JP2023500889A - 非チロシン標的化キナーゼ阻害剤との併用における成長因子抗体の使用のための方法及び組成物 - Google Patents

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Abstract

本開示は、癌を治療するための方法に関する。より具体的には、本開示は、癌の治療並びにＮＴＫＩに対する内因性及び／又は獲得性の耐性の予防における、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）と組み合わせたキメラ非天然合成タンパク質の使用に関する。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年１１月７日に出願された米国仮特許出願第６２／９３２，１３１号、発明の名称「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＦＯＲ ＵＳＥ ＯＦ ＡＮＴＩ－ＥＧＦ ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ ＷＩＴＨ ＭＥＫ ＩＮＨＩＢＩＴＯＲＳ」、及び２０２０年１０月２０日に出願された米国仮特許出願第６３／０９４，０１８号、発明の名称「ＡＮＴＩ－ＥＰＩＤＥＲＭＡＬ ＧＲＯＷＴＨ ＦＡＣＴＯＲ ＶＡＣＣＩＮＥ ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ ＩＮＣＲＥＡＳＥ ＴＨＥ ＡＮＴＩＴＵＭＯＲ ＡＣＴＩＶＩＴＹ ＯＦ ＫＩＮＡＳＥ ＩＮＨＩＢＩＴＯＲＳ ＩＮ ＮＯＮ ＳＭＡＬＬ ＣＥＬＬ ＬＵＮＧ ＣＡＮＣＥＲ ＣＥＬＬ ＬＩＮＥＳ」に対する優先権を主張し、これらは、あらゆる目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、癌を治療するための方法に関する。より具体的には、本開示は、癌の治療、及び、ＮＴＫＩに対する内因性及び／又は獲得性の耐性の予防における、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）と組み合わせたキメラ非天然合成タンパク質の使用に関する。
世界保健機関によれば、新生物（例えば、癌）は、世界中で主要な死因の１つであり、２０１５年には８８０万人の死亡の原因であった。世界のヒト集団における癌の頻度は顕著であり、死者６人のうちほぼ１人を占める。２０１５年では、最も一般的な癌の死亡は、以下の種類の癌に起因していた。肺癌（約１７０万人が死亡）、肝癌（約８０万人が死亡）、結腸直腸癌（約８０万人が死亡）、胃癌（約８０万人が死亡）、及び乳癌（約６０万人が死亡）。
ほとんどの化学療法剤は、悪性表現型の発生に関与すると考えられる特定の分子標的に作用する。しかしながら、シグナル伝達経路の複雑なネットワークは細胞増殖を調節し、悪性癌の大部分はこれらの経路における複数の遺伝子異常によって促進される。標準的な細胞傷害性化学療法による癌の治療は有効性のために最適化されているが、より最近の手法は、それらの異なる癌遺伝子ドライバーに基づいて分子サブセットに分類することに基づいている。癌のこれらの分子ドライバーは、特定の癌遺伝子に対する標的薬剤で治療的に攻撃することができる。
癌治療における治療的介入のための有望な標的セットには、ＨＥＲ－キナーゼ軸のメンバー及びその下流のエフェクターが含まれる。それらは、例として、前立腺、肺及び乳房の固形上皮腫瘍において頻繁に変異を示し、膠芽腫においても上方制御される。野生型ＥＧＦＲエフェクタータンパク質（例えば、ＲＡＳ、ＢＲＡＦ及びＰＩＫ３ＣＡ）を有する患者は、ＥＧＦＲを標的とするチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、例えばセツキシマブ及びエルロチニブで治療することができる。しかしながら、ＥＧＦＲエフェクタータンパク質に変異を有する癌患者の大きなコホートが存在する。変異は、ＥＧＦＲを標的とするＴＫＩに対する耐性をもたらし、ＥＧＦＲエフェクターを標的とする非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）に対する耐性の発生を可能にするため、これらの患者には既存の治療は有効ではない。同様に、野生型ＥＧＦＲエフェクタータンパク質を有する患者におけるＥＧＦＲを標的とするＴＫＩによる治療は、癌遺伝子変異の選択のために耐性の発生をもたらすことが多い。したがって、ＴＫＩ及びＮＴＫＩを用いた既存の治療は、一部の患者においてＥＧＦＲ経路を標的とする強力な抗腫瘍特性を示すが、耐性が生じた患者ではそれほど強力でなくなるか、又は効果が完全になくなる。ＥＧＦＲエフェクターキナーゼは、ＴＫＩ及びＮＴＫＩに対する内因性及び獲得性の両方の耐性の機構として同定されているという点で、「バイパス経路」と呼ばれることがある。理論に拘束されるものではないが、ＥＧＦＲシグナル伝達カスケード中の並行キナーゼ又は他のキナーゼが変異キナーゼを補い、これによってより強いＥＧＦＲシグナル伝達効果を誘導すると考えられる。したがって、ＥＧＦＲ又は同様の成長因子が介在する疾患及び癌を効果的に治療するために、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤に対するＥＧＦＲ経路の耐性を克服する更なる治療法が必要とされている。
本開示は、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）に対する耐性を防止又は最小化し、これにより細胞増殖を阻害する、ＥＧＦＲエフェクター非チロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせたキメラ非天然合成タンパク質の使用に関する。これらの療法は、例えば、肺癌、乳癌、膀胱癌、前立腺癌、卵巣癌、外陰癌、結腸癌、結腸直腸癌、腸癌、肺癌、脳癌、食道癌、及び他の癌などの癌を治療するために使用することができる。
例示的な実施形態では、本開示は、対象に、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）、並びに、成長因子又は成長因子受容体の全長又はその断片、免疫原性ポリペプチド及びリンカーを含む非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）の活性レジメンを投与することを含み、ポリペプチドがリンカーによって免疫原性ポリペプチドから分離されている、対象の癌を治療する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、対象において癌を治療する方法は、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）及び成長因子又は成長因子受容体に対する抗体の活性レジメンを対象に投与することを含む。
他の実施形態では、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）、並びに、成長因子又は成長因子受容体の全長又はその断片、免疫原性ポリペプチド及びリンカーを含む非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）を投与することを含み、ポリペプチドがリンカーによって免疫原性ポリペプチドから分離されている、対象の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又は結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療する方法が開示される。
いくつかの実施形態では、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）及び成長因子又は成長因子受容体に対する抗体を対象に投与することを含む、対象における非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又は結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療する方法が開示される。
いくつかの実施形態では、成長因子はＥＧＦである。
いくつかの態様では、成長因子受容体はＥＧＦＲである。
更なる実施形態では、免疫原性ポリペプチドは、コレラ毒素Ｂ（ＣＴ－Ｂ）タンパク質の全長又はその一部を含む。
いくつかの実施形態では、ＮＮＳＰは、配列番号７又は配列番号８を含むか、又はＮＮＳＰは、配列番号７又は配列番号８を発現する細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、ＮＮＳＰは、配列番号２又は配列番号６を含むか、又はＮＮＳＰは、配列番号２又は配列番号６を発現する細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、抗体はハイブリドーマ細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、ＮＴＫＩは、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、イデアリシブ（Ｉｄｅａｌｉｓｉｂ）、デュベリシブ、ブパルリシブ、ウンブラリシブ、ＰＸ－８６６、ダクトリシブ、ＣＵＤＣ－９０７、ボクタリシブ（ＳＡＲ２４５４０９、ＸＬ７６５）ＭＥ－４０１、ＩＰＩ－５４９、ＳＦ１１２６、ＩＮＫ１１１７ピクチリシブ、ＸＬ１４７（ＳＡＲ２４５４０８）、ＧＳＫ１０５９６１５、ＺＳＴＫ４７４、ＰＷＴ３３５９７、ＩＣ８７１１４、ＴＧ１００－１１５、ＣＡＬ２６３、ＲＰ６５０３、ＧＮＥ－４７７ ＡＥＺＳ－１３６、エンコラフェニブ、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、ＧＤＣ－０８７９、ＰＬＸ－４７２０、コビメチニブ、ビニメチニブ、セルメチニブ、ＰＤ－３２５９０１、ＰＤ０３５９０１、ＣＩ－１０４０、ＴＡＫ－７３３、ペリホシン、パロミド５２９又はそれらの薬学的に許容され得る塩である。
いくつかの実施形態では、ＥＧＦはヒトＥＧＦ又はマウスＥＧＦである。
いくつかの実施形態では、リンカーは、ＳＳＧ、ＧＳＳＧ（配列番号９）、ＳＳＧＧＧ（配列番号１０）、ＳＧＧ、ＧＧＳＧＧ（配列番号１１）、ＧＧＧＧＳ（配列番号１２）、ＳＳＧＧＧＳＧＧ（配列番号１３）、ＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧ（配列番号１４）、ＴＳＧＧＧＳＧ（配列番号１５）、ＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号１６）、ＳＳＧＧＳＧＧＧＳＧ（配列番号１７）、ＳＳＧＧＧＳＧＧＳＳＧ（配列番号１８）、ＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＳＧ（配列番号１９）、ＳＧＧＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号２０）、ＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号２１）、ＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧＳＳＧ（配列番号２２）、ＳＳＧＧＧＳＧＧＳＳＧＧＧ（配列番号２３）、及びＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧＳＳＧＧＧ（配列番号２４）からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、リンカーは、ＧＳＳＧ（配列番号９）又はＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＧＧＳＧ（配列番号２１）である。
いくつかの実施形態では、ＮＮＳＰは、少なくとも２つの異なる成長因子又は２つの異なる成長因子受容体の全長又はその断片を含む。
いくつかの実施形態では、活性レジメンは、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与と組み合わせて、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、対象に投与され、この方法は、ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ。
いくつかの実施形態では、平均１日用量は、１０ｍｇ、２０ｍｇ、３０ｍｇ、４０ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇ、１００ｍｇ、１１０ｍｇ、１２０ｍｇ、１３０ｍｇ、１４０ｍｇ、１５０ｍｇ、１６０ｍｇ、１７０ｍｇ、１８０ｍｇ、１９０ｍｇ、２００ｍｇ、２１０ｍｇ、２２０ｍｇ、２３０ｍｇ、２４０ｍｇ、２５０ｍｇ、２６０ｍｇ、２７０ｍｇ、２８０ｍｇ、２９０ｍｇ、３００ｍｇ、３１０ｍｇ、３２０ｍｇ、３３０ｍｇ、３４０ｍｇ、３５０ｍｇ、３６０ｍｇ、３７０ｍｇ、３８０ｍｇ、３９０ｍｇ、及び４００ｍｇからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、活性レジメンは、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与の前に、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、対象に投与され、この方法は、ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ。
いくつかの実施形態では、活性レジメンは、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与の後に、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、対象に投与され、この方法は、ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ。
いくつかの実施形態では、ＮＮＳＰは、ＥＧＦ／ＥＧＦＲ経路の阻害が生じる経路免疫化をもたらす。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＥＧＦ／ＥＧＦＲ経路の阻害が生じる経路免疫化をもたらす。
いくつかの実施形態では、対象は、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質の変異型を発現する。
いくつかの実施形態では、ＮＴＫＩは、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ及び／又はＭＥＫタンパク質を標的とする。
いくつかの実施形態では、対象は、ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得しており、本方法はＮＴＫＩ治療に対する耐性を克服する。
いくつかの実施形態では、癌は、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質の変異型に関連する。
いくつかの実施形態では、対象の癌を治療する方法は、対象から組織試料を得ることと、対象からの前記組織試料中の１又は複数の変異を同定することと、１又は複数の変異が１又は複数の成長因子受容体エフェクタータンパク質にあると同定された場合、投与工程を実施することとを更に含む。
いくつかの実施形態では、１又は複数のエフェクタータンパク質は、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質である。
いくつかの実施形態では、１又は複数の変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＥＭＬ４－ＡＬＫ（Ｖ３；Ｅ６：Ａ２０）、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ Ｇ５９６Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ及びＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋから選択される。
いくつかの実施形態では、ＥＧＦはヒトＥＧＦ又はマウスＥＧＦである。
いくつかの実施形態では、抗体は、約０．０１～０．１μｇ／ｋｇ～約９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．１～１．０μｇ／ｋｇ～約９０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．５～５．０μｇ／ｋｇ～約８０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約１．０～１０．０μｇ／ｋｇ～約６０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５．０～２０．０μｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約２０～５０μｇ／ｋｇ～約２５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５０～１００μｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ体重で投与される。他の実施形態では、この用量は、約１、５、１０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、又は５０００μｇ／ｋｇ体重であり得る。
定義
「改善する」とは、疾患の発症又は進行を縮小、抑制、減弱、減少、停止又は安定化することを意味する。
「疾患」とは、細胞、組織又は器官の正常な機能を損なうか、又は妨げるいずれかの状態又は障害を意味する。
「ＩＮ０１」としても知られる「ＢＶＮ２２Ｅ核酸分子」とは、ＢＶＮ２２Ｅポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＢＶＮ２２Ｅ核酸分子を以下に再現する（配列番号１）。
Figure 2023500889000001
「ＩＮ０１」としても知られる「ＢＶＮ２２Ｅポリペプチド」とは、以下のアミノ酸配列（配列番号２）と少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片（以下のアミノ酸変化を除く：Ｔ２Ｓ、Ｅ３Ｄ、Ｎ４Ｓ、Ｄ５Ｅ、Ｅ１１Ｄ、Ａ１２Ｇ、Ｖ３８Ｉ、Ｆ４４Ｙ、Ｒ４８Ｋ、Ｄ５１Ｅ、及びＡ５２Ｌ）を意味する。
Figure 2023500889000002
「上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）核酸分子」とは、ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＥＧＦＲ核酸分子は、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＭ＿００５２２８．４で提供され、以下に再現される（配列番号３）。
Figure 2023500889000003

Figure 2023500889000004

Figure 2023500889000005
「上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００５２１９．２と少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有し、上皮成長因子（ＥＧＦ）結合活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味し、以下に再現される通りである（配列番号４）。
Figure 2023500889000006

Figure 2023500889000007
「上皮成長因子（ＥＧＦ）核酸分子」とは、ＥＧＦポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＥＧＦ核酸分子は、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＭ＿００１９６３．５で提供され、以下に再現される（配列番号５）。
（配列番号５）
Figure 2023500889000008

Figure 2023500889000009

Figure 2023500889000010
「上皮成長因子（ＥＧＦ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００１９５４．２と少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有し、５３アミノ酸のＥＧＦ分子（太字で示す）を産生するように処理され、ＥＧＦＲ結合活性（ｈＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｐａｔｈｗａｙ（ＴＳＰ）ドメイン）を有するＥＧＦのプレ－プロタンパク質形態に対応する、ポリペプチド又はその断片を意味し、以下に再現される通りである（配列番号６）。
Figure 2023500889000011
「断片」とは、ポリペプチド又は核酸分子の一部を意味する。この部分は、好ましくは、参照核酸分子又はポリペプチドの全長の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％を含む。断片は、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、若しくは１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、若しくは１０００のヌクレオチド又はアミノ酸を含み得る。
「マーカー」とは、疾患又は障害に関連する発現レベル又は活性の変化を有する任意のタンパク質又はポリヌクレオチドを意味する。
「新生物」とは、過剰な増殖又はアポトーシスの減少を特徴とする疾患又は障害を意味する。本発明を使用することができる例示的な新生物には、膵臓癌、白血病（例えば、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病）、真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病、非ホジキン病）、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、重鎖疾患、並びに肉腫及び癌腫などの固形腫瘍（例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌腫、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌（ｎｉｌｅ ｄｕｃｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、絨毛癌、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、多形神経膠芽腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上皮腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫（ｏｌｉｇｏｄｅｎｒｏｇｌｉｏｍａ）、シュワン細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、及び網膜芽細胞腫）が含まれるが、これらに限定されない。
「タンパク質」又は「ポリペプチド」又は「ペプチド」とは、翻訳後修飾（例えば、グリコシル化又はリン酸化）にかかわらず、本明細書に記載される天然に存在するか、又は天然に存在しないポリペプチド又はペプチドの全部又は一部を構成する、２つを超える天然又は非天然アミノ酸の任意の鎖を意味する。
「対象」とは、ヒト又は非ヒト哺乳動物、例えばウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ又はネコを含むがこれらに限定されない哺乳動物を意味する。
「ＥＧＦＲエフェクター」とは、本明細書に開示され、当技術分野で一般的に知られているように、ＥＧＦＲの下流にあるキナーゼを含む任意のタンパク質を意味する。
「ＮＴＫＩ」又は「非チロシン標的化キナーゼ阻害剤」とは、チロシンリン酸化に影響を及ぼさずにキナーゼを特異的に標的化する任意の化合物を意味する。チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）とは対照的に、「ＮＴＫＩ」は、受容体型チロシンキナーゼ（例えばＥＧＦＲ）ではないキナーゼのキナーゼ阻害剤を指す。むしろ、ＮＴＫＩは受容体の下流のキナーゼを標的とする。いくつかの実施形態では、これらのキナーゼは、ＥＧＦＲの下流にある。
範囲は、本明細書では、「約」＋１つの特定の値から、及び／又は「約」＋別の特定の値までとして表すことができる。そのような範囲が表現される場合、別の態様は、１つの特定の値及び／又は他の特定の値を含む。同様に、先行詞「約」を使用して値が近似値として表される場合、特定の値が別の態様を形成することが理解される。各範囲の終点は、他方の終点に関して、及び他方の終点とは無関係にも有意であることが更に理解される。また、本明細書に開示されているいくつかの値があり、各値はまた、値自体に加えてその特定の値の「約」として本明細書に開示されていることも理解される。また、本出願を通して、データは多数の異なるフォーマットで提供され、このデータは、終点及び始点並びにデータ点の任意の組合わせの範囲を表すことも理解される。例えば、特定のデータ点「１０」及び特定のデータ点「１５」が開示されている場合、１０及び１５より大きい、それら以上、それら未満、それら以下、及びそれらに等しいこと、並びに１０～１５の間が開示されていると見なされることが理解される。また、２つの特定の単位間の各単位も開示されていることが理解される。例えば、１０及び１５が開示されている場合、１１、１２、１３、及び１４も開示されている。
本明細書で提供される範囲は、その範囲内のすべての値の省略表現であると理解される。例えば、１～５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０、並びに例えば１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８及び１．９などの前述の整数間に介在するすべての小数値からなる群からの、任意の数字、数字の組合わせ、又は部分範囲を含むと理解される。部分範囲に関して、範囲のいずれかの終点から延びる「入れ子部分範囲（ｎｅｓｔｅｄ ｓｕｂ－ｒａｎｇｅ）」が特に企図される。例えば、１～５０の例示的な範囲の入れ子部分範囲は、一方向に１～１０、１～２０、１～３０、及び１～４０、又は反対方向に５０～４０、５０～３０、５０～２０、及び５０～１０を含むことができる。
「参照」とは、標準又は対照条件を意味する。一実施形態では、細胞に対する薬剤の効果を、対照細胞に対する薬剤の効果と比較する。
「参照配列」は、配列比較の基礎として使用される定義された配列である。参照配列は、指定された配列のサブセット又はその全体、例えば、完全長ｃＤＮＡ若しくは遺伝子配列の断片、又は完全なｃＤＮＡ若しくは遺伝子配列であり得る。ポリペプチドの場合、参照ポリペプチド配列の長さは、一般に、少なくとも約１６アミノ酸、好ましくは少なくとも約２０アミノ酸、より好ましくは少なくとも約２５アミノ酸、更により好ましくは約３５アミノ酸、約５０アミノ酸、又は約１００アミノ酸である。核酸の場合、参照核酸配列の長さは、一般に、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約６０ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約７５ヌクレオチド、更により好ましくは約１００ヌクレオチド若しくは約３００ヌクレオチド、又はそれらの周り若しくはそれらの間の任意の整数である。
「特異的に結合する」とは、本発明のポリペプチドを認識し、結合するが、試料中の他の分子を実質的に認識せず、結合しない化合物又は抗体を意味する。
「実質的に同一」とは、参照アミノ酸配列（例えば、本明細書に記載されるアミノ酸配列のいずれか１つ）又は核酸配列（例えば、本明細書に記載される核酸配列のいずれか１つ）に対して少なくとも５０％の同一性を示すポリペプチド又は核酸分子を意味する。好ましくは、そのような配列は、比較に使用される配列に対して、アミノ酸レベル又は核酸において、少なくとも６０％、より好ましくは８０％又は８５％、最も好ましくは９０％、９５％又は更には９９％同一である。
「合成ＴＳＰドメイン」とは、以下のアミノ酸配列（配列番号７）に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸又はその断片を意味する。
＞合成ＴＳＰドメイン
Figure 2023500889000012
「ｈＥＧＦ ＴＳＰドメイン」とは、配列番号６で上に太字で示されているような、以下のアミノ酸配列（配列番号８）に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸又はその断片を意味する。
＞ｈＥＧＦ ＴＳＰドメイン
Figure 2023500889000013
「ＣＴＢポリペプチド」とは、以下のアミノ酸配列（配列番号２５）に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸又はその断片を意味する。
＞ＣＴＢポリペプチド
Figure 2023500889000014
適用可能であるか、又は具体的に排除されない場合、本明細書に記載された実施形態のいずれか１つは、実施形態が本開示の異なる態様の下で説明されている場合であっても、任意の他の１又は複数の実施形態と組み合わせることができると考えられる。
これら及び他の実施形態は、以下の発明を実施するための形態によって開示及び／又は包含される。
例として与えられるが、説明される特定の実施形態のみに本開示を限定することを意図するものではない以下の詳細な説明は、添付の図面と併せて最もよく理解され得る。
図１は、いくつかのＫＲＡＳ変異を有する細胞株の細胞株名及び起源を示す。ＤＬＤ１及びＬＳ１７４Ｔ細胞株はまた、ＰＩＫ３ＣＡ変異を有する。 図２は、ＤＬＤ１細胞における異なる濃度の抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図３は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＤＬＤ１細胞生存率に対する異なる濃度のトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図４は、ＤＬＤ１細胞におけるＥＧＦ又は異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図５Ａ及び図５Ｂは、ＤＬＤ１細胞生存率に対するトラメチニブと併用した抗ＩＮ０１の効果を示す。図５Ａは、ＤＬＤ１細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂによる３日間のインキュベーションの効果を示す。図５Ｂは、トラメチニブと組合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－ＡｂのＤＬＤ１細胞生存率に対する長期効果を示す。 図６は、ＤＬＤ１細胞における、ＥＧＦ、１０ｎＭトラメチニブ、及び「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体又は「Ｃ」と呼ばれる対照抗体との単独又は組み合わせによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図７は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＬＳ１７４Ｔ細胞生存率に対する異なる濃度のトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８は、ＬＳ１７４Ｔ細胞におけるＥＧＦ又は異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図９は、ＬＳ１７４Ｔ細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂによる３日間のインキュベーションの効果を示す。 図１０は、ＬＳ１７４Ｔ細胞における、ＥＧＦ、５ｎＭトラメチニブ、及び／又は「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体又は「Ｃ」と呼ばれる対照抗体による２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。抗ＩＮ０１ Ａｂをこれらの実験のために１：１０に希釈した。 図１１は、０．５μＭトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂを用いたＬＳ１７４Ｔ細胞によるトラメチニブに対する耐性の発達を示す。 図１２は、ＥＧＦの存在下における、ＢＲＡＦ Ｖ６６Ｅ変異を有するＨＴ２９の細胞成長の増大を示す。 図１３Ａ～図１３Ｃは、ＨＴ２９細胞シグナル伝達及び長期生存率に対する、トラメチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１ Ａｂの効果を示す。図１３Ａは、ＨＴ２９細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂによる３日間のインキュベーションの効果を示す。図１３Ｂは、ＬＳ１７４Ｔ細胞における、ＥＧＦ、０．０１ｍＭトラメチニブ、及び「Ａｂ８」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体の単独又は併用による２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。抗ＩＮ０１ Ａｂをこれらの実験のために１：１０に希釈した。図１３Ｃは、ＥＧＦ及びトラメチニブと組み合わせて使用される抗ＩＮ０１治療用抗体のＨＴ２９細胞生存率に対する長期効果を示す。ＥＧＦを１０ｎｇ／ｍＬの濃度で細胞培養培地に添加した。 図１４は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、Ｈ５０８細胞生存率に対する異なる濃度のトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図１５は、Ｈ５０８細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」、又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの効果を示す。 図１６は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、Ｈ５０８細胞生存率に対する異なる濃度のタセリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図１７は、Ｈ５０８細胞生存率に対する、異なる濃度のタセリシブとの併用における、抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」、又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの効果を示す。 図１８は、ＥＧＦ及び０．１ｍＭタセリシブと組み合わせた、１／５０希釈における抗ＩＮ０１治療用抗体のＨ５０８細胞生存率に対するより長期効果を示す。 図１９は、ＥＧＦ及び０．５ｍＭタセリシブと組み合わせた、１／５０希釈における抗ＩＮ０１治療用抗体のＨ５０８細胞生存率に対するより長期効果を示す。 図２０は、Ｈ５０８細胞にＥＧＦを有する、及び有さない場合の、アルペリシブ及びコパンリシブの効果を示す。左上は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、Ｈ５０８細胞生存率に対する異なる濃度のアルペリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右上は、ＥＧＦ及び異なる濃度のアルペリシブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。左下は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、Ｈ５０８細胞生存率に対する異なる濃度のコパンリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右下は、ＥＧＦ及び異なる濃度のコパンリシブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図２１は、ＥＧＦの存在下のＨ５０８細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたアルペリシブ及びコパンリシブの効果を示す。図２１の左は、ＥＧＦの存在下のＨ５０８細胞生存率に対する、異なる濃度のアルペリシブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」、又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの効果を示す。図２１の右は、ＥＧＦの存在下のＨ５０８細胞生存率に対する、異なる濃度のコパンリシブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」、又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの効果を示す。 図２２は、ＥＧＦ及びアルペリシブ（左）及びコパンリシブ（右）と組み合わせた抗ＩＮ０１治療用抗体のＨ５０８細胞生存率に対する長期効果を示す。 図２３は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、ＥＧＦと組み合わせた抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」の効果を示す。 図２４は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂによる３日間のインキュベーションの効果を示す。 図２５は、ＨＴ２９細胞におけるＥＧＦ及び異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図２６は、ＨＴ２９細胞における、ＥＧＦ、０．０１ｍＭトラメチニブ、及び「Ａｂ８」と称される抗ＩＮ０１抗体との単独又は組み合わせによる２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図２７は、ＰＣ９及びＰＣ９ＧＲ４細胞におけるキナーゼ阻害剤に対する耐性の経時的出現を示す。左上は、ＰＣ９細胞生存率に対する、オシメルチニブと組み合わせた、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の効果を示す。右上は、ＰＣ９ＧＲ４細胞生存率に対する、オシメルチニブと組み合わせた、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の効果を示す。左下は、ＰＣ９細胞生存率に対する、オシメルチニブと組み合わせた、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の効果を示す。右下は、ＰＣ９ＧＲ４細胞生存率に対する、オシメルチニブと組み合わせた、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の効果を示す。抗ＩＮ０１抗体の効果を「Ａｂ」と示し、対照抗体の効果を「Ｃ－Ａｂ」と示した。 図２８は、キナーゼ阻害剤に対するＰＣ９細胞の経時的な耐性の出現を示す。左上は、０．５ｍＭダコミチニブと組み合わせた、１０％ＦＢＳ、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の、ＰＣ９細胞生存率に対する効果を示す。右上は、１．０ｍＭダコミチニブと組み合わせた、１０％ＦＢＳ、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の、ＰＣ９細胞生存率に対する効果を示す。図２８の下部は、０．５ｍＭダコミチニブと組み合わせた、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、及び「Ｃ－Ａｂ」と呼ばれる対照抗体の、ＰＣ９細胞生存率に対する効果を示す。 図２９は、２．５ｍＭトラメチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１抗体及び対照抗体による処置に応答したＤＬＤ１細胞の経時的な耐性の出現を示す。 図３０は、フローサイトメトリーによる細胞周期及びアポトーシス決定の図を示し、試料細胞は懸濁液中で染色され、染色された細胞は蛍光励起によって検出される。 図３１は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ、及び１ｎＭトラメチニブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期のＡ５４９細胞の相対数を示す。 図３２は、併用及び単独で、「Ａｂ」と称される抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ及び１ｎＭトラメチニブに応答したアポトーシスにおけるＡ５４９細胞の相対数を示す。 図３３は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ、及び１０ｎＭトラメチニブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期のＤＬＤ１細胞の相対数を示す。 図３４は、併用及び単独で、「Ａｂ」と称される抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ及び１０ｎＭトラメチニブに応答したアポトーシスにおけるＤＬＤ１細胞の相対数を示す。 図３５は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ及び１ｍＭブリガチニブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期におけるＡＬＫ転座細胞株であるＨ２２２８細胞の相対数を示す。 図３６は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ及び１ｍＭブリガチニブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期におけるＡＬＫ転座細胞株であるＨ３１２２細胞の相対数を示す。 図３７は、Ｈ２２２８、Ａ５４９、及びＳＷ９００モデル細胞株の主な変化を要約する。 図３８は、ＥＧＦの存在下で、患者由来の抗ＥＧＦ抗体価に対する、及び「Ａｂ８」と称される抗ＩＮ０１抗体に対する、ＳＷ９００細胞株におけるｐＥＧＦＲシグナル伝達応答を示す。 図３９は、ＥＧＦの存在下で、２つの異なる患者由来抗ＥＧＦ抗体価に対する、及び「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体に対する、ＳＷ９００細胞株におけるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達応答を示す。 図４０は、ＥＧＦの存在下で、３つの異なる患者由来抗ＥＧＦ抗体価に対する、及び抗ＩＮ０１抗体に対する、ＳＷ９００細胞株におけるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達応答を示す。 図４１は、患者由来の抗ＥＧＦ抗体価に対する、及び「Ａｂ８」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体に対する、ＳＷ９００細胞におけるｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達応答のウェスタンブロット定量化を示す。 図４２は、患者由来の抗ＥＧＦ抗体価に対する、及び「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体に対する、Ｈ２８８細胞におけるｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達応答のウェスタンブロット定量化を示す。 図４３は、結腸直腸癌細胞株に存在する例示的な変化を示す。 図４４は、本出願において使用される例示的なキナーゼ阻害剤を示す。 図４５は、ＤＬＤ１細胞における、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合のトラメチニブ及びタセリシブの効果を示す。左上は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＤＬＤ１細胞生存率に対する異なる濃度のトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右上は、ＤＬＤ１細胞におけるＥＧＦ及び異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。左下は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＤＬＤ１細胞生存率に対する異なる濃度のタセリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右下は、ＤＬＤ１細胞におけるＥＧＦ及び異なる濃度のタセリシブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図４６は、ＤＬＤ１細胞における抗体及びキナーゼ阻害剤の併用療法の効果を示す。左上は、ＤＬＤ１細胞生存率に対する、異なる濃度のトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－Ａｂによる３日間のインキュベーションの効果を示す。右上は、ＤＬＤ１細胞における、ＥＧＦ、「Ａｂ」と称される抗ＩＮ０１抗体及びトラメチニブとの単独又は組み合わせによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。左下は、タセリシブと組み合わせて使用される抗ＩＮ０１治療用抗体「Ａｂ」、又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた異なる濃度のトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右下は、ＤＬＤ１細胞における、ＥＧＦ、「Ａｂ」と称される抗ＩＮ０１抗体及びタセリシブとの単独又は組み合わせによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図４７は、ＤＬＤ１細胞における細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期に対する、１０ｎＭトラメンチニブ、ＥＧＦ及び抗ＩＮ０１抗体の組み合わせ及び単独による効果を示す。 図４８は、ＤＬＤ１細胞におけるアポトーシスに対する、１０ｎＭトラメンチニブ、ＥＧＦ、及び抗ＩＮ０１抗体の組み合わせ及び単独による効果を示す。 図４９は、ＤＬＤ１細胞における、トラメチニブ単独で、又は「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体若しくは「Ｃ」と呼ばれる対照抗体と組み合わせて、トラメチニブに対する抵抗性の経時的出現を示す。 図５０は、ＬＳ１７４Ｔ細胞におけるＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合のトラメチニブの効果を示す。左は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＬＳ１７４Ｔ細胞生存率に対する異なる濃度によるトラメチニブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右は、ＬＳ１７４Ｔ細胞におけるＥＧＦ及び異なる濃度のトラメチニブの２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２に対する効果を示す。 図５１は、ＬＳ１７４Ｔ細胞における抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたトラメチニブの効果を示す。左は、異なる濃度のトラメチニブと単独で、及び「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体又は「Ｃ」と呼ばれる対照抗体と組み合わせて３日間のインキュベートのＬＳ１７４Ｔ細胞生存率に対する効果を示す。右は、ＬＳ１７４Ｔ細胞における、ＥＧＦ、１ｎＭトラメチニブ、及び／又は「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体又は「Ｃ」と呼ばれる対照抗体による２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。抗ＩＮ０１ Ａｂをこれらの実験のために１：２５に希釈した。 図５２は、０．０５ｍＭのトラメチニブと組み合わせて使用される、抗ＩＮ０１治療用抗体又は対照抗体Ｃ－ＡｂのＬＳ１７４Ｔ細胞生存率に対する長期効果を示す。 図５３は、ＬＳ１７４Ｔ細胞におけるトラメチニブに対する耐性の経時的出現を示す。０．５ｍＭトラメチニブを、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて投与した。 図５４は、ＨＴ２９細胞におけるＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合のキナーゼ阻害剤の効果を示す。左上は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のトラメチニブとの３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＥＧＦ又は異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。図５１の下部は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のエンコラフェニブとの３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。 図５５は、ＥＧＦの存在下で、ＨＴ２９細胞における抗体及びキナーゼ阻害剤の併用療法の効果を示す。左上は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のトラメチニブによる３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」又はトラメチニブによる単独又は組み合わせにおける２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。図５２に下部は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のエンコラフェニブによる３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。 図５６は、単独又は併用のいずれかにおける、エンコラフェニブ、ＥＧＦ及び抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」の長期インキュベーションのＨＴ２９細胞の生存率に対する影響を示す。 図５７は、Ｈ５０８細胞における、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合のトラメチニブ及びタセリシブの効果を示す。右上は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のトラメチニブとの３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。左上は、ＥＧＦ及び異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。左下は、ＥＧＦの存在下及び非存在下でのタセリシブとの３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右下は、ＥＧＦ及び異なる濃度のタセリシブによる２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図５８は、ＥＧＦの存在下で、Ｈ５０８細胞における抗体及びキナーゼ阻害剤の併用療法の効果を示す。右上は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のトラメチニブによる３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」及びトラメチニブによる単独又は併用のいずれかにおける２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。右下は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のタセリシブによる３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右下は、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」及びタセリシブによる単独又は併用のいずれかにおける２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図５９は、ＥＧＦの存在下で、Ｈ５０８細胞における抗体並びにアルペリシブ及びコパンリシブキナーゼ阻害剤の併用療法の効果を示す。左は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のアルペリシブによる３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のコパンリシブによる３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。 図６０は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ、及びキナーゼ阻害剤に応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期のＨ５０８細胞の相対数を示す。左は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ、及びアルペリシブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期のＨ５０８細胞の相対数を示す。右は、併用及び単独で、「Ａｂ」と呼ばれる抗ＩＮ０１抗体、ＥＧＦ、及びコパンリシブに応答した細胞周期のＳ期及びＧ２／Ｍ期のＨ５０８細胞の相対数を示す。 図６１は、単独で、及び抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」と組み合わせて、キナーゼ阻害剤及びＥＧＦのＨ５０８細胞生存率に対する長期効果を示す。左は、０．５ｍＭタセリシブ及びＥＧＦの、単独及び抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」と組み合わせたＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右は、０．１ｍＭコパンリシブ及びＥＧＦの、単独及び抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」と組み合わせたＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。 図６２は、Ｈ５０８細胞におけるタセリシブに対する耐性の出現を示す。タセリシブを単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて投与し、Ｈ５０８細胞増殖を経時的にモニタリングした。 図６３は、本出願において使用される例示的な細胞株、関連する変化及びキナーゼ阻害剤を示す。 図６４は、ＨＴ２９細胞及びＨＣＣ１５細胞に対する、ＥＧＦを有する場合及び有さない場合の抗ＩＮ０１抗体の効果を示す。左上は、ＥＧＦの存在下で、ＨＴ２９細胞の生存率に対する、様々な希釈の抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」及び対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの影響を示す。右上は、ＥＧＦの存在下で、ＨＣＣ１５細胞の生存率に対する、様々な希釈の抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」及び対照抗体「Ｃ－Ａｂ」による３日間のインキュベーションの影響を示す。左下は、ＨＴ２９細胞における、ＥＧＦ、様々な濃度の抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」との２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。右下は、ＨＣＣ１５細胞における、ＥＧＦ、様々な濃度の抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」との２時間のインキュベーションの、ウェスタンブロットによって評価されるｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図６５は、ＨＴ２９細胞におけるＥＧＦを伴う場合及び伴わない場合の、トラメチニブ及びエンコラフェニブの効果を示す。左上は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のトラメチニブとの３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＨＴ２９細胞におけるウェスタンブロットによって評価される、ｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する、ＥＧＦ及び様々な濃度のトラメンチニブの２時間のインキュベーションの効果を示す。左下は、ＨＴ２９細胞生存率に対するＥＧＦの存在下及び非存在下の異なる濃度のエンコラフェニブの効果を示す。右下は、ＨＴ２９細胞におけるウェスタンブロットによって評価される、ｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する、ＥＧＦ及び様々な濃度のエンコラフェニブの２時間のインキュベーションの効果を示す。 図６６は、ＨＣＣ１５細胞におけるＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合のトラメチニブの効果を示す。左は、ＨＣＣ１５細胞生存率に対する、ＥＧＦの存在下及び非存在下の異なる濃度のトラメチニブによる３日間のインキュベーションの効果を示す。右は、ＥＧＦ及び異なる濃度のトラメチニブによる２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ、及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図６７は、ＥＧＦの存在下で、ＨＴ２９細胞に対する抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたキナーゼ阻害剤の効果を示す。左上は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のトラメチニブによる３日間のインキュベーションのＨＴ２９細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＨＴ２９細胞において、単独で又は組み合わせた、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」及びトラメチニブによる２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。左下は、ＨＴ２９細胞において、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のエンコラフェニブによる３日間のインキュベーションの効果を示す。右下は、ＨＴ２９細胞において、単独で又は組み合わせた、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」及びエンコラフェニブによる２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図６８は、ＥＧＦの存在下における、ＨＣＣ１５細胞に対する抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたトラメチニブの効果を示す。左は、単独で、又は抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」若しくは対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせて、異なる濃度のトラメチニブによる３日間のインキュベーションのＨＣＣ１５細胞生存率に対する効果を示す。右は、ＨＣＣ１５細胞において、単独で又は組み合わせた、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」及びトラメチニブによる２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＳｔａｔ３、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に対する効果を示す。 図６９は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、１０ｎｇ／ｍＬのＥＧＦの存在下におけるキナーゼ阻害剤及び抗ＩＮ０１抗体の長期効果を示す。左上は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」単独、又は０．０１ｍＭトラメチニブとの併用の長期効果を示す。右上は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」単独、又は０．１ｍＭトラメチニブとの併用の長期効果を示す。左下は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」単独、又は０．０１ｍＭエンコラフェニブとの併用の長期効果を示す。右下は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」単独、又は０．１ｍＭエンコラフェニブとの併用の長期効果を示す。 図７０は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、０．５ｍＭエンコラフェニブと組み合わせた様々な濃度のＥＧＦの長期効果を示す。 図７１は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、０．５ｍＭエンコラフェニブ及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた様々な濃度のＥＧＦの長期効果を示す。左上は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、０．５ｍＭのエンコラフェニブ及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた０．０５ｎｇ／ｍＬのＥＧＦの長期効果を示す。右上は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、０．５ｍＭのエンコラフェニブ及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた０．５ｎｇ／ｍＬのＥＧＦの長期効果を示す。下部は、ＨＴ２９細胞生存率に対する、０．５ｍＭのエンコラフェニブ及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた１０ｎｇ／ｍＬのＥＧＦの長期効果を示す。 図７２は、ＨＣＣ１５細胞生存率に対するトラメチニブ及び抗ＩＮ０１抗体の長期効果を示す。左は、ＥＧＦの存在下におけるＨＣＣ１５細胞生存率に対する、０．１ｍＭトラメチニブ単独、及び抗ＩＮ０１抗体との併用の長期効果を示す。右は、ＥＧＦの存在下におけるＨＣＣ１５細胞生存率に対する、１．０ｍＭトラメチニブ単独、及び抗ＩＮ０１抗体との併用の長期効果を示す。 図７３は、ＨＣＣ１５細胞におけるトラメチニブに対する耐性の出現を示す。左は、ＨＣＣ１５細胞生存率に対する、１／１０又は１／２５のいずれかの希釈の抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせたトラメチニブの長期効果を示す。右は、ＨＣＣ１５細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」のいずれかと組み合わせたトラメチニブの長期効果を示す。 図７４は、本出願で使用されるＨ５０８細胞株変化及びＰＩＫ３ＣＡキナーゼ阻害剤を示す。 図７５は、Ｈ５０８細胞にＥＧＦを有する、及び有さない場合の、キナーゼ阻害剤アルペリシブ及びコパンリシブの効果を示す。左上は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のアルペリシブとの３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右上は、ＥＧＦ及び異なる濃度のアルペリシブの２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２に対する効果を示す。下部は、ＥＧＦを伴う場合、及び伴わない場合の異なる濃度のコパンリシブとの３日間のインキュベーションのＨ５０８細胞生存率に対する効果を示す。右下は、ＥＧＦ及び異なる濃度のコパンリシブの２時間のインキュベーションのｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２に対する効果を示す。 図７６は、ＥＧＦの存在下におけるＨ５０８細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせたキナーゼ阻害剤の効果を示す。左は、Ｈ５０８細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた異なる濃度のアルペリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。右は、Ｈ５０８細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた異なる濃度のコパンリシブの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図７７は、ＥＧＦの存在下におけるＨ５０８細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたキナーゼ阻害剤の長期効果を示す。左は、Ｈ５０８細胞生存率に対するＥＧＦ、アルペリシブ、及び１／５０希釈の抗ＩＮ０１抗体の長期効果を示す。右は、Ｈ５０８細胞生存率に対するＥＧＦ、コパンリシブ、及び１／５０希釈の抗ＩＮ０１抗体の長期効果を示す。 図７８は、本出願で使用されるＲＥＴ転座細胞株の細胞株、組織学、キナーゼ阻害剤及び関連する変化を示す。 図７９は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、ＬＣ－２／ａｄ細胞生存率に対する異なる濃度のＢＬＵ６６７キナーゼ阻害剤の３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８０は、ＬＣ－２／ａｄ細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた、異なる濃度のＥＧＦ及びＢＬＵ６６７キナーゼ阻害剤の３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８１は、ＥＧＦの存在下でのＬＣ／２ａｄ細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたＢＬＵ６６７キナーゼ阻害剤の長期効果を示す。左は、ＬＣ／２ａｄ細胞生存率に対するＥＧＦ及び１／５０希釈抗ＩＮ０１抗体の、単独又は０．１ｍＭのＢＬＵ６６７との併用の長期効果を示す。左は、ＬＣ／２ａｄ細胞生存率に対するＥＧＦ及び１／５０希釈抗ＩＮ０１抗体の、単独又は１．０ｍＭのＢＬＵ６６７との併用の長期効果を示す。 図８２は、使用した細胞株、それらが由来する組織、及び関連するＭＥＴ変化を示す。 図８３は、ＥＢＣ１（左）及びＨｓ７４６Ｔ（右）の細胞生存率に対するＥＧＦとの３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８４は、様々な希釈のＥＧＦを有する抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」のＥＢＣ１（左）及びＨｓ７４６Ｔ（右）細胞生存率に対する３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８５は、ＥＧＦを有する、及び有さない場合のＥＢＣ１細胞生存率に対する、カプマチニブ（上）及びテポチニブ（左下）の３日間のインキュベーションの効果を示す。右下は、ＥＢＣ１細胞におけるｐＭＥＴ、ｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２活性化に対する、異なる濃度のテポチニブの２時間のインキュベーションの効果を示す。 図８６は、Ｈｓ７４６Ｔ細胞生存率に対する、ＥＧＦを有する、及び有さない場合の、異なる濃度のカプマチニブ（左）及びテポチニブ（右）による３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８７は、ＥＢＣ１細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた様々な濃度のカプチニブ（上）及びテポチニブ（左下）の３日間のインキュベーションの効果を示し、右下は、ＥＢＣ１細胞におけるｐＭＥＴシグナル伝達に対するテポチニブによる２時間のインキュベーションの効果を示す。 図８８は、Ｈｓ７４６Ｔ細胞生存率に対する、抗ＩＮ０１抗体「Ａｂ」又は対照抗体「Ｃ－Ａｂ」と組み合わせた、異なる濃度のカプチニブ（左）及びテポチニブ（右）の３日間のインキュベーションの効果を示す。 図８９は、単独で、及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた０．２５ｎＭのテポチニブ及びＥＧＦ（左）、並びに単独で、及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた０．７５ｎＭのテポチニブ及びＥＧＦ（右）によるインキュベーションのＥＢＣ１細胞生存率に対する長期効果を示す。 図９０は、単独で、及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた０．５ｎＭのテポチニブ及びＥＧＦ（左）、並びに単独で、及び抗ＩＮ０１抗体と組み合わせた２．０ｎＭのテポチニブ及びＥＧＦ（右）によるインキュベーションのＨｓ７４６Ｔ細胞生存率に対する長期効果を示す。
本開示は、新生物を治療するための組成物及び方法を提供する。特に、本開示は、新生物（例えば、結腸腺癌及び非小細胞肺癌）を治療するための非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）の有効性を増強するための組成物及び方法を提供する。特に、本開示は、ＥＧＦＲエフェクターを標的とするＮＴＫＩと組み合わせて、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ又は他の成長因子に対する免疫化を誘導するための、非天然合成ポリペプチド（例えば、組換えタンパク質）及び／又は抗体を含む併用療法を提供して、ＮＴＫＩに対する耐性を防止又は最小化し、それによって新生物（例えば、非小細胞肺癌及び腺癌）を阻害する。特に、本開示は、ＫＲＡＳ／ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＢＲＡＦ遺伝子に変異を有する患者における癌の治療のために、１又は複数のＮＫＴＩ、例えばトラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、及び／又はエンコラフェニブと組み合わせて抗ＩＮ０１抗体を投与するための組成物及び方法を提供して、ＮＫＴＩに対する耐性を遅延又は防止する。
本開示は、少なくとも部分的には、生理学的濃度の抗ＩＮ０１抗体が、ＮＴＫＩと組み合わせて、ＮＴＫＩに対する耐性の発生を有意に遅延させ、ＮＴＫＩ単独と比較して癌細胞生存率を低下させ、ＮＴＫＩ単独よりもｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２の活性化を大幅に阻害したという発見に基づく。これらのデータは、ＥＧＦ非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）及び／又はその抗体が、ＥＧＦＲエフェクターキナーゼ及びＥＧＦＲ経路シグナル伝達の阻害におけるＥＧＦＲエフェクターＮＴＫＩの効果を有意に増強したことを実証している。１又は複数のＮＫＴＩと組み合わせたＥＧＦ非天然合成ポリペプチド及び／又は抗体によるＫＲＡＳ／ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＢＲＡＦ変異を示す患者の治療は、これらの化合物に対する耐性を遅延又は阻害するための重要な機構を提供し、それによって耐性癌の治療を促進する。
野生型ＥＧＦＲエフェクタータンパク質（例えば、ＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＭＥＫ及びＰＩＫ３ＣＡ）を有する患者は、ＥＧＦＲを標的とするチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、例えばセツキシマブ及びエルロチニブで治療することができる。しかしながら、ＥＧＦＲエフェクタータンパク質に変異を有する癌患者の大きなコホートが存在する。変異は、ＥＧＦＲを標的化するＴＫＩ及び下流タンパク質を標的化する他の非チロシン標的化キナーゼ阻害剤に対する耐性をもたらすことが多いため、これらの患者には、既存の治療は有効ではない。同様に、野生型ＥＧＦＲエフェクタータンパク質を有する患者におけるＥＧＦＲを標的とするＴＫＩによる治療は、癌遺伝子変異の選択のために耐性の発生をもたらすことが多い。したがって、ＴＫＩ及び他の非チロシン標的化キナーゼ阻害剤による既存の治療は、一部の患者においてＥＧＦＲ経路を標的とする強力な抗腫瘍特性を示すが、耐性を示す患者ではそれほど強力でなくなるか、又は効果が完全にない。ＥＧＦＲエフェクターキナーゼは、ＴＫＩ及び非チロシン標的化キナーゼ阻害剤に対する内因性及び獲得性の両方の耐性の機構として同定されているという点で、「バイパス経路」と呼ばれることがある。理論に拘束されるものではないが、ＥＧＦＲシグナル伝達カスケード中の並行又は他のキナーゼが変異キナーゼを補償し、それによってより強いＥＧＦＲシグナル伝達効果を誘導すると考えられる。したがって、ＥＧＦＲ又は同様の成長因子が媒介する疾患及び癌を効果的に治療するために、ＥＧＦＲ経路非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）に対する耐性を克服するための更なる治療法が必要とされている。
そのような治療の１つは、免疫応答の開始である。例えば、ＥＧＦに対する抗体は、ＥＧＦＲシグナル伝達を遮断することによって悪性細胞の分裂及び増殖を制御する。本開示は、ＮＴＫＩに対する耐性を防止又は最小化し、それによって腫瘍細胞成長を阻害するための、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ又は他の成長因子に対する免疫化における、及びＥＧＦＲエフェクターを標的とするＮＴＫＩと組み合わせた、非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）及び／又はその抗体の併用療法を記載する。
いくつかの態様では、そのような抗体又はその抗原結合断片は、癌又は成長因子調節の他の障害を治療する方法で使用することができる。抗ＥＧＦ抗体は、ＥＧＦに対する免疫応答を産生するワクチン（すなわち、ＩＮ０１ペプチド）の投与によって、インビボで活発に産生され得ることが本開示の範囲内で企図される。受動的モノクローナル抗ＥＦＧ抗体を投与することができることも本開示の範囲内で企図される（例えば、抗ＩＮ０１）。いくつかの実施形態では、他の成長因子シグナル伝達経路における変異が、ＮＴＫＩに対する耐性を提供することにおいて同様の代償的役割を果たし得ることが企図される。
概要
癌免疫学は、免疫系と癌細胞、例えば腫瘍又は悪性腫瘍との間の相互作用の研究である。ヒト腫瘍によって発現され、正常組織では発現されない癌特異的抗原の認識などの免疫応答の開始は特に興味深い。一般に、悪性細胞の分裂及び増殖を制御する方法は、これらの抗原を単離し、それらを提示して、外来抗原として免疫系によって認識されて、特異的免疫応答を誘導することに焦点を当ててきた。
現在同定されている相当数の成長因子が存在し、すべてではないにしてもほとんどが、他の疾患状態に関与していることに加えて、様々な癌における細胞増殖の重要なメディエータであることが示されている。一般に、成長因子は、細胞表面に位置する一群の成長因子受容体を認識して結合する可溶性血清タンパク質である。特定の成長因子は、単一の受容体に特異的であり得るか、又は様々な親和性で２種以上の密接に関連する受容体に結合し得る。同様に、いくつかの受容体は、単一の成長因子リガンドにのみ結合するが、他の受容体は、同様に通常は異なる親和性で、複数の関連する成長因子に結合することができる。その天然の受容体に結合すると、受容体の細胞質ドメインがリン酸化され、これが細胞内シグナル伝達カスケードを開始させ、１又は複数の遺伝子の転写の調節、並びに最終的には細胞周期及び細胞増殖を通じた進行をもたらす。
成長因子及びそれらの受容体は、成長、発達及び修復の正常なプロセスの必須成分であり、それらの組織分布プロファイル及び発現レベルは細胞成長を密接に調節する。多数の研究が、成長因子がインビトロ及びインビボの両方で様々な細胞型の増殖を刺激することができることを示している（Ｃｏｈｅｎ Ｓ．，Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ Ｇ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ７２，１３１７，１９７５，Ｗｉｔｓｃｈ Ｅ ｅｔ ａｌ：Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ：２５（２）：８５－１０１，（２０１０））。更に、特定の成長因子は、いくつかの癌細胞株において増殖を刺激することが示されている。例えば、上皮成長因子（ＥＧＦ）は、いくつかの非小細胞肺癌細胞を刺激することができる（Ｏｓｂｏｒｎｅ Ｃ．Ｋ．ｅｔ ａｌ．Ｃａｎ Ｒｅｓ．４０，２．３６１（１９８０））。血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、及び血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）などの他の成長因子は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）（Ｂａｌｌａｓ ＭＳ，Ｃｈａｃｈｏｕａ Ａ．，Ｏｎｃｏ Ｔａｒｇｅｔｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ：４，４３－５８（２０１１））、前立腺癌（Ｃｏｘ ＭＥ ｅｔ ａｌ；Ｐｒｏｓｔａｔｅ ６９（ｌ）：３３－４０（２００９））、及び乳癌（Ｌａｗ Ｊ ｅｔ ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ；６８，２４：１０２３８－１０３４６（２００８））などのいくつかの腫瘍学的疾患において重要である。
本出願のいくつかの実施形態で使用されると予想される成長因子の核酸又はペプチド配列には、ヒト又はマウスＥＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ－２、ＦＧＦ１、ＦＧＦ２、ＴＧＦ－α、ＴＧＦ－β、ＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ、Ｄ、ＰＤＧＦ、ＮＧＦ、ＥＧＦ、ＨＧＦ、ＢＭＰ、ＫＧＦ、ＭＳＦ、ＰＤＬ１、ＩＬ’ｓ１～６、ニューレグリン１～４、及びニューロトロフィンの全長又はその一部の核酸又はペプチド配列が含まれる。同様に、成長因子受容体の関連する全長又はその一部の核酸又はペプチド配列が使用され得ることが予想される。
ＥＧＦＲ
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）は、受容体のＥｒｂＢファミリーのメンバーであり、４つの密接に関連する受容体チロシンキナーゼのサブファミリーは、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ－１）、ＨＥＲ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ－２）、Ｈｅｒ３（ＥｒｂＢ－３）及びＨｅｒ４（ＥｒｂＢ－４）である。ＥＧＦＲは、上皮成長因子及びトランスフォーミング成長因子α（ＴＧＦα）を含むその特異的リガンドの結合によって活性化される膜貫通タンパク質である。
ＥＧＦＲ二量体化は、その固有の細胞内タンパク質－チロシンキナーゼ活性を刺激する。その結果、ＥＧＦＲのＣ末端ドメイン中のいくつかのチロシン（Ｙ）残基の自己リン酸化が起こる。これらには、Ｙ９９２、Ｙ１０４５、Ｙ１０６８、Ｙ１１４８及びＹ１１７３が含まれる。ＥＧＦＲの自己リン酸化は、いくつかの他のエフェクタータンパク質の下流活性化及びシグナル伝達を誘発し、いくつかのシグナル伝達カスケード、例えばＭＡＰＫ、Ａｋｔ及びＪＮＫ経路を開始し、ＤＮＡ合成及び細胞増殖を導く。ＥＧＦＲエフェクターは、細胞遊走、接着及び増殖などの必須の表現型を調節する。
ＥＧＦＲエフェクター
合計２１９の反応及び３２２の種が、ＥＧＦＲシグナル伝達の下流、すなわち、ＥＧＦＲエフェクターとして同定され、Ａｂｉ、ａｂｌ－ｉｎｔｅｒａｃｔｏｒ；ＡＤＡＭ、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼ；ＡＤＰＲ、ＡＤＰ－リボース；Ａｋｔ、ｖ－ａｋｔマウス胸腺腫ウイルス癌遺伝子ホモログ；ＡＰ－１、活性化タンパク質－１；Ｂａｄ、細胞死のＢＣＬ２アンタゴニスト；ｃＡＤＰＲ、環状ＡＤＰ－リボース；ＣＡＫ、サイクリン依存性キナーゼ活性化キナーゼ；ＣａＭ、カルモジュリン；ＣａＭＫ、カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼ；ｃ－Ｃｂｌ、Ｃａｓｉｔａｓ Ｂ系列リンパ腫癌原遺伝子；ＣＤ、分化クラスター；Ｃｄｃ、細胞分裂周期；Ｃｄｋ、サイクリン依存性キナーゼ；ｃ－Ｆｏｓ、ｖ－ｆｏｓ ＦＢＪマウス骨肉腫ウイルス癌遺伝子；Ｃｈｋ、ｃ－ｓｒｃチロシンキナーゼ（Ｃｓｋ）相同キナーゼ；ｃ－Ｊｕｎ、ｖ－ｊｕｎ肉腫ウイルス１７癌遺伝子ホモログ；ｃ－Ｍｙｃ、ｖ－ｍｙｃ骨髄細胞腫症ウイルス癌遺伝子ホモログ；ＣＲＥＢ、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質；ｃ－Ｓｒｃ、ｖ－ｓｒｃ肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ；ｃｙｔ、サイトゾル；ＤＡＧ、ジアシルグリセロール；ＥＧＦ、上皮成長因子；ＥＧＦＲ、上皮成長因子受容体；Ｅｌｋ、Ｅｔｓ様タンパク質；ｅｎｄ、エンドソーム；ＥＰ、プロスタグランジンＥ受容体；Ｅｐｓ、ＥＧＦ受容体経路基質；ＥＲ、小胞体；ＥｒｂＢ、赤芽球性白血病ウイルス（ｖ－ｅｒｂ－ｂ）癌遺伝子ホモログ；ＥＲＫ、細胞外シグナル調節キナーゼ；Ｇａｂ、ＧＲＢ２関連結合タンパク質；ＧＰＣＲ、Ｇタンパク質共役受容体；Ｇｒｂ、成長因子受容体結合タンパク質；ＨＢ－ＥＧＦ、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子；ＩＰ３Ｒ、イノシトール１，４，５三リン酸受容体；ＩＰ３、イノシトール１，４，５－三リン酸；ＪＮＫ、ｃ－Ｊｕｎ Ｎ末端キナーゼ；ＫＤＩ、キナーゼドメインＩ；ＬＡＲＧ、白血病関連ｒｈｏグアニンヌクレオチド交換因子；ＬＩＭＫ、ＬＩＭ（Ｌｉｎ－１１ Ｉｓｌ－１ Ｍｅｃ－３）キナーゼ；ＬＰＡ、リゾホスファチジン酸；ＬＰＡ１／２、リゾホスファチジン酸Ｇタンパク質共役受容体１／２；ｌｙｓｏ、リソソーム；ｍ、メッセンジャー；ＭＡＰＫ、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ；ＭＥＫＫ、ＭＡＰＫ／ＥＲＫキナーゼキナーゼ；ＭＫＫ、ＭＡＰキナーゼキナーゼ；ＭＫＰ、ＭＡＰキナーゼホスファターゼ；ＭＬＫ、混合系列キナーゼ；ＮＡＤ，ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド；ｎｕｃ、核；ＰＡＫ１、ｐ２１／Ｃｄｃ４２／Ｒａｃ１活性化キナーゼ；ＰＤＫ、３－ホスホイノシチド依存性タンパク質キナーゼ；ＰＧＥ２、プロスタグランジンＥ２；Ｐｉ、リン酸イオン；ＰＩ３，４，５－Ｐ３、ホスファチジルイノシトール－３，４，５三リン酸；ＰＩ３，４－Ｐ２、ホスファチジルイノシトール－３，４－ビスホスファート；ＰＩ３Ｋ、ホスファチジルイノシトール－３－キナーゼ；ＰＩ４，５－Ｐ２、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスファート；ＰＩ４－Ｐ、ホスファチジルイノシトール－４－ホスファート；ＰＩ５Ｋ、ホスファチジルイノシトール－５－キナーゼ；ＰＩＰ、ホスファチジルイノシトールポリホスファート；ＰＫＢ、プロテインキナーゼＢ；ＰＫＣ、プロテインキナーゼＣ；ｐｌ．ｍ．、原形質膜；ＰＬＣ、ホスホリパーゼＣ；ＰＬＤ、ホスホリパーゼＤ；ＰＰ、タンパク質ホスファターゼ；ＰＴＢ、ホスホチロシン結合ドメイン；ＰＴＥＮ、ホスファターゼ及びテンシンホモログ；Ｐｙｋ、プロリンリッチチロシンキナーゼ；Ｒａｂ５ａ、ＲＡＳ関連タンパク質ＲＡＢ５ａ；Ｒａｆ、ｖ－ｒａｆ－１マウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ；Ｒａｓ、ラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ；ＲａｓＧＡＰ、Ｒａｓ ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質；Ｒｂ、網膜芽細胞腫；ＲＧＳ、Ｇタンパク質シグナル伝達の調節因子；Ｒｉｎ、Ｒａｓ相互作用；ＲＮ－ｔｒｅ、ｔｒｅのＮ末端に関連；ＲＳＫ、リボソームタンパク質Ｓ６キナーゼ；ＲＹＲ、リアノジン受容体；Ｓ、セリン；Ｓ１Ｐ、スフィンゴシン－１－ホスファート；Ｓ１Ｐ１／２／３、スフィンゴ脂質Ｇタンパク質共役受容体１／２／３；ＳＥＲＣＡ、筋小胞体カルシウムＡＴＰａｓｅ；Ｓｈｃ、Ｓｒｃ相同２ドメイン含有形質転換タンパク質；ＳＨＰ、Ｓｈｐ－２チロシンホスファターゼ；ＳＯＳ、ｓｏｎ ｏｆ ｓｅｖｅｎｌｅｓｓ ｈｏｍｏｌｏｇ；ＳＰＲＹ、Ｓｐｒｏｕｔｙ；ＳＴＡＴ、シグナル伝達及び転写活性化因子；Ｔ、トレオニン；ＴＧＦα、トランスフォーミング成長因子α；Ｕｂｃ、ユビキチン結合酵素；Ｙ、チロシン（Ｏｄａ，Ｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００５）が挙げられる。したがって、ＥＧＦＲ及びその下流のエフェクターを標的とする抗体及びＮＴＫＩの併用療法は、広範囲の疾患及び障害に対する療法として役立ち得ることが予想される。
Ｒａｓタンパク質
Ｒａｓタンパク質は、ヒト癌において頻繁に変異する癌原遺伝子である。これらは、３つの遍在的に発現される遺伝子：ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、及びＮＲＡＳによってコードされる。これらのタンパク質は、増殖及び細胞生存を担う経路を調節する際の分子スイッチとして機能するＧＴＰａｓｅである。ＫＲＡＳ（カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ）変異は、すべてのヒト腫瘍の２５％超に存在し、ＫＲＡＳは最も頻繁に活性化される癌遺伝子の１つである。過去四半世紀にわたる研究により、Ｒａｓタンパク質が、細胞の増殖、分化、又は生存を制御するシグナル伝達ネットワークの必須成分として特性決定されてきた。ヒト腫瘍に頻繁に見られるＨ－ｒａｓ、Ｎ－ｒａｓ又はＫ－ｒａｓ遺伝子の発癌性変異は、これらのシグナル伝達経路の正常な結果のバランスを崩すことが知られており、したがって腫瘍発生を導く。Ｒａｓシグナル伝達経路（膜ＲＴＫ又はサイトゾルキナーゼを含む）の他の上流又は下流の多数の成分における発癌性変異が、様々な癌に関連してより最近になって検出されている。興味深いことに、発癌性Ｒａｓ変異及びＲａｓ／ＭＡＰＫシグナル伝達経路の他の構成要素における変異は、ほとんどの腫瘍において相互に排他的な事象であるように思われ、Ｒａｓ依存性シグナル伝達の調節解除が腫瘍形成の必須要件であることを示している。最後に、原因となる力ではないにしても、不完全なＲａｓシグナル伝達は、糖尿病並びに免疫学的及び炎症性障害を含む多くの他のヒト疾患の一因として挙げられている。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、及びＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋは、とりわけ、癌腫の阻害されない成長及び細胞分裂を引き起こすことが知られている例示的な変異である。
ＰＩＫ３ＣＡ
ホスホイノシチドキナーゼ（ＰＩＫ）は、ホスホイノシチドのイノシトール環をリン酸化する脂質キナーゼであり、したがってシグナルトランスデューサとして作用し、様々なヒト癌において変異している。炭水化物上のリン酸化部位に応じて、ＰＩＫは３つのファミリー、ホスホイノシチド３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、ホスホイノシチド４－キナーゼ（ＰＩＰ４Ｋ）及びホスホイノシチド５－キナーゼ（ＰＩＰ５Ｋ）に分類される。ＰＩＫ３ＣＡは、結腸直腸癌の３２％、ヒト乳癌の４０％、卵巣癌の１２％、及び子宮類内膜癌の３６％において体細胞変異していると推定される。脳において、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、退形成乏突起膠腫の１４％、ＧＢＭの５％、髄芽腫の５％、及び退形成星細胞腫の３％に見られる。ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋは、癌の成長に寄与することが知られている例示的な変異である。
ＢＲＡＦ
Ｂ－Ｒａｆ癌原遺伝子、セリン／トレオニンキナーゼは、細胞増殖、分化、及び転写調節を含む多くの細胞プロセスに関与している。ＢＲＡＦは、すべての結腸腺癌、皮膚黒色腫、肺腺癌、黒色腫、及び甲状腺乳頭癌の５％で変化すると推定される。とりわけ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ及びＢＲＡＦ Ｇ５９６Ｒは、癌腫の発生を促すことが知られている更なる例示的な変異である。
ＥＧＦＲの下流のＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ及びＢＲＡＦタンパク質は、変異がＥＧＦＲを標的とするＴＫＩ及びＥＧＦＲエフェクターを標的とするＮＴＫＩに対する耐性をもたらす例示的なタンパク質である。いくつかの実施形態では、他の成長因子シグナル伝達経路における変異が、ＮＴＫＩに対する耐性を提供することにおいて同様の代償的役割を果たし得ることが企図される。
合成タンパク質／分子
本開示は、免疫原性合成タンパク質／分子の要素としての最大数の成長因子エピトープ、腫瘍抗原エピトープ、及び／又は受容体結合部位の提示を改善するための均質な合成タンパク質／分子を提供する。例示的な一実施形態では、免疫原性の担体ドメイン（例えば、コレラ毒素Ｂ（ＣＴ－Ｂ））、合成上皮成長因子（ｓＥＧＦ）、及び／又は受容体の全部又は一部を発現する合成タンパク質／分子が記載される。代替の例示的な実施形態では、タンパク質は、既知の免疫原性タンパク質に基づいてモデル化された他の免疫原性の合成又は組換えタンパク質／分子を発現することができる。そのような合成タンパク質／分子は、ヒト免疫系に対して高度に免疫原性であるポリペプチドを発現し得ることが本開示の範囲内で企図される。好ましくは、合成タンパク質／分子は、例えば、高い発現収率及び製造の容易さ、経口安定性及び腸から血流への交差能、並びに／あるいはヒトにおける事前の安全な使用などの追加の特性をキメラタンパク質に付与する。
例示的な実施形態では、本明細書に開示される合成タンパク質／分子は、単一の成長因子の全体若しくは一部の複数のコピー、又は２つ以上の異なる成長因子の全体若しくは一部のコピーとして成長因子エピトープを含むか、又は発現し得る。これらの成長因子エピトープは、天然に存在していてもよく、又は合成であってもよい（例えば、人工）。例えば、本明細書に記載の例示的な非天然合成タンパク質（ＮＮＳＰ）であるＢＶＮ２２Ｅ（以下、ＩＮ０１）は、約１２０ｋＤの分子量を有し得る。ＩＮ０１（配列番号２）は、２つの反復合成ＥＧＦ（標的化シグナル伝達経路）（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリン反復リンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号９）からなる。例示的な実施形態では、本明細書に記載の成長因子エピトープは、成長因子内の１又は複数のドメイン（例えば、ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（ＴＳＰ）ドメイン）に対応し得る。
本開示によれば、発現された成長因子エピトープは、それらの天然の立体配座が実質的に保持され、エピトープに対する堅牢な宿主免疫応答を誘発するように宿主免疫系の成分に提示されることを可能にするような様式で折り畳まれるべきである。そのようなエピトープの折畳みは、合成タンパク質／分子内の１又は複数のドメインが適切に折り畳まれ、免疫応答を誘導する能力を支持する適切な天然タンパク質によって促進され得、限定されないが、コレラ毒素Ｂサブユニット、大腸菌熱不安定性ＬＴ及びＬＴ－ＩＩエンテロトキシンＢサブユニット、ベラトキシン、百日咳毒素、Ｃ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）エンテロトキシン、志賀毒素、リステリア毒素、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド、髄膜炎菌（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓｌ）外膜タンパク質、バクテリオファージコートタンパク質、アデノウイルス及び他のウイルスコートタンパク質を含み得る。本明細書に記載されるように、全タンパク質に免疫原性を付与し、成長因子、受容体、腫瘍抗原又はそのエピトープの宿主免疫系への適切な折畳み及び提示を可能にする要件を満たす非天然合成ポリペプチド（例えば、ＢＶＮ２２Ｅ、ＩＮ０１）を使用することができる。
本開示によれば、本明細書で提供される合成タンパク質／分子は、成長因子又はその一部、細胞受容体又はその一部、又は腫瘍抗原又はその一部にかかわらず、当該合成タンパク質内の腫瘍抗原として使用するための、慢性疾患、成長因子ベース又は受容体ベースの癌、及び／又は固形腫瘍に関与する広範囲の細胞経路に関連する。タンパク質は、合成タンパク質／分子の形態であり、慢性疾患、例えば、乳癌、肺癌、膀胱癌、卵巣癌、外陰癌、結腸癌、肺癌、脳癌、結腸直腸癌、腸癌、頭頚部癌、及び食道癌の治療に有用であり得る。
ＥＧＦＲエフェクターＮＴＫＩ化合物
本明細書に記載されるように、上記ＥＧＦＲエフェクターＮＴＫＩ化合物は、ＥＧＦＲの下流のキナーゼを阻害し、特にシスプラチンなどのアルキル化剤と組み合わせて、非小細胞肺癌及び結腸腺癌などの新生物の治療に有用である。理論に拘束されることを望むものではないが、これらの併用療法は、新生物細胞がＮＴＫＩに対して耐性になる能力を低減又は排除するため、新生物細胞に対して特に有効であり得る。
ある特定の実施形態では、本発明の化合物は、ＥＧＦＲエフェクターキナーゼの活性を少なくとも１０％、２５％、５０％、７５％、又は１００％防止し、阻害し、又は破壊し、又は低下させることができる。
特定の実施形態では、本発明の化合物は、約１，３００ダルトン未満、１０００ダルトン未満、８００ダルトン未満、６００ダルトン未満、５００ダルトン未満、４００ダルトン未満、又は約３００ダルトン未満の分子量を有する低分子である。本発明の化合物の例としては、本開示のＥＧＦＲエフェクターＮＴＫＩ化合物が挙げられ、これには、限定されないが、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、イディアリシブ、デュベリシブ、ブパルリシブ、ウムブラリシブ、ＰＸ－８６６ダクトリシブ、ＣＵＤＣ－９０７、ボクタリシブ（ＳＡＲ２４５４０９、ＸＬ７６５）ＭＥ－４０１、ＩＰＩ－５４９、ＳＦ１１２６、ＩＮＫ１１１７ピクチリシブ、ＸＬ１４７（ＳＡＲ２４５４０８）、ＧＳＫ１０５９６１５、ＺＳＴＫ４７４、ＰＷＴ３３５９７、ＩＣ８７１１４、ＴＧ１００－１１５、ＣＡＬ２６３、ＲＰ６５０３、ＧＮＥ－４７７、ＡＥＺＳ－１３６、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、ＧＤＣ－０８７９、ＰＬＸ－４７２０コビメチニブ、ビニメチニブ、セルメチニブ、ＰＤ－３２５９０１、ＰＤ０３５９０１、ＣＩ－１０４０、ＴＡＫ－７３３、ペリホシン、パロミド５２９を含んでもよく、ＥＧＦＲ経路キナーゼを標的とする他の例示的な非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）である。
トラメチニブ（ＭＷ６１５．４ｇ／ｍｏｌ）は、ミトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ（ＭＥＫ ＭＡＰＫ／ＥＲＫキナーゼ）の経口で生体利用可能な阻害剤である。トラメチニブはＭＥＫ１及び２に特異的に結合して阻害し、様々な癌における成長因子媒介性細胞シグナル伝達及び細胞増殖の阻害をもたらす。ＭＥＫ１及び２、二重特異性トレオニン／チロシンキナーゼは、様々な癌細胞型においてしばしば上方制御され、細胞増殖を調節するＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ／ＥＲＫシグナル伝達経路の活性化において重要な役割を果たす。トラメチニブは、ＦＤＡ承認試験によって検出されるように、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ又はＶ６００Ｋ変異を有する切除不能又は転移性黒色腫の治療に適応される。トラメチニブはピリドピリミジンであり、既存の方法では、ＤＭＳＯにおいて、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ又はＶ６００Ｋ変異を有する切除不能又は転移性黒色腫を有し、事前のＢＲＡＦ阻害剤治療を受けていない患者を治療するために使用される。トラメチニブは容易に吸収される。ＢＲＡＦ Ｖ６００変異陽性黒色腫の患者にトラメチニブを経口投与した場合、投与１．５時間後にピーク血漿中濃度が生じた（Ｔｍａｘ）。単回２ｍｇ経口用量は７２％の生体利用率を有する。２ｍｇ／日の用量が投与される場合、ピーク血漿中濃度（Ｃｍａｘ）は２２．２ｎｇ／ｍＬである。トラメチニブは、主に脱アセチル化を介して単独で、又はモノ酸素化を伴って、又はインビトロでグルクロン酸抱合生体内変換経路と組み合わせて代謝される。脱アセチル化は、カルボキシルエステラーゼ又はアミダーゼなどの加水分解酵素によって媒介される可能性が高い。血漿中の主な循環構成要素は親薬物である。排出半減期＝３．９～４．８日。ＩＵＰＡＣ名：Ｎ－［３－［３－シクロプロピル－５－（２－フルオロ－４－ヨードアニリノ）－６，８－ジメチル－２，４，７－トリオキソピリド［４，３－ｄ］ピリミジン－１－イル］フェニル］アセトアミド。
タセリシブ（ＭＷ４６０．５ｇ／ｍｏｌ）は、クラスＩのホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）αアイソフォーム（ＰＩＫ３ＣＡ）の経口で生体利用可能阻害剤である。タセリシブは、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路においてＰＩＫ３ＣＡ及びその変異型を選択的に阻害し、ＰＩＫ３ＣＡ発現腫瘍細胞における腫瘍細胞アポトーシス及び増殖阻害をもたらし得る。クラスＩのＰＩ３Ｋアルファを特異的に標的とすることにより、この薬剤は、ｐａｎＰＩ３Ｋ阻害剤よりも有効性が高く、毒性が低くなり得る。ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路の調節不全は、固形腫瘍において頻繁に見られ、腫瘍細胞の成長、生存、並びに化学療法及び放射線療法の両方に対する抵抗性の増加を引き起こす。クラスＩのＰＩ３Ｋのｐ１１０－α触媒サブユニットをコードするＰＩＫ３ＣＡは、様々な癌細胞型において変異しており、癌細胞の成長及び浸潤において重要な役割を果たす。ＩＵＰＡＣ名：２－メチル－２－［４－［２－（５－メチル－２－プロパン－２－イル－１，２，４－トリアゾール－３－イル）－５，６－ジヒドロイミダゾ［１，２－ｄ］［１，４］ベンゾオキサゼピン－９－イル］ピラゾール－１－イル］プロペンアミド。
アルペリシブ（ＭＷ４４１．５ｇ／ｍｏｌ）は、強力な抗腫瘍活性を有するホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）阻害剤である。アルペリシブは、増殖、生存、分化、及び代謝を含む様々な生物学的プロセスにおいて役割を果たす脂質キナーゼであるＰＩ３Ｋの触媒サブユニットであるクラスＩのＰＩ３Ｋｐ１１０αを選択的に阻害することによって作用する。アルペリシブは、ヒト癌においてほぼ３０％の割合で変異していると思われるこの酵素を標的とし、過活性化をもたらすように設計された。アルペリシブは、２０１９年５月にＦＤＡによって承認され、閉経後の女性及び男性患者に対する、ホルモン受容体（ＨＲ）陽性、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）陰性、ＰＩＫ３ＣＡ変異型、進行性又は転移性乳癌の治療に適応された最初に承認されたＰＩ３Ｋ阻害剤である。既存の方法では、アルペリシブ治療を開始するために、組織及び／又は液体生検試料の採取におけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在が、ＦＤＡ承認の診断テストによって必要とされる。アルペリシブは、商品名Ｐｉｑｒａｙで販売されており、経口錠剤として入手可能である。アルペリシブを服用している患者は、１００ｍｇの用量を超える２００ｍｇの１日用量の５１％の利点、及び１５０ｍｇを超える１日２回の３００ｍｇの１日１回の２２％の利点を伴って、治療による用量依存的な利益を経験する。より低い用量を必要とする患者は、１日２回の投与から利益を得ることができる。アルペリシブの平均半減期は８～９時間である。ＩＵＰＡＣ名：（２Ｓ）－１－Ｎ－［４－メチル－５－［２－（１，１，１－トリフルオロ－２－メチルプロパン－２－イル）ピリジン－４－イル］－１，３－チアゾール－２－イル］ピロリジン－１，２－ジカルボキサミド。
コパンリシブ（ＭＷ４８０．５ｇ／ｍｏｌ）は、Ｂａｙｅｒ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．によって最初に開発された選択的ｐａｎ－ＣｌａｓｓＩのホスホイノシチド３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ／ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスファート３－キナーゼ／ホスファチジルイノシチド３－キナーゼ）阻害剤である。この薬物は、細胞の成長及び生存を調節する役割を果たす酵素を標的とする。コパンリシブは、再発性濾胞性リンパ腫及び少なくとも２つの以前の全身療法の治療歴を有する成人患者の治療に対して、市場名アリコパとして２０１７年９月１４日に加速承認された。濾胞性リンパ腫は、リンパ球の制御されない増殖及び成長によって引き起こされる増殖の遅い種類の非ホジキンリンパ腫である。アリコパ静脈内治療における有効成分は、コパンリシブ二塩酸塩である。コパンリシブは、様々な腫瘍細胞株及び異種移植片モデルにおいて強力な抗腫瘍活性及びアポトーシス促進活性を示した。臨床試験では、コパンリシブを受けている患者の５９％が、中央値１２．２ヶ月後に腫瘍の完全な又は部分的な縮小を達成した。コパンリシブのより高い全身レベルは、血漿グルコースレベルの上昇に関連する。０．８ｍｇ／ｋｇにおける定常状態曝露後、コパンリシブの平均ピーク血漿中濃度（Ｃｍａｘ）は４６３ｎｇ／ｍＬであり、１０５～１６７０ｎｇ／ｍＬの範囲である。コパンリシブの幾何平均最終排出半減期は３９．１時間（範囲：１４．６～８２．４；ＳＤ：１５．０）である。コパンリシブのインビトロヒト血漿タンパク質結合は８４．２％であり、アルブミンが主な結合タンパク質である。ＩＵＰＡＣ名：２－アミノ－Ｎ－［７－メトキシ－８－（３－モルホリン－４－イルプロポキシ）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イミダゾ［１，２－ｃ］キナゾリン－５－イリデン］ピリミジン－５－カルボキサミド。
エンコラフェニブ（ＭＷ５４０ｇ／ｍｏｌ）は、ＢＲＡＦＴＯＶＩとしても知られており、キナーゼ阻害剤である。エンコラフェニブは、ＭＡＰキナーゼ／ＥＲＫシグナル伝達経路の調節において役割を果たすＢＲＡＦを阻害し、細胞分裂、分化及び分泌に影響を及ぼす。この遺伝子の変異、最も頻繁にはＶ６００Ｅ変異は、黒色腫において最も一般的に同定されている癌原因変異であり、非ホジキンリンパ腫、結腸直腸癌、甲状腺癌、非小細胞肺癌、ヘアリー細胞白血病及び肺腺癌を含む様々な他の癌においても単離されている。２０１８年６月２７日に、食品医薬品局は、ＦＤＡ承認の試験によって検出された、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ又はＶ６００Ｋ変異を有する切除不能又は転移性黒色腫を有する患者に対して、エンコラフェニブ及びビニメチニブ（ＢＲＡＦＴＯＶＩ及びＭＥＫＴＯＶＩ，Ａｒｒａｙ ＢｉｏＰｈａｒｍａ Ｉｎｃ．）の併用を承認した。経口投与後、エンコラフェニブのＴｍａｘ中央値は２時間である。用量の少なくとも８６％が吸収される。見かけのクリアランスは１日目で１４Ｌ／ｈ（５４％）であり、定常状態では３２Ｌ／ｈ（５９％）に増加する。ＩＵＰＡＣ名は、メチルＮ－［（２Ｓ）－１－［［４－［３－［５－クロロ－２－フルオロ－３－（メタンスルホンアミド）フェニル］－１－プロパン－２－イルピラゾール－４－イル］ピリミジン－２－イル］アミノ］プロパン－２－イル］カルバマートである。
「薬学的に許容される塩」という用語はまた、カルボン酸官能基などの酸性官能基及び薬学的に許容される無機又は有機塩基を有する本発明の化合物から調製される塩を指す。適切な塩基としては、限定されないが、ナトリウム、カリウム及びリチウムなどのアルカリ金属の水酸化物；カルシウム及びマグネシウム等のアルカリ土類金属の水酸化物；アルミニウム及び亜鉛などの他の金属の水酸化物；アンモニア、及び非置換又はヒドロキシ置換モノ、ジ、又はトリアルキルアミンなどの有機アミン；ジシクロヘキシルアミン；トリブチルアミン；ピリジン；Ｎメチル，Ｎエチルアミン；ジエチルアミン；トリエチルアミン；モノ、ビス、又はトリス（２ヒドロキシ低級アルキルアミン）、例えばモノ、ビス、又はトリス（２ヒドロキシエチル）－アミン、２ヒドロキシｔｅｒｔブチルアミン、又はトリス（ヒドロキシメチル）メチルアミン、Ｎ，Ｎ，ジ低級アルキルＮ（ヒドロキシ低級アルキル）アミン、例えばＮ，ＮジメチルＮ（２ヒドロキシエチル）－アミン、又はトリ（２ヒドロキシエチル）アミン；ＮメチルＤグルカミン；及びアミノ酸、例えばアルギニン、リジンなどが挙げられる。「薬学的に許容され得る塩」という用語はまた、アミノ官能基などの塩基性官能基及び薬学的に許容される無機酸又は有機酸を有する本明細書に開示される化合物、例えばＮＳＣ－３００４９から調製される塩を指す。適切な酸としては、限定されないが、硫酸水素、クエン酸、酢酸、シュウ酸、塩酸、臭化水素、ヨウ化水素、硝酸、リン酸、イソニコチン酸、乳酸、サリチル酸、酒石酸、アスコルビン酸、コハク酸、マレイン酸、ベシル酸、フマル酸、グルコン酸、グルカロン酸（ｇｌｕｃａｒｏｎｉｃ ａｃｉｄ）、糖酸、ギ酸、安息香酸、グルタミン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、及びｐ－トルエンスルホン酸が挙げられる。
アジュバント
本明細書で提供される特定の例示的な実施形態は、合成タンパク質／分子に加えて、アジュバント活性を有するそのような組成物の成分を指す少なくとも１つのアジュバントを含有する、ワクチン組成物及び免疫アジュバント組成物（医薬組成物を含む）内での本開示による合成タンパク質／分子の組成物及び使用方法を含む。そのようなアジュバント活性を有するアジュバントには、ヒト（例えば、ヒト患者）、非ヒト霊長類、哺乳動物又は認識された免疫系を有する別の高等真核生物などの対象に投与した場合に、免疫応答の効力及び／又は寿命を変化させる（すなわち、統計的に有意な様式で増加又は減少させる、特定の好ましい実施形態では、増強又は増加させる）ことができる組成物が含まれる。本明細書に開示される特定の例示的な実施形態では、所望の抗原及び／又は複数の抗原は、タンパク質担体内に含有され、任意選択的に１又は複数のアジュバントは、所望の抗原及び／又は複数の抗原に対する免疫応答を変化させる、例えば誘発又は増強することができ、その投与において同時に投与され得るか、又は時間的及び／又は空間的に分離され得る（例えば、異なる解剖学的部位で）が、特定の例示的な実施形態は、そのように限定されることを意図するものではなく、したがって、特定の抗原を含まないが、１又は複数のコアジュバントであるイミダゾキンリン免疫応答調節剤も含み得るがこれらに限定されない組成物中の合成タンパク質／分子の投与も企図する。
医薬組成物
特定の例示的な実施形態では、医薬組成物は、本開示による合成タンパク質／分子の両方を含むワクチン組成物であり、本明細書で提供される１又は複数の構成要素を更に含み得、これは薬学的に許容される担体、賦形剤又は希釈剤と組み合わせて、ＴＬＲアゴニスト、コアジュバント（例えば、サイトカイン、イミダゾキノリン免疫応答調節剤及び／又はｄＳＬＩＭを含む）など及び／又は組換え発現構築物から選択される。
例示的な担体は、使用される投与量及び濃度でレシピエントに対して非毒性である。合成タンパク質／分子を含むワクチンの場合、約０．０１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重が、典型的には皮内、皮下、筋肉内又は静脈内経路によって、あるいは他の経路によって投与される。実施形態では、合成タンパク質／分子を含むワクチンは、約０．０１～０．１μｇ／ｋｇ～約９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．１～１．０μｇ／ｋｇ～約９０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．５～５．０μｇ／ｋｇ～約８０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約１．０～１０．０μｇ／ｋｇ～約６０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５．０～２０．０μｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約２０～５０μｇ／ｋｇ～約２５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５０～１００μｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ体重で投与される。他の実施形態では、この用量は、約１、５、１０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、又は５０００μｇ／ｋｇ体重であり得る。
投与の回数及び頻度が宿主の応答に依存することは、当業者には明らかであろう。治療的に使用するための「薬学的に許容される担体」は、製薬分野で周知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ ｅｄｉｔ．１９８５）に記載されている。例えば、生理的ｐＨの滅菌生理食塩水及びリン酸緩衝生理食塩水を使用することができる。保存剤、安定剤、染料、更には香味剤が医薬組成物中に提供され得る。例えば、安息香酸ナトリウム、アスコルビン酸及びｐ－ヒドロキシ安息香酸のエステルを防腐剤として添加してもよい。更に、酸化防止剤及び懸濁化剤を使用してもよい。
医薬組成物は、組成物を患者に投与することを可能にする任意の形態であり得る。例えば、組成物は、固体、液体又は気体（エアロゾル）の形態であってもよい。典型的な投与経路には、経口、局所、非経口（例えば、舌下又は頬側に）、舌下、直腸、膣及び鼻腔内（例えば、スプレーとして）が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用される非経口という用語は、イオン導入ソノフォレーシス、受動経皮、マイクロニードル投与、並びに皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内、空洞内、髄腔内、管内、尿道内、尿道内注射又は注入技術も含む。特定の実施形態では、本明細書に記載の組成物（ワクチン及び医薬組成物を含む）は、イオン導入、マイクロキャビテーション、ソノフォレーシス又はマイクロニードルから選択される技術によって皮内投与される。
医薬組成物は、組成物を患者に投与する時に、その中に含まれる活性成分が生体利用可能になるように製剤化される。患者に投与される組成物は、１又は複数の投与単位の形態をとり、例えば、錠剤は、単一の投与単位であってもよく、エアロゾル形態の本発明の１又は複数の化合物の容器は、複数の投与単位を保持してもよい。
経口投与の場合、賦形剤及び／又は結合剤が存在し得る。例は、スクロース、カオリン、グリセリン、デンプンデキストリン、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース及びエチルセルロースである。着色剤及び／又は香味剤が存在してもよい。コーティングシェルを使用することができる。
組成物は、液体、例えばエリキシル、シロップ、溶液、エマルジョン又は懸濁液の形態であり得る。液体は、２つの例として、経口投与用又は注射による送達用であり得る。経口投与を意図する場合、好ましい組成物は、甘味剤、保存剤、色素／着色剤及び風味増強剤の１又は複数を含有する。注射によって投与されることが意図される組成物には、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散剤、懸濁化剤、緩衝剤、安定剤及び等張剤の１又は複数が含まれ得る。
本明細書で使用される液体医薬組成物は、溶液、懸濁液又は他の同様の形態であるかどうかにかかわらず、以下の担体又は賦形剤の１又は複数を含み得る。滅菌希釈剤、例えば注射用水、生理食塩水、好ましくは生理的食塩水、リンゲル液、等張性塩化ナトリウム、スクアレン、スクアラン、鉱油、モノオレイン酸マンニド、コレステロールなどの固定油、並びに／あるいは溶媒若しくは懸濁媒体として機能し得る合成モノ若しくはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又は他の溶媒；ベンジルアルコール、メチルパラベン等の抗菌剤；アスコルビン酸、亜硫酸水素ナトリウム等の酸化防止剤；エチレンジアミン四酢酸等のキレート剤；緩衝剤、例えば、アセタート、シトラート又はホスファート、及び張性を調整するための薬剤、例えば、塩化ナトリウム又はデキストロース。非経口製剤は、ガラス又はプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ又は複数回投与バイアルに封入することができる。注射可能な医薬組成物は、好ましくは滅菌されている。
特定の実施形態では、本発明の医薬組成物又はワクチン組成物は、０．２ｕｍ未満の安定な水性懸濁液を含み、リン脂質、脂肪酸、界面活性剤、洗剤、サポニン、及びフッ素化脂質などからなる群から選択される少なくとも１つの構成要素を更に含む。
限定されないが、アルミニウム塩、油中水型エマルジョン、生分解性オイルビヒクル、水中油型エマルジョン、生分解性マイクロカプセル及びリポソームを含む送達ビヒクルなどの他の構成要素をワクチン又は医薬組成物に含めることも望ましい場合がある。そのようなビヒクルにおいて使用するための更なる免疫刺激物質（コアジュバント）の例もまた上に記載されており、Ｎ－アセチルムラミル－Ｌ－アラニン－Ｄ－イソグルタミン（ＭＤＰ）、グルカン、ＩＬ－１２、ＧＭ－ＣＳＦ、ガンマインターフェロン及びＩＬ－１２を含み得る。
当業者に公知の任意の適切な担体を本発明の医薬組成物に使用することができるが、担体の種類は、投与様式及び持続放出が望まれるかどうかに応じて変化する。皮下注射などの非経口投与の場合、担体は、好ましくは水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ワックス又は緩衝液を含む。経口投与のために、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セルロース、グルコース、スクロース及び炭酸マグネシウムなどの上記担体又は固体担体のいずれかを使用することができる。生分解性ミクロスフィア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド）もまた、本発明の医薬組成物のための担体として使用され得る。
医薬組成物はまた、緩衝剤などの希釈剤、アスコルビン酸などの抗酸化剤、低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド、タンパク質、アミノ酸、グルコース、スクロース又はデキストリンを含む炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート剤、グルタチオン並びに他の安定剤及び賦形剤を含有し得る。非特異的血清アルブミンと混合された中性緩衝生理食塩水又は生理食塩水は、例示的な適切な希釈剤である。好ましくは、生成物は、希釈剤として適切な賦形剤溶液（例えば、スクロース）を使用して凍結乾燥物として製剤化され得る。
例示的な実施形態では、合成タンパク質／分子のエピトープ又は受容体支持ドメインは、天然又は合成ポリペプチド配列に由来するかどうかにかかわらず、適切な化学的／環境的条件下でオリゴマー多量体に自己集合する能力、又は代替的条件下でモノマーに還元される能力を有するべきである。理想的には、多量体化ドメインは、均一なサイズの生成物が生成されるように、離散的な（ｄｉｓｃｒｅｅｔ）数のサブユニット、例えば二量体、三量体、四量体、五量体などを有する安定な多量体に集合する。天然ポリペプチドの例としては、ロイシンジッパー、ｌａｃリプレッサータンパク質、ストレプトアビジン／アビジン、コレラ毒素Ｂサブユニット、シュードモナス三量体化ドメイン、及びウイルスカプシドタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。
例示的な一実施形態では、前臨床試験で使用される抗ＥＧＦ抗体は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅアジュバントと共に製剤化された、内容が参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｐｒｏｃｅｓｓ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｆｏｒ ａｎ Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ－Ｂａｓｅｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｖａｃｃｉｎｅ，Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．，（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ｔｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｏｃｔｏｂｅｒ ２００８に記載されるように、ｒＥＧＦ－ｒＰ６４ｋコンジュゲート、ＣＩＭＡｖａｘ－ＥＧＦワクチンによる免疫化によって能動的に産生される。ＥＧＦ又はＥＧＦＲに対する免疫応答が生じる他のワクチン製剤が使用され得ることは、本開示の範囲内であると考えられる。また、他の成長因子又はそれらの受容体に対する免疫応答を生じるワクチンも使用され得ることも本開示の範囲内である。特に、内容がそれぞれ参照によりその全体が組み込まれる、国際公開第２０１３／０７６５８０号及び国際公開第２０１４／１４０８９４号に記載されているような免疫原性タンパク質を使用して、本開示による抗ＥＧＦ抗体を産生することができる。
治療用ＮＴＫＩ組成物の配合
新生物の治療のための非天然合成ポリペプチド（例えば、ＩＮ０１）と組み合わせた化合物（例えば、ＮＫＴＩ）の投与は、他の構成要素と組み合わせて、新生物の改善、低減又は安定化に有効な治療薬の濃度をもたらす任意の適切な手段によるものであり得る。化合物は、任意の適切な担体物質中に任意の適切な量で含有されてもよく、一般に、組成物の総重量の１～９５重量％の量で存在する。組成物は、非経口（例えば、皮下、静脈内、筋肉内、又は腹腔内）投与経路に適した剤形で提供され得る。医薬組成物は、従来の製薬慣行（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２０ｔｈ ｅｄ．），ｅｄ．Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，２０００ ａｎｄ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｅｄｓ．Ｊ．Ｓｗａｒｂｒｉｃｋ ａｎｄ Ｊ．Ｃ．Ｂｏｙｌａｎ，１９８８－１９９９，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）に従って製剤化され得る。
当業者は、動物モデルと比較してヒトの投与量を修正することが当技術分野で日常的であることを認識しているため、ヒト投与量は、マウスに使用される化合物の量から外挿することによって最初に決定することができる。ある特定の実施形態では、投与量は、約１μｇ化合物／Ｋｇ体重～約５０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重、又は約５ｍｇ／Ｋｇ体重～約４０００ｍｇ／Ｋｇ体重、又は約１０ｍｇ／Ｋｇ体重～約３０００ｍｇ／Ｋｇ体重、又は約５０ｍｇ／ｋｇ体重～約２０００ｍｇ／ｋｇ体重、又は約１００ｍｇ／ｋｇ体重～約１０００ｍｇ／ｋｇ体重、又は約１５０ｍｇ／Ｋｇ体重～約５００ｍｇ／Ｋｇ体重の間で変動し得ることが想定される。他の実施形態では、この用量は、約１、５、１０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、又は５０００ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。他の実施形態では、用量は、約５ｍｇ化合物／Ｋｇ体重～約２０ｍｇ化合物／Ｋｇ体重の範囲であり得ることが想定される。他の実施形態では、用量は、約８、１０、１２、１４、１６又は１８ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。勿論のこと、この投与量は、最初の臨床試験の結果及び特定の患者の必要性に応じて、そのような治療プロトコルで日常的に行われるように、上方又は下方に調整することができる。
本発明による医薬組成物は、実質的に投与直後に、又は投与後の任意の所定の時間若しくは期間に活性化合物を放出するように製剤化され得る。後者のタイプの組成物は、一般に制御放出製剤として知られており、（ｉ）長期間にわたって体内で実質的に一定の濃度の薬物を生成する製剤と、（ｉｉ）所定の遅延時間の後、長期間にわたって体内に実質的に一定の濃度の薬物を生成する製剤と、（ｉｉｉ）活性物質の血漿中レベルの変動に関連する望ましくない副作用を付随して最小化しながら、体内で比較的一定の有効なレベルを維持することによって所定の期間中に作用を維持する製剤（鋸歯状動力学パターン）と、（ｉｖ）例えば、胸腺に隣接するか又は胸腺と接触する制御放出組成物の空間的配置によって作用を局在化する製剤と、（ｖ）好都合な投与を可能にして、用量が、例えば、１週間又は２週間に１回投与される製剤と、（ｖｉ）担体又は化学誘導体を使用することによって新生物を標的として、特定の細胞型（例えば、新生物細胞）に治療薬を送達する製剤とを含む。いくつかの用途では、制御放出製剤は、血漿中レベルを治療レベルで維持するために日中に頻繁に投与する必要性をなくす。
放出速度が問題の化合物の代謝速度を上回る制御放出を得るために、いくつかの戦略のいずれかを追求することができる。一例では、制御放出は、例えば、様々なタイプの制御放出組成物及びコーティングを含む様々な製剤パラメータ及び成分の適切な選択によって得られる。したがって、治療薬は、適切な賦形剤と共に、投与時に制御された様式で治療薬を放出する医薬組成物に製剤化される。例としては、単一又は複数単位の錠剤又はカプセル組成物、油溶液、懸濁液、エマルジョン、マイクロカプセル、ミクロスフィア、分子複合体、ナノ粒子、パッチ及びリポソームが挙げられる。
本開示は投与の範囲を示唆しているが、当業者は、製品のラベルに記載されているような任意の治療有効用量が本開示の範囲内であることを理解するであろう。同様に、腫瘍学の分野における医師の理解及び知識に基づく任意の投薬が、本開示の範囲内で企図される。
治療方法の選択
対象が新生物（例えば、ＮＳＬＣ又はＣＲＣ）を有すると診断された後、治療方法が選択される。例えば、結腸直腸癌（ＣＲＣ）では、多数の標準的な治療レジメンが利用可能である。一般に、ＣＲＣは、癌の最も侵襲性形態の１つであり、進行したＣＲＣは、従来の治療方法の影響を受けるのは稀である。侵襲性ＣＲＣについては、利用可能な治療選択肢はほとんどなく、そのような腫瘍は、転移又は死亡などの臨床転帰不良と相関することが多い。侵襲性ＣＲＣを有する対象は、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ及び／又はエンコラフェニブと組み合わせた、ＩＮ０１の非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）又はその抗体を含む本発明の組成物による治療から利益を得る可能性が高いと同定される。したがって、本発明は、対象のための治療を選択するための方法を提供し、方法は、ＣＲＣなどの侵襲性新生物、又は侵襲性形態のＮＳＬＣ若しくは膠芽腫を有するとして対象を同定することと、本発明の治療的併用を対象に投与することとを含む。
新生物（例えば、結腸癌、肺癌、及び脳癌、例えば膠芽腫）を有する対象が良好な臨床転帰を有すると同定された場合であっても、その対象は、本発明の方法による治療から利益を得る可能性もある（例えば、より低い副作用）。本発明の方法が、新生物が非常に侵襲性であることを示す場合、積極的な治療方法を選択すべきである。積極的治療レジメンは、典型的には、以下の療法：根治的乳房切除術、放射線療法、ホルモン療法、及び化学療法のうちの１又は複数を含む。上記方法は、本明細書に記載される治療方法と組み合わせて、特に再発しやすい膵臓癌の治療のために使用され得る。
１又は複数の腫瘍抗原、合成成長因子、及び／又は受容体を発現又は組み込む均質な合成タンパク質／分子が、特定の実施形態に関連して記載及び例示されているが、多くの変形及び修正が当業者には明らかであり、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく行われ得る。したがって、本開示は、そのような変形及び修正が本開示の範囲内に含まれることが意図されているため、上記の方法又は構成の正確な詳細に限定されるべきではない。
ＮＴＫＩトラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、及び／又はエンコラフェニブに対するＩＮ０１の非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）又はその抗体の任意の投与順序が、患者の治療において好ましい場合があると考えられる。例えば、ＮＴＫＩ、例えばトラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、及び／又はエンコラフェニブを投与する前に、ＩＮ０１の非天然合成ポリペプチド又はその抗体を投与することが有益であり得る。ＩＮ０１の非天然合成ポリペプチド又はその抗体を投与する前に、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、及び／又はエンコラフェニブを投与することも有益であり得る。
「減少させる」、「低減する」、「低減される」、「低減」、「減少」及び「阻害する」という用語はすべて、本明細書では一般に、基準と比較して統計的に有意な量の減少を意味するために使用される。しかし、誤解を避けるために、「低減する」、「低減」又は「減少」又は「阻害する」は、典型的には、参照レベルと比較して少なくとも１０％の減少を意味し、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％以下の減少含むことができ、例えば、参照レベルと比較した所与の実体又はパラメータの完全な欠如、又は所与の治療の欠如と比較した１０～９９％の間の任意の減少に匹敵し、それを含む。
「増加した」、「増加する」又は「向上する」又は「活性化する」という用語はすべて、本明細書では、静的に有意な量の増加を一般に意味するために使用され、疑いを避けるために、「増加した」、「増加する」又は「向上する」又は「活性化する」という用語は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、又は少なくとも約３０％、又は少なくとも約４０％、又は少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％まで、又は最大１００％又はそれを含む増加、あるいは１０～１００％の任意の増加、又は参照レベルと比較して少なくとも約２倍、又は少なくとも約３倍、又は少なくとも約４倍、又は少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍の増加、あるいは２倍～１０倍以上の任意の増加を意味する。
本明細書で使用される「単離」又は「部分的に精製された」という用語は、核酸又はポリペプチドの場合、その天然供給源で見出されるように、その核酸又はポリペプチドと一緒に存在するか、並びに／あるいは細胞によって発現されるか、又はポリペプチドの場合、分離される時、その核酸又はポリペプチドと一緒に存在するであろう、少なくとも１つの他の構成要素の核酸又はポリペプチドから分離された核酸又はポリペプチドを指す。化学的に合成された核酸若しくはポリペプチド、又はインビトロ転写／翻訳を使用して合成されたものは、「単離」と考えられる。「精製」又は「実質的に精製された」という用語は、対象の核酸又はポリペプチドの少なくとも９５重量％（例えば、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれを超えるものを含む）である単離された核酸又はポリペプチドを指す。
本明細書で使用される場合、「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、隣接する残基のα－アミノ基とカルボキシ基との間のペプチド結合によって他方に連結された一連のアミノ酸残基を指すために本明細書で互換的に使用される。本明細書で互換的に使用される「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、そのサイズ又は機能にかかわらず、修飾アミノ酸（例えば、リン酸化、糖化、グリコシル化など）及びアミノ酸類似体を含むタンパク質アミノ酸のポリマーを指す。「タンパク質」及び「ポリペプチド」は、比較的大きなポリペプチドに関して使用されることが多いのに対して、「ペプチド」という用語は、小さなポリペプチドに関して使用されることが多いが、当技術分野におけるこれらの用語の使用は重複する。「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、コードされた遺伝子産物及びその断片を指す場合に、本明細書では互換的に使用される。したがって、例示的なポリペプチド又はタンパク質には、遺伝子産物、天然に存在するタンパク質、ホモログ、オルソログ、パラログ、断片、並びに前述のものの他の等価物、バリアント、断片、及び類似体が含まれる。
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介して、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質などの標的を認識し、特異的に結合する任意の免疫グロブリン分子を含む。本明細書で使用される場合、抗体が所望の生物学的活性を示す限り、この用語は最も広い意味で使用され、インタクトなポリクローナル抗体、インタクトなモノクローナル抗体、抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）サブ．２、及びＦｖ断片等）、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）変異体、少なくとも２つのインタクトな抗体から生成された二重特異性抗体などの多重特異性抗体、抗体部分を含む融合タンパク質、及び抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、それぞれアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ及びミューと呼ばれるそれらの重鎖定常ドメインの同一性に基づいて、免疫グロブリンの５つの主要クラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、又はそのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡｌ及びＩｇＡ２）のいずれかであり得る。異なるクラスの免疫グロブリンは、異なる周知のサブユニット構造及び三次元構成を有する。抗体は、そのままであるか、又は細胞毒、毒素、放射性同位元素などの他の分子に結合させることができる。抗体は、インビボでそれらを能動的に産生することによって、又はモノクローナル抗体を受動的に投与することによって投与され得る。
本明細書で互換的に使用される「ポリヌクレオチド、」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド若しくは塩基、及び／又はそれらの類似体、又はＤＮＡ若しくはＲＮＡポリメラーゼによって、又は合成反応によってポリマーに組み込むことができる任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。
「抗体」（Ａｂ）及び「免疫グロブリン」（Ｉｇ）は、同じ構造的特徴を有する糖タンパク質である。抗体は特定の抗原に対する結合特異性を示すが、免疫グロブリンには、抗体及び一般に抗原特異性を欠く他の抗体様分子の両方が含まれる。後者の種類のポリペプチドは、例えば、リンパ系によって低レベルで産生され、骨髄腫によって高レベルで産生される。
「抗体」及び「免疫グロブリン」という用語は、最も広い意味で互換的に使用され、モノクローナル抗体（例えば、完全長又はインタクトなモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、一価多価抗体、多重特異性抗体（例えば、所望の生物学的活性を示す限り、二重特異性抗体）を含み、特定の抗体断片も含み得る（本明細書でより詳細に説明するように）。抗体は、キメラ、ヒト、ヒト化及び／又は親和性成熟であり得る。
重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）を異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ－１、ＩｇＧ－２、ＩｇＡ－１、ＩｇＡ－２などに更に分割され得る。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれａ、６、￡、ｙ及び１１と呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造及び三次元構成は周知であり、一般に、例えば、Ａｂｂａｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．（２０００）に記載される。抗体は、抗体と１又は複数の他のタンパク質又はペプチドとの共有結合又は非共有結合によって形成される、より大きな融合分子の一部であり得る。
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」という用語は、本明細書では互換的に使用され、以下に定義する抗体断片ではなく、実質的にインタクトな形態の抗体を指す。この用語は、特に、Ｆｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部のみを含み、その部分は、インタクトな抗体中に存在する場合、好ましくは、その部分と通常関連する機能の少なくとも１つ、好ましくはほとんど又はすべてを保持する。一実施形態では、抗体断片は、インタクトな抗体の抗原結合部位を含み、したがって抗原に結合する能力を保持する。別の実施形態では、抗体断片、例えばＦｃ領域を含むものは、インタクトな抗体中に存在する場合にＦｃ領域と通常関連する生物学的機能、例えばＦｃＲｎ結合、抗体半減期調節、ＡＤＣＣ機能及び補体結合の少なくとも１つを保持する。一実施形態では、抗体断片は、インタクトな抗体と実質的に同様のインビボ半減期を有する一価抗体である。例えば、そのような抗体断片は、断片にインビボ安定性を付与することができるＦｃ配列に連結された抗原結合アームを含み得る。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量存在し得る天然に存在する可能性のある変異を除いて、本質的に同一のアミノ酸配列を含む。モノクローナル抗体は非常に特異的であり、単一の抗原に対して向けられる。更に、典型的には異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対するものである。
本明細書におけるモノクローナル抗体は、所望の生物学的活性を示す限り、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種に由来する抗体又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一又は相同であり、鎖（複数可）の残りが、別の種に由来する抗体又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一又は相同である、「キメラ」抗体、並びにそのような抗体の断片を特異的に含む（米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８１：６８５１－６８５５（１９８４））。
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するもの、及び／又は本明細書中に開示されるようなヒト抗体を作製するための技術のいずれかを使用して作製されたものである。ヒト抗体のこの定義は、具体的には、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。
本明細書で使用される「腫瘍」は、悪性又は良性にかかわらず、すべての新生物細胞の成長及び増殖、並びにすべての前癌性及び癌性の細胞及び組織を指す。「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるように相互に排他的ではない。
「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には調節されていない細胞成長／増殖を特徴とする哺乳動物における生理学的状態を指すか又は説明する。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が含まれるが、これらに限定されない。上記癌のより具体的な例には、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸癌、膵臓癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌及び様々な種類の頭頚部癌が含まれる。
本明細書で使用される場合、「治療」とは、治療されている個体又は細胞の自然経過を変化させようとする臨床的介入を指し、予防のために、又は臨床病理の経過の間に行われ得る。治療の望ましい効果には、疾患の発生又は再発の予防、症状の緩和、疾患の直接的又は間接的な病理学的結果の減少、炎症及び／又は組織／器官損傷の予防又は減少、疾患進行速度の低下、疾患状態の改善又は緩和、並びに寛解又は予後の改善が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、疾患又は障害の発症を遅延させるために使用される。
「医薬賦形剤」は、製薬技術分野で一般的に利用されるもの、特に「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ」，（Ｒａｙｍｏｎｄ Ｃ．Ｒｏｗｅ，Ｐａｕｌ Ｊ．Ｓｈｅｓｋｅｙ，Ｐａｕｌ Ｊ．Ｗｅｌｌｅｒ－４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００３）に見出されるものを意味するものとし、その内容はその全体が組み込まれる。
本発明の物質／分子の「治療有効量」は、個体の疾患状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体において所望の応答を誘発する物質／分子の能力などの因子に従って変動し得る。治療有効量はまた、治療的に有益な効果が、物質／分子の任意の毒性又は有害作用にまさる量である。「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するために、必要な投与量及び期間において有効な量を指す。必ずしもそうとは限らないが、典型的には、予防用量が疾患の前又は初期段階で対象に使用されるため、予防有効量は治療有効量よりも少ないであろう。
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化合物である。化学療法剤の例としては、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミドなどのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン等のアルキルスルホナート；ベンゾドパ、カルボコン、メトレドパ、及びウレドパ等のアジリジン類；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチローロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；δ－９－テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ－ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトテシン（合成類似体トポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標）、ＣＰＴ－１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、及び９－アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ－１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロフォスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード等のナイトロジェンマスタード類；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン等のニトロスレアス；エンジイン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマルＩ及びカリケアマイシンオメガイル（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３－１８６（１９９４）を参照されたい）；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；エスプメラミシン（ｅｓｐｍｅｒａｍｉｃｉｎ）；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジインアンチバイオティック発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ－ドキソルビシン、シアノモルホリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノン－ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣ１リポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標））及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣ等のマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標）、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン、及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）などの代謝拮抗剤；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキセートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフル、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなどのピリミジン類似体；カルステロン、ドロモスタノールオンプロピオナート、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン等のアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン等の抗副腎物質；フロリン酸等の葉酸補充剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルホルニチン；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシン及びアンサミトシンなどのメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモル；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’、２－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ－２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ）、及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン及びカルボプラチンなどの白金類似体；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；ｉｆｏスルファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））；オキサリプラチン；ロイコボビン；ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦ０）；レチノイン酸などのレチノイド；上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びにシクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン及びプレドニゾロンの併用療法の略語であるＣＨＯＰ、並びに５－ＦＵ及びロイコボビンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）による治療レジメンの略語であるＦＯＬＦＯＸなどの上記のうちの２つ以上の組み合わせが挙げられる。
「患者応答」は、患者に対する利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができ、それには、限定するものではないが、（１）緩慢化及び完全停止を含む、疾患進行のある程度の阻害、（２）疾患エピソード及び／又は症状の数の減少、（３）病変サイズの縮小、（４）隣接する末梢臓器及び／又は組織への疾患細胞浸潤の抑制（すなわち、減少、減速又は完全停止）、（５）疾患拡散の阻害（すなわち、減少、減速又は完全停止）、（６）必ずしもそうである必要はないが、疾患病変の退縮又は消失をもたらし得る、細胞増殖、浸潤又は転移の減少、（７）障害に関連する１又は複数の症状のある程度の緩和、（８）治療後の無病提示の長さの増加、及び／又は（９）治療後の所与の時点における死亡率の低下が含まれる。
「組織又は細胞試料」とは、対象又は患者の組織から得られた類似の細胞の集合を意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結された、及び／又は保存された臓器又は組織試料あるいは生検又は吸引物からの固体組織；血液又は任意の血液成分；脳脊髄液、羊水、腹水、間質液等の体液；対象の妊娠又は発達の任意の時点からの細胞であり得る。組織試料はまた、初代細胞又は培養細胞又は細胞株であり得る。場合により、組織又は細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養素、抗生物質などの天然では組織と混合されない化合物を含有し得る。
癌に対する所与の治療の有効性は、当業者によって決定することができる。しかし、治療は、例えば腫瘍の徴候又は症状のいずれか１又はすべてが有益な様式で変化するか、又は他の臨床的に許容される症状が改善されるか、又は例えば本明細書に記載の薬剤による治療後に少なくとも１０％でも改善される場合、用語が本明細書で使用されるように、「有効な治療」と見なされる。有効性はまた、入院又は医学的介入の必要性によって評価されるように、個体が悪化しないこと（すなわち、疾患の進行が停止される）によって測定され得る。これらの指標を測定する方法は、当業者に知られており、及び／又は本明細書に記載されている。疾患の治療のための有効量とは、それを必要とする哺乳動物に投与した場合に、その疾患について、その用語が本明細書で定義されるような有効な治療をもたらすのに十分な量を意味する。薬剤の有効性は、例えば癌の物理的指標、例えば腫瘍サイズ、腫瘍質量、腫瘍密度、血管新生、腫瘍増殖速度などを評価することによって決定することができる。更に、薬剤の有効性は、本明細書に記載の抗体若しくはその抗原結合部分、又は本明細書に記載の抗体若しくはその抗原結合部分をコードする核酸を含む薬剤で治療されている対象における循環ＭＩＣペプチド又はその断片の減少によって測定することができる。
キット又は医薬システム
本組成物は、新生物（例えば、ＣＲＣ又はＮＳＬＣ）の改善に使用するためのキット又は医薬システムに組み立てることができる。本発明のこの態様によるキット又は医薬システムは、バイアル、チューブ、アンプル、ボトルなどの１又は複数の容器手段を内部に密接に閉じ込めた、箱、カートン、チューブなどのキャリア手段を含む。本発明のキット又は医薬システムはまた、本発明の薬剤を使用するための関連する説明書を含み得る。本発明のキットは、少なくとも１又は複数のアルキル化剤（例えば、シスプラチン、並びにＩＮ０１非天然合成ポリペプチド及び／又は抗ＩＮ０１抗体と組み合わせてＥＧＦＲエフェクターキナーゼに結合し、それによってＥＧＦＲ及びＭＥＫタンパク質の両方の活性を低下させる少なくとも１又はそれを超える薬剤、例えばトラメチニブを含む。所望であれば、キットはまた、リボヌクレオチドレダクターゼ（ＲＲ）に結合し、ヌクレオチド合成を減少させる薬剤（例えば、ゲムシタビン）を含む。キットは、ＥＧＦＲエフェクターキナーゼに結合する１又は複数の薬剤、例えばトラメチニブと組み合わせたアルキル化剤を、ＩＮ０１非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）及び／又は抗ＩＮ０１抗体と組み合わせて投与し、ＥＧＦＲ及びＭＥＫタンパク質の両方の活性を低下させ、それにより、単独で投与されたアルキル化剤の有効性と比較してアルキル化剤の有効性を増加させるための説明書を含み得る。アルキル化剤の有効性を測定するための方法は当技術分野で公知であり、本明細書に記載されている（例えば、ＩＣ５０の測定）。
本発明の実施は、特に明記しない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の技術を使用し、これらは十分に当業者の範囲内である。そのような技術は、文献、例えば、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」（Ｇａｉｔ，１９８４）；「Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ」（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」、「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（Ｗｅｉｒ，１９９６）；「Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ」（Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｃａｌｏｓ，１９８７）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；「ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）で十分に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの製造に適用可能であり、したがって、本発明の作製及び実施において考慮され得る。特定の実施形態のための特に有用な技術は、以下のセクションで説明される。
本開示の実施形態の説明は、網羅的であること、又は本開示を開示された正確な形態に限定することを意図するものではない。本開示の特定の実施形態及び例は、例示目的で本明細書に記載されているが、当業者が認識するように、本開示の範囲内で様々な同等の修正が可能である。本明細書で提供される開示の教示は、必要に応じて他の手順又は方法に適用することができる。本明細書に記載の様々な実施形態を組み合わせて、更なる実施形態を提供することができる。本開示の態様は、必要に応じて、上記の参考文献及び出願の組成物、機能及び概念を用いて、本開示の更に別の実施形態を提供するように修正することができる。これら及び他の変更は、詳細な説明に照らして本開示に対して行うことができる。
前述の実施形態のいずれかの特定の要素は、他の実施形態の要素と組み合わせるか、又は置き換えることができる。更に、本開示の特定の実施形態に関連する利点をこれらの実施形態の文脈で説明してきたが、他の実施形態もそのような利点を示すことができ、すべての実施形態が本開示の範囲内に入るためにそのような利点を必ずしも示す必要はない。
本開示は、以下の実施例によって更に説明されるが、これらは限定として解釈されるべきではない。すべての参考文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号及び遺伝子番号、並びに本出願を通して引用された公開特許及び特許出願の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。当業者は、本開示が、開示された構造、材料、組成物及び方法に対する変形を用いて実施され得、そのような変形が本開示の範囲内にあると見なされることを認識するであろう。
抗ＩＮ０１抗体ＮＴＫＩ併用療法に対するＤＬＤ１（Ｇ１３Ｄ ＫＲＡＳ）及びＬＳ１７４Ｔ（Ｇ１３Ｄ ＫＲＡＳ）ＫＲＡＳ変異細胞株の応答
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。抗ＩＮ０１抗体は、癌細胞の成長を阻害するために、ＥＧＦＲ下流エフェクターを標的とする非チロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用するために開発した。この実施例では、ＫＲＡＳにＧ１３Ｄ突然変異及びＰＩＫ３ＣＡにＥ５４５Ｋ突然変異を保有するＫＲＡＳ突然変異保有細胞株ＤＬＤ１、並びにＫＲＡＳにＧ１２Ｄ突然変異及びＰＩＫ３ＣＡに突然変異を保有するＬＳ１７４Ｔを使用した（図１及び図４３）。
図２～図６は、ＤＬＤ１細胞におけるトラメチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１抗体の効果を示す。ＥＧＦＲのリン酸化は、抗ＩＮ０１抗体によって強力に阻害される。抗ＩＮ０１抗体とトラメチニブとの組み合わせは、ｐＥＧＦＲ及びｐＥＲＫ１／２活性化に対する有意な効果があるという点で、トラメチニブ単独の効果を増強する（図６）。併用療法はまた、ｐＳＴＡＴ３及びｐＡＫＴに対して顕著な効果を有する（図６）。図２９及び図４９は、トラメチニブに対する耐性が経時的に発現するが、抗ＩＮ０１抗体によって低下することを示す。図４５は、ＤＬＤ１細胞が、タセリシブ及びトラメチニブに対する同様の細胞シグナル伝達応答を示すことを表す。図４６は、抗ＩＮ０１抗体が、トラメチニブ又はタセリシブのいずれかと組み合わせてＤＬＤ１細胞の細胞生存率を大きく低下させることを示す。
図３３、図３４、図４７、及び図４８は、フローサイトメトリーによって評価されるように、Ｓ期及びＧ２／Ｍ期のＤＬＤ１細胞の数が、抗ＩＮ０１及びトラメチニブ併用療法によって減少し、アポトーシスにあるＤＬＤ１細胞の数が増加したことを示す（図３０）。
図７～図１１は、ＬＳ１７４Ｔ細胞におけるトラメチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１抗体の効果を示す。ＤＬＤ１細胞における細胞生存率に対する効果と比較して、併用療法はＬＳ１７４Ｔ細胞においてあまり顕著ではない。しかし、ｐＡｋｔ、ｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２の活性化が、ＬＳ１７４Ｔ細胞においてほぼ完全に阻害される（図１０）。特に、図５３に示されるように、トラメチニブ耐性は、抗ＩＮ０１抗体がＬＳ１７４Ｔ細胞株において同時投与されると時に有意に遅延される。
注目すべきことに、抗ＩＮ０１抗体は、これらのＫＲＡＳ変異細胞株に対するＥＧＦの刺激効果を一貫して逆転させる。示されるように、ＥＧＦはＫＲＡＳ細胞株の成長を刺激するが、抗ＩＮ０１抗体は、トラメチニブ又はタセリシブと組み合わせて、ＥＧＦ誘導細胞成長を阻害し、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤に対する耐性を遅延させる。
抗ＩＮ０１抗体ＮＴＫＩ併用療法に対するＡ ５４９（Ｇ１２Ｓ ＫＲＡＳ）及びＨＣＣ１５（Ｑ６１Ｋ ＮＲＡＳ）Ｒａｓ変異細胞株の応答
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。抗ＩＮ０１抗体は、癌細胞の成長を阻害するために、ＥＧＦＲ下流エフェクターを標的とする非チロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用するために開発した。本実施例では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ変異を有するＡ５４９細胞株、及びＮＲＡＳにＱ６１Ｋ変異を有するＨＣＣ１５細胞株を使用した。
図３１及び図３２は、フローサイトメトリーによって評価されるように、Ｓ期及びＧ２／Ｍ期のＡ５４９細胞の数が、抗ＩＮ０１及びトラメチニブ併用療法によって減少し、アポトーシスにあるＡ５４９細胞の数が増加したことを示す。図６６、図６８、図７２及び図７３は、ＨＣＣ１５細胞における、トラメチニブ単独の効果、及び抗ＩＮ０１抗体との併用の効果を示し、ここで、抗ＩＮ０１抗体は、細胞生存率を低下させることにおけるトラメチニブの効果を増強する。
抗ＩＮ０１抗体ＮＴＫＩ併用療法に対するＨＴ２９（Ｖ６００Ｅ ＢＲＡＦ）及びＨ５０８（Ｇ ５９６Ｒ ＢＲＡＦ及びＥ５４５Ｋ ＰＩＫ３ＣＡ）変異細胞株の応答
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。抗ＩＮ０１抗体は、癌細胞の成長を阻害するために、ＥＧＦＲ下流エフェクターを標的とする非チロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用するために開発した。この実施例では、ＢＲＡＦ及びＰＩＫ３ＣＡ変異を有するＨＴ２９及びＨ５０８細胞を使用した（図４３、図６３、及び図７４）。
図１２、図１３及び図５４～図５６は、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせて使用した場合のエンコラフェニブのトラメチニブによるＨＴ２９細胞の細胞生存率の低下を示す。図１４～図２２、図５７～図６２、図７２、図７３及び図７５～図７７は、抗ＩＮ０１抗体とのトラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、及びコパンリシブによるＨ５０８細胞及びＨＴ２９細胞の細胞生存率の低下を示す。図１８及び図１９は、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたタセルシブによる細胞生存率の効果的な阻害が、現在の患者治療の濃度より低い濃度で達成されたことを特に実証している。図１４はまた、トラメチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１抗体が、ＨＴ２９細胞においてトラメチニブ単独よりもｐＥＧＦＲ及びｐＥｒｋ１／２活性化の阻害を強く増強したことを示す。
図２０は、ＰＩＫ３ＣＡ阻害剤であるアルペリシブ及びコパンリシブがｐＡｋｔを阻害するが、ｐＥＧＦＲ又はｐＥｒｋ１／２シグナル伝達に影響を及ぼさないことを示す。しかし、図２１は、これらの阻害剤が、タセリシブの場合と同様の抗ＩＮ０１抗体との組み合わせで細胞生存率に対する効果を示すことを表す。同様に、抗ＩＮ０１抗体は、低濃度でアルペリシブ又はコパンリシブ単独よりもＨ５０８細胞生存率に対して大きな効果を有していた（図２２）。これらの結果は、タセリシブがより標的化され、おそらくより効果的な腫瘍成長阻害を提供することを示している。
タセリシブはＰＩＫ３ＣＡを標的とし、エンコラフェニブはＢＲＡＦを標的とするが、トラメチニブはＭＥＫ阻害剤である。特に抗ＩＮ０１抗体と組み合わせて、細胞増殖及びＥＧＦＲエフェクターシグナル伝達の減少を達成することにおけるＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ及びＫＲＡＳ阻害剤の同様の効果は、ＥＧＦＲの下流の複数の経路を標的とすることが、癌の治療においてより多くの治療選択肢及びより高い有効性を実証することを示している。
抗ＩＮ０１抗体ＴＫＩ併用療法に対するＰＣ９／ＰＣ９ＧＲ４（ＥＧＦＲのエクソン１９欠失）変異細胞株の応答
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。抗ＩＮ０１抗体は、癌細胞の成長を阻害するために、ＥＧＦＲを標的とするチロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用するために開発した。この実施例では、ＰＣ９／ＰＣ９ＧＲ細胞を使用した。
図２７及び図２８は、抗ＩＮ０１抗体を細胞に共投与した場合、オシメルチニブ及びダコミチニブに対する耐性の発現が低下したことを示す。
抗ＩＮ０１抗体ＴＫＩ併用療法に対するＨ２２８及びＨ３１２２ ＥＭＬ４－ＡＬＫ転座変異細胞株の応答
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。抗ＩＮ０１抗体は、癌細胞の成長を阻害するために、ＥＧＦＲを標的とするチロシン標的化キナーゼ阻害剤ブリガチニブと組み合わせて使用するために開発した。この実施例では、Ｈ２２８及びＨ３１２２細胞を使用した。
図３５及び図３６は、フローサイトメトリーによって評価されるように、抗ＩＮ０１抗体と組み合わせたブリガチニブに対する応答におけるＧ２／Ｍ期Ｈ２２２８細胞及びＨ３１２２細胞の減少をそれぞれ示す。
図４２は、Ｈ２２８細胞における抗ＩＮ０１抗体の患者力価に対するシグナル伝達応答を示す。
抗ＩＮ０１抗体／ＴＫＩ併用療法に対するＬＣ－２／ａｄ（ＲＥＴ転座）変異細胞株の応答
ＲＥＴ癌原遺伝子の機能獲得は、甲状腺髄様癌、多発性内分泌腺腫症２Ａ型及び２Ｂ型、褐色細胞腫及び副甲状腺過形成を含む様々なタイプのヒト癌の発症に関連する。ＲＥＴは、ＥＧＦ誘導によりＥＧＦＲの下流でリン酸化される。ＥＧＦはＲＥＴ細胞株の成長を刺激するが、抗ＩＮ０１抗体は、ＬＣ－２／ａｄ（ＲＥＴ転座）細胞におけるこの効果のＢＬＵ６６７阻害を有意に増強した（図７８～図８１）。
抗ＩＮ０１抗体患者力価に対するＳＷ９００ ｗｔ ＫＲＡＳ／ｗｔ ＡＬＫ細胞株応答
図３８～図４１は、抗ＩＮ０１抗体の異なる患者力価に対するＳＷ９００細胞のシグナル伝達応答を示しており、抗ＩＮ０１ペプチド（配列番号２）を使用する能動免疫化が、細胞分裂及び生存率の低下をもたらすことが知られている、ＥＧＦＲ及び下流のシグナル伝達に対して有意な効果を有することを実証している。
抗上皮成長因子ワクチン抗体は、非小細胞肺癌細胞株におけるキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）の抗腫瘍活性を増加させる
ＭＥＴ増幅及びＭＥＴエクソン１４欠失（ＭＥＴΔｅｘ１４）を有する進行ＮＳＣＬＣ患者は、ＭＥＴチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）による治療から利益を得る。ＲＡＳファミリー遺伝子に変化がある患者では、標的療法はまだ承認されておらず、ＮＳＣＬＣにおけるトラメチニブなどのＭＥＫ阻害剤の試験は臨床的利益を示すことができなかった。本明細書では、ワクチン接種によって生成された抗体（抗ＥＧＦ抗体）は、インビトロで増殖する上皮成長因子受容体変異体（ＥＧＦＲ－ｍｕｔ）、ＡＬＫ及びＲＥＴ転座細胞におけるＥＧＦＲ ＴＫＩの効果を増強し、ＥＧＦＲ ＴＫＩに対する耐性の出現を予防した。目的は、ＭＥＴ及びＮＲＡＳの変化を有する細胞株における抗ＥＧＦ ＶａｃＡｂ、ＭＥＴ ＴＫＩ、ＭＥＫ阻害剤及び併用の効果を決定することであった。
ウサギにおいて抗ＥＧＦ ＶａｃＡｂを生成し、精製し、滴定した。細胞株を、ＭＥＴ増幅、ＭＥＴΔｅｘ１４及びＮＲＡＳ変異ＮＳＣＬＣ細胞株（ＥＢＣ－１、Ｈｓ７４６Ｔ及びＨＣＣ１５）において、抗ＥＧＦ ＶａｃＡｂ単独で、及びＭＥＴ阻害剤及びＭＥＫ阻害剤と組み合わせて処理した。細胞生存率及び長期成長曲線を、ＭＴＴ、ウェスタンブロットによる総タンパク質及びリン酸化タンパク質の変化、フローサイトメトリーによる細胞周期及びアポトーシス効果、並びに低密度培養物における直接顕微鏡検査による耐性の出現によって決定した。
抗ＥＧＦ抗体は、試験したすべての細胞株において、ＥＧＦ及びＴＧＦα誘導性細胞増殖を抑制し、ＥＧＦＲリン酸化及び下流ＥＲＫシグナル伝達を阻害した。組み合わせて、抗ＥＧＦ抗体は、ＥＢＣにおけるカプマチニブ及びテポチニブ、並びにＨＣＣ１５細胞におけるＨｓ７４６Ｔ及びトラメチニブの抗腫瘍活性を有意に増強した。これらの細胞株において、ウェスタンブロットは、抗ＥＧＦ抗体と試験した阻害剤との組み合わせがＥＧＦＲ下流経路を効果的に抑制したことを実証した。これらの効果を更に調べるために、細胞周期実験を行った。ＥＧＦの添加は、予想通り、Ｓ＋Ｇ２／Ｍの細胞数を有意に増加させたが、抗ＥＧＦ抗体及び阻害剤はこの刺激を逆転させた。
ＭＥＴ増幅及びＭＥＴｅｘ１４細胞株におけるＴＫＩ阻害剤であるテポチニブ及びカプマチニブと組み合わせた抗ＩＮ０１抗体
抗ＩＮ０１（ＢＶＮ２２Ｅ）抗体は、２つの反復合成ＥＧＦ標的化シグナル伝達経路（配列番号７）ドメイン、グリシン－セリンリピートリンカー、及びＣＴＢ配列（配列番号２５）からなる配列番号２から開発した。この実施例では、ＭＥＴ増幅及びＭＥＴエクソン１４欠失を有するＥＢＣ１及びＨｓ７４６Ｔ細胞株を使用した（図８２）。
ＥＢＣ１及びＨｓ７４６Ｔの短期細胞生存率を、（図８３～図８８）ＥＧＦ、抗ＩＮ０１抗体、「Ａｂ」並びに様々な濃度のカプマチニブ及びテポチニブの存在下で試験した。ＥＢＣ１細胞におけるｐＭＥＴ、ｐＥＧＦＲ、ｐＡｋｔ及びｐＥｒｋ１／２活性化に対するテポチニブ、並びにＥＢＣ１細胞におけるｐＭＥＴシグナル伝達に対するテポチニブの異なる濃度の効果も観察した（図８５及び図８７）。
０．７５ｎＭ及び０．２５ｎＭのテポチニブ、ＥＧＦ、及び抗ＩＮ０１抗体とのインキュベーションのＥＢＣ１細胞生存率に対する長期効果もまた、ＥＢＣ１細胞において観察された。
２．０ｎＭ及び０．５ｎＭのテポチニブ、ＥＧＦ、及び抗ＩＮ０１抗体とのインキュベーションのＥＢＣ１細胞生存率に対する長期効果が、Ｈｓ７４６Ｔ細胞において観察された。
要約すると、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）の活性化を阻害する抗ＩＮ０１抗体は、腫瘍細胞の成長及び生存率を調節するＥＧＦＲの下流の細胞シグナル伝達を減少させることによって、特に、ＮＴＫＩ単独と比較してＮＴＫＩに対する耐性の開始を遅延させることによって、限定されないが、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、及びエルロチニブを含むＥＧＦＲエフェクタータンパク質を標的とするＮＴＫＩの効果を有意に増強することが示された。したがって、ＮＴＫＩと組み合わせたＩＮ０１非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）及び／又はその抗体に由来する患者療法は、これまで治療することができなかった癌を減少させるか又は根絶する可能性を有する。非チロシン標的化キナーゼ阻害剤と組み合わせて使用される他の成長因子及びそれらの受容体に対する抗体は、ＮＴＫＩの効果を同様に増強し、耐性の開始を遅延させることが更に企図される。
参照による組込み
本明細書で引用又は参照されるすべての文書、及び本明細書で引用された文書において引用又は参照されたすべての文書は、本明細書で言及される任意の製品又は参照により本明細書に組み込まれる任意の文書についての任意の製造者の指示、説明、製品仕様、及び製品シートと共に、参照により本明細書に組み込まれ、本開示の実施に使用され得る。
同等物
本明細書に記載された詳細な例及び実施形態は、例示のみを目的として例として与えられており、決して本開示を限定すると見なされないことが理解される。その観点から様々な修正又は変更が当業者に示唆され、本出願の趣旨及び範囲内に含まれ、添付の特許請求の範囲内にあると考えられる。本開示のシステム、方法、及びプロセスに関連する追加の有利な特徴及び機能は、添付の特許請求の範囲から明らかになるであろう。更に、当業者は、本明細書に記載の開示の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、又は日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。

Claims (30)

  1. 対象の癌を治療する方法であって、前記対象に、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）、並びに成長因子又は成長因子受容体の全長又はその断片、免疫原性ポリペプチド及びリンカーを含む非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）の活性レジメンを投与することを含み、前記ポリペプチドが前記リンカーによって前記免疫原性ポリペプチドから分離されている、対象の癌を治療する方法。
  2. 対象に、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）及び成長因子又は成長因子受容体に対する抗体の活性レジメンを前記対象に投与することを含む、対象の癌を治療する方法。
  3. 対象の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又は結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療する方法であって、非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）、並びに成長因子又は成長因子受容体の全長又はその断片、免疫原性ポリペプチド及びリンカーを含む非天然合成ポリペプチド（ＮＮＳＰ）を前記対象に投与することを含み、前記ポリペプチドが前記リンカーによって前記免疫原性ポリペプチドから分離されている、対象の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又は結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療する方法。
  4. 非チロシン標的化キナーゼ阻害剤（ＮＴＫＩ）と、成長因子又は成長因子受容体に対する抗体とを前記対象に投与することを含む、対象における非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又は結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療する方法。
  5. 前記成長因子がＥＧＦである、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記成長因子受容体がＥＧＦＲである、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記免疫原性ポリペプチドが、コレラ毒素Ｂ（ＣＴ－Ｂ）タンパク質の全長又はその一部を含む、請求項１又は３に記載の方法。
  8. 前記ＮＮＳＰが、配列番号７又は配列番号８を含むか、又は前記ＮＮＳＰが、配列番号７又は配列番号８を発現する細胞に由来する、請求項１又は３に記載の方法。
  9. 前記ＮＮＳＰが、配列番号２又は配列番号６を含むか、又は前記ＮＮＳＰが、配列番号２又は配列番号６を発現する細胞に由来する、請求項１又は３に記載の方法。
  10. 前記抗体がハイブリドーマ細胞に由来する、請求項２又は４に記載の方法。
  11. 前記ＮＴＫＩが、トラメチニブ、タセリシブ、アルペリシブ、コパンリシブ、イデアリシブ、デュベリシブ、ブパルリシブ、ウンブラリシブ、ＰＸ－８６６、ダクトリシブ、ＣＵＤＣ－９０７、ボクタリシブ（ＳＡＲ２４５４０９、ＸＬ７６５）ＭＥ－４０１、ＩＰＩ－５４９、ＳＦ１１２６、ＩＮＫ１１１７ピクチリシブ、ＸＬ１４７（ＳＡＲ２４５４０８）、ＧＳＫ１０５９６１５、ＺＳＴＫ４７４、ＰＷＴ３３５９７、ＩＣ８７１１４、ＴＧ１００－１１５、ＣＡＬ２６３、ＲＰ６５０３、ＧＮＥ－４７７ ＡＥＺＳ－１３６、エンコラフェニブ、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、ＧＤＣ－０８７９、ＰＬＸ－４７２０、コビメチニブ、ビニメチニブ、セルメチニブ、ＰＤ－３２５９０１、ＰＤ０３５９０１、ＣＩ－１０４０、ＴＡＫ－７３３、ペリホシン、パロミド５２９又はそれらの薬学的に許容され得る塩である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記ＥＧＦがヒトＥＧＦ又はマウスＥＧＦである、請求項５に記載の方法。
  13. 前記リンカーが、ＳＳＧ、ＧＳＳＧ（配列番号９）、ＳＳＧＧＧ（配列番号１０）、ＳＧＧ、ＧＧＳＧＧ（配列番号１１）、ＧＧＧＧＳ（配列番号１２）、ＳＳＧＧＧＳＧＧ（配列番号１３）、ＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧ（配列番号１４）、ＴＳＧＧＧＳＧ（配列番号１５）、ＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号１６）、ＳＳＧＧＳＧＧＧＳＧ（配列番号１７）、ＳＳＧＧＧＳＧＧＳＳＧ（配列番号１８）、ＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＳＧ（配列番号１９）、ＳＧＧＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号２０）、ＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号２１）、ＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧＳＳＧ（配列番号２２）、ＳＳＧＧＧＳＧＧＳＳＧＧＧ（配列番号２３）、及びＳＳＧＧＧＧＳＧＧＧＳＳＧＧＧ（配列番号２４）からなる群から選択される、請求項１又は３に記載の方法。
  14. 前記リンカーが、ＧＳＳＧ（配列番号９）又はＧＧＳＧＧＴＳＧＧＧＧＧＳＧ（配列番号２１）である、請求項１又は３に記載の方法。
  15. 前記ＮＮＳＰが、少なくとも２つの異なる成長因子又は２つの異なる成長因子受容体の全長又はその断片を含む、請求項１又は３に記載の方法。
  16. 前記活性レジメンが、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与と組み合わせて、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、前記対象に投与される、ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ、請求項１又は２に記載の方法。
  17. 前記平均１日用量が、１０ｍｇ、２０ｍｇ、３０ｍｇ、４０ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇ、１００ｍｇ、１１０ｍｇ、１２０ｍｇ、１３０ｍｇ、１４０ｍｇ、１５０ｍｇ、１６０ｍｇ、１７０ｍｇ、１８０ｍｇ、１９０ｍｇ、２００ｍｇ、２１０ｍｇ、２２０ｍｇ、２３０ｍｇ、２４０ｍｇ、２５０ｍｇ、２６０ｍｇ、２７０ｍｇ、２８０ｍｇ、２９０ｍｇ、３００ｍｇ、３１０ｍｇ、３２０ｍｇ、３３０ｍｇ、３４０ｍｇ、３５０ｍｇ、３６０ｍｇ、３７０ｍｇ、３８０ｍｇ、３９０ｍｇ、及び４００ｍｇからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記活性レジメンが、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与の前に、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、前記対象に投与される、前記ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ、請求項１又は２に記載の方法。
  19. 前記活性レジメンが、１０～４００ｍｇの範囲の平均１日用量に基づく連続レジメンでのＮＴＫＩの投与の後に、治療有効量に従って、繰返し週に３回、２回又は１回、２週間に１回、３週間に１回あるいは少なくとも月に１回、前記対象に投与される、前記ＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得するのを防ぐ、請求項１又は２に記載の方法。
  20. 前記ＮＮＳＰが、ＥＧＦ／ＥＧＦＲ経路の阻害をもたらす経路免疫化を生じさせる、請求項１又は３に記載の方法。
  21. 前記抗体が、ＥＧＦ／ＥＧＦＲ経路の阻害をもたらす経路免疫化を生じさせる、請求項２又は４に記載の方法。
  22. 前記対象が、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質の変異型を発現する、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記ＮＴＫＩが、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ及び／又はＭＥＫタンパク質を標的とする、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記対象がＮＴＫＩ治療に対する耐性を獲得しており、前記方法がＮＴＫＩ治療に対する耐性を克服する、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記癌が、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質の変異型に関連する、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 以下の工程を更に含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法：
    前記対象から組織試料を得ること、
    前記対象からの前記組織試料中の１又は複数の変異を同定すること、及び
    前記１又は複数の変異が１又は複数の成長因子受容体エフェクタータンパク質にあると同定された場合、前記投与工程を実施すること。
  27. 前記１又は複数のエフェクタータンパク質が、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＡＦ、及び／又はＭＥＫタンパク質である、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記１又は複数の変異が、以下の、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＥＭＬ４－ＡＬＫ（Ｖ３；Ｅ６：Ａ２０）、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ Ｇ５９６Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ及びＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋから選択される、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記ＥＧＦが、ヒトＥＧＦ又はマウスＥＧＦである、請求項５に記載の対象を治療する方法。
  30. 前記抗体が、約０．０１～０．１μｇ／ｋｇ～約９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．１～１．０μｇ／ｋｇ～約９０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．５～５．０μｇ／ｋｇ～約８０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約１．０～１０．０μｇ／ｋｇ～約６０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５．０～２０．０μｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、又は約２０～５０μｇ／ｋｇ～約２５ｍｇ／ｋｇ体重、又は約５０～１００μｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ体重で投与され、他の実施形態では、この用量が、約１、５、１０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、又は５０００μｇ／ｋｇ体重であり得る、請求項２又は４に記載の方法。
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