JP2022548252A - リファブチン処置法、使用および組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2019年9月18日出願の米国仮特許出願第62/902,019号、2019年9月12日出願の同第62/899,257号、2019年11月27日出願の同第62/941,160号、および2020年2月17日出願の同第62/977,659号(これらの各々の内容は、その全体において本明細書に参考として援用される)に基づく利益および優先権を主張する。
本発明は、A.baumannii 第二鉄-コプロゲン(FhuE)レセプターの活性化のための組成物および方法、ならびにA.baumannii感染を処置するために有効なリファブチンの高い全身曝露(CmaxおよびAUC)の使用を開示する。
細菌感染はしばしば、多剤耐性(MDR)または広範囲薬剤耐性(XDR)の細菌株の出現に起因して、処置するのが困難である。特に懸念されるのは、世界保健機関の優先リストによれば、頭字語「ESKAPE」によって公知の抗微生物剤耐性グラム陰性病原体に属する、カルバペネムおよび第三世代セファロスポリン耐性のAcinetobacter baumannii、Pseudomonas aeruginosaおよびEnterobacteriaceae spp.である。
本発明は、A.baumanniiに対するリファブチンの臨床上の有効性の増大のためのシステムおよび方法を提供する。本発明者らによる新規な作用機序の発見は、リファブチンが、他のグラム陰性病原体に対して最小限の活性のみを有すると同時に、A.baumanniiに対して顕著な活性を維持する能力を生じた。本発明は、リファブチン(ただし近縁の薬物、リファンピンではない)のA.baumannii細胞への取り込みを担う第二鉄-コプロゲン(FhuE)レセプターの発見を利用する。1つの局面において、本発明は、投与されたリファブチンの高いAUCおよびCmaxを提供し、これは、FhuEレセプターの活性化を介して増大した臨床上の有効性を可能にし、同時に、耐性の可能性 - リファブチンおよび関連薬物の標準経口製剤における顕著な問題を低減する。本発明者らは、高い曝露および特に、Cmaxが、現在利用可能な経口投与経路によって達成できないが、局所的に高いCmaxおよびAUCが必要とされる場合、静脈内注射によって、または改変された経口放出に関して当該分野で公知の方法によって、または吸入によって達成できることを発見した。
本開示の実施形態は、A.baumannii感染を処置する、またはA.baumannii感染を処置するための医薬を作製するための方法、使用、および組成物を提供する。バックグラウンドに関しては、Howard, 2012, Acinetobacter baumannii. An emerging opportunistic pathogen, Virulence 3(3):243-250およびPeleg, 2008, Acinetobacter baumannii. Emergence of a successful pathogen, Clin Microbiol Rev 21(3):538-582(ともに参考として援用される)を参照のこと。本開示の方法および組成物は、上記A.baumannii細胞への上記リファブチンの進入を促進するために、第二鉄-コプロゲン(FhuE)レセプターの活性化を通じて機能する。上記FhuEレセプターは、Sauer, 1987, ferric-coprogen receptor FhuE of Escherichia coir. Processing and sequence common to all TonB- dependent outer membrane receptor proteins, J Bact 169(5):2044-2049(参考として援用される)において考察されている。
多くの承認薬を、標準的な試験条件(カチオンを調節したMueller Hintonブロス; CA-MHB)および貧栄養培地(Roswell Park Memorial Institute (RPMI)培地+10% ウシ胎仔血清(FCS))の下でA.baumanniiに対して試験した。A.baumanniiに対するリファブチンの抗細菌活性は、非標準的試験条件下で大きく増強した。表1は、標準的(CA-MHB, Mueller Hintonブロス2)および非標準的試験条件下での、カルバペネム耐性A.baumannii株HUMC1およびUNT091の抗微生物感受性の結果をまとめる。上記結果は、2つのカルバペネム耐性A.baumannii株、HUMC1およびUNT091が、10% FCSを補充したRPMI中で試験した場合、リファブチンに対して高感受性であった(MIC=0.002mg/L)が、リファンピン、メロペネム、セフォタキシム、ゲンタマイシンおよびシプロフロキサシンに対して低感受性を示したことを示す。著しく対照的なことに、両方の株は、標準試験条件(CA-MHBブロス)下で試験する場合、その試験した抗生物質(リファブチンを含む)の全てに対して低感受性を有した。
10%(v/v) ウシ胎仔血清(FCS)を補充したRoswell Park Memorial Institute(RPMI)培地中でのおよび標準的最小阻害濃度(MIC)アッセイ条件下での2つのカルバペネム耐性臨床A.baumannii単離物に対するリファブチン、リファンピン、メロペネム、セフォタキシム、ゲンタマイシンおよびシプロフロキサシンのインビトロ活性を、分析した。
fhuEの発現を、定量的逆転写-PCR(qRT-PCR)によって評価した。単離物を、特定のブロス中、37℃で対数増殖期中期(600nmでの光学密度[OD600]は0.5)まで増殖させ、全RNAを、PureLink RNAミニキット(Ambion)を使用して製造業者の推奨に従って抽出した。残りのDNA夾雑物を、Turbo DNA-freeキット(Ambion)を使用して除去した。qRT-PCRを、GoTaq 1-Step RT-qPCR Systemキット(Promega)を使用して、CFX96 TouchTM Real-Time PCR Detection System(BioRad)で行った。ハウスキーピング遺伝子として、RNAポリメラーゼシグマ因子D(rpoD)を定量し、fhuE発現を、匹敵するΔΔCT(ここでCTは、閾値サイクルである)法を使用して、rpoDのものに対して正規化した。
リファブチン活性におけるFhuE活性化の役割を確認するために、fhuEを、A.baumannii株HUMC1およびUNT091において欠失させた。
FhuEタンパク質をコードする遺伝子AWC45_RS10145 (HUMC1ゲノム)を、2工程組換え法を使用して、A.baumannii株HUMC1およびUNT091において欠失させた。fhuEの700bp上流および下流のゲノム領域に対応するDNAフラグメントを、PCRによって増幅し、Gibsonアセンブリを使用して、pVT77ノックアウトプラスミドへと導入した。その得られたfhuEノックアウトプラスミドを、複合体化によってA.baumannii単離物に移し、トランス-複合体を、テルル酸ナトリウムを含むLBアガープレート上で選択した。37℃での一晩の選択後、クローンを、PCRによってゲノムプラスミド組み込みに関してスクリーニングし、上流および下流のプラスミド組み込みを含むクローンを、ゲノムからのプラスミド除去のために、AZTを含むLBアガープレート上でのカウンターセレクション(counter-selection)に使用した。クローンを、PCRによってfhuE欠失およびプラスミド除去に関してスクリーニングし、そのゲノム遺伝子欠失を、DNAシーケンシング(Microsynth AG, Balgach, Switzerland)によって確認した。
fhuEの過剰発現を、これがリファブチン取り込みを誘発するか否かを決定するために評価した。
表3は、CA-MHB +/- 1mM IPTG中でのfhuE発現A.baumannii株におけるリファブチンのMICをまとめる。IPTGの存在下では、リファブチンMICは、コントロールとしてのからのプラスミドを有する株と比較して、fhuE発現プラスミドを有する株において1000倍低かった。このデータは、A.baumanniiにおけるfhuEの活性化が、この生物に対するリファブチンの強力な活性を生じることを示す。
A.baumannii HUMC1株からのfhuE遺伝子(AWC45 RS10145)を、イソプロピル-β-D-1-チオガラクトピラノシド(IPTG)誘導性プロモーターPtrc-lacOの制御下で、E.coli/A.baumanniiシャトルプラスミドpVT111へとクローニングした。その得られたプラスミドおよび本来のpVT111プラスミド(コントロール)を、複合体化によってA.baumannii株ATCC-17978へと移入し、トランス複合体を、カナマイシンを含むLBアガープレート上で選択した。次いで、受け手のA.baumannii株におけるそのプラスミドの存在を、PCRによって確認した。
表4は、RPMI + 10% FCSアガー培地上でのリファブチンに対するA.baumannii自発的耐性頻度のFoR結果をまとめる。10-5~10-9の範囲に及ぶ用量依存性FoRを、HUMC1株に関して観察した。10-5あたりの高FoRを、0.02mg/Lおよび0.2mg/Lのリファブチン濃度で観察し、続いて、1mg/Lにおいて10-7、ならびに2mg/Lおよび20mg/L リファブチンにおいて10-9への段階的減少を観察した。類似の結果を、株UNT091-1、ACC00445、LAC-4およびUNT238-1に関して観察した。
10%(v/v) ウシ胎仔血清(FCS)を補充したRPMI培地中でのリファブチンに対するA.baumannii変異耐性の頻度(FoR)を調査した。
図2は、好中球減少性敗血症マウスモデル(n=7)におけるリファブチンおよびリファンピンの効果の結果を図示するグラフである。上記CD-1マウスを、5% ムチンの存在下でA.baumannii ACC00445株にIP感染させた。上記マウスを、感染後1時間および5時間で、IV投与を介してリファブチンおよびリファンピンで処置した。その結果は、リファブチンのIV投与が、1mg/kgにおいて用量依存性様式で敗血症を防御するのに対して、リファンピンは、10mg/kgにおいて防御しないことを示す。これは、インビトロで観察されたリファブチンの強力な活性を裏付ける。
リファブチンは、コリスチン、およびカルバペネムに対して非感受性である単離物を含めて、近年単離され、主にXDR A.baumanniiの大きなパネルに対する強力なインビトロ活性を示す。PIHによる遊離鉄の錯体化は、栄養豊富な標準的MHAにおいて試験する強いリファブチン感受性を可能にする。
2017~2019年の間に、欧州(n=144)、米国(USA)(n=99)およびアジア-西太平洋(n=50)地域から単離された293のCRAB株のパネルを、リファブチンMIC決定のために使用した。上記株のパネルは、10% MDR(n=29)、86% XDR(n=253)および4%(n=11)のPDR表現型を有する単離物を含んだ。単離物を、肺炎(59%)、血流感染(28%)、ならびに皮膚および軟部組織感染症(11%)を有する患者から主に集め、Magiorakosら. 2011によって記載される抗微生物剤クラスの<2に従って非感受性である場合に、XDRとしてCLSIブレイクポイントに従って分類した。リファブチンでのA.baumanniiの感受性試験を、0.1mM ピリドキサールイソニコチノイルヒドラゾン(PIH)(強力な非毒性鉄キレート剤)を補充したMuller Hinton Agar(MHA)でのアガー希釈法を使用して行った。比較因子の抗生物質を、CLSI標準条件で試験した。
補完アッセイにおいて、FhuE V38P発現は、野生型FhuE発現と比較して、リファブチンの強力な活性を回復させられなかった。これは、FhuE TonBボックスとTonBエネルギー伝達機構(energy transducing machinery)との間の物理的相互作用が、図8に示されるように、リファブチンの強力な活性にとって必要とされることを示す。これらのデータは、FhuEへのリファブチン結合が、FhuEアロステリックコンホメーション移行(allosteric conformational transition)を活性化するために必要とされ、これは、リファブチン活性輸送およびA.baumanniiに対する強力な活性を可能にすることを示唆する。図8は、CA-MHBにおけるFhuE-バリアントのプラスミド媒介性発現の際の、リファブチンおよびリファンピシン抗生物質の活性を示す。A.baumannii ATCC-17978を、宿主株として使用した。プラスミドからの遺伝子発現を、1mM IPTGで誘導し、fhuEをコードしないプラスミドを、コントロールとして使用した。
A.baumanniiに対する強力なリファブチン活性は、TonB依存性輸送体(TBDT)FhuEの発現に依存する。このことは、リファブチンが、FhuEを経てA.baumannii外膜を横断して活発に移動されることを示唆する。TBDT媒介性の活発な輸送体は、上記輸送体のアロステリックコンホメーション移行を活性化するために特異的基質結合を必要とし、これは、図7に示されるとおりのTBDTのいわゆるTonBボックスを経るTonBエネルギー伝達機構の補充をもたらす。Noinaj, N., Guillier, M., Barnard, T.J. & Buchanan, S.K. TonB-dependent transporters: regulation, structure, and function. Annu. Rev. Microbiol.64, 43-60(2010)(本明細書に参考として援用される)を参照のこと。図7は、Hickman, S.J., Cooper, R.E.M., Bellucci, L., Paci, E. & Brockwell, D.J. Gating of TonB―dependent transporters by substrate-specific forced remodelling. Nat. Commun. 8, 1-12(2017)(本明細書に参考として援用される)から適合されたTonB依存性輸送の模式図を示す。TBDTは、それらの内腔がN末端プラグドメインによって閉塞され、基質が外膜を横断して通過するのを防止する、いわゆるゲート型ポリンである。基質の結合は、上記プラグドメインのアロステリック再配列を誘導し、Tonボックスをペリプラズム空間へと放出し、ここでそれは、TonBのC末端ドメインを、ExbBおよびExbDとの複合体において補充して、エネルギー伝達機構を形成する。この非共有結合的複合体を介するOMとIMとの連結は、上記基質の通過を可能にする、プラグドメインの完全なまたは部分的な展開(unfolding)を誘発するために必要とされる。TBDT:TonB依存性輸送体、OM:外膜、IM:内膜、PG:ペプチドグリカン。
他の文書(例えば、特許、特許出願、特許公報、学術雑誌、書籍、論文、ウェブコンテンツ)への言及および引用は、本開示全体を通じて行われている。全てのこのような文書は、全ての目的のためにそれらの全体において本明細書に参考として援用される。
本発明の種々の改変およびその多くのさらなる実施形態は、本明細書で示され、記載されるものに加えて、本明細書で引用される科学文献および特許文献への言及を含め、この文書の全内容から当業者に明らかになる。本明細書中の主題は、その種々の実施形態およびその均等物において本発明の実施に適合され得る重要な情報、例示、およびガイダンスを含む。
Claims (29)
- A.baumannii感染を処置するための方法であって、前記方法は、A.baumannii細胞の第二鉄-コプロゲン(FhuE)レセプターの活性化に十分な用量においてリファブチンを含む組成物を患者に投与することによって、上記A.baumannii細胞へのリファブチンの進入を促進する工程を包含する、方法。
- 前記組成物は、静脈内投与される、請求項1に記載の方法。
- 前記用量は、FhuEレセプターの活性化と関連するAUCおよびCmaxを提供する、請求項2に記載の方法。
- 前記Cmaxは、約2mg/Lより大きい、請求項3に記載の方法。
- 前記Cmaxは、約2mg/Lより大きくかつ約50mg/L未満である、請求項3に記載の方法。
- Cmax>2mg/Lであるが<50mg/Lであり、AUC>10mg*h/Lでありかつ<300mg*h/Lである、請求項3に記載の方法。
- リファブチンは、吸入によって投与される、請求項1に記載の方法。
- リファブチンは、放出改変経口薬物送達システムによって投与される、請求項1に記載の方法。
- 前記リファブチンを含む組成物は、リファブチン、水、溶媒、および酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記組成物は、少なくとも約2mg/kg q24h、1mg/kg q12h、または0.5mg/kg q6hであるリファブチン用量において静脈内に送達される、請求項9に記載の方法。
- 前記溶媒は、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート(Tween(登録商標)80)、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート(Tween(登録商標)20)、ポリエチレングリコール(PEG)、プロピレングリコール、N-メチル-2-ピロリドン(NMP)、グリセリン、エタノール、ジメチルアセトアミド(DMA)、ジエチレングリコールモノエチルエーテル(transcutol HP)、およびジメチルイソソルビド(DMI)からなる群より選択される、請求項9に記載の方法。
- 前記組成物は、約2:1 溶媒:リファブチンを含む、請求項9に記載の方法。
- 前記製剤を、静脈内注射によって前記患者に送達する工程をさらに包含する、請求項9に記載の方法。
- 前記製剤は、少なくとも約2mg/LのCmaxを生じる用量で送達される、請求項13に記載の方法。
- 前記製剤は、2mg/L<Cmax<50mg/L;および10mg*h/L<AUC<300mg*h/Lを生じる用量で送達される、請求項13に記載の方法。
- 前記製剤は、少なくとも約2mg/kg q24h、1mg/kg q12h、または0.5mg/kg q6hである用量で送達される、請求項13に記載の方法。
- A.baumannii感染を処置することにおける使用のための組成物であって、前記組成物は、リファブチン、水、溶媒、および酸を含む、組成物。
- 前記溶媒は、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート(Tween(登録商標)80)、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート(Tween(登録商標)20)、ポリエチレングリコール(PEG)、プロピレングリコール、N-メチル-2-ピロリドン(NMP)、グリセリン、エタノール、ジメチルアセトアミド(DMA)、ジエチレングリコールモノエチルエーテル(transcutol HP)、およびジメチルイソソルビド(DMI)からなる群より選択される、請求項17に記載の組成物。
- 前記組成物は、約2:1 溶媒:リファブチンを含む、請求項17に記載の組成物。
- 前記組成物は、静脈内送達のための水性溶液として提供される、請求項17に記載の組成物。
- 前記組成物は、A.baumanniiに感染したと同定された患者に提供され、前記組成物は、少なくとも約2mg/kg q24h、1mg/kg q12h、または0.5mg/kg q6hの投与量でのIV送達のためのリファブチンを含む、請求項17に記載の組成物。
- 患者においてA.baumannii感染を処置するための医薬の製造のためのリファブチンの使用。
- 前記医薬は、FhuEレセプターの活性化と関連するAUCおよびCmaxを生じる用量を提供する、請求項22に記載の使用。
- 前記医薬は、前記患者において、少なくとも約2mg/LであるCmaxを生じる投与量レジメンで投与されるように調製される、請求項22に記載の使用。
- 前記医薬は、リファブチン、水、溶媒、および酸を含む、請求項22に記載の使用。
- 前記溶媒は、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート(Tween(登録商標)80)、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート(Tween(登録商標)20)、ポリエチレングリコール(PEG)、プロピレングリコール、N-メチル-2-ピロリドン(NMP)、グリセリン、エタノール、ジメチルアセトアミド(DMA)、ジエチレングリコールモノエチルエーテル(transcutol HP)、およびジメチルイソソルビド(DMI)からなる群より選択される、請求項25に記載の使用。
- 前記医薬は、IVバッグ内に提供される、請求項25に記載の使用。
- 前記医薬は、2mg/L<Cmax<50mg/L;および10mg*h/L<AUC<300mg*h/Lを生じる用量を提供する、請求項25に記載の使用。
- 前記医薬は、少なくとも約2mg/kg q24h、1mg/kg q12h、または0.5mg/kg q6hであるリファブチン投与量を提供する、請求項25に記載の使用。
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