JP2023504334A

JP2023504334A - 肺がんの診断のためのバイオマーカー

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Publication number: JP2023504334A
Application number: JP2022513609A
Authority: JP
Inventors: リリー，パトリック; ジェイ．カイザー，サード，マーティン
Original assignee: リキッドラングディーエックス
Priority date: 2019-08-26
Filing date: 2020-08-26
Publication date: 2023-02-03
Also published as: WO2021041556A1; US11198912B2; EP4022094A4; EP4257982A3; EP4022094A1; US20220106645A1; US20210102261A1; EP4257982A2

Abstract

本発明の実施形態は、肺がんの診断においてバイオマーカーを使用するシステムおよび方法を含む。対象は、特定のｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡの発現、または血液、血清、もしくは血漿中の核酸、タンパク質、ペプチド、もしくは他の生体分子の検出に基づいて、肺がんについてスクリーニングされ得る。実施形態は、肺がんを含む疾患に罹患している個体から健康な個体をスクリーニングまたは区別するためのバイオマーカーとして使用するための２９の特定のｍｉＲＮＡ、ならびに肺がんを含む疾患に罹患している個体から健康な個体をスクリーニングまたは区別するためのバイオマーカーとして使用するための８１の追加の核酸、タンパク質またはペプチドを含む。ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはタンパク質のうちの１つより多くのレベルのスコア付けを行い、１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するかまたは肺がんの予後を決定することができる。実施形態はまた、疾患に罹患した対象から健康な対象をスクリーニングするためのキットを含む。【選択図】図１

Description

本発明は、バイオマーカーを使用する疾患の診断、より具体的には、変化した発現レベルを同定する特定のｍｉＲＮＡまたは他のヌクレオチドもしくはポリペプチドハイブリダイゼーションに基づいて腺癌を診断するシステムおよび方法に関する。

肺癌腫としても知られる肺がんは、肺組織における制御されていない細胞の成長を特徴とする悪性肺腫瘍である。この成長は、近くの組織または身体の他の部分への転移の過程によって肺を越えて拡大し得る。肺がんのサブタイプとしては、腺癌肺がん、扁平上皮細胞肺がん、および小細胞肺がんが挙げられる。肺がんの治療は、がんのサブタイプによって異なる。

腺がんは、身体のいくつかの部分に発生し得るがん性腫瘍の一種である。これは、腺起源、腺特性、またはその両方を有する上皮組織の新生物として定義される。肺がんの約４０％は腺がんであり、通常は、末梢肺組織を起源とする。このがんは通常、いずれもより中心に位置する傾向がある小細胞肺がんおよび肺扁平上皮がんとは対照的に、肺の末梢に見られる。

肺腺癌（非小細胞肺がんまたはＮＳＣＬＣとも呼ばれる）のほとんどの症例は、喫煙に関連している。しかし、肺がんは、非喫煙者において最も一般的な肺がんの形態である。肺腺癌は、突然変異の数が最も多い腫瘍タイプのうちの１つである。肺腺癌における一般的な体細胞変異は、多くのがん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子に影響を及ぼす。

扁平上皮がんは、肺の気道の内側に並ぶ薄い平らな細胞である扁平上皮細胞から始まる。全肺がんの約３０％が扁平上皮がんに分類される。このがんは、他のいずれのタイプの非小細胞肺がんよりも喫煙と強く関連する。肺扁平上皮がんの他の危険因子としては、年齢、家族歴、副流煙、ミネラルおよび金属粉、アスベスト、またはラドンへの曝露が挙げられる。扁平上皮癌は、多くの場合、肺を通る体液（例えば、血液およびリンパ液）が絶えず流れるため、身体の他の部分に拡大する（すなわち、転移する）。

小細胞肺がんは、全肺がんの約１５％を占め、喫煙歴のある人に最も多く見られる。小細胞肺がんは、通常、肺につながる胸部中央の主要な気道である気管支から始まるが、肺の周辺にも見ることができる。小細胞肺がんは、神経内分泌腫瘍の一種であり、急速に成長して拡大し得る。

肺がんは、胸部Ｘ線写真およびコンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンで検出することができる。診断は、典型的には、疑わしい組織の生検によって確認される。生検はまた、肺がんのサブタイプも決定できる。腺癌などの肺がんに罹患しているほとんどの患者は、生存率が低い疾患の後期段階で診断される。がんが身体の遠位部分に拡大している場合（すなわち、転移性肺がん）、５年生存率は、約６％である。肺がんがその初期段階で検出されると、より多くの治療選択肢が利用できることから、生存率はより長くなる。したがって、転移前のその初期段階での疾患の検出を可能にする方法が必要である。

マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ＲＮＡサイレンシングおよび遺伝子発現の転写後調節で機能する非コードＲＮＡ低分子である。ｍｉＲＮＡは、進化的に保存され、内因性に発現される、サイズが２０～２５ヌクレオチドの非コード低分子ＲＮＡである。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ分子内の相補的配列との塩基対形成を介して機能する。結果として、これらのｍＲＮＡ分子は、以下の１つ以上のプロセスによってサイレンシングされる：ｍＲＮＡ鎖の２つの部分への切断、そのポリ（Ａ）テールの短縮によるｍＲＮＡの不安定化、および／またはｍＲＮＡのタンパク質への翻訳効率の低下。ｍｉＲＮＡは、細胞の発達、分化、増殖、およびアポトーシスにおける重要な機能に関与している。

近年の研究では、がんを有する患者におけるｍｉＲＮＡの異常な発現パターンのエビデンスが提供されている。これは、診断および予後のバイオマーカーとしての潜在的な使用の可能性を示している。肺がんの発症に関連を有する遺伝子のゲノム配列の変化を特定するためにも使用できる他の生体分子またはマーカーとしては、ｓｎｐまたはｓｎｐｓとしても知られる短いヌクレオチド多型が挙げられる。さらに、遺伝子の単一または複数の点突然変異または遺伝子の領域における突然変異を含む、遺伝子のゲノム配列の変化もまた、同定され、肺がんの発症に関連し得る。

しかし、バイオマーカーの発現の変動性のために、診断アッセイは、一部、効果がなかったか、信頼できなかった。さらに、従来のアッセイは、典型的には、単一の分子マーカーに依存する。これらの制限のために、診断方法は、がんまたは腫瘍の進行の存在を信頼可能に予測することができていない。したがって、これらの制限を克服する代替分子マーカーの同定が必要である。

以下の要約は、開示された実施形態に固有の本発明の特徴のいくつかを容易に理解するために提供されており、完全な説明を意図するものではない。本明細書に開示される実施形態の様々な態様の完全な理解は、全体としての明細書、特許請求の範囲、および要約書全体を考慮に入れることによって得ることができる。

本発明は、患者の肺がんまたは肺がんの素因を診断するための方法であって、（ａ）患者のサンプル中において、表１または表２の少なくとも１つのバイオマーカーの量を決定するステップと、ｂ）少なくとも１つのバイオマーカーの量を参照と比較するステップと、を含む方法に関する。特定のバイオマーカーは、肺がんのタイプを、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および腺癌肺がんのうちの１つとして同定することができる。この方法では、バイオマーカーに加えて追加の生物医学情報を使用できる。

実施形態は、肺がんを診断するか、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、（ａ）対象の試験サンプル中の少なくとも２つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、（ｂ）コンピュータを使用して、発現レベルを受信するステップと、（ｃ）発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、（ｄ）スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断またはその予後を決定するステップと、を含む方法を含む。

実施形態はまた、肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、（ａ）対象の試験サンプル中の少なくとも２つの核酸、タンパク質またはペプチドの発現レベルを測定するステップと、（ｂ）コンピュータを使用して、発現レベルを受信するステップと、（ｃ）発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、（ｄ）スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断またはその予後を決定するステップと、を含む方法も含む。

本明細書に記載の方法は、これらに限定されないが、表１に示されるｍＲＮＡおよびタンパク質プローブ、ならびに表２に示されるｍｉＲＮＡを含むバイオマーカーのうちの１つ以上を使用することができる。実施形態は、１つ以上のバイオマーカーを使用して、（１）患者の肺がんを同定する方法を含む。実施形態はまた、患者において、（２）小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、（３）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ、腺癌ではない）、（４）ＮＳＣＬＣ腺癌、（５）ＮＳＣＬＣ扁平上皮細胞癌、および（６）ＮＳＣＬＣ未分化大細胞型を同定するために、１つ以上のバイオマーカーを使用する方法を含む。表３で参照されているように、特定のバイオマーカーを使用してがんの種類を特定できる。

追加の実施形態は、肺がんの検出および診断のシステムおよび方法を含む。実施形態はまた、従来の方法（例えば、画像化および生検）によって同定できない肺がんの検出および診断のシステムおよび方法を含む。実施形態はさらに、（ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌およびＮＳＣＬＣ未分化大細胞型）を含む肺がんを区別するシステムおよび方法を含む。システムおよび方法は、患者の追加の生物医学情報と共にバイオマーカーを利用することができる。バイオマーカーは、以下の表１および表２に記載のものを含む。

本明細書に記載の方法は、以下の遺伝子から転写／翻訳された１つ以上のｍＲＮＡまたはタンパク質を使用することができる。ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（６１９ｏｒ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよびＴＨＲＡ。

本明細書に記載の方法は、以下のｍｉＲＮＡ：ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、およびｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐのうちの１つ以上を使用することができる。

実施形態は、がんと診断するか、またはがん（肺腺癌など）を有する対象の予後を決定する方法であって、ａ）対象の血漿の試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、ｂ）試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルをベースサンプルのレベルと比較するステップと、ｃ）試験サンプル中のｍｉＲＮＡの発現の変化に基づいて、がんを診断するかまたは予後を決定するステップと、を含む方法を含む。

実施形態は、がんと診断するか、またはがん（肺腺癌など）を有する対象の予後を決定する方法であって、ａ）対象の血漿の試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、ｂ）試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルをベースサンプルのレベルと比較するステップと、ｃ）試験サンプル中のｍｉＲＮＡの発現の変化に基づいて、がんを診断するかまたは予後を決定するステップと、を含む方法をさらに含む。

実施形態はまた、がん（肺腺癌など）を診断するか、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法であって、ａ）がんを有する対象の血液から得られたバフィーコート中の２つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと；ｂ）健康な対象のサンプルの血液から得られたバフィーコート中の２つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと；ｃ）がんを有する対象のサンプルの血液から得られたバフィーコート中の２つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを、健康な対象の血漿サンプル中のレベルと比較するステップと；ｄ）がんを有する対象のサンプルの血液から得られたバフィーコート中の発現レベルが変化しているｍｉＲＮＡを同定するステップと；ｅ）発現レベルが変化しているｍｉＲＮＡからバイオマーカーのフィンガープリントを作製するステップと；ｆ）試験対象の血漿からのｍｉＲＮＡのレベルをバイオマーカーフィンガープリント中のレベルと比較することにより、試験対象のがんを診断するかまたはがんの予後を決定するステップとを含む方法を含む。

実施形態はまた、がんを診断するための診断キットであって、複数の核酸分子を含み、各核酸分子がｍｉＲＮＡ配列をコードするキットも含む。核酸分子は、試験対象の血漿サンプル中の１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルの変動を同定する。１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルは、がんの存在を示す核酸発現フィンガープリントを表すことができる。このキットは、試験対象の血漿中に肺がんを呈する１つ以上の標的細胞を同定できる。

実施形態はまた、がんを呈する１つ以上の哺乳動物標的細胞を同定するための方法であって、ａ）試験対照から血液サンプルを収集するステップと；ｂ）ｍｉＲＮＡ配列をコードする少なくとも１つの核酸分子バイオマーカーを血液サンプルの一部にハイブリダイズさせるステップと；ｃ）ｍｉＲＮＡ発現を定量化するステップと；ｄ）各核酸分子がｍｉＲＮＡ配列をコードする複数の核酸分子の発現レベルを決定するステップと、ｅ）１つ以上の対照細胞における複数の核酸分子の発現レベルを決定するステップと；ｆ）ステップ（ｄ）および（ｅ）で得られたそれぞれの発現レベルを比較することにより、複数の核酸分子から、標的細胞および対照細胞で差次的に発現される１つ以上の核酸分子を同定するステップとを含む方法も含む。１つ以上の差次的に発現された核酸分子は、肺がんの存在を示す核酸発現バイオマーカーフィンガープリントを共に表すことができる。

バイオマーカーからの結果を組み合わせて、最終的なカテゴリー決定を達成する方法を示す図である。

定義
本明細書における「一実施形態／態様」または「実施形態／態様」への言及は、その実施形態／態様に関連して説明される特定の特徴、構造、または特性が、本開示の少なくとも１つの実施形態／態様に含まれることを意味する。本明細書の様々な場所での「一実施形態／態様において」または「別の実施形態／態様において」という句の使用は、必ずしもすべてが同じ実施形態／態様を指すものではなく、他の実施形態／態様を相互に排除する別個のまたは代替の実施形態／態様を指すものでもない。さらに、いくつかの実施形態／態様によって示され得るが、他の実施形態によって示されない様々な特徴が記載されている。同様に、いくつかの実施形態／態様の要件であり得るが、他の実施形態／態様では要件ではない様々な要件が説明されている。実施形態および態様は、特定の例においては互換的に使用することができる。

本明細書で使用される用語は、一般に、本開示の文脈内で、および各用語が使用される特定の文脈において、当技術分野におけるそれらの通常の意味を有する。本開示を説明するために使用される特定の用語は、本開示の説明に関して実践者に追加のガイダンスを提供するために、以下または本明細書の他の場所で論じられる。同じことが複数の方法で言い得ることを理解されたい。

したがって、本明細書で論じられる用語のいずれか１つ以上について、代替の言語および同義語を使用することができる。また、用語が本明細書で詳述されるか論じられているかということには、いかなる特別な意義もない。特定の用語の同義語が提供されている。１つ以上の同義語の引用は、他の同義語の使用を除外するものではない。本明細書で論じられる任意の用語の例を含む、本明細書の任意の場所での例の使用は、例示にすぎず、本開示または任意の例示された用語の範囲および意味をさらに限定することを意図するものではない。同様に、本開示は、本明細書で与えられる様々な実施形態に限定されない。

本開示の範囲をさらに限定する意図なく、本開示の実施形態による機器、装置、方法、およびそれらに関連する結果の例を以下に示す。主題または副題は、読者の便宜のために実施例で使用され得、それは決して開示の範囲を制限するものではないことに留意されたい。他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。矛盾する場合は、定義を含めて本明細書が優先する。

該当する場合、本明細書および添付の特許請求の範囲において本明細書で使用される「約」または「一般に」という用語は、特に明記しない限り、＋／－２０％の差分を意味する。また、該当する場合、本明細書および添付の特許請求の範囲において本明細書で使用される「実質的に」という用語は、特に明記しない限り、＋／－１０％の差分を意味する。上記の用語のすべての使用が、参照される範囲を適用できるように定量化可能ではないことを認識すべきである。

「アルゴリズム」という用語は、プロシージャを実行するための特定の命令セットまたは明確に定義された命令の明確なリストを指し、典型的には、明確に定義された一連の連続する状態を経て進行し、最終的に最終状態で終了する。

「バイオマーカー」という用語は、一般に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、または糖脂質ベースの分子マーカーを指し、それらの発現または存在は、対象のサンプル中で標準的な方法（または本明細書に開示される方法）によって検出でき、がんを有する哺乳動物対象の有効な応答性または感受性を予測するかまたは予後を示す。バイオマーカーは、試験サンプル中には存在し得るが対照サンプル中には存在しなくてもよく、試験サンプル中には存在しなくてもよいが対照サンプル中には存在し得、またはバイオマーカーの量は、試験サンプルと対照サンプルとの間で異なり得る。例えば、評価される遺伝子バイオマーカー（例えば、特定の突然変異および／またはＳＮＰ）は、そのようなサンプル中に存在するが、対照サンプル中には存在しなくてもよく、または特定のバイオマーカーは、サンプルでは血清陽性であるが、対照サンプルでは血清陰性である。また、任意により、そのようなバイオマーカーの発現は、対照サンプルについて観察された発現よりも高いと決定されてもよい。「マーカー」および「バイオマーカー」という用語は、本明細書では互換的に使用される。

バイオマーカーの量を、試験サンプル中で測定し、肺がんのカットオフポイントおよび異常値を定義するために参照限界、識別限界、またはリスク定義閾値などの手法を利用して、「正常対照レベル」と比較することができる。正常な対照レベルとは、肺がんに罹患していない対象において典型的に見られる１つ以上のバイオマーカーまたは組み合わせたバイオマーカー指標のレベルを意味する。このような通常の対照レベルおよびカットオフポイントは、バイオマーカーを単独で使用するか、他のバイオマーカーと組み合わせて指標にする方式で使用するかによって変動し得る。あるいは、正常な対照レベルは、臨床的意義のある期間にわたって肺がんを経験していない、以前に試験した対象のバイオマーカーパターンのデータベースであり得る。

バイオマーカーセットを選択した後、周知の技術、例えば、相互相関、主成分分析（ＰＣＡ）、因子回転、ロジスティック回帰（ＬｏｇＲｅｇ）、線形判別分析（ＬＤＡ）、固有遺伝子線形判別分析（ＥＬＤＡ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、ランダムフォレスト（ＲＦ）、再帰的分割木（ＲＰＡＲＴ）、関連する決定木分類技術、収縮重心法（ＳＣ）、ＳｔｅｐＡＩＣ、ＫＮＮ（Ｋｔｈ－ＮｅａｒｅｓｔＮｅｉｇｈｂｏｒ）、ブースティング、決定木、ニューラルネットワーク、ベイジアンネットワーク、サポートベクターマシン、および隠れマルコフモデル、線形回帰または分類アルゴリズム、非線形回帰または分類アルゴリズム、バリアント分析（ＡＮＯＶＡ）、階層分析またはクラスタリングアルゴリズム；決定木を使用した階層的アルゴリズム；カーネル部分最小二乗アルゴリズム、カーネルマッチング追跡アルゴリズム、カーネルフィッシャーの識別分析アルゴリズム、カーネル主成分分析アルゴリズムなどのカーネルベースのマシンアルゴリズム、または他の数学的および統計的手法を使用して、リスクスコアの計算式を開発することができる。集団内のバイオマーカーの値およびその臨床転帰に関する病歴情報が利用可能である場合には、選択された個体集団を使用する。特定の個体のリスクスコアを計算する場合、バイオマーカー値を、個体から収集した１つ以上のサンプルから得て、入力データとして使用する。

バイオマーカーおよびバイオマーカーパネルを測定するための試験は、様々な診断試験システムに実装され得る。診断試験システムは、典型的には、生物学的サンプルから試験結果を得るための手段を含む装置である。そのような手段の例は、試験を自動化するモジュール（例えば、生化学的、免疫学的、核酸検出アッセイ）を含む。一部の診断試験システムは、複数の生物学的サンプルを処理するように設計されており、各サンプルについて同じ試験または異なる試験を実行するようにプログラムすることができる。診断試験システムは、典型的には、各サンプルの試験結果を収集、保存、および／または追跡するための手段を、通常はデータ構造またはデータベースに含む。例としては、周知の物理的および電子的データストレージデバイス（例えば、ハードドライブ、フラッシュメモリ、磁気テープ、ペーパープリントアウトなど）がある。また、典型的には、診断試験システムには、試験結果を報告するための手段が含まれている。レポート手段の例としては、可視ディスプレイ、データ構造またはデータベースへのリンク、またはプリンタが挙げられる。レポート手段は、データ構造、データベース、ビジュアルディスプレイ、またはプリンタなどの外部デバイスに試験結果を送信するためのデータリンクであり得る。

本明細書で使用される場合、「追加の生物医学情報」は、肺がんリスクに関連する、本明細書に記載のバイオマーカーのいずれかを使用する以外の、個体の１つ以上の評価を指す。「追加の生物医学情報」としては、以下のいずれかが挙げられる：個体の物理的記述子、ＣＴイメージングによって観察された肺結節の物理的記述子、個体の身長および／または体重、個体の性別、個体の民族性、喫煙歴、職業歴、既知の発がん物質への曝露（例えば、産業／工場または自動車／海洋／航空機排出物などの固定源または移動源からの排出を含み得る、アスベスト、ラドンガス、化学物質、火災からの煙、および大気汚染のいずれかへの曝露）、二次喫煙への曝露、肺がん（または他のがん）の家族歴、肺結節の存在、結節のサイズ、結節の位置、結節の形態（例えば、ＣＴイメージングで観察されたもの、スリガラス陰影（ＧＧＯ）、固形、非固形）、結節の縁特性（例えば、滑らか、小葉、鋭く滑らか、棘状、浸潤）など。喫煙歴は通常、「パック年数」に関して定量化される。これは、人が喫煙した年数に１日あたりの平均喫煙パック数を掛けたものである。例えば、平均して１日１パックのタバコを３５年間喫煙したヒトは、３５パック年の喫煙歴を有すると称される。追加の生物医学情報は、当技術分野において公知であるルーチン技術を使用して個体から、例えば、ルーチンの患者質問票または健康履歴質問票などを使用して個体自体から、または医師などから得ることができる。あるいは、追加の生物医学情報は、ＣＴイメージング（例えば、低線量ＣＴイメージング）およびＸ線などのルーチンのイメージング技術から得ることができる。追加の任意の生物医学情報の評価と組み合わせたバイオマーカーレベルの試験は、例えば、バイオマーカー試験のみ、または追加の生物医学情報の任意の特定の項目（例えば、ＣＴイメージングのみ）の評価のみと比較して、肺がん（または他の肺がん関連の使用）の検出に関する感度、特異度、および／またはＡＵＣを改善し得る。

「曲線下面積」または「ＡＵＣ」という用語は、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線の曲線下面積を指し、これらは両方とも当技術分野において周知されている。ＡＵＣ測定値は、完全なデータ範囲にわたって分類器の精度を比較するために有用である。ＡＵＣが高い分類器は、目的の２つの群（例えば、肺がんサンプルおよび正常サンプルまたは対照サンプル）の間で未知数を正しく分類する高い能力を有する。ＲＯＣ曲線は、２つの集団（例えば、肺がんを有する症例と肺がんを有さない対照）を区別する際に、特定の特徴（例えば、本明細書で説明するバイオマーカーのいずれかおよび／または追加の生物医学情報のいずれかの項目）の成績をプロットするために有用である。典型的には、集団全体（症例および対照など）の特徴データは、単一の特徴の値に基づいて昇順でソートされる。次に、その特徴の値ごとに、データの真陽性率および偽陽性率を計算する。真陽性率は、その特徴の値を超える症例の数をカウントし、症例の総数で割ることによって決定される。偽陽性率は、その特徴の値を超える対照の数をカウントし、対照の総数で割ることによって決定される。この定義は、対照と比較して特徴が高い場合のシナリオを指すが、この定義は、対照と比較して特徴が低い場合のシナリオにも適用される（このようなシナリオでは、その特徴の値を下回るサンプルがカウントされる）。ＲＯＣ曲線は、単一の特徴および他の単一の出力に対して作成でき、例えば、２つ以上の特徴の組み合わせを数学的に組み合わせて（例えば、加算、減算、乗算など）、単一の合計値を提供でき、この単一の合計値を、ＲＯＣ曲線にプロットすることができる。さらに、組み合わせが単一の出力値を導出する複数の特徴の任意の組み合わせをＲＯＣ曲線にプロットすることができる。これらの特徴の組み合わせは、試験を含んでよい。ＲＯＣ曲線は、試験の偽陽性率（１－特異度）に対して、試験の真陽性率（感度）をプロットしたものである。

本明細書で使用される場合、バイオマーカー値に関する「検出すること」または「決定すること」には、バイオマーカー値に対応するシグナルを観察および記録するために必要な機器と、そのシグナルを生成するために必要な材料の両方の使用が含まれる。様々な実施形態において、バイオマーカー値は、蛍光、化学発光、表面プラズモン共鳴、表面音波、質量分析、赤外線分光法、ラマン分光法、原子間力顕微鏡法、走査型トンネル顕微鏡法、電気化学検出法、核磁気共鳴、量子ドットを含む任意の好適な方法を使用して検出される。

「フィンガープリント」、「疾患フィンガープリント」、または「バイオマーカーシグネチャ」という用語は、疾患を有する対象においてレベルの上昇または低下を有する複数またはパターンのバイオマーカーを指す。フィンガープリントは、疾患を有する対象を健康な対象と比較することによって生成され、疾患のスクリーニング／診断のために使用され得る。

「ｍｉＲＮＡ」または「マイクロＲＮＡ（ｍｉｃｒｏＲＮＡ）」、「ｍｉＲＮＡバイオマーカー」、または「マイクロＲＮＡ（ＭｉｃｒｏＲＮＡ）」という用語は、がんを含む疾患の血清診断バイオマーカーとして使用できる小さい内因性ＲＮＡ分子を指す。それらは、植物、動物、およびいくつかのウイルスに見られる小さい非コードＲＮＡ分子（約２２ヌクレオチドを含む）であり、ＲＮＡサイレンシングおよび遺伝子発現の転写後調節において機能する。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ分子内の相補的配列との塩基対形成を介して機能する。その結果、これらのｍＲＮＡ分子は、以下のプロセスの１つ以上によってサイレンシングされる：（１）ｍＲＮＡ鎖の２つの小片への切断、（２）ポリ（Ａ）テールの短縮によるｍＲＮＡの不安定化、および（３）リボソームによるｍＲＮＡのタンパク質への翻訳効率の低下。

「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語は、本明細書では互換的に使用され、アミノ酸残基のポリマーを指す。この用語は、１つ以上のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸の人工的な化学的模倣物であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマーおよび天然に存在しないアミノ酸ポリマーに適用される。ポリペプチドを得る（例えば、生成する、単離する、精製する、合成する、および組換えにより製造する）方法は、当業者に周知である。

「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸および合成のアミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによってコードされるアミノ酸、および後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタメート、およびＯ－ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を有する化合物、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合する炭素、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を保持する。アミノ酸模倣物は、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じように機能する化合物を指す。

アミノ酸は、本明細書では、それらの一般的に知られている３文字表記、またはＩＵＰＡＣ－ＩＵＢＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌＮｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅＣｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨されている１文字表記のいずれかによって参照され得る。同様に、ヌクレオチドは、一般的に容認される１文字コードで呼ばれ得る。

アミノ酸およびその誘導体としては、システイン、シスチン、システインスルホキシド、アリシン、セレノシステイン、メチオニン、イソロイシン、ロイシン、リジン、フェニルアラニン、スレオニン、トリプトファン、５－ヒドロキシトリプトファン、バリン、アルギニン、ヒスチジン、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、プロリン、セリン、チロシン、オルニチン、カルノシン、シトルリン、カルニチン、オルニチン、テアニン、およびタウリンが挙げられ得る。

本明細書に記載のタンパク質およびペプチドは、タンパク質またはペプチドの活性を変化させないアミノ酸置換を有し得る（Ｈ．Ｎｅｕｒａｔｈ，Ｒ．Ｌ．Ｈｉｌｌ，ＴｈｅＰｒｏｔｅｉｎｓ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９７９年）。一実施形態では、これらの置換は「保存的」アミノ酸置換である。最も一般的に発生する置換は、両方向でのＡｌａ／Ｓｅｒ、Ｖａｌ／Ｉｌｅ、Ａｓｐ／Ｇｌｕ、Ｔｈｒ／Ｓｅｒ、Ａｌａ／Ｇｌｙ、Ａｌａ／Ｔｈｒ、Ｓｅｒ／Ａｓｎ、Ａｌａ／Ｖａｌ、Ｓｅｒ／Ｇｌｙ、Ａｌａ／Ｐｒｏ、Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ａｓｐ／Ａｓｎ、Ｌｅｕ／Ｉｌｅ、Ｌｅｕ／Ｖａｌ、Ａｌａ／ＧｌｕおよびＡｓｐ／Ｇｌｙである。

アミノ酸配列の「保存的に修飾されたバリアント」に関して、当業者であれば、コードされた配列中の単一のアミノ酸または小さい割合のアミノ酸を変化、付加、または欠失させる、核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列に対する個々の置換、欠失または付加が、その変化により、アミノ酸が化学的に類似のアミノ酸に置換された「保存的に修飾されたバリアント」であることを認識するであろう。機能的に類似のアミノ酸を提供する保存的置換表は、当技術分野で周知である。そのような保存的に修飾されたバリアントは、本発明の多型バリアント、種間相同体、および対立遺伝子に加えて存在し、それらを除外しない。

次の８つの群は、それぞれ、互いに保存的置換であるアミノ酸を含む：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；および８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４年）を参照）。

本明細書で使用される類似体は、参照ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列とは異なるペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列を示す。そのような差は、アミノ酸の付加、欠失、または置換、リン酸化、硫酸化、アクリル化、グリコシル化、メチル化、ファルネシル化、アセチル化、アミド化など、非天然アミノ酸構造の使用、または当技術分野において公知である他のそのような修飾であり得る。

「薬剤」という用語は、腺癌などのがん、またはがんの徴候もしくは症状もしくは副作用を治療するための活性薬物を指す。

「血漿（ｐｌａｓｍａ）」または「血漿（ｂｌｏｏｄｐｌａｓｍａ）」という用語は、身体全体に細胞およびタンパク質を運ぶ血液の液体部分を指す。血漿は、血球がチューブの底に落ちるまで、抗凝固剤を含む新鮮な血液のチューブを遠心分離機で回転させることによって血液から分離され得る。

「ＰＣＲ」または「ポリメラーゼ連鎖反応」という用語は、特定のＤＮＡセグメントの多くのコピーを作成するために使用される一般的な方法を指す。技術の変形形態を使用して、サンプル中の１つ以上のｍｉＲＮＡの存在および量を決定できる。例えば、加水分解プローブベースのステムループ定量的逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ｑＰＣＲ）アッセイを実施して、患者および対照の血清サンプル中の選択されたｍｉＲＮＡの濃度を確認および／または定量化することができる。

「サンプル」という用語は、個体、体液、体組織、細胞株、組織培養、または他の供給源から得られた生物学的サンプルを指す。体液は、例えば、リンパ液、血清、新鮮全血、末梢血単核細胞、凍結全血、血漿（新鮮または凍結など）、尿、唾液、精液、滑液および脊髄液である。サンプルとしては、滑膜組織、皮膚、毛包、および骨髄も挙げられる。哺乳動物から組織生検片および体液を得る方法は、当技術分野で周知である。

「対象」または「患者」という用語は、治療が望まれる任意の単一の動物、より好ましくは哺乳動物（非ヒト動物、例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、ウシ、ブタ、ヒツジ、および非ヒト霊長類などを含む）を指す。最も好ましくは、本明細書の患者は、ヒトである。

「予後」という用語は、疾患の予測または見込みのある転帰を指す。本明細書で使用される場合、それは、疾患（例えば、肺がん）が治療もしくは緩和努力に応答するか否か、および／または疾患が進行する可能性を含む、起こり得る肝疾患の転帰を指す。

本明細書で使用される「任意」または「任意による」は、その後に記載される状況が発生し得るか、または発生し得ないことを意味し、そのため、この記載には、その状況が発生する場合と発生しない場合が含まれる。

計算に使用される場合の表記「配列番号１」は、サンプル中に存在する配列番号１の量を表す値（すなわち、配列番号１を含むｍＲＮＡ配列の量）である。理解され得るように、この表記は他の数値表現を含むことができる。

本明細書で使用される他の技術用語は、様々な技術辞書によって例示されるとおり、それらが使用される当技術分野での通常の意味を有する。これらの非限定的実施例で論じられる特定の値および構成は、変動し得、少なくとも１つの実施形態を単に説明するために引用され、その範囲を限定することを意図するものではない。
発明の詳細な説明

前述の一般的な説明および以下の詳細な説明は両方とも、例示的かつ説明的であり、特許請求される主題技術のさらなる説明を提供することを意図していることを理解されたい。主題技術の追加の特徴および利点は、以下の説明に記載されており、部分的には説明から明らかになるか、または主題技術の実践によって学ぶことができる。主題技術の利点は、本明細書の書面による説明および特許請求の範囲で特に指摘された構造によって実現および達成されるであろう。

マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ＲＮＡサイレンシングおよび遺伝子発現の転写後調節において機能する小さい非コードＲＮＡ分子である。近年の研究では、循環血液中のｍｉＲＮＡの存在、および様々な疾患の診断におけるバイオマーカーとしてのｍｉＲＮＡの使用の可能性が実証されている。具体的には、肺腺癌などのがんの早期発見のためのバイオマーカーとしてそれらを使用する試みが提唱されている。試験により、ヒト肺がんの診断および予後におけるｍｉＲＮＡ発現プロファイリングの潜在性が実証されている。特定のｍｉＲＮＡは、非悪性肺組織と比較して、悪性組織中において異常に発現している。したがって、このようなｍｉＲＮＡは、がんの悪性形質転換および進行に関与する細胞プロセスへの洞察を提供し得る。

肺がんの初期段階を診断する従来の方法は、一般的に信頼できない。胸部Ｘ線検査および画像検査では、進行段階で肺がんが診断される。生検は、侵襲的であり、主観的観察に依存するため、誤りが生じやすい可能性がある。本発明者らは、健康な患者と肺がんを有する患者との間でｍＲＮＡ発現に差があることを発見した。特定のｍＲＮＡは、健康な肺と比較して、疾患の肺において異常発現する。また、特定のｍｉＲＮＡは、疾患の肺および健康な肺において、さまざまなレベルで発現する。ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡは、患者の血液、血清、または血漿中で検出することができる。したがって、本発明は、肝疾患を確実に同定することができ、肝疾患の異なるサブタイプを、高い感度および特異度を有する特定のｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ発現プロファイルに基づいて区別することができるという発見に一部基づく。

本発明は、肺がんを確実に同定することができ、肺がんの異なるサブタイプを、高い感度および特異度を有する特定のｍｉＲＮＡ発現プロファイルに基づいて識別できるという発見に基づいている。バイオマーカーの発現は、典型的には、アップレギュレートされたおよびダウンレギュレートされた両方のｍｉＲＮＡレベルを含む。しかし、一部の有用なバイオマーカーでは、変動した発現レベルを有さない。バイオマーカーは、サンプルの取り扱い、サンプル調製、サンプル抽出、バイオマーカー測定、機器データ処理などにおけるバッチ効果または他の技術的変動の正規化群として使用され得る。このようなバイオマーカーは、がんを示しても示さなくてもよい（換言すると、一部の正規化群は、診断情報を保持するが、他のものはバイオマーカー測定の技術的変動を単に調整するために使用される）。

実施形態は、肺がんの診断、予後判定および／または治療のためのバイオマーカーセットを含む。本明細書に記載の方法は、ヒト血清、血漿もしくは血液製剤、または血液自体からの、表１および表２で参照される少なくとも２つのｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ／タンパク質／ペプチドバイオマーカーおよび／またはタンパク質バイオマーカーの断片の組み合わせ測定を含み得る。

実施形態はまた、肺がんの異なるサブタイプを発症する素因を呈するかまたは有する細胞の迅速かつ信頼性の高い同定および／または治療のための診断マーカーまたは分子フィンガープリントセットも含む。実施形態は、発現レベルの変化を有する特定のｍｉＲＮＡに基づいて、がんを診断する方法をさらに含む。個々のｍｉＲＮＡを監視することができるが、本発明は、健康な個体を疾患に罹患している個体からスクリーニングまたは区別するためのバイオマーカーとして特定の値の２９のｍｉＲＮＡを含む。特に目的のｍｉＲＮＡとして、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、およびｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐが挙げられる。

方法および材料は、肺腺癌などのがんの対象（例えば、ヒト患者）を評価するために使用することができる。例えば、実施形態は、医師が、腺癌疾患活動性を評価し、治療の応答の可能性および転帰を評価し、ならびに長期の疾患転帰を予測するのを助けるために同定可能なマーカーを使用するための材料および方法を含む。さらに、腺癌を有する対象は、対象の血漿中の特定の診断指標の存在に基づいて診断することができる。この技術は、治療の有効性を予測および／または予知するための診断方法を提供する。特に、主題技術は、マーカーの１つ以上の組み合わせに基づく腺癌の診断に関するものである。

対象から採取した単一の血清サンプルから、複数のｍｉＲＮＡバイオマーカーを使用することができる。いくつかの実施形態によれば、患者から採取された異なるサンプルから、複数のバイオマーカーが評価および測定される。いくつかの実施形態によれば、主題技術は、がんの治療または治療の応答性を予測、診断、または監視するためのキットに使用され、キットは、患者からのサンプル中のマーカーレベルを測定するために較正される。

いくつかの実施形態によれば、バイオマーカーの量は、例えば、バイオマーカータンパク質またはその断片（例えば、抗体、抗体の断片、または抗体誘導体）と特異的に結合する試薬を使用することによって決定することができる。発現レベルは、プロテオミクス、フローサイトメトリー、免疫細胞化学、免疫組織化学、酵素結合免疫吸着アッセイ、マルチチャネル酵素結合免疫吸着アッセイ、およびそれらの変形形態などの当技術分野で一般的な方法を使用して決定することができる。生物学的サンプル中のバイオマーカーの発現レベルは、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、または異種核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）であり得るバイオマーカー遺伝子によってコードされる転写されたバイオマーカーポリヌクレオチドまたはその断片の発現レベルを検出することによって決定することもできる。検出するステップは、転写されたバイオマーカーポリヌクレオチドを増幅することを含み得、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応の方法を使用することができる。バイオマーカーの発現レベルは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で転写されたバイオマーカーポリヌクレオチドまたはその断片とアニーリングするプローブを用いて、サンプル中の転写されたバイオマーカーポリヌクレオチドまたはその断片の存在を検出することによって評価することができる。

この方法を実施するための組成物およびキットも本明細書で提供される。例えば、いくつかの実施形態において、１つ以上のマーカーに特異的な試薬（例えば、プライマー、プローブ）は、単独でまたはセット（例えば、複数のマーカーを増幅するためのプライマー対のセット）で提供される。検出アッセイを実施するための追加の試薬（例えば、ＱｕＡＲＴＳ、ＰＣＲ、配列決定、ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ、または他のアッセイを実施するための酵素、緩衝液、陽性および陰性対照）も提供され得る。いくつかの実施形態では、方法を実施するために必要、十分、または有用な１つ以上の試薬を含むキットが提供される。試薬を含む反応混合物も提供される。さらに、反応混合物を完成させるために互いにおよび／または試験サンプルに添加され得る複数の試薬を含むマスター混合試薬セットが提供される。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の技術は、本明細書に記載の方法によって提供されるような一連の算術演算または論理演算を実行するように設計されたプログラム可能なマシンに関連する。例えば、技術のいくつかの実施形態は、コンピュータソフトウェアおよび／またはコンピュータハードウェアに関連付けられている（例えば、実装されている）。一態様では、技術は、データを読み取り、操作し、かつ保存するために、メモリの形態、算術演算および論理演算を実行するための要素、および一連の命令（例えば、本明細書で提供される方法）を実行するための処理要素（例えば、マイクロプロセッサ）を含むコンピュータに関する。したがって、ある特定の実施形態は、１つ以上のコンピュータシステムまたは他の処理システムに保存された、またはそれらを介して転送されたデータを含むプロセスを使用する。本明細書に開示の実施形態はまた、これらの操作を実行するための装置にも関する。この装置は、必要な目的のために特別に構築され得るか、またはコンピュータプログラムおよび／もしくはコンピュータに保存されたデータ構造によって選択的に起動または再構成される汎用コンピュータ（またはコンピュータのグループ）であり得る。いくつかの実施形態では、プロセッサのグループは、引用した分析操作のいくつかまたはすべてを協調的に（例えば、ネットワークまたはクラウドコンピューティングを介して）および／または並行して実施する。

いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサは、がんに関連する１つ以上のｍｉＲＮＡ（複数可）（本明細書ではｈｓａ－ｍｉＲまたはｈａｓ－ｍｉＲとして標識されている）の存在を決定する；標準曲線を生成する；アッセイまたはマーカーの特異度および／または感度を決定する；ＲＯＣ曲線を計算する；シーケンス分析を行うためのシステムの一部であり、すべて本明細書に記載されているか、または当技術分野で公知である。

いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサは、がんに関連する１つ以上のｍｉＲＮＡ（複数可）（本明細書ではｈｓａ－ｍｉＲまたはｈａｓ－ｍｉＲとして標識されている）の量、例えば濃度を決定する；標準曲線を生成する；アッセイまたはマーカーの特異度および／または感度を決定する；ＲＯＣ曲線を計算する；配列分析を行うためのシステムの一部であり、すべて本明細書に記載されているか、または当技術分野で公知である。１つ以上のｍｉＲＮＡまたは複数のｍｉＲＮＡの量は、モルまたはミリモルあたりで測定される存在量によって決定され得る。ｍｉＲＮＡまたは複数のｍｉＲＮＡの量は、蛍光、光信号を使用する他の測定、またはｍｉＲＮＡもしくは複数のｍｉＲＮＡを測定するための当業者に公知である他の測定によって決定することができる。

いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサまたはコンピュータは、アルゴリズムにおいてメチル化状態データを使用して、がんのタイプまたは部位を予測する。

いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサまたはコンピュータは、アルゴリズムを使用して、ｍｉＲＮＡまたは複数のｍｉＲＮＡの量を測定する。アルゴリズムは、これらに限定されないが、マーカー測定値間の数学的相互作用またはマーカー測定値の数学的変換を含み得る。数学的相互作用および／または数学的変換は、線形、非線形、不連続、または離散的な方法で提示され得る。

いくつかの実施形態では、ソフトウェアまたはハードウェア構成要素は、複数のアッセイの結果を受信し、複数のアッセイの結果に基づいてがんのリスクを示す単一の値の結果を決定してユーザーに報告する。関連する実施形態は、本明細書に開示されるような複数のアッセイからの結果の数学的組み合わせ（例えば、加重組み合わせ、線形結合）に基づいてリスク因子を計算する。

いくつかの実施形態は、記憶媒体およびメモリ構成要素を含む。メモリ構成要素（例えば、揮発性および／または不揮発性メモリ）は、命令（例えば、本明細書で提供されるプロセスの実施形態）および／またはデータ（例えば、メチル化測定、配列、およびそれらに関連する統計的記述などのワークピース）を保存する際に使用される。いくつかの実施形態は、ＣＰＵ、グラフィックカード、およびユーザインターフェース（例えば、ディスプレイなどの出力デバイスおよびキーボードなどの入力デバイスを含む）のうちの１つ以上を備えるシステムに関する。

技術に関連するプログラム可能なマシンは、従来の現存する技術および開発中または開発予定の技術（例えば、量子コンピュータ、化学コンピュータ、ＤＮＡコンピュータ、光学コンピュータ、スピントロニクスベースのコンピュータなど）を含む。

いくつかの実施形態では、技術は、データを送信するための有線（例えば、金属ケーブル、光ファイバ）または無線伝送媒体を含む。例えば、いくつかの実施形態は、ネットワーク（例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、アドホックネットワーク、インターネットなど）を介したデータ伝送に関する。いくつかの実施形態では、プログラム可能なマシンは、ピアなどのネットワーク上に存在し、いくつかの実施形態では、プログラム可能なマシンは、クライアント／サーバー関係を有する。

いくつかの実施形態では、データは、ハードディスク、フラッシュメモリ、メモリスティック、光ディスク、フロッピーディスクなどのコンピュータ可読記憶媒体に保存される。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される技術は、本明細書に記載の方法を実行するために協調して動作する複数のプログラム可能なデバイスに関連付けられている。例えば、いくつかの実施形態では、例えば、クラスターコンピューティング、グリッドコンピューティング、またはイーサネット、光ファイバーなどの従来のネットワークインターフェイス、またはワイヤレスネットワーク技術によってネットワーク（プライベート、パブリック、またはインターネット）に接続されている完全なコンピュータ（オンボードＣＰＵ、ストレージ、電源、ネットワークインターフェイスなど）に依存する一部の他の分散コンピュータアーキテクチャを実装しているときに、複数のコンピュータ（例えば、ネットワークによって接続されている）が並行して動作して、データを収集および処理することができる。

例えば、いくつかの実施形態は、コンピュータ可読媒体を備えるコンピュータを提供する。この実施形態は、プロセッサに結合されたランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）を含む。プロセッサは、メモリ内に保存されているコンピュータで実行可能なプログラム命令を実行する。そのようなプロセッサとしては、マイクロプロセッサ、ＡＳＩＣ、ステートマシン、または他のプロセッサを挙げることができ、ＩｎｔｅｌＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎｏｆＳａｎｔａＣｌａｒａ，ＣａｌｉｆおよびＭｏｔｏｒｏｌａＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎｏｆＳｃｈａｕｍｂｕｒｇ，Ｉｌｌのプロセッサなどのいくつかのコンピュータプロセッサのいずれかであり得る。そのようなプロセッサは、プロセッサによって実行されたときに、プロセッサに本明細書に記載のステップを実行させる命令を保存する媒体、例えば、コンピュータ可読媒体を含むか、またはそれらの媒体と通信し得る。

コンピュータ可読媒体の実施形態としては、これらに限定されないが、プロセッサにコンピュータ可読命令を提供することができる電子的、光学的、磁気的、または他の記憶もしくは伝送デバイスが挙げられる。好適な媒体の他の例としては、これらに限定されないが、フロッピーディスク、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、磁気ディスク、メモリチップ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、ＡＳＩＣ、構成プロセッサ、すべての光学媒体、すべての磁気テープもしくは他の磁気媒体、またはコンピュータプロセッサが命令を読み取ることができる任意の他の媒体を挙げることができる。また、ルーター、プライベートネットワークもしくはパブリックネットワーク、または有線および無線の両方の他の伝送デバイスもしくはチャネルを含む様々な他の形態のコンピュータ可読媒体が、コンピュータに命令を伝送または運搬することができる。命令は、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ、Ｊａｖａ、Ｐｙｔｈｏｎ、Ｐｅｒｌ、およびＪａｖａＳｃｒｉｐｔを含む任意の好適なコンピュータプログラミング言語からのコードを含むことができる。

コンピュータは、いくつかの実施形態ではネットワークに接続されている。コンピュータはまた、マウス、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、キーボード、ディスプレイ、または他の入力もしくは出力デバイスなどの複数の外部または内部デバイスも含み得る。コンピュータの例は、パーソナルコンピュータ、デジタルアシスタント、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話（ｃｅｌｌｕｌａｒｐｈｏｎｅ）、携帯電話（ｍｏｂｉｌｅｐｈｏｎｅｓ）、スマートフォン、ページャ、デジタルタブレット、ラップトップコンピュータ、インターネット家電、および他のプロセッサベースのデバイスである。一般に、本明細書で提供される技術の態様に関連するコンピュータは、本明細書において提供される技術を含む１つ以上のプログラムをサポートすることが可能なＭｉｃｒｏｓｏｆｔＷｉｎｄｏｗｓ、Ｌｉｎｕｘ、ＵＮＩＸ、ＭａｃＯＳＸなどの任意のオペレーティングシステムで動作する任意のタイプのプロセッサベースのプラットフォームであってもよい。いくつかの実施形態は、他のアプリケーションプログラム（例えば、アプリケーション）を実行するパーソナルコンピュータを含む。アプリケーションは、メモリ内に格納され得、例えば、ワードプロセッシングアプリケーション、スプレッドシートアプリケーション、電子メールアプリケーション、インスタントメッセンジャーアプリケーション、プレゼンテーションアプリケーション、インターネットブラウザアプリケーション、カレンダー／オーガナイザアプリケーション、およびクライアントデバイスによって実行可能である任意の他のアプリケーションを含み得る。技術に関連するものとして本明細書に記載されているそのようなすべての構成要素、コンピュータ、およびシステムは、論理的であっても仮想的であってもよい。

実施形態は、搬送波で具体化されたコンピュータ信号、ならびに伝送媒体を介して伝播される信号（例えば、電気的および光学的）として達成され得ることも想定される。したがって、上記で論じた様々なタイプの情報は、データ構造などの構造にフォーマットされ、伝送媒体を介して電気信号として送信されるか、またはコンピュータ可読媒体に保存され得る。

いくつかの実施形態では、本開示は、肺がんの進行を予測するためのシステムを提供する。別の実施形態では、肺がんは、扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮がんまたは非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである。一実施形態では、前述の肺がんのいずれかを含む肺がんを同定することができ、個体において肺がんを予測することができ。システムは、個体から採取した生物学的サンプル由来の核酸、タンパク質、ペプチドまたは他の分子の発現レベルを決定するように構成された装置；および（ａ）個体から採取した生物学的サンプルのシグネチャ遺伝子のコレクションの発現レベルを受信することを含む操作を実行するように設計または構成されたハードウェアロジックを含み、前記シグネチャ遺伝子のコレクションは、表１に記載の配列または表２に記載のｍｉ－ＲＮＡからなる群から選択される少なくとも２つの遺伝子を含む。

患者の診断に関連する情報としては、これらに限定されないが、年齢、民族性、腫瘍の局在、併存疾患に関連する直接関係する過去の病歴、他の腫瘍学的病歴、がんの家族歴、身体検査所見、放射線所見、生検日、生検結果、実施された手術の種類（根治的会陰部または根治的会陰前立腺切除術）、ネオアジュバント療法（すなわち、化学療法、ホルモン）、アジュバントまたはサルベージ放射線療法、ホルモン療法、局所対遠隔疾患の再発および生存転帰が挙げられる。これらの臨床的変数を、様々な実施形態において予測モデルに含めてもよい。

バイオマーカーまたはバイオマーカーパネルが選択されると、肺がんに罹患している可能性のある個体を診断するための方法。一実施形態では、バイオマーカーまたはバイオマーカーパネルが選択され、扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮癌または非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または腺癌肺がんなどの肺がんに罹患している可能性のある個体を診断するための方法は、以下のステップ：１）生物学的サンプルを収集または他の方法で得ること；２）生物学的サンプル中のパネル内のバイオマーカーを並行して検出および測定するための分析方法を実施すること；３）バイオマーカー値を収集するために使用する方法に必要な任意のデータの正規化または標準化を実施すること；４）バイオマーカースコアを計算すること；５）バイオマーカースコアを組み合わせて、合計診断スコアを得ること；および６）個体の診断スコアを報告することのうちの１つ以上を含むことができる。この診断方法は、核酸、タンパク質、ペプチド、または他の生体分子から収集されたデータを分析するために、コンピュータおよびソフトウェアプログラムを使用して実施され得る。このアプローチでは、診断スコアは、すべてのマーカー計算の合計から求められる単一の数値であり得、これを、疾患の有無を示す事前に設定された閾値と比較する。または、診断スコアは、それぞれがバイオマーカー値を表す一連のバーであってもよく、応答のパターンを、疾患の有無を決定するために事前に設定されたパターンと比較してもよい。

ＤＮＡおよびＲＮＡの両方について、核酸は、血漿または血液サンプルから単離することができる。ＤＮＡまたはＲＮＡは、細胞外であり得るか、または血漿もしくは血液サンプル中の細胞から抽出することができる。ＤＮＡまたはＲＮＡは、肺における固形腫瘍を含む腫瘍を含む細胞生検から抽出することもできる。

タンパク質またはペプチドまたは他の生体分子の場合、それらは血漿または血液サンプルから単離することができる。タンパク質またはペプチドまたは他の生体分子は、細胞外であり得るか、または血漿もしくは血液サンプル中の細胞から抽出することができる。タンパク質またはペプチドまたは他の生体分子はまた、肺における固形腫瘍を含む腫瘍を含む細胞生検から抽出することもできる。

本明細書に記載の構造、材料、および行為の多くは、機能を実施するための手段または機能を実施するためのステップとして記載され得ることにも留意されたい。したがって、そのような言語は、参照により組み込まれる事項を含む、本明細書に開示のすべてのそのような構造、材料、または行為およびそれらの同等物内を網羅する権利があることを理解すべきである。

扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮癌または非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または腺癌肺がんを含む肺がんバイオマーカー分析システムは、データ収集、処理、分析、報告および／または診断などのデータ分析を完了するための機能および操作を提供することができる。例えば、一実施形態では、コンピュータシステムは、腺癌バイオマーカーに関連する情報を受信、保存、検索、分析、および報告することができるコンピュータプログラムを実行することができる。コンピュータプログラムは、生データを処理して補足データを生成するための処理モジュール、および生データおよび補足データを分析して腺癌の状態および／または診断を生成するための分析モジュールなどの、様々な機能または操作を実施する複数のモジュールを含み得る。腺癌の状態を診断することは、疾患に関連する個体の状態に関する追加の生物医学情報を含む任意の他の情報を生成または収集すること、さらなる検査が望ましい可能性があるかを特定すること、またはそれ以外の方法で個体の健康状態を評価することを含み得る。

扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮癌または非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または腺癌肺がんを含む肺がんバイオマーカー分析システムは、データ収集、処理、分析、報告および／または診断などのデータ分析を完了するための機能および操作を提供することができる。例えば、一実施形態では、コンピュータシステムは、肺がんバイオマーカーに関連する情報を受信、保存、検索、分析、および報告することができるコンピュータプログラムを実行することができる。コンピュータプログラムは、生データを処理して補足データを生成するための処理モジュール、および生データおよび補足データを分析して肺がんの状態および／または診断を生成するための分析モジュールなど、様々な機能または操作を実施する複数のモジュールを含み得る。肺がんの状態を診断することは、疾患に関連する個体の状態に関する追加の生物医学情報を含む任意の他の情報を生成または収集すること、さらなる検査が望ましい可能性があるかを特定すること、またはそれ以外の方法で個体の健康状態を評価することを含み得る。

本明細書で使用される場合、「コンピュータプログラム製品」は、任意の性質（例えば、書面、電子、磁気、光学またはその他）の物理的媒体に格納され、コンピュータまたは他の自動データ処理システムで使用され得る自然またはプログラミング言語ステートメントの形態のオーガナイズされた一連の命令を指す。そのようなプログラミング言語ステートメントは、コンピュータまたはデータ処理システムによって実行されたときに、コンピュータまたはデータ処理システムをステートメントの特定の内容に従って作動させる。コンピュータプログラム製品には、ソースコードおよびオブジェクトコード内のプログラム、および／またはコンピュータ可読媒体に埋め込まれた検査またはデータライブラリが含まれるが、これらに限定されない。さらに、コンピュータシステムまたはデータ処理装置デバイスが事前に選択された方法で作動することを可能にするコンピュータプログラム製品は、これらに限定されないが、元のソースコード、アセンブリコード、オブジェクトコード、機械言語、前述の暗号化または圧縮されたバージョン、および任意のすべての同等物を含む複数の形態で提供され得る。

一実施形態では、コンピュータプログラム製品は、扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮がんまたは非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または、腺癌肺がんを含む肺がんの可能性を示すために提供される。コンピュータプログラム製品は、コンピューティングデバイスまたはシステムのプロセッサによって実行可能なプログラムコードを具体化するコンピュータ可読媒体を含み、プログラムコードは、個体由来の生物学的サンプルに起因するデータを検索するコードを含み、データは、表１に提供されたバイオマーカーのグループまたは表２において特定されたｍｉ－ＲＮＡから選択される生物学的サンプル中の少なくともＮ個のバイオマーカーのうちの１つにそれぞれ対応するバイオマーカー値、および個体の腺癌の状態をバイオマーカー値の関数として示す分類方法を実行するコードを含む。

さらに別の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮がんまたは非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または、腺癌肺がんを含む肺がんの可能性を示すために提供される。コンピュータプログラム製品は、コンピューティングデバイスまたはシステムのプロセッサによって実行可能なプログラムコードを具体化するコンピュータ可読媒体を含み、プログラムコードは、個体由来の生物学的サンプルに起因するデータを検索するコードを含み、データは、表１に提供されたバイオマーカーのグループまたは表２に記載されたｍｉ－ＲＮＡから選択される生物学的サンプル中のバイオマーカーに対応するバイオマーカー値、および個体の腺癌の状態をバイオマーカー値の関数として示す分類方法を実行するコードを含む。

キット（すなわち、診断キット）は、扁平上皮肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮肺がんまたは非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がんおよび／または腺癌肺がん、循環細胞または血漿中に存在する循環細胞の残骸（タンパク質、ペプチドまたは他の生物学的分子など）を含む肺がんから単離された核酸、タンパク質、ペプチドまたは他の生物学的分子のアッセイに基づいて、対象の血漿サンプルから、遺伝子中のｍｉＲＮＡまたは突然変異の量を決定するための試薬を含むことができる。核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、および／または人工核酸類似体を含む人工核酸であり得る。ｍｉＲＮＡに加えて、他のＲＮＡとして、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、小さい干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、小さい核ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、小さい核（ｓｎＲＮＡ）、細胞外ＲＮＡ（ｅｘＲＮＡ）、およびリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）が挙げられる。

開示された方法およびアッセイは、患者を治療するための適切なまたは効果的な治療を評価するのに有用なデータおよび情報を得るための簡便で効率的で潜在的に費用効果の高い手段を提供する。キットは、評価されるタンパク質、ペプチド、他の生体分子、またはＲＮＡまたはＤＮＡが、サンプル中に所望の核酸、例えば、ＳＮＰの存在および／または発現を調べるプロトコルを含むかにかかわらず、バイオマーカーを検出するために、従来の方法を使用することができる。哺乳動物からの組織または細胞サンプルは、ノーザン、ドットブロット、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、アレイハイブリダイゼーション、ＲＮａｓｅ保護アッセイを使用して、または、ＤＮＡマイクロアレイスナップショットなど、市販のＤＮＡＳＮＰチップマイクロアレイを使用して、例えば、遺伝子マーカーＲＮＡ、一実施形態では、ｍｉＲＮＡまたはＤＮＡなどについて簡便にアッセイすることができる。例えば、定量的ＰＣＲアッセイなどのリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）アッセイは、当技術分野で周知である。

ＰＣＲに使用されるプローブは、例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレータ、または酵素などの検出可能なマーカーで標識することができる。そのようなプローブおよびプライマーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、および一実施形態では、サンプル中のｍｉＲＮＡにおける突然変異の存在を検出するために、およびｍｉＲＮＡを発現する細胞を検出するための手段として使用することができる。当業者によって理解されるように、非常に多くの異なるプライマーおよびプローブを既知の配列に基づいて調製することができ、ｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを増幅、クローン化、および／または決定するために効果的に使用することができる。

突然変異が存在するか否かを決定する他のＤＮＡ検査としては、蛍光ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）が挙げられる。ＦＩＳＨを使用することにより、突然変異は、肺組織を含む、腫瘍を含む、およびさらには肺腫瘍を含む、細胞、組織において検出され得る。

タンパク質またはペプチドの同定は、当技術分野で公知の技術を使用するウエスタンブロッティングの使用を介して行うことができる。

他の方法は、ＤＮＡまたはＲＮＡ中の突然変異を調べるまたは検出するプロトコルを含む。これらの他の方法は、マイクロアレイ技術によって組織または細胞サンプル中のｍｉＲＮＡを調べるまたは検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、一実施形態では、試験および対照組織サンプルからのｍｉＲＮＡサンプルを含む試験および対照ＲＮＡを逆転写および標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。次に、プローブを、固相支持体上に固定化された核酸のアレイにハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列および位置がわかるように構成される。例えば、特定の疾患状態で発現される潜在性を有する選択された遺伝子を、固相支持体上に並べることができる。標識されたプローブと特定のアレイメンバーとのハイブリダイゼーションは、プローブが由来するサンプルがその遺伝子を発現していることを示す。疾患組織の差次的遺伝子発現分析は、貴重な情報を提供し得る。マイクロアレイ技術では、核酸ハイブリダイゼーション技術およびコンピューティング技術を利用して、１回の実験で数千の遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価する。

バイオマーカーは、健康な対象と肺腺癌を有する対象とを比較したときに、その発現パターンが異なるため、がんの診断に特に有用である。バイオマーカーの発現は、典型的には、アップレギュレートされたおよびダウンレギュレートされた両方のｍｉＲＮＡレベルを含む。

がんの他の形態について、追加のバイオマーカーを以下の表１に示す。一実施形態では、本明細書に記載のバイオマーカーは、患者が肺がんを有するか、または肺がんを有さないかを決定することができる。一実施形態では、それぞれが、肺がんの形態である。別の実施形態では、がん、および一実施形態では、肺がんは、扁平上皮細胞肺がん（例えば、非小細胞肺扁平上皮がんまたは非小細胞肺未分化大細胞肺がん）、非小細胞非腺癌肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、腺癌肺がんである。

以下のバイオマーカーは、一実施形態では、遺伝子の領域に関連する１つ以上の突然変異、ｓｎｐまたは１つ以上の染色体上の１つ以上の突然変異を含む、ＤＮＡ中で検出することができる。以下のバイオマーカーは、一実施形態では、ｍｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｍＲＮＡまたは他の形態のＲＮＡなどのＲＮＡ中でも検出することができる。

ＲＴ－ＰＣＲまたは別のＰＣＲベースの方法に加えて、バイオマーカーのレベルを決定するための他の方法としては、プロテオミクス技術、および個別の遺伝子プロファイルが挙げられる。個別化された遺伝子プロファイルは、分子レベルでの患者の応答に基づいて、肺がんの診断、予後判定、および／または治療に使用され得る。本明細書の特殊なマイクロアレイ（例えば、オリゴヌクレオチドマイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイ）は、１つ以上の抗体に対する感受性または耐性のいずれかと相関する発現プロファイルを有する１つ以上のバイオマーカーを含むことができる。

１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４，１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせは、液体または乾燥形態（凍結乾燥後など）で保存され得る。１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせが乾燥状態で保管されている場合、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせは、水または溶液を使用して再懸濁することができる。当業者は、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせの安定した再懸濁液をもたらすであろうことを知っているであろう。
バイオマーカーとしてのｍｉＲＮＡ

表２は、ｍｉＲＮＡバイオマーカーのリストを含む。

バイオマーカーとしてｍｉＲＮＡを使用した診断方法
１つ以上のバイオマーカーは、がんを診断する方法、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法に使用することができる。このようにして、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせは、がんを診断する方法、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法で使用することができる。このようにして、少なくとも１つのバイオマーカーまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせは、がんを診断する方法、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法で使用され得る。

このようにして、１つ以下のバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下のバイオマーカーの組み合わせは、がんを診断する方法、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法で使用することができる。このようにして、約１つのバイオマーカーまたは約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせは、がんを診断する方法、またはがんを有する試験対象の予後を決定する方法で使用することができる。

最初のステップでは、１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルが、がんを有する患者の血漿サンプル中で測定される。一実施形態では、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせの発現レベルを使用して、患者のその後の診断のためのフットプリントまたはシグネチャを生成できる。一実施形態では、少なくとも１つのバイオマーカーまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせを使用して、患者のその後の診断のためのフットプリントまたはシグネチャを生成できる。

一実施形態では、１つ以下のバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下のバイオマーカーの組み合わせの発現レベルを使用して、患者のその後の診断のためのフットプリントまたはシグネチャを生成できる。一実施形態では、約１つのバイオマーカーまたは約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７のバイオマーカーの組み合わせを使用して、患者のその後の診断のためのフットプリントまたはシグネチャを生成できる。

次に、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含み、さらにｍｉＲＮＡを含む同じ核酸の発現レベルを、健康な対象の血漿、血液、または組織サンプル中で測定する。これを対照として使用する。その後、健康な患者からのサンプルと比較して、がんを有する患者の血漿サンプル中で発現レベルが変動したｍｉＲＮＡを特定することができる。バイオマーカーのフィンガープリントまたはシグネチャは、発現レベルが変動したｍｉＲＮＡから作製され得る。これは、試験対象の血漿からのｍｉＲＮＡのレベルを比較することにより、試験対象のがんを診断するまたはその予後を決定するために使用することができる。従来の統計分析を使用して、例えば、信頼レベルを決定できる。

図１は、バイオマーカーからの結果を組み合わせて、最終的なカテゴリー決定を達成する方法を示している。患者において、複数のバイオマーカーを測定できる。結果をコンパイルして、次のステップに従って単一のカテゴリー決定を生成できる。
１．患者またはサンプルについて、バイオマーカーセットを測定した（各バイオマーカーはｂ_ｉであり、ｉは、少なくとも１である）。
２．任意により、数学演算または論理演算を使用して、各バイオマーカーを変換させる。
３．ｉバイオマーカーのサブセットおよびサブセット内のｊバイオマーカー（セットごとに少なくとも２つのメンバーバイオマーカー）の場合、任意により、数学演算または論理演算（ｂ_１／ｂ_２など）を使用してバイオマーカー測定値を統合し、「統合バイオマーカー」を形成する。
４．任意により、ｋ個のサブセットに対してステップ３を実施する。
５．任意により、ステップ２、３、４を元のバイオマーカーと統合されたバイオマーカーで繰り返し、最終的な連続スコアを得る。
６．ｔ閾値（ｔが１以上の場合）を適用して、患者またはサンプルを決定カテゴリー（診断、予後、治療応答者など）に分類する。

代替的アプローチは、次のステップを含む。
１．患者またはサンプルについて、バイオマーカーセットを測定した（各バイオマーカーはｂ_ｉであり、ｉは、少なくとも１である）。
２．各バイオマーカーを数学的変換する（変換の定義は、変換なし、例えば、数学演算または１を掛けるなどの非変更演算ではない場合がある）。
３．任意により、バイオマーカーの２からｉまでを数学的に最終スコアに統合する（例えば、それぞれに適用された重みおよび線形回帰のように追加された結果によって、または反復ステップなどの他のアルゴリズムステップによる）。
４．ｔ閾値（ｔは、少なくとも１）を使用して、患者またはサンプルをｔ＋１カテゴリーの１つに分類する。

バイオマーカーの診断カテゴリー
出願人は、特定のバイオマーカーが肺がんのカテゴリーを区別するために有効であることを発見した。実施形態は、（ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌およびＮＳＣＬＣ未分化大細胞型）を含む肺がんを区別するシステムおよび方法を含む。カテゴリーおよび対応するバイオマーカーを表３に示す。表４に示すように、複数のカテゴリーにおける複数のバイオマーカーが使用され得る。

肺がんの迅速なスクリーニングのための診断キット
以下の作業実施例は、上記の構成に基づく。本発明の実施形態は、肺腺癌を診断するための診断キットにまとめることができる。このキットは、試験対象の血漿中の肺がんのバイオマーカーを有する１つ以上の標的細胞を同定できる。

キットは、各核酸分子がｍｉＲＮＡ配列をコードするように核酸分子のコレクションを含み得る。核酸分子を使用して、試験対象の血漿サンプル中の１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルの変動を特定することができる。ｍｉＲＮＡの発現レベルは、がんの存在を示すフィンガープリントによる試験サンプルの比較／分析に使用され得る。

ある特定の実施形態では、本開示は、肺がんを診断するためのキットを提供する。一実施形態では、肺がんは、腺癌である。キットは、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーの組み合わせを含み得る。当業者は、バイオマーカーの数が本開示の性質から逸脱することなく変更され得、したがって、バイオマーカーの他の組み合わせも本開示に含まれることを理解するであろう。当業者であれば、肺がんに罹患している患者の症状に基づいて使用する１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーの組み合わせがわかるであろう。

特定の実施形態では、キットは、本明細書に開示される１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーの組み合わせを含む。ある特定の実施形態では、キットは、肺がんを診断するためのものである。別の実施形態では、キットは、腺癌を診断するためのものである。キットは、任意により使用説明書をさらに含み得る。キットはさらに、任意により、チューブ、アプリケーター、バイアル、または上記のバイオマーカーを含む他の貯蔵容器、および／または１つ以上のバイオマーカーを含むバイアルを含む（例えば、これらを含む、本質的にこれらからなる、これらからなる）ことができる。一実施形態では、各バイオマーカーは、それ自体のチューブ、アプリケーター、バイアルまたは貯蔵容器中にあるか、または２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、および／または２４のバイオマーカーは、チューブ、アプリケーター、バイアル、または貯蔵容器中にある。

キットは、種類に関係なく、通常、１つのバイオマーカーまたは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーの組み合わせが内部で配置され、好ましくは適切に等分される１つ以上の容器を含む。キットの構成要素は、水性媒体または凍結乾燥形態のいずれかで包装され得る。

実施例
以下の非限定的な実施例は、現在企図されている代表的な実施形態のより完全な理解を容易にするためにのみ、例示の目的で提供されている。これらの実施例は、製剤の構成要素を組み合わせることができるすべての可能な文脈の単なるサブセットであることが意図される。したがって、これらの実施例は、製剤の構成要素の種類および量、ならびに／またはその方法および使用に関するものを含む、本明細書に記載されている実施形態のいずれかを限定するものと解釈されるべきではない。

実施例１
ｍｉＲＮＡバイオマーカーを使用した肺がんの診断
５６歳の男性喫煙者は、繰り返す咳と喀痰に時折の血が混じることを医療提供者に述べている。医療提供者は、血液のサンプルを採取し、それを検査室に送信して、肺がんについて検査する。血液サンプルを調製して、血漿を得る。次に、血漿を検査して、肺がんに関連するバイオマーカーの存在を同定する。検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの１つ以上を使用する：ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、およびｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。

検査結果に基づいて、医療提供者は、肺がん、より直接的には腺がんの検査に使用される１つ以上のバイオマーカーがその存在を示していることを決定する。患者は、患者が肺がん、より具体的には腺がんを有することを知らされる。胸部Ｘ線は、がんの場所および範囲を決定する補助となり得る。

バイオマーカーは、より多くの治療の選択肢が利用できる初期段階で、がんを同定することができる。これらの結果に基づいて、患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例２
ｍＲＮＡバイオマーカーを使用した肺がんの診断
この実施例では、患者は、肺がんのスクリーニングを受けることを希望している。バイオマーカーは、初期段階において、がんを正確に特定できる。さらに、バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液の誘導体中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＤＤＸ２４、ＳＳＲＰ１、ＲＣＮ２、ＴＢＣＤ、ＰＤＸＫ、ＲＲＰ７Ａ、Ｆ１３Ａ１、ＫＩＦ３Ｃ、ＰＵＲＡ、ＰＡＲＶＢ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＫＬＨＬ２４、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＰＲＰＳ１Ｌ１、ＳＥＰＨＳ１、ＦＯＳ、ＫＩＦ１Ｂ、ＥＥＤ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＴＣＴＮ３、ＳＬＣ４８Ａ１、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＭＦＳＤ１１およびＰＩＫ３ＩＰ。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを、１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するかまたはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者が肺がんを有すると判断する。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例３
ｍＲＮＡバイオマーカーを使用した扁平上皮肺がんの診断
扁平上皮腺癌は、非小細胞肺がんの一種である。他は、腺癌および大細胞癌腫である。この例では、医療提供者は、扁平上皮細胞肺がんについて患者をスクリーニングすることを望んでいる。バイオマーカーは、扁平上皮腺癌を他の種類の肺がん（すなわち、腺癌、大細胞癌、およびＳＣＬＣ）と区別できる。さらに、バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液製剤中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＵＢＡ１、ＡＲＡＦ、ＤＮＡＪＢ１２、ＫＬＨＬ２１、ＡＮＸＡ８、ＣＣＳ、ＺＮＦ１４２、ＰＥＲ２、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ４９、ＹＴＨＤＦ３、ＰＩＫ３ＩＰ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＡＸＩＮ２、ＭＥＤ２７、ＲＥＸ１ＢＤ、別名６１９ｏｒｆ６０、ＭＡＲＫ４、ＰＧＡＰ３、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するかまたはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者が扁平上皮がんを有すると判断する。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例４
バイオマーカーを使用した小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）の診断
この実施例では、患者は、肺がんに罹患している。バイオマーカーを使用して、患者において、カテゴリーを小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）として同定する。さらに、バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液製剤中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＵＢＡ１、ＴＨＲＡ、ＥＰＨＢ３、ＮＭＴ１、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＲＮＦ４４、ＡＳＦ１Ａ、ＢＨＭＴ２、ＹＴＨＤＦ３、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、Ｎ５３５３６、ＭＩＣＡＬＬ１、ＣＡＬＨＭ２。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを１つ以上の閾値と比較して、ＳＣＬＣを診断するか、またはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者がＳＣＬＣを有すると判断する。追加のバイオマーカーを分析して、ＳＣＬＣのタイプを決定できる。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例５
バイオマーカーを使用した非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ、腺癌ではない）の診断
この実施例では、患者は、肺がんに罹患している。バイオマーカーを使用して、患者において、カテゴリーを非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）として同定する。さらに、バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液製剤中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＵＢＡ１、ＥＰＨＢ３、ＣＤＣ１２３、ＥＴＦＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＡＳＦ１Ａ、ＬＧＩ２、ＴＳＨＺ２、ＰＣＤＨＢ１、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＭＩＣＡＬＬ１、およびＲ３ＨＤＭ４。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを１つ以上の閾値と比較して、ＮＳＣＬＣを診断するかまたはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者がＳＣＬＣを有すると判断する。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例６
バイオマーカーを使用した大細胞肺がんの診断
この実施例では、患者は、肺がんに罹患している。バイオマーカーを使用して、患者において大細胞肺がんとしてタイプを同定する。バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液製剤中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＡＲＡＦ、ＥＴＦＡ、ＣＤ４、ＰＡＧＥ４、ＴＴＴＹ１４、ＫＣＮＭＢ４、ＫＩＦ２６Ｂ、ＣＤＨＲ５、ＣＮＴＤ２、ＶＷＡ７、ＡＴＯＨ１、ＳＳＨ３、及びＳＩＤＴ２。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを１つ以上の閾値と比較して、大細胞肺がんを診断するかまたはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者が大細胞肺がんを有すると判断する。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

実施例７
バイオマーカーを使用した腺癌の診断
腺癌は、ＮＳＣＬＣの一種である。この実施例では、患者は、ＮＳＣＬＣに罹患している。バイオマーカーを使用して、カテゴリーを腺癌として同定する。バイオマーカーの使用は、従来の方法（すなわち、胸部Ｘ線および生検）よりも侵襲性が低い。医療提供者は、患者から血液のサンプルを採取する。その後、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、血液、血漿、血清、または血液製剤中で決定することができる。

検査室では、その検査中、以下のバイオマーカーのうちの２つ以上を使用する（遺伝子によって同定される）：ＴＲＡＤＤ、ＮＭＴ１、ＡＲＡＦ、ＡＮＸＡ８、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＮＥＬＬ２、ＴＲＩＭ３６、ＢＨＭＴ２、ＰＩＫ３ＩＰ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＭＥＤ２７、ＭＩＣＡＬＬ１、ＰＧＡＰ３、ＳＥＮＰ５、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ。一般的なハイブリダイゼーションベースのアッセイを使用して、患者サンプル中の各バイオマーカーのレベルを決定する。ｍＲＮＡの発現レベルを、ノートパソコンまたはタブレットコンピュータなどのコンピュータに入力する。コンピュータは、発現レベルをコンパイルしてスコアを生成する。スコアを１つ以上の閾値と比較して、腺癌を診断するかまたはその予後を決定する。

スコアに基づいて、医療提供者は、患者が腺癌を有すると判断する。胸部Ｘ線により、がんの場所および範囲を決定できる。患者を、さらなる評価および治療のために、専門医に紹介する。

最後に、本明細書の態様は、特定の実施形態を参照することによって強調されるが、当業者であれば、これらの開示された実施形態が本明細書に開示される主題の原理の単なる例示であることを容易に理解するであろうことが理解される。したがって、開示される主題は、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル、および／または試薬などに決して限定されないことを理解されたい。したがって、本明細書の趣旨から逸脱することなく、本明細書の教示に従って、開示された主題の様々な改変または変更または代替の構成を行うことができる。最後に、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、特許請求の範囲によってのみ定義される本発明の範囲を限定することを意図するものではない。したがって、本発明は、正確に示され、説明されたものに限定されない。

本発明を実施するために発明者に知られている最良の様式を含む、本発明の特定の実施形態が本明細書に記載されている。当然のことながら、これらの説明された実施形態の変形は、前述の説明を読んだときに、当業者には明らかになるであろう。本発明者は、当業者がそのような変形形態を適切に使用することを期待し、本発明者らは、本発明が本明細書に具体的に記載されている以外の方法で実施されることを意図している。したがって、本発明は、適用可能な法律によって許可されるとおり、本明細書に添付された特許請求の範囲に記載されている主題のすべての改変および同等物を含む。さらに、そのすべての可能な変形における上記の実施形態の任意の組み合わせは、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、本発明に包含される。

本発明の代替の実施形態、要素、またはステップのグループ化は、限定するものとして解釈されるべきではない。各グループメンバーは、個別に、または本明細書に開示される他のグループメンバーと任意の組み合わせで参照および特許請求され得る。ある群の１以上のメンバーは、簡便性および／または特許性の理由から、群に含まれ得るか、または群から削除され得ることが予想される。そのような包含または削除が生じた場合、明細書は改変されたグループを含むと見なされ、添付の特許請求の範囲で使用されるすべてのＭａｒｋｕｓｈグループの書面による説明を満たす。

特に明記しない限り、本明細書および特許請求の範囲で使用される特性、品目、数量、パラメータ、性質、用語などを表すすべての数字は、すべての場合において「約」という用語によって変更されると理解されるべきである。本明細書で使用される「約」という用語は、そのように定量化された特性、品目、数量、パラメータ、性質、または用語が、記載された特性、品目、数量、パラメータ、性質、または用語の値の上または下のプラスマイナス１０パーセントの範囲を包含することを意味する。したがって、反対であることが示されない限り、明細書および添付の特許請求の範囲に記載されている数値パラメータは、変動し得る近似値である。少なくとも、均等論の適用を特許請求の範囲に限定する試みとしてではなく、各数値表示は、報告された有効桁数に照らして、通常の丸め手法を適用することによって少なくとも解釈されるべきである。本発明の広い範囲を示す数値範囲および値が近似値であるにもかかわらず、特定の実施例に示される数値範囲および値は、可能な限り正確に報告される。しかし、数値範囲または値は、それぞれの試験測定で判明した標準偏差に必然的に起因する特定の誤差を本質的に含む。本明細書における値の数値範囲の列挙は、単に、範囲内にある個々の個別の数値を個別に参照する簡略化された方法として役立つことを意図している。本明細書で別段の指示がない限り、数値範囲の個々の値は、本明細書で個別に記載されているかのように、本明細書に組み込まれる。

Claims

肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも２つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータを用いて前記発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、
ｄ）前記スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１およびｈｓａ－ｍｉＲ－９３５から構成される、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーから構成される、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４以下のバイオマーカーから構成される、請求項１に記載の方法。
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも２つのｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータを用いて前記発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、
ｄ）前記スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項６に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、遺伝子ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよび／またはＴＨＲＡによってコードされる、請求項６に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項６に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項６に記載の方法。
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも２つのタンパク質またはペプチドの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータを用いて前記発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記発現レベルをコンパイルして、スコアを生成するステップと、
ｄ）前記スコアを１つ以上の閾値と比較して、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項１１に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドが、テクトニック－３、ＤＥＮＮドメイン含有タンパク質１Ａ、プロトオンコジーンｃ－Ｆｏｓ、ＵＮＣ９３様タンパク質ＭＦＳＤ１１、リボースリン酸ピロホスホキナーゼ３、凝固第ＸＩＩＩ因子Ａ鎖、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２４、ＦＡＣＴ複合体サブユニットＳＳＲＰ１、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼＤＤＸ２４、キネシン様タンパク質ＫＩＦ１Ｂ、リボソームＲＮＡプロセシングタンパク質７ホモログＡ、ＭＩＣＡＬ様タンパク質１、ＵＰＦ０１８４タンパク質Ｃ９ｏｒｆ１６、セレニド、水ジキナーゼ１、ＡＴＰシンターゼサブユニットｓ、ミトコンドリア、インテグリンアルファ－ＩＩｂ、転写活性化タンパク質Ｐｕｒ－アルファ、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼＩＢサブユニットガンマ、ピリドキサールキナーゼ、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＡ－Ｒａｆ、チューブリン特異的シャペロンＤ、ユビキチン修飾因子活性化酵素１、ポリコムタンパク質ＥＥＤ、ベータパルビン、レティキュロカビン－２、Ｐｏｓｔ－ＧＰＩａｔｔａｃｈｍｅｎｔｔｏｐｒｏｔｅｉｎｓｆａｃｔｏｒ３、Ｒｅｑｕｉｒｅｄｆｏｒｅｘｃｉｓｉｏｎ１－Ｂｄｏｍａｉｎ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ転写サブユニット２７のメディエーター、ホスホイノスイチド－３－キナーゼ相互作用タンパク質１、ＹＴＨドメイン含有ファミリータンパク質３、Ｓ－メチルメチオニン－ホモシステインＳ－メチルトランスフェラーゼＢＨＭＴ２、ヒストンシャペロンＡＳＦ１Ａ、アネキシンＡ８、電子伝達フラボタンパク質サブユニットアルファミトコンドリア、グリシルペプチドＮ－テトラデカノイルトランスフェラーゼ１、エフリンタイプＢ受容体３、キネシン様タンパク質ＫＩＦ３Ｃ、ヘテロ接合性の消失、１１、染色体領域２、遺伝子Ａ、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、ヘムトランスポーターＨＲＧ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１によってコードされる推定上の性質不明のタンパク質、サイトゾルホスホリパーゼＡ２ベータ、カルシウムホメオスタシスモジュレータータンパク質２、セントリン特異的プロテアーゼ５、ＳＩＤ１膜貫通ファミリーメンバー２、Ｒ３Ｈドメイン含有タンパク質４、ＭＡＰ／微小管親和性調節キナーゼ４、ＣＹＳＲＴ１遺伝子、タンパク質ホスファターゼスリングショットホモログ３、タンパク質アトナールホモログ１、アキシン－２、味覚受容体タイプ２メンバー１３、プロトカドヘリンベータ－１、フォン・ヴィレブランド因子Ａドメイン含有タンパク質７、三要素モチーフ含有タンパク質４９、サイクリンＮ末端ドメイン含有タンパク質２、ティーシャツホモログ２、仮想タンパク質ＦＬＪ２０２５１、カドヘリン関連ファミリーメンバー５、仮想タンパク質ＦＬＪ１１４５７、キネシン様タンパク質ＫＩＦ２６Ｂ、タンパク質アルギニンデイミナーゼタイプ４、Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼＴＲＩＭ３６、ロイシンリッチリピートＬＧＩファミリーメンバー２、カルシウム－活性化カリウムチャネルサブユニットベータ－４、ＥＬＡＶ様タンパク質３、Ｐ抗原ファミリーメンバー４、周期サーカディアンタンパク質ホモログ２、ジンクフィンガータンパク質１４２（クローンｐＨＺ－４９）、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、Ｕ４７９２４ＣＤ４分子、スーパーオキシドジスムターゼ用銅シャペロン、プロテインキナーゼＣ結合タンパク質ＮＥＬＬ２、ＲＩＮＧフィンガータンパク質４４、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２１、ＤｎａＪホモログサブファミリーＢメンバー１２、細胞分裂サイクルタンパク質１２３ホモログ、グアニンヌクレオチド結合タンパク質Ｇ（ｉ）サブユニットアルファ、腫瘍壊死因子受容体タイプ１関連のＤＥＡＴＨドメインタンパク質および甲状腺ホルモン受容体アルファから構成される、請求項１１に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはポリペプチドが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるタンパク質またはポリペプチドから構成される、請求項１１に記載の方法。
前記少なくとも２つの核酸、タンパク質またはポリペプチドが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるタンパク質またはポリペプチドから構成される、請求項１１に記載の方法。
肺がんを診断する、または肺がん患者の予後を決定する方法であって、
ａ）肺がんを有する対象のサンプル中の少なくとも２つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）健康な患者のサンプル中の同じ少なくとも２つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｃ）ａ）の前記発現レベルおよびｂ）の前記発現レベルに基づいて、１つ以上の閾値を計算するステップと、
ｄ）試験患者のサンプル中の前記少なくとも２つのｍｉＲＮＡの前記測定レベルからスコアを作成するステップと、
ｅ）前記スコアを前記１つ以上の閾値と比較することにより、前記試験患者のがんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項１６に記載の方法。
前記１つ以上のｍｉＲＮＡが、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１およびｈｓａ－ｍｉＲ－９３５を含む、請求項１６に記載の方法。
前記１つ以上のｍｉＲＮＡが、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のｍＲＮＡから構成される、請求項１６に記載の方法。
前記少なくとも１つ以上のｍｉＲＮＡが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４以下のｍＲＮＡから構成される、請求項１６に記載の方法。
肺がんを診断する、または肺がん患者の予後を決定する方法であって、
ａ）肺がんを有する対象のサンプル中の少なくとも２つのｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）健康な患者のサンプル中の同じ少なくとも２つのｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｃ）ａ）の前記発現レベルおよびｂ）の前記発現レベルに基づいて、１つ以上の閾値を計算するステップと、
ｄ）試験患者のサンプル中の前記少なくとも２つのｍＲＮＡの前記測定レベルからスコアを作成するステップと、
ｅ）前記スコアを前記１つ以上の閾値と比較することにより、前記試験患者のがんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項２１に記載の方法。
前記２つ以上のｍＲＮＡが、遺伝子ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよび／またはＴＨＲＡによってコードされる、請求項２１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項２１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項２１に記載の方法。
肺がんを診断する、または肺がん患者の予後を決定する方法であって、
ａ）肺がんを有する対象のサンプル中の少なくとも２つのタンパク質またはペプチドの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）健康な患者のサンプル中の同じ少なくとも２つのタンパク質またはペプチドの発現レベルを測定するステップと、
ｃ）ａ）の前記発現レベルおよびｂ）の前記発現レベルに基づいて、１つ以上の閾値を計算するステップと、
ｄ）試験患者のサンプル中の前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドの前記測定レベルからスコアを作成するステップと、
ｅ）前記スコアを前記１つ以上の閾値と比較することにより、前記試験患者のがんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項２６に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドが、テクトニック－３、ＤＥＮＮドメイン含有タンパク質１Ａ、プロトオンコジーンｃ－Ｆｏｓ、ＵＮＣ９３様タンパク質ＭＦＳＤ１１、リボースリン酸ピロホスホキナーゼ３、凝固第ＸＩＩＩ因子Ａ鎖、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２４、ＦＡＣＴ複合体サブユニットＳＳＲＰ１、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼＤＤＸ２４、キネシン様タンパク質ＫＩＦ１Ｂ、リボソームＲＮＡプロセシングタンパク質７ホモログＡ、ＭＩＣＡＬ様タンパク質１、ＵＰＦ０１８４タンパク質Ｃ９ｏｒｆ１６、セレニド、水ジキナーゼ１、ＡＴＰシンターゼサブユニットｓ、ミトコンドリア、インテグリンアルファ－ＩＩｂ、転写活性化タンパク質Ｐｕｒ－アルファ、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼＩＢサブユニットガンマ、ピリドキサールキナーゼ、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＡ－Ｒａｆ、チューブリン特異的シャペロンＤ、ユビキチン修飾因子活性化酵素１、ポリコムタンパク質ＥＥＤ、ベータパルビン、レティキュロカビン－２、Ｐｏｓｔ－ＧＰＩａｔｔａｃｈｍｅｎｔｔｏｐｒｏｔｅｉｎｓｆａｃｔｏｒ３、Ｒｅｑｕｉｒｅｄｆｏｒｅｘｃｉｓｉｏｎ１－Ｂｄｏｍａｉｎ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ転写サブユニット２７のメディエーター、ホスホイノスイチド－３－キナーゼ相互作用タンパク質１、ＹＴＨドメイン含有ファミリータンパク質３、Ｓ－メチルメチオニン－ホモシステインＳ－メチルトランスフェラーゼＢＨＭＴ２、ヒストンシャペロンＡＳＦ１Ａ、アネキシンＡ８、電子伝達フラボタンパク質サブユニットアルファミトコンドリア、グリシルペプチドＮ－テトラデカノイルトランスフェラーゼ１、エフリンタイプＢ受容体３、キネシン様タンパク質ＫＩＦ３Ｃ、ヘテロ接合性の消失、１１、染色体領域２、遺伝子Ａ、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、ヘムトランスポーターＨＲＧ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１によってコードされる推定上の性質不明のタンパク質、サイトゾルホスホリパーゼＡ２ベータ、カルシウムホメオスタシスモジュレータータンパク質２、セントリン特異的プロテアーゼ５、ＳＩＤ１膜貫通ファミリーメンバー２、Ｒ３Ｈドメイン含有タンパク質４、ＭＡＰ／微小管親和性調節キナーゼ４、ＣＹＳＲＴ１遺伝子、タンパク質ホスファターゼスリングショットホモログ３、タンパク質アトナールホモログ１、アキシン－２、味覚受容体タイプ２メンバー１３、プロトカドヘリンベータ－１、フォン・ヴィレブランド因子Ａドメイン含有タンパク質７、三要素モチーフ含有タンパク質４９、サイクリンＮ末端ドメイン含有タンパク質２、ティーシャツホモログ２、仮想タンパク質ＦＬＪ２０２５１、カドヘリン関連ファミリーメンバー５、仮想タンパク質ＦＬＪ１１４５７、キネシン様タンパク質ＫＩＦ２６Ｂ、タンパク質アルギニンデイミナーゼタイプ４、Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼＴＲＩＭ３６、ロイシンリッチリピートＬＧＩファミリーメンバー２、カルシウム－活性化カリウムチャネルサブユニットベータ－４、ＥＬＡＶ様タンパク質３、Ｐ抗原ファミリーメンバー４、周期サーカディアンタンパク質ホモログ２、ジンクフィンガータンパク質１４２（クローンｐＨＺ－４９）、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、Ｕ４７９２４ＣＤ４分子、スーパーオキシドジスムターゼ用銅シャペロン、プロテインキナーゼＣ結合タンパク質ＮＥＬＬ２、ＲＩＮＧフィンガータンパク質４４、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２１、ＤｎａＪホモログサブファミリーＢメンバー１２、細胞分裂サイクルタンパク質１２３ホモログ、グアニンヌクレオチド結合タンパク質Ｇ（ｉ）サブユニットアルファ、腫瘍壊死因子受容体タイプ１関連のＤＥＡＴＨドメインタンパク質および甲状腺ホルモン受容体アルファから構成される、請求項２６に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはポリペプチドが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるタンパク質またはポリペプチドから構成される、請求項２６に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはポリペプチドが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるタンパク質またはポリペプチドから構成される、請求項２６に記載の方法。
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータによって、前記試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記試験サンプル中の前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡの前記発現レベルを、ベースサンプル中の同じ前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡのレベルと比較するステップと、
ｄ）ａ）で測定された試験サンプル中とｃ）で測定されたベースサンプル中の前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡの前記発現レベルを比較した結果を受信するステップと、
ｅ）コンピュータで決定される際に、前記ベースサンプルと比較して、前記試験サンプル中の少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現の変化に基づいて、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項３１に記載の方法。
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１およびｈｓａ－ｍｉＲ－９３５から構成される、請求項３１に記載の方法。
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のｍｉＲＮＡから構成される、請求項３１に記載の方法。
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４以下のｍｉＲＮＡから構成される、請求項３１に記載の方法。
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも１つのｍＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータによって、前記試験サンプル中の少なくとも１つのｍＲＮＡの発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記試験サンプル中の前記少なくとも１つのｍＲＮＡの前記発現レベルを、ベースサンプル中の同じ前記少なくとも１つのｍＲＮＡのレベルと比較するステップと、
ｄ）ａ）で測定された前記試験サンプル中とｃ）で測定された前記ベースサンプル中の前記少なくとも１つのｍＲＮＡの前記発現レベルを比較した結果を受信するステップと、
ｅ）コンピュータで決定される際に、前記ベースサンプルと比較して、前記試験サンプル中の少なくとも１つのｍＲＮＡの発現の変化に基づいて、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項３６に記載の方法。
前記２つ以上のｍＲＮＡが、遺伝子ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよび／またはＴＨＲＡによってコードされる、請求項３６に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７，８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項３６に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項３６に記載の方法。
肺がんを診断する方法、または肺がんを有する対象の予後を決定する方法であって、
ａ）前記対象の試験サンプル中の少なくとも１つのタンパク質またはペプチドの発現レベルを測定するステップと、
ｂ）コンピュータによって、前記試験サンプル中の少なくとも１つのタンパク質またはペプチドの発現レベルを受信するステップと、
ｃ）前記試験サンプル中の前記少なくとも１つのタンパク質またはペプチドの前記発現レベルを、ベースサンプル中の同じ前記少なくとも１つのタンパク質またはペプチドのレベルと比較するステップと、
ｄ）ａ）で測定された試験サンプル中とｃ）で測定されたベースサンプル中の前記少なくとも１つのタンパク質またはペプチドの前記発現レベルを比較した結果を受信するステップと、
ｅ）コンピュータで決定される際に、前記ベースサンプルと比較して、前記試験サンプル中の少なくとも１つのタンパク質またはペプチドの発現の変化に基づいて、肺がんを診断するまたはその予後を決定するステップとを含む、方法。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項４１に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドが、テクトニック－３、ＤＥＮＮドメイン含有タンパク質１Ａ、プロトオンコジーンｃ－Ｆｏｓ、ＵＮＣ９３様タンパク質ＭＦＳＤ１１、リボースリン酸ピロホスホキナーゼ３、凝固第ＸＩＩＩ因子Ａ鎖、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２４、ＦＡＣＴ複合体サブユニットＳＳＲＰ１、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼＤＤＸ２４、キネシン様タンパク質ＫＩＦ１Ｂ、リボソームＲＮＡプロセシングタンパク質７ホモログＡ、ＭＩＣＡＬ様タンパク質１、ＵＰＦ０１８４タンパク質Ｃ９ｏｒｆ１６、セレニド、水ジキナーゼ１、ＡＴＰシンターゼサブユニットｓ、ミトコンドリア、インテグリンアルファ－ＩＩｂ、転写活性化タンパク質Ｐｕｒ－アルファ、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼＩＢサブユニットガンマ、ピリドキサールキナーゼ、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＡ－Ｒａｆ、チューブリン特異的シャペロンＤ、ユビキチン修飾因子活性化酵素１、ポリコムタンパク質ＥＥＤ、ベータパルビン、レティキュロカビン－２、Ｐｏｓｔ－ＧＰＩａｔｔａｃｈｍｅｎｔｔｏｐｒｏｔｅｉｎｓｆａｃｔｏｒ３、Ｒｅｑｕｉｒｅｄｆｏｒｅｘｃｉｓｉｏｎ１－Ｂｄｏｍａｉｎ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ転写サブユニット２７のメディエーター、ホスホイノスイチド－３－キナーゼ相互作用タンパク質１、ＹＴＨドメイン含有ファミリータンパク質３、Ｓ－メチルメチオニン－ホモシステインＳ－メチルトランスフェラーゼＢＨＭＴ２、ヒストンシャペロンＡＳＦ１Ａ、アネキシンＡ８、電子伝達フラボタンパク質サブユニットアルファミトコンドリア、グリシルペプチドＮ－テトラデカノイルトランスフェラーゼ１、エフリンタイプＢ受容体３、キネシン様タンパク質ＫＩＦ３Ｃ、ヘテロ接合性の消失、１１、染色体領域２、遺伝子Ａ、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、ヘムトランスポーターＨＲＧ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１によってコードされる推定上の性質不明のタンパク質、サイトゾルホスホリパーゼＡ２ベータ、カルシウムホメオスタシスモジュレータータンパク質２、セントリン特異的プロテアーゼ５、ＳＩＤ１膜貫通ファミリーメンバー２、Ｒ３Ｈドメイン含有タンパク質４、ＭＡＰ／微小管親和性調節キナーゼ４、ＣＹＳＲＴ１遺伝子、タンパク質ホスファターゼスリングショットホモログ３、タンパク質アトナールホモログ１、アキシン－２、味覚受容体タイプ２メンバー１３、プロトカドヘリンベータ－１、フォン・ヴィレブランド因子Ａドメイン含有タンパク質７、三要素モチーフ含有タンパク質４９、サイクリンＮ末端ドメイン含有タンパク質２、ティーシャツホモログ２、仮想タンパク質ＦＬＪ２０２５１、カドヘリン関連ファミリーメンバー５、仮想タンパク質ＦＬＪ１１４５７、キネシン様タンパク質ＫＩＦ２６Ｂ、タンパク質アルギニンデイミナーゼタイプ４、Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼＴＲＩＭ３６、ロイシンリッチリピートＬＧＩファミリーメンバー２、カルシウム－活性化カリウムチャネルサブユニットベータ－４、ＥＬＡＶ様タンパク質３、Ｐ抗原ファミリーメンバー４、周期サーカディアンタンパク質ホモログ２、ジンクフィンガータンパク質１４２（クローンｐＨＺ－４９）、アイソフォームＣＲＡ＿ｂ、Ｕ４７９２４ＣＤ４分子、スーパーオキシドジスムターゼ用銅シャペロン、プロテインキナーゼＣ結合タンパク質ＮＥＬＬ２、ＲＩＮＧフィンガータンパク質４４、Ｋｅｌｃｈ様タンパク質２１、ＤｎａＪホモログサブファミリーＢメンバー１２、細胞分裂サイクルタンパク質１２３ホモログ、グアニンヌクレオチド結合タンパク質Ｇ（ｉ）サブユニットアルファ、腫瘍壊死因子受容体タイプ１関連のＤＥＡＴＨドメインタンパク質および甲状腺ホルモン受容体アルファから構成される、請求項４１に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるタンパク質またはペプチドから構成される、請求項４１に記載の方法。
前記少なくとも２つのタンパク質またはペプチドが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるタンパク質またはペプチドから構成される、請求項４１に記載の方法。
肺がんを診断するための診断キットであって、
前記キットが、複数の核酸分子を含み、各核酸分子は、ｍｉＲＮＡ配列をコードし、
前記複数の核酸分子が、試験対象のサンプル中の１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルの変動を特定し、
前記少なくとも複数の核酸分子が、複数のベースサンプル核酸分子を含み、
前記１つ以上のｍｉＲＮＡの前記発現レベルが、肺がんの存在を示し、
前記キットが、前記試験対象のｍｉＲＮＡ発現を呈する１つ以上の標的細胞を肺がんとして同定する、キット。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項４６に記載の診断キット。
前記１つ以上のｍｉＲＮＡが、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２０４、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１８２７、ｈｓａ－ｍｉＲ－９３８、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２９７、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７、ｈｓａ－ｍｉＲ－３１８５、ｈｓａ－ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－６３１、ｈｓａ－ｍｉＲ－６５５、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２４５ｂ－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－３６９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－８７５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１０５－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２５３、ｈｓａ－ｍｉＲ－１２８５－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５１２－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５５０ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－５７１およびｈｓａ－ｍｉＲ－９３５を含む、請求項４６に記載の診断キット。
前記１つ以上のｍｉＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４のバイオマーカーから構成される、請求項４６に記載の診断キット。
前記少なくとも１つ以上のｍｉＲＮＡが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および／または２４以下のバイオマーカーから構成される、請求項４６に記載の診断キット。
肺がんを診断するための診断キットであって、
前記キットが、複数の核酸分子を含み、各核酸分子は、ｍＲＮＡ配列をコードし、
前記複数の核酸分子が、試験対象のサンプル中の１つ以上のｍＲＮＡの発現レベルの変動を特定し、
前記少なくとも複数の核酸分子が、複数のベースサンプル核酸分子を含み、
前記１つ以上のｍＲＮＡの前記発現レベルが、肺がんの存在を示しており、
前記キットが、前記試験対象のｍＲＮＡ発現を示す１つ以上の標的細胞を肺がんとして同定する、キット。
前記肺がんが、扁平上皮細胞肺がん、非小細胞肺がん、大細胞肺がん、小細胞肺がん、および／または腺癌肺がんである、請求項５１に記載の方法。
前記２つ以上のｍＲＮＡが、遺伝子ＴＣＴＮ３、ＤＥＮＮＤ１Ａ、ＦＯＳ、ＭＦＳＤ１１、ＰＲＰＳ１Ｌ１、Ｆ１３Ａ１、ＫＬＨＬ２４、ＳＳＲＰ１、ＤＤＸ２４、ＫＩＦ１Ｂ、ＲＲＰ７Ａ、ＭＩＣＡＬＬ１、Ｃ９ｏｒｆ１６、ＳＥＰＨＳ１、ＤＭＡＣ２Ｌ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＵＲＡ、ＰＡＦＡＨ１Ｂ３、ＰＤＸＫ、ＡＲＡＦ、ＴＢＣＤ、ＵＢＡ１、ＥＥＤ、ＰＡＲＶＢ、ＲＣＮ２、ＰＧＡＰ３、ＲＥＸ１ＢＤ（別名６１９ｏｒｆ６０）、ＭＥＤ２７、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＹＴＨＤＦ３、ＢＨＭＴ２、ＡＳＦ１Ａ、ＡＮＸＡ８、ＥＴＦＡ、ＮＭＴ１、ＥＰＨＢ３、ＫＩＦ３Ｃ、ＬＯＨ１１ＣＲ２Ａ（別名ＶＷＡ５Ａ）、ＳＬＣ４８Ａ１、ＭＡＰＫＡＰＫ５－ＡＳ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ｂ、ＣＡＬＨＭ２、ＳＥＮＰ５、ＳＩＤＴ２、Ｒ３ＨＤＭ４、ＭＡＲＫ４、ＳＳＨ３、ＡＴＯＨ１、ＡＸＩＮ２、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＰＣＤＨＢ１、ＶＷＡ７、ＴＲＩＭ４９、ＣＮＴＤ２、ＴＳＨＺ２、ＣＤＨＲ５、ＫＩＦ２６Ｂ、ＰＡＤＩ４、ＴＲＩＭ３６、ＬＧＩ２、ＫＣＮＭＢ４、ＴＴＴＹ１４、ＥＬＡＶＬ３、ＰＡＧＥ４、ＰＥＲ２、ＺＮＦ１４２、ＣＤ４、ＣＣＳ、ＮＥＬＬ２、ＲＮＦ４４、ＫＬＨＬ２１、ＤＮＡＪＢ１２、ＣＤＣ１２３、ＧＮＡＩ３、ＴＲＡＤＤおよび／またはＴＨＲＡによってコードされる、請求項５１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項５１に記載の方法。
前記少なくとも２つのｍＲＮＡが２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および／または１２７以下の異なるｍＲＮＡから構成される、請求項５１に記載の方法。