JP2022520991A - Ｔ細胞レパートリーダイナミクス及び腫瘍溶解性ウイルス療法 - Google Patents

Abstract

本明細書では、対象のがんを治療する方法を提供する。本方法は、対象に１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルスを投与すること（例えば、最初のラウンドの治療において）と、高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象を選択することと、高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象に、１回以上の後続の用量の腫瘍溶解性ウイルスを投与すること（例えば、第２のラウンドの治療において）と、を含む。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年２月２２日に出願された米国仮特許出願第６２／８０９，１９０号に基づく優先権を主張するものであり、当該出願の全容を参照によって本明細書に援用するものである。

がんは主要な死因の１つである。がんは長い間、医学研究の焦点であったにもかかわらず、主ながん治療は依然として外科手術、放射線療法及び化学療法である。これらの治療法のそれぞれには、例えば、同様のタイプのがんを有する対象に対する同じ治療法の効果が異なることなどの制限がある。

本明細書は、対象のがんを治療する方法、より具体的には、対象が最初のラウンドの治療後に高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を示すか否かを判定することによって、治療の奏功しやすさについて選択された対象のがんを治療する方法である。本方法は、がんを有する対象に、１回以上の用量のレオウイルスなどの腫瘍溶解性ウイルスを投与することと、１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルスによる治療後に高い末梢クローン性（例えば、０．０６超）を示すＴ細胞集団を有する対象を選択することと、高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象に１回以上の後続の用量の腫瘍溶解性ウイルスを投与することと、を含む。場合により、腫瘍溶解性ウイルスは、１つ以上のさらなる薬剤と組み合わせて投与される。

１つ以上の実施形態の詳細を、下記の説明に記載する。他の特徴、目的、及び利点は、説明から、また特許請求の範囲から明らかとなろう。

ペアワイズウィルコクソン順位和検定を使用した、治療期間中の末梢クローン性が減少する傾向を示すグラフである。 ペアワイズウィルコクソン順位和検定を用いた、治療期間中に末梢多様性が増大する傾向を示すグラフである。 無増悪生存期間と相関している、Ｃ１Ｄ１（治療サイクル１の１日目）及びＣ２Ｄ１（Ｃ２Ｄ１、治療サイクル２の１日目）における高い末梢クローン性及び低い多様性を示すグラフである。 全生存期間と相関している、Ｃ１Ｄ１及びＣ２Ｄ１における高い末梢クローン性及び低い多様性を示すグラフである。 末梢Ｔ細胞の画分を経時的に示すグラフである。 Ｃ１Ｄ１に対する森下指数を示すグラフである。 Ｃ２Ｄ１における末梢クローンの増殖を示すグラフである。 Ｃ２Ｄ１で同定された末梢で増殖したクローンの大部分が新しいクローンに由来することを示すグラフである。 より高い末梢クローン性が、レオウイルス及びレトロゾールで治療を行った乳癌患者（Ａ）、及びレオウイルス及びチェックポイント阻害剤アテゾリズマブで治療を行った乳癌患者（Ｂ）においてＣｅｌＴＩＬスコアのより大きな変化と相関していることを示すグラフである。

（発明の詳細な説明）
本明細書では、例えば、全生存期間の改善及び／または無増悪生存期間の改善を示すことによって対象が治療に応答性を有することを示す１つ以上のマーカーを有する対象を選択することによって対象のがんを治療する方法を提供する。本方法は、対象に１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルス（すなわち、腫瘍溶解性ウイルスによる最初のラウンドの治療）を投与することと、１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルスの投与後に高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象を選択することと、選択された対象に後続の１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルス（すなわち、腫瘍溶解性ウイルスによる第２のラウンドの治療）を投与することと、を含む。場合により、対象は多様性の低いＴ細胞集団も有する。末梢クローン性が高くかつ多様性が低いＴ細胞集団を有する対象を選択することで、選択を行わない対象と比較して、または１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルスの投与後に末梢クローン性が高くかつ多様性が低いＴ細胞集団を有さない対象と比較して、腫瘍溶解性ウイルスによる後続の治療（すなわち、第２のラウンドの治療）に際して、より長い無増悪生存期間及び／または全生存期間を示す対象が選択される。

本明細書で使用する場合、クローン性とは、クローン頻度分布の形状を測定することによる、単一クローンまたはオリゴクローンの増殖度の定量化を指す。クローン性の値は０～１の範囲であり、１に近い値はほぼ単一クローンの集団を示す。一般に、本明細書で使用される場合、高いクローン性とは、約０．０６以上の値を指す。多様性という用語は、固有の再構成の数を指す。一般に、本明細書で使用する場合、低い多様性とは、約１８００通り未満の再構成のＴ細胞集団の多様性を指す。

クローン性と多様性はさまざまな方法で計算することができる。例として、下式を用いることができる。

ｐ_ｉはクローンｉの存在比率であり、Ｎは固有の受容体遺伝子再構成の総数である。

また、シンプソンのクローン性を使用してクローン性を計算することもできる。

ｐ_ｉは、クローンｉの存在比率である。

本明細書で使用する場合、「がん」という用語は、リンパ腫、白血病、芽細胞腫、胚細胞腫瘍、がん腫、及び肉腫を含む、哺乳類動物にみられるあらゆる種類のがん、増殖性疾患、新生物、または悪性腫瘍を指す。例示的ながんとしては、脳癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、頭頸部癌、肝臓癌、腎臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、黒色腫、中皮腫、卵巣、肉腫、胃癌、子宮癌、及び髄芽腫が挙げられる。場合により、がんは、新生物である。場合により、がんは、頭頸部癌である。場合により、がんは、肺癌、肝臓癌、リンパ腫、膵臓癌、黒色腫、腎臓癌、または卵巣癌である。場合により、がんは、腺癌である。場合により、がんは、膵臓腺癌である。

場合により、がんは、転移性である。本明細書で使用する場合、「転移」、「転移性」及び「転移性がん」という用語は、互換的に用いることができ、増殖性の疾患または障害が広がること、例えばがんが、１つの臓器から別の隣接していない臓器または身体の部分に広がることを指す。がんは、発生部位、例えば膵臓で生じ、その部位は原発性腫瘍、例えば原発性膵臓癌と呼ばれる。原発性腫瘍または発生部位のがん細胞の一部は、その局所領域内の周囲の正常組織に浸透及び浸潤する能力及び／またはリンパ系もしくは血管系の壁に浸透して体内の他の部位及び組織へと循環する能力を獲得する。原発性腫瘍のがん細胞から形成される臨床的に検出可能な二次的な腫瘍は、転移性腫瘍または二次性腫瘍という。がん細胞が転移する場合、転移性腫瘍及びその細胞は、元の腫瘍のものと同様であると考えられる。したがって、膵臓癌が肺に転移する場合、肺の部位の二次性腫瘍は、異常な肺細胞ではなく異常な膵臓癌細胞で構成されている。その肺の二次性腫瘍は、転移性膵臓癌と呼ばれる。したがって、転移性がんという語句は、対象が原発性腫瘍を有するかまたは過去に有しており、かつ１つ以上の二次性腫瘍を有するような疾患を指す。非転移性がん、または転移性ではないがんを有する対象という語句は、対象が原発性腫瘍を有するが、二次性腫瘍を有さない疾患を指す。例えば、転移性膵臓癌とは、原発性膵臓腫瘍を有するかまたは原発性膵臓腫瘍の履歴を有し、かつ、第２の場所または複数の場所、例えば肺に、１つ以上の二次性腫瘍を有する対象の疾患を指す。

提供される方法及びキットで使用される腫瘍溶解性ウイルスには、これらに限定されるものではないが、レオウイルス科、マイオウイルス科、シフォウイルス科、ポドウイルス科、テシウイルス科、コルチコウイルス科、プラズマウイルス科、リポスリックスウイルス科、フセロウイルス科、ポックスウイルス科（ｐｏｘｙｉｒｉｄａｅ）、イリドウイルス科、フィコドナウイルス科、バキュロウイルス科、ヘルペスウイルス科、アデノウイルス科（ａｄｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、パポバウイルス科、ポリドナウイルス科、イノウイルス科、ミクロウイルス科、ジェミニウイルス科、サーコウイルス科、パルボウイルス科、ヘパドナウイルス科、レトロウイルス科、シクトウイルス科（ｃｙｃｔｏｖｉｒｉｄａｅ）、ビルナウイルス科、パラミクソウイルス科、ラブドウイルス科、フィロウイルス科、オルトミクソウイルス科、ブニヤウイルス科、アレナウイルス科、レビウイルス科、ピコルナウイルス科、セキウイルス科、コモウイルス科、ポティウイルス科、カリシウイルス科、アストロウイルス科、ノダウイルス科、テトラウイルス科、トムバスウイルス科、コロナウイルス科、グラビウイルス科、トガウイルス科、及びバルナウイルス科のメンバーである腫瘍溶解性ウイルスが挙げられる。免疫保護されたウイルス、ならびにこれらの腫瘍溶解性ウイルス及び他の腫瘍溶解性ウイルスの再集合または組換えウイルスも、提供される方法に含まれる。したがって、提供される方法で使用される腫瘍溶解性ウイルスは、例えば、レオウイルス、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）、小胞性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、パラポックスｏｒｆウイルス、シンドビスウイルス、及び単純ヘルペスウイルスからなる群から選択される。さらに、少なくとも２つの腫瘍溶解性ウイルスの組み合わせを使用して、提供された方法を実施することもできる。以下にいくつかの腫瘍溶解性ウイルスについて述べるが、当業者であれば、本明細書の開示及び当該技術分野で利用可能な知識に従うことで他の腫瘍溶解性ウイルスを使用して本発明の方法を実施することもできる。

ウイルスが細胞に侵入すると、二本鎖ＲＮＡキナーゼ（ＰＫＲ）が活性化されることでタンパク質合成が阻害され、ウイルスはこの細胞内で複製できなくなる。一部のウイルスは、ＰＫＲを阻害し、ウイルスタンパク質の合成及びウイルスの複製を促進するシステムを発達させている。例えば、アデノウイルスは、低分子ＲＮＡであるＶＡ１ ＲＮＡを大量に生成する。ＶＡ１ ＲＮＡは広い二次構造を有し、通常ＰＫＲを活性化する二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）と競合してＰＫＲと結合する。ＰＫＲの活性化には最小長のｄｓＲＮＡが必要とされるため、ＶＡ１ ＲＮＡはＰＫＲを活性化しない。代わりに、ＶＡ１ ＲＮＡは大量に存在するためにＰＫＲを隔離する。その結果、タンパク質合成は阻害されず、アデノウイルスは細胞内で複製することができる。したがって、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、単純ヘルペスウイルス、またはパラポックスウイルスｏｒｆウイルスのＰＫＲ阻害物質がＰＫＲ機能をそれ以上阻害しないように変異する場合、生じるウイルスは、ＰＫＲによるタンパク質合成阻害のために正常細胞に感染することはないが、ＰＫＲ活性を欠くがん細胞内では複製する。場合により、腫瘍溶解性ウイルスは、ＶＡ１領域が変異したアデノウイルス、Ｋ３Ｌ及び／またはＥ３Ｌ領域が変異したワクシニアウイルス、チミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子が変異したワクシニアウイルス、ワクシニア増殖因子（ＶＧＦ）遺伝子が変異したワクシニアウイルス、γ１３４．５遺伝子が変異したヘルペスウイルス、ＯＶ２０．０Ｌ遺伝子が変異したパラポックスウイルスｏｒｆウイルス、またはＮＳ－１遺伝子が変異したインフルエンザウイルスである。

ウイルスのチミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子が変異したワクシニアウイルスは、ＤＮＡ複製に必要なヌクレオチドを作ることができない。正常な細胞では、細胞のＴＫレベルは通常非常に低く、ウイルスは複製できない。腫瘍では、腫瘍抑制因子Ｒｂの喪失またはサイクリン活性の増加が、Ｅ２Ｆ経路の活性化及び高レベルのＴＫ発現をもたらす。そのため、がん細胞は高いＴＫレベルを有し、変異したワクシニアウイルスは複製して広がることができる。

ワクシニア増殖因子（ＶＧＦ）遺伝子は、哺乳類の上皮増殖因子（ＥＧＦ）のホモログであり、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）と結合してこれを活性化することができる。ＶＧＦ遺伝子が変異したワクシニアウイルスの増殖は、一般にがんで変異しているＥＧＦ経路が活性化した細胞に限定される。

ウイルスは、ウイルスＰＫＲ阻害剤の既知の構造と機能の関係に従って改変または変異させることができる。例えば、Ｅ３タンパク質のアミノ末端領域はＰＫＲのカルボキシ末端領域ドメインと相互作用するため、カルボキシ末端領域ドメインの欠失または点突然変異は抗ＰＫＲ機能を妨げる（Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ８９：４８２５－４８２９（１９９２）；Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １９４：５３７－５４７（１９９３）；Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６９：６６０５－６６０８（１９９５）；Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌ．２５０：３０１－３１５（１９９８）；及びＲｏｍａｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．ａｎｄ Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏ．１８：７３０４－７３１６（１９９８））。ワクシニアウイルスのＫ３Ｌ遺伝子は、ＰＫＲの偽基質であるｐＫ３をコードしている。ｅＩＦ－２の残基７９～８３に相同であるＫ３Ｌタンパク質のＣ末端部分内のトランケーションまたは点突然変異は、ＰＫＲ阻害活性を無効化する（Ｋａｗａｇｉｓｈｉ－Ｋｏｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌｏｇｙ １７：４１４６－４１５８（１９９７））。

別の例は、Ｅ１Ａ領域に２４塩基対の欠失を有する変異型アデノウイルスであるデルタ２４ウイルスである（Ｆｕｅｙｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １９（１）：２－１２（２０００））。この領域は、細胞腫瘍抑制因子Ｒｂと結合してＲｂの機能を阻害する役割を果たし、それによって細胞増殖機構、ひいてはウイルス複製が制御されない形で進行することを可能とする。デルタ２４はＲｂ結合領域に欠失があるため、Ｒｂに結合しない。したがって、この変異ウイルスの複製は、正常細胞ではＲｂによって阻害される。しかしながら、Ｒｂが不活性化され、細胞が腫瘍性になると、デルタ２４は阻害されなくなる。代わりに、変異ウイルスは効率的に複製し、Ｒｂ欠損細胞を溶解する。

さらに、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）は腫瘍細胞を選択的に殺滅する。リボヌクレオチドレダクターゼ発現が欠損した単純ヘルペスウイルス１（ＨＳＶ－１）変異体ｈｒＲ３は、結腸癌細胞で複製するが、正常な肝細胞では複製しない（Ｙｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ．１４：３０１－３１１（２０００））。ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）は悪性細胞で選択的に複製し、最も一般的に使用される株は７３－Ｔである（Ｒｅｉｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｓｕｒｇｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：４４８－４５３（１９９２）；Ｚｏｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ ９（３）：２２－２３５（１９９４）；Ｂａｒ－Ｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１２２：４０９－４１５（１９９６））。ワクシニアウイルスは、いくつかの悪性腫瘍細胞株で増殖する。脳炎ウイルスは、マウス肉腫腫瘍に腫瘍溶解効果を有するが、正常細胞での感染力を低下させるためには弱毒化が必要な場合がある。帯状疱疹、肝炎ウイルス、インフルエンザ、水痘、及びはしかウイルスに感染した腫瘍患者で腫瘍の退縮が報告されている（レビューについては、Ｎｅｍｕｎａｉｔｉｓ，Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｎｅｗ Ｄｒｕｇｓ １７：３７５－３８６（１９９９）を参照）。

場合により、腫瘍溶解性ウイルスは、レオウイルスシグマ１タンパク質を含む改変された非レオウイルスウイルスであり、レオウイルスシグマ１タンパク質は、非レオウイルスウイルスの天然付着タンパク質を置換し、改変ウイルスは、非レオウイルスウイルスの天然の付着タンパク質のいずれの部分も含まない。この改変された非レオウイルスウイルスでは、レオウイルスシグマ１タンパク質は、腫瘍へのインビボでの送達中、例えば全身送達中にウイルスを中和抗体から保護する担体細胞に付着する。非レオウイルスウイルスは、これらに限定されるものではないが、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、単純ヘルペスウイルス、シンドビスウイルス、またはパラポックスウイルスであってよい。場合により、非レオウイルスウイルスの天然の付着タンパク質の完全長配列はレオウイルスシグマ１タンパク質に置き換えられる。ウイルスの天然付着タンパク質のレオウイルスシグマ１タンパク質への置換は、ウイルスがインビボ送達中に中和抗体からウイルスを保護する担体細胞に付着することを可能とする。レオウイルスシグマ１タンパク質については、例えば、参照によって本明細書にその全容を援用するＷＯ２００８／１１００４に記載されている。

場合により、腫瘍溶解性ウイルスはレオウイルスである。レオウイルスとは、天然に存在するか、改変されているか、または組換え体であるかにかかわらず、レオウイルス属に分類される任意のウイルスを指す。レオウイルスは、二本鎖のセグメント化されたＲＮＡゲノムを有するウイルスである。ビリオンの直径は６０～８０ｎｍであり、それぞれが二十面体である２つの同心状のカプシドシェルを有している。ゲノムは、合計ゲノムサイズが１６～２７ｋｂｐである１０～１２個の個別のセグメントの二本鎖ＲＮＡで構成されている。個々のＲＮＡセグメントはサイズが異なる。３つの異なるが関連するタイプのレオウイルスが多くの生物種から回収されている。したがって、レオウイルスは、哺乳動物レオウイルスまたはヒトレオウイルスであってよい。３つのタイプはすべて、共通の補体結合抗原を共有している。

ヒトレオウイルスには、１型（Ｌａｎｇ株またはＴ１Ｌ）、２型（Ｊｏｎｅｓ株、Ｔ２Ｊ）、及び３型（Ｄｅａｒｉｎｇ株またはＡｂｎｅｙ株、Ｔ３Ｄ）の３つの血清型が含まれる。３つの血清型は、中和及びヘマグルチニン阻害アッセイに基づいて容易に識別することができる。本開示によるレオウイルスは、３型哺乳動物オルソレオウイルスであってよい。３型哺乳動物オルソレオウイルスには、これらに限定されるものではないが、Ｄｅａｒｉｎｇ株とＡｂｎｅｙ株（それぞれＴ３ＤまたはＴ３Ａ）が含まれる。例えば、ＡＴＣＣアクセッション番号ＶＲ－２３２及びＶＲ－８２４を参照されたい。例えば、参照により本明細書にその全容を援用する米国特許第６，１１０，４６１号、同第６，１３６，３０７号、同第６，２６１，５５５号、同第６，３４４，１９５号、同第６，５７６，２３４号、及び同第６，８１１，７７５号を参照されたい。

場合により、提供される方法には、変異を有するレオウイルスの使用が含まれる。例えば、本明細書に記載の変異レオウイルスは、参照によって本明細書にその全容を援用する米国公開第２００８／０２９２５９４号に記載されるようなシグマ３ポリペプチドの発現を低減もしくは本質的に消失させるか、または機能的なシグマ３ポリペプチドの欠失をもたらす変異を含むことができる。シグマ３ポリペプチドの発現を消失させるかまたは機能的なシグマ３ポリペプチドの欠失をもたらす変異は、シグマ３ポリペプチドをコードする核酸（すなわちＳ４遺伝子）内、またはシグマ３ポリペプチドの発現もしくは機能を調節するポリペプチドをコードする核酸内にあってよい。

本明細書で使用される場合、シグマ３ポリペプチドの発現を減少させる突然変異とは、野生型のシグマ３ポリペプチドのレベルを発現するレオウイルスと比較して、少なくとも３０％（例えば、少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％）のシグマ３ポリペプチドの量の減少をもたらす変異を指す。本明細書で使用する場合、シグマ３ポリペプチドの発現を本質的に消失させる変異とは、野生型レオウイルスが産生するシグマ３ポリペプチドの量に対して、少なくとも９５％（例えば、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）のシグマ３ポリペプチドの量の減少をもたらす変異を指す。本明細書で使用する場合、機能的なシグマ３ポリペプチドの減少または消失をもたらす変異とは、シグマ３ポリペプチドの発現は可能とするが、ウイルスカプシドに集合または組み込むことができないシグマ３ポリペプチドを生じる変異を指す。変異レオウイルスが増殖する能力を維持するには、シグマ３ポリペプチドが他の機能（例えば、ＲＮＡに結合する能力）を維持することが望ましい、または必要となり得る点は理解されよう。

本明細書に記載されるシグマ３ポリペプチドの変異は、変異を含まないシグマ３ポリペプチド（例えば、野生型シグマ３ポリペプチド）と比較して減少したレベルでカプシドに組み込まれるシグマ３ポリペプチドを生じることができる。本明細書に記載されるシグマ３ポリペプチドの変異はまた、ウイルスカプシドに組み込まれ得ないシグマ３ポリペプチドを生じることもできる。任意の特定の機構に束縛されるものではないが、シグマ３ポリペプチドは、例えば、シグマ３ポリペプチドとミュー１ポリペプチドが適切に結合できないことにより、またはシグマ３ポリペプチドのカプシドへの組み込みを低減もしくは阻止するコンフォメーション変化により、機能が低下するかまたは機能を喪失する可能性がある。

シグマ３ポリペプチドの発現を無効化するかもしくは減少させる、または機能不全もしくは機能低下したシグマ３ポリペプチドを生じる変異に加えて、本明細書に記載される変異レオウイルスは、他のレオウイルスカプシドポリペプチド（例えば、ミュー１、ラムダ２、及び／またはシグマ１）の１つに１つ以上のさらなる変異（例えば、第２、第３、または第４の変異）を有することができる。シグマ３ポリペプチドに影響を与える変異、及び場合により、他の外側カプシドタンパク質のいずれかまたはすべてにさらなる変異を含むレオウイルスは、そのような変異レオウイルスが細胞に感染して細胞の溶解を引き起こす能力についてスクリーニングすることができる。例えば、野生型レオウイルスによる溶解に耐性のある腫瘍性細胞を使用して、本明細書に記載の効果的な変異レオウイルスをスクリーニングすることができる。

例えば、さらなる突然変異によって、ミュー１ポリペプチドの発現を低減または本質的に消失させるか、または機能的なミュー１ポリペプチドの欠失をもたらすことができる。Ｍ２遺伝子によってコードされるミュー１ポリペプチドは、細胞透過に関与していると考えられ、転写酵素の活性化に役割を担っていると考えられる。各ビリオンには、約６００コピーのミュー１ポリペプチドが含まれ、これはシグマ３ポリペプチドとの１：１の複合体の形で存在する。ミュー１ポリペプチドはそのＮ末端がミリストイル化された後、ミリストイル化されたＮ末端の４２残基が切断され、Ｃ末端フラグメント（ミュー１Ｃ）を生じる。上記に加えて、または上記に代えて、さらなる変異によって、ラムダ２ポリペプチドの発現を低減もしくは本質的に消失させるかまたは機能的なラムダ２ポリペプチドの欠失をもたらすことができ、及び／またはさらなる突然変異によって、シグマ１ポリペプチドの発現を低減または本質的に消失させるかまたは機能的なシグマ１ポリペプチドの欠失をもたらすことができる。ラムダ２ポリペプチドはＬ２遺伝子によってコードされ、粒子の集合に関与し、グアニリルトランスフェラーゼ及びメチルトランスフェラーゼ活性を示す。シグマ１ポリペプチドはＳ１遺伝子によってコードされ、細胞の付着に関与し、ウイルスのヘマグルチニンとして機能する。

場合により、レオウイルスは、１つ以上のアミノ酸改変を有するラムダ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するシグマ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー１ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー２ポリペプチド、またはそれらの任意の組み合わせを有する。例えば、参照によって本明細書にその全容を援用する米国第１２／０４６，０９５号に記載されるように、レオウイルスは、１つ以上のアミノ酸改変を有するラムダ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するシグマ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー１ポリペプチド、及び／または１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー２ポリペプチドを有する。例として、ラムダ３ポリペプチドの１つ以上のアミノ酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２４７３４．１（配列番号２３）に対して番号付けした場合に、残基２１４のＶａｌ、残基２６７のＡｌａ、残基５５７のＴｈｒ、残基７５５のＬｙｓ、残基７５６のＭｅｔ、残基９２６のＰｒｏ、残基９６３のＰｒｏ、残基９７９のＬｅｕ、残基１０４５のＡｒｇ、残基１０７１のＶａｌ、またはそれらの任意の組み合わせである。アミノ酸配列の残基２１４がＶａｌまたは残基１０７１がＶａｌである場合、このアミノ酸配列は、アミノ酸配列内に少なくとも１つのさらなる変更をさらに含む点に留意されたい。場合により、ラムダ３ポリペプチドは、配列番号１９に示される配列を含む。さらに例として、シグマ３ポリペプチドの１つ以上のアミノ酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｋ０２７３９（配列番号２５）に対して番号付けした場合に残基１４のＬｅｕ、残基１９８のＬｙｓ、またはそれらの任意の組み合わせである。アミノ酸配列の残基１４がＬｅｕである場合、このアミノ酸配列は、アミノ酸配列内に少なくとも１つのさらなる変更をさらに含む点に留意されたい。場合により、シグマ３ポリペプチドは、配列番号１５に示される配列を含む。さらに例として、ミュー１ポリペプチドの１つ以上のアミノ酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２０１６１．１（配列番号２７）に対して番号付けした場合に残基７３のＡｓｐである。場合により、ミュー１ポリペプチドは、配列番号１７に示される配列を含む。さらに例として、ミュー１ポリペプチドのアミノ酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ４６１６８４．１（配列番号２９）に対して番号付けした場合に、残基５２８のＳｅｒである。場合により、ミュー１ポリペプチドは、配列番号１７に示される配列を含む。１つ以上の改変を有する本明細書に記載のレオウイルスは、レオウイルスシグマ２ポリペプチドをさらに含むことができる。そのようなシグマ２ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿６９４６８４．１（配列番号３０）に対して番号付けした場合に、７０、１２７、１９５、２４１、２５５、２９４、２９６、または３４０位のうちの１つ以上にＣｙｓを有する。場合により、シグマ２ポリペプチドは、配列番号１２に示される配列を含む。

場合により、レオウイルスは、１つ以上の核酸改変を含むＬ１ゲノムセグメント、１つ以上の核酸改変を含むＳ４ゲノムセグメント、１つ以上の核酸改変を含むＭ１ゲノムセグメント、１つ以上の核酸改変を含むＭ２ゲノムセグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む。場合により、参照によって本明細書にその全容を援用するＷＯ２００８／１１０００４に記載されるように、レオウイルスは、１つ以上の核酸改変を有するＬ１ゲノムセグメント、１つ以上の核酸改変を有するＳ４ゲノムセグメント、１つ以上の核酸改変を有するＭ１ゲノムセグメント、及び／または１つ以上の核酸改変を含むＭ２ゲノムセグメントを含む。例として、Ｌ１ゲノムセグメント内の１つ以上の核酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２４７３４．１（配列番号２２）に対して番号付けした場合に、６６０位のＴ、８１７位のＧ、１６８７位のＡ、２２８３位のＧ、２２８４～２２８６位のＡＴＧ、２７９４位のＣ、２９０５位のＣ、２９５３位のＣ、３１５３位のＡ、または３２３１位のＧである。場合により、Ｌ１ゲノムセグメントは、配列番号８に示される配列を含む。さらに例として、Ｓ４ゲノムセグメント内の１つ以上の核酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｋ０２７３９（配列番号２４）に対して番号付けした場合に、７４位のＡ及び６２４位のＡである。場合により、Ｓ４ゲノムセグメントは、配列番号４に示される配列を含む。さらに例として、Ｍ２ゲノムセグメント内の核酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２０１６１．１（配列番号２６）に対して番号付けした場合に２４８位のＣであってよい。Ｍ２ゲノムセグメントは、例えば配列番号６に示される配列を含む。やはり例として、Ｍ１ゲノムセグメント内の核酸改変は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ４６１６８４．１（配列番号２８）に対して番号付けした場合に１５９５位のＴである。場合により、Ｍ１ゲノムセグメントは配列番号５に示される配列を含む。本明細書に記載のレオウイルスは、本明細書に開示される任意の改変または改変の組み合わせを含むことができる。場合により、本明細書に記載のレオウイルスは、配列番号１～１０に示される配列を有するゲノムセグメント、または配列番号１１、１２、及び１６～２１、ならびに配列番号１３または１４の一方もしくは両方に示されるポリペプチドを含む。場合により、本明細書に開示されるレオウイルスは、カナダ国際寄託機関（ＩＤＡＣ、カナダ公衆衛生庁、国立微生物学研究所、１０１５ Ａｒｌｉｎｇｔｏｎ Ｓｔ．，Ｗｉｎｎｉｐｅｇ，Ｍａｎｉｔｏｂａ Ｃａｎａｄａ Ｒ３Ｅ ３Ｒ２）に２００７年９月１９日に寄託されたＩＤＡＣアクセッション番号１９０９０７－０１として識別される。

シンドビスウイルス（ＳＩＮ）を本明細書に記載の方法で使用することができる。シンドビスウイルスは、トガウイルス科のアルファウイルス属のメンバーである。シンドビスウイルスのゲノムは、１１７０３個のヌクレオチドからなる一本鎖ＲＮＡであり、５’末端がキャップされ、３’末端がポリアデニル化されている。ゲノムは、４９Ｓの非翻訳領域（ＵＴ）、非構造タンパク質ｎｓＰ１、ｎｓＰ２、ｎｓＰ３、及びｎｓＰ４と、それに続くプロモーターで構成されている。プロモーターの後には、２６ＳのＵＴ、構造タンパク質Ｃ、Ｅ３、Ｅ２、６Ｋ、及びＥ１が続き、最後に３’ＵＴとポリアデニル化末端が続く。ゲノムの４９ＳＲＮＡはプラスセンスであり、感染性があり、感染細胞のｍＲＮＡとして機能する。

シンドビスベクターはインビボで全身性かつ特異的に転移腫瘍に感染／検出して殺滅し、腫瘍増殖及び高い生存率を有意に抑制する（Ｈｕｒｔａｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｊｕｖｅｎａｔｉｏｎ Ｒｅｓ．９（１）：３６－４４（２００６））。シンドビスウイルスは、正常細胞に対して腫瘍細胞で上昇しているＭｒ６７，０００ラミニン受容体を利用して哺乳類細胞に感染する。ラミニン受容体の腫瘍での過剰発現は、シンドビスベクターがインビボで腫瘍細胞に対して示す特異性及び有効性を説明することができる。シンドビスは、がん細胞を標的とするための遺伝子操作を行う必要はなく、腫瘍に直接注射する必要もない。シンドビスは、対象のどこに注射しても血流によって標的区域へと移動する（Ｔｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６４（１８）：６６８４－９２（２００４））。シンドビスは、ウイルスに対する免疫応答を抑制する１つ以上の遺伝子、及び／または例えばインターロイキン１２及びインターロイキン１５遺伝子のような抗腫瘍サイトカイン遺伝子などの腫瘍に対する免疫応答を刺激する遺伝子を有するように遺伝子操作することもできる。

ウイルスは、腫瘍性細胞に投与する前に、化学的または生化学的に前処理することができる（例えば、キモトリプシンまたはトリプシンなどのプロテアーゼによる処理により）。プロテアーゼによる前処理は、ウイルスの外皮またはカプシドを除去してウイルスの感染力を高めることができる。ウイルスは、ウイルスに対する免疫を発達させた哺乳動物からの免疫応答を減少または防止するためにリポソームまたはミセルでコーティングすることができる（Ｃｈａｎｄｒａｎ ａｎｄ Ｎｉｂｅｒｔ，Ｊ．ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７２（１）：４６７－７５（１９９８））。例えば、ビリオンを、ミセル形成濃度のアルキルサルフェート界面活性剤の存在下でキモトリプシンで処理することで新たな感染性サブビリオン粒子を生成することができる。腫瘍溶解性ウイルスは、再集合ウイルスまたはＩＳＶＰであってもよい。

腫瘍溶解性ウイルスは、組換え腫瘍溶解性ウイルスであってもよい。例えば、組換え腫瘍溶解性ウイルスは、本明細書では再集合体とも呼ばれる、２種以上の遺伝子的に異なる腫瘍溶解性ウイルスからのゲノムセグメントの再集合により生じる。腫瘍溶解性ウイルスのゲノムセグメントの再集合は、少なくとも２種の遺伝子的に異なる腫瘍溶解性ウイルスによる宿主生物の感染後に生じ得る。組換えウイルスはまた、例えば、遺伝子的に異なる腫瘍溶解性ウイルスによる許容宿主細胞の同時感染によって、細胞培養で生成することもできる。場合により、方法は、２種以上の遺伝子的に異なる腫瘍溶解性ウイルスからのゲノムセグメントの再集合から生じる組換え腫瘍溶解性ウイルスの使用を含み、少なくとも１つの親ウイルスは、遺伝子操作されるか、１つ以上の化学的に合成されたゲノムセグメントを含むか、化学的もしくは物理的変異原で処理されているか、またはそれ自体が組換えイベントの結果生じたものである。場合により、方法は、硫酸ジメチル及び臭化エチジウムを含むがこれらに限定されない化学的変異原、または紫外線及び他の形態の放射線を含むがこれらに限定されない物理的変異原の存在下で組換えを起こした組換え腫瘍溶解性ウイルスの使用を含む。

場合により、方法は、１つ以上のゲノムセグメントにおける挿入、置換、欠失または重複を含む変異を有する腫瘍溶解性ウイルスの使用を含む。そのような変異は、宿主細胞ゲノムとの組換えの結果としてのさらなる遺伝情報を含むことができ、または、例えば、抗ウイルス免疫応答を抑制する薬剤をコードする遺伝子などの合成遺伝子を含むことができる。

場合により、腫瘍溶解性ウイルスは、変異腫瘍溶解性ウイルスである。例えば、腫瘍溶解性ウイルスは、例えば、ビリオン外殻カプシドへの変異コートタンパク質の組み込みによって改変することができる。変異腫瘍溶解性ウイルスは、場合により、変異レオウイルスである。明細書に記載の変異レオウイルスは、参照によって本明細書にその全容を援用する米国公開第２００８／０２９２５９４号に記載されるようなシグマ３ポリペプチドの発現を低減もしくは本質的に消失させるか、または機能的なシグマ３ポリペプチドの欠失をもたらす変異を含むことができる。場合により、提供される方法で使用される変異レオウイルスは、参照によって本明細書にその全容を援用する米国特許第７，８０３，３８５号に記載されるように変異される。

本明細書で言うところの突然変異は、１つ以上のヌクレオチドの置換、挿入または欠失であってよい。点突然変異には、例えば、単一ヌクレオチドの転位（プリンからプリン、またはピリミジンからピリミジン）または転換（プリンからピリミジン、またはその逆）、及び単一または複数のヌクレオチドの欠失もしくは挿入が含まれる。核酸内の変異は、コードされたポリペプチド内の１つ以上の保存的または非保存的アミノ酸置換を生じ得るが、これは、コンフォメーション変化または機能の喪失もしくは部分的喪失、その点からコードされた完全に異なるポリペプチドを生じる、翻訳のリーディングフレームのシフト（フレームシフト）、短縮されたポリペプチドを生じる未成熟終止コドン（トランケーション）を生じる場合もあり、またはウイルス核酸内の変異は、コードされたポリペプチドをまったく変化させない場合もある（サイレントまたはナンセンス）。保存的及び非保存的アミノ酸置換に関する開示については、例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｏｖｅｒｉｎｇｔｏｎ，１９９３，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３３：７１６－３８；Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５－１９；及び米国特許第４，５５４，１０１号明細書を参照されたい。

当該技術分野では周知の任意の数の方法を使用して、腫瘍溶解性ウイルスの核酸に変異を生じることができる。例えば、部位特異的変異誘発を用いてレオウイルスの核酸配列を改変することができる。部位特異的変異誘発の最も一般的な方法の１つは、オリゴヌクレオチド特異的変異誘発である。オリゴヌクレオチド特異的変異誘発では、所望の変化（複数可）を順番にコードするオリゴヌクレオチドが、対象とするＤＮＡの１つの鎖にアニーリングされて、ＤＮＡ合成を開始するためのプライマーとして機能する。このようにして、配列変化を含むオリゴヌクレオチドが、新たに合成される鎖に組み込まれる。例えば、Ｋｕｎｋｅｌ，１９８５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：４８８；Ｋｕｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５４：３６７；Ｌｅｗｉｓ ａｎｄ Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，１９９０，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：３４３９；Ｂｏｈｎｓａｃｋ，１９９６，Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５７：１；Ｄｅｎｇ ａｎｄ Ｎｉｃｋｏｌｏｆｆ，１９９２，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２００：８１；及びＳｈｉｍａｄａ，１９９６，Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５７：１５７を参照。他の方法も、タンパク質またはポリペプチドの配列を改変するために当該技術分野で日常的に使用されている。例えば、変異を含む核酸は、ＰＣＲまたは化学合成を使用して生成することができ、またはアミノ酸配列に所望の変化を有するポリペプチドを化学的に合成することもできる。例えば、Ｂａｎｇ ａｎｄ Ｋｅｎｔ，２００５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：５０１４－９及びその中の文献を参照されたい。

ウイルスは、標準的な方法を使用して精製することができる。例えば、参照によって本明細書にその全容を援用するところのＳｃｈｉｆｆ ｅｔ ａｌ．，“Ｏｒｔｈｏｒｅｏｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，”Ｃｈ ５２，ｉｎ Ｆｉｅｌｄｓ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｋｎｉｐｅ ａｎｄ Ｈｏｗｌｅｙ，ｅｄｓ．，２００６，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，１９６９，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３９（４）：７９１－８１０；ならびに米国特許第７，１８６，５４２号、同第７，０４９，１２７号、同第６，８０８，９１６号、及び同第６，５２８，３０５号を参照されたい。本明細書で使用する場合、精製ウイルスとは、ウイルスに天然で付随する細胞成分から分離されたウイルスを指す。通常、ウイルスは、乾燥重量で少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％）が、天然で付随しているタンパク質及び他の細胞成分を含まない場合に精製されたとみなされる。

提供される方法は、対象に１つ以上のさらなる薬剤を投与することを含む。場合により、さらなる薬剤は化学療法剤である。場合により、さらなる薬剤はがん免疫療法剤である。化学療法剤には、これらに限定されるものではないが、アルキル化剤、アントラサイクリン、タキサン、エポチロン、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、トポイソメラーゼＩの阻害剤、トポイソメラーゼＩＩの阻害剤、キナーゼ阻害剤、モノクローナル抗体、ヌクレオチド類似体及び前駆体類似体、ペプチド抗生物質、白金系化合物、レチノイド、及びビンカアルカロイド及び誘導体が含まれる。がん免疫療法で使用される薬剤は、免疫系を刺激して、対象の免疫系ががんと戦うことを助ける薬剤である。がん免疫療法剤としては、樹状細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞などの細胞、サイトカイン、及び抗体が挙げられる。場合により、がん免疫療法剤は免疫チェックポイント阻害剤である。場合により、免疫チェックポイント阻害剤は抗体である。全体を通じて述べるように、さらなる薬剤、例えば、化学療法剤またはがん免疫療法剤の投与は、対象への複数のさらなる薬剤の投与、すなわち、さらなる薬剤の組み合わせの投与を含み得る。

本明細書で使用する場合、免疫チェックポイント阻害剤とは、免疫阻害チェックポイントタンパク質を阻害する任意の化合物を指す。阻害は、タンパク質の機能の低下または機能の完全な阻止であり得る。場合により、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質を特異的に認識する抗体であり得る。免疫チェックポイント阻害剤は周知のものであり、ペプチド、抗体、核酸分子及び小分子が含まれる。免疫チェックポイントとは、シグナルを増強する（刺激性チェックポイント分子）か、またはシグナルを減少させる（抑制性チェックポイント分子）、Ｔ細胞によって発現される分子を指す。免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ－４及びＰＤ－１依存性経路と同様の免疫チェックポイント経路を構成することが知られている（例えば、Ｐａｒｄｏｌｌ，２０１２ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ １２：２５２－２６４；Ｍｅｌｌｍａｎ ｅｔ ａｌ，２０１１．Ｎａｔｕｒｅ ４８０：４８０－４８９を参照）。阻害チェックポイント分子の例としては、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２７７、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３、及びＶＩＳＴＡが挙げられる。

抗ＣＴＬＡ－４抗体の例は、米国特許第５，８１１，０９７号、同第５，８１１，０９７号、同第５，８５５，８８７号、同第６，０５１，２２７号、同第６，２０７，１５７号、同第６，６８２，７３６号、同第６，９８４，７２０号、及び同第７，６０５，２３８号に記載されている。例えば、ＣＴＬＡ－４抗体には、トレメリムマブ（チシリムマブ、ＣＰ－６７５２０６）及びイピリムマブ（１０Ｄ１、ＭＤＸ－Ｄ０１０としても知られる）が含まれる。

ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１抗体の例は、米国特許第７，４８８，８０２号、同第７，９４３，７４３号、同第８，００８，４４９号、同第８，１６８，７５７号、同第８，２１７，１４９号、ならびにＰＣＴ特許出願公開第ＷＯ０３０４２４０２号、同第ＷＯ２００８１５６７１２号、同第ＷＯ２０１００８９４１１号、同第ＷＯ２０１００３６９５９号、同第ＷＯ２０１１０６６３４２号、同第ＷＯ２０１１１５９８７７号、同第ＷＯ２０１１０８２４００号、及び同第ＷＯ２０１１１６１６９９号に記載されている。ＰＤ－１阻害剤には、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び抗ＰＤ－１抗体が含まれる。ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１阻害剤の例としては、ニボルマブ（ＭＤＸ１１０６、ＢＭＳ９３６５５８、ＯＮＯ４５３８）、ラムブロリズマブ（ＭＫ－３４７５またはＳＣＨ９００４７５）、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びセミプリマブが挙げられる。

他の免疫チェックポイント阻害剤としては、可溶性Ｉｇ融合タンパク質であるＩＭＰ３２１などのリンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ－３）阻害剤が挙げられる（Ｂｒｉｇｎｏｎｅ ｅｔ ａｌ，２００７，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７９：４２０２－４２１１）。免疫チェックポイント阻害剤としては、Ｂ７－Ｈ３及びＢ７－Ｈ４阻害剤などのＢ７阻害剤が挙げられる。Ｂ７阻害剤として、抗Ｂ７－Ｈ３抗体ＭＧＡ２７１が挙げられる（Ｌｏｏ ｅｔ ａｌ，２０１２，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｊｕｌｙ １５（１８）３８３４）。

場合により、免疫チェックポイント阻害剤はＩＤＯ阻害剤である。ＩＤＯ阻害剤の例は、ＷＯ２０１４１５０６７７に記載されている。ＩＤＯ阻害剤の例としては、１－メチル－トリプトファン（ＩＭＴ）、β－（３－ベンゾフラニル）－アラニン、β－（３－ベンゾ（ｂ）チエニル）－アラニン）、６－ニトロ－トリプトファン、６－フルオロ－トリプトファン、４－メチル－トリプトファン、５－メチルトリプトファン、６－メチル－トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－ヒドロキシ－トリプトファン、インドール３－カルビノール、３，３’－ジインドリルメタン、エピガロカテキンガレート、５－Ｂｒ－４－Ｃｌ－インドキシル １，３－ジアセテート、９－ビニルカルバゾール、アセメタシン、５－ブロモ－トリプトファン、５－ブロモインドキシルジアセテート、３－アミノ－ナフト酸、ピロリジンジチオカルバメート、４－フェニルイミダゾール、ブラシニン誘導体、チオヒダントイン誘導体、β－カルボリン誘導体またはブラジレキシン誘導体が挙げられる。場合により、ＩＤＯ阻害剤は、１－メチル－トリプトファン、β－（３－ベンゾフラニル）－アラニン、６－ニトロ－Ｌ－トリプトファン、３－アミノ－ナフトエ酸、及びβ－［３－ベンゾ（ｂ）チエニル］－アラニン、またはそれらの誘導体もしくはプロドラッグから選択される。

アルキル化剤の例としては、これらに限定されるものではないが、ナイトロジェンマスタード、ニトロソウレア、テトラジン、アジリジン、シスプラチン及び誘導体、ならびに非古典的アルキル化剤が含まれる。アルキル化剤の具体例としては、これらに限定されるものではないが、メクロレタミン、シクロホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、イフォスファミド、ブスルファン、Ｎ－ニトロソ－Ｎ－メチル尿素（ＭＮＵ）、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（ＭｅＣＣＮＵ）、フォテムスチン、ストレプトゾトシン、ダカルバジン、ミトゾロミド、テモゾロミド、チオテパ、ミトマイシン、ジアジクオン、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、プロカルバジン及びヘキサメチルメラミンが挙げられる。

他の例示的な化学療法剤としては、これらに限定されるものではないが、５－フルオロウラシル、マイトマイシンＣ、メトトレキサート、ヒドロキシ尿素、ミトキサントロン、アントラサイクリン（例えば、エピルビシン及びドキソルビシン）、受容体に対する抗体（例えば、ハーセプチン、エトポシド、プレグナソーム）、ホルモン療法（例えば、タモキシフェン及び抗エストロゲン）、インターフェロン、アロマターゼ阻害剤、プロゲステロン剤、及びＬＨＲＨ類似体が挙げられる。適当なアロマターゼ阻害剤としては、これらに限定されるものではないが、レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン、ボロゾール、フォルメスタン、ファドロゾール、テストラクトン、アミノグルテチミド、１，４，６－アンドロスタトリエン－３，１７－ジオン、及び４－アンドロステン－３，６，１７－トリオンが挙げられる。

本明細書は、１つ以上の腫瘍溶解性ウイルスを含む医薬組成物を提供する。本明細書は、１つ以上の化学療法剤を含む医薬組成物も提供する。場合により、医薬組成物は、１つ以上の腫瘍溶解性ウイルスと１つ以上の化学療法剤とを含む。したがって、提供される組成物は、単一の薬剤または複数の薬剤を含むことができる。

本明細書で提供される組成物は、薬学的に許容される担体中でインビトロまたはインビボで投与される。薬学的に許容される担体は、レオウイルスのビヒクル、担体、または培地として機能することができる固体、半固体、または液体の材料であり得る。したがって、腫瘍溶解性ウイルス及び／または１つ以上の提供される薬剤を含有する組成物は、錠剤、丸剤、散剤、ロゼンジ、サシェ剤、エリキシル剤、懸濁液、エマルション、溶液、シロップ剤、エアロゾル（固体としてまたは液体媒体中）、例えば１０重量％以下の活性化合物を含む軟膏、ソフト及びハードゼラチンカプセル、坐剤、滅菌注射用溶液、及び滅菌封入粉末剤の形態とすることができる。

場合により、腫瘍溶解性ウイルスを含有する組成物は、注入に適している。静脈内注入の場合、一般的に使用される液体には、晶質液及びコロイドの２種類がある。晶質液は、ミネラル塩または他の水溶性分子の水溶液である。コロイドはゼラチンなどのより大きな不溶性分子を含む。血液はそれ自体コロイドである。最も一般的に使用される晶質液は、通常の生理食塩水であり、血中濃度に近い（等張）濃度０．９％の塩化ナトリウム溶液である。乳酸リンゲル液または酢酸リンゲル液は、大量の補液によく使用される別の等張液である。しばしばＤ５Ｗとも呼ばれるデキストロースの５％水溶液は、患者が低血糖または高ナトリウムを有するリスクがある場合にしばしば代わりに使用される。

適当な担体のいくつかの例としては、リン酸緩衝生理食塩水または別の生理学的に許容される緩衝溶液、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アラビアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、滅菌水、シロップ剤、及びメチルセルロースが挙げられる。医薬組成物はさらに、例えば、タルク、ステアリン酸マグネシウム、及び鉱油などの潤滑剤、湿潤剤、乳化及び懸濁化剤、例えば、メチルベンゾエート及びプロピルヒドロキシベンゾエートなどの保存剤、甘味剤、ならびに着香剤を含むことができるが、これらに限定されない。医薬組成物は、当該技術分野では周知の手順を使用することにより、投与後の変異レオウイルスの迅速な放出、持続的な放出、または遅延した放出を与えるように配合することができる。以下に記載する代表的な製剤以外に医薬組成物で使用するための他の適当な製剤は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２２ｄ ｅｄｉｔｉｏｎ Ｌｏｙｄ Ｖ．Ａｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０１２）にみられる。錠剤などの固体組成物を調製するには、変異レオウイルスを医薬担体と混合して固体組成物を形成することができる。場合により、錠剤または丸剤は、コーティングまたは他の形で配合して、長期作用の利点を有する剤形を提供することができる。例えば、錠剤または丸剤は、内側投与成分及び外側投与成分を含めることができ、後者は前者を被覆するエンベロープの形態である。これら２つの成分は、胃での分解に耐えるように機能して、内側成分が完全な状態で十二指腸に入るかまたは遅延放出されることを可能にする腸溶層によって分離することができ、このような腸溶層またはコーティングには種々の材料を用いることができ、このような材料としては、多くのポリマー酸、及びポリマー酸とセラック、セチルアルコール、及び酢酸セルロースなどの材料との混合物が挙げられる。

経口投与用または注射用のレオウイルス及び／または薬剤を含む液体製剤には一般的に、水溶液、好ましく風味付けされたシロップ、水性または油性懸濁液、及びコーン油、綿実油、ゴマ油、ココナッツ油、またはピーナッツ油などの食用油で風味付けされたエマルション、ならびにエリキシル剤及び同様の医薬用ビヒクルが含まれる。

吸入または吹送用の組成物には、薬学的に許容される水性もしくは有機溶媒、またはこれらの混合物中の溶液及び懸濁液、及び粉末が含まれる。これらの液体または固体組成物は、本明細書に記載されるような、適当な薬学的に許容される賦形剤を含むことができる。そのような組成物は、局所的または全身的な効果を得るために経口または経鼻呼吸経路によって投与することができる。薬学的に許容される溶媒中の組成物を、不活性ガスを用いて噴霧してもよい。噴霧された溶液は噴霧装置から直接吸入してもよいし、または噴霧装置をフェイスマスクテントまたは間欠的陽圧呼吸機に取り付けてもよい。溶液、懸濁液、または粉末の組成物は、適当な形で製剤を送達する装置から経口的または経鼻的に投与することができる。

本開示の方法で場合により用いられる別の製剤は、経皮送達装置（例えば、パッチ）を含む。そのような経皮パッチを使用することで、本明細書に記載されるウイルス及び薬剤の連続的または非連続的な注入を行うことができる。医薬品を送達するための経皮パッチの構成及び使用は当該技術分野では周知のものである。例えば、米国特許第特許第５，０２３，２５２号を参照されたい。そのようなパッチは、変異レオウイルスの継続的、パルス的、またはオンデマンドの送達用に構成することができる。

上記で述べたように、ウイルス及び／または他の薬剤は、必要に応じてリポソームまたはミセルでコーティングすることで、ウイルスまたは薬剤に対する免疫を発達させた哺乳動物における免疫応答を低減または防止することができる。このような組成物は、免疫保護されたウイルスまたは薬剤と呼ばれる。例えば、米国特許第６，５６５，８３１号、及び同第７，０１４，８４７号を参照されたい。

提供される方法において、腫瘍溶解性ウイルスは、最終的に標的腫瘍または腫瘍細胞に到達できるような形で例えば全身的に投与される。ウイルスが投与される経路、及び製剤、担体またはビヒクルは、標的細胞の場所及びタイプに応じて決められる。さまざまな投与経路を用いることができる。例えば、アクセス可能な固形腫瘍の場合、ウイルスは腫瘍に直接注射することによって投与することができる。例えば、造血器腫瘍の場合、例えば、ウイルスは静脈内または血管内に投与することができる。転移など、体内で容易にアクセスできない腫瘍の場合、ウイルスは、哺乳動物の体内を全身的に輸送され、それによって腫瘍に到達できるように（例えば、静脈内または筋肉内に）投与される。あるいは、ウイルスを単一の固形腫瘍に直接投与することもでき、そこでウイルスは体内を通じて転移へと運ばれる。ウイルスはまた、皮下、腹腔内、髄腔内または脳室内（例えば、脳腫瘍の場合）、局所（例えば、黒色腫の場合）、経口（例えば、口腔または食道癌の場合）、直腸（例えば、結腸直腸癌の場合）、膣内（例えば、子宮頸部または膣癌の場合）、経鼻的、吸入スプレーまたはエアロゾル製剤（例えば、肺癌の場合）により投与することもできる。

場合により、ウイルスは、最初のラウンドまたはその後のラウンドの治療の間の一定期間、少なくとも１日１回連続して、または連続した各日において１日を通じて断続的または連続して対象に投与される。したがって、ウイルスは、例えば、薬理学的に許容される任意の溶液中での静脈内投与によって、または一定期間にわたる注入として対象に投与される。例えば、物質は、注射（例えば、筋肉内または皮下）により全身投与するか、または少なくとも１日１回毎日経口で服用するか、または対象の組織または血流に毎日送達されるような形で注入により投与することができる。ウイルスが一定期間にわたって注入により投与される場合、その期間は、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、または２４時間、または１～２４時間の間の任意の時間、またはそれ以上の時間である。場合により、期間は、５、１５、３０、６０、９０、１２０、１５０または１８０分間、または５～１８０分の間の任意の時間、またはそれ以上である。したがって、例えば、ウイルスは、６０分間の注入により投与される。投与は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１４、２１、２８日間、または２～２８日の間、またはそれ以上の任意の日数の間、毎日繰り返すことができる。

本明細書に開示されるウイルスは、がんまたは増殖性疾患の治療を行ううえで十分な量（すなわち、有効量）で投与される。がんまたは増殖性疾患は、ウイルスを含む治療レジメンの増殖細胞への投与が疾患細胞の溶解（例えば、腫瘍溶解）を引き起こす場合に治療され、その結果、異常増殖細胞の数の減少、新生物のサイズの縮小、及び／または増殖性疾患に関連する症状（例えば、痛み）の軽減もしくは消失をもたらす。本明細書で使用する場合、腫瘍溶解という用語は、増殖細胞の少なくとも１０％（例えば、細胞の少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、または７５％が溶解する）が溶解されることを意味する。溶解の割合（％）は、例えば、新生物のサイズまたは哺乳動物内の増殖細胞の数の減少を測定することによって、または（例えば、増殖細胞からの生検から）細胞の溶解量をインビトロで測定することによって求めることができる。治療レジメンで使用されるウイルスの有効量は個人別に決定され、使用される特定のウイルス、個人のサイズ、年齢、性別、ならびに異常増殖細胞のサイズ及びその他の特性に少なくとも部分的に基づいたものとすることができる。例えば、ヒトの治療では、存在する増殖細胞または新生物の種類、サイズ及び数に応じて、約１０^３～１０^１２プラーク形成単位（ＰＦＵ）のウイルスが使用される。有効量は、例えば、約１．０ＰＦＵ／ｋｇ（体重）～約１０^１５ＰＦＵ／ｋｇ（体重）（例えば、約１０^２ＰＦＵ／ｋｇ（体重）～約１０^１３ＰＦＵ／ｋｇ（体重））とすることができる。場合により、有効量は、約１×１０^８～約１×１０^１２ＰＦＵまたはＴＣＩＤ５０である。場合により、有効量は、約３×１０^１０～約１×１０^１０ＴＣＩＤ５０である。

ウイルス及び治療薬の最適な投与量、ならびにウイルス及び薬剤を含む組成物及びキットは、さまざまな要因に応じて決められる。必要とされる正確な量は、対象の種、年齢、重量及び一般的状態、治療される疾患の重症度、特定のウイルス及びその投与方法に応じて対象ごとに異なる。したがって、すべての組成物またはキットについて正確な量を指定することは可能ではない。しかしながら、適当な量は、本明細書に提供される手引きを考慮することで当業者によって通常の実験のみを用いて決定することができる。

治療レジメンを投与するための有効な投与量及びスケジュールは、経験的に決定することができる。例えば、さまざまな増殖性疾患の動物モデルを、Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，６００ Ｍａｉｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍａｉｎｅ ０４６０９ ＵＳＡより得ることができる。直接的測定（例えば、腫瘍の組織学）及び機能的測定（例えば、対象の生存率または腫瘍のサイズ）の両方を用いて治療に対する反応を監視することができる。これらの方法は、集団を評価するために代表的な動物を犠牲にすることを含み、そのため、実験に必要な動物の数が増える。腫瘍内のルシフェラーゼ活性の測定は、動物を犠牲にすることなく腫瘍の体積を評価し、治療の長期的な集団ベースの分析を可能にする代替的な方法を提供する。組成物の投与のための投与量範囲は、疾患の症状に影響する所望の効果を生じるうえで十分な大きさのものである。投与量は、望ましくない交差反応及びアナフィラキシー反応などの有害な副作用を引き起こすほど大きいものであってはならない。投与量は、禁忌がある場合には個々の医師により調節することができる。

投与量は変動し、例えば、１日または数日間にわたって毎日、１回以上の用量投与により投与される。提供されるウイルス及び治療薬は、単回用量または複数回用量（例えば、２回、３回、４回、６回、またはそれ以上の用量）で投与される。例えば、投与が注入によるものである場合、注入は、単一の持続用量としてもよく、または複数回の注入によって投与してもよい。治療は、数日間～数ヶ月間、または病気の軽減が達成されるまで継続することができる。

提供される方法は、放射線療法、外科手術、ホルモン療法及び／または他の免疫療法などの他の腫瘍療法とさらに組み合わせることができる。適当なさらなる治療薬としては、これらに限定されるものではないが、鎮痛薬、麻酔薬、中枢興奮薬、コルチコステロイド、抗コリン作動薬、抗コリンエステラーゼ薬、抗けいれん薬、抗腫瘍薬、アロステリック阻害薬、アナボリックステロイド、抗リウマチ薬、精神治療薬、神経遮断薬、抗炎症薬、抗蠕虫薬、抗生物質、抗凝固薬、抗真菌薬、抗ヒスタミン薬、抗ムスカリン薬、抗マイコバクテリア薬、抗原虫薬、抗ウイルス薬、ドーパミン作動薬、血液作用薬、免疫薬、ムスカリン薬、プロテアーゼ阻害剤、ビタミン、成長因子、及びホルモンが挙げられる。薬剤及び投薬量の選択は、治療される特定の疾患に基づいて当業者が容易に決定することができる。

提供されるウイルスと治療薬との組み合わせは、一緒に（例えば、混合物として）、別々にただし同時に（例えば、同じ対象への別々の静脈内ラインを介して）、または順次（例えば、化合物または薬剤の一方を最初に投与した後、２番目を投与）投与される。したがって、組み合わせという用語は、２つ以上の薬剤の一緒の、同時の、または順次の投与を指すために使用される。

１つの化合物が別の化合物の前に投与される場合、第１の化合物は、第２の化合物の投与の数分、数時間、数日、または数週間前に投与される。例えば、第１の化合物は、第２の化合物の投与の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、２４、３６、４８、６０、もしくは７２時間前、または１～７２時間の間の任意の時間だけ前に投与することができる。場合により、第１の化合物は、第２の化合物の７２時間超前に投与される。別の例として、第１の化合物は、第２の化合物の投与の１、５、１５、３０、６０、９０、１２０、１５０もしくは１８０分前、または１～１８０分の間の任意の時間だけ前に投与することができる。場合により、第１の化合物は、第２の化合物の投与の１、２、３、４、５、６、７、１４、２１、もしくは２８日前、または１～２８日の間の任意の日数だけ前に投与することができる。場合により、第１の化合物は、第２の化合物の２８日超前に投与される。

腫瘍溶解性ウイルスまたはそのようなウイルスを含む医薬組成物は、キットにパッケージングすることができる。キットは、１つ以上のさらなる薬剤またはさらなる薬剤を含む医薬組成物も含む。キットは、化学療法剤またはがん免疫療法剤を含んでもよい。場合により、キットは免疫チェックポイント阻害剤を含む。腫瘍溶解性ウイルス及び／またはさらなる薬剤ならびにそれらを含む医薬組成物は、１つ以上の容器にパッケージングすることができる。キットが医薬組成物を含む場合、医薬組成物は単位剤形として製剤化することができる。「単位剤形」という用語は、ヒト対象及び他の哺乳動物における単位投与量として適当な物理的に個別の単位を指し、各単位は、既定量の腫瘍溶解性ウイルスまたは他の薬剤、例えば、所望の治療効果を生じるように計算された免疫チェックポイント阻害剤を、適当な薬学的に許容される担体とともに含有する。場合により、キットはレオウイルス及び免疫チェックポイント阻害剤を含む。

提供されるキットの腫瘍溶解性ウイルスは、本明細書に記載の腫瘍溶解性ウイルスのいずれであってもよい。提供されるキットは、複数用量の腫瘍溶解性ウイルスを含むことができる。場合により、腫瘍溶解性ウイルスの各用量は、約１０^３～１０^１２プラーク形成単位（ＰＦＵ）の腫瘍溶解性ウイルスを含む。場合により、各用量は、約１０^８～１０^１２ＰＦＵの腫瘍溶解性ウイルスを含む。場合により、各用量は、約１０^８～１０^１２ＴＣＩＤ５０の腫瘍溶解性ウイルスを含む。場合により、各用量は、約１×１０^１０～３×１０^１０ＴＣＩＤ５０の腫瘍溶解性ウイルスを含む。

本明細書で使用する場合、治療、治療する、治療すること、または、改善するという用語は、疾患もしくは状態の影響、または疾患もしくは状態の症状を低減させる方法を指す。したがって、開示される方法において、治療とは、確立された疾患もしくは状態の重症度、または疾患もしくは状態の症状の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の低減または改善を指し得る。例えば、がんを治療するための方法は、対照と比較して、対象における疾患の１つ以上の症状が１０％低減する場合に治療とみなされる。したがって、この低減は、天然の、または対照のレベルと比較して、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００％の低減、または１０～１００％の間の任意の割合の低減であり得る。治療は、疾患、状態、または疾患もしくは状態の症状の治癒または完全な消失を必ずしも指すものではない点は理解されよう。

本明細書で使用する場合、対象という用語は、脊椎動物、より具体的には、哺乳動物（例えば、ヒト、ウマ、ブタ、ウサギ、イヌ、ヒツジ、ヤギ、非ヒト霊長類、ウシ、ネコ、モルモットまたはげっ歯類）、魚類、鳥類、または爬虫類、または両生動物であり得る。この用語は、特定の年齢または性別を示さない。したがって、成人及び新生児対象は、男性か女性かに関わらず、包含されるものとする。本明細書で使用する場合、患者または対象は互換可能に使用することができ、疾患または障害を有する対象を指し得る。患者または対象という用語は、ヒト及び動物の対象を含む。

開示される方法及び組成物に使用することができる、またはそれらとともに使用することができる、またはそれらの調製に使用することができる、またはそれらの産物である、材料、組成物、及び成分が開示される。これらの材料及び他の材料を本明細書に開示するが、これらの材料の組み合わせ、サブセット、相互作用、グループなどが開示される場合、これらの化合物のそれぞれ異なる個々の、及び集合的な組み合わせ及び順列の具体的な言及が明示的に開示されていない場合もあるが、それぞれは具体的に企図され、本明細書に記載されているものと理解される。例えば、ある阻害剤が開示及び検討され、この阻害剤をはじめとする多くの分子に対して行うことができる多くの改変が検討される場合、そうでない旨が具体的に示されていない限り、この阻害剤及び可能な改変のありとあらゆる組み合わせ及び順列が具体的に企図されているものである。同様に、これらの任意のサブセットまたは組み合わせも具体的に企図され、開示される。この概念は、これに限定されるものではないが、開示される組成物を使用する方法における各工程を含む、本開示のすべての態様に適用される。したがって、実施することが可能なさまざまな追加の工程がある場合、これらの追加工程のそれぞれは、開示される方法のいずれの特定の方法工程または方法工程の組み合わせとともに実施することも可能である点、及びそれぞれのかかる組み合わせまたは組み合わせのサブセットが具体的に企図され、開示されているものとみなされるべきである点を理解されたい。

本出願の全体を通じてさまざまな刊行物が参照されている。これらの刊行物の開示内容の全体を、参照によって本出願に援用するものである。

多くの態様を記載した。それにもかかわらず、さまざまな改変を行い得る点は理解されよう。さらに、１つの特徴または工程が記載されている場合、たとえ組み合わせが明示的に記載されていない場合であっても、その特徴または工程は、本明細書における他の任意の特徴または工程と組み合わせることができる。したがって、他の態様は特許請求の範囲内にある。

実施例１．膵臓腺癌患者におけるペラレオレプ及び化学療法による治療時のＴ細胞レパートリーの分析
レオウイルス血清型３であるＤｅａｒｉｎｇ株（ペラレオレプ）は、腫瘍溶解ならびに自然免疫応答及び適応免疫応答を誘導し、炎症性の表現型及び抗腫瘍活性をもたらすことが示されている非エンベロープ型のヒトレオウイルスである。第一選択治療後に進行した（治療を忍容しなかった）、進行した（切除不能または転移性の）組織学的に確認された膵臓腺癌の患者に、ペラレオレプ及び化学療法をペムブロリズマブと併用して用いた試験を行った。この研究は、ペムブロリズマブ及び、疾患が進行するまで治療サイクルでこのうちの１つを３週間ごとに反復した３つの化学療法バックボーンレジメンであるゲムシタビン、イリノテカン、またはロイコボリン／５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）のうちの１つを、ペラレオレプの静脈内投与と併用することを特徴とする。

実験計画：Ｔ細胞を、９人の被験者群においてＣ１Ｄ１及びＣ２Ｄ１（約３週間後）にｉｍｍｕｎｏＳＥＱアッセイ（Ａｄａｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標）；Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）により分析した。より具体的には、ゲノムＤＮＡを、各時点で末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の試料から得た。下記表は、この分析の要約である。示された値は、括弧内の範囲（最小～最大）の平均値である。

クローン性及び多様性は、下式を用いて計算した：

クローン性は、範囲内のサンプリング深さに対してロバストである。２桁の差があるため、すべての試料を最小テンプレート数２５８１にダウンサンプリングした。図１に示すように、ペアワイズウィルコクソン順位和検定を用いた場合、治療期間中に末梢クローン性が低下する傾向がみられた。ＰＷＲＳ＜０．０１。

クローン性はしばしば多様性に反比例する。多様性は、２５８１個のテンプレートを仮定した場合の固有の再構成の数である。図２に示すように、ペアワイズウィルコクソン順位和検定を用いた場合、クローン性ほど顕著ではないものの、治療期間中に末梢多様性が増大する傾向がみられた。

ログランク（Ｍａｎｔｅｌ－Ｃｏｓ）分析を、無増悪生存期間と全生存期間で行った。クローン性は０．１単位にスケーリングした。多様性は１００単位にスケーリングした。

図３に示すように、クローン性及び多様性は無増悪生存期間と相関しており、Ｃ１Ｄ１でより強いｐ値を示している。より高い末梢クローン性及びより低い多様性は、より長い無増悪生存期間と関連している。

図４に示すように、クローン性及び多様性は全生存期間と相関しており、Ｃ２Ｄ１でより強いｐ値を示している。より高い末梢クローン性及びより低い多様性は、より良好な転帰と関連している。

末梢Ｔ細胞画分は、全有核細胞に対するＴ細胞数である。図５に示すように、末梢Ｔ細胞画分がわずかに増加する傾向がみられたが、両方向に動いた患者がいるため、全体的な傾向は有意ではない。

偽発見率（ＦＤＲ）補正を行った二項指標を用いてクローン頻度の差を調べた。これにより、増殖したクローンとレパートリー重複率／類似性の指標が計算される。増殖したクローンは、新規及び既存のものの両方であった。

森下指数は、２つの試料間のレパートリーの重複率とクローン頻度の両方を考慮したものである。完全に同一のレパートリーは１であり、２つの完全に異なる試料は０となる。１か月間の通常の変動は約０．９～０．９５である。図６に示すように、Ｃ２Ｄ１～Ｃ１Ｄ１の間の森下指数の中央値は０．８３であり、３つの試料で０．６未満である。これは、有意な末梢レパートリーのターンオーバーを示唆している。

末梢で増殖したクローンを、Ｃ１Ｄ１～Ｃ２Ｄ１の間で決定した。テンプレート数の変動が大きいため、累積テンプレート１００，０００当たりの増殖クローンを報告した。４週間での通常の変動は、約５～１０個の増殖クローンである。図７に示すように、中央値はいずれの場合も４０を上回っている。１つの試料のみが１８未満の増殖クローンを有していた。

末梢で増殖したクローンは、既存のクローンまたは新しく同定されたクローン（つまり、最初の時点で検出されなかった）の増殖のいずれかである。図８に示すように、大部分の末梢クローンの増殖は新しいクローンから観察された。

要約すると、Ｃ１Ｄ１～Ｃ２Ｄ１の間で末梢クローン性は低下し、固有の再構成は増加しており、多様性の一般的な増加と一致している。末梢クローン性が高いことと、多様性が低いことは、全生存期間が長くなることと関連している。Ｃ１Ｄ１～Ｃ２Ｄ１の間で高レベルの末梢レパートリーのターンオーバーが生じる。レパートリーのターンオーバーは、主に「新しい」クローン（Ｃ１Ｄ１で検出されなかったクローン）の増加を伴う、有意なクローンの増加を伴っている。

実施例２．乳癌患者におけるペラレオレプ及びアロマターゼ阻害剤またはチェックポイント阻害剤による治療時のＴ細胞レパートリーの分析
Ｔ細胞応答及び腫瘍微小環境（ＴＭＥ）内の変化を調べるため、早期乳癌の女性を２つのグループ（各６人の患者）に分け、ペラレオレプをレトロゾールまたはアテゾリズマブと併用して投与した。１、２、８、及び９日目にペラレオレプで患者を治療した。３日目からレトロゾールを毎日投与し、アテゾリズマブは３日目に１回投与した。腫瘍生検を診断時、３日目、及びおよそ２１日目に収集した。試験の主要エンドポイントはＣｅｌＴＩＬスコアとした。ＣｅｌＴＩＬスコアは、腫瘍の細胞性とＴＩＬの浸潤の変化を定量化するための指標であり、ＣｅｌＴＩＬの増加は、治療に対する良好な応答と関連している（Ｎｕｃｉｆｏｒｏ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．２９：１７０－７７（２０１８））。腫瘍組織をペラレオレプ複製について調べ、ＴＭＥへの変化を免疫組織化学及びＴＣＲ免疫シークエンシング（免疫ＳＥＱアッセイ）によって評価した。末梢血もＴＣＲ免疫シークエンシングによって調べた。

ＣｅｌＴＩＬの分析は、これまでに６人の患者のうち４人の増加を示している。腫瘍細胞内のウイルスカプシドタンパク質のインサイチュー検出によって測定されるように、３日目及び２１日目の生検における生産的ウイルス複製は極めて高かった。免疫組織化学分析により、すべての患者の３日目及び２１日目の生検でＣＤ８＋Ｔ細胞の増加とＰＤＬ１の発現上昇が明らかとなった。全体として、ウイルスの複製度は、ＣｅｌＴＩＬの変化及びＴＭＥ内の変化と一致していた。血液のＴＣＲ－ｓｅｑは、Ｔ細胞のクローン性のレベルがＴＭＥ及びＣｅｌＴＩＬの変化と相関していることを示した。したがって、より高いＴ細胞末梢クローン性はより高いＣｅｌＴＩＬと相関しており、患者が治療に対してより反応性が高かったことを示した。

Claims (28)

1. 対象のがんを治療する方法であって、
   （ｉ）１回以上の用量の腫瘍溶解性ウイルスを前記対象に投与することと、
   （ｉｉ）前記１回以上の用量の前記腫瘍溶解性ウイルスの投与による治療後に高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象を選択することと、
   （ｉｉｉ）前記高い末梢クローン性を示すＴ細胞集団を有する対象に、１回以上の後続の用量の前記腫瘍溶解性ウイルスを投与することと、を含む、前記方法。
2. 前記末梢クローン性が０．０６よりも高い、請求項１に記載の方法。
3. 前記対象が、多様性の低いＴ細胞集団も有する、請求項１または２に記載の方法。
4. 前記Ｔ細胞集団の多様性が、１８００通り未満の再構成である、請求項３に記載の方法。
5. 前記がんが、腺癌である、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
6. 前記がんが、乳癌または膵臓腺癌である、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
7. 約１０^３～１０^１２プラーク形成単位（ＰＦＵ）の前記腫瘍溶解性ウイルスが前記対象に投与される、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
8. 約１０^８～１０^１２ＰＦＵの前記腫瘍溶解性ウイルスが前記対象に投与される、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
9. 約１０^８～１０^１２ＴＣＩＤ５０の前記腫瘍溶解性ウイルスが前記対象に投与される、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
10. 前記腫瘍溶解性ウイルスが、静脈内注入として投与される、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
11. １つ以上のさらなる治療薬を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
12. 前記さらなる治療薬が、化学療法剤である、請求項１１に記載の方法。
13. 前記さらなる薬剤が、免疫チェックポイント阻害剤またはアロマターゼ阻害剤である、請求項１１に記載の方法。
14. 前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１阻害剤である、請求項１３に記載の方法。
15. 前記免疫チェックポイント阻害剤が、ニボルマブ、ラムブロリズマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びセミプリマブからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
16. 末梢クローン性が高くかつ多様性が低いＴ細胞集団を有する前記対象の選択により、選択を行わない対象と比較して、または１回以上の用量の前記腫瘍溶解性ウイルスの投与後に末梢クローン性が高くかつ多様性が低いＴ細胞集団を有さない対象と比較して、前記腫瘍溶解性ウイルスで治療した前記対象の無増悪生存期間または全生存期間が長くなる、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
17. 前記腫瘍溶解性ウイルスが、レオウイルス、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）、小胞性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、パラポックスｏｒｆウイルス、シンドビスウイルス、及び単純ヘルペスウイルスからなる群から選択される、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。
18. 前記レオウイルスが、哺乳動物のレオウイルスである、請求項１７に記載の方法。
19. 前記レオウイルスが、ヒトレオウイルスである、請求項１８に記載の方法。
20. 前記レオウイルスが、血清型１のレオウイルス、血清型２のレオウイルス、血清型３のレオウイルスからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
21. 前記レオウイルスが、血清型３のレオウイルスである、請求項２０に記載の方法。
22. 前記血清型３のレオウイルスが、Ｄｅａｒｉｎｇ株のレオウイルスである、請求項２１に記載の方法。
23. 前記レオウイルスが、ＩＤＡＣアクセッション番号１９０９０７－０１として寄託されている、請求項１８に記載の方法。
24. 前記レオウイルスが、１つ以上のアミノ酸改変を有するラムダ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するシグマ３ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー１ポリペプチド、１つ以上のアミノ酸改変を有するミュー２ポリペプチド、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１８に記載の方法。
25. 前記レオウイルスが、以下のポリペプチド：
    １つ以上のアミノ酸改変を有するシグマ３ポリペプチドであって、前記１つ以上のアミノ酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッションＫ０２７３９に対して番号付けした場合に、残基１４のＬｅｕ、残基１９８のＬｙｓ、またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、前記アミノ酸配列が残基１４にＬｅｕを有する場合、前記アミノ酸配列は、前記アミノ酸配列内に少なくとも１つのさらなる改変をさらに含む、前記シグマ３ポリペプチド；
    少なくとも１つのアミノ酸改変を有するミュー１ポリペプチドであって、前記少なくとも１つのアミノ酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２０１６１．１に対して番号付けした場合に残基７３のＡｓｐを含む、前記ミュー１ポリペプチド；
    １つ以上のアミノ酸改変を有するラムダ３ポリペプチドであって、前記１つ以上のアミノ酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２４７３４．１に対して番号付けした場合に、残基２１４のＶａｌ、残基２６７のＡｌａ、残基５５７のＴｈｒ、残基７５５のＬｙｓ、残基７５６のＭｅｔ、残基９２６のＰｒｏ、残基９６３のＰｒｏ、残基９７９のＬｅｕ、残基１０４５のＡｒｇ、残基１０７１のＶａｌ、またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、前記アミノ酸配列が残基２１４にＶａｌ、または残基１０７１にＶａｌを有する場合、前記アミノ酸配列は、前記アミノ酸配列内に少なくとも１つのさらなる改変をさらに含む、前記ラムダ３ポリペプチド；または
    少なくとも１つのアミノ酸改変を有するミュー２ポリペプチドであって、前記少なくとも１つのアミノ酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ４６１６８４．１に対して番号付けした場合に残基５２８のＳｅｒを含む、前記ミュー２ポリペプチドのうちの１つ以上を含む、請求項１８に記載の方法。
26. 前記レオウイルスが、以下のゲノムセグメント：
    １つ以上の核酸改変を有するＳ４ゲノムセグメントであって、前記Ｓ４ゲノムセグメント内の前記１つ以上の核酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｋ０２７３９に対して番号付けした場合に７４位のＡ及び６２４位のＡからなる群から選択される、前記Ｓ４ゲノムセグメント；
    少なくとも１つの核酸改変を有するＭ２ゲノムセグメントであって、前記少なくとも１つの核酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２０１６１．１に対して番号付けした場合に２４８位のＣを含む、前記Ｍ２ゲノムセグメント；
    １つ以上の核酸改変を有するＬ１ゲノムセグメントであって、前記１つ以上の核酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２４７３４．１に対して番号付けした場合に６６０位のＴ、８１７位のＧ、１６８７位のＡ、２２８３位のＧ、２２８４～２２８６位のＡＴＧ、２７９４位のＣ、２９０５位のＣ、２９５３位のＣ、３１５３位のＡ、３２３１位のＧからなる群から選択される、前記Ｌ１ゲノムセグメント；または
    少なくとも１つの核酸改変を有するＭ１ゲノムセグメントであって、前記少なくとも１つの核酸改変が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ４６１６８４．１に対して番号付けした場合に１５９５位のＴを含む、前記Ｍ１ゲノムセグメントのうちの１つ以上を含む、請求項１８に記載の方法。
27. 前記レオウイルスが、組換えレオウイルスである、請求項１８に記載の方法。
28. 前記レオウイルスが、改変レオウイルスである、請求項１８に記載の方法。

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