JP2022513623A - がんを処置するための方法および組成物 - Google Patents

Abstract

がんを処置するため、ならびに併用チェックポイント阻害物質療法に対する対象の応答を予測するための方法および組成物が、本明細書において記載される。開示の局面は、以下の属：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程を含み、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法に対する毒性を低減する方法に関する。

Description

関連出願の相互参照
本願は、2018年11月21日出願の米国仮特許出願第62/770,603号および2019年3月29日出願の米国仮特許出願第62/826,631号の優先権の恩典を主張し、これらは全て参照によりその全文が本明細書に組み入れられる。

1. 発明の分野
本発明は、分子生物学および医学の分野に関する。

2. 背景
過去10年間で、標的療法および免疫療法の使用を通じてがん療法は飛躍的に進歩した。CTLA-4およびPD-1が関与する免疫阻害性リガンド－受容体相互作用を遮断することによって、チェックポイント遮断免疫療法は、Tリンパ球の主要な阻害シグナルを軽減して、その根底にあるT細胞が媒介する抗腫瘍免疫活性を増強する。しかし、全身的に阻害シグナルが遍在的に軽減されると、自己抗原に対して反応するTリンパ球も活性化される場合があり、自己寛容性の喪失および免疫関連有害事象につながる。高グレードの毒性を発症した患者は、一般に、一時的または永久的に処置を中断する必要があり、そして、毒性を管理するために長期間にわたる過酷な免疫抑制を必要とする場合がある。免疫療法の様々な処置レジメンの中でも、抗CTLA-4および抗PD-1の併用療法は、同じ剤を単剤療法として与えるよりも優れた奏効率を提供するが、これは、重度の毒性を発症するリスクがはるかに高いことで相殺される。抗CTLA-4および抗PD-1の併用療法に対して生命を脅かすほどの重度の毒性を発症する頻度が高いことが、臨床医がこの形態の療法を処方する際の制限要因となっている。

免疫チェックポイント阻害剤療法に対する患者の応答に関連する幾つかの要因が見出されているが、当技術分野では、免疫チェックポイント遮断療法に起因する毒性の予測因子、および併用免疫チェックポイント遮断療法に対する応答者の予測因子が必要とされている。1つまたは複数のバイオマーカーに基づいて、毒性を経験するおよび／またはチェックポイント遮断療法に応答する可能性が高いものおよび低いものに患者を層別化すると、疾患が更に広がる前に最も有効な療法を患者に提供することができるので、患者にとってより有効かつ処置効果の高い処置方法が提供される。

がんを処置するため、ならびに併用チェックポイント阻害剤療法に対する対象の反応を予測するための方法および組成物が、本明細書において記載される。一局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター（Flavonifractor）、ディエルマ（Dielma）、アッケルマンシア（Akkermansia）、アリスティペス（Alistipes）、バクテロイデス（Bacteroides）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ（Tyzzerella）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Parabacteroides distasonis）、フルニエレラ（Fournierella）、フルニエレラ・マシリエンシス（Fournierella massiliensis）、エイセンベルギエラ・タイ（Eisenbergiella tayi）、ティシエレラ目（Tissierellales）、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム（Hungateiclostridium thermocellum）、ドレア・ホルミシゲネランス（Dorea formicigenerans）、カロラマター・クールハアシ（Caloramator coolhaasi）、ムリコメス（Muricomes）、ゲオスポロバクター（Geosporobacter）、プレボテラ・パルジビベンス（Prevotella paludivivens）、ラクトバチルス・セカリフィルス（Lactobacillus secaliphilus）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Bacteroides finegoldii）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Lactobacillus johnsonii）、パラペドバクター・コンポスティ（Parapedobacter composti）、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（Anaerotignum lactatifermentans）、または図28Cに開示される細菌種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程を含み、かつ、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法に対する毒性を低減する方法に関する。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス（Bacteroides stercoris）、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス（Bacteroides coprophilus）、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む。

別の局面では、開示は、健常患者から、免疫チェックポイント遮断の単剤もしくは併用の療法に応答すると判定された患者から、または免疫チェックポイント遮断の単剤もしくは併用の療法に対して非毒性の応答を有すると判定された患者からの糞便物質を含む組成物を対象に投与する工程を含み、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法の毒性を低減する方法に関する。幾つかの態様では、糞便物質を、対象の結腸または直腸に移植する。

別の局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、または図28Cに開示される細菌種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に組成物を投与する工程を含む、併用チェックポイント遮断療法に関連する有害事象を低減または予防する方法に関する。

別の局面では、開示は、腸内マイクロバイオームにおいて好ましい微生物プロファイルを有すると判定された対象に、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせを投与する工程を含む、対象におけるがんを処置するおよび／または療法に対する毒性を低減する方法に関する。

別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、
対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
以下の属：バクテロイデス、ディアリスター（Dialister）、コプロバクター（Coprobacter）、インテスチニバクター（Intestinibacter）、およびパラステレラ（Parasutterella）のうちの1つまたは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する毒性応答を予測する工程；または
以下の属または種：バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ（Muricomes intestini）、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス（Geosporobacter subterraneus）、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つもしくは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する非毒性応答を予測する工程
を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法への応答を予測するための方法であって、対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；対象からのサンプル中で好ましい微生物プロファイルが検出されたとき、療法に対する毒性応答を予測する工程；または対象からのサンプル中で好ましくない微生物プロファイルが検出されたとき、療法に対する非毒性応答を予測する工程を含む方法に関する。

幾つかの態様では、毒性応答は、1つまたは複数のirAEを含む。幾つかの態様では、毒性応答は、グレード3またはそれ以上の有害事象を含む。幾つかの態様では、毒性応答は、間質性肺炎、結腸炎、甲状腺機能低下症、肝機能障害、皮疹、白斑、下垂体炎、1型糖尿病、腎機能障害、重症筋無力症、神経障害、筋炎、およびブドウ膜炎のうちの1つまたは複数を含む。幾つかの態様では、毒性応答は、間質性肺炎、結腸炎、甲状腺機能低下症、肝機能障害、皮疹、白斑、下垂体炎、1型糖尿病、腎機能障害、重症筋無力症、神経障害、筋炎、およびブドウ膜炎のうちの1つまたは複数を除外する。幾つかの態様では、irAEは、間質性肺炎、結腸炎、甲状腺機能低下症、肝機能障害、皮疹、白斑、下垂体炎、1型糖尿病、腎機能障害、重症筋無力症、神経障害、筋炎、およびブドウ膜炎のうちの1つまたは複数を含む。幾つかの態様では、間質性肺炎、結腸炎、甲状腺機能低下症、肝機能障害、皮疹、白斑、下垂体炎、1型糖尿病、腎機能障害、重症筋無力症、神経障害、筋炎、およびブドウ膜炎のうちの1つまたは複数を除外する。幾つかの態様では、方法は、結腸炎の処置を除外する、および／または結腸炎と診断されたもしくは結腸炎を有する患者を除外する。

幾つかの局面では、対象からの生物学的サンプル中でロベルトコキア・マリナ（Robertkochia marina）、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス（Adlerrcreutizia equolifaciens）、ローソニア・イントラセルラリス（Lawsonia intracellularis）、またはラクトバチルス・サツメンシス（Lactobacillus satsumensis）のうちの1つまたは複数が検出されたとき、対象はCICBに対する非応答者であると予測される。

別の局面では、開示は、（1）まず、フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスからなる群より選択される属または種に属する少なくとも1つの細菌種を含む細菌の単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程と、（2）続いて、（a）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（2）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質から本質的になる併用免疫療法を対象に施す工程とを含む、対象におけるがんを処置する方法に関する。幾つかの態様では、細菌の単離または精製された集団は、以下の属または種に属する少なくとも1つの細菌種を含む：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム。

別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測するための方法であって、
対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
以下の属もしくは種：バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス、フラボニフラクター、ディエルマ、アリスティペス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラ（Akkermansia muciniphila）のうちの1つもしくは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する有効な応答を予測する工程；または
以下の属もしくは種：ラクトバチルス、バクテロイデス・フラジリス、およびプレボテラのうちの1つもしくは複数の細菌が対象からのサンプル中で検出されたとき、療法に対する非有効な応答を予測する工程
を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法への応答を予測するための方法であって、対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；対象からのサンプル中で好ましいプロファイルが検出されたとき、療法に対する有効な応答を予測する工程；または対象からのサンプル中で好ましくないプロファイルが検出されたとき、療法に対する非有効な応答を予測する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ（Bacteroides caccae）、バクテロイデス・インテスチナリス（Bacteroides intestinalis）、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ（Flavonifractor plautii）、ブチリシモナス・ファエシホミニス（Butyricimonas faecihominis）、アリスティペス・インジスチンクタス（Alistipes indistinctus）、ディエルマ・ファスチジオサ（Dielma fastidiosa）、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ（Lactobacillus rogosae）、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ（Prevotella copri）、およびプレボテラ・シャヒイ（Prevotella shahii）のうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、ブチリシモナス・ファエシホミニス、アリスティペス属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、シトロバクター（Citrobacter）属、クロストリジウム・ハイレモナエ（Clostridium hylemonae）、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ（Hungateiclostridium aldrichii）、シトロバクター・ロデンチウム（Citrobacter rodentium）、ユーバクテリウム・スルシ（Eubacterium sulci）、ハフニア科（Hafniaceae）、シトロバクター・フレウンジイ（Citrobacter freundii）、ユーバクテリウム・ハリイ（Eubacterium halii）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス（Roseburia hominis）、ワイセラ・パラメセンテロイデス（Weissella paramesenteroides）、エンテロバクター属、バチルス綱（Bacilli）、ラクトバチルス目（Lactobacillales）、クレブシエラ・アエロゲネス（Klebsiella aerogenes）、クレブシエラ属、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ（Intestinibacter bartletti）、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ（Parasutterella secunda）、ディアリスター・プロピオニシファシエンス（Dialister propionicifaciens）、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、または図28Cに開示されている細菌種のうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ファーミキューテス門（Firmicutes）、クロストリジウム目（Clostridiales）、ルミノコッカス科（Ruminococcaceae）、アリスティペス・インジスチンクタス、バクテロイデス・ステルコリロソリス（Bacteroides stercorirosoris）、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス（Clostridium lactatifermentans orus）、アビシビルガ・アルカニフィラ（Abyssivirga alkaniphila）、アセタチファクター・ムリス（Acetatifactor muris）、アセチビブリオ・セルロリチクス（Acetivibrio cellulolyticus）、アセチビブリオ・エタノルギグネンス（Acetivibrio ethanolgignens）、アコレプラズマ・ビツリ（Acholeplasma vituli）、アクロモバクター・デレイ（Achromobacter deleyi）、アシドボラクス・ラジセス（Acidovorax radices）、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ（Alistipes obesi）、アリスティペス・プトレジニス（Alistipes putredinis）、アリスティペス・セネガレンシス（Alistipes senegalensis）、アリスティペス・チモネンシス（Alistipes timonensis）、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス（Alkalibacter saccharofermentans）、アルカリバクルム・バッキ（Alkalibaculum bacchi）、アロバクルム・ステルコリカニス（Allobaculum stercoricanis）、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス（Anaerobacterium chartisolvens）、アナエロコルムナ・セルロシリチカ（Anaerocolumna cellulosilytica）、アナエロスポロバクター・モビリス（Anaerosporobacter mobilis）、アナエロタエニア・トルタ（Anaerotaenia torta）、アナエロトルンクス・コリホミニス（Anaerotruncus colihominis）、アナエロトルンクス・ルビインファンチス（Anaerotruncus rubiinfantis）、アナエロボラクス・オドリムタンス（Anaerovorax odorimutans）、バクテロイデス・アシジファシエンス（Bacteroides acidifaciens）、バクテロイデス・カエシムリス（Bacteroides caecimuris）、バクテロイデス・ドレイ（Bacteroides dorei）、バクテロイデス・ファエシキンキラエ（Bacteroides faecichinchillae）、バクテロイデス・ロデンチウム（Bacteroides rodentium）、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス（Bacteroides xylanolyticus）、バルネシエラ・インテスチニホミニス（Barnesiella intestinihominis）、ベデュイニ・マシリエンシス（Beduini massiliensis）、ビフィドバクテリウム・シュードロングム（Bifidobacterium pseudolongum）、ブラウチア・ルチ（Blautia luti）、ブレズナキア・ブラッチコーラ（Breznakia blatticola）、ブレズナキア・パクノダエ（Breznakia pachnodae）、ブチリコッカス・プリカエコルム（Butyricicoccus pullicaecorum）、ブチリビブリオ・クロッソタス（Butyrivibrio crossotus）、カタバクター・ホンコンゲネシス（Catabacter hongkongensis）、クリステンセネラ・マシリエンシス（Christensenella massiliensis）、クリステンセネラ・ミヌタ（Christensenella minuta）、クリステンセネラ・チモネンシス（Christensenella timonensis）、クロストリジウム・アエロトレランス（Clostridium aerotolerans）、クロストリジウム・アルデネンセ（Clostridium aldenense）、クロストリジウム・アルカリセルロシ（Clostridium alkalicellulosi）、クロストリジウム・アスパラギホルメ（Clostridium asparagiforme）、クロストリジウム・セレレクレセンス（Clostridium celerecrescens）、クロストリジウム・セロビオパルム（Clostridium cellobioparum）、クロストリジウム・セルロリチクム（Clostridium cellulolyticum）、クロストリジウム・クラリフラブム（Clostridium clariflavum）、クロストリジウム・コクレアツム（Clostridium cocleatum）、クロストリジウム・コリヌム（Clostridium colinum）、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス（Clostridium indolis）、クロストリジウム・ジェジュエンス（Clostridium jejuense）、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス（Clostridium lavalense）、クロストリジウム・メチルペントスム（Clostridium methylpentosum）、クロストリジウム・オロチクム（Clostridium oroticum）、クロストリジウム・オリザエ（Clostridium oryzae）、クロストリジウム・パピロソルベンス（Clostridium papyrosolvens）、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム（Clostridium polysaccharolyticum）、クロストリジウム・ポプレチ（Clostridium populeti）、クロストリジウム・サッカロリチクム（Clostridium saccharolyticum）、クロストリジウム・サウジエンス（Clostridium saudiense）、クロストリジウム・サインデンス（Clostridium scindens）、クロストリジウム・ストラミニソルベンス（Clostridium straminisolvens）、クロストリジウム・ビリデ（Clostridium viride）、クロストリジウム・キシラノリチクム（Clostridium xylanolyticum）、コプロバクター・セクンダス（Coprobacter secundus）、コプロコッカス・カタス（Coprococcus catus）、クルツロミカ・マシリエンシス（Culturomica massiliensis）、デフルビイタレア・サッカロフィラ（Defluviitalea saccharophila）、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス（Desulfitobacterium hafniense）、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス（Desulfitobacterium metallireducens）、デスルホスポロシヌス・オリエンチス（Desulfosporosinus orientis）、デスルホビブリオ・デスルフリカンス（Desulfovibrio desulfuricans）、デスルホビブリオ・シンプレックス（Desulfovibrio simplex）、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス（Eisenbergiella massiliensis）、エメルゲンシア・チモネンシス（Emergencia timonensis）、エンテロコッカス・ヒラエ（Enterococcus hirae）、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ（Enterorhabdus mucosicola）、エンテロルハブデュス・ムリス（Enterorhabdus muris）、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム（Erysipelatoclostridium ramosum）、エリシペロトリクス・ラルバエ（Erysipelothrix larvae）、エシェリキア・フェルグソニイ（Escherichia fergusonii）、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス（Eubacterium coprostanoligenes）、ユーバクテリウム・ドリチュム（Eubacterium dolichum）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Eubacterium ruminantium）、ユーバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）、ユーバクテリウム・トルツオスム（Eubacterium tortuosum）、ユーバクテリウム・ベントリオスム（Eubacterium ventriosum）、ファエカリバキュルム・ロデンチウム（Faecalibaculum rodentium）、フラビマリナ・パシフィカ（Flavimarina pacifica）、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス（Flintibacter butyricus）、ゴルドニバクター・ファエシホミニス（Gordonibacter faecihominis）、グラシリバクター・サーモトレランス（Gracilibacter thermotolerans）、ハリーフリンチア・アセチスポラ（Harryflintia acetispora）、ホルデマニア・マシリエンシス（Holdemania massiliensis）、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス（Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans）、イフバクター・マシリエンシス（Ihubacter massiliensis）、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス（Intestinimonas butyriciproducens）、イレグラリバクター・ムリス（Irregularibacter muris）、ラクノクロストリジウム・パカエンス（Lachnoclostridium pacaense）、ラクトバチルス・アニマリス（Lactobacillus animalis）、ラクトバチルス・ファエシス（Lactobacillus faecis）、ラクトバチルス・ガセリ（Lactobacillus gasseri）、ラクトバチルス・ホミニス（Lactobacillus hominis）、ラクトバチルス・インテスチナリス（Lactobacillus intestinalis）、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ（Lactobacillus reuteri）、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス（Lactobacillus taiwanensis）、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス（Longibaculum muris）、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス（Marvinbryantia formatexigens）、ミリオネラ・マシリエンシス（Millionella massiliensis）、ムシスピリルム・スカエドレリ（Mucispirillum schaedleri）、ムリバクルム・インテスチナレ（Muribaculum intestinale）、ムリモナス・インテスチニ（Murimonas intestini）、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ（Natranaerovirga pectinivora）、ネグレクタ・チモネンシス（Neglecta timonensis）、オドリバクター・スプランクニクス（Odoribacter splanchnicus）、オルセネラ・プロフサ（Olsenella profusa）、オスシリバクター・ルミナンチウム（Oscillibacter ruminantium）、オスシリバクター・バレリシゲネス（Oscillibacter valericigenes）、パピリバクター・シンナミボランス（Papillibacter cinnamivorans）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Parabacteroides goldsteinii）、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス（Paraeggerthella hongkongensis）、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス（Parasutterella excrementihominis）、パルビバクター・カエシコーラ（Parvibacter caecicola）、ペプトコッカス・ニガー（Peptococcus niger）、フォセア・マシリエンシス（Phocea massiliensis）、ポルフィロモナス・カトニアエ（Porphyromonas catoniae）、プレボテラ・オラリス（Prevotella oralis）、プレボテラ・ステルコレア（Prevotella stercorea）、プレボテラマシリア・チモネンシス（Prevotellamassilia timonensis）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（Pseudobutyrivibrio ruminis）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（Pseudoflavonifractor capillosus）、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス（Pseudoflavonifractor phocaeensis）、ラオウルチバクター・チモネンシス（Raoultibacter timonensis）、リゾビウム・ストラミノリザエ（Rhizobium straminoryzae）、ロゼブリア・ファエシス（Roseburia faecis）、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス（Roseburia intestinalis）、ルミニクロストリジウム・サーモセラム（Ruminiclostridium thermocellum）、ルミノコッカス・シャンパネレンシス（Ruminococcus champanellensis）、ルミノコッカス・ファエシス（Ruminococcus faecis）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ruminococcus flavefaciens）、ルミノコッカス・グナブス（Ruminococcus gnavus）、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス（Ruthenibacterium lactatiformans）、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス（Sphingomonas kyeonggiensis）、スピロプラズマ・ベロシクレセンス（Spiroplasma velocicrescens）、スポロバクター・テルミチジス（Sporobacter termitidis）、ストマトバクルム・ロングム（Stomatobaculum longum）、ストレプトコッカス・アシドミニムス（Streptococcus acidominimus）、ストレプトコッカス・ダニエリアエ（Streptococcus danieliae）、シントロホモナス・ウォルフェイ（Syntrophomonas wolfei）、テピジモナス・タイワネンシス（Tepidimonas taiwanensis）、チンダリア・カリフォルニエンシス（Tindallia californiensis）、チンダリア・テキスココネンシス（Tindallia texcoconensis）、ツリシバクター・サングイニス（Turicibacter sang
uinis）、ツリシモナス・ムリス（Turicimonas muris）、タイゼレラ・ネキシリス（Tyzzerella nexilis）、バリタレア・プロニエンシス（Vallitalea pronyensis）、およびバンピロビブリオ・クロレラボラス（Vampirovibrio chlorellavorus）のうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、以下の属または種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物に関する。

幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む。

別の局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物に関する。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む。

別の局面では、開示は、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ゲオスポロバクター属、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、フラボニフラクター属、バクテロイデス属、ブチリシモナス属、ディエルマ属、アッケルマンシア属、アリスティペス属、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・コプロフィルス、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、アリスティペス・インジスチンクタス、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、および／またはバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの少なくとも1つ、少なくとも2つ、または3、4、5、6、7、8、9、10、15、もしくは20（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の単離または精製された集団を含む組成物に関する。

幾つかの態様では、組成物は、フラボニフラクター、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、ディエルマ、アッケルマンシア、およびアリスティペス・インディスティンクトスの種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・ステルコリスを除外する。幾つかの態様では、組成物は、ディエルマ属およびアッケルマンシア属のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アリスティペス属、ディエルマ属、およびアッケルマンシア属のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア・ムシニフィラの少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア・ムシニフィラおよびディエルマ・ファスチジオサのうちの1つまたは複数だけでなく、アリスティペス・インジスチンクタスも含む細菌の集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、フラボニフラクター属の細菌は、フラボニフラクター・プラウチイを含む。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・インテスチナリスの少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、およびルミノコッカス科に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、フラボニフラクター・プラウチイおよび／またはディエルマ・ファスチジオサを含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラを含むかまたは更に含む。

幾つかの態様では、組成物は、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、または1×10²未満（またはこの中の任意の導出可能な範囲）のCFUまたは細胞のファーミキューテス門、クロストリジウム目、およびルミノコッカス科として分類される細菌を含む。幾つかの態様では、組成物は、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、または1×10²未満（またはこの中の任意の導出可能な範囲）のCFUまたは細胞の、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム（Clostridiaceae）、ラクノスピラ（Lachnospiraceae）、ミクロコッカス（Micrococcaceae）、および／またはベイロネラ（Veilonellaceae）に属する細菌を含む。

幾つかの態様では、がんは、皮膚がんである。幾つかの態様では、がんは、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である。幾つかの態様では、がんは、黒色腫である。幾つかの態様では、黒色腫は、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である。幾つかの態様では、がんは、皮膚黒色腫を含む。

幾つかの態様では、がんは、再発性がんを含む。幾つかの態様では、がんは、再発した転移性がんを含む。幾つかの態様では、がんは、原発腫瘍の領域におけるがんの再発を含む。幾つかの態様では、がんは、転移性がんを含む。幾つかの態様では、がんは、ステージIIIまたはIVのがんを含む。幾つかの態様では、がんは、ステージIまたはIIのがんを含む。幾つかの態様では、がんは、ステージIまたはIIのがんを除外する。

幾つかの態様では、方法は、少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む。幾つかの態様では、少なくとも1つの追加の抗がん処置は、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害作質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である。幾つかの態様では、追加の抗がん処置は、本明細書において記載されるがん処置を含む。

幾つかの態様では、（i）PD-1、PDL1、もしくはPDL2の阻害物質、（ii）CTLA-4、B7-1、もしくはB7-2の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置は、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される。幾つかの態様では、投与経路は、本明細書において記載される経路である。

幾つかの態様では、方法は、がんと診断された対象においてがんを処置する方法として定義される。幾つかの態様では、方法は、1つまたは複数の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、方法は、1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、がんの処置は、1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防することを含む。幾つかの態様では、方法は、併用免疫チェックポイント遮断療法などの免疫療法の毒性を低減するためのものである。幾つかの態様では、毒性の低減は、有害事象の低減を含む。幾つかの態様では、有害事象または重度の有害事象は、免疫関連有害事象として更に分類される。幾つかの態様では、方法は、免疫関連有害事象を予防または低減する工程を含む。幾つかの態様では、有害事象は、重度の有害事象として分類される。幾つかの態様では、グレード3またはそれ以上の有害事象が予防される。有害事象のグレードは、例えば、NCI Common Terminology Criteria for Adverse Events（CTCAE）に基づくスコア化など、当技術分野において公知の方法によってスコア化される。

幾つかの態様では、対象は、腸内マイクロバイオームにおいて好ましくない微生物プロファイルを有すると判定されている。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、以下の属：バクテロイデス、ディアリスター、コプロバクター、インテスチニバクター、およびパラステレラのうちの1つまたは1つもしくは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラステレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、エリシペラトクロストリジウム・ラモスムを含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、以下の属：ラクトバチルス、バクテロイデス、プレボテラ、シトロバクター、クロストリジウム、フンガテイクロストリジウム、ユーバクテリウム、ハフニア科、エンテロバクター、ハフニア、ロゼブリア、ワイセラ、バチルス綱、ラクトバチルス目、およびクレブシエラのうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、およびプレボテラ・シャヒイのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ブチリビブリオ、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）、バクテロイデス・フラジリス、ブチリビブリオ・コルッソタス（Butyrivibrio corssotus）、ラクトバチルス目、ラクトバチルス、ラクトバチルス科（Lactobacillaceae）、ラクトバチルス・ロゴサエ、クロストリジウム・サッカラグミア（Clostridium saccharagumia）、およびメガスフェラ・マシリエンシス（Megasphaera massiliensis）のうちの1つまたは複数を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ブチリビブリオ属、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ、バクテロイデス・フラジリス、ブチリビブリオ・コルッソタス、ラクトバチルス目、ラクトバチルス属、ラクトバチルス科、ラクトバチルス・ロゴサエ、クロストリジウム・サッカラグミア、およびメガスフェラ・マシリエンシスのうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、または13（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、非応答性のまたは非有効なプロファイルとして更に分類される。非応答性プロファイルとは、併用免疫チェックポイント遮断療法に対して非応答性である対象に存在する、対象、特に対象の腸内の微生物プロファイルを指す。幾つかの態様では、非応答性プロファイルは、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ブチリビブリオ属、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ、バクテロイデス・フラジリス、ブチリビブリオ・コルッソタス、ラクトバチルス目、ラクトバチルス、ラクトバチルス科、ラクトバチルス・ロゴサエ、クロストリジウム・サッカラグミア、およびメガスフェラ・マシリエンシスのうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、ネガティウィクテス綱（Negativicutes）、バクテロイデス・インテスチナリス、クロストリジウム属の種、クロストリジウム・クロストリジオホルメ（Clostridium clostridioforme）、およびディアリスター属のうちの1つまたは複数を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、ネガティウィクテス綱、バクテロイデス・インテスチナリス、クロストリジウム属の種、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、およびディアリスター属のうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、または7（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含む。幾つかの態様では、好ましくないプロファイルは、毒性関連プロファイルとして更に分類される。毒性関連プロファイルとは、併用免疫チェックポイント遮断療法に応答して毒性を経験する対象に存在する、対象、特に対象の腸内の微生物プロファイルを指す。幾つかの態様では、非応答性プロファイルは、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、ネガティウィクテス綱、バクテロイデス・インテスチナリス、クロストリジウム属の種、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、およびディアリスター属のうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、または7（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含む。

幾つかの態様では、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルチ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、バクテロイデス、ディアリスター、ラクトバチルス、および／またはプレボテラの属または種に属する細菌が、相対存在量で少なくとも10％であると判定された。相対存在量という用語は、対象からのサンプルなどの領域における生物の総数に対する、特定の種類の生物の成分百分率である。幾つかの態様では、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルチ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・エアロゲネス、クレブシエラ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディアリスター、ラクトバチルス、バクテロイデスおよび／またはプレボテラの属または種に属する細菌が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルチ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディアリスター属、ラクトバチルス属、バクテロイデス属、および／またはプレボテラ属のうちの1つまたは複数として分類された細菌の複合相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％(またはこの中の任意の導出可能な範囲)であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ディアリスター属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ラクトバチルス属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、プレボテラ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。

幾つかの態様では、方法は、患者からのサンプルで決定された微生物プロファイルを対照サンプルと比較する工程を更に含む。対照は、併用免疫チェックポイント遮断療法に対する非応答者である、応答者である、毒性を経験した、毒性を経験しなかった患者から採取したサンプルに由来する微生物プロファイルであってよい。

幾つかの態様では、対象は、対象からのサンプルにおけるマイクロバイオームを分析することにより、好ましくない微生物プロファイルを含むと判定されたまたは判定される。幾つかの態様では、サンプルは、糞便サンプルまたは頬サンプルである。幾つかの態様では、分析は、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む。

幾つかの態様では、対象は、以前にがんの処置を受けたことがある。幾つかの態様では、対象は、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある。幾つかの態様では、患者は、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある。幾つかの態様では、以前の処置は、免疫チェックポイント遮断単剤療法または免疫チェックポイント遮断併用療法を含む。幾つかの態様では、以前の処置は、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む。幾つかの態様では、併用免疫チェックポイント遮断療法は、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせを含む。幾つかの態様では、（i）はPD-1抗体であり、かつ／阻害物質（ii）はCTLA-4阻害物質である。幾つかの態様では、（i）は抗PD-1モノクローナル抗体である、および／または（ii）は抗CTLA-4モノクローナル抗体である。幾つかの態様では、（i）は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む。幾つかの態様では、（ii）は、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む。幾つかの態様では、対象は、免疫チェックポイント遮断単独療法または併用免疫チェックポイント遮断療法による処置を以前に受けたことがない。

幾つかの態様では、対象は、（i）および（ii）における処置の前にまたは同時に、細菌の単離された集団で処置される。幾つかの態様では、対象は、（i）および（ii）における処置の後に、細菌の単離された集団で処置される。幾つかの態様では、微生物組成物による処置は、（i）および（ii）の阻害物質による処置の少なくともまたは多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、もしくは24時間、または1、2、3、4、5、もしくは6日、または1、2、3、4、5、もしくは6週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前または後に行われる。幾つかの態様では、微生物組成物による処置は、（i）および（ii）の阻害物質による処置の少なくともまたは多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、もしくは24時間、または1、2、3、4、5、もしくは6日、または1、2、3、4、5、もしくは6週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）以内に行われる。

幾つかの態様では、細菌の精製された集団は、少なくとも2つの属または種からの、かつ、2つの細菌の比が1：1である細菌を含む。幾つかの態様では、細菌の精製された集団は、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、16、20、30、40、または50（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の異なる科、属、または種の細菌からの細菌を含む。幾つかの態様では、組成物中に存在するある科、属、または種の細菌の、別の科、属、または種の細菌に対する比は、少なくとも、多くとも、または正確に1：1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:20、1:25、1:30、1:35、1:40、1:45、1:50、1:55、1:60、1:65、1:70、1:75、1:80、1:85、1:90、1:95、1:100、1:150、1:200、1:250、1:300、1:350、1:400、1:450、1:500、1:600、1:700、1:800、1:900、1:1000、1:1500、1:2000、1:2500、1:3000、1:3500、1:4000、1:4500、1:5000、1:1550、1:6000、1:6500、1:7000、1:7500、1:8000、1:8500、1:9000、1:9500、1:10000、1:1200、1:14000、1:16000、1:18000、1:20000、1:30000、1:40000、1:50000、1:60000、1:70000、1:80000、1:90000、または1:100000（またはその中の導出可能な範囲）である。

幾つかの態様では、組成物は、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、もしくは20であるアルファ多様性を提供する。アルファ多様性を算出する方法は、当技術分野において公知である。例えば、サンプルの分類学的アルファ多様性は、実施例1において記載するシンプソン指数の逆数を用いて推定することができる。幾つかの態様では、組成物は、有効量で投与される。幾つかの態様では、有効量は、対象において少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であるアルファ多様性を提供する量を含む。

幾つかの態様では、フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスの属または種に属する細菌は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10³、1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁶の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の量で投与される。幾つかの態様では、フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエラ、フルニエラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムの属または種に属する細菌は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10³、1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁶の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の量で投与される。幾つかの態様では、投与される細菌の総量は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10³、1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁶の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。幾つかの態様では、特定の種の細菌などの特定の量の細菌は、少なくとも、多くとも、または正確に、少なくとも、多くとも、または正確に1×10³、1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁶の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の量であってよい。幾つかの態様では、組成物は、本明細書において記載される細菌の門、科、属、または種からの少なくとも、多くとも、または正確に、少なくとも、多くとも、または正確に1×10³、1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁶の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含有し得る。幾つかの態様では、組成物は、本明細書において記載される細菌の門、科、属、または種からの少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁶、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、または1×10²未満の細胞またはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含有し得る。

幾つかの態様では、方法は、抗生物質の投与を更に含む。幾つかの態様では、抗生物質は、広域スペクトル抗生物質であってよい。幾つかの態様では、少なくとも1、2、3、4、または5種の抗生物質の混合物が投与される。幾つかの態様では、抗生物質は、アンピシリン、ストレプトマイシン、およびコリスチン、ならびにこれらの組み合わせを含む。幾つかの態様では、抗生物質は、細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物の前に投与される。幾つかの態様では、抗生物質は、細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物と同時に投与される。幾つかの態様では、抗生物質は、微生物組成物の少なくともまたは多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、もしくは24時間、または1、2、3、4、5、もしくは6日、または1、2、3、4、5、もしくは6週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前または後に投与される。

幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、バクテロイデス属、バンピロビブリオ属、およびタイゼレラ属のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1％未満の相対存在量のファーミキューテス門、クロストリジウム目、およびルミノコッカス科のうちの1つまたは複数からの細菌を含む。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリス、ディエルマ・ファスチジオサ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、フラボニフラクター・プラウチイ、アリスティペス・インジスチンクタス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、およびバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。

幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリス、ディエルマ・ファスチジオサ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、フラボニフラクター・プラウチイ、アリスティペス・インジスチンクタス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、およびバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの1つまたは複数を除外する細菌の集団を含む。

幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリス、ディエルマ・ファスチジオサ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、フラボニフラクター・プラウチイ、アリスティペス・インジスチンクタス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、およびバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または100（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を含む細菌の集団を含む。

幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、相対存在量で少なくとも、多くとも、または正確に2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の量のパラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリス、ディエルマ・ファスチジオサ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、フラボニフラクター・プラウチイ、アリスティペス・インジスチンクタス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、およびバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。

幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、非毒性関連プロファイルとして更に分類される。非毒性関連プロファイルとは、併用免疫チェックポイント遮断療法に応答して毒性を経験しない、低レベルの毒性を経験する、またはグレード3より低い免疫関連有害を経験する対象に存在する、対象、特に対象の腸内の微生物プロファイルを指す。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、以下の属：ドレア、カロラマター、ムリコメス、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター、アナエロチグナム、バクテロイデス、ブチリシモナス、フラボニフラクター、ディエルマ、アリスティペス、およびアッケルマンシアのうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む。幾つかの態様では、好ましいプロファイルは、有効プロファイルとして更に定義される。有効プロファイルとは、併用免疫チェックポイント遮断療法に対して応答する対象に存在する、対象、特に対象の腸内の微生物プロファイルを指す。幾つかの態様では、有効応答は、腫瘍サンプルまたは浸潤物におけるCD8+細胞の増加を含む。幾つかの態様では、有効応答は、T細胞の数および／もしくは密度、または腫瘍T細胞浸潤物のエントロピーの増加を含む。エントロピーは、当技術分野において公知の方法および本明細書において記載される方法によって求めることができる。例えば、シャノンエントロピーおよびレーニイエントロピーを使用して、異なるヒト間または異なるT細胞の表現型間でTCRの多様性を比較することができる。

幾つかの態様では、以下の属または種：アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、フラボニフラクター、ディエルマ、またはアッケルマンシア属に属する細菌が、相対存在量で少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、アリスティペス属、バクテロイデス属、ブチリシモナス属、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ゲオスポロバクター属、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、フラボニフラクター属、ディエルマ属、またはアッケルマンシア属に属する細菌が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、アリスティペス属、バクテロイデス属、ブチリシモナス属、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ゲオスポロバクター属、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（ParapedobAnaerotignum lactatifermentans）、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、フラボニフラクター属、ディエルマ属、またはアッケルマンシア属を合わせた相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バンピロビブリオ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、タイゼレラ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、フラボニフラクター属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ディエルマ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、アッケルマンシア属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、対象からのサンプル中でバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラステレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスのうちの1つまたは複数が検出されたとき、毒性応答が予測される。幾つかの態様では、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラステレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスのうちの1つまたは複数が相対存在量で少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定されたとき、毒性応答が予測される。幾つかの態様では、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラステレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスに属する細菌が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラステレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスを合わせた相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・ステルコリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・カッカエに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・インテスチナリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ディアリスター属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。

幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数が検出されたとき、非毒性応答が予測される。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数が相対存在量で少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定されたとき、非毒性応答が予測される。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスに属する細菌は、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスを合わせた相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バンピロビブリオ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、タイゼレラ属に属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。

幾つかの態様では、対象からのサンプル中でパラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数が検出されたとき、有効応答が予測される。幾つかの態様では、対象からのサンプル中でパラバクテロイデス属、フルニエレラ属、エイセンベルギエラ属、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム属、バクテロイデス属、ブチリシモナス属、フラボニフラクター属、ディエルマ属、アリスティペス属、およびアッケルマンシア属のうちの1つまたは複数が検出されたとき、有効応答が予測される。幾つかの態様では、対象からのサンプル中でバクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数が検出されたとき、有効応答が予測される。幾つかの態様では、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数が相対存在量で少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定されたとき、有効応答が予測される。幾つかの態様では、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラに属する細菌が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラを合わせた相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・ステルコリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、フラボニフラクター・プラウチイに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ディエルマ・ファスチジオサに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、アッケルマンシア・ムシニフィラに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ブチリシモナス・ファエシホミニスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、アリスティペス・インジスチンクタスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。

幾つかの態様では、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、およびクレブシエラ・アエロゲネスのうちの1つまたは複数が検出されたとき、非有効応答が予測される。幾つかの態様では、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、およびクレブシエラ・アエロゲネスのうちの1つまたは複数が相対存在量で少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定されたとき、非有効応答が予測される。幾つかの態様では、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、およびクレブシエラ・アエロゲネスに属する細菌は、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量で存在すると判定された。幾つかの態様では、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、およびクレブシエラ・アエロゲネスを合わせた相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、ラクトバチルス・ロゴサエに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、バクテロイデス・フラジリスに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、プレボテラ・コプリに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。幾つかの態様では、プレボテラ・シャヒイに属する細菌の相対存在量が、少なくとも2、3、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定された。

幾つかの態様では、好ましいプロファイル、非毒性関連プロファイル、および／または有効プロファイルは、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム、ラクノスピラ、ミクロコッカス、および／もしくはベイロネラのうちの1つもしくは複数からの細菌を除外するか、または30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2、もしくは1％(またはこの中の任意の導出可能な範囲)未満の相対存在量の、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム、ラクノスピラ、ミクロコッカス、および／もしくはベイロネラのうちの1つもしくは複数からの細菌を含む。

幾つかの態様では、好ましいプロファイル、非毒性関連プロファイル、および／または有効プロファイルは、以下のうちの1つもしくは複数からの細菌を除外する、または30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、もしくは1％(またはこの中の任意の導出可能な範囲)未満の相対存在量の、以下のうちの1つもしくは複数からの細菌を含む：バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・コアギュランス（Bacteroides coagulans）、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルドリチイ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アミグダリヌム（Clostridium amygdalinum）、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セルロシ（Clostridium cellulosi）、クロストリジウム・シトロニアエ（Clostridium citroniae）、クロストリジウム・クラリフラブムDSM 19732、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・フィメタリウム（Clostridium fimetarium）、クロストリジウム・ヒラノニス（Clostridium hiranonis）、クロストリジウム・フンガテイ（Clostridium hungatei）、クロストリジウム・ハイレモナエDSM 15053、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム（Clostridium leptum）、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・パピロソルベンスDSM 2782、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・プロピオニクム（Clostridium propionicum）、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・スポロスファエロイデス（Clostridium sporosphaeroides）、クロストリジウム・ステルコラリウム（Clostridium stercorarium）、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・スッフラブム（Clostridium sufflavum）、クロストリジウム・テルミチジス、クロストリジウム・サーモスクシノゲンス（Clostridium thermosuccinogenes）、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、デスルホトマキュラム・グットイデウム（Desulfotomaculum guttoideum）、ユーバクテリウム・レクターレ（Eubacterium rectale）ATCC 33656、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・エリゲンス（Eubacterium eligens）ATCC 27750、ユーバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）、ユーバクテリウム・インフィルマム（Eubacterium infirmum）、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・テヌエ（Eubacterium tenue）、ルミノコッカス・トルクエス（Ruminococcus torques）、アセタナエロバクテリウム・エロンガツム（Acetanaerobacterium elongatum）、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ブラシカエ（Acholeplasma brassicae）0502、アコレプラズマ・パルブム（Acholeplasma parvum）、アコレプラズマ・ビツリ、アシネトバクター・ジュニイ（Acinetobacter junii）、アクチノバチルス・ポルシヌス（Actinobacillus porcinus）、アクチノミセス・ボウデニイ（Actinomyces bowdenii）、アクチノミセス・デンタリス（Actinomyces dentalis）、アクチノミセス・オドントリチクス（Actinomyces odontolyticus）、アキュタリバクター・ムリス（Acutalibacter muris）、アエロコッカス・ビリダンス（Aerococcus viridans）、アエロミクロビウム・ファスチヂオスム（Aeromicrobium fastidiosum）、アリスティペス・フィネゴルジイ（Alistipes finegoldii）、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・オンデルドンキイ（Alistipes onderdonkii）、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・シャヒイ(Alistipes shahii)、アリスティペス・シャヒイWAL 8301、アリスティペス・チモネンシスJC136、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリフィルス・メタリレジエンス（Alkaliphilus metalliredigens）QYMF、アリソネラ・ヒスタミニホルマンス（Allisonella histaminiformans）、アロバクルム・ステルコリカニスDSM 13633、アロプレボテラ・ラバ（Alloprevotella rava）、アロプレボテラ・タンネラエ（Alloprevotella tannerae）、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロビオスピリラム・トマシイ（Anaerobiospirillum thomasii）、アナエロビウム・アセテチリクム（Anaerobium acetethylicum）、アナエロコッカス・オクタビウス（Anaerococcus octavius）NCTC 9810、アナエロコッカス・プロベンシエンシス（Anaerococcus provenciensis）、アナエロコッカス・バギナリス（Anaerococcus vaginalis）ATCC 51170、アナエロコルムナ・ジェジュエンシス（Anaerocolumna jejuensis）、アナエロフィルム・アギレ（Anaerofilum agile）、アナエロフスチス・ステルコリホミニス（Anaerofustis stercorihominis）、アナエログロブス・ゲミナツス（Anaeroglobus geminatus）、アナエロマッシリバチルス・セネガレンシス（Anaeromassilibacillus senegalensis）、アナエロプラズマ・アバクトクラスチクム（Anaeroplasma abactoclasticum）、アナエロルハブドス・フルコーサ（Anaerorhabdus furcosa）、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロスチペス・ブチラチクス（Anaerostipes butyraticus）、アナエロスチペス・カッカエ（Anaerostipes caccae）、アナエロスチペス・ハドルス（Anaerostipes hadrus）、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロボラクス・オドリムタンス、アノキシバチルス・ルピエンシス（Anoxybacillus rupiensis）、アクアバクテリウム・リムノチクム（Aquabacterium limnoticum）、アルコバクター・ブツレリ（Arcobacter butzleri）、アルスロスピラ・プラテンシス（Arthrospira platensis）、アサッカロバクター・セラツス（Asaccharobacter celatus）、アトポビウム・パルブルム（Atopobium parvulum）、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・セルロシリチクス（Bacteroides cellulosilyticus）、バクテロイデス・クラルス（Bacteroides clarus）YIT 12056、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・エッゲルチイ（Bacteroides eggerthii）、バクテロイデス・フィネゴルジイ、バクテロイデス・フラジリス、バクテロイデス・ガッリナルム（Bacteroides gallinarum）、バクテロイデス・マシリエンシス、バクテロイデス・オレイシプレヌス（Bacteroides oleiciplenus）YIT 12058、バクテロイデス・プレベイウス（Bacteroides plebeius）DSM 17135、バクテロイデス・ロデンチウムJCM 16496、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）、バクテロイデス・ユニホルミス（Bacteroides uniformis）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Bacteroides xylanisolvens）XB1A、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Bifidobacterium bifidum）、ビフィドバクテリウム・デンチウム（Bifidobacterium dentium）、ビフィドバクテリウム・ロングム亜種インファンチス（infantis）、ブラウチア・カエシムリス（Blautia caecimuris）、ブラウチア・コッコイデス（Blautia coccoides）、ブラウチア・ファエシス、ブラウチア・グルセラセア（Blautia glucerasea）、ブラウチア・ハンセニイ（Blautia hansenii）DSM 20583、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ、ブラウチア・ルチ、ブラウチア・ルチDSM 14534、ブラウチア・ウェクスレラエ（Blautia wexlerae）DSM 19850、ブドビシア・アクアティカ（Budvicia aquatica）、ブチリシコッカス・プリカエコルム（Butyricicoccus pullicaecorum）、ブチリシモナス・パラビローサ（Butyricimonas paravirosa）、ブチリビブリオ・クロッソタス、カルディコプロバクター・オシマイ（Caldicoprobacter oshimai）、カロラマター・クールハアシイ、カロラマター・プロテオクラスチクス（Caloramator proteoclasticus）、カロラマター・キムバイエンシス（Caloramator quimbayensis）、カンピロバクター・グラシリス（Campylobacter gracilis）、カンピロバクター・レクツス（Campylobacter rectus）、カンピロバクター・ウレオリティクス（Campylobacter ureolyticus）DSM 20703、カプノシトファーガ・ジンジバリス（Capnocytophaga gingivalis）、カプノシトファーガ・レアドベッテリ（Capnocytophaga leadbetteri）、カプノシトファーガ・スプチゲナ（Capnocytophaga sputigena）、カサルテラ・マシリエンシス（Casaltella massiliensis）、カタバクター・ホンコンゲネシス、カテニバクテリウム・ミツオカイ（Catenibacterium mitsuokai）、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クリセオバクテリウム・タクリマカネンセ（Chryseobacterium taklimakanense）、シトロバクター・フレウンジイ、クロアシバチルス・ポルコルム（Cloacibacillus porcorum）、クロストリジオイデス・ディフィシレ（Clostridioides difficile）ATCC 9689=DSM 1296、クロストリジウム・アミロリチクム（Clostridium amylolyticum）、クロストリジウム・ボウマニイ（Clostridium bowmanii）、クロストリジウム・ブチリクム（Clostridium butyricum）、クロストリジウム・カダベリス（Clostridium cadaveris）、クロストリジウム・コリカニス（Clostridium colicanis）、クロストリジウム・ガシゲネス（Clostridium gasigenes）、クロストリジウム・レントセルム（Clostridium lentocellum）DSM 5427、クロストリジウム・オセアニクム（Clostridium oceanicum）、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パラプトリフィクム（Clostridium paraputrificum）、クロストリジウム・パスクイ（Clostridium pascui）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Clostridium perfringens）、クロストリジウム・キニイ（Clostridium quinii）、クロストリジウム・サッカロブチリクム（Clostridium saccharobutylicum）、クロストリジウム・スポロゲネス（Clostridium sporogenes）、クロストリジウム・ベントリクリ（Clostridium ventriculi）、コリンセラ・アエロファシエンス（Collinsella aerofaciens）、コマモナス・テストステロニ（Comamonas testosteroni）、コプロバクター・ファスチジオスサス（Coprobacter fastidiosus）NSB1、コプロコッカス・エウタクツス（Coprococcus eutactus）、ジフテリア菌（Corynebacterium diphtheriae）、コリネバクテリウム・デュラム（Corynebacterium durum）、コリネバクテリウム・ミセトイデス（Corynebacterium mycetoides）、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス（Corynebacterium pyruviciproducens）ATCC BAA-1742、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリクム（Corynebacterium tuberculostearicum）、クルツロミカ・マッシリエンシス（Culturomica massiliensis）、クネアチバクター・カエシムリス（Cuneatibacter caecimuris）、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デルフティア・アシドボランス（Delftia acidovorans）、デスルフィトバクテリウム・クロロレスピランス（Desulfitobacterium chlororespirans）、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・アシジデュランス（Desulfosporosinus acididurans）、デスルホトマクルム・ハロフィツム（Desulfotomaculum halophilum）、デスルホトマクルム・イントリカツム（Desulfotomaculum intricatum）、デスルホトマクルム・トンゲンセ（Desulfotomaculum tongense）、デスルホビブリオ・デスルフリカンス亜種デスルフリカン
ス（desulfuricans）、デスルホビブリオ・イダホネンシス（Desulfovibrio idahonensis）、デスルホビブリオ・リトラリス（Desulfovibrio litoralis）、デスルホビブリオ・ピゲル（Desulfovibrio piger）、デスルホビブリオ・シンプレックス、デスルホビブリオ・ゾステラエ（Desulfovibrio zosterae）、デスルフロモナス・アセトキシダンス（Desulfuromonas acetoxidans）、デチオバクター・アルカリフィルス（Dethiobacter alkaliphilus）AHT 1、デチオスルファチバクター・アミノボランス（Dethiosulfatibacter aminovorans）、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディエルマ・ファスチジオサ、ジエッツィア・アリメンタリア（Dietzia alimentaria）72、ドレア・ロンギカテナ（Dorea longicatena）、ディスゴノモナス・ガデイ（Dysgonomonas gadei）ATCC BAA-286、ディスゴノモナス・モッシイ（Dysgonomonas mossii）、エッグルテラ・レンタ（Eggerthella lenta）、エイケネラ・コロデンス（Eikenella corrodens）、エイセンベルギエラ・タイ、エメルゲンシア・チモネンシス、エノルマ・マシリエンシス（Enorma massiliensis）phI、大便連鎖球菌（Enterococcus faecalis）、エンテロルハブデュス・ムリス、エタノリゲネンス・ハルビネンス（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・リモスム（Eubacterium limosum）、ユーバクテリウム・オキシドレデュセンス（Eubacterium oxidoreducens）、ユーバクテリウム・スルシATCC 35585、ユーバクテリウム・ユニホルメ（Eubacterium uniforme）、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ユーバクテリウム・キシラノフィラム（Eubacterium xylanophilum）、エキシチバクター・ムリス（Extibacter muris）、エザキエラ・ペルエンシス（Ezakiella peruensis）、ファエカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Faecalibacterium prausnitzii）、フェアカリコッカス・アシジホルマンス（Faecalicoccus acidiformans）、ファエカリタレア・シリンドロイデス（Faecalitalea cylindroides）、フィリファクター・ビトスス（Filifactor villosus）、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、フリシンジコッカス・カエシムリス（Frisingicoccus caecimuris）、フコフィルス・フコイダノリティクス（Fucophilus fucoidanolyticus）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Fusicatenibacter saccharivorans）、フソバクテリウム・モルチフェルム（Fusobacterium mortiferum）、フソバクテリウム・ヌクレアツム（Fusobacterium nucleatum）亜種ビンセンチイ（vincentii）、フソバクテリウム・シミアエ（Fusobacterium simiae）、フソバクテリウム・バリウム（Fusobacterium varium）、ガルシエラ・ニトラチレデュセンス（Garciella nitratireducens）、ゲメラ・ハエモリサンス（Gemella haemolysans）、ゲミゲル・ホルミシリス（Gemmiger formicilis）、ゴルドニバクター・ウロリチンファシエンス（Gordonibacter urolithinfaciens）、グラシリバクター・サーモトレランスJW/YJL-S1、グラヌリカテラ・エレガンス（Granulicatella elegans）、グゲンヘイメラ・ボビス（Guggenheimella bovis）、ハエモフィルス・ハエモリチクス（Haemophilus haemolyticus）、ヘリコバクター・チフロニウス（Helicobacter typhlonius）、ヘスペリア・ステルコリスイス（Hespellia stercorisuis）、ホルデマネラ・ビホルミス（Holdemanella biformis）、ホルデマニア・マシリエンシスAP2、ホワルデラ・ウレイリチカ（Howardella ureilytica）、フンガテラ・エフルビイ（Hungatella effluvii）、フンガテラ・ハテワイ（Hungatella hathewayi）、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、キロニエラ・ラミナリアエ（Kiloniella laminariae）DSM 19542、クロッペンステドティア・グアングゾウエンシス（Kroppenstedtia guangzhouensis）、ラクノアナエロバキュラム・オラレ（Lachnoanaerobaculum orale）、ラクノアナエロバキュラム・ウメアエンス（Lachnoanaerobaculum umeaense）、ラクノクロストリジウム・フィトフェルメンタンス（Lachnoclostridium phytofermentans）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Lactobacillus acidophilus）、ラクトバチルス・アルギダス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・デルブルエッキイ（Lactobacillus delbrueckii）、ラクトバチルス・ホルニカリス（Lactobacillus fornicalis）、ラクトバチルス・イナーズ（Lactobacillus iners）、ラクトバチルス・ペントスス（Lactobacillus pentosus）、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトコッカス・ガルビエアエ（Lactococcus garvieae）、ラクトニファクター・ロンゴビホルミス（Lactonifactor longoviformis）、レプトトリキア・バッカリス（Leptotrichia buccalis）、レプトトリキア・ホフスタジイ（Leptotrichia hofstadii）、レプトトリキア・ホンコンゲネシス（Leptotrichia hongkongensis）、レプトトリキア・ワデイ（Leptotrichia wadei）、ロイコノストク・インハエ（Leuconostoc inhae）、レビエラ・マシリエンシス（Levyella massiliensis）、ロリエロプシス・カベルニコーラ（Loriellopsis cavernicola）、ルチスポラ・サーモフィラ（Lutispora thermophila）、マリニラビリア・サルモニコラー（Marinilabilia salmonicolor）JCM 21150、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、メソプラズマ・フォツリス（Mesoplasma photuris）、メタノビレビバクター・スミチイ（Methanobrevibacter smithii）ATCC 35061、メタノマッシリイコッカス・ルミニエンシス（Methanomassiliicoccus luminyensis）B10、メチロバクテリウム・エキソトルキエンス（Methylobacterium extorquens）、ミツオケラ・ジャラルジニイ（Mitsuokella jalaludinii）、モビリタレア・シビリカ（Mobilitalea sibirica）、モビルンクス・クルチシイ（Mobiluncus curtisii）、モギバクテリウム・プルルム（Mogibacterium pumilum）、モギバクテリウム・チミヅム（Mogibacterium timidum）、ムーレラ・グリセリニ（Moorella glycerini）、ムーレラ・フミフェレア（Moorella humiferrea）、モラキセラ・ノンリクエファシエンス（Moraxella nonliquefaciens）、モラキセラ・オスロエンシス（Moraxella osloensis）、モルガネラ・モルガニイ（Morganella morganii）、モリエラ・インドリゲネス（Moryella indoligenes）、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、ネイセリア・シネレア（Neisseria cinerea）、ネイセリア・オラリス（Neisseria oralis）、ノカルジオイデス・メソフィルス（Nocardioides mesophilus）、ノビバチルス・サーモフィルス（Novibacillus thermophilus）、オクロバクトルム・アントロピ（Ochrobactrum anthropi）、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オルセネラ・ウリ（Olsenella uli）、オリバクテリウム・アサッカロリチクム（Oribacterium asaccharolyticum）ACB7、オリバクテリウム・シヌス（Oribacterium sinus）、オスシリバクター・ルミナンチウムGH1、オスシリバクター・バレリシゲネス、オキソバクター・フェンニギイ（Oxobacter pfennigii）、パントエア・アグロメランス（Pantoea agglomerans）、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ファエシス（Parabacteroides faecis）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Parabacteroides gordonii）、パラバクテロイデス・メルダエ（Parabacteroides merdae）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（Parasporobacterium paucivorans）、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パラステレラ・セクンダ、パルビモナス・ミクラ（Parvimonas micra）、ペプトコッカス・ニガー、ペプトニフィルス・デュエルデニイ（Peptoniphilus duerdenii）ATCC BAA-1640、ペプトニフィルス・グロッセンシス（Peptoniphilus grossensis）ph5、ペプトニフィルス・コエノエネニアエ（Peptoniphilus koenoeneniae）、ペプトニフィルス・セネガレンシス（Peptoniphilus senegalensis）JC140、ペプトストレプトコッカス・ストマチス（Peptostreptococcus stomatis）、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナツテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）、フォセア・マシリエンシス、ポンチバクター・インディクス（Pontibacter indicus）、ポルフィロモナス・ベンノニス（Porphyromonas bennonis）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Porphyromonas endodontalis）、ポルフィロモナス・パステリ（Porphyromonas pasteri）、プレボテラ・ベルゲンシス（Prevotella bergensis）、プレボテラ・ブッカエ（Prevotella buccae）ATCC 33574、プレボテラ・デンチコーラ、プレボテラ・エノエカ（Prevotella enoeca）、プレボテラ・フスカ（Prevotella fusca）JCM 17724、プレボテラ・ロエスチェイイ（Prevotella loescheii）、プレボテラ・ニグレセンス（Prevotella nigrescens）、プレボテラ・オリス（Prevotella oris）、プレボテラ・パレンス（Prevotella pallens）ATCC 700821、プレボテラ・ステルコレアDSM 18206、プレボテラマシリア・チモネンシス、プロピオニスピラ・アルクアタ（Propionispira arcuata）、プロテウス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、プロビデンシア・レットゲリ（Providencia rettgeri）、シュードバクテロイデス・セルロソルベンス（Pseudobacteroides cellulosolvens）ATCC 35603=DSM 2933、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサスATCC 29799、緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）、蛍光菌（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・マンデリイ（Pseudomonas mandelii）、シュードモナス・ニトロレデュセンス（Pseudomonas nitroreducens）、シュードモナス・プチダ（Pseudomonas putida）、ラオウテラ・オルニチノリチカ（Raoultella ornithinolytica）、ラオウテラ・プランチコーラ（Raoultella planticola）、ラオウルチバクター・マシリエンシス、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Robinsoniella peoriensis）、ロムボウトシア・チモネンシス（Romboutsia timonensis）、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニスA2-183、ロゼブリア・インテスチナリス、ロゼブリア・イヌリニボランス（Roseburia inulinivorans）DSM 16841、ロチア・デントカリオサ（Rothia dentocariosa）ATCC 17931、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・アルブス（Ruminococcus albus）、ルミノコッカス・ブロミイ（Ruminococcus bromii）、ルミノコッカス・カリデュス（Ruminococcus callidus）、ルミノコッカス・シャンパネレンシス18P13=JCM 17042、ルミノコッカス・ファエシスJCM 15917、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・ガウビレアウイイ（Ruminococcus gauvreauii）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ruminococcus lactaris）ATCC 29176、ルメリイバチルス・ピクヌス（Rummeliibacillus pycnus）、サッカロフェルメンタンス・アセチゲネス（Saccharofermentans acetigenes）、スカルドビア・ウィッグシアエ（Scardovia wiggsiae）、スクレゲレラ・サーモデポリメランス（Schlegelella thermodepolymerans）、セディメンチバクター・ホンコンゲネシス（Sedimentibacter hongkongensis）、セレノモナス・スプチゲナ（Selenomonas sputigena）ATCC 35185、スラッキア・エキシグア（Slackia exigua）ATCC 700122、スラッキア・ピリホルミス（Slackia piriformis）YIT 12062、ソリタレア・カナデンシス（Solitalea canadensis）、ソロバクテリウム・ムーレイ（Solobacterium moorei）、スフィンゴモナス・アクアチリス（Sphingomonas aquatilis）、スピロプラズマ・アレグヘネンセ（Spiroplasma alleghenense）、スピロプラズマ・チネンセ（Spiroplasma chinense）、スピロプラズマ・クリソピコー
ラ（Spiroplasma chrysopicola）、スピロプラズマ・クリコーラ（Spiroplasma culicicola）、スピロプラズマ・ランピリジコーラ（Spiroplasma lampyridicola）、スポロバクター・テルミチジス、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、ステノトロホモナス・マルトフィリア（Stenotrophomonas maltophilia）、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アガラクチアエ（Streptococcus agalactiae）ATCC 13813、ストレプトコッカス・クリスタツス（Streptococcus cristatus）、ストレプトコッカス・エキヌス（Streptococcus equinus）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Streptococcus gordonii）、ストレプトコッカス・ラクタリウス（Streptococcus lactarius）、ストレプトコッカス・パラウベリス（Streptococcus parauberis）、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Subdoligranulum variabile）、スクシニブリオ・デキストリノソルベンス（Succinivibrio dextrinosolvens）、ステレラ・ステルコリカニス、ステレラ・ワドスウォルテンシス（Sutterella wadsworthensis）、シントロホコッカス・スクロムタンス（Syntrophococcus sucromutans）、シントロホモナス・ゼーンデリ（Syntrophomonas zehnderi）OL-4、テリスポロバクター・マヨムベイ（Terrisporobacter mayombei）、サーモレオフィラム・アルブム（Thermoleophilum album）、トレポネマ・デンチコーラ（Treponema denticola）、トレポネマ・ソクランスキイ（Treponema socranskii）、タイゼレラ・ネキシリスDSM 1787、バリタレア・グアイマセンシス（Vallitalea guaymasensis）、バリタレア・プロニエンシス、バンピロビブリオ・クロレラボラス、ベイロネラ・アティピカ（Veillonella atypica）、ベイロネラ・デンチカリオシ（Veillonella denticariosi）、ベイロネラ・ディスパル（Veillonella dispar）、ベイロネラ・パルブラ（Veillonella parvula）、ビクチバリス・バデンシス（Victivallis vadensis）、バルカニバチルス・モデスチカルデュス（Vulcanibacillus modesticaldus）、およびワイセラ・コンフサ（Weissella confusa）。

幾つかの態様では、好ましくないプロファイル、毒性関連プロファイル、および／または非有効プロファイルは、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルチ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、アナエロトルンクス・コリホミニス、クレブシエラ・ヴァリコーラ（Klebsiella variicola）、大腸菌（Escherichia coli）、バクテロイデス・テタイオタミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）、オキサロバクター・ホルミゲネス（Oxalobacter formigenes）、パラプレボテラ・クララ（Paraprevotella clara）、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、クロストリジウム・ボルテアエ（Clostridium bolteae）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、クロストリジウム属、パラバクテロイデス・メルダエ（Parabacteroides merdae）、クレブシエラ・クアシプニューモニアエ（Klebsiella quasipneumoniae）、ラクノクロストリジウム属、バクテロイデス・コプロコーラ（Bacteroides coprocola）、プレボテラ属種CAG:255、ラクノスピラ科、ストレプトコッカス・パストゥリアヌス（Streptococcus pasteurianus）、ラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）、クロストリジウム目、ストレプトコッカス・ミュータンス（Streptococcus mutans）、ルミノコッカス科細菌D16、ファーミキューテス門細菌CAG:102、オスシリバクター属、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、バクテロイデス・マシリエンシス、クロストリジウム・サインデンス、パラバクテロイデス・メルダエ、ユーバクテリウム属種CAG:161、ルミノコッカス・グナブス、クロストリジウム・クロストリジオホルメのうちの1つもしくは複数を除外する、または30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2、もしくは1％未満（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の相対存在量の、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルチ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、アナエロトルンクス・コリホミニス、クレブシエラ・ヴァリコーラ、大腸菌、バクテロイデス・テタイオタミクロン、オキサロバクター・ホルミゲネス、パラプレボテラ・クララ、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、クロストリジウム・ボルテアエ、肺炎桿菌、クロストリジウム属、パラバクテロイデス・メルダエ、クレブシエラ・クアシプニューモニアエ、ラクノクロストリジウム属、バクテロイデス・コプロコーラ、プレボテラ属種CAG:255、ラクノスピラ科、ストレプトコッカス・パストゥリアヌス、ラクトコッカス・ラクティス、クロストリジウム目、ストレプトコッカス・ミュータンス、ルミノコッカス科細菌D16、ファーミキューテス門細菌CAG:102、オスシリバクター属、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、バクテロイデス・マシリエンシス、クロストリジウム・サインデンス、パラバクテロイデス・メルダエ、ユーバクテリウム属種CAG:161、ルミノコッカス・グナブス、およびクロストリジウム・クロストリジオホルメのうちの1つもしくは複数からの細菌を含む。

幾つかの態様では、開示の微生物組成物は、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム、ラクノスピラ、ミクロコッカス、および／もしくはベイロネラのうちの1つもしくは複数からの細菌を除外するか、または1×10⁶、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、もしくは1×10²の細胞もしくはCFU(またはこの中の任意の導出可能な範囲)未満の、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム、ラクノスピラ、ミクロコッカス、および／もしくはベイロネラのうちの1つもしくは複数からの細菌を含む。

幾つかの態様では、開示の微生物組成物は、以下のうちの1つもしくは複数からの細菌を除外するか、または1×10⁶、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、もしくは1×10²の細胞もしくはCFU(またはこの中の任意の導出可能な範囲)未満の、以下のうちの1つもしくは複数からの細菌を含む：バクテロイデス・コアギュランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルドリチイ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アミグダリヌム、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セルロシ、クロストリジウム・シトロニアエ、クロストリジウム・クラリフラブムDSM 19732、クロストリジウム・クロストリジオホルメ、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・ヒラノニス、クロストリジウム・フンガテイ、クロストリジウム・ハイレモナエDSM 15053、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・パピロソルベンスDSM 2782、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・プロピオニクム、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・スポロスファエロイデス、クロストリジウム・ステルコラリウム、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・スッフラブム、クロストリジウム・テルミチジス、クロストリジウム・サーモスクシノゲンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、デスルホトマキュラム・グットイデウム、ユーバクテリウム・レクターレATCC 33656、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・エリゲンスATCC 27750、ユーバクテリウム・ハリイ、ユーバクテリウム・インフィルマム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・テヌエ、ルミノコッカス・トルクエス、アセタナエロバクテリウム・エロンガツム、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ブラシカエ0502、アコレプラズマ・パルブム、アコレプラズマ・ビツリ、アシネトバクター・ジュニイ、アクチノバチルス・ポルシヌス、アクチノミセス・ボウデニイ、アクチノミセス・デンタリス、アクチノミセス・オドントリチクス、アキュタリバクター・ムリス、アエロコッカス・ビリダンス、アエロミクロビウム・ファスチヂオスム、アリスティペス・フィネゴルジイ、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・オンデルドンキイ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・シャヒイ、アリスティペス・シャヒイWAL 8301、アリスティペス・チモネンシスJC136、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリフィルス・メタリレジエンスQYMF、アリソネラ・ヒスタミニホルマンス、アロバクルム・ステルコリカニスDSM 13633、アロプレボテラ・ラバ、アロプレボテラ・タンネラエ、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロビオスピリラム・トマシイ、アナエロビウム・アセテチリクム、アナエロコッカス・オクタビウスNCTC 9810、アナエロコッカス・プロベンシエンシス、アナエロコッカス・バギナリスATCC 51170、アナエロコルムナ・ジェジュエンシス、アナエロフィルム・アギレ、アナエロフスチス・ステルコリホミニス、アナエログロブス・ゲミナツス、アナエロマッシリバチルス・セネガレンシス、アナエロプラズマ・アバクトクラスチクム、アナエロルハブドス・フルコーサ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロスチペス・ブチラチクス、アナエロスチペス・カッカエ、アナエロスチペス・ハドルス、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロボラクス・オドリムタンス、アノキシバチルス・ルピエンシス、アクアバクテリウム・リムノチクム、アルコバクター・ブツレリ、アルスロスピラ・プラテンシス、アサッカロバクター・セラツス、アトポビウム・パルブルム、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・セルロシリチクス、バクテロイデス・クラルスYIT 12056、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・エッゲルチイ、バクテロイデス・フィネゴルジイ、バクテロイデス・フラジリス、バクテロイデス・ガッリナルム、バクテロイデス・マシリエンシス、バクテロイデス・オレイシプレヌスYIT 12058、バクテロイデス・プレベイウスDSM 17135、バクテロイデス・ロデンチウムJCM 16496、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・ユニホルミス、バクテロイデス・キシラニソルベンスXB1A、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ビフィドバクテリウム・デンチウム、ビフィドバクテリウム・ロングム亜種インファンチス、ブラウチア・カエシムリス、ブラウチア・コッコイデス、ブラウチア・ファエシス、ブラウチア・グルセラセア、ブラウチア・ハンセニイDSM 20583、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ、ブラウチア・ルチ、ブラウチア・ルチDSM 14534、ブラウチア・ウェクスレラエDSM 19850、ブドビシア・アクアティカ、ブチリシコッカス・プリカエコルム、ブチリシモナス・パラビローサ、ブチリビブリオ・クロッソタス、カルディコプロバクター・オシマイ、カロラマター・クールハアシイ、カロラマター・プロテオクラスチクス、カロラマター・キムバイエンシス、カンピロバクター・グラシリス、カンピロバクター・レクツス、カンピロバクター・ウレオリティクスDSM 20703、カプノシトファーガ・ジンジバリス、カプノシトファーガ・レアドベッテリ、カプノシトファーガ・スプチゲナ、カサルテラ・マシリエンシス、カタバクター・ホンコンゲネシス、カテニバクテリウム・ミツオカイ、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クリセオバクテリウム・タクリマカネンセ、シトロバクター・フレウンジイ、クロアシバチルス・ポルコルム、クロストリジオイデス・ディフィシレATCC 9689=DSM 1296、クロストリジウム・アミロリチクム、クロストリジウム・ボウマニイ、クロストリジウム・ブチリクム、クロストリジウム・カダベリス、クロストリジウム・コリカニス、クロストリジウム・ガシゲネス、クロストリジウム・レントセルムDSM 5427、クロストリジウム・オセアニクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パラプトリフィクム、クロストリジウム・パスクイ、クロストリジウム・ペルフリンゲンス、クロストリジウム・キニイ、クロストリジウム・サッカロブチリクム、クロストリジウム・スポロゲネス、クロストリジウム・ベントリクリ、コリンセラ・アエロファシエンス、コマモナス・テストステロニ、コプロバクター・ファスチジオスサスNSB1、コプロコッカス・エウタクツス、ジフテリア菌、コリネバクテリウム・デュラム、コリネバクテリウム・ミセトイデス、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンスATCC BAA-1742、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリクム、クルツロミカ・マッシリエンシス、クネアチバクター・カエシムリス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デルフティア・アシドボランス、デスルフィトバクテリウム・クロロレスピランス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・アシジデュランス、デスルホトマクルム・ハロフィツム、デスルホトマクルム・イントリカツム、デスルホトマクルム・トンゲンセ、デスルホビブリオ・デスルフリカンス亜種デスルフリカンス、デスルホビブリオ・イダホネンシス、デスルホビブリオ・リトラリス、デスルホビブリオ・ピゲル、デスルホビブリオ・シンプレックス、デスルホビブリオ・ゾステラエ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、デチオバクター・アルカリフィルスAHT 1、デチオスルファチバクター・アミノボランス、ディアリスター・インビサス、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディエルマ・ファスチジオサ、ジエッツィア・アリメンタリア72、ドレア・ロンギカテナ、ディスゴノモナス・ガデイATCC BAA-286、ディスゴノモナス・モッシイ、エッグルテラ・レンタ、エイケネラ・コロデンス、エイセンベルギエラ・タイ、エメルゲンシア・チモネンシス、エノルマ・マシリエンシスphI、大便連鎖球菌、エンテロルハブデュス・ムリス、エタノリゲネンス・ハルビネンスYUAN-3、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・リモスム、ユーバクテリウム・オキシドレデュセンス、ユーバクテリウム・スルシATCC 35585、ユーバクテリウム・ユニホルメ、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ユーバクテリウム・キシラノフィラム、エキシチバクター・ムリス、エザキエラ・ペルエンシス、ファエカリバクテリウム・プラウスニッツィ、フェアカリコッカス・アシジホルマンス、ファエカリタレア・シリンドロイデス、フィリファクター・ビトスス、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、フリシンジコッカス・カエシムリス、フコフィルス・フコイダノリティクス、フシカテニバクター・サッカリボランス、フソバクテリウム・モルチフェルム、フソバクテリウム・ヌクレアツム亜種ビンセンチイ、フソバクテリウム・シミアエ、フソバクテリウム・バリウム、ガルシエラ・ニトラチレデュセンス、ゲメラ・ハエモリサンス、ゲミゲル・ホルミシリス、ゴルドニバクター・ウロリチンファシエンス、グラシリバクター・サーモトレランスJW/YJL-S1、グラヌリカテラ・エレガンス、グゲンヘイメラ・ボビス、ハエモフィルス・ハエモリチクス、ヘリコバクター・チフロニウス、ヘスペリア・ステルコリスイス、ホルデマネラ・ビホルミス、ホルデマニア・マシリエンシスAP2、ホワルデラ・ウレイリチカ、フンガテラ・エフルビイ、フンガテラ・ハテワイ、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、キロニエラ・ラミナリアエDSM 19542、クロッペンステドティア・グアングゾウエンシス、ラクノアナエロバキュラム・オラレ、ラクノアナエロバキュラム・ウメアエンス、ラクノクロストリジウム・フィトフェルメンタンス、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルス・アルギダス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・デルブルエッキイ、ラクトバチルス・ホルニカリス、ラクトバチルス・イナーズ、ラクトバチルス・ペントスス、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトコッカス・ガルビエアエ、ラクトニファクター・ロンゴビホルミス、レプトトリキア・バッカリス、レプトトリキア・ホフスタジイ、レプトトリキア・ホンコンゲネシス、レプトトリキア・ワデイ、ロイコノストク・インハエ、レビエラ・マシリエンシス、ロリエロプシス・カベルニコーラ、ルチスポラ・サーモフィラ、マリニラビリア・サルモニコラーJCM 21150、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、メソプラズマ・フォツリス、メタノビレビバクター・スミチイATCC 35061、メタノマッシリイコッカス・ルミニエンシスB10、メチロバクテリウム・エキソトルキエンス、ミツオケラ・ジャラルジニイ、モビリタレア・シビリカ、モビルンクス・クルチシイ、モギバクテリウム・プルルム、モギバクテリウム・チミヅム、ムーレラ・グリセリニ、ムーレラ・フミフェレア、モラキセラ・ノンリクエファシエンス、モラキセラ・オスロエンシス、モルガネラ・モルガニイ、モリエラ・インドリゲネス、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、ネイセリア・シネレア、ネイセリア・オラリス、ノカルジオイデス・メソフィルス、ノビバチルス・サーモフィルス、オクロバクトルム・アントロピ、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オルセネラ・ウリ、オリバクテリウム・アサッカロリチクムACB7、オリバクテリウム・シヌス、オスシリバクター・ルミナン
チウムGH1、オスシリバクター・バレリシゲネス、オキソバクター・フェンニギイ、パントエア・アグロメランス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ファエシス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・ゴルドニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、パラスポロバクテリウム・パウシボランス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パラステレラ・セクンダ、パルビモナス・ミクラ、ペプトコッカス・ニガー、ペプトニフィルス・デュエルデニイATCC BAA-1640、ペプトニフィルス・グロッセンシスph5、ペプトニフィルス・コエノエネニアエ、ペプトニフィルス・セネガレンシスJC140、ペプトストレプトコッカス・ストマチス、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナツテンス、フォセア・マシリエンシス、ポンチバクター・インディクス、ポルフィロモナス・ベンノニス、ポルフィロモナス・エンドドンタリス、ポルフィロモナス・パステリ、プレボテラ・ベルゲンシス、プレボテラ・ブッカエATCC 33574、プレボテラ・デンチコーラ、プレボテラ・エノエカ、プレボテラ・フスカJCM 17724、プレボテラ・ロエスチェイイ、プレボテラ・ニグレセンス、プレボテラ・オリス、プレボテラ・パレンスATCC 700821、プレボテラ・ステルコレアDSM 18206、プレボテラマシリア・チモネンシス、プロピオニスピラ・アルクアタ、プロテウス・ミラビリス、プロビデンシア・レットゲリ、シュードバクテロイデス・セルロソルベンスATCC 35603=DSM 2933、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサスATCC 29799、緑膿菌、蛍光菌、シュードモナス・マンデリイ、シュードモナス・ニトロレデュセンス、シュードモナス・プチダ、ラオウテラ・オルニチノリチカ、ラオウテラ・プランチコーラ、ラオウルチバクター・マシリエンシス、ロビンソニエラ・ペオリエンシス、ロムボウトシア・チモネンシス、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニスA2-183、ロゼブリア・インテスチナリス、ロゼブリア・イヌリニボランスDSM 16841、ロチア・デントカリオサATCC 17931、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリデュス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス18P13=JCM 17042、ルミノコッカス・ファエシスJCM 15917、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・ガウビレアウイイ、ルミノコッカス・ラクタリスATCC 29176、ルメリイバチルス・ピクヌス、サッカロフェルメンタンス・アセチゲネス、スカルドビア・ウィッグシアエ、スクレゲレラ・サーモデポリメランス、セディメンチバクター・ホンコンゲネシス、セレノモナス・スプチゲナATCC 35185、スラッキア・エキシグアATCC 700122、スラッキア・ピリホルミスYIT 12062、ソリタレア・カナデンシス、ソロバクテリウム・ムーレイ、スフィンゴモナス・アクアチリス、スピロプラズマ・アレグヘネンセ、スピロプラズマ・チネンセ、スピロプラズマ・クリソピコーラ、スピロプラズマ・クリコーラ、スピロプラズマ・ランピリジコーラ、スポロバクター・テルミチジス、黄色ブドウ球菌、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アガラクチアエATCC 13813、ストレプトコッカス・クリスタツス、ストレプトコッカス・エキヌス、ストレプトコッカス・ゴルドニイ、ストレプトコッカス・ラクタリウス、ストレプトコッカス・パラウベリス、スブドリグラヌルム・バリアビレ、スクシニブリオ・デキストリノソルベンス、ステレラ・ステルコリカニス、ステレラ・ワドスウォルテンシス、シントロホコッカス・スクロムタンス、シントロホモナス・ゼーンデリOL-4、テリスポロバクター・マヨムベイ、サーモレオフィラム・アルブム、トレポネマ・デンチコーラ、トレポネマ・ソクランスキイ、タイゼレラ・ネキシリスDSM 1787、バリタレア・グアイマセンシス、バリタレア・プロニエンシス、バンピロビブリオ・クロレラボラス、ベイロネラ・アティピカ、ベイロネラ・デンチカリオシ、ベイロネラ・ディスパル、ベイロネラ・パルブラ、ビクチバリス・バデンシス、バルカニバチルス・モデスチカルデュス、およびワイセラ・コンフサ。

幾つかの態様では、方法は、非毒性または有効な応答を有すると予測される対象を、併用免疫チェックポイント遮断療法を用いて処置することを更に含む。幾つかの態様では、方法は、毒性および／または非有効な応答を有すると予測される対象を、開示の組成物で処置することを更に含む。幾つかの態様では、方法は、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置することを更に含む。

幾つかの態様では、本明細書において記載される門、目、科、属、または種のうちの1つまたは複数の細菌が相対存在量で少なくとも2％、3％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）であると判定されたとき、毒性、非毒性、有効、または非有効な応答が予測される。幾つかの態様では、細菌の組み合わせは、少なくとも2％、3％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、または90％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の合計相対存在量を有すると判定される。

開示の組成物は、本明細書において記載される1つもしくは複数の細菌の属または種を除外してもよく、または1×10⁶、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、もしくは1×10²未満の細胞もしくはCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の本明細書において記載される細菌のうちの1つもしくは複数を含んでいてもよい。

本明細書において記載される好ましいまたは好ましくないプロファイルは、本明細書において記載される1つもしくは複数の細菌を除外してもよく、または30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、または1％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）未満の相対存在量の本明細書において記載される細菌のうちの1つもしくは複数を含んでいてもよい。

幾つかの態様では、細菌の集団はそれぞれ、少なくとも1×10³CFUの濃度で組成物中に存在する。幾つかの態様では、組成物は、生細菌生成物または生存バイオ処置生成物である。幾つかの態様では、細菌は、凍結乾燥、フリーズドライ、または冷凍される。幾つかの態様では、組成物は、経口送達用に製剤化される。幾つかの態様では、経口送達用に製剤化された組成物は、錠剤またはカプセル剤である。幾つかの態様では、錠剤またはカプセル剤は、耐酸性の腸溶性コーティングを含む。幾つかの態様では、組成物は、大腸内視鏡、経鼻胃管によるS状結腸鏡、または浣腸を介する直腸投与用に製剤化される。幾つかの態様では、組成物は、液剤、懸濁剤、ゲル剤、ゲルタブ剤、半固形剤、錠剤、サシェ剤、ロゼンジ剤、カプセル剤を含むものとして、または経腸製剤として、最終的な送達のために再構築することができる。幾つかの態様では、組成物は、複数回投与用に製剤化される。幾つかの態様では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤を更に含む。

本明細書の一態様に関して論じられる任意の限定が、本明細書の任意の他の態様にも適用され得ることが具体的に意図される。更に、本発明の任意の組成物は、本発明の任意の方法で用いることができ、そして、本発明の任意の方法を用いて、本発明の任意の組成物を生成または利用することができる。実施例に記載される態様の局面は、異なる実施例の他の箇所または本願の他の箇所、例えば、発明の概要、態様の詳細な説明、特許請求の範囲、および図面のレジェンドの説明において論じられる態様の状況で実施することができる態様でもある。

以下の図面は、本明細書の一部を構成し、そして、本発明の特定の局面を更に示すために含まれる。これら図面のうちの1つまたは複数を、本明細書において提示される特定の態様の詳細な説明と組み合わせて参照することにより、本発明をより深く理解することができる。
患者コホートおよび生物検体スキーム。併用した抗CTLA-4および抗PD-1の遮断薬を開始する前および後に、臨床転帰および相関関係にある生物検体（腫瘍、末梢血単核細胞、糞便マイクロバイオーム）の分析について進行黒色腫患者（n=53）を評価した。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（A）2値化した最良総合効果（BOR；R=応答者、n=20、NR=非応答者、n=6）によってグループ化した処置前の腫瘍サンプル（n=26）における非同義多型（NSV）数。特定の客観的応答を、各データポイントの色によって示す（p=0.20、マン・ホイットニー検定）。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（B）2値化した最良総合効果によってグループ化した処置前の腫瘍サンプル（n=26）におけるコピー数減少負荷（copy number loss burden）（影響を受けたゲノム領域）（p<0.05、マン・ホイットニー検定）。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（C）有意にコピー数多型（CNV）が影響を受けた遺伝子。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（D）全エクソームシーケンシングによって評価したCNVのランドスケープ（n=26腫瘍）、黒色腫において繰り返し変異した選択された遺伝子、IFNシグナル伝達遺伝子、および抗原プロセシング／提示遺伝子に影響を与えるCNVの減少および増加を示す。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（E）2値化した応答によってグループ化した（n=19 R、n=6 NR；p=0.052、片側マン・ホイットニー検定）一重項染色免疫組織化学的検査（singlet stain immunohistochemistry）による、処置前の腫瘍における浸潤CD8+細胞の密度（数/mm²）。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（F）R（n=19）対NR（n=6）のレパートリーで比較した、処置前の腫瘍内T細胞受容体（TCR）レパートリーのエントロピー（p=0.058、マン・ホイットニー検定）。 図2A～G．応答の分子的および免疫的予測因子。（G）応答によってグループ化した、処置前の腫瘍内TCRレパートリーのクローン性（n=19 R、n=6 NR；p=0.28、マン・ホイットニー検定）。 図3A～F．循環T細胞レパートリーの組成および表現型から毒性が予測される。（A）高グレードirAEに従ってグループ化した患者（n=14）間の、処置中早期の血液サンプルにおけるCD8+Tエフェクタ（Teff細胞内のKi67+細胞の比較（それぞれp<0.01およびp=0.013、マン・ホイットニー検定）。（B）≧Gr3 irAEの発症（または非存在）に従って、処置前の末梢血リンパ球（n=24）のTCRシーケンシングデータから測定したときの循環T細胞レパートリーの多様性（シンプソンの逆数）（p=0.028、マン・ホイットニー検定）。事前に全身性免疫療法を受けたことを、各データポイントの色によって示す。（C）グレード3またはそれ以上の免疫関連有害事象（≧Gr3 irAE）の発症（または非存在）に従ってグループ化した、処置前の末梢血リンパ球（n=24）におけるTCRシーケンシング由来の循環T細胞レパートリーのエントロピー（p<0.01、マン・ホイットニー検定）。事前に全身性免疫療法を受けたことを、色によって示す。処置前の末梢血サンプルにおける（D）CD4+Tエフェクタ（Teff）内のCD27+細胞の割合および（E）CD8+Teff内のCD28+細胞の割合（図示の通りマン・ホイットニー検定；事前に免疫療法を受けたことを色によって示す）。（F）事前の免疫療法への曝露と、併用の抗CTLA-4および抗PD-1の遮断薬後に高グレード免疫関連有害事象が発生するリスクとの間の関係を示す積み重ね棒グラフ（上）および分割表（下）（p=0.016、フィッシャーの直接検定）。 図3-1の説明を参照のこと。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（A）各分析した糞便サンプル（n=31）の目レベルでの微生物組成を示す積み重ね棒グラフ。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（B）併用免疫チェックポイント遮断薬に対する応答によってグループ化した糞便マイクロバイオームのアルファ多様性（シンプソンの逆数）（p=0.14、マン・ホイットニー検定）。R=応答者、NR=非応答者。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（C）CICB開始後の高グレード免疫関連有害事象の発症によってグループ化した糞便マイクロバイオームのアルファ多様性（シンプソンの逆数）（p=0.59、マン・ホイットニー検定）。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（D）CICBに対する応答または非応答で関連が異なる細菌分類群のLEfSeプロット。LDA=線形判別分析。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（E）高グレード（≧グレード3）の免疫関連有害事象（irAE）の発症または非存在で関連が異なる細菌分類群のLEfSeプロット。 図4A～F．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（F）ベースラインの血液サンプル（n=9）のマルチパラメータフローサイトメトリーによって定量した主要な毒性関連または非毒性関連の細菌分類群と循環免疫サブセットとの間の相関（スピアマンのロー）のヒートマップ。Teff=Tエフェクタ細胞、TCM=Tセントラルメモリ、TEM=Tエフェクタメモリ、Treg=制御性T細胞。 図5A～E．CICBによるマイクロバイオームのシフトは、腫瘍サイズに関連する。（A）指定の抗体（x軸）を4回注射した後のMCA205肉腫（左パネル）またはRET黒色腫（右パネル）の腫瘍サイズ。全体として、それぞれ抗PD-1および抗CTLA-4、または関連するアイソタイプ対照を6回または5回注射することによりマウスを処置した。実験条件は、抗PD-1処置マウス（n=6 MCA205、n=6 RET）、CICB処置マウス（n=6 MCA205、n=10 RET）、またはアイソタイプ処置マウス（n=6 MCA205、n=8 RET）で構成されていた。療法にもかかわらずエスケープする腫瘍に対応して、応答者を青で、そして、非応答者を赤で示す。マン・ホイットニー検定を用いた：*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。 図5A～E．CICBによるマイクロバイオームのシフトは、腫瘍サイズに関連する。（B）MCA205（左パネル）およびRET（右パネル）における、時間に従った糞便マイクロバイオームのベータ多様性（オレンジ：処置開始前、青：2回の注射の48時間後、赤：5回の注射の48時間後）。 図5A～E．CICBによるマイクロバイオームのシフトは、腫瘍サイズに関連する。（C）MCA205（左パネル）およびRET（右パネル）の腫瘍サイズに従って着色したベータ多様性、紫色の強度は腫瘍サイズの増加を示す。ANOSIMは、グループの分離を定義し；p値はサンプルを999回並べ替えた後のこのような分離の有意性を定義する。 図5A～E．CICBによるマイクロバイオームのシフトは、腫瘍サイズに関連する。（D）CICBに対する応答者に対応する、腫瘍モデル間で共通しているまたは共通していない、処置開始前の細菌種の重なりを示すベン図（左パネル）。黒色腫患者と共通している、Rマウスで優先的にみられるフラボニフラクター・プラウチイ（右パネル）（図4D～E）。 図5A～E．CICBによるマイクロバイオームのシフトは、腫瘍サイズに関連する。（E）経時的な存在量の種レベルの変動を対比させる、患者およびマウスの両方の腫瘍タイプにおいてR（青）とNR（赤）との間で存在量が異なることが判明した、処置前に検出された分類群のマウスにおける相対存在量の時間経過。 図6A～I．担腫瘍マウスにおける微生物叢依存性の回腸炎および結腸炎。（A～B）アイソタイプ対照、CICB、またはCICB+ATBで処置し、続いて、エリシペラトクロストリジウム・ラモスムまたはバクテロイデス・インテスチナリスを再定着させた、MCA205を有するマウスからの回腸の代表的な顕微鏡写真（スケールバー：50μm）。アイソタイプ対照、もしくはCICB、もしくは抗生物質のみで処置した、または続いて、バクテロイデス・インテスチナリス（BI）、ディエルマ・ファスチジオサ（DF）、もしくはE.ラモスム（ER）を単一定着させたMCA205担腫瘍マウスのH＆E染色された回腸の詳細なスコア化、n=9～22／群。スチューデントt検定：*p<0.05。（C）抗生物質で処置したもしくは処置しなかった、または指定の細菌を単一定着させた、MCA205およびRETの担腫瘍マウスにおける相対的な回腸のIL1□発現。n=5～22。（D）CICBで処置した、またはIL1R1受容体の遮断薬と共にCICBで処置したMCA205担腫瘍マウスのH＆E染色された回腸のスコア化、n=10～12マウス／群。（E）アイソタイプ対照またはCICBで処置したRETまたはMCA205の担腫瘍マウスにおける結腸のH＆E染色後の固有層における炎症領域の病理学的評価、n=7～16／群。（F）RET担腫瘍マウスにおける結腸炎症性浸潤のスコアに従って着色した遺伝子アンプリコンの16S rDNAシーケンシングで評価した糞便微生物叢のベータ多様性（ブレイ・カーティス非類似性度）、紫色の強度は、炎症性浸潤スコアの増加を示す（左パネル）。応答（NR、赤；R、青）、および結腸毒性を呈している宿主と呈しなかった宿主（高炎症スコア、緑；低炎症スコア、黄）による存在量を対比させる、マウスと患者との間で共通しているバクテロイデス・インテスチナリスおよびバンピロビブリオ・クロレラボラスの相対存在量（右パネル）。（G）（H）および（I）で使用した実験設定：SPFマウスにおいて抗生物質を3日間投与した後に、非応答者（NR）の腎臓がん患者の糞便を用いてFMTを実施した。2週間後、ルシフェラーゼを発現しているRENCA細胞を同所的に移植した。5日後、アイソタイプ対照、またはアッケルマンシア・ムシニフィラ（Akk）もしくはグレード3～4のirAEを経験しなかった応答者（R）患者からの糞便を用いたFMTの経口強制投与の有り無しでのCICBを実施した。（H～I）15日目にアイソタイプ対照またはCICBで処置したRENCA担腫瘍マウスにおけるH＆E染色後の結腸固有層における炎症領域の病理学的評価。（I）糞便中のリポカリン-2レベルのELISA（n=16／群）。C、D、E、H、Iではマン・ホイットニー検定：*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。 図6-1の説明を参照のこと。 図7A～B．図1および表3に関連：患者の処置転帰。（A）患者コホート（n=53）における無増悪生存期間のカプランマイヤー曲線。（B）併用免疫チェックポイント遮断療法の初回投与日から測定した、患者毎の最良総合効果（色の濃淡）、最良総合効果の期間（棒の網掛け部分の長さ）、および全体経過観察期間（棒の網掛け＋非網掛け部分）を示すスイマープロット。 図8A～E．図2に関連：併用免疫チェックポイント遮断薬の分子マーカー。（A）黒色腫において繰り返し変異した選択された遺伝子、IFNシグナル伝達遺伝子、および抗原プロセシング／提示遺伝子に影響を与える、全エクソームシーケンシングによって同定された非同義多型（NSV）のランドスケープ（n=26腫瘍）。 図8A～E．図2に関連：併用免疫チェックポイント遮断薬の分子マーカー。（B）BRAF V600変異患者（n=19）と野生型患者（n=6）との間で比較したNSV数（p<0.001、並べ替え検定）。 図8A～E．図2に関連：併用免疫チェックポイント遮断薬の分子マーカー。（C）最良総合効果によってグループ化した患者における、予測されるネオアンチゲンの総数、ならびに全ての、強く、または弱く結合しているネオアンチゲンの数における差（R＝応答者（青）、n=20；NR=非応答者（赤）、n=6；全てp>0.05、マン・ホイットニー検定）。 図8A～E．図2に関連：併用免疫チェックポイント遮断薬の分子マーカー。（D）5、10、および15番の染色体内のドミナント負荷を示す、染色体によるコピー数減少の影響を受けた遺伝子数の棒グラフ。 図8A～E．図2に関連：併用免疫チェックポイント遮断薬の分子マーカー。（E）ゲノムワイドSGOLスコアは、10番染色体に影響を及ぼすCNVのエンリッチメントを示す。 図9A～E．図2および図3に関連：CICBの応答および毒性の免疫マーカー。（A）CICBの開始前（前）および開始後（後）の腫瘍内のCD8+細胞密度の比較（n=19 R、n=6 NR；p=ns、マン・ホイットニー検定；最良総合効果（BOR）を各データポイントの色によって示す）。 図9A～E．図2および図3に関連：CICBの応答および毒性の免疫マーカー。（B）高グレード免疫関連有害事象の有無によってグループ化した（Gr3 irAE；n=7有り、n=9無し；p=0.22、マン・ホイットニー検定）末梢血免疫レパートリーのTCRシーケンシングによって検出された有意に拡大したT細胞クローンの数（処置前→処置中）の箱ひげ図。 図9A～E．図2および図3に関連：CICBの応答および毒性の免疫マーカー。（C）高グレードirAEに従ってグループ化した患者（n=14）間の、処置中早期の血液サンプルにおけるTセントラルメモリ（TCM）細胞内のKi67+細胞の比較（それぞれp<0.01およびp=0.013、マン・ホイットニー検定）。高グレードirAEに従った処置開始前の（D）CD4+Teff内のCD28+細胞および（E）CD8+Teff内のCD27+細胞の割合（それぞれp=0.014、p>0.05、マン・ホイットニー検定）。CD4+Teff内のCD28+細胞のCD27+の割合。 図9Cの説明を参照のこと。 図9Cの説明を参照のこと。 図10A～E．図4に関連：CICBの応答および毒性に関連する糞便マイクロバイオームの特徴。（A）指定の測定基準によって測定した、療法開始の前または直後に採取した、CICB処置を受けた患者（n=31）における腸内微生物叢のアルファ多様性（p値は図示の通り、マン・ホイットニー検定）。 図10A～E．図4に関連：CICBの応答および毒性に関連する糞便マイクロバイオームの特徴。（B～C）二分された応答カテゴリー（B）または高グレード毒性の発症（C）によるOTU（全ての分類レベル）のペアワイズ比較のボルケーノプロット。 図10-2の説明を参照のこと。 図10A～E．図4に関連：CICBの応答および毒性に関連する糞便マイクロバイオームの特徴。（D）ベースライン時の応答または非応答に関連する分類群と循環免疫細胞集団との間の相関（スピアマンのr）のヒートマップ（n=9）。 図11A～D．図5に関連。処置によって誘導される腸内細菌組成におけるシフトの動態、および腫瘍サイズとの相関。（A、C）mAbを2回（A）または5回（C）注射した48時間後の種を識別するLEfSeプロット（オレンジ：アイソタイプ対照抗体、紫：抗PD-1抗体、緑：CICB）。線形判別分析（LDA）をエフェクトサイズの測定を組み合わせて、各処置群間で存在が異なる種を表した。LDAスコア≧2（B、D）アルファベット順に列挙した、各腫瘍モデルについてのLEfSe分析から同定された2回（B）または5回（D）注射した後の各細菌種と腫瘍サイズとの相関を表す、スピアマン相関指数のヒートマップ。赤は、腫瘍サイズとの正の相関を表し、一方、青は負の相関を表す。*p<0.05。 図11-1の説明を参照のこと。 図11-1の説明を参照のこと。 担腫瘍マウスにおける回腸および結腸の微生物叢依存性炎症性サイトカインパターン。（A）抗生物質の有り無しで、または指定の細菌を単一定着させたMCA205およびRETの担腫瘍マウスの回腸および結腸における、相対的な炎症促進性遺伝子発現のCICB／アイソタイプ対照比のlog2-倍数変化のヒートマップ。n=5～22／群。*p<0.05、**p<0.01、マン・ホイットニー検定。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（A）腸内マイクロバイオームにおける応答者（R）と非応答者（NR）との間のアルファ多様性の比較。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（B）LDAエフェクトサイズのヒストグラムは、R対NRで異なって多く含まれる細菌を示し、棒の長さは、分類群に関連するエフェクトサイズを示す。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（C）免疫組織化学的検査によって定量した、プロR腸内細菌と腫瘍内の免疫浸潤との間のスピアマン相関行列（n=15）。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（D）無菌マウスにおける試験の実験設計。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（E）応答者（R-FMT）または非応答者（NR-FMT）の大便を移植した後に抗PDL1で処置したマウス、またはFMTを行わなかったマウスの腫瘍成長曲線。 図13A～F．腸内マイクロバイオームは、抗腫瘍免疫浸潤における有益な変化を通じて、後期黒色腫患者における抗PD1療法に対する応答に影響を与える。（F）腫瘍注入後14日目におけるR-FMTマウス対NR-FMTマウスの大便中のファエカリバクテリウム（Faecalibacterium）レベル。 併用した抗CTLA-4および抗PD-1の遮断薬を開始する前および後に、臨床転帰および相関関係にある生物検体の分析について評価した進行黒色腫患者のコホート（n=77）。 図15A～D．応答の分子的および免疫的予測因子。（A）2値化した最良総合効果によってグループ化した処置前の腫瘍サンプル（n=26）におけるコピー数減少負荷（CNV)（影響を受けたゲノム領域）（p<0.05、マン・ホイットニー検定）。 図15A～D．応答の分子的および免疫的予測因子。（B）黒色腫において繰り返し変異した選択された遺伝子、IFNシグナル伝達遺伝子、および抗原プロセシング／提示遺伝子の全エクソームシーケンシングによって評価したCNVのランドスケープ（n=26腫瘍）。 図15A～D．応答の分子的および免疫的予測因子。（C）上）≧Gr3 irAEの発症（または非存在）に従った処置前の循環T細胞レパートリー（n=24）の多様性（シンプソンの逆数）（p=0.028、マン・ホイットニー検定）、および下）≧Gr3 irAEの発症（または非存在）に従った、処置前の末梢血リンパ球の循環T細胞レパートリー（n=24）のエントロピー。（D）<または≧Gr3 irAEに従ってグループ化した、上）CD4+Tエフェクタ細胞内のCD27の発現および下）CD8+Tエフェクタ細胞内のCD28の発現（n=15；それぞれp<0.01、p<0.05、マン・ホイットニー検定）。 図16A～C．16S rRNAシーケンシングによる腸内マイクロバイオームの特性評価。（A）目レベルにおける皮膚および原発不明のコホートからの各分析済み糞便サンプルの微生物組成を示す積み重ね棒グラフ（n=40）。 図16A～C．16S rRNAシーケンシングによる腸内マイクロバイオームの特性評価。（B）指定の測定基準によって測定した、療法開始の前または直後に採取した、CICB処置を受けた皮膚または原発不明の黒色腫患者（n=40）における応答によってグループ化した糞便マイクロバイオームのアルファ多様性（p=0.68、マン・ホイットニー検定；R＝応答者、NR=非応答者）。 図16A～C．16S rRNAシーケンシングによる腸内マイクロバイオームの特性評価。（C）糞便サンプルを用いた全ての患者における高グレード免疫関連有害事象の発症によってグループ化した糞便マイクロバイオームのアルファ多様性（シンプソンの逆数）（p=0.71、マン・ホイットニー、n=54）。 図17A～B．LEfSeによる細菌分類群の異なるエンリッチメント。（A）皮膚および原発不明のコホート（n=40）からのCICBに対してRもしくはNRのいずれかの患者で有意に多く含まれる細菌分類群のLDAスコアプロット。LDA＝線形判別分析。p<0.05、または（B）糞便サンプルを用いた全ての患者（n=54）における、高グレード（≧グレード3）免疫関連有害事象（irAE）の発症または非存在と有意に関連する細菌分類群のLDAスコアプロット。p<0.05のいずれかを用いて、患者において異なって多く含まれていた細菌分類群の線形判別分析スコアプロット。 図17Aの説明を参照のこと。 図18A～C．候補となる細菌分類群の発見と無増悪生存期間との関連。（A）異なる細菌存在量の1000回の並べ替えに適用したマン・ホイットニー検定を用いて、皮膚／原発不明のコホート（n=40）における二分された応答カテゴリーによる（全てのレベルにおける）分類群のペアワイズ比較のボルケーノプロット、および（B)異なる細菌存在量の1000回の並べ替えに適用したマン・ホイットニー検定を用いて、二分された高グレード（≧グレード3）免疫関連有害事象のカテゴリー（n=54）による（全てのレベルにおける）細菌分類群のペアワイズ比較のボルケーノプロットによる、（全てのレベルにおける）ブートストラッピングによる相対細菌存在量のペアワイズマン・ホイットニー比較のボルケーノプロット。 図18Aの説明を参照のこと。 図18Aの説明を参照のこと。 図19A～B．表現型による循環免疫集団と最も異なって多く含まれる細菌分類群との間の関連。（A）ベースライン時の応答または非応答に関連する分類群と循環免疫細胞集団との間の相関のヒートマップ（スピアマンのロー）（n=8）、および（B）ベースライン血液サンプルのマルチパラメータフローサイトメトリーによって定量した主要な毒性関連または非毒性関連の細菌分類群と循環免疫サブセットとの相関（スピアマンのロー）のヒートマップ（n=8）。TEff=Tエフェクタ細胞、TCM=Tセントラルメモリ、TEM=Tエフェクタメモリ、Treg＝制御性T細胞。 図19Aの説明を参照のこと。 図20A～C．腸内細菌のCICB応答との関連。（A）両腫瘍モデルを合わせた、最終的に無腫瘍であったかまたは殺処分時に腫瘍を有していたCICB処置されたマウス間での、T0時点におけるベータ多様性の分散の部分最小二乗判別分析（PLS-DA）プロット。LV、潜在的変数。（B）枠線の色によって定義されたグループに比べて棒の色によって定義されたグループでは、T0時点で存在する細菌種が有意に多く含まれている（*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001）ことを強調する変数重要度（VIP）スコアの棒グラフ、CICB処置後に最終的に無腫瘍であったマウス対腫瘍を有していたマウスを示す（RETおよびMCA205のモデル）。各種について、棒の色は、定義された種について平均相対存在量が最も多いコホートを示し、一方、枠線の色は、平均相対存在量が最も少ないコホートを示す。枠線がない場合は、比較したコホートにおける平均相対存在量がゼロであることを示す。緑の箱は、患者データに共通する種を強調している。マン・ホイットニー検定：*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001、ns=有意差なし。棒の太さは、2つのコホートの中の各種の平均相対存在量の倍数比の値を表す。N/A=適用不可。（C）CICB処置マウスにおけるパラバクテロイデス・ディスタソニスの相対存在量（T0、T2、T5時点）とT5時点での腫瘍サイズとのピアソン相関。 ベースラインの血液サンプル（n=8）のマルチパラメータフローサイトメトリーによって定量した主要な毒性関連または非毒性関連の細菌分類群と循環免疫サブセットとの間の相関（スピアマンのロー）のヒートマップ。TEff=Tエフェクタ細胞、TCM=Tセントラルメモリ、TEM=Tエフェクタメモリ、Treg＝制御性T細胞。 図22A～G．腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBに対する応答および毒性と関連する。（A）アイソタイプ対照またはCICB±抗生物質で処置したMCA205またはRETの担腫瘍マウスのH＆E染色された回腸のスコア化（範囲0～4）、n=9～22／群。スチューデントのt検定。（B）MCA205およびRETの担腫瘍マウス±抗生物質の回腸および結腸における炎症促進性免疫遺伝子発現のlog₂倍数変化（CICB処置 対 アイソタイプ）のヒートマップ（左パネル）。（C）アイソタイプ／CICB±抗生物質で処置した担腫瘍マウスにおける相対的な回腸Il1b発現。マン・ホイットニー検定。n=10～22マウス／群。（D）療法を施す前対後を対にした（連結したドット）、アイソタイプ対照群 対 CICB処置群からのマウスの大便中のバクテロイデス・インテスチナリスの相対存在量のqPCRによる定量。n=21～26マウス／群。ウィルコクソン符号順位検定。組み合わせたMCA205（n=5～32／群、灰色のドット）およびRET（n=5～26／群、白色のドット）において抗生物質で処置し、次いで、抗生物質を中止した後、自然に再定着させたかまたはバクテロイデス・インテスチナリスを1回強制経口投与したマウスにおける、CICBを1回注射した48時間後の相対的な回腸のIl1b発現（E）および回腸の毒性スコア（F）。データは、3つの異なるB.インテスチナリス株を用いた2回の個別の実験のプールを表す。回腸毒性のスコア化については、低毒性（スコア0または1）対高毒性（スコア2、3または4）に従ってマウスを分類した、カイ二乗検定。マン・ホイットニー検定を用いて回腸のIl1b 発現を分析した。（G）B.インテスチナリスの高いドナー対低いドナーのFMTを定着させたマウスを比較する、CICB（またはアイソタイプ）で処置した後の回腸の毒性スコア。*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。 図22Aの説明を参照のこと。 図22Aの説明を参照のこと。 図22Aの説明を参照のこと。 図22Aの説明を参照のこと。 図22Aの説明を参照のこと。 図22Aの説明を参照のこと。 患者の処置転帰。黒色腫のサブタイプによって層別化した患者コホートにおける無増悪生存期間のカプランマイヤー曲線（n=77、n=63 皮膚／原発不明、n=8 粘膜、n=6 ブドウ膜）。 図24A～D．CICB応答および毒性の免疫マーカー。処置前の末梢血サンプルにおける、別個のCICB処置コホートからの（A、B）およびCD8+Teff（C、D）（図示の通りマン・ホイットニー検定によりp値を得た）。 事前の免疫療法および毒性関連T細胞表現型。（C）皮膚または原発不明の黒色腫の患者における、事前の免疫療法への曝露と、併用の抗CTLA-4および抗PD-1の遮断薬後に≧Gr3 irAEが発生するリスクとの間の関係を示す積み重ね棒グラフ（上）および分割表（下）（p=0.028、フィッシャーの直接検定）。 図26A～B．皮膚／原発不明のコホート（n=40）における応答転帰によるファーミキューテス門（B）およびクロストリジウム目（C）のグループ別の存在量の比較。 図27A～D．マウスモデルにおけるマイクロバイオームおよび応答。（A）MCA205線維肉腫（左パネル）またはRET黒色腫（中央パネル）の腫瘍成長動態、および指定の抗体を5回注射した後の殺処分時の担腫瘍または無腫瘍のマウスの割合（右パネル）。実験群は、アイソタイプ、抗PD-1、またはCICBの処置で構成されていた。x軸上の矢印は、糞便回収時点を示す：T0＝処置開始前、T2=2回の処置の48時間後、T5＝5回の処置の48時間後。図示する腫瘍の成長は、2回の実験の代表的な結果である。n=12～16マウス／群。方法に詳述されているソフトウェアを用いて、統計解析を行った：**p<0.01、***p<0.001。 図27A～D．マウスモデルにおけるマイクロバイオームおよび応答。（B）シャノン指数を用いて16S rRNA遺伝子アンプリコンのシーケンシングによって評価した、MCA205（左パネル）およびRET（右パネル）の担腫瘍マウスにおける、処置開始前（T0、オレンジ）、CICBまたはアイソタイプ対照を2回注射した48時間後（T2、青）、および5回注射した48時間後（T5、赤）に採取した糞便サンプル中の微生物のアルファ多様性（上パネル）および糞便微生物のベータ多様性の部分最小二乗判別分析（PLS-DA）（下パネル）。マン・ホイットニーU検定：*p<0.05、**p<0.01。ANOSIMおよびPERMANOVAは、グループの分離を定義し；p値は、サンプルを999回並べ替えた後の群の分離の有意性を定義する。 図27A～D．マウスモデルにおけるマイクロバイオームおよび応答。（C）CICBで処置したMCA205およびRETにおける、T5における腫瘍サイズに従って着色したT0におけるベータ多様性；紫色の強度は腫瘍サイズの増加を示す。各主座標軸（PCo1およびPCo2）について、収集された分散、ピアソンロー係数、および対応するp値を示す。 図27A～D．マウスモデルにおけるマイクロバイオームおよび応答。（D）両腫瘍モデルを合わせた、T5において最終的に担腫瘍または無腫瘍であると判明したマウスを対比させる、T0、T2、T5においてマウスから採取した糞便中のP.ディスタソニスの相対存在量。マン・ホイットニー検定：*p<0.05。 図28A～H．（A）アイソタイプまたはCICBで処置したMCA205およびRETを有するマウスからの回腸の代表的な顕微鏡写真（スケールバー：50μm、倍率：100倍）（左パネル）。 図28A～H．（C）発見および検証のコホートを合わせたデータにおける、RETについてのT0、T2、T5における結腸浸潤スコアと、分類群の相対存在量との間の相関（ピアソンのロー）のヒートマップ。赤は、結腸浸潤スコアとの正の相関を表し、一方、青は負の相関を表す。 図28A～H．（D）RET担腫瘍マウスにおける結腸炎症性浸潤のスコアに従って着色した16S rDNA遺伝子アンプリコンのシーケンシングによって評価した糞便微生物叢のベータ多様性序列（ブレイ・カーティス非類似性度）、紫色の強度は、発見（左パネル）および検証（右パネル）のコホートにおける炎症性浸潤スコアの増加を示す。相関分析の前に、細菌の相対存在量および結腸の炎症性浸潤を共に正規化し、そして、標準化した。各主成分を炎症性浸潤と比較したピアソン相関および関連するp値を示す。（E）CICB療法を少なくとも1回注射する前対後を対にした（連結したドット）、アイソタイプ対照処置群 対 CICB処置群におけるマウスの大便中のバクテロイデス・ユニホルミスおよびバクテロイデス・フラジリスの相対存在量のqPCRによる定量。n=21～26／群。 図28A～H．（F）図3KおよびパネルH～Iで使用した実験設定の模式図。（G）健常ボランティアのドナーの糞便中のB.インテスチナリスの存在量（低対高に選別）、ならびに対照、B.int低、およびB.int高のドナーのレシピエントマウスと比較して、FMT後のマウスで確認された生着（*p<0.05、マン・ホイットニー検定）。（H）B.インテスチナリスの低いドナーまたは高いドナーの糞便を用いたFMT後、CICB後のマウスにおける相対的なIl1b発現（*p<0.05、マン・ホイットニー検定）。

例示的な態様の説明
細胞傷害性Tリンパ球抗原-4（CTLA-4）およびプログラム死受容体-1（PD-1）を標的とする併用免疫チェックポイント遮断薬（CICB）による処置は、幾つかの腫瘍タイプにわたって臨床的利益に関連しているが、免疫関連有害事象（irAE）が高い割合で発生する。したがって、CICBに対する応答、およびCICBによる処置後のirAE発生の可能性のバイオマーカーが必要とされている。ヒトおよびマウスのコホートにおける腸内微生物叢で同定された、CICBに対する応答および毒性の微生物学的決定因子を本明細書において記載する。また、本願の例は、これらを標的とすることで前臨床モデルにおける毒性を低減できるという証拠も提供する。まとめると、これら知見は、CICBを用いたがんの臨床管理にとって潜在的に重要な意義を有する。

I. 定義
本明細書において使用するとき、用語「抗体」は、免疫グロブリン、特異的結合能を維持しているその誘導体、および免疫グロブリン結合ドメインと相同または大部分が相同である結合ドメインを有するタンパク質を指す。これらタンパク質は、天然源由来であってもよく、または一部もしくは全体が合成的に生成されてもよい。抗体は、モノクローナルであってもポリクローナルであってもよい。抗体は、ヒトのクラス：IgG、IgM、IgA、IgD、およびIgEのいずれかを含む、任意の免疫グロブリンクラスの一員であってよい。本明細書において記載される方法および組成物で使用される抗体は、一般に、IgGクラスの誘導体である。また、抗体という用語は、抗原結合抗体断片も指す。このような抗体断片の例は、Fab、Fab’、F(ab')2、scFv、Fv、dsFvダイアボディ、およびFdの断片を含むが、これらに限定されるわけではない。抗体断片は、任意の手段によって生成され得る。例えば、抗体断片は、インタクトな抗体を断片化することによって酵素的または化学的に生成されてもよく、部分的な抗体配列をコードしている遺伝子から組換え的に生成されてもよく、全体または一部が合成的に生成されてもよい。抗体断片は、任意で、一本鎖抗体断片であってもよい。あるいは、断片は、例えばジスルフィド連結によって互いに連結された複数の鎖を含んでいてもよい。断片は、任意で、多分子複合体であってもよい。機能的抗体断片は、完全抗体と同等の親和性でその同種抗原に結合する能力を保持している。

用語「モノクローナル抗体」とは、本明細書において使用するとき、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体、例えば、微量に存在し得る可能性のある変異、例えば天然に存在する変異を除いて同一である集団を構成する個々の抗体を指す。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、異なるエピトープ特異性を有する抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。特定の態様では、このようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的結合ポリペプチド配列が複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスによって得られたものである、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含む。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、または組み換えDNAクローンのプールなどの複数のクローンから固有のクローンを選択することであってよい。例えば、標的に対する親和性を改善する、標的結合配列をヒト化する、細胞培養における生成を改善する、インビボでの免疫原性を低下させる、多特異性抗体を作製するなどのために、選択された標的結合配列を更に変化させてもよいこと、そして、変化した標的結合配列を含む抗体も本開示のモノクローナル抗体であることを理解すべきである。通常異なる決定基（エピトープ）に対する幾つかの異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製品とは対照的に、モノクローナル抗体調製品の各モノクローナル抗体は、抗原における単一の決定基に対するものである。モノクローナル抗体は、その特異性に加えて、通常他の免疫グロブリンが夾雑していないという点でも有利である。

語句「薬学的組成物」または「薬理学的に許容される組成物」とは、必要に応じて、動物、例えばヒトに投与したとき、副作用、アレルギー反応、または他の有害な反応を生じさせない分子実体および組成物を指す。抗体または追加の活性成分を含む薬学的組成物の調製は、本開示に照らして当業者に知られるであろう。更に、動物（例えば、ヒト）に投与する場合、調製品は、FDA Office of Biological Standardsによって、要求に応じて無菌性、発熱性、一般的安全性、および純度の基準を満たさなければならないことが理解される。

本明細書において使用するとき、「薬学的に許容される担体」は、当業者に知られているような、任意の、そして全ての水性溶媒（例えば、水、アルコール／水の溶液、生理食塩水、塩化ナトリウムなどの非経口ビヒクル、およびリンゲルデキストロース）、非水性溶媒（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油、およびエチルオレアートなどの注射用有機エステル）、分散媒、コーティング、界面活性剤、酸化防止剤、防腐剤（例えば、抗菌剤または抗真菌剤、酸化防止剤、キレート剤、および不活性ガス）、等張剤、吸収遅延剤、塩類、薬物、薬物安定剤、ゲル、結合剤、賦形剤、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤、着香剤、染料、水分および栄養分の補給剤、このような類似の材料、ならびにこれらの組み合わせを含む。薬学的組成物における各種成分のpHおよび正確な濃度は、周知のパラメータに従って調整することができる。

用語「単位用量」または「投与量」は、対象において使用するのに好適な物理的に別個の単位であって、各単位が、その投与、すなわち適切な経路および処置レジメンに関連して本明細書において論じられる所望の応答を生じさせるように算出された所定の量の処置組成物を含有する単位を指す。投与される量は、処置の回数および単位用量の両方に従って、所望の効果に依存する。患者または対象に投与される本態様の組成物の実際の投与量は、対象の体重、年齢、健康状態、および性別、処置される疾患の種類、疾患の侵入の程度、以前または同時に行われた処置的介入、患者の特発性、投与経路、ならびに特定の処置物質の効力、安定性、および毒性などの物理的および生理的な要因によって決定することができる。例えば、用量は、投与1回あたり約1μg/kg/体重～約1000mg/kg/体重（このこのような範囲は、これらの間の用量を含む）またはそれ以上、およびこの中の導出可能な任意の特定の用量を含んでいてもよい。本明細書において列挙する数字から導出可能な範囲の非限定的な例では、約5μg/kg/体重～約100μg/kg/体重、約5μg/kg/体重～約500μg/kg/体重などの範囲を投与してよい。投与に責任のある実施者が、いかなる場合も、組成物中の活性成分の濃度および個々の対象についての適切な用量を決定する。

細菌の「集団」とは、単一の種または異なる種の混合物を含む細胞の組成物を指す場合もある？

用語「免疫チェックポイント」とは、免疫の恒常性の維持および宿主の生存に不可欠な免疫応答の幅および大きさを制御する様々な刺激性、共刺激性、および阻害性のシグナルを指す。公知の免疫チェックポイントタンパク質は、CTLA-4、PD-lならびにそのリガンドであるPD-LlおよびPD-L2、そして、更にはLAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIRを含む。LAG3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、およびKIRが関与する経路は、CTLA-4およびPD-1に依存する経路と類似の免疫チェックポイント経路を構成すると当技術分野において認識されている（例えば、Pardoll, 2012, Nature Rev Cancer 12:252-264；Mellman et al., 2011, Nature 480:480-489を参照）。

用語「阻害物質」とは、タンパク質の1つまたは複数の機能を遮断するまたは低下させる、有機または無機のタンパク質、ポリペプチド、抗体、低分子、炭水化物、または核酸であってよい分子を指す。阻害物質は、タンパク質と直接相互作用することによって作用する直接阻害物質であってもよく、タンパク質と直接相互作用することはできないが、それにもかかわらずタンパク質の1つまたは複数の機能を阻害する間接阻害物質であってもよい。

「免疫チェックポイント阻害剤」とは、免疫チェックポイントタンパク質の機能を阻害する任意の化合物を指す。阻害は、機能の低下および完全な遮断を含む。特に、免疫チェックポイントタンパク質は、ヒト免疫チェックポイントタンパク質である。したがって、免疫チェックポイントタンパク質の阻害物質は、特にヒト免疫チェックポイントタンパク質の阻害物質である。

「対象」および「患者」は、ヒトまたは非ヒト、例えば、霊長類、哺乳類、および脊椎動物のいずれかを指す。特定の態様では、対象は、ヒトである。

本明細書において使用するとき、用語「処置する」、「処置」、「処置している」、「回復している」、または「回復」とは、疾患、障害、または病状に関連して使用する場合、病態の治療的処置を指し、その目的は、症状または病態の進行または重篤度を逆転させる、緩和する、回復させる、阻害する、減速させる、または止めることである。用語「処置している」は、少なくとも1つの副作用または病態の症状を低減または緩和することを含む。処置は、一般には、1つまたは複数の症状または臨床マーカーが減少した場合に「有効」である。あるいは、処置は、病態の進行が低減または停止した場合に「有効」である。すなわち、「処置」は、症状またはマーカーの改善だけでなく、処置しなかった場合に予測される症状の進行または悪化の中止または少なくとも減速も含む。有益または所望の臨床結果は、1つまたは複数の症状の緩和、欠陥の程度の縮小、腫瘍または悪性腫瘍の状態の安定化（すなわち、悪化しない）、腫瘍の成長および／または転移の遅延または減速、ならびに処置しなかった場合に予測される寿命と比較した寿命の延長を含むが、これらに限定されるわけではない。

「腸内微生物叢」または「腸内マイクロバイオーム」とは、対象の腸内に生息する微生物の集団（およびそのゲノム）を指す。

用語「アルファ多様性」とは、サンプル内の多様性の尺度であり、かつサンプル内の全ての微生物叢の分布およびアセンブリのパターンを指し、各サンプルのスカラ値として算出される。「ベータ多様性」とは、サンプル間の多様性についての用語であり、サンプル同士を比較することで、各サンプル対間の距離または非類似度の尺度を提供することを含む。

「相対存在量」と呼ばれる場合もある用語「相対量」とは、生物学的サンプル中の特定の分類学的レベル（門から種まで）の細菌の総数の割合としての、そのレベルの細菌の数として定義される。この相対存在量は、例えば、これら細菌に割り当てられるサンプル中に存在する16S rRNA遺伝子配列の割合を測定することによって評価することができる。特定の細菌の16S rRNA遺伝子マーカーの454パイロシーケンシング、または特定の遺伝子の定量PCRなどの当業者に公知の任意の適切な技術によって測定することができる。

本文書では、「応答者」もしくは「応答性」患者、または言い換えればこの処置「から恩恵を受ける」患者とも呼ばれる「処置に対する良好な応答者」とは、がんに罹患しており、かつこの処置を受けた後にがんの臨床的に有意な軽減を示すかまたは示すであろう患者を指す。対照的に、「悪い応答者」または「非応答者」とは、この処置を受けた後にがんの臨床的に有意な軽減を示さないかまたは示さないであろうものを指す。処置に対する応答の低下は、免疫関連応答基準（irRC）、WHOまたはRECISTの基準などの当技術分野において認められている基準に従って評価することができる。例えば、応答性患者は、全ての標的病変が消失する完全奏効（CR）、または（ベースライン時の合計最長径（LD）を基準として）標的病変のLDの合計が少なくとも30％減少する部分奏効（PR）を有すると同定されたものであってよく、非応答性患者は、PRに該当するのに十分な縮小にも、（処置開始から最短LD合計を基準として）病勢進行（PD）に該当するのに十分な増加にも対応しない病勢安定（SD）、または（処置開始または1つもしくは複数の新規病変の出現から記録された最短合計LDを基準として）対象病変のLDの合計が少なくとも20％増加する病勢進行（PD）を有すると同定されたものであってよい。

用語「単離された」とは、（1）（自然界であろうと実験設定であろうと）最初に生成されたときに付随していた成分のうちの少なくとも一部から分離された、ならびに／または（2）ヒトの手によって生成、調製、精製、および／もしくは製造された細菌または他の実体もしくは物質を包含する。単離された細菌は、最初に付随していた他の成分のうちの少なくとも約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、またはそれ以上から分離され得る。幾つかの態様では、単離された細菌は、約80％、約85％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％を超える、または約99％を超える純度である。本明細書において使用するとき、物質が他の成分を実質的に含まない場合、その物質は「純粋」である。

用語「精製する」、「精製している」、および「精製された」とは、最初に生成もしくは作製されたとき（例えば、自然界であろうと実験設定であろうと）または最初に生成された後の任意の時間の間に付随していた成分のうちの少なくとも一部から分離された細菌または他の材料を指す。細菌または細菌集団は、細菌または細菌集団を含有する材料または環境などからの生成時または生成後に単離された場合、精製されたとみなすことができ、そして、精製された細菌または細菌集団は、最高約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、または約90％超の他の材料を含有していてもよく、そして、それにもかかわらず「単離された」とみなすことができる。幾つかの態様では、精製された細菌および細菌集団は、約80％、約85％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％を超える、または約99％を超える純度である。本明細書において提供される細菌組成物の例では、組成物中に存在する1つまたは複数の細菌型は、独立して、その細菌型を含有する材料または環境中で生成されたおよび／または存在する1つまたは複数の他の細菌から精製することができる。細菌組成物およびその細菌成分は、一般に、残留生息生成物から精製される。

用語「有すると判定された」とは、検査され、そして、マイクロバイオームの状態などの特定の転帰を有すると報告された患者集団を指す。

用語「より少ない」、「低減された」、「低減」、「減少」、または「阻害」は全て、一般に統計的に有意な量の減少を意味するように本明細書において使用される。しかし、疑念を避けるために、「より少ない」、「低減された」、「低減」、「減少」、または「阻害」は、基準レベルと比較して少なくとも10％の減少を意味し、例えば、少なくとも約20％、もしくは少なくとも約30％、もしくは少なくとも約40％、もしくは少なくとも約50％、もしくは少なくとも約60％、もしくは少なくとも約70％、もしくは少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％の減少、もしくは最高100％および100％を含む減少（すなわち、基準サンプルと比較して存在しないレベル）、または基準レベルと比較して10～100％の間の任意の減少を意味する。

用語「増加した」、「増加」、「増強」、または「活性化」は全て、一般に統計的に有意な量の増加を意味するように本明細書において使用され；いかなる疑念も避けるために、用語「増加した」、「増加」、「増強」、または「活性化」は、基準レベルと比較して少なくとも10％の増加、例えば、少なくとも約20％、もしくは少なくとも約30％、もしくは少なくとも約40％、もしくは少なくとも約50％、もしくは少なくとも約60％、もしくは少なくとも約70％、もしくは少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、もしくは最高100％および100％を含む増加、または基準レベルと比較して10～100％の間の任意の増加、または基準レベルと比較して少なくとも約2倍、もしくは少なくとも約3倍、もしくは少なくとも約4倍、もしくは少なくとも約5倍、もしくは少なくとも約10倍の増加、もしくは2倍～10倍の間もしくはそれ以上の任意の増加を意味する。

「含む（including）」、「含有する（containing）」、または「特徴とする（characterized by）」と同義である用語「含む（comprising）」は、包括的またはオープンエンドであり、そして、追加の列挙されていない要素または方法工程を除外するものではない。語句「からなる」は、指定されていない任意の要素、工程、または成分を除外する。語句「から本質的になる」は、記載されている主題の範囲を、指定の材料または工程、およびその基本的かつ新規な特徴に重大な影響を与えることのないものに限定する。この用語は、発明の態様の基本的かつ新規のまたは機能的な特徴に重大な影響を与えることのない追加の要素の存在を許容する。薬学的組成物に関して、用語「から本質的になる」は、列挙されている活性成分を含み、任意の他の活性成分を除外するが、任意の薬学的賦形剤または処置的に活性のない他の成分を除外するものではない。用語「含む」の文脈で記載された態様は、用語「からなる」または「から本質的になる」の文脈でも実施できることが企図される。

用語「からなる」は、態様の説明に列挙されていないいかなる要素も除外する、本明細書において記載される組成物、方法、およびこれらのそれぞれの構成要素を指す。

本明細書および添付の特許請求の範囲で使用するとき、単数形「一つ（a）」、「一つ（an）」、および「その（the）」は、文脈上特に明確に指示していない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「方法」への言及は、本明細書において記載されているおよび／または本開示を読めば当業者に明らかになるであろう種類の1つまたは複数の方法、および／または工程などを含む。

本明細書において使用するとき、特定の成分に関して「本質的に含まない」とは、意図的に組成物に配合された特定の成分が存在しないおよび／または夾雑物としてしかもしくは微量にしか存在しないことを意味するように、本明細書において使用される。したがって、組成物の何らかの意図しない混入によって生じる特定の成分の総量は、0.01％をはるかに下回る。最も好ましいのは、標準的な分析方法で検出することができる特定の成分の量が存在しない組成物である。

本明細書において使用するとき、用語「または」および「および／または」は、互いに組み合わせたまたは互いを除いた複数の成分を記載するために使用される。例えば、「x、y、および／またはz」は、「x」のみ、「y」のみ、「z」のみ、「x、y、およびz」、「(xおよびy)またはz」、「xまたは(yおよびz)」、または「xまたはyまたはz」を指し得る。具体的には、x、y、またはzが態様から具体的に除外されてもよいことが企図される。

本願全体を通して、用語「約」は、値が、その値を決定するために用いられる装置または方法の誤差の標準偏差を含むことを示すために、細胞生物学の分野におけるその明白かつ通常の意味に従って用いられる。

語句「有効量」、「処置的に有効な量」、または「十分な量」は、所望の結果をもたらすのに十分な薬物または剤の投与量を意味する。所望の結果は、腫瘍サイズの減少、がん細胞の成長速度の低下、転移の減少、腫瘍もしくは腫瘍免疫浸潤物におけるCD8+Tリンパ球の増加、腫瘍におけるCD45+、CD3+/CD20+/CD56+、CD68+、および／もしくはHLA-DR+の細胞の増加、腫瘍免疫浸潤物におけるCD3、CD8、PD1、FoxP3、グランザイムB、および／もしくはPD-L1の発現の増加、腫瘍免疫浸潤物におけるRORγTの発現の減少、全身循環もしくは末梢血におけるエフェクタCD4+、CD8+T、単球、および／もしくは骨髄樹状細胞の増加、対象の全身循環もしくは末梢血におけるB細胞、制御性T細胞、および／もしくは骨髄系由来サプレッサー細胞の減少、または上記のいずれかの組み合わせであってよい。

II. チェックポイント阻害剤および併用処置
態様は、（a）CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質と、（b）PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質とを含む併用処置に関する。幾つかの態様では、CTLA-4とB7-1またはB7-2との間の相互作用を遮断する阻害物質と、PD-1とPDL1またはPDL2との間の相互作用を遮断する阻害物質との組み合わせにより処置する。

提供される方法、組成物、またはキットのうちのいずれか1つの幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、低分子阻害物質である。提供される方法、組成物、またはキットのうちのいずれか1つの幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント経路を阻害するポリペプチドである。提供される方法、組成物、またはキットのうちのいずれか1つの幾つかの態様では、阻害物質は、融合タンパク質である。提供される方法、組成物、またはキットのうちのいずれか1つの幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗体である。提供される方法、組成物、またはキットのうちのいずれか1つの幾つかの態様では、抗体は、モノクローナル抗体である。

A. PD-1、PDL1、およびPDL2の阻害物質
PD-1は、T細胞が感染症または腫瘍に遭遇する腫瘍微小環境で作用することができる。活性化したT細胞は、PD-1をアップレギュレートし、そして、末梢組織でそれを発現し続ける。IFN-ガンマなどのサイトカインは、上皮細胞および腫瘍細胞におけるPDL1の発現を誘導する。PD-1の主な役割は、末梢におけるエフェクタT細胞の活性を制限し、そして、免疫応答中の組織への過剰の損傷を防ぐことである。開示の阻害物質は、PD-1および／またはPDL1の活性のうちの1つまたは複数の機能を遮断することができる。

「PD-1」の別名は、CD279およびSLEB2を含む。「PDL1」の別名は、B7-H1、B7-4、CD274、およびB7-Hを含む。「PDL2」の別名は、B7-DC、Btdc、およびCD273を含む。幾つかの態様では、PD-1、PDL1、およびPDL2は、ヒトのPD-1、PDL1、およびPDL2である。

幾つかの態様では、PD-1阻害物質は、PD-1のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PD-1のリガンド結合パートナーは、PDL1および／またはPDL2である。別の態様では、PDL1阻害物質は、PDL1のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PDL1の結合パートナーは、PD-1および／またはB7-1である。別の態様では、PDL2阻害物質は、PDL2のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PDL2の結合パートナーは、PD-1である。阻害物質は、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであってよい。例示的な抗体は、全て参照により本明細書に組み入れられる米国特許第8,735,553号、同第8,354,509号、および同第8,008,449号に記載されている。本明細書において提供される方法および組成物で使用するための他のPD-1阻害物質は、全て参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第2014/0294898号、同第2014/022021号、および同第2011/0008369号に記載されているものなど、当該技術分野において公知である。

幾つかの態様では、PD-1阻害物質は、抗PD-1抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。幾つかの態様では、抗PD-1抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびピディリズマブからなる群より選択される。幾つかの態様では、PD-1阻害物質は、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のFc領域）に融合しているPDL1またはPDL2の細胞外またはPD-1結合の部分を含むイムノアドヘシンである。幾つかの態様では、PDL1阻害物質は、AMP-224を含む。MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558、およびOPDIVO（登録商標）としても知られているニボルマブは、国際公開公報第2006/121168号に記載されている抗PD-1抗体である。MK-3475、Merck 3475、ランブロリズマブ、KEYTRUDA（登録商標）、およびSCH-900475としても知られているペンブロリズマブは、国際公開公報第2009/114335号に記載されている抗PD-1抗体である。CT-011、hBAT、またはhBAT-1としても知られているピディリズマブは、国際公開公報第2009/101611号に記載されている抗PD-1抗体である。B7-DCIgとしても知られているAMP-224は、国際公開公報第2010/027827号および同第2011/066342号に記載されているPDL2-Fc融合可溶性受容体である。追加のPD-1阻害物質は、AMP-514としても知られているMEDI0680、およびREGN2810を含む。

幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、MEDI4736としても知られているデュルバルマブ、MPDL3280Aとしても知られているアテゾリズマブ、MSB00010118Cとしても知られているアベルマブ、MDX-1105、BMS-936559、またはこれらの組み合わせなどのPDL1阻害物質である。特定の局面では、免疫チェックポイント阻害剤は、rHIgM12B7などのPDL2阻害作質である。

幾つかの態様では、本明細書において記載される抗体（抗PD-1抗体、抗PDLl抗体、または抗PDL2抗体など）は、ヒトまたはマウスの定常領域を更に含む。幾つかの態様では、ヒト定常領域は、IgGl、IgG2、IgG2、IgG3、およびIgG4からなる群より選択される。より更に特定の局面では、ヒト定常領域は、IgGlである。より更なる局面では、マウスの定常領域は、IgGl、IgG2A、IgG2B、およびIgG3からなる群より選択される。より更に特定の局面では、抗体は、エフェクタ機能が低下しているかまたは最低限である。より更に特定の局面では、最低限のエフェクタ機能は、原核細胞における生成に起因する。より更に特定の局面では、最低限のエフェクタ機能は、「エフェクタレスFc変異」またはアグリコシル化に起因する（aglycosylation）。

幾つかの態様では、阻害物質は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブの重鎖および軽鎖のCDRまたはVRを含む。したがって、一態様では、阻害物質は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブのVH領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインと、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブのVL領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインとを含む。別の態様では、抗体は、上述の抗体と同じPD-1、PDL1、またはPDL2におけるエピトープへの結合について競合するおよび／または該エピトープに結合する。別の態様では、抗体は、上述の抗体と少なくとも約70、75、80、85、90、95、97、または99％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の可変領域アミノ酸配列の同一性を有する。

したがって、本明細書において使用される抗体は、アグリコシル化することができる。抗体のグリコシル化は、通常、N-結合型またはO-結合型のいずれかである。N-結合型とは、アスパラギン残基の側鎖への糖鎖部分の結合を指す。アスパラギン-X-セリンおよびアスパラギン-X-スレオニン（式中、Xはプロリンを除く任意のアミノ酸である）のトリペプチド配列は、アスパラギン側鎖に糖鎖部分を酵素的に結合させるための認識配列である。したがって、ポリペプチド中にこれらトリペプチド配列のいずれかが存在すると、潜在的なグリコシル化部位が生じる。O-結合型グリコシル化とは、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンへのN-アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースの糖のうちの1つの結合を指すが、5-ヒドロキシプロリンまたは5-ヒドロキシリジンを使用することもある。上述のトリペプチド配列（N-結合型グリコシル化部位の場合）のうちの1つが除去されるようにアミノ酸配列を変化させることによって、グリコシル化部位は抗体から便利に除去される。この変化は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、またはスレオニンの残基を別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン、または保存的置換）に置換することによって行うことができる。

抗体またはその抗原結合断片は、当技術分野において公知の方法を用いて、例えば、既に記載した抗PDLl、抗PD-1、もしくは抗PDL2の抗体または発現に好適な形態の抗原結合断片のいずれかをコードしている核酸を含有する宿主細胞を、このような抗体または断片を生成するのに好適な条件下で培養し、そして、抗体または断片を回収することを含むプロセスによって作製することができる。

B. CTLA-4、B7-1、およびB7-2
本明細書において提供される方法で標的とすることができる別の免疫チェックポイントは、CD152としても知られている細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4（CTLA-4）である。ヒトCTLA-4の完全なcDNA配列は、Genbankアクセッション番号L15006を有する。CTLA-4は、T細胞の表面上にみられ、そして、抗原提示細胞の表面上のB7-1（CD80）またはB7-2（CD86）と結合したときに「オフ」のスイッチとして作用する。CTLA4は、ヘルパーT細胞の表面上で発現し、そして、阻害性シグナルをT細胞に伝達する免疫グロブリンスーパーファミリーの一員である。CTLA4は、T細胞共刺激性タンパク質であるCD28と類似しており、そして、両分子は抗原提示細胞上のB7-1およびB7-2に結合する。CTLA-4は、阻害性シグナルをT細胞に伝達するが、一方、CD28は、共刺激性シグナルを伝達する。細胞内CTLA-4は制御性T細胞にもみられ、そして、その機能にとって重要であり得る。T細胞受容体およびCD28を通してT細胞が活性化されると、B7分子についての阻害性受容体であるCTLA-4の発現が増加する。開示の阻害物質は、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の活性のうちの1つまたは複数の機能を遮断することができる。幾つかの態様では、阻害物質は、CTLA-4とB7-1との相互作用を遮断する。幾つかの態様では、阻害物質は、CTLA-4とB7-2との相互作用を遮断する。

幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗CTLA-4抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドである。

本方法で使用するのに好適な抗ヒトCTLA-4抗体（またはそれに由来するVHおよび／もしくはVLのドメイン）は、当技術分野において周知の方法を用いて作製することができる。あるいは、当技術分野において認識されている抗CTLA-4抗体を使用してもよい。例えば、米国特許第8,119,129号、国際公開公報第01/14424号、同第98/42752号；同第00/37504号（CP675,206、トレメリムマブとしても知られている；以前はチシリマブ）、米国特許第6,207,156号；Hurwitz et al., 1998；に開示されている抗CTLA-4抗体を本明細書において開示される方法で使用することができる。前述の各刊行物の教示は、参照により本明細書に組み入れられる。また、これら当技術分野において認められている抗体のいずれかとCTLA-4への結合について競合する抗体を使用することもできる。例えば、ヒト化CTLA-4抗体は、全て参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2001/014424号、同第2000/037504号、および米国特許第8,017,114号に記載されている。

開示の方法および組成物においてチェックポイント阻害物質として有用な更なる抗CTLA-4抗体は、イピリムマブ（10D1、MDX- 010、MDX- 101、およびYervoy（登録商標）としても知られている）またはその抗原結合断片およびバリアントである（例えば、国際公開公報第0 1/14424号を参照）。

幾つかの態様では、阻害物質は、トレメリムマブまたはイピリムマブの重鎖および軽鎖のCDRまたはVRを含む。したがって、一態様では、阻害物質は、トレメリムマブまたはイピリムマブのVH領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインと、トレメリムマブまたはイピリムマブのVL領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインとを含む。別の態様では、抗体は、上述の抗体と同じPD-1、B7-1、またはB7-2におけるエピトープへの結合について競合するおよび／または該エピトープに結合する。別の態様では、抗体は、上述の抗体と少なくとも約70、75、80、85、90、95、97、または99％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の可変領域アミノ酸配列の同一性を有する。

CTLA-4を調節するための他の分子は、全て参照により本明細書に組み入れられる米国特許第5844905号、同第5885796号、国際公開公報第1995001994号および同第1998042752号に記載されているものなどの可溶性CTLA-4リガンドおよび受容体、ならびに参照により本明細書に組み入れられる米国特許第8329867号に記載されているものなどのイムノアドヘシンを含む。

III. 微生物調節物質
幾つかの局面では、開示は、対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、ブチリシモナス・ファエシホミニス、アリスティペス属、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、シトロバクター属、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア属、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター属、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ属、コプロバクター属、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター属、パラステレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター属、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、または図28Cに開示されている細菌種のうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、アリスティペス・インジスチンクタス、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、およびバンピロビブリオ・クロレラボラス、および／または図28Cに開示されている細菌のうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法に関する。

別の局面では、開示は、以下の属または種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物に関する。

幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む。

別の局面では、開示は、以下の属もしくは種：フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物に関する。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラムのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む。

別の局面では、開示は、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ属、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス属、ゲオスポロバクター属、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、フラボニフラクター属、バクテロイデス属、ブチリシモナス属、ディエルマ属、アッケルマンシア属、アリスティペス属、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス、バクテロイデス・コプロフィルス、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター属、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、タイゼレラ属、バクテロイデス・ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、アリスティペス・インジスチンクタス、バクテロイデス・ステルコリロソリス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス オラス、アビシビルガ・アルカニフィラ、アセタチファクター・ムリス、アセチビブリオ・セルロリチクス、アセチビブリオ・エタノルギグネンス、アコレプラズマ・ビツリ、アクロモバクター・デレイ、アシドボラクス・ラジセス、アドレクルーツィア・エクオリファシエンス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、アリスティペス・インジスチンクタス、アリスティペス・オベシ、アリスティペス・プトレジニス、アリスティペス・セネガレンシス、アリスティペス・チモネンシス、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス、アルカリバクルム・バッキ、アロバクルム・ステルコリカニス、アナエロバクテリウム・チャルチソルベンス、アナエロコルムナ・セルロシリチカ、アナエロスポロバクター・モビリス、アナエロタエニア・トルタ、アナエロトルンクス・コリホミニス、アナエロトルンクス・ルビインファンチス、アナエロボラクス・オドリムタンス、バクテロイデス・アシジファシエンス、バクテロイデス・カエシムリス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシキンキラエ、バクテロイデス・ロデンチウム、バクテロイデス・ステルコリロソリス、バクテロイデス・キシラノリチクス、バルネシエラ・インテスチニホミニス、ベデュイニ・マシリエンシス、ビフィドバクテリウム・シュードロングム、ブラウチア・ルチ、ブレズナキア・ブラッチコーラ、ブレズナキア・パクノダエ、ブチリコッカス・プリカエコルム、ブチリビブリオ・クロッソタス、カタバクター・ホンコンゲネシス、クリステンセネラ・マシリエンシス、クリステンセネラ・ミヌタ、クリステンセネラ・チモネンシス、クロストリジウム・アエロトレランス、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アスパラギホルメ、クロストリジウム・セレレクレセンス、クロストリジウム・セロビオパルム、クロストリジウム・セルロリチクム、クロストリジウム・クラリフラブム、クロストリジウム・コクレアツム、クロストリジウム・コリヌム、クロストリジウム・ハイレモナエ、クロストリジウム・インドリス、クロストリジウム・ジェジュエンス、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・メチルペントスム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・オリザエ、クロストリジウム・パピロソルベンス、クロストリジウム・ポリサッカロリチクム、クロストリジウム・ポプレチ、クロストリジウム・サッカロリチクム、クロストリジウム・サウジエンス、クロストリジウム・サインデンス、クロストリジウム・ストラミニソルベンス、クロストリジウム・ビリデ、クロストリジウム・キシラノリチクム、コプロバクター・セクンダス、コプロコッカス・カタス、クルツロミカ・マシリエンシス、デフルビイタレア・サッカロフィラ、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス、デスルフィトバクテリウム・メタリレデュセンス、デスルホスポロシヌス・オリエンチス、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオ・シンプレックス、ドレア・ホルミシゲネランス、エイセンベルギエラ・マシリエンシス、エメルゲンシア・チモネンシス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロルハブデュス・ムコシコーラ、エンテロルハブデュス・ムリス、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム、エリシペロトリクス・ラルバエ、エシェリキア・フェルグソニイ、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス、ユーバクテリウム・ドリチュム、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・トルツオスム、ユーバクテリウム・ベントリオスム、ファエカリバキュルム・ロデンチウム、フラビマリナ・パシフィカ、フラボニフラクター・プラウチイ、フリンチバクター・ブチリクス、ゴルドニバクター・ファエシホミニス、グラシリバクター・サーモトレランス、ハリーフリンチア・アセチスポラ、ホルデマニア・マシリエンシス、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス、イフバクター・マシリエンシス、インテスチニモナス・ブチリシプロデュセンス、イレグラリバクター・ムリス、ラクノクロストリジウム・パカエンス、ラクトバチルス・アニマリス、ラクトバチルス・ファエシス、ラクトバチルス・ガセリ、ラクトバチルス・ホミニス、ラクトバチルス・インテスチナリス、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・レウテリ、ラクトバチルス・ロゴサエ、ラクトバチルス・タイワネンシス、ローソニア・イントラセルラリス、ロンギバクルム・ムリス、マルビンブリアンチア・ホルマテキシゲンス、ミリオネラ・マシリエンシス、ムシスピリルム・スカエドレリ、ムリバクルム・インテスチナレ、ムリモナス・インテスチニ、ナトラナエロビルガ・ペクチニボラ、ネグレクタ・チモネンシス、オドリバクター・スプランクニクス、オルセネラ・プロフサ、オスシリバクター・ルミナンチウム、オスシリバクター・バレリシゲネス、パピリバクター・シンナミボランス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラエッゲルテラ・ホンコンゲネシス、パラステレラ・エクスクレメンチホミニス、パルビバクター・カエシコーラ、ペプトコッカス・ニガー、フォセア・マシリエンシス、ポルフィロモナス・カトニアエ、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ステルコレア、プレボテラマシリア・チモネンシス、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シュードフラボニフラクター・カピロサス、シュードフラボニフラクター・ホカエエンシス、ラオウルチバクター・チモネンシス、リゾビウム・ストラミノリザエ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス、ルミニクロストリジウム・サーモセラム、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・ファエシス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・グナブス、ルテニバクテリウム・ラクタチホルマンス、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス、スピロプラズマ・ベロシクレセンス、スポロバクター・テルミチジス、ストマトバクルム・ロングム、ストレプトコッカス・アシドミニムス、ストレプトコッカス・ダニエリアエ、シントロホモナス・ウォルフェイ、テピジモナス・タイワネンシス、チンダリア・カリフォルニエンシス、チンダリア・テキスココネンシス、ツリシバクター・サングイニス、ツリシモナス・ムリス、タイゼレラ・ネキシリス、バリタレア・プロニエンシス、および／またはバンピロビブリオ・クロレラボラスのうちの少なくとも1つ、少なくとも2つ、または3、4、5、6、7、8、9、10、15、もしくは20（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の単離または精製された集団を含む組成物に関する。

幾つかの態様では、組成物は、フラボニフラクター、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、ディエルマ、アッケルマンシア、およびアリスティペス・インディスティンクトスの種のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・ステルコリスを除外する。幾つかの態様では、組成物は、ディエルマ属およびアッケルマンシア属のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アリスティペス属、ディエルマ属、およびアッケルマンシア属のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア・ムシニフィラの少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、アッケルマンシア・ムシニフィラおよびディエルマ・ファスチジオサのうちの1つまたは複数だけでなく、アリスティペス・インジスチンクタスも含む細菌の集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、フラボニフラクター属の細菌は、フラボニフラクター・プラウチイを含む。幾つかの態様では、組成物は、以下の属または種：バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・インテスチナリスの少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、ファーミキューテス門、クロストリジウム目、およびルミノコッカス科に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、フラボニフラクター・プラウチイおよび／またはディエルマ・ファスチジオサを含むかまたは更に含む。幾つかの態様では、組成物は、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス・インジスチンクタス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラを含むかまたは更に含む。

幾つかの態様では、組成物は、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、または1×10²未満（またはこの中の任意の導出可能な範囲）のCFUまたは細胞のファーミキューテス門、クロストリジウム目、およびルミノコッカス科として分類される細菌を含む。幾つかの態様では、組成物は、1×10⁵、1×10⁴、1×10³、または1×10²未満（またはこの中の任意の導出可能な範囲）のCFUまたは細胞の、以下の科：ルミノコッカス、クロストリジウム、ラクノスピラ、ミクロコッカス、および／またはベイロネラに属する細菌を含む。

別の局面では、がんを処置するための微生物調節物質組成物、特に、併用免疫チェックポイント阻害剤療法で処置されたことがあるまたは処置されるであろう対象のマイクロバイオームを調節するための方法が本明細書において提供される。

また、本開示は、上記および例えば発明の概要に記載されているような1つまたは複数の微生物集団を含む薬学的組成物を提供する。したがって、細菌種は、乾燥形態であろうと、凍結乾燥形態であろうと、または胞子状の形態であろうと、生細菌として用量形態で存在する。これは、好ましくは、好適な投与のために適応させることができる；例えば、経口処置の場合、潜在的に腸溶性コーティングを有する錠剤または散剤の形態である。

特定の局面では、組成物は、経口投与用に製剤化される。経口投与は、チュアブル製剤、溶解製剤、カプセル化／コーティング製剤、多層ロゼンジ（活性成分および／または活性成分と賦形剤とを分離するため）、徐放／持続放出製剤、または当業者に公知の他の好適な製剤を使用して達成することができる。本明細書においては「錠剤」という語を使用するが、製剤は、一般にロゼンジ、ピル、カプセルなどの他の用語で呼ばれることもある様々な物理的形態をとることができる。

本開示の組成物は、好ましくは経口投与用に製剤化されるが、しかしながら、皮下、筋肉内、皮内、経皮、眼内、腹腔内、粘膜、膣、直腸、および静脈内を含むがこれらに限定されるわけではない、他の投与経路を使用してもよい。

本開示の組成物の所望の用量は、1日全体を通して適切な間隔で投与される複数の（例えば、2、3、4、5、6、またはそれ以上の）サブ用量で提示されてもよい。

一局面では、開示される組成物は、カプセルとして調製されてよい。カプセル（すなわち、担体）は、ゼラチン、セルロース、炭水化物などの様々な物質から形成される中空でほぼ円筒形のカプセルであってよい。

別の局面では、開示される組成物は、座剤として調製されてもよい。坐剤は、細菌と1つまたは複数の担体、例えば、ポリエチレングリコール、アラビアゴム、アセチル化モノグリセリド、カルナウバロウ、酢酸フタル酸セルロース、トウモロコシデンプン、フタル酸ジブチル、ドクサートナトリウム、ゼラチン、グリセリン、酸化鉄、カオリン、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、メチルパラベン、薬学的グレーズ、ポビドン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、モノオレイン酸ソルビタン、ショ糖タルク、二酸化チタン、白ろう、および着色剤などとを含み得るが、これらに限定されるわけではない。

幾つかの局面では、開示される微生物調節物質組成物は、錠剤として調製されてもよい。錠剤は、細菌と、1つまたは複数の打錠剤（すなわち、担体）、例えば、第二リン酸カルシウム、ステアリン酸、クロスカルメロース、シリカ、セルロース、およびセルロースコーティングとを含み得る。錠剤は、直接圧縮プロセスを用いて形成することができるが、当業者であれば、様々な技術を用いて錠剤を形成できることを理解するであろう。

他の局面では、開示される微生物調節物質組成物は、食品または飲料として、あるいは食品または飲料への添加物として形成されてもよく、この場合、適切な量の細菌を食品または飲料に添加して、その食品または飲料を担体にする。

本開示の微生物調節物質組成物は、ラクチトール、イヌリン、またはこれらの組み合わせなど、当技術分野において公知の1つまたは複数のプレバイオティクスを更に含んでいてもよい。

幾つかの態様では、微生物調節物質組成物は、対象の消化管に存在するクロストリジウム目の細菌の成長を刺激するのに有効な食品または栄養補助食品を更に含んでいてもよい。幾つかの態様では、栄養補助食品は、健康なヒトの腸内マイクロバイオームに関連する細菌によって生成される。

IV. 追加の療法
開示の現在の方法および組成物は、当技術分野において公知のおよび／または本明細書において記載される1つまたは複数の追加の療法を含んでいてもよい。幾つかの態様では、追加の療法は、追加のがん処置を含む。このような処置の例は、本明細書において記載される。

A. 免疫療法
幾つかの態様では、追加の療法は、更なるがん免疫療法を含む。がん免疫療法（時にイムノオンコロジーと呼ばれる、略してIO）とは、がんを処置するために免疫系を使用することである。免疫療法は、能動的、受動的、またはハイブリッド（能動的および受動的）に分類することができる。これらアプローチは、腫瘍関連抗原（TAA）として知られている、免疫系によって検出され得る分子を、がん細胞がその表面上に有することが多いという事実を利用したものであり；該分子は、多くの場合タンパク質または他の巨大分子（例えば、炭水化物）である。能動的免疫療法は、TAAを標的とすることによって免疫系に腫瘍細胞を攻撃させる。受動的免疫療法は、既存の抗腫瘍応答を増強するものであり、そして、モノクローナル抗体、リンパ球、およびサイトカインを使用することを含む。免疫療法は当技術分野において公知であり、そして、その一部を以下に記載する。

1. 共刺激性分子の阻害
幾つかの態様では、免疫療法は、共刺激性分子の阻害物質を含む。幾つかの態様では、阻害物質は、B7-1（CD80）、B7-2（CD86）、CD28、ICOS、OX40（TNFRSF4）、4-1BB（CD137；TNFRSF9）、CD40L（CD40LG）、GITR（TNFRSF18）、およびこれらの組み合わせの阻害物質を含む。阻害物質は、阻害性抗体、ポリペプチド、化合物、および核酸を含む。

2. 樹状細胞療法
樹状細胞療法は、樹状細胞に腫瘍抗原をリンパ球に提示させて、リンパ球を活性化し、リンパ球を刺激して抗原を提示する他の細胞を殺傷させることによって、抗腫瘍応答を引き起こす。樹状細胞は、哺乳類の免疫系における抗原提示細胞（APC）である。がん処置において、樹状細胞は、がん抗原のターゲティングを支援する。樹状細胞に基づく細胞性がん療法の一例は、Provenge(R)として販売されているシプロイセル-Tである。

樹状細胞が腫瘍抗原を提示するように誘導する1つの方法は、自己腫瘍溶解物または短いペプチド（がん細胞におけるタンパク質抗原に対応するタンパク質の小片）をワクチン接種することによる。これらペプチドは、免疫および抗腫瘍の応答を高めるために、アジュバント（高度に免疫原性の物質）と組み合わせて与えられることが多い。他のアジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）などの、樹状細胞を誘引および／または活性化するタンパク質または他の化学物質を含む。

また、腫瘍細胞にGM-CSFを発現させることによって樹状細胞をインビボで活性化させることもできる。これは、腫瘍細胞を遺伝的に操作してGM-CSFを生成させることによって、またはGM-CSFを発現する腫瘍溶解性ウイルスを腫瘍細胞に感染させることによって実現することができる。

別のストラテジは、患者の血液から樹状細胞を取り出し、そして、体外で活性化させることである。樹状細胞は、単一の腫瘍特異的ペプチド／タンパク質であってもよく、腫瘍細胞溶解物（溶解した腫瘍細胞の溶液）であってもよい、腫瘍抗原の存在下で活性化される。これら細胞を（任意のアジュバントと共に）注入し、そして、免疫応答を引き起こす。

樹状細胞療法は、樹状細胞の表面上の受容体に結合する抗体を使用することを含む。抗原を抗体に加えてもよく、そして、抗原は、樹状細胞の成熟を誘導して、腫瘍に対する免疫を提供することができる。TLR3、TLR7、TLR8、またはCD40などの樹状細胞受容体が抗体の標的として使用されている。

3. CAR-T細胞療法
キメラ抗原受容体（CAR、キメラ免疫受容体、キメラT細胞受容体、または人工T細胞受容体としても知られている）は、がん細胞を標的とするために新たな非MHC拘束性の特異性を免疫細胞と組み合わせた遺伝子操作受容体である。典型的には、これら受容体は、モノクローナル抗体の特異性をT細胞に移植する。受容体は、異なる起源からの部分を融合させたものであるので、キメラと呼ばれる。CAR-T細胞療法とは、このような形質転換された細胞を、例えばがんなどの処置目的で使用する処置を指す。

CAR-T細胞の設計の基本原理は、抗原結合機能とT細胞活性化機能とを兼ね備えた遺伝子組み換え受容体を必要とする。CAR-T細胞の一般的前提は、がん細胞上にみられるマーカーを標的とするT細胞を人工的に作製することである。科学者たちは、ヒトからT細胞を取り出し、遺伝的に変化させ、そして、がん細胞を攻撃させるために患者に戻すことができる。T細胞がCAR-T細胞になるように遺伝子操作されると、「生きた薬（living drug）」として機能する。CAR-T細胞は、細胞外リガンド認識ドメインと、後にT細胞を活性化させる細胞内シグナル分子との間を連結させる。細胞外リガンド認識ドメインは、通常、抗体由来の一本鎖可変断片（scFv）である。CAR-T細胞療法の安全性の重要な局面は、いかにして正常な細胞ではなく、がん性腫瘍細胞だけを確実に標的にするかということである。CAR-T細胞の特異性は、標的となる分子の選択によって決定される。

例示的なCAR-T療法は、チサゲンレクロイセル（Kymriah(R)）およびアキシカブタゲンシロロイセル（Yescarta(R)）を含む。幾つかの態様では、CAR-T療法は、CD19を標的とする。

4. サイトカイン療法
サイトカインは、腫瘍内に存在する細胞の多くの種類によって生成されるタンパク質である。サイトカインは、免疫応答を調節することができる。腫瘍は多くの場合、腫瘍を成長させおよび免疫応答を低減するために、サイトカインを使用する。これら免疫調節効果により、免疫応答を引き起こすための薬物としてサイトカインを使用することが可能になる。2つの一般的に使用されるサイトカインは、インターフェロンおよびインターロイキンである。

インターフェロンは、免疫系の細胞によって生成される。インターフェロンは、通常抗ウイルス応答に関与しているが、がんにも影響を与える。インターフェロンは、タイプI（IFNαおよびIFNβ）、タイプII（IFNγ）、およびタイプIII（IFNλ）の3つのグループに分類される。

インターロイキンは、数々の免疫系効果を有する。IL-2が、例示的なインターロイキンサイトカイン療法である。

5. 養子T細胞療法
養子T細胞療法は、T細胞の移入（養子細胞移入）による受動免疫の一種である。T細胞は、血液および組織にみられ、通常、外来病原体をみつけたときに活性化する。具体的には、T細胞は、その表面抗原上に外来タンパク質の一部をディスプレイしている細胞にT細胞受容体（TCR）が遭遇したときに、活性化する。それらは、感染細胞であってもよく、抗原提示細胞（APC）であってもよい。T細胞は、正常組織および腫瘍組織にみられ、腫瘍組織では、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）として知られている。T細胞は、腫瘍抗原を提示する樹状細胞などのAPCの存在によって活性化される。これら細胞は腫瘍を攻撃することができるが、腫瘍内の環境は高度に免疫抑制されているので、免疫が介在する腫瘍死が阻止される。

腫瘍を標的とするT細胞を生成および入手する複数の方法が開発されている。腫瘍抗原に特異的なT細胞は、腫瘍サンプルから取り出したり（TIL）、血液から濾過したりすることができる。その後の活性化および培養はエクスビボで行われ、得られた活性化T細胞の調製品が再注入される。活性化は、T細胞を腫瘍抗原に曝露することによって行うことができる。

B. 腫瘍溶解性ウイルス
幾つかの態様では、追加の療法は、腫瘍溶解性ウイルスを含む。腫瘍溶解性ウイルスは、がん細胞に優先的に感染し、そして、死滅させるウイルスである。感染したがん細胞が腫瘍溶解によって破壊されると、がん細胞は、新たな感染性ウイルス粒子、すなわちビリオンを放出して、残りの腫瘍の破壊を助ける。腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍細胞を直接破壊するだけでなく、長期的な免疫療法のために宿主の抗腫瘍免疫応答を刺激すると考えられる。

C. 多糖類
幾つかの態様では、追加の療法は、多糖類を含む。キノコ類、主に多糖類でみられる特定の化合物は、免疫系をアップレギュレートすることができ、そして、抗がん特性を有し得る。例えば、レンチナンなどのベータグルカンは、マクロファージ、NK細胞、T細胞、および免疫系サイトカインを刺激することが実験室試験で示されており、そして、免疫学的アジュバントとして臨床試験において調べられている。

D. ネオアンチゲン
幾つかの態様では、追加の療法は、ネオアンチゲンの投与を含む。多くの腫瘍は、変異を発現する。これら変異により、T細胞免疫療法において使用するための新たな標的とすることが可能な抗原（ネオアンチゲン）が生じる可能性がある。がん病巣におけるCD8+T細胞の存在は、RNAシーケンシングデータを用いて同定したとき、変異負荷の高い腫瘍でより高い。ナチュラルキラー細胞およびT細胞の細胞溶解活性に関連する転写物のレベルは、多くのヒト腫瘍において変異荷重と正の相関がある。

E. 化学療法
幾つかの態様では、追加の療法は、化学療法を含む。化学療法剤の好適なクラスは、（a）アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン、シロホスファミド、イホスファミド、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミンおよびメチルメラミン（例えば、ヘキサメチルメラミン、チオテパ）、アルキルスルホナート（例えば、ブスルファン）、ニトロソウレア（例えば、カルムスチン、ロムスチン、クロロゾシン、ストレプトゾシン）、ならびにトリアジン（例えば、ダカルバジン）、（b）代謝拮抗物質、例えば葉酸類似体（例えば、メトトレキサート）、ピリミジン類似体（例えば、5-フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、アザウリジン）、ならびにプリン類似体および関連材料（例えば、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、ペントスタチン）、（c）天然物、例えば、ビンカアルカロイド（例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン）、エピポドフィロトキシン（例えば、エトポシド、テニポシド）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン、およびマイトキサントロン）、酵素（例えば、L-アスパラギナーゼ）、および生物学的応答調節剤（例えば、インターフェロン-α）、ならびに（d）種々の剤、例えば、白金配位錯体（例えば、シスプラチン、カルボプラチン）、置換尿素（例えば、ヒドロキシウレア）、メチルヒドラジン誘導体（例えば、プロカルバジン）、および副腎皮質抑制物質（例えば、タキソールおよびミトタン）を含む。幾つかの態様では、シスプラチンは、特に好適な化学療法剤である。

シスプラチンは、例えば、転移性の精巣もしくは卵巣の癌、進行膀胱がん、頭頸部がん、子宮頸がん、肺がん、または他の腫瘍などのがんを処置するために広く使用されている。シスプラチンは、経口では吸収されないので、例えば、静脈内、皮下、腫瘍内、または腹腔内の注射などの他の経路を介して送達しなければならない。シスプラチンは、単独でまたは他の剤と組み合わせて使用することができ、特定の態様では、3週間毎に5日間にわたって約15mg/m²～約20mg/m²を合計3コース行うことを含む、臨床用途で使用される効果的な用量が企図される。幾つかの態様では、処置用ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに機能的に連結されたEgr-1プロモータを含む構築物と共に細胞および／または対象に送達されるシスプラチンの量は、シスプラチンを単独で使用したときに送達される量よりも少ない。

他の好適な化学療法剤は、微小管阻害作用物質、例えば、パクリタキセル（「タキソール」）および塩酸ドキソルビシン（「ドキソルビシン」）を含む。アデノウイルスベクターを介して送達されるEgr-1プロモータ／TNFα構築物とドキソルビシンとの組み合わせは、化学療法および／またはTNF-αに対する抵抗性を克服するのに有効であると判断されており、これは、構築物およびドキソルビシンの併用処置が、ドキソルビシンおよびTNF-αの両方に対する抵抗性を克服することを示唆している。

ドキソルビシンは吸収率が低いので、静脈内投与が好ましい。特定の態様では、成人に適切な静脈内用量は、約21日間隔で約60mg/m²～約75mg/m²、または約3週間～約4週間の間隔で繰り返す2もしくは3連続日のそれぞれに約25mg/m²～約30mg/m²、または週1回約20mg/m²を含む。前化学療法もしくは新生物骨髄浸潤によって引き起こされる前骨髄抑制が存在する場合、またはこの薬物を他の骨髄造血抑制薬と併用する場合、高齢患者では最低用量を使用しなければならない。

ナイトロジェンマスタードは、開示の方法において有用な別の好適な化学療法剤である。ナイトロジェンマスタードは、メクロレタミン（HN₂）、シクロホスファミド、および／またはイホスファミド、メルファラン（L-サルコリシン）、およびクロラムブシルを含み得るが、これらに限定されるわけではない。シクロホスファミド（CYTOXAN（登録商標）は、Mead Johnsonから入手可能であり、そして、NEOSTAR（登録商標）は、Adriaから入手可能であり）、別の好適な化学療法剤である。成人に好適な経口用量は、例えば、約1mg/kg/日～約5mg/kg/日を含み、静脈内用量は、例えば、最初に約2日～約5日の期間にわたって分割用量で約40mg/kg～約50mg/kg、または約7日～約10日毎に約10mg/kg～約15mg/kg、または週2回約3mg/kg～約5mg/kg、または約1.5mg/kg/日～約3mg/kg/日を含む。消化器への悪影響があるので、静脈内経路が好ましい。また、薬物は、筋肉内に、浸潤によって、または体腔内に投与されることもある。

追加の好適な化学療法剤は、シタラビン（シトシンアラビノシド）、5-フルオロウラシル（フルオロウラシル；5-FU）、およびフロクスウリジン（フルオロデオキシウリジン；FudR）などのピリミジン類似体を含む。5-FUは、約7.5～約1000mg/m2のいかなる投与量で対象に投与してもよい。更に、5-FUの投与スケジュールは、様々な期間、例えば6週間以下であってもよく、または本開示が関連する技術分野の当業者によって決定される通りであってもよい。

別の好適な化学療法剤であるゲムシタビン二リン酸（GEMZAR（登録商標）、Eli Lilly & Co.、「ゲムシタビン」）は、進行および転移性の膵臓がんの処置に推奨されているので、これらがんについては本開示でも同様に有用であろう。

患者に送達される化学療法剤の量は変動し得る。好適な一態様では、構築物と共に化学療法を施す場合、化学療法剤は、宿主におけるがんを抑止または退縮させるのに有効な量で投与され得る。他の態様では、化学療法剤は、化学療法剤の化学療法的に有効な用量よりも2～10,000倍少ないいかなる量で投与されてもよい。例えば、化学療法剤は、化学療法剤の有効用量よりも約20倍少ない、約500倍少ない、または更には約5000倍少ない量で投与され得る。開示の化学療法薬は、構築物と組み合わせた所望の処置活性について、また、有効な投与量を決定するためにインビボで試験することができる。例えば、ヒトで試験する前に、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなどを含むがこれらに限定されるわけではない好適な動物モデル系で、このような化合物を試験することができる。また、実施例に記載されているように、インビトロ試験を使用して、好適な組み合わせおよび投与量を決定することができる。

F. 放射線療法
幾つかの態様では、追加の療法または前療法は、電離放射線などの放射線を含む。本明細書において使用するとき、「電離放射線」は、イオン化（電子の獲得または損失）を起こすのに十分なエネルギーを有するまたは十分なエネルギーを、核相互作用を介して生み出すことができる粒子または光子を含む放射線を意味する。例示的かつ好ましい電離放射線は、X線である。標的の組織または細胞にX線を照射するための手段は、当技術分野において周知である。

幾つかの態様では、電離放射線の量は、20グレイ（Gy）超であり、そして、1回で施される。幾つかの態様では、電離放射線の量は、18Gyであり、3回で施される。幾つかの態様では、電離放射線の量は、少なくとも、多くとも、または正確に2、4、6、8、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、18、19、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または40Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。幾つかの態様では、電離放射線は、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。1回超施されるとき、約1、4、8、12、もしくは24時間、または1、2、3、4、5、6、7、もしくは8日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、もしくは16週間あけて、またはこの中の任意の導出可能な範囲で施してよい。

幾つかの態様では、IRの量は、IRの総線量として提示されてもよく、これは、その後、分割線量で施される。例えば、幾つかの態様では、総線量は50Gyであり、5Gyずつ10回の分割線量で施される。幾つかの態様では、総線量は50～90Gyであり、2～3Gyずつ20～60回の分割線量で施される。幾つかの態様では、IRの総線量は、少なくとも、多くとも、または約20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、125、130、135、140、または150（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。幾つかの態様では、総線量は、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、15、20、25、30、35、40、45、または50Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲の分割線量で施される。幾つかの態様では、少なくとも、多くとも、または正確に2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または100回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。幾つかの態様では、1日あたり、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の分割線量で施される。幾つかの態様では、1週間あたり、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。

G. 手術
がんを有するヒトのうちのおよそ60％が何らかの種類の手術を受けるが、その中には予防、診断、または病期分類、根治、および緩和のための手術が含まれる。根治手術は、がん組織の全部または一部を物理的に除去、摘出、および／または破壊する切除を含み、そして、本態様の処置、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法、および／または代替療法などの他の療法と併用することができる。腫瘍切除とは、腫瘍の少なくとも一部を物理的に除去することを指す。腫瘍切除に加えて、手術による処置は、レーザー手術、凍結手術、電気手術、および顕微鏡制御下手術（モース氏手術）を含む。

がんの細胞、組織、または腫瘍の一部または全部を摘出すると、体内に空洞が形成されることがある。処置は、灌流、直接注射、または追加の抗がん療法を領域に局所的に適用することによって達成される。このような処置は、例えば、1、2、3、4、5、6、もしくは7日毎、または1、2、3、4、および5週間毎、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月毎に繰り返してよい。これら療法も同様に様々な投与量であってよい。

H. 他の剤
処置の処置有効性を改善するために、他の剤を本態様の特定の局面と組み合わせて使用してもよいことが企図される。これら追加の剤は、細胞表面受容体およびGAPジャンクションのアップレギュレーションに影響を与える剤、細胞分裂阻害および分化剤、細胞接着の阻害剤、アポトーシス誘導物質に対する過剰増殖性細胞の感受性を高める剤、または他の生物学的剤を含む。GAPジャンクションの数を増やすことによって細胞間シグナルを増加させると、隣接する過剰増殖性細胞集団に対する抗過剰増殖効果が高まるであろう。他の態様では、処置の抗過剰増殖有効性を改善するために、細胞分裂阻害または分化剤を本態様の特定の局面と組み合わせて使用してもよい。細胞接着の阻害剤は、本態様の有効性を改善することが企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（FAK）阻害剤およびロバスタチンである。更に、処置有効性を改善するために、抗体c225などのアポトーシスに対する過剰増殖性細胞の感受性を高める他の剤を、本態様の特定の局面と組み合わせて使用してもよいことが企図される。

V. 処置組成物の投与
本明細書において提供される療法は、免疫チェックポイント阻害剤と微生物調節物質との組み合わせを投与することを含む。療法は、当技術分野において公知である任意の好適な方法で施してよい。例えば、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、PD-1阻害物質および／またはCTLA-4阻害物質）、および微生物調節物質は、逐次（異なる時点で）または同時に（同じ時点で）投与してよい。幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、微生物調節物質とは別の組成物中に存在する。幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、微生物調節物質と同じ組成物中に存在する。

開示の態様は、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数と組み合わせて含む組成物および方法に関する。免疫チェックポイント阻害剤は、1つの組成物で投与してもよく、または2つの組成物、3つの組成物、もしくは4つの組成物などの1つより多い組成物で投与してもよい。阻害物質の様々な組み合わせを使用してよく、例えば、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質を「A」とし、そして、PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質を「B」とする：

幾つかの態様では、方法は、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数と同時に投与することを含む。幾つかの態様では、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の前に投与する。幾つかの態様では、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に投与する。幾つかの態様では、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の前に投与する。幾つかの態様では、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に投与する。幾つかの態様では、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の投与の1、2、3、4、5、6、7日または2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、もしくは20週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）以内に投与する。

幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、免疫チェックポイント阻害剤の前に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、免疫チェックポイント阻害剤の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に投与する。幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、免疫チェックポイント阻害剤の後に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、免疫チェックポイント阻害剤の、または免疫チェックポイント阻害剤のうちの少なくとも1つの、または免疫チェックポイント阻害剤のうちの少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に投与する。幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤の、または免疫チェックポイント阻害剤のうちの少なくとも1つの、または免疫チェックポイント阻害剤のうちの少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。

また、開示の併用療法は、微生物調節物質組成物を含む。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の前に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に投与する。幾つかの態様では、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、PD-1、PDL1、および／またはPDL2の阻害物質のうちの1つまたは複数の後に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、PD-1、PDL1、および／もしくはPDL2の阻害物質のうちの1つもしくは複数の、またはPD-1、PDL1、もしくはPDL2のうちの少なくとも1つもしくは少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に投与する。幾つかの態様では、PD-1、PDL1、もしくはPDL2の阻害物質のうちの1つもしくは複数の、またはPD-1、PDL1、もしくはPDL2の阻害物質のうちの少なくとも1つもしくは少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。

また、開示の併用療法は、微生物調節物質組成物を含む。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の前に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に投与する。幾つかの態様では、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）前に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害物質のうちの1つまたは複数の後に投与する。幾つかの態様では、微生物調節物質組成物を、CTLA-4、B7-1、および／もしくはB7-2の阻害物質のうちの1つもしくは複数の、またはCTLA-4、B7-1、および／もしくはB7-2の阻害物質のうちの少なくとも1つもしくは少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に投与する。幾つかの態様では、CTLA-4、B7-1、および／もしくはB7-2の阻害物質のうちの1つもしくは複数の、またはCTLA-4、B7-1、もしくはB7-2の阻害物質のうちの少なくとも1つもしくは少なくとも2つの、少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、5、6、12、24時間、または2、3、4、6、8、10日、または2、3、4、5、6、7、もしくは8週間（またはこの中の任意の導出可能な範囲）後に、微生物調節物質組成物を少なくとも1、2、3、4、5、6、または7回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）投与する。

幾つかの態様では、微生物調節物質組成物は、経口投与用に製剤化される。当業者は、生微生物または死微生物を包含することができ、そして、食品サプリメント（例えば、丸剤、錠剤など）としてまたは飲料もしくは発酵ヨーグルトなどの機能性食品として提示することもできる様々な処方について理解している。

免疫チェックポイント阻害剤および微生物調節物質は、同じ投与経路で投与してもよく、または異なる投与経路で投与してもよい。幾つかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植によって、吸入によって、髄腔内、心室内、または鼻腔内に投与される。幾つかの態様では、微生物調節物質は、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植によって、吸入によって、髄腔内、心室内、または鼻腔内に投与される。特定の局面では、免疫チェックポイント阻害剤は静脈内投与され、そして、微生物調節物質は経口投与される。疾患の予防または治療のために、有効量の免疫チェックポイント阻害剤および微生物調節物質を投与してよい。免疫チェックポイント阻害剤および／または微生物調節物質の適切な投与量は、処置される疾患の種類、疾患の重篤度および経過、個体の臨床状態、個体の臨床歴および処置に対する応答、ならびに主治医の裁量に基づいて決定することができる。

例えば、ヒトに投与される態様の微生物調節物質組成物の細菌の少なくとも1つの単離もしくは精製された集団のそれぞれ、または該細菌の少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、もしくは15個の単離もしくは精製された集団のそれぞれの処置的に有効なまたは十分な量は、少なくとも約1×10³コロニー形成単位（CFU）の細菌、または少なくとも約1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵CFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。幾つかの態様では、単一用量は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁵を超えるCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の指定の細菌の、細菌（本明細書において記載される特定の細菌または種、属、もしくは科など）の量を含有する。幾つかの態様では、単一用量は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵、または1×10¹⁵を超えるCFU（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の全細菌を含有する。特定の態様では、細菌は、胞子の形態でまたは胞子形成した細菌として提供される。特定の態様では、細菌、例えば、各種、亜種、または株の各単離または精製された集団の胞子の濃度は、組成物1グラムあたりまたは投与される用量あたり少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵個、または1×10¹⁵個を超える（またはこの中の任意の導出可能な範囲）生菌の胞子である。幾つかの態様では、組成物または方法は、異なる細菌種、異なる細菌属、または異なる細菌科のうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、40、または50（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を投与することを含む。

幾つかの態様では、ヒトに投与される態様の微生物調節物質組成物の細菌の少なくとも1つの単離もしくは精製された集団のそれぞれ、または該細菌の少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、もしくは15個の単離もしくは精製された集団のそれぞれの処置的に有効なまたは十分な量は、少なくとも約1×10³個の細胞の細菌、または少なくとも約1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵個の細胞（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。幾つかの態様では、単一用量は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵個、または1×10¹⁵個を超える細胞（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の指定の細菌の、細菌（本明細書において記載される特定の細菌または種、属、もしくは科など）の量を含有する。幾つかの態様では、単一用量は、少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵個、または1×10¹⁵個を超える細胞（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の全細菌を含有する。特定の態様では、細菌は、胞子の形態でまたは胞子形成した細菌として提供される。特定の態様では、細菌、例えば、各種、亜種、または株の各単離または精製された集団の胞子の濃度は、組成物1グラムあたりまたは投与される用量あたり少なくとも、多くとも、または正確に1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵個、または1×10¹⁵個を超える（またはこの中の任意の導出可能な範囲）生菌の胞子である。幾つかの態様では、組成物または方法は、異なる細菌種、異なる細菌属、または異なる細菌科のうちの少なくとも、多くとも、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、40、または50（またはこの中の任意の導出可能な範囲）を投与することを含む。

腫瘍内注射または腫瘍血管系への注射は、分散した固形のアクセス可能な腫瘍に対して特に企図される。また、局所、領域、あるいは全身への投与が適切な場合もある。>4cmの腫瘍の場合、投与される体積は約4～10mL（特に10mL）になるが、＜4cmの腫瘍の場合、約1～3mL（特に3mL）の体積が使用される。単一用量として送達される複数回注射は、約0.1～約0.5mLの体積を含む。例えば、アデノウイルス粒子は、腫瘍に複数回注射を投与することによって有利に接触させることができる。

処置レジメンも同様に変動してよく、そして、腫瘍の種類、腫瘍の位置、疾患の進行、ならびに患者の健康状態および年齢に依存することが多い。明らかに、特定の種類の腫瘍は、より積極的な処置を必要とするが、同時に、特定の患者は、より負担の大きいプロトコルに耐えることができない。臨床医は、処置用製剤の公知の有効性および毒性（もしあれば）に基づいてこのような決定をするのに最も適しているであろう。

特定の態様では、処置される腫瘍は、少なくとも最初は切除可能でなくてもよい。処置用ウイルス構築物による処置は、周縁部の縮小に起因してまたは特定の特に侵襲性の高い部分の排除によって、腫瘍の切除可能性を高めることができる。処置後、切除が可能になる場合もある。切除後の追加の処置は、腫瘍部位の微小残存病変を排除する機能を有する。

処置は、は様々な「単位用量」を含み得る。単位用量は、所定の量の処置組成物を含有すると定義される。投与される量、ならびに具体的な経路および製剤は、臨床分野における当業者の判断の技能の範囲内である。単位用量は、単回注射として投与する必要はなく、一定期間にわたる連続注入を含み得る。幾つかの態様では、単位用量は、単回投与可能な用量を含む。

投与される量は、処置の回数および単位用量の両方に従って、所望の処置効果に依存する。有効用量は、特定の効果を達成するために必要な量を指すと理解される。特定の態様における実施では、10mg/kg～200mg/kgの範囲の用量が、これら作用物質の保護能力に影響を与え得ることが企図される。したがって、用量は、約0.1、0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、および200、300、400、500、1000のμg/kg、mg/kg、μg/日、もしくはmg/日、またはこの中の任意の導出可能な範囲の用量を含むことが企図される。更に、このような用量は、1日の間、および／または複数の日、週、もしくは月に、複数回投与することができる。

幾つかの態様では、ヒトに投与される抗体および／または微生物調節物質などの免疫チェックポイント阻害剤の処置的に有効なまたは十分な量は、1回の投与であろうと複数回の投与であろうと、約0.01～約50mg/kg（患者の体重）の範囲になる。幾つかの態様では、使用される阻害物質は、例えば、毎日投与される約0.01～約45mg/kg、約0.01～約40mg/kg、約0.01～約35mg/kg、約0.01～約30mg/kg、約0.01～約25mg/kg、約0.01～約20mg/kg、約0.01～約15mg/kg、約0.01～約10mg/kg、約0.01～約5mg/kg、または約0.01～約1mg/kgである。幾つかの態様では、阻害物質は、15mg/kgで投与される。しかし、他の投与レジメンが有用である場合もある。一態様では、本明細書において記載される阻害物質は、21日サイクルの1日目に、約100mg、約200mg、約300mg、約400mg、約500mg、約600mg、約700mg、約800mg、約900mg、約1000mg、約1100mg、約1200mg、約1300mg、または約1400mgの用量で対象に投与される。用量は、単一用量として、または注入など複数用量（例えば、2回量または3回量）として投与され得る。この療法の進行は、従来の技術によって容易にモニタリングされる。

特定の態様では、薬学的組成物の有効用量は、約1μM～150μMの血中レベルを提供することができるものである。別の態様では、有効用量は、約4μM～100μM；または約1μM～100μM；または約1μM～50μM；または約1μM～40μM；または約1μM～30μM；または約1μM～20μM；または約1μM～10μM；または約10μM～150μM；または約10μM～100μM；または約10μM～50μM；または約25μM～150μM；または約25μM～100μM；または約25μM～50μM；または約50μM～150μM；または約50μM～100μM（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の血中レベルを提供する。他の態様では、用量は、処置剤を対象に投与した結果として剤の以下の血中レベルを提供することができる：約、少なくとも約、または多くとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100μM、またはこの中の任意の導出可能な範囲。特定の態様では、対象に投与された処置剤は、体内で代謝されて代謝処置剤になるが、その場合、血中レベルがその剤の量を指すことができる。あるいは、処置剤が対象によって代謝されない範囲では、本明細書において論じられる血中レベルは、未代謝処置剤を指す場合もある。

また、処置組成物の正確な量は、実施者の判断に依存し、かつ、各個体に特有である。用量に影響を与える要因は、患者の身体的および臨床的な状態、投与経路、意図する処置目的（症状の緩和対治癒）、ならびに特定の処置物質または対象が受けている可能性のある他の療法の効力、安定性、および毒性を含む。

当業者であれば、μg/kgまたはmg/kg（体重）の投与量単位を比較可能な濃度単位のμg/mLまたはmM（血中レベル）、例えば4μM～100μMに変換し、表すことができることを理解し、そして、気付くであろう。また、取り込みが種および器官／組織依存性であることも理解される。取り込みおよび濃度測定値に関して適用可能な換算係数および生理学的仮説は周知であり、それによって、当業者は、ある濃度測定値を別の濃度測定値に変換し、そして、本明細書において記載されている用量、有効性、および結果に関して合理的な比較を行い、そして、結論を出すことができるようになる。

VI. 処置方法
免疫チェックポイント療法を施されたことがあるまたは現在施されている対象に有効の微生物調節剤組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるがんを処置するまたは進行を遅らせる方法が、本明細書において提供される。また、対象の微生物プロファイルを評価し、そして、好ましい微生物プロファイルを有すると同定された対象に免疫チェックポイント阻害剤を投与することによって、免疫チェックポイント療法に好ましく応答するであろう対象を選択する方法も、本明細書において提供される。

幾つかの態様では、処置の結果、処置を中止した後も個体において持続的な応答が得られる。本明細書において記載される方法は、がんを処置するために腫瘍の免疫原性を高めるなど、免疫原性の向上が望まれる病態の処置において利用することができる。また、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（例えば、PD-1阻害物質および／またはCTLA-4阻害物質）および微生物調節物質を個体に投与する工程を含む、がんを有する個体などにおける免疫機能を強化する方法が、本明細書において提供される。幾つかの態様では、個体は、ヒトである。

幾つかの態様では、個体は、1または複数の抗がん剤療法に対して抵抗性のある（抵抗性であることが実証されている）がんを有する。幾つかの態様では、抗がん療法に対する抵抗性は、がんの再発または難治性のがんを含む。再発とは、処置後に元の部位または新たな部位において再びがんが発生することを指し得る。幾つかの態様では、抗がん療法に対する抵抗性は、抗がん療法による処置中のがんの進行を含む。幾つかの態様では、がんは、初期または後期である。

本開示の方法の幾つかの態様では、がんは、低レベルのT細胞浸潤を有する。幾つかの態様では、がんは、検出可能なT細胞浸潤を有しない。幾つかの態様では、がんは、非免疫原性のがん（例えば、非免疫原性の結腸直腸がんおよび／または卵巣がん）である。理論に拘束されるものではないが、併用処置は、併用を施す前に比べてT細胞（例えば、CD4⁺T細胞、CD8⁺T細胞、メモリT細胞）のプライミング、活性化、増殖、および／または浸潤を増加させることができる。

がんは、固形腫瘍、転移性がん、または非転移性がんであってよい。特定の態様では、がんは、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、泌尿器、子宮頸部、食道、十二指腸、小腸、大腸、結腸、直腸、肛門、歯肉、頭部、腎臓、肝臓、肺、上咽頭、頸部、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、または子宮で発生し得る。

がんは、具体的には以下の組織学的種類であってよいが、これらに限定されるわけではない：悪性新生物；癌；未分化、膀胱、血液、骨、脳、乳房、泌尿器、食道、胸腺腫、十二指腸、結腸、直腸、肛門、歯肉、頭部、腎臓、軟部組織、肝臓、肺、上咽頭、頸部、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、子宮、胸腺、皮膚扁平上皮細胞、非結腸直腸性消化器、結腸直腸、黒色腫、メルケル細胞、腎細胞、子宮頸部、肝細胞、尿路上皮、非小細胞肺、頭頸部、子宮内膜、食道胃、小細胞肺中皮腫、卵巣、食道胃、膠芽腫、副腎皮質、ブドウ膜、膵臓、胚細胞、巨細胞および紡錘細胞の癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮細胞癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛質腫；移行細胞癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；悪性ガストリノーマ；胆管癌；肝細胞癌；複合型の肝細胞癌および胆管癌；索状腺癌；腺様嚢胞癌；腺癌性ポリープにおける腺癌；家族性大腸腺腫様ポリポーシス；固形癌；悪性カルチノイド腫瘍；気管支肺胞腺癌；乳頭状腺癌；嫌色素性癌；好酸球性癌；好酸性腺；好塩基球性腺癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞性腺癌；乳頭および濾胞の腺癌；非被嚢性硬化癌；副腎皮質癌；子宮内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳道腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢胞腺癌；乳頭状漿液性嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液性腺癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；乳房パジェット病；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生を伴う腺癌；悪性胸腺腫；悪性卵巣間質性腫瘍；悪性莢膜腫瘍；悪性顆粒膜細胞腫瘍；悪性アンドロブラストーマ；セルトリ細胞癌；悪性ライディッヒ細胞腫瘍；悪性脂質細胞腫瘍；悪性傍神経節腫；悪性乳房外傍神経節腫；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性黒色腫；無色素性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑における悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；皮膚黒色腫、悪性青色母斑；肉腫；線維肉腫；悪性線維性組織球腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胚性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質肉腫；悪性混合腫瘍；ミュラー混合腫瘍；腎芽細胞腫；肝芽細胞腫；癌肉腫；悪性間葉腫；悪性ブレンナー腫瘍；悪性葉状腫瘍；悪性滑膜肉腫；未分化胚細胞腫；胚性癌；悪性奇形腫；悪性卵巣甲状腺腫；絨毛癌；悪性中腎腫；血管肉腫；悪性血管内皮腫；カポジ肉腫；悪性血管外皮腫；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；悪性軟骨芽細胞腫；間葉性軟骨肉腫；骨の巨細胞腫瘍；ユーイング肉腫；悪性歯原性腫瘍；エナメル上皮肉腫；悪性エナメル上皮腫；エナメル上皮線維肉腫；悪性松果体腫；脊索腫；悪性グリオーマ；上衣腫；星状細胞腫；原形質性星状細胞腫；線維性星細胞腫；星状芽細胞腫；乏突起神経膠腫；乏突起膠芽細胞腫；原始神経外胚葉性；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽細胞腫；網膜芽細胞腫；嗅神経原性腫瘍；悪性髄膜腫；神経線維肉腫；悪性神経鞘腫；悪性顆粒細胞腫；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキン側肉芽腫；小リンパ球性悪性リンパ腫；大細胞性、びまん性悪性リンパ腫；悪性濾胞性リンパ腫；菌状息肉症；他の特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球増殖症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；エオシン好性白血病；単球性白血病；肥満細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄肉腫；およびヘアリーセル白血病。

幾つかの態様では、がんは、皮膚扁平上皮細胞癌、非結腸直腸性および結腸直腸性消化器がん、メルケル細胞癌、肛門がん、子宮頸がん、肝細胞がん、尿路上皮がん、黒色腫、肺がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、頭頸部がん、腎臓がん、膀胱がん、ホジキンリンパ腫、膵臓がん、または皮膚がんを含む。

幾つかの態様では、がんは、肺がん、膵臓がん、転移性黒色腫、腎臓がん、膀胱がん、頭頸部がん、またはホジキンリンパ腫を含む。

方法は、適切ながんの「管理レジメン」を決定、投与、または選択し、そして、その転帰を予測することを伴い得る。本明細書において使用するとき、語句「管理レジメン」とは、それを必要とする対象（例えば、がんと診断された対象）に提供する検査、スクリーニング、診断、監視、ケア、および処置（処置の投与量、スケジュール、および／または期間など）の種類を指定する管理計画を指す。

用語「処置」または「処置する」は、以下を含む、哺乳類におけるの疾患の任意の処置を意味する：（i）疾患を予防すること、すなわち、疾患の誘導前に保護組成物を投与することによって疾患の臨床症状を発症させないこと、（ii）疾患を抑制すること、すなわち、誘導事象の後であるが疾患の臨床的な出現もしくは再出現の前に保護組成物を投与することによって疾患の臨床症状を発症させないこと；（iii）疾患を阻害すること、すなわち、最初の出現後に保護組成物を投与することによって臨床症状の発現を抑止すること、および／または（iv）疾患を軽減すること、すなわち、最初の出現後に保護組成物を投与することによって臨床症状を後退させること。幾つかの態様では、処置は、疾患の予防を除外する場合もある。

特定の局面では、特定の腸内マイクロバイオームの組成を有すると判定された患者におけるがんまたはがん転移を検出するために、更なるがんもしくは転移の検査もしくはスクリーニング、または造影コンピュータ断層撮影法（CT）、陽電子放射断層撮影法-CT（PET-CT）、および磁気共鳴画像法（MRI）などの更なる診断を実施してもよい。

VII. マイクロバイオームの組成を決定する方法
幾つかの態様では、方法は、マイクロバイオームプロファイルを入手することに関する。幾つかの態様では、マイクロバイオームプロファイルを入手することは、i）対象（例えば、ヒト対象）から得られるサンプルを入手する工程、ii）サンプルから1つまたは複数の細菌種を単離する工程、iii）少なくとも1つの細菌種から1つまたは複数の核酸を単離する工程、iv）単離された核酸をシーケンシングする工程、およびv）シーケンシングされた核酸を基準核酸配列と比較する工程を含む、またはこれら工程をこの順に含む。ジェノタイピングを必要とする方法を実施する場合、いずれのジェノタイピングアッセイを使用してもよい。例えば、これは、16Sもしくは23Sのリボソームサブユニットのシーケンシングによって、またはメタトランスクリプトミクスに関連したメタゲノミクスショットガンシーケンシングによって行うことができる。

マイクロバイオームの組成を決定する方法は、シーケンシング、次世代シーケンシング、ウェスターブロッティング（wester blotting）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、PCR、ELISAなどの1つまたは複数の微生物学的方法を含み得る。

VIII. キット
本開示の特定の局面は、がんの検出、診断、もしくは処置、ならびに／または微生物の検出および定性的もしくは定量的な特性評価などの本開示の方法を実施するためのキットも包含する。このようなキットは、容易に入手可能な材料および試薬から調製することができる。例えば、このようなキットは、以下の材料のうちのいずれか1つまたは複数を含み得る：酵素、反応チューブ、バッファ、洗剤、プライマー、プローブ、抗体。好ましい態様では、これらキットにより、実施者は、血液、涙、精液、唾液、尿、組織、血清、糞便、痰、脳脊髄液、および細胞溶解物からの上清中の新生細胞のサンプルを入手することができる。別の好ましい態様では、これらキットは、RNA抽出、RT-PCR、およびゲル電気泳動を実施するために必要な装置を含む。また、アッセイを実施するための説明書がキットに含まれていてもよい。

特定の局面では、これらキットは、微生物を評価または同定するための複数の剤を含んでいてもよく、該キットは容器に収容されている。キットは、配列を評価するためにキットを使用するための説明書、予後判定を行うために配列データを変換および／または分析するための手段を更に含んでいてもよい。バイオマーカーの発現を測定するためのキット中の剤は、qRT-PCR用の複数のPCRプローブおよび／もしくはプライマー、ならびに／またはバイオマーカーの発現を評価するための複数の抗体もしくはその断片を含んでいてもよい。別の態様では、バイオマーカーの発現を測定するためのキット中の剤は、本発明のバイオマーカーのmRNAに対して相補的な数々のポリヌクレオチドを含んでいてもよい。また、発現データを発現値に変換するため、および発現値を分析して生存または予後を予測するスコアを作成するための可能な手段が含まれていてもよい。

キットは、ラベル付きの容器を含んでいてもよい。好適な容器は、例えば、瓶、バイアル、および試験管を含む。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成され得る。容器は、例えば上述したような予後判定または非予後判定の用途に有用なプローブを含む組成物を保持することができる。容器上のラベルは、組成物が特定の予後判定または非予後判定の用途に使用されることを示していてよく、そして、例えば上記のものなどのインビボまたはインビトロのいずれかで使用するため指示も示していてよい。キットは、上述の容器と、バッファ、希釈剤、フィルタ、針、シリンジ、および使用説明書を含む添付文書を含む商業的およびユーザーの観点から望ましい材料を含む1つまたは複数の他の容器とを含み得る。

更なるキットの態様は、本開示の処置組成物を含むキットに関する。キットは、本開示の処置方法において有用であり得、そして、使用説明書を含み得る。

IX. 実施例
本発明の好ましい態様を説明するために以下の実施例が含まれる。以下の実施例に開示される技術は、本発明の実施においてうまく機能することが本発明者によって見出された技術を表し、したがって、その実施のための好ましいモードを構成すると考えることができることを、当業者は理解すべきである。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、開示されている特定の態様に多くの変更を加え、そして、それでもなお同様のまたは類似の結果を得ることができることを理解するはずである。

実施例1 - 併用CTLA-4およびPD-1遮断薬に対する応答および毒性の分子的、免疫的、および微生物的要因
がんにおける処置パラダイムは急速に進化しており、これは、ゲノムおよび免疫のレベルまで掘り下げた腫瘍の理解および特性評価する能力が並行して進んだことによって加速した。患者における抗腫瘍免疫応答の無効化に寄与する負の制御経路を標的とするチェックポイント遮断免疫療法は、現在、広く臨床で使用されている実用的かつ有効なストラテジである。免疫抑制性の分子標的を遮断するかまたは免疫賦活性の分子標的を活性化するように設計された複数の新規剤が開発中である。チェックポイント遮断薬に対する奏効率を改善するための試みは、現在、CTLA-4およびPD-1の阻害物質の併用（併用免疫チェックポイント遮断薬、CICB）によって例示される併用薬ストラテジが主流となっている。客観的応答を誘導するにはより有効であるが（Larkin et al., 2015）、この組み合わせは、重大な免疫関連有害事象（irAE）に関連しており（Hammers et al., 2017; Sznol et al., 2017）、重度のirAEの付帯リスクが低い、PD-1遮断薬単独に対して応答することが予測される非選択患者のうちの最大40％にとって必要でも適切でもない可能性がある（Robert et al., 2015a; Robert et al., 2015b）。毒性の信頼できる処置前予測因子は、最近の試みにもかかわらず未だ同定されておらず、非常に必要とされている。

本発明者らは、CICBを受けている黒色腫患者において、応答および免疫関連毒性の両方の潜在的な腫瘍由来のおよび全身性の分子、免疫、腸内細菌のバイオマーカーを同定しようとした。抗CTLA-4抗体であるイピリムマブと抗PD-1抗体であるニボルマブまたはペンブロリズマブのいずれかで同時に処置された進行黒色腫患者のコホートを構築した。応答を判定するために客観的X線検査評価を使用し、毒性を判定するために高グレード（グレード3またはそれ以上）irAEの発生を使用して、応答および毒性について患者を分類した。

より低い毒性は、末梢T細胞レパートリーの多様性の低さ、およびT細胞がより多くの抗原を経験したことを示す免疫表現型に関連していた。驚くべきことに、この表現型は、より低グレードの毒性が予測された免疫療法剤を事前に受けたこととも関連していた。糞便微生物のアルファ多様性の中央値は応答者において数値的に高く、応答および毒性に関連するバクテロイデス・ステルコリス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、プレボテラ・コプリ、およびバクテロイデス・フラジリスの存在量が異なっていた。CICBによって媒介される不顕性の回腸炎および結腸炎の促進における腸内微生物叢の原因的役割について2つの腫瘍マウスモデルにおいて調べたところ、免疫賦活性または阻害性の効果を駆動する特徴的な共生生態系が哺乳類の種を超えて共有されていることが実証された。

A. 結果
1. 研究スキームおよび生物検体の回収
本発明者らは、2014年1月1日から2017年8月31日の間、臨床試験または標準ケア（SOC）療法のいずれかとしてCICBを受けていた転移性黒色腫患者のコホートを構築した（図1、表1）。患者が粘膜もしくはブドウ膜の黒色腫のサブタイプを有しており、処置期間に関連する適切な生物検体が欠けていた場合、またはX線撮影の応答および毒性のデータを判定するために利用可能なデータが不十分であった場合、その患者を一次研究コホートから除外した。

患者を、RECIST v1.1によって測定されたCICBに対する最良総合効果（BOR）に基づいて「応答者」（R）または「非応答者」（NR）として分類し、また、任意のグレード3またはそれ以上のirAEを有する患者 対 グレード3未満のirAEを有する患者としても分類した。分子および免疫的な相関分析のために、入手可能な処置前および処置中の腫瘍および末梢血のサンプルを集め、一方、16S rDNAシーケンシングによるマイクロバイオームプロファイリングの前に、OMNIgene-GUTキットを用いて処置前または処置中早期の糞便検体を回収し、そして、冷凍した（表1）。

2. 患者の特徴、CICBの臨床有効性および毒性
コホートは53名の患者で構成されており、主にステージIVの疾患を有しており（n=45、85％）、患者の大部分が進行疾患に対する前全身療法を受けたことがなかった（n=39、74％）（表2）。患者の5分の1（n=11、20.8％）が何らかの形態の事前の免疫療法を受けたことがあった；併用療法としてではないイピリムマブもしくは抗PD-1、抗PD-L1剤、単独でまたはアジュバントと共にもしくは対症療法を目的とした生化学療法レジメンの一部としてのサイトカイン剤（表2）。

併用イピリムマブ＋抗PD-1剤の投与回数の中央値は3回であり（範囲1～4回）（表3）、最初の併用投与後の抗PD-1剤単剤療法の投与回数の中央値は1回（範囲0～44回）であった。全奏効率は77.4％（41/53患者）であり、中央値が15.6ヶ月の経過観察期間の後、21人の患者において進行が生じていた（全体的にPFS中央値は未到達、進行者における無増悪期間の中央値は3.0ヶ月、図1）。ほぼ全ての患者（n=51、96.2％）が、いずれかのグレードの処置に関連する（「恐らく」、「ほぼ確実に」、または「確実に」関連）有害事象（AE）を経験し、患者のうちの28名（52.8％）において高グレードの処置関連免疫関連AE（irAE）（≧グレード3）が発生し、下痢／結腸炎、高トランスアミナーゼ血症、甲状腺機能低下症／亢進症、他の内分泌系疾患、および経皮毒性（発疹、そう痒）が最も一般的であった（表3）。処置関連毒性により21名（39.6％）の患者で処置を中断したが、治療関連の死亡例はなかった。

3. CICBに対する応答および抵抗性の分子的および免疫的な決定因子
変異負荷は腫瘍の種類によって大きく異なり、そして、CTLA-4またはPD-1の遮断単剤療法に対する客観的応答に影響を与えることが既に示されており（Hugo et al., 2016; Snyder et al., 2014; Van Allen et al., 2015）、非小細胞肺がんにおけるCICBによる処置の状況においても幾つかの証拠が報告されているので（Hellmann et al., 2018）、本発明者らは、まず、変異荷重とCICBに対する応答との間の関係について調べた。入手可能な処置前の腫瘍サンプルにおいて全エクソームシーケンシングを実施した（n=26、表1）。全ての例が、皮膚黒色腫について予想されたように、CからTへの移行を特徴とするUVダメージシグネチャーが優勢であることを示した（データは示さない）。CICBに対する応答者（R、n=20）と非応答者（NR、n=6）との間で、全エクソン変異または非同義多型（NSV）の間に統計的な有意差はみられなかった（図2A）が、低変異負荷範囲（<1000 NSV）では有意な重複が認められ、このことは、高変異負荷は応答にとって許容され得るが必須ではないことを示唆している。

次に、本発明者らは、黒色腫の特定の変異ドライバーまたは免疫関連シグナル伝達経路がCICBの応答に関連するかどうかについて調べた。一般的な黒色腫ドライバー変異は、応答状態に関係なく、患者由来の腫瘍全体にわたって均一に分布しており、黒色腫ドライバー、IFN-γ経路、および抗原プロセシング経路の遺伝子セットに分類した場合、変異の種類（例えば、ミスセンス、ナンセンス、インデル）、影響を受ける遺伝子、または遺伝子グループによる明確なパターンはなかった（図8A）。BRAF^V600変異は、予想通り、全体的な体細胞変異荷重が低いことと有意に関連していた（p<0.001）（図8B）が、応答とは関連していなかった。

ネオアンチゲン荷重に関連する免疫原性は、根底にある非同義変異荷重に比例すると予測されることに鑑みて、本発明者らは、netMHCpanアルゴリズム（Nielsen et al., 2007）を用いてインシリコでネオアンチゲン予測を実施したところ、2つの応答群の間で合計のまたは高結合親和性の予測ネオアンチゲン数に有意な差はみられなかった（n=26、図8C）。変異または予測ネオアンチゲンの荷重と応答との間に相関関係がないことから、本発明者らは、次に、ゲノムのコピー数変化（CNA）が応答に影響するかどうかについて調べた。変異負荷とは異なり、コピー数減少負荷は応答との統計的に有意な関連を示し（p=0.04、図2B）、これは、主に5、15、および特に10番染色体に影響を与える、NRにおけるより高い染色体コピー数減少負荷によって駆動された（図2C、図8D～E）。免疫チェックポイント遮断単剤療法に対する抵抗性に以前に関与していた幾つかの遺伝子は、NR腫瘍においてコピー数減少によって排他的に（CD74）または不釣り合いに（PDIA3、B2M、PTEN）影響を受けると考えられ（図2D）、これは、CICBに対する抵抗性の潜在的な免疫ゲノム機序を示唆している（Ekmekcioglu et al., 2016; Peng et al., 2016; Roh et al., 2017; Tanese et al., 2015; Zaretsky et al., 2016）。

CICBに対する転帰を形づくる腫瘍と浸潤免疫細胞との間の複雑な微小環境相互作用を更に解明するため、本発明者らは、次に、腫瘍内および全身の免疫集団を調べて、応答の潜在的なマーカーを同定した。予想通り、NRの腫瘍と比較してRのベースライン腫瘍免疫浸潤物では数値的に高いCD8＋密度が観察されたが、これは、恐らくコホートサイズが限られており、かつ非応答者の比率が比較的少なかったことに起因して、統計的有意性には達しなかった（n=19 R、n=6 NR；p=0.052、片側マン・ホイットニー検定、図2E）。なお、CD8+T細胞の密度は、処置応答とは無関係にCICB処置後に増加する傾向があった（図9A）。T細胞受容体（TCR）シーケンシングによる腫瘍内T細胞レパートリーの分析（n=25、表1）では、Rの腫瘍T細胞浸潤物のエントロピーが高い傾向が強いことが明らかになった（図2F）。ベースライン腫瘍のTCRシーケンシングは、RとNRとの間でクローン性に有意な差がないことを実証した（p=0.28、図2G）が、これもコホートサイズおよびR/NRの比率によって制限されていた（n=19 R、n=6 NR）。

4. 抗原を経験したT細胞レパートリーおよび事前の免疫療法はグレード3～4のirAEの欠如と関連する
CICBを受けている患者では重度のirAEが特に一般的であり、グレード3またはそれ以上のirAEが発生すると、臨床応答があるにもかかわらず療法が中断されることが多い。CICBに起因するirAEの正確な免疫機序および信頼できる予測バイオマーカーが不足している（Carlino and Long, 2016）。本発明者らは、全身免疫パラメータと毒性との間の関連について研究し、潜在的に自己応答性の免疫細胞をサンプリングしそれによってCICBによるirAEに対する患者の感受性の免疫シグネチャーを同定するのに、全身循環が、最も容易にアクセス可能なコンパートメントとなるという仮説を立てた。本発明者らは、マルチパラメータフローサイトメトリーを用いて末梢血白血球の包括的な免疫プロファイリングを実施し、TCRシーケンシングを用いて循環T細胞レパートリーを評価した。イピリムマブ療法後の循環CD8+T細胞クローンの処置誘発性拡大が前立腺がん患者における毒性を予測するという以前に報告された知見（Subudhi et al., 2016）と一致して、TCRシーケンシング解析（n=16）も、末梢血中拡大クローン55個というカットオフが高グレードの毒性と関連していたが、拡大クローンの数がより少ないTCRレパートリーの有用な負の予測値は存在しないことを示した（全体でp=0.22、図9B)。また、毒性を経験している患者は、免疫関連毒性に寄与する細胞傷害性T細胞の拡大の加速と一致して、処置中早期にエフェクタおよびセントラルメモリCD8+Tリンパ球におけるKi67増殖指数が高かった（p=0.0044、n=14；図3A、図9C）。なお、CICBの開始前に回収した末梢血リンパ球（n=24）から、その後高グレードirAEを経験した患者では、T細胞レパートリーの多様性が有意に高く（p=0.028、図3B）、かつ、エントロピーが有意に高いことが明らかになった（p=0.0068、図3C）。これらの結果をまとめると、潜在的に自己応答性のクローンをより多数有するそれほどフォーカスされていないT細胞レパートリーが、CICBに対する毒性の原因である可能性があることが示唆される。

これら循環リンパ球の表現型についての知識を更に得るために、本発明者らは、ベースライン末梢血サンプル（n=14～18）に対してマルチパラメータフローサイトメトリーを実施した。重度のirAEを発症しなかった患者の循環CD4+およびCD8+Tリンパ球では、表面のCD28およびCD27の発現が有意に低いことが認められ（CD4 Teff中のCD27、p=0.0022；CD4 Teff中のCD28、p=0.014；CD8 Teff中のCD27、p=0.072；CD8 Teff中のCD28、p=0.04；図3D～E、図9D～E）、これは、より多くの抗原を経験したT細胞レパートリーを有する患者が、CICBによる処置に対するその後の毒性の発生率が低いことを示唆している。

この免疫プロファイルは、事前の免疫活性化の特色を示唆しているので、本発明者らは、次に、事前に免疫療法を受けた患者と受けなかった患者との間でCD27およびCD28のTリンパ球発現を比較した。事前に免疫療法を受けていれば、より多くの抗原を経験したT細胞レパートリーが生じ、最終分化した繰り返し刺激を受けたT細胞に表現型がより類似するという仮説を立てた。本発明者らは、まず、免疫刺激療法の前歴およびirAEの状態によって患者コホートを層別化した。本発明者らは、いずれかの事前免疫療法に曝露された患者において、高グレードirAEのリスクが顕著に低いことを認めた（RR=0.29、95％ CI=0.08～0.81）（p=0.016、フィッシャーの直接検定）（図3F）。更に、仮説と一致して、免疫療法未経験の患者は、実際に、事前に免疫療法を受けた患者と比較したときに、ベースライン時にエフェクタCD4/8 T細胞集団におけるCD27および／またはCD28の発現が顕著に高かった（n=12 免疫療法未経験、n=3 免疫療法経験；CD4 Tエフェクタ細胞におけるCD27、p=0.0044、CD8 Tエフェクタ細胞におけるCD28、p=0.018；図3D～E、事前の免疫療法を色によって示す）。

5. 腸内マイクロバイオームのプロファイルは、CICBの有効性および毒性と関連する
本発明者らは、次に、腸内微生物叢の多様性および組成の違いが、CICBで処置された患者の免疫チェックポイント遮断単剤療法の臨床転帰に与える影響について研究しようとした。記載の通りCICBを始めようとしている患者において実行可能である場合、処置開始時に糞便マイクロバイオームサンプルを回収し（図1）、16S rDNAシーケンシングを用いて微生物シグネチャーをプロファイリングした（n=31、n=24 R、n=7 NRを含む、n=19 ≧Gr3 irAE、n=12 ≧Gr3 irAEなし；表1）。コホート全体にわたって、糞便微生物の組成はかなり異なり、全ての糞便サンプルにおいてバクテロイデス目（Bacteroidales）およびクロストリジウム目の存在量が最も多かった（図4A）。抗PD-1遮断薬に対するRにおいて腸内マイクロバイオームの多様性がより大きいことを示す先行研究に基づいて（Gopalakrishnan et al., Science 2018）、本発明者らは、まず、CICBに対するR対NRでアルファ多様性の中央値を比較し、複数の多様性測定基準にわたって保存されていた類似の傾向を認めた（p=0.14、図4B、図10A）。本発明者らは、次に、腸内微生物叢の多様性とCICBに対する毒性との間の関係を評価したところ、重度のirAEが発生した患者としなかった患者との間に明らかな傾向は示されなかった（p=0.59、図4C）。本発明者らは、次いで、エフェクトサイズの線形判別分析（LEfSe）（Segata et al, 2011）および相対的な分類学的存在量のペアワイズ比較を用いて、CICBに対するRとNRとの間の組成の違いを評価した。CICBに対するRでは、とりわけアッケルマンシア・ムシニフィラ、バクテロイデス・ステルコリス、およびディエルマ・ファスチジオサを含む幾つかの細菌分類群が多く含まれていた（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.032、p=0.019、p=0.018；図4D、図10B)。逆に、ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、およびプレボテラ・コプリを含む追加の細菌分類群がNRに多く含まれることが認められた（図4D）（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.040、p=0.040、p=0.033；図10B)。更に、以前の知見と一致して、ファーミキューテス門、クロストリジウム目（p=0.21）、ルミノコッカス科（p=0.56）も応答者でより高い傾向があったが、関連性は比較的弱く、これは、CICBと比べて抗PD-1単剤療法の状況における特徴的な微生物－応答関連性に恐らく起因している（図10B)。また、バクテロイデス・ステルコリス（応答した患者にも関与していた）、バクテロイデス・カッカエ、およびディアリスター属を含む幾つかの細菌分類群は高グレードirAEと関連していた（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.040、p=0.033、p=0.038；図4E、図10C）。irAEが発生しなかった患者に多く含まれていた細菌分類群には、とりわけバクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ属、およびタイゼレラ属が含まれていた（LEfSe、図4E；それぞれ、ペアワイズp=0.014、p=0.014、p=0.018、図10C）。

特定の全身性免疫集団が処置に関連するirAEの発症に対する微生物の影響を媒介するかどうかを判定するために、本発明者らは、次いで、糞便マイクロバイオームデータおよび処置前の末梢血免疫表現型検査（n=9）および糞便マイクロバイオームデータが一致した症例において、循環免疫細胞サブセットと応答に関連する主要な分類群との間の相関について調べた。既に同定された、応答に関連する主要な分類群であるB.ステルコリス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、およびアッケルマンシア・ムシニフィラ（図4D）は、循環PD-1+T細胞集団の処置前の存在量、および全体的なCD8 T細胞の存在量の尺度（全CD8、CD4：CD8比と逆相関、図10D）と直接相関しており、これは、潜在的に腫瘍応答性であるリンパ球を多く含み、CICB処置の際に応答する態勢ができている全身の免疫プロファイルと一致する。本発明者らは、次いで、循環免疫集団と高グレードirAEの有無に関連する細菌分類群との間で同様の分析を実施した。幾つかの毒性に関連するバクテロイデス属分類群の存在量とPD-1+T細胞集団の存在量との間には、一貫して正の相関がみられ、これは、CICBの開始時に多様な免疫特異性が潜在的に（再）活性化され、毒性を引き起こすことと一致している（図4F）。予想外なことに、毒性に関連するバクテロイデス属の種は、既に同定されているCD4+およびCD8+T細胞のCD27およびCD28の発現と不調和な関連を示し；なお、CD27/CD28レベルと逆相関していたB.ステルコリスも応答と高度に関連していた。更に、処置中のサンプルでは、幾つかの毒性に関連するバクテロイデス属の種とT細胞サブセット内のCD27/28+の割合との間の不調和な相関がより明白になった（n=9、図10E）。これらデータは、より特異的に毒性に関連する分類群と毒性および／または応答の両方に関連する分類群との間に、特徴的な細菌－免疫関連性が存在することを示唆している（図4F）。

6. 腸内マイクロバイオームにおけるCICBによって誘導される細菌シフトは応答性に関連する
黒色腫患者におけるCICBの有効性および毒性への影響における腸内微生物組成の関連に着目して、本発明者らは、次に、マウスにおいて微生物のパターンがICB単剤療法またはCICBに対する転帰に影響を与え得るかどうかについて調べた。本発明者らは、樹立したMCA205肉腫およびRET黒色腫を2週間にわたって（それぞれ6回および5回投与）抗PD-1抗体単独でまたは抗CTLA-4抗体と組み合わせて処置し、各処置手法によってMCA205が長期にわたっておよび／または完全に退縮したことを観察した（抗PD-1で処置された2/6頭のマウスおよびCICBで処置された6/6頭のマウスは、連続した2回の測定で退縮していたかまたはサイズが増加しなかった腫瘍を有するマウスと定義される応答者（R）であった；図5A、左パネル）。RET黒色腫モデルにおける同様の研究でも同様の結果が示されたが、連続した2回の測定で腫瘍が大きくなったマウスと定義される非応答者（NR）マウスの数が多かった（抗PD-1で処置された5/6頭およびCICBで処置された2/10頭がNRであった；図5A、右パネル）。

両腫瘍モデルにわたって療法の間の微生物組成の違いについて試験するために、本発明者らは、サンプル間の全体的な関係性（またはその欠如）の尺度を提供する微生物のベータ多様性の主座標分析を実施した。CICBを2回または5回施す前および後に回収した縦断的な糞便サンプルを検討したところ、本発明者らは、両腫瘍モデルにおいて経時的なマイクロバイオーム組成の有意な変化を同定し（図5B、左および右のパネル）、RETモデルでCICBを5回施した後に得られたサンプルにおいて、最も明らかなクラスタリング効果が観察された（図10A～D）。同じ縦断的サンプルの混合物では、主座標分析から、両腫瘍モデルについて、各サンプル回収時点での糞便微生物叢と腫瘍サイズとの間に有意な関連があることが明らかになった（MCA205ではp=0.001、RETではp=0.039；図5C）。まとめると、これらデータは、微生物叢、免疫療法、および腫瘍成長動態の間のダイナミックな相互作用を明らかにする。

本発明者らは、次に、2つの腫瘍モデル（MCA205およびRET）のいずれかにおいてその後CICBに対して応答したマウスの処置前腸内微生物叢に存在する細菌を比較したところ、アリスティペス・インジスチンクタスおよびアッケルマンシア・ムシニフィラを含む169の分類群が両モデルに存在することを見出した。更に、フラボニフラクター・プラウチイは、CICBに応答するヒトの患者にも多く含まれていた（図4D、図5D、表4）。患者サンプルおよびマウス腫瘍モデルにわたる細菌の更なる共通点を同定するために、本発明者らは、患者においてLEfSeによって同定された応答に関連する分類群を、両マウス腫瘍モデルにおいてLEfSeを用いてCICBに対するRマウスとNRマウスとの間で異なって多く含まれると同定されたものと比較した。更に、経時的な腸内微生物叢の組成が有意にかつモデル依存的に変化するという知見に鑑みて、本発明者らは、CICBの間にいずれかのマウスモデルで異なって多く含まれるようになったかまたは異なって多く含まれたままであり、そして、腫瘍サイズと相関（または逆相関）していたヒトの応答に関連する分類群に注目することによって、追加の生物学的情報を用いて分類学的発見の質を高めようとした（図11A～D）。本発明者らは、処置および腫瘍サイズが腸内微生物叢と関連しているかどうか、ならびに、療法開始後に腸内微生物叢が安定したままであったかどうかを判定するための試みにおいて、2つの時点を調べた。療法中早期（2回の注射後）に、フラボニフラクター属（MCA205ではF.プラウチイ）およびディエルマ属（MCA205ではD.ファスチジオサ）が、CICB応答者患者の微生物叢フィンガープリントと重複していると同定された（図11A～B）。5回の注射後、アッケルマンシア属（MCA205ではA.ムシニフィラ）、バクテロイデス属の種（MCA205ではB.ステルコリロソリス）、およびディエルマ属（RETではD.ファスチジオサ）が、応答しているマウスおよび患者の両方に共通してみられた（図11C）。なお、A.ムシニフィラは、既に報告されている共生種（E.ヒラエなど）と共に、RET腫瘍の腫瘍サイズと逆相関していた（図11D）（Routy et al.2018）。対照的に、特徴的なラクトバチルス属の種（L.アニマリスなど）は、CICBで処置したRET腫瘍および抗PD-1で処置したMCA205腫瘍では腫瘍成長と正の相関を示し（図11D）、ヒト患者ではCICBに対する非応答と関連していることが認められた（図4D）。腫瘍の種類にかかわらず、様々な時点でCICBに対する応答者（R）マウスを非応答マウス（NR）から分離したところ、本発明者らは、A.ムシニフィラおよびディエルマ・ファスチジオサだけでなく、アリスティペス・インジスチンクタスも黒色腫患者における応答に関連していることを見出した（図5E、表4）。

7. 腸内共生生物は、CICBによって誘導される不顕性の回腸炎または結腸炎を引き起こすかまたは和らげる
次に、本発明者らは、腸内毒性（結腸および回腸）に焦点を当てて、マウスモデルにおける腸内微生物叢と毒性との間の潜在的な相関を分析した。なお、マウスモデルでは、顕性の結腸irAE（例えば、体重減少、粘膜出血、大便の体積および堅さの変化）の再現が不十分であるので、本発明者らは、まず、ヒトでの並行分析によって情報を得た特定の共生細菌による単一定着の有り無しで、CICBのみを投与または広域スペクトル抗生物質（ATB）と共投与した後の腸の上皮および粘膜固有層の組織学的異常（絨毛および陰窩の不規則性または破壊または長さの減少、炎症性浸潤の存在）をスコア化した。実際に、CICBは不顕性の回腸毒性を誘導したが、これはATBでマウスの腸を殺菌することによって大きく和らいだ（図6A～B）。ATBで処置したマウスに特徴的な共生生物（エリシペラトクロストリジウム・ラモスムなど）を補給すると、回腸毒性を元に戻すことができたが、他のもの（バクテロイデス・インテスチナリス）は保護的であると考えられた（図6A～B）。次に、本発明者らは、処置したマウスの回腸および結腸に対して遺伝子発現プロファイリングを実施したところ、この回腸毒性には、炎症性サイトカインIL-1βの転写の迅速かつ選択的なアップレギュレーションが付随して生じたが、TNFαもIL-6も生じず、そして、腸内微生物叢、すなわちE.ラモスムによる単一定着の存在下でのみ生じ、B.インテスチナリスまたはD.ファスチジオサでは生じなかったことが示された（図6C、図12）。CICBに応答した回腸の炎症の発生におけるIL-1βの特異的な役割と一致して、CICBと同時にIL-1R1遮断薬を用いると、回腸の毒性が緩和された（図6D）。

回腸毒性とは対照的に、不顕性のマウス結腸炎の発症は腫瘍に関連しており、RET黒色腫に対してはCICB中に観察されたが、MCA205繊維肉腫では観察されなかった（図6E）。更に、RET腫瘍モデルでは、糞便マイクロバイオームの組成が結腸粘膜における免疫浸潤の存在と関連していた（図6F左パネル）。マウスにおいて結腸炎を示唆する高い結腸免疫浸潤に関連していた10種のうち、ヒトコホートでも毒性に関連すると認められたのはバクテロイデス・インテスチナリスのみであり、このことは、患者における高グレードirAEの定義が、マイクロバイオームコホートにおいて31名の患者中7名しか経験しなかった消化器毒性に限定されないことを認めるものである（図4E、図6F右パネル）。対照的に、バンピロビブリオ・クロレラボラスの存在量が多いことは、処置したマウスの結腸における免疫浸潤が少ないことに関連しており、そして、患者において高グレードの毒性の可能性が低いことに関連することも認められた（図6F右パネル、図4E）。患者において毒性の低さと関連していたクロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス（図4E）は、CICBに応答しているマウスにも存在していた（表4）。

最後に、本発明者らは、ICBに対して応答せずかつ毒性を経験しなかった腎細胞癌（RCC）患者からの糞便物質をATBで殺菌したアバターマウスに移入し、その後、同所性のRENCA腫瘍を移植し、そして、既に記載したようにCICBで処置することによって、不顕性の結腸毒性に対する腸内マイクロバイオームの影響について試験した（図6G）（Routy et al.2018）。担腫瘍マウスへの糞便物質の移植は、免疫組織化学的検査および抗菌ペプチドリポカリン-2の糞便レベルによってモニタリングしたとき、抗PD-1応答に関連する種として既に同定されているA.ムシニフィラ（Routy et al, 2018）、または療法に応答しかつグレード3～4のirAEを経験しなかったRCC患者からの糞便物質の経口強制投与によって予防することができる、CICB処置時の結腸炎症を与えた（図6H～I）。応答RCC患者の糞便をメタゲノム解析したところ、応答黒色腫患者（図4D）および応答マウス（図5E）の糞便微生物叢中にも存在していたが、応答していないRCC患者の糞便には存在してなかったA.インジスチンクタスの存在が示された。

これらをまとめると、微生物分析から、CICBに対する処置応答および毒性の調節における細菌生態系の因果的役割が示唆され、これは、処置前の腸内微生物叢の組成およびCICBによって誘導される組成のシフトと、処置転帰または毒性との間の強固な関連性を示す。また、これら知見は、腫瘍の種類および哺乳類の種（ヒト、マウス）にわたって特徴的な細菌群集が予想外に共有されていることを浮き彫りにする。

B. 考察
併用抗CTLA-4および抗PD-1療法は、単剤療法に比べて進行黒色腫の処置において優れた奏効率をもたらすが、この強力なレジメンは、重度のirAEの発生率が高いことによって妨げられる（Carlino and Long, 2016）。この実施例に記載する研究は、併用免疫チェックポイント遮断薬の状況における応答およびirAEの新規バイオマーカーを同定する。コピー数減少の負担が大きいことが、CICB抵抗性の予測因子であることが見出された。非応答者で優先的に失われた遺伝子は、5、10、および15番の染色体に集中していた。厳密に調べてみると、PTEN、B2M、およびCD74を含む、既に腫瘍の炎症または免疫療法に対する応答に関与するとされていた遺伝子が、これらコピー数変化の影響を受けた領域において同定された（Ekmekcioglu et al., 2016; Peng et al., 2016; Tanese et al., 2015; Zaretsky et al., 2016）。

腸内微生物叢の分析によって、応答の潜在的に調節可能なバイオマーカーについての興味深い手がかりが得られた。本発明者らは、CICBに対する応答者ではバクテロイデス属およびアッケルマンシア属のメンバーが優先的に多く含まれるが、一方、CICBに対する非応答者ではラクトバチルス属のメンバーが多く含まれていたことを同定した。アッケルマンシア属およびA.ムシニフィラ株は、CICB中の肉腫を有する（かつ全てCICBに対して応答した）マウスでも大きな比率を占めており、腫瘍モデルにわたって応答者では少なくとも安定したままであったが、非応答者では減少していた。A.インジスチンクタスも、CICBで処置された転移性黒色腫患者のこのコホートにおける応答患者の群、およびCICBによる療法中の腫瘍モデルマウスにわたる応答マウスの群においてみられた。D.ファスチジオサも、本患者コホートおよび処置中のCICB応答マウスに共通する特質であり、微生物叢を研究するためのツールとしてのカルチュロミクスの重要性を強調している。

今日までバイオマーカーに対する注目の大部分は、客観的抗腫瘍応答に集中していたが、これら剤の安全かつ最適な使用には、特に併用レジメンでは、毒性についてのバイオマーカーをより深く検討する必要がある。この研究では、本発明者らは、より多様なTCRレパートリーによって高グレードのirAEを予測できることを見出した。これらデータは、療法に関連する自己免疫が、潜在性の存在量の少ない自己応答性T細胞クローンによって駆動され得、その存在が、循環リンパ球プールの全体的な多様性に比例することを強く示唆している。最も重要なことには、より最終分化した／より多くの抗原を経験したT細胞レパートリーの特色が、より「集中した」多様性の低いレパートリーの概念と一致して、高グレードの毒性の可能性が顕著に低いことと関連していたことが見出された。循環リンパ球プールの集団レベルの構造は、腫瘍応答性（望ましい）T細胞クローン対自己応答性（望ましくない）T細胞クローンの活性化の相対的な可能性に恐らく影響を与え、そして、免疫療法で処置された患者において観察される応答と毒性との間の関連性の根底にある可能性がある。事前の免疫療法への曝露が、毒性の回避にとって好ましいT細胞の表現型を促進し得るという並行する所見は、処置前の薬理学的な手技によって、高強度の免疫療法レジメンの毒性を和らげる可能性があるという興味深い予備的な証拠を提供する。十分に裏付けられ、そして、より均質な、現代の免疫療法剤に事前に曝露した（またはしなかった）より大規模なコホートは、循環T細胞レパートリー、免疫調節介入、微生物叢、およびirAEの相互作用を研究する貴重な機会を与えるであろう。更に、任意の種類のirAEまたは器官系特異的な（例えば、高トランスアミナーゼ血症対結腸炎対甲状腺炎）irAEとの関連の間で病因的な違いを詳しく調べるためには、大規模なコホートが必要となる。

また、腸内微生物叢は、チェックポイント免疫療法に関連する自己免疫毒性の発症の可能性に対して重大な、かつ調節可能な影響を示し得る。本発明者らは、高グレード免疫関連毒性の有無に強く関連する幾つかの分類群を同定した。重要なことに、B.ステルコリスを除いて、ほとんどの応答関連細菌分類群は毒性とあまり関連しておらず、毒性に関連する全身性リンパ球亜集団との相関には種レベルで明らかにばらつきがある。このデータは、irAEとの関連の根底にある潜在的に特徴的な免疫調節性微生物機序が、分類群の非常に下位の（種）レベルにまで及んでいることを示唆しており、その結果、近縁の分類群であってもirAEと相反する関連を有する可能性がある。マウスでは、CICBは結腸レベルよりも回腸レベルでより毒性が強く、特徴的な生態系の明らかな原因的役割を有する。実際に、広域スペクトル抗生物質による療法または糞便微生物移植により、回腸炎または結腸炎のスコアを回復させることができた。幾つかの細菌種は、他の細菌種（E.ラモスムなど）よりも毒性が強いと考えられた。IL-1R1遮断薬がCICB誘導性回腸炎を和らげたことから、CICB誘導性回腸炎は、毒性に関連する共生生物が粘膜のIL-1βを誘導する能力に起因している可能性がある。また、腸内毒性に関連する共生生物に関して哺乳類にわたる共通点も見出された。CICBで処置した転移性黒色腫患者の本コホートおよび（C）ICBで処置したRET/MCA205担腫瘍マウスにおいて、グレード3～4の毒性に関連する共生生物の中でもB.インテスチナリスに注目した。しかし、B.インテスチナリス単独では、モデル系において回腸炎も結腸炎も誘導することができず、その理由は、この株が固有の細胞傷害性を有しないためであるか、または粘膜バリアを変化させるために適切な生態系（および他の株）を必要とするためである。

予測バイオマーカーの同定におけるその役割を超えて、これら分子、免疫、および微生物に関する包括的な研究によって、CICBの状況における応答および毒性を切り離すことを目的とした、腸内微生物叢の操作およびリンパ球レパートリーのスカルプティングを調査するための有望な手段が同定された。これら知見は、個別化医療の時代に重要な臨床的意義を有し、そして、より大規模なデータセットおよび複数のがんの種類にわたる検証の正当な理由となる。

C. 実験モデルおよび対象の詳細
1. 患者コホート
臨床記録を詳細に後ろ向きおよび前向きに見直すことによって、併用免疫チェックポイント遮断薬（CICB）としてイピリムマブをPD-1チェックポイント遮断作用物質（ニボルマブまたはペンブロリズマブのいずれか）と組み合わせて少なくとも1回の投与された、2014年1月23日から2017年08月31日の間にUT MD Anderson Cancer Centerで処置された進行（ステージIII/IV）黒色腫患者を特定した。CICB処置は、臨床試験もしくは拡大アクセスプログラムプロトコル（NCT01844505、NCT02186249、NCT02089685、NCT01621490、NCT02519322、NCT02320058）の一部として、または標準ケア療法として提供された。黒色腫のサブタイプ間で根底にある生物学および免疫療法への応答が異なることが知られているため、皮膚黒色腫のみを含めた（すなわち、粘膜およびブドウ膜の黒色腫はこの研究から除外した）。トランスレーショナル分析を可能にするために、CICB処置期間に関連する生物検体が入手できない患者、またはX線検査の応答および毒性の転帰を判定するのに十分なデータが入手できない患者は除外した。全体として、上記の基準を満たした40名の患者の初期コホートを同定し、そして、応答および毒性の分子的および免疫的な相関について研究した。糞便微生物叢のサンプリングが当初は限られており、研究の間隔中により広く取り込まれるようになったため、その後、利用可能な糞便検体が入手可能な追加の13名の患者を同定し、そして、マイクロバイオームに関連するトランスレーショナル分析に含め、そして、全ての臨床分析に完全に統合した。

2. マウス
全てのマウス実験は、施設の治験審査委員会によって承認され、そして、政府および施設の指針および規制に従って実施された。雌のC57Bl/6およびBALB/cは、それぞれHarlan（フランス）およびJanvier（フランス）から購入した。8～16週齢のマウスを用いた。全てのマウス実験はGustave Roussy Cancer Campusで実施され、マウスは特定病原体除去条件で飼育されたか、またはアイソレーターで維持された。

3. 細胞株
MCA205およびRETの黒色腫（自然発生黒色腫形成を駆動するメタロチオネイン-1プロモータの制御下にあるRet癌原遺伝子のトランスジーン強制発現、Viktor Umansky教授により供与）（C57BL/6Jマウスと同系）およびルシフェラーゼがトランスフェクションされた腎がん（RENCA）細胞株（BALB/cマウスと同系、Transgene, Illkirch, Franceにより供与）を、10％熱不活化ウシ胎児血清（FBS）、1％ペニシリン／ストレプトマイシン、2mM L-グルタミン、および1％ピルビン酸ナトリウム、および非必須アミノ酸（いずれもGibco-Invitrogen製）を補給したRPMI-1640培地（本明細書では完全RPMI培地とも称される）中で、37℃、5％ CO₂下において培養した。RENCAは、0.7mg/mL ジェネテシン（Invitrogen, LifeTechnologies）を補給した完全RPMI中で維持した。細胞株は、定期的にマイコプラズマ汚染について検査し、そして、10回を超える継代には使用しなかった。

D. 方法の詳細
1. 臨床評価および生物検体
応答評価。患者1名あたり少なくとも2人の臨床研究者（MCA、PAP、HT）によって、独立して、臨床応答のアノテーションを実施した。標準的な疾患再評価時点の試験で実施した再病期分類画像診断における腫瘍量をベースライン（処置前）の試験と比較し、RECIST 1.1基準（Eisenhauer et al., 2009）に従って、最良総合効果（BOR）を用いて処置応答を定義した。その後の処置ラインが開始されるまでまたは最後の既知の経過観察日まで、処置期間全体にわたって縦断的な再病期分類スキャンを評価した。画像診断手法は、それがいつであれ一致しており、既知の疾患部位によって指定される通り、胸部、腹部、および骨盤の造影CT、脳の造影MRIまたはCT、ならびに頸部または四肢の画像診断が好ましい。CICBに起因する客観的完全奏効（CR；腫瘍量が100％減少）または部分奏効（PR；腫瘍量が≧30％減少）を達成した場合、患者を「応答者」（R）と分類した。病勢進行（PD；疾患負荷が≧20％増加）または病勢安定（SD；CR/PR/PDの基準を満たさない）のBORを達成した場合、患者を非応答者と分類した。マウスは、処置中に腫瘍が退縮したかもしくは安定していた場合は応答者（R）、または2回の連続した測定で腫瘍のサイズが増大した場合は非応答者（NR）と定義した。

毒性評価。NCI Common Terminology Criteria for Adverse Events（CTCAE）4.0基準、そして、少なくとも2人の独立した臨床研究者（MCA、HT、WSC）の合意した意見によって割り当てられたCICB療法に対する免疫関連性（「恐らく」、「ほぼ確実に」、「確実に」関連）に従って、免疫関連有害事象（irAE）をスコア化した。

生物検体の回収。施設の研究用生物検体所有試料、および必要に応じて、診断用検体からの保存用病理学的所有試料を照会することによって、利用可能な腫瘍および末梢血のサンプルを同定した。パンチ、コア針、または切除の生検として腫瘍生検を入手し、そして、急速冷凍（RNA/DNA抽出用）またはホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE；免疫組織化学的検査またはDNA抽出用）検体として保存した。末梢血サンプルは、密度勾配遠心分離に供して末梢血単核細胞（PBMC）を単離した後、生殖系列DNA抽出またはフローサイトメトリーに必要となるまで凍結保存した。生物検体は、ヘルシンキ宣言に従って、UT MD Anderson Cancer Center Institutional Review Boardが承認したプロトコル下で取り出し、回収し、そして分析した。処置を行う臨床医による詳細な説明および指示の後、製造業者の推奨に従ってOMNIgene-GUT Kit（DNA Genotek Inc, Ottawa, Canada）を用いて、外来患者ベースで糞便を入手した。安定化された糞便サンプルは、回収の30日以内に本人に直接または郵送で返却した。

2. ゲノム解析
全エクソームシーケンシング解析。全エクソームシーケンシング（WES）は、以前に記載されているものと同じプロトコルを用いて実施した（Roh et al., 2017)。合計26個の処置前サンプルが含まれていた（19名のR、7名のNR）。病理学的評価および腫瘍含有量の確認後、腫瘍サンプルからDNAを抽出した。生殖系列DNA対照として、対応する末梢血白血球を回収した。剪断工程への初期ゲノムDNAインプットは750ngであった。KAPA Hyper Prep Kit（#KK8504）を用いて、末端修復、A塩基付加、フォークドIlluminaペアエンドアダプターを用いたアダプターライゲーション、およびライブラリーエンリッチメントポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施し、続いて、固相逆固定化ビーズのクリーンアップおよびクラスター作製を行った。製造業者の説明書に従って、ライブラリの構築を実施した。650～750ngの調製されたライブラリを用い、製造業者の説明書に従ってAgilent SureSelectXT Target Enrichment (#5190-8646)プロトコルを使用して、標的のエンリッチメントを実施した。エンリッチメントされたライブラリを、Eppendorf Mastercycler EP Gradient装置を用いて等濃度になるように正規化し、Agilent Bravo Bプラットフォームで等モル量になるようにプールし、そして、KAPA LibraryQuantification Kit (#KK4824)を用いて定量した。プールしたライブラリを2nMに調整し、0.2M NaOHで変性させ、Illuminaハイブリダイゼーションバッファを用いて希釈し、そして、製造業者の説明書に従ってHiSeq v3クラスターケミストリーおよびIllumina Multiplexing Sequencing Primer Kitを用いてクラスター増幅に供した。次いで、76bpペアエンドリードを用いてIllumina HiSeq 2000/2500 v3システムにおいてプールをシーケンシングし、そして、RTA v.1.13以降を用いて解析した。エクソームデータの平均カバレッジは、腫瘍では221×、そして、生殖系列では100×であった。次いで、アライメントされたBAMファイルをPicardおよびGATKのソフトウェアを用いて処理して、重複、再アライメント、および再キャリブレーションを特定した。MuTect（v1.1.4）を用いて体細胞点変異を同定し、そして、Pindel（v0.2.4）を用いて小さな挿入／欠失を同定した。次いで、以下を含む追加のコーリング後フィルタを適用した：（a）腫瘍サンプルにおける総リード数＞30、（b）対応する正常サンプルにおける総リード数＞10、（c）腫瘍サンプルにおけるVAF（変異型対立遺伝子頻度）＞0.05、（d）対応する正常サンプルにおけるVAF＜0.01、ならびに（e）dbSNP129および1000 Genomes Projectで報告されたSNVは削除した。

コピー数変化解析。既に記載されている通り（Roh et al., 2017）、コピー数変化解析を実施した。本質的には、アライメントされたBAMデータにSequenza（v2.1.2）アルゴリズムを適用して、各腫瘍サンプル毎のlog₂コピー数比（腫瘍／正常）を入手した。Rパッケージ「CNTools」（v1.24.0）を用いて、遺伝子レベルでコピー数の増加（log₂コピー比＞log₂1.5）および減少（log₂コピー比＜-log₂1.5）を同定した。コピー数の増加または減少の負荷は、サンプルあたりのコピー数が増加または減少した遺伝子の総数として定義した。反復性CNAを定義するために、算出されたlog₂コピー比（腫瘍／正常）にRパッケージ「cghMCR」（v1.26.0）を適用して、反復性CNAのゲノム領域（最小共通領域、MCR）を同定した。応答者対非応答者において優先的に失われたまたは獲得された遺伝子を同定するために、各遺伝子の位置でフィッシャーの直接検定を実施し、そして、FDR調整後にp<0.05であることによって統計的有意性を定義した。3個未満のサンプルにおいてCNAを有する遺伝子は除外した。

ネオアンチゲンの予測。WESからの非同義エクソン変異（NSEM）を再調査し、そして、NSEMを包含する可能性のある8～12merのペプチド全てをネオアンチゲン予測に使用し、そして、野生型ペプチドと比較した。PHLAT（Bai et al, 2014）を用いて各症例のHLAを予測した。患者のHLAを考慮して、NetMHCpan（v2.8）アルゴリズム（Hoof et al, 2009）によって結合親和性を評価した。予測IC50が<500nMである候補ペプチドをHLA結合とみなした。

3. 免疫分析
フローサイトメトリー。研究の患者から入手した末梢血単核細胞（PBMC）を、MD Anderson Immunotherapy Platformのメンバーによって分析した。PBMCの免疫表現型分析のために、処置前および処置後の血液サンプルを採取した。グレード3以上のirAEを有する10名の患者およびグレード3未満のirAEを有する10名の患者を含む20名の患者からPBMCサンプルが入手可能であった。幾つかのパネルにわたって蛍光コンジュゲートモノクローナル抗体を用いて、PBMCのマルチパラメトリックフローサイトメトリー分析を実施した：CD4 AF532（SK3、eBioscience）、CD3 PerCP-Cy5.5（UCHT1、Biolegend） CD8 AF700（RPA-T8、BD Biosciences）、CD127 BV711（HIL-7R-M21、BD Biosciences）、ICOS PE-Cy7（ISA-3、eBioscience）、PD-1 BV650（EH12.1 BD Biosciences）およびFOXP3 PE-e610（PCH101；eBioscience）、CD3 PE-CF594、CD4 Pe-Cy5.5、CD8 AF532、CD45RA BV650（HI100、Biolegend）、CCR7 BV785（G043H7、Biolegend）CD27 PeCy5（0323、eBioscience）、CD28 APC-e780（CD28.2 eBioscience）、PD-1 BV650（EH12.1 BD Biosciences）、EOMES e660（WD1928、eBioscience）、およびTBET BV605（4B10 Biolegend）。Live/Dead fixable yellow stainはThermo Fisher Scientificから入手した。LSR Fortessa（BD Biosciences）を用いてサンプルを試験し、そして、FlowJoソフトウェアプログラムを用いて分析した。適切な前方／側方散乱およびライブシングルセルゲーティングの後、本発明者らは、総CD3+T細胞、CD8+T細胞（CD3+CD8+）、およびCD4+T細胞（CD3+CD4+）の頻度を求めた。CD4の中には、CD4+エフェクタT細胞（CD4+FOXP3-）およびCD4+制御性T細胞（CD4+FOXP3+CD127-/low）がある。これら集団において、PD-1およびICOSの発現を評価した。CD4およびCD8 T細胞におけるCD45RAおよびCCR7の発現を用いて、ナイーブ、Tセントラルメモリ（TCM）、Tエフェクタメモリ（TEM）、およびエフェクタT（Teff）の亜集団を定義した。これら各コンパートメントにおいて、PD-1、CD28、CD27、EOMES、およびTBETの発現を評価した。

免疫組織化学的検査。腫瘍の存在を確認するために、各FFPE腫瘍サンプルからヘマトキシリンおよびエオシン（H＆E）染色されたスライドを入手した。濃く着色されているサンプルは、低濃度の過酸化水素によってメラニン漂白で前処理した。選択した抗体パネルは、プログラム死リガンド1（PD-L1）クローンE1L3N（1：100、Cell Signaling Technology）、PD-1クローンEPR4877（1：250、Epitomics）、CD3ポリクローナル（1：100、DAKO）、CD4クローン4B12（1：80、Leica Biosystems)、CD8クローンC8/144B（1：25、Thermo Scientific）、FOXP3クローン206D（1：50、BioLegend）、およびグランザイムBクローン11F1（使用準備が整っている、Leica Microsystems）を含んでいた。限定された抗体パネルのIHC染色は、Leica Bond Max自動染色機（Leica Biosystems, Buffalo Grove, IL）を用いて実施した。Leica Bond Polymer Refine検出キット（Leica Biosystems）を用いてIHC反応を実施し、そして、ジアミノベンジジン（DAB）を色素原として使用した。ヘマトキシリンで対比染色した。Aperio AT Turbo（Leica Biosystems）を用いて全てのIHCスライドをスキャンした後、全ての下流のIHC分析を行った。Aperio Image Toolbox解析ソフトウェア（Leica Biosystems）を用いて、既述の通り（Chen et al, 2016）デジタル解析を行うために、腫瘍領域内のランダムに選択した1mm²の領域5つから各マーカーの平均値を選択した。陽性細胞の割合（0～100）および染色強度（0～3+）を評価し、合計スコアが0～300の範囲であるHスコアによってPD-L1の発現を評価した。残りのマーカーは、細胞の密度としてスコア化した。

TCRシーケンシング。QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（Qiagen）を用いて、入手可能なFFPE腫瘍組織（19名のR、6名のNR）およびPBMC（グレード3以上のirAEを有する患者15名およびグレード3未満のirAEを有する患者12名）からDNAを抽出した。ImmunoSeq hsTCRBキット（Adaptive Biotechnologies）を用いてCDR3可変領域の次世代TCRシーケンシングを実施し、続いて、MiSeq 150×(Illumina)でシーケンシング、および、ImmunoSeq（商標）Analyzerソフトウェアv3.0（Adaptive Biotechnologies）を用いた解析を行い、これは、最低1000個の固有のテンプレートが検出されたサンプルのみを考慮に入れた。クローン性はTCRの多様性と逆相関する指標であり、そして、1-(エントロピー)/log₂（増殖性の固有の配列の数）として測定された。優先的なクローン拡大は、処置前の血液サンプルに比べて処置後に有意に拡大していたT細胞クローンの数と定義した。

4. マウスモデル
抗生物質処置。飲料水を介して、バンコマイシン（0.25mg/mL）の添加の有り無しで、アンピシリン（1mg/mL）、ストレプトマイシン（5mg/mL）、およびコリスチン（1mg/mL）（Sigma-Aldrich）を含有する抗生物質溶液（ATB）でマウスを処置した。それぞれ週3回および週1回、溶液および瓶を交換した。COS（5％ヒツジ血液を含むColumbia Agar）プレート上で0.1g/mLのBHI+15％グリセロールに再懸濁させた糞便ペレットを好気的および嫌気的な条件において37℃で48時間培養することによって、抗生物質活性を確認した。ATB処置の期間は、実験の状況に基づいてわずかに異なっていた。簡単に説明すると、MCA205およびRETの実験では、腫瘍移植の前に2週間、そして、実験全体を通して継続的にマウスを処置したが、RENCAを使用した実験では、糞便微生物叢移植の前に3日間ATB処置を施した。

腫瘍のチャレンジおよび処置。0.8×10⁶個のMCA205細胞または0.5×10⁶個のRET細胞を、マウスの側腹部に皮下（s.c.）注射した。腫瘍が20～30mm²に達したら、処置を開始した。図に示すように、抗IL1R（アナキンラ、500μg／マウス）またはそれぞれのアイソタイプ対照の有り無しで、抗PD-1 mAb（250μg/マウス；クローンRMP1-14）および／または抗CTLA-4 mAb（100μg／マウス、クローン9D9）をマウスに腹腔内（i.p.）注射した。インビボで使用するための全てのmAbは、BioXcell（West Lebanon, NH, USA）から入手し、アナキンラ（Swedish Orphan Biovitrum, Sweden）を除いて、推奨されるイソタイプ対象mAbを使用した。

糞便微生物叢移入実験。ATB処置の3日後、非応答患者からのサンプルを用いて糞便微生物叢移入（FMT）を実施した。冷凍しておいた糞便サンプルを解凍し、そして、十分にボルテックスした。大きな粒子状物質は、重力によって沈降させた。上清200μLを経口強制投与によって単回投与で投与した。追加の100μLを各動物の毛皮に局所的に塗布した。FMTの2週間後、BALB/cマウスをイソフルオランで麻酔し、30μL PBS中1×10⁴個のRENCA腫瘍細胞を右腎臓の被膜下腔に注射した。次いで、皮膚の切開部を外科用クリップで閉じた。腫瘍接種の5日後に処置を開始した。応答患者からの糞便サンプルまたはアッケルマンシア・ムシニフィラの経口強制投与の有り無しで、抗PD-1 mAbおよび抗CTLA-4でマウスを処置した。IVIS Imaging System 50 Series（Analytic Jenap）で週1回、腫瘍の成長をモニタリングした。

専用の共生生物種による腸内定着。アッケルマンシア・ムシニフィラCSURP2261（Institut hospitalo-universitaire Mediterranee Infection, Marseille, Franceによって提供）、ディエルマ・ファスチジオサ（ヒトサンプルから単離）、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム（ヒトサンプルから単離）、およびバクテロイデス・インテスチナリス（マウスサンプルから単離）を、嫌気性ジェネレータ（Biomerieux）を用いた嫌気的条件において37℃で24～72時間COSプレート上で培養した。蛍光分光光度計（Eppendorf）を用いて600nmで測定した光学濃度が1である10⁹CFU/mLの懸濁液を得た。抗体処置の24時間前および各抗体処置時に、100μL中10⁸または10⁹CFUを経口強制投与した。マトリクス支援レーザー脱離イオン化時間飛行型（MALDI-TOF）質量分析計（Microflex LT analyser, Bruker Daltonics, Germany）を用いて細菌を検証した。

サイトカインの定量。大便サンプルを回収し、そして、更に加工するまで-80℃で保管した。サンプルを解凍し、0.1％ Tween 20を含有するPBSに再懸濁させた（100mg/mL）。室温で振盪しながら20分間インキュベーションした後、サンプルを12,000rpmで10分間遠心分離し、そして、上清を収集し、そして、分析するまで-20℃で保管した。製造業者の説明書に従ってマウスLipocalin-2/NGAL DuoSet ELISAキット（R＆D Systems, Minneapolis, MN）を用いて、リポカリン-2レベルを測定した。

免疫組織化学的検査。腸組織は、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）または最適切断温度コンパウンド（OCT）のいずれか中で保存した。マウスの殺処分時に、回腸および結腸を摘出し、PBSで洗浄し、縦方向に切断し、巻取り、そして、4％PFA中において4℃で一晩、または一部の実験では室温で2時間固定した。次いで、組織を、Tissue-Tek（登録商標）VIP（登録商標）6 Vacuum Infiltration Processor（Sakura）を用いてパラフィン包埋したか、または15％スクロース中で1時間、続いて30％スクロース中で一晩再水和し、OCT包埋（Sakura）し、そして、急速冷凍した。縦断切片をヘマトキシリン、エオシン、およびサフラン染色（H＆E）で対比染色した。

毒性についての腸組織の組織学的評価。回腸：炎症病巣、粘膜下層の外観、絨毛の長さ、および粘膜固有層の厚さを、各切片毎に病理医（P.O.）がスコア化した。スコアは、以下の通り定義した：0＝正常、1＝限局的かつ軽度の病変、2＝びまん性かつ軽度の病変、3＝びまん性の軽度および重度の病変、4＝結合組織のみを含有する領域を有する重度の病変。結腸：生理学的レベル（0）、低レベル（1）、中レベル（2）、および高レベル（3）のいずれかと定義した炎症性浸潤をスコア化した。

5. マイクロバイオーム分析
患者の糞便サンプル。OMNIgene GUTキット（DNA Genotek, Ottawa, Canada）を用いて、ベースラインの大便サンプルを回収した。最初の40名の患者コホートから、18個の大便サンプルが分析のために入手可能であった。マイクロバイオーム分析を更に広げるために、CICBを受けている追加の13名の患者から大便サンプルを回収した。合計31個の大便サンプルを細菌16S rDNAシーケンシングに供した（6名のRおよび24名のNR、グレード3以上のirAEを有する患者19名およびグレード3未満のirAEを有する患者12名）。このコホート内では、免疫チェックポイント遮断単剤療法を受けている患者から回収した縦断的サンプルに対する並行研究が、処置開始後の糞便微生物叢において有意な変化を示さなかった（Gopalakrishnan et al, 2018）ことから、CICBの開始後早期に得られた多数のサンプルを代理ベースラインサンプルとして含めた。

ヒト糞便DNA抽出および細菌16S rDNAシーケンシング。Alkek Center for Metagenomics and Microbiome Research (CMMR), Baylor College of Medicineと共同で、NIH-Human Microbiome Project (Human Microbiome Project, 2012a, b)に準拠した方法を用いて、ヒト糞便サンプルの調製およびシーケンシングを実施した。分析パイプラインの更なる詳細については、既に報告されている（Gopalakrishnan et al., 2018)。簡単に説明すると、MO BIO PowerSoil DNA Isolation Kit（MO BIO Laboratories, USA）を用いて抽出した細菌ゲノムDNAを、16S rDNA V4領域のPCR増幅に供し、そして、MiSeqプラットフォーム（Illumina, Inc, San Diego, CA）を用いてシーケンシングした。＞97％の同一性を有する品質フィルタをかけた配列を、Operational Taxonomic Units（OTU）として知られているビンにオープンリファレンスOTUピッキングによりクラスタリングし、そして、NCBI 16SリボソームRNA配列データベース（公開日2017年2月11日、ncbi-blast+パッケージ2.5.0）を参照することによって種レベルで分類した。BLASTを用いてNCBI分類データベース（公開日2017年2月16日）に対して代表的なOTU配列をマッピングすることによって、系統学的情報を得た。

マウス微生物叢の特性評価。Workstation DELL T7910（Round Rock, Texas, United States）において、品質チェックおよびフィルタリング（シーケンシングの誤り、キメラ胚）のために、生のFASTQファイルをMothur pipeline v.1.39.5を用いて解析した。生のリード（合計15512959個、1サンプルあたり平均して125104個）をフィルタリングし（合計6342281個、1サンプルあたり平均して51147個）、そして、Operational Taxonomic Units（OTU）にクラスタリングし、続いて、出現率の低いOTU（5リードまで）を排除し、そして、アラインメントのために、標準化されたパラメータおよびSILVA rDNA Database v.1.19を用いてペアワイズ同一性97％で新規のOTUをピッキングした。RETおよびMCAのサンプルを考慮して、全部で427の細菌類が同定された。Mothurを用いてサンプルカバレッジをコンピュータで計算した結果、全てのサンプルで平均して99％超となった（したがって、その後の分析に好適な正規化手順であることを意味する）。認識されたOTUのバイオインフォマティクスおよび統計解析を、Python v.2.7.11を用いて実施した。各OTU内の最も代表的かつ存在量の多いリード（Mothur v.1.39.5を用いた前の工程で証明された通り）を、National Center for Biotechnology Information (NCBI) Blastソフトウェア（ncbi-blast-2.3.0）および2018年4月末にアクセスした最新のNCBI 16S Microbial Database（ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/においてオンラインでみられる）を用いてヌクレオチドBlastに供した。その後の多変量統計解析のために、各分類群レベル（門、綱、目、科、属、種）で細菌の相対存在量のマトリックスを構築した。

微生物叢およびOTUレベルの分析。観察されたotuおよびシャノン指数などのα多様性（サンプル内の多様性）の測定値は、SciKit-learnパッケージv.0.4.1を用いてOTUレベルで算出した。β多様性（サンプル間の多様性）の探索的分析は、Mothurで算出した非類似度のブレイ－カーチス尺度を用いて算出し、主座標分析（PCoA）で表したが、階層的クラスタリング分析（HCA）については、カスタムスクリプト（Python v.2.7.11）を用いて「ブレイ－カーチス」測定基準および「完全連結」法を実行した。微生物叢の分類群を遺伝子発現データセットと比較するために、カスタムPythonスクリプトを用いて多変量統計スピアマン相関分析（および関連するP値）を実施した。p値≦0.05を有意として、それぞれマン・ホイットニー U検定およびクラスカル・ワリス検定を使用して、ペアワイズ比較または多重比較についての有意性を評価した。

群間でペアワイズマン・ホイットニー検定を用いて、患者サンプル内の異なって多く含まれる分類群をコンピュータで計算した。サンプルサイズの平方根に対する検定統計量の比として、エフェクトサイズを推定した。全ての糞便サンプルにおける最小リード数に基づいて、アルファ多様性を算出するための希薄化限界を設定した。患者サンプルの分類学的アルファ多様性を、

（piは、全種Sのうちの種iによって構成される比率である）（Morgan and Huttenhower, 2012）として算出されるシンプソン指数の逆数、および図に示された追加の多様性測定基準を用いて推定した。ANalysis Of SIMilarity（ANOSIM、データセットのセントロイドの差を表す）、または指定されている場合はピアソン相関係数を、Python 2.7.11を用いてコンピュータで計算した。

LEfSeを用いた微生物バイオマーカーの統計的評価。応答（すなわち、R対NRの間）に従って、および、毒性の発生（すなわち、グレード3以上のirAEを有する患者 対 グレード3未満のirAEを有する患者の間）によって、クラスカル・ワリス検定（統計的有意性を、応答についてはp<0.05、および、毒性については0.1と定義）（Segata et al., 2011)を用いて、全ての細菌クレードの存在量を比較するために、LEfSe法を使用した。研究グループ間で存在量が異なっていた細菌分類群を線形判別分析（LDA）のインプットとして使用して、エフェクトサイズを算出した。Mothur v.1.39.5を用いて、マウス分類群についてのLEfSe解析を実施した。

E. 定量および統計解析
1. 統計解析
Rソフトウェア（R-project.org/においてオンラインでみられる）、Microsoft Excel（Microsoft Co., 436 Redmont, WA, US）、またはPrism 5（GraphPad, San Diego, CA, USA）のいずれかを用いて、データの解析および表現を実施した。Rパッケージの「survival」（Therneau and Grambsch, 2000）を用いて、患者コホートの生存曲線を作成した。p<0.05を統計的に有意であるとして、独立マン・ホイットニー U検定またはサンプル数の少ない二分変数の場合はフィッシャーの直接検定を用いて、患者コホートのゲノムおよび免疫のパラメータの群間比較を実施した。強力な先験的仮説によって片側アプローチ（必要に応じて指定）が正当化された場合を除き、全ての比較を両側で行った。サンプルラベルをランダムに並べ替えることを合計1000回繰り返すことによって、並べ替え検定を実施した。マウスの研究では、ANOVAに続いてボンフェローニ調整を行ったペアワイズ比較を用いて、2つを超える群を集めて統計解析を実施した。それ以外は、2つの群について、独立t検定を用いて統計解析を実施した。所与の分布内の外れ値は、グラブス検定（graphpad.com/quickcalcs/Grubbs1.cfmにおいてオンラインでみられる）を用いて、p<0.05の閾値で検定した。Guido Kroemer教授の研究室で開発されたソフトウェアを使用して全ての腫瘍成長曲線を解析し、統計解析に関する情報は、以下のリンクで見つけることができる：kroemerlab.shinyapps.io/TumGrowth/においてオンラインでみられる。簡単に説明すると、縦断的解析のために、統計検定の前に元の腫瘍の測定値を対数変換した。腫瘍の完全な退縮が観察された場合、2で除した最小値によってゼロを補完した。縦断的解析およびカプランマイヤー曲線の両方で、p<0.1の自動外れ値検出を保持した。Cox回帰を用いて生存曲線を推定し、ボンフェローニ調整を用いて多重検定を考慮した。p値は、95％信頼区間を有する両側であり、p<0.05であるときに有意とみなした。記号の意味：*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。

F. 表
（表１）図1に関連：生物検体の利用

事前の免疫療法：IL-2、IFN、抗CTLA-4、抗PD-1（ペンブロリズマブ、ニボルマブ）。Gr3+ irAE：グレード3またはそれ以上の免疫関連有害事象。前／後／早期：CICB開始に対する検体サンプリングの時点。BOR：RECIST v1.1による最良総合効果。

（表２）図1に関連：患者の特徴

（表Ｓ３）図1に関連：臨床転帰

^*R=PR+CRの最良総合効果、NR=PDの最良総合効果。百分率は、各応答群内の患者数に対して表される。

（表４）図5に関連：微生物の応答との関連

実施例2：転移性黒色腫における併用免疫チェックポイント遮断薬の処置有効性および忍容性は腸内微生物叢によって影響を受ける
腸内微生物叢は、抗PD1ベースのがん免疫療法の強力な調節物質として次第に認識されつつある。全身および抗腫瘍免疫浸潤物に対する顕著な影響によって媒介されて、応答者（R) 対 非応答者（NR)において、多く含まれる細菌および多様性が異なることが、有力な証拠によって立証されている。しかし、これは、優れた奏効率に関連しているが、潜在的に消耗性の毒性の率が高い、併用免疫チェックポイント遮断薬（CICB）による処置の状況では試験されたことがない。方法：本発明者らは、CICBを受けている転移性黒色腫患者のコホートを構築した（n=54）。全ての患者を、RECIST v1.1に基づいてR（n=31、CR+PR）またはNR（n=23、SD+PD）に分類し、そして、NCI CTCAE 4.0基準に基づいてグレード3またはそれ以上（T；n=29）またはグレード3未満（NT；n=25）の免疫関連有害事象を有する患者に分類した。16S rRNAシーケンシングによって、ベースラインの大便サンプルを特性評価した。フローサイトメトリーによる末梢免疫細胞集団（n=12）とTCRシーケンシングによる循環T細胞レパートリー（n=12）との相関分析を、対応する処置前血液サンプルに対して行った。結果：これら患者における腸内微生物叢のランドスケープは変化に富み、バクテロイデス目およびクロストリジウム目の存在量が多かった。ベータ多様性距離の配置から、腫瘍の組織学的所見に顕著な影響がないことと一致して、原発腫瘍のサブタイプ（ブドウ膜、粘膜、皮膚）はクラスターを形成しないことが明らかになった。多様性に基づく明らかな応答または毒性の関連は明白ではなかったが、注目すべき組成上の違いが認められた。LEfSe（LDA>2、p<0.05）およびペアワイズマン・ホイットニー検定によって相対量を比較したところ、Rではバクテロイデス・ステルコリス（p=0.03）およびパラバクテロイデス・ディスタソニス（p=0.04）が、そして、NRではラクトバチルス目（p=0.005）が多く含まれていることが明らかになった。これまでの知見と一致して、クロストリジウム目の相対存在量の中央値は、ここでもNR（0.26）に対してR（0.34）の方が高かった。他方、バクテロイデス・インテスチナリス（p=0.01）およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（p=0.006）は、それぞれTおよびNTに多く含まれていた。重要なことに、循環免疫細胞サブセットとの相関分析により、多く含まれる細菌の違いによる特徴的な関連（CD8+T細胞の全体的な存在量とR分類群との間の正の相関を含む）と、T細胞レパートリーのエントロピーの高低によるクラスタリング効果が明らかになった。結論：これら知見は、以前の研究に基づいており、そして、腸内マイクロバイオームとチェックポイント遮断療法に対する処置転帰との間に密接な関連があるという考えを裏付けるものである。免疫マーカーとの相互作用の機序を更に理解し、因果関係を確立するために、対応するヒト生物検体および前臨床モデルの両方で広範な研究が行われている。まとめると、これらデータは、予測ツールおよび処置標的の両方としての腸内微生物叢の重要な役割を支持するものである。

併用抗CTLA-4および抗PD-1療法は、単剤療法に比べて進行黒色腫の処置において優れた奏効率をもたらすが、この強力なレジメンは、重度のirAEの発生率が高いことによって妨げられる。図13～19は、応答または毒性によって腸内多様性に大きな違いはなかったものの、分類学的エンリッチメントの観点では注目すべき違いがあったことを示し、具体的には、Rではバクテロイデス・ステルコリス、そして、NRではラクトバチルス・ロゴサエ（PFSとも関連）であり；そして、グレード3（またはそれ以上のirAE）を有する患者ではバクテロイデス・インテスチナリス、そして、グレード3未満のirAEを有する患者ではアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスである。相関分析から、応答およびirAEで異なって多く含まれる分類群において、循環免疫細胞サブセットとの対照的な関連が明らかになった。更なる実験は、転移性黒色腫患者における処置の種類にわたるマイクロバイオームの関連の統合、前臨床マウスモデルにおける機序の研究、ならびに宿主の生活習慣因子およびその微生物的特色との関連性の調査を企図する。

実施例3：末梢免疫レパートリーおよび腸内マイクロバイオームシグネチャーは、併用CTLA-4およびPD-1遮断薬に対する毒性に関連する
CTLA-4およびPD-1を標的とする複合免疫チェックポイント遮断薬（CICB）による処置は、幾つかの腫瘍タイプにわたって臨床的利益に関連しているが、免疫関連有害事象（irAE）の率も高い。CICBに対する応答および毒性のバイオマーカーおよび機序についての検討が必要とされている。これに対処するため、本発明者らは、CICBで処置された進行黒色腫患者77名の血液、腫瘍、および腸内マイクロバイオームをプロファイリングしたところ、何らかのグレード3以上のirAEの率が高かった（49％）。CICBに対する応答の免疫およびゲノムのバイオマーカーは、抗CTLA-4および抗PD-1の単剤療法で同定されたものに類似していた。CICBによる毒性は、より多様なT細胞レパートリーおよび経験した抗原がより少ない表現型に関連していた。バクテロイデス・インテスチナリスなどのCICBに対する毒性の新規微生物決定因子が患者の腸内微生物叢で同定され、マウスモデルで検証された。まとめると、これら知見は、処置毒性の潜在的バイオマーカーおよび機序に関して、CICBを用いた臨床管理にとって重要な意味を有する。

CICBによる処置は、高い客観的応答率に関連している（Larkin, 2015 #1）が、かなりの比率の患者が免疫関連有害事象（irAE）を経験する（Hammers, 2017 #3;Smnol, 2017 #2）。興味深いことに、臨床応答率とirAE率とは関連していると考えられるが（Attia, 2005 #10）、処置毒性の背後にある特徴的な機序は完全には理解されていない。CICBに対する応答のロバストなバイオマーカーは現在不足しており、CICBで処置された非選択黒色腫患者の最大40％は、PD-1遮断薬単独に対して応答すると予想されるので、このレジメンに関連する重度のirAEの増加したリスクが潜在的に残る可能性が高い（Robert, 2015 #4;Robert, 2015 #5;Larkin, 2015 #1）。

この問題への対処に役立てるために、本発明者らは、臨床試験においてまたは標準ケア療法としてCICBを受けている進行した主に皮膚型の黒色腫患者77名のコホートにおいて、CICBに対する応答および毒性のバイオマーカーについて調べた（図14、拡張データ表1）。患者の大部分はステージIVの疾患を有しており（n=65、84％）、そして、以前に全身療法を受けたことがなかった（n=57、74％）（拡張データ表1、図23)。このコホートでは、任意のグレードのirAEの率が高く（n=72、93.5％）、そして、患者の約半数（49％）が重度（≧グレード3）のirAEを経験しており（拡張データ表2）、これは、他の公開されているシリーズと一致している（Sznol, 2017 #2;Wolchok, 2013 #9;Postow, 2015 #71;Larkin, 2015 #1;D'Angelo, 2017 #70）。

本発明者らは、まず、入手可能な処置前腫瘍サンプルにおいて全エクソームシーケンシングを実施して、全変異負荷（TMB）とCICBに対する応答との関連を評価した（n=26、拡張データ表3）。本発明者らは、全体的にCICBに対する非応答者（NR、n=6）と比較して応答者（R、n=20）においてTMBが高いことを観察し（図2A、p=0.20）、これは先行研究からの知見と一致している（Hellmann, 2018 #40;Hugo, 2016 #14;Snyder, 2014 #13;Van Allen, 2015 #6）。しかし、応答者集団内には2つのサブセットが存在すると考えられ；1つは、抗PD-1単剤療法で十分であった可能性があるTMBの高いものであり、そして、1つは、非応答者の範囲と重なるより低いTMBを有するので、変異負荷が応答の有用な予測因子ではないものである。したがって、CICBに応答することができる低TMB患者の亜集団が存在するが、これら患者が応答する機序は不明である。このコホートにおける変異のランドスケープを定性的に評価したところ、一般的な黒色腫ドライバーであるIFN-γ経路および抗原プロセシング経路の遺伝子セットにおける変異の頻度についてR対NRで有意な差は認められなかった（図8A）。同様に、RとNRとの間でネオアンチゲン負荷にも有意な差は認められなかった（図8C）が、これら分析のコホートサイズは比較的小さかった。

本発明者らは、次に、コピー数減少の高負荷が、CTLA-4およびPD-1を標的とする逐次チェックポイント遮断薬による処置に対する抵抗性と関連していたことを示唆する以前の知見に鑑みて、コピー数減少とCICBに対する応答との間の関連を評価した（Roh, 2017 #22）。今回のコホートでは、本発明者らは、CICBに対するNRが、Rと比べて有意に高いコピー数減少の負荷を有することを観察した（p=0.04、図15A）。CICBに対する抵抗性は、主に、5番、10番、および15番の染色体に影響を与えるコピー数減少と関連していた（図8D～E、2C）。免疫チェックポイント遮断単剤療法に対する抵抗性に以前に関与していた幾つかの遺伝子は、NR腫瘍においてコピー数減少によって排他的に（CD74）または不釣り合いに（PDIA3、B2M、PTEN）影響を受けると考えられ（図15B）、これは、CICBに対する抵抗性の潜在的な免疫ゲノム機序を示唆している（Ekmekcioglu, 2016 #25;Peng, 2016 #23;Roh, 2017 #22;Tanese, 2015 #26;Zaretsky, 2016 #24）。

ICB単剤療法に応答するCD8+T細胞の密度および分布の予後的意義を明らかにした先行研究（Tumeh, 2014 #72; Peng, 2016 #23）に鑑みて、本発明者らは、次に、CICBに対するR対NRでベースライン腫瘍生検におけるCD8+T細胞の密度を評価した。NRに比べてRの腫瘍ではCD8+T細胞の密度が高いことが観察された（n=19 R、n=6 NR；p=0.052、片側、図2E）。本発明者らは、CICBに対するR対NRのベースライン腫瘍サンプルにおけるTCRシーケンシングを介してT細胞レパートリーについても評価した。応答との関連は限られていたが、T細胞レパートリーのエントロピーはRにおいて高く（p=0.058、図2F）、これは、ICB単剤療法と比較してレジメン特異的な差がある可能性を示唆している（Roh, 2017 #22）。

これに続き、本発明者らは、重度のirAEが特に多く、そして、療法の予定外の中断により処置が制限される可能性があることから、CICBに対する毒性の推定バイオマーカーを同定しようとした（Carlino, 2016 #16）。これを行うために、本発明者らは、まず、ベースライン時および処置中の末梢血リンパ球（PBL）のTCRシーケンシングを介して、全身免疫パラメータ間の関連について調べた。これら研究において、本発明者らは、後に高グレードirAEを経験した患者において、ベースラインのT細胞レパートリーの多様性が有意に高いことを観察した（p=0.028、n=24、図15C（上））。これは、チェックポイント遮断単剤療法で既に公開されている報告と一致しており(Oh, 2017 #11;Subudhi, 2016 #12)、そして、ベースライン時のTCRの多様性がCICBに対する毒性を予測するのに役立ち得ることを示唆しているが、これについては追加のコホートで試験する必要がある。また、ベースラインから処置中にかけてT細胞クローンのポリクローナルな拡大も観察され、CICBに対してグレード3またはそれを超える毒性を経験している患者では、グレード3未満のirAEを有する患者に比べて、55個以上の循環CD8+T細胞クローンが拡大し（p=0.22、図9A）、このことは、CTLA-4を標的とするICB単剤療法を受けている前立腺がん患者で既に報告されている知見と一致している（Subudhi, 2016 #12）。

次に、本発明者らは、ベースライン時および処置中に、マルチパラメータフローサイトメトリーを介して、グレード3またはそれを超えるirAEを有する患者におけるPBLの表現型を調べた。これら研究において、本発明者らは、処置中の早期の時点で、エフェクタおよびセントラルメモリCD8+Tリンパ球において増殖指数がより高いことを観察し（p=0.0044、n=14、図3A、9C)、これは、細胞傷害性T細胞の拡大加速が免疫関連毒性の一因となる可能性があることを示唆している。TCRシーケンシングデータと合わせると、これら結果は、潜在的に自己応答性であるクローンをより多数有するより多様なT細胞レパートリーが、CICB後のirAEの一因となる可能性があることが示唆される。

これら知見に興味をそそられたので、本発明者らは、次いで、高グレードirAEを有する患者 対 低グレードirAEを有する患者のPBLにおけるCD28およびCD27の発現を評価したが、それは、これらマーカーが、抗原を経験したT細胞において次第にダウンレギュレーションされ、特徴的な「老化した」機能状態をとることが知られているためである(Moro-Garcia, 2012 #73;Chen, 2010 #74)。これら研究において、本発明者らは、重度のirAEを発症しなかった患者の循環CD4+およびCD8+エフェクタTリンパ球における表面のCD28およびCD27の発現が有意に低いことを観察した（CD4 Teff中のCD27、p=0.0022；CD4 Teff中のCD28、p=0.014；CD8 Teff中のCD27、p=0.072；CD8 Teff中のCD28、p=0.04；図3D、15D（下）、図9D～E）。なお、CICBで処置された黒色腫患者の第2のコホートでも同様の表現型の傾向が観察されたので、グレード3以上の毒性 対 グレード3未満の毒性を比較して、患者からの処置前末梢血リンパ球サンプルを調べたところ（図24A～D）、CD4/8 Tエフェクタ細胞サブセットにおけるCD27/28の発現が低くなる傾向にあることを特徴としていた。興味深いことに、コホートにおいて、この表現型は、全身免疫療法に以前に曝露された患者でより高頻度で観察され（オッズ比0.21、95％ CI=0.03～0.93、p=0.028、フィッシャーの直接検定）（図3D、3E、25）、全ての黒色腫のサブタイプについて検討したとき、免疫療法への事前の曝露と高グレードirAEが無いこととの間の関連は有意に保たれていた（オッズ比 0.27、95％CI=0.06～1.02、p=0.047、フィッシャーの直接検定）。これらデータは、事前の免疫療法への曝露がこの表現型の発現を駆動することを示している可能性があるが、この知見を検証し、そして、将来的に利用するためには更なる研究が必要である。

血液および腫瘍のサンプルを調べた後、本発明者らは、次に、チェックポイント遮断薬に対する応答における腸内微生物叢の役割に関する証拠が増えていることに鑑みて、腸内マイクロバイオームシグネチャーとCICBに対する応答および毒性との関連を評価した（Gopalakrishnan, 2018 #19;Matson, 2018 #20;Routy, 2018 #18）。重要なことに、本発明者らは、ヒト患者におけるプロファイルを評価し、そして、応答および／または毒性に対する推定微生物寄与体の種間検証のために前臨床モデルで研究を実施した。まず、応答に関連する候補分類群に注目して、本発明者らは、16S rRNA遺伝子シーケンシングを用いてベースラインの糞便マイクロバイオームサンプルをプロファイリングした（n=54；拡張データ表3、図16A）。本発明者らは、まず、LEfSE（図17A）およびペアワイズ比較（図18A）を用いてRとNRとの間の組成の差を研究することを通して腸内微生物叢と応答との関連を照会した。Rではバクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、およびフルニエレラ・マシリエンシス（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.03、p=0.03、p=0.005；図17A、18A）、そして、NRではクレブシエラ・アエロゲネスおよびラクトバチルス・ロゴサエ（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.04、p=0.009；図17A、18A）を含む、幾つかの異なって多く含まれる細菌分類群が同定された。これまでの知見と一致して、ファーミキューテス目およびクロストリジウム目は応答者においてより多い傾向にあった（それぞれp=0.39、p=0.38；図26A～B）。本発明者らは、このコホートにおけるRをNRと比較してアルファ多様性にいかなる有意差も認められず、これは抗PD-1単剤療法を受けている患者における本発明者らによる知見とは対照的である（図16B）が、サンプル数が限られていたことは認めざるを得ない。

本発明者らは、次に、CICBで処置した前臨床モデルにおいて応答に関連する候補分類群を調べた（データは示さない）。これら研究では、CICBによる処置は、対照および抗PD-1単剤療法で処置されたマウスと比較して、いずれの腫瘍モデルにおいても応答の延長および／または腫瘍の完全退縮に関連していた（図27A）。興味深いことに、CICBによる処置は、アルファ多様性の増加と共に、経時的な腸内微生物叢のシフトと関連していた（図27B)。

マイクロバイオームがCICBに対する応答を予測できるかどうかを判定するために、本発明者らは、教師付き分析（部分最小二乗判別分析；PLS-DA）を利用して、最終的に担腫瘍マウス 対 T2で無腫瘍のマウスを比較してT0におけるマイクロバイオーム組成の相違について調べ、そして、2つの群間が明確に判別されることに気付いた（図20A、p=0.001）。PLS-DAで得られた変数重要度（VIP）スコアを用いて、観察された群の分離に対するT0における各細菌種の存在量の相対的な寄与を比較した（図20B）ところ、処置前のパラバクテロイデス・ディスタソニスがCICB応答の予測因子であることが明らかになり、これはヒトの患者でも観察された。重要なことに、T0、T2、およびT5におけるP.ディスタソニスの相対存在量はT5における腫瘍サイズと負の相関関係にあり（図20C）、そして、最終的に無腫瘍になったCICBを受けているマウスでは、T0およびT2で有意に大きな比率を占めていた（図27D）。各腫瘍モデルにおいて応答に関連する追加の分類群を記載した（拡張データ表4～5）。まとめると、これらデータから、CICBと腸内共生微生物叢との間の動的な相互作用が同定され、2つのマウス腫瘍モデルとヒト患者との間ではP.ディスタソニスなどの多く含まれる分類群が共通しており、これは有益な腫瘍応答と正の関連があった。

応答に対する腸内微生物叢の潜在的な影響を評価した後、本発明者らは、次に、患者コホートおよびマウスモデルにおいて、腸内微生物叢と療法に対する毒性との間の関連について調べた。患者コホートでは、グレード3以上のirAEの発症に進んだ患者 対 進まなかった患者のベースライン腸内マイクロバイオームサンプルにおいて、バクテロイデス・インテスチナリスおよびインテスチニバクター・バルトレッティを含む幾つかの個々の細菌分類群が異なって多く含まれていた（マン・ホイットニー検定によって、それぞれp=0.009、p=0.009、図17B、18B)。なお、LEfSeおよびペアワイズ比較により、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスおよびドレア・ホルミシゲネランスを含む分類群が、グレード3以上のirAEを発症しなかったものに多く含まれていたことも同定された（それぞれp=0.016およびp=0.06、図17B、18B)。

ヒトコホートにおいて、本発明者らは、次に、対応するベースラインサンプルが入手可能な患者（n=13）において、腸内の候補分類群と末梢免疫レパートリーの表現型との間の関係を評価した。バクテロイデス・インテスチナリスの存在量とPD-1+T細胞集団の存在量との間には一貫して正の相関がみられ、これは、CICBの開始時における多様な免疫特異性の潜在的な（再）活性化が毒性を引き起こすことと一致している（図21)。興味深いことに、ドレア・ホルミシゲネランス、ムリコメス・インテスチニ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスなどのグレード3以上のirAEが発生しないことに関連する分類群は、これまでに関連付けられていたCD27およびCD28を発現しているCD4+およびCD8+T細胞の存在量と逆相関しており、このことは、これら分類群を観察された臨床転帰に関連付ける免疫調節のための経路の可能性を示唆している。このコホートにおいて、本発明者らは、微生物のアルファ多様性とグレード3以上のirAEとの間にいかなる関連も検出しなかった（図16C）。

ヒトコホートにおける腸内微生物叢および毒性の評価に続いて、本発明者らは、次に、マウスモデルにおける腸内微生物叢と毒性（結腸炎および回腸炎）との間の関係を評価した。現行のモデルでは、マウスモデルが顕性の結腸irAEをあまり呈しないため、毒性の評価に関して制約があるが、本発明者らは、不顕性の毒性に関連する腸の上皮および固有層の組織学的異常を注意深く評価し（図28A～B）、これを腸内の候補分類群と比較した。

本発明者らは、まず、広域スペクトル抗生物質（ATB）の共投与の有り無しで、CICB投与後の毒性について評価した。これら研究では、CICBによる処置は不顕性の回腸毒性と関連しており、これは、ATBで腸を殺菌することによって大きく和らいだ（図22A）。なお、この回腸炎には、炎症促進性サイトカインIl1bの転写の迅速かつ選択的なアップレギュレーションが付随して生じたが、TnfまたはIl6では生じず、そして、インタクトな腸内微生物叢の存在下でのみ生じた（図22B～C）。この知見に興味をそそられたので、本発明者らは、次に、結腸炎を発症した患者のヒト組織を調べ、そして、結腸炎サンプルではIL1Bの発現が健常結腸対照に対して有意に増加したことを観察した（データは示さない）。

バクテロイデス・インテスチナリスは患者コホートにおいて毒性と顕著に関連していたので（図17B）、CICBの前後にマウスから回収した糞便サンプルにおいてB.インテスチナリスの相対存在量をqPCRによって評価した。CICBは、B.インテスチナリスの有意な増加を誘導した（図22D）が、B.ユニホルミスまたはB.フラジリスなどの他のバクテロイデス属種では誘導しなかった（図28E）。黒色腫におけるCICB中のB.インテスチナリスの役割を明らかにするために、本発明者らは、抗生物質処置後にB.インテスチナリスの3つの異なる株をマウスに強制投与したか、または共生生物を自発的に再定着させて、B.インテスチナリスが回腸のIl1b転写を特異的に誘導し（図22E）、回腸がCICBに誘導される損傷を受けやすくすることを見出した（図22F）。同様に、B.インテスチナリスの内因性レベルが低いまたは高い健常ヒトドナーの糞便を用いたFMT（図28F～G）をRET黒色腫マウスモデルに行ったところ、Il1b発現量の増加と関連して（図28H）、CICBに誘導される損傷に対するB.インテスチナリスにより誘導される回腸の感受性に関する知見が再現された（図22G）。

まとめると、これら研究では、免疫チェックポイント単剤療法におけるこれまでの知見を基に、固有の特色が適用され得るCICBの状況において応答およびirAEの新規バイオマーカーを同定した。チェックポイント遮断単独療法の予測因子の多くは、CICBの応答および抵抗性も予測する（TMB、CD8+T細胞密度、およびコピー数減少の負荷を含む）が、コホートサイズが不足していた可能性が高く、追加の研究が非常に必要とされている。それにもかかわらず、このコホートでは療法に対する毒性に関して興味深いシグナルが観察され、ベースライン時により多様なTCRレパートリーを示す患者は、高グレードのirAEを発症する可能性が高かった。このことは、循環リンパ球プールの集団レベルの構造が、腫瘍応答性（望ましい）T細胞クローン対潜在的な自己応答性（望ましくない）T細胞クローンの活性化の相対的可能性に恐らく影響を与え得ることを示唆しており、データが示唆するように、事前の療法によって形づくられる可能性さえあるが、これも追加の／より大規模なコホートで検証する必要がある。更に、これら研究は、腸内微生物叢内の応答および毒性の潜在的に調節可能な決定因子についての興味深い洞察をもたらした。まとめると、これら研究から得られた洞察は、CICBに対する応答および毒性のバイオマーカーにおける新たなストラテジに加えて、毒性を抑える可能性のある新規処置標的についての情報を与えることができた。

A. 方法の詳細
1. 臨床評価および生物検体
応答評価。患者1名あたり少なくとも2人の臨床研究者（MCA、PAP、HT）によって、独立して、臨床応答のアノテーションを実施した。標準的な疾患再評価時点の試験で実施した再病期分類画像診断における腫瘍量をベースライン（処置前）の試験と比較し、RECIST 1.1基準（Eisenhauer, 2009 #29）に従って、最良総合効果（BOR）を用いて処置応答を定義した。その後の処置ラインが開始されるまでまたは最後の既知の経過観察日まで、処置期間全体にわたって縦断的な再病期分類スキャンを評価した。画像診断手法は、それがいつであれ一致しており、既知の疾患部位によって指定される通り、胸部、腹部、および骨盤の造影CT、脳の造影MRIまたはCT、ならびに頸部または四肢の画像診断が好ましい。CICBに起因する客観的完全奏効（CR；腫瘍量が100％減少）または部分奏効（PR；腫瘍量が≧30％減少）を達成した場合、患者を「応答者」（R）と分類した。病勢進行（PD；疾患負荷が≧20％増加）または病勢安定（SD；CR/PR/PDの基準を満たさない）のBORを達成した場合、患者を非応答者と分類した（拡張データ表2）。マウスは、処置中に腫瘍が退縮したかもしくは安定していた場合は応答者（R）、または2回の連続した測定で腫瘍のサイズが増大した場合は非応答者（NR）と定義した。

毒性評価。NCI Common Terminology Criteria for Adverse Events（CTCAE）4.0基準、そして、少なくとも2人の独立した臨床研究者（MCA、HT、WSC）の合意した意見によって割り当てられたCICB療法に対する免疫関連性（「恐らく」、「ほぼ確実に」、「確実に」関連）に従って、免疫関連有害事象（irAE）をスコア化した。二元毒性分類は、患者が任意のグレード3またはそれ以上のirAEを経験したか、グレード3未満のirAEを経験したかに基づいていた（拡張データ表2）。

生物検体の回収。施設の研究用生物検体所有試料、および必要に応じて、診断用検体からの保存用病理学的所有試料を照会することによって、利用可能な処置前および処置中の腫瘍および末梢血のサンプルを同定した。パンチ、コア針、または切除の生検として腫瘍生検を入手し、そして、急速冷凍（RNA/DNA抽出用）またはホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE；免疫組織化学的検査またはDNA抽出用）検体として保存した。末梢血サンプルは、密度勾配遠心分離に供して末梢血単核細胞（PBMC）を単離した後、生殖系列DNA抽出またはフローサイトメトリーに必要となるまで凍結保存した。生物検体は、ヘルシンキ宣言に従って、UT MD Anderson Cancer Center Institutional Review Boardが承認したプロトコル下で取り出し、回収し、そして分析した。処置を行う臨床医による詳細な説明および指示の後、製造業者の推奨に従ってOMNIgene-GUT Kit (DNA Genotek Inc, Ottawa, Canada)を用いて、外来患者ベースで糞便を入手した。安定化された糞便サンプルは、回収の30日以内に本人に直接または郵送で返却した。患者レベルのサンプル利用は、拡張データ表3に示す通りである。

2. ゲノム解析
全エクソームシーケンシング解析。全エクソームシーケンシング（WES）は、以前に記載されているものと同じプロトコルを用いて実施した（Roh, 2017 #22)。合計26個の処置前サンプルが含まれていた（19名のR、7名のNR）。病理学的評価および腫瘍含有量の確認後、腫瘍サンプルからDNAを抽出した。生殖系列DNA対照として、対応する末梢血白血球を回収した。剪断工程への初期ゲノムDNAインプットは750ngであった。KAPA Hyper Prep Kit（#KK8504）を用いて、末端修復、A塩基付加、フォークドIlluminaペアエンドアダプターを用いたアダプターライゲーション、およびライブラリーエンリッチメントポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施し、続いて、固相逆固定化ビーズのクリーンアップおよびクラスター作製を行った。製造業者の説明書に従って、ライブラリの構築を実施した。650～750ngの調製されたライブラリを用い、製造業者の説明書に従ってAgilent SureSelectXT Target Enrichment (#5190-8646)プロトコルを使用して、標的のエンリッチメントを実施した。エンリッチメントされたライブラリを、Eppendorf Mastercycler EP Gradient装置を用いて等濃度になるように正規化し、Agilent Bravo Bプラットフォームで等モル量になるようにプールし、そして、KAPA LibraryQuantification Kit (#KK4824)を用いて定量した。プールしたライブラリを2nMに調整し、0.2M NaOHで変性させ、Illuminaハイブリダイゼーションバッファを用いて希釈し、そして、製造業者の説明書に従ってHiSeq v3クラスターケミストリーおよびIllumina Multiplexing Sequencing Primer Kitを用いてクラスター増幅に供した。次いで、76bpペアエンドリードを用いてIllumina HiSeq 2000/2500 v3システムにおいてプールをシーケンシングし、そして、RTA v.1.13以降を用いて解析した。エクソームデータの平均カバレッジは、腫瘍では221×、および、生殖系列では100×であった。次いで、アライメントされたBAM(hg19)ファイルをPicardおよびGATKのソフトウェアを用いて処理して、重複、再アライメント、および再キャリブレーションを特定した。MuTect（v1.1.4）を用いて体細胞点変異を同定し、そして、Pindel（v0.2.4）を用いて小さな挿入／欠失を同定した。次いで、以下を含む追加のコーリング後フィルタを適用した：（a）腫瘍サンプルにおける総リード数＞30、（b）対応する正常サンプルにおける総リード数＞10、（c）腫瘍サンプルにおけるVAF（変異型対立遺伝子頻度）＞0.05、（d）対応する正常サンプルにおけるVAF＜0.01、ならびに（e）dbSNP129および1000 Genomes Projectで報告されたSNVは削除した。

コピー数変化解析。既に記載されている通り(Roh, 2017 #22)、コピー数変化解析を実施した。本質的には、アライメントされたBAMデータにSequenza（v2.1.2）アルゴリズムを適用して、各腫瘍サンプル毎のlog2コピー数比（腫瘍／正常）を入手した。Rパッケージ「CNTools」（v1.24.0）を用いて、遺伝子レベルでコピー数の増加（log2コピー比＞log21.5）および減少（log2コピー比＜-log21.5）を同定した。コピー数の増加または減少の負荷は、サンプルあたりのコピー数が増加または減少した遺伝子の総数として定義した。反復性CNAを定義するために、算出されたlog2コピー比（腫瘍／正常）にRパッケージ「cghMCR」（v1.26.0）を適用して、反復性CNAのゲノム領域（最小共通領域、MCR）を同定した。応答者対非応答者において優先的に失われたまたは獲得された遺伝子を同定するために、各遺伝子の位置でフィッシャーの直接検定を実施し、そして、FDR調整後にp<0.05であることによって統計的有意性を定義した。3個未満のサンプルにおいてCNAを有する遺伝子は除外した。

ネオアンチゲンの予測。WESからの非同義エクソン変異（NSEM）を再調査し、NSEMを包含する可能性のある8～12merのペプチド全てをネオアンチゲン予測に使用しかつ野生型ペプチドと比較した。PHLAT（Bai, 2014 #38）を用いて各症例のHLAを予測した。患者のHLAを考慮して、NetMHCpan（v2.8）アルゴリズム（Nielsen, 2007 #15; Hoof, 2009 #33）によって結合親和性を評価した。予測IC50が<500nMである候補ペプチドをHLA結合とみなした。

3. 免疫分析
フローサイトメトリー。研究の患者から入手した末梢血単核細胞（PBMC）を、MD Anderson Immunotherapy Platformのメンバーによって分析した。PBMCの免疫表現型分析のために、処置前および処置後の血液サンプルを採取した。グレード3以上のirAEを有する10名の患者およびグレード3未満のirAEを有する10名の患者を含む20名の患者からPBMCサンプルが入手可能であった。幾つかのパネルにわたって蛍光コンジュゲートモノクローナル抗体を用いて、PBMCのマルチパラメトリックフローサイトメトリー分析を実施した：CD4 AF532（SK3、eBioscience）、CD3 PerCP-Cy5.5（UCHT1、Biolegend） CD8 AF700（RPA-T8、BD Biosciences）、CD127 BV711（HIL-7R-M21、BD Biosciences）、ICOS PE-Cy7（ISA-3、eBioscience）、PD-1 BV650（EH12.1 BD Biosciences）およびFOXP3 PE-e610（PCH101；eBioscience）；CD3 PE-CF594、CD4 Pe-Cy5.5、CD8 AF532、CD45RA BV650（HI100、Biolegend）、CCR7 BV785（G043H7、Biolegend）CD27 PeCy5（0323、eBioscience）、CD28 APC-e780（CD28.2 eBioscience）、PD-1 BV650（EH12.1 BD Biosciences）、EOMES e660（WD1928、eBioscience）、およびTBET BV605（4B10 Biolegend）。Live/Dead fixable yellow stainはThermo Fisher Scientificから入手した。LSR Fortessa（BD Biosciences）を用いてサンプルを試験し、そして、FlowJoソフトウェアプログラムを用いて分析した。適切な前方／側方散乱およびライブシングルセルゲーティングの後、本発明者らは、総CD3+T細胞、CD8+T細胞（CD3+CD8+）、およびCD4+T細胞（CD3+CD4+）の頻度を求めた。CD4の中には、CD4+エフェクタT細胞（CD4+FOXP3-）およびCD4+制御性T細胞（CD4+FOXP3+CD127-/low）がある。これら集団において、PD-1およびICOSの発現を評価した。CD4およびCD8 T細胞におけるCD45RAおよびCCR7の発現を用いて、ナイーブ、Tセントラルメモリ（TCM）、Tエフェクタメモリ（TEM）、およびエフェクタT（Tef）の亜集団を定義した。これら各コンパートメントにおいて、PD-1、CD28、CD27、EOMES、およびTBETの発現を評価した。

免疫組織化学的検査。腫瘍の存在を確認するために、各FFPE腫瘍サンプルからヘマトキシリンおよびエオシン（H＆E）染色されたスライドを入手した。濃く着色されているサンプルは、低濃度の過酸化水素によってメラニン漂白で前処理した。選択した抗体パネルは、プログラム死リガンド1（PD-L1）クローンE1L3N（1:100、Cell Signaling Technology）、PD-1クローンEPR4877（1:250、Epitomics）、CD3ポリクローナル（1:100、DAKO）、CD4クローン4B12 (1:80、Leica Biosystems)、CD8クローンC8/144B（1:25、Thermo Scientific）、FOXP3クローン206D (1:50、BioLegend)、およびグランザイムBクローン11F1（使用準備が整っている、Leica Microsystems）を含んでいた。限定された抗体パネルのIHC染色は、Leica Bond Max自動染色機（Leica Biosystems, Buffalo Grove, IL）を用いて実施した。Leica Bond Polymer Refine検出キット（Leica Biosystems）を用いてIHC反応を実施し、そして、ジアミノベンジジン（DAB）を色素原として使用した。ヘマトキシリンで対比染色した。Aperio AT Turbo（Leica Biosystems）を用いて全てのIHCスライドをスキャンした後、全ての下流のIHC分析を行った。Aperio Image Toolbox解析ソフトウェア（Leica Biosystems）を用いて、既述の通り（Chen, 2016 #27）デジタル解析を行うために、腫瘍領域内のランダムに選択した1mm2の領域5つから各マーカーの平均値を選択した。陽性細胞の割合（0～100）および染色強度（0～3+）を評価し、合計スコアが0～300の範囲であるHスコアによってPD-L1の発現を評価した。残りのマーカーは、細胞の密度としてスコア化した。

TCRシーケンシング。QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（Qiagen）を用いて、入手可能なFFPE腫瘍組織（19名のR、6名のNR）およびPBMC（グレード3以上のirAEを有する患者15名およびグレード3未満のirAEを有する患者12名）からDNAを抽出した。ImmunoSeq hsTCRBキット（Adaptive Biotechnologies）を用いてCDR3可変領域の次世代TCRシーケンシングを実施し、続いて、MiSeq 150×(Illumina)でシーケンシング、および、ImmunoSeq（商標）Analyzerソフトウェアv3.0（Adaptive Biotechnologies）を用いた解析を行い、これは、最低1000個の固有のテンプレートが検出されたサンプルのみ考慮に入れた。クローン性はTCRの多様性と逆相関する指標であり、そして、1-(エントロピー)/log2（増殖性の固有の配列の数）として測定された。優先的なクローン拡大は、処置前の血液サンプルに比べて処置後に有意に拡大していたT細胞クローンの数と定義した。

4. マウスモデル
抗生物質処置。飲料水を介して、バンコマイシン（0.25mg/mL）の添加の有り無しで、アンピシリン（1mg/mL）、ストレプトマイシン（5mg/mL）、およびコリスチン（1mg/mL）（Sigma-Aldrich）を含有する抗生物質溶液（ATB）でマウスを処置した。それぞれ週3回および週1回、溶液および瓶を交換した。COS（5％ヒツジ血液を含むColumbia Agar）プレート上で0.1g/mLのBHI+15％グリセロールに再懸濁させた糞便ペレットを好気的および嫌気的な条件において37℃で48時間培養することによって、抗生物質活性を確認した。ATB処置の期間は、実験の状況に基づいてわずかに異なっていた。簡単に説明すると、MCA205およびRETの実験では、腫瘍移植の前に2週間、そして、実験全体を通して継続的にマウスを処置したが、RENCAを使用した実験では、糞便微生物叢移植の前に3日間ATB処置を施した。

腫瘍のチャレンジおよび処置。0.8×10⁶個のMCA205細胞または0.5×10⁶個のRET細胞を、マウスの側腹部に皮下(s.c.)注射した。腫瘍が20～30mm2に達したら、処置を開始した。図に示すように、抗IL1R（アナキンラ、500μg/マウス、i.p.注射、週3回）またはそれぞれのアイソタイプ対照の有り無しで、抗PD-1 mAb（250μg/マウス；クローンRMP1-14、MCA205では6回注射、RETでは5回注射）および／または抗CTLA-4 mAb（100μg／マウス、クローン9D9、MCA205およびRETのいずれにおいても5回注射）を3日間毎にマウスに腹腔内（i.p.）注射した。インビボで使用するための全てのmAbは、BioXcell（West Lebanon, NH, USA）から入手し、アナキンラ（Swedish Orphan Biovitrum, Sweden）を除いて、推奨されるイソタイプ対象mAbを使用した。

糞便微生物叢移入実験。ATB処置の3日後、PD-1阻害物質の応答者または非応答者の患者からのサンプルを用いて糞便微生物叢移入（FMT）を実施した。冷凍しておいた糞便サンプルを解凍し、そして、十分にボルテックスした。大きな粒子状物質は、重力によって沈降させた。上清200μLを経口強制投与によって単回投与で投与した。追加の100μLを各動物の毛皮に局所的に塗布した。FMTの2週間後、BALB/cマウスをイソフルオランで麻酔し、30μL PBS中1×10⁴個のRENCA腫瘍細胞を右腎臓の被膜下腔に注射した。次いで、皮膚の切開部を外科用クリップで閉じた。腫瘍接種の5日後に処置を開始した。毒性を経験しなかった応答患者からの糞便サンプルの経口強制投与の有り無しで、マウスをCICBで処置した。IVIS Imaging System 50 Series（Analytic Jenap）で週1回、腫瘍の成長をモニタリングした。

専用の共生生物種による腸内定着。バクテロイデス・インテスチナリス CSURP836（Institut hospitalo-universitaire Mediterranee Infection, Marseille, Franceによって提供；ヒトサンプルから単離）、everImmuneからのB.インテスチナリス（免疫療法前の肺がん患者の大便から単離）、およびB.インテスチナリス（マウスサンプルから単離）を、嫌気性ジェネレータ（Biomerieux）を用いた嫌気的条件において37℃で24～72時間COSプレート上で培養した。蛍光分光光度計（Eppendorf）を用いて600nmで測定した光学濃度が1である109CFU/mLの懸濁液を得た。抗体処置の24時間前および各抗体処置時に、100μL中109CFUを経口強制投与した。マトリクス支援レーザー脱離イオン化時間飛行型（MALDI-TOF）質量分析計（Microflex LT analyser, Bruker Daltonics, Germany）を用いて細菌を検証した。

サイトカインの定量。大便サンプルを回収し、そして、更に加工するまで-80℃で保管した。サンプルを解凍し、そして、0.1％ Tween 20を含有するPBSに再懸濁させた（100mg/mL）。室温で振盪しながら20分間インキュベーションした後、サンプルを12,000rpmで10分間遠心分離し、そして、上清を収集し、そして、分析するまで-20℃で保管した。製造業者の説明書に従ってマウスLipocalin-2/NGAL DuoSet ELISAキット（R&D Systems, Minneapolis, MN）を用いて、リポカリン-2レベルを測定した。

免疫組織化学的検査。腸組織は、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）または最適切断温度コンパウンド（OCT）のいずれか中で保存した。マウスの殺処分時に、回腸および結腸を摘出し、PBSで洗浄し、縦方向に切断し、巻取り、そして、4％ PFA中において4℃で一晩、または一部の実験では室温で2時間固定した。次いで、組織を、Tissue-Tek（登録商標）VIP（登録商標）6 Vacuum Infiltration Processor（Sakura）を用いてパラフィン包埋したか、または15％スクロース中で1時間、続いて30％スクロース中で一晩再水和し、OCT包埋（Sakura）し、そして、急速冷凍した。縦断切片をヘマトキシリン、エオシン、およびサフラン染色（H＆E）で対比染色した。

毒性についての腸組織の組織学的評価。病理医（P.O.）と共にスコア化システムを開発した。回腸：炎症病巣、粘膜下層の外観、絨毛の長さ、および粘膜固有層の厚さを、各切片毎にスコア化した。スコアは、以下の通り定義した：0＝正常、1＝限局的かつ軽度の病変、2＝びまん性かつ軽度の病変、3＝びまん性の軽度および重度の病変、4＝結合組織のみを含有する領域を有する重度の病変。結腸：生理学的レベル（0）、低レベル（1）、中レベル（2）、および高レベル（3）のいずれかと定義した炎症性浸潤をスコア化した。

リアルタイム定量PCR分析による腸内免疫遺伝子の発現。RNeasy Mini Kit（Qiagen）を用いてRNAを抽出し、そして、SuperScript III Reverse TranscriptaseおよびRNaseOUT（商標）組換えリボヌクレアーゼ阻害物質（Life Technologies）を用い、ランダムプライマー（Promega, Wisconsin, United States）およびデオキシヌクレオシド三リン酸セット、PCRグレード（Roche, Basel, Switzerland）を用いてcDNAに逆転写した。7500 Fast Real Time PCRシステム（Applied Biosystems）において、製造業者の説明書に従って、TaqMan（登録商標）Gene Expression AssaysとTaqman Universal Master Mix II（Invitrogen）を用いたTaqMan法を用いて、リアルタイム定量PCR（RT-qPCR）によって遺伝子発現を分析した。2-ΔCt法を用いて、ハウスキーピング遺伝子のβ-2ミクログロブリンの発現に対して発現を正規化した。以下のプライマーを使用した（全てTaqMan（登録商標） Gene Expression Assay, ThermoFisher）：B2m（Mm00437762_m1）、Il1b（Mm00434228_m1）、Il6（Mm00446190_m1）、Tnf（Mm00443258_m1）。

5. マイクロバイオーム分析
患者の糞便サンプル。OMNIgene GUTキット（DNA Genotek, Ottawa, Canada）を用いて、ベースラインの大便サンプルを回収した。皮膚／原発不明コホート（29名のR、11名のNR；≧Gr3 irAEを有する24名、<Gr3 irAEを有する16名）、そして、毒性分析についてのみ、粘膜コホート（≧Gr3 irAEを有する3名および有しない5名）およびブドウ膜黒色腫コホート（≧Gr3 irAEを有する2名および有しない4名）を含む、合計54個の大便サンプルを細菌16S rDNA遺伝子シーケンシングに供した。このコホート内では、免疫チェックポイント遮断単剤療法を受けている患者から回収した縦断的サンプルに対する並行研究が、処置開始後早期の糞便微生物叢において有意な変化を示さなかった（Gopalakrishnan, 2018 #19）ことから、CICBの開始後早期に得られた多数のサンプルを代理ベースラインサンプルとして含めた。

ヒト糞便DNA抽出および細菌16S rDNA遺伝子シーケンシング。Alkek Center for Metagenomics and Microbiome Research (CMMR), Baylor College of Medicineと共同で、NIH-Human Microbiome Project（Human Microbiome Project, 2012 #34;Human Microbiome Project, 2012 #35）に準拠した方法を用いて、ヒト糞便サンプルの調製およびシーケンシングを実施した。分析パイプラインの更なる詳細については、既に報告されている（Gopalakrishnan, 2018 #19）。簡単に説明すると、MO BIO PowerSoil DNA Isolation Kit（MO BIO Laboratories, USA）を用いて抽出した細菌ゲノムDNAを、16S rDNA遺伝子V4領域のPCR増幅に供し、そして、MiSeqプラットフォーム（Illumina, Inc, San Diego, CA）を用いてシーケンシングした。＞97％の同一性を有する品質フィルタをかけた配列を、Operational Taxonomic Units（OUT）として知られているビンにオープンリファレンスOTUピッキングによりクラスタリングし、そして、NCBI 16SリボソームRNA配列データベース（公開日2017年2月11日；ncbi-blast+パッケージ2.5.0）を参照することによって種レベルで分類した。BLASTを用いてNCBI分類データベース（公開日2017年2月16日）に対して代表的なOTU配列をマッピングすることによって、系統学的情報を得た。

マウスサンプル。マウス（n=71）から少なくとも2つの縦断的糞便サンプルを回収し、そして、DNA抽出まで-80℃で保管した。

マウス糞便DNA抽出および微生物叢の特性評価。マウス糞便サンプルの調製およびシーケンシングは、IHU Mediterranee Infection, Marseille, Franceで実施した。簡単に説明すると、2つのプロトコルを用いてDNAを抽出した。第1のプロトコルは、それぞれガラス粉末およびプロテイナーゼKを使用して物理的および化学的に溶解させ、次いで、Macherey-Nagel DNA Tissue抽出キット（Duren, Germany）を使用して加工することからなっていた（Dridi, 2009 #64）。第2のプロトコルは、糖タンパク質の溶解および脱グリコシル化の工程を追加して、第1のプロトコルと同一であった（Angelakis, 2016 #65）。既述のように（Million, 2016 #63）16S rRNA遺伝子のV3～V4領域を標的として、得られたDNAをシーケンシングした。Workstation DELL T7910 (Round Rock, Texas, United States)において、品質チェックおよびフィルタリング（シーケンシングの誤り、キメラ胚）のために、生のFASTQファイルをMothur pipeline v.1.39.5を用いて解析した。生のリード（合計15512959個、1サンプルあたり平均して125104個）をフィルタリングし（合計6342281個、1サンプルあたり平均して51147個）、そして、Operational Taxonomic Units（OTU）にクラスタリングし、続いて、出現率の低いOTU（5リードまで）を排除し、そして、アラインメントのために、標準化されたパラメータおよびSILVA rDNA Database v.1.19を用いてペアワイズ同一性97％で新規のOTUをピッキングした。≧20％の有病率閾値を使用して、RETおよびMCAのサンプルを考慮して、全部で427の細菌類が同定された。Mothurを用いてサンプルカバレッジをコンピュータで計算した結果、全てのサンプルで平均して99％超となった（したがって、その後の分析に好適な正規化手順であることを意味する）。認識されたOTUのバイオインフォマティクスおよび統計解析を、Python v.2.7.11を用いて実施した。各OTU内の最も代表的かつ存在量の多いリード（Mothur v.1.39.5を用いた前の工程で証明された通り）を、National Center for Biotechnology Information（NCBI）Blastソフトウェア（ncbi-blast-2.3.0）および2019年4月末にアクセスした最新のNCBI 16S Microbial Database（ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/においてオンラインでみられる）を用いてヌクレオチドBlastに供した。その後の多変量統計解析のために、各分類群レベル（門、綱、目、科、属、種）で細菌の相対存在量のマトリックスを構築した。

qPCRによる細菌の定量。QIAamp DNA Stool Mini Kit（Qiagen）を用いて、製造業者の説明書に従って、糞便サンプルからゲノムDNAを抽出した。（全ての細菌ドメインを標的とするシステムについては）TaqMan technologyまたは異なるバクテロイデス属の種についてはSYBR Greenを用いて、標的化qPCRシステムを適用した。以下のプライマーおよびプローブを使用した：

微生物叢およびOTUレベルの分析。マウス実験では、Sci-Kit learnパッケージv0.20.3からのQuantileTransformerおよびStandardScaler法を用いて、生データをまず正規化し、次いで標準化した。output_distribution=「normal」オプションを用いた正規化により、各変数が厳密にガウス型分布に変換され、一方、標準化の結果、平均が0、そして、分散が1である正規化された各変数が得られる。これら正規化とそれに続く標準化の2つの工程によって、細菌の相対存在量、腫瘍サイズ、または結腸浸潤スコアなどのダイナミックレンジが異なる変数を適切に比較できることが保証される。

観察されたotuおよびシャノン指数などのα多様性（サンプル内の多様性）の測定値は、SciKit-learnパッケージv.0.4.1を用いてOTUレベルで算出した。β多様性（サンプル間の多様性）の探索的分析は、Mothurで算出した非類似度のブレイ－カーチス尺度を用いて算出し、主座標分析（PCoA）で表したが、階層的クラスタリング分析（HCA）については、カスタムスクリプト（Python v.2.7.11）を用いて「ブレイ－カーチス」測定基準および「完全連結」法を実行した。本発明者らは、担腫瘍マウスと無腫瘍マウスとの間で、そして、異なる時点（T0、T2、T5）の間で最も判別できる細菌種を同定するために、教師付き分析として部分最小二乗判別分析（PLS-DA）およびその後の変数重要度プロット（VIP）を実行した。2Dで示されているように、棒の太さは、2つのコホート間の各種の平均相対存在量の倍数比（FR）の値を報告し、一方、適用不可（N/A）は、相対存在量がゼロの群との比較を指す。枠線がない場合は、比較したコホートにおける平均相対存在量がゼロであることを示す。微生物叢の分類群を遺伝子発現データセットまたは腫瘍サイズおよび結腸毒性と比較するために、カスタムPythonスクリプトを用いて多変量統計スピアマン（またはマウスデータについてはピアソン）相関分析（および関連するP値）を実施した。p値＜0.05を有意として、それぞれマン・ホイットニーU検定およびクラスカル・ワリス検定を使用して、ペアワイズ比較または多重比較についての有意性を評価した。

患者サンプル内で同定された分類群間の相対存在量のペアワイズ比較は、マン・ホイットニー検定とその後の1000回の並べ替えによるブートストラッピングを用いて実施した。全サンプルの少なくとも40％に存在していた分類群のみを検討した。全ての糞便サンプルにおける最小リード数に基づいて、アルファ多様性を算出するための希薄化限界を設定した。患者サンプルの分類学的アルファ多様性を、

（piは、全種Sのうちの種iによって構成される比率である）（Morgan, 2012 #36）として算出されるシンプソン指数の逆数、および図に示された追加の多様性測定基準を用いて推定した。候補分類群の相対存在量と末梢の免疫マーカーとの相関をスピアマンのローを用いて推定した。ANalysis Of SIMilarity（ANOSIM、データセットのセントロイドの差を表す）、または指定されている場合はピアソン相関係数を、Python 2.7.11を用いてコンピュータで計算した。

LEfSeを用いた微生物バイオマーカーの統計的評価。応答（すなわち、R対NRの間）に従って、および、毒性の発生（すなわち、グレード3以上のirAEを有する患者 対 グレード3未満のirAEを有する患者の間）によって、クラスカル・ワリス検定（統計的有意性をp<0.05と定義）（Segata, 2011 #21)を用いて、全ての細菌クレードの存在量を比較するために、LEfSe法を使用した。研究グループ間で存在量が異なっていた細菌分類群を線形判別分析（LDA）のインプットとして使用して、エフェクトサイズを算出した。Mothur v.1.39.5を用いて、マウス分類群についてのLEfSe解析を実施した。

B. 定量および統計解析
1. 統計解析
Rソフトウェア（R-project.org／においてワールドワイドウェブで利用可能）、Microsoft Excel（Microsoft Co., 436 Redmont, WA, US）、またはPrism 5（GraphPad, San Diego, CA, USA）のいずれかを用いて、データの解析および表現を実施した。Rパッケージの「survival」（Therneau, 2000 #37）を用いて、患者コホートの生存曲線を作成した。p<0.05を統計的に有意であるとして、独立マン・ホイットニー U検定またはサンプル数の少ない二分変数の場合はフィッシャーの直接検定を用いて、患者コホートのゲノムおよび免疫のパラメータの群間比較を実施した。強力な先験的仮説によって片側アプローチ（必要に応じて指定）が正当化された場合を除き、全ての比較を両側で行った。サンプルラベルをランダムに並べ替えることを合計1000回繰り返すことによって、並べ替え検定を実施した。マウスの研究では、ANOVAに続いてボンフェローニ調整を行ったペアワイズ比較を用いて、2つを超える群を集めて統計解析を実施した。それ以外は、2つの群について、独立t検定を用いて統計解析を実施した。所与の分布内の外れ値は、グラブス検定（graphpad.com/quickcalcs/Grubbs1.cfmにおいてオンラインでみられる）を用いて、p<0.05の閾値で検定した。Guido Kroemer教授の研究室で開発されたソフトウェアを使用して全ての腫瘍成長曲線を解析し、統計解析に関する情報は、以下のリンクからオンラインで見つけることができる（https）：kroemerlab.shinyapps.io/TumGrowth/（Enot, 2018 #66）。簡単に説明すると、縦断的解析のために、統計検定の前に元の腫瘍の測定値を対数変換した。腫瘍の完全な退縮が観察された場合、2で除した最小値によってゼロを補完した。縦断的解析およびカプランマイヤー曲線の両方で、p<0.1の自動外れ値検出を保持した。Cox回帰を用いて生存曲線を推定し、ボンフェローニ調整を用いて多重検定を考慮した。p値は、95％信頼区間を有する両側であり、p<0.05であるときに有意とみなした。記号の意味：*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。

C. 表
拡張データの表1：患者の特徴

拡張データの表2：臨床転帰

パーセンテージは、各指定群内の患者数に対して表される。中央値の同値は、非整数値によって示される。
^*R=PR+CRの最良総合効果、NR=SD+PDの最良総合効果。

拡張データの表3：生物検体の使用の概要

0＝標本が入手不可能、1＝標本を利用した。

拡張データの表4：微生物の無腫瘍マウスとの関連

拡張データの表5：微生物の担腫瘍マウスとの関連

本明細書において開示され、そして、請求される方法は全て、本開示に照らして、過度の実験を行うことなく作製および実行することができる。本発明の組成物および方法を好ましい態様の観点から説明してきたが、本発明の概念、趣旨、および範囲から逸脱することなく、本明細書において記載される方法および方法の工程または工程の順序に変更を適用できることは、当業者には明らかであろう。より具体的には、化学的および生理学的に関連する特定の剤を本明細書において記載される剤の代わりに使用しても、同様または類似の結果が得られることは明らかであろう。当業者に明らかなこのような類似の置換および変更は全て、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の趣旨、範囲、および概念の範囲内にあるとみなされる。

参照文献
以下の参照文献は、本明細書において記載される内容を補足する例示的な手順または他の詳細を提供する限りにおいて、参照により本明細書に組み入れられる。

本明細書の一態様に関して論じられる任意の限定が、本明細書の任意の他の態様にも適用され得ることが具体的に意図される。更に、本発明の任意の組成物は、本発明の任意の方法で用いることができ、そして、本発明の任意の方法を用いて、本発明の任意の組成物を生成または利用することができる。実施例に記載される態様の局面は、異なる実施例の他の箇所または本願の他の箇所、例えば、発明の概要、態様の詳細な説明、特許請求の範囲、および図面のレジェンドの説明において論じられる態様の状況で実施することができる態様でもある。
[本発明1001]
（a）以下の属または種：
フラボニフラクター（Flavonifractor）、ディエルマ（Dielma）、アッケルマンシア（Akkermansia）、アリスティペス（Alistipes）、バクテロイデス（Bacteroides）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ（Tyzzerella）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Parabacteroides distasonis）、フルニエレラ（Fournierella）、フルニエレラ・マシリエンシス（Fournierella massiliensis）、エイセンベルギエラ・タイ（Eisenbergiella tayi）、ティシエレラ目（Tissierellales）、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム（Hungateiclostridium thermocellum）、ドレア・ホルミシゲネランス（Dorea formicigenerans）、カロラマター・クールハアシ（Caloramator coolhaasi）、ムリコメス（Muricomes）、ゲオスポロバクター（Geosporobacter）、プレボテラ・パルジビベンス（Prevotella paludivivens）、ラクトバチルス・セカリフィルス（Lactobacillus secaliphilus）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Bacteroides finegoldii）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Lactobacillus johnsonii）、パラペドバクター・コンポスティ（Parapedobacter composti）、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（Anaerotignum lactatifermentans）
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程；ならびに
（b）（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程
を含む、対象におけるがんを処置する方法。
[本発明1002]
前記組成物が、以下の属または種：
フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス（Bacteroides stercoris）、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス（Bacteroides coprophilus）、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記組成物が、アッケルマンシア属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記組成物が、以下の属または種：
バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ（Muricomes intestini）、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス（Geosporobacter subterraneus）、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
がんが、皮膚がんである、本発明1001～1004のいずれかの方法。
[本発明1006]
がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、本発明1001～1004のいずれかの方法。
[本発明1007]
がんが、黒色腫である、本発明1001～1004のいずれかの方法。
[本発明1008]
黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、本発明1007の方法。
[本発明1009]
黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む、本発明1001～1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、本発明1010の方法。
[本発明1012]
（i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、本発明1001～1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
がん性腫瘍を有すると診断された対象におけるがんを処置する方法として定義される、本発明1001～1012のいずれかの方法。
[本発明1014]
1つまたは複数の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む、本発明1001～1013のいずれかの方法。
[本発明1015]
1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む、本発明1001～1014のいずれかの方法。
[本発明1016]
有害事象または重度の有害事象が、免疫関連有害事象として更に分類される、本発明1014または1015の方法。
[本発明1017]
対象が、腸内マイクロバイオームにおいて好ましくない微生物プロファイルを有すると判定されたことがある、本発明1001～1016のいずれかの方法。
[本発明1018]
好ましくないプロファイルが、以下の属：
バクテロイデス、ディアリスター（Dialister）、コプロバクター（Coprobacter）、インテスチニバクター（Intestinibacter）、およびパラサテレラ（Parasutterella）
のうちの1つまたは1つもしくは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
好ましくないプロファイルが、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ（Bacteroides caccae）、バクテロイデス・インテスチナリス（Bacteroides intestinalis）、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ（Intestinibacter bartletti）、パラサテレラ・セクンダ（Parasutterella secunda）、およびディアリスター・プロピオニシファシエンス（Dialister propionicifaciens）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
好ましくないプロファイルが、毒性関連プロファイルとして更に定義される、本発明1018または1019の方法。
[本発明1021]
好ましくないプロファイルが、以下の属：
ラクトバチルス（Lactobacillus）、バクテロイデス（Bacteroides）、プレボテラ（Prevotella）、シトロバクター（Citrobacter）、クロストリジウム（Clostridium）、フンガテイクロストリジウム（Hungateiclostridium）、ユーバクテリウム（Eubacterium）、ハフニア科（Hafniaceae）、エンテロバクター（Enterobacter）、ハフニア（Hafnia）、ロゼブリア（Roseburia）、ワイセラ(Weissella)、バチルス綱（Bacilli）、ラクトバチルス目（Lactobacillales）、およびクレブシエラ（Klebsiella）
のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、本発明1017の方法。
[本発明1022]
好ましくないプロファイルが、ラクトバチルス・ロゴサエ（Lactobacillus rogosae）、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ（Prevotella copri）、プレボテラ・シャヒイ（Prevotella shahii）、クロストリジウム・ハイレモナエ（Clostridium hylemonae）、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ（Hungateiclostridium aldrichii）、シトロバクター・ロデンチウム（Citrobacter rodentium）、ユーバクテリウム・スルシ（Eubacterium sulci）、シトロバクター・フレウンジイ（Citrobacter freundii）、ユーバクテリウム・ハリイ（Eubacterium halii）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）、ロゼブリア・ホミニス（Roseburia hominis）、ワイセラ・パラメセンテロイデス（Weissella paramesenteroides）、およびクレブシエラ・アエロゲネス（Klebsiella aerogenes）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
好ましくないプロファイルが、非応答者プロファイルとして更に定義される、本発明1021または1022の方法。
[本発明1024]
対象が、対象からのサンプル中のマイクロバイオームを分析することにより、好ましくない微生物プロファイルを含むと判定された対象である、本発明1017～1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
サンプルが、糞便サンプルである、本発明1024の方法。
[本発明1026]
分析が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、本発明1024または1025の方法。
[本発明1027]
対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、本発明1001～1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、本発明1027の方法。
[本発明1029]
患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、本発明1027または1028の方法。
[本発明1030]
以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、本発明1027～1029のいずれかの方法。
[本発明1031]
以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
がんが、再発性である、本発明1001～1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
（i）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体である、および／または（ii）の阻害物質が、抗CTLA-4モノクローナル抗体である、本発明1001～1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
（i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、本発明1033の方法。
[本発明1035]
（ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、本発明1033または1034の方法。
[本発明1036]
対象が、（i）および（ii）における処置の前にまたは同時に、細菌の単離された集団で処置される、本発明1001～1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
細菌の精製された集団が、少なくとも2つの属または種からの細菌を含み、かつ、該2つの細菌の比が1：1である、本発明1001～1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
前記組成物が、少なくとも2つの異なる種もしくは属の細菌または属の細菌を含む、本発明1001～1037のいずれかの方法。
[本発明1039]
前記組成物が、対象への投与後に少なくとも5であるアルファ多様性を提供する、本発明1001～1038のいずれかの方法。
[本発明1040]
対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、本発明1001～1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
がんが、ステージIIIまたはIVのがんを含む、本発明1001～1040のいずれかの方法。
[本発明1042]
抗生物質の投与を更に含む、本発明1001～1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
抗生物質が、細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物の前または同時に投与される、本発明1042の方法。
[本発明1044]
腸内マイクロバイオームにおいて好ましい微生物プロファイルを有すると判定された対象に、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせを投与する工程を含む、対象におけるがんを処置する方法。
[本発明1045]
がんが、皮膚がんである、本発明1044の方法。
[本発明1046]
がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、本発明1044の方法。
[本発明1047]
がんが、黒色腫である、本発明1044の方法。
[本発明1048]
黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、本発明1047の方法。
[本発明1049]
黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、本発明1048の方法。
[本発明1050]
少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む、本発明1044～1049のいずれかの方法。
[本発明1051]
少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、本発明1050の方法。
[本発明1052]
（i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、本発明1044～1051のいずれかの方法。
[本発明1053]
がん性腫瘍を有する対象におけるがんを処置する方法として定義される、本発明1044～1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
がんの処置が、1つまたは複数の有害事象を低減または予防する工程を含む、本発明1044～1053のいずれかの方法。
[本発明1055]
がんの処置が、1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防する工程を含む、本発明1044～1053のいずれかの方法。
[本発明1056]
有害事象または重度の有害事象が、免疫関連有害事象として更に分類される、本発明1054または1055の方法。
[本発明1057]
好ましいプロファイルが、以下の属または種：
バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、本発明1044～1056のいずれかの方法。
[本発明1058]
好ましいプロファイルが、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、およびタイゼレラのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、本発明1057の方法。
[本発明1059]
好ましいプロファイルが、非毒性プロファイルとして更に定義される、本発明1057または1058の方法。
[本発明1060]
好ましいプロファイルが、以下の属または種：
フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、本発明1044～1056のいずれかの方法。
[本発明1061]
好ましいプロファイルが、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス（Butyricimonas faecihominis）、フラボニフラクター・プラウチイ（Flavonifractor plautii）、ディエルマ・ファスチジオサ（Dielma fastidiosa）、アリスティペス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラ（Akkermansia muciniphila）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、本発明1060の方法。
[本発明1062]
好ましいプロファイルが、有効なプロファイルとして更に定義される、本発明1060または1061の方法。
[本発明1063]
対象が、対象からのサンプル中のマイクロバイオームを分析することにより、好ましい微生物プロファイルを含むと判定された対象である、本発明1044～1062のいずれかの方法。
[本発明1064]
前記サンプルが、糞便サンプルまたは頬サンプルである、本発明1063の方法。
[本発明1065]
分析が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、本発明1063または1064の方法。
[本発明1066]
対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、本発明1044～1065のいずれかの方法。
[本発明1067]
対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、本発明1066の方法。
[本発明1068]
患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、本発明1066または1067の方法。
[本発明1069]
以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、本発明1066～1068のいずれかの方法。
[本発明1070]
以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、本発明1069の方法。
[本発明1071]
がんが、再発性である、本発明1044～1070のいずれかの方法。
[本発明1072]
（i）および／または（ii）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体または抗CTLA-4モノクローナル抗体である、本発明1044～1071のいずれかの方法。
[本発明1073]
（i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、本発明1072の方法。
[本発明1074]
（ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、本発明1072または1073の方法。
[本発明1075]
対象が、以前に単剤または併用の免疫チェックポイント遮断療法による処置を受けたことがない、本発明1044～1062のいずれかの方法。
[本発明1076]
対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、本発明1044～1075のいずれかの方法。
[本発明1077]
がんが、ステージIIIまたはIVのがんを含む、本発明1044～1076のいずれかの方法。
[本発明1078]
がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、以下を含む方法：
（a）対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
（b）以下の属：
バクテロイデス、ディアリスター、コプロバクター、インテスチニバクター、およびパラサテレラ
のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する毒性応答を予測する工程；または
（c）以下の属もしくは種：
バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する非毒性応答を予測する工程。
[本発明1079]
バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラサテレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、毒性応答が予測される、本発明1078の方法。
[本発明1080]
バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、およびタイゼレラのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、非毒性応答が予測される、本発明1078の方法。
[本発明1081]
がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、以下を含む方法：
対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
以下の属もしくは種：
バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス、フラボニフラクター、ディエルマ、アリスティペス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、およびフンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する有効応答を予測する工程；または
以下の属もしくは種：
ラクトバチルス、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、およびクレブシエラ
のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する非有効応答を予測する工程。
[本発明1082]
バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、有効応答が予測される、本発明1081の方法。
[本発明1083]
ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、およびプレボテラ・シャヒイのうちの1つまたは複数が検出されたとき、非有効応答が予測される、本発明1081の方法。
[本発明1084]
対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、ブチリシモナス・ファエシホミニス、アリスティペス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター、パラサテレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法。
[本発明1085]
対象が、がんと診断されたことがある、本発明1084の方法。
[本発明1086]
がんが、皮膚がんである、本発明1078～1083または1085のいずれかの方法。
[本発明1087]
がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、本発明1086の方法。
[本発明1088]
がんが、黒色腫である、本発明1078～1083または1085のいずれかの方法。
[本発明1089]
黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、本発明1088の方法。
[本発明1090]
黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、本発明1089の方法。
[本発明1091]
対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、本発明1084～1090のいずれかの方法。
[本発明1092]
非毒性または有効な応答を有すると予測される対象を、併用免疫チェックポイント遮断療法で処置する工程を更に含む、本発明1078～1083または1086～1091のいずれかの方法。
[本発明1093]
毒性または非有効な応答を有すると予測される対象を、以下の属または種：
フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物で処置する工程を更に含む、本発明1078～1083または1086～1092のいずれかの方法。
[本発明1094]
前記組成物が、以下の属または種：
フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、本発明1093の方法。
[本発明1095]
（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、本発明1093または1094の方法。
[本発明1096]
少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を含む、本発明1078～1095のいずれかの方法。
[本発明1097]
少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、本発明1096の方法。
[本発明1098]
（i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、本発明1095または1096の方法。
[本発明1099]
対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、本発明1078～1098のいずれかの方法。
[本発明1100]
対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、本発明1099の方法。
[本発明1101]
患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、本発明1099または1100の方法。
[本発明1102]
以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、本発明1078～1101のいずれかの方法。
[本発明1103]
以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、本発明1102の方法。
[本発明1104]
がんが、再発性である、本発明1078～1103のいずれかの方法。
[本発明1105]
（i）および／または（ii）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体または抗CTLA-4モノクローナル抗体である、本発明1095～1104のいずれかの方法。
[本発明1106]
（i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、本発明1105の方法。
[本発明1107]
（ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、本発明1105または1106の方法。
[本発明1108]
対象が、以前に単剤または併用の免疫チェックポイント遮断療法による処置を受けたことがない、本発明1078～1102のいずれかの方法。
[本発明1109]
前記サンプルが、糞便サンプルまたは頬サンプルである、本発明1078～1108のいずれかの方法。
[本発明1110]
検出が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、本発明1078～1109のいずれかの方法。
[本発明1111]
以下の属または種：
フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物。
[本発明1112]
以下の属または種：
フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物。
[本発明1113]
以下の属または種：
フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物。
[本発明1114]
以下の属または種：
フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
のうちの2つまたはそれ以上に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物。
[本発明1115]
細菌の集団がそれぞれ、少なくとも1×10 ³ CFUの濃度で組成物中に存在する、本発明1111～1114のいずれかの組成物。
[本発明1116]
生存細菌製品である、本発明1113または1115の組成物。
[本発明1117]
前記細菌が、凍結乾燥、フリーズドライ、または冷凍される、本発明1111～1116のいずれかの組成物。
[本発明1118]
経口送達用に製剤化される、本発明1111～1117のいずれかの組成物。
[本発明1119]
経口送達用に製剤化された組成物が、錠剤またはカプセルである、本発明1118の組成物。
[本発明1120]
錠剤またはカプセルが、耐酸性の腸溶性コーティングを含む、本発明1119の組成物。
[本発明1121]
細菌の少なくとも1つの単離もしくは精製された集団、または細菌の少なくとも2つの単離もしくは精製された集団を含む組成物が、大腸内視鏡、経鼻胃管によるS状結腸鏡、または浣腸を介する直腸投与用に製剤化される、本発明1111～1116のいずれかの組成物。
[本発明1122]
液剤、懸濁剤、ゲル剤、ゲルタブ剤、半固形剤、錠剤、サシェ剤、ロゼンジ剤、カプセル剤を含むものとして、または経腸製剤として、最終的な送達のために再構築することができる、本発明1111～1116のいずれかの組成物。
[本発明1123]
複数回投与用に製剤化される、本発明1111～1122のいずれかの組成物。
[本発明1124]
薬学的に許容される賦形剤を更に含む、本発明1111～1123のいずれかの組成物。
[本発明1125]
細菌の精製された集団が、少なくとも2つの属または種からの細菌を含み、かつ、該2つの細菌の比が1：1である、本発明1111～1124のいずれかの組成物。
[本発明1126]
少なくとも2つの異なる種または属の細菌を含む、本発明1111～1125のいずれかの組成物。
[本発明1127]
対象への投与後に少なくとも5であるアルファ多様性を提供する、本発明1111～1126のいずれかの組成物。

Claims (127)

1. （a）以下の属または種：
   フラボニフラクター（Flavonifractor）、ディエルマ（Dielma）、アッケルマンシア（Akkermansia）、アリスティペス（Alistipes）、バクテロイデス（Bacteroides）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ（Tyzzerella）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Parabacteroides distasonis）、フルニエレラ（Fournierella）、フルニエレラ・マシリエンシス（Fournierella massiliensis）、エイセンベルギエラ・タイ（Eisenbergiella tayi）、ティシエレラ目（Tissierellales）、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム（Hungateiclostridium thermocellum）、ドレア・ホルミシゲネランス（Dorea formicigenerans）、カロラマター・クールハアシ（Caloramator coolhaasi）、ムリコメス（Muricomes）、ゲオスポロバクター（Geosporobacter）、プレボテラ・パルジビベンス（Prevotella paludivivens）、ラクトバチルス・セカリフィルス（Lactobacillus secaliphilus）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Bacteroides finegoldii）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Lactobacillus johnsonii）、パラペドバクター・コンポスティ（Parapedobacter composti）、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス（Anaerotignum lactatifermentans）
   のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物を対象に投与する工程；ならびに
   （b）（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程
   を含む、対象におけるがんを処置する方法。
2. 前記組成物が、以下の属または種：
   フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス（Bacteroides stercoris）、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス（Bacteroides coprophilus）、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
   のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、請求項1記載の方法。
3. 前記組成物が、アッケルマンシア属に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、請求項2記載の方法。
4. 前記組成物が、以下の属または種：
   バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バンピロビブリオ（Vampirovibrio）、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ（Muricomes intestini）、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス（Geosporobacter subterraneus）、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
   のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、請求項1記載の方法。
5. がんが、皮膚がんである、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
6. がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
7. がんが、黒色腫である、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
8. 黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、請求項7記載の方法。
9. 黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、請求項8記載の方法。
10. 少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む、請求項1～9のいずれか一項記載の方法。
11. 少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、請求項10記載の方法。
12. （i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、請求項1～11のいずれか一項記載の方法。
13. がん性腫瘍を有すると診断された対象におけるがんを処置する方法として定義される、請求項1～12のいずれか一項記載の方法。
14. 1つまたは複数の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む、請求項1～13のいずれか一項記載の方法。
15. 1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防する工程を含むかまたは更に含む、請求項1～14のいずれか一項記載の方法。
16. 有害事象または重度の有害事象が、免疫関連有害事象として更に分類される、請求項14または15記載の方法。
17. 対象が、腸内マイクロバイオームにおいて好ましくない微生物プロファイルを有すると判定されたことがある、請求項1～16のいずれか一項記載の方法。
18. 好ましくないプロファイルが、以下の属：
    バクテロイデス、ディアリスター（Dialister）、コプロバクター（Coprobacter）、インテスチニバクター（Intestinibacter）、およびパラサテレラ（Parasutterella）
    のうちの1つまたは1つもしくは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、請求項17記載の方法。
19. 好ましくないプロファイルが、バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ（Bacteroides caccae）、バクテロイデス・インテスチナリス（Bacteroides intestinalis）、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ（Intestinibacter bartletti）、パラサテレラ・セクンダ（Parasutterella secunda）、およびディアリスター・プロピオニシファシエンス（Dialister propionicifaciens）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、請求項18記載の方法。
20. 好ましくないプロファイルが、毒性関連プロファイルとして更に定義される、請求項18または19記載の方法。
21. 好ましくないプロファイルが、以下の属：
    ラクトバチルス（Lactobacillus）、バクテロイデス（Bacteroides）、プレボテラ（Prevotella）、シトロバクター（Citrobacter）、クロストリジウム（Clostridium）、フンガテイクロストリジウム（Hungateiclostridium）、ユーバクテリウム（Eubacterium）、ハフニア科（Hafniaceae）、エンテロバクター（Enterobacter）、ハフニア（Hafnia）、ロゼブリア（Roseburia）、ワイセラ(Weissella)、バチルス綱（Bacilli）、ラクトバチルス目（Lactobacillales）、およびクレブシエラ（Klebsiella）
    のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、請求項17記載の方法。
22. 好ましくないプロファイルが、ラクトバチルス・ロゴサエ（Lactobacillus rogosae）、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ（Prevotella copri）、プレボテラ・シャヒイ（Prevotella shahii）、クロストリジウム・ハイレモナエ（Clostridium hylemonae）、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ（Hungateiclostridium aldrichii）、シトロバクター・ロデンチウム（Citrobacter rodentium）、ユーバクテリウム・スルシ（Eubacterium sulci）、シトロバクター・フレウンジイ（Citrobacter freundii）、ユーバクテリウム・ハリイ（Eubacterium halii）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）、ロゼブリア・ホミニス（Roseburia hominis）、ワイセラ・パラメセンテロイデス（Weissella paramesenteroides）、およびクレブシエラ・アエロゲネス（Klebsiella aerogenes）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、請求項21記載の方法。
23. 好ましくないプロファイルが、非応答者プロファイルとして更に定義される、請求項21または22記載の方法。
24. 対象が、対象からのサンプル中のマイクロバイオームを分析することにより、好ましくない微生物プロファイルを含むと判定された対象である、請求項17～23のいずれか一項記載の方法。
25. サンプルが、糞便サンプルである、請求項24記載の方法。
26. 分析が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、請求項24または25記載の方法。
27. 対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、請求項1～26のいずれか一項記載の方法。
28. 対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、請求項27記載の方法。
29. 患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、請求項27または28記載の方法。
30. 以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、請求項27～29のいずれか一項記載の方法。
31. 以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、請求項30記載の方法。
32. がんが、再発性である、請求項1～31のいずれか一項記載の方法。
33. （i）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体である、および／または（ii）の阻害物質が、抗CTLA-4モノクローナル抗体である、請求項1～32のいずれか一項記載の方法。
34. （i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、請求項33記載の方法。
35. （ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、請求項33または34記載の方法。
36. 対象が、（i）および（ii）における処置の前にまたは同時に、細菌の単離された集団で処置される、請求項1～35のいずれか一項記載の方法。
37. 細菌の精製された集団が、少なくとも2つの属または種からの細菌を含み、かつ、該2つの細菌の比が1：1である、請求項1～36のいずれか一項記載の方法。
38. 前記組成物が、少なくとも2つの異なる種もしくは属の細菌または属の細菌を含む、請求項1～37のいずれか一項記載の方法。
39. 前記組成物が、対象への投与後に少なくとも5であるアルファ多様性を提供する、請求項1～38のいずれか一項記載の方法。
40. 対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、請求項1～39のいずれか一項記載の方法。
41. がんが、ステージIIIまたはIVのがんを含む、請求項1～40のいずれか一項記載の方法。
42. 抗生物質の投与を更に含む、請求項1～41のいずれか一項記載の方法。
43. 抗生物質が、細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物の前または同時に投与される、請求項42記載の方法。
44. 腸内マイクロバイオームにおいて好ましい微生物プロファイルを有すると判定された対象に、（i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせを投与する工程を含む、対象におけるがんを処置する方法。
45. がんが、皮膚がんである、請求項44記載の方法。
46. がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、請求項44記載の方法。
47. がんが、黒色腫である、請求項44記載の方法。
48. 黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、請求項47記載の方法。
49. 黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、請求項48記載の方法。
50. 少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む、請求項44～49のいずれか一項記載の方法。
51. 少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、請求項50記載の方法。
52. （i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、請求項44～51のいずれか一項記載の方法。
53. がん性腫瘍を有する対象におけるがんを処置する方法として定義される、請求項44～52のいずれか一項記載の方法。
54. がんの処置が、1つまたは複数の有害事象を低減または予防する工程を含む、請求項44～53のいずれか一項記載の方法。
55. がんの処置が、1つまたは複数の重度の有害事象を低減または予防する工程を含む、請求項44～53のいずれか一項記載の方法。
56. 有害事象または重度の有害事象が、免疫関連有害事象として更に分類される、請求項54または55記載の方法。
57. 好ましいプロファイルが、以下の属または種：
    バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
    のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、請求項44～56のいずれか一項記載の方法。
58. 好ましいプロファイルが、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、およびタイゼレラのうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、請求項57記載の方法。
59. 好ましいプロファイルが、非毒性プロファイルとして更に定義される、請求項57または58記載の方法。
60. 好ましいプロファイルが、以下の属または種：
    フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
    のうちの1つまたは複数に属する細菌を含む細菌の集団を含む、請求項44～56のいずれか一項記載の方法。
61. 好ましいプロファイルが、バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス（Butyricimonas faecihominis）、フラボニフラクター・プラウチイ（Flavonifractor plautii）、ディエルマ・ファスチジオサ（Dielma fastidiosa）、アリスティペス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラ（Akkermansia muciniphila）のうちの1つまたは複数を含む細菌の集団を含む、請求項60に記載の方法。
62. 好ましいプロファイルが、有効なプロファイルとして更に定義される、請求項60または61記載の方法。
63. 対象が、対象からのサンプル中のマイクロバイオームを分析することにより、好ましい微生物プロファイルを含むと判定された対象である、請求項44～62のいずれか一項記載の方法。
64. 前記サンプルが、糞便サンプルまたは頬サンプルである、請求項63記載の方法。
65. 分析が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、請求項63または64記載の方法。
66. 対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、請求項44～65のいずれか一項記載の方法。
67. 対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、請求項66記載の方法。
68. 患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、請求項66または67記載の方法。
69. 以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、請求項66～68のいずれか一項記載の方法。
70. 以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、請求項69記載の方法。
71. がんが、再発性である、請求項44～70のいずれか一項記載の方法。
72. （i）および／または（ii）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体または抗CTLA-4モノクローナル抗体である、請求項44～71のいずれか一項記載の方法。
73. （i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、請求項72記載の方法。
74. （ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、請求項72または73記載の方法。
75. 対象が、以前に単剤または併用の免疫チェックポイント遮断療法による処置を受けたことがない、請求項44～62のいずれか一項記載の方法。
76. 対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、請求項44～75のいずれか一項記載の方法。
77. がんが、ステージIIIまたはIVのがんを含む、請求項44～76のいずれか一項記載の方法。
78. がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、以下を含む方法：
    （a）対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
    （b）以下の属：
    バクテロイデス、ディアリスター、コプロバクター、インテスチニバクター、およびパラサテレラ
    のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する毒性応答を予測する工程；または
    （c）以下の属もしくは種：
    バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、アナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
    のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する非毒性応答を予測する工程。
79. バクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、パラサテレラ・セクンダ、およびディアリスター・プロピオニシファシエンスのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、毒性応答が予測される、請求項78記載の方法。
80. バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、およびタイゼレラのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、非毒性応答が予測される、請求項78記載の方法。
81. がんを有する対象における併用免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を予測する方法であって、以下を含む方法：
    対象から得られたサンプル中の微生物プロファイルを検出する工程；
    以下の属もしくは種：
    バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス、フラボニフラクター、ディエルマ、アリスティペス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、およびフンガテイクロストリジウム・サーモセラム
    のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する有効応答を予測する工程；または
    以下の属もしくは種：
    ラクトバチルス、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、ラクトバチルス・ロゴサエ、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、およびクレブシエラ
    のうちの1つもしくは複数の細菌が、対象からのサンプル中で検出されたとき、該療法に対する非有効応答を予測する工程。
82. バクテロイデス・ステルコリス、ブチリシモナス・ファエシホミニス、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、アリスティペス、およびアッケルマンシア・ムシニフィラのうちの1つまたは複数が、対象からのサンプル中で検出されたとき、有効応答が予測される、請求項81記載の方法。
83. ラクトバチルス・ロゴサエ、バクテロイデス・フラジリス、プレボテラ・コプリ、およびプレボテラ・シャヒイのうちの1つまたは複数が検出されたとき、非有効応答が予測される、請求項81記載の方法。
84. 対象におけるバクテロイデス・ステルコリス、バクテロイデス・カッカエ、バクテロイデス・インテスチナリス、ディアリスター、バクテロイデス・フラジリス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、フラボニフラクター・プラウチイ、ディエルマ・ファスチジオサ、ブチリシモナス・ファエシホミニス、アリスティペス、アッケルマンシア・ムシニフィラ、ラクトバチルス・ロゴサエ、プレボテラ・コプリ、プレボテラ・シャヒイ、シトロバクター、クロストリジウム・ハイレモナエ、フンガテイクロストリジウム・アルドリチイ、シトロバクター・ロデンチウム、ユーバクテリウム・スルシ、ハフニア科、シトロバクター・フレウンジイ、ユーバクテリウム・ハリイ、エンテロバクター・クロアカ、ハフニア・アルベイ、ハフニア、ロゼブリア・ホミニス、ワイセラ・パラメセンテロイデス、エンテロバクター、バチルス綱、ラクトバチルス目、クレブシエラ・アエロゲネス、クレブシエラ、コプロバクター、インテスチニバクター・バルトレッティ、インテスチニバクター、パラサテレラ・セクンダ、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ムリコメス・インテスチニ、ゲオスポロバクター、ゲオスポロバクター・サブテラネウス、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンスのうちの1つまたは複数を検出する工程を含む方法。
85. 対象が、がんと診断されたことがある、請求項84記載の方法。
86. がんが、皮膚がんである、請求項78～83または85のいずれか一項記載の方法。
87. がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮細胞皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞付属器癌、乳房パジェット病、非定型的線維黄色腫、平滑筋肉腫、または血管肉腫である、請求項86記載の方法。
88. がんが、黒色腫である、請求項78～83または85のいずれか一項記載の方法。
89. 黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子由来黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚黒色腫、または線維形成性黒色腫である、請求項88記載の方法。
90. 黒色腫が、皮膚黒色腫を含む、請求項89記載の方法。
91. 対象が、ステージIIIまたはIVのがんと診断されたことがある、請求項84～90のいずれか一項記載の方法。
92. 非毒性または有効な応答を有すると予測される対象を、併用免疫チェックポイント遮断療法で処置する工程を更に含む、請求項78～83または86～91のいずれか一項記載の方法。
93. 毒性または非有効な応答を有すると予測される対象を、以下の属または種：
    フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
    のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物で処置する工程を更に含む、請求項78～83または86～92のいずれか一項記載の方法。
94. 前記組成物が、以下の属または種：
    フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
    のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む、請求項93記載の方法。
95. （i）PD-1、PDL1、またはPDL2の阻害物質と、（ii）CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質との組み合わせで対象を処置する工程を更に含む、請求項93または94記載の方法。
96. 少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を含む、請求項78～95のいずれか一項記載の方法。
97. 少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害物質療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、請求項96記載の方法。
98. （i）の阻害物質、（ii）の阻害物質、および／または少なくとも1つの追加の抗がん処置が、腫瘍内、動脈内、静脈内、血管内、胸膜内、腹腔内、気管内、髄腔内、筋肉内、内視鏡的、病巣内、経皮的、皮下的、局所的、定位的、経口的に、または直接注射もしくは灌流により施される、請求項95または96記載の方法。
99. 対象が、以前にがんの処置を受けたことがある、請求項78～98のいずれか一項記載の方法。
100. 対象が、以前の処置に対して非応答者であると判定されたことがある、請求項99記載の方法。
101. 患者が、以前の処置に対して毒性応答を有すると判定されたことがある、請求項99または100記載の方法。
102. 以前の処置が、免疫チェックポイント遮断単剤療法または併用療法を含む、請求項78～101のいずれか一項記載の方法。
103. 以前の処置が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、またはB7-2の阻害物質のうちの1つのみを含む免疫チェックポイント遮断単剤療法を含む、請求項102記載の方法。
104. がんが、再発性である、請求項78～103のいずれか一項記載の方法。
105. （i）および／または（ii）の阻害物質が、抗PD-1モノクローナル抗体または抗CTLA-4モノクローナル抗体である、請求項95～104のいずれか一項記載の方法。
106. （i）が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブを含む、請求項105記載の方法。
107. （ii）が、イピリムマブまたはトレメリムマブを含む、請求項105または106記載の方法。
108. 対象が、以前に単剤または併用の免疫チェックポイント遮断療法による処置を受けたことがない、請求項78～102のいずれか一項記載の方法。
109. 前記サンプルが、糞便サンプルまたは頬サンプルである、請求項78～108のいずれか一項記載の方法。
110. 検出が、16Sリボソームシーケンシングおよび／またはメタゲノミクス全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、請求項78～109のいずれか一項記載の方法。
111. 以下の属または種：
     フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
     のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物。
112. 以下の属または種：
     フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
     のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも1つの単離または精製された集団を含む組成物。
113. 以下の属または種：
     フラボニフラクター、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス、ブチリシモナス、バンピロビブリオ、タイゼレラ、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム、ドレア・ホルミシゲネランス、カロラマター・クールハアシ、ムリコメス、ゲオスポロバクター、プレボテラ・パルジビベンス、ラクトバチルス・セカリフィルス、バクテロイデス・フィネゴルジイ、ラクトバチルス・ジョンソニイ、パラペドバクター・コンポスティ、およびアナエロチグナム・ラクタチフェルメンタンス
     のうちの1つまたは複数に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物。
114. 以下の属または種：
     フラボニフラクター、バクテロイデス、ブチリシモナス、ディエルマ、アッケルマンシア、アリスティペス、バクテロイデス・ステルコリス、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フルニエレラ、フルニエレラ・マシリエンシス、バクテロイデス・コプロフィルス、エイセンベルギエラ・タイ、ティシエレラ目、フンガテイクロストリジウム・サーモセラム
     のうちの2つまたはそれ以上に属する細菌の少なくとも2つの単離または精製された集団を含む組成物。
115. 細菌の集団がそれぞれ、少なくとも1×10³CFUの濃度で組成物中に存在する、請求項111～114のいずれか一項記載の組成物。
116. 生存細菌製品である、請求項113または115記載の組成物。
117. 前記細菌が、凍結乾燥、フリーズドライ、または冷凍される、請求項111～116のいずれか一項記載の組成物。
118. 経口送達用に製剤化される、請求項111～117のいずれか一項記載の組成物。
119. 経口送達用に製剤化された組成物が、錠剤またはカプセルである、請求項118記載の組成物。
120. 錠剤またはカプセルが、耐酸性の腸溶性コーティングを含む、請求項119記載の組成物。
121. 細菌の少なくとも1つの単離もしくは精製された集団、または細菌の少なくとも2つの単離もしくは精製された集団を含む組成物が、大腸内視鏡、経鼻胃管によるS状結腸鏡、または浣腸を介する直腸投与用に製剤化される、請求項111～116のいずれか一項記載の組成物。
122. 液剤、懸濁剤、ゲル剤、ゲルタブ剤、半固形剤、錠剤、サシェ剤、ロゼンジ剤、カプセル剤を含むものとして、または経腸製剤として、最終的な送達のために再構築することができる、請求項111～116のいずれか一項記載の組成物。
123. 複数回投与用に製剤化される、請求項111～122のいずれか一項記載の組成物。
124. 薬学的に許容される賦形剤を更に含む、請求項111～123のいずれか一項記載の組成物。
125. 細菌の精製された集団が、少なくとも2つの属または種からの細菌を含み、かつ、該2つの細菌の比が1：1である、請求項111～124のいずれか一項記載の組成物。
126. 少なくとも2つの異なる種または属の細菌を含む、請求項111～125のいずれか一項記載の組成物。
127. 対象への投与後に少なくとも5であるアルファ多様性を提供する、請求項111～126のいずれか一項記載の組成物。

Images