JP2022512591A - 原発性免疫不全症、シスチン症、及びウィルソン病に関する新生児スクリーニング - Google Patents
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Abstract
原発性免疫不全症、シスチン症、及びウィルソン病の新生児スクリーニングを記載する。新生児スクリーニングでは、出生時にすでに慣用的に収集されている乾燥血液スポットからこれらの障害を検出し得る。これらの障害を早期に検出することで、患者の転帰が大幅に改善される。これらの障害の早期発見では、一旦症状が現れれば、それぞれが致命的となる可能性があるため、患者の転帰が大幅に改善される。
Description
関連出願への相互参照
本出願は、本明細書に完全に記載されているかのようにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１８年１０月５日に出願された米国仮特許出願第６２／７４２，１６１号の優先権を主張する。
本出願は、本明細書に完全に記載されているかのようにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１８年１０月５日に出願された米国仮特許出願第６２／７４２，１６１号の優先権を主張する。
連邦政府が後援する研究または開発に関する声明
本発明は、全て国立衛生研究所によって授与された助成金番号１Ｒ２１ＨＤ０６９８９０－０１Ａ１、付与番号ＡＩ１０６７８４－０１Ａ１、及び助成金番号Ｒ０１ＡＩ１２３１３５の下で政府の支援を受けてなされた。政府は本発明において一定の権利を有する。
本発明は、全て国立衛生研究所によって授与された助成金番号１Ｒ２１ＨＤ０６９８９０－０１Ａ１、付与番号ＡＩ１０６７８４－０１Ａ１、及び助成金番号Ｒ０１ＡＩ１２３１３５の下で政府の支援を受けてなされた。政府は本発明において一定の権利を有する。
配列表に関する声明
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名前は２６９８４９０＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは１４６ＫＢで、２０１９年１０月１日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名前は２６９８４９０＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは１４６ＫＢで、２０１９年１０月１日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
開示の分野
現在の開示は、原発性免疫不全症、シスチン症、及びウィルソン病に関する新生児スクリーニングを提供している。新生児スクリーニングでは、出生時にすでに日常的に収集されている乾燥血液スポットからこれらの障害を検出し得る。これらの障害の早期発見では、一旦症状が現れれば、それぞれが致命的となる可能性があるため、患者の転帰が大幅に改善される。
現在の開示は、原発性免疫不全症、シスチン症、及びウィルソン病に関する新生児スクリーニングを提供している。新生児スクリーニングでは、出生時にすでに日常的に収集されている乾燥血液スポットからこれらの障害を検出し得る。これらの障害の早期発見では、一旦症状が現れれば、それぞれが致命的となる可能性があるため、患者の転帰が大幅に改善される。
本開示の背景
利用可能な効果的な治療を伴う多くの疾患が存在する。しかし、これらの病気の多くでは、一旦、症状が現れると、その疾患は既に致命的であるか、不可逆的な損傷をもたらしている。このような疾患の例としては、原発性免疫不全症（ＰＩＤＤ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）が挙げられる。
利用可能な効果的な治療を伴う多くの疾患が存在する。しかし、これらの病気の多くでは、一旦、症状が現れると、その疾患は既に致命的であるか、不可逆的な損傷をもたらしている。このような疾患の例としては、原発性免疫不全症（ＰＩＤＤ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）が挙げられる。
ＰＩＤＤとは、免疫系の欠如、障害、または機能不全を特徴とする、生命を脅かす遺伝性または遺伝性先天性疾患の群である。ＰＩＤＤの例としては、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及びＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）が挙げられる。
ＳＣＩＤとは、Ｔ細胞及びＢ細胞などの感染と戦う免疫細胞の発達及び機能に関与する異なる遺伝子の突然変異によって引き起こされるまれな障害の群である。ＳＣＩＤ患者は通常、人生の早い段階で重度の細菌、ウイルス、または真菌感染症に冒されており、肺の瘢痕、慢性下痢、及び成長障害に苦しんでいることが多い。乳児が造血幹細胞の移植、遺伝子治療、または酵素療法などの免疫回復治療を受けない限り、この状態は致命的であり、通常は生後１～２年以内である。
ＷＡＳとは、主に男性に影響を与える免疫不全であり、血小板の数及びサイズの減少に起因する、血小板を形成する能力の低下を特徴とする。この血小板の異常は、通常、誕生から存在し、あざができやすいこと、及び軽度の外傷に続いて出血が長引く症状発現にもつながり、これは、場合によっては生命を脅かす。ＷＡＳの個体は、感染症、自己免疫障害、及び特定の種類のがんを発症するリスクも高くなる。ＷＡＳ患者では、免疫グロブリン注入及び抗生物質を使用して感染を予防し得、重症の場合は、幹細胞移植が治癒をもたらし得る。別の代替治療法として遺伝子治療も検討されている。
ＸＬＡは、主に男性にも影響を与える遺伝性の免疫不全症である。ＸＬＡでは、身体は、細菌、ウイルス、その他の異物から防御するために必要な抗体を生成し得る。ＸＬＡの子供は、出生前に取得した母体の抗体によって保護されているため、通常、生後１～２か月は健康である。しかし、この時間の後、母体の抗体は体から排除され、罹患した子供は臓器の損傷につながる感染症を再発する。一旦その疾患が検出されれば、免疫グロブリン注入によって免疫系を強化するための標準的な治療法を提供し、抗生物質を投与して細菌感染と戦うことが可能になる。ただし、診断が下されるまでに、臓器の損傷がすでに発生している場合もある。
シスチン症は、アミノ酸シスチンが細胞に入るが、シスチノシンンと呼ばれるシスチン特異的輸送体の欠陥に起因して出ることができないまれな代謝障害である。シスチンの輸送に欠陥があるせいで、細胞は細胞内の細胞小器官であるリソソームの結晶にシスチンを蓄積し、早期の細胞死を引き起す。シスチン症は、腎臓、肝臓、目、筋肉、及び脳などの体内の臓器をゆっくりと破壊する。幼児期のシスチン症の子供は、出生時には正常に見えるが、生後９～１０か月までに、過度の喉の渇き及び排尿、ならびに成長障害などの症状が現れる。システアミンは、細胞からシスチンを除去することにより、シスチン症の進行を遅らせる処置である。ただし、システアミン治療を病気の進行の十分に早い段階で開始しない場合は、通常、腎移植が必要である。
ＷＤは、銅が肝臓、腎臓、及び脳などの重要な臓器に蓄積する銅輸送障害である。ＷＤの進行は遅く、臨床症状の範囲が広いので、ＷＤの診断は困難である。したがって、処置が利用可能であるという事実にもかかわらず、多くの患者は、診断時に依然として不可逆的な多臓器損傷を示している。
臨床症状が出現する前に診断を行うことができれば、上記の疾患のそれぞれの処置は有意に強化されるであろう。新生児スクリーニング（ＮＢＳ）は、米国で毎年生まれる４００万人の乳児を対象とした標準的な公的予防必須スクリーニング検査である。ＮＢＳでは通常、生後２４～４８時間に血液検査が行われる。スクリーニングでは、濾紙に付着した新生児のかかとからの数滴の血液を使用する。乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を含む紙は、検査が行われるまで保管してもよい。
ＮＢＳ評価を実施するために、ＤＢＳから乾燥血液のパンチを採取し、臨床検査を実施して、出生時には明らかではないが、後年の深刻な健康問題の原因となる障害を示す血液内の特定の物質（マーカーまたはバイオマーカーと呼ばれる）の有無を検出する。スクリーニングされる障害は状態ごとに異なるが、ほとんどの状態では、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症がスクリーニングされる。ＮＢＳは、患者の転帰を改善し、罹患した個体の長期的な障害を回避すると同時に、医療費を削減するのに非常に効果的であることが証明されている。
ＳＣＩＤは最近ＮＢＳパネルに追加された。ただし、ＳＣＩＤの現在の分子検査では、晩発性及び遅発性のアデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、ＺＡＰ７０欠損症、及びＭＨＣクラスＩＩ欠損症などのＳＣＩＤ様障害のある全ての患者を確実に特定することはできない。残念ながら、他の生命を脅かすが治療可能な「非ＳＣＩＤ」免疫不全症のほとんどについては、現在、広範囲にわたる費用効果の高い利用可能なスクリーニング方法はない。
スクリーニングするのに有益な多くの障害があるという１つの理由は、利用可能な検査が不足しているために、臨床検査では障害に関連するマーカーを確実に測定できなかったということである。これができない理由の１つは、この障害がマーカーの欠如または非常に低いレベルのマーカーに関連していることである。このシナリオでは、臨床的に関連する結果を隠す可能性のある、多くの検査技術に関連する「バックグラウンドノイズ」に起因して、マーカーの欠如を確実に検出することが難しい場合がある。
選択された反応モニタリング質量分析（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）と組み合わせたペプチド免疫親和性濃縮は、少量のマーカーの正確な定量を可能にする方法である。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの利用には、一般的に次のステップが含まれる：（ｉ）障害の有無を示すマーカーの選択；（ｉｉ）マーカーが存在する場合、マーカーを含む生物学的試料を酵素で処理して、生物学的試料中の全てのタンパク質をペプチドと呼ばれるより小さなフラグメントに消化すること；（ｉｉｉ）選択したマーカーに由来するペプチドの濃縮、ならびに（ｉｖ）質量分析計での目的の濃縮ペプチドの分析及び定量化。
最近、Ｊｕｎｇら（Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２０１７；１６：８６２－８７１）は、ＤＢＳ由来のＷＤに関連するタンパク質マーカーＡＴＰ７Ｂを定量化するためのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの使用について説明した。これは、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを使用して、保存されたＤＢＳから少量のマーカーを確実に検出できることを示した最初の実証であり、このアプローチを使用して、より幅広い障害パネルをスクリーニングする可能性が開かれた。
Ｊｕｎｇ及び同僚は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイでＤＢＳを使用して、ＷＤに罹患した個体と罹患していない個体を区別することの実現可能性を実証したが、そのようなアッセイの多くの態様は、診断される障害、各障害で利用可能なバイオマーカー、目的のペプチドを濃縮し得る分子実体を開発する能力、及び質量分析計での目的の各ペプチドの挙動に依存する。臨床症状が出現する前にＤＢＳを使用してＮＢＳパネルの障害を確実に検出し得るアッセイを実現するには、これら全ての態様及びその他の態様を慎重に検討し、実験する必要がある。
Ｊｕｎｇら（Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２０１７；１６：８６２－８７１）
本開示の要旨
現在の開示は、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）について新生児をスクリーニングするために使用され得る多重化アッセイの開発について説明している。このアッセイは、壊滅的でしばしば致命的な臨床症状が現れる前にこれらの障害を確実に診断することにより、影響を受けた個体の転帰を大幅に改善し得る。アッセイは、既存の新生児スクリーニング（ＮＢＳ）手順の一部としてすでに慣用的に収集されている乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を使用して、これらの障害に関連するマーカーの有無を検出し得る。
現在の開示は、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）について新生児をスクリーニングするために使用され得る多重化アッセイの開発について説明している。このアッセイは、壊滅的でしばしば致命的な臨床症状が現れる前にこれらの障害を確実に診断することにより、影響を受けた個体の転帰を大幅に改善し得る。アッセイは、既存の新生児スクリーニング（ＮＢＳ）手順の一部としてすでに慣用的に収集されている乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を使用して、これらの障害に関連するマーカーの有無を検出し得る。
本開示は、選択された反応モニタリング質量分析（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）と組み合わせたペプチド免疫親和性濃縮を使用して確実に検出及び定量化され得る、各障害に関連するペプチドを記載している。本開示はまた、ペプチドを濃縮するために使用され得る高親和性抗体、及びアッセイのスループットを増大させるためにペプチドをタグ付けする方法を提供する。
詳細な説明
利用可能な効果的な処置を伴う多くの疾患が存在する。しかし、これらの疾患の多くでは、一旦症状が出現すれば、その疾患はすでに致命的であるか、または不可逆的な損傷をもたらしている。このような疾患の例としては、原発性免疫不全症（ＰＩＤＤ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）が挙げられる。
利用可能な効果的な処置を伴う多くの疾患が存在する。しかし、これらの疾患の多くでは、一旦症状が出現すれば、その疾患はすでに致命的であるか、または不可逆的な損傷をもたらしている。このような疾患の例としては、原発性免疫不全症（ＰＩＤＤ）、シスチン症、及びウィルソン病（ＷＤ）が挙げられる。
ＰＩＤＤは、以下を含む、免疫応答の欠如または障害を特徴とする多様な先天性疾患のコレクションである：常染色体劣性ＣＤ３ε関連の重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ、ＯＭＩＭ＃６１５６１５）；Ｘ連鎖ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ、ＯＭＩＭ＃３０１０００）；及びＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ、ＯＭＩＭ＃３００７５５）。遺伝的及び臨床的に不均一であるが、これらの障害は、早期に検出及び治療されない限り、致命的な感染症につながる。ＰＩＤＤの早期発見は命を救うことができるが、残念ながら、ほとんどの罹患した乳児は、深刻な感染症を発症した後にのみ診断される。
ＳＣＩＤは、Ｔ細胞及びＢ細胞などの感染と戦う免疫細胞の発達及び機能に関与する異なる遺伝子の突然変異によって引き起こされる一群のまれな障害である。１ダースを超える遺伝子がＳＣＩＤに関係している。ほとんどの場合、ＳＣＩＤは常染色体劣性パターンで遺伝し、特定の遺伝子の両方のコピー（１つは母親から、もう１つは父親から継承）に欠陥が含まれている。常染色体劣性ＳＣＩＤの最もよく知られている形態は、乳児がＴ細胞の生存に必要なＡＤＡ酵素を欠いている、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症によって引き起こされる。Ｘ染色体上の遺伝子の突然変異によって引き起こされるＸ連鎖ＳＣＩＤは、主に男性に罹患する。このタイプのＳＣＩＤの少年は、異常に成長及び発達する白血球を有する。結果として、それらはＴ細胞とナチュラルキラー細胞の数が少なく、それらのＢ細胞は機能しない。ＳＣＩＤ患者は通常、人生の早い段階で重度の細菌、ウイルス、または真菌感染症に冒されており、肺の瘢痕、慢性下痢、及び成長障害に苦しんでいる場合が多い。乳児が造血幹細胞の移植、遺伝子治療、または酵素療法などの免疫回復治療を受けない限り、この状態は致命的であり、通常は生後１～２年以内である。
ＷＡＳは、血小板の数及びサイズの減少を特徴とする免疫不全症である。ＷＡＳは、ＷＡＳタンパク質（ＷＡＳｐ）を産生するＷＡＳ遺伝子の変異によって引き起こされ、Ｘ連鎖性血小板減少症及び重度の先天性好中球減少症という２つの他の障害を伴う疾患スペクトルの一部と見なされる場合が多い。これらの状態には、重複する兆候及び症状があり、同じ遺伝的原因がある。
ＷＡＳに関連する血小板の数及びサイズの減少は、血餅を形成する能力の低下をもたらす。これにより、あざができやすく、軽度の外傷に続いて出血が長引く症状発現につながり、これは、場合によっては生命を脅かすものである。ＷＡＳの個体はまた、感染症、自己免疫障害（例えば、湿疹）、及び特定のがん（リンパ腫など）に対する感受性も高くなる。一旦、診断されると、ＷＡＳの処置が利用可能になる。例示的な処置としては、免疫グロブリン注入、抗生物質、及び幹細胞移植が挙げられる。ＷＡＳの処置選択肢として遺伝子治療も検討されている。
ＸＬＡは、Ｂ細胞が正常に発達するのを妨げる遺伝性免疫不全症である。ＸＬＡは、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）と呼ばれる遺伝子の変異によって引き起こされる。ＸＬＡでは、細菌、ウイルス、その外来物質から防御するために必要な抗体を生成できなくなる。ＸＬＡの子供は、出生前に取得した母体の抗体によって保護されているため、通常、生後１～２か月は健康である。しかし、この時間の後、母体の抗体は体から排除され、罹患した子供は再発性感染症を発症する。再発性感染症は臓器の損傷につながる場合がある。一旦、診断されれば、ＸＬＡを処置するために抗体注入と抗生物質の形態での処置が利用可能である。
シスチン症は、アミノ酸シスチンが細胞に入るが、シスチノシンと呼ばれるシスチン特異的輸送体の欠陥に起因して出ることができない、まれな代謝障害である。シスチンの輸送に欠陥があるので、細胞は細胞内の細胞小器官であるリソソームの結晶にシスチンを蓄積し、早期の細胞死を引き起す。シスチノシン（ＣＴＮＳ）遺伝子または領域では９０を超える変異が報告されている。西洋の集団におけるシスチン症の異形の遺伝子の約半分は、ＣＴＮＳ遺伝子の一部から隣接するＳＨＰＫ及びＴＲＰＶ１（カプサイシン受容体）遺伝子の最初の部分を通じて広がる大きな染色体欠失によって引き起こされる。シスチン症は、腎臓、肝臓、目、筋肉、及び脳など、身体の臓器をゆっくりと破壊する。乳児のシスチン症の子供は、出生時には正常に見えるが、生後９～１０か月までに、過度の喉の渇き及び排尿、ならびに成長障害などの症状が現れる。早期に診断されれば、細胞からシスチンを除去することでシスチン症の進行を遅らせるシスチン枯渇剤であるシステアミンによる処置が可能である。十分に早期に診断されない場合、腎移植が必要とされる場合が多い。
ウィルソン病（ＷＤ）は、過剰な銅が適切に排除されず、肝臓、腎臓、及び脳などの重要な臓器に蓄積する、緩徐で進行性の銅輸送障害である。ＷＤは、ＡＴＰ７Ｂ遺伝子の遺伝的欠陥によって引き起こされる。ＷＤは、早期に診断及び治療されない場合、不可逆的な神経障害及び肝硬変を引き起す。残念ながら、ＷＤは進行が遅く、症状の臨床的範囲が広いため、依然として困難である。したがって、多くの患者は、診断時に不可逆的で、時には致命的な多臓器障害を依然として示している。十分に早期に診断された場合、利用可能な処置としては、Ｄ－ペニシラミン、トリエンチン、亜鉛塩が挙げられる。
臨床症状が出現する前に診断を行うことができれば、上記の疾患のそれぞれの処置は有意に増強されるであろう。新生児スクリーニング（ＮＢＳ）は、米国で毎年生まれる４００万人の乳児を対象とした標準的な公的予防必須スクリーニング検査である。ＮＢＳでは通常、生後２４～４８時間に血液検査を行う。スクリーニングでは、濾紙に付着した新生児のかかと由来の数滴の血液を使用する。乾燥血液スポット（ＤＢＳ）を含む紙は、検査が行われるまで保管してもよい。
ＮＢＳ評価を実施するために、乾燥血液のパンチをＤＢＳから採取して、出生時に明らかではないが後年、深刻な健康問題を引き起す障害を示す、血液内の特定の物質（マーカーまたはバイオマーカーと呼ばれる）の有無を検出するために臨床検査を行う。スクリーニングされる障害は状態ごとに異なるが、ほとんどの状態で、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症をスクリーニングする。ＮＢＳは、患者の転帰を改善し、罹患した個体の長期的な障害を回避すると同時に、医療費を削減するのに非常に効果的であることが証明されている。
濾紙上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）からのＴ細胞受容体切除サークル（ＴＲＥＣ）分析及びカッパ欠失エレメント組換えサークル（ＫＲＥＣ）スクリーニングが、ＳＣＩＤ及びいくつかのＸ連鎖または常染色体劣性無ガンマグロブリン血症について最近導入された。ただし、他のＰＩＤＤのＮＢＳ法は存在しない。
タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）は、１９９０年代に最初にＮＢＳに適用され、出生時に収集されたＤＢＳ試料からの複数の代謝物、したがっていくつかの疾患の迅速なスクリーニングへの道を開いた。Ｃｈａｃｅ Ｊ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．Ｗｉｌｅｙ－Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ；２００９；４４：１６３－１７０；Ｍｉｌｌｉｎｇｔｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｎｈｅｒｉｔ．Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓ．１９９０；１３：３２１－３２４；Ｓｗｅｅｔｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ．２００６；１１７：Ｓ３０８－Ｓ３１４；Ａｌｍａｎｎａｉ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｅｄｉａｔｒ．２０１６；２８：６９４－６９９；Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ；２００６．ｐｐ．１Ｓ－２５２Ｓ；Ｃｈａｃｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．１９９３；３９：６６－７１。トリプル四重極質量分析計で実行される選択された反応モニタリング質量分析（ＳＲＭ－ＭＳ）により、特定のバイオマーカーの正確で高スループットの分析的にロバストな定量がさらに可能になった。そのため、現在、世界中の臨床ＮＢＳ検査室での標準治療となっている。Ｃｈａｃｅ ＤＨ Ｊ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．Ｗｉｌｅｙ－Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ；２００９；４４：１６３－１７０；Ｃｈａｃｅ ＆ Ｋａｌａｓ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．２００５；３８：２９６－３０９．Ｄｏｔｔ ｅｔ ａｌ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｐａｒｔ Ａ．Ｗｉｌｅｙ Ｓｕｂｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｉｎｃ．，Ａ Ｗｉｌｅｙ Ｃｏｍｐａｎｙ；２００６；１４０：８３７－８４２。
ＭＳ／ＭＳは、特定の酵素欠損を伴う様々な先天性代謝異常を検出するために、濃縮された上流代謝産物の測定に依存している。これによって、蓄積された代謝物が存在しないか、または現在検証されていない、ＰＩＤＤなどの疾患への適用が除外される。このため、フローサイトメトリーまたはウエスタンブロッティングなどのタンパク質ベースのアッセイは、ＷＡＳ及びその軽度の表現型であるＸ連鎖血小板減少症（ＸＬＴ）などの疾患の第一選択の調査方法として使用されており、ほとんどの変異が存在しないかまたはタンパク質生成物を減少した。Ｑａｓｉｍ ｅｔ ａｌ．Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．２００１；１１３：８６１－８６５；Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ；２００４；１０４：４０１０－４０１９。これらのアプローチでは、患者からのインタクトな血液試料または細胞が利用可能である必要があり、資源の乏しい地域からの患者の集団ベースのスクリーニングまたは検査が不可能になる。
ＳＲＭ－ＭＳは、目的のタンパク質の化学量論的代理として、タンパク質分解的に生成されたシグネチャーペプチドを利用する。これは、次に、試料中のそのタンパク質を発現する特定の細胞型の数を推定するために使用され得る（すなわち、血中のＣＤ３＋Ｔ細胞の量を示すためのＣＤ３εの定量化）。各シグネチャーペプチドに対するＭＳの高い特異性は、その質量、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）分離時の保持時間、及び結果として生じる標的特異的フラグメンテーションパターンという３つの物理化学的特性によってもたらされる。Ｋｅｎｎｅｄｙ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１４；１１：１４９－１５５。これらの進歩にもかかわらず、１００～１０００ｎｇタンパク質／ｍＬの範囲の定量限界があり、血液または血漿などの複雑なマトリックスを使用すると、ＳＲＭ－ＭＳベースのアッセイによる少量の標的の正確な定量が不可能になる場合が多い。これにより、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡなどの多くのＰＩＤＤへの適用が制限され、細胞内でのみ発現する標的タンパク質がなくなるか、またはそのレベルが低下する。ｄｅ Ｓａｉｎｔ Ｂａｓｉｌｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ａｍａｒｉｃａｎ．Ｓｏｃｉｒｔｙ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ；２００４；１１４：１５１２－１５１７。
安定同位体標準及び抗ペプチド抗体による捕捉（Ｓｔａｂｌｅ Ｉｓｏｔｏｐｅ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ ａｎｄ Ｃａｐｔｕｒｅ ｂｙ Ａｎｔｉ－Ｐｅｐｔｉｄｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）（ＳＩＳＣＡＰＡ）とも呼ばれる、ＳＲＭ（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）と組み合わせたペプチド免疫親和性濃縮は、ＳＲＭ－ＭＳ分析の前に、抗ペプチド抗体を利用して複雑な生物学的試料から目的のペプチドを精製及び濃縮することにより、ＳＲＭ－ＭＳアッセイの感度を高める。Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ．２０１１；５３：２８１２；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；２０１０；９：１８４－１９６；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；２０１２；１１：Ｍ１１１．０１５３４７；Ｋｕｈｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００９；５５：１１０８－１１１７；Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２００４；３（２）：２３５－２４４。この追加のペプチド濃縮ステップは、ＳＲＭ－ＭＳと組み合わせて、検出限界を１ｍＬの血漿から低ｐｇタンパク質／ｍＬの範囲に下げ、これは、ＤＢＳなどの複雑なマトリックス中の非常に少量のタンパク質の正確な定量に適している。Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；２０１０；９：１８４－１９６；Ｈｏｏｆｎａｇｌｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００８；５４：１７９６－１８０４；Ｎｅｔｚｅｌ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２０１６；６２：２９７－２９９；Ｒａｚａｖｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏａｎａｌｙｓｉｓ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ；２０１６；８：１５９７－１６０９。
タンパク質分解的に消化されたヒト末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）溶解物中のＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、及びＢＴＫからシグネチャーペプチドを検出するＬＣ－ＭＳ／ＭＳの能力は、以前に実証されている。盲検の研究では、ペプチドレベルは正常な対照ＰＭＢＣで定量化されたが、罹患した患者では疾患特異的な方法ではほとんど検出不能であった。Ｋｅｒｆｏｏｔ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ． ２０１２；６：３９４－４０２。同じプロテオミクス法を適用して、ピリドキシン依存性発作の患者のＤＢＳにおけるα－アミノアジピン酸セミアルデヒドアンチキチン（α－ＡＡＳＡ）及びピペリデイン－６－カルボキシレート（Ｐ６Ｃ）のレベルの上昇を示し、ＮＢＳへのその適用の可能性を明らかにした。Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．２０１３；１１０：２３７－２４０。アッセイの感度と再現性を向上させるために、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭプラットフォームを利用して、ウィルソン病（ＷＤ）患者のＡＴＰ７Ｂタンパク質の代理ペプチドなどのＤＢＳ中の非常に少量のペプチドの定量を可能にした。その結果は、低ピコモル（ｐｍｏｌ）範囲のＡＴＰ７Ｂペプチドを検出し、ＷＤ患者と罹患していない個体との間を再現性よく区別するｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの能力を示した。Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１７，（上記）。
罹患していない個体から特定の疾患に冒された個体を区別するためにｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイにおいてＤＢＳを使用することの実現可能性は確立されているが、アッセイの多くの態様は、診断される障害、各障害に利用可能なバイオマーカー、目的のペプチドを濃縮し得る分子実体を開発する能力、及び質量分析計での目的の各ペプチドの挙動に依存する。臨床症状が出現する前にＤＢＳを使用してＮＢＳパネルの障害を確実に検出できる信頼性の高いアッセイを実現するには、これら全ての態様及びその他の態様を慎重に検討及び実験する必要がある。
本開示は、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）からＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及びＷＤを確実に診断するための多重ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ法を提供する。本明細書に開示される多重ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及びＷＤにおいて減少または欠如しているタンパク質のペプチドに対して生成された抗ペプチド抗体を利用し得る。
本開示の以下の態様を、ここでより詳細に説明する：（Ｉ）ＤＢＳの収集及び処理；（ＩＩ）ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及びウィルソン病のペプチドマーカー；（ＩＩＩ）ＤＢＳにおけるタンパク質の酵素的消化；（ＩＶ）ペプチドマーカーを濃縮するための抗体；（Ｖ）ペプチドの濃縮戦略；（ＶＩ）液体クロマトグラフィー（ＬＣ）；（ＶＩＩ）質量分析（ＭＳ）；（ＶＩＩＩ）キット；（ＩＸ）使用方法；（Ｘ）例示的な実施形態；ならびに（ＸＩ）実験例。
（Ｉ）ＤＢＳの収集及び処理。特定の実施形態では、本開示の方法で使用される試料は、ＤＢＳである。特定の実施形態では、対象由来の全血は、血液を濾紙カード上に置き、血液を乾燥させることによって調製され得る。
特定の実施形態では、対象由来の全血をＡＣＤ（酸性クエン酸塩デキストロース）チューブに収集してもよく、ＤＢＳは、５０～１００μＬ（例えば、７０μＬ）の血液／スポットを濾紙カード（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓａｖｅｒ（商標）９０３（登録商標）Ｃａｒｄ，Ｗｈａｔｍａｎ Ｉｎｃ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）上にピペッティングすることによって調製し、室温で乾燥させてもよい。特定の実施形態では、血液を濾紙カード上で一晩乾燥させる。ＤＢＳは、例えば、使用するまで－８０℃で密封されたビニール袋に保管してもよい。特定の実施形態では、ＤＢＳ丸ごとを本開示のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイで使用してもよい。特定の実施形態では、ＤＢＳ由来の１つ以上の３ｍｍのパンチを、本開示のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイで使用してもよい。
（ＩＩ）ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及びＷＤのためのペプチドマーカー。標的タンパク質由来の多くの理論的なタンパク質分解ペプチドがある。それらは、モノクローナル抗体産生の潜在的な候補となり得る。それにもかかわらず、ＭＳ／ＭＳによってそれらの特徴をスクリーニングした後、最良の潜在的な候補ペプチドを選択した。最高の感度及び特異性を有するこれらのシグネチャーペプチドを選択して、対応するモノクローナル抗体を開発し、臨床試料を使用して検証した。特定の実施形態では、ＳＲＭアッセイの感度及び特異性を最大化するために、複数のペプチド及び抗体を多重分析に含めてもよい。
典型的には、目的のタンパク質に固有であり、ＭＳ実験で一貫して観察される１つまたは２つのシグネチャープロテオティピックペプチドを、目的のタンパク質を化学量論的に表すために選択する。Ｍａｌｌｉｃｋ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２００７；２５：１２５－１３１。シグネチャーペプチドは、以前のＭＳ実験での検出、ＭＳで観察可能な可能性が最も高いペプチドを予測するための計算ツールの使用、またはその両方の組み合わせによって選択され得る。特定の実施形態では、中程度の疎水性を有する長さ８～２２のアミノ酸のトリプシンペプチドを選択してもよい。極めて親水性及び極めて疎水性のペプチドは、ＨＰＬＣでの保持時間の変動及び表面への損失に起因して、安定性が低下する可能性がある。特定の実施形態では、メチオニン残基（酸化）、Ｎ末端グルタミン（環化）、アスパラギンに続くグリシンまたはプロリン（脱アミド化の傾向がある）、及び二塩基性末端（例えば、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＲＫなどの隣接するリジンまたはアルギニン残基は、消化効率が変動する可能性がある）は望ましくない場合がある。Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ及びＰａｕｌｏｖｉｃｈ Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ｍｅｄ．２０１１；３１（３）：３８５－３９６。より短いペプチド及びプロリン残基を含むペプチドは、ＳＲＭのより良い標的となり得る。Ｌａｎｇｅ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００８；４：２２２。
特定の実施形態では、ペプチドは、ＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、ＢＴＫ、ＣＴＮＳ、ＳＨＰＫ及び／またはＡＴＰ７Ｂの一部を含む。特定の実施形態では、ペプチドは、配列番号１～２１を含む。
特定の実施形態では、本開示のペプチドとしては、以下が挙げられる：ＳＣＩＤ用のＣＤ３ε １９７；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２７４；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２８９；ＸＬＡ用のＢＴＫ ４０７；ＸＬＡ用のＢＴＫ ５４５；シスチン症用のＣＴＮＳ １１５；シスチン症用のＣＴＮＳ １２０；シスチン症用のＣＴＮＳ １９４；シスチン症用のＣＴＮＳ ３６０；シスチン症用のＳＨＰＫ ４４；シスチン症用のＳＨＰＫ ３６３；シスチン症用のＳＨＰＫ ３８８；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ２１４；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ３２５；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ４６６；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ５８９；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ６２１；ＷＤ用ＡＴＰ７Ｂ ８８７；ＷＤ用ＡＴＰ７Ｂ １０５６；及びＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ １０６１。特定の実施形態では、本開示の方法に有用なタンパク質分解的に生成されたシグネチャーペプチドとしては、図１のペプチド：ＣＤ３ε １９７（ＤＬＹＳＧＬＮＱＲ、配列番号１）；ＷＡＳｐ ２７４（ＡＧＩＳＥＡＱＬＴＤＡＥＴＳＫ、配列番号２）；ＷＡＳｐ ２８９（ＬＩＹＤＦＩＥＤＱＧＧＬＥＡＶＲ、配列番号３）；ＢＴＫ ４０７（ＥＬＧＴＧＱＦＧＶＶＫ、配列番号４）；ＢＴＫ ５４５（ＹＶＬＤＤＥＹＴＳＳＶＧＳＫ、配列番号５）；ＣＴＮＳ １１５（ＦＬＶＩＲ、配列番号６）；ＣＴＮＳ ３６０（ＲＰＧＹＤＱＬＮ（配列番号７）及びＫＲＰＧＹＤＱＬＮ（配列番号８））；ＳＨＰＫ ３６３（ＤＴＨＬＴＩＴＰＴＶＬＧＥＲ、配列番号９）；ＡＴＰ７Ｂ ３２５（ＶＳＬＰＤＧＡＥＧＳＧＴＤＨＲ、配列番号１０）；及びＡＴＰ７Ｂ １０５６（ＶＬＡＶＶＧＴＡＥＡＳＳＥＨＰＬＧＶＡＶＴＫ、配列番号１１）が挙げられる。特定の実施形態では、本開示の方法に有用な追加のペプチドとしては、表１の以下が挙げられる。
（ＩＩＩ）ＤＢＳにおけるタンパク質の酵素的消化。ＤＢＳのタンパク質を、タンパク質分解に供してペプチドを生成してもよく、これはＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳによる分析の前に免疫親和性精製によってさらに選択してもよい。タンパク質分解は、ペプシン、ａｒｇ－Ｃプロテイナーゼ、ａｓｐ－Ｎエンドペプチダーゼ、ＢＮＰＳ－スカトール、カスパーゼ１、カスパーゼ２、カスパーゼ３、カスパーゼ４、カスパーゼ５、カスパーゼ６、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、カスパーゼ１０、キモトリプシン、クロストリパイン（クロストリジオペプチダーゼＢ）、エンテロキナーゼ、Ｘａ因子、グルタミルエンドペプチダーゼ、グランザイムＢ、ｌｙｓＣ、プロリンエンドペプチダーゼ、プロテイナーゼＫ、ブドウ球菌ペプチダーゼＩ、サーモリシン、トロンビン及びトリプシンなどの部位特異的エンドプロテアーゼを使用して達成され得る。部位を特異的に切断する化学物質も使用してもよい。酵素及び／または化学物質の組み合わせを使用して、望ましい分析物を得てもよい。
特定の実施形態では、ＤＢＳ中のタンパク質は、トリプシンでペプチドに消化してもよい。トリプシンは、アルギニン及びリジン残基のＣ末端を独占的に切断し、生成されたペプチドの質量がほとんどの質量分析計の検出能力（最大２０００ｍ／ｚ）と適合していることと、理論的なトリプシン生成ペプチドのデータベースの生成に利用可能な効率的なアルゴリズムがあるという理由のため、ペプチドを生成するための好ましい選択となり得る。高い切断特異性、利用可能性、及びコストは、トリプシンの他の利点である。タンパク質をトリプシンで処理することによって形成されるペプチドは、トリプシンペプチドとして公知である。
（ＩＶ）ペプチドマーカーを濃縮するための抗体。抗体は、天然であるか、または部分的もしくは完全に合成的に産生されたかにかかわらず、免疫グロブリン遺伝子（複数可）、またはそのフラグメントによって実質的にコードされるポリペプチドリガンドを含む。抗体は、エピトープ（例えば、抗原）に特異的に（または選択的に）結合して認識する。抗体は、免疫グロブリン結合ドメインと相同または大部分が相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質を含み得る。抗体はモノクローナルまたはポリクローナルであってもよい。抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥなどの任意のヒトのクラスを含む任意の免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る。認識される免疫グロブリン遺伝子としては、カッパ及びラムダ軽鎖定常領域遺伝子、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン及びミュー重鎖定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。抗体の「Ｆｃ」部分は、１つ以上の重鎖定常領域ドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含むが、重鎖可変領域を含まない免疫グロブリン重鎖のその部分を指す。
インタクトな抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重鎖（Ｈ）鎖及び２つの軽鎖（Ｌ）鎖を含み得る。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨまたはＶＨと略される）及び重鎖定常領域から構成される。重鎖定常領域には、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３という３つのドメインが含まれる。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬまたはＶＬと略される）及び軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域には、１つのドメインＣＬが含まれる。ＶＨ及びＶＬ領域は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性の領域（フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域が点在する）にさらに細分化され得る。各ＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成され、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４で配置されている。重鎖及び軽鎖の可変領域には、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれている。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）及び古典的な補体系の第１の成分（Ｃｌｑ）を含む、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。
所定のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列境界は、以下によって記載されたものを含む、いくつかの周知のスキームのいずれかを使用して容易に決定され得る：Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（１９９１）”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，”５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（カバット（Ｋａｂａｔ）ナンバリングスキーム）；Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２７３：９２７－９４８（Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングスキーム）；Ｍａｃｃａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６２：７３２－７４５（コンタクト（Ｃｏｎｔａｃｔ）ナンバリングスキーム）；Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８６：９２６８－９２７２（ＡｂＭナンバリングスキーム）；Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ Ｐ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７（１）：５５－７７（ＩＭＧＴナンバリングスキーム）；ならびにＨｏｎｅｇｇｅｒ及びＰｌｕｃｋｔｈｕｎ（２００１）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３０９（３）：６５７－６７０（「Ａｈｏ」ナンバリングスキーム）。所定のＣＤＲまたはＦＲの境界は、識別に使用されるスキームによって異なる場合がある。例えば、Ｋａｂａｔスキームは構造アラインメントに基づいているが、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは構造情報に基づいている。ＫａｂａｔスキームとＣｈｏｔｈｉａスキームの両方のナンバリングは、最も一般的な抗体領域の配列の長さに基づいており、挿入は「３０ａ」などの挿入文字に対応し、一部の抗体では欠失が表示される。２つのスキームでは、特定の挿入及び欠失（「インデル」）を異なる位置に配置し、異なるナンバリングをする。接触スキームは、複雑な結晶構造の分析に基づいており、多くの点でＣｈｏｔｈｉａのナンバリングスキームと類似している。特定の実施形態では、本明細書に開示される抗体ＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔナンバリングによる。
抗体フラグメントは、完全長未満である抗体の任意の誘導体または部分を含む。特定の実施形態では、抗体フラグメントは、結合パートナーとしての全長抗体の特異的結合能力の少なくともかなりの部分を保持している。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆｖ、ｄｓＦｖダイアボディ、及びＦｄフラグメント、ならびに／または本明細書に記載のエピトープに特異的に結合する免疫グロブリンの任意の生物学的に有効なフラグメントが挙げられる。抗体または抗体フラグメントとしては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、合成抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ミニボディ、及び線状抗体の全部または一部が挙げられる。
一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）は、短いリンカーペプチドに接続された免疫グロブリンの重鎖及び軽鎖の可変領域の融合タンパク質である。Ｆｖフラグメントには、抗体の単一のアームのＶＬドメイン及びＶＨドメインが含まれる。Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬ及びＶＨは、別個の遺伝子によってコードされているが、それらは、例えば、組換え法を使用して、それらを単一のタンパク質鎖として作製することを可能にする合成リンカーによって結合されてもよく、ここでは、ＶＬ領域とＶＨ領域が対になって、一価分子（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ））を形成する。Ｆｖ及びｓｃＦｖに関する追加情報については、例えば、Ｂｉｒｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２（１９８８）４２３－４２６；Ｈｕｓｔｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５（１９８８）５８７９－５８８３；Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ），（１９９４）２６９－３１５；ＷＯ１９９３／１６１８５；米国特許第５，５７１，８９４号；及び米国特許第５，５８７，４５８号を参照のこと。
Ｆａｂフラグメントは、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１ドメインを含む一価の抗体フラグメントである。Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂフラグメントを含む２価フラグメントである。インビボ半減期が延長したＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２フラグメントの考察に関しては、米国特許第５，８６９，０４６号を参照のこと。ダイアボディには、二価であってもよい２つのエピトープ結合部位が含まれる。例えば、欧州特許第０４０４０９７号；ＷＯ１９９３／０１１６１；及びＨｏｌｌｉｇｅｒ， ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０（１９９３）６４４４－６４４８を参照のこと。二重親和性再標的化抗体（Ｄｕａｌ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｒｅｔａｒｇｅｔｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）（ＤＡＲＴ（商標）；ダイアボディフォーマットに基づくが、追加の安定化のためのＣ末端ジスルフィドブリッジを特徴とする（Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１７，４５４２－５１（２０１１））も使用してもよい。抗体フラグメントには単離されたＣＤＲも含まれ得る。抗体フラグメントのレビューについては、Ｈｕｄｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９（２００３）１２９－１３４を参照のこと。
抗体フラグメントは、任意の手段によって産生され得る。例えば、抗体フラグメントは、インタクトな抗体の断片化によって酵素的もしくは化学的に生成されてもよいし、または部分的な抗体配列をコードする遺伝子から組換え的に生成されてもよい。あるいは、抗体フラグメントは、全体的または部分的に合成的に産生され得る。抗体フラグメントは、一本鎖抗体フラグメントを含んでもよい。別の実施形態では、このフラグメントは、例えば、ジスルフィド結合によって一緒に連結されている複数の鎖を含んでもよい。このフラグメントはまた、多分子複合体を含んでもよい。機能的抗体フラグメントは、典型的には少なくとも５０アミノ酸を含み得、より典型的には少なくとも２００アミノ酸を含む。
特定の実施形態では、組換え免疫グロブリンを産生し得る。Ｃａｂｉｌｌｙ、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＱｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８６：１００２９－１００３３（１９８９）を参照のこと。
示されるように、特定の実施形態では、操作された抗体または抗原結合フラグメントの結合ドメインは、リンカーを介して結合され得る。リンカーは、操作された抗体の結合ドメインまたは抗原結合フラグメントの間の高次構造移動のための可塑性及び余地を提供し得るアミノ酸配列である。任意の適切なリンカーを使用してもよい。リンカーの例は、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．２０１３ Ｏｃｔ１５；６５（１０）：１３５７－１３６９に見出され得る。リンカーは、標的への所望の機能ドメインの提示に応じて、可塑性であっても、固定であっても、または半固定であってもよい。一般的に使用される柔軟なリンカーとしては、ＧＧＳＧＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号１４２）、ＧＧＳＧＧＧＳＧＳＧ（配列番号１４３）及びＧＧＳＧＧＧＳＧ（配列番号１４４）などのＧｌｙ－Ｓｅｒリンカーが挙げられる。追加の例はとしては以下が挙げられる：ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１４５）；ＧＧＧＳＧＧＧＳ（配列番号１４６）；及びＧＧＳＧＧＳ（配列番号１４７）。ＣＨ３単独またはＣＨ２ＣＨ３配列などの１つ以上の抗体ヒンジ領域及び／または免疫グロブリン重鎖定常領域を含むリンカーもまた使用してもよい。
いくつかの状況において、可塑性リンカーは、特定の使用に必要な結合ドメインの距離または配置を維持できない場合がある。これらの例では、固定または半固定のリンカーが役立つ場合がある。固定または半固定のリンカーの例としては、プロリンリッチリンカーが挙げられる。特定の実施形態では、プロリンリッチのリンカーは、偶然のみに基づいて予想されるよりも多くのプロリン残基を有するペプチド配列である。特定の実施形態では、プロリンリッチのリンカーは、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４８％、少なくとも５０％、または少なくとも５１％のプロリン残基を有するリンカーである。プロリンリッチのリンカーの特定の例としては、プロリンリッチな唾液タンパク質（ＰＲＰ）のフラグメントが挙げられる。
抗体が様々な翻訳後修飾を受け得ることも当業者によって理解されるであろう。これらの修飾の種類及び程度は、抗体の発現に使用される宿主細胞株及び培養条件に依存する場合が多い。このような修飾としては、グリコシル化、メチオニン酸化、ジケトピペラジン形成、アスパラギン酸異性化、及びアスパラギン脱アミド化の変化を含み得る。
モノクローナル抗体は、実質的に均質な抗体の集団から得られた抗体を含み、すなわち、集団を含む個々の抗体は、モノクローナル抗体の産生中に生じ得る可能性のあるバリアント（そのようなバリアントは一般的には少量で存在する）を除いて、同一であるか、及び／または同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対して向けられた異なる抗体を通常含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して向けられている。このタイプの抗体は、単一の抗体産生ハイブリドーマの娘細胞によって産生される。モノクローナル抗体は通常、結合する任意のエピトープに対して単一の結合親和性を示す。
修飾因子「モノクローナル」は、抗体の均一な集団から得られるものとしての抗体の特徴を示しており、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるべきではない。モノクローナル抗体は１種類の抗原のみを認識する。本明細書のモノクローナル抗体としては、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同であるが、鎖（複数可）の残りの部分は、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列、ならびにそのような抗体のフラグメントと同一または相同である、「キメラ」抗体（免疫グロブリン）が挙げられる。抗体を産生するための技術は、当該技術分野で周知であり、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ“Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｕｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８８；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ “Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９；Ｔｉｃｋｌｅ ｅｔ ａｌ．ＪＡＬＡ：Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｕｔｏｍａｔｉｏｎ．２００９；１４（５）：３０３－３０７；Ｂａｂｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９９６；９３：７８４３－７８４８；及び米国特許第５，６２７，０５２号に記載されている。
特定の実施形態では、「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強さを指す。特に明記しない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体及びペプチド）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（ＫＤ）または結合定数（ＫＡ）で表され得る。親和性は、当該技術分野で公知の一般的な方法によって測定され得る。
特定の実施形態では、「結合」とは、抗体の結合ドメインが、１０－８Ｍ以下の解離定数（ＫＤ）、特定の実施形態では１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ、特定の実施形態では１０－５Ｍ～１０－１０Ｍ、特定の実施形態では１０－５Ｍ～１０－７Ｍ、特定の実施形態では１０－８Ｍ～１０－１３Ｍ、または特定の実施形態では１０－９Ｍ～１０－１３Ｍという解離定数（ＫＤ）でその標的ペプチドと会合することを意味する。この用語はさらに、結合ドメインが、存在する他の生体分子に結合しないことを示すために使用されてもよい（例えば、それは、１０－４Ｍ以上、特定の実施形態では１０－４Ｍ～１Ｍという解離定数（ＫＤ）を有する他の生体分子に結合する。
特定の実施形態では、「結合」とは、抗体の結合ドメインが、１０７Ｍ－１以上の親和性定数（すなわち、会合定数、ＫＡ）、特定の実施形態では１０５Ｍ－１～１０１３Ｍ－１、特定の実施形態では１０５Ｍ－１～１０１０Ｍ－１、特定の実施形態では１０５Ｍ－１～１０８Ｍ－１、特定の実施形態では１０７Ｍ－１～１０１３Ｍ－１、または特定の実施形態では１０７Ｍ－１～１０８Ｍ－１という親和性定数でその標的ペプチドと会合することを意味する。この用語はさらに、結合ドメインが存在する他の生体分子に結合しないことを示すために使用されてもよい（例えば、それは、１０４Ｍ－１以下の会合定数（ＫＡ）、特定の実施形態では１０４Ｍ－１～１Ｍ－１の会合定数）で他の生体分子に結合する）。
本開示の抗体は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及びＷＤの診断のためのＳＲＭアッセイで検出された、本明細書に記載のペプチドの免疫親和性濃縮に使用してもよい。高親和性抗体の特定の実施形態としては、抗ＣＤ３ε １９７、抗ＷＡＳｐ ２７４、抗ＷＡＳｐ ２８９、抗ＢＴＫ ４０７、抗ＢＴＫ ５４５、抗ＣＴＮＳ １１５、抗ＣＴＮＳ １２０、抗ＣＴＮＳ １９４、抗ＣＴＮＳ １９４、抗ＣＴＮＳ ３６０、抗ＳＨＰＫ ４４、抗ＳＨＰＫ ３６３、抗ＳＨＰＫ ３８８、抗ＡＴＰ７Ｂ ２１４、抗ＡＴＰ７Ｂ ３２５、抗ＡＴＰ７Ｂ ４６６、抗ＡＴＰ７Ｂ ５８９、抗ＡＴＰ７Ｂ ６２１、抗ＡＴＰ７Ｂ ８８７、抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６、及び抗ＡＴＰ７Ｂ １０６１が挙げられる。
特定の実施形態において、例示的な抗体としては、表２に提示されるＣＤＲが挙げられる。
特定の実施形態では、例示的な抗体は、表３に提示される可変の重いドメイン及び可変の軽いドメインを含む。
特定の実施形態では、例示的な抗体のアミノ酸配列には、以下が含まれる：リーダー配列を有する抗ＣＤ３ε １９７重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号７９）；リーダー配列を有する抗ＣＤ３ε １９７軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号８１）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４重鎖アミノ酸配列（配列番号８３）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号８５）；リーダー配列を含まない抗ＷＡＳｐ ２７４重鎖アミノ酸配列（配列番号８６）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４軽鎖アミノ酸配列（配列番号８８）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号９０）；リーダー配列を含まない抗ＷＡＳｐ ２７４軽鎖アミノ酸配列（配列番号９１）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７重鎖アミノ酸配列（配列番号９３）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号９５）；リーダー配列を含まない抗ＢＴＫ ４０７重鎖アミノ酸配列（配列番号９６）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７軽鎖アミノ酸配列（配列番号９８）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１００）；リーダー配列を含まない抗ＢＴＫ ４０７軽鎖アミノ酸配列（配列番号１０１）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５重鎖アミノ酸配列（配列番号１０３）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１０５）；リーダー配列を含まない抗ＣＴＮＳ １１５重鎖アミノ酸配列（配列番号１０６）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５軽鎖アミノ酸配列（配列番号１０８）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１１０）；リーダー配列を含まない抗ＣＴＮＳ １１５軽鎖アミノ酸配列（配列番号１１１）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０重鎖アミノ酸配列（配列番号１１３）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１１５）；リーダー配列を含まない抗ＣＴＮＳ ３６０重鎖アミノ酸配列（配列番号１１６）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０軽鎖アミノ酸配列（配列番号１１８）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１２０）；リーダー配列を含まない抗ＣＴＮＳ ３６０軽鎖アミノ酸配列（配列番号１２１）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３重鎖アミノ酸配列（配列番号１２３）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１２５）；リーダー配列を含まない抗ＳＨＰＫ ３６３重鎖アミノ酸配列（配列番号１２６）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３軽鎖アミノ酸配列（配列番号１２８）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１３０）；リーダー配列を含まない抗ＳＨＰＫ ３６３軽鎖アミノ酸配列（配列番号１３１）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６重鎖アミノ酸配列（配列番号１３３）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６重鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１３５）；リーダー配列を含まない抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６重鎖アミノ酸配列（配列番号１３６）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６軽鎖アミノ酸配列（配列番号１３８）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６軽鎖可変ドメインアミノ酸配列（配列番号１４０）；及びリーダー配列を含まない抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６軽鎖アミノ酸配列（配列番号１４１）。
特定の実施形態では、例示的な抗体のコード配列には、以下が含まれる：リーダー配列を有する抗ＣＤ３ε １９７重鎖可変ドメインコード配列（配列番号７８）；リーダー配列を有する抗ＣＤ３ε １９７軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号８０）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４重鎖コード配列（ＥＢ０６０３－２Ｆ８－Ｈ２）（配列番号８２）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４重鎖可変ドメインコード配列（配列番号８４）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４軽鎖コード配列（ＥＢ０６０３－２Ｆ８－Ｋ２）（配列番号８７）；リーダー配列を有する抗ＷＡＳｐ ２７４軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号８９）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７重鎖コード配列（ＥＢ０６０２－１Ｇ５－Ｈ２）（配列番号９２）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７重鎖可変ドメインコード配列（配列番号９４）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７軽鎖コード配列（ＥＢ０６０２－１Ｇ５－Ｋ１）（配列番号９７）；リーダー配列を有する抗ＢＴＫ ４０７軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号９９）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５重鎖コード配列（ＥＢ０６０６－３Ｈ８－Ｈ５）（配列番号１０２）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５重鎖可変ドメインコード配列（配列番号１０４）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５軽鎖コード配列（ＥＢ０６０６－３Ｈ８－Ｋ７）（配列番号１０７）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ １１５軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号１０９）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０重鎖コード配列（ＥＢ０６０４－４Ｅ３－Ｈ４）（配列番号１１２）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０重鎖可変ドメインコード配列（配列番号１１４）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０軽鎖コード配列（ＥＢ０６０４－４Ｅ３－Ｋ１）（配列番号１１７）；リーダー配列を有する抗ＣＴＮＳ ３６０軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号１１９）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３重鎖コード配列（ＥＢ０６０５Ｂ－６Ｇ１２－Ｈ１）（配列番号１２２）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３重鎖可変ドメインコード配列（配列番号１２４）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３軽鎖コード配列（ＥＢ０６０５Ｂ－６Ｇ１２－Ｋ１）（配列番号１２７）；リーダー配列を有する抗ＳＨＰＫ ３６３軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号１２９）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６重鎖コード配列（ＥＢ０６０１－Ｈ３－１）（配列番号１３２）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６重鎖可変ドメインコード配列（配列番号１３４）；リーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６軽鎖コード配列（ＥＢ０６０１－Ｋ３－２）（配列番号１３７）；及びリーダー配列を有する抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６軽鎖可変ドメインコード配列（配列番号１３９）。
（Ｖ）ペプチドの濃縮（富化）戦略。ＳＲＭの前の所望のペプチド標的の濃縮は、当該技術分野で公知の任意の手段によって達成され得る。試料からの豊富なタンパク質種の免疫吸着ベースの枯渇、沈殿、クロマトグラフィー、電気泳動、溶媒分配、免疫沈降、免疫電気泳動、及び免疫クロマトグラフィーを含む、多くの濃縮手順が利用可能である。特定の実施形態では、試料の消化物からの個々のトリプシンペプチドの特異的抗体ベースの捕捉のためのＳＩＳＣＡＰＡ法を使用してもよい。Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００４；３：２３５－２４４；米国特許第７，６３２，６８６号。
特定の実施形態では、本明細書に開示される抗体などのペプチドマーカーに結合する抗体は、固体支持体に付着され得る。特定の実施形態は、抗体がクロマトグラフィー媒体に共有結合しているアフィニティーカラムを使用する。特定の実施形態では、ＰＯＲＯＳ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）ナノカラムを、ＳＩＳＣＡＰＡ濃縮で使用してもよく、高い結合能力、標的ペプチドの迅速な濃縮を可能にする比較的高濃度の抗体、及び様々な官能化基によってカラムを調製する能力を特徴とする。あるいは、抗体は、ビーズ、磁気ビーズ、または他の固体粒子に付着されてもよい。付着の１つの手段は、ビーズ上にコーティングされたタンパク質への抗体の結合である。例えば、プロテインＧでコーティングされた粒子は、好ましい方向で抗体の結合を提供する。ビーズを抗体で直接コーティングするなど、他の付着手段を使用してもよい。磁性粒子は、抗体への結合を可能にする多様な化学物質で利用し得る。粒子に付着した抗体で濃縮すると、試料の並列処理が可能になる。磁粉処理は、質量分析による分析のためにプレートで溶出するＳＩＳＣＡＰＡ濃縮ステップ用に９６ウェルプレートで自動化されている。他の特定の実施形態は、ナノフロークロマトグラフィーシステムに沿ってビーズ処理ステップを実行するために開発された新規のビーズトラップデバイスを使用する。Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２００９；８（５）：９９５－１００５。これにより、溶出ステップと分析ステップの間の容器へのペプチドの損失が最小限に抑えられる。ペプチド濃縮は、ピペットチップに抗ペプチド抗体を固定化することによっても実行され得る。Ｎｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．１９９５；６７（７）：１１５３－１１５８。遊離ペプチドから抗体結合ペプチドを分離した後、結合ペプチドを溶出し得る。任意の溶出手段を使用してもよい。効率的であることがわかっている１つの溶出手段は、５％酢酸／３％アセトニトリルである。特定のペプチドに効率的であるように、他の酸を含む他の溶出手段、及び他の濃度の酢酸を使用してもよい。
（ＶＩ）液体クロマトグラフィー（ＬＣ）。特定の実施形態では、１つ以上のＬＣ精製ステップを、ＳＲＭ－ＭＳの前に実行する。濃縮ペプチドの混合物（移動相）は、材料が充填されたカラム（固定相）を通過して、カラムの移動相と固定相に対する重量と親和性に基づいてペプチドを分離し得る。従来のＬＣ分析は、試料成分とカラム充填物質との間の化学的相互作用に依存しており、カラムを通過する試料の層流が、試験試料から目的の分析物を分離するための基礎である。当業者は、そのようなカラムでの分離が拡散プロセスであることを理解するであろう。試料のクロマトグラフィー分離にはさまざまなカラムパッキング材料が利用可能であり、適切な分離プロトコルの選択は、試料の特性、目的の分析物、存在する干渉物質及びその特性などに依存する経験的プロセスである。さまざまなパッキングケミストリーを、必要に応じて使用してもよい（例えば、精製される化合物の構造、極性、溶解性）。特定の実施形態では、カラムは、極性、イオン交換（カチオン及びアニオンの両方）、疎水性相互作用、フェニル、Ｃ－２、Ｃ－８、Ｃ－１８カラム、多孔質ポリマー上の極性コーティング、またはその他の市販されているものである。クロマトグラフィーの間、材料の分離は、溶離液（「移動相」としても知られる）の選択、勾配溶出の選択、及び勾配条件、温度などの変数の影響を受ける。特定の実施形態では、分析物は、目的の分析物がカラムパッキング材料によって可逆的に保持され、１つ以上の他の材料が保持されない条件下で、試料をカラムにアプライすることによって精製され得る。これらの実施形態では、目的の分析物がカラムによって保持される第１の移動相条件を使用してもよく、その後、保持されていない材料が一旦洗浄されれば、第２の移動相条件を使用して、保持された材料をカラムから除去してもよい。あるいは、分析物は、目的の分析物が１つ以上の他の材料と比較して異なる速度で溶出する、移動相条件下でカラムに試料をアプライすることによって精製され得る。上記のように、そのような手順は、試料の他の１つ以上の成分と比較して、目的の１つ以上の分析物の量を濃縮し得る。特定の実施形態では、ＬＣは、ナノフローＬＣ（ナノＬＣ）である。ナノフローＬＣ（ｎａｎｏＬＣ）では、クロマトグラフィー分離は、毎分低ナノリットルの範囲の流量を使用して実行され、このタイプのクロマトグラフィーによって得られる高い濃縮効率に起因して、高い分析感度が得られる。Ｃｕｔｉｌｌａｓ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ，２００５；１：６５－７１。
（ＶＩＩ）質量分析（ＭＳ）。質量分析計には、気相イオンの質量電荷（ｍ／ｚ）比に変換できるパラメーターを測定する気相イオン分光計が備えられている。質量分析とは、質量分析計を使用して気相イオンを検出することを指す。質量分析計には通常、イオン源及び質量分析計が含まれる。質量分析計の例は、飛行時間型（ＴＯＦ）、磁気セクター、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクターアナライザー、及びこれらのハイブリッドである。レーザー脱離質量分析計には、分析物を脱離、揮発、及びイオン化する手段としてレーザーエネルギーを使用する質量分析計が備えられる。タンデム質量分析計には、イオン混合物中のイオンを含むイオンのｍ／ｚベースの識別または測定の２つの連続した段階を実行し得る任意の質量分析計を備える。このフレーズには、ｍ／ｚベースの識別またはイオンの空間的タンデム測定の２つの連続した段階を実行し得る２つの質量分析計を備えた質量分析計が含まれる。このフレーズはさらに、ｍ／ｚベースの識別またはイオンの時間的タンデム測定の２つの連続する段階を実行し得る単一の質量分析器を有する質量分析計を含む。したがって、このフレーズには、Ｑｑ－ＴＯＦ質量分析計、イオントラップ質量分析計、イオントラップ－ＴＯＦ質量分析計、ＴＯＦ－ＴＯＦ質量分析計、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計、静電セクター－磁気セクター質量分析計、及びそれらの組み合わせが明示的に含まれる。
質量分析におけるイオン化には、試料中の分析物がイオン化されるプロセスを含む。このような分析物は、さらなる分析に使用される荷電分子になる場合がある。例えば、試料のイオン化は、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）、レーザースプレーイオン化（ＬＳＩ）、大気圧化学イオン化（ＡＰＣＩ）、光イオン化、電子イオン化、高速原子衝撃（ＦＡＢ）／液体二次イオン化（ＬＳＩＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）、フィールドイオン化、フィールド脱離、サーモスプレー／プラズマスプレーイオン化、及び粒子ビームイオン化によって実行され得る。当業者は、イオン化方法の選択が、測定される分析物、試料のタイプ、検出器のタイプ、ポジティブモード対ネガティブモードの選択などに基づいて決定され得ることを理解するであろう。
質量分析器は、イオン化された質量を取り、それらをｍ／ｚ比に基づいて分離し、それらを検出器に出力し、ここでそれらが検出され、後でデジタル出力に変換される質量分析計の構成要素を備える。ｍ／ｚ比を決定するための適切な質量分析計としては、四重極質量分析計、飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計、磁気または静電セクター質量分析計、及びイオントラップ（例えば、イオンサイクロトロン共鳴）質量分析計が挙げられる。
選択された反応モニタリング（ＳＲＭ）－ＭＳアッセイは、目的の所定のタンパク質について所定のペプチドのセットを標的とする。ＳＲＭは、タンデム質量分析の第１段階で特定の質量のイオン（親イオンまたはプリカーサーイオン）を選択し、検出のための第２質量分析ステージでプリカーサーイオンのフラグメンテーション反応のイオン生成物を選択するタンデム質量分析モードである。選択したプリカーサーイオン及びフラグメントイオンに関連付けられたｍ／ｚ値の特定のペアは、トランジションと呼ばれる。各シグネチャーペプチドについて、最適なシグナル強度を提供し、試料に存在する他の種から標的されたペプチドを区別するフラグメントイオンが識別される。最適化されたトランジションは、効果的なＳＲＭアッセイに貢献する。このようないくつかのトランジション（プリカーサー／フラグメントイオン対）を経時的にモニターし、特定のトランジションの保持時間及びシグナル強度を座標として有する一連のクロマトグラフィートレースが生成される。シグネチャーペプチドのＳＲＭ－ＭＳ分析は、通常、トリプル四重極質量分析計（ＱＱＱ－ＭＳ）で実行され、これは、シグネチャーペプチドのｍ／ｚに対応するプリカーサーイオンを選択的に分離し、ペプチド特異的なフラグメントイオンを選択的にモニターする機能を備えた機器である。ＳＲＭ分析では、特異性は複数の質量分析計（質量フィルター）に依存する。最初の四重極は、所望の親イオンまたはプリカーサーイオンを選択するためである。第３の四重極は、（１つ以上の）フラグメントイオン（複数可）をモニターするためである。フラグメントイオン（複数可）は、第２の四重極で衝突によって誘発される解離によって生成される。共溶出するバックグラウンドイオンが非常に効果的にろ過されるので、２つのレベルの質量選択により高い選択性が可能になる。試料中の全ての分析物を調査する従来のタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）実験とは異なり、ＳＲＭ分析は、特定の分析物を選択的に標的（フィルター）し、これは、従来の「フルスキャン」技術と比較して感度が１桁または２桁向上することを意味する。さらに、ＳＲＭは、最大５桁の広いダイナミックレンジにわたって線形応答を提供する。これにより、非常に複雑な混合物中の少量のタンパク質の検出が可能になる。したがって、ＳＲＭは、バックグラウンド干渉が少ない、非常に特殊な検出／モニタリング方法である。１回のＭＳ実施で複数の親イオンをモニタリングする場合、このタイプの分析は、マルチプルリアクションモニタリング（ＭＲＭ）として公知である。ＭＲＭ分析を使用すると、１回の質量分析実施で複数のタンパク質及びタンパク質の複数の領域（シグネチャーペプチド）をモニタリングし得る。選択された反応モニタリング／多重反応モニタリング質量分析（ＳＲＭ／ＭＲＭ－ＭＳ）は、例えば、米国特許第８，３８３，４１７号、ＷＯ２０１３／１０６６０３、及び米国特許出願公開第２０１３／１０５６８４号に記載されている。
特定の実施形態では、以下のパラメーターを使用して、特定のＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳシステム下でのタンパク質のＬＣ－ＳＲＭ－ＭＳアッセイを特定し得る：（１）所定のタンパク質のトリプシンペプチドの濃縮；（２）ＬＣカラムでのペプチドの保持時間（ＲＴ）；（３）ペプチドプリカーサーイオンのｍ／ｚ値；（４）プリカーサーイオンをイオン化するために使用されるデクラスタリングポテンシャル；（５）ペプチドプリカーサーイオンから生成されたフラグメントイオンのｍ／ｚ値；及び（６）特定のペプチド用に最適化されたペプチドプリカーサーイオンをフラグメント化するために使用される衝突エネルギー（ＣＥ）。ＲＴには、分析物の注入から溶出までの経過時間が含まれる。デクラスタリングポテンシャル（ＤＰ）には、イオンクラスターを溶解及び解離するための電位が含まれる。これは、製造業者次第で、「フラグメント電圧」または「イオントランスファーキャピラリオフセット電圧」としても公知である。衝突エネルギー（ＣＥ）には、プリカーサーイオンが衝突セルに加速されるときに受け取るエネルギーの量が含まれる。
本明細書に開示される方法によるペプチドの正確な定量化を容易にするために、目的のペプチドの同位体標識された合成バージョンのセットを、内部標準として使用するために既知の量で試料に添加してもよい。同位体標識ペプチドは、対応する代理のペプチドと同一の物理的及び化学的特性を有するので、クロマトグラフィーカラムから共溶出し、得られたマススペクトルで容易に識別可能である。Ｇｅｒｂｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｓｓｏ．Ｓｃｉ．２００３；１００：６９４０－６９４５；Ｋｉｒｋｐａｔｒｉｃｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２００５；３５：２６５－２７３。所定のペプチドのアミノ酸を標識できる同位体としては、１３Ｃ、２Ｈ、１５Ｎ、１７Ｏ、１８Ｏ、及び３４Ｓが挙げられる。特定の実施形態では、ペプチドは、１３Ｃ及び／または１５Ｎの重同位体で標識されている。標識標準の添加は、タンパク質分解消化の前または後に行ってもよい。特定の実施形態では、標識された内部標準ペプチドを、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳアッセイの前に加える。同位体標識されたペプチドを合成する方法は、当業者に公知であろう。したがって、特定の実施形態では、実験試料は、内部標準ペプチドを含む。特定の実施形態では、内部標準ペプチドは、参照シグネチャーペプチドを含む。特定の実施形態では、シグネチャーペプチド濃度は、以下を組み合わせることによって決定され得る：（ｉ）シグネチャーペプチドのピーク面積を、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳアッセイから得られたその対応する参照シグネチャーペプチドのピーク面積と比較することから計算された比、及び（ｉｉ）参照シグネチャーペプチドの既知の濃度。参照標準として選択され、定量に適したペプチドは、量子型ペプチド（Ｑ－ペプチド）と呼ばれることもある。Ｑ－ペプチドは、プロテオタイプペプチドの全ての特性を含むが、人工的な修飾及び／または不完全な切断を根絶するために参照ペプチドを構成し得る残基にも制限を課す。Ｈｏｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏａｎａｌｙｓｉｓ ２０１２；４（１４）：１７６３－１７８６。
所定のタンパク質（複数可）の絶対定量的レベルは、ＳＲＭ／ＭＲＭ方法論によって決定され得、それにより、１つの生物学的試料中の所定のタンパク質からの個々のペプチドのＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピーク面積を、既知量の「スパイクされた」内部標準のＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピーク面積と比較する。特定の実施形態では、内部標準は、１つ以上の重い同位体で標識された１つ以上のアミノ酸残基を含む同じ正確なペプチドの合成バージョンである。このような同位体標識内部標準は、質量分析がネイティブペプチドシグネチャピークとは異なっており、かつ別個であり、コンパレータピークとして使用され得る、予測可能でかつ一貫性のあるＳＲＭ／ＭＲＭシグネチャーピークを生成するように合成される。したがって、内部標準を生物学的試料由来のタンパク質調製物に既知の量でスパイクし、質量分析によって分析すると、ネイティブペプチドのシグネチャーピーク面積が内部標準ペプチドのシグネチャーピーク面積と比較され、この数値比較が、生物学的試料からの元のタンパク質調製物に存在する天然ペプチドの絶対モル濃度及び／または絶対重量のいずれかを示す。フラグメントペプチドの絶対定量データは、試料ごとに分析されたタンパク質の量に従って表示される。絶対定量を、多くのペプチド、したがってタンパク質にわたって、単一の試料で同時に、及び／または多くの試料にわたって実行して、個々の生物学的試料及び個々の試料のコホート全体におけるタンパク質の絶対量に関する洞察を得てもよい。
ペプチドの絶対定量のための別の戦略は、イコライザーペプチドによる等モル性である。この方法論では、同位体標識された目的のＱペプチドをジペプチドとして化学的に合成することを含む。一般的なアミノ酸配列は、Ｑ－ペプチドのＮ末端に位置し、イコライザーペプチドと呼ばれる。可溶化及びタンパク質分解消化後、Ｑ－ペプチドの量は、単一の光標識ペプチドを参照することにより正確に決定され得る。次に、適切な量の各標準ペプチドを目的の試料に追加して（前消化またはタンパク質分解前のいずれか）、絶対定量を容易にする。Ｈｏｌｚｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．２００９；８１：１０２５４－１０２６１。絶対定量には、定量コンカテマー（ＱｃｏｎＣＡＴ）タンパク質を使用してもよい。Ｂｅｙｎｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２００５；２：５８７－５８９；Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．２００９；２０：２２１１－２２２０；Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２０１１；１０：３６５２－３６５９；Ｃａｒｏｌｌ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ＆Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２０１１；Ｓｅｐ １９：ｍｃｐ－Ｍ１１１。この戦略では、親和性のタグ付けされた、目的のいくつかのタンパク質由来の標準ペプチドの連結である組換え人工タンパク質が、安定した同位体濃縮培地で増殖したＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉで異種生産される。次に、ＱｃｏｎＣＡＴタンパク質は、アフィニティー精製され、試料と共消化され、それを構成する全ての「重い」Ｑペプチドの化学量論的混合物が生成され、ネイティブタンパク質由来のタンパク質分解ペプチド及び内部標準を、その後分析する。ペプチド連結型標準（ｐｅｐｔｉｄｅ－ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｅｄ ｓｔａｎｄａｒｄｓ）（ＰＣＳ）と呼ばれるＱｃｏｎＣＡＴアプローチの変形は、内因性環境を反映する人工タンパク質配列内のＱペプチド間の隣接領域を使用する。Ｋｉｔｏ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２００７；６：７９２－８００。他の特定の実施形態は、絶対定量化（ＰＳＡＱ）のためにタンパク質標準を使用する。Ｂｒｕｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２００７；６：２１３９－２１４９。ＰＳＡＱは、組換えタンパク質を使用するが、いくつかのタンパク質からのペプチドの連結ではなく、定量されるタンパク質全体が、安定な同位体標識された形で発現される。次に、１つ以上のＰＳＡＱを、試料の前消化に追加して、定量を容易にしてもよい。
特定の実施形態は、強度ベースの測定（Ａｍｅｒｉｃａ ａｎｄ Ｃｏｒｄｅｗｅｎｅｒ，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２００８；８：７３１－７４９）またはスペクトルカウント（Ｌｕｎｄｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２０１０；７：３９－５３）などのタンパク質定量化のための標識なしの戦略を使用する。
所定のペプチドの相対的定量的レベルを取得するために、１つの生物学試料における所定のタンパク質からの個々のペプチドまたは複数のペプチドの質量分析由来のシグネチャーピーク面積（またはピークが十分に分解されている場合はピーク高さ）を、同じＳＲＭ／ＭＲＭ手法を使用して、１つ以上の追加のかつ異なる生物学的試料で、同じペプチドまたは同じタンパク質由来のペプチドに対して決定されたシグネチャーピーク面積と比較してもよい。このようにして、所定のタンパク質由来の特定のペプチド（複数可）の量は、同じ実験条件下での２つ以上の生物学的試料にまたがり同じペプチドまたは同じタンパク質由来のペプチドと比較して決定される。さらに、ＳＲＭ／ＭＲＭ手法により、その所定のタンパク質のそのペプチドのシグネチャーピーク面積を、生物学的試料由来の同じタンパク質調製物内の異なるタンパク質由来の別の及び異なるペプチド（複数可）についてのシグネチャーピーク面積に対して比較することにより、単一の試料内の単一のタンパク質由来の所定のペプチド（複数可）について、相対定量を決定し得る。このようにして、所定のタンパク質由来の特定のペプチドの量、したがって所定のタンパク質の量を、同じ試料内の別のタンパク質と比較して決定する。これらのアプローチは、所定のタンパク質由来の個々のペプチド（複数可）を、試料間及び試料内の同じタンパク質由来または異なるタンパク質由来の別のペプチド（複数可）の量に対して定量し、ここで、シグネチャーピーク面積によって決定される量は、この生物学的試料由来のタンパク質調製物中のペプチドの絶対重量対容積または重量対重量の量に関係なく、互いに相対的である。異なる試料間の個々のシグネチャーピーク面積に関する相対的な定量データは、試料ごとに分析されたタンパク質の量に正規化してもよい。相対定量を、単一の試料中で同時に多くのペプチドにわたって、及び／または多くの試料にわたって実行して、相対的なタンパク質量についての洞察を得てもよい。
シグネチャーペプチドレベルは、濃度単位（例えば、ｐｍｏｌ／Ｌ）で表してもよい。特定の実施形態では、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤについてスクリーニングされている対象に由来する試験試料中のシグネチャーペプチドの平均濃度を、正常な対照試料中の対応するペプチドの平均濃度と比較してもよい。特定の実施形態では、正常対照試料は、１つ以上の正常な対照対象から、または正常な対照対象の集団から誘導され得る。特定の実施形態では、正常な対照対象としては、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、またはＷＤを有さないか、または有することが知られていない対象が挙げられる。特定の実施形態では、正常な対照対象としては、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、またはＷＤに関連する遺伝子変異を有さない対象が挙げられる。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＣＤ３εシグネチャーペプチドの平均濃度は、７０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、８０ｐｍｏｌ／Ｌ～３００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び９０ｐｍｏｌ／Ｌ～２００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＣＤ３εシグネチャーペプチドの平均濃度は、７０ｐｍｏｌ／Ｌ、８０ｐｍｏｌ／Ｌ、９０ｐｍｏｌ／Ｌ、１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１０ｐｍｏｌ／Ｌ、１２０ｐｍｏｌ／Ｌ、１３０ｐｍｏｌ／Ｌ、１４０ｐｍｏｌ／Ｌ、１５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１６０ｐｍｏｌ／Ｌ、１７０ｐｍｏｌ／Ｌ、１８０ｐｍｏｌ／Ｌ、１９０ｐｍｏｌ／Ｌ、２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１０ｐｍｏｌ／Ｌ、２２０ｐｍｏｌ／Ｌ、２３０ｐｍｏｌ／Ｌ、２４０ｐｍｏｌ／Ｌ、２５０ｐｍｏｌ／Ｌ、２６０ｐｍｏｌ／Ｌ、２７０ｐｍｏｌ／Ｌ、２８０ｐｍｏｌ／Ｌ、２９０ｐｍｏｌ／Ｌ、３００ｐｍｏｌ／Ｌ、３１０ｐｍｏｌ／Ｌ、３２０ｐｍｏｌ／Ｌ、３３０ｐｍｏｌ／Ｌ、３４０ｐｍｏｌ／Ｌ、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ、３６０ｐｍｏｌ／Ｌ、３７０ｐｍｏｌ／Ｌ、３８０ｐｍｏｌ／Ｌ、３９０ｐｍｏｌ／Ｌ、４００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＷＡＳｐ ２７４シグネチャーペプチドの平均濃度は、６００ｐｍｏｌ／Ｌ～５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、７００ｐｍｏｌ／Ｌ～３０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び８００ｐｍｏｌ／Ｌ～２５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＷＡＳｐ ２７４シグネチャーペプチドの平均濃度は、６００ｐｍｏｌ／Ｌ、７００ｐｍｏｌ／Ｌ、８００ｐｍｏｌ／Ｌ、９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１９００ｐｍｏｌ／Ｌ、２０００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１００ｐｍｏｌ／Ｌ、２２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２３００ｐｍｏｌ／Ｌ、２４００ｐｍｏｌ／Ｌ、２５００ｐｍｏｌ／Ｌ、２６００ｐｍｏｌ／Ｌ、２７００ｐｍｏｌ／Ｌ、２８００ｐｍｏｌ／Ｌ、２９００ｐｍｏｌ／Ｌ、３０００ｐｍｏｌ／Ｌ、３１００ｐｍｏｌ／Ｌ、３２００ｐｍｏｌ／Ｌ、３３００ｐｍｏｌ／Ｌ、３４００ｐｍｏｌ／Ｌ、３５００ｐｍｏｌ／Ｌ、３６００ｐｍｏｌ／Ｌ、３７００ｐｍｏｌ／Ｌ、３８００ｐｍｏｌ／Ｌ、３９００ｐｍｏｌ／Ｌ、４０００ｐｍｏｌ／Ｌ、４１００ｐｍｏｌ／Ｌ、４２００ｐｍｏｌ／Ｌ、４３００ｐｍｏｌ／Ｌ、４４００ｐｍｏｌ／Ｌ、４５００ｐｍｏｌ／Ｌ、４６００ｐｍｏｌ／Ｌ、４７００ｐｍｏｌ／Ｌ、４８００ｐｍｏｌ／Ｌ、４９００ｐｍｏｌ／Ｌ、５０００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＷＡＳｐ ２８９シグネチャーペプチドの平均濃度は、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ～１５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、６０００ｐｍｏｌ／Ｌ～１４０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び６５００ｐｍｏｌ／Ｌ～１３０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＷＡＳｐ ２８９シグネチャーペプチドの平均濃度は、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ、５６００ｐｍｏｌ／Ｌ、５７００ｐｍｏｌ／Ｌ、５８００ｐｍｏｌ／Ｌ、５９００ｐｍｏｌ／Ｌ、６０００ｐｍｏｌ／Ｌ、６１００ｐｍｏｌ／Ｌ、６２００ｐｍｏｌ／Ｌ、６３００ｐｍｏｌ／Ｌ、６４００ｐｍｏｌ／Ｌ、６５００ｐｍｏｌ／Ｌ、６６００ｐｍｏｌ／Ｌ、６７００ｐｍｏｌ／Ｌ、６８００ｐｍｏｌ／Ｌ、６９００ｐｍｏｌ／Ｌ、７０００ｐｍｏｌ／Ｌ、７１００ｐｍｏｌ／Ｌ、７２００ｐｍｏｌ／Ｌ、７３００ｐｍｏｌ／Ｌ、７４００ｐｍｏｌ／Ｌ、７５００ｐｍｏｌ／Ｌ、７６００ｐｍｏｌ／Ｌ、７７００ｐｍｏｌ／Ｌ、７８００ｐｍｏｌ／Ｌ、７９００ｐｍｏｌ／Ｌ、８０００ｐｍｏｌ／Ｌ、８１００ｐｍｏｌ／Ｌ、８２００ｐｍｏｌ／Ｌ、８３００ｐｍｏｌ／Ｌ、８４００ｐｍｏｌ／Ｌ、８５００ｐｍｏｌ／Ｌ、８６００ｐｍｏｌ／Ｌ、８７００ｐｍｏｌ／Ｌ、８８００ｐｍｏｌ／Ｌ、８９００ｐｍｏｌ／Ｌ、９０００ｐｍｏｌ／Ｌ、９８００ｐｍｏｌ／Ｌ、９９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１００００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１３３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１５０００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＢＴＫ ４０７シグネチャーペプチドの平均濃度は、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、４５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び５５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２３００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＢＴＫ ４０７シグネチャーペプチドの平均濃度は、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ、４００ｐｍｏｌ／Ｌ、４５０ｐｍｏｌ／Ｌ、５００ｐｍｏｌ／Ｌ、５５０ｐｍｏｌ／Ｌ、６００ｐｍｏｌ／Ｌ、６５０ｐｍｏｌ／Ｌ、７００ｐｍｏｌ／Ｌ、７５０ｐｍｏｌ／Ｌ、８００ｐｍｏｌ／Ｌ、８５０ｐｍｏｌ／Ｌ、９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１６００ｐｍｏｌ／Ｌ、１７００ｐｍｏｌ／Ｌ、１８００ｐｍｏｌ／Ｌ、１９００ｐｍｏｌ／Ｌ、２０００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１００ｐｍｏｌ／Ｌ、２２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２３００ｐｍｏｌ／Ｌ、２４００ｐｍｏｌ／Ｌ、２５００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＢＴＫ ５４５シグネチャーペプチドの平均濃度は、５５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１６００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、６５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び７５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＢＴＫ ５４５シグネチャーペプチドの平均濃度は、５５０ｐｍｏｌ／Ｌ、６００ｐｍｏｌ／Ｌ、６５０ｐｍｏｌ／Ｌ、７００ｐｍｏｌ／Ｌ、７５０ｐｍｏｌ／Ｌ、８００ｐｍｏｌ／Ｌ、８５０ｐｍｏｌ／Ｌ、９００ｐｍｏｌ／Ｌ、９５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１２００ｐｍｏｌ／Ｌ、１２５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１３００ｐｍｏｌ／Ｌ、１３５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１４００ｐｍｏｌ／Ｌ、１４５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１５００ｐｍｏｌ／Ｌ、１５５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１６００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＣＴＮＳ １１５シグネチャーペプチドの平均濃度は、４０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び６０ｐｍｏｌ／Ｌ～１５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＣＴＮＳ １１５シグネチャーペプチドの平均濃度は、４０ｐｍｏｌ／Ｌ、４５ｐｍｏｌ／Ｌ、５０ｐｍｏｌ／Ｌ、５５ｐｍｏｌ／Ｌ、６０ｐｍｏｌ／Ｌ、６５ｐｍｏｌ／Ｌ、７０ｐｍｏｌ／Ｌ、７５ｐｍｏｌ／Ｌ、８０ｐｍｏｌ／Ｌ、８５ｐｍｏｌ／Ｌ、９０ｐｍｏｌ／Ｌ、９５ｐｍｏｌ／Ｌ、１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１０ｐｍｏｌ／Ｌ、１２０ｐｍｏｌ／Ｌ、１３０ｐｍｏｌ／Ｌ、１４０ｐｍｏｌ／Ｌ、１５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１６０ｐｍｏｌ／Ｌ、１７０ｐｍｏｌ／Ｌ、１８０ｐｍｏｌ／Ｌ、１９０ｐｍｏｌ／Ｌ、２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１０ｐｍｏｌ／Ｌ、２２０ｐｍｏｌ／Ｌ、２３０ｐｍｏｌ／Ｌ、２４０ｐｍｏｌ／Ｌ、２５０ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＳＨＰＫ ３６３シグネチャーペプチドの平均濃度は、１００ｐｍｏｌ／Ｌ～８０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、３００ｐｍｏｌ／Ｌ～７０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び５００ｐｍｏｌ／Ｌ～６０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＳＨＰＫ ３６３シグネチャーペプチドの平均濃度は、１００ｐｍｏｌ／Ｌ、２００ｐｍｏｌ／Ｌ、３００ｐｍｏｌ／Ｌ、４００ｐｍｏｌ／Ｌ、５００ｐｍｏｌ／Ｌ、６００ｐｍｏｌ／Ｌ、７００ｐｍｏｌ／Ｌ、８００ｐｍｏｌ／Ｌ、９００ｐｍｏｌ／Ｌ、１０００ｐｍｏｌ／Ｌ、１５００ｐｍｏｌ／Ｌ、２０００ｐｍｏｌ／Ｌ、２５００ｐｍｏｌ／Ｌ、３０００ｐｍｏｌ／Ｌ、３５００ｐｍｏｌ／Ｌ、４０００ｐｍｏｌ／Ｌ、４５００ｐｍｏｌ／Ｌ、５０００ｐｍｏｌ／Ｌ、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ、６０００ｐｍｏｌ／Ｌ、６５００ｐｍｏｌ／Ｌ、７０００ｐｍｏｌ／Ｌ、７５００ｐｍｏｌ／Ｌ、８０００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＡＴＰ７Ｂ ２１４シグネチャーペプチドの平均濃度は、３０ｐｍｏｌ／Ｌ～１００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、４０ｐｍｏｌ／Ｌ～９０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び５０ｐｍｏｌ／Ｌ～８０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団におけるＤＢＳ中のＡＴＰ７Ｂ ２１４シグネチャーペプチドの平均濃度は、３０ｐｍｏｌ／Ｌ、３５ｐｍｏｌ／Ｌ、４０ｐｍｏｌ／Ｌ、４５ｐｍｏｌ／Ｌ、５０ｐｍｏｌ／Ｌ、５５ｐｍｏｌ／Ｌ、６０ｐｍｏｌ／Ｌ、６５ｐｍｏｌ／Ｌ、７０ｐｍｏｌ／Ｌ、７５ｐｍｏｌ／Ｌ、８０ｐｍｏｌ／Ｌ、８５ｐｍｏｌ／Ｌ、９０ｐｍｏｌ／Ｌ、９５ｐｍｏｌ／Ｌ、１００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＡＴＰ７Ｂ ８８７シグネチャーペプチドの平均濃度は、２００ｐｍｏｌ／Ｌ～５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、２５０ｐｍｏｌ／Ｌ～４５０ｐｍｏｌ／Ｌ、及び３００ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＡＴＰ７Ｂ ８８７シグネチャーペプチドの平均濃度は、２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１０ｐｍｏｌ／Ｌ、２２０ｐｍｏｌ／Ｌ、２３０ｐｍｏｌ／Ｌ、２４０ｐｍｏｌ／Ｌ、２５０ｐｍｏｌ／Ｌ、２６０ｐｍｏｌ／Ｌ、２７０ｐｍｏｌ／Ｌ、２８０ｐｍｏｌ／Ｌ、２９０ｐｍｏｌ／Ｌ、３００ｐｍｏｌ／Ｌ、３１０ｐｍｏｌ／Ｌ、３２０ｐｍｏｌ／Ｌ、３３０ｐｍｏｌ／Ｌ、３４０ｐｍｏｌ／Ｌ、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ、３６０ｐｍｏｌ／Ｌ、３７０ｐｍｏｌ／Ｌ、３８０ｐｍｏｌ／Ｌ、３９０ｐｍｏｌ／Ｌ、４００ｐｍｏｌ／Ｌ、４１０ｐｍｏｌ／Ｌ、４２０ｐｍｏｌ／Ｌ、４３０ｐｍｏｌ／Ｌ、４４０ｐｍｏｌ／Ｌ、４５０ｐｍｏｌ／Ｌ、４６０ｐｍｏｌ／Ｌ、４７０ｐｍｏｌ／Ｌ、４８０ｐｍｏｌ／Ｌ、４９０ｐｍｏｌ／Ｌ、５００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
特定の実施形態において、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおけるＡＴＰ７Ｂ １０５６シグネチャーペプチドの平均濃度は、９０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、１００ｐｍｏｌ／Ｌ～３００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲、及び１５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む。特定の実施形態では、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中のＡＴＰ７Ｂ １０５６シグネチャーペプチドの平均濃度は、９０ｐｍｏｌ／Ｌ、１００ｐｍｏｌ／Ｌ、１１０ｐｍｏｌ／Ｌ、１２０ｐｍｏｌ／Ｌ、１３０ｐｍｏｌ／Ｌ、１４０ｐｍｏｌ／Ｌ、１５０ｐｍｏｌ／Ｌ、１６０ｐｍｏｌ／Ｌ、１７０ｐｍｏｌ／Ｌ、１８０ｐｍｏｌ／Ｌ、１９０ｐｍｏｌ／Ｌ、２００ｐｍｏｌ／Ｌ、２１０ｐｍｏｌ／Ｌ、２２０ｐｍｏｌ／Ｌ、２３０ｐｍｏｌ／Ｌ、２４０ｐｍｏｌ／Ｌ、２５０ｐｍｏｌ／Ｌ、２６０ｐｍｏｌ／Ｌ、２７０ｐｍｏｌ／Ｌ、２８０ｐｍｏｌ／Ｌ、２９０ｐｍｏｌ／Ｌ、３００ｐｍｏｌ／Ｌ、３１０ｐｍｏｌ／Ｌ、３２０ｐｍｏｌ／Ｌ、３３０ｐｍｏｌ／Ｌ、３４０ｐｍｏｌ／Ｌ、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ、３６０ｐｍｏｌ／Ｌ、３７０ｐｍｏｌ／Ｌ、３８０ｐｍｏｌ／Ｌ、３９０ｐｍｏｌ／Ｌ、４００ｐｍｏｌ／Ｌ以上の濃度を含む。
１つ以上の標準ペプチドは、当該分野で公知の任意の方法で合成され得る。そのような合成ペプチドは、１つ以上の天然修飾を有するアミノ酸をさらに含み得る。このような自然な修飾としては、グルタミン及びアスパラギンの脱アミノ化、アミノ化、酸化、ならびにヒドロキシル化が含まれ得る。
（ＶＩＩＩ）使用方法。本開示の方法は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤのうちの１つ以上を有する個体を同定することを含む。特定の実施形態では、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤを有する個体の診断は、例えば、ＮＢＳの一部として、または障害の症状が個体に明らかになる前に、早期に行われる。
本開示の方法は、ＤＢＳ試料を取得することを含む。特定の実施形態では、ＤＢＳは、上記の方法に従って得られる。特定の実施形態では、ＤＢＳは、将来の試験のためにＤＢＳを格納するＤＢＳのリポジトリまたは実験室から入手される。
本開示の方法は、消化酵素を用いてＤＢＳ中のタンパク質を消化することを含む。特定の実施形態では、ＤＢＳの１つ以上のパンチまたはＤＢＳ全体を適切な緩衝液に可溶化し得、上記の適切な消化酵素を添加して、ＤＢＳに存在するタンパク質をペプチドフラグメントに消化し得る。特定の実施形態では、ＤＢＳは、５０ｍＭの重炭酸アンモニウム（ｐＨ８）中の０．１％のＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標）で可溶化され、トリプシンで消化され得る。
本開示の方法は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤのスクリーニングに使用されるシグネチャーペプチドの濃縮を含む。シグネチャーペプチドとしては、ＳＣＩＤ用のＣＤ３ε １９７；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２７４；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２８９；ＸＬＡ用のＢＴＫ ４０７；ＸＬＡ用のＢＴＫ ５４５；シスチン症用のＣＴＮＳ １１５；シスチン症用のＣＴＮＳ １２０；シスチン症用のＣＴＮＳ １９４；シスチン症用のＣＴＮＳ ３６０；シスチン症用のＳＨＰＫ ４４；シスチン症用のＳＨＰＫ ３６３；シスチン症用のＳＨＰＫ ３８８；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ２１４；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ３２５；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ４６６；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ５８９；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ６２１；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ８８７；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ １０５６；及びＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ １０６１が挙げられる。特定の実施形態では、シグネチャーペプチドとしては、図１に開示されているペプチド：ＳＣＩＤ用のＣＤ３ε １９７；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２７４；ＷＡＳ用のＷＡＳｐ ２８９；ＸＬＡ用のＢＴＫ ４０７；ＸＬＡ用のＢＴＫ ５４５；シスチン症の用ＣＴＮＳ １１５；シスチン症用のＣＴＮＳ ３６０；シスチン症用のＳＨＰＫ ３６３；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ３２５；及びＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ １０５６が挙げられる。特定の実施形態において、シグネチャーペプチドとしては、表１のペプチド：シスチン症用のＣＴＮＳ １２０；シスチン症用のＣＴＮＳ １９４；シスチン症用のＳＨＰＫ ４４；シスチン症用のＳＨＰＫ ３８８；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ２１４；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ４６６；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ５８９；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ６２１；ＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ ８８７；及びＷＤ用のＡＴＰ７Ｂ １０６１が挙げられる。特定の実施形態では、シグネチャーペプチドの濃縮には、消化されたＤＢＳ由来のペプチドフラグメントの混合物を、シグネチャーペプチドを認識する１つ以上の結合実体と接触させることが含まれる。特定の実施形態では、結合実体は、抗体またはその抗原結合フラグメントである。特定の実施形態では、この抗体としては、上記の表２及び３に開示されているものが挙げられる。特定の実施形態では、本開示の抗体のアミノ酸配列としては、配列番号７９、８１、８３、８５、８６、８８、９０、９１、９３、９５、９６、９８、１００、１０１、１０３、１０５、１０６、１０８、１１０、１１１、１１３、１１５、１１６、１１８、１２０、１２１、１２３、１２５、１２６、１２８、１３０、１３１、１３３、１３５、１３６、１３８、１４０、及び１４１が含まれる。特定の実施形態では、本開示の抗体のコード配列には、配列番号７８、８０、８２、８４、８７、８９、９２、９４、９７、９９、１０２、１０４、１０７、１０９、１１２、１１４、１１７、１１９、１２２、１２４、１２７、１２９、１３２、１３４、１３７、及び１３９を含む。特定の実施形態では、この抗体としては、ＣＤ３ε １９７、ＷＡＳｐ ２７４、ＷＡＳｐ ２８９、ＢＴＫ ４０７、ＢＴＫ ５４５、ＣＴＮＳ １１５、ＣＴＮＳ １２０、ＣＴＮＳ １９４、ＳＨＰＫ ４４、ＳＨＰＫ ３６３、ＳＨＰＫ ３８８、ＡＴＰ７Ｂ ２１４、ＡＴＰ７Ｂ ３２５、ＡＴＰ７Ｂ ４６６、ＡＴＰ７Ｂ ５８９、ＡＴＰ７Ｂ ６２１、ＡＴＰ７Ｂ ８８７、ＡＴＰ７Ｂ １０５６、及びＡＴＰ７Ｂ １０６１に結合する抗体が挙げられる。
特定の実施形態では、配列番号２２～２７、６３、及び６４を含む抗体を使用して、配列番号１を含むＣＤ３εペプチドを濃縮する。
特定の実施形態では、配列番号２８～３３、６５及び６６を含む抗体を使用して、配列番号２を含むＷＡＳｐペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号３を含むＷＡＳｐペプチドを濃縮する。
特定の実施形態では、配列番号３４～３８、６７、及び６８を含む抗体を使用して、配列番号４を含むＢＴＫペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号５を含むＢＴＫペプチドを濃縮する。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡをスクリーニングし得る：配列番号１を含む、ＣＤ３εペプチドに結合する、配列番号２２～２７、６３、及び６４を含む抗体；配列番号２を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する、配列番号２８～３３、６５及び６６を含む抗体；配列番号３を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する抗体；配列番号４を含む、ＢＴＫペプチドに結合する、配列番号３４～３８、６７、及び６８を含む抗体；ならびに配列番号５を含む、ＢＴＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡをスクリーニングし得る：配列番号１を含む、ＣＤ３εペプチドに結合する、配列番号２２～２７、６３、及び６４を含む抗体；配列番号２を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する、配列番号２８～３３、６５及び６６を含む抗体；配列番号３を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号４を含む、ＢＴＫペプチドに結合する配列番号３４～３８、６７、及び６８を含む抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡをスクリーニングし得る：配列番号１を含む、ＣＤ３εペプチドに結合する、配列番号２２～２７、６３、及び６４を含む抗体；配列番号２を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する、配列番号２８～３３、６５及び６６を含む抗体；配列番号４を含む、ＢＴＫペプチドに結合する、配列番号３４～３８、６７、及び６８を含む抗体；ならびに配列番号５を含むＢＴＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡをスクリーニングし得る：配列番号１を含む、ＣＤ３εペプチドに結合する、配列番号２２～２７、６３、及び６４を含む抗体；配列番号２を含む、ＷＡＳｐペプチドに結合する、配列番号２８～３３、６５及び６６を含む抗体；ならびに配列番号４を含む、ＢＴＫペプチドに結合する、配列番号３４～３８、６７、及び６８を含む抗体。
特定の実施形態では、配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体を使用して、配列番号６を含むＣＴＮＳペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、配列番号４５～５０、７１及び７２を含む抗体は、配列番号７及び８を含むＣＴＮＳペプチドを濃縮するために使用される。特定の実施形態では、抗体は、配列番号１２のＣＴＮＳペプチドを濃縮するために使用される。特定の実施形態では、抗体は、配列番号１３のＣＴＮＳペプチドを濃縮するために使用される。
特定の実施形態では、配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体を使用して、配列番号９を含むＳＨＰＫペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１４のＳＨＰＫペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１５のＳＨＰＫペプチドを濃縮する。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する、配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する、配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する、配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する、配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する、配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、抗体の以下の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体：配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含むＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；ならびに配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；ならびに配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体。
当業者は、以下から選択される抗体の他の組み合わせを使用して、シスチン症をスクリーニングし得ることを認識し得る：配列番号６を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号３９～４４、６９、及び７０を含む抗体；配列番号７及び８を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する配列番号４５～５０、７１、及び７２を含む抗体；配列番号１２を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号１３を含む、ＣＴＮＳペプチドに結合する抗体；配列番号９を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する配列番号５１～５６、７３、及び７４を含む抗体；配列番号１４を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１５を含む、ＳＨＰＫペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１０を含むＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体を使用して、配列番号１１または２１を含むＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１６のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１７のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１８のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号１９のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号２０のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。特定の実施形態では、抗体を使用して、配列番号２１のＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮する。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
特定の実施形態では、以下の抗体の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得る：配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
当業者は、以下から選択される抗体の他の組み合わせを使用して、ＷＤをスクリーニングし得ることを認識し得る：配列番号１０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１１または２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する配列番号５７～６２、７５、及び７６を含む抗体；配列番号１６を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１７を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１８を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号１９を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；配列番号２０を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体；ならびに配列番号２１を含む、ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体。
本開示の方法は、ＭＳ分析の前にペプチドを分離するために、免疫親和性に富むペプチドに対して必要に応じて液体クロマトグラフィーを実施することを含む。液体クロマトグラフィーは、カラムの移動相及び固定相に対するその重量及び親和性に基づいてペプチドを分離し得る。
本開示の方法は、所定のシグネチャーペプチドの量を定量化するために、免疫親和性で濃縮したペプチドに対してＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳを実行することを含む。特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、上記のように実行される。特定の実施形態において、シグネチャーペプチドの定量化は、既知の量でアッセイに導入される参照ペプチドを使用することを含む。特定の実施形態において、参照ペプチドは、参照ペプチドをシグネチャーペプチドから区別するために、例えば、１つ以上の重い同位体で示差的に標識されていることを除いて、あらゆる点でシグネチャーペプチドと同一であり得る。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＣＤ３εペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＣＤ３εペプチドは、配列番号１を含む。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＷＡＳｐペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＷＡＳｐペプチドは、配列番号２を含む。特定の実施形態では、ＷＡＳｐペプチドは、配列番号３を含む。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＢＴＫペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＢＴＫペプチドは、配列番号４を含む。特定の実施形態では、ＢＴＫペプチドは、配列番号５を含む。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＣＴＮＳペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＣＴＮＳペプチドは、配列番号６を含む。特定の実施形態では、ＣＴＮＳペプチドは、配列番号７及び８を含む。特定の実施形態では、ＣＴＮＳペプチドは、配列番号１２を含む。特定の実施形態では、ＣＴＮＳペプチドは配列番号１３を含む。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＳＨＰＫペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＳＨＰＫペプチドは、配列番号９を含む。特定の実施形態では、ＳＨＰＫペプチドは、配列番号１４を含む。特定の実施形態では、ＳＨＰＫペプチドは、配列番号１５を含む。
特定の実施形態では、ＳＲＭ－ＭＳまたはＭＲＭ－ＭＳは、ＡＴＰ７Ｂペプチドの減少または非存在を検出する。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１０を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１１または２１を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１６を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１７を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１８を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号１９を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号２０を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂペプチドは、配列番号２１を含む。
特定の実施形態では、予め決定されたカットオフ値が、所定のシグネチャーペプチドの閾値として使用される。閾値を超える所定のシグネチャーペプチドの濃度は、アッセイされたＤＢＳが、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、またはＷＤに罹患していない個体由来であることを示す。閾値を下回る、または存在しない所定のシグネチャーペプチドの濃度は、アッセイされたＤＢＳがＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、またはＷＤに罹患している個体由来であることを示す。特定の実施形態では、この閾値は、正常対照の集団の分析及びこの集団における所定のシグネチャーペプチドの濃度の標準偏差（ＳＤ）の計算によって決定し得る。閾値は、所定のシグネチャーペプチドの平均濃度から特定のＳＤで設定し得る。特定の実施形態では、閾値は、所定のシグネチャーペプチドの平均濃度から－１ＳＤ、－１．１ＳＤ、－１．２ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．９ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．１ＳＤ、－２．２ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．９ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上のＳＤである。特定の実施形態では、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、またはシスチン症の診断またはスクリーニングのために、閾値は、正常対照の集団の分析、及びこの集団におけるＡＴＰ７Ｂの内因性濃度に対する所定のシグネチャーペプチドの濃度の比の標準偏差（ＳＤ）の計算によって決定され得る。各ＰＩＤＤのペプチド濃度カットオフは、各シグネチャーペプチドの平均濃度またはＡＴＰ７Ｂの内因性濃度に対する特定のシグネチャーペプチドの濃度の比率から導出される特定のＳＤに設定され得る。
特定の実施形態において、ＣＤ３ε １９７ペプチドの閾値濃度は、正常な対照の集団におけるＣＤ３ε １９７の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＣＤ３ε１９７ペプチドの閾値濃度は、６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３９ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３８ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３７ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３６ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３４ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３３ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３２ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３１ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態では、ＷＡＳｐ ２７４ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＷＡＳｐ ２７４の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＷＡＳｐ ２７４ペプチドの閾値濃度としては、２２０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２１５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２１０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２０５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１９５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１９０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態では、ＷＡＳｐ ２８９ペプチドの閾値濃度は、正常な対照集団におけるＷＡＳｐ ２８９の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＷＡＳｐ ２８９ペプチドの閾値濃度は、２５００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４９０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４８０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４７０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４４０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４３０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４２０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４１０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４００ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態では、ＢＴＫ ４０７ペプチドの閾値濃度は、正常な対照集団におけるＢＴＫ ４０７の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＢＴＫ ４０７ペプチドの閾値濃度としては、８０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、７５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、７０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、６５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４９ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４８ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４７ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４６ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４４ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４３ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４２ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４１ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態では、ＢＴＫ ５４５ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＢＴＫ ５４５の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＢＴＫ ５４５ペプチドの閾値濃度としては、１１０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０９ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０８ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０７ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０６ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０４ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０３ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０２ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１０１ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１００ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＣＴＮＳ １１５ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＣＴＮＳ １１５の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＣＴＮＳ １１５ペプチドの閾値濃度としては、６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５９ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５８ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５７ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５６ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５４ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５３ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５２ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５１ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＳＨＰＫ ３６３ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＳＨＰＫ ３６３の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＳＨＰＫ ３６３ペプチドの閾値濃度としては、２０００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１９５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１９００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６００ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５００ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＡＴＰ７Ｂ １０５６ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＡＴＰ７Ｂ １０５６の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂ １０５６ペプチドの閾値濃度としては、９０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、８５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、８０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、７５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、７０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、６５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、４０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、３０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＡＴＰ７Ｂ ２１４ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＡＴＰ７Ｂ ２１４の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂ ２１４ペプチドの閾値濃度としては、３０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２９ｐモル／Ｌ以下、２８ｐモル／Ｌ以下、２７ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２６ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２４ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２３ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２２ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２１ｐｍｏｌ／Ｌ以下、２０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態において、ＡＴＰ７Ｂ ８８７ペプチドの閾値濃度としては、正常な対照集団におけるＡＴＰ７Ｂ ８８７の平均濃度から－１．０ＳＤ、－１．２５ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．３５ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．４５ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．５５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．６５ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．７５ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．８５ＳＤ、－１．９ＳＤ、－１．９５ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．２５ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．３５ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．４５ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．５５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．６５ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．７５ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．８５ＳＤ、－２．９ＳＤ、－２．９５ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上を含む。特定の実施形態では、ＡＴＰ７Ｂ ８８７ペプチドの閾値濃度としては、１９０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１８０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１７０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１６０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１５０ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１４５ｐｍｏｌ／Ｌ以下、１４０ｐｍｏｌ／Ｌ以下を含む。
特定の実施形態では、シグネチャーペプチドは、所定の疾患の診断またはスクリーニングのための主要なバイオマーカーと見なしてもよい。一次シグネチャーペプチドには、所定の疾患を診断またはスクリーニングするために最初に使用されるペプチドを含めてもよい。特定の実施形態では、一次マーカーは、対応するタンパク質の消化から再現性よく得ることができ、免疫親和性濃縮のための高親和性抗体を有するか、及び／または独立した液体クロマトグラフィーカラム及び／または質量分析機器にまたがって再現可能である。特定の実施形態では、シグネチャーペプチドは、所定の疾患の診断またはスクリーニングのための二次マーカーと見なしてもよい。二次シグネチャーペプチドは、一次マーカーで所定の疾患の診断またはスクリーニングを確認するために二番目に使用されるペプチドを含んでもよい。特定の実施形態では、ＢＴＫ ５４５は、ＸＬＡを診断する際のＢＴＫ ４０７の二次マーカーとなり得る。特定の実施形態では、ＷＡＳｐ ２８９は、ＷＡＳを診断する際のＷＡＳｐ ２７４の二次マーカーとなり得る。
特定の実施形態では、本開示の抗体はまた、生化学的結果が曖昧な患者、及び遺伝子検査によって有意性が不明のバリアントを有する患者について原発性の免疫不全、シスチン症及びＷＤの診断のための相補的な臨床試験でも使用され得る。
本明細書に開示される方法は、本明細書に開示される組成物及び方法による、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤのスクリーニングの結果に基づく対象（例えば、ヒト）の治療を含む。対象の治療には、治療上有効な量の送達が含まれる。治療有効量としては、有効量、予防的処置及び／または治療的処置を提供する量が含まれる。
「有効量」は、対象において所望の生理学的変化をもたらすのに必要な組成物の量である。例えば、有効量は、症状の緩和、症状の除去、またはＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／もしくはＷＤの治癒を提供し得る。有効量は研究目的で投与される場合が多い。本明細書に開示される有効量は、疾患の発達、進行、及び／または解消の評価に関連する動物モデルまたはインビトロアッセイにおいて統計的に有意な効果を引き起こし得る。
特定の実施形態は、「予防的処置」として組成物を投与することを含み得る。予防的処置としては、その処置が、障害を発症するリスクを軽減または低減する目的で施される、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／もしくはＷＤの兆候もしくは症状を示さないか、またはＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／もしくはＷＤの初期の兆候もしくは症状のみを示す対象に施される処置が含まれる。したがって、予防的処置は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤに対する予防的処置として機能する。
特定の実施形態では、予防的処置は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤの発症を予防、遅延、または低減し得る。特定の実施形態では、予防的処置は、ＷＡＳ及びＸＬＡのための抗生物質の使用などの他の予防措置の前に、同時に、または後に行ってもよい。特定の実施形態では、予防的処置は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤに関連する症状または合併症の重症度を予防または軽減し得る。ＳＣＩＤの症状及び合併症には、次のようなものが挙げられ得る：成長不全；湿疹のように見える発疹；慢性下痢；再発性の口腔カンジダ；及びニューモシスチス肺炎。ＷＡＳの症状及び合併症には、以下が挙げられ得る：出血；湿疹；血性下痢；及び再発性感染症。ＸＬＡの症状及び合併症には、以下が挙げられ得る：感染；下痢；成長不全；関節疾患；腎炎症；赤血球の分解；ならびに皮膚及び筋肉の炎症。シスチン症の症状及び合併症には以下が挙げられ得る：多尿症；多飲症；脱水；嘔吐；代謝性アシドーシス；低リン酸血症性くる病；便秘；成長障害；発熱の再発発作；熱不耐症；及び食欲不振／食欲減退。ＷＤの症状及び合併症としては、以下が挙げられ得る：疲労；食欲不振または腹痛；黄疸；黄金色の目の変色（カイザー・フライシャーリング）；脚または腹部の水分の蓄積；発話、嚥下または身体的協調の問題；ならびに制御されていない動きまたは筋肉の拘縮。
「治療的処置」としては、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤの症状または徴候を示す対象に施され、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤの徴候または症状を軽減または排除する目的で対象に施される処置が挙げられる。特定の実施形態では、治療的処置は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡと診断された対象に免疫機能を提供し得る。特定の実施形態では、治療的処置は、シスチン症に罹患している対象の細胞におけるシスチン蓄積を減少し得る。特定の実施形態では、この治療的処置は、ＷＤに罹患している対象の臓器における銅の蓄積を低減し得る。特定の実施形態では、この治療的処置は、上記のようなＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、及び／またはＷＤの症状及び合併症を低減、制御、または排除し得る。
予防的処置及び治療的処置は、相互に排他的である必要はなく、特定の実施形態において、投与された投薬量は、複数の処置タイプを達成し得る。
特定の実施形態では、治療有効量は、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡを有すると診断された対象に免疫系機能を提供する。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される処置の方法としては、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡなどの障害に対する幹細胞移植、免疫グロブリン注入、抗生物質注入、及び／または遺伝子治療が挙げられる。特定の実施形態では、処置の方法には、ＳＣＩＤの酵素療法が含まれる。免疫機能の提供としては、細菌、ウイルス、または寄生虫感染の頻度または数の減少、平均余命の延長、及び／または成長の増大が挙げられる。
特定の実施形態において、治療有効量は、シスチン症を有すると診断された対象の細胞におけるシスチンの蓄積を防止する。特定の実施形態では、処置の方法は、シスチン症のためにシステアミンを提供することを含む。特定の実施形態では、システアミンを提供することは、上記のようにシスチン症の症状を軽減または排除する。
特定の実施形態において、治療有効量は、ＷＤを有すると診断された対象の器官における銅の蓄積を防止する。特定の実施形態では、処置の方法には、ＷＤのためのＤ－ペニシラミン、トリエンチン、亜鉛塩、及び／または肝移植が含まれる。特定の実施形態では、臓器における銅の蓄積を防止することは、上記のように、ＷＤの症状を軽減または排除する。
特定の実施形態では、治療用組成物の投与は、別個のアジュバントの投与を伴ってもよい。例示的なアジュバントとしては、ミョウバン、ベントナイト、ラテックス、及びアクリル粒子；不完全フロイントアジュバント、完全フロイントアジュバント；水酸化アルミニウムなどのアルミニウムベースの塩；カルシウムベースの塩；シリカまたは任意のＴＬＲ生物学的リガンド（複数可）；シグマアジュバントシステム（Ｓｉｇｍａ Ａｄｊｕｖａｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ）（ＳＡＳ）；Ｒｉｂｉアジュバントが挙げられる。
投与について、治療有効量（本明細書では用量とも呼ばれる）は、インビトロアッセイ及び／または動物モデル研究からの結果に基づいて最初に推定され得る。そのような情報は、目的の対象における有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。特定の対象に投与される実際の投与量は、標的、体重、状態の重症度、以前または同時の治療的介入、対象の突発性疾患及び投与経路を含む物理的及び生理学的要因などのパラメーターを考慮して、医師、獣医または研究者によって決定され得る。
治療上有効な量の細胞は、１０４細胞／ｋｇ～１０９細胞／ｋｇの範囲であり得る。特定の実施形態では、治療有効量の細胞としては、１０４細胞／ｋｇ、１０５細胞／ｋｇ、１０６細胞／ｋｇ、１０７細胞／ｋｇ、１０８細胞／ｋｇ、１０９細胞／ｋｇ、またはそれ以上を含んでもよい。
有用な用量は、０．１～５μｇ／ｋｇまたは０．５～１μｇ／ｋｇの範囲であり得る。特定の実施形態では、用量としては、１μｇ／ｋｇ、１５μｇ／ｋｇ、３０μｇ／ｋｇ、５０μｇ／ｋｇ、５５μｇ／ｋｇ、７０μｇ／ｋｇ、９０μｇ／ｋｇ、１５０μｇ／ｋｇ、３５０μｇ／ｋｇ、５００μｇ／ｋｇ、７５０μｇ／ｋｇ、１０００μｇ／ｋｇ、０．１～５ｍｇ／ｋｇ、または０．５～１ｍｇ／ｋｇを含み得る。特定の実施形態では、用量としては、１ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、７０ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、３００ｍｇ／ｋｇ、５００ｍｇ／ｋｇ、７００ｍｇ／ｋｇ、１０００ｍｇ／ｋｇ以上を含み得る。
治療有効量は、治療レジメンの過程中に単回または複数回投与することによって達成され得る（例えば、毎日、隔日、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、毎週、２週間ごと、３週間ごと、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、７か月ごと、８か月ごと、９か月ごと、１０か月ごと、１１か月ごと、または毎年）。
（ＩＸ）キット。先天性障害を試験するためのキットも提供されている。キットには、血液を刺すためのランセット、血液滴を収集するためのフィルターカード、ＤＢＳを可溶化するための溶液、ならびにＤＢＳ内のマーカータンパク質を消化するための適切な緩衝液及び酵素を備え得る。キットは、ＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、ＢＴＫ、ＣＴＮＳ、ＳＨＰＫ及び／またはＡＴＰ７Ｂの非存在または減少を評価するための抗ペプチド結合剤（例えば、抗体）及び／または試薬または供給品を含む１つ以上の容器をさらに備えてもよい。特定の実施形態では、このキットは、以下の抗ペプチド抗体を含む１つ以上の容器を備える：抗ＣＤ３ε １９７、抗ＷＡＳｐ ２７４、抗ＷＡＳｐ ２８９、抗ＢＴＫ ４０７、抗ＢＴＫ ５４５、抗ＣＴＮＳ １１５、抗ＣＴＮＳ １２０、抗ＣＴＮＳ １９４、抗ＣＴＮＳ ３６０、抗ＳＨＰＫ ４４、抗ＳＨＰＫ ３６３、抗ＳＨＰＫ ３８８、抗ＡＴＰ７Ｂ ２１４、抗ＡＴＰ７Ｂ ３２５、抗ＡＴＰ７Ｂ ４６６、抗ＡＴＰ７Ｂ ５８９、抗ＡＴＰ７Ｂ ６２１、抗ＡＴＰ７Ｂ ８８７、抗ＡＴＰ７Ｂ １０５６、及び／または抗ＡＴＰ７Ｂ １０６１。抗体は、カラムまたはビーズなどの固体支持体に固定してもよい。キットには、抗体からペプチドを放出するための溶出緩衝液をさらに備えてもよい。特定の実施形態では、キットは、シグネチャーペプチドの絶対定量化を実行するために、１つ以上の標識された参照ペプチドを備えてもよい。特定の実施形態では、キットはまた、ガーゼ、滅菌接着ストリップ、手袋、チューブなどのような、キットを効果的に使用するために必要な必須の実験室及び／または医療用品のいくつかまたは全てを備えてもよい。本明細書に記載されているキットのいずれの内容にも変更を加えてもよい。
キットの構成要素は、保管及び後で使用するために調製し得る。そのような容器（複数可）に関連するのは、キットの製造、使用、または販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知であり得、この通知は、必要に応じて、製造、使用、または販売の機関による承認を反映する。
必要に応じて、キットは、この方法においてキットを使用するための説明書をさらに含む。様々な実施形態において、この説明書は、このキットの使用に関連する結果を解釈するための適切な指示；関連する廃棄物の適切な処分；などを含んでもよい。この説明書は、キット内で提供される印刷された説明書の形態であってもよいし、またはこの説明書はキット自体の一部に印刷されてもよい。説明書は、シート、パンフレット、小冊子、ＣＤ－ＲＯＭ、もしくはコンピューターで読み取り可能なデバイスの形式である場合もあれば、Ｗｅｂサイトなどの離れた場所にある説明書への指示を提供する場合もある。
本明細書に開示及び言及される配列のバリアントも含まれる。生物学的活性を損なうことなくどのアミノ酸残基を置換、挿入、または削除できるかを決定する際のガイダンスは、ＤＮＡＳＴＡＲ（商標）（Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）ソフトウェアなどの当該技術分野で周知のコンピュータープログラムを使用して見出され得る。好ましくは、本明細書に開示されるタンパク質バリアントにおけるアミノ酸変化は、保存的アミノ酸変化、すなわち、同様に荷電されたアミノ酸または非荷電アミノ酸の置換である。保守的なアミノ酸の変更には、側鎖に関連するアミノ酸ファミリーの１つの置換が含まれる。
ペプチドまたはタンパク質において、アミノ酸の適切な保存的置換は、当該技術分野の当業者に公知であり、一般に、得られる分子の生物学的活性を変えることなく行ってもよい。この分野の当業者は、一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一アミノ酸置換は、生物学的活性を実質的に変化させないことを認識している（例えば、Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８７，Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，ｐ．２２４を参照のこと）。天然に存在するアミノ酸は、一般的に次のように保存的置換ファミリーに分類される：グループ１：アラニン（Ａｌａ）、グリシン（Ｇｌｙ）、セリン（Ｓｅｒ）、及びスレオニン（Ｔｈｒ）；グループ２：（酸性）：アスパラギン酸（Ａｓｐ）、及びグルタミン酸（Ｇｌｕ）；グループ３：（酸性；極性の負に荷電した残基及びそれらのアミドとしても分類される）：アスパラギン（Ａｓｎ）、グルタミン（Ｇｌｎ）、Ａｓｐ、及びＧｌｕ；グループ４：Ｇｌｎ及びＡｓｎ；グループ５：（塩基性；極性の正に荷電した残基としても分類される）：アルギニン（Ａｒｇ）、リジン（Ｌｙｓ）、及びヒスチジン（Ｈｉｓ）；グループ６（大きな脂肪族、非極性残基）：イソロイシン（Ｉｌｅ）、ロイシン（Ｌｅｕ）、メチオニン（Ｍｅｔ）、バリン（Ｖａｌ）、及びシステイン（Ｃｙｓ）；グループ７（非荷電極性）：チロシン（Ｔｙｒ）、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、及びＴｈｒ；グループ８（大きな芳香族残基）：フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、トリプトファン（Ｔｒｐ）、及びＴｙｒ；グループ９（非極性）：プロリン（Ｐｒｏ）、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、及びＴｒｐ；グループ１１（脂肪族）：Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、及びＩｌｅ；グループ１０（小さな脂肪族、非極性、またはわずかに極性の残基）：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、及びＧｌｙ；ならびにグループ１２（硫黄含有）：Ｍｅｔ及びＣｙｓ。追加情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ（１９８４）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙに見出され得る。
そのような変更を行う際に、アミノ酸のハイドロパシー指数を考慮し得る。タンパク質に相互作用的な生物学的機能を付与する際のハイドロパシーアミノ酸インデックスの重要性は、当該技術分野で一般的に理解されている（Ｋｙｔｅ ａｎｄ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，１９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７（１），１０５－３２）。各アミノ酸には、その疎水性及び電荷特徴に基づいてハイドロパシーインデックスが割り当てられている（Ｋｙｔｅ ａｎｄ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，１９８２）。これらの値は次のとおりである。Ｉｌｅ（＋４．５）；Ｖａｌ（＋４．２）；Ｌｅｕ（＋３．８）；Ｐｈｅ（＋２．８）；Ｃｙｓ（＋２．５）；Ｍｅｔ（＋１．９）；Ａｌａ（＋１．８）；Ｇｌｙ（－０．４）；Ｔｈｒ（－０．７）；Ｓｅｒ（－０．８）；Ｔｒｐ（－０．９）；Ｔｙｒ（－１．３）；Ｐｒｏ（－１．６）；Ｈｉｓ（－３．２）；グルタミン酸塩（－３．５）；Ｇｌｎ（－３．５）；アスパラギン酸塩（－３．５）；Ａｓｎ（－３．５）；Ｌｙｓ（－３．９）；及びＡｒｇ（－４．５）。
特定のアミノ酸が、同様のハイドロパシー指数またはスコアを有する他のアミノ酸によって置換され得、それでも同様の生物学的活性を有するタンパク質をもたらし得る、すなわち、生物学的に機能的に同等のタンパク質を依然として得ることが当該技術分野で公知である。このような変更を行う際には、ハイドロパシー指数が±２以内のアミノ酸の置換が好ましく、±１以内のアミノ酸の置換が特に好ましく、±０．５以内のアミノ酸の置換がさらに特に好ましい。同様のアミノ酸の置換は、親水性に基づいて効果的に行うことができることも当該技術分野で理解されている。
米国特許第４，５５４，１０１号に詳述されているように、以下の親水性値がアミノ酸残基に割り当てられている：Ａｒｇ（＋３．０）；Ｌｙｓ（＋３．０）；アスパラギン酸塩（＋３．０±１）；グルタミン酸塩（＋３．０±１）；Ｓｅｒ（＋０．３）；Ａｓｎ（＋０．２）；Ｇｌｎ（＋０．２）；Ｇｌｙ（０）；Ｔｈｒ（－０．４）；Ｐｒｏ（－０．５±１）；Ａｌａ（－０．５）；Ｈｉｓ（－０．５）；Ｃｙｓ（－１．０）；Ｍｅｔ（－１．３）；Ｖａｌ（－１．５）；Ｌｅｕ（－１．８）；Ｉｌｅ（－１．８）；Ｔｙｒ（－２．３）；Ｐｈｅ（－２．５）；Ｔｒｐ（－３．４）。アミノ酸は、同様の親水性値を有する別のアミノ酸で置換されてもよく、それでも生物学的に同等の、特に免疫学的に同等のタンパク質を得ることができることが理解される。そのような変化において、親水性値が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、±１以内のものが特に好ましく、そして±０．５内のものがさらに特に好ましい。
上記で概説したように、アミノ酸置換は、アミノ酸側鎖置換基の相対的類似性、例えば、それらの疎水性、親水性、電荷、サイズなどに基づき得る。
他の場所で示されるように、遺伝子配列のバリアントとしては、コドン最適化バリアント、配列多型、スプライスバリアント、及び／またはコード化産物の機能に統計的に有意な程度に影響を及ぼさない突然変異が挙げられる。
本明細書に開示されるタンパク質、核酸、及び遺伝子配列のバリアントとしてはまた、本明細書に開示されるタンパク質、核酸、または遺伝子配列に対して、少なくとも７０％の配列同一性、８０％の配列同一性、８５％の配列、９０％の配列同一性、９５％の配列同一性、９６％の配列同一性、９７％の配列同一性、９８％の配列同一性、または９９％の配列同一性を有する配列も挙げられる。
「％配列同一性」とは、配列を比較することによって決定される、２つ以上の配列間の関係を指す。当該技術分野において、「同一性」はまた、そのような配列のストリング間の一致によって決定される、タンパク質、核酸、または遺伝子配列間の配列関連性の程度を意味する。「同一性」（しばしば「類似性」と呼ばれる）は、以下に記載されているものを含む（ただしこれらに限定されない）公知の方法によって容易に計算され得る：Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｌｅｓｋ，ＡＭ．，ｅｄ．）Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ（１９８８）；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ（Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ（１９９４）；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ（Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，及びＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．）Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ＮＪ（１９９４）；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｖｏｎ Ｈｅｉｊｎｅ，Ｇ．，ｅｄ．）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（１９８７）；及びＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ（Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．及びＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．）Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ（１９９２）。同一性を決定するための好ましい方法は、試験される配列の間の最適適合を得るように設計される。同一性及び類似性を決定するための方法は、公的に利用可能なコンピュータープログラムに体系化されている。配列アラインメント及びパーセント同一性計算は、ＬＡＳＥＲＧＥＮＥバイオインフォマティクスコンピューティングスイート（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）のＭｅｇａｌｉｇｎプログラムを使用して実行され得る。配列のマルチプルアラインメントは、Ｃｌｕｓｔａｌのアラインメント方法（Ｈｉｇｇｉｎｓ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ ＣＡＢＩＯＳ，５，１５１－１５３（１９８９）をデフォルトのパラメーター（ＧＡＰ ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０，ＧＡＰ ＬＥＮＧＴＨ ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０）で使用しても実行され得る。関連するプログラムとしてはまた、プログラムのＧＣＧスイート（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｐａｃｋａｇｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ ９．０，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）；ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）；ＤＮＡＳＴＡＲ（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）；及びＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを組み込んだＦＡＳＴＡプログラム（Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｃｏｍｐｕｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，［Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ．Ｓｙｍｐ．］（１９９４），Ｍｅｅｔｉｎｇ Ｄａｔｅ １９９２，１１１－２０．Ｅｄｉｔｏｒ（ｓ）：Ｓｕｈａｉ，Ｓａｎｄｏｒ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒ．Ｐｌｅｎｕｍ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．。この開示の文脈内で、配列分析ソフトウェアが分析に使用される場合、分析の結果は、参照されるプログラムの「デフォルト値」に基づいていることが理解されよう。本明細書で使用される「デフォルト値」とは、元々最初に初期化されたときソフトウェアをロードする任意の設定の値またはパラメーターを意味する。
バリアントはまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で本明細書に開示される配列にハイブリダイズし、参照配列と同じ機能を提供する核酸分子を含む。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件には、５０％ホルムアミド、５ＸＳＳＣ（７５０ｍＭのＮａＣｌ、７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％デキストラン硫酸、及び２０μｇ／ｍｌの変性、剪断されたサーモン精子ＤＮＡを含む溶液中で４２℃で一晩インキュベートすること、その後に、５０℃で０．１ＸＳＳＣでフィルターを洗浄することを含む。ハイブリダイゼーション及びシグナル検出のストリンジェンシーの変化は、主にホルムアミド濃度（ホルムアミドの割合が低いとストリンジェンシーが低下する）；塩の状態、または温度の操作によって達成される。例えば、適度に高いストリンジェンシー条件には、６ＸＳＳＰＥ（２０ＸＳＳＰＥ＝３Ｍ ＮａＣｌ；０．２ＭのＮａＨ２ＰＯ４；０．０２ＭのＥＤＴＡ、ｐＨ７．４）、０．５％ＳＤＳ、３０％ホルムアミド、１００μｇ／ｍｌサケ精子ブロックＤＮＡを含む溶液中で、３７℃で一晩インキュベートすること；その後、１ＸＳＳＰＥ、０．１％ＳＤＳで、５０℃で洗浄することを含む。さらに、より低いストリンジェンシーを達成するために、ストリンジェントなハイブリダイゼーションに続いて実行される洗浄は、より高い塩濃度（例えば、５ＸＳＳＣ）で行ってもよい。上記の条件の変化は、ハイブリダイゼーション実験でバックグラウンドを抑制するために使用される代替のブロッキング試薬の包含及び／または置換によって達成され得る。典型的なブロッキング試薬としては、デンハルト試薬、ＢＬＯＴＴＯ、ヘパリン、変性サケ精子ＤＮＡ、及び市販の独自の製剤が挙げられる。特定のブロッキング試薬を含めるには、適合性の問題に起因して、上記のハイブリダイゼーション条件の変更が必要になる場合がある。
（Ｘ）例示的な実施形態。
１．対象における重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮（富化）することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、ペプチドの濃度を決定することと；
対象を診断することであって、以下：
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに／あるいは
前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ、
を有すると対象を前記診断することと、を含む。
１．対象における重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮（富化）することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、ペプチドの濃度を決定することと；
対象を診断することであって、以下：
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃度が所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに／あるいは
前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ、
を有すると対象を前記診断することと、を含む。
２．実施形態１の方法であって、ここで、
前記ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされているか；及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされる、前記方法。
前記ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされ；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされているか；及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされる、前記方法。
３．実施形態１または２に記載の方法であって、
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；ならびに／あるいは
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；ならびに／あるいは
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
４．実施形態１～３のいずれか１項に記載の方法であって、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症の１つ以上について対象をさらにスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、前記方法。
５．前記対象において、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡの臨床症状がない状態で実施される、実施形態１～４のいずれか１項に記載の方法。
６．前記酵素がトリプシンである、実施形態１～５のいずれか１項に記載の方法。
７．各シグネチャーペプチドの前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、実施形態１～６のいずれか１項に記載の方法。
８．前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける各シグネチャーペプチドの平均濃度から－１標準偏差（ＳＤ）、－１．１ＳＤ、－１．２ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．９ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．１ＳＤ、－２．２ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．９ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上のＳＤである、実施形態１～７のいずれか１項に記載の方法。
９．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される抗前記体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、実施形態１～８のいずれか１項に記載の方法。
１０．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、実施形態１～９のいずれか１項に記載の方法。
１１．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、実施形態１～１０のいずれか１項に記載の方法。
１２．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、実施形態１～１１のいずれか１項に記載の方法。
１３．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、実施形態１～１２のいずれか１項に記載の方法。
１４．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、実施形態１～１３のいずれか１項に記載の方法。
１５．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、実施形態１～１４のいずれか１項に記載の方法。
１６．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、実施形態１～１５のいずれか１項に記載の方法。
１７．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、実施形態１～１６のいずれか１項に記載の方法。
１８．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、実施形態１～１７のいずれか１項に記載の方法。
１９．実施形態１～１８のいずれか１項に記載の方法であって、
濃縮することであって、以下：
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することによって、シスチン症のスクリーニングすることと；
前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃度が、対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症を有すると対象を診断することと、
をさらに含む、前記方法。
濃縮することであって、以下：
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することによって、シスチン症のスクリーニングすることと；
前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃度が、対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症を有すると対象を診断することと、
をさらに含む、前記方法。
２０．実施形態１９に記載の方法であって、ここで、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、方法。
２１．実施形態１９または２０の方法であって、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
２２．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、実施形態１９～２１のいずれか１項に記載の方法。
２３．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、実施形態１９～２２のいずれか１項に記載の方法。
２４．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、実施形態１９～２３のいずれか１項に記載の方法。
２５．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、実施形態１９～２４のいずれか１項に記載の方法。
２６．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、実施形態１９～２５のいずれか１項に記載の方法。
２７．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、実施形態１９～２６のいずれか１項に記載の方法。
２８．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、実施形態１９～２７のいずれか１項に記載の方法。
２９．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、実施形態１９～２８のいずれか１項に記載の方法。
３０．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、実施形態１９～２９のいずれか１項に記載の方法。
３１．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、実施形態１９～３０のいずれか１項に記載の方法。
３２．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、実施形態１９～３１のいずれか１項に記載の方法。
３３．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、実施形態１９～３２のいずれか１項に記載の方法。
３４．実施形態１～３３のいずれか１項に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体または抗原結合フラグメントを用いて；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することによってウィルソン病（ＷＤ）をスクリーニングすることと；
前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／または前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、あるいは前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／または前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＷＤを有すると対象を診断することと、
をさらに含む、前記方法。
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体または抗原結合フラグメントを用いて；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することによってウィルソン病（ＷＤ）をスクリーニングすることと；
前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／または前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、あるいは前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／または前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＷＤを有すると対象を診断することと、
をさらに含む、前記方法。
３５．実施形態３４の方法であって、ここで、
ＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードさており；
ＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされる、
前記方法。
ＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードさており；
ＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされる、
前記方法。
３６．実施形態３４または３５の方法であって、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
前記方法。
３７．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、実施形態３４～３６のいずれか１項に記載の方法。
３８．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、実施形態３４～３７のいずれか１項に記載の方法。
３９．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、実施形態３４～３８のいずれか１項に記載の方法。
４０．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、実施形態３４～３９のいずれか１項に記載の方法。
４１．前記ペプチドの前記濃度が、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳの前に添加された対応する既知の濃度の参照シグネチャーペプチドから決定される、実施形態１～４０のいずれか１項に記載の方法。
４２．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の前記ＣＤ３αシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、７０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４１のいずれか１項に記載の方法。
４３．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、６００ｐｍｏｌ／Ｌ～５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４２のいずれか１項に記載の方法。
４４．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ～１５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４３のいずれか１項に記載の方法。
４５．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４４のいずれか１項に記載の方法。
４６．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が５５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１６００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４５のいずれか１項に記載の方法。
４７．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、４０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４６のいずれか１項に記載の方法。
４８．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、１００ｐｍｏｌ／Ｌ～８０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４７のいずれか１項に記載の方法。
４９．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、９０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４８のいずれか１項に記載の方法。
５０．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３０ｐｍｏｌ／Ｌ～１００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～４９のいずれか１項に記載の方法。
５１．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、２００ｐｍｏｌ／Ｌ～５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態７～５０のいずれか１項に記載の方法。
５２．重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）を対象においてスクリーニングする方法であって；
前記対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
前記ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮（富化）することと；
内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を各シグネチャーペプチドに関して計算することと；
前記対象を、以下：
ＣＤ３εシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに／あるいは
前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ、
を有すると診断することと、
を含む、前記方法。
前記対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
前記ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮（富化）することと；
内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドを濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を各シグネチャーペプチドに関して計算することと；
前記対象を、以下：
ＣＤ３εシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに／あるいは
前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ、
を有すると診断することと、
を含む、前記方法。
５３．実施形態５２に記載の方法であって、ここで、
ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
５４．実施形態５２または５３の方法であって、ここで、
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントは：配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに、配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、及び／または
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、前記方法。
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントは：配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに、配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、及び／または
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、前記方法。
５５．前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドが、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、または配列番号２１に記載のアミノ酸配列によってコードされる、実施形態４２～４４のいずれか１項に記載の方法。
５６．実施形態４２～４５のいずれか１項に記載の方法であって、前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが以下：配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、前記方法。
５７．各所定の閾値比が、試料の集団における各ペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記平均比の前記標準偏差から計算される、実施形態５２～５６のいずれか１項に記載の方法。
５８．実施形態５２～５７のいずれか１項に記載の方法であって、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症の１つ以上について対象をさらにスクリーニングする新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、前記方法。
５９．対象において、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡの臨床症状がない状態で前記方法が実施される、実施形態５２～５８のいずれか１項に記載の方法。
６０．前記酵素がトリプシンである、実施形態５２～５９のいずれか１項に記載の方法。
６１．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、実施形態５２～６０のいずれか１項に記載の方法。
６２．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、実施形態５２～６１のいずれか１項に記載の方法。
６３．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、実施形態５２～６２のいずれか１項に記載の方法。
６４．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、実施形態５２～６３のいずれか１項に記載の方法。
６５．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、実施形態５２～６４のいずれか１項に記載の方法。
６６．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、実施形態５２～６５のいずれか１項に記載の方法。
６７．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、実施形態５２～６６のいずれか１項に記載の方法。
６８．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、実施形態５２～６７のいずれか１項に記載の方法。
６９．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、実施形態５２～６８のいずれか１項に記載の方法。
７０．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、実施形態５２～６９のいずれか１項に記載の方法。
７１．実施形態５２～７０のいずれか１項に記載の方法であって、
濃縮することであって、以下：
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／または
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することによって、シスチン症をスクリーニングすることと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を各シグネチャーペプチドについて計算することと；
前記対象を診断することであって、前記第１のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第３のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第４のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第１のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、及び／または前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、あるいは前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／または前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症を有すると前記対象を前記診断することと、
をさらに含む、前記方法。
濃縮することであって、以下：
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／または
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することによって、シスチン症をスクリーニングすることと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を各シグネチャーペプチドについて計算することと；
前記対象を診断することであって、前記第１のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第３のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第４のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第１のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、及び／または前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、あるいは前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／または前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症を有すると前記対象を前記診断することと、
をさらに含む、前記方法。
７２．実施形態７１に記載の方法であって、ここで、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
７３．実施形態７１または７２に記載の方法であって、ここで、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
７４．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、実施形態７１～７３のいずれか１項に記載の方法。
７５．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、実施形態７１～７４のいずれか１項に記載の方法。
７６．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、実施形態７１～７５のいずれか１項に記載の方法。
７７．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、実施形態７１～７６のいずれか１項に記載の方法。
７８．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、実施形態７１～７７のいずれか１項に記載の方法。
７９．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、実施形態７１～７８のいずれか１項に記載の方法。
８０．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、実施形態７１～７９のいずれか１項に記載の方法。
８１．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、実施形態７１～８０のいずれか１項に記載の方法。
８２．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、実施形態７１～８１のいずれか１項に記載の方法。
８３．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、実施形態７１～８２のいずれか１項に記載の方法。
８４．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、実施形態７１～８３のいずれか１項に記載の方法。
８５．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、実施形態７１～８４のいずれか１項に記載の方法。
８６．前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、実施形態５２～８５のいずれか１項に記載の方法。
８７．前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、実施形態５２～８６のいずれか１項に記載の方法。
８８．前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、実施形態５２～８７のいずれか１項に記載の方法。
８９．前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、実施形態５２～８８のいずれか１項に記載の方法。
９０．前記ペプチドの前記濃度が、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳの前に添加された、参照シグネチャーペプチドの対応する既知の濃度から決定される、実施形態５２～８９のいずれか１項に記載の方法。
９１．重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）の１つ以上のシグネチャーペプチドを１つ以上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料中で検出する方法であって、以下：
前記１つ以上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
各ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、前記濃縮することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、１つ以上のＤＢＳ試料でＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡのうち１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
を含む、前記方法。
前記１つ以上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
各ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、及び／あるいは
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、前記濃縮することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、１つ以上のＤＢＳ試料でＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡのうち１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
を含む、前記方法。
９２．実施形態９１の方法であって、ここで、
ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、
前記方法。
ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、
前記方法。
９３．実施形態９１または９２の方法であって、ここで、
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
９４．前記酵素がトリプシンである、実施形態９１～９３のいずれか１項に記載の方法。
９５．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、実施形態９１～９４のいずれか１項に記載の方法。
９６．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、実施形態９１～９５のいずれか１項に記載の方法。
９７．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、実施形態９１～９６のいずれか１項に記載の方法。
９８．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、実施形態９１～９７のいずれか１項に記載の方法。
９９．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、実施形態９１～９８のいずれか１項に記載の方法。
１００．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、実施形態９１～９９のいずれか１項に記載の方法。
１０１．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、実施形態９１～１００のいずれか１項に記載の方法。
１０２．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、実施形態９１～１０１のいずれか１項に記載の方法。
１０３．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、実施形態９１～１０２のいずれか１項に記載の方法。
１０４．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、実施形態９１～１０３のいずれか１項に記載の方法。
１０５．実施形態９１～１０４のいずれか１項に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することにより、シスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、これによって１つ以上のＤＢＳ試料でシスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
をさらに含む、前記方法。
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することにより、シスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、これによって１つ以上のＤＢＳ試料でシスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
をさらに含む、前記方法。
１０６．実施形態１０５に記載の方法であって、ここで、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
１０７．実施形態１０５または１０６に記載の方法であって、ここで、
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記方法。
１０８．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、実施形態１０５～１０７のいずれか１項に記載の方法。
１０９．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、実施形態１０５～１０８のいずれか１項に記載の方法。
１１０．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、実施形態１０５～１０９のいずれか１項に記載の方法。
１１１．シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、実施形態１０５～１１０のいずれか１項に記載の方法。
１１２．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、実施形態１０５～１１１のいずれか１項に記載の方法。
１１３．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、実施形態１０５～１１２のいずれか１項に記載の方法。
１１４．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、実施形態１０５～１１３のいずれか１項に記載の方法。
１１５．シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、実施形態１０５～１１４のいずれか１項に記載の方法。
１１６．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、実施形態１０５～１１５のいずれか１項に記載の方法。
１１７．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、実施形態１０５～１１６のいずれか１項に記載の方法。
１１８．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、実施形態１０５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
１１９．シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、実施形態１０５～１１８のいずれか１項に記載の方法。
１２０．実施形態９１～１１９のいずれか１項に記載の方法であって、さらに：
内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドを、前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて濃縮することと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を、各シグネチャーペプチドに関して計算することと、を含む、前記方法。
内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドを、前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて濃縮することと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を、各シグネチャーペプチドに関して計算することと、を含む、前記方法。
１２１．前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドが、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、または配列番号２１に記載のアミノ酸配列によってコードされる、実施形態１２０に記載の方法。
１２２．前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３、を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、実施形態１２０または１２１に記載の方法。
１２３．実施形態９１～１２２のいずれか１項に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体または抗原結合フラグメントを用いて；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することにより、ウィルソン病（ＷＤ）の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、１つ以上のＤＢＳ試料においてＷＤの１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
をさらに含む、前記方法。
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体または抗原結合フラグメントを用いて；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／あるいは
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することにより、ウィルソン病（ＷＤ）の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮されたペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、１つ以上のＤＢＳ試料においてＷＤの１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと、
をさらに含む、前記方法。
１２４．実施形態１２３に記載の方法であって、ここで
ＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
ＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
ＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記方法。
１２５．実施形態１２３または１２４の方法であって、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、前記方法。
１２６．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、実施形態１２３～１２５のいずれか１項に記載の方法。
１２７．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、実施形態１２３～１２６のいずれか１項に記載の方法。
１２８．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、実施形態１２３～１２７のいずれか１項に記載の方法。
１２９．ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、実施形態１２３～１２８のいずれか１項に記載の方法。
１３０．各シグネチャーペプチドの前記濃度を対応する所定の閾値濃度と比較することをさらに含む、実施形態９１～１２９のいずれか１項に記載の方法。
１３１．前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団における各シグネチャーペプチドの前記平均濃度から－１標準偏差（ＳＤ）、－１．１ＳＤ、－１．２ＳＤ、－１．３ＳＤ、－１．４ＳＤ、－１．５ＳＤ、－１．６ＳＤ、－１．７ＳＤ、－１．８ＳＤ、－１．９ＳＤ、－２．０ＳＤ、－２．１ＳＤ、－２．２ＳＤ、－２．３ＳＤ、－２．４ＳＤ、－２．５ＳＤ、－２．６ＳＤ、－２．７ＳＤ、－２．８ＳＤ、－２．９ＳＤ、－３．０ＳＤ、またはそれ以上のＳＤである、実施形態１３０に記載の方法。
１３２．各シグネチャーペプチドの前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団における各シグネチャーペプチドの平均濃度の標準偏差から計算される、実施形態１３０または１３１に記載の方法。
１３３．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、７０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２に記載の方法。
１３４．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、６００ｐｍｏｌ／Ｌ～５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２または１３３に記載の方法。
１３５．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ～１５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３４のいずれか１項に記載の方法。
１３６．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３５のいずれか１項に記載の方法。
１３７．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、５５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１６００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３６のいずれか１項に記載の方法。
１３８．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、４０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３７のいずれか１項に記載の方法。
１３９．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、１００ｐｍｏｌ／Ｌ～８０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３８のいずれか１項に記載の方法。
１４０．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、９０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１３９のいずれか１項に記載の方法。
１４１．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３０ｐｍｏｌ／Ｌ～１００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１４０のいずれか１項に記載の方法。
１４２．正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、２００ｐｍｏｌ／Ｌ～５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、実施形態１３２～１４１のいずれか１項に記載の方法。
１４３．前記ペプチドの前記濃度が、ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳの前に添加された参照シグネチャーペプチドの対応する既知の濃度から決定される、実施形態９１～１４２のいずれか１項に記載の方法。
１４４．対象における、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、シスチン症、またはウィルソン病（ＷＤ）のスクリーニングのためのアッセイであって、前記アッセイは：
（Ｉ）（ｉ）ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉ）ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉｉ）ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｖ）ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖ）ＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉ）シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉ）シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉｉ）シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｘ）シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘ）シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉ）シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉ）シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉｉ）ＷＤの第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｖ）ＷＤの第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖ）ＷＤの第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉ）ＷＤの第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉ）ＷＤの第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉｉ）ＷＤの第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；及び／または
（ｘｉｘ）ＷＤの第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
ならびに／あるいは
（ＩＩ）前記対応する参照シグネチャーペプチド、を含む、前記アッセイ。
（Ｉ）（ｉ）ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉ）ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉｉ）ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｖ）ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖ）ＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉ）シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉ）シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉｉ）シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｉｘ）シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘ）シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉ）シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉ）シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉｉ）ＷＤの第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｖ）ＷＤの第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖ）ＷＤの第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉ）ＷＤの第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉ）ＷＤの第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉｉ）ＷＤの第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；及び／または
（ｘｉｘ）ＷＤの第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
ならびに／あるいは
（ＩＩ）前記対応する参照シグネチャーペプチド、を含む、前記アッセイ。
１４５．実施形態１４４に記載のアッセイであって、ここで、
（ｉ）前記ＣＤ３εシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉ）前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉｉ）前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており、
（ｉｖ）前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
（ｖ）前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされており、
（ｖｉ）前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉ）前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉｉ）前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｘ）前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘ）前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉ）前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉ）前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉｉ）前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｖ）前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖ）前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉ）前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉ）前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉｉ）前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、ならびに／または
（ｘｉｘ）前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、
前記アッセイ。
（ｉ）前記ＣＤ３εシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉ）前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉｉ）前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており、
（ｉｖ）前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており、及び／または
（ｖ）前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされており、
（ｖｉ）前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉ）前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉｉ）前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｘ）前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘ）前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉ）前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉ）前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉｉ）前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｖ）前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖ）前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉ）前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉ）前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉｉ）前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており、ならびに／または
（ｘｉｘ）前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、
前記アッセイ。
１４６．実施形態１４４または１４５に記載のアッセイであって、ここで、
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、及び配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、ならびに／あるいは
前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれる、前記アッセイ。
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、及び配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、ならびに／あるいは
前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれる、前記アッセイ。
１４７．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１４６のいずれか１項に記載のアッセイ。
１４８．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１４７のいずれか１項に記載のアッセイ。
１４９．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１４８のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５０．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１４９のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５１．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、実施形態１４４～１５０のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５２．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１５１のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５３．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１５２のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５４．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１５３のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５５．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、実施形態１４４～１５４のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５６．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１５５のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５７．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１５６のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５８．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１５７のいずれか１項に記載のアッセイ。
１５９．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、実施形態１４４～１５８のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６０．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１５９のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６１．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１６０のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６２．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１６１のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６３．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、実施形態１４４～１６２のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６４．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１６３のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６５．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１６４のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６６．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１６５のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６７．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、実施形態１４４～１６６のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６８．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１６７のいずれか１項に記載のアッセイ。
１６９．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、実施形態１４４～１６８のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７０．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、実施形態１４４～１６９のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７１．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、実施形態１４４～１７０のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７２．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、実施形態１４４～１７１のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７３．前記参照シグネチャーペプチドが同位体標識されている、実施形態１４４～１７２のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７４．前記抗体またはその抗原結合フラグメントが磁気ビーズに付着している、実施形態１４４～１７３のいずれか１項に記載のアッセイ。
１７５．配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１７６．前記ＶＨドメインが配列番号６３を含む、実施形態１７５の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１７７．前記ＶＬドメインが配列番号６４を含む、実施形態１７５または１７６の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１７８．配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１７９．前記ＶＨドメインが配列番号６５を含む、実施形態１７８の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８０．前記ＶＬドメインが配列番号６６を含む、実施形態１７８または１７９の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８１．前記重鎖が配列番号８６を含む、実施形態１７８～１８０のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８２．前記軽鎖が配列番号９１を含む、実施形態１７８～１８１のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８３．配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８４．前記ＶＨドメインが配列番号６７を含む、実施形態１８３の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８５．前記ＶＬドメインが配列番号６８を含む、実施形態１８３または１８４に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８６．前記重鎖が配列番号９６を含む、実施形態１８３～１８５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８７．前記軽鎖が配列番号１０１を含む、実施形態１８３～１８６のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８８．配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１８９．前記ＶＨドメインが配列番号６９を含む、実施形態１８８に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９０．前記ＶＬドメインが配列番号７０を含む、実施形態１８８または１８９に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９１．前記重鎖が配列番号１０６を含む、実施形態１８８～１９０のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９２．前記軽鎖が配列番号１１１を含む、実施形態１８８～１９１のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９３．配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９４．前記ＶＨドメインが配列番号７１を含む、実施形態１９３に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９５．前記ＶＬドメインが配列番号７２を含む、実施形態１９３または１９４に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９６．前記重鎖が配列番号１１６を含む、実施形態１９３～１９５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９７．前記軽鎖が配列番号１２１を含む、実施形態１９３～１９６のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９８．配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
１９９．前記ＶＨドメインが配列番号７３を含む、実施形態１９８に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２００．前記ＶＬドメインが配列番号７４を含む、実施形態１９８または１９９に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０１．前記重鎖が配列番号１２６を含む、実施形態１９８～２００のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０２．前記軽鎖が配列番号１３１を含む、実施形態１９８～２０１のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０３．配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０４．前記ＶＨドメインが配列番号７５を含む、実施形態２０３に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０５．前記ＶＬドメインが配列番号７６を含む、実施形態２０３または２０４に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０６．前記重鎖が配列番号１３６を含む、実施形態２０３～２０５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０７．前記軽鎖が配列番号１４１を含む、実施形態２０３～２０６のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
２０８．キットであって、以下：
（Ｉ）（ｉ）ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉ）ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉｉ）ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｖ）ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖ）ＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉ）シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉ）シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉｉ）シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｘ）シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘ）シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉ）シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉ）シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉｉ）ＷＤの第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｖ）ＷＤの第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖ）ＷＤの第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉ）ＷＤの第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉ）ＷＤの第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉｉ）ＷＤの第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；ならびに／あるいは
（ｘｉｘ）ＷＤの第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント
ならびに／あるいは
（ＩＩ）前記対応する参照シグネチャーペプチド；及び
（ＩＩＩ）前記キットの内容物の使用の使用説明書を備える、
前記キット。
（Ｉ）（ｉ）ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉ）ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｉｉ）ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｖ）ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖ）ＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉ）シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉ）シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｖｉｉｉ）シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｉｘ）シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘ）シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉ）シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉ）シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｉｉ）ＷＤの第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｉｖ）ＷＤの第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖ）ＷＤの第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉ）ＷＤの第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉ）ＷＤの第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；
（ｘｖｉｉｉ）ＷＤの第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント；ならびに／あるいは
（ｘｉｘ）ＷＤの第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメント
ならびに／あるいは
（ＩＩ）前記対応する参照シグネチャーペプチド；及び
（ＩＩＩ）前記キットの内容物の使用の使用説明書を備える、
前記キット。
２０９．実施形態２０８のキットであって、ここで、
（ｉ）前記ＣＤ３εシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉ）前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉｉ）前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｖ）前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
（ｖ）前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉ）前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉ）前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉｉ）前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｘ）前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘ）前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉ）前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉ）前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉｉ）前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｖ）前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖ）前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉ）前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉ）前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉｉ）前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；ならびに／または
（ｘｉｘ）前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記キット。
（ｉ）前記ＣＤ３εシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉ）前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｉｉ）前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｖ）前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
（ｖ）前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉ）前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉ）前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｖｉｉｉ）前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｉｘ）前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘ）前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉ）前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉ）前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｉｉ）前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｉｖ）前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖ）前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉ）前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉ）前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
（ｘｖｉｉｉ）前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；ならびに／または
（ｘｉｘ）前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド及び／もしくはその参照シグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている、前記キット。
２１０．実施形態２０８または２０９のキットであって、ここで
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記キット。
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み；
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み、ならびに／あるいは
前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、
前記キット。
２１１．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２１０のいずれか１項に記載のキット。
２１２．ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２１１のいずれか１項に記載のキット。
２１３．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２１２のいずれか１項に記載のキット。
２１４．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２１３のいずれか１項に記載のキット。
２１５．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、実施形態２０８～２１４のいずれか１項に記載のキット。
２１６．ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２１５のいずれか１項に記載のキット。
２１７．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２１６のいずれか１項に記載のキット。
２１８．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２１７のいずれか１項に記載のキット。
２１９．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、実施形態２０８～２１８のいずれか１項に記載のキット。
２２０．ＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２１９のいずれか１項に記載のキット。
２２１．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２２０のいずれか１項に記載のキット。
２２２．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２２１のいずれか１項に記載のキット。
２２３．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、実施形態２０８～２２２のいずれか１項に記載のキット。
２２４．配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２２３のいずれか１項に記載のキット。
２２５．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２２４のいずれか１項に記載のキット。
２２６．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２２５のいずれか１項に記載のキット。
２２７．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、実施形態２０８～２２６のいずれか１項に記載のキット。
２２８．配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２２７のいずれか１項に記載のキット。
２２９．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～２２８のいずれか１項に記載のキット。
２３０．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２２９のいずれか１項に記載のキット。
２３１．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、実施形態２０８～２３０のいずれか１項に記載のキット。
２３２．配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２３１のいずれか１項に記載のキット。
２３３．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、実施形態２０８～３２３のいずれか１項に記載のキット。
２３４．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、実施形態２０８～２３３のいずれか１項に記載のキット。
２３５．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、実施形態２０８～２３４のいずれか１項に記載のキット。
２３６．配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、実施形態２０８～２３５のいずれか１項に記載のキット。
２３７．濾紙カード、パンチツール、消化酵素、消化緩衝液、抗体の固体支持体またはそれらの抗原結合フラグメントのうちの１つ以上；及び溶出緩衝液をさらに備える、実施形態２０８～２３６のいずれか１項に記載のキット。
２３８．前記参照シグネチャーペプチドが同位体標識されている、実施形態２０８～２３７のいずれか１項に記載のキット。
２３９．前記抗体またはその抗原結合フラグメントが磁気ビーズに付着している、実施形態２０８～２３８のいずれか１項に記載のキット。
（ＸＩ）実験例
実施例１．要約。研究を行って、選択された反応モニタリング質量分析（ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ）と組み合わせたペプチド免疫親和性濃縮に基づくマルチプレックスアッセイが、ＣＤ３ε関連重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及びＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）を有する罹患した患者を、相互に、及び罹患していない正常対照乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料から、確実かつ正確に識別し得るか否かを評価した。４２人の原発性免疫不全障害（ＰＩＤＤ）患者、４０人の正常な成人対照、及び６２人の正常な新生児からのＤＢＳ試料におけるＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、及びＢＴＫ（それぞれ、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡ）からタンパク質分解的に生成されたペプチドの盲検化多重分析を実施した。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、アッセイ内及びアッセイ間の精度（１１～２２％及び１１～４３％）、直線性（１．３９～２０００ｆｍｏｌペプチド）、及び安定性（７２時間で０．０９％以下の差）など、ＤＢＳ内の標的ペプチドを確実に定量化した。シグネチャーペプチドの分析により、対照群と比較して、罹患した患者のペプチドレベルの統計的に有意な減少（または欠如）が見られた（ＳＣＩＤ：ｐ＝０．０５、ＷＡＳ及びＢＴＫ：ｐ＝０．０００１）。ＤＢＳにおけるＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、及びＢＴＫからのタンパク質分解性ペプチドのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭベースの定量化は、関連するＰＩＤＤ症例を対照から区別する。このアプローチは、選択的ＰＩＤＤの大規模な多重新生児スクリーニングを実施するために使用され得る。
材料及び方法。患者の試料。ＰＩＤＤ及び正常な対照血液試料は、Ｓｅａｓｔｔｌｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（シアトルチルドレンズ免疫学診断研究所）から入手した。新生児ＤＢＳは、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄ（施設内審査委員会）の承認後、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｅ Ｎｅｗｂｏｒｎ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ワシントン州の新生児スクリーニング研究所）（Ｓｈｏｒｅｌｉｎｅ，ＷＡ）から回収された。ＸＬＡ ＤＢＳは、疑いのあるベトナム人２０人の患者から収集され、通常の郵便でＳｅａｔｔｌｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ（シアトル小児病院）に発送された。サンガーシーケンシングによるこれらの患者の遺伝子型は、以前にＳｅｇｕｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ；２０１８；９：２８９で報告された。合計で、４２人のＰＩＤＤ患者及び４０人の正常な対照からＤＢＳ試料を得た。正常対照及びＰＩＤＤ患者ＤＢＳは、７０μＬの血液／１２ｍｍスポットを濾紙カード（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓａｖｅｒ ９０３ Ｃａｒｄ，Ｗｈａｔｍａｎ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）にピペッティングして調製し、室温で一晩乾燥させ、使用するまで－８０℃で密封されたビニール袋に保管した。罹患した患者の試料は、収集場所から発送され、使用するまで－８０℃で保管した。
代理ペプチドの選択及び抗体産生。ＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、及びＢＴＫの代理ペプチドは、インシリコでトリプシン消化及びＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴツールによって選択された。最終的なペプチドの選択は、ペプチドの長さ、転写後修飾の欠如、及び前述のようなＢＬＡＳＴ検索によるヒトゲノムの独自性を含む、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ開発の受け入れられた主要な基準に従って行った。Ｋｅｒｆｏｏｔ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ．２０１２；６：３９４－４０２；Ａｂｂａｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；２０１５；１４：２３５７－２３７４；Ｈｏｏｆｎａｇｌｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２０１６；６２：４８－６９。ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドのペプチド選択及びモノクローナル抗体産生は以前に報告されている。Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１７、上記。次に、粗ペプチドを経験的にスクリーニングして、液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）によって検出及び定量の適合性を判断した。
アフィニティー精製されたウサギポリクローナル抗体（ｐＡｂ）またはモノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｒａｍｏｎａ，ＣＡ）またはＦｒｅｄ Ｈｕｔｃｈｉｎｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｌａｂ（フレッドハッチンソン癌研究センター免疫学研究室）（Ｓｅａｔｔｌｅ ＷＡ）によって５つのペプチドに対して首尾よく生成された。簡単に説明すると、シグネチャーペプチドは、Ｃ末端伸長（ＧＳＧＣ、配列番号７７）またはＮ末端システイン伸長で合成され、免疫化のためにキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＨＬ）に結合された。ペプチドごとに２匹のニュージーランド白ウサギまたは５匹のマウスを注射した。選択した全てのペプチドのｐＡｂまたはｍＡｂは、２５ｍＬの抗血清からのアフィニティー精製に成功した。
免疫－ＳＲＭアッセイ試薬。ＰｒｏｔｅａｓｅＭＡＸ（商標）界面活性剤（番号Ｖ２０７２）及びプロテオミクスグレードのトリプシン（番号Ｖ５１１３）は、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）から購入した。ウシ血清アルブミン標準（２００ｍｇ／ｍＬ）、及び（３－［３－コラミドプロピル）＝ジメチルアンモニオ］－１－プロパンスルホネート）（Ｐｉｅｒｃｅ（商標）ＣＨＡＰＳ、番号ＰＩ２８３００）界面活性剤は、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）から入手した。重炭酸アンモニウム（４０８６７－５０Ｇ－Ｆ）は、Ｆｌｕｋａ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ（Ｍｕｎｉｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）から購入した。アセトニトリル（番号Ａ９５５）、水（番号Ｗ６、ＬＣＭＳ ｏｐｔｉｍａグレード）、ギ酸（番号ＰＩ２８９０５）、及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、番号１００１０－０２３）は、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）から入手した。
重く安定な同位体標識ペプチドを、Ａｎａｓｐｅｃ（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）から入手した。安定同位体標識ペプチドを、ＨＰＬＣによって＞９５％超まで精製し、Ｃ末端のアルギニンまたはリジンを１３Ｃ及び１５Ｎ原子で標識した結果、それぞれ＋８または＋１０Ｄａの質量シフトが生じた。アリコートは、使用するまで－２０℃で５％アセトニトリル／０．１％ギ酸中に保存した。
抗体は、２．８μｍのＤｙｎａｂｅａｄｓプロテインＧ磁気ビーズ（番号１０００４Ｄ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に、１μｇの抗体対２．５μＬというビーズ比で固定化された。簡単に説明すると、２５０μＬのビーズを１．５ｍＬエッペンドルフチューブ（０２２３６３２０４エッペンドルフ）に加え、２５０μＬの１×ＰＢＳで２回洗浄した後、１００μｇの抗体と１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳ（番号２８３００、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を加えて、合計２５０μＬの容積を得た。その抗体を４℃でタンブリングしながら一晩ビーズに結合させた。翌日、抗体は化学的架橋によりビーズに固定した。要するに、磁気プルダウンを使用して抗体ビーズを収集し、過剰なＰＢＳを廃棄し、３００μＬの新たに調製した２０ｍＭのＤＭＰ（ジメチルピメリミデート二塩酸塩、番号Ｄ８３８８、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）含有の２００ｍＭトリエタノールアミン、ｐＨ８．５（番号Ｔ５８３００、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加した。その試料を室温で３０分間タンブリングさせ、トリエタノールアミン中のＤＭＰを廃棄した。２５０μＬの１５０ｍＭモノエタノールアミン（番号４１１０００、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加し、そのビーズを室温で３０分間回タンブリングさせた。抗体ビーズを、２５０μＬの５％酢酸＋０．０３％ＣＨＡＰＳを使用して２回洗浄し（毎回室温で５分間、タンブリング）、２５０μＬの１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳを使用してもう一度洗浄した。次に、ＣＤ３ε、ＷＡＳｐ、及びＢＴＫ抗体結合ビーズを洗浄し、５％酢酸＋３％アセトニトリル（ＡＣＮ）でインキュベートし、２５０μＬの１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳで洗浄し、後の２つのステップを１回繰り返した。中性ｐＨ（７．０）に達するまで、全ての抗体結合ビーズを２５０μＬの１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳで洗浄した。次に、洗浄した抗体結合ビーズを、抗真菌特性のために２５０μＬの１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳ及び２．５μＬのＮａＮ３（５２００２－５Ｇ Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）に再懸濁し、使用するまで４℃で保存した。
ＤＢＳタンパク質抽出及びトリプシン消化。各試料（盲検化された正常な対照または患者）について、７０μＬの血液を含む１つのＤＢＳスポット（１３ｍｍ）全体に、標準の革製パンチツールを使用して直径３ｍｍの１７個のパンチに穿孔した。最終的な試料表現は、ＳＣＩＤ：ｎ＝３、ＷＡＳ：ｎ＝１１、ＸＬＡ：ｎ＝２６、及び通常の対照（ｎ＝４０）であった。パンチを１．５ｍＬのエッペンドルフチューブに入れ、５０ｍＭ重炭酸アンモニウム（ｐＨ８）中の４９０μＬの０．１％ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標）を各チューブに加えた。そのチューブを、ＥｐｐｅｎｄｏｒｆＭｉｘＭａｔｅ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ，Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で１時間ボルテックスした後、各試料１０μＬをアリコートして、ブラッドフォードアッセイ用に２００倍に希釈してタンパク質濃度を測定した。ジスルフィド結合の還元は、５ｍＭの２Ｍ ＤＴＴで行い、３７℃の水浴で３０分間インキュベートする前に、５０ｍＭ重炭酸アンモニウム（ｐＨ８）中の０．１％ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標）４９０μＬを各チューブに追加した。次に、トリプシンを、１：５０の酵素対タンパク質比（ｗ／ｗ）で添加し、アセトニトリルを最終濃度が１５％になるように添加した。その混合物を３７℃の水浴で一晩インキュベートして消化した後、１３，０００ＲＰＭで１０分間遠心分離した後、各上清を新しいチューブに移し、Ｓａｖａｎｔ（商標）ＳｐｅｅｄＶａｃ（商標）高容量濃縮器（Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｏｒ）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で乾燥させた）。全てのトリプシン処理されたＤＢＳ消化物を、使用するまで－８０℃で保存した。
ワシントン州のＮＢＳ研究所から分析された試料については、５つまたは６つの３ｍｍパンチを、タンパク質の抽出及び消化に使用した（ｎ＝６２）。手順は、前の試料の手順と同じであるが、次のように容積を減らした：各添加について１５０μＬの０．１％ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標）及び０．７８μＬのＤＴＴ。
ペプチド免疫親和性濃縮。ＤＢＳ消化物を、１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳに再懸濁して、名目上１μｇ／μＬのタンパク質消化物濃度を得た。架橋された抗体コーティングビーズを、各標的について総質量２μｇｐＡｂとなるように添加した。次いで、２０μＬの１Ｍ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０（１５５６８－０２５ ＵｌｔｒａＰｕｒｅ，Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を添加した。同位体標識ペプチドを内部標準（ＩＳ）として追加した。この懸濁液を、４℃でタンブリングしながら一晩インキュベートして、ペプチドの捕捉を達成した。翌日、抗体ビーズ：ペプチド複合体を、１００μＬ ＰＢＳ＋０．０１％ＣＨＡＰＳで２回、１００μＬ ０．０１％ＰＢＳ＋０．０１％ＣＨＡＰＳで１回洗浄した。最後に、ペプチドは３０μＬの５％酢酸／３％ＡＣＮでのインキュベーションによって溶出された。放出されたペプチドは、分析まで－８０℃で保存した。ワシントン州ＮＢＳ実験室から分析された試料の手順は、容積を以下のように減少したことを除いて、以前の試料の手順と同じであった：５８．１μＬの１×ＰＢＳ＋０．０３％ＣＨＡＰＳ、各ペプチドの０．５９μｇ ｐＡｂ、３．１３μＬの内部標準（ＩＳ）、及び１２．５μＬのＴＲＩＳ。
液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析。濃縮された試料を、２つの実験室サイトで分析し、２つの別々のＬＣ－ＭＳ／ＭＳシステム及び機器構成（以下で説明）を利用して、データ収集における実験室間の変動を調べた。次に、測定されたペプチド濃度を方法確認のために比較した。ペプチドの親イオンと娘イオンのスペクトルは、以前に報告されている。Ｋｅｒｆｏｏｔ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ．２０１２；６：３９４－４０２。
実験室サイト１：機器は、Ｗａｒｔｅｒｓ Ｍ－Ｃｌａｓｓ勾配及びＬｏａｄｉｎｇポンプ（Ｗａｔｅｒｓ，Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＭＡ）に接続されたイオンキーソース技術を備えたＷａｔｅｒｓ Ｘｅｖｏ ＴＱ－ＸＳ ＭＳを含んだ。クロマトグラフィー溶媒は、Ａ：Ｈ２Ｏ＋０．１％ギ酸（ＦＡ）及びＢ：ＡＣＮ＋０．１％ＦＡであった。最初に、ペプチド混合物を、９８：２のＡ：Ｂの一定流量を２０μＬ／分で３分間使用して、Ｍ－Ｃｌａｓｓ Ｔｒａｐ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ ３００μｍ×５０ｍＭ Ｃ１８カラム（１００Å、５μｍ）にロードした。続いて、流れを逆にし、１５０μｍ×１００ｍｍのＢＥＨ Ｃ１８ ｉｋｅｙ（１３０Å、１．７μｍ）を横切る勾配フローを使用して、ペプチドを分離した。勾配プログラミング法を表４に示す。この場所でモニターされたペプチドは、ＣＤ３ε １９７、ＷＡＳｐ ２７４、ＷＡＳｐ ２８９、ＢＴＫ ４０７、及びＡＴＰ７Ｂ １０５６であった。
トランジション及び衝突エネルギー（ＣＥ）のパラメーターは、Ｓｋｙｌｉｎｅにおいて以前に最適化された値及びイオン化時に最も強いフラグメントを同定するためにＷａｔｅｒｓインテリスタート技術を使用して生成された値の線形回帰から得られた。ＳＲＭトランジションは、Ｑ１とＱ３の両方の四重極でユニット／ユニット分解能で取得され、滞留時間は５ミリ秒、質量範囲間で休止時間は３ミリ秒で、サイクルタイムは１．５秒になった。全ての試料は盲検方式で実行した。
実験室サイト２：ＬＣ－ＭＳは、Ｅｋｓｉｇｅｎｔ ４２５ ＬＣ及びＮａｎｏｆｌｅｘ ＣｈｉｐシステムとインターフェースされたＳＣＩＥＸ ５５００ ＱＴＲＡＰ質量分析計で実施した。クロマトグラフィー溶媒は、Ａ：Ｈ２Ｏ＋０．１％ＦＡ及びＢ：９０％ＡＣＮ＋０．１％ＦＡであった。ペプチドを０．２×０．５ｍＭトラップカラム（Ｒｅｐｒｏｓｉｌ－Ｐｕｒ ＡＱ Ｃ１８、３μｍ、１２０Ａ）に２％Ｂで、４μＬ／分の流速を用いて４分間ロードした。ペプチドは、０．０７５×１５０ｍｍカラム（Ｒｅｐｒｏｓｉｌ－Ｐｕｒ ＡＱ Ｃ１８、３μｍ、１２０Ａ）で３００ｎＬ／分で溶出した。勾配プログラムを表４に示す。衝突エネルギー設定は、Ｓｋｙｌｉｎｅから取得された。ＭａｃＬｅａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１０；２６：９６６－９６８。トランジションは、ユニット／ユニットの分解能で取得され、滞留時間は１０ミリ秒、質量範囲間で停止は５ミリ秒で、サイクルタイムは０．７５秒になった。全てのデータは盲検形式で取得された。
方法性能評価。ＤＢＳのバックグラウンドマトリックスにおけるアッセイの直線性及び感度を決定するために、応答曲線を実行した。通常の対照ＤＢＳ由来のパンチ（１試料あたり４パンチ）は、抽出緩衝液（ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標）、重炭酸アンモニウム）を使用して３回抽出した。抽出したタンパク質に対してトリプシン消化を行い、消化物をプールして共通のバックグラウンドマトリックスを作成した。重安定同位体標準を消化物にスパイクし、段階的に希釈して、さまざまなペプチド量（２０００、２００、１２．５、４．１７、１．３９、０．６９ｆｍｏｌ）の試料を作成した。磁性プロテインＧビーズに共有結合した各抗体２マイクログラムを、バックグラウンドマトリックスに添加し、一晩インキュベートした。その抗体ビーズをＰＢＳで洗浄し、溶出液をＳＲＭで分析した。
再現性ならびにアッセイ内及びアッセイ間の精度は、５つの別々の日にわたって内因性（軽）ペプチドシグナルの測定を実施することによって特徴付けられた。各試料は、１日あたり５回の完全なプロセス複製（パンチ、抽出、分解、濃縮、及び質量分析を含む）で分析された。
最後に、安定性は、室温で１日及び３日間保存されたＤＢＳで検出された内因性（軽）ペプチドを、密封容器内で、－８０℃で、ＤＢＳで検出されたペプチドと比較することによって評価した。各試料は、上記のように３回のプロセスで処理した。パーセント差は、各時点で計算した。
分析アッセイの研究所間検証。ＤＢＳ抽出、トリプシン消化、及び患者試料のペプチド捕捉は全て、実験室サイト１で実行した。抗体ビーズから溶出されたペプチド溶液は、アッセイの分析性能の実験室間検証のために、実験室サイト１と実験室サイト２で分析するために２つの１５μｌアリコートに分割した。
データ分析。全てのＳＲＭデータは、Ｓｋｙｌｉｎｅ（ＭａｃＣｏｓｓ Ｌａｂ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、オープンソース、Ｓｅａｔｌｅ，ＷＡ）を使用して分析及びプロットされた。ＭａｃＬｅａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１０；２６：９６６－９６８。内因性標的ペプチド濃度は、シグネチャーペプチドのピーク面積と既知の濃度（１００ｆｍｏｌ）で添加されたそのＩＳとの比率を比較することによって定量化された。統計は、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して生成された。受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線は、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ及び９５％信頼区間を使用して作成した。
結果。ペプチドの選択及び抗体の開発。選択されたペプチド配列、分子量、親イオン、及び娘イオンを図１に列挙している。目的のペプチドの断片化パターンは以前に報告されている。Ｋｅｒｆｏｏｔ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ Ａｐｐｌ．２０１２；６：３９４－４０２。アフィニティー精製されたポリクローナル抗体（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｒａｍｏｎａ，ＣＡ）を、５つのペプチド全てに対して生成し、標的配列を首尾よく捕捉できる能力、及び同時精製されたペプチド混入物質によってもたらされるバックグラウンドシグナルがないことによって、ヒト試料での使用が追求された。Ｋｕｈｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００９；５５：１１０８－１１１７；Ｈｏｏｆｎａｇｌｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００８；５４：１７９６－１８０４；Ｗｈｉｔｅａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；２０１１；１０：Ｍ１１０．００５６４５。
方法性能評価。分析性能指数を表５に報告する。全体として、線形応答は１．３９～２０００ｆｍｏｌのペプチドの範囲に及んだ（図２Ａ～図２Ｅ）。応答曲線上の全てのポイントの変動係数（ＣＶ）の中央値は１１％であった。定量下限（ＬＬＯＱ）は、ＣＶ＜２０％をもたらす最低点によって定義された。ＬＬＯＱは、０．６９～１２．５ｆｍｏｌの範囲であった。ＤＢＳ試料では、ＬＬＯＱより上で５つのペプチドが検出された。全てのペプチドにわたって、平均のアッセイ内（すなわち、日内）変動は１１～２２％の範囲であり、アッセイ間（すなわち、日間）変動は、１１～４３％の範囲であった。注目すべきことに、単一のペプチド（ＢＴＫ ５４５－５５８）は、２０％ＣＶを超える変動性を示した。
最後に、安定性は、室温で１日及び３日間保存されたＤＢＳで検出された内因性（軽）ペプチドを、密封容器内で、－８０℃で保存されたＤＢＳで検出されたペプチドと比較することによって評価された。結果を表５に示す。５つのペプチド全てにＬＬＯＱを超える内因性シグナルがあり、経時的な変動はほとんどなかった。各ペプチドの代表的な多重反応モニタリング（ＭＲＭ）クロマトグラムを図３Ａ～図３Ｅに示す。
全体として、２つの別個の機器分析によって決定された濃度の間に高レベルの一致があった。２つの測定値を比較する相関プロット、図４Ａ～図４Ｄは、一次ペプチドＣＤ３ε １９７（図４Ｂ）、ＷＡＳｐ ２７４（図４Ａ）、ＢＴＫ ４０７（図４Ｃ）、及びＡＴＰ７Ｂ １０５６（図４Ｄ）の場合のＲ２値が０．９７以上である測定濃度の直線性を示す。ＷＡＳｐ ２８９の測定値は、Ｒ２＝０．８５と相関することがわかったので、ＷＡＳｐ ２７４の二次マーカーとして有用であり得る（図５）。
ペプチド濃度。分析後、罹患した患者の比較のための正常範囲を定義するために、正常対照を盲検化しないでいた。正常対照からの平均ペプチド濃度は以下のとおりであった（平均±ＳＤ）：ＣＤ３ε＝２２８．６８±１５０．９８ｐｍｏｌ／Ｌ、ＷＡＳｐ ２７４＝１１７６．９６±４５６．６８ｐｍｏｌ／Ｌ、ＷＡＳｐ ２８９＝１０３２６．９８±４５１３．１３ｐｍｏｌ／Ｌ、ＢＴＫ ４０７＝６３５．０９±２６０．４０ｐｍｏｌ／Ｌ、及びＢＴＫ ５４５＝１０３８．４４±４６５．７７ｐｍｏｌ／Ｌ。シグネチャーペプチドの分析は、それぞれの場合において、対照群と比較して、患者のペプチドレベルの統計的に有意な（ｐ＜０．０５～０．０００１）減少を見出した（図６Ａ～６Ｅ）。罹患した患者の大多数のペプチドレベルは、著しく減少したか、または存在しなかった。各患者について、ＡＴＰ７Ｂ １０５６の濃度も、以前に開発されたｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ方法論を使用して決定された。Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１７（上記）。これらのタンパク質濃度は、品質管理（ＱＣ）測定として機能し、試料間の一貫性を使用して、消化及びプロセスの再現性を評価する（図３Ａ～図３Ｅ）。
各ＰＩＤＤ診断のためのペプチド濃度カットオフは、－１．２５ＳＤ（ＣＤ３ε）、－２．１５ＳＤ（ＷＡＳｐ２７４）、－１．７５ＳＤ（ＷＡＳｐ２８９）、－２ＳＤ（ＢＴＫ５４５）、及び－２．２５ＳＤ（ＢＴＫ４０７）で任意に設定した。これらの範囲を使用すると、正常な対照で２つの偽陽性の兆候が生じた。ＮＣ４及びＮＣ２０は、それぞれＷＡＳ及びＳＣＩＤ患者であることが示された。ＮＣシグネチャーペプチド値を図８に示す。ＰＩＤＤを確実に識別するためのカットオフを、表６に示す。
これらのカットオフを使用して、特定のＰＩＤＤ診断が各患者について予測された。予測された診断は、図９に示されるように、臨床的または遺伝的診断との優れた一致を示した。ＷＡＳ及びＢＴＫの分子的に確認された全ての症例は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析によっても診断された。無ガンマグロブリン血症と臨床的に診断された２人の患者、患者１０及び１３は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによって正常レベルのＢＴＫタンパク質を有していた。分子的には、これらの患者ではＢＴＫの変異は確認されなかった。Ｓｅｇｕｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ；２０１８；９：２８９。興味深いことに、無ガンマグロブリン血症の患者１２は、ＢＴＫタンパク質のレベルが低かったが、ＢＴＫのコード領域に変異は見られなかった。さらに、Ｘ連鎖性低形態ＳＣＩＤの１例である患者４１は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによって正常であると特定された。利用された各シグネチャーペプチドについて、ＲＯＣプロットの曲線下面積（ＡＵＣ）分析によって、０．０１５～０．０００１の範囲のｐ値で０．９２５～０．９９９の領域が明らかになった（図１０Ａ、１０Ｂ）。全体で９７．６％の症例で、臨床診断とｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイの結果の間が一致していた。興味深い外れ値及び不一致の症例については、以下でさらに考察する。
ＮＢＳ実験室試料のシグネチャーペプチド濃度を図１１に示す。各ＤＢＳ試料は、以前に設定されたＰＩＤＤの診断カットオフを超える有意な測定ペプチド濃度を示し、罹患していない状態を示している。
ＤＢＳ由来の３つの生命を脅かすＰＩＤＤ（すなわち、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡ）を有する患者の多重検出のための高感度かつ特異的なプロテオミクススクリーニング方法としてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭが実証されている。その結果は、ＰＩＤＤの患者を正常な対照と明確に区別し、膜貫通タンパク質ＣＤ３εの内因性ペプチドならびに細胞内タンパク質ＷＡＳｐ及びＢＴＫの低レベルが標的疾患（それぞれＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡ）と相関している。これらの診断は、１回の実施で行うことが可能で、疾患標的あたりの合計実行時間は２０分または６．６７分である。開示された結果は、ＤＢＳでのペプチドの安定性も示しており、室温で７２時間保存した後の濃度の変動は最小限である（表５）。
ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭプラットフォームは、この高度に多重化された方法で、正常な対照ＢＢＳから内因性ペプチドを確実に検出した。正常対照ＤＢＳ（Ｎ＝４０）は盲検化されておらず、正常範囲及び潜在的な陽性スクリーニングのカットオフを定義するために利用された（図８）。臨床検査室では、診断試験の基準範囲は、一般集団の正規分布によって決定される。スクリーニング検査の最初のカットオフは通常保守的であり、疾患の発生率に比べて過度に高いスクリーニング陽性率を生み出すことなく、全ての真陽性を検出することを目的としている（表６）。ただし、これらのカットオフは、人口ベースの研究に従って継続的に検証及び調整されている。これらのパラメーターを考慮すると、陽性スクリーニングの結果の定義は、この例のペプチドの平均よりも１．２５～２．２５標準偏差（ＳＤ）低い範囲であった。選択されたカットオフは、２つの偽陽性正常対照であって、１つはＷＡＳ（ＮＣ４）及び１つはＳＣＩＤ（ＮＣ２０）を生じた（図８）。ＮＣ４の場合、再スクリーニングにより、正常範囲のＷＡＳｐレベルが示された。これらの予備的なカットオフは静的ではなく、より多くの正常な対照及び患者の試料がスクリーニングされるにつれて、より明確に定義されるようになる。
これらのカットオフを使用して、広範囲の突然変異をカバーするあらゆる分子的に確認されたＷＡＳ及びＢＴＫ患者が明確に同定された（図９）。仮説として、ペプチド濃度は、遺伝子型に関係なく、ＢＴＫ及びＷＡＳの症例の大部分で減少している。Ｑａｓｉｍ ｅｔ ａｌ．Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．２００１；１１３：８６１－８６５；Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ；２００４；１０４：４０１０－４０１９；Ｆｕｔａｔａｎｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｙ．２００１；１１４（１）：１４１－９。したがって、これらのペプチドは、診断及びスクリーニングのためのバイオマーカーを提供する。試験に利用できる３人のＳＣＩＤ患者のうち、２人はＣＤ３ε分析によって陽性に同定された。第３の患者は、正常な対照の大部分と比較してＣＤ３εレベルが低いが、定義されたカットオフ内であって、部分的に機能するタンパク質を生成することが知られているＩＬ２ＲＧに「低形態」突然変異があった。これは、患者の総ＣＤ３＋Ｔ細胞数がわずかに少ない（８００細胞／μＬ）ことに反映されているが、古典型のＳＣＩＤのように存在しないことには反映されていない。ＣＤ３εは末梢血中のＣＤ３＋Ｔ細胞によってのみ発現されるので、存在するＣＤ３εタンパク質の量はＣＤ３＋Ｔ細胞の総数を反映している。したがって、低形態型のＳＣＩＤの患者、オリゴクローナルＴ細胞集団を拡大した「漏出」型のＳＣＩＤの患者、または母体由来のＴ細胞を拡大した患者は、Ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアプローチでは見逃される場合がある。
ＲＯＣ曲線は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析の診断能力を評価するために構築された。これらのプロットは、真の陽性率を偽陽性率に関連付け、カットオフ値がますます厳しくなっている。診断カットオフが低くなると、試験は真の陽性を記録する能力が高くなるが、このプロセスは偽陽性につながる可能性も高くなる。したがって、高い真陽性率及び低い偽陽性率を維持するスクリーニング試験は、グラフがｙ軸の近くにあり、大きなＡＵＣをもたらすことになる（図１０Ａ、図１０Ｂ）。これらの値によって、ＰＩＤＤのシグネチャーペプチドのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析の高い診断精度が示される。
消化及びプロセス性能のＱＣモニタリングは、ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチド測定の形態で現在のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭマルチプレックスに含まれている。検出された全ての代謝物が有用なＮＢＳ標的であるとは限らないため、代謝物比の計算及び二次代謝産物分析を使用して、メチルマロン酸尿症におけるＣ３：Ｃ２比及び２－メチルクエン酸分析などの特定の疾患に対するＮＢＳの感度及び特異性を改善する。Ｌｉｎｄｎｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｎｈｅｒｉｔ．Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓ．２ｎｄ ｅｄ．２００８；３１：３７９－３８５。さらに、標的の比率は、試料の収集品質、保存、抽出及び消化の効率、ならびに血液の特性など、多数の要因によってもたらされる試料間のばらつきを説明し得る。Ｒａｚａｖｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏａｎａｌｙｓｉｓ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ；２０１６；８：１５９７－１６０９。ここで、ＡＴＰ７Ｂ濃度は、スクリーニングされた試料全体でほぼ一貫していることがわかった（図７）。ＡＴＰ７Ｂがないことは、不適切に処理または取り扱われた検体に警告を与えるのに役立つ場合がある。最初の実験として、各ＰＩＤＤペプチドを、同じ試料中のＡＴＰ７Ｂの内因性濃度に対する比率で比較した。ペプチド濃度に基づいて得られた予測は、臨床診断との完全な一致を示し、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ及びＡＴＰ７Ｂの比率がＰＩＤＤ診断のための効果的かつ補完的なツールであることを実証している（図１２及び表７）。これらのタイプの比率は、選択したペプチドが試料の大規模なコホート全体にわたって遍在し、かつ著しく不変のシグナルであることが証明されている場合、臨床ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭスクリーニングで有用である。
１つの症例は、目的のタンパク質の一次及び二次シグネチャーペプチドの両方を有することの重要性を示した。患者１８は、プライマリマーカーＢＴＫ４０７の代わりにＢＴＫ５４５の分析後に、陽性のＢＴＫ診断があることが判明した。ＢＴＫ４０７のレベルは、平均と比較して有意に減少し、１６７．８６対６４２．１６ｐｍｏｌ／Ｌであったが、陽性スクリーニングを誘発するほど低くはなかった。対照的に、患者は、シグネチャーペプチド自体に含まれるアミノ酸配列５４５～５５８内に位置するｐ．Ｙ５５１Ｎ突然変異を保有しているので、ＢＴＫ５４５レベルはほとんど存在しなかった（図９）。この場合、多重化されたペプチドによって、最初は境界線であった陽性診断の確認が可能になった。
サンガーシーケンシングによるＢＴＫの突然変異を欠いた２人の臨床的に定義された無ガンマグロブリン血症患者（試料＃１０及び＃１３）において、正常レベルのＢＴＫが見出されたことは注目に値する（図９）。したがって、これらの患者はＸＬＡを持っていない可能性が高いが、より広範な遺伝子検査は行っていないものの、他の常染色体型の無ガンマグロブリン血症を有する場合がある。別の患者（試料＃１２）は、ＢＴＫタンパク質のレベルが低下していたが、ＢＴＫに識別可能な変異はなかった。これによって、コーディング領域及びイントロン－エクソン接合部の配列決定中に変異が見落とされたか、またはこの患者が調節エレメント、ポリアデニル化シグナル、もしくはイントロン領域のいずれかに影響を与えるＢＴＫ変異を抱えている場合があることが示唆される。これらの症例によって、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの臨床的有用性が強調される。
さらに、同じＷＡＳ患者の骨髄移植（ＢＭＴ）前後から２つの試料を得た（それぞれ、図９の試料番号２９及び３０）。ＢＭＴ前のｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析により、患者はＷＡＳであることが確認された。ＢＭＴ後、患者は正常であると特定された。この症例によって、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭがＢＭＴの治療過程を追跡して、免疫系の再構成が成功したことを確認する能力が強調されている。同様の原理は、遺伝子治療を受けている単一遺伝子障害の患者にも適用され得る。
全体として、分析によって、開示されたアッセイが、ＤＢＳ中の標的ペプチドの濃度を決定するための広い線形範囲及び許容可能な精度を有することが実証されている（表５）。相関プロットは、２つの別々の実験施設での異なるＭＳ機器による試料分析の有意な一致を示している（図４Ａ～図４Ｄ及び５）。５つのペプチドのうち４つ、ＣＤ３ε １９７、ＷＡＳｐ ２７４、ＢＴＫ ４０７、及びＡＴＰ７Ｂ １０５６は、分析時にＲ２値＞０．９７で、ほぼ同一であった。ＷＡＳｐ ２８９は、Ｒ２＝０．８５のオーバーラップで、わずかに変動する能力を示したため、臨床分析を行う際のＷＡＳｐ ２７４の二次マーカーとなる場合がある。さらに、ＢＴＫ ５４５は、２０％ＣＶを超える変動性を示し、ＢＴＫ ４０７の二次マーカーとして適するものになるであろう。これらの結果、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析に臨床応用及び移行性があることが示されている。臨床現場では、参照標準及び／またはキャリブレータの使用は、所見の検査室間検証に役立つ。
ワシントン州のＮＢＳ研究所によって提供されたランダムに選択された試料を使用して、ＮＢＳの状況においてｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析を利用することの実現可能性を試験した。試料の入手可能性が限られているため、及びより小さな試料からのシグネチャーペプチド分析の有用性を試験するために、使用されるＤＢＳの量を、１スポット全体から５つまたは６つの３ｍｍパンチに減らした。目的のペプチドは、試料処理への変更を最小限に抑えて、容易に濃縮及び分析された。シグネチャーペプチドの濃度は全て、既知の正常対照の分析から得られた事前定義されたカットオフよりも大きかった（図１１）。したがって、これらの患者は正常として指定される。試料入力を大幅に削減してこの分析を確実に実行する能力によって、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭ分析はＮＢＳへの変換にさらに適するものになる。このハイスループット多重化法は、疾患ごとの実行時間を効果的に短縮し得、現在の自動化法の通常の実行時間が３分未満であるＮＢＳに適している。Ｒａｓｈｅｄ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．１９９７；４３：１１２９－１１４１；Ｋｈａｌｉｄ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｍｅｄ Ｓｃｒｅｅｎ．ＳＡＧＥ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｓａｇｅ ＵＫ：Ｌｏｎｄｏｎ，Ｅｎｇｌａｎｄ；２００８；１５：１１２－１１７。ベトナムからの従来の郵便で、周囲温度で発送されたＤＢＳを使用したＢＴＫ患者の予測の成功によって、ＤＢＳの収集及び発送が経済的である資源の乏しい環境での診断試験の潜在的な有用性も強調される。
ＮＢＳは、現代において最も成功した公衆衛生構想の１つであるが、下流の酵素欠損に起因する、蓄積された代謝産物の検出に依存している。ただし、ＰＩＤＤを含む多くの遺伝性障害は、タンパク質の欠如または減少を特徴とし、現在のＮＢＳ法の範囲を制限するものである。Ｑａｓｉｍ ｅｔ ａｌ．Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．２００１；１１３：８６１－８６５；Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ；２００４；１０４：４０１０－４０１９。ＤＢＳからＰＩＤＤ関連ペプチドを検出できることにより、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、現在のカバレッジのこのギャップを埋め、現在の代謝物バイオマーカーがない治療可能な疾患へのＮＢＳの拡大を可能にする。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭは、タンパク質欠乏の定量化された証拠を迅速に提供し、さらに侵襲的な手順を行うことなく、ＤＢＳからの初期スクリーニング及び分子分析と同時に実行され得る。これらのシグネチャーペプチドの定量化は、さまざまな先天性疾患の高度に多重化可能なスクリーニング及び診断ツールとしてのｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭの基礎を築く。
実施例２．ＤＢＳを使用するシスチン症のＮＢＳの定量的アッセイの開発。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、実施例１に記載されているように実施されたが、シスチン症のシグネチャーペプチドを使用した。ＣＴＮＳ １１５ペプチドを認識する抗体を開発し、患者試料のスクリーニングに使用した。このペプチドバイオマーカーは、ＤＢＳで１６．９ｐｍｏｌ／ＬまでのＣＴＮＳのロバストかつ特異的な検出を提供する（表８）。ＣＴＮＳの測定濃度は、５．５～７９．８ｐｍｏｌ／Ｌの範囲である。ＳＨＰＫのレベルは、９２２．３～５７８７．６ｐｍｏｌ／Ｌの範囲である。試料ＣＴＮＳ００００１－ＣＴＮＳ ０００１３は盲検的であり、予測される変異状態は、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによって証明されるタンパク質レベルに基づいている。シスチン症の最も一般的な形態は、ＣＴＮＳタンパク質及び隣接するタンパク質ＳＨＰＫの喪失をもたらす、５７ｋｂの欠失変異に起因する。太字の試料は、ホモ接合性の５７ｋｂの欠失変異を含むことが確認または予測されている。ＮＤ：検出されなかった（表８）。
実施例３．シスチン症の診断のためのＣＴＮＳ及びＳＨＰＫペプチドの多重ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイ。罹患したＤＢＳ及び正常な対照ＤＢＳ由来のＣＴＮＳ及びＳＨＰＫのペプチドバイオマーカーの多重定量化は、単一の実験で達成されており、その結果は基礎となる患者の遺伝子型と一致している。ＣＴＮＳ １１５ペプチドを、シスチン症患者試料の多重分析のために、セドヘプツロキナーゼ（ＳＨＰＫ）のシグネチャーペプチドバイオマーカーであるＳＨＰＫ ３６３と結合した。これらのアッセイでは、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭワークフローでＣＴＮＳ１１５及びＳＨＰＫ３６３の両方の抗体の組み合わせた使用を含んだ。この分析では、４マイクログラムのＣＴＮＳ １１５ｍＡｂ及び０．２５マイクログラムのＳＨＰＫ３６３ｍＡｂを使用した。多重分析は、４人の正常な対照、６人の確認されたシスチン症患者、及び１３人の盲検試料で実施した（表８）。ＣＴＮＳ１１５は、既知の患者試料には完全に存在しない。さらに、５７ｋｂの欠失についてホモ接合性であることが確認された患者試料は、ＳＨＰＫ３６３を欠いているが、ヘテロ接合性の患者試料にはさまざまなレベルのＳＨＰＫタンパク質が存在する。興味深いことに、試料ＣＴＮＳ ２０９（５７ｋｂ欠失及びｃ．８３８Ａ＞Ｇの複合ヘテロ接合体；ｐ．Ｋ２８０Ｒ）は、欠失が存在しない試料ＣＴＮＳ ２１１－２１３と比較してＳＨＰＫのレベルが低下しており（図１３）、遺伝子型とペプチドレベルとの間の相関が示唆される。１３の盲検化された試料のうち、２つだけがＣＴＮＳの検出可能な濃度を有する。これらの試料は、正常な対照であると予測される。アッセイはまた、試料００００５及び００００９－０００１０がＣＴＮＳ及びＳＨＰＫペプチドの両方を欠いているため、ホモ接合性欠失を有する患者由来であることも正確に予測した（表８）。
ＣＴＮＳ１１５及びＳＨＰＫ ３６３の最初の多重化された定量化に基づいて、ＣＴＮＳ１１５シグナルを増大させるために増強された感度が必要であると確認された。これにより、ＷａｔｅｒｓＩｏｎｋｅｙシステムを使用したＬＣ－ＭＳ／ＭＳ検出中のマイクロリットル／分の流量から、より感度の高いナノリットル／分のＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイへの移行が促された。この変更により、測定の分析感度が大幅に向上した。両方のシステムで分析した場合のＣＴＮＳ１１５の直接比較では、ナノフロー分析により、ペプチドのシグナル対ノイズ（Ｓ／Ｎ）比が１２３ａｍｏｌで４４倍、３ａｍｏｌで１６倍、０．３ａｍｏｌで５倍向上することが見出される（図１４）。これにより、ＤＢＳでのＣＴＮＳ１１５の定量限界が有意に低下する。さらに、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析に通常注入される試料の１／２を使用して、シグナルの増大を得た。これにより、将来のスクリーニングに必要なＤＢＳ試料の量を減らすことが可能になる。
この改善されたアッセイにより、９つの盲検試料及び４つの正常対照をスクリーニングした（図１５）。９つの試料のうち７つは、ＣＴＮＳ １１５を完全に欠いていることが見出された。それらの７つのうち６つはさらに、ＳＨＰＫ ３６３を欠いており、両方のタンパク質の産生を損なう５７ｋｂのホモ接合性欠失変異を抱えていると予測された。残りの３人の患者はヘテロ接合体であると予測された。予測されたヘテロ接合体のうちの２つは、対照と比較して、ＣＴＮＳ １１５のレベルが中程度から有意に減少していることが見出された。これらの予測は、３つの複合ヘテロ接合体を含む６つのケースで確認された。残りの３人の患者の配列決定は進行中であるが、ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭによって５７ｋｂの欠失ホモ接合体であると予測されている。正常な対照は、ＣＴＮＳ １１５及びＳＨＰＫ ３６３の両方とも相当なレベルを有することが見出された。
他のタンパク質からの検証されたペプチドバイオマーカーの組み込みによって、下流のプロセスモニタリング及び分析品質管理のためのロバストな臨床基準範囲の開発が可能になるであろう。ＷＤ（ＡＴＰ７Ｂタンパク質）及び原発性免疫不全症（ＢＴＫ及びＷＡＳタンパク質）に対する抗体が組み込まれている。これらの範囲は、母集団スクリーニング環境で実行された任意の試料の臨床的妥当性を通知し、一方でそれら自体の関連する病状の診断スクリーニングとしても同時に機能する。
実施例４．追加のＣＴＮＳ及びＳＨＰＫペプチドバイオマーカーが開発されている。ペプチドＣＴＮ Ｓ１２０、ＣＴＮＳ １９４、ＳＨＰＫ ４４、及びＳＨＰＫ ３８８は、ロバストな免疫応答及び高いポリクローナル抗体力価の生成を示した。したがって、抗ＣＴＮＳ １２０、抗ＣＴＮＳ １９４、抗ＳＨＰＫ ４４、及び／または抗ＳＨＰＫ ３８８抗体を開示された方法で使用して、シスチン症をスクリーニングしてもよい。ＳＨＰＫ ３８８のポリクローナル抗体は、これまで、正常な対照ＤＢＳにこのペプチドが存在し、患者のＤＢＳには存在しないことを示すために利用されてきた。ＣＴＮＳ １２０、ＣＴＮＳ １９４、ＳＨＰＫ ４４、及びＳＨＰＫ ３８８のペプチドバイオマーカーのモノクローナル抗体が作成される。これらのマーカーは、既存のマルチプレックスアッセイに組み込まれる。
実施例５．ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を使用して、ＷＡＳｐ ２７４またはＢＴＫ ４０７ペプチドを濃縮した。内部標準ペプチドピーク面積は、ＷＡＳｐ ２７４（図１６Ｂ及び１６Ｄ）及びＢＴＫ ４０７（図１６Ａ及び１６Ｃ）の両方のペプチド捕捉時に生成された。ピーク面積は、ブランク対照試料のみ（すなわち、患者の血液なし、図１６Ｃ、１６Ｄ）、及び患者とブランク対照試料の両方の集計セット（図１６Ａ及び１６Ｂ）で測定された。モノクローナル抗体は、試料マトリックスに関係なく、標的ペプチドを捕捉及び濃縮する、同等または優れた能力を示した。
実施例６．シスチン症スクリーニングの拡張。実施例２及び３（図１３及び表８）に記載されるようなシグネチャーペプチドバイオマーカーＣＴＮＳ １１５及びＳＨＰＫ ３６３を使用するシスチン症のスクリーニングは、合計９０人の患者を含むように拡張された。分析後、シスチン症患者は、盲検化されておらず、ＣＴＮＳレベルが対照と比較して著しく低下していることが見出された。大多数（８７／９０、９６．７％）は、変異に関係なく、正常平均より１．５標準偏差低い診断カットオフを下回るＣＴＮＳ １１５のレベルを有する（図１７）。さらに、シスチン症患者の変異は、ＳＨＰＫ濃度に基づいて層別化され得る。既知のホモ接合性５７ｋｂ欠失の遺伝的背景のある患者のうち、２６／２７（９６．３％）は、ＳＨＰＫ ３６３の検出不可能なレベルであった。これらの患者は、正常平均より１．８標準偏差低い診断カットオフセットを下回った。さらに、単一の５７ ｋｂ欠失変異を持つ複合ヘテロ接合性患者は、この欠失変異のコピーがない患者よりもＳＨＰＫ ３６３レベルが有意に低いことが見出された。予想どおり、これらの患者は、遺伝子型に比例してＳＨＰＫを首尾よく産生した（図１７）。
実施例７．ＷＤ患者に関する研究。ｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭアッセイは、実施例１に記載されているように実施したが、正常対照及び１６人のＷＤ患者由来のＤＢＳ試料、ならびにＷＤの以下のシグネチャーペプチドに結合するモノクローナル抗体を使用した：ＡＴＰ７Ｂ １０５６、ＡＴＰ７Ｂ ２１４、及びＡＴＰ７Ｂ ８８７（図１８Ａ～図１８Ｃ）。この研究では、１６人のＷＤ患者全員が、ＡＴＰ７Ｂ １０５６のレベルの低下または欠如を示した（正常対照の平均より２．６ＳＤ未満；図１８Ａ）。ＡＴＰ７Ｂ ２１４及びＡＴＰ７Ｂ ８８７ペプチドレベルの両方が、正常対照と比較して同様に減少した（図１８Ｂ、１８Ｃ）。いずれの場合も、全てのＷＤ患者は、ＡＴＰ７Ｂペプチドバイオマーカーのレベルが正常な対照のレベルを下回っていると特定された。それぞれがＮＢＳスクリーニングツールとしての潜在的な有用性を有しており、一緒になってＷＤ状況のロバストな優遇的確認が得られる。
当業者によって理解されるように、本明細書に開示される各実施形態は、その特定の記載された要素、ステップ、成分または構成要素を含むか、本質的にそれからなるか、またはそれからなってもよい。したがって、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」または「含んでいる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、「含む、からなる、または本質的にからなる」を意味すると解釈されるべきである。移行用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」とは、不特定の要素、ステップ、成分、または構成要素を、たとえ大量であっても、含むがこれらに限定されず可能にすることを意味する。「からなる」という移行句は、指定されていない任意の要素、ステップ、成分、または構成要素を除外する。「本質的にからなる」という移行句は、実施形態の範囲を、特定の要素、ステップ、成分、または構成要素に、及び実施形態に実質的に影響を及ぼさないものに限定する。重大な影響により、新生児から得られたＤＢＳ、本明細書に開示された抗体、及びｉｍｍｕｎｏ－ＳＲＭを利用して、ＳＣＩＤ、ＷＡＳ、ＸＬＡ、シスチン症、またはウィルソン病を確実に診断する能力が統計的に有意に低下する。
別段示さない限り、本明細書及び特許請求の範囲で使用される成分の量、分子量などの特性、反応条件などを表す全ての数字は、全ての場合において「約」という用語によって修飾されると理解されるべきである。したがって、反対に示されない限り、本明細書及び添付の特許請求の範囲に記載された数値パラメーターは、本発明によって得られることが求められる所望の特性に応じて変化し得る近似値である。少なくとも、均等論の適用を請求項の範囲に限定する試みとしてではなく、各数値パラメーターは、少なくとも報告された有効桁数に照らして、及び通常の丸め手法を適用することによって解釈されるべきである。さらに明確にする必要がある場合、「約」という用語は、記載された数値または範囲と組み合わせて使用される場合、すなわち、記載された値または範囲よりいくらか多いまたはいくらか少ないことを示すとき（記載された値の±２０％の範囲内まで；記載値の±１９％；記載値の±１８％；記載値の±１７％；記載値の±１６％；記載値の±１５％；記載値の±１４％；記載値の±１３％；記載値の±１２％；記載値の±１１％；記載値の±１０％；記載値の±９％；記載値の±８％；記載値の±７％；記載値の±６％；記載値の±５％；記載値の±４％；記載値の±３％；記載値の±２％；または記載値の±１％）、当業者によって合理的に帰される意味を有する。
本発明の広い範囲を示す数値範囲及びパラメーターは近似値であるにもかかわらず、特定の実施例に記載される数値は、可能な限り正確に報告される。ただし、数値には本質的に、それぞれの試験測定で見出された標準偏差から必然的に生じる特定の誤差が含まれている。
本発明を説明する文脈で（特に以下の特許請求の範囲で）使用される用語「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」及び同様の指示対象は、本書に別段の記載がない限り、または文脈によって明確に矛盾しない限り、単数形及び複数形の両方をカバーすると解釈されるべきである。本明細書での値の範囲の列挙は、単に、その範囲内にある各々の個別の値を個別に言及する簡単な方法として機能することを意図している。本明細書に別段の記載がない限り、個々の値は、本明細書に個別に記載されているかのように本明細書に組み込まれる。本明細書に記載される全ての方法は、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で実行され得る。本明細書で提供されるありとあらゆる例、または例示的な言語（例えば、「など」）の使用は、単に本発明をよりよく解明することを意図したものであり、それ以外に特許請求される本発明の範囲を制限するものではない。本明細書のいかなる文言も、本発明の実施に不可欠な特許請求されていない要素を示すものとして解釈されるべきではない。
本明細書に開示される本発明の代替要素または実施形態の分類は、限定として解釈されるべきではない。各グループのメンバーは、個別に、またはグループの他のメンバーまたは本明細書に見られる他の要素と任意の組み合わせで参照及び請求され得る。グループの１つ以上のメンバーが、利便性及び／または特許性の理由から、あるグループに含まれるか、またはあるグループから削除されることが予想される。そのような包含または削除が発生した場合、本明細書には変更されたグループが含まれていると見なされ、したがって、添付の特許請求の範囲で使用されている全てのマーカッシュ（Ｍａｒｋｕｓｈグループ）の書面による説明が満たされる。
本発明を実施するために本発明者に知られている最良のモードを含む、本発明の特定の実施形態が本明細書に記載されている。当然ながら、これらの説明された実施形態の変形は、前述の説明を読むと、当業者には明らかになるであろう。本発明者は、当業者がそのような変形を適切に使用することを期待し、本発明者らは、本明細書に具体的に記載されている以外の方法で本発明を実施することを意図している。したがって、本発明は、適用法令によって許可されるように、本明細書に添付された特許請求の範囲に列挙された主題の全ての変更及び同等物を含む。さらに、その全ての可能な変形における上記の要素の任意の組み合わせは、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、本発明に含まれる。
さらに、本明細書全体を通して、特許、印刷された刊行物、雑誌記事、及び他の書面のテキスト（本明細書の参照資料）に対して多数の参照がなされてきた。参照される資料のそれぞれは、それらの参照される教示のために、その全体が参照により本明細書に個別に組み込まれる。
最後に、本明細書に開示される本発明の実施形態は、本発明の原理の例示であることが理解されるべきである。使用され得る他の変更は、本発明の範囲内である。したがって、限定ではないが例として、本発明の代替の構成を、本明細書の教示に従って利用し得る。したがって、本発明は、正確に示され、説明されたものに限定されない。
本明細書に示される詳細は、例として、本発明の好ましい実施形態の例示的な議論を目的とするものにすぎず、本発明の様々な実施形態の原理及び概念的態様の最も有用かつ容易に理解される説明であると考えられるものを提供する目的で提示される。この点に関して、本発明の基本的な理解に必要であるよりも詳細に本発明の構造の詳細を示す試みはなされておらず、図面及び／または実施例とともに行った説明は、本発明のいくつかの形態が、実際に具体化され得る方法を当業者に明らかにしている。
本開示で使用される定義及び説明は、以下の実施例で明確かつ明瞭に変更されない限り、または意味の適用がなんらかの構造を無意味または本質的に無意味にする場合を除いて、なんらかの将来の構造を制御することを意味及び意図する。用語の構成によって意味がなくなるか、または本質的に意味がなくなる場合、定義はＷｅｂｓｔｅｒ’ｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ、３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ、またはＯｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｅｄｓ．ＡｔｔｗｏｏｄＴ ｅｔ ａｌ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，２００６）などの当業者に公知の辞書から取得する必要がある。
Claims (177)
- 対象における重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）をスクリーニングする方法であって、
前記対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）試料を取得することと；
前記ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲを含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号２のＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号３のＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号４のＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ならびに／あるいは
配列番号５のＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
前記対象が、以下：
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの前記濃度が所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／もしくは第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／もしくは第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに
前記第１及び／もしくは第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／もしくは第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ；
を有すると診断することと：
を含む、前記方法。 - 請求項１の方法であって、ここで、前記方法が、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について前記対象をさらにスクリーニングする、新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、前記方法。
- 前記方法が、前記対象においてＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡの臨床症状がない状態で実施される、請求項１に記載の方法。
- 前記酵素がトリプシンである、請求項１に記載の方法。
- 各シグネチャーペプチドについて前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の各シグネチャーペプチドの前記平均濃度の標準偏差から計算される、請求項１に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、７０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項５に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中における配列番号２のＷＡＳの前記ＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、６００ｐｍｏｌ／Ｌ～５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項５に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号３のＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、５５００ｐｍｏｌ／Ｌ～１５０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項５に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３５０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項５に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号５のＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記平均濃度が５５０ｐｍｏｌ／Ｌ～１６００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項５に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、請求項１に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、請求項１に記載の方法。
- 請求項１に記載の方法であって、
濃縮することであって、以下：
前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号６のシスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号７または８のシスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを；
前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１２のシスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを；
前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１３のシスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを；
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号９のシスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを；
前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１４のシスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを；
前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１５のシスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、
前記濃縮することにより、シスチン症をスクリーニングすることと；
前記対象を、前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／または前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症を有すると診断することと、
をさらに含む、前記方法。 - 各シグネチャーペプチドの前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の各シグネチャーペプチドの前記平均濃度の標準偏差から計算される、請求項２１に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、４０ｐｍｏｌ／Ｌ～２５０ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項２２に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号９のシスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの平均濃度が、１００ｐｍｏｌ／Ｌ～８０００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項２２に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
- 請求項１に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１０のＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；及び／または
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１６のＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１７のＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１８のＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号１９のＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを；
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、配列番号２０のＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記濃縮することよってウィルソン病（ＷＤ）をスクリーニングすることと；
前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／もしくは前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／もしくは前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが存在しない場合、前記対象がＷＤを有すると診断することと；
をさらに含む、前記方法。 - 各シグネチャーペプチドの前記対応する所定の閾値濃度が、正常な対照対象の集団由来のＤＢＳ中の各シグネチャーペプチドの前記平均濃度の標準偏差から計算される、請求項３７に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、９０ｐｍｏｌ／Ｌ～４００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項３８に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号１６のＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、３０ｐｍｏｌ／Ｌ～１００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項３８に記載の方法。
- 正常な対照対象の集団由来のＤＢＳにおける配列番号２０のＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの前記平均濃度が、２００ｐｍｏｌ／Ｌ～５００ｐｍｏｌ／Ｌの範囲の濃度を含む、請求項３８に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、請求項３７に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、請求項３７に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、請求項３７に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、請求項３７に記載の方法。
- 対象における重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）をスクリーニングする方法であって、以下：
前記対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）サンプルを取得することと；
前記ＤＢＳの血液由来のタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む、重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号２のＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む、重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号３のＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号４のＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
配列番号５のＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、
前記濃縮することと；
濃縮することであって、以下の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド：
前記配列番号１０を、配列番号１０の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１１または２１を、前記配列番号１１または２１の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合し、かつ配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１６を、前記配列番号１６の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１７を、前記配列番号１７の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１８を、前記配列番号１８の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１９を、前記配列番号１９の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号２０を、前記配列番号２０の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；あるいは
配列番号２１を、前記配列番号２１の内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を、各シグネチャーペプチドについて計算することと；
対象を診断することであって：
ＣＤ３εシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率が対応する所定の閾値比よりも低い場合、またはＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／もしくは第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記比率が対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／もしくは第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＷＡＳ；ならびに
前記第１及び／もしくは第２のＢＴＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記比率が対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１及び／もしくは第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合は、ＸＬＡ
を対象が有すると、前記診断することと、
を含む、前記方法。 - 各所定の閾値比率が、サンプルの集団における各ペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の前記平均比率の標準偏差から計算される、請求項４６に記載の方法。
- 前記方法が、フェニルケトン尿症、原発性先天性甲状腺機能低下症、嚢胞性線維症、及び鎌状赤血球症のうちの１つ以上について前記対象をさらにスクリーニングする新生児スクリーニング（ＮＢＳ）の一部として実施される、請求項４６に記載の方法。
- 前記方法が、前記対象においてＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及び／またはＸＬＡの臨床症状がない状態で実施される、請求項４６に記載の方法。
- 前記酵素がトリプシンである、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、請求項４６に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、請求項４６に記載の方法。
- 請求項４６に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
配列番号６のシスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号７または８のシスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１２のシスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１３のシスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号９のシスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号５１のＣＤＲ１、ＣＤＲ２配列番号５２のＣＤＲ３、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１４のシスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
配列番号１５のシスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することによってシスチン症をスクリーニングすることと；
シグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率を、各シグネチャーペプチドについて計算することと；
前記第１のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第３のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第４のＣＴＮＳペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第１のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、前記第２のＳＨＰＫペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチド濃度：内因性ＡＴＰ７Ｂペプチド濃度の比率が、対応する所定の閾値比よりも低い場合、または前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、前記対象がシスチン症を有すると診断することと、
をさらに含む、前記方法。 - 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号１１または２１の前記内因性ＡＴＰ７Ｂペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号１１または２１の前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号１１または２１の前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 配列番号１１または２１の前記内因性ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、請求項６１に記載の方法。
- 重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、及び／またはＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）の１つ以上のシグネチャーペプチドを１つ以上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）サンプル中で検出する方法であって、以下：
１つ以上の乾燥血液スポット（ＤＢＳ）サンプルを取得すること；
各ＤＢＳの血液からタンパク質を酵素で消化して、１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号２のＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号３のＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号４のＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
配列番号５のＸＬＡの第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、１つ以上のＤＢＳサンプル中でＳＣＩＤ、ＷＡＳ、及びＸＬＡの１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
を含む、前記方法。 - 前記酵素がトリプシンである、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号２のＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、請求項７８に記載の方法。
- 配列番号４のＸＬＡの前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、請求項７８に記載の方法。
- 請求項７８に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
配列番号６のシスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメインならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号７または８のシスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１２のシスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１３のシスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号９のシスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１４のシスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
配列番号１５のシスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することにより、シスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、これによって１つ以上のＤＢＳサンプルでシスチン症の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
をさらに含む、前記方法。 - 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号６のシスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 配列番号９のシスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、請求項９０に記載の方法。
- 請求項７８に記載の方法であって、濃縮することであって、以下：
配列番号１０のＷＤの第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；及び／または
配列番号１１または２１のＷＤの第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合し、かつ配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１６のＷＤの第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１７のＷＤの第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１８のＷＤの第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
配列番号１９のＷＤの第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
配列番号２０のＷＤの第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することにより、ウィルソン病（ＷＤ）の１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行し、これによって１つ以上のＤＢＳサンプルでＷＤの１つ以上のシグネチャーペプチドを検出することと；
をさらに含む、前記方法。 - 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、請求項１０３に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、請求項１０３に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、請求項１０３に記載の方法。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃縮に使用される前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、請求項１０３に記載の方法。
- 対象において、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、対象のＸ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、及び／またはウィルソン病（ＷＤ）のスクリーニングのためのアッセイであって：
（ｉ）以下を含む抗体またはその抗原結合フラグメント：
配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する）と；
配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号２のＷＡＳのＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する）と；
配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号４のＸＬＡのＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する）と；ならびに／あるいは
配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号１１もしくは２１のＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する）と；
ならびに／または
（ｉｉ）配列番号３のＷＡＳのＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号５のＸＬＡのＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１０のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１８のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１９のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号２０のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；及び／または
配列番号２１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
ならびに／あるいは
（ｉｉｉ）以下を含む参照シグネチャーペプチド：
配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εペプチド；
配列番号２のＷＡＳのＷＡＳｐペプチド；
配列番号３のＷＡＳのＷＡＳｐペプチド；
配列番号４のＸＬＡのＢＴＫペプチド；
配列番号５のＸＬＡのＢＴＫペプチド；
配列番号１０のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１１のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１６のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１７のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１８のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１９のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号２０のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；及び／または
配列番号２１のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド、
を含む、前記アッセイ。 - 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６３のＶＨドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号１のＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６４のＶＬドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号２のＷＡＳの前記ＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６５のＶＨドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号２のＷＡＳの前記ＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６６のＶＬドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号２のＷＡＳの前記ＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号８６の重鎖を含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号２のＷＡＳの前記ＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９１の軽鎖を含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号４のＸＬＡの前記ＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６７のＶＨドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号４のＸＬＡの前記ＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６８のＶＬドメインを含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号４のＸＬＡの前記ＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号９６の重鎖を含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- 配列番号４のＸＬＡの前記ＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０１の軽鎖を含む、請求項１０８に記載のアッセイ。
- シスチン症をさらにスクリーニングするための請求項１０８に記載のアッセイであって、以下：
（ｉｉｉ）以下を含む抗体またはその抗原結合フラグメント：
配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号６のシスチン症のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号７または８のシスチン症のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号９のシスチン症のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する）；
ならびに／あるいは
（ｉｖ）配列番号１２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１４のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；及び／または
配列番号１５のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
ならびに／あるいは
（ｖ）以下を含む参照シグネチャーペプチド：
配列番号６のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号７もしくは８のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号１２のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号１３のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号９のシスチン症のＳＨＰＫペプチド；
配列番号１４のシスチン症のＳＨＰＫペプチド；及び／または
配列番号１５のシスチン症のＳＨＰＫペプチド、
を含む、前記アッセイ。 - 配列番号６のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号６９のＶＨドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号６のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７０のＶＬドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号６のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１０６の重鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号６のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１１の軽鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７１のＶＨドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７２のＶＬドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１１６の重鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号７または８のシスチン症の前記ＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２１の軽鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号９のシスチン症の前記ＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７３のＶＨドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号９のシスチン症の前記ＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７４のＶＬドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号９のシスチン症の前記ＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１２６の重鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号９のシスチン症の前記ＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３１の軽鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７５のＶＨドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号７６のＶＬドメインを含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１３６の重鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号１１または２１のＷＤの前記ＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号１４１の軽鎖を含む、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 前記参照シグネチャーペプチドが同位体標識されている、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが磁気ビーズに付着されている、請求項１１９に記載のアッセイ。
- 配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号６３を含む、請求項１３８に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号６４を含む、請求項１３８に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号６５を含む、請求項１４１に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号６６を含む、請求項１４１に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号８６を含む、請求項１４１に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号９１を含む、請求項１４１に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む、軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号６７を含む、請求項１４６に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号６８を含む、請求項１４６に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号９６を含む、請求項１４６に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号１０１を含む、請求項１４６に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号６９を含む、請求項１５１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号７０を含む、請求項１５１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号１０６を含む、請求項１５１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号１１１を含む、請求項１５１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む、軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号７１を含む、請求項１５６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号７２を含む、請求項１５６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号１１６を含む、請求項１５６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号１２１を含む、請求項１５６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む、軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号７３を含む、請求項１６１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号７４を含む、請求項１６１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号１２６を含む、請求項１６１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号１３１を含む、請求項１６１に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含む、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＨドメインが配列番号７５を含む、請求項１６６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記ＶＬドメインが配列番号７６を含む、請求項１６６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記重鎖が配列番号１３６を含む、請求項１６６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- 前記軽鎖が配列番号１４１を含む、請求項１６６に記載の前記単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
- キットであって、以下：
（ｉ）抗体またはその抗原結合フラグメントであって、以下：
配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号２のＷＡＳのＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号４のＸＬＡのＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号６のシスチン症のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号７または８のシスチン症のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する）；
配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号５３のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号９のシスチン症のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する）；ならびに／あるいは
配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン（配列番号１１または２１のＡＴＰ７Ｂペプチドに結合する）、
を含む前記抗体またはその抗原結合フラグメント、
ならびに／あるいは
（ｉｉ）配列番号３のＷＡＳのＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号５のＸＬＡのＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１４のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１５のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１０のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１８のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号１９のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
配列番号２０のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；及び／または
配列番号２１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
ならびに／あるいは
（ｉｉｉ）参照シグネチャーペプチドであって、以下：
配列番号１のＳＣＩＤのＣＤ３εペプチド；
配列番号２のＷＡＳのＷＡＳｐペプチド；
配列番号３のＷＡＳのＷＡＳｐペプチド；
配列番号４のＸＬＡのＢＴＫペプチド；
配列番号５のＸＬＡのＢＴＫペプチド；
配列番号６のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号７または８のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号１２のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号１３のシスチン症のＣＴＮＳペプチド；
配列番号９のシスチン症のＳＨＰＫペプチド；
配列番号１４のシスチン症のＳＨＰＫペプチド；
配列番号１５のシスチン症のＳＨＰＫペプチド；
配列番号１０のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１１のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１６のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１７のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１８のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号１９のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；
配列番号２０のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド；及び／または
配列番号２１のＷＤのＡＴＰ７Ｂペプチド、
を含む前記参照シグネチャーペプチド、
を備える前記キット。 - 濾紙カード、パンチツール、消化酵素、消化緩衝液、抗体またはその抗原結合フラグメントの固体支持体、及び溶出緩衝液のうちの１つ以上をさらに含む、請求項１７１に記載のキット。
- 前記参照シグネチャーペプチドが同位体標識されている、請求項１７１に記載のキット。
- 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが磁気ビーズに付着している、請求項１７１に記載のキット。
- 対象において、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症（ＸＬＡ）、シスチン症、及び／またはウィルソン病（ＷＤ）をスクリーニングする方法であって、以下：
前記対象に由来する乾燥血液スポット（ＤＢＳ）サンプルを取得することと；
ＤＢＳの血液からタンパク質を酵素で消化して１つ以上のペプチドを生成することと；
濃縮することであって、以下：
ＳＣＩＤのＣＤ３εシグネチャーペプチドを、前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて、；
ＷＡＳの第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＷＡＳの第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドを、前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＢＴＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドを、前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
シスチン症の第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
シスチン症の第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドを、前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体または抗原結合フラグメントを用いて；
第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；ならびに／あるいは
第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドを、抗体またはその抗原結合フラグメントを用いて；
前記濃縮することと；
前記濃縮ペプチドに対して液体クロマトグラフィー－多重反応モニタリング質量分析（ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ）を実行して、前記ペプチドの濃度を決定することと；
対象を診断することであって：
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドの前記濃度が所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＳＣＩＤ；
前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドの前記濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＷＡＳ；
前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドの前記濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１及び／または第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＸＬＡを有すると診断することと；
前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＣＴＮＳ、前記第２のＣＴＮＳ、前記第３のＣＴＮＳ、前記第４のＣＴＮＳ、前記第１のＳＨＰＫ、前記第２のＳＨＰＫ、及び／もしくは前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが存在しない場合、シスチン症；ならびに／または
前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／もしくは前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドの濃度が対応する所定の閾値濃度よりも低い場合、または前記第１のＡＴＰ７Ｂ、前記第２のＡＴＰ７Ｂ、前記第３のＡＴＰ７Ｂ、前記第４のＡＴＰ７Ｂ、前記第５のＡＴＰ７Ｂ、前記第６のＡＴＰ７Ｂ、及び／もしくは前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが存在しない場合、ＷＤ
を有すると前記診断することと、
を含む、前記方法。 - 請求項１７５に記載の方法であって、ここで、
ＳＣＩＤの前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドが、配列番号１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＡＳの前記第２のＷＡＳｐシグネチャーペプチドが、配列番号３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＸＬＡの第１のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
ＸＬＡの前記第２のＢＴＫシグネチャーペプチドが、配列番号５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号７または８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１２に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第４のＣＴＮＳシグネチャーペプチドが、配列番号１３に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第２のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１４に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
シスチン症の前記第３のＳＨＰＫシグネチャーペプチドが、配列番号１５に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第１のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１０に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１１または２１に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第３のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１６に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第４のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１７に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第５のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１８に記載のアミノ酸配列によってコードされており；
ＷＤの前記第６のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号１９に記載のアミノ酸配列によってコードされており；及び／または
ＷＤの前記第７のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドが、配列番号２０に記載のアミノ酸配列によってコードされている；
前記方法。 - 請求項１７５に記載の方法であって、ここで、
前記ＣＤ３εシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２２のＣＤＲ１、配列番号２３のＣＤＲ２、及び配列番号２４のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号２５のＣＤＲ１、配列番号２６のＣＤＲ２、及び配列番号２７のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第１のＷＡＳｐシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号２８のＣＤＲ１、配列番号２９のＣＤＲ２、及び配列番号３０のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３１のＣＤＲ１、配列番号３２のＣＤＲ２、及び配列番号３３のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン；ならびに／あるいは
前記第１のＢＴＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３４のＣＤＲ１、配列番号３５のＣＤＲ２、及び配列ＧＤＩのＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号３６のＣＤＲ１、配列番号３７のＣＤＲ２、及び配列番号３８のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
シスチン症の前記第１のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号３９のＣＤＲ１、配列番号４０のＣＤＲ２、及び配列番号４１のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４２のＣＤＲ１、配列番号４３のＣＤＲ２、及び配列番号４４のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ；
前記第２のＣＴＮＳシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号４５のＣＤＲ１、配列番号４６のＣＤＲ２、及び配列番号４７のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号４８のＣＤＲ１、配列番号４９のＣＤＲ２、及び配列番号５０のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、
前記第１のＳＨＰＫシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５１のＣＤＲ１、配列番号５２のＣＤＲ２、及び配列番号のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号５４のＣＤＲ１、配列番号５５のＣＤＲ２、及び配列番号５６のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれ、ならびに／あるいは
前記第２のＡＴＰ７Ｂシグネチャーペプチドに結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントには、配列番号５７のＣＤＲ１、配列番号５８のＣＤＲ２、及び配列番号５９のＣＤＲ３を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、ならびに配列番号６０のＣＤＲ１、配列番号６１のＣＤＲ２、及び配列番号６２のＣＤＲ３を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメインが含まれる、前記方法。
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