JP2023107234A - 単一粒子局在顕微鏡 - Google Patents

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Abstract

【課題】単一の粒子の位置特定を行うことのできる顕微鏡を提供する。【解決手段】単一粒子局在顕微鏡100は、試料領域内に位置する単一粒子に検出光を放出させるように適応化された照明光の空間的に異なる分布を有する光パターンのシーケンスを用いて、試料領域を照明する光学システム102と、照明光パターンのシーケンスに応答して試料領域から出射する検出光の強度のシーケンスを検出する検出器116と、検出光の強度のシーケンスに基づいて試料領域内の粒子の位置特定を行うための潜在的位置の配置を決定するプロセッサ132と、を備える。プロセッサは、光学システムに、特定の空間分布を有する後続の光パターンを用いて試料領域を照明させ、検出器に、後続の光パターンに応答して試料領域から出射する検出光の後続の強度を検出させ、検出光の後続の強度に基づいて複数の潜在的位置のうちのいずれが試料領域内の粒子の実際の位置を表すかを判定する。【選択図】図1

Description

本発明は、試料領域内の単一粒子の位置特定を行うための単一粒子局在顕微鏡および方法に関する。
光学顕微鏡法の分野では、回折解像限界未満の精度で個々の粒子の位置特定を可能にする方法が利用可能となっている。これらの方法は、拡散粒子の単一粒子追跡および超解像撮像に使用することができる。
例えば、超解像蛍光撮像の技術は、偏光ビームが二軸性結晶を通して回折する際に生じる円錐回折に基づいている。この技術に基づく方法は、円錐回折顕微鏡検査法(CODIM:Conical Diffraction Microscopy)、種々のトポロジによる強度の射影シーケンス(PSIT:Projected Sequence of Intensities with various Topologies)を含む円錐回折を用いた超解像(SRCD:Super-Resolution using Conical Diffraction)、および位置依存性光学セマフォ(PDOS:Position Dependent Optical Semaphore)などの略語によって知られている。これらの方法によれば、単一の蛍光エミッタは、光パターンのシーケンスを用いてエミッタを順次に照明し、各光パターンでの照明中に放出される光の強度を測定し、測定された光強度の集合に適合するエミッタ位置を計算することによって、位置特定を行うことができる。
上記で説明した方法は、国際公開第2012/049381号、国際公開第2013/153294号および国際公開第2019/043458号に開示されている。さらに、Julien Caron et al., Conical diffraction illumination opens the way for low phototoxicity super-resolution imaging, Cell Adhesion & Migration (2014), pages 430 - 439, DOI:10.4161/cam.29358、Clement Fallet et al., Conical diffraction as a versatile building block to implement new imaging modalities for superresolution in fluorescence microscopy, Nanoimaging and Nanospectroscopy II (2014), Proc.of SPIE Vol.9169, 916905およびFrancisco Balzarotti et al., Nanometer resolution imaging and tracking of fluorescent molecules with minimal photon fluxes, Science (2016), DOI 10.1126/science.aak9913.の刊行物が参照される。後者の刊行物に記載されているように、最小の光子束で粒子を追跡する方法は、暗追跡と称されることが多い。このカテゴリはまた、一般にMINFLUXとして公知であり、国際公開第2013/072273号、国際公開第2018/069283号、国際公開第2015/097000号および国際公開第2017/153430号に開示されるアプローチも含まれる。
上述した方法は、粒子位置の位置特定に関してアンビギュイティ(ambiguity)の不確実性に悩まされており、この不確実性はこれまで考慮されたことはなかった。したがって、照明光パターンのシーケンスに応答して測定された光強度のシーケンスに基づいてエミッタ位置を計算する場合、対称性の理由から、測定された光強度に等しく一致する複数の潜在的なエミッタ位置が決定され、これらの位置のうちのどの位置が実際のエミッタ位置を表すかは不明である。
これまでのところ、このアンビギュイティの問題に対する効率的な解決手段は存在していない。複数の潜在的位置のうちの1つにおいて位置特定による測定シーケンスを単に繰り返して、この位置が実際のエミッタ位置であるか否かを調べることも考えられる。しかしながら、かかる解決手段は、複雑な測定シーケンスの繰り返しのために時間がかかる。特に、照明光を選択された潜在的位置に再度配向するために、走査ミラーなどの光学走査デバイスをゆっくりと移動させる必要がある。かかる走査デバイスの機械的移動は、特に円錐回折などの電気光学効果または音響光学効果を使用することによって照明光パターンを変化させるのに必要な短時間と比較して、相当の時間を要する。さらに、機械的な公差が測定精度に影響を及ぼす可能性がある。さらに、この簡単な解決手段は、測定シーケンスを繰り返すために改竄によって誤った潜在的位置が選択された場合、特に非効率的となる。最後に、粒子は測定のシーケンスを完了するために十分な光を放出する必要があるため、光子収支の点で好ましくない。
したがって、本発明の目的は、明確にかつ効率的に試料領域において単一の粒子の位置特定を行うことのできる顕微鏡および方法を提供することである。
前述の目的は、独立請求項の主題によって達成される。有利な実施形態は、従属請求項および以下の説明において定義される。
単一粒子局在顕微鏡は、試料領域内に位置する単一粒子に検出光を放出させるように適応化された照明光の空間的に異なる分布を有する光パターンのシーケンスを用いて、試料領域を照明するように構成された光学システムを備える。単一粒子局在顕微鏡は、照明光パターンのシーケンスに応答して、試料領域から出射される検出光の強度のシーケンスを検出するように構成された検出器を備える。単一粒子局在顕微鏡は、検出光の強度のシーケンスに基づいて、試料領域内の粒子の位置特定を行うための潜在的位置の配置を決定するように構成されたプロセッサを備える。プロセッサは、光学システムに、複数の潜在的位置の配置に対して非対称である照明光の空間分布を有する少なくとも1つの後続の光パターンを用いて、試料領域を照明させるようにさらに構成されている。プロセッサは、検出器に、少なくとも1つの後続の光パターンに応答して、試料領域から出射する検出光の少なくとも1つの後続の強度を検出させるように構成されている。プロセッサは、検出光の少なくとも1つの後続の強度に基づいて、複数の潜在的位置のうちのいずれが試料領域内の粒子の実際の位置を表すかを判定するように構成されている。
本明細書で提案される顕微鏡は、複数の強度測定のシーケンスにおいて適用される照明光パターンの対称性により、別の手法では区別できない複数の粒子位置を区別するように適応化されており、これにより、複数の粒子位置が区別されることになる。照明光パターンの対称性は、限定するものではないが、前述の円錐回折ベースの方法などの一部の超解像位置特定アプローチにおいて生じる。また、前述のMINFLUX法も、単一粒子の位置特定を行うために光対称パターンを用いて動作させることができる。これらの方法の全てにおいて、試料を順次に照明する光パターンの対称性により、対称な光パターンのシーケンスに応答して測定される検出光強度のシーケンスに、1つだけでなく、等しく一致する複数の位置が得られる。複数の潜在的な粒子位置間の区別は、位置特定のアンビギュイティを解決するためのテストパターンとして使用される少なくとも1つの追加の照明光パターンを用いて試料を照明することによって達成できる。この目的のために、テストパターンの空間分布は、当該パターンが先に計算された粒子位置から生じる配置に対して非対称な形状を有するように選択される。
提案される解決手段は、1回の測定を追加するのみで実現することができる。さらに、レーザー走査顕微鏡法において典型的に使用される走査ミラーなどの走査デバイスのいかなる機械的な再配置も必要としない。その結果、高速で光効率のよい位置特定を達成することができる。
例えば、光学システムは、前述した走査ミラーなど、試料上で照明光を走査するために移動可能な機械的走査デバイスを備えることができる。これにより、試料中の個々の点を走査し、撮像することができる。各点は、特定の試料領域に対応しており、当該試料領域は、光学システムの焦点領域と一致し、顕微鏡によって位置特定される単一のエミッタを含む。かかる構成では、プロセッサは、この目的のために走査デバイスを使用することなく、非対称テストパターンを形成する少なくとも1つの後続の光パターンを用いて特定の試料領域を照明することを光学システムに行わせることができ、これにより、機械的再配置を行う必要がなくなる。
特に、走査デバイスの物理的な、したがって低速の移動と、特定の潜在的位置に対する複数の測定シーケンスの繰り返しと、を伴う好ましくない手段は、その特定の位置が真の粒子位置ではなく改竄の状況を反映している場合、特に非効率的である。対照的に、提案される解決手段では、検証および改竄の状況を明確に区別することが可能である。
異なる光パターンは、区別すべき潜在的な粒子位置に関して同様のアンビギュイティをもたらしうる。本発明の解決手段は、その対称性のためにアンビギュイティを引き起こすあらゆる種類の光パターンに適用することができる。これにより、特定の状況に対して非対称なテストパターンを採用することができる。
テストパターンを用いた追加の強度測定は、位置特定プロセスの精度を高めるために使用することもできる。換言すれば、追加の測定は、アンビギュイティの識別に限定されるものではない。
さらに、テストパターンに基づく追加の強度測定は、テスト測定に先行する測定と比較して、時間を短縮し、かつ/またはテストパターンの照明強度を低減することができる。満たすべき唯一の条件は、テスト測定によって提供される検出信号が正しい粒子位置と誤った粒子位置との間の明確な区別を可能にする程度に十分に高いことである。
以下では、単一粒子は、例えば、単純な分子、タンパク質、特に蛍光分子およびタンパク質などを含む広い意味で理解される。ナノ粒子、小胞-脂質液滴などのより複雑な粒子も同様であり、しかもこれらに限定されない。
好ましくは、光学システムは、試料領域を照明するための光パターンのシーケンスおよび少なくとも1つの後続の光パターンの両方を生成するように構成された電気光学デバイスまたは音響光学デバイスを備える。例えば、照明光を所定の空間分布を有する光パターンに順次に整形するために、円錐回折の原理に従って作動されるビーム整形ユニットを使用することができる。これは、潜在的な粒子位置の計算の基礎となる対称光パターンと、真の粒子位置を偽の位置から区別することのみを可能にする非対称形状を有する、後に照射されるテストパターンと、の両方に当てはまる。かかる電気光学デバイスまたは音響光学デバイスは、走査ミラーなどの構成要素の機械的再配置が要求される走査デバイスと比較して、高速で動作することができる。したがって、光学システムが試料上で照明光を走査するために移動される走査デバイスを備える場合、可能であれば照明光パターンの全て、または少なくともテストパターンを生成するのは、機械的走査デバイスではなく、電気光学デバイスまたは音響光学デバイスであることが好ましい。
好ましい実施形態によれば、光学システムは、試料領域において照明光から光分布を形成し、試料領域において光パターンのシーケンスを生成するために光分布を移動させるように構成される。機械的な調整を必要としない光分布の高速な電気光学的移動は、例えば上述したような円錐回折によって達成することができる。
例えば、光学システムは、試料領域内に光パターンのシーケンスを生成するために、光分布を光伝搬方向に対して横方向に2つの異なるシフト位置へ順次にシフトさせ、かつ/または光分布を光伝搬方向に対して平行な中心軸線を中心として異なる回転位置へ順次に回転させるように構成されうる。
光分布は、渦巻き形状またはドーナツ形状でありうる。かかる光分布は、例えば、MINFLUXアプローチを用いた位置特定において実現されうる。
好ましくは、光分布は、少なくとも2つの強度最大値であって、当該強度最大値間に延在する中心対称軸線から対称に対向する少なくとも2つの強度最大値と、中心対称軸線に沿った強度最小値と、を含み、当該強度最小値は好ましくは0である。かかる構成により、本明細書で提案される非対称照明テストパターンを適用する際に真と偽とを確実に区別することが可能な少なくとも2つの潜在的な粒子位置が得られる。
プロセッサは、検出光の強度のシーケンスに基づいて、試料領域内の粒子の位置特定を行うための複数の潜在的位置を表す複数の極値の空間確率分布を決定するように構成されうる。かかる空間確率分布は、最初に潜在的な粒子位置のセットを調べるために効率的な方法で使用することができ、次いで、その位置が非対称テストパターンによって正しいまたは正しくないに分類される。
好ましくは、プロセッサは、検出された強度のシーケンスに応じて、予め計算されたテーブルから空間確率分布を決定するように構成されうる。これにより、特に、高速で正確な粒子位置の決定が可能となる。
プロセッサは、空間確率分布に基づいて、複数の潜在的位置がそれに沿って位置する対称線を決定することと、後続の光パターンの空間分布を対称線に対して非対称であるように定義することと、を行うように構成されうる。かかる対称線を参照することにより、テストパターンに適した非対称な光分布を見つけることが容易かつ効率的になる。
好ましい実施形態によれば、プロセッサは、後続の光パターンを用いて試料領域を照明する前に、検出された強度のシーケンスに基づいて検出光の後続の強度を推定することと、試料領域内の粒子の実際の位置を判定するために、推定された後続の強度と検出された後続の強度とを比較することと、を行うように構成される。例えば、推定された強度値は、潜在的な粒子位置の各々に対して予め計算されていてよい。次いで、当該推定された強度値を、テストパターンを形成する後続の光パターンによる照明に応答して測定される検出光強度と容易に比較することができる。
好ましくは、検出器は、検出光の強度のシーケンスおよび後続の強度の両方を検出するために単一光子を計数するように構成される。単一光子カウンタを用いることにより、検出光強度を高精度に測定することができる。
別の態様によれば、試料領域内の単一粒子の位置特定を行うための方法が提供され、当該方法は、試料領域内に位置する粒子に検出光を放出させるように適応化された照明光の空間的に異なる分布を有する光パターンのシーケンスを用いて、試料領域を照明するステップと、照明光パターンのシーケンスに応答して、試料領域から出射する検出光の強度のシーケンスを検出するステップと、検出光の強度のシーケンスに基づいて、試料領域内の粒子の位置特定を行うための潜在的位置の配置を決定するステップと、を含む。試料領域は、複数の潜在的位置の配置に対して非対称である照明光の空間分布を有する少なくとも1つの後続の光パターンを用いて照明される。少なくとも1つの後続の光パターンに応答して、試料領域から出射する検出光の少なくとも1つの後続の強度が検出される。検出光の少なくとも1つの後続の強度に基づいて、複数の潜在的位置のうちのいずれが試料領域内の粒子の実際の位置を表すかの判定が行われる。
好ましくは、試料領域は、1つの粒子のみが試料領域内に位置する単一粒子局在条件を満たすように準備される。前述の条件により、試料に含まれる粒子間の平均距離が光学システムの回折限界空間分解能よりも大きいことを保証する特異化(singularization)が規定される。
単一粒子局在条件は、例えば、意図した特異化の達成のために十分に低い粒子濃度を選択することによって満たされうる。
代替的に、単一粒子局在条件は、粒子の大部分を非発光状態に保つための、粒子の光活性化または光不活性化によって満たされうる。
以下、図面を参照して具体的な実施形態を説明する。
一実施形態による単一粒子局在顕微鏡を示すブロック図である。 一実施形態による、単一の蛍光エミッタの位置特定を行うための異なる空間分布を有する光パターンに基づく3つの強度測定のシーケンスを示す図である。 図2に示される3つの光パターンの対称性を示す図である。 対称線に沿って配置された複数の潜在的なエミッタ位置を示す空間確率分布を示す図である。 一実施形態による、複数の潜在的なエミッタ位置に対して非対称な空間分布を有する光パターンに基づく第4の強度測定を示す図である。 第4の測定に基づく正しいエミッタ位置の判定を示す図である。 一実施形態による単一の蛍光エミッタの位置特定を行うための方法を示すフロー図である。
図1は、一実施形態による単一粒子局在顕微鏡100を示すブロック図である。顕微鏡100は、レーザー走査型共焦点顕微鏡(LSCM:Laser Scanning Confocal Microscope)に基づく構成として実現可能であるが、これに限定されない。図1は、本明細書で提示される解決手段の動作方式を理解するのに有用な顕微鏡100の構成要素のみを示している。言うまでもなく、顕微鏡100は、図1のブロック図に明示的に示されていない追加の構成要素を含むことができる。例えば、図1には示されていないが、顕微鏡100は、照明および検出の両方に使用されるチューブレンズおよび対物レンズなどの光学レンズ、ならびに共焦点設定に従って画像形成における焦点外光の量を低減する働きをするピンホールを含むことができる。
顕微鏡100は、試料キャリア106上に配置された試料104を照明する光学システム102を備える。光学システム102は、試料104に含まれる蛍光体を励起して検出光112として蛍光放射を放出させるべく適応化された波長範囲の照明光110を生成するように構成されたレーザー光源108を含む。光学システム102は、照明光110を試料104上へ反射させ、検出光112を検出器116に向けて透過させるように構成されたダイクロイックビームスプリッタ114を備えることができる。光学システム102は、試料104上で照明光110を走査するために移動可能なミラーアセンブリなどの走査デバイス118をさらに含むことができる。これにより、試料104内の個々の点を走査し、撮像することができる。各点は、特定の試料領域120に対応しており、当該試料領域120は、光学システム102の焦点領域と一致し、顕微鏡100によって位置特定される単一の蛍光エミッタ122を含む。検出光112は、検出器116によって捕捉される前に走査デバイス118へ戻されるので、図1に示されている実施形態は、いわゆるデスキャン型コンフィグレーションである。
光学システム102は、空間的に異なる光分布を有する光パターンのシーケンス124を用いて試料領域120を照明するように構成されている。この目的のために、光学システム102は、光源108から放出された照明光110のビーム順次整形を実行するように構成された電気光学デバイスまたは音響光学光学デバイスを備えることができる。図1に示されている特定の実施形態によれば、光学システム102は、例えば上述したCarot et al.の刊行物に記載されているように、照明光110を順次に所定の光パターンに整形するために円錐回折の原理に従って動作するビーム整形ユニット126を備える。したがって、ビーム整形ユニット126は、二軸性結晶、偏光状態発生器(PSG)および偏光状態分析器(PSA)を含むことができる。PSGは、二軸性結晶の入口128および出口130にそれぞれ配置された一対のポッケルスセルが後に続く直線偏光子からなる。PSAは、逆の順序で同様に配置されている。全てのポッケルスセルは、電子的に制御され、ビーム整形ユニット126内の機械部品を移動させることなく偏光を制御することを可能にする。この光学セットアップは、非常に短い時間で、1つの光パターンから異なる光分布を有する別の光への切り替えを行うように適応化されている。特に、ビーム整形ユニット126の切り替え時間は、例えば、走査デバイス118がその機械的移動によって対応する方式で照明光110に作用するのに要する時間よりも数桁短いことに留意されたい。
顕微鏡100は、顕微鏡動作を全体として制御するために使用されうるプロセッサ132をさらに含む。本実施形態によれば、プロセッサ132は、以下で説明するように、光源108、ビーム整形ユニット126、走査デバイス118および検出器116を具体的に制御して、単一のエミッタ122が試料領域120内で明確に位置特定されることを可能にする。
特に、プロセッサ132は、ビーム整形ユニット126に、図2に示されているような異なるトポロジを有する光パターンのシーケンスを用いて試料領域120を照明させることができる。本実施形態によれば、図2の上から下に示されているように、第1の光パターン124-1、第2の光パターン124-2および第3の光パターン124-3が順次に生成される。試料領域120が光パターン124-1、124-2および124-3を用いて順次に照明されると、検出器116は、試料領域120から出射する検出光112を、対応する光強度のシーケンスI1、I2およびI3で捕捉する。この目的のために、検出器116は、強度のシーケンスI1、I2、I3を検出する際に単一光子を計数するように構成されうる。したがって、強度I1、I2、I3を検出するための3つの強度測定の1つのシーケンスは、それぞれの光子計数を表す3倍の整数(m1,m2,m3)をもたらす。
図2の例において、3つの光パターン124-1、124-2および124-3の各々は、ダブルピークから形成される光分布として生成される。より具体的には、各光パターン124-1、124-2、124-3は、第1の強度最大値(ピーク)236-1、236-2、236-3および第2の強度最大値(ピーク)238-1、238-2、238-3を含み、第1および第2の強度最大値は、それぞれの光パターン124-1、124-2、124-3の対称中心を形成する強度最小値240-1、240-2、240-3から対称に対向している。強度最小値240-1、240-2、240-3は、好ましくは0である。図2から見て取れるように、強度最小値240-1、240-2、240-3によって与えられる3つの光パターン124-1、124-2および124-3の対称中心は、互いに一致する。換言すれば、光パターン124-1、124-2および124-3が3つの強度測定のシーケンスにおいて1つのパターンから別のパターンに切り替えられても、対称中心は変化しない。
図2は、照明光110が伝搬する方向に対して垂直な断面における各光パターン124-1、124-2、124-3を示す平面図であることに留意されたい。したがって、それぞれの光パターン124-1、124-2、124-3の強度最小値240-1、240-2、240-3は、光伝搬方向に沿って延在する対称軸線を規定する。図2は、各光パターン124-1、124-2、124-3の光強度の空間的変動を示す簡略化された図であることにさらに留意されたい。したがって、図2は、各光パターン124-1、124-2、124-3を、その2つの強度最大値236-1/238-1、236-2/238-2、236-3/238-3がその間の強度最小値から鋭く分離された状態で示しているが、各強度ピークは、実際には、それぞれの対称中心240-1、240-2、240-3におけるその最大値から最小値への強度の連続的な減少によって特徴付けられる。
全体として、ビーム整形ユニット126によって光パターンのシーケンス124-1、124-2、124-3を生成するプロセスは、構造化された光分布を提供し、この光分布を試料領域120内でその形状自体を変化させることなく移動させるプロセスと見なすことができる。図2に示されている実施形態によれば、2つのピークとその間の強度最小値とによって形成される構造化された光分布は、全体として、強度最小値と一致する対称中心を中心として120°の角度だけ回転される。ただし、かかる構成は、一例としてのみ理解されるべきである。例えば、渦巻き形状またはドーナツ形状の分布のような構造化された光分布は、試料領域120において異なる光パターンのシーケンスを生成するために、その位置において全体としてシフトされることがある。さらに、光パターンのシーケンスを生成するために、他のタイプの構造化された照明光分布および/または異なるもしくはより複雑なシーケンスが使用されてもよい。
図2に示されているような光パターンのシーケンスに基づいて単一の蛍光エミッタの位置特定を可能にするために、特異化条件を満たす必要がある。したがって、超解像位置特定プロセスを実行する際には、光学システム102の焦点領域と一致する光学システム102の試料領域120内に1つの粒子のみが存在することを保証すべきである。特異化条件は、試料104を適切に準備するための種々の方法を適用することによって満たすことができる。例えば、試料104は、試料104に含まれる蛍光エミッタの適切な濃度を選択することによって準備されてもよい。代替的に、関与する粒子の性質に応じて、粒子の大部分を非発光状態に保つための光活性化または光不活性化が適用されてもよい。いずれの場合も、蛍光エミッタの濃度は、エミッタ間の平均距離が光学システム102の回折限界空間分解能より大きいことが保証されるように、試料104内のまばらなエミッタ分布を達成するために十分に低くすべきである。かかるエミッタの特異化が達成された場合、光学システム102の回折限界空間分解能によって決定される光パターン124-1、124-2、124-3の空間寸法よりもはるかに高い空間精度で、試料領域120内の単一のエミッタ122の位置特定が可能となる。
以下では、上記で説明したように蛍光エミッタ122が試料領域120内で特異化されると仮定する。次に、試料領域120を照明する光パターンのシーケンス124-1、124-2、124-3に応答して検出された強度のシーケンスI1、I2、I3に基づいて、試料領域120内の蛍光エミッタ122の位置特定の試みが可能となる。これは、ビーム整形ユニット126によって制御される光パターン124-1、124-2、124-3の空間分布の正確な知識によって行うことができる。強度I1、I2、I3がノイズなしで測定され、光パターン124-1、124-2、124-3が公差なしで既知であると仮定すると、蛍光エミッタ122の位置を無限の精度で計算可能であると結論付けることができる。換言すれば、位置特定の精度は、強度I1、I2およびI3をそれぞれ測定する際に発生するノイズΔI1、ΔI2およびΔI3と、光パターン124-1、124-2、124-3の不完全性と、によってのみ制限されると見なすことができる。しかしながら、図3~図6を参照して以下に説明するように、測定された強度I1、I2、I3および光パターン124-1、124-2、124-3の先験的知識に基づいて計算可能なエミッタ位置に関して、アンビギュイティが生じる。
図3および図4に示されているように、したがって、光パターン124-1、124-2、124-3の空間光分布の対称性に起因して、蛍光エミッタ122の複数の潜在的位置が検出された強度トリプル(I1,I2,I3)に等しく一致するというアンビギュイティが生じる。本例によれば、各光パターン124-1、124-2、124-3は、2つのピーク、すなわち光パターンの強度最大値236-1/238-1、236-2/238-2、236-3/238-3の間に延在する軸線Mに対して、鏡面対称を示している(図2を参照)。説明を簡単にするために、ミラー軸線Mは、図3の上部の第1の光パターン124-1についてのみ示されている。それぞれの光パターン124-1、124-2、124-3の鏡面対称は、図3に示されているような2つの点によって規定される対称線342をもたらす。これらの点のうちの第1の点は、光パターン124-1、124-2、124-3の対称中心、すなわち、光パターンの2つのピーク間の強度最小値240-1、240-2、240-3によって与えられる。第2の点は、蛍光エミッタ122の真の位置によって与えられる。
図4は、測定誤差ΔI1、ΔI2、ΔI3および事前に既知の光パターン124-1、124-2、124-3の空間分布を考慮した、強度I1±ΔI1、I2±ΔI2、I3±ΔI3に基づいてプロセッサ132によって計算される空間確率分布444を表すマップを示している。空間確率分布444は、トリプル測定(I1±ΔI1,I2±ΔI2,I3±ΔI3)に適合する潜在的なエミッタ位置を示す複数の領域を含む。図4から見て取れるように、2つの潜在的なエミッタ位置446a、446bが存在しており、これらは、図4においてCで示されている前述の対称中心(第1の点)から対称に対向する対称線342上に位置している。したがって、潜在的なエミッタ位置446a、446bは、対称線342の中心Cに対して鏡面対称である。潜在的なエミッタ位置446a、446bの鏡面対称は、光パターン124-1、124-2、124-3の鏡面対称を反映している。図4の例では、2つの潜在的なエミッタ位置446a、446bがエアリーディスク(Airy disk)450内に位置すると仮定される。
図4からさらに見て取れるように、エアリーディスク450の外側に、その前述の対称中心から対称に対向する対称線342上に配置された2つの追加のエミッタ位置448a、448bが存在する。また、潜在的なエミッタ位置448a、448bは、対称線342の中心Cに対して鏡面対称であり、潜在的なエミッタ位置448a、448bの鏡面対称は、同様に、光パターン124-1、124-2、124-3の鏡面対称を反映している。
したがって、図4に示されている例によれば、2対の潜在的なエミッタ位置446a/446bおよび448a/448bが計算され、各対のエミッタ位置は、測定された強度トリプル(I1±ΔI1,I2±ΔI2,I3±ΔI3)に等しく一致する。実験の特定の状況に応じて、2つの位置の対446a/446bおよび448a/448bのうちのいずれがエミッタ122の実際の位置を含むかを判定することが可能となりうる。例えば、検出経路内のピンホールによる検出光の抑制を用いて、図4の例における正しい位置として対448a/448bを除外することができる。なお、以下で明らかになるように、位置の対446a/446bと448a/448bとを区別する必要すらない。
いずれの場合も、空間確率分布444のみに基づいて、潜在的位置446a、446b、448a、448bのうちのどの位置が実際のエミッタ位置を表すかを判定することは可能ではない。したがって、光パターン124-1、124-2および124-3の対称性のために、測定された強度トリプル(I1±ΔI1,I2±ΔI2,I3±ΔI3)は、試料領域120内のエミッタ122の位置を明確に特定するのに十分ではない。
上記で説明した問題を解決するために、本明細書では、複数の潜在的なエミッタ位置に関するアンビギュイティを解決するための最終測定を実行するためのテストパターンとして使用される少なくとも1つの後続の光パターンを用いて試料領域104を照明することを提案する。より具体的には、テストパターンは、強度トリプル(I1±ΔI1,I2±ΔI2,I3±ΔI3)に基づいて先に計算された潜在的位置446a、446b、448a、448bの配置に対して非対称である所定の空間分布を用いて生成される。このテストパターンに応答して後続の検出光強度が検出され、これを用いて、複数の潜在的位置446a、446b、448a、448bのうちのいずれが正しいエミッタ位置であるかを判定することができる。
本実施形態によれば、後続の光パターンの形状および/または向きは、図4に示されている推定確率分布444に従って決定されうる。好ましくは、正確なエミッタ位置と誤った位置との間の検出光強度の差を最大にする非対称光パターンが使用される。図5の下部は、図2~図4に示した例に続く適切な非対称光パターン524を示している。図5から見て取れるように、後続の光パターン524は、先の光パターン124-1、124-2、124-3とは著しく異なる空間光分布を有する。例えば、光パターン524は、1つの強度最大値(ピーク)538のみを有しており、この最大値は、潜在的なエミッタ位置446a、446b、448a、448bの全てが沿って位置する対称線342から横方向に変位する。したがって、光パターン524の空間分布が、先に計算されたエミッタ位置446a、446b、448a、448bの全体的な配置に対して非対称であることが保証される。これに関して、図5は、光パターン524の空間強度変化に関する簡略化された図であることにも留意されたい。光パターン124-1、124-2、124-3と同様に、光パターン524の強度は、実際には、その最大値から、好ましくは0である最小値までの強度の連続的な減少によって特徴付けられる。
図5の例では、後続の光パターン524は、その強度最大値が蛍光エミッタ122の近くに、すなわち正しいエミッタ位置であることが判明した位置466aの近くに位置する。したがって、検出器116によって測定される後続の(第4の)強度I4±ΔI4は、比較的高いものとなる。後続の強度I4±ΔI4に基づいて、プロセッサ132は、エミッタ位置446aが正しい一方で、446b、448aおよび448bなどの他の位置が誤っていると判定することが可能となる。
適切な判定を行うために、プロセッサ132は、光パターン524で試料領域120を照明する前に先に測定された強度トリプル(I1±ΔI1,I2±ΔI2,I3±ΔI3)に基づいて、後続の光パターン524での試料領域120の照明に応答して検出される後続の光強度I4±ΔI4の強度を推定するように構成することができる。例えば、本実施形態では、プロセッサ132は、蛍光エミッタ122が潜在的位置446aまたは他の潜在的位置446b、448a、448bのいずれかに位置する場合に検出されると予想される推定強度値を計算することができる。これらの推定された強度値を、光パターン524に応答して実際に測定された強度I4±ΔI4と比較することによって、プロセッサ132は、潜在的位置のうちのどの位置が正しいエミッタ位置であるかを判定することができる。図2~図6に示した例では、位置446aについて推定された強度値は、他の位置446b、448a、448bについて推定された強度値よりも著しく高い。実際に測定される強度I4±ΔI4は、比較的高い推定強度値に対応し、その結果、位置446aが正しいエミッタ位置として認識される。換言すれば、他の潜在的なエミッタ位置446b、448a、448bは、図6に十字記号で示されているように、誤った位置として確実に排除することができる。
図7は、一実施形態による顕微鏡100を用いて蛍光エミッタ122を位置特定するための方法を示すフロー図である。
方法は、ステップS1から開始し、ステップS1では、試料104が上述した特異化条件を満たすように準備される。したがって、試料104は、検査される試料領域120内に1つの粒子のみが位置することが保証されるように準備される。
ステップS2において、プロセッサ132は、光源108および走査デバイス118を制御して、照明光110を試料104の特定の点へと配向する。この点は、光学システム102の焦点領域と一致し、位置特定すべき特異化されたエミッタ122を含む試料領域120を形成する。
ステップS3~S5において、プロセッサ132は、図2および図3に一例として示したように、空間的に異なる光分布を有する光パターンのシーケンス124-1、124-2、124-3を生成するようにビーム整形ユニット126を制御する。
より具体的には、ステップS3において、第1のダブルピーク光パターン124-1を用いて試料領域120を照明することによって第1の測定が実行される。これに応答して、単一光子カウンタとして構成された検出器116は、光パターン124-1を用いて照明された蛍光エミッタ122から放出された第1の光子数m1を検出する。図2によれば、蛍光エミッタ122は、光パターン124-1の強度最大値236-1によって形成されるピークの周辺部分に位置し、例示的な数の13個の光子が強度I1として計数されると仮定される(すなわち、m1=I1=13)。
続いて、ステップS4において、第2のダブルピーク光パターン124-2を用いて試料領域120を照明することによって第2の測定が実行される。これに応答して、検出器116は、第2の光パターン124-2を用いて照明された蛍光エミッタ122から放出された第2の光子数m2を検出する。図2および図3によれば、蛍光エミッタ122は、第1の測定と比較して、第2の光パターン124-2によって形成される対称の強度最大値のうちの1つに若干近い位置にあると仮定され、その結果、19などのより多くの数の光子が強度I2として計数されると仮定される(すなわち、m2=I2=19)。
続いて、ステップS5において、第3のダブルピーク光パターン124-3を用いて試料領域120を照明することによって第3の測定が実行される。これに応答して、検出器116は、第3の光パターン124-3を用いて照明された蛍光エミッタ122から放出された第3の数m3の光子を検出する。図2および図3によれば、蛍光エミッタ122は、第1および第2の測定と比較して、第3の光パターン124-3によって形成される2つのピークの最大値から遠くに位置すると仮定される。したがって、1などの少数の光子が計数されると仮定される(すなわち、m3=I3=1)。
ステップS6において、プロセッサ132は、この例では(13,19,1)に等しいトリプル強度(m1,m2,m3)から空間確率分布444を決定することができる。空間確率分布444は、図4に示されているように、潜在的なエミッタ位置446a、446b、448a、448bを表す複数の極値を示す。空間確率分布444を計算するとき、プロセッサ132は、事前に既知の光パターン124-1、124-2、124-4の特定の空間分布を考慮に入れる。例えば、空間確率分布444は、予め計算されたテーブルに基づいて決定することができる。
ステップS7において、プロセッサ132は、空間確率分布444に基づいて、図4に示されているように、全ての潜在的なエミッタ位置446a、446b、448a、448bが沿って位置する対称線342を決定することができる。次に、プロセッサ132は、対称線342に沿って位置する潜在的なエミッタ位置446a、446b、448a、448bの配置に対して非対称である適切な照明光分布を定義することができる。
ステップS8において、プロセッサ132は、後続の第4の光パターンを用いて試料領域120を照明することに応答して予想される検出光強度を推定することができ、その非対称光分布はステップS7において決定されたものである。具体的には、プロセッサ132は、ステップS6で決定された複数の潜在的位置に関連する光子数の形態で複数の推定強度値を計算することができる。
ステップS9において、プロセッサ132は、第4の強度測定を実行するために、ビーム整形ユニット126に、ステップS7で決定された照明光110から非対称光分布を形成させる。試料領域120は、図5の下部に示されているように、光パターン524を用いて照明される。これに応答して、検出器116は、光パターン524を用いて照明された蛍光エミッタ122から放出された第4の光子数m4を検出する。
ステップS10において、プロセッサ132は、光子数m4をステップS8において計算された推定光子数と比較する。本例では、光子数m4は、エミッタ位置446aに対して先に推定された光子数に近いと仮定される。対照的に、m4は、他の潜在的位置446b、448a、448bについて推定された光子数とは著しく異なる。結果として、プロセッサは、蛍光エミッタ122が位置446aに位置すると決定する。
潜在的なエミッタ位置に関するアンビギュイティを解決するための上述したような後続の強度測定は、非常に高速に実行することができることに留意されたい。したがって、図5に示されている光パターン524などのテストパターンは、ビーム整形ユニット126によって生成することができ、当該ビーム整形ユニット126は、電気光学デバイスまたは音響光学デバイスによって実現することができるが、これらに限定されない。かかるデバイスは、図1に示されている走査デバイス118のような他のタイプのビーム影響構成要素とは異なり、機械部品のいかなる物理的移動も必要としない。さらに、テストパターンの光分布は、潜在的なエミッタ位置の配置に対して非対称であるので、潜在的なエミッタ位置の1つについて測定の完全なシーケンスを繰り返すのではなく、アンビギュイティを解決するために1つの追加のテスト測定のみを実行することで十分でありうる。
本明細書で提案されるアンビギュイティの確認は、上述した実施形態に限定されない。例えば、図5に示されているような光パターン124-1、124-2、124-3および後続の光パターン524は、円錐回折を適用することによって生成される。さらに、光パターンは、パターンの中心に位置する強度最小値から対称に対向する2つの強度ピークを含む構造化された光分布の形態で生成される。しかしながら、例えばMINFLUXにおいて実現されている、位置がシフトされる渦巻き形状またはドーナツ形状のパターンのような他のタイプの光分布が実現されてもよい。
本明細書で使用されるように、用語「および/または(かつ/または)」は、関連する記載項目のうちの1つまたは複数の項目のあらゆる全ての組み合わせを含んでおり、「/」として略記されることがある。
いくつかの態様を装置の文脈において説明してきたが、これらの態様が、対応する方法の説明も表していることが明らかであり、ここではブロックまたは装置がステップまたはステップの特徴に対応している。同様に、ステップの文脈において説明された態様は、対応する装置の対応するブロックまたは項目または特徴の説明も表している。
100 単一粒子局在顕微鏡
102 光学システム
104 試料
106 試料キャリア
108 光源
110 照明光
112 検出光
114 ダイクロイックビームスプリッタ
116 検出器
118 走査デバイス
120 試料領域
122 蛍光エミッタ
124 光パターンのシーケンス
124-1 光パターン
124-2 光パターン
124-3 光パターン
126 ビーム整形ユニット
128 二軸性結晶の入口
130 二軸性結晶の出口
132 プロセッサ
236-1 光パターンの強度最大値
236-2 光パターンの強度最大値
236-3 光パターンの強度最大値
238-1 光パターンの強度最大値
238-2 光パターンの強度最大値
238-3 光パターンの強度最大値
240-1 光パターンの強度最小値
240-2 光パターンの強度最小値
240-3 光パターンの強度最小値
342 対称線
444 空間確率分布
446a 潜在的位置
446b 潜在的位置
448a 潜在的位置
448b 潜在的位置
450 エアリーディスク
524 後続の光パターン

Claims (15)

  1. 単一粒子局在顕微鏡(100)であって、前記単一粒子局在顕微鏡(100)は、
    試料領域(120)内に位置する単一粒子(122)に検出光(112)を放出させるように適応化された照明光(110)の空間的に異なる分布を有する光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)を用いて、前記試料領域(120)を照明するように構成された光学システム(102)と、
    照明光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)に応答して、前記試料領域(120)から出射する検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)を検出するように構成された検出器(116)と、
    前記検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)に基づいて、前記試料領域(120)内の粒子(122)の位置特定を行うための潜在的位置(446a,446b,448a,448b)の配置を決定するように構成されたプロセッサ(132)と、
    を備え、
    前記プロセッサ(132)は、
    前記光学システム(102)に、複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)の配置に対して非対称である照明光(110)の空間分布を有する少なくとも1つの後続の光パターン(524)を用いて、前記試料領域(120)を照明させることと、
    前記検出器(116)に、前記少なくとも1つの後続の光パターン(524)に応答して、前記試料領域(120)から出射する検出光(112)の少なくとも1つの後続の強度(I4)を検出させることと、
    前記検出光(112)の少なくとも1つの後続の強度(I4)に基づいて、前記複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)のうちのいずれが前記試料領域(120)内の粒子(122)の実際の位置を表すかを判定することと、
    を行うようにさらに構成されている、
    単一粒子局在顕微鏡(100)。
  2. 前記光学システム(102)は、前記試料領域(120)を照明するための前記光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)および前記少なくとも1つの後続の光パターン(524)の両方を生成するように構成された電気光学デバイスまたは音響光学デバイス(126)を備える、
    請求項1記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  3. 前記光学システム(102)は、前記試料領域(120)において照明光(110)から光分布を形成し、前記試料領域(120)において前記光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3;524)を生成するために前記光分布を移動させるように構成されている、
    請求項1または2記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  4. 前記光学システム(102)は、前記試料領域(120)内に前記光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)を生成するために、前記光分布を光伝搬方向に対して横方向に異なるシフト位置へ順次にシフトさせ、かつ/または、前記光分布を前記光伝搬方向に対して平行な中心軸線を中心として異なる回転位置へ順次に回転させるように構成されている、
    請求項3記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  5. 前記光分布は、渦巻き形状またはドーナツ形状である、
    請求項3または4記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  6. 前記光分布は、少なくとも2つの強度最大値(236-1,238-1;236-2,238-2;236-3,238-3)であって、前記強度最大値(236-1,238-1;236-2,238-2;236-3,238-3)間に延在する中心対称軸線から対称に対向する少なくとも2つの強度最大値(236-1,238-1;236-2,238-2;236-3,238-3)と、前記中心対称軸線に沿った強度最小値(240-1,240-2,240-3)と、を含み、前記強度最小値(240-1,240-2,240-3)は、好ましくは0である、
    請求項3または4記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  7. 前記プロセッサ(132)は、前記検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)に基づいて、前記試料領域(120)内の粒子(122)の位置特定を行うための複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)を表す複数の極値を有する空間確率分布(444)を決定するように構成されている、
    請求項1から6までのいずれか1項記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  8. 前記プロセッサ(132)は、検出された前記強度のシーケンス(I1,I2,I3)に応じて、予め計算されたテーブルから前記空間確率分布(444)を決定するように構成されている、
    請求項7記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  9. 前記プロセッサ(132)は、前記空間確率分布(444)に基づいて、前記複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)のうちの少なくとも2つを含む対称線(342)を決定することと、前記後続の光パターン(524)の空間分布を前記対称線(342)に対して非対称であるように定義することと、を行うように構成されている、
    請求項7または8記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  10. 前記プロセッサ(132)は、前記後続の光パターン(524)を用いて前記試料領域(120)を照明する前に、検出された前記強度のシーケンス(I1,I2,I3)に基づいて検出光(112)の後続の強度(I4)を推定することと、前記試料領域(120)内の粒子(122)の実際の位置を判定するために、推定された後続の強度と検出された後続の強度(I4)とを比較することと、を行うように構成されている、
    請求項1から9までのいずれか1項記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  11. 前記検出器(116)は、前記検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)および前記後続の強度(I4)の両方を検出するために単一光子を計数するように構成されている、
    請求項1から10までのいずれか1項記載の単一粒子局在顕微鏡(100)。
  12. 試料領域(120)内の単一粒子(122)の位置特定を行うための方法であって、前記方法は、
    前記試料領域(120)内に位置する粒子(122)に検出光(112)を放出させるように適応化された照明光(110)の空間的に異なる分布を有する光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)を用いて、前記試料領域(120)を照明するステップと、
    照明光パターンのシーケンス(124-1,124-2,124-3)に応答して、前記試料領域(120)から出射する検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)を検出するステップと、
    前記検出光(112)の強度のシーケンス(I1,I2,I3)に基づいて、前記試料領域(120)内の粒子(122)の位置特定を行うための潜在的位置(446a,446b,448a,448b)の配置を決定するステップと、
    を含み、
    前記試料領域(120)は、複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)の配置に対して非対称である照明光(110)の空間分布を有する少なくとも1つの後続の光パターン(524)を用いて照明され、
    前記少なくとも1つの後続の光パターン(524)に応答して、前記試料領域(120)から出射する検出光(112)の少なくとも1つの後続の強度(I4)が検出され、
    前記検出光(112)の少なくとも1つの後続の強度(I4)に基づいて、前記複数の潜在的位置(446a,446b,448a,448b)のうちのいずれが前記試料領域(120)内の粒子(122)の実際の位置を表すかの判定が行われる、
    方法。
  13. 前記試料領域(120)は、1つの粒子(122)のみが前記試料領域(120)内に位置する単一粒子局在条件を満たすように準備される、
    請求項12記載の方法。
  14. 前記単一粒子局在条件は、適切な粒子濃度を選択することによって満たされる、
    請求項13記載の方法。
  15. 前記単一粒子局在条件は、粒子の大部分を非発光状態に保つための、粒子の光活性化または光不活性化によって満たされる、
    請求項13記載の方法。
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