JP2022533724A - 嫌気性細菌発酵のための方法及び組成物 - Google Patents
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Abstract
嫌気性細菌の発酵に関連する方法及び組成物が本明細書で提供される。【選択図】図１
Description
関連出願の相互参照
この出願は、２０１９年５月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／８５０，７２６号及び２０１９年１２月２３日に出願された米国仮特許出願第６２／９５２，７９８号の利益を主張し、これらのそれぞれの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
技術分野
本発明は、「嫌気性細菌発酵のための方法及び組成物」に関する。
この出願は、２０１９年５月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／８５０，７２６号及び２０１９年１２月２３日に出願された米国仮特許出願第６２／９５２，７９８号の利益を主張し、これらのそれぞれの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
技術分野
本発明は、「嫌気性細菌発酵のための方法及び組成物」に関する。
嫌気性細菌は、酸素の存在下では増殖が不十分な（又は増殖しない）細菌である。ヒトでは、多くの種類の嫌気性細菌が胃腸管に見られる。微生物の培養方法は、典型的には、大気（好気性環境）で行われるため、嫌気性細菌の培養は困難であり得、多くの場合、特殊な機器及び技術を要する。例えば、嫌気性細菌は、嫌気性グローブボックス又は窒素で充填された他の特別に密封された容器で培養することができる。しかし、現在利用可能な技術は、治療用微生物の商業生産に必要な大きいスケールの培養に適さない。したがって、嫌気性細菌発酵の代替的方法は、特に大きいスケールで嫌気性細菌を増殖させるのに有用であろう。
嫌気性細菌は、遅滞期の培養開始時に二酸化炭素（ＣＯ２）の存在から恩恵を受けるが、嫌気性細菌のいくつかの菌株は、対数期を通じて強力な増殖を維持するためにＣＯ２を必要としない。特定の嫌気性菌株、例えば、本明細書に記載の菌株は、増殖全体を通してＣＯ２が提供される場合（例えば、対数期にＣＯ２が提供されない場合の増殖速度と比較して）、より良く増殖する。例えば、特定のそのような細菌は、発酵プロセス全体を通してＣＯ２を消費する。
特定の態様において、本明細書に記載の培養方法は、従来の方法と比較して、嫌気性細菌株、例えば、本明細書に記載の株のより良い増殖を可能にする。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、細菌を、４を超える、例えば、１０を超える、又は２０を超えるＯＤまで増殖させることを可能にする。例えば、いくつかの実施形態において、ＣＯ２を約５％（例えば、及び約９５％のＮ２）ではなく約２５％（例えば、及び約７５％のＮ２）でバイオリアクター中に散布することにより、バイオマス収量において約５倍の増加が可能になる。ＣＯ２はガス混合物に導入することができ、ガス混合物にはＮ２も含まれ得る。
本明細書に記載の方法の特定の実施形態の重要な特徴は、それらが、例えば、バイオリアクター、例えば、容量が１Ｌを超える容器での大きいスケールの生産に特に適用可能であることである。培養量が増えると、容器のヘッドスペースにＣＯ２を供給するだけでは、培養全体に十分なＣＯ２を供給して最適な増殖を達成するのに十分でない場合がある。いくつかの実施形態において、培養物全体にＣＯ２を提供することにより（例えば、ヘッドスペースにＣＯ２を提供することを超えて）、細菌の増殖が改善される。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、例えば、ＣＯ２を培養物に散布／バブリングすることによって；一定間隔で（例えば、３０分又は１時間間隔で）ＣＯ２のボーラスを培養物に注入することによって；及び／又は培養物に炭酸塩又は重炭酸塩を加えることによって、培養物全体に提供され得る。本明細書で提供される実施形態で使用できる炭酸塩には、例えば、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、炭酸バリウム、炭酸、マグネサイト（炭酸マグネシウム）、過炭酸ナトリウム（過酸化水素の付加物）及び炭酸カルシウムが含まれる。本明細書で提供される実施形態で使用できる重炭酸塩には、例えば、重炭酸ナトリウム、重炭酸カリウム、重炭酸セシウム、重炭酸マグネシウム、及び重炭酸アンモニウムが含まれる。炭酸塩又は重炭酸塩は、例えば、０．５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌ、例えば、０．５～１ｇ／Ｌ、１～５ｇ／Ｌ、２～８ｇ／Ｌ、約０．５ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ、約１０ｇ／Ｌの濃度で使用することができる。炭酸塩又は重炭酸塩は、特定の実施形態において、ＣＯ２の代替又は追加の供給源として使用することができる（例えば、塩を加えることにより、より低いパーセンテージのＣＯ２を使用することができ、それでも、より高いパーセンテージのＣＯ２が使用される場合と同じ増殖の利益を達成することができる）。例えば、いくつかの実施形態において、細菌は、約２５％のＣＯ２（例えば、及び約７５％のＮ２）が培養物に散布されるバイオリアクター内で増殖させることができ、例えば、重炭酸ナトリウム（例えば、０．５～１ｇ／Ｌ）の添加により、約５％のＣＯ２（例えば、及び約９５％のＮ２）が散布されるバイオリアクター内で細菌を増殖させて、同様の収量を得ることができる。
特定の態様において、炭酸塩を含むバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、炭酸バリウム、炭酸、マグネサイト（炭酸マグネシウム）、過炭酸ナトリウム（過酸化水素の付加物）、又は炭酸カルシウムである。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、０．５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、０．５～１ｇ／Ｌ、１～５ｇ／Ｌ、又は２～８ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、約０．５ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ、又は約１０ｇ／Ｌの濃度である。
特定の態様において、重炭酸塩を含むバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、重炭酸ナトリウム、重炭酸カリウム、重炭酸セシウム、重炭酸マグネシウム、又は重炭酸アンモニウムである。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、０．５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、０．５～１ｇ／Ｌ、１～５ｇ／Ｌ、又は２～８ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、約０．５ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ、又は約１０ｇ／Ｌの濃度である。
特定の態様において、嫌気性細菌を培養するための改善された組成物及び方法が本明細書で提供される。例えば、いくつかの実施形態において、従来の嫌気性培養条件と比較して高レベルのＣＯ２を含む嫌気性条件下で（例えば、１％を超えるＣＯ２のレベルで、例えば、約２５％のＣＯ２のレベルなどの５％を超えるＣＯ２のレベルで）、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の実施形態において、従来の嫌気性培養条件と比較して高レベルのＣＯ２を含む条件下で（例えば、約２５％のＣＯ２のレベルなどの１％を超えるＣＯ２のレベルで）培養される嫌気性細菌を含むバイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法及び組成物は、従来の培養条件と比較して増加した細菌収量をもたらす。
特定の態様において、ＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、又は少なくとも２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、又は約４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２５％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、ガス混合物中のＣＯ２が培養物に導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、１％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、又は少なくとも２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、従来の嫌気性培養条件と比較して低レベルのＮ２を含む嫌気性条件下で（例えば、９５％未満のＮ２のレベルで、例えば、約７５％のＮ２のレベルなどの９０％未満のＮ２のレベルで）、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の実施形態において、従来の嫌気性培養条件と比較して低レベルのＮ２を含む条件下で（例えば、約７５％のＮ２のレベルなどの９５％未満のＮ２のレベルで）培養される嫌気性細菌を含むバイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法及び組成物は、従来の培養条件と比較して増加した細菌収量をもたらす。
特定の態様において、従来の嫌気性培養条件と比較して低レベルのＮ２を含むガス混合物を導入することを含む嫌気性条件下で（例えば、９５％未満のＮ２、例えば、９０％未満のＮ２、約７５％のＮ２のガス混合物）、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の実施形態において、従来の嫌気性培養条件と比較して低レベルのＮ２を含むガス混合物を導入することを含む条件下で（例えば、約７５％のＮ２などの９５％未満のＮ２のガス混合物）、培養される嫌気性細菌を含むバイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法及び組成物は、従来の培養条件と比較して増加した細菌収量をもたらす。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、７５％以下、７６％以下、７７％以下、７８％以下、７９％以下、８０％以下、８１％以下、８２％以下、８３％以下、８４％以下、８５％以下、８６％以下、８７％以下、８８％以下、８９％以下、９０％以下、９１以下％、９２％以下、９３％以下、又は９４％以下のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、７５％～９４％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、又は約９４％のＮ２を含む。
特定の態様において、Ｎ２を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、９０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約７５％のＮ２を含む。
特定の態様において、Ｎ２を含む嫌気性ガス混合物が導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、９０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
特定の態様において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）１％を超えるＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップを含む。特定の実施形態において、嫌気性ガス混合物は、ステップｂ）の間にバイオリアクターに加えられる。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、又は少なくとも２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約１００％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）９５％未満のＮ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップを含む。特定の実施形態において、嫌気性ガス混合物は、ステップｂ）の間にバイオリアクターに加えられる。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約６５％、約６６％、約６７％、約２８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法は、嫌気性細菌を増殖培地に接種するステップをさらに含み、ここで、細菌は、本明細書に提供される方法に従って増殖培地中で培養される。いくつかの実施形態において、接種された嫌気性細菌の体積は、増殖培地の０．０１％～１０％ｖ／ｖ（例えば、増殖培地の約０．１％ｖ／ｖ、増殖培地の約０．５％ｖ／ｖ、増殖培地の約１％ｖ／ｖ、増殖培地の約５％ｖ／ｖ）である。
いくつかの実施形態において、増殖培地は、少なくとも約１Ｌの体積、少なくとも約５Ｌの体積、少なくとも約１０Ｌの体積、少なくとも約１５Ｌの体積、少なくとも約２０Ｌの体積、少なくとも約３０Ｌの体積、少なくとも約４０Ｌの体積、少なくとも約５０Ｌの体積、少なくとも約１００Ｌの体積、少なくとも約２００Ｌの体積、少なくとも約２５０Ｌの体積、少なくとも約５００Ｌの体積、少なくとも約７５０Ｌの体積、少なくとも約１０００Ｌの体積、少なくとも約１５００Ｌの体積、少なくとも約２０００Ｌの体積、少なくとも約２５００Ｌの体積、少なくとも約３０００Ｌの体積、少なくとも約３５００Ｌの体積、少なくとも約４０００Ｌの体積、少なくとも約５０００Ｌの体積、少なくとも約７５００Ｌの体積、少なくとも約１０，０００Ｌの体積、少なくとも約１５，０００Ｌの体積、少なくとも約２０，０００Ｌの体積、少なくとも約５０，０００Ｌの体積、少なくとも約１００，０００Ｌの体積、少なくとも約１５０，０００Ｌの体積、少なくとも約２００，０００Ｌの体積、少なくとも約２５０，０００Ｌの体積、少なくとも約３００，０００Ｌの体積、少なくとも約３５０，０００Ｌの体積、少なくとも約４００，０００Ｌの体積、又は少なくとも約５００，０００Ｌの体積である。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、少なくとも５時間（例えば、少なくとも１０時間）培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、１０～２４時間培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、１４～１６時間培養される。いくつかの実施形態において、方法は、増殖培地に約５％ｖ／ｖの培養細菌を接種するステップをさらに含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、体積が約２０Ｌである。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、１０～２４時間培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、１２～１４時間培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、少なくとも定常期に達するまで培養される。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、３５℃～４２℃の温度で培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、３５℃～３９℃の温度で培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、約３７℃の温度で培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、５．５～７．５のｐＨで培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、約６．５のｐＨで培養される。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、バイオリアクターで培養される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養することは、５０～１０００のＲＰＭで培養物を撹拌することを含む。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養することは、１００～７００のＲＰＭで培養物を撹拌することを含む。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養することは、５０～３００のＲＰＭで培養物を撹拌することを含む。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、約１５０のＲＰＭで撹拌される。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、培養中に、バイオリアクターに連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．０１～１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．０１～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、培養中に連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、０．００２ｖｖｍ～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．００２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、又は少なくとも２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、培養中に、バイオリアクターに連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．０１～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、培養中に連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、０．００２ｖｖｍ～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．００２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．００７ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約６５％、約６６％、約６７％、約２８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
本明細書で提供される方法の特定の実施形態において、本明細書では、嫌気性細菌は、加圧されたバイオリアクターで培養される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも１００，０００パスカルで加圧される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも１００，０００パスカル、１２５，０００パスカル、１５０，０００パスカル、１７５，０００パスカル、２００，０００パスカル、又は２２５，０００パスカルで加圧される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、最大２，２２５，０００パスカルで加圧される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、最大２，０００，０００パスカル、２，０２５，０００パスカル、２，０５０，０００パスカル、２，０７５，０００パスカル、２，１００，０００パスカル、２，１５０，０００パスカル、２，２００，０００パスカル、又は２，２２５，０００パスカルで加圧される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、約１００，０００パスカル～約２，１００，０００パスカルで加圧される。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、約１０１，３２５パスカル～約２，０２６，５００パスカルで加圧される。決して理論に拘束されることを望むものではないが、一般に、増加した圧力で操作することにより、気相から液相へのＣＯ２移動速度の大幅な増加が可能になる。
特定の実施形態において、本明細書で提供される方法は、拡散スパージャーを用いてバイオリアクターにガスを導入することを含む。いくつかの実施形態において、ガスは、焼結スパージャー又は多孔質スパージャーとともに導入される。他の実施形態において、ガスは、マイクロバブルを導入するために、有孔プレート又は他の装置で導入される。決して理論に拘束されることを望むものではないが、一般に、より小さくより拡散した気泡の導入により、気相から液相へのＣＯ２移動速度の大幅な増加が可能になる。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、増殖培地で培養される。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス（ｇｌｕｃｉｄｅｘ）、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、グルコース、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、増殖培地で培養される。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、グルコース、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、増殖培地で培養される。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、方法は、培養細菌を回収するステップをさらに含む（例えば、定常期に達したとき）。いくつかの実施形態において、方法は、培養細菌を回収後に遠心分離するステップをさらに含む（例えば、細胞ペーストを生成するために）。いくつかの実施形態において、方法は、細胞ペーストを安定剤溶液で希釈して細胞スラリーを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態において、方法は、細胞スラリーを凍結乾燥して粉末を生成するステップをさらに含む。いくつかの実施形態において、方法は、粉末にガンマ線を照射することをさらに含む。
特定の態様において、少なくとも約１％のＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で嫌気性細菌を含むバイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、又は少なくとも２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２５％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、９５％未満のＮ２を含む嫌気性雰囲気下で嫌気性細菌を含むバイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、９０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約６５％、約６６％、約６７％、約２８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも約１Ｌの体積、少なくとも約５Ｌの体積、少なくとも約１０Ｌの体積、少なくとも約１５Ｌの体積、少なくとも約２０Ｌの体積、少なくとも約３０Ｌの体積、少なくとも約４０Ｌの体積、少なくとも約５０Ｌの体積、少なくとも約１００Ｌの体積、少なくとも約２００Ｌの体積、少なくとも約２５０Ｌの体積、少なくとも約５００Ｌの体積、少なくとも約７５０Ｌの体積、少なくとも約１０００Ｌの体積、少なくとも約１５００Ｌの体積、少なくとも約２０００Ｌの体積、少なくとも約２５００Ｌの体積、少なくとも約３０００Ｌの体積、少なくとも約３５００Ｌの体積、少なくとも約４０００Ｌの体積、少なくとも約５０００Ｌの体積、少なくとも約７５００Ｌの体積、少なくとも約１０，０００Ｌの体積、少なくとも約１５，０００Ｌの体積、少なくとも約２０，０００Ｌの体積、少なくとも約３０，０００Ｌの体積、少なくとも約５０，０００Ｌの体積、少なくとも約１００，０００Ｌの体積、少なくとも約１５０，０００Ｌの体積、少なくとも約２００，０００Ｌの体積、少なくとも約２５０，０００Ｌの体積、少なくとも約３００，０００Ｌの体積、少なくとも約３５０，０００Ｌの体積、少なくとも約４００，０００Ｌの体積、少なくとも約４５０，０００Ｌの体積又は少なくとも約５００，０００Ｌの体積である。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、約２０Ｌのバイオリアクター、約３５００Ｌのバイオリアクター、約２０，０００Ｌのバイオリアクター、約５０，０００Ｌのバイオリアクター、約１００，０００Ｌのバイオリアクター、約２００，０００Ｌのバイオリアクター、約３００，０００Ｌのバイオリアクター、約４００，０００Ｌのバイオリアクター又は約５００，０００Ｌのバイオリアクターである。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、約２０Ｌのバイオリアクター、約３５００Ｌのバイオリアクター、約２０，０００Ｌのバイオリアクター、又は約４００，０００Ｌのバイオリアクターである。
全てのスケールで、ＣＯ２の物質移動は重要であり得、様々な要因によって決定される。例えば、ＣＯ２の物質移動は、ガス流量の増加、ガス中のＣＯ２濃度の増加、培地の撹拌の増加、撹拌機の形状、反応器の形状、及びシンチレーター又はより小さなＣＯ２気泡を生成するためのその他の装置の使用を含むがこれらに限定されない、他の要因によって調整できる。或いは、重炭酸塩又は他のＣＯ２源の添加は、培養物増殖の前又はその間に実施することができる。特定の実施形態において、容器のハードウェア／構成に固有の組み合わせを使用して、増殖を最適化することができる。
いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、増殖培地をさらに含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、グルコース、及びヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、増殖培地で培養される。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、グルコース、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、増殖培地で培養される。いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、約０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の細菌から選択される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）属からのものである。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含む、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、表２に列挙されたタンパク質を実質的に含まないプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株からのものである。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含み、表２に列挙されたタンパク質を含まないか又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、プレボテラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・アムニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｍｎｉｉ）、プレボテラ・バーゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ）、プレボテラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｅ）、プレボテラ・ブッカリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、プレボテラ・デンタリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｌｉｓ）、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテラ・マクロサ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｃｕｌｏｓａ）、プレボテラ・マルシイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｒｓｈｉｉ）、プレボテラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・ミカンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｉｃａｎｓ）、プレボテラ・マルチフォルミス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｉｓ）、プレボテラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｉｓ）、プレボテラ・オウロラム（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｕｌｏｒｕｍ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテラ・サリバエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓａｌｉｖａｅ）、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテラ・タンネラエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンシーエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチジス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、又はプレボテラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）種のものである。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株Ｂ ５０３２９（ＮＲＲＬ受託番号Ｂ ５０３２９）である。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株Ｂ ５０３２９のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表１に列挙されたタンパク質及び／又は表１に列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含む、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌の株である。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表２に列挙されたタンパク質及び／又は表２に列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含まないか、又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌の株である。
いくつかの態様において、細菌組成物を安定化する安定剤並びにそのような安定剤を作製及び使用する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、安定剤は、スクロース、デキストラン４０ｋ、システインＨＣｌ、及び水のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、スクロース（例えば、約２００ｇ／ｋｇのスクロース）、デキストラン４０ｋ（例えば、約２００ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋ）、システインＨＣｌ（例えば、約４ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌ）、及び水（例えば、約５９６ｇ／ｋｇの水）を含む。
いくつかの態様において、本明細書で提供される安定剤及び細菌（例えば、本明細書で開示されるプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株）を含む細菌組成物、並びにそれを調製する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、スクロース、デキストラン４０ｋ、及びシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１．５％のスクロース、１．５％のデキストラン４０ｋ、及び０．０３％のシステインＨＣｌを含む。特定の実施形態において、細菌組成物は、細菌を、液体懸濁液中の特定のパーセンテージの安定剤と組み合わせ、混合することによって調製される。いくつかの実施形態において、細菌と混合するために使用される安定剤溶液のパーセンテージは、約１０％である。いくつかの実施形態において、細菌組成物中の細菌は、嫌気性細菌である。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）である。いくつかのそのような実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９である。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、凍結乾燥されて粉末を形成する。
いくつかの態様において、本明細書で提供される安定剤及び細菌（例えば、本明細書で開示されるプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株）を含む細菌組成物、並びにそれを調製する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、スクロース、デキストラン４０ｋ、及びシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１．５％のスクロース、１．５％のデキストラン４０ｋ、及び０．０３％のシステインＨＣｌを含む。特定の実施形態において、細菌組成物は、細菌を、液体懸濁液中の特定のパーセンテージの安定剤と組み合わせ、混合することによって調製される。いくつかの実施形態において、細菌と混合するために使用される安定剤溶液のパーセンテージは、約１０％である。いくつかの実施形態において、細菌組成物中の細菌は、嫌気性細菌である。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）である。いくつかのそのような実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９である。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、凍結乾燥されて粉末を形成する。
定義
本明細書で使用される場合、「嫌気性条件」は、通常の大気条件と比較して酸素レベルが低下した条件である。例えば、いくつかの実施形態において、嫌気性条件は、酸素レベルが８％以下の酸素分圧（ｐＯ２）である条件である。いくつかの場合において、嫌気性条件は、ｐＯ２が２％以下である条件である。いくつかの場合において、嫌気性条件は、ｐＯ２が０．５％以下である条件である。特定の実施形態において、嫌気性条件は、例えば、窒素及び／又は二酸化炭素（ＣＯ２）などの酸素以外のガスでバイオリアクター及び／又は培養フラスコをパージすることによって達成されてもよい。
本明細書で使用される場合、「嫌気性条件」は、通常の大気条件と比較して酸素レベルが低下した条件である。例えば、いくつかの実施形態において、嫌気性条件は、酸素レベルが８％以下の酸素分圧（ｐＯ２）である条件である。いくつかの場合において、嫌気性条件は、ｐＯ２が２％以下である条件である。いくつかの場合において、嫌気性条件は、ｐＯ２が０．５％以下である条件である。特定の実施形態において、嫌気性条件は、例えば、窒素及び／又は二酸化炭素（ＣＯ２）などの酸素以外のガスでバイオリアクター及び／又は培養フラスコをパージすることによって達成されてもよい。
「減少する」又は「枯渇する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較して、処置後に、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１／１００、１／１０００、１／１０，０００、１／１００，０００、１／１，０００，０００、又は検出不能であるような変化を意味する。
本明細書で使用される場合、「遺伝子操作された細菌」は、ヒトの介入によってそれらの自然の状態から遺伝子改変された任意の細菌、及び任意のそのような細菌の子孫である。遺伝子操作された細菌には、例えば、標的遺伝子改変の産物、ランダム変異原性スクリーニングの産物、及び定向進化の産物が含まれる。
「遺伝子」という用語は、生物学的機能に関連する任意の核酸を指すために広く使用される。「遺伝子」という用語は、特定のゲノム配列、及びそのゲノム配列によってコードされるｃＤＮＡ又はｍＲＮＡに適用される。
２つの核酸分子の核酸配列間の「同一性」は、例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４のデフォルトのパラメータを使用した「ＦＡＳＴＡ」プログラム（他のプログラムは、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２（Ｉ）：３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ Ａｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌｅｃ Ｂｉｏｌ ２１５：４０３（１９９０）；Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｈｕｇｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ，Ｍａｒｔｉｎ Ｊ．Ｂｉｓｈｏｐ，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９４、及びＣａｒｉｌｌｏ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＳＩＡＭ Ｊ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ ４８：１０７３を含む）などの公知のコンピューターアルゴリズムを使用して同一性のパーセンテージとして決定することができる。例えば、米国国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のデータベースのＢＬＡＳＴ機能を使用して同一性を決定できる。他の商業的又は公的に利用可能なプログラムには、ＤＮＡＳｔａｒ「ＭｅｇＡｌｉｇｎ」プログラム（ウィスコンシン州マディソン）及びウィスコンシン大学遺伝学コンピューターグループ（ＵＷＧ）「ギャップ」プログラム（ウィスコンシン州マディソン）が含まれる。
「増加」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較した場合、差が処置後で少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、４倍、１０倍、１００倍、１０３倍、１０４倍、１０５倍、１０６倍、及び／又は１０７倍大きくなるような変化を意味する。増加し得る特性には、免疫細胞、細菌細胞、間質細胞、骨髄由来サプレッサー細胞、線維芽細胞、代謝物、及びサイトカインが含まれる。
「操作的分類単位」及び「ＯＴＵ」は、系統樹の末端の葉を指し、核酸配列、例えば、全ゲノム、又は特定の遺伝子配列、及び種のレベルでこの核酸配列と配列同一性を共有する全ての配列によって定義される。いくつかの実施形態において、特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列又は１６Ｓ配列の一部であってもよい。他の実施形態において、２つの実体の全ゲノムが配列決定され、比較される。別の実施形態において、多遺伝子座配列タグ（ＭＬＳＴ）などの選択された領域、特定の遺伝子、又は遺伝子のセットを遺伝子学的に比較してもよい。１６Ｓの場合、１６Ｓ全体又は１６Ｓの一部の可変領域で９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる。例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ ＭＪ，Ｗａｎｇ Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ－Ｄｉｎｉｚ Ｒ，Ｃｏｌｅ ＪＲ，Ｒｏｓｓ ＲＰ，及びＯ’Ｔｏｏｌｅ ＰＷ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｗｏ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｔａｎｄｅｍ ｖａｒｉａｂｌｅ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，及びＴｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０を参照されたい。完全なゲノムの場合、ＭＬＳＴ、１６Ｓ以外の特定の遺伝子、又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子セットＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる。例えば、Ａｃｈｔｍａｎ Ｍ，及びＷａｇｎｅｒ Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｎａｔｕｒｅ ｏｆ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１－４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，及びＴｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０を参照されたい。ＯＴＵは、しばしば生物間の配列を比較することによって定義される。一般に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの一部を形成するとは見なされない。ＯＴＵはまた、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子の任意の組み合わせ、特に高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）、又はそれらの組み合わせを特徴とし得る。例えば、属、種、及び系統分岐群に分類学的割り当てがなされた操作的分類単位（Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ Ｕｎｉｔ、ＯＴＵ）が本明細書で提供される。
「株」は、同じ細菌種の密接に関連するメンバーと区別され得るような遺伝子シグネチャーを有する細菌種のメンバーを指す。遺伝子シグネチャーは、少なくとも１つの遺伝子の全部又は一部の欠如、少なくとも調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）における全部又は一部の欠如、少なくとも１つの天然プラスミドの欠如（「キュアリング」）、少なくとも１つの組換え遺伝子の存在、少なくとも１つの変異遺伝子の存在、少なくとも１つの外来遺伝子（別の種に由来する遺伝子）の存在、少なくとも１つの変異調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の存在、少なくとも１つの非天然プラスミドの存在、少なくとも１つの抗生物質耐性カセットの存在、又はそれらの組み合わせであってもよい。異なる株間の遺伝子シグネチャーは、ＰＣＲ増幅と、任意選択的にそれに続く目的のゲノム領域又はゲノム全体のＤＮＡ配列決定によって特定できる。ある菌株（同じ種の別の菌株と比較して）が抗生物質耐性を獲得又は喪失した場合、又は生合成能力を獲得又は喪失した場合（栄養要求性菌株など）、菌株は、それぞれ抗生物質又は栄養素／代謝物を使用した選択又は逆選択によって区別してもよい。
製造プロセス
特定の態様において、ＣＯ２、例えば、１％を超えるＣＯ２（例えば、５％を超えるＣＯ２）を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の態様において、ＣＯ２、例えば、１％を超えるＣＯ２（例えば、５％を超えるＣＯ２）を含むガス混合物が導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）１％を超えるＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップ（例えば、１％を超えるＣＯ２を含むガス混合物がバイオリアクターに導入されている間）を含む。
特定の態様において、ＣＯ２、例えば、１％を超えるＣＯ２（例えば、５％を超えるＣＯ２）を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の態様において、ＣＯ２、例えば、１％を超えるＣＯ２（例えば、５％を超えるＣＯ２）を含むガス混合物が導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）１％を超えるＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップ（例えば、１％を超えるＣＯ２を含むガス混合物がバイオリアクターに導入されている間）を含む。
特定の態様において、Ｎ２、例えば、９５％未満のＮ２（例えば、９０％未満のＮ２）を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。特定の態様において、Ｎ２、例えば、９５％未満のＮ２（例えば、９０％未満のＮ２）を含むガス混合物が導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）９５％未満のＮ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップ（例えば、９５％未満のＮ２を含むガス混合物がバイオリアクターに導入されている間）を含む。
本明細書で提供される特定の実施形態による例示的な製造方法を提供する概略図は、図１及び２に示される。
特定の実施形態において、本明細書に提供される方法に従って嫌気性細菌を培養することにより、嫌気性細菌の改善された収量が得られる。特定の実施形態において、収率は、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２．０倍、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、又は３．０倍という倍数で改善される。いくつかの実施形態において、収率は１．５倍～４．０倍という倍数で改善される。いくつかの実施形態において、収率は２倍～３倍という倍数で改善される。
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、嫌気性細菌培養物の汚染を低減する。例えば、本明細書で提供される方法は、嫌気性細菌培養物中の汚染物質の増殖又は異常増殖を防ぐことができる。汚染物質には、例えば、空気流又はガス流に存在する細菌株、及び／又は環境株、例えば、製造施設に存在するものが含まれ得る。
特定の態様において、ＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、又は約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２５％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、ＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物が導入されるバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、１％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、又は約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約１００％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、８０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
特定の態様において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）１％を超えるＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ステップｂ）の間に嫌気性ガス混合物をバイオリアクターに導入することを含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、１％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％～３５％のＣＯ２、１０％～４０％のＣＯ２、１０％～３０％のＣＯ２、１５％～３０％のＣＯ２、２０％～３０％のＣＯ２、２２％～２８％のＣＯ２、又は２４％～２６％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも１０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、ＣＯ２ガスは、培養中に連続的に加えられる。
特定の態様において、嫌気性細菌を培養する方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）９５％未満のＮ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及びｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ステップｂ）の間に嫌気性ガス混合物をバイオリアクターに導入することを含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満、９２％未満、９０％未満、８７％未満、８５％未満、８２％未満、８０％未満、７７％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約６５％、約６６％、約６７％、約２８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２ＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、約１：９９、約２：９８、約３：９７、約４：９６、約５：９５、約６：９４、約７：９３、約８：９２、約９：９１、約１０：９０、１１：８９、約１２：８８、約１３：８７、約１４：８６、約１５：８５、約１６：８４、約１７：８３、約１８：８２、約１９：８１、約２０：８０、２１：７９、約２２：７８、約２３：７７、約２４：７６、約２５：７５、約２６：７４、約２７：７３、約２８：７２、約２９：７１、約３０：７０、３１：６９、約３２：６８、約３３：６７、約３４：６６、約３５：６５、約３６：６４、約３７：６３、約３８：６２、約３９：６１、又は約４０：５０のＣＯ２：Ｎ２の比率でＣＯ２及びＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、培養中に、バイオリアクターに連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．００１～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約０．００１、約０．００２、約０．００３、約０．００４、約０．００５、約０．００６、約０．００７、約０．００８、約０．００９、約０．０１、約０．０１１、約０．０１２、約０．０１３、約０．０１４、約０．０１５、約０．０１６、約０．０１７、約０．０１８、約０．０１９、約０．０２、約０．０３、約０．０４、約０．０５、約０．０６、約０．０７、約０．０８、約０．０９、又は約０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられる嫌気性ガス混合物は、約０．００２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２ガスは、培養中に、バイオリアクターに連続的に加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられるＣＯ２ガスは、０．００１～０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられるＣＯ２ガスは、約０．００１、約０．００２、約０．００３、約０．００４、約０．００５、約０．００６、約０．００７、約０．００８、約０．００９、約０．０１、約０．０１１、約０．０１２、約０．０１３、約０．０１４、約０．０１５、約０．０１６、約０．０１７、約０．０１８、約０．０１９、約０．０２、約０．０３、約０．０４、約０．０５、約０．０６、約０．０７、約０．０８、約０．０９、又は約０．１ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられるＣＯ２ガスは、約０．０２ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、連続的に加えられるＣＯ２は、約０．００７ｖｖｍの速度で加えられる。いくつかの実施形態において、ＣＯ２は、約０．１ｖｖｍの速度で加えられる。
特定の態様において、少なくとも約１％のＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で嫌気性細菌を含み、且つ／又は少なくとも約１％のＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物が加えられる、バイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、少なくとも８％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、少なくとも２０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、８％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、１０％～４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、２０％～３０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２を含む。
特定の態様において、９５％未満のＮ２を含む嫌気性雰囲気下で嫌気性細菌を含み、且つ／又は少なくとも９５％未満のＮ２を含む嫌気性ガス混合物が加えられる、バイオリアクターが本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、９０％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、８５％未満のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、６５％～８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約２０％のＣＯ２及び約８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性雰囲気及び／又は嫌気性ガス混合物は、約３０％のＣＯ２及び約７０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも１Ｌ、２０Ｌ、３５００Ｌ、２０，０００Ｌ、５０，０００Ｌ、１００，０００Ｌ、２００，０００Ｌ、３００，０００Ｌ、４００，０００Ｌ又は５００，０００Ｌである。
特定の態様において、炭酸塩を含むバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、炭酸バリウム、炭酸、マグネサイト（炭酸マグネシウム）、過炭酸ナトリウム（過酸化水素の付加物）、又は炭酸カルシウムである。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、０．５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、０．５～１ｇ／Ｌ、１～５ｇ／Ｌ、又は２～８ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、炭酸塩は、約０．５ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ、又は約１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも１Ｌ、２０Ｌ、３５００Ｌ、２０，０００Ｌ、５０，０００Ｌ、１００，０００Ｌ、２００，０００Ｌ、３００，０００Ｌ、４００，０００Ｌ又は５００，０００Ｌである。
特定の態様において、重炭酸塩を含むバイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を増殖させる方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、重炭酸ナトリウム、重炭酸カリウム、重炭酸セシウム、重炭酸マグネシウム、又は重炭酸アンモニウムである。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、０．５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、０．５～１ｇ／Ｌ、１～５ｇ／Ｌ、又は２～８ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、重炭酸塩は、約０．５ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ、又は約１０ｇ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態において、バイオリアクターは、少なくとも１Ｌ、２０Ｌ、３５００Ｌ、２０，０００Ｌ、５０，０００Ｌ、１００，０００Ｌ、２００，０００Ｌ、３００，０００Ｌ、４００，０００Ｌ又は５００，０００Ｌである。
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法及び組成物は、増殖培地中での嫌気性細菌の培養を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、糖、酵母エキス、植物ベースのペプトン、緩衝剤、塩、微量元素、界面活性剤、消泡剤、及び／又はビタミンを含有し得る。
増殖培地に存在する糖源は、増殖に影響を与え得る。例えば、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）の使用は、例えば、同じ濃度の各糖源、例えば、約１０ｇ／Ｌでのグルコースの使用よりも良好な増殖を提供することができる。或いは、マルトデキストリン及びグルコースの両方を増殖培地で使用することができ、例えば、１０ｇ／Ｌのグルコース及び２５ｇ／Ｌのマルトデキストリンである。例えば、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）及びグルコースの使用は、例えば、同じ総濃度、例えば、約３５ｇ／Ｌの総糖でのグルコース単独の使用よりも良好な増殖を提供し得る。いくつかの実施形態において、増殖培地は、グルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、マルトデキストリンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、グルコース及びマルトデキストリンを含む。
いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、グルコース、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、グルコース、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌのグルコースを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、増殖培地は、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）、及び／又はヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、２５ｇ／Ｌのマルトデキストリン（例えば、グルシデックス、例えば、グルシデックス２１Ｄ）を含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。いくつかの実施形態において、増殖培地は、０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む。
いくつかの実施形態において、培地は滅菌されている。滅菌は、超高温（ＵＨＴ）処理、オートクレーブ、又はろ過によって行ってもよい。ＵＨＴ処理は、非常に高温で短時間実施される。ＵＨＴの範囲は１３５～１８０℃であってもよい。例えば、培地は、１３５℃で１０～３０秒間滅菌されてもよい。
いくつかの実施形態において、接種物は、増殖がモニターされるフラスコ又はより小さなバイオリアクターにおいて調製することができる。例えば、接種物のサイズは、バイオリアクターの総容量のおよそ０．１％ｖ／ｖ～５％ｖ／ｖであってもよい。いくつかの実施形態において、接種物は、バイオリアクターの総容量の０．１～３％ｖ／ｖ、０．１～１％ｖ／ｖ、０．１～０．５％ｖ／ｖ、又は０．５～１％ｖ／ｖである。いくつかの実施形態において、接種物は、バイオリアクターの総容積の０．１％ｖ／ｖ、０．２％ｖ／ｖ、０．３％ｖ／ｖ、０．４％、ｖ／ｖ、０．５％ｖ／ｖ、０．６％ｖ／ｖ、０．７％ｖ／ｖ、０．８％ｖ／ｖ、０．９％ｖ／ｖ、１％ｖ／ｖ、１．５％ｖ／ｖ、２％ｖ／ｖ、２．５％ｖ／ｖ、３％ｖ／ｖ、４％ｖ／ｖ、又は５％ｖ／ｖである。
材料の用途及び必要性に応じて、バイオリアクターの容量は、少なくとも１Ｌ、２Ｌ、１０Ｌ、８０Ｌ、１００Ｌ、２５０Ｌ、１０００Ｌ、２５００Ｌ、３５００Ｌ、５０００Ｌ、１０，０００Ｌ、２０，０００Ｌ、５０，０００Ｌ、１００，０００Ｌ、２００，０００Ｌ、３００，０００Ｌ、４００，０００Ｌ又は５００，０００Ｌであり得る。
いくつかの実施形態において、接種の前に、バイオリアクターは、所望のｐＨ及び温度の増殖培地で準備される。培養培地の初期ｐＨは、プロセスの設定値とは異なっていてもよい。ｐＨストレスは、細胞濃度が低いと有害な場合があり、初期ｐＨは、ｐＨ７．５とプロセス設定値の間であり得る。例えば、ｐＨは、４．５～８．０、好ましくは６．５に設定され得る。発酵中、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、又は水酸化アンモニウムを使用してｐＨを制御できる。温度は、２５℃～４５℃、例えば３７℃に制御してもよい。
特定の実施形態において、嫌気性条件は、バイオリアクター内に嫌気性雰囲気を確立するために、窒素、二酸化炭素、又はガス混合物（Ｎ２及びＣＯ２）をバイオリアクターに導入又はパージすることによって、バイオリアクター内の酸素レベルを低下させることによって作成される。
いくつかの実施形態において、雰囲気は、少なくとも約２％～約４０％のＣＯ２、約５％～３５％のＣＯ２、約１０％～３０％のＣＯ２、約１５％～３０％のＣＯ２、約２０％～３０％のＣＯ２、約２２％～２８％のＣＯ２、又は約２４％～２６％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの好ましい実施形態において、雰囲気は、約２５％のＣＯ２を含む。
いくつかの実施形態において、雰囲気は、少なくとも約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、又は約４０％のＣＯ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、５％を超えるＣＯ２を含む。いくつかの好ましい実施形態において、雰囲気は、少なくとも約２５％のＣＯ２を含む。
いくつかの実施形態において、雰囲気は、６５％～８５％のＮ２又は７０％～８０％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの好ましい実施形態において、雰囲気は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、雰囲気は、約６５％、約６６％、約６７％、約２８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％のＮ２を含む。いくつかの実施形態において、嫌気性ガス混合物は、９５％未満のＮ２を含む。いくつかの好ましい実施形態において、雰囲気は、約７５％のＮ２を含む。
いくつかの実施形態において、ガス混合物（ＣＯ２及びＮ２）は、約１：９９、約２：９８、約３：９７、約４：９６、約５：９５、約６：９４、約７：９３、約８：９２、約９：９１、約１０：９０、１１：８９、約１２：８８、約１３：８７、約１４：８６、約１５：８５、約１６：８４、約１７：８３、約１８：８２、約１９：８１、約２０：８０、２１：７９、約２２：７８、約２３：７７、約２４：７６、約２５：７５、約２６：７４、約２７：７３、約２８：７２、約２９：７１、約３０：７０、３１：６９、約３２：６８、約３３：６７、約３４：６６、約３５：６５、約３６：６４、約３７：６３、約３８：６２、約３９：６１、又は約４０：５０のＣＯ２：Ｎ２の比率でＣＯ２及びＮ２を含むバイオリアクター内の雰囲気を提供する。いくつかの実施形態において、混合ガス組成物は、約２５：７５の比率でＣＯ２及びＮ２を含むバイオリアクター内の雰囲気を提供する。
いくつかの実施形態において、菌株及び接種物のサイズに応じて、バイオリアクター発酵時間は変化し得る。例えば、発酵時間は、およそ５時間～４８時間で変化し得る。いくつかの実施形態において、発酵時間は、約５時間～約２４時間、約８時間～約２４時間、約８時間～約１８時間、約８時間～約１６時間、約８時間～約１４時間、約１０時間～約２４時間、約１０時間～約１８時間、約１０時間～約１６時間、約１０時間～約１４時間、約１０時間～約１２時間、約１２時間～約２４時間、約１２時間～約１８時間、約１２時間～約１６時間、又は約１２時間～約１４時間である。いくつかの実施形態において、発酵時間は、約１２時間～約９６時間、約１２時間～約７２時間、約１２時間～約６０時間、約２４時間～約９６時間、約２４時間～約７２時間、約２４時間～約６０時間、約２４時間～約４８時間、約３６時間～約９６時間、約３６時間～約７２時間、約３６時間～約６０時間、又は約３６時間～約４８時間である。
いくつかの実施形態において、発酵培養物は、ＣＯ２及びＮ２の混合ガス組成物を加えながら連続的に混合される。いくつかの実施形態において、混合ガス組成物は、約１：９９、約２：９８、約３：９７、約４：９６、約５：９５、約６：９４、約７：９３、約８：９２、約９：９１、約１０：９０、１１：８９、約１２：８８、約１３：８７、約１４：８６、約１５：８５、約１６：８４、約１７：８３、約１８：８２、約１９：８１、約２０：８０、２１：７９、約２２：７８、約２３：７７、約２４：７６、約２５：７５、約２６：７４、約２７：７３、約２８：７２、約２９：７１、約３０：７０、３１：６９、約３２：６８、約３３：６７、約３４：６６、約３５：６５、約３６：６４、約３７：６３、約３８：６２、約３９：６１、又は約４０：５０のＣＯ２：Ｎ２の比率でＣＯ２及びＮ２を含むバイオリアクター内の雰囲気を提供する。いくつかの実施形態において、混合ガス組成物は、約２５：７５の比率でＣＯ２及びＮ２を含むバイオリアクター内の雰囲気を提供する。
特定の実施形態において、回収時間は、グルコースレベルが２ｇ／Ｌ未満であるか、又は定常期に達したときのいずれかに基づいてもよい。
いくつかの実施形態において、発酵が完了すると、培養物を冷却し（例えば、１０℃に）、遠心分離し、細胞ペーストを収集する。安定剤を細胞ペーストに加え、完全に混合してもよい。回収は、連続遠心分離によって実施してもよい。産物は、様々な賦形剤で所望の最終濃度に再懸濁されてもよい。賦形剤は、凍結保護又は凍結乾燥中の保護のために添加され得る。賦形剤には、限定されないが、スクロース、トレハロース、又はラクトースが含まれ得、これらは、緩衝剤及び抗酸化剤と代替的に混合されてもよい。凍結乾燥の前に、細胞ペレットの液滴を賦形剤と混合し、液体窒素に浸してもよい。
特定の実施形態において、細胞スラリーは、凍結乾燥されてもよい。生細菌を含む材料の凍結乾燥は、一次乾燥から始めてもよい。一次乾燥段階では、氷が取り除かれる。ここで、減圧が発生し、氷が昇華するために適切な量の熱が材料に供給される。二次乾燥段階では、産物に結合した水分子が除去されてもよい。ここで、温度を一次乾燥段階よりも高くして、水分子と生成物との間に形成された物理化学的相互作用を破壊する。この段階での脱着を促進するために、圧力をさらに下げてもよい。凍結乾燥プロセスが完了した後、容器を窒素などの不活性ガスで充填してもよい。産物は、乾燥条件下で凍結乾燥機内に密封され、大気中の水及び汚染物質への曝露を防ぐことができる。凍結乾燥された材料は、ガンマ線照射されてもよい（例えば、１７．５ｋＧｙ）。
嫌気性細菌
いくつかの態様において、嫌気性細菌を培養するための方法及び組成物が本明細書で提供される。特定の態様において、本明細書で提供される方法及び組成物で使用される嫌気性細菌は、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の細菌から選択される。
いくつかの態様において、嫌気性細菌を培養するための方法及び組成物が本明細書で提供される。特定の態様において、本明細書で提供される方法及び組成物で使用される嫌気性細菌は、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の細菌から選択される。
いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・アムニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｍｎｉｉ）、プレボテラ・バーゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ）、プレボテラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｅ）、プレボテラ・ブッカリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、プレボテラ・デンタリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｌｉｓ）、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・メラノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテラ・マクロサ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｃｕｌｏｓａ）、プレボテラ・マルシイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｒｓｈｉｉ）、プレボテラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・ミカンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｉｃａｎｓ）、プレボテラ・マルチフォルミス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｉｓ）、プレボテラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｉｓ）、プレボテラ・オウロラム（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｕｌｏｒｕｍ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテラ・サリバエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓａｌｉｖａｅ）、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテラ・タンネラエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンシーエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチジス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、又はプレボテラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）種のプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌である。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株Ｂ ５０３２９（ＮＲＲＬ受託番号Ｂ ５０３２９）である。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株Ｂ ５０３２９のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又はそれを超える数）の表１に列挙されたタンパク質、及び／又は１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又はそれを超える数）の表１に列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含む、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌の菌株である。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表１に列挙された全てのタンパク質、及び／又は表１に列挙されたタンパク質をコードする全ての遺伝子を含む。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５又はそれを超える数）の表２に列挙されたタンパク質、及び／又は１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５又はそれを超える数）の表２に列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含まないか、又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌の菌株である。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表２に列挙された全てのタンパク質、及び／又は表２に列挙されたタンパク質をコードする全ての遺伝子を含まない。
いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含み、表２に列挙された１つ以上のタンパク質を含まないか又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである。いくつかの実施形態において、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌は、表１に列挙された全てのタンパク質、及び／又は表１に列挙されたタンパク質をコードする全ての遺伝子を含み、表２に列挙された全てのタンパク質、及び／又は表２に列挙されたタンパク質をコードする全ての遺伝子を含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌の菌株からのものである。
安定剤及び細菌組成物
いくつかの態様において、スクロースを含む細菌組成物を安定化する安定剤が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、安定剤は、約１００ｇ／ｋｇ、約１１０ｇ／ｋｇ、約１２０ｇ／ｋｇ、約１３０ｇ／ｋｇ、約１４０ｇ／ｋｇ、約１５０ｇ／ｋｇ、約１６０ｇ／ｋｇ、約１７０ｇ／ｋｇ、約１８０ｇ／ｋｇ、約１９０ｇ／ｋｇ、約２００ｇ／ｋｇ、約２１０ｇ／ｋｇ、約２２０ｇ／ｋｇ、約２３０ｇ／ｋｇ、約２４０ｇ／ｋｇ、約２５０ｇ／ｋｇ、約２６０ｇ／ｋｇ、約２７０ｇ／ｋｇ、約２８０ｇ／ｋｇ、約２９０ｇ／ｋｇ、又は約３００ｇ／ｋｇのスクロースを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、少なくとも１００ｇ／ｋｇ、少なくとも１１０ｇ／ｋｇ、少なくとも１２０ｇ／ｋｇ、少なくとも１３０ｇ／ｋｇ、少なくとも１４０ｇ／ｋｇ、少なくとも１５０ｇ／ｋｇ、少なくとも１６０ｇ／ｋｇ、少なくとも１７０ｇ／ｋｇ、少なくとも１８０ｇ／ｋｇ、少なくとも１９０ｇ／ｋｇ、少なくとも２００ｇ／ｋｇ、少なくとも２１０ｇ／ｋｇ、少なくとも２２０ｇ／ｋｇ、少なくとも２３０ｇ／ｋｇ、少なくとも２４０ｇ／ｋｇ、少なくとも２５０ｇ／ｋｇ、少なくとも２６０ｇ／ｋｇ、少なくとも２７０ｇ／ｋｇ、少なくとも２８０ｇ／ｋｇ、少なくとも２９０ｇ／ｋｇ、又は少なくとも３００ｇ／ｋｇのスクロースを含む。
いくつかの態様において、スクロースを含む細菌組成物を安定化する安定剤が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、安定剤は、約１００ｇ／ｋｇ、約１１０ｇ／ｋｇ、約１２０ｇ／ｋｇ、約１３０ｇ／ｋｇ、約１４０ｇ／ｋｇ、約１５０ｇ／ｋｇ、約１６０ｇ／ｋｇ、約１７０ｇ／ｋｇ、約１８０ｇ／ｋｇ、約１９０ｇ／ｋｇ、約２００ｇ／ｋｇ、約２１０ｇ／ｋｇ、約２２０ｇ／ｋｇ、約２３０ｇ／ｋｇ、約２４０ｇ／ｋｇ、約２５０ｇ／ｋｇ、約２６０ｇ／ｋｇ、約２７０ｇ／ｋｇ、約２８０ｇ／ｋｇ、約２９０ｇ／ｋｇ、又は約３００ｇ／ｋｇのスクロースを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、少なくとも１００ｇ／ｋｇ、少なくとも１１０ｇ／ｋｇ、少なくとも１２０ｇ／ｋｇ、少なくとも１３０ｇ／ｋｇ、少なくとも１４０ｇ／ｋｇ、少なくとも１５０ｇ／ｋｇ、少なくとも１６０ｇ／ｋｇ、少なくとも１７０ｇ／ｋｇ、少なくとも１８０ｇ／ｋｇ、少なくとも１９０ｇ／ｋｇ、少なくとも２００ｇ／ｋｇ、少なくとも２１０ｇ／ｋｇ、少なくとも２２０ｇ／ｋｇ、少なくとも２３０ｇ／ｋｇ、少なくとも２４０ｇ／ｋｇ、少なくとも２５０ｇ／ｋｇ、少なくとも２６０ｇ／ｋｇ、少なくとも２７０ｇ／ｋｇ、少なくとも２８０ｇ／ｋｇ、少なくとも２９０ｇ／ｋｇ、又は少なくとも３００ｇ／ｋｇのスクロースを含む。
いくつかの実施形態において、安定剤は、デキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、約１００ｇ／ｋｇ、約１１０ｇ／ｋｇ、約１２０ｇ／ｋｇ、約１３０ｇ／ｋｇ、約１４０ｇ／ｋｇ、約１５０ｇ／ｋｇ、約１６０ｇ／ｋｇ、約１７０ｇ／ｋｇ、約１８０ｇ／ｋｇ、約１９０ｇ／ｋｇ、約２００ｇ／ｋｇ、約２１０ｇ／ｋｇ、約２２０ｇ／ｋｇ、約２３０ｇ／ｋｇ、約２４０ｇ／ｋｇ、約２５０ｇ／ｋｇ、約２６０ｇ／ｋｇ、約２７０ｇ／ｋｇ、約２８０ｇ／ｋｇ、約２９０ｇ／ｋｇ、又は約３００ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、少なくとも１００ｇ／ｋｇ、少なくとも１１０ｇ／ｋｇ、少なくとも１２０ｇ／ｋｇ、少なくとも１３０ｇ／ｋｇ、少なくとも１４０ｇ／ｋｇ、少なくとも１５０ｇ／ｋｇ、少なくとも１６０ｇ／ｋｇ、少なくとも１７０ｇ／ｋｇ、少なくとも１８０ｇ／ｋｇ、少なくとも１９０ｇ／ｋｇ、少なくとも２００ｇ／ｋｇ、少なくとも２１０ｇ／ｋｇ、少なくとも２２０ｇ／ｋｇ、少なくとも２３０ｇ／ｋｇ、少なくとも２４０ｇ／ｋｇ、少なくとも２５０ｇ／ｋｇ、少なくとも２６０ｇ／ｋｇ、少なくとも２７０ｇ／ｋｇ、少なくとも２８０ｇ／ｋｇ、少なくとも２９０ｇ／ｋｇ、又は少なくとも３００ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋを含む。
いくつかの実施形態において、安定剤は、システインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、約１．０ｇ／ｋｇ、約１．１ｇ／ｋｇ、約１．２ｇ／ｋｇ、約１．３ｇ／ｋｇ、約１．４ｇ／ｋｇ、約１．５ｇ／ｋｇ、約１．６ｇ／ｋｇ、約１．７ｇ／ｋｇ、約１．８ｇ／ｋｇ、約１．９ｇ／ｋｇ、約２．０ｇ／ｋｇ、約２．１ｇ／ｋｇ、約２．２ｇ／ｋｇ、約２．３ｇ／ｋｇ、約２．４ｇ／ｋｇ、約２．５ｇ／ｋｇ、約２．６ｇ／ｋｇ、約２．７ｇ／ｋｇ、約２．８ｇ／ｋｇ、約２．９ｇ／ｋｇ、約３．０ｇ／ｋｇ、約３．１ｇ／ｋｇ、約３．２ｇ／ｋｇ、約３．３ｇ／ｋｇ、約３．４ｇ／ｋｇ、約３．５ｇ／ｋｇ、約３．６ｇ／ｋｇ、約３．７ｇ／ｋｇ、約３．８ｇ／ｋｇ、約３．９ｇ／ｋｇ、約４．０ｇ／ｋｇ、約４．１ｇ／ｋｇ、約４．２ｇ／ｋｇ、約４．３ｇ／ｋｇ、約４．４ｇ／ｋｇ、約４．５ｇ／ｋｇ、約４．６ｇ／ｋｇ、約４．７ｇ／ｋｇ、約４．８ｇ／ｋｇ、約４．９ｇ／ｋｇ、又は約５．０ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、少なくとも１．０ｇ／ｋｇ、少なくとも１．１ｇ／ｋｇ、少なくとも１．２ｇ／ｋｇ、少なくとも１．３ｇ／ｋｇ、少なくとも１．４ｇ／ｋｇ、少なくとも１．５ｇ／ｋｇ、少なくとも１．６ｇ／ｋｇ、少なくとも１．７ｇ／ｋｇ、少なくとも１．８ｇ／ｋｇ、少なくとも１．９ｇ／ｋｇ、少なくとも２．０ｇ／ｋｇ、少なくとも２．１ｇ／ｋｇ、少なくとも２．２ｇ／ｋｇ、少なくとも２．３ｇ／ｋｇ、少なくとも２．４ｇ／ｋｇ、少なくとも２．５ｇ／ｋｇ、少なくとも２．６ｇ／ｋｇ、少なくとも２．７ｇ／ｋｇ、少なくとも２．８ｇ／ｋｇ、少なくとも２．９ｇ／ｋｇ、少なくとも３．０ｇ／ｋｇ、少なくとも３．１ｇ／ｋｇ、少なくとも３．２ｇ／ｋｇ、少なくとも３．３ｇ／ｋｇ、少なくとも３．４ｇ／ｋｇ、少なくとも３．５ｇ／ｋｇ、少なくとも３．６ｇ／ｋｇ、少なくとも３．７ｇ／ｋｇ、少なくとも３．８ｇ／ｋｇ、少なくとも３．９ｇ／ｋｇ、少なくとも４．０ｇ／ｋｇ、少なくとも４．１ｇ／ｋｇ、少なくとも４．２ｇ／ｋｇ、少なくとも４．３ｇ／ｋｇ、少なくとも４．４ｇ／ｋｇ、少なくとも４．５ｇ／ｋｇ、少なくとも４．６ｇ／ｋｇ、少なくとも４．７ｇ／ｋｇ、少なくとも４．８ｇ／ｋｇ、少なくとも４．９ｇ／ｋｇ、又は少なくとも５．０ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌを含む。
特定の実施形態において、安定剤は、液体懸濁液中である。いくつかの実施形態において、安定剤の成分は、液体懸濁液を調製するために水に溶解される。いくつかのそのような実施形態において、安定剤は、約５００ｇ／ｋｇ、約５１０ｇ／ｋｇ、約５２０ｇ／ｋｇ、約５３０ｇ／ｋｇ、約５４０ｇ／ｋｇ、約５５０ｇ／ｋｇ、約５６０ｇ／ｋｇ、約５７０ｇ／ｋｇ、約５８０ｇ／ｋｇ、約５９０ｇ／ｋｇ、約６００ｇ／ｋｇ、約６１０ｇ／ｋｇ、約６２０ｇ／ｋｇ、約６３０ｇ／ｋｇ、約６４０ｇ／ｋｇ、約６５０ｇ／ｋｇ、約６６０ｇ／ｋｇ、約６７０ｇ／ｋｇ、約６８０ｇ／ｋｇ、約６９０ｇ／ｋｇ、又は約７００ｇ／ｋｇの水を含む。いくつかのそのような実施形態において、安定剤は、少なくとも５００ｇ／ｋｇ、少なくとも５１０ｇ／ｋｇ、少なくとも５２０ｇ／ｋｇ、少なくとも５３０ｇ／ｋｇ、少なくとも５４０ｇ／ｋｇ、少なくとも５５０ｇ／ｋｇ、少なくとも５６０ｇ／ｋｇ、少なくとも５７０ｇ／ｋｇ、少なくとも５８０ｇ／ｋｇ、少なくとも５９０ｇ／ｋｇ、少なくとも６００ｇ／ｋｇ、少なくとも６１０ｇ／ｋｇ、少なくとも６２０ｇ／ｋｇ、少なくとも６３０ｇ／ｋｇ、少なくとも６４０ｇ／ｋｇ、少なくとも６５０ｇ／ｋｇ、少なくとも６６０ｇ／ｋｇ、少なくとも６７０ｇ／ｋｇ、少なくとも６８０ｇ／ｋｇ、少なくとも６９０ｇ／ｋｇ、又は少なくとも７００ｇ／ｋｇの水を含む。
いくつかの実施形態において、安定剤は、スクロース、デキストラン４０ｋ、システインＨＣｌ、及び水を含む。いくつかのそのような実施形態において、安定剤は、１５０ｇ／ｋｇ～２５０ｇ／ｋｇのスクロースを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、２００ｇ／ｋｇのスクロースを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、１５０ｇ／ｋｇ～２５０ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、２００ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、２ｇ／ｋｇ～６ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、４ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、５００ｇ／ｋｇ～７００ｇ／ｋｇの水を含む安定剤を含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、５９６ｇ／ｋｇの水を含む。いくつかの実施形態において、安定剤は、２００ｇ／ｋｇのスクロース、２００ｇ／ｋｇのデキストラン４０ｋ、４ｇ／ｋｇのシステインＨＣｌ、及び５９６ｇ／ｋｇの水を含む。
いくつかの態様において、安定剤及び細菌を含む細菌組成物、並びにそれを調製する方法が本明細書で提供される。特定の実施形態において、細菌組成物は、細菌を、液体懸濁液中の特定のパーセンテージの安定剤と組み合わせることによって調製される。いくつかの実施形態において、細菌と組み合わされる安定剤溶液のパーセンテージは、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、又は約５０％である。いくつかの実施形態において、細菌と組み合わされる安定剤溶液のパーセンテージは、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、又は少なくとも５０％である。
特定の態様において、本明細書で提供される細菌組成物は、安定剤を含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、スクロースを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のスクロースの濃度は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、約２．０％、約２．１％、約２．２％、約２．３％、約２．４％、約２．５％、約２．６％、約２．７％、約２．８％、約２．９％、又は約３．０％である。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のスクロースの濃度は、少なくとも０．１％、少なくとも０．２％、少なくとも０．３％、少なくとも０．４％、少なくとも０．５％、少なくとも０．６％、少なくとも０．７％、少なくとも０．８％、少なくとも０．９％、少なくとも１．０％、少なくとも１．１％、少なくとも１．２％、少なくとも１．３％、少なくとも１．４％、少なくとも１．５％、少なくとも１．６％、少なくとも１．７％、少なくとも１．８％、少なくとも１．９％、少なくとも２．０％、少なくとも２．１％、少なくとも２．２％、少なくとも２．３％、少なくとも２．４％、少なくとも２．５％、少なくとも２．６％、少なくとも２．７％、少なくとも２．８％、少なくとも２．９％、又は少なくとも３．０％である。
いくつかの実施形態において、細菌組成物は、デキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のデキストラン４０ｋの濃度は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、約２．０％、約２．１％、約２．２％、約２．３％、約２．４％、約２．５％、約２．６％、約２．７％、約２．８％、約２．９％、又は約３．０％である。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のデキストラン４０ｋの濃度は、少なくとも０．１％、少なくとも０．２％、少なくとも０．３％、少なくとも０．４％、少なくとも０．５％、少なくとも０．６％、少なくとも０．７％、少なくとも０．８％、少なくとも０．９％、少なくとも１．０％、少なくとも１．１％、少なくとも１．２％、少なくとも１．３％、少なくとも１．４％、少なくとも１．５％、少なくとも１．６％、少なくとも１．７％、少なくとも１．８％、少なくとも１．９％、少なくとも２．０％、少なくとも２．１％、少なくとも２．２％、少なくとも２．３％、少なくとも２．４％、少なくとも２．５％、少なくとも２．６％、少なくとも２．７％、少なくとも２．８％、少なくとも２．９％、又は少なくとも３．０％である。
いくつかの実施形態において、細菌組成物は、システインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のシステインＨＣｌの濃度は、約０．００１％、約０．００５％、約０．０１％、約０．０１１％、約０．０１２％、約０．０１３％、約０．０１４％、約０．０１５％、約０．０１６％、約０．０１７％、約０．０１８％、約０．０１９％、約０．０２％、約０．０２１％、約０．０２２％、約０．０２３％、約０．０２４％、約０．０２５％、約０．０２６％、約０．０２７％、約０．０２８％、約０．０２９％、約０．０３％、約０．０３１％、約０．０３２％、約０．０３３％、約０．０３４％、約０．０３５％、約０．０３６％、約０．０３７％、約０．０３８％、約０．０３９％、約０．０４％、約０．０４１％、約０．０４２％、約０．０４２％、約０．０４３％、約０．０４４％、約０．０４５％、約０．０４６％、約０．０４７％、約０．０４８％、約０．０４９％、又は約０．０５％である。いくつかの実施形態において、細菌組成物中のシステインＨＣｌの濃度は、少なくとも０．００１％、少なくとも０．００５％、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０１１％、少なくとも０．０１２％、少なくとも０．０１３％、少なくとも０．０１４％、少なくとも０．０１５％、少なくとも０．０１６％、少なくとも０．０１７％、少なくとも０．０１８％、少なくとも０．０１９％、少なくとも０．０２％、少なくとも０．０２１％、少なくとも０．０２２％、少なくとも０．０２３％、少なくとも０．０２４％、少なくとも０．０２５％、少なくとも０．０２６％、少なくとも０．０２７％、少なくとも０．０２８％、少なくとも０．０２９％、少なくとも０．０３％、少なくとも０．０３１％、少なくとも０．０３２％、少なくとも０．０３３％、少なくとも０．０３４％、少なくとも０．０３５％、少なくとも０．０３６％、少なくとも０．０３７％、少なくとも０．０３８％、少なくとも０．０３９％、少なくとも０．０４％、少なくとも０．０４１％、少なくとも０．０４２％、少なくとも０．０４２％、少なくとも０．０４３％、少なくとも０．０４４％、少なくとも０．０４５％、少なくとも０．０４６％、少なくとも０．０４７％、少なくとも０．０４８％、少なくとも０．０４９％、又は少なくとも０．０５％である。
いくつかの実施形態において、細菌組成物は、スクロース、デキストラン４０ｋ、及びシステインＨＣｌを含む。いくつかのそのような実施形態において、細菌組成物は、１％～２％のスクロースを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１．５％のスクロースを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１％～２％のデキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１．５％のデキストラン４０ｋを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、０．０１％～０．０５％のシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、０．０３％のシステインＨＣｌを含む。いくつかの実施形態において、細菌組成物は、１．５％のスクロース、１．５％のデキストラン４０ｋ、及び０．０３％のシステインＨＣｌを含む。
特定の態様において、細菌組成物は、細菌を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、嫌気性細菌である。いくつかの実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）である。いくつかのそのような実施形態において、嫌気性細菌は、プレボテラ・ヒストコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｏｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９である。
いくつかの実施形態において、細菌組成物は、凍結乾燥されて粉末を形成する。
実施例１：プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）並びにプレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及び安定剤の凍結乾燥粉末の例示的な製造プロセス
プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の例示的な製造プロセスを図１及び図２に示す。この例示的な方法において、嫌気性細菌は、表３に列挙された成分を含む増殖培地で増殖される。培地は使用前にフィルター滅菌される。
プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の例示的な製造プロセスを図１及び図２に示す。この例示的な方法において、嫌気性細菌は、表３に列挙された成分を含む増殖培地で増殖される。培地は使用前にフィルター滅菌される。
簡潔には、１Ｌボトルに、－８０℃で保管した１ｍＬの細胞バンクサンプルを接種する。この接種された培養物は、好気性条件に対するこの菌株の感受性のため、３７℃、ｐＨ＝６．５の嫌気性容器内でインキュベートされる。ボトルが対数増殖期に達したとき（およそ１４～１６時間の増殖後）、培養物を使用して２０Ｌバイオリアクターに５％ｖ／ｖで接種する。対数増殖期（およそ１０～１２時間の増殖後）に、培養物を使用して３５００Ｌバイオリアクターに０．５％ｖ／ｖで接種する。
発酵培養物は、２５％ＣＯ２及び７５％Ｎ２の組成で０．０２ＶＶＭの混合ガスを加えながら連続的に混合される。水酸化アンモニウムでｐＨを６．５に維持し、温度を３７℃に制御する。回収時間は、定常期に達したとき（およそ１２～１４時間の増殖後）に基づく。
或いは、発酵培養物は、０．００２ＶＶＭで１００％ＣＯ２ガスを加えながら連続的に混合される。水酸化アンモニウムでｐＨを６．５に維持し、温度を３７℃に制御する。回収時間は、定常期に達したとき（およそ１２～１４時間の増殖後）に基づく。
発酵が完了すると、培養物を１０℃に冷却し、遠心分離し、得られた細胞ペーストを収集する。
安定剤は、表４に記載されている成分を組み合わせ、混合することによって調製される。プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及び安定剤の凍結乾燥粉末を調製するために、１０％の安定剤を細胞ペーストに添加し、完全に混合する（安定剤濃度（スラリー中）：１．５％スクロース、１．５％デキストラン、０．０３％システイン）。細胞スラリーは凍結乾燥される。
実施例２：プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の増殖に対するＣＯ２の利用能の影響
プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９の増殖に対するＣＯ２の利用能の影響を試験した。プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、９５％Ｎ２及び５％ＣＯ２の散布を伴う嫌気性条件下で、１分あたりの容器体積あたり０．１ガス体積（ｖｖｍ）又は０．０２ｖｖｍのいずれかの速度で培養された。図３に見られるように、増加した量のガスを散布すると、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の増殖能が増加した。
プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９の増殖に対するＣＯ２の利用能の影響を試験した。プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、９５％Ｎ２及び５％ＣＯ２の散布を伴う嫌気性条件下で、１分あたりの容器体積あたり０．１ガス体積（ｖｖｍ）又は０．０２ｖｖｍのいずれかの速度で培養された。図３に見られるように、増加した量のガスを散布すると、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の増殖能が増加した。
次に、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株を、純Ｎ２（０％ＣＯ２）、９５％Ｎ２及び５％ＣＯ２、又は７５％Ｎ２及び２５％ＣＯ２を０．０２ｖｖｍの速度で散布して培養した。図４に見られるように、ＣＯ２の存在は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の増殖の開始に必要である。ＣＯ２の濃度を増加させる散布は、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の増殖能を増加させた。より低い速度（０．００５ｖｖｍ）で１００％ＣＯ２を散布すると、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の中等度の増殖能が生じた。
全てのスケールで、ＣＯ２の物質移動は重要であり、様々な要因によって決定される。ここでは、スケール、撹拌、ガス濃度、及びガス流速の影響を示す（表５）。
プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、増殖中にＣＯ２を消費していた。図５に見られるように、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の新たに接種した培養物にＣＯ２を添加すると、ＣＯ２濃度が増加し、濃度は平衡に近づいた。プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）培養物が増殖するにつれて、ＣＯ２濃度の増加は遅くなり、その後、培養物が対数増殖に入ると、ＣＯ２レベルは低下した。培養物が対数増殖を停止したとき、物質移動が消費を相殺したため、この減少は停止した。ＣＯ２の散布をオフにすると、培養物中のＣＯ２濃度は直ちに急速に低下し始め、これは、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）がＣＯ２を消費したことを示す。滅菌培地などで消費が発生しなかった場合、その時間枠でＣＯ２濃度の変化はほとんど又はまったく観察されない。
実施例３：グルコースと組み合わせたマルトデキストリンは、糖源としてグルコース単独よりも、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９の増殖をよくサポートすることができる。
図６の結果は、同じ量の総糖で、グルコース（３５ｇ／Ｌ）単独と比較して、グルコース（１０ｇ／Ｌ）と組み合わせたマルトデキストリン（２５ｇ／Ｌ）がプロセス収率の増加につながったことを示す。使用した糖以外、培養条件は同一であった。結果は、同等の質量のグルコース及びマルトデキストリンについて、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９は、グルコース単独よりもマルトデキストリン＋グルコースの方がよく増殖することを示す。マルトデキストリンは、単にグルコースモノマーの鎖であるため、結果は、細胞が、増殖において、鎖構造のいくつかの側面から利益を受けている可能性があることを示唆している。
図６の結果は、同じ量の総糖で、グルコース（３５ｇ／Ｌ）単独と比較して、グルコース（１０ｇ／Ｌ）と組み合わせたマルトデキストリン（２５ｇ／Ｌ）がプロセス収率の増加につながったことを示す。使用した糖以外、培養条件は同一であった。結果は、同等の質量のグルコース及びマルトデキストリンについて、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）株Ｂ ５０３２９は、グルコース単独よりもマルトデキストリン＋グルコースの方がよく増殖することを示す。マルトデキストリンは、単にグルコースモノマーの鎖であるため、結果は、細胞が、増殖において、鎖構造のいくつかの側面から利益を受けている可能性があることを示唆している。
参照による組み込み
本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願は、個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的且つ個別に示されているかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾する場合は、本明細書における全ての定義を含め、本出願が優先する。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願は、個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的且つ個別に示されているかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾する場合は、本明細書における全ての定義を含め、本出願が優先する。
均等物
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に相当する多くの均等物を認識し、又は通常の実験のみを使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に相当する多くの均等物を認識し、又は通常の実験のみを使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
Claims (122)
- １％を超えるＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で、バイオリアクター内で嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、少なくとも８％のＣＯ２を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、少なくとも２０％のＣＯ２を含む、請求項１又は請求項２に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、８％～４０％のＣＯ２を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、２０％～３０％のＣＯ２を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、約２５％のＣＯ２を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性雰囲気が、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む、請求項１に記載の方法。
- 嫌気性細菌を培養する方法であって、前記方法が、
ａ）１％を超えるＣＯ２を含む嫌気性ガス混合物でバイオリアクターをパージするステップ；及び
ｂ）ステップａ）でパージしたバイオリアクターで嫌気性細菌を培養するステップ
を含む、方法。 - 前記嫌気性ガス混合物が、少なくとも８％のＣＯ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、少なくとも２０％のＣＯ２を含む、請求項９又は請求項１０に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、８％～４０％のＣＯ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、２０％～３０％のＣＯ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、約２５％のＣＯ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、約１００％のＣＯ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる、請求項９～１５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む、請求項９に記載の方法。
- 嫌気性細菌を増殖培地に接種するステップをさらに含み、前記接種ステップは、ステップｂ）に先行する、請求項９～１７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌の量が、前記増殖培地の約０．１％ｖ／ｖである、請求項１８に記載の方法。
- 前記増殖培地の体積が、約１Ｌである、請求項１９に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌の量が、約１ｍＬである、請求項１９～２０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１０～２４時間培養される、請求項９～２１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１４～１６時間培養される、請求項２２に記載の方法。
- 増殖培地に約５％ｖ／ｖの前記培養細菌を接種するステップをさらに含む、請求項２２～２３のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地の体積が、約２０Ｌである、請求項２４に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１０～２４時間培養される、請求項２４～２５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１２～１４時間培養される、請求項２６に記載の方法。
- 増殖培地に約０．５％ｖ／ｖの前記培養細菌を接種するステップをさらに含む、請求項２６～２７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地の体積が、約３５００Ｌである、請求項２８に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１０～２４時間培養される、請求項２８～２９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１２～１４時間培養される、請求項３０に記載の方法。
- 前記増殖培地が、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、マルトデキストリン、グルコース、及びヘモグロビンを含む、請求項１８～３１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む、請求項３２に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む、請求項３２に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む、請求項３２～３４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む、請求項３５に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む、請求項３２～３６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む、請求項３７に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む、請求項３２～３８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む、請求項３９に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む、請求項３２～４０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む、請求項４１に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む、請求項３２～４２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む、請求項４３に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む、請求項３２～４４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む、請求項４５に記載の方法。
- 前記増殖培地が、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのマルトデキストリンを含む、請求項３２～４６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、２５ｇ／Ｌのマルトデキストリンを含む、請求項４７に記載の方法。
- 前記増殖培地が、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む、請求項３２～４８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌのグルコースを含む、請求項４９に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む、請求項３２～５０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増殖培地が、０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む、請求項５１に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、３５℃～４２℃の温度で培養される、請求項９～５２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、３７℃の温度で培養される、請求項５３に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、５．５～７．５のｐＨで培養される、請求項９～５４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、６．５のｐＨで培養される、請求項５５に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌を培養するステップが、５０～３００のＲＰＭで撹拌することを含む、請求項９～５６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、１５０のＲＰＭで撹拌される、請求項５７に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、培養中に連続的に加えられる、請求項９～５８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性ガス混合物が、０．００２ｖｖｍ～０．０２ｖｖｍの速度で加えられる、請求項５９に記載の方法。
- ＣＯ２が、培養中に連続的に加えられる、請求項９～５８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ＣＯ２が、０．００２ｖｖｍ～０．１ｖｖｍの速度で加えられる、請求項６１に記載の方法。
- 前記ＣＯ２が、０．００７ｖｖｍの速度で加えられる、請求項６１に記載の方法。
- 前記ＣＯ２が、０．１ｖｖｍの速度で加えられる、請求項６１に記載の方法。
- 定常期に達したときに、前記培養細菌を回収するステップをさらに含む、請求項９～６４のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞ペーストを生成するために、前記培養細菌を回収後に遠心分離するステップをさらに含む、請求項６５に記載の方法。
- 前記細胞ペーストを安定剤溶液で希釈して細胞スラリーを生成するステップをさらに含む、請求項６６に記載の方法。
- 前記細胞スラリーを凍結乾燥して粉末を生成するステップをさらに含む、請求項６７に記載の方法。
- 前記粉末にガンマ線を照射するステップをさらに含む、請求項６８に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の細菌から選択される、請求項１～６９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含む、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである、請求項１～６９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌は、表２に列挙されたタンパク質を実質的に含まないプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株からのものである、請求項１～６９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含み、表２に列挙されたタンパク質を含まないか又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである、請求項１～６９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、プレボテラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・アムニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｍｎｉｉ）、プレボテラ・バーゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ）、プレボテラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｅ）、プレボテラ・ブッカリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、プレボテラ・デンタリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｌｉｓ）、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテラ・マクロサ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｃｕｌｏｓａ）、プレボテラ・マルシイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｒｓｈｉｉ）、プレボテラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・ミカンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｉｃａｎｓ）、プレボテラ・マルチフォルミス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｉｓ）、プレボテラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｉｓ）、プレボテラ・オウロラム（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｕｌｏｒｕｍ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテラ・サリバエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓａｌｉｖａｅ）、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテラ・タンネラエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンシーエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチジス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、又はプレボテラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）である、請求項１～７３のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも約１％のＣＯ２を含む嫌気性雰囲気下で嫌気性細菌を含む、バイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、少なくとも８％のＣＯ２を含む、請求項７５に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、少なくとも２０％のＣＯ２を含む、請求項７５又は請求項７６に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、８％～４０％のＣＯ２を含む、請求項７５に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、２０％～３０％のＣＯ２を含む、請求項７５に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、約２５％のＣＯ２を含む、請求項７５に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる、請求項７５～８０のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性雰囲気が、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む、請求項７５に記載のバイオリアクター。
- バイオリアクターが、１Ｌ、２０Ｌ、３５００Ｌ、２０，０００Ｌ、５０，０００Ｌ、１００，０００Ｌ、２００，０００Ｌ、３００，０００Ｌ、４００，０００Ｌ又は５００，０００Ｌである、請求項７５～８２のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記バイオリアクターが、増殖培地をさらに含む、請求項７５～８３のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、酵母エキス、大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９、大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５、リン酸二カリウム、リン酸一カリウム、Ｌ－システイン－ＨＣｌ、塩化アンモニウム、グルシデックス２１Ｄ、グルコース、及びヘモグロビンを含む、請求項８４に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む、請求項８５に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌの酵母エキス１９５１２を含む、請求項８５又は請求項８６に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む、請求項８５～８７のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＡ２ＳＣ １９６４９を含む、請求項８８に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む、請求項８５～８９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１２．５ｇ／Ｌの大豆ペプトンＥ１１０ １９８８５を含む、請求項９０に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１ｇ／Ｌ～２ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む、請求項８５～９１のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１．５９ｇ／Ｌのリン酸二カリウムを含む、請求項９２に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／Ｌ～１．５ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む、請求項８５～９３のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．９１ｇ／Ｌのリン酸一カリウムを含む、請求項９４に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む、請求項８５～９５のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／ＬのＬ－システイン－ＨＣｌを含む、請求項９６に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．１ｇ／Ｌ～１．０ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む、請求項８５～９７のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．５ｇ／Ｌの塩化アンモニウムを含む、請求項９８に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、２０ｇ／Ｌ～３０ｇ／Ｌのグルシデックス２１Ｄを含む、請求項８５～９９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、２５ｇ／Ｌのグルシデックス２１Ｄを含む、請求項１００に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌのグルコースを含む、請求項８５～１０１のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、１０ｇ／Ｌのグルコースを含む、請求項１０２に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．０１ｇ／Ｌ～０．０５ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む、請求項８５～１０３のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、０．０２ｇ／Ｌのヘモグロビンを含む、請求項１０４に記載のバイオリアクター。
- 前記バイオリアクターが、３５℃～４２℃の温度である、請求項７５～１０５のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記バイオリアクターが、３７℃の温度である、請求項１０６に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、５．５～７．５のｐＨである、請求項８５～１０７のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記増殖培地が、６．５のｐＨである、請求項１０８に記載の方法。
- 前記嫌気性細菌が、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はベイヨネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の細菌から選択される、請求項７５～１０９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性細菌が、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含む、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである、請求項７５～１０９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性細菌は、表２に列挙されたタンパク質を実質的に含まないプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）株からのものである、請求項７５～１０９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性細菌が、表１に列挙された１つ以上のタンパク質を含み、表２に列挙されたタンパク質を含まないか又は実質的に含まない、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）細菌株からのものである、請求項７５～１０９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- 前記嫌気性細菌が、プレボテラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・アムニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｍｎｉｉ）、プレボテラ・バーゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ）、プレボテラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｅ）、プレボテラ・ブッカリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、プレボテラ・デンタリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｌｉｓ）、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテラ・ヒスティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテラ・マクロサ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｃｕｌｏｓａ）、プレボテラ・マルシイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍａｒｓｈｉｉ）、プレボテラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・ミカンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｉｃａｎｓ）、プレボテラ・マルチフォルミス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｉｓ）、プレボテラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｉｓ）、プレボテラ・オウロラム（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｕｌｏｒｕｍ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテラ・サリバエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓａｌｉｖａｅ）、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテラ・タンネラエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンシーエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチジス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、又はプレボテラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）である、請求項７５～１０９のいずれか一項に記載のバイオリアクター。
- １％を超えるＣＯ２を含むガス混合物が加えられるバイオリアクター内で前記嫌気性細菌を培養することを含む、嫌気性細菌を培養する方法。
- 前記ガス混合物が、少なくとも８％のＣＯ２を含む、請求項１１５に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、少なくとも２０％のＣＯ２を含む、請求項１１５又は請求項１１６に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、８％～４０％のＣＯ２を含む、請求項１１５に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、２０％～３０％のＣＯ２を含む、請求項１１５に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、約２５％のＣＯ２を含む、請求項１１５に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、ＣＯ２及びＮ２から本質的になる、請求項１１５～１２０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ガス混合物が、約２５％のＣＯ２及び約７５％のＮ２を含む、請求項１１５に記載の方法。
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