JP2023508129A - インターロイキン４誘導遺伝子１（ｉｌ４ｉ１）及びがんの生物マーカーとしての各代謝物質 - Google Patents

インターロイキン４誘導遺伝子１（ｉｌ４ｉ１）及びがんの生物マーカーとしての各代謝物質 Download PDF

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Abstract

本発明は、インターロイキン４誘導遺伝子１（ＩＬ４Ｉ１）及びＩＬ４Ｉ１により産生される代謝物質の、がん並びに関連する転移及び／又は免疫治療抵抗性の診断及び治療におけるマーカーとしての使用に関する。【選択図】なし

Description

本発明は、インターロイキン４誘導遺伝子１（ＩＬ４Ｉ１）及びＩＬ４Ｉ１により産生される代謝物質の、がん並びに関連する転移及び／又は免疫治療抵抗性の診断及び治療におけるマーカーとしての使用に関する。
ＩＬ４Ｉ１は、過酸化水素とアンモニアを生成しながら、Ｌ－アミノ酸のアルファ－ケト酸への酸化的脱アミノ化を触媒するＬ－アミノ酸オキシダーゼである。ＩＬ４Ｉ１は、Ｂ細胞で最初期のＩＬ４誘導性遺伝子として最初に発見されたが、後にマクロファージ及び樹状細胞でも確認された（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。
がん患者では、ＩＬ４Ｉ１は腫瘍細胞自体（例えば、一部のＢ細胞リンパ腫サブセット、中皮腫又は卵巣がん及び神経膠腫）又は腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）若しくは樹状細胞（ＤＣ）により発現される（Ｃａｒｂｏｎｎｅｌｌｅ－Ｐｕｓｃｉａｎ， ｅｔ ａｌ． ２００９）。それは、骨髄及びＢ細胞系列の抗原提示細胞（ＡＰＣ）並びにＴヘルパー型（Ｔｈ）１７細胞により生理学的に産生される分泌酵素である（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。この数年で、マウス及びヒトの適応免疫応答の微調整におけるＩＬ４Ｉ１の重要な役割が明らかになっている。実際、ＩＬ４Ｉ１はＴ細胞の増殖（Ｌａｓｏｕｄｒｉｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）及びサイトカイン産生を阻害し、また、クローン受容体刺激に応答するＴリンパ球の能力を制限して生体内での制御性Ｔ細胞へのナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞の分化を促進する。また、抗体産生のための胚中心反応の調整並びにＴｈ１及びＴｈ１７応答の制限における役割も果たしている可能性がある（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。
現在、ＩＬ４Ｉ１関連の病気の治療的意義についてはほとんど知られていない。ＩＬ４Ｉ１は、ほとんどのヒトのがんの腫瘍関連マクロファージ及び一部の腫瘍細胞型で発現される。このような発現、更には抗腫瘍Ｔ細胞応答を阻害して腫瘍増殖を促進するその能力から、ＩＬ４Ｉ１はがんの免疫調節の分野で新しい潜在的な標的となっている。
ＩＬ４Ｉ１阻害活性があると考えられるいくつかの化合物がＷＯ ２０１０／０６６８５８に開示された。しかし、具体的に開示された化合物は、毒性があるか、ＩＬ４Ｉ１阻害活性が不十分であることがわかった。開示された化合物は、ｍＭ範囲の阻害定数（Ｋｉ）を有し、したがって効力がなく、Ｔ細胞株（ジャーカット細胞）の完全な細胞死を急速に誘導した。
ＷＯ ２０１６／０４０４８８には、治療有効量のＩＬ４Ｉ１タンパク質を対象に投与することを含む、それを必要とする対象の中枢神経系（ＣＮＳ）組織中のミエリン形成を促進する方法が開示されている。
ＷＯ ２０１９／１８５９０７は、ヒトのがんの大部分で発現されることがわかっているＩＬ４Ｉ１の阻害に関する。所定の式（Ｉ）によるフェニルアラニン誘導体である、がんの治療に使用される化合物が提供されている。治療されるがんはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す。
がん、特に転移性がんに関して、ＩＬ４Ｉ１及びその代謝機能の診断的使用に関する情報も非常に限られている。
Ｌａｓｏｕｄｒｉｓらは（ＩＬ４Ｉ１： ａｎ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｏｆ ｔｈｅ ＣＤ８＋ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｖｉｖｏ， Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０１１ Ｊｕｎ；４１（６）：１６２９－３８において）、Ｌ－フェニルアラニンオキシダーゼＩＬ４Ｉ１が過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）生成を介して生体外でＴ細胞増殖を阻害し、腫瘍関連マクロファージで高度に発現することを開示している。ＩＬ４Ｉ１の免疫抑制機能は、生体内で実証されており、ＩＬ４Ｉ１がＣＤ８（＋）抗腫瘍Ｔ細胞応答を阻害してヒト腫瘍の増殖を促進することを示唆している。
ＩＬ４Ｉ１は、乳がん、腎臓がん、及び神経膠腫の疾患転帰を層別する、いわゆる間質由来予後予測因子（ＳＤＰＰ）の一部としても開示されている（Ｆｉｎａｋ ｅｔ ａｌ．， Ｓｔｒｏｍａｌ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ． Ｎａｔ． Ｍｅｄ． ２００８；１４：５１８－５２７）。
Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌら（Ｔｈｅ ＩＬ４Ｉ１ Ｅｎｚｙｍｅ： Ａ Ｎｅｗ Ｐｌａｙｅｒ ｉｎ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ Ｔｕｍｏｒ Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ． Ｃｅｌｌｓ． ２０１９ Ｊｕｌ ２０；８（７））は、ＩＬ４Ｉ１が分泌酵素としてがん免疫療法で標的化しやすい分子となり得ることを開示している。
Ｂｏｄ Ｌ．ら（ＩＬ４－ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｅｎｅ １ ｐｒｏｍｏｔｅｓ ｔｕｍｏｒ ｇｒｏｗｔｈ ｂｙ ｓｈａｐｉｎｇ ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｅ ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｉｎ ｍｅｌａｎｏｍａ． Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ． ２０１７；６：ｅ１２７８３３１）は、ＩＬ４Ｉ１が腫瘍細胞の増殖や血管新生を促進しないことを見出したが、ＩＬ４Ｉ１活性は疾患の攻撃性と相関することを示した。
Ｃｈｅｏｎｇ及びＳｕｎ （Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｔｈｅ ＩＤＯ１／ＴＤＯ２－ＫＹＮ－ＡｈＲ Ｐａｔｈｗａｙ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ － Ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ ａｎｄ Ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ． Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｓｃｉ． ２０１８ Ｍａｒ；３９（３）：３０７－３２５）は、新規がん免疫療法の開発のためのＩＤＯ１／ＴＤＯ２－ＫＹＮ－ＡｈＲシグナル伝達経路の標的化における最近の進歩と将来の展望について概説している。
現在までに、分泌ＩＬ４Ｉ１（インターロイキン４誘導１）酵素は、Ｌ－フェニルアラニン、また程度は劣るがアルギニンを異化して、Ｈ２Ｏ２、アンモニア（ＮＨ３）、及び対応するα－ケト酸を生成するとして開示されている（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｂｏｕｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， ２００４）。しかし、ＩＬ４Ｉ１は新たに確認された、ＡＨＲ作用物質（インドール代謝物質等）を産生するＴｒｐ異化経路の重要な酵素であることがわかった。ＩＬ４Ｉ１は、神経膠腫患者の生存率の低下に関連し、がん細胞の運動性を促進し、Ｔ細胞の増殖を阻害する。ＩＬ４Ｉ１はＩＤＯ１よりも強力なＡＨＲ活性化因子であるため、免疫チェックポイント阻害（ＩＣＢ）とＩＤＯ１阻害剤を組み合わせた臨床試験がうまくいかない原因である可能性がある。すなわち、ＩＣＢがＩＬ４Ｉ１を誘導し、このことが治療の回避に関与する。したがって、ＩＬ４Ｉ１の遮断により、がん治療の新たな道が開ける。これらの知見から、ＩＬ４Ｉ１に基づく治療は、免疫治療、免疫活性化につながる従来の治療、及びＡＨＲ活性化を標的化あるいは阻害する治療（例えばＩＤＯ／ＴＤＯ２阻害剤）への抵抗性に対する新たな道を提供することが明らかに推測される。
したがって、本発明の目的は、がんの診断及び監視方法にＩＬ４Ｉ１及びその代謝機能を利用する新たな手法を特定することである。他の目的及び側面は、以下の本発明のより詳細な説明をよく読めば明らかになる。
アリール炭化水素受容体（ＡＨＲ）は、環境、食事、微生物叢、及び細胞代謝に由来する化合物を感知して、変化する条件に細胞が適応できるようにするリガンド活性化転写因子である（Ｒｏｔｈｈａｍｍｅｒ ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， ２０１９）。ＡＨＲは最初に生体異物２，３，７，８－テトラクロロジベンゾ－ｐ－ダイオキシン（ＴＣＤＤ、ダイオキシン）の毒性作用の媒介物質として発見され、後に、発生、免疫、及びがんにおいて重要な役割を果たすことが示された（Ｂｏｉｔａｎｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｌｇｕｅｒｏ ｅｔ ａｌ．， １９９５； Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ－Ｖａｚｑｕｅｚ ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， ２０１８； Ｋｉｓｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１１； Ｍｕｒｒａｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１４； Ｎｇｕｙｅｎ ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， ２００８； Ｒｅｎｔａｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１６； Ｓｔｏｃｋｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１４）。リガンドが結合すると、ＡＨＲは細胞質から核に移行し、そこでＡＨＲ核内輸送体（ＡＲＮＴ）とヘテロ二量体化し、生体異物応答要素（ＸＲＥ）に結合して転写を誘導する（Ｎｇｕｙｅｎ ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， ２００８）。ＡＨＲ標的遺伝子は、様々な生物学的過程、例えば血管新生、造血、薬物及び脂質代謝、細胞運動性、免疫調節等を制御する（Ｄｅｎｉｓｏｎ ａｎｄ Ｎａｇｙ， ２００３； Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ－Ｖａｚｑｕｅｚ ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， ２０１８； Ｍｕｒｒａｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１４； Ｎｇｕｙｅｎ ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， ２００８； Ｓｔｏｃｋｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１４）。生体異物の次に、植物、微生物叢、及び内因性代謝に由来する天然のリガンドは、強力なＡＨＲ作用物質である（Ｄｅｎｉｓｏｎ ａｎｄ Ｎａｇｙ， ２００３； Ｌｉ ｅｔ ａｌ．， ２０１１； Ｒｏｔｈｈａｍｍｅｒ ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， ２０１９）。トリプトファン（Ｔｒｐ）誘導体は、内因性ＡＨＲリガンドの重要な種類を構成する（Ｄｅｎｉｓｏｎ ａｎｄ Ｎａｇｙ， ２００３； Ｈｕｂｂａｒｄ ｅｔ ａｌ．， ２０１５； Ｎｇｕｙｅｎ ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， ２００８）。インドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ１／２ （ＩＤＯ１／２）又はトリプトファン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ２）により開始されるキヌレニン（Ｋｙｎ）経路は、現在、ヒトの主要なＴｒｐ異化経路と考えられており（Ｃｅｒｖｅｎｋａ ｅｔ ａｌ．， ２０１７； Ｌｅｍｏｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、ＡＨＲ作用物質であるＫｙｎ及びキヌレン酸（ＫｙｎＡ）を産生する（ＤｉＮａｔａｌｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｍｅｚｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｏｐｉｔｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）。がんは高レベルのＩＤＯ１及びＴＤＯ２を発現し、Ｔｒｐ異化産物によるＡＨＲ活性化の効果を利用して悪性度を増強し、抗腫瘍免疫応答を阻害する。
Ｋｙｎ－ＡＨＲ軸は、以下を誘導してＴ細胞の増殖及び機能を抑制する：（ｉ）制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の分化（Ｍｅｚｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ．， ２０１０）、（ｉｉ） ＣＤ８＋ Ｔ細胞での免疫チェックポイント分子プログラム細胞死タンパク質１ （ＰＤ－１）の発現（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．， ２０１８）、（ｉｉｉ） ＣＤ８－ Ｔ細胞の細胞死（Ｇｒｅｅｎｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、及び（ｉｖ） 免疫抑制腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の動員（Ｔａｋｅｎａｋａ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。免疫効果の次に、Ｋｙｎ－ＡＨＲ軸はがん細胞の悪性表現型も増強する。そのうち最も顕著なのはがん細胞の運動性である（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１４； Ｄ’Ａｍａｔｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１５； Ｎｏｖｉｋｏｖ ｅｔ ａｌ．， ２０１６； Ｏｐｉｔｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１１； Ｘｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。
したがって、Ｔｒｐ代謝酵素（ＴＣＥ）を阻害することは、がん細胞の悪性度と腫瘍由来の免疫抑制の両方を標的とする有望な戦略となる（Ｌｅｍｏｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。
ＩＤＯ１の小分子阻害剤は、これらの２つの免疫抑制機構を同時に標的化して治療結果を改善するべく免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）の補助として臨床試験に加わっている（Ｌｅｍｏｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。しかし、最初の第ＩＩＩ相臨床試験は失敗し（Ｌｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、がんにおけるＴｒｐ異化に関する発明者らの知識に疑いを持たせた（Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。この残念な結果を分子的に理解すれば免疫治療の新たな機会が明らかになるはずである。
そこで、発明者らは、ＡＨＲを活性化する他の経路がＩＤＯ１阻害剤に対する抵抗性の機序を構成する可能性があると仮定した。ヒト腫瘍中のＡＨＲ活性化の新たな媒介物質を特定する簡単な手法は、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２以外の代謝酵素とＡＨＲ標的遺伝子の発現との関連を評価することである。しかし、ＡＨＲ標的遺伝子発現の状況特異性（Ｒｏｔｈｈａｍｍｅｒ ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， ２０１９）は様々な組織やリガンドで大きく異なり、ＡＨＲ活性の汎がん分析を妨げる。この課題に対処するべく、本発明者らは、細胞型又はリガンドに関係なくＡＨＲ活性の検出を可能にするＡＨＲシグネチャーを開発した。この汎組織ＡＨＲシグネチャーにより、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２以外の他のＴｒｐ分解酵素がヒトのがんでＡＨＲを活性化するかどうかを評価できる。
発明者らは、インターロイキン４誘導１ （ＩＬ４Ｉ１）を、ＩＤＯ１又はＴＤＯ２よりも高頻度でＡＨＲ活性と関連するヒトがんにおける主要なＡＨＲ活性化酵素として特定した。ＩＬ４Ｉ１は腫瘍細胞の遊走を促進し、抗腫瘍免疫を抑制する。ヒトにおける新規Ｔｒｐ異化経路の重要な酵素として、ＩＬ４Ｉ１活性は、ＡＨＲ作用物質として作用するインドール代謝物質及びＫｙｎＡを生成する。ＩＣＢはＩＬ４Ｉ１を誘導し、併用療法においてＩＤＯ１阻害剤に対する抵抗性を媒介する可能性がある。したがって、ＩＬ４Ｉ１を標的とすることは免疫治療抵抗性を緩和する新たな戦略を構成し、ＡＨＲ研究の新たな道を拓く。免疫系を刺激する治療法（標的療法、例えばキナーゼ阻害剤に加え、免疫活性化を導く従来の治療、例えば化学治療及び放射線治療を含み得る）にこの概念を一般化することができる。
その第１の側面において、本発明は、患者のがんを検出かつ／あるいは診断する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１発現及び／又はＩＬ４Ｉ１の酵素活性の変化を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料と比較して増加している場合、前記患者においてがんを診断かつ／あるいは検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法に関する。
好ましい実施態様では、前記試料中のＩＬ４Ｉ１の酵素活性の前記検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む。より好ましくは、ＩＬ４Ｉ１の酵素活性を検出することは、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定又はＨ２Ｏ２若しくはアンモニア検出の使用、及び／又は遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いる発現の検出、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含む。
好ましい実施態様では、ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出する方法は、ＷＯ２０２０／２０１８２５に開示されているようなアリール炭化水素受容体（ＡＨＲ）活性化シグネチャー、又はＡＨＲ核移行、又はチトクロムＰ－４５０酵素の活性、又はダイオキシン応答要素（ＤＲＥ）とのＡＨＲ－ＡＲＮＴの結合をレポーター検定により決定することを含む。
一側面では、前記方法は、細胞／組織／生体液中のＩＬ４Ｉ１の発現及び／若しくは酵素活性又は生物学的機能を検出することを含み、健常又は他の適切な対照試料と比較したときの前記区画における発現、酵素活性又は生物学的機能（特に発現又は活性化）の変化は、がんを示す。
そのような変化は、適切な対照、例えば健常な細胞又は健常な人若しくは個体群に由来の試料での値と比較した場合、あるいは、ハウスキーピング遺伝子のような内部標準と比較した場合、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％、又はそれ以上の発現若しくは酵素活性又は生物学的機能の増加又は減少である。本発明に関して、「約」という用語は、特に指示されない限り、所定の値の±５％を意味するものとする。
第２の側面では、本発明は、がん患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出することを含み、前記患者から得られた試料中の活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法を提供する。
発明者らは、ＩＬ４Ｉ１が免疫細胞で発現される（Ｃａｒｂｏｎｎｅｌｌｅ－Ｐｕｓｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００９）だけでなく免疫系に由来しないがん細胞でも発現されることをここに示す。発明者らは、初めてＩＬ４Ｉ１を腫瘍固有の悪性特性、例えばがん細胞の遊走及び転移等と関連付ける。
第３の側面では、本発明は、がん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者における前記がん免疫治療の効果の減少及び／又は免疫回避を予測させ、かつ／あるいは示し、
前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加しており、
好ましくは、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、
方法
を提供する。
好ましい実施態様では、がん免疫治療は、ＩＬ４Ｉ１調節物質による免疫治療、ＡＨＲ調節物質、及び／又は任意の従来のがん治療の組合せを含む。
第４の側面では、本発明は、患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法を提供する。
好ましい実施態様では、免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法において、前記免疫治療は免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含む。
第５の側面では、本発明は、がん患者の生存率を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者の生存率の減少を予測させ、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法を提供する。
本発明のすべての側面において、ＩＬ４Ｉ１活性の検出は、ＩＬ４Ｉ１代謝物質、特にＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質、例えば、ＫｙｎＡ、インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及び／又はインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）等のＩ３Ｐ由来代謝物質、並びにインドール－３－カルビノールを検出することを含む。
最も好ましい実施態様では、ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することは、ＷＯ２０２０／２０１８２５に開示されているようなアリール炭化水素受容体（ＡＨＲ）活性化シグネチャー、又はＡＨＲ核移行、又はチトクロムＰ－４５０酵素の活性、又はダイオキシン応答要素（ＤＲＥ）とのＡＨＲ－ＡＲＮＴの結合をレポーター検定により決定することを含む。
本発明の別の重要な側面は、本発明の方法を実行するための材料を、必要に応じて補助剤及び／又は前記方法を実行するための指示と共に１つ又は別個の容器内に含む診断キットに関する。また、本発明の別の重要な側面は、本発明による方法における前記診断キットの使用に関する。
一般に、生物マーカーＩＬ４Ｉ１及び／若しくはＡＨＲのヒト多様体、又は他の霊長類若しくは哺乳動物、例えば齧歯動物等に由来の密接に関連する種が好ましい。
他の側面及び利点は、以下の説明及び非限定的な例を読めば容易に導き出すことができる。
発明者らは、ＡＨＲ活性の調節におけるトリプトファン分解酵素の役割を調査していたところ、ヒトのがんで発現され、ＡＨＲ活性化とまだ関連付けられていないトリプトファン分解酵素であるＩＬ４Ｉ１の発現がＡＨＲ標的遺伝子発現と有意に相関することを発見した。遺伝子発現解析及びＡＨＲ核移行によりＩＬ４Ｉ１がインドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）やキヌレン酸等のトリプトファン代謝物質の生成を介してＡＨＲを活性化することが証明された（表１を参照のこと）。
本発明に関して、主にＡＨＲ変化を含むＩＬ４Ｉ１の下流効果の変化は、細胞／組織におけるＩＬ４Ｉ１の酵素活性又は生物学的機能の結果である代謝物質により引き起こされることが見出された。次に、これらの代謝物質は例えば生体液にも見られることから、これらのがん代謝物質をより便利に検出することができる。Ｉ３Ｐ及び特にＩ３Ｐ由来の代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１及びＡＨＲによる悪性特性に関与する新規のがん代謝物質の代表である。ＩＬ４Ｉ１はヒト細胞のトリプトファンを分解することが知られているが、本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１によるトリプトファンの分解が、ＡＨＲを活性化することができるがん代謝物資（Ｉ３Ｐ及びその誘導体）の蓄積につながることを初めて示した（図５及び６）。したがって、本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１がこれまで知られていなかったＡＨＲ作用物質の供給源であることを実証した。
また、本発明者らは、図５Ａ及び６ＣでＩＬ４Ｉ１がＫｙｎＡを増加させることを示した。この知見は、ＩＬ４Ｉ１をＡＨＲ作用物質ＫｙｎＡの生成と直接結び付け、ＡＨＲシグナル伝達にとってのＩＬ４Ｉ１の重要性を更に裏付ける。
好ましくは、前記試料中のＩＬ４Ｉ１の前記酵素活性又は生物学的機能の検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む。これらの代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１によるフェニルアラニン、チロシン、及び／又はトリプトファンの変換により生じる代謝物質、例えば、フェニルピルビン酸（ＰＰ）、ヒドロキシフェニルピルビン酸（ＨＰＰ）、インドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）、２－フェニル酢酸、フェニル乳酸、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－ヒドロキシ－２－フェニル酢酸、４－ヒドロキシフェニル乳酸、並びに特にＩ３Ｐ誘導体であるインドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）、４－ヒドロキシキノリン－２－カルボン酸（ＫｙｎＡ）、１，３－ジ（１Ｈ－インドール－３－イル）アセトン、（３Ｚ）－１－（１Ｈ－インドール－３－イル）－３－インドール－３－イリデンプロパン－２－オン、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、並びにインドール－３－カルビノール及び／又はアミノ酸若しくはアミノ酸代謝物質Ｌ－バリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－グルタミン酸、Ｌ－メチオニン、Ｌ－グルタミン、４－メチルスルファニル－２－オキソブタノアート、α－ケトイソロイシン、α－ケトイソバレラート、α－ケトイソカプロン酸、Ｌ－プロリン、及びα－ケトグルタル酸、並びに上記のいずれかのアンモニア及び／又はＨ２Ｏ２との組合せから選択される。
本発明によるＩＬ４Ｉ１の酵素活性又は生物学的機能（特に本明細書に開示の代謝物質の生成）を検出する方法を任意の適切な方法、例えば過酸化物で切断できる検出可能な基質の使用により実施することができる。
別の側面では、本発明は、がん患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出することを含み、前記患者から得られた試料中の活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法を提供する。
本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１が免疫細胞で発現される（Ｃａｒｂｏｎｎｅｌｌｅ－Ｐｕｓｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００９）だけでなく免疫系に由来しないがん細胞でも発現されることをここに示す。本発明者らは、初めてＩＬ４Ｉ１を腫瘍固有の悪性特性、例えばがん細胞の遊走及び転移等と関連付ける。
好ましくは、前記がんは、ＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加を特徴とし、かつ／あるいはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病からなる群から選択される。実施態様によっては、がんは、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）から選択される。
ＩＬ４Ｉ１は腫瘍細胞運動性を促進する。この表現型及びＡＨＲの機能的結果へのＩＬ４Ｉ１の関与を試験するため、本発明者らは、ＧＢＭ細胞運動性におけるＩＬ４Ｉ１の役割を調査した。異所性ＩＬ４Ｉ１は、ＡＨＲ能力のある細胞の運動性を増加させたが、ＡＨＲ欠損細胞の運動性は増加させなかった。この結果と一致して、ＡＨＲ能力のある細胞のＩＬ４Ｉ１を介した運動性はＡＨＲ阻害剤ＳＲ１によって逆転した。ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを介して作用し、免疫及びがん細胞遊走に大きな影響を与えるという知見により、本発明者らはＩＬ４Ｉ１をがん細胞の運動性の駆動物質として特定することができた。
ＡＨＲに駆動される運動性は、神経膠腫及び他のがんの実体の悪性特性に関与するが、現在まで、主にその上流の代謝制御因子であるＩＤＯ１及びＴＤＯ２と関連づけられてきた。ここで、発明者らはＩＬ４Ｉ１がＩＤＯ１及びＴＤＯ２よりもがんにおいて重要であり、神経膠腫の生存率とのこの強い負の関連性が少なくとも部分的にはＩＬ４Ｉ１の遊走促進効果によるものであることを示す。ＩＬ４Ｉ１による遊走性の結果は、神経膠腫におけるその重要性の理由であるだけでなく、黒色腫等の転移性がんにおけるその影響の根底にある。なお、このことに関して、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２とは異なり、ＩＬ４Ｉ１は分泌型であることが重要である。したがって、検定でより便利に検出されることに加え、ＩＬ４Ｉ１は、転移性細胞を遊走させて免疫破壊からそれらを保護する全身の転移促進環境を強化する可能性がある。
好ましくは、前記活性及び／又は発現の前記検出は、ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを含み、対照と比較した場合のＡＨＲの前記活性及び／又は発現の増加は、ＩＬ４Ｉ１の活性の変化、好ましくは増加を示す。また、ＩＬ４Ｉ１の活性は、例えば上記のそれに関する代謝物質及び試験を用いて決定することができる。遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いて、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体等を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出により、発現を検出することができる。
最新技術では、転移における可能性のあるＩＬ４Ｉ１の役割について推測されているが、これらの報告は、大きなチップ発現シグネチャーに関して行われており、また、ＡＨＲ及びＩＬ４Ｉ１、更にはＩＬ４Ｉ１の代謝機能についての重要な関連性が欠けている。
本発明の別の側面は、がん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者における前記がん免疫治療の効果の減少及び／又は免疫回避を予測させ、かつ／あるいは示し、
前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加しており、
好ましくは、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、
方法に関する。
重要なことに、発明者らは、ＩＬ４Ｉ１が免疫細胞で発現される（Ｃａｒｂｏｎｎｅｌｌｅ－Ｐｕｓｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００９）だけでなく免疫系に由来しないがん細胞でも発現されることを示す。発明者らは、Ｌ－アミノ酸オキシダーゼＩＬ４Ｉ１によるＴｒｐの異化が、ＡＨＲによるシグナル伝達により免疫及びがんにおいて主要な効果を誘発することを示す。現在まで、ＩＬ４Ｉ１は、アミノ酸の枯渇、Ｈ２Ｏ２の形成、又はＩＬ４Ｉ１の酵素非依存性機能のいずれかが原因とされる免疫調節機能のみと関連付けられてきた（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。したがって、ＩＬ４Ｉ１標的化は、免疫治療抵抗性を緩和するための新たな戦略を構成する。
遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析等を用いて、あるいは、例えば血清試料等の試料中の抗体を用いてＩＬ４Ｉ１のタンパク質量を検出することにより、発現を検出することができる。本明細書で使用される場合、「免疫治療」という用語は、がんを治療するための人為的な免疫系刺激、例えば、細胞免疫治療、がんワクチン接種、抗がん抗体治療、免疫細胞誘導抗体、及びサイトカイン治療等を含むものとする。特に、免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）を含むがん治療、例えばＩＤＯ１阻害剤、（例えば、Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓｔ ＧＣ， ｅｔ ａｌ．． Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ＩＤＯ１ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ： Ｆｒｏｍ Ｂｅｎｃｈ ｔｏ Ｂｅｄｓｉｄｅ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１７；７７（２４）：６７９５－６８１１， ａｎｄ Ｃｈｅｏｎｇ ＪＥ， ｅｔ ａｌ． Ａ ｐａｔｅｎｔ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ＩＤＯ１ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ． Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｔｈｅｒ Ｐａｔ． ２０１８ Ａｐｒ；２８（４）：３１７－３３０を参照のこと）及び／又は抗ＣＴＬＡ－４、抗ＰＤ－１、抗ＰＤＬ－１、抗ＬＡＧ３及び抗ＢＴＬＡから選択される抗体の使用を含むもの、並びに養子免疫治療等について言及するものとする。
前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の前記増加が、前記患者における免疫治療に反応して検出される、本発明による方法が特に好ましい。本発明に関して、免疫治療に対する抵抗性がＩＬ４Ｉ１及びＩＬ４Ｉ１－ＡＨＲ軸の活性及び／又は発現の増加に有効に関連していることが初めて示された。
次に、本発明の別の側面は、患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法に関する。
好ましくは、前記免疫治療は、単独の一連の治療として、あるいは１つ以上のがん治療、例えばキナーゼ阻害剤、核内受容体拮抗物質、他の化学治療剤又は放射線治療と組み合わせて用いられる少なくとも１つの単独免疫治療介入、例えばＩＤＯ１阻害剤（例えば、Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓｔ ＧＣ， ｅｔ ａｌ．． Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ＩＤＯ１ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ： Ｆｒｏｍ Ｂｅｎｃｈ ｔｏ Ｂｅｄｓｉｄｅ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１７；７７（２４）：６７９５－６８１１， ａｎｄ Ｃｈｅｏｎｇ ＪＥ， ｅｔ ａｌ． Ａ ｐａｔｅｎｔ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ＩＤＯ１ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ． Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｔｈｅｒ Ｐａｔ． ２０１８ Ａｐｒ；２８（４）：３１７－３３０を参照のこと）並びに／又は抗ＣＴＬＡ－４、抗ＰＤ－１、抗ＰＤＬ－１、抗ＬＡＧ３及び抗ＢＴＬＡから選択される抗体の使用を含むＩＣＢ治療を含む。
上記側面と同様に、ＩＬ４Ｉ１の標的化は免疫治療（この場合、ＩＣＢ関連がん治療に関して）抵抗性を緩和する新たな戦略を構成する。上述のように、また、ＩＬ４Ｉ１の活性は、例えば上記の代謝物質及び試験を用いて決定することができる。遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いて、あるいは、例えば生体液又は組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質の量の検出により、発現を検出することができる。前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の前記増加は免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）等の免疫治療、ＩＤＯ１阻害剤、又はその両方に反応して検出される本発明による方法が特に好ましい。本発明に関して、免疫治療抵抗性がＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現の増加並びにＩＬ４Ｉ１－ＡＨＲ軸と有効に関連していることが初めて示された。この方法に基づく肯定的な知見の結果は、治療にＩＬ４Ｉ１阻害剤又はＡＨＲ調節物質を使用することである。
次に、本発明の別の側面は、がん患者を高生存率群と低生存率群に層別する方法であって、前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は低生存率群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は高生存率群にある、方法に関する。好ましい実施態様では、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の増加は、前記患者における免疫治療に反応して検出される。
より好ましい実施態様では、高生存率群の患者は免疫治療反応者であり、低生存率群の患者は免疫治療非反応者、特に免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）非反応者及び／又はＩＤＯ１阻害剤非反応者である。
同様に、本発明の別の側面は、がん患者を免疫治療に対する反応者と非反応者群に層別する方法であって、前記患者が免疫治療を受けた後に前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は非反応者群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は高生存率群にある、方法に関する。好ましい実施態様では、対照試料は前記免疫治療を受ける前の同じ患者に由来する。
より好ましくは、この方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している。最も好ましい実施態様では、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現の変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される。免疫治療は、有利には免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含んでもよい。
本発明の別の側面は、治療を要する対象のがんを治療する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、少なくとも１種のＩＬ４Ｉ１阻害剤及び／又は少なくとも１種のＡＨＲ調節物質を有効量で前記対象に投与する、方法に関する。好ましい実施態様では、この方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している。
好ましい実施態様では、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される。免疫治療、特に少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む免疫治療を含むがん治療方法がより好ましい。
好ましい実施態様では、１種の免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せである。
より好ましい実施態様では、免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤による免疫治療、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質、及び／又は任意の従来のがん治療の組合せを含む。
ＩＬ４Ｉ１阻害剤の好ましい例は、３－フェニル－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）－３－フェニルプロパン酸、２－（ジエチルアミノ）－３－フェニルプロパン酸、３－（２，６－ジクロロフェニル）－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、３－フェニル－２－（プロピルアミノ）プロパン酸、２－アニリノ－３－フェニルプロパン酸、Ｌ－フェニルアラニンＮ－２－プロペン－１－イル－３－（トリフルオロメチル）、Ｌ－フェニルアラニン、４－シアノ－Ｎ－フェニル、Ｎ－プロピル－Ｌ－フェニルアラニン、Ｎ－フェニル－Ｌ－フェニルアラニン、２－アミノ－３－フェニル－プロピオン酸、エチルエステル、２－アセチルアミノ－３－フェニル－プロピオン酸、又は３－（２－ピリジル）－アラニンである。
ＡＨＲ調節物質の好ましい例は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、又はオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物である。
より好ましい実施態様では、がんは、Ｂ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す。３４
好ましい実施態様では、ＩＬ４Ｉ１阻害剤は小分子（例えば、２２０３０７及びＣＣ－６６８）、更には潜在的にはＩＬ４Ｉ１遮断抗体から選択される。
好ましい実施態様では、がんの治療は、ＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加を特徴とし、かつ／あるいは好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病からなる群から選択されるがんに対するものである。実施態様によっては、がんは、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、並びにそれらの任意の再発及び転移形態から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す。
より好ましい実施態様では、免疫治療は免疫治療の組合せ、例えばＩＤＯ１の阻害剤による免疫チェックポイント阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質、及び／又は他の任意のがん治療、特に従来のがん治療を含む。
ＩＤＯ１阻害剤の好ましい例は、－メチル－Ｌ－トリプトファン、Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ、ＰＸ－Ｄ２６１１６、ナボキシモド、ＰＦ－０６８４０００３、ＮＬＧ－９１９Ａ、ＢＭＳ－９８６２０５、ＩＮＣＢ０２４３６０Ａ、ＫＨＫ２４５５、ＬＹ３３８１９１６、ＭＫ－７１６２である。ＴＤＯ２阻害剤の好ましい例は、（６８０Ｃ９１、ＬＭ１０、４－（４－フルオロピラゾール－１－イル）－１，２－オキサゾール－５－アミン、融合イミダゾ－インドール、インダゾール）である。ＩＤＯ／ＴＤＯ阻害剤、例えばＨＴＩ－１０９０／ ＳＨＲ９１４６、ＤＮ１４０６１３１、ＲＧ７００９９、ＥＰＬ－１４１０も好ましい。
好ましい実施態様では、ＡＨＲ調節物質は、一般に２０００ダルトン未満、１５００ダルトン未満、１０００ダルトン未満、８００ダルトン未満、又は６００ダルトン未満の分子量を有する小分子の有機化合物から選択されてもよい。
好ましい実施態様では、従来のがん治療は、外科手術、放射線療法、化学療法、ホルモン療法、及び／又は幹細胞移植を含む。
好ましい実施態様では、ＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲ又はＡＨＲ核内輸送体（ＡＲＮＴ）の活性又は発現の阻害剤、例えばＡＨＲの拮抗物質、更にはＡＨＲ経路を遮断するｓｈＲＮＡ又はｓｉＲＮＡである。
実施態様によっては、ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、及びオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物を含む。
実施態様によっては、直接的なＡＨＲ調節物質は、オメプラゾール、スリンダク、レフルノミド、トラニラスト、ラキニモド、フルタミド、ニモジピン、メキシレチン、４－ヒドロキシ－タモキシフェン、ベムラフェニブ等を含む。
実施態様によっては、ＡＨＲ作用物質又は拮抗物質のレベルの調節は以下の１つ以上により媒介される：
（ａ）ＡＨＲリガンドを修飾する酵素、例えばチトクロムＰ－４５０酵素を、例えばチトクロムＰ－４５０酵素阻害剤（３’メトキシ－４’ニトロフラボン（ＭＮＦ）、α－ナフトフラボン（ａ－ＮＦ）、フルオランテン（ＦＬ）、フェナントレン（Ｐｈｅ）、ピレン（ＰＹ）等が挙げられる）で調節すること；
（ｂ）ＡＨＲリガンドを産生する酵素を調節すること、例えば、トリプトファン異化酵素の直接的及び間接的阻害物質／活性化物質／誘導物質（例えばＩＤＯ１経路調節物質（インドキシモド、ＮＬＧ８０２））、ＩＤＯ１阻害剤（１－メチル－Ｌ－トリプトファン、Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ、ＰＸ－Ｄ２６１１６、ナボキシモド、ＰＦ－０６８４０００３、ＮＬＧ－９１９Ａ、ＢＭＳ－９８６２０５、ＩＮＣＢ０２４３６０Ａ、ＫＨＫ２４５５、ＬＹ３３８１９１６、ＭＫ－７１６２）、ＴＤＯ２阻害剤（６８０Ｃ９１、ＬＭ１０、４－（４－フルオロピラゾール－１－イル）－１，２－オキサゾール－５－アミン、融合イミダゾ－インドール、インダゾール）、ＩＤＯ／ＴＤＯ二重阻害剤（ＨＴＩ－１０９０／ ＳＨＲ９１４６、ＤＮ１４０６１３１、ＲＧ７００９９、ＥＰＬ－１４１０）、免疫チェックポイント阻害、ワクチン接種、及び分子療法を含む免疫治療、化学療法、免疫刺激剤、放射線療法、ＵＶ光曝露、並びに標的治療（例えばイマチニブ等）。
実施態様によっては、間接的なＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲの発現の調節によりＡＨＲ活性化に影響を及ぼし、例えば、１７－アリルアミノ－デメトキシゲルダナマイシン（１７－ＡＡＧ）、セラストロール等のＨＳＰ ９０阻害剤が挙げられる。
実施態様によっては、間接的ＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲの効果を調節する結合パートナー／補因子に作用してＡＨＲ活性化に影響を及ぼし、例えばエストロゲン受容体α （ＥＳＲ１）が挙げられる。
ＡＨＲ調節物質の例は、ＵＳ９１７５２６６、ＵＳ２０１９／２２５６８３、ＷＯ２０１９１０１６４７Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４２Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４３Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４１Ａ１、ＷＯ２０１８１４６０１０Ａ１、ＡＵ２０１９２８００２３Ａ１、ＷＯ２０２００３９０９３Ａ１、ＷＯ２０２００２１０２４Ａ１、ＷＯ２０１９２０６８００Ａ１、ＷＯ２０１９１８５８７０Ａ１、ＷＯ２０１９１１５５８６Ａ１、ＥＰ３５３５２５９Ａ１、ＷＯ２０２００４３８８０Ａ１及びＥＰ３４６４２４８Ａ１に列挙されている。これらの文献はすべて、参照によりその全体が組み込まれる。
好ましい実施態様では、がんの治療は、ＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加を特徴とし、かつ／あるいは好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病からなる群から選択されるがんに対するものである。実施態様によっては、がんは、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、並びにそれらの任意の再発及び転移形態から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す。
次に、本発明の別の側面は、がん患者の生存率を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者の生存率の減少を予測させ、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法に関する。
上述のように、また、ＩＬ４Ｉ１の活性は、例えば上記の代謝物質及び試験を用いて決定することができる。遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いて、あるいは、例えば生体液又は組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質の量の検出により、発現を検出することができる。
本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１及びＩＬ４Ｉ１－ＡＨＲ軸は神経膠腫等のがんの生存率においてＩＤＯ１及びＴＤＯ２に比べて重要であり、神経膠腫の生存率とのこの強い負の関連性が少なくとも部分的にはＩＬ４Ｉ１の遊走促進効果によるものであることを本明細書に示す。例として、本発明者らは、３種のＡＨＲ活性化酵素ＩＬ４Ｉ１、ＩＤＯ１、及びＴＤＯ２のＧＢＭにおける全生存の確率との関連性について分析した。高いＩＬ４Ｉ１レベルは全生存率の減少と関連していた（図３Ｄ）。実際、腫瘍のＩＬ４Ｉ１発現が高いＧＢＭ患者（低生存率群）は、ＩＬ４Ｉ１発現が低い患者（高生存率群）と比較して２．３倍高い死亡リスクを有していた（図３Ｄ及び表２）。ＩＤＯ１転写物レベルに関連する有意な生存率の差はなかったが、高いＴＤＯ２レベルは１．５倍高い死亡リスクと関連していた（図３Ｄ及び表２）。同様に、低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）のＩＬ４Ｉ１の高発現（低生存率群）では、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２はすべて、より高い死亡リスクと関連していた（図３Ｅ）。リスクの増加はＩＬ４Ｉ１発現について最も高く（３．３倍）、続いてＩＤＯ１（２．４倍）、ＴＤＯ２（１．６倍）であった（図３Ｅ、及び表２）。同様に、さらなるＴＣＧＡ腫瘍でＩＬ４Ｉ１の発現レベルが高い患者は、ＩＬ４Ｉ１発現が低い場合と比較して有意に悪い全生存率の結果を示す（図９）。
上でも述べたように、前記活性の前記検出がＩＬ４Ｉ１代謝物質（がん代謝物質）、特にＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質、例えば、Ｉ３Ｐ及び／又はＩ３Ｐ誘導体インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）を検出することを含む、本発明による方法が好ましい。Ｉ３Ｐ、並びに特に本明細書に開示のそれらの下流代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１及びＡＨＲにより駆動される悪性特性を媒介する新規ながん代謝物質となる。
好ましくは、前記試料中のＩＬ４Ｉ１の前記酵素活性又は生物学的機能の検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む。これらの代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１によるフェニルアラニン、チロシン、及び／又はトリプトファンの変換により生じる代謝物質、例えば、フェニルピルビン酸（ＰＰ）、ヒドロキシフェニルピルビン酸（ＨＰＰ）、インドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）、２－フェニル酢酸、フェニル乳酸、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－ヒドロキシ－２－フェニル酢酸、４－ヒドロキシフェニル乳酸、並びに特にＩ３Ｐ誘導体であるインドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）、４－ヒドロキシキノリン－２－カルボン酸（ＫｙｎＡ）、１，３－ジ（１Ｈ－インドール－３－イル）アセトン、（３Ｚ）－１－（１Ｈ－インドール－３－イル）－３－インドール－３－イリデンプロパン－２－オン、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、並びにインドール－３－カルビノール及び／又はアミノ酸若しくはアミノ酸代謝物質Ｌ－バリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－グルタミン酸、Ｌ－メチオニン、Ｌ－グルタミン、４－メチルスルファニル－２－オキソブタノアート、α－ケトイソロイシン、α－ケトイソバレラート、α－ケトイソカプロン酸、Ｌ－プロリン、及びα－ケトグルタル酸、並びに上記のいずれかのアンモニア及び／又はＨ２Ｏ２との組合せから選択される。
本発明による方法では、ＩＬ４Ｉ１の酵素活性又は生物学的機能の検出は任意の適切な手段で行われてもよく、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定、及び／又はＨ２Ｏ２検出若しくはアンモニア検出の使用が好ましい。
次に、本発明の別の側面は、前記活性の検出はＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現が適切な対照と比較して増加していることはＩＬ４Ｉ１の活性の増加を示す、本発明の方法に関する。ＡＨＲの活性及び／又は発現の検出は、特にＰＣＴ出願第ＷＯ２０２０／２０１８２５号（出願人名ＤＥＵＴＳＣＨＥＳ ＫＲＥＢＳＦＯＲＳＣＨＵＮＧＳＺＥＮＴＲＵＭ ＳＴＩＦＴＵＮＧ ＤＥＳ ＯＦＦＥＮＴＬＩＣＨＥＮ ＲＥＣＨＴＳ）の先端技術に開示されている方法や本明細書の実施例に従い達成でき、また、遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いる検出、あるいは例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含んでもよい。公開されたＰＣＴ出願第ＷＯ２０２０／２０１８２５号の全内容は、参照により本出願に組み込まれる。
本発明に関して、マーカータンパク質ＩＬ４Ｉ１（又はその機能的関連部分）を含む任意の生体試料、又は（例えばがん患者から得られた）マーカータンパク質ＩＬ４Ｉ１（又はその機能的関連部分）を含む細胞を含む試料、又は例えば表１に示すようなＩＬ４Ｉ１の下流で生成された代謝物質のうち少なくとも１種を含む試料を、生物マーカー（ＡＨＲ又はＡＨＲ標的等）のうちの少なくとも１種を含む（あるいは含むと推定される）か、分析に使用される乱れたＡＨＲ活性特性を有すると推定される限り、使用できる。
好ましくは、生体試料は、生物マーカー（特に本願のがん代謝物質、ＡＨＲ及び／又はＩＬ４Ｉ１）を含む生体液、細胞を含む試料、生体液、ヒト細胞、組織、全血、細胞株、細胞上清、初代細胞、ＩＰＳＣ、ハイブリドーマ、組換え細胞、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞又は組織の形質転換対応物を含む適切な試料から選択される。また、試料は腫瘍（腫瘍又は転移）、生検体、全血、末梢血、又はそれらの画分、血清、軟膜、リンパ液、尿、骨髄、ヘパリン化全血、及びそれらの凍結試料、例えば凍結ヘパリン化全血から選択されてもよい。本発明による方法で用いられる細胞は、組換え型でも非組換え型でもよく、所望の目的及び状況に応じて、細胞外来タンパク質を発現する。必要であれば、全能性のヒト胚性幹細胞を除外してもよい。試料はまた、対象群、例えば健常者群、又は患者群から得られた組合せ試料であってもよい。
本発明による方法では、対照試料は、例えば、健常者から得られた試料、同じ又は異なるが似ている患者から得られた前の（以前の）試料、及び／又は対象／患者群から得られた試料から選択されてもよい。前記対象が哺乳動物対象、特にヒト対象、特にＩＬ４Ｉ１及び／又はＡＨＲ関連の生理学的又は病理学的状態に罹患しているヒト患者から選択される、本発明による方法が好ましい。上記の試料から前記対照試料を選択することができる。
ＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現の増加を決定するのに１つ以上の基準遺伝子を使用することができる本発明による方法が好ましい。
前記がんは、ＩＬ４Ｉ１及び／又はＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加又は減少を特徴とし、かつ／あるいは好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病からなる群から選択される。実施態様によっては、がんは、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、並びにそれらの任意の再発及び転移形態から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す。
前記患者を疾患及び／又は治療群、例えば適切なＩＬ４Ｉ１阻害剤又はＡＨＲ調節物質を受け入れる治療群に層別する工程を更に含む本発明による方法が好ましい。前記層別により、特定の患者群に有効な治療を特定かつ開発するために、異なる疾患機序、又は治療に対する特定の反応をもつ患者の小群を定義することができる。
本発明の別の側面では、本発明はまた、本明細書の本発明による方法を実施するための材料を、必要に応じて補助剤及び／又は本発明による前記方法を実行するための指示と共に１つ又は別個の容器内に含む診断キットに関する。
本発明の別の側面はまた、本発明による方法における本発明による診断キットの使用に関する。
本発明の別の好ましい側面では、本発明はまた、治療を要する患者の細胞中のＩＬ４Ｉ１関連疾患又は状態、特にがん、例えばＡＨＲ関連がんを治療かつ／予防する方法であって、本発明による方法を実行することと、前記患者に適切な治療を施すことを含み、前記治療は、少なくとも部分的に、本発明による方法、例えば層別の結果に基づく、方法に関する。
前記治療はＩＬ４Ｉ１の発現及び酵素活性の阻害を含み、より好ましくはＩＬ４Ｉ１発現又はＩＬ４Ｉ１関連がん代謝物質の減少を導くことを、場合によっては、抗腫瘍免疫の有効な抑制解除を達成するために免疫治療及び／又はＩＤＯ１若しくはＴＤＯ２の同時阻害と組み合わせて含む、本発明による方法が特に好ましい。
したがって、実施態様によっては、前記治療はＡＨＲ調節を、場合によっては、抗腫瘍免疫の有効な抑制解除を達成するために免疫治療及び／又はＩＤＯ１若しくはＴＤＯ２の同時阻害と組み合わせて含む。
上記に加え、本発明の方法では一般に、任意の適切な検定を用いてＩＬ４Ｉ１及び／又はＡＨＲを検出かつ／あるいは決定することができる。検出は通常、量的情報（マーカーあり／なし）を目的としてもよく、一方、決定は、マーカーの量（例えば、発現レベル及び／又は活性）の分析を含む。検出はまた、例えば個々のマーカーの機能の変化を引き起こす変異を特定することも目的とする。検定の選択は、決定されるマーカーの変数及び／又は検出方法に依存する。したがって、決定及び／又は検出は、好ましくは、減法（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｖｅ）ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定、ＲＮＡ配列決定、ｑＰＣＲ、ＥＬＩＳＡ、ＩＰ、ＰＬＡ、ＢｉＦＣ、ＨＰＬＣ、ＷＢ、酵素活性試験、蛍光検出、細胞生存検定、例えばＭＴＴ検定、リン受容体チロシンキナーゼ検定、リンアレイ及び増殖検定、例えばＢｒｄＵ検定、プロテオミクス、サイトカイン検定、及び質量分析から選択される方法を含んでもよい。
好ましくは、本発明の方法はまた、自動化しやすく、例えば前記活性及び／又は発現を、好ましくは自動化された高速処理の方式で評価してもよい。通常、これはチップ及び各機械、例えばロボットの使用を含む。
本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲによるシグナル伝達により免疫及びがんにおいて主要な効果を誘発することを報告している。現在まで、ＩＬ４Ｉ１は、アミノ酸の枯渇、Ｈ２Ｏ２の形成、又はＩＬ４Ｉ１の酵素非依存性機能のいずれかが原因とされる免疫制御機能と関連付けられているに過ぎなかった （Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。
本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１が免疫細胞で発現される（Ｃａｒｂｏｎｎｅｌｌｅ－Ｐｕｓｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００９）だけでなく免疫系に由来しないがん細胞でも発現されることをここに示す。本発明者らは、初めてＩＬ４Ｉ１を腫瘍固有の悪性特性、例えばがん細胞の遊走及び転移等と関連付ける。
ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを介して作用するという知見、並びに免疫及びがん細胞遊走におけるその重要な結果により、発明者らはＩＬ４Ｉ１をがん細胞の運動性を駆動物質と特定することができた。ＡＨＲに駆動される運動性は、神経膠腫及び他のがん実体の悪性特性に関与するが、現在まで、主にその上流の代謝制御因子であるＩＤＯ１及びＴＤＯ２と関連づけられてきた（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１４； Ｄ’Ａｍａｔｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１５； Ｇａｂｒｉｅｌｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１７； Ｎｏｖｉｋｏｖ ｅｔ ａｌ．， ２０１６； Ｏｐｉｔｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１１； Ｘｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。ここで、本発明者らはＩＬ４Ｉ１が神経膠腫の生存率においてＩＤＯ１及びＴＤＯ２よりも重要であり、神経膠腫の生存率とのこの強い負の関連性が少なくとも部分的にはＩＬ４Ｉ１の遊走促進効果によるものであることを示す。
ＩＬ４Ｉ１による遊走性の結果は、神経膠腫におけるその重要性の理由であるだけでなく、黒色腫等の転移性がんにおけるその影響の根底にある。なお、このことに関して、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２とは異なり、ＩＬ４Ｉ１は分泌型である（Ｂｏｕｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．， ２００７）ことが重要である。したがって、ＩＬ４Ｉ１は、転移性細胞を遊走させて免疫破壊からそれらを保護する全身の転移促進環境を強化する可能性がある。この考えの裏付けとして、がん患者は全身のＩＬ４Ｉ１由来代謝物質の濃度の増加を示す（Ｆｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１１； Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１６； Ｌｏｃａｓａｌｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１２）。
ＩＬ４Ｉ１に新しい機能を割り当てることの次に、ＡＨＲに対するその刺激効果は、ＩＬ４Ｉ１の免疫への既知の関与に重要な側面を追加する（Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。具体的には、ＩＬ４Ｉ１発現腫瘍でＭＤＳＣ及びＴｒｅｇが豊富になるのはＡＨＲが原因である可能性がある。というのも、ＡＨＲはＴｒｅｇの分化（Ｅｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２００９； Ｇａｇｌｉａｎｉ ｅｔ ａｌ．， ２０１５； Ｍａｒｓｈａｌｌ ａｎｄ Ｋｅｒｋｖｌｉｅｔ， ２０１０； Ｍｅｚｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ．， ２００８）及び腫瘍へのＭＤＳＣ動員（Ｎｅａｍａｈ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）を促進するからである。
ＡＨＲの活性化因子であるＩＬ４Ｉ１、ＩＤＯ１、及びＴＤＯ２が共存することから、この代謝チェックポイントの生物学的重要性が強調される。腫瘍治療に関して、（ＩＤＯ１又はＴＤＯ２と比較して）ＩＬ４Ｉ１のＡＨＲに対する効果がより強いことから、ＡＨＲの上流の重要な薬物標的としてＩＬ４Ｉ１が強調される。ＩＬ４Ｉ１遮断に反応した治療回避を避けるためにＩＤＯ１又はＴＤＯ２の同時阻害（例えば、ＷＯ ２０１７／１０７９７９Ａ１を参照のこと）が必要であるかどうかはまだ調査されていない（例えば、Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓｔ ＧＣ， ｅｔ ａｌ．． Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ＩＤＯ１ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ： Ｆｒｏｍ Ｂｅｎｃｈ ｔｏ Ｂｅｄｓｉｄｅ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１７；７７（２４）：６７９５－６８１１， ａｎｄ Ｃｈｅｏｎｇ ＪＥ， ｅｔ ａｌ． Ａ ｐａｔｅｎｔ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ＩＤＯ１ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ． Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｔｈｅｒ Ｐａｔ． ２０１８ Ａｐｒ；２８（４）：３１７－３３０）を参照のこと）。このことは、ＩＤＯ１と共にＩＬ４Ｉ１レベルを上げる免疫治療の状況でも重要であり、したがって、抗腫瘍免疫の効率的な抑制解除を達成するためにこれらの酵素の両方を同時に標的化することを必要とする可能性がある。そこで、本発明者らは、がん治療その他に関する新たな手段として、ＩＬ４Ｉ１標的薬物の開発を提唱する。
図１は、汎組織ＡＨＲシグネチャーがＩＬ４Ｉ１のＡＨＲ活性との強い関連を明らかにすることを示す図である。 図２は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを活性化することを示す図である。 図２は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを活性化することを示す図である。 図２は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを活性化することを示す図である。 図３は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲによる腫瘍促進効果を増進することを示す図である。 図３は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲによる腫瘍促進効果を増進することを示す図である。 図３は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲによる腫瘍促進効果を増進することを示す図である。 図４は、インドール－３－ピルビン酸塩がＩＬ４Ｉ１により駆動されるＡＨＲ活性及び運動性を媒介する重要な代謝物質であることを示す図である。 図４は、インドール－３－ピルビン酸塩がＩＬ４Ｉ１により駆動されるＡＨＲ活性及び運動性を媒介する重要な代謝物質であることを示す図である。 図５は、インドール－３－ピルビン酸塩がキヌレン酸及びインドール誘導体を発生させることを示す図である。 図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す図である。 図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す図である。 図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す図である。 図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す図である。 図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す図である。 図７は、がん及び転移ではＩＬ４Ｉ１発現が増加することを示す図である。 図７は、がん及び転移ではＩＬ４Ｉ１発現が増加することを示す図である。 図７は、がん及び転移ではＩＬ４Ｉ１発現が増加することを示す図である。 図８は、ＩＬ４Ｉ１が代謝免疫チェックポイントであることを示す図である。 図８は、ＩＬ４Ｉ１が代謝免疫チェックポイントであることを示す図である。 図８は、ＩＬ４Ｉ１が代謝免疫チェックポイントであることを示す図である。 図８は、ＩＬ４Ｉ１が代謝免疫チェックポイントであることを示す図である。 図９は、ＩＬ４Ｉ１の高発現が様々なＴＣＧＡ腫瘍の低い生存率の結果と関連していることを示す図である。 図９は、ＩＬ４Ｉ１の高発現が様々なＴＣＧＡ腫瘍の低い生存率の結果と関連していることを示す図である。 図９は、ＩＬ４Ｉ１の高発現が様々なＴＣＧＡ腫瘍の低い生存率の結果と関連していることを示す図である。 図１０は、ニボルマブ治療（抗ＰＤ１）後の差次的に制御された特徴的遺伝子の組を示すである。 図１１は、ＩＬ４Ｉ１の転写開始部位を示し、クロマチンアクセス可能性を持つ転写因子の結合モチーフを示す図である。 図１２は、ＩＬ４Ｉ１の発現が、３２のＴＣＧＡ腫瘍全体で細胞運動性及び免疫応答の特徴遺伝子の組と強く関連することを示す図である。 図１３は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんの免疫抑制マーカーと強く相関することを示す図である。 図１４は、ＩＬ４Ｉ１発現が肺組織の疲弊マーカーと強く相関することを示す図である。 図１５は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんのＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す図である。 図１６は、ＩＬ４Ｉ１発現が肺組織のＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す図である。 図１７は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんのＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す図である。 図１８は、ＩＬ４Ｉ１発現が大腸がんの血液由来のＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す図である。 図１９は、腫瘍を浸潤する大腸がんＴｒｅｇマーカーを示す図である。 図２０は、腫瘍を浸潤する大腸がんＴｒｅｇにおける、同じ患者の血液を循環するＴｒｅｇにおいてよりも高いＩＬ４Ｉ１発現を示す図である。 図２１は、ＩＬ４Ｉ１が免疫治療非反応マーカーと強く関連することを示す図である。 図２２は、ＩＬ４Ｉ１発現が、３２のＴＣＧＡ腫瘍にわたり、免疫治療非反応Ｔｒｅｇがより強化されている患者群ではより高いことを示す図である。
定義
本明細書で使用される場合、「約」という用語は所定の値からおよそ±１０％以内の変動を指す。
本明細書で使用される場合、「ＡＨＲシグナル伝達調節物質」又は「ＡＨＲ調節物質」は、細胞内のＡＨＲシグナル伝達に影響を及ぼす調節物質を指す。実施態様によっては、ＡＨＲシグナル伝達調節物質は、ＡＨＲシグナル伝達に直接的効果を示す。実施態様によっては、ＡＨＲに対する直接的効果はＡＨＲへの直接結合により媒介される。実施態様によっては、直接的な調節物質は、ＡＨＲに対して完全又は部分的な作動効果及び／又は拮抗効果を示す。実施態様によっては、ＡＨＲ調節物質は間接的な調節物質である。
実施態様によっては、ＡＨＲシグナル伝達調節物質は小分子化合物である。本明細書において、「小分子化合物」という用語は、一般に２０００ダルトン未満、１５００ダルトン未満、１０００ダルトン未満、８００ダルトン未満、又は６００ダルトン未満の分子量を有する小有機化合物を指す。
実施態様によっては、ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、又はオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物を含む。
実施態様によっては、直接的なＡＨＲ調節物質は、
（ａ）薬物：オメプラゾール、スリンダク、レフルノミド、トラニラスト、ラキニモド、フルタミド、ニモジピン、メキシレチン、４－ヒドロキシ－タモキシフェン、ベムラフェニブ等、
（ｂ）合成化合物：例えば、１０－クロロ－７Ｈ－ベンゾイミダゾ［２，１－ａ］ベンゾ［ｄｅ］イソキノリン－７－オン（１０－Ｃｌ－ＢＢＱ）、ピフィスリン－α、臭化水素酸塩、
（ｃ）天然化合物：例えば、キヌレニン、キヌレン酸、シンナバリニン酸、ＩＴＥ、ＦＩＣＺ、インドール、例えばインドール－３－カルビノール、インドール－３－ピルビン酸塩、インドール－アルデヒド、微生物の代謝物質、食物由来成分、ケルセチン、レスベラトロール、クルクミン、又は
（ｄ）毒性化合物：例えば、ＴＣＤＤ、タバコの煙、３－メチルコラントレン、ベンゾ（ａ）ピレン、２，３，７，８－テトラクロロジベンゾフラン、燃料排出物、ハロゲン化及び非ハロゲン化芳香族炭化水素、駆除剤
である。
実施態様によっては、間接的なＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲ作用物質又は拮抗物質のレベルの調節によりＡＨＲ活性化に影響を及ぼす。
実施態様によっては、ＡＨＲ作用物質又は拮抗物質のレベルの調節は以下の１つ以上により媒介される：
（ａ）ＡＨＲリガンドを修飾する酵素、例えばチトクロムＰ－４５０酵素を、例えばチトクロムＰ－４５０酵素阻害剤（３’メトキシ－４’ニトロフラボン（ＭＮＦ）、α－ナフトフラボン（ａ－ＮＦ）、フルオランテン（ＦＬ）、フェナントレン（Ｐｈｅ）、ピレン（ＰＹ）等が挙げられる）で調節すること；
（ｂ）ＡＨＲリガンドを産生する酵素を調節すること、例えば、トリプトファン異化酵素の直接的及び間接的阻害物質／活性化物質／誘導物質（例えばＩＤＯ１経路調節物質（インドキシモド、ＮＬＧ８０２））、ＩＤＯ１阻害剤（１－メチル－Ｌ－トリプトファン、Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ、ＰＸ－Ｄ２６１１６、ナボキシモド、ＰＦ－０６８４０００３、ＮＬＧ－９１９Ａ、ＢＭＳ－９８６２０５、ＩＮＣＢ０２４３６０Ａ、ＫＨＫ２４５５、ＬＹ３３８１９１６、ＭＫ－７１６２）、ＴＤＯ２阻害剤（６８０Ｃ９１、ＬＭ１０、４－（４－フルオロピラゾール－１－イル）－１，２－オキサゾール－５－アミン、融合イミダゾ－インドール、インダゾール）、ＩＤＯ／ＴＤＯ二重阻害剤（ＨＴＩ－１０９０／ ＳＨＲ９１４６、ＤＮ１４０６１３１、ＲＧ７００９９、ＥＰＬ－１４１０）、免疫チェックポイント阻害、ワクチン接種、及び分子治療を含む免疫治療、化学治療、免疫刺激剤、放射線療法、ＵＶ光曝露、並びに標的治療（例えばイマチニブ等）。
実施態様によっては、間接的なＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲの発現の調節によりＡＨＲ活性化に影響を及ぼし、例えば、１７－アリルアミノ－デメトキシゲルダナマイシン（１７－ＡＡＧ）、セラストロール等のＨＳＰ ９０阻害剤が挙げられる。
実施態様によっては、間接的ＡＨＲ調節物質は、ＡＨＲの効果を調節する結合パートナー／補因子に作用してＡＨＲ活性化に影響を及ぼし、例えばエストロゲン受容体α （ＥＳＲ１）が挙げられる。
ＡＨＲ調節物質の例は、ＵＳ９１７５２６６、ＵＳ２０１９／２２５６８３、ＷＯ２０１９１０１６４７Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４２Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４３Ａ１、ＷＯ２０１９１０１６４１Ａ１、Ｏ２０１８１４６０１０Ａ１、ＡＵ２０１９２８００２３Ａ１、ＷＯ２０２００３９０９３Ａ１、ＷＯ２０２００２１０２４Ａ１、ＷＯ２０１９２０６８００Ａ１、ＷＯ２０１９１８５８７０Ａ１、ＷＯ２０１９１１５５８６Ａ１、ＥＰ３５３５２５９Ａ１、ＷＯ２０２００４３８８０Ａ１及びＥＰ３４６４２４８Ａ１に列挙されている。これらの文献はすべて、参照によりその全体が組み込まれる。
本明細書で使用される場合、「生体試料」という語句は、生体から採取された任意の試料を指す。実施態様によっては、生体はヒトである。実施態様によっては、生体は非ヒト動物である。
実施態様によっては、生体試料としては生物マーカーを含む生体液、細胞、組織、及び細胞株が挙げられるが、これらに限定されない。実施態様によっては、生体試料としては、初代細胞、人工多能性細胞（ＩＰＣ）、ハイブリドーマ、組換え細胞、全血、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞型の形質転換対応物が挙げられるが、これらに限定されない。
「治療」又は「治療する」は、疾患の症状の軽減及び／又は改善を意味するものとする。有効な治療は、例えば、腫瘍の質量及びがん細胞数の減少を達成する。治療はまた、がんが広がるのを回避（予防）かつ低減する（例えば、その転移及び／又は形成に影響を及ぼす）ことができる。治療は、未処置治療（疾患の他の任意の治療が始まる前）であっても、初回の治療の後の治療（例えば、手術後又は再発後）であってもよい。実施態様によっては、治療は従来のがん治療、例えば手術、放射線治療、化学治療、ホルモン治療、及び／又は幹細胞移植等を含む併用治療である。実施態様によっては、治療は自己免疫応答、感染及び炎症を調節してもよい。
生体試料は、さらなる分析、特にＩＬ４Ｉ１又はＡＨＲ活性の検出に適した試料を指す。このような試料としては、生体液、哺乳動物（例えばヒト）の細胞、組織、全血、細胞株、細胞上清、初代細胞、ＩＰＳＣ、ハイブリドーマ、組換え細胞、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞又は組織の形質転換対応物が挙げられるが、これらに限定されない。腫瘍及びがん細胞は、本発明において特に目的とされる。
対照又は対照試料は、例えば、健常者又は健常者群から得られた生体試料、同じ患者又は異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料を指す。本発明の好ましい実施態様では、対照はＩＬ４Ｉ１及び／又はＡＨＲ活性が検出される試料と同じ患者又は患者群から得られるが、免疫治療前の患者又は患者群から得られたものである。
したがって、本発明は以下の項目に関する。
項目１．患者のがんを検出かつ／あるいは診断する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１発現及び／又はＩＬ４Ｉ１の酵素活性の変化を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料と比較して増加している場合、前記患者におけるがんを診断かつ／あるいは検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
項目２．前記試料中のＩＬ４Ｉ１の酵素活性の前記検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む、項目１に記載の方法。
項目３．前記代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１によるフェニルアラニン、チロシン、及び／又はトリプトファンの変換により生じる代謝物質、例えば、フェニルピルビン酸（ＰＰ）、ヒドロキシフェニルピルビン酸（ＨＰＰ）、インドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）、２－フェニル酢酸、フェニル乳酸、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－ヒドロキシ－２－フェニル酢酸、４－ヒドロキシフェニル乳酸、並びに特にＩ３Ｐ誘導体インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）、４－ヒドロキシキノリン－２－カルボン酸（ＫｙｎＡ）、１，３－ジ（１Ｈ－インドール－３－イル）アセトン、（３Ｚ）－１－（１Ｈ－インドール－３－イル）－３－インドール－３－イリデンプロパン－２－オン、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、並びにインドール－３－カルビノール及び／又はアミノ酸若しくはアミノ酸代謝物質Ｌ－バリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－グルタミン酸、Ｌ－メチオニン、Ｌ－グルタミン、４－メチルスルファニル－２－オキソブタノアート、α－ケトイソロイシン、α－ケトイソバレラート、α－ケトイソカプロン酸、Ｌ－プロリン、及びα－ケトグルタル酸、並びに上記のいずれかのアンモニア及び／又はＨ２Ｏ２との組合せから選択される、項目２に記載の方法。
項目４．ＩＬ４Ｉ１の酵素活性を検出することは、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定又はＨ２Ｏ２若しくはアンモニア検出の使用、及び／又は遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いる発現の検出、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含む、項目１～３のいずれか１つに記載の方法。
項目５．がん患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出することを含み、前記患者から得られた試料中の活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
項目６．がん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者における前記がん免疫治療の効果の減少及び／又は免疫回避を予測させ、かつ／あるいは示し、
前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加しており、
好ましくは、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、方法。
項目７．前記がん免疫治療は、ＩＬ４Ｉ１調節物質による免疫治療、ＡＨＲ調節物質、及び／又は他の任意の従来のがん治療の組合せを含む、項目６に記載のがん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法。
項目８．患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
項目９．前記免疫治療は免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含む、項目８に記載の免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法。
項目１０．がん患者の生存率を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者の生存率の減少を予測させ、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
項目１１．前記活性の前記検出は、ＩＬ４Ｉ１代謝物質、特にＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質、例えば、ＫｙｎＡ、インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及び／又はインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）等のＩ３Ｐ由来代謝物質、並びにインドール－３－カルビノールを検出することを含む、項目１～１０のいずれか１つに記載の方法。
項目１２．ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出する方法は、ＷＯ２０２０／２０１８２５に開示されているようなアリール炭化水素受容体（ＡＨＲ）活性化シグネチャー、又はＡＨＲ核移行、又はチトクロムＰ－４５０酵素の活性、又はダイオキシン応答要素（ＤＲＥ）とのＡＨＲ－ＡＲＮＴの結合をレポーター検定により決定することを含む、項目１～１１のいずれか１つに記載の方法。
項目１３．前記生体試料は、生体液、哺乳動物、例えばヒトの細胞、組織、全血、細胞株、細胞上清、初代細胞、ＩＰＳＣ、ハイブリドーマ、組換え細胞、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞又は組織の形質転換対応物、特に免疫系に由来しないがん細胞を含む適切な試料から選択される、項目１～１２のいずれか１つに記載の方法。
項目１４．前記対照試料は、例えば健常者又は健常者群から得られた試料、同じ患者又は異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料から選択される、項目１～１３のいずれか１つに記載の方法。
項目１５．前記がんは、好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、項目１～１４のいずれか１つに記載の方法。
項目１６．前記患者を疾患及び／又は治療群、例えば適切なＩＬ４Ｉ１阻害剤を受け入れる治療群に層別する工程を更に含む、項目１～１５のいずれか１つに記載の方法。
項目１７．項目１～１６のいずれか１つに記載の方法を実施するための材料を、必要に応じて補助剤及び／又は前記方法を実施するための指示と共に１つ又は別個の容器内に含む診断キット。
項目１８．がん患者を高生存率群と低生存率群に層別する方法であって、前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は低生存率群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は高生存率群にある、方法。
項目１９．前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の前記増加は、前記患者における免疫治療に反応して検出される、項目１８に記載のがん患者を層別する方法。
項目２０．前記高生存率群の患者は免疫治療反応者であり、前記低生存率群の患者は免疫治療非反応者、特に免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）非反応者及び／又はＩＤＯ１阻害剤非反応者である、項目１８～１９のいずれか１つに記載の方法。
項目２１．がん患者を免疫治療に対する反応者と非反応者群に層別する方法であって、前記患者が免疫治療を受けた後に前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は非反応者群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は反応者群にある、方法。
項目２２．前記対照試料は前記免疫治療を受ける前の同じ患者に由来する、項目２１に記載のがん患者を免疫治療に対する反応者と非反応者群に層別する方法。
項目２３．前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、項目１８～２２のいずれか１つに記載のがん患者を層別する方法。
項目２４．前記ＡＨＲの前記活性及び／又は発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、項目２３に記載のがん患者を層別する方法。
項目２５．前記免疫治療は、免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含む、項目１９～２４のいずれか１つに記載のがん患者を層別する方法。
項目２６．治療を要する対象のがんを治療する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群から得られた試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、少なくとも１種のＩＬ４Ｉ１阻害剤及び／又は少なくとも１種のＡＨＲ調節物質を有効量で前記対象に投与する、方法。
項目２７．前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、項目２６に記載のがん治療方法。
項目２８．前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、項目２６又は２７に記載のがん治療方法。
項目２９．免疫治療を含む、項目２６～２８のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３０．前記免疫治療は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、項目２６～２９のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３１．抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、項目３０に記載のがん治療方法。
項目３２．前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療の組合せ及び／又は他の任意のがん治療を含む、項目２８又は３１のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３３．前記ＩＬ４Ｉ１阻害剤は、３－フェニル－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）－３－フェニルプロパン酸、２－（ジエチルアミノ）－３－フェニルプロパン酸、３－（２，６－ジクロロフェニル）－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、３－フェニル－２－（プロピルアミノ）プロパン酸、２－アニリノ－３－フェニルプロパン酸、Ｌ－フェニルアラニンＮ－２－プロペン－１－イル－３－（トリフルオロメチル）、Ｌ－フェニルアラニン、４－シアノ－Ｎ－フェニル、Ｎ－プロピル－Ｌ－フェニルアラニン、Ｎ－フェニル－Ｌ－フェニルアラニン、２－アミノ－３－フェニル－プロピオン酸、エチルエステル、２－アセチルアミノ－３－フェニル－プロピオン酸、及び３－（２－ピリジル）－アラニンから選択される、項目２６～３２のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３４．前記ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、及びオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物から選択される、項目２６～３３のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３５．前記がんは、好ましくは、Ｂ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、項目２６～３４のいずれか１つに記載のがん治療方法。
項目３６．前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して患者において増加したＩＬ４Ｉ１の発現又は酵素活性を有すると確認された前記患者のがんの治療方法に使用するためのＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目３７．がん治療方法に使用するための項目３６に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は対照と比較して変化、好ましくは増加している、阻害剤。
項目３８．がん治療方法に使用するための項目３７に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又はＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、阻害剤。
項目３９．免疫治療を含むがん治療方法に使用するための項目３６～３８のいずれか１つに記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目４０．前記免疫治療は少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、がん治療方法に使用するための項目３６～３９のいずれか１つに記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目４１．抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、がん治療方法に使用するための項目４０に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目４２．前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療の組合せ及び／又は他の任意のがん治療を含む、がん治療方法に使用するための項目３６～４１のいずれか１つに記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目４３．前記ＩＬ４Ｉ１阻害剤は、３－フェニル－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）－３－フェニルプロパン酸、２－（ジエチルアミノ）－３－フェニルプロパン酸、３－（２，６－ジクロロフェニル）－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、３－フェニル－２－（プロピルアミノ）プロパン酸、２－アニリノ－３－フェニルプロパン酸、Ｌ－フェニルアラニンＮ－２－プロペン－１－イル－３－（トリフルオロメチル）、Ｌ－フェニルアラニン、４－シアノ－Ｎ－フェニル、Ｎ－プロピル－Ｌ－フェニルアラニン、Ｎ－フェニル－Ｌ－フェニルアラニン、２－アミノ－３－フェニル－プロピオン酸、エチルエステル、２－アセチルアミノ－３－フェニル－プロピオン酸、及び３－（２－ピリジル）－アラニンから選択される、がん治療方法に使用するための項目３６～４２のいずれか１つに記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
項目４４．がん治療方法に使用するための項目３６～４３のいずれか１つに記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記がんは、Ｂ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、阻害剤。
項目４５．前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して患者において増加したＩＬ４Ｉ１の発現又は酵素活性を有すると確認された前記患者のがんの治療方法に使用するためのＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目４６．がん治療方法に使用するための項目４５に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は対照と比較して変化、好ましくは増加している、調節物質。
項目４７．がん治療方法に使用するための項目４６に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又はＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、調節物質。
項目４８．免疫治療を含むがん治療方法に使用するための項目４５～４７のいずれか１つに記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目４９．前記免疫治療は少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、がん治療方法に使用するための項目４５～４８のいずれか１つに記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目５０．抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、がん治療方法に使用するための項目４９に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目５１．前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療の組合せ及び／又は他の任意のがん治療を含む、がん治療方法に使用するための項目４５～５０のいずれか１つに記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目５２．前記ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、及びオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物から選択される、がん治療方法に使用するための項目４５～５１のいずれか１つに記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
項目５３．がん治療方法に使用するための項目４５～５２のいずれか１つに記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記がんは、好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、調節物質。
Figure 2023508129000001
Figure 2023508129000002
Figure 2023508129000003
Figure 2023508129000004
以下の実施例で、本発明について添付の図面を参照し更に説明するが、それらに限定されないものとする。本発明の目的に関して、本明細書で引用されるすべての参考文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
優先権の逐語的な裏付けとして、また便宜上、優先権出願の項目を以下に繰り返す。
項目１．患者のがんを検出かつ／あるいは診断する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の発現又は酵素活性を検出することと、
前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群から得られた試料、同じ患者又は異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者においてがんを診断かつ／あるいは検出することを含む、方法。
項目２．前記試料中のＩＬ４Ｉ１の発現及び／又は酵素活性の検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１及び／又はＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む、項目１に記載の方法。
項目３．前記代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１によるフェニルアラニン、チロシン、及び／又はトリプトファンの変換により生じる代謝物質、例えば、フェニルピルビン酸（ＰＰ）、ヒドロキシフェニルピルビン酸（ＨＰＰ）、インドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）、２－フェニル酢酸、フェニル乳酸、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－ヒドロキシ－２－フェニル酢酸、４－ヒドロキシフェニル乳酸、並びに特にＩ３Ｐ誘導体インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）、４－ヒドロキシキノリン－２－カルボン酸（ＫｙｎＡ）、１，３－ジ（１Ｈ－インドール－３－イル）アセトン、（３Ｚ）－１－（１Ｈ－インドール－３－イル）－３－インドール－３－イリデンプロパン－２－オン、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、並びにインドール－３－カルビノール及び／又はアミノ酸若しくはアミノ酸代謝物質Ｌ－バリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－グルタミン酸、Ｌ－メチオニン、Ｌ－グルタミン、４－メチルスルファニル－２－オキソブタノアート、α－ケトイソロイシン、α－ケトイソバレラート、α－ケトイソカプロン酸、Ｌ－プロリン、及びα－ケトグルタル酸、並びに上記のいずれかのアンモニア及び／又はＨ２Ｏ２との組合せから選択される、項目２に記載の方法。
項目４．ＩＬ４Ｉ１の発現及び／又は酵素活性を検出することは、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定又はＨ２Ｏ２検出若しくはアンモニア検出の使用、及び／又は遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いる発現の検出、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含む、項目１～３のいずれか１つに記載の方法。
項目５．がん患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出することを含む、方法。
項目６．前記がんはＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加を特徴とし、かつ／あるいは好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、並びにそれらの任意の再発及び転移形態からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、項目５に記載の方法。
項目７．がん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、検出、あるいは監視する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者における前記がん免疫治療の効果の減少及び／又は免疫回避を予測させる、方法。
項目８．好ましくは、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、項目７に記載の方法。
項目９．患者における免疫治療、例えば免疫チェックポイント阻害（ＩＣＢ）を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者におけるＩＣＢを含むがん治療に対する抵抗性を検出することを含む、方法。
項目１０．前記ＩＣＢ治療は、ＩＤＯ１阻害剤並びに／又は抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－１、抗ＰＤＬ－１、抗ＬＡＧ３、及び抗ＢＴＬＡから選択される抗体の使用を含む、項目９に記載の方法。
項目１１．がん患者の生存率を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者の生存率の減少を予測させる、方法。
項目１２．前記活性の前記検出は、ＩＬ４Ｉ１代謝物質、特にＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質、例えば、Ｉ３Ｐ又はＩ３Ｐ由来代謝物質を検出することを含む、項目１～１１のいずれか１つに記載の方法。より好ましくは、ＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質は、ＫｙｎＡ、インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及び／又はインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）等のＩ３Ｐ由来代謝物質、並びにインドール－３－カルビノールから選択される。
項目１３．ＩＬ４Ｉ１の酵素活性を検出することは、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定又はＨ２Ｏ２若しくはアンモニア検出の使用、及び／又は遺伝子ツール、例えばチップ分析とプライマー及びプローブ、ＰＣＲ分析を用いる発現の検出、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含む、項目１～１２のいずれか１つに記載の方法。
項目１４．前記活性の前記検出は、ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを含み、ＡＨＲの前記活性及び／又は発現が対照と比較して増加していることはＩＬ４Ｉ１の活性の増加を示す、項目１～１３のいずれか１つに記載の方法。
項目１５．前記生体試料は、生体液、哺乳動物、例えばヒトの細胞、組織、全血、細胞株、細胞上清、初代細胞、ＩＰＳＣ、ハイブリドーマ、組換え細胞、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞又は組織の形質転換対応物、特に免疫系に由来しないがん細胞を含む適切な試料から選択される、項目１～１４のいずれか１つに記載の方法。好ましい実施態様では、前記生体試料はがん細胞又は腫瘍細胞である。
項目１６．前記対照試料は、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子を含むか、例えば健常者又は健常者群に由来の試料、同じ患者又は異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料である、項目１～１５のいずれか１つに記載の方法。
項目１７．前記がんは、ＡＨＲの変化、例えば活性及び／又は発現の増加を特徴とし、かつ／あるいは好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、卵巣がん、中皮腫、大腸がん、乳がん、黒色腫、膠芽腫、前立腺腺がん、子宮内膜がん、及び肺がん、並びにそれらの再発及び／又は転移形態からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、方法。
項目１８．前記患者を疾患及び／又は治療群に層別する工程を更に含む、項目１～１７のいずれか１つに記載の方法。好ましい実施態様では、前記患者の層別は高生存率群及び低生存率群への層別である。より好ましい実施態様では、前記高生存率群の患者は免疫治療反応者であり、前記低生存率群の患者は免疫治療非反応者、特に免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）非反応者である。より好ましい実施態様では、低生存率群又は免疫反応非反応者は、がん患者の治療方法において有効量のＩＬ４Ｉ１阻害剤を受け入れる群である。
項目１９．項目１～１８のいずれか１つに記載の方法を実施するための材料を、必要に応じて補助剤及び／又は前記方法を実施するための指示と共に１つ又は別個の容器内に含む診断キット。
項目２０．項目１～１９のいずれか１つに記載の方法のための項目１９に記載の診断キットの使用。
項目２１．例えば治療を要する患者の細胞中のＩＬ４Ｉ１関連疾患又は状態を治療かつ／予防する方法であって、項目１～１８のいずれか１つに記載の方法を実行することと、前記患者に適切な治療を施すことを含み、前記治療は、少なくとも部分的に、本発明による方法、例えば層別の結果に基づく、方法。
図面の説明
図１は、汎組織ＡＨＲシグネチャーがＩＬ４Ｉ１のＡＨＲ活性との強い関連を明らかにすることを示す。クモの巣グラフは、影付きの領域で示されるＡＨＲ関連モジュール（ＡＡＭ）内の７種のＴｒｐ分解酵素の発生率を示す。軸上の点は、０（内側の円－なし）又は１（外側の円－あり）のいずれかの値を有する。影付きの領域は、各腫瘍型を表す点を繋いで形成される。
図２は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを活性化することを示す。（Ａ）２つのヒト神経膠芽腫（ＧＢＭ）検体中のＩＬ４Ｉ１発現を示す（ＩＬ４Ｉ１染色（左）、ＨＥ染色（右））。倍率２０倍、目盛棒は１００ μｍである。（Ｂ）ｓｈＣｔｒｌ（上）及び異所性ＩＬ４Ｉ１を発現するｓｈＡＨＲ（下）Ｕ－８７ＭＧ神経膠芽腫細胞におけるＡＨＲシグネチャーの調節を示すバーコード図を示す（１２０時間培養、ｎ ＝ ３）。（Ｃ）ｓｈＣｔｒｌ及び異所性ＩＬ４Ｉ１を発現するｓｈＡＨＲ Ｕ－８７ＭＧ細胞における選択されたＡＨＲ標的遺伝子のｍＲＮＡ発現を、ＩＬ４Ｉ１非発現ｓｈＣｔｒｌ Ｕ－８７ＭＧ細胞（破線）と比較して示す（１２０時間培養、ＥＧＲ１、ＩＬ１Ｂ、ＭＭＰ１についてはｎ ＝ ３、他のすべての遺伝子についてはｎ ＝ ４）。（Ｄ）Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－２５１ＭＧ細胞の上清で４時間処理したときのＬＮ－２２９細胞における免疫ブロット（左）及びＡＨＲタンパク質発現の定量（核：細胞質の比）（右）（１２０時間培養、ｎ ＝ ３）。（Ｅ）１ μＭのＳＲ１及び培地（Ｍ）又はＣｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞の上清で２４時間処理されたＵ－８７ＭＧ細胞におけるＴＩＰＡＲＰのｍＲＮＡ発現を、ＤＭＳＯを含む培地で処理されたＵ－８７ＭＧ細胞と比較して示す（ｎ ＝ ３）。（Ｆ）ＣＡＳ－１細胞における選択されたＡＨＲ標的遺伝子のｍＲＮＡ発現を示す。左図：ＩＬ４Ｉ１ （ｓｉＩＬ４Ｉ１）のＲＮＡ干渉を、ｓｉＣｔｒｌで処理した細胞（破線）との比較で示す（７２時間培養、ｎ ＝ ３）。右図：ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ （ｓｇＩＬ４Ｉ１）を用いるＩＬ４Ｉ１の減少を、非標的対照ｓｇＲＮＡで処理された細胞（破線）との比較で示す（７２時間培養、ｎ ＝ ４）。ｎは独立した実験の数を表す。データは平均±平均値の標準誤差（Ｓ．Ｅ．Ｍ）として表され、対応のある両側スチューデントｔ検定で分析された（Ｃ～Ｆ）。＊はＰ ＜０．０５、＊＊はＰ ＜０．０１、＊＊＊はＰ＜０．００１である。
図３は、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲによる腫瘍促進効果を増進することを示す。（Ａ、Ｂ）創傷治癒検定における示された時点の、Ｃｔｒｌ並びにＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ（Ａ）及びＵ－２５１ＭＧ（Ｂ）細胞が占める領域の代表画像（左）及び百分率の定量（右）を示す（Ｕ－８７ＭＧの６ｈ、９ｈ、１２ｈ及びＵ－２５１ＭＧの４８ｈ、９６ｈについてはｎ ＝ ３、Ｕ－８７ＭＧの１２ｈについてはｎ ＝ ４）。（Ｃ）創傷治癒検定における示された時点の、１μＭのＳＲ１によるＡＨＲ阻害がない場合とある場合のＣｔｒｌ及び異所性ＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞が占める領域の代表画像（左）及び百分率の定量（右）を示す（ｎ ＝ ３）。（Ｄ）ＩＬ４Ｉ１、ＩＤＯ１、及びＴＤＯ２の高発現群と低発現群に分けた場合の、ＴＣＧＡ ＧＢＭ（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ －多形性膠芽腫）患者の全生存率の結果のカプラン・マイヤー曲線を示す。ｐ値は、酵素の高発現群を低発現群と比較した場合の年齢調整されたＣｏｘ比例ハザードの確率を表す。（Ｅ）Ｄに記載の、ただしＴＣＧＡ ＬＧＧ（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ－低悪性度神経膠腫）の、患者コホートの全生存の確率である。データは平均±Ｓ．Ｅ．Ｍとして表され、対応のない両側スチューデントｔ検定で分析された（Ａ、Ｂ、Ｃ）。＊はＰ ＜０．０５、＊＊はＰ ＜０．０１、＊＊＊＊はＰ＜０．０００１である。
図４は、インドール－３－ピルビン酸塩がＩＬ４Ｉ１により駆動されるＡＨＲ活性及び運動性を媒介する重要な代謝物質であることを示す。（Ａ）Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞の上清中のＰｈｅ、Ｔｙｒ、及びＴｒｐの濃度（１２０時間培養、ｎ ＝ ３）を示す。（Ｂ～Ｃ）創傷治癒検定における示された時点の、２５ μＭのＩ３Ｐ及び１μＭのＳＲ１で処理されたＵ－８７ＭＧ細胞が占める領域の代表画像（Ｂ）及び百分率の定量（Ｃ）を示す（ｎ ＝ ５）。ｎ値は独立した実験の数を表す。データは平均±平均値の標準誤差（Ｓ．Ｅ．Ｍ）として表され、対応のない両側スチューデントｔ検定で分析された（Ｃ）。＊はＰ ＜０．０５、＊＊はＰ ＜０．０１、＊＊＊はＰ＜０．００１である。
図５は、インドール－３－ピルビン酸塩がキヌレン酸及びインドール誘導体を発生させることを示す。ＩＬ４Ｉ１活性はインドール代謝物質及びＫｙｎＡを生成する。Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞（１２０ ｈ）の上清中にＫｙｎ、ＫｙｎＡ、Ｉ３Ｐ、ＩＡＡ、Ｉ３Ａ及びＩＬＡが相対的に豊富であることを示す（Ｋｙｎ、ＫｙｎＡ、Ｉ３Ｐ、及びＩＡＡについてはｎ ＝ ６；Ｉ３Ａ及びＩＬＡについてはｎ ＝ ５）。ｎ値は独立した実験の数を表す。データは平均±Ｓ．Ｅ．Ｍとして表され、一標本ｔ検定で分析された。＊はＰ ＜０．０５、＊＊はＰ ＜０．０１、＊＊＊はＰ＜０．００１、＊＊＊＊はＰ ＜ ０．０００１である。ｎ．ｓ．は有意でないことを示し、ｎ．ｄ．は検出されなかったことを示す。
図６は、ＩＬ４Ｉ１活性が芳香族アミノ酸由来の代謝物質を生成することを示す。（Ａ） Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞（１２０ ｈ）の上清中にＰＰ、ＰＡＡ、ＨＰＰ、ＨＢＡ、及びＨＰＡＡが相対的に豊富であることを示す（ＰＰ及びＨＰＰについてはｎ ＝ ６；ＰＡＡ及びＨＰＡＡについてはｎ ＝ ５、ＨＢＡについてはｎ ＝ ４）。（Ｂ） Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－２５１ＭＧ細胞（１２０ ｈ）の上清中にＰＰ、ＰＡＡ、ＨＰＰ、ＨＢＡ、及びＨＰＡＡが相対的に豊富であることを示す（ＰＰ、ＨＰＰ、及びＨＢＡについてはｎ ＝ ６；ＰＡＡ及びＨＰＡＡについてはｎ ＝ ５）。（Ｃ） Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－２５１ＭＧ細胞（１２０ ｈ）の上清中にＫｙｎ、ＫｙｎＡ、Ｉ３Ｐ、ＩＡＡ、Ｉ３Ａ及びＩＬＡが相対的に豊富であることを示す（Ｋｙｎ、ＫｙｎＡ、Ｉ３Ｐ、ＩＡＡ、Ｉ３Ａについてはｎ ＝ ６；ＩＬＡについてはｎ ＝ ５）。（Ｄ） Ｃｔｒｌ並びにＩＬ４Ｉ１発現Ｕ８７－ＭＧ及びＵ－２５１ＭＧ細胞（１２０ ｈ）の濃縮上清中に４－ヒドロキシフェニル乳酸、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、フェニル乳酸、及びインドール－３－カルビノールが相対的に豊富であることを示す（ｎ ＝ ６）。ｎ値は独立した実験の数を表す。データは平均±Ｓ．Ｅ．Ｍとして表され、対応のある両側スチューデントｔ検定で分析された。＊はＰ ＜０．０５、＊＊はＰ ＜０．０１、＊＊＊はＰ＜０．００１、＊＊＊＊はＰ ＜ ０．０００１である。ｎ．ｓ．は有意でないことを示し、ｎ．ｄ．は検出されなかったことを示す。
図７は、がん及び転移ではＩＬ４Ｉ１発現が増加することを示す。（Ａ）３０の非罹患組織を含む遺伝子型－組織発現（ＧＴＥｘ）データセットにおけるＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＴＤＯ２、及びＩＬ４Ｉ１発現のｌｏｇ２ ＴＰＭ中央値のヒートマップである。空のセルは発現が検出されなかったことを示す。点の大きさは発現レベルに対応し、小さな点は低発現、大きな点は高発現レベルを示す。（Ｂ）３２のＴＣＧＡ腫瘍における、Ａと同じ酵素のｌｏｇ２ ＴＰＭの中央値のヒートマップを示す。（Ｃ）ＴＣＧＡコホートの原発性黒色腫と転移性黒色腫を比較した、百万あたりのカウント値のｌｏｇ２（ｌｏｇ２ ＣＰＭ）としてのＩＬ４Ｉ１発現を示す（対応のないウィルコクソン順位検定；＊＊＊＊ ＝ Ｐ ＜０．０００１）。（Ｄ）ＴＣＧＡコホートの原発性黒色腫患者に対する転移性黒色腫患者におけるＡＨＲ活性化を示すバーコード図である。（Ｅ）１０ ｍＭのＰｈｅの存在下の、４人の個々の患者から切除された転移性黒色腫におけるＩＬ４Ｉ１活性を示す。データは平均値±ＳＤである（ｎ ＝ ３、患者ごとに技術的反復）。（Ｆ）ＩＬ４Ｉ１を含むＡＡＭにおける強化された遺伝子概念体系の発生率を示すクモの巣グラフである。
図８は、ＩＬ４Ｉ１が代謝免疫チェックポイントであることを示す。（Ａ）高ＩＬ４Ｉ１発現ＴＣＧＡ腫瘍及び低ＩＬ４Ｉ１発現ＴＣＧＡ腫瘍に浸潤する差次的に制御された免疫細胞の有意な発生率を棒グラフで示す。（Ｂ）ＩＬ４Ｉ１の発現の中央値によって分けられた、ＩＬ４Ｉ１高発現及び低発現のＴＣＧＡ腫瘍における免疫細胞浸潤の有意なｌｏｇ２倍率変化を示すヒートマップの図である。（Ｃ）ニボルマブ（抗ＰＤ－１ ｍＡｂ）治療（ＧＳＥ９１０６１）を受ける前後の進行黒色腫患者におけるＩＤＯ１、ＩＬ４Ｉ１及びＴＤＯ２発現の倍率変化を示す。（Ｄ）進行黒色腫患者におけるニボルマブ治療後のＡＨＲ活性化のバーコード図を示す。（Ｅ）イピリムマブ未投与患者（上）又はニボルマブ治療の前にイピリムマブを投与された患者（下）の進行黒色腫におけるＩＬ４Ｉ１発現レベルをｌｏｇ２ ＣＰＭで示す（ニボルマブ治療前（明灰色）及びニボルマブ投与後（暗灰色））。対応のあるウィルコクソン順位和検定を用いてｐ値を推定した。（Ｆ）イピリムマブ未投与患者のニボルマブ治療前（明灰色）及び後（暗灰色）の進行黒色腫におけるｚスコアとして報告された、ＩＬ４Ｉ１、ＩＤＯ１、及びチェックポイント（ＣＰ）の発現であり、治療反応に応じて、進行性疾患（左）、部分又は完全応答（ＰＲ／ＣＲ、中央）、及び安定疾患（右）に分けた。特に述べない限り、ｎ値は独立した実験を表す。データは平均±Ｓ．Ｅ．Ｍとして表され、ダネットの多重比較検定で一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）により分析された。＊＊＊はＰ ＜０．００１、＊＊＊＊はＰ＜０．０００１である。ｎ．ｓ．は有意でないことを示す。
図９は、ＩＬ４Ｉ１の高発現が様々なＴＣＧＡ腫瘍の低い生存率の結果と関連していることを示す。ＩＬ４Ｉ１の高発現群と低発現群に分けた場合の６つのＴＣＧＡ腫瘍の患者試料の全生存率の結果のカプラン・マイヤー曲線を示す。ＴＣＧＡ腫瘍は、左から右、上から下に、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）である。ｐ値は、酵素の高発現群と低発現群を比較した場合の年齢調整Ｃｏｘ比例ハザードの確率を表す。
図１０は、ニボルマブ治療（抗ＰＤ１）後の差次的に制御された特徴的遺伝子の組を示す（Ｒｉａｚ ｅｔ． ａｌ． （ＰＭＩＤ： ２９０３３１３０））。モノクローナル抗ＰＤ１抗体ニボルマブを受け入れた後の進行黒色腫患者において、治療を受ける前と比較して有意に差次的に増加あるいは減少したがん遺伝子の組の特徴を示す分岐棒グラフを示す。遺伝子の組は降順で並べられている。橙色の棒グラフは増加した特徴遺伝子の組、緑色の棒グラフは減少した遺伝子の組を表す。遺伝子の長さは、ＦＤＲ補正ｐ値の－ｌｏｇ１０に相当するエンリッチメントスコアに対応する。
図１１は、ＩＬ４Ｉ１の転写開始部位を示し、クロマチンアクセス可能性を持つ転写因子の結合モチーフを示す。ヒトＩＬ４Ｉ１プロモーター部位の転写開始部位の制御配列の概略図を示す（ｃｈｒ１９：４９，８９４，８８７－４９，８９８，８８７； ＥＮＣＯＤＥ ３ Ｎｏｖ ２０１８）。層状のＨ３Ｋ４Ｍｅ１及び層状のＨ３Ｋ２７Ａｃトラックは、ヒストンタンパク質の修飾が制御活性部位を示唆する場所を示す。層状のＨ３Ｋ４Ｍｅ３トラックはＩＬ４Ｉ１プロモーターに関連するヒストンマークを示す。ＤＮａｓｅ Ｉ過敏性トラックは、アクセス可能なクロマチン部位を示す。転写因子ＣｈＩＰトラックは、転写因子に特異的な抗体を用いるクロマチン免疫沈降及びその後の沈殿したＤＮＡの配列決定（ＣｈＩＰ－ｓｅｑ）により検定した場合の、ＩＬ４Ｉ１転写を制御する転写因子のＤＮＡ結合領域を示す。ＩＬ４Ｉ１転写を制御する主な転写因子は、ＰＯＬＲ２Ａ、ＴＢＰ、ＡＲＮＴ、ＩＲＦ４、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ３、及びＴＣＦ７である。ＵＣＳＣがんゲノミクスブラウザ（ＰＭＩＤ： ２５３９２４０８）を用いて分析を行った。
図１２は、ＩＬ４Ｉ１の発現が、３２のＴＣＧＡ腫瘍全体で細胞運動性及び免疫応答の特徴遺伝子の組と強く関連することを示す。３２のＴＣＧＡ腫瘍にわたる５０の特徴的がん遺伝子の組について、ＩＬ４Ｉ１発現と生物学的過程の活性（ＢＰＡ）のスコアとの間のピアソン相関係数を示すバブル図を作成した。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。黒い境界線のある遺伝子の組は細胞運動に関与する遺伝子の組を強調し、赤い境界線のある遺伝子の組は免疫機能を表す遺伝子の組を強調している。
図１３は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんの免疫抑制マーカーと強く相関することを示す（Ａｚｉｚｉ ２０１８ （ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９））。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＡｚｉｚｉら（２０１８） （ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９）により報告されている乳がんＴ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定された免疫抑制マーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１４は、ＩＬ４Ｉ１発現が肺組織の疲弊マーカーと強く相関することを示す（Ｓａｚｂｏ ２０１９ （ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６））。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＳａｚｂｏら（２０１９） （ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６）により報告されている肺組織Ｔ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴ細胞疲弊マーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１５は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんのＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す（Ｐｌｉｔａｓ ２０１６ （ＰＭＩＤ： ２７８５１９１３））。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＰｌｉｔａｓら（２０１６） （ＰＭＩＤ： ２７８５１９１３）により報告されている乳がんＴ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴｒｅｇマーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１６は、ＩＬ４Ｉ１発現が肺組織のＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す（Ｓａｚｂｏ ２０１９ （ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６））。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＳａｚｂｏら（２０１９） （ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６）により報告されている肺組織Ｔ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴｒｅｇマーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１７は、ＩＬ４Ｉ１発現が乳がんのＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す（Ａｚｉｚｉ ２０１８ （ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９））。バブルプロットは、ＩＬ４Ｉ１発現とＡｚｉｚｉら（２０１８） （ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９）により報告されている乳がんＴ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴｒｅｇマーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１８は、ＩＬ４Ｉ１発現が大腸がんの血液由来のＴｒｅｇマーカーと強く相関することを示す（Ｚｈａｎｇ ２０１９ （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９））。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＺｈａｎｇら（２０１９） （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）により報告されている大腸がん患者の血液から選別したＴ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴｒｅｇマーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図１９は、腫瘍を浸潤する大腸がんＴｒｅｇマーカー（Ｚｈａｎｇ ２０１９ （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９））を示す。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＺｈａｎｇら（２０１９） （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）により報告されている大腸がん患者の大腸がん組織を浸潤するＴ細胞の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定されたＴｒｅｇマーカーの発現とのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図２０は、腫瘍を浸潤する大腸がんＴｒｅｇにおける、同じ患者の血液を循環するＴｒｅｇにおいてよりも高いＩＬ４Ｉ１発現を示す（Ｚｈａｎｇ ２０１９ （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９））。箱ひげ図は、大腸がん患者の腫瘍組織を浸潤するＴｒｅｇにおける、同じ患者の血液を循環するＴｒｅｇに比べて高いＩＬ４Ｉ１発現を示す。ＩＬ４Ｉ１発現を百万あたりのカウント値のｌｏｇ２ （ｌｏｇ２（ｃｐｍ＋１））に正規化する。
図２１は、ＩＬ４Ｉ１が免疫治療非反応マーカー（Ｓａｄｅ Ｆｅｌｄｍａｎ （ＰＭＩＤ： ３０３８８４５６））と強く関連することを示す。バブル図は、ＩＬ４Ｉ１発現とＳａｄｅ－Ｆｅｌｄｍａｎら（２０１８） （ＰＭＩＤ： ３０３８８４５６）により報告されている、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ－４、又は併用治療（抗ＰＤ１及び抗ＣＴＬＡ－４）を受け入れた進行黒色腫患者の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定された免疫治療非反応マーカーとのピアソン相関係数を示す。相関の強さは色の濃さで定義される。円が大きいほど、有意性が高い（ｐ値が小さい）。空の領域は有意な相関関係がないことを表す。
図２２は、ＩＬ４Ｉ１発現が、３２のＴＣＧＡ腫瘍にわたり、免疫治療非反応Ｔｒｅｇがより強化されている患者群ではより高いことを示す。Ｓａｄｅ－Ｆｅｌｄｍａｎら（２０１８） （ＰＭＩＤ： ３０３８８４５６）により報告されている、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ－４、又は併用治療（抗ＰＤ１及び抗ＣＴＬＡ－４）を受け入れた進行黒色腫患者の単一細胞ＲＮＡ－ｓｅｑデータセットから特定された免疫治療非反応Ｔｒｅｇ （ＮＲ－Ｔｒｅｇ）細胞集団のエンリッチメントスコアに応じて群に分けられた３２のＴＣＧＡ腫瘍におけるＩＬ４Ｉ１発現の箱ひげ図を示す。青色の箱ひげ図は、ＮＲ－Ｔｒｅｇ強化が低い患者群を表し、赤色の箱ひげ図は、ＮＲ－Ｔｒｅｇ強化が高い患者群を示す。ＩＬ４Ｉ１発現を百万あたりのカウント値のｌｏｇ２ （ｌｏｇ２（ｃｐｍ＋１））に正規化する。
［実施例］
材料及び方法
マイクロアレイ及びＲＮＡ－Ｓｅｑデータ分析
アレイデータセット：この研究の様々な実験条件から生成されたマイクロアレイデータセットについては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＷＴ ＰＬＵＳ試薬キットを用いて、入力量１００ ｎｇの全ＲＮＡから標識ｓｓ－ｃＤＮＡを生成した。５．５ μｇの断片化標識ｓｓ－ｃＤＮＡを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ ２．０ ＳＴ Ａｒｒａｙに製造者の指示に従い４５℃で１７時間かけてハイブリダイズした。遺伝子発現マイクロアレイをＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００でＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｗａｓｈ， Ｓｔａｉｎ ａｎｄ Ｓｃａｎ Ｍａｎｕａｌ ｆｏｒ Ｃａｒｔｒｉｄｇｅ Ａｒｒａｙｓ （Ｐ／Ｎ ７０２７３１）に従いスキャンした。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘのマイクロアレイチップ「ヒト遺伝子２．０ ＳＴ」にＮｅｔＡｆｆｘを用いてアノテーションを行い、ｏｌｉｇｏパッケージを用いて分析した（Ｃａｒｖａｌｈｏ ｅｔ ａｌ．， ２００７）。他のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップをａｆｆｙ及びａｆｆｙｃｏｒｅｔｏｏｌｓパッケージを用いて分析した（Ｇａｕｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２００４）。生のＣＥＬファイルをディスクからインポートするか、ＧＥＯｑｕｅｒｙ （Ｄａｖｉｓ ａｎｄ Ｍｅｌｔｚｅｒ， ２００７）を用いてＧＥＯからダウンロードした後、ＲＭＡの正規化及び要約を行った。
ＲＮＡ－Ｓｅｑデータセット：生のカウント値及びメタデータを、ＧＥＯｑｕｅｒｙを用いてＧＥＯからダウンロードした（Ｄａｖｉｓ ａｎｄ Ｍｅｌｔｚｅｒ， ２００７）。調和させたＨＴ－Ｓｅｑカウント値及びＴＣＧＡデータセットの百万マップリードあたりの転写物１キロベースあたりの断片数（ＦＰＫＭ）をＴＣＧＡｂｉｏｌｉｎｋｓ （Ｃｏｌａｐｒｉｃｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１６）を用いてＧｅｎｏｍｉｃ Ｄａｔａ Ｃｏｍｍｏｎｓ （ＧＤＣ） （ｈｔｔｐｓ：／／ｇｄｃ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／）からダウンロードし、「原発性腫瘍」の識別子を持つ患者のみを保持した（ただし、原発性コホート及び転移性コホートのデータセットに分けられた黒色腫を除く）。ＦＰＫＭ値を百万あたりの転写物数（ＴＰＭ）に変換した（Ｌｉ ａｎｄ Ｄｅｗｅｙ， ２０１１）。正常組織のＴＰＭデータをＧｅｎｏｔｙｐｅ－Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ （ＧＴＥｘ）データセット（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ／）からダウンロードした。すべてのＴＰＭ値をｌｏｇ２変換した。Ｒｉａｚら（２００７）の進行黒色腫データセットの生のカウント値（Ｒｉａｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）をｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｒｉａｚｎ／ｂｍｓ０３８＿ａｎａｌｙｓｉｓからダウンロードし、主成分分析に基づいて１つの異常値の患者のペアを削除した（Ｐｔ－８４）。ＲＮＡ－ｓｅｑカウント値をＤＧＥＬｉｓｔｓとして保存した（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１０）。１０カウント未満の遺伝子をフィルタリングした後、Ｍ値のトリム平均（ＴＭＭ）正規化（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｏｓｈｌａｃｋ， ２０１０）とｖｏｏｍを用いる分散モデリング（Ｌａｗ ｅｔ ａｌ．， ２０１４）を行った。
大腸がんｓｃＲＮＡ－ｓｅｑデータセット
大腸がん（ＣＲＣ）患者のｓｃＲＮＡ－ｓｅｑ免疫細胞データセット（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９） （ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）をＧＥＯ （ＧＳＥ１０８９８９）から生のカウント行列として検索した。以前に記載されているようにｓｃａｎｐｙを用いた分析のためにデータセットを変換した。ミトコンドリアの遺伝子発現の百分率が１０％を超える場合、アポトーシス細胞を除去した。８０００を超える遺伝子を持つ細胞をダブレットと見なして除去し、合計１０８３３個の細胞が残った。カウント行列を百万あたりのカウント値（ＣＰＭ＋１）に正規化し、自然対数で目盛った。
少なくとも０．５の分散及び８の平均発現値を有する場合、可変性の高い遺伝子を選択した。ミトコンドリア遺伝子の効果及び細胞あたりのカウント数を関数ｒｅｇｒｅｓｓ．ｏｕｔを用いて回帰し、細胞ストレス及び細胞の大きさによる発現特性間の潜在的な交絡効果を補正した。追加の重み付けを行った後、単位分散で目盛った。１０を超える単位分散を有する遺伝子を除去した。
生存率分析
ＴＣＧＡコホートの患者をモンテカルロに基づく最大値選択の順序統計を推定して高遺伝子発現群又は低遺伝子発現群に分類した（Ｈｏｔｈｏｒｎ ａｎｄ Ｚｅｉｌｅｉｓ， ２００８）。群間の生存率の差を、年齢調整Ｃｏｘ比例ハザードモデルを適合させて推定した。カプラン・マイヤー曲線を用いて、適合したＣｏｘ比例ハザードモデルを視覚化した。報告されたｐ値は、高い群：低い群の比較の比例ハザード比の値である。
浸潤性免疫集団の定義及び免疫フェノグラムスコアの推定
２８の異なる免疫集団を特徴づけるメタ遺伝子をＣｈａｒｏｅｎｔｏｎｇらの文献から検索した（Ｃｈａｒｏｅｎｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）。各腫瘍型について、試料ごとのＧＳＶＡスコアを作成した。ｌｉｍｍａパッケージを用いて、ＩＬ４Ｉ１発現の中央値で分けられた（高及び低）腫瘍中の浸潤細胞間の差分法を行った（Ｒｉｔｃｈｉｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１５）。少なくとも０．３のｌｏｇ２倍率変化及び０．０５の調整ｐ値を示す集団のみを有意と見なした。免疫フェノグラムの４つの区画（抗原処理機構（ＭＨＣ）、チェックポイント（ＣＰ）、エフェクター細胞（ＥＣ）、及びサプレッサー細胞（ＳＣ））のスコアを、Ｃｈａｒｏｅｎｔｏｎｇら文献（Ｃｈａｒｏｅｎｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）の著者が記載したパイプラインを用いて作成した。作成されたＣＰ値は、負の重み付けｚスコアであり、抑制分子の高発現及びエフェクター分子の低発現に対応する。ニボルマブ治療前後の反応群のＣＰ値をより簡単に比較できるように、負の重み付けｚスコアに－１を掛けた。この乗算工程の後、正のＣＰ値は抑制分子の高発現及びエフェクター分子の低発現を示し、これを同じ群のＩＬ４Ｉ１及びＩＤＯ１の発現レベルと簡単に比較することができる。ＣＰ分子及びそれらの免疫応答への影響を表Ｓ８で報告する。
ＡＨＲ活性に関連する遺伝子の相関性ネットワーク
ＴＣＧＡの腫瘍の正規化したＤＧＥＬｉｓｔｓを重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析（ＷＧＣＮＡ） （Ｌａｎｇｆｅｌｄｅｒ ａｎｄ Ｈｏｒｖａｔｈ， ２００８）に用いた。単一ブロックの設定の符号ハイブリッドネットワークについてソフト閾値を推定した。二重平方重み付け相関を用いてＷＧＣＮＡを実行し、各モジュールの第一主成分を表すＥｉｇｅｎ遺伝子が返された。ＡＨＲ活性を応答、ＷＧＣＮＡモジュールをモデル予測子として用いて包括的試験（Ｇｏｅｍａｎ ａｎｄ Ｆｉｎｏｓ， ２０１２； Ｇｏｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００４）を実行して、ＡＨＲ活性に関連するＷＧＣＮＡモジュールの選択を行った。ピアソン相関を用いてＡＨＲ活性をＷＧＣＮＡモジュールと相関させた。包括的試験とピアソン相関結果が重複し、両方の試験で０．０５以下のｐ値を有するモジュールをＡＨＲ関連モジュール（ＡＡＭ）として選択した。ＡＨＲ活性と正及び負の両方の関連性を持つモジュールを検討した。
生物学的過程の活性スコア
がんの特徴遺伝子の組をＭＳｉｇＤｂデータベース（ｖ６） （Ｌｉｂｅｒｚｏｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）からダウンロードし、更に、Ｔｒｅｇ細胞集団を特徴づける遺伝子の組を、乳がん由来（ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９； ＰＭＩＤ： ２７８５１９１３）、肺組織由来（ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６）、並びに大腸がん由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）及び大腸がん患者の血液由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）の浸潤性免疫細胞の単一細胞データから抽出した。これらの遺伝子の組を用いて、３２のＴＣＧＡ腫瘍の正規化バルクＲＮＡ－ｓｅｑデータにおいて、それらの各生物学的過程に関する正規化されたエンリッチメントスコア（ＢＰＡスコア）を推定した（ＰＭＩＤ： ３１６５３８７８； ＰＭＩＤ： ２７３２２５４６）。ピアソンの相関係数を用いて、ＢＰＡスコアを３２のＴＣＧＡ腫瘍全体のＩＬ４Ｉ１の発現レベルと相関させた。
相関性分析
ピアソン相関係数を用いて、３２のＴＣＧＡ腫瘍におけるＩＬ４Ｉ１の発現と免疫抑制、Ｔ細胞疲弊、又はＴｒｅｇのマーカーとの相関を行った。乳がん由来（ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９； ＰＭＩＤ： ２７８５１９１３）、肺組織由来（ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６）、並びに大腸がん由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）及び大腸がん患者の血液由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）の浸潤性免疫細胞の単一細胞データからこれらのマーカーを特定した。
ＴＣＧＡ腫瘍における免疫治療非反応Ｔｒｅｇの濃縮の評価
３２のＴＣＧＡ腫瘍における免疫治療非反応Ｔｒｅｇ細胞集団（ＮＲ－Ｔｒｅｇ）の単一試料のスコアを、遺伝子の組の分散分析を行って作成した。この方法は、発現行列を遺伝子／試料行列から、遺伝子の組／試料行列に変換し、基礎である経路の活性を評価できるようにする。この方法は、ノンパラメトリックかつ教師なしで、試験された条件又は様々な表現型をモデル化するために設計又は対比行列を構築する必要性を回避する。この方法の長所の１つは、表現型ではなく試料空間の検索に焦点を当てて、条件間の絶対的な強化ではなく試料中の経路の相対的な強化を調べることにより、試料と試料の直接比較を可能にすることである。
ＧＣ含量又は遺伝子長の偏り等の遺伝子に特異的な偏りを克服するために、ガウスカーネルを用いて行われる累積密度関数のノンパラメトリックなカーネル推定により、発現値を同様の尺度にする。この推定発現レベル統計を順位付けして順序に並べ、遺伝子の組の遺伝子がランク分布のいずれかの裾に存在するかどうかの評価を可能にする遺伝子の分布を作成する。次に、酔歩統計に似たコルモゴロフ・スミルノフを用いて、正規化エンリッチメントスコアを推定する。この方法は、分布の裾にある遺伝子の組の遺伝子どうしの大きな偏差にペナルティを課す。したがって、遺伝子の組の遺伝子が増加も減少もしている場合、それらは互いに打ち消し合い、このことは、正又は負のスコアが遺伝子の組の遺伝子が増加あるいは減少しているかどうかを反映するということを強調する。得られるエンリッチメントスコアは、最大の正及び負の酔歩偏差間の大きさの差として計算される。遺伝子発現に変化がない帰無分布のシミュレーションに基づき、０．１より大きい正規化エンリッチメントスコアの閾値を用いて増加又は減少を示す。
細胞培養
Ｕ－８７ＭＧをＡＴＣＣから入手した。ＣＡＳ－１及びＵ－２５１ＭＧをＩＣＬＣ及びＥＣＡＣＣからそれぞれ入手した。ＣＡＳ－１、ＨＥＫ２９３Ｔ、ＬＮ－２２９、Ｕ－８７ＭＧ、及びＵ－２５１ＭＧを、１０％のＦＢＳ （Ｇｉｂｃｏ， １０２７０１０６）、２ ｍＭのＬ－グルタミン（Ｇｉｂｃｏ， ２５０３０－０２４）、１ ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ， １１３６０－０３９）、１００ Ｕ／ｍＬのペニシリン及び１００ μｇ／ｍＬのストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ， １５１４０－１２２）を添加したフェノールレッド非含有高グルコースＤＭＥＭ培地（Ｇｉｂｃｏ， ３１０５３０２８）で培養した（以下、完全ＤＭＥＭと呼ぶ）。細胞株を３７℃、５％ ＣＯ２で培養した。
遺伝子導入細胞株の生成
Ｇａｔｅｗａｙ適合性の組換え部位に隣接するヒトＩＬ４Ｉ１ ｃＤＮＡクローンをＭｙＢｉｏｓｏｕｒｃｅ （ＭＢＳ１２７０９３５）から購入した。このｃＤＮＡクローンを、レンチウイルス適合性Ｇａｔｅｗａｙ発現ベクターｐＬＸ３０１（Ｄ． Ｒｏｏｔより寄贈、Ａｄｄｇｅｎｅプラスミド２５８９５）に組み換えた（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）。レンチウイルスの作製は、ＦｕＧＥＮＥ ＨＤ （Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｅ２３１１）を製造者の手順書に従い用いてＨＥＫ２９３ＴにｐＭＤ２．Ｇ（Ｄ． Ｔｒｏｎｏより寄贈、Ａｄｄｇｅｎｅプラスミド１２２５９）、ｐｓＰＡＸ２（Ｄ． Ｔｒｏｎｏより寄贈、Ａｄｄｇｅｎｅプラスミド１２２６０）、及びレンチウイルスプラスミドを遺伝子導入して達成された。ウイルス上清を４８時間後及び７２時間後に回収し、プールして、０．４５ μｍの細孔フィルターで濾過した。安定ＩＬ４Ｉ１発現（ｐＬＸ３０１－ＩＬ４Ｉ１）及び対照（ｐＬＸ３０１）細胞株を、８ μｇ／ ｍＬポリブレン（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＴＲ－１００３－Ｇ）の存在下、Ｕ－８７ＭＧ及びＵ－２５１ＭＧ細胞を各ウイルス上清に２４時間感染させ、続いて１μｇ／ｍＬピューロマイシン（ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ， Ａ２８５６）を含む培地で選択して作製した。ＩＬ４Ｉ１の安定発現を、ｑＲＴ－ＰＣＲ、免疫ブロット、及びＩＬ４Ｉ１酵素活性により確認した。
ＡＨＲを標的とするｓｈＥＲＷＯＯＤ ＵｌｔｒａｍｉＲレンチウイルスｓｈＲＮＡ （ｔｒａｎｓＯＭＩＣ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， ＴＬＨＳＵ１４００－１９６－ＧＶＯ－ＴＲＩ）を用いて、Ｕ－８７ＭＧ細胞におけるＡＨＲの安定な発現抑制を達成した。神経膠腫細胞をｓｈＡＨＲ又はｓｈＣｏｎｔｒｏｌ （ｓｈＣ）配列のいずれかを含むウイルス上清に感染させて、安定細胞株を作製した。
ｓｈＥＲＷＯＯＤ ＵｌｔｒａｍｉＲ ｓｈＲＮＡ配列は以下のとおりである：
ｓｈＡＨＲ （ＵＬＴＲＡ－３２３４８２１）： ５’－ＴＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡＧＣＧＣＡＧＧＡＡＧＡＡＴＴＧＴＴＴ ＴＡＧＧＡＴＡＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＴＡＴＣＣＴＡＡＡＡＣＡＡＴＴＣＴＴＣＣＴＴＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧＡ－３’ （配列番号１）；
ｓｈＣ （ＵＬＴＲＡ－ＮＴ＃４）： ５’－ ＴＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡ ＧＣＧ ＡＡＧＧＣＡＧＡＡＧＴＡＴＧＣＡＡＡＧＣＡＴＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＡＴＧＣＴＴＴＧＣＡＴＡＣＴＴＣＴＧＣＣＴＧＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧ Ａ－３ （配列番号２）’。
ＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ Ｈｕｍａｎ ＳＭＡＲＴｐｏｏｌ ｓｉＲＮＡ試薬（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ， Ｌ－００８１０９－００－０００５）を用いて、ｓｉＲＮＡによるＩＬ４Ｉ１の遺伝子発現抑制を行った。Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ （Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， １３７７８１００）を用いて、製造者の手順書に従いｓｉＲＮＡ遺伝子導入を行った。ＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ Ｎｏｎ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｐｏｏｌ ｓｉＲＮＡ （Ｄｈａｒｍａｃｏｎ， Ｄ－００１８１０－１０－０５）を対照として用いた。
Ｃｔｒｌ並びにＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ及びＵ－２５１ＭＧ細胞を含む遺伝子及びタンパク質の発現実験については、４×１０５個／ウェルの細胞を２ ｍＬ、６ウェルプレートに播種し、７２時間又は１２０時間恒温放置した。メタボロミクス実験では、６ウェルプレートに入れた２ ｍＬの完全ＤＭＥＭに、４×１０５個／ウェルの密度の細胞を播種し、２４時間恒温放置した。より多くの細胞及び上清が必要な場合は、１０ ｃｍの皿につき２．６×１０６個の細胞を、１３．３ ｍＬの完全ＤＭＥＭに播種し、２４時間恒温放置した。その後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で１回洗浄し、２ ｍＬ又は１３．３ ｍＬの新鮮なＦＢＳ非含有ＤＭＥＭを（使用したウェルの大きさ及び細胞密度に応じて）添加し、細胞を１２０時間恒温放置した。上清を液体窒素で急速凍結し、代謝物質測定まで－８０℃で保存した。
６ウェルプレートに４×１０５個／ウェルの細胞を播種した後、２４時間恒温放置して、Ｕ－８７ＭＧ細胞でｓｉＲＮＡを用いてＡＨＲを標的とする実験を達成した。細胞にｓｉＣｔｒｌ又はｓｉＡＨＲのいずれかを遺伝子導入し、４８時間後に処理剤を含む新鮮な培地を添加した。ＣＡＳ－１細胞でＡＨＲ及びＩＬ４Ｉ１を発現抑制した実験については、４×１０５個／ウェルの細胞を６ウェルプレートに播種し、２４時間恒温放置した。細胞にそれぞれのｓｉＣｔｒｌ又は標的化用ｓｉＲＮＡを遺伝子導入した。遺伝子導入の２４時間後に完全ＤＭＥＭを１．５ｍＬのＦＢＳ非含有ＤＭＥＭに交換し、細胞を７２時間恒温放置した。
ＩＬ４Ｉ１を標的とするｔｒａｎｓＥＤＩＴ ＣＲＩＳＰＲ一体型レンチウイルス発現ベクター（ｔｒａｎｓＯＭＩＣ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， ＣＡＨＳ１００１－２５９３０７－ＧＶＯ－ＴＲＩ）を用いて、安定にＩＬ４Ｉ１を発現抑制されたＣＡＳ－１細胞を作製した。８ μｇ／ ｍＬポリブレン（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ， ＴＲ－１００３－Ｇ）の存在下で、細胞をｓｇＣｏｎｔｒｏｌ （ｓｇＣｔｒｌ）又はｓｇＩＬ４Ｉ１のいずれかを含むウイルス上清に２４時間曝露した。ＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ Ｆｕｓｉｏｎ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いてＺｓＧｒｅｅｎ陽性細胞を選別して、形質導入細胞を選択した。ＰＡＭを含まないｔｒａｎｓＥＤＩＴ ＣＲＩＳＰＲ一体型ｓｇＲＮＡ配列（５’－３’）は以下のとおりである：
ｓｇＣｔｒｌ （ＴＥＬＧ１０１７）： ＧＧＡＧＣＧＣＡＣＣＡＴＣＴＴＣＴＴＣＡ （配列番号２７）
ｓｇＩＬ４Ｉ１－２ （ＴＥＶＨ－１１４３０５４）： ＧＧＧＣＣＧＣＡＴＣＴＴＣＡＣＣＴＡＣＣ （配列番号２８）
遊走検定
細胞を２４ウェルプレートに配置された２ウェル細胞培養インサート（Ｉｂｉｄｉ， ８０２０９）に播種した。Ｕ－８７ＭＧ細胞、並びにＣｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ細胞については、細胞培養インサートのウェルあたり１００μＬの培地中に３×１０４個の細胞を播種した。Ｃｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－２５１ＭＧ細胞については、細胞培養インサートのウェルあたり１００μＬの培地中に４×１０４個を播種した。細胞を１６時間恒温放置し、インサートを除去し、１ ｍＬの完全ＤＭＥＭ培地をプレートの各ウェルに加えた。隙間（５００ μｍ ± １００ μｍ）が細胞に占められるまで、示された時点に写真を撮影して、細胞の遊走を監視した。Ｕ－８７ＭＧ細胞をＩ３Ｐ又はＳＲ１で処理した場合、２ウェルの細胞培養インサートに細胞を播種するときに処理剤を加えた。更に、１６時間の恒温放置時間及びインサート除去の後、処理剤を含む１ ｍＬの完全ＤＭＥＭ培地を細胞に加え、検定を通して維持した。独立した実験ごとに、各ウェルにつき３枚の写真を撮影し、各条件を少なくとも３つのウェルで実行した。４倍の対物レンズを備えたＥＣＬＩＰＳＥ Ｔｉ－Ｅ／Ｂ倒立顕微鏡（Ｎｉｋｏｎ）で、ＮＩＳ Ｅｌｅｍｅｎｔｓソフトウェアバージョン４．１３．０４を用いて写真を撮影した。写真をＴＳｃｒａｔｃｈソフトウェアバージョン１．０ （Ｇｅｂａｃｋ ｅｔ ａｌ．， ２００９）で分析した。０時間の時点での面積に対して正規化された各時点の占められた面積の百分率を計算して、細胞遊走を評価した。
ＲＮＡ単離及びリアルタイムＰＣＲ
ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ （Ｑｉａｇｅｎ， ８０２０４）を用いて培養細胞から全ＲＮＡを回収した後、Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ逆転写酵素キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， ４３６８８１３）を用いてｃＤＮＡ合成を行った。ＳＹＢＲ Ｓｅｌｅｃｔ Ｍａｓｔｅｒ ｍｉｘ （Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， ４３０９１５５）を用いて、ＳｔｅｐＯｎｅ ＰｌｕｓリアルタイムＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）でｃＤＮＡ試料の定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を行った。ＳｔｅｐＯｎｅ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ｖ２．３を用いてデータを処理し分析した。基準遺伝子としてのＲＮＡ１８Ｓに対する標的遺伝子の相対的定量を２－ΔΔＣｔ法で行った。ヒトプライマー配列を表３に示す。
Figure 2023508129000005
タンパク質単離及びウェスタンブロット
すべての実験で、氷冷トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（２８１ ｍＭ； Ｍｅｒｃｋ， １０８３８７０５００）、トリスＨＣｌ （２１２ ｍＭ； Ｃａｒｌ Ｒｏｔｈ， ９０９０．４）、及びＥＤＴＡ （１ ｍＭ， ｐＨ ８； Ｇｉｂｃｏ， １５５７５－０３８）中、４％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ； ＶＷＲ， ４４２４４４Ｈ）及びグリセリン（４０％、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）を含みｃＯｍｐｌｅｔｅ（商標）プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ， １１６９７４９８００１）を添加した全細胞溶解物を調製した。ＡＨＲ移行検定では、ＬＮ－２２９神経膠芽腫細胞の核画分及び細胞質画分のタンパク質含有量を免疫ブロットで比較した。ＬＮ－２２９細胞をＣｔｒｌ及びＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－２５１ＭＧ細胞（１２０ｈ）の上清で４時間処理した。溶解物を液体窒素で急速凍結し、３回解凍し、各凍結融解サイクル後に超音波処理を１０サイクル行った。２つの異なる細胞画分からタンパク質を分離するために、ＮＥ－ＰＥＲ（商標）Ｎｕｃｌｅａｒ ａｎｄ Ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｒｅａｇｅｎｔ （Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， ７８８３５）を使用した。製造者の指示に従い、抽出を実行した。核特異的なラミンＡは適切な分画に関する対照として機能し、これをポリクローナルウサギ抗ラミンＡ抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ， ６１３５０１； １：５００）を用いて検出した。一次マウスモノクローナル抗ＡＨＲ抗体クローンＲＰＴ１（Ａｂｃａｍ， ａｂ２７７０）を用いてＡＨＲを検出した。一次抗体と共に恒温放置した後、膜を１０分間３回洗浄し、１：５０００希釈の西洋ワサビペルオキシダーゼ標識抗ウサギ（ＩＬ４Ｉ１の場合、ラミンＡ； ＢｉｏＲａｄ， １７０－６５１５）又は抗マウス抗体（β－アクチンの場合、ＡＨＲ； ＢｉｏＲａｄ， １７０－６５１６）と共にそれぞれ室温で１時間、恒温放置した。抗体を、２％粉乳（Ｃａｒｌ Ｒｏｔｈ， Ｔ１４５．２）を含む洗浄緩衝液（５０ ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣＬ， ５０ ｍＭ Ｔｒｉｓ－Ｂａｓｅ， １５０ ｍＭ ＮａＣｌ， ｐＨ ６．８）の溶液に調製した。ＦｌｕｏｒＣｈｅｍ ＦＣ３システム（ＢｉｏＬａｂＴｅｃ）でＥＣＬ Ｓｅｌｅｃｔ Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｂｌｏｔｔｉｎｇ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｒｅａｇｅｎｔ （Ａｍｅｒｓｈａｍ， ＲＰＮ２２３５）を用いて免疫ブロットを検出した。
メタボロミクス分析
対照並びにＩＬ４Ｉ１発現及び非発現Ｕ－８７ＭＧ及びＵ－２５１ＭＧ細胞によるフェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンの消費を、１２０時間の恒温放置後の細胞培養上清中のアミノ酸の定量により評価した。フェニルアラニン及びチロシンの検出のために、アミノ酸を蛍光色素ＡｃｃＱ－Ｔａｇ（商標）（Ｗａｔｅｒｓ）で製造者の手順書に従い標識した。誘導体化産物を、Ａｃｑｕｉｔｙ蛍光検出器（ＦＬＲ） （Ｗａｔｅｒｓ）に接続されたＡｃｑｕｉｔｙ ＨクラスＵＰＬＣシステム（Ｗａｔｅｒｓ）を用いてＡｃｑｕｉｔｙ ＢＥＨ Ｃ１８カラム（Ｗａｔｅｒｓ）で４２℃で分離した。Ｙａｎｇら（２０１５） （Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１５）により記載されているように、試料をＵＰＬＣで分析した。Ｔｒｐ消費の分析のため、上清を等量の１２％過塩素酸と混合し、氷上で１０分間恒温放置した。分析の前に、試料を４℃、１６，４００ ｇで１０分間遠心してタンパク質を沈殿させ、残った細胞片を除去した。次に代謝物質を、Ａｃｑｕｉｔｙ ＨクラスＵＰＬＣシステム（Ｗａｔｅｒｓ）に接続されたＡｃｑｕｉｔｙ ＨＳＳ Ｔ３カラム（１００ ｍｍ ×２．１ ｍｍ、１．７ μｍ、Ｗａｔｅｒｓ）で逆相クロマトグラフィーにより分離した。カラムを３７℃に加熱し、カラム容量の５倍の１００％溶媒Ａ（２０ ｍＭ酢酸ナトリウム、３ ｍＭ酢酸亜鉛、ｐＨ ６）を用いて０．５５ ｍＬ／分の流速で平衡化した。溶媒Ａ中の溶媒Ｂ（アセトニトリル）の濃度を以下のように増加させて、Ｔｒｐの明確な分離を達成した：４分０％Ｂ、１０分５％Ｂ、１３分１５％Ｂ、１５分２５％Ｂ、０％Ｂに戻って３分。Ｔｒｐを蛍光で検出した（Ａｃｑｕｉｔｙ ＦＬＲ検出器、Ｗａｔｅｒｓ、励起：２５４ ｎｍ、発光：４０１ ｎｍ）。定量には標準を使用した（Ｓｉｇｍａ）。Ｅｍｐｏｗｅｒ３ソフトウェア一式（Ｗａｔｅｒｓ）を用いてデータの取得及び処理を行った。
更に、本発明者らは、１２０時間培養されたＣｔｒｌ並びにＩＬ４Ｉ１発現Ｕ－８７ＭＧ及びＵ－２５１ＭＧ細胞の上清中の差次的に豊富な代謝物質を特定するため、非標的メタボロミクス手法を実施した。この目的のために、５０ μＬの細胞培養上清をボルテックスして２００ μＬの氷冷アセトニトリルと混合した後、－２０℃で１時間恒温放置した。試料を４℃で１５分間遠心し、ＴｒｕＶｉｅｗ ＵＰＬＣ－ＭＳバイアル（Ｗａｔｅｒｓ）に移した。等量のすべての試料を混合してプール試料を調製した。Ｖｉｏｎ ＩＭＳ ＱＴｏｆ ＭＳ （Ｗａｔｅｒｓ）に接続されたＩクラスＵＰＬＣシステムを用しいて試料を測定した。Ｃｏｇｅｎｔ Ｄｉａｍｏｎｄ Ｈｙｄｒｉｄｅ ２．０カラム（１５０ ×２．１ ｍｍ、２．２ μｍ； ＭｉｃｒｏＳｏｌｖ ＵＳＡ）又はＨＳＳ Ｔ３カラム（１００ × ２．１ ｍｍ、１．８ μｍ； Ｗａｔｅｒｓ）のいずれかを用いて代謝物質を分離した。機器の制御及びＭＳデータの取得には、ＵＮＩＦＩ １．８．２ （Ｗａｔｅｒｓ）を用いた。Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＱＩ （Ｗａｔｅｒｓ）を用いて追跡データ分析を行った。２０４．０６６２Ｄａ（負イオンモード；予想モノアイソトピック質量：２０５．０７３９ Ｄａ；偏差－２ ｐｐｍ）でＩＬＡを検出し、予想された断片イオンにより１１６．０４９５、１２８．０４９５、１３０．０６５２、及び２０４．０６５５Ｄａで確認した。トリプル四重極ＭＳ（Ａｇｉｌｅｎｔ ６４６０）と接続し外部標準を用いるＨＰＬＣ （Ａｇｉｌｅｎｔ １２９０）を用いて、ＬＣ－ＭＳ測定で得られた断片化パターンを比較して、Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、及びＴｙｒ由来の代謝物質を特定した。代謝物質の標的定量にはＭＲＭモードを用いた。すべての試験化合物について、必要量を重量測定して１．５ ｍＬのＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｓａｆｅ－ｌｏｃｋ Ｔｕｂｅに加え、試験化合物を１ ｍＬのＤＭＳＯに溶解して、１０ ｍＭの原液を調製した。各化合物について、原液は１０ ｍＭ～０．０３９ ｍＭの濃度範囲であった。
代謝物質の定量のために、３００ μＬの各生物検定上清をＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｓａｆｅ－ｌｏｃｋ Ｔｕｂｅに加えた。３００ μＬの細胞培地及び１ μＬの試験化合物原液をＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｓａｆｅ－ｌｏｃｋ Ｔｕｂｅに加えて、関連する較正試料を調製した。続いて、３００ μＬのアセトニトリルを加え、培地成分の沈殿を誘発した。すべての試料を８０００ ｒｐｍで４分間遠心し、１５０ μＬの上清をＨＰＬＣ分析用の２００ μＬガラスインサートを備えた１．５ ｍＬガラスバイアルに移した。分析のために５ μＬの試料を注入した。水、及び０．１ ％ギ酸を加えたアセトニトリルをそれぞれ溶離液Ａ及びＢとして使用し、流速０．５ ｍＬ／分で５分間かけてＨＰＬＣ分離した。長さ５０ ｍｍのＰｏｒｏｓｈｅｌｌ １２０ ＥＣ－Ｃ１８の２．７ミクロンのカラム（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて分離を達成した。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｊｅｔｓｔｒｅａｍ ＥＳＩ Ｓｏｕｒｃｅを、ガスシース温度３００℃、ガス流量１０ Ｌ／分、シースガス流量１１ Ｌ／分に設定した。実行中を通して噴霧器の圧力を５５ ｐｓｉ、毛細管の電圧を実行中２０００Ｖに設定した。機器の制御及びデータ取得には、ＭａｓｓＨｕｎｔｅｒソフトウェア一式（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用した。
ソフトウェア及び統計
ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン８．０を用いて、ｑＲＴ－ＰＣＲ、タンパク質、及び代謝物質データのグラフ及び統計分析を実行した。特に明記しない限り、データは少なくとも３回の独立した実験の平均±Ｓ．Ｅ．Ｍを表す。データを倍率変化で表す場合、これらの値をｌｏｇ１０変換し、得られた値を統計分析に使用した。データに応じて、以下の統計分析、すなわち、一標本ｔ検定、（対応のある、あるいは対応のない）両側スチューデントｔ検定、チューキーの多重比較検定を用いる一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）、ダネットの多重比較検定を用いる反復測定ＡＮＯＶＡを行った。有意差は、＊＝Ｐ ＜０．０５、＊＊＝Ｐ ＜０．０１、＊＊＊＝Ｐ ＜０．００１、＊＊＊＊＝Ｐ＜０．０００１として報告された。ｎ．ｓ．は有意差がないことを示す。生物情報学分析では、特に述べない限り、すべての対比較をクラスカル－ウォリス及びウィルコクソンの順位和検定を用いて行い、報告されたすべてのｐ値をベンジャミニ－ホッホベルグ手法を用いて調整した。
Ｌ－アミノ酸オキシダーゼＩＬ４Ｉ１は、３２中２６の腫瘍型に存在し（図１）、ＡＨＲ関連モジュール（ＡＡＭ）で最も高い発生率を示した。したがって、ヒト腫瘍におけるＡＨＲ活性は、２つの真のＡＨＲ活性化因子ＩＤＯ１及びＴＤＯ２を含む他のＴｒｐ分解酵素よりもＩＬ４Ｉ１と強く関連する。このことは意外であった。というのも、ＩＬ４Ｉ１は主にフェニルアラニン（Ｐｈｅ）からフェニルピルビン酸塩（ＰＰ）への酸化的脱アミノ化を触媒し、過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）及びアンモニアを生成することが認識されている（Ｂｏｕｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， ２００４）が、ＡＨＲシグナル伝達とはまだ関連付けられていないからである。
ＩＬ４Ｉ１はＡＨＲを活性化する。次に、本発明者らは、ＩＬ４Ｉ１がＡＨＲを活性化するかどうかを実験的に試験した。この目的のために、本発明者らは、マウスはＩｌ４ｉ１欠損を補うことができる追加のＬ－アミノ酸オキシダーゼ（Ｌａｏ１）を発現する（Ｈｕｇｈｅｓ， ２０１０）ことから、ヒト細胞培養液及び組織を選択した。ＩＬ４Ｉ１タンパク質はヒトＧＢＭ組織で発現され（図２Ａ）、ＩＬ４Ｉ１を調査するための適切なモデルとしてＧＢＭ細胞が示唆される。本発明者らは、ＡＨＲ能力を有するＧＢＭ細胞株（Ｕ８７－ＭＧ）をＡＨＲ欠損（Ｕ－２５１ＭＧ）ＧＢＭ細胞株と比較した。ＩＬ４Ｉ１は、低い内因性ＩＬ４Ｉ１を有する細胞株で異所的に発現し、あるいは高い内因性ＩＬ４Ｉ１を有する細胞株でＲＮＡ干渉又はＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によって減少した。ＩＬ４Ｉ１の異所性発現は、Ｈ２Ｏ２レベルで評価すると、その酵素活性を増強した。ＡＨＲ能力を有する細胞では、ＩＬ４Ｉ１は汎組織ＡＨＲシグネチャーを誘導し（図２Ｂ、上）、これはＡＨＲ発現抑制により逆転した（図２Ｂ、下）。選択されたＡＨＲ標的遺伝子をｑＲＴ－ＰＣＲで確認した（図２Ｃ）。ＩＬ４Ｉ１由来の代謝物質がＡＨＲを活性化するかどうかを試験するために、本発明者らは、異所性ＩＬ４Ｉ１を有する細胞の上清でＧＢＭ細胞を処理した。本発明者らの仮説を支持して、上清は核ＡＨＲ局在化（図２Ｄ）及び標的遺伝子転写（図２Ｅ）の増加を誘発した。反対に、ＩＬ４Ｉ１の減少により、ＡＨＲ標的遺伝子ＩＬ１Ｂ、ＥＲＥＧ、ＳＥＲＰＩＮＢ２、及びＴＩＰＡＲＰの発現は減少した（図２Ｆ）。
ＩＬ４Ｉ１は、腫瘍細胞の運動性を促進し、Ｔ細胞の増殖を抑制し、神経膠腫患者の生存率の低下に関連する。ＡＨＲの機能的結果に対するＩＬ４Ｉ１の関与を試験するために、本発明者らは最初にＧＢＭ細胞の運動性におけるＩＬ４Ｉ１の役割を調べた。異所性ＩＬ４Ｉ１は、ＡＨＲ能力を有する細胞の運動性を増加させた（図３Ａ）が、ＡＨＲ欠損細胞の運動性は増加させなかった（図３Ｂ）。この結果と一致して、ＡＨＲ能力を有する細胞のＩＬ４Ｉ１による運動性は、ＡＨＲ阻害剤ＳＲ１により逆転した（図３Ｃ）。この実験は、ＩＬ４Ｉ１ががん細胞の運動性の重要な駆動物質であり、ＡＨＲ軸を介したシグナル伝達によって免疫及びがんに大きな影響を及ぼすという本発明者の仮説を確かめる。この軸を介して、ＩＬ４Ｉ１は細胞運動性（がん細胞の遊走及び転移）を含む腫瘍固有の悪性特性と関連する。
これらの結果を、図１２に示すデータで更に確認する。ここでは、がんの特徴遺伝子の組の生物学的過程活性スコアを３２のＴＣＧＡ腫瘍すべてについて一人の患者ごとに作成し、ＩＬ４Ｉ１発現レベルと更に相関させた。実際、ＩＬ４Ｉ１は、細胞運動に特異的ながん遺伝子の組の特徴について作成されたエンリッチメントスコアと高度に相関している。ＩＬ４Ｉ１を含むＡＡＭを分析して、すべてのがん種ににわたってこれらのＡＡＭは細胞運動性の遺伝子概念体系で強化されていた（図７Ｆ）。このことは、細胞運動性に対するＩＬ４Ｉ１の効果があらゆるがん種にわたり推定できるというさらなる証拠を提供する（図７Ｆ及び図１２）。
本発明者らの知見を患者に置き換えるため、本発明者らは、３種のＡＨＲ活性化酵素ＩＬ４Ｉ１、ＩＤＯ１、及びＴＤＯ２のＧＢＭにおける全生存の確率との関連性について分析した。高いＩＬ４Ｉ１レベルは全生存率の減少と関連していた（図３Ｄ）。実際、腫瘍のＩＬ４Ｉ１発現が高いＧＢＭ患者（低生存率群）は、ＩＬ４Ｉ１発現が低い患者（高生存率群）と比較して２．３倍高い死亡リスクを有していた（図３Ｄ及び表２）。ＩＤＯ１転写物レベルに関連する有意な生存率の差はなかったが、高いＴＤＯ２レベルは１．５倍高い死亡リスクと関連していた（図３Ｅ及び表２）。同様に、低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）のＩＬ４Ｉ１の高発現（低生存率群）では、ＩＤＯ１及びＴＤＯ２はすべて、より高い死亡リスクと関連していた（図３Ｅ）。リスクの増加はＩＬ４Ｉ１発現について最も高く（３．３倍）、続いてＩＤＯ１（２．４倍）、ＴＤＯ２（１．６倍）であった（図３Ｅ、及び表２）。同様に、さらなるＴＣＧＡ腫瘍でＩＬ４Ｉ１の発現レベルが高い患者は、ＩＬ４Ｉ１発現が低い場合と比較して有意に悪い全生存率の結果を示す（図９）。
ＩＬ４Ｉ１の発現は、がん及び転移において増加する。悪性腫瘍の治療標的としてのＩＬ４Ｉ１の可能性を調べるために、本発明者らは、正常組織と原発腫瘍及び転移におけるその発現を調査した。ほとんどの腫瘍実体で、ＩＬ４Ｉ１発現は、正常組織と比較して原発性がん組織で増強された（図７Ａ及び７Ｂ）。大多数の腫瘍では、ＩＬ４Ｉ１発現はＩＤＯ１又はＴＤＯ２よりも高く、ＩＬ４Ｉ１をがんの主要なＴｒｐ代謝酵素として強調している（図７Ｂ）。それらの悪性特性を裏付けて、ＩＬ４Ｉ１レベル（図７Ｃ）及びＡＨＲ活性（図７Ｄ）は転移性黒色腫において、原発性黒色腫と比較して有意に高かった。それに一致して、ＩＬ４Ｉ１酵素活性は新たに切除された転移性黒色腫組織で検出された（図７Ｅ）。
インドール－３－ピルビン酸塩は、ＡＨＲ作用物質であるキヌレン酸及びインドール誘導体を発生させる。意外にも、Ｉ３Ｐを除くすべての既知のＩＬ４Ｉ１生成物は、異所性ＩＬ４Ｉ１を含む細胞の上清で検出可能であった（図５及び６）。しかし、本発明者らは、インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）を含む増加したＩ３Ｐ誘導体のレベルを検出した（図５Ａ及び６Ｃ）。更に、ＩＬ４Ｉ１はＫｙｎＡのレベルを増加させたが、Ｋｙｎレベルには影響しなかった（図５Ａ及び６Ｃ）。Ｉ３ＰからのＫｙｎＡの形成は予想外であった。というのも、ＫｙｎＡは一般に、ＩＤＯ１又はＴＤＯ２に由来のＫｙｎから生じると考えられている（Ｃｅｒｖｅｎｋａ ｅｔ ａｌ．， ２０１７； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）からである。Ｉ３ＰがＫｙｎＡレベルを増加させることができる１つの反応は、Ｋｙｎのアミノ基転移である。というのも、キヌレニンアミノトランスフェラーゼ（ＫＡＴ）はアミノ基受容体としてα－ケト酸を使用できる（Ｈａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００４）からである。ただし、異所性ＩＬ４Ｉ１を含む細胞ではＫｙｎ濃度が減少しなかった（図５及び６Ｃ）ことから、この仮説は可能性が低い。興味深いことに、ＫｙｎＡは無細胞条件でＩ３Ｐから自発的に形成された（データは示さず）。これはＨ２Ｏ２の存在下で強化され（データは示さず）、ＩＬ４Ｉ１由来のＨ２Ｏ２がＡＨＲ作用物質ＫｙｎＡへのＩ３Ｐの変換を促進することが示唆される。
ＩＬ４Ｉ１は運動性及び転移を駆動するが、運動性はＩＬ４Ｉ１を含むＡＡＭの３番目に強化された概念体系群に過ぎなかった（図７Ｆ）。実際、免疫調節は最も強化されており、したがって、がんにおける更に顕著なＩＬ４Ｉ１の結果である可能性がある。３２のがん種全体で、ＩＬ４Ｉ１高発現腫瘍は、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）やＴｒｅｇ細胞等の抑制免疫細胞の強化を示した（図８Ａ及び８Ｂ）。
ＰＤ－１ ／ ＰＤ－Ｌ１（プログラム細胞死１リガンド１）相互作用を標的とする抗体を介するＩＣＢは、一部の患者における前例のない臨床反応に基づき、複数のがんについて承認されている。ただし、ほとんどのがん患者はＩＣＢの利益を受けておらず、ＩＣＢ抵抗性の分子基盤を特定することが急務である。ＩＬ４Ｉ１と抑制免疫細胞との関連は、ＩＬ４Ｉ１が別の免疫抑制機構を活性化することによりＩＣＢを回避できることを示唆している。そこで、本発明者らは、Ｔｒｐ分解酵素がＩＣＢにより増加するかどうかを調査した。本発明者らは、抗ＰＤ－１モノクローナル抗体（ｍＡｂ）ニボルマブが進行黒色腫においてＩＬ４Ｉ１及びＩＤＯ１の発現を誘導する（Ｒｉａｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）ことを見出した（図８Ｃ）。更に、ニボルマブ治療の結果ＡＨＲが活性化され（図８Ｄ）、このことはＡＨＲへのＩＬ４Ｉ１シグナル伝達がＩＣＢ抵抗性を媒介する新しい代謝免疫チェックポイントであることを示唆している。この可能性を更に調査するために、本発明者らは、４１人の患者から得た治療前及び治療中のＲＮＡ－ｓｅｑデータの一致した完全応答（ＣＲ）情報を分析した。そのうち、２４人の患者がニボルマブの開始前に抗ＣＴＬＡ４ ｍＡｂイピリムマブを投与されていた（Ｒｉａｚ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）。コホート全体（図８Ｃ）と一致して、本発明者らは、イピリムマブ未投与の患者において、ニボルマブに反応して有意なＩＬ４Ｉ１の増加を観察した（図８Ｅ）。注目すべきことに、（ＩＤＯ１ではなく）ＩＬ４Ｉ１及び免疫チェックポイント（ＣＰ）分子は、進行性疾患（ＰＤ）を発症したイピリムマブ未投与患者で有意に誘導され（図８Ｆ）、このことは、ＩＬ４Ｉ１誘導がＩＣＢに対する抵抗性機構であることを示唆している。更に、データは、ＩＣＢを受け入れ、かつ進行性疾患を患っていた患者はＩＣＢ治療によってより高いＩＬ４Ｉ１を示したが、ＩＤＯ１発現には有意な差を示さなかったことを示す（図８Ｆ）。これらの重要な知見は、Ｓａｄｉｋ ｅｔ． ａｌ ２０２０ Ｃｅｌｌ （ＰＭＩＤ： ３２８１８４６７）で最近確認されている。
本発明者らは、Ｉｌ４Ｉ１が免疫療法に対する無反応の予測因子となり得る（かつ、がん患者を非反応者及び反応者に層別するために使用され得る）ことを示す（図８Ｆ及び図２２）。ＩＬ４Ｉ１標的は、免疫治療抵抗性を緩和するための新しい戦略を構成する（この場合、ＩＣＢ関連のがん治療に関して）。上記のように、例えば、上記の代謝物質及び試験を用いてＩＬ４Ｉ１の活性を決定することができる。遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析等を用いて、あるいは、例えば生体液又は組織試料等の試料中の抗体を用いてＩＬ４Ｉ１のタンパク質量を検出することにより、発現を検出することができる。前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の前記増加が前記患者におけるＩＣＢ免疫治療に反応して検出される、本発明による方法が特に好ましい。本発明に関して、免疫治療抵抗性はＩＬ４Ｉ１及びＩＬ４Ｉ１－ＡＨＲ軸の活性及び／又は発現の増加に有効に関連していることが初めて示された。この方法に基づく肯定的な知見の結果は、ＩＬ４Ｉ１阻害剤又はＡＨＲ調節物質を治療に使用することである。
高いＩＬ４Ｉ１レベルが様々な種類のがん／腫瘍の全生存率の低下に関連する（図３Ｄ、３Ｅ、及び９）という事実のさらなる確認として、図８Ｅ及び８Ｆは、抗ＰＤ１モノクローナル抗体ニボルマブ（ＰＭＩＤ：２９０３３１３０）を受け入れた進行黒色腫患者がニボルマブ治療を受けた後により高いＩＬ４Ｉ１発現を示すことだけでなく、進行性疾患の患者では、安定疾患又は部分反応及び完全反応の患者と比較して高いＩＬ４Ｉ１発現を示す（図８Ｅ及び８Ｆ）ことを示す。
これらの結果は、ＩＬ４Ｉ１の発現が高いほど、様々な種類のがんの生存率の結果が悪くなることを示す。本発明者らが示す例は、ＩＬ４Ｉ１の高い基礎発現による生存率の結果への影響を強調するだけでなく、免疫治療の介入時に患者において誘導される高いＩＬ４Ｉ１発現が、より悪い臨床転帰を媒介することも示す。
更に、ＩＣＢ等の免疫治療がＩＬ４Ｉ１を誘導するという所見は黒色腫に限定されない。
実際、ニボルマブ治療の前及び治療中の進行黒色腫患者（ＰＭＩＤ：２９０３３１３０）におけるがん遺伝子の組（ＰＭＩＤ：２１５４６３９３）の特徴の強化を比較すると、炎症性特徴遺伝子シグネチャーの強力な増加が観察される。最も強い強化は、インターフェロンガンマ応答の特徴遺伝子の組（ＨＡＬＬＭＡＲＫ＿ＩＮＴＥＲＦＥＲＯＮ＿ＧＡＭＭＡ＿ＲＥＳＰＯＮＳＥ）であった（図１０を参照のこと）。ＩＬ４Ｉ１の転写開始部位のプロモーター領域を分析すると、転写因子（ＴＦ） ＩＲＦ４、ＳＴＡＴ１、及びＳＴＡＴ３は、クロマチンのアクセス性が高い領域にプロモーター結合部位を有することがわかった（図１１）。まとめると、免疫治療時のインターフェロンガンマ応答の強い強化、並びにＩＲＦ４、ＳＴＡＴ１、及びＳＴＡＴ３のＴＦ結合部位の存在により、免疫治療に反応してＩＬ４Ｉ１の誘導が強化される。更に、本発明者らは、すべてのＴＣＧＡ腫瘍にわたるすべての特徴遺伝子の組の単一試料の生物活性スコア（ＢＰＡ）（ＰＭＩＤ：３１６５３８７８； ＰＭＩＤ：２７３２２５４６）を作成し、ＢＰＡスコアをＩＬ４Ｉ１の発現と相関させた。注目すべきことに、すべてのＴＣＧＡ腫瘍で最も高い相関関係は、免疫の特徴遺伝子の組に関してであった（図１２）。このことは、任意のＴＣＧＡ腫瘍にＩＬ４Ｉ１発現の誘導に対する免疫治療介入の効果が推定されることを裏付ける。
ＩＬ４Ｉ１の免疫抑制効果がすべての腫瘍に及ぶことを更に確認するために、免疫抑制、Ｔ細胞疲弊、及び制御性Ｔ細胞のマーカーを、乳がん由来（ＰＭＩＤ： ２９９６１５７９； ＰＭＩＤ： ２７８５１９１３）、肺組織由来（ＰＭＩＤ： ３１６２４２４６）、並びに大腸がん由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）、及び大腸がん患者の血液由来（ＰＭＩＤ： ３１３４１１６９）の浸潤免疫細胞の単一細胞データから抽出した。ＴＣＧＡ腫瘍のバルクＲＮＡ－ｓｅｑデータでこれらのマーカーを検出した。ＩＬ４Ｉ１の発現は、すべてのＴＣＧＡ腫瘍、特にＦＯＸＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＧ３、ＴＯＸ２、ＬＡＹＮ、ＢＡＴＦ、ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１でこれらのマーカーと高く相関していた（図１３～１９）。注目すべきことに、大腸がん組織に浸潤するＴｒｅｇでのＩＬ４Ｉ１発現は同じ患者の血液中を循環するＴｒｅｇと比較して高いことからわかるように、ＩＬ４Ｉ１の免疫抑制特性は腫瘍組織で顕著である（図２０）。まとめると、これらの知見は、ＩＬ４Ｉ１を介した免疫抑制が多様ながん組織にわたる一般的な現象であるという明確な証拠を示す。重要なことに、異なる免疫チェックポイント遮断薬（抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ－４、又は両方の組合せ）を受け入れた進行黒色腫患者の単一細胞集団から定義された免疫治療非反応のマーカー（ＰＭＩＤ： ３０３８８４５６）は、すべてのＴＣＧＡ腫瘍でＩＬ４Ｉ１発現と強く相関していた（図２１）。最も重要なことは、ＩＬ４Ｉ１の高発現に関連する免疫治療非反応シグネチャー遺伝子の高発現である（図２２）。
まとめると、発明者らのデータから、ＩＬ４Ｉ１が多様な腫瘍実体で免疫治療により誘導される可能性があることは明らかである（図１２）。ＴＣＧＡ腫瘍全体における、ＩＬ４Ｉ１と骨髄由来サプレッサー細胞（図８Ａ及び８Ｂ）、Ｔｒｅｇ（図８Ａ及び８Ｂ）、及びＴｒｅｇマーカー（図１３、１５～２１）、更にはＴ細胞疲弊マーカー（図１４）との強い関連性により、ＩＬ４Ｉ１の免疫抑制効果が強調され、このことは、免疫治療非反応マーカーの発現が高い腫瘍におけるＩＬ４Ｉ１の発現の増加によって示されるように、免疫治療への抵抗性に関連する（図２２）。
ＩＤＯ１が抗ＰＤ－１ ＩＣＢからの潜在的な回避機構を構成する可能性があるという考えに基づき、進行黒色腫における近年の第ＩＩＩ相臨床試験は、抗ＰＤ－１ ｍＡｂペムブロリズマブ（Ｌｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）と組み合わせたＩＤＯ１阻害剤Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔの臨床的利益について試験した。しかし、この試験は失敗した（Ｇａｒｂｅｒ， ２０１８； Ｌｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１９； Ｐｌａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。本発明者らの主な知見は、１）ＩＣＢは治療回避を媒介するＩＬ４Ｉ１を誘導すること、２）ＩＬ４Ｉ１はＩＤＯ１よりも強力なＡＨＲ活性化因子であり、免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）をＩＤＯ１阻害剤と組み合わせた臨床研究の失敗の理由である可能性が非常に高いことである。
実際、発明者らは、ＡＨＲへの下流の収束に鑑みて、ＩＬ４Ｉ１がＩＤＯ１阻害に対する抵抗性機構を構成している可能性があると仮定した。本発明者らは、ＡＨＲを活性化することによりＩＬ４Ｉ１がＩＣＢ及び／又はＩＤＯ１阻害剤に対する抵抗性機構となることを提唱する。したがって、ＩＬ４Ｉ１は腫瘍治療の新たな有望な標的である。
これらの知見により、がんの診断及び／又は治療を改善するためにがん患者を有利に層別することができる。特に、本発明の一側面は、がん患者を高生存率群と低生存率群に層別する方法であって、前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性はＡＨＲを変化させ、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は低生存率群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は高生存率群にある、方法である。好ましい実施態様では、前記ＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現の前記増加は、前記患者の免疫治療に反応して検出される。より好ましい実施態様では、前記高生存率群の患者は免疫治療反応者であり、前記低生存率群の患者は免疫治療非反応者、特に免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）非反応者である。
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Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ－Ｖａｚｑｕｅｚ， Ｃ．， ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， Ｆ．Ｊ． （２０１８）． Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｂｙ ｔｈｅ Ａｒｙｌ Ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ（アリール炭化水素受容体による免疫応答の調節）． Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４８， １９－３３．
Ｈａｎ， Ｑ．， Ｌｉ， Ｊ．， ａｎｄ Ｌｉ， Ｊ． （２００４）． ｐＨ ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ， ｓｕｂｓｔｒａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｋｙｎｕｒｅｎｉｎｅ ａｍｉｎｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ Ｉ（ｐＨ依存性、基質特異性及びヒトキヌレニンアミノトランスフェラーゼＩの阻害）． Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ ２７１， ４８０４－４８１４．
Ｈａｎｚｅｌｍａｎｎ， Ｓ．， Ｃａｓｔｅｌｏ， Ｒ．， ａｎｄ Ｇｕｉｎｎｅｙ， Ｊ． （２０１３）． ＧＳＶＡ： ｇｅｎｅ ｓｅｔ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ（ＧＳＶＡ：マイクロアレイ及びＲＮＡ－ｓｅｑデータの遺伝子セット多様性分析）． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １４， ７．
Ｈｏｔｈｏｒｎ， Ｔ．， ａｎｄ Ｚｅｉｌｅｉｓ， Ａ． （２００８）． Ｇｅｎｅｒａｌｉｚｅｄ ｍａｘｉｍａｌｌｙ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ（一般化された最大選択統計）． Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ ６４， １２６３－１２６９．
Ｈｕａｎｇ， Ｊ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ｓｅｒｕｍ ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ｒｉｓｋ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｏｓｔａｔｅ， ｌｕｎｇ， ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ， ａｎｄ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｔｒｉａｌ（前立腺がん、肺がん、大腸がん、及び卵巣がんのスクリーニング試験における前立腺がんリスクの血清代謝プロファイリング）． Ｂｒｉｔｉｓｈ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ １１５， １０８７－１０９５．
Ｈｕｂｂａｒｄ， Ｔ．Ｄ．， Ｍｕｒｒａｙ， Ｉ．Ａ．， ａｎｄ Ｐｅｒｄｅｗ， Ｇ．Ｈ． （２０１５）． Ｉｎｄｏｌｅ ａｎｄ Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ： Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ａｎｄ Ｄｉｅｔａｒｙ Ｒｏｕｔｅｓ ｔｏ Ａｈ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ（インドール及びトリプトファン代謝：Ａｈ受容体活性化への内因性及び食事経路）． Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｄｉｓｐｏｓ ４３， １５２２－１５３５．
Ｈｕｇｈｅｓ， Ａ．Ｌ． （２０１０）． Ｏｒｉｇｉｎ ａｎｄ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｌ－ａｍｉｎｏ ｏｘｉｄａｓｅ ｆａｍｉｌｙ ｉｎ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｅ ｄｅｆｅｎｓｅｓ ｏｆ ａｎｉｍａｌｓ（動物の自然免疫防御におけるＬ－アミノオキシダーゼファミリーの起源及び多様化）． Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ６２， ７５３－７５９．
Ｋａｎｅｈｉｓａ， Ｍ．， ａｎｄ Ｇｏｔｏ， Ｓ． （２０００）． ＫＥＧＧ： ｋｙｏｔｏ ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｇｅｎｏｍｅｓ（ＫＥＧＧ：京都遺伝子・ゲノム百科事典）． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２８， ２７－３０．
Ｋｉｓｓ， Ｅ．Ａ．， Ｖｏｎａｒｂｏｕｒｇ， Ｃ．， Ｋｏｐｆｍａｎｎ， Ｓ．， Ｈｏｂｅｉｋａ， Ｅ．， Ｆｉｎｋｅ， Ｄ．， Ｅｓｓｅｒ， Ｃ．， ａｎｄ Ｄｉｅｆｅｎｂａｃｈ， Ａ． （２０１１）． Ｎａｔｕｒａｌ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｌｉｇａｎｄｓ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｒｇａｎｏｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｌｙｍｐｈｏｉｄ ｆｏｌｌｉｃｌｅｓ（天然アリール炭化水素受容体リガンドは腸のリンパ濾胞の器官形成を制御する）． Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３４， １５６１－１５６５．
Ｌａｎｇｆｅｌｄｅｒ， Ｐ．， ａｎｄ Ｈｏｒｖａｔｈ， Ｓ． （２００８）． ＷＧＣＮＡ： ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋ ａｎａｌｙｓｉｓ（ＷＧＣＮＡ：重みづけ相関ネットワーク分析用のＲパッケージ）． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ９， ５５９．
Ｌａｓｏｕｄｒｉｓ， Ｆ．， Ｃｏｕｓｉｎ， Ｃ．， Ｐｒｅｖｏｓｔ－Ｂｌｏｎｄｅｌ， Ａ．， Ｍａｒｔｉｎ－Ｇａｒｃｉａ， Ｎ．， Ａｂｄ－Ａｌｓａｍａｄ， Ｉ．， Ｏｒｔｏｎｎｅ， Ｎ．， Ｆａｒｃｅｔ， Ｊ－Ｐ．， Ｃａｓｔｅｌｌａｎｏ Ｆ．， Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ， Ｖ． （２０１１）． ＩＬ４Ｉ１： ａｎ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｏｆ ｔｈｅ ＣＤ８＋ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｖｉｖｏ（ＩＬ４Ｉ１：生体内のＣＤ８＋抗腫瘍Ｔ細胞応答の阻害剤）， Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｊｕｎ；４１（６）：１６２９－３８）
Ｌａｗ， Ｃ．Ｗ．， Ａｌｈａｍｄｏｏｓｈ， Ｍ．， Ｓｕ， Ｓ．， Ｄｏｎｇ， Ｘ．， Ｔｉａｎ， Ｌ．， Ｓｍｙｔｈ， Ｇ．Ｋ．， ａｎｄ Ｒｉｔｃｈｉｅ， Ｍ．Ｅ． （２０１６）． ＲＮＡ－ｓｅｑ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｓ ｅａｓｙ ａｓ １－２－３ ｗｉｔｈ ｌｉｍｍａ， Ｇｌｉｍｍａ ａｎｄ ｅｄｇｅＲ（ ＲＮＡ配列分析は、ｌｉｍｍａ、Ｇｌｉｍｍａ、ｅｄｇｅＲを使用する１－２－３のように簡単である）． Ｆ１０００Ｒｅｓ ５．
Ｌａｗ， Ｃ．Ｗ．， Ｃｈｅｎ， Ｙ．， Ｓｈｉ， Ｗ．， ａｎｄ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ．Ｋ． （２０１４）． ｖｏｏｍ： Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｗｅｉｇｈｔｓ ｕｎｌｏｃｋ ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｒｅａｄ ｃｏｕｎｔｓ（ｖｏｏｍ：ＲＮＡ－ｓｅｑ読み取り計数のための高精度重み付けアンロック線形モデル解析ツール）． Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １５， Ｒ２９．
Ｌｅｍｉｅｕｘ， Ｇ．Ａ．， Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ， Ｋ．Ａ．， Ｌｉｎ， Ｌ．， Ｍａｙｅｒ， Ｆ．， Ｗｅｒｂ， Ｚ．， ａｎｄ Ａｓｈｒａｆｉ， Ｋ． （２０１５）． Ｋｙｎｕｒｅｎｉｃ ａｃｉｄ ｉｓ ａ ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ ｃｕｅ ｔｈａｔ ｅｎａｂｌｅｓ ｂｅｈａｖｉｏｒａｌ ｐｌａｓｔｉｃｉｔｙ（キヌレン酸は挙動の可塑性を可能にする栄養的な手がかりである）． Ｃｅｌｌ １６０， １１９－１３１．
Ｌｅｍｏｓ， Ｈ．， Ｈｕａｎｇ， Ｌ．， Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓｔ， Ｇ．Ｃ．， ａｎｄ Ｍｅｌｌｏｒ， Ａ．Ｌ． （２０１９）． Ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｎｔｒｏｌ ｂｙ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃａｔａｂｏｌｉｓｍ ｄｕｒｉｎｇ ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｙ（腫瘍形成及び治療におけるアミノ酸異化作用による免疫制御）． Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ １９， １６２－１７５．
Ｌｉ， Ｂ．， ａｎｄ Ｄｅｗｅｙ， Ｃ．Ｎ． （２０１１）． ＲＳＥＭ： ａｃｃｕｒａｔｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ＲＮＡ－Ｓｅｑ ｄａｔａ ｗｉｔｈ ｏｒ ｗｉｔｈｏｕｔ ａ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｇｅｎｏｍｅ（ ＲＳＥＭ：参照ゲノムの有無に関わらず、ＲＮＡ－Ｓｅｑデータからの正確な転写産物の定量）． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １２， ３２３．
Ｌｉ， Ｙ．， ｅｔ ａｌ． （２０１１）． Ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ ｓｔｉｍｕｌｉ ｍａｉｎｔａｉｎ ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｖｉａ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ（外因性刺激はアリール炭化水素受容体の活性化を介して上皮内リンパ球を維持する）． Ｃｅｌｌ １４７， ６２９－６４０．
Ｌｉｎ， Ｓ．Ｍ．， Ｄｕ， Ｐ．， Ｈｕｂｅｒ， Ｗ．， ａｎｄ Ｋｉｂｂｅ， Ｗ．Ａ． （２００８）． Ｍｏｄｅｌ－ｂａｓｅｄ ｖａｒｉａｎｃｅ－ｓｔａｂｉｌｉｚｉｎｇ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ（イルミナマイクロアレイデータのためのモデルに基づく分散安定化変換）． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３６， ｅ１１．
Ｌｉｕ， Ｙ．， ｅｔ ａｌ． （２０１８）． Ｔｕｍｏｒ－Ｒｅｐｏｐｕｌａｔｉｎｇ Ｃｅｌｌｓ Ｉｎｄｕｃｅ ＰＤ－１ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ＣＤ８（＋） Ｔ Ｃｅｌｌｓ ｂｙ Ｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎｇ Ｋｙｎｕｒｅｎｉｎｅ ａｎｄ ＡｈＲ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ（腫瘍再増殖細胞はキヌレニン及びＡｈＲ活性化を伝達することによりＣＤ８（＋）Ｔ細胞でのＰＤ－１発現を誘導する）． Ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ３３， ４８０－４９４．ｅ４８７．
Ｌｏｃａｓａｌｅ， Ｊ．Ｗ．， ｅｔ ａｌ． （２０１２）． Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｏｆ ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｇｌｉｏｍａ（ヒト脳脊髄液のメタボロミクスによる悪性神経膠腫のシグネチャーの同定）． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ １１， １－１２．
Ｌｏｎｇ， Ｇ．Ｖ．， ｅｔ ａｌ． （２０１９）． Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ ｐｌｕｓ ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｖｅｒｓｕｓ ｐｌａｃｅｂｏ ｐｌｕｓ ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｕｎｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ ｏｒ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｍｅｌａｎｏｍａ （ＥＣＨＯ－３０１／ＫＥＹＮＯＴＥ－２５２）： ａ ｐｈａｓｅ ３， ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ， ｄｏｕｂｌｅ－ｂｌｉｎｄ ｓｔｕｄｙ（切除不能又は転移性メラノーマ患者におけるエパカドスタット＋ペムブロリズマブ対プラセボ＋ペムブロリズマブの比較試験（ＥＣＨＯ－３０１／ＫＥＹＮＯＴＥ－２５２）：第３相ランダム化二重盲検比較試験）． Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０， １０８３－１０９７．
Ｍａｒｓｈａｌｌ， Ｎ．Ｂ．， ａｎｄ Ｋｅｒｋｖｌｉｅｔ， Ｎ．Ｉ． （２０１０）． Ｄｉｏｘｉｎ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ： ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｒｏｌｅ ｏｆ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ（ダイオキシンと免疫制御：制御性Ｔ細胞の生成におけるアリール炭化水素受容体の新たな役割）． Ａｎｎａｌｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １１８３， ２５－３７．
Ｍａｓｏｎ， Ｊ．Ｍ．， Ｎａｉｄｕ， Ｍ．Ｄ．， Ｂａｒｃｉａ， Ｍ．， Ｐｏｒｔｉ， Ｄ．， Ｃｈａｖａｎ， Ｓ．Ｓ．， ａｎｄ Ｃｈｕ， Ｃ．Ｃ． （２００４）． ＩＬ－４－ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｅｎｅ－１ ｉｓ ａ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｌ－ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｏｘｉｄａｓｅ ｗｉｔｈ ａｎ ｕｎｕｓｕａｌ ａｃｉｄｉｃ ｐＨ ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ｌｙｓｏｓｏｍａｌ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ （ＩＬ－４誘導遺伝子－１は、酸性ｐＨを好み、リソソーム局在性を持つ白血球のＬ－アミノ酸酸化酵素である）． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７３， ４５６１－４５６７．
Ｍａｙｅｒ， Ａ．Ｋ．， ｅｔ ａｌ． （２０１９）． Ｈｏｍｏｚｙｇｏｕｓ ｓｔｏｐ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ＡＨＲ ｃａｕｓｅｓ ａｕｔｏｓｏｍａｌ ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ ｆｏｖｅａｌ ｈｙｐｏｐｌａｓｉａ ａｎｄ ｉｎｆａｎｔｉｌｅ ｎｙｓｔａｇｍｕｓ（ＡＨＲのホモ接合性停止変異は常染色体劣性遺伝の眼窩低形成と小児眼振を引き起こす）． Ｂｒａｉｎ １４２， １５２８－１５３４．
ＭｃＧｅｔｔｒｉｃｋ， Ａ．Ｆ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ ｉｎｄｏｌｅｐｙｒｕｖａｔｅ ｄｅｃｒｅａｓｅｓ ＨＩＦ－１α ａｎｄ ｇｌｙｃｏｌｙｓｉｓ ｉｎ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ ａｓ ａ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ（トリパノソーマ・ブルセイ代謝物インドールピルビン酸はマクロファージにおける自然免疫回避機構としてＨＩＦ－１αと解糖を減少させる）． Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ １１３， Ｅ７７７８－Ｅ７７８７．
Ｍｅｚｒｉｃｈ， Ｊ．Ｄ．， Ｆｅｃｈｎｅｒ， Ｊ．Ｈ．， Ｚｈａｎｇ， Ｘ．， Ｊｏｈｎｓｏｎ， Ｂ．Ｐ．， Ｂｕｒｌｉｎｇｈａｍ， Ｗ．Ｊ．， ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， Ｃ．Ａ． （２０１０）． Ａｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｋｙｎｕｒｅｎｉｎｅ ａｎｄ ｔｈｅ Ａｒｙｌ Ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃａｎ Ｇｅｎｅｒａｔｅ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ Ｃｅｌｌｓ（キヌレニンとアリール炭化水素受容体の相互作用は制御性Ｔ細胞を生成することができる）． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １８５， ３１９０－３１９８．
Ｍｏｌｉｎｉｅｒ－Ｆｒｅｎｋｅｌ， Ｖ．， Ｐｒｅｖｏｓｔ－Ｂｌｏｎｄｅｌ， Ａ．， ａｎｄ Ｃａｓｔｅｌｌａｎｏ， Ｆ． （２０１９）． Ｔｈｅ ＩＬ４Ｉ１ Ｅｎｚｙｍｅ： Ａ Ｎｅｗ Ｐｌａｙｅｒ ｉｎ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ Ｔｕｍｏｒ Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ （ＩＬ４Ｉ１酵素：免疫抑制的な腫瘍微小環境における新しいプレーヤー）． Ｃｅｌｌｓ ８．
Ｍｕｌｌｅｒ， Ａ．Ｊ．， Ｍａｎｆｒｅｄｉ， Ｍ．Ｇ．， Ｚａｋｈａｒｉａ， Ｙ．， ａｎｄ Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓｔ， Ｇ．Ｃ． （２０１９）． Ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ＩＤＯ ｐａｔｈｗａｙｓ ｔｏ ｔｒｅａｔ ｃａｎｃｅｒ： ｌｅｓｓｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＥＣＨＯ－３０１ ｔｒｉａｌ ａｎｄ ｂｅｙｏｎｄ（ ＩＤＯ経路の阻害によるがん治療：ＥＣＨＯ－３０１試験以降からの教訓）． Ｓｅｍｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌ ４１， ４１－４８．
Ｍｕｒｒａｙ， Ｉ．Ａ．， Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ， Ａ．Ｄ．， ａｎｄ Ｐｅｒｄｅｗ， Ｇ．Ｈ． （２０１４）． Ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｌｉｇａｎｄｓ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ： Ｆｒｉｅｎｄ ａｎｄ ｆｏｅ（癌におけるアリール炭化水素受容体リガンド。味方と敵）． Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ １４， ８０１－８１４．
Ｎａｔｉｖｉｄａｄ， Ｊ．Ｍ．， ｅｔ ａｌ． （２０１８）． Ｉｍｐａｉｒｅｄ Ａｒｙｌ Ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｌｉｇａｎｄ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ ｔｈｅ Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ Ｉｓ ａ Ｋｅｙ Ｆａｃｔｏｒ ｉｎ Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ（腸内細菌叢によるアリール炭化水素受容体リガンド産生の障害は、メタボリックシンドロームの重要な要因である）． Ｃｅｌｌ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ２８， ７３７－７４９ ｅ７３４．
Ｎｅａｌｅ， Ｐ．Ａ．， ｅｔ ａｌ． （２０１７）． Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｂｉｏａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｔｅｓｔ ｂａｔｔｅｒｙ ｆｏｒ ｗａｔｅｒ ｑｕａｌｉｔｙ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ： Ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｍｉｃｒｏｐｏｌｌｕｔａｎｔｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｔｏ ｅｆｆｅｃｔｓ ｉｎ ｓｕｒｆａｃｅ ｗａｔｅｒ（水質監視のための生物分析試験電池の開発。表流水における特定微量汚染物質とその影響への寄与の指紋化）． Ｗａｔｅｒ Ｒｅｓ １２３， ７３４－７５０．
Ｎｅａｍａｈ， Ｗ．Ｈ．， ｅｔ ａｌ． （２０１９）． ＡｈＲ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ Ｌｅａｄｓ ｔｏ Ｍａｓｓｉｖｅ Ｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｙｅｌｏｉｄ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ Ｃｅｌｌｓ ｗｉｔｈ Ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｔｈｒｏｕｇｈ Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ＣＸＣＲ２ ａｎｄ ＭｉｃｒｏＲＮＡ ｍｉＲ－１５０－５ｐ ａｎｄ ｍｉＲ－５４３－３ｐ Ｔｈａｔ Ｔａｒｇｅｔ Ａｎｔｉ－Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｇｅｎｅｓ （ＡｈＲ活性化により、ＣＸＣＲ２及び抗炎症性遺伝子を標的とするマイクロＲＮＡ ｍｉＲ－１５０－５ｐ、 ｍｉＲ－５４３－３ｐの制御を通じて、免疫抑制活性を有する骨髄由来抑制細胞が大量に動員される）． Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， ｊｉ１９００２９１．
Ｎｇｕｙｅｎ， Ｌ．Ｐ．， ａｎｄ Ｂｒａｄｆｉｅｌｄ， Ｃ．Ａ． （２００８）． Ｔｈｅ ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ａｃｔｉｖａｔｏｒｓ ｏｆ ｔｈｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（アリール炭化水素受容体の内因性活性化物質の探索）． Ｃｈｅｍ Ｒｅｓ Ｔｏｘｉｃｏｌ ２１， １０２－１１６．
Ｎｏｖｉｋｏｖ， Ｏ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ａｎ Ａｒｙｌ Ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｌｏｏｐ Ｔｈａｔ Ｅｎｆｏｒｃｅｓ Ｃｅｌｌ Ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｉｎ ＥＲ－／ＰＲ－／Ｈｅｒ２－ Ｈｕｍａｎ Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌｓ（ＥＲ－／ＰＲ－／Ｈｅｒ２－ヒト乳がん細胞で細胞移動を誘導するアリール炭化水素受容体を介した増幅ループ）． Ｍｏｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ ９０， ６７４－６８８．
Ｏｐｉｔｚ， Ｃ．Ａ．， ｅｔ ａｌ． （２０１１）． Ａｎ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｔｕｍｏｕｒ－ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ ｌｉｇａｎｄ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒヒトアリール炭化水素受容体の内因性腫瘍促進リガンド． Ｎａｔｕｒｅ ４７８， １９７－２０３．
Ｐｈｉｐｓｏｎ， Ｂ．， Ｌｅｅ， Ｓ．， Ｍａｊｅｗｓｋｉ， Ｉ．Ｊ．， Ａｌｅｘａｎｄｅｒ， Ｗ．Ｓ．， ａｎｄ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ．Ｋ． （２０１６）． Ｒｏｂｕｓｔ Ｈｙｐｅｒｐａｒａｍｅｔｅｒ Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｃｔｓ ａｇａｉｎｓｔ Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｉｍｐｒｏｖｅｓ Ｐｏｗｅｒ ｔｏ Ｄｅｔｅｃｔ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（頑健なハイパーパラメータ推定は超変動性遺伝子から保護し、発現差の検出力を向上させる）． Ａｎｎ Ａｐｐｌ Ｓｔａｔ １０， ９４６－９６３．
Ｐｌａｉｓｉｅｒ， Ｃ．Ｌ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ｃａｕｓａｌ Ｍｅｃｈａｎｉｓｔｉｃ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｎｅｔｗｏｒｋ ｆｏｒ Ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ Ｄｅｃｉｐｈｅｒｅｄ Ｕｓｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｎｅｔｗｏｒｋ Ａｎａｌｙｓｉｓ（システム遺伝学ネットワーク解析による神経膠芽腫の病因論的制御ネットワークの解明）． Ｃｅｌｌ ｓｙｓｔｅｍｓ ３， １７２－１８６．
Ｐｌａｔｔｅｎ， Ｍ．， Ｎｏｌｌｅｎ， Ｅ．Ａ．Ａ．， Ｒｏｈｒｉｇ， Ｕ．Ｆ．， Ｆａｌｌａｒｉｎｏ， Ｆ．， ａｎｄ Ｏｐｉｔｚ， Ｃ．Ａ． （２０１９）． Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ａｓ ａ ｃｏｍｍｏｎ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ， ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｂｅｙｏｎｄ（がん、神経変性、及びその先の共通の治療ターゲットとしてのトリプトファン代謝）． Ｎａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗｓ Ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．
Ｐｏｌｉｔｉ， Ｖ．， Ｌａｖａｇｇｉ， Ｍ．Ｖ．， Ｄｉ Ｓｔａｚｉｏ， Ｇ．， ａｎｄ Ｍａｒｇｏｎｅｌｌｉ， Ａ． （１９９１）． Ｉｎｄｏｌｅ－３－ｐｙｒｕｖｉｃ ａｃｉｄ ａｓ ａ ｄｉｒｅｃｔ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｏｆ ｋｙｎｕｒｅｎｉｃ ａｃｉｄ（キヌレン酸の直接の前駆体としてのインドール－３－ピルビン酸）． Ａｄｖ Ｅｘｐ Ｍｅｄ Ｂｉｏｌ ２９４， ５１５－５１８．
Ｐｓａｃｈｏｕｌｉａ， Ｋ．， Ｃｈａｍｂｅｒｌａｉｎ， Ｋ．Ａ．， Ｈｅｏ， Ｄ．， Ｄａｖｉｓ， Ｓ．Ｅ．， Ｐａｓｋｕｓ， Ｊ．Ｄ．， Ｎａｎｅｓｃｕ， Ｓ．Ｅ．， Ｄｕｐｒｅｅ， Ｊ．Ｌ．， Ｗｙｎｎ， Ｔ．Ａ．， ａｎｄ Ｈｕａｎｇ， Ｊ．Ｋ． （２０１６）． ＩＬ４Ｉ１ ａｕｇｍｅｎｔｓ ＣＮＳ ｒｅｍｙｅｌｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｘｏｎａｌ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ Ｔ ｃｅｌｌ ｄｒｉｖｅｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ（ＩＬ４Ｉ１は、Ｔ細胞駆動型炎症を調節して、ＣＮＳの再髄鞘形成と軸索保護を増強する）． Ｂｒａｉｎ １３９， ３１２１－３１３６．
Ｑｕｉｎｔａｎａ， Ｆ．Ｊ．， Ｂａｓｓｏ， Ａ．Ｓ．， Ｉｇｌｅｓｉａｓ， Ａ．Ｈ．， Ｋｏｒｎ， Ｔ．， Ｆａｒｅｚ， Ｍ．Ｆ．， Ｂｅｔｔｅｌｌｉ， Ｅ．， Ｃａｃｃａｍｏ， Ｍ．， Ｏｕｋｋａ， Ｍ．， ａｎｄ Ｗｅｉｎｅｒ， Ｈ．Ｌ． （２００８）． Ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ Ｔ（ｒｅｇ） ａｎｄ Ｔ（Ｈ）１７ ｃｅｌｌ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｂｙ ｔｈｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（アリール炭化水素受容体によるＴ（ｒｅｇ）とＴ（Ｈ）１７細胞分化の制御）． Ｎａｔｕｒｅ ４５３， ６５－７１．
Ｑｕｉｎｔａｎａ， Ｆ．Ｊ．， Ｍｕｒｕｇａｉｙａｎ， Ｇ．， Ｆａｒｅｚ， Ｍ．Ｆ．， Ｍｉｔｓｄｏｅｒｆｆｅｒ， Ｍ．， Ｔｕｋｐａｈ， Ａ．Ｍ．， Ｂｕｒｎｓ， Ｅ．Ｊ．， ａｎｄ Ｗｅｉｎｅｒ， Ｈ．Ｌ． （２０１０）． Ａｎ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｌｉｇａｎｄ ａｃｔｓ ｏｎ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｔｏ ｓｕｐｐｒｅｓｓ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ（内因性アリール炭化水素受容体リガンドは樹状細胞及びＴ細胞に作用して実験的自己免疫性脳脊髄炎を抑制する）． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０７， ２０７６８－２０７７３．
Ｒｅｎｔａｓ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ｍｕｓａｓｈｉ－２ ａｔｔｅｎｕａｔｅｓ ＡＨＲ ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ ｔｏ ｅｘｐａｎｄ ｈｕｍａｎ ｈａｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ（Ｍｕｓａｓｈｉ－２はＡＨＲシグナルを減衰させ、ヒト造血幹細胞を増殖させる）． Ｎａｔｕｒｅ ５３２， ５０８－５１１．
Ｒｉａｚ， Ｎ．， ｅｔ ａｌ． （２０１７）． Ｔｕｍｏｒ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｄｕｒｉｎｇ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｗｉｔｈ Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ（ニボルマブによる免疫療法中の腫瘍及び微小環境の進化）． Ｃｅｌｌ １７１， ９３４－９４９ ｅ９１６．
Ｒｉｔｃｈｉｅ， Ｍ．Ｅ．， Ｐｈｉｐｓｏｎ， Ｂ．， Ｗｕ， Ｄ．， Ｈｕ， Ｙ．， Ｌａｗ， Ｃ．Ｗ．， Ｓｈｉ， Ｗ．， ａｎｄ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ．Ｋ． （２０１５）． ｌｉｍｍａ ｐｏｗｅｒｓ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｅｓ ｆｏｒ ＲＮＡ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｓｔｕｄｉｅｓ （ｌｉｍｍａは、ＲＮＡ配列及びマイクロアレイ研究のための差分発現解析を強化する）． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４３， ｅ４７．
Ｒｏｂｉｎｓｏｎ， Ｍ．Ｄ．， ＭｃＣａｒｔｈｙ， Ｄ．Ｊ．， ａｎｄ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ．Ｋ． （２０１０）． ｅｄｇｅＲ： ａ Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｄｉｇｉｔａｌ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ（ ｅｄｇｅＲ： デジタル遺伝子発現データの差分発現解析のためのＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージ）． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２６， １３９－１４０．
Ｒｏｂｉｎｓｏｎ， Ｍ．Ｄ．， ａｎｄ Ｏｓｈｌａｃｋ， Ａ． （２０１０）． Ａ ｓｃａｌｉｎｇ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ （ＲＮＡ配列データの差分発現解析のためのスケーリング正規化法）． Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １１， Ｒ２５．
Ｒｏｔｈｈａｍｍｅｒ， Ｖ．， ｅｔ ａｌ． （２０１８）． Ｍｉｃｒｏｇｌｉａｌ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ａｓｔｒｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ（微生物代謝産物に応答するアストロサイトのミクログリア制御）． Ｎａｔｕｒｅ ５５７， ７２４－７２８．
Ｒｏｔｈｈａｍｍｅｒ， Ｖ．， ａｎｄ Ｑｕｉｎｔａｎａ， Ｆ．Ｊ． （２０１９）． Ｔｈｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ： ａｎ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｓｅｎｓｏｒ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ（アリール炭化水素受容体：健康と疾病における免疫反応を統合する環境センサー）． Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．
Ｒｕｓｓｉ， Ｐ．， Ｃａｒｌａ， Ｖ．， ａｎｄ Ｍｏｒｏｎｉ， Ｆ． （１９８９）． Ｉｎｄｏｌｐｙｒｕｖｉｃ ａｃｉｄ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ ｉｎｃｒｅａｓｅｓ ｔｈｅ ｂｒａｉｎ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｋｙｎｕｒｅｎｉｃ ａｃｉｄ． Ｉｓ ｔｈｉｓ ａ ｎｅｗ ａｖｅｎｕｅ ｔｏ ｍｏｄｕｌａｔｅ ｅｘｃｉｔａｔｏｒｙ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｉｎ ｖｉｖｏ？（ インドルピルビン酸投与はキヌレン酸の脳内含量を増加させる。これは生体内の興奮性アミノ酸受容体を調節する新しい道なのか？）Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ ３８， ２４０５－２４０９．
Ｓｃｈｗａｒｃｚ， Ｒ．， Ｂｒｕｎｏ， Ｊ．Ｐ．， Ｍｕｃｈｏｗｓｋｉ， Ｐ．Ｊ．， ａｎｄ Ｗｕ， Ｈ．Ｑ． （２０１２）． Ｋｙｎｕｒｅｎｉｎｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｂｒａｉｎ： ｗｈｅｎ ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ ｍｅｅｔｓ ｐａｔｈｏｌｏｇｙ（哺乳類脳におけるキヌレニン：生理学が病理学に直面するとき）． Ｎａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗｓ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ １３， ４６５－４７７．
Ｓｍｉｒｎｏｖａ， Ａ．， ｅｔ ａｌ． （２０１６）． Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｎｅｗ Ｌｉｇｈｔ－Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ｐａｔｈｗａｙｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ Ａｒｙｌ Ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａｇｏｎｉｓｔ ＦＩＣＺ（内因性アリール炭化水素受容体アゴニストＦＩＣＺの光に依存しない新しい生成経路の証拠）． Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ ２９， ７５－８６．
Ｓｔｏｃｋｉｎｇｅｒ， Ｂ．， Ｄｉ Ｍｅｇｌｉｏ， Ｐ．， Ｇｉａｌｉｔａｋｉｓ， Ｍ．， ａｎｄ Ｄｕａｒｔｅ， Ｊ．Ｈ． （２０１４）． Ｔｈｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ： ｍｕｌｔｉｔａｓｋｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｅ ｓｙｓｔｅｍ（アリール炭化水素受容体：免疫系における多重タスキングの役割）． Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３２， ４０３－４３２．
Ｓｔｏｎｅ， Ｔ．Ｗ．， Ｓｔｏｙ， Ｎ．， ａｎｄ Ｄａｒｌｉｎｇｔｏｎ， Ｌ．Ｇ． （２０１３）． Ａｎ ｅｘｐａｎｄｉｎｇ ｒａｎｇｅ ｏｆ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｋｙｎｕｒｅｎｉｎｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ ｏｆ ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ（トリプトファンのキヌレニン代謝産物の標的の広がり）． Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｓｃｉ ３４， １３６－１４３．
Ｔａｋｅｎａｋａ， Ｍ．Ｃ．， ｅｔ ａｌ． （２０１９）． Ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ ｖｉａ ＡＨＲ ａｎｄ ＣＤ３９（ＡＨＲとＣＤ３９を介したグリオブラストーマの腫瘍関連マクロファージとＴ細胞の制御））． Ｎａｔｕｒｅ ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ ２２， ７２９－７４０．
Ｗａｎｇ， Ｇ．Ｌ．， Ｊｉａｎｇ， Ｂ．Ｈ．， Ｒｕｅ， Ｅ．Ａ．， ａｎｄ Ｓｅｍｅｎｚａ， Ｇ．Ｌ． （１９９５）． Ｈｙｐｏｘｉａ－ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｆａｃｔｏｒ １ ｉｓ ａ ｂａｓｉｃ－ｈｅｌｉｘ－ｌｏｏｐ－ｈｅｌｉｘ－ＰＡＳ ｈｅｔｅｒｏｄｉｍｅｒ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｂｙ ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｏ２ ｔｅｎｓｉｏｎ（低酸素誘導因子１は細胞の酸素張力によって制御される塩基性ヘリックス－ループ－ヘリックス－ＰＡＳヘテロ二量体である）． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９２， ５５１０－５５１４．
Ｗｅｒｍｔｅｒ， Ｊ．， Ｔｏｍａｎｅｋ， Ｋ．， ａｎｄ Ｈａｈｎ， Ｕ． （２００９）． Ｈｉｇｈ－ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｎａｍｅ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＧｅＮｏ（ＧｅＮｏによる高性能な遺伝子名の正規化）． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２５， ８１５－８２１．
Ｗｉｎｃｅｎｔ， Ｅ．， ｅｔ ａｌ． （２０１２）． Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ Ｐ４５０１－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｃｌｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ａｇｏｎｉｓｔ ＦＩＣＺ ａｓ ａ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｆｏｒ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（内因性アゴニストＦＩＣＺのチトクロームＰ４５０１依存性クリアランスの阻害によるアリール炭化水素受容体の活性化機構について）． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０９， ４４７９－４４８４．
Ｗｕ， Ｄ．， ｅｔ ａｌ．． （２０１０）． ＲＯＡＳＴ： ｒｏｔａｔｉｏｎ ｇｅｎｅ ｓｅｔ ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ （ＲＯＡＳＴ：複雑なマイクロアレイ実験のための回転遺伝子セットテスト）． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２６， ２１７６－２１８２．
Ｘｉａｎｇ， Ｚ．， ｅｔ ａｌ． （２０１９）． Ａ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｆｅｅｄｂａｃｋ ｂｅｔｗｅｅｎ ＩＤＯ１ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ ａｎｄ ＣＯＬ１２Ａ１ ｖｉａ ＭＡＰＫ ｐａｔｈｗａｙ ｔｏ ｐｒｏｍｏｔｅ ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ（ＭＡＰＫ経路を介したＩＤＯ１代謝物とＣＯＬ１２Ａ１のポジティブフィードバックによる胃がん転移促進効果）． Ｊ Ｅｘｐ Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ３８， ３１４．
Ｙａｎｇ， Ｘ．， ｅｔ ａｌ． （２０１１）． Ａ ｐｕｂｌｉｃ ｇｅｎｏｍｅ－ｓｃａｌｅ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ ｈｕｍａｎ ＯＲＦｓ（ヒトＯＲＦの公開ゲノム規模レンチウイルス発現ライブラリー）． Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ８， ６５９－６６１．
Ｙａｎｇ， Ｙ．， ｅｔ ａｌ． （２０１５）． Ｒｅｌａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｃｈｅｍｏｔａｘｉｓ ａｎｄ ｃｏｎｓｕｍｐｔｉｏｎ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ ｉｎ ｂａｃｔｅｒｉａ（バクテリアの走化性とアミノ酸消費量の関係）． Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ９６， １２７２－１２８２．
Ｙｕ， Ｇ．， ｅｔ ａｌ． （２０１０）． ＧＯＳｅｍＳｉｍ： ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｍｅａｓｕｒｉｎｇ ｓｅｍａｎｔｉｃ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ａｍｏｎｇ ＧＯ ｔｅｒｍｓ ａｎｄ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔｓ（ＧＯＳｅｍＳｉｍ： ＧＯ用語と遺伝子産物間の意味的類似性を測定するためのＲパッケージ）． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２６， ９７６－９７８．
Ｙｕ， Ｇ．， Ｗａｎｇ， Ｌ．Ｇ．， Ｈａｎ， Ｙ．， ａｎｄ Ｈｅ， Ｑ．Ｙ． （２０１２）． ｃｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒ： ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｔｈｅｍｅｓ ａｍｏｎｇ ｇｅｎｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓ （ｃｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒ： 遺伝子クラスター間の生物学的テーマを比較するためのＲパッケージ）． ＯＭＩＣＳ １６， ２８４－２８７．
Ｚｅｌａｎｔｅ， Ｔ．， ｅｔ ａｌ． （２０１３）． Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ ｃａｔａｂｏｌｉｔｅｓ ｆｒｏｍ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｅｎｇａｇｅ ａｒｙｌ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｄ ｂａｌａｎｃｅ ｍｕｃｏｓａｌ ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｖｉａ ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ－２２（微生物由来のトリプトファン代謝産物はアリール炭化水素受容体に関与し、インターロイキン２２を介して粘膜反応性を調節する）． Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３９， ３７２－３８５．

Claims (53)

  1. 患者のがんを検出かつ／あるいは診断する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１発現及び／又はＩＬ４Ｉ１の酵素活性の変化を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群、患者、又は患者群に由来の試料と比較して増加している場合、前記患者におけるがんを診断かつ／あるいは検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
  2. 前記試料中のＩＬ４Ｉ１の酵素活性の前記検出は、前記試料中のＩＬ４Ｉ１代謝物質の量及び／又は濃度の検出を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記代謝物質は、ＩＬ４Ｉ１によるフェニルアラニン、チロシン、及び／又はトリプトファンの変換により生じる代謝物質、例えば、フェニルピルビン酸（ＰＰ）、ヒドロキシフェニルピルビン酸（ＨＰＰ）、インドール－３－ピルビン酸（Ｉ３Ｐ）、２－フェニル酢酸、フェニル乳酸、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－ヒドロキシ－２－フェニル酢酸、４－ヒドロキシフェニル乳酸、並びに特にＩ３Ｐ誘導体インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及びインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）、４－ヒドロキシキノリン－２－カルボン酸（ＫｙｎＡ）、１，３－ジ（１Ｈ－インドール－３－イル）アセトン、（３Ｚ）－１－（１Ｈ－インドール－３－イル）－３－インドール－３－イリデンプロパン－２－オン、インドール－３－カルボン酸、酸化したインドール－３－酢酸、並びにインドール－３－カルビノール及び／又はアミノ酸若しくはアミノ酸代謝物質Ｌ－バリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－グルタミン酸、Ｌ－メチオニン、Ｌ－グルタミン、４－メチルスルファニル－２－オキソブタノアート、α－ケトイソロイシン、α－ケトイソバレラート、α－ケトイソカプロン酸、Ｌ－プロリン、及びα－ケトグルタル酸、並びに上記のいずれかのアンモニア及び／又はＨ２Ｏ２との組合せから選択される、請求項２に記載の方法。
  4. ＩＬ４Ｉ１の酵素活性を検出することは、クロマトグラフィー、ＮＭＲ、代謝物質センサー、抗体、ＥＬＩＳＡ、酵素検定、比色検定、蛍光検定又はＨ２Ｏ２若しくはアンモニア検出の使用、及び／又は遺伝子ツール、例えばチップ分析、プライマー、プローブ、ＰＣＲ分析を用いる発現の検出、あるいは、例えば生体液及び細胞／組織試料等の試料中の抗体を用いるＩＬ４Ｉ１のタンパク質量の検出を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. がん患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者において腫瘍細胞運動性の増加を検出することを含み、前記患者から得られた試料中の活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
  6. がん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者における前記がん免疫治療の効果の減少及び／又は免疫回避を予測させ、かつ／あるいは示し、
    前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加しており、
    好ましくは、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、方法。
  7. 前記がん免疫治療は、ＩＬ４Ｉ１調節物質による免疫治療、ＡＨＲ調節物質、及び／又は他の任意の従来のがん治療の組合せを含む、請求項６に記載のがん患者におけるがん免疫治療の効果を予測、監視、あるいは検出する方法。
  8. 患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することと、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者における免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出することを含み、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
  9. 前記免疫治療は免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含む、請求項８に記載の免疫治療を含むがん治療に対する抵抗性を検出する方法。
  10. がん患者の生存率を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が前記患者において、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加していることは、前記患者の生存率の減少を予測させ、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、方法。
  11. 前記活性の前記検出は、ＩＬ４Ｉ１代謝物質、特にＩＬ４Ｉ１トリプトファン代謝物質、例えば、ＫｙｎＡ、インドール－３－酢酸（ＩＡＡ）、インドール－３－アルデヒド（Ｉ３Ａ）、及び／又はインドール－３－乳酸（ＩＬＡ）等のＩ３Ｐ由来代謝物質、並びにインドール－３－カルビノールを検出することを含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. ＡＨＲの活性及び／又は発現を検出する方法は、ＷＯ２０２０／２０１８２５に開示されているようなアリール炭化水素受容体（ＡＨＲ）活性化シグネチャー、又はＡＨＲ核移行、又はチトクロムＰ－４５０酵素の活性、又はダイオキシン応答要素（ＤＲＥ）とのＡＨＲ－ＡＲＮＴの結合をレポーター検定により決定することを含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記生体試料は、生体液、哺乳動物、例えばヒトの細胞、組織、全血、細胞株、細胞上清、初代細胞、ＩＰＳＣ、ハイブリドーマ、組換え細胞、幹細胞、がん細胞、骨細胞、軟骨細胞、神経細胞、膠細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、筋細胞、骨格筋細胞、横紋筋細胞、平滑筋細胞、心臓細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血液細胞、赤血球、好塩基球、好酸球、単球、リンパ球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、好中球、ＮＫ細胞、制御性Ｔ細胞、樹状細胞、Ｔｈ１７細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、骨髄細胞、マクロファージ、単球由来間質細胞、骨髄細胞、脾臓細胞、胸腺細胞、膵臓細胞、卵細胞、精子、腎臓細胞、線維芽細胞、腸細胞、雌性又は雄性生殖器系の細胞、前立腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、網膜細胞、感覚細胞、角化細胞、肝細胞、脳細胞、腎臓細胞、及び結腸細胞、並びに前記細胞又は組織の形質転換対応物、特に免疫系に由来しないがん細胞を含む適切な試料から選択される、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記対照試料は、例えば健常者又は健常者群から得られた試料、同じ患者又は異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料から選択される、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記がんは、好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記患者を疾患及び／又は治療群、例えば適切なＩＬ４Ｉ１阻害剤を受け入れる治療群に層別する工程を更に含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法を実施するための材料を、必要に応じて補助剤及び／又は前記方法を実施するための指示と共に１つ又は別個の容器内に含む診断キット。
  18. がん患者を高生存率群と低生存率群に層別する方法であって、前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は低生存率群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は高生存率群にある、方法。
  19. 前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／又は発現の前記増加は、前記患者における免疫治療に反応して検出される、請求項１８に記載のがん患者を層別する方法。
  20. 前記高生存率群の患者は免疫治療反応者であり、前記低生存率群の患者は免疫治療非反応者、特に免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）非反応者及び／又はＩＤＯ１阻害剤非反応者である、請求項１８～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. がん患者を免疫治療に対する反応者と非反応者群に層別する方法であって、前記患者が免疫治療を受けた後に前記がん患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、前記患者は非反応者群にあり、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して変化していないか減少している場合、前記患者は反応者群にある、方法。
  22. 前記対照試料は前記免疫治療を受ける前の同じ患者に由来する、請求項２１に記載のがん患者を免疫治療に対する反応者と非反応者群に層別する方法。
  23. 前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、請求項１８～２２のいずれか一項に記載のがん患者を層別する方法。
  24. 前記ＡＨＲの前記活性及び／又は発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、請求項２３に記載のがん患者を層別する方法。
  25. 前記免疫治療は、免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）及び／又はＩＤＯ１阻害剤を含む、請求項１９～２４のいずれか一項に記載のがん患者を層別する方法。
  26. 治療を要する対象のがんを治療する方法であって、前記患者から得られた試料中のＩＬ４Ｉ１の活性及び／又は発現を検出することを含み、前記患者における前記ＩＬ４Ｉ１の前記発現又は酵素活性が、前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群から得られた試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して増加している場合、少なくとも１種のＩＬ４Ｉ１阻害剤及び／又は少なくとも１種のＡＨＲ調節物質を有効量で前記対象に投与する、方法。
  27. 前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は、対照と比較して変化、好ましくは増加している、請求項２６に記載のがん治療方法。
  28. 前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又は前記ＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、請求項２６又は２７に記載のがん治療方法。
  29. 免疫治療を含む、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  30. 前記免疫治療は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、請求項２６～２９のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  31. 抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、請求項３０に記載のがん治療方法。
  32. 前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療、及び／又は他の任意のがん治療の組合せを含む、請求項２８又は３１のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  33. 前記ＩＬ４Ｉ１阻害剤は、３－フェニル－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）－３－フェニルプロパン酸、２－（ジエチルアミノ）－３－フェニルプロパン酸、３－（２，６－ジクロロフェニル）－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、３－フェニル－２－（プロピルアミノ）プロパン酸、２－アニリノ－３－フェニルプロパン酸、Ｌ－フェニルアラニンＮ－２－プロペン－１－イル－３－（トリフルオロメチル）、Ｌ－フェニルアラニン、４－シアノ－Ｎ－フェニル、Ｎ－プロピル－Ｌ－フェニルアラニン、Ｎ－フェニル－Ｌ－フェニルアラニン、２－アミノ－３－フェニル－プロピオン酸、エチルエステル、２－アセチルアミノ－３－フェニル－プロピオン酸、及び３－（２－ピリジル）－アラニンから選択される、請求項２６～３２のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  34. 前記ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、及びオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物から選択される、請求項２６～３３のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  35. 前記がんは、好ましくは、Ｂ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、請求項２６～３４のいずれか一項に記載のがん治療方法。
  36. 前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して患者において増加したＩＬ４Ｉ１の発現又は酵素活性を有すると確認された前記患者のがんの治療方法に使用するためのＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  37. がん治療方法に使用するための請求項３６に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は対照と比較して変化、好ましくは増加している、阻害剤。
  38. がん治療方法に使用するための請求項３７に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又はＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、阻害剤。
  39. 免疫治療を含むがん治療方法に使用するための請求項３６～３８のいずれか一項に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  40. 前記免疫治療は少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、がん治療方法に使用するための請求項３６～３９のいずれか一項に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  41. 抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、がん治療方法に使用するための請求項４０に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  42. 前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療の組合せ及び／又は他の任意のがん治療を含む、がん治療方法に使用するための請求項３６～４１のいずれか一項に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  43. 前記ＩＬ４Ｉ１阻害剤は、３－フェニル－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）－３－フェニルプロパン酸、２－（ジエチルアミノ）－３－フェニルプロパン酸、３－（２，６－ジクロロフェニル）－２－ピペリジン－１－イルプロパン酸、３－フェニル－２－（プロピルアミノ）プロパン酸、２－アニリノ－３－フェニルプロパン酸、Ｌ－フェニルアラニンＮ－２－プロペン－１－イル－３－（トリフルオロメチル）、Ｌ－フェニルアラニン、４－シアノ－Ｎ－フェニル、Ｎ－プロピル－Ｌ－フェニルアラニン、Ｎ－フェニル－Ｌ－フェニルアラニン、２－アミノ－３－フェニル－プロピオン酸、エチルエステル、２－アセチルアミノ－３－フェニル－プロピオン酸、及び３－（２－ピリジル）－アラニンから選択される、がん治療方法に使用するための請求項３６～４２のいずれか一項に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤。
  44. がん治療方法に使用するための請求項３６～４３のいずれか一項に記載のＩＬ４Ｉ１阻害剤であって、前記がんは、Ｂ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ 細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、阻害剤。
  45. 前記試料中の対照遺伝子、例えば１つ以上のハウスキーピング遺伝子、又は対照試料、例えば健常者、健常者群に由来の試料、同じ患者、異なる患者若しくは患者群から得られた以前の試料と比較して患者において増加したＩＬ４Ｉ１の発現又は酵素活性を有すると確認された前記患者のがんの治療方法に使用するためのＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  46. がん治療方法に使用するための請求項４５に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記方法は、前記患者から得られた試料中のＡＨＲの活性及び／又は発現を検出することを更に含み、前記ＡＨＲの活性及び／又は発現は対照と比較して変化、好ましくは増加している、調節物質。
  47. がん治療方法に使用するための請求項４６に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記ＩＬ４Ｉ１の前記活性及び／若しくは発現の前記増加並びに／又はＡＨＲの活性及び／若しくは発現の前記変化は、前記患者の免疫治療に反応して検出される、調節物質。
  48. 免疫治療を含むがん治療方法に使用するための請求項４５～４７のいずれか一項に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  49. 前記免疫治療は少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の使用を含む、がん治療方法に使用するための請求項４５～４８のいずれか一項に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  50. 抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＰＤ１、抗ＴＩＭ３、抗ＴＩＧＩＴ、抗ＬＡＧ３、又はそれらの組合せを含む、がん治療方法に使用するための請求項４９に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  51. 前記免疫治療は、ＩＤＯ１の阻害剤、ＴＤＯ２の阻害剤、ＡＨＲ調節物質による免疫治療の組合せ及び／又は他の任意のがん治療を含む、がん治療方法に使用するための請求項４５～５０のいずれか一項に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  52. 前記ＡＨＲ調節物質は、２－フェニルピリミジン－４－カルボキサミド化合物、硫黄置換３－オキソ－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－６－ヘテロアリール－２－フェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘタリールピリミジン－４－カルボキサミド化合物、３－オキソ－２，６－ジフェニル－２，３－ジヒドロピリダジン－４－カルボキサミド化合物、２－ヘテロアリール－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－４－カルボキサミド化合物、ＰＤＭ２、１，３－ジクロロ－５－［（１Ｅ）－２－（４－メトキシフェニル）エテニル］－ベンゼン、α－ナフトフラボン、６，２’，４’－トリメトキシフラボン、ＣＨ２２３１９１、テトラヒドロピリドピリミジン誘導体、ＳｔｅｍＲｅｇｅｎｉｎ－１、ＣＨ２２３１９１、ＧＮＦ３５１、ＣＢ７９９３１１３ ＨＰ１６３、ＰＸ－Ａ５９０、ＰＸ－Ａ５４８、ＰＸ－Ａ２７５、ＰＸ－Ａ７５８、ＰＸ－Ａ４４６、ＰＸ－Ａ２４５９０、ＰＸ－Ａ２５５４８、ＰＸ－Ａ２５２７５、ＰＸ－Ａ２５７５８、ＰＸ－Ａ２６４４６、インドールＡＨＲ阻害剤、及びオキサゾール含有（ＯｘＣ）化合物から選択される、がん治療方法に使用するための請求項４５～５１のいずれか一項に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤。
  53. がん治療方法に使用するための請求項４５～５２のいずれか一項に記載のＡＨＲ調節物質、特にＡＨＲ阻害剤であって、前記がんは、好ましくはＢ細胞リンパ性悪性腫瘍、例えば濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、及び慢性リンパ性白血病、副腎皮質がん（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮がん（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳がん（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、胆管がん（ＣＨＯＬ）、結腸腺がん（ＣＯＡＤ）、リンパ系新生物、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、食道がん（ＥＳＣＡ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、嫌色素性腎臓がん（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞がん（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭細胞がん（ＫＩＲＰ）、脳の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、肝臓の肝細胞がん（ＬＩＨＣ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、中皮腫（ＭＥＳＯ）、卵巣漿液性嚢胞腺がん（ＯＶ）、膵臓腺がん（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫及び傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）、直腸腺がん（ＲＥＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺がん（ＴＨＣＡ）、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、子宮体部の子宮内膜がん（ＵＣＥＣ）、子宮がん肉腫（ＵＣＳ）、及びブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）からなる群から選択され、好ましくはＩＬ４Ｉ１発現細胞を示す、調節物質。
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