JP2023134482A

JP2023134482A - タンパク質－タンパク質界面を分析するための方法及び試薬

Info

Publication number: JP2023134482A
Application number: JP2023101616A
Authority: JP
Inventors: ジョセフマルビヒル、マーク; Joseph Mulvihill Mark; ジン、メイゾン; Meizhong Jin; パール、ニコラス; Perl Nicholas
Original assignee: Revolution Medicines Inc
Current assignee: Revolution Medicines Inc
Priority date: 2017-04-05
Filing date: 2023-06-21
Publication date: 2023-09-27
Also published as: CN110785428A; EP3607326A1; AU2018250186A1; KR20200003802A; JP2020520988A; US20210285955A1; BR112019020967A2; IL269779A; WO2018187423A1; CA3058964A1; EP3607326A4

Abstract

【課題】標的タンパク質間の界面を分析するのに有用な方法及び試薬を提供する。【解決手段】本開示は、タンパク質－タンパク質界面であるプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質間の界面を分析するのに有用な方法及び試薬を提供する。本開示においていくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、細胞内タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、哺乳類タンパク質である。【選択図】なし

Description

本発明は、タンパク質－タンパク質界面を分析するための方法及び試薬に関する。

低分子薬物の大多数は、標的タンパク質上の機能的に重要なポケットと結合することにより作用し、それにより、そのタンパク質の活性を調節する。例えば、コレステロール低下薬物のスタチンは、ＨＭＧ－ＣｏＡレダクターゼの酵素活性部位と結合し、ゆえに、酵素がその基質に結合することを防ぐ。多くのこのような薬物／標的相互作用対が知られているという事実から、適正量の時間、労力、及び資源をかければ全てではないにしてもほとんどのタンパク質に対する低分子モジュレータを発見可能であるという誤った考えに導かれる者が現れ得る。これは事実からはほど遠い。現在の推定値によれば、全ヒトタンパク質の約１０％のみが低分子により標的可能である。残りの９０％は、低分子薬物の発見が難しいまたは困難であると現在考えられている。このような標的は、一般に「アンドラッガブル」と称される。これらのアンドラッガブル標的には、医学的に重要なヒトタンパク質の莫大なほとんど未開発の宝庫が含まれる。ゆえに、このようなアンドラッガブル標的の機能を調節することができる新しい分子モダリティーを発見することに大きな関心が存在する。

低分子は、標的とのその相互作用が接着力により推進され、その強さは接触表面積に概ね比例するため、その標的化能力において制限されている。それらのサイズが小さいために、低分子が標的タンパク質と効果的に相互作用するのに十分な分子間接触表面積を構築する唯一の方法は、文字通りそのタンパク質により取り込まれることである。実際に、多数の実験及び計算上のデータの両方が、それらの表面上に疎水性「ポケット」を有するタンパク質のみが、低分子と結合できるという見解を支持する。その場合、結合は取り込みにより可能となる。

自然は、低分子が、疎水性ポケット以外の部位にて標的タンパク質と相互作用することを可能とする戦略を進化させてきた。この戦略は、天然に生じる免疫抑制薬であるシクロスポリンＡ、ラパマイシン、及びＦＫ５０６により例示される。これらの薬物の生物学的活性は、低分子と小さな提示タンパク質との高親和性複合体の形成に関与する。低分子及び提示タンパク質の複合表面は、標的に会合する。ゆえに、例えば、シクロスポリンＡ及びシクロフィリンＡ間で形成される二元複合体は、高親和性及び特異性を伴ってカルシニューリンを標的とするが、シクロスポリンＡもシクロフィリンＡも単独では測定可能な親和性を伴ってカルシニューリンに結合しない。

本発明者らは、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質対を同定し、これらの相互作用を調節することができる低分子の開発において使用するためのこれらの間の界面を調査するのに有用な化合物及びコンジュゲートを開発した。

したがって、本開示は、タンパク質－タンパク質界面、例えばプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質間の界面の分析に有用な方法及び試薬を提供する。このような分析は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質の両方に同時に結合することができる低分子の設計の補助において有用であり、結果得られる低分子－プレゼンタータンパク質複合体は、標的タンパク質に結合し、その活性を調節することができる。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、細胞内タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、哺乳類タンパク質である。

いくつかの態様では、本開示は、架橋基質として使用され得る化合物を提供する。これらの化合物は、タンパク質（例えば、標的タンパク質またはプレゼンタータンパク質）に共有結合的または非共有結合的に結合することができるタンパク質結合部分及びタンパク質結合部分に結合するものとは異なるタンパク質のアミノ酸と化学選択的に反応することができる少なくとも１つの架橋基を含み得る。いくつかの実施形態では、化合物は、１つのみの架橋基を含む。

したがって、ある態様では、本開示は、タンパク質結合部分（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分または標的タンパク質結合部分）及び架橋基（例えば、タンパク質結合部分に結合するものとは異なるタンパク質のアミノ酸と化学選択的に反応することができる部分）を含む化合物を提供する。タンパク質結合部分は、タンパク質（例えば、それがプレゼンタータンパク質結合部分または標的タンパク質結合部分であるかによって、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質）に（共有結合的にまたは非共有結合的に）結合することができ、一方で、架橋基は、タンパク質（例えば、プレゼンタータンパク質、標的タンパク質、またはこのような他のタンパク質と結合することができる別の化合物）と共有結合を形成することができる。いくつかの実施形態では、化合物がプレゼンタータンパク質結合部分を含むとき、該化合物は、標的タンパク質結合部分を含まない。いくつかの実施形態では、化合物が、標的タンパク質結合部分を含むとき、該化合物は、プレゼンタータンパク質結合部分を含まない。

いくつかの実施形態では、架橋基は、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、架橋基は、混合ジスルフィド、マレイミド、ビニルスルホン、ビニルケトン、またはハロゲン化アルキルを含む）、アミノ反応性架橋基、カルボキシル反応性架橋基、カルボニル反応性架橋基、またはトリアゾール形成架橋基である。

いくつかの実施形態では、架橋基は、混合ジスルフィドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉａ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ａは、０、１、または２であり、
Ｒ^Ａは、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールである。

いくつかの実施形態では、Ｒ^Ａは、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール（例えば、ピリジル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。

いくつかの実施形態では、Ｒ^Ａは、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル（例えば、Ｎ，Ｎ－ジメチルエチル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

を含む。

いくつかの実施形態では、Ｒ^Ａは、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、メチル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

いくつかの実施形態では、架橋基は、炭素系架橋基（例えば、チオールとの反応の際に炭素－スルフィド結合を形成する架橋基）を含む。
いくつかの実施形態では、架橋基は、マレイミドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉｂ、Ｉｃ、Ｉｄ、またはＩｅ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ａは、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｂは、－Ｃ（Ｏ）－またはＣＲ^ＥＲ^Ｆであり、
Ｒ^Ｂ及びＲ^Ｃは、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｄは、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｅ及びＲ^Ｆは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｂの構造を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ａは、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｂは、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｒ^Ｂ及びＲ^Ｃは、水素または任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、メチル）である。

いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｆ、Ｉｇ、Ｉｈ、またはＩｉ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｃは、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｄは、存在しない、ＮＲ^ＪＲ^Ｋ、またはＯＲ^Ｌであり、
Ｒ^Ｇ、Ｒ^Ｈ、及びＲ^Ｉは、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｊ、Ｒ^Ｋ、及びＲ^Ｌは、独立して、存在しない、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｆの構造を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｄは、存在しない。いくつかの実施形態では、Ｒ^Ｇ、Ｒ^Ｈ、及びＲ^Ｉは、水素である。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｃは、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｃは、－ＳＯ_２－である。

いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルスルホンを含み、例えば、架橋基は、構造：

いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルケトンを含み、例えば、架橋基は、構造：

を含み
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。

いくつかの実施形態では、架橋基は、イノン、例えば式ＩｊまたはＩｋ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｅは、存在しない、ＮＲ^ＮＲ^Ｏ、またはＯＲ^Ｐであり、
Ｒ^Ｍは、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｎ、Ｒ^Ｏ、及びＲ^Ｐは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、架橋基は、式ＩｍまたはＩｎ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｆは、存在しない、ＮＲ^ＳＲ^Ｔ、またはＯＲ^Ｕであり、
Ｘ^Ｇは、存在しない、または－Ｃ（Ｏ）－であり、
Ｙは、脱離基であり、
Ｒ^Ｑ及びＲ^Ｒは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｓ、Ｒ^Ｔ、及びＲ^Ｕは、独立して、存在しない、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、Ｙは、ハロゲン（例えば、フルオロ、クロロ、ブロモ、またはヨード）、メシレート、トシレート、またはトリフレートである。いくつかの実施形態では、Ｙは、ニトリルである。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｆ及びＸ^Ｇは、存在しない。いくつかの実施形態では、Ｒ^Ｑ及びＲ^Ｒは、水素である。いくつかの実施形態では、架橋基は、ハロゲン化アルキル、例えば塩化アルキルを含み、例えば、架橋基は、構造：

を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。いくつかの実施形態では、架橋基は、ハロゲン化アルキル、例えば塩化アルキルまたはフッ化アルキルを含み、例えば、架橋基は、構造：

いくつかの実施形態では、架橋基は、エポキシドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉｏ：

の構造を含み
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｒ^Ｖ、Ｒ^Ｗ、及びＲ^Ｘは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｐ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
点線は、該構造が芳香族となるために必要に応じて含まれる任意選択の二重結合を表し、ｂは、０、１、または２であり、
Ｙは、脱離基であり、
Ｒ^Ｙ及びＲ^Ｚは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｘ^Ｈ、Ｘ^Ｉ、Ｘ^Ｊ、Ｘ^Ｋ、及びＸ^Ｌのそれぞれは、独立して、存在しない、ＮＲ^ＡＡ、またはＣＲ^ＡＢであり、Ｘ^Ｈ、Ｘ^Ｉ、Ｘ^Ｊ、Ｘ^Ｋ、及びＸ^Ｌのうちの少なくとも５つは、ＮＲ^ＡＡ、またはＣＲ^ＡＢであり、
Ｒ^ＡＡは、存在しない、または水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^ＡＢは、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲ^ＡＢは、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、１～３つのＲ^ＡＢは、電子吸引基である。
いくつかの実施形態では、Ｙは、ニトリルである。いくつかの実施形態では、Ｙは、ハロゲン（例えば、フルオロ、クロロ、ブロモ、またはヨード）、メシレート、トシレート、またはトリフレートである。

いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：

いくつかの実施形態では、架橋基は、内的架橋基であり、例えば、架橋基は、式Ｉｑ、Ｉｒ、またはＩｓ：

の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｍは、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｎは、存在しない、ＮＲ^ＡＥ、またはＯであり、
Ｒ^ＡＣ及びＲ^ＡＤは、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^ＡＥは、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｎは、ＮＲ^ＡＥであり、Ｒ^ＡＥは、水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ^ＡＣ及びＲ^ＡＤは、水素である。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｍは、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ^Ｍは、－ＳＯ_２－である。

前述の化合物のいずれかのいくつかの実施形態では、タンパク質結合部分の部位は、タンパク質と非共有結合的に相互作用することができる。前述の化合物のいずれかのいくつかの実施形態では、タンパク質結合部分の部位は、タンパク質と共有結合的に相互作用することができる。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質結合部分及び架橋基は、リンカーを通して付着する。

いくつかの態様では、本開示は、構造：

を有する化合物を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、コンジュゲート、それらの合成のための方法、及びその使用を提供し、それには、リンカーを通して標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質に共有結合的または非共有結合的に結合することができるプレゼンタータンパク質結合部分を含む。

したがって、別の態様では、本開示は、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを提供する。いくつかの実施形態では、コンジュゲートのプレゼンタータンパク質結合部分の部位は、プレゼンタータンパク質と非共有結合的に相互作用することができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲートのプレゼンタータンパク質結合部分の部位は、プレゼンタータンパク質と共有結合的に相互作用することができる。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物を、（ｂ）標的タンパク質と、コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）標的タンパク質、及び（ｃ）プレゼンタータンパク質を提供すること、ならびに、化合物を標的タンパク質と、コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

いくつかの態様では、本開示は、複合体、それらの生成のための方法、及びその使用を提供し、それには、プレゼンタータンパク質ならびにプレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質を含むコンジュゲートが含まれる。

したがって、別の態様では、本開示は、（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を生成する方法を提供する。この方法は、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、複合体の生成を可能にする条件下で、組み合わせることを含む。

いくつかの態様では、本開示は、（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）標的タンパク質、及び（ｃ）プレゼンタータンパク質を提供すること、ならびに化合物を標的タンパク質と、複合体の生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

前述の方法のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、標的タンパク質の不在下で化合物に結合する。前述の方法のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、標的タンパク質の不在下で化合物に実質的に結合しない。前述の方法のいくつかの実施形態では、化合物及び標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で実質的に反応しない。前述の方法のいくつかの実施形態では、化合物及び標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で反応する。前述の方法のいくつかの実施形態では、条件は、還元試薬を含まない。前述の方法のいくつかの実施形態では、条件は、過剰なプレゼンタータンパク質を含む。

いくつかの実施形態では、化合物及びプレゼンタータンパク質間の検出可能な結合は、標的タンパク質の不在下で観察される。いくつかの実施形態では、しかしながら、化合物及びプレゼンタータンパク質間の検出可能な結合は、標的タンパク質の不在下で観察されない（例えば、プレゼンタータンパク質は、化合物に実質的に結合しない）。いくつかの実施形態では、架橋基及び標的タンパク質間での有意な反応（例えば、有意なコンジュゲート形成）は、プレゼンタータンパク質の不在下で観察されない。いくつかの実施形態では、しかしながら、架橋基及び標的タンパク質間での有意な反応は、プレゼンタータンパク質の不在下であっても観察され得る。いくつかの実施形態では、このような反応の速度及び／または程度（例えば、コンジュゲート形成の速度及び／または量）は、プレゼンタータンパク質が存在するとき、これが存在しないときと比較して、所与のアッセイにおいて異なり得る（例えば、コンジュゲート形成の速度及び／または量は、プレゼンタータンパク質の存在下で、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、または１００倍大きい）。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコンジュゲート生成は、還元試薬を含まない（例えば、実質的に非含有である）条件下で行われる。
いくつかの実施形態では、本発明は、（ｉ）プレゼンタータンパク質、（ｉｉ）本明細書に記載の化合物（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む構造の化合物）、及び（ｉｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を提供する。いくつかの実施形態では、このような複合体は、架橋部分と標的タンパク質との間の架橋が形成されるように、架橋部分と標的タンパク質との反応を可能とする条件に曝露される及び／またはこの条件下に維持される。いくつかの実施形態では、架橋は、標的タンパク質のアミノ酸内（例えば、アミノ酸側鎖内）のヘテロ原子とのものである。いくつかの実施形態では、架橋は、標的タンパク質内のシステイン内の－Ｓ－原子とのものである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、天然標的タンパク質の変異体である、いくつかのこのような実施形態では、変異体は、天然標的タンパク質と高度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはより高い）を示すが、架橋基における架橋への関与の影響を受けやすい少なくとも１個のアミノ酸の置換または付加によって異なるアミノ酸配列を有する（例えば、そのアミノ酸側鎖は、このような架橋に関与することができるヘテロ原子を含む）。

いくつかの態様では、本開示は、コンジュゲート、それらの合成のための方法、及びその使用を提供し、それには、リンカーを通してプレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質に共有結合または非共有結合的に結合することができる標的タンパク質結合部分が含まれる。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートを提供する。いくつかの実施形態では、コンジュゲートの標的タンパク質結合部分の部位は、標的タンパク質と非共有結合的に相互作用することができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲートの標的タンパク質結合部分の部位は、標的タンパク質と非共有結合的に相互作用することができる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分及びプレゼンタータンパク質は、リンカーを通してコンジュゲートする。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物を（ｂ）プレゼンタータンパク質と、コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）プレゼンタータンパク質、及び（ｃ）標的タンパク質を提供すること、ならびに化合物をプレゼンタータンパク質と、コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

いくつかの実施形態では、化合物及び標的タンパク質間の検出可能な結合は、プレゼンタータンパク質の不在で観察される。いくつかの実施形態では、しかしながら、化合物及び標的タンパク質間の検出可能な結合は、プレゼンタータンパク質の不在下で観察されない（例えば、プレゼンタータンパク質は、化合物に実質的に結合しない）。いくつかの実施形態では、架橋基及びプレゼンタータンパク質間の有意な反応（例えば、有意なコンジュゲート形成）は、標的タンパク質の不在下で観察されない。いくつかの実施形態では、しかしながら、架橋基及びプレゼンタータンパク質間の有意な反応は、標的タンパク質の不在下であっても観察され得る。いくつかの実施形態では、このような反応の速度及び／または程度（例えば、コンジュゲート形成の速度及び／または量）は、プレゼンタータンパク質が存在するとき、これが存在しないときと比較して、所与のアッセイにおいて異なり得る（例えば、コンジュゲート形成の速度及び／または量は、プレゼンタータンパク質の存在下で、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、または１００倍大きい）。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で化合物に結合する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で化合物に実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、標的タンパク質の不在下で化合物に実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、架橋基及び標的タンパク質間の反応（例えば、コンジュゲート形成）は、プレゼンタータンパク質の不在下で観察されない。いくつかの実施形態では、しかしながら、架橋基及び標的タンパク質間の反応は、プレゼンタータンパク質の不在下であっても観察される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコンジュゲート生成は、還元試薬を含まない（例えば、実質的に非含有である）条件下で行われる。

いくつかの実施形態では、本発明は、（ｉ）プレゼンタータンパク質、（ｉｉ）本明細書に記載の化合物（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む構造の化合物）、及び（ｉｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を提供する。いくつかの実施形態では、このような複合体は、架橋部分と標的タンパク質との間の架橋が形成されるように、架橋部分と標的タンパク質との反応を可能とする条件に曝露される及び／またはこの条件下に維持される。いくつかの実施形態では、架橋は、標的タンパク質のアミノ酸内（例えば、アミノ酸側鎖内）のヘテロ原子とのものである。いくつかの実施形態では、架橋は、標的タンパク質内のシステイン内の－Ｓ－原子とのものである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、天然標的タンパク質の変異体である、いくつかのこのような実施形態では、変異体は、天然標的タンパク質と高度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはより高い）を示すが、架橋基との架橋における関与の影響を受けやすい少なくとも１個のアミノ酸の置換または付加によって異なるアミノ酸配列を有する（例えば、そのアミノ酸側鎖は、このような架橋に関与することができるヘテロ原子を含む）。

いくつかの態様では、本開示は、複合体、それらの生成のための方法、及びその使用を提供し、これには、標的タンパク質及びリンカーを通してプレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートが含まれる。

いくつかの態様では、本開示は、（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を提供する。いくつかの実施形態では、このような複合体は、架橋部分とプレゼンタータンパク質との間の架橋が形成されるように、架橋部分とプレゼンタータンパク質との反応を可能とする条件に曝露される及び／またはこの条件下に維持される。いくつかの実施形態では、架橋は、プレゼンタータンパク質のアミノ酸内（例えば、アミノ酸側鎖内）のヘテロ原子とのものである。いくつかの実施形態では、架橋は、プレゼンタータンパク質内のシステイン内の－Ｓ－原子とのものである。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、天然プレゼンタータンパク質の変異体である、いくつかのこのような実施形態では、変異体は、天然プレゼンタータンパク質と高度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはより高い）を示すが、架橋基との架橋における関与の影響を受けやすい少なくとも１個のアミノ酸の置換または付加によって異なるアミノ酸配列を有する（例えば、そのアミノ酸側鎖は、このような架橋に関与することができるヘテロ原子を含む）。

いくつかの態様では、本開示は、（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を生成する方法を提供する。この方法は、プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び標的タンパク質を、複合体の生成を可能にする条件下で、組み合わせることを含む。

いくつかの態様では、本発明は、（ｉ）本明細書に記載のコンジュゲート（例えば、標的タンパク質結合部分及びプレゼンタータンパク質を含むコンジュゲート）及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を生成する方法に関する。いくつかのかかる実施形態では、コンジュゲート及び標的タンパク質を、複合体の生成を可能にする条件下で、組み合わせることを含む方法を提供する。あるいはまたは加えて、いくつかの実施形態では、このような方法は、例えば、（ｉ）（ａ）化合物（例えば、標的タンパク質結合部分と架橋基を含む構造の化合物）、（ｂ）標的タンパク質、及び（ｃ）プレゼンタータンパク質を互いに組み合わせること、ならびに（ｉｉ）組み合わせを複合体の生成を可能にする条件に曝露する及び／または組み合わせを複合体の生成を可能にする条件下に維持することを含む。いくつかのかかる実施形態では、条件は、コンジュゲートが生成されるように、プレゼンタータンパク質との架橋基の反応を可能とする。

いくつかの態様では、本開示は、（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を生成する方法を提供する。この方法は、（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）プレゼンタータンパク質、及び（ｃ）標的タンパク質を提供すること、ならびに化合物をプレゼンタータンパク質と、複合体の生成を可能にする条件下で、反応させることを含む。

いくつかのかかる実施形態では、条件は、化合物、プレゼンタータンパク質、及び／または標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質の不在下で、化合物及び標的タンパク質間の検出可能な結合が観察されるということを特徴とするものである。いくつかの実施形態では、しかしながら、化合物及び標的タンパク質間の検出可能な結合は、該条件下、プレゼンタータンパク質の不在下で観察されない（例えば、標的タンパク質は、化合物に実質的に結合しない）。いくつかの実施形態では、架橋基及びプレゼンタータンパク質間の有意な反応は、標的タンパク質の不在下、該条件下で観察されない。いくつかの実施形態では、しかしながら、架橋基及びプレゼンタータンパク質間の有意な反応は、標的タンパク質の不在下、該条件下であっても観察され得る。いくつかの実施形態では、条件は、還元試薬を含まない。いくつかの実施形態では、条件は、過剰なプレゼンタータンパク質を含む。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で化合物に結合する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の不在下で化合物に実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、化合物及びプレゼンタータンパク質は、標的タンパク質の不在下で実質的に反応しない。いくつかの実施形態では、化合物及びプレゼンタータンパク質は、標的タンパク質の不在下で反応する。いくつかの実施形態では、条件は、還元試薬を含まない。いくつかの実施形態では、条件は、過剰な標的タンパク質を含む。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質と非共有結合的に相互作用することができるプレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質と共有結合的または非共有結合的に相互作用することができる標的タンパク質結合部分を含む化合物を提供する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質結合部分は、リンカーを介して付着する。

したがって、いくつかの態様では、本開示は、式ＶＩＩ：
Ａ－Ｌ－Ｂ
式ＶＩＩ
の構造を有し、
式中、Ａは、式ＶＩＩＩａまたはＶＩＩＩｂ：

の構造を含み、
式中、ｂ及びｃは、独立して、０、１、または２であり、
ｄは、０、１、２、３、４、５、６、または７であり、
Ｘ^１及びＸ^２は、それぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ_２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、またはＮＲ^１３であり、
各Ｒ^１及びＲ^２は、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）であるか、あるいはＲ^１及びＲ^２は、それらが結合している炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成するまたはＲ^１及びＲ^２は、組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリルもしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ^３は、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）であるか、または２つのＲ^８は組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールを形成し、
Ｒ^４は、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｌは、任意選択のリンカーであり、
Ｂは、標的タンパク質結合部分である、化合物を提供する。

式ＶＩＩの化合物のいくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分であるＢは、標的タンパク質と非共有結合的に相互作用することができる。式ＶＩＩの化合物のいくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分であるＢは、標的タンパク質と共有結合的に相互作用することができる。式ＶＩＩの化合物のいくつかの実施形態では、リンカーであるＬは、存在する。式ＶＩＩの化合物のいくつかの実施形態では、リンカーであるＬは、存在しない。

いくつかの態様では、本開示は、三元複合体、それらの生成のための方法、及びその使用を提供し、これには、プレゼンタータンパク質、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質結合部分と標的タンパク質結合部分を含む化合物が含まれる。

したがって、別の態様では、本開示は、（ｉ）式ＶＩＩの化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質を含むコンジュゲートの同定に有用であり得る。

いくつかの態様では、本発明は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる本明細書に記載のコンジュゲート（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む構造の化合物が、標的タンパク質にコンジュゲートしている）を同定する及び／または特徴決定する方法に関する。いくつかの実施形態では、このような方法は、（ａ）（ｉ）このようなコンジュゲート（例えば、標的タンパク質にコンジュゲートしている、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む構造の化合物）及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を含む複合体が形成されるか否かを決定するステップを含み、ここで複合体の形成は、該コンジュゲートが、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるものであることを示す。

したがって、いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を含む複合体が形成されるか否かを決定するステップを含み、ここで複合体の形成は、該コンジュゲートが、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるものであることを示す。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質の存在下で、化合物に対する共有結合を形成することができる標的タンパク質の同定に有用であり得る。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質の存在下で、化合物と反応することができる標的タンパク質を同定する及び／または特徴決定する方法を提供し、ここで化合物は、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）標的タンパク質及び化合物が、コンジュゲートを形成するように複合体の形成中に反応するか否かを決定するステップを含み、ここで、標的タンパク質及び化合物がコンジュゲートを形成する場合に、該標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質の存在下で、化合物と反応することができると同定される。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質の同定に有用であり得る。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）標的タンパク質が、複合体内のプレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定するステップを含み、ここで標的タンパク質がプレゼンタータンパク質に結合する場合に、該標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質に結合すると同定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）標的タンパク質が、複合体内のプレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定するステップを含み、ここで標的タンパク質がプレゼンタータンパク質に結合する場合に、該標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質として同定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）式ＶＩＩの化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成するか否かを決定するステップを含み、ここで化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に、該標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質として同定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）式ＶＩＩの化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、化合物がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）標的タンパク質が、複合体内のプレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定するステップを含み、ここで標的タンパク質がプレゼンタータンパク質に結合する場合に、該標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質として同定される。

いくつかの態様では、本開示は、（ａ）（ｉ）１つまたは複数の標的タンパク質、（ｉｉ）前述のいずれかの化合物、及び（ｉｉｉ）タグ（例えば、親和性タグ）を含むプレゼンタータンパク質を提供すること、（ｂ）１つまたは複数の標的タンパク質、化合物、及びプレゼンタータンパク質を、標的タンパク質のうちの１つまたは複数がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに（ｃ）１つまたは複数の標的タンパク質が、化合物及びプレゼンタータンパク質と複合体を形成するか否かを決定することによりプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する方法を提供し、ここでプレゼンタータンパク質と複合体を形成する標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質として同定される。

いくつかの実施形態では、決定ステップは、（例えば、プルダウン実験における使用により）プレゼンタータンパク質と複合体を形成している標的タンパク質を選択的に単離するために前記プレゼンタータンパク質のタグを利用することを含む。いくつかの実施形態では、複合体は、本発明の標的タンパク質、プレゼンタータンパク質、及び化合物を含む。いくつかの実施形態では、複合体は、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート（例えば、本発明の化合物の架橋基及び標的タンパク質の反応性アミノ酸間での反応により形成されたコンジュゲート）ならびにプレゼンタータンパク質を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、（ｄ）１つまたは複数の標的タンパク質、化合物、及びプレゼンタータンパク質間で形成された複合体内の標的タンパク質を同定すること（例えば、標的タンパク質の構造を決定すること）をさらに含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質の構造を同定することは、複合体に質量分析を行うことを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成するか否か及び／または標的タンパク質が複合体内のプレゼンタータンパク質に結合するか否かの決定は、プルダウン実験を使用して実行され得、ここで標的タンパク質またはプレゼンタータンパク質のいずれかは、標識される（例えば、複合体は、複合体内に無い標的タンパク質及び／またはプレゼンタータンパク質の存在下で選択的にプルダウンされ得る）。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を、（ａ）（ｉ）２つ以上の標的タンパク質、（ｉｉ）前述の化合物のいずれか、及び（ｉｉｉ）親和性タグを含むプレゼンタータンパク質を提供すること、（ｂ）２つ以上の標的タンパク質、化合物、及びプレゼンタータンパク質を、前記標的タンパク質がプレゼンタータンパク質と複合体を形成する場合に、複合体形成を可能とする条件下で、組み合わせること、（ｃ）ステップ（ｂ）において形成された標的タンパク質、化合物、及びプレゼンタータンパク質の１つまたは複数の複合体を選択的に単離すること、ならびに（ｄ）質量分析によりステップ（ｃ）において単離された１つまたは複数の複合体内の標的タンパク質を同定すること（例えば、標的タンパク質の構造を決定すること）により、同定する方法を提供し、それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質が同定される。

いくつかの実施形態では、決定ステップは、（例えば、プルダウン実験における使用により）プレゼンタータンパク質と複合体を形成している標的タンパク質を選択的に単離するために前記プレゼンタータンパク質のタグを利用することを含む。いくつかの実施形態では、複合体は、本発明の標的タンパク質、プレゼンタータンパク質、及び化合物を含む。いくつかの実施形態では、複合体は、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート（例えば、本発明の化合物の架橋基及び標的タンパク質の反応性アミノ酸間での反応により形成されたコンジュゲート）ならびにプレゼンタータンパク質を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成するか否か及び／または標的タンパク質が複合体内のプレゼンタータンパク質に結合するか否かの決定は、プルダウン実験を使用して実行され得、ここで標的タンパク質またはプレゼンタータンパク質のいずれかは、標識される（例えば、複合体は、複合体内に無い標的タンパク質及び／またはプレゼンタータンパク質の存在下で選択的にプルダウンされ得る）。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートをもたらす、プレゼンタータンパク質結合部分に付着する標的タンパク質上の場所を同定するのに有用であり得る。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質結合部分とコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所を同定する及び／または特徴決定する方法を提供し、このコンジュゲートは、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる。この方法は、（ａ）（ｉ）ある場所にて標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を組み合わせる、（ｃ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定する、ならびに（ｄ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成するまで、プレゼンタータンパク質結合部分を標的タンパク質上の異なる場所にてコンジュゲートさせてステップ（ａ）～（ｃ）を任意選択で反復するステップを含み、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる、プレゼンタータンパク質結合部分とのコンジュゲートを、形成するための標的タンパク質上の場所は、コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に同定される。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、天然に生じる標的タンパク質の変異体である。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質結合部分とコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所を同定する及び／または特徴決定する方法を提供し、このコンジュゲートは、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物を標的タンパク質と、プレゼンタータンパク質の存在下で、ある場所にて標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートの形成を可能とする条件下で、組み合わせる、（ｃ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定する、ならびに（ｄ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成するまで、プレゼンタータンパク質結合部分を標的タンパク質上の異なる場所にてコンジュゲートさせてステップ（ａ）～（ｃ）を任意選択で反復するステップを含み、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる、プレゼンタータンパク質結合部分とのコンジュゲートを、形成するための標的タンパク質上の場所は、コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に同定され、それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所が同定される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、天然に生じる標的タンパク質の変異体である。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に共有結合を形成することができる化合物の同定に有用であり得る。いくつかの実施形態では、同定された化合物は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質と選択的に共有結合を形成する。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に共有結合的に結合することができる化合物を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む試料を提供する、ならびに（ｂ）化合物及び標的タンパク質が、試料中の前記化合物の架橋基を介して共有結合を形成するか否かを決定するステップを含み、化合物及び標的タンパク質が試料中で反応する場合に、化合物は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に共有結合的に結合すると同定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に、選択的及び共有結合的に結合することができる化合物を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む第一の試料、ならびに（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む第一の試料におけるものと同じ化合物及び（ｉｉ）第一の試料におけるものと同じ標的タンパク質を含む第二の試料を提供する、（ｂ）第二の試料と比較して、第一の試料において、化合物及び標的タンパク質が反応する程度を決定するステップを含み、化合物及び標的タンパク質が、第二の試料中よりも第一の試料中で多く反応する場合に、化合物は、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される。

いくつかの実施形態では、化合物は、化合物及び標的タンパク質が第二の試料中より少なくとも５倍多く第一の試料中で反応する場合に、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される。いくつかの実施形態では、化合物は、化合物及び標的タンパク質が第一の試料中で反応するが、第二の試料中で実質的に反応しない場合に、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートの同定に有用であり得る。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、ならびに（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、（ｃ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定するステップを含み、コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に、コンジュゲートは、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができると同定され、それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートが同定される。

いくつかの実施形態では、コンジュゲート及びタンパク質の間の結合は、三元時間分解蛍光エネルギー移動アッセイ、三元増幅発光近接ホモジニアスアッセイ、等温滴定型熱量測定、表面プラズモン共鳴、または核磁気共鳴を含む方法によって決定され得る。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間のタンパク質－タンパク質界面の構造の決定に有用であり得る。

したがって、別の態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する及び／またはその１つもしくは複数の構造的特徴を評価する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）複合体を（例えば、バイアル内で）形成するように、コンジュゲートをプレゼンタータンパク質と接触させる、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、界面の構造は、少なくとも、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する及び／またはその１つもしくは複数の構造的特徴を評価する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、化合物及び標的タンパク質間でコンジュゲートを形成する及び前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質間で複合体を（例えば、バイアル中で）形成するのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、界面の構造は、少なくとも、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する及び／またはその１つもしくは複数の構造的特徴を評価する方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）式ＶＩＩの化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を含む複合体を（例えば、バイアル内で）形成する、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、界面の構造は、少なくとも、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内のタンパク質－タンパク質界面の構造を決定する及び／またはその１つもしくは複数の構造的特徴を評価する方法を提供する。この方法は、（ａ）前述の複合体のいずれかの結晶を提供する、及び（ｂ）結晶の構造を決定するステップを含み、界面の構造は、少なくとも、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内のタンパク質－タンパク質界面の構造が決定される。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質の生物学的活性を調節することができる化合物を同定する及び／または特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内のタンパク質－タンパク質界面の構造（例えば、前述の方法のいずれかにより決定される構造）を提供する、ならびに（ｂ）界面にて結合することができる化合物の構造を決定するステップを含み、それにより、標的タンパク質の生物学的活性を調節することができる化合物が同定される。いくつかの実施形態では、界面にて結合することができる化合物の構造は、計算法を使用して決定される。いくつかの実施形態では、界面にて結合することができる化合物の構造は、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質の存在下での複合体形成のための本明細書に記載のプレゼンタータンパク質結合部分を含む化合物のスクリーニングにより決定される。

いくつかの態様では、本開示は、複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）コンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、それにより、複合体に関するＸ線結晶座標が得られる。

いくつかの態様では、本開示は、複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、化合物がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、それにより、複合体に関するＸ線結晶座標が得られる。

いくつかの態様では、本開示は、複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法を提供する。この方法は、（ａ）（ｉ）本発明の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供する、（ｂ）化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質を、化合物がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせる、ならびに（ｃ）複合体の結晶構造を決定するステップを含み、それにより、複合体に関するＸ線結晶座標が得られる。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質との結合に関与する標的タンパク質上の残基を決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）本発明の方法により得られる複合体のＸ線結晶座標を提供する、（ｂ）プレゼンタータンパク質上の原子の４Å以内の原子を含む標的タンパク質の残基を同定するステップを含み、それにより、プレゼンタータンパク質との結合に関与する標的タンパク質上の残基を決定する。いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のプレゼンタータンパク質／標的タンパク質複合体のいずれかの生物化学及び／または生物物理学的特性を決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）本明細書に記載の方法により得られた本明細書に記載の複合体のＸ線結晶座標を提供する、（ｂ）複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性を算出するステップを含み、それにより、プレゼンタータンパク質／標的タンパク質複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性を決定する。

いくつかの実施形態では、生物化学及び／または生物物理学的特性は、複合体の結合の自由エネルギー、複合体のＫ_ｄ、複合体のＫ_ｉ、複合体のＫ_{ｉｎａｃｔ}、及び／または複合体のＫ_ｉ／Ｋ_{ｉｎａｃｔ}を含む。いくつかの実施形態では、生物化学及び／または生物物理学的特性は、等温滴定型熱量測定、表面プラズモン共鳴、及び／または質量分析により決定される。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面は、結合ポケットであるまたはこれを含む。
いくつかの態様では、本開示は、前述の化合物、標的タンパク質、及びプレゼンタータンパク質のいずれかを含む組成物を溶液で提供する。

いくつかの態様では、本開示は、本発明の化合物、コンジュゲート、または複合体のいずれか及び薬学的に許容され得る賦形剤を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、単位剤形である。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する方法を提供する。いくつかの実施形態では、このような方法は、標的タンパク質を、調節（例えば、正または負の調節）量の本発明の化合物（例えば、プレゼンタータンパク質の存在下で）、標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート、または組成物のいずれかと接触させるステップを含む。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する（例えば、正または負に調節する）方法を提供する。いくつかの実施形態では、このような方法は、標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質を発現する細胞を、有効量の本発明の化合物または組成物と、化合物がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができ、得られた複合体が標的タンパク質に結合することができる条件下で、接触させるステップを含み、それにより、標的タンパク質を調節する（例えば、正または負に調節する）。

いくつかの態様では、本開示は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する（例えば、正または負に調節する）方法を提供する。いくつかの実施形態では、このような方法は、標的タンパク質を、標的タンパク質結合部分を含む本発明のコンジュゲートと接触させるステップを含み、それにより、標的タンパク質を調節する。

いくつかの態様では、本開示は、プロリルイソメラーゼ活性を阻害する方法を提供する。いくつかの実施形態では、このような方法は、プロリルイソメラーゼを発現する細胞を、本明細書の化合物または組成物と、化合物及びプロリルイソメラーゼ間で複合体の形成を可能とする条件下で接触させることを含み、それにより、プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。

いくつかの態様では、本開示は、プレゼンタータンパク質／化合物複合体を細胞内で形成する方法を提供する。いくつかの実施形態では、このような方法は、プレゼンタータンパク質を発現する細胞を本発明の化合物または組成物と、化合物及びプレゼンタータンパク質間で複合体の形成を可能とする条件下で、接触させるステップを含む。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質と結合することができる。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、プロリルイソメラーゼ結合部分である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、ＦＫＢＰ結合部分（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分は、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２と結合することができる）、シクロフィリン結合部分（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分は、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１と結合することができる）、またはＰＩＮ１結合部分である。前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質結合部分に結合すると知られている。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、ＦＫＢＰ結合部分（例えば、選択的ＦＫＢＰ結合部分または非選択的ＦＫＢＰ結合部分）である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＦＫＢＰ結合部分は、式ＩＩａまたはＩＩｂ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^１及びＺ^２は、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^１及びＺ^２は、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～４０員の大環状分子を形成し、Ｚ^１またはＺ^２のうちの少なくとも１つは、架橋基への付着点を含み、ｂ及びｃは、独立して、０、１、または２であり、
ｄは、０、１、２、３、４、５、６、または７であり、
Ｘ^１及びＸ^２は、それぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ_２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、またはＮＲ^４であり、
各Ｒ^１及びＲ^２は、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）であるか、あるいはＲ^１及びＲ^２は、それらが結合している炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成するまたはＲ^１及びＲ^２は、組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリルまたは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ^３は、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）であるか、または２つのＲ^８は組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ^４は、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：

を含む。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、シクロフィリン結合部分（例えば、選択的シクロフィリン結合部分または非選択的シクロフィリン結合部分）である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、シクロフィリン結合部分は、式ＩＩＩまたはＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、及びＺ^６は、それぞれ、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^３及びＺ^４もしくはＺ^５及びＺ^６は、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～４０員の大環状分子を形成し、
Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、Ｚ^６、またはＲ^５のうちの少なくとも１つは、架橋基への付着点を含み、
ｅは、０、１、２、３、または４であり、
Ｒ^５及びＲ^７は、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^６は、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^８は、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、シクロフィリン結合部分は、式ＩＶａ：

の構造を含み、
式中、各Ｒ^７’は、独立して、ヒドロキシル、シアノ、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）である。

を含む。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、アンドラッガブル表面を含む。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、従来型の結合ポケットを有さない。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質のアミノ酸配列は、少なくとも１個のネイティブアミノ酸を反応性アミノ酸（例えば、天然アミノ酸、例えばシステイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、もしくはセリン、または非天然アミノ酸）で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質のアミノ酸配列は、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸（例えば、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリン）を非反応性アミノ酸（例えば、天然アミノ酸、例えばセリン、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、もしくはロイシン、または非天然アミノ酸）で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸は、溶媒に曝露されたアミノ酸である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質のアミノ酸配列は、全ての反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、置換は、保存的置換である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、１個のみの溶媒に曝露された反応性アミノ酸を含む。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プロリルイソメラーゼである。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プロリルイソメラーゼは、ＦＫＢＰファミリーのメンバー（例えば、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２）、シクロフィリンファミリーのメンバー（例えば、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１）、またはＰＩＮ１である。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列は、少なくとも１個のネイティブアミノ酸を反応性アミノ酸（例えば、天然アミノ酸、例えばシステイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、もしくはセリン、または非天然アミノ酸）で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列は、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸（例えば、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリン）を非反応性アミノ酸（例えば、天然アミノ酸、例えばセリン、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、もしくはロイシン、または非天然アミノ酸）で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸は、溶媒に曝露されたアミノ酸である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列は、全ての反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾されている。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、置換は、保存的置換である。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、リンカーは、１～２０原子長である。前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、リンカーは、１．５～３０オングストローム長である。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、リンカーは、式Ｖ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２
式Ｖ
の構造を有し、
式中、Ａ^１は、リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２は、架橋基及びリンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４は、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎは、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２は、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ｆ、ｇ、ｈ、Ｉ、ｊ、及びｋは、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄは、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、もしくは任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－を－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２に連結する化学結合である。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、リンカーは、式ＶＩ：

の構造を含み、
式中、Ａ^１は、リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、
Ａ^２は、架橋基及びリンカー間の結合であり、
ｌは、０、１、２、または３であり、
ｍは、０または１であり、
ｎは、０、１、または２であり、
Ｘ^３、Ｘ^４、及びＸ^５は、それぞれ、独立して、存在しない、Ｏ、Ｓ、－Ｃ≡Ｃ－、ＣＲ^９Ｒ^１０またはＮＲ^１１であり、
各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１は、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。いくつかの実施形態では、各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１は、独立して、水素、非置換Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、非置換Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、非置換Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、非置換アリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、非置換Ｃ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び非置換Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである。

前述の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、または方法のいずれかのいくつかの実施形態では、リンカーは、構造：

を含む。
化学用語
当業者であれば、本明細書に記載されるある特定の化合物が、１つもしくは複数の異なる異性体（例えば、立体異性体、幾何異性体、互変異性体）及び／または同位体（１個または複数の原子をその原子の異なる同位体で置換したもの、例えば、水素をジュウテリウムで置換したもの）の形態で存在できることを、理解するだろう。別段の指定がない限りまたは文脈から明らかでない限り、示される構造は、任意のかかる異性体または同位体の形態を個別または組み合わせで表すものと理解されることができる。

本明細書に記載の化合物は、非対称であることができる（例えば、１つまたは複数のステレオ中心を有する）。別段の指定がない限り、全ての立体異性体、例えばエナンチオマー及びジアステレオマーが意図される。非対称置換炭素原子を含有する本開示の化合物は、光学活性形またはラセミ形で単離可能である。光学活性出発材料から光学活性形をいかに調製するかに関する方法は、当該技術分野で公知であり、例えば、ラセミ混合物の分割によるものまたは立体選択的合成によるものがある。オレフィン、Ｃ＝Ｎ二重結合などの多くの幾何異性体もまた、本明細書に記載の化合物中に存在可能であり、かかる安定な異性体は全て本開示で企図される。本開示の化合物のシス及びトランス幾何異性体は記載されており、異性体の混合物としてまたは分離された異性体形態として単離され得る。

いくつかの実施形態では、本明細書に示される１つまたは複数の化合物は、さまざまな互変異性体形態で存在し得る。文脈から明らかとなり得るように、明示的に除外されない限り、かかる化合物への言及は、かかる互変異性体形態を全て包含する。いくつかの実施形態では、互変異性体形態は、単結合と隣接二重結合の交換及びそれに付随するプロトンの移動から生じる。ある特定の実施形態では、互変異性体形態は、参照形態と同一の実験式及び全電荷を有する異性プロトン化状態のプロトトロピー互変異性体であり得る。プロトトロピー互変異性体形態を伴う部分の例は、ケトン－エノール対、アミド－イミド酸対、ラクタム－ラクチム対、アミド－イミド酸対、エナミン－イミン対、及びプロトンがヘテロ環系の２つ以上の位置を占有可能である環状形、例えば、１Ｈ－及び３Ｈ－イミダゾール、１Ｈ－、２Ｈ－、及び４Ｈ－１，２，４－トリアゾール、１Ｈ－及び２Ｈ－イソインドール、ならびに１Ｈ－及び２Ｈ－ピラゾールである。いくつかの実施形態では、互変異性体形態は、平衡状態であり得るかまたは適切な置換により１つの形態に立体的にロックされ得る。ある特定の実施形態では、互変異性体形態は、アセタール相互変換、例えば、下記スキーム：

に例示される相互変換から生じる。

当業者であれば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化合物の同位体を、本発明に従って調製及び／または利用してよいことを理解するだろう。「同位体」とは、同一の原子番号を有するが、原子核中の中性子数が異なるために異なる質量数を有する原子を指す。例えば、水素の同位体には、トリチウム及びジュウテリウムが含まれる。いくつかの実施形態では、同位体置換（例えば、ジュウテリウムを用いる水素の置換）は、代謝及び／またはキラル中心のラセミ化速度などの分子の物理化学的特性を変化させ得る。

当該技術分野で公知のように、多くの化学実体（特に、多くの有機分子及び／または多くの低分子）は、例えばアモルファス形態及び／または結晶形態などの多種多様な固体形（例えば、多形体、水和物、溶媒和化合物など）をとり得る。いくつかの実施形態では、かかる実体は、任意の固体形を含む任意の形態で利用され得る。いくつかの実施形態では、かかる実体は、特定の形態、例えば特定の固体形で利用される。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載及び／または示す化合物は、塩形態で提供及び／または利用され得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載及び／または示す化合物は、水和物形または溶媒和化合物の形態で提供及び／または利用され得る。

本明細書の種々の箇所にて、本開示の化合物の置換基がグループまたは範囲で開示される。本開示は、かかるグループ及び範囲のメンバーのあらゆる個別の部分的組み合わせを含むことを具体的に意図する。例えば、「Ｃ_１－６アルキル」という用語は、メチル、エチル、Ｃ_３アルキル、Ｃ_４アルキル、Ｃ_５アルキル、及びＣ_６アルキルを個別に開示することを具体的に意図する。さらに、化合物がグループまたは範囲で置換が開示される複数の位置を含む場合、別段の指定がない限り、本開示は、各位置にメンバーのあらゆる個別の部分的組み合わせを含有する個別の化合物及び化合物のグループ（例えば、族及び亜族）を対象とすることを意図する。

本明細書では、「任意選択で置換されたＸ」（例えば、任意選択で置換されたアルキル）という形の語句は、「Ｘであり、Ｘが任意選択で置換されている」（例えば、「アルキルであり、前記アルキルが任意選択で置換されている」）と等しいことが意図される。それは、特徴「Ｘ」（例えばアルキル）自体が任意選択的であることを意味することを意図するものではない。

「アルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、１～２０（例えば、１～１０または１～６）個の炭素を含有する飽和炭化水素基を指す。いくつかの実施形態では、アルキル基は、非分岐状（すなわち、直鎖状）であり、いくつかの実施形態では、アルキル基は、分岐状である。アルキル基は、メチル、エチル、ｎ－及びｉｓｏ－プロピル、ｎ－、ｓｅｃ－、ｉｓｏ－、及びｔｅｒｔ－ブチル、ネオペンチルなどにより例示され、（１）Ｃ_１－６アルコキシ、（２）Ｃ_１－６アルキルスルフィニル、（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、－ＮＨ_２）または置換アミノ（すなわち、－Ｎ（Ｒ^Ｎ１）_２（式中、Ｒ^Ｎ１は、アミノに対して定義した通りである））、（４）Ｃ_６－１０アリールＣ_１－６アルコキシ、（５）アジド、（６）ハロ、（７）（Ｃ_２－９ヘテロシクリル）オキシ、（８）Ｏ－保護基により任意選択で置換されたヒドロキシル、（９）ニトロ、（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）、（１１）Ｃ_１－７スピロシクリル、（１２）チオアルコキシ、（１３）チオール、（１４）Ｏ－保護基により任意選択で置換された－ＣＯ_２Ｒ^Ａ’（式中、Ｒ^Ａ’は、（ａ）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１５）－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^Ｂ’Ｒ^Ｃ’（式中、Ｒ^Ｂ’及びＲ^Ｃ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１６）－ＳＯ_２Ｒ^Ｄ’（式中、Ｒ^Ｄ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、（ｃ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）ヒドロキシルからなる群から選択される）、（１７）－ＳＯ_２ＮＲ^Ｅ’Ｒ^Ｆ’（式中、Ｒ^Ｅ’及びＲ^Ｆ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１８）－Ｃ（Ｏ）Ｒ^Ｇ’（式中、Ｒ^Ｇ’は、（ａ）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１９）－ＮＲ^Ｈ’Ｃ（Ｏ）Ｒ^Ｉ’（式中、Ｒ^Ｈ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ_１－６アルキルからなる群から選択され、Ｒ^Ｉ’は、（ａ２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ２）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ２）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ２）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（２０）－ＮＲ^Ｊ’Ｃ（Ｏ）ＯＲ^Ｋ’（式中、Ｒ^Ｊ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ_１－６アルキルからなる群より選択され、Ｒ^Ｋ’は、（ａ２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ２）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ２）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ２）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群より選択される）、（２１）アミジン、ならびに（２２）トリメチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、トリイソプロピルシリルなどのシリル基からなる群から独立して選択される、１、２、３個の置換基、または２個以上の炭素のアルキル基の場合は、４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ_１－アルカリールのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基を得ることができる。

「アルキレン」という用語及び「アルク－」という接頭辞は、本明細書で用いる場合、２個の水素原子を除去することにより直鎖状または分岐状飽和炭化水素から誘導される飽和２価炭化水素基を表し、メチレン、エチレン、イソプロピレンなどにより例示される。「Ｃ_ｘ－ｙアルキレン」という用語及び「Ｃ_ｘ－ｙアルク－」という接頭辞は、ｘ～ｙ個の炭素を有するアルキレン基を表す。ｘの例示的な値は、１、２、３、４、５、及び６であり、ｙの例示的な値は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、または２０である（例えば、Ｃ_１－６、Ｃ_１－１０、Ｃ_２－２０、Ｃ_２－６、Ｃ_２－１０、またはＣ_２－２０アルキレン）。いくつかの実施形態では、アルキレンは、アルキル基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。

「アルケニル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、１個または複数の炭素－炭素二重結合を含有する２～２０個の炭素（例えば、２～６または２～１０個の炭素）の１価の直鎖状または分岐状の基を表し、エテニル、１－プロペニル、２－プロペニル、２－メチル－１－プロペニル、１－ブテニル、２－ブテニルなどにより例示される。アルケニルは、シス及びトランスの両方の異性体を含む。アルケニル基は、本明細書に定義されるアミノ、アリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）または本明細書に記載される例示的なアルキル置換基のいずれかから、独立して、選択される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。

「アルキニル」という用語は、本明細書で用いる場合、炭素－炭素三重結合を含有する２～２０個の炭素原子（例えば、２～４、２～６、または２～１０個の炭素）の１価の直鎖状または分岐状の基を表し、エチニル、１－プロピニルなどにより例示される。アルキニル基は、本明細書に定義される、アリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）または本明細書に記載される例示的なアルキル置換基のいずれかから、独立して、選択される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。

「アミノ」という用語は、本明細書で用いる場合、－Ｎ（Ｒ^Ｎ１）_２（式中、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ_２、Ｎ（Ｒ^Ｎ２）_２、ＳＯ_２ＯＲ^Ｎ２、ＳＯ_２Ｒ^Ｎ２、ＳＯＲ^Ｎ２、Ｎ－保護基、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アリール、アルカリール、シクロアルキル、アルクシクロアルキル、カルボキシアルキル（例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基や本明細書に記載されるいずれかなどのＯ－保護基を用いて任意選択で置換されたもの）、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載される他のもの）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基や本明細書に記載されるいずれかなどのＯ－保護基を用いて任意選択で置換されたもの）、ヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）、もしくはアルクヘテロシクリル（例えばアルクヘテロアリール）であり、これらの列挙されたＲ^Ｎ１基のそれぞれは、各基に対して本明細書に定義されるように任意選択で置換可能であるか、または２つのＲ^Ｎ１は、組み合わさって、ヘテロシクリルもしくはＮ－保護基を形成し、各Ｒ^Ｎ２は、独立して、Ｈ、アルキル、またはアリールである）を表す。本発明のアミノ基は、非置換アミノ（すなわち、－ＮＨ_２）または置換アミノ（すなわち、－Ｎ（Ｒ^Ｎ１）_２）であり得る。好ましい実施形態では、アミノは、－ＮＨ_２または－ＮＨＲ^Ｎ１（式中、Ｒ^Ｎ１は、独立して、ＯＨ、ＮＯ_２、ＮＨ_２、ＮＲ^Ｎ２ _２、ＳＯ_２ＯＲ^Ｎ２、ＳＯ_２Ｒ^Ｎ２、ＳＯＲ^Ｎ２、アルキル、カルボキシアルキル、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載される他のもの）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、ｔ－ブトキシカルボニルアルキル）、またはアリールであり、各Ｒ^Ｎ２は、Ｈ、Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、またはＣ_６－１０アリールであり得る）である。

「アミノ酸」という用語は、本明細書で記載される場合、側鎖、アミノ基、及び酸基（例えば、－ＣＯ_２Ｈのカルボキシ基または－ＳＯ_３Ｈのスルホ基）を有する分子を指し、アミノ酸は、側鎖、アミノ基、または酸基（例えば側鎖）により親分子基に付着する。本明細書で用いる場合、最広義の「アミノ酸」という用語は、例えば、１つまたは複数のペプチド結合の形成を通してポリペプチド鎖中に組込み可能な任意の化合物及び／または物質を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ_２Ｎ－Ｃ（Ｈ）（Ｒ）－ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、天然に生じるアミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、合成アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、Ｄ－アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、Ｌ－アミノ酸である。「標準アミノ酸」とは、天然に生じるペプチドに共通して見いだされる２０種の標準Ｌ－アミノ酸のいずれかを指す。「非標準アミノ酸」とは、合成により調製されるかまたは天然源から取得されるかにかかわらず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、ポリペプチド中にカルボキシ末端及び／またはアミノ末端のアミノ酸を含み、上記の一般構造と比較して、構造修飾を含有することができる。例えば、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造と比較して、メチル化、アミド化、アセチル化、及び／または置換により修飾され得る。いくつかの実施形態では、かかる修飾は、例えば、それ以外は同一である未修飾アミノ酸を含有するものと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの循環半減期を変化させ得る。いくつかの実施形態では、かかる修飾は、それ以外は同一である未修飾アミノ酸を含有するものと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの関連活性を有意に変化させない。文脈から明らかとなり得るように、いくつかの実施形態では、「アミノ酸」という用語は、遊離アミノ酸を指すように用いられる、いくつかの実施形態では、それはポリペプチドのアミノ酸残基を指すように用いられる。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、カルボニル基により親分子基に付着し、この場合側鎖またはアミノ基がカルボニル基に付着する。いくつかの実施形態では、アミノ酸はα－アミノ酸である。ある特定の実施形態では、アミノ酸はβ－アミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸はγ－アミノ酸である。例示的な側鎖としては、任意選択で置換されたアルキル、アリール、ヘテロシクリル、アルカリール、アルクヘテロシクリル、アミノアルキル、カルバモイルアルキル、及びカルボキシアルキルが挙げられる。例示的なアミノ酸としては、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、ヒドロキシノルバリン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、ピロリシン、セレノシステイン、セリン、タウリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン及びバリンが挙げられる。アミノ酸基は、（１）Ｃ_１－６アルコキシ、（２）Ｃ_１－６アルキルスルフィニル、（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、－ＮＨ_２）または置換アミノ（すなわち、－Ｎ（Ｒ^Ｎ１）_２（式中、Ｒ^Ｎ１は、アミノに対して定義した通りである））、（４）Ｃ_６－１０アリールＣ_１－６アルコキシ、（５）アジド、（６）ハロ、（７）（Ｃ_２－９ヘテロシクリル）オキシ、（８）ヒドロキシル、（９）ニトロ、（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）、（１１）Ｃ_１－７スピロシクリル、（１２）チオアルコキシ、（１３）チオール、（１４）－ＣＯ_２Ｒ^Ａ’（式中、Ｒ^Ａ’は、（ａ）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１５）－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^Ｂ’Ｒ^Ｃ’（式中、Ｒ^Ｂ’及びＲ^Ｃ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１６）－ＳＯ_２Ｒ^Ｄ’（式中、Ｒ^Ｄ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、（ｃ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）ヒドロキシルからなる群から選択される）、（１７）－ＳＯ_２ＮＲ^Ｅ’Ｒ^Ｆ’（式中、Ｒ^Ｅ’及びＲ^Ｆ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１８）－Ｃ（Ｏ）Ｒ^Ｇ’（式中、Ｒ^Ｇ’は、（ａ）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’はＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１９）－ＮＲ^Ｈ’Ｃ（Ｏ）Ｒ^Ｉ’（式中、Ｒ^Ｈ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ_１－６アルキルからなる群から選択され、Ｒ^Ｉ’は、（ａ２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ２）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ２）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ２）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（２０）－ＮＲ^Ｊ’Ｃ（Ｏ）ＯＲ^Ｋ’（式中、Ｒ^Ｊ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ_１－６アルキルからなる群より選択され、Ｒ^Ｋ’は、（ａ２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル）、（ｂ２）Ｃ_２－２０アルケニル（例えば、Ｃ_２－６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ_６－１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（ｆ２）アミノ－Ｃ_１－２０アルキル、（ｇ２）－（ＣＨ_２）_ｓ２（ＯＣＨ_２ＣＨ_２）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ_１－２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）－ＮＲ^Ｎ１（ＣＨ_２）_ｓ２（ＣＨ_２ＣＨ_２Ｏ）_ｓ１（ＣＨ_２）_ｓ３ＮＲ^Ｎ１（式中、ｓ１は、１～１０（例えば、１～６または１～４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０～１０（例えば、０～４、０～６、１～４、１～６、または、１～１０）の整数であり、各Ｒ^Ｎ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ_１－６アルキルである）のアミノ－ポリエチレングリコールからなる群より選択される）、ならびに（２１）アミジンからなる群から独立して選択される、１、２、３個の置換基、または２個以上の炭素のアミノ酸基の場合は、４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。

「Ｎ－アルキル化アミノ酸」という用語は、本明細書で用いる場合、ペプチド結合を形成するアミノ酸の窒素上に任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルを含有するアミノ酸を指す。Ｎ－アルキル化アミノ酸としては、限定されるものではないが、Ｎ－メチルアミノ酸、例えばＮ－メチル－アラニン、Ｎ－メチル－トレオニン、Ｎ－メチル－フェニルアラニン、Ｎ－メチル－アスパラギン酸、Ｎ－メチル－バリン、Ｎ－メチル－ロイシン、Ｎ－メチル－グリシン、Ｎ－メチル－イソロイシン、Ｎ（α）－メチル－リジン、Ｎ（α）－メチル－アスパラギン、Ｎ（α）－メチル－グルタミンが挙げられる。

「アリール」という用語は、本明細書で用いる場合、１または２個の芳香環を有する単環式、二環式、または多環式炭素環系を表し、フェニル、ナフチル、１，２－ジヒドロナフチル、１，２，３，４－テトラヒドロナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、フルオレニル、インダニル、インデニルなどにより例示され、（１）Ｃ_１－７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ－Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルキルスルフィニル－Ｃ_１－６アルキル、アミノ－Ｃ_１－６アルキル、アジド－Ｃ_１－６アルキル、（カルボキシアルデヒド）－Ｃ_１－６アルキル、ハロ－Ｃ_１－６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ－Ｃ_１－６アルキル、ニトロ－Ｃ_１－６アルキル、またはＣ_１－６チオアルコキシ－Ｃ_１－６アルキル）、（３）Ｃ_１－２０アルコキシ（例えば、Ｃ_１－６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ_１－６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ_６－１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ_３－８シクロアルキル、（１０）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_３－８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_１－１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ_１－１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ_１－２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ_１－６チオアルコキシ）、（１７）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯ_２Ｒ^Ａ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ａ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１８）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯＮＲ^Ｂ’Ｒ^Ｃ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｂ’及びＲ^Ｃ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から独立して選択される）、（１９）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２Ｒ^Ｄ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｄ’は、（ａ）アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｃ）アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（２０）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２ＮＲ^Ｅ’Ｒ^Ｆ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｅ’及びＲ^Ｆ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から独立して選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ_６－１０アリールオキシ、（２３）Ｃ_３－８シクロアルコキシ、（２４）Ｃ_６－１０アリール－Ｃ_１－６アルコキシ、（２５）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール）、（２６）Ｃ_２－２０アルケニル、ならびに（２７）Ｃ_２－２０アルキニルからなる群から独立して選択される１、２、３、４、または５個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ_１－アルカリールまたはＣ_１－アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。

「アリールアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるアリール基を表す。例示的な非置換アリールアルキル基は、７～３０個の炭素（例えば、７～１６または７～２０個の炭素、例えばＣ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、Ｃ_１－１０アルク－Ｃ_６－１０アリール、またはＣ_１－２０アルク－Ｃ_６－１０アリール）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びアリールはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「アルク－」という接頭辞が前に付いた他の基も同様に定義され、この場合、「アルク」は、別段の注記がない限り、Ｃ_１－６アルキレンを指し、付着する化学構造は、本明細書に定義される通りである。

「アジド」という用語は、－Ｎ_３基を表し、－Ｎ＝Ｎ＝Ｎとして表すことも可能である。
「炭素環式」及び「カルボシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、環が炭素原子により形成される任意選択で置換されたＣ_３－１２単環式、二環式、または三環式非芳香環構造を指す。炭素環式構造としては、シクロアルキル基、シクロアルケニル基、及びシクロアルキニル基が挙げられる。

「カルボシクリルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義される炭素環式基を表す。例示的な非置換カルボシクリルアルキル基は、７～３０個の炭素（例えば、７～１６または７～２０個の炭素、例えばＣ_１－６アルク－Ｃ_６－１０カルボシクリル、Ｃ_１－１０アルク－Ｃ_６－１０カルボシクリル、またはＣ_１－２０アルク－Ｃ_６－１０カルボシクリル）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びカルボシクリルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「アルク－」という接頭辞が前に付いた他の基も同様に定義され、この場合、「アルク」は、別段の注記がない限り、Ｃ_１－６アルキレンを意味し、付着する化学構造は、本明細書に定義される通りである。

「カルボニル」という用語は、本明細書で用いる場合、Ｃ（Ｏ）基を表し、Ｃ＝Ｏとして表すことも可能である。
「カルボキシ」という用語は、本明細書で用いる場合、－ＣＯ_２Ｈを意味する。

「シアノ」という用語は、本明細書で用いる場合、－ＣＮ基を表す。
「シクロアルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、３～８個の炭素の１価の飽和または不飽和の非芳香環式炭化水素基を表し、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、二環ヘプチルなどにより例示される。シクロアルキル基が１つの炭素－炭素二重結合を含む場合、シクロアルキル基は「シクロアルケニル」基と称することができる。例示的なシクロアルケニル基としては、シクロペンテニル、シクロヘキセニルなどが挙げられる。本発明のシクロアルキル基は、（１）Ｃ_１－７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ－Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルキルスルフィニル－Ｃ_１－６アルキル、アミノ－Ｃ_１－６アルキル、アジド－Ｃ_１－６アルキル、（カルボキシアルデヒド）－Ｃ_１－６アルキル、ハロ－Ｃ_１－６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ－Ｃ_１－６アルキル、ニトロ－Ｃ_１－６アルキル、またはＣ_１－６チオアルコキシ－Ｃ_１－６アルキル）、（３）Ｃ_１－２０アルコキシ（例えば、Ｃ_１－６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ_１－６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ_６－１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ_３－８シクロアルキル、（１０）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_３－８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_１－１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ_１－１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ_１－２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ_１－６チオアルコキシ）、（１７）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯ_２Ｒ^Ａ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ａ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１８）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯＮＲ^Ｂ’Ｒ^Ｃ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｂ’及びＲ^Ｃ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_６－１０アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（１９）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２Ｒ^Ｄ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｄ’は、（ａ）Ｃ_６－１０アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｃ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（２０）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２ＮＲ^Ｅ’Ｒ^Ｆ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｅ’及びＲ^Ｆ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_６－１０アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ_６－１０アリールオキシ、（２３）Ｃ_３－８シクロアルコキシ、（２４）Ｃ_６－１０アリールＣ_１－６アルコキシ、（２５）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール）、（２６）オキソ、（２７）Ｃ_２－２０アルケニル、ならびに（２８）Ｃ_２－２０アルキニルを用いて任意選択で置換可能である。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ_１－アルカリールまたはＣ_１－アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。

「シクロアルキルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基（例えば、１～４、１～６、１～１０、または１～２０個の炭素のアルキレン基）を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるシクロアルキル基を表す。いくつかの実施形態では、アルキレン及びシクロアルキルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。

「ジアステレオマー」という用語は、本明細書で用いる場合、互いに鏡像でなく互いに重ね合わせることができない立体異性体を意味する。
「エナンチオマー」という用語は、本明細書で用いる場合、少なくとも８０％（すなわち、一方のエナンチオマーが少なくとも９０％、他方のエナンチオマーが多くとも１０％）、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９８％の光学純度またはエナンチオマー過剰率（当該技術分野の標準的方法により決定される）を有する、本発明の化合物の各個別の光学活性形態を意味する。

「ハロ」という用語は、本明細書で用いる場合、臭素、塩素、ヨウ素、またはフッ素から選択されるハロゲンを表す。
「ヘテロアルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、構成炭素原子の１または２個がそれぞれ窒素、酸素、または硫黄により置き換えられている、本明細書に定義されるアルキル基を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロアルキル基は、アルキル基に対して本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「ヘテロアルケニル」及びヘテロアルキニル」という用語は、本明細書で用いる場合、それぞれ、構成炭素原子の１または２個がそれぞれ窒素、酸素、または硫黄により置き換えられている、本明細書に定義されるアルケニル基及びアルキニル基を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロアルケニル基及びヘテロアルキニル基は、アルキル基に対して本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。

「ヘテロアリール」という用語は、本明細書で用いる場合、芳香族である本明細書に定義されるヘテロシクリルのサブセットを表す。すなわち、それらは単環内または多環系内に４ｎ＋２個のパイ電子を含有する。例示的な非置換ヘテロアリール基は、１～１２（例えば、１～１１、１～１０、１～９、２～１２、２～１１、２～１０、または２～９）個の炭素である。ある実施形態では、ヘテロアリールは、ヘテロシクリル基に対して定義される１、２、３、または４個の置換基を用いて置換される。

「ヘテロアリールアルキル」という用語は、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるヘテロアリール基を指す。例示的な非置換ヘテロアリールアルキル基は、２～３２個の炭素（例えば、２～２２、２～１８、２～１７、２～１６、３～１５、２～１４、２～１３、または２～１２個の炭素、例えばＣ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール、Ｃ_１－１０アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール、またはＣ_１－２０アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びヘテロアリールはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。ヘテロアリールアルキル基は、ヘテロシクリルアルキル基のサブセットである。

「ヘテロシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、窒素、酸素、及び硫黄からなる群から独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有する、５員、６員、または７員の環を表す。５員環は、０～２個の二重結合を有し、６及び７員環は、０～３個の二重結合を有する。例示的な非置換ヘテロシクリル基は、１～１２（例えば、１～１１、１～１０、１～９、２～１２、２～１１、２～１０、または２～９）個の炭素である。「ヘテロシクリル」という用語は、１個または複数の炭素及び／またはヘテロ原子が単環の２つの非隣接員を架橋する、架橋多環構造を有するヘテロ環化合物、例えば、キヌクリジニル基も表す。「ヘテロシクリル」という用語は、上記のヘテロ環のいずれかが、１、２、または３個の炭素環、例えば、アリール環、シクロヘキサン環、シクロヘキセン環、シクロペンタン環、シクロペンテン環、または他の単環式ヘテロ環、例えばインドリル、キノリル、イソキノリル、テトラヒドロキノリル、ベンゾフリル、ベンゾチエニルなどに縮合した、二環式、三環式、及び四環式の基を含む。縮合ヘテロシクリルの例としては、トロパン及び１，２，３，５，８，８ａ－ヘキサヒドロインドリジンが挙げられる。ヘテロ環化合物としては、ピロリル、ピロリニル、ピロリジニル、ピラゾリル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピリジル、ピペリジニル、ホモピペリジニル、ピラジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、チアゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリジニル、インドリル、インダゾリル、キノリル、イソキノリル、キノキサリニル、ジヒドロキノキサリニル、キナゾリニル、シンノリニル、フタラジニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアジアゾリル、フリル、チエニル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル（例えば、１，２，３－オキサジアゾリル）、プリニル、チアジアゾリル（例えば、１，２，３－チアジアゾリル）、テトラヒドロフラニル、ジヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ジヒドロチエニル、ジヒドロインドリル、ジヒドロキノリル、テトラヒドロキノリル、テトラヒドロイソキノリル、ジヒドロイソキノリル、ピラニル、ジヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、イソベンゾフラニル、ベンゾチエニルなどが挙げられ、これには、１つまたは複数の二重結合が還元され、水素を用いて置き換えられているそれらのジヒドロ及びテトラヒドロ形態が含まれる。なおも他の例示的なヘテロシクリルとしては、２，３，４，５－テトラヒドロ－２－オキソ－オキサゾリル、２，３－ジヒドロ－２－オキソ－１Ｈ－イミダゾリル、２，３，４，５－テトラヒドロ－５－オキソ－１Ｈ－ピラゾリル（例えば、２，３，４，５－テトラヒドロ－２－フェニル－５－オキソ－１Ｈ－ピラゾリル）、２，３，４，５－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－１Ｈ－イミダゾリル（例えば、２，３，４，５－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－５－メチル－５－フェニル－１Ｈ－イミダゾリル）、２，３－ジヒドロ－２－チオキソ－１，３，４－オキサジアゾリル（例えば、２，３－ジヒドロ－２－チオキソ－５－フェニル－１，３，４－オキサジアゾリル）、４，５－ジヒドロ－５－オキソ－１Ｈ－トリアゾリル（例えば、４，５－ジヒドロ－３－メチル－４－アミノ５－オキソ－１Ｈ－トリアゾリル）、１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソピリジニル（例えば、１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－３，３－ジエチルピリジニル）、２，６－ジオキソ－ピペリジニル（例えば、２，６－ジオキソ－３－エチル－３－フェニルピペリジニル）、１，６－ジヒドロ－６－オキソピリジミニル、１，６－ジヒドロ－４－オキソピリミジニル（例えば、２－（メチルチオ）－１，６－ジヒドロ－４－オキソ－５－メチルピリミジン－１－イル）、１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソピリミジニル（例えば、１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－３－エチルピリミジニル）、１，６－ジヒドロ－６－オキソ－ピリダジニル（例えば、１，６－ジヒドロ－６－オキソ－３－エチルピリダジニル）、１，６－ジヒドロ－６－オキソ－１，２，４－トリアジニル（例えば、１，６－ジヒドロ－５－イソプロピル－６－オキソ－１，２，４－トリアジニル）、２，３－ジヒドロ－２－オキソ－１Ｈ－インドリル（例えば、３，３－ジメチル－２，３－ジヒドロ－２－オキソ－１Ｈ－インドリル及び２，３－ジヒドロ－２－オキソ－３，３’－スピロプロパン－１Ｈ－インドール－１－イル）、１，３－ジヒドロ－１－オキソ－２Ｈ－イソ－インドリル、１，３－ジヒドロ－１，３－ジオキソ－２Ｈ－イソ－インドリル、１Ｈ－ベンゾピラゾリル（例えば、１－（エトキシカルボニル）－１Ｈ－ベンゾピラゾリル）、２，３－ジヒドロ－２－オキソ－１Ｈ－ベンゾイミダゾリル（例えば、３－エチル－２，３－ジヒドロ－２－オキソ－１Ｈ－ベンゾイミダゾリル）、２，３－ジヒドロ－２－オキソ－ベンゾオキサゾリル（例えば、５－クロロ－２，３－ジヒドロ－２－オキソベンゾオキサゾリル）、２，３－ジヒドロ－２－オキソ－ベンゾオキサゾリル、２－オキソ－２Ｈ－ベンゾピラニル、１，４－ベンゾジオキサニル、１，３－ベンゾジオキサニル、２，３－ジヒドロ－３－オキソ，４Ｈ－１，３－ベンゾチアジニル、３，４－ジヒドロ－４－オキソ－３Ｈ－キナゾリニル（例えば、２－メチル－３，４－ジヒドロ－４－オキソ－３Ｈ－キナゾリニル）、１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－３Ｈ－キナゾリル（例えば、１－エチル－１，２，３，４－テトラヒドロ－２，４－ジオキソ－３Ｈ－キナゾリル）、１，２，３，６－テトラヒドロ－２，６－ジオキソ－７Ｈ－プリニル（例えば、１，２，３，６－テトラヒドロ－１，３－ジメチル－２，６－ジオキソ－７Ｈ－プリニル）、１，２，３，６－テトラヒドロ－２，６－ジオキソ－１Ｈ－プリニル（例えば、１，２，３，６－テトラヒドロ－３，７－ジメチル－２，６－ジオキソ－１Ｈ－プリニル）、２－オキソベンズ［ｃ，ｄ］インドリル、１，１－ジオキソ－２Ｈ－ナフト［１，８－ｃ，ｄ］イソチアゾリル、及び１、８－ナフチレンジカルボキサミドが挙げられる。追加のヘテロ環化合物としては、３，３ａ，４，５，６，６ａ－ヘキサヒドロ－ピロロ［３，４－ｂ］ピロール－（２Ｈ）－イル、及び２，５－ジアザビシクロ［２．２．１］ヘプタン－２－イル、ホモピペラジニル（またはジアゼパニル）、テトラヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチエニル、オキセパニル、チエパニル、アゾカニル、オキセカニル、及びチオカニルが挙げられる。ヘテロ環式基としてはまた、式

の基も挙げられ、
式中、
Ｅ’は、－Ｎ－及び－ＣＨ－からなる群から選択され、Ｆ’は、－Ｎ＝ＣＨ－、－ＮＨ－ＣＨ_２－、－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－、－ＮＨ－、－ＣＨ＝Ｎ－、－ＣＨ_２－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ_２－、－ＣＨ_２ＣＨ_２－、－ＣＨ_２Ｏ－、－ＯＣＨ_２－、－Ｏ－、及び－Ｓ－からなる群から選択され、Ｇ’は、－ＣＨ－及び－Ｎ－からなる群から選択される。本明細書に述べたヘテロシクリル基はいずれも、（１）Ｃ_１－７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ_１－２０アルキル（例えば、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ－Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルキルスルフィニル－Ｃ_１－６アルキル、アミノ－Ｃ_１－６アルキル、アジド－Ｃ_１－６アルキル、（カルボキシアルデヒド）－Ｃ_１－６アルキル、ハロ－Ｃ_１－６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ－Ｃ_１－６アルキル、ニトロ－Ｃ_１－６アルキル、またはＣ_１－６チオアルコキシ－Ｃ_１－６アルキル）、（３）Ｃ_１－２０アルコキシ（例えば、Ｃ_１－６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ_１－６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ_６－１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ_３－８シクロアルキル、（１０）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_３－８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_２－１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ_１－１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ_１－２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ_１－６チオアルコキシ）、（１７）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯ_２Ｒ^Ａ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ａ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（１８）－（ＣＨ_２）_ｑＣＯＮＲ^Ｂ’Ｒ^Ｃ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｂ’及びＲ^Ｃ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から独立して選択される）、（１９）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２Ｒ^Ｄ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｄ’は、（ａ）Ｃ_１－６アルキル、（ｂ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｃ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から選択される）、（２０）－（ＣＨ_２）_ｑＳＯ_２ＮＲ^Ｅ’Ｒ^Ｆ’（式中、ｑは、０～４の整数であり、Ｒ^Ｅ’及びＲ^Ｆ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ_１－６アルキル、（ｃ）Ｃ_６－１０アリール、及び（ｄ）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_６－１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ_６－１０アリールオキシ、（２３）Ｃ_３－８シクロアルコキシ、（２４）アリールアルコキシ、（２５）Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロアリール）、（２６）オキソ、（２７）（Ｃ_１－１２ヘテロシクリル）イミノ、（２８）Ｃ_２－２０アルケニル、ならびに（２９）Ｃ_２－２０アルキニルからなる群から独立して選択される１、２、３、４、または５個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ_１－アルカリールまたはＣ_１－アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。

「ヘテロシクリルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるヘテロシクリル基を表す。例示的な非置換ヘテロシクリルアルキル基は、２～３２個の炭素（例えば、２～２２、２～１８、２～１７、２～１６、３～１５、２～１４、２～１３、または２～１２個の炭素、例えばＣ_１－６アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル、Ｃ_１－１０アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル、またはＣ_１－２０アルク－Ｃ_１－１２ヘテロシクリル）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びヘテロシクリルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。

「炭化水素」という用語は、本明細書で用いる場合、炭素原子及び水素原子のみからなる基を表す。
「ヒドロキシル」という用語は、本明細書で用いる場合、－ＯＨ基を表す。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル基は、アルキルに対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えばＯ－保護基）を用いて置換可能である。

「異性体」という用語は、本明細書で用いる場合、本発明の任意の化合物の任意の互変異性体、立体異性体、エナンチオマー、またはジアステレオマーを意味する。本発明の化合物は、１つまたは複数のキラル中心及び／または二重結合を有することができ、それゆえ、立体異性体、例えば二重結合異性体（すなわち、幾何Ｅ／Ｚ異性体）またはジアステレオマー（例えば、エナンチオマー（すなわち、（＋）または（－））またはシス／トランス異性体）として存在することができると認識される。本発明によると、本明細書で描かれる化学構造、及びそれゆえ本発明の化合物は、全ての対応する立体異性体、つまり、立体異性体的に純粋な（例えば、幾何学的に純粋な、エナンチオマー的に純粋な、またはジアステレオマー的に純粋な）形態ならびにエナンチオマー混合物及び立体異性体混合物、例えばラセミ体の両方を包含する。本発明の化合物のエナンチオマー混合物及び立体異性体混合物は、典型的には、キラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩錯体としての化合物の結晶化、キラル溶媒中での化合物の結晶化などの周知の方法により、それらの成分のエナンチオマーまたは立体異性体に分割することができる。エナンチオマー及び立体異性体はまた、周知の不斉合成法により立体異性体的またはエナンチオマー的に純粋な中間体、試薬、及び触媒から取得可能である。

「Ｎ－保護アミノ」という用語は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義される１または２つのＮ－保護基に付着した本明細書に定義されるアミノ基を指す。
「Ｎ－保護基」という用語は、本明細書で用いる場合、合成手順中の望ましくない反応からアミノ基を保護するように意図された基を表す。一般に使用されるＮ－保護基は、参照により本明細書に組み込まれる、Ｇｒｅｅｎｅ，“ＰｒｏｔｅｃｔｉｖｅＧｒｏｕｐｓｉｎＯｒｇａｎｉｃＳｙｎｔｈｅｓｉｓ，”３^ｒｄＥｄｉｔｉｏｎ（Ｊｏｈｎ
Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９９９）に開示されている。Ｎ－保護基としては、アシル基、アリーロイル基、またはカルバミル基、例えばホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ－ブチルアセチル、２－クロロアセチル、２－ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ－ニトロフェノキシアセチル、α－クロロブチリル、ベンゾイル、４－クロロベンゾイル、４－ブロモベンゾイル、４－ニトロベンゾイル、及びキラル補助剤、例えば保護または脱保護Ｄ、Ｌ、またはＤ，Ｌ－アミノ酸、例えばアラニン、ロイシン、フェニルアラニンなど、スルホニル含有基、例えばベンゼンスルホニル、ｐ－トルエンスルホニルなど、カルバメート形成基、例えばベンジルオキシカルボニル、ｐ－クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ－メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ－ニトロベンジルオキシカルボニル、２－ニトロベンジルオキシカルボニル、ｐ－ブロモベンジルオキシカルボニル、３，４－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，５－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、２，４－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、４－メトキシベンジルオキシカルボニル、２－ニトロ－４，５－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，４，５－トリメトキシベンジルオキシカルボニル、１－（ｐ－ビフェニリル）－１－メチルエトキシカルボニル、α，α－ジメチル－３，５－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ベンズヒドリルオキシカルボニル、ｔ－ブチルオキシカルボニル、ジイソプロピルメトキシカルボニル、イソプロピルオキシカルボニル、エトキシカルボニル、メトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、２，２，２，－トリクロロエトキシカルボニル、フェノキシカルボニル、４－ニトロフェノキシカルボニル、フルオレニル－９－メトキシカルボニル、シクロペンチルオキシカルボニル、アダマンチルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、フェニルチオカルボニルなど、アルカリール基、例えばベンジル、トリフェニルメチル、ベンジルオキシメチルなど、ならびにシリル基、例えば、トリメチルシリルなどが挙げられる。好ましいＮ－保護基は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、ピバロイル、ｔ－ブチルアセチル、アラニル、フェニルスルホニル、ベンジル、ｔ－ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、及びベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）である。

「ニトロ」という用語は、本明細書で用いる場合、－ＮＯ_２基を表す。
「Ｏ－保護基」という用語は、本明細書で用いる場合、合成手順中の望ましくない反応から酸素含有（例えば、フェノール、ヒドロキシル、またはカルボニル）基を保護するように意図された基を表す。一般に使用されるＯ－保護基は、参照により本明細書に組み込まれるＧｒｅｅｎｅ，“ＰｒｏｔｅｃｔｉｖｅＧｒｏｕｐｓｉｎＯｒｇａｎｉｃＳｙｎｔｈｅｓｉｓ，”３^ｒｄＥｄｉｔｉｏｎ（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９９９）、に開示されている。例示的なＯ－保護基としては、アシル基、アリーロイル基、またはカルバミル基、例えばホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ－ブチルアセチル、２－クロロアセチル、２－ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ－ニトロフェノキシアセチル、α－クロロブチリル、ベンゾイル、４－クロロベンゾイル、４－ブロモベンゾイル、ｔ－ブチルジメチルシリル、トリ－ｉｓｏ－プロピルシリルオキシメチル、４，４’－ジメトキシトリチル、イソブチリル、フェノキシアセチル、４－イソプロピルフェノキシアセチル、ジメチルホルムアミジノ、及び４－ニトロベンゾイル、アルキルカルボニル基、例えばアシル、アセチル、プロピオニル、ピバロイルなど、任意選択で置換されたアリールカルボニル基、例えばベンゾイル、シリル基、例えばトリメチルシリル（ＴＭＳ）、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、トリ－ｉｓｏ－プロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）など、ヒドロキシルとのエーテル形成基、例えばメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、トリチルなど、アルコキシカルボニル、例えばメトキシカルボニル、エトキシカルボニル、イソプロポキシカルボニル、ｎ－イソプロポキシカルボニル、ｎ－ブチルオキシカルボニル、イソブチルオキシカルボニル、ｓｅｃ－ブチルオキシカルボニル、ｔ－ブチルオキシカルボニル、２－エチルヘキシルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、メチルオキシカルボニルなど、アルコキシアルコキシカルボニル基、例えばメトキシメトキシカルボニル、エトキシメトキシカルボニル、２－メトキシエトキシカルボニル、２－エトキシエトキシカルボニル、２－ブトキシエトキシカルボニル、２－メトキシエトキシメトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、プロパルギルオキシカルボニル、２－ブテノキシカルボニル、３－メチル－２－ブテノキシカルボニルなど、ハロアルコキシカルボニル、例えば２－クロロエトキシカルボニル、２－クロロエトキシカルボニル、２，２，２－トリクロロエトキシカルボニルなど、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基、例えばベンジルオキシカルボニル、ｐ－メチルベンジルオキシカルボニル、ｐ－メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ－ニトロベンジルオキシカルボニル、２，４－ジニトロベンジルオキシカルボニル、３，５－ジメチルベンジルオキシカルボニル、ｐ－クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ－ブロモベンジルオキシ－カルボニル、フルオレニルメチルオキシカルボニルなど、及び任意選択で置換されたアリールオキシカルボニル基、例えば、フェノキシカルボニル、ｐ－ニトロフェノキシカルボニル、ｏ－ニトロフェノキシカルボニル、２，４－ジニトロフェノキシカルボニル、ｐ－メチル－フェノキシカルボニル、ｍ－メチルフェノキシカルボニル、ｏ－ブロモフェノキシカルボニル、３，５－ジメチルフェノキシカルボニル、ｐ－クロロフェノキシカルボニル、２－クロロ－４－ニトロフェノキシ－カルボニルなど）、置換アルキル、アリール、及びアルカリールエーテル（例えば、トリチル、メチルチオメチル、メトキシメチル、ベンジルオキシメチル、シロキシメチル、２，２，２，－トリクロロエトキシメチル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、エトキシエチル、１－［２－（トリメチルシリル）エトキシ］エチル、２－トリメチルシリルエチル、ｔ－ブチルエーテル、ｐ－クロロフェニル、ｐ－メトキシフェニル、ｐ－ニトロフェニル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、及びニトロベンジル）、シリルエーテル（例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、ジメチルイソプロピルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリベンジルシリル、トリフェニルシリル、及びジフェニルメチルシリル）、カーボネート（例えば、メチル、メトキシメチル、９－フルオレニルメチル、エチル、２、２、２－トリクロロエチル、２－（トリメチルシリル）エチル、ビニル、アリル、ニトロフェニル、ベンジル、メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、及びニトロベンジル）、カルボニル保護基（例えば、アセタール基及びケタール基、例えばジメチルアセタール、１，３－ジオキソランなど、アシラール基、及びジチアン基、例えば１，３－ジチアン、１，３－ジチオランなど）、カルボン酸保護基（例えば、エステル基、例えばメチルエステル、ベンジルエステル、ｔ－ブチルエステル、オルトエステルなど）、ならびにオキサゾリン基が挙げられる。

「オキソ」という用語は、本明細書で用いる場合、＝Ｏを表す。
「ペルフルオロ」という接頭辞は、本明細書で用いる場合、アルキル基に結合した各水素ラジカルがフッ化物ラジカルにより置換されている、本明細書に定義されるアニル基を表す。例えば、ペルフルオロアルキル基は、トリフルオロメチル、ペンタフルオロエチルなどによって例示される。

「保護ヒドロキシル」という用語は、本明細書で用いる場合、Ｏ－保護基に結合した酸素原子を表す。
「スピロシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、両方の末端が親基の同一の炭素原子に結合してスピロ環基を形成するＣ_２－７アルキレンジラジカル、及びさらに両方の末端が同一の原子に結合された、Ｃ_１－６ヘテロアルキレンジラジカルを表す。スピロシクリル基を形成するヘテロアルキレンラジカルは、窒素、酸素、及び硫黄からなる群から独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有することができる。いくつかの実施形態では、スピロシクリル基は、ジラジカルが付着した炭素原子を除いて、１～７個の炭素を含む。本発明のスピロシクリル基は、シクロアルキル基及び／またはヘテロシクリル基に関して任意選択の置換基として本明細書に提供される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。

「立体異性体」という用語は、本明細書で用いる場合、化合物（例えば、本明細書に記載される任意の式の化合物）が有し得る、考え得る全ての異なる異性体ならびに立体配座形態、特に、考え得る全ての立体化学異性体形態及び配座異性体形態、基本的分子構造のあらゆるジアステレオマー、エナンチオマー、及び／または配座異性体を指す。本発明のいくつかの化合物は、異なる互変異性体形態で存在し得、これらの互変異性体形態は全て本発明の範囲内に含まれる。

「スルホニル」という用語は、本明細書で用いる場合、－Ｓ（Ｏ）_２－基を表す。
「チオール」という用語は、本明細書で用いる場合、－ＳＨ基を表す。
定義
本出願では、文脈からそうでないと明らかでない限り、（ｉ）「ａ」という用語は、「少なくとも１つ」を意味すると理解されてよく、（ｉｉ）「または」という用語は、「及び／または」を意味すると理解されてよく、（ｉｉｉ）「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」及び「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、それ自体で、または１つもしくは複数の追加の構成要素もしくはステップとともに提示されるかどうかにかかわらず、明細に示した構成要素またはステップを包含すると理解されてよく、（ｉｖ）「約」及び「おおよそ」という用語は、当業者により理解され得るように、標準偏差を許容にすると理解されてよく、（ｖ）範囲が提供される場合、端点は含まれる。

当該技術分野で公知のように、「親和性」とは、特定のリガンドがそのパートナーに結合する緊密性の尺度である。親和性はさまざまな方法で測定可能である。いくつかの実施形態では、親和性は、定量的アッセイにより測定される。いくつかのかかる実施形態では、結合パートナー濃度は、生理学的条件を模倣するように、過剰なリガンド濃度にて固定され得る。あるいはまたは加えて、いくつかの実施形態では、結合パートナー濃度及び／またはリガンド濃度は変化し得る。いくつかのかかる実施形態では、親和性は、同等な条件（例えば、濃度）下で参照と比較され得る。

本明細書で用いる場合、「おおよそ」及び「約」という用語は、関連する文脈上適切であれば、当業者により理解され得る通常の統計的変動を包含することをそれぞれ意図する。ある特定の実施形態では、「おおよそ」または「約」という用語は、別段の記載がない限り、または文脈からそうでないと明確（例えば、かかる数字が可能な値の１００％を超え得る場合）でない限り、記載値（を超えるまたは未満）のいずれかの方向で２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に入る値の範囲をそれぞれ指す。

「結合」という用語は、本明細書で用いる場合、典型的には、２つ以上の実体間または中の会合（例えば、非共有結合または共有結合）を指すことが理解されるだろう。「直接」結合は、実体間または部分間の物理的接触を必然的に含み、間接結合は、１つまたは複数の中間実体との物理的接触による物理的相互作用を必然的に含む。２つ以上の実体間の結合は、典型的には、相互作用する実体または部分を、単離にてまたはより複雑な系の状況にて（例えば、担体実体と共有結合または別様に会合している状態で及び／または生物学系もしくは細胞中で）研究する場合を含む、さまざまな状況のいずれかで評価することができる。

分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般的には、解離定数（Ｋ_Ｄ）により表すことができる。親和性は、本明細書に記載のものを含めて当該技術分野で公知の通常の方法により測定できる。結合親和性を測定するための特定の例示的及び例としての実施形態を以下に記載する。「Ｋ_Ｄ」という用語は、本明細書で用いる場合、特定の化合物－タンパク質または複合体－タンパク質相互作用の解離平衡定数を指すと意図される。典型的には、本発明の化合物は、例えば、プレゼンタータンパク質をアナライトとして及び化合物をリガンドとして用いて表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定したとき、約１０^－６Ｍ未満、例えばおおよそ１０^－７Ｍ、１０^－８Ｍ、１０^－９Ｍ、もしくは１０^－１０Ｍ、またはさらにそれ以下の解離平衡定数（Ｋ_Ｄ）で、プレゼンタータンパク質に結合する。本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、例えば、標的タンパク質をアナライトとして及び複合体をリガンドとして用いて表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定したとき、約１０^－６Ｍ未満、例えばおおよそ１０^－７Ｍ、１０^－８Ｍ、１０^－９Ｍ、もしくは１０^－１０Ｍ、またはさらにそれ以下の解離平衡定数（Ｋ_Ｄ）で、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合する。

本明細書で用いる場合、「架橋基」という用語は、タンパク質または他の分子上の特定の官能基（例えば、第一級アミン、スルフヒドリル）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む基を指す。「アミノ酸と化学選択的に反応することができる部分」は、本明細書で用いる場合、天然または非天然アミノ酸の官能基（例えば、第一級及び第二級アミン、スルフヒドリル、アルコール、カルボキシル基、カルボニル、またはトリアゾール形成官能基、例えばアジドまたはアルキン）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む部分を指す。架橋基の例としては、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、マレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、チオスルホネート、またはビニルスルホンを含む基）、アミン反応性架橋基（例えば、エステル、例えばＮＨＳエステル、イミドエステル、及びペンタフルオロフェニルエステル、またはヒドロキシメチルホスフィンを含む基）、カルボキシル反応性架橋基（例えば、第一級もしくは第二級アミン、アルコール、またはチオールを含む基）、カルボニル反応性架橋基（例えば、ヒドラジドまたはアルコキシアミンを含む基）、及びトリアゾール形成架橋基（例えば、アジドまたはアルキンを含む基）が挙げられる。

本明細書で用いる場合、「複合体」という用語は、結合相互作用（例えば、非共有結合的相互作用、例えば疎水性効果相互作用、静電相互作用、ファンデルワールス相互作用、またはπ効果相互作用）を通して一つに結合している、２つ以上の化合物及び／またはタンパク質の群を指す。複合体の例は、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質に結合した本発明のコンジュゲートを含む「プレゼンタータンパク質／コンジュゲート複合体」及び「標的タンパク質／コンジュゲート複合体」である。

本明細書で用いる場合、「コンジュゲート」という用語は、２つ以上の化学化合物（例えば、架橋基及びタンパク質、例えば標的タンパク質またはプレゼンタータンパク質を含む化合物）の（例えば、共有結合形成反応を介した）接合により形成される化合物を指す。

本明細書で用いる場合、「電子吸引基」という用語は、π系から電子密度を除去する官能基を指す。電子吸引基の例としては、これらに限定されないが、ハロゲン化物（例えば、フッ化物、塩化物、臭化物、ヨウ化物）、アルデヒド、ケトン、カルボン酸、塩化アシル、エステル、アミド、三ハロゲン化物（例えば、トリフルオロメチル、トリクロロメチル）、ニトリル、スルホネート、及びニトロ基が挙げられる。

本明細書で用いる場合、「脱離基」という用語は、ヘテロリティック結合開裂で電子の対と共に離れる分子フラグメントを指す。脱離基の例としては、これらに限定されないが、ハロゲン化物（例えば、フッ化物、塩化物、臭化物、ヨウ化物）、カルボキシレート、トシレート、メシレート、ペルフルオロアルキルスルホネート（例えば、トリフレート）、硝酸塩、及びリン酸塩が挙げられる。

本明細書で用いる場合、「結合に関与する」原子は、それが結合する実体の４Å以内にあるか、またはそれが結合する実体の４Å以内にある原子に接続する。
「プレゼンタータンパク質」という用語は、低分子に結合して、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合する及びその活性を調節する複合体を形成するタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、比較的豊富なタンパク質である（例えば、プレゼンタータンパク質は、三分子複合体への関与が、細胞内でのプレゼンタータンパク質の生物学的機能及び／または細胞の生存力もしくは他の特質に実質的に影響を及ぼさない程度に十分に豊富である）。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内でシャペロン活性を有するタンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内で複数の天然の相互作用パートナーを有するタンパク質である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、低分子と結合して、標的タンパク質に結合する及びその生物学的活性を調節することが知られているかまたはそのように推定される二元複合体を形成すると知られているものである。

「プレゼンタータンパク質結合部分」という用語は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する原子の群及びそこに付着した部分（例えば、２０個の原子以内の原子、例えば１５個の原子以内の原子、１０以内の原子、５個の原子以内の原子）を指し、化合物は、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫ_Ｄを伴って、前記プレゼンタータンパク質に特異的に結合するか、または例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ_５０を伴って、プレゼンタータンパク質のペプチジル－プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質と相互作用する化合物中の全原子を必ずしも包含しないことが理解されるだろう。プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子が標的タンパク質結合部分（例えば、真核生物標的タンパク質結合部分、例えば哺乳類標的タンパク質結合部分もしくは真菌類標的タンパク質結合部分または原核生物標的タンパク質結合部分、例えば細菌標的タンパク質結合部分）内にあり得ることも理解されるだろう。

本明細書で用いる場合、「ＦＫＢＰ結合部分」は、タンパク質のＦＫＢＰファミリー（例えば、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２）におけるプレゼンタータンパク質に関して選択的なプレゼンタータンパク質結合部分を指す。「選択的ＦＫＢＰ結合部分」は、本明細書で用いる場合、ＦＫＢＰファミリーの全ての他のメンバーを超えて、ＦＫＢＰファミリーの１つもしくは複数（例えば、２、３、４、５）のメンバーに特異的である結合部分を指す。「非選択的ＦＫＢＰ結合部分」は、本明細書で用いる場合、ＦＫＢＰファミリーの全てのメンバーに関して、同等の親和性（２倍以内、３倍以内、４倍以内、５倍以内、１０倍以内）を有する結合部分を指す。

「タンパク質結合部分」という用語は、タンパク質（例えば、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質）への結合に関与する原子の群及びそこに付着した部分（例えば、２０個の原子以内の原子、例えば１５個の原子以内の原子、１０以内の原子、５個の原子以内の原子）を指し、化合物は、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫ_Ｄを伴って、前記タンパク質に特異的に結合するか、または例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ_５０を伴って、プレゼンタータンパク質のペプチジル－プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。タンパク質結合部分は、タンパク質と相互作用する化合物中の原子全体を包含するとは限らないことが、理解されるだろう。

本明細書で用いる場合、「反応する」という用語は、同じまたは異なる元素の原子が、それら自身を再構成して新規の物質を形成するプロセスを指す。例えば、２個の原子間の共有結合の形成、例えば共有結合を形成する、タンパク質上の反応性アミノ酸及び架橋基間の反応。反応は、当該技術分野において公知の任意の方法によって測定されてよく、例えば、反応生成物の形成は、ＬＣ－ＭＳまたはＮＭＲによって決定することができる。

本明細書で用いる場合、「反応性アミノ酸」という用語は、特定の官能基（例えば、架橋基）に化学的に付着することができる官能基（例えば、求核性官能基）を含む天然または非天然アミノ酸を指す。反応性アミノ酸の例としては、システイン、リジン、セリン、及び側鎖上にアジドを有するアミノ酸が挙げられる。「非反応性アミノ酸」は、特定の官能基に化学的に付着することができる官能基を含有しない天然または非天然アミノ酸を指す。非反応性アミノ酸の例としては、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン（ｔｈｅｒｏｎｉｎｅ）、及びロイシンが挙げられる。

「参照」という用語は、多くの場合、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値と比較される標準または対照の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値を記述するために本明細書で用いる。いくつかの実施形態では、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値の検査または決定と実質的に同時に検査及び／または決定される。いくつかの実施形態では、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、有形媒体において任意選択で具現化された履歴参照である。典型的には、当業者により理解され得るように、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値の決定または特徴決定に利用されるものと同等の条件下で決定または特徴決定される。

本明細書で用いる場合、「溶媒に曝露されたアミノ酸」という用語は、タンパク質を取り囲む溶媒と接触可能であるアミノ酸を指す。いくつかの実施形態では、溶媒に曝露されたアミノ酸は、置換されているとき、タンパク質の三次元構造を実質的に変化させないアミノ酸である。

本明細書で用いる場合、「特異的結合」または「に特異的」または「に対して特異的」という用語は、結合剤及び標的実体間の相互作用を指す。当業者により理解され得るように、相互作用は、代替相互作用の存在下で有利である場合、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫ_Ｄで結合する場合、「特異的」であるとみなされる。多くの実施形態では、特異的相互作用は、標的実体（例えば、エピトープ、クレフト、結合部位）の特定の構造的特徴の存在に依存する。特異性が絶対的である必要はないことが理解されたい。いくつかの実施形態では、特異性は、１つまたは複数の他の潜在的な標的実体（例えば、競合因子）に対する結合剤の特異性と対比して評価され得る。いくつかの実施形態では、特異性は、参照特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、特異性は、参照非特異的結合剤の特異性と対比して評価される。

「特異的」という用語は、活性を有する化合物に関連して用いられる場合、化合物が潜在的標的実体または状態を識別することを意味するものと当業者により理解される。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、１つまたは複数の競合する代替標的の存在下でその標的に優先的に結合する場合に、その標的に「特異的」に結合すると言われる。多くの実施形態では、特異的相互作用は、標的実体（例えば、エピトープ、クレフト、結合部位）の特定の構造的特徴の存在に依存する。特異性が絶対的である必要はないことが理解されたい。いくつかの実施形態では、特異性は、１つまたは複数の他の潜在的な標的実体（例えば、競合因子）に対する結合剤の特異性と対比して評価され得る。いくつかの実施形態では、特異性（ｓｐｅｉｃｉｆｃｉｔｙ）は、参照特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、特異性は、参照非特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、作用剤または実体は、その標的実体への結合の条件下で競合する代替標的に検出可能に結合しない。いくつかの実施形態では、結合剤は、競合する代替標的（複数可）と比較して、より高いオン速度、より低いオフ速度、増加した親和性、低減した解離、及び／または増加した安定性を伴って、その標的実体に結合する。

「実質的」という用語は、関心対象の特徴または特性の全体またはほぼ全体の程度または度合いを呈する定性的条件を指す。生物学技術分野の当業者であれば、生物学的及び化学的な現象が、最終状態に達すること及び／または完全まで進行することまたは絶対的結果を達成もしくは回避することは、あっても稀であるものと理解するだろう。したがって、「実質的」という用語は、多くの生物学的及び化学的な現象に固有の完全性の欠如の可能性を取り込むように本明細書で用いる。

特定のタンパク質に「実質的に結合しない」という用語は、本明細書で用いる場合、例えば、標的に対して、１０^－４Ｍ以上、代替的に１０^－５Ｍ以上、代替的に１０^－６Ｍ以上、代替的に１０^－７Ｍ以上、代替的に１０^－８Ｍ以上、代替的に１０^－９Ｍ以上、代替的に１０^－１０Ｍ以上、代替的に１０^－１１Ｍ以上、代替的に１０^－１２Ｍ以上のＫ_Ｄ、または１０^－４Ｍ～１０^－１２Ｍもしくは１０^－６Ｍ～１０^－１０Ｍもしくは１０^－７Ｍ～１０^－９Ｍの範囲内のＫ_Ｄを有する分子または分子の部位により表すことができる。

「標的タンパク質」という用語は、疾患、障害または状態に関連する生物学的経路に関与する任意のタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ｍＴＯＲまたはカルシニューリンではない。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プレゼンタータンパク質及び低分子と三分子複合体を形成することができる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、天然に生じるタンパク質であり、いくつかのかかる実施形態では、標的タンパク質は、ある特定の哺乳類細胞（例えば、哺乳類標的タンパク質）、菌類細胞（例えば、菌類標的タンパク質）、細菌細胞（例えば、細菌標的タンパク質）、または植物細胞（例えば、植物標的タンパク質）に天然に見いだされる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、１つまたは複数の天然プレゼンタータンパク質／天然低分子複合体との天然相互作用を特徴とする。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、複数の異なる天然プレゼンタータンパク質／天然低分子複合体との天然相互作用を特徴とし、いくつかのかかる実施形態では、複合体の一部または全部は、同一のプレゼンタータンパク質（及び異なる低分子）を利用する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、シクロスポリン、ラパマイシン、またはＦＫ５０６及びプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ）の複合体に実質的に結合しない。標的タンパク質は、天然に生じる、例えば、野生型であることができる。あるいは、標的タンパク質は、野生型タンパク質から変異することができるが、例えば、対立遺伝子変異体、スプライス突然変異体、または生物学的に活性なフラグメントとして、生物学的機能を依然として維持する。例示的な哺乳類標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを有するタンパク質、または疾患、障害もしくは状態に関連する生物学的経路に関与する任意の他のタンパク質である。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、修飾された標的タンパク質である。修飾された標的タンパク質は、タンパク質配列における、保存的または非保存的な、アミノ酸の挿入、欠失、もしくは置換を含むことができる（例えば、Ｄ－アミノ酸、デスアミノ酸）（例えば、この場合、このような変化は、ポリペプチドの生物学的活性を実質的に変えない）。具体的には、本発明のポリペプチドのいずれかのアミノまたはカルボキシ末端への１個または複数のシステイン残基の付加は、例えば、ジスルフィド結合によるこれらのタンパク質のコンジュゲーションを促進することができる。いくつかの実施形態では、１個または複数の反応性アミノ酸残基（例えば、システイン）は除去されて、タンパク質上の潜在的なコンジュゲーション部位の数を低減させる。アミノ酸置換は、保存的（すなわち、残基を、同じ属タイプまたは群の別の残基により置き換える）または非保存的（すなわち、残基を、別のタイプのアミノ酸により置き換える）であることができる。加えて、天然に生じるアミノ酸は、天然には生じないアミノ酸に置換することができる（すなわち、天然には生じない保存的アミノ酸置換または天然には生じない非保存的アミノ酸置換）。

「標的タンパク質結合部分」という用語は、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体であるとき、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）への結合に関与する環原子の群、及びそこに付着した部分（例えば、２０個の原子以内の原子、例えば、１５個の原子以内の原子、１０以内の原子、５個の原子以内の原子）を指す。標的タンパク質結合部分が、標的タンパク質と相互作用する化合物中の原子全体を包含するとは限らないことが、理解されるだろう。プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子が、標的タンパク質結合部分にも存在し得ることもまた、理解されるだろう。

「従来型の結合ポケット」という用語は、活性が１個または複数の低分子により調節されたタンパク質に匹敵する生理化学的及び／または幾何学的な特性を有するタンパク質構造上のキャビティまたはポケットを指す。いくつかの実施形態では、従来型の結合ポケットは、１０００Ａ^３超の体積を有する明確に規定されたポケットである。当業者であれば、従来型の結合ポケットの概念を熟知しており、さらにそれと「ドラッガビリティー」との関係を認識している。ある特定の実施形態では、タンパク質は、本明細書に定義されるように、アンドラッガブルであれば、従来型の結合ポケットを有していないとみなされる。

「アンドラッガブル標的」という用語は、薬物により標的されることが知られているタンパク質ファミリーのメンバーでない及び／または低分子への高親和性結合に好適な結合部位を有さないタンパク質を指す。標的タンパク質がアンドラッガブルであるか否かを決定する方法は、当該技術分野で公知である。例えば、標的タンパク質がアンドラッガブルであるか否かは、体積、表面積、親油性表面積、深度、及び／または疎水性比を含むタンパク質上の結合ポケットに対して計算されたパラメータに基づいてドラッガビリティーを評価するＤＯＧＳＩＴＥＳＣＯＲＥＲ（登録商標）（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔａｔＨａｍｂｕｒｇ，Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）というプログラムにより用いられるような構造ベースのアルゴリズムを用いて決定し得る。

ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２－ＦＫ５０６コンジュゲートのＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。レーン１：ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ、レーン２：ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２－ＦＫ５０６反応混合物、レーン３：ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２－ＦＫ５０６反応混合物＋１００ｍＭＤＴＴ。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ} ｌｉｔｅ／ＳＦＡＸ９ＤＳコンジュゲートのＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２複合体形成のＳＥＣ及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。ＳＥＣ精製プロファイル。青い点線は、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２三元複合体の溶出に対応するピークを示す。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２複合体形成のＳＥＣ及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。ＳＥＣ溶出ピークのＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析。青い点線は、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２溶出ピークについて集めた画分に対応する。ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}ｌｉｔｅ／ＳＦＡＣ４ＤＳ／ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ複合体の形成を確認する、ＳＥＣプロファイル、及び溶出ピークのＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。遊離ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２タンパク質ならびにＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ１２複合体のＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。遊離ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２タンパク質ならびにＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ３－ＳＬＦ／ＦＫＢＰ１２複合体のＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析を例示する画像である。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるＣ３及びＣ４ＳＬＦの架橋効率を例示する画像である。Ａ及びＢは、ＦＫＢＰ１２－化合物１－ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}複合体の結晶構造を例示する画像である。図７Ａ）ＦＫＢＰ１２、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}及びリガンドを示すリボン状の表示。示された３σにおけるＦｏ－Ｆｃ電子密度は、クローズアップ図においてリガンドについて示す。図７Ｂ）、リガンドまたはパートナータンパク質に４Å以内で近接する原子を赤で着色した、複合体の表面の表示である。ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ－ＳＦＡＣ４ＤＳ－ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}の結晶構造を例示する画像である。Ａ及びＢは、ＦＫＢＰ１２－Ｃ３ＳＬＦ－ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の結晶構造を例示する画像である。図９Ａは、結晶が、非対称単位のＦＫＢＰ１２－Ｃ３ＳＬＦ－ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の２個の複合体分子を含有することを例示する。図９Ｂは、ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の埋込面積が４２７Å^２であり、Ｃ３ＳＬＦの埋込面積が６１５Å^２であることを例示する。ＭＣＬ１_{Ｓ２４５Ｃ}／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ５２の結晶構造を例示する画像である。ＣＹＰＡ－Ｗ２１４８７－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}三元複合体のＷ２１４８７に依存する複合体形成の結合曲線を例示する画像である。ＣＹＰＡ－Ｗ２１４８７－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}三元複合体のＷ２１４８７に依存する複合体形成の結合曲線を例示する画像である。ＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２－化合物１及びＦＫＢＰ１２－化合物２二元複合体の結合についてのＩＴＣ測定を例示する画像である。ＣＥＰ２５０_１１．４及びＣＥＰ２５０_２９．２へのＦＫＢＰ１２／化合物１の結合についてのＳＰＲセンサーグラムを例示する画像である。ＣＥＰ２５０_１１．４及びＣＥＰ２５０_２９．２へのＦＫＢＰ１２／化合物１の結合についてのＳＰＲセンサーグラムを例示する画像である。ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}へのＣＹＰＡ／化合物３の結合についてのセンソグラム（ｓｅｎｓｏｇｒａｍ）及び定常状態フィッティング曲線を例示する画像である。ＣｙｐＡ：Ｃ３ＤＳ：ＫＲＡＳ複合体形成についての蛍光偏光曲線を例示する画像である。ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}の２Ｄ１Ｈ－１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを例示する画像である。化学量論量のＣＹＰＡの添加を例示する画像である。ＫＲＡＳ及びＣＹＰＡ単独を例示する画像である。

多くの重要な治療標的は、他のタンパク質との複合体化によりそれらの機能を発揮する。これらの系の多くにおけるタンパク質／タンパク質相互作用表面は、極性残基の広い環に取り囲まれた疎水性側鎖の内側コアを含有する。疎水性残基は、エネルギー的に有利な接触のほぼ全てに寄与し、そのためこのクラスターは、タンパク質－タンパク質相互作用における会合のための「ホットスポット」として指定されてきた。重要なことに、天然に生じる低分子と小さい提示タンパク質との前述の複合体では、低分子は、ホットスポットと類似の疎水性機能のクラスターを提供し、タンパク質は、主に極性の残基の環を提供する。言い換えれば、提示された低分子系は、天然のタンパク質／タンパク質相互作用系で広く利用される表面構築を模倣する。

自然は、提示された低分子－－ポータブルホットスポット－の標的特異性を進化の多様化により再プログラムする能力を実証してきた。最も良好に特徴決定された例では、ＦＫ５０６結合タンパク質（ＦＫＢＰ）及びＦＫ５０６間で形成された複合体は、カルシニューリンを標的とする。しかしながら、ＦＫＢＰは、関連分子のラパマイシンとも複合体を形成することができ、その複合体は、まったく異なる標的ＴｏｒＣ１と相互作用する。これまでのところ、アンドラッガブルであると以前にみなされた他の標的タンパク質と相互作用し、それを調節できるように、プレゼンタータンパク質／リガンド界面の結合及び調節能力を再プログラムする方法は、開発されていない。

加えて、いくつかの薬物候補物質は、意図された標的及び他の意図されていないタンパク質の両方の活性を同様に調節するために、うまく機能しないことが十分に確立されている。この問題は、標的タンパク質の薬物結合部位が非標的タンパク質の結合部位に類似している場合に、特に困難なものとなる。ＡＴＰ結合ポケットが非標的インスリン受容体（ＩＲ）の結合ポケットに構造的に類似しているインスリン様成長因子受容体（ＩＧＦ－１Ｒ）は、そのような一例である。ＩＧＦ－１Ｒを標的とするように設計された低分子開発候補物質は、典型的には、インスリン受容体も調節するという許容できない副作用を有する。しかしながら、ＡＴＰ結合ポケットの周囲の領域には、これらの２つのタンパク質間の構造の非類似性が存在する。かかる知見にもかかわらず、こうした差異の利点を生かしてＩＲよりもＩＧＦ－１Ｒに特異的である薬物を開発する方法は、これまでのところ存在しない。

本開示は、タンパク質－タンパク質界面、例えばプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質間の界面を分析するのに有用な方法及び試薬を提供する。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、細胞内タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、哺乳類タンパク質である。いくつかの実施形態では、これらの方法及び試薬は、プレゼンタータンパク質及び低分子と複合体を形成することによって、阻害または活性化の影響を受けやすい標的タンパク質を同定するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、これらの方法及び試薬は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質と複合体を形成することによって、標的タンパク質を阻害または活性化することができる化合物を同定するのに有用であり得る。
化合物及びコンジュゲート
本開示は、タンパク質結合部分（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分または標的タンパク質結合部分）と架橋基を含む化合物を提供する。本発明は、タンパク質にコンジュゲートしたタンパク質結合部分、例えば、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分またはプレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートにも関する。

本発明は、式ＶＩＩ：
Ａ－Ｌ－Ｂ
式ＶＩＩ
の化合物にも関し、
式中、Ａは、式ＶＩＩＩ：

の構造を含む。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、

である。
架橋基
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、架橋基を含む。架橋基は、タンパク質または他の分子上の特定の官能基（例えば、第一級アミン、スルフヒドリル）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む基を指す。架橋基の例としては、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、マレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、チオスルホネート、またはビニルスルホンを含む基）、アミン反応性架橋基（例えば、エステル、例えばＮＨＳエステル、イミドエステル、及びペンタフルオロフェニルエステル、またはヒドロキシメチルホスフィンを含む基）、カルボキシル反応性架橋基（例えば、第一級もしくは第二級アミン、アルコール、またはチオールを含む基）、カルボニル反応性架橋基（例えば、ヒドラジドまたはアルコキシアミンを含む基）、及びトリアゾール形成架橋基（例えば、アジドまたはアルキンを含む基）が挙げられる。

例示的な架橋基としては、２’－ピリジルジスルフィド、４’－ピリジルジスルフィドヨードアセチル、マレイミド、チオエステル、アルキルジスルフィド、アルキルアミンジスルフィド、ニトロ安息香酸ジスルフィド、無水物、ＮＨＳエステル、アルデヒド、塩化アルキル、アルキン、マイケルアクセプター基（例えば、α，β－非置換ケトンまたはスルホン）、エポキシド、ヘテロアリールニトリル及びアジドが挙げられる。
プレゼンタータンパク質結合部分
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、プレゼンタータンパク質結合部分を含む。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する原子の群（例えば、５～２０個の原子、５～１０個の原子、１０～２０個の原子）を含み、そこに付着した任意の部分（例えば、２０個の原子以内の原子、例えば１５個の原子以内の原子、１０個の原子以内の原子、５個の原子以内の原子）を含み得、提供される化合物は、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫ_Ｄを伴って、前記プレゼンタータンパク質に特異的に結合するか、または例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ_５０を伴って、プレゼンタータンパク質のペプチジル－プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質と相互作用する、提供される化合物中の全原子を包含しない。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子は、プレゼンタータンパク質と相互作用しない。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ－アシルプロリン部分、Ｎ－アシル－ピペコリン酸部分、Ｎ－アシル３－モルフォリノ－カルボン酸部分、及び／またはＮ－アシルピペルジン酸部分を含む（例えば、いずれかの窒素原子がアシル化されている。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ－アシル－ピペコリン酸部分を含む。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ－アシルプロリン部分を含む。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ－アシル３－モルフォリノ－カルボン酸部分を含む。いくつかの実施形態（ｅｍｏｂｏｄｉｍｅｎｔｓ）では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ－アシルピペルジン酸部分を含む。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の少なくとも１個の原子は、ＦＫＢＰ１２のＴｙｒ２７、Ｐｈｅ３７、Ａｓｐ３８、Ａｒｇ４１、Ｐｈｅ４７、Ｇｌｎ５４、Ｇｌｕ５５、Ｖａｌ５６、Ｉｌｅ５７、Ｔｒｐ６０、Ａｌａ８２、Ｔｒｙ８３、Ｈｉｓ８８、Ｉｌｅ９２、及び／またはＰｈｅ１００のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５）との結合に関与する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の少なくとも１個の原子（ａｔｌｅａｓｔｏｎｅａｔｏｆ）は、ＦＫＢＰ１２のＡｒｇ４１、Ｇｌｎ５４、Ｇｌｕ５５、及び／またはＡｌａ８２の少なくとも１つ（例えば、２、３、または４）との結合に関与する。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式ＩＩ～ＩＶ：

に従う構造を有する。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：

またはその立体異性体を含む、またはこれからなる。

プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質結合部分内の原子に結合することができる。あるいはまたは加えて、プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質結合部分内の２個以上の原子に結合することができる。別の代替では、プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質結合部分内の１個または複数の原子に付着した置換基に結合することができる。さらに、いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質結合部分内の原子に、及びプレゼンタータンパク質結合部分内の１個または複数の原子に付着した置換基に結合することができる。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プレゼンタータンパク質の天然リガンドを模倣する基に結合し、ここで、プレゼンタータンパク質の天然リガンドを模倣する基は、プレゼンタータンパク質結合部分に付着している。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質はプレゼンタータンパク質に結合し、二元複合体におけるプレゼンタータンパク質に対するプレゼンタータンパク質の親和性は、複合体の不在下でのプレゼンタータンパク質に対するプレゼンタータンパク質の親和性に対比して増加する。このような例における結合は、典型的には、限定されないが、プレゼンタータンパク質結合部分へのプレゼンタータンパク質の非共有結合的相互作用による。
標的タンパク質結合部分
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、標的タンパク質結合部分（例えば、真核生物標的タンパク質結合部分、例えば哺乳類標的タンパク質結合部分もしくは真菌類標的タンパク質結合部分または原核生物標的タンパク質結合部分、例えば細菌標的タンパク質結合部分）を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分は、標的タンパク質に特異的に結合する原子の群（例えば、５～２０個の原子、５～１０個の原子、１０～２０個の原子）を含み、そこに付着した任意の部分（例えば、２０個の原子以内の原子、１５個の原子以内の原子、１０個の原子以内の原子、５個の原子以内の原子）を含み得る。いくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分は、標的タンパク質と相互作用する化合物内の複数個の原子を含む。ある特定の実施形態では、標的タンパク質結合部分の１個または複数の原子は、標的タンパク質と相互作用しない。

標的タンパク質は、標的タンパク質結合部分中の原子に結合することができる。あるいはまたは加えて、標的タンパク質は、標的タンパク質結合部分内の２個以上の原子に結合することができる。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質結合部分内の１個または複数の原子に付着した置換基に結合することができる（ｂｉｎｄｃａｎ）。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質結合部分内の原子に、及び標的タンパク質結合部分内の１個または複数の原子に付着した置換基に結合することができる。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質の天然リガンドを模倣する基に結合し、ここで、標的タンパク質の天然リガンドを模倣する基は、標的タンパク質結合部分に付着している。なおも別の代替では、標的タンパク質はプレゼンタータンパク質に結合し、二元複合体内のプレゼンタータンパク質に対する標的タンパク質の親和性は、複合体の不在下でのプレゼンタータンパク質に対する標的タンパク質の親和性に対比して増加する。これらの例における結合は、典型的には、限定されないが、標的タンパク質結合部分への標的タンパク質の非共有結合的相互作用による。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質結合部分は、架橋基（例えば、内的架橋基）を含む。
リンカー
本発明の化合物は、タンパク質結合部分（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分または標的タンパク質結合部分）を架橋基に接合するリンカー（例えば、部分リンカーまたはタンパク質結合部分をタンパク質（例えば、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質）に接合するリンカーを含む。本発明のリンカー構成要素は、その最も単純なものでは、結合であるが、２つの部分を共有結合的に連結しているペンダント基を有する直鎖状、環状、または分岐状分子の骨格も提供し得る。

いくつかの実施形態では、リンカーの少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与する。ある特定の実施形態では、リンカーの少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与しない。

ゆえに、リンカーは、本明細書に記載のような化合物及び／またはコンジュゲート内に含まれるとき、いずれかの部分上に位置する１つまたは複数の官能基との結合形成を伴って、共有結合的手段によって２つの（またはそれより多い）部分の連結を達成する。この目的のために採用され得る化学反応性官能基の例としては、限定されないが、アミノ、ヒドロキシル、スルフヒドリル、カルボキシル、カルボニル、炭水化物基、隣接ジオール、チオエーテル、２－アミノアルコール、２－アミノチオール、グアニジニル、イミダゾリル、及びフェノール基が挙げられる。

いくつかの実施形態では、２つの（またはそれより多い）部分のかかる共有結合的連結は、いずれかの部分に存在するかかる官能基と反応することができる反応性部分を含有するリンカーを使用して、もたらされ得る。例えば、部分のアミン基は、リンカーのカルボキシル基、またはその活性化誘導体と反応し得、２つを連結するアミドの形成をもたらす。

スルフヒドリル基と反応することができる部分の例としては、ＸＣＨ_２ＣＯ－（式中、Ｘ＝Ｂｒ、Ｃｌ、またはＩ）タイプのα－ハロアセチル化合物が挙げられ、これは、スルフヒドリル基に対して特定の反応性を示すだけでなく、イミダゾリル基、チオエーテル基、フェノール基、及びアミノ基を修飾するためにも使用することができ、これはＧｕｒｄ，ＭｅｔｈｏｄｓＥｎｚｙｍｏｌ．１１：５３２（１９６７）に記載されている。Ｎ－マレイミド誘導体もまた、スルフヒドリル基に対して選択的であるとみなされるが、加えて、ある特定の条件下でアミノ基とのカップリングに有用であり得る。アミノ基の変換を通してチオール基を導入する、２－イミノチオランなどの試薬（Ｔｒａｕｔｅｔａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ１２：３２６６（１９７３））は、連結がジスルフィド架橋の形成を通して生じる場合に、スルフヒドリル試薬とみなされ得る。

アミノ基と反応することができる反応性部分の例としては、例えば、アルキル化剤及びアシル化剤が挙げられる。代表的なアルキル化剤としては：
（ｉ）α－ハロアセチル化合物、これは、反応性チオール基の不在下でアミノ基に対して特異性を示し、ＸＣＨ_２ＣＯ－（式中、Ｘ＝Ｂｒ、Ｃｌ、またはＩ）タイプである、これは例えば、ＷｏｎｇＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ２４：５３３７（１９７９）に記載される、
（ｉｉ）Ｎ－マレイミド誘導体、これは、マイケル型反応を通してまたは環カルボニル基への付加によるアシル化を通してアミノ基と反応し得る、これは例えば、Ｓｍｙｔｈｅｔａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８２：４６００（１９６０）及びＢｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．９１：５８９（１９６４）に記載される、
（ｉｉｉ）ハロゲン化アリール、例えば、反応性ニトロハロ芳香族化合物、
（ｉｖ）ハロゲン化アルキル、これは例えば、ＭｃＫｅｎｚｉｅｅｔａｌ．，Ｊ．ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｅｍ．７：５８１（１９８８）に記載される、
（ｖ）アミノ基とシッフ塩基を形成することができるアルデヒド及びケトン、形成される付加物は、通常、還元を通して安定化して、安定したアミンを得る、
（ｖｉ）エポキシド誘導体、例えばエピクロロヒドリンやビスオキシラン、これはアミノ基、スルフヒドリル基、またはフェノール性ヒドロキシル基と反応し得る、
（ｖｉｉ）ｓ－トリアジンの塩素含有誘導体、これはアミノ基、スルフヒドリル基、ヒドロキシル基などの求核剤に対して非常に反応性である、
（ｖｉｉｉ）上に詳述したｓ－トリアジン化合物に基づくアジリジン、例えば、Ｒｏｓｓ，Ｊ．Ａｄｖ．ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２：１（１９５４）に記載されており、これは開環によりアミノ基などの求核剤と反応する、
（ｉｘ）スクアリン酸ジエチルエステル、これはＴｉｅｔｚｅ，Ｃｈｅｍ．Ｂｅｒ．１２４：１２１５（１９９１）に記載される、ならびに
（ｘ）α－ハロアルキルエーテル、これは、エーテル酸素原子により引き起こされる活性化に起因して、通常のハロゲン化アルキルよりも高反応性のアルキル化剤である、これはＢｅｎｎｅｃｈｅｅｔａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２８：４６３（１９９３）に記載される、
が挙げられる。

代表的なアミノ反応性アシル化剤としては、
（ｉ）イソシアネート及びイソチオシアネート、特に芳香族誘導体、これはそれぞれ安定な尿素誘導体及びチオ尿素誘導体を形成する、
（ｉｉ）スルホニルクロリド、これはＨｅｒｚｉｇｅｔａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ２：３４９（１９６４）に記載されている、
（ｉｉｉ）酸ハロゲン化物、
（ｉｖ）活性エステル、例えばニトロフェニルエステルまたはＮ－ヒドロキシスクシンイミジルエステル、
（ｖ）酸無水物、例えば混合型、対称型、またはΝ－カルボキシ無水物、
（ｖｉ）アミド結合形成に関する他の有用な試薬、例えば、Ｍ．Ｂｏｄａｎｓｋｙ，ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓｏｆＰｅｐｔｉｄｅＳｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，１９８４に記載される、
（ｖｉｉ）アシルアジド、例えば、このアジド基は、亜硝酸ナトリウムを用いて事前に形成されたヒドラジド誘導体から生成される、これはＷｅｔｚｅｔａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５８：３４７（１９７４）に記載される、
（ｖｉｉｉ）イミドエステル、これは、アミノ基との反応の際に安定なアミジンを形成する、これは例えば、ＨｕｎｔｅｒａｎｄＬｕｄｗｉｇ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８４：３４９１（１９６２）に記載される、ならびに
（ｉｘ）ハロヘテロアリール基、例えばハロピリジンまたはハロピリミジンが挙げられる。

アルデヒド及びケトンは、アミンと反応してシッフ塩基を形成し得、これは還元的アミノ化を通して有利に安定化され得る。アルコキシルアミノ部分は、ケトン及びアルデヒドと容易に反応して安定なアルコキサミンを生成する、これは例えば、Ｗｅｂｂｅｔａｌ．，ＢｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅＣｈｅｍ．１：９６（１９９０）において記載される。

カルボキシル基と反応することができる反応性部分の例としては、ジアゾ化合物、例えばジアゾアセテートエステル及びジアゾアセトアミドが挙げられ、これらは、高い特異性で反応してエステル基を生成する、これは例えば、Ｈｅｒｒｉｏｔ，Ａｄｖ．ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｅｍ．３：１６９（１９４７）に記載される。Ｏ－アシルウレア形成及びそれに続くアミド結合形成を通して反応するカルボキシル修飾試薬、例えばカルボジイミドも、利用可能である。

例えば、追加の反応性または選択性を付与するために、いずれかの部分の官能基を、所望の場合、反応の前に他の官能基に変換してよいことを理解されたい。この目的のために有用な方法の例としては、ジカルボン酸無水物などの試薬を用いるカルボキシルへのアミンの変換、Ｎ－アセチルホモシステインチオラクトン、Ｓ－アセチルメルカプトコハク酸無水物、２－イミノチオラン、またはチオール含有スクシンイミジル誘導体などの試薬を用いるチオールへのアミンの変換、α－ハロアセテートなどの試薬を用いるカルボキシルへのチオールの変換、エチレンイミンまたは２－ブロモエチルアミンなどの試薬を用いるアミンへのチオールの変換、カルボジイミド続いてジアミンなどの試薬を用いるアミンへのカルボキシルの変換、ならびに塩化トシルなどの試薬の使用、続いてチオアセテートを用いたエステル交換反応、及び酢酸ナトリウムを用いたチオールへの加水分解による、チオールへのアルコールの変換が挙げられる。

いわゆる、長さゼロのリンカーは、追加の連結物を導入することなく、一方の部分の反応性化学基と他方の反応性化学基との直接的な共有結合的接合を伴い、所望の場合、本発明に従って使用され得る。

より一般的には、しかしながら、リンカーは、上記のように、スペーサーエレメントにより接続した２つ以上の反応性部分を含む。かかるスペーサーの存在により、二官能性リンカーをいずれかの部分内の特定の官能基と反応させることが可能となり、２つの間に共有結合的連結がもたらされる。リンカー内の反応性部分は、同一（ホモ二官能性リンカー）または異なっていてもよく（ヘテロ二官能性リンカー、または、いくつかの非類似反応性部分が存在する場合は、ヘテロ多官能性リンカー）、２つの部分間に共有結合的付着をもたらし得る多様な潜在的試薬を提供する。

リンカー内のスペーサーエレメントは、典型的には、直鎖または分岐鎖からなり、Ｃ_１－１０アルキル、Ｃ_２－１０アルケニル、Ｃ_２－１０アルキニル、Ｃ_２－６ヘテロシクリル、Ｃ_６－１２アリール、Ｃ_７－１４アルカリール、Ｃ_３－１０アルクヘテロシクリル、Ｃ_２－Ｃ_１００ポリエチレングリコール、またはＣ_１－１０ヘテロアルキルを含み得る。

いくつかの例では、リンカーは、式Ｖにより記される。
本発明のコンジュゲートの調製に有用なホモ二官能性リンカーの例としては、限定されないが、エチレンジアミン、プロピレンジアミン及びヘキサメチレンジアミン、エチレングリコール、ジエチレングリコール、プロピレングリコール、１，４－ブタンジオール、１，６－ヘキサンジオール、シクロヘキサンジオール、及びポリカプロラクトンジオールから選択されるジアミン及びジオールが挙げられる。

いくつかの実施形態では、リンカーは、結合であるか、または炭素、窒素、酸素、硫黄、もしくはリン原子から独立して選択される最大で１０個までの原子の直鎖であり、鎖内の各原子は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、クロロ、ヨード、ブロモ、フルオロ、ヒドロキシル、アルコキシ、アリールオキシ、カルボキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アシルアミノ、カルボキサミド、シアノ、オキソ、チオ、アルキルチオ、アリールチオ、アシルチオ、アルキルスルホネート、アリールスルホネート、ホスホリル、及びスルホニルから独立して選択される１つまたは複数の置換基を用いて任意選択で置換され、鎖内の任意の２個の原子は、それらに結合した置換基と一緒になって環を形成し得、環は、さらに置換され得る及び／または１つもしくは複数の任意選択で置換された炭素環、ヘテロ環、アリール環、またはヘテロアリール環に縮合し得る。

いくつかの実施形態では、リンカーは、式ＸＩＸ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ａ－（Ｃ^１）_ｂ－（Ｂ^２）_ｃ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｄ－（Ｃ^２）_ｅ－（Ｂ^４）_ｆ－Ａ^２
式ＸＩＸ
の構造を有し、
式中、Ａ^１は、リンカー及びプレゼンタータンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２は、哺乳類標的相互作用部分及びリンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４は、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎは、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２は、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、及びｆは、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄは、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、もしくは任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ａ－（Ｃ^１）_ｂ－（Ｂ^２）_ｃ－を－（Ｂ^３）_ｄ－（Ｃ^２）_ｅ－（Ｂ^４）_ｆ－Ａ^２に連結する化学結合である。
タンパク質
プレゼンタータンパク質
プレゼンタータンパク質は、低分子に結合して複合体を形成することができ、この複合体は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合してその活性を調節することができる。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、哺乳類プレゼンタータンパク質（例えば、ヒトプレゼンタータンパク質）である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、真菌類プレゼンタータンパク質である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細菌プレゼンタータンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、植物プレゼンタータンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、比較的豊富なタンパク質である（例えば、プレゼンタータンパク質は、三分子複合体における関与が、細胞内でのプレゼンタータンパク質の生物学的機能及び／または細胞の生存もしくは他の特質に実質的に悪影響を及ぼさない程度に十分に豊富である）。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、標的タンパク質よりも豊富である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内でシャペロン活性を有するタンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内で複数の天然相互作用パートナーを有する。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、低分子に結合して、標的タンパク質に結合してその生物学的活性を調節すると知られているまたはそのように推定される二元複合体を形成することが知られているタンパク質である。イムノフィリンは、これらの機能を有すると知られているプレゼンタータンパク質のクラスであり、ＦＫＢＰ及びシクロフィリンを含む。いくつかの実施形態では、参照プレゼンタータンパク質は、ペプチジルプロリルイソメラーゼ活性を呈する、いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、参照プレゼンタータンパク質に匹敵する活性を示す。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、ＦＫＢＰファミリーのメンバー（例えば、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ１９、ＦＫＢＰ２２、ＦＫＢＰ２３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ３６、ＦＫＢＰ３８、ＦＫＢＰ５１、ＦＫＢＰ５２、ＦＫＢＰ６０、ＦＫＢＰ６５、及びＦＫＢＰ１３３）、シクロフィリンファミリーのメンバー（例えば、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、ＰＰＩＡＬ４Ａ、ＰＰＩＡＬ４Ｂ、ＰＰＩＡＬ４Ｃ、ＰＰＩＡＬ４Ｄ、またはＰＰＩＡＬ４Ｇ）、またはＰＩＮ１である。「ＦＫＢＰファミリー」は、プロリルイソメラーゼ活性を有するタンパク質のファミリーであり、プロリン残基を含有するタンパク質に対してタンパク質の折りたたみシャペロンとして機能する。このファミリーのタンパク質をコードする遺伝子としては、ＡＩＰ、ＡＩＰＬ１、ＦＫＢＰ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＫＢＰ２、ＦＫＢＰ３、ＦＫＢＰ４、ＦＫＢＰ５、ＦＫＢＰ６、ＦＫＢＰ７、ＦＫＢＰ８、ＦＫＢＰ９、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＫＢＰ１０、ＦＫＢＰ１１、ＦＫＢＰ１４、ＦＫＢＰ１５、及びＬＯＣ５４１４７３が挙げられる。

「シクロフィリンファミリー」は、シクロスポリンに結合するタンパク質のファミリーである。このファミリーのタンパク質をコードする遺伝子としては、ＰＰＩＡ、ＰＰＩＢ、ＰＰＩＣ、ＰＰＩＤ、ＰＰＩＥ、ＰＰＩＦ、ＰＰＩＧ、ＰＰＩＨ、ＳＤＣＣＡＧ－１０、ＰＰＩＬ１、ＰＰＩＬ２、ＰＰＩＬ３、ＰＰＩＬ４、Ｐ２７０、ＰＰＷＤ１、及びＣＯＡＳ－２が挙げられる。例示的なシクロフィリンとしては、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、ＰＰＩＡＬ４Ａ、ＰＰＩＡＬ４Ｂ、ＰＰＩＡＬ４Ｃ、ＰＰＩＡＬ４Ｄ、及びＰＰＩＡＬ４Ｇが挙げられる。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、シャペロンタンパク質、例えばＧＲＰ７８／ＢｉＰ、ＧＲＰ９４、ＧＲＰ１７０、カルネキシン、カルレティキュリン、ＨＳＰ４７、ＥＲｐ２９、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、及びＥＲｐ５７である。

いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、本明細書に開示のＦＫＢＰまたはシクロフィリンの対立遺伝子変異体またはスプライス変異体である。
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、アミノ酸配列が、ｉ）参照プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列との有意な同一性を示す、ｉｉ）参照プレゼンタータンパク質の対応する部位との有意な同一性を示す部位を含む、及び／またはｉｉｉ）プレゼンタータンパク質に見いだされる少なくとも１つの特徴的配列を含む、ポリペプチドである。多くの実施形態では、同一性は、それが、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％を超える、またはそれより高い場合に、プレゼンタータンパク質の定義上「有意」であるとみなされる。いくつかの実施形態では、有意な同一性を示す部位は、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、３００、３５０、４５０、５００、５５０、６００個のアミノ酸またはそれ以上の長さを有する。

代表的なプレゼンタータンパク質は、表１に列挙された遺伝子またはそのホモログによりコードされる、いくつかの実施形態では、参照プレゼンタータンパク質は、表１に示される遺伝子セットによりコードされる。また、当業者であれば、表１を参照して、一般にプレゼンタータンパク質、及び／またはプレゼンタータンパク質の特定のサブセットに特徴的な配列を容易に同定することができる。

標的タンパク質
標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）は、疾患状態または疾患状態の症状を媒介するタンパク質である。このため、その活性を調節（阻害または増加）することにより、望ましい治療効果を達成することができる。本発明の複合体及び方法に有用な標的タンパク質としては、プレゼンタータンパク質と天然では会合しないもの、例えば、本発明の化合物との二元複合体の不在下でプレゼンタータンパク質に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものが挙げられる。あるいは、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、二元複合体の不在下で本発明の化合物に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものである。他の代替では、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、シクロスポリン、ラパマイシン、またはＦＫ５０６とプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ）との二元複合体に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものである。さらに別の代替では、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、カルシニューリンやｍＴＯＲ以外のものである。本発明の複合体及び方法に好適な標的タンパク質の選択は、プレゼンタータンパク質に依存し得る。例えば、シクロフィリンに対して低親和性を有する標的タンパク質は、ＦＫＢＰに対して高親和性を有し得、後者と一緒には使用されないであろう。

標的タンパク質は、天然に生じる、例えば、野生型であることができる。あるいは、標的タンパク質は、野生型タンパク質とは異なり得るが、例えば、対立遺伝子変異体、スプライス突然変異体、または生物学的に活性なフラグメントとして、生物学的機能を依然として維持する。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、膜貫通タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、コイルドコイル構造を有する。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、二量体複合体の一方のタンパク質である。

いくつかの実施形態では、本発明の標的タンパク質は、１つまたは複数の表面部位（例えば、平坦表面部位）を含み、プレゼンタータンパク質／化合物複合体の形成の不在下で、低分子が、典型的に、その部位（複数可）に対して低いまたは検出不可能な結合を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、１つまたは複数の表面部位（例えば、平坦表面部位）を含み、プレゼンタータンパク質／化合物複合体の形成の不在下で、それに対して特定の低分子（例えば、化合物）が、低いまたは検出不可能な結合（例えば、同一の化合物を含むプレゼンタータンパク質／化合物複合体で観察される結合の少なくとも１／２、１／３、１／４、１／５、１／６、１／７、１／８、１／９、１／１０、１／２０、１／３０、１／４０、１／５０、１／１００、またはそれ以下の結合）を示す。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、任意の従来型の結合ポケット、例えば、１個または複数の低分子により活性が調節されているタンパク質に匹敵する生理化学的及び／または幾何学的な特性を有するタンパク質構造上のキャビティまたはポケットが欠如した１つまたは複数の部位を特徴とする表面（いくつかの実施形態では、表面全体）を有する。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、従来型の結合ポケット及びタンパク質－タンパク質相互作用のための部位を有する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、アンドラッガブル標的であり、例えば、標的タンパク質は、薬物により標的されると知られているタンパク質のメンバーではない及び／または低分子への結合に好適であると予想される（例えば、本明細書に記載のように、当該技術分野で受け入れられている理解に従う）結合部位を有さない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、少なくとも１つの反応性システインを含む。

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ、例えばＤＩＲＡＳ１、ＤＩＲＡＳ２、ＤＩＲＡＳ３、ＥＲＡＳ、ＧＥＭ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＲＡＳ、ＮＫＩＲＡＳ１、ＮＫＩＲＡＳ２、ＮＲＡＳ、ＲＡＬＡ、ＲＡＬＢ、ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＡＰ２Ｂ、ＲＡＰ２Ｃ、ＲＡＳＤ１、ＲＡＳＤ２、ＲＡＳＬ１０Ａ、ＲＡＳＬ１０Ｂ、ＲＡＳＬ１１Ａ、ＲＡＳＬ１１Ｂ、ＲＡＳＬ１２、ＲＥＭ１、ＲＥＭ２、ＲＥＲＧ、ＲＥＲＧＬ、ＲＲＡＤ、ＲＲＡＳ、ＲＲＡＳ２、ＲＨＯＡ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＢＴＢ１、ＲＨＯＢＴＢ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＨＯＣ、ＲＨＯＤ、ＲＨＯＦ、ＲＨＯＧ、ＲＨＯＨ、ＲＨＯＪ、ＲＨＯＱ、ＲＨＯＵ、ＲＨＯＶ、ＲＮＤ１、ＲＮＤ２、ＲＮＤ３、ＲＡＣ１、ＲＡＣ２、ＲＡＣ３、ＣＤＣ４２、ＲＡＢ１Ａ、ＲＡＢ１Ｂ、ＲＡＢ２、ＲＡＢ３Ａ、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＡＢ３Ｃ、ＲＡＢ３Ｄ、ＲＡＢ４Ａ、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ５Ａ、ＲＡＢ５Ｂ、ＲＡＢ５Ｃ、ＲＡＢ６Ａ、ＲＡＢ６Ｂ、ＲＡＢ６Ｃ、ＲＡＢ７Ａ、ＲＡＢ７Ｂ、ＲＡＢ７Ｌ１、ＲＡＢ８Ａ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＡＢ９、ＲＡＢ９Ｂ、ＲＡＢＬ２Ａ、ＲＡＢＬ２Ｂ、ＲＡＢＬ４、ＲＡＢ１０、ＲＡＢ１１Ａ、ＲＡＢ１１Ｂ、ＲＡＢ１２、ＲＡＢ１３、ＲＡＢ１４、ＲＡＢ１５、ＲＡＢ１７、ＲＡＢ１８、ＲＡＢ１９、ＲＡＢ２０、ＲＡＢ２１、ＲＡＢ２２Ａ、ＲＡＢ２３、ＲＡＢ２４、ＲＡＢ２５、ＲＡＢ２６、ＲＡＢ２７Ａ、ＲＡＢ２７Ｂ、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ２Ｂ、ＲＡＢ３０、ＲＡＢ３１、ＲＡＢ３２、ＲＡＢ３３Ａ、ＲＡＢ３３Ｂ、ＲＡＢ３４、ＲＡＢ３５、ＲＡＢ３６、ＲＡＢ３７、ＲＡＢ３８、ＲＡＢ３９、ＲＡＢ３９Ｂ、ＲＡＢ４０Ａ、ＲＡＢ４０ＡＬ、ＲＡＢ４０Ｂ、ＲＡＢ４０Ｃ、ＲＡＢ４１、ＲＡＢ４２、ＲＡＢ４３、ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＡＰ２Ｂ、ＲＡＰ２Ｃ、ＡＲＦ１、ＡＲＦ３、ＡＲＦ４、ＡＲＦ５、ＡＲＦ６、ＡＲＬ１、ＡＲＬ２、ＡＲＬ３、ＡＲＬ４、ＡＲＬ５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＬ６、ＡＲＬ７、ＡＲＬ８、ＡＲＬ９、ＡＲＬ１０Ａ、ＡＲＬ１０Ｂ、ＡＲＬ１０Ｃ、ＡＲＬ１１、ＡＲＬ１３Ａ、ＡＲＬ１３Ｂ、ＡＲＬ１４、ＡＲＬ１５、ＡＲＬ１６、ＡＲＬ１７、ＴＲＩＭ２３、ＡＲＬ４Ｄ、ＡＲＦＲＰ１、ＡＲＬ１３Ｂ、ＲＡＮ、ＲＨＥＢ、ＲＨＥＢＬ１、ＲＲＡＤ、ＧＥＭ、ＲＥＭ、ＲＥＭ２、ＲＩＴ１、ＲＩＴ２、ＲＨＯＴ１、またはＲＨＯＴ２である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、例えばＮＦ１、ＩＱＧＡＰ１、ＰＬＥＸＩＮ－Ｂ１、ＲＡＳＡＬ１、ＲＡＳＡＬ２、ＡＲＨＧＡＰ５、ＡＲＨＧＡＰ８、ＡＲＨＧＡＰ１２、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＡＲＨＧＡＰ２５、ＢＣＲ、ＤＬＣ１、ＤＬＣ２、ＤＬＣ３、ＧＲＡＦ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＡＰ１ＧＡＰ、ＳＩＰＡ１、ＴＳＣ２、ＡＧＡＰ２、ＡＳＡＰ１、またはＡＳＡＰ３である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、グアニンヌクレオチド交換因子、例えばＣＮＲＡＳＧＥＦ、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＡＳＧＲＰ１、ＲＡＳＧＲＰ４、ＳＯＳ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＲＧＬ１、ＲＧＬ２、ＲＧＲ、ＡＲＨＧＥＦ１０、ＡＳＥＦ／ＡＲＨＧＥＦ４、ＡＳＥＦ２、ＤＢＳ、ＥＣＴ２、ＧＥＦ－Ｈ１、ＬＡＲＧ、ＮＥＴ１、ＯＢＳＣＵＲＩＮ、Ｐ－ＲＥＸ１、Ｐ－ＲＥＸ２、ＰＤＺ－ＲＨＯＧＥＦ、ＴＥＭ４、ＴＩＡＭ１、ＴＲＩＯ、ＶＡＶ１、ＶＡＶ２、ＶＡＶ３、ＤＯＣＫ１、ＤＯＣＫ２、ＤＯＣＫ３、ＤＯＣＫ４、ＤＯＣＫ８、ＤＯＣＫ１０、Ｃ３Ｇ、ＢＩＧ２／ＡＲＦＧＥＦ２、ＥＦＡ６、ＦＢＸ８、またはＧＥＰ１００である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質－タンパク質相互作用ドメインを有するタンパク質、例えばＡＲＭ、ＢＡＲ、ＢＥＡＣＨ、ＢＨ、ＢＩＲ、ＢＲＣＴ、ＢＲＯＭＯ、ＢＴＢ、Ｃ１、Ｃ２、ＣＡＲＤ、ＣＣ、ＣＡＬＭ、ＣＨ、ＣＨＲＯＭＯ、ＣＵＥ、ＤＥＡＴＨ、ＤＥＤ、ＤＥＰ、ＤＨ、ＥＦ－ｈａｎｄ、ＥＨ、ＥＮＴＨ、ＥＶＨ１、Ｆ－ｂｏｘ、ＦＥＲＭ、ＦＦ、ＦＨ２、ＦＨＡ、ＦＹＶＥ、ＧＡＴ、ＧＥＬ、ＧＬＵＥ、ＧＲＡＭ、ＧＲＩＰ、ＧＹＦ、ＨＥＡＴ、ＨＥＣＴ、ＩＱ、ＬＲＲ、ＭＢＴ、ＭＨ１、ＭＨ２、ＭＩＵ、ＮＺＦ、ＰＡＳ、ＰＢ１、ＰＤＺ、ＰＨ、ＰＯＬＯ－Ｂｏｘ、ＰＴＢ、ＰＵＦ、ＰＷＷＰ、ＰＸ、ＲＧＳ、ＲＩＮＧ、ＳＡＭ、ＳＣ、ＳＨ２、ＳＨ３、ＳＯＣＳ、ＳＰＲＹ、ＳＴＡＲＴ、ＳＷＩＲＭ、ＴＩＲ、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ、ＳＮＡＲＥ、ＴＵＢＢＹ、ＴＵＤＯＲ、ＵＢＡ、ＵＥＶ、ＵＩＭ、ＶＨＬ、ＶＨＳ、ＷＤ４０、ＷＷ、ＳＨ２、ＳＨ３、ＴＲＡＦ、ブロモドメイン、またはＴＰＲである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、熱ショックタンパク質、例えばＨｓｐ２０、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ８４、アルファＢクリスタリン、ＴＲＡＰ－１、ｈｓｆ１、またはＨｓｐ９０である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、イオンチャネル、例えばＣａｖ２．２、Ｃａｖ３．２、ＩＫＡＣｈ、Ｋｖ１．５、ＴＲＰＡ１、ＮＡｖ１．７、Ｎａｖ１．８、Ｎａｖ１．９、Ｐ２Ｘ３、またはＰ２Ｘ４である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、コイルドコイルタンパク質、例えばジェミニン、ＳＰＡＧ４、ＶＡＶ１、ＭＡＤ１、ＲＯＣＫ１、ＲＮＦ３１、ＮＥＤＰ１、ＨＣＣＭ、ＥＥＡ１、ビメンチン、ＡＴＦ４、Ｎｅｍｏ、ＳＮＡＰ２５、シンタキシン１ａ、ＦＹＣＯ１、またはＣＥＰ２５０である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、キナーゼ、例えばサイクリンＤ１、ＡＢＬ、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＴＫ、ＥＧＦＲ、ＦＭＳ、ＦＡＫ、ＦＧＦＲ１、２、３、４、ＦＬＴ３、ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２、ＨＥＲ３／ＥｒｂＢ３、ＨＥＲ４／ＥｒｂＢ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＥＴＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＳＲＣ、ＳＹＫ、ＴＩＥ１、ＴＩＥ２、ＴＲＫＡ、ＴＲＫＢ、ＫＤＲ、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＰＤＫ１、ＰＫＣ、ＲＨＯ、ＲＯＣＫ１、ＲＳＫ１、ＲＫＳ２、ＲＫＳ３、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＤＫ１、ＣＤＫ２、ＣＤＫ３、ＣＤＫ４、ＣＤＫ５、ＣＤＫ６、ＣＤＫ７、ＣＤＫ８、ＣＤＫ９、ＣＤＫ１０、ＥＲＫ１、ＥＲＫ２、ＥＲＫ３、ＥＲＫ４、ＧＳＫ３Ａ、ＧＳＫ３Ｂ、ＪＮＫ１、ＪＮＫ２、ＪＮＫ３、ＡｕｒＡ、ＡｕｒＢ、ＰＬＫ１、ＰＬＫ２、ＰＬＫ３、ＰＬＫ４、ＩＫＫ、ＫＩＮ１、ｃＲａｆ、ＰＫＮ３、ｃ－Ｓｒｃ、Ｆａｋ、ＰｙＫ２、またはＡＭＰＫである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ホスファターゼ、例えばＷＩＰ１、ＳＨＰ２、ＳＨＰ１、ＰＲＬ－３、ＰＴＰ１Ｂ、またはＳＴＥＰである。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、ユビキチンまたはユビキチン様タンパク質（例えばＮＥＤＤ８、ＡＴＧ８タンパク質、ＳＵＭＯタンパク質、ＩＳＧ１５）、活性化酵素（Ｅ１のもの、例えばＵＢＡ１、ＵＢＡ２、ＵＢＡ３、ＵＢＡ５、ＵＢＡ６、ＵＢＡ７、ＡＴＧ７、ＮＡＥ１、ＳＡＥ１）、コンジュゲーション酵素（Ｅ２のもの、例えばＵＢＥタンパク質、ＡＴＧ３、ＢＩＲＣ６）、ライゲーション酵素（Ｅ３のもの、例えばＢＭＩ－１、ＭＤＭ２、ＮＥＤＤ４－１、ベータ－ＴＲＣＰ、ＳＫＰ２、Ｅ６ＡＰ、ＣＢＬ－Ｂ、またはＡＰＣ／Ｃ）、及びユビキチンまたはユビキチン様タンパク質プロテアーゼである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、クロマチン修飾因子／再構成因子、例えば遺伝子ＢＲＧ１、ＢＲＭ、ＡＴＲＸ、ＰＲＤＭ３、ＡＳＨ１Ｌ、ＣＢＰ、ＫＡＴ６Ａ、ＫＡＴ６Ｂ、ＭＬＬ、ＮＳＤ１、ＳＥＴＤ２、ＥＰ３００、ＫＡＴ２Ａ、またはＣＲＥＢＢＰによりコードされるクロマチン修飾因子／再構成因子である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、転写因子、例えば遺伝子ＥＨＦ、ＥＬＦ１、ＥＬＦ３、ＥＬＦ４、ＥＬＦ５、ＥＬＫ１、ＥＬＫ３、ＥＬＫ４、ＥＲＦ、ＥＲＧ、ＥＴＳ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ２、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＦＥＶ、ＦＬＩ１、ＧＡＶＰＡ、ＳＰＤＥＦ、ＳＰＩ１、ＳＰＩＣ、ＳＰＩＢ、Ｅ２Ｆ１、Ｅ２Ｆ２、Ｅ２Ｆ３、Ｅ２Ｆ４、Ｅ２Ｆ７、Ｅ２Ｆ８、ＡＲＮＴＬ、ＢＨＬＨＡ１５、ＢＨＬＨＢ２、ＢＨＬＢＨＢ３、ＢＨＬＨＥ２２、ＢＨＬＨＥ２３、ＢＨＬＨＥ４１、ＣＬＯＣＫ、ＦＩＧＬＡ、ＨＡＳ５、ＨＥＳ７、ＨＥＹ１、ＨＥＹ２、ＩＤ４、ＭＡＸ、ＭＥＳＰ１、ＭＬＸ、ＭＬＸＩＰＬ、ＭＮＴ、ＭＳＣ、ＭＹＦ６、ＮＥＵＲＯＤ２、ＮＥＵＲＯＧ２、ＮＨＬＨ１、ＯＬＩＧ１、ＯＬＩＧ２、ＯＬＩＧ３、ＳＲＥＢＦ２、ＴＣＦ３、ＴＣＦ４、ＴＦＡＰ４、ＴＦＥ３、ＴＦＥＢ、ＴＦＥＣ、ＵＳＦ１、ＡＲＦ４、ＡＴＦ７、ＢＡＴＦ３、ＣＥＢＰＢ、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＢＰＧ、ＣＲＥＢ３、ＣＲＥＢ３Ｌ１、ＤＢＰ、ＨＬＦ、ＪＤＰ２、ＭＡＦＦ、ＭＡＦＧ、ＭＡＦＫ、ＮＲＬ、ＮＦＥ２、ＮＦＩＬ３、ＴＥＦ、ＸＢＰ１、ＰＲＯＸ１、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＴＥＡＤ４、ＯＮＥＣＵＴ３、ＡＬＸ３、ＡＬＸ４、ＡＲＸ、ＢＡＲＨＬ２、ＢＡＲＸ、ＢＳＸ、ＣＡＲＴ１、ＣＤＸ１、ＣＤＸ２、ＤＬＸ１、ＤＬＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ４、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６、ＤＭＢＸ１、ＤＰＲＸ、ＤＲＧＸ、ＤＵＸＡ、ＥＭＸ１、ＥＭＸ２、ＥＮ１、ＥＮ２、ＥＳＸ１、ＥＶＸ１、ＥＶＸ２、ＧＢＸ１、ＧＢＸ２、ＧＳＣ、ＧＳＣ２、ＧＳＸ１、ＧＳＸ２、ＨＥＳＸ１、ＨＭＸ１、ＨＭＸ２、ＨＭＸ３、ＨＮＦ１Ａ、ＨＮＦ１Ｂ、ＨＯＭＥＺ、ＨＯＸＡ１、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＡ２、ＨＯＸＡＢ１３、ＨＯＸＢ２、ＨＯＸＢ３、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１２、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＤ１１、ＨＯＸＤ１２、ＨＯＸＤ１３、ＨＯＸＤ８、ＩＲＸ２、ＩＲＸ５、ＩＳＬ２、ＩＳＸ、ＬＢＸ２、ＬＨＸ２、ＬＨＸ６、ＬＨＸ９、ＬＭＸ１Ａ、ＬＭＸ１Ｂ、ＭＥＩＳ１、ＭＥＩＳ２、ＭＥＩＳ３、ＭＥＯＸ１、ＭＥＯＸ２、ＭＩＸＬ１、ＭＮＸ１、ＭＳＸ１、ＭＳＸ２、ＮＫＸ２－３、ＮＫＸ２－８、ＮＫＸ３－１、ＮＫＸ３－２、ＮＫＸ６－１、ＮＫＸ６－２、ＮＯＴＯ、ＯＮＥＣＵＴ１、ＯＮＥＣＵＴ２、ＯＴＸ１、ＯＴＸ２、ＰＤＸ１、ＰＨＯＸ２Ａ、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＰＩＴＸ１、ＰＩＴＸ３、ＰＫＮＯＸ１、ＰＲＯＰ１、ＰＲＲＸ１、ＰＲＲＸ２、ＲＡＸ、ＲＡＸＬ１、ＲＨＯＸＦ１、ＳＨＯＸ、ＳＨＯＸ２、ＴＧＩＦ１、ＴＧＩＦ２、ＴＧＩＦ２ＬＸ、ＵＮＣＸ、ＶＡＸ１、ＶＡＸ２、ＶＥＮＴＸ、ＶＳＸ１、ＶＳＸ２、ＣＵＸ１、ＣＵＸ２、ＰＯＵ１Ｆ１、ＰＯＵ２Ｆ１、ＰＯＵ２Ｆ２、ＰＯＵ２Ｆ３、ＰＯＵ３Ｆ１、ＰＯＵ３Ｆ２、ＰＯＵ３Ｆ３、ＰＯＵ３Ｆ４、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＯＵ４Ｆ２、ＰＯＵ４Ｆ３、ＰＯＵ５Ｆ１Ｐ１、ＰＯＵ６Ｆ２、ＲＦＸ２、ＲＦＸ３、ＲＦＸ４、ＲＦＸ５、ＴＦＡＰ２Ａ、ＴＦＡＰ２Ｂ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＧＲＨＬ１、ＴＦＣＰ２、ＮＦＩＡ、ＮＦＩＢ、ＮＦＩＸ、ＧＣＭ１、ＧＣＭ２、ＨＳＦ１、ＨＳＦ２、ＨＳＦ４、ＨＳＦＹ２、ＥＢＦ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ４、ＩＲＦ５、ＩＲＦ７、ＩＲＦ８、ＩＲＦ９、ＭＥＦ２Ａ、ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＦ２Ｄ、ＳＲＦ、ＮＲＦ１、ＣＰＥＢ１、ＧＭＥＢ２、ＭＹＢＬ１、ＭＹＢＬ２、ＳＭＡＤ３、ＣＥＮＰＢ、ＰＡＸ１、ＰＡＸ２、ＰＡＸ９、ＰＡＸ３、ＰＡＸ４、ＰＡＸ５、ＰＡＸ６、ＰＡＸ７、ＢＣＬ６Ｂ、ＥＧＲ１、ＥＧＲ２、ＥＧＲ３、ＥＧＲ４、ＧＬＩＳ１、ＧＬＩＳ２、ＧＬＩ２、ＧＬＩＳ３、ＨＩＣ２、ＨＩＮＦＰ１、ＫＬＦ１３、ＫＬＦ１４、ＫＬＦ１６、ＭＴＦ１、ＰＲＤＭ１、ＰＲＤＭ４、ＳＣＲＴ１、ＳＣＲＴ２、ＳＮＡＩ２、ＳＰ１、ＳＰ３、ＳＰ４、ＳＰ８、ＹＹ１、ＹＹ２、ＺＢＥＤ１、ＺＢＴＢ７Ａ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＢＴＢ７Ｃ、ＺＩＣ１、ＺＩＣ３、ＺＩＣ４、ＺＮＦ１４３、ＺＮＦ２３２、ＺＮＦ２３８、ＺＮＦ２８２、ＺＮＦ３０６、ＺＮＦ４１０、ＺＮＦ４３５、ＺＢＴＢ４９、ＺＮＦ５２４、ＺＮＦ７１３、ＺＮＦ７４０、ＺＮＦ７５Ａ、ＺＮＦ７８４、ＺＳＣＡＮ４、ＣＴＣＦ、ＬＥＦ１、ＳＯＸ１０、ＳＯＸ１４、ＳＯＸ１５、ＳＯＸ１８、ＳＯＸ２、ＳＯＸ２１、ＳＯＸ４、ＳＯＸ７、ＳＯＸ８、ＳＯＸ９、ＳＲＹ、ＴＣＦ７Ｌ１、ＦＯＸＯ３、ＦＯＸＢ１、ＦＯＸＣ１、ＦＯＸＣ２、ＦＯＸＤ２、ＦＯＸＤ３、ＦＯＸＧ１、ＦＯＸＩ１、ＦＯＸＪ２、ＦＯＸＪ３、ＦＯＸＫ１、ＦＯＸＬ１、ＦＯＸＯ１、ＦＯＸＯ４、

ＦＯＸＯ６、ＦＯＸＰ３、ＥＯＭＥＳ、ＭＧＡ、ＮＦＡＴ５、ＮＦＡＴＣ１、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢ２、ＴＰ６３、ＲＵＮＸ２、ＲＵＮＸ３、Ｔ、ＴＢＲ１、ＴＢＸ１、ＴＢＸ１５、ＴＢＸ１９、ＴＢＸ２、ＴＢＸ２０、ＴＢＸ２１、ＴＢＸ４、ＴＢＸ５、ＡＲ、ＥＳＲ１、ＥＳＲＲＡ、ＥＳＲＲＢ、ＥＳＲＲＧ、ＨＮＦ４Ａ、ＮＲ２Ｃ２、ＮＲ２Ｅ１、ＮＲ２Ｆ１、ＮＲ２Ｆ６、ＮＲ３Ｃ１、ＮＲ３Ｃ２、ＮＲ４Ａ２、ＲＡＲＡ、ＲＡＲＢ、ＲＡＲＧ、ＲＯＲＡ、ＲＸＲＡ、ＲＸＲＢ、ＲＸＲＧ、ＴＨＲＡ、ＴＨＲＢ、ＶＤＲ、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ４、もしくはＧＡＴＡ５によりコードされる転写因子、またはＣ－ｍｙｃ、Ｍａｘ、Ｓｔａｔ３、Ｓｔａｔ４、Ｓｔａｔ６、アンドロゲン受容体、Ｃ－Ｊｕｎ、Ｃ－Ｆｏｘ、Ｎ－Ｍｙｃ、Ｌ－Ｍｙｃ、ＭＩＴＦ、Ｈｉｆ－１アルファ、Ｈｉｆ－２アルファ、Ｂｃｌ６、Ｅ２Ｆ１、ＮＦ－カッパＢ、Ｓｔａｔ５、またはＥＲ（ｃｏａｃｔ）である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、ＴｒｋＡ、Ｐ２Ｙ１４、ｍＰＥＧＳ、ＡＳＫ１、ＡＬＫ、Ｂｃｌ－２、ＢＣＬ－ＸＬ、ｍＳＩＮ１、ＲＯＲγｔ、ＩＬ１７ＲＡ、ｅＩＦ４Ｅ、ＴＬＲ７Ｒ、ＰＣＳＫ９、ＩｇＥＲ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、Ｓｈｎ－３、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＯＳＭＲ、ＩＬ１２ベータ１、２、Ｔａｕ、ＦＡＳＮ、ＫＣＴＤ６、ＫＣＴＤ９、Ｒａｐｔｏｒ、Ｒｉｃｔｏｒ、ＲＡＬＧＡＰＡ、ＲＡＬＧＡＰＢ、アネキシンファミリーメンバー、ＢＣＯＲ、ＮＣＯＲ、ベータカテニン、ＡＡＣ１１、ＰＬＤ１、ＰＬＤ２、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ７、ＲａＬＰ、、ＭＬＬ－１、Ｍｙｂ、Ｅｚｈ２、ＲｈｏＧＤ１２、ＥＧＦＲ、ＣＴＬＡ４Ｒ、ＧＣＧＣ（ｃｏａｃｔ）、アディポネクチンＲ２、ＧＰＲ８１、ＩＭＰＤＨ２、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－１Ｒ、ＩＬ２－Ｒ、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－２２Ｒ、ＴＮＦ－Ｒ、ＴＬＲ４、ＭｙＤ８８、Ｋｅａｐ１、またはＮｒｌｐ３である。
タンパク質変異体
タンパク質またはポリペプチド変異体は、本明細書に記載する場合、概して、参照ポリペプチド（例えば、本明細書に記載のプレゼンタータンパク質または標的タンパク質、例えば例として哺乳類プレゼンタータンパク質または標的タンパク質）のアミノ酸配列と有意な（例えば、８０％以上、すなわち、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）同一性を示すが、参照ポリペプチドに対して限られた数の特定のアミノ酸変化（例えば、保存的または非保存的な、挿入、欠失または置換、及び／または１つもしくは複数のアミノ酸変異体もしくは類似体（例えば、Ｄ－アミノ酸、デスアミノ酸）を含む、アミノ酸配列を有する。ある特定の実施形態では、変異体は、関連する生物学的活性（例えば、特定の化合物またはその部分への結合）を参照ポリペプチドと共有する、いくつかのかかる実施形態では、変異体は、かかる活性を、参照ポリペプチドのそれの約５０％以上のレベルで及び／または参照ポリペプチドのそれの約０．５倍低いのを下回らないレベルで呈する。

いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、少なくとも（または唯一）、変異体がより多数のシステイン残基を有する及び／または１個または複数のシステイン残基を参照ポリペプチド内の非システイン残基に対応する位置にて有するという点において参照ポリペプチドのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を有する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば、プレゼンタータンパク質の及び／または標的タンパク質の）ポリペプチドのいずれかのアミノまたはカルボキシ末端への１個または複数のシステイン残基の付加は、かかるポリペプチドのコンジュゲーションを、例えば、ジスルフィド結合により促進することができる。いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、保存的（すなわち、残基を、同じ属タイプまたは群の別の残基により置き換える）または非保存的（すなわち、残基を、別のタイプのアミノ酸により置き換える）であることができる。いくつかの実施形態では、天然に生じるアミノ酸は、天然には生じないアミノ酸に置換することができ（すなわち、天然には生じない保存的アミノ酸置換または天然には生じない非保存的アミノ酸置換）、逆も同様である。

合成的に作製されたポリペプチドは、ＤＮＡによって天然にコードされないアミノ酸（例えば、天然には生じないアミノ酸または非天然アミノ酸）の置換を含むことができる。天然には生じないアミノ酸の例としては、Ｄ－アミノ酸、アジド含有側鎖を有するアミノ酸、システインの硫黄原子に付着したアセチルアミノメチル基を有するアミノ酸、ペグ化アミノ酸、式ＮＨ_２（ＣＨ_２）_ｎＣＯＯＨ（式中、ｎは、２～６である）のオメガアミノ酸、中性非極性アミノ酸、例えばサルコシン、ｔ－ブチルアラニン、ｔ－ブチルグリシン、Ｎ－メチルイソロイシン、及びノルロイシンが挙げられる。フェニルグリシンは、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、またはＰｈｅを置き換えてよく、シトルリン及びメチオニンスルホキシドは、中性非極性であり、システイン酸は、酸性であり、オルニチンは、塩基性である。プロリンは、ヒドロキシプロリンを用いて置換され得、特性を与える立体配座を保持し得る。

類似体は、置換型突然変異誘発によって生成され得、元来のタンパク質の構造（例えば、局所的構造または全体構造）を保持し得る。「保存的置換」として同定される置換の例は、表２に示す。このような置換が望ましくない変化をもたらす場合、表２において「例示的な置換」と称される、またはアミノ酸クラスに関連して本明細書にさらに記載されるような、他のタイプの置換が導入され、生成物がスクリーニングされる。

機能または免疫学的同一性における実質的な修飾は、（ａ）例えば、シートもしくはらせん状の立体配座としての、置換の領域におけるタンパク質骨格の構造、（ｂ）標的部位での分子の電荷もしくは疎水性、または（ｃ）側鎖のバルクを維持することに対するそれらの効果において有意に異なる置換を選択することによって達成される。天然に生じる残基は、共通の側鎖特性に基づいて群に分類される：
（１）疎水性：ノルロイシン、メチオニン（Ｍｅｔ）、アラニン（Ａｌａ）、バリン（Ｖａｌ）、ロイシン（Ｌｅｕ）、イソロイシン（Ｉｌｅ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、トリプトファン（Ｔｒｐ）、チロシン（Ｔｙｒ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、
（２）中性親水性：システイン（Ｃｙｓ）、セリン（Ｓｅｒ）、トレオニン（Ｔｈｒ）
（３）酸性／負電荷：アスパラギン酸（Ａｓｐ）、グルタミン酸（Ｇｌｕ）
（４）塩基性：アスパラギン（Ａｓｎ）、グルタミン（Ｇｌｎ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、リジン（Ｌｙｓ）、アルギニン（Ａｒｇ）
（５）鎖の配向に影響する残基：グリシン（Ｇｌｙ）、プロリン（Ｐｒｏ）、
（６）芳香族：トリプトファン（Ｔｒｐ）、チロシン（Ｔｙｒ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、
（７）極性：Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ
（８）塩基性正電荷：Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、及び、
（９）電荷：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ
他のアミノ酸置換は、表２に列挙する。

変化した反応性アミノ酸プロファイルを有するタンパク質変異体
いくつかの実施形態では、タンパク質またはポリペプチド変異体は、１個または複数の反応性アミノ酸残基（例えば、システイン）のタンパク質への（例えば、本明細書に記載のタンパク質のいずれかのアミノまたはカルボキシ末端での）付加を含んでよく、例えば、ジスルフィド結合によるこれらのタンパク質のコンジュゲーションを促進することができる。いくつかの実施形態では、１個または複数の反応性アミノ酸（例えば、システイン）を除去して、タンパク質上の潜在的なコンジュゲーション部位の数を低減させ得る。アミノ酸置換は、保存的（すなわち、残基を、同じ属タイプまたは群の別の残基により置き換える）または非保存的（すなわち、残基を、別のタイプのアミノ酸により置き換える）であることができる。加えて、天然に生じるアミノ酸は、天然には生じないアミノ酸に置換することができる（すなわち、天然には生じない保存的アミノ酸置換または天然には生じない非保存的アミノ酸置換）。

当該技術分野で公知であるように、例えば、Ｃｈｉｎ，Ｊ．Ｗ．，Ｅｘｐａｎｄｉｎｇ
ａｎｄＲｅｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇｔｈｅＧｅｎｅｔｉｃＣｏｄｅｏｆＣｅｌｌｓａｎｄＡｎｉｍａｌｓ，ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｖｏｌ．８３：３７９－４０８に記載のように、非天然アミノ酸は、ｉｎ
ｖｉｔｒｏで作製されたタンパク質へと組み込まれ得る。例えば、１つの系において、ＵＡＧアンバー（停止）コドンを使用して、古細菌ｔＲＮＡ合成酵素及びｔＲＮＡを介してピロリジンを組み込んでおり、これらを使用して、摂食を介してアジド及びアルキンを組み込むこともできる。当該技術分野で示されてきた非天然アミノ酸上の他の側鎖には、シクロプロペン、ｔｒａｎｓ－シクロオクテン、ビシクロ［６．１．０］ノニン－リジン、クマリン、ｐ－アジドフェニルアラニン、Ｎ６－［（２－プロピンロキシ）カルボニル］－Ｌ－リジン、ビシクロ［６．１．０］ノナ－４－イン－９－イルメタノール（ＢＣＮ）、Ｎ－５－ノルボルネン－２－イルオキシカルボニル－ｌ－リジン、Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル－ｌ－リジン、Ｎ－２－アジドエチルオキシカルボニル－ｌ－リジン、Ｎ－Ｌ－チアプロリル－Ｌ－リジン、Ｎ－Ｄ－システイニル－Ｌ－リジン、Ｎ－Ｌ－システイニル－Ｌ－リジン、Ｎ６－［（２－プロピニルオキシ）カルボニル］－Ｌ－リジン、Ｎ６－［（２－アジドエトキシ）カルボニル］－Ｌ－リジン、ベンゾフェノン、４－（６－メチル－ｓ－テトラジン－３－イル）アミノフェニルアラニン、及びシクロオクチンが含まれる。
複合体
天然に生じるタンパク質－タンパク質相互作用では、結合事象は、典型的には、相互作用タンパク質の平坦表面部位上の疎水性残基により主に推進され、これは、タンパク質上のキャビティまたはポケット内の低分子間の相互作用により推進される多くの低分子－タンパク質相互作用とは対照的である。一般に、タンパク質の平坦表面部位上の疎水性残基は、疎水性ホットスポットを形成し、ここで、相互作用タンパク質の間のまたは中の結合相互作用の大部分は、ファンデルワールス相互作用である。一部の状況では、低分子は、例えば、タンパク質（例えば、プレゼンタータンパク質）上の疎水性相互作用部位に関与するか、またはこれを生成し、低分子が不在ではこのようなものは存在しないという点で、「ポータブルホットスポット」（またはその部位）を提供し得る、本開示の態様は、このような状況に特に適用可能である。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のような化合物（及び／またはそのタグ付き形態）は、タンパク質と複合体（例えば、プレゼンタータンパク質／化合物複合体）を形成し、疑似タンパク質－タンパク質相互作用（例えば、標的タンパク質との三分子複合体の形成）に関与する。

多くの哺乳類タンパク質は、複数の異なるパートナーのいずれかに結合可能であり、いくつかの場合には、かかる代替結合相互作用は、タンパク質の生物学的活性に寄与する。こうしたタンパク質の多くは、ホットスポットタンパク質領域の固有可変性に適合してさまざまな構造状況で同一の残基を提示する。より具体的には、タンパク質－タンパク質相互作用は、真菌類及び細菌種の選択群により生成される天然生成物のクラスにより媒介することができる。これらの分子は、共通の構造組織及び、タンパク質－タンパク質相互作用を調節する能力を提供する、結果得られる機能の両方を呈する。これらの分子は、高度に保存されたプレゼンタータンパク質結合部分及び異なる天然生成物間で高度の可変性を呈する標的タンパク質相互作用部分を含有する。プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質に対する特異性を付与し、分子をプレゼンタータンパク質に結合させて複合体を形成させる、哺乳類標的タンパク質結合部分は、標的タンパク質に対する特異性を付与し、二元複合体を標的タンパク質に結合させて、典型的にはその活性を調節する（例えば、正または負に調節する）。本発明において、二元複合体（例えば、化合物及びプレゼンタータンパク質間、または化合物及び標的タンパク質間）は、標的タンパク質へとプレゼンタータンパク質結合部分をコンジュゲートするか、またはプレゼンタータンパク質へと標的タンパク質結合部分をコンジュゲートすることによって模倣される。結果得られた本発明のコンジュゲートは、次いで、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質に結合し、三分子複合体を模倣する複合体を形成し得る。これらの複合体は、例えば、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の界面の構造を決定するために使用され得る。さらに、複合体の形成を単純化することによって、例えば、プレゼンタータンパク質結合部分を標的タンパク質にコンジュゲートすることによって、本発明の化合物は、例えば、プレゼンタータンパク質に結合することができる標的タンパク質を同定するために使用され得る。
用途
標的タンパク質の同定
いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、及び／または方法は、プレゼンタータンパク質と（例えば、低分子の存在下で）複合体を形成することができる標的タンパク質を同定するのに有用であり得る。標的タンパク質は、標的部分にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートの形成、及び該コンジュゲートがプレゼンタータンパク質と複合体を形成するか否かを決定することによって同定され得る。

プレゼンタータンパク質及び低分子と三元複合体を形成する当該技術分野で公知の標的タンパク質の大半は、低分子の作用機序の決定の間に幸運にも同定された。本方法は、プレゼンタータンパク質結合部分を標的分子に共有結合的にコンジュゲートし、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質の両方に同時に結合することができる化合物の同定の前に複合体の形成を可能とすることにより、低分子の存在下でプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質の合理的な同定を可能とする。

次いで、プレゼンタータンパク質及び同定された標的タンパク質間での複合体形成を促進するその能力に関する低分子のスクリーニングを実行して、標的タンパク質の生物学的活性を調節することができる潜在的な治療薬を同定することができる。

いくつかの実施形態では、本発明の化合物を使用して、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定し得る。例えば、標的タンパク質は、本発明の化合物の存在下で、プレゼンタータンパク質／標的タンパク質複合体の形成を可能とする条件下で、１つまたは複数の標的タンパク質と、標識されたプレゼンタータンパク質（例えば、ビオチンで標識）とを組み合わせることによって同定され得る。プレゼンタータンパク質と複合体を形成しない標的タンパク質は、次いで、除去（例えば、洗い流し）され得、複合体を形成する標的タンパク質は、次いで、プレゼンタータンパク質上の標識を使用してプルダウンし、分析され得る。いくつかの実施形態では、プルダウンした標的タンパク質は、質量分析法によって分析して、これらの同一性を決定され得る。
化合物設計
いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、及び／または方法は、疾患の処置において使用するための標的タンパク質の生物学的活性を調節することができる化合物の設計に有用であり得る。

例えば、本発明のプレゼンタータンパク質及びコンジュゲートの複合体の形成は、複合体の結晶化及び結晶構造決定により、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間のタンパク質－タンパク質界面の構造の決定を容易にすることができる。本発明の複合体の結晶構造が決定されると、合理的な薬物設計のための当該技術分野において公知の方法、例えば、構造をｄｅｎｏｖｏで構築する計算機化学方法及び／または本発明の複合体の結晶のフラグメント浸漬、結果得られた構造の決定などの方法を使用したフラグメントベースの薬物設計を使用して、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質間の複合体形成を促進することができる低分子を開発し得る。

上記のように設計された化合物は、次いでスクリーニングされて、標的タンパク質の生物学的活性を調節するその能力を決定され得る、及び、必要に応じて、医薬品化学技術を使用して改変されて、治療的に有用な化合物を生成し得る。
共有結合的低分子治療薬の同定
いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、及び／または方法は、共有結合的相互作用を通して標的タンパク質の生物学的活性を調節することができる化合物を同定するのに有用であり得る。

例えば、本発明の化合物は、プレゼンタータンパク質の存在下でのみ標的タンパク質に選択的に結合することができる化合物を同定するために、プレゼンタータンパク質の存在下及び非存在下で標的タンパク質に共有結合的に結合するその能力に関してスクリーニングされ得る。これらの化合物は、次いで、標的タンパク質の生物学的活性を調節するその能力について検査され、必要に応じて、医薬品化学技術を使用して改変されて、治療的に有用な化合物を生成し得る。
生物化学及び／または生物物理学的特性の決定
いくつかの実施形態では、本発明の化合物、コンジュゲート、複合体、組成物、及び／または方法は、タンパク質または複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性の決定に有用であり得る。

例えば、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質を含むコンジュゲートならびにプレゼンタータンパク質間の結合の自由エネルギーは、例えば、等温滴定型熱量測定により決定され得る。プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質を含むコンジュゲートのプレゼンタータンパク質に関するＫ_ｄは、例えば、表面プラズモン共鳴により決定され得る。化合物及びプレゼンタータンパク質の標的タンパク質に関するＫ_ｉ、Ｋ_{ｉｎａｃｔ}、及び／またはＫ_ｉ／Ｋ_{ｉｎａｃｔ}は、例えば、質量分析により決定され得る。
疾患または障害の処置
本明細書に記載の化合物、コンジュゲート、及び複合体は、本明細書に記載の標的タンパク質に関連する疾患または障害を処置する方法において有用であり得、理論により束縛されないが、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質との相互作用を通して、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）の活性を調節する（例えば、正にまたは負に調節する）能力を通してその望ましい効果を発揮すると考えられている。
キット
いくつかの実施形態では、本発明は、本発明に係る方法を好都合に及び効果的に実施するためのキットに関する。一般に、医薬パックまたはキットは、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つまたは複数が充填された１つまたは複数の容器を含む。かかるキットは、錠剤やカプセル剤などの固形経口製剤の送達にとりわけ適している。かかるキットは、好ましくは、いくつかの単位投与量を含み、その意図される使用順序に沿った投与量を記したカードも含み得る。所望により、例えば、対象がアルツハイマー病に罹患している場合、例えば、数字、文字、もしくは他の表示の形式で、または投与量を投与することができる日程を処置スケジュール内で指定するカレンダーの挿入を伴って、記憶の補助を提供することができる。あるいは、プラセボ投与量、またはカルシウム食事サプリメントを、医薬組成物の投与量に類似したまたはそれとは異なる形で含めて、投与量が毎日摂取されるキットを提供することができる。かかる容器（複数可）に任意選択で付随するものは、医薬品の製造、使用、または販売を規制する政府機関により指定された形態の注意書きであることができ、この注意書きは、ヒト投与に関する製造、使用、または販売が監督官庁により認可されたことを反映するものである。
医薬組成物
ヒト及び動物対象の処置としての使用に関して、本発明の化合物及びコンジュゲートは、医薬組成物または獣医学組成物として製剤化することができる。処置される対象、投薬の様式、望ましい処置のタイプ、例えば、防止、予防、または治療、に依存して、化合物は、これらのパラメータに合致した方法で製剤化される。かかる技術の概要は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ，２１^ｓｔＥｄｉｔｉｏｎ，ＬｉｐｐｉｎｃｏｔｔＷｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，（２００５）、及びＥｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｅｄｓ．Ｊ．ＳｗａｒｂｒｉｃｋａｎｄＪ．Ｃ．Ｂｏｙｌａｎ，１９８８－１９９９，ＭａｒｃｅｌＤｅｋｋｅｒ，ＮｅｗＹｏｒｋに見いだされ、このそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書に記載の化合物は、組成物の全重量の１～９５重量％の合計量で存在し得る。組成物は、関節内、経口、非経口（例えば、静脈内、筋肉内）、経直腸、皮膚、皮下、局所、経皮、舌下、経鼻、経腟、小胞内、尿道内、髄腔内、硬膜外、経耳、または経眼の投与に、あるいは注射、吸入、または鼻、泌尿生殖器、生殖器、もしくは口腔粘膜との直接接触による投与に好適な剤形にて提供され得る。ゆえに、医薬組成物は、例えば、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒剤、懸濁剤、エマルジョン剤、溶液剤、ヒドロゲル剤を含むゲル剤、ペースト剤、軟膏剤、クリーム剤、硬膏剤、ドレンチ剤、浸透圧送達デバイス、坐剤、浣腸剤、注射剤、インプラント、スプレー剤、イオン泳動送達に好適な調製物、またはエアロゾル剤の形をとり得る。組成物は、従来の薬務に従って製剤化され得る。

一般に、処置での使用に関しては、本明細書に記載の化合物は、単独で、または１つもしくは複数の他の活性剤と組み合わせて使用され得る。本明細書に記載の化合物と組み合わせる他の医薬品の例としては、同じ適応症の処置のための医薬品が挙げられるだろう。本明細書に記載の化合物と組み合わせる考え得る医薬品の別の例としては、異なるとはいえ付随するまたは関連する症状または適応症の処置のための医薬品が挙げられるだろう。投与の様式に依存して、化合物は、容易な送達を可能とするのに好適な組成物へと製剤化される。併用療法の各化合物は、当該技術分野で公知のさまざまな方法にて製剤化され得る。例えば、併用療法の第一及び第二の作用物質は、一緒にまたは別々に製剤化され得る。望ましくは、第一及び第二の作用物質は、作用物質の同時投与またはほぼ同時投与のために一緒に製剤化される。

本発明の化合物は、当該技術分野で周知のように、有効量の本明細書に記載の化合物及び薬学的に許容され得る担体または賦形剤を含む医薬組成物として調製及び使用され得る。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも２種の異なる薬学的に許容され得る賦形剤または担体を含む。

製剤は、全身投与または局所性もしくは局所投与に好適な方式にて調製され得る。全身用製剤は、注射（例えば、筋肉内、静脈内、皮下注射）用に設計されたものを含むか、または経皮、経粘膜、もしくは経口用に調製され得る。製剤は、一般に、希釈剤、ならびに、いくつかの場合には、補助剤、緩衝剤、保存剤などを含む。化合物は、リポソーム組成物にてまたはマイクロエマルジョン剤として投与することもできる。

注射に関しては、製剤は、溶液剤もしくは懸濁剤としてまたは注射前に液体中に溶解もしくは懸濁させるのに好適な固体製剤としてまたはエマルジョン剤として従来の形態で調製することができる。好適な賦形剤には、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロールなどが含まれる。かかる組成物は、種々の量の非毒性補助物質、例えば湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝剤など、例えば例として、酢酸ナトリウム、ソルビタンモノラウレートなども含有し得る。

薬物に関するさまざまな持続放出系も考案されてきた。例えば、米国特許第５，６２４，６７７号を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる。
全身投与には、比較的非侵襲性の方法、例えば坐剤、経皮パッチの使用、経粘膜送達、及び鼻腔内投与も含まれ得る。経口投与もまた本発明の化合物に好適である。好適な形には、当該技術分野で理解されているように、シロップ剤、カプセル剤、及び錠剤が含まれる。

併用療法の各化合物は、本明細書に記載される場合、当該技術分野で公知のさまざまな方法で製剤化され得る。例えば、併用療法の第一及び第二の作用物質は、一緒にまたは別々に製剤化され得る。

個別にまたは別々に製剤化された作用物質は、キットとして一緒に包装することができる。非限定例としては、限定されないが、例えば、２種類の丸剤、丸剤及び散剤、坐剤及び液体剤を含むバイアル、２種類の局所クリーム剤などを含有するキットが挙げられる。キットは、対象への単位用量の投与を補助する任意選択的の構成要素、例えば、散剤形を再構成するためのバイアル、注入用のシリンジ、カスタマイズされたＩＶ送達系、吸入器などを含むことができる。加えて、単位用量キットは、組成物の調整及び投与のための使用説明書を含有することができる。キットは、一対象用の単回使用単位用量として、特定対象用の複数回使用として（一定用量でまたは治療の進行に合わせて個別の化合物の効力が変動する）製造され得る、またはキットは、複数対象への投与に好適な複数用量を含有し得る（「バルクパッケージング」）。キットの構成要素は、カートン、ブリスターパック、ボトル、チューブなどにて組み立てられ得る。

経口用途のための製剤には、非毒性の薬学的に許容され得る賦形剤との混合物内に有効成分（複数可）を含有する錠剤が含まれる。これらの賦形剤は、例えば、不活性希釈剤または充填剤（例えば、スクロース、ソルビトール、糖、マンニトール、微結晶セルロース、ジャガイモデンプンを含むデンプン、炭酸カルシウム、塩化ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、またはリン酸ナトリウム）、顆粒化剤及び崩壊剤（例えば、微結晶セルロースを含むセルロース誘導体、ジャガイモデンプンを含むデンプン、クロスカルメロースナトリウム、アルギン酸塩、またはアルギン酸）、結合剤（例えば、スクロース、グルコース、ソルビトール、アカシア、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、ゼラチン、デンプン、予めゼラチン化したデンプン、微結晶セルロース、ケイ酸マグネシウムアルミウニム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ポリビニルピロリドン、またはポリエチレングリコール）、ならびに滑沢剤、流動促進剤、及び接着防止剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、硬化植物油、またはタルク）であり得る。他の薬学的に許容され得る賦形剤は、着色剤、風味剤、可塑剤、保水剤、緩衝剤などであり得る。

２つ以上の化合物は、錠剤、カプセル、もしくは他のビヒクル内に一緒に混合され得るか、または分割され得る。一例として、第一の化合物を錠剤の内側に、そして第二の化合物を外側に含有することで、第二の化合物の実質的部分を、第一の化合物の放出前に放出させる。

経口用途のための製剤はまた、咀嚼錠剤として、または有効成分が不活性固体希釈剤（例えば、ジャガイモデンプン、ラクトース、微結晶セルロース、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、またはカオリン）と混合されるハードゼラチンカプセル剤として、または有効成分が水もしくは油性媒体、例えば、ピーナッツ油、流動パラフィン、もしくはオリーブ油と混合されるソフトゼラチンカプセル剤としても提供され得る。散剤、顆粒剤、及びペレット剤は、例えば、ミキサー、流動床装置、またはスプレードライ装置を使用する従来の様式にて、錠剤及びカプセルについての上述の成分を使用して調製され得る。

溶解または拡散制御放出は、化合物の錠剤、カプセル剤、ペレット剤、もしくは顆粒剤に適切なコーティングを施すことにより、または適切なマトリックス内に化合物を組み込むことにより達成することができる。制御放出コーティング剤は、上述のコーティング物質の１つもしくは複数、ならびに／または、例えば、シェラック、ビーワックス、グリコワックス、カスターワックス、カルナウバワックス、ステアリルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、ジステアリン酸グリセリル、グリセロールパルミトステアレート、エチルセルロース、アクリル樹脂、ｄｌポリ乳酸、酢酸セルロースブチレート、ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ビニルピロリドン、ポリエチレン、ポリメタクリレート、メチルメタクリレート、２－ヒドロキシメタクリレート、メタクリレートヒドロゲル、１，３－ブチレングリコール、エチレングリコールメタクリレート、及び／もしくはポリエチレングリコールを含む。制御放出マトリックス製剤では、マトリックス材料はまた、例えば、水和メチルセルロース、カルナウバワックス及びステアリルアルコール、カーボポール９３４、シリコーン、トリステアリン酸グリセリル、アクリル酸メチル－メタクリル酸メチル、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、及び／またはハロゲン化フルオロカーボンを含み得る。

本発明の化合物及び組成物を、経口投与のために中に組み込むことができる液体形態には、溶液剤、好適に風味付けされたシロップ剤、水性または油性懸濁剤、及び風味付けされたエマルジョン剤が含まれ、これらは食用油、例えば綿実油、ゴマ油、ヤシ油、またはピーナッツオイル油、ならびにエリキシル剤及び類似する薬剤ビヒクルを伴う。

一般に、ヒトに投与する場合、本発明の組み合わせの化合物のいずれかの経口投与量は、化合物の性質に依存し、当業者により容易に決定可能である。典型的には、かかる投与量は、通常１日あたり約０．００１ｍｇ～２０００ｍｇ、望ましくは、１日あたり約１ｍｇ～１０００ｍｇ、より望ましくは一日あたり約５ｍｇ～５００ｍｇである。１日あたり最大で２００ｍｇまでの投与量が必要であり得る。

併用療法における各薬物の投与は、本明細書で記載する場合、独立して、一日１～４回を、１日～１年間であることができ、さらには対象の一生涯にわたる可能性がある。慢性の、長期投与が必要となり得る。

実施例１：ある特定の架橋試薬の合成
アクリルアミド含有シクロスポリン類似体の合成

全ての試薬及び溶媒は、ＳｉｎｏｐｈａｒｍＣｈｅｍｉｃａｌＲｅａｇｅｎｔＣｏ．Ｌｔｄから購入した。Ｆｍｏｃ－アミノ酸、ＨＡＴＵ、ＨＯＡＴ、Ｈ－Ａｌａ－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）、Ｈ－Ｌｅｕ－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．３０ｍｍｏｌ／ｇ）、Ｈ－Ｐｈｅ－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．３５ｍｍｏｌ／ｇ）及びＨ－Ｔｈｒ（ｔＢｕ）－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）は、ＧＬＢｉｏｃｈｅｍ（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｌｔｄから購入した。

直鎖ペプチドのカップリングを、自動合成機上で標準のＦｍｏＣＳＰＳＳ手順を使用して実行した。
一般方法Ａ：直鎖ペプチドを、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機を０．０２５ｍｍｏｌの樹脂のスケールで使用することにより合成した。一般的プロトコルは以下の通りである：２×ＮＭＰ、３０秒；ＮＭＰ中１×２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ピペリジン、１５分；５×ＮＭＰ、３０秒；ＮＭＰ中アミノ酸（３当量）溶液を、樹脂を含有する容器へと加え、その後、ＤＭＦ中のＨＡＴＵ及びＤＩＥＡの溶液をそれぞれ加え、４５分間カップリングした；３×ＮＭＰ、３０秒。二重カップリング戦略を全てのアミノ酸に適用した。
一般方法Ｂ：Ｂｏｃ－７ｍｅｒの付加
カップリングを、Ｂｏｃ－７ｍｅｒの量が１．５当量であることを除いてアミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。１回のカップリングのみが必要であった。
一般方法Ｃ：ｉｖＤｄｅ保護基の除去。

Ｄａｐ側鎖上のｉｖＤｄｅ保護基の除去を、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。一般的プロトコル：ＮＭＰ中の２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ヒドラジン一水和物の溶液を、樹脂を含有する容器に加えた。容器を、３０分間振とうした。樹脂を排出し、５×５ｍＬ（３０秒）のＮＭＰを用いてすすいだ。
一般方法Ｄ：Ｄａｐの側鎖アミノ基上のアクリル酸の付加。

カップリングを、アミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。二重カップリング戦略を適用した。
一般方法Ｅ：側鎖保護基の脱保護及び樹脂からの最終切断。

全体的な脱保護及び樹脂からの切断を、ＴＦＡカクテルにより１～２時間室温にて達成した。切断カクテル（ＴＦＡ／ＴＩＰＳ／Ｈ_２Ｏ、９５／２．５／２．５）または（ＴＦＡ／ＤＣＭ／ＴＩＰＳ、４０：６０：１）を最終切断のために使用することができる。大半の溶媒を減圧下で除去し、残渣を真空下で濃縮して微量溶媒を除去した。得られた残渣をさらに精製せずに次の環化で直接使用した。
一般方法Ｆ：直鎖ペプチドの環化
粗直鎖ペプチドを、乾燥ＤＣＭに溶解して、最終濃度を０．１Ｍとした。次いで、ＨＡＴＵ（３当量）、ＨＯＡｔ（３当量）及びＤＩＥＡ（６当量）を加えた。反応混合物を一晩撹拌し、次いで、ＥＳＩ－ＬＣＭＳによりモニターした。溶媒を減圧下で濃縮し、残渣をＮＭＰに溶解し、分取ＨＰＬＣにより精製した。シクロ－ペプチドを、ＥＳＩ－ＬＣＭＳにより同定した。

逆相ＨＰＬＣ。ＡｃｃｕｃｏｒｅＣ１８カラム（２．６μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ）を流量１ｍＬ／分で、分析ＲＰ－ＨＰＬＣに使用した。ＸｓｅｌｅｃｔペプチドＣＳＨカラム（５ｕｍ、１９ｍｍ×１５０ｍｍ）を、分取ＲＰ－ＨＰＬＣに使用した。移動相Ａ：水（０．１％ギ酸）、移動相Ｂ：ＡＣＮ；流量：２０ｍＬ／分；勾配：１６分で２５％Ｂから９５％Ｂ。
シクロ［７ｍｅｒ－ＮＭＡＬＡ－Ｄａｐ－ｄ－ｎｍａｌａ－ＬＥＵ］の合成：

線状ペプチド鎖のアセンブリを、上記の一般方法を使用して、８５０ｍｇのＨ－Ｌｅｕ－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．３ｍｍｏｌ／ｇ、０．０２５ｍｍｏｌスケール）を用いて行った。Ｄ－Ｎ－メチルＡｌａ、Ｄａｐ及びＬ－Ｎ－メチルＡｌａ残基を、一般方法Ａを使用して付加した。次いで、Ｂｏｃ－７ｍｅｒを、一般方法Ｂを用いて組み立てた。側鎖ｉｖＤｄｅ保護基の除去を、一般方法Ｃを使用することにより達成した。次いで、アクリル酸を、Ｄａｐの側鎖の遊離アミノ基上に、一般方法Ｄを用いて付加した。全体的な脱保護及び樹脂からの切断を１ステップで行った（一般方法Ｅ）後、粗直鎖ペプチドを、環化に供した（一般方法Ｆ）。最終の分取ＨＰＬＣの後、１７ｍｇの最終化合物を、白色固体として得た（樹脂充填量により算出して５６．６％）。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝１２０２，［Ｍ＋Ｎａ］^＋＝１２２４，［Ｍ／２＋１］^＋＝６０２。
シクロ［７ｍｅｒ－ＮＭＡＬＡ－Ｄａｐ－ｄ－ｎｍａｌａ－ＰＨＥ］の合成：

２．８ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して９．１％）が、これには、シクロ［７ｍｅｒ－ＮＭＡＬＡ－Ｄａｐ－ｄ－ｎｍａｌａ－ＬＥＵ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝１２３６，［Ｍ＋Ｎａ］^＋＝１２５８，［Ｍ／２＋１］^＋＝６１９。
シクロ［７ｍｅｒ－ＮＭＡＬＡ－Ｄａｐ－ｄ－ｎｍａｌａ－ＴＨＲ］の合成：

３．４ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１１．４％）が、これには、シクロ［７ｍｅｒ－ＮＭＡＬＡ－Ｄａｐ－ｄ－ｎｍａｌａ－ＬＥＵ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝１１９０，［Ｍ＋Ｎａ］^＋＝１２１２，［Ｍ／２＋１］^＋＝５９６。
アクリルアミド含有ＦＫＢＰ１２リガンドの合成

Ｂｏｃ－３ｍｅｒ
全ての試薬及び溶媒は、ＳｉｎｏｐｈａｒｍＣｈｅｍｉｃａｌＲｅａｇｅｎｔＣｏ．Ｌｔｄから購入した。Ｆｍｏｃ－アミノ酸、ＨＡＴＵ、ＨＯＡＴ、２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）－Ｃｌ樹脂（活性部位に基づいて０．９ｍｍｏｌ／ｇ）及びＡｌａ負荷２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）－Ｃｌ樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）は、ＧＬＢｉｏｃｈｅｍ（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｌｔｄから購入した。
２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）－Ｃｌ樹脂上に第一のアミノ酸を付加する。

ＳＰＳＳの容器にて、５ｇの樹脂を５０ｍＬの乾燥ＮＭＰ中で４０分間膨潤させた。樹脂を排出し、ＤＣＭ（５×３０ｍＬ）を用いて、次いでＮＭＭ２％／ＤＣＭ（３×３０ｍＬ）を用いてすすぐ。５０ｍＬのＤＣＭ中のＮＭＭ（４ｍｍｏｌ、４００ｍｇ）を伴うＦｍｏｃ－Ｄａｐ（ｉｖＤｄｅ）－ＯＨ（３．０ｍｍｏｌ、１．６ｇ）の溶液を加えた。容器を一晩振とうした。次いで、２ｍＬの２５％ＮＭＭ／ＭｅＯＨの溶液を加え、容器をさらに１時間振とうした。樹脂を排出し、ＤＣＭ、ＮＭＰ、ＭｅＯＨ及びＥｔＯＨ（それぞれ３×５０ｍＬ）を用いてすすいだ。樹脂を、真空下、室温にて乾燥させた。

充填量を、Ｆｍｏｃ切断光度測定により測定した（０．３２ｍｍｏｌ／ｇ）。直鎖ペプチドのカップリングは、標準のＦｍｏｃＳＰＳＳ手順を自動合成機上で使用して実行した。

一般方法Ａ：直鎖ペプチドを、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機を０．０２５ｍｍｏｌの樹脂のスケールで使用することにより合成した。一般的プロトコルは以下の通りである：２×ＮＭＰ、３０秒；ＮＭＰ中１×２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ピペリジン、１５分；５×ＮＭＰ、３０秒；ＮＭＰ中アミノ酸（３当量）溶液を、樹脂を含有する容器へと加え、その後、ＤＭＦ中のＨＡＴＵ及びＤＩＥＡの溶液をそれぞれ加え、４５分間カップリングした；３×ＮＭＰ、３０秒。二重カップリング戦略を全てのアミノ酸に適用した。
一般方法Ｂ：Ｂｏｃ－３ｍｅｒの付加
カップリングを、Ｂｏｃ－３ｍｅｒの量が１．５当量であることを除いてアミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。１回のカップリングのみが必要であった。
一般方法Ｃ：ｉｖＤｄｅ保護基の除去。

逆相ＨＰＬＣ。ＡｃｃｕｃｏｒｅＣ１８カラム（２．６μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ）を流量１ｍＬ／分で、分析ＲＰ－ＨＰＬＣに使用した。ＸｓｅｌｅｃｔペプチドＣＳＨカラム（５ｕｍ、１９ｍｍ×１５０ｍｍ）を、分取ＲＰ－ＨＰＬＣに使用した。移動相Ａ：水（０．１％ギ酸）、移動相Ｂ：ＡＣＮ；流量：２０ｍＬ／分；勾配：１６分で２５％Ｂから９５％Ｂ。
シクロ［ジアミン－Ｄａｐ－ＡＬＡ－ＡＬＡ］の合成：

線状ペプチド鎖のアセンブリを、上記の一般方法を使用して、７００ｍｇのＨ－Ａｌａ－２－Ｃｌ－（Ｔｒｔ）樹脂（０．０２５ｍｍｏｌスケール）を用いて行った。Ａｌａ及びＤａｐ残基を、一般方法Ａを使用して付加した。次いで、Ｂｏｃ－３ｍｅｒを、一般方法Ｂを用いて組み立てた。側鎖ｉｖＤｄｅ保護基の除去を、一般方法Ｃを使用することにより達成した。次いで、アクリル酸を、Ｄａｐの側鎖の遊離アミノ基上に、一般方法Ｄを用いて付加した。全体的な脱保護及び樹脂からの切断を１ステップで行った（一般方法Ｅ）後、粗直鎖ペプチドを、環化に供した（一般方法Ｆ）。最終の分取ＨＰＬＣの後、３．１ｍｇの最終化合物を、白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１４．５％）。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝８５７，［Ｍ＋Ｎａ］^＋＝８７９。
シクロ［ジアミン－ＡＬＡ－ＡＬＡ－Ｄａｐ］の合成

２．２ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１０．３％）が、これには、シクロ［ジアミン－Ｄａｐ－ＡＬＡ－ＡＬＡ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝８５７，［Ｍ＋Ｎａ］^＋＝８７９。
シクロ［ジアミン－Ｄａｐ－ＡＬＡ］の合成：

２．７ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１２．６％）が、これには、シクロ［ジアミン－Ｄａｐ－ＡＬＡ－ＡＬＡ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ－ＭＳ：［Ｍ＋１］^＋＝７８６。
サングレフェーリン（ｓａｎｇｌｅｆｅｈｒｉｎ）類似体の合成：

方法Ａを使用して、下記のスキーム１に示すように式ＩＶの化合物を調製し得る。

式中、Ｒ^７、Ｒ^８、Ｚ^５、及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、Ｘは、ＯＨ、Ｃｌ、Ｆ、または置き換えまたは活性化とそれに続く置き換えに好適な何らかの他の基のいずれかである。

典型的な手順では、保護アミンＩＶを、当業者が熟知している適切な試薬と反応させて、保護基ＰＧ^１を除去する。単離された粗生成物を、アシル化剤Ｚ^５Ｃ（Ｏ）Ｘと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させ得る。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。

あるいは、脱保護アミンを、アシル化試薬Ｚ^５Ｃ（Ｏ）Ｘ、式中Ｘはハロゲンである、と、好適な溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、ＤＭＥ、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ピリジン、ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、－７８℃～約１２０℃、好ましくは－２０℃～５０℃の温度範囲内で、直接反応させ得る。

スキーム１の式ＩＶｂの化合物は、下記のスキーム２に示すように調製され得る。

式中、Ｒ^７、Ｒ^８、及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^１及びＰＧ^２は、それぞれ独立して、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。

典型的な手順では、保護アミンＩＶｃを、当業者が熟知している適切な試薬と反応させて、保護基ＰＧ^２を除去して、対応するアミンを生成し、次いで、これを適切なアミノ酸と、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて組み合わせて、式ＩＶｂの化合物を得る。

スキーム２の式ＩＶｃの化合物を、下記のスキーム３に示すように調製し得る。

式中、Ｒ^７及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^２は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。

典型的な手順では、保護アミンＩＶｄを、ピペラジン酸誘導体ＩＶｅと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。

あるいは、式ＩＶｂの化合物を、スキーム４に記載のように式ＩＩ－Ｂの化合物から合成し得る。

式中、Ｒ^７、Ｒ^８、及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、ＰＧ^３は、当業者に公知の方法により除去することができる、メチル、エチル、ベンジル、アリル、フェニルなどを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基である。

典型的な手順では、化合物ＩＶｅを、室温にて、加水分解条件下で、塩基（例えば、水酸化リチウム、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム）を、水を伴うまたは伴わない有機（例えば、メタノール、ＴＨＦ、ジオキサン）から構成される溶媒系中で使用して、反応させる。当業者であれば、ＰＧ^３の同一性に依存して、ＰＧ^３の除去が、水素化分解条件下で適切な触媒を使用して、または脱アリル化条件下でパラジウム触媒、例えばＰｄ（ＰＰｈ_３）_４及び塩基捕捉剤（例えば、ピぺリジン、モルホリン、ピぺリジン）を使用しても生じ得ることを理解するだろう。結果得られるカルボン酸を得るための脱保護に続いて、Ｚ^６を、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、導入し得る。カルボン酸及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて組み合わせて、生成物ＩＶｂを得る。

あるいは、式ＩＶｂの化合物を、下記のスキーム５に示すように合成し得る。

式中、Ｒ^７、Ｒ^８、及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。

典型的な手順では、保護アミンＶＩを、試薬Ｖと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、ＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。
中間体Ｉ－８の合成

ＤＭＦ（１３ｍＬ）中の中間体Ｉ－１（２．００ｇ、７．１１ｍｍｏｌ）の室温の溶液に、炭酸セシウム（４．７５ｇ、１４．５８ｍｍｏｌ）及びベンジルブロミド（２．４９ｇ、１４．５８ｍｍｏｌ、１．７３ｍＬ）を２５℃で加えた。反応混合物を、２時間撹拌し、次いで、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、ブライン（５０ｍＬ×３）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗残渣を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→２０：１～１０：１）、中間体Ｉ－２（３．２０ｇ、９６％収率）を、無色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ７．４５－７．３０（ｍ，１０Ｈ），７．２０－７．１０（ｍ，
１Ｈ），６．９５－６．８５（ｍ，１Ｈ），６．７４（ｓ，１Ｈ），６．７０－６．６０（ｍ，１Ｈ），５．２０－５．１０（ｍ，２Ｈ），４．９９（ｓ，２Ｈ），４．７０－４．６０（ｍ，１
Ｈ），３．１５－３．０５（ｍ，２Ｈ），１．４３（ｓ，９Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝４８４．１［Ｍ＋Ｎａ］^＋；算出分子量：４６１．５５。

テトラヒドロフラン（１５ｍＬ）中の中間体Ｉ－２（３．２０ｇ、６．９３ｍｍｏｌ）の溶液に、水酸化リチウム（水中１Ｍ、１０ｍＬ）を０℃で加えた。反応混合物を、室温にて１時間撹拌した。反応混合物を、ＨＣｌ（水中１Ｍ）を用いて０℃にてｐＨ約６に調整し、酢酸エチル（１００ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗残渣を得た。粗生成物を、炭酸水素ナトリウム水溶液（７ｍＬ）に溶解し、ＭＴＢＥ（１００ｍＬ×３）で抽出した。水層を、塩酸（Ｈ_２Ｏ中１Ｍ）を用いてｐＨ約６に調整し、酢酸エチル（５０ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（５０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ－３（２．２７ｇ、８８％収率）を無色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ７．４５－７．３０（ｍ，５Ｈ），７．２５－７．１８（ｍ，１Ｈ），６．９０－６．８５（ｍ，１Ｈ），６．８３－６．７５（ｍ，２Ｈ），５．０５（ｓ，２Ｈ），４．９４（ｄ，Ｊ＝８．００
Ｈｚ，１Ｈ），４．６０－４．５０（ｍ，１Ｈ），３．２０－３．１２（ｍ，１Ｈ），３．１０－３．００（ｍ，１Ｈ），１．４３
（ｓ，９Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝３９４．３［Ｍ＋Ｎａ］^＋；算出分子量：３７１．４３
ジクロロメタン（１５ｍＬ）中の中間体Ｉ－３（８８８ｍｇ、２．３９ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ－メチルモルホリン（９６７ｍｇ、９．５６ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（６５ｍｇ、４７８ｕｍｏｌ）、（Ｓ）－メチルヘキサヒドロピリダジン－３－カルボキシレートをＴＦＡ塩（８９０ｍｇ、２．３９ｍｍｏｌ）として、及びＥＤＣＩ（９１７ｍｇ、４．７８ｍｍｏｌ）を０℃で加えた。反応混合物を、０℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（５０ｍＬ）で希釈し、５％クエン酸水溶液を用いてｐＨ約６に調整した。水層を、ジクロロメタン（２０ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（５０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→１０：１、５：１～３：１）、中間体Ｉ－４（９１０ｍｇ、７７％収率）を無色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ７．５０－７．３５（ｍ，５Ｈ），７．２０－７．１３
（ｍ，１Ｈ），６．９０－６．８０（ｍ，３Ｈ），５．６０－５．５０（ｍ，１Ｈ），５．３０－５．２０（ｍ，１Ｈ），５．０５－５．００（ｍ，２Ｈ），４．４０－４．３０（ｍ，１Ｈ），
３．６５（ｓ，３Ｈ），３．５５（ｄ，Ｊ＝１１．２０Ｈｚ，１Ｈ），３．００－２．９３（ｍ，１Ｈ），２．９０－２．８０（ｍ，１Ｈ），２．７５－２．６５（ｍ，１Ｈ），２．３５－２．２５
（ｍ，１Ｈ），１．８０－１．７２（ｍ，２Ｈ），１．４２（ｓ，９Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝５２０．１［Ｍ＋Ｎａ］^＋。算出分子量：４９７．５８
酢酸エチル（４ｍＬ）中の中間体Ｉ－４（４５０ｍｇ、９０４ｕｍｏｌ）溶液に、酢酸エチル中の塩酸（４Ｍ、８．００ｍＬ）を０℃にて加えた。反応混合物を、２５℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ－５のＨＣｌ塩（３９０ｍｇ、１００％収率）を、淡黄色固体として得て、これを精製せずに次のステップに使用した。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝３９８．０［Ｍ＋Ｈ］^＋，４２０．０［Ｍ＋Ｎａ］^＋、算出分子量：３９７．４７。

ジクロロメタン（５．００ｍＬ）中の中間体Ｉ－５（１９５ｍｇ、８９９ｕｍｏｌ）の溶液に、Ｎ－メチルモルホリン（２７３ｍｇ、２．７０ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（２４．２９ｍｇ、１７９．７５ｕｍｏｌ）、（Ｓ）－メチル１－（（Ｓ）－２－アミノ－３－（３－（ベンジルオキシ）フェニル）プロパノイル）ヘキサヒドロピリダジン－３－カルボキシレートのＨＣｌ塩（３９０ｍｇ、８９９ｕｍｏｌ）及びＥＤＣＩ（３４５ｍｇ、１．８０ｍｍｏｌ）を、０℃にて加えた。反応混合物を、０℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（２０ｍＬ）で希釈し、５％クエン酸（ｃｒｉｔｉｃａｃｉｄ）水溶液でｐＨ約６に調整した。水層を、ジクロロメタン（２０ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→５：１、２：１、１：１）、中間体Ｉ－６（７５０ｍｇ、７０％収率）を白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ
（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ７．５０－７．３５（ｍ，５Ｈ），
７．２３－７．１５（ｍ，１Ｈ），６．９０－６．８０（ｍ，３
Ｈ），６．１３－６．０８（ｍ，１Ｈ），５．８３－５．７３（ｍ，１Ｈ），５．１０－５．００（ｍ，３Ｈ），４．３０－４．２０（ｍ，１Ｈ），４．００－３．９０（ｍ，１Ｈ），３．６５（ｓ，３Ｈ），３．５０（ｄ，Ｊ＝１１．２０Ｈｚ，１Ｈ），３．０５
－２．９７（ｍ，１Ｈ），２．９３－２．８３（ｍ，１Ｈ），２．８０－２．７０（ｍ，１Ｈ），２．３５－２．２５（ｍ，１
Ｈ），２．１５－２．１０（ｍ，１Ｈ），１．７５－１．６５（ｍ，４Ｈ），１．４５（ｓ，９Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝６．８０Ｈｚ，３Ｈ），０．８８（ｄ，Ｊ＝６．８０Ｈｚ，３Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝５９７．１［Ｍ＋Ｈ］^＋。算出分子量：５９６．７１。

メタノール（３００ｍＬ）中の中間体Ｉ－６（３．００ｇ、６．０３ｍｍｏｌ）の溶液に、パラジウム炭素（２グラム、１０％負荷）を窒素雰囲気下で加えた。懸濁液を、脱気し、水素ガスでパージし、混合物を、水素下（１気圧）、２０℃にて３時間撹拌した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ－７（２．３ｇ、５．６４ｍｍｏｌ、９４％収率）を、白色固体として得た。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝４３０．１［Ｍ＋Ｎａ］^＋。算出分子量：４０７．４６。

ジオキサン（１０ｍＬ）中の中間体Ｉ－７（２．３ｇ、５．６４ｍｍｏｌ）の混合物に、ジオキサン中の塩酸（４Ｍ、３０ｍＬ）を一度で２０℃にて加えた。混合物を、２０℃にて３時間撹拌した。混合物を、飽和ＮａＨＣＯ_３水溶液でｐＨ約７～８に調整し、酢酸エチル（１００ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機相を、ブライン（１００ｍＬ×２）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空下で濃縮して、中間体Ｉ－８（１．３ｇ、３．６３ｍｍｏｌ、６４％収率、８６％純度）を、淡黄色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ７．１５－７．０２（ｍ，１
Ｈ），６．７５－６．５（ｍ，３Ｈ），４．９０－４．７７（ｍ，１Ｈ），４．５０－４．３７（ｍ，１Ｈ），４．００－３．９０（ｍ，１Ｈ），３．８０－３．７０（ｍ，１Ｈ），３．６８－３．６５（ｍ，３Ｈ），２．９５－２．８０（ｍ，１Ｈ），２．７７－２．６２（ｍ，２Ｈ），２．５０－２．３５（ｍ，１Ｈ），１．９７－１．８５（ｍ，１Ｈ），１．８２－１．７０（ｍ，１Ｈ），１．６０－１．４５（ｍ，１Ｈ），１．４２－１．２８（ｍ，１Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝３０８．２［Ｍ＋Ｎａ］^＋。算出分子量：３０７．３４。
中間体Ｉ－１１の合成

メタノール（１０ｍＬ）中の２－（ジメチルアミノ）エタンチオールＩ－９（５００ｍｇ、３．５３ｍｍｏｌ）の溶液に、メタノール（１０ｍＬ）中の１，２－ジ（ピリジン－２－イル）ジスルフィド（１．１７ｇ、５．３ｍｍｏｌ）の溶液を０℃にて加えた。混合物を、２５℃にて１５時間撹拌した。反応混合物を、真空下で濃縮した。残渣を、シリカゲルカラム（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→３：１、１：１、次いで、ジクロロメタン／酢酸エチル→２：１、次いで、ジクロロメタン／メタノール→１０：１）により精製し、これを、前のバッチと組み合わせて、中間体Ｉ－１０（１．０５ｇ、５８％収率）を、淡黄色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤ_３ＯＤ） δ ８．５６（ｄ，Ｊ＝４．０Ｈｚ，１Ｈ），７．８５－７．７５（ｍ，１Ｈ），７．６９（ｄ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，１Ｈ），７．３６－７．２６（ｍ，１Ｈ），３．４８－３．４０（ｍ，２Ｈ），３．２８－３．２０（ｍ，２Ｈ），２．９３（ｓ，６Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝２１４．９
［Ｍ＋Ｈ］^＋。算出分子量：２１４．３５。

メタノール（１ｍＬ）中の４－メルカプトブタン酸（５０ｍｇ、４１６ｕｍｏｌ）の溶液に、メタノール（１．５ｍＬ）中の中間体Ｉ－１０（１２５ｍｇ、４９９ｕｍｏｌ）の溶液を、２５℃にて加えた。混合物を、２５℃にて１５時間撹拌した。反応混合物を、低圧で濃縮した。残渣を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→２：１、１：１、次いで、ジクロロメタン／メタノール→１０：１）、中間体Ｉ－１１（８０ｍｇ、８６％収率）を、白色ゴムとして得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤ_３ＯＤ） δ ３．５５－３．４５（ｍ，２
Ｈ），３．０８－３．００（ｍ，２Ｈ），２．９３（ｓ，６Ｈ），２．８３（ｔ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，２Ｈ），２．４３（ｔ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，２Ｈ），２．０５－１．９４（ｍ，２Ｈ）。
中間体Ｉ－１５の合成

Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（１５ｍＬ）中のｔｅｒｔ－ブチル２－メルカプト酢酸Ｉ－１２（８００ｍｇ、５．４ｍｍｏｌ）の溶液に、炭酸カリウム（１．４９ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）及び１－ブロモ－２－クロロエタン（２．３２ｇ、１６．２ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を、２５℃にて２時間撹拌した。混合物を、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、水（５０ｍＬ×３）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、中間体Ｉ－１３（１．００ｇ、７９％収率）を、無色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ３．６４－３．７１（ｍ，２
Ｈ），３．１４－３．１７（ｍ，２Ｈ），２．９５－３．０１（ｍ，２Ｈ），１．４７（ｓ，９Ｈ）。

ジクロロメタン（１０ｍＬ）中の中間体Ｉ－１３（１．００ｇ、４．７５ｍｍｏｌ）の溶液に、ジクロロメタン（１０ｍＬ）中のｍ－ＣＰＢＡ（４．６１ｇ、２１．４ｍｍｏｌ、８０％純度）の溶液を、０℃にて加えた。混合物を室温まで温め、２時間撹拌した。混合物を、ジクロロメタン（８０ｍＬ）で希釈し、飽和亜硫酸ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、粗残渣を得て、これをシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→５／１）中間体Ｉ－１４（７００ｍｇ、６０％収率）を、無色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ３．９９（ｓ，２Ｈ），３．９０－３．９５（ｍ，２Ｈ），３．６９－３．７５（ｍ，２Ｈ），１．５０－１．５３（ｍ，９Ｈ）。

ジクロロメタン（１２ｍＬ）中の中間体Ｉ－１４（６５０ｍｇ、２．６８ｍｍｏｌ）の溶液に、トリフルオロ酢酸（６．００ｍＬ）を加えた。混合物を、４５℃で２時間撹拌した。次いで、混合物を濃縮して、中間体Ｉ－１５（３６０．００ｍｇ、７２％収率）を、白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ_６）δ ４．３４（ｓ，２Ｈ），３．８９－４．０１（ｍ，２Ｈ），３．７１－３．８１（ｍ，２Ｈ）。
化合物－１の合成

ジクロロメタン（１．５ｍＬ）中の中間体Ｉ－８のＨＣｌ塩（３１ｍｇ、１１９ｕｍｏｌ）及び中間体Ｉ－１１（４４ｍｇ、９９ｕｍｏｌ）の溶液に、ＨＯＢｔ（１．３４ｍｇ、９．９ｕｍｏｌ）、Ｎ－メチルモルホリン（３８．２μＬ）及びＥＤＣＩ（２７ｍｇ、１３９ｕｍｏｌ）を加えた。混合物を、２５℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（１０ｍＬ）で希釈し、水（５ｍＬ）で洗浄した。水層を、ジクロロメタン（５ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、濃縮した。残渣を、逆相ＨＰＬＣ（ＨＣｌ添加）により精製し、逆相ＨＰＬＣ（ＨＣＯＯＨ添加）を使用して再精製し、凍結乾燥して、化合物－１（５．８ｍｇ、９％収率）を淡黄色油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＭｅＯＤ） δ ８．５３
（ブロード一重項，１Ｈ），７．１２－７．０４（ｍ，１Ｈ），６．７２－６．６２（ｍ，３Ｈ），５．７５－５．６５（ｍ，１Ｈ），４．２０－４．１０（ｍ，２Ｈ），３．７０（ｓ，３Ｈ），３．０８－３．００
（ｍ，２Ｈ），２．９５－２．７６（ｍ，５Ｈ），２．７６－２．７０（ｍ，２Ｈ），２．６０（ｓ，６Ｈ），２．４２－２．３２（ｍ，３
Ｈ），２．１０－１．９８（ｍ，３Ｈ），１．８５－１．７０（ｍ，２Ｈ），１．５５－１．４０（ｍ，２Ｈ），１．０２－０．８５（ｍ，６Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝６１２．１［Ｍ＋Ｈ］^＋，６３４．５［Ｍ＋Ｎａ］^＋。算出分子量：６１１．８２。
化合物－２（ＳＦＡＣ４ＤＳ）の合成

ジクロロメタン中の中間体Ｉ－８（２７ｍｇ、６０ｕｍｏｌ）の溶液を、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２４ｍｇ、１８０ｕｍｏｌ）、中間体Ｉ－１６（１４ｍｇ、６０ｕｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（１．６ｍｇ、２ｕｍｏｌ）で、次いで最後にＥＤＣＩ（１８ｍｇ、９０ｕｍｏｌ）で処理した。１５時間撹拌した後、溶液を、水及び酢酸エチルに注いだ。層を分離し、水層を酢酸エチルで抽出した。有機層を硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を真空下で除去した。逆相ＨＰＬＣによる精製（０．１％ギ酸を含む水中のアセトニトリル）及び凍結乾燥により、化合物－２（ＳＦＡＣ４ＤＳ）（１６ｍｇ、４２％収率）を白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３）８．４７（ｄ，１Ｈ），８．１６（ブロード一重項，１Ｈ），７．６９－７．６６（ｍ，１Ｈ），７．６３－７．６０（ｍ，１Ｈ），７．１３（見かけの三重項，１Ｈ），７．０９－７．０５（ｍ，１Ｈ），５．８５－５．７９（ｍ，１Ｈ），４．７２（ｍ，１Ｈ），４．３１（ブロード一重項，１Ｈ），３．７０（ｓ，３Ｈ），３．４２（ｄ，１Ｈ），３．００（ｄｄ，
１Ｈ），２．８７－２．７８（ｍ，３Ｈ），２．５２－２．４３（ｍ，２Ｈ），２．２８（ブロード一重項，１Ｈ），２．１４－２．０４（ｍ，３Ｈ），１．８３－１．７３（ｍ，２Ｈ），１．６２－１４３（ｍ，５Ｈ），
０．９５（ｄ，３Ｈ），０．９０（ｄ，３Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝
６１７．９［Ｍ＋Ｈ］^＋。算出分子量：６１７．７８。
化合物－３の合成

ＤＣＭ（０．７５ｍＬ）中の中間体Ｉ－１５のＨＣｌ塩（３１．８ｍｇ、０．１７ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（２．３ｍｇ、０．０１７ｍｍｏｌ）及びＮＭＭ（５４μＬ、０．５４ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｉ－８（８６ｍｇ、０．１７ｍｍｏｌ、）のＨＣｌ塩及びＥＤＣＩ（７６ｍｇ、０．３４ｍｍｏｌ）を室温にて加えた。反応混合物を、室温にて２時間撹拌した。混合物を、ジクロロメタン（２ｍＬ）で希釈し、クエン酸（ｐＨ約３、２ｍＬ）、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（２ｍＬ）、及び飽和塩化ナトリウム水溶液（２ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で１５℃にて濃縮して、生成物を黄色油状物として得た。残渣を、シリカゲルを用いて分取ＴＬＣにより（溶離液：ＤＣＭ／ＭｅＯＨ→１０：１）、続いて分取ＨＰＬＣにより精製して（カラム：ＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘＧｅｍｉｎｉＣ１８２５０×５０１０ｕ；移動相：［水（０．２２５％ＦＡ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２６％～５６％、１１．２分）、化合物－３（８．５ｍｇ、８％収率）を白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ９．０２（ｓ，１Ｈ），８．８０（ｓ，１Ｈ），８．４２（ｓ，
１Ｈ），７．０１－７．０８（ｍ，１Ｈ），６．８２（ｄｄ，Ｊ＝１６．３，９．９Ｈｚ，１Ｈ），６．７４（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ），６．６４－６．７０（ｍ，２Ｈ），６．３６（ｄ，Ｊ＝１６．５Ｈｚ，１Ｈ），６．１２－６．１６（ｍ，２Ｈ），４．８１
－４．８５（ｍ，１Ｈ），４．４０－４．４６（ｍ，２Ｈ），４．２１－４．２５（ｍ，１Ｈ），４．０９－４．１３（ｍ，１Ｈ），３．５７（ｓ，３Ｈ），２．８１－３．０８（ｍ，２Ｈ），
２．６３－２．６５（ｍ，１Ｈ），２．１５－２．１９（ｍ，１Ｈ），１．２１－１．６０（ｍ，４Ｈ），０．８８－０．９２（ｍ，６Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝５３９．１［Ｍ＋Ｈ］^＋。算出分子量：５３８．６１。
化合物－４の合成

化合物－４を、化合物－３の調製において記載した通りに、中間体Ｉ－８のＨＣｌ塩（３４ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）及び２－（３－メチル－２，５－ジオキソ－２，５－ジヒドロ－１Ｈ－ピロール－１－イル）酢酸Ｉ－１７（１３ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）を出発物質として使用することにより調製した。得られた粗生成物を、前に合成した粗物質と合一し、精製して、凍結乾燥後に、化合物－４（２９．０ｍｇ、５１．２８ｕｍｏｌ、４５％収率）を白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ８．５５－８．４０（ｓ，１Ｈ），８．２０－８．０７（ｍ，１Ｈ），７．１０－６．９７（ｍ，２Ｈ），６．８０－６．７３（ｍ，１Ｈ），６．７３－６．６３（ｍ，１Ｈ），６．６３－６．５０（ｍ，１Ｈ），６．４７－６．３７（ｍ，１Ｈ），５．９０－５．７５（ｍ，１Ｈ），４．８０－４．６７（ｍ，１Ｈ），４．３５－４．１５（ｍ，３Ｈ），３．７０－３．５７（ｍ，３Ｈ），３．４５－３．３０（ｄ，１Ｈ），３．１０－３．００（ｍ，１Ｈ），３．００－２．７０（ｍ，２Ｈ），２．２０－２．００（ｍ，５Ｈ），１．８５－１．６０（ｍ，２Ｈ），１．６０－１．４５（ｍ，１Ｈ），１．４５－１．３０（ｍ，１Ｈ），１．０５－０．８０（ｍ，６Ｈ）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝５５８．３［Ｍ＋Ｈ］^＋；算出分子量：５５７．６０。
化合物－５の合成

化合物－５を、化合物－３の調製において記載した通りに、中間体Ｉ－８（３４ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）のＨＣｌ塩及び２－（２，５－ジオキソ－２，５－ジヒドロ－１Ｈ－ピロール－１－イル）酢酸Ｉ－１８（１３ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）を出発物質として使用することにより調製して、化合物－５を得た。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝５４４．０［Ｍ＋Ｈ］^＋；算出分子量：５４３．５８。
メチル（Ｓ）－１－（（Ｓ）－３－（３－ヒドロキシフェニル）－２－（（Ｓ）－３－メチル－２－（３－（２－（ピリジン－２－イルジスルファニル）エトキシ）プロパンアミド）ブタンアミド）プロパノイル）ヘキサヒドロピリダジン－３－カルボキシレート（ＳＦＡＸ６）の合成：

カルボン酸２（７０ｍｇ、０．２７０ｍｍｏｌ）及びＨＢＴＵ（２０４ｍｇ、０．５４０ｍｍｏｌ、２．００当量）を、３ｍＬのアセトニトリル中に混合し、得られた懸濁液を、室温にて１５分間撹拌した。この期間の後、アミン１（中間体Ｉ－８）（１１０ｍｇ、０．２７０ｍｍｏｌ、１．００当量）を、その後トリエチルアミン（１１３μＬ、０．８１０ｍｍｏｌ、３．００当量）を加え、混合物を室温にて１８時間撹拌した。次いで、混合物を、２０ｍＬの飽和炭酸水素ナトリウムで処理し、２×３０ｍＬの酢酸エチルで抽出した。プールした有機抽出物を、２×２０ｍＬのブラインで洗浄し、飽和硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空下で濃縮した。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し、ジクロロメタン：ＭｅＯＨ、１００：１～５０：１で溶出し、７０ｍｇ（４０％）の生成物を無色油状物として得た。Ｒ_ｆ＝０．３１（ジクロロメタン：ＭｅＯＨ、２０：１）。ＭＳ（ＥＳＩ）計算値＝６４８．２（Ｍ＋Ｈ）、観測値＝６４８．２。
ＳＦＡＸ９ＤＳの合成：

ＳＦＡＸ９ＤＳを、ＳＦＡＸ６の合成に関して上に記載した同様の手順に従って合成した。
化合物－６の合成

化合物－６を、中間体Ｉ－１９で出発して調製し、化合物－６を得た。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝６３１．０［Ｍ＋Ｈ］^＋；算出分子量：６３０．８２。
式ＩＶｆの化合物の合成
式ＩＶｆの化合物の合成は、下記のスキーム６に示すように合成され得る。

式中、Ｒ^７、Ｒ^８、及びＺ^６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、ＰＧ^４は、メチル、エチル、ベンジル、アリル、及びフェニルを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基であり、これは当業者に公知の方法により除去することができる。

典型的な手順では、化合物ＩＶｄを、試薬ＩＶｇと、当業者が熟知している標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。アミド形成の後、保護基ＰＧ^４を次いで、式ＩＶｅの化合物のＰＧ^３の除去に関して記載した条件（スキーム４）を使用して除去する。

方法Ｂを使用して、下記のスキーム７に示すように式ＩＩａの化合物を調製し得る。

式中、Ｒ^１、Ｒ^２、Ｒ^３、Ｘ^１、Ｘ^２、Ｚ^１及びＺ^２は、以前に定義した通りである。

典型的な手順では、カルボン酸ＩＩｃを、中間体ＸＩと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸ＩＩｃ及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、ＤＣＥ、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。

下記のスキーム８に示すように式ＩＩｃの化合物を合成し得る。

式中、Ｒ^１、Ｒ^２、Ｒ^３、Ｘ^１、及びＺ^２は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^５は、メチル、エチル、ベンジル、アリル、及びフェニルを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基であり、当業者に公知の方法により除去することができ、ＬＧ^１は、化合物ＩＩｅのアミンにより活性化及び置き換えることができる基、例えばＯＨである。あるいは、ＬＧ^１は、求核剤により置き換えることができる、適切なハロゲン化合物（例えば、Ｆ、Ｃｌ、及びＢｒ）であり得る。

典型的な手順では、ＩＩｅを、ＩＩｆ（ＬＧ^１＝ハロゲン化合物）と、好適な塩基（ピリジン、トリエチルアミン、ＤＩＰＥＡ、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下、適切な溶媒（ＴＨＦ、ＤＣＭ、及びＤＭＦを含むがこれらに限定されない）中、－７８℃～１２０℃の範囲、しかし最適には－２０℃～５０℃の温度範囲にて、反応させる。あるいは、ＬＧ^１がＯＨである場合、ＸＩＩを、試薬ＩＩｆと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。化合物ＩＩｆ（ＬＧ^１＝ハロゲン化合物）が、好適なハロゲン化試薬を用いた処理により対応するカルボン酸から容易に作製され得ることは、当業者であれば理解するだろう。ＩＩｅ及びＩＩｆ間でのアミド形成の後、保護基ＰＧ^５を、次いで、式ＩＶｅの化合物のＰＧ^３の除去に関して記載した条件（スキーム４）を使用して除去して、化合物ＩＩｃを得た。

方法Ｂ－２を使用して、下記のスキーム９に示すように式ＩＩａの化合物を調製し得る。

式中、Ｒ^１、Ｒ^２、Ｒ^３、Ｘ^１、Ｘ^２、Ｚ^１及びＺ^２は、以前に定義した通りである。反応は、化合物ＩＩｇ及び化合物ＩＩｆ間のカップリング反応に関して記載した条件（スキーム８）下で実行され得る。

式ＩＩｇの化合物は、下記のスキーム１１に示すように調製され得る。

式中、Ｒ^３、Ｘ^１、Ｘ^２、Ｚ^１は、以前に定義した通りであり、ＰＧ^６は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。

典型的な手順では、カルボン酸ＩＩｇを、－Ｘ^２－Ｚ^１部分を含有する適切なカップリングパートナーと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。ＰＧ^６を、次いで、得られた中間体を当業者が熟知している適切な試薬と反応させることにより除去する。
化合物－７（Ｃ３ＳＬＦ）の合成

テトラヒドロフラン（１．２ｍＬ）中の中間体Ｉ－２４（１８ｍｇ、０．０８５ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ－メチルモルホリン（１０μＬ、０．０８５ｍｍｏｌ）を加えた。溶液を、－２０℃まで冷却し、次いで、クロロぎ酸イソブチル（１１μＬ、０．０８５ｍｍｏｌ）を滴下添加した。溶液を、すぐに０℃まで温めた。４５分間０℃にて撹拌した後、中間体Ｉ－２３のＴＦＡ塩（３７ｍｇ、０．０５７ｍｍｏｌ）を、無水テトラヒドロフラン（０．５ｍＬ）中のＮ－メチルモルホリン（７μＬ、０．０５７ｍｍｏｌ）と混合し、５分間にわたって混合無水物の０℃溶液に滴下添加した。得られた溶液を、１．５時間０℃にて撹拌し、その時点でメタノール（１ｍＬ）を加え、溶液をすぐに室温まで温め、５分間撹拌した。この溶液を、ジクロロメタン（７５ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で希釈した。層を分離し、水層を、ジクロロメタン（２×３０ｍＬ）で抽出した。有機層を合一し、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中０～８０％酢酸エチル）によって精製し、化合物７（Ｃ３ＳＬＦ）を白色泡状物として得た（２０ｍｇ、５０％収率）。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ９．４９（ｓ，１Ｈ），８．５５（ｄ，１Ｈ），７．７７（見かけの三重項，
１Ｈ），７．７１－７．６５（ｍ，２Ｈ），７．６０－７．５８（ｍ，１Ｈ），７．２０－７．１７（ｍ，１Ｈ），７．０１（ｄ，１Ｈ），６．７８－６．７６（ｍ，１Ｈ）６．７０－６．６７（ｍ，２Ｈ），５．７７（ｄｄ，１Ｈ），５．３３（ｄ，１Ｈ），３．８６（ｓ，３Ｈ），３．８５（ｓ，３Ｈ），３．３５（ｄ，１Ｈ），３．２５（ｔ，２Ｈ），３．１５（ｄｔ，１Ｈ），２．９２（ｔ，２Ｈ），２．６４－２．５０（ｍ，２Ｈ），２．３８（ｄ，１Ｈ），２．２９－２．１５（ｍ，１Ｈ），２．１０－２．００（ｍ，１Ｈ），１．７８－１．６３（ｍ，３Ｈ），１．５３－１．３７（ｍ，３Ｈ），１．２２（ｓ，６Ｈ），０．８９（ｔ，３Ｈ，回転異性体１），０．８０（ｔ，３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝７２２．０［Ｍ＋Ｈ］^＋，７４４．０［Ｍ＋Ｎａ］^＋；算出分子量：７２１．９３。
化合物－８の合成

ジクロロメタン（０．５ｍＬ）中の化合物７（２２ｍｇ、０．０３１ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（６２μＬ、０．５５ｍｍｏｌ）、続いて２－（ジメチルアミノ）エタンチオール（０．ｍＬ、０．０５００ｍｍｏｌ）（４．８ｍｇ、０．０４６ｍｍｏｌ）を加えた。室温にて３０分間撹拌した後、溶液を、ジクロロメタン（３０ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（３０ｍＬ）へと注いだ。層を分離し、水層を、ジクロロメタン（２×２０ｍＬ）で抽出した。有機層を、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ジクロロメタン中０～１０％メタノール）によって精製し、不純物質を得て、これを逆相ＨＰＬＣ（０．１％ギ酸を含む水中のアセトニトリル）によって再精製して、化合物－８（７．１ｍｇ、２１％収率）のギ酸塩を白色固体として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ
１２．５３（ブロード一重項，１Ｈ），９．５０（ｓ，１Ｈ），８．００
（ｓ，１Ｈ），７．７５（ｄ，１Ｈ），７．６８（ｓ，１Ｈ），７．２９（ｔ，１Ｈ），７．０２（ｄ，１Ｈ），６．７９－６．７７（ｍ，１Ｈ），６．７０－６．６７（ｍ，２Ｈ），５．７６（ｄｄ，１Ｈ），５．２９（ｄ，１Ｈ），３．８６（ｓ，３Ｈ），３．８５（ｓ，３Ｈ），
３．３６－３．２７（ｍ，２Ｈ），３．２３－３．１１（ｍ，４Ｈ），２．９０（ｔ，２Ｈ），２．７９－２．７１（ｍ，８Ｈ），２．６２－２．５０（ｍ，２Ｈ），２．５５（ｄ，１Ｈ），２．２８－２．１７（ｍ，１Ｈ），２．１２－２．０３（ｍ，１Ｈ），１．７２－１．６１（ｍ，３Ｈ），１．４９－１．３６（ｍ，３Ｈ），１．２２（ｓ，３Ｈ），１．２１（ｓ，３Ｈ），０．８８（ｔ，３Ｈ，回転異性体１），０．７９（ｔ，３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝７１６．１［Ｍ＋Ｈ］^＋；算出分子量：７１５．９７。
化合物－９の合成

ジクロロメタン中の中間体Ｉ－２３（１５ｍｇ、０．０２９ｍｍｏｌ）、３－（２，５－ジオキソピロール－１－イル）プロパン酸（５．８ｍｇ、０．０３４ｍｍｏｌ）、及びＤＭＡＰ（０．４ｍｇ、０．００３ｍｍｏｌ）の室温の溶液に、Ｎ，Ｎ’－ジシクロヘキシルカルボジイミド（９．４ｍｇ、０．０４６ｍｍｏｌ）を加えた。室温にて１５時間撹拌した後、得られた固体を、シリンジフィルターを通して濾過し、ジクロロメタンで洗浄した。溶媒を、真空下で除去し、得られた残渣を、酢酸エチルに入れた。－２０℃まで冷却した後、懸濁液を、シリンジフィルターを通して濾過し、冷酢酸エチルで洗浄した。濾液を、酢酸エチル（３０ｍＬ）及び水（３０ｍＬ）で希釈した。層を分離し、水層を、酢酸エチル（２×２０ｍＬ）で抽出した。有機層を、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中０～９０％酢酸エチル）によって精製して、化合物－９（１１ｍｇ、６０％収率）を油状物として得た。^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ_３） δ ８．２５（ブロード一重項，１Ｈ），７．７９（ｄ，１Ｈ），７．３８（ｓ，１Ｈ），７．２９（ｔ，１Ｈ），６．９８（ｄ，１Ｈ），６．８２（ｓ，２Ｈ），６．７８－６．７６（ｍ，１Ｈ），６．７０－６．６６（ｍ，２Ｈ），５．８３（ｄｄ，１Ｈ），５．３７（ｄ，１Ｈ），４．４３（ｄ，１Ｈ），４．３７（ｄ，１Ｈ），３．８６（ｓ，３Ｈ），３．８５（ｓ，３Ｈ），３．３２（ｄ，１Ｈ），２．９６（ｔ，１Ｈ），２．５５（ｔ，２Ｈ），２．３５（ｄ，１Ｈ），２．２９－２．１５（ｍ，１Ｈ），２．１１－２．０１（ｍ，１Ｈ），１．８１－１．６０（ｍ，４Ｈ），１．４９－１．４２（ｍ，３Ｈ），１．２７（ｓ，３Ｈ），１．２５（ｓ，３Ｈ），０．９３（ｔ，３Ｈ，回転異性体１），０．８２（ｔ，３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ－ＭＳｍ／ｚ＝６６２．０［Ｍ＋Ｈ］^＋；算出分子量：６６１．７５。（Ｒ）－３－（３，４－ジメトキシフェニル）－１－（３－（４－（ピリジン－２－イルジスルファニル）ブタンアミド）フェニル）プロピル（Ｓ）－１－（３，３－ジメチル－２－オキソペンタノイル）ピぺリジン－２－カルボキシレート（Ｃ４－ＳＬＦ）の合成：

ＤＭＦ（３ｍＬ）中のアニリン１（９０ｍｇ、１７２μｍｏｌ、１当量）、ジスルフィド２（７９ｍｇ、３４３μｍｏｌ、２当量）及びジイソプロピルエチルアミン（１４９μＬ、１１１ｍｇ、８５８μｍｏｌ、５当量）の溶液に、ＨＡＴＵ（１３０ｍｇ、３４３μｍｏｌ、２当量）を加え、反応混合物を、室温にて２４時間撹拌した。反応混合物を、水で希釈し、酢酸エチルで抽出した（３回）。有機抽出物を、水、飽和塩化ナトリウムで洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、蒸発させた。残渣を、シリカゲル勾配溶出（２０％酢酸エチル：８０％ヘプタン→１００％酢酸エチル）で精製して、主題の化合物Ｃ４－ＳＬＦ（９８ｍｇ、７７％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ）計算値＝７３６．３（Ｍ＋Ｈ）、観測値＝７３６．３。
実施例２：ある特定のコンジュゲートの合成
一般的プロトコル：このプロトコルは、標的タンパク質－化合物コンジュゲートの形成のための方法を記載する。

試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）及び哺乳類標的タンパク質（自社製）
装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）
実験プロトコル：１：２モル比の標的タンパク質及び化合物を、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。架橋効率を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルによって評価する。コンジュゲートは、非架橋標的タンパク質よりゆっくりと移動する。チオール反応性化合物については、標的タンパク質への化合物のＣｙｓ特異的付着は、コンジュゲートをその構成要素へと戻す、反応混合物への１００ｍＭＤＴＴの添加の後に、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによってさらに確認することができる。
Ａ．ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２－ＦＫ５０６コンジュゲートの形成
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＣ２－ＦＫ５０６（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}
ｌｉｔｅ（自社製；Ｇ１２Ｖ／Ｓ３９Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）。

装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）
実験プロトコル：１：２モル比のＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ及びＣ２－ＦＫ５０６を、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭ
ＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。架橋効率を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルによって評価する。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ上のシステイン３９へのＣ２－ＦＫ５０６の付着もまた、１００ｍＭＤＴＴとの反応混合物のインキュベーションによって評価される。

結果：Ｃ２－ＦＫ５０６は、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅと効率的に架橋し、システイン３９に対して特異的である（図１）。
Ｂ．ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ} ｌｉｔｅ／ＳＦＡＸ９ＤＳコンジュゲートの形成
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＳＦＡＸ９ＤＳ（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製；Ｇ１２Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）。

装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）
実験プロトコル：１：２モル比のＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ} ｌｉｔｅ及びＳＦＡＸ９ＤＳを、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。架橋効率を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルによって評価する。野生型ＣｙｐＡも、化合物と架橋した。ＣｙｐＡ上の反応性システインとしてのシステイン５２を、セリンに変異させ、プレゼンター架橋を抑止した。

結果：ＳＦＡＸ９ＤＳは、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ} ｌｉｔｅタンパク質と効率的に架橋し、ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓは、ＳＦＡＸ９ＤＳに架橋しない（図２）。
実施例３：ある特定の複合体の形成
一般的プロトコル：このプロトコルは、プレゼンタータンパク質、化合物、及び哺乳類標的タンパク質から構成される複合体の形成及び単離のための２つの方法を記載する。

試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、プレゼンタータンパク質（自社製）及び哺乳類標的タンパク質（自社製）
装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ、ＣＶ１２０ｍＬ）。

実験プロトコルＡ：事前にコンジュゲートした化合物及びタンパク質
１：２モル比のコンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。純粋な複合体を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）精製によって単離する。反応混合物を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌを含有する緩衝液で事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム（ＣＶ１２０ｍＬ）に直接注入する。複合体は、未反応の標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質より高い分子量で溶出する。溶出ピークにおける複合体の存在を確認するために、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって試料を評価する。

実験プロトコルＢ：架橋試薬、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質
１：２：２モル比の化合物、プレゼンタータンパク質、及び標的タンパク質を、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。純粋な複合体を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）精製によって単離する。反応混合物を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌを含有する緩衝液で事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム（ＣＶ１２０ｍＬ）に直接注入する。複合体は、未反応の標的タンパク質及びプレゼンタータンパク質より高い分子量で溶出する。溶出ピークにおける複合体の存在を確認するために、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって試料を評価する。
Ａ．ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２三元複合体の形成
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＣ２Ｈｏｌｔ（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製；Ｇ１２Ｖ／Ｓ３９Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）、及びＦＫＢＰ１２（自社製）。

装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ、ＣＶ１２０ｍＬ）
実験プロトコル：１：２：２モル比のＣ２－Ｈｏｌｔ、ＦＫＢＰ１２、及びＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅを、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。純粋な複合体を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）精製によって単離する。反応混合物を、１２．５ｍＭ
ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌを含有する緩衝液で事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム（ＣＶ１２０ｍＬ）に直接注入する。複合体は、注入後おおよそ６９ｍＬで溶出し、未反応のＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２は、注入後、それぞれ、おおよそ７５ｍＬ及び８７ｍＬで溶出する。溶出ピークにおけるＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２の存在を確認するために、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによってさらに試料を評価する。

結果：溶出ピークのＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析により、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ２Ｈｏｌｔ／ＦＫＢＰ１２複合体の形成が確認される（図３Ａ及び３Ｂ）。
Ｂ．ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／ＳＦＡＣ４ＤＳ／ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ三元複合体の形成
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＳＦＡＣ４ＤＳ（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製；Ｇ１２Ｖ／Ｓ３９Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）、及びＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ（自社製）。

装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ、ＣＶ１２０ｍＬ）
実験プロトコル：１：２：２モル比のＳＦＡＣ４ＤＳ、ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ、及びＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅを、２％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。純粋な複合体を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）精製によって単離する。反応混合物を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌを含有する緩衝液で事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム（ＣＶ１２０ｍＬ）に直接注入する。複合体は、注入後おおよそ６９ｍＬで溶出し、未反応のＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ及びＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓは、注入後、それぞれ、おおよそ７５ｍＬ及び８０ｍＬで溶出する。溶出ピークにおけるＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ及びＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓの存在を確認するために、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって試料をさらに評価する。

結果：溶出ピークのＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析により、ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ／ＳＦＡＣ４ＤＳ／ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ複合体の形成が確認される（図４）。
Ｃ．ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ１２三元複合体の形成
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＣ３ＳＬＦ（自社製）、ＰＴＰ１Ｂ_{Ｅ１８６Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製；Ｃ３２Ｓ／Ｃ９２Ｖ／Ｃ１２１Ｓ／Ｓ１８７Ｃを含有する残基１～２９３）、及びＦＫＢＰ１２（自社製）。

装置：Ｍｉｎｉ－ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ、ＣＶ１２０ｍＬ）
実験プロトコル：１：３：３モル比のＣ３ＳＬＦ、ＦＫＢＰ１２、及びＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅを、４％ＤＭＳＯを含有する、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液中で一緒に混合する。反応物を、３７℃にて３０分間インキュベートし、続いて室温にて一晩インキュベートする。純粋な複合体を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）精製によって単離する。反応混合物を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌを含有する緩衝液で事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム（ＣＶ１２０ｍＬ）に直接注入する。複合体は、注入後おおよそ６２ｍＬで溶出し、未反応のＦＫＢＰ１２は、注入後、それぞれ、おおよそ７５ｍＬ（二量体）及び９０ｍＬ（単量体）で溶出する。溶出ピークにおけるＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２の存在を確認するために、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって試料をさらに評価する。遊離ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２混合物を、同じ条件下でＳｕｐｅｒｄｅｘ７５カラムに供して、それらの溶出時間を決定する。

結果：遊離ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ及びＦＫＢＰ１２タンパク質のＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析（図５Ａ）により、遊離ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅがおおよそ６４～６５ｍｌで溶出することが確認される。溶出ピークのＳＥＣプロファイル及びＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析により、ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ１２複合体の形成を確認し、これはおおよそ６１ｍｌで溶出する（図５Ｂ）。実施例４：プレゼンタータンパク質が存在するときコンジュゲートは形成されるが、存在しないときは形成されない
このプロトコルは、コンジュゲート形成のプレゼンター依存性を評価する試みにおける、質量分析及びゲルシフトアッセイを使用した架橋効率を分析する方法を記載する。

試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ}（自社製、残基１～１６９）。
実験プロトコル：ジスルフィド架橋反応の速度論を追跡するために、ＡｄｖａｎｃｅＢｉｏＲＰ－ｍＡｂＣ４カラム（２．１×１００ｍｍ、３．５μｍ）を採用し、オートサンプラーを備えたＡｇｉｌｅｎｔ６２３０ＴＯＦ－ＬＣ／ＭＳ及びＡｇｉｌｅｎｔ
１２６０ＨＰＬＣ機器を使用した。ＨＰＬＣグレードのアセトニトリル及び水（それぞれ、１．０ｍＭのギ酸アンモニウム及び１容量％のギ酸を含有）を、移動相として使用し、以下のランプを用いた：０．６ｍｌ／分の流量、水：アセトニトリル＝９５：５、０．０～１３．０分を水：アセトニトリル＝５：９５、１３．０～１７．０分にランピング。総時間＝１７．０分。

全ての架橋反応は、０．５ｍＬのガラス製インサートを備えた１．５ｍＬのあめ色のガラス製バイアル中で行った。水溶性ペプチド（配列番号１：ＹＱＮＬＬＶＧＲＮＲＧＥＥＩＬＤ）を、内部標準として採用した。内部標準の実際の配列は重要でないが、アミノ酸残基の選択は、架橋アッセイにおける干渉を回避するために重大であった。したがって、プロリン（ＦＫＢＰ１２に干渉する）及びシステイン（ジスルフィド結合形成に干渉する）残基は除外した。全ての反応物及び標準液は、ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４、１．０ｍＭＭｇＣｌ_２）緩衝液中で調製した。

全ての反応の前に、一連の標準液（ＦＫＢＰ１２に関する標準曲線分析の一例を、下記の表３に示す）を使用して個々の構成要素に関する標準曲線を得た。標準曲線からのデータを使用して、μｍｏｌのタンパク質試料を、面積比（試料：ｓｔｄ）に対してプロットし、線形フィット（ｙ＝ｍｘ＋ｃ）を用いて、傾き及び切片を得た。これらの標準曲線に関わる傾き及び切片の値は、反応の前及び経過中の基質と生成物濃度の評価中に明らかとなった。全ての基質／生成物について、最初の注入に続いてブランク注入を行って、残留タンパク質／試薬の存在を確認した。この分析に基づき、オートサンプラーのシークエンスを、もしあれば、残留構成要素の除去のために、適切な数のブランク注入を含むように調節することができる。ＭＳスペクトルは、ＡｇｉｌｅｎｔＭａｓｓＨｕｎｔｅｒｖ
Ｂ．０７．０ソフトウェアを使用して分析した。

標的タンパク質に対するリガンド架橋のプレゼンター依存性を評価する代表的な実験では、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｇ１２Ｃ}及びＣ３またはＣ４ＳＬＦリガンドのいずれかを、ＦＫＢＰ１２の存在下または不在下、２μＭＫＲＡＳ、１０μＭＦＫＢＰ１２、１０μＭＣ３またはＣ４ＳＬＦの濃度で、４時間室温にて、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ、１ｍＭＭｇＣｌ_２、３％ＤＭＳＯ中でインキュベートした。上記の方法を使用したリガンドとのジスルフィド架橋を受けているＫＲＡＳの量の分析。表４に示すように、５倍から１０倍増加した架橋効率が、プレゼンターの存在下で観察された。

質量分析と平行して、Ｃ３またはＣ４ＳＬＦとの架橋反応を、架橋反応をより高い濃度で設定した（６０μＭＫＲＡＳ、１８０μＭＦＫＢＰ１２、及び１８０μＭＣ３またはＣ４ＳＬＦ）ことを除いて、上記と同じ実験条件で、ＦＫＢＰ１２の存在下または不在下で、１２％ＳＤＳ－ＰＡＧＥを使用して、ゲルシフトアッセイに供し、これらをＭＭＴＳによりクエンチして、反応を終了させた。ＭＳデータと同様に、リガンド架橋効率は、ＦＫＢＰ１２の存在下で有意にブーストされたが、これはＣ４－ＳＬＦに関してより明白である（図６）。
実施例５：Ｘ線分析によるプレゼンタータンパク質／標的タンパク質界面構造の決定
このプロトコルは、ＦＫＢＰ１２－Ｃ２Ｈｏｌｔ－ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}の三元複合体の結晶化、及びこの三元複合体の結晶構造に関する構造決定方法を記載する。
Ａ．ＦＫＢＰ１２－Ｃ２Ｈｏｌｔ－ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}三元複合体の結晶構造決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のリガンド（Ｃ２Ｈｏｌｔ）（自社製）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製、Ｇ１２Ｖ／Ｓ３９Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）。
装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：ＣＨｏｌｔ及びＦＫＢＰ１２を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液、１ｍＭＭｇＣｌ_２、２％ＤＭＳＯ中で３：１及び１．５：１の過剰モルでＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅに加え、２０℃にて一晩、または４℃にて３６～７２時間インキュベートした。純粋な複合体を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ、及び１ｍＭＭｇＣｌ_２中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム上でサイズ排除クロマトグラフィーによって単離した。精製した複合体を（１５～２０ｍｇ／ｍｌで）、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して２０℃にて結晶化スクリーニングに供した。結晶を、０．１ＭＭＥＳ、ｐＨ６．５、２０～２２％ＰＥＧ２０，０００を含有するウェル溶液中で成長させた。データ収集のために、結晶を、１５％グリセロールを補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で凍結した。回折データセットを、ＡｄｖａｎｃｅｄＰｈｏｔｏｎＳｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ）にて収集し、ＨＫＬプログラムで処理した。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＦＫＢＰ１２（ＰＤＢ－ＩＤ１ＦＫＤ）及びＫＲＡＳ（ＰＤＢ－ＩＤ３ＧＦＴ）の公開構造を検索モデルとして使用して得た。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行った。

結果：ＦＫＢＰ１２－Ｃ２Ｈｏｌｔ－ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}の全体構造：結晶は、非対称単位でＦＫＢＰ１２及びＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}の１つのヘテロ二量体を含有する（図７）。モデルは、ＦＫＢＰ１２の残基Ｍｅｔ１からＧｌｕ１０８、及びＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}のＭｅｔ１からＬｙｓ１６９を含んだ。得られた電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、明確な結合様式を示す。連続的な電子密度が、タンパク質のシステイン及びリガンドからの硫黄から生じたジスルフィドについて観察された。

Ｃ２Ｈｏｌｔの結合に関わるＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}残基（４Åのカットオフ距離）は、Ｇｌｕ３７、Ｃｙｓ３９、Ｌｅｕ５６、及びＭｅｔ６７である。ＦＫＢＰ１２への結合に関わるＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}残基は、Ｇｌｕ３、Ｌｙｓ５、Ｉｌｅ３６、Ｃｙｓ３９、Ｔｙｒ４０、Ａｒｇ４１、Ａｓｐ５４、Ｇｌｕ６３、Ｔｙｒ６４、Ｍｅｔ６７、及びＡｒｇ７３である。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}の結合に関わるＦＫＢＰ１２残基は、Ａｒｇ４３、Ｌｙｓ５３、Ｇｌｎ５４、Ｇｌｕ５５、Ｔｈｒ８６、Ｐｒｏ８９、Ｇｌｙ９０、及びＩｌｅ９２である。Ｃ２Ｈｏｌｔの結合に関わるＦＫＢＰ１２残基は、Ｔｙｒ２７、Ｐｈｅ３７、Ａｓｐ３８、Ｐｈｅ４７、Ｇｌｕ５５、Ｖａｌ５６、Ｉｌｅ５７、Ｔｒｐ６０、Ｔｙｒ８３、Ｈｉｓ８８、Ｉｌｅ９１、Ｉｌｅ９２、及びＰｈｅ１００である。

複合体の総埋込表面積は、１，９４７Å^２である。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}の埋込表面積は、６００Å^２であり、このうち、５０１Å^２は、ＦＫＢＰ１２（８３％）が寄与し、９９Å^２は、Ｃ２Ｈｏｌｔ（１７％）が寄与する。ＦＫＢＰ１２の埋込表面積は、７６２Å^２であり、このうち、５００Å^２は、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}（６６％）が寄与し、２６２Å^２は、Ｃ２Ｈｏｌｔ（３４％）が寄与する。Ｃ２Ｈｏｌｔの埋込表面積は、５８４Å^２であり、このうち、１３２Å^２は、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}（２３％）が寄与し、４５２Å^２は、ＦＫＢＰ１２（７７％）が寄与する。ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}及びＦＫＢＰ１２間のタンパク質－タンパク質界面は、３つの分子間Ｈ結合を含む、疎水性及び極性相互作用の両方によって形成される。Ｃ２Ｈｏｌｔ及びＦＫＢＰ１２間の結合界面は、疎水性相互作用が大きく寄与するが、リガンドの３個のカルボニル基、ならびにＦＫＢＰ１２のＴｙｒ２７、Ｉｌｅ５７、及びＴｙｒ８３の間の３つのＨ結合も寄与する。Ｃ２Ｈｏｌｔは、設計によってＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}との最小の接触を形成する（９９Å^２）が、ＫＲＡＳ_{ＧＴＰ／Ｓ３９Ｃ}のＧｌｕ３７と１のＨ結合を形成する。最終構造のデータ収集及び精密化統計は、下記の表５に列挙する。
Ｂ．ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}／ＳＦＡＣ４ＤＳ／ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ三元複合体の結晶構造決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のリガンド（ＳＦＡＣ４ＤＳ）（自社製）、ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ（自社製）、ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製、Ｇ１２Ｖ／Ｓ３９Ｃ／Ｃ５１Ｓ／Ｃ８０Ｌ／Ｃ１１８Ｓを含有する残基１～１６９）。

装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：ＳＦＡＣ４ＤＳ及びＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓを、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液、１ｍＭＭｇＣｌ_２、２％ＤＭＳＯ中で２：１及び２：１の過剰モルでＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ} ｌｉｔｅに加え、２０℃にて一晩インキュベートした。純粋な複合体を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ、及び１ｍＭＭｇＣｌ_２中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム上でサイズ排除クロマトグラフィーによって単離した。精製した複合体を（１５ｍｇ／ｍｌで）、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して２０℃にて結晶化スクリーニングに供した。結晶を、０．１ＭＢｉｓ－Ｔｒｉｓ、ｐＨ６．５、２５％ＰＥＧ３３５０を含有するウェル溶液中で成長させた。データ収集のために、結晶を、これを４０％のＰＥＧとするためにさらなるＰＥＧ３３５０を補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で凍結した。回折データセットを、ＡｄｖａｎｃｅｄＬｉｇｈｔＳｏｕｒｃｅ（ＡＬＳ）にて収集し、ＨＫＬプログラムで処理した。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＣｙｐＡ（ＰＤＢ－ＩＤ１ＣＷＡ）及びＫＲＡＳ（ＰＤＢ－ＩＤ３ＧＦＴ）の公開構造を検索モデルとして使用して得た。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行った。

結果：ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ－ＳＦＡＣ４ＤＳ－ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}の全体的構造：結晶は、非対称単位でＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ及びＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}の１つのヘテロ二量体を含有する（図８）。モデルは、ＣｙｐＡの残基Ｍｅｔ１からＧｌｕ１６５、及びＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}のＭｅｔ１からＬｙｓ１６９を含んだ。得られた電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、明確な結合様式を示す。連続的な電子密度が、タンパク質のシステイン及びリガンドからの硫黄から生じたジスルフィドについて観察された。

ＳＦＡＣ４ＤＳの結合に関わるＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}残基（４Åのカットオフ距離）は、Ｇｌｕ３、Ｌｙｓ５、Ｃｙｓ３９、Ａｒｇ４１、Ｌｅｕ５２、Ａｓｐ５４、Ｉｌｅ５５及びＬｅｕ５６である。ＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓへの結合に関わるＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}残基は、Ｇｌｕ３７、Ａｓｐ３８、Ｃｙｓ３９、Ａｒｇ４１、Ｇｌｎ４３、Ｌｅｕ５６、Ａｌａ６６、Ｍｅｔ６７、Ｇｌｎ７０、及びＴｈｒ７４である。ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}の結合に関わるＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ残基は、Ａｒｇ５５、Ｉｌｅ５７、Ａｒｇ６９、Ａｓｎ７１、Ｔｈｒ７３、Ａｌａ８１、Ａｌａ１０３、Ａｒｇ１４８、及びＡｓｎ１４９である。ＳＦＡＣ４ＤＳの結合に関わるＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ残基は、Ａｒｇ５５、Ｐｈｅ６０、Ｍｅｔ６１、Ｇｌｎ６３、Ｇｌｙ７２、Ａｌａ１０１、Ａｓｎ１０２、Ｇｌｎ１１１、Ｐｈｅ１１３、及びＨｉｓ１２６である。

この複合体の総埋込表面積は、タンパク質－タンパク質界面における部分的な構造的障害によって計算することができない。計算に対して障害となる領域を除いて、タンパク質－タンパク質界面での埋込表面積は、１，３５０Å^２超であり、このうち、３０％超は、ＳＦＡＣ４ＤＳ（４４３Å^２）が寄与する。ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}及びＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓ間のタンパク質－タンパク質界面は、２つの分子間Ｈ結合を含む、疎水性及び極性相互作用の両方によって形成される。ＳＦＡＣ４ＤＳ及びＣｙｐＡ間の結合界面は、疎水性及び極性相互作用の両方が寄与する。リガンドのカルボニル及びＮ－Ｈ基、ならびにＣｙｐＡ_Ｃ５２Ｓの残基Ａｒｇ５５、Ｇｌｎ６３、Ａｓｎ１０２、及びＨｉｓ１２６の間に６つのＨ結合が存在する。ＳＦＡＣ４ＤＳは、ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}と最小の直接的接触を形成するが、ＫＲＡＳ_{ＧＤＰ／Ｓ３９Ｃ}のＡｒｇ４１と１つのＨ結合を形成する。最終構造のデータ収集及び精密化統計は、下記の表５に列挙する。
Ｃ．ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ１２三元複合体の結晶構造決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のリガンド（Ｃ３ＳＬＦ）（自社製）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製、Ｃ３２Ｓ／Ｃ９２Ｖ／Ｃ１２１Ｓ／Ｓ１８７Ｃを含有する残基１～１６９）。

装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）、Ｇｒｙｐｈｏｎ（ＡｒｔＲｏｂｂｉｎｓＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）
実験プロトコル：Ｃ３ＳＬＦ及びＦＫＢＰ１２を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液、４％ＤＭＳＯ中で３：１の過剰モルでＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ} ｌｉｔｅに加え、３６～７２時間４℃にてインキュベートした。純粋な複合体を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４及び７５ｍＭＮａＣｌ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム上でサイズ排除クロマトグラフィーによって単離した。精製した複合体を（１５ｍｇ／ｍｌで）、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して２０℃にて結晶化スクリーニングに供した。結晶を、０．２Ｍ酢酸マグネシウム、２０％ｗ／ｖＰＥＧ３３５０を含有するウェル溶液中で成長させた。データ収集のために、結晶を、２５％ＰＥＧ４００を補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で凍結した。回折データセットを、ＡｄｖａｎｃｅｄＰｈｏｔｏｎＳｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ）にて収集し、ＸＤＳプログラムで処理した。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＦＫＢＰ１２（ＰＤＢ－ＩＤ２ＰＰＮ）及びＰＴＰ１Ｂ（ＰＤＢ－ＩＤ２ＮＴ７）の公開構造を検索モデルとして使用して得た。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行った。

結果：ＦＫＢＰ１２－Ｃ３ＳＬＦ－ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の全体的構造：結晶は、非対称単位でＦＫＢＰ１２－Ｃ３ＳＬＦ－ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の２つの複合体分子を含有する（図９Ａ）。モデルは、ＦＫＢＰ１２の残基Ｇｌｙ２からＧｌｕ１０８、及びＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}のＧｌｕ６からＰｈｅ２８０を含んだ。得られた電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、明確な結合様式を示す。連続的な電子密度が、タンパク質のシステイン及びリガンドからの硫黄から生じたジスルフィドについて観察された。

複合体の総埋込表面積は、１，０４２Å^２である。ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}の埋込表面積は、４２７Å^２である。Ｃ３ＳＬＦの埋込表面積は、６１５Å^２である（図９Ｂ）。ＰＴＰ１Ｂ_{Ｓ１８７Ｃ}及びＦＫＢＰ１２間のタンパク質－タンパク質界面は、疎水性及び極性相互作用の両方によって形成される。
Ｄ．ＭＣＬ１_{Ｓ２４５Ｃ}／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ５２三元複合体の結晶構造決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のリガンド（Ｃ３ＳＬＦ）（自社製）、ＦＫＢＰ５２（自社製、残基１～１４０）、ＭＣＬ１_{Ｓ２４５Ｃ} ｌｉｔｅ（自社製、Ｓ２４５Ｃ／Ｃ２８６Ｓを含有する残基１７２～３２７）。

装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）、Ｇｒｙｐｈｏｎ（ＡｒｔＲｏｂｂｉｎｓＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）
実験プロトコル：Ｃ３ＳＬＦ及びＦＫＢＰ５２を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、７５ｍＭＮａＣｌ緩衝液、２％ＤＭＳＯ中で３：１の過剰モルでＭＣＬ１_{Ｓ２４５Ｃ} ｌｉｔｅと混合し、２４～４８時間４℃にてインキュベートした。純粋な複合体を、１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４及び７５ｍＭＮａＣｌ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ７５カラム上でサイズ排除クロマトグラフィーによって単離した。精製した複合体を（１５ｍｇ／ｍｌで）、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して２０℃にて結晶化スクリーニングに供した。結晶を、２．１Ｍリンゴ酸を含有するウェル溶液中で成長させた。データ収集のために、結晶を、２０％グリセロールを補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で急速冷凍した。３．０Å分解能回折データセットを、ＡｄｖａｎｃｅｄＰｈｏｔｏｎＳｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ）にて測定し、ＸＤＳプログラムで処理した。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＦＫＢＰ５２（ＰＤＢ－ＩＤ１Ｎ１Ａ）及びＰＴＰ１Ｂ（ＰＤＢ－ＩＤ３ＭＫ８）の公開構造を検索モデルとして使用して得た。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行った。

結果：結晶は、非対称単位でＭＣＬ１_{Ｓ２４５Ｃ}／Ｃ３ＳＬＦ／ＦＫＢＰ５２の１つの複合体分子を含有する（図１０）。得られた電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、２つのタンパク質の間の明確な結合を明らかにした。連続的な電子密度が、タンパク質のシステイン及びリガンドからの硫黄から生じたジスルフィドについて観察された。複合体の埋込表面積は、１，４１０Å^２であり、このうち、おおよそ６０％は、ＦＫＢＰ５２（８０４Å^２）が寄与し、おおよそ４０％は、Ｃ３－ＳＬＦ（６０６Å^２）が寄与する。分解能が制限されているため、タンパク質－タンパク質及びタンパク質－リガンド相互作用における詳細な分析は、実行可能でなかった。

実施例６：ＴＲ－ＦＲＥＴによる複合体形成の決定
ＴＲ－ＦＲＥＴ技術（ＬＡＮＣＥ、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）は、２つの融合タグ付きタンパク質、例えば、タンパク質１／タグＡ及びタンパク質２／タグＢ、ここで、Ａ及びＢは、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ヘキサヒスチジン（Ｈｉｓ_６）、ＦＬＡＧ、ビオチン－ａｖｉ、Ｍｙｃ、及びヘマグルチニン（ＨＡ）のいずれかであることができる、の二元会合を検出する標準的方法である。この実施例では、この技術は、プレゼンタータンパク質と標的タンパク質との化合物が促進する会合を測定するために使用される。プレゼンタータンパク質／タグＡ及び標的タンパク質／タグＢの混合物を、本発明の化合物を含有する３８４ウェルアッセイプレートに加え、１５分間インキュベートする。抗融合タグＡまたはＢユウロピウム－キレートドナー、及び抗融合タグＡまたはＢアロフィコシアニンアクセプターもしくはＵｌｉｇｈｔアクセプター試薬の混合物を加え、反応物を２４０分間インキュベートする。ＴＲ－ＦＲＥＴシグナルは、励起＝３２０ｎｍ、発光＝６６５／６１５ｎｍを使用してＥｎＶｉｓｉｏｎマイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）上で読み取る。三元複合体形成を促進する化合物は、ＤＭＳＯ対照ウェルに対してＴＲ－ＦＲＥＴ比の増加を引き出すものと同定される。
ＴＲ－ＦＲＥＴによるＣＹＰＡ－化合物３－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}複合体形成の決定
Ａｖｉタグ付きシクロフィリンＡ及びＨｉｓタグ付きＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}を、漸増濃度のリガンド（化合物３）と混合し、室温にて１５分間インキュベートし、三元複合体の形成を可能とした。次いで、抗ＨｉｓＥｕ－Ｗ１０２４及びストレプトアビジンＡＰＣの事前混合物を加え、６０分間インキュベートした。ＴＲ－ＦＲＥＴシグナルは、ＥｎＶｉｓｉｏｎマイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、励起３２０ｎｍ、発光６６５／６１５ｎｍ）上で読み取る。プレゼンター及び標的タンパク質を伴わないカウンタースクリー二ングも実行して、化合物単独の寄与を除外する。

試薬及び機器
・Ｈｉｓ６－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}（自社製；残基１～１６９）；ＰＢＳ緩衝液、ｐＨ７．４中１．２ｍＭ
・Ａｖｉ－ＣＹＰＡ（自社製；残基１～１６５）；ＰＢＳ緩衝液、ｐＨ７．４中５５６μＭ
・抗ＨｉｓＥｕ－Ｗ１０２４（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・ストレプトアビジンＡＰＣ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・リガンド（Ｗ２１４８７）、１００％ＤＭＳＯ中１０ｍＭ
・ＥｎＶｉｓｉｏｎ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・８チャネル少容量カセットを備えるＣｏｍｂｉＭｕｔｉｄｒｏｐ液体ディスペンサー・３８４ウェルＰｒｏｘｉＰｌａｔｅ（ブラック）
実験プロトコル
１．Ｍｏｓｑｕｉｔｏを使用して、１００ｎＬ／ウェルの化合物（ＤＭＳＯ中で濃度は変動する）を３８４ウェルブラックＰｒｏｘｉＰｌａｔｅへと分注して、アッセイレディプレート（ＡＲＰ）を作製する。
２．４０ｍＭＨｅｐｅｓ、ｐＨ８．０、２００ｍＭＮａＣｌ、２ｍＭＭｇＣｌ_２、０．１％ＢＳＡ及び０．００４％Ｔｗｅｅｎ－２０を含有する２×アッセイ緩衝液を作製する。
３．１×アッセイ緩衝液中で、２×ＰＲＥ－ＭＩＸＡ：１００ｎＭのＨｉｓ６－ＫＲａｓＧ１２Ｃ－ＧＴＰ（１～１６９）及び１０００ｎＭのＡｖｉ－ＣｙｐＡ（１～１６５）を作製する。
４．ＭｕｔｉｄｒｏｐＣｏｍｂｉを使用して、２×ＰＲＥ－ＭＩＸＡをＡＲＰへと分注する（５μｌ／ウェル）。室温にて１５分インキュベートする。
５．２×ＰＲＥ－ＭＩＸＢ：１０ｎＭの抗ＨｉｓＥｕ－Ｗ１０２４及び４０ｎＭのＳＡＡＰＣを作製する。
６．ＭｕｔｉｄｒｏｐＣｏｍｂｉを使用して、２×ＰＲＥ－ＭＩＸＢをＡＲＰへと分注する（５μｌ／ウェル）。Ｃｏｍｂｉ上で短時間振とうし、室温にて６０分インキュベートする。
７．ＥｎＶｉｓｉｏｎ上で読み取る（励起：３２０ｎｍ；発光１：６１５ｎｍ；発光２：６６５ｎｍ）。
８．Ｄｏｔｍａｔｉｃｓを使用してデータを処理する。４パラメータ非線形フィットを使用して曲線をフィットさせて、三元複合体の形成に関するＥＣ５０値を決定する。

結果：結合曲線（図１１）は、２．１μＭの算出ＥＣ５０値を伴う、ＣＹＰＡ－化合物３－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}三元複合体の化合物３に依存する複合体形成を実証する。実施例７：増幅発光近接ホモジニアスアッセイによる複合体形成の決定
ＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎ技術（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）は、２つの融合タグ付きタンパク質、例えば、タンパク質１／タグＡ及びタンパク質２／タグＢ、ここで、Ａ及びＢは、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ヘキサヒスチジン（Ｈｉｓ_６）、ＦＬＡＧ、ビオチン－ａｖｉ、Ｍｙｃ、及びヘマグルチニン（ＨＡ）のいずれかであることができる、の二元会合を検出する標準的方法である。この実施例では、この技術は、プレゼンタータンパク質と標的タンパク質との化合物が促進する会合を測定するために使用される。プレゼンタータンパク質／タグＡ及び標的タンパク質／タグＢの混合物を、本発明の化合物を含有する３８４ウェルアッセイプレートに加え、１５分間インキュベートする。抗融合タグＡまたはＢＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎドナービーズ、及び抗融合タグＡまたはＢＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎアクセプタービーズの混合物を加え、反応物を２４０分間インキュベートする。ＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎシグナルは、励起＝６８０ｎｍ、発光＝５８５ｎｍを使用してＥｎｖｉｓｉｏｎマイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）上で読み取る。三元複合体形成を促進する化合物は、ＤＭＳＯ対照ウェルに対してＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎシグナルの増加を引き出すものと同定される。
アルファＬＩＳＡによるＣＹＰＡ－化合物３－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}複合体形成の決定
Ａｖｉタグ付きシクロフィリンＡ及びＨｉｓタグ付きＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}を、漸増濃度のリガンド（化合物３）と混合し、室温にて６０分間インキュベートし、三元複合体の形成を可能とした。次いで、ニッケルキレートドナービーズ及びストレプトアビジンアクセプタービーズの事前混合物を加え、６０分間インキュベートした。アルファＬＩＳＡシグナルは、ＥｎＶｉｓｉｏｎマイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、励起６８０ｎｍ、発光６１５ｎｍ）上で読み取る。プレゼンター及び標的タンパク質を伴わないカウンタースクリー二ングも実行して、化合物単独の寄与を除外する。

試薬及び機器：
・Ｈｉｓ６－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}（自社製；残基１～１６９）；ＰＢＳ緩衝液、ｐＨ７．４中１．２ｍＭ
・Ａｖｉ－ＣＹＰＡ（自社製；残基１～１６５）；ＰＢＳ緩衝液、ｐＨ７．４中５５６ｕＭ
・ニッケルキレートドナービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・ストレプトアビジンアクセプタービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・リガンド（Ｗ２１４８７）、１００％ＤＭＳＯ中１０ｍＭ
・ＥｎＶｉｓｉｏｎ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）
・８チャネル少容量カセットを備えるＣｏｍｂｉＭｕｔｉｄｒｏｐ液体ディスペンサー・ａｌｐｈａＰｌａｔｅ－３８４プレート（ホワイト）
実験プロトコル：
１．Ｍｏｓｑｕｉｔｏを使用して、１００ｎＬ／ウェルの化合物（ＤＭＳＯ中で濃度は変動する）を３８４ウェルブラックＰｒｏｘｉＰｌａｔｅへと分注して、アッセイレディプレート（ＡＲＰ）を作製する。
２．４０ｍＭＨｅｐｅｓ、ｐＨ８．０、２００ｍＭＮａＣｌ、２ｍＭＭｇＣｌ_２及び０．００４％Ｔｗｅｅｎ－２０を含有する２×アッセイ緩衝液を作製する。
３．１×アッセイ緩衝液中で２×ＰＲＥ－ＭＩＸＡ：３００ｎＭのＨｉｓ６－ＫＲａｓ
Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ（１～１６９）及び３００ｎＭのＡｖｉ－ＣｙｐＡ（１～１６５）を作製する。
４．ＭｕｔｉｄｒｏｐＣｏｍｂｉを使用して、２×ＰＲＥ－ＭＩＸＡをＡＲＰへと分注する（５μｌ／ウェル）。室温にて６０分インキュベートする。
５．２×ＰＲＥ－ＭＩＸＢ：３０μｇ／ｍｌのストレプトアビジンアクセプタービーズ及び３０μｇ／ｍｌのニッケルキレートドナービーズを作製する。
６．ＭｕｔｉｄｒｏｐＣｏｍｂｉを使用して、２×ＰＲＥ－ＭＩＸＢをＡＲＰへと分注する（５μｌ／ウェル）。Ｃｏｍｂｉ上で短時間振とうし、室温にて６０分インキュベートする。
７．ＥｎＶｉｓｉｏｎ上で読み取る（励起：６８０ｎｍ；発光１：６１５ｎｍ）。
８．Ｄｏｔｍａｔｉｃｓを使用してデータを処理する。４パラメータ非線形フィットを使用して曲線をフィットさせ、三元複合体の形成に関するＥＣ５０値を決定する。

結果：結合曲線（図１２）は、０．９９μＭの算出ＥＣ５０値を伴う、ＣＹＰＡ－化合物３－ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}三元複合体の化合物３に依存する複合体形成を実証する。
実施例８：等温滴定型熱量測定による複合体形成の決定
等温滴定型熱量測定（ＩＴＣ）は、２つのタンパク質、またはリガンドへのタンパク質の、二元相互作用に関連する熱変化を直接測定するために使用される確立された生物物理学的技術である。熱変化の測定は、会合定数（Ｋ_ａ）、反応化学量論（Ｎ）、及び結合エンタルピーの変化（ΔＨ）の正確な決定を可能とする。ギブスエネルギー変化（ΔＧ）及びエントロピー変化（ΔＳ）は、関係：ΔＧ＝－ＲＴｌｎＫ_ａ＝ΔＨ－ＴΔＳ（式中、Ｒは、気体定数であり、Ｔは、絶対温度である）を使用して決定することもできる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの結合（例えば、非共有結合または共有結合）を測定するために使用される。
ＩＴＣによるＦＫＢＰ１２－化合物１及びＣＥＰ２５０間の結合の速度論及び熱力学の決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物１及び化合物２（自社製）、タンパク質緩衝液（１０ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、７５ｍＭＮａＣｌ、０．５ｍＭＴＣＥＰ）、アッセイ緩衝液（タンパク質緩衝液＋１％ＤＭＳＯ）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＣＥＰ２５０_２９．４（自社製、残基１９８２～２２３１）及びＣＥＰ２５０_１１．４（自社製、残基２１３４～２２３１）。

装置：ＭｉｃｒｏＣａｌ（商標）ＩＴＣ_２００（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）。機器パラメータを表６に示す。

実験プロトコル：ＦＫＢＰ１２ストック溶液を、アッセイ緩衝液中１０μＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。化合物をＦＫＢＰ１２に加えて、２０μＭとし（最終１％ＤＭＳＯ）、５～１０分のプレインキュベーション時間の後、二元複合体をＩＴＣデバイスの反応セルに充填する。ＣＥＰ２５０タンパク質ストックを、アッセイ緩衝液中５０μＭに希釈し、２０μＭ化合物を補充し（最終１％ＤＭＳＯ）、その後、注入シリンジに充填する。化合物の不在下での対照実験も行って、シリンジから反応セルへと注入する際、操作のアーチファクト及び滴定剤の希釈に伴う熱を決定する。より詳細な実験パラメータを、表７に示す。

データフィッティング：以下の手順に従って、ＯｒｉｇｉｎＩＴＣ２００ソフトウェアを用いてデータのフィッティングを行った。
１）生データの読込み
２）「ｍＲａｗＩＴＣ」：積分ピーク及びベースラインを調整して、全てのピークを積分する
３）「デルタＨ」－データコントロール：不良データを除去し（注入番号１及び他のアーチファクト）、直線を差し引く（バックグラウンド差し引き）。
４）「デルタＨ」－モデルフィッティング：部位モデルの１セットを選択し、カイ二乗がさらに低下しなくなるまで、レーベンバーグ－マーカートアルゴリズムを用いてフィッティングを行い、「ｄｏｎｅ」で終了する（パラメータＮ、Ｋ_ａ、及びΔΗは、フィッティングに基づいて算出される）。

結果：ＦＫＢＰ１２－化合物１及びＦＫＢＰ１２－化合物２二元複合体のＣＥＰ２５０に対する結合に関するＩＴＣ測定値を、表８及び図１３にまとめる。全体として、ＣＥＰ２５０_１１．４及びＣＥＰ２５０_２９．４に結合するＦＫＢＰ１２－化合物１及びＦＫＢＰ１２－化合物２二元複合体に関するデータは、類似の相互作用パラメータを示す。Ｋ_ｄ値は全ての組み合わせで類似していた。全ての相互作用は、ほとんど同一の熱力学的プロファイルを示し、ここで結合は、純粋エンタルピー結合モードにより特徴付けられる（－Ｔ^＊ΔＳ項は正であり、ギブズ自由エネルギーに寄与しない）。全ての相互作用に関する結合化学量論は、Ｎ＝０．５～０．６であり、ＣＥＰ２５０_１１．４／化合物１／ＦＫＢＰ１２の結晶構造において証明されるように、１つのＣＥＰ２５０ホモ二量体が２つのＦＫＢＰ１２分子に結合する１：２の結合比を支持する。

実施例９：表面プラズモン共鳴によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の速度論の決定
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）は、２つのタンパク質、またはリガンドへのタンパク質いずれかの、二元相互作用に関連する速度論を測定するために使用される生物物理学的技術である。典型的には、二元相互作用対の１つの構成要素を、融合タグを介して活性化センサーチップのフローセル上に固定化する。次いで、漸増濃度の第２の構成要素（分析物）を、活性表面上に一定時間注入する。会合期中のＳＰＲシグナル（共鳴単位、ＲＵで表す）の増加、及び解離期中のＳＰＲシグナルの減少は、相互作用を示し、結合モデルにフィットさせて、関連するＫ_Ｄ、Ｋ_ａ、Ｋ_ｄ値を決定することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明のコンジュゲートの結合に関する速度論を測定するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートが、融合タグを介してチップ上に固定化され、プレゼンタータンパク質が表面上に注入されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質が、融合タグを介してチップ上に固定化され、コンジュゲートが表面上に注入される。
ＳＰＲによるＦＫＢＰ１２－化合物１及びＣＥＰ２５０間の結合の速度論の決定
このプロトコルは、固定化されたＦＫＢＰ１２－化合物１二元複合体（リガンド）へのＣＥＰ２５０（分析物）の結合に関する速度論（Ｋ_Ｄ、Ｋ_ａ、Ｋ_ｄ）を決定する方法として表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を利用する。

試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物１（自社製）、１０×ＨＢＳ－Ｐ＋緩衝液（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅＢＲ－１００６－７１）、アッセイ緩衝液（１×ＨＢＳ－Ｐ＋緩衝液、１％ＤＭＳＯ、１μＭ化合物１）、１２×ＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）、ＣＥＰ２５０_２９．２（残基１９８２～２２３１）及びＣＥＰ２５０_１１．４（残基２１３４～２２３１）（自社製）。

装置：ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）Ｘ１００（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）
備品：ＮＴＡセンサーチップ（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅＢＲ－１０００－３４）
実験プロトコル：実験を、２５℃にて行う。１２ＸＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２のストック溶液を、１μＭ化合物１を含有するアッセイ緩衝液中で１００ｎＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。おおよそ２００～４００ＲＵのＦＫＢＰ１２を、活性化ＮＴＡチップの２つのフローセルのうちの１つ上に固定化する。第２のフローセルは、センサーチップへの分析物の非特異的相互作用についての参照として活性化しない。変動濃度のＣＥＰ２５０（１ｎＭ～１μＭ範囲）を、１μＭ化合物１（最終１％ＤＭＳＯ）を含有する同じアッセイ緩衝液に段階希釈し、１０μｌ／分の流量でＦＫＢＰ１２表面及び参照表面上に注入する。表面を、３５０ｍＭＥＤＴＡを用いて分析物の注入の間に再生する。

データフィッティング：データフィッティングのためにＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアプログラムを使用する。全てのデータは、参照フローセル及び緩衝液注入の両方に対して参照を差し引く。速度論的分析のために、データは１：１相互作用モデルにローカルフィッティングする。

結果：ＳＰＲセンサーグラムを、図１４に示す。５．４ｎＭ及び０．２９ｎＭの解離定数（Ｋ_Ｄ）を、それぞれ、ＣＥＰ２５０_１１．４及びＣＥＰ２５０_２９．２へのＦＫＢＰ１２／化合物１の結合に関して決定した。
実施例１０：バイオレイヤー干渉法によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の速度論の決定
バイオレイヤー干渉法（ｉｎｆｅｒｏｍｅｔｒｙ）（ＢＬＩ）は、２つのタンパク質、またはリガンドへのタンパク質いずれかの、二元相互作用に関連する速度論を測定するために使用される生物物理学的技術である。典型的には、二元相互作用対の１つの構成要素を、融合タグを介してバイオセンサーチップ上に固定化する。次いで、漸増濃度の第２の構成要素（分析物）をバイオセンサーチップ上に一定時間注入する。会合期中のＢＬＩシグナル（光学的厚さ、ｎｍで表す）の増加、及び解離期中のＢＬＩシグナルの減少は、相互作用を示し、結合モデルにフィットさせて、関連するＫ_Ｄ、Ｋ_ａ、Ｋ_ｄ値を決定することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明のコンジュゲートの結合に関する速度論を測定するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートが、融合タグを介してチップ上に固定化され、プレゼンタータンパク質が表面上に注入されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質が、融合タグを介してチップ上に固定化されており、コンジュゲートが表面上に注入される。
ＢＬＩによるＣＹＰＡ－化合物３及びＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}間の結合の速度論の決定
このプロトコルは、固定化されたＣＹＰＡ－化合物３二元複合体（リガンド）へのＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}（分析物）の結合に関する解離定数（Ｋ_Ｄ）を決定する方法としてバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）を利用する。

試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物３（自社製）、ＦｏｒｔｅＢｉｏ速度論緩衝液（ＦｏｒｔｅＢｉｏＩｎｃ．，ＭｅｎｌｏＰａｒｋ，ＣＡ）、アッセイ緩衝液（速度論緩衝液、１％ＤＭＳＯ、２μＭ化合物３）、Ａｖｉタグ付きＣＹＰＡ（自社製）、ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}（残基１～１６９）（自社製）。

装置：ＯｃｔｅｔＲｅｄ９６機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏＩｎｃ．，ＭｅｎｌｏＰａｒｋ，ＣＡ）
備品：ストレプトアビジン（ＳＡ）バイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）
実験プロトコル：ストレプトアビジン（ＳＡ）バイオセンサーを、０．６ｎｍの充填シグナルまで１０μＭＡｖｉ－ＣＹＰＡタンパク質を含有する溶液中で２５℃にてコーティングした。タンパク質の充填は、経時的な安定性、及びベースラインドリフトの不在を示した。三元複合体の形成を、１：２希釈系列で２００μＭから開始するＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}タンパク質濃度を用いて用量応答実験において評価した。陰性対照については、Ａｖｉ－ＣＹＰＡタンパク質でコーティングしたセンサーを、スクリーニング緩衝液（２μＭ化合物３を補充）のみを含有するウェル中に浸漬した。補正した結合応答センソグラム（ｓｅｎｓｏｇｒａｍ）を記録し、分析した。

データフィッティング：ＦｏｒｔｅＢｉｏＯｃｔｅｔＲＥＤ機器上の分析を、ＦｏｒｔｅＢｉｏソフトウェアを使用して行った。分析により、非特異的結合、バックグラウンド、及びシグナルドリフトが説明され、ウェルベースの及びセンサー変動性が最小限に抑えられる。三元複合体の用量依存的形成が観察され、対応する平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）を決定した。

結果：センソグラム（Ｓｅｎｓｏｇｒａｍ）及び定常状態フィッティング曲線を、図１５に示す。４４μＭの解離定数（Ｋ_Ｄ）が、ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}へのＣＹＰＡ／化合物３の結合に関して決定された。
実施例１１：架橋試薬のためのＦＫＢＰ１２結合標的タンパク質のプロテオミクス同定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、Ｎ末端ビオチン－ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞ライセート（自社製）。

実験プロトコル：ＨＥＫ２９３Ｔ細胞ライセートを、氷上での超音波処理（２０％パワーで４、１０秒パルス）を使用して、４０ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．３、１２０ｍＭＮａＣｌ、２ｍＭＭｇＣｌ_２、２ｍＭＣａＣｌ_２、０．５％オクチル－ｂ－グルコシド、及びＥＤＴＡ非含有プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）からなる溶解緩衝液を使用して調製した。ライセートを、最初に遠心分離を介して清澄し、得られた上清を、氷上で０．２ｍｍのシリンジフィルターに通過させた。Ｎ末端ビオチン標識ＦＫＢＰ１２を、５００ｍｌのライセートに加えて最終濃度を４ｍＭとし、ピペット操作を介して混合し、次いで、化合物を加えて１０ｍＭの最終濃度とし、反応物を、ピペット操作を介して混合した。６０ｍＬの５０％スラリーアガロース－ストレプトアビジン樹脂（溶解緩衝液中で事前に平衡）を加え、反応を１時間穏やかに揺り動かしながら４℃にて進行させる。インキュベーション後、樹脂を穏やかにペレット化し、添加、遠心分離、及び吸引を介して氷上で１ｍＬの溶解緩衝液で４回洗浄し、次いで、同じ物理的様式で、洗剤を用いずに１ｍＬの溶解緩衝液でさらに４回洗浄した。保持されたタンパク質を、ＨＥＰＥＳ緩衝液中の８Ｍ尿素、ｐＨ８．０を使用して樹脂から溶出させ、１００ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ８．０で７Ｍ尿素に希釈し、エンドプロテアーゼＬｙｓ－Ｃをタンパク質消化のために３７℃にて２時間加えた。次に、試料を１００ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ８．０を使用して０．８Ｍ尿素に希釈し、トリプシンを加え、試料をさらに１６時間３７℃にて消化させた。消化が完了した後、試料を、Ｃ１８ＳＰＥフィルターを使用してＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のために調製し、このフィルターの上に、試料を充填し、洗浄し、溶出させ、スピードバック中で乾燥させ、最後に、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のために、１０ｍｌの５％アセトニトリル、５％ギ酸緩衝液に懸濁させた。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を、Ｔｈｅｒｍｏ－ＦｉｓｈｅｒＬＴＱ－Ｖｅｌｏｓ－ＰｒｏＯｒｂｉＴｒａｐ質量分析計上で、上位２０データ依存型取得方法、及びＨＰＬＣのために８～３５％アセトニトリル勾配を使用して、行った。Ｓｅｑｕｅｓｔアルゴリズムを使用してペプチド配列を割り当て、同定したタンパク質を、候補標的タンパク質を同定するために、対照試料（ＤＭＳＯのみ）と比較する。

結果：上記のプロトコルを使用して、１００を超える標的タンパク質が、架橋化合物の存在下でプレゼンタータンパク質に結合することができると同定されてきた。同定された標的タンパク質には、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、ＤＮＡ結合タンパク質、熱ショックタンパク質、ＤＮＡヘリカーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、ヌクレオチド結合タンパク質、及び種々のタンパク質結合タンパク質が含まれる。
実施例１２：蛍光偏光によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
蛍光偏光（ＦＰ）の技術は、蛍光標識分子が偏光によって励起されると、分子旋光度に反比例する偏光度を伴う光を放射するという所見に基づく。低分子は励起状態の間に急速に回転し、発光の際に、低い偏光値を有する。第２の分子への標識分子の結合によって形成される、大きな複合体は、励起状態の間に僅かに回転し、それゆえ、高い偏光値を有する。蛍光のこの特性は、より大きなタンパク質と標識リガンドの相互作用を測定するために使用することができ、直接及び競合結合アッセイの基盤を提供する。この実施例では、この方法を使用して、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの結合を測定し、標的タンパク質との三元複合体形成を確立する。
ＦＰによるＣｙｐＡ：Ｃ３ＤＳ：ＫＲＡＳ複合体形成の決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＣ３ＤＳ（自社製）、タンパク質緩衝液（１２．５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ＝７．４、１ｍＭＭｇＣｌ_２）、アッセイ緩衝液（２５ｍＭＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．３、０．００２％Ｔｗｅｅｎ２０、０．１％ＢＳＡ、１０ｍＭＮａＣｌ、１ｍＭＭｇＣｌ_２）、ＣＹＰＡ（自社製）、Ｍａｎｔ－ＧＭＰ－ＰＮＰ充填ＫＲＡＳ（１～１６９残基）。

装置：ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ
実験プロトコル：ＫＲＡＳストック溶液を充填して、アッセイ緩衝液（最終１％ＤＭＳＯ）中で０．８μＭの最終濃度とする。化合物（Ｃ３ＤＳ）を加えて、１０μＭの最終濃度とし、反応混合物を３８４ウェルＣｏｓｔａｒブラックプレートに分注する。ＣＹＰＡを、プレートのウェルへと段階希釈し、室温にて１５分間インキュベートする。化合物の不在下での対照実験も実行して、化合物の不在下でのＫＲＡＳへのＣＹＰＡの会合を決定する。反応混合物を、３５５ｎｍにて励起し、発光シグナルを４５５ｎｍにて記録する。シグナルを、垂直平面及び平行平面にて測定し、偏光を、下記の等式を使用して記録する。
ＦＰ（偏光単位×１０^－３）＝シグナル（平行）－シグナル（垂直）／［シグナル（平行）＋シグナル（垂直）］
結果：代表的な曲線を図１６に示し、ＥＣ５０（ＫＲＡＳのＦＰシグナルを５０％増強するのに必要とされる濃度）を列挙する表を、下に記す。曲線を、４パラメータ式に当てはめ、得られたＥＣ５０は、ＣＹＰＡ及びＫＲＡＳ間の結合を増強させることに対するリガンドＣ３ＤＳの効果を示す。

実施例１３：核磁気共鳴によるコンジュゲート及びタンパク質間の（ｏｆｏｆ）結合の決定
核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法は、三次元構造を解明し、タンパク質及びタンパク質－リガンド複合体の動態を研究するために使用される技術である。加えて、これは、タンパク質－リガンド相互作用におけるリガンド結合部位を同定するために使用することができる。いくつかの利用可能なＮＭＲアプローチのうち、タンパク質構造をベースとするリガンドスクリーニング（高度に感受性である２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトル）及びリガンド（薬物）結合に関わる重大な残基の同定は、このような研究のための最も感受性の高い方法である。タンパク質のＮＭＲ試料中への逐次的に増加する濃度のリガンドの添加、及び２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣの収集は、化学シフト摂動（ＣＳＰ）と称される原子レベルの高度に分解された残基の摂動情報を提供し、これは利用可能な任意の他の生物物理学的技術では可能でないリガンド結合部位の同定に関するより正確な情報を直接的に提供する。このアプローチでは、タンパク質または二元タンパク質複合体への弱い、中程度、及び強い親和性のリガンド結合を研究することができ、この情報は既存の構造的、動的、及び速度論情報に直接連結させることができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物（薬物）またはコンジュゲートの（例えば、非共有結合的もしくは共有結合的）結合を実証するために使用される。
溶液ＮＭＲ分光法による三元複合体におけるＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）－シクロフィリン－化合物３結合の決定
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物３（自社製）、タンパク質緩衝液（５０ｍＭＴＲＩＳ－ｄ_１１、５０ｍＭＮａＣｌ、ｐＨ７．０、１ｍＭＴＣＥＰ－ｄ_１６、１ｍＭＭｇＣｌ_２）、ＫＲＡＳのＮＭＲ試料中の添加物（９３％Ｈ_２Ｏ及び７％Ｄ_２Ｏ中の１００μＭＤＳＳ）、アッセイ緩衝液（ＤＭＳＯ中のタンパク質緩衝液＋増加する当量の薬物（≦５％））、ＧＭＰ－^１５Ｎ－ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）－１６（Ｎ－Ｈｉｓ、残基１～１６９、自社製）、非標識（ＵＬ）シクロフィリン（ＣＹＰＡ；残基１～１６５）（自社製）。

装置：５ｍｍのＣＰＴＣＩ ^１Ｈ－^１３Ｃ／^１５Ｎ／ＤＺ－ＧＲＤＺ４４９０９／００２６凍結探針（Ｂｒｕｋｅｒ）を備えたＢｒｕｋｅｒＡｖａｎｃｅ８００ＭＨｚ分光計。高精度の５ｍｍＮＭＲチューブを、これらの実験において使用する。

ＮＭＲデータプロセシング及び分析：プロセシングのためにＴｏｐｓｐｉｎｖ３．１及びＮＭＲＰｉｐｅ／ＮＭＲＤｒａｗ、ならびにデータ分析のためにＣＣＰＮＭＲ「分析」プログラムを実行するＬｉｎｕｘコンピュータ。

実験プロトコル：タンパク質緩衝液中の０．７２ｍＭのＧＭＰ－^１５Ｎ－ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）－１６ストック溶液を、（ＮＭＲ添加物を含む）６００μｌ中の０．１８ｍＭＮＭＲ試料を調製するために使用した。ＤＳＳを、化学シフト参照のための内部標準として使用した（０．０ｐｐｍにて^１Ｈピーク）。^１５ＮＫＲＡＳの２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを収集した（データサイズ２０４８×１２８）。タンパク質緩衝液中の１当量（０．１８ｍＭ）のＣＹＰＡを、（０．４ｍＭのストック溶液から）ＮＭＲ試料中に加え、１０分間撹拌した。最終ＮＭＲ試料容量は、６００μｌに維持した。二元複合体（^１５Ｎ－ＫＲＡＳ＋ＵＬ－ＣＹＰＡ）の２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを、他の取得パラメータを同じに維持しながら収集した（データサイズ２０４８×１２８）（ＫＲＡＳ ^１Ｈ－^１５Ｎ相関クロスピークのみが、スペクトルにおいて可視である）。１００％ＤＭＳＯ中の２０ｍＭの化合物３のストック溶液を、ＮＭＲ滴定のために使用した。化合物３を、ＮＭＲ試料中に逐次的に加えて、二元複合体（^１５Ｎ－ＫＲＡＳ＋ＵＬ－ＣＹＰＡ）のＮＭＲ試料中で（１５Ｎ－ＫＲＡＳ濃度のそれに対して）その０．５、１．０、２．５、及び５．０当量を得た。各段階では、取得パラメータを同じに維持しながら、６００μｌの試料容量を維持した。化合物３添加の各段階では、２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを、ＫＲＡＳ残基の化学シフト摂動（ＣＳＰ）を調査するために取得した。全てのスペクトルを、互いに重ねた。それぞれの化合物３滴定点での有効なＣＳＰを、二元複合体（ＫＲＡＳ＋ＣＹＰＡ）に対する三元複合体（ＫＲＡＳ＋ＣＹＰＡ＋化合物３）におけるＫＲＡＳの各残基の化学シフトの差異を使用して決定する。続いて、各ＫＲＡＳ残基の加重平均化学シフト（Δδ_加重）は、下記の式を使用して決定する：
Δδ_加重＝［（Δ^１Ｈ）^２＋（Δ^１５Ｎ／５）^２］^１／２
全体平均から１超の標準偏差のΔδ_加重を引き出す残基は、有意に摂動されていると考えられ、結合部位マッピングにおいて使用される。別々の滴定実験では、本発明者らは、ＤＭＳＯ当量を逐次的に加えて（上記の実験におけるものと同等の溶媒濃度を満たすため）、ＤＭＳＯ添加からの寄与を差し引くことによって、二元複合体（ＫＲＡＳ＋ＣＹＰＡ）に対する２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを収集した。第２の対照実験では、本発明者らは、（ＣＹＰＡの不在下で）異なる当量にて化合物３で滴定した１５Ｎ－ＫＲＡＳの一連の２Ｄ ^１Ｈ－^１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを収集した。

有効なＣＳＰを、表に示し、分析する。（ＣＹＰＡの存在下での）ＫＲＡＳの薬物結合残基を、タンパク質表面上にマッピングする。解離定数、Ｋ_Ｄを決定する。
実験及びプロセシングパラメータ：
スペクトルデータサイズ：２０４８（１Ｈ次元）×１２８（１５Ｎ次元）
スキャンの数：４
温度：２９８Ｋ
クワドラチャ検出モード：ＤＱＤ（１Ｈ）及びＥｃｈｏ－ＡｎｔｉＥｃｈｏ（１５Ｎ）
データサイズは、間接次元内で前向き後向き線形予測を適用することによって拡張した。データセットは、フーリエ変換の前に各次元において１回ゼロフィリングを行うことによって外挿した。

結果：ＫＲＡＳ_{Ｇ１２Ｃ－ＧＴＰ}の２Ｄ１Ｈ－１５ＮＴＲＯＳＹ－ＨＳＱＣスペクトルを、図１７Ａに示す。化学量論量のＣＹＰＡを加えることは、ＫＲＡＳアミド骨格クロスピークに対して効果を有さず（図１７Ｂ）、ＫＲＡＳ及びＣＹＰＡが直接相互作用しないことを示す。ＣＹＰＡ：ＫＲＡＳの１：１試料へのＷ２１４８７の滴定は、明確な化学シフトを引き出し（図１７Ｃ）、これはＫＲＡＳとの直接相互作用を示す。
実施例１４．マイクロスケール熱泳動によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
マイクロスケール熱泳動（ＭＳＴ）は、分子の分子特性、例えば、サイズ、定方向温度勾配におけるその移動性に対する立体配座における任意の変化を相関させることによる、生体分子相互作用の特徴決定のための技術である。勾配の生成は、赤外レーザーによって誘発される。生体分子の動きは、共有結合的に付着したフルオロフォアまたはそれどころか自家蛍光を使用して分子を標識することによって特徴決定されることが多い。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの結合を測定し、標的タンパク質との三元複合体形成を確立するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートが、フルオロフォアで標識され、プレゼンタータンパク質が滴定されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質が、フルオロフォアで標識され、コンジュゲートが滴定される。
実施例１５．第２次高調波発生技術によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
第２次高調波発生（ＳＨＧ）は、水溶液中の立体配座変化をリアルタイムで測定するために使用することができる光学現象である。ＳＨＧシグナル強度は、表面に係留されたタンパク質を標識した色素の平均角度配向に対して感受性であり、シグナル変化の大きさは角度変化の量と直接相関する。異なる立体配座は、結合の際のシグナル変化の大きさ、ベースラインに対するシグナル（表面に対してより垂直な配向は、正のシグナル変化を生成し、逆の場合も同様である）及び速度論によって分類することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの結合を測定し、標的タンパク質との三元複合体形成を確立するために使用され、ここでは、（ｉ）色素標識されたコンジュゲートが、融合タグを介して表面上に固定化され、プレゼンタータンパク質が、表面上に注入されるか、または（ｉｉ）色素標識されたプレゼンタータンパク質が、融合タグを介して表面上に固定化され、コンジュゲートが、表面上に注入される。
実施例１６．示差走査蛍光分析によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
示差走査蛍光分析（ＤＳＦ）は、タンパク質の融解温度（Ｔ_ｍ）を測定するために使用される溶液をベースとする生物物理学的技術である。典型的な実験では、目的のタンパク質を、蛍光色素（例えば、ＳＹＰＲＯオレンジ）の存在下で上昇する熱（典型的には、４℃～９５℃）に供する。蛍光強度は、温度の関数としてプロットされ、Ｔ_ｍは、蛍光シグナルの負の導関数最小値から計算する。標的タンパク質については、低分子の存在下での熱シフト（ΔＴ_ｍ）を測定して、低分子がタンパク質に結合し、安定化させるか否かを評価することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの熱シフト（例えば、非共有結合または共有結合）を測定するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートが蛍光色素で標識され、プレゼンタータンパク質が滴定されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質が蛍光色素で標識され、コンジュゲートが滴定される。
実施例１７．ＮａｎｏＤＳＦによるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
ＮａｎｏＤＳＦは、内因性トリプトファンまたはチロシン蛍光を使用してタンパク質のＴ_ｍを測定するための高度なＤＳＦ方法である。典型的な実験では、目的のタンパク質を、上昇する熱（典型的には、４℃～９５℃）に供し、内因性トリプトファンまたはチロシン残基の蛍光強度を、温度の関数としてモニターする。Ｔ_ｍは、トリプトファン蛍光強度の変化から、または３３０及び３５０ｎｍでのトリプトファン発光の割合から計算することができ、これはアンフォールディングの際のトリプトファン発光のシフトを説明する。標的タンパク質については、低分子の存在下でのΔＴ_ｍを測定して、低分子がタンパク質に結合し、安定化させるか否かを評価することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの熱シフト（例えば、非共有結合または共有結合）を測定するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートの蛍光が測定され、プレゼンタータンパク質が滴定されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質の蛍光がモニターされ、コンジュゲートが滴定される。
実施例１８．示差光散乱による複合体形成の決定
動的光散乱（ＤＬＳ）は、ランダムなブラウン運動を受ける粒子から生じる散乱強度の時間依存的変動を測定するために使用される確立された生物物理学的方法である。拡散係数及び粒径情報は、これらの変動の分析から得ることができる。より具体的には、この方法は、水溶液中のタンパク質の半径及び分子量を含むサイズの特徴を測定する能力を提供する。この実施例では、この方法は、（ｉ）本発明のコンジュゲートの結合の際のプレゼンタータンパク質、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質への結合の際の本発明のコンジュゲートにおける、半径または分子量における変化を測定するために使用される。
実施例１９．超音波弾性波技術によるコンジュゲート及びタンパク質間の結合の決定
超音波表面弾性波（ＳＡＷ）技術は、バイオセンサーに沿って伝わる表面弾性波の位相の変化のモニタリングを通した、結合が誘導する立体配座変化のリアルタイム検出のために使用される生物物理学的方法である。これは、２つのタンパク質またはリガンドへのタンパク質のいずれかの二元相互作用に関連する速度論を測定するために使用することができる。典型的には、二元相互作用対の１つの構成要素を、融合タグを介してバイオセンサー上に固定する。次いで、漸増濃度の第２の構成要素（分析物）を、バイオセンサー上に一定時間注入する。会合期中のシグナルの増加（波の位相または振幅の変化によって測定）及び解離期中のシグナルの減少は、相互作用を示し、結合モデルにフィットさせて、関連するＫ_Ｄ、Ｋ_ａ、Ｋ_ｄ値を決定することができる。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明のコンジュゲートの結合に関する速度論を測定するために使用され、ここでは、（ｉ）コンジュゲートが、融合タグを介してバイオセンサーチップ上に固定化され、プレゼンタータンパク質が表面上に注入されるか、または（ｉｉ）プレゼンタータンパク質。
実施例２０：小角Ｘ線散乱による複合体形成の決定
小角Ｘ線散乱（ＳＡＸＳ）は、平均粒径及び形状に関してタンパク質の構造を決定するために使用する溶液をベースとする方法である。これは、１～２５ｎｍの分解能範囲、及び最大で１５０ｎｍまでのサイズの部分的に秩序化された系における反復距離の構造情報を送達することができる。超小角散乱（ＵＳＡＳ）は、さらに大きな次元を分解することができる。典型的な散乱実験では、タンパク質またはタンパク質複合体の溶液を、Ｘ線（典型的には、おおよそ０．１５ｎｍの波長λを伴う）に曝露する。散乱強度Ｉ（ｓ）を、運動量輸送ｓ（ｓ＝４πｓｉｎθ／λ、式中、２θは、入射及び散乱放射間の角度である）の関数として記録する。溶液の強度から、溶媒のみからの散乱を差し引く。次いで、Ｘ線散乱曲線（散乱角に対する強度）を使用して、タンパク質またはタンパク質複合体の低分解能モデルを作製する。この実施例では、この方法は、プレゼンタータンパク質への本発明の化合物またはコンジュゲートの三元複合体（例えば、非共有結合または共有結合）の存在を同定するために使用する。
他の実施形態
本開示を、その発明を実施するための形態と併せて記載してきたが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲によって定義される本開示の範囲を例示するものであり、限定することを意図するものではないことを理解されたい。他の態様、利点、及び変更は、下記の特許請求の範囲内にある。

当業者は、通例の実験法のみを使用して、本明細書に記載の本発明による特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または確認することができるだろう。本発明の範囲は、上記の発明を実施するための形態に限定されることを意図せず、むしろ添付の特許請求の範囲において記載されている通りである。

特許請求の範囲では、冠詞、例えば、「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、反対の指示がない限り、または文脈からそうでないと明らかでない限り、１つまたは複数を意味し得る。グループの１つまたは複数のメンバー間に「または」を含む特許請求の範囲または記載は、グループメンバーの１つ、複数、または全部が、所与の生成物もしくはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または別様に関連する場合に、反対の指示がない限り、または文脈からそうでないと明らかでない限り、満たされていると考えられる。本発明は、グループの正確に１つのメンバーが、所与の生成物もしくはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または別様に関連する実施形態を含む。本発明は、グループメンバーの複数、または全てが、所与の生成物もしくはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または別様に関連する実施形態を含む。

「含む」という用語が、非限定的であることを意図し、追加の要素またはステップを含むことを許容するが、必要としないこともまた留意されたい。ゆえに、「含む」という用語が本明細書で使用されるとき、「からなる」という用語も包含及び開示される。

範囲が与えられる場合、端点が含まれる。さらに、別段の指定がない限り、または文脈及び当業者の理解からそうでないと明らかでない限り、範囲として表される値は、文脈が明らかにそうでないと示さない限り、範囲の下限の単位の１０分の１まで、本発明の異なる実施形態において指定した範囲内の任意の特定の値または部分範囲を想定することができることを理解されたい。

さらに、従来技術の範囲内にある本発明の任意の特定の実施形態は、特許請求の範囲の任意の１つまたは複数から明確に除外され得ることを理解されたい。このような実施形態は当業者には公知であるとみなされるため、除外が本明細書に明確に記載されていなくてもこのような実施形態は除外され得る。本発明の組成物の任意の特定の実施形態（例えば、任意のポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるタンパク質；任意の生成方法；任意の使用方法）を、従来技術の存在に関連するか否かを問わず、何れの理由によっても、任意の１つまたは複数の特許請求の範囲から除外することができる。

Claims

タンパク質結合部分及び架橋基を含む化合物。
前記架橋基が、アミノ酸と化学選択的に反応することができる部分である、請求項１に記載の化合物。
前記架橋基が、スルフヒドリル反応性架橋基、アミノ反応性架橋基、カルボキシル反応性架橋基、カルボニル反応性架橋基、またはトリアゾール形成架橋基である、請求項１または２に記載の化合物。
前記架橋基が、スルフヒドリル反応性架橋基である、請求項３に記載の化合物。
前記架橋基が、混合ジスルフィドを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
ａが、０、１、または２であり、
Ｒ^Ａが、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールである、請求項５に記載の化合物。
Ｒ^Ａが、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールである、請求項６に記載の化合物。
前記任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールが、ピリジルである、請求項７に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項６に記載の化合物。
Ｒ^Ａが、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルである、請求項６に記載の化合物。
前記任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルが、Ｎ．Ｎ－ジメチル－エチレンである、請求項１０に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項６に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項１２に記載の化合物。
Ｒ^Ａが、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項６に記載の化合物。
前記任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルが、メチルである、請求項１０に記載の化合物。
ａが、２である、請求項１４または１５に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項６に記載の化合物。
前記架橋基が、マレイミドを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｂ、Ｉｃ、Ｉｄ、またはＩｅ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ａが、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｂが、－Ｃ（Ｏ）－またはＣＲ^ＥＲ^Ｆであり、
Ｒ^Ｂ及びＲ^Ｃが、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｄが、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｅ及びＲ^Ｆが、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１８に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｂの構造を含む、請求項１９に記載の化合物。
Ｘ^Ａが、－Ｃ（Ｏ）－である、請求項２０に記載の化合物。
Ｘ^Ｂが、－Ｃ（Ｏ）－である、請求項２０または２１に記載の化合物。
Ｒ^Ｂ及びＲ^Ｃが、水素または任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項２０～２２のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項２３に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項２４に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｆ、Ｉｇ、Ｉｈ、またはＩｉ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｃが、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｄが、存在しない、ＮＲ^ＪＲ^Ｋ、またはＯＲ^Ｌであり、
Ｒ^Ｇ、Ｒ^Ｈ、及びＲ^Ｉが、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｊ、Ｒ^Ｋ、及びＲ^Ｌが、独立して、存在しない、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｆの構造を含む、請求項２６に記載の化合物。
Ｘ^Ｄが、存在しない、請求項２６または２７に記載の化合物。
Ｒ^Ｇ、Ｒ^Ｈ、及びＲ^Ｉが、水素である、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の化合物。
Ｘ^Ｃが、－ＳＯ_２－である、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、ビニルスルホンを含む、請求項２６～３０のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項２６に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項３２に記載の化合物。
Ｘ^Ｃが、－Ｃ（Ｏ）－である、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、ビニルケトンを含む、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項３５に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項３６に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項３６に記載の化合物。
前記架橋基が、イノンを含む、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式ＩｊまたはＩｋ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｅが、存在しない、ＮＲ^ＮＲ^Ｏ、またはＯＲ^Ｐであり、
Ｒ^Ｍが、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｎ、Ｒ^Ｏ、及びＲ^Ｐが、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項３９に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｊの構造を含む、請求項４０に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項４０または４１に記載の化合物。
前記架橋基が、式ＩｍまたはＩｎ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｆが、存在しない、ＮＲ^ＳＲ^Ｔ、またはＯＲ^Ｕであり、
Ｘ^Ｇが、存在しないまたは－Ｃ（Ｏ）－であり、
Ｙが、脱離基であり、
Ｒ^Ｑ及びＲ^Ｒが、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^Ｓ、Ｒ^Ｔ、及びＲ^Ｕが、独立して、存在しない、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
Ｙが、ハロゲンである、請求項４３に記載の化合物。
前記ハロゲンが、塩化物またはフッ化物である、請求項４４に記載の化合物。
Ｙが、ニトリルである、請求項４３に記載の化合物。
Ｘ^Ｆ及びＸ^Ｇが、存在しない、請求項４３～４６のいずれか一項に記載の化合物。
Ｒ^Ｑ及びＲ^Ｒが、水素である、請求項４３～４７のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、ハロゲン化アルキルを含む、請求項４３に記載の化合物。
前記ハロゲン化アルキルが、塩化アルキルまたはフッ化アルキルである、請求項４９に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項５０に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項５１に記載の化合物。
前記架橋基が、エポキシドを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｏ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｒ^Ｖ、Ｒ^Ｗ、及びＲ^Ｘが、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項５３に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｐ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
点線が、前記構造が芳香族となるために必要に応じて含まれる任意選択の二重結合を表し、
ｂが、０、１、または２であり、
Ｙが、脱離基であり、
Ｒ^Ｙ及びＲ^Ｚが、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｘ^Ｈ、Ｘ^Ｉ、Ｘ^Ｊ、Ｘ^Ｋ、及びＸ^Ｌのそれぞれが、独立して、存在しない、ＮＲ^ＡＡ、またはＣＲ^ＡＢであり、Ｘ^Ｈ、Ｘ^Ｉ、Ｘ^Ｊ、Ｘ^Ｋ、及びＸ^Ｌのうちの少なくとも５つが、ＮＲ^ＡＡ、またはＣＲ^ＡＢであり、
Ｒ^ＡＡが、存在しない、または水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^ＡＢが、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
少なくとも１つのＲ^ＡＢが、電子吸引基である、請求項５５に記載の化合物。
１～３つのＲ^ＡＢが、電子吸引基である、請求項５６に記載の化合物。
Ｙが、ニトリル、ハロゲン、メシレート、トシレート、またはトリフレートである、請求項５５～５７のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項５５～５８のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項５９に記載の化合物。
前記架橋基が、構造：

を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示する、請求項６０に記載の化合物。
前記架橋基が、内部架橋基である、請求項１～４のいずれか一項に記載の化合物。
前記架橋基が、式Ｉｑ、Ｉｒ、またはＩｓ：

の構造を含み、
式中、波線が、前記架橋基の、前記化合物の残部への付着点を図示し、
Ｘ^Ｍが、－Ｃ（Ｏ）－または－ＳＯ_２－であり、
Ｘ^Ｎが、存在しない、ＮＲ^ＡＥ、またはＯであり、
Ｒ^ＡＣ及びＲ^ＡＤが、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^ＡＥが、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項６２に記載の化合物。
Ｘ^Ｎが、ＮＲ^ＡＥであり、Ｒ^ＡＥが、水素である、請求項６３に記載の化合物。
Ｒ^ＡＣ及びＲ^ＡＤが、水素である、請求項６３または６４に記載の化合物。
Ｘ^Ｍが、－Ｃ（Ｏ）－である、請求項６３～６５のいずれか一項に記載の化合物。
Ｘ^Ｍが、－ＳＯ_２－である、請求項６３～６５のいずれか一項に記載の化合物。
前記タンパク質結合部分及びタンパク質間の相互作用が、非共有結合的である、請求項１～６７のいずれか一項に記載の化合物。
前記タンパク質結合部分及びタンパク質間の相互作用が、共有結合的である、請求項１～６７のいずれか一項に記載の化合物。
プレゼンタータンパク質結合部分及び架橋基を含む、化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによってコードされるタンパク質と結合することができる、請求項７０に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、プロリルイソメラーゼ結合部分である、請求項７０に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ結合部分、シクロフィリン結合部分、またはＰＩＮ１結合部分である、請求項７０～７２のいずれか一項に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ結合部分である、請求項７３に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２と結合することができる、請求項７４に記載の化合物。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、選択的ＦＫＢＰ結合部分である、請求項７４または７５に記載の化合物。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、非選択的ＦＫＢＰ結合部分である、請求項７４または７５に記載の化合物。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、式ＩＩａまたはＩＩｂ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^１及びＺ^２が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^１及びＺ^２が、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～４０員の大環状分子を形成し、Ｚ^１またはＺ^２のうちの少なくとも１つが、前記架橋基への付着点を含み、
ｂ及びｃが、独立して、０、１、または２であり、
ｄが、０、１、２、３、４、５、６、または７であり、
Ｘ^１及びＸ^２が、それぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ_２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、またはＮＲ^４であり、
各Ｒ^１及びＲ^２が、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、あるいはＲ^１及びＲ^２が、それらが結合している炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成するまたはＲ^１及びＲ^２が、組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリルもしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ^３が、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、または２つのＲ^８が組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ^４が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項７４～７７のいずれか一項に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、構造：

を含む、請求項７８に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、シクロフィリン結合部分である、請求項７３に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１と結合することができる、請求項８０に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、選択的シクロフィリン結合部分である、請求項８０または８１に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、非選択的シクロフィリン結合部分である、請求項８０または８１に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、式ＩＩＩまたはＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、及びＺ^６が、それぞれ、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^３及びＺ^４もしくはＺ^５及びＺ^６が、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～４０員の大環状分子を形成し、
Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、Ｚ^６、またはＲ^５のうちの少なくとも１つが、前記架橋基への付着点を含み、
ｅが、０、１、２、３、または４であり、
Ｒ^５が、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^６が、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
各Ｒ^７が、独立して、ヒドロキシル、シアノ、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^８が、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項８０～８３のいずれか一項に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、式ＩＶａ：

の構造を含み、
式中、各Ｒ^７’が、独立して、ヒドロキシル、シアノ、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリール）、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールＣ_１－Ｃ_６アルキル）である、請求項８４に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、構造：

を含む、請求項８４または８５に記載の化合物。
標的タンパク質結合部分及び架橋基を含む、化合物。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項８７に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項８７または８８に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項８７～８９のいずれか一項に記載の化合物。
前記タンパク質結合部分及び前記架橋基が、リンカーを通して接合する、請求項１～９０のいずれか一項に記載の化合物。
前記リンカーが、１～２０原子長である、請求項９１に記載の化合物。
前記リンカーが、式Ｖ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２
式Ｖ
の構造を有し、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎが、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２が、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ｆ、ｇ、ｈ、Ｉ、ｊ、及びｋが、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄが、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、もしくは任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－を－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２に連結する化学結合である、請求項９１または９２に記載の化合物。
前記リンカーが、式ＶＩ：

の構造を含み、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、
Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、
ｌが、０、１、２、または３であり、
ｍが、０または１であり、
ｎが、０、１、または２であり、
Ｘ^３、Ｘ^４、及びＸ^５が、それぞれ、独立して、存在しない、Ｏ、Ｓ、－Ｃ≡Ｃ－、ＣＲ^９Ｒ^１０またはＮＲ^１１であり、
各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項９１～９３のいずれか一項に記載の化合物。
前記リンカーが、構造：

を含む、請求項９４に記載の化合物。
構造：

を有する化合物。
標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート。
前記コンジュゲートの前記プレゼンタータンパク質結合部分の部位が、プレゼンタータンパク質と非共有結合的に相互作用することができる、請求項９７に記載のコンジュゲート。
前記コンジュゲートの前記プレゼンタータンパク質結合部分の部位が、プレゼンタータンパク質と共有結合的に相互作用することができる、請求項９７に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質と結合することができる、請求項９７～９９のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、プロリルイソメラーゼ結合部分である、請求項９７～９９のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ結合部分、シクロフィリン結合部分、またはＰＩＮ１結合部分である、請求項９７～１０１のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ結合部分である、請求項１０２に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２と結合することができる、請求項１０３に記載のコンジュゲート。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、選択的ＦＫＢＰ結合部分である、請求項１０３または１０４に記載のコンジュゲート。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、非選択的ＦＫＢＰ結合部分である、請求項１０３または１０４に記載のコンジュゲート。
前記ＦＫＢＰ結合部分が、式ＩＩａまたはＩＩｂ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^１及びＺ^２が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^１及びＺ^２が、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～３０員の大環状分子を形成し、Ｚ^１またはＺ^２のうちの少なくとも１つが、前記標的タンパク質への付着点を含み、
ｂ及びｃが、独立して、０、１、または２であり、
ｄが、０、１、２、３、４、５、６、または７であり、
Ｘ^１及びＸ^２が、それぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ_２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、またはＮＲ^１３であり、
各Ｒ^１及びＲ^２が、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、あるいはＲ^１及びＲ^２が、それらが結合している炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成する、またはＲ^１及びＲ^２が、組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリルもしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ^３が、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、または２つのＲ^８が組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールを形成する、請求項１０３～１０６のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、構造：

を含む、請求項１０７に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、シクロフィリン結合部分である、請求項１０２に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１と結合することができる、請求項１０９に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、選択的シクロフィリン結合部分である、請求項１０９または１１０に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、非選択的シクロフィリン結合部分である、請求項１０９または１１０に記載の化合物。
前記シクロフィリン結合部分が、式ＩＩＩまたはＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、及びＺ^６が、それぞれ、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキルであるか、またはＺ^３及びＺ^４もしくはＺ^５及びＺ^６が、それらが付着している原子と、組み合わさって、任意選択で置換された１０～４０員の大環状分子を形成し、
Ｚ^３、Ｚ^４、Ｚ^５、Ｚ^６、またはＲ^５のうちの少なくとも１つが、前記架橋基への付着点を含み、
ｄが、０、１、２、３、または４であり、
Ｒ^５が、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^６が、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
各Ｒ^７が、独立して、ヒドロキシル、シアノ、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｒ^８が、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１０９～１１２のいずれか一項に記載の化合物。
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、構造：

を含む、請求項１１３に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項９７～１１４のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項９７～１１５のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項９７～１１６のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のネイティブアミノ酸を反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項９７～１１７のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項１１８に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項１１９に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項１１８に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項９７～１２１のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項１２２に記載のコンジュゲート。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、溶媒に曝露されたアミノ酸である、請求項１２２または１２３に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、全ての反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾される、請求項１２２～１２４のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記非反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項１２２～１２５のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記置換が、保存的置換である、請求項１１８～１２６のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、セリン、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはロイシンで置換される、請求項１２１～１２７のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記非反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項１２１～１２４のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質結合部分及び前記標的タンパク質が、リンカーを通してコンジュゲートする、請求項９７～１２９のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、１～２０原子長である、請求項１３０に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、式ＩＩＩ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２
式Ｖ
の構造を有し、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎが、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２が、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ｆ、ｇ、ｈ、Ｉ、ｊ、及びｋが、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄが、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、または任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－を－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２に連結する化学結合である、請求項１３０または１３１に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、式ＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、
Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、
ｌが、０、１、２、または３であり、
ｍが、０または１であり、
ｎが、０、１、または２であり、
Ｘ^３、Ｘ^４、及びＸ^５が、それぞれ、独立して、存在しない、Ｏ、Ｓ、－Ｃ≡Ｃ－、ＣＲ^９Ｒ^１０またはＮＲ^１１であり、
各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１３０～１３２のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、構造：

を含む、請求項１３３に記載のコンジュゲート。
標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法であって、（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物を（ｂ）標的タンパク質と、前記コンジュゲートの生成を可能とする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法であって、
（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）標的タンパク質、及び（ｃ）プレゼンタータンパク質を提供すること、ならびに
前記化合物を前記標的タンパク質と、前記コンジュゲートの生成を可能とする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で前記化合物に結合する、請求項１３６に記載の方法。
前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で前記化合物に実質的に結合しない、請求項１３６に記載の方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で実質的に反応しない、請求項１３６～１３８のいずれか一項に記載の方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で反応する、請求項１３６～１３８のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、還元試薬を含まない、請求項１３５～１４０のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む、複合体。
前記プレゼンタータンパク質が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質である、請求項１４２に記載の複合体。
前記プレゼンタータンパク質が、プロリルイソメラーゼである、請求項１４２に記載の複合体。
前記プロリルイソメラーゼが、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１である、請求項１４２～１４４のいずれか一項に記載の複合体。
ＦＫＢＰファミリーの前記メンバーが、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２である、請求項１４５に記載の複合体。
シクロフィリンファミリーの前記メンバーが、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１である、請求項１４５に記載の複合体。
（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を生成する方法であって、標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及びプレゼンタータンパク質を、前記複合体の生成を可能にする条件下で、組み合わせることを含む、前記方法。
（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む複合体を生成する方法であって、（ａ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）標的タンパク質、及び（ｃ）プレゼンタータンパク質を提供すること、ならびに
前記化合物を前記標的タンパク質と、前記複合体の生成を可能にする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で前記化合物に結合する、請求項１４９に記載の方法。
前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で前記化合物に実質的に結合しない、請求項１４９に記載の方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で実質的に反応しない、請求項１４９～１５１のいずれか一項に記載の方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で反応する、請求項１４９～１５１のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、還元試薬を含まない、請求項１４８～１５３のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、過剰なプレゼンタータンパク質を含む、請求項１４８～１５４のいずれか一項に記載の方法。
プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含む、コンジュゲート。
前記コンジュゲートの前記標的タンパク質結合部分の部位が、標的タンパク質と非共有結合的に相互作用することができる、請求項１５６に記載のコンジュゲート。
前記コンジュゲートの前記標的タンパク質結合部分の部位が、標的タンパク質と共有結合的に相互作用することができる、請求項１５６に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項１５６～１５８のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項１５６～１５９のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項１５６～１６０のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質である、請求項１５６～１６１のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質が、プロリルイソメラーゼである、請求項１５６～１６１のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質が、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１である、請求項１５６～１６３のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
ＦＫＢＰファミリーの前記メンバーが、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２である、請求項１６４に記載のコンジュゲート。
シクロフィリンファミリーの前記メンバーが、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１である、請求項１６４に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のアミノ酸を反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項１５６～１６６のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項１６７に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項１６８に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項１６７に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項１５６～１７０のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項１７１に記載のコンジュゲート。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、溶媒に曝露されたアミノ酸である、請求項１７１または１７２に記載のコンジュゲート。
前記プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列が、全ての反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾される、請求項１７１～１７３のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記非反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項１７１～１７４のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記置換が、保存的置換である、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記反応性アミノ酸が、セリン、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはロイシンで置換される、請求項１７１～１７６のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記非反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項１７１～１７４のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記標的タンパク質結合部分及び前記プレゼンタータンパク質が、リンカーを通して接合する、請求項１５６～１７８のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、１～２０原子長である、請求項１７９に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、式Ｖ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２
式Ｖ
の構造を有し、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎが、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２が、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ｆ、ｇ、ｈ、Ｉ、ｊ、及びｋが、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄが、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、または任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－を－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２に連結する化学結合である、請求項１７９または１８０に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、式ＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、
Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、
ｌが、０、１、２、または３であり、
ｍが、０または１であり、
ｎが、０、１、または２であり、
Ｘ^３、Ｘ^４、及びＸ^５が、それぞれ、独立して、存在しない、Ｏ、Ｓ、－Ｃ≡Ｃ－、ＣＲ^９Ｒ^１０またはＮＲ^１１であり、
各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項１７９～１８１のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
前記リンカーが、構造：

を含む、請求項１８２に記載のコンジュゲート。
プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法であって、（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物を（ｂ）プレゼンタータンパク質と、前記コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲートを生成する方法であって、
（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）プレゼンタータンパク質、及び（ｃ）標的タンパク質を提供すること、ならびに
前記化合物を前記プレゼンタータンパク質と、前記コンジュゲートの生成を可能にする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で前記化合物に結合する、請求項１８５に記載の方法。
前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で前記化合物に実質的に結合しない、請求項１８５に記載の方法。
前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で実質的に反応しない、請求項１８５～１８７のいずれか一項に記載の方法。
前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で反応する、請求項１８５～１８７のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、還元試薬を含まない、請求項１８４～１８９のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む、複合体。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項１９１に記載の複合体。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項１９１または１９２に記載の複合体。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項１９１～１９３のいずれか一項に記載の複合体。
（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を生成する方法であって、プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び標的タンパク質を、前記複合体の生成を可能にする条件下で、組み合わせることを含む、前記方法。
（ｉ）プレゼンタータンパク質にコンジュゲートした標的タンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）標的タンパク質を含む複合体を生成する方法であって、
（ａ）標的タンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｂ）プレゼンタータンパク質、及び（ｃ）標的タンパク質を提供すること、ならびに
前記化合物を前記プレゼンタータンパク質と、前記複合体の生成を可能にする条件下で、反応させることを含む、前記方法。
前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で前記化合物に結合する、請求項１９６に記載の方法。
前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質の不在下で前記化合物に実質的に結合しない、請求項１９６に記載の方法。
前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で実質的に反応しない、請求項１９６～１９８のいずれか一項に記載の方法。
前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質が、前記標的タンパク質の不在下で反応する、請求項１９６～１９８のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、還元試薬を含まない、請求項１９５～２００のいずれか一項に記載の方法。
前記条件が、過剰な標的タンパク質を含む、請求項１９６～２０１のいずれか一項に記載の方法。
式ＶＩＩ：
Ａ－Ｌ－Ｂ
式ＶＩＩ
の構造を有し、
式中、Ａが、式ＶＩＩＩａまたはＶＩＩＩｂ：

の構造を含み、
式中、ｂ及びｃが、独立して、０、１、または２であり、
ｄが、０、１、２、３、４、５、６、または７であり、
Ｘ^１及びＸ^２が、それぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ_２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ_２、またはＮＲ^１３であり、
各Ｒ^１及びＲ^２が、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、あるいはＲ^１及びＲ^２が、それらが結合している炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成するまたはＲ^１及びＲ^２が、組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリルもしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ^３が、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルであるか、または２つのＲ^８が組み合わさって、任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_９ヘテロアリールを形成し、
Ｒ^４が、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルであり、
Ｌが、任意選択のリンカーであり、
Ｂが、標的タンパク質結合部分である、化合物。
前記標的タンパク質結合部分及び標的タンパク質間の相互作用が、非共有結合的である、請求項２０３に記載の化合物。
前記標的タンパク質結合部分及び標的タンパク質間の相互作用が、共有結合的である、請求項２０３に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項２０３～２０５のいずれか一項に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項２０３～２０６のいずれか一項に記載の化合物。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項２０３～２０７のいずれか一項に記載の化合物。
Ａが、構造：

を含む、請求項２０３～２０８のいずれか一項に記載の化合物。
前記標的タンパク質結合部分及び前記プレゼンタータンパク質が、リンカーを通してコンジュゲートする、請求項２０３～２０９のいずれか一項に記載の化合物。
前記リンカーが、１～２０原子長である、請求項２１０に記載の化合物。
前記リンカーが、式Ｖ：
Ａ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－（Ｄ）－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２
式Ｖ
の構造を有し、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、Ｂ^１、Ｂ^２、Ｂ^３、及びＢ^４が、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_２アルキル、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲ^Ｎから選択され、Ｒ^Ｎが、水素、任意選択で置換されたＣ_１－４アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－４アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、または任意選択で置換されたＣ_１－７ヘテロアルキルであり、Ｃ^１及びＣ^２が、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ｆ、ｇ、ｈ、Ｉ、ｊ、及びｋが、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄが、任意選択で置換されたＣ_１－１０アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ_２－６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－１２アリール、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_１０ポリエチレングリコール、もしくは任意選択で置換されたＣ_１－１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ^１－（Ｂ^１）_ｆ－（Ｃ^１）_ｇ－（Ｂ^２）_ｈ－を－（Ｂ^３）_ｉ－（Ｃ^２）_ｊ－（Ｂ^４）_ｋ－Ａ^２に連結する化学結合である、請求項２１０または２１１に記載の化合物。
前記リンカーが、式ＩＶ：

の構造を含み、
式中、Ａ^１が、前記リンカー及びタンパク質結合部分間の結合であり、
Ａ^２が、前記架橋基及び前記リンカー間の結合であり、
ｌが、０、１、２、または３であり、
ｍが、０または１であり、
ｎが、０、１、または２であり、
Ｘ^３、Ｘ^４、及びＸ^５が、それぞれ、独立して、存在しない、Ｏ、Ｓ、－Ｃ≡Ｃ－、ＣＲ^９Ｒ^１０またはＮＲ^１１であり、
各Ｒ^９、Ｒ^１０、及びＲ^１１が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルケニル、任意選択で置換されたＣ_２－Ｃ_６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ_３－Ｃ_７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ_６－Ｃ_１０アリールＣ_１－Ｃ_６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ_３－Ｃ_７カルボシクリルＣ_１－Ｃ_６アルキルである、請求項２１０～２１２のいずれか一項に記載の化合物。
前記リンカーが、構造：

を含む、請求項２１３に記載の化合物。
（ｉ）請求項２０３に記載の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む、複合体。
前記標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質－タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項２１５に記載の複合体。
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル表面を含む、請求項２１５または２１６に記載の複合体。
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項２１５～２１７のいずれか一項に記載の複合体。
前記プレゼンタータンパク質が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによりコードされるタンパク質である、請求項２１５～２１８のいずれか一項に記載の複合体。
前記プレゼンタータンパク質が、プロリルイソメラーゼである、請求項２１５～２１８のいずれか一項に記載の複合体。
前記プレゼンタータンパク質が、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１である、請求項２１５～２２０のいずれか一項に記載の化合物。
ＦＫＢＰファミリーの前記メンバーが、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ５１、またはＦＫＢＰ５２である、請求項２２１に記載の化合物。
シクロフィリンファミリーの前記メンバーが、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１である、請求項２２１に記載の複合体。
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定することを含み、
前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に、前記コンジュゲートが、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートであると同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートを同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記標的タンパク質が、前記複合体内の前記プレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定することを含み、
前記標的タンパク質が前記プレゼンタータンパク質に結合する場合に、前記標的タンパク質が、前記プレゼンタータンパク質に結合すると同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質の存在下で化合物と反応することができる標的タンパク質を同定する方法であって、前記化合物が、プレゼンタータンパク質結合部分及び架橋部を含み、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記標的タンパク質及び前記化合物が、コンジュゲートを形成するように前記複合体の形成中に反応するか否かを決定することを含み、
前記標的タンパク質及び前記化合物が、コンジュゲートを形成するように前記複合体の形成中に反応する場合に、前記標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質の存在下で前記化合物と反応することができる標的タンパク質であると同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物と、プレゼンタータンパク質の存在下で反応することができる標的タンパク質を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記標的タンパク質が、前記複合体内の前記プレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定することを含み、
前記標的タンパク質が前記プレゼンタータンパク質に結合する場合に、前記標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質であると同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）請求項１８１に記載の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定することを含み、
前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に、前記標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質として同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）請求項１８１に記載の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記標的タンパク質が、前記複合体内の前記プレゼンタータンパク質に結合するか否かを決定することを含み、
前記標的タンパク質が前記プレゼンタータンパク質に結合する場合に、前記標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質として同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質に結合する標的タンパク質を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質結合部分とコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所を同定する方法であって、このコンジュゲートはプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができ、
（ａ）（ｉ）ある場所にて標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、
（ｃ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定すること、ならびに
（ｄ）コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成するまで、前記プレゼンタータンパク質結合部分を前記標的タンパク質上の異なる場所にてコンジュゲートさせてステップ（ａ）～（ｃ）を反復することを含み、
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる、プレゼンタータンパク質結合部分とのコンジュゲートを、形成するための標的タンパク質上の場所が、前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に同定され、それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所を同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質結合部分とコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所を同定する方法であって、このコンジュゲートはプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができ、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物を前記標的タンパク質と、前記プレゼンタータンパク質の存在下で、ある場所にて標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲートの形成を可能とする条件下で、組み合わせること、
（ｃ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定すること、ならびに
（ｄ）コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成するまで、前記プレゼンタータンパク質結合部分を前記標的タンパク質上の異なる場所にてコンジュゲートさせてステップ（ａ）～（ｃ）を反復することを含み、
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを形成するための標的タンパク質上の場所が、前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる、プレゼンタータンパク質結合部分とのコンジュゲートを、形成するための標的タンパク質上の場所を同定する、前記方法。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のアミノ酸を反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項２３０または２３１に記載の方法。
前記反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項２３２に記載の方法。
前記反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項２３３に記載の方法。
前記反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項２３２に記載の方法。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾されている、請求項２３０～２３５のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、システイン、リジン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはセリンである、請求項２３６に記載の方法。
前記少なくとも１個のネイティブ反応性アミノ酸が、溶媒に曝露されたアミノ酸である、請求項２３６または２３７に記載の方法。
前記標的タンパク質のアミノ酸配列が、全ての反応性アミノ酸を非反応性アミノ酸で置換するように修飾される、請求項２３６～２３８のいずれか一項に記載の方法。
前記非反応性アミノ酸が、天然アミノ酸である、請求項２３６～２３９のいずれか一項に記載の方法。
前記置換が、保存的置換である、請求項２３０～２４０のいずれか一項に記載の方法。
前記反応性アミノ酸が、セリン、バリン、アラニン、イソロイシン、トレオニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、またはロイシンで置換される、請求項２３２～２４１のいずれか一項に記載の方法。
前記非反応性アミノ酸が、非天然アミノ酸である、請求項２３２～２４２のいずれか一項に記載の方法。
プレゼンタータンパク質の存在下で標的タンパク質に共有結合的に結合することができる化合物を同定する方法で、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む試料を提供すること、ならびに
（ｂ）前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記試料中の前記化合物の前記架橋基を介して共有結合を形成するか否かを決定することを含み、
前記化合物及び前記標的タンパク質が前記試料中で反応する場合に、化合物が、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に共有結合的に結合すると同定される、前記方法。
プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に、選択的及び共有結合的に結合することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を含む第一の試料、ならびに（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋基を含む前記第一の試料におけるものと同じ化合物及び（ｉｉ）前記第一の試料におけるものと同じ標的タンパク質を含む第二の試料を提供すること、
（ｂ）前記第二の試料と比較して、前記第一の試料において、前記化合物及び前記標的タンパク質が反応する程度を決定することを含み、
前記化合物及び前記標的タンパク質が、前記第二の試料中よりも前記第一の試料中で多く反応する場合に、化合物が、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される、前記方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が前記第二の試料中より少なくとも５倍多く前記第一の試料中で反応する場合に、化合物が、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される、請求項２４５に記載の方法。
前記化合物及び前記標的タンパク質が第一の試料中で反応するが前記第二の試料中で実質的に反応しない場合に、化合物が、プレゼンタータンパク質の存在下で、標的タンパク質に選択的に共有結合的に結合すると同定される、請求項２４５または２４６に記載の方法。
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、ならびに
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、
（ｃ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が、複合体を形成するか否かを決定することを含み、
前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質が複合体を形成する場合に、コンジュゲートが、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができると同定され、
それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができるコンジュゲートを同定する、前記方法。
プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する方法であって、
（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定することを含み、
前記界面の構造が、少なくとも、前記プレゼンタータンパク質及び前記標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、
それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される、前記方法。
プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する方法であって、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定することを含み、
前記界面の構造が、少なくとも、前記プレゼンタータンパク質及び前記標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み
それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される、前記方法。
プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造を決定する方法であって、
（ａ）（ｉ）請求項２０３に記載の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定することを含み、
前記界面の構造が、少なくとも、前記プレゼンタータンパク質及び前記標的タンパク質間の結晶構造の部位を含み、
それにより、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体内の界面の構造が決定される、前記方法。
プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質を含む複合体における前記界面が、結合ポケットである、請求項２４９～２５１のいずれか一項に記載の方法。
複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法であって、
（ａ）（ｉ）標的タンパク質にコンジュゲートしたプレゼンタータンパク質結合部分を含むコンジュゲート及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記コンジュゲート及び前記プレゼンタータンパク質を、前記コンジュゲートが前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定すること、
それにより、前記複合体に関するＸ線結晶座標が得られる、前記方法。
複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法であって、
（ａ）（ｉ）プレゼンタータンパク質結合部分と架橋部分を含む化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定することを含み、
それにより、前記複合体に関するＸ線結晶座標が得られる、前記方法。
複合体に関するＸ線結晶座標を得る方法であって、
（ａ）（ｉ）請求項２０３に記載の化合物、（ｉｉ）標的タンパク質、及び（ｉｉｉ）プレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記化合物、前記標的タンパク質、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに
（ｃ）前記複合体の結晶構造を決定することを含み、
それにより、前記複合体に関するＸ線結晶座標が得られる、前記方法。
プレゼンタータンパク質との結合に関与する標的タンパク質上の残基を決定する方法であって、
（ａ）請求項２５３～２５５のいずれか一項に記載の方法により得られる複合体のＸ線結晶座標を提供すること、
（ｂ）前記プレゼンタータンパク質上の原子の４Å以内の原子を含む前記標的タンパク質の残基を同定することを含み、
それにより、プレゼンタータンパク質との結合に関与する標的タンパク質上の残基が決定される、前記方法。
請求項１４２～１４７、１９１～１９４、または２１５～２２３のいずれか一項に記載の複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性を決定する方法であって、
（ａ）請求項２５３～２５５のいずれか一項に記載の方法により得られる、請求項１４２～１４７、１９１～１９４、または２１５～２２３のいずれか一項に記載の複合体のＸ線結晶座標を提供すること、
（ｂ）前記複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性を算出することを含み、
それにより、プレゼンタータンパク質／標的タンパク質複合体の生物化学及び／または生物物理学的特性が決定される、前記方法。
前記生物化学及び／または生物物理学的特性が、前記複合体の結合の自由エネルギー、前記複合体のＫ_ｄ、前記複合体のＫ_ｉ、前記複合体のＫ_{ｉｎａｃｔ}、及び／または前記複合体のＫ_ｉ／Ｋ_{ｉｎａｃｔ}を含む、請求項２５７に記載の方法。
前記生物化学及び／または生物物理学的特性が、前記複合体の結合の自由エネルギーを含む、請求項２５８に記載の方法。
前記複合体の結合の前記自由エネルギーが、等温滴定型熱量測定により決定される、請求項２５９に記載の方法。
前記生物化学及び／または生物物理学的特性が、前記複合体のＫ_ｄを含む、請求項２５８に記載の方法。
前記複合体の前記Ｋ_ｄが、表面プラズモン共鳴により決定される、請求項２６１に記載の方法。
前記生物化学及び／または生物物理学的特性が、前記複合体のＫ_ｉ、前記複合体のＫ_{ｉｎａｃｔ}、及び／または前記複合体のＫ_ｉ／Ｋ_{ｉｎａｃｔ}を含む、請求項２５８に記載の方法。
前記複合体の前記Ｋ_ｉ、前記複合体の前記Ｋ_{ｉｎａｃｔ}、及び／または前記複合体の前記Ｋ_ｉ／Ｋ_{ｉｎａｃｔ}が、質量分析により決定される、請求項２６３に記載の方法。
請求項１～９８または２０３～２１４のいずれか一項に記載の化合物及び好適な担体を含む、組成物。
請求項１～９８または２０３～２１４のいずれか一項に記載の化合物及び薬学的に許容され得る担体を含む、医薬組成物。
標的タンパク質を調節する方法であって、前記標的タンパク質を、調節量の請求項１～９８もしくは２０３～２１４のいずれか一項に記載の化合物または請求項２６５もしくは２６６に記載の組成物と接触させることを含む、前記方法。
標的タンパク質を調節する方法であって、細胞を有効量の請求項１～９８もしくは２０３～２１４のいずれか一項または請求項２６５もしくは２６６に記載の組成物と接触させることにより、前記細胞内で、請求項１４２～１４７、１９１～１９４、または２１５～２２３のいずれか一項に記載の複合体を形成することを含む、前記方法。
標的タンパク質を調節する方法であって、前記標的タンパク質を、請求項１５５～１８３のいずれか一項に記載のコンジュゲートと接触させることを含む、前記方法。
プロリルイソメラーゼ活性を阻害する方法であって、前記プロリルイソメラーゼを発現する細胞を、請求項１～９８もしくは２０３～２１４のいずれか一項に記載の化合物または請求項２６５もしくは２６６に記載の組成物と、前記化合物及び前記プロリルイソメラーゼ間で複合体の形成を可能とする条件下で、接触させることを含み、それにより、プロリルイソメラーゼ活性を阻害する、前記方法。
請求項１４２～１４７、１９１～１９４、または２１５～２２３のいずれか一項に記載の複合体を細胞内で形成する方法であって、プレゼンタータンパク質を発現する細胞を、請求項１～９８もしくは２０３～２１４のいずれか一項に記載の化合物または請求項２６５もしくは２６６に記載の組成物と、前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質間で複合体の形成を可能とする条件下で、接触させることを含む、前記方法。
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）１つまたは複数の標的タンパク質、（ｉｉ）請求項１～９８のいずれか一項に記載の化合物、及び（ｉｉｉ）タグを含むプレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記１つまたは複数の標的タンパク質、前記化合物、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記標的タンパク質が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、ならびに（ｃ）１つまたは複数の標的タンパク質が、前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成するか否かを決定することを含み、
前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成する標的タンパク質が、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質として同定される、前記方法。
前記プレゼンタータンパク質が、親和性タグを含む、請求項２７２に記載の方法。
前記決定ステップが、前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成している標的タンパク質を選択的に単離するために、前記プレゼンタータンパク質の前記タグを利用することを含む、請求項２７２または２７３に記載の方法。
前記方法が、（ｄ）１つまたは複数の標的タンパク質及び前記プレゼンタータンパク質間で形成された複合体内の前記標的タンパク質を同定することをさらに含む、請求項２７２～２７４のいずれか一項に記載の方法。
前記標的タンパク質の構造の前記同定が、前記複合体に対して質量分析を行うことを含む、請求項２７５に記載の方法。
プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）２つ以上の標的タンパク質、（ｉｉ）請求項１～９８のいずれか一項に記載の化合物、及び（ｉｉｉ）親和性タグを含むプレゼンタータンパク質を提供すること、
（ｂ）前記２つ以上の標的タンパク質、前記化合物、及び前記プレゼンタータンパク質を、前記標的タンパク質が前記プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる場合に、複合体形成を可能とするのに好適な条件下で、組み合わせること、
（ｃ）ステップ（ｂ）において形成された標的タンパク質、前記化合物、及び前記プレゼンタータンパク質の１つまたは複数の複合体を選択的に単離すること、ならびに
（ｄ）質量分析によりステップ（ｃ）において単離された前記１つまたは複数の複合体内の前記標的タンパク質の構造を決定することを含み、
それにより、プレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる標的タンパク質を同定する、前記方法。