JP2023073339A - 結合剤 - Google Patents

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Abstract

【課題】ＣＤ４７（分化クラスター４７、インテグリン関連タンパク質［ＩＡＰ］としても知られている）に特異的に結合する抗体分子及びその抗原結合部分を提供する。【解決手段】本発明の態様において、抗ＣＤ４７抗体分子及びその抗原結合部分は、ヒトＣＤ４７及びカニクイザルＣＤ４７に特異的に結合する。本発明の抗ＣＤ４７抗体分子及び抗原結合部分の医学的使用が開示される。本発明の抗ＣＤ４７抗体分子及び抗原結合部分は、国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に記載されたＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗ＣＤ４７抗体と比較して、修飾され及び最適化された結合分子である。【選択図】なし

Description

本発明は、ＣＤ４７（分化クラスター４７、インテグリン関連タンパク質［ＩＡＰ］としても知られている）に特異的に結合する抗体分子、及びその医学的使用に関する。
ＣＤ４７（インテグリン関連タンパク質［ＩＡＰ］としても知られている）は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する膜貫通タンパク質であり、膜インテグリン、トロンボスポンジン－１（ＴＳＰ－１）、及びシグナル調節タンパク質アルファ（ＳＩＲＰα）を含むいくつかの既知のパートナーに結合する。ＣＤ４７は、細胞のアポトーシス、増殖、接着、遊走などのさまざまな細胞プロセスに関連しており、重要なこととして、免疫応答及び血管新生応答に重要な役割を果たしている。ＣＤ４７－ＳＩＲＰαシグナル伝達は、マクロファージ及び他の骨髄細胞による食作用の活性化を阻害する重要な分子相互作用である。これは腫瘍細胞の生存を促進するため、骨髄細胞系に特異的な免疫チェックポイントとして機能する。
前臨床証拠は、ＣＤ４７－ＳＩＲＰαシグナル伝達の阻止がマクロファージの食作用活性を高め、血液及び固形悪性腫瘍の多くの実験モデルで異種移植片の成長を阻害できることを示唆している。マクロファージ活性は、組織線維症やアテローム硬化性プラークの形成などの炎症関連組織リモデリングの生物学においても認められている要因でもあるため、ＣＤ４７－ＳＩＲＰαシグナル伝達軸は、非癌性疾患においてもかなりの治療可能性がある。従って、抗ＣＤ４７ｍＡｂは、癌やその他の状況で免疫療法薬として作用し、現在確立されている治療法の有効性を増幅する可能性がある。
現在承認されている抗体治療薬の大部分は、免疫化されたげっ歯類に由来している。これらの抗体の多くは、ヒトｖ遺伝子フレームワーク配列へのマウスＣＤＲの「移植」を介して「ヒト化」として知られるプロセスを経ている（Nelson et al., 2010, Nat Rev Drug Discov 9: 767-774 を参照）。このプロセスはしばしば不正確であり、結果として生じる抗体の標的結合親和性の低下につながる。元の抗体の結合親和性を戻すために、通常、移植されたｖドメインの可変ドメインフレームワークの重要な位置にマウス残基が導入される（「復帰突然変異」としても知られている）。
ＣＤＲ移植及び復帰突然変異を介してヒト化された抗体は、完全にマウスｖドメインを有する抗体と比較して、臨床において低い免疫応答速度を誘発することが証明されているが、移植されたＣＤＲループにまだ収容されている物理的不安定さの可能性と免疫原性のモチーフのために、この基本的な移植法を使用してヒト化された抗体は、まだ大きな臨床的出現リスクがある。免疫細胞上の受容体を標的とし、その薬理機能が抗原提示を介して免疫応答を刺激することであるＣＤ４７阻害剤などの抗体は、抗薬物抗体応答を引き起こすリスクが高くなっている。患者におけるこれらの抗薬物抗体応答は、臨床使用中の薬物半減期、効力、及び安全性を低下させる可能性がある。タンパク質の免疫原性の動物試験は、多くの場合ヒトの免疫応答を予測しないため、治療用の抗体工学は、精製タンパク質の予測されるヒトＴ細胞エピトープ含有量、非ヒト生殖細胞系アミノ酸含有量、及び凝集能の最小化に焦点を当てている。
従って、理想的なヒト化拮抗性抗ＣＤ４７抗体は、充分特性解析されたヒト生殖細胞系配列のフレームワークとＣＤＲの両方で見られるものとできるだけ多くの同一の残基を、ｖドメインに持っている。Townsend et al. (2015; PNAS 112: 15354-15359) は、ラット、ウサギ、及びマウスの抗体に由来するＣＤＲが、好適なヒトフレームワークに移植され、次に「増強されたバイナリ置換」と呼ばれるヒト生殖細胞系アプローチを受ける抗体を生成する方法を記載している。このアプローチは、非常に正確な抗体－抗原共結晶構造データの非存在下で、元の抗体パラトープの基本的な可塑性を証明したが、特定の抗体のＣＤＲループ内のどの残基がヒトの生殖細胞系にどのような組み合わせで変換できるかを確実に予測することはまだ不可能である。
従って、好ましくは分子の複数の機能特性を維持する必要があるため、ＣＤＲ生殖細胞系は複雑で要因の多い問題であり、この例では以下が含まれる：ヒト及び試験動物種（例えばカニクイザル、カニを食べるサル（macaque）としても知られている、すなわちMacaca fascicularis）の両方からのＣＤ４７に対する標的結合特異性、親和性、ｖドメイン生物物理学的安定性、及び／又はＩｇＧ発現量。抗体工学の研究により、主要なＣＤＲの単一残基位置の変異でさえ、これらすべての望ましい分子特性に劇的な影響を与えることが示されている。
国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号は、「ＶｘＰ０３７」と呼ばれる拮抗性マウス抗ＣＤ４７ ＩｇＧ分子、及びＶｘＰ０３７のヒト化形態の調製について記載している。ＶｘＰ０３７のこれらのヒト化形態は、古典的なヒト化技術を使用して、すなわちKabat定義されるマウスＣＤＲをヒト重鎖及び軽鎖フレームワーク配列に移植することにより、ヒトフレームワーク残基の一部が、対応する位置にあるＶｘＰ０３７マウス残基に潜在的に復帰突然変異されて産生された。上記の理由により、国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に記載されているこのようなＶｘＰ０３７のヒト化形態は理想的ではない。
本発明は、多数の最適化された抗ＣＤ４７抗体及びその医学的使用を提供する。
本発明の１つの態様において、ヒトＣＤ４７に、及びまた任意選択的にカニクイザルＣＤ４７に、及び／又はマウスＣＤ４７に、又はその抗原結合部分に、特異的に結合する抗体分子が提供され、ここで抗体分子又はその抗原結合部分は、以下を有する重鎖可変領域を含む：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ－Ｙ－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｎ、又はＲ）－Ｆ－Ｔ、又はＴ－Ｎの保存的置換、又はＮ－Ｙ－Ｙ－Ｉの保存的置換、又はＩ－Ｆの保存的置換酸、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＧ）（配列番号１）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｍ、又はＭ－Ｇ－Ｉの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ｖ、又はＤ）－Ｉ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｐ－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ又はＦ）－Ｄ、又はＤ－Ｇの保存的置換、又はＧ－Ｄ－Ｔ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＲ）－Ｙの保存的置換、又はＹ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＳ）－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇの保存的置換（配列番号２）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｇ－Ｇ－Ｙ、又は任意のアミノ酸（例えばＨ、Ｉ、Ｑ、又はＦ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＩ）－Ｍ、又は任意のアミノ酸（例えばＴ、Ｒ、Ｐ、Ａ、又はＬ）－Ｄ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｎ、Ｙ、Ｓ、Ｗ、Ｋ、Ａ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、又はＶ）（配列番号３）。
本発明の態様において、抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＶＦ（配列番号４）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＧＧＹＴＭＤＹ（配列番号５）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
抗体分子又は抗原結合部分は、以下を有する軽鎖可変領域をさらに含んでもよい：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｒ－Ｓ－Ｓ－Ｑ、又はＱ－Ｓ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｈ－Ｓ－Ｎの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、Ａ、又はＧ）、又はＮ（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、又はＧ）－Ｇの保存的置換、又はＧ（例えばＡ）－Ｙの保存的置換酸、又は任意のアミノ酸（例えばＮ又はＳ）－Ｔ、又はＴ（例えばＮ）－Ｙ－Ｌ－Ｈの保存的置換酸、又は任意のアミノ酸（例えばＤ）（配列番号６）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ｋ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ又はＭ）－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｓ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｒ－Ｌ、又は任意のアミノ酸（例えばＦ、Ａ、又はＳ）－Ｓ（配列番号７）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｆ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、又はＶ）－Ｑ－Ｑ、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ａ、Ｔ、又はＳ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、又はＩ）－Ｈ、又はＨ－Ｔの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＶ、Ｉ、Ａ、又はＦ）－Ｐ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＷ）－Ｔ（配列番号８）。
本発明の態様において、抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＲＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹＬＨ（配列番号９）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＫＶＳＹＲＦＳ（配列番号１０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ２）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＳＱＮＴＨＶＰＲＴ（配列番号１１）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
上記ＣＤＲ配列は、表１に提示され以下で説明される「統一された」定義を使用して定義される。代わりに、本発明のＣＤＲ配列は、構造生物学に基づき、すべての免疫グロブリンｖドメインの命名法を統一することを目的とする、より短い「ＡＨｏ」定義（表１を参照）を使用して定義してもよい。
より短い「ＡＨｏ」ＣＤＲ定義を使用して、１つの態様において本発明は、ヒトＣＤ４７に、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を提供し、ここで、抗体分子又は抗原結合部分は、以下を有する重鎖可変領域を含む：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ－Ｓ－Ｇ－Ｙ－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｎ、又はＲ）－Ｆ－Ｔ、又はＴ－Ｎの保存的置換、又はＮ－Ｙ－Ｙの保存的置換（配列番号１２）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｉ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｐ－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ又はＦ）－Ｄ、又はＤ－Ｇの保存的置換、又はＧ－Ｄ－Ｔ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＲ）－Ｙの保存的置換、又はＹ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＳ）－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇの保存的置換（配列番号１３）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｇ－Ｇ－Ｙ、又は任意のアミノ酸（例えばＨ、Ｉ、Ｑ、又はＦ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＩ）－Ｍ、又は任意のアミノ酸（例えばＴ、Ｒ、Ｐ、Ａ、又はＬ）－Ｄ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）（配列番号１４）。
ＡＨｏ定義を使用して、抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
抗体分子又は抗原結合部分は、以下のようにＡＨｏ定義を使用して定義されるＣＤＲを有する軽鎖可変領域をさらに含んでもよい：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｓ－Ｓ－Ｑ、又はＱ－Ｓ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｈ－Ｓ－Ｎの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、Ａ、又はＧ）、又はＮ（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、又はＧ）－Ｇの保存的置換、又はＧ（例えばＡ）－Ｙの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＮ又はＳ）－Ｔ、又はＴ（例えばＮ）－Ｙの保存的置換（配列番号１７）。
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ｋ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ又はＭ）－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｓ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｒ－Ｌ、又は任意のアミノ酸（例えばＦ、Ａ、又はＳ）－Ｓ（配列番号７）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｑ、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ａ、Ｔ、又はＳ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、又はＩ）－Ｈ、又はＨ－Ｔの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＶ、Ｉ、Ａ、又はＦ）－Ｐ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＷ）（配列番号１８）。
ＡＨｏの定義を使用して、本発明の態様において抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹ（配列番号１９）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＫＶＳＹＲＦＳ（配列番号１０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ２）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＮＴＨＶＰＲ（配列番号２０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
本発明によれば、治療薬に結合された本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分を含む免疫結合体も提供される。
別の態様において本発明は、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分をコードする核酸分子が提供される。
本発明の核酸分子を含むベクターがさらに提供される。
本明細書で定義される本発明の核酸分子又はベクターを含む宿主細胞も提供される。
さらなる態様において、抗ＣＤ４７抗体及び／又はその抗原結合部分を産生する方法であって、抗体及び／又はその抗原結合部分の発現及び／又は産生をもたらす条件下で本発明の宿主細胞を培養し、抗体及び／又はその抗原結合部分を前記宿主細胞又は培養物から単離することを含む方法が提供される。
本発明の別の態様において、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクターを含む医薬組成物が提供される。
さらに、被験体における免疫応答を増強する方法であって、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の有効量を、投与することを含む方法が提供される。
さらなる態様において、被験体の癌を治療又は予防する方法であって、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の有効量を、投与することを含む方法が提供される。
本発明はまた、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分を、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体を、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子を、又は本明細書で定義される本発明のベクターを、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物を提供する。
別の態様において本発明は、第２の治療薬、例えば抗癌剤との併用療法で、別々に、連続して、又は同時に使用するための、本明細書で定義される本発明の抗体分子、又はその抗原結合部分、又は免疫結合体、又は核酸分子、又はベクター、又は治療方法を提供する。
さらなる態様において、癌の治療のための薬剤の製造における、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の使用が提供される。
本発明はまた、被験体の虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療又は予防する方法であって、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。
全ての態様において、自己免疫疾患又は炎症性疾患は、関節炎、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス、グレーブス病、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎からなる群から選択され得る。
全ての態様において、虚血－再灌流障害は、臓器移植、急性腎障害、心肺バイパス手術、肺高血圧症、鎌状赤血球症、心筋梗塞、脳卒中、外科的切除及び再建手術、付属器又は他の身体部分の再付着、皮膚移植又は外傷で発生する可能性がある。
また、虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の治療の治療に使用される、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物も、提供される。
さらに、虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の治療用薬剤の製造における、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の使用が提供される。
本発明はまた、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体の心血管疾患又は線維性疾患を治療又は予防する方法を提供する。
また、心血管疾患又は線維性疾患の治療で使用される、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物も提供される。
さらに、虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、又は線維性疾患の治療のための薬剤の製造における、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の使用も提供される。
本発明の任意の態様における心血管疾患は、例えば冠状動脈性心疾患又はアテローム性動脈硬化症であり得る。
本発明の任意の態様における線維性疾患は、心筋梗塞、狭心症、変形性関節炎、肺線維症、嚢胞性線維症、気管支炎、及び喘息からなる群から選択され得る。
本発明はまた、ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する方法を提供し、この方法は以下の工程を含む：
（１）非ヒト起源の抗ＣＤ４７ ＣＤＲをヒトｖドメインフレームワークに移植して、ヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分を産生する工程；
（２）ＣＤＲ内に１つ以上の変異を含むヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分のクローンのファージライブラリを生成する工程；
（３）ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７への結合について、ファージライブラリをスクリーニングする工程；
（４）ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に対する結合特異性を有するクローンを、スクリーニング工程（３）から選択する工程；及び
（５）工程（４）から選択されたクローンから、ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する工程。
この方法は、工程（４）で選択されたクローンに基づいて、例えば工程（４）で選択されたクローンのＣＤＲの特定の位置におけるさらなる探索的変異誘発に基づいて、追加のクローンを産生して、ヒト化を増強し、及び／又はヒトＴ細胞エピトープ含有量を最小化し、及び／又は工程（５）で産生された抗体分子又はその抗原結合部分の製造特性を改善する、さらなる工程を含むことができる。
この方法は、工程（４）で選択されたクローン又は工程（５）で産生された抗体分子の１つ以上のｖドメインの免疫原性を評価し、例えばＣＤＲ及びフレームワーク領域中に任意選択的に１つ以上のさらなる突然変異を生成して、免疫原性を低減させるさらなる工程を含むことができる。免疫原性は、例えば本明細書に記載されるインシリコ（in silico）技術を使用して、Ｔ細胞エピトープの位置を特定することにより評価することができる。
ヒト及びマウスＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対するライブラリ由来抗ＣＤ４７ ｓｃＦｖの直接結合ＥＬＩＳＡ。３つの別々のファージ選択ブランチ（ＡはブランチＡペリプレップ（periprep）ＥＬＩＳＡを示し、ＢはブランチＢペリプレップＥＬＩＳＡを示し、ＣはブランチＣペリプレップＥＬＩＳＡを示す）からクローンを得て、ここで各ラウンドでファージ集団は、ビオチン化したヒト、マウス、及び／又はカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質について選択された。各選択ラウンドの後、ライブラリ由来クローン（黒丸）をヒトとマウスの両方のＣＤ４７－Ｆｃに対してスクリーニングした。各ラウンドの平均±ＳＤ値は灰色の棒で表される。各グラフで、Ｘ軸は選択ラウンド（「Ｒ」）を示し、「Ｈ」はヒトを、「Ｍ」はマウスを示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。 生殖細胞系への突然変異に対するＣＤＲ残基の耐性の分析。８５４個のユニークなｓｃＦｖクローンのＥＬＩＳＡ陽性集団のＣＤＲにおけるマウスアミノ酸の保持頻度のプロットをそれぞれＶH（Ａ）及びＶL（Ｂ）ドメインについて示す。ＨＣＤＲ３内以外では、ヒト／マウス残基の変異誘発について標的とされる残基のみがプロットされる。各プロットでは、ＣＤＲ残基がＸ軸に示され、Ｙ軸は各マウス残基の保持率を示している。Ｘ軸の括弧内に記載されているＣＤＲ残基は、移植に使用されたヒト生殖細胞系で見つかった残基（ＩＧＫＶ２－２８及びＩＧＨＶ５－５１）と同一であった。括弧内ではないが値が０に設定されているＨＣＤＲ２内の残基は、移植プロセス中にヒト生殖細胞系に変異した。両方のプロットで、７５％における灰色の破線は、ヒト生殖細胞系によるマウス残基の置換の耐性のカットオフを表す。 生殖細胞系への突然変異に対するＣＤＲ残基の耐性の分析。８５４個のユニークなｓｃＦｖクローンのＥＬＩＳＡ陽性集団のＣＤＲにおけるマウスアミノ酸の保持頻度のプロットをそれぞれＶH（Ａ）及びＶL（Ｂ）ドメインについて示す。ＨＣＤＲ３内以外では、ヒト／マウス残基の変異誘発について標的とされる残基のみがプロットされる。各プロットでは、ＣＤＲ残基がＸ軸に示され、Ｙ軸は各マウス残基の保持率を示している。Ｘ軸の括弧内に記載されているＣＤＲ残基は、移植に使用されたヒト生殖細胞系で見つかった残基（ＩＧＫＶ２－２８及びＩＧＨＶ５－５１）と同一であった。括弧内ではないが値が０に設定されているＨＣＤＲ２内の残基は、移植プロセス中にヒト生殖細胞系に変異した。両方のプロットで、７５％における灰色の破線は、ヒト生殖細胞系によるマウス残基の置換の耐性のカットオフを表す。 ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対するＩｇＧ結合の直接力価測定ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧ１ヌル（null）形態のキメラ抗ＣＤ４７（ｍＶＨ／ｍＶＬ）、ライブラリ由来クローンを、ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質（Ａ～Ｈ）に対して、直接結合ＥＬＩＳＡで力価（μｇ／ｍｌ）を測定した。ｍＶＨ／ｍＶＬ、ライブラリ由来クローン、及びデザイナークローンＭＨは、ＣＤ４７の３つのオルソログすべてに対して結合活性を示した。クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１は、ヒト及びカニクイザルＣＤ４７に結合するが、マウスには結合しない。クローンＴＴＰは、ほぼすべての結合機能を喪失した。各グラフのＸ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。 ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対するＩｇＧ結合の直接力価測定ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧ１ヌル（null）形態のキメラ抗ＣＤ４７（ｍＶＨ／ｍＶＬ）、ライブラリ由来クローンを、ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質（Ａ～Ｈ）に対して、直接結合ＥＬＩＳＡで力価（μｇ／ｍｌ）を測定した。ｍＶＨ／ｍＶＬ、ライブラリ由来クローン、及びデザイナークローンＭＨは、ＣＤ４７の３つのオルソログすべてに対して結合活性を示した。クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１は、ヒト及びカニクイザルＣＤ４７に結合するが、マウスには結合しない。クローンＴＴＰは、ほぼすべての結合機能を喪失した。各グラフのＸ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。 ＥＬＩＳＡベースのＣＤ４７－Ｆｃ－ＳＩＲＰα競合アッセイ。プレート結合ヒトＳＩＲＰαに対するヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及びマウス（Ｃ）ＣＤ４７－Ｆｃタンパク質のＥＬＩＳＡ結合シグナルを、力価測定された競合ライブラリ由来のリード（ＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５、Ｇ－Ｂ６、Ｄ－Ｈ３、及びＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１、陰性対照としてアイソタイプＩｇＧ１、及び陽性対照としてＩｇＧ１ヌル形態のｍＶＨ／ｍＶＬ）の存在下で調べた。すべてのライブラリ由来のＩｇＧ及びｍＶＨ／ｍＶＬは、ヒト、マウス、及びカニクイザルのＣＤ４７－Ｆｃタンパク質の結合の濃度依存的低下を示し、共有エピトープの維持を示唆した。特に、クローンＡ－Ｄ５はｍＶＨ／ｍＶＬと比較して、マウスＣＤ４７の中和において顕著に高い力価を示し、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１はマウスＣＤ４７の活性を中和する能力を示さなかった。デザイナークローンＭＨもＴＴＰも中和シグナルを示さず、明確にするために、ここではプロットされていない。各グラフにおいて、Ｘ軸は抗体濃度（ｎＭ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。図の凡例において「ＩＣ」はアイソタイプ対照を指す。 優先順位付けされたリードクローンの結合特異性分析。ＩｇＧ１（Ａ）及びＩｇＧ１ヌル（Ｂ）形態のｍＶＨ／ｍＶＬ、及びＩｇＧ１ヌル形態のライブラリ由来リードＡ－Ｄ５（Ｃ）、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１（Ｄ）、Ｆ－Ｅ７（Ｅ）、Ｄ－Ｈ３（Ｆ）、及びＧ－Ｂ６（Ｇ）について、オフターゲットホモログ結合リスクを、ＣＤ４７－Ｆｃオーソログ及び各Ｘ軸（「Ｂ」はブランクを指す）でラベル付けされた１４個のヒト免疫グロブリンスーパーファミリータンパク質のパネルの直接ＥＬＩＳＡにより調べた。ヒト、カニクイザル、及びマウスＣＤ４７－Ｆｃ（ｈ／ｃ／ｍＣＤ４７－Ｆｃ）への結合は、１μｇ／ｍｌのＩｇＧ濃度で行った。他のすべてのタンパク質への結合は、１０μｇ／ｍｌのＩｇＧ濃度で行った。各プロットで、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。ほとんどすべてのＩｇＧについて、ｈＣＤ４７－Ｆｃ、ｍＣＤ３７－Ｆｃ、及びｃＣＤ４７－Ｆｃ単独への結合が観察された。他のヒトタンパク質では、バックグラウンドを超える結合は観察されなかった。特に、クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１は、再度マウスＣＤ４７に対する反応性を示さなかった。 優先順位付けされたリードクローンの結合特異性分析。ＩｇＧ１（Ａ）及びＩｇＧ１ヌル（Ｂ）形態のｍＶＨ／ｍＶＬ、及びＩｇＧ１ヌル形態のライブラリ由来リードＡ－Ｄ５（Ｃ）、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１（Ｄ）、Ｆ－Ｅ７（Ｅ）、Ｄ－Ｈ３（Ｆ）、及びＧ－Ｂ６（Ｇ）について、オフターゲットホモログ結合リスクを、ＣＤ４７－Ｆｃオーソログ及び各Ｘ軸（「Ｂ」はブランクを指す）でラベル付けされた１４個のヒト免疫グロブリンスーパーファミリータンパク質のパネルの直接ＥＬＩＳＡにより調べた。ヒト、カニクイザル、及びマウスＣＤ４７－Ｆｃ（ｈ／ｃ／ｍＣＤ４７－Ｆｃ）への結合は、１μｇ／ｍｌのＩｇＧ濃度で行った。他のすべてのタンパク質への結合は、１０μｇ／ｍｌのＩｇＧ濃度で行った。各プロットで、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。ほとんどすべてのＩｇＧについて、ｈＣＤ４７－Ｆｃ、ｍＣＤ３７－Ｆｃ、及びｃＣＤ４７－Ｆｃ単独への結合が観察された。他のヒトタンパク質では、バックグラウンドを超える結合は観察されなかった。特に、クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１は、再度マウスＣＤ４７に対する反応性を示さなかった。 ヒト及びカニクイザルＣＤ４７＋ ＣＨＯ－Ｋ１細胞への結合のフローサイトメトリー。市販の抗ＣＤ４７抗体ＭＳ１９９１、ヒトＩｇＧ１（「Ｉ ＩｇＧ１」）及びＩｇＧ４（「Ｉ ＩｇＧ４」）アイソタイプ対照、ＩｇＧ１ヌル（「ＩｇＧ１Ｎ」）及びＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）形態の両方のリードライブラリ由来ＩｇＧを、カニクイザルトランスフェクトＣＨＯ－Ｋ１細胞（Ａ）、ヒトトランスフェクトＣＨＯ－Ｋ１細胞（Ｂ）、及び野生型（ｗｔ、すなわちトランスフェクトされていない）ＣＨＯ－Ｋ１細胞（Ｃ）に対する特異的結合について調べた。ＩｇＧは、２４～１００，０００ｎｇ／ｍｌの範囲の濃度で試験した。すべてのＣＤ４７特異的抗体についてヒト及びカニクイザル細胞株の両方に対する濃度依存的な結合が観察されたが、アイソタイプ対照では観察されなかった。ほとんどの抗体について、バックグラウンドを超える低レベルの結合シグナルが野生型ＣＨＯ－Ｋ１細胞に対して観察され、ｍＶＨ／ｍＶＬ由来のＩｇＧのシグナルについては著しく強く、特にＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１ ＩｇＧについてはシグナルが低かった。各グラフで、Ｘ軸は試験した各ＩｇＧとその濃度（ｎｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示す。 ヒトＨＬ６０細胞への結合のフローサイトメトリー試験。市販の抗ＣＤ４７抗体ＭＳ１９９１、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ４アイソタイプ対照（それぞれ「Ｉ ＩｇＧ１」及び「Ｉ ＩｇＧ４」）、ＩｇＧ１ヌル（「ＩｇＧ１Ｎ）及びＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）の両方の形態のリードライブラリ由来ＩｇＧのＨＬ６０細胞への特異的結合について調べた。ＩｇＧは、２４～１０００００ｎｇ／ｍｌの範囲の濃度で試験された。アイソタイプ対照以外のすべてのクローンで濃度依存的な結合が観察された。各グラフで、Ｘ軸は試験した各ＩｇＧとその濃度（ｎｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示す。 開発リスクＥＬＩＳＡ。このアッセイは、ＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５、Ｇ－Ｂ６、Ｄ－Ｈ３、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１、及びｍＶＨ／ｍＶＬ抗体が、負に帯電した生体分子インスリン（Ａ）、２本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）（Ｂ）、及び１本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）（Ｃ）への結合をほとんど又はまったく示さないことを示した。各グラフのＸ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。ボコシズマブ及びブリアキヌマブ類似体で観察されるこれらの分子への強力なオフターゲット結合は、治療用抗体の臨床的性能の低さの高リスク指標であることが示されている。 ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質へのデザイナーＩｇＧの結合の直接力価測定ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧ１ヌル形態のキメラ抗ＣＤ４７（ｍＶＨ／ｍＶＬ）、デザイナーＡ－Ｄ５由来クローンを、ヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及びマウス（Ｃ）ＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対する直接結合ＥＬＩＳＡで力価測定した（μｇ／ｍｌ）。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。ほとんどのクローンは、ＣＤ４７の３つのオーソログすべてに対して結合活性を示したが、クローンＡ－Ｄ５．７はカニクイザルＣＤ４７への弱い結合のみを示し、クローンＡ－Ｄ５．１０はマウスＣＤ４７へのほとんどすべての結合機能を消失していた。図の凡例では、「ＩｇＧ１ＮＩ」はＩｇＧ１ヌルアイソタイプを指す。 デザイナーＩｇＧについてのＥＬＩＳＡベースのＣＤ４７－Ｆｃ－ＳＩＲＰα競合アッセイ。プレート結合ヒトＳＩＲＰαに対するヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及びマウス（Ｃ）ＣＤ４７－Ｆｃタンパク質のＥＬＩＳＡ結合シグナルを、ＩｇＧ１ヌル形態の力価測定競合デザイナーＩｇＧ及び陰性対照としてのアイソタイプＩｇＧ１（「ＩｇＧ１ＮＩ」で表される）及び陽性対照としてのＩｇＧ１ヌル形態のｍＶＨ／ｍＶＬの存在下で調べた。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧ濃度（ｎＭ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。特に、いくつかのＡ－Ｄ５由来のクローンは再度、ｍＶＨ／ｍＶＬと比較して、マウスＣＤ４７の中和において特に顕著な効力の上昇を示した。それに対して弱いＥＬＩＳＡ結合シグナルを示したオーソログについて、デザイナークローンＡ－Ｄ５．７とＡ－Ｄ５．１０のどちらも中和シグナルを示さず、従って明確にするために、ここではプロットされていない。 ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対するＡ－Ｄ５．４由来デザイナーＩｇＧ結合の直接力価測定ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧ１ヌル形態のキメラ抗ＣＤ４７（ｍＶＨ／ｍＶＬ）、デザイナーＡ－Ｄ５．４由来クローンを、ヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及び（Ｃ）マウスＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対して、直接結合ＥＬＩＳＡで力価測定した（μｇ／ｍｌ）。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。すべてのクローンは、ＣＤ４７の３つのオルソログすべてに対して結合活性を示した。図の凡例では、「ＩｇＧ１ＮＩ」はＩｇＧ１ヌルアイソタイプを指す。 デザイナーＩｇＧについてのＥＬＩＳＡベースのＣＤ４７－Ｆｃ－ＳＩＲＰα競合アッセイ。プレート結合ヒトＳＩＲＰαに対するヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及びマウス（Ｃ）ＣＤ４７－Ｆｃタンパク質のＥＬＩＳＡ結合シグナルを、ＩｇＧ１ヌル形態の力価測定された競合デザイナーＩｇＧ、及び陰性対照としてのアイソタイプＩｇＧ１（「ＩｇＧ１ＮＩ」で表される）、及び陽性対照としてのＩｇＧ１ヌル形態のｍＶＨ／ｍＶＬの存在下で調べた。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧ濃度（ｎＭ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。特に、いくつかのＡ－Ｄ５．４由来のクローンは再度、ｍＶＨ／ｍＶＬと比較して、マウスＣＤ４７の中和における顕著な効力上昇を示した。 デザイナークローンＡ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６の結合特異性分析。ＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５．４（Ａ）及びＡ－Ｄ５．１６（Ｂ）のオフターゲットホモログ結合リスクを、ＣＤ４７－Ｆｃオーソログ及び１４個のヒト免疫グロブリンスーパーファミリータンパク質のパネル（Ｘ軸上でラベル付けされる；「Ｂ」は空白を指す）に対する直接ＥＬＩＳＡにより調べた。すべてのタンパク質への結合は、１０μｇ／ｍｌのＩｇＧ濃度で行った。各プロットでは、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。両方のＩｇＧについて、ｈＣＤ４７－Ｆｃ、ｍＣＤ３７－Ｆｃ、及びｃＣＤ４７－Ｆｃ単独への結合が観察された。他のヒトタンパク質では、バックグラウンドを超える結合は観察されなかった。 デザイナークローンＡ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６の開発リスクＥＬＩＳＡ。このアッセイは、ＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６抗体が、負に帯電した生体分子インスリン（Ａ）、２本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）（Ｂ）、及び１本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）（Ｃ）への低い結合（陰性対照であるウステキヌマブ以下）を示すことを示した。各グラフのＸ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。ボコシズマブ及びブリアキヌマブ類似体で観察されるこれらの分子への強力なオフターゲット結合は、治療用抗体の臨床的性能の低さの高リスク指標であることが示されている。 ＣＨＯ－Ｋ１細胞へのライブラリ由来及びデザイナーＩｇＧの結合のフローサイトメトリー。市販の抗ＣＤ４７抗体ＭＳ１９９１、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ４アイソタイプ対照（それぞれ「Ｉ ＩｇＧ１」及び「Ｉ ＩｇＧ４」で表される）、及びＩｇＧ１ヌル及びＩｇＧ４形態の両方のリードＩｇＧ Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６を野生型（すなわち、トランスフェクトされていない）ＣＨＯ－Ｋ１細胞上の特異的結合について調べた。ＩｇＧは、２４～２５，０００ｎｇ／ｍｌの範囲の濃度で試験した。ＩｇＧ１ヌル及びＩｇＧ４形態の両方の親ｍＶＨ／ｍＶＬ抗体について濃度依存的結合が観察されたが、アイソタイプ対照、ＭＳ１９９１、及びＩｇＧ Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６（両方ともＩｇＧ形態）では、結合が弱いか又はまったく観察されなかった。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧの濃度（ｎｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸はＭＦＩを示す。 ヒトＨＬ６０細胞への結合のフローサイトメトリー試験。市販の抗ＣＤ４７抗体ＭＳ１９９１、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ４アイソタイプ対照（それぞれ「Ｉ ＩｇＧ１」及び「Ｉ ＩｇＧ４」で表される）、ＩｇＧ１ヌル及びＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）の両方の形態のリードＩｇＧを、ＨＬ６０細胞への特異的結合について調べた。ＩｇＧは、２４～１０００００ｎｇ／ｍｌの範囲の濃度で試験された。アイソタイプ対照以外のすべてのクローンで濃度依存的な結合が観察された。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧの濃度（ｎｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸はＭＦＩを示す。 リード抗体ｖドメイン中のＴ細胞エピトープペプチド含量。ｍＶＨ／ｍＶＬ、Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、Ａ－Ｄ５．１６、及びＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ抗体のｖドメインを、生殖細胞系（ＧＥ）、高親和性外来（ＨＡＦ）、低親和性外来（ＬＡＦ）、及びTCED+ Ｔ細胞受容体エピトープの存在について調べた。ｍＶＨ／ｍＶＬのＶＨ及びＶＬドメインの両方が、複数の高リスクのヒトＴ細胞エピトープといくつかの生殖細胞系エピトープを含むことがわかった。すべてのリードクローンにおいて、高リスクのエピトープ含有量が大幅に低下し、生殖細胞系エピトープ含有量が大幅に改善された。 ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対するＡ－Ｄ５．１６及びＡ－Ｄ５．１６－ＤＩデザイナーＩｇＧ結合の直接力価測定ＥＬＩＳＡ。ヒトＩｇＧ１ヌル形態のキメラ抗ＣＤ４７（ｍＶＨ／ｍＶＬ）、デザイナーＡ－Ｄ５．１６及びＡ－Ｄ５．１６－ＤＩクローンを、ヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及び（Ｃ）マウスＣＤ４７－Ｆｃタンパク質に対して、直接結合ＥＬＩＳＡで力価測定した（μｇ／ｍｌ）。すべてのクローンは、ＣＤ４７の３つのオルソログすべてに対して結合活性を示した。各グラフで、Ｘ軸はＩｇＧ濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。 デザイナーＩｇＧについてのＥＬＩＳＡベースのＣＤ４７－Ｆｃ－ＳＩＲＰα競合アッセイ。プレート結合したヒトＳＩＲＰαに対するヒト（Ａ）、カニクイザル（Ｂ）、及びマウス（Ｃ）ＣＤ４７－Ｆｃタンパク質のＥＬＩＳＡ結合シグナルを、ＩｇＧ１ヌル形態の力価測定された競合デザイナーＩｇＧ及び陰性対照としてのアイソタイプＩｇＧ１、及び陽性対照としてＩｇＧ１ヌル形態のｍＶＨ／ｍＶＬの存在下で調べた。各グラフで、Ｘ軸は抗体濃度（ｎＭ）を示し、Ｙ軸は結合シグナル（ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。 フローサイトメトリーによる食作用の分析。（Ａ）ＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）形態のクローンＡ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、Ａ－Ｄ５．１６、及びｍＶＨ／ｍＶＬ、及びさらにＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５（「ＩｇＧ１ Ａ－Ｄ５Ｎ」で表される）について、ヒトＣＤ１４＋マクロファージによるＣＳＦＥ標識ＨＬ６０細胞の食作用のフローサイトメトリー分析を、複数の濃度（Ｘ軸に表示）で実施した。Ｘ軸は抗体濃度（μｇ／ｍｌ）を示し、Ｙ軸はＣＦＳＥ+ 及びＣＤ１４+ である細胞％を示す。（Ｂ）次に、ＩｇＧ４形態のＡ－Ｄ５及びｍＶＨ／ｍＶＬの複数のヒトマクロファージドナーで標準濃度１０μｇ／ｍｌで、分析を繰り返した。Ｘ軸はドナー番号を示し、Ｙ軸はＣＦＳＥ+ 及びＣＤ１４+ である細胞％を示し、「Ｖ」はビヒクルを示す。
（発明の詳細な説明）
本発明の第１の態様において、ヒトＣＤ４７に、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分が提供され、ここで抗体分子又は抗原－結合部分は、以下を有する重鎖可変領域を含む：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ－Ｙ－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｎ、又はＲ）－Ｆ－Ｔ、又はＴ－Ｎの保存的置換、又はＮ－Ｙ－Ｙ－Ｉの保存的置換、又はＩ－Ｆの保存的置換酸、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＧ）（配列番号１）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｍ、又はＭ－Ｇ－Ｉの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ｖ、又はＤ）－Ｉ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｐ－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ又はＦ）－Ｄ、又はＤ－Ｇの保存的置換、又はＧ－Ｄ－Ｔ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＲ）－Ｙの保存的置換、又はＹ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＳ）－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇの保存的置換（配列番号２）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｇ－Ｇ－Ｙ、又は任意のアミノ酸（例えばＨ、Ｉ、Ｑ、又はＦ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＩ）－Ｍ、又は任意のアミノ酸（例えばＴ、Ｒ、Ｐ、Ａ、又はＬ）－Ｄ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｎ、Ｙ、Ｓ、Ｗ、Ｋ、Ａ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、又はＶ）（配列番号３）。
本発明の態様において、抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＶＦ（配列番号４）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＧＧＹＴＭＤＹ（配列番号５）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
本発明において、抗体分子又はその抗原結合部分は、以下を有する軽鎖可変領域をさらに含んでもよい。：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｒ－Ｓ－Ｓ－Ｑ、又はＱ－Ｓ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｈ－Ｓ－Ｎの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、Ａ、又はＧ）、又はＮ（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、又はＧ）－Ｇの保存的置換、又はＧ（例えばＡ）－Ｙの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＮ又はＳ）－Ｔ、又はＴ（例えばＮ）－Ｙ－Ｌ－Ｈの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＤ）の保存的置換（配列番号６）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ｋ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ又はＭ）－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｓ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｒ－Ｌ、又は任意のアミノ酸（Ｆ、Ａ、又はＳ）－Ｓ（配列番号７）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｆ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、又はＶ）－Ｑ－Ｑ、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ａ、Ｔ、又はＳ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、又はＩ）－Ｈ、又はＨ－Ｔの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＶ、Ｉ、Ａ、又はＦ）－Ｐ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＷ）－Ｔ（配列番号８）。
本発明の態様において、抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＲＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹＬＨ（配列番号９）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＫＶＳＹＲＦＳ（配列番号１０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ２）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＳＱＮＴＨＶＰＲＴ（配列番号１１）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
上記のＣＤＲ配列は、表１に提示される「統一された」定義を使用して定義される。代わりに本発明におけるＣＤＲ配列は、構造生物学に基づき、すべての免疫グロブリンｖドメインの命名法を統一することを目的とする、より短い「ＡＨｏ」定義（表１を参照）を使用して定義され得る。
より短い「ＡＨｏ」定義を使用して、１つの態様において本発明は、ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に、特異的に結合する抗体分子又はその抗原結合部分を提供し、ここで、抗体分子又は抗原結合部分は、以下を有する重鎖可変領域を含む：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ１：Ｇ－Ｓ－Ｇ－Ｙ－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＳ、Ｎ、又はＲ）－Ｆ－Ｔ、又はＴ－Ｎの保存的置換、又はＮ－Ｙ－Ｙの保存的置換、（配列番号１２）；
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ２：Ｉ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｐ－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ又はＦ）－Ｄ、又はＤ－Ｇの保存的置換、又はＧ－Ｄ－Ｔ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＲ）－Ｙの保存的置換、又はＹ－Ｎの保存的置換、又はＮ（例えばＳ）－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇの保存的置換（配列番号１３）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＨＣＤＲ３：Ｇ－Ｇ－Ｙ、又は任意のアミノ酸（例えばＨ、Ｉ、Ｑ、又はＦ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＶ又はＩ）－Ｍ、又は任意のアミノ酸（例えばＴ、Ｒ、Ｐ、Ａ、又はＬ）－Ｄ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）（配列番号１４）。
ＡＨｏ定義を使用して、抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ１は、配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＨＣＤＲ３は、配列ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＨＣＤＲ３）を除外してもよい。
抗体分子又は抗原結合部分は、以下を有する軽鎖可変領域をさらに含んでもよい：
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ１：Ｓ－Ｓ－Ｑ、又はＱ－Ｓ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｌの保存的置換、又はＬ－Ｈ－Ｓ－Ｎの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、Ａ、又はＧ）、又はＮ（例えばＱ、Ｓ、Ｔ、又はＧ）－Ｇの保存的置換、又はＧ（例えばＡ）－Ｙの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＮ又はＳ）－Ｔ、又はＴ（例えばＮ）－Ｙの保存的置換（配列番号１７）。
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ２：Ｋ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ又はＭ）－Ｖ、又は任意のアミノ酸（例えばＧ）－Ｓ－Ｎ、又は任意のアミノ酸（例えばＹ）－Ｒ－Ｌ、又は任意のアミノ酸（例えばＦ、Ａ、又はＳ）－Ｓ（配列番号７）；及び
以下の順序の配列のアミノ酸を有するＬＣＤＲ３：Ｑ、又は任意のアミノ酸（例えばＮ、Ａ、Ｔ、又はＳ）－Ｔ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ、Ｍ、又はＩ）－Ｈ、又はＨ－Ｔの保存的置換、又は任意のアミノ酸（例えばＶ、Ｉ、Ａ、又はＦ）－Ｐ、又は任意のアミノ酸（例えばＬ）－Ｒ、又は任意のアミノ酸（例えばＷ）（配列番号１８）。
ＡＨｏの定義を使用して、本発明の態様において抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ１は、配列ＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹ（配列番号１９）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ１）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ２は、配列ＫＶＳＹＲＦＳ（配列番号１０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ２）を除外してもよく、及び／又は抗体分子又は抗原結合部分のＬＣＤＲ３は、配列ＮＴＨＶＰＲ（配列番号２０）（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されているＶｘＰ０３７マウス／ヒト化抗体ＬＣＤＲ３）を除外してもよい。
本明細書で詳述するように本発明者らは、国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号に開示されたマウス抗ＣＤ４７抗体ＶｘＰ０３７に由来するＣＤＲ配列を使用して、多数の最適化された抗ＣＤ４７抗体分子を生成することに初めて成功した。本発明の実施態様において、これらの抗体分子は、ヒトＣＤ４７及びカニクイザルＣＤ４７の両方に、一部のクローンではマウスＣＤ４７に結合特異性を有するように選択されている（動物試験種での研究を促進するため）。本明細書に記載の最適化された抗体分子のさらなる精製により、ＣＤ４７のマウスオーソログへの結合の改善、マウスＣＤ４７－ＳＩＲＰαシグナル伝達の中和効力の改善、可変ドメイン安定性の改善、高い発現収率、及び／又は免疫原性の低下が得られた。例えば、本明細書において我々は、マウス抗ＣＤ４７抗体ＶｘＰ０３７の前駆分子がＬＣＤＲ１及びＬＣＤＲ２中に２つの大きな免疫原性リスクを持ち、古典的なヒト化技術（国際公開第２０１４／０９３６７８Ａ２号で使用される）で実施されるが、本明細書に記載の最適化された抗体分子において改善されることを証明する。
本発明の抗体分子又は抗原結合部分は、配列番号４（ＨＣＤＲ１）、１２３（ＨＣＤＲ２）、５（ＨＣＤＲ３）、９（ＬＣＤＲ１）、１０（ＬＣＤＲ２）、及び１１（ＬＣＤＲ３）のＣＤＲ配列を含む抗体分子と比較して、インシリコ免疫原性が改善されている可能性がある。
本発明の抗体分子又は抗原結合部分は、配列番号４（ＨＣＤＲ１）、１２３（ＨＣＤＲ２）、５（ＨＣＤＲ３）、９（ＬＣＤＲ１）、１０（ＬＣＤＲ２）、１１（ＬＣＤＲ３）のＣＤＲ配列を含む抗体分子と比較して、ハムスターＣＤ４７への結合を示さないか、又はハムスターＣＤ４７への結合の低下を示し得る。例えば本発明の抗体分子又は抗原結合部分は、配列番号４（ＨＣＤＲ１）、１２３（ＨＣＤＲ２）、５（ＨＣＤＲ３）、９（ＬＣＤＲ１）、１０（ＬＣＤＲ２）、１１（ＬＣＤＲ３）のＣＤＲ配列を含む抗体と比較して、フローサイトメトリーにより測定した場合、ＣＨＯ細胞への結合を示さないか、ＣＨＯ細胞への結合の低下を示し得る。図１５に示されるように、本発明の代表的な抗体分子はＣＨＯ細胞とほとんど又は全く交差反応性を示さないが、ＩｇＧ１ヌル又はＩｇＧ４形態のクローンｍＶＨ／ｍＶＬの元のマウスｖドメインは、ＣＨＯ細胞への強力な濃度依存性結合を駆動する。
本発明の好適な最適化された抗ＣＤ４７抗体分子は、対応するマウスＣＤＲ又は他の（フレームワークなどの）アミノ酸位置に、必ずしも最大数のヒト生殖細胞系置換を有するとは限らない。以下の実験欄で詳しく説明されるように、我々は、抗ＣＤ４７結合特性及び／又はその他の望ましい特徴に関して、「最大限にヒト化された」抗体分子が「最大限に最適化」されている訳ではないことを見いだした。
本発明は、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分のアミノ酸配列に対する修飾を包含する。例えば本発明は、機能的に同等の可変領域及びそれらの特性に大きく影響しないＣＤＲと、活性及び／又は親和性が増強又は低下した変異体とを含む、抗体分子及びその対応する抗原結合部分を含む。例えばアミノ酸配列を変異させて、ＣＤ４７に対する所望の結合親和性を有する抗体を得ることができる。１つの残基から１００以上の残基を含むポリペプチドまでの長さの範囲のアミノ及び／又はカルボキシル末端融合を含む挿入体、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入体が想定される。末端挿入体の例には、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体分子、又はエピトープタグに融合された抗体分子が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体には、血液循環中の抗体の半減期を延長させる酵素又はポリペプチドの抗体のＮ末端又はＣ末端への融合体が含まれる。
本発明の抗体分子又は抗原結合部分は、グリコシル化及び非グリコシル化ポリペプチド、並びに他の翻訳後修飾、例えば異なる糖を用いるグリコシル化、アセチル化、及びリン酸化を有するポリペプチドを含み得る。本発明の抗体分子又は抗原結合部分は変異させて、例えば１つ以上のアミノ酸残基を追加、除去、又は置換することにより、そのような翻訳後修飾を改変して、グリコシル化部位を形成又は除去することができる。
本発明の抗体分子又は抗原結合部分は、例えばアミノ酸置換により修飾して、抗体中の潜在的なタンパク質分解部位を除去することができる。
抗体分子又はその抗原結合部分において、ＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ／Ｎ／Ｒ－Ｆ－Ｔ／Ｎ－Ｎ／Ｓ－Ｙ－Ｙ－Ｉ／Ｖ－Ｆ／Ｖ／Ｇ（配列番号２１）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｍ／Ｉ－Ｇ－Ｖ／Ｎ／Ｉ／Ｄ－Ｉ－Ｎ／Ｙ－Ｐ－Ｖ／Ｇ／Ｆ－Ｎ／Ｄ－Ｇ／Ｓ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ／Ｋ－Ｆ／Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号２２）を有し得る；ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｆ／Ｈ／Ｉ／Ｑ／Ｙ－Ｔ／Ｖ／Ｉ－Ｍ／Ｔ／Ｒ／Ｐ／Ａ／Ｌ－Ｄ／Ｇ－Ｙ／Ｑ／Ｎ／Ｒ／Ｓ／Ｗ／Ｋ／Ａ／Ｅ／Ｆ／Ｈ／Ｉ／Ｌ／Ｍ／Ｔ／Ｖ（配列番号２３）を有し得る。あるいは、ＡＨｏ定義を使用して、抗体分子又はその抗原結合部分において、ＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｓ－Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ／Ｎ／Ｒ－Ｆ－Ｔ／Ｎ－Ｎ／Ｓ－Ｙ－Ｙ（配列番号２４）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｉ－Ｎ／Ｙ－Ｐ－Ｖ／Ｇ／Ｆ－Ｎ／Ｄ－Ｇ／Ｓ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ／Ｋ－Ｆ／Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号２５）を有し得る；そして、ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｆ／Ｈ／Ｉ／Ｑ／Ｙ－Ｔ／Ｖ／Ｉ－Ｍ／Ｔ／Ｒ／Ｐ／Ａ／Ｌ－Ｄ／Ｇ（配列番号２６）を有し得る。
例えばＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ－Ｆ－Ｔ－Ｎ－Ｙ－Ｙ－Ｉ－Ｆ（配列番号２７）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｍ／Ｉ－Ｇ－Ｉ／Ｄ－Ｉ－Ｎ－Ｐ－Ｖ－Ｎ／Ｄ－Ｇ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ－Ｆ／Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号２８）を有し得る；ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｆ／Ｙ－Ｔ－Ｍ／Ｐ－Ｄ－Ｙ／Ｒ／Ｋ／Ｉ（配列番号２９）を有し得る。あるいは、ＡＨｏ定義を使用して、ＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｓ－Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ－Ｆ－Ｔ－Ｎ－Ｙ－Ｙ（配列番号３０）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｉ－Ｎ－Ｐ－Ｖ－Ｎ／Ｄ－Ｇ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ－Ｆ／Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号３１）を有し得る；そして、ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｆ／Ｙ－Ｔ－Ｍ／Ｐ－Ｄ（配列番号３２）を有し得る。
抗体分子又はその抗原結合部分において、ＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｒ－Ｓ－Ｓ－Ｑ／Ｈ－Ｓ－Ｆ／Ｌ－Ｌ／Ｖ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ｑ／Ａ－Ｇ／Ａ－Ｙ／Ｎ／Ｓ－Ｎ／Ｔ－Ｙ－Ｌ－Ｈ／Ｄ（配列番号３３）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｌ／Ｋ／Ｍ－Ｖ／Ｇ－Ｓ－Ｎ／Ｙ－Ｒ－Ａ／Ｆ／Ｌ／Ｓ－Ｓ（配列番号３４）を有し得る；ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｆ／Ｌ／Ｍ／Ｓ／Ｔ／Ｖ－Ｑ－Ｑ／Ｎ／Ａ／Ｔ／Ｓ－Ｔ／Ｌ／Ｍ／Ｉ－Ｑ／Ｈ－Ｔ／Ｖ／Ｉ／Ａ／Ｆ－Ｐ／Ｌ－Ｒ／Ｗ－Ｔ（配列番号３５）を有し得る。あるいは、ＡＨｏ定義を使用して、抗体分子又はその抗原結合部分において、ＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｓ－Ｓ－Ｑ／Ｈ－Ｓ－Ｆ／Ｌ－Ｌ／Ｖ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ｑ／Ａ－Ｇ／Ａ－Ｙ／Ｎ／Ｓ－Ｎ／Ｔ－Ｙ（配列番号３６）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｌ／Ｋ／Ｍ－Ｖ／Ｇ－Ｓ－Ｎ／Ｙ－Ｒ－Ａ／Ｆ／Ｌ／Ｓ－Ｓ（配列番号３４）を有し得る；そして、ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｑ／Ｎ／Ａ／Ｔ／Ｓ－Ｔ／Ｌ／Ｍ／Ｉ－Ｑ／Ｈ－Ｔ／Ｖ／Ｉ／Ａ／Ｆ－Ｐ／Ｌ－Ｒ／Ｗ（配列番号３７）を有し得る。
例えばＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｒ－Ｓ－Ｓ－Ｑ－Ｓ－Ｌ－Ｌ／Ｖ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ｑ／Ａ－Ｇ－Ｙ／Ｎ－Ｎ／Ｔ－Ｙ－Ｌ－Ｈ／Ｄ（配列番号３８）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｌ／Ｋ－Ｖ／Ｇ－Ｓ－Ｎ／Ｙ－Ｒ－Ａ／Ｆ／Ｌ－Ｓ（配列番号３９）を有し得る；そして、ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｆ／Ｓ－Ｑ－Ｑ／Ｎ／Ａ－Ｔ／Ｌ－Ｑ／Ｈ－Ｔ／Ｖ－Ｐ－Ｒ－Ｔ（配列番号４０）を有し得る。あるいは、ＡＨｏ定義を使用して、ＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｓ－Ｓ－Ｑ－Ｓ－Ｌ－Ｌ／Ｖ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ｑ／Ａ－Ｇ－Ｙ／Ｎ－Ｎ／Ｔ－Ｙ（配列番号４１）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｌ／Ｋ－Ｖ／Ｇ－Ｓ－Ｎ／Ｙ－Ｒ－Ａ／Ｆ／Ｌ－Ｓ（配列番号３９）を有し得る；そして、ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｑ／Ｎ／Ａ－Ｔ／Ｌ－Ｑ／Ｈ－Ｔ／Ｖ－Ｐ－Ｒ（配列番号４２）を有し得る。
統一されたＣＤＲ定義を使用して定義される本発明の特定の実施態様において、抗体分子又は抗原結合部分は以下を含み得る：
（ａ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＤＩＮＰＶＮＧＤＴＮＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号４４）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＰＤＹ（配列番号４５）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＦＳ（配列番号４７）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＮＬＨＶＰＲＴ（配列番号４８）（ＬＣＤＲ３）［クローンＤ－Ｈ３］；又は
（ｂ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５］；又は
（ｃ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＩＧＤＩＮＰＶＮＧＤＴＮＦＳＰＳＦＱＧ（配列番号５５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＫ（配列番号５６）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５７）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＹＲＡＳ（配列番号５８）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＮＴＱＴＰＲＴ（配列番号５９）（ＬＣＤＲ３）［クローンＧ－Ｂ６］；又は
（ｄ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＮＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号６０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＧＫ（配列番号６１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹＬＤ（配列番号６２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＹＲＦＳ（配列番号６３）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＡＴＨＴＰＲＴ（配列番号６４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＦ－Ｅ７］；又は
（ｅ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＦＴＭＤＹ（配列番号６６）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＡＳ（配列番号６７）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号６８）（ＬＣＤＲ３）［クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１］；又は
（ｆ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＩＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６９）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＩ（配列番号７０）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＦＳ（配列番号７１）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＮＴＱＴＰＲＴ（配列番号５９）（ＬＣＤＲ３）［クローンＭＨ］；又は
（ｇ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＩ（配列番号７０）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＡＳ（配列番号７２）（ＬＣＤＲ２）、及びＳＱＡＴＱＴＰＲＴ（配列番号７３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＴＴＰ］；又は
（ｈ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１］；又は
（ｉ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号７４）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．２］；又は
（ｊ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．３］；又は
（ｋ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．４］；又は
（ｌ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＬＳ（配列番号７５）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．５］；又は
（ｍ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＬＳ（配列番号７５）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＱＴＰＲＴ（配列番号７６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．６］；又は
（ｎ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＬＳ（配列番号７７）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＱＴＰＲＴ（配列番号７６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．７］；又は
（ｏ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＱＧＹＴＹＬＨ（配列番号７８）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．８］；又は
（ｐ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＱＴＨＴＰＲＴ（配列番号７９）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．９］；又は
（ｑ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＱＧＹＴＹＬＨ（配列番号７８）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＱＴＨＴＰＲＴ（配列番号７９）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１０］；又は
（ｒ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１１］；又は
（ｓ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号７４）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１２］；又は
（ｔ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＨ（配列番号４６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１３］；又は
（ｕ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＳＧＹＮＹＬＨ（配列番号８０）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１４］；又は
（ｖ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＧＧＹＮＹＬＨ（配列番号８１）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１５］；又は
（ｗ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ（配列番号８２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６］；又は
（ｘ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＴＧＹＮＹＬＨ（配列番号８３）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１７］；又は
（ｙ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＡＹＮＹＬＨ（配列番号８４）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１８］；又は
（ｚ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ（配列番号８２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ］；又は
（ｚ．１）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５－ＤＩ］。
本発明の上記の特定の実施態様において、ＣＤＲは代わりに、ＡＨｏのＣＤＲ定義を使用して定義して、抗体分子又は抗原結合部分が以下を含むようにすることができる：
（ａ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＮＧＤＴＮＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号８７）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＰＤ（配列番号８８）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＦＳ（配列番号４７）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＬＨＶＰＲ（配列番号９０）（ＬＣＤＲ３）［クローンＤ－Ｈ３］；又は
（ｂ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５］；又は
（ｃ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＮＧＤＴＮＦＳＰＳＦＱＧ（配列番号９４）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９５）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＹＲＡＳ（配列番号５８）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＱＴＰＲ（配列番号９６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＧ－Ｂ６］；又は
（ｄ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＮＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９７）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＧ（配列番号９８）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹ（配列番号１９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＹＲＦＳ（配列番号６３）（ＬＣＤＲ２）、及びＡＴＨＴＰＲ（配列番号９９）（ＬＣＤＲ３）［クローンＦ－Ｅ７］；又は
（ｅ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＦＴＭＤ（配列番号１０１）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＡＳ（配列番号６７）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１］；又は
（ｆ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＦＳ（配列番号７１）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＱＴＰＲ（配列番号９６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＭＨ］；又は
（ｇ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＡＳ（配列番号７２）（ＬＣＤＲ２）、及びＡＴＱＴＰＲ（配列番号１０２）（ＬＣＤＲ３）［クローンＴＴＰ］；又は
（ｈ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１］；又は
（ｉ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号１０３）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．２］；又は
（ｊ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．３］；又は
（ｋ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．４］；又は
（ｌ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＬＳ（配列番号７５）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．５］；又は
（ｍ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＧＳＮＲＬＳ（配列番号７５）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＱＴＰＲ（配列番号９６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．６］；又は
（ｎ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＬＧＳＮＲＬＳ（配列番号７７）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＱＴＰＲ（配列番号９６）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．７］；又は
（ｏ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＱＧＹＴＹ（配列番号１０４）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．８］；又は
（ｐ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＱＴＨＴＰＲ（配列番号１０５）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．９］；又は
（ｑ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＱＧＹＴＹ（配列番号１０４）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＱＴＨＴＰＲ（配列番号１０５）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１０］；又は
（ｒ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１１］；又は
（ｓ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号１０３）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１２］；又は
（ｔ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１３］；又は
（ｕ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＳＧＹＮＹ（配列番号１０６）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１４］；又は
（ｖ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＧＧＹＮＹ（配列番号１０７）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１５］；又は
（ｗ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹ（配列番号１０８）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６］；又は
（ｘ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＴＧＹＮＹ（配列番号１０９）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１７］；又は
（ｙ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＡＹＮＹ（配列番号１１０）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１８］；又は
（ｚ）アミノ酸配列ＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹ（配列番号１０８）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ］；又は
（ｚ．１）アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）（ＨＣＤＲ１）、ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）（ＨＣＤＲ３）、ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５－ＤＩ］．
本発明の抗体分子又は抗原結合部分（ＡＨｏ定義を使用して定義される）は、
アミノ酸配列ＧＳＧＹＴＦＴＮＹＹ（配列番号１５）又はＧＳＧＹＳＦＴＮＹＹ（配列番号８６）を有するＨＣＤＲ１；
アミノ酸配列ＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号９１）又はＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号１００）を有するＨＣＤＲ２；及び
アミノ酸配列ＧＧＹＴＭＤ（配列番号１６）を有するＨＣＤＲ３、を含むことができ、任意選択的にさらに、
アミノ酸配列ＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹ（配列番号８９）又はＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ（配列番号９２）又はＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹ（配列番号１０８）を有するＬＣＤＲ１；
アミノ酸配列ＫＶＳＮＲＬＳ（配列番号５３）又はＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）を有するＬＣＤＲ２；及び
アミノ酸配列ＮＴＨＴＰＲ（配列番号９３）を有するＬＣＤＲ３、を含むことができる。
上記の抗体分子又は抗原結合部分は、代わりに、本明細書に開示される同等の統一ＣＤＲ定義を使用して定義することができる。
本発明の特定の実施態様において、抗体分子又は抗原結合部分は、上記で定義されるクローンＡ－Ｄ５、クローンＡ－Ｄ５．４、又はクローンＡ－Ｄ５．１６、又はクローンＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ、又はクローンＡ－Ｄ５－ＤＩ、又はこれらの各クローンのＣＤＲ配列の適切な組み合わせの６つのＣＤＲ配列を含むことができる。
例えば統一ＣＤＲ定義を使用して定義される抗体分子又は抗原結合部分において、ＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ－Ｆ－Ｔ－Ｎ－Ｙ－Ｙ－Ｉ－Ｆ（配列番号２７）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｍ－Ｇ－Ｉ－Ｉ－Ｎ－Ｐ－Ｖ－Ｄ－Ｇ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ－Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号１１１）を有し得る；ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｙ－Ｔ－Ｍ－Ｄ－Ｒ（配列番号５１）を有し得る；ＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｒ－Ｓ－Ｓ－Ｑ－Ｓ－Ｌ－Ｌ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ａ－Ｇ－Ｙ－Ｎ／Ｔ－Ｙ－Ｌ－Ｈ（配列番号１１２）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｋ－Ｖ－Ｓ－Ｎ－Ｒ－Ｌ／Ｆ－Ｓ（配列番号１１３）を有し得る；そして、ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｆ－Ｑ－Ｎ－Ｔ－Ｈ－Ｔ－Ｐ－Ｒ－Ｔ（配列番号５４）を有し得る。
あるいは、ＡＨｏ定義を使用して定義される抗体分子又は抗原結合部分において、ＨＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｇ－Ｓ－Ｇ－Ｙ－Ｔ／Ｓ－Ｆ－Ｔ－Ｎ－Ｙ－Ｙ（配列番号３０）を有し得る；ＨＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｉ－Ｎ－Ｐ－Ｖ－Ｄ－Ｇ－Ｄ－Ｔ－Ｎ／Ｒ－Ｙ－Ｎ／Ｓ－Ｐ－Ｓ－Ｆ－Ｑ－Ｇ（配列番号１１４）を有し得る；ＨＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｇ－Ｇ－Ｙ－Ｔ－Ｍ－Ｄ（配列番号１６）を有し得る；ＬＣＤＲ１はアミノ酸配列：Ｓ－Ｓ－Ｑ－Ｓ－Ｌ－Ｌ－Ｈ－Ｓ－Ｎ／Ａ－Ｇ－Ｙ－Ｎ／Ｔ－Ｙ（配列番号１１５）を有し得る；ＬＣＤＲ２はアミノ酸配列：Ｋ－Ｖ－Ｓ－Ｎ－Ｒ－Ｌ／Ｆ－Ｓ（配列番号１１３）を有し得る；そして、ＬＣＤＲ３はアミノ酸配列：Ｎ－Ｔ－Ｈ－Ｔ－Ｐ－Ｒ（配列番号９３）を有し得る。
本明細書で定義される抗体分子又は抗原結合部分は、例えばグリコシル化部位（Ｎ結合又はＯ結合）、脱アミノ化部位、リン酸化部位、又は異性化／断片化部位などの翻訳後修飾（ＰＴＭ）部位を除去する１つ以上の置換、欠失、及び／又は挿入を含み得る。
３５０種類以上のＰＴＭが知られている。ＰＴＭの主要な形式には、リン酸化、グリコシル化（Ｎ及びＯ結合）、ＳＵＭＯ化、パルミトイル化、アセチル化、硫酸化、ミリストイル化、プレニル化、及びメチル化（Ｋ及びＲ残基の）が含まれる。特定のＰＴＭに関与する推定アミノ酸部位を特定する統計的方法は、当技術分野で公知である（Zhou et al., 2016, Nature Protocols 1: 1318-1321 を参照）。例えば置換、削除、及び／又は挿入によるそのような部位の除去、及び、次に任意選択的に（ａ）結合活性及び／又は（ｂ）ＰＴＭの消失の試験（実験的及び／又は理論的）が企図される。
例えばＶｘＰ０３７マウスＬＣＤＲ１（本明細書で定義される、すなわちアミノ酸配列ＲＳＳＱＳＬＶＨＳＮＧＮＴＹＬＨ（配列番号９））は、残基１０（Ｎ）及び／又は１２（Ｎ）に推定脱アミノ化部位を有することが同定されている。例えば保存的置換（例えば、Ｓ、Ａ、Ｑ、又はＤなど）による本発明のＬＣＤＲ１の同等の位置におけるこれらの両方の部位のいずれかの除去が、想定される（例えばクローンＡ－Ｄ５．８のように、クローンＡ－Ｄ５、及び表３及び４の他のクローン、又は表５のクローンＡ－Ｄ５．１１～Ａ－Ｄ５．１８）。
同様に、ＶｘＰ０３７マウスＬＣＤＲ３（本明細書で定義される、すなわちアミノ酸配列ＳＱＮＴＨＶＰＲＴ（配列番号１１））は、残基３（Ｎ）に推定脱アミノ化部位を有することが同定されている。例えば保存的又は非保存的置換（例えばＡ、Ｓ、Ｈ、Ｄ、Ｔ、Ｋ、Ｇ、Ｅ、Ｑ、又はＲ）による本発明のＬＣＤＲ３の同等の位置におけるこの部位の除去が、想定される（例えば表３及び４のクローンＦ－Ｅ７及び他のクローンのように）。
同様に、ＶｘＰ０３７マウスＨＣＤＲ３（本明細書で定義される、すなわちアミノ酸配列ＧＧＹＴＭＤＹ（配列番号５））は、残基５（Ｍ）に推定酸化部位を有することが同定されている。例えば保存的又は非保存的置換（例えばＰ、Ａ、Ｔ、Ｓ、Ｌ、Ｆ、Ｗ、Ｖ、Ｉ、Ｙ、又はＲ）による本発明のＨＣＤＲ３の同等の位置におけるこの部位の除去が、想定される（例えば表３及び４のクローンＤ－Ｈ３及び他のクローン）。
抗体分子又はその抗原結合部分は、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得る。
抗体分子又はその抗原結合部分は、ＣＤＲが挿入されている１つ以上のヒト可変ドメインフレームワーク足場を含んでもよい。
抗体分子又はその抗原結合部分は、対応するＨＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＨＶ５－５１ヒト生殖細胞系足場を含んでもよい。
抗体分子又はその抗原結合部分は、対応するＬＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＫＶ２－２８ヒト生殖細胞系足場を含んでもよい。
抗体分子又はその抗原結合部分は、免疫学的に不活性な定常領域を含んでもよい。
抗体分子又はその抗原結合部分は、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）2断片、Ｆｖ断片、４量体抗体、４価抗体、多重特異性抗体（例えば２価抗体）、単一ドメイン抗体（例えば、サメ抗体［ＶNAR抗体］又はその断片、又はラクダ抗体［ＶHＨ抗体］又はその断片）、モノクローナル抗体、又は融合タンパク質であり得る。抗体分子及びその構築方法と使用は、例えば Holliger & Hudson (2005, Nature Biotechnol. 23(9): 1126-1136) に記載されている。
本発明の別の態様において、治療薬に結合された、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分を含む免疫結合体が提供される。
適切な治療薬の例には、細胞毒、放射性同位体、化学療法剤、免疫調節剤、抗血管新生剤、抗増殖剤、アポトーシス促進剤、細胞増殖抑制性及び細胞溶解性酵素（例えばＲＮＡｓｅ）が含まれる。さらなる治療薬には、免疫調節剤、抗血管新生剤、抗増殖剤、又はアポトーシス促進剤をコードする遺伝子などの治療用核酸が含まれる。これらの薬物記述は相互に排他的ではなく、従って治療薬は上記用語の１つ以上を使用して説明することができる。
免疫結合体での使用に適した治療薬の例には、タキサン、メイタンシン、ＣＣ－１０６５、及びデュオカルマイシン、カリケアマイシン及び他のエンジイン、及びオーリスタチンが含まれる。他の例には、葉酸拮抗剤、ビンカアルカロイド、及びアントラサイクリンが含まれる。植物毒素、他の生物活性タンパク質、酵素（すなわちＡＤＥＰＴ）、放射性同位元素、光増感剤も免疫結合体で使用できる。さらに、リポソームやポリマーなどの２次担体を細胞毒性剤として使用して、結合体を作成できる。適切な細胞毒素には、細胞の機能を阻害又は防止する薬剤、及び／又は細胞の破壊を引き起こす薬剤が含まれる。代表的な細胞毒素には、抗生物質、チューブリン重合の阻害剤、ＤＮＡに結合して破壊するアルキル化剤、及びタンパク質合成又は必須細胞タンパク質（タンパク質キナーゼ、ホスファターゼ、トポイソメラーゼ、酵素、及びサイクリン）の機能を破壊する薬剤が含まれる。
代表的な細胞毒には、特に限定されるものではないが、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、アクラルビシン、ゾルビシン、ミトキサントロン、エピルビシン、カルビシン、ノガラマイシン、メノガリル、ピタルビシン、バルルビシン、シタラビン、ゲムシタビン、トリフルリジン、アンシタビン、エノシタビン、アザシチジン、ドキシフルリジン、ペントスタチン、ブロクスウリジン、カペシタビン、クラドリビン、デシタビン、フロクスウリジン、フルダラビン、グウゲロチン、ピューロマイシン、テガフール、チアゾフリン、アドリアマイシン、シスプラチン、カルボプラチン、シクロホスファミド、ダカルバジン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、メクロレタミン、プレドニゾン、プロカルバジン、メトトレキサート、フルオロウラシル、エトポシド、タキソール、タキソール類似体、シスプラチンやカルボプラチンなどのプラチン、マイトマイシン、チオテパ、タキサン、ビンクリスチン、ダウノルビシン、エピルビシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、タモキシフェン、イダルビシン、ドラスタチン／オーリスタチン、ヘミアステリン、エスペラマイシン、及びメイタンシノイドが含まれる。
適切な免疫調節剤には、腫瘍に対するホルモン作用をブロックする抗ホルモン剤、サイトカイン産生を抑制し、自己抗原発現をダウンレギュレートし、又はＭＨＣ抗原のマスクする免疫抑制剤が含まれる。
本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分をコードする核酸分子も提供される。
本明細書で定義される本発明の核酸分子を含むベクターがさらに提供される。
本明細書で定義される本発明の核酸分子又はベクターを含む宿主細胞も提供される。
さらなる態様において、抗体及び／又はその抗原結合部分の発現及び／又は産生をもたらす条件下で本発明の宿主細胞を培養し、宿主細胞又は培養物から抗体及び／又はその抗原結合部分を単離することを含む、抗ＣＤ４７抗体及び／又はその抗原結合部分を産生する方法が提供される。
本発明の別の態様において、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクターを含む医薬組成物が提供される。
本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体の免疫応答を増強する方法がさらに提供される。
さらなる態様において、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体の癌を治療又は予防する方法が提供される。
癌は、例えば膵臓癌、黒色腫、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳又は中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌又は子宮内膜癌、口腔癌又は咽頭癌、肝臓癌、腎臓癌、精巣癌、胆道癌、小腸又は虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、及び血液組織の癌からなる群から選択され得る。
本発明はまた、癌の治療に使用するための、本明細書で定義される本発明の抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物も提供する。
別の態様において、本発明は、使用のための抗体分子、又はその抗原結合部分、又は免疫結合体、又は核酸分子、又はベクターを、又は第２の治療薬、例えば抗癌剤との組み合わせでの、個別の、連続的な、又は同時使用のための、本明細書で定義される本発明の治療方法を提供する。
さらなる態様において、癌の治療のための薬剤の製造における、本明細書で定義される本発明の抗体分子もしくはその抗原結合部分、又は本明細書で定義される本発明の免疫結合体、又は本明細書で定義される本発明の核酸分子、又は本明細書で定義される本発明のベクター、又は本明細書で定義される本発明の医薬組成物の使用が提供される。
本発明はまた、本明細書で定義される抗体分子もしくはその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体の虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療又は予防するための方法を提供する。
全ての態様において、虚血－再灌流障害は、臓器移植、急性腎障害、心肺バイパス手術、肺高血圧症、鎌状赤血球症、心筋梗塞、脳卒中、外科的切除及び再建手術、付属器又は他の身体部分の再付着、皮膚移植、又は外傷で発生する可能性がある。
自己免疫疾患又は炎症性疾患は、関節炎、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス、グレーブス病、橋本甲状腺炎、及び強直性脊椎炎からなる群から選択され得る。
また、虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の治療に使用するための、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物も提供される。
さらに、虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の治療用薬剤の製造における、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の使用が提供される。
本発明はまた、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体の心血管疾患又は線維性疾患を治療又は予防する方法を提供する。
また、心血管疾患又は線維性疾患の治療に使用するための、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物も提供される。
さらに、心血管疾患又は線維性疾患の治療のための薬剤の製造における、本明細書で定義される抗体分子又はその抗原結合部分、又は本明細書で定義される免疫結合体、又は本明細書で定義される核酸分子、又は本明細書で定義されるベクター、又は本明細書で定義される医薬組成物の使用が提供される。
本発明の任意の態様における心血管疾患は、例えば冠状動脈性心疾患又はアテローム性動脈硬化症であり得る。
本発明の任意の態様における線維性疾患は、心筋梗塞、狭心症、変形性関節炎、肺線維症、喘息、嚢胞性線維症、及び気管支炎からなる群から選択され得る。
本発明の医薬組成物は、医薬的に許容し得る賦形剤を含み得る。医薬的に許容し得る賦形剤は、２次反応を引き起こさず、例えば抗ＣＤ４７抗体分子の投与の促進を、その寿命の延長を、及び／又は体内での有効性を、又は溶液中の溶解度の上昇を可能にする、医薬組成物に入る化合物又は化合物の組み合わせであり得る。これらの医薬的に許容し得るビヒクルは公知であり、抗ＣＤ４７抗体分子の投与様式の関数として当業者により適合されるであろう。
いくつかの態様において、抗ＣＤ４７抗体分子は、投与前の復元のために凍結乾燥形態で提供されてもよい。例えば凍結乾燥された抗体分子は、滅菌水で復元され、個体への投与の前に生理食塩水と混合されてもよい。
抗ＣＤ４７抗体分子は通常、医薬組成物の形で投与され、抗体分子意外に少なくとも１つの成分を含んでもよい。すなわち医薬組成物は、抗ＣＤ４７抗体分子に加えて、医薬的に許容し得る賦形剤、担体、緩衝物質、安定剤、又は当業者に公知の他の材料を含んでよい。そのような材料は非毒性で、抗ＣＤ４７抗体分子の有効性を妨げてはならない。担体又は他の物質の正確な性質は、投与経路に依存し、これは、以下に議論されるように、ボーラス、注入、注射、又は他の適切な経路によるものでもよい。
非経口投与、例えば注射による例えば皮下又は静脈内投与では、抗ＣＤ４７抗体分子を含む医薬組成物は、発熱物質を含まず、適切なｐＨ、等張性、及び安定性を有する非経口的に許容される水溶液の形態であり得る。当業者は、例えば塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、乳酸加リンゲル注射液などの等張性ビヒクルを使用して、適切な溶液を調製することは十分に可能である。必要に応じて、防腐剤、安定剤、緩衝剤、酸化防止剤、及び／又はその他の添加剤を使用することができ、例えば緩衝剤、例えばリン酸塩、クエン酸塩、その他の有機酸；酸化防止剤、例えばアスコルビン酸やメチオニン；防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、又はベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えばメチル又はプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３’－ペンタノール；及びｍ－クレゾール）；低分子量ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン；グルコース、マンノース又はデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；糖類、例えばマンニトール、トレハロース、ソルビトール；塩形成性対イオン、例えばナトリウム；金属錯体（例えばＺｎ－タンパク質錯体）；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えばTWEEN（登録商標）、PLURONICS（登録商標）、又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などが含まれる。
抗ＣＤ４７抗体分子を含む医薬組成物は、単独で、又は他の治療と組み合わせて、治療される状態に応じて同時に又は連続して投与することができる。
本明細書に記載の抗ＣＤ４７抗体分子は、予防的又は予防的治療（例えば、個体における症状の発症のリスクを低減するための、その発症を遅らせるための、又は発症後の重症度を低下させるための、個体における症状の発症前の治療）を含む、ヒト又は動物の体の治療方法で使用し得る、治療方法は、それを必要とする個体に抗ＣＤ４７抗体分子を投与することを含んでもよい。
投与は通常「治療有効量」であり、これは患者に利益を示すのに十分である。このような利益は、少なくとも１つの症状の少なくとも改善であり得る。投与される実際の量、及び投与の速度と時間経過は、治療被験体の性質と重症度、治療中の特定の哺乳類、個々の患者の臨床状態、障害の原因、組成物の送達部位、投与方法、投与のスケジュール、及び医療従事者に公知の他の要因に依存する。治療の処方、例えば投与量などの決定は、一般開業医及び他の医師の責任の範囲内であり、症状の重症度及び／又は治療中の疾患の進行に依存する場合がある。抗体分子の適切な用量は、当技術分野で公知である（Ledermann J.A. et al., 1991, Int. J. Cancer 47: 659-664; Bagshawe K.D. et al., 1991, Antibody, Immunoconjugates and Radiopharmaceuticals 4: 915-922）。具体的な投与量は、本明細書に示されている場合もあり、又は、投与される薬剤の種類に応じてPhysician's Desk Reference (2003) を適切に使用することができる。抗体分子の治療的有効量又は適切な用量は、動物モデルにおけるそのインビトロ活性とインビボ活性を比較することにより決定され得る。マウス及び他の試験動物の有効用量をヒトに外挿する方法が知られている。正確な用量は多くの要因に依存し、例えば抗体が予防用か治療用か、治療する部位の大きさと位置、抗体の正確な性質（全抗体、断片など）、及び抗体に付着した検出可能な標識物又はその他の分子の性質に依存する。
典型的な抗体用量は、全身投与の場合は１００μｇ～１ｇの範囲で、局所投与の場合は１μｇ～１ｍｇの範囲である。最初のより高い負荷用量に続いて、低用量を１回以上投与してもよい。典型的には、抗体は全抗体であり、例えばＩｇＧ１又はＩｇＧ４アイソタイプである。これは成人患者の単回治療の用量であり、小児と幼児では比例して調整され、分子量に比例して他の抗体形態でも調整し得る。治療は、医師の裁量で、毎日、週２回、毎週、又は毎月の間隔で繰り返すことができる。個体の治療スケジュールは、抗体組成物の薬物動態学的及び薬力学的特性、投与経路、及び治療される状態の性質に依存する。
治療は定期的であってもよく、投与間の期間は約２週間以上、例えば約３週間以上、約４週間以上、約１か月以上に１回、約５週間以上、又は約６週間以上でもよい。例えば治療は２～４週間ごと、又は４～８週間ごとでもよい。治療は、手術の前及び／又は後に行うことができ、及び／又は外科的治療又は侵襲的操作の解剖学的部位に直接投与又は適用することができる。適切な製剤及び投与経路は上記に記載されている。
いくつかの実施態様において、本明細書に記載される抗ＣＤ４７抗体分子は、皮下注射として投与され得る。皮下注射は、例えば長期の予防／治療のために自動注射器を使用して投与することができる。
いくつかの好適な実施態様において、抗ＣＤ４７抗体分子の治療効果は、用量に応じて、半減期の数回分にわたって持続し得る。例えば抗ＣＤ４７抗体分子の単回投与の治療効果は、個体において１ヵ月以上、２ヵ月以上、３ヵ月以上、４ヵ月以上、５ヵ月以上、あるいは６数ヶ月以上持続し得る。
本発明はまた、ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する方法を提供し、この方法は以下の工程を含む：
（１）非ヒト起源の抗ＣＤ４７ ＣＤＲをヒトｖドメインフレームワークに移植して、ヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分を産生する工程；
（２）ＣＤＲ内に１つ以上の変異を含むヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分のクローンのファージライブラリを生成する工程；
（３）ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７への結合について、ファージライブラリをスクリーニングする工程；
（４）ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に対する結合特異性を有するクローンを、スクリーニング工程（３）から選択する工程；及び
（５）工程（４）から選択されたクローンから、ヒトＣＤ４７、及び任意選択的にカニクイザルＣＤ４７、及び／又はマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する工程。
この方法は、工程（４）で選択されたクローンに基づいて、例えば工程（４）で選択されたクローンのＣＤＲの特定の位置におけるさらなる探索的変異誘発に基づいて、追加のクローンを産生して、ヒト化を増強し、ヒトＴ細胞エピトープ含有量を最小化し、及び／又は工程（５）で産生された抗体分子又はその抗原結合部分の製造特性を改善する、工程をさらに含むことができる。
この方法は、工程（４）で選択されたクローン又は工程（５）で作成された抗体分子の１つ以上のｖドメインの免疫原性を評価し、例えばＣＤＲ及びフレームワーク領域中に任意選択的に１つ以上のさらなる突然変異を生成して、免疫原性を低下させるさらなる工程を含むことができる。免疫原性は、例えば本明細書に記載されるインシリコ技術を使用して、Ｔ細胞エピトープの位置を特定することにより評価することができる。
上記の方法に適用できる改良点は、以下の実施例１に記載されている。
本明細書で使用される「ＣＤ４７」という用語は、ＣＤ４７の生物活性の少なくとも一部を保持するインテグリン関連タンパク質（ＩＡＰ）及びその変種を指す。本明細書で使用される場合、ＣＤ４７は、ヒト、ラット、マウス、及びニワトリを含むすべての哺乳類種の未変性配列ＣＤ４７を含む。「ＣＤ４７」という用語は、ヒトＣＤ４７の変種、アイソフォーム、及び種のホモログを含むために使用される。本発明の抗体は、ヒト以外の種由来のＣＤ４７、特にカニクイザル（Macaca fascicularis）由来のＣＤ４７と交差反応する可能性がある。特定の実施態様において、この抗体はヒトＣＤ４７に完全に特異的であり得、非ヒト交差反応性を示さない場合がある。
本明細書で使用する場合、本発明の抗体の文脈で使用される「アンタゴニスト」又は「抗ＣＤ４７アンタゴニスト抗体」（互換的に「抗ＣＤ４７抗体」と呼ばれる）は、ＣＤ４７に結合することができ、ＣＤ４７シグナル伝達によって媒介されるＣＤ４７の生物活性及び／又は下流経路を阻害することができる抗体を指す。抗ＣＤ４７アンタゴニスト抗体は、受容体結合及び／又はＣＤ４７への細胞応答の誘発などのＣＤ４７シグナル伝達により媒介される下流経路を含むＣＤ４７の生物活性をブロック、拮抗、抑制、又は低減（顕著に低減を含む）できる抗体を包含する。本発明の目的において、用語「抗ＣＤ４７アンタゴニスト抗体」は、ＣＤ４７自体、及びＣＤ４７の生物活性（特に限定されるものではないが、骨髄系の細胞による食作用の活性化を増強する能力）、又は活性若しくは生物活性の結果が、有意な程度に実質的に無効化、低下、又は中和される、全ての用語、標題、及び機能的状態と特性を包含する。
ＣＤ４７は、他の受容体に結合するよりも、より高い親和性、結合力、より容易に、及び／又はより長い期間、ＣＤ４７に結合する場合、ＣＤ４７と「特異的に相互作用」、「優先的に結合」、「結合」又は「相互作用」する。
「抗体分子」は、免疫グロブリン分子の可変領域に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を介して、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に特異的に結合できる免疫グロブリン分子である。本明細書で使用される「抗体分子」という用語は、未変性のポリクローナル又はモノクローナル抗体だけでなく、その任意の抗原結合断片（例えば「抗原結合部分」）又はその単鎖、抗体を含む融合タンパク質、及び、特に限定されるものではないが、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体（例えばサメ抗体［ＶNAR抗体］又はその断片、及びラクダ科抗体［ＶHＨ抗体］又はその断片）、マキシボディ、ミニボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、及びビス－ｓｃＦｖを含む抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子の他の改変された構成を含む。
「抗体分子」は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、又はＩｇＭ（又はそのサブクラス）などの任意のクラスの抗体を含み、抗体は特定のクラスのものである必要はない。重鎖の定常領域の抗体アミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンを異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭの５つの主要なクラスがあり、これらのいくつかはさらにサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ１に分類される場合がある。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常領域は、それぞれアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、ミューと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造と３次元配置はよく知られている。
本明細書で使用される抗体分子の「抗原結合部分」という用語は、ＣＤ４７に特異的に結合する能力を保持する未変性の抗体の１つ以上の断片を指す。抗体分子の抗原結合機能は、未変性の抗体の断片によって実行され得る。抗体分子の「抗原結合部分」という用語に含まれる結合断片の例には、Ｆａｂ-；Ｆａｂ’-；Ｆ（ａｂ’）2；ＶＨ及びＣＨ１ドメインから成るＦｄ断片；抗体の単一アームのＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片；単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）断片、及び単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が含まれる。
用語「Ｆｃ領域」は、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。「Ｆｃ領域」は、天然配列のＦｃ領域又は変異体Ｆｃ領域でもよい。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変化する可能性があるが、通常ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は、Ｃｙｓ２２６位のアミノ酸残基又はＰｒｏ２３０位から、そのカルボキシル末端までのストレッチとして定義される。Ｆｃ領域の残基の番号は、Kabat のＥＵ指数の番号である。免疫グロブリンのＦｃ領域は、一般に２つの定常ドメイン、ＣＨ２とＣＨ３を含む。当技術分野で知られているように、Ｆｃ領域は２量体又は単量体の形で存在し得る。
抗体の「可変領域」とは、単独の又は組み合わせた、抗体軽鎖の可変領域又は抗体重鎖の可変領域を指す。当技術分野で知られているように、重鎖及び軽鎖の可変領域はそれぞれ、超可変領域としても知られている３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）によって接続された４つのフレームワーク領域（ＦＲ）から成り、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。例えば抗体をヒト化又は最適化する際にＣＤＲに隣接するＦＲを選択する場合、同じ標準クラスのＣＤＲ配列を含む抗体からのＦＲが好ましい。
本出願で使用されるＣＤＲの定義は、免疫グロブリンのレパートリー分析と単離された場合の及び抗原とのそれらの共結晶の抗体の構造解析の組み合わせに基づく、フィールドで作り出された多くの異なるしばしば矛盾するスキームで使用されるドメインを組み合わせたものである（Swindells et al., 2016, abYsis: Integrated Antibody Sequence and Structure-Management, Analysis, and Prediction. J Mol Biol. [PMID: 27561707; Epub 22 August 2016]による総説を参照）。ここで使用されるＣＤＲの定義（「統一された」定義）は、そのような以前のすべての洞察の教訓を取り込み、標的結合相補性を媒介する可能性のある完全な残基状況を見つけるために必要なすべての適切なループ位置を含む。
表１は、同じＣＤＲを定義するための公知の代替システムと比較した、本明細書で定義される（「統一」スキーム）ＶｘＰ０３７マウス抗ＣＤ４７抗体ＣＤＲのアミノ酸配列を示す。
本明細書で使用される「保存的置換」という用語は、あるアミノ酸を、機能的活性を著しく有害に変化させない別のアミノ酸により置換することを指す。「保存的置換」の好適な例は、１つのアミノ酸を、以下のＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスで値≧０を有する別のアミノ酸で置き換えることである（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89: 10915-10919を参照）。
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3
C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1
Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3
H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3
I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1
F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3
Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4.
「モノクローナル抗体」（Ｍａｂ）という用語は、例えば真核生物、原核生物、又はファージクローンを含む単一のコピー又はクローンに由来する抗体又はその抗原結合部分を指し、それを産生する方法ではない。好ましくは、本発明のモノクローナル抗体は、均一な又は実質的に均一な集団で存在する。
「ヒト化」抗体分子とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含む、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、又はその断片（例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、又は抗体の他の抗原結合部分配列）である、非ヒト（例えばマウス）抗体分子又はその抗原結合部分の形態を指す。ヒト化抗体は、受容体のＣＤＲの残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、又はウサギなどの非ヒト種のＣＤＲの残基（ドナー抗体）で置き換えられたヒト免疫グロブリン（受容者抗体）であってもよい。
「ヒト抗体又は完全ヒト抗体」とは、ヒト抗体遺伝子を保有するトランスジェニックマウス又はヒト細胞に由来する抗体分子又はその抗原結合部分を指す。
「キメラ抗体」という用語は、可変領域配列が１つの種に由来し、定常領域配列が別の種に由来する抗体分子又はその抗原結合部分を指し、例えば、可変領域配列がマウス抗体に由来し、定常領域配列がヒト抗体に由来する抗体分子である。
「抗体－薬物結合体」及び「免疫結合体」とは、ＣＤ４７に結合し、細胞傷害剤、細胞増殖抑制剤、及び／又は治療薬に結合された抗体誘導体を含む、抗体分子又はその抗原結合部分を指す。
本発明の抗体分子又はその抗原結合部分は、当技術分野で公知の技術、例えば組換え技術、ファージディスプレイ技術、合成技術、又はそのような技術又は当技術分野で容易に知られる他の技術の組み合わせを使用して産生することができる。
「エピトープ」という用語は、抗体分子の抗原結合領域の１つ以上において、抗体分子又はその抗原結合部分によって認識され、結合されることができる分子の部分を指す。エピトープは、１次、２次、又は３次タンパク質構造の定義される領域からなり、抗体の抗原結合領域又はその抗原結合部分によって認識される標的の２次構造単位又は構造ドメインの組み合わせを含む。同様にエピトープは、アミノ酸や糖側鎖などの分子の定義される化学的に活性な表面グループから成り、特定の３次元構造特性と特定の電荷特性を有することができる。本明細書で使用される「抗原性エピトープ」という用語は、当技術分野で公知の任意の方法、例えば従来のイムノアッセイ、抗体競合結合アッセイ、又はＸ線結晶構造解析、又は関連する構造決定法（ＮＭＲなど）によって決定される、抗体分子が特異的に結合できるポリペプチドの一部として定義される。
「結合親和性」又は「ＫＤ」という用語は、特定の抗原－抗体相互作用の解離速度を指す。ＫＤは、解離速度（「オフレート（ｋoff）」とも呼ばれる）と会合速度又は「オンレート（ｋon）」の比率である。すなわちＫＤはｋoff／ｋonに等しく、モル濃度（Ｍ）で表される。ＫＤが小さいほど、結合の親和性が強くなる。従って、１μＭのＫDは１ｎＭのＫDと比較して弱い結合親和性を示す。抗体のＫＤ値は、当技術分野で十分に確立された方法を使用して決定することができる。抗体のＫＤ値を決定する１つの方法は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、通常Biacore（登録商標）システムなどのバイオセンサーシステムを使用することである。
「効力」という用語は、生物活性の測定値であり、ＩＣ50、又は本明細書に記載のＣＤ４７活性アッセイで測定される活性の５０％を阻害する、抗原ＣＤ４７に対する抗体又は抗体薬物結合体の有効濃度として指定することができる。
本明細書で使用される「有効量」又は「治療有効量」という語句は、所望の治療結果を達成するために（投与量及び期間及び投与手段で）必要な量を指す。有効量は、被験体に治療的利益を与えるのに必要な活性薬剤の少なくとも最小量であるが、毒性量未満である。
本発明の抗体分子の生物活性に関して本明細書で使用される「阻害する」又は「中和する」という用語は、例えば、特に限定されるものではないが、ＣＤ４７への抗体分子の生物活性又は結合相互作用を含む阻害される進行又は重症度を、抗体が実質的に拮抗、禁止、予防、抑制、減速、破壊、排除、停止、低減、又は逆転する能力を意味する。
「宿主細胞」には、ポリヌクレオチド挿入物の組み込みのためのベクターのレシピエントであり得るか又はレシピエントであった個々の細胞又は細胞培養物が含まれる。宿主細胞は単一の宿主細胞の子孫を含み、子孫は、自然の、偶発的な、又は意図的な突然変異により、元の親細胞と必ずしも完全に同一ではない場合（形態又はゲノムＤＮＡ相補体において）がある。宿主細胞には、本発明のポリヌクレオチドでインビボでトランスフェクトされた細胞が含まれる。
本明細書で使用される「ベクター」とは、宿主細胞内で１つ以上の目的の遺伝子又は配列を送達し、好ましくは発現することができる構築物を意味する。ベクターの例には、特に限定されるものではないが、ウイルスベクター、裸のＤＮＡ又はＲＮＡ発現ベクター、プラスミド、コスミド、又はファージベクター、カチオン性凝縮剤に関連するＤＮＡ又はＲＮＡ発現ベクター、リポソームに封入されたＤＮＡ又はＲＮＡ発現ベクター、及びプロデューサー細胞などの特定の真核細胞が含まれる。
本明細書で使用される「治療する」という用語は、特に明記しない場合は、そのような用語が適用される障害又は状態、又はそのような障害又は状態の１つ以上の症状の、逆転、緩和、進行の阻害、進行の遅延、発症の遅延、又は予防を意味する。本明細書で使用される「治療」という用語は、特に明記しない場合は、上記で定義した治療行為を指す。「治療する」という用語はまた、被験体のアジュバント治療及びネオアジュバント治療も含む。疑念を避けるために、本明細書における「治療」への言及には、治癒的、緩和的、及び予防的治療が含まれる。
本明細書で実施態様が「含む」という文言で説明されている場合は常に、「からなる」及び／又は「から本質的になる」という用語で説明される類似の実施態様も提供されている。
本発明の態様又は実施態様がマーカッシュグループ又は代替のその他のグループに関して説明される場合、本発明は、全体としてリストされたグループ全体だけでなく、グループの各メンバー及びメイングループのすべての可能なサブグループを包含するが、グループメンバーの１つ以上が存在しないメイングループも包含する。本発明はまた、特許請求される発明のグループメンバーのいずれか１つ以上の明示的な除外を想定している。
特に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。本明細書及び特許請求の範囲を通して、「含む（comprise）」という単語、又は「含む（comprises）」又は「含む（comprising）」などの変形は、述べられた整数又は整数のグループの包含を意味するが、他の整数又は整数のグループを除外することを意味しないと理解される。文脈で特に必要とされない限り、単数形の用語には複数形が含まれ、複数形の用語には単数形が含まれるものとする。「例えば（e.g.）」又は「例えば（for example）」という用語に続く例は、網羅的又は限定的であることを意図していない。
本発明の実施は、特に明記しない場合は、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の従来技術（これらは当業者の範囲内である）を使用する。
次に、本発明の具体的な非限定的実施態様を、添付の図面を参照して説明する。
実施例１
最適化された抗ＣＤ４７治療抗体の生成と特性決定
緒言
この例では、我々は拮抗的で最適化された抗ＣＤ４７抗体のパネルの生成に成功した。これらの抗ＣＤ４７抗体はよく発現され、生物物理学的に安定で、溶解性が高く、好適なヒト生殖細胞系と最大の同一性を有する。
材料と方法
ＩｇＧクローニング、一過性発現、精製
抗体ｖドメインをコードするＤＮＡ配列を、制限－連結クローニングを介して、別のプラスミドベクターの別個のＩｇＧ重鎖及び軽鎖発現カセットにクローニングした。抗体は、ヒトＩｇＧの２つの形態で発現された：ＩｇＧ４ヒンジを安定化するＳ２２８Ｐ変異を有するＩｇＧ４、及びＦｃγ 受容体駆動エフェクター機能を最小化する下位ヒンジ変異Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ａを有するＩｇＧ１ヌル－ＩｇＧ１。製造業者のプロトコールに従って、エンドトキシンを含まないＩｇＧ発現プラスミド調製物による一過性トランスフェクション後に、ＩｇＧをＨＥＫ－２９３ｅｘｐｉ細胞で発現させた。ＩｇＧを１工程プロトコールを使用して精製した：ＰＢＳ（ｐＨ７．４）で事前に平衡化した１ｍｌのＰｒｏＡセファロースカラムに調整培地を加えた（未希釈）。カラムを５カラム容量のＰＢＳ（ｐＨ７．４）で洗浄した後、タンパク質を１００ｍＭグリシン（ｐＨ２．７）で溶出し、３０ｋＤａカットオフの透析膜を使用してＰＢＳ（ｐＨ７．４）で透析した。
ＩｇＧ力価測定結合ＥＬＩＳＡ
Greiner Bio-One High bind ＥＬＩＳＡプレートをコーティングするために、標的タンパク質を炭酸緩衝液で１μｇ／ｍｌに希釈し、ウェルあたり１００μｌを４℃で一晩加えた。コーティングされたプレートをＰＢＳ（ｐＨ７．４）で３回洗浄し、ＰＢＳ（３８０μｌ／ウェル）中の１％ＢＳＡで室温で１時間ブロックした後、ＰＢＳ－ツイーン２０（ＰＢＳＴ）で３回洗浄した。次にＣＤ４７抗体（１００μｌ／ウェル；ＰＢＳＴで希釈）を加え、室温で１時間インキュベートした。次に、プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、室温で１時間、ヤギ抗ヒトカッパ鎖－ＨＲＰを加えた（１００μｌ／ウェル）。次に、プレートをＰＢＳＴで３回、ＰＢＳで２回洗浄してから、ウェルあたり１００μｌのＴＭＢを加えた。１００μｌの２Ｍ Ｈ2ＳＯ4／ウェルを加えることにより反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍでＯＤを読んだ。
抗ＣＤ４７抗体をＥＬＩＳＡにより多反応性について試験した。精製した組換え標的及び非標的抗原を、炭酸緩衝液中１００ｎｇ／ウェルで９６ウェルの Nunc maxisorp プレートで４℃で一晩コーティングした。次にプレートをＰＢＳで３回洗浄し、ＰＢＳ中の１％ＢＳＡでブロックした後、ＰＢＳ－ツイーン２０で３回洗浄した。次に、１次抗体の希釈系列を適用し、プレートをＰＢＳ－ツイーン２０で３回洗浄した後、ヤギ抗ヒトカッパ鎖－ＨＲＰ（１：４，０００）２次抗体を適用した。次に、ウェルをＰＢＳ－ツイーン２０で３回、ＰＢＳで２回洗浄し、ウェルあたり１００μｌのＴＭＢペルオキシダーゼ基質を加え、１００μｌの２Ｍ Ｈ2ＳＯ4を加えることにより反応を停止させ、吸光度を４５０ｎｍで読んだ。負に帯電した生体分子表面でのＥＬＩＳＡによるＩｇＧ結合分析を、以前に記載されたように実施した（Mouquet et al., 2010, Nature 467: 591-595 を参照）。
ＣＤ４７ライブラリの生成と選択
ＣＤ４７ ｓｃＦｖレパートリーを、大量オリゴ合成とＰＣＲによって組み立てた。次に、増幅されたｓｃＦｖレパートリーを制限－連結によりファージミドベクターにクローニングし、大腸菌ＴＧ－１細胞に形質転換し、ファージレパートリーを本質的に以前に詳細に説明したようにレスキューした（Finlay et al., 2011, Methods Mol Biol 681: 383-401）。
ストレプトアビジン磁気マイクロビーズをＣＤ４７－Ｆｃタンパク質（ヒト又はカニクイザル）でコーティングし、ＰＢＳでビーズを３回洗浄し、５％スキムミルクタンパク質を含むＰＢＳ（ｐＨ７．４）（ＭＰＢＳ）に再懸濁することにより、ファージ選択を行った。これらのビーズを、選択のラウンド１では２００ｎＭの標的タンパク質でコーティングし、その後のラウンドでは１００、５０、及び１０ｎＭでコーティングした。
ＣＤ４７－ＳＩＲＰα結合競合アッセイ
競合ＥＬＩＳＡアッセイを、ＣＤ４７とＳＩＲＰαの結合相互作用をブロックする最適化されたリードの能力を調べるために確立した。Greiner Bio-One High bind ＥＬＩＳＡプレートをコーティングするために、炭酸コーティング緩衝液中の１０μｇ／ｍｌヒトＳＩＲＰα－Ｆｃを、ウェルあたり１００μｌで４℃で一晩加えた。コーティングされたプレートをＰＢＳ（ｐＨ７．４）で３回洗浄し、ＰＢＳ中の１％ＢＳＡ（３８０μｌ／ウェル）で室温で１時間ブロックした後、ＰＢＳ－ツイーン２０（ＰＢＳＴ）で３回洗浄した。次に、競合ＩｇＧの添加有り又は無しで、ビオチン化ヒト、マウス、又はカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃを、ＰＢＳ中０．２μｇ／ｍｌで１００μｌ／ウェルで室温で６０分間添加した。次に、プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、ストレプトアビジン－ＨＲＰを室温で１時間添加した（１００μｌ／ウェル）。次に、プレートをＰＢＳＴで３回、ＰＢＳで２回洗浄してから、ウェルあたり１００μｌのＴＭＢを加えた。１００μｌの２Ｍ Ｈ2ＳＯ4／ウェルを加えることにより反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍでＯＤを読んだ。
抗体ｖドメインＴ細胞エピトープ含量：インシリコ分析
治療用抗体及びタンパク質のＴ細胞エピトープの位置の特定に基づくインシリコ技術（Abzena, Ltd.）を使用して、抗体ｖドメインの潜在的な免疫原性を評価した。iTope（登録商標）を使用して、ヒトＭＨＣクラスＩＩに無差別に高親和性結合するペプチドについて、主要リードのＶＬ及びＶＨ配列を分析した。無差別な高親和性ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、薬物タンパク質の臨床的免疫原性の高リスク指標であるＴ細胞エピトープの存在と相関すると考えられている。iTope（登録商標）ソフトウェアは、ペプチドのアミノ酸側鎖と３４個のヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子のオープンエンド結合溝内の特定の結合ポケット（特定のポケット位置；ｐ１、ｐ４、ｐ６、ｐ７、及びｐ９）との好適な相互作用を予測する。これらの対立遺伝子は、特定の民族集団で最も一般的に見られるものに起因する加重なしで、世界中で見られる最も一般的なＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子を表す。２０個の対立遺伝子には「オープン」ｐ１構成が含まれ、１４個の対立遺伝子には位置８３のグリシンがバリンに置き換えられた「クローズド」構成が含まれている。重要な結合残基の位置は、試験タンパク質配列にまたがる８つのアミノ酸が重複する９量体ペプチドのインシリコ生成によって達成される。このプロセスは、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するペプチド又は結合しないペプチドを高精度で識別する。
さらに、他のタンパク質配列のインビトロのヒトＴ細胞エピトープマッピング分析で以前に特定されたＴ細胞エピトープとの一致について、TECD（登録商標）（T Cell Epitope Database（登録商標））検索を使用して配列を分析した。TECD（登録商標）は、無関係のタンパク質及び抗体配列に由来するペプチドの大規模な（＞１０，０００ペプチド）データベースに対して任意の試験配列を検索するために使用される。
癌細胞の食作用分析
密度勾配遠心分離により、全血からヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を分離した。続いて、ＣＤ１４マイクロビーズを用いた磁気細胞分離によりＣＤ１４＋ＰＢＭＣを分離した。並行して、緑色のＣＦＳＥ（カルボキシフルオレセイン二酢酸、スクシンイミジルエステル）細胞トレーサー色素を使用して、ＨＬ－６０細胞を標識した。合計１．２５×１０6 個の標識ＨＬ－６０細胞を、５％ＣＯ2を含む加湿雰囲気中で３７℃で１時間、２４ウェルプレート中で抗ＣＤ４７抗体の存在下でプレインキュベートした。インキュベーション後、５×１０5個のＣＤ１４陽性細胞を各ウェルに添加し、同じ培養条件下でさらに１時間インキュベートした。細胞を激しくピペッティングして回収し、氷冷４％パラホルムアルデヒドを使用して１０分間固定し、Ｆｃ受容体結合阻害剤モノクローナル抗体で１０分間ブロックした。ブロッキング工程に続いて、細胞をAlexa Fluor 647（ＡＦ６４７）結合抗ヒトＣＤ１４抗体とともに室温で３０分間インキュベートし、４％パラホルムアルデヒドでさらに５分間固定した。
細胞を、ＣＦＳＥ及びＡＦ６４７蛍光強度データとともに、側方散乱及び前方散乱特性を記録するBD Fortessa フローサイトメーターで分析した。少なくとも１×１０4 個のＡＦ６４７陽性イベントが記録されるまで、データをキャプチャした。データを取得後に、FlowJo ソフトウェア（バージョン１０．４．２）を使用して分析した。簡単に述べると、細胞破片を散乱特性によりゲートアウトした（ＳＳＣ面積対ＦＳＣ面積）。単一細胞も、ＳＳＣ面積対ＳＳＣ高さによって、次にＦＳＣ面積対ＦＳＣ高さによってゲート制御された。残りの単一細胞集団から、ＣＦＳＥ及びＣＤ１４二重陽性細胞を、ビヒクル処理試験においてＣＤ１４陽性細胞の集団に基づいて配置された象限ゲートを使用してゲート制御した。GraphPad Prism ソフトウェア（バージョン７．０ａ）を使用して、ＣＤ１４陽性集団からＣＦＳＥ陽性細胞の割合を計算してプロットした。
結果と考察
好適なヒト生殖細胞系ｖ遺伝子へのＣＤＲ移植
ＣＤＲ移植を使用して、拮抗性マウス抗ＣＤ４７ ＩｇＧ ＶＰ０３７（ｍＶＨ／ｍＶＬ；国際公開第２０１４／０９３６７８号及び表２を参照）のＣＤＲを、まずヒト生殖細胞系の免疫グロブリンｖドメインフレームワーク配列足場に導入した。最適な薬物様特性を備えた最終リード治療用ＩｇＧ化合物に我々の工学的努力を集中させるために、我々は、良好な溶解性を持つことが知られており、発現されたヒト抗体のレパートリーに高頻度で使用されている「好適な」生殖細胞系足場ＩＧＨＶ５－５１及びＩＧＫＶ２－２８に、親抗体のＣＤＲを移植することを選択した。
これらの足場と移植されたＣＤＲ定義を表２に概説する。マウス抗ＣＤ４７抗体の重鎖及び軽鎖配列も表２に示される。このＣＤＲ移植のプロセスはよく知られているが、特定のヒトｖドメイン配列のセットが非ヒトＣＤＲ移植に適したアクセプターフレームワークとして機能するかどうかを予測するにはまだ問題がある。不適切なフレームワークを使用すると、標的結合機能の喪失、タンパク質の安定性の問題、又は最終的なＩｇＧの発現障害に至る可能性がある。従って、ＩＧＨＶ５－５１／ＩＧＫＶ２－２８移植片は、ＣＤＲ変異誘発及び改善されたクローンの選択の鋳型として進められた。
ライブラリの生成とスクリーニング
ＣＤＲ移植ＩＧＨＶ５－５１／ＩＧＫＶ２－２８ ｖドメイン配列は、ＶＬ－ＶＨ ｓｃＦｖ形式に結合され、大量オリゴ合成及びアセンブリにより、突然変異誘発ライブラリカセットが生成された。最終的なｓｃＦｖライブラリをファージディスプレイベクターに連結し、電気穿孔法を介して大腸菌に形質転換して、１．３×１０9 個の独立したクローンを生成した。ライブラリのビルド品質は、９６個のクローンを配列決定することで検証された。この配列決定データは、各分散位置でマウス又はヒト生殖細胞系残基のいずれかをコードする位置が、約５０％の頻度で効果的にサンプリングされたことを示した。ライブラリはヘルパーファージＭ１３を使用してレスキューされ、３つの別々のブランチＡ、Ｂ、Ｃ中のビオチン化ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃタンパク質で選択を行った。
選択後のスクリーニング（図１）及びＤＮＡ配列決定により、ＣＤＲ内のヒト含有量が大幅に増加した８５４個のユニークなヒト及びマウスＣＤ４７結合ｓｃＦｖクローンの存在が明らかになったが、フレームワーク配列は完全に生殖細胞系のままであった。これらの８５４個のクローンの中で、すべてのＣＤＲで生殖細胞内変異が観察された（表３）。リードクローンは、ヒトとマウスの両方のＣＤ４７－Ｆｃへの結合についてのＥＬＩＳＡシグナルに対するＣＤＲ生殖細胞系のレベルに基づいてランク付けされた（図１）。このランキングの上位４クローンのｖドメインと、最もヒト化された２つの観察された重鎖及び軽鎖ｖドメインを組み合わせた５番目のクローン（「ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１」）は、以下の追加試験用のＩｇＧ発現ベクターにサブクローニングされた（表４）。
ライブラリ選択から直接誘導されたリードクローンのすべてのＣＤＲで、生殖細胞系内変異が観察されたが、配列解析がさらにヒト化を最大化するクローンの設計できる可能性が残った。従って、ヒト及びマウスのタンパク質に対する結合シグナルによる８５４個の配列固有のヒットを使用して、この機能的に特性決定された集団のＣＤＲにおけるマウスアミノ酸の保持頻度を分析した。位置的アミノ酸保持頻度は、ＶH及びＶLドメインに見られる割合として表された（図２Ａ及びＢ）。ＲＦ＜７５％のマウス残基は、一連のコンビナトリアル設計において、標的結合パラトープに必須ではない可能性があり、生殖細胞系に対してオープンである可能性が高い位置と見なされた。
ＲＦ＞７５％のマウス残基のみを含む設計は、「ＭＨ」（ＭＨ＝最大にヒト化された）と名付けた。集団で観察された最もヒト化された５つのＣＤＲを組み合わせた別のデザイナークローン（「ＴＴＰ」＝理論的に可能な合計）も作り出された。ＭＨ及びＴＴＰクローンは遺伝子合成によって生成され、（上記の４つのライブラリ由来クローンと、陽性対照ｍＶＨ／ｍＶＬ及び陰性対照アイソタイプ一致非ＣＤ４７反応性ｖドメインとともに）、ＩｇＧ１ヌル及びＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）として産生するためのヒト発現ベクターにクローン化された。すべてのＩｇＧは、ＨＥＫ－２９３細胞の一過性トランスフェクション物から容易に発現及び精製された。
リードＩｇＧの特異性と効力特性
上記の精製ＩｇＧを、直接力価測定ＥＬＩＳＡ形式で、ヒト、マウス、及びカニクイザルＣＤ４７－Ｆｃへの結合について試験した（図３）。驚くべきことに、この分析は、クローンＭＨ、Ａ－Ｄ５、及びＤ－Ｈ３がＣＤ４７の３つのオーソログすべてに対して結合親和性を保持しているのに対し、２つのクローン（Ｇ－Ｂ６及びＦ－Ｅ７）はマウスＣＤ４７への結合が低下し、１つのクローン（ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１）は、ヒト及びマウスの両方のＣＤ４７に対して同等の結合を維持したが、マウスＣＤ４７との交差反応性を失い、１つのクローン（ＴＴＰ）はほとんどすべての結合機能を失ったことを示した。
ＣＤ４７－ＳＩＲＰα阻止アッセイ（図４）では、Ａ－Ｄ５、Ｇ－Ｂ６、Ｆ－Ｅ７、及びＤ－Ｈ３はすべて、ｍＶＨ／ｍＶＬ ＩｇＧ１抗体と同様の濃度範囲で、ＳＩＲＰα－Ｆｃとのヒト、マウス、及びカニクイザルのＣＤ４７相互作用の濃度依存性阻止を示した。特に、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１ ＩｇＧ１はヒト及びカニクイザルＣＤ４７の強力な阻止を示したが、マウスＣＤ４７の阻止はなかった。興味深いことに、クローンＭＨは、ＥＬＩＳＡでＣＤ４７の３つのオーソログすべてに結合を示したのにもかかわらず、どのアッセイでも阻止シグナルを示さなかった。クローンＴＴＰもすべての阻止アッセイで陰性であった。
リードクローンが突然変異及び再選択プロセス中に標的特異性を消失していないことを確認するため、免疫グロブリンスーパーファミリー由来の１４個の精製ヒトタンパク質のパネルへの結合について、リード及び対照ＩｇＧ１クローンを試験した（図５）。５つのＩｇＧはすべて、１μｇ／ｍｌでＣＤ４７－Ｆｃに対しての結合シグナルを示し（ヒトＯＤ４５０ｎｍ＞２．０、カニクイザル＞２．０、マウス＞１．２５）、他のタンパク質に対する検出可能な結合はなかった（ＯＤ４５０ｎｍ＜０．１）。注目すべき例外の１つは、ＶＨ－Ａ１／Ｖ１－Ｂ１クローンであり、これは再度ヒト及びカニクイザルＣＤ４７への強い結合を示したが、マウスＣＤ４７に対するシグナルは示さなかった。
細胞膜でのリードＩｇＧの結合特異性のフローサイトメトリー分析
ＣＤ４７に対する抗体を細胞表面での濃度依存性結合について、フローサイトメトリーにより分析した。ＣＨＯ－Ｋ１細胞を、ヒト、マウス、又はカニクイザルのＣＤ４７の完全長ｃＤＮＡを用いて安定的にトランスフェクトした。抗ＣＤ４７ ＩｇＧ ｍＶＨ／ｍＶＬ、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１、Ａ－Ｄ５、Ｇ－Ｂ６、Ｆ－Ｅ７、及びＤ－Ｈ３、及びアイソタイプ対照ＩｇＧ１を、すべてＩｇＧ１ヌル及びＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）形態で、市販のマウス抗ヒトＣＤ４７モノクローナルＭＳ１９９１とともに、１００，０００～２４ｎｇ／ｍｌの濃度範囲で、ヒト、カニクイザル、又は野生型対照（「ｗｔ」、すなわちトランスフェクトされていない）ＣＨＯ－Ｋ１への結合について試験した。アイソタイプ対照以外のすべてのＩｇＧは、ヒト及びカニクイザルＣＤ４７＋細胞への濃度依存性結合を示し、それぞれの場合の最大ＭＦＩは、トランスフェクトされていないＣＨＯ－Ｋ１への結合について観察されたシグナルよりも１０倍以上高かった（図６）。ＣＨＯ－Ｋ１ ｗｔ細胞への測定可能な結合は、ＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１以外のすべてのクローンで観察されたが、高い抗体濃度でのみ観察された。しかし、ｍＶＨ／ｍＶＬ ＩｇＧは、２４ｎｇ／ｍｌの低濃度で、「抗体なし」の陰性対照よりも１０倍以上高いシグナルで最も強い反応性を示した。このバックグラウンド結合は、元のマウス抗体ＶｘＰ０３７がマウスＣＤ４７と交差反応性を有するだけでなく、ハムスターへの交差反応性も有することを示している可能性がある。抗体は臨床的使用のために通常ＣＨＯ細胞培養で産生されるため、ハムスターＣＤ４７に対するこの交差反応性の最小化は治療用タンパク質にとって好ましい。ハムスターＣＤ４７タンパク質に対する高いＩｇＧ結合親和性は、生産工程での望ましくない共精製ＣＤ４７宿主細胞タンパク質（これは、患者の免疫原性を回避するために製剤から除去する必要がある）の含有量の大幅な増加につながる可能性がある。
ＣＤ４７＋ヒト癌細胞へのリードＩｇＧの結合を調べるために、ＨＬ６０細胞（ヒト急性骨髄性白血病由来）も上記のフローサイトメトリー分析で使用された。アイソタイプ対照ＩｇＧ以外のすべての抗体は、ＨＬ６０細胞への濃度依存性の強い結合を示した（図７）。
「開発性」ＥＬＩＳＡアッセイによるリードＩｇＧ分析
当技術分野では、いくつかの指標となる生物学的基質への、治療用途を意図したＩｇＧの結合は、生物学的利用能が低くインビボ半減期が短いため、患者での性能低下の高リスクの指標であることが知られている。このような生物学的基質の３つは、インスリン、ｄｓＤＮＡ、及びｓｓＤＮＡである。従って、これら３つの基質を使用して、ＥＬＩＳＡプレートをコーティングし、最適化されたリード抗体のＩｇＧ１ヌルバージョンの結合を調べた。これらのヒトＩｇＧベースの抗体の結合シグナルを、多反応性で性能が低いことがわかっており臨床試験（ボコシズマブ及びブリアキヌマブのヒトＩｇＧ１類似体）で進行を停止した「陽性対照」ヒトＩｇＧ抗体と比較した。陰性対照のヒトＩｇＧ１抗体については、ブリキヌマブと同じ治療標的と反応するが、ＩｇＧ１ウステキヌマブ類似体がより長いｐＫを有し、治療製品として成功裏に承認されているため、ＩｇＧ１ウステキヌマブ類似体が使用された。図８に示すＥＬＩＳＡ分析では、陽性対照抗体は３つすべての基質に対して予想される強い反応性を示したが、陰性対照は低い反応性を示した。重要なことに、試験したすべてのＩｇＧ１ヌルリードタンパク質は、３つの基質すべてに対する陰性対照の結合以下の結合を示した。この知見は、最適化されたクローンＡ－Ｄ５、Ｇ－Ｂ６、Ｄ－Ｈ３、及びＶＨ－Ａ１／ＶＬ－Ｂ１における非常に特異的な標的駆動型結合の維持を強調している。
リードクローンＡ－Ｄ５に基づくデザイナーＩｇＧの分析
上記のように、クローンＡ－Ｄ５は、ヒト、カニクイザル、及びマウスＣＤ４７への高度に特異的な結合、低いオフターゲット結合能力、マウスＣＤ４７の中和の改善、ＣＨＯ細胞へのバックグラウンド結合の減少、及びＣＤＲ中の複数のヒト生殖細胞系変異を有することが証明された。しかし、ライブラリ由来のクローンとして、Ａ－Ｄ５配列は、図２Ａ及び２Ｂで見つかったデータでは潜在的に不要であることが示唆された多くの非生殖細胞系（マウス由来）残基を保持していた。Ａ－Ｄ５配列及び他のすべてのライブラリ由来クローンも、長く柔軟なＩＧＫＶ２－２８生殖細胞系鋳型ＣＤＲ－Ｌ１ループの頂点で高い溶媒露出を示すことがわかったため、脱アミノ化のリスクが高いＣＤＲ－Ｌ１中に「ＮＧ」モチーフを保持していた。Ａ－Ｄ５の可変ドメインのヒト生殖細胞系配列を同時に最大化し、タンパク質中の高リスク脱アミノ化モチーフの含量を最小化する試みにおいて、一連のデザイナークローンが作り出された。この試みは２期に分けて実施され、第１期のＡ－Ｄ５．１～Ａ－Ｄ５．１０クローンは表４に概説したＣＤＲ配列を含有した。これらのクローンは、ＩｇＧ１ヌル形態で発現及び精製され、すべてのＣＤ４７オーソログのＥＬＩＳＡによる標的結合（図９Ａ、Ｂ、Ｃ）について、及びすべてのオーソログについてのＣＤ４７－ＳＩＲＰαＢ相互作用の中和（図１０Ａ、Ｂ、Ｃ）について調べられた。この段階では、ヒト生殖細胞系とこれらの改善は、中程度の効力の喪失と関連している可能性があることがわかった。さらに、標的結合ＥＬＩＳＡとＣＤ４７－ＳＩＲＰα相互作用の中和の両方の効力の関連する低下にもかかわらず、ＣＤＲ－Ｌ１の「ＮＧ」モチーフを（ＮからＱへの保存的置換を介して）除去しようとする最初の変異は成功した（図１０Ａ、Ｂ、Ｃ）。
第２期では、第１期の最高性能の変異体であるＡ－Ｄ５．４について一連のさらなる変異体が設計された（表５）。これらの９つの変異体は、「ＮＧ」脱アミノ化リスクモチーフ中の「Ｎ」をＳ、Ｇ、Ａ、Ｔなどの保存的及び非保存的変異で置き換えるか置き換えずに、又は「Ｇ」残基をＡで置き換えるか置き換えずに、ＡＤ．４のＣＤＲ－Ｈ２のさらなるヒト化を見いだした。これらのクローンを再度ＩｇＧ１ヌル形態で発現及び精製し、すべてのＣＤ４７オーソログでのＥＬＩＳＡによる標的結合について（図１１Ａ、Ｂ、Ｃ）、及びすべてのオーソログについてＣＤ４７－ＳＩＲＰα相互作用の中和について（図１２Ａ、Ｂ、Ｃ）調べた。この段階では、クローンＡ－Ｄ５と比較して効力を失うことなく、ＣＤＲ－Ｈ２のヒト生殖細胞系含有量をさらに２残基上げることができることがわかった。さらに、Ｎの置換を介してＣＤＲ－Ｌ１の「ＮＧ」モチーフを除去しようとする変異は成功して、クローンＡ－Ｄ５．１６が同定され、これは、非保存的なＮからＡへの変異と、Ａ－Ｄ５とｍＶＬ／ｍＶＨの両方に対する、ＣＤ４７－ＳＩＲＰの標的結合ＥＬＩＳＡ又は中和のいずれかの効力のわずかな（約３倍）低下のみで、最大にヒト化されたＣＤＲ－Ｈ２を含有した。ＡＤ．１６のＣＤＲ－Ｌ１配列「ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ」（配列番号８２）（及びクローンＡ－Ｄ５．１４、Ａ－Ｄ５．１５、Ａ－Ｄ５．１７、及びＡ－Ｄ５．２８）は、２箇所のみ（下線）で非生殖細胞系残基を含み、最大のヒト生殖細胞系含有量と最大の安定性特性の最適なバランスを達成した。
次にＡ－Ｄ５誘導体であるＡ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６は、変異及び再選択プロセス中に標的特異性の消失がなかったことを確認するために、結合特異性の維持のためにＩｇＧ１ヌル形態でも試験した；免疫グロブリンスーパーファミリー由来の１４個の精製ヒトタンパク質のパネルへの結合について、両方のクローンを試験した（図１３）。両方のＩｇＧは、１０μｇ／ｍｌでＣＤ４７－Ｆｃへの結合シグナルを示し（ヒト、カニクイザル、及びマウスのすべて＞２．０ ＯＤ４５０ｎｍ）、他のタンパク質に対する検出可能な結合はなかった（ＯＤ４５０ｎｍ＜０．１）。図１４に示される「開発性」ＥＬＩＳＡ分析では、陽性対照抗体は３つすべての基質に対して予想される強い反応性を示したが、陰性対照は低い反応性を示した。重要なことは、Ａ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６ ＩｇＧ１ヌルリードタンパク質の両方が、３つの基質すべてに対する陰性対照の結合以下の結合を示したことである。この知見は、最適化されたクローンＡ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６における非常に特異的な標的駆動型結合の維持を強調している。
最後に、Ａ－Ｄ５誘導変異体であるＡ－Ｄ５．４及びＡ－Ｄ５．１６を、野生型ＣＨＯ（図１５）及びＨＬ６０（図１６）細胞への結合について、フローサイトメトリーにより調べた。これらの分析により、ＩｇＧ１ヌル又はＩｇＧ４形態のクローンｍＶＨ／ｍＶＬの元のマウスｖドメインが、ＣＨＯ細胞への強い濃度依存性の結合を駆動するのに対し、クローンＡ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６は、どちらのＩｇＧ形態でも結合シグナルはほとんど又はまったく媒介しない（図１５）ことを確認した。対照的に、クローンｍＶＨ／ｍＶＬ、Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６はすべて、ヒトＣＤ４７＋ ＨＬ６０細胞への強い結合を示し（図１６）、細胞膜でのヒトＣＤ４７の結合が、我々の最適化されたクローンでは保持されていたが、ハムスターＣＤ４７の反応性は改善されていたことを示した。
抗体ｖドメインＴ細胞エピトープ分析
治療用抗体及びタンパク質のＴ細胞エピトープの位置の特定に基づくインシリコ技術（Abzena, Ltd.）を使用して、ｍＶＨ／ｍＶＬ及びリード抗体ｖドメインの両方の免疫原性を評価した。ｖドメイン配列の分析は、３４個のＭＨＣクラスＩＩアロタイプのそれぞれに対して試験された重複する９量体ペプチド（それぞれ８残基ずつ最後のペプチドと重複する）で実施された。各９量体は、ＭＨＣクラスＩＩ分子との潜在的な「適合」と相互作用に基づいてスコア化された。ソフトウェアによって計算されたペプチドスコアは０～１である。高い平均結合スコア（iTope（登録商標）スコア化関数で＞０．５５）を生成したペプチドが強調され、５０％を超える（すなわち、３４の対立遺伝子のうちの１７）ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは高い結合親和性（スコア＞０．６）を持ち、そのようなペプチドは、ＣＤ４＋ Ｔ細胞エピトープを含むリスクが高いと考えられる「高親和性」ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドと定義された。低親和性ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、多数の対立遺伝子（＞５０％）に結合し、結合スコアは０．５５を超える（しかし、過半数は０．６を超えない）。TCED（登録商標）を使用して、配列のさらなる分析を行った。この配列を使用してＢＬＡＳＴ検索によりTCED（登録商標）を調べて、Abzena Ltd.で行われた以前のインビトロＴ細胞エピトープマッピング研究でＴ細胞応答を刺激した無関係なタンパク質／抗体からのペプチド（Ｔ細胞エピトープ）間の高い配列相同性を同定した。
ペプチドは４つのクラスに分類された：高親和性外来（「ＨＡＦ」－高い免疫原性リスク）、低親和性外来（「ＬＡＦ」－低い免疫原性リスク）、TECD＋（以前にTCED（登録商標）データベースで特定されたエピトープ）、及び生殖細胞系エピトープ（「ＧＥ」－ＭＨＣクラスＩＩ結合親和性の高いヒト生殖細胞系ペプチド配列）。生殖細胞系エピトープ９量体ペプチドは、広範囲の生殖細胞系ペプチドを用いた以前の研究で検証されているように、Ｔ細胞耐性があるため免疫原性を持つ可能性は低い（つまり、これらのペプチドは宿主で「自己」として認識される）。重要なことに、そのような生殖細胞系ｖドメインエピトープ（ヒト抗体定常領域中の類似した配列によってさらに支援される）は、抗原提示細胞の膜でＭＨＣクラスＩＩ占有についても競合し、Ｔ細胞刺激に必要な「活性化閾値」を達成するのに十分な外来ペプチド提示のリスクを低減する。従って、高いＧＥ含有量は、抗体治療薬の臨床開発において有益な品質である。
図１７に示すように、主要なリードｖドメインは、ｍＶＨ／ｍＶＬと比較して、ペプチドエピトープの含有量に顕著な有益な変化を示した。ここで行われたｖドメイン工学的プロセスは、フレームワークに含まれるマウス残基を必要とせずに抗ＣＤ４７効力を維持する抗体を選択することに成功したため（表２）、ｍＶＨ／ｍＶＬの重鎖と軽鎖の両方のｖドメインのフレームワーク中に見つかった複数のＨＡＦ及びＬＡＦエピトープは、すべてのライブラリ由来及びデザイナーリードに欠如していた（図１７）。ＧＥエピトープ含有量も顕著に増加していることがわかり（すべてのリードで３～１４以上）、特にリードクローンのＶＨ領域では、ＧＥ含有量がすべてのリードで０から９に増加し、TCED+エピトープがすべてのリードで３から２に減少した（表８）。しかし重要なことは、複数の外来エピトープも、リードクローンのＣＤＲで見つかった生殖細胞系変異によって排除されたことである。例えばｍＶＨ／ｍＶＬのＬＣＤＲ－１で見つかったTCED+ペプチド「ＬＶＨＳＮＧＮＴＹ」（配列番号１１６）（従って、ＣＤＲ移植により以前ヒト化された任意の形態のＶｘＰ０３７）は、大部分のリードクローンにおいて位置２での変異Ｖ＞Ｌ及び位置７でのＮ＞Ｙによって排除された（表４及び５）。同様に、ｍＶＨ／ｍＶＬ配列のＬＣＤＲ２は、ＶＬフレームワーク２－ＬＣＤＲ２－フレームワーク３にまたがる３つの外来エピトープペプチドをコードした。これらには、２つのＨＡＦペプチド（「ＬＬＩＹＫＶＳＹＲ」（配列番号１１７）及び「ＹＲＦＳＧＶＰＤＲ」（配列番号１１８））と１つのＬＡＦペプチド（’ＬＩＹＫＶＳＹＲＦ’（配列番号１１９））とを含有した。ＬＣＤＲ２をヒト生殖細胞系フレームワークＩＧＫＶ２－２８に挿入しても、この問題は完全には解消されず、ｍＶＨ／ｍＶＬからの全配列「ＬＬＩＹＫＶＳＹＲＦＳＧＶＰＤＲ」（配列番号１２０）は、ＩＧＫＶ２－２８移植配列中で１００％の同一性を維持する（表２）。クローンＡ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６については、この領域で１つのＨＡＦと２つのＬＡＦペプチドがまだ見つかったが、ＨＡＦ配列「ＹＲＦＳＧＶＰＤＲ」（配列番号１１８）は位置１で突然変異Ｙ＞Ｎによって削除された。しかし驚くべきことに、ライブラリスクリーニング（表３）中に機能的結合集団内で同定されており、及び位置４で単一のヒト生殖細胞系変異Ｙ＞Ｎを含有したＬＣＤＲ２配列ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）は、この領域で予測されるすべての外来エピトープを完全に改善することがわかった（ＨＡＦ、ＬＡＦ、及びTECD＋ペプチドは予測されない）が、さらに２つのＧＥ配列も生成された（図１８）。また、リードクローンＡ－Ｄ５及びそのすべてのデザイナー誘導体（表４及び５）は、ＶＬフレームワーク３とＬＣＤＲ３領域にまたがるTECD＋であるＨＡＦペプチド「ＶＧＶＹＹＣＦＱＮ」（配列番号１２１）を保持していることも観察された。このペプチドの位置１のＶからＡ、Ｔ又はＦへの変異はすべて、予測されたエピトープ構造を破壊し、このペプチドの免疫原性リスクを除去することがわかった。
上記知見により、クローン「Ａ－Ｄ５．１６－ＤＩ」を形成するためにＡ－Ｄ５．１６ ＶＨ配列（表４）と対になった最大限に脱免疫化された軽鎖配列の設計が可能になった。Ａ－Ｄ５．１６－ＤＩは、ＬＣＤＲ配列「ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ」（配列番号８２）、ＬＣＤＲ２配列「ＫＶＳＮＲＦＳ」（配列番号８５）、及びフレームワーク２－ＬＣＤＲ３配列「ＡＧＶＹＹＣＦＱＮＴＨＴＰＲＴ」（配列番号１２２）（フレームワーク２残基に下線が引かれている）を含有した。このクローンはＩｇＧ１ヌル形態で容易に発現され、ｍＶＨ／ｍＶＬ ＩｇＧ（マウスで低下している、図１８）に匹敵する、ヒト、カニクイザル、及びマウスＣＤ４７に対する標的結合親和性を保持することがわかった（図１８Ａ～Ｃ）。Ａ－Ｄ５．１６－ＤＩはまた、Ａ－Ｄ５．１６と比較して改善されたＣＤ４７－ＳＩＲＰα阻止を示し、ヒト及びカニクイザルＣＤ４７に対してｍＶＨ／ｍＶＬと同等の阻止を示し、マウスでわずかに低下していることがわかった（図１９）。これらの知見は、ＬＣＤＲ配列「ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ」（配列番号５２）（又はＡＨｏ定義を使用してＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹ 配列番号９２］）、ＬＣＤＲ２配列「ＫＶＳＮＲＦＳ」（配列番号８５）、及びフレームワーク２－ＬＣＤＲ３配列「ＡＧＶＹＹＣＦＱＮＴＨＴＰＲＴ」（配列番号１２ｓ２）（フレームワーク２残基に下線が引かれている）を含む軽鎖設計を有する脱免疫化クローンＡ－Ｄ５．４－ＤＩをもたらした。
癌細胞の食作用
ヒト始原マクロファージによるＨＬ６０ヒト癌細胞の食作用を駆動する際のＣＤ４７阻止の相対的効力を調べるための、研究を行った。図２０Ａに示されるように、ＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）形態では、ｍＶＨ／ｍＶＬ、Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６はすべて、試験したすべての濃度で顕著な食作用を駆動した。ＩｇＧ１ヌル形態のＡ－Ｄ５は２０μｇ／ｍｌで顕著な効力を示さず、食作用を誘発するためのＦｃガンマ受容体１結合親和性の必要性を示した。予想外に、ＩｇＧ４ Ａ－Ｄ５、Ａ－Ｄ５．４、及びＡ－Ｄ５．１６は、ｍＶＨ／ｍＶＬと比較した場合、１及び１０μｇ／ｍｌの両方で顕著に強力な食作用を駆動した。次にこの現象を、ヒトマクロファージの４つの別々のドナーにわたってＩｇＧ４ Ａ－Ｄ５及びｍＶＨ／ｍＶＬについて調べた（図２０Ｂ）。この分析は、図２０Ａに示されるより高い効力が正しいことを示し、Ａ－Ｄ５はすべてのドナーにおいて顕著により強力であった（図２０Ｂ）。
好適な又は例示的な実施態様を参照して本発明を説明したが、当業者は、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく、これらに対する様々な修正及び変更を達成できること、及びそのような修正が本明細書において明らかに企図されていることを認識するであろう。本明細書に開示され、添付の特許請求の範囲に記載された特定の実施態様に関する限定は意図されておらず、また限定されていると推測すべきではない。
本明細書に引用されるすべての文書は、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。
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Claims (27)

  1. ヒトＣＤ４７及びカニクイザルＣＤ４７、及び任意選択的にマウスＣＤ４７にも特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分であって、抗体分子又は抗原結合部分が、
    （ａ）アミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４９）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＮＹＮＰＳＦＱＧ（配列番号５０）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号５４）（ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５－ＤＩ］；又は
    （ｂ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ（配列番号８２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＡＧＶＹＹＣＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号１２２）（フレームワーク２－ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ］；又は
    （ｃ）アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＴＹＬＨ（配列番号５２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＡＧＶＹＹＣＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号１２２）（フレームワーク２－ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．４－ＤＩ］
    を含む、抗体分子又は抗原結合部分。
  2. 以下を含む、請求項１に記載の抗体分子又は抗原結合部分：
    アミノ酸配列ＧＹＳＦＴＮＹＹＩＦ（配列番号４３）（ＨＣＤＲ１）、ＭＧＩＩＮＰＶＤＧＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧ（配列番号６５）（ＨＣＤＲ２）、ＧＧＹＴＭＤＲ（配列番号５１）（ＨＣＤＲ３）、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＡＧＹＮＹＬＨ（配列番号８２）（ＬＣＤＲ１）、ＫＶＳＮＲＦＳ（配列番号８５）（ＬＣＤＲ２）、及びＡＧＶＹＹＣＦＱＮＴＨＴＰＲＴ（配列番号１２２）（フレームワーク２－ＬＣＤＲ３）［クローンＡ－Ｄ５．１６－ＤＩ］。
  3. ヒト、ヒト化、又はキメラである、請求項１又は２に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  4. ＣＤＲが挿入されている１つ以上のヒト可変ドメインフレームワーク足場を含む、請求項１～３に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  5. 対応するＨＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＨＶ５－５１ヒト生殖細胞系足場を含む、請求項１～４に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  6. 対応するＬＣＤＲ配列が挿入されているＩＧＫＶ２－２８ヒト生殖細胞系足場を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  7. 免疫学的に不活性な定常領域を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  8. Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）2断片、Ｆｖ断片、４量体抗体、４価抗体、多重特異性抗体（例えば２価抗体）、単一ドメイン抗体（例えばＶHＨ又はＶNAR、又はいずれかの断片）、モノクローナル抗体、又は融合タンパク質である、請求項１～７のいずれか１項に記載の抗体分子又は抗原結合部分。
  9. 治療薬に結合された請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分を含む免疫結合体。
  10. 請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分をコードする核酸分子。
  11. 請求項１０に記載の核酸分子を含むベクター。
  12. 請求項１０に記載の核酸分子又は請求項１１に記載のベクターを含む宿主細胞。
  13. 抗ＣＤ４７抗体及び／又はその抗原結合部分を産生する方法であって、前記抗体及び／又はその抗原結合部分の発現及び／又は産生をもたらす条件下で、請求項１２に記載の宿主細胞を培養することと、前記抗体及び／又はその抗原結合部分を宿主細胞又は培養物から単離することとを、含む上記方法。
  14. 請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分、又は請求項９に記載の免疫結合体、又は請求項１０に記載の核酸分子、又は請求項１１に記載のベクターを、含む医薬組成物。
  15. 被験体における免疫応答を増強するための、請求項１４に記載の医薬組成物。
  16. 被験体の癌を治療又は予防するための、請求項１４に記載の医薬組成物。
  17. 請求項１６に記載の医薬組成物であって、前記癌が、膵臓癌、黒色腫、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳又は中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌又は子宮内膜癌、口腔癌又は咽頭癌、肝臓癌、腎臓癌、精巣癌、胆道癌、小腸又は虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、及び血液組織の癌からなる群から選択される、医薬組成物。
  18. 第２の治療薬、例えば抗癌剤と組み合わせて、別々に、連続的に、又は同時に使用するための、請求項１６又は１７に記載の医薬組成物。
  19. 癌の治療のための薬剤の製造における、請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分、又は請求項９に記載の免疫結合体、又は請求項１０に記載の核酸分子、又は請求項１１に記載のベクター、又は請求項１４に記載の医薬組成物の使用。
  20. 被験体の虚血再灌流傷害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療又は予防するための、請求項１４に記載の医薬組成物。
  21. 前記自己免疫疾患又は炎症性疾患が、関節炎、多発性硬化症、乾癬、クローン病、炎症性腸疾患、ループス、グレーブ病、橋本甲状腺炎、及び強直性脊椎炎からなる群から選択される、請求項２０に記載の医薬組成物。
  22. 虚血－再灌流障害、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の治療用薬剤の製造における、請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分の、又は請求項９に記載の免疫結合体の、又は請求項１０に記載の核酸分子の、又は請求項１１に記載のベクターの、又は請求項１４に記載の医薬組成物の使用。
  23. 被験体の心血管疾患（例えば冠動脈心疾患又はアテローム性動脈硬化症）又は線維性疾患を治療又は予防するための、請求項１４に記載の医薬組成物。
  24. 前記線維性疾患が、心筋梗塞、狭心症、変形性関節炎、肺線維症、嚢胞性線維症、気管支炎、及び喘息からなる群から選択される、請求項２３に記載の医薬組成物。
  25. 心血管疾患（例えば冠動脈心疾患又はアテローム性動脈硬化症）又は線維性疾患の治療用薬剤の製造における、請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子又はその抗原結合部分の、又は請求項９に記載の免疫結合体の、又は請求項１０に記載の核酸分子の、請求項１１に記載のベクターの、又は請求項１４に記載の医薬組成物の使用。
  26. 請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する方法であって、以下の工程を含む方法：
    （１）非ヒト起源の抗ＣＤ４７ ＣＤＲをヒトｖドメインフレームワークに移植して、ヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分を産生する工程；
    （２）ＣＤＲに１つ以上の変異を含むヒト化抗ＣＤ４７抗体分子又はその抗原結合部分のクローンのファージライブラリを生成する工程；
    （３）ヒトＣＤ４７、及びカニクイザルＣＤ４７、及び／又は任意選択的にまたマウスＣＤ４７への結合について、ファージライブラリをスクリーニングする工程；
    （４）ヒトＣＤ４７、及びカニクイザルＣＤ４７、及び／又は任意選択的にまたマウスＣＤ４７に対する結合特異性を有するクローンを、スクリーニング工程（３）から選択する工程；及び
    （５）工程（４）から選択されたクローンから、ヒトＣＤ４７、及びカニクイザルＣＤ４７、及び／又は任意選択的にまたマウスＣＤ４７に特異的に結合する抗体分子、又はその抗原結合部分を産生する工程。
  27. 請求項２６に記載の方法であって、工程（４）で選択されたクローンに基づいて、例えば工程（４）で選択されたクローンのＣＤＲの特定の位置におけるさらなる探索的変異誘発に基づいて、追加のクローンを産生して、ヒト化を増強し、ヒトＴ細胞エピトープ含有量を最小化し、及び／又は工程（５）で産生された抗体分子又はその抗原結合部分の製造特性を改善する工程をさらに含む、上記方法。
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