融合された標的1及び標的2に結合する2つの異なるFabフラグメントを含むヘテロ二量体構築物である。ヘテロ二量体化は、Fcの静電ステアリング変異によって保証される。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、ヘテロ二量体化突然変異によって安定化されたFcに融合された2つの異なるFabフラグメントを有するヘテロ二量体構築物である、κλ-Body形態である:抗原1を標的するFabフラグメント1は、カッパLCを含み、そして抗原2を標的するFabフラグメント2は、ラムダLCを含む。図13Aは、κλ-Bodyの一形態の例示的な表現である。図13Bは、別のκλ-Bodyの例示的な表現である。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、Fabアーム交換形態である(重鎖及び付着した軽鎖(半分子)を別の分子由来の重鎖-軽鎖対と交換することによって、Fabフラグメントアームを交換する抗体であり、その結果、二重特異性抗体をもたらす)。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、SEED Body形態である。鎖交換操作ドメイン(SEED)プラットフォームは、非対称で二重特異性の抗体様分子を生成するように設計されている(天然抗体の治療の治療適用を拡大する能力)。このタンパク質工学プラットフォームは、保存されたCH3ドメイン内の免疫グロブリンの構造的に関連する配列の交換に基づいている。SEED設計により、AG/GAヘテロ二量体の効率的な生成が可能になるが、一方でAG及びGA SEED CH3ドメインのホモ二量体化は嫌う。(Muda M.et al.,Protein Eng.Des.Sel.(2011,24(5):447-54))。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、LuZ-Y形態であり、ロイシンジッパーを使用して、2つの異なるHCのヘテロ二量体化を誘導する。(Wranik,BJ.et al.,J.Biol.Chem.(2012),287:43331-9)。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、Cov-X-Body形態である。二重特異性CovX-Bodyでは、2つの異なるペプチドが分岐アゼチジノンリンカーを使用して結合され、穏やかな条件下で部位特異的に足場抗体に融合される。ファーマコフォアが機能的活動を担うのに対し、抗体足場は長い半減期及びIgのような分布を付与する。ファーマコフォアは、化学的に最適化されるか、または他のファーマコフォアで置き換えられて、最適化されたか、または固有の二重特異性抗体を生成し得る。(Doppalapudi VR et al.,PNAS(2010),107(52);22611-22616)。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、標的1に結合するFabフラグメント、及びFcに融合された標的2に結合するscFabを含む、Oasc-Fabヘテロ二量体形態である。ヘテロ二量体化は、Fcの変異によって保証される。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、DuetMab形態であり、これは、抗原1及び2に結合する2つの異なるFabフラグメント、ならびにヘテロ二量体化突然変異によって安定化されたFcを含むヘテロ二量体構築物である。Fabフラグメント1及び2には、LC及びHCの正しい対合を保証する示差的S-S架橋が含まれている。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、クロスmAb形態であり、これは、ヘテロ二量体化によって安定化されたFcに融合された、標的1及び2に結合する2つの異なるFabフラグメントを有するヘテロ二量体構築物である。CLドメイン及びCH1ドメイン、ならびにVHドメイン及びVLドメインが切り替えられ、例えば、CH1は、VLとインフレームで融合され、CLはVHとインフレームで融合される。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、抗原2に結合するFabフラグメントが、抗原1に結合するFabフラグメントのHCのN末端に融合される、ホモ二量体構築物であるFit-Ig形態である。この構築物は、野性型Fcを含む。
多重特異性結合タンパク質の個々の構成要素は、以下でより詳細に説明されている。
NKG2D-結合部位
ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびにCLEC12Aに結合する際に、多重特異性結合タンパク質は、2種以上のNK活性化受容体と係合し、NKG2Dへの天然リガンドの結合をブロックし得る。特定の実施形態では、タンパク質は、ヒトのNK細胞を刺激し得る。いくつかの実施形態では、このタンパク質は、ヒト、ならびにげっ歯類及びカニクイザルなどの他の種において、NK細胞を刺激し得る。いくつかの実施形態では、このタンパク質は、ヒト、ならびにカニクイザルなどの他の種において、NK細胞を刺激し得る。
表1は、組み合わせてNKG2Dに結合し得る、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙する。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは、Fabフォーマットで配置される。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは、一緒に融合されて、scFvを形成する。
表1に列挙されているNKG2D結合部位は、NKG2Dへの結合親和性が異なり得るが、それにもかかわらず、それらは全てヒトNK細胞を活性化する。
特に指示がない限り、表1に記載されるCDR配列は、Kabat番号付けに従って決定される。
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特定の実施形態では、NKG2D(例えば、ヒトNKG2D)に結合する第1の抗原結合部位は、表1に開示された抗体のVHに対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメイン(VH)、及び表1に開示された同じ抗体のVLに対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、Kabatの下で決定された重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3( Kabat et al.,(1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest,NIH Publication No.91-3242,Bethesdaを参照)、Chothia(例えば、Chothia C & Lesk A M,(1987),J.Mol.Biol.196:901-917を参照)、MacCallum(MacCallum R M et al.,(1996) J.Mol.Biol.262:732-745を参照)を含み、または当該技術分野で公知の任意の他のCDRの決定方法は、抗体のVH及びVL配列を表1に開示する。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、表1に開示される抗体の重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号1に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を有すること、及び/または配列番号1のCDR1(配列番号2)、CDR2(配列番号3)、及びCDR3(配列番号4)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込むことなどによって、配列番号1に関連する重鎖可変ドメインを含む。配列番号1に関して重鎖可変ドメインは、さまざまな軽鎖可変ドメインと結合して、NKG2D結合部位を形成し得る。例えば、配列番号1に関連する重鎖可変ドメインを組み込んだ第1の抗原結合部位は、配列番号5、6、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、及び46に由来する配列から選択される軽鎖可変ドメインをさらに組み込みこんでもよい。例えば、第1の抗原結合部位は、配列番号1に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号5、6、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25及び46から選択された配列のいずれか1つに対して少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)と同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを組み込む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号26のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号32に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLを含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号27または28、29、及び30または31のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号27、29、及び30、またはそれぞれ配列番号28、29、及び31)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号33、34、及び35のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号27または28、29、及び30または31のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号27、29、及び30、またはそれぞれ配列番号28、29、及び31);ならびに(b)それぞれ配列番号33、34、及び35のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号36のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号42に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLを含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号37または38、39、及び40または41のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号37、39、及び40、またはそれぞれ配列番号38、39、及び41)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号43、44、及び45のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号37または38、39、及び40または41のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号37、39及び40、またはそれぞれ配列番号38、39及び41);ならびに(b)それぞれ配列番号43、44、及び45のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号47のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号49に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号27、29、及び48のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号50、34、及び51のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号27、29、及び48のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号50、34、及び51のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号52のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号58に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLを含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号53または54、55、及び56または57のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号53、55、及び56、またはそれぞれ配列番号54、55、及び57)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号59、60、及び61のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号53または54、55、及び56または57のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号53、55及び56、またはそれぞれ配列番号54、55及び57);ならびに(b)それぞれ配列番号59、60、及び61のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号62のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号68に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLを含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号63または64、65、及び66または67のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号63、65、及び66、またはそれぞれ配列番号64、65、及び67)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号59、60、及び69のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号63または64、55、及び66または67のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号63、65及び66、またはそれぞれ配列番号64、65及び67);ならびに(b)それぞれ配列番号59、60、及び69のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号89のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号92に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号53または54、55、及び90または91のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号53、55、及び90、またはそれぞれ配列番号54、55、及び91)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号93、44、及び94のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号53または54、55、及び90または91のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号53、55及び90、またはそれぞれ配列番号54、55及び91);ならびに(b)それぞれ配列番号93、44、及び94のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号70のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号75に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号71または115、72、及び73または74のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号71、72、及び73、またはそれぞれ、配列番号115、72、及び74)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号76、77、及び78のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号71または115、72、及び73または74のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号71、72及び73、またはそれぞれ配列番号115、72及び74);ならびに(b)それぞれ配列番号76、77、及び78のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号79のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び83または84のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び83、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び84)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び83または84のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び83、またはそれぞれ配列番号81、82及び84);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号95のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び96または97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び96、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び97)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び96または97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び96、またはそれぞれ配列番号81、82及び97);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号98のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び99または100のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び99、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び100)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び96または97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び99、またはそれぞれ配列番号81、82及び100);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号101のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び102または103のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び102、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び103)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び102または103のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び102、またはそれぞれ配列番号81、82及び103);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号104のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び105または106のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び105、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び106)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び105または106のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び105、またはそれぞれ配列番号81、82及び106);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号107のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び108または109のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び108、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び109)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び108または109のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び108、またはそれぞれ配列番号81、82及び109);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号110のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号80または81、82、及び111または112のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む(例えば、それぞれ、配列番号80、82、及び111、またはそれぞれ、配列番号81、82、及び112)。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第1の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号80または81、82、及び111または112のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH(例えば、それぞれ配列番号80、82及び111、またはそれぞれ配列番号81、82及び112);ならびに(b)それぞれ配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号113のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号114に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位は、配列番号116のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号117に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。
多重特異性結合タンパク質は、NK細胞、γδ T細胞及びCD8αβT細胞を含むがこれらに限定されないNKG2D発現細胞に結合し得る。NKG2Dが結合すると、多重特異性結合タンパク質は、ULBP6及びMICAなどの天然リガンドがNKG2Dに結合してNK細胞を活性化することをブロックし得る。
多重特異性結合タンパク質は、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、肥満細胞、及び濾胞樹状細胞などの白血球の表面にあるFc受容体である、CD16を発現する細胞に結合する。本開示のタンパク質は、2nM~120nM、例えば 、2nM~110nM、2nM~100nM、2nM~90nM、2nM~80nM、2nM~70nM、2nM~60nM、2nM~50nM、2nM~40nM、2nM~30nM、2nM~20nM、2nM~10nM、約15nM、約14nM、約13nM、約12nM、約11nM、約10nM、約9nM、約8nM、約7nM、約6nM、約5nM、約4.5nM、約4nM、約3.5nM、約3nM、約2.5nM、約2nM、約1.5nM、約1nM、約0.5nM~約1nM、約1nM~約2nM、約2nM~3nM、約3nM~4nM、約4nM ~約5nM、約5nM~約6nM、約6nM~約7nM、約7nM~約8nM、約8nM~約9nM、約9nM~約10nM、約1nM~約10nM、約2nM~約10nM、約3nM~約10nM、約4nM~約10nM、約5nM~約10nM、約6nM~約10nM、約7nM~約10nM、または約8nM~約10nMというKの親和性でNKG2Dに結合する。いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、10~62nMというKでNKG2Dに結合する。
CLEC12A結合部位
本明細書に開示される多重特異性結合タンパク質の腫瘍関連抗原結合部位は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む。表2は、組み合わせて、これらの腫瘍関連抗原に結合し得る重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインのいくつかの例示的な配列を列挙している。
一態様では、本開示は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体およびCD16受容体、ならびにCLEC12Aに結合する多重特異性結合タンパク質を提供する。表2は、組み合わせてCLEC12Aに結合し得る、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインのいくつかの例示的な配列を列挙している。CDR配列は、示されているようにKabat番号付けで識別される。
Figure 2023508942000015
Figure 2023508942000016
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特定の実施形態では、CLEC12A(例えば、ヒトCLEC12A)に結合する第2の抗原結合部位は、表2に開示された抗体のVHに対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメイン(VH)、及び表2に開示された同じ抗体のVLに対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、表2に開示される抗原結合部位のVH及びVL配列の、Kabat(Kabat et al.,(1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest,NIH Publication No.91-3242,Bethesdaを参照)、Chothia(例えば、Chothia C & Lesk A M,(1987),J Mol Biol 196:901-917を参照)、MacCallum(MacCallum R M et al.,(1996) J Mol Biol 262:732-745を参照)、または当該技術分野で公知の任意の他のCDRの決定方法の下で決定された重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、この第2の抗原結合部位は、表2に開示される抗体の重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
特定の実施形態では、この第2の抗原結合部位は、16B8.C8に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号135のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号136に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1292またはscFv-1301に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号143のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号145または146と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1293またはscFv-1302に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号147のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号149または150と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1294またはscFv-1303に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号244のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号153または154と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1295またはscFv-1304に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号178のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号156または157と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1296またはscFv-1305に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号256のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号160または161と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1297またはscFv-1306に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号143のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号163に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号164または165と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1298またはscFv-1307に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号143のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号167に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号168または169と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1299またはscFv-1308に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号143のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号171に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号172または173と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1300またはscFv-1309に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号174のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号175に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号176または177と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFv-1602またはscFv-2061に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号178のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号289に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号180または181と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、ヒト化16B.C8に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号182のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号151に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0305またはAB5030に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号270のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号271に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号335のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号336に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、VH及びVLを含み、それぞれが、システインヘテロ二量体化変異を含む。このようなヘテロ二量体化変異は、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進し得る。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号274または275と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0147またはAB7410に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号294のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号295に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号137、296、及び279のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号137、296、及び279のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号280または200と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、9F11.B7に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号193のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号194に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0191またはAB0185に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号162のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号203に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号184または185と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0192またはAB0186に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号148のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号203に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号195、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号195、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号204または205と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0193またはAB0187に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号210のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号203に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号208または209と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0194またはAB0188に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号162のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号218に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号215または216と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0195またはAB0189に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号148のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号218に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号195、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号195、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号252または253と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、AB0196またはAB0190に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号210のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号218に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、scFvとして存在し、ここで、このscFvは、配列番号254または255と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、ヒト化9F11.B7に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号249のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号250に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、30A9.E9に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号247のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号248に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号221、166、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号240、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号221、166、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号240、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、23A5.H8に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号242のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号243に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号206、166、及び241のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号245、239、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号206、166、及び241のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号245、239、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、20D6.H8に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号238のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号237に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号221、236、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号152、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号221、236、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号152、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、15A10.G8に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号155のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号158に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号159、170、及び183のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号186、188、及び189のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号159、170、及び183のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号186、188、及び189のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、13E1.A4に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号190のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号191に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号197、202、及び207のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号211、212、及び214のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号197、202、及び207のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号211、212、及び214のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、12F8.H7に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号217のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号219に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号220、222、及び257のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号224、225、及び227のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号220、222、及び257のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号224、225、及び227のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、9E4.B7に由来する。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号228のアミノ酸配列に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、ならびに配列番号229に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVL、を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号230、231、及び232のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号233、234、及び235のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号230、231、及び232のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに(b)それぞれ配列番号233、234、及び235のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
特定の実施形態では、CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位はscFvである。例えば、特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号145、146、149、150、153、154、156、157、160、161、164、165、168、169、172、173、176、177、180、181、184、185、204、205、208、209、215、216、252、253、254、255、274、275、280、または281のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、配列番号180のアミノ酸配列を含む。
あるいは、CLEC12Aに結合し得る新規の抗原結合部位は、配列番号258によって定義されるアミノ酸配列、そのバリアント、その成熟細胞外フラグメント、またはCLEC12Aのドメインを含むフラグメントへの結合についてスクリーニングすることによって特定され得る。
配列番号258
MSEEVTYADLQFQNSSEMEKIPEIGKFGEKAPPAPSHVWRPAALFLTLLCLLLLIGLGVL
ASMFHVTLKIEMKKMNKLQNISEELQRNISLQLMSNMNISNKIRNLSTTLQTIATKLCRE
LYSKEQEHKCKPCPRRWIWHKDSCYFLSDDVQTWQESKMACAAQNASLLKINNKNALEFIKSQSRSYDYWLGLSPEEDSTRGMRVDNIINSSAWVIRNAPDLNNMYCGYINRLYVQYYHCTYKKRMICEKMANPVQLGSTYFREA(Uniprot ID番号Q5QGZ9)
scFvでは、VH及びVLは、リンカー、例えば、(GlyGlyGlyGlySer)すなわち、(GS)リンカー(配列番号119)によって接続され得ることが企図される。当業者は、他の開示されたリンカー( 例えば、表10を参照)のいずれかが、本明細書に(例えば、表2に)開示されたVH及びVL配列を有するscFvで使用され得ることを理解するであろう。
前述の実施形態のそれぞれにおいて、本明細書では、CLEC12Aに結合するscFv、VH及び/またはVL配列が、CLEC12Aへの能力に影響を与えることなくVH及び/またはVLのフレームワーク領域にアミノ酸の変化(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、または10個のアミノ酸の置換、欠失、または付加)を含み得ることが企図される。例えば、本明細書では、CLEC12Aに結合するscFv、VH及び/またはVL配列には、システインヘテロ二量体化変異が含まれている場合があり、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進することが企図される。
特定の実施形態では、本明細書に開示される第2の抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴(SPR)(例えば、実施例12に記載の方法を使用)またはバイオレイヤー干渉法(BLI)によって測定した場合、1nM以下、5nM以下、10nM以下、15nM以下、または20nM以下というK(すなわち、解離定数)でヒトCLEC12Aに結合するか、ならびに/あるいは対象の体液、組織及び/または細胞由来のCLEC12Aに結合する。特定の実施形態では、本明細書に開示される第二抗原結合部位は、SPR(例えば、実施例12に記載の方法を使用して)またはBLIによって測定した場合、1 × 10-5、1 × 10-4、1 × 10-3、5 × 10-3、0.01、0.02、または0.05 1/s以下のK(すなわち、オフレート、Kオフとも呼ばれる)を有する。
特定の実施形態では、15A10.G8または20D6.A8由来の第2の抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴(SPR)(例えば、実施例12に記載の方法を使用)またはバイオレイヤー干渉法(BLI)によって測定された場合、5nM以下、10nM以下、15nM以下、20nM以下、または30nM以下というK(すなわち、解離定数)でカニクイザルCLEC12Aに結合するか、ならびに/あるいは対象の体液、組織及び/もしく細胞由来のCLEC12Aに結合する。特定の実施形態では、本明細書に開示の第二抗原結合部位は、SPR(例えば、実施例12に記載の方法を使用して)またはBLIによって測定した場合、1 × 10-3、5 × 10-3、0.01、0.02、または0.03 1/s以下のK(すなわち、オフレート、Kオフとも呼ばれる)を有する。
異なる細胞型の表面でのCLEC12Aのグリコシル化状態のバリエーションは、報告されている(Marshall et al.,(2006) Eur J Immunol.36(8):2159-69)。異なる患者のAML細胞の表面に発現するCLEC12Aは同様に異なるグリコシル化パターンを有する場合がある。さらに、分岐グリカンはCLEC12Aのタンパク質成分へのアクセスを制限し得、利用可能なエピトープの多様性を制限し得る。本出願の特定の抗原結合部位は、グリコシル化の変動を克服し得る。特定の実施形態では、本明細書に開示される第2の抗原結合部位、例えば、16B8.C8、ヒト化16B8.C8、9F11.B7、またはヒト化9F11.B7由来の抗原結合部位は、CLEC12A(例えば、ヒトCLEC12A)に、グリコシル化に依存しない方法で結合し、すなわち、グリコシル化されたCLEC12A及び脱グリコシル化されたCLEC12Aの両方に結合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位が脱グリコシル化されたCLEC12Aに結合するK と、第2の抗原結合部位がグリコシル化されたCLEC12Aに結合するKとの比率は、1:10~10:1の範囲内(例えば、1:5~5:1,1:3~3:1、または1:2~2:1の範囲内)である。特定の実施形態では、この比率は約1:5、約1:3、約1:2、約1:1.5、約1:1、約1.5:1、約2:1、約3:1、または約5:1である。特定の実施形態では、この比率は約1:1である。別の態様では、本開示は、(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位、を含む多重特異性結合タンパク質を提供し、ここで、第2の抗原結合部位は、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する。
K244Q置換を含むCLEC12Aは、人口の約30%に蔓延している多型バリアントである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される多重特異性結合タンパク質の第2の抗原結合部位は、CLEC12A-K244Qに結合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位がCLEC12A-K244Qに結合するKと、第2の抗原結合部位が野性型CLEC12Aに結合するKとの比率は、1:2~2:1の範囲内である。特定の実施形態では、この比率は約1:2、約1:1.5、約1:1、約1.5:1、または約2:1である。特定の実施形態では、この比率は約1:1である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、約8~約9の等電点(pI)でCLEC12Aに結合する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、約8.5~約8.9のpIでCLEC12Aに結合する。特定の実施形態では、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、約8.7のpIでCLEC12Aに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のCLEC12A TriNKETのF3’フォーマット(例えば、hF3’-1602 TriNKET)は、細胞、例えばがん細胞の表面上のヒトCLEC12Aへの結合において、対応するF3フォーマットTriNKET、例えば、AB0010のものよりも約2倍低い(例えば、約1倍低い、約2倍低い、約3倍低い、約4倍低い、約5倍低い、約6倍低い)EC50を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のCLEC12A TriNKETのF3’フォーマット(例えば、hF3’-1602 TriNKET)は、細胞、例えば、がん細胞の表面上のヒトCLEC12Aへの結合において、対応するF3フォーマットTriNKET、例えば、AB0010のEC50よりも約50%低い(例えば、約25%低い、約30%低い、約40%低い、約50%低い、約55%低い、約60%低い、約70%低い、約75%低い)EC50を有する。
特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について、上記の対応する抗原結合部位と競合する。一態様では、本開示は、(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位、を含む多重特異性結合タンパク質を提供し、ここで、第2の抗原結合部位は、本明細書に開示されるように、CLEC12Aに結合する抗原結合部位と競合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について上に開示された16B8.C8に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について16B8.C8と競合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について上に開示されたヒト化16B8.C8に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合についてヒト化16B8.C8と競合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について上に開示された9F11.B7に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について9F11.B7と競合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について上に開示されたヒト化9F11.B7に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合についてヒト化9F11.B7と競合する。特定の実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について上に開示された12F8.H7、13E1.A4、15A10.E8、20D6.H8、または23A5.H8に由来する抗原結合部位と競合する。いくつかの実施形態では、第2の抗原結合部位は、CLEC12Aへの結合について、12F8.H7、13E1.A4、15A10.E8、20D6.H8、または23A5.H8と競合する。
Fcドメイン
Fcドメイン内では、CD16結合はヒンジ領域及びCH2ドメインによって媒介される。例えば、ヒトIgG1内では、CD16との相互作用は主に、CH2ドメイン中のアミノ酸残基Asp 265-Glu 269、Asn 297-Thr 299、Ala 327-Ile 332、Leu 234-Ser 239、及び炭水化物残基N-アセチル-D-グルコサミンに焦点を当てている(Sondermann et al.、Nature,406(6793):267-273を参照のこと)。公知のドメインに基づいて、ファージディスプレイライブラリーもしくは酵母表面ディスプレイcDNAライブラリーを使用するなどして、CD16への結合親和性を増強もしくは低減する変異を選択してもよいし、または相互作用の公知の三次元構造に基づいて設計してもよい。したがって、特定の実施形態では、抗体Fcドメインまたはその一部は、ヒンジ及びCH2ドメインを含む。
ヘテロ二量体抗体重鎖のアセンブリは、同じ細胞内で2つの異なる抗体重鎖配列を発現させることによって達成され得、これにより、各抗体重鎖のホモ二量体のアセンブリ及びヘテロ二量体のアセンブリがもたらされ得る。ヘテロ二量体の優先的なアセンブリの促進は、US13/494870、US16/028850、US11/533709、US12/875015、US13/289934、US14/773418、US12/811207、US13/866756、US14/647480、及びUS14/830336に示すように、各抗体重鎖定常領域のCH3ドメインに異なる変異を組み込むことによって達成され得る。例えば、変異は、ヒトIgG1に基づいてCH3ドメインで行われてもよく、これらの2つの鎖が互いに選択的にヘテロ二量体化することを可能にする、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチド内にアミノ酸置換の別個の対を組み込む。以下に図示するアミノ酸置換の位置は全て、Kabatと同様にEUインデックスに従って番号付けされている。
ある状況では、第1のポリペプチドのアミノ酸置換により、元のアミノ酸が、アルギニン(R)、フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)、またはトリプトファン(W)から選択されるより大きなアミノ酸に置き換えられ、第2のポリペプチド中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、元のアミノ酸(複数可)を、アラニン(A)、セリン(S)、スレオニン(T)、またはバリン(V)から選択された、より小さなアミノ酸に置き換え、その結果より大きいアミノ酸置換(隆起)は、小さいアミノ酸置換(空洞)の表面に適合する。例えば、1つのポリペプチドはT366W置換を組み込み得、もう1つはT366S、L368A、およびY407Vを含む3つの置換を組み込み得る。
本出願に記載の抗体重鎖可変ドメインは、任意選択で、CH1ドメインを伴うかまたは伴わないヒンジ、CH2及びCH3ドメインを含む、IgG定常領域などの抗体定常領域と少なくとも90%同一のアミノ酸配列に結合し得る。いくつかの実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ヒトIgG1定常領域、IgG2定常領域、IgG3定常領域、またはIgG4定常領域などのヒト抗体定常領域と少なくとも90%同一である。一実施形態では、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインまたはその一部は、野生型ヒトIgG1Fc配列DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号118)に対して、少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの他の実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマなどの別の哺乳動物由来の抗体定常領域と少なくとも90%同一である。
いくつかの実施形態では、scFvまたはFabフラグメントに連結された抗体定常ドメインは、CD16に結合し得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は、抗体Fcドメインの一部(例えば、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインの一部)を組み込み、ここでこの抗体Fcドメインは、ヒンジ及びCH2ドメイン(例えば、ヒンジ及びヒトIgG1抗体のCH2ドメイン)、及び/または ヒトIgG抗体のアミノ酸配列234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。
1つ以上の変異が、ヒトIgG1定常領域と比較して定常領域に組み込まれ得る、例えば、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411および/またはK439。例示的な置換としては、例えば、Q347E,Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、T350V、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、T394W、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I 、Y407V、K409F、K409W、K409D、K409R、T411D、T411E、K439D、及びK439Eが挙げられる。
特定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCH1に組み込まれ得る変異は、アミノ酸V125、F126、P127、T135、T139、A140、F170、P171、および/またはV173であり得る。特定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCκに組み込むことができる変異は、アミノ酸E123、F116、S176、V163、S174、および/またはT164であり得る。
あるいは、アミノ酸置換は、表3に示される以下の置換のセットから選択され得る。
Figure 2023508942000029
あるいは、アミノ酸置換は、表4に示される以下の置換のセットから選択され得る。
Figure 2023508942000030
あるいは、アミノ酸置換は、表5に示される以下の置換のセットから選択され得る。
Figure 2023508942000031
あるいは、各ポリペプチド鎖における少なくとも1つのアミノ酸置換は表6から選択してもよい。
Figure 2023508942000032
あるいは、少なくとも1つのアミノ酸置換は、表7の以下の置換のセットから選択され得、ここで、第1のポリペプチド列に示される位置(複数可)は、任意の公知の負に帯電したアミノ酸によって置き換えられ、そして第2のポリペプチド列に示されているその位置(複数可)は、公知の正に帯電したアミノ酸に置き換えられる。
Figure 2023508942000033
あるいは、少なくとも1つのアミノ酸置換は、表8の以下の置換のセットから選択され得、ここで、第1のポリペプチド列に示される位置(複数可)は、任意の公知の正に帯電したアミノ酸によって置き換えられ、そして第2のポリペプチド列に示されているその位置(複数可)は、公知の負に帯電したアミノ酸に置き換えられる。
Figure 2023508942000034
あるいは、アミノ酸置換は、表9に示される以下の置換のセットから選択され得る。
Figure 2023508942000035
あるいは、またはさらに、ヘテロ多量体タンパク質の構造安定性は、第1または第2のポリペプチド鎖のいずれかにS354Cを導入し、反対側のポリペプチド鎖にY349Cを導入することによって増大され得、これは、2つのポリペプチドの境界で人工的ジスルフィド架橋を形成する。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、L368およびY407からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、L368及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、E357、K360、Q362、S364、L368、K370、T394、D401、F405、及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、E357、S364、L368、K370、T394、D401、F405及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、E357、S364、L368、K370、T394、D401、F405及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、E357、K360、Q362、S364、L368、K370、T394、D401、F405、及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、D399、S400及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、N390、K392、K409及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、N390、K392、K409及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、D399、S400及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、Y349、K360、及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、E357、D399及びF405からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、E357、D399及びF405からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、K360、Q347及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K370、K392、K409及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、D356、E357及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、D356、E357及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K370、K392、K409及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、E356、T366及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、L351、L368、K392及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、L351、L368、K392及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、E356、T366及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、S354C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、S354C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K360E及びK409W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347R、D399V及びF405T置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347R、D399V及びF405T置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K360E及びK409W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366S、T368A、及びY407V置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366S、T368A、及びY407V置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、L351Y、F405A、及びY407V置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、T366L、K392L、及びT394W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の一方のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、T366L、K392L、及びT394W置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、L351Y、F405A、及びY407V置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
例示的な多重特異性結合タンパク質
以下に列挙されているのは、CLEC12Aに結合する抗原結合部位、及びそれぞれ抗体定常領域に連結されたNKG2Dに結合する抗原結合部位を含むTriNKETの例であり、抗体定常領域には、2つのFc鎖のヘテロ二量体化を可能にする変異が含まれる。
例示的なCLEC12A標的化TriNKETは、F3’及びF3フォーマットで企図されている。上記のように、F3’フォーマットでは、腫瘍関連抗原に結合する抗原結合部位は、scFvであり、NKG2Dに結合する抗原結合部位はFabである。F3フォーマットでは、腫瘍関連抗原に結合する抗原結合部位は、Fabであり、NKG2Dに結合する抗原結合部位はscFvである。各TriNKETにおいて、scFvはVH及びVL領域のCysの置換を含み、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進する。
scFvのVH及びVLは、リンカー、例えば、ペプチドリンカーを介して接続され得る。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは、可塑性リンカーである。リンカーのアミノ酸組成に関して、ペプチドは、可塑性を付与し、本出願に記載のタンパク質の他のドメインの構造及び機能を妨害せず、プロテアーゼからの切断に抵抗する特性を有するように選択される。例えば、グリシン及びセリン残基は一般にプロテアーゼ耐性を提供する。特定の実施形態では、VLは、(GlyGlyGlyGlySer)((GS)) リンカー(配列番号119)を介してVHに対してN末端またはC末端に連結される。
リンカー(例えば、可塑性リンカー)の長さは、「短い」、例えば、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは12アミノ酸残基であっても、または「長い」、例えば、少なくとも13アミノ酸残基であってもよい。特定の実施形態では、リンカーは、10~50、10~40、10~30、10~25、10~20、15~50、15~40、15~30、15~25、15~20、20~50、20~40、20~30、または20~25アミノ酸残基の長さである。
特定の実施形態では、リンカーは、(GS)(配列番号120)、(GGS)(配列番号121)、(GGGS)(配列番号122)、(GGSG)(配列番号123)、(GGSGG)(配列番号124)、及び(GGGGS)(配列番号125)配列を含むか、またはそれらからなり、ここで、nは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20である。特定の実施形態では、リンカーは、表10に列挙されるように、配列番号119及び配列番号126~134から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれらからなる。
Figure 2023508942000036
F3’-TriNKETでは、腫瘍関連抗原結合scFvがGly-Serリンカーを介してFcのN末端に連結されている。Ala-SerまたはGly-Serリンカーは、可塑性と最適な形状との間のバランスをとるために、肘のヒンジ領域の配列に含まれている。特定の実施形態では、追加の配列Thr-Lys-Glyは、ヒンジで、Ala-SerまたはGly-Ser配列のN末端またはC末端に付加され得る。
これらの例示的なTriNKETを説明するために本明細書で使用される場合、Fcは抗体ヒンジ、CH2、及びCH3を含む。各々の例示的なTriNKETにおいて、scFvに連結されたFcドメインは、Q347R、D399V、及びF405Tの変異を含み、Fabに連結されたFcドメインは、ヘテロ二量体を形成するための一致する変異K360E及びK409Wを含む。scFvに連結されたFcドメインはさらに、CH3ドメインにS354C置換を含み、Fabに連結されたFc上のY349C置換とジスルフィド結合を形成する。これらの置換は、このサブセクションで説明されている配列では太字である。
例えば、本開示のTriNKETは、F3’-1602 TriNKETであり、本明細書では「hF3’-1602 TriNKET」及び「AB0237」とも呼ばれる。F3’-1602 TriNKETには、(a)表2のscFv-1602に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。F3’-1602 TriNKETには、3つのポリペプチドscFv-1602-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
scFv-1602-VH-VL-Fc(配列番号259)(「鎖S」)
QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTNYGLHWIRQPPGKCLEWIGVIWSGGKTDYNPSLKSRVTISKDTSKNQFSLKLSSVQAADTAVYYCAKYDYDDSLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCHASQNINFWLSWYQQKPGKAPKLLIYEASNLHTGVPSRFSGSGSGTRFTLTISSLQPEDIATYYCQQSHSYPLTFGCGTKLEIK
GS
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPRVYTLPPCRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLVSDGSFTLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
A49MI-VH-CH1-Fc(配列番号:260)(「鎖H」)
EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGAPIGAAAGWFDPWGQGTLVTVSS
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVCTLPPSRDELTENQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSWLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
A49MI-VL-CL(配列番号261)(「鎖L」)
DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGVSFPRTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
scFv-1602-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結されたclEC12A結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびに以下に説明するようにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が含まれる。scFvは、scFv-1602のアミノ酸配列を有し、これは、(GS)リンカーを介してscFv-1602の軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたscFv-1602の重鎖可変ドメインを含む。scFv-1602-VH-VL-Fcは、G44及びS100のVH及びVL領域のCysの置換を含み、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進する。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、CH3ドメインのY349C置換が含まれ、scFv-1602-VH-VL-FcのFcのS354C置換とジスルフィド結合を形成する。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、scFv-1602-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
ポリペプチドscFv-1602-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLをコードするDNA配列を表260に示す。
Figure 2023508942000037
Figure 2023508942000038
別の例では、本開示のTriNKETは、hF3’-2061 TriNKETであり、本明細書ではF3’2061 TriNKETとも呼ばれる。F3’-2061 TriNKETには、(a)表2のscFv-1602に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するC末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。F3’-2061 TriNKETには、3つのポリペプチドscFv-2061-VL-VH-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
scFv-2061-VL-VH-Fc(配列番号262)
Figure 2023508942000039
scFv-2061-VL-VH-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結された腫瘍関連抗原結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が以下に説明するように含まれる。scFvは、scFv-2061のアミノ酸配列を有し、これには(GS)リンカーを介してscFv-2061の軽鎖可変ドメインのC末端に接続されたscFv-2061の重鎖可変ドメインが含まれる。scFv-2061-VL-VH-Fcは 、ScFvのVHとVLとの間のジスルフィド架橋の形成を促進する、VH及びVL領域におけるCysの置換を含み得ることが企図される。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、CH3ドメインのY349C置換が含まれ、scFv-2061-VL-VH-FcのFcのS354C置換とジスルフィド結合を形成する。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、scFv-2061-VL-VH-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
別の実施例では、本開示のTriNKETは、AB0089TriNKETである。AB0089 TriNKETには、(a)表2のAB0305に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。AB0089 TriNKETには、3つのポリペプチドAB0305-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
AB0305-VH-VL-Fc(配列番号276)
Figure 2023508942000040
AB0305-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結された腫瘍関連抗原結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が以下に説明するように含まれる。scFvには、(GS) リンカーを介してAB0305の軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたAB0305の重鎖可変ドメインが含まれている。AB0305-VH-VL-Fcは、G44及びS100のVH及びVL領域のCysの置換を含み、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進する。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、AB0305-VH-VL-FcのFc上のS354C置換とジスルフィド結合を形成するCH3ドメイン中のY349C置換が含まれる。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、AB0305-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
別の例では、本開示のTriNKETは、AB0147 TriNKETである。AB0147 TriNKETには、(a)表2のAB0304に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。AB0147 TriNKETには、3つのポリペプチドAB0304-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
AB0304-VH-VL-Fc(配列番号277)
Figure 2023508942000041
AB0304-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結された腫瘍関連抗原結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が以下に説明するように含まれる。scFvには、(GS) リンカーを介してAB0304の軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたAB0304の重鎖可変ドメインが含まれている。AB0304-VH-VL-Fcは、ScFvのVHとVLとの間のジスルフィド架橋の形成を促進する、VH及びVL領域におけるG44及びS100でのCysの置換を含む。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの 重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、AB0037-VH-VL-FcのFc上のS354C置換とジスルフィド結合を形成するCH3ドメイン中のY349C置換が含まれる。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、AB0305-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
別の実施例では、本開示のTriNKETは、AB0192 TriNKETである。AB0192 TriNKETには、(a)表2のAB0192に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。AB0192 TriNKETには、3つのポリペプチドAB0192-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
AB0192-VH-VL-Fc(配列番号278)
Figure 2023508942000042
AB0192-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結された腫瘍関連抗原結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が以下に説明するように含まれる。scFvには、(GS) リンカーを介してAB0192の軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたAB0192の重鎖可変ドメインが含まれている。AB0192-VH-VL-Fcは、ScFvのVHとVLとの間のジスルフィド架橋の形成を促進する、VH及びVL領域におけるG44及びS100でのCysの置換を含む。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、AB0192-VH-VL-FcのFc上のS354C置換とジスルフィド結合を形成するCH3ドメイン中のY349C置換が含まれる。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、AB0192-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
別の実施例では、本開示のTriNKETは、hF3’-1295 TriNKETであり、本また明細書ではF3’-1295 TriNKETとも呼ばれる。F3’-1295 TriNKETには、(a)表2のscFv-1295に由来するCLEC12A結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)A49MI由来のNKG2D結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。F3’-1295 TriNKETには、3つのポリペプチドscFv-1295-VH-VL-Fc、A49MI-VH-CH1-Fc、及びA49MI-VL-CLが含まれている。
scFv-1295-VH-VL-Fc(配列番号281)
Figure 2023508942000043
scFv-1295-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結された腫瘍関連抗原結合scFvの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が以下に説明するように含まれる。scFvは、(GS)リンカーを介してscFv-1295の軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたscFv-1295の重鎖可変ドメインを含む。scFv-1295-VH-VL-Fcは、VH及びVL領域のG44及びS100でCysの置換を含み、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進する。
A49MI-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、NKG2D結合A49MIの重鎖可変ドメイン(配列番号95)及びFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。A49MI-VH-CH1-FcのFcドメインには、AB0192-VH-VL-FcのFc上のS354C置換とジスルフィド結合を形成するCH3ドメイン中のY349C置換が含まれる。A49MI-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、scFv-1295-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
A49MI-VL-CLは、NKG2D結合A49MI(配列番号85)の軽鎖定常ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
別の例では、本開示のTriNKETは、F3 1602 TriNKETであり、本明細書ではAB0010とも呼ばれる。F3 1602 TriNKETには、(a)表1のscFv-A49MIに由来するNKG2D結合scFv配列を、VHに位置するN末端からVLの方向に、Fcドメインに連結されて、及び(b)scFv-1602由来のCLEC12A結合Fabフラグメントを含み、これには、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含む重鎖部分、ならびに軽鎖可変ドメイン及び軽鎖定常ドメインを含む軽鎖部分を含み、ここでこのCH1ドメインはFcドメインに接続されている。F3 1602 TriNKETには、3つのポリペプチドscFv-A49MI-VH-VL-Fc、1602-VH-CH1-Fc、及び1602-VL-CLが含まれている。
scFv-A49MI-VH-VL-Fc(配列番号286)
Figure 2023508942000044
1602-VH-CH1-Fc(配列番号287)
QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTNYGLHWIRQPPGKGLEWIGVIWSGGKTDYNPSLKSRVTISKDTSKNQFSLKLSSVQAADTAVYYCAKYDYDDSLDYWGQGTLVTVSS
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVCTLPPSRDELTENQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSWLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
1602-VL-CL(配列番号288)
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCHASQNINFWLSWYQQKPGKAPKLLIYEASNLHTGVPSRFSGSGSGTRFTLTISSLQPEDIATYYCQQSHSYPLTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
scFv-A49MI-VH-VL-Fcは、Gly-Serを含むヒンジを介してFcドメインに連結されたNKG2D結合scFv A49MIの完全な配列を表す。scFvに連結されたFcドメインには、ヘテロ二量体化のためのQ347R、D399V、及びF405T置換、ならびに以下に説明するようにA49MI-VH-CH1-FcでY349C置換とジスルフィド結合を形成するためのS354C置換が含まれる。scFvは、(GS)リンカーを介してscFv-A49MIの軽鎖可変ドメインのN末端に接続されたscFv-1295の重鎖可変ドメインを含む。scFv-A49MI-VH-VL-Fcは、VH及びVL領域のG44及びS100でCysの置換を含み、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進する。
1602-VH-CH1-Fcは、Fabフラグメントの重鎖部分を表し、CLEC12A結合1602の重鎖可変ドメインとFcドメインに接続されたCH1ドメインを含む。1602-VH-CH1-FcのFcドメインには、CH3ドメインのY349C置換が含まれ、scFv-A49MI-VH-VL-FcのFcのS354C置換とジスルフィド結合を形成する。1602-VH-CH1-Fcでは、Fcドメインには、scFv-A49MI-VH-VL-FcのFcとのヘテロ二量体化のためのK360E及びK409W置換も含まれている。
1602-VL-CLは、CLEC12A結合1602の軽鎖可変ドメインと軽鎖定常ドメインを含むFabフラグメントの軽鎖部分を表す。
特定の実施形態では、本開示のTriNKETは、NKG2D結合Fabフラグメントに連結されたFcドメインがQ347R、D399V、及びF405Tの置換を含み、ならびに腫瘍関連抗原結合scFvに連結されたFcドメインが、ヘテロ二量体を形成するための一致する置換K360E及びK409Wを含むことを除いて、EW-RVT Fc変異を含む上記の例示的なTriNKETの1つに対して同一である。特定の実施形態では、本開示のTriNKETは、NKG2D結合Fabフラグメントに連結されたFcドメインがT366S、L368A、及びY407Vの「ホール」置換を含み、ならびに腫瘍関連抗原結合scFvに連結されたFcドメインが、ヘテロ二量体を形成するためのT366Wの「ノブ」置換を含むことを除いて、KiH Fc変異を含む上記の例示的なTriNKETの1つに対して同一である。
特定の実施形態では、本開示のTriNKETは、NKG2D結合Fabフラグメントに連結されたFcドメインがCH3ドメインにおけるS354C置換を含み、そして腫瘍関連抗原結合scFvに連結されたFcドメインには、ジスルフィド結合を形成するためのCH3ドメイン中の一致するY349C置換が含まれていることを除いて、上記の例示的なTriNKETの1つに対して同一である。
当業者は、タンパク質の生産および/または貯蔵中に、N末端グルタミン酸(E)またはグルタミン(Q)を(例えば、産生及び/または貯蔵中に、自発的にか、または存在する酵素によって触媒され)環化して、ラクタムを形成し得ることを理解するであろう。したがって、ポリペプチドのアミノ酸配列のN末端残基がEまたはQであるいくつかの実施形態では、EまたはQがピログルタミン酸で置き換えられた対応するアミノ酸配列も本明細書で企図される。
当業者はまた、タンパク質の生産および/または貯蔵中に、タンパク質のC末端リジン(K)が除去され得ることを理解するであろう(例えば、自発的にか、または生産および/もしくは貯蔵中に存在する酵素によって触媒されるか)。このようなKの除去は、C末端にFcドメインを含むタンパク質で観察される場合が多い。したがって、ポリペプチドのアミノ酸配列(例えば、Fcドメイン配列)のC末端残基がKであるいくつかの実施形態では、Kが除去された対応するアミノ酸配列も本明細書で企図される。
上記の多重特異性タンパク質は、当業者に周知の組換えDNA技術を使用して作製され得る。例えば、第1の免疫グロブリン重鎖をコードする第1の核酸配列は、第1の発現ベクターにクローニングしてもよく;第2の免疫グロブリン重鎖をコードする第2の核酸配列は、第2の発現ベクターにクローニングしてもよく;免疫グロブリン軽鎖をコードする第3の核酸配列は、第3の発現ベクターにクローニングしてもよく;そして、第1、第2、及び第3の発現ベクターは、宿主細胞に一緒に安定的にトランスフェクトして、多量体タンパク質を産生してもよい。
多重特異性タンパク質の最高の収量を達成するために、第1、第2、及び第3の発現ベクターの異なる比率を調べて、宿主細胞へのトランスフェクションに最適な比率を決定し得る。トランスフェクション後、限界希釈、ELISA、FACS、顕微鏡、またはClonepixなどの当該技術分野で公知の方法を使用して、細胞バンク生成のために単一クローンを単離し得る。
本出願はまた、本明細書で提供される多重特異性タンパク質の一部であるポリペプチドをコードする核酸も提供する。いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、3つのポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、(a)配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド;(b)配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド;及び(c)配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドを含む。特定の実施形態では、本出願は、多重特異性タンパク質の一部である3つのポリペプチドのそれぞれをコードする核酸を提供する。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸である。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチドをコードする核酸である。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドをコードする核酸である。
別の態様では、本出願は、本明細書で提供される多重特異性タンパク質の一部であるポリペプチドをコードする1つ以上の核酸を含む細胞を提供する。いくつかの実施形態では、細胞は、それぞれが多重特異性タンパク質の一部である3つのポリペプチドのうちの1つ以上をコードする1つ以上の核酸を含む。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸を含む細胞である。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチドをコードする核酸を含む細胞である。特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドをコードする核酸を含む細胞である。
本明細書で提供される多重特異性タンパク質を産生または作製する方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、この方法は、以下を含む:(a)タンパク質の発現に適した条件下で宿主細胞を培養することであって、ここで、この宿主細胞は、多重特異性タンパク質の一部である1つ以上のポリペプチドをそれぞれコードする1つ以上の核酸を含むこと(b)タンパク質を単離及び精製すること。いくつかの実施形態では、この方法は、(a)タンパク質の発現に適した条件下で宿主細胞を培養することであって、この宿主細胞が、配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチドをコードする第1の核酸、配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチドをコードする第2の核酸、及び配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドをコードする第3の核酸を含むこと;ならびに(b)タンパク質を単離及び精製すること、を含む。
クローンは、バイオリアクターのスケールアップ及び多重特異性タンパク質の発現の維持に適した条件下で培養され得る。多重特異性タンパク質は、遠心分離、深層濾過、細胞溶解、均質化、凍結-解凍、アフィニティー精製、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用交換クロマトグラフィー、及び混合モードクロマトグラフィーを含む当該技術分野で公知の方法を使用して単離及び精製され得る。
II.多重特異性タンパク質の特徴
本明細書に記載の多重特異性タンパク質には、NKG2D結合部位、CLEC12Aに結合する腫瘍関連抗原結合部位、及びCD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する抗原結合部位が含まれる。いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、F4-TriNKETフォーマット(例えば、図2C及び2D)に例示されるように、同じ腫瘍関連抗原(CLEC12A)に結合する追加の抗原結合部位を含む。
いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、対応するモノクローナル抗体、すなわち、多重特異性タンパク質に組み込まれたものと同じ腫瘍関連抗原結合部位を含むモノクローナル抗体と同様の熱安定性を示す。
いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、NKG2D及び/またはCD16を発現する細胞、例えば、NK細胞、ならびにCLEC12Aを発現する細胞、例えば、特定の腫瘍細胞に対して同時に結合する。多重特異性タンパク質のNK細胞への結合は、腫瘍関連抗原を発現する腫瘍細胞の破壊に向けてNK細胞の活性を増強し得る。NK細胞は、ストレスを受けた標的細胞に対してより強力な細胞毒性を示すことが報告されている(Chan et al.,(2014)Cell Death Differ 21(1):5-14を参照のこと)。理論に拘束されることを望まないが、NK細胞がTriNKETによって細胞の集団に係合されるとき、NK細胞はストレスを受けた標的細胞(例えば、悪性細胞及び腫瘍微小環境内の細胞)を選択的に殺滅し得ると仮定される。この機構は、TriNKETの特異性の増大及び毒性の低下に寄与する可能性があり、腫瘍関連抗原の発現が所望の標的細胞に限定されない場合でも、ストレスを受けた細胞を選択的に除去することを可能にする。
いくつかの実施形態では、この多重特異性タンパク質は、抗体依存性細胞食作用(ADCP)を誘導する。いくつかの実施形態では、この多重特異性タンパク質は、抗体依存性細胞傷害(ADCC)様活性を誘導する。いくつかの実施形態では、この多重特異性タンパク質は、ADCC活性を誘導する。いくつかの実施形態では、この多重特異性タンパク質は、補体依存性細胞毒性(CDC)を誘発しない。
いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、対応する抗腫瘍関連抗原モノクローナル抗体(すなわち、多重特異性タンパク質に組み込まれるものと同じ腫瘍関連抗原結合部位を含むモノクローナル抗体)と同様の親和性で腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性タンパク質は、対応するモノクローナル抗体よりも、腫瘍関連抗原を発現する腫瘍細胞を殺滅するのにより効果的である。
特定の実施形態では、腫瘍関連抗原の結合部位を含む、本明細書に記載の多重特異性タンパク質は、その腫瘍関連抗原を発現する細胞と共培養する場合、初代ヒトNK細胞を活性化する。NK細胞の活性化は、CD107aの脱顆粒及びIFN-γサイトカイン産生の増大によって特徴付けられる。さらに、対応する抗腫瘍関連抗原モノクローナル抗体と比較して、多重特異性タンパク質は、腫瘍関連抗原を発現する細胞の存在下でヒトNK細胞の優れた活性化を示し得る。
いくつかの実施形態では、腫瘍関連抗原の結合部位を含む本明細書に記載の多重特異性タンパク質は、腫瘍関連抗原を発現する細胞と共培養する場合、休止及びIL-2活性化ヒトNK細胞の活性を増強する。
いくつかの実施形態では、腫瘍関連抗原に結合する対応するモノクローナル抗体と比較して、多重特異性タンパク質は、中及び低レベルの腫瘍関連抗原を発現する腫瘍細胞を標的化することにおいて利点を提供する。
いくつかの実施形態では、TriNKETの二価F4フォーマット(すなわち、TriNKETは、腫瘍関連抗原に結合する追加の抗原結合部位を含む)は、TriNKETが腫瘍関連抗原に結合する結合力を改善し、それは事実上、腫瘍細胞の表面での高レベルの腫瘍関連抗原の発現及び維持を安定化する。いくつかの実施形態では、F4-TriNKETは、対応するF3-TriNKETまたはF3’-TriNKETよりも強力な腫瘍細胞の殺滅を媒介する。
III.医薬製剤
本開示はまた、治療有効量の本明細書に開示される多重特異性結合タンパク質(例えば、F3’-1602)を含む医薬製剤を提供する。この医薬製剤は、1つ以上の賦形剤を含み、特定のpHに維持される。本明細書で使用される「賦形剤」という用語は、所望の物理的または化学的特性、例えば、pH、浸透圧、粘度、透明度、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸着、または浸透を提供するためにこの製剤に添加される任意の非治療剤を意味する。
賦形剤及びpH
本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の医薬製剤中の1つ以上の賦形剤は、緩衝剤を含む。本明細書で使用される「緩衝剤」という用語は、水溶液に添加されると、酸もしくはアルカリを添加するとき、または溶媒で希釈するときにpHの変動から溶液を保護し得る1つ以上の成分を指す。リン酸緩衝液に加えて、グリシン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン緩衝液などを使用してもよく、その場合、ナトリウム、カリウム、またはアンモニウムイオンが対イオンとして機能し得る。
特定の実施形態では、緩衝液または緩衝液システムは、pH7.0~9.0の範囲と完全にまたは部分的に重複する緩衝範囲を有する少なくとも1つの緩衝液を含む。特定の実施形態では、緩衝液は、約7.0±0.5のpKaを有する。特定の実施形態では、緩衝液は、約7.5±0.5のpKaを有する。
特定の実施形態では、緩衝液はクエン酸緩衝液を含む。特定の実施形態では、クエン酸塩は、5~100mM、10~100mM、15~100mM、20~100mM、5~50mM、10~50mM、15~100mM、20~100mM、5~25mM、10~25mM、15~25mM、20~25mM、5~20mM、10~20mM、または15~20mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、クエン酸塩は、5mM、10mM、15mM、20mM、25mM、または50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、クエン酸塩は、20mMの濃度で存在する。
特定の実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液を含むか、またはさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩は、5~100mM、10~100mM、15~100mM、20~100mM、5~50mM、10~50mM、15~100mM、20~100mM、5~25mM、10~25mM、15~25mM、20~25mM、5~20mM、10~20mM、または15~20mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、リン酸塩は、5mM、10mM、15mM、20mM、25mM、または50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、リン酸塩は、10mMの濃度で存在する。リン酸塩は凍結乾燥された提示と容易に適合しないことが理解される。したがって、特定の実施形態では、医薬製剤中のリン酸塩の濃度は、もしあれば、5mM、4mM、3mM、2mM、1mM、0.5mM、0.1mM、50μM、10μM、5 μM、または1 μM以下である。特定の実施形態では、医薬製剤中のリン酸塩の濃度は、検出限界未満である。特定の実施形態では、医薬製剤を調製するときにリン酸塩は添加されない。
本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の医薬製剤は、7.0を超えるpHを有し得る。例えば、特定の実施形態では、医薬製剤は、7.0~8.0(すなわち、7.5±0.5)、7.0~7.8(すなわち、7.4±0.4)、7.0~7.6(すなわち、7.3±0.3)、7.0~7.4(すなわち、7.2±0.2)、7.0~7.2(すなわち、7.1±0.1)、7.1~7.3(すなわち、7.2±0.1)、7.2~7.4(すなわち、7.3±0.1)、7.3~7.5(すなわち、7.4±0.1)、7.4~7.6(すなわち、7.5±0.1)、7.5~7.7(すなわち、7.6±0.1)、7.6~7.8(すなわち、7.7±0.1)、7.7~7.9(すなわち、7.8±0.1)、または7.8~8.0(すなわち、7.9±0.1)というpHを有する。特定の実施形態では、医薬製剤は、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、または8.0のpHを有する。特定の実施形態では、医薬製剤は、7.0のpHを有する。科学的な四捨五入の規則では、6.95以上かつ7.05以下のpHは7.0として丸められる。
本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の医薬製剤中の1つ以上の賦形剤はさらに、糖及び糖アルコールを含む。糖及び糖アルコールは、熱安定剤として医薬製剤に有用である。特定の実施形態では、医薬製剤は、糖、例えば、単糖(グルコース、キシロース、またはエリスリトール)、二糖(例えば、スクロース、トレハロース、マルトース、またはガラクトース)、またはオリゴ糖(例えば、スタキオース)を含む。特定の実施形態では、医薬製剤はスクロースを含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、糖アルコール、例えば、単糖(例えば、マンニトール、ソルビトール、またはキシリトール)に由来する糖アルコール、二糖(例えば、ラクチトールまたはマルチトール)に由来する糖アルコール、またはオリゴ糖由来の糖アルコールを含む。特定の実施形態では、医薬製剤はソルビトールを含む。
この製剤中に含まれる糖または糖アルコールの量は、この製剤が使用される特定の状況及び意図された目的に応じて変化し得る。特定の実施形態では、医薬製剤は、50~300mM、50~250mM、100~300mM、100~250mM、150~300mM、150~250mM、200~300mM、200~250mM、または250~300mMの糖または糖アルコールを含む。特定の実施形態では、医薬製剤は、50mM、75mM、100mM、125mM、150mM、200mM、250mM、または300mMの糖または糖アルコールを含む。特定の実施形態では、医薬製剤は、250mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロースまたはソルビトール)を含む。
本明細書に開示される医薬製剤中の1つ以上の賦形剤は、サーファクタントをさらに含む。本明細書で使用される「サーファクタント」という用語は、疎水性部分(例えば、アルキル鎖)及び親水性部分(例えば、カルボキシル基及びカルボキシレート基)の両方を含む表面活性分子を指す。サーファクタントは、治療用タンパク質の凝集を低減するために医薬製剤に有用である。医薬製剤に使用するために適したサーファクタントは一般に、非イオン性サーファクタントであり、これには限定するものではないが、ポリソルベート(例えば、ポリソルベート20またはポリソルベート80);ポロキサマー(例えば、ポロキサマー188);ソルビタンエステル及び誘導体;トリトン;ラウリル硫酸ナトリウム;オクチルグルコシドナトリウム;ラウリルスルホベタイン、ミリスチルスルホベタイン、リノレイルスルホベタイン、またはステアリルスルホベタイン;ラウリルサルコシン、ミリスチルサルコシン、リノレイルサルコシン、またはステアリルサルコシン;リノレイルベタイン、ミリスチルベタイン、またはセチルベタイン;ラウロアミドプロピルベタイン、コカミドプロピルベタイン、リノールアミドプロピルベタイン、ミリスタミドプロピルベタイン、パルミドプロピルベタイン、またはイソステアラミドプロピルベタイン(例えば、ラウロアミドプロピル);ミリスタミドプロピルジメチルアミン、パルミドプロピルジメチルアミン、またはイソステアラミドプロピルジメチルアミン;メチルココイルタウリン酸ナトリウムまたはメチルオレイルタウリン酸二ナトリウム;ならびにMONAQUAT(商標)シリーズ(Mona Industries,Inc.,Paterson,N.J.)、ポリエチルグリコール、ポリプロピルグリコール、ならびにエチレングリコール及びプロピレングリコールのコポリマー(例えば、Pluronics、PF68等)が挙げられる。特定の実施形態では、サーファクタントはポリソルベートである。特定の実施形態では、サーファクタントは、ポリソルベート80である。
本出願に記載される多重特異性結合タンパク質の医薬製剤内に含まれる非イオン性サーファクタントの量は、製剤に望まれる特定の特性、ならびにその製剤が使用を意図する特定の状況及び目的に応じて変化し得る。特定の実施形態では、製剤は、0.005%~0.5%、0.005%~0.2%、0.005%~0.1%、0.005%~0.05%、0.005%~0.02%、0.005%~0.01%、0.01%~0.5%、0.01%~0.2%、0.01%~0.1%、0.01%~0.05%、または0.01%~0.02%の非イオン性サーファクタント(例えば、ポリソルベート80)を含む。特定の実施形態では、医薬製剤は、0.005%、0.01%、0.02%、0.03%、0.04%、0.05%、0.06%、0.07%、0.08%、0.09%、0.1%、0.15%、0.2%、0.25%、0.3%、0.35%、0.4%、0.45%、または0.5%の非イオン性サーファクタント(例えば、ポリソルベート80)を含む。
特定の実施形態では、医薬製剤は、等張性である。「等張」製剤は、ヒト血液と本質的に同じ浸透圧を有する製剤である。等張製剤は一般に約250~350mOsmol/kgHOの浸透圧を有する。等張性は、蒸気圧または氷結型浸透圧計を使用して測定され得る。特定の実施形態では、医薬製剤の浸透圧は、250~350mOsmol/kgHOである。特定の実施形態では、医薬製剤の浸透圧は300~350mOsmol/kgHOである。
糖、糖アルコール、及びNaClなどの物質を、望ましい浸透圧のために医薬製剤に含んでもよい。NaClは凍結乾燥された提示と容易に適合しないことが理解される。したがって、特定の実施形態では、医薬製剤中のNaClの濃度は、もしあれば、10mM、9mM、8mM、7mM、6mM、5mM、4mM、3mM、2mM、1mM、0.5mM、0.1mM、50μM、10μM、5μM、または1μM以下である。特定の実施形態では、医薬製剤中のNaClの濃度は、検出限界未満である。特定の実施形態では、医薬製剤を調製するときにNaCl塩は添加されない。
本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の医薬製剤は、増量剤または防腐剤などの1つ以上の他の物質をさらに含み得る。「増量剤」とは、凍結乾燥混合物に質量を加え、凍結乾燥ケーキの物理的構造に寄与する(例えば、開孔構造を維持する本質的に均一な凍結乾燥ケーキの製造を容易にする)化合物である。例示的な増量剤には、マンニトール、グリシン、ポリエチレングリコール、及びソルビトールが挙げられる。本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の凍結乾燥製剤は、そのような増量剤を含み得る。防腐剤は細菌の作用を低減し、例えば、多目的(複数回投与)製剤の製造を容易にし得る。
例示的な製剤
特定の実施形態では、本出願に記載される多重特異性結合タンパク質の医薬製剤は、pH7.0以上(例えば、pH7.0~8.0)の緩衝液中の多重特異性結合タンパク質を含む。
特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10~25mMのクエン酸塩、200~300mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.005%~0.05%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)、pH7.0~8.0を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、20mMのクエン酸塩、250mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.01%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)を、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、20mMのクエン酸塩、250mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.01%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)を、pH7.0~7.5(例えば、pH7.0)で含む。
特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10~25mMのクエン酸塩、200~300mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.005%~0.05%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)を、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、20mMのクエン酸塩、250mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.01%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)を、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、20mMのクエン酸塩、250mMの糖または糖アルコール(例えば、スクロース)、及び0.01%のポリソルベート(例えば、ポリソルベート80)を、pH7.0~7.5(例えば、ph7.0)で含む。
特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、5~20mMのクエン酸塩、5~20mMのリン酸塩、及び100~150mMのNaClを、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10mMのクエン酸塩、10mMのリン酸塩、及び125mMのNaClを、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10mMのクエン酸塩、10mMのリン酸塩、及び125mMのNaClを、pH7.5~8.0(例えば、pH7.8)で含む。
特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、5~20mMのクエン酸塩、5~20mMのリン酸塩、及び100~150mMのNaClを、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10mMのクエン酸塩、10mMのリン酸塩、及び125mMのNaClを、pH7.0~8.0で含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~50mg/mLの多重特異性結合タンパク質、10mMのクエン酸塩、10mMのリン酸塩、及び125mMのNaClを、pH7.5~8.0(例えば、pH7.8)で含む。
多重特異性結合タンパク質の安定性
本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の医薬製剤は、高レベルの安定性を示す。医薬製剤内の多重特異性結合タンパク質が、定義された条件下での保管後、許容可能な程度の物理的特性、化学構造及び/または生物学的機能を保持している場合、その製剤は安定している。
この医薬製剤の製造、保管、及び使用中のストレスには、限定するものではないが、熱ストレス(例えば、40℃で4週間のインキュベーション)、凍結/解凍ストレス(例えば、6回の凍結/解凍サイクル)、攪拌ストレス(例えば、60rpm、4℃で18時間の攪拌)、低pHストレス(例えば、pH5.0、40℃で2週間のインキュベーション)、高pHストレス(例えば、pH8.0、40℃で2週間のインキュベーション)、酸化ストレス(例えば、0.02%過酸化水素で室温で24時間の強制酸化)、または低pH保持(例えば、pH 3.3で室温で1.5時間のインキュベーション)が挙げられる。特定の実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、これらのストレスのうちの1つ以上への曝露後に安定である。
安定性は、定義された温度で定義された時間保存した後、天然の高次構造のままである製剤中の多重特異性結合タンパク質のパーセンテージを決定することによって測定し得る。天然高次構造のタンパク質のパーセンテージは、例えば、サイズ排除クロマトグラフィー(例えば、サイズ排除高速液体クロマトグラフィー)によって決定され得、ここで、天然高次構造のタンパク質は凝集されず(高分子量画分に溶出される)、または分解もされない(低分子量画分に溶出されることもない)。特定の実施形態では、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、または1%未満の多重特異性結合タンパク質は、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後に、サイズ排除クロマトグラフィーによって決定されるように、高分子量複合体(すなわち、天然タンパク質よりも高分子量を有する)を形成する。特定の実施形態では、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、または1%未満の多重特異性結合タンパク質は、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後に、サイズ排除クロマトグラフィーによって決定されるように、分解される(すなわち、天然タンパク質よりも低分子量を有する)。
安定性は、タンパク質の主要な画分(「主要な電荷形態」)と比較して、より酸性の画分(「酸性形態」)に存在する多重特異性結合タンパク質のパーセンテージを決定することによっても測定され得る。理論に拘束されることを望まないが、タンパク質の脱アミド化は、それをより負に帯電させ、したがって、脱アミド化されていないタンパク質と比較してより酸性にし得る(例えば、Robinson,Protein Deamidation,(2002)PNAS 99(8):5283-88を参照のこと)。タンパク質の酸性形態のパーセンテージは、イオン交換クロマトグラフィー(例えば、陽イオン交換高速液体クロマトグラフィー)または画像化キャピラリー等電点電気泳動(icIEF)によって決定され得る。特定の実施形態では、この医薬製剤中の少なくとも 30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%の多重特異性結合タンパク質は、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後、主電荷形態である。特定の実施形態では、この医薬製剤中の10%、20%、30%、40%、または50%以下の多重特異性結合タンパク質は、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後、酸性型である。
安定性は、タンパク質をドデシル硫酸ナトリウム(SDS)で変性させた後、電気泳動によって多重特異性結合タンパク質の純度を測定することによっても測定され得る。タンパク質試料は、タンパク質のジスルフィド結合を還元する薬剤(例えば、β-メルカプトエタノール)の存在下で変性されても、または非存在下で変性されてもよい。特定の実施形態では、還元条件下(例えば、β-メルカプトエタノールの存在下)でタンパク質試料を変性させた後、キャピラリー電気泳動によって測定される、医薬製剤中の多重特異性結合タンパク質の純度は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、少なくとも95%、96%、97%、98%、または99%である。特定の実施形態では、還元条件下(例えば、β-メルカプトエタノールの存在下)でタンパク質試料を変性させた後、キャピラリー電気泳動によって測定される、医薬製剤中の多重特異性結合タンパク質の純度は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%である。特定の実施形態では、非還元条件下でタンパク質試料を変性させた後、キャピラリー電気泳動によって測定される、医薬製剤中の多重特異性結合タンパク質の純度は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、少なくとも95%、96%、97%、98%、または99%である。特定の実施形態では、還元条件下でタンパク質試料を変性させた後、キャピラリー電気泳動によって測定される、医薬製剤中の多重特異性結合タンパク質の純度は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%である。
安定性は、動的光散乱によってタンパク質溶液のパラメーターを決定することによっても測定され得る。Z平均及び多分散度指数(PDI)値は、溶液中の粒子の平均直径を示し、これらの測定値は、凝集体が溶液中に存在する場合に増大する。単量体%Pd 値は、検出されたさまざまな単量体の広がりを示し、値が小さいほど、好ましい単分散溶液を示す。DLSによって検出された単量体サイズは、主要な母集団が単量体であることを確認し、存在し得る高次の凝集体を特徴付けるのに有用である。特定の実施形態では、医薬製剤のZ平均値は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、5%、10%、または15%を超えて増大しない。特定の実施形態では、医薬製剤のZ平均値は、本明細書に開示された1つ以上のストレスの後、10%、20%、30%、40%、または50%を超えて増大しない。
上記のパラメーターの評価に加えて、タンパク質の機能特性を決定することによって安定性を測定し得る。本明細書に開示される多重特異性結合タンパク質は、CLEC12A、NKG2D、及びCD16に結合する。従って、特定の実施形態によれば、解離定数(K)または最大結合応答(キャプチャーレベル)によって測定される、本明細書に開示される1つ以上のストレス後のCLEC12A(例えば、ヒトCLEC12A)への多重特異性結合タンパク質の結合親和性は、対照試料(ストレスにさらされていない)の結合親和性よりも1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、または30%を超えて低くない。特定の実施形態では、解離定数(K)または最大結合応答(キャプチャーレベル)によって測定される、本明細書に開示される1つ以上のストレス後のNKG2D(例えば、ヒトNKG2D)への多重特異性結合タンパク質の結合親和性は、対照試料(ストレスにさらされていない)の結合親和性よりも1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、または30%を超えて低くない。特定の実施形態では、解離定数(K)または最大結合応答(キャプチャーレベル)によって測定される、本明細書に開示される1つ以上のストレス後のCD16(例えば、ヒトCD16aV158)への多重特異性結合タンパク質の結合親和性は、対照試料(ストレスにさらされていない)の結合親和性よりも1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、または30%を超えて低くない。
本明細書に開示される多重特異性結合タンパク質は、NK細胞によるCLEC12A発現腫瘍細胞に対する細胞毒性を媒介する能力を有する。特定の実施形態では、混合培養細胞毒性アッセイにおいて多重特異性結合タンパク質のEC50によって測定される場合、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後にそのような細胞毒性を媒介する多重特異性結合タンパク質の能力は、対照試料(ストレスにさらされていない)における能力よりも 1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、または30%を超えて大きくない。特定の実施形態では、混合培養細胞毒性アッセイにおいて標的細胞の最大溶解によって測定される場合、本明細書に開示される1つ以上のストレスの後にそのような細胞毒性を媒介する多重特異性結合タンパク質の能力は、対照試料(ストレスにさらされていない)における能力よりも 1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、または30%を超えて大きくない。
医薬製剤中の多重特異性結合タンパク質の安定性を決定するための例示的な方法は、本開示の実施例13及び14に記載されている。さらに、タンパク質の安定性は、その標的に対する多重特異性結合タンパク質の結合親和性、またはWO2018/152518に記載されているNK細胞活性化アッセイ及び細胞毒性アッセイなどの 特定のインビトロアッセイにおける多重特異性結合タンパク質の生物学的活性を測定することによって評価し得る。
剤形
医薬製剤は、液体製剤または凍結乾燥形態として調製及び保存され得る。特定の実施形態では、医薬製剤は、2~8℃(例えば、4℃)で貯蔵するための液体製剤、または-20℃以下で貯蔵するための凍結製剤である。製剤中の糖または糖アルコールは、凍結防止剤として使用される。
医薬品を使用する前に、医薬製剤を、投与経路に適切な水性担体で希釈してもよいし、再構成してもよい。他の例示的な担体としては、滅菌注射用水(SWFI)、静菌性の注射用水(BWFI)、pH緩衝溶液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水溶液、リンゲル液、またはデキストロース溶液が挙げられる。例えば、医薬製剤が静脈内投与用に調製される場合、その医薬製剤は、0.9%塩化ナトリウム(NaCl)溶液で希釈してもよい。特定の実施形態では、希釈された医薬製剤は等張性であり、静脈内注入による投与に適している。
この医薬製剤は、貯蔵に適した濃度の多重特異性結合タンパク質を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10~200mg/mL、10~150mg/mL、10~100mg/mL、10~50mg/mL、10~40mg/mL、10~30mg/mL、10~25mg/mL、10~20mg/mL、10~15mg/mL、20~200mg/mL、20~150mg/mL、20~100mg/mL、20~50mg/mL、20~40mg/mL、20~30mg/mL、20~25mg/mL、50~200mg/mL、50~150mg/mL、50~100mg/mL、100~200mg/mL、100~150mg/mL、または150~200mg/mLの濃度で多重特異性結合タンパク質を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、10mg/mL、15mg/mL、20mg/mL、25mg/mL、30mg/mL、40mg/mL、50mg/mL、60mg/mL、70mg/mL、80mg/mL、90mg/mL、100mg/mL、150mg/mL、または200mg/mLの濃度で多重特異性結合タンパク質を含む。
特定の実施形態では、この医薬製剤は、容器(例えば、バイアル、バッグ、ペン、または注射器)に包装される。特定の実施形態では、この製剤は、凍結乾燥製剤または液体製剤であり得る。特定の実施形態では、容器中の多重特異性結合タンパク質の量は、単回投与としての投与に適している。特定の実施形態では、容器中の多重特異性結合タンパク質の量は、複数回投与としての投与に適している。特定の実施形態では、この医薬製剤は、0.1~2000mgの量の多重特異性結合タンパク質を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、1~2000mg、10~2000mg、20~2000mg、50~2000mg、100~2000mg、200~2000mg、500~2000mg、1000~2000mg、0.1~1000mg、1~1000mg、10~1000mg、20~1000mg、50~1000mg、100~1000mg、200~1000mg、500~1000mg、0.1~500mg 、1~500mg、10~500mg、20~500mg、50~500mg、100~500mg、200~500mg、0.1~200mg、1~200mg、10~200mg、20~200mg 、50~200mg、100~200mg、0.1~100mg、1~100mg、10~100mg、20~100mg、50~100mg、0.1~50mg、1~50mg、10~50mg 、20~50mg、0.1~20mg、1~20mg、10~20mg、0.1~10mg、1~10mg、または0.1~1mgの量の多重特異性結合タンパク質を含む。特定の実施形態では、この医薬製剤は、0.1mg、1mg、2mg、5mg、10mg、20mg、30mg、40mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg、100mg、150mg、200mg、250mg、300mg、400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1500mg、または2000mgの量の多重特異性結合タンパク質を含む。
IV.治療適用
本出願は、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を使用して自己免疫疾患またはがんを治療するための方法、及び/または本明細書に記載の医薬組成物(例えば、医薬製剤)を提供する。この方法は、CLEC12Aを発現する様々ながんを治療するために使用され得る。
治療法は、治療されるがんに応じて特徴付けられ得る。治療されるがんは、がん細胞の表面に発現される特定の抗原の存在に従って特徴付けられ得る。
CLEC12Aの発現を特徴とするがんとしては、限定するものではないが、胃癌、食道癌、肺癌、トリプルネガティブ乳癌、結腸直腸癌、及び頭頸部癌などの固形腫瘍の適応が挙げられる。
本開示のタンパク質、コンジュゲート、細胞、及び/または医薬組成物は、がん細胞またはがん微小環境内の細胞がCLEC12Aを発現するがんに限定されない、様々ながんを治療するために使用され得る。
治療法は、治療されるがんに応じて特徴付けされ得る。例えば、特定の実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、胸腺腫、腺嚢胞癌、胃腸癌、腎癌、乳癌、神経膠芽腫、肺癌、卵巣癌、脳癌、前立腺癌、膵臓癌、または黒色腫である。いくつかの実施形態では、そのがんは、血液学的悪性腫瘍または白血病である。特定の実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、骨髄異形成、骨髄異形成症候群、急性Tリンパ芽球性白血病、または急性前骨髄球性白血病、慢性骨髄単球性白血病、または慢性骨髄性白血病の骨髄性芽球性発症である。
特定の実施形態では、AMLは、微小残存病変(MRD)である。特定の実施形態では、MRDは、CLEC12A-ITD((Fms様チロシンキナーゼ3)-遺伝子内縦列重複(ITD))、NPM1(ヌクレオフォスミン1)、DNMT3A(DNAメチルトランスフェラーゼ遺伝子DNMT3A)、及びIDH(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1及び2(IDH1及びIDH2))から選択される変異の有無によって特徴付けられる。特定の実施形態では、MDSは、多血球系異形成を伴うMDS(MDS-MLD)、単一血球系統の異形成を伴うMDS(MDS-SLD)、環状鉄芽球を伴うMDS(MDS-RS)、芽球増大を伴うMDS(MDS-EB)、染色体異常(isolated del)(5q)を伴うMDS、及び未分類型MDS(MDS-U)から選択される。特定の実施形態では、MDSは、一次MDSまたは二次MDSである。
特定の実施形態では、ALLは、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される。特定の実施形態では、MPNは、真性赤血球増大症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される。特定の実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される。特定の実施形態では、リンパ腫は、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される。
ある特定の実施形態では、がんは、固形腫瘍である。特定の他の実施形態では、この癌は、脳腫瘍、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、白血病、肺癌、肝臓癌、黒色腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、直腸癌、腎癌、胃癌、精巣癌、または子宮癌である。さらに他の実施形態では、がんは、血管新生腫瘍、扁平上皮癌、腺癌、小細胞癌、黒色腫、神経膠腫、神経芽細胞腫、肉腫(例えば、血管肉腫または軟骨肉腫)、喉頭癌、耳下腺癌、胆道癌、甲状腺癌、先端レンチギン性黒色腫、化学線角化症、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、腺様嚢胞癌、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮癌、肛門管癌、肛門癌、肛門直腸癌、星状細胞腫瘍、バルトリン腺癌、基底細胞癌、胆管癌、骨癌、骨髄癌、気管支癌、気管支腺癌、カルシノイド、胆管癌、軟骨肉腫、脈絡叢乳頭腫/脈絡叢癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、明細胞癌、結合組織癌、嚢胞腺腫、消化器系癌、十二指腸癌、内分泌系癌、内胚葉洞腫瘍、子宮内膜過形成、子宮内膜間質肉腫、類内膜腺癌、内皮細胞癌、上衣癌、上皮細胞癌、ユーイング肉腫、眼及び眼窩癌、女性生殖器癌、限局性結節性過形成、胆嚢癌、胃洞癌、胃眼底癌、ガストリノーマ、神経膠芽細胞腫、グルカゴノーマ、心臓癌、血管芽細胞腫、血管内皮腫、血管腫、肝腺腫腺腫症、肝胆道癌、肝細胞癌、ホジキン病、回腸癌、インスリノーマ、上皮内腫瘍、上皮内扁平上皮細胞腫瘍、肝内胆管癌、浸潤性扁平上皮癌、空腸癌、関節癌、カポジ肉腫、骨盤癌、大細胞癌、大腸癌、平滑筋肉腫、悪性黒子型黒色腫、リンパ腫、男性生殖器癌、悪性黒色腫、悪性中皮腫瘍、髄芽細胞腫、髄上皮腫、髄膜癌、中皮癌、転移性癌、口腔癌(mouth cancer)、粘膜類表皮癌、多発性骨髄腫、筋肉癌、鼻道癌癌、神経系癌、神経上皮腺癌結節性黒色腫、非上皮皮膚癌、非ホジキンリンパ腫、燕麦細胞癌、乏突起膠癌、口腔癌(oral cavity cancer)、骨肉腫、乳頭状漿液性腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体腫瘍、形質細胞腫、偽肉腫、肺芽細胞腫、直腸癌、腎細胞癌、呼吸器系癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、肉腫、漿液性癌、副鼻腔癌、皮膚癌、小細胞癌、小腸癌、平滑筋癌、軟部組織癌、ソマトスタチン分泌腫瘍、脊椎癌、扁平上皮癌、線条体筋癌、中皮下癌、表在性転移性黒色腫、T細胞白血病、舌癌、未分化癌、尿管癌、尿道癌、膀胱癌、尿路癌、子宮頸部癌、子宮体癌、子宮黒色腫、膣癌、疣贅癌、VIPoma、外陰癌、高分化癌、またはウィルムス腫瘍である。
特定の他の実施形態では、がんは、B細胞リンパ腫またはT細胞リンパ腫などの非ホジキンリンパ腫である。特定の実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、B細胞リンパ腫、例えば、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、原発性縦隔B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯B細胞リンパ腫、節外性辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、脾臓辺縁帯B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、または原発性中枢神経系(CNS)リンパ腫である。特定の他の実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、T細胞リンパ腫、例えば、前駆Tリンパ芽球性リンパ腫、末梢T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、血管免疫芽球性T細胞リンパ腫、節外性ナチュラルキラー/T細胞リンパ腫、腸管症型T細胞リンパ腫、皮下脂肪織炎様T細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、または末梢T細胞リンパ腫である。
IV.併用療法
本出願の別の態様は、併用療法を提供する。本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、自己免疫疾患を治療するため、またはがんを治療するために、追加の治療薬と組み合わせて使用され得る。
自己免疫性炎症性疾患を治療する際の併用療法の一部として使用され得る例示的な治療剤は、Li et al.(2017) Front.Pharmacol.,8:460,に記載されており、これには、例えば、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)(例えば、COX-2阻害剤)、グルココルチコイド(例えば、、プレドニゾン/プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、及びフッ素化グルココルチコイド、例えば、デキサメタゾン及びベータメタゾン)、疾患修飾性抗リウマチ薬(DMARD)(例えば、メトトレキサート、レフルノミド、金化合物、スルファサラジン、アザチオプリン、シクロホスファミド、抗マラリア薬、D-ペニシラミン、及びシクロスポリン)、高TNF生物学的製剤(例えば、インフリキシマブ、エタネルセプト、アダリムマブ、ゴリムマブ、セルトリズマブペゴル、及びそれらのバイオ後続品)、ならびにCTLA-4を標的とする他の生物学的製剤(例えば、アバタセプト)、IL-6受容体(例えば、トシリズマブ)、IL-1(例えば、アナキンラ)、Th1免疫応答(IL-12/IL-23)(例えば、ウステキヌマブ)、Th17免疫応答(IL-17)(例えば、セクキヌマブ)及びCD20(例えば、リツキシマブ)が挙げられる。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得る例示的な治療剤としては、例えば、放射線、マイトマイシン、トレチノイン、リボムスチン、ゲムシタビン、ビンクリスチン、エトポシド、クラドリビン、ミトブロニトール、メトトレキサート、ドキソルビシン、カルボクオン、ペントスタチン、ニトラクリン、ジノスタチン、セトロレリックス、レトロゾール、ラルチトレキセド、ダウノルビシン、ファドロゾール、フォテムスチン、チマルファシン、ソブゾキサン、ネダプラチン、シタラビン、ビカルタミド、ビノレルビン、ベスナリノン、アミノグルテチミド、アムサクリン、プログルミド、酢酸エリプチニウム、ケタンセリン、ドキシフルリジン、エトレチネート、イソトレチノイン、ストレプトゾシン、ニムスチン、ビンデシン、フルタミド、ドロゲニル、ブトシン、カルモフル、ラゾキサン、シゾフィラン、カルボプラチン、ミトラクトール、テガフール、イホスファミド、プレドニムスチン、ピシバニル、レバミソール、テニポシド、インプロスルファン、エノシタビン、リスリド、オキシメトロン、タモキシフェン、プロゲステロン、メピチオスタン、エピチオスタノール、フォルメスタン、インターフェロンアルファ、インターフェロン-2アルファ、インターフェロンベータ、インターフェロンガンマ(IFN-γ)、コロニー刺激因子-1、コロニー刺激因子-2、デニロイキン・ディフチトックス、インターロイキン-2、黄体形成ホルモン放出因子、及び同族受容体への異なる結合、または血清半減期の増減を示し得る前述の薬剤のバリエーションが挙げられる。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得る追加のクラスの薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、(i)細胞毒性Tリンパ球関連抗原4(CTLA4)、(ii)プログラム細胞死タンパク質1(PD1)、(iii)PDL1、(iv)LAG3、(v)B7-H3、(vi)B7-H4、及び(vii)TIM3の1つ以上を阻害する薬剤が挙げられる。CTLA4阻害剤であるイピリムマブは、黒色腫の治療について米国食品医薬品局(Food and Drug Administration)によって承認されている。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得るさらに他の薬剤は、非チェックポイント標的(例えば、ハーセプチン)を標的とするモノクローナル抗体薬剤及び非細胞毒性剤(例えば、チロシンキナーゼ阻害剤)である。
さらに他のカテゴリーの抗癌剤としては、例えば、(i)ALK阻害剤、ATR阻害剤、A2Aアンタゴニスト、塩基切除修復阻害剤、Bcr-Ablチロシンキナーゼ阻害剤、ブルートンのチロシンキナーゼ阻害剤、CDC7阻害剤、CHK1阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、DNA-PK阻害剤、DNA-PK及びmTORの両方の阻害剤、DNMT1阻害剤、DNMT1阻害剤に加えて2-クロロデオキシアデノシン、HDAC阻害剤 、ヘッジホッグシグナル伝達経路阻害剤、IDO阻害剤、JAK阻害剤、mTOR阻害剤、MEK阻害剤、MELK阻害剤、MTH1阻害剤、PARP阻害剤、ホスホイノシチド3-キナーゼ阻害剤、PARP1およびDHODHの両方の阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼII阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、VEGFR阻害剤、およびWEE1阻害剤から選択される阻害剤;(ii)OX40、CD137、CD40、GITR、CD27、HVEM、TNFRSF25、またはICOSのアゴニスト;ならびに(iii)IL-12、IL-15、GM-CSF、およびG-CSFから選択されるサイトカインが挙げられる。
本出願のタンパク質はまた、原発巣の外科的除去の補助としても使用され得る。
多重特異性結合タンパク質及び追加の治療薬の量、ならびに投与の相対的なタイミングは、所望の組み合わされた治療効果を達成するために選択され得る。例えば、そのような投与を必要とする患者に併用療法を施す場合、組み合わせの治療剤、または治療剤を含む医薬組成物(複数可)は、任意の順序で、例えば、連続して、一時に、一緒に、同時になどで投与されてもよい。さらに、例えば、多重特異性結合タンパク質は、追加の治療剤(複数可)がその予防的または治療的効果を発揮する時間中に投与されてもよく、またはその逆であってもよい。
V.医薬組成物
本開示はまた、治療有効量の本明細書に記載のタンパク質を含む医薬組成物を特徴とする。この組成物は、様々な薬物送達システムで使用するために製剤化されてもよい。1つ以上の生理学的に許容される賦形剤または担体もまた、適切な処方のために組成物に含まれてもよい。本開示で使用するのに適した製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Company,Philadelphia,Pa.,17th ed.,1985に見出される。薬物送達のための方法の簡潔な論評については、例えば、Langer(Science 249:1527-1533,1990)を参照のこと。
本開示の静脈内薬物送達製剤は、バッグ、ペン、または注射器に含まれてもよい。特定の実施形態では、このバッグは、チューブ及び/またはニードルを含むチャネルに接続されてもよい。特定の実施形態では、この製剤は、凍結乾燥製剤であっても、または液体製剤であってもよい。特定の実施形態では、この製剤は、フリーズドライ(凍結乾燥)されて約12~60個のバイアルに含まれてもよい。特定の実施形態では、この製剤は、凍結乾燥されて45mgの凍結乾燥された製剤は、1つのバイアルに含まれてもよい。特定の実施形態では、約40mg~約100mgの凍結乾燥製剤は、1つのバイアルに含まれてもよい。特定の実施形態では、12、27、または45バイアルからの凍結乾燥製剤は、静脈内薬物製剤中でタンパク質の治療用量を得るために組み合わされる。特定の実施形態では、この製剤は、液体製剤であってもよく、そして約250mg/バイアル~約1000mg/バイアルとして保存され得る。特定の実施形態では、この製剤は液体製剤であり得、約600mg/バイアルとして保存され得る。特定の実施形態では、この製剤は、液体製剤であり得、そして約250mg/バイアルとして保存され得る。
タンパク質は、製剤を形成する緩衝液中に治療有効量のタンパク質を含む液体水性製剤中に存在し得る。
これらの組成物は、従来の殺菌技法によって殺菌されてもよいし、または無菌濾過されてもよい。得られた水溶液は、そのままで使用するために包装されてもよいし、または凍結乾燥させられてもよく、この凍結乾燥調製品は、投与の前に無菌水性担体と組み合わされる。調製物のpHは、典型的には3~11の間であり、より好ましくは5~9の間または6~8の間であり、最も好ましくは7~8の間、例えば7~7.5である。固体形態で得られた組成物は、固定量の上記の剤(複数可)をそれぞれ含有する、複数の単回用量単位で包装されてもよい。固体形態の組成物はまた、可塑性量のために容器に包装されてもよい。
特定の実施形態では、本開示は、マンニトール、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、リン酸二水素ナトリウム二水和物、塩化ナトリウム、ポリソルベート80、水、及び水酸化ナトリウムと組み合わせて、本開示のタンパク質を含む延長された貯蔵寿命を有する製剤を提供する。
特定の実施形態では、pH緩衝液中に本開示のタンパク質を含む水性製剤が調製される。緩衝液は、約4~約8の範囲、例えば、約4.5~約6.0、もしくは約4.8~約5.5の範囲のpHを有してもよいし、または約5.0~約5.2のpHを有してもよい。上記のpHの中間の範囲もまた、本開示の一部であるものとする。例えば、任意の上記の値の組み合わせを上限及び/または下限として使用する値の範囲は、含まれるものとする。この範囲内でpHを制御する緩衝液の例としては、酢酸塩(例えば、酢酸ナトリウム)、コハク酸塩(例えば、コハク酸塩ナトリウム)、グルコン酸塩、ヒスチジン、クエン酸塩及び他の有機酸緩衝液が挙げられる。
特定の実施形態では、この製剤は、pHを約4~約8の範囲に維持するためにクエン酸塩及びリン酸塩を含む緩衝系を含む。特定の実施形態では、pH範囲は、約4.5~約6.0、もしくは約pH4.8~約pH5.5、または約5.0~約5.2のpH範囲であってもよい。特定の実施形態では、この緩衝系としては、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、及び/またはリン酸二水素ナトリウム二水和物が挙げられる。特定の実施形態では、この緩衝系としては約1.3mg/mLのクエン酸(例えば、1.305mg/mL)、約0.3mg/mLのクエン酸ナトリウム(例えば、0.305mg/mL)、約1.5mg/mLのリン酸二ナトリウム二水和物(例えば、1.53mg/mL)、約0.9mg/mLのリン酸二水素ナトリウム二水和物(例えば、0.86 mg/mL)、および約6.2mg/mLの塩化ナトリウム(例えば、6.165mg/mL)が挙げられる。特定の実施形態では、この緩衝系は、約1~約1.5mg/mLのクエン酸、約0.25~約0.5mg/mLのクエン酸ナトリウム、約1.25~約1.75mg/mLのリン酸二ナトリウム二水和物、約0.7~約1.1mg/mLのリン酸二水素ナトリウム二水和物、及び約6.0~約6.4mg/mLの塩化ナトリウムを含む。特定の実施形態では、製剤のpHは、水酸化ナトリウムで調整される。
等張化剤として作用し、抗体を安定化し得るポリオールもまた、この製剤に含まれてもよい。ポリオールは、製剤の所望の等張性に関して変化し得る量で製剤に添加される。特定の実施形態では、水性製剤は等張性であり得る。添加されるポリオールの量はまた、ポリオールの分子量に関して変更されてもよい。例えば、二糖(トレハロースなど)と比較して、より少量の単糖(例えば、マンニトール)を添加してもよい。特定の実施形態では、等張化剤として製剤において使用され得るポリオールは、マンニトールである。特定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約5~約20mg/mLであり得る。特定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約7.5~約15mg/mLであり得る。特定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約10~約14mg/mLであり得る。特定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約12mg/mLであり得る。特定の実施形態では、ポリオールソルビトールが、製剤に含まれてもよい。
界面活性剤またはサーファクタントも配合物に添加されてもよい。例示の界面活性剤としては、非イオン性界面活性剤、例えば、ポリソルベート(例えば、ポリソルベート20、80など)またはポロキサマー(例えば、ポロキサマー188等)が挙げられる。添加される界面活性剤の量は、それが製剤化抗体の凝集を低減させるか、及び/または製剤中の微粒子の形成を最小限に抑えるか、及び/または吸着を低減させるような量である。特定の実施形態では、この製剤は、ポリソルベートであるサーファクタントを含み得る。特定の実施形態では、この製剤は、界面活性剤ポリソルベート80またはTween(登録商標) 80を含み得る。Tween(登録商標) 80とは、ポリオキシエチレン(20)ソルビタンモノオレエートを記述するために使用される用語である(Fiedler,Lexikon der Hifsstoffe,Editio Cantor Verlag Aulendorf,4th ed.,1996を参照のこと)。特定の実施形態では、製剤は、約0.1mg/mL~約10mg/mLのポリソルベート80、または約0.5mg/mL~約5mg/mLを含み得る。特定の実施形態では、約0.1%のポリソルベート80を製剤に添加し得る。
実施形態では、本開示のタンパク質生成物は、液体製剤として製剤化される。液体製剤は10mg/mLの濃度で、USP/Ph EurタイプI50Rバイアル(ゴム栓で閉じられ、アルミニウムクリンプシールクロージャーで密封されている)のいずれかで提供され得る。ストッパーは、USP及びPh Eurに準拠したエラストマーでできている場合がある。特定の実施形態では、バイアルは、60mLの抽出可能な容積を可能にするために、61.2mLのタンパク質産物溶液で満たされ得る。特定の実施形態では、液体製剤は、0.9%の生理食塩水で希釈され得る。
特定の実施形態では、本開示の液体製剤は、10mg/mLの濃度の溶液として、安定化レベルの糖と組み合わせて、調製され得る。特定の実施形態では、液体製剤は、水性担体中で調製され得る。特定の実施形態では、安定剤は、静脈内投与に望ましくないまたは不適切な粘度をもたらし得る量以下の量で添加され得る。特定の実施形態では、糖は、二糖、例えば、スクロースであり得る。特定の実施形態では、液体製剤はまた、緩衝剤、サーファクタント、及び防腐剤のうちの1つ以上も含んでもよい。
特定の実施形態では、液体製剤のpHは、薬学的に許容可能な酸及び/または塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態では、薬学的に許容される酸は塩酸であってもよい。特定の実施形態では、塩基は水酸化ナトリウムであり得る。
凝集に加えて、脱アミド化は、発酵、収集/細胞清澄化、精製、薬物/薬物生成物の保管中及び試料分析中に発生し得るペプチド及びタンパク質の一般的な生成物のバリアントである。脱アミド化は、加水分解を受け得るスクシンイミド中間体を形成するタンパク質からのNHの喪失である。スクシンイミド中間体は、親ペプチドの17ダルトンの質量減少をもたらす。その後の加水分解により、18ダルトンの質量が増大する。水性条件下では不安定であるため、スクシンイミド中間体の単離は困難である。そのため、脱アミド化は通常、1ダルトンの質量増大として検出可能である。アスパラギンの脱アミド化は、アスパラギン酸またはイソアスパラギン酸のいずれかをもたらす。脱アミド化の速度に影響を与えるパラメーターとしては、pH、温度、溶媒誘電率、イオン強度、一次配列、局所ポリペプチド高次構造及び三次構造が挙げられる。ペプチド鎖のAsnに隣接するアミノ酸残基は、脱アミド化率に影響する。タンパク質配列のAsnに続くGly及びSerは、脱アミド化に対する感受性を高くする。
特定の実施形態では、本開示の液体製剤は、タンパク質産物の脱アミノ化を防ぐために、pH及び湿度の条件下で保存され得る。
本明細書における目的の水性担体とは、薬学的に許容され(ヒトへの投与について安全かつ非毒性である)、かつ液体製剤の調製に有用なものである。例示的な担体としては、滅菌注射用水(SWFI)、静菌性の注射用水(BWFI)、pH緩衝溶液(例えばリン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水溶液、リンゲル液、またはデキストロース溶液が挙げられる。
細菌の作用を低減するために、防腐剤を本明細書の製剤に任意選択で添加してもよい。防腐剤の添加によって、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の生成が容易になり得る。
静脈内(IV)製剤は、IV経路を介して全ての薬剤を投与された移植後に患者が入院している場合など、特定の場合に好ましい投与経路であり得る。特定の実施形態では、液体製剤は、投与前に0.9%の塩化ナトリウム溶液で希釈される。特定の実施形態では、注射用の希釈された薬物生成物は等張性であり、静脈内注入による投与に適している。
特定の実施形態では、塩または緩衝液成分は、10mM~200mMの量で添加され得る。塩及び/または緩衝液は薬学的に許容され、「塩基形成」金属またはアミンを含むさまざまな公知の酸(無機及び有機)から誘導される。特定の実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液であってもよい。特定の実施形態では、緩衝液は、グリシン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩緩衝液であってもよく、その場合、ナトリウム、カリウムまたはアンモニウムイオンは、対イオンとして役立ち得る。
細菌の作用を低減するために、防腐剤を本明細書の製剤に任意選択で添加してもよい。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の生成を容易にし得る。
本明細書における目的の水性担体とは、薬学的に許容され(ヒトへの投与について安全かつ非毒性である)、かつ液体製剤の調製に有用なものである。例示的な担体としては、滅菌注射用水(SWFI)、静菌性の注射用水(BWFI)、pH緩衝溶液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水溶液、リンゲル液、またはデキストロース溶液が挙げられる。
本開示のタンパク質は、タンパク質及び凍結保護剤を含む凍結乾燥製剤中に存在してもよい。凍結保護剤は、糖、例えば、二糖であってもよい。特定の実施形態では、凍結保護剤は、スクロースであっても、またはマルトースであってもよい。凍結乾燥製剤はまた、緩衝剤、サーファクタント、増量剤及び/または防腐剤のうちの1つ以上を含んでもよい。
凍結乾燥された医薬品の安定化に有用なスクロースまたはマルトースの量は、少なくとも1:2というタンパク質対スクロースまたはマルトースの重量比であり得る。特定の実施形態では、タンパク質対スクロースまたはマルトースの重量比は、1:2~1:5であり得る。
特定の実施形態では、この製剤のpHは、凍結乾燥前に、薬学的に許容される酸及び/または塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態では、この薬学的に許容される酸は塩酸であってもよい。特定の実施形態では、この薬学的に許容される塩基は、水酸化ナトリウムであってもよい。
凍結乾燥の前に、本開示のタンパク質を含む溶液のpHは、6から8の間で調整され得る。特定の実施形態では、凍結乾燥された医薬品のpH範囲は、7~8の間であり得る。
特定の実施形態では、塩または緩衝液成分は、10mM~200mMの量で添加され得る。塩及び/または緩衝液は薬学的に許容され、かつ「塩基形成」金属またはアミンを含むさまざまな公知の酸(無機及び有機)から誘導される。特定の実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液であってもよい。特定の実施形態では、緩衝液は、グリシン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩緩衝液であってもよく、その場合、ナトリウム、カリウムまたはアンモニウムイオンは、対イオンとして役立ち得る。
特定の実施形態では、「増量剤」を添加してもよい。「増量剤」とは、凍結乾燥混合物に質量を加え、かつ凍結乾燥ケーキの物理的構造に寄与する(例えば、開孔構造を維持する本質的に均一な凍結乾燥ケーキの製造を容易にする)化合物である。例示的な増量剤としては、マンニトール、グリシン、ポリエチレングリコール、及びソルビトールが挙げられる。本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の凍結乾燥製剤は、そのような増量剤を含み得る。
細菌の作用を低減するために、防腐剤を本明細書の製剤に任意選択で添加してもよい。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の生成を容易にし得る。
特定の実施形態では、凍結乾燥された医薬品は、水性担体で構成され得る。本明細書における目的の水性担体とは、薬学的に許容され(ヒトへの投与について安全かつ非毒性である)、かつ凍結乾燥後に液体製剤の調製に有用なものである。例示的な希釈剤としては、滅菌注射用水(SWFI)、静菌性の注射用水(BWFI)、pH緩衝溶液(例えばリン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水溶液、リンゲル液、またはデキストロース溶液が挙げられる。
特定の実施形態では、本開示の凍結乾燥医薬品は、注射用滅菌水、USP(SWFI)または0.9%塩化ナトリウム注射、USPのいずれかで再構成される。再構成中に、凍結乾燥粉末は溶液に溶解する。
特定の実施形態では、本開示の凍結乾燥タンパク質生成物は、注射用の約4.5mLの水で構成され、0.9%生理食塩水(塩化ナトリウム溶液)で希釈される。
本出願に記載される多重特異性結合タンパク質の医薬組成物中の活性成分の実際の投薬量レベルは、患者に対して毒性であることなく、特定の患者、組成物、及び投与様式に関して所望の治療的応答を達成するのに有効な活性成分の量を得るように、変化されてもよい。
特定の用量は、各患者に対して均一な用量、例えば、50~5000mgのタンパク質であり得る。あるいは、患者の用量は、患者のおおよその体重または表面積に合わせて調整され得る。適切な投与量を決定する際の他の要因としては、治療または予防される疾患または状態、疾患の重症度、投与経路、ならびに患者の年齢、性別、及び病状が挙げられ得る。治療のための適切な投薬量を決定するために必要な計算のさらなる改良は、特に本明細書に開示される投薬量情報及びアッセイに照らして、当業者によって慣用的に行われる。投与量はまた、適切な用量反応データと併せて使用される投与量を決定するための既知のアッセイを使用することによっても決定され得る。個々の患者の投与量は、疾患の進行をモニターしながら調整し得る。患者の標的化可能な構築物または複合体の血中レベルを測定して、有効濃度に到達または維持するために投与量を調整する必要があるか否かを確認し得る。薬理ゲノミクスを使用して、どの標的可能な構築物及び/または複合体、ならびにその投与量が、所与の個体に最も効果的である可能性が高いかを決定し得る(Schmitz et al.、Clinica Chimica Acta 308:43-53,2001;Steimer et al.、Clinica Chimica Acta308:33-41,2001)。
一般に、体重に基づく投薬量は、体重1kgあたり約0.01μg~約100mg、例えば、約0.01μg~約100mg/kg(体重)、約0.01μg~約50mg/kg(体重)、約0.01μg~約10mg/kg(体重)、約0.01μg~約1mg/kg(体重)、約0.01μg~約100μg/kg(体重)、約0.01μg~約50μg/kg(体重)、約0.01μg~約10μg/kg(体重)、約0.01μg~約1μg/kg(体重)、約0.01μg~約0.1μg/kg(体重)、約0.1μg~約100mg/kg(体重)、約0.1μg~約50mg/kg(体重)、約0.1μg~約10mg/kg(体重)、約0.1μg~約1mg/kg(体重)、約0.1μg~約100μg/kg(体重)、約0.1μg~約10μg/kg(体重)、約0.1μg~約1μg/kg(体重)、約1μg~約100mg/kg(体重)、約1μg~約50mg/kg(体重)、約1μg~約10mg/kg(体重)、約1μg~約1mg/kg(体重)、約1μg~約100μg/kg(体重)、約1μg~約50μg/kg(体重)、約1μg~約10μg/kg(体重)、約10μg~約100mg/kg(体重)、約10μg~約50mg/kg(体重)、約10μg~約10mg/kg(体重)、約10μg~約1mg/kg(体重)、約10μg~約100μg/kg(体重)、約10μg~約50μg/kg(体重)、約50μg~約100mg/kg(体重)、約50μg~約50mg/kg(体重)、約50μg~約10mg/kg(体重)、約50μg~約1mg/kg(体重)、約50μg~約100μg/kg(体重)、約100μg~約100mg/kg(体重)、約100μg~約50mg/kg(体重)、約100μg~約10mg/kg(体重)、約100μg~約1mg/kg(体重)、約1mg~約100mg/kg(体重)、約1mg~約50mg/kg(体重)、約1mg~約10mg/kg(体重)、約10mg~約100mg/kg(体重)、約10mg~約50mg/kg(体重)、約50mg~約100mg/kg(体重)である。
用量は、1日1回以上、毎週、毎月または毎年で与えられても、あるいは2~20年に1回でも与えられてもよい。当業者は、測定された滞留時間及び体液または組織中の標的可能な構築物または複合体の濃度に基づいて、投薬の反復率を容易に推定し得る。本出願に記載の多重特異性結合タンパク質の投与は、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、胸膜内、髄腔内、腔内、カテーテルを通じた灌流によって、または直接的病巣内注射によってであってもよい。これは、1日1回以上、週1回以上、月1回以上、及び年1回以上投与されてもよい。
上記の説明は、本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の複数の態様及び実施形態を提供する。本特許出願は、態様及び実施形態の全ての組み合わせ及び順列を明確に企図する。任意のかつ全ての例、または本明細書の例示的な言語、例えば、「など」または「含む」の使用は、本出願に記載の多重特異性結合タンパク質をよりよく説明することを単に意図し、特に明記されていない限り、本開示の範囲に制限をもたらさない。いかなる本明細書の表現も、なんらかの非請求要素を本出願に記載される多重特異性結合タンパク質の実践に必須であるとして示すと解釈されるべきではない。
以下の例は、単に例示的なものであり、本出願に記載されている多重特異性結合タンパク質の範囲または内容を決して制限することを意図するものではない。
実施例1.選択されたハイブリドーマクローンの上清の特性評価
CLEC12A特異的抗体は、hCLEC12A-His融合タンパク質を用いてBALB/cマウスを免疫することによって生成された。16個のハイブリドーマの上清を、OctetRed384(ForteBio)を使用したBio-layer Interferometry(BLI)結合によってCLEC12A結合について評価した。これらの16のハイブリドーマを、同質遺伝子RMA細胞の細胞表面に発現するヒト及びカニクイザルCLEC12Aへの結合についてさらに分析した;カニクイザルCLEC12Aへの結合は観察されなかった。推定された反応速度論的パラメーターを 表11に示しており、結合トレースを図 18に示す。さらなる研究のために9つのクローンを選択した。これらの9つのクローンがhCLEC12A-His RMA及びCLEC12A発現がん細胞株U937及びPL21に結合する能力を、高分解能表面プラズモン共鳴(SPR)によってさらに分析した。この実験は、Biacore 8K機器を使用して、生理学的温度を模倣するために37℃で実行した。
Figure 2023508942000045
参照mAbと比較したハイブリドーマ融合のビニングは、OctetRed384(ForteBio)を使用してBLIによって実行した。簡単に説明すると、ハイブリドーマの上清を抗マウスIgGキャプチャーセンサーチップに15分間ロードし、PBSFで5分間平衡化した。センサーを200nM hCLEC12A-Hisに浸し、180秒間結合させた後、100nMの参照CLEC12AmAbに浸した。応答単位の増大は、ハイブリドーマが参照mAbと競合しないことを示したが、シグナルの増大がないことは、ハイブリドーマが参照mAbと競合したことを示した。これらの参照抗体のVH及びVL配列を表12に示す。
Figure 2023508942000046
ビニング分析によって、ハイブリドーマの5つ、すなわち12F8.G3、13E01、15A10.G8、20D6.A8、及び23A5.D4から産生された抗体が、hCLEC12A-Hisへの結合について参照抗体と競合しなかったことが実証された。ハイブリドーマの同質遺伝子型ヒトCLEC12A(hCLEC12A)への結合、及びカニクイザルCLEC12A(cCLEC12A)との交差反応性も、CLEC12A及びU937AMLがん細胞株を発現する同質遺伝子型RMA細胞への抗体の結合を測定することによって評価した。
簡単に説明すると、RMA細胞にcCLEC12AまたはhCLEC12Aをコードするレトロウイルスベクターを形質導入した。粗ハイブリドーマ収穫物由来のα-CLEC12AmAbのhCLEC12AまたはcCLEC12A同質遺伝子細胞株への、ならびにCLEC12A+U937(ATCCカタログ番号CRL-1593.2)がん細胞株への結合を、以下のように実施した。96ウェル丸底プレートの1ウェルあたり100,000個のRMA、REH、またはSEM細胞を追加した。細胞をスピンダウンし、ボルテックスによりペレットを穏やかに解離させた。100μLのZombie生/死(ライブ/デッド)色素(PBS+1:2000色素)を1ウェルごとに加え、暗所で室温で20分間インキュベートした。細胞を200μLのFACS緩衝液(PBS+2% FBS))で洗浄した。この洗浄した細胞にハイブリドーマ上清50μLを添加し、その混合物を暗所の氷上で30分間インキュベートした。細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、50μLの抗マウスFc-PE二次試薬(1:200 希釈)を加え、暗所で氷上で20分間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を洗浄し、次いで50μLの4%パラホルムアルデヒドで氷上で15分間固定した。固定した細胞をFACS緩衝液で洗浄し、200μLのFACS緩衝液に再懸濁し、取得の準備ができるまで4℃で保存した。FACS緩衝液に再懸濁した細胞の試料を、HTS(ハイスループットサンプラー)を備えたBD FACSCelestaで実行し、CLEC12A及びU937AMLがん細胞株を発現する同質遺伝子RMA細胞に対する抗体の結合親和性を測定した。
CLEC12Aを発現すると報告されているヒトAML細胞株であるPL21AMLがん細胞(DSMZカタログ番号ACC536)に対するハイブリドーマ上清の結合親和性も測定した。表11に示すように、9つのクローンがhCLEC12Aを発現するがん細胞への結合親和性を示した。cCLEC12Aへの結合は観察されなかった。
実施例2.精製された抗CLEC12Aマウス抗体の分析
この実施例では、精製された抗CLEC12Aマウス抗体の反応速度論的パラメーター及び結合親和性が分析された。実施例1に記載の分析に基づいて、8つのハイブリドーマ(9F11.B7、12F8.G3、16B8.C8、15A10.G8、20D6.A8、9E4.B7、13E1.A4、及び23A5.D4)を、サブクローニング及び配列決定のために選択した。各サブクローンをハイブリドーマ培養物から精製し、hCLEC12A-His及びcCLEC12A-Hisへの結合を、図19に示すようにSPRによって評価した。これらの実験からのデータを図19Aに示す。抗体9E4.B7、9F11.B7、12F8.G3、及び16B8.C8は、hCLEC12Aのみに結合した(図19A);一方、抗体13E1.A4、15A10.G8、20D6.A8、及び23A5.D4は、hCLEC12A及びcCLEC12Aの両方に結合した(図19B)。精製されたマウスサブクローニングmAbに対するhCLEC12A及びcCLEC12Aの反応速度論定数及び結合親和性を表13に示す。
Figure 2023508942000047
CLEC12A発現細胞に結合する8つの精製されたサブクローンmAbの能力を、ヒトCLEC12A陽性PL21がん細胞株を用いたFACS分析によって評価した。図20に示すように、9E4.B7、9F11.B7及び16B8.C8は全てサブナノモルのEC50値でPL21細胞株に結合した;ただし、9E4.B7は組換えhCLEC12A-Hisへの低親和性の不均一結合を示したため、9F11.B7及び16B8.C8のみが組換えタンパク質結合及び細胞結合の両方の基準を満たした(表14)。15A10.G8、13E1.A4、20D6.A8、及び23A5.D4は、SPRアッセイで組換えヒト及びカニクイザル(cyno)CLEC12Aへの結合を示したが、これらのmAbは、がん細胞を認識できず、組換えCLEC12Aと細胞表面発現CLEC12Aとの間の結合エピトープの高次構造の相違を示唆している。示されているように、Merus-CLL1とGenentech-h6E7 mAbの両方がPL21に結合し、新規CLEC12Aハイブリドーマクローンと比較してEC50値が有意に劣っていた。
Figure 2023508942000048
mAbがグリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合するか否かを評価するために、グリコシル化、脱シアル化、及びPNGase処理hCLEC12Aへの、クローン16B8.C8及び9F11.B7の結合をSPRで評価した(図21)。センサーグラム及び表15に示されているように、16B8.C8と9F11.B7の両方が、親和性を失うことなくhCLEC12Aの脱シアル化及び脱グリコシル化バージョンに結合し、このことは、hCLEC12Aとの抗体相互作用が標的のグリコシル化状態の影響を受けないことを示唆している。
Figure 2023508942000049
実施例3.推定配列ライアビリティ分析
16B8.C8及び9F11.B7抗体のCDR(Chothiaで識別)の潜在的な配列ライアビリティを調べた。以下の潜在的なライアビリティを考慮した。M(潜在的な酸化部位);NG、NS及びNT配列モチーフ(潜在的な脱アミド化部位);DG、DS及びDT配列モチーフ(潜在的な異性化部位);DP配列モチーフ(潜在的な化学加水分解の部位)。結果を表16に要約する。
Figure 2023508942000050
これらの抗体のバリアントは、推定上の配列ライアビリティモチーフを除去するように設計された。
実施例4.サブクローンのヒト化
組換えhCLEC12Aタンパク質の動態及び親和性、細胞表面発現hCLEC12Aへの結合、ならびにAMLがん細胞株への結合に関して収集されたデータに基づいて、2つのマウスハイブリドーマサブクローン、すなわち16B8.C8及び9F11.B7をヒト化のために選択した。
16B8.C8抗体をヒト化した。逆突然変異をフレームワーク領域に導入し、scFv-1292~scFv-1309、ならびにscFv-1602及びscFv-2061のVH及びVL配列を有するバリアントを作成した。
9F11.B7抗体をヒト化した。フレームワーク領域に逆突然変異を導入し、バリアントAB0186~AB0196を作成した。
実施例5.CLEC12A TriNKETの選択
最適なTriNKET候補を選択する際に以下の基準を適用し、F3’-1602 TriNKETをリード候補として選択した。
-AMLがん細胞に対するNK活性の強力な増強
-対応するモノクローナル抗体よりも高い効力
-複数のAML細胞株への結合
-組換えhCLEC12Aに対する高い親和性
-ヒトNKG2Dに対する親和性が低い
-カニクイザル(cyno)標的との交差反応性
-良好な開発可能性プロファイル:
-65℃以上のscFvの熱安定性
-8~9の等電点(pI)
-正常に挙動する治療用mAbと同様である、疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)の保持時間。
-ヒトCLEC12Aに対する高い特異性
-クリーンな多重特異性試薬(PSR)プロファイル
-mAbと同様の一時的な発現力価
クローン16B8.C8の18個のヒト化scFvバリアント全てを、A49MI NKG2D Fabアームと組み合わせて、ヒト化F3’CLEC12A TriNKETを作成した。hCLEC12Aに対する18の半精製TriNKETの結合親和性は、スクリーニングのSPRによって評価した。8つのF3’-TriNKETの結合シグナルは、5RU未満であり(このアッセイで実行された予想シグナルの約15%)、したがって、これらのTriNKETは、hCLEC12Aへの非バインダーと見なされた。残りの10個のF3’-TriNKETは、図22及び表17に示されるように、10nM未満の親和性でhCLEC12Aに結合した。しかし、潜在的なN-グリコシル化部位を、H85位にマウスの逆突然変異Nを導入することにより、10個のF3’-TriNKETのうち8個に意図せず導入した。構築物F3’-1295及びF3’-1304(位置H85にAを含む)のみがN-グリコシル化配列のライアビリティを示さなかった;したがって、これら2つの構築物のみを、さらなる特性評価のために繰り越した。
Figure 2023508942000051
F3’-1295及びF3’-1304 TriNKETを、図23に示されるように、hCLEC12A+RMA細胞への同質遺伝子の結合について、及び実施例5または6に記載の方法を用いて試験した。細胞表面に発現されたhCLEC12AへのF3’-1295の結合は、実施例1に上記したMerus抗体由来のhcFAE-A49.CLL1-Merus対照TriNKETに匹敵し、一方、細胞表面発現hCLEC12AへのF3’-1304の結合は、hcFAE-A49.CLL1-Merus対照の多重特異性結合タンパク質と比較して劣っていた。
F3’-1295の効力は、図24に示すように、HL-60AML細胞を用いた一次NK細胞媒介細胞毒性アッセイで、及び実施例8に記載の方法を使用して、評価した。F3’-1295は、HL60 AML細胞の強力な溶解を誘導した。細胞殺滅EC50は同様であり、細胞溶解の最大パーセンテージは対照hcFAE-A49.CLL1-Merus TriNKETよりも高かった(表18)。
Figure 2023508942000052
F3’-1295の熱安定性は、示差走査熱量測定(DSC)によって評価した。DSCを実行するために、簡単に言えば、TriNKETを、PBSで0.5mg/mLに希釈した。325μLを、適合する緩衝液ブランクとともに96ウェルディープウェルプレートに添加した。サーモグラムは、MicroCal PEAQ DSC(Malvern、PA)を使用して生成した。温度は90℃/時間で、20~100℃に上昇した。生のサーモグラムをバックグラウンドで差し引き、ベースラインモデルをスプライン処理し、非二状態(non-two state)モデルを使用してデータを適合した。
F3’-1295の最初の遷移の溶融温度(Tm1)は、60.9℃であり、第1のTriNKET遷移のTに対する65℃以上という事前定義された基準より4℃低かった。ヒト化の過程で、ヒトのフレームワークへのマウス残基の導入(逆突然変異)が熱安定性に影響を及ぼした可能性がある。したがって、逆突然変異をヒト残基に戻すことにより、F3’-1295の熱安定性が改善する可能性がある。したがって、表19に示すように、10個のF3’バリアントの熱安定性は、N-グリコシル化配列のライアビリティの有無に関係なく、DSCによって評価された。F3’-1297及びF3’-1306TriNKETの(scFvのドメインに起因する)第一遷移Tは、他のF3’TriNKETより有意に高かった(66.5℃~67.5℃)。さらに、これら2つの分子のTオンセットは、試験した他のF3’TriNKETと比較して有意に優れていた。これら2つのF3’-TriNKETの間の唯一の相違は、scFvの方向である。F3’-1297(VH-VL方向)及びF3’-1306(VL-VH方向)。
位置(L43)のヒト残基が熱安定性の増大の原因であるか否かを判断するために、F3’-1306及びF3’-1297の両方で、マウス残基I(L43)を元のヒトフレームワーク残基A(L43)に戻した。さらに、F3’-1295の位置L43にあるマウスIleをヒトAlaに置き換え、次いで組換えにより作製した。F3’-1295から派生した新しい第2世代のヒト化TriNKETは、F3’-1602またはF3’-1602 TriNKETと名付けた。
Figure 2023508942000053
F3’-1295及び第2世代F3’-1602 TriNKETの熱安定性は、PBS中でのDSCによって評価した(図25)。最初の遷移のTに基づいて、F3’-1602のscFvは表20に示される、F3’-1295と比較して7.5℃で熱安定化された。この安定化は、Ile/Ala変異に起因する。したがって、F3’-1602は、65℃以上でTm1カットオフを満たした。
Figure 2023508942000054
I(L43)A置換がhCLEC12Aに対するTriNKET親和性に影響を及ぼしたか否かを理解するために、hCLEC12AのF3’-1295及びF3’-1602への結合を、37℃でSPR(Biacore)によって(図26)、及び実施例1に記載の方法を使用して決定した。反応速度論的定数及び平衡結合親和性を表21に列挙する。両方のTriNKETとも非常に似たオフレートを有するが、F3’-1602は、その速いオンレートに起因して約2倍低いKを示す。したがって、I(L43)置換がKに影響を与えた。
Figure 2023508942000055
F3’-1295及びF3’-1602は、親のBa/F3細胞と比較して、ヒトCLEC12Aを発現する同質遺伝子Ba/F3細胞に結合する能力について(図27Aに示されるように、及び表22に列挙されるデータ)、実施例5または6に記載の方法を使用して試験した。F3’-1602は、F3’-1295と比較して、hCLEC12A+Ba/F3に対して、約2分の1のEC50値で結合し得、ただし最大結合MFIは同様であった。CLEC12Aの発現を欠く親Ba/F3細胞への結合がF3’-1295またはF3’-1602のいずれかによって検出され(図27B)、hCLEC12AへのTriNKET結合の高い特異性が示唆されている。
Figure 2023508942000056
F3’-1295及びF3’-1602は、HL60(図27C)及びPL21(図27D)AMLがん細胞株に結合するそれらの能力について、実施例5または6に記載の方法を使用してさらに試験された。表23に示すように、F3’-1602は、F3’-1295と比較して低いEC50値で、両方の細胞株に結合し得、最大結合MFIは類似していた。
F3’-1295及びF3’-1602 TriNKETの効力は、KHYG-1-CD16aVを介した細胞毒性アッセイで評価された。その結果を図28に示す。F3’-1602及びF3’-1295の両方がPL21(図28A)及びHL60(図28B) AMLがん細胞の強力な溶解を誘導し、両方とも表23に示すように同様のEC50及び最大溶解%を示す。
Figure 2023508942000057
F3’-1295及びF3’-1602 TriNKETの疎水性特性は、分析疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)によって評価され、その結果が 表24に示されている。トラスツズマブ(Roche)は、治療用抗体の代表的な対照として使用された。両方のTriNKETの保持時間(RT)は、トラスツズマブのRTと同様であり、両方のTriNKETの予測される凝集傾向が低いことを示唆している。
Figure 2023508942000058
F3’-1295(図29A)及びF3’-1602(図29B)の実験的等電点(pI)は、実施例15に記載されるように、キャピラリー等電点電気泳動(cIEF)によって評価された。両方の構築物はほぼ同一のpIを示した。F3’-1295の主要なピークのpIは8.73であり、F3’-1602の主要なピークのpIは8.81である(表25)。
Figure 2023508942000059
タンパク質治療薬を開発する際には、薬物のオフターゲット効果を評価する必要がある。フローサイトメトリーベースの多重特異性試薬(PSR)アッセイにより、非特異的に結合する可能性が高い抗体の測定が可能になる。F3’-1295及びF3’-1602を、実施例12に記載の方法を使用して、PSRアッセイにおいて界面活性剤可溶化CHO細胞膜タンパク質の調製物への非特異的結合について試験した。ヒト化F3’-1602及びF3’-1295の両方とも、PSRに結合せず(右へのシグナルシフトなし)、図30に示されるように、PSR対照トラスツズマブと非常に類似したプロファイルを示し、TriNKETの高い特異性を示唆している。このアッセイでは、リツキシマブを陽性対照として使用した。F3’-1602を、記載されている追加のTriNKETとさらに比較するために選択した。
異なるTriNKETフォーマットの効果を、有効性の変化について実験的に試験した。CLEC12A TriNKETをF3フォーマットで取得するために、ヒト化16B8.C8は、F3’-1602で使用されたものと同じヒト化バリアントを使用して、鎖VH-CH1-Fc及びVL-CLに変換されたが、NKG2D A49M-ImAbはVH-VL-Fcに変換された。このタンパク質は、AB0010またはF3-1602と呼ばれた。
AB0010(F3 TriNKETフォーマット)及びF3’-1602(F3’TriNKETフォーマット)に対するヒトCLEC12A-Hisの結合親和性を、37℃でSPR(Biacore)によって評価した。反応速度論的定数及び平衡結合親和性を、表26に示し、生のデータ及び適合を図31に示す。Kによって証明されるように、両方の構築物の全体的な結合親和性は2倍以内の差であり、AB0010はF3’-1602と比較してCLEC12Aとわずかに強い複合体を形成した。
Figure 2023508942000060
異なるフォーマットのTriNKET、F3’-1602(F3’)及びAB0010(F3)を、ヒトCLEC12Aを発現するBa/F3細胞(図32A)及びAMLがん細胞株(図32B)に結合する能力について試験した。F3’-1602のEC50値は、HL-60細胞ではAB0010よりも優れており、約2分の1に減少した(表27)。AB0010もF3’-1602も親Ba/F3 細胞への結合を示さず、CLEC12Aへの結合の高い特異性を示している(図32C)。
Figure 2023508942000061
AB0010及びF3’-1602 TriNKETの効力は、図33Aに示す、KHYG-1-CD16aVを介した細胞毒性アッセイで評価された。F3’-1602は、HL60及びPL21 AMLがん細胞の溶解を誘導し、EC50値はAB0010より2倍優れていた(表28)。F3(AB0010)及びF3’(F3’-1602)TriNKETの両方とも、対応するヒト化親mAb(AB0037-001)よりも優れていることを示した。
Figure 2023508942000062
AB0010及びF3’-1602 TriNKETの効力は、ヒト初代NK細胞を介した細胞毒性アッセイで評価された(図33B)。F3’-1602(F3’フォーマット)は、AB0010(F3フォーマット)よりも2倍低いEC50値でPL21 AMLがん細胞の溶解を誘導した(表29)。
Figure 2023508942000063
KHYG-1を介した細胞毒性アッセイと初代NK細胞を介した細胞毒性アッセイの両方で、F3’-1602(F3’フォーマット)がAB0010(F3フォーマット)よりも約2倍優れたEC50を示したのに対し、全体的な最大殺滅率は影響を受けなかったことが観察された。加速安定性及び強制分解の研究では、AB0010はF3’-1602(F3’-1602)と比較して構造的に安定していなかった(実施例16を参照のこと)。したがって、F3’フォーマット(F3’-1602)のCLEC12A TriNKETを選択し、さらなる研究を進めた。
9F11.B7 TriNKETを生成するために、9F11.B7の12個のscFvバリアント全てをA49M-I NKG2D Fabアームと組み合わせて、ヒト化F3’TriNKETを作成した。hCLEC12Aに対する10個の半精製(タンパク質A)TriNKETの親和性は、表30に示すスクリーニングモードでSPRによって評価された。3つの(AB0190、AB0193、及びAB0196)9F11.B7ベースのF3’-TriNKETは、不均一な結合を示し、信頼性の高い1:1の反応速度論的モデルには適合し得ない。残りの7つのTriNKETの結合反応速度論は、キメラ親マウス9F11.B7 mAbと同様であり、ヒト化もFabからscFvへの変換もhCLEC12Aへの親和性に影響を与えなかったことを示唆している。
Figure 2023508942000064
図34A及び図34Bに示される、hCLEC12A+Ba/F3及びHL60 AMLがん細胞株に対する9つの完全に精製されたヒト化9F11.B7 TriNKETの結合を、FACSによって試験した。AB0190、AB0193、及びAB0196は、両方の細胞株で劣った結合EC50値を示し(表31)、これは、表30で説明されているSPRの挙動不良と相関している。残りの6つのクローンのEC50値は類似しており、SPRデータとの相関を示している。
Figure 2023508942000065
9F11.B7ベースのTriNKETの効力は、KHYG-1-CD16aV細胞媒介性細胞傷害アッセイで評価された(図35及び表32)。AB0190、AB0193、及びAB0196は最小限の活性を表した。AB0189及びAB0192は、他のTriNKET候補の中で最も高い効力を示した。AB0192 TriNKETは、9F11.B7のヒト化の労力によってリードTriNKETとして登場した。
Figure 2023508942000066
AB0192の効力は、F3’-1602と比較して、KHYG-1-CD16aV細胞媒介性細胞傷害アッセイにおいて評価された(図36A)。F3’-1602は、EC50(それぞれ0.4nM及び1.3nM)及び最大HL-60細胞溶解率(それぞれ、41%及び22%)の両方でAB0192を超える有効性の改善を示した。
AB0192及びF3’-1602 TriNKETの効力は、ヒト初代NK細胞を介した細胞毒性アッセイでさらに評価した(図36B)。F3’-1602及びAB0192は、同様のEC50及び最大細胞殺滅%でHL60 AMLの溶解を誘発した(表33)。
AB0192は、TriNKETのプレ開発可能性基準を満たす:hCLEC12Aに対する高い親和性、効率的なAML細胞に対する結合、初代NK細胞媒介細胞毒性アッセイにおけるAML細胞殺滅の高い効力、高い熱安定性、Tm1が65℃以上、低い疎水性、8.0<PI<9.0、モノクローナル抗体と同様の一過性トランスフェクションにおける発現レベル、クリーンなPSR(表33)。
F3’-1602は、AB0192と比較して、より優れた効力、より高いヒトらしさ、及びより少ない潜在的な配列ライアビリティを示した。F3’-1602の構造安定性は、実施例15に記載されている加速安定性及び強制分解研究の広範なパネルで確認された 。したがって、F3’-1602がさらなる開発のために選択された。
Figure 2023508942000067
F3’-1602及びそれに対応するヒト化mAb(h16B8.C8)は、初代NK細胞を介した細胞毒性による細胞殺滅について評価された。F3’-1602は、PL21(図37A)及びTHP-1(図37B)AMLがん細胞株の強力な殺滅を示したが、対応するモノクローナル抗体は効力を著しく低下させた(表34)。
Figure 2023508942000068
実施例6.細胞発現ヒトがん抗原へのTriNKET結合の評価
hCLEC12Aを発現する同質遺伝子Ba/F3細胞、及びヒトCLEC12Aを発現するヒトがん細胞株HL60及びPL21を使用して、CLEC12Aを標的とするTriNKET及びmAbの腫瘍抗原結合を評価した。
AB0089は、親mAbAB0305と同じ結合ドメインに由来するF3’TriNKETである。AB0192は、親mAbAB0192と同じ結合ドメインに由来するF3’TriNKETである。AB0237はF3’TriNKETであり、本明細書ではhF3’-1602またはF3’-1602 TriNKETとも呼ばれ、scFv-1602に由来する。AB0300(F3’-1602siまたはAB0237siとも呼ばれる)も、AB0237と同じ配列のF3’TriNKETであるが、CH2ドメインに変異があり、Fc-γ受容体の結合を排除する。F3’TriNKETは一般に、親mAbと比較して弱い結合を示した。
NKG2Dに結合する抗原結合部位及びFcのエフェクター機能がAB0237の細胞毒性に寄与するか否かを評価するために、2つのTriNKETバリアントを構築した。第1のバリアントには、NKG2Dに結合するA49抗原結合部位の軽鎖可変ドメインに変異が含まれている。結果として、このバリアントはヒトNKG2Dに結合しない。変異軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列は、DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASNSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYEASSTKSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYDDLPTFGGGTKVEIK(配列番号282)である。この第1のバリアントのアミノ酸配列は、それ以外はAB0237のアミノ酸配列と同一である。第2のバリアントには、Fcドメインに変異が含まれている。具体的には、Fcドメインの各ポリペプチド鎖には、FcのFcγ受容体への結合を低減させることが報告されたL234A/L235A/P329G置換(EU番号付けシステムの下で番号付け)を含む。この第2のバリアントのアミノ酸配列は、それ以外はAB0237のアミノ酸配列と同一である。F3’-パリビズマブには、F3’-1602と同じNKG2D及びCD16バインダー配列と、試験した2つのがん細胞株のいずれにも発現していない無関係な標的に結合するscFvが含まれている。EC50値を表35に示す。
Figure 2023508942000069
次に、この細胞をフルオロフォアコンジュゲート抗ヒトIgG二次抗体とともにインキュベートし、フローサイトメトリーによって分析した。平均蛍光強度(MFI)値は、二次抗体のみの対照に対して正規化して、バックグラウンドに対する倍数(FOB)値を得た。
AB0237は、試験された2つのAML細胞株、すなわち、HL60(図38A)及びPL21(図38B)への高親和性結合を示す。HL60のEC50は2.2nMで、PL21のEC50は1.2nMであった。
3つのバインダーのうち2つについて、F3’TriNKETは、その親のmAbと比較して標的細胞への負荷が高いことを示した。AB0237、AB0300、及びAB0237 NKG2Dデッドアームの変異バリアントは、Ba/F3-hCLEC12A(図39A)、HL-60(図39B)、及びPL-21(図39C)に対してそれらの親のTriNKET AB0237と同様の結合を示した。
実施例7.細胞発現ヒトがん抗原に対するTriNKET表面保持の評価
ヒトCLEC12Aを発現するヒトがん細胞株HL60及びPL21を使用して、細胞とのインキュベーション後のCLEC12A-TriNKETの表面保持を評価した。複製プレート内のPL21またはHL60細胞を、示されているようにTriNKETまたはmAbとともにインキュベートした。第1のプレートを37℃に2時間移動し、第2のプレートを氷上で20分間インキュベートした。それぞれのインキュベーション時間の後、細胞を洗浄した。表面結合TriNKETまたはmAbは、フローサイトメトリー用の蛍光二次抗体を使用して検出された。
表面保持は次のように計算された。
% 表面保持=(試料MFI 2時間/試料 MFI 20分)) 100%
図40A及び図40Bは、CLEC12A+細胞株、PL21及びHL60にそれぞれ結合したTriNKETの細胞表面保持を示している。一価結合TriNKET、AB0089、AB0147、AB0192、及びAB0237は、PL21及びHL60細胞株の両方で2時間で高い表面保持を示した。PL21及びHL60の両方で、二価結合mAb AB0037は、TriNKETと比較して2時間で低い表面保持を示した。
実施例8.ヒトNK細胞細胞毒性アッセイ
標的細胞の溶解は、DELFIA細胞毒性アッセイによって測定された。簡潔に述べると、CLEC12Aを発現するヒトがん細胞株を、培養物から回収し、HBSで洗浄し、そして増殖培地中で、10/mLで、BATDA試薬(Perkin Elmer AD0116)で標識するために再懸濁した。標的細胞の標識については、製造業者の指示に従った。標識後、細胞をHBSで3回洗浄し、そして0.5-1.0x10/mLで培地中で再懸濁した。100μlのBATDA標識細胞を96ウェルプレートの各ウェルに添加した。CLEC12Aに対するモノクローナル抗体またはTriNKETを培養培地中で希釈し、50μlの希釈mAbまたはTriNKETを各ウェルに添加した。
NK細胞を調製するために、密度勾配遠心分離を使用してヒト末梢血バフィーコートからPBMCを単離し、洗浄し、そしてNK細胞単離のために調製した。NK細胞は、磁気ビーズを用いたネガティブセレクション技術を使用して単離した。単離されたNK細胞の純度は、通常CD3-CD56+が90%超であった。単離されたNK細胞を一晩休ませ、培養物から回収した。次いで、細胞を洗浄して、培養培地中で10-2.0x10/mLの濃度で、5:1というエフェクター対標的(E:T) 比率に再懸濁した。50μlのNK細胞をプレートの各ウェルに加え、合計200μlの培養容積にした。このプレートを、5%のCOを用いて37℃で2~3時間インキュベートした。
インキュベーション後、プレートをインキュベーターから取り出し、200xgで5分間の遠心分離により細胞をペレット化した。20μlの培養上清を、清浄なマイクロプレートに移し、200μlの室温ユーロピウム溶液(Perkin Elmer C135-100)を各ウェルに加えた。そのプレートは光から保護し、プレートシェーカー上で250rpmで15分間インキュベートした後、SpectraMaxi3X機器を使用して読み取った。
ユーロピウムと蛍光キレートを形成し得る物質の自発的放出を、NK細胞の非存在下でインキュベートした標的細胞で測定した。そのような物質の最大放出は、1% Triton(登録商標)-Xで溶解された標的細胞で測定された。特異的溶解%は以下のように計算された:
特異的溶解%=((実験的放出-自発的放出) /
(最大放出-自発的放出)) 100%。
図41A及び図41Bは、それぞれ休止状態のヒトNK細胞によるPL21及びHL60標的細胞のCLEC12A-TriNKETを介した殺滅を示している。AB0037 CLEC12Aを標的としたモノクローナル抗体は、PL21及びHL60標的細胞のNK細胞を介した溶解の増強をほとんど示さなかった。3つ全てのCLEC12A標的TriNKET(AB0237、AB0192、及びAB0089)は、CLEC12A標的モノクローナル抗体と比較して標的細胞の優れた溶解を示した。EC50値は表36に示す。
Figure 2023508942000070
細胞毒性の所見を確認するために、第2のNK細胞株であるKHYG-1-CD16aVを操作してCD16aV及びNKG2Dを安定して発現させ、上記のようにアッセイを行った。PL21の細胞毒性を 図42Aに示す;HL60の細胞毒性を図42Bに示す。EC50値と最大溶解値は、4つのパラメーターのロジスティック非線形回帰曲線適合モデルを使用して、GraphPad Prismソフトウェアによって細胞溶解曲線から導き出された(表37)。F3’-1602は、KHYG-1CD16Aを介した細胞毒性アッセイで、サブナノモルのEC50及び高効率の最大溶解を示す。
Figure 2023508942000071
実施例9.初代ヒトCD8+T細胞細胞傷害性アッセイ
標的細胞の溶解は、CD8+T細胞を免疫エフェクター細胞として使用したことを除いて、実施例8に記載されているようにDELFIA細胞傷害性アッセイによって測定した。CD8+T細胞は次のように調製した。Lymphoprep及びSepMate50を使用した密度勾配遠心分離を、製造業者の指示に従って使用して、ヒト末梢血バフィーコートからヒトPBMCを単離した。単離されたPBMCは、1μg/mLのConA(IL-2培養サプリメント)で培養培地中で37℃で18時間刺激した。次に、ConAを除去し、PBMCを25単位/mL IL-2で37℃で4日間で培養した。CD8+T細胞は、磁気ビーズを用いたネガティブセレクション技術(EasySep(商標)ヒトCD8+T 細胞単離キット)を使用して、製造業者の指示に従って精製した。CD8+T細胞を、10ng/mLのIL-15を含む培地中で37℃で6~13日間、培養した後、細胞溶解アッセイで使用した。
図43に示すように、AB0237 TriNKETは、親のAB0037 mAbではなく、CD8T細胞が標的細胞を溶解する能力を有意に増強した。AB0237 TriNKETは、CD8+T細胞を介した細胞溶解を用量依存的に増大させた。
NKG2Dに結合する抗原結合部位及びFcのエフェクター機能がAB0237 TriNKETの細胞毒性に寄与するか否かを評価するために、TriNKETバリアントを構築した。このバリアントには、NKG2Dに結合するA49抗原結合部位の軽鎖可変ドメインに変異が含まれている。結果として、このバリアントはヒトNKG2Dに結合しない。変異軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列は、DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASNSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYEASSTKSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYDDLPTFGGGTKVEIK(配列番号282)である。この第1のバリアントのアミノ酸配列は、それ以外はAB0237 TriNKETのアミノ酸配列と同一である。
標的細胞のNK細胞媒介性溶解を誘導するバリアントの能力は、上記のDELFIA細胞毒性アッセイを使用して評価された。図43に示すように、NKG2D標的化ドメインの変異は細胞毒性を有意に低下させた。この結果は、NKG2Dへの結合及びFcγ受容体への結合の両方が、AB0237 TriNKETの細胞毒性活性に寄与していることを示唆した。
実施例10.ヒト全血へのTriNKETまたはmAb結合の評価
異なるタイプの血球に結合するAB0237及びmAbAB0037の能力を評価した。簡単に説明すると、ヒト全血をAB0237(灰色)、mAb AB0037(白色)、またはヒトIgG1アイソタイプ対照抗体(黒色)とともにインキュベートした。血球をフローサイトメトリー及びAB0237の結合によって分析し、mAb AB0037、またはアイソタイプ対照抗体を、フルオロフォアコンジュゲート抗ヒトIgG二次抗体を使用して、検出した。
図44に示すように、AB0237及びその親mAb AB0037について、全血中の単球、顆粒球、及び樹状細胞の割合に対して染色を観察した。
実施例11.F3’-1602 TriNKETのFc受容体への結合:ラベルのない表面プラズモン共鳴の特性評価
組換えヒト及びカニクイザルFcγ受容体に対する F3’-1602 TriNKETの結合親和性を決定し、IgG1アイソタイプ対照であるトラスツズマブの結合親和性を比較した。pH6.0及びpH7.4でのヒト及びカニクイザル(cyno)FcRnに対するF3’-1602 TriNKETの結合親和性も決定された。
FcγR結合
ヒト及びカニクイザルCD64、CD16aの高親和性対立遺伝子及び低親和性対立遺伝子(それぞれV158及びF158)、CD32aの2つの対立遺伝子(H131及びR131)、CD16b、CD32b及びカニクイザルCD16は、製造業者の指示によって調製した、プライミングされたBiacoreチップ上でビオチンを介してキャプチャーされた。高い開始濃度のF3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブを必要とするFcγR結合実験の前に、試料を、0.5mL濃縮ユニットを使用した3回の連続希釈及び濃縮サイクルによって1xHBS-EP+SPR泳動緩衝液に緩衝液交換し、高濃度のタンパク質を維持しながら、元の緩衝液成分を300倍を超えて希釈した。タンパク質濃度は、試料の適切な理論モル吸光係数(F3’-1602 TriNKETの場合は198405M-1cm-1 、及びトラスツズマブの場合は標準IgG設定)を使用して、NanoDrop装置でA280の吸光度で測定した。
各FcγR結合実験は、2倍段階希釈されたF3’-1602 TriNKETまたはトラスツズマブを利用した複数のサイクルで実施した。シグナルなしの参照として、各濃度シリーズの開始時の0nMブランクサイクル及び受容体のないチップ表面を使用した。各実験サイクルには、会合、解離、及び再生のステップが含まれていた。全てのステップは30μL/分の流量で、及び25℃で実行した。分析対象物(F3’-1602 TriNKETまたはトラスツズマブ)濃度、会合及び解離時間、ならびに再生パラメーターはFcγR特異的であった(表38)。
Figure 2023508942000072
F3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブ結合組換えヒトCD64を表す生のセンサーグラムの形状により、データは1:1の反応速度論的適合モデルと適合可能になった。1:1 の反応速度論的適合を表す黒いトレースは、図45にカラーで示されている実際のセンサーグラムに厳密に従う。
Biacoreインサイトの評価ソフトウェアによって計算したχエラー値は、優れた適合を表す、算出されたRmaxの1.9%以下であった。表39は、F3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブの運動速度及びヒトCD64親和性値をまとめたものである。
Figure 2023508942000073
F3’-1602 TriNKETのCD32aH131への結合は、上記のように決定され、図46に示されている。このデータは定常状態の親和性適合モデルに適合した。親和性値は表40にまとめられている。
Figure 2023508942000074
ヒトCD32A R131対立遺伝子(FCγRIIaR131)へのF3’-1602 TriNKETの結合は、上述のように決定され、図47に示される。このデータは定常状態の親和性適合モデルに適合した;親和性値は表41にまとめられている。
Figure 2023508942000075
ヒトCD16A高親和性対立遺伝子V158(FCγRIIIa V158)に対するF3’-1602 TriNKETの結合を、上記にように決定して、図48に示す。このデータは、1:1の反応速度論的適合モデルに適合された;反応速度論的パラメーター及び親和性値を 表42に要約する。両方の対立遺伝子に対するF3’-1602 TriNKETの親和性は、同じ受容体に対するトラスツズマブの親和性に匹敵する(3倍以下の相違)。
Figure 2023508942000076
ヒトCD16A低親和性対立遺伝子F158(FCγRIIIa F158)に対するF3’-1602 TriNKETの結合を、上記にように決定して、図49に示す。データは定常状態の親和性適合モデルに適合した;親和性値は表43にまとめられている。
Figure 2023508942000077
ヒトCD32b(FCγRIIB)へのF3’-1602 TriNKETの結合を、上記のように測定し、図50に示す。データは定常状態の親和性適合モデルに適合した;親和性値は表44にまとめられている。
Figure 2023508942000078
ヒトCD16b(FCγRIIIB)へのF3’-1602 TriNKETの結合を、上記のように測定し、図51に示す。データは定常状態の親和性適合モデルに適合した。親和性値は表45にまとめられている。
Figure 2023508942000079
F3’-1602 TriNKETのカニクイザル(cyno)CD16への結合を、上記のように測定し、図52に示す。データは定常状態の親和性適合モデルに適合させた;親和性値は表46にまとめられている。
Figure 2023508942000080
F3’-1602 TriNKETのヒトFcRnへの結合は、上記のようにpH6.0で測定され、図53に示されている。このデータは定常状態の親和性適合モデルに適合された。親和性値は表47にまとめられている。
Figure 2023508942000081
F3’-1602 TriNKETのカニクイザル(cyno)FcRnへの結合は、上記のようにpH6.0で測定され、図54に示されている。このデータは定常状態の親和性適合モデルに適合した。親和性値は表48にまとめられている。
Figure 2023508942000082
F3’-1602 TriNKETのヒト及びカニクイザル(cyno)のFcRnへの結合は、上記のようにpH7.4で測定した。定量可能な結合は観察されなかった。
F3’-1602 TriNKET及びIgG1アイソタイプ対照トラスツズマブは、生理学的に意味のある差異は示しておらず(3倍の差よりも小さい)、試験したヒト及びカニクイザルのCD64(FCγRI)、CD16(FCγRIII)組換えレセプターに対するそれらの結合に匹敵する(表49)。F3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブは、それらのヒトCD32(FCγRII)受容体への結合に類似している(1.2倍の差よりも小さい)(表49)。F3’-1602 TriNKETは、pH6.0でのヒト及びカニクイザルFcRnに対する親和性においてトラスツズマブに類似している。F3’-1602 TriNKET及びトラスツズマブは、pH7.4で試験した濃度で検出可能な結合を示さなかった(表50)。
Figure 2023508942000083
Figure 2023508942000084
FcRn結合
組換えのヒトまたはカニクイザル(cyno)FcRnは、169~216RUの密度でアミンカップリングを介して直接固定された。F3’-1602 TriNKET及びIgG1アッセイ対照としての市販のトラスツズマブを、SPR結合実験前、上記のようにMBS-EP+,pH6.0に緩衝液交換した。各FcRn結合実験は、さまざまな濃度の分析対象物を利用する複数のサイクルで構成されていた。2倍希釈系列(12μM-0.023μM)のF3’-1602TriNKET及びトラスツズマブを用いた。シグナルなし、陰性対照として、各濃度シリーズの開始時に0nMのブランクサイクルを配置し、FcRnを欠くブランクアミンカップリング修飾チップ表面を使用した。各実験サイクルには、会合、解離、及び再生のステップが含まれていた。この会合ステップは、60秒の分析対象物の注入で構成され、その後に60秒の解離ステップが続いた。表面再生(HBS-EP+緩衝液、pH7.4の60秒注入)は、各反応速度論サイクルを完了した。全てのステップは30μL/分の流速及び25℃で実行された。MBS-EP+緩衝液、pH6.0を、泳動緩衝液として使用した。このデータは、Biacore Insight評価ソフトウェアを使用して定常状態のアフィニティモデルに適合させた。算出したRmaxに関連するカイ(ソフトウェアによって計算)を使用して、適合度を評価した。
実施例12.F3’-1602 TriNKETの分子フォーマット及びデザイン、構造、親和性、効力、特異性、交差反応性分析
表面プラズモン共鳴(SPR)
組換えヒトCLEC12A(hCLEC12A)またはカニクイザル(cyno)CLEC12A(cCLEC12A)に対するF3’-1602 TriNKETの結合親和性は、37℃の生理学的温度でBiacore 8K機器を使用してSPRによって測定された。簡単に説明すると、ヒトFc特異的抗体を、CM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に約8000~10000レゾナンスユニット(RU)の密度で共有結合的に固定して、抗hFc IgGチップを作成した。F3’-1602 TriNKET試料を抗hFc IgGチップに10μL/分の流速で60秒間注入して、約250RUのキャプチャーレベルを達成した。hCLEC12A-HisまたはcCLEC12A-Hisを泳動緩衝液で3倍希釈で段階希釈(100nM~0.14nM)し、30μl/分の流速で、キャプチャーされた試験物質の上に注入された。会合を300秒間モニターし、解離は900秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl(pH 1.7)の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生した。
反応速度論的定数及び平衡結合親和性を 表51に示しており、生のデータ及び適合を図55に示す。この分子はCLEC12Aに強く結合し、NKG2D及びCD16aには弱く結合する。F3’-1602 TriNKETとヒトCLEC12Aとの間の複合体は、遅い速度の解離定数4.94±0.09x10-4-1から明らかなように強力である。F3’-1602 TriNKETの平衡結合親和性Kは0.59±0.01nMであった。
Figure 2023508942000085
さらに、多型バリアントCLEC12A-K244Qは人口の約30%に蔓延している。F3’-1602 TriNKETのCLEC12A-K244Qへの結合を、SPRによって調べ、野生型CLEC12Aとのその親和性を比較した。表52に示すように、CLEC12Aの野生型及びK244Qバリアントに対するF3’-1602 TriNKETの結合の反応速度論は類似している。
Figure 2023508942000086
組換えヒトNKG2Dに対するF3’-1602 TriNKETの結合親和性は、37℃の生理学的温度でBiacore 8K機器を使用したSPRによって測定された。簡単に説明すると、マウス(mFc)特異的抗体を、CM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に約8000~10000RUの密度で共有結合で固定化し、抗mFcIgGチップを作成した。mFcタグ付きヒトNKG2Dを、60秒間、10μL/分の流速で抗mFcIgGチップにキャプチャーして、約35RUのキャプチャーレベルを達成した。F3’-1602 TriNKETを、泳動緩衝液に緩衝液交換し、1×HBS-EP+を用いる2倍希釈で段階希釈(5000nM~9.78nM)した。F3’-1602 TriNKETは、キャプチャーされた試験物質の上に30μl/分の流量で注入した。会合を60秒間モニターし、解離は60秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl(pH 1.7)の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生した。
図56は、ヒトNKG2Dに対するF3’-1602 TriNKET結合センサーグラムを示している。平衡親和性データを取得するために、定常状態の親和性適合及び反応速度論的適合という2つの異なる適合を利用した。反応速度論定数及び平衡親和性定数を表54に示す。解離速度定数は(1.30±0.03)x10-1-1であった。反応速度論的適合及び定常状態親和性適合によって得られた平衡親和性定数(K)は、それぞれ、721±21nM及び727±22nMであった。
Figure 2023508942000087
F3’-1602 TriNKETとカニクイザル(cyno)NKG2Dとの交差反応性は、実施例5または6に記載されているようにSPRによってさらに調査された。F3’-1602 TriNKETは、SPR(Biacore)によって組換えカニクイザル(cyno)NKG2D(cNKG2D)細胞外ドメイン(ECD)への結合について37℃で試験された(図57)。NKG2Dは本質的に二量体であるため、この実験には組換えmFcタグ付きカニクイザル(cyno)NKG2D二量体を使用した。結合親和性を、表55に示す。結合親和性は、反応速度論的適合(K 839±67nM)及び定常適合(K 828±88nM)から得て、hCLEC12Aで観察された結合親和性と同様であった(反応速度論的適合で得られたK721±21nM)。
Figure 2023508942000088
CLEC12A及びNKG2Dの同時係合
F3’-1602 TriNKETは、0.1mg/mL BSAを含む1xHBS-EP+緩衝液で希釈し、CM5チップの抗ヒトFc表面に流速5μL/分で60秒間キャプチャーして、150~250RUのキャプチャーレベルを達成した。ベースラインシグナルと、キャプチャーされたF3’-1602の量を表すF3’-1602 TriNKET注入の完了後のシグナルとの間の正味の差を記録した。hCLEC12A-His(100nM)またはmFc- hNKG2D(7μM)を、キャプチャーしたF3’-1602 TriNKETに、飽和状態に達するまで90秒間、30μL/分で注入した。この注入の直後に、hCLEC12A-His(100nM)とmFc-hNKG2D(7μM)のプレインキュベートした混合物を30μL/分の流速で90秒間注入し、Biacore 8K制御ソフトウェアのA-B-Aインジェクションコマンドを使用した(最初の標的の全ての結合部位が確実に占有されるように、第2の標的を第1の標的と事前に混合した)。チップは、100μL/分で10mMグリシン(pH 1.7)の2つの20秒パルスによって再生した。この実験は、生理学的温度を模倣するために37℃で実施した。他の標的ですでに飽和している(2番目に注入された)キャプチャーされたF3’-1602 TriNKETに結合した各標的の平均の相対結合化学量論は、占有されていないF3’-1602 TriNKETに結合する全容量の割合として表された。
図58に示されるような標的結合センサーグラムでは、CLEC12Aドメインの占有状態がNKG2D結合を妨害せず、NKG2Dドメインの占有状態がCLEC12A結合を妨害しないことが示される。他の標的で飽和されている遊離F3’-1602 TriNKET及びF3’-1602 TriNKETへの各標的の結合を示すそれぞれのセンサーグラムセグメントの形状の類似性によって、反応速度論的パラメーターがF3’-1602 TriNKET分子の標的占有状態によって有意に影響されないことが示唆される。例えば、センサーグラムのCLEC12A結合セグメントの形状は、両方のパネルで類似している。NKG2Dの飽和濃度は、実験全体を通して維持され、これは、標的の解離速度が速いので、下のパネルに示されている。さらに、各標的結合の相対的な化学量論への影響がないこと(占有されていないF3’-1602への結合と比較した場合)は、F3’-1602 TriNKET上のNKG2D及びCLEC12A結合部位が完全に独立していることを意味する(表56)。
Figure 2023508942000089
NKG2D-CD16aの相乗効果
相乗的なNKG2D及びCD16aの結合はSPRによって評価された。233 RUのhNKG2Dのみ、618RUのCD16aF158対立遺伝子のみ、及び797 RUのhNKG2DとCD16a(F158)の混合物がCM5シリーズS Biacoreチップの表面にアミノカップリングされた。2.8μMF3’-1602 TriNKETまたはトラスツズマブは、10μL/分で150秒間注入した。解離段階は、再生が不要な場合は180秒間、同じ流速でのサイクル間で表面の自然再生(分析対象物のほぼ完全な解離)が必要な場合は1500秒間観察した。
図59に示すように、F3’-1602 TriNKETはCD16aまたはNKG2Dのみに低い親和性で結合するが、混合表面に注入されたF3’-1602 TriNKETは、はるかに遅いオフレートでCD16a及びNKG2Dの同時結合の結合力として現れる(図59A)。実験対照トラスツズマブは、固定化NKG2Dに結合せず、両方の混合物(CD16a+ NKG2D)及びCD16aのみの表面に注入した場合に同じ見かけのオフレートを示す(図59B)。このデータによって、F3’-1602 TriNKETがCD16aとNKG2Dの両方に強く係合することが示される。
無関係な組換えタンパク質の結合及び細胞結合特異性
CLEC12Aに対する特異性は、500nMもの高濃度で5つの異なる無関係のタンパク質に対してSPRによって試験され、図60に示されている。陽性対照(CLEC12A)は100nMの濃度で、50RU(図60A)の結合を示したのに対し、非特異的結合は、無関係の組換え標的(図60B、図60C)のいずれに対しても観察されなかった。特異性は、Ba/F3細胞株の表面に発現するタンパク質に対しても試験された。Ba/F3親細胞株に対するF3’-1602の非特異的結合は333nMの濃度では観察されなかったが(図60E)、陽性対照として使用される、CLEC12Aを発現するように操作されたBa/F3細胞株は、フローサイトメトリーによって有意なシフトを示した(図60D)。
多重特異性試薬(PSR)への非特異的結合
フローサイトメトリーベースのPSRアッセイにより、無関係のタンパク質に非特異的に結合する可能性が高い抗体を除外可能である。開発性評価の一部として、PSRアッセイで界面活性剤可溶化膜タンパク質の調製物への非特異的結合についてF3’-1602を試験した(図61)。PSRアッセイは、相互作用(cross-interaction)クロマトグラフィー、抗体の溶解性の代用、ならびにバキュロウイルス粒子、酵素結合免疫吸着アッセイ、インビボ クリアランスでの代用とよく相関する(Xu et al.,(2013).Addressing polyspecificity of antibodies selected from an in vitro yeast presentation system:a FACS-based,high-throughput selection and analytical tool.Protein engineering design and selection,26,663-670)。
PBSF中の50μLの100nM TriNKETまたは対照mAbを、事前に洗浄した5μLのプロテインAダイナビーズスラリー(Invitrogen、カタログ番号10001D)とともに室温で30分間)インキュベートした。TriNKETまたはmAbに結合した磁気ビーズを磁気ラック上に60秒間放置し、上清を廃棄した。結合したビーズを100μLのPBSFで洗浄した。ビーズは、ストックから25倍に希釈された50μLのビオチン化PSR試薬とともに氷上で20分間インキュベートした(Xu et. al.,(2013)Protein engineering design and selection,26,663-670)。試料を磁気ラックに置き、上清を廃棄し、100μLのPBSFで洗浄した。TriNKETまたは対照mAbへのビオチン化PSR試薬の結合を検出するための二次FACS試薬は、次のように作成された:1:250μLのストレプトアビジン-PE(Biologend、カタログ番号405204)及び1:100のロバの抗ヒトFcを、PBSFで組み合わせた。各試料に100μLの二次試薬を加え、氷上で20分間インキュベートさせた。そのビーズを100μLのPBSFで2回洗浄し、試料をFACS Celesta(BD)で分析した。2つのPSR対照、リツキシマブ(PSR陽性)及びトラスツズマブ(PSRクリーン)をアッセイに使用した。
HuProt(商標)ヒトプロテオームアッセイでのHigh-Spec(登録商標)
交差反応性アッセイ
F3’-1602 TriNKETの特異性を調べるために、タンパク質アレイ技術を使用した。HuProt(商標)ヒトプロテオームマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライド上に個別に精製されたヒト全長タンパク質の最大のデータベースを提供する。22,000の全長ヒトタンパク質からなるアレイは、酵母 S.cerevisiaeで発現され、精製された後、マイクロアレイスライドガラスに2重にプリントされ、何千もの相互作用をハイスループットでプロファイリングすることが可能になる。
F3’-1602 TriNKETの特異性は、標準的な手順に従って、CDI laboratories(Baltimore,MD)のマイクロスライドに埋め込まれたネイティブHuprotヒトプロテオームアレイに対して、0.1μg/mL及び1μg/mLの濃度で試験された。
図62は、ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトCLEC12Aに対するF3’-1602 TriNKETの相対的結合(Zスコア)を1μg/mLで示す。Zスコアは、所定のタンパク質の2つの複製の平均結合スコアである。比較の目的で、F3’-1602 TriNKETに結合するバックグラウンドが残っている上位24個のタンパク質も図62に提供されている。表57は、ヒトCLEC12A及びマイクロアレイの上位6つのタンパク質に対するF3’-1602 TriNKETのZスコア及びSスコアを示している。Sスコアは、所定のタンパク質のZスコアとその隣の1つのランクとの差である。トップのヒットのSスコアが 3を超える抗体は、その標的に非常に特異的であると考えられている。Z及びSスコア基準に基づいて、F3’-1602 TriNKETは、HuProt(商標)ヒトプロテオームアッセイにおいて、ヒトに対する高い特異性及びオフターゲット結合の欠如を示した。
Figure 2023508942000090
分子モデリング
F3’-1602 TriNKETの抗CLEC12A及び抗NKG2D結合アームを、SAbPred Webサイトで入手可能なTherapeutic Antibody Profiler(TAP)を使用して、377のフェーズI後の生物療法分子と比較した。TAPは、ABodyBuilderを使用して、PEARSによって側鎖を有するF3’-1602 TriNKETのモデルを生成した。CDRH3は、その多様性に起因してMODELLERによって構築された。
5つの異なるパラメーターが評価された。
CDRの全長
CDR付近の表面疎水性(PSH)のパッチ
CDR付近の正電荷(PPC)のパッチ
CDR付近の負電荷(PNC)のパッチ
構造的Fv電荷対称パラメーター(sFvCSP)
次に、F3’-1602 TriNKETのこれらのパラメーターを治療用抗体のプロファイル分布と比較して、開発可能性、及び下流の課題を引き起こし得る潜在的な問題を予測した。
図63は、3つの異なる方向でのCLEC12A結合scFvのリボン図モデル(上のパネル)、及び同じ方向の対応する表面電荷分布(下のパネル)を示している。抗CLEC12A scFvの電荷分布は分極化されており(「上面図」、下のパネル)、負に帯電した残基が主にCDRH3及びCDRL2内に存在する。パラトープ上の静電パッチの不均一な分布は、標的に関連している可能性が高く、同族のエピトープ上の電荷分布の相補性を反映している可能性があり、これは、CLEC12AとF3’-1602 TriNKETのscFvとの間の高親和性相互作用に寄与する可能性がある。
図64は、F3’-1602 TriNKETのアームを標的とするscFv CLEC12AのCDR長及び表面疎水性分析を示している。F3’-1602 TriNKETのCLEC12A結合アームのCDRの長さは、後期治療用抗体に典型的である。
モノクローナル抗体の疎水性は、治療薬への開発可能性に関連する重要な生物物理学的特性である。抗体のCDRの疎水性パッチ分析は、その挙動を予測する。F3’-1602 TriNKETのCLEC12Aアームは、他の参照分子と比較して疎水性がはるかに低くなっている。モデリングに基づけば、F3’-1602 TriNKETのCLEC12A結合アームの表面に有意なサイズの疎水性パッチはない。
抗CLEC12A scFvの電荷分布は分極化されており、負に帯電した残基が主にCDRH3及びCDRL2内に存在する(図64に示されるとおり)。正に帯電したパッチと電荷の対称性は標準の範囲内であるが、理論に拘束されることは望まないが、パラトープ上の明確な負に帯電したパッチは標的に関連しており、CLEC12Aとの高親和性相互作用に寄与し得る、同族のエピトープ上の電荷分布の相補性を反映していると仮定される。
F3’-1602 TriNKETのNKG2D結合Fabアームは、3つの異なる方向のリボン図に示され(図65)、同じ方向のそれらの対応する表面電荷分布が図65に示されている(下のパネル)。CLEC12A結合アームとは対照的に、NKG2D A49M-Iアームの表面電荷分布は、より均一に分布している。
図66は、F3’-1602 TriNKETのNKG2D標的化アームのCDR長及び表面疎水性分析のパッチを示している。分析はTAPを使用して実行され、377の後期治療用抗体を評価した。CDRの長さ、疎水性、正/負電荷分布、及びF3’-1602 TriNKETのNKG2D標的化アームのFc電荷対称性は、既存の治療用抗体の基準の範囲内であるように思われる。このモデリングによって、F3’-1602 TriNKETが製造プロセス中に開発可能性の問題を起こさないことが示唆される。
疎水性相互作用クロマトグラフィー
疎水性予測データは、分析的な疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)を使用してF3’-1602 TriNKETの挙動を調査することで確認され、これは、露出した疎水性パッチの重要なパッチが凝集しやすいタンパク質に依存する技術である。HICを実行するために、簡単に言うと、TriNKET(5μgのタンパク質)の注入を高塩緩衝液(100mMリン酸ナトリウム、1.8M硫酸アンモニウム、pH6.5)対、試料が、5:4という比率で調製した。試料は、25℃に保持されたSepax Proteomix HICブチル-NP5 5uMカラムを備えたAgilent 1260 Infinity II HPLCを使用して分析した。この勾配は、0%の低塩緩衝液(100mMリン酸ナトリウム、pH6.5)から100%の低塩緩衝液まで流速1.0ML/分で6.5分かけて泳動した。クロマトグラムは、280nmでモニターした。分析用HICカラムでのF3’-1602 TriNKETの保持時間は、表58に、HICプロファイルは図67に示されている。市販のトラスツズマブ(Roche)は、正常に挙動する生物学的製剤の例として使用され、アッセイの内部対照として機能した。トラスツズマブの保持時間が9.6分なのと比較して、F3’-1602 TriNKETの保持時間は9.8分である。したがって、実験的な疎水性分析では、F3’-1602 TriNKETの疎水性がさらなる開発に受け入れられることが示唆されている。
Figure 2023508942000091
キャピラリー等電点電気泳動(cIEF)
F3’-1602の実験的pIは、実施例15(図68)に記載されているように、cIEFによって得られた。市販等級のトラスツズマブは、内部対照としてアッセイに含まれていた。F3’-1602 TriNKETのcIEFプロファイルは、モノクローナル抗体に典型的であり、主要ピークはpI 8.80であった(表59)。少量の酸性及び塩基性種の存在も観察された。
Figure 2023508942000092
免疫原性評価
以下に記載されているように、EpiVaxのEpiMatrixアルゴリズムを使用して免疫原性評価を実施した:Cohen et al.(2010)A method for individualizing the prediction of immunogenicity of protein vaccines and biologic therapeutics:individualized T cell epitope measure(iTEM)J.Biomed. Biotechnol.961752。scFv-1602 F3’の3つの鎖の配列について、-80(免疫原性なし)から80(高度に免疫原性)の範囲のTreg調節Epimatrixタンパク質スコアは、VH-CH1-Fc:-33.39,VH-VL-Fc:-26.4及びVL-CL:-27.4である。したがって、scFv-1602 F3’の免疫原性の予測リスクは低いようである。
実施例13.推定配列ライアビリティのF3’-1602 TriNKET分析
F3’-1602 TriNKETの3つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列を、実施例3に記載されているように推定配列ライアビリティについて分析した。推定配列ライアビリティを 表60に示す。
Figure 2023508942000093
ライアビリティを調べるために、加速安定性(40℃で4週間)及び強制分解の研究を行った。VH-CH1-FcのCDRH3のDPは、加速安定性研究または強制分解研究では変更されなかったため、これ以上の分析は必要なかった。しかしながら、実施例14に記載されるように、加速安定性研究において、scFvのCDRH3におけるDSの改変が、CLEC12A結合の減少及びF3’-1602 TriNKETの効力の減少をもたらすことが観察された。
CDRH3のDSを置き換えるために、酵母ディスプレイを実行して、DS部位のない代替配列モチーフを特定した。3つのバリアント、すなわち
Figure 2023508942000094
(配列番号283)
Figure 2023508942000095
(配列番号284)及び
Figure 2023508942000096
(配列番号285)は、親scFv
Figure 2023508942000097
(配列番号139)と比較して結合シグナルが弱いにもかかわらず、hCLEC12Aへの結合を示したことが特定され、一方、バリアント
Figure 2023508942000098
(配列番号290)、
Figure 2023508942000099
(配列番号291)、及び
Figure 2023508942000100
(配列番号292)が非バインダーとして特定された。結合分析に基づいて、バリアント
Figure 2023508942000101
((配列番号283)、AB0053)及び
Figure 2023508942000102
((配列番号284)、AB0085)のみを、哺乳動物の生成及びさらなる特性評価のために検討した。AB0053及びAB0085のhCLEC12A-Hisへの結合は、37℃で表面プラズモン共鳴(SPR)を使用して特徴付けた。DS配列のライアビリティを取り除くために導入された両方の変異は、hCLEC12A-Hisへの結合に影響を及ぼした(表61)。図69は、CDRH3の配列ライアビリティを取り除くために生成された酵母ライブラリーを使用したhCLEC12A-hisへの結合のFACS分析を示している。このデータによって、DSからDI操作されたバリアント(AB0085)の結合が完全に失われたことが示された。DS(AB0053)の代わりにDAを導入しても、結合は完全には排除されなかったが、結合センサーグラムに明らかな不均一性が生じた。SPR分析に続いて、ライアビリティを修復したバリアント(AB0053及びAB0085)の効力を、KHYG-1-CD16aVを介した細胞毒性アッセイで試験した(図70、表62)。AB0085は、最大殺滅率の大幅な低下によって決定されるように、AML細胞を殺す能力を失った。AB0053構築物のEC50がF3’-1602 TriNKET(AB0237)対照と比較して約3倍に増大したが、最大殺滅の割合は影響を受けなかった。この知見は、SPR実験で確立されたhCLEC12Aに対する全体的な親和性の3倍の変化と一致している(表61)。
F3’-1602 TriNKETの組換えヒトCLEC12Aへの結合親和性は、Biacore 8K機器を使用して37℃でSPRによって測定された。簡単に言えば、ヒトFc特異的抗体は、アミンカップリング化学によりCM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に密度約8000~10000のレゾナンスユニット(RU)で共有結合的に固定化して、抗hFc IgGチップを作成した。F3’-1602 TriNKET試料は、1.5μg/mLの濃度で10μL/分の流量で60秒間、抗hFc IgGチップ上にキャプチャーして、約150~250RUキャプチャーレベルを達成した。hCLEC12A-Hisを0.1mg/mLのウシ血清アルブミン(BSA)を含むHBS-EP+緩衝液(1X;10mM HEPES、150mM NaCl、3mM EDTA、0.05%P20 pH7.4)で3倍希釈で段階希釈(100nM~0.046nM)して、30μl/分の流量でキャプチャーされた試験物質の上に注入した。会合を300秒間モニターし、解離は600秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl、pH 1.7の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生された。0.1mg/mLのBSA緩衝液を含むHBS-EP+(1X)を実験全体を通して使用した。データは、Biacore 8K Insight Evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用して分析された。
Figure 2023508942000103
Figure 2023508942000104
ライブラリーアプローチが唯一のヒットとしてAB0053を生成し、そのヒットがF3’-1602 TriNKETとは有意に異なるhCLEC12Aへの結合の反応速度論及び細胞毒性アッセイにおける劣った効力を示したので、DSモチーフはCDRH3の構造を維持するために必要であり、したがって、効果的に除去することはできないと結論付けられた。代わりに、DSのライアビリティは、実施例14で説明されているように、式によって制御された。
実施例14.F3’-1602の製剤
実施例13では、配列ライアビリティ部位は、F3’-1602がCLEC12Aに結合する能力にとって重要であることが見出されたため、除去することができない。この実施例は、配列のライアビリティが存在するにもかかわらず、F3’-1602の安定性を維持し得る製剤を評価するために設計された。
簡単に説明すると、F3’-1602について次の3つの製剤を試験した。
(1)20mMヒスチジン、250mMスクロース、及び0.01%ポリソルベート80、pH6.0(本明細書では「HST製剤」と呼ばれる)。F3’-1602をHST緩衝液に透析濾過し、回収した試料を0.2 μmフィルターに通した。F3’-1602の最終濃度は、280nMでの吸光度(A280)で測定して19.7mg/mLであった。
(2)20mMのリン酸カリウム、10mMのクエン酸ナトリウム、及び125mMの塩化ナトリウム、pH7.8(本明細書では 「リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤」と呼ばれる)。F3’-1602は、Amicon Ultra 0.5mL 30Kデバイス及びZeba Desalting Columnsを使用して、リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤緩衝液へ緩衝液スイッチされ、回収した試料は、0.2 μmフィルターに通された。F3’-1602の最終濃度は、A280で測定して20.6mg/mLであった。
(3)20mMクエン酸塩、250mMスクロース、及び0.01%ポリソルベート80、pH7.0(本明細書では「CST 製剤」と呼ばれる)。F3’-1602をCST製剤緩衝液に透析濾過し、回収した試料を0.2 μmフィルターに通した。F3’-1602の最終濃度は、A280で測定して、20mg/mLであった。
HST製剤におけるF3’-1602の安定性
加速安定性研究は、HST緩衝液で40℃で4週間実行した。サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)を使用して、保管条件の関数として高分子量種(HMWS)及び低分子量種(LMWS)の形成をモニターした。簡単に説明すると、50μgの試験物質を、1260 Quat Pump、1260 Vialsampler、1260 VWDを備えたAgilent 1260 Infinity II高圧液体クロマトグラフィー(HPLC)機器に注入した。その試料は、東ソーTSKgel G3000SWxl、内径7.8mmx30cm、5μmカラムで分離した。SEC泳動緩衝液は、PBS、pH7.0、0.50ml/分の流動であった。吸光度は214nm及び280nmの両方でモニターして、ピーク面積は手作業で積分し、HMWS、LMWS、及び単量体のパーセントを報告した。
研究の開始時に、F3’-1602をSECによって分析し、99.6%の単量体であった。40℃で4週間後、単量体は93.1%に減少した。LMWSは対照では検出されず、40℃で4週間後に5.4%に増大した。HMWSは0.4%で対照に存在し、40℃で4週間後に1.5%に増大した(表63)。これらのデータは、F3’-1602が主にLMW種の形成(断片化)によって分解することを示唆している。
Figure 2023508942000105
F3’-1602試料の組換えヒトCLEC12Aへの結合親和性は、Biacore 8K機器を使用して37℃でSPRによって測定した。簡単に説明すると、ヒトFc特異的抗体を、アミンカップリング化学を介してCM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に、約8000~10000レゾナンスユニット(RU)の密度で共有結合的に固定して、抗hFc IgGチップを作成した。F3’-1602試料は、1.5μg/mLの濃度で、10μL/分の流量で60秒間、抗hFc IgGチップ上にキャプチャーして、約150~250RUのキャプチャーレベルを達成した。hCLEC12A-Hisを、0.1mg/mLのウシ血清アルブミン(BSA)緩衝液を含むHBS-EP+(1X)での3倍希釈で、段階希釈(100nM~0.046nM)して、キャプチャーされた試験物質の上に30μl/分の流量で注入した。会合を300秒間モニターし、解離は600秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl、pH 1.7の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生された。0.1mg/mLのBSA緩衝液を含むHBS-EP+(1X)を実験全体を通して使用した。データは、Biacore 8K Insight Evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用して分析された。運動速度定数及び全体的な親和性は、1:1の反応速度論的適合結合モデルを使用して得た。
HST製剤中で40℃で4週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトCLEC12Aへの結合が減少した(図71)。対照と40℃のストレスを受けた試料と間の会合及び解離速度定数の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内である(表64);しかし、レゾナンスユニット(RU)で表される最大結合応答は、40℃でのインキュベーション後に5分の1以上減少した(図71)。F3’-1602タンパク質の名目上のキャプチャーは、ストレスを受けた試料と対照の試料の両方で同じであった。このような状況下では、Rmaxは、Biacoreチップ上にキャプチャーされたF3’-1602の活性濃度にほぼ比例する。この結果は、今度は、HST製剤の熱ストレス後、F3’-1602分子の80%超がCLEC12Aに結合する能力を失ったことを示している(表64)。
Figure 2023508942000106
F3’-1602試料の組換えヒトNKG2Dへの結合親和性は、Biacore 8K機器を使用して37℃でSPRによって測定した。簡単に説明すると、mFc特異的抗体を、アミンカップリング化学を介して、CM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に約8000~10000RUの密度で共有結合で固定化し、抗mFcIgGチップを作成した。mFcタグ付きヒトNKG2Dを、0.2μg/mLの濃度で、60秒間、10μL/分の流速で抗mFcIgGチップにキャプチャーして、約35RUのキャプチャーレベルを達成した。F3’-1602を、HBS-EP+(1X)緩衝液に緩衝液交換し、HBS-EP+を用いた2倍希釈で段階希釈(5000nM~9.78nM)した。分析対象物(F3’-1602)は、キャプチャーされた試験物質の上に30μl/分の流量で注入した。会合を60秒間モニターし、解離は60秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl、pH 1.7の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生した。HBS-EP+(1X)緩衝液を、実験全体を通して使用した。データは、Biacore 8K Insight evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用して分析した。結合親和性及び運動速度は、1:1の反応速度論的及び定常状態の親和性モデル適合の両方を使用して得られた。
HST製剤中で40℃で4週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトNKG2Dへの結合は変化しなかった(図72、表65)。対照と40℃のストレス試料との間の会合及び解離速度定数、ならびにNKG2Dに対する全体的な親和性の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。最大結合応答は有意に変化しなかった。この結果、F3’-1602がこれらの熱ストレス条件下でNKG2Dに結合する能力を維持したことが示されている。
Figure 2023508942000107
ビオチン化された組換えCD16a V158(FCγ RIIIa V158)受容体へのF3’-1602試料の結合親和性をSPRにより測定した。簡単に言えば、Fcγ RIIIa V158は、反応速度論評価実験の前にSAシリーズS Biacoreチップ上でキャプチャーして、キャプチャー約10~25RUを達成した。よく特徴付けられたIgG1生物学的薬剤であるトラスツズマブを実験対照として使用した。この評価では、キャプチャーされた受容体(1:1 段階希釈中で1500nM~11.7nM及び0nM)で滴定されたさまざまな濃度のリガンド(F3’-1602またはトラスツズマブ)の注射を使用した。各注入サイクルは、会合、解離、及び再生のステップで構成されていた。会合は、150秒間のリガンド注入で構成され、解離は300秒間モニターされ、その後、2mM水酸化ナトリウムを5秒間注入してサイクル間で表面を再生した。全てのステップは、30μL/分の流速で実行された。1xHBS-EP+緩衝液を、泳動/希釈緩衝液として用いた。データは、Biacore 8K Insight evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用して分析した。このデータは1:1の反応速度論モデルと適合された。
20mg/mLで、HST製剤中で40℃4週間のインキュベーション後、ヒトCD16a V158へのF3’-1602の結合は変化しなかった(図73及び表66)。対照と40℃ストレス試料との間の結合親和性の相違、及び最大結合応答(Rmax)は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。この結果は、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトCD16aに対する親和性を保持したことを示している。
Figure 2023508942000108
F3’-1602機能に対する加速安定性の効果は、NKG2Dに加えてCD16aを発現するように設計されたKHYG-1-CD16a細胞を使用した細胞毒性アッセイでも評価された。CLEC12Aヒトがん細胞株(PL-21)をBATDA試薬で標識した。標識後、細胞を洗浄し、初代細胞培養培地に再懸濁した。BATDA標識細胞、F3’-1602、及び休止KHYG-1-CD16V細胞を、96ウェルプレートのウェルに添加した。追加のウェルは、1%のTriton(登録商標)-Xの追加によって標的細胞の最大の溶解のために準備した。BATDA標識細胞のみを含むウェルからの自発的放出をモニターした。3時間の培養後、細胞をペレット化し、培養上清を清浄なマイクロプレートに移し、室温のユーロピウム溶液を各ウェルに加えた。そのプレートを光から保護し、プレートシェーカー上で250rpmで15分間インキュベートした。SpectraMax i3X装置を使用してプレートを読み取った。特異性溶解%は、以下のように算出した:
特異性溶解%=((実験的放出-自発的放出)/(最大放出-自発的放出)) 100%
図74及び表67に示すように、PL21 CLEC12Aがん細胞を殺滅するF3’-1602の能力は、HST製剤では40℃で4週間後に約7倍低下したが、最大溶解率%の減少はわずかであった(5%)。
Figure 2023508942000109
40℃のインキュベーション後のhCLEC12Aへの結合の有意な喪失及びそれに対応する効力の喪失により、この挙動の根本原因を調査した。UHPLC-MS/MSペプチドマッピングによって、抗CLEC12A scFv(CDR-H3)中のアスパラギン酸が異性化を受けていることが明らかになった(図75)。
Chothiaで定義されているF3’-1602 CDRH3には、4つのアスパラギン酸を含む(DYDDSLDY [配列番号293])。MS/MSを使用して、スクシンイミド中間体をモニターすることにより、それらのどれが異性化を受けているかを決定した。イソアスパラギン酸への変換は質量差を生じないが、スクシンイミド中間体は水分の損失(約18Da)に対応する。この質量シフトは、異性化するアスパラギン酸を特定するために使用され得る。未修飾のキモトリプシンペプチド及び対応するスクシンイミドバリアントのMS/MSスペクトルは、scFv VHの位置H99(Chothia)のアスパラギン酸(DYDDSLDY[配列番号293])が異性化の原因であったことを示した。
リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602の安定性
突然変異誘発によってライアビリティを取り除く試みによって、CLEC12A結合scFvの位置H99のアスパラギン酸がCDR構造の重要な決定因子であり、標的への結合を失うことなく容易に置き換えられ得ないことが明らかになった。したがって、異性化速度はpHに依存するので、より塩基性のpHを持つ製剤を特定するために、限られた前製剤化開発を行った。pH依存性は、pH5.5~7.5をカバーするクエン酸及びリン酸緩衝液中でF3’-1602を強調することによって確認された。リン酸緩衝液(pH6.5/7.0/7.5)中40℃で4週間後、F3’-1602は、CLEC12Aへの結合のpH依存性の喪失を示した。興味深いことに、クエン酸緩衝液(pH5.5/6.0/6.5)中で観察される傾向はなかった。これらの結果に基づいて追加の製剤を設計し、一般的な賦形剤(NaCl、スクロース、EDTA)を、CLEC12A結合を安定化する能力についてスクリーニングした(表68)。このスクリーニングは、高pH及びNaClがCLEC12A結合に対して保護効果を有することを示した。
Figure 2023508942000110
これらの結果に基づいて、F3’-1602は、20mMリン酸カリウム、10mMクエン酸ナトリウム、125mM塩化ナトリウム、pH7.8中で製剤化される(リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤)。
HMWS及びLMWSの形成は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションで説明されているようにSECによって評価した。F3’-1602を40℃で4週間インキュベートした。研究の開始時に、F3’-1602をSECによって分析し、97.9%の単量体であった。40℃で4週間後、単量体は91.4%に減少した。LMWSは、40℃で4週間後に1.8%から5.0%に増大した。HMWSは0.3%で対照に存在し、40℃で4週間後に3.6%に増大した(表69)。これらのデータによって、リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中で、F3’-1602は凝集(HMWS)と断片化(LMWS)の両方で分解されたことが示唆される。
Figure 2023508942000111
インタクトなF3’-1602の断片化及び凝集は、非還元ドデシル硫酸ナトリウムキャピラリー電気泳動(SDS-CE)による加速安定性研究で評価された。簡単に説明すると、F3’-1602を、1X試料緩衝液を使用して0.5mg/mLに希釈して 、50μLの最終試料量を達成した。内部標準及びヨードアセトアミドを試料に添加し、次いでこれをヒートブロック内で70℃で10分間インキュベートした後、氷浴で5分間インキュベートした。試料を96ウェルプレートに移し、遠心分離し、機器にロードした。個々の試料をキャピラリーに4600ボルトで40秒間ロードし、モーリス(Maurice)(ProteinSimple,San Jose,CA)で5750ボルトで35分間分離した。
F3’-1602の主要ピークの純度は、4週間のインキュベーションの終わりまでに97.0%から91.2%に低下した。LMWSは、3.0%から8.4%に対応して増大した(表70)。非還元SDS-CEによって決定された研究期間中、HMWSはわずかに増大した(不検出から0.4%まで)。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000112
F3’-1602の3つの個々のポリペプチド鎖の断片化は、SDS-CEの減少による加速安定性研究の各時点で評価した。このアッセイでは、純度は3つの鎖の合計によって決定された。研究の過程で、純度は97.4%から95.2%に低下した(表71)。この純度の低下は、LMWSの増大の結果であり、SEC及び非還元SDS-CEの結果と一致している。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000113
組換えヒトCLEC12Aに対するF3’-1602試料の結合親和性は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションに記載されているようにSPRによって測定された。リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中での4週間のインキュベーション後、ヒトCLEC12A結合はある程度減少した(図76)。対照と40℃のストレス試料との間の会合及び解離速度定数の差は、アッセイの実験的変動の範囲内であったが(表72)、キャプチャーの差を調整した最大結合レスポンス(Rmax)は、40℃でのインキュベーション後に約10%低下した。このような損失は、HST製剤での4週間のインキュベーション後に観察された80%を大幅に下回り、リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤は、加速(40℃)条件下でF3’-1602を安定化させることができたことが示される。したがって、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションで説明されているように、H99の異性化は、製剤開発によって大幅に減少した。
Figure 2023508942000114
組換えヒトNKG2Dに対するF3’-1602試料の結合親和性は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションに記載されているようにSPRによって測定された。リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中で、20mg/mLで40℃で、4週間のインキュベーション後、F3’-1602のヒトNKG2Dへの結合は変化しなかった(図77及び表73)。対照と40℃のストレスを受けた試料との間の平衡結合親和性及びRmaxの相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これによって、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトNKG2Dに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000115
「HST製剤中F3’-1602の安定性」のサブセクションに記載されているように、ビオチン化組換えCD16a V158(FCγ RIIIaV158)受容体へのF3’-1602試料の結合親和性を、SPRにより測定した。リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中で、20mg/mLで40℃で、4週間のインキュベーション後、F3’-1602のヒトCD16a V158への結合は変化しなかった(図78及び表74)。対照と40℃のストレス試料との間の結合親和性の相違、及び最大結合レスポンスは、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これによって、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトNKG2Dに対する親和性を保持することが示されている。
Figure 2023508942000116
「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションで説明されているように、F3’-1602機能に対する加速された安定性の影響は、NKG2D及びCD16aを発現するKHYG-1-CD16a細胞を使用した細胞毒性アッセイでも評価された。PL-21 CLEC12A+がん細胞を殺滅するF3’-1602の能力は、リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中で20mg/mLの濃度で40℃で4週間のインキュベーション後も変化しなかった(図79及び表75)。この結果は、HST製剤でのインキュベーション後に観察された結果とはまったく対照的であり、F3’-1602が20mMリン酸塩、10mMのクエン酸塩、125mMのNaCl、pH7.8で安定化されたことを示している。
Figure 2023508942000117
CST製剤におけるF3’-1602の安定性
リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中の安定性データに基づいて、40℃での活性の損失は液体製剤で最小限に抑えることができると結論付けられた。F3’-1602の安定性は、凍結防止剤としてスクロースを含む凍結乾燥適合性液体製剤でさらに分析した。
20mg/mLでの加速安定性研究は、20mMのクエン酸塩、250mMのスクロース、0.01%のTween(登録商標)-80、pH7.0(CST製剤)で、冷蔵(2~8℃)及び加速(25及び40℃)の条件で4週間実施した。CLEC12A(SPR)への結合及び効力を、2~8℃及び25℃のアームでモニターしながら、40℃のストレスを受けた試料に対して一連の分析を実行した。
HMWS及びLMWSの形成は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性(Stability of F3’-1602 in the HST formulation)」のサブセクションで説明されているようにSECによって評価した。この研究の開始時に、F3’-1602をSECによって分析し、99.6%の単量体であった。40℃で4週間後、単量体は98.6%に減少した。LMWSは対照では検出されず、40℃で4週間後に0.5%に増大した。HMWSは0.4%で対照に存在し、40℃で4週間後に1.0%に増大した(表76)。これらのデータによって、F3’-1602がCST製剤の加速条件下で凝集及び断片化の両方に耐性があったことが示唆される。
Figure 2023508942000118
インタクトなF3’-1602の断片化は、「リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602の安定性(Stability of F3’-1602 in the phosphate/citrate/NaCl formulation)」のサブセクションに記載されているように、非還元SDS-CEによる加速安定性研究の各時点で評価された。F3’-1602の主要ピークの純度は、4週間のインキュベーションの終わりまでに96.1%から91.0%に低下した。LMWSは、3.9%から9.0%に対応して増大した(表77)。非還元SDS-CEによって決定されたように、研究期間を通してHMWSの増大はなかった。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000119
F3’-1602の3つの個々のポリペプチド鎖の断片化は、「リン酸塩/クエン酸塩/NaCl製剤中のF3’-1602の安定性(Stability of F3’-1602 in the phosphate/citrate/NaCl formulation)」のサブセクションに記載されているように、還元SDS-CEによる加速安定性研究の各時点で評価された。このアッセイでは、純度は3つの鎖の合計によって決定された。研究の過程で、純度は98.3%から97.7%に低下した(表78)。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000120
組換えヒトCLEC12Aに対するF3’-1602試料の結合親和性は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性(Stability of F3’-1602 in the HST formulation)」のサブセクションに記載されているようにSPRによって測定された。CST製剤中で、20mg/mLで40℃で4週間のインキュベーション後、ヒトCLEC12Aの結合が減少した(図80及び表79)。対照と40℃のストレスを受けた試料との間の会合及び解離速度定数の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であるが、見かけの結合応答は、40℃でのストレス後に約15~17%減少した。これは、F3’-1602の15~17%が、これらの熱ストレス条件下で4週間後にCLEC12Aに結合する能力を失ったことを示している。古典的なSPR結合アッセイは、結合の著しい相違(20%以上)がある場合には、潜在的な活性喪失の良い指標であるが、試料の活性の小さな変化の影響に対処するには十分な信頼性がない(特に低い複製数で);必要に応じて、他の分析方法を使用して、より科学的な確実性で変化を解明する。
Figure 2023508942000121
より低い温度(冷蔵及び25℃)では、cST製剤で4週間後に、hCLEC12Aに対する親和性の相違またはキャプチャーレベルの相違を調整した見かけの結合は観察されなかった(図81、表80、及び表81)。
Figure 2023508942000122
Figure 2023508942000123
組換えヒトNKG2Dに対するF3’-1602試料の結合親和性は、「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションに記載されているようにSPRによって測定された。CST製剤中で、20mg/mLで40℃4週間のインキュベーション後、ヒトNKG2DへのF3’-1602の結合は変化しなかった(図82及び表82)。対照と40℃のストレスを受けた試料との間の平衡結合親和性及びみかけのRmaxの相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これによって、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトNKG2Dに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000124
「HST製剤中F3’-1602の安定性」のサブセクションに記載されているように、ビオチン化組換えCD16a V158(FCγ RIIIaV158)受容体へのF3’-1602試料の結合親和性を、SPRにより測定した。CST製剤中で、20mg/mLで40℃4週間のインキュベーション後、ヒトCD16a V158へのF3’-1602の結合は変化しなかった(図83及び表83)。対照と40℃のストレスを受けた試料との間の平衡結合親和性及びみかけのRmaxの相違は、アッセイの実験的変動の範囲内である。これによって、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトCD16aに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000125
「HST製剤におけるF3’-1602の安定性」のサブセクションで説明されているように、F3’-1602機能に対する加速された安定性の影響は、NKG2D及びCD16aを発現するKHYG-1-CD16a細胞を使用した細胞毒性アッセイでも評価された。PL-21 CLEC12A+がん細胞を殺滅するF3’-1602の能力は、CST製剤中で20mg/mLの濃度で40℃で4週間のインキュベーション後も変化しなかった(図84及び表84)。
Figure 2023508942000126
実施例15.CST製剤におけるF3’-1602の製造可能性
F3’-1602の製造中のさまざまな条件が、その安定性に影響し得る。この実施例は、凍結/解凍、攪拌、低及び高pH、強制酸化、及び低pH保持を通じてCST製剤におけるF3’-1602の安定性を評価するために設計された。実施例14に提供されている場合、タンパク質の完全性及び機能を測定する方法は、この実施例では繰り返されない。
凍結/解凍
プロセス中間体及びバルク製剤原料がプロセスステップ間の安定性を確保するために凍結され得るので、凍結/解凍サイクル中の安定性は、生物療法にとって重要である。凍結/解凍ストレスを作成するには、8.0mgのF3’-1602を、Amicon Ultra 15ml 30Kデバイスを使用して20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0に緩衝液スイッチし、同じ緩衝液で400μLにさせた(約20mg/mLのF3’-1602、濃度は、Nanodrop One分光光度計を用いてA280によって確認した)。濃縮した試料を4x100μLのアリコートに分けた。対照はすぐに-80℃で保存した。残りの3つのアリコートは、発泡スチロールの容器内で-80℃で凍結/解凍サイクルに供して、凍結プロセスを遅くする。サイクル2、4、及び6で、アリコートを取り出し、分析まで-80℃の保管場所に移した。
F3’-1602の凍結/解凍安定性は、研究の完了時にA280によりタンパク質濃度を測定することによって評価した。F3’-1602の濃度は、対照中では20.4mg/mLで、6回の凍結/解凍サイクル後は、20.2mg/mLであって、凍結/解凍ストレスに起因する対立遺伝子の損失はなかったことが示される。
F3’-1602が凍結/解凍サイクルを通じて安定しているか否かを評価するには、試験物質を6回凍結及び解凍し、サイクル2、4、及び6の後にSECで分析した。時間0のF3’-1602は、99.5%の単量体であり、単量体の%は6つ全ての凍結/解凍サイクルを通して変化しなかった(表85)。この結果によって、F3’-1602が凍結/解凍ストレスの間、凝集及び断片化の両方に耐性であったことが示される。
Figure 2023508942000127
インタクトなF3’-1602の断片化は、非還元SDS-CEによる凍結/解凍安定性研究で評価した。F3’-1602の主要ピーク純度は、6回の凍結/解凍サイクルの後、最小限に低下した(96.1%~95.5%)。LMWSは、3.9%から4.5%に対応して増大した(表86)。研究期間中、HMWSは検出されなかった。これらの結果、F3’-1602が20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0での断片化に耐性があることが示される。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000128
F3’-1602の3つの個々のポリペプチド鎖の断片化は、還元SDS-CEによって、凍結/解凍安定性研究で評価した。このアッセイでは、純度は3つの鎖の合計によって決定された。F3’-1602の純度は、6回の凍結/解凍サイクル後も変化しなかった(表87)。これらの結果、F3’-1602が20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0での断片化に耐性があったことが示される。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000129
攪拌
プロセス中間体及びバルク原薬は、処理ステップ中にせん断ストレスを受ける可能性があるため、攪拌中の安定性は生物療法にとって重要である。撹拌ストレスを作成するには、8.0mgのF3’-1602を、Amicon Ultra 15mL 30Kデバイスを使用して20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0に緩衝液スイッチし、同じ緩衝液で400μLにさせた(約20mg/mLのF3’-1602、濃度は、Nanodrop One分光光度計を用いてA280によって確認した)。濃縮した試料を、攪拌棒付きのガラスバイアルに移し、攪拌プレートに置き、60rpm、4℃で18時間攪拌した。攪拌後、試料は分析まで-80℃で保存した。
F3’-1602の攪拌安定性を評価した。攪拌後、目に見えるタンパク質の沈殿があった。その試料をスピンダウンし、全ての特性評価アッセイで上清を使用した。上清中のタンパク質濃度はA280によって評価した。F3’-1602の濃度は対照では20.4mg/mLであり、攪拌ストレス後は16.8mg/mLであった。
F3’-1602が攪拌ストレス中に安定しているか否かを判断するために、攪拌の前後にSECによって試験物質を分析した。F3’-1602対照は、99.5%の単量体であり、単量体%は攪拌後も変化しなかった(表88)。これは、F3’-1602が攪拌中の凝集と断片化の両方に耐性があったことを示している。
Figure 2023508942000130
インタクトなF3’-1602の断片化は、非還元SDS-CEによる攪拌後に評価された。F3’-1602の主要ピーク純度は、撹拌後、最小限に低下した(96.1%~95.5%)。LMWSは、3.9%から4.5%に対応して増大した(表89)。研究期間にわたって、HMWSは検出されなかった。これらの結果、F3’-1602が20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0での断片化に耐性があったことが示される。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000131
F3’-1602の3つの個々のポリペプチド鎖の断片化は、還元SDS-CEによる攪拌研究で評価された。このアッセイでは、純度は3つの鎖の合計によって決定された。F3’-1602の純度は、攪拌ストレス後も変化しなかった(表90)。これらの結果、F3’-1602が20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0での断片化に耐性があったことが示される。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000132
低pH及び高pH
低pHストレスを作り出すために、1.0mgのF3’-1602を、Amicon Ultra 0.5mL 10Kデバイスを使用して20mM酢酸ナトリウム、pH5.0に緩衝液スイッチし、同じ緩衝液で1.0mLにした(約1mg/mLのF3’-1602、濃度はNanodrop One分光光度計を用いてA280によって確認された)。試料は分割された。半分は対照として-80℃で保存し、残りの半分は40℃で2週間インキュベートした。攪拌後、試料は分析まで-80℃で保存した。
高pHストレスを発生させるために、1.0mgのF3’-1602をAmicon Ultra 0.5mL10Kデバイスを使用して20mM Tris、pH8.3に緩衝液スイッチし、同じ緩衝液で1.0mLにした。(約1mg/mLのF3’-1602、濃度はNanodrop OneのA280によって確認された)。試料は分割された。半分は対照として-80℃で保存し、残りの半分は40℃で2週間インキュベートした。攪拌後、試料は分析まで-80℃で保存した。TrisのpKaは温度の結果として変化する。40℃では、pH8.3の緩衝液は、約pH8.0であった。
F3’-1602の化学的安定性を評価するために、試験物質を、pH5.0及びpH8.0で2週間40℃で保持した。低pHでは、典型的な化学修飾は、アスパラギン酸の異性化及び断片化であるが、高pHでは、主要な分解経路は脱アミド化及び酸化である。インキュベーション後のF3’-1602の完全性を確認するために、対照試料とストレス試料をSECで分析した(表91)。この結果、F3’-1602が、これらの過酷な条件下で予想されるように、低レベルの断片化でほとんどインタクトなままであったことが示される。
Figure 2023508942000133
アミノ酸側鎖の化学修飾は、通常、キャピラリー等電点電気泳動(cIEF)を使用して全体規模で観察され得る。低pH及び高pHに保持されたF3’-1602試料の修飾を評価するために、F3’-1602を、MilliQ水を使用して1mg/mLに希釈し、15μLの試料を、60μLのマスターミックス(水、メチルセルロース、Pharmalyte 3-10、アルギニン、pIマーカー4.05及び9.99)に加え、ボルテックスし、短時間遠心分離した。60μLの試料を、溶液の上部から吸引し、96ウェルプレートに加え、遠心分離した後に試験した。実験中、その試料をモーリス(Maurice)(ProteinSimple,San Jose,CA)で1500ボルトで1分間、続いて3000ボルトで8分間分離した。
pH5.0で2週間保持した後のF3’-1602のcIEFプロファイルは、塩基性種の8.9から39.1%への増大を示した(図85及び表92)。F3’-1602をpH8.0に保持した後、cIEFによって酸性種の同様の増大が検出された。主要ピーク強度の対応する減少(51.4~29.0%)も観察された(図86及び表92)。理論に縛られることを望まないが、F3’-1602配列全体の脱アミド化がこの酸性シフトにつながる可能性がある。
Figure 2023508942000134
cIEFによって観察されたpHストレス誘発性変化が、相補性決定領域(CDR)の変更に起因するか否かを判断するために、同じpH5及びpH8のストレス試料を、LC-MS/MSペプチドマップによって分析した。簡単に説明すると、50μgのF3’-1602を、250mMのTris、pH8.5中の6M塩酸グアニジンで希釈し、ジスルフィド結合を、25mMジチオスレイトールで40℃、サーモミキサー中で30分間還元した。次に、還元されたシステインを、暗所で室温で60分間、50mMのヨードアセトアミドでアルキル化した。還元及びアルキル化されたタンパク質を、50mM Tris、pH8.0に緩衝液スイッチし、トリプシンを使用して37℃で1時間消化した(1:25の酵素:基質)。LC-MS/MSを、QExactive+質量分析計にカップリングされたThermo Vanquish UHPLCで実行した。簡単に説明すると、5μgのタンパク質消化物を、0.3mL/分で2%~40%のアセトニトリル勾配を使用して、Waters UPLC BEHペプチドC18カラム(2.1x150mM)で150分かけて分離した。質量スペクトルは、フルMSスキャンの場合は35,000の解像度で、及びTop10のMS/MSスキャンの場合は17,500の解像度で、ポジティブモードで、230-2000m/zから取得した。Byos PTMワークフロー(Protein Metrics)を使用してUPLC-MS/MSファイルを分析した。ペプチドは、正確な質量、及びMS/MS(F3’-1602配列を検索する)を用いて特定した。
ペプチドマップデータに基づくと、F3’-1602のCDRの1つを除く全てが、低及び高pHストレス中の修飾に耐性があった。CLEC12A結合scFv-Fc鎖のCDRH3のみが、pH5のストレス後に修飾(異性化)の証拠を示した(表93)。この修飾は、加速(40℃)安定性研究で特定されたものと同じである。
Figure 2023508942000135
Figure 2023508942000136
組換えヒトCLEC12Aに対するF3’-1602試料の結合親和性を、実施例14に記載されているようにSPRによって測定した。20mM酢酸ナトリウム、pH5.0中で40℃で2週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトCLEC12Aへの結合が低下した(図87及び表94)。対照と低pH40℃のストレス試料との間の会合及び解離速度定数の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であったが、ストレス試料の見かけの最大結合レスポンスは、pH5のストレス後の対照の約半分であった。これによって、F3’-1602がこれらの条件下でCLEC12Aに結合する能力が低下したことが示されている。20mM Tris、pH8.0で40℃で2週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトCLEC12Aへの結合は変化しなかった(図88及び表94)。これによって、F3’-1602がこれらの加速されたpHストレス条件下でCLEC12Aに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000137
組換えヒトNKG2Dに対するF3’-1602試料の結合親和性を、実施例14に記載されているようにSPRによって測定した。20mM酢酸ナトリウム、pH5.0中で40℃で2週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトNKG2Dへの結合は変化しなかった(図89及び表95)。これによって、F3’-1602がこれらの加速されたpHストレス条件下でNKG2Dに対する親和性を保持したことが示されている。20mM Tris、pH8.0で40℃で2週間インキュベートした後、F3’-1602のヒトNKG2Dへの結合は変化しなかった(図90及び表95)。これによって、F3’-1602がこれらの加速されたpHストレス条件下でNKG2Dに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000138
F3’-1602機能に対する低及び高pHストレスの影響を、実施例14に記載されているように、NKG2D及びCD16aを発現するKHYG-1-CD16a細胞を使用する細胞毒性アッセイで評価した。pH5.0及び8.0のストレス後、EC50及び最大溶解によって反映されたPL-21 CLEC12A+がん細胞に対するF3’-1602の効力は、pH5のストレス後、約2倍低下し(図91及び表96)、pH8のストレス後は変化しなかった(図92及び表96)。理論に拘束されることを望まないが、pH5のストレス後の効力の喪失は、最初の加速安定性研究で同定されたscFvCDR-H3アスパラギン酸の同じ異性化に起因したものであった可能性がある。pH5とpH8との結果の相違によって、F3’-1602が高いpHでより安定していたことがさらに示されている。
Figure 2023508942000139
強制酸化
タンパク質の修飾を示す最も一般的な安定性の1つは、メチオニン残基の酸化である。酸化のホットスポットを特定するために、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)を使用して、1.0mgのF3’-1602を1mg/mLに希釈した。3.3 μLの 3% 過酸化水素を、F3’-1602の0.5mLアリコート(0.02%過酸化水素)に加えた。F3’-1602の酸化は、暗所で、室温で24時間進行させた。24時間後、Amicon Ultra 0.5mL 10K MWCOデバイスを製造業者の指示に従って使用して、試料をPBS、pH7.4に緩衝液スイッチした。酸化されていない対照(0.5mL)は-80℃で保存した。
強制酸化後、F3’-1602において、単量体%、HMWSまたはLMWSに有意な差はなかった(表97)。
Figure 2023508942000140
強制酸化後、非還元SDS-CEによるF3’-1602の純度は1%未満まで低下した(表98)。これは、F3’-1602が強制酸化の間の断片化に耐性があったことを示している。強制酸化後に新しいフラグメントは検出されなかった。酸化された試料のピーク形状は、酸化ストレス後に変化した。理論に拘束されることを望まないが、これは、もはや均一な集団が存在しないこと、及び高レベルの酸化が、F3’-1602の対照試料には存在しない高次構造変化をもたらしたことを示し得る。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000141
強制酸化後、還元SDS-CEによるF3’-1602の純度は変化しなかった(表99)。これは、F3’-1602が強制酸化中の断片化に耐性があったことを示している。強制酸化後に新しいフラグメントは検出されなかった。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000142
SECによる強制酸化の生物物理学的効果を決定することに加えて、どのアミノ酸が最も酸化を受けやすいかを理解することが重要である。F3’-1602 CDRにはメチオニン残基はないが、フレームワーク及び定常ドメインにはいくつかのメチオニンが見られる。酸化レベルは、対照の全ての部位で低く、過酸化水素への曝露後に酸化の有意な増大を示したのは2つの部位のみであった(表100)。他の治療用mAbでは低レベルの酸化が観察されている。
Figure 2023508942000143
組換えヒトCLEC12Aに対する強制酸化ストレスのF3’-1602試料の結合親和性を、実施例14に記載されているようにSPRによって測定した。0.02%過酸化水素の存在下で室温で24時間インキュベートした後、F3’-1602のヒトCLEC12Aへの結合の反応速度論及び親和性、ならびに見かけのRmaxは変化しなかった(図93及び表101)。これによって、F3’-1602が強制酸化ならびに定常領域及びフレームワークでのメチオニンの修飾後にCLEC12Aへの結合を保持したが、hCLEC12Aに対するF3’-1602の親和性に影響を与えなかったことが示されている。
Figure 2023508942000144
組換えヒトNKG2Dに対する強制酸化ストレスのF3’-1602試料の結合親和性を、実施例14に記載されているようにSPRによって測定した。0.02%の過酸化水素の存在下で室温で24時間インキュベートした後、F3’-1602のヒトNKG2Dへの結合の反応速度論及び親和性は変化しなかった(図94及び表102)。これによって、F3’-1602が強制酸化ならびに定常領域及びフレームワークでのメチオニンの修飾後にNKG2Dへの結合を保持し、hNKG2Dに対するF3’-1602の親和性に影響を与えないことが示されている。
Figure 2023508942000145
F3’-1602機能に対する強制酸化ストレスの影響を、実施例14に記載されているように、NKG2D及びCD16aを発現するKHYG-1-CD16a細胞を使用する細胞毒性アッセイで評価した。図95及び表103に示すように、酸化ストレス後、F3’-1602の効力(EC50及び最大溶解)は変化しなかった。
Figure 2023508942000146
低pH保持
低pH保持によるウイルスの不活化は、生物製剤製造における重要なステップである。低pH保持でのF3’-1602の安定性を評価するために、F3’-1602を、MabSelect Sure Protein Aカラムでキャプチャーし、100mMグリシン、pH3.0で溶出した。ピーク画分をプールし、プロテインA溶出液12mLを、追加の100mMグリシンpH3.0緩衝液でpHを、pH3.3に調整した。pHを調整した溶出液を、室温で保持した。1.5時間後、その溶出液を1.0MのTris-HCl、pH8.3を使用して中性pHにした。pH保持試料は、陽イオン交換クロマトグラフィーによってさらに精製された。最終生成物は、分析のためにPBS pH7.4に緩衝液交換した。
低pHでのインキュベーション後、F3’-1602をSECで分析し、保持が凝集を引き起こしたか否かを判断した。低pH保持ステップに起因して、F3’-1602ではHMW及びLMW含有量の増大はなかった(表104)。
Figure 2023508942000147
低pH保持後、非還元SDS-CEによるF3’-1602の純度は変化しなかった(表105)。これは、F3’-1602が低pH保持中の断片化に耐性であったことを示している。低pH保持後、新しいフラグメントは検出されなかった。オーバーレイの主要ピークの移動時間の相違は、このアッセイの実験的変動の範囲内であった。
Figure 2023508942000148
低pH保持後、還元SDS-CEによるF3’-1602の純度は変化しなかった(表106)。これは、F3’-1602が低pH保持中の断片化に耐性であったことを示している。低pH保持後、新しいフラグメントは検出されなかった。
Figure 2023508942000149
アミノ酸側鎖の化学修飾は、通常、cIEFを使用して全体規模で観察され得る。F3’-1602対照と低pH保持ロットのcIEFプロファイルは、視覚的に非常に類似しており、酸性種、主要種、及び塩基性種の相対的な定量は全て互いの1%範囲内であり、これは、低pH保持が、F3’-1602の電荷プロファイルに測定可能な影響を与えなかったことを示している(表107)。
Figure 2023508942000150
F3’-1602試料を、インタクトな質量で分析し、低pH保持の結果としての修飾及び断片化をモニターした。対照と低pH保持試料の両方で観察された質量は、互いに、及び理論上のF3’-1602質量(G0F/G0F 糖型:126,360.4Da)と一致した。低pH保持は、F3’-1602の質量に影響を与えず(表108)、断片化は観察されなかった。
Figure 2023508942000151
低pH保持は、ヒトCLEC12Aに結合するF3’-1602の反応速度論または親和性の変化を誘発しなかった(図96及び表109)。会合及び解離速度定数の相違、ならびに対照試料と低pH保持試料との間の見かけの最大結合レスポンス(Rmax)は、アッセイの実験的変動性の範囲内であった。これは、F3’-1602が生物療法製造の低pH保持ステップ後にCLEC12Aに対する親和性を保持したことを示している。
Figure 2023508942000152
低pH保持後、ヒトNKG2D結合は変化しなかった(図97及び表110)。対照と40℃ストレス試料との間の定常状態親和性と見かけの最大結合レスポンス親和性の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これは、F3’-1602が低pH保持後もヒトNKG2Dに対する親和性を保持したことを示している。
Figure 2023508942000153
低pH保持後、F3’-1602のヒトCD16a V158への結合は変化しなかった(図98及び表111)。対照試料と低pH保持試料との間の結合親和性及び最大結合応答の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これによって、F3’-1602がこれらの加速された貯蔵条件下でヒトCD16aに対する親和性を保持したことが示されている。
Figure 2023508942000154
生物物理学的安定性及び完全性を損なうことに加えて、低pHはアミノ酸側鎖の化学的分解、特にアスパラギン酸の異性化を引き起こし得る。機能に重要な領域でのF3’-1602の化学的分解は、もしあれば、効力アッセイでの効力の低下として現れるはずである。したがって、CLEC12APL-21がん細胞に対するF3’-1602の効力を、KHYG1-CD16Vバイオアッセイで低pH保持後に試験した。F3’-1602の効力は、低pH保持によって変化しなかった(図99及び表112)。
Figure 2023508942000155
コロイド安定性
PEG沈殿を使用して、F3’-1602のコロイド安定性を評価した。簡単に言えば、濃縮されたF3’-1602(約20mg/mL)を、100μLのアリコート(10mM酢酸ナトリウム、pH5.0)中で1mg/mLに希釈し、PEG 6000の最終濃度は0~30%(w/v)の範囲であった。アリコートを完全に混合し、2~8℃で一晩置いた。翌日、チューブを遠心分離して沈殿物をペレット化し、Lunatic(Unchained Labs)でA280によって上清の濃度を測定した。
PEG 6000の濃度を増大させた場合の酢酸緩衝液pH5.0中のF3’-1602の溶解度(0%~30%)を、A280によってモニターした。10mM酢酸ナトリウム、pH5.0における中点遷移(Cm)は24.5%であり、F3’-1602がこの緩衝液に高い溶解度を有することを示している(図100)。コンパレーターとして、トラスツズマブ及びアダリムマブも10mM酢酸ナトリウム、pH5.0でのPEG沈殿アッセイで評価した。アッセイ対照として使用されたトラスツズマブ及びアダリムマブの中点遷移は、それぞれ30%超及び11.7%のPEG-6000であった。
次に、F3’-1602を、PBS、pH7.4中の30kDaの分子量カットオフデバイスを使用して濃縮した。濃度は、Nanodrop上のA280によって決定して、製品の品質はSECによってモニターした。試験物質を、1260 Quat Pump、1260 Vialsampler、1260 VWDを備えたAgilent 1260 Infinity II高圧液体クロマトグラフィー機器に注入した。試料は、Superdex200Increase 10/300 GLカラムで分離した。SEC泳動緩衝液は、PBS、pH7.4、流速0.60mL/分であった。吸光度は214nm及び280nmの両方でモニターして、ピーク面積は手作業で積分し、HMWS、LMWS、及び単量体のパーセントを報告した。
F3’-1602は、約25、50、100、及び150mg/mL PBS、pH7.4に濃縮し、回復は目視検査、濃度(A280)、及びSECによってモニターした。F3’-1602は、PBS、pH7.4で、単量体パーセントの損失が最小限で 、目に見える沈殿なしで150mg/mL超まで濃縮可能であった(図101及び表113)。
Figure 2023508942000156
実施例16.F3’-1602及びAB0010の安定性及び製造可能性
F3’-1602及びAB0010は、それぞれF3’及びF3フォーマットのTriNKETであり、同じヒト化抗CLEC12A抗体に由来するCLEC12A結合部位を有する。実施例5または6に記載されているように、これら2つのTriNKETはCLEC12Aと同様の結合親和性を有する。この実施例は、F3’-1602及びAB0010の安定性及び製造可能性を比較するために設計された。
簡単に説明すると、F3’-1602及びAB0010は、実施例14に記載されているように、20mMリン酸ナトリウム、10mMクエン酸ナトリウム、125mM NaCl、及び0.01%PS-80中でpH7.8で製剤化した。製剤化しタンパク質は、40℃で4週間熱ストレスに供して、それらの安定性は、実施例14に記載されているように、非還元SDS-CE、還元SDS-CE、SEC、及び細胞毒性アッセイによって評価された。
表114に示されているデータは、ストレスを受けたAB0010試料のLMW画分が、ストレスを受けたF3’-1602試料のLMW画分よりも有意に増大したことを示している。表115に示されているデータは、ストレスを受けたAB0010試料の純度が、ストレスを受けたF3’-1602試料の純度よりも有意に低下したことを示している。これらの結果は、AB0010が熱ストレス条件下でF3’-1602よりも有意に劣化したことを示している。
Figure 2023508942000157
Figure 2023508942000158
表116に示すように、ストレスを受けたAB0010試料のHMWSの量は、ストレスを受けたF3’-1602試料の量よりも大幅に増大した。この結果は、AB0010が熱ストレス条件下でF3’-1602よりも大幅に多く凝集したことを示唆している。
Figure 2023508942000159
実施例14に記載されているように、スクロースは、NaClよりも凍結乾燥された提示とより適合性がある。したがって、F3’-1602及びAB0010をまた、20mMリン酸ナトリウム、10mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、及び0.01%ポリソルベート80中で、pH7.8でも製剤化した。次いで、各製剤中のTriNKETタンパク質を、40℃で4週間熱ストレスにさらし、NK細胞を介した細胞傷害を媒介する能力を、実施例14に記載されている細胞毒性アッセイによって評価した。図102A及び102Bならびに表117に示されるように、NKG2D及びCD16aを発現するKHYG-1-CD16a細胞によるPL21 CLEC12Aがん細胞の殺滅を媒介するF3’-1602及びAB0010の能力は、熱ストレスによって有意に影響されなかった。
Figure 2023508942000160
実施例17.CLEC12A TriNKET AB0089の分子フォーマット、デザイン、構造、及び特徴
目的
本研究の目的は、CLEC12A TriNKET AB0089の分子フォーマット、設計、構造、及び特性を説明することである。AB0089は、AB0237の改良版であり、CLEC12Aとの親和性及びCLEC12A+AML細胞の細胞毒性溶解の効力を維持しながら、CLEC12A結合VHの一次配列が異性化配列のライアビリティを取り除くように最適化されている。さらに、本発明者らは、分子のヒトらしさを高めたフレームワーク領域でのマウスの逆突然変異の数を減らすことを目指した。特に、この報告では、本発明者らは、a)AB0089の分子フォーマット及び設計について説明する;b)CDRH3の配列ライアビリティを取り除くためのタンパク質工学の取り組みを概説する;c)マウスの逆突然変異の数を減らすためのタンパク質工学の取り組みについて説明する;d)AB0089の発現及び精製に関する情報を提供する;e)分子の基本的な生化学的及び生物物理学的特性評価を説明する;f)組換えヒト標的(CLEC12A、NKG2D及びCD16a)に対するAB0089の親和性を決定する;g)ヒトCLEC12Aを発現するAMLがん細胞株へのAB0089の結合を示す;h)AB0089の選択性を実証する;i)AMLがん細胞の殺滅におけるAB0089の効力を決定する;j)結合エピトープを評価する;k)FcγR及びFcRへの結合を評価し、IgG1mAb対照と比較する;ならびにl)加速安定性、強制分解、及び製造可能性などの開発可能性研究におけるAB0089の挙動を説明する。
試験デザイン
CLEC12A特異的AB0237 TriNKETの開発可能性評価中に、CDRH3の異性化のライアビリティを特定し、CLEC12Aへの結合及び過酷なストレス下での効力の低下につながった。酵母ディスプレイを使用して、配列のライアビリティを取り除き、分子のCMC特性を最適化した。さらに、分子のフレームワークは、マウスの逆突然変異を除去し、それらを対応するヒト残基で置き換えるようにさらに最適化されたため、分子のヒトらしさが向上した。AB0089の特性は、組換えhCLEC12Aへの結合、CLEC12Aを発現する同質遺伝子細胞及びがん細胞への結合、ならびにCLEC12A+AMLがん細胞に対する分子の効力によって評価した。熱安定性(DSC)、疎水性(HIC)、及びpI(cIEF)を含むAB0089の生物物理学的及び生化学的特性を決定した。分子モデリングを使用して、AB0089の表面の電荷及び疎水性パッチの分布を評価し、臨床段階のモノクローナル抗体でベンチマークを行った。結合の特異性は、PSR、目的の標的を発現していない細胞への結合、及びHuProt(商標)アレイによって評価した。AB0089は、2つの異なる哺乳類細胞株(Expi293及びExpiCHO)で発現され、Dragonfly Tx2ステッププラットフォーム精製法を使用して精製された。CLEC12A、NKG2D、CD16a(V158及びF158)、Fcγ受容体の拡張パネル(CD32a(H131及びR131)、CD16b、CD32b、カニクイザルCD16、ヒト及びカニクイザルCD64)、及びFcRn(ヒト及びカニクイザル)などのAB0089の結合特性は完全に特徴付けられた。最後に、AB0089は、プラットフォーム製剤(20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH6.0)及び20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0緩衝液中での加速(40℃)安定性、強制分解(長期pH5、pH8のストレス、強制酸化)、及び製造可能性(凍結/解凍,攪拌、低pH保持)を含む、アッセイの全開発可能性パネルで評価した。
材料及び方法
材料
試験物質
Figure 2023508942000161
タンパク質試薬
Figure 2023508942000162
Figure 2023508942000163
方法
フローサイトメトリーによる細胞結合
同質遺伝子CLEC12A発現細胞及びPL-21がん細胞へのAB0089の結合は、実施例19に詳細に記載されているように実施した。EC50値は、GraphPad Prismソフトウェア(4パラメーターロジスティック非線形回帰曲線適合モデル)を使用して細胞結合曲線から導き出された。
酵母ライブラリーの構築及び評価
ウォーキング突然変異誘発戦略を採用して、合成CDRH3オリゴヌクレオチドプールを使用し、酵母ディスプレイアフィニティライブラリー(ライブラリー17と呼ばれる)を構築して、AB0237 CDRH3(YDYDDSLDY、配列番号139)の各残基を、単一部位として、または対で、20個のアミノ酸全ての無作為化で置換した(図103)。
最初に、合成scFv二本鎖DNAは、CDRH3を固有のBamH1制限部位に置き換えることによって設計した。次いで、scFvを、Hifiクローニング法により酵母ディスプレイプラスミド(pYES-Aga2ベクター)にクローニングし、pYES-Aga2-scFv-BamH1プラスミドを得た。ベクターと相同な領域を有するDNAオリゴは、元のCDRH3(YDYDDSLDY、配列番号139)に導入された以下の無作為化によってXDYDDSLDY(配列番号305)、YXYDDSLDY(配列番号306)、YDXDDSLDY(配列番号307)、YDYXDSLDY(配列番号308)、YDYDXSLDY(配列番号309)、YDYDDXLDY(配列番号310)、YDYDDSXDY(配列番号311)、YDYDDSLXY(配列番号312)、YDYDDSLDX(配列番号313)、XXYDDSLDY(配列番号314)、XDXDDSLDY(配列番号315)、XDYXDSLDY(配列番号316)、XDYDXSLDY(配列番号317)、XDYDDXLDY(配列番号318)、XDYDDSXDY(配列番号319)、XDYDDSLXY(配列番号320)、XDYDDSLDX(配列番号321)(ここでX=任意のアミノ酸である)に設計され、一緒にプールされた。次に、pYES-Aga2-scFv-BamHIベクターをBamHIで消化し、この消化されたプラスミドを、DNAオリゴプールでエレクトロポレーションして、完成した酵母ディスプレイライブラリー17を得た。相同組換えのプロセスを通じて、酵母はライブラリーオリゴを、線形化されたプラスミドと内部でライゲーションし、結果として各酵母細胞は1つのCDRH3変異オリゴを有する1つのプラスミドを含む。ライブラリー17の出力の選択及び特性評価に続いて、単一の最適化されたCDRH3のバックグラウンドでのウォーキング突然変異誘発のためにCDRH2を標的とする同様の親和性成熟戦略を採用した。この第2ラウンドの親和性成熟のためのライブラリーは、本明細書ではライブラリー30と呼ばれる。
ライブラリーは、D-UT培地で増殖させた後、FACSソーティングによって評価した。ソーティングの24時間前に、酵母を最終濃度0.5O.D./ml(可視光分光光度計で測定)に再播種し、スピンダウンし、GR-UT培地で2回洗浄した後、同じ培地で一晩インキュベートさせた。実験の日に、3O.D.の細胞を採取して試験し、96ウェルU底プレートのウェルに配置した。これは、試験が望まれる抗原の数まで繰り返された。次に細胞を、PBS-F(PBS+0.25%のBSA)で2回洗浄し、次に様々な濃度のビオチン化CLEC12A-Hisを30分間インキュベートした。次に、酵母細胞をFITC標識抗Flag及びストレプトアビジンPEで染色し、BD FACSAriaを使用して最も親和性の高いバインダーを選別した。
最終的な酵母ライブラリーは、フローサイトメトリーによって分析された。酵母ライブラリーは、特性評価の24時間前に最初にD-UT培地に播種した。フローサイトメトリーの24時間前に、酵母を最終濃度0.5O.D./mLに再播種し、スピンダウンし、GR-UT培地で2回洗浄した後、同じ培地で一晩インキュベートした。実験の日に、試験する抗原1つあたり0.2O.D.の細胞をとって、96ウェルU底プレートの各ウェルに入れた。その細胞をPBS-F(PBS+0.25% BSA)で洗浄し、次にビオチン化CLEC12A-Hisを最終濃度10nMになるまで30分間添加した。その細胞を再度洗浄し、ビオチン化されていないCLEC12A-His(最終濃度1μM)をさらに40分間添加し、試料は20分ごとに取り出した。抗Flag-FITC及びストレプトアビジンPEを添加し、暗所、氷上で30分間インキュベートし、2回洗浄し、PBS-Fに再懸濁し、FACS Celestaを使用して分析した。
部位特異的変異誘発
CLEC12Aアームを標的とするAB0089 scFvをコードするDSからDTへの変異を有するgBlock(二本鎖DNAフラグメント)は、Integrated DNA Technologies(Coralville、IA)から注文された。以下に説明するプロトコルに従って、pcDNA3.4ベクターにクローニングした。
コドン最適化
AB0089のS鎖のscFv部分のDNAコドン最適化は、Integrated DNA Technologies(Coralville、IA)のCodon Optimization Toolを介して実行し、リンカー及びFc部分は、GeneArt Gene Synthesis(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)のCodon OptimizationToolを使用して、コドン最適化された(ベクター骨格の一部として)。AB0089のH鎖及びL鎖の発現のためのDNAコドン最適化は、GeneArt Gene Synthesis(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)のコドン最適化ツールを使用して実行された。目標は、Expi293細胞(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)で高い発現レベルを達成することであった。
一過性発現のためのベクターへのクローニング
AB0089H鎖及びL鎖は、Thermo Fisher ScientificのGeneArt遺伝子合成プラットフォームを使用して合成して、pcDNA3.4ベクターにクローニングした。AB0089鎖Sをクローニングするためのベクター骨格は、最初にpcDNA3.4ベクター(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)を使用し、直線化のためにKpnI及びBamHI制限部位を作成すること、ならびにNew England Biolabs(Ipswich,MA)のNEBuilder HiFi Technologyを用いてクローニングすることによって調製した。NEBuilder HiFi Technologyを使用したクローニングの一般的なプロトコルに従った。簡単に説明すると、目的の遺伝子を発現するgBlock(二本鎖DNAフラグメント)をベクター骨格にクローニングし、TG-1細菌細胞を使用して形質転換し、Zyppy Plasmid Miniprep Kit(Zymo Research,Irvine,CA)を使用してDNAを回収し、そのプラスミド配列は、サンガーシーケンシング(Genewiz,South Plainfield,NJ)によって確認された。一旦、配列が確認されたら、Nucleo Bond Xtra Maxi EFキット(Macherey-Nagel,Bethlehem,PA)を使用して、マキシ-プレップを実行してプラスミドDNAを単離した。
発現
Expi293細胞における一過性発現
Expi293細胞の一過性トランスフェクションは、PEI試薬をトランスフェクションに使用したことを除いて、製造業者(Life Technologies,Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)が提供する一般的なプロトコルに従って実行した。Expi293細胞を、プラスミド比4:1:1を使用してAB0089:pETseq0854(鎖H)、pETseq0424(鎖L)及びpETseq1739(鎖S)を構成する3つのポリペプチドの一過性発現のために作成された3つのDNA鎖でトランスフェクトして、高い割合のヘテロ二量体を達成した。簡単に説明すると、DNAとPEIpro試薬(Polyplus Transfection;Illkirch、France)を最初にOptiMEMメディア(Life Technologies,Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)で別々に混合し、続いて混合してExpi293細胞に添加することにより、DNA-PEI複合体を作成した(>95% 実行可能性;2.5×10/mLのVCD)。トランスフェクション後、細胞を加湿シェーカーインキュベーター内で37℃及び8%COで培養した。5日後に細胞上清を回収した。
ExpiCHO細胞における一過性発現
ExpiCHO細胞の一過性トランスフェクションは、製造業者(Life Technologies,Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)が概説した一般的なプロトコルに従って実施した。ExpiCHO細胞を、プラスミド比4:1:1を使用してAB0089:pETseq0854(鎖H)、pETseq0424(鎖L)及びpETseq1739(鎖S)を構成する3つのポリペプチドの発現のために作成された3つのDNA鎖でトランスフェクトして、高い割合のヘテロ二量体を達成する。簡単に説明すると、DNA-Expifectamine複合体は、最初にOptiPro培地(Life Technologies)でDNA及びExpifectamine試薬(Life Technologies)を別々に混合し、次に混合してExpiCHO細胞に添加することによって作成した。(95%超の生存度;6x106/mLのVCD)。トランスフェクション後、細胞を加湿シェーカーインキュベーター内で37℃及び8%COで培養した。プロトコルに従って、タンパク質発現をブーストするために、ExpiCHOフィード及びエンハンサーを18~20時間後に追加した。細胞の生存率に応じて、9~11日後に細胞上清を回収した(>70%)。
採取
AB0089を回収するために、細胞培養上清を500mLまたは1Lのポリカーボネート遠心分離ボトルに移し、7500rpmで35分間、4℃で回転させた後、0.2ミクロンの濾過ボトルを使用して濾過した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●Vi-CELL XRセルカウンター(Beckman Coulter)
●Vi-CELL 4mL試料カップ(Beckman Coulter;08229NT2)
●Vi-Cell試薬パック (Beckman Coulter;B94987)
●1Lポリカーボネート遠心分離ボトル(Beckman Coulter;366751)
●500mLポリカーボネート遠心分離ボトル(Beckman Coulter;355649)
●Nalgene(登録商標)Rapid-Flow(商標)フィルターユニット及びボトルトップフィルター、PESメンブレン、滅菌、Thermo Scientific、1L(VWR;73520-986)
●Nalgene(登録商標)Rapid-Flow(商標)フィルターユニット及びボトルトップフィルター、PESメンブレン、滅菌、Thermo Scientific、500mL(VWR;73520-984)
精製
プロテインAキャプチャークロマトグラフィー
直径5.0cmのSNAPカラムを、プロテインA MabSelect SuReゲルを使用してベッドの高さ5.6cmに充填し、カラム容量を約110mlにした。プロテインAメソッドのステップ及び緩衝液を 表121に示す。溶出画分は、1.0M Tris、pH8.3(溶出量の5~10%)を使用して約pH7.0に中和した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●SNAPコラム(Essential Life Solutions;S-50/125-PASS-OE-FP10)
●MabSelect SuRe Protein A Gel(GE Healthcare;175-43-802)
●5xプロテインA結合緩衝液(500mMリン酸ナトリウム、750mM塩化ナトリウムpH7.2)(Boston Bioproducts;C-6332)
●1xプロテインA結合緩衝液(100mMリン酸ナトリウム、150mM塩化ナトリウム、pH7.2)(5xストック希釈)
●100mMグリシンpH3.0(Boston Bioproducts;BB-95-100mM)
●1.0M Tris、pH8.3(Boston Bioproducts;LT-783)
●10.0N水酸化ナトリウム(VWR;BDH7247-4)
●0.1N水酸化ナトリウム(10.0N希釈ストック)
Figure 2023508942000164
陽イオン交換クロマトグラフィー
陽イオン交換クロマトグラフィー(CIEX)は、XK-26カラム本体にベッドの高さ約24.5cmに充填されたPoros XS樹脂を使用して、最終カラム容量130mlで実施した。平衡化及び洗浄緩衝液(緩衝液A)は、10mM塩化ナトリウムを含む50mMの酢酸ナトリウムpH5.0であった。溶出緩衝液(緩衝液B)は、1.0Mの塩化ナトリウムを含む50mM酢酸ナトリウムpH5.0であった。
プロテインAカラムからの溶出液は、緩衝液Aで少なくとも5倍に希釈することにより、pH及び導電率を調整した。ロードしたカラムを洗浄した後、塩化ナトリウム濃度を上げるステップでタンパク質を溶出した。IEXクロマトグラフィー法のステップを 表122に示す。
Figure 2023508942000165
G25クロマトグラフィー及び透析濾過による緩衝液交換
IEX生成物を、ベッドの高さ30cm(カラム容量160ml)までXK-26カラムに詰めたSephadex(商標)G25 Fine樹脂(GE Healthcare、P/N17-0032-01)を用いたゲル濾過クロマトグラフィーによって、PBS pH7.4(ThermoFisher Scientific,P/N 10010023)に緩衝液交換した。あるいは、生成物を緩衝液交換し、Amicon Ultra 15遠心分離フィルター(Millipore、P/N:UFC903024)を用いる不連続ダイアフィルトレーションによって濃縮した。
SDS-PAGE
NuPAGE 4-12%Bis-Trisゲルは、MES泳動緩衝液で泳動した。非還元調製物と還元調製物の両方について、ウェルに2~3μgの試料をロードした。還元された試料は、20mM DTTで処理して、70℃で10分間加熱した。ゲル電源の設定は、50分間200Vで一定であった。タンパク質バンドは、製造業者の指示に従ってNovex SimplyBlue SafeStainで染色することにより視覚化した。ゲルは、Azure Biosystems C600イメージャでスキャンした。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●XCell SureLock Mini-Cell(Thermo Fisher;EI0001)
●PowerEase(商標)300W電源(Thermo Fisher;PS0301)
●Isotemp Digital Heat Block(Fisher Scientific;88-860-022)
●NuPAGE MES SDS泳動緩衝液(20X)(Thermo Fisher;NP0002)
●SimplyBlue SafeStain(Thermo Fisher;LC6065)
●NuPAGE LDS試料緩衝液(4X)(Thermo Fisher;NP0007)
●Novex Sharp Prestained Protein Standard(Thermo Fisher;LC5800)
●2-メルカプトエタノール(MP Biomedical;194705)
●Azure c600イメージャ(Azure Biosystems)
分析サイズ排除クロマトグラフィー(Superdex 200)
分析サイズ排除クロマトグラフィーは、Agilent 1260HPLCシステムに取り付けられたSuperdex 200 Increase 10/300 カラムを使用して実施した。移動相はPBS pH7.4(ThermoFisher Scientific,P/N 10010023)であった。流速は、0.5ml/分で、実行時間は45分であった。吸光度は214nmと280nmで測定した。ピークは、GC/LC面積パーセント法を使用して、Open Lab CDSデータ分析ソフトウェアバージョン2.3によって積分した。検出の閾値を下回るピークは、ベースラインを手作業で定義することによって積分した。
インタクトな質量
10μgのAB0089を、0.1%ギ酸を用いて0.25μg/μLに希釈し、1μgを、MabPac 2.1x100mMカラムに注入し、Biopharmaオプションを備えたQExactive+質量分析計にカップリングされたThermo Vanquish UHPLCを使用して分析した。スペクトルは、17,500の分解能で高質量範囲モードで取得した。データは、BioPharma Finderデータ分析ソフトウェアパッケージのSliding Window ReSpectアルゴリズムを使用して分析された。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:水中の0.1%ギ酸(Honeywell;LC452-2.5)及びMAbPac RP 2.1x100mM、4μmカラム(Thermo Scientific;088647)。
エンドトキシン(内毒素)
エンドトキシンの読み取りは、Endosafe(登録商標)nexgen MCSカートリッジリーダー(Charles River Laboratories)及びカートリッジ(Charles River Laboratories P/N PTS2001F)で実行した。試料は、エンドトキシンフリーの水または滅菌PBS pH7.4(ThermoFisher Scientific、P/N 10010023)のいずれかに希釈することによってアッセイ用に調製した。全てのアッセイ性能パラメーター及び対照が明細書の範囲内である場合、アッセイは有効であると見なされた。
疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)
AB0089(5μg)の注射液は、高塩緩衝液(100mMリン酸ナトリウム、1.8 M硫酸アンモニウム、pH6.5)対試料が5:4の比率で調製した。試料は、25℃に保持されたSepax Proteomix HICブチル-NP5 5uMカラムを備えたAgilent 1260 Infinity II HPLCを使用して分析した。この勾配は、0%の低塩緩衝液(100mMリン酸ナトリウム、pH6.5)から100%の低塩緩衝液まで流速1.0ML/分で6.5分かけて泳動した。クロマトグラムは、280nmでモニターした。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●Proteomix HICブチル-NP5 5uMカラム、4.6x35mM(Sepax;431NP5-4603)
●リン酸二水素ナトリウム(Sigma Aldrich;RES20906-A702X)
●リン酸水素二ナトリウム(Fisher Bioreagents;BB332-500)
●硫酸アンモニウム、>99.0%(Sigma;A4418-500G)
●水酸化ナトリウム、10.0N(Avantor Materials;5000-03)
●塩酸、10.0N(Ricca Chemical Company;3770-32)
非還元CE-SDS
AB0089は、1X試料緩衝液を使用して0.5mg/mLに希釈して、50μLの最終試料量を達成した。内部標準及びヨードアセトアミドを試料に添加し、これをヒートブロック内で70℃で10分間インキュベートした後、氷浴で5分間インキュベートした。試料を96ウェルプレートに移し、遠心分離し、機器にロードした。個々の試料をキャピラリーに4600ボルトで40秒間ロードし、モーリス(Maurice)装置(ProteinSimple,San Jose,CA)で5750ボルトで35分間分離した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●25x内部標準(ProteinSimple;046-016)
●CE-SDS Plusカートリッジ(ProteinSimple;090-157)
●ヨードアセトアミド(Sigma-Aldrich;16125-5G)
●Maurice CE-SDS PLUS Application Kit Reagents(Bottom Running Buffer,Separation Matrix,Wash Solution,Conditioning Solution 1 & 2,1X Sample Buffer)(ProteinSimple;046-571)
●トップ泳動緩衝液(ProteinSimple;046-384)
還元されたCE-SDS
AB0089を、1X試料緩衝液を使用して、0.5mg/mLに希釈して、50μLの最終試料量を達成した。内部標準及びベータメルカプトエタノール(Bio-Rad、#161-0710)を試料に加え、ヒートブロック内で70℃で10分間インキュベートした後、氷浴で5分間インキュベートした。試料を96ウェルプレートに移し、遠心分離し、機器にロードした。個々の試料をキャピラリーに4600ボルトで40秒間ロードし、モーリス(Maurice)装置(ProteinSimple,San Jose,CA)で5750ボルトで31.2分間分離した。
キャピラリー等電点電気泳動(cIEF)
AB0089を、MilliQ水を使用して1mg/mLに希釈し、15μLの試料を、60μLのマスターミックス(水、メチルセルロース、Pharmalyte 3-10、アルギニン、pIマーカー4.05及び9.99)に加え、ボルテックスし、短時間遠心分離した。60μLの試料を、溶液の上部から吸引し、96ウェルプレートに加え、遠心分離した後に試験した。その試料をモーリス(Maurice)装置(ProteinSimple,San Jose,CA)で1500ボルトで1分間、続いて3000ボルトで8分間分離した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●0.5%メチルセルロース(ProteinSimple;102730)
●1% メチルセルロース(ProteinSimple;101876)
●500mMアルギニン(ProteinSimple;042-691)
●陽極液(ProteinSimple;102727)
●陰極液(ProteinSimple;102728)
●cIEFカートリッジ(ProteinSimple;090-101)
●蛍光キャリブレーション標準(ProteinSimple;046-025)
●ファルマライト(Pharmalyte)3-10(Sigma Aldrich;P1522-25ML)
●pIマーカー4.05(ProteinSimple;046-029)
●pIマーカー9.99(ProteinSimple;046-034)
●システム適合性ミックス(ProteinSimple;046-027)
●システム適合性ペプチドパネル(ProteinSimple;046-026)
示差走査熱量測定(DSC)
AB0089は、1X PBS(Gibco、#10010-031)または代替製剤中で0.5mg/mLで調製した。325μLを、適合する緩衝液ブランクとともに96ウェルディープウェルプレートに添加した。サーモグラムは、MicroCal PEAQ DSC(Malvern、PA)を使用して生成した。温度は、60℃/時間で、20~100℃に上昇した。生のサーモグラムを、バックグラウンドで差し引き、ベースラインモデルをスプライン処理し、非二状態(non-two state)モデルを使用してデータを適合した。
SPR装置及び試薬
Biacore 8K(Instrument ID:2222251、GE Healthcare Life Sciences)を使用して、反応速度論測定を実行し、Biacore 8K Insight Evaluation Softwareを使用して実験データを分析した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●10mM酢酸ナトリウム、pH5.0(Cytiva;BR100351)
●10mMグリシン、pH 1.7(Boston BioProducts;BB-2413D)
●10xHBS-EP+(Cytiva;BR1006-69)
●1xHBS-EP+ 10xストック溶液から社内で調製
●1xMBS-EP+,pH6.0(自社製)
●BSA画分V(7.5%)(Gibco;15260-037)
●NaCl(Fisher Scientific;S271-1)
●NaOH(Cytiva;BR100358)
●アミンカップリングキット(Cytiva;BR-1000-50)
●マウス抗体キャプチャーキット(Cytiva;BR100838)
●CM5チップ(Cytiva;29-1496-03)
●シリーズSセンサーチップSA(Cytiva;BR-1005-31)
●SAチップ(Cytiva;BR100531)
●ビオチンキャプチャーキット(Cytiva;28-9202-34)
●ヤギ抗ヒトIgGFc交差吸収二次抗体(Invitrogen;31125)
●Micro Bio-Spin 30カラム(Bio-Rad;732-6223)
●Amicon Ultra 0.5mL遠心分離フィルター10,000NMWL(Millipore Sigma;UFC501096)
SPRによるCLEC12A親和性
組換えヒトCLEC12A(Dragonfly Tx)へのAB0089の結合親和性は、Biacore 8K機器を使用したSPRによって測定した。簡単に説明すると、ヒトFc特異的抗体を、アミンカップリング化学を介してCM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に、約8000~10000レゾナンスユニット(RU)の密度で共有結合的に固定して、抗hFc IgGチップを作成した。AB0089試料を、1.5μg/mLの濃度で10μL/分の流速で 60秒間、抗hFc IgGチップにキャプチャーして、約150RUのキャプチャーレベルを達成した。hCLEC12A-Hisを、3倍希釈SPR泳動緩衝液で段階希釈(100nM~0.14nM)し、このキャプチャーされた試験物質上に30μl/分の流速で注入した。会合は300秒間モニターして、解離は600秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl、pH 1.7の3つのパルスを100μl/分で20秒間注入して、サイクル間で再生された。0.1mg/mlのBSAを含むHBS-EP+(1X)を、実験全体を通して泳動緩衝液として使用した。実験は37℃の生理学的温度で実施された。運動速度定数及び全体的な結合親和性を取得するために、Biacore 8K Insight Evaluationソフトウェア(Cytiva)を使用して、二重参照データを、2状態反応速度論モデルに適合させた。二状態モデルを使用するための正当化を下に示す。近似曲線と実験データとの間の適合の良好性を、カイとして評価ソフトウェアにより表現した。
SPRによるNKG2D親和性
組換えヒトNKG2D(Dragonfly Tx)に対するAB0089の結合親和性は、Biacore 8K機器を使用したSPRによって測定した。簡単に説明すると、mFc特異的抗体を、アミンカップリング化学を介して、CM5バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックス上に約8000~10000RUの密度で共有結合で固定化し、抗mFcIgGチップを作成した。mFcタグ付きヒトNKG2Dを、0.2μg/mLの濃度で、60秒間、10μL/分の流速で抗mFcIgGチップにキャプチャーして、約30RUのキャプチャーレベルを達成した。AB0089を、HBS-EP+(1X)緩衝液に緩衝液交換し、HBS-EP+を用いた2倍希釈で段階希釈(5000nM~9.77nM)した。分析対象物(AB0089)は、30μl/分の流量で,キャプチャーされた試験物質の上に注入した。会合は60秒間モニターして、解離は60秒間モニターした。表面は、10mMグリシン-HCl、pH 1.7の3つのパルスを100μL/分で20秒間注入して、サイクル間で再生された。HBS-EP+(1X)を、実験全体を通して泳動緩衝液として使用した。実験は37℃の生理学的温度で実施した。二重参照データは、Biacore 8K Insight Evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用した1:1の反応速度論的及び定常状態の相互作用モデルと、1:1の反応速度論的適合モデルでの全体的適合分析によって適合された。この試料は各実験の前に泳動緩衝液に緩衝液交換されていたため、定常状態適合のオフセットは一定(0)に設定された。フィット感の良さはRmax値の文脈で検討されたカイとして評価ソフトウェアで表現された。
CD16a及びNKG2Dの同時結合の相乗効果
相乗的なNKG2DとCD16aとの結合はSPRによって評価された。hNKG2Dのみ(12.3μg/mL)、CD16a F158対立遺伝子のみ( 9μg/mL)、及び同じ濃度のhNKG2DとCD16a F158との混合物を、それぞれCM5シリーズS Biacoreチップの表面に1分間アミンカップリング合させた。1.8μMのAB0089またはトラスツズマブは、10μL/分で150秒間注入した。解離段階は、再生が不要な場合は180秒間、同じ流量のサイクル間で表面の自然再生(分析対象物のほぼ完全な解離)が必要な場合は1800秒間観察された。1xHBS-EP+緩衝液を泳動及び試料希釈緩衝液として使用した。
共係合(CLEC12A及びNKG2D)
AB0089は、0.1mg/mL BSAを含む1xHBS-EP+緩衝液で希釈し、CM5チップの抗ヒトFc表面に流速5μL/分で60秒間キャプチャーして、150~250RUのキャプチャーレベルを達成した。ベースラインシグナルと、キャプチャーされたAB0089の量を表すAB0089注入の完了後のシグナルとの間の正味の差を記録した。hCLEC12A-His(200nM)またはmFc-hNKG2D(7 μM)を、キャプチャーしたAB0089に20μl/分で飽和状態に達するまで90秒間、注入した。この注入の直後に、hCLEC12A-His(200nM)とmFc-hNKG2D(7μM)のプレインキュベートした混合物を20μL/分の流速で90秒間注入し、Biacore 8K制御ソフトウェアのA-B-Aインジェクションコマンドを使用した(最初の標的の全ての結合部位が確実に占有されるように、第2の標的を第1の標的と事前に混合した)。チップは、100μL/分で10mMグリシン(pH 1.7)の2つの20秒パルスによって再生された。この実験は37℃で実施し、0.1mg/ml BSAを含む1xHBS-EP+緩衝液を泳動緩衝液として使用した。RUで表される各抗原の結合は、個々の抗原の注入前後のベースラインシグナル間の正味の差として記録した。別の標的(最初に注入された)で占有されていないAB0089に結合された各標的の平均相対結合率には、1.0の値が割り当てられた。他の標的ですでに飽和している(2番目に注入された)キャプチャーされたAB0089に結合した各標的の平均相対結合化学量論は、占有されていないAB0089に結合する全能力の割合として表された。
エピトープビニング
抗CLEC12A抗体またはTriNKETは、370-1070RUの最終密度について3μg/mLの濃度でアミノカップリングを介してシリーズS CM5センサーチップのアクティブフローセルに直接固定した。エピトープビニングには、25℃で実行される古典的なサンドイッチアッセイを使用した。最初の注入は、200nMのCLEC12A-Hisの120秒の会合であり、その後に200nMのサンドイッチ抗体/TriNKETが直接続いた。サンドイッチ抗体/TriNKETには、120秒の会合時間及び120秒の解離時間があった。分析対象物とサンドイッチ分子の両方の注入は、30μL/分で行った。100μL/分で注入された10mMグリシンpH1.7の20秒パルスを使用して、解離後のチップ表面の再生に使用した。最初のサイクルには、分析対象物とサンドイッチ分子の両方に対する緩衝液注入が含まれていた。第2のサイクルには、200nM hCLEC12A-His分析対象物と、それに続くサンドイッチ分子のための緩衝液注入が含まれていた。その後のサイクルには、200nMのhCLEC12A-His分析対象物の注入とそれに続く200nMのサンドイッチ分子が含まれていた。実験全体を通して、1xHBS-EP+泳動緩衝液を使用した。センサーグラムは、Biacore Insight Evaluationソフトウェアを使用して視覚化された。
FcγR結合
ヒト及びカニクイザルCD64、CD16aの高親和性対立遺伝子及び低親和性対立遺伝子(それぞれV158及びF158)、CD32aの2つの対立遺伝子(H131及びR131)、CD16b、CD32b及びカニクイザルCD16は、プライミングされた(製造業者の指示によって)Biacoreチップ上でビオチンを介してキャプチャーされた。表123は、使用されているBiacoreチップのそれぞれのキャプチャーレベルと種類をまとめたものである。ストレプトアビジンとビオチンの相互作用は不可逆的であるので、FcγRI(CD64)を除く全ての受容体のキャプチャーステップは、結合実験の開始前に1回だけ行った。CAPチップ表面でのhCD64及びカニクイザル(cyno)CD64のキャプチャーは、Biotin CAPtureキットの製造業者の指示に従って、各サイクル中に実行した。
高い開始濃度、AB0089及びトラスツズマブを必要とするFcγR結合実験の前に、試料を、0.5mL濃縮ユニットを使用した3回の連続希釈/濃縮サイクルによって1xHBS-EP+SPR泳動緩衝液に緩衝液交換して、高濃度のタンパク質を維持しながら、元の緩衝液成分を300倍を超えて希釈した。タンパク質濃度は、試料の適切な理論モル吸光係数(AB0089の場合は196790M-1cm-1 、及びトラスツズマブの場合は標準IgG設定)を使用して、NanoDrop装置でA280で測定した。
各FCγR結合実験は、2倍段階希釈したAB0089またはトラスツズマブを利用する複数のサイクルからなった。各濃度シリーズの開始時に配置された0nMのブランクサイクル及び受容体のないチップ表面を参照に使用した。各実験サイクルには、会合、解離、及び再生のステップが含まれていた。分析対象物(AB0089またはトラスツズマブ)濃度、会合及び解離時間、及び再生パラメーターは、FcγR特異的(表123)であった。全てのステップは30μL/分の流速及び25℃で実行した。
Figure 2023508942000166
チップ表面を安定させるために、試料分析の前に、分析対象物の代わりに実験に適した泳動緩衝液を使用した一連の2~5回のブランク実験サイクルを実行した。生データは、Biacore Insight評価ソフトウェアを使用した1:1の反応速度論モデルまたは定常状態親和性モデルのいずれかに適合した。どちらかの計算RMaxまたは見かけ最大結合応答に関連するカイ(ソフトウェアによって計算)のを使用して、適合度を評価した。報告された値は全て、計算後に小数点以下第1位に四捨五入した。
FcRn結合
組換えヒトまたはカニクイザル(cyno)FcRnは、0.25μg/mLの濃度で1分間SAシリーズSチップの表面にキャプチャーされた。AB0089及び市販のトラスツズマブ(IgG1アッセイ対照)を、SPR結合実験前に、MBS-EP+、pH6.0に緩衝液交換した。各FcRn結合実験は、さまざまな濃度の分析対象物を利用する複数のサイクルで構成されていた。AB0089及びトラスツズマブの2倍希釈系列(12μM-0.023μM)を使用した。各濃度シリーズの開始時に配置された0nMのブランクサイクル、及びFcRnを欠く修飾されたチップ表面をカップリングするブランクアミンを参照に使用した。各実験サイクルには、会合、解離、及び再生のステップが含まれていた。この会合ステップは、60秒の分析対象物の注入で構成され、その後に60秒の解離ステップが続いた。表面再生(HBS-EP+緩衝液、pH7.4の60秒注入)は、各反応速度論サイクルを完了した。全てのステップは、30μL/分の流速及び25℃で実行された。MBS-EP+緩衝液、pH6.0を、泳動緩衝液として使用した。このデータは、Biacore Insight評価ソフトウェアを使用して定常状態のアフィニティモデルに適合させた。算出したRmaxに関連するカイ(ソフトウェアによって計算)を使用して、適合度を評価した。報告された値は全て小数点第1位を四捨五入している。
KHYG-1-CD16aVを介した細胞毒性アッセイ
AB0089の効力は、KHYG-1-CD16aV細胞で試験された。EC50値と最大溶解値は、GraphPad Prismソフトウェア(4つのパラメーターのロジスティック非線形回帰曲線適合モデル)を使用して細胞溶解曲線から導き出された。
初代NK細胞を介した細胞毒性アッセイ
AB0089の効力は初代NK細胞で試験された。EC50値及び最大溶解値は、GraphPad Prismソフトウェア(4つのパラメーターのロジスティック非線形回帰曲線適合モデル)を使用して細胞溶解曲線から導き出された。
多重特異性試薬(PSR)への非特異的結合
PBSF中の50μLの100nM TriNKETまたは対照mAbを、事前に洗浄した5μLのプロテインAダイナビーズスラリーとともに室温で30分間インキュベートした。TriNKETまたはmAbに結合した磁気ビーズを磁気ラック上に60秒間放置し、上清を廃棄した。結合したビーズを100μLPBSFで洗浄した。ビーズは、ストックから25倍に希釈された50μLのビオチン化PSR試薬とともに氷上で20分間インキュベートした(Xu et. al.,(2013)Protein engineering design and selection,26,663-670)。試料を磁気ラックに置き、上清を廃棄し、100μLのPBSFで洗浄した。TriNKETまたは対照mAbへのビオチン化PSR試薬の結合を検出するための二次FACS試薬は、次のように作成された:1:250μLのストレプトアビジン-PE及び1:100のロバの抗ヒトFcを、PBSF中で組み合わせた。各試料に100μLの二次試薬を加え、氷上で20分間インキュベートさせた。ビーズを100μLPBSFで2回洗浄した。試料はBDFACS Celestaで分析した。2つのPSR対照、リツキシマブ(PSR陽性)及びトラスツズマブ(PSR陰性)をアッセイに使用した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:PBSF(1X PBS pH7.4+ 0.25%BSA)(Dragonfly Tx)、Dynaビーズ(Invitrogen;10001D)、ストレプトアビジン-PE(Biolegend;405204)、及びロバ抗ヒトFc Ab(Jackson ImmunoResearch;709-096-149)。
HuProt商標アレイを用いたHigh-Spec(登録商標)交差反応性アッセイ
AB0089の特異性は、マイクロスライドに固定化されたネイティブHuProtヒトプロテオームアレイに対して0.1μg/ml及び1μg/mlの濃度で試験した。アッセイは、CDI研究所(Baltimore,MD)で実施された。
免疫原性評価
Cohen et al.(2013)Mol Cancer Ther,12,2748-59に記載されているように、EpiVaxのEpiMatrixプログラムを全ての計算に使用した。
分子モデリング
分子モデリングは、SAbPred Webサイトを使用して実行された(opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/). CLEC12A及びNKG2D結合アームは、Therapeutic Antibody Profiler(TAP)を使用して、377のフェーズI後の生物療法分子と比較した。TAPは、ABodyBuilderを使用して、PEARSによる側鎖を有するAB0089のモデルを生成した。このループは全てのCDRの中で最も多様であるので、CDRH3はMODELLERによって構築した。
5つの異なるパラメーターを評価した:
1.CDRの全長
2.CDR付近の表面疎水性(PSH)のパッチ
3.CDR付近の正電荷(PPC)のパッチ
4.CDR付近の負電荷(PNC)のパッチ
5.CLEC12A結合scFv及びNKG2D結合Fabの構造Fv電荷対称パラメーター(sFvCSP)
開発可能性
HST、pH6.0での加速(40℃)安定性
AB0089ロットAB0089-002を濃縮し、Amicon Ultra15 30Kデバイスを使用して、20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH6.0(HST、pH6.0)に透析濾過した。回収された試料の濃度は、A280によって決定され、試料はHST緩衝液を用いて20mg/mlに希釈した。0.2mlのアリコートを対照として-80℃ですぐに凍結し、2つの0.15mlのアリコートを40℃で暗所に保管した。2週間後と4週間後にアリコートを取り出し、分析まで-80℃で直ちに凍結した。下の材料/試薬を使用した:
●Amicon Ultra15遠心分離フィルター(30K MWCO)(Millipore;UFC903024)
●塩酸、10N(RICCA;3770-32)
●L-ヒスチジン(MP Biomedicals;101954)
●水酸化ナトリウム、10N(JT Baker;5000-03)
●スクロース(VWR;M117-500G)
●Tween(登録商標)-80(VWR;0442-1L)
CST、pH7.0での加速(40℃)安定性
AB0089ロットAB0089-002を濃縮し、Amicon Ultra15 30Kデバイスを使用して、20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0に透析濾過した。回収された試料の濃度は、A280によって決定され、その試料はCST緩衝液を用いて20mg/mlに希釈した。0.4mlのアリコートを、対照として-80℃で直ちに凍結し、4つの0.15mlのアリコートを40℃で暗所に保管した。アリコートを毎週取り出し、直ちに-80℃で分析まで凍結した。下の材料/試薬を使用した:
●Amicon Ultra15遠心分離フィルター(30K MWCO)(Millipore;UFC903024)
●塩酸、10N(RICCA;3770-32)
●クエン酸ナトリウム二水和物(Fisher Chemical;S466)
●水酸化ナトリウム、10N(JT Baker;5000-03)
●スクロース(VWR;M117-500G)
●Tween(登録商標)-80溶液(10%)(Sigma:PB192-10ML)
強制酸化
AB0089ロットAB0089-002は、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)を使用して1mg/mlに希釈した。6.7μLの3% 過酸化水素を、AB0089の1.0mlアリコートに添加して、0.02%過酸化水素という最終濃度を得た。AB0089の酸化は、暗所で、室温で24時間進行させた。24時間後、Amicon Ultra 0.5mL 10K MWCOデバイスを製造業者の指示に従って使用して、試料をPBS、pH7.4に緩衝液スイッチした。酸化されていない対照(0.5mL)は-80℃で保存した。下の材料/試薬を使用した:30%過酸化水素(VWR;BDH7690-1)、Gibco PBS pH7.4(1x)(ThermoFisher;10010-031)、及びZeba脱塩カラム(Thermo Scientifc;89890)。
pH5のストレス
濃縮AB0089ロットAB0089-002を20mM酢酸ナトリウム、pH5.0を使用して1.0mg/mlに希釈した。濃度は、Nanodrop One分光光度計を備えたA280によって確認された。試料は分割された。半分は対照として-80℃で保存し、残りの半分は40℃で2週間インキュベートした。インキュベーション後、試料は分析まで-80℃で保存した。酢酸ナトリウム緩衝液(1m、pH5.0)(Boston Bioproducts;BB-60)を使用した。
pH8のストレス
濃縮AB0089ロットAB0089-002を、20mM Tris、pH8.3を使用して1.0mg/mlに希釈した。濃度は、Nanodrop One分光光度計を備えたA280によって確認された。試料は分割された。半分は対照として-80℃で保存し、残りの半分は40℃で2週間インキュベートした。インキュベーション後、試料は分析まで-80℃で保存した。TrisのpKaは温度に依存する。25℃で測定されたTris(pH8.3)は、40℃で約8.0のpHを有すると予想される。トリス緩衝液(1m、pH8.3)(Boston Bioproducts;LT-783)を使用した。
凍結/解凍
CST、pH7.0緩衝液中の20mg/mlのAB0089ロットAB0089-002の3つの0.1mlアリコートを、発泡スチロールの容器内で-80℃で凍結/解凍のサイクルに供して、凍結プロセスを遅くした。サイクル2、4、及び6で、アリコートを取り出し、分析まで-80℃の保管場所に移した。
攪拌
20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、pH7.0または20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01% Tween(登録商標)-80、pH7.0中の10mg/mlのAB0089ロットAB0089-002の0.5mlのアリコートをディープウェルプレート(Thermo、#278752)に加え、その場所を密閉し、ホイルで覆い、室温で300rpmで3日間振とうした。3日後、プレートをスピンダウンし、A280(濃度)、A340(濁度)、及びSEC(凝集)で分析した。
低pH保持
AB0089を、MabSelectSure Protein Aカラムでキャプチャーし、100mMグリシン、pH3.0で溶出した。ピーク画分をプールし、12mlのプロテインA溶出液を、100mMグリシンpH3.0緩衝液でpH3.3に調整した。pHを調整した溶出液を、室温で保持した。1.5時間後、その溶出液を1.0MのTris-HCl、pH8.3を使用して中性pHにした。pH保持試料は、陽イオン交換クロマトグラフィーによってさらに精製した。最終生成物は、分析のためにPBS pH7.4に緩衝液交換して、指定AB0089ロットAB0089-003を受けた。
高濃度
AB0089ロットAB0089-002は、PBS、pH7.4で30kDaの分子量カットオフデバイスを使用して濃縮した。濃度はNanodrop上のA280によって決定し、製品の品質は上記のようにSECによってモニターした。
サイズ排除クロマトグラフィー(TSKgel G3000SWxl)
開発可能性試料の評価には、以下の方法を使用した。50μgの試験物質を1260 Quat Pump、1260 Vialsampler、1260VWDを備えたAgilent 1260 Infinity II高圧液体クロマトグラフィー(HPLC)機器に注入した。その試料は、東ソーTSKgel G3000SWxl、内径7.8mm×30cm、5μmカラムで分離した。SEC泳動緩衝液は、PBS、pH7.0で、0.50ml/分で流動した。吸光度は214nm及び280nmの両方でモニターして、ピーク面積は手作業で積分し、高分子量種(HMWS)、低分子量種(LMWS)、及び単量体のパーセントを報告した。下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:ゲル濾過標準(Bio-Rad;1511901)、SEC緩衝液(20mM一塩基性リン酸ナトリウム一水和物/二塩基性リン酸ナトリウム七水和物、0.3m塩化ナトリウム、pH7.0)(Boston BioProducts;C-5194D)、及びTSKgel G3000SWxl、7.8mmx30cm、5μmカラム(東ソー;08541)。
LC-MS/MSトリプシンペプチドマッピング
簡単に説明すると、50μgのAB0089を、250mM Tris、pH8.5中の6M塩酸グアニジンで希釈し、ジスルフィド結合を、25mMジチオスレイトールを用いて40℃、サーモミキサー中で30分間還元した。次に、還元されたシステインを、暗所で室温で60分間、50mMのヨードアセトアミドでアルキル化した。還元及びアルキル化されたタンパク質を、50mM Tris、pH8.0に緩衝液スイッチし、トリプシンを使用して(1:25の酵素:基質)37℃で1時間消化した。LC-MS/MSを、QExactive+質量分析計にカップリングされたThermo Vanquish UHPLCで実行した。簡単に説明すると、5μgのタンパク質消化物を、0.3ml/分で2%~40%のアセトニトリル勾配を使用して、Waters UPLC BEHペプチドC18カラム(2.1x150mM)で150分かけて分離した。質量スペクトルは、フルMSスキャンの場合は35,000の解像度で、及びTop10のMS/MSスキャンの場合は17,500の解像度で、ポジティブモードで、230-2000m/zから取得した。Byos PTMワークフロー(Protein Metrics)を使用してUPLC-MS/MSファイルを分析した。ペプチドは、正確な質量、及びAB0089配列を検索するMS/MSを用いて特定した。ペプチド同定の設定は次のとおりであった。
●前駆体の質量誤差範囲6.00ppm
●フラグメントの質量誤差範囲20.00ppm
●切断部位(複数可)RK、C末端
●消化特異性完全に特異的
●逃した開裂2
●修飾カルバミドメチル/+57.021464 @ C、修正済み
●DTT/+151.994915 @ C
●酸化/15.994915 @ M、W
●デチオメチル/-48.003371 @ M
●脱アミド化/+0.984016 @ N、Q
●パイロ-Glu/-17.026549 @ NTerm Q
●パイロ-Glu/-18.010565 @ NTerm E
●カルバミル/+43.005814 @ NTerm、K、R
●アセチル/+42.010565 @ プロテインNTerm
●アンモニア損失/-17.026549 @ N
●二酸化/+31.989829 @ W
●キヌレニン/+3.994915 @ W
●N-グリカン50共通
以下の材料/試薬(供給業者;カタログ番号)を使用した:
●アセトニトリル中の0.1%ギ酸(JT Baker;LC441-2.5)
●水中の0.1%ギ酸(JT Baker;LC452-2.5)
●ギ酸(Thermo Scientific;28905)
●グアニジンHCl(Alfa Aesar;A13543)
●塩酸、6 N(Avantor;4103-01)
●計量しないジチオスレイトール(Thermo Scientific;20291)
●計量しないヨードアセトアミド(Thermo Scientific;90034)
●水酸化ナトリウム、6N(Avantor;5672-02)
●Tris Base(Avantor;4109-01)
●トリプシン(Thermo Scientific;90057)
●UPLC BEHペプチドC18カラム(2.1x150mM)(Waters;186003556)
●Zebaスピン脱塩カラム(Thermo Scientific;89882)
結果
発見
ハイブリドーマサブクローン16B8.C8(配列最適化AB0089及びその前駆体AB0237が由来)は、組換えヒトCLEC12A-Hisタンパク質によるBALB/cマウスの免疫化を通じて開発した(図104)。免疫化プロセス、抗体スクリーニング、組換え及び細胞表面で発現したCLEC12A結合の評価、及びエピトープビニングの詳細な説明が記載されている。
AB0237の開発可能性評価中に、CLEC12A結合scFvのCDRH3でアスパラギン酸異性化のライアビリティを確認した。単一アミノ酸置換によって、または標的酵母ディスプレイアプローチ(「DS」または「S」の無作為化)によってこのライアビリティを取り除く試みは、低い発現収量及びCLEC12Aへの結合の有意な喪失をもたらし、これによって、このモチーフがCDR構造を維持するために重要であり得ることが示唆される。従って、CLEC12Aの親和性をさらに向上させるために、CDRH3及びCDRH2の最適化に焦点を当てた親和性成熟の取り組みを行い、最適化されたCDRH3のバックグラウンドでDS配列をDTに置き換えた。さらに、フレームワーク内のマウスの逆突然変異の数を減らすことにより、分子のヒトらしさを改善しようとした。CDRアーキテクチャを維持するために他の逆突然変異が必須ではないのに対し、位置H83で1つの逆突然変異だけが必要であると本発明者らは、仮定した。単一の逆突然変異を含む最適化されたscFvフレームワークは、pET1596という名前にして、全ての追加遺伝子操作のバックグラウンドとして使用した。その後、(H94)Kの逆突然変異が復活し、分子の安定化がさらに促進された。これらの工学的努力の結果、異性化のライアビリティを取り除き、ヒトらしさを向上させながら、ヒトCLEC12Aに対する高い親和性及びAMLがん細胞株に対する効力を保持するAB0089分子の発見がもたらされた。
配列の最適化
CDRH3に焦点を当てた無作為化された親和性成熟ライブラリー
酵母ディスプレイ親和性成熟ライブラリー(ライブラリー17と呼ばれる)は、上記のように、一度に1つずつ、各位置でpET1596のCDRH3残基(YDYDDSLDY、配列番号139)を変異することによって、または2つのアミノ酸残基を全ての20アミノ酸に変更することによって、首尾よく生成された。ライブラリー17においてhCLEC12Aに向かってより高い親和性を有するscFvを濃縮するために、3ラウンドの選択を、ビオチン化CLEC12A-Hisを1nMで(第1及び第2ラウンドの選択、図105 A、B)及び0.1nMで(第3ラウンドの選択;図105C)用いて行った。親クローンpET1596とライブラリークローンの間の親和性を比較し、正確に区別することが可能で、これによってリアルタイムでの定量的選択が可能になった(図 105B、C、D)。クローンを単離するための3ラウンドのFACSソーティングの後、親クローン
Figure 2023508942000167
(配列番号322)と比較して2つのアミノ酸の相違を含む1つのクローンは、親クローンよりもCLEC12Aに対して高い結合親和性を示した(図105 D、E)。
CDRH3に焦点を当てた組み合わせ親和性成熟ライブラリー
CDRH3に焦点を当てたライブラリーからの結果は、親和性の改善を示したが、さらなる改善が非常に望まれていた。したがって、ライブラリー30は、CDRH2組み合わせライブラリー(WSGGK(配列番号138)を、
Figure 2023508942000168
(配列番号323),
Figure 2023508942000169
(配列番号324)、
Figure 2023508942000170
(配列番号325)、
Figure 2023508942000171
(配列番号326)、
Figure 2023508942000172
(配列番号327)、
Figure 2023508942000173
(配列番号328)、
Figure 2023508942000174
(配列番号329)、
Figure 2023508942000175
(配列番号330)、
Figure 2023508942000176
(配列番号331)、
Figure 2023508942000177
(配列番号332)、
Figure 2023508942000178
(配列番号333)、
Figure 2023508942000179
(配列番号334)(ここでX=任意のアミノ酸)に、最適化されたCDRH3骨格中に組み込むことによって作成された。目標は、親クローン(pET1596)またはCDRH3最適化バリアントよりも親和性の優れたバインダーを設計及び選択することであった。これにより、固定CDRH3を保持しながら、無作為化されたCDRH2を使用してライブラリーを作成した。この親和性成熟酵母ディスプレイライブラリー(ライブラリー30)で2ラウンドのFACSソーティングを実施して、高親和性バインダーを濃縮した(図106)。
2ラウンドのFACSソーティング後、
Figure 2023508942000180
(配列番号322)CDRH3バックグラウンド上のCDRH2におけるWSGGK(配列番号138)から
Figure 2023508942000181
(配列番号272)への変化を有する1つのクローンは、CLEC12Aに対して最も高い親和性を示した(図107)。このクローンは、親のpET1596及びAB0237と比較してCLEC12A親和性の有意な改善を示した。
DS配列ライアビリティの修復
親和性成熟クローンが同定されたら、部位特異的変異誘発を使用して、合理的なバリアント(CDRH3:
Figure 2023508942000182
(配列番号322)から
Figure 2023508942000183
(配列番号273))を生成して、その結果、標的への高親和性結合を維持しながら、異性化のライアビリティを含まないCLEC12A標的化scFvを得る。最適化されたAB0089分子とAB0237のCDRの比較を 表124に示す。
Figure 2023508942000184
親和性成熟の結果として得られた配列の相違には下線が引かれている。部位特異的変異誘発(DSからDT)によって得られた異性化ライアビリティの補正は緑色で示されている。
構造モデリングに基づいて、CDR構造の追加サポートを提供するために、位置H94にマウス残基を再導入することにした。AB0089には、CLEC12A結合scFvのVHのH83及びH94の位置に2つのマウス残基しか含まれていないが、AB0237には5つのマウスの逆突然変異がある。残りの逆突然変異はヒトの生殖細胞系列に戻され、これによってAB0089のヒトらしさが向上した(表125)。
Figure 2023508942000185
分子フォーマット及びデザイン
AB0089は、CLEC12Aを発現するがん細胞に対してNK細胞とT細胞の活性をリダイレクトするヘテロ二量体の三機能性抗体である。AB0089は、3つの鎖:鎖H、鎖L、及び鎖Sを含む。AB0089分子の概略図は、図108に示されている。鎖Hは、NK細胞及び細胞傷害性T細胞上のNKG2D受容体の強力なアゴニストでありながら、親和性が低いために選択されたA49M-INKG2D標的抗体の重鎖である。M-I変異は、酸化に敏感であり、そのため潜在的なライアビリティを示し得るCDRH3のMet102残基を排除するために導入された。鎖Lは、NKG2Dを標的とする抗体A49M-Iの軽鎖である。鎖Sには、AMLがん細胞上のCLEC12Aに高い親和性で結合するscFvが含まれている。scFvドメインとFabドメインの両方がヒトIgG1Fcに融合している。両方の鎖は、2つのFc単量体の安定したヘテロ二量体化を確実にするために導入されたCH3ドメインにいくつかの変異を有する。AB0089のIgG1Fcには7つのそのような変異がある:鎖Hの3つの変異及び鎖Sの4つの突然変異。これらの変異のうち2つは鎖Hと鎖Sとの間の安定化S-S架橋(Y349C及びS354C)の形成に関与している(EUの命名法)。鎖SのscFv(VH-VL方向)は、S-S架橋((H44)C及び(L100)C、Chothia命名法)を導入する2つの変異によって安定化される。鎖Sには、scFvのVHとVLの間に (GS)非免疫原性リンカーも含まれている。CLEC12Aを標的とするscFvのアミノ酸配列は、ハイブリドーマ(Green Mountain Antibodies)から得られたヒト化16B8.C8抗体の配列に基づいている。NKG2D Fabのアミノ酸配列は、ヒト酵母ディスプレイ技術(Adimab)を使用して得られた完全ヒト抗体A49M-Iに基づいている。
アミノ酸配列
AB0089を構成する3つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列を以下に示す。CDRは、Chothiaの命名法を使用して定義され、表126に示されている。IgG1で一般的に処理及び切断されるC末端Kは、不均一性を防ぐために鎖S及び鎖Hでは欠失される。
鎖S:CLEC12A標的化scFv-CH2-CH3(ヒト化配列、CDRはイタリック体、逆突然変異は二重下線、操作されたscFvジスルフィドは小文字、ならびにヘテロ二量体化及び操作されたCH3ジスルフィドのFc変異は単一下線)。
Figure 2023508942000186
(配列番号276)
鎖H:NKG2D標的化VH-CH1-CH2-CH3(完全ヒト、CDRはイタリック体、ヘテロ二量体化のためのFc変異、及び操作されたCH3ジスルフィドには下線が引かれている)。
Figure 2023508942000187
Figure 2023508942000188
(配列番号260)
鎖L:NKG2D標的化VL-CL(完全ヒト、CDRはイタリック体で示されている)。
Figure 2023508942000189
(配列番号261)
Figure 2023508942000190
CDRの潜在的な配列ライアビリティの分析
鎖L(NKG2D結合軽鎖)には予測されるライアビリティはない。鎖H(NKG2D結合重鎖)はCDRH3にDPを有する。このモチーフは、強制分解の影響を受けない(他の構築物と同様に、データは示していない)。そのため、この配列はAB0089では変更されていない。鎖S(CLEC12A結合scFv-Fc鎖)には予測されるライアビリティはない。
ヘテロ二量体化変異の説明
EUの番号付け規則を使用して、Fcのアミノ酸残基に注釈を付けた。
鎖Hには、以下の変異が含まれている。
K360E -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
K409W -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
Y349C -Fc領域のCH3ドメインにおけるサブユニット間ジスルフィド安定化変異。
鎖HのFc領域のK360E/K409W変異は、疎水性/立体構造相補性に加えて長距離静電相互作用に起因して、鎖Sとのヘテロ二量体に有利な相互作用をもたらすように設計されている(Choi et al.,(2013)Mol Cancer Ther,12,2748-59;Choi et al.,(2015)Mol Immunol,65,377-83)。変異Y349Cは、追加の鎖間ジスルフィド結合Y349C-(CH3-鎖H)- S354C(CH3-鎖S)対を生成するために導入された(Choi et al.,(2015)Mol Immunol,65,377-83)。
鎖Sには、以下の変異が含まれている。
G44C -scFvのV領域におけるジスルフィド安定化変異。
S100C -scFvのV領域におけるジスルフィド安定化変異。
Q347R -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
D399V -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
F405T -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
S354C -Fc領域のCH3ドメインにおけるサブユニット間ジスルフィド安定化変異。
変異G44C及びS100Cは、VHとVLの間の操作されたジスルフィド結合によってscFvを安定化するために導入された。ジスルフィド安定化は、scFvの構造的及び熱的な安定性を改善する。鎖SのFc領域のQ347R/D399V/F405T変異は、疎水性/立体構造相補性に加えて長距離静電相互作用に起因して、鎖Hとのヘテロ二量体に有利な相互作用をもたらすように設計された(Choi et al,(2013)Mol Cancer Ther,12,2748-59)。変異S354Cは、Y349C(CH3-鎖H)- S354C(CH3-鎖S)対との追加の鎖間CH3ジスルフィド結合を生成するために導入した(Choi et al,(2015)Mol Immunol,65,377-83)。
鎖Hと鎖Sのヘテロ二量体化は、相互作用の対K409W(CH3A)-D399V/F405T(CH3B)(W-VT対と呼ばれる)及びK360E(CH3A)-Q347R(CH3B)(ER対と呼ばれる)を有する、いわゆるEW-RVTと呼ばれる5つの変異に基づいており、これは、保存された静電相互作用を非対称の疎水性相互作用に置き換え、それぞれ、ヘテロ二量体CH3インターフェースのリムに非対称の長距離静電相互作用を追加するように設計された(Choi et al.,(2013)Mol Cancer Ther,12,2748-59)。ヘテロ二量体のCH3A-CH3B界面の詳細な分析により、天然のIgG1 Fcと比較して、界面での変異に起因する構造的摂動がほとんどないことが明らかになった(図109)。Fc-EW-RVTの界面変異に隣接する残基の主鎖及び側鎖の高次構造は、変異した残基の側鎖置換を除いて、Fc-WTの高次構造とほぼ同じである(図109A)。W-VT変異対の残基、すなわち、K409W(CH3A)-D399V(CH3B)/F405T(CH3B)は、ほとんど埋もれたCH3A-CH3B界面で相補的接触を形成するために近接しており(図109B)、これによってW-VT対が最適な疎水性相互作用を形成することによってCH3A-CH3B間の疎水性界面を強化することが示唆される。ER変異対の残基K360ECH3A-Q347RCH3Bは、野生型KQ対(4.61Å)とは異なり、塩橋を形成するために3.45Åに十分に接近して配置され(図109C)、強い静電相互作用によるヘテロ二量体の優先的形成に寄与する。したがって、Fc-EW-RVTに導入された変異残基は、CH3A-CH3B界面で非共有相互作用を形成し、CH3ドメイン構造全体に大きな構造的摂動を与えることなくヘテロ二量体形成を促進する。
設計により、W-VT対残基(K409W(CH3A)-D399V(CH3B)/F405T(CH3B))及びER対残基(K360E(CH3A)-Q347R(CH3B))は、ヘテロ二量体CH3界面にあり、それぞれ3.45Åで非対称の相補的疎水性相互作用及び静電相互作用を形成し、これはヘテロ二量体を優先する。一方、それぞれのホモ二量体の形成は、409WCH3AとF405CH3A残基との間の立体衝突、及び347R(CH3B)とK360(CH3B)残基との間の反発静電相互作用に起因して、熱力学的に不利であった。K409WT-D39WTの野生型静電相互作用残基が失われると、ホモ二量体の形成も抑制される。ヘテロ二量体のさらなる安定化は、Y349C(CH3A)及びS354C(CH3B)変異を有するCH3間ジスルフィド結合EW-RVT(S-S)バリアントによってもたらされる(図110)。Fc-EW-RVT(S-S)のX線構造は、2.5Åの分解能で描写されており(Choi et al.,(2015)Mol Immunol,65,377-83)、既知のIgG1構造と極めて類似していた。
構造モデリング
結晶構造がない場合、CLEC12A及びNKG2D結合アームの可変セグメントの構造モデルを比較のために生成した。分子モデリングは、SAbPredウェブサイト(opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/)を使用して実行された。
AB0089のCLEC12A結合アームの表面電荷分布及び疎水性パッチ分析
図111は、3つの異なる方向でのCLEC12A結合scFvのリボン図モデル(上のパネル)、及び同じ方向のそれらの対応する表面電荷分布(下のパネル)を示している。抗CLEC12A scFvの電荷分布は分極化されており(「上面図」、下のパネル)、負に帯電した残基が主にCDRH3及びCDRL2内に存在する。パラトープ上の静電パッチの不均一な分布は、標的に関連している可能性が高く、同族のエピトープ上の電荷分布の相補性を反映している可能性があり、これは、CLEC12AとAB0089のscFvとの間の高親和性相互作用に寄与し得る。
図112は、AB0089のCLEC12A標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。分析は、治療用抗体プロファイル(TAP):opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/tap を使用して実行された。377の後期治療用抗体を参照して候補を比較する。AB0089のCLEC12A結合アームのCDRの長さは、後期治療用抗体の正常範囲内である。抗体のCDRの疎水性パッチ分析によって、その開発可能性が予測される。AB0089のCLEC12A結合アームの理論的な疎水性特性は、商業化された生物療法薬及び後期治療用抗体候補の基準の十分に範囲内である。
図113は、正電荷及び負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。3つのチャートは全て、電荷分布が治療用抗体の母集団と比較して標準内にあることを示している。
AB0089のNKG2D結合アームの表面電荷分布及び疎水性パッチ分析
NKG2D結合Fabは、3つの異なる配向を有するリボン図に示され(図114、上部パネル)、同じ配向での対応する表面電荷分布が示される(図114、下部パネル)。NKG2D結合アームの表面電荷は、CLEC12A標的化アームの電荷よりも均一に分布している。
図115は、AB0089のNKG2D標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。CDRの長さ、疎水性、及び正/負の電荷分布は、既存の治療用抗体の基準の範囲内であると思われる。
図116は、正電荷及び負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。3つのチャートは全て、この電荷分布が治療用抗体の母集団と比較して標準内にあることを示している。
フレームワーク評価
AB0089のCLEC12A結合アームは、マウスの免疫化によって発見された。CDRグラフト化のために選択されたフレームワークは、臨床段階の治療用モノクローナル抗体で頻繁に使用される(図117)。NKG2D結合アームは完全ヒトであり、進行期のmAbで頻繁に使用されるフレームワークに基づいており、異常な残基も生殖細胞系列からの逸脱も含まれていない。
免疫原性の予測
AB0089の3つの鎖のタンパク質配列を、潜在的に免疫原性のT細胞エピトープの存在について調べ、EpiMatrixアルゴリズムを使用して免疫原性の可能性をランク付けした(図118)。AB0089は、Treg調整免疫原性タンパク質スケールで良好なスコアを示す。AB0089の3つの鎖の配列のTreg調整EpiMatrixタンパク質スコアは、-33.39(鎖H)、-27.13(鎖S)、及び-23.49(鎖L)である(表127)。AB0089の免疫原性の予測リスクは低いようである。
Figure 2023508942000191
発現
AB0089の発現は、Dragonfly Tx F3’TriNKETプラットフォーム精製法を使用して達成された。簡単に説明すると、AB0089は、NKG2D標的化軽鎖(鎖L)、NKG2D標的化IgG重鎖(鎖H)、及びCLEC12A標的化scFv-Fc融合(鎖S)をコードする3つのプラスミドによるExpi293及びExpiCHO細胞の一過性トランスフェクションによって発現された。Expi293とExpiCHOの両方の発現について、鎖 S:鎖 H:鎖Lは、所望のヘテロ二量体生成物の割合を最大化するためプラスミド比4:1:1でトランスフェクトした。この比率は、以前のヒト化TriNKETに基づいて経験的に得られたものであり、AB0089用に特別に最適化されたものではない。
精製
AB0089の精製は、Dragonfly Therapeuticsによって開発されたF3’TriNKETプラットフォーム精製法を使用して実行された(図119)。この精製プロセスは、多くの異なるTriNKETのExpi293、ExpiCHO、及びCHO-M細胞培養で発現される材料に以前から適用されている。AB0089精製のための最適化または広範なプロセス開発は実施しなかった。2段階の精製プロセスを採用した。
一過性にトランスフェクトされたExpiCHO及びExpi293細胞で2ロットのAB0089を生成した。表128は、両方のロットの力価及び最終製品の純度をまとめたものである。ExpiCHOで発現されたAB0089ロットAB0089-002の精製は、以下に詳細に説明する。
Figure 2023508942000192
プロテインAキャプチャー
AB0089は上記のようにExpiCHO細胞株で発現された。約5.7リットルの濾過された上清を、プロテインAカラムにロードした。ロード流量は10ml/分であった(298cm/h;3.3分の滞留時間)。キャプチャーステップの収量は、約752mgであった。図120は、キャプチャーステップのクロマトグラムを示している。
SEC分析によると、プロテインA溶出液は、23.4分で溶出する主に望ましいヘテロ二量体AB0089種(約88.8%)を含んでいる(図121)。不純物には、HMW凝集物及びごく少量のLMWが含まれる。
プロテインAのロード、フロースルー、及び溶出液のSDS-PAGE分析は、フロースルー試料にAB0089バンドがないことに基づいて、AB0089のキャプチャーが完了したことを示している。プロテインA溶出レーンは主にTriNKETを示し、SECによって観察されたHMW及びLMWピークに対応する追加のバンドがある(図122)。
陽イオン交換クロマトグラフィー
プロテインA溶出液は、7ml/分の流速で操作される(371cm/h;3.2分の滞留時間)Poros XSカラム(1.2cmDx20cmH)を使用する陽イオン交換クロマトグラフィーによってさらに精製された。導電率が約20mS/cmに達したとき、生成物は15%B溶出ステップで溶出し始めた(図123)。溶出画分のSDS-PAGE分析は、最初の5つの画分に高純度の生成物を示している(図124)。SDS-PAGEは、混入している生成物関連タンパク質の存在を示しているので、ピークのテール画分は、IEX生成物プールから除外した。
IEX画分を濃縮すると、約401mgの精製AB0089が得られた。プールした画分を透析によりPBS pH7.4に緩衝液交換した。緩衝液交換後のAB0089収量は、最終濃度9.66mg/mlで約391mgであった(AB0089ロットAB0089-002)。AB0089ロットAB0089-002生産の収量及び回収率を 表129にまとめている。
Figure 2023508942000193
cyno(カニクイザル)研究で使用されるAB0089ロットAB0089-002の特性評価
cyno研究での使用を目的としたAB0089ロットAB0089-002は、純度、同一性、標的への結合、及び効力について広範囲に特徴付けられた。試験された全ての基準は仕様を満たしていた。
SDS-PAGEによる純度
最終試料のSDS-PAGEによって、主要なバンドが、還元されたAB0089と還元されていないAB0089の両方で予想される分子量と一致することが示された(図125)。
分析SECによる純度(Superdex 200)
精製されたAB0089ロットAB0089-002のSEC分析は、積分されたピーク面積によって決定されるように100%の単量体を示した(図126)。
インタクトな質量分析による同一性
AB0089(ロットAB0089-002)の同一性は、質量分析によって裏付けられた(図127)。インタクトなAB0089のLC-MS分析は、126,129.1 Daの理論質量とよく一致する観測された質量(126,130.0Da)を示した。観察された主なグリコシル化パターン(G0F/G0F)は、CHO細胞で発現されるFc含有分子に典型的である。
エンドトキシン
最終的なAB0089ロットAB0089-002のエンドトキシンレベルは、0.259EU/mgであった。全てのアッセイパラメーターは仕様を満たしていた。
生化学的及び生物物理学的特性
AB0089は、SEC、CE、cIEF、HIC、及びDSCによって特徴付けられ、優れた生物学的治療薬の適切な純度及びプレ開発可能性の特性を備えていることを裏付けている。
純度
AB0089の精製は、CE-SDSによって決定された(図128)。非還元条件下では、主要な不純物は方法によって誘導される(遊離軽鎖及びTriNKET -LC)。還元条件下では、3つの予想される鎖(LC、HC、及びscFv-Fc鎖)が観察される。SEC、NR、及びRCE-SDSによって決定されたAB0089ロットAB0089-002の純度を 表130に要約する。
Figure 2023508942000194
cIEFによる実験的なpI及び電荷プロファイル
AB0089の電荷プロファイルをcIEFで分析した(図129)。AB0089は、8.52±0.0のpIで主要なピークを示した。いくつかのより少量の、重複する酸性ピーク及びマイナーな塩基性ピークも観察される。
HICによって評価された疎水性。
AB0089の疎水性は、HICによって評価した(図130、表131)。クロマトグラムは単一の狭いピークを表し、この分子が非常に純粋で均質であることを示していた。HICの保持時間は10.2分で、市販されているモノクローナル抗体の正常な挙動の範囲内である(8.9~13.5分、データは示していない)。
Figure 2023508942000195
DSCによる熱安定性
AB0089の熱安定性は、いくつかの緩衝液(PBS pH7.4、HST pH6.0、CST pH7.0)でDSCによって評価された。AB0089は、試験した全ての緩衝液で高い熱安定性を示した(図131)。scFvの展開に対応するT1は熱安定性の評価(表132)に利用される65℃以上の基準を満たしていた。
Figure 2023508942000196
ジスルフィド結合の割り当て
AB0089は、モノクローナルIgG1抗体の主鎖に基づいて操作された分子である。典型的なIgG1には16個のジスルフィド結合が含まれているが、AB0089のF3’フォーマットには15個のジスルフィド結合しかない。AB0089の半分は抗NKG2Dの半分の抗体であり、したがって、予想される7つのジスルフィド結合(各IgGドメインに1つ、及びLCをHCに接続する分子間ジスルフィド)が含まれている。AB0089の残りの半分は、抗CLEC12A scFv-Fc融合物である。scFvには3つのジスルフィド結合(各抗CLEC12A VH及びVLドメインに1つ、及び可変ドメインを架橋する操作された安定化ジスルフィド)が含まれ、FcにはIgGドメインに2つの予想されるジスルフィドが含まれる。ヘテロ二量体は、2つのネイティブIgG1ヒンジジスルフィド、及びFab-FcをCH3ドメインのscFv-Fcに接続する1つの追加の分子間操作ジスルフィドと共有結合している。まとめると、これはAB0089で15の予想されるジスルフィド結合をもたらす。AB0089の予測されるジスルフィドマップを図132に示す。
AB0089のジスルフィド結合の接続性は、非還元消化物のLC-MS/MSペプチドマッピング分析によって確認した。ジスルフィド結合ペプチドは、MS/MSデータベース検索と、ネイティブ消化と縮小消化での強度を比較することで確認された。トリプシン消化では、VL及び操作されたジスルフィド対は、LC-MSMSデータでは観察されない、2つのシステインを含む長いペプチド(2つのジスルフィド結合によって接続された3つのペプチド、S7:S36:S22)によって接続される。操作されたscFv安定化ジスルフィドを検出するために、AB0089をトリプシンとキモトリプシンの両方で消化した。図133は、scFv(非還元及び還元)の操作されたジスルフィド対の抽出イオンクロマトグラム(XIC)、及びそのペプチド対の最も強い電荷状態を示している。VLジスルフィド対は、おそらくカラムに保持するには小さすぎ、かつ親水性であるのでトリプシン/キモトリプシン二重消化では観察されなかった。他の全てのジスルフィドは、トリプシンのみで消化した後に同定され、Fcヘテロ二量体化を安定化するために導入された、操作されたS-S架橋を含んだ(図134)。
AB0089で観察されたジスルフィド結合ペプチドのまとめを 表133に示す。観察された全てのジスルフィド連結ペプチドは、高い質量精度を有し(<4ppm)、還元可能であり、MS/MS断片化により配列確認された。
Figure 2023508942000197
結合特徴
ヒトCLEC12Aに対する結合親和性
ヒトCLEC12Aに対するAB0089の親和性は、37℃でのSPRによって決定された。AB0089は、ヒトCLEC12Aに高い親和性で結合する(図135及び表134)。ただし、結合は不均一性を示し、通常の1:1の結合反応速度論には従わない。以下及び図136に記載の実験によって、2状態結合機構が確立され、データを適合するために2状態モデルを使用することが正当化された。テポジタマブ(Merus)のCLEC12A結合アームでも、同様の2状態反応速度が観察された。
Figure 2023508942000198
2状態結合モデルは、2セットの速度定数によって定義される2つの結合段階を想定している。
1.最初のCLEC12A-AB0089複合体の形成
2.最初の複合体からより安定した最終的な複合体への移行
Figure 2023508942000199
この機構は、SPR実験での会合時間が長くなると、表面でより安定した複合体の比率が高くなり、見かけの解離速度が遅くなることを意味する。AB0089及びテポジタマブベースの分子の両方が、会合時間依存の見かけの解離速度を有し、したがって、二状態相互作用モデルを裏付ける(図136)。
CLEC12A+同質遺伝子及びがん細胞株への結合
CLEC12A及びAMLがん細胞を発現する同質遺伝子細胞株へのAB0089結合の評価は、FACSによってモニターされた(図137、表135)。AB0089は、細胞表面に発現したCLEC12Aに対して高い親和性を示し、AML細胞株PL-21及びHL-60に1nM未満のEC50で結合する。CLEC12Aに対するAB0089の特異性は、標的を発現しない親Ba/F3 細胞への結合の欠如によって実証された。
Figure 2023508942000200
ヒトCLEC12Aの多型バリアントに対する結合親和性(Q244)
多型バリアントCLEC12A(Q244)は、人口の30%に蔓延している。本発明者らは、SPRによりこの遺伝子バリアントへのAB0089の結合を試験し、その親和性をCLEC12A(K244)の主要な形態と比較した(図138)。CLEC12AのWT及びQ244バリアントに対するAB0089の結合親和性は類似していた(表136)。カニクイザルCLEC12A(cCLEC12A)へのAB0089の結合も試験した。100nMの濃度では結合は観察されず、AB0089がカニクイザルCLEC12Aと交差反応性がないことが示された。
Figure 2023508942000201
示差的にグリコシル化されたCLEC12Aへの結合
ヒトCLEC12Aは、高度にグリコシル化されたタンパク質である(201アミノ酸を損なう細胞外ドメイン(ECD)を有する6つの潜在的なN-グリコシル化部位)。異なる細胞型の表面でのCLEC12Aのグリコシル化状態のバリエーションは、文献に記載されている(Marshall et al.,(2006)Eur.J.Immunol.,36:2159-2169)。異なる患者由来のAML細胞の表面に発現するCLEC12Aは、異なるグリコシル化パターンを同様に有し得る。AB0089が、ヒトCLEC12Aの異なる糖バリアントに結合するか否かを決定するために、抗原をノイラミニダーゼで(末端シアル酸を除去するため)またはPNGaseFで(N-結合型グリカンを除去するため)処理して、SPRによって親和性を未処理のCLEC12Aと比較した(図139及び表137)。AB0089は、完全にグリコシル化されたCLEC12Aと脱グリコシル化されたCLEC12Aの両方に結合し、標的グリカン組成の不均一性の影響を受けないと予想される。
Figure 2023508942000202
ヒトNKG2Dに対する結合親和性
AB0089は、37℃でSPR(Biacore)によってヒトNKG2D ECDへの結合について試験された(図140)。NKG2Dは本質的に二量体であるため、この実験には組換えmFcタグ付きNKG2D二量体を使用した。図140に示される結合センサーグラムの形状により、2つの異なる適合モデルで親和性と運動速度のデータが計算可能になった:定常状態の親和性適合及び1:1の反応速度論的適合。速度定数及び平衡親和性の値を 表138に示す。AB0089は、低い親和性で、最も重要なことに速い解離速度でヒトNKG2Dに結合するように設計された。解離速度定数は、1.43±0.03x10-1-1であった。データを1:1の反応速度論的及び定常状態の親和性モデルに適合することによって得られた親和性値(K)は、極めて類似しており、それぞれ881 ±10nM及び884±11nMであり、測定されたパラメーターの信頼性が高いことが示唆される。
Figure 2023508942000203
CD16a(FcγRIIIa)に対する結合親和性
AB0089作用機序の様式の1つは、そのFcを介してNK細胞上に発現されるヒトCD16a(FCγRIIIa)係合によるものである。AB0089のCD16a(V158対立遺伝子)への結合を、SPRによって評価し、同じIgG1アイソタイプの承認及び市販されているモノクローナル抗体治療薬であるトラスツズマブに対するCD16a(V158)親和性と比較した(図141、表139)。AB0089のCD16aへの結合は、トラスツズマブの結合に匹敵する。AB0089治療効果は、NK細胞上の2つの標的、CD16及びNKG2Dの同時係合の相乗効果に依存しているため、親和性の3.8倍の相違は、生理学的結果をもたらす可能性は低く、AB0089治療効果に影響を与える可能性も低い。さらに、CD16aへの結合がわずかに弱いことも、薬剤の安全性に役立つ可能性がある。
Figure 2023508942000204
Fcγ受容体への結合
AB0089はIgG1由来の生物学的薬剤候補であるため、適切なFc受容体結合特性を維持することが重要である。SPRデータは、AB0089がヒト及びカニクイザルのFcγ受容体に、実験的対照として役立つ市販のIgG1生物製剤であるトラスツズマブに匹敵する親和性で結合することを示唆している(表140)。各々の個々の受容体結合の詳細な説明を以下に示す。
Figure 2023508942000205
組換えヒト及びカニクイザルCD64に対するAB0089の結合(FCγRI)
図142及び図143は、AB0089のヒト及びカニクイザルCD64への結合をそれぞれ示している。表141は、AB0089が、トラスツズマブに匹敵する(2倍未満の相違)親和性で組換えのヒト及びカニクイザルのCD64に結合することを示している。
Figure 2023508942000206
組換えヒトCD32Aに対するAB0089の結合(FCγRIIa)
図144及び図145は、SPRによって試験された、それぞれ、CD32a(H131及びR131対立遺伝子)へのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。AB0089及びトラスツズマブの両方の対立遺伝子の親和性の間に意味のある相違はない(表142)。
Figure 2023508942000207
ヒトCD16a(FCγR3a)及びカニクイザルCD16(FCγR3)に対するAB0089の結合
高親和性CD16a(V158)へのAB0089結合の詳細な説明は本明細書に提供されている。ヒトCD16a及びカニクイザルCD16のF158対立遺伝子に対するAB0089の結合を 表143、図146及び図147に示す。組換えヒトCD16a(V158及びF158対立遺伝子)及びカニクイザルCD16に対するAB0089の結合は、市販のIgG1生物学的薬物トラスツズマブに匹敵する。AB0089とトラスツズマブの間のCD16タンパク質に対する親和性の2.3~3.8の相違は、生理学的結果をもたらす可能性は低く、治療効果に影響を与える可能性も低い。なぜなら治療効果は、NK細胞上の2つの標的(CD16a及びNKG2D)の係合の相乗効果に依拠するからである。トラスツズマブとAB0089との間の見かけの最大結合応答のわずかな相違は、分子量の相違に起因する。さらに、一部の複製は、受容体キャプチャーレベルのわずかな変動によって引き起こされる見かけの最大結合応答にわずかな変動を示す場合がある。ヒトCD16aF158対立遺伝子への結合を表すセンサーグラムの形状により、相互作用を定常状態及び1:1の反応速度論モデルの両方に適合されるが、親和性適合(定常状態)モデルが、歴史的な理由で使用されたことに注意のこと。
Figure 2023508942000208
ヒトCD32Bに対するAB0089の結合(FCγR2b)
図148は、SPRによって試験されたCD32bへのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。AB0089とトラスツズマブに対するCD32bの親和性の間に意味のある相違はない(表144)。
Figure 2023508942000209
ヒトCD16Bに対するAB0089の結合(FCγR3b)
図149は、SPRによって試験されたCD16bへのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。AB0089は、ヒトCD16b(FCγR3b)をトラスツズマブと同等に結合する(表145)。受容体に対する親和性の2.3倍の相違が生理学的に重要である可能性は低い。
Figure 2023508942000210
FcRnへの結合
図150及び図151は、SPRによって試験されたAB0089のヒト及びカニクイザル(cyno)FcRnへの結合をそれぞれ示している。ヒト及びカニクイザルのFcRnに対するAB0089の親和性は、実験対照として機能した市販のIgG1生物製剤であるトラスツズマブの親和性と類似している(表146)。
Figure 2023508942000211
CD16a及びNKG2DへのAB0089の同時係合
AB0089は、NK細胞に2つの結合様式を有する3機能性IgGベースの生物学的製剤である。CD16a結合は、Fcを介して達成され、NKG2D結合はA49M-IFabを介して達成される。両方の相互作用は、AB0089の最適な細胞毒性活性にとって重要である。ヒトCD16a及びヒトNKG2D結合の共結合の相乗効果を実証するために、本発明者らは、NKG2D、CD16a、及び混合NKG2D-CD16aBiacoreチップ表面へのAB0089の結合を定性的に比較するSPR実験を行った。ヒトNKG2D及びヒトCD16aに対するAB0089の親和性は両方とも低いが、両方の標的に同時に結合すると、より遅いオフレートとして現れる親和性効果が生じる。したがって、AB0089は、CD16a及びNKG2Dに強力に係合し得る(図152)。
CLEC12A及びNKG2Dの共係合
一方の標的の結合が他方の標的のAB0089への結合を妨害するか否かを決定するために、CLEC12A及びNKG2Dを、抗hFc IgG SPRチップ上にキャプチャーされたAB0089上に連続的に注入した(図153)。標的結合センサーグラムは、CLEC12Aドメインの占有状態がNKG2D結合を妨害しないこと(図153、上のパネル)及びその逆(図153、下のパネル)を示している。他の標的で飽和されている遊離AB0089及びAB0089への各標的の結合を示すそれぞれのセンサーグラムセグメントの形状の類似性によって、反応速度論的パラメーターがAB0089分子の標的占有状態によって有意に影響されないことが示唆される。例えば、センサーグラムのCLEC12A結合セグメントの形状は、両方のパネルで類似している。NKG2Dの飽和濃度は、標的の解離速度が速いことに起因して、下のパネルに示されている、実験全体を通して維持されなければならないことに注意のこと。さらに、各標的結合の相対的な化学量論への影響がないこと(占有されていないAB0089への結合と比較した場合)は、AB0089上のNKG2D及びCLEC12A結合部位が完全に独立していることを意味する(表147)。したがって、AB0089は、腫瘍抗原とNKG2D標的化アームの同時の共結合を成功裏に達成し得る。
Figure 2023508942000212
エピトープビニング
本発明者らは、AB0237、AB0192、及び3つのCLEC12A結合参照TriNKETに関連するAB0089の結合エピトープをSPRによって比較した。cFAE-A49。テポジタマブ(Tepoditamab)は、Merusの分子のCLEC12A結合アームに基づいている。(WO_2014_051433_A1)、cFAE-A49。CLL1-Merusは、Merusのクローン4331(WO_2014_051433_A1)及びcFAE-A49に基づいている。h6E7は、Genentech(h6E7)のh6E7mAbに基づいている。(米国特許出願公開第2016_0075787_A1号)。AB0089とhCLEC12Aとの相互作用は、AB0237と2つの対照分子cFAE-A49によってブロックされた。CLL1-Merus及びcFAE-A49。テポジタマブは、Genentech-h6E7ベースの分子ではなく(図154)、AB0089の結合エピトープがテポジタマブのエピトープと重複することが示唆されている。結果は、AB0089とAB0237の両方が同じエピトープを共有することを示した。このフットプリントは、cFAE-A49.h6E7でさらに交差ブロックするAB0192とは異なる。
効力
AB0089の効力は、CD16aV及びNKG2Dを安定して発現するように設計されたNK細胞株を用いたKHYG-1-CD16aV細胞毒性アッセイを使用して試験された(図155及び表148)。AB0089は、HL60及びPL-21AML細胞の溶解を促進するのにおいてサブナノモルの効力を示した。さらに、AB0089は、対応するモノクローナル抗体を大幅に上回って、精製されたヒト初代NK細胞によって媒介されるPL21 AML細胞の細胞毒性溶解を強力に増強する(図156及び表149)。AB0089の追加の細胞毒性評価は、実施例18に詳細に記載されている。
Figure 2023508942000213
Figure 2023508942000214
特異性
PSRによって評価された非特異的結合
AB0089の特異性を評価するために、界面活性剤で可溶化されたCHO細胞膜タンパク質の調製物への結合を測定するフローサイトメトリーベースのPSRアッセイを実施した(図157)。PSRアッセイは、交差相互作用クロマトグラフィーなどの直交特異性アッセイ、及びバキュロウイルス粒子酵素結合免疫吸着アッセイと相関することが実証されている。これらのアッセイでの挙動は、抗体の溶解性及びin vivoのクリアランスと強く関連しているため、優れた開発可能性予測因子として機能する(Xu et al.,(2013)Protein engineering design and selection,26,663-670)。AB0089は、低PSR対照(トラスツズマブ)と極めて類似したプロファイルを示し、これによって高い特異性及び無関係のタンパク質への非特異的結合の欠如が示唆される(図157B)。リツキシマブをPSR結合の陽性対照として使用した。
HuProt(商標)アレイにおけるAB0089の特異性評価
AB0089の特異性を直接調べるために、タンパク質アレイ技術を検討した。HuProt(商標)ヒトプロテオームマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライド上で個々に精製されたヒト全長タンパク質の最大データベースを提供する。22,000の全長ヒトタンパク質からなるアレイは、酵母 S.cerevisiaeで発現され、精製された後、何千もの相互作用をハイスループット方式でプロファイリングすることを可能にする、マイクロアレイスライドガラスに2重にプリントされる。図158は、ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトCLEC12Aに対する1μg/mlでのAB0089の相対的結合(Zスコア)を示す。比較の目的で、AB0089へのバックグラウンド結合が残っている上位24のタンパク質も提供された。表150は、ヒトCLEC12Aに対するAB0089のZスコア及びSスコア、ならびにマイクロアレイの上位6つのタンパク質を示している。Sスコアは、所定のタンパク質のZスコアとその隣の1つのランクとの差である。Z及びSスコア基準に基づいて、AB0089は、HuProt(商標)ヒトプロテオームアッセイにおいて、ヒトCLEC12Aに対する高い特異性及びオフターゲット結合の欠如を示した。
Figure 2023508942000215
開発可能性評価
AB0089の安定性及び強制分解は、以下の条件下で評価された。
●加速(40℃)安定性
-製剤HST、pH6.0中の20mg/ml AB0089(20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH6.0)、40℃、4週間(SEC、SPR、効力、CE-SDS、ペプチドマップ)。
-CST、pH7.0中の20mg/ml AB0089(20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0)、40℃、4週間(SEC、SPR、効力、CE-SDS、ペプチドマップ)。
●化学的安定性
-酸化:0.02%過酸化水素を含むPBS中の1mg/mlのAB0089、室温、24時間(SEC、CE-SDS、SPR、効力、ペプチドマップ)。
-pH8.0:20mM Tris、40℃、2週間の1mg/ml AB0089(cIEF、SPR、効力、ペプチドマップ)。
-pH5.0:20mM酢酸ナトリウム中の1mg/mlのAB0089、40℃、2週間(cIEF、SPR、効力、ペプチドマップ)。
●製造可能性
-凍結/解凍:20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0(SEC、SDS-CE)中の20mg/ml AB0089
-撹拌:20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0(SEC、SDS-CE)中の10mg/ml AB0089
-高濃度:>150mg/ml、PBS(SEC、A280)
-低pH保持(製造プロセスのウイルスクリアランスステップの条件を模倣):pH 3.3、1.5時間、ProA溶出液(SEC);完全に精製されたAB0089(cIEF、CE-SDS、SPR、効力)
-低pH保持(異性化を調査するため):完全に精製されたAB0089を、ProA溶出緩衝液で希釈し、pHを3.5に調整した。試料を室温で1時間保持し、Tris緩衝液で中和し、緩衝液をPBS、pH7.4に交換した後、追加の分析をした(SEC、cIEF、CE-SDS、SPR、効力、ペプチドマップ)。
加速(40℃)安定性
AB0089の安定性を評価するために、この分子を、(1)20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%PS-80、pH6.0(HST)、及び(2)20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%PS-80、pH7.0(CST)の2つの異なる緩衝液条件下で、40℃で4週間。20mg/mlのタンパク質濃度でステージングした。両方の緩衝液の安定性は、SEC、CE、SPR及び効力によって評価した。
HST、pH6.0での安定性
AB0089は、HST、pH6.0、40℃で4週間インキュベートした後、高い安定性を示した。凝集がなく、単量体の損失が最小限であることが(1.6%)SECによって観察された(図159及び表151)。最小限の断片化が、R CE-SDSによって検出された(図160及び表152)。さらに、対照試料とストレス試料との間で、hCLEC12A、hNKG2D、及びhCD16aに対する、活性種の量、結合反応速度論、または親和性に有意差は観察されなかった(図161及び表153)。最後に、対照試料とストレスを受けた試料との間の効力の差は検出されなかった(図162及び表154)。
Figure 2023508942000216
Figure 2023508942000217
Figure 2023508942000218
Figure 2023508942000219
CST pH7.0での安定性
AB0089は、CST、pH7.0、40℃で4週間インキュベートした後、高い安定性を示した。単量体含有量の最小損失(1.6%)がSECによって観察された(図163及び表155)。CE-SDSではAB0089の断片化は観察されなかった(図164及び表156)。さらに、対照試料とストレス試料との間で、活性タンパク質含有量またはhCLEC12A、hNKG2D、及びhCD16aに対する結合親和性に有意差はなかった(図165及び表157)。最後に、長期の熱ストレスは、AB0089の効力に影響を与えなかった(図166及び表158)。
Figure 2023508942000220
Figure 2023508942000221
Figure 2023508942000222
Figure 2023508942000223
加速安定性試料のペプチドマップ分析
40℃のストレスが相補性決定領域(CDR)の修飾(改変)を誘発したか否かを判断するために、対照及び4週間のストレス試料をLC-MS/MSペプチドマッピングによって分析した。ペプチドマップデータに基づくと、AB0089の全てのCDRは、高温ストレス時の修飾に耐性がある(表159)。ピーク形状の手動検査に基づいて、CLEC12A結合CDRH3を含むペプチドにおけるアスパラギン酸異性化の証拠は観察されなかった(図167)。
Figure 2023508942000224
化学的安定性
強制酸化
酸化ストレス下でのAB0089の安定性を評価するために、AB0089を0.02%過酸化水素とともにPBS中で室温で24時間インキュベートした。SEC分析は、酸化されたAB0089と対照試料との間で単量体含有量に差がないことを示した(図168及び表160)。還元及び非還元CE-SDSの両方によってAB0089で断片化の増大は検出されなかった(図169及び表161)。
Figure 2023508942000225
Figure 2023508942000226
メチオニンの部位特異的酸化は、強制酸化後のトリプシンペプチドマッピングによってモニターされた。有意なレベルの酸化は、Fcの2つのメチオニンでのみ検出された(表162)。我々の歴史的データでは、同じ残基が同じ条件下で、トラスツズマブ61.6%及び39.1%で修飾されていることが示されている。
Figure 2023508942000227
AB0089CDRのトリプトファン残基の酸化も同じ実験でモニターされた。ストレス後の酸化が有意に増大したトリプトファン残基はなかった(表163)。
Figure 2023508942000228
酸化ストレスは、活性タンパク質含有量またはhCLEC12A、hNKG2D、及びhCD16aVに対する親和性に有意な影響を及ぼさなかった(図170及び表164)。AB0089の効力に対する酸化の有意な影響は観察されなかった(図171及び表165)。
Figure 2023508942000229
Figure 2023508942000230
pH8のストレス
AB0089の化学的安定性は、高pH(20mM Tris、pH8.0、40℃、2週間)での長期インキュベーションによって評価された。AB0089は非常に安定しているようである:わずか1.2%単量体の喪失はSECによって検出された(図172及び表166)。
Figure 2023508942000231
還元及び非還元CE-SDSは、それぞれ1.7%及び3.9%という低レベルの分解を示した(図173及び表167)。
Figure 2023508942000232
長期間の高pHストレスの後、cIEFによって検出された全体的な電荷プロファイルに酸性シフトがあった(図174及び表168)。この酸性シフトは、AB0089配列全体の脱アミド化に起因し得る。同じストレス条件の後、トラスツズマブでも同様の酸性シフトが観察された(データは示していない)。
Figure 2023508942000233
ストレスを受けた試料と対照試料との間で、hCLEC12A、hNKG2D、もしくはhCD16aVに対する活性タンパク質の量または親和性に有意差はなかった(図175及び表169)。
Figure 2023508942000234
長期間の高pH曝露後、AB0089の効力は約2分の1に減少した(図176及び表170)。直交分析法が、結合または事実上の種の含有量に相違を示さなかったことを考慮すると(図175)、これらの相違は効力アッセイの変動性に起因し得ると思われる。
Figure 2023508942000235
pH5のストレス
AB0089の化学的安定性は、低pH(20mM酢酸ナトリウム、pH5.0、40℃、2週間)での長期インキュベーションによっても評価された。DFは非常に安定しているように見える:SECによって検出された単量体の損失はわずか0.3%であった(図177及び表171)。
Figure 2023508942000236
長期間のpH5のストレスの後、低レベルのAB0089分解が非還元及び還元CE-SDSによって検出された:単量体含有量のそれぞれ1.0%及び0.3%の損失(図178及び表172)。
Figure 2023508942000237
長期間のpH5のストレスの後、cIEFによって検出された全体的な電荷プロファイルに小さな酸性シフトがあり(図178及び表172)、特に1つの酸性バリアントが有意に増大した。
Figure 2023508942000238
長期間の低pH曝露後、hCLEC12A、hNKG2D、またはhCD16aVに対する活性タンパク質含有量またはAB0089親和性に有意差はなかった(図180及び表174)。
Figure 2023508942000239
長期のpH5曝露後のAB0089の効力は、対照試料の効力と同様のままであった(図181及び表175)。
Figure 2023508942000240
pH5及びpH8のストレスを受けた物質のペプチドマッピング分析
cIEFによって観察されたpHストレス誘発性変化が、相補性決定領域(CDR)の修飾(改変)に起因するか否かを判断するために、pH5及びpH8のストレス試料を、LC-MS/MSペプチドマップによって分析した。ペプチドマップデータに基づくと、AB0089の全てのCDRは、低及び高pHストレス時の修飾に耐性がある(表176)。ピーク形状の手動検査に基づいて、AB0089のCLEC12A標的化アームのCDRH3を含むペプチドにおけるアスパラギン酸異性化の証拠は観察されなかった(図182)。
Figure 2023508942000241
製造可能性
凍結/解凍安定性
AB0089のアリコート(CST pH7.0中で20mg/ml)を、バイアルを発泡スチロール容器に入れ(凍結速度を遅くするため)、その容器を-80℃に置くことにより、6回凍結及び解凍した。6サイクルの凍結/解凍の後、SECによって、AB0089は単量体の損失を示さなかった。A280によって測定されたタンパク質濃度は同じままであった(図183及び表177)。
Figure 2023508942000242
6回の凍結/解凍サイクル後、還元または非還元のCE-SDSによって純度の損失は検出されなかった(図184及び表178)。
Figure 2023508942000243
攪拌
AB0089(20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、pH7.0、0.01%Tween(登録商標)-80の有無における10mg/ml)は、ディープウェルプレート内で室温で300rpmで3日間、振とうした。攪拌ストレス後、SECによって検出された単量体の損失はなく(図185及び表179)、タンパク質濃度の損失(A280)、及び濁度(A340)の増大は観察されなかった。
Figure 2023508942000244
高濃度
AB0089は、PBS中で約10、15、25、50、100、150及び175mg/mL(pH7.4)に濃縮し、回収は目視検査、濃度(A280)、及びSECによってモニターした。SEC分析では、試料を希釈せずに注入した(注入容積は濃度に対して正規化された)。AB0089は、単量体パーセントの損失が最小限で(図186、図187、表180)、目に見える沈殿なく、175mg/ml超に濃縮可能であった。
Figure 2023508942000245
低pH保持
2つの異なる方法を使用して、低pH保持(模擬ウイルス不活化)中のAB0089の挙動を評価した。第1の方法は、最初のクロマトグラフィーステップからの溶出液(タンパク質A)を追加の精製前に低pHに保持する製造プロセスを模倣した。第2の方法では、完全に精製されたAB0089を低pH条件下でインキュベートした。この方法を使用して、CDRの潜在的な低pH誘発化学修飾を評価した。
プロテインA溶出液の低pH保持での曝露
AB0089が低pH保持に耐性があるか否かを判断するために、AB0089プロテインA溶出液を、pH 3.5に調整し、室温で2時間保持した。保持期間の後、プロテインA溶出液を1.0M Tris、pH8.3で中和して、中性pHを達成した。分析SECを実施して、低pH曝露の前後でプロファイルまたは凝集体含有量に変化があったか否かを確認した(図188)。「保持なし」の対照試料と比較して、低pH保持後、AB0089のSECプロファイルに変化は観察されず、これによって、AB0089が、生物製剤の製造に使用される低pH保持/ウイルス不活化条件の間、非常に安定していることが示唆される。
タンパク質は、DFプラットフォーム精製法の第2ステップでさらに処理して、低pH保持にさらされなかった精製タンパク質と比較して、追加のアッセイのパネルを使用して分析した。アミノ酸側鎖の化学修飾は、通常、cIEFを使用して全体規模で観察され得る。AB0089対照と低pH保持ロットのcIEFプロファイルは、視覚的に非常に類似しており、酸性、主要、及び塩基性種の相対的な定量は、全てお互いの5%の範囲内である。これによって、低pH保持がAB0089の電荷プロファイルに測定可能な影響を及ぼさなかったことが示される(図189及び表181)。
Figure 2023508942000246
hCLEC12a、hNKG2D、及びCD16aVに対するAB0089の親和性は、低pH保持の影響を受けなかった(図190及び表182)。活性タンパク質含有量の相違は観察されなかった。対照試料と低pH保持試料との間の結合親和性及び最大結合応答の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内であった。これは、AB0089が低pH保持後も3つの標的全てに対して親和性を保持していることを示している。
Figure 2023508942000247
低pH保持に供されたAB0089の効力及び対照試料の効力は、KHYG1-CD16aVバイオアッセイでCLEC12A+HL-60がん細胞に対して試験した。AB0089の効力は、低pH保持ステップ後も変化しなかった(図191及び表183)。
Figure 2023508942000248
完全に精製されたタンパク質の低pH保持曝露
CLEC12A標的化scFvのCDRH3
Figure 2023508942000249
のDTモチーフがウイルス不活化ステップの間に異性化するか否かを調査するために、追加の低pH保持研究を実施した。次の手順を使用して、完全に精製されたAB0089材料から低pH保持材料を調製した。
1.AB0089は、ProA溶出を模倣するために0.1mグリシン、pH 3.0を使用して1:1に希釈した
2.2m酢酸でpHを3.5±0.1に調整した(低pH保持条件を模倣するため)
3.低pH保持は室温で60分間行った。
4.1mのTris、pH8.0を用いてpHを約7.5に中和した
5.AB0089をPBS、pH7.4に緩衝液交換した
最終的な低pH保持材料(AB0089ロットAB0089-004)を、生物学的アッセイのパネル:SEC、cIEF、CLEC12AへのSPR結合、ペプチドマップ、及び効力を使用して、対照(AB0089ロットAB0089-002)と比較した。分析SECを実施して、低pH曝露の前後で、プロファイルまたは凝集体含有量に変化があったか否かを判断した(図192及び表184)。低pH保持後に、単量体%のプロファイルに変化は観察されなかった。
Figure 2023508942000250
第1の低pH保持研究で分かるとおり、AB0089対照と低pH保持ロットのcIEFプロファイルは、視覚的に非常に類似しており、酸性、主要、及び塩基性種の相対的な定量は、全てお互いの6%の範囲内である。したがって、低pH保持は、AB0089の電荷プロファイルに有意な影響を及ぼさなかった(図193及び表185)。
Figure 2023508942000251
hCLEC12aに対するAB0089の親和性は、対照と比較して変化しなかった(図281及び表186)。対照試料と低pH保持試料との間の結合親和性及び最大結合応答の相違は、アッセイの実験的変動の範囲内である。これは、CLEC12A結合アームと標的抗原との結合に低pHインキュベーションの影響がなかったことを示している。
Figure 2023508942000252
CLEC12A+HL-60がん細胞に対する低pH保持後のAB0089の効力は、KHYG1-CD16Vバイオアッセイで評価された。低pH保持と対照試料の効力との間に差は観察されなかった(図282及び表187)。
Figure 2023508942000253
低pH保持がCDRの修飾(改変)に変化を誘導したか否かを判断するために、対照試料と低pH保持試料を、LC-MS/MSペプチドマッピングによって分析した。ペプチドマップデータに基づくと、AB0089の全てのCDRは、低pH保持の間の修飾(改変)に耐性である(表188)。ピーク形状の手動検査に基づいて、アスパラギン酸の異性化の証拠は観察されなかった。
Figure 2023508942000254
まとめると、これらの結果は、AB0089が最適化されたCMCプロファイルを備えたAB0192の改良バージョンであることを示している。AB0089の分子フォーマット及び構造は、AMLを治療するためにCLEC12A、NKG2D、及びCD16aを同時に係合する新しい多重特異性治療法の概念的要件を満たしている。AB0089は強力であり、かついかなるストレス下でも観察される配列のライアビリティまたは重要な翻訳後修飾のない、好ましい開発可能性プロファイルを有する。AB0089は、テポジタマブ(Merus)と同様にCLEC12aのエピトープに結合する。
実施例18.AB0089細胞毒性及び作用機序
目的
AB0089の作用機序を特徴付けるために、生理学的に関連する条件を使用して、in vitroでの細胞ベースのアッセイでAB0089の活性を測定する。
試験デザイン
AB0089の主要な作用機序は、ヒトNK細胞及びCLEC12A+がん細胞を用いたin vitroアッセイシステムを使用して試験された。NK細胞を介した細胞溶解以外の他のエフェクター機能もCLEC12A+がん細胞と組み合わせて、AB0089の追加の作用機序を試験した。マクロファージは、ADCPアッセイのエフェクター細胞であり、CDC活性を試験するための補体の供給源としてヒト血清を使用した。
材料及び方法
初代細胞及び細胞株
ヒトがん細胞株は、研究用セルバンクから入手した。以下の細胞株(品目番号;供給業者)を使用した:PL21(ACC-536;DSMZ)及びHL60(CCL-240;ATCC)。
ヒトの血液は、Biological Specialty Corporation(225-11-04)から入手した。PBMCは、密度勾配遠心分離によって単離し、NK細胞は磁気ビーズ(StemCell カタログ番号17955)による負の枯渇を使用して精製した。PBMCからのNK細胞の精製については、製造業者の指示に従った。凍結NK細胞は、BioIVT HUMAN-HL65-U-200429から購入し、CD14+単球は、BioIVT(HMN370652、HMN370653、HMN370654)から入手し、凍結PBMCは社内で精製し(上記を参照)、後で使用するために凍結した。
細胞培養材料
以下の品目(供給業者;品目番号)を使用した:RPMI-1640(Corning;10040CV)、DMEM(Corning;10031CV)、熱不活性化FBS(ThermoFisher;16140-071)、GlutaMax I(ThermoFisher ;35050-061)、penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)(ThermoFisher;151450-122)、2-メルカプトエタノール(MP Biomedicals;02194705)、IL-2(PeproTech;200-02)、CFSE(ThermoFisher ;C34554)、Cell Trace Violet(ThermoFisher;C34557)、rhM-CSF(R & D Systems;216-MC/CF),TrypLE(ThermoFisher;12604-013)、BFA(Biolegend;420601)、Monensin(BioLegend;420701)、及びヒト血清(Sigma Aldrich;S1764-5X1ML)。
アッセイ材料
以下の品目(供給業者;品目番号)を使用した:Hepes緩衝生理食塩水(Alfa Aesar;J67502)、BATDA試薬(Perkin Elmer;C136-100)、TC丸底96ウェルプレート(Corning;3799)、Europium溶液(Perkin Elmer ;C135-100)、DELFIAイエローマイクロプレート96ウェル(Perkin Elmer;AAAND-0001)、固定緩衝液(BioLegend;420801)、Zombie NIR(BioLegend;77184)、及び抗MHCクラスIクローン W6/32(Invitrogen;HLA-C1)。
以下の試験物質(説明)を使用した:AB0237(Fab NKG2D結合を有するCLEC12A標的TriNKET(A49)、及びscFv CLEC12A結合ドメイン(1602))、AB0300(CH2ドメインにLALAPG変異を有するAB0237)、AB0037 mAb(ヒト化1602抗-CLEC12A mAb)、AB0089(Fab NKG2D結合を伴うClEC12A標的化TriNKET(A49)及びscFv CLEC12A結合ドメイン(1739))、AB0305 mAb(ヒト化1739抗CLEC12A mAb)、AB0192(Fab NKG2D結合を伴うCLEC12A標的化TriNKET(A49)、及びscFv CLEC12A結合ドメイン(1797))、AB0306 mAb(ヒト化1797抗CLEC12A mAb)、及びF3’-パリビズマブ(Fab NKG2D結合を伴う非標的TriNKET(A49)、及びパリビズマブからのscFv結合ドメイン)。
以下の機器(シリアル番号)を使用した:Attune NxT(2AFC228271119)、BD Celesta(H66034400085)、BD Celesta(H66034400160)、Spectramax i3x(363704226)、及びSpectramax i3x(363703638)。
試薬の調製
RPMI初代細胞培養培地は、RPMI-1640から開始して調製した。10%HI-FBS、1x GlutaMax、1x penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)、及び50μMの2-メルカプトエタノールを完全培地用に添加した。RPMI細胞培養培地は、RPMI-1640から始めて調製した。10%HI-FBS、1x GlutaMax、及び1x penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)を、完全培地用に追加した。1xHBSは、1部の5xHBSを4部のDI水に希釈することによって調製した。溶液は使用前に滅菌濾過した。
DELFIA細胞毒性アッセイ
標的細胞の標識:
簡単に説明すると、CLEC12A+標的細胞をペレット化し、1xHBSで洗浄した。標的細胞は、予熱したRPMI初代細胞培養培地に、10細胞/mLで再懸濁した。BATDA試薬(ビス(アセトキシメチル)2,2’:6’,2’’-テルピリジン-6,6’’-ジカルボキシレート)を細胞懸濁液に1:400希釈した。細胞を混合し、5%COを用いて37℃で15分間インキュベートした。標識された標的細胞を1xHBSで3回洗浄し、RPMI初代細胞培養培地中で5x10細胞/mLで再懸濁した。
アッセイプレートの準備:
休止したヒトNK細胞を培養物から除去し、ペレット化し、細胞をRPMI初代細胞培養培地中に0.5×10細胞/mLで再懸濁した。4倍の試験物質を、RPMI初代細胞培養培地で調製した。丸底TC96ウェルプレートに、100μlの標識された標的細胞、50μlの4xTriNKET/mAb、及び50μlのエフェクター細胞を加えた。バックグラウンド用の対照ウェルは、標識された標的細胞をペレット化することによって調製し、100μlのRPMI初代細胞培養培地を含む100μlの上清を、バックグラウンドウェルに添加した。自発的放出ウェルは、100μlのRPMI初代細胞培養培地を含むウェルに100μlの標識された標的細胞を加えることによって調製した。最大放出ウェルは、80μlのRPMI初代細胞培養培地及び20μlの 10%Triton(登録商標)X-100溶液を含むウェルに100μlの標識標的細胞を加えることによって調製した。アッセイプレートを37℃で、5%COで2~3時間インキュベートした。
アッセイプレートの読み取り:
アッセイプレートをインキュベーターから取り外し、プレートを遠心分離して細胞をペレット化した。20μlの上清を各ウェルから取り出し、清浄な96ウェル黄色のDELFIAアッセイプレートに移した。200μlの室温ユーロピウム溶液を、各ウェルに加え、そのプレートをプレートシェーカー上に250RPMで15分間置いた。プレートは、SpectraMax i3xのHTRFカートリッジを使用して、次のPMT及び光学設定で読み取った。
●積分時間0.4ms
●励起時間0.05ms
●パルス数100
●測定遅延0.25ms
●読み取り高さ2.36mm
データ分析:
バックグラウンド試料の平均を計算して、全ての試料から差し引いた。特異的溶解は以下のように計算された:
特異的溶解%=(試料-自発)/(最大-自発)* 100%
Prism GraphPad 7.0または8.0を使用して、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させた。
IFNγ及びCD107a活性化アッセイ
プレートのセットアップ:
CLEC12Aを発現するヒトがん細胞株を、培養物から収穫し、そして細胞を2×10細胞/mLに調整した。試験物質は培養培地で希釈した。休息NK細胞またはPBMCを培養物から回収し、細胞を洗浄し、そして2-4x10細胞/mLで培養培地中に再懸濁した。IL-2及びフルオロフォアコンジュゲート抗CD107aを、活性化培養のためにNK細胞またはPBMCに添加した。ブレフェルジン-A(BFA)及びモネンシンを培養培地に希釈して、細胞内サイトカイン染色のために細胞からのタンパク質輸送をブロックした。96ウェルプレートに、50μlの腫瘍標的、mAbs/TriNKETs、BFA/モネンシン、及びNK細胞を加えて総培養量を200μlにした。プレートを4時間培養した後、FACS分析用に試料を調製した。
FACS用の試料の調製:
4時間の活性化培養後、表189に記載されているフルオロフォア結合抗体を使用したフローサイトメトリーによる分析のために細胞を調製した。CD107a及びIFNγ染色は、NK細胞の活性化を評価するために、CD3-CD56+集団で分析した。
Figure 2023508942000255
目的の細胞は、FSC対SSCプロットを使用して特定し適切な形状のゲートを、細胞の周囲に描画した。ゲーティング細胞内で、FSC-H対FSC-Aプロットを表示することにより、ダブレット細胞を除去した。単一細胞集団内で、生細胞をゲーティングした。生細胞内では、NK細胞は、CD56+CD3-として特定された。CD107aの脱顆粒及び細胞内(IC)IFNγは、NK細胞集団内で分析された。
ADCPアッセイ
初代ヒトCD14+単球はBioIVTから入手する。単球は、陰性選択により末梢血から単離し、収率は93%超の純度であった。単球を50ng/ml rhM- CSF(R & Dシステム)で6日間培養し、2日ごとにrhM-CSFを補充する。6日後、マクロファージを、TrypLE Express(Gibco)で培養フラスコ(複数可)から取り外し、Celltrace Violet(2μM、ThermoFisher)で標識した。標的細胞を、CFSE(2μM、ThermoFisher)で標識した。丸底96ウェルプレートで、標的細胞(1x10細胞/ウェル)を 最初に、示された濃度の各試験物質と30分間インキュベートする。表示したマクロファージ(8x10細胞/ウェル)を次に、適切なウェルに加え、プレートをさらに2時間インキュベートした。細胞は、ライブ/デッド(生/死)の識別のためにZombie NIR色素(Biolegend)で染色して、固定した。食作用は、FlowJo 10.5.3のデータ分析を使用して、Celesta HTS(BD Biosciences)によって定量する。データは、単一の生細胞でゲーディングして、食作用%は次のように計算した:食作用%=100 x(CFSE+,Celltrace Violet+細胞のカウント)/(CFSE+細胞のカウント)。GraphPad Prismを使用して、データをグラフ化して分析した。
CDCアッセイ
CDCは、DELFIA細胞毒性アッセイで測定した。PL21がん細胞標的は、BATDA標識試薬で標識した。次に、標識された標的細胞を、示された濃度のTriNKETまたはmAbとともに30分間インキュベートして、オプソニン化を可能にした。ヒト血清を、5%の最終濃度に添加した。次に、プレートを60分間インキュベートした後、アッセイを終了した。20μlの培養上清をDELFIAイエロープレートに移した。1ウェルあたり200μlのユーロピウム溶液を加え、暗所で振とうしながら室温で15分間インキュベートした。次に、Spectramaxプレートリーダーで蛍光を測定した。
結果及び考察
CLEC12A+標的細胞の休止ヒトNK細胞溶解
AB0089及びAB0192の活性は、ヒトCLEC12A+AML株PL21またはHL60のいずれかとの共培養において、健康なドナー由来の休止した初代ヒトNK細胞を使用して特徴付けられた。AB0089及びAB0192は、それぞれ親のhIgG1mAbAB0305及びAB0306と比較した。図194は、AB0089の存在下での休止ヒトNK細胞によるPL21白血病標的細胞溶解の代表的なプロットを示している。AB0089は、親mAb AB0305よりも強力で、かつより高い最大溶解に達した、用量依存的な細胞溶解増強活性を示した。合計6人のドナーに由来するNK細胞を使用した同様の細胞毒性アッセイの結果を、表190にまとめている。アッセイ全体で、PL21標的細胞のNK細胞溶解を増強するAB0089の効力は、平均EC50値0.25±0.24nMであった。
Figure 2023508942000256
図195は、AB0089の存在下での休止初代ヒトNK細胞によるHL60白血病標的細胞溶解の代表的なプロットを示している。この場合も、AB0089は、その親mAb AB0305よりも、全体としてより強力な用量依存的溶解、及びより高い特異的溶解を示した。4人の健康なドナーに由来するNK細胞を使用したアッセイの結果は、表191に要約されているように、0.09±0.05nMという平均EC50をもたらした。
Figure 2023508942000257
図196は、AB0192の存在下での休止ヒトNK細胞によるPL21白血病標的細胞溶解の代表的なプロットを示している。AB0192は、親mAb AB0306よりも強力で、かつより高い最大溶解に達した、用量依存的な細胞溶解増強活性を示した。合計6人の健康なドナーに由来するNK細胞を使用した同様の細胞毒性アッセイの結果を、表192にまとめている。アッセイ全体で、PL21標的細胞のNK細胞溶解を増強するAB0192の効力は、平均EC50値0.61±0.60nMであった。
Figure 2023508942000258
図197は、AB0192の存在下での休止ヒトNK細胞によるHL60白血病標的細胞溶解の代表的なプロットを示している。この場合も、AB0192は、その親mAbよりも、全体としてより強力な用量依存的溶解、及びより高い特異的溶解を示した。4人の健康なドナーに由来するNK細胞を使用したアッセイの結果、表193に要約されているように、0.30±0.27nMという平均EC50がもたらされた。
Figure 2023508942000259
可溶性MIC-Aの存在下でのAB0089活性
本発明者らは、また、可溶性NKG2Dリガンドの存在下でAB0089の活性を試験した。これらのアッセイでは、NKG2DリガンドMIC-Aの組換えバージョンを使用することを選択した。MIC-Aは、がんの適応症全体で幅広い発現を示し、細胞表面から脱落して患者の血清に蓄積することが公知である。可溶性MIC-A-Fcを、がん患者に見られる生理学的に関連する血清濃度である20ng/mLでNK細胞細胞溶解アッセイシステムに添加した。図198は、可溶性MIC-Aの非存在下及び存在下でのPL21標的細胞に対する初代NK細胞細胞溶解アッセイにおけるAB0089及びその親mAbAB0305の用量反応曲線を示している。MIC-Aの添加は、AB0089によって達成される効力または最大溶解に影響を与えなかった(EC50及び最大溶解値については表194を参照)。
Figure 2023508942000260
NK細胞IFNγ 産生及び脱顆粒のAB0089刺激
標的細胞の直接溶解に加えて、NK細胞はまた、活性化時にサイトカインも産生する。したがって、本発明者らは、標的細胞の溶解に加えて、NK活性化の代替の読み出しを調べたかった。本発明者らは、AB0089の存在下でCLEC12A+AML細胞と共培養したNK細胞からのIFNγ産生及びCD107aの脱顆粒を分析することを選んだ。PL21及びHL60標的細胞との共培養におけるPBMC内の休止NK細胞は、4時間後にCD107a脱顆粒または細胞内IFNγ蓄積の基本的な誘導をほとんど示さなかった(それぞれ図199及び図200)。共培養へのAB0089の添加は、用量反応的に脱顆粒及びIFNγ産生の強力な誘導をもたらした。対照的に、親mAbAB0305もCLEC12Aを標的としないTriNKETF3’-パリビズマブも、CD107a+IFNγ+NK細胞の堅調な増大を示さなかった。PL21またはHL60標的細胞との共培養において、3人の独立したPBMCドナーを用いてアッセイを実施した;その結果はそれぞれ表195と196にまとめられている。
Figure 2023508942000261
Figure 2023508942000262
AB0089はADCP活性を誘発する
ヒトIgG1抗体のFcドメインは、3つの異なるタイプのエフェクター機能を媒介し得る。
Fcを介したエフェクター機能のタイプの1つはADCCであり、これはNK細胞へのCD16の係合によって実行される;NK細胞刺激は、AB0089について広く特徴付けられている。第2のFcを介したエフェクター機能はADCPであり、マクロファージが抗体でコーティングされた細胞を攻撃して飲み込む。AB0089及び代替のCLEC12A TriNKETについて、本発明者らは、オプソニン化された標的細胞のADCPを誘導する能力を評価したかった。エフェクター細胞として、精製されたCD14+単球をM-CSFとともに培養することから得られたM0マクロファージを用いたin vitroアッセイシステムを利用した。CLEC12A+標的細胞は、Cell Trace CFSE色素で標識し、試験物質でオプソニン化して、Cell Trace Violetで標識されたM0マクロファージと共培養した。食作用は、フローサイトメトリーによって、Cell Trace Violet + Cell Trace CFSE+(二重陽性)事象として分析された。
AB0089及びその他のCLEC12A TriNKET AB0237及びAB0192は全て、M0マクロファージによるPL21 AML細胞の食作用を増強した。各TriNKETの親mAbも全て、オプソニン化された標的細胞のM0マクロファージ食作用を誘導する能力を示したが、それぞれの対応するTriNKETと比較して最大レベルは低くなった(図201)。サイレンス Fcγ受容体結合へのCH2ドメインにおける変異を保持するAB0237siは、陰性対照として機能した予想通り、AB0237siは、オプソニン化された標的細胞のADCPを媒介できなかった。3人の異なるドナーに由来するM0マクロファージを使用した結果を、表197に要約する。
Figure 2023508942000263
AB0089にはCDC活性がない
ヒトIgG1アイソタイプ抗体の第3のエフェクター機能は、補体カスケードの開始であり、補体依存性細胞毒性(CDC)を引き起こす。AB0089はヒトIgG1Fcドメインを使用して構築されている;したがって、本発明者らは、CDC活動を刺激するAB0089の能力を理解したかった。PL21細胞を標的として、及び5%ヒト血清を補体因子の供給源として使用した。AB0089もその親mAbAB0305も、補体を介したPL21 AML細胞の殺滅を刺激しなかった(図202)。対照的に、MHCクラスI(クローンW6/32))に対する陽性対照抗体は、ヒト血清の存在下でPL21標的細胞の用量依存的な溶解を示し、血清が活性な補体因子を有することを裏付けている。細胞の特性評価分析によって、PL21標的細胞上のCLEC12A及びMHCクラスIの同様の発現レベルが示された。
AB0089は、生理学的に関連するさまざまな状況で強力な活性を示した。AB0089は、休止状態の初代ヒトNK細胞を使用したCLEC12A+標的細胞殺滅アッセイで最初に試験した。本発明者らは、臨床でCLEC12Aを過剰発現していることを示している、AML由来のCLEC12A+標的細胞の殺滅を試験することを選択した。これらの実験では、代表的なAML細胞株としてHL60及びPL21を選択した。
AB0089は、両方の標的細胞株の初代NK細胞細胞溶解を増強し、細胞溶解の増強においてその親hIgG1抗体を上回って機能した。また、AB0089の活性に対する可溶性NKG2Dリガンドの影響を調べ、生理学的レベルの可溶性MIC-A-Fcが細胞溶解においてAB0089の活性を変化させないことを発見した。
細胞溶解に加えて、AB0089はまた、CLEC12A+標的細胞と共培養されたNK細胞からのサイトカイン産生も刺激した。AB0089は、ヒトPBMCとPL21及びHL60 AML細胞との共培養において、IFNγの細胞内蓄積及びNK細胞の脱顆粒を増強した。AB0089によるIFNγ及びCD107a誘導のEC50値は、細胞溶解アッセイで生成されたEC50値と一致していた。
最後に、AB0089の追加の作用機序を調査した。AB0089は、マクロファージと係合してAB0089オプソニン化標的細胞のADCPを媒介することが実証された。対照的に、AB0089は、AB0089オプソニン化標的細胞のCDCを媒介しない。
AB0089は、NK細胞及びマクロファージなどのさまざまなエフェクターを介してCLEC12A+がん細胞に対して強力な活性を有することが実証された。さらに、AB0089の活性は、生理学的に関連する濃度の可溶性NKG2DリガンドMIC-Aの存在下で維持された。
実施例19.CLEC12A+細胞株及び初代AMLへのAB0089結合
目的
ヒトCLEC12A発現細胞へのAB0089の結合を測定する。AB0089とのインキュベーション後のCLEC12A表面保持を定量する。初代AML患者試料へのAB0089の結合を示し、CLEC12A発現パターンと比較する。
試験デザイン
CLEC12A表面発現が陽性の代表的な細胞株をAB0089細胞結合の特性評価に使用した。初代AML患者試料は、Creative Bioarray及びBioIVTから入手した。AB0089及び親mAb AB0305の結合を、市販のCLEC12A抗体と比較した。
材料及び方法
初代細胞及び細胞株
ヒトがん細胞株は、研究用セルバンクから入手した。以下の細胞株(品目番号;供給業者)を使用した:PL21(ACC-536;DSMZ)、HL60(CCL-240;ATCC)、Ba/F3-hCLEC12A(自社製)及びBa/F3(DSMZ ACC-300から入手可能)。
ヒトCLEC12Aは、レトロウイルス形質導入によってBa/F3親細胞に導入した。
細胞培養材料
以下の品目(供給業者;品目番号)を使用した:RPMI-1640(Corning;10040CV)、DMEM(Corning;10031CV)、熱不活性化FBS(ThermoFisher;16140-071)、GlutaMax I(ThermoFisher ;35050-061)、penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)(ThermoFisher;151450-122)、及び2-メルカプトエタノール(MP Biomedicals;02194705)。
アッセイ材料
以下の品目(供給業者;品目番号)を使用した:Hepes緩衝生理食塩水(Alfa Aesar;J67502)、BATDA試薬(Perkin Elmer;C136-100)、TC丸底96ウェルプレート(Corning;3799)、Europium溶液(Perkin Elmer;C135-100)、及びDELFIAイエローマイクロプレート96ウェル(Perkin Elmer;AAAND-0001)。
以下の試験物質(説明)を使用した:AB0237(Fab NKG2D結合を伴うClEC12A-標的化TriNKET(A49)、及びscFv CLEC12A結合ドメイン(1602))、AB0300(CH2ドメインにLALAPG変異を伴うAB0237)、AB0237-デッド(Dead)-2D(AB0237、結合を除去するためにNKG2D結合ドメインが変異)、AB0037 mAb(ヒト化1602抗CLEC12A mAb)、AB0089(Fab NKG2D結合を伴うCLEC12A標的化TriNKET(A49)及びscFv CLEC12A結合ドメイン(1739))、AB0305mAb(ヒト化1739抗CLEC12AmAb)、AB0192(Fab NKG2D結合を伴うClEC12A-標的化TriNKET(A49)、及びscFvのCLEC12A結合ドメイン(1797))、AB0306 mAb(ヒト化1797抗CLEC12A mAb)、hcFAE-A49.h6E7(Fab NKG2D結合を伴うCLEC12A-標的化TriNKET(A49)、ならびにFab CLEC12A結合ドメイン(Genentech 6E7))及びhcFAE-A49.CLL1-Merus(Fab NKG2D結合を備えたClEC12A-標的化TriNKET(A49)、及びFab CLEC12A結合ドメイン(Merus CLL-1バインダー))。
以下の機器(シリアル番号)を使用した:Attune NxT(2AFC228271119)、BD Celesta(H66034400085)、及びBD Celesta(H66034400160)。
試薬の調製
RPMI初代細胞培養培地は、RPMI-1640から開始して調製した。10%HI-FBS、1x GlutaMax、1x penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)、及び50μMの2-メルカプトエタノールを完全培地用に添加した。RPMI細胞培養培地は、RPMI-1640から始めて調製した。10%HI-FBS、1x GlutaMax、及び1x penn/strep(ペニシリン/ストレプトマイシン)を、完全培地用に追加した。1xHBSは、1部の5xHBSを4部のDI水に希釈することによって調製した。溶液は使用前に滅菌濾過した。
結合及び表面結合の検出 mAb/TriNKET
FACS染色のために、1ウェルあたり100,000個の細胞を96ウェルプレートに播種した。細胞をPBSで洗浄した。細胞をPBS中で1:2000希釈のライブ/デッド(生/死)色素中で15分間インキュベートした後、FACS緩衝液で洗浄した。TriNKETまたはmAbを、FACS緩衝液に希釈し、希釈したTriNKETまたはmAbを含む50μlを細胞に添加した。細胞を氷上で20分間インキュベートした。インキュベーション後、細胞をFACS緩衝液で洗浄した。抗ヒトIgG-Fc二次抗体をFACS緩衝液で希釈し、結合したTriNKETまたはmAbを検出するために1ウェルあたり50μlを添加した。細胞を氷上で20分間インキュベートした後、FACS緩衝液で洗浄した。50μlの固定緩衝液を各ウェルに加え、細胞を室温で10分間インキュベートした。細胞を、BD FACS Celesta SN#H66034400085またはBD FACS Celesta SN#H66034400160で分析するために、FACS緩衝液で洗浄し、FACS緩衝液に再懸濁した。目的の細胞を、FSC対SSCプロットを使用して識別して適切な形状のゲートを、細胞の周囲に描画した。ゲーティングされた細胞内で、FSC-H対FSC-Aプロットを表示することにより、ダブレット細胞を除去した。単一細胞集団内で、生細胞をゲーティングした。ライブゲート内で、各試料と二次のみの対照の平均蛍光強度(MFI)を計算した。バックグラウンド倍数(FOB)は、二次のみのバックグラウンドMFIに対する試験物質MFIの比率として計算した。GraphPad Prism 7.0を使用して、データを4パラメーターの非線形回帰モデルに適合させた。
表面保持アッセイ
FACS染色のために、1ウェルあたり100,000個の細胞を96ウェルプレートに重複して播種した。細胞をFACS緩衝液で洗浄した。試験物質を40nMに希釈し、重複したプレートのそれぞれに加えた。最初のプレートを氷上で2時間インキュベートし、第2のプレートを37℃に2時間移動した。インキュベーション後、細胞をPBSで洗浄し、細胞をPBS中で1:2000希釈のライブ/デッド色素中で15分間インキュベートした後、FACS緩衝液で洗浄した。抗ヒトIgG-Fc二次抗体をFACS緩衝液で希釈し、結合したTriNKETまたはmAbを検出するために1ウェルあたり50μlを添加した。細胞を氷上で20分間インキュベートした後、FACS緩衝液で洗浄した。50μlの固定緩衝液を各ウェルに加え、細胞を室温で10分間インキュベートした。細胞を、BD FACS Celesta SN#H66034400085またはBD FACS Celesta SN#H66034400160で分析するために、FACS緩衝液で洗浄し、FACS緩衝液に再懸濁した。目的の細胞は、FSC対SSCプロットを使用して識別して、適切な形状のゲートを、細胞の周囲に描画した。ゲート細胞内で、FSC-H対FSC-Aプロットを表示することにより、ダブレット細胞を削除した。単一細胞集団内で、生細胞をゲーティングした。ライブゲート内で、各試料のMFIを計算した。hIgG1アイソタイプ対照MFIは、全ての試験物質MFIから差し引いた。次いで、表面保持は次のように計算した:
表面保持%=(2時間37℃ MFI/2時間の氷MFI)*100
初代AML試料におけるAB0089結合の分析
凍結したAML患者試料を37℃で解凍し、結合アッセイで直ちに使用した。試験物質、hIgG1アイソタイプ対照及び市販試薬の抗CLEC12A抗体クローン50C1は、Biotium Mix-n-Stain CF568ラベリングキットを使用してラベリングした。製造業者の指示に従った。表198及び199に記載されているように、AML試料を抗体のカクテルで染色した。CytKick Maxオートサンプラーを備えたAttune NxTサイトメーターを使用して試料を分析した。FlowJo Xソフトウェアを使用して生データを分析した。
Figure 2023508942000264
Figure 2023508942000265
Figure 2023508942000266
結果及び考察
CLEC12A TriNKETは、ヒトCLEC12Aを発現する細胞株に結合する
CLEC12A TriNKET及びその親mAbの結合は、ヒトCLEC12Aを発現する3つの細胞株を使用して試験した(図203)。PL21及びHL60は内因性CLEC12A発現を伴うヒトAML細胞株であるのに対し、マウスBa/F3細胞はヒトCLEC12Aを発現するように設計されている。
コンパレーターとして、パブリックドメインで知られているGenentech(h6E7)及びMerus(CLL1-Merus)のCLEC12A結合ドメインを使用して2つのツールTriNKETを生成した。Fab CLEC12A結合ドメインを有するデュオボディ(Duobody)TriNKETは、FabNKG2DバインダーA49と対になった。デュオボディ(Duobody)TriNKET hcFAE-A49.h6E7は、Genentechバインダーから誘導され、hcFAE-A49.CLL1-Merusは、Merusバインダーから誘導される。
リードTriNKETAB0089及び代替CLEC12A TriNKET AB0237及びAB0192は全て、ナノモルの効力でCLEC12A発現細胞に結合した(表4)。AB0089は効力が低下したが、試験した3つの細胞株で親mAbAB0305と比較して最大FOBに達した。AB0237は、その親mAb AB0037と匹敵する結合を示し、3つの細胞株全てで互いに2倍以内の効力値を示した。AB0237のバリアントAB0237-Dead 2DならびにNKG2D及びCD16結合ドメインにそれぞれ変異を有するAB0300は、AB0237と比較して同様の細胞結合を示した。対照的に、AB0192は、その親mAb AB0306と比較して、効力の低下及び最大FOBを示した。
ツールTriNKETと比較して、AB0089は、hcFAE-A49.CLL1-Merusに匹敵する細胞負荷、及びhcFAE-A40.h6E7よりも高い細胞負荷を示した。さらに、CLEC12A細胞株に結合するAB0237は、hcFAE-A49.CLL1-Merusよりも強力であり、効力はhcFAE-h6E7と同等であった。全てのEC50結合効力及び最大FOB結合を表201にまとめている。
Figure 2023508942000267
CLEC12A-TriNKET表面保持
抗体ライゲーション後のCLEC12Aの内在化は文献に記載されている。この現象を利用して、CLEC12Aを標的とする抗体薬物コンジュゲートが開発され、これは、標的細胞を殺滅するためにコンジュゲートされた薬物の内在化に依存している。ただし、TriNKET活性には、CLEC12A+がん細胞に対するNK細胞の係合及びエフェクター活性を可能にするために、TriNKETとの複合体であるCLEC12Aの細胞表面保持が必要である。CLEC12A TriNKETの存在下での細胞表面上のCLEC12Aの保持をよりよく理解するために、本発明者らは、氷上でのインキュベーションと比較して、37℃で2時間のインキュベーション後のCLEC12A+細胞株への各TriNKET及び親mAbの飽和濃度の結合を調べた。
37℃で2時間細胞に結合させた場合、細胞表面CLEC12Aの90%以上が各TriNKETで保持された。図204は、HL60及びPL21AML株におけるAB0089、AB0192、AB0237、及びそれらの親抗体の表面保持の例を示している。3つの独立した実験からのデータを表202に要約する。AB0089は、他のCLEC12A TriNKET及びそれらの親mAbと比較して、優れた表面保持を示すように見えた。
しかしながら、AB0089は、AB0237と比較して氷上でのインキュベーション後に低い結合シグナルを示したが、37℃で2時間のインキュベーション後に同様のシグナルを示し、AB0089の表面保持値が膨らんだ可能性がある(図205)。それにもかかわらず、これらのデータは、平衡に達するためのAB0089の温度依存性結合を示唆しており、これは、反応速度論的結合データによって示唆される2段階結合機構に起因する可能性がある(実施例17)。
対照的に、AB0192及びその親mAb AB0306は、異なる親マウスmAbに由来し、HL60細胞及びPL21細胞で同様の表面保持を示した。これらのデータによって、CLEC12Aの表面保持が、一価に結合するか(F3’TriNKETの場合のように)、二価に結合するか(mAbのように)、及び特定のバインダーのエピトープに依存し得ることが示される。
Figure 2023508942000268
AB0089は、ヒトAML患者試料のCLEC12Aに結合する
合計10人のAML患者由来の初代骨髄及びPBMC試料を取得し(試料情報については表200を参照)、初代AML細胞へのAB0089及びその親mAbAB0305の結合を調べた。フルオロフォア標識試験物質AB0089及びAB0305の結合パターンを、市販の抗CLEC12A抗体クローン50C1と比較した(Lahoud et al,The Journal of Immunology.2009;182:7587- 7594)。10人のドナーのうちで、AML芽球ゲート内のCLEC12A+細胞の割合は約40~95%と広く変化した。CLEC12Aの発現及び観察された割合の変動に寄与し得る、さまざまなFABサブタイプからのAML患者試料を分析した。
AB0089及びAB0305は、試験した10例のAML患者試料全体で抗CLEC12Aクローン50C1に匹敵する結合パターンを示している(図206)。さらに芽球をゲーティングして、各試料からの白血病幹細胞が豊富なCD34+CD38-亜集団を検査した。繰り返すと、AB0089及びAB0305は、クローン50C1としてCD34+CD38-芽球で同様に染色された(図207)。全体として、これらのデータは、AB0089が初代AML芽球及びLSC用に強化されたCD34+CD38- サブセット上でCLEC12Aに結合し得ることを裏付けた。
AB0089及びその他のCLEC12A TriNKETは、ヒトCLEC12Aを異所的に発現するBa/F3細胞、ならびに内因性CLEC12Aを発現するPL21及びHL60 AML細胞に対して、株をまたいで同様のナノモル効力で用量反応的に結合した。抗体ライゲーション後のCLEC12A内在化に関する文献の報告にもかかわらず、AB0089及び代替CLEC12A TriNKET AB0237及びAB0192は両方とも、HL60及びPL21 CLEC12A+細胞株との2時間のインキュベーション後にCLEC12Aの高い細胞表面保持を示した。最後に、AB0089及びその親mAb AB0305は、市販の試薬抗CLEC12A抗体クローン50C1にバルクで、及びCD34+CD38-芽球に対して、10人のドナー由来の初代AML患者試料をまたいで同様に結合した。まとめると、これらのデータは、CLEC12Aを発現する細胞へのAB0089の強力な結合を支持しており、AB0089が初代AML芽球に結合することを示している。
実施例20.AB0089 CLEC12A TriNKET
目的
この研究の目的は、CLEC12A TriNKET AB0192の分子フォーマット、設計、構造、及び特性評価を説明することである。特に、この報告では、本発明者らは、a)AB0192の分子フォーマット及び設計について説明し、b)AB0192の発現及び精製に関する情報を提供し、c)分子の基本的な生化学的及び生物物理学的特性を説明し、d)組換えヒト標的体に対するAB0192の親和性を決定し(CLEC12A、NKG2D及びCD16a)、e)ヒトCLEC12Aを発現する同質遺伝子及びAMLがん細胞株へのAB0192の結合を示し、f)AB0192の選択性を示し、g)AMLがん細胞の殺滅におけるAB0192の効力を決定し、h)結合エピトープを評価し、i)FcγR及びFcRnへの結合を評価し、IgG1mAb対照と比較し、j)加速安定性、強制分解、及び製造可能性を含む開発可能性研究におけるAB0192の挙動を説明する。
研究デザイン
マウスの抗ヒトCLEC12AmAb(9F11.B7)は、マウスの免疫化によって発見された。9F11.B7をヒト化し、scFvに変換し、A49M-I NKG2D Fab結合アームと組み合わせてF3’-TriNKET(AB0192)を生成した。AB0192は、組換えのヒト及びカニクイザル(cyno)のhCLEC12Aへの結合、CLEC12Aを発現する同質遺伝子細胞及びがん細胞への結合、ならびにCLEC12A+AMLがん細胞に対する分子の効力によって評価した。熱安定性(DSC)、疎水性(HIC)、及びpI(cIEF)を含むAB0192の生物物理学的及び生化学的特性を決定した。結合の特異性は、PSR、目的の標的を発現していない細胞への結合、及びHuProt(商標)アレイによって評価した。AB0192は、2つの異なる哺乳類細胞株(Expi293及びExpiCHO)で発現して、Dragonfly Tx2ステッププラットフォーム精製法を使用して精製した。AB0192、例としてはCLEC12A、NKG2D、CD16a(V158及びF158)、Fcγ受容体の拡張パネル(CD32a(H131及びR131)、CD16b、CD32b、カニクイザルCD16、ヒト及びカニクイザルのCD64)、及びFcRn(ヒト及びカニクイザル)の結合特性は完全に特徴付けられた。結合エピトープは、Merus及びGenentechのCLEC12A結合分子を用いたビニング実験で特徴付けた。最後に、AB0192は、Dragonfly Txプラットフォーム製剤(20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH6.0)及び20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0緩衝液中での加速(40℃)安定性、強制分解(長期pH5、pH8のストレス、強制酸化)、及び製造可能性(凍結/解凍,攪拌、低pH保持)を含む、フルの開発可能性パネルで評価した。
材料及び方法
AB0192の作成及び特性評価に使用される方法は、実施例17で使用される方法と同様である。
試験物質
AB0192-002、(ベンチリングレコード名AB0192)、Expi293(ロットAB0192-002)で発現されたヒト化TriNKET。
AB0192-005、(ベンチリングレコード名AB0192)、ExpiCHO(ロットAB0192-005)で発現されたヒト化TriNKET。
タンパク質試薬
Figure 2023508942000269
結果
AB0192TriNKETの発見
ハイブリドーマサブクローン9F11.B7は、Green Mountain Antibodies(Burlington、VT)で実施した、組換えヒトCLEC12A-hisを用いたBALB/cマウス系統の免疫を通じて発見した。
マウス9F11.B7は、組換えCLEC12Aまたは細胞表面発現標的に対する親和性を失うことなく、マウスCDRを適切なヒトフレームワーク(VH3-30*02及びVK1-33)に移植することによってヒト化された(図208)。CDRアーキテクチャを維持するために、7つのマウス逆突然変異を導入した。ヒト化9F11.B7mAbをscFvに変換し、NKG2D標的化A49 M-I Fabと対合させて、F3’TriNKET(AB00192)を生成した。このTriNKETは、CLEC12AプログラムAB0192の候補として広く特徴付けられ、指定された。
分子フォーマット及びデザイン
AB0192は、CLEC12Aを発現するがん細胞に対してNK細胞及びT細胞の活性をリダイレクトするヘテロ二量体の三機能性抗体である。AB0192は、3つの鎖:鎖H、鎖L、及び鎖Sを含む。AB0192分子の概略図は、図209に示されている。鎖Hは、NK細胞及び細胞傷害性T細胞上のNKG2D受容体の強力なアゴニストでありながら、親和性が低いために選択されたA49M-Iの重鎖である。M-I変異は、酸化に敏感であり、そのためライアビリティを示し得るCDRH3のMet102残基を置き換えるために導入された。鎖Lは、抗NKG2D標的化抗体A49M-Iの軽鎖である。鎖Sには、AMLがん細胞上のCLEC12Aに高い親和性で結合するscFvが含まれている。scFvドメインとFabドメインはどちらも、CH2ドメインにネイティブの未修飾配列を有するヒトIgG1 Fcに融合しており、抗体はFc受容体に結合する。両方の鎖は、2つのFc単量体の安定したヘテロ二量体化を確実にするために導入されたCH3ドメインにいくつかの変異を有する。AB0192のIgG1 Fcには、このような変異が7つある:鎖Hに3つの変異(K360E、K409W、Y349C)、鎖Sに4つの変異(Q347R、D399V、F405T及びS354C)。これらの変異のうちの2つは、鎖Hと鎖S(EUの命名法)の間の安定化S-S架橋(Y349C及びS354C)の形成に関与している。鎖SのscFv(VH-VL配向)は、S-S架橋((H44)C及び(L100)C、Chothia命名法)を導入する2つの変異によって安定化される。鎖Sには、scFvのVHとVLの間に(G4S)4 非免疫原性リンカーも含まれている。CLEC12Aを標的とするscFvのアミノ酸配列は、ハイブリドーマ(Green Mountain Antibodies,Burlington、VT)から得られたヒト化9F11.B7抗体の配列に基づいている。NKG2D Fabのアミノ酸配列は、ヒト酵母ディスプレイ技術(Adimab,Lebanon,NH)を使用して得られた完全ヒト抗体A49M-Iに基づいている。
ヘテロ二量体化変異の説明
EUの番号付け規則を使用して、Fcのアミノ酸残基に注釈を付けた。
鎖Hには、以下の変異が含まれている。
K360E -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
K409W -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
Y349C -Fc領域のCH3ドメインにおけるサブユニット間ジスルフィド安定化変異。
鎖HのFc領域のK360E/K409W変異は、疎水性/立体構造相補性に加えて長距離静電相互作用に起因して、鎖Sとのヘテロ二量体に有利な相互作用をもたらすように設計されている(Choi et al.,(2013)Mol Cancer Ther 12(12):2748-59;Choi et al.,(2015)Mol Immunol 65(2):377-83)。変異Y349Cは、追加の鎖間ジスルフィド結合Y349C-(CH3-鎖H)- S354C(CH3-鎖S)対を生成するために導入された(Choi et al.,(2015)Mol Immunol 65(2):377-83.)。
鎖Sには、以下の変異が含まれている。
G44C -scFvのVH領域におけるジスルフィド安定化変異。
Q100C -scFvのVL領域におけるジスルフィド安定化変異。
Q347R -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
D399v-Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
F405T -Fc領域のCH3ドメインにおけるヘテロ二量体化変異。
S354C -Fc領域のCH3ドメインにおけるサブユニット間ジスルフィド安定化変異。
変異G(H44)C及びQ(L100)Cは、VHとVLの間の操作されたジスルフィド結合によってscFvを安定化するために導入された。ジスルフィド安定化は、scFvの構造的及び熱的な安定性を改善する。鎖SのFc領域のQ347R/D399V/F405T変異は、疎水性/立体構造相補性に加えて長距離静電相互作用に起因して、鎖Hとのヘテロ二量体に有利な相互作用をもたらすように設計した(Choi et al,(2013)Mol Cancer Ther 12(12):2748-59)。変異S354Cは、Y349C(CH3-鎖H)- S354C(CH3-鎖S)対との追加の鎖間CH3ジスルフィド結合を生成するために導入した(Choi et al.,(2015)Mol Immunol 65(2):377-83)。
アミノ酸配列
AB0192を構成する3つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列を図210に示す。CDRの概要を表204に示す。
Figure 2023508942000270
潜在的な配列ライアビリティの分析
鎖L(NKG2D結合軽鎖)には予測されるライアビリティはない。鎖H(NKG2D結合重鎖)はCDRH3にDPを有する。このモチーフは強制分解の影響を受けない。そのため、この配列はAB0089では変更されていなかった。鎖Sには、CDRH3にMet(潜在的な酸化部位)及びDG(潜在的な異性化部位)が含まれている。CDRH3のMまたはDGの先制的な除去は試行されなかった。加速安定性及び強制分解の研究中に、これらの残留物の修飾を注意深くモニターした。以下に示すように、試験したどのストレスでも、MetまたはDGの変更は観察されなかった。
フレームワーク評価
AB0192のCLEC12A結合アームは、マウスの免疫化によって発見された。ヒト化のために選択されたフレームワークは、臨床段階の治療用モノクローナル抗体で頻繁に使用される(図211)。NKG2D結合アームは完全ヒトであり、進行期のmAbで頻繁に使用されるフレームワークに基づいており、異常な残基も生殖細胞系列からの逸脱も含まれていない。
逆突然変異
分子モデリングを使用して、CDRアーキテクチャの維持に役立つマウスの逆突然変異を選択した(表205)。7つの逆突然変異:HCで3つ、LCで4つが導入された。
Figure 2023508942000271
構造モデリング
結晶構造がない場合、CLEC12A及びNKG2D結合アームの可変セグメントの構造モデルを比較のために生成した。分子モデリングは、SAbPredウェブサイト(opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/)を使用して実行された。
AB0192のCLEC12A結合アームの表面電荷分布及び疎水性パッチ分析
図212は、3つの異なる方向でのCLEC12A結合scFvのリボン図モデル(上のパネル)、及び同じ方向の対応する表面電荷分布(下のパネル)を示している。抗CLEC12A scFvの電荷分布は分極化されており(「上面図」、下のパネル)、負に帯電した残基が主にCDRH3及びCDRL2内に存在する。パラトープ上の静電パッチの不均一な分布は、標的に関連している可能性が高く、同族のエピトープ上の電荷分布の相補性を反映している可能性があり、これは、CLEC12AとAB0192のscFvとの間の高親和性相互作用に寄与し得る。
図213は、AB0192のCLEC12A標的化アームのCDR長及び表面疎水性パッチの分析を示している。分析は、治療用抗体プロファイル(TAP):opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/tapを使用して実行した。377の後期治療用抗体を参照して候補を比較する。AB0192のCLEC12A結合アームのCDRの長さは、後期治療用抗体の典型的な範囲内である。抗体のCDRの疎水性パッチ分析によって、その開発性が予測される。AB0192のTAAアームの理論的な疎水性特性は、商業化された生物療法薬及び後期治療用抗体候補の基準の十分に範囲内である。
図214は、正電荷と負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。3つのチャートは全て、電荷分布が進行期の治療用抗体と比較して標準内にあることを示している。
AB0192のNKG2D結合アームの表面電荷分布及び疎水性パッチ分析
NKG2D結合Fabは、3つの異なる配向を有するリボン図に示され(図215、上部パネル)、同じ配向での対応する表面電荷分布が提供される(図215、下部パネル)。NKG2D A49M-Iアームの表面電荷分布は、分子のCLEC12A標的化アームの電荷よりも均一に分布している。
図216は、AB0192のNKG2D標的化アームのCDR長及び表面疎水性分析のパッチを示している。AB0192のNKG2D標的化アームのCDRの長、疎水性、正/負の電荷分布は、既存の治療用抗体の基準の十分に範囲内であるようである。
図217は、正電荷及び負電荷を含むパッチの分析、ならびにCDR領域周辺のこれらの電荷の対称性を示している。3つのチャートは全て、電荷分布が治療用抗体の母集団と比較して標準内にあることを示している。
免疫原性の予測
AB0192の3つの鎖のタンパク質配列を、EpiMatrixアルゴリズムを使用して、潜在的に免疫原性のT細胞エピトープの存在について調べ、免疫原性の可能性をランク付けした(図218)。AB0192は、Treg調節免疫原性タンパク質スケールでスコアが好適である。AB0192の3つの鎖の配列のTreg調整Epimatrixタンパク質スコアは、鎖H:-33.39、鎖S:-19.94及び鎖L:-23.49である(表206)。AB0192の免疫原性の予測リスクは低いようである。
Figure 2023508942000272
発現
AB0192の発現は、Dragonfly Tx F3’TriNKETプラットフォーム精製法を使用して達成された。簡単に説明すると、AB0192は、NKG2D標的化軽鎖(鎖L)、NKG2D標的化IgG重鎖(鎖H)、及びCLEC12A標的化scFv-Fc融合(鎖S)をコードする3つのプラスミドによるExpi293及びExpiCHO細胞の一過性トランスフェクションによって発現された。Expi293とExpiCHOの両方の発現について、鎖S:鎖H:鎖Lは、プラスミド比4:1:1でトランスフェクトして、所望のヘテロ二量体生成物の割合を最大化した。この比率は、以前開発されたヒト化TriNKETに基づいて経験的に得られたものであり、AB0192用に特別に最適化されたものではない。
精製
AB0192の精製は、2ステップのF3’TriNKETプラットフォーム精製法を使用して行った。AB0192精製のための最適化または広範なプロセス開発は実施しなかった。ExpiCHOで発現されたAB0192精製(ロットAB0192-005)の概略図を図219に示す。
一過性にトランスフェクトされたExpiCHO及びExpi293細胞で2ロットのAB0192を生成した。表207は、両方のロットの力価及び最終製品の純度をまとめたものである。
Figure 2023508942000273
AB0192の正体は、質量分析によって確認された。インタクトなAB0192(ロットAB0192-005)のLC-MS分析は、126,429.5Daの理論質量とよく一致する観察された質量(126,429.9 Da)(図220)を示した。観察された主なグリコシル化パターン(G0F/G0F)は、CHO細胞で発現するFc含有分子に典型的である。
生化学的及び生物物理学的特性
AB0192は、SEC、CE、cIEF、HIC、及びDSCによって特徴付け、優れた生物学的治療薬の適切な純度及び開発前の特性を備えていることが確認された。
純度
SECによって評価されたAB0192(ロットAB0192-005)の純度、非還元及び還元CE-SDSを表208に要約する。
Figure 2023508942000274
サイズ排除クロマトグラフィー
精製されたAB0192(ロットAB0192-005)のSEC分析によって、積分されたピーク面積で単量体が99%を超えると確認されたことが示された(図221)。
非還元及び還元CE-SDS
AB0192はCE-SDSによって高純度である(図222)。非還元条件下では(左パネル)、主要な不純物は方法によって誘導される(遊離軽鎖及びTriNKET-LC)。還元条件下(右パネル)では、3つの予想される鎖(軽鎖(L)、重鎖(H)、及びscFv-Fc鎖(S))が観察される。
cIEFによる実験的なpI及び電荷プロファイル
AB0192(ロットAB0192-005)のcIEFプロファイルを(図223)に示す。AB0192には、8.9±0.0のpIに主要なピークがある。いくつかのより少量の、重複する酸性ピーク及びマイナーな塩基性ピークも観察される。
HICによって評価された疎水性
AB0192の疎水性は、疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)を使用して評価された(図224及び表209)。クロマトグラムは単一の狭いピークを表し、分子が非常に純粋で均質であることを示している。AB0192の保持時間は、Humira(正常に機能する治療用モノクローナル抗体)の保持時間に匹敵する。
Figure 2023508942000275
DSCによる熱安定性
AB0192の熱安定性は、いくつかの緩衝液(PBS pH7.4、HST pH6.0、CST pH7.0)でDSCによって評価された。AB0192は、試験した全ての緩衝液で高い熱安定性を示した(図225、表210)。scFvの展開に対応するTm1は、熱安定性評価で想定されている65℃以上の基準を満たしていた。
Figure 2023508942000276
ジスルフィド結合の割り当て
AB0192は、モノクローナルIgG1抗体の骨格に基づいて操作された分子である。典型的なIgG1には16個のジスルフィド結合が含まれているが、AB0192のF3’フォーマットには15個のジスルフィド結合しかない。AB0192の半分は抗NKG2Dの半分の抗体であり、したがって、予想される7つのジスルフィド結合(各IgGドメインに1つ、及びLCをHCに接続する分子間ジスルフィド)が含まれている。AB0192の残りの半分は、抗CLEC12A scFv-Fc融合物である。scFvには3つのジスルフィド結合(各抗CLEC12A VH及びVLドメインに1つ、及び可変ドメインを架橋する操作された安定化ジスルフィド)を含み、FcにはIgGドメインに2つの予想されるジスルフィドが含まれる。ヘテロ二量体は、2つのヒンジジスルフィド、及びFab-FcをCH3ドメインのscFv-Fcに接続する1つの追加の分子間操作ジスルフィドと一緒に保持されている。まとめると、これはAB0192で15の予想されるジスルフィド結合をもたらす。AB0192の予測されるジスルフィドマップを図226に示す。
AB0192のジスルフィド結合の接続性は、非還元消化物のLC-MS/MSペプチドマッピング分析によって確認した。ジスルフィド結合ペプチドは、MS/MSデータベース検索によって特定し、ネイティブ及び還元の消化での強度を比較することで確認した。操作されたscFv安定化ジスルフィドを観察するために、AB0192をトリプシンとキモトリプシンの両方で消化した。図227は、scFv(非還元及び還元)の操作されたジスルフィド対の抽出イオンクロマトグラム(XIC)、及びそのペプチド対の最も強い電荷状態を示している。他の全てのジスルフィドは、トリプシンのみで消化した後に同定した。図228のXICは、Fcヘテロ二量体化を安定化するために導入された操作されたS-S架橋の存在を裏付けている。AB0192で観察されたジスルフィド連結ペプチドのまとめを 表211に示す。観察された全てのジスルフィド連結ペプチドを、高い質量精度(5ppm未満)で観察し、これは還元可能であり、MS/MS断片化によって配列を確認した。
Figure 2023508942000277
結合特性評価
ヒトCLEC12Aへの結合
ヒトCLEC12Aに対するAB0089の親和性は、37℃でのSPRによって決定された。AB0089はヒトCLEC12Aに高い親和性で結合する(図229、表212)。TriNKET MOAによると、分子はTAAに強く結合し、NKG2D及びCD16aに弱く結合するように設計されている。AB0192とヒトCLEC12Aとの間の複合体は、遅い速度の解離定数1.40±0.09x10-3-1から明らかなように強力である。AB0192の平衡結合親和性Kは1.81±0.16nMである。
Figure 2023508942000278
ヒトCLEC12Aの多型バリアントに対する結合(Q244)
多型バリアントCLEC12A(Q244)は、人口の30%に蔓延している。本発明者らは、SPRによるこの遺伝子バリアントへのAB0192の結合を試験し、CLEC12A(K244)WTに対するその親和性を比較した(図230)。CLEC12AのWT及び(K244Q)バリアントに対するAB0192の結合親和性は、2.5倍以内である(表213)。AB0192のカニクイザルCLEC12A(cCLEC12A)への結合も試験した。100nMの濃度では定量可能な結合は観察されなかった。
Figure 2023508942000279
示差的にグリコシル化されたCLEC12Aへの結合
ヒトCLEC12Aは、高度にグリコシル化されたタンパク質である(201アミノ酸を損なうECDを有する6つの潜在的なN-グリコシル化部位)。異なる細胞型の表面でのCLEC12Aのグリコシル化状態のバリエーションは、文献に記載されている(Marshall et al.,(2006) Eur. J. Immunol.,36:2159-2169)。異なる患者由来のAML細胞の表面に発現するCLEC12Aは、異なるグリコシル化パターンを同様に有し得る。AB0089が、ヒトCLEC12Aの異なる糖バリアントに結合することを確認するために、抗原をノイラミニダーゼで(末端シアル酸を除去するため)またはPNGaseFで(N-結合型グリカンを除去するため)処理して、SPRによって親和性を未処理のCLEC12Aと比較した。AB0192は、CLEC12Aのグリコシル化及び脱グリコシル化バリアントの両方に結合し(図231及び表214)、標的グリカン組成の不均一性の影響を受けないと予想される。
Figure 2023508942000280
CLEC12A+同質遺伝子及びがん細胞株への結合
CLEC12A及びAMLがん細胞を発現する両方の同質遺伝子細胞株へのAB0192結合の評価は、FACSによってモニターした(図232、及び表215)。AB0192は、同質遺伝子Ba/F3-CLEC12A細胞上で細胞表面に発現したCLEC12Aに対して高い親和性を示し、AML細胞株PL-21及びHL-60にEC50が1nM未満で結合する。CLEC12Aに対するAB0089の特異性は、標的を発現しない親Ba/F3 細胞への結合の欠如によって実証された。
Figure 2023508942000281
ヒトNKG2Dへの結合
37℃でのSPRによるヒトNKG2DECDへのAB0192の結合(Biacore)(図233)。NKG2Dは本質的に二量体であるため、この実験には組換えmFcタグ付きNKG2D二量体を使用した。親和性はAB0192を使用して決定された。図233は、ヒトNKG2DへのAB0192の結合センサーグラムを示している。平衡親和性データを取得するために、定常状態の親和性適合及び反応速度論的適合という2つの異なる適合を利用した。反応速度論定数及び平衡親和性定数を表216に示す。AB0192は、低い親和性で、最も重要なことに速い解離速度でヒトNKG2Dに結合するように設計された。解離速度定数は、(1.46±0.06x10-1 s-1)であった。反応速度論的適合及び定常状態親和性適合によって得られた平衡親和性定数(KD)は極めて類似しており、それぞれ779±10nM及び781±9nMであり、測定されたパラメーターの信頼性が高いことを示唆している。
Figure 2023508942000282
ヒトCD16a(V158対立遺伝子)への結合
AB0192作用機序の様式の1つは、そのFcを介してNK細胞上に発現されるヒトCD16a係合(FCγRIIIa)によるものである。ヒトCD16aへのAB0192の結合をSPRによって試験した(図234、表217)。この実験には、CD16a高親和性V158対立遺伝子を使用した。文献によると、IgG1のFc受容体親和性値は、実験計画及び受容体の調達によって異なるため、トラスツズマブ(ハーセプチン)をヒトIgG1対照として含めた。両方の対立遺伝子に対するAB0192の親和性は、同じ受容体に対するトラスツズマブの親和性に匹敵する(約2倍異なる)。この相違が意味のある生理学的重要性を有するとは本発明者らは、期待していない。
Figure 2023508942000283
CD16a-NKG2Dの相乗効果の試験
AB0192は、NK細胞に2つの結合様式を有する3機能性IgGベースの生物学的製剤である。CD16a結合は、Fcを介して達成され、NKG2D結合はA49M-IFabを介して達成される。両方の相互作用は、AB0192の最適な細胞毒性活性にとって重要である。ヒトCD16a及びヒトNKG2D結合の共結合の相乗効果を実証するために、本発明者らは、NKG2D、CD16a、及び混合NKG2D-CD16a Biacoreチップ表面へのAB0192の結合を定性的に比較するSPR実験を行った。ヒトNKG2D及びヒトCD16aに対するAB0192の親和性は両方とも低いが、両方の標的に同時に結合すると、より遅いオフレートとして現れる親和性効果が生じる(図235)。したがって、AB0192は、CD16a及びNKG2Dに強力に係合し得る。
CLEC12A及びNKG2Dの共係合
一方の標的の結合が他方の標的のAB0192への結合を妨害するか否かを決定するために、CLEC12A及びNKG2Dを、抗hFc IgG SPRチップにキャプチャーされたAB0192上に連続的に注入した(図236)。標的結合センサーグラムは、CLEC12Aの占有状態がNKG2D結合を妨害しないこと(図236、上のパネル)及びその逆(図236、下のパネル)を示している。他の標的で飽和されている遊離AB0192及びAB0192への各標的の結合を示すそれぞれのセンサーグラムセグメントの形状の類似性によって、反応速度論的パラメーターがAB0192分子の標的占有状態によって有意に影響されないことが示唆される。例えば、センサーグラムのCLEC12A結合セグメントの形状は、両方のパネルで類似している。さらに、各標的結合の相対的な化学量論への影響がないこと(占有されていないAB0192への結合と比較した場合)は、AB0192上のNKG2D及びCLEC12A結合部位が完全に独立していることを意味する(表218)。したがって、AB0192は、腫瘍抗原とNKG2D標的化アームの同時共結合を成功裏に達成する。
Figure 2023508942000284
Fcγ受容体への結合
AB0192はIgG1由来の生物学的薬剤候補であるため、適切なFc受容体結合特性を維持することが重要である。SPRデータは、AB0089がヒト及びカニクイザルのFcγ受容体に、実験的対照として役立つ市販のIgG1生物製剤であるトラスツズマブに匹敵する親和性で結合することを示唆している(表219)。各々の個々の受容体結合の詳細な説明を以下に示す。
Figure 2023508942000285
ヒト及びカニクイザルCD64への結合(FcγRI)
表220は、AB0089が、トラスツズマブに匹敵する(2倍未満の相違)親和性で組換えヒト及びカニクイザルのCD64(FcγRI)に結合することを示している。図237及び図238は、AB0089のヒト及びカニクイザルCD64への結合をそれぞれ示している。
Figure 2023508942000286
ヒトCD32aへの結合(FcγRIIa)
AB0089とトラスツズマブに関してヒトCD32aの両方の対立遺伝子の親和性の間に意味のある相違はない(表221)。図239及び図240は、SPRによって試験された、それぞれ、CD32a(H131及びR131対立遺伝子)へのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。
Figure 2023508942000287
ヒトCD16aF158(FcγRIIIa F158)及びカニクイザル(cyno)CD16への結合
CD16a V158を結合するAB0192の詳細な説明は、セクション6.9.6に記載されている。ヒトFcγRIIIa及びカニクイザルFcγRIIIの低親和性F158対立遺伝子へのAB0192の結合を、表222、図241及び図242に示す。組換えヒトCD16a(F158対立遺伝子)及びカニクイザルCD16のAB0192結合親和性値は、トラスツズマブの値に匹敵しており、親和性の相違は2倍未満である(表222)。
Figure 2023508942000288
ヒトCD32bへの結合(FcγRIIb)
AB0089及びトラスツズマブに対するCD32bの親和性の間に意味のある相違はない(表223)。図243は、SPRによって試験されたCD32bへのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。
Figure 2023508942000289
ヒトCD16bへの結合(FcγRIIb)
AB0089は、1つのトラスツズマブと匹敵する親和性(差が2倍未満)でヒトCD16b(FcγR3b)に結合する(表224)。図244は、SPRによって試験されたCD16bへのAB0089及びトラスツズマブの結合を示している。
Figure 2023508942000290
ヒト及びカニクイザルFcRnへの結合
図245及び図246は、SPRによって試験された、それぞれ、ヒト及びカニクイザルFcRnへのAB0192の結合を示している。ヒト及びカニクイザルのFcRnに対するAB0192の親和性は、実験対照として機能した市販のIgG1生物製剤であるトラスツズマブの親和性と類似している(表225)。
Figure 2023508942000291
エピトープビニング
本発明者らは、SPRによって、AB0237、AB0089、及び3つの参照対照TriNKETに関連するAB0192の結合エピトープを比較した(図247)。cFAE-A49。テポジタマブは、MerusのテポジタマブのCLEC12A結合アームに基づいている(WO_2014_051433_A1)、cFAE-A49。CLL1-Merusは、Merusのクローン4331(WO_2014_051433_A1)及びcFAE-A49に基づいている。h6E7は、Genentech(h6E7)のh6E7mAbに基づいている(US_2016_0075787_A1)AB0192とhCLEC12Aの相互作用は、3つ全ての対照分子cFAE-A49によってブロックされた。テポジタマブ、cFAE.A49.h6E7、及びcFAE-A49.CLL1-Merusによって、AB0192結合エピトープが広く、Merus及びGenentech分子の両方と重複していることが示唆されている。このフットプリントは、Merus分子とのみ交差ブロックするAB0237及びAB0089とは異なる。したがって、AB0192の結合エピトープはAB0089及びAB0237とは異なる。
効力
CLEC12Aを発現するヒトがん細胞を溶解するAB0192の能力を、ヒトNK細胞を介した細胞毒性アッセイで決定した。AB0192は、PL21 AML細胞を殺滅するのに高い効力を示し、対応するモノクローナル抗体を大幅に上回った(図248及び表226)。
Figure 2023508942000292
特異性
PSRによって評価された非特異的結合
AB0192の非特異的結合は、界面活性剤で可溶化されたCHO細胞膜タンパク質の調製物への結合を測定するフローサイトメトリーベースのPSRアッセイによって評価された(図249)。PSRアッセイは、抗体溶解性の代用である交差相互作用クロマトグラフィーと、及びin vivoクリアランスの代用であるバキュロウイルス粒子酵素結合免疫吸着アッセイとよく相関し、したがって、優れた開発可能性予測因子として機能することが公知である。AB0192は、低PSR対照(トラスツズマブ)と同様に非特異的結合を示さず、高い特異性及び無関係のタンパク質への非特異的結合の欠如を示唆している。
HuProt(商標)マイクロアレイアッセイにおけるAB0192の特異性評価
AB0192の特異性を調べるために、本発明者らは、タンパク質アレイ技術を検討した。HuProt(商標)ヒトプロテオームマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライド上で個々に精製されたヒト全長タンパク質の最大データベースを提供する。22,000の全長ヒトタンパク質からなるアレイは、酵母Cerevisiaeで発現され、精製された後、何千もの相互作用をハイスループット方式でプロファイリングすることを可能にする、マイクロアレイスライドガラスに2重にプリントされる。図250は、ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトCLEC12Aに対する1μg/mlでのAB0192の相対的結合(Zスコア)を示す。Zスコアは、所定のタンパク質の2つの複製の平均結合スコアである。比較の目的で、AB0192へのバックグラウンド結合が残っている上位24のタンパク質も図250に示した。表227は、ヒトCLEC12Aに対するAB0192のZスコア及びSスコア、ならびにマイクロアレイの上位6つのタンパク質を示している。Sスコアは、所定のタンパク質のZスコアとその隣の1つのランクとの差である。Z及びSスコア基準に基づいて、AB0192は、HuProt(商標)ヒトプロテオームアッセイにおいて、ヒトに対する高い特異性及びオフターゲット結合の欠如を示した。
Figure 2023508942000293
開発可能性評価
AB0192の安定性及び強制分解は、以下の条件下で評価された。
加速(40℃)安定性
- 20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80(pH6.0)中で20mg/ml、40℃、4週間(SEC、SPR、効力、SDS-CE)
- 20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80(pH7.0)中で、40℃、4週間(SEC、SPR、効力、SDS-CE)
化学的安定性
- 酸化:0.02%過酸化水素、PBS(室温)中で1mg/ml、24時間(SEC、CE-SDS、SPR、効力、ペプチドマップ)
- pH8.0:1mg/mlの20mM Tris、40℃、2週間(cIEF、SPR、効力、ペプチドマップ)
- pH5.0:1mg/mlの20mM酢酸ナトリウム、40℃、2週間(cIEF、SPR、効力、ペプチドマップ)。
製造可能性
-凍結/解凍:20mg/ml 6サイクルの20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80、pH7.0(SEC、SDS-CE)
-撹拌:20mMクエン酸ナトリウム、250mMスクロース、0.01%Tween(登録商標)-80(pH7.0)中で20mg/ml(SEC、SDS-CE)
-高濃度:>150mg/ml、PBS(SEC、A280)
-低pH保持:pH 3.3、1.0時間、ProA溶出緩衝液(SEC、cIEF、SDS-CE、インタクトな質量、SPR、効力)
加速(40℃)安定性
AB0192の安定性を評価するために、この分子を、(1)20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.01%PS-80、pH6.0(HST)中20mg/ml、及び(2)20mMクエン酸塩、250mMスクロース、0.01%PS-80、pH7.0(CST)中20mg/mlという2つの異なる緩衝液条件下で、40℃で4週間、ステージングした。両方の緩衝液の安定性は、SEC、CE、SPR及び効力によって評価した。
HST、pH6.0での安定性
40℃、HST中のAB0192、pH6.0で4週間後、SEC(図251、表228)またはCE-SDS(図252、表229)による最小の凝集または断片化を示した。単量体の損失は、SECによれば1.6%であり、非還元CEによれば1%であった。対照試料とストレス試料の間で、hCLEC12A、hNKG2D、及びhCD16aの活性種含有量または親和性に意味のある相違はない(図253及び表230)。最後に、KHYG-1-CD16aV細胞毒性アッセイで試験した対照試料とストレス試料との間で効力に差はなかった(図254及び表231)。
Figure 2023508942000294
Figure 2023508942000295
Figure 2023508942000296
Figure 2023508942000297
CST pH7.0での安定性
40℃で4週間後、CST、pH7.0のAB0192は、最小限の凝集(図255及び表232)及び断片化(図256及び表233)を示した。単量体の1.6%及び0.8%の損失が、SEC及び非還元CE-SDSによってそれぞれ観察された。対照試料とストレス試料との間で、hCLEC12A、hNKG2D、及びhCD16aの活性種含有量または親和性に意味のある相違はない(図257及び表234)。最後に、KHYG-1-CD16aV細胞毒性アッセイで、対照試料とストレス試料との間で効力に差はなかった(図258及び表235)。
Figure 2023508942000298
Figure 2023508942000299
Figure 2023508942000300
Figure 2023508942000301
化学的安定性
強制酸化
0.02%過酸化水素中の24時間の酸化ストレス後、AB0192は単量体含有量の有意な減少を示さなかった(図259及び表236)。CEによって評価された純度は高いままであった(図260及び表237)。CLEC12A、NKG2D、及びCD16aVに対する活性種の量及び親和性は変化せず(図261及び表238)、効力は対照試料と同様であった(図262及び表239)。
Figure 2023508942000302
Figure 2023508942000303
Figure 2023508942000304
Figure 2023508942000305
メチオニンの部位特異的酸化は、トリプシンペプチドマッピングによって強制酸化後モニターした。IgG1で予想されたように、予想どおり(表240)、Fcの2つのメチオニンでのみ有意なレベルの酸化が検出された。我々の歴史的データでは、同じ残基が同じ条件下で、トラスツズマブ61.6%及び39.1%で修飾されていることが示されている。
Figure 2023508942000306
AB0192CDRのトリプトファン残基の酸化も同じ実験でモニターした。ストレス後の酸化が有意に増大したトリプトファン残基はなかった(表241)。
Figure 2023508942000307
pH5のストレス
AB0192の化学的安定性は、低pH(20mM酢酸ナトリウム、pH5.0、40℃、2週間)で評価された。pH5で2週間後、SECでは単量体の損失(図263及び表242)は観察されなかった。非還元及び還元CE-SDSによって検出された純度の差は1%未満であった(図264及び表243)。観察された活性種の量のCLEC12A、NKG2D、またはCD16aV親和性に意味のある差はなかった(図265及び表244)。全体的な電荷プロファイルの小さな酸性シフトがcIEFによって検出されたが(図266及び表245)、この酸性シフトはAB0192の効力に影響を与えなかった(図267及び表246)。
Figure 2023508942000308
Figure 2023508942000309
Figure 2023508942000310
Figure 2023508942000311
Figure 2023508942000312
pH8のストレス
AB0192の化学的安定性は、高pH(20mM Tris、pH8.0、40℃、2週間)でのインキュベーションによっても評価した。pH8で2週間後、SECによれば単量体の1.6%の損失があった(図268及び表247)。純度のわずかな相違は、非還元及び還元CE-SDSによって検出された(図269及び表248)。観察された活性種のCLEC12A、NKG2D、またはCD16aVの親和性または量に意味のある差はなかった(図270及び表249)。cIEFによって検出された全体的な電荷プロファイルの有意な酸性シフトが検出され(図271及び表250)、これは、分子全体の脱アミド化に起因し得る。しかしながら、この酸性シフトは、AB0192の効力に有意な影響を及ぼさなかった(図272及び表251)。
Figure 2023508942000313
Figure 2023508942000314
Figure 2023508942000315
Figure 2023508942000316
Figure 2023508942000317
pH5及びpH8のストレスを受けた物質のペプチドマッピング分析
cIEFによって観察されたpHストレス誘発性変化が、相補性決定領域(CDR)の修飾(改変)に起因するか否かを判断するために、同じpH5及びpH8のストレス試料を、LC-MS/MSペプチドマップによって分析した。ペプチドマップデータに基づくと、AB0192の全てのCDRは、低及び高pHストレス時の修飾に耐性がある(表252)。ピーク形状の手動検査に基づいて、アスパラギン酸の異性化の証拠は観察されなかった。
Figure 2023508942000318
製造可能性
凍結/解凍安定性
AB0192のアリコート(CST pH7.0中で20mg/ml)を、バイアルを発泡スチロール容器に入れ(凍結速度を遅くするため)、その容器を-80℃に置くことにより、6回凍結及び解凍した。一旦凍結すれば、容器を実験台に置き、アリコートを解凍させた。6サイクルの凍結/解凍後、AB0192は、SECによる単量体の損失を示さず、タンパク質濃度は同じままであった(図273及び表253)。
Figure 2023508942000319
6回の凍結/解凍サイクル後、還元または非還元のCE-SDSによって純度の低下は検出されなかった(図274及び表254)。
Figure 2023508942000320
攪拌
攪拌研究は、CST、pH7.0緩衝液で実施した。AB0192は、マイクロ撹拌バーを備えたガラスバイアル内で一定のステアリング(60rpm)で24時間インキュベートされた。対照試料と比較して、SECによって単量体の損失は検出されなかった(図275及び表255)。
Figure 2023508942000321
24時間の攪拌後、還元または非還元CE-SDSによって検出された断片化の増大はなかった(図276及び表256)。
Figure 2023508942000322
低pH保持
AB0192が、生物製剤製造におけるウイルス不活化に使用される一般的に使用される低pH保持プロトコルに修正可能か否かを判断するために、低pH保持研究を実施した。低pHでのインキュベーションは、分子の生物物理学的安定性及び完全性を損なう場合があり、アミノ酸側鎖の化学的分解、特にアスパラギン酸の異性化を引き起こす場合がある。鎖SのCDRH3には潜在的な配列ライアビリティDSがある。したがって、低pH保持後のタンパク質の品質を評価するために、本発明者らは、広範なアッセイを適用した。AB0192プロテインA溶出液の大部分はすぐに中性pHに調整して、少量の試料はpH 3.7に調整し、室温で1時間保持して、典型的なウイルス不活化ステップを模倣した。保持期間の後、プロテインA溶出液を1.0M Tris、pH8.3で中和して、中性pHを達成した。分析的サイズ排除クロマトグラフィーを実施して、低pH曝露の前後でプロファイルまたは凝集体含有量に変化があったか否かを決定した(図277)。低pH保持後、プロファイルの変化は観察されなかった。両方のアリコートを2回目のイオン交換クロマトグラフィーでさらに精製し、特性評価アッセイのパネルにかけた。
アミノ酸側鎖の化学修飾は、通常、cIEFを使用して全体規模で観察され得る。AB0192対照及び低pH保持ロットのcIEFプロファイルは、視覚的に非常に類似しており、酸性、主要、及び塩基性種の相対的な定量は、全てお互いの2%の範囲内である。低pH保持がAB0192の電荷プロファイルに測定可能な影響を及ぼさなかったことを示している(図278及び表257)。
Figure 2023508942000323
低pH保持ステップの後、hCLEC12a、hNKG2D、及びCD16aVに対する親和性は変化しなかった(図279及び表258)。これは、AB0192が、生物製剤製造におけるウイルス不活化ステップとして使用される低pH保持条件下で3つの標的全てに対する親和性を保持していることを示している。
Figure 2023508942000324
低pH保持試料の効力は、KHYG1-CD16aV細胞毒性バイオアッセイでCLEC12A+PL-21がん細胞に対してさらに試験した。AB0192の効力は、低pH保持ステップ後も変化しなかった(図280及び表259)。
Figure 2023508942000325
まとめると、これらの結果によって、AB0192の分子フォーマット及び構造は、AMLを治療するためにCLEC12A、NKG2D、及びCD16aを同時に係合する新しい多重特異性治療法の概念的要件を満たしていることが実証される。AB0192は強力であり、かついかなるストレス下でも配列のライアビリティも有意な翻訳後修飾も観察されない、好ましい開発可能性プロファイルを有する。AB0192は、AB0237及びAB0089 TriNKETとは異なるエピトープに結合する。
参照による援用
反対の言及がない限り、本明細書において参照される特許資料及び科学論文の各々の全ての開示は、あらゆる目的のために参照により援用される。
等価物
本出願は、その精神または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。したがって、前述の実施形態は、本明細書に説明される本出願を限定するものではなく、あらゆる点において例示的であると見なされるべきである。したがって、本出願の範囲は、前述の説明によってではなく添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内に入る全ての変更は、その中に含まれることが意図される。
配列
Figure 2023508942000326
Figure 2023508942000327
Figure 2023508942000328
Figure 2023508942000329
Figure 2023508942000330
Figure 2023508942000331
Figure 2023508942000332
Figure 2023508942000333
Figure 2023508942000334
Figure 2023508942000335
Figure 2023508942000336
Figure 2023508942000337
Figure 2023508942000338
Figure 2023508942000339
Figure 2023508942000340
いくつかの実施形態では、ALLは、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される。いくつかの実施形態では、MPNは、真性赤血球増大症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される。いくつかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される。いくつかの実施形態では、リンパ腫は、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される。特定の実施形態では、がんは、CLEC12Aを発現する。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
タンパク質であって:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み;
ここで、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位は、以下:
(i)それぞれが配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含む、相補性決定領域1(CDR1)、相補性決定領域2(CDR2)、及び相補性決定領域3(CDR3)を含む重鎖可変ドメイン(VH);ならびにそれぞれが配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む軽鎖可変ドメイン(VL);
(ii)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(iii)それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(iv)それぞれ配列番号221、166、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号240、226、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(v)それぞれ配列番号206、166、及び241のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号245、239、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(vi)それぞれ配列番号221、236、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号152、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(vii)それぞれ配列番号159、170、及び183のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号186、188、及び189のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(viii)それぞれ配列番号197、202、及び207のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに配列番号211、212、及び214のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(ix)それぞれ配列番号220、222、及び257のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号224、225、及び227のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(x)それぞれ配列番号230、231、及び232のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号233、234、及び235のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
(項目2)
項目1のタンパク質であって、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、
(i)それぞれ配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列をそれぞれ含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(ii)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
を含む、前記タンパク質。
(項目3)
項目1または2に記載のタンパク質であって、ここで、
(i)前記VHが、配列番号335と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号336と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むか;
(ii)前記VHが、配列番号270と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号271と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むか;または
(iii)前記VHが、配列番号178と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号289と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、前記タンパク質。
(項目4)
項目1~3のいずれか1項に記載のタンパク質であって、
(i)前記VHが、配列番号335のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号336のアミノ酸配列を含むか;
(ii)前記VHが、配列番号270のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号271のアミノ酸配列を含むか;
(iii)前記VHが、配列番号178のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号289のアミノ酸配列を含む、前記タンパク質。
(項目5)
前記VH及びVLが、配列番号143及び144;147及び144;244及び144;178及び144;256及び144;143及び163;143及び167;143及び171;または174及び175のアミノ酸配列をそれぞれ含む、項目1または2に記載のタンパク質。
(項目6)
前記第2の抗原結合部位が、一本鎖フラグメント変数(scFv)として存在し、ここで、前記scFvが、配列番号274、145、146、149、150、153、154、156、157、160、161、164、165、168、169、172、173、176、177、180、及び181から選択されるアミノ酸配列を含む、項目1~5のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目7)
前記scFvが、配列番号274または項目180のアミノ酸配列を含む、項目6に記載のタンパク質。
(項目8)
CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む、項目1に記載のタンパク質。
(項目9)
CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、以下:
(i)それぞれ、配列番号195、196、187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号198、199、201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
(ii)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(iii)それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
を含む項目1に記載のタンパク質。
(項目10)
前記VHが、配列番号148と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号203と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目1及び8~9のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目11)
前記VHが、配列番号148のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号203のアミノ酸配列を含む、項目1及び8~10のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目12)
前記VH及びVLが、配列番号162及び203;210及び203;162及び218;148及び218;または210及び218のアミノ酸配列を含む、項目11に記載のタンパク質。
(項目13)
前記第2の抗原結合部位が、scFvとして存在し、ここで、前記scFvが、配列番号184、185、204、205、208、209、215、216、252、253、254、及び255から選択されるアミノ酸配列を含む、項目8~12のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目14)
前記scFvが配列番号204のアミノ酸配列を含む、項目13に記載のタンパク質。
(項目15)
前記第2の抗原結合部位が、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する、先行項目のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目16)
タンパク質であって:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み、
ここで、前記第2の抗原結合部位が、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する、前記タンパク質。
(項目17)
表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定して、前記第二抗原結合部位がヒトCLEC12Aに、20nM以下の解離定数(K )で結合する、項目1~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目18)
前記第2の抗原結合部位が、SPRによって測定される場合、1nM以下のK でヒトCLEC12Aに結合する、項目1~7及び16~17のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目19)
前記第2の抗原結合部位が、K244Q置換を含むヒトCLEC12Aに結合する、項目1~7及び15~18のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目20)
前記タンパク質が抗体Fcドメイン、またはCD16を結合するのに十分なその一部を含む、項目1~19のいずれかに記載のタンパク質。
(項目21)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がFabフラグメントであり、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がscFvである、項目1~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目22)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がFabフラグメントである、項目1~5、8~12及び15~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目23)
CLEC12Aに結合する追加の抗原結合部位をさらに含む、項目1~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目24)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、CLEC12Aに結合する前記第2の及び前記追加の抗原結合部位がそれぞれFabフラグメントである、項目23に記載のタンパク質。
(項目25)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、かつCLEC12Aに結合する前記第2の及び前記追加の抗原結合部位がそれぞれscFvである、項目23に記載のタンパク質。
(項目26)
前記第2の及び前記追加の抗原結合部位のアミノ酸配列が同一である、項目23~25のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目27)
タンパク質であって:
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
(b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み、
ここで、NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、Fabフラグメントであり、かつCLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がscFvである、前記タンパク質。
(項目28)
NKG2Dに結合する前記scFvが、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結されている、項目22、24~26のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目29)
CLEC12Aに結合するそれぞれのscFvが、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結されている、項目21、及び25~28のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目30)
前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、項目28または29に記載のタンパク質。
(項目31)
NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記scFvの重鎖可変ドメインが、前記scFvの軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目22、24~26、28、及び30のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目32)
CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目21、25~27、及び30~31のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目33)
前記ジスルフィド架橋が、Kabat番号付けスキームの下で番号付けされた、前記重鎖可変ドメインのC44と前期軽鎖可変ドメインのC100との間に形成される、項目31または32に記載のタンパク質。
(項目34)
NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結される、項目22、24~26、28、30~31、及び33のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目35)
CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結されている、項目21、25~27、29~30、及び32~34のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目36)
前記可塑性リンカーが、(G S) を含む、項目34または35に記載のタンパク質。
(項目37)
NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのC末端に位置する、項目22、24~26、28、30~31、33~34、及び36のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目38)
CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのC末端に位置する、項目21、25~27、29~30、32~33、及び35~37のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目39)
NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端に位置する、項目22、24~26、28、30~31、33~34、及び36のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目40)
CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端に位置する、項目21、25~27、29~30、32~33、35~36、及び39のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目41)
NKG2Dに結合するFabフラグメントが抗原結合部位と前記Fcまたはその一部との間に配置されていない、項目21、27、29~30、32~33、35~36、38及び40のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目42)
CLEC12Aに結合するFabフラグメントが抗原結合部位と前記Fcまたはその一部との間に配置されていない、項目22、24、26、28、30~31、33~34、36~37、及び39のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目43)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、それぞれ配列番号81、82、及び112のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む、項目1~42のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目44)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
(i)それぞれ、配列番号81、82、及び97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
(ii)それぞれ配列番号81、82、及び84のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに、それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
を含む、項目1~42のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目45)
前記第1の抗原結合部位の前記VHが、配列番号95と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記第1の抗原結合部位のVLが、配列番号85と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目43または44のいずれかに記載のタンパク質。
(項目46)
前記第1の抗原結合部位の前記VHが配列番号95の前記アミノ酸配列を含み、かつ前記第1の抗原結合部位の前記VLが、配列番号85の前記アミノ酸配列を含む、項目43~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目47)
前記抗体FcドメインがヒトIgG1抗体Fcドメインである、項目1~46のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目48)
前記抗体Fcドメインまたはその一部が、配列番号118と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目47に記載のタンパク質。
(項目49)
前記抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けされた、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118と比較して、1つ以上の変異を含む、項目47または48に記載のタンパク質。
(項目50)
前記抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けされたQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eから選択される1つ以上の変異を、配列番号118に対して含む、項目47~49のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目51)
前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118に対して、1つ以上の変異を含み;かつ前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けられたQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118と比較して、1つ以上の変異を含む、項目47~50のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目52)
前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、配列番号118に対してK360E及びK409W置換を含み;かつ前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号が付けられた、配列番号118と比較して、Q347R、D399V及びF405T置換を含む、項目51に記載のタンパク質。
(項目53)
前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、配列番号118に対してY349C置換を含み;前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号が付けられた、配列番号118と比較して、S354C置換を含む、項目51または52に記載のタンパク質。
(項目54)
タンパク質であって:
(a)配列番号259または配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド;
(b)配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド;及び
(c)配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドを含む、
前記タンパク質。
(項目55)
項目1~54のいずれか1項に記載のタンパク質及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
(項目56)
項目1~54のいずれか1項に記載の前記タンパク質及びpH7.0以上の緩衝液を含む医薬製剤。
(項目57)
前記製剤のpHが7.0~8.0の間である、項目56に記載の医薬製剤。
(項目58)
前記緩衝液がクエン酸塩を含む、項目56または57に記載の医薬製剤。
(項目59)
前記クエン酸塩の濃度が10~20mMである、項目58に記載の医薬製剤。
(項目60)
前記緩衝液がリン酸塩をさらに含む、項目56~59のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目61)
糖または糖アルコールをさらに含む、項目56~59のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目62)
前記糖または糖アルコールが二糖である、項目61に記載の医薬製剤。
(項目63)
前記二糖がスクロースである、項目62に記載の医薬製剤。
(項目64)
前記医薬製剤中の前記糖または糖アルコールの前記濃度が200~300mMである、項目61~63のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目65)
前記医薬製剤中の前記糖または糖アルコールの前記濃度が約250mMである、項目64に記載の医薬製剤。
(項目66)
非イオン性サーファクタントをさらに含む、項目56~65のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目67)
前記非イオン性サーファクタントがポリソルベートを含む、項目66に記載の医薬製剤。
(項目68)
前記ポリソルベートがポリソルベート80である、項目67に記載の医薬製剤。
(項目69)
前記医薬製剤中のポリソルベート80の前記濃度が0.005%~0.05%である、項目68に記載の医薬製剤。
(項目70)
前記医薬製剤中のポリソルベート80の前記濃度が約0.01%である、項目69に記載の医薬製剤。
(項目71)
NaClの濃度が、存在する場合は、前記医薬製剤中で約1mM以下である、項目56~70のいずれかに記載の医薬製剤。
(項目72)
前記タンパク質の濃度が10~200mg/mLである、項目56~71のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目73)
前記タンパク質の濃度が、約20mg/mLである、項目72に記載の医薬製剤。
(項目74)
約20mMのクエン酸塩、約250mMのスクロース、及び約0.01%のポリソルベート80を、pH7.0で含む、項目56~59及び61~73のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目75)
約20mg/mLのタンパク質、約20mMのリン酸カリウム、約10mMのクエン酸ナトリウム、及び約125mMの塩化ナトリウムをpH7.8で含む、項目56~60及び72~73のいずれか1項に記載の医薬製剤。
(項目76)
項目1~54のいずれか1項に記載のタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞。
(項目77)
腫瘍細胞死を増強する方法であって、腫瘍細胞及びナチュラルキラー細胞を、有効量の項目1~54のいずれか1項に記載のタンパク質、項目55に記載の医薬組成物、または項目56~75のいずれか1つに記載の医薬製剤に曝露することを含む方法。
(項目78)
がんを治療する方法であって、それを必要とする対象に、有効量の項目1~54のいずれか1項に記載のタンパク質、項目55の医薬組成物、又は項目56~75のいずれか1項に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
(項目79)
前記がんが、血液学的悪性腫瘍である、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記血液学的悪性腫瘍が、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群より選択される、項目79に記載の方法。
(項目81)
前記AMLが、未分化型急性骨髄芽球性白血病、最小分化型急性骨髄芽球性白血病、分化型急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病(APL)、急性骨髄単球性白血病、好酸球増大症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病(AMKL)、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球形質細胞様樹状細胞腫瘍(BPDCN)から選択される、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記AMLが、AML白血病幹細胞(LSC)上のCLL-1の発現を特徴とする、項目80または81のいずれか1項に記載の方法。
(項目83)
前記LSCが、CD34、CD38、CD123、TIM3、CD25、CD32、及びCD96から選択される細胞膜マーカーを更に発現する、項目82に記載の方法。
(項目84)
前記AMLが最小残存疾患(MRD)である、項目80~83のいずれか1項に記載の方法。
(項目85)
前記MRDが、FLT3-ITD((Fms様チロシンキナーゼ3)-遺伝子内縦列重複(ITD))、NPM1(ヌクレオフォスミン1)、DNMT3A(DNAメチルトランスフェラーゼ遺伝子DNMT3A)、及びIDH(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1及び2(IDH1及びIDH2))から選択される変異の有無によって特徴付けられる、項目84に記載の方法。
(項目86)
前記MDSが、多血球系異形成を伴うMDS(MDS-MLD)、単一血球系統の異形成を伴うMDS(MDS-SLD)、環状鉄芽球を伴うMDS(MDS-RS)、芽球増大を伴うMDS(MDS-EB)、染色体異常(isolated del)(5q)を伴うMDS、及び未分類型MDS(MDS-U)から選択される、項目80に記載の方法。
(項目87)
前記MDSが一次MDSまたは二次MDSである、項目80に記載の方法。
(項目88)
前記ALLが、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される、項目80に記載の方法。
(項目89)
前記MPNが、真性赤血球増大症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される、項目80に記載の方法。
(項目90)
前記非ホジキンリンパ腫が、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される、項目80に記載の方法。
(項目91)
前記リンパ腫が、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される、項目80に記載の方法。
(項目92)
前記がんがCLEC12Aを発現する、項目78~91のいずれか1項に記載の方法。

Claims (92)

  1. タンパク質であって:
    (a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
    (b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
    (c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み;
    ここで、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位は、以下:
    (i)それぞれが配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含む、相補性決定領域1(CDR1)、相補性決定領域2(CDR2)、及び相補性決定領域3(CDR3)を含む重鎖可変ドメイン(VH);ならびにそれぞれが配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む軽鎖可変ドメイン(VL);
    (ii)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (iii)それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (iv)それぞれ配列番号221、166、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号240、226、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (v)それぞれ配列番号206、166、及び241のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号245、239、及び179のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (vi)それぞれ配列番号221、236、及び223のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号152、226、及び179のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (vii)それぞれ配列番号159、170、及び183のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号186、188、及び189のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (viii)それぞれ配列番号197、202、及び207のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに配列番号211、212、及び214のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (ix)それぞれ配列番号220、222、及び257のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号224、225、及び227のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
    (x)それぞれ配列番号230、231、及び232のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号233、234、及び235のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、を含む。
  2. 請求項1のタンパク質であって、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、
    (i)それぞれ配列番号137、272、及び273のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列をそれぞれ含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
    (ii)それぞれ配列番号137、138、及び139のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号140、141、及び142のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
    を含む、前記タンパク質。
  3. 請求項1または2に記載のタンパク質であって、ここで、
    (i)前記VHが、配列番号335と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号336と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むか;
    (ii)前記VHが、配列番号270と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号271と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むか;または
    (iii)前記VHが、配列番号178と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号289と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、前記タンパク質。
  4. 請求項1~3のいずれか1項に記載のタンパク質であって、
    (i)前記VHが、配列番号335のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号336のアミノ酸配列を含むか;
    (ii)前記VHが、配列番号270のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号271のアミノ酸配列を含むか;
    (iii)前記VHが、配列番号178のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号289のアミノ酸配列を含む、前記タンパク質。
  5. 前記VH及びVLが、配列番号143及び144;147及び144;244及び144;178及び144;256及び144;143及び163;143及び167;143及び171;または174及び175のアミノ酸配列をそれぞれ含む、請求項1または2に記載のタンパク質。
  6. 前記第2の抗原結合部位が、一本鎖フラグメント変数(scFv)として存在し、ここで、前記scFvが、配列番号274、145、146、149、150、153、154、156、157、160、161、164、165、168、169、172、173、176、177、180、及び181から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載のタンパク質。
  7. 前記scFvが、配列番号274または請求項180のアミノ酸配列を含む、請求項6に記載のタンパク質。
  8. CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、それぞれ配列番号251、196、及び246のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む、請求項1に記載のタンパク質。
  9. CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位が、以下:
    (i)それぞれ、配列番号195、196、187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号198、199、201のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;
    (ii)それぞれ配列番号192、196、及び187のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
    (iii)それぞれ配列番号192、196、及び213のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号198、199、及び201のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
    を含む請求項1に記載のタンパク質。
  10. 前記VHが、配列番号148と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが、配列番号203と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1及び8~9のいずれか1項に記載のタンパク質。
  11. 前記VHが、配列番号148のアミノ酸配列を含み、かつ前記VLが配列番号203のアミノ酸配列を含む、請求項1及び8~10のいずれか1項に記載のタンパク質。
  12. 前記VH及びVLが、配列番号162及び203;210及び203;162及び218;148及び218;または210及び218のアミノ酸配列を含む、請求項11に記載のタンパク質。
  13. 前記第2の抗原結合部位が、scFvとして存在し、ここで、前記scFvが、配列番号184、185、204、205、208、209、215、216、252、253、254、及び255から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項8~12のいずれか1項に記載のタンパク質。
  14. 前記scFvが配列番号204のアミノ酸配列を含む、請求項13に記載のタンパク質。
  15. 前記第2の抗原結合部位が、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する、先行請求項のいずれか1項に記載のタンパク質。
  16. タンパク質であって:
    (a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
    (b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
    (c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み、
    ここで、前記第2の抗原結合部位が、グリコシル化に依存しない方法でCLEC12Aに結合する、前記タンパク質。
  17. 表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定して、前記第二抗原結合部位がヒトCLEC12Aに、20nM以下の解離定数(K)で結合する、請求項1~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
  18. 前記第2の抗原結合部位が、SPRによって測定される場合、1nM以下のKでヒトCLEC12Aに結合する、請求項1~7及び16~17のいずれか1項に記載のタンパク質。
  19. 前記第2の抗原結合部位が、K244Q置換を含むヒトCLEC12Aに結合する、請求項1~7及び15~18のいずれか1項に記載のタンパク質。
  20. 前記タンパク質が抗体Fcドメイン、またはCD16を結合するのに十分なその一部を含む、請求項1~19のいずれかに記載のタンパク質。
  21. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がFabフラグメントであり、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がscFvである、請求項1~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
  22. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、CLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がFabフラグメントである、請求項1~5、8~12及び15~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
  23. CLEC12Aに結合する追加の抗原結合部位をさらに含む、請求項1~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
  24. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、CLEC12Aに結合する前記第2の及び前記追加の抗原結合部位がそれぞれFabフラグメントである、請求項23に記載のタンパク質。
  25. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位がscFvであり、かつCLEC12Aに結合する前記第2の及び前記追加の抗原結合部位がそれぞれscFvである、請求項23に記載のタンパク質。
  26. 前記第2の及び前記追加の抗原結合部位のアミノ酸配列が同一である、請求項23~25のいずれか1項に記載のタンパク質。
  27. タンパク質であって:
    (a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位;
    (b)CLEC12Aに結合する第2の抗原結合部位;及び
    (c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位を含み、
    ここで、NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、Fabフラグメントであり、かつCLEC12Aに結合する前記第2の抗原結合部位がscFvである、前記タンパク質。
  28. NKG2Dに結合する前記scFvが、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結されている、請求項22、24~26のいずれか1項に記載のタンパク質。
  29. CLEC12Aに結合するそれぞれのscFvが、Ala-SerまたはGly-Serを含むヒンジを介して、CD16に結合するのに十分な抗体定常ドメインまたはその一部に連結されている、請求項21、及び25~28のいずれか1項に記載のタンパク質。
  30. 前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、請求項28または29に記載のタンパク質。
  31. NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記scFvの重鎖可変ドメインが、前記scFvの軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、請求項22、24~26、28、及び30のいずれか1項に記載のタンパク質。
  32. CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、請求項21、25~27、及び30~31のいずれか1項に記載のタンパク質。
  33. 前記ジスルフィド架橋が、Kabat番号付けスキームの下で番号付けされた、前記重鎖可変ドメインのC44と前期軽鎖可変ドメインのC100との間に形成される、請求項31または32に記載のタンパク質。
  34. NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結される、請求項22、24~26、28、30~31、及び33のいずれか1項に記載のタンパク質。
  35. CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結されている、請求項21、25~27、29~30、及び32~34のいずれか1項に記載のタンパク質。
  36. 前記可塑性リンカーが、(GS)を含む、請求項34または35に記載のタンパク質。
  37. NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのC末端に位置する、請求項22、24~26、28、30~31、33~34、及び36のいずれか1項に記載のタンパク質。
  38. CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのC末端に位置する、請求項21、25~27、29~30、32~33、及び35~37のいずれか1項に記載のタンパク質。
  39. NKG2Dに結合する前記scFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端に位置する、請求項22、24~26、28、30~31、33~34、及び36のいずれか1項に記載のタンパク質。
  40. CLEC12Aに結合するそれぞれのscFv内で、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端に位置する、請求項21、25~27、29~30、32~33、35~36、及び39のいずれか1項に記載のタンパク質。
  41. NKG2Dに結合するFabフラグメントが抗原結合部位と前記Fcまたはその一部との間に配置されていない、請求項21、27、29~30、32~33、35~36、38及び40のいずれか1項に記載のタンパク質。
  42. CLEC12Aに結合するFabフラグメントが抗原結合部位と前記Fcまたはその一部との間に配置されていない、請求項22、24、26、28、30~31、33~34、36~37、及び39のいずれか1項に記載のタンパク質。
  43. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、それぞれ配列番号81、82、及び112のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびにそれぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む、請求項1~42のいずれか1項に記載のタンパク質。
  44. NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
    (i)それぞれ、配列番号81、82、及び97のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL;または
    (ii)それぞれ配列番号81、82、及び84のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVH;ならびに、それぞれ、配列番号86、77、及び87のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含むVL、
    を含む、請求項1~42のいずれか1項に記載のタンパク質。
  45. 前記第1の抗原結合部位の前記VHが、配列番号95と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ前記第1の抗原結合部位のVLが、配列番号85と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項43または44のいずれかに記載のタンパク質。
  46. 前記第1の抗原結合部位の前記VHが配列番号95の前記アミノ酸配列を含み、かつ前記第1の抗原結合部位の前記VLが、配列番号85の前記アミノ酸配列を含む、請求項43~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
  47. 前記抗体FcドメインがヒトIgG1抗体Fcドメインである、請求項1~46のいずれか1項に記載のタンパク質。
  48. 前記抗体Fcドメインまたはその一部が、配列番号118と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項47に記載のタンパク質。
  49. 前記抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けされた、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118と比較して、1つ以上の変異を含む、請求項47または48に記載のタンパク質。
  50. 前記抗体Fcドメインの少なくとも1つのポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けされたQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eから選択される1つ以上の変異を、配列番号118に対して含む、請求項47~49のいずれか1項に記載のタンパク質。
  51. 前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118に対して、1つ以上の変異を含み;かつ前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号付けられたQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から選択された1つ以上の位置で、配列番号118と比較して、1つ以上の変異を含む、請求項47~50のいずれか1項に記載のタンパク質。
  52. 前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、配列番号118に対してK360E及びK409W置換を含み;かつ前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖は、EUの番号付けシステムに従って番号が付けられた、配列番号118と比較して、Q347R、D399V及びF405T置換を含む、請求項51に記載のタンパク質。
  53. 前記抗体重鎖定常領域の1つのポリペプチド鎖が、配列番号118に対してY349C置換を含み;前記抗体重鎖定常領域の前記他のポリペプチド鎖が、EUの番号付けシステムに従って番号が付けられた、配列番号118と比較して、S354C置換を含む、請求項51または52に記載のタンパク質。
  54. タンパク質であって:
    (a)配列番号259または配列番号276のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド;
    (b)配列番号260のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド;及び
    (c)配列番号261のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドを含む、
    前記タンパク質。
  55. 請求項1~54のいずれか1項に記載のタンパク質及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  56. 請求項1~54のいずれか1項に記載の前記タンパク質及びpH7.0以上の緩衝液を含む医薬製剤。
  57. 前記製剤のpHが7.0~8.0の間である、請求項56に記載の医薬製剤。
  58. 前記緩衝液がクエン酸塩を含む、請求項56または57に記載の医薬製剤。
  59. 前記クエン酸塩の濃度が10~20mMである、請求項58に記載の医薬製剤。
  60. 前記緩衝液がリン酸塩をさらに含む、請求項56~59のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  61. 糖または糖アルコールをさらに含む、請求項56~59のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  62. 前記糖または糖アルコールが二糖である、請求項61に記載の医薬製剤。
  63. 前記二糖がスクロースである、請求項62に記載の医薬製剤。
  64. 前記医薬製剤中の前記糖または糖アルコールの前記濃度が200~300mMである、請求項61~63のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  65. 前記医薬製剤中の前記糖または糖アルコールの前記濃度が約250mMである、請求項64に記載の医薬製剤。
  66. 非イオン性サーファクタントをさらに含む、請求項56~65のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  67. 前記非イオン性サーファクタントがポリソルベートを含む、請求項66に記載の医薬製剤。
  68. 前記ポリソルベートがポリソルベート80である、請求項67に記載の医薬製剤。
  69. 前記医薬製剤中のポリソルベート80の前記濃度が0.005%~0.05%である、請求項68に記載の医薬製剤。
  70. 前記医薬製剤中のポリソルベート80の前記濃度が約0.01%である、請求項69に記載の医薬製剤。
  71. NaClの濃度が、存在する場合は、前記医薬製剤中で約1mM以下である、請求項56~70のいずれかに記載の医薬製剤。
  72. 前記タンパク質の濃度が10~200mg/mLである、請求項56~71のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  73. 前記タンパク質の濃度が、約20mg/mLである、請求項72に記載の医薬製剤。
  74. 約20mMのクエン酸塩、約250mMのスクロース、及び約0.01%のポリソルベート80を、pH7.0で含む、請求項56~59及び61~73のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  75. 約20mg/mLのタンパク質、約20mMのリン酸カリウム、約10mMのクエン酸ナトリウム、及び約125mMの塩化ナトリウムをpH7.8で含む、請求項56~60及び72~73のいずれか1項に記載の医薬製剤。
  76. 請求項1~54のいずれか1項に記載のタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞。
  77. 腫瘍細胞死を増強する方法であって、腫瘍細胞及びナチュラルキラー細胞を、有効量の請求項1~54のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項55に記載の医薬組成物、または請求項56~75のいずれか1つに記載の医薬製剤に曝露することを含む方法。
  78. がんを治療する方法であって、それを必要とする対象に、有効量の請求項1~54のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項55の医薬組成物、又は請求項56~75のいずれか1項に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  79. 前記がんが、血液学的悪性腫瘍である、請求項78に記載の方法。
  80. 前記血液学的悪性腫瘍が、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群より選択される、請求項79に記載の方法。
  81. 前記AMLが、未分化型急性骨髄芽球性白血病、最小分化型急性骨髄芽球性白血病、分化型急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病(APL)、急性骨髄単球性白血病、好酸球増大症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病(AMKL)、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球形質細胞様樹状細胞腫瘍(BPDCN)から選択される、請求項80に記載の方法。
  82. 前記AMLが、AML白血病幹細胞(LSC)上のCLL-1の発現を特徴とする、請求項80または81のいずれか1項に記載の方法。
  83. 前記LSCが、CD34、CD38、CD123、TIM3、CD25、CD32、及びCD96から選択される細胞膜マーカーを更に発現する、請求項82に記載の方法。
  84. 前記AMLが最小残存疾患(MRD)である、請求項80~83のいずれか1項に記載の方法。
  85. 前記MRDが、FLT3-ITD((Fms様チロシンキナーゼ3)-遺伝子内縦列重複(ITD))、NPM1(ヌクレオフォスミン1)、DNMT3A(DNAメチルトランスフェラーゼ遺伝子DNMT3A)、及びIDH(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1及び2(IDH1及びIDH2))から選択される変異の有無によって特徴付けられる、請求項84に記載の方法。
  86. 前記MDSが、多血球系異形成を伴うMDS(MDS-MLD)、単一血球系統の異形成を伴うMDS(MDS-SLD)、環状鉄芽球を伴うMDS(MDS-RS)、芽球増大を伴うMDS(MDS-EB)、染色体異常(isolated del)(5q)を伴うMDS、及び未分類型MDS(MDS-U)から選択される、請求項80に記載の方法。
  87. 前記MDSが一次MDSまたは二次MDSである、請求項80に記載の方法。
  88. 前記ALLが、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される、請求項80に記載の方法。
  89. 前記MPNが、真性赤血球増大症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される、請求項80に記載の方法。
  90. 前記非ホジキンリンパ腫が、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される、請求項80に記載の方法。
  91. 前記リンパ腫が、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される、請求項80に記載の方法。
  92. 前記がんがCLEC12Aを発現する、請求項78~91のいずれか1項に記載の方法。
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