CN117295521A

CN117295521A - 用于治疗ebv相关疾病或状况的组合物

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Publication number: CN117295521A
Application number: CN202280033008.0A
Authority: CN
Inventors: C·赫斯; B·穆勒-杜洛维奇; G·班图格
Original assignee: Universitaet Basel
Current assignee: Universitaet Basel
Priority date: 2021-03-05
Filing date: 2022-03-04
Publication date: 2023-12-26

Abstract

本发明涉及与EBV感染相关的疾病和状况的治疗和预防。特别地，本发明涉及IDO1抑制剂用于治疗和预防与EBV感染相关的疾病和状况的用途。本发明还涉及用于预测发展与EBV感染相关的疾病或状况的风险的方法。

Description

用于治疗EBV相关疾病或状况的组合物

技术领域

本公开涉及治疗和预防与EBV感染相关的疾病和状况。特别地，本公开涉及IDO1抑制剂用于治疗和预防与EBV感染相关的疾病和状况的用途。本公开还涉及用于预测发展与EBV感染相关的疾病或状况的风险的方法。

背景技术

爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)病毒是一种主要感染B细胞和人上皮细胞的γ-疱疹病毒。疱疹病毒的显著标志是在其宿主中容易建立终身感染(潜伏)的能力，其中EBV主要在B淋巴细胞中建立潜伏。在潜伏状态下，疱疹病毒通常不会引起疾病。基于血清阳性率，全球95％的成年人携带EBV。该病毒具有公认的致癌潜力，并与所有人类癌症中的约1％相关，并可引起广泛范围的疾病，范围从淋巴增生性疾病、炎症性免疫失调、上皮癌到自身免疫性疾病(Farrell,P.J.

(2019)Annu.Rev.Pathol.Mech.Dis.14,29–53；Wald A.和Corey L.(2007)Herpesviruses；Biology,Therapy and Immunoprohylacis,Cambridge UniversityPress；Zhang,T.等人，(2014)Pathology–

Research and Practice 210,69-73)。

原发性感染大多发生在儿童期，且无症状，但当在青少年期发生原发性感染时，也可表现为传染性单核细胞增多症(IM)。IM是EBV感染后最常见的临床表现。

EBV的生命周期涵盖三个不同的阶段，潜伏前期、潜伏期和裂解期。感染幼稚B细胞后，病毒并不诱导其从头合成，而是启动潜伏前期，在此期间，病毒裂解基因的子集与潜伏基因一起表达。在这一时期期间，EBV DNA获得了抑制性表观遗传特征模式，这导致所有裂解基因以及还有某些潜伏基因的最终沉默。这种转录的表观遗传关闭的过程在感染后约10至14天完成，且随后是感染的潜伏期。

病毒以附加体状态保持潜伏，所述附加体状态的特征在于表达基因的小子集。在潜伏感染细胞中表达的不同病毒基因集合被称为EBNA(爱泼斯坦-巴尔核抗原)和LMP(潜伏膜蛋白)，以及非编码转录本，诸如病毒微RNA和长非编码RNA。

病毒可能会周期性地通过尚不清楚的机制从潜伏状态再激活。在该感染裂解期，EBV的所有裂解基因(>80个基因)都被表达，发生有效的病毒DNA复制，并产生子代病毒颗粒。在有免疫活性的宿主中，CD4⁺和CD8⁺T细胞，特别是细胞毒性CD8⁺T细胞，在控制这一过程方面是有效的。相比之下，在免疫功能受损的患者中(例如干细胞或器官移植后、在针对自身免疫或癌症进行治疗的患者中、在HIV/AIDS或免疫缺陷的情况下)，再激活具有临床意义，其导致诸如伯基特淋巴瘤(BL)和霍奇金淋巴瘤(HL)等淋巴瘤的发展，并且与EBV相关免疫失调相关，例如表现为噬血细胞综合征。

造血干细胞移植(HSCT)或实体器官移植(SOT)期间的免疫抑制疗法与EBV相关恶性肿瘤密切相关。移植后最致命的风险之一是移植后淋巴增生性疾病(PTLD)的发展。PTLD的大多数病例为B细胞淋巴瘤，并且多达5％为T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤或霍奇金样淋巴瘤。EBV在PTLD的发病机制中起着重要作用，特别是在早期病变中。早期PTLD通常在移植后的第一年内报告，大多数病例发生在前6个月内。HSCT的发病率范围从1％到11％，取决于移植类型和免疫抑制程度，并在植入后2-3个月达到顶峰。在SOT期间，发病率范围从0.5％到20％，也取决于移植类型和免疫抑制方案，中位发病时间为6个月。肾移植物、骨髓移植物和干细胞移植物的接受者具有低PTLD频率(1％或更低)，而心-肺/肺移植物或肠移植物的接受者最高。儿科患者发展PTLD的风险最大，因为他们在移植前往往是未感染EBV的，并且处于从EBV阳性移植物中获得病毒的风险中。

此外，免疫缺陷与严重且经常致命的EBV感染过程有关，所述免疫缺陷包括但不限于：共济失调-毛细血管扩张症、ITK缺乏症、X-连锁淋巴增生性疾病(XLP)、Wiskott-Aldrich综合征、CD27缺乏症、XMEN疾病(MAGT1缺乏症)、冠蛋白1a缺乏症、自身免疫性淋巴增生性综合征(ALPS)、MST1突变(STK4缺乏症)、Omenn综合征、DiGeorge综合征、活化PI3K-δ综合征、WHIM综合征、CTPS1缺乏症、MCM4缺乏症、ZAP70缺乏症和NF-κB1单倍剂量不足(haploinsufficiency)。免疫缺陷促进病毒再激活和感染EBV的B淋巴细胞的不受控增殖，以及最终的EBV相关淋巴增生性疾病的发展。

EBV感染后的其他并发症包括慢性活动性EBV(CAEBV)，这是一种罕见的综合征，其特征在于明显有免疫活性的人中的IM样症状延长和外周血EBV DNA载量升高。CAEB的预后通常较差，且HSCT是仅有的治愈性疗法。此外，EBV感染可导致噬血细胞综合征(HPS)、噬血细胞性淋巴组织细胞增多症和免疫性溶血性贫血。

EBV感染也与各种自身免疫性病症有关，这些病症可能因长期携带病毒的免疫病理学后果而产生(例如多发性硬化症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、炎症性肠病)。

EBV相关肿瘤可进一步出现在临床免疫活性宿主中(例如霍奇金淋巴瘤(HL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤(BL)、胃癌、鼻咽癌、T/NK细胞淋巴瘤)。

IM的疗法聚焦于缓解症状。给予非甾体抗炎药(NSAID)以减轻炎症、头痛和肌肉疼痛(例如布洛芬(ibuprofen)、萘普生(naproxen)和对乙酰氨基酚(acetaminophen))。

PTLD治疗可能具有挑战性。目的是在保留移植器官功能的同时治愈PTLD。一线治疗是将免疫抑制药物减少到尽可能最低的剂量。在减少免疫抑制不足的情况下，可能需要另外的治疗。针对CD20的嵌合单克隆抗体利妥昔单抗(Rituximab)是可能的治疗选择，其耗竭过度增殖的CD20⁺B细胞。在前述疗法失败的情况下，CHOP化学疗法是一种另外的疗法选择(多柔比星(doxorubicin)、环磷酰胺、长春新碱(vincristine)、泼尼松(prednisone))。利妥昔单抗和CHOP化学疗法也可以联合，被称为R-CHOP。偶尔，手术或放射疗法也可被用于治疗PTLD。过继性T细胞疗法涉及用EBV特异性T细胞的治疗，且被用于已对其他治疗选择没有反应的患者。临床试验中对几种靶向药物研究了其治疗PTLD的有效性，并且所述靶向药物包括：细胞信号阻断剂，诸如伊布替尼(ibrutinib)、艾代拉利司(idelalisib)；蛋白酶体抑制剂，诸如硼替佐米(bortezomib)；放射免疫疗法，诸如90Y-替伊莫单抗(90Y-ibritumomab tiuxetan)；检查点抑制剂，诸如帕博利珠单抗(pembrolizumab)和纳武单抗(nivolumab)；以及抗体-药物缀合物，诸如维布妥昔单抗(brentuximab vedotin)。这些治疗方式也可被用于与不受控的EBV感染和CAEBV相关的免疫缺陷。

迄今为止，还没有EBV特异性疫苗或EBV特异性抗病毒药物被批准用于患者治疗。

本领域仍然需要靶向EBV、EBV感染和与EBV相关的疾病或状况的治疗剂。具体而言，本领域仍然需要靶向EBV感染和EBV感染传播的机制以及与此类过程相关的疾病或状况的治疗剂。本公开进一步提供了用于本文中所述疾病的改进的治疗策略。本公开还提供了靶向EBV及其在感染期间的生命周期的治疗策略。

此外，本领域仍然需要用于预测受试者是否处于发展与EBV感染相关的疾病或状况的风险中的方法，特别地，本领域仍然需要用于预测受试者是否处于发展与EBV感染相关的疾病或状况(特别是PTLD)的风险中的改进的方法，例如具有改进的灵敏度和/或特异性的方法。

发明内容

在第一方面，本发明提供了吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)抑制剂，其用于治疗受试者的爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)相关疾病或状况的方法。

在另一个方面，本发明提供了治疗需要其的受试者的如本文中定义的EBV相关疾病或状况的方法，其包括向受试者施用治疗有效量或预防有效量的如本文中定义的IDO1抑制剂或包含如本文中定义的IDO1抑制剂的组合物。

在另一个方面，本发明提供了用于预测受试者发展如本文中定义的EBV相关疾病或状况的风险的方法。

附图说明

图1显示了犬尿氨酸(Kynurenine)途径(KP)和互连的NAD⁺从头生物合成的示意概述。

图2A-2B显示了B细胞的EBV感染如何引起喹啉酸(QUIN)的积累以及L-色氨酸(L-TRYP)和NAD⁺的耗竭。

图2A显示了一个实验方案-B细胞感染EBV或暴露于相同量的先前热灭活的EBV(h.i.EBV)。

图2B显示了描绘感染EBV的原代人B细胞相对于暴露于h.i.EBV的原代人B细胞(n＝6)的代谢物丰度的火山图。

图3A-3E显示了B细胞的EBV感染如何诱导犬尿氨酸途径。

图3A显示了描绘编码色氨酸代谢基因的转录本在未感染、感染EBV和暴露于h.i.EBV的B细胞中在24和96hpi时的相对表达(n＝6)的热图。

图3B显示了早期EBV感染期间(至多96hpi)，以及淋巴母细胞样细胞系(LCL)外向生长(outgrowth)期间的总吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)、犬尿氨酸酶(KYNU)、3-羟基邻氨基苯甲酸3,4-双加氧酶(HAAO)、喹啉酸磷酸核糖基转移酶(QPRT)和NAD⁺合成酶(NADSYN)丰度的代表性蛋白印迹。

图3C显示了在早期EBV感染和LCL外向生长期间B细胞中相对于β-微管蛋白归一化的酶IDO1、KYNU、QPRT和NADSYN的表达(n＝4)。

图3D显示了在感染前和在感染后的5个时间点(如所指示的)，并且与淋巴母细胞样细胞系(LCL)相比较，成批B细胞中L-TRYP(也被称为TRP)、L-KYNU(也被称为KYN)、QUIN以及L-KYNU/L-TRYP和QUIN/L-TRYP的比率，以及NAD⁺的代谢物丰度。数据表示为所示单个数据点的15个平均值(n＝6个独立实验)，并使用双尾学生氏t检验进行比较。

图3E显示了使用均匀¹³C标记的色氨酸(U-¹³C11-TRP)将示踪剂掺入犬尿氨酸途径和互连的NAD从头生物合成途径中的示意图。

图3F显示了在成批B细胞感染后的指定时间点以及在LCL中，相对于总蛋白归一化的¹³C标记的KYN(m+10)(左上图)和QUIN(m+7)(右下图)的分数；以及总细胞NAD⁺(右上图)和NADH(右下图)中的¹³C-TRP(m+11)掺入。数据显示为中值和范围，n＝4个独立实验。

图4显示了通过LCMS/MS测量的实体器官移植接受者的L-TRYP、L-KYNU和QUIN血清浓度(每个的n＝10)。L-KYNU/L-TRYP和QUIN/L-TRYP比率基于单一代谢物丰度计算。

图5显示了B细胞增殖如何需要EBV诱导的IDO-1活性。在存在原代B细胞感染EBV后第0天加入的媒介物或不同BMS-986205浓度的情况下分析增殖(n＝2)。未感染和感染h.i.EBV的细胞充当内部对照。在感染后8天通过流式细胞术，使用基于cell trace violet的测定分析增殖。

图6A-6B显示了B细胞转化如何需要EBV诱导的IDO-1活性。

图6A显示了在存在原代B细胞感染EBV后第0天加入的媒介物、10μM BMS-986205、10μM BMS-986205/50μM L-KYNU或10μM BMS-986205/500μM NaMN的情况下分析的转化效率测定(n＝3)。转化效率在感染后5周进行分析，并针对增加的感染复数(MOI)作图。

图6B显示了在存在原代B细胞感染EBV后第0天加入的媒介物、100μM艾卡哚司他(Epacadostat)、100μM艾卡哚司他/500μMNaMN或100μM艾卡哚司他/100μM L-KYNU的情况下分析的转化效率测定(n＝3)。转化效率在感染后5周进行分析，并针对增加的感染复数(MOI)作图。

图6C显示了在1dpi下siRNA介导的IDO1敲低后定量的，并与加扰siRNA(scrambledsiRNA)处理(Ctrl siRNA)相比较的EBV介导的B细胞转化效率(感染复数(MOI)为1)。数据表示为所示单个数据点(n＝4个独立实验)相对于Ctrl siRNA(设置为一)的中值，并使用双尾学生氏t检验进行比较。

图7A显示了通过EBER原位杂交在来自STC队列的实体器官移植接受者(SOT)中在7/10例肿瘤中报告为“EBV相关”的PTLD病变的EBV状态。

图7B显示了来自实体器官移植接受者的PBMC中EBER⁺

IDO1⁺B细胞的流式细胞术门控策略。

图8A显示了EBV编码的RNA(EBER)和IDO1在来自实体器官移植接受者的PBMC中被染色：(i)没有EBV再激活(无EBV，n＝10)；(ii)移植后的前18个月内至少有一次具有EBVPCR阳性(EBV，n＝10)；(iii)具有经活检证实的EBV阳性移植后淋巴增生性疾病(PTLD，n＝10)。检测到>2个EBER⁺IDO1⁺B细胞/μl的血液被定义为阳性的临界值。分析中仅包括PTLD诊断前样品，并使用卡方检验对各组进行比较(上图)。显示移植前(t0)和移植后6个月(t6)的EBER⁺和EBER⁺IDO1⁺B细胞百分比的代表性流式细胞术点图。

图8B显示了移植后血清L-TRYP浓度(左上)、QUIN(右上)和L-KYNU(右下)以及移植后血清QUIN/L-TRYP(左中)和L-KYNU/L-TRYP(左下)比率。PTLD组仅包括PTLD诊断前样品。小提琴图指示中值±IQR和范围，并且数据通过双尾学生氏t检验进行比较。

图8C显示了“EBV病毒载量”、EBER⁺IDO1⁺B细胞的数量和血清QUIN/L-TRYP比率以及组合的这三种测量的ROC评估。

图9显示了在感染EBV的人源化小鼠模型中IDO1阻断的实验设计。

图10显示了如在感染前7天(d-7，基线)以及pi的第2天和第7天通过质谱法评估的，用媒介物对照(上图，n＝4只动物)或200mg/kg的艾卡哚司他(下图，n＝7只动物)治疗的人源化小鼠的血清L-TRYP和L-KYNU水平以及血清L-KYNU/L-TRYP比率。数据显示为箱线图(中值、IQR和范围)，并通过双尾学生氏t检验进行比较。

图11A显示了媒介物治疗小鼠(实心条，n＝10)和Epa.治疗小鼠(空心条，n＝9)中血液中的病毒载量，其显示为感染后(pi)2-5周病毒载量的曲线下面积(AUC)。数据显示为所示单个测量的中值，使用双尾学生氏t检验进行比较。

图11B显示了媒介物治疗小鼠(实心条，n＝10)和Epa.治疗小鼠(空心条，n＝9)中，在感染后5周评估的脾脏中的病毒载量。显示了所示单个测量的中值，其使用双尾学生氏t检验进行比较。

图12A显示了媒介物治疗小鼠(实心条，n＝10)和Epa.治疗小鼠(空心条，n＝9)中，从第0周到第5周外周血中的CD8⁺/CD4⁺T细胞比率。显示了所示单个测量的中值，其使用双尾学生氏t检验进行比较。

图12B显示了媒介物治疗小鼠(实心条，n＝10)和Epa.治疗小鼠(空心条，n＝8)中，5wpi脾脏中的CD8⁺T细胞绝对数量。数据显示为中值，并且双尾学生氏t检验被用于比较各组。

图12C显示了媒介物治疗小鼠(实心条，n＝9)和Epa.治疗小鼠(空心条，n＝7)中，在处死当天评估的脾脏中的CD8⁺/CD4⁺比率。显示了所示单个测量的中值，其使用双尾学生氏t检验进行比较。

图13A显示了肿瘤负荷的宏观评估：在媒介物治疗小鼠相对于Epa.治疗小鼠(每个n＝10只动物)中，具有≥2个EBV阳性肿瘤(红色)、1个EBV阳性肿瘤(橙色)和无肿瘤(灰色)的小鼠的百分比。使用卡方检验对各组进行比较。

图13B显示了来自媒介物治疗小鼠(上图)和用Epa.治疗的小鼠(下图)的肿瘤(肿瘤大小)的代表性组织学，用苏木精和伊红(HE)(左图)和EBER FISH(右图)染色。

图13C显示了肿瘤负荷——在媒介物治疗小鼠相对于Epa.治疗小鼠(每个n＝10只动物)中，具有显微镜下评估的≥2个EBV阳性肿瘤(红色)、1个EBV阳性肿瘤(橙色)和无肿瘤(灰色)的小鼠的百分比。使用卡方检验对各组进行比较。P值表示为：*P≤0.05，**P≤0.001，***P≤0.0001，****P≤0.0001。

具体实施方式

本文中所述本发明部分基于对EBV在新感染的B细胞中建立潜伏感染能力的代谢脆弱性的鉴定。

瞬时吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)表达被鉴定为与B细胞的早期EBV感染相关的标志性代谢适应。发现这种IDO1表达是病毒启动的，特别是经由EBNA-2。重要的是，新感染EBV的B细胞中的早期瞬时IDO1活性被确定为EBV建立B细胞潜伏感染能力的代谢要求。特别地，本发明人已经鉴定了，经由EBNA2-EBF1的EBV驱动的IDO1活性激发了感染EBV的B细胞中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)的从头生物合成，其支持和驱动B细胞转化。因此，可以通过抑制新生性感染EBV的B细胞中的IDO1活性来有效地抑制EBV驱动的B细胞转化。还可以通过抑制新生性感染EBV的B细胞中的IDO1活性来抑制B细胞增殖。

因此，例如用IDO1抑制剂抑制IDO1活性可被用于防止新感染EBV的B细胞被EBV潜伏感染和转化(即永生化)。

其中潜伏性感染EBV的B细胞池经由被来源于裂解性感染组分的EBV病毒粒子感染而互联地扩增的控制不良的EBV感染与许多疾病相关：一方面，EBV的原发性感染(例如传染性单核细胞增多症)可能与血浆/血清中高丰度的感染单位(EBV病毒粒子)、溶解性感染组分以及严重和长期的临床体征和症状相关。在患有原发性免疫缺陷(例如XLP)的患者中，原发性EBV感染可为致命的。另一方面，一旦潜伏感染和病毒与免疫系统之间的平衡建立起来，免疫缺陷(原发性和继发性两者)或免疫抑制就会促进病毒再激活，包括溶解性感染组分。EBV病毒粒子经由裂解性感染组分向先前未感染的B细胞的传播驱动潜伏感染的B细胞池的扩增，这又可以驱动免疫病理学并促进EBV相关淋巴增生性疾病的发展(例如从良性多克隆淋巴增生性疾病到恶性淋巴增生性疾病)。

因此，本公开部分涉及用于治疗EBV相关疾病或状况的药物干预的新靶点的鉴定。具体而言，本公开的方法涉及B细胞的潜伏性EBV感染的预防，和因此的与控制不良或不受控制的EBV感染相关的疾病的治疗。特别地，本公开提供了靶向IDO1以治疗或预防与控制不良或不受控制的通过裂解组分的EBV感染有关的疾病(即至少部分地由EBV病毒粒子向未感染的B细胞的传播支持的疾病，EBV在所述未感染的B细胞中建立潜伏感染)的治疗方法。本发明人已经显示了体内抑制IDO1如何抑制EBV病毒血症、防止CD8⁺T细胞的过度扩增和减少B细胞淋巴瘤的发展。IDO1抑制先前并未被描述为对EBV感染或病毒载量有影响。

本文中所述的组合物和方法在一些变体中进一步涉及这样的发现：在实体器官移植接受者中，感染EBV的B细胞中犬尿氨酸途径激活和IDO1表达先于EBV相关淋巴瘤的发展。

因此，检测EBV阳性B细胞中的IDO1表达或导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，或其组合，可以被用作预测受试者发展如本文中所述的EBV相关疾病或状况(特别是EBV相关淋巴增生性疾病)的风险的一个或多个标记物。本发明人还显示了如何可将这些标记物与已建立的方法结合用于预测受试者中发展EBV相关疾病或状况的风险，例如通过确定受试者的EBV载量，以改善用于预测受试者中发展如本文中所述的EBV相关疾病或状况的风险的方法的准确性，特别是改善此类方法的灵敏度和/或特异性。除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管在本发明的实践或测试中可以使用与本文中所述的方法和材料类似或等效的任何方法和材料，但本文中描述了组合物、方法和材料的优选实施方案。

所有出版物、专利和专利申请，包括其中的任何附图和附录，均出于所有目的通过引用以其全部并入，其程度与每个单独的出版物、专利或专利申请、附图或附录明确且单独地表示出于所有目的通过引用以其全部并入相同。

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IDO1抑制剂

吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)是一种胞内酶，其催化犬尿氨酸途径(KP)的第一和限速的步骤，所述犬尿氨素途径是人体中色氨酸降解的主要途径(参见图1)。它耗竭了局部色氨酸(L-TRYP)的浓度，导致包括L-犬尿氨酸(L-KYNU)在内的下游代谢物的浓度增加。除IDO1外，吲哚胺2,3-双加氧酶2(IDO2)或色氨酸2,3-双加氧酶(TDO)也催化该反应。TDO主要在肝脏中表达，而IDO1在包括几种类型的免疫细胞在内的各种人体组织中表达。

在肿瘤微环境(TME)中，癌细胞和抗原呈递树突状细胞过表达IDO1。TME中增强的IDO1活性耗竭局部L-色氨酸并产生L-犬尿氨酸，这诱导T细胞失能并抑制免疫系统对肿瘤的控制。IDO1已在文献中被描述为在癌细胞逃避免疫监视中发挥重要作用。因此，IDO1信号传导途径一直是发展癌症免疫疗法的靶点。

IDO1抑制剂目前正在用于治疗癌症的临床试验中进行研究。来自此类研究的最有前景的数据涉及IDO1抑制剂与免疫检查点抑制剂诸如帕博利珠单抗和纳武单抗的组合，所述免疫检查点抑制剂在T细胞中抑制程序性死亡1(PD-1)途径。

相比之下，本公开部分涉及将EBV诱导的IDO1在B细胞中的表达鉴定为早期感染过程中病毒驱动的代谢适应。具体而言，激发新感染的B细胞中NAD⁺从头生物合成的EBV诱导的瞬时IDO1活性是建立潜伏EBV感染的代谢要求。

例如用本文中所述的IDO1抑制剂药理学抑制IDO1活性可以有效地抑制EBV驱动的B细胞转化。IDO1抑制对EBV感染或病毒载量的影响先前没有报道。本发明人已经显示了药理学抑制IDO1活性如何降低体内、特别是血液中的EBV载量。还已显示了药理学抑制IDO1活性减少或防止体内、特别是外周血中CD8⁺T细胞的扩增，其为与急性或控制不良的EBV感染相关的免疫失调的标志。本发明人还已显示了药理学抑制IDO1活性如何在体内减少肿瘤负荷，特别是EBV⁺肿瘤负荷。

IDO1抑制剂是本领域已知的(参见Cheong,J,E.等人.(2018)Expert Opinion onTherapeutic Patents,2018,28:4,317–330，其通过引用并入本文)。

本文公开的IDO1抑制剂的实例包括以下文件中公开的IDO1抑制剂，所有这些文件通过引用并入本文：

小分子抑制剂

WO2010005958、WO2015070007、WO2017079669、WO2017152857、WO2017129139、WO2017106062、WO2017002078、US20160333009、WO2017024996、WO2016027241、WO2018140831、WO2017181849、WO2016073770、WO2016073738、WO2016073774、WO2016071283、WO2016026772、WO2014081689、WO2015173764、WO2016181348、WO2016181349、WO2015082499、WO2015150097、WO2016071293、WO2017133258、WO2017007700、WO2016161960、WO2017034420、WO2016024233、WO2012142237、WO2014159248、WO2016051181、WO2016169421、WO2016165613、WO2016037026、WO2016059412、WO2017140274、WO2017075341、WO2017149469、WO2017134555、WO2013069765、US2013065905、US20150352106、WO2017010106、WO2015002918、WO2015006520、WO2015031295、WO2015006520、WO2014150646、WO2014150677、WO2016210414、WO2016161269、WO2016161279、WO2016161286、WO2017051353、WO2017051354、WO2017139414、WO2014186035、WO2016201354、WO2018140831

疫苗

WO2017149150

shRNA

Phan,T.等人.(2020)Cancer Gene Ther 27:3-4,235-245.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30824815/

A)小分子IDO1抑制剂

目前，有几种小分子IDO1抑制剂正在临床开发中。如本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种或其药学上可接受的盐：

(1)羟基脒，诸如临床候选物艾卡哚司他

本文公开的IDO1抑制剂可为含有羟基脒部分的IDO1抑制剂。

艾卡哚司他为代表性的实例，并且在WO2010005958、WO201507007和WO2017079669、US2018353483中进行了描述。涉及艾卡哚司他的临床试验包括：NCT03361865、NCT03374488、NCT03182894、NCT03322540、NCT03291054、NCT03361228、NCT02364076、NCT03217669、NCT03322566、NCT03832673、NCT04231864、NCT03516708、NCT03325465、NCT03432676、NCT03196232、NCT02298153、NCT03358472、NCT03463161、NCT03328026、NCT03491579、NCT01685255、NCT01961115、NCT03342352、NCT03310567、NCT03402880、NCT03006302、NCT02752074、NCT03444649、NCT03238638、NCT03592407、NCT03348904、NCT03823131、NCT03085914、NCT02042430、NCT03414229、NCT03602586、NCT03347123、NCT02318277、NCT03532295、NCT01604889、NCT01982487、NCT02862457、NCT02327078、NCT03322384、NCT02575807、NCT01822691、NCT02959437、NCT03493945、NCT02118285、NCT02166905、NCT02178722、NCT01195311、NCT03277352、NCT02785250、NCT02559492、NCT03589651、NCT03471286、NCT04463771、NCT04586244和NCT03707457。

本文公开的IDO1抑制剂可为

式I的化合物：

或其药学上可接受的盐，其中：R¹是NH₂或CH₃；R²是Cl、Br、CF₃、CH₃或CN；R³是H或F；且n是1或2。

本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017152857、WO2017129139、WO2017106062和WO2017002078中公开的艾卡哚司他衍生物。

本文公开的IDO1抑制剂可为如US20160333009(Gilead)中公开的IDO1抑制剂。

本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017024996(Hengrui Medicine)中公开的IDO1抑制剂，优选HTI-1090，例如如NCT03208959中公开的。

本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2016027241、WO2018140831中公开的IDO1抑制剂，合适地为RG-70099(Curadev/Roche)。

本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种：

或其药学上可接受的盐。

如本文公开的IDO1抑制剂可以选自艾卡哚司他(以上的结构18)、HTI-1090、RG-70099及其药学上可接受的盐。在优选的方面，如本文公开的IDO1抑制剂是艾卡哚司他或其衍生物或其药学上可接受的盐。

(2)BMS-986205等

本文公开的IDO1抑制剂可为1-(4-芳基环己-1-基)丙烯酰胺。

BMS-986205(林罗司他(Linrodostat))是为代表性的实例，并在WO2017181849、WO2016073770、WO2016073738和WO2016073774中进行了描述。涉及BMS-986205的临床试验包括：NCT03936374、NCT03378310、NCT03312426、NCT03374228、NCT04106414、NCT03695250、NCT03329846、NCT03362411、NCT03792750、NCT03247283、NCT03661320、NCT03346837、NCT03192943、NCT02658890、NCT03386838、NCT03417037、NCT03519256、NCT04007588、NCT03854032、NCT04047706、NCT03459222、NCT02996110、NCT02750514、NCT02935634和NCT03335540。

本文公开的IDO1抑制剂可为下式的化合物：

或其药学上可接受的盐。

如本文公开的IDO1抑制剂可为WO2016071283和WO2016026772(IOMet)中公开的IDO1抑制剂。

如本文公开的IDO1抑制剂可为WO2014081689(Vertex)中公开的IDO1抑制剂。

本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种：

或其药学上可接受的盐。

在优选的实施方案中，如本文公开的IDO1抑制剂是BMS-986205(以上的结构69)或其衍生物或其药学上可接受的盐。

(3)吲哚和[5,6]杂环芳烃，诸如临床候选物吲哚莫德(indoximod)和PF-06840003

如本文公开的IDO1抑制剂可为吲哚和[5,6]-稠合杂芳族物。吲哚莫德(1-甲基-D-色氨酸；以下的结构1)为代表性的实例，并且由NewLink Genetics开发。吲哚莫德已进入治疗癌症的临床开发阶段。然而，也已经认识到吲哚莫德不是IDO1抑制剂，并且不抑制IDO1酶活性。涉及吲哚莫德的临床试验包括：NCT01560923、NCT02835729、NCT02502708、NCT02077881、NCT03301636、NCT00739609、NCT02073123、NCT02460367、NCT01042535、NCT01792050、NCT03372239、NCT03852446、NCT00567931、NCT04049669、NCT02052648、NCT01191216、NCT01302821、NCT04755608、NCT03165318、NCT04379674和NCT02913430。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2015173764中公开的吲哚-3-基-吡咯烷-2,5-二酮或如WO2016181348和WO2016181349中公开的临床候选物PF-06840003(EOS-200271；以下的结构2)。涉及PF-06840003的临床试验包括：NCT02764151。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2015082499(IOMet)中公开的4-(吲哚-3-基)-3,6-二氢-2H-吡啶。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2015150097中公开的吲哚-2-甲酰胺。

如本文公开的IDO1抑制剂可以包括如WO2016071293、WO2017133258中公开的吲唑类、如WO2017007700和WO2016161960中公开的咪唑并[1,5-a]吡啶。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2016024233和WO2017034420中公开的[1,2]-噁唑并(Oxaxolo)[5,4-b]吡啶。

如本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种：

或其药学上可接受的盐。

(4)4-苯基咪唑(4-PI)，诸如临床候选物那伏莫德(navoximod)

如本文公开的IDO1抑制剂可为4-苯基咪唑(4-PI)。临床候选物那伏莫德(以下的结构29)为代表性的实例，如WO2012142237(Newlink)中公开的。涉及那伏莫德的临床试验包括：NCT02471846和NCT02048709。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2014159248和WO2016051181中公开的同分异构咪唑吲哚(imidazoleindole)。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2016169421(Hengrui Medicine)中公开的N-[(4-吡唑-4-基)苯基]哌啶取代的咪唑异吲哚(imidazoleisoindole)衍生物。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2016165613(Innogate Pharma)中公开的用桥接的双环/三环基团取代的咪唑异吲哚。

如本文中所公开的IDO1抑制剂可为如WO2016037026(Merck)中公开的那伏莫德的衍生物。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2016059412(Redx Pharma)中公开的IDO1抑制剂。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017140274中公开的IDO1抑制剂。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017075341(Scifluor Life Sciences)、WO2017149469和WO2017134555中公开的IDO1抑制剂。

如本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种：

或其药学上可接受的盐。

(5)1,2-二氨基取代芳烃和1-羟基-2-氨基取代芳烃，包括临床候选物KHK2455

如本文公开的IDO1抑制剂可为2-烷氧基-3-氨基喹喔啉的衍生物，诸如临床候选物KHK2455(Kyowa Hakko Kirin)，如在以下临床试验中公开的：NCT04321694、NCT03915405和NCT02867007。

如本文公开的IDO1抑制剂可为用邻芳基甲氧基和磺酰胺基取代的喹喔啉，或WO2013069765、US201306590505、US20150352106和WO2017010106中公开的IDO1抑制剂中的任一种。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2015002918中公开的1-烷氧基-2-脲基联苯；如WO2015006520、WO2015031295和WO2015006520中公开的芳基-1,2-二胺；如WO2014150646、WO2014150677和WO2016210414中公开的脲基单芳基-1,2-二胺；和如WO2016161269、WO2016161279和WO2016161286(BMS)中公开的单芳基-1,2-二胺。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017051353和WO2017051354(GSK)中公开的IDO1抑制剂。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2017139414(InventisBio)中公开的芳基-1,2-二胺。

如本文公开的IDO1抑制剂可为如WO2014186035(Curadev)中公开的邻二氨基取代的呋喃并[2,3-c]吡啶或噻吩并[2,3-c]吡啶。

如本文公开的IDO1抑制剂可以选自以下中的任一种：

或其药学上可接受的盐。

(6)其他

如本文公开的IDO1抑制剂可选自LY-01013(Luye Pharma Group Ltd)，如临床试验NCT03844438中公开的；MK-7162(Merck&Co Inc)，如临床试验NCT03364049中公开的；GBV-1028，如WO2016201354中公开的；TPST-8844(Tempest Therapeutics Inc)；BGB-5777(BeiGene)；IOM2983(Merck/IOMet)；RG-70099(Curadev/Roche)；和HTI-1090(SHR9146)(Jiangsu HengRui MedicineCo.,Ltd.)。

术语“小分子”包括许多生物和化学类别，包括合成、半合成或天然存在的无机或有机分子，包括合成、重组或天然存在的化合物。“小分子”还指分子量小于约5kD、小于约4kD、小于约3kD、小于约2kD、小于约1kD或小于约0.5kD的药剂。小分子可以获自含有大量潜在治疗性化合物的组合有机小分子文库。此类“组合化学文库”或“配体文库”可以分别筛选或在池中筛选，以鉴定展现出抑制IDO1活性的所期望特征活性的特定化学种类或亚类的那些文库成员。

本发明包括本文中所述的IDO1抑制剂的盐。如本文中所用，“盐”是指所公开化合物的衍生物，其中母体化合物通过将现有的酸或碱部分转化为其盐形式而改性。盐的实例包括但不限于碱性残基(诸如胺)的无机酸(诸如HCl、HBr、H₂SO₄)盐或有机酸(诸如乙酸、苯甲酸、三氟乙酸)盐；酸性残基(诸如羧酸)的碱(诸如Li、Na、K、Mg、Ca)盐或有机(诸如三烷基铵)盐；等等。本发明的盐可以由含有碱性或酸性部分的母体化合物通过常规化学方法合成。通常，此类盐可以通过使这些化合物的游离酸或碱形式与化学计量量的适当的碱或酸在水中或有机溶剂中或在两者的混合物中反应来制备；通常，非水介质，如乙醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇或乙腈(ACN)是优选的。

本文中使用的术语“药学上可接受的盐”包括上述“盐”的子集，其是母体化合物例如由无毒无机酸或有机酸形成的常规无毒盐。合适的盐的列表见于Remington'sPharmaceutical Sciences,第17版,Mack Publishing Company,Easton,Pa.,1985,第1418页和Journal of Pharmaceutical Science,66,2(1977)中，其每个都通过引用全部并入本文。“药学上可接受的”是本文中用于指以下的术语：在合理的医学判断范围内，适合用于与人类和动物的组织接触而没有过度毒性、刺激性、过敏反应或者其他问题或并发症，与合理的收益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。

如本文公开的小分子IDO1抑制剂可为根据本领域技术人员所理解的定义的IDO1抑制剂。在优选的方面，IDO1抑制剂可为一种分子，诸如如本文公开的小分子IDO1抑制剂，其根据本领域已知的测定抑制IDO1酶活性。在优选的方面，IDO1抑制剂可为一种分子，诸如如本文公开的小分子IDO1抑制剂，其根据本领域已知的测定与IDO1结合并抑制IDO1酶活性。IDO1抑制剂可为一种分子，诸如如本文公开的小分子IDO1抑制剂，优选如本文公开的抑制IDO1酶活性的小分子IDO1抑制剂，其具有以下IDO1结合特征中的任一种或多种：

(i)可逆和竞争性抑制剂，

(ii)不可逆抑制剂。

优选地，如本文公开的IDO1抑制剂是IDO1的可逆和竞争性抑制剂，诸如艾卡哚司他。

优选地，如本文公开的IDO1抑制剂是IDO1的不可逆抑制剂，诸如BMS-986205。

如本文公开的IDO1抑制剂可抑制IDO1酶活性，IC50为约1μM或更小，优选约100nM或更小，优选约10nM或更小，优选约1nM或更小。

如本文公开的IDO1抑制剂可在基于细胞的测定中抑制IDO1活性，IC50为约100μM或更小，优选约10μM或更小，优选约1μM或更小，优选约100nM或更小，优选约10nM或更小，优选约1nM或更小。

如本文公开的IDO1抑制剂可表现出相对于TDO至少10倍的结合IDO1的选择性，优选相对于TDO至少20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍的结合IDO1的选择性，优选至少100倍。

IDO1抑制剂可为一种分子，诸如如本文公开的小分子IDO1抑制剂，优选如本文公开的小分子IDO1抑制剂，其抑制IDO1酶活性和：

a)根据本文中所述的测定，抑制B细胞中、优选感染EBV的B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化；

b)根据本文中所述的测定，抑制导致B细胞中、优选感染EBV的B细胞中的NAD从头生物合成的KP激活；

c)根据本文中所述的测定，抑制B细胞增殖、优选EBV诱导的B细胞增殖；

d)根据本文中所述的测定，抑制B细胞转化、优选EBV诱导的B细胞转化；或

e)以上a)-d)中的任一个或多个，优选以上a)、b)、c)和d)。

如本文公开的IDO1抑制剂可抑制B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化。优选地，如本文公开的IDO1抑制剂可抑制感染EBV的B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化。L-TRYP和L-KYNU水平可通过本领域已知的并且也如本文中所述的方法进行分析，所述方法例如质谱法(例如LCMS/MS)。备选地，可以使用ELISA或任何其他合适的测定来检测L-TRYP和L-KYNU水平。如本文公开的IDO1抑制剂可为如本文公开的可抑制B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化的IDO抑制剂中的任一种。

如本文公开的IDO1抑制剂可抑制导致B细胞中的NAD从头生物合成的KP激活。如本文公开的IDO1抑制剂可抑制导致感染EBV的B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中的NAD从头生物合成的KP激活。导致B细胞中的NAD从头生物合成的KP激活可通过本领域已知的并且如本文中所述的方法进行分析，所述方法例如检测如本文中所述的导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，其选自i)如本文公开的一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白或编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调，优选在受试者的B细胞中；ii)如本文公开的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度，优选在受试者的B细胞中；iii)如本文公开的一种或多种KP代谢物比率；和iv)L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内掺入的指示物，优选在受试者的B细胞中。

如本文公开的IDO1抑制剂可抑制B细胞增殖。优选地，如本文公开的IDO1抑制剂可抑制EBV诱导的B细胞增殖。B细胞的增殖可以通过本领域已知的方法进行分析，例如使用市售的Cell trace增殖试剂盒(例如CFSE增殖试剂盒)。备选地，可以使用市售的细胞增殖试剂盒(例如BrdU掺入测定)或任何其他合适的测定来确定增殖。适当地，在本文所述的测定中，如本文公开的IDO1抑制剂可抑制B细胞增殖，IC50为约100μM或更小、约50μM或更小、约20μM或更小、约15μM或更小、约10μM或更小、约5μM或更小、约1μM或更小或约100nM或更小，优选约10μM或更小。如本文公开的IDO1抑制剂可为如本文公开的可抑制B细胞增殖、优选EBV诱导的B细胞增殖的IDO抑制剂中的任一种。

如本文公开的IDO1抑制剂可抑制B细胞转化。优选地，如本文公开的IDO1抑制剂可抑制EBV诱导的B细胞转化。转化可以通过本领域已知的方法进行分析，例如使用转化效率测定。在该测定中，将B细胞接种到细胞培养平板中并用递增的病毒浓度感染。感染后可立即加入IDO1抑制剂。在5周的孵育期后，对LCL外向生长阳性的孔的数量进行计数。备选地，可以使用任何其他合适的测定。适当地，在本文所述的测定中，如本文公开的IDO1抑制剂可在约200μM或更小、约150μM或更小、约100μM或更小、约50μM或更小、约20μM或更小、约15μM或更小、约10μM或更小、约5μM或更小或者约1μM或更小，优选约100μM或更小或者约10μM或更小的浓度下抑制B细胞转化。如本文公开的IDO1抑制剂可为如本文公开的可抑制B细胞转化、优选EBV诱导的B细胞转化的IDO抑制剂中的任一种。

在一个方面，抑制IDO1酶活性的如本文公开的IDO1抑制剂，优选如本文公开的小分子IDO1抑制剂，可抑制如本文所述的B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化，并抑制如本文所述的B细胞增殖、优选EBV诱导的B细胞增殖。

在一个方面，抑制IDO1酶活性的如本文公开的IDO1抑制剂，优选如本文公开的小分子IDO1抑制剂，可抑制如本文所述的B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中L-TRYP向LKYNU的转化，并抑制如本文所述的B细胞转化、优选EBV诱导的B细胞转化。

在一个方面，抑制IDO1酶活性的如本文公开的IDO1抑制剂，优选如本文公开的小分子IDO1抑制剂，可抑制如本文所述的B细胞增殖、优选EBV诱导的B细胞增殖，并抑制如本文所述的B细胞转化、优选EBV诱导的B细胞转化。

在一个方面，抑制IDO1酶活性的如本文公开的IDO1抑制剂、优选本文公开的小分子IDO1抑制剂，可抑制如本文所述的B细胞、优选新生性感染EBV的B细胞中L-TRYP向L-KYNU的转化；抑制如本文所述的B细胞增殖、优选EBV诱导的B细胞增殖；并抑制如本文所述的B细胞转化、优选EBV诱导的B细胞转化。

B)疫苗

如本文公开的IDO1抑制剂可为疫苗。代表性的实例是如WO2017149150中公开的IO102(IO-Biotech)。免疫治疗性组合物，其包含佐剂和IDO1的免疫原性片段，例如由IDO1序列的至多25个连续氨基酸组成的免疫原性片段。

C)shRNA或siRNA

如本文公开的IDO1抑制剂可为核酸分子，例如靶向IDO1的shRNA或siRNA。代表性的实例是如Phan,T.等人.(2020)Cancer Gene Ther 27:3-4,235-245(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30824815/)中公开的shIDO-ST(Tara Immuno-Oncology；Cityof Hope)或如US2017081671中公开的shRNA。

siRNA包括Hs_INDO_11(SI03115567)、Hs_INDO_10(SI03093503)、Hs_INDO_9(SI03026254)和Hs_INDO_6(SI02627954)(Qiagen)。

组合物

如本文公开的IDO1抑制剂可作为组合物提供，所述组合物例如包含如本文所述的IDO1抑制物和至少一种药学上可接受的赋形剂的药物组合物。治疗性组合物或药物组合物可包含其他组分，诸如载体、媒介物、赋形剂、载体或媒介物。

本文所述的组合物包括但不限于药物组合物。“药物组合物”是指具有一种或多种本领域普遍接受的用于将化合物或药物递送给哺乳动物例如人的药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂的组合物制剂。在特定实施方案中，药物组合物可包含与一种或多种药学上可接受的载体、稀释剂和/或赋形剂一起配制的IDO1抑制剂。还将理解的是，如果期望，组合物也可以与其他药剂组合施用，所述其他药剂例如核酸、蛋白、小分子或药物活性剂、辅助疗法等，只要达到所期望的治疗效果即可。

在特定实施方案中，组合物可包含具有治疗有效量的如本文所述的IDO1抑制剂或其衍生物的药学上可接受的制剂；或与一种或多种药学上可接受的载体(添加剂)、其他活性剂和/或稀释剂一起配制的IDO1抑制剂的前药、溶剂化物、立体异构体、外消旋体或互变异构体。

短语“药学上可接受的”是指在合理的医学判断范围内，适合用于与人类和动物的组织接触而没有过度毒性、刺激性、过敏反应或者其他问题或并发症，与合理的收益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。如本文所用的，“药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂”包括但不限于经药物批准机构例如美国食品药品监督管理局批准为可接受用于人或家畜的任何助剂、载体、赋形剂、助流剂、增甜剂、稀释剂、防腐剂、染料/着色剂、增味剂、表面活性剂、润湿剂、分散剂、悬浮剂、稳定剂、等渗剂、溶剂、表面活性剂或乳化剂。示例性的药学上可接受的载体包括但不限于糖类，诸如乳糖、葡萄糖和蔗糖；淀粉，诸如玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素及其衍生物，诸如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和醋酸纤维素；黄蓍胶；麦芽；明胶；滑石；可可脂、蜡、动物和植物脂肪、石蜡、硅酮、膨润土、硅酸、氧化锌；油类，诸如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；二醇类，诸如丙二醇；多元醇类，诸如甘油、山梨醇、甘露醇和聚乙二醇；酯类，诸如油酸乙酯和月桂酸乙酯；琼脂；缓冲剂，诸如氢氧化镁和氢氧化铝；海藻酸；无热原水；等渗盐水；林格氏溶液；乙醇；磷酸盐缓冲溶液；以及药物制剂中采用的任何其他相容物质。

配制组合物的方法是本领域技术人员已知的，并在以下中描述：Physicians DeskReference,第62版.Oradell,NJ:Medical Economics Co.,2008；Goodman和Gilman's ThePharmacological Basis of Therapeutics,第十一版.McGraw-Hill,2005；Remington:TheScience and Practice of Pharmacy,第20版.Baltimore,MD:Lippincott Williams&Wilkins,2000；和The Merck Index,第十四版.Whitehouse Station,NJ:Merck ResearchLaboratories,2006；其每个都通过引用以相关部分特此并入。

组合

如本文所述的IDO1抑制剂可以与一种或多种另外的治疗剂或模式组合施用。

本文所述的组合物可包含有效量的单独或与一种或多种其他治疗剂或模式组合的IDO1抑制剂。组合物可单独施用或与本文公开的用于疾病的其他已知治疗组合施用。示例性的治疗剂或模式包括：

免疫抑制剂，诸如钙调神经磷酸酶抑制剂(例如他克莫司(tacrolimus)和环孢菌素(cyclosporine))；mTOR抑制剂(例如西罗莫司(sirolimus))；嘌呤拮抗剂、IL2R拮抗剂、皮质类固醇(例如甲基泼尼松龙(methylprednisolone)、地塞米松(dexamethasone)、泼尼松)、抗增殖剂(例如霉酚酸酯(Mycophenolate Mofetil)、霉酚酸钠(MycophenolateSodium)、硫唑嘌呤(Azathioprine)、环磷酰胺)；

抗炎剂和镇痛剂，诸如非甾体抗炎药(NSAID)、布洛芬、萘普生和对乙酰氨基酚；

PTLD的治疗剂，诸如利妥昔单抗；CHOP化学疗法(多柔比星、环磷酰胺、长春新碱、泼尼松)；利妥昔单抗和CHOP化学疗法(R-CHOP)；细胞信号阻断剂，诸如伊布替尼、艾代拉利司；蛋白酶体抑制剂，诸如硼替佐米；放射免疫疗法，诸如90Y-替伊莫单抗；检查点抑制剂，诸如帕博利珠单抗和纳武单抗；以及抗体-药物缀合物，诸如维布妥昔单抗。

抗病毒剂，诸如更昔洛韦(ganciclovir)；缬更昔洛韦(valganciclovir)、阿昔洛韦(aciclovir)；

癌症治疗，诸如放射疗法、化学疗法、移植、免疫抑制剂疗法、免疫疗法、激素疗法、光动力疗法；

免疫缺陷疗法和自身免疫疗法。

治疗

本发明提供了用于治疗如本文所述的疾病或状况的方法的如本文所述IDO1抑制剂或包含其的组合物。

本发明还提供了治疗如本文所述疾病或状况的方法，其包括向需要其的受试者施用治疗有效量或预防有效量的如本文所述IDO1抑制剂或包含如本文所述IDO1抑制剂的组合物。本公开还提供了如本文所述的IDO1抑制剂在制备用于治疗如本文所述的疾病或状况的药物中的用途。

本文所述的任何IDO1抑制剂或组合物可被用于本文所述任何方法中。

术语“治疗(treating)”、“治疗(treatment)”等在本文中被用于通常意指获得所期望的药理学和/或生理学效果。该效果可在完全或部分预防疾病或状况方面是预防性的，和/或可在部分或完全治愈疾病或状况和/或可归因于该疾病的不良作用方面是治疗性的。如本文所用的，“治疗(treatment)”覆盖对哺乳动物中的疾病或状况的任何治疗，并且包括：改善疾病、病症或状况(即减缓或阻止或减少疾病、病症或状况或其至少一种临床症状的发展)；缓解或改善至少一种物理参数，包括患者可能无法辨别的那些参数；在身体上(例如可辨别症状的稳定)、生理上(例如物理参数的稳定)或两者兼而有之地调节疾病、病症或状况；或预防或延缓疾病、病症或状况或其一种或多种临床症状的发作或发展或进展。

如本文所用的，短语“改善……的至少一种症状”是指减少受试者正在治疗的疾病或状况的一种或多种症状。正在治疗的疾病或状况可以选自本文公开的任何疾病或状况，优选移植后淋巴增生性疾病(PTLD)、传染性单核细胞增多症(IM)或腺热、慢性活动性EBV(CAEBV)、噬血细胞综合征(HPS)、噬血细胞性淋巴组织细胞增多症、免疫性溶血性贫血、EBV相关癌症、免疫缺陷受试者中的EBV相关疾病或状况或者EBV相关自身免疫性疾病。在一个方面，疾病是PTLD，并且所改善的一种或多种症状包括但不限于淋巴结病、发烧、疲劳、体重减轻、盗汗和全身不适。在一个方面，疾病是IM，并且所改善的一种或多种症状包括但不限于颈部和腋窝的淋巴结病、疲劳、发烧、脾脏软肿、头痛、扁桃体肿大和皮疹。

如本文所用的，“预防(prevent)”和类似词语，诸如“预防(prevented)”、“预防(preventing)”等，指示预防、抑制或降低疾病或状况发生或复发可能性的方法。它也指延缓疾病或状况的发作或复发，或延缓疾病或状况的症状的发作或复发。如本文所用的“预防(prevention)”和类似词语还包括在疾病或状况发作或复发之前降低疾病或状况的强度、影响、症状和/或负担。

IDO1抑制剂的“治疗有效量”可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重之类以及在个体中引发所需反应的药剂等因素而变化。治疗有效量也是其中治疗有益效果超过药剂的任何毒性或有害作用的量。术语“治疗有效量”包括对“治疗”受试者(例如患者)有效的量。

“预防有效量”是指对达到所期望预防效果有效的IDO1抑制剂的量。由于预防剂量可在疾病之前或在疾病早期阶段用于受试者，因此预防有效量可小于治疗有效量。

如本文所述的治疗受试者的方法可包括向需要其的受试者施用治疗有效量或预防有效量的如本文所述的IDO1抑制剂或包含如本文所述的IDO1抑制剂的组合物。本文所述的组合物可作为一种或多种固体、半固体、凝胶或液体或其组合施用。例如，IDO1抑制剂可被单独配制成液体剂型用于静脉内施用，或作为单一片剂或胶囊或者作为一种或多种片剂、胶囊或其他剂型的组合用于口服施用。具体的量/剂量方案将根据个体的体重、性别、年龄和健康状况；IDO1抑制剂的制剂、生物化学性质、生物活性、生物利用度和副作用，以及完整治疗方案中药剂的数量和身份(identity)而变化。

如本文所用的，术语“施用(administering)”、“施用(administer)”或“施用(administration)”是指肠外、肠内或局部地将一种或多种化合物或组合物递送给受试者。肠外施用的说明性实例包括但不限于静脉内、肌内、动脉内、鞘内、囊内、眶内、心内、皮内、腹膜内、经气管、皮下、角质层下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊柱内和胸骨内注射和输注。肠内施用的说明性实例包括但不限于口服、吸入、鼻内、舌下和直肠施用。局部施用的说明性实例包括但不限于经皮施用和阴道施用。

施用可包括施用包括如本文所述的IDO1抑制剂或组合物和一种或多种另外的治疗剂的组合物或制剂，或基本上同时、连续或单独施用IDO1抑制物或组合物的分别制剂和一种或多种另外的治疗剂。

EBV相关疾病和状况

许多疾病和状况与EBV感染相关。

在一个方面，如本文所述的治疗疾病或状况的方法可包括治疗受试者的EBV相关疾病或状况。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗受试者的EBV相关疾病或状况的方法。优选地，疾病或状况与EBV感染相关。在一个方面，如本文所述的治疗疾病或状况的方法包括治疗潜在的EBV感染。

如本文所述的EBV相关疾病或状况可包括与以下中的任一种或多种相关的疾病或状况：

a)受试者中控制不良或不受控制的EBV感染；

b)受试者中具有裂解性EBV成分的潜伏EBV感染；

c)受试者中潜伏感染EBV的B细胞淋巴细胞的不受控增殖；

d)外周血CD8⁺T细胞的扩增。

适当地，EBV相关疾病是EBV相关淋巴增生性疾病，优选EBV相关淋巴瘤，优选PTLD。

以本文所述的任何方法测量受试者的外周全血或血浆EBV DNA载量可以将疾病或状况鉴定为EBV相关疾病或状况。EBV DNA载量可以使用本领域已知的技术来测量。例如，可使用感染EBV的B细胞在体外的自发外向生长、使用EBV编码的小RNA(EBER)探针的原位杂交(ISH)和/或定量PCR(qPCR)测定诸如BALF5-qPCR，来确定样品中的EBV载量。优选地，qPCR被用于确定样品中的EBV载量(Clin Microbiol Rev.2010年4月；23(2):350–366)。在优选的方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况包括与受试者血液中大于或等于约5,000个拷贝/μg DNA的EBV DNA载量和/或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆的EBV DNA载量相关的疾病或状况。在优选方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况包括与受试者中随时间增加的EBV DNA载量相关的疾病。

在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括降低受试者的EBV病毒载量，优选降低血液或脾脏中的EBV载量，优选降低血液中的EBV病毒载量。如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法可以包括抑制受试者中EBV病毒载量随时间的增加。

在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括抑制(inhibit)或抑制(suppress)受试者的B细胞转化，优选EBV诱导的B细胞转化。B细胞转化可以通过本领域已知的方法和根据本文所述的测定在受试者中进行测量。在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括抑制(inhibit)、抑制(suppress)或预防B细胞被EBV潜伏感染。

在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括抑制(inhibit)或抑制(suppress)受试者的B细胞增殖，优选EBV诱导的B细胞增殖。B细胞增殖可以通过本领域已知的方法和根据本文所述的测定在受试者中进行测量。

在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括减少或防止受试者的CD8⁺T细胞扩增，优选减少或防止外周血CD8⁺T细胞扩增。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况是通过受试者的EBV阳性(EBV⁺)细胞、优选EBV⁺B细胞来表征的疾病或状况。可以使用本领域已知的技术检测和测量受试者中EBV阳性细胞，所述技术诸如使用EBV编码的小RNA(EBER)探针(EBER⁺B细胞)的原位杂交(ISH)，例如以检测获自受试者的样品中的EBV阳性B细胞。适当地，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括减少受试者的EBV阳性细胞、优选EBV⁺B细胞的数量。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况是通过受试者的EBV阳性细胞、优选EBV⁺B细胞中的IDO1表达(IDO1⁺)来表征的疾病或状况。可以使用本领域已知的技术检测和测量受试者中EBV阳性细胞中的IDO1表达，所述技术诸如如本文所述的基于流式细胞术的荧光原位杂交(FISH)测定，例如以检测获自受试者的样品中的IDO1⁺EBV阳性B细胞。适当地，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括减少受试者的IDO1⁺EBV阳性细胞的数量和/或减少受试者的EBV阳性细胞、优选EBV阳性B细胞中的IDO1的表达。可以使用本领域已知的技术检测和测量受试者中EBV阳性细胞中的IDO1表达，所述技术诸如如本文所述的基于流式细胞术的荧光原位杂交(FISH)测定，例如以检测获自受试者的样品中的IDO1⁺EBV阳性B细胞。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况是通过如本文所述的导致受试者、优选受试者的B细胞中的NAD从头生物合成犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物来表征的疾病或状况。分子指示物可以选自以下中的一种或多种：

i)如本文公开的一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白或编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调，优选在受试者的B细胞中；

ii)如本文公开的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度，优选在受试者的B细胞中；

iii)如本文公开的一种或多种KP代谢物比率；和

iv)L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内掺入的指示物，优选在受试者的B细胞中。

先前未描述IDO1活性在T细胞或B细胞中激发NAD从头生物合成。在静息B细胞中，参与犬尿氨酸途径激活的基因未开启(switch on)，且参与犬尿氨酸途径激活的蛋白未表达。在一个方面，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物是如本文公开的受试者、优选来自受试者的B细胞中，一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白和/或一种或多种编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调。参与犬尿氨酸途径激活的蛋白可选自IDO1、犬尿氨酸酶(KYNU)、3-羟基邻氨基苯甲酸3,4-双加氧酶(HAAO)和喹啉酸磷酸核糖基转移酶(QPRT)；优选IDO1、KYNU、HAAO和QPRT；优选IDO1和QPRT；优选IDO1。参与KP激活的蛋白的表达或上调可以使用本领域已知和如本文所述的技术进行分析，例如通过蛋白印迹或免疫印迹分析。编码参与KP激活的蛋白的基因转录本的表达或上调可以使用本领域已知和如本文所述的技术进行分析，例如通过RNA测序或定量PCR。可以在获自受试者的样品中分析参与KP激活的基因和/或蛋白的表达或上调，所述样品诸如血液样品或活检样品，优选血液样品，优选外周血样品，优选外周血单核细胞(PBMC)样品。可以将获自受试者的样品中参与KP激活的基因和/或蛋白的表达或上调与对照水平进行比较，所述对照水平为诸如蛋白或转录本的正常生理浓度或对照样品中的浓度，例如来自未患如本文公开的EBV相关疾病或状况或没有处于如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中的受试者的样品中的浓度。

在一个方面，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一个或多个分子指示物是如本文公开的受试者中、优选来自受试者的B细胞中的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度。KP代谢物可以选自L-TRYP(本文中也被称为TRP)、L-KYNU、QUIN和NAD⁺。在静息B细胞中，不能检测到L-KYNU和QUIN。一种或多种KP代谢物的丰度或浓度可以使用本领域已知和如本文公开的技术进行分析，所述技术例如代谢组学分析，包括液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)或ELISA测定。可以在获自受试者的样品中分析一种或多种KP代谢物的丰度或浓度，所述样品诸如血液样品或活检样品，优选血液样品，优选外周血样品。样品可为血清样品或外周血单核细胞(PBMC)样品。可以将获自受试者的样品中一种或多种KP代谢物的丰度或浓度与对照水平进行比较，所述对照水平为诸如KP代谢物的正常生理浓度或对照样品中KP代谢物的浓度，例如来自未患如本文公开的EBV相关疾病或状况或没有处于如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中的受试者的样品或对EBV阴性的B细胞的样品或静息B细胞的样品中KP代谢物的浓度。KP代谢物可为L-TRYP，其中L-TRYP的浓度低于对照水平；L-KYN，其中L-KYN的浓度高于对照水平；QUIN，其中所述QUIN的浓度高于对照水平；和/或NAD，其中NAD的浓度高于对照水平。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中L-TRYP的浓度为约55μM或更小、约50μM或更小、约45μM或更小、约40μM或更小、约35μM或更小或者约30μM或更小，优选约40μM；或者在约15μM至55μM之间，优选在约30μM至50μM之间，优选在约35μM至45μM之间。在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选B细胞样品中L-TRYP的浓度小于静息B细胞的样品中L-TRYP的浓度。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-KYNU，并且来自受试者的样品、优选血清样品中L-KYNU的浓度为约200nM或更大、约250nM或更大、约300nM或更大、约350nM或更大、约400nM或更大、约450nM或更大、约500nM或更大、约550nM或更大或约600nM或更大；或者在约200nM至700nM之间，优选在约250nM至650nM之间或在约250nM至500nM之间。在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-KYNU，并且来自受试者的样品、优选B细胞样品中L-KYNU的浓度大于静息B细胞的样品中L-KYNU的浓度，大于0或是可检测的。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是QUIN，并且来自受试者的样品、优选血清样品中QUIN的浓度为约250nM或更大、约300nM或更大、约350nM或更大、约400nM或更大、约450nM或更大、约500nM或更大；或者在约200nM至500nM之间，优选在约250nM至500nM之间、在约300nM至500nM之间或在约400nM至500nM之间。在一个方面，一种或多种KP代谢物是QUIN，并且来自受试者的样品、优选B细胞样品中QUIN的浓度大于静息B细胞的样品中L-QUIN的浓度，大于0或是可检测的。

如本文公开的两种或更多种KP代谢物的丰度或浓度可被用于确定一种或多种KP代谢物浓度比。在一个方面，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一个或多个分子指示物是如本文公开的受试者中、优选来自受试者的B细胞中的一种或多种KP代谢物比率。KP代谢物比率可为L-KYNU/L-TRYP，其中L-KYNU/L-TRYP比率高于对照水平；和/或QUIN/L-TRYP，其中QUIN/L-TRYP比率高于对照水平。

在一个方面，一种或多种KP代谢物比率为L-KYNU/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选B细胞样品中的L-KYNU/L-TRYP比率大于0。在一个方面，一种或多种KP代谢物比率为L-KYNU/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中的L-KYNU/L-TRYP比率为约3或更大、4或更大或者5或更大。

在一个方面，一种或多种KP代谢物比率为QUIN/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选B细胞样品中QUIN/L-TRYP比率大于0、为约1或更大、2或更大、3或更大、4或更大、5或更大或者6或更大；优选为约4或更大。在一个方面，一种或多种KP代谢物比率为QUIN/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中的QUIN/L-TRYP比率为约15或更大、约20或更大、约25或更大、约30或更大、约35或更大或者约40或更大。

如上所述，在静息B细胞，特别是未感染EBV的B细胞中，参与导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的基因未被开启。在一个方面，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物是如本文公开的受试者中、优选来自受试者的B细胞中L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内掺入的指示物，优选其中L-TRYP来源的碳原子掺入到来自受试者的B细胞中的NAD⁺和/或NADH中。L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内掺入可以使用本领域已知和如本文所述的技术进行分析，例如通过使用均匀标记的色氨酸(U-¹³C11-色氨酸)的同位素示踪研究。可以在获自受试者的样品中分析L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内的掺入，所述样品诸如血液样品或活检样品，优选血液样品，优选外周血样品，优选外周血单核细胞(PBMC)样品。

在优选的方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况是通过以下来表征的疾病或状况：如本文所述，受试者的EBV阳性细胞、优选IDO1⁺EBV⁺B细胞中的IDO1表达(IDO1⁺)；以及如本文所述，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，优选如本文公开的一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白或编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调，优选在受试者的B细胞中。如本文所述的EBV相关疾病或状况可以通过如本文公开的受试者中、优选来自受试者的B细胞中一种或多种KP代谢物比率、优选如本文公开的QUIN/L-TRYP来进一步表征。

在另一个优选方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况是通过以下来表征的疾病或状况：如本文所述，受试者的EBV阳性细胞，优选IDO1⁺EBV⁺B细胞中的IDO1表达(IDO1⁺)；如本文所述，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，优选如本文公开的一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白或编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调，优选在受试者的B细胞中；以及受试者血液中大于或等于约5,000个拷贝/μg DNA的EBV DNA载量和/或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆的EBV DNA载量。如本文所述的EBV相关疾病或状况可以通过如本文公开的受试者中，优选来自受试者的B细胞中一种或多种KP代谢物比率、优选如本文公开的QUIN/L-TRYP来进一步表征。

样品可通过本领域已知的方法获自受试者。样品可获自患有已由临床医生基于疾病的临床参数诊断的如本文公开的疾病的受试者或表现出如本文公开的疾病或状况的一种或多种症状的受试者。根据如本文公开的任何方法，样品可为血液样品，优选外周血样品，诸如血清样品或外周血单核细胞(PBMC)样品；或活检样品。

对照水平可为分子指示物的正常生理浓度或分子指示物在对照样品中的浓度，所述样品例如来自未患如本文公开的EBV相关疾病或状况或没有处于如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中的受试者的样品，优选外周血单核细胞(PBMC)样品，优选来自对照受试者的B细胞或静息B细胞的样品。适当地，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括使受试者中导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径(KP)激活的一种或多种分子指示物回到对照水平，优选分子指示物的正常生理浓度。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况包括EBV感染。EBV感染可为原发性EBV感染、潜伏EBV感染或具有裂解性EBV组分的潜伏EBV感染。适当地，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括治疗EBV感染，例如通过减少受试者的EBV DNA载量，或通过抑制受试者的B细胞转化，优选EBV驱动的B细胞转化。

如本文所述的治疗疾病或状况的方法可包括治疗原发性EBV感染。适当地，如本文所述的治疗疾病或状况的方法可包括治疗传染性单核细胞增多症(IM)或腺热、慢性活动性EBV(CAEBV)、噬血细胞综合征(HPS)、噬血细胞性淋巴组织细胞增多症和免疫性溶血性贫血。

如本文所述的IDO1抑制剂或包含其的组合物可被用于治疗选自IM、CAEBV、HPS、噬血细胞性淋巴组织细胞增多症和免疫性溶血性贫血的原发性EBV感染的方法。

在一个方面，治疗原发性EBV感染的方法包括当出现EBV感染的第一临床体征时施用如本文所述的IDO1抑制剂或组合物。如本文所述的IDO1抑制剂可防止未感染EBV的B细胞变为被潜伏感染，从而限制潜伏感染细胞池的扩增。

在免疫抑制药物治疗过程中，移植患者处于发展移植后淋巴增生性疾病(PTLD)的风险中。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况包括PTLD。如本文所述的治疗疾病或状况的方法可包括治疗受试者的PTLD的方法。优选地，治疗EBV相关疾病的方法包括治疗移植患者的PTLD。

未感染EBV的移植患者，典型地为儿科患者，处于来自EBV阳性同种异体移植物的原发性EBV感染的风险中。在一个方面，如本文所述的治疗疾病或状况的方法可包括预防受试者的原发性EBV感染的方法。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于在受试者、优选未感染EBV的患者、优选未感染EBV的移植患者中预防原发性EBV感染的方法。在一个方面，如本文所述的治疗EBV相关疾病或状况的方法包括预防未感染EBV的移植患者的原发性EBV感染或PTLD。

受试者发展PTLD的风险可取决于移植类型和免疫抑制方案。

移植可为造血干细胞移植(HSCT)或实体器官移植(SOT)。移植可以选自肾移植、骨髓移植、干细胞移植、心脏移植、肺移植和肠移植中的一种或多种；优选心脏移植、肺移植或肠移植。在各个方面，移植患者正在接受同种异体移植。

在各个方面，移植患者可以正在接受一种或多种免疫抑制剂，例如选自以下的一种或多种免疫抑制剂：钙调神经磷酸酶抑制剂(例如他克莫司和环孢菌素)；mTOR抑制剂(例如西罗莫司)；嘌呤拮抗剂；IL2R拮抗剂；皮质类固醇(例如甲基泼尼松龙、地塞米松、泼尼松)；抗增殖剂(例如霉酚酸酯、霉酚酸钠、硫唑嘌呤、环磷酰胺)。高剂量的免疫抑制剂与PTLD的高风险相关。免疫抑制剂的剂量范围是本领域已知的，并且可以在个体患者中进行监测。

如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可任选地与一种或多种另外的治疗剂或模式组合施用于需要移植的受试者。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可与同移植程序相关的免疫抑制方案例如本领域已知或本文所述的任何免疫抑制剂同时施用于需要移植的受试者。

任选地与一种或多种另外的治疗剂组合的如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可在接受移植之前、同时和/或之后施用于需要移植的受试者。

许多癌症与EBV感染有关(Farrell,P.J.(2019)Annu.Rev.Pathol.Mech.Dis.14,29–53；Wald A.和Corey L.(2007)Herpesviruses)。

在一个方面，如本文所述的EBV相关疾病或状况包括受试者的EBV相关癌症。在一个方面，本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗受试者的EBV相关癌症的方法。EBV相关癌症可通过潜伏感染EBV的B细胞淋巴细胞的不受控增殖来表征。EBV相关癌症可为EBV阳性(EBV⁺)癌症，例如通过EBV阳性细胞来表征的癌症，例如大于或等于约50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的癌细胞为EBV阳性，优选大于约90％的癌细胞为EBV阳性。癌细胞可以通过本领域已知的方法获得并测试EBV，例如通过EBER原位杂交来检测(参见Zhang,T等人.(2014)Pathology–

Research and Practice 210,69-73)。

EBV相关癌症可以选自淋巴瘤，优选来源于B细胞的淋巴瘤；或癌症。在优选的方面，EBV相关癌症是淋巴瘤，优选来源于B细胞的淋巴瘤。在一个方面，EBV相关癌症是EBV驱动的淋巴瘤。

EBV相关癌症可为选自以下的淋巴瘤：免疫母细胞淋巴瘤，例如免疫抑制的人中的免疫母细胞淋巴瘤；伯基特淋巴瘤，例如在疟疾持续高发地区的伯基特淋巴瘤；霍奇金淋巴瘤；NK细胞淋巴瘤；T细胞淋巴瘤；弥漫性大B细胞淋巴瘤；和原发性渗出性淋巴瘤。

EBV相关癌症可为选自鼻咽癌和胃癌的癌症，优选胃癌。

在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗需要其的受试者的EBV相关癌症的方法。适当地，EBV相关癌症选自免疫母细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、NK细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、原发性渗出性淋巴瘤。

在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗受试者的EBV相关疾病或状况的方法，其中EBV相关疾病或状况是如本文所述的EBV相关癌症，并且该方法包括减少受试者的肿瘤负荷，优选减少EBV⁺肿瘤负荷和/或减少由EBV引起的淋巴瘤生成。

许多免疫缺陷与严重且经常致命的EBV感染过程有关。免疫缺陷促进EBV再激活，感染EBV的B淋巴细胞的不受控增殖，以及最终EBV相关淋巴增生性疾病的发展。

如本文所述的EBV相关疾病或状况可包括免疫缺陷受试者的疾病或状况。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物用于治疗免疫缺陷受试者的EBV相关疾病或状况的方法。

免疫缺陷受试者的EBV相关疾病或状况可选自共济失调-毛细血管扩张症、ITK缺乏症、X-连锁淋巴增生性疾病(XLP)、Wiskott-Aldrich综合征、CD27缺乏症、XMEN疾病(MAGT1缺乏症)、冠蛋白1a缺乏症、自身免疫性淋巴增生性综合征(ALPS)、MST1突变(STK4缺乏症)、Omenn综合征、DiGeorge综合征、活化PI3K-δ综合征、WHIM综合征、CTPS1缺乏症、MCM4缺乏症、ZAP70缺乏症和NF-κB1单倍剂量不足。

在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗免疫缺陷受试者的EBV相关疾病或状况的方法，所述EBV相关疾病或状况选自共济失调-毛细血管扩张症、ITK缺乏症、X-连锁淋巴增生性疾病(XLP)、Wiskott-Aldrich综合征、CD27缺乏症、XMEN疾病(MAGT1缺乏症)、冠蛋白1a缺乏症、自身免疫性淋巴增生性综合征(ALPS)、MST1突变(STK4缺乏症)、Omenn综合征、DiGeorge综合征、活化PI3K-δ综合征、WHIM综合征、CTPS1缺乏症、MCM4缺乏症、ZAP70缺乏症和NF-κB1单倍剂量不足。

许多自身免疫性疾病已与长期携带EBV病毒的免疫病理学后果有关。

如本文所述的EBV相关疾病或状况包括受试者的EBV相关自身免疫性疾病或状况。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗受试者的EBV相关自身免疫性疾病或状况的方法。

EBV相关自身免疫性疾病或状况可选自多发性硬化症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和炎症性肠病。

在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗选自多发性硬化症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和炎症性肠病的EBV相关自身免疫性疾病或状况的方法。

受试者

如果受试者将在生物学、医学或生活质量方面获益于此类治疗，则受试者需要治疗。治疗典型地将由医生进行，医生将施用治疗有效量或预防有效量的如本文所述的IDO1抑制剂或组合物。优选地，受试者是人受试者。例如，受试者可能正患有如本文公开的疾病，该疾病已由临床医生基于该疾病的临床参数诊断。受试者可能正患有如本文公开的状况，例如与本文公开的疾病或状况的一种或多种症状相关但不一定满足疾病诊断的一个或多个临床参数的状况。

在优选的方面，在本文所述的任何方法中，受试者具有EBV感染。在优选的方面，受试者潜伏感染EBV。受试者的EBV感染可使用本领域已知的方法来确定。

在优选的方面，在本文所述的任何方法中，受试者具有长期EBV感染。受试者可具有EBV感染持续约6个月或更长、约9个月或更长、约1年或更长、约2年或更长，约3年或更长。

在本文所述的任何方法中，受试者可具有血液中大于或等于约5,000个拷贝/μgDNA和/或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆的EBV DNA载量。在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者的EBV DNA载量可随时间增加。EBV DNA载量可使用本领域已知的技术来测量。

在本文所述的任何方法中，受试者具有EBV阳性B细胞；表达IDO1的EBV阳性B细胞；和/或如本文公开的导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径(KP)激活的一种或多种分子指示物；优选表达IDO1的EBV阳性B细胞和导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径(KP)激活的一种或多种分子指示物。

在本文所述的任何方法中，需要治疗的受试者可为免疫功能受损的受试者，并且优选是具有如本文所述EBV感染的受试者。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗或预防免疫功能受损的受试者、优选具有如本文所述EBV感染的受试者的EBV相关疾病的方法。

在各个方面，免疫功能受损受试者可为具有原发性或继发性免疫缺陷的受试者。继发性免疫缺陷可由以下引起：营养不良，衰老，特定药物治疗(例如化学疗法、缓解病情的抗风湿药物、免疫抑制药物、糖皮质激素)，以及环境毒素如汞和其他重金属，农药和石油化工产品如苯乙烯、二氯苯、二甲苯和乙基苯酚。继发性免疫缺陷可由以下引起：疾病，诸如癌症，特别是骨髓和血细胞的疾病(例如白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤)，以及感染，诸如慢性感染，特别是病毒感染，诸如HIV、SARS-COV和麻疹。继发性免疫缺陷可由各种激素和代谢紊乱引起，所述激素和代谢紊乱诸如贫血、甲状腺功能减退和高血糖。

在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者可为表现出本文公开的任何疾病的症状的受试者，优选具有如本文所述EBV感染的受试者和/或诊断为本文公开的任何疾病的受试者，优选具有如本文所述的EBV感染的受试者。

在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者可为诊断为PTLD的受试者。PTLD的诊断可以根据本领域已知的方法，例如基于以下中的一种或多种：其中大多数病变显示恶性B细胞的活检组织的组织学检查，显示肿大的淋巴结或局灶性肿块的CT图像，鉴定出代谢活性(PET亲合)病变增加的PET扫描。

在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗或预防免疫功能受损的受试者、优选接受一种或多种免疫抑制药物的受试者的PTLD的方法。在一个方面，受试者可以为未感染EBV的，并且治疗优选包括预防PTLD。在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者可为表现出PTLD的一种或多种症状的受试者，所述症状例如选自以下的一种或多种症状：淋巴结病、发烧、疲劳、体重减轻、盗汗和全身不适。

在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者可为诊断为IM的受试者。IM的诊断可以根据本领域已知的方法。

在本文所述的任何方法中，需要如本文所述治疗的受试者可为表现出IM的症状的受试者，所述症状例如选自以下的一种或多种症状：颈部和腋窝的淋巴结病、疲劳、发烧、脾脏软肿、头痛、扁桃体肿大和皮疹。

预测EBV相关疾病或状况的风险的方法

本发明人已经证明了在感染EBV的B细胞中的IDO1表达和如本文所述的导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的分子指示物(优选在血清中)如何在体内、特别是在移植患者中先于淋巴瘤的发展。这些标记物可被用于预测受试者发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险，优选预测受试者是否处于发展如本文公开的EBV相关疾病或状况(优选淋巴瘤)的高风险中。本发明人还显示了如何可将这些标记物与已建立的用于预测疾病风险的方法组合使用，例如通过测量受试者的EBV载量，以改善此类用于预测疾病风险的方法的准确性。该方法可被用于改善例如在用于移植接受者中EBV监测的已建立指南中的已建立的监测和干预策略。

在一个方面，提供了用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法，其包括：

a)检测受试者中表达IDO1的感染EBV的细胞(IDO1⁺EBV⁺细胞)、优选B细胞(IDO1⁺EBV⁺B细胞)的存在；和/或

b)检测受试者中导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物。

用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法可进一步包括：

c)确定受试者的EBV载量。

IDO1⁺EBV⁺细胞的存在可以通过本领域已知和如本文公开的方法在受试者中进行检测。适当地，可以在获自受试者的样品中检测IDO1⁺EBV⁺细胞的存在。例如，使用EBV编码的小RNA(EBER)探针的原位杂交(ISH)可被用于检测样品中EBV⁺细胞的存在。优选地，如本文所述的基于流式细胞术的荧光原位杂交(FISH)测定可被用于检测样品、优选B细胞中IDO1⁺EBV⁺细胞的存在。在一个方面，用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法包括检测受试者中表达IDO1的感染EBV的细胞(IDO1⁺EBV⁺细胞)、优选IDO1⁺

EBV⁺B细胞的存在。

适当地，样品是血液样品；适当地是外周血样品；适当地是外周血单核细胞(PBMC)样品。在一个方面，当在样品中检测到大于或等于2个IDO1⁺EBV⁺细胞/μl血液、优选在样品中检测到大于或等于2个IDO1⁺EBV⁺B细胞/μl血液时，受试者处于发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中。

KP激活的分子指示物可为如本文公开的任何KP激活的分子指示物，例如以下中的一种或多种：i)如本文公开的一种或多种参与犬尿氨酸途径激活的蛋白或编码参与犬尿氨酸途径激活的蛋白的基因转录本的表达或上调，优选在受试者的B细胞中；ii)如本文公开的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度，优选在血清中；iii)如本文公开的一种或多种KP代谢物比率，优选在血清中；和iv)L-TRYP来源的碳原子向L-KYNU、QUIN和/或NAD内掺入的指示物，优选在受试者的B细胞中。

在一个方面，KP激活的分子指示物是如本文公开的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度，优选选自L-TRYP、L-KYNU、QUIN和NAD。KP激活的分子指示物可以通过使用本领域已知和如本文公开的技术，例如通过包括液相色谱串联质谱法(LC-MS/MS)的质谱法或通过ELISA测定，分析获自受试者的样品中一种或多种犬尿氨酸途径(KP)代谢物的丰度或浓度来检测。优选地，将获自受试者的样品中的一种或多种KP代谢物的丰度或浓度与对照水平进行比较。优选地，样品是血液样品，优选是血清样品。KP激活的分子指示物可为来自受试者的样品中不同于如本文公开的对照水平的一种或多种KP代谢物的浓度，优选其中差异为统计学上显著的。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中L-TRYP的浓度为约55μM或更小、约50μM或更小、约45μM或更小、约40μM或更小、约35μM或更小或约30μM或更小，优选约40μM；或者在约15μM至55μM之间，优选在约30μM至50μM之间，优选在约35μM至45μM之间。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是L-KYNU，并且来自受试者的样品、优选血清样品中L-KYNU的浓度为约200nM或更大、约250nM或更大、约300nM或更大、约350nM或更大、约400nM或更大、约450nM或更大、约500nM或更大、约550nM或更大或约600nM或更大；或者在约200nM至700nM之间，优选在约250nM至650nM之间或在约250nM至500nM之间。

在一个方面，一种或多种KP代谢物是QUIN，并且来自受试者的样品、优选血清样品中的QUIN的浓度为约250nM或更大、约300nM或更大、约350nM或更大、约400nM或更大、约450nM或更大、约500nM或更大；或者在约200nM至500nM之间，优选在约250nM至500nM之间、在约300nM至500nM之间或在约400nM至500nM之间。

如本文公开的两种或更多种KP代谢物的丰度或浓度可被用于确定一种或多种KP代谢物浓度比。在一个方面，导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一个或多个分子指示是如本文公开的在受试者中、优选在来自受试者的B细胞中的一种或多种KP代谢物比率。KP代谢物比率可为L-KYNU/L-TRYP，其中L-KYNU/L-TRYP比率高于对照水平；和/或QUIN/L-TRYP，其中QUIN/L-TRYP比率高于对照水平，优选QUIN/L-TRYP。

在一个方面，一种或多种KP代谢物比率是L-KYNU/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中的L-KYNU/L-TRYP比率为约3或更大、4或更大或者5或更大。

在一个方面，一种或多种KP代谢物比率为QUIN/L-TRYP，并且来自受试者的样品、优选血清样品中的QUIN/L-TRYP比率为约15或更大、约20或更大，约25或更大、约30或更大、约35或更大或者约40或更大。

在优选的方面，用于预测受试者发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险的方法包括：a)检测如本文所述的受试者中表达IDO1的感染EBV的细胞(IDO1⁺EBV⁺细胞)、优选来自受试者的样品中的B细胞(IDO1⁺EBV⁺B细胞)的存在；和b)检测如本文所述的导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，优选如本文公开的受试者中、优选来自受试者的血清样品中的一种或多种KP代谢物比率、优选如本文公开的QUIN/L-TRYP浓度比。

EBV载量可以使用本领域已知和如本文所述的技术来测量。例如，可使用感染EBV的B细胞在体外的自发外向生长、使用EBV编码的小RNA(EBER)探针的原位杂交(ISH)和/或定量PCR(qPCR)测定诸如BALF5-qPCR来确定测定样品中的EBV。优选地，qPCR被用于确定样品中的EBV载量。适当地，样品是血液样品，适当地是外周血样品，优选外周血单核细胞(PBMC)样品。在一个方面，当样品中的EBV载量为血液中大于或等于约5,000个拷贝/μg DNA和/或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆的EBV DNA载量时，受试者处于发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中。

在另一个优选的方面，用于预测受试者发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险的方法包括：a)检测如本文所述的受试者中表达IDO1的感染EBV的细胞(IDO1⁺EBV⁺细胞)、优选来自受试者的样品中的B细胞(IDO1⁺EBV⁺B细胞)的存在；b)检测如本文所述的导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径激活的一种或多种分子指示物，优选如本文公开的在受试者中、优选在来自受试者的血清样品中的一种或多种KP代谢物比率、优选如本文公开的QUIN/L-TRYP浓度比；和c)确定受试者的EBV载量；优选其中当在外周血样品中检测到大于或等于2个IDO1⁺EBV⁺B细胞/μl血液时，当在血浆样品中的QUIN/L-TRYP浓度比为约15或更大时，以及当EBV DNA载量为血液中大于或等于约5,000个拷贝/μg DNA或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆时，受试者处于发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险中。

在优选方面，EBV相关疾病或状况是淋巴瘤，优选EBV驱动的淋巴瘤或PTLD。

在一个方面，受试者是移植受试者或接受免疫抑制药物治疗的受试者。对照样品可以在接受移植或免疫抑制药物治疗之前获自受试者。样品可以在接受移植或免疫抑制药物治疗后获自同一受试者。在一个方面，样品可以在接受移植后至多18个月，例如移植后6个月或移植后12个月获自受试者。优选地，EBV相关疾病或状况是PTLD。

如本文公开的用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法可以在体外或离体进行。

用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法可被用于预测受试者发展如本文公开的EBV相关疾病或状况的风险，所述基本或状况优选EBV相关癌症，优选淋巴瘤，优选来源于B细胞的淋巴瘤，优选PTLD。

在一个方面，如本文公开的用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法可被用于提供如本文公开的更具针对性的治疗方法。本发明使临床医生能够增加对如本文公开的患者或受试者的特定子集的监测和/或为其提供更积极和最优的预防性干预或治疗。

在优选的方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于如本文所述的治疗受试者的EBV相关疾病或状况的方法，其中所述方法进一步包括在治疗受试者之前通过本文公开的方法预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险。在各个方面，治疗受试者的EBV相关疾病或状况的方法包括预防EBV相关疾病或状况。优选地，EBV相关疾病或状况是淋巴瘤，优选是EBV驱动的淋巴瘤或PTLD。在一个方面，EBV相关疾病或状况是PTLD，并且该方法包括预防PTLD。优选地，受试者是移植受试者。在一个方面，如本文所述的IDO1抑制剂或组合物可用于治疗或预防受试者的EBV相关疾病或状况的方法，其中所述受试者具有以下中的一种或多种：

a)含有大于或等于2个IDO1⁺EBV⁺B细胞/μl血液的外周血；

b)L-TRYP的血浆浓度为约55μM或更小；

c)血浆QUIN/L-TRYP浓度比大于约15；

d)血液中的EBV DNA载量大于或等于约5,000个拷贝/μgDNA；和

e)血浆中的EBV DNA载量大于或等于约1,000个拷贝/100μl。

本文所述的所有特征(包括任何随附的权利要求、摘要和附图)和/或如此公开的任何方法的所有步骤可以以任何组合与任何以上方面相结合，除了其中此类特征和/或步骤的至少一些相互排斥的组合之外。具体而言，本文所述的任何活性剂和组合物都可以被用于任何所述的治疗方法。任何和所有此类组合被明确设想为本发明的构成部分。

实施例

实施例1-EBV感染和B细胞代谢

进行转录组学和代谢组学概况分析，以研究用EBV感染B细胞如何影响其代谢。

具体而言，从健康血液捐献者(HD)的血沉棕黄层制剂中纯化幼稚B细胞(CD27^–IgD⁺)，并经由旋转接种(spinoculation)用EBV野生型毒株B95-8感染幼稚B细胞，所述EBV野生型毒株B95-8的浓度优化为在每个实验中产生≥98％的感染细胞，对应于约10的感染复数(MOI)。热灭活的EBV(h.i.EBV)充当通过病原体相关分子模式(PAMP)的B细胞非感染相关激活的对照，并以与野生型毒株B95-8相同的浓度加入。然后分别在用EBV感染后(hpi)或暴露于h.i.EBV后0、24和96小时分析B细胞(图2A；实验方案)。24h和96h时间点代表潜伏前EBV感染的不同时期：在24hpi时，注意到先于表型和功能变化的广泛的转录变化。在96hpi时，B细胞获得淋巴母细胞样表型，它们被高度激活并开始增殖，这是潜伏前期，其特征在于每8-12h细胞倍增和先于转化。我们假设，感染的B细胞在96hpi时需要显著的代谢适应来进入细胞周期并启动高增殖期。

对单一代谢物丰度的分析将色氨酸代谢(犬尿氨酸途径)的代谢物喹啉酸(QUIN)鉴定为变化差异最大的代谢物。在96hpi时，与暴露于h.i.EBV的B细胞相比，QUIN是感染EBV的B细胞中上调最多的代谢物，而色氨酸(L-TRYP)和NAD⁺水平降低(图2B)。这表明犬尿氨酸途径(KP)在EBV感染后激活。KP的激活，其中IDO1和QPRT是其限速酶，顺序地将L-TRYP分解代谢为QUIN，在一些细胞中，QUIN可进一步被用于NAD从头生物合成(图1)。NAD⁺丰度的降低与B细胞的EBV感染早期的犬尿氨酸途径激活以补充NAD相符，这先前未在B细胞中描述过。

与代谢组学数据一致，RNA测序揭示了参与NAD从头生物合成的基因转录本在4dpi时上调。使用nucleospin RNA试剂盒(Macherey-Nagel)，按照制造商的方案，在感染后/激活后0、1和4天分离来自分别用EBV感染或用热灭活EBV激活的幼稚B细胞的RNA。RNA测序由Admera Health进行。用STAR(2.5.2a版本)将读数与人类基因组(UCSC版本hg38分析集，http://genome.ucsc.edu)进行比对。RNA-seq分析揭示了在96hpi时，感染EBV的B细胞上调了IDO1、QPRT、HAAO和KYNU的基因转录本，特别是IDO1和QPRT，上调至高达4倍(图3A)。方框区域代表一组上调的基因转录本。值得注意的是，IDO1蛋白水平在96hpi时最高，随后急剧下降，而QPRT蛋白在整个细胞转化过程中保持不变(图3B-3C)。相比之下，有助于NAD挽救的转录本(NAD从烟酰胺(NAM)再生)和Preiss-Handler途径(NAD从烟酸(NA)生成)没有上调(图3A)。

接下来，我们纵向定量了犬尿氨酸途径代谢物色氨酸(L-TRYP)、L-犬尿氨酸(L-KYNU)、喹啉酸(QUIN)以及NAD⁺在整个感染后28天过程中的丰度，所述时间为观察到感染EBV的B细胞外向生长的时候。平行地，还对已建立的淋巴母细胞样细胞系(LCL)进行了评估。

¹³C-标记和未标记的NAD⁺、NADH、QUIN、L-TRYP和L-KYNU样品通过使用与配备有电喷雾电离源的API 5500Qtrap质谱仪(Sciex,MA,USA)连接的四元超高压色谱系统(Shimadzu,Kyoto,Japan)的靶向液相色谱串联质谱法(LCMS/MS)进行分析。

细胞内L-TRYP水平在1和4dpi时瞬时下降，但在pi的第7天时恢复到感染前水平——这表明L-TRYP向犬尿氨酸的早期加速分解代谢(图3D，左上图)。相应地，L-KYNU和QUIN在前7dpi瞬时增加，其中L-KYNU的峰先于其下游代谢物QUIN的峰(图3D，中上图和右上图)。

吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)催化色氨酸分解代谢的第一和限速的步骤(图1)。作为IDO1活性的已建立的度量，L-KYNU/L-TRYP比率在4dpi时瞬时增加(图3D，左下图)，QUIN/L-TRYP比率在1-7dpi时也瞬时增加(图3D，中下图)。NAD⁺稳步增加，在pi的第7天左右达到平稳期(图3D，右下图)。IDO1蛋白丰度准确地反映了B细胞中该EBV感染的潜伏前期早期的QUIN/L-TRYP比率。值得注意的是，另外两种色氨酸降解酶IDO2和TDO没有表达(数据未显示)。

与从我们的组学数据发现平台获得的见解一致，检测到L-KYN/L-TRYP比率增加，这证实了IDO1活性提高加速了L-TRYP向L-KYN的分解代谢(图3D)。

为了测试感染EBV的B细胞参与NAD从头生物合成，使用均匀标记的色氨酸(U-¹³C11-色氨酸)进行同位素示踪研究(图3E)。从pi的第0天开始在¹³C11-色氨酸存在下培养感染EBV的B细胞导致在4到7dpi之间色氨酸来源的重碳原子掺入到L-KYNU和QUIN中，之后不再检测到掺入，这进一步支持了感染后早期B细胞中的瞬时犬尿氨酸途径激活的假说(图3F，左图)。色氨酸来源的碳也对总细胞NAD⁺和NADH池做出了贡献(图3F，右图)。

总之，这些数据鉴定了新生性感染EBV的B细胞中犬尿氨酸途径的瞬时激活。犬尿氨酸途径活性的标志是感染后早期的IDO1表达和L-TRYP加速消耗，导致L-KYNU和QUIN的暂时增加，其激发NAD的从头生物合成。

实施例2-免疫抑制中的犬尿氨酸途径(KP)

免疫抑制与EBV再激活有关，由于对潜伏感染细胞的免疫控制降低。因此，为了探索免疫抑制个体中是否存在KP活性的证据，在加入前瞻性瑞士移植队列研究(STCS)的实体器官移植(SOT)接受者中纵向定量了KP代谢物。研究参与者被分为三类，反映了EBV免疫控制范围从完全控制到其临床相关丧失的谱系。具体而言，我们纵向测试了来自SOT接受者的血清样品，其中(i)在整个从移植开始的18个月的观察期过程中，血浆中没有可检测到的EBV DNA(n＝10)，(ii)在移植后18个月观察期内血清中可重复检测到的EBV DNA，无移植后淋巴增生性疾病(PTLD)的证据(n＝10)，和(iii)移植的18个月内可重复检测到的EBV DNA和经活检证实的PTLD的发展(n＝

10)。与我们的体外研究结果一致，从队列(i)到(ii)，再从队列(ii)到(iii)，L-KYNU/L-TRYP和QUIN/L-TRYP比率增加(图4)。

实施例3-细胞增殖

为了探测B细胞感染EBV后瞬时的IDO1表达是否是潜伏感染的代谢要求，我们在第一步中监测了EBV驱动的B细胞增殖与药理阻断IDO1的关系。

将成批B细胞用CellTrace^TMViolet(细胞增殖试剂盒，ThermoFisher)染色，然后如上所述用EBV B95-8感染。通过确定用IDO1抑制剂的增殖细胞(感染后至少增殖一次的细胞)的数量/用媒介物对照的增殖细胞的数量，来评估增殖。

重要的是，当在0hpi时加入不可逆IDO1抑制剂BMS-986205时，EBV驱动的B细胞增殖以剂量依赖性方式受到抑制(图5)。这些数据显示EBV诱导的IDO-1活性是B细胞增殖所需的。

实施例4-B细胞的瞬时IDO1表达和EBV感染

为了探测B细胞感染EBV后的瞬时IDO1表达是否是潜伏感染(以及因此的B细胞转化)的代谢要求，开发了定制的测定来监测EBV驱动的B细胞转化与药理阻断IDO1的关系。

将成批B细胞在96孔圆底板中在LCM-10培养基中以1x10⁶个细胞/ml的最终浓度接种，并通过旋转接种用递增浓度的EBV B95-8(MOI 1x10³–1x10^-4)感染。旋转接种后立即用含或不含10-100μmol L-犬尿氨酸和250μmol NaMN终浓度的补充有10μM林罗司他、10μM艾卡哚司他的LCM-10培养基覆盖细胞。感染后5周，对具有转化的形态学变化的孔的数量进行计数，并将其绘制为对LCL外向生长阳性的孔的百分比针对以MOI计的病毒浓度。

重要的是，当在0hpi时加入不可逆IDO1抑制剂BMS-986205时，EBV驱动的B细胞转化被有效抑制——这有力地支持了早期IDO1表达和活性是B细胞转化的代谢要求。

为了证实EBV驱动的B细胞转化对EBV诱导的IDO1活性的要求，我们接下来评估了IDO-1下游的代谢物是否可以恢复EBV的转化能力。事实上，L-KYNU的加入部分恢复了EBV潜伏感染B细胞的能力，而NAD⁺的直接前体NaMN完全恢复了这种能力(图6A)。事实上，与媒介物相比，NaMN的加入甚至略微提高了转化效率。这些数据证实了新生性感染EBV的B细胞中作为EBV潜伏感染/B细胞转化的代谢需求，激发NAD⁺从头生物合成的早期瞬时IDO-1活性的重要性。L-KYNU仅部分恢复EBV的转化效率的观察结果表明，QPRT代表了该生物系统中向NAD⁺从头生物合成的流动中的重要瓶颈。

为了进一步巩固使用BMS-986205获得的研究结果，我们还测试了另一种IDO1抑制剂艾卡哚司他。同样，在EBV感染的同时(即在0hpi)加入艾卡哚司他有效地抑制了感染EBV的B细胞的转化(图6B)。同样在这种情况下，在抑制剂的存在下，同时加入NaMN完全挽救了B细胞的转化(图6B)。

此外，siRNA介导的对感染EBV的B细胞中IDO1诱导的预防也抑制了转化(图6C)。

总之，这些数据鉴定了EBV在B细胞中建立潜伏期过程中的代谢脆弱性——这是恶性B细胞转化的先决条件。具体而言，我们显示了IDO1的激活在这个过程中是至关重要的。IDO1的药理阻断非常显著地阻碍了EBV在B细胞中建立潜伏期——并因此阻碍了EBV驱动B细胞转化。NAD⁺前体L-KYNU的加入部分且剂量依赖性地挽救了EBV转化IDO1阻断的B细胞的能力，而直接的NAD⁺前体NaMN能够完全挽救IDO1阻断。

因此，这些数据证明IDO1在原代B细胞的EBV转化中起着关键作用。因此，IDO1抑制剂可被用于防止幼稚B细胞变为感染EBV，用于防止新感染的B细胞变为潜伏感染，以及用于抑制感染EBV的细胞的转化，并因此治疗或预防一系列EBV相关病理。

实施例5-EBV驱动的IDO1活性的体内相关性

为了探索EBV驱动的IDO1活性与潜伏B细胞感染相关病理的发展的体内相关性，我们首先利用了前瞻性瑞士移植队列研究(STCS；www.STCS.ch)。STCS是在瑞士的对所有实体器官移植(SOT)接受者进行临床监测和生物采样的大型合作。从该队列中，10名患者被鉴定为患有移植后6-18个月诊断的经组织学证实的EBV相关PTLD。对来自这10例病例中7例的肿瘤活检样品进行了独立的重新评估，并证实其为EBV阳性PTLD(图7A)。临床细节提供于表S2中。

表S2.患者特征

¹估计肾小球滤过率 ²移植 ³抗胸腺细胞球蛋白 ⁴静脉注射免疫球蛋白⁵他克莫司(FK506) ⁶霉酚酸酯 ⁷环孢菌素A ⁸肠溶霉酚酸

值得注意的是，发展PTLD的10名移植接受者中的3名在移植时为EBV血清阴性，并接受了来自EBV血清阳性捐献者的器官。没有PTLD证据的对照患者(n＝20)的年龄、性别、移植器官和肌酐水平与病例相匹配，并分层为两组：(i)在移植后18个月内没有病毒综合征且没有记录EBV再激活的参与者(无EBV反应，n＝10)，和(ii)在移植后6-18个月的观察期内具有≥1个可检测的EBV DNA样品(即处于PTLD的风险中但没有淋巴瘤的证据)的患者(EBV反应，n＝10)。对于所有研究参与者，在移植前(t0)以及在移植后6个月(t6)和12个月(t12)可获得血清和外周血单核细胞(PBMC)样品。通过来自冷冻PBMC的BALF5 qPCR分析，对所有参与者重新评估和证实了“EBV再激活”相对于“不存在EBV复制”(数据未显示)。为了测试感染EBV的B细胞中的IDO1表达(即对EBV编码的RNA呈阳性——EBER⁺)，开发了基于流式细胞术的荧光原位杂交(FISH)测定(图7B)。

如制造商所述使用来自eBioscience的PrimeFlow RNA测定试剂盒所提供的试剂进行流式FISH细胞术。简言之，将每个患者样品的2-10x10⁶个冷冻PBMC用抗CD19(BioLegend，HIB19)和细胞活力染料(Invitrogen，LIVE/DEAD^TM可固定死细胞染色试剂盒)进行染色。然后将细胞在4℃下固定30分钟并透化。样品与抗IDO1抗体(Cell signaling,D5J4E)一起孵育，并随后与山羊抗兔IgG(Invitrogen)一起孵育，各自在4℃下30分钟。进行第二固定步骤(在RT下1h)，并将EBER靶标探针在40℃下杂交2小时。通过预扩增步骤扩增信号，然后为扩增步骤(各自在4℃下1.5h)以及与制造商提供的荧光标记探针的杂交(在40℃下1h)。如图6B所述，使用FlowJo软件10.8.0版本对细胞进行门控。

20个来自无再激活移植接受者的移植后样品中有0个(0％)，而20个来自EBV再激活移植接受者的样品中有1个(5％)检测到IDO1⁺EBER⁺B细胞(IDO1⁺EBER⁺B细胞的检测限为2个细胞/μl血液)。相比之下，在PTLD患者中，16个在淋巴瘤诊断前获得的样品中有6个(37.5％)检测到IDO1⁺EBER⁺B细胞(图8A)。

接下来，通过与Vanquish Horizon超高效液相色谱系统偶联的使用Q ExactivePlus轨道阱的质谱(均来自Thermo Fisher Scientific)分析L-TRYP、L-KYNU和QUIN的血清丰度。

与来自两个对照组的样品相比，PTLD前样品中的L-TRYP水平显著更低，指示色氨酸消耗的增加先于淋巴瘤诊断(图8B，左上图)。与来自两个对照组的样品相比，PTLD前样品中的QUIN水平更高(图8B，右上图)，并且与来自两个对照组的样品相比，PTLD前样品中的L-KYNU水平更高(图8B，右下图)。

与对照样品相比，PTLD前样品中指示犬尿氨酸途径激活的QUIN/L-TRYP比率显著更高(图8B，左中图)，因此代表了预测淋巴瘤发展的标志物。与对照样品相比，PTLD前样品中的L-KYNU/L-TRYP比率也更高(图8B，左下图)。

图8C显示了与循环EBV载量/丰度(如通过PCR评估)相比，EBER⁺IDO1⁺外周血B细胞计数和血清QUIN/L-TRYP比率如何也可被用作受试者的PTLD风险的标志物，所述循环EBV载量/丰度为已建立的风险因素。ROC曲线分析显示了这三个标志物：1)循环EBV丰度(如通过PCR评估)；2)EBER⁺IDO1⁺外周血B细胞计数；和3)血清QUIN/L-TRYP比率的组合如何提高性能并提供更准确的疾病风险预测指标(图8C)。循环EBER⁺IDO1⁺B细胞和犬尿氨酸途径的激活先于EBV驱动的PTLD，这为EBV驱动的IDO1活性在淋巴瘤生成中的作用提供了相关证据。

实施例6-IDO1在体内EBV驱动的免疫失调和淋巴瘤生成中的作用

然后使用EBV感染的人源化小鼠模型来直接探询(interrogate)IDO1在EBV驱动的免疫失调和淋巴瘤生成中的作用。简言之，NSG小鼠(Jackson Laboratory,Bar Harbor,ME,USA)在出生后不久注射人造血祖细胞，并且用人免疫系统组分的重构在3-4月龄时被证实(数据未显示)。在用高剂量EBV(10⁵个感染单位)感染人源化NSG小鼠前三天，i.p.开始用艾卡哚司他或媒介物对照治疗的IDO1抑制，并将其维持2周——这是由在体外早期在感染EBV的B细胞中检测到的IDO1瞬时表达指示的治疗方案——或维持整个实验过程(图9，实验方案)。艾卡哚司他介导的IDO1抑制的效力通过定量色氨酸和L-犬尿氨酸血浆水平来验证(图10)。在来自pi的第2、3、4和5周的全血的DNA制剂中，以及在处死当天的脾脏中，使用利用修饰引物(5′-CTTCTCAGTCCAGCGCGTTT-3′和5′-CAGTGGTCCCCCTCCCTAGA-3′)和荧光探针(5′-FAM CGTAAGCCAGACAGCAGCCAATTGTCAG-TAMRA-3′)的Taqman实时PCR检测保守的EBV BamHI-W片段，来评估EBV病毒载量。一式三份分析样品，并将其在CFX384 Touch实时PCR检测系统(Bio-Rad)上运行。根据制造商的建议，用NucliSENS EasyMAG系统(Biomérieux)提取全血中的DNA，并使用DNeasy血液和组织试剂盒(QIAGEN)分离脾脏组织中的DNA。

与媒介物治疗的对照动物相比，IDO1抑制小鼠中血液EBV载量(不区分裂解与潜伏的贡献)有效降低(图11A)。在pi 5周时，脾脏病毒载量保持临界降低(图11B)。在整个实验过程中用IDO1抑制剂治疗的小鼠中观察到了对病毒载量的影响，但在仅于感染后治疗2周的小鼠中也观察到了对病毒载量的影响(数据未显示)。急性EBV感染引起具有高度激活的炎症表型的CD8⁺T细胞的明显扩增(Hislop,A.D等人.(2007)Annu Rev Immunol 25,587-617)。主要由这种免疫失调引起，pi的第5周代表了感染高滴度EBV的人源化小鼠的伦理终点。值得注意的是，在用艾卡哚司他治疗的人源化小鼠中，外周血CD8⁺T细胞的扩增被阻止(图12A和12B)。艾卡哚司他治疗的小鼠中脾脏CD8⁺/CD4⁺T细胞比率也保持不变(图12C)。因此，IDO1抑制阻止了急性或控制不良的EBV感染的标志性免疫失调事件。在定量宏观肿瘤负荷以及在使用显微镜下评估时，IDO1抑制对EBV驱动的B细胞肿瘤发生的影响同样清楚(图13A、13B和13C)。因此，抑制IDO1显现为高效的体内免疫代谢干预，预防免疫失调并减少由EBV引起的淋巴瘤生成。

序列表

<110> 巴塞尔大学(Universitat Basel)

<120> 用于治疗EBV相关疾病或状况的组合物

<130> HORN-001/001WO

<150> EP21161105.8

<151> 2021-03-05

<150> EP21208340.6

<151> 2021-11-15

<160> 3

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 1

cttctcagtc cagcgcgttt 20

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 2

cagtggtccc cctccctaga 20

<210> 3

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 探针

<400> 3

cgtaagccag acagcagcca attgtcag 28

Claims

1.吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)抑制剂，其用于治疗受试者的爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)相关疾病或状况的方法。

2.权利要求1的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂是小分子IDO1抑制剂、疫苗或shRNA。

3.权利要求1或2的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂是小分子IDO1抑制剂，并且选自羟基脒、1-(4-芳基环己-1-基)丙烯酰胺、吲哚和[5,6]-稠合杂芳族物、苯基咪唑、1,2-二氨基取代芳族物和1-羟基-2-氨基取代芳族物；及其药学上可接受的盐。

4.权利要求3的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为羟基脒或其药学上可接受的盐。

5.权利要求4的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为艾卡哚司他(INCB024360)或其药学上可接受的盐。

6.权利要求3的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为1-(4-芳基环己-1-基)丙烯酰胺或其药学上可接受的盐。

7.权利要求6的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为林罗司他(BMS986205)或其药学上可接受的盐。

8.权利要求3的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为1,2-二氨基取代芳族物或1-羟基-2-氨基取代芳族物或其药学上可接受的盐。

9.权利要求8的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述IDO1抑制剂为KHK2455或其药学上可接受的盐。

10.前述权利要求中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述EBV相关疾病或状况选自移植后淋巴增生性疾病(PTLD)、传染性单核细胞增多症(IM)或腺热、慢性活动性EBV(CAEBV)、噬血细胞综合征(HPS)、噬血细胞性淋巴组织细胞增多症、免疫性溶血性贫血、EBV相关癌症、免疫缺陷和EBV相关自身免疫性疾病。

11.前述权利要求中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述EBV相关疾病是PTLD或IM，优选PTLD。

12.权利要求1-10中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述EBV相关癌症是淋巴瘤，优选来源于B细胞。

13.权利要求12的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述EBV相关癌症是选自免疫母细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、NK细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤和原发性渗出性淋巴瘤的淋巴瘤；或选自鼻咽癌和胃癌的癌症。

14.权利要求1-10中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述免疫缺陷选自共济失调-毛细血管扩张症、ITK缺乏症、X-连锁淋巴增生性疾病(XLP)、Wiskott-Aldrich综合征、CD27缺乏症、XMEN疾病(MAGT1缺乏症)、冠蛋白1a缺乏症、自身免疫性淋巴增生性综合征(ALPS)、MST1突变(STK4缺乏症)、Omenn综合征、DiGeorge综合征、活化PI3K-δ综合征、WHIM综合征、CTPS1缺乏症、MCM4缺乏症、ZAP70缺乏症和NF-κB1单倍剂量不足。

15.权利要求1-10中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述EBV相关自身免疫性疾病选自多发性硬化症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和炎症性肠病。

16.权利要求1-9中任一项的用于所述用途的IDO1抑制剂，其中所述方法包括预防受试者的移植后淋巴增生性疾病(PTLD)。

17.治疗需要其的受试者的如前述权利要求中任一项所定义的EBV相关疾病的方法，其包括向所述受试者施用治疗有效量或预防有效量的如前述权利要求任一项所定义的IDO1抑制剂或包含如前述权利要求任一项所定义的IDO1抑制剂的组合物。

18.用于预测受试者发展EBV相关疾病或状况的风险的方法，其包括：

a)检测来自所述受试者的样品中表达IDO1的感染EBV的B细胞(IDO1⁺EBER⁺B细胞)的存在；和/或

b)检测来自所述受试者的样品中导致NAD从头生物合成的犬尿氨酸途径(KP)激活的一种或多种分子指示物；

其中当在所述样品中检测到IDO1⁺EBER⁺B细胞时和/或当在所述样品中检测到导致NAD从头生物合成的KP激活的一种或多种分子指示物时，所述受试者处于EBV相关疾病或状况的风险中。

19.治疗需要其的受试者的EBV相关疾病或状况的方法，其包括向所述受试者施用治疗有效量或预防有效量的IDO1抑制剂，其中通过以下确定所述受试者处于发展EBV相关疾病或状况的风险中：

其中当在所述样品中检测到IDO1⁺EBER⁺B细胞时和/或当在所述样品中检测到导致AD从头生物合成的KP激活的一种或多种分子指示物时，所述受试者处于EBV相关疾病或状况的风险中。

20.权利要求18或19所述的方法，其中所述导致NAD从头生物合成的KP激活的分子指示物是所述样品中不同于对照水平的一种或多种KP代谢物的浓度。

21.权利要求20所述的方法，其中所述一种或多种KP代谢物为L-色氨酸(L-TRYP)，并且当所述样品中的L-TRYP浓度低于对照水平时，所述受试者处于EBV相关疾病或状况的风险中。

22.权利要求18或19所述的方法，其中所述导致NAD从头生物合成的KP激活的分子指示物是喹啉酸(QUIN)/L-TRYP的浓度比，并且当所述QUIN/L-TRYP的浓度比大于对照水平时，所述受试者处于EBV相关疾病或状况的风险中。

23.权利要求18至22中任一项所述的方法，其进一步包括：

c)确定来自所述受试者的样品中的EBV载量；

其中当所述样品中的EBV载量为血液中大于或等于约5,000个拷贝/μg DNA和/或大于或等于约1,000个拷贝/100μl血浆的EBV DNA载量时，所述受试者处于EBV相关疾病或状况的风险中。

24.权利要求18至23中任一项所述的方法，其中所述EBV相关疾病或状况是淋巴瘤，优选PTLD。

25.权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述受试者是移植患者。