JP2023503797A - 分子ガイドシステムペプチド及びその使用 - Google Patents

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Abstract

1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を開示する。細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現の修正方法であって、上記核酸配列が、上記対象となる遺伝子から転写されるRNA、上記対象となる遺伝子、または、上記対象となる遺伝子の上流の配列に結合する、上記方法を開示する。細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の標的化方法であって、上記MGSペプチドが上記細胞内標的を標的化し、上記核酸配列が、細胞内標的内の上記対象となる遺伝子から転写されるRNAに結合する、上記方法を開示する。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2019年10月1日に出願された、米国特許仮出願番号第62/908,687号の利益を主張し、当該出願は、本明細書中にその全体が参照により組み込まれている。
連邦政府による資金提供を受けた研究に関する記述
本発明は、米国医学研究調達機関(USAMRAA)により発注された契約番号W81XWH-16-1-0262の下で、ならびに、アメリカ国立衛生研究所により拠出された交付金番号7R01CA164447及び7R01EB014244の下で、政府の支援を受けて実施された。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
配列表の参照
2020年7月30日に作成された「37794_0094P1_Sequence_Listing.txt」という名前の、18,505バイトのサイズを有するテキストファイルとして、2020年7月31日に提出された配列表は、米国特許法施行規則第1.52条(e)(5)項に従い、参照することにより本明細書に組み込まれる。
治療用核酸を、特定の細胞型、及び当該細胞内の特定の場所に送達する、細胞標的システムが必要とされている。
治療薬を特定の標的細胞、及び、当該細胞内の正しい区画に送達する能力は、多数の社会的な健康上の利益を有することができる。分子ガイドシステム(MGS)の組み合わせにより、従来「アンドラッガブルな」標的を治療する能力を有する、新しい階級の、安全かつ有効な細胞内作用治療薬を作製することができる。これにより、新興感染症及びバイオテロリズムの治療、がん、糖尿病、神経系及び神経変性疾患、ならびに遺伝的に引き継いだ疾患に対する新規の治療法に対する新規の治療方法が開かれる。MGSの組み合わせ治療薬により、実質的に全ての病状に影響を及ぼし、現代の薬剤での主たるブレイクスルーを生み出す、全く新しいマーケットを生み出すことができる。
1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を開示する。
細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現の修正方法であって、上記核酸配列が、上記対象となる遺伝子から転写されるRNA、上記対象となる遺伝子、または、上記対象となる遺伝子の上流の配列に結合する、上記方法を開示する。
細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の標的化方法であって、上記MGSペプチドが上記細胞内標的を標的化し、上記核酸配列が、細胞内標的内の上記対象となる遺伝子から転写されるRNAに結合する、上記方法を開示する。
治療を必要とする対象の治療方法であって、上記治療を必要とする対象に、有効量の、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を投与することを含み、上記MGSペプチドが、疾患プロセスに関与する細胞内標的を標的化する、上記方法を開示する。
開示した方法及び組成物のさらなる利点が、以下の説明で部分的に説明され、明細書から部分的に理解されるか、または、開示する方法及び組成物を実践することにより学ぶことができる。開示した方法及び組成物の利点は、添付の特許請求の範囲で具体的に明記される要素及び組み合わせにより認識及び達成されるであろう。前述の一般的な説明及び以下の詳細な説明は双方とも請求されているように、例示及び説明にすぎず、本発明を限定するものではないことを理解すべきである。
本明細書の一部に組み込まれ、本明細書の一部を構成する添付図面は、開示した方法及び組成物のいくつかの実施形態を示し、明細書と共に、開示した方法及び組成物の原理を説明する役割を果たす。
分子ガイダンスシステム(MGS)の概略図である。分子標的化ペプチドは、FOX-Three技術により同定される。ペプチドは、カーゴを、他の細胞での取り込みを回避しながら標的細胞に送達する。内部化の際に、ペプチドは、細胞内の所望の場所にカーゴを向ける。 治療用核酸を、特定の細胞内小器官に標的化することにより操作可能な細胞プロセスの例を示す図である。 MGSの補助なしの、フルオロフォア標識核酸配列の内部化プロファイルと比較した、2つの異なる温度にて、フルオロフォア標識核酸配列カードが4つの異なる細胞型に内部化された、MGSの例を示す。TmCAGmCATTmCTAATAGmCAGmC-Cy3(配列番号X)は、ヘキシルアミノまたはMGSのいずれかにコンジュゲートした、使用した核酸配列である[式中、「m」はメチル化を表す。]。cEt-BNAは、制限付きエチル架橋核酸であり、PS ASOは、ホスホロチオエートアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、POはホスホジエステル結合である。位置4~6、及び17~19におけるヌクレオチドはcEt BNAであり、黒色はホスホロチオエート結合を有し、黒色/下線はホスホジエステル結合を有する。 フルオロフォアの、異なる細胞型への内部化を示す、図3に示す実験の実際の蛍光データを示す。 MGSにコンジュゲートした、及びしていない、異なる細胞型へのsiRNA送達を示す。 MGS送達が、標的細胞におけるアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)の効力を増加させ、非標的細胞において効果を低下させることを示す。 MGSが、標的細胞へのASO送達を改善する免疫蛍光法研究を示す。
本明細書に含まれる特定の実施形態の詳細の説明及び実施例、ならびに、図面、及びそれらの前後の説明を参照することにより、開示する方法及び組成物は、より速やかに理解することができる。
開示する方法及び組成物は、別途記載のない限り、特定の合成法、特定の分析技術、または特定の試薬に限定されず、そのために変化し得ることと理解されるべきである。また、本明細書において使用される用語は、特定の実施形態を単に記載する目的のためのものであり、限定であることを意図されないことが理解されることになる。
開示される方法及び組成物に用いられ得る、それらと併せて用いられ得る、それらの調製において用いられ得る、またはそれらの産物である、材料、組成物、及び成分が開示される。これら及び他の材料は、本明細書において開示され、これらの材料の組み合わせ、サブセット、相互作用、群などが開示される場合、これら化合物の様々な個別のまたはまとめての組み合わせ及び変形のそれぞれについての具体的な言及が明白に開示され得ないとしても、それぞれが、具体的に想定され、本明細書に記載されていると理解される。例えば、組成物が開示及び議論され、このMGSペプチドを含む多数の分子に対して行われ得る多数の修飾が論じられる場合、この組成物のそれぞれ及び全ての組み合わせ及び順列、ならびに可能な修飾は、それとは反対のことが特異的に示されない限り、特異的に企図される。すなわち、分子A、B、及びCからなるクラスならびに分子D、E、及びFからなるクラスが開示され、組み合わせ分子の例として、A-Dが開示される場合、それぞれ個別に列挙されなかったとしても、各組み合わせが個別に及び集合的に想定される。したがって、この例では、A、B及びC;D、E及びF、ならびにA-Dの組み合わせの例の開示から、A-E、A-F、B-D、B-E、B-F、C-D、C-E及びC-Fの組み合わせのそれぞれが具体的に想定され、開示されていると見なされるべきである。同様に、これらの任意のサブセットまたは組み合わせはまた、具体的に想定され、開示される。したがって、例えば、A、B及びC;D、E及びF、ならびにA-Dの組み合わせの例の開示から、A-E、B-F及びC-Eというサブグループが具体的に想定され、開示されていると見なされるべきである。この概念は、本開示の組成物を生成及び使用する方法の工程を含むが、それに限定されない、本出願の全ての態様に当てはまる。したがって、行われ得る多様な追加の工程がある場合、これらの追加工程のそれぞれは、開示される方法の任意の特定の実施形態または実施形態の組み合わせにより行われ得ること、及びそのような組み合わせのそれぞれが、特異的に企図され、開示されると見なされるべきである。
A.定義
開示する方法及び組成物は、記載する特定の方法論、プロトコル、及び試薬が変化し得るため、これらに限定されないと理解されている。本明細書で使用する用語は特定の実施形態を説明するためだけのものであり、本発明の範囲を制限する意図はなく、本開示の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ制限されることもまた理解されなければならない。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈上、明らかに別段に解される場合を除き、複数の指示対象を含むことに留意されたい。したがって、例えば、「MGS」への言及は、複数のこのようなMGSを含み、「核酸配列」への言及は、当業者に知られている1つ以上の核酸配列及びこれらの等価物への言及であり、他の場合もまた同様である。
本明細書で使用する場合、「処置する」とは、本発明の組成物を、疾患または病状を有する対象、例えばヒトまたは他の哺乳動物(例えば、動物モデル)に、当該疾患もしくは病状の影響の悪化を防止するもしくは遅延させるために、または、当該疾患もしくは病状の影響を部分的もしくは完全に逆転させるために投与することを意味することが意味される。いくつかの態様では、疾患または病状はがんであることができる。疾患、障害及び/もしくは病状と関連付けられる病態を発症するリスクを低下させるために、疾患、障害及び/もしくは病状の徴候を示さない対象に対して、ならびに/または疾患、障害及び/もしくは病状の初期の徴候のみを示す対象に対して、処置が施されてもよい。いくつかの実施形態では、処置は、1つ以上の開示する組成物を対象に送達することを含む。
本明細書で使用する場合、「予防する」とは、病気、疾患または病状が進行する罹病性が増加した対象において、当該病気、疾患または病状が進行する可能性を最小限に抑えることを意味することが意味される。
本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、投与の標的、例えば、ヒトを指す。したがって、開示されている方法の対象は、脊椎動物、例えば、哺乳動物、魚類、鳥類、爬虫類、または両生類であることができる。「対象」という用語にはまた、飼育動物(例えば、ネコ、イヌなど)、家畜(例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど)、及び実験動物(例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモット、ミバエなど)も含まれる。一態様では、対象は哺乳動物である。別の態様では、対象はヒトである。この用語は、特定の年齢または性別を示さない。したがって、雌雄にかかわらず、成年、幼年、青年、及び新生対象、ならびに胎児が包含されることが意図される。
本明細書で使用する場合、「患者」という用語は疾患または障害に罹患している対象を指す。「患者」という用語は、ヒト及び動物対象を含む。本開示の方法のいくつかの態様では、「患者」は、投与工程前に処置が必要であると診断されている。
本明細書で使用する場合、用語「アミノ酸配列」とは、アミノ酸残基を表す略語、文字(letters)、文字(characters)、または言葉の一覧を意味する。本明細書で使用するアミノ酸の略語は、アミノ酸に対する従来の一文字コードであり、以下のとおりに表現される:A、アラニン;C、システイン;D、アスパラギン酸;E、グルタミン酸;F、フェニルアラニン、G、グリシン;H、ヒスチジン、I、イソロイシン;K、リジン;L、ロイシン;M、メチオニン;N、アスパラギン;P、プロリン;Q、グルタミン;R、アルギニン;S、セリン;T、トレオニン;V、バリン;W、トリプトファン;Y、チロシン。
本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」とは、任意のペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、遺伝子産物、発現産物、またはタンパク質を意味する。ポリペプチドは、連続したアミノ酸で構成される。用語「ポリペプチド」は、天然分子、または合成分子を包含する。
更に、本明細書で使用する場合、用語「ポリペプチド」とは、ペプチド結合または修飾ペプチド結合(例えばペプチド同配体)などにより互いに結合したアミノ酸を意味し、20個の遺伝子がコードされたアミノ酸以外の、修飾アミノ酸を含有することができる。ポリペプチドは、自然プロセス、例えば翻訳後処理、または、当該技術分野において周知化学修飾技術のいずれかにより修飾することができる。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、及びアミノまたはカルボキシル末端を含む、ポリペプチドのあらゆる場所で生じることができる。同じ種類の修飾は、所与のポリペプチド内のいくつかの部位において、同程度、または異なる程度で存在することができる。また、所与のポリペプチドは、多くの種類の修飾を有することができる。修飾としてはアセチル化、アシル化、ADPリボシル化、アミド化、共有架橋結合または環化、フラビンの共有結合、ヘム部位の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質若しくは脂質誘導体の共有結合、ホスフィチジリリノシト-ルの共有結合、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、システインまたはピログルタメートの形成、ホルミル化、γ-カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストリエート化、酸化、ペルギレート化、タンパク分解性処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、及び、アルギニル化などの、タンパク質への、アミノ酸の転写RNA媒介付加が挙げられるが、これらに限定されない。(Proteins-Structure and Molecular Properties 2nd Ed.,T.E.Creighton,W.H.Freeman and Company,New York(1993);Posttranslational Covalent Modification of Proteins,B.C.Johnson,Ed.,Academic Press,New York,pp.1-12(1983)を参照されたい。)
本明細書で使用する場合、「核酸配列」という語句は、DNAまたはRNAまたはDNA-RNAハイブリッド、一本鎖または二本鎖、センスまたはアンチセンスのいずれであれ、Watson-Crickの塩基対形成によって相補性の核酸とハイブリッド形成することができる天然に存在するまたは合成のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを指す。本発明の核酸配列はまた、ヌクレオチド類似体(例えば、BrdU)、及び非ホスホジエステルヌクレオシド間結合(例えば、ペプチド核酸(PNA)またはチオジエステル結合)も含むことができる。特に、核酸配列は、DNA、RNA、cDNA、gDNA、ssDNA、dsDNAまたはこれらの任意の組み合わせを含むことができるが、これらに限定されない。
本明細書で使用する場合、「有効量」の組成物とは、所望の効果をもたらすのに十分な量の組成物を意味することが意味される。必要とされる正確な量は、対象の種、年齢、及び全身状態、処置されている疾患の重症度(または、根底にある遺伝的欠陥)、使用される特定の化合物、その投与方法などに応じて、対象間で変化する。したがって、正確な「有効量」を明記することは不可能である。しかしながら、適切な「有効」量は、日常的な実験のみを用いて当業者が決定することができる。
本明細書で使用する場合、「選択的に結合する」とは、核酸配列(例えばカーゴ)またはMGSが、その標的(例えば、特定の細胞型)を認識して、これと物理的に相互作用し、他の標的を特異的に認識せず、これと相互作用しないことを意味する。
用語「相同性パーセント(%)」は、本明細書では用語「同一性パーセント(%)」と同じ意味で用いられ、配列アラインメントプログラムを用いて、野生型配列または対象となる配列とアラインしたときの、核酸またはアミノ酸配列同一性のレベルを意味する。例えば、本明細書で使用する場合、80%同一性とは、定義したアルゴリズムにより測定した80%配列同一性と同じことを意味し、したがって、所与の配列のホモログが、所与の配列の長さにわたって80%を超える配列同一性を有する。配列同一性の例示的なレベルとしては、所与の配列、例えば、本明細書に記載するMGS配列のいずれかに対する、80、85、90、95、98%、またはそれ以上の配列同一性が挙げられるが、これらに限定されない。2つの配列間の同一性を測定するために使用可能な例示的なコンピュータプログラムとしては、インターネットで一般に利用可能な一式のBLASTプログラム、例えばBLASTN、BLASTX、ならびに、TBLASTX、BLASTP、及びTBLASTNが挙げられるが、これらに限定されない。Altschul,et al.,1990及びAltschul,et al.,1997もまた参照されたい。配列調査は通常、GenBank DNA配列及び他の公的なデータベースにおける核酸配列に対する、所与の核酸配列を評価する際に、BLASTNプログラムを用いて行う。GenBankタンパク質配列及び他の公的なデータベースにおけるアミノ酸配列に対する、全てのリーディングフレームに翻訳されている核酸配列を調査するためには、BLASTXプログラムが好ましい。BLASTN及びBLASTXの両方を、11.0のオープンギャップペナルティ、及び、1.0の拡大ギャップペナルティのデフォルトパラメーターを用いて実施し、BLOSUM-62マトリックスを利用する。(例えば、Altschul,S.F.,et al.,Nucleic Acids Res.25:3389-3402,1997を参照されたい。)2つ以上の配列間での「同一性%」を測定するための、選択した配列の好ましいアラインメントは、例えば、10.0のオープンギャップペナルティ、0.1の拡大ギャップペナルディ、及びBLOSUM30類似性マトリックスを含むデフォルトパラメーターで操作する、Mac Vectorバージョン13.0.7でのCLUSTAL-Wプログラムを用いて行う。
置換、欠失、挿入、またはこれらの任意の組み合わせを用いて、最終の誘導体、バリアント、または類似体に到達することができる。一般に、これらの変化は、分子の変更を最小限に抑えるために、いくつかのヌクレオチドで行われる。しかし、より多くの変化が、特定の状況で許容され得る。
一般に、個別のバリアント配列間でのヌクレオチド同一性は、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%であることができる。したがって、「バリアント配列」とは、本発明の親または参照配列(例えば野生型配列)に対する、明記した同一性を有する配列であることができ、親配列特異性及び/または活性の、少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%を含むがこれらに限定されない生物学的機能を共有する。例えば、「バリアント配列」とは、本発明の親または参照配列と比較して、1、2、または3、4個のヌクレオチド塩基変化を含有し、親配列の生物学的機能、特異性、及び/または活性を共有する、または改善する配列であることができる。したがって、「バリアント配列」とは、本発明の親配列に対する、明記した同一性を有する配列であることができ、親配列特異性及び/または活性の、少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%を含むがこれらに限定されない生物学的機能を共有する。バリアント配列、参照配列(例えばMGS配列)の特異性及び/または活性の、少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%もまた共有することができる。
本明細書で使用する場合、「調節する」とは、増加または減少により変化させることを意味することが意味される。
「任意選択的な」または「任意選択的に」とは、後に記載する事象、状況、または材料が生じ得る、生じ得ない、存在し得る、または存在し得ず、説明が、当該事象、状況、または材料が生じる、または存在する場合、及び、当該事象、状況、または材料が生じ得ない、または存在し得ない場合を含むことを意味する。
範囲は、「約」1つの特定の値から、及び/または「約」別の特定の値までのように本明細書において表現され得る。このような範囲が表現される場合、文脈が別の場合を具体的に示す場合を除き、ある特定の値からの、及び/または、他の特定の値までの範囲もまた、具体的に想倒され、かつ、考慮されて開示される。同様に、先行する「約」の使用によって、値が近似値として表される場合、当然のことながら、文脈が具体的に別のことを示さない限り、特定の値が、開示されていると見なされるべき別の具体的に想定される実施形態を形成する。さらに当然のことながら、文脈が具体的に別のことを示さない限り、範囲の各端点は、両方とも、他の端点と関連しても、他の端点と無関係でも重要である。最終的に、明示的に開示される範囲内に含まれる、個別の値、及び値のサブ範囲の全てもまた、具体的に想倒され、文脈が別の場合を具体的に示す場合を除き、考慮され開示されなければならないことと理解されるべきである。前述の内容は、これらの実施形態のいくつかまたは全てが明示的に開示される特定の場合であるかないかに関係なく適用される。
別段定めがない限り、本明細書で使用する全ての技術及び科学用語は、開示した方法及び組成物が属する当業者により一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと同様または等価のいずれの方法及び材料も本発明の方法及び組成物の実施または試験に使用することができるが、特に有用な方法、デバイス、及び材料は、記載されるとおりである。本明細書において引用される出版物及び引用される資料は、参照により本明細書に具体的に組み込まれる。明細書中、本発明を、先行発明を理由にそのような開示に先行する権利がないとする承認として解釈されるべきものはなにもない。いかなる参考文献も、先行技術を構成するものであるという承認はなされない。参考文献での議論は、著者が主張すること、ならびに、出願人が、引用した文書の正確性及び適切性に挑戦する権利を保留することについて述べている。本明細書において多くの出版物が参照されているが、そのような参考文献は、これらのいかなる文書も当該技術分野における共通の一般知識の一部を形成していると認めるものではないことは明確に理解されるであろう。
本明細書の説明及び特許請求の範囲全体にわたって、「含む(comprise)」という言葉ならびにその言葉の変形、例えば「含む(comprising)」及び「含む(comprises)」は、「含むがそれらに限定されない」ことを意味しており、例えば、他の付加物、構成要素、整数または工程を除外することを意図しない。特に、1つ以上の工程または操作を含むと記載された方法では、各工程に示されたものを含むことが具体的に企図され(その工程が「からなる」などの限定する用語を含まない限り)、各工程が、例えば、その工程に示されていない他の付加物、構成要素、整数または工程を除外することを意図しないことを意味する。
B.組成物
1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートしたカーゴを含む組成物を開示する。いくつかの態様では、カーゴは核酸である。したがって、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を開示する。いくつかの態様では、開示した組成物は、脂質膜にまたがる輸送のために使用可能であるため、膜貫通組成物またはコンジュゲートを指すことができる。
開示した組成物を作製するために使用される構成成分は、本明細書に開示された方法の中で使用される組成物自体と同様に開示されている。これら及び他の材料は、本明細書に開示されており、これらの材料の組み合わせ、サブセット、相互作用、群などが開示されているとき、これらの化合物の、それぞれの様々な、個別の及び集合的な、組み合わせ及び並べ替えへの具体的な言及は、明示的に開示されていないことがあるが、それぞれが本明細書において具体的に想倒され、記載されていることが理解される。
1.MGSペプチド
MGSペプチドまたは標的化ペプチドを、本明細書で開示する。これらのペプチドは、細胞に選択的に結合することができる。開示した組成物で使用または修飾可能なMGSペプチドの例としては、McGuire et al.,Sci Rep.2014 Mar 27;4:4480に開示されているMGSペプチドのうちの1つ以上を挙げることができるが、これらに限定されない。開示した組成物及び方法でもまた使用可能な、MGSペプチドの例としては、表1に示すMGS配列が挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 2023503797000002
Figure 2023503797000003
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、YAAWPASGAWTGTAPCSAGT(配列番号9);LQWRRDDNVHNFGVWARYRL(配列番号20);RGDLATLRQLAQEDGVVGVR(配列番号1);ATEPRKQYATPRVFWTDAPG(配列番号13);FHAVPQSFYTAP(配列番号17);EHPWFNMWSWATQVQE(配列番号30)の配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、YAAWPASGAWTGTAPCSAGT(配列番号9);LQWRRDDNVHNFGVWARYRL(配列番号20);RGDLATLRQLAQEDGVVGVR(配列番号1);ATEPRKQYATPRVFWTDAPG(配列番号13);FHAVPQSFYTAP(配列番号17);またはEHPWFNMWSWATQVQE(配列番号30)と、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性の配列同一性を有する。いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、本明細書で開示するMGSペプチドのいずれかと、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性の配列同一性を有する。
いくつかの態様では、MGSペプチドを最適化することができる。例えば、配列番号3、4、5、6、7、8、11、12、15、16、18、19、及び22が最適化される。FOX-3プラットフォーム技術により同定した、個別の親ペプチド配列に修飾を加えることにより、最適化されたペプチドを入手した。これらの修飾を用いて、細胞特異的結合及び内部化のために必要な親配列内での、必須アミノ酸を同定する。これらの修飾は、親ペプチドのアミノ末端領域及びc末端領域の、アラニンスキャニング及び切断の組み合わせにより得られる。PEG11は、MGSペプチドのC末端の保護をもたらし、C末端にてシステインを介して結合したペプチドとカーゴ分子との間にスペーサーをもたらし、MGS-ペプチドの可溶性を向上させる。血液中でのペプチダーゼにより分解に対するd(Leu)保護などの、アセチル化(CH3CO-)及び/またはdアミノ酸による、アミノ末端における修飾。全てのMGSペプチドに適用可能な、均一の長さの最適化ペプチドは存在せず、全ての変化を試験し、ペプチドの取り込み及び安定性における効果を確認する必要がある。ペプチド73において、YCを使用して、我々が、ペプチド合成、及び280nmでの光の吸光度による濃縮を監視できるようにする。チロシン(Y)を添加しないと、このペプチドは、監視が著しく難しくなる。
CH3CO-YAAWPASGAWT-PEG11-C-NH2(配列番号12)、CH3CO-LQWRRNFGVWARYRL-PEG11-C-NH2(配列番号22)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号4)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号5)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号6)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号7)、CH3CO-KQYATPRVFWT-PEG11-C-NH2(配列番号16)、またはCH3CO-FHAVPQSFYT-PEG11-C-NH2(配列番号19)の配列を含む修飾ペプチドを開示する。したがって、いくつかの態様では、開示した組成物の1つ以上のMGSペプチドは、CH3CO-YAAWPASGAWT-PEG11-C-NH2(配列番号12)、CH3CO-LQWRRNFGVWARYRL-PEG11-C-NH2(配列番号22)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号4)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号5)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号6)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号7)、CH3CO-KQYATPRVFWT-PEG11-C-NH2(配列番号16)、またはCH3CO-FHAVPQSFYT-PEG11-C-NH2(配列番号19)、またはこれらの組み合わせであることができる。
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、CH3CO-YAAWPASGAWT-PEG11-C-NH2(配列番号12)、CH3CO-LQWRRNFGVWARYRL-PEG11-C-NH2(配列番号22)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号4)、CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号5)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号6)、CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号7)、CH3CO-KQYATPRVFWT-PEG11-C-NH2(配列番号16)、またはCH3CO-FHAVPQSFYT-PEG11-C-NH2(配列番号19)と、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性の配列同一性を有する。
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、N末端でのアセチル化により修飾することができる。したがって、いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドをアセチル化することができる。いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、核酸配列に化学的にコンジュゲートすることができる。いくつかの態様では、化学コンジュゲートはポリエチレングリコール(PEG)であることができる。したがって、いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドはPEG化されることができる。いくつかの態様では、PEGユニットの数は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11個、またはそれ以上であることができる。いくつかの態様では、PEGユニットの数は、1つ以上のMGSペプチドを核酸配列から分離し、1つ以上のMGSペプチドと核酸配列との間での、あらゆる立体干渉を防止するのに十分な長さであることができる。例えば、化学コンジュゲートを含む組成物であって、上記化学コンジュゲートがPEGであり、上記PEGが11個のPEGユニットを含む、上記組成物を本明細書にて開示する。一態様では、1つ以上のMGSペプチドは配列番号9または10を含み、配列番号9または10は、N末端でアセチル化されることができ、PEGに化学的にコンジュゲートされることができ、核酸配列はPEGに共有結合されることができる。
一態様では、本明細書で開示する1つ以上のMGSペプチドを切断することができる。いくつかの態様では、MGSペプチドの活性部分を、開示した組成物で使用することができる。いくつかの態様では、活性部分は、当該技術分野において周知の技術、例えばアラニンスキャニングまたは切断研究を用いて測定することができる。MGSペプチドの活性部分は、特定の細胞に結合し、当該細胞内で特定の場所を標的化するする能力を保持する部分である。例えば、配列番号9は、C末端の少なくとも9個のアミノ酸により切断することができる。したがって、配列番号10と本明細書に記載する、配列番号9の11量体を、MGSペプチドとして使用することができる。いくつかの態様では、配列番号13は、N末端及び/またはC末端にて約3、4、または5個のアミノ酸により切断することができる。
表1に記載するMGSペプチドのいずれか、またはこれらの組み合わせを開示する。したがって、いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、配列番号1~55のうちのいずれか1つ、またはこれらの組み合わせを含むことができる。
いくつかの態様では、組成物は、1つ以上のMGSペプチドを含むことができる。例えば、いくつかの態様では、組成物は1、2、3、4、または5個のMGSペプチドを含むことができる。いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、4量体スキャフォールドタンパク質を形成することができる。いくつかの態様では、MGSペプチドはモノマーまたは二量体であることができる。いくつかの態様では、複数のMGSペプチド、例えば、限定されないが二量体またはトリマーを共に使用することができる。いくつかの態様では、2つ以上のMGSペプチドを共に使用することができ、2つ以上のMGSペプチドは同一の配列を有することができる。いくつかの態様では、2つ以上のMGSペプチドを共に使用することができ、2つ以上のMGSペプチドは異なる配列を有することができる。いくつかの態様では、複数のMGSペプチド、例えば二量体は、2つ以上の同一のMGS配列を含む。いくつかの態様では、複数のMGSペプチド、例えば二量体は、少なくとも2つの異なるMGS配列を含む。
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、1つ以上の細胞内標的を局在化する。例えば、細胞内標的は、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核であることができるが、これらに限定されない。あらゆる細胞内区画を標的化することができる。
FOX-Threeプラットフォームは、標的細胞に対して速やかにスクリーニング可能な、109~1012個の候補ペプチドに基づくMGSメンバーを含有する、確立されたファージディスプレイライブラリー、及び、特異的に標的化されたMGSを同定するための細胞内システム(図2)に基づく。ペプチドは、生物過程により、及び、人工的な化学プロセスによって速やかに合成される、十分に理解された種類の生体分子である。結果として、FOX-Threeプラットフォームの力は、その速度及び柔軟性で示される。これは、当該細胞の分子的特徴についての知識に関係なく、あらゆる細胞型に適用可能であり、2~4週間でリードMGSを作製する。選択したペプチドベースのMGSを次に、最適の性能のために速やかに組み換える。表2は、FOX-Three技術を用いて同定したMGSである。
Figure 2023503797000004
Figure 2023503797000005
いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドは、タンパク質が一般的に、核酸にコンジュゲートまたは結合する方法のいずれかで、核酸配列にコンジュゲートすることができる。いくつかの態様では、核酸配列は、リンカーを介して1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートすることができる。例えば、場合によっては、リンカーはペプチドリンカーまたは核酸リンカーであることができる。いくつかの態様では、リンカーは切断可能なリンカーであることができる。いくつかの態様では、MGSペプチドは、共有結合、バイオコンジュゲーションケミストリーを含むがこれらに限定されない任意の既知の方法を用いて、核酸配列にコンジュゲートすることができる。
いくつかの態様では、カーゴ分子は、1つ以上のMGS配列にコンジュゲートすることができる。いくつかの態様では、カーゴ分子は、核酸配列、タンパク質、抗体、ペプチド、ナノ粒子、染料、または低分子であることができるが、これらに限定されない。本明細書に記載するように、カーゴは核酸配列である。
2.核酸配列
いくつかの態様では、開示した組成物の核酸配列は、DNA、RNA、またはDNA/RNAハイブリッドであることができる。いくつかの態様では、核酸配列はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの態様では、核酸配列はsiRNAまたはmiRNAである。いくつかの態様では、核酸配列は任意の核酸治療薬であることができる。
いくつかの態様では、核酸配列は細胞内標的を標的化する。例えば、細胞内標的は、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核であることができるが、これらに限定されない。あらゆる細胞内区画を標的化することができる。
いくつかの態様では、核酸配列は10~30ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は10~50ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は10~100ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は8~50ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は5~50ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は5~250ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は5~500ヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸配列は1Kb以下のヌクレオチド長である。いくつかの態様では、核酸のサイズは限定されない。
開示した組成物のいくつかの態様では、核酸配列は標識をさらに含むことができる。例えば、本明細書で開示する組成物は、検出可能な標識を含むことができる。いくつかの態様では、標識は蛍光色素であることができる。このような検出可能な標識としては、発現されるポリペプチドまたは配列の検出(例えば、精製または局在化)用に設計されたタグ配列を挙げることができるがこれらに限定されない。タグ配列としては、例えば、緑色蛍光タンパク質、グルタチオンS-トランスフェラーゼ、ポリヒスチジン、c-myc、ヘマグルチニン、またはFlag(商標)タグが挙げられ、コードされた核酸と融合することができる。このような検出可能な標識としては、蛍光剤、酵素標識、または放射性同位体を挙げることができるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の組成物中に存在し、哺乳動物(例えば、ヒト)に適用される本明細書に開示される方法で使用される核酸の治療有効量は、(前述のように)年齢、体重及びその他の全身状態における個体差を考慮して当業者によって決定することができる。本開示の組成物は血清及び血流で安定可能であり、場合によってはより特異的であるため、あらゆる個別の構成成分を含む、組成物の用量は、未結合の場合の個別の構成成分のいずれかの有効量よりも少ない(または多い)ことができる。
いくつかの態様では、核酸配列はTmCAGmCATTmCTAATAGmCAGmC(配列番号56)であることができる。配列番号56は、MALAT 1に対する配列である。
3.医薬組成物
いくつかの態様では、開示した組成物は医薬組成物であることができる。例えば、いくつかの態様では、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物と、薬学上許容されるキャリアとを含む医薬組成物を開示する。「薬学上許容される」とは、当業者に周知であるとおり、活性成分のいずれの分解をも最小化するように、及び対象中のいずれの有害な副作用をも最小化するように選択される材料またはキャリアを意味する。キャリアの例としては、ジミリストイルホスファチジル(DMPC)、リン酸緩衝生理食塩水、または多胞体リポソームが挙げられる。例えば、PG:PC:コレステロール:ペプチドまたはPC:ペプチドが本発明においてキャリアとして使用されてもよい。その他の適した薬学上許容されるキャリア及びそれらの製剤は、Remington: The Science and Practice of Pharmacy (19th ed.) ed. A.R. Gennaro, Mack Publishing Company, Easton, PA 1995に記載されている。典型的には、適切な量の薬学上許容される塩を製剤に用いて、製剤を等張にする。薬学上許容されるキャリアの他の例としては、生理食塩水、リンゲル溶液、及びデキストロース溶液が挙げられるが、これらに限定されない。溶液のpHは、約5~約8、または約7~約7.5であることができる。さらなるキャリアとしては、組成物を含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリックスなどの、持続放出性調製物が挙げられ、このマトリックスは、造形物、例えばフィルム、ステント(血管形成手順の間に、容器に埋め込むことができる)、リポソーム、または微小粒子の形態である。例えば、投与の経路及び投与されている組成物の濃度に応じて、ある種のキャリアがより好ましいことがあり得ることは、当業者に自明であろう。最も典型的には、これらは、滅菌水、生理的食塩水、及び生理的なpHの緩衝溶液などの溶液を含む、薬物のヒトへの投与のための標準的なキャリアであろう。
医薬組成物は、本発明のポリペプチド、ペプチド、またはコンジュゲートの意図する活性が損なわれない限り、キャリア、増粘剤、希釈剤、緩衝剤、防腐剤などもまた含むことができる。医薬組成物は、抗菌剤、抗炎症剤、麻酔剤などといった、(本発明の組成物に加えて)1つ以上の有効成分もまた含むことができる。
本明細書に開示される医薬組成物は、経口または非経口投与用に調製することができる。非経口投与用に調製される医薬組成物には、静脈内(もしくは動脈内)、筋肉内、皮下、腹腔内、経粘膜(例えば、鼻腔内、膣内もしくは直腸)、または経皮(例えば、局所)投与用に調製されるものが含まれる。融合タンパク質を送達するために、エアゾール吸入もまた用いることができる。したがって、水性キャリア、例えば水、緩衝水、生理食塩水、緩衝生理食塩水(例えばPBS)などを含むがこれらに限定されない、許容されるキャリアに溶解または懸濁した融合タンパク質を含む非経口的投与のために、組成物を調製することができる。含まれる賦形剤のうちの1つ以上は、例えば、pH調整剤及び緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤、界面活性剤などのように、おおよその生理学的状態を補助することができる。組成物が固体成分を含む場合(経口投与用であり得る場合)、賦形剤のうちの1つ以上は、(例えば、錠剤、カプセルなどの製剤用の)結合剤または充填剤として機能することができる。組成物が皮膚または粘膜表面への適用のために製剤化される場合、賦形剤のうちの1つ以上は、クリーム、軟膏などの製剤用の溶媒または乳化剤であり得る。
医薬組成物は、無菌であってもよく、従来の無菌化技術によって無菌化しても、または無菌濾過してもよい。水溶液は、そのままで使用するために包装するかまたは凍結乾燥することができ、本開示によって包含される凍結乾燥調製物を、投与前に無菌水性キャリアと組み合わせることができる。医薬組成物のpHは、通常、3~11(例えば、約5~9)または6~8(例えば、約7~8)となる。固体形態で得られた組成物を、錠剤またはカプセルの密閉包装の中などに固定量の上記の薬剤(複数可)をそれぞれ含有する、複数の単回用量単位で包装してもよい。固体形態での組成物を、局所的に適用可能なクリームまたは軟膏のために設計された圧搾可能なチューブの中などで、融通が利く分量のための容器で包装することもできる。
上記の医薬組成物は、治療有効量の本明細書に開示される組成物を含むように製剤化することができる。いくつかの態様では、治療的投与には予防的適用が包含される。遺伝試験及び他の予後法に基づくと、患者の相談を受ける医師は、患者が、1つ以上の自己免疫疾患に対する、臨床測定された疾病素質もしくは罹病性の増加(場合によっては、罹病性の大きな増加)を有する場合、または、患者が、がんに対する臨床測定した疾病素質もしくは罹病性の増加(場合によっては、罹病性の大きな増加)を有する場合に、予防的投与を選択することができる。
本明細書に記載の医薬組成物は、臨床疾患の発症を遅延させ、低減させ、または好ましくは防止するのに十分な量で、対象(例えば、ヒト対象またはヒト患者)に投与することができる。したがって、いくつかの態様では、対象はヒト対象である。治療用途において、組成物は、自己免疫疾患を既に有する、または、自己免疫疾患と診断された対象(例えばヒト対象)に、徴候もしくは症状を少なくとも部分的に改善するために、または、病状の症状の進行、その合併症、及び結果を阻害(及び、好ましくは停止)するのに十分な量で、投与される。これを達成するための適切な量は、「治療有効量」として定義される。医薬組成物の治療有効量は、治癒を達成する量であり得るが、その成果は、達成され得るいくつかのうちの1つにすぎない。示したように、治療効果量には、がんの発症もしくは進行を遅延させ、妨害し、もしくは防止する、または自己免疫疾患もしくは自己免疫疾患の症状を改善させる処置を提供する量が含まれる。症状のうちの1つ以上は重症度が低い場合がある。処置された個体では、回復が促進される可能性がある。
本明細書に開示される医薬組成物中のコンジュゲートの総治療有効量を、ボーラスとしてもしくは比較的短期間にわたる注入のいずれかによって哺乳動物に単回用量として投与することができ、または複数用量をより長期間にわたり(例えば、4~6、8~12、14~16、もしくは18~24時間ごと、もしくは2~4日、1~2週間ごと、もしくは月に1回の用量)投与する分割処置プロトコルを使用して投与することができる。あるいは、血液中の治療有効濃度を維持するのに十分な連続静脈内注入もまた、本開示の範囲内である。
C.方法
開示した組成物を用いる方法を開示する。本明細書で開示する組成物のいずれかを、本明細書で開示する方法で用いることができる。
細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現の低下方法であって、上記核酸配列が、上記対象となる遺伝子から転写されるRNA、上記対象となる遺伝子、または、上記対象となる遺伝子の上流の配列に結合する、上記方法を開示する。いくつかの態様では、核酸配列は、これらに限定されないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アプタマー、及び低分子干渉RNAなどの、任意の治療用核酸であることができる。いくつかの態様では、遺伝子発現の低下は、タンパク質レベルの測定により判定される。したがって、遺伝子発現の低下が、タンパク質レベルの低下をもたらす。
細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現の増加方法であって、上記核酸配列が、上記対象となる遺伝子、または、上記対象となる遺伝子の上流の配列に結合する、上記方法を開示する。
したがって、細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現の修正方法であって、上記核酸配列が、上記対象となる遺伝子から転写されるRNA、上記対象となる遺伝子、または、上記対象となる遺伝子の上流の配列に結合する、上記方法を開示する。いくつかの態様では、対象となる遺伝子の遺伝子発現の修正は、対象となる遺伝子の遺伝子発現の増加または低下を含む。
いくつかの態様では、対象となる遺伝子の上流の配列は、対象となる遺伝子の遺伝子発現の制御を担うDNAの領域であることができる。いくつかの態様では、対象となる遺伝子の上流の配列への結合により、対象となる遺伝子の遺伝子発現が増加または低下することができる。
細胞に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物を投与することを含む、対象となる遺伝子の標的化方法であって、上記MGSペプチドが上記細胞内標的を標的化し、上記核酸配列が、細胞内標的内の上記対象となる遺伝子から転写されるRNAに結合する、上記方法を開示する。いくつかの態様では、細胞内標的は、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核であることができるが、これらに限定されない。
開示した方法のいくつかの態様では、対象となる遺伝子は、発現または過剰発現が、細胞に対して有害であるか、または疾患プロセスに関与する、任意の遺伝子であることができる。例えば、対象となる遺伝子は、開示した細胞内標的(例えば、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核)のうちの1つで過剰または過小発現し、疾患を引き起こす遺伝子であることができる。いくつかの態様では、対象となる遺伝子は、KRASまたはMYCであることができるが、これに限定されない。
治療を必要とする対象の治療方法であって、上記治療を必要とする対象に、有効量の、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を投与することを含み、上記MGSペプチドが、疾患プロセスに関与する細胞内標的を標的化する、上記方法を開示する。いくつかの態様では、必要とする対象は、感染症、がん、糖尿病、神経系もしくは神経変性病、遺伝的に引き継いだ疾患、リソソーム疾患、ミトコンドリア病を有するか、または、バイオテロ剤に曝露されている。
いくつかの態様では、開示した方法は、表1に記載するMGSペプチドの1つ以上を用いることができる。
いくつかの態様では、細胞内標的は、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核であることができるが、これらに限定されない。
いくつかの態様では、核酸配列は、細胞内標的の内側で、対象となる遺伝子から転写されるRNAに結合する。いくつかの態様では、対象となる遺伝子から転写されるRNAへの、核酸配列の結合により、対象となる遺伝子の発現の低下がもたらされる。いくつかの態様では、核酸配列は、細胞内標的の内側で、対象となる遺伝子に結合する。いくつかの態様では、核酸配列は、細胞内標的の内側で、対象となる遺伝子の上流の配列に結合する。いくつかの態様では、対象となる遺伝子の配列上流は、対象となる遺伝子の遺伝子発現の制御を担うDNAの領域であることができる。いくつかの態様では、対象となる遺伝子の上流の配列への結合により、対象となる遺伝子の遺伝子発現が増加または低下することができる。
いくつかの態様では、対象となる遺伝子は、過小発現または過剰発現が疾患プロセスに関与する、任意の遺伝子である。例えば、対象となる遺伝子は、開示した細胞内標的(例えば、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核)のうちの1つで過剰または過小発現し、疾患を引き起こす遺伝子であることができる。いくつかの態様では、対象となる遺伝子は、KRASまたはMYCであることができるが、これに限定されない。
いくつかの態様では、開示した処置方法は、1つ以上の追加の治療薬を投与することをさらに含むことができる。いくつかの態様では、開示した組成物を、単独で、または、他の生物学的活性剤と組み合わせて投与することができる。いくつかの態様では、開示した組成物を、単独で、または、1つ以上の追加の治療薬(例えば、生物学的活性剤)と組み合わせて製剤化し、対象への投与に好適な組成物にすることができる。一態様では、がんを有する、または、がんが進行するリスクのある対象の処置に関する方法、本明細書で開示する組成物を、例えば、治療有効量の放射線治療、免疫療法、もしくは化学療法、またはこれらの組み合わせと組み合わせることができる。併用療法を、同時製剤として、または個別に投与することができる。個別に投与するとき、併用療法は、同時に、または連続的に投与することができる。製剤は、当該技術分野における方法ルーティンを用いることで作製することができる。
D.ベクター
開示した組成物の1つ以上をコードする核酸配列を含むベクターを開示する。いくつかの態様では、ベクターは、開示したMGSペプチドの1つ以上をコード可能な核酸配列のみを含む。
E.キット
上で記載した材料、加えて他の材料を、開示した方法を行うために有用なキット、または、開示した方法の性能を補助するキットとして、任意の好適な組み合わせで、合わせてパッケージ化することができる。所与のキットにおけるキットの構成成分が、開示した方法と共に用いるように設計され、そのように適合されている場合、有用である。例えば、1つ以上の開示した組成物を含むキットを開示する。
いくつかの態様では、開示したキットは、開示したMGSペプチドの1つ以上、及び/または、開示した核酸配列の1つ以上を含むことができる。
FOX-Threeプラットフォームは既に、細胞及び細胞内成分の標的化のために確認されている。確認された多数のMGSが、様々な細胞標的化システムに対する、様々な開発段階(表1)にある。様々なペイロードをペプチドMGSにコンジュゲートする方法は、その標的化能力を破壊することなく確立されてきた。選択したMGSは、薬剤、造影剤、ナノ粒子、DNA、及びタンパク質を、培養液及び動物モデル中の標的細胞に送達することが示されている。FOX-Three造影プロセスは近年洗練され、選択基準としての細胞内位置標的化を含むようになった。がん細胞内のリソソーム、オートファゴソーム、及びゴルジに蓄積し、加えて、原形質膜を標的化するMGSが単離されてきた。MGSの治療効果は、正しい細胞内位置への送達に依存することが示されている。
十分な細胞型、病状、細胞内オルガネラ、及び、送達可能なペイロードにより、FOX-Threeプラットフォームの可能性は広大である。焦点を当てた、選択した疾患の細胞型及び細胞内成分を送達可能な、最適化されたMGSの「ツールボックス」を作製するためのロバストなプラットフォームを開発することができる。これを行うために、FOX-Threeプラットフォームを用いて、標的化可能な細胞内オルガネラの数を拡大することができる。定量的マイルストーンを伴う一連の実験を行うことができる。
いくつかの態様では、非小型肺癌細胞株を標的化し、リソソーム、ゴルジ、及びミトコンドリアに蓄積する3つのMGSの合成、特性決定、及び最適化を研究することができる。
さらに、細胞内位置を拡大して、リソソーム、ゴルジ、ミトコンドリア、小胞体、細胞質、及び核を含めるようにすることができる。
FOX-Threeは、前例のない速度で、ヒト治療用抗体の細胞内標的化を急速な開発を発見し、これを提供して、現れる脅威に対して極めて安全かつ急速な応答を生み出す。
開発したFOX-Three MGSツールボックスは、様々な他のペイロードを送達することができる。送達は主たる焦点となってきたが、MGSは、多くの異なるペイロードを送達し、他の臨床用途を有することができることを記しておくことが重要である(表1)。MGSは低分子薬剤、造影剤、ナノ粒子、DNA、放射性核種、及び他のタンパク質を送達することができる。MGSは、疾患の早期検出のために、及びコンパニオン診断として用いることができる。初期の疾患検出は多くの場合、臨床的アウトカムの主たる決定因子である。コンパニオン診断は、処置に対する応答の後に続くことができ、処置の急激な変化を可能にし、必要に応じて、時間及びコストを節約することができる。MGS治療薬を、標的化された治療薬(低分子、核酸)に用いることができる。MGS治療薬を、多種多様な疾患状態、インビトロ及びインビボ診断、がんに対するパーソナライズド治療薬、細胞内ナノ粒子送達、及び革新的な免疫治療に対して、標的化した治療薬(低分子、核酸、ポリマーなどの合成巨大分子、及びタンパク質)のために用いることができる。
Figure 2023503797000006
以下は、多量体化コアの構造[式中、Rは、システインのスルフヒドリル基を介してコンジュゲートしたMGSを表す。]の例である。R’は、カーゴ(例えば、MAb、タンパク質、他のペプチド、薬剤、ナノ粒子、造影剤、核酸、または染料)の結合部位である。結合は、マレイミドケミストリー、クリックケミストリー、アミドケミストリーを介して、及び、ヒドラゾンを介して生じることができる。
Figure 2023503797000007
二量体は、直鎖ペプチドケミストリー(マレイミド基非含有)を用いてもまた、合成することができる。以下は、直鎖ペプチドケミストリー(マレイミド基非含有)を用いて調製した二量体の構造の一例[式中、RはMGSを表し、R’は、カーゴ(例えば、MAb、タンパク質、他のペプチド、薬剤、ナノ粒子、造影剤、核酸、または染料)用の結合部位を表す。]である。
Figure 2023503797000008
1.実施例1:有効量、化学量論、及び、MGS2に対する取り込み速度。
下表4は、様々な細胞株に対してのMGSに対するEC50値を示す。数が示すように、内部化した分子は、約50,000~約125,000の間にあり、11~37分の半減期を有する。
Figure 2023503797000009
図3は、2つの異なる温度での、及び、対照含有、MGS非含有での、4つの異なる細胞型に対する内部化を示す。したがって、図4は、2つの異なる温度における、細胞に内部化したフルオロフォアの存在を示す。
2.実施例2:カーゴとしてのMGS及び核酸
MGSの着想を核酸に適用した。遺伝子発現を調節することが知られているため、核酸は治療法に対する良い候補となるが、その不十分な薬理学的性質(例えば、大きなサイズ、高い荷電、及び、体からの速いクリアランス)により、核酸治療法は、治療薬としては前進するのが遅くなっている。MGSが核酸に適用可能であり、治療用核酸の内部化を補助することができるのであれば、これにより、新たな治療法において核酸を用いることへの扉が開かれる。
この目的のために、新規のMGSを適用し、siRNAの細胞特異的送達を容易にした。以前に述べたように、これらのMGSは、特定の上皮由来のがん細胞型に結合する固有の能力を有し、結合の際に、素早い内部化、及び、特定の細胞内位置へのトラフィッキングをトリガーする。化学的に最適化されたMGSは、細胞標的に対する1~2nMの親和性、48時間を超える血清安定性、及び、通常の対照細胞よりも、標的化されたがん細胞に対する、約50~1000倍の特異性を有する。標的細胞は、これらのペプチドリガンドを速やかに内部化し、約10~30分のt1/2で、1.5μM以下の細胞濃度に達する。図5は、MGS非含有の細胞へのsiRNAと、siRNAの5’または3’のいずれかにおいてビオチン化されたMGSを含む細胞へのsiRNAの比較を示す。内部化実験はまず、H1993細胞を用いて実施した。この一連の実験に関して、最も右側におけるバーの群は、MGS非含有の、5’ビオチン化siRNA+SA-647、及び、3’ビオチン化siRNA+SA-647であった。中央、及び、最も左側のバー群は、SA-647、5’ビオチン化siRNA+SA-647、ならびに、第1のMGS(SRI_MGS1_V4、右)、及び、第2のMGS(SRI_MGS2_V4、中央)にコンジュゲートした、3’ビオチン化siRNA+SA-647を示す。確認できるように、自身によって、siRNAはH1993細胞に内部化されなかった。3つの異なる形態のsiRNAがSRI_MGS1_V4にコンジュゲートすることで、データは、3つのsiRNAの形態全てに関して、細胞当たりで内部化された約25000個の分子を示す一方で、3つの異なる形態のsiRNAの、SRI_MGS2_V4へのコンジュゲートは、細胞当たりで内部化した、約150,000~210,000個の分子の、さらに良い内部化を示した。H1299細胞を用いる実験に関しても同様の結果が確認され、ここでは、内部化が、MGS非含有のsiRNA形態に対してはゼロに近く、SRI_MGS2_V4にコンジュゲートしたsiRNA形態に対しては、おおよその内部化が、約80,000~約95,000であった。
まとめると、本技術は、病原体感染細胞を標的にするMGS-を速やかに生成する能力を有し、数週間対数年で、既存の、加えて、現れる病原体に対する処置を改善する。現在の技術はあまりにも遅く、進化するウイルスに対する治療の標的化を開発することができない。
本技術により、兵士を保護するための全く新しい兵器庫を確立する、以前は細胞不透過性であった化合物を送達することによる、多数の疾患の治療用の、新しい種類の治療薬が開かれる。
本技術は、別の方法ではコミュニティを通して反応性であるか、または拡散性/再拡散性であり得る、潜在的な細胞内ウイルス感染症を検出し中和する能力をもたらす。
本技術は、生物学的表示器用の診断及びセンサー技術で使用可能なMGSを、速やかに開発することができる。
本発明の範囲または趣旨から逸脱することなく、様々な修正及び変更を本発明に行うことが可能であることが当業者には明らかであろう。本発明の他の態様は、本明細書及び本明細書に開示された本発明の実施を検討することにより当業者に明らかとなるだろう。本明細書及び実施例は、例示にすぎないと解釈されることを意図し、本発明の真の範囲及び趣旨は、以下の特許請求の範囲により示される。
当業者は、本明細書に記載の本方法及び組成物の具体的な実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または慣用的な実験を超えるものを使用せずに確認することができる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲によって網羅されることが意図される。

Claims (24)

  1. 1つ以上の分子ガイダンスシステム(MGS)ペプチドにコンジュゲートした核酸配列を含む組成物。
  2. 前記核酸配列が、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1に記載の組成物。
  3. 前記核酸配列が、細胞内標的を標的にする、請求項1または2に記載の組成物。
  4. 前記1つ以上のMGSペプチドが、配列:
    YAAWPASGAWTGTAPCSAGT(配列番号9);
    LQWRRDDNVHNFGVWARYRL(配列番号20);
    RGDLATLRQLAQEDGVVGVR(配列番号1);
    ATEPRKQYATPRVFWTDAPG(配列番号13);
    FHAVPQSFYTAP(配列番号17);
    EHPWFNMWSWATQVQE(配列番号30);またはこれらの組合せ
    を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載の組成物。
  5. 前記1つ以上のMGSペプチドが、YAAWPASGAWTGTAPCSAGT(配列番号9)、LQWRRDDNVHNFGVWARYRL(配列番号20)、RGDLATLRQLAQEDGVVGVR(配列番号1)、ATEPRKQYATPRVFWTDAPG(配列番号13)、FHAVPQSFYTAP(配列番号17)、EHPWFNMWSWATQVQE(配列番号30)、またはこれらの組み合わせと少なくとも95%~99%の配列同一性を有する、請求項1~3のいずれか1項に記載の組成物。
  6. 前記1つ以上のMGSペプチドが、アセチル化されている、請求項1~5のいずれか1項に記載の組成物。
  7. 前記1つ以上のMGSペプチドが、PEG化されている、請求項1~6のいずれか1項に記載の組成物。
  8. 前記1つ以上のMGSペプチドが、配列:
    CH3CO-YAAWPASGAWT-PEG11-C-NH2(配列番号12);
    CH3CO-LQWRRNFGVWARYRL-PEG11-C-NH2(配列番号22);
    CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号4);
    CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号6);
    CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号7);
    CH3CO-KQYATPRVFWT-PEG11-C-NH2(配列番号16);
    CH3CO-FHAVPQSFYT-PEG11-C-NH2(配列番号19);またはこれらの組合せ
    を含む、請求項6~7のいずれか1項に記載の組成物。
  9. 前記1つ以上のMGSペプチドが、CH3CO-YAAWPASGAWT-PEG11-C-NH2(配列番号12);CH3CO-LQWRRNFGVWARYRL-PEG11-C-NH2(配列番号22);CH3CO-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号4);CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-YC-NH2(配列番号6);CH3CO-d(Leu)-RGDLATLRQL-PEG11-Y-NH2(配列番号7);CH3CO-KQYATPRVFWT-PEG11-C-NH2(配列番号16);CH3CO-FHAVPQSFYT-PEG11-C-NH2(配列番号19);またはこれらの組み合わせと少なくとも95%~99%の配列同一性を有する、請求項6~7のいずれか1項に記載の組成物。
  10. 前記核酸配列が、リンカーを介して1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートしている、請求項1~9のいずれか1項に記載の組成物。
  11. 前記核酸配列が、標識を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の組成物。
  12. 前記標識が、蛍光色素である、請求項11に記載の組成物。
  13. 前記核酸配列が、10~30ヌクレオチド長である、請求項1~12のいずれか1項に記載の組成物。
  14. 前記核酸配列が、DNAまたはRNAである、請求項1~13のいずれか1項に記載の組成物。
  15. 1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を細胞に投与する工程を含む、対象となる遺伝子の遺伝子発現を低下させる方法であって、前記核酸配列が、前記対象となる遺伝子から転写されたRNAに結合する、方法。
  16. 1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした核酸配列を細胞に投与する工程を含む、細胞内標的内での対象となる遺伝子を標的にする方法であって、前記MGSペプチドが、前記細胞内標的を標的にし、前記核酸配列が、細胞内標的内で、前記対象となる遺伝子から転写されたRNAに結合する、方法。
  17. 前記細胞内標的が、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核である、請求項16に記載の方法。
  18. 前記対象となる遺伝子が、その発現または過剰発現が前記細胞に対して有害である遺伝子である、請求項16または17に記載の方法。
  19. 治療を必要とする対象を治療する方法であって、前記治療を必要とする対象に、1つ以上のMGSペプチドにコンジュゲートした有効量の核酸配列を投与する工程を含み、前記MGSペプチドが、疾患プロセスに関与する細胞内標的を標的にする、方法。
  20. 前記細胞内標的が、リソソーム、ゴルジ装置、小胞体、細胞質、または核である、請求項19に記載の方法。
  21. 前記核酸配列が、前記細胞内標的の内側で、対象となる遺伝子から転写されたRNAに結合する、請求項19または20に記載の方法。
  22. 前記対象となる遺伝子が、その発現または過剰発現が前記疾患プロセスに関与する遺伝子である、請求項21に記載の方法。
  23. 前記対象となる遺伝子から転写されたRNAへの、前記核酸配列の前記結合により、前記対象となる遺伝子の発現の低下がもたらされる、請求項21または22に記載の方法。
  24. 前記MGSペプチドが、表1に記載のMGSペプチドの1つ以上である、請求項15~23のいずれか1項に記載の方法。
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