JP2022525545A - ステロール調節エレメント結合転写因子１（ｓｒｅｂｆ１）阻害剤による上昇した脂質レベルの治療 - Google Patents

ステロール調節エレメント結合転写因子１（ｓｒｅｂｆ１）阻害剤による上昇した脂質レベルの治療 Download PDF

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Abstract

本開示は、脂質レベルが上昇した対象を治療する方法、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加した対象を特定する方法、ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）バリアント核酸分子及びバリアントポリペプチドを検出する方法、ならびにＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子及びバリアントポリペプチドを提供する。

Description

本開示は、概して、ステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）阻害剤による、脂質レベルが上昇した対象の治療、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加した対象を特定する方法、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子及びバリアントポリペプチドを検出する方法、ならびにＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子及びＳＲＥＢＦ１バリアントポリペプチドに関する。
配列表についての言及
本出願は、１９１キロバイトのサイズを有する、２０２０年３月７日に作成された、１８９２３８０２００２ＳＥＱというテキストファイルとして電子的に提出された配列表を含む。この配列表は、参照により本明細書に組み込まれる。
脂質代謝障害は、肥満の周知の合併症である。脂質代謝障害は、高インスリン血症、アポリポタンパク質Ｂレベルの上昇、高トリグリセリド濃度、高い低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）コレステロール濃度、及び低い高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）コレステロール濃度を特徴とすることが多い。
ステロール調節エレメント結合タンパク質（ＳＲＥＢＰ）は、脂質発生及び脂質取り込みを制御する転写因子である。哺乳動物には２つのＳＲＥＢＰ遺伝子、ＳＲＥＢＰ－１とＳＲＥＢＰ－２が存在する。ＳＲＥＢＰ－１遺伝子は、脂肪酸合成を制御する遺伝子を調節する、異なるプロモーターからコードされる２つのアイソフォームＳＲＥＢＰ－１ａ及びＳＲＥＢＰ－１ｃを転写する。ＳＲＥＢＰ－２は、コレステロール合成に関与する遺伝子を調節する。しかしながら、ＳＲＥＢＰ－１及びＳＲＥＢＰ－２の役割は、脂質代謝の調節において有意に重複する。正常組織では、ＳＲＥＢＰのレベル及び活性は、負のフィードバック調節を介して内因性ステロールレベルによって厳密に制御される。ＳＲＥＢＰは、細胞のステロールレベルが十分であるときにインスリン誘導性遺伝子（Ｉｎｓｉｇ）によって保持されるＳＲＥＢＰ切断活性化タンパク質（ＳＣＡＰ）と会合して、小胞体（ＥＲ）膜に位置する。ステロールレベルが低下すると、ＳＣＡＰタンパク質はＩｎｓｉｇタンパク質と解離し、ＳＲＥＢＰをゴルジ体にエスコートし、その中で、それらはｓｉｔｅ－１及びｓｉｔｅ－２プロテアーゼ（Ｓ１Ｐ及びＳ２Ｐ）によって順次切断され、それによってＮ末端を放出し、次いでＮ末端は核内に入り、脂質生成遺伝子及び低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）を転写する。
本開示はまた、総コレステロールが増加した対象を治療する方法であって、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）が増加した対象を治療する方法であって、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象が、上昇した脂質レベルを経験しており、当該方法が、対象がヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を有するかどうかを、対象から生体試料を得るか、または得ていることと、生体試料上で遺伝子型分類アッセイを実施するか、または実施していることにより、対象がＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定することと、によって判定するステップと、対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、対象に、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を標準投薬量で投与するか、または投与を継続し、対象に、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、対象がＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である場合、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を標準投薬量と同じかもしくはそれよりも少ない量で対象に投与するか、または投与を継続し、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、を含み、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在が、対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが低減していることを示し、上昇した脂質レベルが、上昇した血清脂質レベル、増加した総コレステロール、または増加したＬＤＬであり、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体である、方法を提供する。
本開示はまた、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加したヒト対象を特定する方法であって、当該方法が、対象から得られた生体試料中のヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子の存在または非存在を判定するかまたは判定していることを含み、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加しており、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性であるか、またはバリアント核酸分子に対してホモ接合性である場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが減少しており、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列、もしくはその相補体を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体である、方法を提供する。
本開示はまた、ヒト対象におけるヒトＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を検出する方法であって、ヒト対象から得られた試料をアッセイして、試料中の核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを判定することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、少なくとも約１５ヌクレオチドを含む単離された改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーであって、当該改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーが、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、当該一部分が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、ｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、に対応する位置を含む、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーを提供する。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子であって、当該ポリペプチドが、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体を含む、単離核酸分子を提供する。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、またはその相補体を含む、単離核酸分子を提供する。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離ｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、ｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む、単離ｍＲＮＡ分子を提供する。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、ｉ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位にチミン、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位にチミン、もしくはその相補体を含む、ｃＤＮＡ分子を提供する。
本開示はまた、単離されたＳＲＥＢＦ１ポリペプチドであって、ｉ）配列番号１８と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含む、ｉｉ）配列番号１９と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含む、またはｉｉｉ）配列番号２０と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含む、単離されたＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを提供する。
本開示はまた、ｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、を有する、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を提供する。
本開示はまた、ｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、を有する、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を提供する。
本開示はまた、改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブを含む分子複合体であって、当該改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブが、ｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子にハイブリダイゼーションされており、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされているか、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションされており、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にあるウラシルもしくはその相補体、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にあるウラシルもしくはその相補体、または配列番号８に記載の１，０５６位にあるウラシルもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされているか、またはｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションされており、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体、または配列番号１４に記載の１，０５６位にあるチミンもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされている、分子複合体を提供する。
本明細書に組み込まれ、その一部を構成する添付の図は、いくつかの態様を図示し、この説明と共に、本開示の原理を説明するのに役立つ。
特許または出願ファイルには、少なくとも１つのカラーで作製された図面が含まれている。本特許または特許出願公開書類の写しは、必要な料金を請求及び支払うことにより、カラー図面（複数可）を添付して特許庁により提供される。
（パネルＡ～Ｃ）は、ＳＲＥＢＦ１ミスセンスバリアントと、低密度リポタンパク質コレステロール（ＬＤＬ－Ｃ）の低下（パネルＡ）、非ＨＤＬコレステロールの減少（パネルＢ）、及び総コレステロールの減少（パネルＣ）との関連を示す。 （パネルＡ～Ｃ）は、ＳＲＥＢＦ１ミスセンスバリアントと、低密度リポタンパク質コレステロール（ＬＤＬ－Ｃ）の低下（パネルＡ）、非ＨＤＬコレステロールの減少（パネルＢ）、及び総コレステロールの減少（パネルＣ）との関連を示す。 （パネルＡ～Ｃ）は、ＳＲＥＢＦ１ミスセンスバリアントと、低密度リポタンパク質コレステロール（ＬＤＬ－Ｃ）の低下（パネルＡ）、非ＨＤＬコレステロールの減少（パネルＢ）、及び総コレステロールの減少（パネルＣ）との関連を示す。 ＬＤＬＲ－プロモータールシフェラーゼレポーター上の３ｘｆｌａｇタグ付き核及び全長ＳＲＥＢＰ－ｗｔ及びＳＲＥＢＰ－Ｒ３３４Ｃプラスミド構築物トランス活性化活性の抗ｆｌａｇウェスタンブロットタンパク質分析を示す。 図２からのＳＲＥＢＰ－ｗｔ及びＳＲＥＢＰ－Ｒ３３４Ｃを有するＬＵＣレポーターの相対的活性を示す。 ０．０２５μｇ未満のＳＲＥＢＰ滴定トランスフェクションの結果を示す。
本開示の態様に関する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲全体を通して使用される。かかる用語は、別段の指示がない限り、当該技術分野におけるそれらの通常の意味を与えるべきである。他の具体的に定義された用語は、本明細書に提供される定義と一致する方法で解釈されるべきである。
特に明記されない限り、本明細書に記載される任意の方法または態様が、そのステップを特定の順序で実行する必要があるものとして解釈されることは、何ら意図されていない。したがって、方法の請求項が、特許請求の範囲または説明に、ステップが特定の順序に限定されるべきであることを具体的に述べられていない場合、いかなる点においても、順序が推定されることを決して意図していない。これは、ステップもしくは操作フローの構成に関する論理の問題、文法体系もしくは句読点に由来する平易な意味、または本明細書に記載される態様の数または種類等の、解釈のためのあらゆる可能な非表現的根拠についても当てはまる。
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明示的に別様に示さない限り、複数の指示対象を含む。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物を含む任意の動物を含む。哺乳動物としては、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ等）、伴侶動物（例えば、イヌ、ネコ等）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ等）、及び非ヒト霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。
本明細書で使用される場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、一本鎖、二本鎖、または複数鎖であることができる。核酸の１つの鎖はまた、その相補体も指す。
本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、所望される特定の実施形態では、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」と置き換えてもよい。
「単離」核酸分子は、例えば、血液及び動物組織とは別の、その天然環境以外の状態にあるポリヌクレオチドである。好ましい形態において、単離核酸分子は、他のポリヌクレオチド、特に動物由来の他のポリペプチドを実質的に含まない。高度に精製された形態、すなわち９５％超の純度、より好ましくは９９％超の純度の核酸分子を提供することが好ましい。この文脈で使用される場合、「単離（された）」という用語は、二量体または代替的にリン酸化もしくは誘導体化された形態等の代替の物理的形態での同じ核酸分子の存在を除外しない。
ＳＲＥＢＦ１の特定のバリエーションは、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）の減少及び総コレステロールの減少と関連していることが本開示に従って観察されている。ＳＲＥＢＦ１遺伝子またはタンパク質のバリアントは、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）の減少及び総コレステロールの減少とのいかなる既知の関連性も有しないと考えられている。
ＬＤＬの減少及び総コレステロールの減少を伴うＳＲＥＢＦ１遺伝子分離における希少なバリアントが、本開示に従って特定されている。例えば、ヒト野生型ＳＲＥＢＦ１遺伝子（配列番号１）中の１７，９２２位のシトシンヌクレオチドをチミンに変化させる遺伝子改変が観察されており、かかる改変を有するヒトがＬＤＬの減少及び総コレステロールの減少を有している可能性があることを示している。まとめると、本明細書に記載の遺伝子解析は、驚くべきことに、ＳＲＥＢＦ１遺伝子、具体的には、ＳＲＥＢＦ１遺伝子のバリアントが、ＬＤＬの減少及び総コレステロールの減少と関連していることを示す。したがって、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加したＳＲＥＢＦ１参照であるヒト対象は、上昇した脂質レベルが阻害される、その症状が低減される、及び／または症状の発症が抑制されるように治療され得る。したがって、本開示は、対象におけるそのようなバリアントの特定を活用して、上昇した脂質レベルを発症するそのような対象におけるリスクを特定または層別化することにより、リスクのある対象または活動性疾患のある対象がそれに応じて治療され得る方法を提供する。更に、本開示は、単離されたＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及びバリアントｃＤＮＡ分子を提供する。したがって、ＬＤＬの減少及び総コレステロールの減少に関連することが発見されたＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が本明細書において提供される。
本開示の目的のために、任意の特定のヒトは、３つのＳＲＥＢＦ１遺伝子型：ｉ）ＳＲＥＢＦ１参照、ｉｉ）ＳＲＥＢＦ１バリアント（予測される機能喪失バリアント等）に対してヘテロ接合性、及びｉｉｉ）ＳＲＥＢＦ１バリアント（例えば、予測される機能喪失バリアント）に対してホモ接合性、のうちの１つを有するものとして分類され得る。ＳＲＥＢＦ１参照カテゴリーのヒトは、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント核酸分子等）のコピーを有しない。ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント核酸分子等）に対してヘテロ接合性であるヒトは、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント核酸分子等）の単一コピーを有する。ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント核酸分子等）に対してホモ接合性であるヒトは、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント核酸分子等）の２つのコピーを有する。ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする任意のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）である。部分的機能喪失（または予測される部分的機能喪失）を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを有するヒトは、ＳＲＥＢＦ１に対して低次形態である。ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であり得る。ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする本明細書に記載のＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子であると考えられる。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３６４Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする。
ＳＲＥＢＦ１参照であると遺伝子型分類されるか、または判定されるヒト対象の場合、そのようなヒト対象は、上昇した血清脂質レベル、増加した総コレステロール、及び／または増加したＬＤＬ等の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加している。ＳＲＥＢＦ１参照であるか、もしくはＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子（予測される機能喪失バリアント等）に対してヘテロ接合性であるかのいずれかであると遺伝子型分類されるか、または判定されるヒト対象の場合、そのようなヒト対象をＳＲＥＢＦ１阻害剤で治療することができる。
本開示は、血清脂質レベルが増加した対象を治療する方法であって、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、総コレステロールが増加した対象を治療する方法であって、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、ＬＤＬが増加した対象を治療する方法であって、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
本明細書に記載される実施形態のうちのいずれかにおいて、上昇した脂質レベルは、上昇した血清脂質レベル、増加した総コレステロール、または増加したＬＤＬである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、上昇した血清脂質レベルである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加した総コレステロールである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加した血清コレステロールである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加したＬＤＬである。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、アンチセンス分子を含む。アンチセンス分子の例としては、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。かかるアンチセンス分子は、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡの任意の領域を標的とするように設計することができる。いくつかの実施形態では、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡは、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子内の配列にハイブリダイゼーションし、対象の細胞におけるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションし、対象の細胞におけるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの発現を減少させるアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションし、対象の細胞におけるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの発現を減少させるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションし、対象の細胞におけるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの発現を減少させるｓｈＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、認識配列（複数可）で１つ以上のニックもしくは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤、またはＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の認識配列に結合するＤＮＡ結合タンパク質を含む。認識配列は、ＳＲＥＢＦ１遺伝子のコード領域内、または遺伝子の発現に影響を及ぼす調節領域内に位置することができる。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意の非タンパク質コード領域に位置することができる。認識配列は、ＳＲＥＢＦ１遺伝子の開始コドンを含むか、またはそれに近接することができる。例えば、認識配列は、開始コドンの約１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または１，０００ヌクレオチドから位置することができる。別の例として、それぞれが開始コドンを含むか、またはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする、２つ以上のヌクレアーゼ剤を使用することができる。別の例として、開始コドンを含むかまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とするものと、停止コドンを含むかまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とするものの２つのヌクレアーゼ剤を使用することができ、ヌクレアーゼ剤による切断は、２つのヌクレアーゼ認識配列間のコード領域の欠失をもたらすことができる。ニックまたは二本鎖切断を所望の認識配列に誘導する任意のヌクレアーゼ剤を、本明細書に開示される方法及び組成物に使用することができる。所望の認識配列に結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質を、本明細書に開示される方法及び組成物に使用することができる。
本明細書で使用するのに好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質としては、ジンクフィンガータンパク質もしくはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）対、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質もしくは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化された規則的散在型短パリンドローム反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（ＣＡＳ）系が挙げられるが、これらに限定されない。認識配列の長さは様々であってもよく、例えば、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＮ対については約３０～３６ｂｐ（すなわち、各ＺＦＮについては約１５～１８ｂｐ）、ＴＡＬＥタンパク質またはＴＡＬＥＮについては約３６ｂｐ、及びＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについては約２０ｂｐである認識配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を使用して、細胞内のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子を修飾することができる。本明細書に開示される方法及び組成物は、ＳＲＥＢＦ１核酸分子の部位特異的切断のためにＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化されたガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することによって、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を用いることができる。
Ｃａｓタンパク質は、一般に、ｇＲＮＡと相互作用することができる少なくとも１つのＲＮＡ認識または結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質はまた、ヌクレアーゼドメイン（例えば、ＤＮａｓｅまたはＲＮａｓｅドメイン等）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインを含むことができる。好適なＣａｓタンパク質としては、例えば、野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えば、ＦｎＣｐｆ１等）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、完全な切断活性を有して、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内に二本鎖切断を作製することができるか、またはＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内に一本鎖切断を作製するニッカーゼであり得る。Ｃａｓタンパク質のさらなる例としては、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１もしくはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓｌ０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにそれらのホモログまたは修飾バージョンが挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓタンパク質は、融合タンパク質として異種ポリペプチドに作用可能に結合することもできる。例えば、Ｃａｓタンパク質は、切断ドメイン、エピジェネティック修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写抑制ドメインに融合することができる。Ｃａｓタンパク質は、任意の形態で提供することができる。例えば、Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡと複合体化されたＣａｓタンパク質等のタンパク質の形態で提供され得る。あるいは、Ｃａｓタンパク質は、ＲＮＡまたはＤＮＡ等のＣａｓタンパク質をコードする核酸分子の形態で提供され得る。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の標的遺伝子修飾は、Ｃａｓタンパク質、及びＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の標的遺伝子座内に位置する１つ以上のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションする１つ以上のｇＲＮＡに細胞を接触させることによって生成することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１の領域内にあり得る。別の例として、ｇＲＮＡ認識配列はまた、配列番号１に記載の１７，９２２位に対応する位置を含むか、またはそれに近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に記載の１７，９２２位に対応する位置の約１，０００、５００、４００、３００、２００、１００、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１０、または５ヌクレオチドから位置することができる。更に別の例として、ｇＲＮＡ認識配列は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の開始コドンまたはＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の停止コドンを含むか、またはそれに近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、開始コドンまたは停止コドンの約１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または１，０００ヌクレオチドから位置することができる。
ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の標的ゲノム遺伝子座内に位置するｇＲＮＡ認識配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼが標的とするＤＮＡ配列の直後の２～６塩基対のＤＮＡ配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列の近くに位置する。標準的なＰＡＭは、配列５’－ＮＧＧ－３’であり、式中、「Ｎ」は、任意の核酸塩基であり、その後に２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が続く。ｇＲＮＡは、遺伝子編集のためにＣａｓ９をゲノム内の任意の場所に輸送することができるが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外では、編集は生じ得ない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’は、ヒト細胞のための非常に効率的な非標準的ＰＡＭであり得る。一般に、ＰＡＭは、ｇＲＮＡが標的とするＤＮＡ配列の下流の約２～６ヌクレオチドである。ＰＡＭは、ｇＲＮＡ認識配列に隣接することができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列の３’末端に、ＰＡＭが隣接し得る。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列の５’末端に、ＰＡＭが隣接し得る。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位は、ＰＡＭ配列の上流または下流の約１～約１０塩基対、約２～約５塩基対、または３塩基対であり得る。いくつかの実施形態では（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ由来のＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９が使用される場合等）、非相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＮＧＧ－３’であり得、式中、Ｎは、任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列のすぐ３’である。このように、相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＣＣＮ－３’であり、式中、Ｎは、任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの相補鎖のｇＲＮＡ認識配列のすぐ５’である。
ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、Ｃａｓタンパク質をＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の特定の位置に標的化するＲＮＡ分子である。１つの例示的なｇＲＮＡは、Ｃａｓ酵素を、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子に結合またはそれを切断するように導くのに有効なｇＲＮＡであり、ｇＲＮＡは、配列番号１に記載の１７，９２２位に対応する位置を含むか、またはそれに近接するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、配列番号１に記載の１７，９２２位に対応する位置の約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または１，０００ヌクレオチドから位置するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするように選択することができる。他の例示的なｇＲＮＡは、配列番号１の領域内にあるＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするＤＮＡ標的化セグメントを含む。他の例示的なｇＲＮＡは、開始コドンもしくは停止コドンを含むか、またはそれに近接するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、開始コドンの約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、１００、２００、３００、４００、５００、もしくは１，０００ヌクレオチドに位置するか、または開始コドンもしくは停止コドンの約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または１，０００ヌクレオチドから位置するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするように選択することができる。ｇＲＮＡの設計及び合成は、例えば、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１３，３３９，８２３－８２６、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１２，３３７，８１６－８２１、Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０１３，３１，２２７－２２９、Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０１３，３１，２３３－２３９、及びＣｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１３，３３９，８１９－８２３に記載されている。好適なｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、２０ヌクレオチドを含むことができる。
ヒト野生型ＳＲＥＢＦ１遺伝子内に位置する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号２１～４１に記載されている。
Figure 2022525545000001
Ｃａｓタンパク質及びｇＲＮＡは、複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は、標的ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合する標的ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内に存在する核酸配列内または外側の部位で核酸分子を切断することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体（ｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションし、Ｃａｓタンパク質と複合体化したｇＲＮＡを含む）の形成により、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内に存在する核酸配列の中またはその付近（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、またはそれ以上の塩基対内等）の一方または両方の鎖が切断され得る。
かかる方法は、例えば、配列番号１の領域が破壊されている、開始コドンが破壊されている、終止コドンが破壊されている、またはコード配列が欠失されているＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子をもたらし得る。任意選択で、細胞は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の標的遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションする１つ以上の追加のｇＲＮＡと更に接触させることができる。１つ以上の追加のｇＲＮＡ（例えば、第２のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションする第２のｇＲＮＡ等）と細胞を接触させることにより、Ｃａｓタンパク質による切断は、２つ以上の二本鎖切断または２つ以上の一本鎖切断を生成することができる。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、小分子を含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、ファトスタチンＡまたはＰＦ－４２９２４２である。
いくつかの実施形態では、当該方法は、対象からの生体試料中のヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の存在または非存在を検出することを更に含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、対象からの生体試料中のＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することを更に含む。本開示を通して使用される場合、「ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子」は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする任意のＳＲＥＢＦ１核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）である。例えば、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であり得る。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３６４Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｖ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子、ｖｉ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子、またはｖｉｉ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子である。
いくつかの実施形態では、対象がＳＲＥＢＦ参照である場合、対象にも、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤が標準投薬量で投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＲＥＢＦの予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性である場合、対象にも、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤が、標準投薬量と同じまたはそれよりも少ない投薬量で投与される。
本開示はまた、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象が上昇した脂質レベルを経験しており、当該方法が、対象がヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１の機能喪失バリアント核酸分子を有するかどうかを、対象から生体試料を得るか、または得ていることと、生体試料上で遺伝子型分類アッセイを実施するか、または実施していることにより、対象がＳＲＥＢＦ１の機能喪失バリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定することと、によって判定するステップと、対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、ｉ）対象に、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を標準投薬量で投与するか、または投与を継続し、対象に、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、対象がＳＲＥＢＦ１の機能喪失バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である場合、ｉ）上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を標準投薬量と同じかもしくはそれよりも少ない量で対象に投与するか、または投与を継続し、対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、を含み、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１の機能喪失バリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在が、対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが低減していることを示す、方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＲＥＢＦ１参照である。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性である。
ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする任意のＳＲＥＢＦ１核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）であり得る。例えば、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であり得る。
いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、ｖ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子、ｖｉ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子、及び／またはｖｉｉ）ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｃＤＮＡ分子である。
対象からの生体試料中のＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子（例えば、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする核酸分子等）の存在または非存在を検出すること、及び／または対象がＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子（例えば、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする核酸分子等）を有するかどうかを判定することは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイチュで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで行うことができる。
いくつかの実施形態では、検出ステップ、検出するステップ、または遺伝子型分類アッセイは、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子、またはＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、機能喪失を引き起こすか、または機能喪失を引き起こすと予測されるバリエーション（複数可）を含む。例えば、いくつかの実施形態では、検出ステップ、検出するステップ、または遺伝子型分類アッセイは、ｉ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｉ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｉｉ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｖ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｖ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｖｉ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、及び／またはｖｉｉ）ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置、もしくはその相補体を含む。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の配列決定された部分が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子である。
いくつかの実施形態では、検出ステップ、検出するステップ、または遺伝子型分類アッセイは、ａ）ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイゼーションするプライマーと生体試料を接触させることと、ｂ）少なくともｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介して、プライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長生成物が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを判定することと、を含む。いくつかの実施形態では、判定するステップは、核酸分子全体を配列決定することを含む。
いくつかの実施形態では、検出ステップ、検出するステップ、または遺伝子型分類アッセイは、ａ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、当該部分が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、改変特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、当該改変特異的プローブが、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体とハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）当該検出可能な標識を検出することと、を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子はｍＲＮＡであり、判定するステップは、増幅するステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを更に含む。
いくつかの実施形態では、検出ステップ、検出するステップ、または遺伝子型分類アッセイは、生体試料中の核酸分子を、検出可能な標識を含む改変特異的プローブと接触させることを含み、当該改変特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体とハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
これらの実施形態のうちのいずれにおいても、核酸分子は、ヒト対象から得られた細胞内に存在することができる。
本明細書に記載される実施形態のうちのいずれかにおいて、上昇した脂質レベルは、上昇した血清脂質レベル、増加した総コレステロール、または増加したＬＤＬである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、上昇した血清脂質レベルである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加した総コレステロールである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加した血清コレステロールである。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、増加したＬＤＬである。
いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルは、高コレステロール血症（コレステロールの上昇）等の高脂質血症を含む。上昇した脂質レベルはまた、リポタンパク質（通常はＬＤＬ）の上昇を指す高リポタンパク質血症も含む。
ＳＲＥＢＦ１参照であるか、もしくはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性であるかのいずれかであると遺伝子型分類されるか、または判定されるヒト対象の場合、上記のように、そのようなヒト対象をＳＲＥＢＦ１阻害剤で治療することができる。
上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤の例としては、スピロ環状アゼチジノン誘導体、スタチン、ＰＰＡＲアゴニスト、ニコチン酸、ナイアシン、エゼチミブ、ＰＣＳＫ９阻害剤、ＲＸＲアゴニスト、ホルモン、スルホニル尿素系薬物、ビグアニド、α－グルコシダーゼ阻害剤、ＧＬＰ－１アゴニスト、及びＰＰＡＲα／δデュアルアゴニスト、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
スピロ環状アゼチジノン誘導体としては、例えば、米国再発行特許第３７，７２１号、米国特許第５，６３１，３５６号、同第５，７６７，１１５号、同第５，８４６，９６６号、同第５，６９８，５４８号、同第５，６３３，２４６号、同第５，６５６，６２４号、同第５，６２４，９２０号、同第５，６８８，７８７号、及び同第５，７５６，４７０号、米国公開第２００２／０１３７６８９号、ならびにＰＣＴ公開第ＷＯ０２／０６６４６４号、同第ＷＯ９５／０８５２２号、及び同第ＷＯ９６／１９４５０号に開示されているものが挙げられるが、これらに限定されない。
スタチンとしては、アトルバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、セリバスタチン、及びシンバスタチンが挙げられるが、これらに限定されない。
ＰＰＡＲアゴニストとしては、チアゾリジンジオンまたはフィブラートが挙げられるが、これらに限定されない。チアゾリジンジオンとしては、５－（（４－（２－（メチル－２－ピリジニルアミノ）エトキシ）フェニル）メチル）－２，４－チアゾリジンジオン、トログリタゾン、ピオグリタゾン、シグリタゾン、ＷＡＹ－１２０，７４４、エングリタゾン、ＡＤ５０７５、ダルグリタゾン、及びロシグリタゾンが挙げられるが、これらに限定されない。フィブラートとしては、ゲムフィブロジル、フェノフィブラート、クロフィブラート、及びシプロフィブラートが挙げられるが、これらに限定されない。
ＲＸＲアゴニストとしては、ＬＧ１００２６８、ＬＧＤ１０６９、９－シスレチノイン酸、２－（１－（３，５，５，８，８－ペンタメチル－５，６，７，８－テトラヒドロ－２－ナフチル）－シクロプロピル）－ピリジン－５－カルボン酸、及び４－（（３，５，８，８－ペンタメチル－５，６，７，８－テトラヒドロ－２－ナフチル）２－カルボニル）－安息香酸が挙げられるが、これらに限定されない。
ホルモンとしては、甲状腺ホルモン、エストロゲン、及びインスリンが挙げられるが、これらに限定されない。好適なインスリンとしては、注射可能なインスリン、経皮的インスリン、及び吸入インスリン、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。インスリンの代替として、インスリン誘導体、分泌促進物質、増感剤、または模倣物質が使用され得る。インスリン分泌促進物質としては、フォルスコリン、ジブチルｃＡＭＰ、及びイソブチルメチルキサンチン（ＩＢＭＸ）が挙げられるが、これらに限定されない。
スルホニル尿素系薬物としては、グリソキセピド、グリブリド、アセトヘキサミド、クロルプロパミド、グリボルヌリド、トルブタミド、トラザミド、グリピジド、グリクラジド、グリキドン、グリヘキサミド、フェンブタミド、及びトルシクラミドが挙げられるが、これらに限定されない。
ビグアニドとしては、メトホルミン、フェンホルミン、及びブホルミンが挙げられるが、これらに限定されない。
α－グルコシダーゼ阻害剤としては、アカルボース及びミグリトールが挙げられるが、これらに限定されない。
ＧＬＰ－１アゴニストとしては、ＶＩＣＴＯＺＡ（登録商標）及びＳＡＸＥＮＤＡ（登録商標）（リラグルチド）、ＢＹＥＴＴＡ（登録商標）及びＢＹＤＵＲＥＯＮ（登録商標）（エキセナチド）、ＬＹＸＵＭＩＡ（登録商標）（リキシセナチド）、ＴＡＮＺＥＵＭ（登録商標）（アルビグルチド）、ＴＲＵＬＩＣＩＴＹ（登録商標）（デュラグルチド）、及びＯＺＥＭＰＩＣ（登録商標）（セマグルチド）が挙げられるが、これらに限定されない。
ＳＲＥＢＦ１参照であるか、もしくはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性であるかのいずれかであると遺伝子型分類されるか、または判定されるヒト対象の場合、そのようなヒト対象はまた、上記ＳＲＥＢＦ１の予測された機能喪失ポリペプチドのうちのいずれか１つ以上で治療することができる。
いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルを治療または阻害する治療剤の用量は、ＳＲＥＢＦ１参照である（標準投薬量を受け得る）対象と比較して、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である対象について、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％減少させることができる。いくつかの実施形態では、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤の用量は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％減少させることができる。更に、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である対象における上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤の用量は、ＳＲＥＢＦ１参照である対象と比較して少ない頻度で投与することができる。
上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＳＲＥＢＦ１阻害剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週間後、２週間後、３週間後、１ヶ月後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、２ヶ月後、または３ヶ月後に繰り返すことができる。反復投与は、同じ用量または異なる用量であり得る。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上繰り返すことができる。例えば、ある特定の投与レジメンによれば、対象は、例えば、６ヶ月、１年、またはそれ以上等の長期間の治療を受けることができる。
上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＳＲＥＢＦ１阻害剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、くも膜下腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、もしくは筋肉内を含むがこれらに限定されない任意の好適な経路によって生じ得る。投与のための薬学的組成物は、望ましくは滅菌され、実質的に等張性であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位剤形（すなわち、単回投与のための剤形）で提供され得る。薬学的組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は、選択された投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤が製剤の他の成分と適合性であり、そのレシピエントに実質的に有害ではないことを意味する。
本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、及び「治療」、及び「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果等の所望の生物学的応答を誘発することを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、上昇した脂質レベルの減少／低下、上昇した脂質レベルの重症度の減少／低下（例えば、発達もしくは上昇した脂質レベルの低下または阻害等）、症状の減少／低下、及び脂質レベル関連効果の増加、症状の発症の遅延、及び脂質レベル関連効果の増加、脂質レベル関連効果の増加の症状の重症度の低下、急性エピソードの重症度の低下、症状の数の減少、及び脂質レベル関連効果の増加、症状の潜伏期間の低下、及び脂質レベル関連効果の増加、症状の改善、及び脂質レベル関連効果の増加、二次症状の減少、二次感染の減少、上昇した脂質レベルの再発の予防、再発エピソードの数もしくは頻度の減少、症状エピソード間の潜伏期間の増加、持続的進行への時間の増加、寛解の促進、寛解の誘発、寛解の増強、回復のスピードの増加、もしくは代替治療剤の有効性の増加、もしくはそれに対する抵抗性の減少、及び／または罹患宿主の生存時間の増加のうちの１つ以上を含む。予防効果は、治療プロトコルの投与後の、完全もしくは部分的な回避／阻害、または上昇した脂質レベルの発症／進行の遅延（例えば、完全または部分的な回避／阻害、または遅延等）、及び罹患宿主動物の生存時間の増加を含み得る。上昇した脂質レベルの治療は、任意の臨床段階または症状発現において、いずれかの形態で脂質レベルが上昇していると既に診断されている対象の治療、上昇した脂質レベルの症状もしくは兆候の発症もしくは進化もしくは増悪もしくは悪化の遅延、及び／または上昇した脂質レベルの重症度の予防及び／または低減を包含する。
いくつかの実施形態では、当該方法は、対象からの生体試料中のＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの存在または非存在を検出することを含み、ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドは、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステイン、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステイン、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含み、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを有しない場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加しており、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを有する場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが低減している。
いくつかの実施形態では、検出するステップは、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチド全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置を含む、ポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。
本開示はまた、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加したヒト対象を特定する方法であって、本明細書に記載のＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子等）のうちのいずれかの存在または非存在を検出するための本明細書に記載の方法のうちのいずれかを含む、方法を提供する。対象から得られた試料中で特定の核酸分子の存在または非存在を判定することまたは判定していることは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによって実行することができる。ヒト対象が、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子を欠く場合（すなわち、ヒト対象が、ＳＲＥＢＦ１参照として遺伝子型分類される）、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクは増加している。ヒト対象が、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子を有する場合（すなわち、ヒト対象が、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性であるか、またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してホモ接合性であると分類される場合）、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクは低下している。ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の単一コピーを有することは、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子のコピーを有しないことよりも、上昇した脂質レベルを発症することからヒト対象をより保護する。
いかなる特定の理論または作用機序にも限定されるものではないが、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の単一のコピー（すなわち、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合体）は、上昇した脂質レベルの発症からヒト対象を保護すると考えられ、また、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の２つのコピー（すなわち、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してホモ接合体）を有することは、単一のコピーを有するヒト対象と比較して、上昇した脂質レベルの発症からヒト対象をより保護することができると考えられる。したがって、いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の単一コピーは、完全に保護的ではなく、代わりに、上昇した脂質レベルの発症からヒト対象を部分的または不完全に保護し得る。いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子の単一コピーを有するヒト対象に依然として存在する、上昇した脂質レベルの発症に関与する追加の因子または分子が存在してもよく、したがって、上昇した脂質レベルの発症からの不完全な保護をもたらす。
本開示はまた、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加したヒト対象を特定する方法であって、対象からの生体試料中のＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することを含み、ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドは、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステイン、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステイン、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含み、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドを有しない場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加しており、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドを有する場合、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが低減している、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、判定するステップは、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップは、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップは、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップは、ポリペプチド全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップは、イムノアッセイを含む。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、本明細書に記載されるように、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＳＲＥＢＦ１阻害剤で更に治療される。例えば、ヒト対象がＳＲＥＢＦ１参照であり、したがって、ヒト対象の、上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加している場合、ヒト対象は、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与される。いくつかの実施形態では、かかる対象には、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤も投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性である場合、対象に、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤を標準投薬量と同じまたはそれよりも少ない投薬量で投与し、またＳＲＥＢＦ１阻害剤も投与する。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＲＥＢＦ１参照である。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントに対してヘテロ接合性である。
本開示はまた、対象ヒトからの生体試料中のＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子の存在を検出する方法も提供する。集団内の遺伝子配列及びかかる遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型等の多型により変化し得ることが理解される。ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子、及びＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子の、本明細書において提供される配列は、例示的な配列に過ぎない。ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及びバリアントｃＤＮＡ分子の他の配列もまた可能である。
生体試料は、対象からの任意の細胞、組織、または生体流体に由来し得る。試料は、骨髄試料、腫瘍生検、細針吸引液、または血液、歯肉口蓋液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液、もしくは尿等の体液の試料等の、臨床的に関連する任意の組織を含み得る。いくつかの場合では、試料は、口腔スワブを含む。本明細書に開示される方法で使用される試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用される組織、細胞、または抽出物に基づいて変化する。採用されるアッセイに応じて、生体試料を異なる方法で処理することができる。例えば、任意のＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡの試料を単離または濃縮するように設計された予備的処理を用いることができる。この目的のために、様々な既知の技術が使用されてもよい。任意のＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡのレベルを検出するとき、異なる技術を使用して、生体試料をｍＲＮＡで濃縮することができる。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するための様々な方法を使用することができる。
いくつかの実施形態では、ヒト対象におけるヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子を検出する方法は、ヒト対象から得られた生体試料をアッセイして、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子、またはＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子が、機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすか、または機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすと予測される１つ以上のバリエーションを含むかどうかを判定することを含む。例えば、いくつかの実施形態では、ヒト対象におけるヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子を検出する方法は、対象から得られた生体試料をアッセイして、生体試料中のＳＲＥＢＦ１核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを判定することを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、インビトロ方法である。
いくつかの実施形態では、ヒト対象におけるＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／もしくはｃＤＮＡ分子等）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生体試料に対してアッセイを実行することを含み、このアッセイは、生体試料中の核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンをコードするヌクレオチド配列を含むかどうかを判定することを含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、細胞または細胞溶解物を含む。かかる方法は、例えば、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子もしくはｍＲＮＡ分子を含む対象から生体試料を得ることと、ｍＲＮＡが所望により、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する場合、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ、もしくはｃＤＮＡの位置が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンをコードすると判定する生体試料にアッセイを実行することと、を更に含むことができる。かかるアッセイは、例えば、特定のＳＲＥＢＦ１核酸分子のこれらの位置の同一性を判定することを含み得る。いくつかの実施形態では、この方法は、インビトロ方法である。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子、またはＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こす１つ以上のバリエーションを含む。例えば、いくつかの実施形態では、当該アッセイは、ｉ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｉ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｉｉ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｉｖ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｖ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、ｖｉ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、及び／またはｖｉｉ）生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、当該配列決定された部分は、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置、もしくはその相補体を含む。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の配列決定された部分が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子である。生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の配列決定された部分が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む場合、生体試料中のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子である。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、ａ）ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイゼーションするプライマーと試料を接触させることと、ｂ）少なくともｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介して、プライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長生成物が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、ｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを判定することと、を含む。いくつかの実施形態では、アッセイは、核酸分子全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡから得られたＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡのみが分析される。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、ａ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、当該部分が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、改変特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、当該改変特異的プローブが、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体、ｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子の核酸配列、もしくはその相補体とハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）当該検出可能な標識を検出することと、を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子はｍＲＮＡであり、判定するステップは、増幅するステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを更に含む。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、生体試料中の核酸分子を、検出可能な標識を含む改変特異的プローブと接触させることを含み、当該改変特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体、ｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列、もしくはその相補体とハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。改変特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して、核酸配列におけるＳＮＰ等の変異を検出することができる。鋳型との不一致が存在する場合、ＤＮＡポリメラーゼは伸長しないため、改変特異的プライマーを使用することができる。
いくつかの実施形態では、試料中の核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは、増幅するステップの前にｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、ヒト対象から得られた細胞内に存在する。
ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする任意のＳＲＥＢＦ１核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）であり得る。例えば、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアント核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１のＡｒｇ３３４Ｃｙｓ、Ａｒｇ３６４Ｃｙｓ、またはＡｒｇ３１０Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であり得る。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、またはバリアントｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイゼーションし、ストリンジェントな条件下で対応するＳＲＥＢＦ１参照配列ではない、改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブ等のプライマーまたはプローブと生体試料を接触させることと、ハイブリダイゼーションが生じたかどうかを判定することと、を含む。
いくつかの実施形態では、当該アッセイは、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、当該アッセイは、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）等による、ｍＲＮＡのｃＤＮＡへの逆転写も含む。
いくつかの実施形態では、当該方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、またはバリアントｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または特定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリダイゼーション条件または反応条件は、この結果を達成するためにオペレータによって判定され得る。このヌクレオチド長は、本明細書に記載または例示される任意のアッセイを含む、選択された検出方法において使用するのに十分な任意の長さであり得る。かかるプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標的ヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイゼーションすることができる。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続するヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、標的ヌクレオチド配列とは異なり、標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または特定する能力を保持するプローブが、従来の方法によって設計され得る。したがって、プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を共有することができる。
いくつかの実施形態では、生体試料中のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）もしくはその相補体が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンをコードするヌクレオチド配列を含むかどうかを判定するために、生体試料は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１プライマーと、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２プライマーと、を含むプライマー対を使用する増幅方法に供して、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンをコードする位置にＳＮＰの存在を示すアンプリコンを産生する。いくつかの実施形態では、アンプリコンの長さは、プライマー対の組み合わせた長さ＋１つのヌクレオチド塩基対から、ＤＮＡ増幅プロトコルによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの範囲であってもよい。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界までの範囲、または約２０，０００ヌクレオチド塩基対であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンをコードする位置と、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置もチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミンをコードする位置の各側面にある少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、もしくはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。同様のアンプリコンは、ｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡ配列から生成することができる。ＰＣＲプライマー対は、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１、Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）等の、その目的のために意図されたコンピュータープログラムを使用して既知の配列から得ることができる。更に、既知のガイドラインを使用して、配列は目視でスキャンし、プライマーは手動で特定することができる。
例えば、核酸配列決定、核酸ハイブリダイゼーション、及び核酸増幅を含む様々な技術を使用することができる。核酸配列決定技術の例示的な例としては、チェーンターミネーター（Ｓａｎｇｅｒ）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。
他の方法は、精製されたＤＮＡ、増幅されたＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））に対して標識されたプライマーまたはプローブを使用することを含む、配列決定以外の核酸ハイブリダイゼーション方法を含む。いくつかの方法では、標的核酸分子は、検出の前に、または検出と同時に増幅してもよい。核酸増幅技術の例示的な例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法としては、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅、及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーがその標的に特異的にハイブリダイゼーションするように、ストリンジェントな条件を用いることができる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他の非標的配列よりも、例えば、バックグラウンド全体で少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上（バックグラウンド全体で１０倍超を含む）、検出可能に高い程度でその標的配列にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも少なくとも２倍、検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも少なくとも３倍、検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも少なくとも４倍、検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも、バックグラウンド全体で１０倍を超えて、検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする。ストリンジェントな条件は配列に依存し、状況に応じて異なるであろう。
ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェントな条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、続いて５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は、既知であるか、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６．において見つけることができる。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０～８．３で、塩濃度が約１．５Ｍ Ｎａ＋イオン未満、典型的には約０．０１～１．０Ｍ Ｎａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が短いプローブ（例えば、１０～５０ヌクレオチド等）では少なくとも約３０℃、より長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチドを超える）では少なくとも約６０℃である条件である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミド等の不安定化剤の添加によっても達成され得る。任意選択で、洗浄緩衝液は、約０．１％～約１％のＳＤＳを含み得る。ハイブリダイゼーションの持続時間は、一般に、約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄時間の持続時間は、少なくとも、平衡に達するのに十分な時間の長さでなければならない。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象におけるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドが、ポリペプチドに機能喪失（部分的または完全）をさせる１つ以上バリエーションを含有するかどうかを判定するために、ヒト対象から得られた試料に対してアッセイを行うことを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、例えば、ＳＲＥＢＦ１ Ａｒｇ３３４Ｃｙｓバリアントポリペプチド等のヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在を検出し、ヒト対象から得られた試料に対してアッセイを行い、試料中のＳＲＥＢＦ１ポリペプチドが、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むかどうかを判定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１５または配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチド全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１５または配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。
いくつかの実施形態では、当該方法は、例えば、ＳＲＥＢＦ１ Ａｒｇ３６４Ｃｙｓバリアントポリペプチド等のヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在を検出し、ヒト対象から得られた試料に対してアッセイを行い、試料中のＳＲＥＢＦ１ポリペプチドが、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むかどうかを判定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１６または配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチド全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１６または配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。
いくつかの実施形態では、当該方法は、例えば、ＳＲＥＢＦ１ Ａｒｇ３１０Ｃｙｓバリアントポリペプチド等のヒトＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントポリペプチドの存在を検出し、ヒト対象から得られた試料に対してアッセイを行い、試料中のＳＲＥＢＦ１ポリペプチドが、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むかどうかを判定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１７または配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチド全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、配列番号１７または配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。
本開示はまた、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子（配列番号２等）、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子（配列番号６、配列番号７、及び配列番号８等）、及び／またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子（配列番号１２、配列番号１３、及び配列番号１４等）にハイブリダイゼーションする単離核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置を含み、配列番号６もしくは配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置を含み、配列番号７もしくは配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置を含み、または配列番号８もしくは配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置を含むＳＲＥＢＦ１核酸分子の一部分にハイブリダイゼーションする。
いくつかの実施形態では、かかる単離核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、少なくとも約１２０００、少なくとも約１３０００、少なくとも約１４０００、少なくとも約１５０００、少なくとも約１６０００、少なくとも約１７０００、少なくとも約１８０００、少なくとも約１９０００、もしくは少なくとも約２００００ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、そのような単離核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、もしくは少なくとも約２５ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。好ましい実施形態では、単離核酸分子は、少なくとも約１８ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、約１０～約３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、もしくは約１８～約２２ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。好ましい実施形態では、単離核酸分子は、約１８～約３０ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチド～少なくとも約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、かかる単離核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子（配列番号２等）、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子（配列番号６、配列番号７、及び配列番号８等）、及び／またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子（配列番号１２、配列番号１３、及び配列番号１４等）にハイブリダイゼーションする。かかる核酸分子は、例えば、本明細書に記載もしくは例示されるようなプローブ、プライマー、改変特異的プローブ、または改変特異的プライマーとして使用することができ、限定するものではないが、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡを含み、これらはそれぞれ、本明細書の他の箇所においてより詳細に記載され、本明細書に記載される方法のうちのいずれかで使用することができる。
いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子（配列番号２等）、ＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子（配列番号６、配列番号７、及び配列番号８等）、及び／またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子（配列番号１２、配列番号１３、及び配列番号１４等）と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続するヌクレオチドにハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、約１５～約１００ヌクレオチド、もしくは約１５～約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、約１５～約１００ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、約１５～約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。
いくつかの実施形態では、単離された改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、少なくとも約１５個のヌクレオチドを含み、当該改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号２に記載の１７，９２２位、もしくはその相補体、配列番号６に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、配列番号７に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、配列番号８に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、配列番号１２に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、配列番号１３に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、配列番号１４に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、に対応する位置を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号２に記載の１７，９２２位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号２に記載の１７，９２２～１７，９２４位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号６に記載の１，１８５位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号６に記載の１，１８５～１，１８７位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号７に記載の１，２６０位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号７に記載の１，２６０～１，２６２位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号８に記載の１，０５６位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号８に記載の１，０５６～１，０５８位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１２に記載の１，１８５位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１２に記載の１，１８５～１，１８７位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１３に記載の１，２６０位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１３に記載の１，２６０～１，２６２位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１４に記載の１，０５６位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーは、配列番号１４に記載の１，０５６～１，０５８位、もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、改変特異的プローブ及び改変特異的プライマーは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、改変特異的プローブ及び改変特異的プライマーは、ＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のプローブ及びプライマー（改変特異的プローブ及び改変特異的プライマーを含む）は、本明細書に開示される核酸分子、もしくはその相補体のうちのいずれかに特異的にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブ及びプライマーは、ストリンジェントな条件下で本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれかに特異的にハイブリダイゼーションする。
いくつかの実施形態では、改変特異的プライマーを含むプライマーは、第２世代配列決定または高スループット配列決定で使用することができる。場合によっては、改変特異的プライマーを含むプライマーを修飾することができる。特に、プライマーは、例えば、マッシブパラレルシグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、及び４５４パイロシーケンシングの異なるステップで使用される様々な修飾を含むことができる。修飾プライマーは、クローニングステップにおけるビオチン化プライマー、及びビーズ装填ステップ及び検出ステップで使用される蛍光標識プライマーを含む、プロセスのうちのいくつかのステップで使用することができる。ポロニーシーケンシングは、一般に、ＤＮＡテンプレートの各分子が約１３５ｂｐの長さであるペアエンドのタグライブラリを使用して実行される。ビオチン化プライマーは、ビーズ装填ステップ及びエマルションＰＣＲで使用される。蛍光標識された縮重九量体オリゴヌクレオチドは、検出ステップで使用される。アダプターは、ストレプトアビジンでコーティングされたビーズへＤＮＡライブラリの固定化するための５’－ビオチンタグを含有することができる。
本明細書に記載のプローブ及びプライマーを使用して、ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子内のＣ１７，９２２Ｔバリエーション（配列番号２等）、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子内のＣ１，１８５Ｕバリエーション（配列番号６等）、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子内のＣ１，２６０Ｕバリエーション（配列番号７等）、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子内のＣ１，０５６Ｕバリエーション（配列番号８等）、ＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子内のＣ１，１８５Ｔバリエーション（配列番号１２等）、ＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子内のＣ１，２６０Ｔバリエーション（配列番号１３等）、またはＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子内のＣ１，０５６Ｔバリエーション（配列番号１４等）を検出することができる。例えば、プライマーを使用して、Ｃ１７，９２２Ｔバリエーションを含むＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子またはその断片を増幅することができる。プライマーを使用して、Ｃ１，１８５Ｕバリエーション、Ｃ１，２６０Ｕバリエーション、及び／またはＣ１，０５６Ｕバリエーションを含むＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡまたはその断片を増幅することもできる。プライマーを使用して、Ｃ１，１８５Ｔバリエーション、Ｃ１，２６０Ｔバリエーション、及び／またはＣ１，０５６Ｔバリエーションを含むＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡまたはその断片を増幅することもできる。
本開示はまた、上述のプライマーのうちのいずれかを含むプライマー対を提供する。プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１核酸分子内の（チミンではなく）１７，９２２位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ゲノム核酸分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１核酸分子内の（シトシンではなく）１７，９２２位のチミンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントゲノム核酸分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号２の１７，９２２位に対応する位置におけるチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。
プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（ウラシルではなく）１，１８５位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，１８５位のウラシルにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号６の１，１８５位に対応する位置におけるウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。加えて、プライマー’３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（ウラシルではなく）１，２６０位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，２６０位のウラシルにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号７の１，２６０位に対応する位置におけるウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。加えて、プライマー’３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（ウラシルではなく）１，０５６位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，０５６位のウラシルにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号８の１，０５６位に対応する位置におけるウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（チミンではなく）１，１８５位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，１８５位のチミンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号１２の１，１８５位に対応する位置におけるチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。加えて、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（チミンではなく）１，２６０位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，２６０位のチミンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号１３の１，２６０位に対応する位置におけるチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。加えて、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（チミンではなく）１，０５６位のシトシンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’末端のうちの１つが、特定のＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子内の（シトシンではなく）１，０５６位のチミンにハイブリダイゼーションする場合、増幅断片の存在は、ＳＲＥＢＦ１バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態では、配列番号１４の１，０５６位に対応する位置におけるチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在し得る。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む一部分で配列番号２を含むＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む一部分で配列番号６を含むＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む一部分で配列番号７を含むＳＲＥＢＦ１６ ｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む一部分で配列番号８を含むＳＲＥＢＦ１６ ｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む一部分で配列番号１２を含むＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む一部分で配列番号１３を含むＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、ＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の一部分にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含み、当該一部分は、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションする。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む一部分で配列番号１４を含むＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションするか、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む。
本開示の文脈において、「特異的にハイブリダイゼーションする」は、プローブまたはプライマー（例えば、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマー）が、ＳＲＥＢＦ１参照ゲノム核酸分子、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子、及び／またはＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にハイブリダイゼーションしないことを意味する。
いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、改変特異的プローブ等）は、標識を含む。いくつかの実施形態では、当該標識は、蛍光標識、放射標識、またはビオチンである。
本開示はまた、本明細書に開示されるプローブのうちのいずれか１つ以上が付着している基質を含む支持体を提供する。固体支持体は、本明細書に開示されるプローブのうちのいずれか等の分子が会合することができる固体基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ、グリッド、または他の秩序立ったパターンで結合された固体支持体である。固体基質の形態は、標準的な９６ウェルタイプ等のマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、通常、ウェルごとに１つのアレイを含むマルチウェルガラススライドを使用することができる。
本開示はまた、本明細書に記載のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）もしくはその相補体のうちのいずれかと、本明細書に記載の改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブのうちのいずれかと、を含むか、またはそれらからなる分子複合体を提供する。いくつかの実施形態では、分子複合体中のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）もしくはその相補体は、一本鎖である。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１核酸分子は、本明細書に記載のゲノム核酸分子のうちのいずれかである。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１核酸分子は、本明細書に記載されるｍＲＮＡ分子のうちのいずれかである。いくつかの実施形態では、ＳＲＥＢＦ１核酸分子は、本明細書に記載されるｃＤＮＡ分子のうちのいずれかである。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）もしくはその相補体のいずれかと、本明細書に記載の改変特異的プライマーのうちのいずれかと、を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載のＳＲＥＢＦ１核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）もしくはその相補体のうちのいずれかと、本明細書に記載の改変特異的プローブのうちのいずれかと、を含むか、またはそれらからなる。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子にハイブリダイゼーションされた改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなり、当該改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブは、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置のチミン、もしくはその相補体にハイブリダイゼーションされる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号２に記載の１７，９２２～１７，９２４位に対応する位置でＴＧＣコドンにハイブリダイゼーションされる改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号２を含むゲノム核酸分子を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子にハイブリダイゼーションされた改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなり、当該改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブは、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置のウラシル、もしくはその相補体、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置のウラシル、もしくはその相補体、または配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置のウラシル、もしくはその相補体にハイブリダイゼーションされる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号６に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置のＵＧＣコドン、配列番号６に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置のＵＧＣコドン、もしくは配列番号８に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置のＵＧＣコドンにハイブリダイゼーションされる、改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号６、配列番号７、もしくは配列番号８を含むｍＲＮＡ分子を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションされた改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなり、当該改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブは、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置のチミン、もしくはその相補体、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置のチミン、もしくはその相補体、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置のチミン、もしくはその相補体にハイブリダイゼーションされる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号１２に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置のＴＧＣコドン、配列番号１３に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置のＴＧＣコドン、または配列番号１４に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置のＴＧＣコドンにハイブリダイゼーションされる、改変特異的プライマーもしくは改変特異的プローブを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号１２、配列番号１３、もしくは配列番号１４を含むｃＤＮＡ分子を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、標識を含む改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーを含む。いくつかの実施形態では、当該標識は、蛍光標識、放射標識、またはビオチンである。いくつかの実施形態では、分子複合体は、非ヒトポリメラーゼを更に含む。
本開示はまた、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子であって、当該ポリペプチドが、配列番号１８に記載の３３４位、もしくはその相補体、配列番号１９に記載の３６４位、もしくはその相補体、または配列番号２０に記載の３１０位、もしくはその相補体に対応する位置にシステインを含む単離核酸分子も提供する。
いくつかの実施形態では、単離核酸分子は、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする：配列番号１８（当該アミノ酸配列が、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含む）、配列番号１９（当該アミノ酸配列が、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含む）、または配列番号２０（当該アミノ酸配列が、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含む）。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０を含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０からなるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする。
ＳＲＥＢＦ１参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号１に記載されている。配列番号１を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ゲノム核酸分子の１７，９２２位は、シトシンである。ＳＲＥＢＦ１のバリアントゲノム核酸分子が存在し、１７，９２２位のシトシンがチミンで置き換えられる。このＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号２に記載されている。
本開示は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる単離されたゲノム核酸分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン（Ｃ１７，９２２Ｔ）、もしくはその相補体を含む、単離されたゲノム核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２に記載の１７，９２２～１７，９２４位に対応する位置にＴＧＣコドンを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなり、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなり、配列番号２に記載の１７，９２２～１７，９２４位に対応する位置にＴＧＣコドン、もしくはその相補体を含む。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２を含む。いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２からなる。
いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、ゲノムＤＮＡ配列全体よりも少ないものを含む。いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２の少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、少なくとも約１２０００、少なくとも約１３０００、少なくとも約１４０００、少なくとも約１５０００、少なくとも約１６０００、少なくとも約１７０００、もしくは少なくとも約１８０００の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２の少なくとも約１０００～少なくとも約２０００の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、これらの単離されたゲノム核酸分子は、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む。
３つのＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３、配列番号４、及び配列番号５に記載されている。配列番号３を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の１，１８５位は、シトシンである。配列番号４を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の１，２６０位は、シトシンである。配列番号５を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｍＲＮＡ分子の１，０５６位は、シトシンである。ＳＲＥＢＦ１の３つのバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、シトシンはチミンで置き換えられる。配列番号６を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の１，１８５位は、チミンである。配列番号７を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の１，２６０位は、チミンである。配列番号８を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の１，０５６位は、チミンである。
本開示は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる単離ｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、または配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む、単離ｍＲＮＡ分子を提供する。
いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなり、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置にＵＧＣコドン、配列番号７に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置にＵＧＣコドン、または配列番号８に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置にＵＧＣコドンを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有するか、またはそれからなる：配列番号６（当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む）、配列番号７（当該ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む）、または配列番号８（当該ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む）。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有するか、またはそれからなる：配列番号６（当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置にＵＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）、配列番号７（当該ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置にＵＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）、または配列番号８（当該ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置にＵＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、配列番号６、配列番号７、または配列番号８を含む。いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、配列番号６、配列番号７、または配列番号８からなる。いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子は、配列番号６からなる。
３つのＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号９、配列番号１０、及び配列番号１１に記載されている。配列番号９を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の１，１８５位は、シトシンである。配列番号１０を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の１，２６０位は、シトシンである。配列番号１１を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ｃＤＮＡ分子の１，０５６位は、シトシンである。ＳＲＥＢＦ１の３つのバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、シトシンはチミンで置き換えられる。配列番号１２を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の１，１８５位は、チミンである。配列番号１３を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の１，２６０位は、チミンである。配列番号１４を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の１，０５６位は、チミンである。
本開示は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる単離ｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む、単離ｃＤＮＡ分子を提供する。
いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなり、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１２に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置にＴＧＣコドン、配列番号１３に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置にＴＧＣコドン、または配列番号１４に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置にＴＧＣコドンを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有するか、またはそれからなる：配列番号１２（当該ヌクレオチド配列は、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む）、配列番号１３（当該ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む）、または配列番号１４（当該ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む）。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有するか、またはそれからなる：配列番号１２（当該ヌクレオチド配列は、配列番号１２に記載の１，１８５～１，１８７位に対応する位置にＴＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）、配列番号１３（当該ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０～１，２６２位に対応する位置にＴＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）、または配列番号１４（当該ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６～１，０５８位に対応する位置にＴＧＣコドン、もしくはその相補体を含む）。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、配列番号１２、配列番号１３、または配列番号１４を含む。いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、配列番号１２、配列番号１３、または配列番号１４からなる。
いくつかの実施形態では、単離されたｍＲＮＡ分子またはｃＤＮＡ分子は、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ配列全体よりも少ないものを含む。いくつかの実施形態では、単離されたｃＤＮＡ分子は、配列番号６、配列番号７もしくは配列番号８（ｍＲＮＡの場合）、または配列番号１２、配列番号１３もしくは配列番号１４（ｃＤＮＡの場合）の少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、少なくとも約２０００、少なくとも約２１００、少なくとも約２２００、少なくとも約２３００、少なくとも約２４００、少なくとも約２５００、少なくとも約２６００、少なくとも約２７００、少なくとも約２８００、少なくとも約２９００、少なくとも約３０００、少なくとも約３１００、少なくとも約３２００、もしくは少なくとも約３３００の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。
ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生物由来であり得る。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒトであり得るか、または非ヒト哺乳動物、げっ歯類、マウス、もしくはラット等の別の生物由来のオルソログであり得る。集団内のゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ配列は、一塩基多型等の多型により変化し得ることが理解される。本明細書に提供される実施例は、例示的な配列に過ぎない。他の配列も可能である。
開示した核酸分子と相互作用し得る機能性ポリヌクレオチドも本明細書において提供される。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子の結合または特定の反応の触媒等の特定の機能を有する核酸分子である。機能性ポリヌクレオチドの例としては、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成性分子、及び外部ガイド配列が挙げられるが、これらに限定されない。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子によって保有される特定の活性のエフェクター、阻害剤、調節剤、及び刺激剤として作用することができるか、または機能性ポリヌクレオチドは、いずれの他の分子からも独立して新規の活性を保有することができる。
本明細書に開示される単離核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含むことができる。単離核酸分子はまた、異種標識に連結または融合され得る。かかる標識としては、例えば、化学発光剤、金属、タグ、酵素、放射性標識、顔料、染料、発色原、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識には、例えば、粒子、蛍光体、ハプテン、酵素、及びそれらの熱量測定、蛍光生成及び化学発光基質、ならびに他の標識も含まれる。
開示する核酸分子は、例えば、ヌクレオチドまたは非天然または修飾ヌクレオチド、例えば、ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むことができる。かかるヌクレオチドには、修飾塩基、修飾糖、もしくは修飾リン酸基を含有するか、またはその構造に非天然部分を組み込むヌクレオチドが含まれる。
本開示はまた、本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上及び異種核酸を含む。ベクターは、核酸分子を輸送することができるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはコスミドである。
核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の伸長間の同一性パーセント（もしくは相補性パーセント）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本的ローカルアラインメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０、Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を使用して、またはＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用する、デフォルト設定を使用したＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）を使用することによって、慣例的に求めることができる。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
本開示はまた、本明細書に開示される単離核酸分子、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちのいずれか１つ以上を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態では、組成物は、医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は、担体及び／または賦形剤を含む。
３つのＳＲＥＢＦ１参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１５、配列番号１６、及び配列番号１７に記載されている。配列番号１５を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ポリペプチドの３３４位は、アルギニンである。配列番号１６を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ポリペプチドの３６４位は、アルギニンである。配列番号１７を参照すると、ＳＲＥＢＦ１参照ポリペプチドの３１０位は、アルギニンである。３つのバリアントＳＲＥＢＦ１ポリペプチドが存在し、アルギニンはシステインで置き換えられる。配列番号１８を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの３３４位は、システインである。配列番号１９を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの３６４位は、システインである。配列番号２０を参照すると、バリアントＳＲＥＢＦ１ポリペプチドの３１０位は、システインである。
本開示はまた、以下の配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一のアミノ酸配列を有する、単離されたヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを提供する：配列番号１８（当該ポリペプチドが、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含む）、配列番号１９（当該ポリペプチドが、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含む）、または配列番号２０（当該ポリペプチドが、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含む）。本明細書において、配列同一性パーセントについて言及する場合、高い配列同一性パーセントの方が、低いパーセントよりも好ましい。
いくつかの実施形態では、単離されたヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０を含む。いくつかの実施形態では、単離されたヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０からなる。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０の少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約３５０、少なくとも約４００、少なくとも約４５０、少なくとも約５００、少なくとも約５５０、少なくとも約６００、少なくとも約６５０、少なくとも約７００、少なくとも約７５０、少なくとも約８００、少なくとも約８５０、少なくとも約９００、少なくとも約９５０、少なくとも約１０００、少なくとも約１０５０、または少なくとも約１１００の連続したアミノ酸に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドはまた、配列番号１８の３３４位に対応する位置にシステイン、配列番号１９の３６４位に対応する位置にシステイン、または配列番号２０の３１０位に対応する位置にシステインを含む。
本明細書に開示される単離ポリペプチドは、天然に存在するＳＲＥＢＦ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むことができるか、または非天然に存在する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、天然に存在する配列は、保存的アミノ酸置換に起因して、非天然に存在する配列と異なり得る。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、非天然または修飾アミノ酸またはペプチド類似体を含む。例えば、天然に存在するアミノ酸とは異なる機能的置換基を有する多数のＤ－アミノ酸またはアミノ酸が存在する。
ＳＲＥＢＦ１参照ポリペプチドは、例えば、アンタゴニストとして作用する化合物をスクリーニングするために使用され得、これを使用して、ＳＲＥＢＦ１参照であるか、またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失核酸分子に対してヘテロ接合性である対象を治療することができる。バリアントＳＲＥＢＦ１ポリペプチド（本明細書に記載されるＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失ポリペプチド）を使用して、例えば、アゴニストとして作用する化合物をスクリーニングすることができ、これを使用して、ＳＲＥＢＦ１参照であるか、またはＳＲＥＢＦ１の予測される機能喪失核酸分子に対してヘテロ接合性である対象を治療することができる。
本開示はまた、本明細書に開示されるポリペプチドのうちのいずれかをコードする核酸分子を提供する。これには、特定のポリペプチド配列に関連するすべての縮重配列が含まれる。したがって、各特定の核酸配列は本明細書に書かれていない場合があるが、各及びすべての配列は、実際には、開示されたポリペプチド配列を通じて本明細書に開示され、記載される。
本開示はまた、本明細書に開示される核酸分子のうちの任意の１つ以上の及び／またはポリペプチドのうちの任意の１つ以上を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、組成物は、担体を含む。
本開示は、本明細書に開示されるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドまたはその断片のうちのいずれかを産生する方法も提供する。かかるＳＲＥＢＦ１ポリペプチドまたはその断片は、任意の好適な方法によって産生され得る。
本開示はまた、本明細書に開示される核酸分子のうちの任意の１つ以上の及び／またはポリペプチドのうちの任意の１つ以上を含む細胞を提供する。細胞は、インビトロ、エクスビボ、またはインビボであり得る。核酸分子は、プロモーター及び他の調節配列に連結されてもよく、そのため、コードされたタンパク質を産生するように発現される。
添付の配列表に列挙されているヌクレオチド及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準的な文字の略語、及びアミノ酸の３文字のコードを使用して示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端で開始し、３’末端まで前進する（すなわち、各行において左から右へ）という標準的な慣習に従う。各ヌクレオチド配列の１つの鎖のみが示されるが、相補鎖は、表示される鎖を任意に参照することによって含まれると理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端で開始し、カルボキシ末端まで前進する（すなわち、各行で左から右へ）という標準的な慣習に従う。
本明細書で使用される場合、「に対応する」という語句またはその文法的変形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列または位置の番号付けの文脈で使用される場合、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列が参照配列と比較される場合の、特定の参照配列の番号付けを指す。言い換えると、特定のポリマーの残基（例えば、ヌクレオチドもしくはアミノ酸等）数または残基（例えば、ヌクレオチドもしくはアミノ酸等）位置は、特定のヌクレオチドもしくはヌクレオチド配列内の残基の実際の数値位置ではなく、参照配列に関して指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、２つの配列間の残基の一致を最適化するためにギャップを導入することによって参照配列に整列させることができる。これらの場合、ギャップは存在するが、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列における残基の番号付けは、それがアラインメントされた参照配列に対して行われる。
例えば、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む核酸配列は、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列が配列番号２の配列にアラインメントされている場合、ＳＲＥＢＦ１の配列が配列番号２の１７，９２２位に対応する位置にチミン残基を有することを意味する。同じことが、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、または配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子と、ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であって、当該ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、ｃＲＮＡ分子にも当てはまる。言い換えれば、これらの語句は、ＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする核酸分子を指し、当該ゲノム核酸分子は、配列番号２の１７，９２２位のチミン残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する（またはｍＲＮＡ分子は、配列番号６の１，１８５位のウラシル残基に相同であるか、配列番号７の１，２６０位に対応する位置のウラシル残基に相同であるか、もしくは配列番号８の１，０５６位に対応する位置のウラシル残基に相同であるウラシル残基を含むヌクレオチド配列を有するか、またはｃＤＮＡ分子は、配列番号１２の１，１８５位のチミン残基に相同であるか、配列番号１３の１，２６０位のチミン残基に相同であるか、もしくは配列番号１４の１，０５６位のチミン残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する）。本明細書では、かかる配列は、ゲノム核酸分子を指す「Ｃ１７，９２２Ｔ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１７，９２２Ｔバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」（または「Ｃ１，１８５Ｕ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，１８５Ｕバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」、または「Ｃ１，２６０Ｕ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，２６０Ｕバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」、または「Ｃ１，０５６Ｕ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，０５６Ｕバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」、及び「Ｃ１，１８５Ｔ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，１８５Ｔバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」、または「Ｃ１，２６０Ｔ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，２６０Ｔバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」、または「Ｃ１，０５６Ｔ改変を有するＳＲＥＢＦ１配列」もしくは「Ｃ１，０５６Ｔバリエーションを有するＳＲＥＢＦ１配列」）とも称される。
本明細書に記載されるように、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内の位置は、特定のＳＲＥＢＦ１核酸分子のヌクレオチド配列と配列番号２のヌクレオチド配列との間で配列アラインメントを実行することによって特定することができる。配列アラインメントを実行して、例えば、配列番号２の１７，９２２位に対応するヌクレオチド位置を特定するために使用され得る様々な計算アルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）配列アラインメントを実行してもよい。しかしながら、配列は手動でアラインメントさせることもできる。
本開示はまた、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための（または上昇した脂質レベルを治療するための医薬品の調製に使用するための）上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤であって、ヒト対象が、ｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡであって、ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを有する、治療剤を提供する。上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤は、本明細書に記載される上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤のうちのいずれかであり得る。
本開示はまた、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための（または上昇した脂質レベルを治療するための医薬品の調製に使用するための）ＳＲＥＢＦ１阻害剤であって、ヒト対象が、ｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡであって、ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチドを有する、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を提供する。ＳＲＥＢＦ１阻害剤は、本明細書に記載されるＳＲＥＢＦ１阻害剤のうちのいずれかであり得る。
上記または下記で引用されるすべての特許文献、ウェブサイト、他の刊行物、受託番号等は、参照により組み込まれるように、各個々の項目が具体的かつ個別に示されるのと同様の範囲で、すべての目的のために、参照によりその全体が組み込まれる。異なるバージョンの配列が、異なるときの受託番号に関連付けられている場合、本出願の有効な出願日の受託番号に関連付けられたバージョンが意味される。有効な出願日とは、該当する場合、受託番号を参照する優先出願の実際の出願日または出願日のいずれか早い日を意味する。同様に、刊行物、ウェブサイトなどの異なるバージョンが異なるときに公開されている場合、特に指示がない限り、出願の有効な出願日に公開されたごく最近のバージョンを意味する。本開示の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様は、別途具体的に示されない限り、任意の他の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。明確さ及び理解のために、本開示は例証及び例としてある程度詳細に説明されてきたが、添付の特許請求の範囲内で特定の変更及び修正を実施できることは明らかであろう。
以下の実施例は、実施形態をより詳細に説明するために提供される。これらは、特許請求される実施形態を例示することを意図するものであり、限定するものではない。以下の実施例は、本明細書に記載される化合物、組成物、物品、デバイス、及び／または方法がどのように作製され、評価されるかについての開示及び記載を当業者に提供し、純粋に例示的であることが意図され、任意の特許請求の範囲を限定することを意図されていない。数字（例えば、量、温度等）に対する正確性を確保する努力は行ったが、ある程度の誤差及び偏差がある場合がある。別様に示されない限り、部は重量部であり、温度は℃であるか、または周囲温度であり、圧力は大気圧またはほぼ大気圧である。
実施例１：ＳＲＥＢＦ１（ＳＲＥＢＰ）におけるミスセンスバリアントは、Ｏｌｄ Ｏｒｄｅｒ ＡｍｉｓｈにおけるＬＤＬ－Ｃ及び総コレステロールの減少と有意に関連している
Ｏｌｄ Ｏｒｄｅｒ Ａｍｉｓｈコホートから得たｐＬｏＦ多型及びミスセンスバリアントを分析した。結果（表１及び図１を参照）によれば、ＳＲＥＢＦ１バリアントは、ＬＤＬ－Ｃ及び総コレステロールの減少と有意に関連している。このバリアントは、Ｏｌｄ Ｏｒｄｅｒ Ａｍｉｓｈに０．０３２の対立遺伝子頻度で存在し、ｇｎｏｍＡＤと比較して約２９００倍ドリフトしている。
Figure 2022525545000002
実施例２：ＳＲＥＢＦ１バリアントはＬＤＬＲプロモーター活性を調節する
ＰＬＤＬＲ－ｌｕｃレポーター（Ｇ１０８５５）を含有するプラスミドの一過性トランスフェクションを、核形態または全長形態のＳＲＥＢＦ１ ＷＴまたはＭｕｔ ＳＲＥＢＦ１（Ｒ３３４Ｃ）バリアントをそれぞれ０．４μｇ、及び対照ｐＳＭＰＵＷプラスミドを用いて、ＨＥＫ２９３細胞中、一定及び滴定投薬量で実施した。４８時間後に、ルシフェラーゼアッセイ及び抗ｆｌａｇウェスタンブロットタンパク質分析のために細胞を回収した。ルシフェラーゼ活性は、ＬＤＬＲプロモーター活性の代理物として測定し、抗ｆｌａｇ抗体を用いてウェスタンブロット（図２）を実行して、ｆｌａｇタグ付きＳＲＥＢＰタンパク質発現を測定し、タンパク質バンドは、ＩｍａｇｅＬａｂソフトウェアを使用して定量化した（図３）。
結果は、ＳＲＥＢＦ１（Ｒ３３４Ｃ）の完全長ならびに切断核及び完全長バリアントが、ルシフェラーゼ及びＩｍａｇｅＬａｂの結果（図４）によって示されるように、ＬＤＬＲプロモーターレポーターに対して野生型よりもＬＤＬＲプロモータートランス活性化レポーター活性が低いことを示しており、ＳＲＥＢＰバリアントがＬＤＬＲ及び他の標的遺伝子に対する調節活性が低くてもよいことを示している。Ｒ３３４Ｃバリエーションは、標的遺伝子のプロモーターＤＮＡに結合するＳＲＥＢＰのＨＬＨドメインにある。
本明細書に記載されるものに加えて、記載される主題の様々な修正が、当業者には前述の説明から明らかであろう。そのような修正はまた、添付の特許請求の範囲内であることが意図される。本出願で引用される各参照（雑誌論文、米国及び非米国特許、特許出願公開、国際特許出願公開、遺伝子バンク受託番号等を含むが、これらに限定されない）は、その全体が、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (25)

  1. 総コレステロールが増加した対象を治療する方法であって、前記対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、前記方法。
  2. 低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）が増加した対象を治療する方法であって、前記対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与することを含む、前記方法。
  3. 前記ＳＲＥＢＦ１阻害剤が、ＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡにハイブリダイゼーションするアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記ＳＲＥＢＦ１阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイゼーションするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とを含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
  5. 前記対象からの生体試料中のヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子の存在または非存在を検出することを更に含み、前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体であり、前記対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、前記対象には、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤も標準投薬量で投与され、前記対象が前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である場合、前記対象には、上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤も前記標準投薬量と同じかもしくはそれよりも少ない投薬量で投与される、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、前記対象が、上昇した脂質レベルを経験しており、前記方法が、
    前記対象がヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を有するかどうかを、
    前記対象から生体試料を得るか、または得ていることと、
    前記生体試料上で遺伝子型分類アッセイを実施するか、または実施していることにより、前記対象が前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定することと、によって判定するステップと、
    前記対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、前記対象に、前記上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する前記治療剤を標準投薬量で投与するか、または投与を継続し、前記対象に、ＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、
    前記対象が前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性である場合、前記上昇した脂質レベルを治療もしくは阻害する前記治療剤を標準投薬量と同じかもしくはそれよりも少ない量で前記対象に投与するか、または投与を継続し、前記対象にＳＲＥＢＦ１阻害剤を投与するステップと、を含み、
    前記ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードする前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在が、前記対象の、前記上昇した脂質レベルを発症するリスクが低減していることを示し、
    前記上昇した脂質レベルが、上昇した血清脂質レベル、増加した総コレステロール、または増加したＬＤＬであり、
    前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体である、前記方法。
  7. 上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加したヒト対象を特定する方法であって、前記方法が、前記対象から得られた生体試料中のヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子の存在または非存在を判定するかまたは判定していることを含み、前記ヒト対象がＳＲＥＢＦ１参照である場合、前記ヒト対象の、前記上昇した脂質レベルを発症するリスクが増加しており、前記ヒト対象が前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してヘテロ接合性であるか、または前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子に対してホモ接合性である場合、前記ヒト対象の、前記上昇した脂質レベルを発症するリスクが減少しており、前記ＳＲＥＢＦ１バリアント核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）前記試料中のｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、前記ｃＤＮＡ分子が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列、もしくはその相補体を有する、ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体である、前記方法。
  8. ヒト対象におけるヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）バリアント核酸分子を検出する方法であって、前記ヒト対象から得られた試料をアッセイして、前記試料中の核酸分子が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを判定することを含む、前記方法。
  9. 前記アッセイが、前記核酸分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にあるチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にあるウラシル、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にあるウラシル、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にあるウラシル、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にあるチミン、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にあるチミン、もしくはその相補体、及び／またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にあるチミン、もしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、請求項８に記載の方法。
  10. 前記アッセイが、
    ａ）ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置に近接するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイゼーションするプライマーと、前記試料を接触させることと、
    ｂ）少なくともｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応するＳＲＥＢＦ１ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応するＳＲＥＢＦ１ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して、前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、またはｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを判定することと、を含む、請求項８に記載の方法。
  11. 少なくとも約１５ヌクレオチドを含む単離された改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーであって、前記改変特異的プローブまたは前記改変特異的プライマーが、ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記一部分が、ｉ）配列番号２に記載の１７，９２２位、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号６に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、ｉｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、ｉｖ）配列番号８に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、ｖ）配列番号１２に記載の１，１８５位、もしくはその相補体、ｖｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位、もしくはその相補体、ｖｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位、もしくはその相補体、に対応する位置を含む、前記改変特異的プローブまたは改変特異的プライマー。
  12. ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子であって、前記ポリペプチドが、ｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステイン、もしくはその相補体を含む、前記単離核酸分子。
  13. 前記ポリペプチドが、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０を含む、請求項１２に記載の核酸分子、またはその相補体。
  14. ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミン、またはその相補体を含む、前記単離核酸分子。
  15. 前記核酸分子が配列番号２を含む、請求項１４に記載の単離核酸分子またはその相補体。
  16. ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離ｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、ｉ）配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシル、もしくはその相補体を含む、前記単離ｍＲＮＡ分子。
  17. 前記核酸分子が、配列番号６、配列番号７または配列番号８を含む、請求項１６に記載の単離ｍＲＮＡ分子またはその相補体。
  18. ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、ｉ）配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、ｉｉ）配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体、またはｉｉｉ）配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミン、もしくはその相補体を含む、前記ｃＤＮＡ分子。
  19. 前記核酸分子が、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４を含む、請求項１８に記載のｃＤＮＡ分子またはその相補体。
  20. 単離されたヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドであって、ｉ）配列番号１８と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含む、ｉｉ）配列番号１９と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含む、またはｉｉｉ）配列番号２０と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有し、配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含む、前記単離されたヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチド。
  21. 前記ポリペプチドが、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０を含む、請求項２０に記載のポリペプチド。
  22. ｉ）ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、前記ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、を有する、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための、上昇した脂質レベルを治療または阻害する治療剤。
  23. ｉ）ヒトステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にチミンを含む、前記ゲノム核酸分子、もしくはその相補体、ｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｉｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号８に記載の１，０５６位に対応する位置にウラシルを含む、前記ｍＲＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉ）ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にチミンを含む、前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補体、ｖｉｉｉ）配列番号１８に記載の３３４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、ｉｘ）配列番号１９に記載の３６４位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、及び／またはｘ）配列番号２０に記載の３１０位に対応する位置にシステインを含むＳＲＥＢＦ１ポリペプチド、を有する、ヒト対象における上昇した脂質レベルの治療に使用するための、ステロール調節エレメント結合転写因子１（ＳＲＥＢＦ１）阻害剤。
  24. 改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブを含む分子複合体であって、前記改変特異的プライマーまたは前記改変特異的プローブが、
    ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子であって、前記改変特異的プライマーまたは前記改変特異的プローブが、配列番号２に記載の１７，９２２位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされている、前記ゲノム核酸分子、
    ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子であって、前記改変特異的プライマーまたは前記改変特異的プローブが、配列番号６に記載の１，１８５位に対応する位置にあるウラシルもしくはその相補体、配列番号７に記載の１，２６０位に対応する位置にあるウラシルもしくはその相補体、または配列番号８に記載の１，０５６位にあるウラシルもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされている、前記ｍＲＮＡ分子、あるいは
    ヒトＳＲＥＢＦ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であって、前記改変特異的プライマーまたは前記改変特異的プローブが、配列番号１２に記載の１，１８５位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体、配列番号１３に記載の１，２６０位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体、または配列番号１４に記載の１，０５６位に対応する位置にあるチミンもしくはその相補体にハイブリダイゼーションされている、前記ｃＤＮＡ分子にハイブリダイゼーションされている、前記分子複合体。
  25. 非ヒトポリメラーゼを更に含む、請求項２４に記載の分子複合体。
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