JP2024526290A

JP2024526290A - 溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ｓｌｃ２７ａ３）阻害剤による喘息の治療方法

Info

Publication number: JP2024526290A
Application number: JP2024500089A
Authority: JP
Inventors: アレンレベズフェレイラ、マヌエル; バックマン、ジョシュア; リー、アレクサンダー; アベカシス、ゴンサロ; ホロウィッツ、ジュリー; シミノビッチ、キャサリン; バラス、アリス
Original assignee: Regeneron Pharmaceuticals Inc
Current assignee: Regeneron Pharmaceuticals Inc
Priority date: 2021-07-02
Filing date: 2022-06-30
Publication date: 2024-07-17

Abstract

本開示は、喘息を有するか、または喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法、及び喘息を発症する高いリスクを有する対象を特定する方法を提供する。

Description

配列表の参照
本出願は、２０２２年６月２５日に作成された１８９２３８０７７０２ＳＥＱという名称で１３７キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子提出された配列表を含む。この配列表は参照によって本明細書に組み込まれる。

本開示は一般に、溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤による、喘息を有するか、または喘息を発症するリスクのある対象の治療、及び喘息を発症するリスクが高い対象を特定する方法に関する。

喘息は、世界中で数百万人が罹患している慢性的な肺疾患である。米国では２０１８年におよそ２５００万人が喘息を患っており、そのうち約５５０万人が小児であった。世界全体では、推定３億３，９００万人が喘息を患っている。気管支過敏症を含む気道炎症と気道リモデリングは、表現型異質性の慢性呼吸器疾患である喘息の主な特徴である。多くの証拠が、異常な気管支上皮細胞及び免疫細胞活性が典型的喘息において役割を果たすことを示している。

喘息及び他の炎症性肺疾患を治療するための現在のアプローチは、持続的な疾患の制御を達成及び維持するための長期管理薬と、急性症状及び増悪を治療するための発作治療薬（ｑｕｉｃｋ－ｒｅｌｉｅｆｍｅｄｉｃａｔｉｏｎ）という２つの一般的な分類に分けられ、これらのほとんどは経口またはエアロゾル送達を通じた標的細胞による受動的な薬物取り込みを必要とする。多くの患者に有効である一方で、現在のアプローチに抵抗性の患者も増加しており、疾患を制御するためのより改善された治療戦略が求められている。重度の喘息患者の気道に高周波エネルギーを加える気管支サーモプラスティという最近のアプローチもまた臨床的に使用されているが、標的部位での炎症が誘発され、痙攣及び重度の喘息増悪を伴う。

溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）は、内在性膜タンパク質の遺伝子ファミリーの１つで、脂質代謝に関与するタンパク質をコードしている。このタンパク質は、長鎖及び超長鎖脂肪酸に対するアシル－ＣｏＡリガーゼ活性を有する。人工多能性幹細胞由来のヒト神経幹細胞においてこの遺伝子の発現が増加していることから、これは脳の初期発生に重要な役割を果たしていることが示唆されている。この遺伝子の自然発生的変異は自閉症スペクトラム障害と関連している。

本開示は、喘息を有するか、または喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法を提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、アレルギー性喘息を有するか、またはアレルギー性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、非アレルギー性喘息を有するか、または非アレルギー性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、運動誘発気管支収縮を有するか、または運動誘発気管支収縮を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、喘息－慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）オーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）を有するか、またはＡＣＯＳを発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、好酸球性喘息を有するか、または好酸球性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、小児喘息を有するか、または小児喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、職業性喘息を有するか、または職業性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

本開示はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤で対象を治療する方法も提供し、その際、該対象は喘息を有する、または喘息を発症するリスクがあり、該方法は、該対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを、対象から生体試料を得ることまたは得たことと；対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生体試料で配列分析を実施することまたは実施したこととによって決定する工程と；ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３基準である対象に、喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量で投与するもしくは投与し続ける、及び／または該対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与する工程；ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象に、喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与するもしくは投与し続ける、及び／または該対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与する工程；またはｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である対象に、喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与するもしくは投与し続ける工程を含み；その際、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は該対象が喘息を発症するリスクが低いことを示す。

本開示はまた喘息を発症するリスクが高い対象を特定する方法を提供し、該方法は、対象から得られる生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の存在または非存在を決定することまたは決定したことを含み；その際、該対象がＳＬＣ２７Ａ３基準である場合、該対象は喘息を発症するリスクが高く；該対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型であるまたはホモ接合型である場合、該対象は喘息を発症するリスクが低い。

本開示はまた、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、またはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子を有する対象にて喘息の治療または予防に使用するための喘息を治療するまたは予防する治療剤も提供する。

本開示はまた、ａ）ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、もしくはＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子について基準であるか、またはｂ）ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、もしくはｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子についてヘテロ接合型である対象にて喘息の治療または予防に使用するためのＳＬＣ２７Ａ３阻害剤も提供する。

本開示の態様に関する種々の用語が本明細書及びクレームの全体を通して使用されている。特に指示されない限り、そのような用語には当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。具体的に定義されている他の用語は、本明細書に示されている定義と一致する形で解釈されるものとする。

別段に明示的な定めのない限り、本明細書に示されているいずれの方法または態様も、その工程を特定の順序で行う必要があるものとして解釈するようには決して意図されていない。したがって、方法クレームが、工程を特定の順序に限定すべきことをクレームまたは説明にて具体的に定めていない場合には、いかなる点においても、順序を定めるようには決して意図されていない。このことは、工程もしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。

本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という単数形には、複数の参照対象が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「約」という用語は、引用された数値が概算であり、小さな変動が開示された実施形態の実践に有意に影響を及ぼさないことを意味する。数値が使用される場合、文脈によって別段の指示がない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示された実施形態の範囲内に留まることができることを意味する。

本明細書で使用されるとき、「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ（成る）」または「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙｏｆ（から本質的に成る）」と置き換えてもよい。

本明細書で使用されるとき、核酸分子またはポリペプチドに関して、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドが、例えば、血液及び／または動物組織から離れて、その本来の環境以外の状態にあることを意味する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド、特に動物起源の他の核酸分子またはポリペプチドを実質的に含まない。いくつかの実施形態では、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態、すなわち、９５％を超えて純粋または９９％を超えて純粋であることができる。この文脈で使用される場合、「単離された」という用語は、二量体または代わりにリン酸化もしくは誘導体化された形態のような代わりの物理的形態における同じ核酸分子またはポリペプチドの存在を排除しない。

本明細書で使用するとき、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、且つ一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の一方の鎖はその相補体も指す。

本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、哺乳動物を含む任意の動物を含む。哺乳動物には、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ）、ペット動物（例えば、イヌ、ネコ）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ）、及び非ヒト霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、ヒトは、医師のケア下にある患者である。

本開示に従って、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子（これらの変異が特定の対象においてホモ接合型であるかヘテロ接合型であるかにかかわらず）は、喘息を発症する低下したリスクと関連することが観察されている。ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、喘息と関連しないと考えられている。さらに、本開示による追加の変異体と遺伝子負荷マスクとの関連性の特定は、ＳＬＣ２７Ａ３自体が（別の遺伝子の変異体との連鎖不平衡ではなく）喘息における保護効果の原因であることを示す。

したがって、ＳＬＣ２７Ａ３基準またはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象は、喘息が抑制もしくは予防される、その症状が軽減もしくは予防される、及び／または症状の発症が抑制もしくは予防されるように、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤で治療され得る。また、喘息を有するこのような対象は、喘息を治療するまたは予防する治療剤でさらに治療され得ると考えられている。

本開示の目的のために、任意の特定の対象、例えばヒトは、３つのＳＬＣ２７Ａ３遺伝子型：ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３基準；ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型；またはｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型のうちの１つを有するものとして分類することができる。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子のコピーを有さない場合、対象はＳＬＣ２７Ａ３基準である。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の単一コピーを有する場合、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である。ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有する変異体ＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドをコードする任意の核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。部分的な機能喪失（または予測される部分的な機能喪失）を有するＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドを有する対象は、ＳＬＣ２７Ａ３について低形質性である。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の２つのコピー（同じまたは異なる）を有する場合、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である。

ＳＬＣ２７Ａ３基準であると遺伝子型決定されている、または決定されている対象については、そのような対象は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息のような喘息を発症するリスクが高い。ＳＬＣ２７Ａ３基準であるまたはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型であると遺伝子型決定されている、または決定されている対象については、そのような対象はＳＬＣ２７Ａ３阻害剤で治療することができる。

本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することによって喘息が予防される対象は、アレルギー、呼吸器感染症、喘息に対する遺伝的素因を有する対象、または肥満の対象を含むが、これらに限定されない、喘息を発症するリスクを有する任意の者であり得る。いくつかの実施形態では、任意の対象は喘息を発症するリスクがあり得る。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤の投与は、すでに喘息を患っていた対象におけるさらなる喘息の発症を予防するために実施され得る。

本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＳＬＣ２７Ａ３変異体ポリペプチドをコードする任意の核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）であることができる。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、基準ＳＬＣ２７Ａ３と比較してＳＬＣ２７Ａ３リガンドに対する試験管内反応の低下と関連する。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、ヒト基準ゲノム配列と比較してＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドの早期切断をもたらすか、またはもたらすと予測されるＳＬＣ２７Ａ３変異体である。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、Ｐｏｌｙｐｈｅｎ、ＳＩＦＴ、または類似のアルゴリズムなどの試験管内予測アルゴリズムによって損傷を与えると予測される変異体である。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、ＳＬＣ２７Ａ３において非同義アミノ酸置換を引き起こすか、または引き起こすと予測される変異体であり、その対立遺伝子頻度は、対象が選択される集団において１／１００対立遺伝子未満である。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、任意の希少変異体（対立遺伝子頻度０．１％未満；または１，０００個に１個の対立遺伝子）、または任意のスプライスサイト、ストップゲイン、スタートロス、ストップロス、フレームシフト、もしくはインフレームインデル、または他のフレームシフトＳＬＣ２７Ａ３変異体である。

本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドは、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有する任意のＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドであることができる。

本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子は、ＳＬＣ２７Ａ３基準ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号１；ＥＮＳＧ０００００１４３５５４．１４、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリのｃｈｒ１：１５３，７７４，３５４－１５３，７８０，１５７に位置する）を基準配列として使用して１番染色体の位置に変異を含み得る。

ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の任意の１つ以上（すなわち、任意の組み合わせ）を、本明細書に記載されている方法のいずれか内で使用して、対象が喘息を発症する高いリスクを有するかどうかを決定することができる。特定の変異体の組み合わせは、ＳＬＣ２７Ａ３と、喘息を発症するリスクの低下との特定の相関を統計的に分析するために使用されるマスクを形成することができる。

本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、喘息は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はアレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は非アレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は運動誘発気管支収縮である。いくつかの実施形態では、喘息はＡＣＯＳである。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は小児喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は職業性喘息である。

アレルギー性喘息の症状には、息切れ、胸部圧迫感、咳（特に夜間）、及び喘鳴が挙げられるが、これらに限定されない。
非アレルギー性喘息の症状には、息切れ、胸部圧迫感、咳（特に夜間）、及び喘鳴が挙げられるが、これらに限定されない。

運動誘発気管支収縮の症状には、息切れ、胸部圧迫感、咳が挙げられるが、これらに限定されない。
ＡＣＯＳの症状には、呼吸困難、粘液過多（通常より多い）、疲労感、頻繁な咳、頻繁な息切れ、及び喘鳴が挙げられるが、これらに限定されない。

好酸球性喘息の症状には、息切れ、胸部圧迫感、咳（特に夜間）、喘鳴、慢性鼻及び副鼻腔炎、ならびに鼻茸が挙げられるが、これらに限定されない。
小児喘息の症状には、睡眠中の咳、気管支炎または肺炎の繰り返し、笑ったり泣いたり遊んだりした結果としての咳または喘鳴、及び大きな呼吸音または速い呼吸が挙げられるが、これらに限定されない。

職業性喘息の症状には、喘鳴、息切れ、鼻水、鼻づまり、目の炎症、及び胸部圧迫感が挙げられるが、これらに限定されず、これらは職場での刺激物（複数可）への曝露中に悪化する可能性がある。

本開示はまた、ＡＣＯＳを有するか、またはＡＣＯＳを発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、好酸球性喘息を有するか、または好酸球性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法も提供し、該方法は対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。

いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は、阻害性核酸分子を含む。阻害性核酸分子の例には、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。そのような阻害性核酸分子は、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子の任意の領域を標的とするように設計することができる。いくつかの実施形態では、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡは、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子の範囲内の配列とハイブリダイズし、対象の細胞にてＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドの発現を低下させる。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリダイズし、対象の細胞にてＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドの発現を低下させるアンチセンス分子を含む。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリダイズし、対象の細胞にてＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドの発現を低下させるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリダイズし、対象の細胞にてＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドの発現を低下させるｓｈＲＮＡを含む。

阻害性核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡの双方を含むことができる。阻害性核酸分子を、例えばベクターにおける異種核酸配列、または異種標識に連結させる、または融合させることもできる。例えば、阻害性核酸分子は、阻害性核酸分子と異種核酸配列とを含むベクター内に、またはそれらを含む外来性ドナー配列として存在してもよい。阻害性核酸分子を異種標識に連結させる、または融合させることもできる。標識は、直接検出可能（例えば、蛍光色素分子）であることができる、または間接的に検出可能（例えば、ハプテン、酵素、または蛍光色素分子消光剤）であることができる。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検出可能であることができる。そのような標識には、例えば、放射性標識、顔料、染料、色原体、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識はまた、例えば、化学発光物質；金属含有物質；または酵素であることもでき、その際、シグナルの酵素依存性の二次生成が発生する。「標識」という用語はまた、結合分子が、続いて基質とともに添加されると、検出可能なシグナルを生成するために使用されるように結合分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指すこともできる。例えば、ビオチンは、タグに結合するための西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジン結合体またはストレプトアビジン結合体と一緒にタグとして使用し、比色測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））または蛍光発生基質を使用して調べてＨＲＰの存在を検出することができる。精製を促進するためのタグとして使用することができる例示的な標識には、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧまたは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓまたはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識には、例えば、粒子、蛍光色素分子、ハプテン、酵素ならびにそれらの比色性、蛍光性及び化学発光性の基質、ならびに他の標識が挙げられる。

阻害性核酸分子は、例えば、ヌクレオチド、または、例えば、ヌクレオチド類似体もしくはヌクレオチド置換体のような非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチドを含むことができる。そのようなヌクレオチドには、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造内に非天然部分を組み込んでいるヌクレオチドが含まれる。非天然ヌクレオチドの例には、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及び蛍光色素分子標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。

阻害性核酸分子は、１以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖、またはリン酸の部分のいずれかに対する修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分に対する修飾には、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、ならびに、例えばシュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イルのようなさまざまなプリン塩基またはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾された塩基には、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換のアデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモ）、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換のウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられるが、これらに限定されない。

ヌクレオチド類似体は糖部分の修飾を含むこともできる。糖部分に対する修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然修飾、ならびに合成修飾が挙げられるが、これらに限定されない。糖修飾には、２’位における次の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、またはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、またはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－またはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルが挙げられるが、これらに限定されず、その際、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは置換または非置換のＣ_１～１０アルキルまたはＣ_２～１０アルケニル、及びＣ_２～１０アルキニルであってもよい。例示的な２’糖修飾には、－Ｏ［（ＣＨ_２）_ｎＯ］_ｍＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＮＨ_２、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎ－ＯＮＨ_２、及び－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＮ［（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３）］_２（式中、ｎ及びｍは独立して１～約１０である）も挙げられるが、これらに限定されない。２’位における他の修飾には、Ｃ_１～１０アルキル、置換された低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリルまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ_３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ_３、ＯＣＦ_３、ＳＯＣＨ_３、ＳＯ_２ＣＨ_３、ＯＮＯ_２、ＮＯ_２、Ｎ_３、ＮＨ_２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善するための基、及び同様の特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。同様の修飾を、糖における他の位置で、特に３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’結合オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチドの５’位で行ってもよい。修飾された糖は、ＣＨ_２及びＳのような架橋環酸素での修飾を含有するものも含むことができる。ヌクレオチド糖類似体はペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分のような糖模放体を有することもできる。

ヌクレオチド類似体はリン酸部分にて修飾することもできる。修飾されたリン酸部分には、２つのヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルホスホネートならびに３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含む他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート及びアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートを含有するように修飾することができるものが挙げられるが、これらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこうしたリン酸結合または修飾リン酸結合は、３’－５’結合または２’－５’結合を介することができ、結合は３’－５’から５’－３’または２’－５’から５’－２’のような逆極性を含有することができる。種々の塩、混合塩、及び遊離酸の形態も含まれる。ヌクレオチド置換体にはペプチド核酸（ＰＮＡ）も含まれる。

いくつかの実施形態では、アンチセンス核酸分子はギャップマーであり、それによって５’末端及び３’末端の最初の１～７ヌクレオチドは、それぞれ２’－メトキシエチル（２’－ＭＯＥ）修飾を有する。いくつかの実施形態では、５’末端及び３’末端の最初の５ヌクレオチドは、それぞれ２’－ＭＯＥ修飾を有する。いくつかの実施形態では、５’末端及び３’末端の最初の１～７ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、５’末端及び３’末端の最初の５ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間の骨格結合のそれぞれは、ホスホロチオエート結合である。

いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子は末端修飾を有する。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖の５’末端はリン酸化される。いくつかの実施形態では、加水分解することができない５’－リン酸類似体、例えば５’－（Ｅ）－ビニル－ホスホネートが使用される。

いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子は骨格修飾を有する。いくつかの実施形態では、連続するリボースヌクレオシドを連結する修飾ホスホジエステル基は、ｓｉＲＮＡの安定性及び生体内での生物学的利用能を高めることが示されている。ホスホジエステル結合の非エステル基（－ＯＨ、＝Ｏ）を硫黄、ホウ素、またはアセテートと置き換えて、ホスホロチオエート、ボラノホスフェート、及びホスホノアセテート結合を得ることができる。加えて、ホスホジエステル基をホスホトリエステルで置換することにより、その負電荷を除去することによって、ｓｉＲＮＡの細胞取り込み及び血清成分での保持を容易にすることができる。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子は糖修飾を有する。いくつかの実施形態では、糖は脱プロトン化され（エキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレアーゼによって触媒される反応）、それによって２’－ヒドロキシルが求核剤として作用し、ホスホジエステル結合の隣接するリンを攻撃することができる。かかる代替物には、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル、及び２’－フルオロ修飾が挙げられる。

いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子は塩基修飾を有する。いくつかの実施形態では、塩基は、シュードウリジン、５’－メチルシチジン、Ｎ６－メチルアデノシン、イノシン、及びＮ７－メチルグアノシンなどの修飾塩基で置換され得る。

いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子は脂質に結合される。脂質はｓｉＲＮＡの５’末端または３’末端に結合することができ、それらを血清リポタンパク質と会合させることにより、生体内での生物学的利用能を向上させることができる。代表的な脂質には、コレステロール及びビタミンＥ、ならびに脂肪酸、例えば、パルミチン酸、及びトコフェロールが挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態では、代表的なｓｉＲＮＡは以下の式：
センス：ｍＮ^＊ｍＮ^＊／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／^＊ｍＮ^＊／３２ＦＮ／
アンチセンス：／５２ＦＮ／^＊／ｉ２ＦＮ／^＊ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ^＊Ｎ^＊Ｎ
を有し、式中「Ｎ」は塩基であり；「２Ｆ」は２’－Ｆ修飾であり；「ｍ」は２’－Ｏ－メチル修飾であり；「Ｉ」は内部塩基であり；「^＊」はホスホロチオエート骨格結合である。

本開示は、阻害性核酸分子のいずれか１以上を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態では、ベクターは、阻害性核酸分子のいずれか１以上、及び異種核酸を含む。ベクターは、核酸分子を輸送することが可能なウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡなど）である。いくつかの実施形態では、ベクターは、追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノムにライゲーションされ得る、ウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス、例えば、カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン・バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、ならびに当該技術分野で既知の他の発現ベクターが挙げられるが、これらに限定されない。

本開示は、阻害性核酸分子のいずれか１以上を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態では、組成物は医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は担体及び／または賦形剤を含む。担体の例には、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）ミクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－ｃｏ－グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ミクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート、及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限定されない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳなどのような緩衝化塩溶液を含んでもよい。

いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内の認識配列（複数可）または認識配列に結合するＤＮＡ結合タンパク質にて１以上のニックまたは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤を含む。認識配列は、ＳＬＣ２７Ａ３遺伝子のコード領域内、または遺伝子の発現に影響を及ぼす調節領域内に配置することができる。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意の非タンパク質コード領域に配置することができる。認識配列はＳＬＣ２７Ａ３遺伝子の開始コドンを含む、またはそれに近接させることができる。例えば、認識配列は、開始コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドに配置することができる。別の例として、それぞれが開始コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする２以上のヌクレアーゼ剤を使用することができる。別の例として、１つが開始コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とし、もう１つが終止コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする２つのヌクレアーゼ剤を使用することができ、これらのヌクレアーゼ剤による切断は２つのヌクレアーゼ認識配列間のコード領域の欠失を生じることができる。所望の認識配列にニックまたは二本鎖切断を誘導する任意のヌクレアーゼ剤を本明細書で開示されている方法及び組成物において使用することができる。所望の認識配列に結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質を本明細書で開示されている方法及び組成物において使用することができる。

本明細書で使用するのに好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質には、ジンクフィンガータンパク質またはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）対、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質または転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化された規則的に散在する短いパリンドローム反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）システムが挙げられるが、これらに限定されない。認識配列の長さは異なることができるが、例えば、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＮ対については約３０～３６ｂｐ、各ＺＦＮについては約１５～１８ｂｐ、ＴＡＬＥタンパク質またはＴＡＬＥＮについては約３６ｂｐ、及びＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについては約２０ｂｐである認識配列が挙げられる。

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを用いて、細胞内のＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子を修飾することができる。本明細書で開示されている方法及び組成物は、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子の部位特異的切断のためにＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化したガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することによってＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を採用することができる。

Ｃａｓタンパク質は一般に、ｇＲＮＡと相互作用することができる少なくとも１つのＲＮＡ認識ドメインまたはＲＮＡ結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質はまた、ヌクレアーゼドメイン（例えば、ＤＮａｓｅまたはＲＮａｓｅドメイン）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインも含むことができる。好適なＣａｓタンパク質には、例えば、野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えば、ＦｎＣｐｆ１）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子にて二本鎖切断を作り出すための完全な切断活性を有することができ、または、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子にて一本鎖切断を作り出すニッカーゼであることができる。Ｃａｓタンパク質の追加の例として、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１またはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにその相同体または改変体が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓタンパク質を、融合タンパク質として異種ポリペプチドに操作可能に連結することもできる。例えば、Ｃａｓタンパク質を、切断ドメイン、エピジェネティック修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写抑制因子ドメインに融合させることができる。Ｃａｓタンパク質は任意の形態で提供することができる。例えば、Ｃａｓタンパク質を、タンパク質、例えば、ｇＲＮＡと複合体化したＣａｓタンパク質の形態で提供することができる。あるいは、Ｃａｓタンパク質を、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸分子、例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡの形態で提供することができる。

いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質と、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内の１以上のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズする１以上のｇＲＮＡとに細胞を接触させることによってＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子の標的とされた遺伝子組み換えを生成することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は配列番号１の領域内に位置することができる。ｇＲＮＡ認識配列は、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子の開始コドンまたはＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子の終止コドンを含む、またはそれらに近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は開始コドンまたは終止コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置することができる。

ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内のｇＲＮＡ認識配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼが標的とするＤＮＡ配列の直後にある２～６塩基対のＤＮＡ配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列の近くに位置する。標準的なＰＡＭは、配列５’－ＮＧＧ－３’であり、その際、「Ｎ」は任意の核酸塩基であり、その後に２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が続く。ｇＲＮＡは遺伝子編集のためにＣａｓ９をゲノム内のどこにでも輸送することができるが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外の部位では編集を行うことはできない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’はヒト細胞にとって高度に効率的な非標準的なＰＡＭであることができる。一般に、ＰＡＭはｇＲＮＡの標的となるＤＮＡ配列の下流の約２～６ヌクレオチドである。ＰＡＭはｇＲＮＡ認識配列に隣接することができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列にＰＡＭを３’末端で隣接させることができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列にＰＡＭを５’末端で隣接させることができる。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位はＰＡＭ配列の上流または下流における約１～約１０、約２～約５塩基対または３塩基対であることができる。いくつかの実施形態（例えば、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ由来のＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９を使用する場合）では、非相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＮＧＧ－３’であることができ、その際、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直近の３’側である。したがって、相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＣＣＮ－３’であり、式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直近の５’側である。

ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、Ｃａｓタンパク質をＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内の特定の位置に標的指向化するＲＮＡ分子である。例示的なｇＲＮＡはＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子に結合するまたはそれを切断するようにＣａｓ酵素を誘導するのに有効なｇＲＮＡであり、その際、ｇＲＮＡはＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例示的なｇＲＮＡは、開始コドンまたは終止コドンを含むまたはそれに近接するＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内に存在するｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、開始コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置するｇＲＮＡ認識配列と、または終止コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置するｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするように選択することができる。好適なｇＲＮＡは約１７～約２５ヌクレオチド、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは２０ヌクレオチドを含むことができる。

ヒトＳＬＣ２７Ａ３基準遺伝子内に位置する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号３９～５８として表１に記述されている。

Ｃａｓタンパク質とｇＲＮＡは複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は標的ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合する標的ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子に存在する核酸配列の内部または外部の部位で核酸分子を切断することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体（ｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズし、Ｃａｓタンパク質と複合体を形成するｇＲＮＡを含む）の形成は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子に存在する核酸配列内またはその近傍（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、または５０以内、またはそれ以上の塩基対以内）において一方または双方の鎖の切断を生じることができる。

そのような方法は、例えば、配列番号１のある領域が破壊される、開始コドンが破壊される、終止コドンが破壊される、またはコード配列が破壊されるもしくは欠失するＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子を生じることができる。任意で、細胞を、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子の標的ゲノム遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズする１以上の追加のｇＲＮＡとさらに接触させることができる。細胞を１以上の追加のｇＲＮＡ（例えば、第２のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズする第２のｇＲＮＡ）と接触させることによって、Ｃａｓタンパク質による切断は２以上の二本鎖切断または２以上の一本鎖切断を作り出すことができる。

いくつかの実施形態では、治療及び／または予防方法はさらに、対象の生体試料におけるＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の存在または非存在を検出することを含む。本開示全体を通して使用されるとき、「ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子」は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドをコードする任意のＳＬＣ２７Ａ３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。

本開示はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤で対象を治療する方法も提供し、その際、該対象は喘息を有する、または喘息を発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、方法は、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを、対象から生体試料を得ることまたは得たことと、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生体試料にて配列分析を実施することまたは実施したこととによって決定することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＳＬＣ２７Ａ３基準である対象に喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量で投与するもしくは投与し続ける、及び／または対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法はさらに、ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象に喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与すること、もしくは投与し続けること、及び／または対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法はさらに、ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である対象に喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与するまたは投与し続けることを含む。ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が喘息を発症するリスクは低いことを示している。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３基準である。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である。

ＳＬＣ２７Ａ３基準であるまたはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型であると遺伝子型決定されている、または決定されている対象については、そのような対象は、本明細書に記載されているように、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与することができる。

対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の存在または非存在を検出すること、及び／または対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子は対象から得られる細胞内に存在することができる。

いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３基準である場合、対象は、標準的な投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である場合、対象は、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。

いくつかの実施形態では、治療及び／または予防方法はさらに、対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在または非存在を検出することを含む。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない場合、対象は、標準的な投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤も投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、対象は、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤も投与される。

本開示はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤で対象を治療する方法も提供し、その際、該対象は喘息を有する、または喘息を発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、方法は、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを、対象から生体試料を得ることまたは得たことと、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを決定するために生体試料にてアッセイを行うことまたは行ったこととによって決定することを含む。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない場合、喘息を治療するまたは予防する治療剤が標準的な投与量で対象に投与される、もしくは投与され続ける、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が対象に投与される。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、喘息を治療するまたは予防する治療剤が、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で対象に投与される、もしくは投与され続ける、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が対象に投与される。ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在は、対象が喘息を発症するリスクは低いことを示している。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない。

対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在または非存在を検出すること、及び／または対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、ポリペプチドは対象から得られる細胞内に存在することができる。

いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は小分子である。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤は抗ＳＬＣ２７Ａ３抗体である。
喘息を治療するまたは予防する治療剤の例には、吸入ステロイド（例えば、モメタゾン、シクレソニド、フルチカゾン、ブデソニド、フルニソリド、ベクロメタゾン、及びトリアムシノロン）；配合薬（例えば、フルチカゾン（ｆｌｕｔｉｃａｓｏｍｅ）及びサルメテロール、モメタゾン及びホルモテロール、ブデソニド及びホルモテロール、ならびにフルチカゾンフロエート及びビランテロールの組み合わせ）；抗コリン性維持薬（例えば、アクリジニウム、グリコピロニウム、イプラトロピウム、チオトロピウム、及びウメクリジニウム）；ロイコトリエン調節薬（例えば、ザフィルルカスト、モンテルカスト）、及びジロイトン）；及び生物学的免疫調節薬（例えば、メポリズマブ、レスリズマブ、ベンラリズマブ、オマリズマブ、及びデュピルマブ）が挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤は吸入ステロイドである。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤は配合薬である。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤は抗コリン性維持薬である。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤はロイコトリエン調節薬である。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤は生物学的免疫調節薬である。

いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはモメタゾンである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはシクレソニドである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはフルチカゾンである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはブデソニドである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはフルニソリドである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはベクロメタゾンである。いくつかの実施形態では、吸入ステロイドはトリアムシノロンである。いくつかの実施形態では、配合薬はフルチカゾン及びサルメテロールである。いくつかの実施形態では、配合薬はモメタゾン及びホルモテロールである。いくつかの実施形態では、配合薬はブデソニド及びホルモテロールである。いくつかの実施形態では、配合薬はフルチカゾンフロエート及びビランテロールである。いくつかの実施形態では、抗コリン性維持薬はアクリジニウムである。いくつかの実施形態では、抗コリン性維持薬はグリコピロニウムである。いくつかの実施形態では、抗コリン性維持薬はイプラトロピウムである。いくつかの実施形態では、抗コリン性維持薬はチオトロピウムである。いくつかの実施形態では、抗コリン性維持薬はウメクリジニウムである。いくつかの実施形態では、ロイコトリエン調節薬はザフィルルカストである。いくつかの実施形態では、ロイコトリエン調節薬はモンテルカストである。いくつかの実施形態では、ロイコトリエン調節剤はジロイトンである。いくつかの実施形態では、生物学的免疫調節薬はメポリズマブである。いくつかの実施形態では、生物学的免疫調節薬はレスリズマブである。いくつかの実施形態では、生物学的免疫調節薬はベンラリズマブである。いくつかの実施形態では、生物学的免疫調節薬はオマリズマブである。いくつかの実施形態では、生物学的免疫調節薬はデュピルマブである）。

いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤の用量は、ＳＬＣ２７Ａ３基準である（標準的な投与量を受け入れてもよい）対象と比べてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である（すなわち、標準的な投与量よりも少ない）対象については、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％減らすことができる。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％減らすことができる。加えて、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象は、ＳＬＣ２７Ａ３基準である対象と比べてさらに少ない頻度で投与され得る。

いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤の用量は、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象と比べてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である対象については、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％減らすことができる。いくつかの実施形態では、喘息を治療するまたは予防する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％減らすことができる。加えて、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である対象における喘息を治療するまたは予防する治療剤の用量は、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象と比べてさらに少ない頻度で投与することができる。

喘息を治療するまたは予防する治療剤及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週後、２週後、３週後、１ヵ月後、５週後、６週後、７週後、８週後、２ヵ月後、または３ヵ月後に繰り返すことができる。反復投与は同じ用量または異なる用量であることができる。投与は１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上繰り返すことができる。例えば、特定の投薬計画によれば、対象は、例えば、６ヵ月、１年、またはそれ以上のような長期間にわたって治療を受けることができる。

喘息を治療するまたは予防する治療剤及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、くも膜下腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内を含むが、これらに限定されない任意の好適な経路によって発生することができる。投与用の医薬組成物は、望ましくは無菌であり、実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位剤形（すなわち、単回投与の用量）で提供することができる。医薬組成物は、１以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は選択した投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤が製剤の他の成分と適合し、そのレシピエントにとって実質的に有害ではないことを意味する。

本明細書で使用されるとき「治療する」、「治療すること」、及び「治療」ならびに「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果のような所望の生物学的応答を引き出すことを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、喘息の減少／軽減、喘息の重症度の減少／軽減（例えば、喘息の発症の減少または抑制）、症状及び喘息関連の影響の減少／軽減、症状の発症及び喘息関連の影響の遅延、喘息関連の影響の症状の重症度の軽減、症状及び喘息関連の影響の数の軽減、症状及び喘息関連の影響の潜伏期間の短縮、症状及び喘息関連の影響の改善、二次症状の軽減、二次感染の軽減、喘息の再発の防止、再発エピソードの数または頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期間の増加、持続的な進行までの時間の増加、回復の加速、または代替治療剤の有効性の増加もしくは耐性の減少、及び／または罹患した宿主動物の生存期間の増加のうちの１以上を含む。予防効果は、治療プロトコールの投与に続く喘息の発症／進行の完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延（例えば、完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延）、及び罹患した宿主動物の生存時間の増加を含んでもよい。喘息の治療には、臨床段階または臨床症状のいずれかで何らかの形態の喘息を有するとすでに診断された対象の治療、喘息の症状または徴候の発症または進展または増悪または悪化の遅延、及び／または喘息の重症度の予防及び／または軽減が包含される。

本開示はまた、喘息を発症するリスクが高い対象を特定する方法も提供する。いくつかの実施形態では、方法は、ＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子及び／またはｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を対象から得られた生体試料にて決定すること、または決定したことを含む。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を欠いている（すなわち、対象が遺伝子型決定でＳＬＣ２７Ａ３基準として分類される）場合、対象は喘息を発症する高いリスクを有する。対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有する（すなわち、対象が、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型またはホモ接合型である）場合、対象は喘息を発症する低いリスクを有する。

ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の単一のコピーを有することは、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子のコピーを有さないことよりも、喘息を発症することから対象をさらに保護する。特定の理論または作用機序に限定されることを意図するものではないが、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の単一コピー（すなわち、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型）は喘息を発症することから対象を保護すると考えられており、且つ、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の２コピー（すなわち、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型）を有することは、単一のコピーを持つ対象と比べて喘息を発症することから対象をさらに保護し得るとも考えられている。したがって、いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の単一コピーは喘息を発症することから対象を完全に保護しなくてもよいが、代わりに、部分的または不完全に保護し得る。特定の理論に束縛されることを望むわけではないが、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の単一コピーを有する対象に依然として存在する喘息の発症に関与する追加の因子または分子が存在し得、それにより喘息の発症からの完全ではない保護が生じ得る。

対象が対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを決定すること、及び／または対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子は対象から得られる細胞内に存在することができる。

いくつかの実施形態では、対象が喘息を発症する高いリスクを有すると特定されると、対象は、本明細書に記載されているように、喘息を治療するまたは予防する治療剤及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される。例えば、対象がＳＬＣ２７Ａ３基準であり、したがって喘息を発症するリスクが高い場合、対象はＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される。いくつかの実施形態では、そのような対象はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である場合、対象は、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与され、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤も投与される。いくつかの実施形態では、そのような対象はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である場合、対象は、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３基準である。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかは、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子、及び／または喘息を発症するリスクの低下に関連するＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型変異体ポリペプチドを有する対象の総負荷を決定することをさらに含み得る。総負荷は、ＳＬＣ２７Ａ３遺伝子内のすべての変異体の合計であり、これは、喘息との関連分析で実施され得る。いくつかの実施形態では、対象は、喘息を発症するリスクの低下に関連するＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の１つ以上についてホモ接合型である。いくつかの実施形態では、対象は、喘息を発症するリスクの低下に関連するＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の１つ以上についてヘテロ接合型である。関連分析の結果は、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、喘息を発症するリスクの低下に関連することを示唆する。対象がより低い総負荷を有する場合、対象は喘息を発症するリスクがより高く、対象は、喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量で、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される、または投与され続ける。対象がより高い総負荷を有する場合、対象は喘息を発症するリスクがより低く、対象は、喘息を治療するまたは予防する治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与される、または投与され続ける。総負荷が大きいほど、喘息を発症するリスクは低くなる。

総負荷分析において使用することができるＳＬＣ２７Ａ３変異体は、以下の任意の１つ以上または任意の組み合わせを含む。

いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするいずれか１つ以上のＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有する対象の総負荷は、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子のいずれかの複数の加重和を表す。いくつかの実施形態では、該総負荷は、ＳＬＣ２７Ａ３遺伝子内またはその周辺（最大１０Ｍｂ）に存在する、少なくとも約２、少なくとも約３、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約１００、少なくとも約１２０、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約１，０００、少なくとも約１０，０００、少なくとも約１００，０００、または少なくとも約１，０００，０００もしくはそれを超える遺伝子変異体を使用して計算され、ここで、遺伝子負荷は、対立遺伝子の数に、各対立遺伝子についての喘息または関連するアウトカムとの関連推定値を掛けたもの（例えば、加重多遺伝子負荷スコア）である。これには、ゲノムアノテーションに関係なく、遺伝子関連分析において喘息関連形質とゼロでない関連性を示すＳＬＣ２７Ａ３遺伝子に近接する（遺伝子の周囲に最大１０Ｍｂ）、任意の遺伝子変異体を含めることができる。いくつかの実施形態では、対象が所望の閾値スコアよりも高い総負荷を有する場合、対象は、喘息を発症する低いリスクを有する。いくつかの実施形態では、対象が所望の閾値スコアよりも低い総負荷を有する場合、対象は、喘息を発症する高いリスクを有する。

いくつかの実施形態では、該総負荷は、例えば、上位五分位、中間五分位、及び下位五分位の五分位に分けることができ、総負荷の上位五分位は最低リスク群に対応し、総負荷の下位五分位は最高リスク群に対応する。いくつかの実施形態では、より大きな総負荷を有する対象は、対象集団からの上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％の総負荷を含むがこれらに限定されない、最高加重総負荷を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子変異体は、喘息との関連性を、関連性についてのｐ値範囲の上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％に有する遺伝子変異体を含む。いくつかの実施形態では、特定された遺伝子変異体のそれぞれは、約１０^－２、約１０^－３、約１０^－４、約１０－^５、約１０^－６、約１０^－７、約１０^－８、約１０^－９、約１０^－１０、約１０^－１１、約１０^－１２、約１０^－１３、約１０^－１４、または約１０^－１５以下のｐ値で喘息と関連性を有する遺伝子変異体を含む。いくつかの実施形態では、特定された遺伝子変異体は５×１０^－８未満のｐ値で喘息と関連性を有する遺伝子変異体を含む。いくつかの実施形態では、特定された遺伝子変異体は、オッズ比（ＯＲ）が分布の上位２０％について、約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、もしくは約２．２５以上；または約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、約２．２５以上、約２．５以上、もしくは約２．７５以上である参照集団の残りと比較して高リスクである対象において、喘息と関連性を有する遺伝子変異体を含む。いくつかの実施形態では、オッズ比（ＯＲ）は、約１．０～約１．５、約１．５～約２．０、約２．０～約２．５、約２．５～約３．０、約３．０～約３．５、約３．５～約４．０、約４．０～約４．５、約４．５～約５．０、約５．０～約５．５、約５．５～約６．０、約６．０～約６．５、約６．５～約７．０の範囲、または７．０を超えていてもよい。いくつかの実施形態では、高リスクの対象は、参照集団における下位十分位、五分位、または三分位の総負荷を有する対象を含む。総負荷の閾値は、意図される実際の用途の性質と、その実際の用途にとって意味があると考えられるリスク差に基づいて決定される。

いくつかの実施形態では、対象が喘息を発症する高いリスクを有すると特定されると、対象はさらに、本明細書に記載されているように、喘息を治療するまたは予防する治療剤及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される。例えば、対象がＳＬＣ２７Ａ３基準であり、したがって喘息を発症するリスクが高い場合、対象はＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される。いくつかの実施形態では、そのような対象はまた、喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である場合、対象は、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与され、ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤も投与される。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３基準である。いくつかの実施形態では、対象はＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である。さらに、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有することについてより低い総負荷を有し、したがって喘息を発症する高いリスクを有する場合、対象は喘息を治療するまたは予防する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、対象がＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有することについてより低い総負荷を有する場合、対象は、喘息を治療するまたは予防する治療剤を、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有することについてより大きい総負荷を有する対象に投与される標準的な投与量と同じまたはそれより多い投与量で投与される。

本開示はまた、対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子（すなわち、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を検出する方法も提供する。集団内の遺伝子配列、及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型のような多型に起因して異なり得ることが理解される。ＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、及びＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子について本明細書で提供される配列は例示的な配列にすぎない。ＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、変異体ｍＲＮＡ分子、及び変異体ｃＤＮＡ分子について他の配列も可能である。

生体試料は、対象の任意の細胞、組織、または生体液に由来することができる。この生体試料は、例えば、骨髄試料、腫瘍生検、細針吸引物、または例えば、血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿のような体液の試料のような任意の臨床的に関連する組織を含んでもよい。いくつかの場合では、試料は口腔スワブを含む。本明細書で開示されている方法において使用する生体試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用する組織、細胞、または抽出物に基づいて異なり得る。生体試料は採用されるアッセイに応じて異なる処理を行うことができる。例えば、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについて生体試料を単離するまたは濃縮するように設計した予備処理を採用することができる。この目的では、種々の技術を使用してもよい。ＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合、さまざまな技術を使用してｍＲＮＡ分子を含む生体試料を濃縮することができる。ｍＲＮＡ分子の存在もしくはレベル、または特定の変異体ゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために種々の方法を使用することができる。

いくつかの実施形態では、対象にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を検出することは、生体試料におけるＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、及び／または生体試料におけるＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、及び／または生体試料におけるｍＲＮＡ分子から生成されたＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子が機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こすか、または機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こすと予測される１以上の変異を含むかどうかを決定するために対象から得られる生体試料にて配列分析を実施することを含む。

いくつかの実施形態では、対象におけるＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生体試料にてアッセイを実施することを含む。アッセイは、生体試料における核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むかどうかを決定する。

いくつかの実施形態では、生体試料には細胞または細胞溶解物が含まれる。そのような方法はさらに、例えば、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子を含む生体試料を対象から取得すること、及びｍＲＮＡであれば、任意でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含むことができる。そのようなアッセイは、例えば、特定のＳＬＣ２７Ａ３核酸分子のこれらの位置の同一性を決定することを含むことができる。いくつかの実施形態では、方法は試験管内の方法である。

いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または配列分析は、生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、またはＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、その際、配列決定された部分は機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こすか、または機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こすと予測される１以上の変異を含む。

いくつかの実施形態では、アッセイは核酸分子全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡから得られるＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡのみが分析される。

変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して核酸配列におけるＳＮＰのような突然変異を検出することができる。変異特異的プライマーが使用され得るのは、鋳型とのミスマッチが存在するとＤＮＡポリメラーゼが伸長しないからである。

いくつかの実施形態では、試料における核酸分子はｍＲＮＡであり、増幅工程の前にｍＲＮＡはｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。

いくつかの実施形態では、アッセイは、ストリンジェントな条件下で、対応するＳＬＣ２７Ａ３基準配列ではなく、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム配列、変異体ｍＲＮＡ配列、または変異体ｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズする変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブなどのプライマーまたはプローブに生体試料を接触させることと、ハイブリダイゼーションが起こったかどうかを決定することとを含む。

いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または配列分析は、ａ）ＳＬＣ２７Ａ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）標識した核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体に接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することとを含む。

いくつかの実施形態では、アッセイはＲＮＡの配列決定（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイは、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）によってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することも含む。

いくつかの実施形態では、方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＳＬＣ２７Ａ３の変異体ゲノム核酸分子、変異体ｍＲＮＡ分子、または変異体ｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出する及び／または特定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリダイズの条件または反応条件は、この結果を達成するように作業者が決定することができる。ヌクレオチド長は、本明細書に記載されているまたは例示されている任意のアッセイを含む、最適な検出方法にて使用するのに十分である任意の長さであってもよい。そのようなプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリダイズ条件下で標的ヌクレオチド配列と特異的にハイブリダイズすることができる。標的ヌクレオチド配列とは異なり、且つ標的ヌクレオチド配列を特異的に検出する及び／または特定する能力を保持するプローブが従来の方法によって設計されてもよいが、プローブ及びプライマーは標的ヌクレオチド配列内の連続ヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有してもよい。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有することができる。

核酸配列決定技術の説明に役立つ実例には、連鎖停止剤（Ｓａｎｇｅｒ）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法には、精製ＤＮＡ、増幅ＤＮＡ及び固定細胞標本に対する標識プライマーまたは標識プローブの使用を含めて、配列決定以外の核酸ハイブリダイズ法（蛍光原位置ハイブリダイズ（ＦＩＳＨ））が含まれる。いくつかの方法では、検出の前にまたは検出と同時に標的核酸分子を増幅してもよい。核酸増幅技術の説明に役立つ実例には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換型増幅法（ＳＤＡ）、及び核酸配列に基づく増幅法（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法には、リガーゼ連鎖反応、鎖置換型増幅法、及び好熱ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。

ハイブリダイズ技術では、プローブまたはプライマーがその標的と特異的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件を採用することができる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他の非標的配列よりも検出可能に高い程度で、例えば、バックグラウンドの１０倍を超えてを含めてバックグラウンドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍またはそれ以上高い程度でその標的配列とハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも２倍ハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも３倍ハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも４倍ハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列とバックグラウンドの１０倍を超えてハイブリダイズするであろう。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況では異なるであろう。

ＤＮＡのハイブリダイズを促進する適当なストリンジェントな条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、その後の５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は公知である、またはＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見いだすことができる。通常、ハイブリダイズ及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．５Ｍ未満のＮａ＋イオン、通常、約０．０１～１．０ＭのＮａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）では少なくとも約６０℃である条件であろう。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドのような不安定化剤の添加により達成されてもよい。任意で、洗浄緩衝液は約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリダイズの持続期間は一般に約２４時間未満、ふつう約４～約１２時間である。洗浄の持続期間は少なくとも平衡に達するのに十分な長さの時間であろう。

いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、または少なくとも約５０００のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１８のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１０～約３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１８～約３０のヌクレオチドをから成る、またはそれ含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチド～少なくとも約３５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。

いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、ストリンジェントな条件下でＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子）とハイブリダイズする。そのような核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブ、プライマー、変異特異的プローブ、または変異特異的プライマーとして使用することができ、限定されないが、プライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡが含まれ、これらのそれぞれは本明細書の他の箇所でより詳細に記載され、本明細書に記載される方法のいずれかにおいて使用することができる。

いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子及び／またはＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続ヌクレオチドとハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチド、または約１５～約３５のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～約３５のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。

いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーはＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーはＲＮＡを含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかまたはその相補体と特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブ及びプライマーはストリンジェントな条件下にて本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリダイズする。

いくつかの実施形態では、プライマーは変異特異的プライマーを含めて、第２世代配列決定またはハイスループット配列決定において使用することができる。時には、プライマーは変異特異的プライマーを含めて、修飾することができる。特に、プライマーは、例えば、大規模並行シグネチャー配列決定（ＭａｓｓｉｖｅＰａｒａｌｌｅｌＳｉｇｎａｔｕｒｅＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＭＰＳＳ）、Ｐｏｌｏｎｙ配列決定、及び４５４パイロ配列決定のさまざまな工程において使用される種々の修飾を含むことができる。修飾されたプライマーは、クローニング工程におけるビオチン化プライマー、ならびにビーズ負荷工程及び検出工程にて使用される蛍光標識プライマーを含めて、プロセスのうちのいくつかの工程で使用することができる。Ｐｏｌｏｎｙ配列決定は一般的に、ＤＮＡ鋳型の各分子が長さ約１３５ｂｐであるペアエンドタグライブラリを使用して行われる。ビオチン化プライマーはビーズ負荷工程及びエマルジョンＰＣＲにおいて使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは検出工程で使用される。アダプターは、ストレプトアビジン被覆ビーズにＤＮＡライブラリを不動化するための５’－ビオチンタグを含有することができる。

本明細書に記載されているプローブ及びプライマーを使用して、本明細書で開示されているＳＬＣ２７Ａ３変異体ミスセンスゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子のいずれかの範囲内でヌクレオチド変異を検出することができる。本明細書に記載されているプライマーを使用して、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、またはＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子、またはそれらの断片を増幅することができる。

本開示の文脈において、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマー）が、ＳＬＣ２７Ａ３基準のゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列とハイブリダイズしないことを意味する。

いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、変異特異的プローブ）は標識を含む。いくつかの実施形態では、標識は蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。
本開示はまた、本明細書で開示されているプローブのいずれか１以上が結合している基材を含む支持体も提供する。固体支持体は、本明細書で開示されているプローブのいずれかのような分子が会合することができる固体状態の基材または支持体である。固体支持体の形態はアレイである。固体支持体の別の形態はアレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ状、グリッド状または他の組織化されたパターンで結合している固体支持体である。固体状態の基材の形態は標準的な９６ウェル型のようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、ふつう１ウェル当たりに１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスを用いることができる。

ＳＬＣ２７Ａ３基準のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は配列番号１に記述されている（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリ中のｃｈｒ１：１５３，７７４，３５４－１５３，７８０，１５７を包含するＥＮＳＧ０００００１４３５５４．１４）。

ＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号３に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号４に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号５に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号６に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号７に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号８に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号９に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１０に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１１に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１２に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１３に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１４に記述されている。

ＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１５に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１６に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１７に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１８に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号１９に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２０に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２１に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２２に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２３に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２４に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２５に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２６に記述されている。別のＳＬＣ２７Ａ３基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号２７に記述されている。

ＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号２８に記述されており、８１１アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号２９に記述されており、６８３アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３０に記述されており、６４８アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３１に記述されており、６４０アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３２に記述されており、７３０アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３３に記述されており、２８８アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３４に記述されており、７００アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３５に記述されており、３９９アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３６に記述されており、１５２アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３７に記述されており、１４４アミノ酸長である。別のＳＬＣ２７Ａ３基準ポリペプチドのアミノ酸配列は配列番号３８に記述されており、２２９アミノ酸長である。

ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生物に由来することができる。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒト、または別の生物（例えば、非ヒト哺乳動物、げっ歯類、マウス、もしくはラット）からのオーソログであり得る。集団内の遺伝子配列は、一塩基多型のような多型に起因して異なり得ることが理解される。本明細書で提供される例は、例示的な配列にすぎない。他の配列もまた可能である。

本明細書で提供されるのはまた、開示されている核酸分子と相互作用することができる機能性ポリヌクレオチドである。機能性ポリヌクレオチドの例には、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、及び外部ガイド配列が挙げられるが、これらに限定されない。機能性ポリヌクレオチドは標的分子が持つ特定の活性のエフェクター、阻害剤、モジュレーター、及び刺激剤として作用することができ、または機能性ポリヌクレオチドはいかなる他の分子とも無関係なデノボ活性を持つことができる。

本明細書で開示されている単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡの双方を含むことができる。単離された核酸分子を、例えばベクターにおける異種核酸配列、または異種標識に連結させる、または融合させることもできる。例えば、本明細書で開示されている単離された核酸分子は、単離された核酸分子と異種核酸配列とを含むベクター内に、またはそれらを含む外来性ドナー配列として存在してもよい。単離された核酸分子を異種標識に連結させる、または融合させることもできる。標識は、直接検出可能（例えば、蛍光色素分子）であることができる、または間接的に検出可能（例えば、ハプテン、酵素、または蛍光色素分子消光剤）であることができる。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検出可能であることができる。そのような標識には、例えば、放射性標識、顔料、染料、色原体、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識はまた、例えば、化学発光物質；金属含有物質；または酵素であることもでき、その際、シグナルの酵素依存性の二次生成が発生する。「標識」という用語はまた、結合分子が、続いて基質とともに添加されると、検出可能なシグナルを生成するために使用されるように結合分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指すこともできる。例えば、ビオチンは、タグに結合するための西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジン結合体またはストレプトアビジン結合体と一緒にタグとして使用し、比色測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））または蛍光発生基質を使用して調べてＨＲＰの存在を検出することができる。精製を促進するためのタグとして使用することができる例示的な標識には、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧまたは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓまたはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識には、例えば、粒子、蛍光色素分子、ハプテン、酵素ならびにそれらの比色性、蛍光性及び化学発光性の基質、ならびに他の標識が挙げられる。

単離された核酸分子またはその相補体は、宿主細胞内に存在することができる。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、本明細書に記載されている核酸分子のいずれかまたはその相補体を含むベクターを含むことができる。いくつかの実施形態では、核酸分子は、宿主細胞内で活性なプロモーターに操作可能に連結する。いくつかの実施形態では、プロモーターは外因性プロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは誘導性プロモーターである。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または哺乳動物細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、細菌細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、酵母細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、昆虫細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。

開示されている核酸分子は、例えば、ヌクレオチド、または、例えば、ヌクレオチド類似体もしくはヌクレオチド置換体のような非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチドを含むことができる。そのようなヌクレオチドには、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造内に非天然部分を組み込んでいるヌクレオチドが含まれる。非天然ヌクレオチドの例には、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及び蛍光色素分子標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。

本明細書で開示されている核酸分子は、１以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖、またはリン酸の部分のいずれかに対する修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分に対する修飾には、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、ならびに、例えばシュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イルのようなさまざまなプリン塩基またはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾された塩基には、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換のアデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモ）、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換のウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられるが、これらに限定されない。

本開示は、本明細書で開示されている核酸分子のいずれか１以上を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書で開示されている核酸分子のいずれか１以上と異種核酸とを含む。ベクターは、核酸分子を輸送することが可能なウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡなど）である。いくつかの実施形態では、ベクターは、追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノムにライゲーションされ得る、ウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス、例えば、カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン・バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、ならびに当該技術分野で既知の他の発現ベクターが挙げられるが、これらに限定されない。

哺乳動物宿主細胞発現のために所望される調節配列としては、例えば哺乳動物細胞における高レベルのポリペプチド発現を指令するウイルスエレメント、例えばレトロウイルスＬＴＲ、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えばＣＭＶプロモーター／エンハンサーなど）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（例えばＳＶ４０プロモーター／エンハンサーなど）、アデノウイルス（例えばアデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ）など）、ポリオーマに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、ならびに強力な哺乳動物プロモーター、例えば、ネイティブ免疫グロブリンプロモーター及びアクチンプロモーターが挙げられ得る。細菌細胞または真菌細胞（例えば酵母細胞など）中でポリペプチドを発現させる方法も周知である。プロモーターは、例えば構成的活性化プロモーター、コンディショナルプロモーター、誘導性プロモーター、時間的に制限されたプロモーター（例えば発生的に調節されたプロモーターなど）、または空間的に制限されたプロモーター（例えば細胞特異的または組織特異的プロモーターなど）であり得る。

核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の区間の間での同一性パーセント（％）（または相補性パーセント）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本配列比較検索ツール）とＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０；ＺｈａｎｇａｎｄＭａｄｄｅｎ，ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を用いて、または、ＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するデフォルト設定を用いたＧａｐプログラム（ＷｉｓｃｏｎｓｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅＡｎａｌｙｓｉｓＰａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ８ｆｏｒＵｎｉｘ（登録商標），ＧｅｎｅｔｉｃｓＣｏｍｐｕｔｅｒＧｒｏｕｐ，ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＲｅｓｅａｒｃｈＰａｒｋ，ＭａｄｉｓｏｎＷｉｓ．）を用いて日常的に決定することができる。本明細書において、配列同一性パーセントに言及している場合、配列同一性パーセントは低いよりも高い方が好ましい。

本明細書で使用されるとき、「に対応する」という表現またはその文法的変形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列もしくは位置の番号付けの文脈で使用される場合、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列を参照配列（例えば、配列番号１）と比べたときの指定された参照配列の番号付けを指す。言い換えれば、特定のポリマーの残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の番号または残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の位置は、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列の範囲内でのその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準として指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、ギャップを導入して、２つの配列間の残基の一致を最適化することによって参照配列に対して並べることができる。これらの場合では、ギャップは存在するが、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列における残基の番号付けはそれが並べられている参照配列を基準にして行われる。

添付の配列表に列挙されているヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準的な略記及びアミノ酸の３文字表記を用いて示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端での開始から３’末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的な慣例に従う。各ヌクレオチド配列の片方の鎖のみが示されているが、示されている鎖の参照によって相補鎖が含まれるものと理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端での開始からカルボキシ末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的な慣例に従う。

本開示はまた、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、またはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子を有する対象にて喘息の治療または予防に使用するための喘息を治療するまたは予防する治療剤も提供する。本明細書に記載されている喘息を治療するまたは予防する治療剤のいずれかが、これらの方法において使用され得る。喘息は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息であり得る。

本開示はまた、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、またはＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子を有する対象にて喘息を治療または予防するための薬物の調製における使用のための喘息を治療するまたは予防する治療剤の使用も提供する。本明細書に記載されている喘息を治療するまたは予防する治療剤のいずれかが、これらの方法において使用され得る。喘息は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息であり得る。

本開示はまた、ａ）ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、もしくはＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子について基準であるか、またはｂ）ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、もしくはｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子についてヘテロ接合型である対象にて喘息の治療または予防に使用するためのＳＬＣ２７Ａ３阻害剤も提供する。本明細書に記載されているＳＬＣ２７Ａ３阻害剤のいずれかが、これらの方法において使用され得る。喘息は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息であり得る。

本開示はまた、ａ）ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、もしくはＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子について基準であるか、またはｂ）ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子、ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子、もしくはｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子についてヘテロ接合型である対象にて喘息を治療または予防するための薬物の調製におけるＳＬＣ２７Ａ３阻害剤の使用も提供する。本明細書に記載されているＳＬＣ２７Ａ３阻害剤のいずれかが、これらの方法において使用され得る。喘息は、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息、運動誘発気管支収縮、ＡＣＯＳ、好酸球性喘息、小児喘息、及び／または職業性喘息であり得る。

上記または下記で引用されている特許文書、ウェブサイト、他の刊行物、受入番号などはすべて、個々の文献が具体的且つ個別に参照によってそのように組み込まれることが指示されている場合と同じ程度に、あらゆる目的のためにその全体が参照によって組み込まれる。配列のさまざまなバージョンが異なる時点での受入番号に関連付けられている場合、本出願の有効出願日での受入番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、その受入番号について言及している実際の出願日または優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、異なるバージョンの刊行物、ウェブサイトなどが異なる時点で公開されている場合、特に指示されない限り、出願の有効出願日において最後に公開されたバージョンを意味するものとする。本開示のいずれの特徴、工程、要素、実施形態、または態様も、特に指示されない限り、任意の他の特徴、工程、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。明瞭性及び理解を目的として本開示を説明及び実例として多少詳細に説明してきたが、特定の変更及び改変が添付のクレームの範囲内で実施されてもよいことは明らかであろう。

以下の実施例は、実施形態をさらに詳細に説明するために提供されている。これらは、特許請求する実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図していない。以下の実施例は、本明細書に記載されている化合物、組成物、物品、装置及び／または方法がどのように作製され、且つ評価されるかについての開示及び説明を当業者に提供し、単に例示的なものであるように意図されており、いかなるクレームの範囲も限定するようには意図されていない。数（例えば、量、温度など）については、精度を確保するように努めてきたが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。特に指示されない限り、部は重量部であり、温度は℃または周囲温度であり、圧力は大気圧またはほぼ大気圧である。

実施例１：小児喘息のリスク低下に関連するＳＬＣ２７Ａ３の稀なｐＬＯＦ及び有害な変異体の負荷
４５４，７８７のＵＫＢ試験参加者のエクソームが配列決定され、すでに記載されている通り標的塩基の９５．８％が２０倍以上の深さでカバーされた（Ｓｚｕｓｔａｋｏｗｓｋｉ，ＡｄｖａｎｃｉｎｇＨｕｍａｎＧｅｎｅｔｉｃｓＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＤｒｕｇＤｉｓｃｏｖｅｒｙｔｈｒｏｕｇｈＥｘｏｍｅＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆｔｈｅＵＫＢｉｏｂａｎｋ．ｂｉｏＲｘｉｖ，２０２１；及びＶａｎＨｏｕｔｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０２０）。１８，６５９遺伝子のコード領域にわたって３９００万の塩基対において１２００万個の変異体が特定され（データは示されていない）、これは、ＴＯＰＭｅｄ３とｇｎｏｍＡＤ４を合わせたデータセットに含まれるコーディング変異（９５０万個の変異体）の約１．３倍、ＵＫＢ試験でインピュテーションにより入手可能なコーディング変異（１６０万個の変異体）の約８倍を上回る。特定された変異体の中には、３，３７５，２５２（個体あたりの中央値は１０，２６０）の同義変異体、７，６８９，４９５（個体あたり９，２８４）のミスセンス変異体、及び８８９，９５７（個体あたり２１２）の推定機能損失（ｐＬＯＦ）変異体（データは示されていない）があり、これらのうち約半分は、このデータセットで１回しか観察されなかった（シングルトン変異体；データは示されていない）。

小児喘息のリスクが低いことと、稀なｐＬＯＦ及び有害な変異体の負荷との間の新たな関連性をＳＬＣ２７Ａ３において発見した（３，７８７のキャリア；ＯＲ＝０．６５、９５％ＣＩ０．５５～０．７６、Ｐ＝８．２×１０^－８）。ＳＬＣ２７Ａ３は長鎖脂肪酸を活性化するアシル－ＣｏＡ合成酵素をコードし、動脈、脂肪、及び肺組織で最も高発現し、肺癌では発現が上昇する。喘息との関連性は以下の追加的観察によって裏付けられた。第一に、稀なｐＬＯＦ及び有害な変異体の負荷は、アレルギー性喘息において重要なエフェクター機能を有する細胞タイプである血中好酸球数の低下とも関連していた（５，２２７キャリア；効果＝－０．０４５ＳＤユニット、９５％ＣＩ－０．０７０～－０．０２０、Ｐ＝４．４×１０^－４）。第２に、ＧＨＳコホートにおいて、喘息（１，３５４キャリア；ＯＲ＝０．８７、９５％ＣＩ０．７５４～１．００６、Ｐ＝０．０６０）と好酸球数（１，７５５キャリア；効果＝－０．０５２ＳＤユニット、９５％ＣＩ－０．０９６～－０．００８、Ｐ＝０．０２１）の両方に一貫した保護的関連がみられた。これらの結果は、ＳＬＣ２７Ａ３が喘息からの保護と喘息リスクの上昇に関連する機能喪失型変異体の両方を保有していることを示唆している。

本明細書に記載されているものに加えて、記載されている主題の種々の修正は前述の説明から当業者には明らかとなるであろう。そのような修正は添付のクレームの範囲内に入るようにも意図されている。本出願で引用されている各参考文献（雑誌記事、米国及び米国以外の特許、特許出願刊行物、国際特許出願刊行物、遺伝子バンク受入番号などを含むが、これらに限定されない）は、その全体が且つすべての目的のために参照によって本明細書に組み込まれる。

Claims

喘息または喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
アレルギー性喘息またはアレルギー性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
非アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
運動誘発気管支収縮または運動誘発気管支収縮を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）または喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
好酸球性喘息または好酸球性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
小児喘息または小児喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
職業性喘息または職業性喘息を発症するリスクのある対象を治療する方法であって、前記方法が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子とハイブリダイズする阻害性核酸分子を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
前記阻害性核酸分子が、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項９に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリダイズするｇＲＮＡとを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項１１に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１内に位置する、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項１１～１４のいずれか１項に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号３９～５８のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項１１～１４のいずれか１項に記載の方法。
前記対象の生体試料にてＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の存在または非存在を検出することをさらに含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。
喘息を治療、予防、または抑制する治療剤を標準的な投与量で対象に投与することをさらに含み、前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が前記生体試料に存在しない、請求項１７に記載の方法。
喘息を治療、予防、または抑制する治療剤を、前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象に、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で投与することをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３で予測される変異体核酸分子が、スプライスサイト変異体、ストップゲイン変異体、スタートロス変異体、ストップロス変異体、フレームシフト変異体、もしくはインフレームインデル変異体、または切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする変異体である、請求項１７～１９のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする、請求項２０に記載の方法。
喘息を治療するまたは予防する治療剤で対象を治療する方法であって、前記対象が、喘息を有するか、または喘息を発症するリスクがあり、前記方法が、
前記対象が溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有するかどうかを、
前記対象から生体試料を得ることまたは得たことと、
前記対象が前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために前記生体試料にて配列分析を実施する、または実施したこととによって決定する工程と；
喘息を治療するまたは予防する前記治療剤を、ＳＬＣ２７Ａ３基準である対象に標準的な投与量で投与するもしくは投与し続ける、及び／または前記対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与する工程；
喘息を治療するまたは予防する前記治療剤を、前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である対象に標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与するもしくは投与し続ける、及び／または前記対象にＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与する工程；または
喘息を治療するまたは予防する前記治療剤を、前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてホモ接合型である対象に標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与するもしくは投与し続ける工程を含み；
その際、前記ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は前記対象が喘息を発症する低いリスクを有することを示す、前記方法。
前記対象がＳＬＣ２７Ａ３基準であり、前記対象が、喘息を治療、予防、または抑制する前記治療剤を標準的な投与量で投与される、または投与され続ける、且つＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される、請求項２２に記載の方法。
前記対象がＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型であり、前記対象が、喘息を治療、予防、または抑制する前記治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与される、または投与され続ける、且つＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される、請求項２２に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、スプライスサイト変異体、ストップゲイン変異体、スタートロス変異体、ストップロス変異体、フレームシフト変異体、もしくはインフレームインデル変異体、または切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする変異体である、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子とハイブリダイズする阻害性核酸分子を含む、請求項２２～２６のいずれか１項に記載の方法。
前記阻害性核酸分子が、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項２７に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリダイズするｇＲＮＡとを含む、請求項２２～２６のいずれか１項に記載の方法。
前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項２９に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１内に位置する、請求項２９または請求項３０に記載の方法。
プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項２９または請求項３０に記載の方法。
前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項２９～３２のいずれか１項に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号３９～５８のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項２９～３２のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息がアレルギー性喘息である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が非アレルギー性喘息である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が運動誘発気管支収縮である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が好酸球性喘息である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が小児喘息である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が職業性喘息である、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息がアレルギー性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が非アレルギー性喘息であり、治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が運動誘発気管支収縮であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が好酸球性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が小児喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が職業性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２～３４のいずれか１項に記載の方法。
喘息を発症する高いリスクを有する対象を特定する方法であって、前記方法が、
前記対象から得られる生体試料にて溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含み；その際、
前記対象がＳＬＣ２７Ａ３基準である場合、前記対象は喘息を発症する高いリスクを有し；且つ
前記対象が前記ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型である、またはホモ接合型である場合、前記対象は喘息を発症する低いリスクを有する、前記方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、スプライスサイト変異体、ストップゲイン変異体、スタートロス変異体、ストップロス変異体、フレームシフト変異体、もしくはインフレームインデル変異体、または切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする変異体である、請求項４９に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子が、切断されたＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする、請求項４９に記載の方法。
前記対象がＳＬＣ２７Ａ３基準であり、前記対象が、喘息を治療、予防、または抑制する前記治療剤を標準的な投与量で投与される、もしくは投与され続ける、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される、請求項４９～５１のいずれか１項に記載の方法。
前記対象がＳＬＣ２７Ａ３変異体核酸分子についてヘテロ接合型であり、前記対象が、喘息を治療、予防、または抑制する前記治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与される、もしくは投与され続ける、及び／またはＳＬＣ２７Ａ３阻害剤を投与される、請求項４９～５１のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子とハイブリダイズする阻害性核酸分子を含む、請求項５２または請求項５３に記載の方法。
前記阻害性核酸分子が、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項５４に記載の方法。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリダイズするｇＲＮＡとを含む、請求項５２または請求項５３に記載の方法。
前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項５６に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１内に位置する、請求項５６または請求項５７に記載の方法。
プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項５２または請求項５３に記載の方法。
前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項５５～５９のいずれか１項に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号３９～５８のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項５５～６０のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息がアレルギー性喘息である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が非アレルギー性喘息である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が運動誘発気管支収縮である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が好酸球性喘息である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が小児喘息である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が職業性喘息である、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息がアレルギー性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が非アレルギー性喘息であり、治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が運動誘発気管支収縮であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が好酸球性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が小児喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
前記喘息が職業性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４９～６１のいずれか１項に記載の方法。
溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子；
ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子；または
ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子を有する対象にて喘息の治療または予防に使用するための喘息を治療するまたは予防する治療剤。
前記喘息がアレルギー性喘息である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が非アレルギー性喘息である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が運動誘発気管支収縮である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が好酸球性喘息である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が小児喘息である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が職業性喘息である、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息がアレルギー性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が非アレルギー性喘息であり、治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が運動誘発気管支収縮であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が好酸球性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が小児喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
前記喘息が職業性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項７６に記載の治療剤。
ａ）ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子、ＳＬＣ２７Ａ３ｍＲＮＡ分子、もしくはＳＬＣ２７Ａ３ｃＤＮＡ分子について基準であるか、または
ｂ）
ｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ゲノム核酸分子；
ｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｍＲＮＡ分子；または
ｉｉｉ）ＳＬＣ２７Ａ３で予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＳＬＣ２７Ａ３変異体ｃＤＮＡ分子についてヘテロ接合型である対象にて喘息の治療または予防に使用するための、溶質輸送体ファミリー２７メンバー３（ＳＬＣ２７Ａ３）阻害剤。
前記喘息がアレルギー性喘息である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が非アレルギー性喘息である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が運動誘発気管支収縮である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が好酸球性喘息である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が小児喘息である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が職業性喘息である、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息がアレルギー性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が非アレルギー性喘息であり、治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が運動誘発気管支収縮であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が喘息－ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が好酸球性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が小児喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記喘息が職業性喘息であり、前記治療剤が吸入ステロイド、抗コリン性維持薬、ロイコトリエン調節薬、及び生物学的免疫調節薬、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項９１に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、ＳＬＣ２７Ａ３核酸分子とハイブリダイズする阻害性核酸分子を含む、請求項９１～１０５のいずれか１項に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記阻害性核酸分子が、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１０６に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記ＳＬＣ２７Ａ３阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＳＬＣ２７Ａ３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリダイズするｇＲＮＡとを含む、請求項９１～１０５のいずれか１項に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項１０８に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１内に位置する、請求項１０８または請求項１０９に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項１０８または請求項１０９に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項１０８～１１１のいずれか１項に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。
前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号３９～５８のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項１０８～１１２のいずれか１項に記載のＳＬＣ２７Ａ３阻害剤。