JP2022535323A - プロバイオティクスバイオフィルム組成物およびそれを調製する方法 - Google Patents

Abstract

本発明は、バイオフィルムの形態のプロバイオティクス細菌を含む組成物であって、バイオフィルムが少なくとも２つの細菌種を含む、組成物に向けられている。本発明の組成物を使用する方法、およびそれを製造する方法がさらに提供される。【選択図】図１Ａ

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年３月２８日に出願された「ＰＲＯＢＩＯＴＩＣ ＢＩＯＦＩＬＭ ＳＵＰＰＯＳＩＴＯＲＩＥＳ」というタイトルの米国特許出願第１６／３６８，０３０号、および２０１９年４月２日に出願された「ＢＩＯＦＩＬＭ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＯＦ ＰＲＥＰＡＲＩＮＧ ＳＡＭＥ」というタイトルの米国仮特許出願第６２／８２７，９３１号の優先権の利益を主張し、これらの出願の内容は参照により全体が本明細書に組み込まれる。

本発明は、プロバイオティクス送達の分野に向けられている。

健常なマイクロバイオータは、宿主に複数の利益を提供する細菌の定着（ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ）を要求し、該利益としては、広範な病原体に対する抵抗性、必須栄養素の生合成および吸収、ならびに健常な腸上皮および適切に制御された全身免疫を維持する免疫刺激が挙げられる。ディスバイオシスまたは壊れた共生の状況において、マイクロバイオータ機能が喪失または混乱して、病原体に対する感受性の増加、代謝プロファイルの変更、または局所性もしくは全身性の炎症もしくは自己免疫を結果としてもたらし得る炎症促進性シグナルの誘導を結果としてもたらすことがある。

泌尿生殖器感染症、例えば酵母膣炎、細菌性膣症、および尿路感染症は、各年の罹患する女性の数の観点で依然として大きな医学上の問題となっている。これらの疾患は、生殖系に関する臓器および組織に影響する。

４０歳までの全ての女性について、マイクロバイオータは主に乳酸菌によるものであり、女性の泌尿生殖路の病理学的合併症において、生物群集の微生物組成は、乳酸菌の数における減少および病原性嫌気性微生物によるそれらの置き換えにより特徴付けられる。乳酸菌の減少により特徴付けられる膣フローラにおける変化は、症候群細菌性膣症を引き起こす主要な要因のようである。

抗微生物療法はこれらの感染症の根絶において一般に有効であるが、依然として再発の高い発生率がある。患者の生活の質に影響があり、多くの女性は、微生物の耐性の発達の増加に起因してその有効性が減少していく繰り返しの抗微生物剤のサイクルにフラストレーションを抱くようになる。

膣組織に定着する能力を有するラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）株の定期的な投与はこの問題に対する代替的な解決策であり得る。並行して抗生物質およびプロバイオティクスの両方の治療を使用することにより有望な結果を得ることができることが示されている。

下部生殖路中の最も一般的なラクトバシラス種は、ラクトバシラス・イネルス（ｉｎｅｒｓ）、ラクトバシラス・クリスパタス（ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニー（ｊｅｎｓｅｎｉｉ）およびラクトバシラス・ガセリ（ｇａｓｓｅｒｉ）である。近年、いくつかの研究は、生殖路感染症を予防しながらの膣の健康の維持において乳酸菌が有する重要な役割を指摘している。大腸炎に対するラクトバシラス・クリスパタスの有益な効果もまた報告されている。

しかしながら、商用のプロバイオティクス、プランクトン粉末のサプリメントおよび発酵食品の両方はほとんどまたは全く健康効果を発揮せず、生存した細菌を直腸区画または膣区画に直接的に送達する能力を欠いていることが多数の研究においてよく確立されている。

プロバイオティクスが膣条件下で生存可能であり、定着の成功のために膣上皮細胞に接着することができる膣坐剤製剤に対する必要性が存在する。さらに、そのような製剤は、治療において使用される一般的な抗生物質に対して耐性であることが重要である。

第１の態様によれば、第１の親油性担体、ラクトバシラス・クリスパタスおよびＬ．ガセリ、Ｌ．ジェンセニー、およびＬ．ラムノサス（ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含む乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌、ならびに抗生剤、ｐＨ調整剤、または両方を含む第１の剤を含む、組成物が提供される。

別の態様によれば、（ｉ）フェカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・プラウスニッツイ（ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）およびブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）・オベウム（ｏｂｅｕｍ）、Ｂｌ．コッコイデス（ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）・ブルガタス（ｖｕｌｇａｔｕｓ）、およびドレア（Ｄｏｒｅａ）（ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ））・フォルミシゲネランス（ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種、（ｉｉ）ラクトバシラス・クリスパタスおよびＬ．ガセリ、Ｌ．ジェンセニー、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種、または（ｉｉｉ）ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アドレセンティス（ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）およびＢｉｆ．ロンガム（Ｌｏｎｇｕｍ）亜種ロンガム（ｌｏｎｇｕｍ）、およびＢｉｆ．ブレベ（ｂｒｅｖｅ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含む乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌を含む、組成物が提供される。

別の態様によれば、それを必要とする対象においてフローラをモジュレートする方法であって、対象に治療有効量の本明細書に開示される組成物を投与し、それにより対象においてフローラをモジュレートすることを含む、方法が提供される。

別の態様によれば、本明細書に開示される組成物を調製する方法であって、（ａ）粒子を含む増殖培地にＬ．クリスパタスを接種するステップ、（ｂ）粒子をステップ（ａ）からのＬ．クリスパタスと、Ｌ．クリスパタスが粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、（ｃ）ステップ（ｂ）の粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに（ｄ）ステップ（ｃ）の接種された粒子を、Ｌ．クリスパタスおよび少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップを含む、方法が提供される。

別の態様によれば、本明細書に開示される組成物を調製する方法であって、
－ 粒子を含む増殖培地に、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイから選択される第１の細菌を接種するステップ、
－ 粒子を第１の細菌と、第１の細菌が粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、
－ 粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに
－ 接種された粒子を、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイ、および少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップ
を含む、方法が提供される。

一部の実施形態において、乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌および抗生剤を含む第１の剤は組成物内に均質に分散している。

一部の実施形態において、乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌は組成物全体の１０％～５０％（ｗ／ｗ）である。

一部の実施形態において、乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌は粒子に付着している。

一部の実施形態において、粒子は、種子、ＭＣＣ、リン酸二カルシウム、多糖、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。

一部の実施形態において、組成物は第２の層をさらに含む。

一部の実施形態において、第２の層は、第２の親油性担体、第２の剤または両方を含む。

一部の実施形態において、乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌の放出は第２の剤の放出よりも遅い。

一部の実施形態において、第１の剤および第２の剤のいずれか１つは抗生物質である。

一部の実施形態において、組成物は、細菌性膣症の治療における使用のためのものである。

一部の実施形態において、組成物は、安定化剤、防腐剤、滑沢剤、粘度改変剤、緩衝化剤、脂肪酸、およびこれらの組み合わせをさらに含む。

一部の実施形態において、組成物は、経口、膣、直腸、および外用からなる群から選択される送達経路のために製剤化されている。

一部の実施形態において、組成物は坐剤の形態である。

一部の実施形態において、フローラは、膣フローラ、腸フローラ、または皮膚フローラである。

一部の実施形態において、方法は、それを必要とする対象においてディスバイオシス関連状態または腸もしくは代謝性疾患を予防または治療するためのものである。

一部の実施形態において、ディスバイオシス関連状態または腸および代謝性疾患は、細菌性膣症、泌尿生殖器感染症、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、結腸直腸がん、肥満症、およびセリアック病からなる群から選択される。

一部の実施形態において、対象は、細菌性膣症、泌尿生殖器感染症、ディスバイオシス、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、またはこれらの任意の組み合わせを罹患しているまたはそれを発症するリスクがある。

一部の実施形態において、第１の細菌がＬ．クリスパタスである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ガセリ、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌がＢｉｆ．アドレセンティスである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｂｉｆ．ロンガム亜種ロンガム、およびＢｉｆ．ブレベからなる群から選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌がＦ．プラウスニッツイである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｂｌ．オベウム、Ｂｌ．コッコイデス．Ｂａｃ．ブルガタス、およびドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランスからなる群から選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌はＦ．プラウスニッツイであり、かつ接種するステップは同時に行われる。

他に定義されなければ、本明細書において使用される全ての技術および／または科学用語は、本発明が関連する技術分野の当業者により一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または同等の方法および材料を本発明の実施形態の実施または試験において使用することができるが、例示的な方法および／または材料が以下に記載される。矛盾がある場合、定義を含めて、本特許明細書が優先される。追加的に、材料、方法、および実施例は実例的なものにすぎず、必然的に限定的であることは意図されない。

本発明のさらなる実施形態および応用の全範囲は、以下に与えられる詳細な説明から明らかとなる。しかしながら、詳細な説明および特有の実施例は、本発明の好ましい実施形態を指し示すが、実例としてのみ与えており、本発明の精神および範囲内での様々な変更および修飾がこの詳細な説明から当業者に明らかとなることが理解されるべきである。

図１Ａは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｂは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｃは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｄは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｅは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｆは、表１に提示される異なる坐剤製剤の写真である。 図１Ｇは、バイオフィルムの形態の細菌を使用してバイオフィルム中の細菌の増殖を最適化するための他に、バイオフィルムの形態の細菌の発達フェーズを評価するために行われた実験設計およびアッセイの図表を提示する。ｐＨ耐性アッセイにおけるｐＨ ３．５の使用は、女性の膣において一般的なｐＨ（ｐＨ ４～５）に近いｐＨ値を有するように決定した。耐性アッセイに対するプランクトン細菌の感受性も決定し、結果をその後にバイオフィルムの形態の細菌での結果と比較した。ＣＦＵ、コロニー形成単位。 図２は、Ｌ．イネルスのプランクトン細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図３は、小スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．イネルス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。好気性および嫌気性条件の他に通気条件（静的対撹拌）を調べた。 図４は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．イネルス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図５は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．イネルス細菌の抗生物質耐性の棒グラフを提示する。「対照」は、抗生物質に曝露されなかったバイオフィルムの形態の細菌を指す。ｘ軸における数はμｇ／ｍＬでの抗生物質濃度である。 図６は、Ｌ．ジェンセニーのプランクトン細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図７は、２つの撹拌速度（７０および１３０ｒｐｍ）を調べながらの小スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ジェンセニー細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図８は、２つの撹拌速度（７０および１３０ｒｐｍ）を調べながらの中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ジェンセニー細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図９は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ジェンセニー細菌の抗生物質耐性の棒グラフを提示する。「Ｃｔｒｌ」は、抗生物質に曝露されなかったバイオフィルムの形態の細菌を指す。ｘ軸における数はμｇ／ｍＬでの抗生物質濃度である。 図１０は、Ｌ．クリスパタスのプランクトン細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１１は、撹拌および非撹拌条件を調べながらの小スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．クリスパタス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１２は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．クリスパタス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１３は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．クリスパタス細菌の抗生物質耐性の棒グラフを提示する。「Ｃｔｒｌ」は、抗生物質に曝露されなかったバイオフィルムの形態の細菌を指す。ｘ軸における数はμｇ／ｍＬでの抗生物質濃度である。 図１４は、Ｌ．ガセリのプランクトン細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１５は、２つの撹拌速度（７０および１３０ｒｐｍ）を調べながらの小スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ガセリ細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１６は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ガセリ細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１７は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．イネルス細菌の抗生物質耐性の棒グラフを提示する。「Ｃｔｒｌ」は、抗生物質に曝露されなかったバイオフィルムの形態の細菌を指す。ｘ軸における数はμｇ／ｍＬでの抗生物質濃度である。 図１８は、Ｌ．ラムノサスのプランクトン細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図１９は、２つの撹拌速度（７０および１３０ｒｐｍ）を調べながらの小スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ラムノサス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図２０は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ラムノサス細菌の酸耐性の棒グラフを提示する。 図２１は、中スケールセットアップにおける増殖後のバイオフィルムの形態のＬ．ラムノサス細菌の抗生物質耐性の棒グラフを提示する。「Ｃｔｒｌ」は、抗生物質に曝露されなかったバイオフィルムの形態の細菌を指す。ｘ軸における数はμｇ／ｍＬでの抗生物質濃度である。 図２２は、２か月間の坐剤中のバイオフィルムの形態の細菌の生存に対するクランベリーの効果の棒グラフを提示する。「ｃｒａｎ」はクランベリーを指し、「ｓｕｐｐ」は坐剤を指す。 図２３は、坐剤中での１および３か月後の湿潤性および乾燥性のバイオフィルムの形態の細菌の生存の棒グラフを提示する。 図２４は、バイオフィルムの形態の細菌：賦形剤の異なる比、それぞれ１：５または１：１０を含有する坐剤中のバイオフィルムの形態のＬ．プランタラム（ｐｌａｎｔａｒｕｍ）細菌の生存の棒グラフを提示する。賦形剤は２つの油ベースの担体、植物性バターおよびココアバターを含んでいた。「ｓｕｐｐ」は坐剤を指す。 図２５は、バイオフィルムの形態のＬ．ガセリ細菌の増殖に対する異なる粒子の効果の棒グラフを提示する。 図２６は、バイオフィルムの形態の細菌とのペンタサ（Ｐｅｎｔａｓａ）の組み合わせを含む坐剤製剤の安定性を比較する棒グラフを提示する。「ｓｕｐｐ Ａ」はＬ．ガセリおよびＬ．ラムノサスバイオフィルムを指す。「ｓｕｐｐ Ｂ」はペンタサを伴うＬ．ガセリおよびＬ．ラムノサスバイオフィルムを指す。 図２７は、共培養実験から得られたＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）、Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）およびＬ．ガセリ（ＬＧ）のコロニー形態の写真を提示する。ボルテックスによりバイオフィルムから細菌細胞を放出させた後に、ＣＦＵをカウントするためにＭＲＳ寒天プレート上にプレーティングした。 図２８Ａは細菌株の共培養の棒グラフを提示する。細菌集団の増殖およびバイオフィルム発達（ｐＨ耐性）を単独および一緒での株増殖の間で比較した。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。図２８Ａは株Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）のＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）との共培養の棒グラフを提示する。 図２８Ｂは細菌株の共培養の棒グラフを提示する。細菌集団の増殖およびバイオフィルム発達（ｐＨ耐性）を単独および一緒での株増殖の間で比較した。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。図２８Ｂは株Ｌ．ガセリ（ＬＧ）のＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）との共培養の棒グラフを提示する。 図２９は、共培養実験から得られたＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）、Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）、Ｌ．ガセリ（ＬＧ）およびＬ．クリスパタス（ＬＣｒ）のコロニー形態の写真を提示する。ボルテックスによりバイオフィルムから細菌細胞を放出させた後に、ＣＦＵをカウントするためにＭＲＳ寒天プレート上にプレーティングした。細菌コロニーの画像を寒天プレートから撮影した。 図３０Ａは、３または４つの細菌株の共培養の棒グラフを提示する。共培養（現行の実験）における各株の細菌集団の増殖およびバイオフィルム発達（ｐＨ耐性）を単独（以前の実験）でのそれらの増殖と比較した。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。図３０ＡはＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）、Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）およびＬ．ガセリ（ＬＧ）の共培養の棒グラフを提示する。 図３０Ｂは、３または４つの細菌株の共培養の棒グラフを提示する。共培養（現行の実験）における各株の細菌集団の増殖およびバイオフィルム発達（ｐＨ耐性）を単独（以前の実験）でのそれらの増殖と比較した。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える図３０ＢはＬ．ラムノサス（ＬＲｈ）、Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）、Ｌ．ガセリ（ＬＧ）、およびＬ．クリスパタス（ＬＣ）の共培養の棒グラフを提示する。 図３１は、様々な粒子サイズに対するＬ．ガセリ（ＬＧ）細菌集団の親和性を示す棒グラフを提示する。 図３２Ａは、ＬＣｒ培養物の増殖および発達状態に対する異なるｐＨレベルならびに動物ベースおよび非動物ベースの増殖培地の効果の棒グラフを提示する。 図３２Ｂは、ＬＧ培養物の増殖および発達状態に対する異なるｐＨレベルならびに動物ベースおよび非動物ベースの増殖培地の効果の棒グラフを提示する。 図３２Ｃは、ＬＪ培養物の増殖および発達状態に対する異なるｐＨレベルならびに動物ベースおよび非動物ベースの増殖培地の効果の棒グラフを提示する。 図３３Ａは、ＬＧ細菌集団の増殖および発達（ｐＨおよび抗生物質耐性）に対する動物ベースの培地および非動物１ベースの培地の効果の棒グラフを提示する。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。 図３３Ｂは、ＬＲｈ細菌集団の増殖および発達（ｐＨおよび抗生物質耐性）に対する動物ベースの培地および非動物１ベースの培地の効果の棒グラフを提示する。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。 図３３Ｃは、ＬＣｒ細菌集団の増殖および発達（ｐＨおよび抗生物質耐性）に対する動物ベースの培地および非動物１ベースの培地の効果の棒グラフを提示する。破線は細菌耐性についての閾値を指し、この点を上回って生存した細菌集団を、試験された治療に対して耐性であると考える。 図３４は、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（ＢｆＡ）は単独でのその増殖と比較してビフィドバクテリウム・ロンガム亜種ロンガム（ＢＬＬ）およびＢ．ブレベ（ＢｆＢｒ）と共培養された場合に７２ｈ後に向上した増殖を有することを示す垂直棒グラフを提示する。 図３５は、ＢｆＡは２４ｈおよび７２ｈの増殖後に単独でのその増殖と比較してＢｆＢｒと共培養された場合に向上した増殖を有することを示す垂直棒グラフを提示する。 図３６は、ＢｆＡはＢＬＬ、Ｂ．アニマリス（ａｎｉｍａｌｉｓ）（ＢＢ－１２）、およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えられた場合により高い相対存在量（ＲＡ）を有することを示す垂直棒グラフを提示する。ＢｆＡは、ＢＬＬおよびＢｆＢｒと並行して（「対照」）またはＢＬＬおよびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に（「ＢｆＡ先行」）加えた。 図３７Ａは、他のビフィドバクテリウム種に並行したその追加（「対照」）と比較して、ＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えられた場合（「ＢｆＡ先行」）のＢｆＡの向上した増殖（約１ｌｏｇの差異）を示す垂直棒グラフを提示する。（図３６における）相対存在量値は細菌カウントに対して正規化されている（ｌｏｇスケール）。 図３７Ｂは、他のビフィドバクテリウム種に並行したその追加（「対照」）と比較して、ＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えられた場合（「ＢｆＡ先行」）のＢｆＡの向上した増殖（約１ｌｏｇの差異）を示す垂直棒グラフを提示する。（図３６における）相対存在量値は細菌カウントに対して正規化されている（ｌｏｇスケール）。 図３８Ａは、他のビフィドバクテリウム種に並行したその追加（「対照」）と比較して、ＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えられた場合（「ＢｆＡ先行」）のＢｆＡの向上した増殖（約１ｌｏｇの差異）を示す垂直棒グラフを提示する。（図３６における）相対存在量値は細菌カウントに対して正規化されている（ＣＦＵ／ｍＬ）。 図３８Ｂは、他のビフィドバクテリウム種に並行したその追加（「対照」）と比較して、ＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えられた場合（「ＢｆＡ先行」）のＢｆＡの向上した増殖（約１ｌｏｇの差異）を示す垂直棒グラフを提示する。（図３６における）相対存在量値は細菌カウントに対して正規化されている（ＣＦＵ／ｍＬ）。 図３９は、フェカリバクテリウム・プラウスニッツイ（ＦａＰ）は、単独でのその増殖と比較して、ブラウティア・オベウム（ＢｌＯ）、Ｂｌ．コッコイデス（ＢｌＣ）または両方のいずれかと共培養された場合に向上した増殖を示すことを示す垂直棒グラフを提示する。 図４０は、ＦａＰは、単独でのその増殖と比較して、バクテロイデス・ブルガタス（ＢａＶ）またはＢａＶおよびドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランス（ＤｏＦ）の両方のいずれかと共培養された場合に向上した増殖を示すことを示す垂直棒グラフを提示する。 図４１は、ＦａＰは、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（ＢｆＡ）またはバクテロイデス・テタイオタオミクロン（ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）（ＢａＴ）のいずれかと共培養された場合に向上した増殖を示すことを示す垂直棒グラフを提示する。 図４２は、ＦａＰがバクテロイデス種と共培養され（右カラム）、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）種のみとの共培養（左カラム）におけるその増殖と比較してＦａＰ増殖について明確な利点が観察されることを示す垂直棒グラフを提示する。 図４３Ａは、ＦａＰが７２ｈの増殖の間にプランクトン部分（図４３Ａ）と比較してバイオフィルム（図４３Ｂ）中でより高い相対存在量（ＲＡ）を有することを示す垂直棒グラフを提示する。 図４３Ｂは、ＦａＰが７２ｈの増殖の間にプランクトン部分（図４３Ａ）と比較してバイオフィルム（図４３Ｂ）中でより高い相対存在量（ＲＡ）を有することを示す垂直棒グラフを提示する。

一部の実施形態によれば、本発明は、バイオフィルムの形態の少なくとも１つの細菌を含む組成物を提供する。

一部の実施形態において、バイオフィルムは、乾燥したバイオフィルムの形態または粉末バイオフィルムの形態である。一部の実施形態において、バイオフィルムはバイオフィルム粒子である。

本明細書において使用される場合、「バイオフィルム粒子」という用語は、バイオフィルムの形態かつ粒子の形態の細菌（例えば、プロバイオティクス細菌）を指す。

一部の実施形態において、組成物は複数の細菌を含む。一部の実施形態において、複数は、１より大きい任意の整数、例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６など、またはこれらの間の任意の値および範囲である。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。

一部の実施形態において、組成物内の少なくとも１つの細菌がバイオフィルムを生成する。一部の実施形態において、組成物内の全ての細菌がバイオフィルムを生成する。

一部の実施形態において、組成物はプランクトン細菌を含む。一部の実施形態において、プランクトン細菌はバイオフィルムを生成しない。一部の実施形態において、プランクトン細菌は、バイオフィルム生成細菌と比較して少量のバイオフィルムを生成する。

一部の実施形態において、組成物はプランクトン細菌およびバイオフィルム生成細菌を含み、プランクトン細菌は、バイオフィルム生成細菌により生成されるバイオフィルム下、上、または内に固着、封入、合併、または包埋される。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の本明細書に開示されるプロバイオティクス細菌はプランクトン細菌およびバイオフィルムの形態の細菌の混合物を含む。

バイオフィルム組成物
一部の実施形態によれば、第１の親油性担体、ラクトバシラス・クリスパタスおよびＬ．ガセリ、Ｌ．ジェンセニー、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含む乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌、ならびに抗生剤、ｐＨ調整剤、または両方を含む第１の剤を含む、組成物が提供される。

一部の実施形態において、乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌および抗生剤を含む第１の剤は組成物内に均質に分散している。

一部の実施形態によれば、組成物は、フェカリバクテリウム・プラウスニッツイおよびブラウティア・オベウム、Ｂｌ．コッコイデス、バクテロイデス・ブルガタス、ドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランス、またはこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムの形態の細菌を含む。

一部の実施形態によれば、組成物は、ラクトバシラス・クリスパタスおよびＬ．ガセリ、Ｌ．イネルス、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ラムノサス、またはこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムの形態の細菌を含む。

一部の実施形態によれば、組成物は、ビフィドバクテリウム・アドレセンティスならびにＢｉｆ．ロンガム亜種ロンガム、Ｂｉｆブレベおよびこれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムの形態の細菌を含む。

本明細書において使用される場合、「プロバイオティクス」という用語は、他の微生物、特に有益な特性を有する微生物（例えば膣フローラおよび腸フローラの微生物）の増殖を刺激することもできる有益なまたは要求される細菌株を指す。

一部の実施形態において、バイオフィルムは、膣ミクロフローラに由来する少なくとも１つの細菌株を含む。一部の実施形態において、膣ミクロフローラに由来する少なくとも１つの細菌株はプロバイオティクス細菌である。

一部の実施形態において、バイオフィルムは、腸ミクロフローラに由来する少なくとも１つの細菌株を含む。一部の実施形態において、腸ミクロフローラに由来する少なくとも１つの細菌株はプロバイオティクス細菌である。

一部の実施形態において、バイオフィルムは、結腸に由来する少なくとも１つの細菌株を含む。一部の実施形態において、バイオフィルムは、胃に由来する少なくとも１つの細菌株を含む。一部の実施形態において、バイオフィルムは、小腸に由来する少なくとも１つの細菌株を含む。

一部の実施形態において、少なくとも１つのプロバイオティクス細菌は、属ラクトバシラス、ビフィドバクテリウム、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、フェカリバクテリウム、ペディオコッカス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、ロイコノストック（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリヒア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）・コリ（ｃｏｌｉ）、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

腸由来株の非限定的な例としては、ラクトバシラス・ラムノサスＧＧ（ＬＧＧ）、ストレプトコッカス・サーモフィラス（ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバシラス・アシドフィルス（ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム・ラクチス（ｌａｃｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ブレベ、ビフィドバクテリウム・ロンガム、ビフィドバクテリウム・インファンティス（ｉｎｆａｎｔｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（ｆａｅｃｉｕｍ）、ラクトバシラス・プランタラム、ラクトバシラス・ラムノサス、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・フロイデンライヒー（ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、ビフィドバクテリウム・ブレベ、ラクトバシラス・ロイテリ（ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバシラス・サリバリウス（ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス、ストレプトコッカス・サーモフィラス（ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、およびフェカリバクテリウム・プラウスニッツイが挙げられる。

一部の実施形態において、バイオフィルムは少なくとも１つのラクトバシラス細菌株を含む。ラクトバシラスの非限定的な例としては、ラクトバシラス・クリスパタス、ラクトバシラス・ガセリ、ラクトバシラス・イネルス、ラクトバシラス・ジェンセニー、ラクトバシラス・ラムノサス、ラクトバシラス・ラクトバシラス・ラムノサスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ ＧＧ）、ラクトバシラス・アシドフィルス、ラクトバシラス・プランタラム、ラクトバシラス・パラカゼイ（ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバシラス・デルブルエッキー（ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）亜種ブルガリカス（Ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）が挙げられる。

一部の実施形態において、プロバイオティクス細菌は膣組織に定着することができる。一部の実施形態において、プロバイオティクス細菌は、プランクトン形態で提供される類似した細菌と比較して膣組織への定着においてより高い能力を有する。定着の向上の程度は、投与からの予め決定された時間的期間の後に、プランクトンプロバイオティクス細菌ベースの坐剤を用いて処置された対照組織と比較してバイオフィルム粒子ベースの坐剤を用いて処置された組織からの試料中の細菌の量における増加として測定されてもよい。

一部の実施形態において、本明細書において提供される細菌は、ＰＣＴ／ＩＢ２０１６／０００９３３およびＰＣＴ／ＩＬ２０１７／０５０５８７（参照により全体が本明細書に組み込まれる）に開示される方法を使用して生成される。

１つの実施形態において、本明細書において提供されるバイオフィルムを生成させるための１つまたは複数の細菌は健常な哺乳動物から得られる。１つの実施形態において、細菌は動物ドナーから得られる。１つの実施形態において、ドナーは、健康状態および栄養習慣についてスクリーニングされてもよい。１つの実施形態において、細菌は細菌株に由来する。一部の実施形態において、細菌は、貯蔵された細菌株に由来する。一部の実施形態において、複数の細菌は、凍結された細菌株に由来する。一部の実施形態において、細菌は、凍結されたバイオフィルムに由来する。一部の実施形態において、細菌は、凍結乾燥された細菌株に由来する。

１つの実施形態において、バイオフィルムは、貯蔵されたマイクロバイオータ試料に由来する少なくとも１つの細菌株を含む。１つの実施形態において、バイオフィルムは、細菌コロニーに由来する少なくとも１つの細菌株を含む。

一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^４～１０^１５である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^４～１０^１４である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^４～１０^１３である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^４～１０^１２である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^５～１０^１５である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^５～１０^１４である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^５～１０^１３である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^５～１０^１２である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^６～１０^１５である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^６～１０^１４である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^６～１０^１３である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^６～１０^１２である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^７～１０^１５である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^７～１０^１４である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^７～１０^１３である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^７～１０^１２である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^８～１０^１５である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^８～１０^１４である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^８～１０^１３である。一部の実施形態によれば、組成物のＣＦＵは１０^８～１０^１２である。

一部の実施形態によれば、少なくとも１つの追加の細菌種は１０^４～１０^１５ＣＦＵの量で組成物中に存在する。一部の実施形態によれば、少なくとも１つの追加の細菌種は１０^８～１０^１２ＣＦＵの量で組成物中に存在する。

１つの態様によれば、ラクトバシラス・クリスパタスおよび少なくとも１つの追加の細菌種の比は１：１０００００～１０００００：１、１：１００００～１００００：１、１：１０００～１００：１、１：１００～１０００：１、および１：１００～１００：１から選択される。

一部の実施形態によれば、バイオフィルムは、酸耐性、抗生物質耐性、温度耐性、およびこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つの特徴を有する。

一部の実施形態において、組成物は、（ｉ）抗生剤を含む第１の剤、（ｉｉ）第１の親油性担体、（ｉｉｉ）ｐＨ調整剤、またはこれらの任意の組み合わせをさらに含む。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌は、第１の親油性担体、第１の剤、またはこれらの任意の組み合わせ内に均質に分散しており、それにより第１の層を形成している。

親油性担体
一部の実施形態によれば、本発明は、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌および第１の親油性担体を含み、少なくとも１つのプロバイオティクス細菌が組成物全体の１０％～５０％（ｗ／ｗ）である、組成物を提供する。

一部の実施形態において、少なくとも１つのプロバイオティクス細菌は、組成物全体の１２％～５０％（ｗ／ｗ）、１５％～５０％（ｗ／ｗ）、２０％～５０％（ｗ／ｗ）、１２％～４８％（ｗ／ｗ）、１２％～１５％（ｗ／ｗ）、１２％～４２％（ｗ／ｗ）、１２％～４０％（ｗ／ｗ）、１５％～４８％（ｗ／ｗ）、１５％～４０％（ｗ／ｗ）、２０％～５０％（ｗ／ｗ）、２０％～４８％（ｗ／ｗ）、２０％～４５％（ｗ／ｗ）、または２０％～４０％（ｗ／ｗ）である。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は室温で固体であり、かつそれぞれ独立して少なくとも２５℃の融点により特徴付けられる。一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は室温で固体であり、かつ間にある任意の値を含めて、少なくとも２６℃、少なくとも２７℃、少なくとも２８℃、少なくとも２９℃、少なくとも３０℃、少なくとも３１℃、または少なくとも３２℃の融点により特徴付けられる。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体はそれぞれ独立して２５℃～６０℃の範囲内の融点を有する。一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体はそれぞれ独立して、間にある任意の範囲を含めて、２７℃～６０℃、３０℃～６０℃、２５℃～５８℃、２５℃～５５Ｃ、２７℃～５８℃、または２７℃～５５℃の範囲内の融点を有する。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は、４０％より高い飽和含有量を有する１つまたは複数の脂肪酸を含む。一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は、間にある任意の値を含めて、４１％より高い、４５％より高い、４８％より高い、または５０％より高い飽和含有量を有する１つまたは複数の脂肪酸を含む。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は１つまたは複数の硬化脂肪を含む。

本明細書において使用される場合、「硬化脂肪」という用語は、化学的に変化した脂肪酸を指す。一般に、硬化脂肪は、固体脂肪となるようにその化学構造が変化した油である。

一部の実施形態において、第２の親油性担体は、第１の親油性担体よりも少なくとも５℃、少なくとも６℃、少なくとも７℃、少なくとも１０℃、少なくとも１２℃、または少なくとも１５℃高い融点を有する。

一部の実施形態において、第１の親油性担体は、第２の親油性担体よりも少なくとも５℃、少なくとも６℃、少なくとも７℃、少なくとも１０℃、少なくとも１２℃、または少なくとも１５℃高い融点を有する。

一部の実施形態において、組成物の融点は、硬化脂肪の比を制御することにより制御される。一部の実施形態において、プロバイオティクス細菌の放出時間は組成物の融点により制御される。一部の実施形態において、第１の剤の放出時間は組成物の融点により制御される。一部の実施形態において、第２の剤の放出時間は組成物の融点により制御される。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌の放出は第２の剤の放出よりも遅い。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は、カカオバター、パーム油、植物ワックス、ベジタブルワックス、またはこれらの任意の組み合わせを含む。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は、植物起源の原材料に由来する脂肪酸を含む。

一部の実施形態において、賦形剤は、アルコール、例えばグリセロール、ポリグリセロール、プロピレングリコールおよびポリエチレングリコールを用いる脂肪酸のエステル化により、ならびにグリセロール、ポリエチレングリコールおよびプロピレングリコールを用いる植物油および脂肪のアルコーリシスにより得られる。

剤
一部の実施形態において、組成物は、第１の層の形態の、バイオフィルムの形態のプロバイオティクス細菌、親油性担体、および第１の剤を含む。一部の実施形態において、組成物は、第２の剤を含む第２の層をさらに含む。

一部の実施形態において、第１の剤および第２の剤のいずれか１つは、プロバイオティクス細菌を定着させるために膣組織の受容性を向上させる剤である。例えば、プロバイオティクス細菌を定着させるために膣組織の受容性を向上させ得る剤はｐＨ改変剤であってもよい。そのような場合、膣組織において局所的なｐＨを減少させるために十分な量のｐＨ改変剤を放出させるために親油性担体が使用される。好ましくは、膣のｐＨは、本発明のプロバイオティクス細菌の定着のために最適である約４に改変されるべきである。一部の実施形態において、ｐＨ改変剤は合成であることができる。一部の実施形態において、ｐＨ改変剤は天然生物製剤であることができる。

一部の実施形態において、第１の剤および第２の剤のいずれか１つはｐＨ調整剤である。一部の実施形態において、第１の剤および第２の剤のいずれか１つは、ｐＨを４に調整することができるｐＨ調整剤である。

本発明によるｐＨ調整剤の非限定的な例は、重炭酸ナトリウム、アスコルビン酸、クエン酸、酢酸、フマル酸、プロピオン酸、リンゴ酸、コハク酸、グルコン酸、酒石酸、乳酸、ホウ酸およびクランベリー抽出物である。

一部の実施形態において、第１の剤および第２の剤のいずれか１つは抗生物質である。

一部の実施形態において、抗生物質は、細菌性膣症の治療のために使用される任意の抗生物質である。抗生物質の非限定的な例としては、メトロニダゾール（Ｆｌａｇｙｌ）、クリンダマイシン（Ｃｌｅｏｃｉｎ）、およびメトロニダゾールが挙げられる。

一部の実施形態において、抗生物質は最初に放出される。一部の実施形態において、プロバイオティクス細菌は抗生物質の放出後に放出される。

一部の実施形態において、組成物は、安定化剤、防腐剤、滑沢剤、粘度改変剤、緩衝化剤、脂肪酸、およびこれらの組み合わせをさらに含む。

担体および剤の順序は様々な実施形態において変更され得ること、ならびに「第１の親油性担体」、「第１の剤」および「第２の親油性担体」、「第２の剤」という名称は本明細書において参照の容易性のために使用されていることを当業者は理解する。例えば、一部の実施形態において、第１の層中の１つまたは複数の親油性担体およびバイオフィルムの形態のプロバイオティクス細菌と混合されるために第２の剤を選択することができる。様々な系は２つより多くの親油性担体または剤を含んでもよいことを当業者はさらに理解する。

粒子
一部の実施形態において、バイオフィルムの形態のプロバイオティクス細菌は粒子に付着している。

一部の実施形態において、粒子の平均直径は５０マイクロメートル～１，５００マイクロメートル（μｍ）の範囲内である。一部の実施形態において、粒子の平均直径は、間にある任意の範囲を含めて、５０μｍ～１，２００μｍ、５０μｍ～１，１００μｍ、５０μｍ～１，０００μｍ、５５μｍ～１，２００μｍ、５５μｍ～１，０００μｍ、５７μｍ～１，２００μｍ、または６０μｍ～１０００μｍの範囲内である。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。

一部の実施形態において、粒子は、ＭＣＣ、リン酸二カルシウム（ＤＣＰ）、種子、多糖、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

一部の実施形態において、種子は、クランベリー、パッションフルーツ、ハーブ（ｈｅｒｂａｌｓ）、エンバク、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

本明細書において使用される場合、「多糖」という用語は、グリコシド結合を介して互いに連結したモノマーの単糖から作られた炭水化物の任意のポリマーを包含する。

一部の実施形態において、多糖はアルギン酸塩を含むまたはからなる。

一部の実施形態において、粒子は食品グレードの粒子を含むまたはからなる。

一部の実施形態において、食品グレードの粒子は、多糖、脂肪結晶、タンパク質、またはこれらの任意の組み合わせを含むまたはからなる。

一部の実施形態において、脂肪結晶を含む食品グレードの粒子は、モノオレイン酸グリセロール、グリセリルステアリルシトレート、またはこれらの組み合わせから選択される。

一部の実施形態において、多糖を含む食品グレードの粒子は、コーンスターチ、デンプンナノ結晶、セルロースナノ結晶、微結晶セルロース、ナノもしくはメチルセルロース、キチン、キトサン、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

一部の実施形態において、タンパク質を含む食品グレードの粒子は、β－ラクトグロブリン、ラクトフェリン、ラクトフェリン－多糖、ウシ血清アルブミン、ゼラチン、大豆タンパク質単離物、エンドウ豆タンパク質、ゼイン、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

一部の実施形態において、食品グレードの粒子は、フラボノイド（チリロシド）、ワックス、シェラック－キサンタンガム、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。

一部の実施形態によれば、本明細書に記載の組成物中の粒子は、バイオフィルム形成のために適合されている、構成されているまたは好適である。

一部の実施形態において、組成物は膣投与のために製剤化されている。一部の実施形態において、組成物は直腸投与のために製剤化されている。一部の実施形態において、組成物は膣投与および直腸投与のために製剤化されている。

組成物の使用
一部の実施形態において、組成物は、それを必要とする対象の膣に定着するように適合されている。一部の実施形態において、組成物は、それを必要とする対象の直腸に定着するように適合されている。

一部の実施形態において、組成物は、膣症、例えば、細菌性膣症の治療における使用のためのものである。

一部の実施形態において、組成物は、泌尿生殖器感染症、ディスバイオシス、または両方の治療または予防における使用のためのものである。

一部の実施形態において、組成物は、ディスバイオシス関連状態または疾患の治療または予防における使用のためのものである。

本明細書において使用される場合、「ディスバイオシス関連状態または疾患」という用語は、生物の組織または身体の微生物フローラの不均衡により特徴付けられる任意の疾患もしくは状態またはそれと関連付けられる症状を指す。

一部の実施形態において、ディスバイオシス関連状態または疾患は、細菌性膣症、泌尿生殖器感染症、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、およびクローン病から選択される。

一部の実施形態において、組成物は、それを必要とする対象における酵母膣炎、ウイルス感染症、真菌感染症、細菌性膣症、尿路感染症、またはこれらの任意の組み合わせの治療または予防における使用のためのものである。

一部の実施形態において、組成物は、それを必要とする対象の標的部位における細菌組成の改変、または生来の膣フローラ、腸フローラ、もしくは両方の回復における使用のためのものである。

一部の実施形態において、対象における細菌組成の改変は、対象における望ましくない細菌の低減または排除を指す。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌は対象のために個別化されている。

一部の実施形態において、組成物は、治療（例えば、個別化された治療）されるべき対象のプロファイルにしたがって決定または調製される。

一部の実施形態において、組成物は、ラクトバシラス・プランタラム、ラクトバシラス・パラカゼイ、ラクトバシラス・アシドフィルス、ラクトバシラス・デルブルエッキー亜種ブルガリカス、ビフィドバクテリウム・ブレベ、ビフィドバクテリウム・ロンガム、およびフェカリバクテリウム・プラウスニッツイから選択される１つまたは複数の株を含む。

一部の実施形態において、組成物は、ラクトバシラス・プランタラム、ラクトバシラス・パラカゼイ、ラクトバシラス・アシドフィルス、ラクトバシラス・デルブルエッキー亜種ブルガリカス、ビフィドバクテリウム・ブレベ、ビフィドバクテリウム・ロンガム、およびフェカリバクテリウム・プラウスニッツイから選択される１つまたは複数の株を含む抗炎症組成物である。

一部の実施形態において、組成物は膣投与のために製剤化されている。

一部の実施形態において、組成物は直腸投与のために製剤化されている。

一部の実施形態において、組成物は坐剤の形態で提供される。

一部の実施形態において、組成物は、膣坐剤、クリーム、錠剤、カプセル、軟膏、ゲルまたはマイクロカプセルの形態で提供される。

一部の実施形態において、組成物は、それを必要とする対象において本明細書の全体を通じて記載されるような任意の疾患、医学的状態、または障害と関連付けられる医学的状態を治療するために投与することができる。

一部の実施形態において、治療は抗生物質治療と併用される。

一部の実施形態において、治療は予防的、すなわち、抗生物質治療の後に為される。

一部の実施形態において、膣組織は、坐剤の投与の前に定着剤（ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ ａｇｅｎｔ）を用いて予備治療され、予備治療は、プロバイオティクス細菌を定着させるために膣組織の受容性を向上させる。

方法
一部の実施形態によれば、それを必要とする対象においてディスバイオシス関連状態または疾患を予防または治療する方法であって、対象に治療有効量の本明細書に開示される組成物を投与し、それにより対象においてディスバイオシス関連状態または疾患を予防または治療することを含む、方法が提供される。

一部の実施形態によれば、それを必要とする対象において生来のフローラを回復させる方法であって、対象に治療有効量の本明細書に開示される組成物を投与し、それにより対象において生来のフローラを回復させることを含む、方法が提供される。

一部の実施形態において、対象は、細菌性膣症、泌尿生殖器感染症、ディスバイオシス、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、またはこれらの任意の組み合わせを罹患しているまたはそれを発症するリスクがある。

一部の実施形態によれば、本発明は、対象において泌尿生殖器感染症、ディスバイオシス、または両方を治療しまたはそのリスクを低減させる方法であって、有効量の本明細書に記載されるような組成物を対象に投与することを含む、方法を提供する。

一部の実施形態によれば、本発明は、対象において潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、またはこれらの任意の組み合わせを治療しまたはそのリスクを低減させる方法であって、有効量の本明細書に記載されるような組成物を対象に投与することを含む、方法を提供する。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌の放出は親油性担体および剤により制御される。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌の放出は親油性担体の融解温度により制御される。一部の実施形態において、組成物の融解温度をチューニングするために親油性担体の異なる混合物が使用され得る。

製造方法
一部の実施形態によれば、本発明は、本明細書に記載されるような組成物を製造する方法を提供する。

一部の実施形態において、本発明の組成物を調製する方法であって、（ａ）粒子を含む増殖培地にＬ．クリスパタスを接種するステップ、（ｂ）粒子をステップ（ａ）からのＬ．クリスパタスと、Ｌ．クリスパタスが粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、（ｃ）ステップ（ｂ）の粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに（ｄ）ステップ（ｃ）の接種された粒子を、Ｌ．クリスパタスおよび少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップを含む、方法が提供される。

一部の実施形態において、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ガセリ、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される。

一部の実施形態において、本発明の組成物を調製する方法は、
－ 粒子を含む増殖培地に、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイから選択される第１の細菌を接種するステップ、
－ 粒子を第１の細菌と、第１の細菌が粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、
－ 粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに
－ 接種された粒子を、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイ、および少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップ
を含む。

一部の実施形態において、第１の細菌がＬ．クリスパタスである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ガセリ、およびＬ．ラムノサスから選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌がＢｉｆ．アドレセンティスである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｂｉｆ．ロンガム亜種ロンガム、およびＢｉｆ．ブレベからなる群から選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌がＦ．プラウスニッツイである場合、少なくとも１つの追加の細菌種は、Ｂｌ．オベウム、Ｂｌ．コッコイデス．Ｂａｃ．ブルガタス、およびドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランスからなる群から選択される。

一部の実施形態において、第１の細菌がＦ．プラウスニッツイである場合、接種するステップは同時に行われる。一部の実施形態において、同時は、粒子がＦ．プラウスニッツイおよび少なくとも１つの追加の細菌を同時に接種されることを指す。一部の実施形態において、同時は、粒子がＦ．プラウスニッツイおよび少なくとも１つの追加の細菌を、それらの間に追加のステップなしで接種されることを指す。一部の実施形態において、同時は、粒子がＦ．プラウスニッツイおよび少なくとも１つの追加の細菌を、それらの間にインキュベーション時間なしで接種されることを指す。

一部の実施形態において、本発明は、本明細書に記載されるような組成物を製造する方法（ｍｅｔｈｏｄまたはｐｒｏｃｅｓｓ）であって、（ｉ）バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌を第１の親油性担体、および任意選択的に第１の剤と混合し、それにより混合物を形成するステップ、ならびに（ｉｉ）混合物を第１の加熱温度に加熱するステップを含む、方法を提供する。

一部の実施形態において、方法は、（ｉｉｉ）第２の親油性担体および第２の剤を加えるステップをさらに含む。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌および第１の親油性担体の比は、間にある任意の範囲を含めて、１：１～１：１０、１：２～１：１０、１：５～１：１０、１：１～１：９、１：１～１：５の範囲内である。

一部の実施形態において、バイオフィルムの形態の少なくとも１つのプロバイオティクス細菌および第１の剤の比は、間にある任意の範囲を含めて、１：０．１～１０：１、１：０．５～１０：１、１：１～１０：１、１：２～１０：１、１：０．１～９：１、１：０．１～８：１、１：０．１～１：１、１：０．１～２：１の範囲内である。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は、間にある任意の値を含めて、４０％より高い、４１％より高い、４５％より高い、４８％より高い、または５０％より高い飽和含有量を有する１つまたは複数の脂肪酸を含む。

一部の実施形態において、第１の親油性担体および第２の親油性担体は１つまたは複数の硬化脂肪を含む。

一部の実施形態において、加熱温度は、１つまたは複数の硬化脂肪の融解温度にしたがって決定される。

一般
本明細書において使用される場合、「約」という用語は±１０％を指す。

「含む」（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）、「含む」（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）、「含む」（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）、「含む」（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、「有する」（ｈａｖｉｎｇ）という用語およびそれらの活用形は「含むがそれに限定されない」を意味する。

「からなる」という用語は「含みかつそれに限定される」を意味する。

「から本質的になる」という用語は、組成物、方法または構造が、追加の成分、ステップおよび／または部分が、クレームされる組成物、方法または構造の基本的かつ新規の特徴を実質的に変更しない場合にのみ、追加の成分、ステップおよび／または部分を含んでもよいことを意味する。

「例示的」という語は、「実施例、事例または実例として役立つ」ことを意味するために本明細書において使用される。「例示的」として記載される任意の実施形態は必ずしも、他の実施形態よりも好ましいもしくは有利であると解釈されるべきではなく、かつ／または他の実施形態からの特徴の組み込みを除外するべきではない。

「任意選択的」という語は、「一部の実施形態において提供され、他の実施形態において提供されない」ことを意味するために本明細書において使用される。本発明の任意の特定の実施形態は、そのような特徴が矛盾しない限り、複数の「任意選択的」な特徴を含んでもよい。

本明細書において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈が他に明確に規定しなければ、複数への言及を含む。例えば、「化合物」（ａ ｃｏｍｐｏｕｎｄ）または「少なくとも１つの化合物」という用語は、これらの混合物を含めて、複数の化合物を含んでもよい。

本出願の全体を通じて、本発明の様々な実施形態が範囲の形式で提示されることがある。範囲の形式の記載は単に簡便性および簡潔性のためであり、本発明の範囲に対する確固とした限定と解釈されるべきではないことが理解されるべきである。よって、範囲の記載は、特に開示される全ての可能な部分的範囲の他に、その範囲内の個々の数値を有するものと考えられるべきである。例えば、範囲、例えば１～６という記載は、特に開示される部分的範囲、例えば１～３、１～４、１～５、２～４、２～６、３～６などの他に、その範囲内の個々の数、例えば、１、２、３、４、５、および６を有するものと考えられるべきである。これは範囲の広さにかかわらず適用される。

数値範囲が本明細書において指し示される場合は常に、指し示される範囲内の任意の参照される数値（分数または整数）を含むことが意味される。第１の指し示される数および第２の指し示される数の「間の範囲内」という語句ならびに第１の指し示される数「から」第２の指し示される数「までの範囲内」という語句は本明細書において交換可能に使用され、第１および第２の指し示される数ならびにそれらの間の全ての分数および整数値を含むことが意味される。

本明細書において使用される場合、「方法」という用語は、所与のタスクを達成するための方式、手段、技術および手順を指し、これらの方式、手段、技術および手順としては、化学、薬理学、生物学、生化学および医学分野の当業者に公知の、または該当業者により公知の方式、手段、技術および手順から容易に開発される方式、手段、技術および手順が挙げられるがこれらに限定されない。

本明細書において使用される場合、「治療する」という用語は、状態の進行を妨げ、実質的に阻害し、緩慢化させもしくは逆転させ、状態の臨床的もしくは美的な症状を実質的に寛解させまたは状態の臨床的もしくは美的な症状の出現を実質的に予防することを含む。

明確性のために別々の実施形態の文脈において記載される本発明のある特定の特徴はまた、単一の実施形態において組み合わせで提供されてもよいことが理解される。反対に、簡潔性のために単一の実施形態の文脈において記載される本発明の様々な特徴はまた、別々にまたは任意の好適な部分的組み合わせでまたは好適なように本発明の任意の他の記載される実施形態において提供されてもよい。様々な実施形態の文脈において記載されるある特定の特徴は、実施形態がそれらの要素なしでは機能しない場合を除いて、それらの実施形態の必須の特徴であると考えられるべきではない。

本明細書において上記に説明され、以下の特許請求の範囲においてクレームされるような本発明の様々な実施形態および態様は、以下の実施例において実験的サポートを有する。

一般に、本明細書において使用される命名法、および本発明において利用される実験室手順は、分子、生化学、微生物学および組換えＤＮＡ技術を含む。そのような技術は文献において徹底的に説明されている。例えば、以下を参照：“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ” Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， （１９８９）； “Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ” Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ａｕｓｕｂｅｌ， Ｒ． Ｍ．， ｅｄ． （１９９４）； Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， “Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ， Ｍａｒｙｌａｎｄ （１９８９）； Ｐｅｒｂａｌ， “Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ”， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９８８）； Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， “Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ”， Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏｏｋｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ； Ｂｉｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．） “Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ Ｓｅｒｉｅｓ”， Ｖｏｌｓ． １－４， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９９８）；米国特許第４，６６６，８２８号明細書、同第４，６８３，２０２号明細書、同第４，８０１，５３１号明細書、同第５，１９２，６５９号明細書および同第５，２７２，０５７号明細書に記載されるような方法論；“Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｈａｎｄｂｏｏｋ”， Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ｃｅｌｌｉｓ， Ｊ． Ｅ．， ｅｄ． （１９９４）； “Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ － Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ” ｂｙ Ｆｒｅｓｈｎｅｙ， Ｗｉｌｅｙ－Ｌｉｓｓ， Ｎ． Ｙ． （１９９４）， Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ； “Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ” Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ｃｏｌｉｇａｎ Ｊ． Ｅ．， ｅｄ． （１９９４）； Ｓｔｉｔｅｓ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ）， “Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ” （８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）， Ａｐｐｌｅｔｏｎ ＆ Ｌａｎｇｅ， Ｎｏｒｗａｌｋ， ＣＴ （１９９４）； Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｉｇｉ （ｅｄｓ）， “Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”， Ｗ． Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９８０）；利用可能なイムノアッセイは特許および科学文献において広く記載されており、例えば、米国特許第３，７９１，９３２号明細書、同第３，８３９，１５３号明細書、同第３，８５０，７５２号明細書、同第３，８５０，５７８号明細書、同第３，８５３，９８７号明細書、同第３，８６７，５１７号明細書、同第３，８７９，２６２号明細書、同第３，９０１，６５４号明細書、同第３，９３５，０７４号明細書、同第３，９８４，５３３号明細書、同第３，９９６，３４５号明細書、同第４，０３４，０７４号明細書、同第４，０９８，８７６号明細書、同第４，８７９，２１９号明細書、同第５，０１１，７７１号明細書および同第５，２８１，５２１号明細書；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ” Ｇａｉｔ， Ｍ． Ｊ．， ｅｄ． （１９８４）； “Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ” Ｈａｍｅｓ， Ｂ． Ｄ．， ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｓ． Ｊ．， ｅｄｓ． （１９８５）； “Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ” Ｈａｍｅｓ， Ｂ． Ｄ．， ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｓ． Ｊ．， ｅｄｓ． （１９８４）； “Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ” Ｆｒｅｓｈｎｅｙ， Ｒ． Ｉ．， ｅｄ． （１９８６）； “Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ” ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， （１９８６）； “Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ” Ｐｅｒｂａｌ， Ｂ．， （１９８４）および“Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ” Ｖｏｌ． １－３１７， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ； “ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ： Ａ Ｇｕｉｄｅ Ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ （１９９０）； Ｍａｒｓｈａｋ ｅｔ ａｌ．， “Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ － Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｃｏｕｒｓｅ Ｍａｎｕａｌ” ＣＳＨＬ Ｐｒｅｓｓ （１９９６）を参照（これらの全ては参照により組み込まれる）。他の一般的な参考文献はこの文献の全体を通じて提供される。

材料および方法
株および培養条件
この研究において使用した全ての株はＡＴＣＣまたはＤＳＭＺのいずれかから購入した。この研究において使用した株は、ラクトバシラス・クリスパタス（ＤＳＭ ２０５８４）、ラクトバシラス・ジェンセニー（ＤＳＭ ２０５５７）、ラクトバシラス・ガセリ（ＤＳＭ）、ラクトバシラス・ラムノサス（ＤＳＭ／ＡＴＣＣ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム亜種ロンガム、ビフィドバクテリウム・ブレベ、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス、フェカリバクテリウム・プラウスニッツイ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・コッコイデス、バクテロイデス・ブルガタス、ドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランス、バクテロイデス・ユニフォルミス（ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）・グナバス（ｇｎａｖｕｓ）、ブラウティア・プロダクタ（ｐｒｏｄｕｃｔａ）、クロストリジウム・レプタム（ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム（ブラウティア）・コッコイデス、およびブラウティア（ルミノコッカス）・オベウムであった。

Ｌ．ガセリおよびＬ．ラムノサスは、動物ベースの培地（Ｈｉｍｅｄｉａ）または産業的製造に適した非動物ベースの増殖培地（ＮｕＣｅｌ、Ｐｒｏｃｅｌｙｓ、Ｆｒａｎｃｅ）中で好気的に増殖させた。

Ｌ．ジェンセニー（ｊｅｎｓｅｎｇｆｉｉ）およびＬ．クリスパタスは、嫌気的（９０％のＮ_２、５％ＣＯ_２、５％のＨ_２の雰囲気）に増殖させた。嫌気的な実験はＢａｃｔｒｏｎ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ｗｏｒｋｓｔａｔｉｏｎにおいて行った。

プランクトンの培養
バイオフィルムの形態の細菌の耐性アッセイの前に、酸性度および抗生物質に耐性のプランクトン細菌を決定した。低ｐＨアッセイのために、膣細菌の終夜培養物を希釈して、特有の株のバイオフィルム中の細菌の数に基づいて１０^５～１０^９コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬを達成した。バイオフィルムの形態の細菌について行った手順と同様に、プランクトン細菌を異なる酸性度に３７℃で１ｈ曝露した。インキュベーションの終わりに、試料を遠心分離（最大速度、２分）し、上清を除去した。細菌ペレットを次にリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）×１に再懸濁させた後に、プレーティングおよびＣＦＵのカウントを行った。

抗生物質アッセイのために、終夜培養物を０．１３の光学的開始密度（ＯＤ）に希釈した。１００μｌの培養物を寒天プレート中に均質に広げ、１５分間放置して乾燥させた後に抗生物質ＭＩＣストリップ（Ｈｉｍｅｄｉａ）を適用した。プレートを３７℃で２４ｈインキュベートした後に、最小阻害濃度（ＭＩＣ）値を決定した。

バイオフィルムの形態の細菌の培養
単一株（単独培養）
ラクトバシラス種の培養をグリセロールストック（１２．５％）から開始し、３７℃で、特有の株に基づいて、好気的または嫌気的条件において１５０～１８０ｒｐｍで、終夜インキュベートした。最終のバイオフィルム培養のために、培養物を０．０５のＯＤ６００に希釈した。バイオフィルムの形態の細菌の培養物は、ＷＯ２０１６１８１２２８Ａ２（参照により全体が本明細書に組み込まれる）に記載されるように得た。

バイオフィルムの形態の細菌を連続的な撹拌と共に３７℃で増殖させた。バイオフィルムの形態の細菌の全ての実験は、小スケール（３０ｍＬの体積）または中スケール（２Ｌの発酵槽中２５０ｍＬもしくは５００ｍＬの体積）のいずれかの実験室スケール製造において実行した。バイオフィルムの形態の細菌の増殖の分析は、計７２ｈの間に２４ｈのインキュベーション毎に実行した。各日に、培地を新鮮な培地で置き換え、バイオフィルム中の細菌の数を定量化した。生存細胞の測定は、寒天プレート上のＣＦＵをカウントすることにより行った。追加的に、バイオフィルムの形態の細菌の発達ステージを、バイオフィルムの形態の細菌を極端な条件、例えば低ｐＨおよび抗生物質に曝露することにより試験した（さらなる詳細は「ｐＨおよび抗生物質耐性アッセイ」のセクションを参照）。結果を後にプランクトン細菌と比較して、自由生活細菌を上回るバイオフィルムの形態の細菌の利点を実証した。

（上記の方法にしたがって）バイオフィルムの形態の細菌の増殖のための最良の条件を得るために少数の実験を実行した：

撹拌 － バイオフィルムの形態の細菌の増殖および発達（ｐＨに対する耐性）を静的（撹拌なし）および連続撹拌条件（７０～８０ｒｐｍ）の間または（実験に基づく）２つの撹拌速度７０～８０ｒｐｍおよび１３０ｒｐｍの間で比較した。

インキュベーション時間 － バイオフィルムの形態の細菌の増殖および発達（ｐＨに対する耐性）を７２ｈの期間にわたり２４ｈ毎に調べた。

粒子サイズ － ８０～１０００μＭの範囲内のサイズの異なる粒子上のバイオフィルムの形態の細菌の増殖を調べた：微結晶セルロース（ＭＣＣ）（８０～１５０μＭ）、微結晶セルロース：リン酸二カルシウム（ＭＣＣ：ＤＣＰ）（１：１、約１００μＭ）、クランベリー（５００～６００μＭ）、アルギン酸塩（１，０００μＭ）。バイオフィルムの形態の細菌を２４ｈ増殖させ、それらの増殖の発達について評価した。

マトリックス：培地比 － ２４ｈの間のバイオフィルムの形態の細菌の増殖をマトリックス（ＭＣＣ）対培地の比の関数として評価した。マトリックス対培地の以下の比を比較した：マトリックスは培地の２％、５％、１０％または２０％のいずれかであった。

プランクトン細菌の追加後の撹拌対撹拌なし － プランクトン細菌のマトリックスへの付着、およびその後にバイオフィルムの形態の細菌の増殖に対する混合の効果を調べた。実験の始めのプランクトン細菌の追加後に２つの条件を比較した：全ての実験（２４ｈのインキュベーション）の間の連続的な撹拌と、（この時間の間の２回の１０秒の穏やかな混合を別として）最初の２ｈにおける撹拌なしおよびその後の実験の終わりまでの連続的な撹拌との対比。

ｐＨおよび抗生物質耐性アッセイ
培地－マトリックス溶液からの試料をチューブに移し、次にＲＴで３分間５００ｒｐｍで遠心分離した。その後に、上清を廃棄し、ＰＢＳを用いてペレットを洗浄して、遠心分離の間に沈殿したプランクトン細菌を除去した。試料を再びＲＴで３分間５００ｒｐｍで遠心分離した。遠心分離後に、上清を除去し、各処理（ｐＨまたは抗生物質）について１ｇのバイオフィルムの形態の細菌を使用した。ｐＨ耐性アッセイのために、バイオフィルムの形態の細菌を異なる酸性度：ｐＨ ２および３．５（２Ｍ ＨＣｌを使用してＰＢＳ×１のｐＨをそれぞれ２および３．５に調整した）を有する５ｍＬのＰＢＳに１ｈ、３７℃で１ｈ、１００ｒｐｍで曝露した。同じ条件を用いて、５ｍＬのＰＢＳ ７（環境ｐＨ）中でインキュベートしたバイオフィルムの形態の細菌を対照とした。抗生物質アッセイのために、１ｇｒのバイオフィルムの形態の細菌を、特有の株のＭＩＣ値より十分に高い３つの逐次的な濃度の抗生物質に曝露した。バイオフィルムの形態の細菌を、抗生物質を含むまたは含まない（後者は対照として使用した）５ｍＬの増殖培地中３７℃で２４ｈインキュベートした。

インキュベーションの終わりに、１０ｍＬのＰＢＳ×１を用いてバイオフィルムの形態の細菌を洗浄した。遠心分離（５００ｒｐｍ、３分）後に、９ｍＬを除去し、１ｍＬの残存するＰＢＳ溶液中のバイオフィルムの形態の細菌を高速で１．５分間ボルテックスして、粒子に付着したバイオフィルムから細菌を放出させた。

分析方法
ＣＦＵを各耐性アッセイの終わりに決定した。最初に、段階希釈を実行し、細菌をＭＲＳ寒天プレート上に３連でプレーティングした。株増殖条件（上記を参照）に基づいて、好気性または嫌気性条件下３７℃でプレートを４８～７２ｈインキュベートした後にＣＦＵをカウントした。

実験手順
細菌増殖を最適化するために、小スケール実験および中スケール実験という２種類の実験設計を実施した。小スケール実験から得られた結果に基づいて、本発明者らは中スケール実験のための条件を定義する。手順を簡潔に述べれば、生じた細菌集団の増殖および発達状態を、７２時間の総インキュベーション時間の間の２４時間のインキュベーション毎に調べた。各日に、培地を新鮮な培地で置き換え、バイオフィルム中の細菌の数を定量化した（以後ｐＨ ７での処理）。追加的に、細菌集団を極端な条件、例えば酸性ｐＨ（ｐＨ ３．５および２）、女性の膣において一般的なｐＨ（ｐＨ ４ ５）に近いｐＨ値、ならびに抗生物質（ＣＢ、カルベニシリン；ＣＩＰ、シプロフロキサシン；ＶＡＮ、バンコマイシン；ＮＶＢ、ノボビオシン）に曝露することにより粒子上のバイオフィルムの形成および発達を試験した。ｐＨ耐性アッセイを１日毎に実行し、抗生物質アッセイを４８時間または７２時間のインキュベーション後に行った。これらのアッセイからの結果を後に同じ種のプランクトン細菌と比較して、自由生活細菌を上回る生成された細菌集団の技術の利点を示した。追加的に、細菌がマトリックスにより良好に付着することを可能とするために、マトリックスを含む発酵槽へのプランクトン細菌の追加後１日目に、発酵槽を３７℃で２時間、静的条件に保った（１時間後の穏やかな混合を伴う）。細菌収率における約１ｌｏｇの変化を細菌プレーティングおよびＣＦＵカウントの技術的エラーの範囲内と考え、有意でない差異とした。試験した細菌株は表１に見られる通りである。

細菌集団の生成

細菌株の共培養
２つまたはそれより多くの細菌株を一緒に共培養する場合、混合物への各細菌株の追加の間の懸濁時間と共に株を粒子：培地混合物に別々に加えた。混合物への細菌株の追加後に、それをよく混合し、３０分～１時間後に別の株を加えた。より多くの細菌株が同じ混合物中で共培養される場合にはこの過程を繰り返した。細菌追加の順番は、嫌気性／好気性株または低速／急速増殖株に基づいて決定し、嫌気性または低速増殖株は好気性または急速増殖株の前に加えた。

単独培養
単一株
実験において使用した各細菌株の培養は－８０℃のストック（５％のＤＭＳＯ）から開始し、嫌気性条件下３７℃で終夜インキュベートした。他に記載されなければ、最終のバイオフィルム培養のために培養物を０．０５のＯＤ_６００（ＦａＰ、０．０３）に希釈した。各実験における単独培養物は、増殖培地（ＢｆＡ、ビフィドバクテリウム培地または食品グレード＋カゼイン；ＦａＰ、ＹＣＦＡＣまたはＲＣＭ）、２０％の単独培養技術粒子（ＭＣＣ：ＤＣＰ、１：１）および終夜培養からのプランクトン細菌からなる。連続撹拌条件（小スケール、８０ｒｐｍ；発酵槽、３００ｒｐｍ）または静的条件（小スケールのみ）のいずれかを用いて単独培養物を３７℃で増殖させた。全ての実験を嫌気性グローブボックス中に保持したが、ビフィドバクテリウム種のための増殖培地は一般に好気性であり、フェカリバクテリウムを用いる実験用は嫌気性であった。連続撹拌を用いた場合、容器を最初に静的条件下で５ｈ放置して細菌をマトリックスに付着させた。全ての単独培養実験は、小スケール（５０もしくは６０ｍＬの体積）または発酵（３Ｌの体積）のいずれかの実験室スケール製造において実行した。

単独培養での増殖の分析を約２４ｈのインキュベーション毎に実行した。他に記載されなければ、各日に培地を新鮮な培地で置き換え、バイオフィルム中の細菌の数を定量化した。生存細胞の測定は、寒天プレート上のＣＦＵをカウントすることにより行った。一部の場合には、結果をプランクトン細菌と比較して、自由生活細菌を上回る単独培養技術の利点を実証した。

複数細菌の組み合わせ
少数の細菌株を一緒に共培養する場合、各株について０．０３または０．０５の初期ＯＤで株を並行して加えた。時間が試験するパラメーターである場合、低速増殖細菌をクラスター中の他の種の２４ｈ前に加えた。ＯＤが実験において試験するパラメーターである場合、低速増殖細菌をクラスター中の他の細菌種より１０倍多く加えた（初期ＯＤ ０．５）。全ての他の実験セットアップおよび分析は、単一株について記載したように行った。

ドロップアッセイによる細菌定量化
培地－マトリックス溶液からの試料をチューブに移し、次にＲＴで３分間５００ｒｐｍで遠心分離した。その後に、上清を廃棄し、ＰＢＳを用いてペレットを洗浄して、遠心分離の間に沈殿したプランクトン細菌を除去した。試料を再びＲＴで３分間５００ｒｐｍで遠心分離した。遠心分離後に、上清を除去し、各処理（ｐＨまたは抗生物質）について１ｇの試料を使用した。１０ｍＬのＰＢＳ×１を用いて３回目の洗浄を行った。遠心分離（５００ｒｐｍ、３分）後に、９ｍＬを除去し、１ｍＬの残存するＰＢＳ溶液中のバイオフィルムを高速で１．５分間ボルテックスして、粒子に付着したバイオフィルムから細菌を放出させた。

分析方法
ＣＦＵを決定するために、段階希釈を実行し、特有の寒天プレート上に細菌を３連でプレーティングした。株増殖条件（上記を参照）に基づいて、嫌気性条件下３７℃でプレートを４８～７２ｈインキュベートした後にＣＦＵをカウントした。

共培養における各細菌株の相対存在量を得るために共培養試料をＮＧＳ分析に供した。適用可能な場合、相対存在量の結果を以下の式により細菌カウント（ＣＦＵ／ｍＬ）に対して正規化した：

「各細菌のＲＡ％×総細菌カウント＝特有の種の細菌カウント」。

実施例１
坐剤製剤
坐剤の製剤は、薬学的に許容される賦形剤（油ベースの担体）ならびに／またはプレバイオティクス剤（例えば、クランベリー、アスコルビン酸および抗生物質）中に混合された、上記のように増殖させたバイオフィルムの形態の細菌からなる。使用したバイオフィルムの形態の細菌は、バイオフィルムの形態の凍結乾燥された（乾燥性）または湿潤性の細菌であった。坐剤製剤中にそれぞれ１：５の比の植物性（パーム）バターおよびココアバターを５０～５２℃の温浴中で融解させた。

バターを損なう温度より高く（６０℃より高く）に達しないように温度を緊密にモニターした。２～３滴のレシチンを次に融解したバターに加えて混合物の均質性を補助した。混合物を放置して２５℃まで冷却させた後に、バイオフィルムの形態の細菌（乾燥性）および／またはプレバイオティクス物質（例えばクランベリー、アスコルビン酸など）をそれぞれ、ワックスに対する細菌の異なる割合、バターに対する（バイオフィルムの形態の細菌およびプレバイオティクス）の異なる割合で加えた。この最終組成物を３０℃に再加熱し、膣坐剤鋳型に注いだ。使用まで坐剤を４℃で貯蔵した。坐剤の溶解を模倣するために、坐剤をインキュベーター中で３７℃に置いた。結果を表２および図１Ａ～図１Ｆに要約する。

実施例２
細菌増殖の最適化
実験手順：小スケール、続いて中スケール実験という２種類の実験設計を用いてバイオフィルムの形態の細菌の応用を試験した（図１Ｇ）。小スケール実験から得られた結果に基づいて、本発明者らは中スケール実験のための条件を定義する。手順を簡潔に述べれば、バイオフィルムの形態の細菌の増殖および発達状態を、計７２ｈの間の２４ｈのインキュベーション毎に調べた。各日に、培地を新鮮な培地で置き換え、バイオフィルム中の細菌の数を定量化した（以後ｐＨ ７での処理）。追加的に、バイオフィルムの形態の細菌を極端な条件、例えば酸性ｐＨ（ｐＨ ３．５および２）ならびに抗生物質（ＣＢ、カルベニシリン；ＣＩＰ、シプロフロキサシン；ＶＡＮ、バンコマイシン；ＮＶＢ、ノボビオシン）に曝露することにより粒子上のバイオフィルムの形成および発達を試験した。ｐＨ耐性アッセイを１日毎に実行し、抗生物質アッセイを４８ｈまたは７２ｈのインキュベーション後に行った。これらのアッセイからの結果を後に同じ種のプランクトン細菌と比較して、自由生活細菌を上回るバイオフィルムの形態の細菌の利点を示した。

試験した各細菌株について、結果を以下のように提示する：

－ プランクトン増殖；

－小スケールセットアップにおけるバイオフィルムの形態の細菌の増殖の最適化；

－中スケールセットアップにおけるバイオフィルムの形態の細菌の増殖の最適化。

結果の記載において、細菌収率における約１ｌｏｇの変化を細菌プレーティングおよびＣＦＵカウントの技術的エラーの範囲内と考え、有意でない差異とする。

プランクトン細菌はｐＨ ７において約１０^６細胞／ｍＬの中等度の細菌収率を生じさせた（対照、図２）。ｐＨ ３．５における細菌収率は対照と同等であった。しかしながら、より高い酸性条件（ｐＨ ２）においてプランクトン細菌は生存しなかった。最後に、抗生物質への曝露は、６４μｇ／ｍＬのＣＢおよび１６μｇ／ｍＬのＮＶＢおよび４μｇ／ｍＬのＶＡＮのＭＩＣを示した（表３）。

バイオフィルムの形態のラクトバシラス・イネルス（ＬＩ）細菌 － 小スケール実験
小スケール実験からの結果は、穏やかな撹拌（１００ｒｐｍ）を伴う好気性条件において、マトリックスとの４８ｈのインキュベーション後の最も高い細菌収率を示した。プランクトン細菌とは対照的に、バイオフィルムの形態の細菌は、撹拌および非撹拌条件についてそれぞれバイオフィルム中の細菌増殖における１～３．８ｌｏｇの低下と共に、ｐＨ ２で生存した（図３）。しかしながら、嫌気性条件においてバイオフィルム中の細菌はプランクトン細菌と比較して低ｐＨにおいて何らの利点も示さなかった。

バイオフィルムの形態のＬＩ細菌 － 中スケール実験

小スケール実験からの結果に基づいて、バイオフィルム中でのＬＩの増殖のために用いた条件は穏やかな撹拌を伴う好気性であった。ここで、細菌収率は、４８ｈと比較してマトリックスとの２４ｈおよび７２ｈのインキュベーション後にわずかにより高いようである。バイオフィルムの形態の細菌は両方の酸性ｐＨ処理において生存し、処理の間で生存率における有意な差異はなかった（図４）。

最後に、バイオフィルムの形態の細菌を抗生物質に対する耐性について試験した（図５）。バイオフィルムの形態の細菌は、プランクトン細菌と比較して３種類全ての抗生物質に対する耐性を実証し、最も高い耐性はＣＢ抗生物質について観察された。ＣＢに曝露された場合、２４ｈのインキュベーションの後でさえ、細菌収率は抗生物質濃度に影響されないか、またはわずかに影響された。ＶＡＮおよびＮＶＢ抗生物質へのバイオフィルムの形態の細菌の曝露は、インキュベーション日数の間で細菌増殖の類似した傾向を示し、約４ｌｏｇの初期の減少後に、細菌の数は濃度の増加と共に有意に変化しなかった。抗生物質耐性データを一緒にプールした場合、４８ｈ後に本発明者らは増加性の量の抗生物質に対するバイオフィルムの最も高い耐性を得たようである。

結論として、適用した実験条件に基づくＬ．イネルスのバイオフィルムにおける最大細菌収率は１０^７～１０^８であった。バイオフィルムの形態のＬＩ細菌は、酸性ｐＨおよび抗生物質の両方の存在下で生存することおよび／または良好に増殖することができ、そのためバイオフィルムの形態の細菌の性能は自由生活細菌のそれより優位であることが実証された。

Ｌ．ジェンセニー（ＬＪ）
プランクトンＬＪ
プランクトン細菌は対照条件において約１０^６細胞／ｍＬの細菌収率を生じさせた（ｐＨ ７、図６）。対照と比較してｐＨ ３．５において細菌収率において有意な差異は観察されなかった。しかしながら、プランクトン細菌はｐＨ ２への曝露で生存しなかった。

ＣＢおよびＮＶＢおよびＶＡＮ抗生物質へのプランクトン細菌の曝露はそれぞれ８μｇ／ｍＬ、２μｇ／ｍＬおよび１．５μｇ／ｍＬのＭＩＣと共に抗生物質に対する低い細菌耐性を結果としてもたらした。しかしながら、用いた抗生物質濃度にかかわらずプランクトン細菌はＣＩＰに対して感受性ではなく、細菌細胞の完全な増殖を示した（表４）。

バイオフィルムの形態のＬＪ細菌 － 小スケール実験
小スケール実験セットアップにおけるバイオフィルムの形態のＬＪ細菌の増殖は両方の撹拌条件（７０ｒｐｍおよび１３０ｒｐｍ）において類似していた（図７）。バイオフィルムの形態の細菌の増殖において経時的な減少があった。２４ｈのインキュベーション後に１０^７細胞／ｍＬの最大細菌収率が観察され、インキュベーションの３日目に最低細菌収率（約１０^５細胞／ｍＬ）が記録された。バイオフィルムの形態の細菌をｐＨ ３．５に曝露した場合、インキュベーションの１日目を除いて、対照（ｐＨ ７）と比較して細菌数において有意な差異はなかった。しかしながら、バイオフィルムの形態の細菌は最低ｐＨ処理（ｐＨ ２）で生存しなかった。一般に、バイオフィルム中の細菌の増殖はそれらの自由生活形態とは有意に異ならなかった。撹拌なしがバイオフィルムの形態の細菌（ＲＤ２０６）のより良好な収率を結果としてもたらすことができるかどうかを試験するために実験を行ったことが留意されるべきである。結果は両方の撹拌条件と比較して細菌増殖における約１ｌｏｇの減少を示した。

以下の中スケール実験において、いずれの撹拌条件がバイオフィルムの形態の細菌の増殖に対して最良の効果を有するのかに関する決定的な結論がなかったため両方の撹拌条件を試験した。さらには、中スケール実験のセットアップは産業において利用される増殖条件により似ているため、この種類のセットアップを用いてこれらの２つの撹拌速度を調べることも決定した。

バイオフィルムの形態のＬＪ細菌 － 中スケール実験
小スケール実験に類似して、バイオフィルムにおける細菌収率は約１０^７ＣＦＵ／ｍＬの最大増殖に達したが、増殖は３日全てのインキュベーションの間に安定なままであった（図８）。さらに、２つの撹拌速度の間に有意な差異は観察されなかった。

以前の実験とは異なり、ｐＨ ３．５への曝露後にＣＦＵカウントにおけるより大きい減少が観察された（最初の２日のインキュベーションの終わりに２～２．３ｌｏｇ）（図８）。ｐＨ ２に対するバイオフィルムの形態の細菌の耐性を試験した場合、バイオフィルムは完全に崩壊した（図８）。インキュベーションの３日目におけるｐＨ ３．５でのインキュベーション後の細胞の消失は技術的エラーに起因したと本発明者らは推測する。実際に、以下の実験において７２ｈ時の結果は最初の２日のインキュベーションとは異ならなかった。

次に、バイオフィルムの形態のＬＪ細菌を増加抗生物質濃度に曝露した（図９）。バイオフィルムの形態の細菌は、プランクトン細胞と比較して抗生物質に対する高い耐性を呈した一方、適用した濃度はプランクトン細菌についてのＭＩＣ値よりも十分に高かった。ＮＶＢおよびＣＢの両方について、２４ｈ後に細菌増殖における初期の低減があったが、抗生物質濃度にかかわらず収率は安定なままであった。

要約すると、酸性条件に対するバイオフィルムの形態の細菌の結果にもかかわらず、バイオフィルムの形態のＬＪ細菌は、抗生物質に曝露された場合にプランクトン細菌を上回る明確な利点を実証した。

現行の実験において撹拌条件における差異はなかったが、中スケールセットアップにおいて後に実行した実験は、低い撹拌においてバイオフィルムの形態の細菌の増殖についてより良好な結果を生じさせた。したがって、この種類の実験におけるバイオフィルムの形態のＬＪ細菌のための撹拌は連続的な７０～８０ｒｐｍに設定した。追加的に、予備実験は、１日目に、マトリックスを含む発酵槽へのプランクトン細菌の追加後に発酵槽を３７℃で２ｈ静的条件（１ｈ後の穏やかな混合を伴う）に保った場合に、バイオフィルムの形態の細菌の増殖についての利点を示した。このステップは、細菌がマトリックスにより良好に付着することを可能とする可能性があり、使用している細菌株にかかわらず全てのその後の実験において用いた。

Ｌ．クリスパタス（ＬＣｒ）
プランクトンＬＣｒ
プランクトンＬＣｒは、低ｐＨ処理に曝露し、抗生物質濃度を増加させた場合にプランクトンＬＪに類似した結果を呈した（図１０）。ｐＨ ３．５への曝露は対照（ｐＨ ７）と比較して細菌細胞に有意に影響しなかった一方、ｐＨ ２において細菌は生存しなかった。

抗生物質を用いてプランクトンＬＣｒを処理した場合、それぞれ４μｇ／ｍＬ、２μｇ／ｍＬおよび１．５μｇ／ｍＬのＭＩＣ値と共にＣＢ、ＮＶＢおよびＶＡＮについて低い細菌耐性が観察された（表５）。しかしながら、プランクトン細菌はＣＩＰに感受性ではなく、用いた抗生物質濃度にかかわらず細菌細胞の完全な増殖を示した。

バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌－小スケール実験
バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌が定期的に撹拌されたか否かに関わりなく、ＬＣｒを用いた小スケール実験は５×１０^５細胞／ｍＬの最大細菌収率および約１０^４細胞／ｍＬの最低細菌収率を生じさせた（図１１）。両方の処理において、バイオフィルムの形態の細菌の増殖は、マトリックスとのインキュベーションでの３日後に最も高かった。驚くべきことに、中等度の酸性条件（ｐＨ ３．５）下で、細菌収率における約１～２ｌｏｇの増加が処理にかかわらず観察された。それにもかかわらず、ｐＨ ２においてバイオフィルム中の細菌の数は２～４ｌｏｇ減少したか、または完全に減少した。この酸性条件でそれらの生存においてパターンを決定することはできず、ｐＨ２に対するそれらの耐性は以下の中スケール実験において再び調べられる。

両方の撹拌条件からの結果における類似性にもかかわらず、撹拌された場合のバイオフィルムの形態の細菌の増殖はそれぞれｐＨ７および３．５でわずかにより良好な増殖および生存を生じさせるようである。したがって穏やかな撹拌（７０～８０ｒｐｍ）を次の実験において用いた。

バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌－中スケール実験
バイオフィルム中の細菌収率は小スケール実験と比較して中スケール実験においてわずかにより高かった（約１～２ｌｏｇ）（図１２）。しかしながら、ｐＨ ３．５への曝露の場合のバイオフィルムの形態の細菌における増加は小スケール実験セットアップにおいて観察されたものと同等であった。バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌の高い生存が、最低ｐＨ処理に曝露されば場合に、インキュベーションの第１および第３の後に記録された。両方の実験セットアップにおいて、このｐＨ処理においてバイオフィルムの形態の細菌は４８ｈ後に消滅した。

抗生物質に対するバイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌の耐性を次に調べた（図１３）。バイオフィルムの形態のＬＪ細菌に類似して、バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌は、ＮＯＶＯへの曝露後のバイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌のわずかにより良好な増殖（１ｌｏｇ）と共にＣＢおよびＮＶＢに対する高い耐性を示した。

要約すると、バイオフィルムの形態のＬＣｒ細菌は、それらのプランクトン対応物を上回る低ｐＨ処理に対する中等度の利点および抗生物質に対して試験された場合の高い利点を示した。さらに、２４ｈおよび７２ｈのインキュベーション後かつ低ｐＨ処理への曝露後のバイオフィルム細胞の数は同等であった。

Ｌ．ガセリ（ＬＧ）
プランクトンＬＧ
酸性ｐＨに曝露された場合のプランクトンＬＧの結果はプランクトンＬＩ、ＬＪおよびＬＣｒとは異なった（図１４）。ｐＨ ３．５への曝露はプランクトンＬＧの数をわずかに減少させるが、ｐＨ ２でのインキュベーションは非常に低い数における細菌の生存を結果としてもたらした。

プランクトンＬＧを抗生物質に対するそれらの感受性について後に試験した場合（表６）、ＭＩＣ値が確立され、これはＬＪおよびＬＣｒに類似しており、プランクトンＬＧはＣＢ、ＮＶＢおよびＶＡＮに対して高度に感受性であったが（それぞれ４μｇ／ｍＬ、２μｇ／ｍＬおよび１．５μｇ／ｍＬ）、ＣＩＰ細菌は完全な耐性を示した。

バイオフィルムの形態のＬＧ細菌 － 小スケール実験
バイオフィルムの形態のＬＣｒおよびＬＪ細菌に類似して、試験した２つの撹拌速度の間で有意な差異は観察されなかった（図１５）。最も高い細菌収率は１０^７細胞／ｍＬであった。４８ｈ時に、酸性ｐＨへの曝露後にバイオフィルムの形態の細菌は高い生存能を示し、バイオフィルム中の細菌の数はｐＨ ３．５と対照との間で異ならなかった一方、ｐＨ ２において接種された場合に細菌において７０ｒｐｍおよび１３０ｒｐｍでそれぞれ１．３および１．６ｌｏｇのみの低下があった。この結果は、バイオフィルム細胞の性能はプランクトン細胞のそれよりも優位であることを指し示し、後者において細胞はｐＨ ２で完全に消滅した。

バイオフィルムの形態のＬＧ細菌 － 中スケール実験
２つの撹拌条件を比較した場合、インキュベーション時間にかかわらずバイオフィルム包埋細菌細胞の数において有意な差異は検出されなかった（図１６）。さらには、両方の処理において、最低ｐＨ処理への曝露後にバイオフィルム細胞の高い生存が観察された。このｐＨ処理での細胞生存能における減少は（１３０ｒｐｍでの４８ｈのインキュベーション後に）３．２ｌｏｇ以下であった。ｐＨ２での相対的に大きい生存がまた他の実験において観察された（図２２～図２４を参照）。ｐＨ３．５において、バイオフィルムの形態のＬＧ細菌の生存は、７０ｒｐｍと比較して１３０ｒｐｍで増殖された場合にわずかにより良好なようである。しかしながら、ｐＨ２において、２つの撹拌速度の間でバイオフィルムの形態の細菌の生存において差異は検出されなかった。

後の実験において、類似した撹拌速度を再び試験した場合に、バイオフィルムの形態のＬＧ細菌の増殖速度はより低い速度においてより増強された（結果は示さず）。そのため、このプロジェクトにおける以前の株について、混合速度は将来的な実験のために７０～８０ｒｐｍとなるように選択した。

バイオフィルムの形態のＬＧ細菌はＮＶＢ抗生物質の存在下で生存し、良好に増殖することができた（図１７）。しかしながら、ＣＢの存在下で、バイオフィルムの形態の細菌の生存は、この抗生物質への曝露後に成長するごくわずかなコロニーと共により低く明確であった。生存したコロニーの数は、有意と考える閾値よりも低かった（図１７；破線）。

結論として、ＬＧプランクトンおよびバイオフィルム培養物の形態の細菌は、極端な条件に対するそれらの耐性に関して増殖の２つのモードの間で大きい差異を示した。懸濁された細菌を上回るバイオフィルムの形態のＬＧ細菌の利点はしたがって著明である。

Ｌ．ラムノサス（ＬＲｈ）
プランクトンＬＲｈ
プランクトンＬＲｈ細胞は、増加酸性度に曝露された場合、このプロジェクトにおいて記載される全ての細菌株に類似した応答を示し、ｐＨ ３．５に曝露された対照試料およびバイオフィルムの形態の細菌の間で差異は検出されなかった一方、細胞はｐＨ ２において消失した（図１８）。

ＬＲｈの懸濁された細胞をＣＢおよびＮＶＢ抗生物質に曝露した場合にも、このプロジェクトにおいて使用した他のラクトバシラス種に類似した応答が観察された（４および２μｇ／ｍＬのＭＩＣ値；表７）。それにもかかわらず、ＣＩＰおよびＶＡＮ抗生物質の存在下で接種された場合、それらの応答は他の細菌株とは反対であり、プランクトンＬＲｈはＣＩＰに対して高度に感受性であり（０．２５μｇ／ｍＬ）、ＶＡＮに対して完全に耐性であった（＞２５６μｇ／ｍＬ）。

バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌 － 小スケール実験
バイオフィルム包埋細菌の最大数は約１０^１０ＣＦＵ／ｍＬであった（図１９）。全体的に、７０ｒｐｍを経験したバイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌の増殖は、１３０ｒｐｍを経験したバイオフィルムの形態の細菌よりもわずかに良好なようであり、これはｐＨ ２での４８ｈ後のそれらの高い生存（５．８ｌｏｇ）およびインキュベーションの３日目における（ｐＨ ７と比較して）ｐＨ ３．５でのそれらのわずかに向上した生存において表される。追加的に、７２ｈのインキュベーションにおいてバイオフィルム包埋細菌の数における小さい減少がある。

この実験からの結果に基づいて、次の実験において用いた撹拌は約７０～８０ｒｐｍであった。

バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌 － 中スケール実験
以前の小スケール実験とは異なり、バイオフィルム包埋細菌の平均数は１０^７ＣＦＵ／ｍＬを越えなかった（図２０）。この差異は、バイオフィルムの形態の細菌からの懸濁された細菌の分離を向上させるためにプロトコールに含めた追加の洗浄ステップに起因した。この時点以降の全ての実験設計においてこの洗浄ステップを用いた。経時的に、バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌の増殖速度は一定のままであった。しかしながら、この実験において、バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌はインキュベーションの２日目の終わりに低ｐＨ処理に対してより良好な耐性を示すようであり、２ｌｏｇ以下の低減がｐＨ ２で観察された。

抗生物質の存在下で、バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌は、ＣＢおよびＣＩＰに曝露された場合に生存し、良好に増殖したが、高濃度のＮＶＢで生存しなかった（１２８および２５６μｇ／ｍＬ；ＭＩＣ、２μｇ／ｍＬ、図２１）。

バイオフィルムの形態のＬＲｈ細菌は、懸濁されたプランクトン対応物が完全に消失した濃度において、ＣＢおよびＣＩＰ抗生物質の存在下で生存および増殖の増加を示した。

実施例３
坐剤製剤の評価
坐剤の製剤は、薬学的に許容される賦形剤（油ベースの担体）および／またはサプリメント中に混合されたバイオフィルムの形態の細菌からなる。バイオフィルムの形態の細菌を、（７２ｈのインキュベーションの終わりに）凍結乾燥（乾燥性）粉末またはバイオフィルムの形態の湿潤性細菌のいずれかとして使用した。坐剤中のバイオフィルムの形態の細菌の生存の安定性アッセイを６か月の持続期間にわたり月に１回行った。各月に、各製剤からの１つの坐剤をＰＢＳ（×１）に融解し、ＣＦＵをカウントするために細菌をプレーティングした（分析方法を参照）。

活性成分混合物の改善
添加剤。高い膣ｐＨは膣病原体の増加と関連付けられ、膣の酸性度は、乳酸菌が増殖するために都合のよい環境を作りながらの嫌気性病原体の定着に対する保護的機構であると長く理解されてきた。（小スケールの部分として）バイオフィルムＬＰの形態の細菌に対する異なる添加剤（クランベリーおよびアスコルビン酸）の効果の調査。ここで、本発明者らは２つの酸性化剤、クランベリーおよびアスコルビン酸を調べ、前者はまた、ＵＴＩ感染症の反復性の予防および／または低減において役割を有することが示唆される。目的は、坐剤組成物中にバイオフィルムの形態の細菌と共にこれらの添加剤の１つを加えることである。そのようにして、バイオフィルムの形態の細菌の生存および増殖に対するそれらの効果を試験した。クランベリー粉末（３００ｍｇ）へのバイオフィルムの形態のＬＰ細菌の曝露後に、バイオフィルムの形態の細菌の生存および／または増殖に対する有意な効果は記録されなかった（図２７）。

興味深いことに、バイオフィルムの形態の凍結乾燥された細菌と共にクランベリー粉末を坐剤に含めた場合、クランベリーを坐剤から省略した場合と比較して細菌生存における増強が観察された（１～１．６ｌｏｇ高い；図２２）。追加的に、試料は坐剤中で２か月間安定であった（図２２）。坐剤へのアスコルビン酸（ＡＡ；ビタミンＣ）の追加はクランベリーの追加と類似した結果を生じさせ、バイオフィルムの形態の細菌の増殖において１～２ｌｏｇの小さい低減のみが観察された。予想されたように、ＡＡおよびクランベリーの両方はＭＲＳ溶液中の初期ｐＨ値を３．５～４まで低減させた。ＡＡの追加は坐剤のためのより均質な混合物を提供したので、後の実験においてそれを使用することを決定した。

バイオフィルムの形態の細菌。坐剤中のバイオフィルムの形態の湿潤性細菌（７２ｈのインキュベーション後）およびバイオフィルムの形態の乾燥性細菌の生存を調べた。坐剤中での１か月後に、バイオフィルムの形態の乾燥性細菌のＣＦＵカウントはＴ０でのそれらの数とは有意に異ならなかった（１ｌｏｇ未満）ことを結果は明らかにした。しかしながら、バイオフィルムの形態の湿潤性細菌の生存において１．５ｌｏｇの低減があった。しかしながら、３か月後に、ＬＲｈのバイオフィルムの形態の湿潤性細菌は完全に消失し、坐剤中のバイオフィルムの形態の乾燥性細菌のＣＦＵカウントは安定なままであった。湿度は坐剤中のバイオフィルムの形態の細菌の生存に負に影響し、したがってバイオフィルムの形態の乾燥性細菌粉末の使用が必須であることをこの結果は明確に実証する（図２３）。

坐剤賦形剤混合物の改善
少数の小実験の後に、油ベースの担体の基本的な製剤はそれぞれ１：５の比の植物性（パーム）バターおよびココアバターの他に、混合物の均質性を補助するための数滴のレシチンを含んだ。次に、本発明者らは、バイオフィルムの形態の細菌と比較して油ベースの担体の体積を低減させて、坐剤中のバイオフィルムの形態の細菌の量を増加させることを試みた。担体に対するバイオフィルムの形態の細菌の２つの比、それぞれ１：５および１：１０を試験した（図２４）。結果は、２つの比の間でバイオフィルムの形態の細菌の増殖において差異を示さず、そのため坐剤組成物中のバイオフィルムの形態の細菌の量を上昇させることが許容された。

サプリメント、例えばクランベリーまたはビタミンＣの追加はバイオフィルムの形態の細菌の増殖に影響せず、バイオフィルムの形態の細菌と共にそれらの投与は、それぞれの単独での投与よりもＢＶの治療のために有効であり得る。

粒子サイズおよび粒子に対するバイオフィルムの形態の細菌の親和性
異なる粒子とのＬＧプランクトン細胞の２４ｈのインキュベーション後に、バイオフィルムの形態のＬＧ細菌の増殖および発達は以下の通りであった：微結晶セルロース：リン酸二カルシウム（ＭＣＣ：ＤＣＰ）＞ＭＣＣ＞アルギン酸塩＞クランベリー。これらの結果に基づいて、粒子サイズの低減およびマトリックスの種類の両方の組み合わせはバイオフィルムの形態のＬＧ細菌の増殖および発達に正の影響を及ぼしたことを本発明者らは示唆する：（１）粒子サイズ － より小さい粒子サイズ（より高い表面対体積比）は粒子体積当たりでより多くの細菌が付着することを可能として、バイオフィルムの形態の細菌の増殖を向上させ得る：バイオフィルムの形態の細菌の増殖はアルギン酸塩ビーズ（１，０００μｍ）と比較してＭＣＣまたはＭＣＣ：ＤＣＰの組み合わせ（８０～１５０μｍ）において増強された；（２）マトリックスの種類 － 本発明者らは、バイオフィルム成長および形成に対する特有のマトリックスの寄与について、いかなる特定の理論に縛られることも望まずに、２つの可能な説明をここに示唆する。アルギン酸塩はクランベリーの２倍の大きさであるにもかかわらず、バイオフィルムの形態のＬＧ細菌の増殖は、アルギン酸塩と共に接種された場合により高かった。１つの仮説は、バイオフィルムの形態の細菌の増殖に負に影響した可能性がある、溶液中のクランベリーの存在により誘導されるより低いｐＨである。別の推測は、アルギン酸塩はバイオフィルム形成のために重要であることが示された細菌多糖の１つであるという事実に基づく。別の例は、ＭＣＣとＭＣＣ：ＤＣＰとの間のＬＧバイオフィルム細胞の数における差異である。外因性のカルシウムイオンはバイオフィルム形成を促進することができ、それゆえ可溶性のＤＣＰ粒子（リン酸二カルシウム）およびその後にカルシウムイオンの存在はＬＧバイオフィルムの成長および発達の増強を有し得ることを少数の研究は示している。

実施例４
坐剤製剤
直腸／膣坐剤としてのペンタサ（抗炎症剤）との細菌の新たな組み合わせが示される。

バイオフィルムの形態の乾燥性細菌を含む製剤Ａ、ならびにペンタサおよびバイオフィルムの形態の細菌の組み合わせを含む製剤Ｂという２つの製剤を比較した（表８）。

バイオフィルムの形態の乾燥性細菌とのペンタサの組み合わせを試験した場合、細菌の安定性が維持された（図２６）。同じことがペンタサを伴うプランクトン細菌について観察された。

実施例５
共培養されたバイオフィルム
２つの細菌株を用いる共培養
ＬＪおよびＬＧは嫌気性／低速増殖細菌として同定された一方、ＬＲｈは好気性／急速増殖細菌として同定された。ＬＪまたはＬＧプランクトン細胞をＬＲｈと共に接種する場合、それらは株の追加の間の約１時間のギャップと共にＬＲｈの前に加えた。単独培養としてのそれらの成長と比較してバイオフィルム成長（最大１ｌｏｇ）および発達（ｐＨに対する耐性）において有意な差異は記録されなかった（図２７）。バイオフィルム包埋細菌の数は１０^６～１０^７ＣＦＵ／ｍＬであった。

ＬＲｈ－ＬＧ共培養実験からの発見は、中スケールセットアップにおいて実験を繰り返すことにより後に検証された。これらの２つの細菌株の組み合わせ（ＬＪ＆ＬＲｈまたはＬＧ＆ＬＲｈ）の共培養は、バイオフィルム中の細菌の総数を増加させながら粒子の数を低減させるための明確な利点を示すことを実験のこれらのセットは実証した。これは、バイオフィルム担体、例えば、坐剤または錠剤のサイズを低減させる場合の大きな利点である。

２つより多くの細菌株を用いる共培養
この実験において本発明者らは以下の細菌の組み合わせを接種した：ＬＲｈ－ＬＪ－ＬＧまたはＬＲｈ－ＬＪ－ＬＧ－ＬＣｒ（以後それぞれ「組み合わせＡ」および「組み合わせＢ」；図７）。ＬＲｈ、ＬＪおよびＬＧを一緒に培養した場合、各株についてバイオフィルム中の細菌の数は１０^７～１０^８ＣＦＵ／ｍＬであった。細菌株をＦＧ１ブロス中に接種し、それゆえＭＲＳを用いて行った以前の共培養実験と比較してより多くの数のバイオフィルム細胞とした。ｐＨ ３．５において、全ての細菌株は培養時間にかかわらず高い耐性を呈した。しかしながら、ｐＨ ３．５に対するＬＪ細菌集団の耐性はインキュベーション時間と共に減少した。ｐＨ ２において、ＬＧの生存はｐＨ ３．５におけるその生存とは有意に異ならなかったが、ＬＪおよびＬＲｈは不良な生存率を示した。これらの結果は、細菌を単独で増殖させた以前の実験からの発見にしたがった。これらの株は互いにバイオフィルム集団を阻害も抑制もしないことをこれらの結果は指し示す。

第２の共培養混合物、組み合わせＢからのＬＲｈ、ＬＪおよびＬＧ細菌集団は、組み合わせＡと比較してｐＨ ３．５に対して増殖および耐性における差異を示さなかった。しかしながら、ＬＪおよびＬＲｈは特に２４時間のインキュベーション後にｐＨ ２により良好に耐えたようであった。他方、ＬＣｒ細菌集団はインキュベーションの２日目にのみＭＲＳ寒天プレート上に見られた。ＬＣｒ細菌集団の高い生存能はＬＪ細菌集団に類似していた（１０^７ＣＦＵ／ｍＬ）。ＭＲＳ寒天プレート上でのＬＣｒの増殖は他の細菌株の増殖により抑制された可能性がある（図２９～図３０）。

次に、組み合わせＢからの細菌集団をビフィドバクテリウム寒天プレート上にもプレーティングした。

以上を合わせると、両方の共培養の組み合わせにおいて、細菌集団増殖およびｐＨ耐性に関する最良の結果は２４時間のインキュベーション後に得られた。しかしながら、組み合わせＢからのＬＲｈ、ＬＧおよびＬＪの、低ｐＨ処理での相対的に高い生存は、ＬＣｒを含む細菌株のこの特有の組み合わせはこれらの細菌集団のバイオフィルム発達に寄与したことを示唆する。（図２９～図３０）。

共培養の順序：
インキュベーションの始めにおけるマトリックス：培地の混合物への細菌追加の順序を試験するために、本発明者らは、より弱い／低速増殖株および次により強い／急速増殖株の追加を反対の組み合わせ（最初により強いおよび次により弱い）と比較する。これは、より弱い株によるバイオフィルムの形成に対する発酵に加えられる株の順序における利益があるかどうかを示す。

この実験におけるＬＲｈ、ＬＣｒ、ＬＪおよびＬＧの細菌培養物は材料および方法セクションに記載したものと同様に調製されるが、以下の調整を伴う：実験の始めに各株からのプランクトン細菌を増殖培地およびマトリックスの混合物に加えるときに、間に０．５～１時間のギャップと共に各株を順次加える。２つの処理がある：
１）嫌気性／低速増殖株を最初におよび次に好気性／急速増殖株を加えること、ＬＣｒ→ＬＪ→ＬＧ→ＬＲｈ；
２）より強い／急速増殖株を最初におよび次に遅いより弱い／低速増殖株を加えること、ＬＲｈ→ＬＧ→ＬＪ→ＬＣｒ。

細菌集団増殖の分析を計７２時間の間の２４時間のインキュベーション毎に実行する。

共培養において増殖される細菌株を単独培養での増殖と比較し、メタボロミクス技術を使用して代謝物における差異を分析する。

共培養として一緒にまたは各株別々に増殖されるＬＲｈ、ＬＣｒ、ＬＪおよびＬＧの細菌集団培養物を材料および方法セクションに記載されるように調製する。７２時間のインキュベーションの終わりに、細菌集団が培養される増殖培地を最大速度で１０分間遠心分離してデブリおよびプランクトン細菌を除去する。上清を清潔なチューブに移し、再び遠心分離する（同じ条件）。代謝の分析まで上清を－８０℃に保つ。追加的に、単独培養と比較した共培養増殖に対する増殖培地への異なるサプリメント（例えば炭水化物、例えばフルクトオリゴ糖、および微量元素、例えば鉄）の追加の効果を調べる。

実施例６
粒子サイズおよび粒子に対する細菌の親和性
異なる粒子とのＬＧプランクトン細胞の２４時間のインキュベーション後に、ＬＧ細菌集団の増殖および発達は以下の通りであった：微結晶セルロース：リン酸二カルシウム（ＭＣＣ：ＤＣＰ）＞ＭＣＣ＞アルギン酸塩＞クランベリー。これらの結果に基づいて、粒子サイズの低減およびマトリックスの種類の両方の組み合わせはバイオフィルムの形態のＬＧ細菌の増殖および発達に正の影響を及ぼしたことを本発明者らは示唆する：１）粒子サイズ － より小さい粒子サイズ（より高い表面対体積比）は粒子体積当たりでより多くの細菌が付着することを可能として、細菌集団の増殖を向上させ得る：細菌集団はアルギン酸塩ビーズ（１０００μｍ）と比較してＭＣＣまたはＭＣＣ：ＤＣＰの組み合わせ（８０～１５０μｍ）において増強された；２）マトリックスの種類 － 本発明者らは、バイオフィルム成長および形成に対する特有のマトリックスの寄与について、いかなる特定の理論に縛られることも望まずに、２つの可能な説明をここに示唆する。（図３１）。

アルギン酸塩はクランベリーと比較して２倍の大きさであるにもかかわらず、ＬＧ細菌集団の増殖は、アルギン酸塩と共に接種された場合により高かった。別の例は、ＭＣＣとＭＣＣ：ＤＣＰとの間のＬＧバイオフィルム細胞の数における差異である。外因性のカルシウムイオンはバイオフィルム形成を促進することができ、それゆえ可溶性のＤＣＰ粒子（リン酸二カルシウム）およびその後にカルシウムイオンの存在はＬＧバイオフィルムの成長および発達の増強を有し得ることを少数の研究は示している。

実施例７
細菌集団増殖に対する動物および非動物培地の効果
ＬＧ、ＬＲｈ、ＬＣｒおよびＬＪの細菌集団増殖および発達状態に対する異なる動物ベースおよび非動物ベースの増殖培地の効果を評価した（図３２Ａ～図３２Ｃ）。ラクトバシラス種を動物ベースのブロス（以後、動物）ならびに／または非動物ベースのブロス（以後、非動物１および非動物２）のいずれかで増殖させた。

第１の実験において、異なる増殖培地中での２４時間のインキュベーション後に、ＬＧおよびＬＣｒの細菌集団増殖ならびにｐＨに対するそれらの耐性は以下の通り：非動物１＞非動物２＞動物であった一方、ＬＪは非動物１＝非動物２＞動物の増殖および耐性パターンを示した（図３３Ａ～図３３Ｃ）。この実験に基づいて、中スケールセットアップにおいてまたは異なる株を用いて試験するための培地としてＦＧ１ブロスを選択した。

実験の次のセットを使用して、動物ブロスと比較した、ＬＲｈ、ＬＧおよびＬＣｒの増殖およびバイオフィルム発達に対する非動物１ブロスの効果を評価した。ここで、両方の耐性アッセイで、ｐＨおよび抗生物質を試験し、２つの実験設計（小スケールまたは中スケールセットアップ；図１２Ａ～図１２Ｃ）の１つを使用してこれらの実験を実行した。全体的に、生存バイオフィルム細胞の数は、非動物１ブロス中で増殖させた場合により著しく、全ての試験した細菌株について約１～２ｌｏｇの増加が記録された。それにもかかわらず、酸性ｐＨおよび抗生物質の両方の存在下でのＬＧの生存および／または増殖は、動物と比較して非動物１中で培養された場合に実質的により良好であった。ｐＨ ３．５およびＮＶＢ抗生物質への曝露後のＬＣｒおよびＬＲｈ包埋バイオフィルム細胞の数は、動物ベースの培地中の接種と比較して非動物１ベースの培地中に接種されたＬＣｒにおいてより高かったが、ｐＨ ２およびＣＢ抗生物質ではそうではなかった。この結果は、バイオフィルム細胞の量の増加と相関した（ｐＨ ７）。以上を合わせると、非動物ベースの培地を用いる増殖は、バイオフィルム中の細菌の数の他にバイオフィルム発達において動物ベースの培地を上回る明確な利点を示した。これは、本出願において試験した全ての膣細菌について記録された。（図３３）。

実施例８
ビフィドバクテリウム・アドレセンティス単独対共培養
本発明者らは、Ｂ．ブレベおよびＢ．ロンガム亜種ロンガムとのそのバイオフィルム共培養増殖と比較して単独培養におけるＢ．アドレセンティス（ＢｆＡ）の増殖性能を調べた。ＢｆＡは、単独でのその増殖と比較してＢＬＬおよびＢｆＢｒと共培養された場合に７２ｈ後に増殖の向上を示した（図３４）。ＢｆＡは、単独でのその増殖と比較してＢｆＢｒと共培養された場合に２４ｈおよび７２ｈ後に増殖の向上を示した（図３５）。

本発明者らは、追加の時間が共培養においてＢ．アドレセンティスの増殖を向上させ得るかどうかをさらに調べた。ＢＬＬおよびＢｆＢｒと並行して（「対照」）またはＢＬＬおよびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に（「ＢｆＡ先行」）ＢｆＡを加えた。ＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えた場合にＢｆＡのより高い相対存在量が観察された（図３６）。他のビフィドバクテリウム種と並行してのその追加（対照）と比較してＢＬＬ、ＢＢ－１２およびＢｆＢｒの追加の２４ｈ前に加えた場合（ＢｆＡ先行）にＢｆＡの増殖の向上（約１ｌｏｇの差異）が観察された（図３７～図３８）。

実施例９
フェカリバクテリウム・プラウスニッツイ単独対共培養
本発明者らは、ブラウティア・オベウム（ＢｌＯ）、ブラウティア・コッコイデス（ＢｌＣ）、または両方とのそのバイオフィルム共培養増殖と比較して単独培養におけるＦ．プラウスニッツイ（ＦａＰ）の増殖性能を調べた。ＦａＰは、単独でのその増殖と比較してＢｌＯ、ＢｌＣまたは両方のいずれかと４８ｈ共培養された場合に増殖の向上を示した（図３９）。ＦａＰはまた、単独でのその増殖と比較してバクテロイデス・ブルガタス（ＢａＶ）、またはＢａＶおよびドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランス（ＤｏＦ）のいずれかと共培養された場合に増殖の向上を示した（図４０）。

本発明者らは、ＢｌＰ、ＢｆＡまたはバクテロイデス・テタイオタオミクロン（ＢａＴ）のいずれかを伴うその増殖と比較してＦａＰの増殖をさらに調べた。また、本発明者らは、その増殖に対するＦａＰのより高い初期ＯＤの効果を調べた。ＦａＰは、ＢｆＡまたはＢａＴのいずれかと４８ｈ共培養された場合に向上した増殖を有することが見出された（図４１）。

本発明者らは、クロストリジウム目およびバクテロイデス科からの少数の種と共培養された場合の７２ｈのインキュベーションの間のＦａＰ相対存在量をさらに調べた。ＦａＰをバクテロイデス種と共培養した場合、クロストリジウム目種のみとの共培養における増殖と比較して明確な利点が観察された（図４２）。

さらに、本発明者らは、クロストリジウム目およびバクテロイデス科からの少数の種と共培養された場合の７２ｈのインキュベーションの間のプランクトンおよびバイオフィルム相中のＦａＰ相対存在量を調べた。ＦａＰは、７２ｈの増殖の間にプランクトン形態（図４３Ａ）と比較してバイオフィルム（図４３Ｂ）中でより高い相対存在量を有することが見出された。

本発明をその特有の実施形態と組み合わせて記載したが、多くの代替、改変およびバリエーションが当業者に明らかとなることは明白である。よって、添付の請求項の精神および広い範囲に入る全てのそのような代替、改変およびバリエーションを包含することが意図される。

本明細書において言及される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個々の刊行物、特許または特許出願が参照により本明細書に組み込まれることを特におよび個々に指し示されたのと同じ程度まで、参照により全体が本明細書に組み込まれる。追加的に、本出願における任意の参考文献の参照または同定は、そのような参考文献が本発明に対する先行技術として利用可能であるという承認として解釈されてはならない。セクションの見出しが使用される程度まで、それらは必然的に限定的であると解釈されるべきではない。

Claims (26)

1. 第１の親油性担体ならびにラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）・クリスパタス（ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびＬ．ガセリ（ｇａｓｓｅｒｉ）、Ｌ．ジェンセニー（ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびＬ．ラムノサス（ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種を含む乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌、ならびに抗生剤、ｐＨ調整剤、または両方を含む第１の剤を含む、組成物。
2. 前記乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌および前記抗生剤を含む第１の剤が前記組成物内に均質に分散している、請求項１に記載の組成物。
3. 前記乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌が前記組成物全体の１０％～５０％（ｗ／ｗ）である、請求項１または２に記載の組成物。
4. 前記乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌が粒子に付着している、請求項１～３に記載の組成物。
5. 前記粒子が、種子、ＭＣＣ、リン酸二カルシウム、多糖、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項４に記載の組成物。
6. 第２の層をさらに含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の組成物。
7. 前記第２の層が第２の親油性担体、第２の剤または両方を含む、請求項６に記載の組成物。
8. 前記乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌の放出が前記第２の剤の放出よりも遅い、請求項７に記載の組成物。
9. 前記第１の剤および前記第２の剤のいずれか１つが抗生物質である、請求項７または８に記載の組成物。
10. 安定化剤、防腐剤、滑沢剤、粘度改変剤、緩衝化剤、脂肪酸、およびこれらの組み合わせをさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
11. 細菌性膣症の治療における使用のための、請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。
12. ａ．フェカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・プラウスニッツイ（ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）ならびにブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）・オベウム（ｏｂｅｕｍ）、Ｂｌ．コッコイデス（ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）・ブルガタス（ｖｕｌｇａｔｕｓ）、およびドレア（Ｄｏｒｅａ）（ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ））・フォルミシゲネランス（ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種、
    ｂ．ラクトバシラス・クリスパタスならびにＬ．ガセリ、Ｌ．ジェンセニー、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種、または
    ｃ．ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アドレセンティス（ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）ならびにＢｉｆ．ロンガム（Ｌｏｎｇｕｍ）亜種ロンガム（ｌｏｎｇｕｍ）、およびＢｉｆ．ブレベ（Ｂｒｅｖｅ）からなる群から選択される少なくとも１つの追加の細菌種
    を含む乾燥したバイオフィルムの形態の共培養されたプロバイオティクス細菌を含む、組成物。
13. 経口、膣、直腸、および外用からなる群から選択される送達経路のために製剤化されている、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物。
14. 坐剤の形態である、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
15. それを必要とする対象においてフローラをモジュレートする方法であって、前記対象に治療有効量の請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物を投与し、それにより前記対象においてフローラをモジュレートすることを含む、方法。
16. 前記フローラが、膣フローラ、腸フローラ、または皮膚フローラである、請求項１５に記載の方法。
17. 前記モジュレートすることが前記対象の生来のフローラを回復させることである、請求項１５または１６に記載の方法。
18. それを必要とする対象においてディスバイオシス関連状態または腸および代謝性疾患を予防または治療するための、請求項１５～１７のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記ディスバイオシス関連状態または腸および代謝性疾患が、細菌性膣症、泌尿生殖器感染症、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、結腸直腸がん、肥満症、およびセリアック病からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
20. 請求項１に記載の組成物を調製する方法であって、
    ａ．粒子を含む増殖培地にＬ．クリスパタスを接種するステップ、
    ｂ．前記粒子をステップ（ａ）からのＬ．クリスパタスと、Ｌ．クリスパタスが前記粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、
    ｃ．ステップ（ｂ）の前記粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに
    ｄ．ステップ（ｃ）の前記接種された粒子を、Ｌ．クリスパタスおよび少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップ
    を含む、方法。
21. 前記少なくとも１つの追加の細菌種が、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ガセリ、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
22. 請求項１２に記載の組成物を調製する方法であって、
    － 粒子を含む増殖培地に、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイから選択される第１の細菌を接種するステップ、
    － 前記粒子を前記第１の細菌と、前記第１の細菌が前記粒子に付着することを可能とするために好適な条件下でインキュベートするステップ、
    － 前記粒子に少なくとも１つの追加の細菌種を接種するステップ、ならびに
    － 前記接種された粒子を、（ｉ）Ｌ．クリスパタス、（ｉｉ）Ｂｉｆ．アドレセンティス、または（ｉｉｉ）Ｆ．プラウスニッツイ、および少なくとも１つの追加の細菌種を含むバイオフィルムを形成するために好適な条件下で培養するステップ
    を含む、方法。
23. 前記第１の細菌がＬ．クリスパタスである場合、前記少なくとも１つの追加の細菌種が、Ｌ．ジェンセニー、Ｌ．ガセリ、およびＬ．ラムノサスからなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
24. 前記第１の細菌がＢｉｆ．アドレセンティスである場合、前記少なくとも１つの追加の細菌種が、Ｂｉｆ．ロンガム亜種ロンガム、およびＢｉｆ．ブレベからなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
25. 前記第１の細菌がＦ．プラウスニッツイである場合、前記少なくとも１つの追加の細菌種が、Ｂｌ．オベウム、Ｂｌ．コッコイデス．Ｂａｃ．ブルガタス、およびドレア（ユーバクテリウム）・フォルミシゲネランスからなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
26. 前記第１の細菌がＦ．プラウスニッツイであり、かつ前記接種するステップが同時に行われる、請求項２５に記載の方法。

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