JP2022522027A - 抗原特異的免疫細胞におけるcd160機能をモジュレートする方法およびその使用 - Google Patents

抗原特異的免疫細胞におけるcd160機能をモジュレートする方法およびその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、外因性CD160タンパク質を発現する改変抗原特異的免疫細胞を提供する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、操作されたTCRまたはCARなどの、機能的外因性受容体をさらに含む。本発明はまた、抗原特異的免疫細胞中のCD160活性をモジュレートする方法も提供する。本発明はまた、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞およびCD160活性のモジュレーターを使用する、がん処置のための方法および医薬組成物も提供する。

Description

関連出願との相互参照
本出願は、2019年3月1日に出願された米国仮特許出願第62/812,897号の利益を主張し、それぞれの内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ASCIIテキストファイルでの配列表の提出
ASCIIテキストファイルでの以下の提出の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる:コンピューター可読形態(CRF)の配列表(ファイル名:756592000240SEQLIST.TXT、記録日:2020年2月24日、サイズ:17KB)。
本発明は、操作された抗原認識を用いて、または用いずに、天然の、および操作された抗原特異的αβT細胞を含む抗原特異的免疫細胞ならびにナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞、およびマクロファージなどの他の免疫細胞におけるCD160機能をモジュレートする方法、およびその使用に関する。本発明はまた、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞、ならびにがんの処置における抗原特異的免疫細胞の機能をモジュレートするためのその使用方法に関する。
T細胞は、感染およびがんから、我々の身体を保護する天然の薬である。特に、がん患者を処置するためのチェックポイント遮断およびキメラ抗原受容体(CAR)T細胞療法によって、腫瘍標的化T細胞を効率的に再びエンゲージすることができる。これらの免疫療法の成功は、T細胞ががん処置にとって非常に有効であることを明確に確立し、がんに対する戦いにおいてT細胞を活性化し、エンゲージするための多様な手法の探索に火を付けている。先駆的研究者および医師は、過去半世紀にわたって、ヒト固形腫瘍を処置するために腫瘍標的化T細胞の養子移入を探索してきた。in vitroで活性化されたT細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原(TCR-T)を認識する特異的T細胞受容体(TCR)を有するT細胞、および腫瘍抗原をロードした樹状細胞に由来するT細胞(DC-T)を含む、様々な腫瘍標的化T細胞を試験し、前臨床モデルおよびヒト患者において有望な有効性を示した。より最近では、突然変異がん細胞に由来する新生抗原を認識するT細胞が、肺がんおよび乳がんのための養子T細胞療法において使用され、一部の症例において有効性を示した。それにも拘わらず、放射線、ワクチン接種、化学療法、および抗腫瘍サイトカインIL-2の同時輸注などの他の療法を援用したとしても、腫瘍標的化T細胞の養子移入を用いた固形腫瘍の持続的制御および除去を再現性よく達成することが困難であった。
輸注された腫瘍標的化T細胞による比較的低い応答率および腫瘍制御の最終的な喪失は、T細胞に対する多様な内因性および外因性の障壁に起因し得る。これらの障壁は、恒常性免疫寛容機構ならびに腫瘍誘導性免疫抑制機構に由来する。特に、これらの寛容力は、T細胞による腫瘍の有効な制御を防止する障壁を作り出した。例えば、正および負の胸腺選択を含む中枢性寛容機構によって制御される、天然に存在する抗腫瘍T細胞は、非突然変異腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に対する低いか、または中間の親和性を有するT細胞受容体(TCR)を有することが多い。さらに、進化する腫瘍は、クラスIまたはIIの腫瘍組織適合複合体(MHC)分子の発現を減少させ、事実上、腫瘍細胞上への腫瘍抗原の提示を制限し、結果として、コグネートTCRを有するT細胞による認識を制限する。これらの障壁を克服するために、様々な成功の度合いで、この分野において多くの努力が払われた。CARは、T細胞を腫瘍細胞と効率的にエンゲージし、T細胞による、不十分な腫瘍認識または腫瘍認識の喪失を克服するのを助ける。顕著なことに、CD19またはBCMA抗原を標的とするCAR-T細胞は、それぞれ、B細胞白血病/リンパ腫または多発性骨髄腫を除去することができる。他の手法は、in vitroでの進化を介して腫瘍特異的TCRの親和性をブーストすることによって、または有効性に対する適度の改善を示す新生抗原を認識するTCRを選択することによって、認識障壁の克服に焦点を合わせた。
これらの戦略は有望であるが、腫瘍標的化T細胞に、確立された腫瘍を除去させるか、またはそれを持続的に制御させるために克服しなければならない、抗原認識を超えるさらなる障壁が存在する。特に、腫瘍内のT細胞を活性化しない、コールド腫瘍は、予後不良および免疫療法に対する低い応答性と相関する。チェックポイント抑制、T細胞特異的化学誘引物質のシャットダウン、好ましくない栄養摂取および低酸素症の結果としてのT細胞疲弊だけでなく、腫瘍微小環境における他の多くの未知の因子も、コールド腫瘍現象に寄与し得ることが前提とされてきた。腫瘍におけるT細胞輸送および活性化を強化するために、多様な遺伝子操作戦略が探索された。ケモカイン受容体の異所性発現または腫瘍特異的T細胞中のVEGFRを認識するCARは、移入されたT細胞による腫瘍制御をブーストすることが示された。さらに、腫瘍特異的T細胞中での、PD-1、またはCBLB、またはアデノシン2A受容体などの負のT細胞調節因子の不活化は、T細胞の抗腫瘍機能の増強をもたらした。興味深いことに、PGC1アルファ、もしくはOPA1の異所性発現、またはCD278シグナル伝達ドメインを有するCARなどの、ミトコンドリア発生および酸化的リン酸化を増強するシグナルも、移入されたT細胞の抗腫瘍機能をブーストすることができる。腫瘍制御におけるT細胞機能は多様な分子および細胞プロセスによって強化され得るが、これらの戦略は一般には、T細胞によって持続的な腫瘍制御を可能にするか、または確立された腫瘍を除去するには不十分であり、かくして、固形腫瘍の持続的制御および除去のために腫瘍標的化T細胞を再プログラミングするために使用することができる分子を検索することが重要である。
CD160は、27kDaの糖タンパク質であり、モノクローナル抗体BY55を用いてヒトナチュラルキラー細胞上で最初に同定された(Maiza et al., 1993, J Exp Med.. 178(3):1121-6)。後に、優性型のCD160は、主なCD16+NK細胞サブセット、NK-T細胞、γδ-T細胞、CD4 T細胞およびCD8+細胞溶解性T細胞の一部のサブセット、ならびに活性化された内皮細胞に見出されるグリコシル-ホスファチジルイノシトール(GPI)アンカー免疫グロブリン(Ig)様細胞膜受容体である(Le Bouteiller et al., 2011, Immunol Lett., 138(2):93-6)。ヒトCD160のcDNA配列は、単一のIg様ドメインを有する181アミノ酸の、システインに富むグリコシルホスファチジルイノシトールアンカータンパク質をコードする。続いて、膜貫通ドメインを含む、および/または細胞外Ig様ドメインを含まない、さらなるアイソフォームが同定された。CD160は、堅くジスルフィド結合した多量体として細胞表面に発現される。CD160は、HVEMのリガンドであり、CD160のHVEMへの結合は、T細胞阻害およびアネルギーをもたらした(Cai et al., 2009, Nat Immunol., 9(2):176-185)。CD160は、抗PD-1抗体と共に抗がん活性を有する免疫チェックポイント阻害剤と考えられることが多い(Stecher et al., 2017, Front Immunol., 8:572)。CD160は、HVEMへの結合についてBTLA(CD272)と競合すると提言されている(Kojima et al., 2011, J Mol Biol., 413(4):762-72)。NK細胞および一部のヒトT細胞のサブセット上のマウスおよびヒトCD160は、MHCクラスIaおよびIbに対する低い親和性を有し、NKおよびT細胞活性化において役割を果たし得る(Maeda et al., 2005, J Immunol., 175(7):4426-32;Agrawal et al., 1999, J Immunol., 162(3):1223-6)。CD160はまた、内皮細胞によっても発現され、現行の抗血管新生薬に応答しない、またはそれに耐性になるヒトの病理学的な眼および腫瘍の血管新生の場合に潜在的な新しい標的として提唱されている(Chabot et al., 2011, J Exp Med., 208(5):973-86)。マウスにおけるCD160機能分析の喪失は、CD160がNK媒介性IFN-γ産生にとっては重要であるが、NK細胞の細胞溶解活性にとっては重要ではなく、見かけ上、Tリンパ球の発生および機能に必要とされないことを示していた(Tu et al., 2015, J Exp Med., 212(3):415-29)。今までのところ、確立された腫瘍の制御および除去における抗原特異的T細胞上のCD160の機能に関する公開された証拠はない。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、特許出願および公開特許出願の開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
Maiza et al., 1993, J Exp Med.. 178(3):1121-6 Le Bouteiller et al., 2011, Immunol Lett., 138(2):93-6
本出願は、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞、およびがんを処置するためのその使用方法を提供する。本発明はまた、抗原特異的免疫細胞中のCD160活性をモジュレートする方法も提供する。
本出願の一態様は、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、免疫細胞がT細胞である、改変抗原特異的免疫細胞を提供する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、抗原提示細胞(APC)により活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、樹状細胞(DC)により活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む。
上記の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜結合型である。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIリンカーを介して膜に結合している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、免疫細胞の表面分子に結合する。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、CD160スプライスバリアントに由来する細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットは、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される。
上記の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜結合型であり、細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含まない。
上記の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。
本出願の一態様は、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、免疫細胞がT細胞である、方法を提供する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。
上記の生産方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む。一部の実施形態では、生産方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞中に、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む。一部の実施形態では、核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、核酸は、DNAである。一部の実施形態では、核酸は、トランスフェクションによって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。一部の実施形態では、核酸は、形質導入または電気穿孔によって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む。
上記の生産方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜結合型である。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIリンカーを介して膜に結合している。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、免疫細胞の表面分子に結合する。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、CD160スプライスバリアントに由来する細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットは、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される。
上記の生産方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜結合型であり、細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含まない。
上記の生産方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸を含む。一部の実施形態では、生産方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞と、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸とを接触させることをさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、別々のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じベクター上にある。一部の実施形態では、第1の核酸および/または第2の核酸は、別々のベクター上にある。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、エピソームベクター発現ベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、およびその誘導体からなる群から選択される。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。
上記の生産方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、方法は、第1および/または第2の核酸を含む免疫細胞を単離または富化することをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、CD160を発現する改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む。
また、上記の生産方法のいずれか1つに記載の方法によって生産された改変抗原特異的免疫細胞も提供される。
さらに、上記の改変免疫細胞のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が提供される。
本出願の別の態様は、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、上記の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞または上記の医薬組成物のいずれか1つに記載の医薬組成物の有効量を投与することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、個体に由来する。本出願のさらに別の態様は、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、個体中の免疫細胞上の表面分子を認識する結合部分を含む、方法を提供する。
上記の処置方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、投与は、腫瘍内投与である。一部の実施形態では、投与は、リンパ節への投与である。一部の実施形態では、疾患は、がんである。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、がんは、転移性がんである。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、肺がん、食道がん、膵がん、乳がん、肝臓がん、脳がん、卵巣がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、個体は、ヒトである。
本発明の一態様は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する方法であって、抗原特異的免疫細胞と、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強することを含み、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強する。
本発明の一態様は、個体における免疫疾患を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、免疫疾患は、自己免疫疾患または炎症性疾患であり、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する。
本発明の一態様は、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。本発明の別の態様は、個体における感染を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。
改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つを含む組成物、使用、キットおよび製品も提供される。
図1Aは、FACSによって分析された、対照Pmel T細胞と比較した、Pmel T細胞中でのマウスCD160の異所性発現を示す。図1Bは、対照と比較した、外因性CD160で改変されたPmel T細胞のためのCD160染色の中央蛍光強度(MFI)を示す。
図2Aは、細胞内染色およびFACS分析によって決定された、T細胞中でのグランザイムAおよびパーフォリンのレベルに対する外因性CD160発現の効果を示す。図2Bは、細胞内染色およびFACS分析によって決定された、T細胞中でのINF-γおよびTNFαのレベルに対する外因性CD160発現の効果を示す。図2Cは、B16F0黒色腫腫瘍細胞と同時培養した場合の、対照ウイルスまたはCD160ウイルスを感染させたPmel T細胞の細胞溶解活性分析を示す。 同上。
図3Aは、対照Pmel T細胞(B16F0中の腫瘍抗原に特異的なT細胞)または10万、20万、30万もしくは40万個のCD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズに対する効果を示す。図3Bは、対照Pmel T細胞、CD160改変脾臓T細胞(B16F0抗原に非特異的)ならびにCD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズに対する効果を示す。
図4Aは、シクロホスファミド(CYP)プレコンディショニングおよび(a)対照Pmel T細胞;または(b)CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。図4Bは、CD160改変Pmel T細胞で処置した代表的なマウスの様々な時点での増殖曲線および選択された腫瘍イメージを示す。図4Cは、CYPプレコンディショニングおよび(a)対照Pmel T細胞;または(b)CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0黒色腫担持マウスのKaplan-Meier生存分析を示す。 同上。
図5Aは、CYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)15万個の対照Pmel T細胞;または(c)15万個の対照CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。図5Bは、CYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)30万個の対照Pmel T細胞;または(c)30万個の対照CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。図5Cは、CYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)対照Pmel T細胞;(c)15万個の対照CD160改変Pmel T細胞;または(d)30万個の対照CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F0黒色腫担持マウスのKaplan-Meier生存分析を示す。 同上。
図6Aは、未処置のままの、またはCYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)対照Pmel T細胞;もしくは(c)CD160改変Pmel T細胞を投与した転移性B16F10担持マウスの平均腫瘍サイズに対する効果を示す。図6Bは、未処置のままの、またはCYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)対照Pmel T細胞;もしくは(c)CD160改変Pmel T細胞を投与した転移性B16F10担持マウスの個々の腫瘍サイズに対する効果を示す。 同上。
図7Aは、CYPプレコンディショニングおよび(a)対照Pmel T細胞;または(b)CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F10担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。図7Bは、CYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)対照Pmel T細胞;または(c)CD160改変Pmel T細胞を投与したB16F10黒色腫担持マウスのKaplan-Meier生存分析を示す。
図8A~Cは、CYPプレコンディショニングおよびPBS、mCD160改変Pmel T細胞、または示されるようなCD160キメラ(図8A中のGEM124、125;図8B中のGEM126、127;および図8C中のGEM123、128)の1つで改変されたPmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。 同上。 同上。
図9Aは、左から右に向かって、GPIアンカー型mCD160、GPIアンカー型hCD160アイソフォーム、膜貫通型hCD160アイソフォーム、および細胞内ドメインを含有する膜貫通型hCD160アイソフォームを示す概略図である。図9Bは、マウスとヒトのCD160アイソフォームのヌクレオチド配列およびその間の保存度を示す。 同上。
図10Aは、CYPプレコンディショニングおよび(a)対照Pmel T細胞(VECTOR);または(b)それぞれ、外因性GPIアンカー型mCD160、GPIアンカー型hCD160アイソフォーム、膜貫通型hCD160アイソフォーム、もしくは細胞外ドメインを含有する膜貫通型hCD160アイソフォームで改変されたPmel T細胞を投与したB16F0担持マウスの腫瘍サイズにおける相対的変化を示す。図10Bは、CYPプレコンディショニングおよび(a)対照Pmel T細胞(VECTOR);または(b)それぞれ、外因性GPIアンカー型hCD160アイソフォーム、膜貫通型hCD160アイソフォーム、もしくは細胞外ドメインを含有する膜貫通型hCD160アイソフォームで改変されたPmel T細胞を投与したB16F0黒色腫担持マウスのt Kaplan-Meier生存分析を示す。 同上。
図11Aは、ルイス肺がん(LLC)細胞と同時培養した場合の、対照ウイルスまたはmCD160ウイルスに感染させたLLCから抽出された腫瘍浸潤性T細胞(TIL)の細胞溶解活性分析を示す。図11Bは、外因性CD160またはCD160キメラ(GEM124)で改変されたLLC TILによるLLC腫瘍制御能力に関するin vivo実験の代表的な概略図を示す。図11Cは、未処置のままの、またはCYPプレコンディショニングおよび(a)PBS;(b)対照TIL;(c)mCD160改変TIL;もしくは(d)CD160キメラGEM124で改変されたTILを投与したLLC担持マウスのKaplan-Meier生存分析を示す。 同上。
図12Aは、ヒトCD160またはCD160TCなどのそのバリアントを過剰発現するCD19-CAR-T細胞を代表する概略図を示す。図12Bは、CD19などの、CAR認識腫瘍特異的抗原と一緒に、ヒトCD160またはそのバリアントを過剰発現するように設計されたレンチウイルスベクター構成を示す。 同上。
図13Aは、huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞と、CD160を過剰発現しないCD19-CAR-T細胞(野生型CD19-CAR-T)との増殖を示す。図13Bは、培養2週間後の、huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞と、野生型CD19-CAR-T細胞との生存能力を示す。図13Cは、様々なエフェクターの標的に対する(E:T)比での、huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞と、野生型CD19-CAR-T細胞との細胞溶解活性分析を示す。図13Dは、huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞と、野生型CD19-CAR-T細胞とにおけるIFN-g産生を示す。図13Eは、(a)CAR-T細胞なし(なし);(b)対照CD19-CAR-T細胞(19CAR)または(c)huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞(CD160TC 19CAR)を投与したNalm6腫瘍担持マウスにおける腫瘍サイズを示すトポグラフを示す。図13Fは、(a)CAR-T細胞なし(--);(b)野生型CD19-CAR-T細胞または(c)huCD160TCを過剰発現するCD19-CAR-T細胞(CD160TC)を投与したRamos腫瘍担持マウスのKaplan-Meier生存分析を示す。 同上。
図14Aは、ヒトCD160またはhuCD160TCなどのそのバリアントを過剰発現するNY-ESO-1特異的TCR-T細胞を代表する概略図を示す。図14Bは、NY-ESO-1特異的TCRなどの、TCR認識腫瘍特異的抗原と一緒に、ヒトCD160またはそのバリアントを過剰発現するように設計されたレンチウイルスベクター構成を示す。 同上。
図15Aは、野生型1G4-TCR-T細胞およびhuCD160TCを発現する1G4-TCR-T細胞に関する、四量体分析によって決定されたNY-ESO-1特異的1G4-TCRレベルを示すFACS分析を示す。図15Bは、huCD160TCを過剰発現する1G4-TCR-T細胞と、CD160を過剰発現しない1G4-TCR-T細胞(野生型1G4-TCR-T)との増殖を示す。図15Cは、野生型1G4-TCR-T細胞およびhuCD160TCを発現する1G4-TCR-T細胞中の幹/記憶T細胞のパーセンテージを示す。図15Dは、様々なエフェクターの標的に対する(E:T)比でのhuCD160TCを過剰発現する1G4-TCR-T細胞と、野生型1G4-TCR-T細胞との細胞溶解活性分析を示す。図15Eは、huCD160TCを過剰発現する1G4-TCR-T細胞と、野生型1G4-TCR-T細胞とにおけるIFN-g産生を示す。図15Fは、(a)TCR-T細胞なし(なし);(b)対照1G4-TCR-T細胞または(c)huCD160TCを過剰発現する1G4-TCR-T細胞を投与したA375黒色腫担持マウスにおける腫瘍サイズを示す。 同上。 同上。
図16は、患者由来異種移植(PDX)マウス腫瘍モデルにおける自己TIL療法の実験概略図を示す。肺がん、食道がん、結腸がん、胃がん、または膵がんなどの様々ながんを有するがん患者から切除された腫瘍組織を、NSG免疫不全マウスに埋め込み、継代して、ヒト腫瘍を有するPDXモデルを生成した。自己腫瘍浸潤性白血球(TIL)を、CD160改変およびPDXモデルにおける自己ヒト腫瘍中でのその後の機能試験のために、切除された腫瘍から抽出した。
図17Aは、ヒトCD160またはhuCD160TCなどのそのバリアントを過剰発現する抗腫瘍TILを代表する概略図を示す。図17Bは、同時発現リポーターとしてのGFPと共に、ヒトCD160またはそのバリアントを過剰発現するレンチウイルスベクター構成を示す。 同上。
図18Aは、様々なエフェクターの標的に対する(E:T)比での、huCD160TCを過剰発現する腫瘍特異的TIL(CD160TC)と、CD160を過剰発現しない対応するTIL(なし;ベクター)との細胞溶解活性分析を示す。図18Bは、(a)CD160を過剰発現しない対照TIL(なし)または(c)huCD160TCを過剰発現するTILを投与した自己食道腫瘍担持マウスにおける腫瘍サイズを示す。GEMは、対応するTILによって発現される遺伝子的な増強調節因子を示す。
本出願は、CD160の免疫刺激活性をモジュレートするための方法および組成物を提供する。本出願は、主にT細胞のための阻害的チェックポイント分子として機能すると以前に考えられていたCD160が、T細胞などの、抗原特異的免疫細胞において免疫応答を刺激する原因であり得るという驚くべき知見に基づく。
本発明者らは、腫瘍特異的T細胞を、CD160を用いて再プログラミングして、免疫能力のあるマウスにおける確立された固形腫瘍を制御し、除去することができることを証明した。さらに、CD160でプログラミングされたT細胞は、これらの処置が非常に困難なマウスモデルにおいて転移性黒色腫および肺がんを制御するのに非常に有効であることも示された。CD160の異所性発現は、GP100を特異的に認識するTCRを有する腫瘍特異的T細胞および複数の抗原を認識するポリクローナル肺がん腫瘍浸潤性T細胞(「TIL」)の機能を増強させた。CD160改変腫瘍特異的T細胞は、その転移性に関係なく異なる組織起源の固形腫瘍の有効な制御を提供した。さらに、TCRおよび共刺激シグナル伝達ドメインを有するCD160キメラを作出することにより、本発明者らは、CD28共刺激シグナルがCD160と相乗作用することを示し、抗原特異的T細胞の機能をさらに増強させた。
重要なことに、ヒトおよびマウスCD160は、in vivoでの腫瘍制御および除去における抗原特異的T細胞の機能の強化において保存された機能を有し、これは、CD160が抗原特異的T細胞の機能の調節において高度に保存された経路を制御し得ることを示唆している。これらの知見は、CD160を使用して、抗原特異的T細胞を、確立された固形腫瘍などのがんの制御および除去のための強力な医薬に変化させることができることを初めて証明した。さらに、これらの知見は、CD160に基づく免疫細胞(T細胞など)の再プログラミングが、全ての腫瘍標的化免疫細胞(T細胞など)および異なる組織起源の腫瘍に広く適用可能であり得ることを強く示唆する。
上で考察された知見は、CD160が、抗原特異的T細胞の機能をブーストするか、または抑制する外因性モジュレーションのための重要な標的であり得ることをさらに示唆する。例えば、抗原特異的免疫細胞中の内因性CD160は、抗原特異的T細胞の活性をブーストし、ウイルスおよび細菌感染などに対する炎症性応答を活性化するために標的化することができる。逆に、CD160を、例えば、炎症および自己免疫疾患における、望ましくない免疫応答中の抗原特異的T細胞の活性を阻害するために標的化することができる。抗原特異的T細胞におけるCD160の重要な機能を考慮すると、CD160発現レベルは、腫瘍または炎症組織を含む炎症部位での抗原特異的T細胞の有効かつ機能的な状態と相関し得る。これらの細胞中でのより高いCD160発現は、抗原特異的T細胞の活性化状態を示唆し、一方、低レベルのCD160発現またはCD160発現の非存在は、抗原特異的T細胞の不活性状態を示唆し得る。かくして、CD160を、抗原特異的T細胞の機能状態、したがって、免疫療法の有効性を予測するためのバイオマーカーとして使用することができる。
かくして、一態様では、外因性CD160タンパク質を(例えば、表面上に)含む改変抗原特異的免疫細胞(例えば、T細胞)であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して、改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIリンカーを介して改変抗原特異的免疫細胞の細胞膜に結合している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜貫通ドメインを含む膜貫通タンパク質である。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、膜貫通ドメインと、共刺激分子に由来する細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、T細胞表面分子を認識し、活性化する抗体などの、免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、改変T細胞受容体、操作されたT細胞受容体またはキメラ抗原受容体(CAR)などの機能的外因性受容体をさらに含む。また、上記の改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法も提供される。
別の態様では、例えば、自己免疫疾患および炎症疾患などの免疫疾患を処置するための、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性をモジュレートする方法が提供される。一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞と、CD160の活性を活性化する(例えば、増強する)薬剤(例えば、アゴニスト抗CD160抗体)とを接触させることによって、抗原特異的免疫細胞のCD160の免疫刺激活性を活性化する(例えば、増強する)方法が提供される。一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞と、CD160の活性を阻害する(例えば、下方調節する)薬剤(例えば、アンタゴニスト抗CD160抗体)とを接触させることによって、CD160の免疫刺激活性を阻害する(例えば、下方調節する)方法が提供される。
また、改変抗原特異的免疫細胞を含む組成物(医薬組成物など)、キットおよび製品、ならびに本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞を使用してがんを処置する方法も提供される。
I.定義
本明細書で使用される場合、「処置」または「処置すること」は、臨床結果を含む有益な、または望ましい結果を取得するための手法である。本発明の目的のために、有益な、または望ましい臨床結果としては、限定されるものではないが、以下:疾患の結果生じる1つもしくは複数の症状の軽減、疾患の程度の減少、疾患の安定化(例えば、疾患の悪化の防止もしくは遅延)、疾患の拡散(例えば、転移)の防止もしくは遅延、疾患の再発の防止もしくは遅延、疾患の進行の遅延もしくは減速、疾患状態の改善、疾患の寛解(部分的もしくは全体的)、疾患を処置するのに必要とされる1つもしくは複数の他の薬剤の用量の減少、疾患の進行の遅延、生活の質の増大、および/または生存の延長のうちの1つまたは複数が挙げられる。また、疾患の病理学的結果の低減も「処置」によって包含される。本発明の方法は、処置のこれらの態様のうちの任意の1つまたは複数を企図する。
用語「防止する」、および「防止された」、「防止すること」などの同様の単語は、疾患または状態、例えば、がんの再発の可能性を防止する、阻害する、または低減させるための手法を示す。また、それは、疾患もしくは状態の再発を遅延させること、または疾患もしくは状態の症状の再発を遅延させることも指す。本明細書で使用される場合、「防止」および同様の単語は、疾患または状態の再発前の疾患または状態の強度、効果、症状および/または負荷を低減させることも含む。
本明細書で使用される場合、がんの発症を「遅延させること」は、疾患の発症を延期させること、妨害すること、減速させること、遅らせること、安定化すること、および/または先送りすることを意味する。この遅延は、処置される疾患および/または個体の履歴に応じて、変化する時間の長さにわたるものであってよい。がんの発症を「遅延させる」方法は、その方法を使用しない場合と比較して、所与の時間枠において疾患発症の確率を低下させる、および/または所与の時間枠において疾患の程度を低減させる方法である。そのような比較は、典型的には、統計学的に有意な数の個体を使用する、臨床試験に基づく。がんの発症は、限定されるものではないが、コンピューター断層撮影(CATスキャン)、磁気共鳴画像法(MRI)、腹部超音波、凝固検査、動脈造影法、または生検などの標準的な方法を使用して検出可能であってもよい。発症はまた、初期には検出不可能であり得るがん進行を指してもよく、発生、再発、および開始を含む。
本明細書で使用される用語「有効量」とは、特定の障害、状態または疾患を処置する、例えば、1つまたは複数のその症状を改善する、軽減する、低下させる、および/または遅延させるのに十分な薬剤または薬剤の組合せの量を指す。がんを参照すると、有効量は、腫瘍の縮小および/または腫瘍の増殖速度の低下(腫瘍成長の抑制など)または他の望ましくない細胞増殖の防止もしくは遅延を引き起こすのに十分な量を含む。一部の実施形態では、有効量は、疾患発症を遅延させるのに十分な量である。一部の実施形態では、有効量は、再発を防止する、または遅延させるのに十分な量である。有効量は、1回または複数回の投与で投与することができる。薬物または組成物の有効量は、(i)がん細胞の数を減少させる;(ii)腫瘍サイズを低下させる;(iii)末梢臓器へのがん細胞浸潤をある程度阻害する、遅らせる、減速させる、好ましくは、停止させる;(iv)腫瘍転移を阻害する(すなわち、ある程度減速させる、好ましくは停止させる);(v)腫瘍成長を阻害する;(vi)腫瘍の発生および/もしくは再発を防止する、もしくは遅延させる;および/または(vii)がんと関連する1つもしくは複数の症状をある程度緩和させることができる。
本明細書で使用される場合、「個体」または「対象」とは、限定されるものではないが、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、齧歯類、または霊長類などの哺乳動物を指す。一部の実施形態では、個体は、ヒトである。
「単離された」核酸とは、その天然の環境の成分から分離されている核酸分子を指す。単離された核酸は、通常は核酸分子を含有する細胞中に含有される核酸分子を含むが、核酸分子は染色体外、またはその天然の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する。
本明細書で使用される用語「ベクター」とは、それが連結される別の核酸を増殖させることができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製する核酸構造としてのベクターならびにそれが導入された宿主細胞のゲノム中に組み込まれるベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが作動可能に連結された核酸の発現を方向付けることができる。そのようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。
本明細書で使用される用語「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」とは、異種核酸が宿主細胞中に移入または導入されるプロセスを指す。「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」細胞は、異種核酸をトランスフェクトされた、形質転換された、または形質導入されたものである。細胞は、一次対象細胞およびその子孫を含む。
本明細書で同定されるポリペプチド配列に関する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性」または「相同性」は、配列同一性の一部として任意の保存的置換を考慮して配列を整列させた後、比較されるポリペプチド中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージと定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するためのアラインメントを、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、Megalign(DNASTAR)、またはMUSCLEソフトウェアなどの公共的に利用可能なコンピューターソフトウェアを使用する、当業界における技術の範囲内にある様々な方法で達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するのに必要とされる任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメーターを決定することができる。しかしながら、本明細書の目的のために、アミノ酸配列同一性%値は、配列比較コンピュータープログラムMUSCLE(Edgar, R.C., Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797, 2004;Edgar, R.C., BMC Bioinformatics 5(1):113, 2004)を使用して生成される。
本明細書で使用される場合、「抗原特異的免疫細胞」は、天然の、および/または操作された抗原認識受容体を介した標的細胞上の抗原の特異的認識を示す免疫細胞である。免疫細胞としては、限定されるものではないが、操作された抗原認識を示す、または示さない、αβT細胞、γδT細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、およびマクロファージが挙げられる。抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナルまたはモノクローナルであってもよい。例えば、一部の実施形態では、「抗原特異的免疫細胞」は、切除された腫瘍から単離することができる腫瘍浸潤性リンパ球(TIL);またはそれぞれの抗原結合四量体を使用して単離することができる、新生抗原特異的T細胞;または末梢血T細胞と、腫瘍抗原がロードされている樹状細胞との同時培養および活性化によって生成される樹状細胞活性化T細胞;またはCARもしくはTCR様抗原受容体を発現する、γδT細胞、NK細胞、NK-T細胞、iNK-T細胞、NK-T様細胞、およびマクロファージなどの、他の免疫細胞である。
本明細書で使用される場合、「抗原特異的受容体」は、天然の、もしくは操作されたT細胞受容体(TCR)、またはキメラ抗原受容体(CAR)などの操作された抗原受容体である。
本明細書で使用される「T細胞受容体」または「TCR」とは、MHC分子に結合した特異的抗原性ペプチドに結合する細胞外抗原結合ドメインを含む、内因性または改変T細胞受容体を指す。一部の実施形態では、TCRは、TCRαポリペプチド鎖と、TCRβポリペプチド鎖とを含む。一部の実施形態では、TCRは腫瘍抗原に特異的に結合する。「TCR-T」とは、組換えTCRを発現するT細胞を指す。
本明細書で使用される場合、「キメラ抗原受容体」または「CAR」とは、1つまたは複数の抗原特異性を、αβT細胞、γδT細胞、NK細胞、マクロファージなどの細胞に移植する、遺伝子操作された受容体を指す。CARは、「人工T細胞受容体」、「キメラT細胞受容体」または「キメラ免疫受容体」としても知られる。一部の実施形態では、CARは、腫瘍抗原に特異的な抗体の細胞外可変ドメインと、1つまたは複数の共刺激ドメインなどの、T細胞または他の受容体の細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。「CAR-T」とは、CARを発現するT細胞を指す。
本明細書における用語「抗体」は、最も広い意味で使用され、限定されるものではないが、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、および抗体断片を含む様々な抗体構造を包含する。用語抗体は、限定されるものではないが、Fv、一本鎖Fv(scFv)、Fab、Fab’、および(Fab’)などの抗原に結合することができる断片を含む。用語抗体は、従来の4鎖抗体、および重鎖のみの抗体またはその断片、例えば、VHなどの単一ドメイン抗体を含む。
本明細書で使用される場合、用語「結合する」、「特異的に結合する」または「~に特異的である」とは、生体分子を含む異種分子集団の存在下での標的の存在を決定する、標的と抗体との間の結合などの、測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的(エピトープであってもよい)に結合する、または特異的に結合する抗体は、それが他の標的に結合するよりも高い親和性、アビディティで、より容易に、および/またはより長い持続期間でこの標的に結合する抗体である。一実施形態では、抗体の、非関連標的に対する結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)によって測定された場合、抗体の標的に対する結合の約10%未満である。ある特定の実施形態では、標的に特異的に結合する抗体は、1μM以下、100nM以下、10nM以下、1nM以下、または0.1nM以下の解離定数(Kd)を有する。ある特定の実施形態では、抗体は、異なる種に由来するタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合は、排他的結合を含んでもよいが、それを必要としない。
本明細書に記載の本発明の実施形態は、実施形態「からなる」および/または「から本質的になる」を含むと理解される。
本明細書で「約」のついた値またはパラメーターに対する言及は、その値またはパラメーター自体が対象となる変動を含む(かつ記述する)。例えば、「約X」と言及する記述は、「X」の記述を含む。
本明細書で使用される場合、ある値またはパラメーター「ではない」に対する言及は、一般には、ある値またはパラメーター「以外」を意味し、記述する。例えば、X型のがんを処置するために使用されない方法は、その方法が、X以外の型のがんを処置するために使用されることを意味する。
本明細書で使用される用語「約X~Y」は、「約X~約Y」と同じ意味を有する。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」および「the」は、本文が別途明確に記述しない限り、複数の指示対象を含む。
II.外因性CD160タンパク質を発現する改変抗原特異的免疫細胞
本発明の一態様は、外因性CD160タンパク質を(例えば、表面上に)含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して、改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、改変抗原特異的免疫細胞を提供する。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、細胞溶解性リンパ球(CTL)活性の増大を含む。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、免疫能力のある宿主における腫瘍殺傷活性の増強を含む。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、T細胞および/またはNK細胞媒介性殺傷の増強を含む。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、グランザイムAおよび/またはパーフォリンの発現の増強を含む。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、炎症応答の増強を含む。一部の実施形態では、アップモジュレーションは、炎症性サイトカインの発現および/または分泌の増強を含む。一部の実施形態では、炎症性サイトカインは、IFN-γおよび/またはTNF-αを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変免疫細胞は、複数の非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)の1つにそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型である、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質がグリコホスファチジルイノシトール(GPI)リンカーによって膜に結合している、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIアンカーペプチド配列を含む。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインを含む、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD-1からなる群から選択される分子に由来する。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD-1からなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD160スプライスバリアントに由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットは、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、T細胞刺激分子に由来する1つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、4-1BB、OX40、CD27、CD28、CD80、またはCD258のうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、OX40、CD27、CD28、CD80、およびCD258からなる群から選択される2つのシグナル伝達ドメインの組合せを含む。[[CD160-TM+共刺激;カバー5-7+]]
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含み、細胞内ドメインが1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8個のいずれか、またはそれより多い共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、または5個以下のいずれか1つの共刺激シグナル伝達ドメイン含有する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。一部の実施形態では、共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、CD30、CD40、CD3、CD80、CD258、LFA-1、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、CD83のリガンド、およびそれらの組合せからなる群から選択される共刺激分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインに隣接する。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインのC末端に隣接する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζドメインを含む。他の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含まない。他の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が免疫細胞結合部分によって改変抗原特異的免疫細胞に結合している、改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、免疫細胞の表面分子に結合する。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、T細胞表面分子を認識する抗体を含む。一部の実施形態では、抗体は、全長抗体またはscFv、Fv、Fab、(Fab’)、単一ドメイン抗体(sdAb)、もしくはVHドメインなどの抗体断片であってもよい。非限定例としては、TCRを認識する、および/またはTCRシグナル伝達を活性化する抗CD3ε抗体が挙げられる。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、コグネートT細胞表面受容体に結合するリガンドを含む。非限定例としては、TCRおよびIL-2を認識する腫瘍特異的ペプチドMHC複合体が挙げられる。
本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれかに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変免疫細胞は、複数の非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)の1つにそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、天然の抗原認識を示す。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、操作された抗原認識を示す。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞の抗原認識は、限定されるものではないが、CARおよびTCRなどの機能的外因性受容体によって少なくとも部分的に付与される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍関連抗原、突然変異発がん抗原および無作為体細胞抗原、ならびに他の新生抗原を標的とする。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ヒト免疫細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、マウス免疫細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、TCR-T細胞、CAR-T細胞、TIL、または内因性抗原特異的T細胞のうちの1つまたは複数から改変される。ヒトおよびマウスTCR-T細胞、CAR-T細胞、TIL、または内因性抗原特異的T細胞の一部の例は、Tran et al., Nat Immunol. 2017;18(3):255-62、MacKay et al., Nat Biotechnol. 2020;38(2):233-44およびSchumacher et al., Cancer Neoantigens. Annu Rev Immunol. 2019;37:173-200に報告されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、広範囲の抗原を標的とする。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、表1に列挙される抗原の1つまたは複数を標的とする。
表1:腫瘍抗原および関連するがん適応の例示的一覧
Figure 2022522027000002
Figure 2022522027000003
Figure 2022522027000004
Figure 2022522027000005
一部の実施形態では、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれかを含む医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つを生成するための方法が提供される。
外因性CD160を含む改変抗原特異的免疫細胞のライブラリーおよび抗原特異的免疫細胞をスクリーニングする方法
一部の実施形態では、異なる抗原(腫瘍抗原または腫瘍関連抗原など)を認識する機能的外因性受容体をそれぞれ有する抗原特異的免疫細胞(T細胞など)のライブラリーが提供される。一態様では、異なる腫瘍または腫瘍関連抗原を認識する機能的外因性受容体をそれぞれ有する抗原特異的免疫細胞(T細胞など)のライブラリーであって、ライブラリー中のそれぞれの抗原特異的免疫細胞が、その表面上に外因性CD160タンパク質をさらに含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体免疫細胞と比較して改変免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、ライブラリーが提供される。
一態様では、ポリクローナル免疫細胞(TILなど)のライブラリーであって、ポリクローナル組成物中のそれぞれの免疫細胞が、複数の非同一エピトープ(部分的に重複する、または完全に異なるエピトープなど)の1つに特異的であり、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体免疫細胞と比較して改変免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、ライブラリーが提供される。
一部の実施形態では、試験抗原に特異的な機能的外因性受容体を含む免疫細胞についてスクリーニングする方法であって、試験抗原と、異なる抗原(腫瘍または腫瘍関連抗原など)を認識する機能的外因性受容体をそれぞれ有する抗原特異的免疫細胞(T細胞など)のライブラリーとを接触させることを含み、ライブラリー中のそれぞれの抗原特異的免疫細胞が、その表面上に外因性CD160タンパク質をさらに含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体免疫細胞と比較して改変免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。機能的外因性受容体(所望の機能的外因性受容体など)を発現する所望の抗原特異的免疫細胞を、試験抗原と、異なる抗原を認識する機能的外因性受容体をそれぞれ有する抗原特異的免疫細胞(T細胞など)のライブラリーとを接触させた後、ライブラリー中の細胞の試験抗原に対する結合活性を分析することによって、または限定されるものではないが、任意のサイトカイン分泌(例えば、IFN-γ、TNF-αおよび/もしくはIL-2)のELISA分析などの、ライブラリー中の細胞の抗原特異的免疫活性を測定することによって、同定することができる。
一部の実施形態では、試験抗原に特異的な免疫細胞をスクリーニングする方法であって、試験抗原と、ポリクローナル免疫細胞(TILなど)のライブラリーとを接触させることを含み、ポリクローナル組成物中のそれぞれの免疫細胞が、複数の非同一エピトープ(部分的に重複する、または完全に異なるエピトープなど)のうちの1つに特異的であり、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体免疫細胞と比較して改変免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。ポリクローナル組成物内の所望の抗原特異的免疫細胞を、試験抗原と、それぞれの細胞が複数の非同一エピトープのうちの1つに特異的である、ポリクローナル免疫細胞(TILなど)のライブラリーとを接触させた後、ライブラリー中の細胞の試験抗原に対する結合活性を分析することによって、または限定されるものではないが、任意のサイトカイン分泌(例えば、IFN-γ、TNF-αおよび/もしくはIL-2)のELISA分析などの、ライブラリー中の細胞の抗原特異的免疫活性を測定することによって、同定することができる。
上記の方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、試験抗原は、1つまたは複数の免疫原性エピトープを含む。一部の実施形態では、試験抗原は、腫瘍溶解物などの溶解物に由来する。一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞のライブラリーは、複数の前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞のライブラリーを生産することを含むプロセスによって生産される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4に対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。
CD160タンパク質
本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞は、外因性CD160タンパク質を発現し、外因性CD160タンパク質は、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす。本出願はまた、外因性CD160タンパク質およびその組成物も提供する。表2は、例示的な外因性CD160タンパク質の配列を示す。
Figure 2022522027000006
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、天然に存在するCD160ポリペプチドを含む外因性CD160タンパク質またはその断片が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質またはその断片からなる、またはそれから本質的になる。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質のIg様V型ドメイン、またはその断片を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質のシステインリッチドメイン、またはその断片を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、アミノ酸配列の番号付けが配列番号1~3のいずれか1つに基づくものである、天然に存在するCD160タンパク質のアミノ酸25~133を含む。
一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、単量体形態にある。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体にある。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、二量体、三量体、四量体、五量体、または六量体などの多量体にある。一部の実施形態では、多量体は、1つまたは複数の外因性CD160タンパク質と、1つまたは複数の天然に存在するCD160タンパク質とを含む。一部の実施形態では、多量体は、1つまたは複数の外因性CD160タンパク質と、1つまたは複数の内因性CD160タンパク質とを含む。一部の実施形態では、細胞表面上のCD160タンパク質多量体は、共有結合している。一部の実施形態では、細胞表面上のCD160タンパク質多量体は、ジスルフィド結合している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質中の少なくとも1、2、3、または4個のシステイン残基が突然変異している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、システイン残基Cys26、Cys44、Cys61、Cys68、Cys112、Cys113中に1つまたは複数の突然変異、またはその任意の組合せをさらに含む、配列番号1~3のいずれか1つのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、システイン残基Cys29、Cys47、Cys64、Cys71、Cys115、Cys116中に1つまたは複数の突然変異、またはその任意の組合せをさらに含む、配列番号4のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、上記の1つまたは複数の突然変異を有する外因性CD160タンパク質は、多量体を形成することができない。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と同じか、または本質的に同じ、MHC-Iに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と比較して、MHC-Iに対する増大した結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のMHC-I結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%または約100%のうちのいずれか1つの割合で、高い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のMHC-I結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約15倍、約20倍、約25倍、約30倍、約40倍、約50倍、または約100倍のうちのいずれか1つの変化倍数で、高い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と比較して、MHC-Iに対する低下した結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のMHC-I結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%または約100%のうちのいずれか1つの割合で、低い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のMHC-I結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものの約2分の1、約3分の1、約4分の1、約5分の1、約10分の1、約15分の1、約20分の1、約25分の1、約30分の1、約40分の1、約50分の1、または約100分の1のうちのいずれか1つである。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と同じか、または本質的に同じ、ヘルペスウイルス侵入メディエータ(HVEM)に対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と比較して、HVEMに対する増大した結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のHVEM結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%または約100%のうちのいずれか1つの割合で、高い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のHVEM結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約15倍、約20倍、約25倍、約30倍、約40倍、約50倍、または約100倍のうちのいずれか1つの変化倍数で、高い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質と比較して、HVEMに対する減少した結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のHVEM結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものよりも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%または約100%のうちのいずれか1つの割合で、低い。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質のHVEM結合親和性は、天然に存在するCD160タンパク質のものの約2分の1、約3分の1、約4分の1、約5分の1、約10分の1、約15分の1、約20分の1、約25分の1、約30分の1、約40分の1、約50分の1、または約100分の1のうちのいずれか1つである。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、HVEMへの結合についてBTLA(CD272としても知られる)と競合する。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、HVEMへの結合についてBTLAと競合しない。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと類似するHVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより高い、HVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより低い、HVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと同じか、または本質的に同じ、HVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより高い、HVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより低い、HVEMに対する結合親和性を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと同じか、または本質的に同じ、HVEM結合からの解離速度を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより高い、HVEM結合からの解離速度を示す。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、BTLAと比較してより低い、HVEM結合からの解離速度を示す。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対する少なくとも約85%、約87%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%のいずれか1つまたはそれより高い配列同一性などの、少なくとも約80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、哺乳動物のCD160タンパク質に由来する。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、マウス、イヌ、ネコ、ウマ、ラット、ヤギ、またはウサギのCD160タンパク質に由来する。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、ヒトのCD160タンパク質に由来する。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、全長CD160タンパク質を含む。一部の実施形態では、外因性CD160は、配列番号1~4からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。限定されるものではないが、UniProt(ワールドワイドウェブuniprot.org)受託番号O95971およびO88875を有する配列を含む、CD160タンパク質配列が当業界で公知である。限定されるものではないが、NCBI(ワールドワイドウェブncbi.nlm.nih.gov)受託番号NM_007053.3、XM_005272929.3、およびNM_001163497.1を有する配列を含む、CD160タンパク質をコードするmRNAの配列も当業界で公知である。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、少なくとも約50、約60、約70、約80、約90、約100、約125、約150、約175、約200、約250、約300、約350、約400、約450、約500、約550、約600個のいずれか1つまたはそれより多いアミノ酸を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、約600、約550、約500、約450、約350、約300、約250、約200、約175、約150、約125、約100、約90、約80、約70、約60、約50個以下のいずれか1つ、またはそれより少ないアミノ酸を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、約50~60、約50~75、約50~100、約50~150、約50~200、約50~250、約100~150、約100~200、約100~250、約150~250、約250~500、または約50~550個のいずれか1つのアミノ酸を含む。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質のアミノ酸配列バリアントまたはその断片を含む。例えば、CD160タンパク質の結合親和性および/または他の生物学的特性を改善するのが望ましい場合がある。CD160タンパク質のアミノ酸配列バリアントを、CD160タンパク質をコードするヌクレオチド配列中に適切な改変を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。そのような改変としては、例えば、CD160タンパク質のアミノ酸配列内の残基からの欠失、および/またはそれへの挿入、および/またはその置換が挙げられる。最終構築物が所望の特性、例えば、炎症促進活性を有するという条件で、最終構築物に到達するために、任意の組合せの欠失、挿入、および置換を作製することができる。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質または天然に存在するCD160タンパク質もしくはその断片の配列と比較して、1つもしくは複数(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、10、15、20個の、もしくはそれより多いアミノ酸)の保存的置換を有するその断片を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、天然に存在するCD160タンパク質または天然に存在するCD160タンパク質もしくはその断片の配列に対して少なくとも約85%、約87%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%のいずれか1つもしくはそれより高い配列同一性などの、少なくとも約80%の配列同一性を有するその断片を含む。
保存的置換を、以下の表3に示す。
表3:保存的置換
Figure 2022522027000007
アミノ酸を、共通の側鎖特性に従って異なるクラスに分類することができる:
a.疎水性:ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile;
b.中性親水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
c.酸性:Asp、Glu;
d.塩基性:His、Lys、Arg;
e.鎖の向きに影響する残基:Gly、Pro;
f.芳香族:Trp、Tyr、Phe。
非保存的置換は、これらのクラスの1つのメンバーを別のクラスに交換することを必要とするであろう。
当業者であれば、突然変異誘発、ポリメラーゼ連鎖反応、相同組換え、または当業者には公知の任意の他の遺伝子操作技法を含む、任意の好適な方法を、目的の遺伝子中で突然変異を生成するために使用することができることを認識できるであろう。突然変異は、単一のヌクレオチド(DNA配列内の単一のヌクレオチド塩基の除去、付加もしくは置換を含む点突然変異など)を含んでもよいか、またはそれは多数のヌクレオチドの挿入もしくは欠失を含んでもよい。突然変異は、DNA複製の忠実性におけるエラーなどの事象の結果として自発的に生じ得るか、または化学的もしくは物理的変異原への曝露後に誘導される。突然変異はまた、当業者には周知である特定の標的化方法の使用による部位特異的なものであってもよい。
突然変異誘発のために標的化することができるポリペプチドの残基または領域の同定のための有用な方法は、Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085によって記載されたように、「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基(例えば、arg、asp、his、lys、およびgluなどの荷電残基)の残基または群が同定され、ポリペプチド剤(例えば、CD160バリアント)による免疫アップモジュレーションが影響されるかどうかを決定するために、中性または負に荷電したアミノ酸(例えば、アラニンまたはポリアラニン)で置き換えられる。さらなる置換を、初期の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入してもよい。あるいは、またはさらに、CD160:MHC I複合体またはCD160:HVEM複合体の結晶構造を決定して、それぞれ、CD160とMHC-Iとの間またはCD160とHVEMとの間の接触点を同定することができる。そのような接触残基および近隣残基を、疾患兆候に応じて抗原特異的免疫細胞中のCD160の機能を増強するか、または抑制するための置換のための候補として標的化または除去することができる。バリアントをスクリーニングして、それらが所望の特性を含有するかどうかを決定することができる。
アミノ酸配列挿入としては、1個の残基から、100個またはそれより多い残基を含有するポリペプチドまでの長さの範囲のアミノおよび/またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が挙げられる。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、改変抗原特異的免疫細胞から分泌される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、シグナルペプチドを含む。シグナルペプチド(「リーダー配列」としても知られる)は、典型的には、Metイニシエーターの直後でタンパク質のN末端に挿入される。シグナルペプチドを、改変抗原特異的免疫細胞からの外因性CD160タンパク質の輸送時に切断して、成熟タンパク質を形成させることができる。シグナルペプチドは、天然または合成のものであってよく、それらは、それらが結合するタンパク質にとって異種または同種であってもよい。シグナルペプチドの選択は広く、例えば、Department of Biochemistry、National University of Singaporeによって維持されるオンラインのLeader sequence Databaseなどにおいて当業者にはアクセス可能である。Choo et al., BMC Bioinformatics, 6: 249 (2005);およびPCT公開番号WO2006/081430を参照されたい。
機能的外因性受容体
任意の上記の改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに発現してもよい。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作された受容体である。例示的な機能的外因性受容体としては、限定されるものではないが、CARおよび操作されたTCRが挙げられる。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、抗原(例えば、腫瘍抗原)に特異的に結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、TCR共受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、外因性CD160タンパク質をコードする異種核酸配列によってコードされる。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、プロモーター(構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターなど)に作動可能に連結された第2の異種核酸によってコードされる。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、CELL SQUEEZE(登録商標)(例えば、米国特許出願公開第20140287509号を参照されたい)などの、マイクロ流体システムに細胞を通過させながら、タンパク質を細胞膜に挿入することによって、改変抗原特異的免疫細胞に導入される。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、CRISPR媒介性遺伝子編集によって改変免疫細胞に導入される。機能的外因性受容体は、改変抗原特異的免疫細胞を標的化すること、シグナルを形質導入すること、および/または改変抗原特異的免疫細胞の細胞傷害性を増強することなどによって、改変抗原特異的免疫細胞の機能を増強することができる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、CARまたはTCRなどの機能的外因性受容体を発現しない。
一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、少なくとも1つの腫瘍抗原を標的とする1つまたは複数の特異的結合ドメインと、1つもしくは複数の一次細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または共刺激ドメインなどの1つまたは複数の細胞内エフェクタードメインとを含む。
一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。多くのキメラ抗原受容体が当業界で公知であり、本発明の改変抗原特異的免疫細胞にとって好適であってよい。例えば、抗体分子の抗原結合断片または抗体可変ドメインを利用することによって、任意の細胞表面マーカーに対する特異性を有するCARを構築することもできる。CARを生産するための任意の方法を、本明細書において使用することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第6,410,319号、米国特許第7,446,191号、米国特許第7,514,537号、米国特許第9765342B2号、WO2002/077029、WO2015/142675、US2010/065818、US2010/025177、US2007/059298、WO2017025038A1、およびBerger C. et al., J. Clinical Investigation 118: 1 294-308 (2008)を参照されたい。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、CAR-αβT細胞、CAR-γδT細胞、CAR-NK細胞、またはCAR-マクロファージである。
本発明のCARは、少なくとも1つの腫瘍抗原に特異的に結合する少なくとも1つの標的化ドメインを含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CAR含有細胞、例えば、CAR-T細胞の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを生成する。「免疫エフェクター機能または免疫エフェクター応答」とは、例えば、標的細胞の免疫攻撃を増強する、または促進する、免疫エフェクター細胞の機能または応答を指す。例えば、免疫エフェクター機能または応答は、標的細胞の殺傷またはその成長もしくは増殖の阻害を促進するTまたはNK細胞の特性を指してもよい。例えば、CAR-T細胞における免疫エフェクター機能の例としては、細胞溶解活性(抗体依存性細胞傷害、またはADCCなど)およびヘルパー活性(サイトカインの分泌など)が挙げられる。一部の実施形態では、CARは、免疫エフェクター機能が減弱した細胞内シグナル伝達ドメインを有する。一部の実施形態では、CARは、全長および野生型CD3ζならびに必要に応じて、1つまたは複数の共刺激ドメインを有するCARと比較して、約90%、約80%、約70%、約60%、約50%、約40%、約30%、約20%、約10%以下のいずれかまたはそれ未満の免疫エフェクター機能(標的細胞に対する細胞溶解機能など)を有する細胞内シグナル伝達ドメインを有する。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CAR含有細胞の増殖および/または生存を促進するシグナルを生成する。一部の実施形態では、CARは、CD28、CD137、CD3、CD27、CD40、ICOS、GITR、およびOX40のシグナル伝達ドメインから選択される1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。天然に存在する分子のシグナル伝達ドメインは、分子の、細胞内(すなわち、細胞質)部分全体、もしくは天然細胞内シグナル伝達ドメイン全体、またはその断片もしくは誘導体を含んでもよい。
一部の実施形態では、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含む。「一次細胞内シグナル伝達ドメイン」とは、刺激様式で作用して、免疫エフェクター機能を誘導する細胞質シグナル伝達配列を指す。一部の実施形態では、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ、またはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含有する。一部の実施形態では、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、共通FcRガンマ(FCER1G)、FcRベータ(FcイプシロンRib)、CD79a、CD79b、FcガンマRIIa、DAP10、およびDAP12からなる群から選択されるタンパク質の機能的シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、共通FcRガンマ(FCER1G)、FcRベータ(FcイプシロンRib)、CD79a、CD79b、FcガンマRIIa、DAP10、およびDAP12からなる群から選択されるタンパク質の非機能的な、または減弱されたシグナル伝達ドメインを含む。非機能的な、または減弱されたシグナル伝達ドメインは、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を含む、細胞溶解活性またはヘルパー活性などの1つまたは複数の免疫エフェクター機能を減弱させる、または無効化する点突然変異、挿入または欠失を有する突然変異シグナル伝達ドメインであってもよい。一部の実施形態では、CARは、非機能的な、または減弱されたCD3ゼータ(すなわち、CD3ζまたはCD3z)シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含まない。減弱された一次細胞内シグナル伝達ドメインは、同じ構築物を有するが、野生型一次細胞内シグナル伝達ドメインを有するCARと比較して、約90%、約80%、約70%、約60%、約50%、約40%、約30%、約20%、約10%以下のいずれかまたはそれ未満の免疫エフェクター機能(標的細胞に対する細胞溶解機能など)を誘導してもよい。
一部の実施形態では、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、1つまたは複数(1、2、3つのいずれか、またはそれより多いものなど)の共刺激ドメインを含む。「共刺激ドメイン」は、共刺激分子の細胞内部分であってもよい。用語「共刺激分子」とは、共刺激リガンドと特異的に結合することによって、限定されるものではないが、増殖および生存などの免疫細胞による共刺激応答を媒介する、免疫細胞(T細胞など)上のコグネート結合パートナーを指す。共刺激分子は、抗原受容体以外の細胞表面分子または効率的な免疫応答に寄与するそのリガンドである。共刺激分子は、以下のタンパク質ファミリーに代表され得る:TNF受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子(SLAMタンパク質)、および活性化NK細胞受容体。共刺激分子としては、限定されるものではないが、MHCクラスI分子、BTLAおよびTollリガンド受容体、ならびにOX40、CD27、CD28、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、および4-1BB(CD137)が挙げられる。そのような共刺激分子のさらなる例としては、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD160、CD19、CD4、CD8アルファ、CD8ベータ、IL-2Rベータ、IL-2Rガンマ、IL-7Rアルファ、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CDIOO(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Lyl08)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19a、およびCD83に特異的に結合するリガンドが挙げられる。
一部の実施形態では、CARは、単一の共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、CARは、2つのまたはそれより多い共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、機能的一次細胞内シグナル伝達ドメインおよび1つまたは複数の共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、CARは、機能的一次細胞内シグナル伝達ドメイン(CD3ζなど)を含まない。一部の実施形態では、CARは、1つまたは複数の共刺激ドメインからなる、またはそれから本質的になる細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、CARは、非機能的な、または減弱された一次細胞内シグナル伝達ドメイン(突然変異CD3ζなど)と、1つまたは複数の共刺激ドメインとからなる、またはそれから本質的になる細胞内シグナル伝達ドメインを含む。標的化ドメインの腫瘍抗原への結合時に、CARの共刺激ドメインは、CARを有する操作された免疫細胞(T細胞など)の増殖、生存および分化の増強のためのシグナルを形質導入し、活性化誘導細胞死を阻害することができる。一部の実施形態では、1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4-1BB(すなわち、CD137)、OX40、CD30、CD40、CD3、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3およびCD83に特異的に結合するリガンドからなる群から選択される1つまたは複数の分子に由来する。
一部の実施形態では、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28に由来する共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζの細胞質シグナル伝達ドメインと、CD28の共刺激シグナル伝達ドメインとを含む。一部の実施形態では、本出願のキメラ受容体中の細胞内シグナル伝達ドメインは、4-1BB(すなわち、CD137)に由来する共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζの細胞質シグナル伝達ドメインと、4-1BBの共刺激シグナル伝達ドメインとを含む。
一部の実施形態では、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28の共刺激シグナル伝達ドメインと、4-1BBの共刺激シグナル伝達ドメインとを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζの細胞質シグナル伝達ドメイン、CD28の共刺激シグナル伝達ドメイン、および4-1BBの共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、N末端からC末端に向かって、CD28の共刺激シグナル伝達ドメイン、4-1BBの共刺激シグナル伝達ドメイン、およびCD3ζの細胞質シグナル伝達ドメインを含むポリペプチドを含む。
一部の実施形態では、CARの標的化ドメインは、scFv、Fv、Fab、(Fab’)、単一ドメイン抗体(sdAb)、またはVHドメインなどの、抗体または抗体断片である。一部の実施形態では、CARの標的化ドメインは、腫瘍抗原に特異的に結合する受容体のリガンドまたは細胞外部分である。一部の実施形態では、CARの1つまたは複数の標的化ドメインは、単一の腫瘍抗原に特異的に結合する。一部の実施形態では、CARは、2つの、またはそれより多い腫瘍抗原に結合する標的化ドメインを含む二重特異性または多重特異性CARである。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、CD19、BCMA、NY-ESO-1、VEGFR2、MAGE-A3、CD20、CD22、CD33、CD38、CEA、EGFR(EGFRvIIIなど)、GD2、HER2、IGF1R、メソテリン、PSMA、ROR1、WT1、および臨床的有意性を有する他の腫瘍抗原、ならびにそれらの組合せからなる群から選択される。
一部の実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、KIRDS2、OX40、CD2、CD27、LFA-1(CD11a、CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、GITR、CD40、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRFl)、CD160、CD19、IL-2Rベータ、IL-2Rガンマ、IL-7Ra、ITGA1、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRT AM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CDIOO(SEMA4D)、SLAMF6(NTB-A、Lyl08)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46、NKG2D、および/またはNKG2Cの膜貫通ドメインから選択される膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、CD4、CD3、CD8α、またはCD28の膜貫通ドメインである。一部の実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、CD8αの膜貫通ドメインを含む。
一部の実施形態では、細胞外ドメインは、ヒンジ領域によって膜貫通ドメインに接続される。一実施形態では、ヒンジ領域は、CD8αのヒンジ領域を含む。
一部の実施形態では、CARは、CD8αSPなどのシグナルペプチドを含む。
一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体である。一部の実施形態では、操作されたTCRは、腫瘍抗原に特異的である。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、CD19、BCMA、NY-ESO-1、VEGFR2、MAGE-A3、VEGFR2、MAGE-A3、CD20、CD22、CD33、CD38、CEA、EGFR(EGFRvIIIなど)、GD2、HER2、IGF1R、メソテリン、PSMA、ROR1、WT1、および臨床的有意性を有する他の腫瘍抗原からなる群から選択される。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、腫瘍細胞の細胞内タンパク質に由来する。例えば、NY-ESO-1がん精巣抗原、p53腫瘍抑制抗原、黒色腫(例えば、MARTI、gp100)、白血病(例えば、WT1、マイナー組織適合性抗原)、および乳がん(例えば、HER2、NY-BR1)における腫瘍抗原のためのTCRを含む、腫瘍抗原(腫瘍関連抗原を含む)に特異的な多くのTCRが記載されている。当業界で公知の任意のTCRを、本出願において使用することができる。一部の実施形態では、TCRは、腫瘍抗原に対する親和性が増強している。例示的なTCRおよびTCRを免疫細胞に導入するための方法は、例えば、米国特許第5,830,755号、およびKessels et al. Immunotherapy through TCR gene transfer. Nat. Immunol. 2, 957-961 (2001)に記載されている。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、TCR-T細胞である。
TCR受容体複合体は、3つの二量体シグナル伝達モジュールCD3δ/ε、CD3γ/εおよびCD247(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)ζ/ζまたはζ/ηを含む可変TCR受容体αおよびβ鎖(γδT細胞の場合はγおよびδ鎖)によって形成される八量体複合体である。各サブユニットの膜貫通ドメイン中のイオン化可能残基は、複合体を一緒に保持する相互作用の極性ネットワークを形成する。TCR複合体は、T細胞におけるシグナル伝達カスケードを活性化する機能を有する。
一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、任意の組合せのCAR、またはTCR受容体などの、1より多い機能的外因性受容体を発現する。
一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞により発現される機能的外因性受容体(CARまたはTCRなど)は、1つまたは複数の腫瘍抗原を標的とする。腫瘍抗原は、免疫応答、特に、T細胞媒介性免疫応答を惹起することができる腫瘍細胞によって産生されるタンパク質である。本発明の標的とされる抗原の選択は、処置しようとする特定の型のがんに依存するであろう。例示的な腫瘍抗原としては、例えば、グリオーマ関連抗原、がん胎児性抗原(CEA)、β-ヒト絨毛性ゴナドトロピン、アルファフェトタンパク質(AFP)、レクチン反応性AFP、サイログロブリン、RAGE-1、MN-CAIX、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2(AS)、腸カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、M-CSF、プロスターゼ、前立腺特異的抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、プロステイン、PSMA、HER2/neu、スルビビンおよびテロメラーゼ、前立腺癌腫瘍抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、好中球エラスターゼ、エフリンB2、CD22、インスリン増殖因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受容体ならびにメソテリンが挙げられる。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、悪性腫瘍と関連する1つまたは複数の抗原性がんエピトープを含む。悪性腫瘍は、免疫攻撃のための標的抗原として働き得るいくつかのタンパク質を発現する。これらの分子としては、限定されるものではないが、黒色腫におけるMART-1、チロシナーゼおよびgp100ならびに前立腺がんにおける前立腺酸性ホスファターゼ(PAP)および前立腺特異的抗原(PSA)などの組織特異的抗原が挙げられる。他の標的分子は、がん遺伝子HER2/Neu/ErbB-2などの形質転換関連分子の群に属する。さらに別の群の標的抗原は、がん胎児性抗原(CEA)などのがん胎児抗原である。B細胞リンパ腫では、腫瘍特異的イディオタイプ免疫グロブリンは、個々の腫瘍にとって独特のものである真の腫瘍特異的免疫グロブリン抗原を構成する。CD19、CD20およびCD37などのB細胞分化抗原は、B細胞リンパ腫における標的抗原のための他の候補である。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、腫瘍特異的抗原(TSA)または腫瘍関連抗原(TAA)である。TSAは、腫瘍細胞にとって独特のものであり、体内の他の細胞上には存在しない。TAA関連抗原は、腫瘍細胞にとって独特のものではなく、その代わりに、抗原に対して免疫寛容の状態を誘導することができない条件下では正常細胞上でも発現される。腫瘍上での抗原の発現は、免疫系が抗原に応答することができる条件下で起こり得る。TAAは、免疫系が未熟であり、応答することができない場合、胎児発生の間に正常細胞上で発現される抗原であってよいか、またはそれらは正常細胞上では極端に低いレベルで通常は存在するが、腫瘍細胞上でははるかにより高いレベルで発現される抗原であってもよい。
TSAまたはTAA抗原の非限定例としては、以下のもの:MART-1/MelanA(MART-I)、gp100(Pmel17)、チロシナーゼ、TRP-1、TRP-2などの分化抗原およびMAGE-1、MAGE-3、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、pl5などの腫瘍特異的多系統抗原;CEAなどの過剰発現される胎児性抗原;p53、Ras、HER2/neuなどの過剰発現されるがん遺伝子および突然変異腫瘍抑制遺伝子;BCR-ABL、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RARなどの染色体転座の結果生じる独特の腫瘍抗原;ならびにエプスタイン・バーウイルス抗原EBVAおよびヒトパピローマウイルス(HPV)抗原E6およびE7などのウイルス抗原が挙げられる。他の大きなタンパク質に基づく抗原としては、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、RAGE、NY-ESO、pl85erbB2、pl80erbB-3、c-met、nm-23HI、PSA、TAG-72、CA19-9、CA72-4、CAM17.1、NuMa、K-ras、ベータ-カテニン、CDK4、Mum-1、p15、p16、43-9F、5T4、791Tgp72、アルファフェトタンパク質、ベータ-HCG、BCA225、BTAA、CA125、CA15-3\CA27.29\BCAA、CA195、CA242、CA-50、CAM43、CD68\P1、CO-029、FGF-5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB/70K、NY-CO-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90\Mac-2結合タンパク質\シクロフィリンC関連タンパク質、TAAL6、TAG72、TLP、およびTPSが挙げられる。
核酸
一部の実施形態では、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞は、本明細書に記載の外因性CD160タンパク質のいずれか1つおよび/または機能的外因性受容体のいずれか1つをコードする1つまたは複数の異種核酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の外因性CD160タンパク質のいずれか1つをコードする核酸配列を含む単離された核酸が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の機能的外因性受容体のいずれか1つをコードする核酸配列を含む単離された核酸が提供される。一部の実施形態では、核酸は、DNAである。一部の実施形態では、核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、核酸は、線状である。一部の実施形態では、核酸は、環状である。
外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列および/または機能的外因性受容体をコードする核酸を、1つまたは複数の調節配列に作動可能に連結することができる。コード配列の転写および/または翻訳を制御する例示的な調節配列は、当業界で公知であり、限定されるものではないが、プロモーター、転写の適切な開始、調節および/または終結(例えば、ポリA転写終結配列)、mRNA輸送(例えば、核局在化シグナル配列)、プロセシング(例えば、スプライシングシグナル)、安定性(例えば、イントロンならびに非コード5’および3’配列)、翻訳(例えば、開始Met、3部分リーダー配列、IRESリボソーム結合部位、シグナルペプチドなど)、および挿入物をウイルスベクター中に導入するための挿入部位のためのさらなるエレメントを含んでもよい。一部の実施形態では、調節配列は、プロモーター、転写エンハンサーならびに/または外因性CD160タンパク質および/もしくは機能的外因性受容体の適切な発現を可能にする配列である。
用語「調節配列」または「制御配列」とは、作動可能に連結されたコード配列の発現に影響するDNA配列を指す。そのような調節配列の性質は、宿主生物に応じて異なる。原核生物では、調節配列は一般に、プロモーター、リボソーム結合部位、およびターミネーターを含む。真核生物では、調節配列は、プロモーター、ターミネーターおよび一部の例では、エンハンサー、トランスアクチベーターまたは転写因子を含む。
用語「作動可能に連結されている」とは、そのように記載された成分が、その意図される様式で機能するのを可能にする関係にある並置を指す。コード配列に「作動可能に連結された」調節配列は、コード配列の発現が調節配列と適合する条件下で達成されるような方法でライゲーションされている。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」または「プロモーター領域」とは、それが作動可能に連結されているDNAまたはRNAの転写を制御するDNAまたはRNAのセグメントを指す。プロモーター領域は、RNAポリメラーゼ認識、結合および転写開始に関与する特定の配列を含む。さらに、プロモーターは、RNAポリメラーゼの認識、結合および転写開始活性(すなわち、1つまたは複数の転写因子の結合)をモジュレートする配列を含む。これらの配列は、cis作用性であってもよいか、またはtrans作用因子に応答性であってもよい。プロモーターは、調節の性質に応じて、構成的または調節性であってもよい。調節性プロモーターは、誘導性または環境応答性(例えば、pH、嫌気的条件、浸透圧調節物質、温度、光、または細胞密度などの合図に応答する)であってもよい。多くのそのようなプロモーター配列は、当業界で公知である。例えば、米国特許第4,980,285号;第5,631,150号;第5,707,928号;第5,759,828号;第5,888,783号;第5,919,670号、およびSambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Press (1989)を参照されたい。
一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列は、第1のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、機能的外因性受容体をコードする核酸配列は、第2のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列と、機能的外因性受容体をコードする核酸配列とは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列と、機能的外因性受容体をコードする核酸配列とは、別々のプロモーターに作動可能に連結されている。
一部の実施形態では、プロモーターは、内因性プロモーターである。例えば、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体をコードする核酸を、CRISPR/Cas9法などの当業界で公知の任意の方法を使用して、内因性プロモーターの下流で改変抗原特異的免疫細胞のゲノムにノックインすることができる。一部の実施形態では、内因性プロモーターは、ベータ-アクチンなどの豊富なタンパク質のためのプロモーターである。一部の実施形態では、内因性プロモーターは、例えば、改変抗原特異的免疫細胞の内因性活性化シグナルによって誘導可能な、誘導性プロモーターである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞がT細胞である場合、プロモーターは、T細胞活性化依存性プロモーター(IL-2プロモーター、NFATプロモーター、またはNFκBプロモーターなど)である。一部の実施形態では、プロモーターは、異種プロモーターである。
様々なプロモーターが哺乳動物細胞中での遺伝子発現について探索されており、当業界で公知のプロモーターのいずれかを本発明において使用することができる。プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターなどの調節性プロモーターとして大まかに分類することができる。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体をコードする異種核酸配列は、構成的プロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体をコードする異種核酸配列は、誘導性プロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、構成的プロモーターは、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列に作動可能に連結され、誘導性プロモーターは、機能的外因性受容体をコードする核酸配列に作動可能に連結されている。一部の実施形態では、構成的プロモーターは、機能的外因性受容体をコードする核酸配列に作動可能に連結され、誘導性プロモーターは、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列に作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の誘導性プロモーターは、外因性CD160タンパク質をコードする核酸配列に作動可能に連結され、第2の誘導性プロモーターは、機能的外因性受容体をコードする核酸配列に作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の誘導性プロモーターは、第1の誘導条件によって誘導され、第2の誘導性プロモーターは、第2の誘導条件によって誘導される。一部の実施形態では、第1の誘導条件は、第2の誘導条件と同じである。一部の実施形態では、第1の誘導性プロモーターおよび第2の誘導性プロモーターは、同時に誘導される。一部の実施形態では、第1の誘導性プロモーターおよび第2の誘導性プロモーターは、連続的に誘導され、例えば、第1の誘導性プロモーターは第2の誘導性プロモーターの前に誘導されるか、または第1の誘導性プロモーターは第2の誘導性プロモーターの後に誘導される。
構成的プロモーターは、異種遺伝子(トランスジーンとも呼ばれる)を宿主細胞中で構成的に発現させることができる。本明細書で企図される例示的な構成的プロモーターとしては、限定されるものではないが、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ヒト伸長因子-1アルファ(hEF1α)、ユビキチンCプロモーター(UbiC)、ホスホグリセロキナーゼプロモーター(PGK)、サルウイルス40初期プロモーター(SV40)、およびCMV初期エンハンサーと結合させたニワトリβ-アクチンプロモーター(CAGG)が挙げられる。トランスジーン発現の駆動に対するそのような構成的プロモーターの効率は、多数の研究において広く比較されている。一部の実施形態では、プロモーターは、hEF1αプロモーターである。
一部の実施形態では、プロモーターは、誘導性プロモーターである。誘導性プロモーターは、調節性プロモーターのカテゴリーに属する。誘導性プロモーターは、物理的条件、改変抗原特異的免疫細胞の微小環境、または改変抗原特異的免疫細胞の生理的状態、誘導因子(例えば、誘導剤)、またはそれらの組合せなどの、1つまたは複数の条件によって誘導することができる。一部の実施形態では、誘導条件は、改変抗原特異的免疫細胞中で、および/または医薬組成物を受ける対象中で、内因性遺伝子の発現を誘導しない。一部の実施形態では、誘導条件は、誘導因子、照射(イオン化放射、光など)、温度(熱など)、酸化還元状態、腫瘍環境、および改変抗原特異的免疫細胞の活性化状態からなる群から選択される。
一部の実施形態では、プロモーターは、誘導因子によって誘導される。一部の実施形態では、誘導因子は、化合物などの低分子である。一部の実施形態では、低分子は、ドキシサイクリン、テトラサイクリン、アルコール、金属、またはステロイドからなる群から選択される。化学誘導性プロモーターは、最も広く探索されている。そのようなプロモーターは、転写活性が、ドキシサイクリン、テトラサイクリン、アルコール、ステロイド、金属および他の化合物などの低分子化学物質の存在または非存在によって調節されるプロモーターを含む。逆テトラサイクリン制御トランスアクチベーター(rtTA)およびテトラサイクリン応答エレメントプロモーター(TRE)を用いるドキシサイクリン誘導システムが、現在最も確立されたシステムである。WO9429442は、テトラサイクリン応答性プロモーターによる真核細胞中での遺伝子発現の厳密な制御を記載している。WO9601313は、テトラサイクリン調節性転写モジュレーターを開示している。さらに、Tet-onシステムなどのTet技術が、例えば、TetSystems.comのウェブサイト上に記載されている。任意の公知の化学的に調節されるプロモーターを使用して、本出願における治療タンパク質の発現を駆動することができる。
一部の実施形態では、誘導因子は、増殖因子、ホルモン、または細胞表面受容体、例えば、腫瘍抗原に特異的に結合するポリペプチドに対するリガンドなどのポリペプチドである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変抗原特異的免疫細胞によって発現される。一部の実施形態では、ポリペプチドは、異種核酸中の核酸によってコードされる。また、多くのポリペプチド誘導因子が当業界で公知であり、それらは本発明における使用にとって好適であり得る。例えば、エクジソン受容体に基づく遺伝子スイッチ、プロゲステロン受容体に基づく遺伝子スイッチ、およびエストロゲン受容体に基づく遺伝子スイッチは、ステロイド受容体由来トランスアクチベーターを用いる遺伝子スイッチに属する(WO9637609およびWO9738117など)。
一部の実施形態では、誘導因子は、低分子成分と、1つまたは複数のポリペプチドとの両方を含む。例えば、ポリペプチドの二量体化に依存する誘導性プロモーターが、当業界で公知であり、本発明における使用にとって好適であり得る。1993年に開発された、初めての低分子CIDシステムは、薬物FK506の誘導体であるFK1012を使用して、FKBPのホモ二量体化を誘導した。同様の戦略を用いることにより、Wu et alは、ラパログ/FKPB-FRBおよびジベレリン/GID1-GAI二量体化依存的遺伝子スイッチを使用することによってONスイッチ様式を介して滴定可能なCAR-T細胞を上手く作製した(C.-Y. Wu et al., Science 350, aab4077 (2015))。他の二量体化依存的スイッチシステムとしては、クーママイシン/GyrB-GyrB(Nature 383 (6596): 178-81)、およびHaXS/Snap-tag-HaloTag(Chemistry and Biology 20 (4): 549-57)が挙げられる。
一部の実施形態では、プロモーターは、光誘導性プロモーターであり、誘導条件は光である。哺乳動物細胞中での遺伝子発現を調節するための光誘導性プロモーターも、当業界で周知である(例えば、Science 332, 1565-1568 (2011);Nat. Methods 9, 266-269 (2012);Nature 500: 472-476 (2013);Nature Neuroscience 18:1202-1212 (2015)を参照されたい)。そのような遺伝子調節システムを、(1)DNA結合または(2)DNAに結合したタンパク質への転写活性化ドメインの動員のその調節に基づいて2つのカテゴリーに大まかに分割することができる。例えば、青色光(480nm)に応答して、NFATのカルシニューリン媒介性移動をもたらす細胞内カルシウム増加を誘発する、メラノプシンに基づく合成哺乳動物青色光制御転写システムが開発され、哺乳動物細胞中で試験された。より最近では、Motta-Mena et alは、ヒト細胞系およびゼブラフィッシュ胚における転写開始の、高レベルの青色光感受性制御をもたらす天然に存在するEL222転写因子から開発された新しい誘導性遺伝子発現システムを記載した(Nat. Chem. Biol. 10(3):196-202 (2014))。さらに、Arabidopsis thalianaの光受容体フィトクロムB(PhyB)とフィトクロム相互作用因子6(PIF6)との赤色光誘導性相互作用が、赤色光誘発性遺伝子発現調節のために利用された。さらに、紫外線B(UVB)誘導性遺伝子発現システムも開発され、哺乳動物細胞中での標的遺伝子転写において有効であることが証明された(Chapter 25 of Gene and Cell Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, Fourth Edition CRC Press, Jan. 20th,2015)。本明細書に記載の光誘導性プロモーターのいずれかを使用して、本発明における治療タンパク質の発現を駆動することができる。
一部の実施形態では、プロモーターは、光誘導性分子と、光との組合せによって誘導される光誘導性プロモーターである。例えば、化学的誘導因子上の光切断性光ケージ化基は、光ケージ基が照射または他の手段によって除去されない限り、誘導因子を不活性に保持する。そのような光誘導性分子としては、低分子化合物、オリゴヌクレオチド、およびタンパク質が挙げられる。例えば、ケージ化エクジソン、lacオペロンと共に使用するためのケージ化IPTG、リボザイム媒介性遺伝子発現のためのケージ化トヨカマイシン、Tet-onシステムと共に使用するためのケージ化ドキシサイクリン、および光媒介性FKBP/FRB二量体化のためのケージ化ラパログが開発されている(例えば、Curr Opin Chem Biol. 16(3-4): 292-299 (2012)を参照されたい)。
一部の実施形態では、プロモーターは、放射線誘導性プロモーターであり、誘導条件は、イオン化放射などの放射線である。放射線誘導性プロモーターも、トランスジーン発現を制御することが当業界で公知である。遺伝子発現の変更は、細胞の照射時に起こる。例えば、「極初期遺伝子」として知られる遺伝子群は、イオン化放射時に即座に反応することができる。例示的な極初期遺伝子としては、限定されるものではないが、Erg-1、p21/WAF-1、GADD45アルファ、t-PA、c-Fos、c-Jun、NF-カッパB、およびAP1が挙げられる。極初期遺伝子は、そのプロモーター領域中に放射線応答配列を含む。コンセンサス配列CC(A/T)GG(配列番号7)がErg-1プロモーター中に見出されており、血清応答エレメントと呼ばれるか、またはCArGエレメントとして公知である。放射線誘導性プロモーターと、トランスジーンとの組合せが集中的に研究されており、治療利益に関して効率的であることが証明されている。例えば、Cancer Biol Ther. 6(7):1005-12 (2007)およびChapter 25 of Gene and Cell Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, Fourth Edition CRC Press, Jan. 20th, 2015を参照されたい。
一部の実施形態では、プロモーターは、熱誘導性プロモーターであり、誘導条件は熱である。トランスジーン発現を駆動する熱誘導性プロモーターも、当業界で広く研究されている。Hsp90、Hsp70、Hsp60、Hsp40、Hsp10などを含む熱ショックまたはストレスタンパク質(HSP)は、熱または他の物理的および化学的ストレス下での細胞の保護において重要な役割を果たしている。熱ショックタンパク質(HSP)プロモーターならびに増殖停止およびDNA損傷(GADD)153プロモーターを含むいくつかの熱誘導性プロモーターが、前臨床試験において試みられている。1985年に初めて記載された、ヒトhsp70B遺伝子のプロモーターは、最も高効率の熱誘導性プロモーターの1つであると考えられる。Huang et alは、hsp70B-EGFP、hsp70B-TNFアルファおよびhsp70B-IL12コード配列の導入後、腫瘍細胞は熱処理時に非常に高いトランスジーン発現を発現するが、熱処理の非存在下では、トランスジーンの発現は検出されないと報告した。そして、腫瘍成長は、in vivoでIL12トランスジーン+熱処理群のマウスにおいて有意に遅延した(Cancer Res. 60:3435 (2000))。別のグループの科学者は、HSV-tk自殺遺伝子と、hsp70Bプロモーターとを関連付け、マウス乳がんを担持するヌードマウスにおいてそのシステムを試験した。腫瘍にhsp70B-HSVtkコード配列を投与し、熱処理したマウスは、非熱処理対照と比較して、腫瘍退縮および有意な生存率を示した(Hum. Gene Ther. 11:2453 (2000))。当業界で公知のさらなる熱誘導性プロモーターを、例えば、Chapter 25 of Gene and Cell Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, Fourth Edition CRC Press, Jan. 20th, 2015に見出すことができる。本明細書で考察される熱誘導性プロモーターのいずれかを使用して、本発明の治療タンパク質の発現を駆動することができる。
一部の実施形態では、プロモーターは、酸化還元状態によって誘導される。酸化還元状態によって誘導される例示的なプロモーターとしては、誘導性プロモーターおよび低酸素誘導性プロモーターが挙げられる。例えば、Post DE et alは、HIF活性腫瘍細胞中でトランスジーン発現を特異的かつ強力に誘導する低酸素誘導性因子(HIF)応答性プロモーターを開発した(Gene Ther. 8: 1801-1807 (2001);Cancer Res. 67: 6872-6881 (2007))。
一部の実施形態では、プロモーターは、改変抗原特異的免疫細胞の内因性活性化シグナルなどの生理的状態によって誘導される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞がT細胞である場合、プロモーターは、改変T細胞の内因性活性化シグナルによって誘導される、T細胞活性化依存的プロモーターである。一部の実施形態では、改変T細胞は、ホルボールミリステートアセテート(PMA)、イオノマイシン、またはフィトヘマグルチニンなどの誘導因子によって活性化される。一部の実施形態では、改変T細胞は、機能的外因性受容体(CARまたはTCRなど)を介する腫瘍細胞上の腫瘍抗原の認識によって活性化される。一部の実施形態では、T細胞活性化依存的プロモーターは、IL-2プロモーターである。一部の実施形態では、T細胞活性化依存的プロモーターは、NFATプロモーターである。一部の実施形態では、T細胞活性化依存的プロモーターはNFκBプロモーターである。
本明細書に記載の異種核酸配列は、1つまたは複数のタンパク質コード配列と、必要に応じて、1つまたは複数のプロモーターとを含む、異種遺伝子発現カセット中に存在してもよい。一部の実施形態では、異種遺伝子発現カセットは、単一のタンパク質コード配列を含む。一部の実施形態では、異種遺伝子発現カセットは、単一のプロモーター(すなわち、多シストロン性)によって駆動される2つのまたはそれより多いタンパク質コード配列を含む。一部の実施形態では、異種遺伝子発現カセットは、1つまたは複数の調節配列(5’UTR、3’UTR、エンハンサー配列、IRES、転写終結配列など)、組換え部位、1つまたは複数の選択マーカー(抗生物質耐性遺伝子、リポーター遺伝子など)、シグナル配列、またはそれらの組合せをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体をコードする核酸のいずれか1つを含むベクターが提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の外因性CD160タンパク質のいずれか1つをコードする第1の核酸配列と、本明細書に記載の機能的外因性受容体のいずれか1つをコードする第2の核酸配列とを含むベクターが提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の外因性CD160タンパク質のいずれか1つをコードする第1の核酸配列を含む第1のベクターと、本明細書に記載の機能的外因性受容体のいずれか1つをコードする第2の核酸配列を含む第2のベクターとを含む組成物が提供される。
「ベクター」は、単離された核酸を含み、単離された核酸を細胞の内部に送達するために使用することができる組成物である。限定されるものではないが、線状ポリヌクレオチド、イオン性または両親媒性化合物と会合したポリヌクレオチド、プラスミド、およびウイルスを含む、いくつかのベクターが当業界で公知である。一般に、好適なベクターは、少なくとも1つの生物において機能的な複製起点、プロモーター配列、都合のよい制限エンドヌクレアーゼ部位、および1つまたは複数の選択マーカーを含有する。また、用語「ベクター」は、例えば、ポリリシン化合物、リポソームなどの、核酸の細胞中への移入を容易にする非プラスミドおよび非ウイルス化合物を含むと解釈されるべきである。
一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。ウイルスベクターの例としては、限定されるものではないが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、ワクシニアベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、およびそれらの誘導体が挙げられる。ウイルスベクター技術は、当業界で周知であり、例えば、Sambrook et al. (2001, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York)、ならびに他のウイルス学および分子生物学のマニュアルに記載されている。
いくつかのウイルスに基づくシステムが、哺乳動物細胞への遺伝子導入のために開発されている。例えば、レトロウイルスは、遺伝子送達システムのための都合のよいプラットフォームを提供する。当業界で公知の技術を使用して、異種核酸をベクター中に挿入し、レトロウイルス粒子中にパッケージングすることができる。次いで、組換えウイルスを単離し、in vitroまたはex vivoで改変抗原特異的免疫細胞に送達することができる。いくつかのレトロウイルスシステムが当業界で公知である。一部の実施形態では、アデノウイルスベクターが使用される。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターが使用される。一部の実施形態では、自己不活化レンチウイルスベクターが使用される。例えば、自己不活化レンチウイルスベクターを、当業界で公知のプロトコールを用いてパッケージングすることができる。当業界で公知の方法を使用して、得られるレンチウイルスベクターを使用して哺乳動物細胞(ヒトT細胞など)に形質導入することができる。
一部の実施形態では、ベクターは、プラスミドなどの非ウイルスベクター、またはエピソーム発現ベクターである。
一部の実施形態では、ベクターは、発現ベクターである。「発現ベクター」は、選択された宿主を形質転換するために使用することができる構築物であり、選択された宿主中でのコード配列の発現を提供する。発現ベクターは、例えば、クローニングベクター、バイナリーベクターまたは組込みベクターであってもよい。発現は、核酸分子の、好ましくは翻訳可能なmRNAへの転写を含む。真核細胞中での発現を確保する調節エレメントが、当業者には周知である。真核細胞の場合、それらは通常、転写の開始を確保するプロモーターと、必要に応じて、転写の終結および転写物の安定化を確保するポリAシグナルとを含む。真核宿主細胞中での発現を可能にする調節エレメントの例は、酵母におけるAOX1もしくはGAL1プロモーターまたは哺乳動物および他の動物細胞におけるCMV、SV40、RSVプロモーター(ラウス肉腫ウイルス)、CMVエンハンサー、SV40エンハンサーもしくはグロビンイントロンである。さらに、使用される発現系に応じて、ポリペプチドを細胞区画へ方向付ける、またはそれを培地中に分泌することができるリーダー配列を、記載の核酸配列のコード配列に付加することができ、それらは当業界で周知である。リーダー配列を、翻訳、開始および終結配列、ならびに好ましくは、翻訳されるタンパク質、またはその一部の、ペリプラズム空間または細胞外培地中への分泌を方向付けることができるリーダー配列と共に適切な段階で集合させる。必要に応じて、核酸配列は、所望の特性、例えば、発現される組換え産物の安定化または精製の単純化を提供するN末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードしてもよい。Okayama-Berg cDNA発現ベクターpcDV1(Pharmacia)、pEF-Neo、pCDM8、pRc/CMV、pcDNA1、pcDNA3(Invitrogen)、pEF-DHFRおよびpEF-ADA(Raum et al., Cancer Immunol Immunother (2001) 50(3), 141-150)またはpSPORT1(GIBCO BRL)などの、好適な発現ベクターが当業界で公知である。
外因性CD160を含む改変抗原特異的免疫細胞の調製方法
本出願はまた、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つを生産する方法も提供する。
ある特定の態様では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む。一部の実施形態では、方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞中に、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む。一部の実施形態では、核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、核酸は、DNAである。核酸を、ウイルスまたは非ウイルス法を含む、当業界で公知の任意のトランスフェクションまたは形質導入法を使用して、改変抗原特異的免疫細胞中に導入することができる。例示的な非ウイルストランスフェクション法としては、限定されるものではないが、リン酸カルシウム、デンドリマー、リポソーム、またはカチオン性ポリマー(例えば、DEAE-デキストランもしくはポリエチレンイミン)などを使用する化学物質に基づくトランスフェクション;電気穿孔、セルスクイージング、ソノポレーション、光学的トランスフェクション、インペールフェクション、プロトプラスト融合、水力学的送達、またはトランスポゾンなどの非化学的方法;遺伝子銃、マグネクトフェクション(magnectofection)またはマグネットアシストトランスフェクション、粒子ボンバードメントなどを使用する粒子に基づく方法;およびヌクレオフェクションなどのハイブリッド方法が挙げられる。一部の実施形態では、核酸は、トランスフェクションによって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。一部の実施形態では、核酸は、形質導入または電気穿孔によって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4に対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体中の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)にそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型である、方法が提供される。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質がグリコホスファチジルイノシトール(GPI)リンカーを介して膜に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIアンカーペプチド配列を含む。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD1からなる群から選択される分子に由来する。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインと細胞内ドメインとを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD-1からなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD160スプライスバリアントに由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットは、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、T細胞刺激分子に由来する1つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、4-1BB、OX40、CD27、CD28、CD80、またはCD258のうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、OX40、CD27、CD28、CD80、およびCD258からなる群から選択される2つのシグナル伝達ドメインの組合せを含む。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、CD160タンパク質が膜貫通ドメインと細胞内ドメインとを含み、細胞内ドメインが1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8個のいずれか、またはそれより多い共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、または5個以下のいずれか1つの共刺激シグナル伝達ドメインを含有する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。一部の実施形態では、共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、CD30、CD40、CD3、CD80、CD258、LFA-1、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、CD83のリガンド、およびそれらの組合せからなる群から選択される共刺激分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインに隣接する。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインのC末端に隣接する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζドメインを含む。他の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含まない。他の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。
一部の実施形態では、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、免疫細胞の表面分子に結合する。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、T細胞表面分子を認識する抗体を含む。一部の実施形態では、抗体は、全長抗体またはscFv、Fv、Fab、(Fab’)、単一ドメイン抗体(sdAb)、もしくはVHドメインなどの抗体断片であってもよい。非限定例としては、TCRを認識する、および/またはTCRシグナル伝達を活性化する抗CD3ε抗体が挙げられる。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、コグネートT細胞表面受容体に結合するリガンドを含む。非限定例としては、TCRおよびIL-2を認識する腫瘍特異的ペプチドMHC複合体が挙げられる。
本明細書に記載の方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4に対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体中の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)にそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
表面上に本明細書に記載の外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸をさらに含む。一部の実施形態では、方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞と、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸とを接触させることをさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸配列と、第2の核酸配列とは、別々のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じベクター上にある。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、別々のベクター上にある。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、およびその誘導体からなる群から選択される。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、エピソーム発現ベクターである。一部の実施形態では、方法は、第1の核酸および/または第2の核酸を含む免疫細胞を単離すること、または富化することをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかによって得られる改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれかと、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の核酸またはベクターのいずれか1つを含む単離された宿主細胞が提供される。宿主細胞は、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体をコードする核酸またはベクターの発現またはクローニングにおいて有用であってよい。好適な宿主細胞は、限定されるものではないが、原核細胞、真菌細胞、酵母細胞、または哺乳動物細胞などの高等真核細胞を含んでもよい。一部の実施形態では、宿主細胞は、第1のポリペプチドをコードする第1のベクターと、第2のポリペプチドをコードする第2のベクターとを含む。一部の実施形態では、宿主細胞は、第1のポリペプチドと第2のポリペプチドとをコードする単離された核酸を含む単一のベクターを含む。一部の実施形態では、第1のポリペプチドは、外因性CD160タンパク質である。一部の実施形態では、第2のポリペプチドは、機能的外因性受容体である。
前駆体抗原特異的免疫細胞を、当業界で公知の様々な方法を使用して調製することができる。例えば、T細胞などの一次免疫細胞を、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位に由来する組織、腹水、胸水、脾臓組織、および腫瘍などのいくつかの供給源から取得することができる。一部の実施形態では、免疫細胞(T細胞など)を、FICOLL(商標)分離などの、当業界で公知の任意数の技術を使用して個体から収集された血液の単位から取得することができる。一部の実施形態では、個体の循環血液に由来する細胞は、アフェレーシスによって得られる。アフェレーシス産物は、典型的には、T細胞、単球、顆粒細胞、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および血小板を含むリンパ球を含有する。一部の実施形態では、アフェレーシスによって収集された細胞を洗浄して、血漿画分を除去し、その後の処理ステップのために細胞を適切な緩衝剤または媒体に入れることができる。一部の実施形態では、細胞を、リン酸緩衝食塩水(PBS)、またはカルシウムおよびマグネシウムなどの二価カチオンを欠く洗浄溶液で洗浄する。当業者であれば容易に理解できるように、洗浄ステップを、当業界で公知の方法によって、例えば、製造業者の使用説明書に従って半自動化「フロースルー」遠心分離機(例えば、Cobe2991細胞プロセッサー、Baxter CytoMate、またはHaemonetics Cell Saver 5)を使用することによって、達成することができる。洗浄後、細胞を、例えば、Ca2+非含有、Mg2+非含有PBS、PlasmaLyteA、または緩衝剤を含む、もしくは含まない他の塩水溶液などの、様々な生体適合性緩衝剤中に再懸濁することができる。あるいは、アフェレーシス試料の望ましくない成分を除去し、細胞を培養培地中に直接的に再懸濁することができる。
一部の実施形態では、赤血球を溶解し、単球を枯渇させることによって、例えば、PERCOLL(商標)勾配による遠心分離または向流遠心分離水簸によって、一次T細胞を末梢血リンパ球から単離する。CD3、CD28、CD4、CD8、CD45RA、およびCD45RO細胞などの、T細胞の特定のサブ集団を、陽性または陰性選択技術によってさらに単離することができる。例えば、一実施形態では、所望のT細胞の陽性選択にとって十分な期間にわたって、DYNABEADS(登録商標)M-450 CD3/CD28 Tなどの抗CD3/抗CD28(すなわち、3×28)コンジュゲート化ビーズと共にインキュベートすることによって、T細胞を単離する。
一部の実施形態では、T細胞集団は、陰性選択された細胞にとって独特の表面マーカーに対する抗体の組合せを使用する陰性選択によって、T細胞集団をさらに富化することができる。例えば、1つの方法は、陰性選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体のカクテルを使用する、陰性磁気免疫付着(negative magnetic immunoadherence)またはフローサイトメトリーによる細胞選別および/または選択を含む。例えば、陰性選択によってCD4細胞を富化するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、CD14、CD20、CD1lb、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。ある特定の実施形態では、典型的には、CD4、CD25、CD62Lhi、GITR、およびFoxP3を発現する調節性T細胞を富化する、または陽性選択することが望ましい場合がある。あるいは、ある特定の実施形態では、調節性T細胞を、抗CD25コンジュゲート化ビーズまたは他の類似する選択方法によって枯渇させる。
ベクターまたは核酸を宿主細胞(前駆体抗原特異的免疫細胞など)に導入する方法は、当業界で公知である。ベクターまたは核酸を、物理的、化学的、または生物学的方法によって宿主細胞に移入することができる。
ベクターまたは核酸を宿主細胞中に導入するための物理的方法としては、リン酸カルシウム沈降、リポフェクション、粒子ボンバードメント、マイクロインジェクション、電気穿孔などが挙げられる。ベクターおよび/または外因性核酸を含む細胞を生産するための方法は、当業界で周知である。例えば、Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New Yorkを参照されたい。一部の実施形態では、ベクターは、電気穿孔によって細胞中に導入される。
ベクターまたは核酸を宿主細胞中に導入するための生物学的方法としては、DNAおよびRNAベクターの使用が挙げられる。ウイルスベクターは、遺伝子を哺乳動物、例えば、ヒト細胞中に挿入するための最も広く使用される方法になっている。
ベクターまたは核酸を宿主細胞中に導入するための化学的手段としては、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズなどのコロイド分散系、ならびに水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームなどの脂質に基づく系が挙げられる。in vitroでの送達ビヒクルとしての使用のための例示的なコロイド系は、リポソーム(例えば、人工膜小胞)である。
一部の実施形態では、形質導入またはトランスフェクトされた前駆体抗原特異的免疫細胞を、異種核酸の導入後にex vivoで増殖させる。一部の実施形態では、形質導入またはトランスフェクトされた前駆体抗原特異的免疫細胞を、少なくとも約1日、約2日、約3日、約4日、約5日、約6日、約7日、約10日、約12日、または約14日のいずれかにわたって培養し、増殖させる。一部の実施形態では、形質導入またはトランスフェクトされた前駆体抗原特異的免疫細胞を、約1日、約2日、約3日、約4日、約5日、約6日、約7日、約10日、約12日、または約14日以下のいずれかにわたって培養する。一部の実施形態では、形質導入またはトランスフェクトされた前駆体抗原特異的免疫細胞を、さらに評価またはスクリーニングして、改変抗原特異的免疫細胞を選択する。
リポーター遺伝子を、潜在的にトランスフェクトされた細胞を同定するため、および調節配列の機能を評価するために使用することができる。一般に、リポーター遺伝子は、レシピエント生物または組織の中に存在しないか、またはそれによって発現されず、発現がいくらか容易に検出可能な特性、例えば、酵素活性によって示されるポリペプチドをコードする遺伝子である。リポーター遺伝子の発現は、DNAがレシピエント細胞中に導入された後、好適な時間でアッセイされる。好適なリポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼ、または緑色蛍光タンパク質遺伝子をコードする遺伝子を含んでもよい(例えば、Ui-Tei et al. FEBS Letters 479: 79-82 (2000))。
前駆体抗原特異的免疫細胞中の異種核酸の存在を確認するための他の方法としては、例えば、サザンおよびノーザンブロッティング、RT-PCR、およびPCRなどの当業者には周知の分子生物学的アッセイ;例えば、免疫学的方法(ELISAおよびウェスタンブロットなど)による特定のペプチドの存在または非存在の検出などの生化学的アッセイが挙げられる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の1つまたは複数の外因性CD160タンパク質を発現する改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、内因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、外因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して増殖の増大および/または生存能力の増大を示す。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。
一部の態様では、抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させる方法であって、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を免疫細胞中に導入することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量の増大は、CD160改変抗原特異的免疫細胞の増殖速度の増大によって引き起こされる。
一部の態様では、抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させる方法であって、免疫細胞中でのCD160タンパク質の過剰発現を引き起こすことを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、内因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、外因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、または約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞の収量の増大は、CD160改変抗原特異的免疫細胞の増殖速度の増大によって引き起こされる。
一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞を製造する方法であって、本明細書に記載の方法のいずれか1つに従って選択された抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させるための方法を含む、方法が提供される。一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を含む。一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体を含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。また、本明細書に記載の方法のいずれか1つに従って製造された治療的抗原特異的免疫細胞も提供される。一部の実施形態では、治療的TIL、TCR-T細胞の収量および/もしくは生存能力、ならびに/またはCAR-T細胞産生を増大させるためのCD160過剰発現の使用が提供される。一部の実施形態では、治療的TIL、TCR-T、および/またはCAR-T細胞産生の収量および/または生存能力を増大させるための外因性CD160発現の使用が提供される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の1つまたは複数の外因性CD160タンパク質を発現する改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する改変抗原特異的免疫細胞が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、内因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、外因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、in vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性の増大を示す。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160改変抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160改変ではない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。
一部の態様では、抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させる方法であって、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を免疫細胞中に導入することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、または約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。
一部の態様では、抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させる方法であって、免疫細胞中でのCD160タンパク質の過剰発現を引き起こすことを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、内因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、外因性タンパク質である。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍、もしくは約10000倍のいずれか1つ、またはそれより大きな変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%もしくは約100%のいずれか1つ、またはそれより大きな割合で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約1倍~約2倍、約2倍~約5倍、約5倍~約10倍、約10倍~約20倍、約20倍~約50倍、約50倍~約100倍、約100倍~約500倍、約500倍~約1000倍、または約1000倍~約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している。一部の実施形態では、CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性は、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して、少なくとも約10%~約20%、約20%~約30%、約30%~約40%、約40%~約50%、約50%~約60%、約60%~約70%、約70%~約80%、約80%~約90%、または約90%~約100%のいずれか1つの割合で、増大している。一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞を製造する方法であって、本明細書に記載の方法のいずれか1つに従って選択された抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させるための方法を含む、方法が提供される。一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を含む。一部の実施形態では、治療的抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体を含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。また、本明細書に記載の方法のいずれか1つに従って製造された治療的抗原特異的免疫細胞も提供される。一部の実施形態では、in vitroおよび/またはin vivoでの治療的抗原特異的T細胞(限定されるものではないが、TIL、TCR-T細胞、およびCAR-T細胞を含む)の細胞溶解活性を増大させるためのCD160過剰発現の使用が提供される。一部の実施形態では、in vitroおよび/またはin vivoでの治療的抗原特異的T細胞(限定されるものではないが、TIL、TCR-T細胞、およびCAR-T細胞を含む)の細胞溶解活性を増大させるための外因性CD160発現の使用が提供される。
III.外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質を発現する改変抗原特異的免疫細胞を使用する処置方法
本出願の一態様は、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つまたは本明細書に記載の医薬組成物のいずれか1つの有効量を投与することを含む、方法に関する。本出願は、単独で、または別の療法との任意の組合せで、および少なくとも一部の態様では、薬学的に許容される担体または賦形剤と一緒に投与することができる改変抗原特異的免疫細胞を企図する。一部の実施形態では、投与の前に、改変抗原特異的免疫細胞を、当業界で周知の好適な薬学的担体および賦形剤と混合してもよい。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、個体に由来する。
本出願の別の態様は、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、個体中の免疫細胞上の表面分子を認識する結合部分を含む、方法に関する。
したがって、一部の実施形態では、個体(例えば、ヒト)における疾患(例えば、がん)を処置する方法であって、個体に、(例えば、表面上に)外因性CD160タンパク質を含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を(例えば、表面上に)含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、個体に由来する。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、(a)(例えば、表面上に)外因性CD160タンパク質を含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、改変抗原特異的免疫細胞;および(b)薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の有効量を個体に投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、個体に由来する。本明細書に記載の処置方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体中の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)にそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型である、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型である、方法が提供される。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質がGPIリンカーを介して膜に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、改変抗原特異的免疫細胞が個体に由来し、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質がGPIリンカーを介して膜に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、GPIアンカーペプチド配列を含む。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD-1からなる群から選択される分子に由来する。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、改変抗原特異的免疫細胞が個体に由来し、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD160、CD4、CD8、CD5、CD6、CD16、CD22、CD33、CD37、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、CD244、T細胞受容体(TCR)アルファサブユニット、TCRベータサブユニット、またはTCRゼータサブユニットからなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28、4-1BB、CD80、CD152およびPD-1からなる群から選択される分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD160スプライスバリアントに由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットは、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、T細胞刺激分子に由来する1つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、4-1BB、OX40、CD27、CD28、CD80、またはCD258のうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、OX40、CD27、CD28、CD80、およびCD258からなる群から選択される2つのシグナル伝達ドメインの組合せを含む。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含み、細胞内ドメインが1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含み、細胞内ドメインが1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8個のいずれか、またはそれより多い共刺激シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、1、2、3、4、または5個以下のいずれか1つの共刺激シグナル伝達ドメインを含有する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。一部の実施形態では、共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、CD30、CD40、CD3、CD80、CD258、LFA-1、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、CD83のリガンド、およびそれらの組合せからなる群から選択される共刺激分子に由来する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインに隣接する。一部の実施形態では、CD28共刺激ドメインは、膜貫通ドメインのC末端に隣接する。一部の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζドメインを含む。他の実施形態では、細胞内ドメインは、一次シグナル伝達ドメインを含まない。他の実施形態では、細胞内ドメインは、CD3ζドメインまたは4-1BBとCD3ζドメインとの組合せを含まない。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、個体に、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される、外因性CD160タンパク質を表面上に含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、外因性CD160タンパク質が膜結合型であり、外因性CD160タンパク質が免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している、方法が提供される。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、免疫細胞の表面分子に結合する。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、T細胞表面分子を認識する抗体を含む。一部の実施形態では、抗体は、全長抗体またはscFv、Fv、Fab、(Fab’)、単一ドメイン抗体(sdAb)、もしくはVHドメインなどの抗体断片であってもよい。非限定例としては、TCRを認識する、および/またはTCRシグナル伝達を活性化する抗CD3ε抗体が挙げられる。一部の実施形態では、免疫細胞結合部分は、コグネートT細胞表面受容体に結合するリガンドを含む。非限定例としては、TCRおよびIL-2を認識する腫瘍特異的ペプチドMHC複合体が挙げられる。
本明細書に記載の処置方法のいずれか1つに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、細胞表面上の外因性CD160タンパク質は、多量体(限定されるものではないが、二量体、三量体、四量体、五量体または六量体など)の形態にある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞傷害性T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞は、DCにより活性化される抗腫瘍T細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、個体中の腫瘍から単離される。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、モノクローナルである。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ポリクローナル集団に由来する。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、同一エピトープに特異的である複数の免疫細胞である。非限定例としては、同じ機能的外因性受容体(CARなど)をそれぞれ含む複数のT細胞が挙げられる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、非同一エピトープ(部分的に重複する、または全体として異なるエピトープなど)にそれぞれ特異的な複数の免疫細胞である。非限定例としては、ポリクローナルTILなどの、複数のポリクローナル免疫細胞が挙げられる。
本明細書に記載の処置方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む。一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質は、免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む。一部の実施形態では、方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞中に、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む。一部の実施形態では、核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、核酸は、DNAである。核酸を、ウイルスまたは非ウイルス法を含む、当業界で公知の任意のトランスフェクションまたは形質導入法を使用して、改変抗原特異的免疫細胞中に導入することができる。例示的な非ウイルストランスフェクション法としては、限定されるものではないが、リン酸カルシウム、デンドリマー、リポソーム、またはカチオン性ポリマー(例えば、DEAE-デキストランもしくはポリエチレンイミン)などを使用する化学物質に基づくトランスフェクション;電気穿孔、セルスクイージング、ソノポレーション、光学的トランスフェクション、インペールフェクション、プロトプラスト融合、水力学的送達、またはトランスポゾンなどの非化学的方法;遺伝子銃、マグネクトフェクションまたはマグネットアシストトランスフェクション、粒子ボンバードメントなどを使用する粒子に基づく方法;およびヌクレオフェクションなどのハイブリッド方法が挙げられる。一部の実施形態では、核酸は、トランスフェクションによって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。一部の実施形態では、核酸は、形質導入または電気穿孔によって前駆体抗原特異的免疫細胞中に導入される。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約80%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質は、配列番号1~4に対して少なくとも約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%のいずれか1つの同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、個体における疾患を処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、改変T細胞である。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、前駆体T細胞である。一部の実施形態では、前駆体抗原特異的免疫細胞は、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸をさらに含む。本明細書に記載の処置方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法は、前駆体抗原特異的免疫細胞に、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸を導入することをさらに含む。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、操作されたT細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、機能的外因性受容体は、改変T細胞受容体(TCR)である。一部の実施形態では、操作されたT細胞受容体(TCR)は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原を認識する。さらなる実施形態では、機能的外因性受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸配列と、第2の核酸配列とは、別々のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、同じベクター上にある。一部の実施形態では、第1の核酸と、第2の核酸とは、別々のベクター上にある。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、およびその誘導体からなる群から選択される。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、エピソーム発現ベクターである。一部の実施形態では、方法は、第1の核酸および/または第2の核酸を含む免疫細胞を単離すること、または富化することをさらに含む。本明細書に記載の処置方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法は、改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、(例えば、表面上に)外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含むプロセスによって産生される改変抗原特異的免疫細胞の有効量を個体に投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらす、方法が提供される。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、白血病またはリンパ腫である。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、肺がん、食道がん、膵がん、乳がん、肝臓がん、脳がん、卵巣がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、がんは、HPV関連がんまたはEBV関連がんなどのウイルス関連がんである。一部の実施形態では、がんは、転移性がんである。一部の実施形態では、がんを処置する方法は、以下の生物活性:(1)がん細胞の殺傷;(2)がん細胞の増殖の阻害;(3)末梢T細胞の再分布の誘導;(4)腫瘍における免疫応答の誘導;(5)腫瘍サイズの低減;(6)がんを有する個体における1つまたは複数の症状の軽減;(7)腫瘍転移の阻害;(8)生存の延長;(9)がん進行までの時間の延長;(10)がんの再発の可能性の防止、阻害、または低減;(11)個体の生活の質の改善;(12)腫瘍におけるT細胞浸潤の容易化、および(13)元々存在する腫瘍転移(リンパ節への転移など)の発生または負荷の低減のうちの1つまたは複数を有する。一部の実施形態では、方法は、少なくとも約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%のいずれか、またはそれより高い腫瘍細胞死率を達成する。一部の実施形態では、方法は、腫瘍サイズを、少なくとも約10%(例えば、少なくとも約20%、約30%、約40%、約60%、約70%、約80%、約90%、または約100%のいずれかを含む)減少させる。一部の実施形態では、方法は、転移を、少なくとも約10%(例えば、少なくとも約20%、約30%、約40%、約60%、約70%、約80%、約90%、または約100%のいずれかを含む)阻害する。一部の実施形態では、方法は、個体の生存を、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24ヶ月のいずれか、またはそれより長く延長する。一部の実施形態では、方法は、がん進行までの時間を、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24ヶ月のいずれか、またはそれより長く延長する。
本明細書に記載の処置方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、投与は、腫瘍内投与である。一部の実施形態では、投与は、リンパ節への投与である。一部の実施形態では、投与は、非経口的、経皮的(真皮に)、管腔内的、動脈内的(動脈に)、筋肉内的(筋肉に)、髄腔内的または静脈内的に実施される。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮下的に(皮膚の下に)投与される。一部の実施形態では、投与は、静脈内的に実施される。
本明細書に記載の方法は、固形がんと液性がんとの両方を含む様々ながんを処置するのに好適である。方法は、初期ステージのがん、非転移性がん、原発がん、進行がん、局部進行がん、転移性がん、または寛解中のがんを含む、あらゆるステージのがんに適用可能である。本明細書に記載の方法を、アジュバント設定またはネオアジュバント設定における、第1の療法、第2の療法、第3の療法、または化学療法、外科手術、ホルモン療法、放射線、遺伝子療法、免疫療法(T細胞療法など)、骨髄移植、幹細胞移植、標的療法、低温療法、超音波療法、光力学療法、高周波アブレーションなどの当業界で公知の他の型のがん療法との併用療法として使用することができる(すなわち、方法を一次/根治療法の前に実行することができる)。一部の実施形態では、方法は、以前に処置されたことがある個体を処置するために使用される。一部の実施形態では、がんは、以前の療法に不応性であった。一部の実施形態では、方法は、以前に処置されたことがない個体を処置するために使用される。
本明細書に記載の方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞は、確立された固形腫瘍を制御および除去するための短期細胞溶解剤として使用される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、外因性CD160タンパク質を含む。一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物を、約7日、約10日、約14日、約21日または約30日毎に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物を、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約7週、約8週、約9週、約10週毎に投与することを含む。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物は、複数回(2、3、4、5、6回のいずれかまたはそれより多い回数など)投与される。一部の実施形態では、方法は、1つまたは複数の治療剤を投与することをさらに含む。一部の実施形態では、治療剤は、放射線療法、化学療法、または免疫療法のうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。一部の実施形態では、PD-1、PD-L1、CTLA-4、TIM-3、LAG3、TIGIT、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)またはBTLAのいずれか1つを免疫チェックポイント阻害剤の標的とする。一部の実施形態では、PD-1および/またはPD-L1を免疫チェックポイント阻害剤の標的とする。一部の実施形態では、治療剤は、サイトカインを含む。一部の実施形態では、サイトカインは、IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、またはIL-15である。一部の実施形態では、治療剤は、免疫応答をさらにモジュレートする、および/または生じさせる物質である。一部の実施形態では、治療剤は、TLRアゴニストを含む。一部の実施形態では、治療剤は、TLR3アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR8アゴニスト、またはTLR9アゴニストを含む。
一部の実施形態では、方法は、コンディショニング処置またはプレコンディショニング処置をさらに含む。一部の実施形態では、コンディショニング処置またはプレコンディショニング処置は、新しい骨髄のための空間を創出するために基礎疾患を低減させるか、または除去するために使用される。一部の実施形態では、方法は、化学療法をさらに含む。一部の実施形態では、化学療法は、改変抗原特異的免疫細胞または改変医薬組成物の投与前に投与される。一部の実施形態では、化学療法は、改変抗原特異的免疫細胞または改変医薬組成物の投与後に投与される。一部の実施形態では、化学療法は、がんを担持する個体をプレコンディショニングするために使用される。一部の実施形態では、方法は、プレコンディショニングを含まない。一部の実施形態では、方法は、化学療法も化学療法プレコンディショニングもさらに含まない。一部の実施形態では、方法は、放射線療法も放射線プレコンディショニングもさらに含まない。一部の実施形態では、方法は、ワクチン接種の使用をさらに含まない。一部の実施形態では、方法は、限定されるものではないが、インターロイキン-2(IL-2)などのインターロイキンの使用をさらに含まない。
本明細書に記載の方法において投与される改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物の有効量は、処置されるがんの特定の型およびステージ、投与経路、外因性CD160タンパク質および/または機能的外因性受容体の活性などのいくつかの因子に依存するであろう。医師であれば、患者のサイズ、体表面積、年齢、投与される特定の化合物、性別、投与の時間および経路、一般的な健康、ならびに同時に投与される他の薬物などの臨床因子に基づいて、適切な投薬量レジメンを決定することができる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物の有効量は、医薬組成物を個体に投与する場合に、毒性効果(すなわち、臨床的に許容されるレベルの毒性を超える効果)を誘導するレベルより低いか、または潜在的な副作用を制御するか、もしくは許容することができるレベルにある。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物の有効量は、約10~約1010個の改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物の有効量は、約10万、約20万、約50万、約75万、約100万、約200万、約500万、約1000万、約2000万、約5000万、約1億、約2億、約5億個のいずれか1つの改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物の有効量は、約1億、約2億、約5億、約7.5億、約10億、約20億、約30億、約40億、約50億、約60億、約70億、約80億、約90億、約100億、約110億、約120億、約130億、約140億、約150億個のいずれか1つの改変抗原特異的免疫細胞を含む。
一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物は、1回(例えば、ボーラス注射)投与される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物は、複数回(2、3、4、5、6回のいずれかまたはそれより多い回数など)投与される。複数回投与の場合、それらを同じか、または異なる経路によって実施してもよく、同じ部位または異なる部位で行ってもよい。医薬組成物を、毎日から年1回までなどの好適な頻度で投与してもよい。医薬の当業者であれば、疾患の兆候について患者をモニタリングし、それに応じて処置を調整することによって、特定の患者のための最適な投薬量および処置レジメンを容易に決定することができる。
一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物を、約7日、約10日、約14日、約21日または約30日毎に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物を、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約7週、約8週、約9週、約10週毎に投与することを含む。一部の実施形態では、方法は、改変抗原特異的免疫細胞または医薬組成物を、約1ヶ月、約2ヶ月、約3ヶ月、約4ヶ月、約5ヶ月、約6ヶ月、約7ヶ月または約8ヶ月毎に投与することを含む。一部の実施形態では、処置される個体は、哺乳動物である。哺乳動物の例としては、限定されるものではないが、ヒト、サル、ラット、マウス、ハムスター、モルモット、イヌ、ネコ、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、ウシなどが挙げられる。一部の実施形態では、個体は、ヒトである。
医薬組成物
本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞のいずれか1つと、必要に応じて、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が、本出願によってさらに提供される。
本出願の医薬組成物は、任意数の改変抗原特異的免疫細胞を含んでもよい。一部の実施形態では、医薬組成物は、単一コピーの改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも約1、約10、約100、約1000、約10、約10、約10、約10、約10、約10のいずれか1つまたはそれより多いコピーの改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも約10万、約20万、約50万、約75万、約100万、約200万、約500万、約1000万、約2000万、約5000万、約1億、約2億、約5億個のいずれか1つの改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも約1億、約2億、約5億、約7.5億、約10億、約20億、約30億、約40億、約50億、約60億、約70億、約80億、約90億、約100億、約110億、約120億、約130億、約140億、約150億個のいずれかの改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、単一の型の改変抗原特異的免疫細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも2つの型の改変抗原特異的免疫細胞を含み、異なる型の改変抗原特異的免疫細胞は、その細胞源、細胞型、発現されるキメラ受容体、および/またはプロモーターなどによって異なる。
本明細書で使用される「担体」としては、用いられる投薬量および濃度で、それに曝露される細胞または個体にとって非毒性的である、薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤が挙げられる。生理的に許容される担体は、水性pH緩衝溶液であることが多い。好適な薬学的担体の例は、当業界で周知であり、リン酸緩衝食塩溶液、水、油/水エマルジョンなどのエマルジョン、様々な型の湿潤剤、滅菌溶液などが挙げられる。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる投薬量および濃度でレシピエントにとって非毒性的である。
そのような担体を含む医薬組成物を、周知の従来の方法によって製剤化することができる。溶媒または希釈剤は、好ましくは、等張性、低張性、または弱高張性であり、比較的低いイオン強度を有する。代表例としては、滅菌水、生理食塩水(例えば、塩化ナトリウム)、リンゲル溶液、グルコース、トレハロースまたはサッカロース溶液、ハンクス溶液、および他の水性生理的平衡塩溶液(例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, A. Gennaro, Lippincott, Williams & Wilkinsの最新版を参照されたい)が挙げられる。
本明細書に記載の医薬組成物を、任意の好適な経路によって投与することができる。一部の実施形態では、医薬組成物は、非経口的、経皮的(真皮に)、管腔内的、動脈内的(動脈に)、筋肉内的(筋肉に)、髄腔内的または静脈内的に投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮下的に(皮膚の下に)投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈内的に投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、輸注または注射によって個体に投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、例えば、内部もしくは外部標的部位へのバイオリスティック送達によって、または動脈中の部位にカテーテルによって、標的部位に直接投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、局部的に、例えば、腫瘍内的に投与される。投与は、従来のシリンジおよび針または対象における活性薬剤の送達を容易にする、もしくは改善することができる当業界で利用可能な任意の化合物もしくはデバイスを使用してもよい。
非経口投与のための調製物としては、滅菌水性または非水性溶液、懸濁液、およびエマルジョンが挙げられる。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油などの植物油、およびオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルである。水性担体としては、塩水および緩衝化媒体を含む、水、アルコール性/水性溶液、エマルジョンまたは懸濁液が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸化リンゲル、または固定油が挙げられる。静脈内ビヒクルとしては、液体および栄養素補給剤、電解質補給剤(リンゲルデキストロースなどに基づくものなど)などが挙げられる。例えば、抗微生物剤、抗酸化剤、キレート剤、および不活性ガスなどの、保存剤および他の添加剤も存在してもよい。さらに、本開示の医薬組成物は、例えば、好ましくはヒト起源の血清アルブミンまたは免疫グロブリンのようなタンパク質性担体を含んでもよい。凍結、液体形態または凍結乾燥形態の様々なウイルス製剤が当業界で利用可能である(例えば、WO98/02522、WO01/66137、WO03/053463、WO2007/056847およびWO2008/114021など)。固体(例えば、乾燥粉末または凍結乾燥)組成物を、減圧乾燥および凍結-乾燥を含むプロセスによって取得することができる(例えば、WO2014/053571を参照されたい)。本開示の医薬組成物は、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞に加えて、医薬組成物の意図される使用に応じて、さらなる生物活性剤を含んでもよいことが想定される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒト使用のために好適に緩衝化される。好適な緩衝剤としては、限定されるものではないが、生理的またはわずかに塩基性のpH(例えば、約pH7~約pH9)を維持することができる、リン酸緩衝剤(例えば、PBS)、重炭酸緩衝剤および/またはTris緩衝剤が挙げられる。一部の実施形態では、医薬組成物を、グリセロールなどの、好適な等張性改変剤の添加によって血液と等張性にすることもできる。
一部の実施形態では、医薬組成物は、単回使用密閉バイアルなどの単回使用バイアル中に含有される。一部の実施形態では、医薬組成物は、複数回使用バイアル中に含有される。一部の実施形態では、医薬組成物は、容器中にバルクで含有される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、個体への投与のためのある特定の基準を満たさなければならない。例えば、米国食品医薬品局は、21CFR610および21CFR610.13を含む、細胞に基づく免疫治療製品のための規制ガイドライン設定基準を発行している。医薬組成物の外見、同一性、純度、安全性、および/または効力を評価するための方法が当業界で公知である。一部の実施形態では、医薬組成物は、改変抗原特異的免疫細胞以外の、細胞培養において使用される動物起源のタンパク質などのアレルギー効果をもたらし得る外来タンパク質を実質的に含まない。一部の実施形態では、「実質的に含まない」は、医薬組成物の総体積または重量の約10%、約5%、約1%、約0.1%、約0.01%、約0.001%、1ppm未満のいずれか、またはそれより少ない。一部の実施形態では、医薬組成物は、GMPレベルの工場で調製される。一部の実施形態では、医薬組成物は、非経口投与のために約5EU/kg体重/hr未満の内毒素を含む。一部の実施形態では、医薬組成物中の少なくとも約70%の改変抗原特異的免疫細胞が、静脈内投与のために生存している。一部の実施形態では、医薬組成物は、米国薬局方(USP)に記載の14日直接接種試験法を使用して評価した場合、「増殖なし」の結果を有する。一部の実施形態では、医薬組成物の投与前に、改変抗原特異的免疫細胞と、薬学的に許容される賦形剤との両方を含む試料を、最後の回収の約48~72時間前に(または培養物の最後の再供給と同時に)、無菌試験のために採取すべきである。一部の実施形態では、医薬組成物は、マイコプラズマ夾雑物を含まない。一部の実施形態では、医薬組成物は、検出可能な微生物因子を含まない。一部の実施形態では、医薬組成物は、I型HIV、II型HIV、HBV、HCV、ヒトTリンパ向性ウイルス、I型;およびヒトTリンパ向性ウイルス、II型などの、伝染性疾患因子を含まない。
一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、天然の抗原認識を示す。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、操作された抗原認識を示す。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞の抗原認識は、限定されるものではないが、CARおよびTCRなどの機能的外因性受容体によって少なくとも部分的に付与される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、腫瘍関連抗原、突然変異発がん抗原および無作為体細胞抗原、ならびに他の新生抗原を標的とする。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、ヒト免疫細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、マウス免疫細胞である。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、TCR-T細胞、CAR-T細胞、TIL、または内因性抗原特異的T細胞のうちの1つまたは複数から改変される。ヒトおよびマウスTCR-T細胞、CAR-T細胞、TIL、または内因性抗原特異的T細胞の一部の例は、Tran et al., Nat Immunol. 2017;18(3):255-62、MacKay et al., Nat Biotechnol. 2020;38(2):233-44およびSchumacher et al., Cancer Neoantigens. Annu Rev Immunol. 2019;37:173-200に報告されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、広範囲の抗原を標的とする。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、表1に列挙される抗原の1つまたは複数を標的とする。
IV.抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性のモジュレーション
本発明の一態様は、抗原特異的免疫細胞のCD160の免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、抗原特異的免疫細胞中のCD160タンパク質の免疫刺激活性をモジュレートするための方法を提供する。
一部の態様では、内因性CD160の発現、機能または活性のモジュレーターを同定するための方法であって、CD160発現免疫細胞(NK細胞など)と、試験薬剤とを接触させること;ならびに試験される免疫細胞中の細胞溶解または炎症経路のエフェクター発現および/または機能を測定することを含む、方法も提供される。一実施形態では、試験薬剤は、その薬剤が、対照免疫細胞と比較して試験される免疫細胞中の細胞溶解または炎症経路のエフェクター発現および/または機能をモジュレートする場合、CD160の発現、機能または活性のモジュレーターとして同定される。一部の実施形態では、CD160の発現、機能または活性は、正常ベースライン対照と比較して実質的にモジュレートされる。一部の実施形態では、モジュレーターは、CD160の発現、機能または活性の阻害剤である。一部の実施形態では、モジュレーターは、CD160の発現、機能または活性の活性化因子である。
一部の態様では、内因性CD160の発現、機能または活性のモジュレーターを同定するための方法であって、CD160を発現する抗原特異的免疫細胞(NK細胞など)と、試験薬剤とを接触させること;および抗原チャレンジ時の免疫細胞によるサイトカイン分泌などの、試験される免疫細胞によって惹起されるin vivoでの免疫機能を測定することを含む、方法が提供される。一実施形態では、試験薬剤は、その薬剤が、対照免疫細胞と比較して試験される免疫細胞中の細胞溶解または炎症経路のエフェクター発現および/または機能をモジュレートする場合、CD160の発現、機能または活性のモジュレーターとして同定される。好ましくは、CD160の発現、機能または活性は、正常ベースライン対照と比較して実質的にモジュレートされる。一部の実施形態では、モジュレーターは、CD160の発現、機能または活性の阻害剤である。一部の実施形態では、モジュレーターは、CD160の発現、機能または活性の活性化因子である。
本発明の一態様は、個体における免疫疾患を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、免疫疾患は、自己免疫疾患または炎症性疾患であり、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する。
抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性の阻害
本発明の一態様は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する方法であって、抗原特異的免疫細胞と、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を阻害する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法を提供する。
一部の実施形態では、個体における自己免疫疾患を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における炎症疾患を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。
一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤は、アンタゴニスト抗体を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤は、アンタゴニストタンパク質を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤は、1つまたは複数の核酸を含む。一部の実施形態では、薬剤は、RNA干渉(RNAi)の形態である。一部の実施形態では、薬剤は、siRNA、shRNAまたはmiRNAのうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を阻害する薬剤は、低分子を含む。一部の実施形態では、薬剤は、ドミナントネガティブ形態のCD160タンパク質を含む。
一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%または約99%のいずれか1つの割合で、阻害する。一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約1分の1、約2分の1、約3分の1、約4分の1、約5分の1、約10分の1、約20分の1、約30分の1、約40分の1、約50分の1、約60分の1、約70分の1、約80分の1、約90分の1、約100分の1、約500分の1、または約1000分の1のいずれか1つまで、阻害する。
一部の実施形態では、自己免疫応答を処置する方法は、免疫応答の抑制および/または寛容の誘導を含む。自己免疫応答の減少は、限定されるものではないが、I型糖尿病、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、アルツハイマー病、ALS、ハンチントン病、パーキンソン病、全身性エリテマトーデス、シェーグレン病、クローン病、または潰瘍性大腸炎と関連する抗原に対する免疫応答の減少または寛容の誘導が挙げられる。一部の実施形態では、免疫応答の抑制および/または寛容の誘導は、アレルギー応答の減少を含む。例えば、アレルギー応答の減少は、アレルギー性喘息、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎(花粉症)、食物アレルギー、およびグルテンアレルギーと関連する抗原に対する免疫応答の減少または寛容の誘導を含んでもよい。一部の実施形態では、抗原は、移植組織と関連する抗原である。一部の実施形態では、免疫応答の抑制および/または寛容の誘導は、移植組織に対する免疫応答の減少または寛容の誘導を含む。一部の実施形態では、抗原は、ウイルスと関連する。一部の実施形態では、免疫応答の抑制および/または寛容の誘導は、ウイルスに対する病原性免疫応答の減少または寛容の誘導を含む。例えば、病原性免疫応答は、ある特定のウイルス感染によって生成されるサイトカインストームを含んでもよい。サイトカインストームは、サイトカインと白血球との間の正のフィードバックループからなる潜在的に致死性の免疫反応である。かくして、一部の実施形態では、免疫応答の抑制および/または寛容の誘導は、サイトカインストームの低減または除去を含む。
一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞によって認識される抗原は、タンパク質である。一部の実施形態では、抗原は、自己抗原である。一部の実施形態では、自己抗原は、I型糖尿病または関節リウマチと関連する。一部の実施形態では、抗原は、治療剤と関連する。一部の実施形態では、抗原は、治療ポリペプチド、または治療ポリペプチドの断片である。一部の実施形態では、治療剤は、限定されるものではないが、第VIII因子および第IX因子などの凝固因子である。一部の実施形態では、治療剤は、抗体である。一部の実施形態では、治療剤は、ホルモンである。一部の実施形態では、治療剤は、インスリンである。一部の実施形態では、治療剤は、組換えサイトカインである。一部の実施形態では、治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。
免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性の活性化
一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する方法であって、抗原特異的免疫細胞と、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法を提供が提供される。一部の実施形態では、方法は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強し、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強する。一部の実施形態では、方法は、外因性CD160タンパク質と、抗原特異的免疫細胞とを接触させることを含む。一部の実施形態では、方法は、外因性CD160タンパク質をコードするヌクレオチドと、抗原特異的免疫細胞とを接触させることを含む。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における感染を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。
一部の実施形態では、CD160タンパク質の免疫刺激活性を活性化する薬剤は、アゴニストペプチドまたはタンパク質を含む。一部の実施形態では、薬剤は、低分子を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を活性化する薬剤は、アゴニスト抗体を含む。
一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を活性化する薬剤は、1つまたは複数の核酸を含む。一部の実施形態では、薬剤は、DNAおよび/またはmRNAである。
一部の実施形態では、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化し、抗原特異的免疫細胞は、薬剤と接触する前に検出可能なCD160活性を示さない。一部の実施形態では、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強する。一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%または約99%のいずれか1つの割合で、増強する。一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約1、約2、約3、約4、約5、約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約100、約500、または約1000倍のいずれか1つの変化倍数で、増強する。
一部の実施形態では、がんを処置する方法は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に対する免疫応答の増大を含む。一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞によって認識される抗原は、タンパク質である。一部の実施形態では、抗原特異的免疫細胞は、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に特異的である。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、メソテリン、EGFRvIII、TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、インターロイキン-11受容体(IL-11Ra)、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、血小板由来増殖因子受容体-ベータ(PDGFR-ベータ)、SSEA-4、CD20、葉酸受容体アルファ(FRa)、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、上皮増殖因子受容体(EGFR)、NCAM、プロスターゼ、PAP、ELF2M、エフリンB2、IGF-I受容体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、チロシナーゼ、EphA2、フコシルGM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o-アセチル-GD2、葉酸受容体ベータ、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、レグマイン、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos関連抗原1、p53、p53突然変異体、プロステイン、スルビビンおよびテロメラーゼ、PCTA-1/ガレクチン8、メランA/MART1、Ras突然変異体、hTERT、肉腫転座切断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、腸カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、およびIGLL1からなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原は、新生抗原、例えば、がん関連新生抗原に由来する。一部の実施形態では、抗原は、新生エピトープ、例えば、がん関連新生エピトープを含む。
一部の実施形態では、個体における感染を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、個体における感染を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。
一部の実施形態では、感染を処置する方法は、感染性因子と関連する抗原に対する免疫応答の増大を含む。一部の実施形態では、抗原は、非自己抗原である。一部の実施形態では、抗原は、腫瘍抗原、ウイルス抗原、細菌抗原、または真菌抗原である。
V.腫瘍環境におけるCD160のレベルまたは活性に基づいてがんを処置するための方法
本発明の一態様は、CD160を、抗原特異的T細胞の機能状態、したがって、免疫療法の有効性を予測するためのバイオマーカーとして使用することができる、がんを処置する方法に関する。これらの細胞中でのより高いCD160発現は、抗原特異的T細胞の活性化状態を示唆するが、低レベルのCD160発現またはCD160発現の非存在は、抗原特異的T細胞の不活性状態を示唆し得る。
したがって、一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞を含む組成物の治療有効量を投与することを含み、個体における内因性CD160レベルまたは活性が、処置のための個体を選択するための基礎として使用される、方法が提供される。一部の実施形態では、個体が高いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、個体が低いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、免疫組織化学的方法によって決定される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160タンパク質発現レベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160 mRNAレベルに基づく。一部の実施形態では、個体の腫瘍中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の腫瘍浸潤性T細胞(TIL)中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の末梢T細胞中のCD160レベルまたは活性が測定される。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、(例えば、表面上に)外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を含む組成物の治療有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、免疫細胞がT細胞であり、個体における内因性CD160レベルまたは活性が、処置のための個体を選択するための基礎として使用される、方法が提供される。一部の実施形態では、個体が高いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、個体が低いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160レベルは、免疫組織化学的方法によって決定される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160タンパク質発現レベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160 mRNAレベルに基づく。一部の実施形態では、個体の腫瘍中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の腫瘍浸潤性T細胞(TIL)中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の末梢T細胞中のCD160レベルまたは活性が測定される。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、1つまたは複数の免疫チェックポイント阻害剤を含む組成物の治療有効量を投与することを含み、個体における内因性CD160レベルまたは活性が、処置のための個体を選択するための基礎として使用される、方法が提供される。一部の実施形態では、個体が高いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、個体が低いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160レベルは、免疫組織化学的方法によって決定される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160タンパク質発現レベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160 mRNAレベルに基づく。一部の実施形態では、個体の腫瘍中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の腫瘍浸潤性T細胞(TIL)中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の末梢T細胞中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、PD-1、PD-L1、CTLA-4、TIM-3、LAG3、TIGIT、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)またはBTLAのいずれか1つを免疫チェックポイント阻害剤の標的とする。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体にCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤を含む組成物の治療有効量を投与することを含み、個体における内因性CD160レベルまたは活性が、処置のための個体を選択するための基礎として使用される、方法が提供される。一部の実施形態では、個体が高いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、個体が低いCD160レベルまたは活性を有する場合、個体は処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160レベルは、免疫組織化学的方法によって決定される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160タンパク質発現レベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160 mRNAレベルに基づく。一部の実施形態では、個体の腫瘍中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の腫瘍浸潤性T細胞(TIL)中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、個体の末梢T細胞中のCD160レベルまたは活性が測定される。一部の実施形態では、CD160タンパク質の免疫刺激活性を活性化する薬剤は、アゴニストペプチドまたはタンパク質を含む。一部の実施形態では、薬剤は、低分子を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を活性化する薬剤は、アゴニスト抗体を含む。一部の実施形態では、CD160タンパク質の内因性免疫刺激活性を活性化する薬剤は、1つまたは複数の核酸を含む。一部の実施形態では、薬剤は、DNAおよび/またはmRNAである。一部の実施形態では、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化し、抗原特異的免疫細胞は、薬剤と接触する前に検出可能なCD160活性を示さない。一部の実施形態では、薬剤は、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強する。一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%または約99%のいずれか1つの割合で、増強する。一部の実施形態では、薬剤は、CD160の内因性免疫刺激活性を、約1、約2、約3、約4、約5、約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約100、約500、または約1000倍のいずれか1つの変化倍数で、増強する。
他の態様では、治療剤を含む組成物を用いて処置のためのがん(黒色腫または肺がんなど)を有する個体を選択する(同定する、を含む)方法であって、個体におけるCD160レベルまたは活性を決定することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、免疫療法を含む組成物を用いて処置のためのがん(黒色腫または肺がんなど)を有する個体を選択する(同定する、を含む)方法であって、個体におけるCD160レベルまたは活性を決定することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、高レベルのCD160を有する個体が、処置のために選択される。一部の実施形態では、低レベルのCD160を有する個体が、処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160のレベルは、タンパク質発現レベルに基づいて決定される。一部の実施形態では、CD160のレベルは、mRNAレベルに基づいて決定される。一部の実施形態では、CD160のレベルは、免疫組織化学アッセイによって決定される。
一部の実施形態では、レベルは、対照(本明細書に記載の対照のいずれかなど)と比較することによって決定される(例えば、高い、または低い)。一部の実施形態では、方法は、CD160レベルまたは活性と、対照とを比較することをさらに含む。一部の実施形態では、レベルは、本明細書に記載のHスコアシステムなどのスコアリングシステムに基づいて決定される(例えば、高い、または低い)。非対照試料と同じ供給源および方法を使用して、対照試料を取得することができる。一部の実施形態では、対照試料は、異なる個体(例えば、がんを有しない個体および/または類似する民族、年齢、および性別の同一性を共有する個体)から取得される。試料が腫瘍組織試料である一部の実施形態では、対照試料は、同じ個体に由来する非がん性試料であってもよい。一部の実施形態では、複数の対照試料(例えば、異なる個体に由来する)を使用して、特定の組織、臓器、または細胞集団中のCD160活性のレベルの範囲を決定する。一部の実施形態では、対照試料は、適切な対照と決定された培養組織または細胞である。一部の実施形態では、対照は、CD160を発現しない細胞である。一部の実施形態では、対照は、高レベルのCD160を発現する細胞である。一部の実施形態では、標準化された試験における臨床的に許容される正常レベルが、関連組織中のCD160活性を決定するための対照レベルとして使用される。一部の実施形態では、対象における参照CD160レベルまたは活性は、CD160染色に関する免疫組織化学に基づくスコアリングシステム、例えば、本明細書でさらに考察されるHスコアなどの、スコアリングシステムに従って、高、中または低と分類される。一部の実施形態では、対象における参照CD160レベルまたは活性は、Hスコアが全体中央Hスコアよりも低いか、またはそれと等しい場合、低い試料と分類される。
一部の実施形態では、個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、表面上に機能的外因性受容体を含む改変抗原特異的免疫細胞を含む組成物の治療有効量を投与することを含み、免疫細胞がT細胞であり、個体におけるCD160レベルまたは活性が、がんの処置における使用のための改変抗原特異的免疫細胞を選択するための基礎として使用される、方法が提供される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞が高いCD160レベルまたは活性を有する場合、処置のために選択される。一部の実施形態では、改変抗原特異的免疫細胞は、細胞が低いCD160レベルまたは活性を有する場合、処置のために選択される。一部の実施形態では、CD160レベルは、免疫組織化学的方法によって決定される。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160タンパク質発現レベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、CD160 mRNAレベルに基づく。一部の実施形態では、CD160レベルまたは活性は、外因性機能的受容体を含まない前駆体免疫細胞と比較される。一部の実施形態では、表面上に外因性機能的受容体を含む改変抗原特異的免疫細胞のCD160レベルまたは活性は、表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞と比較される。一部の実施形態では、表面上に外因性機能的受容体を含む改変抗原特異的免疫細胞のCD160レベルまたは活性は、表面上に外因性ドミナントネガティブ形態のCD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞と比較される。
本明細書に記載の方法のいずれかに記載の一部の実施形態では、CD160のレベルは、CD160タンパク質発現レベルに基づいて決定される。一部の実施形態では、CD160のレベルは、mRNAレベルに基づいて決定される。一部の実施形態では、ヌクレオシド輸送因子のレベルは、免疫組織化学アッセイによって決定される。一部の実施形態では、レベルは、対照(本明細書に記載の対照のいずれかなど)と比較することによって決定される(例えば、高い、または低い)。一部の実施形態では、レベルは、本明細書に記載のHスコアシステムなどのスコアリングシステムに基づいて決定される(例えば、高い、または低い)。一部の実施形態では、スコアリングは、米国特許出願公開第2013/0005678号に記載の「Hスコア」に基づく。Hスコアは、式:3×強く染色する細胞のパーセンテージ+2×中程度に染色する細胞のパーセンテージ+弱く染色する細胞のパーセンテージによって得られ、0~300の範囲である。
VI.キットおよび製品
また、本明細書に記載の改変抗原特異的免疫細胞、または組成物(例えば、医薬組成物)のいずれか1つを含むキット、単位剤形、および製品も提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれか1つを含有し、好ましくは、その使用のための使用説明書を提供するキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、改変抗原特異的免疫細胞に加えて、化学療法、ホルモン療法、および/または免疫療法などの第2のがん療法をさらに含む。キットを、個体のために特定のがんに対して調整してもよく、キットは個体のための対応する第2のがん療法を含む。
また、CD160発現、機能もしくは活性のモジュレーター(阻害剤もしくは活性化因子など)のいずれか1つまたはCD160活性をモジュレートする(阻害する、もしくは活性化するなど)薬剤のいずれか1つを含むキット、単位剤形、および製品も提供される。
キットは、改変抗原特異的免疫細胞の増殖または誘導を可能にする、容器、試薬、培養培地、誘導因子、サイトカイン、緩衝剤、抗体などの1つまたは複数のさらなる成分を含有してもよい。キットはまた、医薬組成物の腫瘍部位への局部投与(腫瘍内注入など)のためのデバイスを含有してもよい。
別の態様では、1)外因性機能的受容体(CARなど)、CD160活性のモジュレーター、および/または免疫療法(免疫チェックポイント阻害剤など)を含む改変抗原特異的細胞を含む組成物ならびに2)CD160レベルまたは活性を決定するための薬剤を含むキットが提供される。一部の実施形態では、CD160発現レベルを決定するための薬剤は、CD160タンパク質を認識する抗体である。
本出願のキットは、好適な包装中にある。好適な包装としては、限定されるものではないが、バイアル、ボトル、広口瓶、フレキシブル包装(例えば、密封されたマイラーバッグまたはプラスチック袋)などが挙げられる。キットは、必要に応じて、緩衝剤および解釈情報などの追加成分を提供することができる。かくして、本出願は、バイアル(密封バイアルなど)、ボトル、広口瓶、フレキシブル包装などを含む製品も提供する。キットの一部の成分を、水性媒体中で、または凍結乾燥形態で包装することができる。
製品は、容器と、容器の上の、または容器と関連するラベルまたは添付文書とを含んでもよい。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジなどが挙げられる。容器を、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成させることができる。一般に、容器は、本明細書に記載の疾患または障害(がんなど)を処置するのに有効である組成物を保持し、滅菌アクセスポートを有してもよい(例えば、容器は、皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグまたはバイアルであってもよい)。ラベルまたは添付文書は、組成物が個体における特定の状態を処置するために使用されることを示す。ラベルまたは添付文書は、組成物を個体に投与するための使用説明書をさらに含むであろう。ラベルは、復元および/または使用のための指示を示してもよい。医薬組成物を保持する容器は、復元された製剤の反復投与(例えば、2~6回の投与)を可能にする複数回使用バイアルであってもよい。添付文書とは、治療薬の使用に関する適応症、使用、投薬量、投与、禁忌および/または警告に関する情報を含有する治療薬の商業パッケージに慣用的に含まれる使用説明書を指す。さらに、製品は、注射用静菌水(BWFI)、リン酸緩衝食塩水、リンゲル溶液およびデキストロース溶液などの、薬学的に許容される緩衝剤を含む第2の容器をさらに含んでもよい。それは、他の緩衝剤、希釈剤、充填剤、針、およびシリンジを含む、商業的観点およびユーザーの観点から望ましい他の材料をさらに含んでもよい。
キットまたは製品は、薬局、例えば、院内薬局および調剤薬局における保存および使用にとって十分な量で包装された、医薬組成物の複数の単位用量と、使用のための使用説明書とを含んでもよい。
例示的実施形態
本発明は、以下の列挙される実施形態を提供する。
実施形態1:表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、外因性CD160タンパク質が、外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、免疫細胞がT細胞である、改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態2:細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、抗原提示細胞(APC)により活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、実施形態1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態3:細胞傷害性T細胞である、実施形態1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態4:腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、実施形態2に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態5:ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、実施形態1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態6:外因性CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、実施形態1から5のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態7:外因性CD160タンパク質が膜結合型である、実施形態1から5のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態8:外因性CD160タンパク質が、GPIリンカーを介して膜に結合している、実施形態7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態9:外因性CD160タンパク質が、膜貫通ドメインを含む、実施形態7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態10:外因性CD160タンパク質が、細胞内ドメインをさらに含む、実施形態9に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態11:外因性CD160タンパク質が、CD160スプライスバリアントに由来する細胞内ドメインをさらに含む、実施形態9または10に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態12:細胞内ドメインが、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む、実施形態10に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態13:TCR複合体のシグナル伝達サブユニットが、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される、実施形態12に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態14:細胞内ドメインが、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む、実施形態10に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態15:外因性CD160タンパク質が、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む、実施形態14に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態16:外因性CD160タンパク質が、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む、実施形態14に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態17:細胞内ドメインが、一次シグナル伝達ドメインを含む、実施形態10から16のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態18:一次シグナル伝達ドメインが、CD3ζドメインを含む、実施形態17に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態19:細胞内ドメインが、一次シグナル伝達ドメインを含まない、実施形態10から16のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態20:外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している、実施形態7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態21:免疫細胞結合部分が、免疫細胞の表面分子に結合する、実施形態20に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態22:機能的外因性受容体をさらに含む、実施形態1から21のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態23:機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)である、実施形態22に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態24:機能的外因性受容体が、キメラ抗原受容体(CAR)である、実施形態22に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態25:表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、
前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、
外因性CD160タンパク質が、前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、免疫細胞がT細胞である、方法。
実施形態26:改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、実施形態25に記載の方法。
実施形態27:改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性T細胞である、実施形態25に記載の方法。
実施形態28:改変抗原特異的免疫細胞が、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、実施形態26に記載の方法。
実施形態29:免疫細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、実施形態26に記載の方法。
実施形態30:前駆体抗原特異的免疫細胞と、外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む、実施形態25から29のいずれか1つに記載の方法。
実施形態31:外因性CD160タンパク質が、免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む、実施形態30に記載の方法。
実施形態32:前駆体抗原特異的免疫細胞中に、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む、実施形態25から29のいずれか1つに記載の方法。
実施形態33:核酸が、mRNAである、実施形態32に記載の方法。
実施形態34:核酸が、DNAである、実施形態32に記載の方法。
実施形態35:核酸が、トランスフェクションによって前駆体抗原特異的免疫細胞に導入される、実施形態32から34のいずれか1つに記載の方法。
実施形態36:核酸が、形質導入または電気穿孔によって前駆体抗原特異的免疫細胞に導入される、実施形態32から34のいずれか1つに記載の方法。
実施形態37:CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、実施形態25から36のいずれか1つに記載の方法。
実施形態38:外因性CD160タンパク質が膜結合型である、実施形態25から37のいずれか1つに記載の方法。
実施形態39:外因性CD160タンパク質が、GPIリンカーを介して膜に結合している、実施形態38に記載の方法。
実施形態40:外因性CD160タンパク質が、膜貫通ドメインを含む、実施形態38に記載の方法。
実施形態41:外因性CD160タンパク質が、細胞内ドメインをさらに含む、実施形態39に記載の方法。
実施形態42:外因性CD160タンパク質が、CD160スプライスバリアントに由来する細胞内ドメインをさらに含む、実施形態40または41に記載の方法。
実施形態43:細胞内ドメインが、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む、実施形態41に記載の方法。
実施形態44:TCR複合体のシグナル伝達サブユニットが、CD3ガンマ、CD3デルタ、およびCD3イプシロンからなる群から選択される、実施形態43に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態45:細胞内ドメインが、CD28共刺激ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、またはその両方を含む、実施形態41に記載の方法。
実施形態46:外因性CD160タンパク質が、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む、実施形態45に記載の方法。
実施形態47:外因性CD160タンパク質が、N末端からC末端に向かって、細胞外CD160ドメイン、膜貫通ドメイン、4-1BB共刺激ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む、実施形態45に記載の方法。
実施形態48:細胞内ドメインが、一次シグナル伝達ドメインを含む、実施形態41から47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態49:一次シグナル伝達ドメインが、CD3ζドメインを含む、実施形態48に記載の方法。
実施形態50:細胞内ドメインが、一次シグナル伝達ドメインを含まない、実施形態41から47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態51:外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して改変抗原特異的免疫細胞に結合している、実施形態38に記載の方法。
実施形態52:免疫細胞結合部分が、免疫細胞の表面分子に結合する、実施形態51に記載の方法。
実施形態53:前駆体抗原特異的免疫細胞が、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸を含む、実施形態25から52のいずれか1つに記載の方法。
実施形態54:前駆体抗原特異的免疫細胞と、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸とを接触させることをさらに含む、実施形態25から52のいずれか1つに記載の方法。
実施形態55:機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)である、実施形態53または54に記載の方法。
実施形態56:機能的外因性受容体が、キメラ抗原受容体(CAR)である、実施形態53または54に記載の方法。
実施形態57:第1の核酸と、第2の核酸とが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態54から56のいずれか1つに記載の方法。
実施形態58:第1の核酸と、第2の核酸とが、別々のプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態54から56のいずれか1つに記載の方法。
実施形態59:第1の核酸と、第2の核酸とが、同じベクター上にある、実施形態54から58のいずれか1つに記載の方法。
実施形態60:第1の核酸および/または第2の核酸が、別々のベクター上にある、実施形態54から59のいずれか1つに記載の方法。
実施形態61:ベクターが、ウイルスベクターである、実施形態59または60に記載の方法。
実施形態62:ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、エピソームベクター発現ベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、およびその誘導体からなる群から選択される、実施形態61に記載の方法。
実施形態63:ベクターが、非ウイルスベクターである、実施形態59または60に記載の方法。
実施形態64:第1および/または第2の核酸を含む免疫細胞を単離または富化することをさらに含む、実施形態25から63のいずれか1つに記載の方法。
実施形態65:CD160を発現する改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む、実施形態25から64のいずれか1つに記載の方法。
実施形態66:実施形態25から65のいずれか1つに記載の方法によって得られる改変抗原特異的免疫細胞。
実施形態67:実施形態1から24および66のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
実施形態68:個体における疾患を処置する方法であって、個体に、実施形態1から24および66のいずれか1つに記載の改変抗原特異的免疫細胞または実施形態67に記載の医薬組成物の有効量を投与することを含む、方法。
実施形態69:改変抗原特異的免疫細胞が、個体に由来する、実施形態68に記載の方法。
実施形態70:個体における疾患を処置する方法であって、個体に、外因性CD160タンパク質または外因性CD160タンパク質をコードする核酸の有効量を投与することを含み、外因性CD160タンパク質が、個体中の免疫細胞上の表面分子を認識する結合部分を含む、方法。
実施形態71:投与が、腫瘍内投与である、実施形態68から70のいずれか1つに記載の方法。
実施形態72:投与が、リンパ節への投与である、実施形態68から70のいずれか1つに記載の方法。
実施形態73:疾患が、がんである、実施形態68から72のいずれか1つに記載の方法。
実施形態74:がんが、固形腫瘍である、実施形態73に記載の方法。
実施形態75:がんが、転移性がんである、実施形態73または74に記載の方法。
実施形態76:がんが、黒色腫、肺がん、食道がん、膵がん、乳がん、肝臓がん、脳がん、卵巣がんからなる群から選択される、実施形態73から75のいずれか1つに記載の方法。
実施形態77:個体がヒトである、実施形態68から76のいずれか1つに記載の方法。
実施形態78:抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する方法であって、抗原特異的免疫細胞と、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を阻害する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
実施形態79:抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する方法であって、抗原特異的免疫細胞と、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
実施形態80:方法が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強し、ここで、薬剤が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強する、実施形態79に記載の方法。
実施形態81:個体における免疫疾患を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
実施形態82:免疫疾患が、自己免疫疾患または炎症性疾患であり、薬剤が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する、実施形態81に記載の方法。
実施形態83:個体におけるがんを処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
実施形態84:個体における感染を処置する方法であって、個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
実施形態85:抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させる方法であって、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を免疫細胞中に導入することを含む、方法。
実施形態86:抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させる方法であって、免疫細胞中でのCD160タンパク質の過剰発現を引き起こすことを含む、方法。
実施形態87:CD160タンパク質が内因性タンパク質である、実施形態86に記載の方法。
実施形態88:CD160タンパク質が外因性タンパク質である、実施形態86に記載の方法。
実施形態89:外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の収量が、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態85に記載の方法。
実施形態90:外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞の生存能力が、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態85に記載の方法。
実施形態91:CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の収量が、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態85から88のいずれか1つに記載の方法。
実施形態92:CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞の生存能力が、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態85から88のいずれか1つに記載の方法。
実施形態93:実施形態85から92のいずれか1つに記載の方法から選択される抗原特異的免疫細胞の収量および/または生存能力を増大させるための方法を含む、治療的抗原特異的免疫細胞を製造する方法。
実施形態94:治療的抗原特異的免疫細胞が、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を含む、実施形態93に記載の方法。
実施形態95:治療的抗原特異的免疫細胞が、機能的外因性受容体を含む、実施形態93に記載の方法。
実施形態96:機能的外因性受容体が、キメラ抗原受容体(CAR)である、実施形態95に記載の方法。
実施形態97:機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)である、実施形態95に記載の方法。
実施形態98:抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させる方法であって、外因性CD160タンパク質をコードする核酸を免疫細胞中に導入することを含む、方法。
実施形態99:抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させる方法であって、免疫細胞中でのCD160タンパク質の過剰発現を引き起こすことを含む、方法。
実施形態100:CD160タンパク質が内因性タンパク質である、実施形態99に記載の方法。
実施形態101:CD160タンパク質が外因性タンパク質である、実施形態99に記載の方法。
実施形態102:外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroでの細胞溶解活性が、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態98に記載の方法。
実施形態103:外因性CD160タンパク質を発現する抗原特異的免疫細胞のin vivoでの細胞溶解活性が、外因性CD160タンパク質を発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態98に記載の方法。
実施形態104:CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vitroでの細胞溶解活性が、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態98から101のいずれか1つに記載の方法。
実施形態105:CD160タンパク質を過剰発現する抗原特異的免疫細胞のin vivoでの細胞溶解活性が、CD160タンパク質を過剰発現しない抗原特異的免疫細胞と比較して少なくとも約0.5倍、約1倍、約1.5倍、約2倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1000倍または約10000倍のいずれか1つの変化倍数で、増大している、実施形態98から101のいずれか1つに記載の方法。
実施形態106:実施形態98から105のいずれか1つに記載の方法から選択される抗原特異的免疫細胞のin vitroおよび/またはin vivoでの細胞溶解活性を増大させるための方法を含む、治療的抗原特異的免疫細胞を製造する方法。
実施形態107:治療的抗原特異的免疫細胞が、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を含む、実施形態106に記載の方法。
実施形態108:治療的抗原特異的免疫細胞が、機能的外因性受容体を含む、実施形態106に記載の方法。
実施形態109:機能的外因性受容体が、キメラ抗原受容体(CAR)である、実施形態108に記載の方法。
実施形態110:機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)である、実施形態108に記載の方法。
(実施例1)
Pmel T細胞中でのmCD160の異所性発現
免疫細胞中でのCD160の機能を検査するために、GPIアンカー型のマウスCD160を抗腫瘍T細胞中で異所的に発現させ、FACS分析によって定量した。
具体的には、マウス全長CD160(mCD160)を、MSCVに基づくレトロウイルスベクター中にクローニングし、P2Aスペーサーを介してGFPリポーターと融合し、CD160とGFPタンパク質との独立した合成を可能にした(図1A)。次いで、mCD160ウイルスを、ヒト黒色腫抗原GP100のマウスホモログを認識するTCRを有するPmel T細胞中に形質導入した。
FACS分析によって示されるように、CD160の異所性発現は、通常は低レベルの内因性CD160を発現するPmel T細胞上でのCD160発現の約2.5倍の増加をもたらした(図1B、1C)。
(実施例2)
CD160発現は、培養中のB16F0黒色腫細胞に対するPmel T細胞のCTL機能を強化する
T細胞の細胞溶解機能に対する異所性CD160発現の効果を示すために、グランザイムAおよびパーフォリンの発現;炎症性サイトカインの発現;ならびにCD160改変Pmel T細胞の殺傷活性を測定した。モック感染したPmel T細胞を対照として使用した。
具体的には、mCD160ウイルスを、実施例1に記載のようにPmel T細胞中に形質導入し、グランザイムAおよびパーフォリンの発現をFACSによって測定した。グランザイムAおよびパーフォリンは、T細胞およびNK細胞により媒介される殺傷のための顆粒エキソサイトーシス経路における2つの必須タンパク質である。図2Aに示されるように、グランザイムAおよびパーフォリンの発現は、対照Pmel T細胞と比較して増加したが、これは、外因性mCD160が腫瘍特異的T細胞の内在性CTL機能を強化したことを示している。
炎症性サイトカインIFN-γおよびTNF-αの発現プロファイルを、FACSを使用して、対照Pmel T細胞と比較してCD160改変Pmel T細胞中で測定した。図2Bに示されるように、IFN-γおよびTNF-αの発現は、対照Pmel T細胞と比較して増加したが、これは、外因性mCD160が腫瘍特異的T細胞の炎症活性を強化したことを示している。
CD160改変Pmel T細胞が腫瘍細胞を殺傷する能力も検査し、対照Pmel T細胞と比較した。簡単に述べると、Pmel T細胞を、抗CD3および抗CD28ビーズで刺激し、IL-2と共にT細胞拡大培地中で3日間培養した。3日目に、標的腫瘍細胞B16F0を37℃で10分温め、37℃で30分、1μMのCELLTRACE(商標)Violet(Invitrogen)で標識した後、96ウェル培養プレート上に播種した。対照またはCD160改変Pmel T細胞を、規定のエフェクターの標的細胞に対する比で各ウェルに添加した後、4~6時間インキュベートした。続いて、標的細胞を回収し、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD、BD Pharmingen)で標識し、FACSによって分析して、エフェクターT細胞による殺傷を決定した。CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD+細胞の集団は、殺傷された標的細胞を表し、CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD-集団は、残存する生きた標的細胞を表した。図2Cに示されるように、CD160改変Pmel T細胞は、対照T細胞と比較して、同時培養中のB16F0黒色腫細胞の殺傷においてより強力であった。
総合すると、これらの結果は、CD160の異所性発現が、内在性細胞溶解活性を強化し、炎症機能をブーストし、抗原特異的T細胞の腫瘍殺傷活性を増強することを示していた。
(実施例3)
CD160発現は、Pmel T細胞によるマウスにおけるB16F0黒色腫の制御を強化する
異所性CD160が、in vivoで抗原特異的T細胞の腫瘍制御活性を強化することができるかどうかを検査するために、CD160改変Pmel T細胞を、皮下B16F0黒色腫腫瘍を担持するレシピエントマウスに養子移入した。
具体的には、1×10個のB16F0細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。1つの実験では、10万、20万、30万もしくは40万個のCD160改変Pmel T細胞または30万個の対照Pmel T細胞の単回用量を、埋込み後8日目に腫瘍担持マウスに養子移入した(図3A)。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。腫瘍面積は、1群あたり少なくとも5匹のマウスの平均測定値である(+/-SEM、両側t検定)。図3Aに示されるように、CD160改変Pmelは、CD160-Pmel T細胞の移入に応答する腫瘍制御に対する用量依存的効果を示した。
別の実験では、B16F0黒色腫腫瘍の制御に対する、CD160改変抗原特異的T細胞および非抗原特異的T細胞の養子移入の効果を分析した(図3B)。簡単に述べると、それぞれ30万個の(i)対照Pmel T細胞、(ii)CD160改変抗原特異的Pmel T細胞、または(iii)CD160改変、非抗原特異的脾臓T細胞の単回用量を、埋込み後8日目に腫瘍担持マウスに養子移入した。図3Bに示されるように、非抗原特異的脾臓T細胞による腫瘍制御に対しては、わずかな統計的に有意でない効果のみがあるが、CD160の異所性発現は、腫瘍特異的Pmel T細胞による腫瘍制御活性を有意に増強させた。
総合すると、これらの結果は、腫瘍特異的T細胞中での異所性CD160発現は、相乗的な免疫能力のあるマウス腫瘍モデルにおいて腫瘍制御を強化することができることを示していた。
(実施例4)
CD160改変T細胞は、IL-2およびワクチン接種なしに、確立されたB16F0黒色腫腫瘍を制御し、除去することができる
確立された腫瘍の除去におけるCD160改変Pmel T細胞の能力を検査するために、CD160-Pmel T細胞を、化学療法プレコンディショニング後に、確立されたB16F0黒色腫腫瘍を担持するマウスに養子移入した。
簡単に述べると、1×10個のB16F0細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。腫瘍埋込み後7日目で開始して、マウスに14日間隔でPmel T細胞を輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前にシクロホスファミド(CYP)コンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行ったが、ワクチン接種およびIL-2輸注は行わなかった。平均腫瘍サイズは、埋込み後35日目でピークに達した。正規化されたスパイダープロットを適切にプロットし、35日目でのピーク腫瘍サイズを「1」として正規化して、対照Pmel T細胞またはCD160改変Pmel T細胞を使用する処置に応答した腫瘍サイズの相対変化を示した。図4Aに示されるように、CD160改変Pmel T細胞の養子移入は、マウスにおいてほぼ100%の応答率を記録し、腫瘍は、サイズにおいて90%を超えて縮小したか、または80%を超えるマウスにおいて完全に除去された。
CD160改変Pmel T細胞の養子移入による生存の改善も測定した。図4Cに示されるように、CYPおよびCD160改変Pmel T細胞の2週毎の処置を投与されたマウスにおいて、埋込み後110日まで死亡は観察されなかった。対照的に、CYPのみ、またはCYPおよび対照Pmel T細胞で処置されたマウスは、埋込み後75日より前に死亡し、それぞれ、埋込み後27日または60日の中央生存期間を示した。
総合すると、これらの結果は、CYPプレコンディショニングを用いたCD160改変Pmel T細胞の養子移入が、特に、IL-2サイトカインまたはワクチン接種レジメンを必要とすることなく、確立されたB16F0黒色腫腫瘍を効率的に制御し、それを除去することができることを示していた。
(実施例5)
B16F0黒色腫上でのCD160改変Pmel T細胞の制御は用量依存的である
B16F0黒色腫の制御に対するCD160改変Pmel T細胞の用量依存的効果を特徴付けるために、B16F0を担持するマウスに、15万個または30万個のCD160改変Pmel T細胞を輸注した。
簡単に述べると、1×10個のB16F0細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。腫瘍埋込み後7日目に開始して、マウスに、14日間隔(2週毎)で(A)15万個または(B)30万個のCD160改変Pmel T細胞を輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前にCYPコンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行った。スパイダープロットを、実施例4に記載と同様に正規化し、プロットした。
2週毎の移入あたり、15万個のCD160改変Pmel T細胞の用量レジメンで、処置されたマウス間で腫瘍制御における100%の応答率が観察されたが、90%を超える腫瘍サイズ減少を示したマウスは20~30%に過ぎなかった(図5A)。比較すると、2週毎の移入あたり、30万個のCD160-Pmel T細胞の用量レジメンでは、処置されたマウス間で腫瘍縮小における100%の応答率が観察され、約40~50%のマウスが、90%を超える腫瘍サイズ減少を示した(図5B)。
2つの投薬量で、CD160改変Pmel T細胞の養子移入による生存の改善も測定した。両方の投薬量で、CD160改変Pmel T細胞で処置した腫瘍担持マウスは、有意な生存改善を示し、15万個または30万個のCD160改変Pmel T細胞で処置したマウスについて、埋込み後120日で、それぞれ80%または100%の生存率を示した(図5C)。対照的に、CYPのみ、またはCYPおよび対照Pmel T細胞で処置したマウスは、90日より前に死亡し、中央生存期間は、それぞれ、埋込み後61.5日または56日であった。
総合すると、これらの結果は、CYPプレコンディショニングを用いたCD160改変Pmel T細胞の養子移入が、確立されたB16F0黒色腫腫瘍を効率的に制御し、除去することができ、腫瘍制御効果が用量依存的であることを示していた。
(実施例6)
CD160改変Pmel T細胞は、転移性B16F10黒色腫腫瘍の増殖を効率的に制御した
転移性腫瘍の増殖の阻害におけるCD160改変Pmel T細胞の能力を検査するために、CD160-Pmel T細胞を、化学療法プレコンディショニング後に、転移性B16F10黒色腫腫瘍を担持するマウスに養子移入した。
簡単に述べると、1×10個のB16F10細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。腫瘍埋込み後7日目に開始して、マウスに、14日間隔(2週毎)で30万個のCD160改変Pmel T細胞を輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前にCYPコンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行った。
図6Aに示されるように、CD160改変Pmel T細胞は、CYPプレコンディショニングと組み合わせた場合、未処置のマウス、CYP化学療法のみで処置したマウス、または対照Pmel T細胞およびCYPプレコンディショニングで処置したマウスと比較して、平均腫瘍サイズの増大を有意に停止させることができた。腫瘍面積は、1群あたり少なくとも5匹のマウスの平均測定値である(+/-SEM、両側t検定)。図6Bは、処置なし、CYP処置のみ、または対照Pmel T細胞およびCYPによる処置と比較した、個体の腫瘍成長の制御におけるCD160改変Pmel T細胞(CYPプレコンディショニングを用いる)の能力を示した。
総合すると、養子移入されたCD160改変Pmel T細胞は、CYPプレコンディショニングと組み合わせた場合、未処置のマウス、CYP化学療法のみで処置したマウス、または対照Pmel T細胞およびCYPプレコンディショニングで処置したマウスと比較した場合、皮下腫瘍の増殖を効率的に制御することが示された。
CD160改変Pmel T細胞による、より長期間の腫瘍制御および生存改善も検査した。腫瘍サイズに関するスパイダープロットを、実施例4と同様に正規化した。
図7Aに示されるように、処置の期間にわたって、CD160-Pmel T細胞の養子移入によって皮下腫瘍を制御または除去することができた。図7Bに示されるように、未処置のマウス、CYP化学療法のみで処置したマウス、および対照Pmel T細胞およびCYPプレコンディショニングで処置したマウスは全て、転移の結果として、埋込み後80日より前に死亡し、中央生存期間は、それぞれ、埋込み後39、39、および59日であった。対照的に、CD160-Pmel T細胞およびCYPプレコンディショニングで処置したマウス群は、埋込み後120日(図7B)で、およびCD160改変Pmel T細胞の連続輸注の持続期間を通して(データは示さない)、80%の生存率を維持した。
総合すると、これらの結果は、CD160改変Pmel T細胞が、皮下腫瘍の増殖の制御に加えて、腫瘍転移に対する制御および阻害を確立することもできることを示していた。
(実施例7)
マウスCD160活性化キメラの腫瘍抑制活性の増強
CD160の腫瘍抑制活性をさらなるドメインを用いてモジュレートすることができるかどうかを精査するために、マウスCD160の細胞外ドメインを、様々な構成で、TCRならびにCD3ζ、CD28、および4-1BBを含むその共刺激経路に由来する細胞内シグナル伝達ドメインと融合して、図8A~Cに示されるようなCD160活性化キメラを誘導した。確立されたB16F0黒色腫マウスの制御における、これらのCD160キメラを発現するPmel T細胞の能力を測定し、GPIアンカーマウスCD160(mCD160)を発現するものと比較した。
簡単に述べると、1×10個のB16F10細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。腫瘍埋込み後7日目で開始して、マウスに、14日間隔(2週毎)で、それぞれ、mCD160、GEM123、GEM124、GEM125、GEM126、GEM127、またはGEM128を異所的に発現する30万個のPmel T細胞を輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前に、CYPコンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行った。
図8Aに観察されるように、膜貫通ドメインから遠いCD28シグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM125を発現するPmel T細胞は、mCD160を発現するPmel T細胞と比較して弱い腫瘍制御を示したが、膜貫通ドメインに隣接するCD28シグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM124を発現するPmel T細胞は、mCD160を発現するPmel T細胞と比較して強い腫瘍制御を示した。これらの結果は、膜貫通に隣接して位置するCD28シグナル伝達ドメインが、抗原特異的T細胞の免疫応答の強化におけるCD160キメラの能力をさらに増強することができることを示していた。
図8Bに観察されるように、膜貫通ドメインに隣接する4-1BBシグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM127を発現するPmel T細胞は、mCD160を発現するPmel T細胞と比較して弱い腫瘍制御を示したが、膜貫通ドメインに隣接するCD28シグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM126を発現するPmel T細胞は、mCD160を発現するPmel T細胞と比較して強い腫瘍制御を示した。これらの結果は、膜貫通ドメインに隣接して位置する場合、4-1BBドメインではなく、CD28シグナル伝達ドメインが、抗原特異的T細胞の免疫応答の強化におけるCD160キメラの能力をさらに増強することができることを示していた。
図8Cに観察されるように、膜貫通ドメインに隣接するCD3ζシグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM123を発現するPmel T細胞は、mCD160を発現するPmel T細胞と比較して弱い腫瘍制御を示した。さらに、膜貫通ドメインから遠位末端にCD3ζドメインを含む3つのシグナル伝達ドメインを有するキメラであるGEM128は、膜貫通ドメインに隣接するCD28シグナル伝達ドメインを有するにも拘わらず、mCD160と比較して有意に低い腫瘍制御を示した。
総合すると、これらの結果は、CD28共刺激ドメインが、膜貫通ドメインの隣に位置する場合、抗原特異的T細胞の免疫応答の強化におけるCD160キメラの能力をさらに増強することができることを示していた(図8A、BにおけるGEM124、GEM126)。しかしながら、腫瘍制御を強化するCD160の能力は、組み込まれたCD3ζと適合しない可能性がある(図8B、8CにおけるGEM123、GEM127、GEM128)。
(実施例8)
ヒトCD160およびそのバリアントは、マウスにおける確立されたB16F0黒色腫の制御において保存された機能を有する
ヒトCD160バリアントの腫瘍抑制活性をマウスCD160と比較するために、確立されたB16F0黒色腫マウスの制御におけるこれらのそれぞれの形態のCD160を発現するPmel T細胞の能力を測定した。
簡単に述べると、1×10個のB16F10細胞を、6~8週齢のメスのC57BL/6マウスに皮下注射した。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診によって腫瘍形成について週2回チェックし、腫瘍面積をノギス測定によって測定した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。CD160実体の異所性発現を達成するために、Pmel T細胞に、それぞれ、GPIアンカー型マウスCD160、GPIアンカー型ヒトCD160バリアント、膜貫通型ヒトCD160バリアント、または細胞内ドメインを有する膜貫通型ヒトCD160を有するウイルスを感染させた。腫瘍埋込み後7日目に開始して、マウスに、14日間隔(2週毎)で、記載されたマウスまたはヒトCD160バリアントを異所的に発現する30万個のPmel T細胞を輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前に、CYPコンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行った。
図10Aに観察されるように、ヒトCD160バリアントを発現する全てのPmel T細胞が、mCD160を発現するPmel T細胞と比較した場合、確立されたB16F0黒色腫腫瘍の制御および除去においてより強力な活性を示した。特に、GPIアンカー型ヒトCD160を発現するPmel T細胞および細胞内ドメインを有するヒトCD160を発現するPmel T細胞は、腫瘍制御において最も強力な活性を示した。
様々なCD160バリアントを発現するPmel T細胞の養子移入による生存改善も測定した。図10Bに示されるように、GPIアンカー型ヒトCD160を発現するPmel T細胞によって、および細胞内ドメインを有するヒトCD160を発現するPmel T細胞によって、最も強力な生存改善が提供された。
総合すると、これらの結果は、ヒトCD160バリアントが、マウスCD160がそうであるように、マウスにおける確立されたB16F0黒色腫腫瘍の制御および除去に対する腫瘍特異的T細胞の強化において保存された機能を示すことを示し、これは、それらがヒトにおける確立された固形腫瘍の制御においても同様の機能を有する可能性が高いことを示唆している。
(実施例9)
CD160改変LLC TILは、マウスにおいて転移性ルイス肺がんの発症を阻害する
転移性肺がんの発症を阻害するCD160改変抗原特異的免疫細胞の能力を検査するために、CD160改変腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を、in vitroでルイス肺がんを殺傷するその能力について、およびルイス肺がんマウスモデルにおいてin vivoで生存を改善するその能力について検査した。
TILを誘導するために、肺腫瘍を、ルイス肺がんを担持するマウスから単離し、注意深く小片に細かく刻んだ後、37℃でコラゲナーゼVを用いて消化した。消化された試料を70~100μmの細胞ストレーナーに通過させることによって、単一細胞懸濁液を得た。シリンジプランジャーを使用して、必要に応じて細胞ストレーナーメッシュを通して消化された組織を穏やかに搾った。次いで、単一細胞懸濁液を、フィコエリトリン(PE)にコンジュゲートさせた抗TCRβで染色し、抗PE磁気ビーズを用いてさらに富化し、最後にSONY SH800 FACSソーター上で選別した。記載された実験において使用された選別されたTILの純度は、FACS分析によって決定した場合、85%を超えていた。次いで、TILを、mCD160またはCD160キメラGEM124を発現するように改変した(図8Aを参照されたい)。
CD160改変TILが腫瘍細胞を殺傷する能力を最初に検査し、対照TILと比較した。簡単に述べると、TILを、抗CD3および抗CD28ビーズで刺激し、IL-2と共にT細胞拡大培地中で3日間培養した。3日目に、標的腫瘍細胞、LLCを37℃で10分温め、37℃で30分、1μMのCELLTRACE(商標)Violet(Invitrogen)で標識した後、96ウェル培養プレート上に播種した。対照またはCD160改変TILを、規定のエフェクターの標的細胞に対する比で各ウェルに添加した後、4~6時間インキュベートした。続いて、標的腫瘍細胞を回収し、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD、BD Pharmingen)で標識し、FACSによって分析して、TILによる殺傷を決定した。CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD+細胞の集団は、殺傷された標的細胞を表し、CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD-集団は、残存する生きた標的細胞を表した。
図11Aに示されるように、mCD160改変TILは、TILよりも、同時培養物中のルイス肺癌細胞の殺傷においてより強力であった。
in vivoで転移性肺がんの発症を阻害するCD160改変TILの能力も検査した。転移性肺がんモデルを生成するために、2×10~2×10個のルイス肺がん細胞(LLC)を、気管内注入によって6~8週齢のメスのC57BL/6マウスの肺に直接導入した。養子細胞移入の前に、マウスを無作為化して、実験の開始時にサイズの偏りがないことを確保した。腫瘍埋込み後10日目に開始して、マウスに、12日間隔で、30万個の対照TIL、またはmCD160もしくはGEM124を異所的に発現するTILを輸注したが、それぞれのT細胞輸注の前に、CYPコンディショニングレジメン(処置あたり100mg/kg)を行った。一次皮下腫瘍はCYP処置レジメンによって一般に制御され、その後、マウスの死亡が肺転移の結果として起こった。腫瘍埋込み後、マウスを毎日観察し、死亡の兆候が見られたら犠牲にした。マウスを、触診またはノギス測定によって腫瘍形成について週2回チェックした。腫瘍サイズが直径1.2~1.5cmに達するか、または皮膚潰瘍形成時に、マウスを犠牲にし、腫瘍を回収した(図11B)。
特に、GEM124を発現するTILで処置したマウスは、実験終了の時点で埋込み後75日で90%の生存率を有していたが、mCD160を発現するTILを輸注したマウスは、70日の中央生存期間を有していた。対照的に、未処置のマウス、CYPのみで処置したマウス、または対照TILおよびCYPで処置したマウスは、それぞれ、42、47、および47日の中央生存期間を示した(図11C)。
総合すると、これらの結果は、CD160が、in vitroおよびin vivoで肺がんTILの腫瘍制御活性を強化することができることを示していた。さらに、マウス肺がんから抽出されたTILは自然ではポリクローナルであるため、これらの結果はまた、CD160およびその活性化キメラが、複数の腫瘍抗原を認識するTCRを有するそのような内因性ポリクローナル抗腫瘍T細胞による腫瘍制御能力を強化することができることも示していた。
(実施例10)
CD160改変ヒトCAR-T細胞は、in vivoおよびin vitroで増殖の改善、アポトーシスの減少、および腫瘍制御の増強を示した
CD160がヒトCAR-T細胞の機能を増強することができるかどうかを決定するために、CD19-CAR-T細胞を、CD160を過剰発現するように改変した後、培養物中で増殖するその能力について、ならびにin vitroおよびin vivoでの腫瘍に対するその機能的活性について検査した。
簡単に述べると、ヒトT細胞を、膜貫通ドメインと細胞質ゾルドメインとの両方を有するヒトCD160バリアント(huCD160TCと呼ばれる)と、CD19陽性腫瘍細胞上での腫瘍関連抗原の認識のためのCD19キメラ抗原受容体(CD19-CAR)とを同時発現するように設計した(図12A)。レンチウイルスベクターを使用して2Aペプチドによって連結されたCD19-CARとhuCD160TCとを同時発現させる例示的方法も示した(図12B)。CD160改変CD19-CAR-T細胞を、ヒトT細胞にレンチウイルスを形質導入することによって生成し(図12A、12B)、次いで、培養物および腫瘍モデルにおける機能的改善について試験した。
次いで、培養物中でのヒトCAR-T細胞の機能的改善に関するCD160の能力を検査するために、CD160改変CD19-CAR-T細胞を、拡大培養にかけ、その増殖速度を毎日記録し、非CD160改変CD19-CAR-T細胞と比較した。簡単に述べると、T細胞を、ヒト末梢血から単離し、記載のレンチウイルスベクターを使用してCD19-CARとhuCD160TCとを同時発現させることによって改変した。培養の第1週の間に、それぞれのT細胞を、図12B中のレンチウイルスの形質導入によってhuCD160TCとCD19-CARとを発現するように改変したか、またはCD19-CARのみを発現するように改変した。次いで、CD19-CARのみを発現するT細胞、またはCD160改変CD19-CAR-T細胞を、適切な増殖因子と共にT細胞拡大培地中で培養した。続いて、細胞の濃度および生存能力を決定するために、細胞を、1μg/mlのヨウ化プロピジウムで染色し、蛍光計測ビーズ(Spherotech)と混合し、SP6800 Sony Spectralフローサイトメーター上で分析した。データを、機器上で直接、またはFCS Expressを用いて分析して、絶対細胞計数ならびに生細胞および死細胞のパーセントを決定した。2週間の長さの培養の間のT細胞拡大の程度を、細胞計数と分裂因子とを組み合わせることによって算出し、PRISMソフトウェアを使用してプロットした。
図13Aに示されるように、huCD160TCを過剰発現するヒトCD19-CAR T細胞は、過剰発現しないものよりも効率的に一貫して拡大した。この培養システムでは、第1週の間にT細胞は活性化および感染プロセスを経由し、全体として、拡大が限定されていた。このプロセスと一致して、増殖の差異は、培養の第1週の間にはあまり顕著ではなかったが、培養の第2週の間にはより明らかとなった。特に、培養開始後14~16日で、CD160TCを過剰発現するヒトCD19-CAR-T細胞は、トリパンブルー染色またはヨウ化プロピジウム(PI)もしくは7AADを使用するFACS分析によって決定した場合、huCD160TCを過剰発現しない対照CAR-T細胞と比較して死細胞のパーセンテージが有意に低かった(図13B)。これらの結果は、CD160TCを発現するCD19-CAR T細胞が、より高い増殖能力ならびに後期段階の細胞培養で細胞死の低い傾向の両方を示すことを証明し、かくして、CAR-T細胞中でのCD160過剰発現を使用して、CAR-T細胞産生を増強することができることを示している。重要なことに、CD160TCを発現するCD19-CAR T細胞と、対照CAR T細胞とは両方とも、培養の2週間後に増殖を実質的に停止し(データは示さない)、これは、CAR-T細胞中でのCD160の過剰発現が、未制御のT細胞拡大をもたらさなかったことを示している。
in vitroでのCD19-CAR-T細胞による腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現の改善を検査するために、CD19陽性腫瘍培養物上でのCD160改変CD19-CAR T細胞の細胞溶解機能を評価した。簡単に述べると、標的腫瘍細胞Nalm6、またはRamos、またはCD19+/K562細胞を、37℃で10分加温し、37℃で30分、1μMのCELLTRACE(商標)Violet(Invitrogen)で標識した後、96ウェル培養プレート上に播種した。対照またはCD160改変CAR-T細胞を、示されたエフェクターの標的細胞に対する比で各ウェルに添加した後、24~48時間インキュベートした。続いて、標的細胞を回収し、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD、BD PHARMINGEN(商標))で標識し、FACSによって分析して、エフェクターT細胞による殺傷を決定した。CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD+細胞の集団は、殺傷された標的細胞を表し、CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD-集団は、残存する生きた標的細胞を表した。図13Cに示されるように、huCD160TCとCD19-CARとを同時発現するヒトT細胞は、対照CD19-CAR T細胞と比較して、培養物中のRamos細胞(CD19+)の殺傷の増強を示した。より重要なことに、huCD160TCを有するCD19-CAR T細胞はまた、細胞内染色およびFACS分析によって示されるように、高レベルの炎症性サイトカインIFN-γを発現した(図13D)。これらの結果は、CD160過剰発現が、培養物中でヒトCAR-T細胞の炎症機能および細胞溶解活性をブーストすることができることを示している。
in vivoでのCD19-CAR-T細胞による腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現による改善を検査するために、Nalm6またはRamos腫瘍(CD19陽性腫瘍)を担持する3組の免疫不全NCGマウス上でCD160改変CD19-CAR-T細胞によって発揮される腫瘍制御を評価した。CD160改変を有する、または有しない、それぞれのCD19-CAR-T細胞を、静脈内送達されたNalm6/Luc腫瘍を担持するNCGマウスに養子移入した。具体的には、腫瘍埋込み後、14、21、および28日で、マウス1匹あたり50万個のCD160改変CD19-CAR T細胞または対照CD19-CAR T細胞を移入し、腫瘍成長に対する効果を、Licorイメージング分析装置を使用してルシフェラーゼ活性を測定することによって観察した(図13E)。対照マウスは未処置(なし)であった。その結果、CD160改変CD19-CAR T細胞は、対照CD19-CAR T細胞よりも腫瘍制御において有意に有効であることが示された。さらに、投与されたCAR-T細胞投薬量で、CD160改変CD19-CAR T細胞処置を受けるNCG/Ramosモデルマウスは、CAR-T細胞を受けない対照マウスと比較して有意な生存利益を示したが、対照CD19-CAR-T細胞は有意な生存利益を示さなかった(図13F)。総合すると、これらの結果は、CD160発現が、in vitroおよびin vivoで腫瘍制御におけるCD19-CAR T細胞の活性を有意に増強することを示していた。しかしながら、NCGマウスに対して実施された上記分析は、上記結果が示すものよりも強力であり得る、免疫能力のあるヒト患者における腫瘍制御におけるCAR-T細胞機能をブーストする際のCD160の機能を過小評価し得ることを指摘することが重要である。免疫不全であるNCGマウスは、免疫能力のあるヒト患者に存在する恒常性および腫瘍内在性障壁を再現するために使用することはできない。CD160過剰発現は、抗原特異的T細胞が免疫能力のあるマウスにおける特異的な抑制障壁に打ち勝つのを助けることができることを考慮すると、CD160改変は、血液がんと固形腫瘍との両方を標的化する免疫能力のあるヒト患者におけるCAR-T細胞による腫瘍制御に対してより強力な効果を有する可能性が高い。
(実施例11)
CD160改変ヒトTCR-T細胞は、in vivoおよびin vitroで増殖の改善および腫瘍制御の増強を示した
CD160がヒトTCR-T細胞の機能を増強することができるかどうかを決定するために、1G4-TCR-T細胞を、CD160を過剰発現するように改変した後、培養物中で増殖するその能力について、ならびにin vitroおよびin vivoでの腫瘍に対するその機能的活性について検査した。
簡単に述べると、ヒトT細胞を、膜貫通ドメインと細胞質ゾルドメインとの両方を有するヒトCD160バリアント(huCD160TCと呼ばれる)と、NY-ESO-1腫瘍関連抗原を認識する臨床的に検証されたTCRである1G4-T細胞受容体(1G4-TCR)とを同時発現するように設計した(図14A)。全て、レンチウイルスベクターを使用して2Aペプチドによって連結された、3つのポリペプチド鎖:TCRα鎖、TCRβ鎖、およびhuCD160TCを同時発現させる例示的方法も示した(図14B)。CD160改変1G4-TCR-T細胞を、ヒトT細胞にレンチウイルスを形質導入することによって生成し(図14A、14B)、続いて、培養物および腫瘍モデルにおける機能的改善について試験した。
1G4-TCRレベルを、huCD160TCと1G4-TCRとを同時発現するT細胞と、1G4-TCRのみを発現するT細胞との両方において測定した。図15Aに観察されるように、ヒトT細胞中での1G4TCR-T細胞とCD160TCとの同時発現は、NY-ESO-1四量体のFACS分析によって示されるように、1G4 TCR発現のレベルのわずかな低下を引き起こした。
次いで、TCR-T培養物中での機能的改善に関するCD160の能力を検査するために、CD160改変1G4-TCR-T細胞を、拡大培養にかけ、その増殖速度を毎日記録し、非CD160改変1G4-TCR-T細胞と比較した。簡単に述べると、ヒト末梢血から単離されたT細胞を、図14B中のレンチウイルスの形質導入によってhuCD160TCと1G4-TCRとの両方を発現するように改変したか、または1G4-TCRのみを発現するように改変した。次いで、1G4-TCRのみを発現するT細胞、またはCD160改変1G4-TCR-T細胞を、適切な増殖因子と共にT細胞拡大培地中で培養した。続いて、細胞の濃度および生存能力を決定するために、細胞を、1μg/mlのヨウ化プロピジウムで染色し、蛍光計測ビーズ(Spherotech)と混合し、SP6800 Sony Spectralフローサイトメーター上で分析した。データを、機器上で直接、またはFCS Expressを用いて分析して、絶対細胞計数ならびに生細胞および死細胞のパーセントを決定した。1週間の長さの培養の間のT細胞拡大の程度を、細胞計数と分裂因子とを組み合わせることによって算出し、PRISMソフトウェアを使用してプロットした。
図15Bに示されるように、huCD160TCを過剰発現するヒト1G4-TCR T細胞は、過剰発現しないものよりも効率的に一貫して拡大した。この培養システムでは、第1週の間にT細胞は活性化および感染プロセスを経由し、全体として、拡大が限定されていた。このプロセスと一致して、増殖の差異は、培養の第1週の間にはあまり顕著ではなかったが、培養の第2週の間にはより明らかとなった。特に、培養開始後、14~16日目で、CD160TCを過剰発現するヒト1G4 TCR-T細胞は、対照TCR-T細胞と比較して死細胞のパーセンテージが有意に低かったが(データは示さない)、これは、CD160TCを発現する1G4-TCR-T細胞が、より高い増殖能力ならびに後期段階の細胞培養で細胞死の低い傾向の両方を示すことを示しており、TCR-T細胞中でのCD160過剰発現を使用して、TCR-T細胞産生を増強することができることを示している。CD160TCを発現する1G4-TCR-T細胞と、対照TCR-T細胞とは両方とも、培養の2週間後に増殖を実質的に停止し(データは示さない)、これは、TCR-T細胞中でのCD160の過剰発現が、未制御のT細胞拡大をもたらさなかったことを示すことに留意することも重要である。さらに、1G4 TCR-T細胞中でのCD160の過剰発現は、FACS分析(CD45/CD62)によって示されるように、幹細胞/記憶細胞表現型を有するT細胞のパーセンテージに有意に影響しなかった(図15C)。
in vitroでの1G4-TCR-T細胞による腫瘍に対する機能的活性に関するCD160過剰発現による改善を検査するために、NY-ESO-1陽性腫瘍培養物上でのhuCD160TC改変1G4-TCR-T細胞の細胞溶解機能を、IFN-γの細胞内染色およびFACSに基づくCTL分析によって示されるように評価した。簡単に述べると、標的NY-ESO-1陽性A375腫瘍細胞を、37℃で10分加温し、37℃で30分、1μMのCELLTRACE(商標)Violet(Invitrogen)で標識した後、96ウェル培養プレート上に播種した。対照またはCD160改変1G4TCR-T細胞を、示されたエフェクターの標的細胞に対する比で各ウェルに添加した後、24~48時間インキュベートした。続いて、標的細胞を回収し、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD、BD PHARMINGEN(商標))で標識し、FACSによって分析して、エフェクターT細胞による殺傷を決定した。CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD+細胞の集団は、殺傷された標的細胞を表し、CELLTRACE(商標)Violet色素+/7-AAD-集団は、残存する生きた標的細胞を表した。図15Dに示されるように、huCD160TCと1G4-TCRとの両方を同時発現するヒトT細胞は、huCD160TCを過剰発現しない対照1G4-TCR-T細胞と比較して、培養物中のNY-ESO-1陽性A375細胞を殺傷するのにより有効であることがわかった。より重要なことに、huCD160TCを過剰発現する1G4-TCR-T細胞はまた、細胞内染色およびFACS分析によって示されるように高レベルの炎症性サイトカインIFN-γを示した(図15E)。これらの結果は、CD160過剰発現が、培養物中でヒトCAR-T細胞の炎症機能および細胞溶解活性をブーストすることができることを示している。
in vivoでの1G4-TCR-T細胞による腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現による改善を検査するために、A375黒色腫腫瘍(NY-ESO-1陽性腫瘍)を担持するNCGマウス上のCD160改変1G4-TCR-T細胞によって発揮される腫瘍制御も評価した。CD160改変を有する、または有しないそれぞれのCD19-CAR-T細胞を、皮下NY-ESO-1陽性A375黒色腫腫瘍を担持するNCGマウスに養子移入した。具体的には、皮下腫瘍埋込み後、14、21、および28日でマウス1匹あたり100万個のCD160改変CD19-CAR T細胞または対照CD19-CAR T細胞を移入し、腫瘍成長に対する効果を、ノギスを用いた腫瘍サイズ測定によって観察した(図15F)。対照マウスは未処置(なし)であった。図15Fに示されるように、CD160改変1G4-TCR-T細胞は、対照1G4-TCR-T細胞よりも腫瘍制御において有意に有効であった。総合すると、これらの結果は、CD160過剰発現が、in vitroおよびin vivoで腫瘍制御における1G4 TCR-T細胞の活性を有意に増強することを示していた。
しかしながら、上記分析は、上記結果が示すものよりも強力であり得る、免疫能力のあるヒト患者における腫瘍制御におけるCAR-T細胞機能をブーストする際のCD160の機能を過小評価し得ることを指摘することが重要である。NCGマウスは、免疫不全であり、免疫能力のあるヒト患者に存在する恒常性および腫瘍内在性障壁を再現するために使用することはできない。CD160過剰発現は、抗原特異的T細胞が免疫能力のあるマウスにおけるある特定の抑制障壁に打ち勝つのを助けることができることを考慮すると、CD160改変は、血液がんと固形腫瘍との両方を標的化する免疫能力のあるヒト患者におけるヒトTCR-T細胞による腫瘍制御に対してより強力な効果を有する可能性が高い。
(実施例12)
CD160改変ヒトTILは、in vivoおよびin vitroで腫瘍制御の増強を示した
CD160がヒトTILの機能を増強することができるかどうかを決定するために、自己TILを、CD160を過剰発現するように改変した後、in vitroおよびin vivoで腫瘍に対するその機能的活性について検査した。
患者由来異種移植片(PDX)モデルを生成して、腫瘍制御におけるヒトTILに対するCD160の効果を検査した。肺がん、食道がん、結腸がん、胃がん、膵がんなどの様々ながんを有するがん患者から切除された腫瘍組織を、NSG免疫不全マウスに埋め込み、継代して、ヒト腫瘍を有するPDXモデルを生成した。自己TILを、肺がん、食道がん、結腸がん、膵がん、胃がんおよび他のがんに関して対応する腫瘍から単離し、拡大し、CD160改変およびPDXモデルにおけるTILによる腫瘍制御における機能試験のために凍結保存した。
CD160改変TILを生成して、CD160がヒトTILの機能を増強することができるかどうかを決定した(図16)。その目的のために、ヒト患者に由来するTILを、huCD160TCを過剰発現するように設計した(図17A)。レンチウイルスベクターを使用して2Aペプチドにより連結されたhuCD160TCおよびGFPマーカーを過剰発現させる例示的な方法を示した(図17B)。次いで、CD160改変TILを、ヒトT細胞にレンチウイルスを形質導入することによって生成し(図17A、17B)、続いて、培養物および自己腫瘍を有するPDX腫瘍モデルにおいて機能的改善について試験した。
in vitroでのヒトTILによる腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現による改善を検査するために、PDXモデルに由来する自己腫瘍細胞上でのCD160改変ヒトTILの細胞溶解機能を、FACSに基づくCTLアッセイを使用することによって評価した。簡単に述べると、自己食道腫瘍細胞を、37℃で10分加温し、37℃で30分、1μMのCSFE色素(Invitrogen)で標識した後、96ウェル培養プレート上に播種した。対照またはCD160改変TILを、規定のエフェクターの標的細胞に対する比で各ウェルに添加した後、24時間インキュベートした。続いて、標的細胞を回収し、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD、BD PHARMINGEN(商標))で標識し、FACSによって分析して、エフェクターT細胞による殺傷を決定した。CSFE色素+/7-AAD+細胞の集団は、殺傷された標的細胞を表し、CSFE色素+/7-AAD-集団は、残存する生きた標的細胞を表した。図18Aに示されるように、huCD160TCを過剰発現するヒトTILは、huCD160TCを過剰発現しない対照ヒトTILと比較して、培養物中の自己食道がん細胞の殺傷においてより有効であることがわかった。
in vivoでのヒトTILによる腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現による増強を検査するために、皮下自己腫瘍を担持するNCGマウス上でCD160改変ヒトTILによって発揮される腫瘍制御も評価した。CD160改変を有する、または有しないそれぞれのヒトTILを、皮下自己食道腫瘍を担持するNCGマウスに養子移入した。具体的には、皮下腫瘍埋込み後、7、14、および21日でマウス1匹あたり100万個のCD160改変TILまたは対照TILを移入し、腫瘍成長に対する効果を、ノギスを用いた腫瘍サイズ測定によって観察した(図18B)。対照マウスにはPBSを投与した(なし)。図18Bに示されるように、CD160改変TILは、対照TILよりも腫瘍制御において有意に有効であった。総合すると、これらの結果は、CD160過剰発現が、in vitroとin vivoとの両方において腫瘍制御を発揮する際のTILの活性を有意に増強することを示していた。
in vivoでのヒトTILによる腫瘍に対する機能的活性に関するCD160TC過剰発現による増強を検査するために、皮下自己腫瘍を担持するNCGマウス上でCD160改変ヒトTILによって発揮される腫瘍制御も評価した。CD160改変を有する、または有しないそれぞれのヒトTILを、皮下自己食道腫瘍を担持するNCGマウスに養子移入した。具体的には、皮下腫瘍埋込み後、7、14、および21日でマウス1匹あたり100万個のCD160改変TILまたは対照TILを移入し、腫瘍成長に対する効果を、ノギスを用いた腫瘍サイズ測定によって観察した(図18B)。対照マウスにはPBSを投与した(なし)。図18Bに示されるように、CD160改変TILは、対照TILよりも腫瘍制御において有意に有効であった。総合すると、これらの結果は、CD160過剰発現が、in vitroとin vivoとの両方において腫瘍制御を発揮する際のTILの活性を有意に増強することを示していた。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、前記外因性CD160タンパク質が、前記外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して前記改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、前記免疫細胞がT細胞である、改変抗原特異的免疫細胞。
(項目2)
細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、抗原提示細胞(APC)により活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、項目1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目3)
細胞傷害性T細胞である、項目1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目4)
腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、項目2に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目5)
ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、項目1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目6)
前記外因性CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、項目1から5のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目7)
前記外因性CD160タンパク質が膜結合型である、項目1から5のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目8)
前記外因性CD160タンパク質が、(a)GPIリンカーにより膜に結合しているか、または(b)膜貫通ドメインを含む、項目7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目9)
前記外因性CD160タンパク質が、細胞内ドメインをさらに含む、項目8に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目10)
前記細胞内ドメインが、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項目9に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目11)
前記外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して前記改変抗原特異的免疫細胞に結合している、項目7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目12)
前記免疫細胞結合部分が、前記免疫細胞の表面分子に結合する、項目11に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目13)
機能的外因性受容体をさらに含む、項目1から12のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目14)
前記機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)である、項目13に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
(項目15)
表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、
前駆体抗原特異的免疫細胞と、前記外因性CD160タンパク質または前記外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、前記改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、
前記外因性CD160タンパク質が、前記前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して前記改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、前記免疫細胞がT細胞である、方法。
(項目16)
前記改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、項目15に記載の方法。
(項目17)
前記改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性T細胞である、項目15に記載の方法。
(項目18)
前記改変抗原特異的免疫細胞が、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、項目16に記載の方法。
(項目19)
前記免疫細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、項目16に記載の方法。
(項目20)
前記前駆体抗原特異的免疫細胞と、前記外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む、項目15から19のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記外因性CD160タンパク質が、前記免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記前駆体抗原特異的免疫細胞中に、前記外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む、項目15から19のいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、項目15から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記外因性CD160タンパク質が膜結合型である、項目15から23のいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記外因性CD160タンパク質が、(a)GPIリンカーを介して膜に結合している;または(b)膜貫通ドメインを含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して前記改変抗原特異的免疫細胞に結合している、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記免疫細胞結合部分が、前記免疫細胞の表面分子に結合する、項目26に記載の方法。
(項目28)
前記前駆体抗原特異的免疫細胞が、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸を含む、項目15から27のいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記前駆体抗原特異的免疫細胞と、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸とを接触させることをさらに含む、項目15から27のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)である、項目28または29に記載の方法。
(項目31)
前記第1の核酸と、前記第2の核酸とが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、項目29または30に記載の方法。
(項目32)
前記第1の核酸と、前記第2の核酸とが、同じベクター上にある、項目29から31のいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
前記第1および/または前記第2の核酸を含む免疫細胞を単離または富化することをさらに含む、項目15から32のいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
CD160を発現する前記改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む、項目15から33のいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
項目15から34のいずれか一項に記載の方法によって得られる改変抗原特異的免疫細胞。
(項目36)
項目1から14および35のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
(項目37)
個体における疾患を処置する方法であって、前記個体に、項目1から14および35のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞または項目36に記載の医薬組成物の有効量を投与することを含む、方法。
(項目38)
前記改変抗原特異的免疫細胞が、前記個体に由来する、項目37に記載の方法。
(項目39)
個体における疾患を処置する方法であって、前記個体に、外因性CD160タンパク質または前記外因性CD160タンパク質をコードする核酸の有効量を投与することを含み、前記外因性CD160タンパク質が、前記個体中の免疫細胞上の表面分子を認識する結合部分を含む、方法。
(項目40)
前記疾患が、がんである、項目37から39のいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記がんが、黒色腫、肺がん、食道がん、膵がん、乳がん、肝臓がん、脳がん、卵巣がんからなる群から選択される、項目40に記載の方法。
(項目42)
前記個体がヒトである、項目38から41のいずれか一項に記載の方法。
(項目43)
抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する方法であって、前記抗原特異的免疫細胞と、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を阻害する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
(項目44)
抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する方法であって、前記抗原特異的免疫細胞と、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
(項目45)
前記方法が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強し、ここで、前記薬剤が、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の前記内因性免疫刺激活性を増強する、項目44に記載の方法。
(項目46)
個体における免疫疾患を処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
(項目47)
前記免疫疾患が、自己免疫疾患または炎症性疾患であり、前記薬剤が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の前記内因性免疫刺激活性を阻害する、項目46に記載の方法。
(項目48)
個体におけるがんを処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
(項目49)
個体における感染を処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。

Claims (49)

  1. 表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞であって、前記外因性CD160タンパク質が、前記外因性CD160タンパク質を含まない前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して前記改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、前記免疫細胞がT細胞である、改変抗原特異的免疫細胞。
  2. 細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、抗原提示細胞(APC)により活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、請求項1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  3. 細胞傷害性T細胞である、請求項1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  4. 腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、請求項2に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  5. ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、請求項1に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  6. 前記外因性CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれか1つのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  7. 前記外因性CD160タンパク質が膜結合型である、請求項1から5のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  8. 前記外因性CD160タンパク質が、(a)GPIリンカーにより膜に結合しているか、または(b)膜貫通ドメインを含む、請求項7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  9. 前記外因性CD160タンパク質が、細胞内ドメインをさらに含む、請求項8に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  10. 前記細胞内ドメインが、TCR複合体のシグナル伝達サブユニットに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含む、請求項9に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  11. 前記外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して前記改変抗原特異的免疫細胞に結合している、請求項7に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  12. 前記免疫細胞結合部分が、前記免疫細胞の表面分子に結合する、請求項11に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  13. 機能的外因性受容体をさらに含む、請求項1から12のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  14. 前記機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)である、請求項13に記載の改変抗原特異的免疫細胞。
  15. 表面上に外因性CD160タンパク質を含む改変抗原特異的免疫細胞を生産する方法であって、
    前駆体抗原特異的免疫細胞と、前記外因性CD160タンパク質または前記外因性CD160タンパク質をコードする第1の核酸とを接触させることによって、前記改変抗原特異的免疫細胞を生産することを含み、
    前記外因性CD160タンパク質が、前記前駆体抗原特異的免疫細胞と比較して前記改変抗原特異的免疫細胞のアップモジュレーションをもたらし、前記免疫細胞がT細胞である、方法。
  16. 前記改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性αβT細胞、γδT細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤性T細胞、APCにより活性化される抗腫瘍T細胞、およびナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)からなる群から選択される、請求項15に記載の方法。
  17. 前記改変抗原特異的免疫細胞が、細胞傷害性T細胞である、請求項15に記載の方法。
  18. 前記改変抗原特異的免疫細胞が、腫瘍浸潤性T細胞またはAPCにより活性化される抗腫瘍T細胞である、請求項16に記載の方法。
  19. 前記免疫細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK-T細胞)、iNK-T細胞、NK-T様細胞、γδT細胞およびマクロファージからなる群から選択される、請求項16に記載の方法。
  20. 前記前駆体抗原特異的免疫細胞と、前記外因性CD160タンパク質とを接触させることを含む、請求項15から19のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記外因性CD160タンパク質が、前記免疫細胞の表面分子に結合する免疫細胞結合部分を含む、請求項20に記載の方法。
  22. 前記前駆体抗原特異的免疫細胞中に、前記外因性CD160タンパク質をコードする核酸を導入することを含む、請求項15から19のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記CD160タンパク質が、配列番号1~4のいずれかのアミノ酸配列、または配列番号1~4のいずれか1つに対して少なくとも約90%の同一性を有するそのバリアントを含む、請求項15から22のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記外因性CD160タンパク質が膜結合型である、請求項15から23のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記外因性CD160タンパク質が、(a)GPIリンカーを介して膜に結合している;または(b)膜貫通ドメインを含む、請求項24に記載の方法。
  26. 前記外因性CD160タンパク質が、免疫細胞結合部分を介して前記改変抗原特異的免疫細胞に結合している、請求項24に記載の方法。
  27. 前記免疫細胞結合部分が、前記免疫細胞の表面分子に結合する、請求項26に記載の方法。
  28. 前記前駆体抗原特異的免疫細胞が、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸を含む、請求項15から27のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記前駆体抗原特異的免疫細胞と、機能的外因性受容体をコードする第2の核酸とを接触させることをさらに含む、請求項15から27のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記機能的外因性受容体が、操作されたT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)である、請求項28または29に記載の方法。
  31. 前記第1の核酸と、前記第2の核酸とが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、請求項29または30に記載の方法。
  32. 前記第1の核酸と、前記第2の核酸とが、同じベクター上にある、請求項29から31のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記第1および/または前記第2の核酸を含む免疫細胞を単離または富化することをさらに含む、請求項15から32のいずれか一項に記載の方法。
  34. CD160を発現する前記改変抗原特異的免疫細胞を、少なくとも1つの薬学的に許容される担体と共に製剤化することをさらに含む、請求項15から33のいずれか一項に記載の方法。
  35. 請求項15から34のいずれか一項に記載の方法によって得られる改変抗原特異的免疫細胞。
  36. 請求項1から14および35のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
  37. 個体における疾患を処置する方法であって、前記個体に、請求項1から14および35のいずれか一項に記載の改変抗原特異的免疫細胞または請求項36に記載の医薬組成物の有効量を投与することを含む、方法。
  38. 前記改変抗原特異的免疫細胞が、前記個体に由来する、請求項37に記載の方法。
  39. 個体における疾患を処置する方法であって、前記個体に、外因性CD160タンパク質または前記外因性CD160タンパク質をコードする核酸の有効量を投与することを含み、前記外因性CD160タンパク質が、前記個体中の免疫細胞上の表面分子を認識する結合部分を含む、方法。
  40. 前記疾患が、がんである、請求項37から39のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記がんが、黒色腫、肺がん、食道がん、膵がん、乳がん、肝臓がん、脳がん、卵巣がんからなる群から選択される、請求項40に記載の方法。
  42. 前記個体がヒトである、請求項38から41のいずれか一項に記載の方法。
  43. 抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を阻害する方法であって、前記抗原特異的免疫細胞と、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を阻害する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
  44. 抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する方法であって、前記抗原特異的免疫細胞と、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の有効量とを接触させることを含む、方法。
  45. 前記方法が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性を増強し、ここで、前記薬剤が、前記抗原特異的免疫細胞中のCD160の前記内因性免疫刺激活性を増強する、請求項44に記載の方法。
  46. 個体における免疫疾患を処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の内因性免疫刺激活性をモジュレートする薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
  47. 前記免疫疾患が、自己免疫疾患または炎症性疾患であり、前記薬剤が、抗原特異的免疫細胞中のCD160の前記内因性免疫刺激活性を阻害する、請求項46に記載の方法。
  48. 個体におけるがんを処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。
  49. 個体における感染を処置する方法であって、前記個体に、抗原特異的免疫細胞中のCD160の免疫刺激活性を活性化する薬剤の治療有効量を投与することを含む、方法。

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