JP2022522428A - 高悪性度漿液性卵巣癌（ｈｇｓｏｃ） - Google Patents

高悪性度漿液性卵巣癌（ｈｇｓｏｃ） Download PDF

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Abstract

本発明は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法であって、対象から得られた試料を提供することと、試料中のＨＧＳＯＣバイオマーカーの存在を検出することとを含み、分化細胞型、ＫＲＴ１７クラスター細胞型、上皮間葉転換（ＥＭＴ）細胞型、細胞周期細胞型および線毛細胞型の存在を検出することを含み、バイオマーカーのレベルが、対象の高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合を決定するために使用される方法に関する。本発明はさらに、関連するキット、使用および治療方法に関する。

Description

本発明は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法、関連する検出方法、治療、組成物およびキットに関する。
高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）は、腹骨盤腔内の卵管上皮および上皮層から生じる腫瘍の一種である。ＨＧＳＯＣは、卵巣癌症例の大部分を占め、生存率が最も低い。ＨＧＳＯＣは、低悪性度漿液性卵巣癌（ＬＧＳＯＣ）とは異なる。ＬＧＳＯＣの方が攻撃性が低く、生存率が良好である。
腫瘍の正確かつ堅牢な層別化は、診断および治療を容易にする。これは、多くの癌タイプで達成されている。例えば、乳癌のサブタイプ、すなわち、内腔および基底は、発生源の細胞型に関連している。このサブタイピングは、効率的な治療の提供を促進している。ただし、高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）については、そのゲノムの複雑さのために、その分類は依然として大きな課題である。公開された分子分類のほとんどは、広範囲な発現マトリックスに基づいていた（Ｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｔｏｔｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）。例えば、ＴＣＧＡ（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ）試験では、１，５００個の高分散遺伝子に基づいて、ＨＧＳＯＣ腫瘍が４つの異なる群（免疫反応性、分化、増殖性および間葉系）にクラスタリングされた。しかし、近年のコンセンサスクラスタリング試験では、この離散分類系は堅牢ではなく、腫瘍のサブセットは分類不可能であることが指摘された（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１８）。
近年の証拠は、マウスモデルおよび遺伝的進化分析によって、ＨＧＳＯＣが卵管上皮（ＦＴＥ）に由来するという卵管起源仮説を強力に裏付けている。ＦＴＥは分泌細胞および線毛細胞の単一細胞層であるが、これらの細胞サブタイプの知識は、ＰＡＸ８およびＴＵＢＢ４などの少数の周知のマーカーに限定されている。ＨＧＳＯＣはＦＴＥ分泌細胞に由来すると推定されるが、分泌細胞の分類および理解は依然として困難である。さらに、ＦＴＥの「ｐｅｇ」基底細胞は幹細胞として提案されているが、他の試験では、それらのｐｅｇ細胞と同様の形態を有する浸潤リンパ球が報告された。ＦＴＥに関する限られた理解は、ＨＧＳＯＣをさらに調査するのを妨げている。
本発明の目的は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態または分類を決定するための改善された方法を提供することである。
本発明の第１の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
試料中のＨＧＳＯＣバイオマーカーの存在を検出することとを含み、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／または上皮間葉転換（ＥＭＴ）バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することを含み、
バイオマーカーのレベルが、対象の高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合を決定するために使用される方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
試料中のＨＧＳＯＣバイオマーカーの存在を検出することとを含み、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／または上皮間葉転換（ＥＭＴ）バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することを含み、
バイオマーカーのレベルが、対象の高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合を決定するために使用される方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
試料中のＨＧＳＯＣバイオマーカーの存在を検出することとを含み、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／または上皮間葉転換（ＥＭＴ）バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することを含み、
バイオマーカーのレベルが、対象の高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合を決定するために使用される方法が提供される。
一実施形態では、方法は、本明細書に列挙される、例えば、表１もしくは表２に列挙されるそれらの代表的なバイオマーカーのうちの１つ以上、またはそれらの組合せを検出することによって、ＨＧＳＯＣ内の細胞型（例えば、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）の存在およびレベルを決定する。
一実施形態では、対象の高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスであるかどうかを示すために所定の閾値レベルと比較される。
一実施形態では、分化、ＫＲＴ１７クラスター、細胞周期および線毛バイオマーカー／細胞型と比較したＥＭＴバイオマーカー／細胞型のレベルは、ＥＭＴ細胞の割合を示し、所定の閾値レベルを超えるＥＭＴ細胞の割合は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを示す。
一実施形態では、ＨＧＳＯＣのＥＭＴサブクラス（「ＥＭＴ高サブクラス」としても知られる）は、対象の比較的不良な予後を示す。追加的または代替的に、ＨＧＳＯＣのＥＭＴサブクラスは、対象のＨＧＳＯＣの攻撃的形態を示す。
本明細書における本発明は、ＥＭＴ型ＨＧＳＯＣを有する患者のサブクラスを有利に同定する。本発明の方法によって定義されるＥＭＴ腫瘍では、死亡のハザードは、任意の所与の期間にわたる非ＥＭＴ腫瘍の少なくとも２倍である。
例えば、ＴＣＧＡデータでは、ハザードリスクは２．２９７（９５％信頼区間＝１．２９１～４．０８７）と判定される。ＡＯＣＳデータでは、ハザードリスクは２．６９１（９５％信頼区間＝１．５５６～４．６５５）と判定される。
対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの指標から得られるハザードリスクスコアは、少なくとも２であり得る。別の実施形態では、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの指標から得られるハザードリスクスコアは、少なくとも２．２９７であり得る。別の実施形態では、対象の予後における高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの指標から得られるハザードリスクスコアは、少なくとも２．６９１であり得る。
本発明は、有利には、トランスクリプトームレベルで十分に試験されている、ＦＴＥの細胞サブタイプを同定する。特に、本発明は、ＨＧＳＯＣまたは子宮内膜癌を有する患者から得られた卵管上皮をプロファイリングして、ＦＴＥ分泌細胞のサブタイプと、それらのマーカー遺伝子とを描出する。次いで、ＦＴＥ単一細胞から得られたこれらのマーカーを有利に使用して、ＨＧＳＯＣを層別化し、総生存率が不良な腫瘍サブタイプ、特に総生存率が不良なＨＧＳＯＣのＥＭＴサブクラスを同定することができる。
本発明の別の態様によれば、対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルと対象の試料中のバイオマーカーのパネルとの複合体形成を検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、プローブのパネルと、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上との複合体形成を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルと対象の試料中のバイオマーカーのパネルとの複合体形成を検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、プローブのパネルと、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上との複合体形成を検出することとを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルと対象の試料中のバイオマーカーのパネルとの複合体形成を検出する方法であって、
対象から得られた試料を提供することと、プローブのパネルと、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上との複合体形成を検出することとを含む方法が提供される。
一実施形態では、バイオマーカーの存在を検出することは、バイオマーカーの有無またはレベルを検出することを含み得る。一実施形態では、バイオマーカーの存在を検出することは、バイオマーカーのレベルを検出することを含み得る。一実施形態では、バイオマーカーの存在またはレベルを検出することは、バイオマーカーの発現値を決定することを含み得る。所定の閾値レベルは、所定の閾値発現値であってよい。
一実施形態では、プローブのパネルの複合体形成を検出することは、プローブのパネルの複合体形成のレベルを検出することを含む。
一実施形態では、バイオマーカーの発現のレベルは、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを示す。
バイオマーカーの発現値は、発現を決定するための転写物の計数、例えばＴＣＧＡデータを使用して、または標準的な定量的もしくは相対的転写物データセット、例えばＡＯＣＳデータと比較して決定され得る。
一実施形態では、ＥＭＴ細胞を表す細胞の割合の推定値が得られるように、ＥＭＴタイプを表すバイオマーカーの発現値が他のタイプ（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、細胞周期および線毛）の発現値と比較される。
当業者であれば、発現値から細胞の割合を推定するための適切な統計的方法、数学的方法または計算アルゴリズム、例えば、標準的なデコンボリューション分析を認識しているであろう。発現値から細胞の割合を推定するために、他の腫瘍タイプのものに対してＥＭＴバイオマーカーの発現のレベルが比較され得る。
例えば、Ｎｅｗｍａｎら（参照により本明細書に組み込まれる２０１５．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｖｏｌｕｍｅ １２，ｐａｇｅｓ ４５３－４５７）によって開発された分析ツールであるＣＩＢＥＲＳＯＲＴ法（ｈｔｔｐｓ：／／ｃｉｂｅｒｓｏｒｔ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／）を使用してデコンボリューション分析を提供して、遺伝子発現データを使用して混合細胞集団内のメンバー細胞型の存在量の推定値を提供してもよい。
一実施形態では、ＥＭＴバイオマーカーの所定の閾値発現値を超えるＥＭＴバイオマーカーのレベルは、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを示す。転写物の計数を使用して（例えば、ＴＣＧＡデータを使用して）ＥＭＴバイオマーカーの発現値を決定する実施形態では、ＥＭＴ細胞の割合の所定の閾値レベルは、少なくとも０．２であり得る。定量的または相対的方法を使用して（例えば、ＡＯＣＳデータを使用して）ＥＭＴバイオマーカーの発現値を決定する別の実施形態では、ＥＭＴ細胞の割合の所定の閾値レベルは、少なくとも０．４であり得る。一実施形態では、ＥＭＴ細胞の割合の所定の閾値レベルは、少なくとも０．２であり得る。一実施形態では、ＥＭＴ細胞の割合の所定の閾値レベルは、少なくとも０．４であり得る。
本発明の方法は、例えば、以下のいずれか１つ以上のため、すなわち、ＨＧＳＯＣを有する対象の予後について助言するため、治療選択肢について助言するため、および／またはＨＧＳＯＣの治療に対する対象の有効性または応答を監視するために使用され得る。バイオマーカーの存在またはレベルは、患者を層別化するために使用され得る。この層別化は、適切な治療を決定するために使用され得る。
対象のＨＧＳＯＣ状態に関する情報は、医師、他の医療専門家、薬剤師または他の関係者などの第三者に伝えられてもよい。この情報は、例えば、電子メール、ＳＭＳまたは他のデジタル手段を介してデジタル的に伝えられてもよい。
バイオマーカーの決定／検出
一実施形態では、バイオマーカーの有無またはレベルは、任意の好適なアッセイによって決定され得る。一実施形態では、バイオマーカーの有無またはレベルの検出は、オリゴヌクレオチドプローブなどのプローブを使用することを含み得る。バイオマーカーの存在またはレベルを検出することは、そのバイオマーカーをコードする核酸の標的配列に対するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出または測定することを含み得る。バイオマーカーの存在またはレベルを検出することは、バイオマーカー、またはそのバイオマーカーをコードする核酸へのプローブの結合を検出することを含み得る。
バイオマーカーをコードする核酸は、ｍＲＮＡ転写物またはそのｃＤＮＡコピーを含み得る。したがって、方法は、バイオマーカーの転写物レベルを決定することを含み得る。転写物レベルは、転写物の数または相対レベルであり得る。一実施形態では、方法は、バイオマーカーをコードする核酸のＲＮＡ転写物のｃＤＮＡコピーを提供することを含む。試料中のあらゆるＲＮＡ転写物種のｃＤＮＡコピーが提供され得る。
当業者であれば、バイオマーカー、またはバイオマーカーをコードする核酸の存在および／またはレベルを決定するために利用可能な多くの方法および技術があることを認識するであろう。例えば、検出は、ノーザンブロット分析、ヌクレアーゼ保護アッセイ（ＮＰＡ）、インサイチュハイブリダイゼーションまたは逆転写ポリメラーゼ連鎖反応を含み得る。検出は、ラマン活性色素によって標識されたプローブを検出する表面増強ラマン分光法（ＳＥＲＳ）を使用することを含み得る。
検出用プローブ
一実施形態では、プローブはオリゴヌクレオチドプローブである。オリゴヌクレオチドプローブは、バイオマーカーの核酸配列、またはそのｍＲＮＡコピーもしくはｃＤＮＡコピーに実質的にまたは完全に相補的な配列を含むか、それからなり得る。各バイオマーカーには、例えばストリンジェントな条件下で、バイオマーカーをコードする配列とのハイブリダイゼーションが可能な対応するオリゴヌクレオチドプローブが提供され得る。オリゴヌクレオチドプローブは、特異的ハイブリダイゼーションを可能にするために、バイオマーカーの核酸配列、またはそのｍＲＮＡコピーもしくはｃＤＮＡコピーに十分に相補的な配列を含むか、それからなり得る。
当業者であれば、試料または細胞内のバイオマーカー配列の転写物の数が、様々な技術を使用して測定され得ることを認識するであろう。
オリゴヌクレオチドプローブは、ストリンジェントな条件下で（バイオマーカーの）標的配列への特異的ハイブリダイゼーションを提供するのに十分な長さであり得る。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、少なくとも１０ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、少なくとも１５ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、１０～２００ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、１０～１００ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、１０～５０ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、１０～３０ヌクレオチド長である。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、１５～３０ヌクレオチド長である。
オリゴヌクレオチドプローブは、ＤＮＡまたはＲＮＡを含むか、それらからなり得る。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、ヌクレオチド類似体、例えば、ＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＰＭＯ、またはそれらの組合せを含むか、それらからなり得る。オリゴヌクレオチドプローブは、ＤＮＡおよび１つ以上のヌクレオチド類似体、例えば、ＰＮＡ、ＬＮＡまたはＰＭＯを含むか、それらからなり得る。
一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、例えば、ハイブリダイゼーション時に（直接的に、または別の分子を介して間接的に）シグナルを提供するレポータープローブである。プローブは、例えば、蛍光マーカーもしくは蛍光色素または放射性標識によって標識され得る。蛍光色素は、クマリン、Ｃｙ２、Ｃｙ３、ローダミンレッド、テキサスレッド、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５およびＣｙ７、またはそれらの機能的等価物もしくは誘導体のうちの１つ以上を含み得る。標識は、ラマン活性色素、例えばアゾ色素を含み得る。使用され得るラマン活性色素の例には、ローダミン６Ｇ、Ｃｙ３、Ｃｙ５またはマラカイトグリーンがある。プローブは、蛍光バーコード（例えば、蛍光バーコード内の蛍光分子の配列または位置を決定することによってプローブを同定するために使用され得る一連の様々な蛍光分子）によって標識され得る。別の実施形態では、標識は遺伝的バーコード（すなわち、プローブを標識するために使用され得るヌクレオチドの配列）であり得る。
一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、基材上に固定化される。一実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、基材上に捕捉／固定（または固定化としても知られる）するためのタグを含む。プローブ上のタグは、ビオチン－アビジンタグを含み得、例えば、プローブはビオチン化され得る。プローブ上のタグは、金属ナノ粒子などのナノ粒子を含み得る。別の実施形態では、タグは、基材に固定された核酸の相補的配列にハイブリダイズすることができるプローブの核酸配列であり得る。
バイオマーカーの検出は、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（そうでなければ、色分けされたプローブ対を用いた遺伝子発現の直接多重測定として知られる）（例えば、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ（商標）による）を使用することを含み得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれるＧｅｉｓｓ ｅｔ ａｌ．２００８（Ｄｉｒｅｃｔ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｗｉｔｈ ｃｏｌｏｒ－ｃｏｄｅｄ ｐｒｏｂｅ ｐａｉｒｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｖｏｌｕｍｅ ２６，ｐａｇｅｓ ３１７－３２５）を参照）。一実施形態では、プローブは、バイオマーカー配列の標的核酸配列、またはそのｍＲＮＡコピーもしくはｃＤＮＡコピーにハイブリダイズすることができる捕捉プローブである。捕捉プローブは、捕捉プローブを基材に固定することができるアンカータグを含み得る。レポータープローブとして知られる第２のプローブを提供して、捕捉プローブとともに、標的配列またはそのｍＲＮＡコピーもしくはｃＤＮＡコピーにさらにハイブリダイズさせ、標的－プローブ複合体を形成してもよい。レポータープローブは、標的－プローブ複合体の検出および同定のための蛍光バーコードを含み得る。標的－プローブ複合体は、捕捉プローブ上のタグを使用する捕捉によって単離され得、過剰なレポータープローブおよび／または過剰な非ハイブリダイズ捕捉プローブを含む過剰なプローブが除去され得る。標的－プローブ複合体は、標的－プローブ複合体の蛍光バーコードを画像化し、読み取ることができる装置で検出され得る。
別の実施形態では、プローブは、バイオマーカーをコードする核酸をＰＣＲ増幅することによってバイオマーカーが検出され得るように、ＰＣＲプライマーであり得る。プローブがプライマーである実施形態では、フォワードプライマーおよびリバースプライマーが提供され得る。当業者であれば、所与のバイオマーカー核酸コード配列のための適切なプライマーを容易に設計および提供することができるであろう。ＰＣＲはＲＴ－ＰＣＲであってよい。
プローブは、マイクロアレイの形態で提供されてもよい。
一実施形態では、バイオマーカーのポリペプチドが検出／測定される。一実施形態では、バイオマーカーのポリペプチドは、抗体によって、例えば、バイオマーカーの免疫組織化学（ＩＨＣ）パネルによって検出される。抗体はモノクローナルであり得る。抗体は、基材上に固定化され得る。抗体は、酵素（ペルオキシダーゼなど）またはフルオロフォアなどの標識にコンジュゲートされ得る。
シーケンシング
一実施形態では、バイオマーカーを検出することは、ｍＲＮＡ／トランスクリプトームシーケンシングなど、バイオマーカーをコードする核酸をシーケンシングすることによる検出を含み得る。シーケンシングは、単一細胞ＲＮＡトランスクリプトームシーケンシングを含み得る。配列は、単一分子シーケンシング、例えばナノポアシーケンシングを含み得る。
検出用バイオマーカー
表１は、本発明に従ってＨＧＳＯＣのサブ分類を可能にすることが見出された５２個のバイオマーカーの第１のパネルを列挙している。表２は、本発明に従ってＨＧＳＯＣのサブ分類を可能にすることが見出された５２個のバイオマーカーの第２のパネルを列挙している。一実施形態では、表１の５２個全部のバイオマーカーが検出／探索され得る。別の実施形態では、表２の５２個全部のバイオマーカーが検出／探索され得る。別の実施形態では、表１および表２の全バイオマーカーが検出／探索され得る。一実施形態では、表１の５２個のバイオマーカーの少なくとも５０％、６０％、７０％、９０％、９５％または９８％が検出／探索され得る。別の実施形態では、表２の５２個のバイオマーカーの少なくとも５０％、６０％、７０％ ９０％、９５％または９８％が検出／探索され得る。一実施形態では、表１の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーが検出され得る。別の実施形態では、表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーが検出され得る。別の実施形態では、表１と表２との組合せの各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーが検出され得る。別の実施形態では、表１または表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも５０％が検出され得る。別の実施形態では、表１および表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも５０％が組み合わせて検出され得る。別の実施形態では、表１の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％が検出され得る。別の実施形態では、表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％が検出され得る。別の実施形態では、表１および表２の組合せの各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％が検出され得る。当業者であれば、表１および表２の組み合わされたバイオマーカーへの参照が、単一のバイオマーカーとして１回のみ計数され得る複製を含むことを認識するであろう。
Figure 2022522428000002
Figure 2022522428000003
Figure 2022522428000004
Figure 2022522428000005
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの２つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの３つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの４つ以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５個以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９個以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０または１１個以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６または７個以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５個以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９個以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０または１１個以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６または７個以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５個以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９個以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０または１１個以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの５、６または７個以上の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲの分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲのＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６のＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１の細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬの線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲの分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲのＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６のＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１の細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８の線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、方法は、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲの分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲのＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６のＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１の細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８の線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸の存在またはレベルを検出することを含む。
一実施形態では、検出は、ＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ３またはＣＤ４５などの免疫遺伝子を検出することを含まない。
有利には、免疫遺伝子を排除すると、分類結果がリンパ球の浸潤によって混同されない。
試料
対象から得られる試料は、組織試料であり得る。組織試料は、卵巣癌生検組織を含むか、それからなり得る。卵巣癌生検組織は、卵巣、腹膜、大網または横隔膜などの部位に由来し得る。組織試料は、術後試料（すなわち、対象の手術中に採取された試料）であり得る。別の実施形態では、試料は、循環バイオマーカーを検出するための血液試料または血清試料である。
対象から得られた試料を提供することは、組織試料を得ること、例えば、生検を行うことを含み得る。別の実施形態では、試料は、例えば、第三者から、または別個の手順から、試験のために提供され得る。一実施形態では、組織試料は、組織の生検から得られる。試料は、新鮮な試料（例えば、凍結されていないか、そうでなければ１日を超える期間にわたり保存されていない）であってよいか、検出前に、例えば試料を保存するために凍結されていてもよい。別の実施形態では、試料は、検出前に保存または固定されていてもよい。
試料の量は、測定されるのに十分なバイオマーカーを提供する量、例えば、１、２、３以上のナノグラムのＲＮＡを提供する量であり得る。
本発明の方法の工程の一部または全部は、インビトロで行われ得る。
対象
対象は、卵巣癌を有し得るか、卵巣癌を有すると疑われている。対象は、高悪性度漿液性卵巣癌を有し得るか、高悪性度漿液性卵巣癌を有すると疑われている。
一実施形態では、対象は、ヒトなどの哺乳動物である。一実施形態では、対象はヒト成人女性である。
本発明の他の態様
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルを含む組成物であって、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものである組成物が提供される。
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルを含む組成物であって、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものである組成物が提供される。
本発明の別の態様によれば、プローブのパネルを含む組成物であって、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものである組成物が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定するためのキットであって、キットが、プローブのパネルを含み、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものであるキットが提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定するためのキットであって、キットが、プローブのパネルを含み、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものであるキットが提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定するためのキットであって、キットが、プローブのパネルを含み、プローブが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものであるキットが提供される。
組成物またはキットの一実施形態では、表１もしくは表２の５２個のバイオマーカーの各々、または表１と表２との組合せに対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの一実施形態では、表１の５２個のバイオマーカーの少なくとも５０％、６０％、７０％、９０％、９５％または９８％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表２の５２個のバイオマーカーの少なくとも５０％、６０％、７０％、９０％、９５％または９８％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表１および表２の組合せのバイオマーカーの少なくとも５０％、６０％、７０％、９０％、９５％または９８％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの一実施形態では、表１の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーに対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーに対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表１および表２の組合せの各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からの少なくとも１つまたは２つのバイオマーカーに対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表１もしくは表２、または表１および表２の組合せの各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも５０％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表１の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表２の各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％に対してプローブが提供され得る。組成物またはキットの別の実施形態では、表１および表２の組合せの各識別特性群（すなわち、分化、ＫＲＴ１７クラスター、ＥＭＴ、細胞周期および線毛）からのバイオマーカーの少なくとも６０％または８０％に対してプローブが提供され得る。
本発明の別の態様によれば、ＨＧＳＯＣの治療または予防のための薬剤、薬剤組合せまたは組成物を用いて治療するための患者を選択する方法であって、本明細書における本発明の場合、方法に従って対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定することを含み、ＨＧＳＯＣのＥＭＴサブクラスの決定が、対象が薬剤、薬剤組合せまたは組成物を投与されるべきであるか投与されるべきでないかを示す方法が提供される。
対象には、ＥＭＴ ＨＧＳＯＣ対象に対してあまり効果的でない可能性がある治療剤、例えば、カルボプラチン、パクリタキセルまたはＰＡＲＰ阻害剤による治療を受けないという選択肢が提供されてもよい（または治療を受けないように助言されてもよい）。ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブまたはタラゾパリブを含み得る。
薬剤、薬剤組合せまたは組成物は、治療有効量の薬剤、薬剤組合せまたは組成物を含み得る。薬剤、薬剤組合せまたは組成物は、ＨＧＳＯＣまたはＥＭＴ ＨＧＳＯＣを治療するか、その症状を軽減することが知られていてもよい。薬剤は、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤を含み得る。
一実施形態では、治療は免疫療法を含む。したがって、薬剤は、免疫療法剤を含み得る。薬剤は、ＨＧＳＯＣ腫瘍細胞に対する免疫応答を生じるように構成されたワクチン、モノクローナル抗体などの抗体、またはＨＧＳＯＣ腫瘍細胞（またはそのマーカー）を標的とするように構成されたＴ細胞などの細胞を含み得る。免疫療法／免疫療法剤は、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤などの他の治療剤と組み合わせて使用され得る。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の治療に使用するためのＰＩ３Ｋ経路阻害剤であって、治療が、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの決定に基づいて、治療の対象として患者を選択することを含む、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の治療に使用するための免疫療法剤であって、治療が、対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの決定に基づいて、治療の対象として患者を選択することを含む、免疫療法剤が提供される。
本発明の別の態様によれば、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤を用いて対象を治療する方法であって、対象が、高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有すると決定され、
治療方法が、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤を対象に投与することを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを標的とする免疫療法を用いて対象を治療する方法であって、対象が、高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有すると決定され、
治療方法が、免疫療法剤を対象に投与することを含む方法が提供される。
対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの決定は、本明細書における本発明による、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法を含み得る。
本発明の別の態様によれば、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤を用いて対象を治療する方法であって、対象が、ＨＧＳＯＣを有するか、有すると疑われており、
方法が、
患者が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有するかどうかを決定するために、対象から得られた組織試料のバイオマーカーアッセイの結果を受け取る工程と、
対象が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有する場合、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤を対象に投与する工程とを含む方法が提供される。
本発明の別の態様によれば、ＨＧＳＯＣを標的とする免疫療法を用いて対象を治療する方法であって、対象が、ＨＧＳＯＣを有するか、有すると疑われており、
方法が、
患者が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有するかどうかを決定するために、対象から得られた組織試料のバイオマーカーアッセイの結果を受け取る工程と、
対象が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有する場合、免疫療法剤を対象に投与する工程とを含む方法が提供される。
バイオマーカーアッセイは、本明細書における本発明による、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法を行うことから得られ得る。
ＰＩ３Ｋ経路阻害剤は、ＰＩ３Ｋ阻害剤もしくはＡＫＴ阻害剤またはそれらの組合せを含み得る。
一実施形態では、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、ピララリシブ、ＡＣＰ－３１９（Ａｃｅｒｔａ Ｐｈａｒｍａ ＢＶ）、ＡＣＰ－３１９（Ａｃｅｒｔａ Ｐｈａｒｍａ ＢＶ）、ＢＡＹ－１０８２４３９（Ｂａｙｅｒ ＡＧ）、ＡＺＤ－８１５４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ Ｐｌｃ）、ＢＰＳ－００１（Ｂｉｏｐｅｐ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ）、ＰＦ－４９８９２１６（Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ）、ＢＲ－１０１８０１（Ｂｏｒｙｕｎｇ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＺＳＴＫ－４７４（Ｚｅｎｙａｋｕ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＺＳＴＫ－４７４（Ｚｅｎｙａｋｕ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＺＳＴＫ－４７４（Ｚｅｎｙａｋｕ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＷＸ－００８（Ｃｈｉａ Ｔａｉ Ｔｉａｎｑｉｎｇ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｇｒｏｕｐ Ｃｏ Ｌｔｄ）、ＩＢＬ－２０２（Ｉｎｆｌｅｃｔｉｏｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｌｔｄ）、ＩＢＬ－２０２（Ｉｎｆｌｅｃｔｉｏｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｌｔｄ）、ＳＲＸ－３２０７（ＳｉｇｎａｌＲｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ）、ＡＭＸＩ－９００１（ＡｔｌａｓＭｅｄｘ Ｉｎｃ）、Ｘ－４８０（Ｘｃｏｖｅｒｙ Ｈｏｌｄｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ ＬＬＣ）、ピクチリシブ、ＣＬＲ－４５７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ ＡＧ）、ＡＭＧ－５１１（Ａｍｇｅｎ Ｉｎｃ）、ＡＳ－６０５２４０（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ）、ＣＵ－９０３（Ｃｕｒｉｓ Ｉｎｃ）、ＰＩ－３０６５（Ｆ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ－Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ｌｔｄ）、アカリシブ、ＡＥＺＳ－１２９（Ａｅｔｅｒｎａ Ｚｅｎｔａｒｉｓ Ｉｎｃ）、ＧＳＫ－１０５９６１５（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｐｌｃ）、ＷＸ－０３７（Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ Ｐｈａｒｍａ ＡＧ）およびＡＥＺＳ－１３２（Ａｅｔｅｒｎａ Ｚｅｎｔａｒｉｓ Ｉｎｃ）またはそれらの組合せから選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤を含む。
一実施形態では、ＡＫＴ阻害剤は、イパタセルチブ、ＬＹ－２５０３０２９（Ｅｌｉ Ｌｉｌｙ ａｎｄ Ｃｏ）、カピバセルチブ、ＭＫ－２２０６（Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ Ｉｎｃ）、ＭＫ－２２０６＋セルメチニブ硫酸塩、アプロセルチブ（ｕｐｒｏｓｅｒｔｉｂ）、ＴＡＳ－１１７（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ Ｌｔｄ．）、ＡＲＱ－７５１（ＡｒＱｕｌｅ Ｉｎｃ）、ＦＸＹ－１（Ｋｒｉｓａｎｉ Ｂｉｏ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｐｖｔ Ｌｔｄ）、ペリフォシン、ＲＸ－０１８３（Ｒｅｘａｈｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ）、ＶＬＩ－２７（ＮｏｖａＬｅａｄ Ｐｈａｒｍａ Ｐｖｔ Ｌｔｄ）、ＰＸ－３１６（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｃ）、Ｊ－９（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）およびアフレセルチブ＋トラメチニブ、またはそれらの組合せから選択されるＡＫＴ阻害剤、またはＡＫＴ阻害剤の組合せを含む。
免疫療法は、ＨＧＳＯＣ腫瘍細胞に対する免疫応答を生じるように構成されたワクチン、モノクローナル抗体などの抗体、またはＨＧＳＯＣ腫瘍細胞を標的とするように構成されたＴ細胞などの細胞の投与または使用を含み得る。免疫療法剤は、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤などの別の治療剤と組み合わせて使用または投与され得る。
本明細書における本発明の方法は、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態の第２の／追跡決定をさらに含み得る。対象の癌の進行を測定するために、２つ以上の測定値が提供され得る。例えば、ＥＭＴ ＨＧＳＯＣが低減もしくは排除されているかどうか、またはＨＧＳＯＣがＥＭＴ ＨＧＳＯＣに進行しているかどうかを決定するために、対象の状態が様々な時点（例えば、治療前、治療中および治療後）で２回以上測定されてもよい。
本発明の別の態様によれば、ＨＧＳＯＣに存在するＥＭＴ細胞の割合を決定するため、またはＨＧＳＯＣの状態を決定するためのバイオマーカーのパネルの使用であって、バイオマーカーが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を含む使用が提供される。
本発明の別の態様によれば、ＨＧＳＯＣに存在するＥＭＴ細胞の割合を決定するため、またはＨＧＳＯＣの状態を決定するためのバイオマーカーのパネルの使用であって、バイオマーカーが、
ＬＴＢＰ４、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３、ＬＲＧ１およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＥＫＴ１、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５、ＣＡＰＳＬ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を含む使用が提供される。
本発明の別の態様によれば、ＨＧＳＯＣに存在するＥＭＴ細胞の割合を決定するため、またはＨＧＳＯＣの状態を決定するためのバイオマーカーのパネルの使用であって、バイオマーカーが、
ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８およびＣＣＤＣ７８を含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を含む使用が提供される。
バイオマーカーの使用は、対象から得られた試料、例えば、組織試料中のバイオマーカーを決定することを含み得る。
定義
本明細書に列挙されるバイオマーカーは、バイオマーカーの変異体、例えば、集団内に天然の突然変異／多型を有する変異体を含み得る。タンパク質または核酸の「変異体」への言及は、前述のタンパク質または核酸の配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．９％の同一性を有するタンパク質または核酸配列を意味すると理解される。同一性割合は、標準的なＮＣＢＩ ｂｌａｓｔ ｐ／ｎアライメントパラメーターの下で計算され得る。「変異体」はまた、タンパク質または核酸配列のトランケーションを含み得る。変異体は、同じ配列を含むが、ヌクレオチドまたは塩基の１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個以上の修飾、例えば、置換、欠失、付加を含むかそれらからなる、本明細書に列挙されるバイオマーカーを含み得る。変異体はまた、冗長／縮重コドン変異を含み得る。
用語「コードする」は、所与のバイオマーカー／遺伝子を少なくとも部分的にコードするか完全にコードすることを意味し得る。少なくとも部分的にコードすることは、バイオマーカー／遺伝子を同定するのに少なくとも十分な配列であり得る。
バイオマーカーの文脈では、用語「検出された」または「検出すること」は、バイオマーカーが試料中に存在しない場合であっても試料中のバイオマーカーを検出しようとするように、バイオマーカーを検出しようと試みることを意味すると理解される。
「薬剤」とは、あらゆる化学実体、例えば、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物および小化合物を含む。
本明細書で使用される「治療有効量」または「有効量」または「治療有効」は、所与の状態および投与レジメンに対して治療効果を提供するその量を指す。これは、必要な添加剤および希釈剤、すなわち、担体または投与ビヒクルと組み合わせて所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性材料である。さらに、宿主の活性、機能および応答の臨床的に重要な欠如を減少させ、最も好ましくは予防するのに十分な量を意味することが意図される。あるいは、治療有効量は、宿主の臨床的に重要な状態の改善を引き起こすのに十分である。当業者に理解されるように、化合物の量は、その比活性に応じて変化し得る。好適な投与量は、必要な希釈剤と組み合わせて所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性組成物を含有し得る。本発明の組成物を製造するための方法および使用では、治療有効量の活性成分が提供される。治療有効量は、当技術分野で周知のように、患者特性、例えば、年齢、体重、性別、状態、合併症、他の疾患などに基づいて、通常の熟練した医療従事者または獣医従事者によって決定され得る。
本明細書におけるプローブまたはプライマーのハイブリダイゼーションへの言及は、標準的なストリンジェントな条件下で１つの分子が別の分子に特異的に相補的に結合することを意味すると理解される。
当業者であれば、本発明の１つの実施形態または態様の任意の特徴が、適切な場合には、本発明の他の実施形態または態様に適用可能であり得ることを理解するであろう。
これより、添付の図面を参照して、本発明の実施形態を単なる例としてさらに詳細に説明する。
図１Ａ～図１Ｄでは、卵管上皮における単一細胞トランスクリプトームの様態を示す。 図１Ａは、単一細胞ＲＮＡシーケンシングおよび分析ワークフローを示す図である。 Ｃｌｉｎｃｌｕｓｔｅｒの図により、交絡したバッチ効果および患者間変動性を克服するのに役立つ３つの工程（「方法」を参照）を示す。 Ｕｎｉｆｏｒｍ ｍａｎｉｆｏｌｄ ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ（ＵＭＡＰ）プロットにより、卵管からの約３，８００個の単一細胞トランスクリプトームをプロファイリングしたものである。細胞は、それらの患者供給源に従って色付けされ、クラスター名によってアノテーションされている。 主成分（ＰＣ）プロットにより、帰属された擬時間値の値に従って色付けされた、異なる条件（新鮮、一晩培養または長期培養）下の細胞を示す。右上の小さなパネル内のバイオリンプロットは、各条件の擬時間分布を示す。ＬＴは長期培養を意味する。 分泌細胞の擬時間解析から、長時間培養群よりも、一晩培養した後のトランスクリプトームの方が逸脱していることが示唆された。本発明者らは、３つの条件、すなわち、新鮮な解離、一晩培養および長時間培養（２日間または６日間）の間で一次分泌細胞を比較した。細胞を主成分１および２（ＰＣ１およびＰＣ２）に基づいてプロットし、それらの擬時間値に従って色付けする。一晩培養細胞は、長時間培養細胞よりも高い擬時間値を有する 図２Ａ～図２Ｅは、免疫蛍光染色により、ヒト卵管上皮におけるＫＲＴ７／ＣＫ７陽性およびＣＡＰＳ陽性の「中間」細胞型の存在を検証した図である。 図２Ａでは、ＣＡＰＳ陽性細胞（矢印）は、線毛マーカーであるＴＵＢＢ４に対しても陽性であり、ＣＡＰＳが線毛マーカーであることを証明している。 中間細胞（矢印）はいずれもＫＲＴ７およびＣＡＰＳ陽性であるが、別のＣＡＰＳ＋線毛細胞はＫＲＴ７陰性である。 中間細胞（矢印）はいずれもＫＲＴ７およびＣＡＰＳ陽性である。ＣＫ７はサイトケラチン７（ＫＲＴ７）を意味する。 ＫＲＴ７陽性分泌細胞はＣＡＰＳ陰性であるが、ＫＲＴ７陰性線毛細胞（矢印）はＣＡＰＳ陽性である。 ＩＦ染色は、ヒトＦＴＥオルガノイドでは、１つのＫＲＴ７＋ＣＡＰＳ＋中間細胞（矢印）を示す。 図３Ａ～図３Ｋは、卵管分泌細胞のサブタイピングを示す図である。 図３Ａは、新鮮な分泌細胞における各クラスターのトップマーカー遺伝子のスケーリングされた発現をプロファイリングしたヒートマップである ＩＨＣ染色は、ヒトＦＴＥでは、そのマーカーＳＴＭＮ１により細胞周期クラスターの存在および低い割合を示す。 ＩＨＣ染色は、ヒトＦＴＥでは、ＥＣＭクラスターのマーカーＲＧＳ１６の確証を示す。 ＫＲＴ１７、分泌マーカーＫＲＴ７（ＣＫ７）およびＨＬＡ－ＤＲのＩＦ染色は、ヒトＦＴＥでは、ＫＲＴ１７集団が分泌細胞であることを示す。 ＫＲＴ１７、分泌マーカーＫＲＴ７（ＣＫ７）およびＨＬＡ－ＤＲのＩＦ染色は、ヒトＦＴＥでは、ＭＨＣ ＩＩタンパク質であるＨＬＡ－ＤＲの高い発現を有することを示す。 ＫＲＴ１７および上皮マーカーＥ－カドヘリンのＩＦ染色は、ヒトＦＴＥ由来のオルガノイドでは、これがインビボモデルに存在する安定な集団であることを示す。 免疫蛍光染色は、ＣＤ４４およびＣＤ３（図３Ｃ）、ＣＤ４５およびＥｐＣＡＭ（図３Ｄ）ならびにＣＤ４５およびＣＤ３（図３Ｅ）の二重染色によって、ＥＰＣＡＭ＋ＣＤ４４＋ｐｅｇ細胞がリンパ球マーカーＣＤ４５およびＣＤ３に対して陽性であることを示した。 免疫蛍光染色は、ＣＤ４４およびＣＤ３（図３Ｃ）、ＣＤ４５およびＥｐＣＡＭ（図３Ｄ）ならびにＣＤ４５およびＣＤ３（図３Ｅ）の二重染色によって、ＥＰＣＡＭ＋ＣＤ４４＋ｐｅｇ細胞がリンパ球マーカーＣＤ４５およびＣＤ３に対して陽性であることを示した。 免疫蛍光染色は、ＣＤ４４およびＣＤ３（図３Ｃ）、ＣＤ４５およびＥｐＣＡＭ（図３Ｄ）ならびにＣＤ４５およびＣＤ３（図３Ｅ）の二重染色によって、ＥＰＣＡＭ＋ＣＤ４４＋ｐｅｇ細胞がリンパ球マーカーＣＤ４５およびＣＤ３に対して陽性であることを示した。上皮内ＣＤ４４＋ＣＤ３＋細胞もＣＤ４５＋およびＥｐＣＡＭ＋であった（黄色矢印）。本発明者らはまた、間質領域に上皮外ＣＤ４４＋ＣＤ３＋ＣＤ４５＋ＥｐＣＡＭ－細胞（赤色矢印）を観察した。これは、基底ＣＤ４４＋細胞が、リンパ球マーカーＣＤ３およびＣＤ４５に対して陽性である可能性が高いことを示唆している。 免疫蛍光染色は、基底細胞がＥＰＣＡＭ、ならびにメモリーＴ細胞マーカーＣＤ１０３に対して陽性であることを示唆している。 免疫蛍光染色は、基底細胞がＥＰＣＡＭ、ならびにメモリーＴ細胞マーカーＣＤ６９に対して陽性であることを示唆している。 図４Ａ～図４Ｆは、ＦＴＥ細胞サブタイプによるＨＧＳＯＣのバルク発現マトリックスのデコンボリューションにより、予後識別特性が明らかにされたことを示す図である。 図４Ａは、ＢＳＥＱ－ｓｃによるＦＴＥ ｓｃＲＮＡ－ｓｅｑデータに基づいて計算された５つの識別特性パネルを示す。ヒートマップの列（下部パネル）は、ＦＴＥの５つの細胞サブタイプ（上部パネル）に対応する。ヒートマップは、５つの識別特性（列）における５３個のマーカー遺伝子（行）の強度を表す。ＣｉｂｅｒｓｏｒｔによるＴＣＧＡ卵巣癌試験からの３０８個の腫瘍のデコンボリューション結果を示すヒートマップ。細胞の色は、腫瘍試料（行）全体の５つの識別特性（列）の割合（０～１）を示す。 主要な３つのＥＭＴドライバー、Ｔｗｉｓｔ（ＴＷＩＳＴ１およびＴＷＩＳＴ２）およびＳｎａｉｌ（ＳＮＡＩ２）の発現レベルが、ＥＭＴ高腫瘍では有意に増加することを示すバイオリンプロット（ｌｏｇ－ＦＣ＞１．８、ＦＤＲ＜２ｅ－１４）。 ＥＭＴの抑制因子であるｍｉＲＮＡ－２００ファミリー（ｍｉＲ－２００ａ、ｍｉＲ－２００ｂ、ｍｉＲ－２００ｃ、ｍｉＲ－１４１、ｍｉＲ－４２９）を含むｍｉＲＮＡが、ＥＭＴ高腫瘍とＥＭＴ低腫瘍との間で差次的に発現されることを示すボルケーノプロット。緑色および青色のドットは、有意に差次的に発現されるｍｉＲＮＡである（ｌｏｇ－ＦＣ＞０．５、ＦＤＲ＜０．０５）。青色のドットは、テキストラベルが隣にあるドットである。 図４Ａと同じ５つの識別特性パネルの図を異なる形式で示す。 図４Ａと同じ５つの識別特性パネルおよびヒートマップを示し、遺伝子の第１のパネルに従って遺伝子を列挙している。 同じ５つの識別特性パネルおよびヒートマップを示し、遺伝子の第２のパネルを列挙している。 図５Ａ～図５Ｋは、卵管上皮における単一細胞トランスクリプトームの様態、および品質管理を示す図である。 図５Ａのヒートマップは、アノテーションされた遺伝子オントロジーおよび経路に豊富な、新鮮群、一晩培養群およびＬＴ培養群との間で差次的に発現された遺伝子を示す。 バイオリンプロットにより、新鮮群と一晩培養群との間で差次的に発現される、３つの経路で示された遺伝子を示す（ＦＤＲ＜０．０５）。 バイオリンプロットにより、培養条件によって妨害されるＷｎｔシグナル伝達における、示された遺伝子（ＬＧＲ５、ＲＳＰＯ１およびＷＮＴ７Ａ）の発現を示す（ＦＤＲ＜０．０５）。 ドットプロットにより、培養条件が、ＬＧＲ５、ＲＳＰＯ１、ＷＮＴ７ＡおよびＨＥＳ６を含む、Ｗｎｔ経路に関連する遺伝子を発現する細胞の割合を変化させることを示す。 バイオリンプロットにより、一晩培養した後の３つの遺伝子（ＣＤ４４、ＥＳＲ１およびＯＶＧＰ１）の発現の乱れを示す。 バイオリンプロットにより、脂肪酸プロセシングに豊富な遺伝子が、一晩培養した後、一時的にオフになることを示す。 バイオリンプロットにより、細胞周期に豊富な遺伝子（ＳＴＭＮ１、ＣＣＮＡ１およびＴＫ１）が、ＬＴ培養後のほとんどの細胞では顕著にアップレギュレーションされ、発現されることを示す。 バイオリンプロットにより、新鮮細胞（ＫＲＴ７およびＰＡＸ８）における分泌細胞のマーカー遺伝子の発現を示す。 バイオリンプロットにより、新鮮細胞（ＣＣＤＣ１７、ＣＣＤＣ７８およびＣＡＰＳ）における線毛細胞のマーカー遺伝子の発現を示す。 線毛細胞マーカーＣＣＤＣ１７のＩＨＣ染色 線毛細胞マーカーＣＡＰＳのＩＨＣ染色 図６Ａ～図６Ｆは、中間細胞サブタイプを示す図である。 図６ＡのＰＣＡプロットは、中間細胞集団（灰色の円）が、分泌マーカー（ＫＲＴ７およびＰＡＸ８）および線毛マーカー（ＣＣＤＣ１７およびＣＡＰＳ）の発現を有することを示す。 ＴＵＢＢ４およびＣＡＰｓの両方のＩＦ染色は、ＴＵＢＢ４陽性線毛細胞がＣＡＰＳ陽性でもあることを示す。これにより、ＣＡＰＳが線毛細胞のマーカーであることが実証された。 ＣＫ７（ＫＲＴ７）およびＣＡＰＳのＩＦ染色は、分泌細胞の大部分がＣＫ７陽性およびＣＡＰＳ陰性であり、中間細胞が二重陽性であることを示す。 ＰＣＡプロットにより、中間細胞集団（灰色の円）が、分泌マーカー（ＫＲＴ７およびＰＡＸ８）および線毛マーカー（ＣＣＤＣ１７およびＣＡＰＳ）の発現を有することを示す。 ＴＵＢＢ４およびＣＡＰｓの両方のＩＦ染色は、ＴＵＢＢ４陽性線毛細胞がＣＡＰＳ陽性でもあることを示す。これにより、ＣＡＰＳが線毛細胞のマーカーであることが実証された。 ＣＫ７（ＫＲＴ７）およびＣＡＰＳのＩＦ染色は、分泌細胞の大部分がＣＫ７陽性およびＣＡＰＳ陰性であり、中間細胞が二重陽性であることを示す。 図７Ａ～図７Ｃは、新規の分泌サブタイプおよびそれらの分子的特徴を示す図である。 図７Ａは、発現データから参照されたコピー数変異体による単一ＦＴＥ細胞の品質管理を示す。 バイオリンプロットにより、細胞周期、ＤＮＡ修復およびクロマチンリモデリング経路に豊富な、細胞周期クラスター（Ｃ１０）の代表的なマーカー遺伝子のアップレギュレーションを示す。 バイオリンプロットにより、ＭＨＣ ＩＩ、サイトケラチン、アルデヒドデヒドロゲナーゼおよびｐ２１（ＣＤＫＮ１Ａ）を含む、ＫＲＴ１７クラスター（Ｃ４）の代表的なマーカー遺伝子のアップレギュレーションを示す。 図８Ａおよび図８Ｂは、ＨＧＳＯＣのバルク発現データのデコンボリューションを示す図である。 図８Ａのバイオリンプロットは、ＡＯＣＳ（Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｔｕｄｙ）データセットでは、悪性度２～３の腫瘍よりも悪性度１の腫瘍の方が線毛識別特性が豊富であることを示す。 バイオリンプロットにより、ＬＣＭ腫瘍試料と比較して、ＬＣＭ間質試料では、１２個のＥＭＴマーカーのうち６個が負に発現されるかダウンレギュレーションされることを示す。 図９Ａ～図９Ｄは、ｓｃＲＮＡ－ｓｅｑを使用することによる良性ドナーのＦＴＥにおける分泌サブタイプの検証を示す図である。 図９ＡのＵＭＡＰは、良性患者５例から得られたＦＴ試料中の集団を示す。各ドットは、そのドナーに従って色付けされた細胞である。 ＵＭＡＰプロットにより、癌患者（ｎ＝５）および良性患者（ｎ＝５）から得られたＦＴ試料中の集団を示す。左サブパネル、中央サブパネルおよび右サブパネルは、それぞれ全患者１０例、癌患者５例および良性患者５例から得られた細胞を含む。 ＵＭＡＰプロットにより、良性患者５例から得られたＦＴ試料中の集団を示す。各ドットは、良性患者から得られた分泌細胞を表す。ドットは、凡例に示すようにそれらのドナーに従って色付けされている。 散布プロットにより、良性患者および癌患者における各サブタイプのトランスクリプトーム特性を示す。細胞（ドット）は、各トランスクリプトーム識別特性（サブタイトル）のスコアに従って色付けされている。トランスクリプトーム識別特性のスコアは、各トランスクリプトーム識別特性におけるマーカー遺伝子の発現レベルのスケーリングされた中央の合計によって計算した。スコアは、各クラスターのマーカー遺伝子の発現に対応する。トランスクリプトーム識別特性を表Ｓ７に列挙する。 図１０Ａ～図１０Ｅは、図３に関連し、ｓｃＲＮＡ－ｓｅｑを使用することにより、良性ドナーのＦＴＥにおける分泌サブタイプを検証した図である。 図１０Ａは、検証セットの処理を示すフローチャートである。検証セットの処理では、本発明者らは、良性患者５例から得られた２１８５個の単一細胞トランスクリプトームをプロファイリングした。最初のフィルタリング後、図３Ａに示すように１８７５個の細胞を残した。データ統合を使用することにより、発見セットと検証セットとの間のバッチ効果を除去してから、２つのデータセットを併合した。次に、併合したデータセットをクラスタリングして、良性患者から得られたＦＴＥ分泌細胞における４つの分泌サブタイプを同定した。 散布プロットにより、良性患者５例から得られたＦＴ細胞におけるマーカー遺伝子の発現を示す。ｘ軸およびｙ軸は、ＵＭＡＰ分析の最初の２つの成分を表す。各ドット（細胞）は、マーカー遺伝子（サブタイトル）の発現レベルに従って色付けされている。結果は、ＣＤ４５＋白血球、ＣＯＬ１Ａ１＋間質細胞、ＫＲＴ７＋ＰＡＸ８＋ＥＰＣＡＭ＋分泌細胞およびＣＡＰＳ＋ＥＰＣＡＭ＋線毛細胞を示す。 ＩＨＣにより、良性患者のＦＴＥにおけるＳＴＭＮ１陽性細胞周期サブタイプを示す。 ＩＦ染色により、良性患者のＦＴＥにおけるＫＲＴ１７およびＥＰＣＡＭ二重陽性細胞（ＫＲＴ１７サブタイプ）を示す。 ＩＨＣ画像により、複数の良性患者のＦＴＥにおけるＳＰＡＲＣおよびＰＡＸ８二重陽性細胞を示す（矢印および破線円）。 ＥＭＴ高腫瘍では、ＥＭＴ低腫瘍と比較して、マクロファージＭ２の割合が有意に高いことを示す図である。片側Ｗｅｌｃｈ ｔ検定によるｐ値＝４．０９３ｅ－０５。ｙ軸は、マクロファージＭ２の割合を示す。各ドットは、ＴＣＧＡから得られた腫瘍試料である。 ＥＭＴ高腫瘍では、ＥＭＴ低腫瘍と比較して単球の割合が有意に高いことを示す図である。片側Ｗｅｌｃｈ ｔ検定によるｐ値＝８．０２１ｅ－１２。ｙ軸は単球の割合を示す。各ドットは、ＴＣＧＡから得られた腫瘍試料である。 ＥＭＴスコアを示す図である。ほとんどのマクロファージマーカーの発現レベルとは正に相関する。ｘ軸はマクロファージＭ２のマーカーである。ｙ軸は、ＥＭＴスコアとマーカー遺伝子の発現レベルとの間のＰｅａｒｓｏｎ相関係数である。
例１
緒言
ＦＴＥに関する限られた理解は、ＨＧＳＯＣをさらに調査するのを妨げている。したがって、ＦＴＥの細胞サブタイプをトランスクリプトームレベルで十分に試験する必要がある。本明細書では、本発明者らは、ＨＧＳＯＣまたは子宮内膜癌を有する患者から得られた卵管上皮をプロファイリングして、ＦＴＥ分泌細胞のサブタイプと、それらのマーカー遺伝子とを描出した。次いで、ＦＴＥ単一細胞から得られたこれらのマーカーを使用してＨＧＳＯＣを層別化し、総生存率が不良な腫瘍サブタイプを同定した。
結果
癌患者を対象としたヒト卵管の細胞調査
Ｓｍａｒｔ－Ｓｅｑ２技術（Ｐｉｃｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４）を使用して、卵巣癌患者６例および子宮内膜癌患者４例の卵管から得られた３，８７７個の単一細胞を分析した（図１Ａおよび表２）。フローサイトメトリーを使用して、シーケンシングの前に単一の上皮細胞（ＥＰＣＡＭ＋、ＣＤ４５－）、白血球（ＥＰＣＡＭ－、ＣＤ４５＋）および間質細胞（ＥＰＣＡＭ－、ＣＤ４５－）を同定および選別した。臨床試料におけるバッチ効果および患者特異的変動性の交絡を克服するために、差次的発現に基づくクラスタリングを使用した。このクラスタリング手法は、バッチ間の差次的発現（ＤＥ）パターンは類似しているが、様々な機能を有する細胞集団間で区別可能である機能的類似性の仮定に基づく（図１Ｂ）。本発明者らは、この手法を使用して、上皮細胞と非上皮細胞とを区別することができた（図１Ｃ）。
ただし、本発明者らは、単一細胞トランスクリプトームに対する培養条件の顕著な効果を観察した。最も注目すべきことに、一晩培養すると、細胞周期（例えば、ＲＧＣＣ、ｐ２１およびＭＣＭ４）、ＲＮＡプロセシング（例えば、ＰＯＬＲ２Ｂ、ＰＲＰＦ３およびＭＥＴＴＬ３）およびストレス応答（例えばＮＲ４Ａ１、ＦＯＳおよびＥＧＲ１）に関連する経路に著しい差次的発現変化が誘導された（図５Ａおよび５Ｂ）。さらに、Ｗｎｔシグナル伝達経路も有意に影響を受け、培養後にＬＧＲ５およびＲＳＰＯ１がダウンレギュレーションされ、ＷＮＴ７Ａがアップレギュレーションされた（図５Ｃおよび図５Ｄ）。重要なことに、一晩培養すると、ＦＴＥ細胞ではほとんど発現しないことが知られている遺伝子、例えば、ＣＤ４４の発現が誘導され（ｌｏｇ２倍数変化［ｌｏｇ－ＦＣ］＝３．８）（Ｐａｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０１２）、分泌細胞の重要なマーカー、例えば、エストロゲン受容体α（ＥＳＲ１）および卵管糖タンパク質１（ＯＶＧＰ１）の発現が減少した（図５Ｅ）（Ｃｅｒｎｙ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。一晩培養した線毛細胞では、線毛の組織化もダウンレギュレーションされた。さらに、同じ患者からの３つの条件にわたる擬時間解析（Ｃａｍｐｂｅｌｌ ａｎｄ Ｙａｕ，２０１８）により、新鮮細胞のトランスクリプトームが、一晩細胞群よりも長期（ＬＴ）培養細胞に類似していることが明らかにされた（図１Ｄ）。例えば、ＬＴ群では、脂肪酸代謝プロセス（例えば、ＢＤＨ２、ＡＬＫＢＨ７およびＰＴＧＲ１）は、一晩培養した後に一時的にダウンレギュレーションされ、次いでアップレギュレーションされたのに対して、ＲＮＡプロセシング経路はアップレギュレーションされた（図５Ａおよび図５Ｆ）。これにより、一晩培養細胞をその後の分析に含めると、意味のある結論を下すのを妨げるであろう重大なバイアスが導入され得ることが示唆された。同様に、ＬＴ群は新鮮細胞群に似ていたが、それらはまた、２つのサブグループへの独特の分割と、長期培養のアーチファクトを表す可能性があるスタスミンおよび細胞周期遺伝子の発現の妨害とを示した（図５Ｇ）。保存方法からの実質的な影響を避けるために、本発明者らは新鮮細胞のみに分析を集中させた。
上皮細胞内では、２つの以前に確立されたサブタイプ、分泌細胞および線毛細胞を同定した（図１Ｃ）。ＰＡＸ８およびＫＲＴ７の発現（図５Ｈ）、ならびに分泌細胞の多数の新たに同定されたマーカーによって、分泌細胞を特性評価した。線毛集団は、ＦＯＸＪ１ならびにコイルドコイルドメイン含有タンパク質ファミリーのメンバー、例えば、ＣＣＤＣ１７およびＣＣＤＣ７８の高い発現によって表された（図５Ｉおよび図５Ｊ）。このタンパク質ファミリーは、線毛機能に必須である（Ｋｌｏｓ Ｄｅｈｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。本発明者らはまた、卵管線毛細胞の以前に認識されていなかったマーカーの一覧、例えば、線毛関連経路に豊富なカルシウム結合タンパク質カルシフォシン（Ｃａｌｃｙｐｈｏｓｉｎ）（ＣＡＰＳ）を同定した（図５Ｉ、図５Ｋおよび図２Ａ）（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００２）。
２つの確立された細胞型に加えて、本発明者らは、分泌細胞マーカーＫＲＴ７の発現および線毛マーカーＣＡＰＳの高い発現（図２Ｂ、図２Ｃおよび図６Ａ）を特徴とするまれな（他のＫＲＴ７＋分泌細胞はＣＡＰＳ陰性である）中間型を発見し、ヒトＦＴＥを対象にこの集団を検証した（図２Ｄおよび図６Ｂ）。ＰＡＸ８は、おそらくその中程度の発現レベルが比較的高い脱落率を引き起こしたため、この集団のサブセットに発現された。さらに、一晩培養細胞ではこのサブタイプが豊富であり、ヒトＦＴＥから培養したオルガノイドでこのサブタイプを再現させた（図２Ｅ）。ただし、この中間集団の割合は低いため、この集団の特異的マーカーを同定するためにＤＥ分析を行うことは困難である。この中間集団は、分泌細胞と線毛細胞との間の中間細胞状態を表し得、これは、これらの２つの細胞型間の以前に仮定された転換と一致する（Ｇｈｏｓｈ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｈｅｌｌｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。
ＦＴＥにおける４つの新規な分泌サブタイプ
本発明者らは、次に、それらのトランスクリプトームに基づいて分泌細胞を分類しようと試みた。分泌細胞の純度を確保するために、細胞がＫＲＴ７およびＥＰＣＡＭの強力な発現を有し、ＣＣＤＣ１７またはＰＴＰＲＣの発現を有しない場合にのみ、細胞をその後の分析のために維持した。さらに、癌細胞の混入を含むことを回避するために、検出可能なコピー数変異体、またはヘテロ接合性の喪失を有する細胞を除外した（図７Ａ）（Ｆａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１８）。新鮮な分泌細胞にＤＥに基づくクラスタリングを適用することによって、それらが９つのクラスターにクラスタリングされることを見出した（図３Ａ）。炎症マーカーに豊富な患者特異的クラスター（Ｃ８）を除いて、他のクラスターはいずれも、複数の患者から得られた細胞を含んでいた。９つのクラスターのうち３つ（Ｃ１、Ｃ２およびＣ５）は特に際立った特徴を有さず、これらが静止状態の細胞集団を表す可能性があることが示唆された。クラスターＣ６は、ＦＯＳおよびＪＵＮなどの初期応答遺伝子の高い発現によって示されるように、細胞ストレスの証拠を有した（Ｈｏｎｋａｎｉｅｍｉ ｅｔ ａｌ．，１９９２）。
驚くべきことに、Ｃ７は、Ｇタンパク質シグナル伝達の調節因子（ＲＧＳ１６）、ならびに細胞外マトリックス（ＥＣＭ）経路に豊富な遺伝子（偽発見率［ＦＤＲ］＝１．８０Ｅ－１７）、例えば、ＴＩＭＰ３、ＳＰＡＲＣおよびＣＯＬ１Ａの高い発現を示した（図３Ｂおよび図３Ｃ）。本発明者らは、ＩＨＣを使用してこのサブタイプの存在を検証した（図３Ｂ）。この細胞型は、酸化ストレスへの慢性的曝露によって誘導され得（Ｍａｈａｌｉｎｇａｉａｈ ｅｔ ａｌ．，２０１５）、癌発症に関連し得る（Ｈａｎａｈａｎ ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，２０１１）上皮間葉転換（ＥＭＴ）によって生成され得る。この細胞型は、ＫＲＴ７およびＥＰＣＡＭを強く発現したため、ＦＴ間葉系細胞からの混入物ではない（図７Ｄ）。
クラスターＣ３は、ＲＮＡの合成および輸送に関与する遺伝子（例えば、ＰＴＢＰ１、ＺＮＦ２５９およびＰＲＰＦ３８Ａ）のアップレギュレーションを有した。これは、一過性の分化細胞集団を表していた可能性がある。クラスター４は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ遺伝子（例えば、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１およびＨＬＡ－ＤＰＢ１）、サイトケラチン（ＫＲＴ１７およびＫＲＴ２３）、アルデヒドデヒドロゲナーゼ（例えば、ＡＬＤＨ１Ａ１およびＡＬＤＨ３Ｂ２）およびＣＤＫＮ１Ａ（ｐ２１とも呼ばれる）のアップレギュレーションを特徴とする（図３Ａおよび図７Ｄ）。ＫＲＴ１７は、ＦＴＥ細胞の約５％に発現されることが報告されているが（Ｃｏｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９８）、ＭＨＣクラスＩＩ発現に豊富であるという事実は分かっていなかった。重要なことに、このＫＲＴ１７陽性クラスターを、ＩＦを使用してヒトＦＴＥを対象に検証し、ヒト卵管上皮細胞から増殖させたオルガノイド培養物で再現させ、これにより、これらが潜在的に重要な生物学的機能を有する細胞の堅牢な群を表すことが示唆された（図３Ｇ～図３Ｉ）。
Ｃ９クラスター（新鮮なＦＴＥＳＣの約１．６％）は、このクラスターのマーカー遺伝子が３つの経路、すなわち、細胞周期（例えば、ＭＣＭ２－７、ＭＫＩ６７、ＴＫ１およびＳＴＭＮ１）、ＤＮＡ修復（例えば、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＩおよびＭＳＨ２）およびクロマチンリモデリング（例えば、ＨＭＧＢ２およびＳＭＣ１Ａ）では豊富であったため、周期細胞を表していた可能性が最も高い（図３Ａ、図３Ｂおよび図７Ｂ）。ＦＴＥおよび他の細胞では、ＭＫＩ６７（Ｋｉ－６７としても知られる）は、増殖に関する周知のマーカーである（Ｋｕｈｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。２つのファンコーニ貧血遺伝子、ＦＡＮＣＤ２およびＦＡＮＣＩは、ＤＮＡ修復に不可欠なヘテロ二量体を形成することができ、ＭＣＭ２－７と相互作用することができる（Ｎａｌｅｐａ ａｎｄ Ｃｌａｐｐ，２０１８）。周期細胞の割合が比較的低いことは、細胞が得られた患者の年齢と一致する。
本発明者らはまた、ＩＦ染色によって、ＦＴＥの基底細胞として位置するＣＤ４５＋ＥＰＣＡＭ＋集団を確認した（図３Ｈ）。この集団はまた、ＣＤ３、ＣＤ４４、ＣＤ６９およびＣＤ１０３に対しても陽性であり（図３Ｇおよび図３Ｉ）、これらが組織常在Ｔリンパ球である可能性が高いことが示唆された。
デコンボリューションにより、予後不良の腫瘍サブタイプが明らかにされた
本発明者らは、ＦＴＥ細胞サブタイプがＨＧＳＯＣ腫瘍タイプと相関し得ると仮定した。４つの新規な分泌サブクラスおよび線毛細胞型に基づいて、以前に記載されたように（図４Ａ）（Ｂａｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６）、５つの主要なＦＴＥ細胞サブタイプ（細胞周期、ＥＭＴ、分化、ＫＲＴ１７クラスターおよび線毛）から得られた細胞型由来トランスクリプトーム識別特性を有する参照マトリックスを最初に計算した。次いで、得られた識別特性マトリックスをＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）からのバルク卵巣癌ＲＮＡ－ｓｅｑデータ、およびＡＯＣＳ試験からのマイクロアレイデータ（Ｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｔｏｔｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）に対するデコンボリューション分析（Ｎｅｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５）に使用して、各腫瘍内の５つのサブタイプの割合を生成した。これにより、本発明者らは、これら５つの細胞型について腫瘍全体に分散した組成の割合を見出した（図４Ａ）。ＴＣＧＡからの７５％超（２３３／３０８）の腫瘍では１つの細胞サブタイプ（割合＞０．５）が優勢であったが、残りの腫瘍は複数のサブタイプ由来の主成分を有する。例えば、ＡＯＣＳデータセットでは、悪性度２～３よりも悪性度１の腫瘍の方が線毛腫瘍サブタイプが豊富であり（ｐ＜１ｅ－０６、片側Ｗｉｌｃｏｘ検定、図８Ａ）、漿液性卵巣癌の悪性度がそれらの分化能に関連し得ることが示唆された。最も注目すべきことに、本発明者らは、複数のデータセットにおいてＥＭＴが豊富な腫瘍のクラスを同定することができた。これらの腫瘍では、「間葉系」ＨＧＳＯＣサブタイプに以前に関連付けられた遺伝子が豊富であった。本発明者らは、これらの腫瘍のマーカー遺伝子（ＦＤＲ＜０．０５、ｌｏｇ－ＦＣ＞１）が、接着点およびＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達経路で豊富である（ＦＤＲ＜０．０００２、ＤＡＶＩＤによる）ことを見出したが、これは、腫瘍細胞の生存にとって重要である（Ｆｒｅｓｎｏ Ｖａｒａ ｅｔ ａｌ．，２００４；ＭｃＬｅａｎ ｅｔ ａｌ．，２００５）。さらに、ＥＭＴ高腫瘍では、３つの重要なＥＭＴ遺伝子、ＴＷＩＳＴ１、ＴＷＩＳＴ２およびＳＮＡＩ２（Ａｎｓｉｅａｕ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｋａｎｇ ａｎｄ Ｍａｓｓａｇｕｅ，２００４；Ｊ．Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００４）がアップレギュレーションされ（図４Ｂ）、ＥＭＴがこの腫瘍サブタイプの根本的な機構であり得ることが示唆された。ＥＭＴ高腫瘍サブタイプが腫瘍試料中の間質細胞不純物のみによって引き起こされたどうかを試験するために、本発明者らは、患者１５例から採取した試料から得られた３６個のレーザー捕獲顕微解剖（ＬＣＭ）腫瘍に対してＲＮＡシーケンシングを行い、デコンボリューション分析に基づいて腫瘍を分類した。本発明者らは、レーザー捕獲顕微解剖腫瘍試料と間質試料との間のＥＭＴ識別特性における遺伝子の発現を比較した。予測通り、ＰＡＸ８およびＥＰＣＡＭの発現レベルは、腫瘍試料では、これらのマーカーがほとんど発現を示さなかった間質試料と比較して顕著に高かった（図８Ｂ）。対照的に、ＥＭＴ高マーカー（ＳＰＡＲＣ、ＴＩＭＰ３およびＭＦＡＰ４）は、腫瘍および間質の両方に高度に発現し、ＥＭＴ高腫瘍がこれらの遺伝子を真に発現することが確認された。さらに、本発明者らはまた、ＥＭＴ高腫瘍が、関与する高発現遺伝子の倍数性またはコピー数異常の副産物ではないことを確認した。
次に、本発明者らは、デコンボリューション分析からの５つの腫瘍サブタイプスコアのいずれかが生存率と相関するかどうかを試験した。ＥＭＴスコアは、不良な総生存率と有意に関連しており、年齢、病期および残存疾患の影響とは無関係であった（ｐ＜０．０５、Ｃｏｘ比例ハザードモデルによる）。関連の堅牢性は、毎回１０％の試料を除外する並べ替え検定（ｎ＝５００）によって確認した（経験的ｐ値＝０．０１２［ＴＣＧＡ］および０［ＡＯＣＳ］、並べ替え検定）。
ＨＧＳＯＣの間葉系サブタイプでは、ＥＭＴ識別特性を構成する１２個の遺伝子のうちの１つであるＳＰＡＲＣが以前に記載されたが（Ｔｏｔｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）、卵巣癌または他の癌では、いくつかの他のマーカー、例えば、ＳＦＲＰ４（Ｆｏｒｄ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、ＴＩＭＰ３（Ａｎａｓｔａｓｓｉｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０１１）、ＭＹＨ１１（Ｙ．－Ｒ．Ｌｉ ａｎｄ Ｗ．－Ｘ．Ｙａｎｇ，２０１６）およびＥＦＥＭＰ１（Ｙｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６）がＥＭＴに関連することが報告された。それにもかかわらず、この腫瘍タイプと特定のＦＴＥ細胞サブタイプとの関連は以前には明らかにされていなかった。間葉系サブタイプは、予後不良に関連すると以前は考えられていたが、おそらくこの腫瘍群を定義することが困難であったため、観察結果の再現性は一定ではなかった。ＡＯＣＳデータセット（Ｔｏｔｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）と、ＣｕｒａｔｅｄＯｖａｒｉａｎＤａｔａデータベース（Ｇａｎｚｆｒｉｅｄ ｅｔ ａｌ．，２０１３）からの６つの追加のマイクロアレイデータセット（Ｎ＞１００）とを含む別の７つの独立したデータセットでは、デコンボリューションからのＥＭＴスコアを使用して、不良な生存率と一致して有意な相関を有する（ｐ＜０．０３）堅牢な分類を達成した（表３）。
ＴＣＧＡ ｍｉＲＮＡデータのＤＥ分析により、ＥＭＴ高腫瘍では、ｍｉＲＮＡ－２００ファミリー（ｍｉＲ－２００ａ、ｍｉＲ－２００ｂ、ｍｉＲ－２００ｃ、ｍｉＲ－１４１およびｍｉＲ－４２９）がダウンレギュレーションされることが明らかにされ（ＦＤＲ＜０．０１、ｌｏｇ－ＦＣ＜－０．５）、これは、このｍｉＲＮＡファミリーが、間葉系表現型を有する浸潤性乳癌細胞株では、ＥＭＴプロセスを抑制し、その喪失がＥＭＴを活性化し得るという以前の発見（Ｇｒｅｇｏｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００８）と一致する。本発明者らはまた、ＥＭＴ高腫瘍では、ｍｉＲＮＡ－４８３およびｍｉＲＮＡ－２１４が有意にアップレギュレーションされるのに対して、ｍｉＲＮＡ－５１３ｃ、ｍｉＲＮＡ－５０９およびｍｉＲＮＡ－５１４がダウンレギュレーションされることを見出した（図４Ｃ）。以前の試験では、ｍｉＲＮＡ－４８３およびｍｉＲＮＡ－２１４が癌の進行に重要な役割を果たすことが示唆されたが（Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、ＥＭＴまたはＥＣＭとのそれらの関連は完全には試験されていない。
Figure 2022522428000006
Figure 2022522428000007
例２
非癌ＦＴＥ細胞に対する癌細胞の潜在的なパラクリン作用を排除するために、本発明者らは、良性（非癌）ドナーから得られたＦＴＥ細胞における４つの分泌サブタイプの存在を検証した。本発明者らは、良性状態の患者５例から得られた卵管の１８５７個の単一細胞トランスクリプトームを最初に分析した（図９Ａ、図１０Ａ～図１０Ｂ）。次に、バッチ補正アンカー（ｂａｔｃｈ－ｃｏｒｒｅｃｔｉｎｇ ａｎｃｈｏｒ）（Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌ．，２０１９．Ｃｅｌｌ １７７，１８８８－１９０２．ｅ２１）を計算することによって、良性患者から得られた新鮮な分泌細胞を癌患者から得られたアノテーションされた細胞と統合した。統合データのクラスタリングは、４つの分泌サブタイプが非癌ドナーのＦＴＥにも存在することを示した（図９Ｂ～図９Ｄ）。良性ドナーから得られたＦＴ試料に対する免疫蛍光検査（ＩＦ）および免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）を使用してさらに検証することにより、上記の結果を確認した（図１０Ｃ～図１０Ｅ）。全体として、これらの結果は、新しい分泌サブタイプが、近くの癌細胞の影響によって、または癌負荷の全身的影響によって引き起こされるアーチファクトではなかったことを実証している。
例３
本明細書における本発明によれば、以下の表３に示すように、細胞識別特性マーカーの第１のパネルを同定した。マーカー遺伝子を選択するための閾値を調整した追加の分析の後、以下の表４に示すように、細胞識別特性マーカーの第２のパネルを同定した。両パネルは細胞識別特性を同定するのに有用であることが判明しているが、第２のパネルの方が、複数のデータセットにわたって有意な（ｐ＜０．０５）および再現可能な結果をもたらした。
表３．第１のパネル。表は、５２個のマーカー遺伝子を列挙している。ＨＧＮＣ遺伝子記号は２列目に、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子ＩＤは４列目に、Ｅｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤは５列目に列挙されている。３列目は、遺伝子がどの識別特性に属するかを記載している。６列目から１０列目は、特定の細胞状態識別特性における各遺伝子のスケーリングされた発現レベルを示す。数字は、細胞状態割合を計算するためにデコンボリューション工程で使用される。
Figure 2022522428000008
Figure 2022522428000009
Figure 2022522428000010
表４．第２のパネル。表は、５２個のマーカー遺伝子を列挙している。ＨＧＮＣ遺伝子記号は２列目に、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子ＩＤは４列目に、Ｅｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤは５列目に列挙されている。３列目は、遺伝子がどの識別特性に属するかを記載している。６列目から１０列目は、特定の細胞状態識別特性における各遺伝子のスケーリングされた発現レベルを示す。数字は、細胞状態割合を計算するためにデコンボリューション工程で使用される。
Figure 2022522428000011
Figure 2022522428000012
Figure 2022522428000013
第１のパネルと第２のパネルとの比較
生存分析結果を比較することにより、第２の遺伝子パネルの方が、複数のデータセットにわたって有意性（ｐ＜０．０５）および再現性の高い結果をもたらした。
Figure 2022522428000014
Figure 2022522428000015
例４－免疫表現型
本発明者らは、ＥＭＴスコアがＳＯＣの免疫表現型と相関するかどうかを調査した。本発明者らは、ＣＩＢＥＲＳＯＲＴを使用することによって、ＴＣＧＡデータ内の複数のタイプの白血球の割合を計算した。２組のデコンボリューション結果をもたらすＬＭ２２およびＬＭ６識別特性の両方を使用した。ＬＭ２２を使用することによってもたらされた結果では、ＥＭＴ高腫瘍は、マクロファージＭ２の有意に比較的高い割合を有する（図１１Ａ）。ＬＭ６を使用することによってもたらされた結果では、ＥＭＴ高腫瘍は、単球の有意に比較的高い割合を有する（図１１Ｂ）。本発明者らは、次に、ＥＭＴスコアとマクロファージマーカー遺伝子の発現レベルとの間の関連分析を行い、これは、ＥＭＴスコアとマクロファージマーカーの発現との間にも正の相関が存在することを示している（図１１Ｃ）。全体として、結果は、漿液性卵巣腫瘍では、マクロファージＭ２とＥＭＴ成分との間に正の関連があることを示唆している。したがって、対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法は、免疫療法が腫瘍を標的とするために使用され得ることを示し得る。
参考文献
本明細書で引用される参考文献はいずれも、参照により組み込まれる。
Figure 2022522428000016

Figure 2022522428000017

Figure 2022522428000018

Claims (18)

  1. 対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定する方法であって、
    前記対象から得られた試料を提供することと、
    前記試料中のＨＧＳＯＣバイオマーカーの存在を検出することとを含み、
    ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出することにより、分化細胞型、
    ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出することにより、ＫＲＴ１７クラスター細胞型、
    ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択される上皮間葉転換（ＥＭＴ）バイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出することにより、上皮間葉転換（ＥＭＴ）細胞型、
    ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出することにより、細胞周期細胞型、ならびに
    ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出することにより、線毛細胞型の存在を検出することを含み、
    前記バイオマーカーのレベルが、前記対象の前記高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合を決定するために使用される方法。
  2. 前記対象の前記高悪性度漿液性卵巣癌内のＥＭＴ細胞の割合が、前記対象の前記高悪性度漿液性卵巣癌が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスであるかどうかを示すために所定の閾値レベルと比較される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記分化、ＫＲＴ１７クラスター、細胞周期および線毛バイオマーカーと比較した前記ＥＭＴバイオマーカーのレベルが、ＥＭＴ細胞の割合を示し、所定の閾値レベルを超えるＥＭＴ細胞の割合が、前記対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを示す、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 対象の試料中のバイオマーカーのパネルを検出する方法であって、
    対象から得られた試料を提供することと、
    ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
    ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上の存在を検出することとを含む方法。
  5. 前記バイオマーカーをコードする前記核酸が、前記バイオマーカーのｍＲＮＡ転写物またはそのｃＤＮＡコピーを含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
  6. バイオマーカーのレベルを検出することが、前記バイオマーカーをコードする核酸に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブの使用を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記バイオマーカーの転写物レベルを決定することを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記対象から得られた前記試料が、卵巣癌生検組織である、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
  9. ５２個全部の前記バイオマーカーが検出される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
  10. プローブのパネルを含む組成物であって、前記プローブが、
    ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
    ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものである組成物。
  11. 対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定するためのキットであって、前記キットが、プローブのパネルを含み、前記プローブが、
    ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
    ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を検出するためのものであるキット。
  12. プローブの前記パネルが、５２個全部の前記バイオマーカーに対するプローブを含む、請求項１０に記載の組成物、または請求項１１に記載のキット。
  13. ＨＧＳＯＣの治療または予防のための薬剤、薬剤組合せまたは組成物を用いて治療するための患者を選択する方法であって、請求項１から３および５から９のいずれか一項に記載の方法に従って対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の状態を決定することを含み、ＨＧＳＯＣのＥＭＴサブクラスの決定が、前記対象が前記薬剤、薬剤組合せまたは組成物を投与されるべきであるか投与されるべきでないかを示す方法。
  14. 対象の高悪性度漿液性卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）の治療に使用するためのＰＩ３Ｋ経路阻害剤および／または免疫療法剤であって、前記治療が、請求項１から３および５から９のいずれか一項に記載の方法による前記対象の高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスの決定に基づいて、治療の対象として前記対象を選択することを含むＰＩ３Ｋ経路阻害剤および／または免疫療法剤。
  15. 高悪性度漿液性卵巣癌の治療方法であって、前記対象が、請求項１から３および５から９のいずれか一項に記載の方法に従って、高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有すると決定され、
    前記治療方法が、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤および／または免疫療法剤を前記対象に投与することを含む治療方法。
  16. 対象の高悪性度漿液性卵巣癌を治療する方法であって、
    患者が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有するかどうかを決定するために、前記対象から得られた組織試料のバイオマーカーアッセイの結果を受け取る工程と、
    前記対象が高悪性度漿液性卵巣癌のＥＭＴサブクラスを有する場合、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤および／または免疫療法剤を前記対象に投与する工程とを含み、
    前記バイオマーカーアッセイが、請求項１から３および５から９のいずれか一項に記載の方法に従う方法。
  17. ＨＧＳＯＣを有する対象から得られた組織試料中に存在するＥＭＴ細胞の割合を決定するための、または対象のＨＧＳＯＣの状態を決定するためのバイオマーカーのパネルの使用であって、前記バイオマーカーが、
    ＬＴＢＰ４、ＰＴＧＳ１、ＳＬＣ２５Ａ２５、ＬＡＭＣ２、ＬＲＧ１、ＤＨＣＲ２４、ＰＬＫ３およびＬＤＬＲを含む群から選択される分化細胞バイオマーカータンパク質および／または分化細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＰ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＫＲＴ２３、ＡＬＤＨ３Ｂ２、ＳＵＳＤ２、ＤＥＦＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＣＹＰ４Ｂ１およびＰＩＧＲを含む群から選択されるＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質および／またはＫＲＴ１７クラスター細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＳＰＡＲＣ、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＤＣＮ、ＳＦＲＰ４、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＴＩＭＰ３、ＣＮＮ１、ＭＹＨ１１、ＭＦＡＰ４、ＥＮＧ、ＥＦＥＭＰ１およびＲＧＳ１６を含む群から選択されるＥＭＴバイオマーカータンパク質および／またはＥＭＴバイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、
    ＦＥＮ１、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＺＷＩＮＴ、ＰＲＣ１、ＡＳＦ１Ｂ、ＭＣＭ４、ＧＩＮＳ２、ＣＥＮＰＭ、ＭＣＭ２、ＴＫ１、ＭＣＭ６、ＳＭＣ４、ＣＥＮＰＵおよびＭＡＤ２Ｌ１を含む群から選択される細胞周期バイオマーカータンパク質および／または細胞周期バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上、ならびに
    ＴＥＫＴ１、ＦＡＭ９２Ｂ、ＳＮＴＮ、ＬＲＲＣ４６、ＥＦＣＡＢ１、ＣＤＨＲ３、Ｃ６ｏｒｆ１１８、ＣＣＤＣ７８、ＴＵＢＡ４Ｂ、Ｃ２０ｏｒｆ８５およびＣＡＰＳＬを含む群から選択される線毛細胞バイオマーカータンパク質および／または線毛細胞バイオマーカータンパク質をコードする核酸のうちの１つ以上を含む使用。
  18. 請求項１０もしくは１２に記載の組成物または請求項１１もしくは１２に記載のキットの使用を含む、請求項１７に記載の使用。
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