JP2022549133A - 細菌を保存するための方法および組成物 - Google Patents
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Abstract
本開示は、細菌の保存のための方法および組成物を提供する。本開示の側面は、保存された細菌性組成物を調製する方法であって、細菌性組成物を急速冷凍すること、および急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成することを含む、前記方法を提供する。いくつかの態様において、1以上の細菌株は、1以上の嫌気性細菌株を含む。いくつかの態様において、嫌気性細菌株は、偏性嫌気性細菌である。
Description
関連出願
本出願は、2019年9月16日に出願の米国仮出願番号第62/901,205号の米国特許法§119(e)の下での利益を、主張する。参照された出願の全内容は、参照によって本明細書中に組み込まれる。
発明の分野
本開示は、細菌を保存するための方法および組成物を提供する。
本出願は、2019年9月16日に出願の米国仮出願番号第62/901,205号の米国特許法§119(e)の下での利益を、主張する。参照された出願の全内容は、参照によって本明細書中に組み込まれる。
発明の分野
本開示は、細菌を保存するための方法および組成物を提供する。
背景
ヒト腸マイクロバイオームは多数の微生物を含む。これらの微生物の多くは嫌気性細菌である。ヒト腸マイクロバイオームに由来する嫌気性細菌を含む組成物は、ヒト疾患の処置において可能性を示している(例えば、Atarashi et al., Nature 500, 232, 2013;Atarashi et al., Cell 163, 1, 2015; Mathewson et al., Nature Immunology 17, 505, 2016を参照)。嫌気性細菌は、それらの酸素に対する感受性のため、保存が困難である。したがって、嫌気性細菌を保存するための改良された組成物および方法が必要とされている。
ヒト腸マイクロバイオームは多数の微生物を含む。これらの微生物の多くは嫌気性細菌である。ヒト腸マイクロバイオームに由来する嫌気性細菌を含む組成物は、ヒト疾患の処置において可能性を示している(例えば、Atarashi et al., Nature 500, 232, 2013;Atarashi et al., Cell 163, 1, 2015; Mathewson et al., Nature Immunology 17, 505, 2016を参照)。嫌気性細菌は、それらの酸素に対する感受性のため、保存が困難である。したがって、嫌気性細菌を保存するための改良された組成物および方法が必要とされている。
概要
本開示の側面は、細菌性組成物を急速冷凍すること、および急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成することを含む、保存された細菌性組成物を調製する方法を提供する。いくつかの態様において、細菌性組成物は、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、1以上の細菌株は、1以上の嫌気性細菌株を含む。いくつかの態様において、嫌気性細菌株は、偏性嫌気性細菌である。
本開示の側面は、細菌性組成物を急速冷凍すること、および急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成することを含む、保存された細菌性組成物を調製する方法を提供する。いくつかの態様において、細菌性組成物は、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、1以上の細菌株は、1以上の嫌気性細菌株を含む。いくつかの態様において、嫌気性細菌株は、偏性嫌気性細菌である。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、クロストリジウム網に属する、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、1以上の細菌株は、クロストリジウム科に属する。いくつかの態様において、細菌は、クロストリジウム属に属する、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Eubacteriaum fissicatena、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorealongicatena、Clostridium innocuum、およびFlavinofractor plauttiからなる群から選択される、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、配列番号1~8からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する16S rDNA配列を含む1以上の細菌株を含む。
いくつかの態様において、方法は、さらに細菌性組成物を培養することを、含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、製剤緩衝液中で洗浄され、再懸濁される。いくつかの態様において、急速冷凍は、細菌性組成物を超冷却された表面と接触させることによって、遂行される。いくつかの態様において、急速冷凍は、細菌性組成物を液体窒素と接触させることによって、遂行される。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、対称性の形状を有する。いくつかの態様において、対称性の形状は、対称性の冷凍した滴である。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、-80℃の温度に供される。
いくつかの態様において、凍結乾燥は、第1の乾燥ステップ、および第2の乾燥ステップを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、-10℃の温度に、そして、70mTorrの圧力の下に供することを含む。いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、+20℃の温度に、そして、70mTorrの圧力の下に供することを含む。
いくつかの態様において、方法は、凍結乾燥した後に、保存された細菌性組成物のバイアビリティのレベルを決定することをさらに含む。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物のバイアビリティのレベルは、一定期間にわたって、細菌のコロニー形成単位の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、または少なくとも40%である。いくつかの態様において、一定期間は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、または少なくとも1年間以上である。
本発明のこれらおよび他の側面、ならびにその様々な態様は、本発明の図面および詳細な説明を参照することで、より明らかになるであろう。
本発明のこれらおよび他の側面、ならびにその様々な態様は、本発明の図面および詳細な説明を参照することで、より明らかになるであろう。
本発明の各限定は、本発明の様々な態様を包含し得る。したがって、任意の1つの要素または要素の組み合わせを含む本発明の各限定は、本発明の各側面に含まれ得ることが想定される。本発明は、その適用において、以下の説明に記載されているかまたは図面に示されている構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。本発明は他の態様が可能であり、様々な方法で実施または実行することができる。
図面の簡単な説明
添付の図面は、一定の縮尺で描かれることを意図されていない。図面は例示的なものにすぎず、本開示を可能にするために必要なものではない。明確にする目的で、すべての構成要素が、図面において標識されてもよいというわけではない。図面において:
図1は、指示された細菌株の凍結乾燥後バイアビリティを示す。パーセント凍結乾燥後バイアビリティ(y軸上の%バイアビリティ)は、細菌培養の収穫に続いて数え上げられたコロニー形成単位に対する、凍結乾燥に続いて数え上げられたコロニー形成単位に基づいて、算出される。それぞれの指示された細菌株に関して、左カラムは、凍結乾燥に先立つ標準冷凍プロセス(すなわち、凍結乾燥トレイ)に続くバイアビリティに対応し、右カラムは、本明細書中に記載の急速冷凍滴、および凍結乾燥方法に続くバイアビリティに対応する。
添付の図面は、一定の縮尺で描かれることを意図されていない。図面は例示的なものにすぎず、本開示を可能にするために必要なものではない。明確にする目的で、すべての構成要素が、図面において標識されてもよいというわけではない。図面において:
詳細な説明
嫌気性細菌を含む細菌組成物の保存は困難である。細菌は冷凍してプレート上または溶液中で再増殖することができるが、この方法の標準化は困難であった。治療目的に使用できる細菌を保存する必要性がある。冷凍保存および凍結乾燥などの保存方法は、好気性細菌に関して十分に確立されており、保存方法での好気性細菌の生存および回収に影響する多くの要因が理解されている(Prakash et al. FEMS Microbiol Lett (2013)339:1-9)。生存細菌に依存する細菌生成物に関して、保存プロセスに続く細菌のバイアビリティのレベルを増強することは、かかる生成物の生成と関連するコストを、削減する可能性を有する。ヒト腸マイクロバイオームから得られた嫌気性細菌株などの細菌が、ヒト疾患の処置において可能性を示していることを考えると、高レベルの細菌回収を可能にする、細菌を保存するための改善された方法が必要とされる。
嫌気性細菌を含む細菌組成物の保存は困難である。細菌は冷凍してプレート上または溶液中で再増殖することができるが、この方法の標準化は困難であった。治療目的に使用できる細菌を保存する必要性がある。冷凍保存および凍結乾燥などの保存方法は、好気性細菌に関して十分に確立されており、保存方法での好気性細菌の生存および回収に影響する多くの要因が理解されている(Prakash et al. FEMS Microbiol Lett (2013)339:1-9)。生存細菌に依存する細菌生成物に関して、保存プロセスに続く細菌のバイアビリティのレベルを増強することは、かかる生成物の生成と関連するコストを、削減する可能性を有する。ヒト腸マイクロバイオームから得られた嫌気性細菌株などの細菌が、ヒト疾患の処置において可能性を示していることを考えると、高レベルの細菌回収を可能にする、細菌を保存するための改善された方法が必要とされる。
細菌性組成物を保存する方法であって、細菌性組成物を急速冷凍すること、および急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成することを含む、前記方法が、本明細書中に記載されている。冷凍させ、急速冷凍された細菌性組成物を保管する能力は、保存プロセスにより大きな柔軟性を可能にする。いくつかの態様において、本明細書中に記載の方法は、嫌気性細菌の保存のために使用される。
本発明は、その適用において、以下の説明に記載されているかまたは図面に示されている構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。本発明は他の態様が可能であり、様々な方法で実施または実行することができる。また、本明細書で使用されている表現および用語は説明を目的としており、限定と見なされるべきではない。本明細書における「含む(including)」、「含む(comprising)」、または「有する」、「含有する」、「含む(involving)」、およびそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目およびその等価物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
本明細書で提供されるのは、細菌を保存するための組成物および方法である。
一側面において、本明細書で提供される方法は、細菌性組成物の保存を可能にする。いくつかの態様において、本明細書中に記載の方法は、嫌気性細菌の保存のために使用される。組成物は、バイアビリティの損失を最小限に抑えながら、細菌が凍結乾燥サイクルを通過することを可能にする。いくつかの態様において、細菌性組成物は、細菌を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、単一の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、または少なくとも8つ以上の細菌株(例として、精製された細菌株)を含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、1以上の嫌気性細菌株(例として、偏性嫌気性細菌)を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、嫌気性細菌は偏性嫌気性細菌である。
一側面において、本明細書で提供される方法は、細菌性組成物の保存を可能にする。いくつかの態様において、本明細書中に記載の方法は、嫌気性細菌の保存のために使用される。組成物は、バイアビリティの損失を最小限に抑えながら、細菌が凍結乾燥サイクルを通過することを可能にする。いくつかの態様において、細菌性組成物は、細菌を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、単一の細菌株を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、または少なくとも8つ以上の細菌株(例として、精製された細菌株)を含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、1以上の嫌気性細菌株(例として、偏性嫌気性細菌)を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、嫌気性細菌は偏性嫌気性細菌である。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、クロストリジウム網に属する、1以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、1以上の細菌株は、クロストリジウム科からである。いくつかの態様において、細菌は、クロストリジウム属からである。いくつかの態様において、細菌は、クロストリジウム属クラスターIV、XIVa、XVI、XVII、またはXVIIに属する。いくつかの態様において、細菌は、クロストリジウム属クラスターIV、XIVa、またはXVIIに属する。いくつかの態様において、細菌は、クロストリジウム属クラスターIV、またはXIVaに属する。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、以下の細菌株の1以上を含む:Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautii。細菌株であるClostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautiiは、実例として、PCT公開番号WO 2017/218680に記載され、それは、その全体において、参照によって組み込まれる。株は、表1でも描かれる。例として、表1に描かれるとおり、代用の株名が、同様に使用されてもよいことが、理解されるべきである。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、以下の細菌株の1以上を含む:Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautii。細菌株であるClostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautiiは、実例として、PCT公開番号WO 2017/218680に記載され、それは、その全体において、参照によって組み込まれる。株は、表1でも描かれる。例として、表1に描かれるとおり、代用の株名が、同様に使用されてもよいことが、理解されるべきである。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、以下の細菌株の1以上を含む:Clostridium bolteae 90A9、Anaerotruncus colihominis DSM17241、Sellimonas intestinalis、Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacteriumおよびFlavinofractor plautii。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、以下の細菌株の2以上(例として、2、3、4、5、6、7、または8)を含む:Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautii。いくつかの態様において、細菌性組成物はClostridium bolteaeを含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物はAnaerotruncus colihominisを含む。いくつかの態様において、細菌性組成物はSellimonas intestinalisを含む。いくつかの態様において、細菌性組成物はClostridium symbiosumを含む。いくつかの態様において、細菌性組成物はBlautia productaを含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物はDorea longicatenaを含む。いくつかの態様において、細菌性組成物はErysipelotrichaceae bacteriumを含む。いくつかの態様において、細菌性組成物はFlavinofractor plautiiを含む。
一側面において、本明細書に(例として、例に)示されるように、本明細書に提供される方法は、嫌気性細菌株の保存を可能にする。本発明の方法において使用することができる嫌気性株は、実例としてPCT公開番号WO2013/080561、WO2015/156419、WO2018/117263、WO2017/218680、WO2019/094837、およびWO2019/118515中に記載されるなどの、治療コンソーシアムにおいて使用される細菌株を含む。一側面において、本明細書に(例として、例に)示されるように、本明細書中に提供される方法は、クロストリジウム属クラスターIV、XIVa、またはXVIIに属する嫌気性細菌株の保存を可能にする。一側面において、本明細書に(例として、例に)に示されるように、本明細書に提供される方法は、嫌気性細菌株であるClostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびFlavinofractor plautiiの保存を可能にする。例示的な細菌株はまた、それらの16s rRNA配列(配列番号1~8)によって同定され得る。それらの配列による細菌の同定はさらに、例示された細菌と同一または非常に類似しているさらなる細菌株の同定を可能にする。例えば、細菌株の16s rRNA配列を用いて、全ゲノム配列決定を通して、これらの配列を16Sデータベースと比較することにより、(パーセント同一性に基づいて)最も近い類縁(relative)を同定した(表1)。
加えて、全部のゲノム配列決定および全部のゲノムを全部のゲノムデータベースと比較することに基づいて、配列番号1~8のより提供される16SのrRNA配列を有する細菌株は、以下の細菌種にもっとも密接に関連する:Clostridium bolteae 90A9、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Dorea longicatena CAG:42、Erysipelotrichaceae bacterium 21_3、およびClostridium orbiscindens 1_3_50AFAA(例として、表1を参照)。したがって、一側面において、表1の各列において、細菌株は非常に類似しているか、および/または同一であることを理解されたい。いくつかの態様において、本開示の文脈において、表1の列内の細菌株の名称は、互換的に使用され得る。
本開示の側面は、本明細書に記載の細菌株または種の配列のいずれか1つの核酸配列に対して配列同一性を有する16S rDNA配列を有する、細菌株に関する。2つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「同一の」、およびパーセント「同一性」は、同一である2つ以上の配列または部分配列を指す。2つの配列が「実質的に同一」であるとは、比較ウィンドウ上または指定領域で最大の一致が得られるように比較および整列され、以下の配列比較アルゴリズムのうちの1つを使用して測定されるか、もしくは手動アラインメントおよび目視検査によって測定された場合に、核酸またはアミノ酸配列の特定の領域または配列全体にわたって同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージを有する(例えば、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、または99.9%の配列同一性)場合を指す。
任意に、同一性は、少なくとも約50ヌクレオチド長の領域にわたって、より好ましくは100~500または1000以上のヌクレオチド長の領域にわたって存在する。いくつかの態様において、同一性は、16S rRNAまたは16S rDNA配列の長さにわたって存在する。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、特定された領域にわたって、または、全配列にわたって本明細書中に記載の株または細菌種のいずれか1つに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.5%、少なくとも99.6%、少なくとも99.7%、少なくとも99.8%、少なくとも99.9%または最高100%の配列同一性を有する1以上の細菌性株を含む。当業者には、2つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列の文脈における用語「配列同一性」または「パーセント同一性」とは、2つ以上の配列またはその一部の間の類似性の尺度を指すことが、理解されるであろう。
いくつかの態様において、細菌性組成物は1以上の細菌株を含み、ここで該1以上の細菌株は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、または配列番号8の核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、または配列番号8の核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、または配列番号8の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.5%、少なくとも99.9%、または最大100%の配列同一性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号1の核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号2の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号3の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号4の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号5の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号6の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号7の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。
いくつかの態様において、細菌性組成物は1つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号8の核酸配列と少なくとも97%の配列同性を有する1以上の16s rDNA配列を含む。
追加的にまたは代替的に、2つ以上の配列が、配列間のアラインメントについて評価されてもよい。2つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「アラインメント」またはパーセント「アラインメント」は、同一である2つ以上の配列または部分配列を指す。2つの配列が「実質的に整列(アラインメント)されている」とは、比較ウィンドウ上または指定領域で最大の一致が得られるように比較および整列され、以下の配列比較アルゴリズムのうちの1つを使用して測定されるか、もしくは手動アラインメントおよび目視検査によって測定された場合に、核酸またはアミノ酸配列の特定の領域または配列全体にわたって同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージを有する(例えば、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、または99.9%同一)場合を指す。任意に、アラインメントは、少なくとも約50ヌクレオチド長の領域にわたって、より好ましくは100~500または1000以上のヌクレオチド長の領域にわたって存在する。いくつかの態様において、同一性は、16S rRNAまたは16S rDNA配列の長さにわたって存在する。
配列比較については、典型的には1つの配列が参照配列として作用し、それに対して試験配列が比較される。比較のために配列をアラインメントさせる方法は、当技術分野においてよく知られている。例えば、以下による:Smith and Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482cの局所相同性アルゴリズム、Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. (1970) 48:443の相同性アラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1998) 85:2444の類似方法の検索、これらアルゴリズムのコンピュータ化された実施(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group. Madison. WIのGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA)、または手動アラインメントおよび目視検査(例えば、Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)を参照)。パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに適したアルゴリズムの2つの例は、BLASTおよびBLAST2.0アルゴリズムであり、これらはそれぞれ、Altschul et al., Nuc. Acids Res. (1977) 25:3389-3402およびAltschul et al., J. Mol. Biol. (1990) 215:403-410に記載されている。
本明細書で使用される「細菌」および「細菌株」という用語は、交換可能であることが理解されるべきである。
本明細書で使用される「細菌」および「細菌株」という用語は、交換可能であることが理解されるべきである。
本明細書に使用されるとき、用語「単離された」は、別のバクテリアまたは細菌株、生育培地の1以上の成分、および/またはふん便試料などの試料の1以上の成分などの、1以上の望ましくない成分から分離された細菌または細菌株を指す。いくつかの態様において、細菌は、供給源の他の成分が検出されないように、実質的に供給源から単離される。
いくつかの態様において、細菌株は、単一コロニーから増殖する。いくつかの態様において、細菌株は、精製細菌株である。本明細書で使用される場合、用語「精製された」とは、汚染物質などの1以上の成分から分離されたものを含む細菌株または組成物を指す。いくつかの態様において、細菌株は、汚染物質を実質的に含まない。いくつかの態様において、組成物の1以上の細菌株は、培養物中または細菌株を含有する試料中に生成されおよび/または存在する1以上の他の細菌または細菌株から独立して、精製され得る。いくつかの態様において、細菌株は、試料から単離または精製され、次いで細菌複製に適した条件下、例えば嫌気性培養条件下で培養される。細菌の複製に適した条件下で増殖した細菌は、その後、それが増殖している培養物から単離/精製することができる。
組成物の細菌株は、当技術分野において知られている発酵技術を用いて製造することができる。いくつかの態様において、活性成分は、嫌気性細菌株の急速な増殖を支援することができる、嫌気性発酵槽を使用して製造される。
嫌気性発酵槽は、例えば、撹拌槽型反応器または使い捨てウェーブバイオリアクターであり得る。BL培地およびEG培地などの培地、または動物成分を含まないこれらの培地の類似のバージョンを用いて、細菌種の増殖を支援することができる。
いくつかの態様において、細菌性組成物は、急速冷凍に先立ち、所望の成長相に成長される。いくつかの態様において、細菌性組成物は、急速冷凍に先立ち、所望の細胞密度に成長される。いくつかの態様において、細胞密度は、細菌株の所望の光学密度(例として、OD600)である。
細菌生成物は、遠心分離および濾過などの伝統的な技法によって、発酵ブロスから精製および濃縮することができる。一般に、細菌は、細菌性組成物を急速冷凍に供するのに先立って、ペレット化される。いくつかの態様において、細菌性組成物は、急速冷凍に先立って、洗浄される。本明細書に使用されるとき、用語「洗浄」または「洗浄すること」は、細菌性細胞を単離して、残留する望ましくない成分(例として、細胞破壊片、生育培地の成分)を取り除くための連続のステップを指す。いくつかの態様において、方法は、細菌細胞を培養物(例えば、生育培地)から単離し、洗浄緩衝液中に、単離された細菌細胞を再懸濁して、そして、細菌性細胞を、遠心分離およびろ過などの伝統的な技法によって、洗浄緩衝液から単離することに関わる。いくつかの態様において、単離された細菌細胞は、製剤緩衝液中に再懸濁される。いくつかの態様において、方法は、細菌性組成物を洗浄して、製剤緩衝液中に細菌性組成物を再懸濁することに関わる。
いくつかの態様において、製剤緩衝液は、凍結保護剤、栄養素、緩衝液、および酸化防止剤を含む。製剤緩衝液の例は、PCT公開番号WO2018/081550中に記載されており、それは、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの態様において、本開示は、凍結防止剤、栄養素、抗酸化剤、および緩衝液を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、製剤緩衝液は、スクロース、酵母抽出物、L‐システイン、ヒスチジン、および塩化マグネシウムを含む。いくつかの態様において、製剤緩衝液は、7%のスクロース、0.1%の酵母抽出物、0.05%のL‐システイン、20mMのヒスチジン、および0.01%の塩化マグネシウムを含む。いくつかの態様において、製剤緩衝液は、メタ重亜硫酸ナトリウムを含有する。いくつかの態様において、製剤緩衝液は、0.05%のメタ重亜硫酸ナトリウムを含有する。
いくつかの態様において、本明細書中に開示の細菌性組成物は、約10、約102、約103、約104、約105、約106、約107、約108、約109、約1010、約1011、約1012、約1013またはそれ以上の細菌を含む。いくつかの態様において、本明細書中に開示の細菌性組成物は、1ミリリットルあたり、約10、約102、約103、約104、約105、約106、約107、約108、約109、約1010、約1011、約1012、約1013またはそれ以上の細菌を含む。いくつかの細菌は生存可能ではない場合があることが、理解されるべきである。いくつかの態様において、本明細書中に開示の細菌性組成物は、約10、約102、約103、約104、約105、約106、約107、約108、約109、約1010、約1011、約1012、約1013またはそれ以上のコロニー形成単位(cfu)の細菌を含む。いくつかの態様において、本明細書に開示の細菌性組成物は、1ミリリットルあたり、約10、約102、約103、約104、約105、約106、約107、約108、約109、約1010、約1011、約1012、約1013またはそれ以上のコロニー形成単位(cfu)の細菌を含む。
いくつかの態様において、本明細書に開示の細菌性組成物は、10~1013、102~1013、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1013、108~1013、109~1013、1010~1013、1011~1013、1012~1013、10~1012、102~1012、103~1012、104~1012、105~1012、106~1012、107~1012、108~1012、109~1012、1010~1012、1011~1012、10~1011、102~1011、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1011、108~1011、109~1011、1010~1011、10~1010、102~1010、103~1010、104~1010、105~1010、106~1010、107~1010、108~1010、109~1010、10~109、102~109、103~109、104~109、105~109、106~109、107~109、108~109、10~108、102~108、103~108、104~108、105~108、106~108、107~108、10~107、102~107、103~107、104~107、105~107、106~107、10~106、102~106、103~106、104~106、105~106、10~105、102~105、103~105、104~105、10~104、102~104、103~104、10~103、102~103、または、10~102の間となる細菌を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、10~1013、102~1013、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1013、108~1013、109~1013、1010~1013、1011~1013、1012~1013、10~1012、102~1012、103~1012、104~1012、105~1012、106~1012、107~1012、108~1012、109~1012、1010~1012、1011~1012、10~1011、102~1011、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1011、108~1011、109~1011、1010~1011、10~1010、102~1010、103~1010、104~1010、105~1010、106~1010、107~1010、108~1010、109~1010、10~109、102~109、103~109、104~109、105~109、106~109、107~109、108~109、10~108、102~108、103~108、104~108、105~108、106~108、107~108、10~107、102~107、103~107、104~107、105~107、106~107、10~106、102~106、103~106、104~106、105~106、10~105、102~105、103~105、104~105、10~104、102~104、103~104、10~103、102~103、または、10~102の間となる、ミリリットル当たりの細菌を含有する。
いくつかの態様において、本明細書に開示の細菌性組成物は、10~1013、102~1013、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1013、108~1013、109~1013、1010~1013、1011~1013、1012~1013、10~1012、102~1012、103~1012、104~1012、105~1012、106~1012、107~1012、108~1012、109~1012、1010~1012、1011~1012、10~1011、102~1011、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1011、108~1011、109~1011、1010~1011、10~1010、102~1010、103~1010、104~1010、105~1010、106~1010、107~1010、108~1010、109~1010、10~109、102~109、103~109、104~109、105~109、106~109、107~109、108~109、10~108、102~108、103~108、104~108、105~108、106~108、107~108、10~107、102~107、103~107、104~107、105~107、106~107、10~106、102~106、103~106、104~106、105~106、10~105、102~105、103~105、104~105、10~104、102~104、103~104、10~103、102~103、または、10~102の間となる、細菌のコロニー形成単位を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、10~1013、102~1013、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1013、108~1013、109~1013、1010~1013、1011~1013、1012~1013、10~1012、102~1012、103~1012、104~1012、105~1012、106~1012、107~1012、108~1012、109~1012、1010~1012、1011~1012、10~1011、102~1011、103~1013、104~1013、105~1013、106~1013、107~1011、108~1011、109~1011、1010~1011、10~1010、102~1010、103~1010、104~1010、105~1010、106~1010、107~1010、108~1010、109~1010、10~109、102~109、103~109、104~109、105~109、106~109、107~109、108~109、10~108、102~108、103~108、104~108、105~108、106~108、107~108、10~107、102~107、103~107、104~107、105~107、106~107、10~106、102~106、103~106、104~106、105~106、10~105、102~105、103~105、104~105、10~104、102~104、103~104、10~103、102~103、または、10~102の間となる、ミリリットル当たりの細菌のコロニー形成単位を含有する。
本明細書に提供の細菌性組成物のいくつかの態様において、組成物は、1ミリリットル当たり少なくとも1×108コロニー形成単位の細菌を含む。
本明細書に提供の細菌性組成物のいくつかの態様において、組成物は、1ミリリットル当たり少なくとも1×108コロニー形成単位の細菌を含む。
本明細書に記載される方法は、細菌性組成物を急速冷凍させることに関わる。本明細書に使用されるとき、「スナップフリージング」としても知られる用語「急速冷凍」は、細菌性組成物の温度が、例えば液体窒素またはドライアイスを使用して、迅速に-70℃未満の温度まで下げられることによるプロセスを指す。いくつかの態様において、急速冷凍は、細菌性組成物を超冷却された表面と接触させることに関わる。いくつかの態様において、急速冷凍は、液体窒素またはドライアイスを含有する容器と細菌性組成物を接触させることに関わる。いくつかの態様において、急速冷凍は、液体窒素と細菌性組成物を接触させることに関わる。いくつかの態様において、細菌性組成物は、滴を形成する液体窒素に適用される。いくつかの態様において、細菌性組成物の滴は、液体窒素から収集される。いくつかの態様において、細菌性組成物の滴は、液体窒素から収集されて、凍結乾燥のための容器(例として、凍結乾燥バイアル)に移動される。
細菌株を含む組成物は、凍結乾燥して細菌株を保存することができる。いくつかの態様において、組成物または組成物の細菌株は、凍結乾燥されている。細菌を含む組成物などの組成物を凍結乾燥する方法は、当技術分野において知られている。例として、米国特許第3,261,761号;米国特許第4,205,132号;PCT公報WO 2014/029578、WO 2012/098358、WO 2012/076665およびWO 2012/088261を参照;これらはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。
しかしながら、嫌気性細菌などの特定の細菌の凍結乾燥を可能にする条件を見出すことは挑戦的である。例えば、Peiren et al., Appl Microbol Biotechnol (2015) 99: 3559を参照。一側面において、本明細書に提供される安定化および保存の方法は、細菌株、特に嫌気性細菌株の製造を可能にする組成物を生成する能力を許容することが、理解されるべきである。本明細書中に記載の方法は、凍結乾燥された細菌性組成物の増大したバイアビリティをもたらす。
本開示の側面は、保存された細菌性組成物を調製する方法であって、細菌性組成物を急速冷凍すること、および急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成することに関わる、前記方法を提供する。一般に凍結乾燥は、細菌などの材料を保存するための乾燥(desiccation)プロセスであり、フリーズドライに関わる。材料を冷凍し、次いで材料を真空下に置くことによって、材料から水を除去し、その間に氷は昇華する。いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルは、凍結、一次乾燥、および二次乾燥のステップを含む。用語「温度勾配速度」とは、凍結乾燥サイクルのステップ間で、温度が調節される速度を指す。
いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルは、第1の乾燥ステップおよび第2の乾燥ステップを含み、それぞれは、細菌性組成物を所望の温度および圧力に供することに関わる。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を約-30℃~+10℃、-20℃~0℃、の-15℃~-5℃、または-12℃~-7℃の温度に供することを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約-30℃、-29℃、-28℃、-27℃、-26℃、-25℃、-24℃、-23℃、-22℃、-21℃、-20℃、-19℃、-18℃、-16℃、-17℃、-14℃、-15℃、-13℃、-12℃、-11℃、-10℃、-9℃、-8℃、-7℃、-6℃、-5℃、-4℃、-3℃、-2℃、-1℃、0℃、+1℃、+2℃、+3℃、+4℃、+5℃、+6℃、+7℃、+8℃、+9℃、または+10℃の温度に供することを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約-10℃の温度に、供することを含む。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約50mTorr~90のmTorr、60mTorr~80mTorr、65mTorr~75mTorr、60mTorr~70mTorr、55mTorr~75mTorr、または70mTorr~85mTorrの圧力に供することを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約50mTorr、51mTorr、52mTorr、53mTorr、54mTorr、55mTorr、56mTorr、57mTorr、58mTorr、59mTorr、60mTorr、61mTorr、62mTorr、63mTorr、64mTorr、65mTorr、66mTorr、67mTorr、68mTorr、69mTorr、70mTorr、71mTorr、72mTorr、73mTorr、74mTorr、75mTorr、76mTorr、77mTorr、78mTorr、79mTorr、80mTorr、81mTorr、82mTorr、83mTorr、84mTorr、85mTorr、86mTorr、87mTorr、88mTorr、89mTorr、または90mTorrの圧力に供することを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約70mTorrの圧力に、供することを含む。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、-10℃の温度に、そして、70mTorrの圧力に供することを含む。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、-10℃の温度に、そして、70mTorrの圧力に供することを含む。
いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を約0℃~+40℃、+10℃~+30℃、-15℃~+25℃、または-17℃~+22℃の温度に供することを含む。いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約0℃、+1℃、+2℃、+3℃、+4℃、+5℃、+6℃、+7℃、+8℃、+9℃、+10℃、+11℃、+12℃、+13℃、+14℃、+15℃、+16℃、+17℃、+18℃、+19℃、+20℃、+21℃、+22℃、+23℃、+24℃、+25℃、+26℃、+27℃、+28℃、+29℃、+30℃、+31℃、+32℃、+33℃、+34℃、+35℃、+36℃、+37℃、+38℃、+39℃、または+40℃の温度に供することを含む。いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約+20℃の温度に、供することを含む。
いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約50mTorr~90のmTorr、60mTorr~80mTorr、65mTorr~75mTorr、60mTorr~70mTorr、55mTorr~75mTorr、または70mTorr~85mTorrの圧力に供することを含む。いくつかの態様において、第2の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約50mTorr、51mTorr、52mTorr、53mTorr、54mTorr、55mTorr、56mTorr、57mTorr、58mTorr、59mTorr、60mTorr、61mTorr、62mTorr、63mTorr、64mTorr、65mTorr、66mTorr、67mTorr、68mTorr、69mTorr、70mTorr、71mTorr、72mTorr、73mTorr、74mTorr、75mTorr、76mTorr、77mTorr、78mTorr、79mTorr、80mTorr、81mTorr、82mTorr、83mTorr、84mTorr、85mTorr、86mTorr、87mTorr、88mTorr、89mTorr、または90mTorrの圧力に供することを含む。いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約70mTorrの圧力に、供することを含む。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約+20℃の温度に、そして、約70mTorrの圧力に供することを含む。
いくつかの態様において、第1の乾燥ステップは、急速冷凍された細菌性組成物を、約+20℃の温度に、そして、約70mTorrの圧力に供することを含む。
いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルは、0.5℃/分~3℃/分の間の温度勾配速度を有する、1以上のステップを含む。いくつかの態様において、温度勾配速度は、0.5℃/分、0.6℃/分、0.7℃/分、0.8℃/分、0.9℃/分、1.0℃/分、1.1℃/分、1.2℃/分、1.3℃/分、1.4℃/分、1.5℃/分、1.6℃/分、1.7℃/分、1.8℃/分、1.9℃/分、2.0℃/分、2.1℃/分、2.2℃/分、2.3℃/分、2.4℃/分、2.5℃/分、2.6℃/分、2.7℃/分、2.8℃/分、2.9℃/分、または3.0℃/分である。いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルは、1.0℃/分の温度勾配速度を有する、1以上のステップを含む。いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルは、2.5℃/分の温度勾配速度を有する、1以上のステップを含む。
いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルの各ステップは、0.5℃/分~3℃/分の間の温度勾配速度を有する。いくつかの態様において、温度勾配速度は、0.5℃/分、0.6℃/分、0.7℃/分、0.8℃/分、0.9℃/分、1.0℃/分、1.1℃/分、1.2℃/分、1.3℃/分、1.4℃/分、1.5℃/分、1.6℃/分、1.7℃/分、1.8℃/分、1.9℃/分、2.0℃/分、2.1℃/分、2.2℃/分、2.3℃/分、2.4℃/分、2.5℃/分、2.6℃/分、2.7℃/分、2.8℃/分、2.9℃/分、または3.0℃/分である。いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルの各ステップは、1.0℃/分の温度勾配速度を有する。いくつかの態様において、凍結乾燥サイクルの各ステップは、2.5℃/分の温度勾配速度を有する。
いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、凍結乾燥に続いて、貯蔵条件に一定期間供される。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、約-100℃~-60℃、-90℃~-70℃、-95℃~-75℃、-85℃~-75℃、-85℃~-70℃、または-85℃~-65℃の温度に供される。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、凍結乾燥に続いて、約-100℃、-99℃、-98℃、-97℃、-96℃、-95℃、-94℃、-93℃、-92℃、-91℃、-90℃、-89℃、-88℃、-87℃、-86℃、-85℃、-84℃、-83℃、-82℃、-81℃、-80℃、-79℃、-78℃、-77℃、-76℃、-75℃、-74℃、-73℃、-72℃、-71℃、-70℃、-69℃、-68℃、-67℃、-66℃、-65℃、-64℃、-63℃、-62℃、-61℃、または-60℃の温度に供される。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、凍結乾燥に続いて約-80℃の温度に供される。いくつかの態様において、保存された細菌性組成物は、凍結乾燥に続いて一定期間約-80℃の温度に供される。いくつかの態様において、一定期間は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、または少なくとも1年間以上である。
いくつかの態様において、本明細書で提供される細菌株を含む固体組成物は、例えば凍結乾燥生成物の再構成による医薬組成物として投与用に製剤化することができる。本明細書で使用される「医薬組成物」という用語は、本明細書で提供される固体配合物と1以上の薬学的に許容し得る賦形剤との混合または組み合わせから得られる生成物を意味する。
「許容し得る」賦形剤とは、活性成分(例えば、細菌株)と適合性でなければならず、かつそれが投与される対象に有害ではない賦形剤を指す。いくつかの態様において、薬学的に許容し得る賦形剤は、組成物の意図される投与経路に基づいて選択され、例えば経口または経鼻投与用組成物は、直腸投与用組成物とは異なる薬学的に許容し得る賦形剤を含み得る。賦形剤の例には、滅菌水、生理食塩水、溶媒、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定化剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、保存剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、緩和剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、増粘剤、および可溶化剤が含まれる。
一側面において、本開示は、細菌の保存を可能にする組成物を提供する。いくつかの態様において、細菌は嫌気性細菌である。細菌の保存に有用な組成物は、本明細書において安定化組成物とも呼ばれる。保存された細菌性組成物を調製するための方法は、本明細書中に使用されるとき、その中の細菌のバイアビリティを促進し、および急速冷凍および凍結乾燥に続く細菌の回収を可能にする方法を指す。
組成物の安定化または保存の機能性は、2つの特定の時点(例として、1日目および100日目)における生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を比較することによって、評価することができる。いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、第1の時点での生存細菌(例として、コロニー形成単位)の数を、第2の時点での生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。
いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、急速冷凍の前の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、急速冷凍の後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、急速冷凍の前の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、凍結乾燥後の生存細菌(例として、コロニー形成単位)の数と比較することによって、評価される。いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、急速冷凍の後/凍結乾燥の前の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、凍結乾燥後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。
いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、急速冷凍の前の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、組成物を一定期間、貯蔵条件に供した後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、急速冷凍の後/凍結乾燥の前の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、組成物を一定期間、貯蔵条件に供した後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。いくつかの態様において、組成物の保存の機能性は、凍結乾燥の後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)を、組成物を一定期間、貯蔵条件に供した後の生存細菌の数(例として、コロニー形成単位)と比較することによって、評価される。
コロニー形成単位の数が2つの時点でまたはある期間にわたって同一または実質的に同一である場合、その組成物は、完全な保存方法である。2つの時点の間またはある期間にわたるコロニー形成単位の数の大幅な減少は、該方法が良好な保存組成物ではないことを示す。
いくつかの態様において、本明細書中に提供される方法は、一定期間にわたり、コロニー形成単位の少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、最高100%の回収を可能にする。いくつかの態様において、一定期間は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、または少なくとも1年間以上である。いくつかの態様において、回収されたコロニー形成単位のパーセンテージまたは保存レベルは、一定期間における第1の時点での細菌(例えば、細菌株または総細菌)のコロニー形成単位の数を、第2の時点での細菌(例えば、細菌株または総細菌)のコロニー形成単位の数と比較することにより、決定される。
例えば、細菌の50%の回収または50%の保存は、細菌の半分が、一定期間にわたって生存を維持したことを示し;および100%の回収は、すべての(または実質的にすべての)細菌が、一定期間にわたって生存を維持したことを示す。
いくつかの態様において、本明細書中に提供される方法は、一定期間にわたり、コロニー形成単位の少なくとも1%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、最高100%の保存された細菌性組成物のバイアビリティのレベルをもたらす。いくつかの態様において、一定期間は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、または少なくとも1年間以上である。
いくつかの態様において、バイアビリティのレベルは、一定期間にわたる、第1の時点での細菌(例として、細菌株または総細菌)のコロニー形成単位の数を、第2の時点での細菌(例として、細菌株または総細菌)のコロニー形成単位の数と比較することにより、決定される。例えば、50%のバイアビリティは、細菌の半分が、一定期間にわたって生存を維持したことを示し;および100%のバイアビリティは、すべての(または実質的にすべての)細菌が、一定期間にわたって生存を維持したことを、示す。
いくつかの態様において、本明細書中に提供の方法は、凍結乾燥トレイ(例として、GORE(登録商標)Lyoguard(登録商標)凍結乾燥トレイ)中の細菌性組成物を冷凍および凍結乾燥することに関わる方法と比較して、増強されたバイアビリティを有する保存された細菌性組成物をもたらす。
いくつかの態様において、本明細書中に記載の方法は、凍結乾燥トレイ中の細菌性組成物を冷凍および凍結乾燥することに関わる方法と比較して、少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、150倍、200倍、500倍、またはそれより強く増強されるバイアビリティを有する、保存された細菌性組成物をもたらす。
配列番号1 株1 16sリボソームRNA Clostridium bolteae
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号2 株2 16sリボソームRNA Anaerotruncus colihominis
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号3 株3 16sリボソームRNA Ruminococcus torques
TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCGTCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCGTCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号4 株4 16sリボソームRNA Clostridium symbiosum
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGATTTAACGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGCGGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGATTTAACGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGCGGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号5 株5 16sリボソームRNA Blautia producta
ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTGGATCTCTTCGGATTGAAGCTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTGGATCTCTTCGGATTGAAGCTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号6 株6 16sリボソームRNA Dorea Longicatena
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
配列番号7 株7 16sリボソームRNA Erysipelotrichaceae bacterium
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
配列番号8 株8 16sリボソームRNA Subdoligranulum spp
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
本発明は、その適用において、以下の説明に記載されているかまたは図面に示されている構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。本発明は他の態様が可能であり、様々な方法で実施または実行することができる。また、本明細書で使用されている表現および用語は説明を目的としており、限定と見なされるべきではない。本明細書における「含む(including)」、「含む(comprising)」、または「有する」、「含有する」、「含む(involving)」、およびそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目およびその等価物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
本明細書において別に定義されない限り、本開示に関連して使用される科学的および技術的用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の要求がない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。本開示の方法および技術は、一般に当技術分野において知られている従来の方法に従って行われる。一般に、本明細書に記載の生化学、酵素学、分子および細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝学ならびにタンパク質および核酸化学に関連して使用される命名法および技術は、当技術分野でよく知られており一般的に使用されるものである。本開示の方法および技術は一般に、別に指示されない限り、当分野で知られている従来の方法に従って、本明細書を通して引用および議論される種々の一般的およびさらに具体的な参考文献に記載されるようにして、実施される。
本発明を、以下の例によりさらに説明するが、これは決してさらなる限定として解釈されるべきではない。本明細書を通して引用される全ての参考文献(参考文献、発行された特許、公開された特許出願、および同時係属中の特許出願を含む)の全内容は、特に上記で参照された教示に関して、参照により本明細書に明確に組み込まれる。しかしながら、いかなる参考文献の引用も、その参考文献が先行技術であることの承認を意図するものではない。
例
凍結乾燥の前に、製剤化された培養物の急速冷凍滴を試験するために、検討を遂行した。凍結乾燥トレイ(例として、GORE(登録商標)Lyoguard(登録商標)凍結乾燥トレイ)中で冷凍および凍結乾燥した細菌株と比較した場合の、冷凍および凍結乾燥後の細菌株の改善されたバイアビリティを立証する試験。バイアビリティの改善とともに、冷凍し、凍結したペレットを保管する能力は、保存された細菌生成物の生成に伴うより大きな柔軟性を可能にする。
凍結乾燥の前に、製剤化された培養物の急速冷凍滴を試験するために、検討を遂行した。凍結乾燥トレイ(例として、GORE(登録商標)Lyoguard(登録商標)凍結乾燥トレイ)中で冷凍および凍結乾燥した細菌株と比較した場合の、冷凍および凍結乾燥後の細菌株の改善されたバイアビリティを立証する試験。バイアビリティの改善とともに、冷凍し、凍結したペレットを保管する能力は、保存された細菌生成物の生成に伴うより大きな柔軟性を可能にする。
細菌培養物を、生育培地中で接種し、37℃で嫌気的にインキューベートした。一旦光学密度(OD)が、試験される株に基づいた標的閾値を超えると、培養物を、スピンダウンさせ、製剤緩衝液で再懸濁した。使用した製剤緩衝液は、70g/Lスクロース、1g/L酵母抽出物、0.5g/L L‐システイン、20mmヒスチジン、および0.1g/L塩化マグネシウムを有する。VE303-1、VE303-2、およびVE303-6に関する製剤緩衝液も、0.5g/Lメタ重亜硫酸ナトリウムを含有した。塩化マグネシウムを含有しないことを除いて、従来の凍結乾燥法のために使用される製剤緩衝液は同一であった。培養物を二度スピンダウンさせ、上清を廃棄し、そして再び製剤緩衝液中に懸濁した。培養物の滴を、1mLピペットを使用して液体窒素槽にそれらを加えることによって、急速冷凍した。冷凍した滴を、篩を用いて収集し、ドライアイス上にある凍結乾燥バイアルに等分した。バイアルを、-50℃の棚温度を伴う凍結乾燥器へ移動した。すべてのバイアルを、-50℃で4時間保持した。第1の乾燥を、-10℃および70mTorrで遂行した。第2の乾燥を、+20℃および70mTorrで遂行した。バイアルを次いで凍結乾燥器から取り除き、それらを試験できるまで-80℃で保管した。
各細菌株に関して、2つの方法のそれぞれのための収穫試料、冷凍解凍試料(データは示されていない)、および凍結乾燥後試料を平板培養し、プロセスの各ステージでの細菌株のバイアビリティを決定した。プレートを、減少したホスファート緩衝食塩水(PBS)中ですべての試料に関して連続希釈液を生成することによって作成した。試料の100μLアリコートを、1X PBSの900μL中で混和した。前のPBSの900μL中の希釈物から100μLを混和することにより、連続希釈を遂行した。これを遂行し、希釈物を10-1から10-7まで生成した。10-5、10-6、および10-7の希釈物を使用し、チョコレート寒天平板上で100μLを平板培養した。平板培養した希釈物を、無菌ビーズを用いてばらまき、37℃で>48時間、嫌気的にインキューベートした。各プレート上のコロニーを、数え上げ、各試料のバイアビリティを決定した。凍結乾燥後試料に関して、材料の0.1グラムを、希釈および平板培養の前にPBS中で再水和させ、バイアビリティを決定した。
各細菌株の凍結乾燥後のバイアビリティを、凍結乾燥トレイ(例として、GORE(登録商標)Lyoguard(登録商標)凍結乾燥トレイ)中の細菌培養物を冷凍させる従来の方法を用いたそれぞれの細菌株の凍結乾燥後のバイアビリティと、比較した(図1)。細菌株VE303-06は、バイアビリティにおいて最も高い改善を立証した(凍結乾燥トレイを使用した3.9%から本明細書中に記載の方法を使用した20%まで増加した)。
Claims (22)
- 保存された細菌性組成物を調製する方法であって、
細菌性組成物を急速冷凍すること、および
急速冷凍された細菌性組成物を凍結乾燥して、保存された細菌性組成物を生成すること
を含む、前記方法。 - 細菌性組成物が、1以上の細菌株を含む、請求項1に記載の方法。
- 細菌性組成物が、1以上の嫌気性細菌株を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 嫌気性細菌株が、偏性嫌気性細菌である、請求項3に記載の方法。
- 細菌性組成物が、クロストリジウム網に属する1以上の細菌株を含む、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上の細菌株が、クロストリジウム科に属する、請求項5に記載の方法。
- 細菌が、クロストリジウム属に属する1種以上の細菌株を含む、請求項6に記載の方法。
- 細菌性組成物が、Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、およびFlavinofractor plautiiからなる群から選択される1以上の細菌株を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。
- 細菌性組成物が、配列番号1~8からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する16S rDNA配列を含む1以上の細菌株を含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- 細菌性組成物を洗浄すること、および製剤緩衝液中で細菌性組成物を再懸濁することをさらに含む、請求項1~9のいずれか一項に記載の方法。
- 急速冷凍することが、細菌性組成物を、超冷却された表面と接触させることによって遂行される、請求項1~10のいずれか一項に記載の方法。
- 急速冷凍することが、細菌性組成物を、液体窒素と接触させることによって遂行される、請求項1~10のいずれか一項に記載の方法。
- 細菌性組成物が、対称性の形状を有する、請求項1~12のいずれか一項に記載の方法。
- 対称性の形状が、対称性の冷凍した滴である、請求項13に記載の方法。
- 保存された細菌性組成物を、-80℃の温度に供することをさらに含む、請求項1~14のいずれか一項に記載の方法。
- 凍結乾燥することが、第1の乾燥ステップおよび第2の乾燥ステップを含む、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
- 第1の乾燥ステップが、急速冷凍された細菌性組成物を、-10℃の温度に、および70mTorrの圧力の下に供することを含む、請求項16に記載の方法。
- 第2の乾燥ステップが、急速冷凍された細菌性組成物を、+20℃の温度に、および70mTorrの圧力の下に供することを含む、請求項16または17に記載の方法。
- 細菌性組成物を培養することをさらに含む、請求項1~18のいずれか一項に記載の方法。
- 凍結乾燥した後、保存された細菌性組成物のバイアビリティのレベルを決定することをさらに含む、請求項1~19のいずれか一項に記載の方法。
- 保存された細菌性組成物のバイアビリティのレベルが、一定期間にわたり、細菌のコロニー形成単位の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、または少なくとも40%である、請求項20に記載の方法。
- 一定期間が、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、または少なくとも1年間以上である、請求項21に記載の方法。
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