JP2022506781A - メソテリンを標的とする免疫療法 - Google Patents

メソテリンを標的とする免疫療法 Download PDF

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Abstract

Ｍｓｌｎ２０－２８またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドに特異的な結合タンパク質が本明細書で提供される。また、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、加えて結合タンパク質またはポリヌクレオチドを含む組成物および組換え宿主細胞が提供される。組成物および組換え宿主細胞は、中皮腫、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがん、またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがんを有する対象の処置に使用することができる。

Description

配列表に関する宣言
本出願に関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキスト形式で提供されており、これにより参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、３６００５６＿４７５ＷＯ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。テキストファイルは１１５ＫＢであり、２０１９年１１月８日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
本開示は、生物医学の分野に関し、具体的には、細胞がメソテリンを発現する疾患または障害の処置における使用、例えばがん療法における使用に有用な方法および組成物に関する。特に、本開示の実施形態は、腫瘍関連抗原であるメソテリンに対して高親和性を有するＴＣＲ、このような高親和性抗原特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞、それをコードする核酸の方法および組成物、ならびに操作されたＴ細胞を含む細胞免疫療法を行うための使用方法に関する。
腫瘍特異的Ｔ細胞の養子移入は、既存の腫瘍を排除するための魅力的な戦略であり、既存の腫瘍を排除し、再発を防止するために、ｉｎ ｖｉｖｏにおける抗原特異的Ｔ細胞のロバストな集団の確立を必要とする（Ｓｔｒｏｍｎｅｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ２５７： １４５， ２０１４を参照）。腫瘍特異的ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の移入は安全であり、精選された患者において直接の抗腫瘍活性を媒介することができるが（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ７２：ＬＢ－１３６， ２０１２；Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ． Ｔｒａｎｓｌ． Ｍｅｄ． ５： １７４ｒａｌ２７， ２０１３；およびＣｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ０９：４５９２， ２０１２を参照）、各患者またはドナーから単離されたＣＴＬのアビディティにおける変動性は、臨床試験における抗腫瘍有効性を制限する（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１３を参照）。ＴＣＲの親和性はＣＴＬアビディティの重要な決定基であるため（Ｚｏｅｔｅ ｅｔ ａｌ．， Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４：２６％， ２０１３を参照）、腫瘍特異的抗原に特異的なよく特徴付けられたＴ細胞クローンから単離された高親和性ＴＣＲα／β遺伝子を使用して、ドナーまたは患者Ｔ細胞の抗原特異性をリダイレクトするための戦略が開発されてきた（Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ２５７： １４５， ２０１４およびＲｏｂｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｏｎｃｏｌ． ２９：９１７， ２０１１を参照）。
自己／腫瘍反応性ＴＣＲを発現するＴ細胞は中枢性および末梢性寛容に晒されるため、このような高親和性自己／腫瘍反応性Ｔ細胞はまれであり（Ｓｔｏｎｅ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ， Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４：２４４， ２０１３を参照）、相対的なＴＣＲ親和性はドナー間で広範に変化する。それゆえに、多くの一致したドナーをスクリーニングして、ＴＣＲα／β遺伝子治療構築物を生成できる十分に高い親和性の腫瘍特異的なＴ細胞クローンを同定しなければならない。例えば、単一のＨＬＡ－対立遺伝子に対する高い機能的なアビディティを有する天然に誘発されたウィルムス腫瘍抗原１（ＷＴ１）特異的ＴＣＲの単離は、７５人より多くの正常なドナーの末梢レパートリーからの数千もの個々のＴ細胞クローンを表す数百ものＷＴ特異的Ｔ細胞株のスクリーニングを必要とした（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１３；Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ２０：１２４０， ２００９；およびＨｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ ３１０：４０， ２００６を参照）。これは極めて多大な時間と労力を要するプロセスである。
Ｓｔｒｏｍｎｅｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ２５７： １４５， ２０１４ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ７２：ＬＢ－１３６， ２０１２ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ． Ｔｒａｎｓｌ． Ｍｅｄ． ５： １７４ｒａｌ２７， ２０１３ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ０９：４５９２， ２０１２ Ｚｏｅｔｅ ｅｔ ａｌ．， Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４：２６％， ２０１３ Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ２５７： １４５， ２０１４ Ｒｏｂｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｏｎｃｏｌ． ２９：９１７， ２０１１
様々ながん、例えば固形腫瘍に対する代替の抗原特異的免疫療法への必要性がある。本開示の実施形態は、これらの必要性に取り組むものであり、他の関連する利点を提供する。
本明細書で開示の実施形態は、添付の図面と併せて、以下の説明および添付の特許請求の範囲を参照すると、より完全に明らかになる。
図１Ａは、ペプチド：ＨＬＡ四量体の結合に対するＴＣＲの富化倍率（ｆｏｌｄ－ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）に基づく、Ｍｓｌｎ２０（配列番号３１）に特異的なＴＣＲの同定および選択を描写する。さらなる研究のために選択されたＴＣＲを丸で囲む。
図１Ｂは、Ｍｓｌｎ５３０：ＨＬＡ四量体に結合するＴＣＲのプールからの四量体の富化倍率に基づくＭｓｌｎ５３０（配列番号３２）に特異的なＴＣＲの同定および選択を描写する。さらなる研究のために選択されたＴＣＲを丸で囲む。
図２は、ＣＤ８共受容体の存在または非存在下で、細胞によって発現されたＴＣＲがＭｓｌｎ５３０ペプチド：ＨＬＡ複合体を検出できるか否かを決定するためのアッセイにおける、Ｍｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲによる四量体の結合を描写する（四量体結合に基づいて親和性によりランク付けする）。ＣＤ８とは無関係の結合は、それぞれのＴ細胞クローンの高親和性と相関する。
図３Ａ～３Ｃは、Ｍｓｌｎ特異的ＴＣＲのさらなる機能試験を示す。（Ａ）フローサイトメトリーによって測定した、Ｎｕｒ７７－ｔｄＴｏｍａｔｏ導入遺伝子を発現するレポーター細胞株に基づく抗原によって駆動される活性化に関して評価した、Ｔ細胞クローンの代表的なデータ。Ｎｕｒ７７は、ヒトＴ細胞における抗原受容体シグナル伝達のインジケーターである（例えば、Ａｓｈｏｕｒｉ ａｎｄ Ｗｅｉｓｓ， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９８（２）：６５７－６５８ （２０１７）を参照）。このアッセイにおいて、Ｔ細胞クローンを、示された通り、ペプチドの濃度を増加させてパルスしたＴ２標的細胞と共にインキュベートした。（Ｂ）示された濃度のペプチドでパルスしたＴ２細胞に対する感受性に従ってランク付けした、ＴＣＲのＮｕｒ７７レポーター活性。（Ｃ）Ｎｕｒ７７レポーター活性に関するペプチドのＥＣ５０に基づいたＴＣＲのアビディティのランク付け。「Ｂ１１」（本明細書では１１Ｂとも呼ばれる）は、試験したＴＣＲクローンのうち最も低いＥＣ５０を有していた。 図３Ａ～３Ｃは、Ｍｓｌｎ特異的ＴＣＲのさらなる機能試験を示す。（Ａ）フローサイトメトリーによって測定した、Ｎｕｒ７７－ｔｄＴｏｍａｔｏ導入遺伝子を発現するレポーター細胞株に基づく抗原によって駆動される活性化に関して評価した、Ｔ細胞クローンの代表的なデータ。Ｎｕｒ７７は、ヒトＴ細胞における抗原受容体シグナル伝達のインジケーターである（例えば、Ａｓｈｏｕｒｉ ａｎｄ Ｗｅｉｓｓ， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９８（２）：６５７－６５８ （２０１７）を参照）。このアッセイにおいて、Ｔ細胞クローンを、示された通り、ペプチドの濃度を増加させてパルスしたＴ２標的細胞と共にインキュベートした。（Ｂ）示された濃度のペプチドでパルスしたＴ２細胞に対する感受性に従ってランク付けした、ＴＣＲのＮｕｒ７７レポーター活性。（Ｃ）Ｎｕｒ７７レポーター活性に関するペプチドのＥＣ５０に基づいたＴＣＲのアビディティのランク付け。「Ｂ１１」（本明細書では１１Ｂとも呼ばれる）は、試験したＴＣＲクローンのうち最も低いＥＣ５０を有していた。
図４は、Ｎｕｒ７７トマトレポーター活性に基づくペプチドに対する応答におけるＴＣＲクローンの機能的な評価を示す。「Ｂ９」および「Ａ１１」（本明細書では「１１Ａ」とも呼ばれる）を含む数種のＴＣＲは、より低い四量体結合を示したが、高い抗原特異性を付与する。ＴＣＲを、四量体結合に従ってランク付けする（左から右に、および上から下に）。
図５Ａ～５Ｃは、一次ＣＤ８＋Ｔ細胞で異種性発現されたＴＣＲの機能的な評価を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞をドナーＰＢＭＣから精製し、各ＴＣＲをレンチウイルスにより形質導入した。８日後、四量体陽性に関して高いとソートされた細胞をさらにソートし、さらに８～１０日拡大した。 図５Ａ～５Ｃは、一次ＣＤ８＋Ｔ細胞で異種性発現されたＴＣＲの機能的な評価を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞をドナーＰＢＭＣから精製し、各ＴＣＲをレンチウイルスにより形質導入した。８日後、四量体陽性に関して高いとソートされた細胞をさらにソートし、さらに８～１０日拡大した。
図６Ａ～６Ｃは、インターフェロン－ガンマ産生によって測定した、示されたＭｓｌｎ特異的ＴＣＲを形質導入し、ペプチドでパルスしたＴ２細胞とインキュベートしたときの機能的な活性に関して評価した一次ＣＤ８＋Ｔ細胞の特徴付けを示す（Ａ、Ｂ）。Ｔ２細胞にパルスしたペプチドの量に基づいて、ＴＣＲをＥＣ５０によってランク付けした（Ｃ）。 図６Ａ～６Ｃは、インターフェロン－ガンマ産生によって測定した、示されたＭｓｌｎ特異的ＴＣＲを形質導入し、ペプチドでパルスしたＴ２細胞とインキュベートしたときの機能的な活性に関して評価した一次ＣＤ８＋Ｔ細胞の特徴付けを示す（Ａ、Ｂ）。Ｔ２細胞にパルスしたペプチドの量に基づいて、ＴＣＲをＥＣ５０によってランク付けした（Ｃ）。
図７Ａ～７Ｄは、示されたＭｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲまたはＭｓｌｎ２０特異的ＴＣＲを形質導入したＣＤ８＋Ｔ細胞による、外因性ＩＦＮ－γの存在または非存在下における、２つの代表的なＭｓｌｎ陽性腫瘍細胞株（（Ａ、Ｂ）ＭＤＡ－ＭＢ－４６８および（Ｃ、Ｄ）ＭＤＡ－ＭＢ－２３１）の特異的溶解を示す。 図７Ａ～７Ｄは、示されたＭｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲまたはＭｓｌｎ２０特異的ＴＣＲを形質導入したＣＤ８＋Ｔ細胞による、外因性ＩＦＮ－γの存在または非存在下における、２つの代表的なＭｓｌｎ陽性腫瘍細胞株（（Ａ、Ｂ）ＭＤＡ－ＭＢ－４６８および（Ｃ、Ｄ）ＭＤＡ－ＭＢ－２３１）の特異的溶解を示す。
図８は、標的Ｍｓｌｎ２０ペプチド（配列番号３１）のそのアミノ酸が、例示的なＭｓｌｎ２０特異的ＴＣＲによる有効な結合および殺滅に必須であるかを評価するためのアラニン変異誘発スキャニング実験に関する。配列番号３１のペプチドに沿ったそれぞれの連続した位置の代わりにアラニンが使用された一連のバリアントペプチドを生成し、各バリアントペプチドを、示されたＭｓｌｎ２０特異的ＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ－γ産生に関して評価した。これらのデータは、配列番号３１の３～６位がＴＣＲ結合に必須であることを示す。配列番号６０のコンセンサス配列において、「Ｘ」は、配列番号３１中の示された残基のアラニンへの置換変異が、その同族ペプチド標的（ｃｏｇｎａｔｅ ｐｅｐｔｉｄｅ ｔａｒｇｅｔ）へのＴＣＲの機能的な結合に影響を与えないか、または実質的に影響を与えないことを示す。
図９Ａ～９Ｄは、Ｍｓｌｎ２０（配列番号３１）またはＭｓｌｎ５３０（配列番号３２）に特異的なＴＣＲを使用したアラニン変異誘発スキャニング実験からの結果を示す。ｘ軸は、各アラニン置換ペプチドへの応答におけるＩＦＮ－γ＋Ｔ細胞のパーセントを示す。ｙ軸は、試験したペプチドの配列を示し、Ｘは、野生型ペプチドと比較してほぼ正常な機能的な活性によって示された通り、この残基がＴＣＲ特異性に必要ではないことを示す。
図１０は、アラニンスキャニング実験によって決定した場合のＴＣＲの特異性に基づいて、標的Ｍｓｌｎ５３０ペプチド（配列番号３２）との交差反応性の可能性に関して調査したヒトペプチド（配列番号６３～７７）を示す。示されたペプチドをコードする遺伝子は、表の左に示される。アラニンスキャニングによって同定された必須の残基を含有するコンセンサス配列を、実施例８に記載されたように予測アルゴリズムに入力した。
図１１Ａおよび１１Ｂは、ヒトプロテオームにおけるＭｓｌｎ５３０に潜在的な相同性を有する合成されたペプチドの分析を描写する。実施例９に記載されたように、高用量（１０μＭ）のペプチドでパルスしたＴ２細胞とインキュベートしたときの２つのＭｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲの機能的な活性（図１１Ａ、図１１Ｂ）をＩＦＮ－γによって測定した。（Ｂ）試験したＴＣＲとの交差反応性を示したペプチドの場合、用量依存性滴定を実行して、ＥＣ５０を決定した。Ｔ２細胞にパルスしたペプチドの量に基づいて、ＴＣＲをＥＣ５０によってランク付けした。ペプチド＃１０は、ＥＨＦと呼ばれる遺伝子由来である。この遺伝子は、上皮特異的な発現によって特徴付けられるＥＴＳ転写因子サブファミリーに属するタンパク質をコードする。ＥＴＳは、転写リプレッサーとして作用し、上皮の分化および発癌現象に関与し得る。
図１２Ａ～１２Ｉは、野生型ペプチドの存在または非存在下で（ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ）、多様なドナー由来のリンパ芽球様細胞株（ＬＣＬ）を標的化することによって本開示の例示的なＭｓｌｎ特異的ＴＣＲ（Ｍｅｓｏ２０－３Ｂ、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ａ、またはＭｅｓｏ５３０－１１Ｂ）を発現するＴ細胞のアロ反応性潜在性を調査する実験を描写する。 図１２Ａ～１２Ｉは、野生型ペプチドの存在または非存在下で（ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ）、多様なドナー由来のリンパ芽球様細胞株（ＬＣＬ）を標的化することによって本開示の例示的なＭｓｌｎ特異的ＴＣＲ（Ｍｅｓｏ２０－３Ｂ、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ａ、またはＭｅｓｏ５３０－１１Ｂ）を発現するＴ細胞のアロ反応性潜在性を調査する実験を描写する。 図１２Ａ～１２Ｉは、野生型ペプチドの存在または非存在下で（ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ）、多様なドナー由来のリンパ芽球様細胞株（ＬＣＬ）を標的化することによって本開示の例示的なＭｓｌｎ特異的ＴＣＲ（Ｍｅｓｏ２０－３Ｂ、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ａ、またはＭｅｓｏ５３０－１１Ｂ）を発現するＴ細胞のアロ反応性潜在性を調査する実験を描写する。
図１３Ａ～１３Ｈは、多様なドナー由来のＬＣＬを標的化して、実施例１０に記載されたように、他のＨＬＡサブタイプへの交差反応性がないことを評価することによる、アロ反応性の追加の分析を描写する。細胞株ＦＡＨおよびＧＩＭに関して示された通り、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ｂは、非ＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子の場合、ペプチドの存在下における潜在的な反応性を示す（表で強調した通り）。 図１３Ａ～１３Ｈは、多様なドナー由来のＬＣＬを標的化して、実施例１０に記載されたように、他のＨＬＡサブタイプへの交差反応性がないことを評価することによる、アロ反応性の追加の分析を描写する。細胞株ＦＡＨおよびＧＩＭに関して示された通り、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ｂは、非ＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子の場合、ペプチドの存在下における潜在的な反応性を示す（表で強調した通り）。 図１３Ａ～１３Ｈは、多様なドナー由来のＬＣＬを標的化して、実施例１０に記載されたように、他のＨＬＡサブタイプへの交差反応性がないことを評価することによる、アロ反応性の追加の分析を描写する。細胞株ＦＡＨおよびＧＩＭに関して示された通り、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ｂは、非ＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子の場合、ペプチドの存在下における潜在的な反応性を示す（表で強調した通り）。 図１３Ａ～１３Ｈは、多様なドナー由来のＬＣＬを標的化して、実施例１０に記載されたように、他のＨＬＡサブタイプへの交差反応性がないことを評価することによる、アロ反応性の追加の分析を描写する。細胞株ＦＡＨおよびＧＩＭに関して示された通り、Ｍｅｓｏ５３０－１１Ｂは、非ＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子の場合、ペプチドの存在下における潜在的な反応性を示す（表で強調した通り）。
一部の態様では、本開示は、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲベータ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含み、Ｍｓｌｎ２０－２８もしくはＭｓｌｎ５３０－５３８エピトープならびに／またはペプチド（Ｍｓｌｎ２０－２８（ＳＬＬＦＬＬＦＳＬ；配列番号３１））およびＭｓｌｎ５３０－５３８（配列番号３２（ＶＬＰＬＴＶＡＥＶ））（本明細書ではそれぞれＭｓｌｎ２０およびＭ５３０とも呼ばれる）に特異的に結合することが可能である結合タンパク質を、例えばペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で提供する。本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、Ｍｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、Ｍｓｌｎペプチドは、配列番号３１または３２に示されているアミノ酸配列を含み、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ２、例えばＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるかまたはそれを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質（Ｍｓｌｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ２０－２８－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）は、（ａ）配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、およびＴＣＲ Ｖβであって、必要に応じて、ＴＣＲ Ｖβは、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有する、ＴＣＲ ＶαおよびＴＣＲ Ｖβ；（ｂ）配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ、および（ｂ）ＴＣＲ Ｖαであって、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有する、ＴＣＲ Ｖα；あるいは（ｃ）配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するＴＣＲ Ｖα、および配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するＴＣＲ Ｖβを含む。
特に別段の指定がない限り、本明細書で使用される場合、配列同一性の「少なくとも約（およその）（ａｔ ｌｅａｓｔ ａｂｏｕｔ）」示されたパーセンテージは、示されたパーセンテージ±その２０％、ならびに特定のパーセンテージより高いあらゆる整数および非整数のパーセンテージを含む。したがって、参照された配列（例えば、配列番号１～１２３のいずれか１つ）との「少なくとも約８５％」同一性は、参照された配列との約８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一性を含み、さらに、２つの整数のパーセンテージ間の全ての非整数のパーセンテージ（例えば、９２．５％、９９．１％など）も含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号３３に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３４に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。さらなる実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８０に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号８１または１１８に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号７８、８２、８３、または８４のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号７９に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号９６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、（ｉ）（ａ）ＴＲＢＶ１２－４＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個の連続するアミノ酸であるＴＲＢＶ１２－４＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｂ）ＴＲＢＪ２－７＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のアミノ酸であるＴＲＢＪ２－７＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ、ならびに／あるいは（ｉｉ）（ａ）ＴＲＡＶ１－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０７個の連続するアミノ酸であるＴＲＡＶ１－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｂ）ＴＲＡＪ３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸であるＴＲＡＪ３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖαを含む。
本開示の実施形態のいずれかでは、ＴＣＲ Ｖβは、ＴＲＢＤ１＊０１またはＴＲＢＤ２＊０２によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一なアミノ酸配列を含んでいてもよい。
これらのおよび他のＴＣＲ遺伝子によりコードされるアミノ酸配列は公知であり、例えば、ヒトＴＲＡＶ、ＴＲＢＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＪ、ＴＲＢＤ、ＴＲＡＣ、およびＴＲＢＤ対立遺伝子に関する遺伝子表ならびにヌクレオチドおよびアミノ酸配列を提供するｉｍｇｔ．ｏｒｇで見出すことができる。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号３６に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３５に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８５に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号８６または１１９に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８２、８３、または８４のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号７９に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＡＶ１２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個の連続するアミノ酸であるＴＲＡＶ１２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｂ）ＴＲＡ２９＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個のアミノ酸ＴＲＡＪ２９＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖαを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号３１の残基１、２、７、８、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６０に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、（ａ）配列番号３７または３９に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、およびＴＣＲ Ｖβであって、ＴＣＲ Ｖβは、必要に応じて、配列番号９９または１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有する、ＴＣＲ ＶαおよびＴＣＲ Ｖβ；（ｂ）配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ、および（ｂ）ＴＣＲ Ｖαであって、必要に応じて、配列番号１００または１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するＴＣＲ Ｖα；あるいは（ｃ）配列番号３７または３９に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖαおよび配列番号３８または４０に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号３７に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３８に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８９に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号９０に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８３または８７のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号８８に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号３９に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号４０に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９３に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号９４に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８３、８４、または９１のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号９２に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、ＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１５個の連続するアミノ酸であるＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号３２の残基３、５、６、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６１に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、配列番号３２の残基１、５、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６２に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、本開示のＭｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体と結合しないか、またはＭｓｌｎ５３０－５３８と比べてそれに特異的に結合せず、このペプチドは、配列番号６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、および７７のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、ＨＬＡは、必要に応じて、ＨＬＡ－Ａ２、例えばＨＬＡ－Ａ：０２＊０１を含む。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質（すなわち、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質）は、ＣＤ８の非存在下で、またはＣＤ８とは独立して、本明細書で開示のようなＭｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能である。ある特定の実施形態では、結合タンパク質（例えば、ヒトＴ細胞の細胞表面上で発現される場合）は、約９μＭ、約８μＭ、約７μＭ、約６μＭ、約５μＭ、約４μＭ、約３μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、またはそれ未満のＭｓｌｎペプチドのＥＣ５０を有する。
Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、Ｍｓｌｎペプチド抗原の非存在下で、様々なヒトＨＬＡタイプに対して非アロ反応性である。ある特定の実施形態では、この開示のＭｓｌｎ特異的結合タンパク質を発現する免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）は、本明細書で提供されるＭｓｌｎペプチドの非存在下の場合、（ｉ）ＨＬＡ－Ｃ６：０２：０１、（ｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１ではなくＨＬＡ－Ｂ１３：０１：０１、（ｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３；（ｉｖ）ＨＬＡ－Ａ２９；（ｖ）ＨＬＡ－Ｂ４０；（ｖｉ）ＨＬＡ－Ｂ４４；（ｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ３；（ｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１６；（ｉｘ）ＨＬＡ－Ａ１；（ｘ）ＨＬＡ－２４；（ｘｉ）ＨＬＡ－Ｂ７；（ｘｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５７；（ｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ７；（ｘｉｖ）ＨＬＡ－Ａ１１；（ｘｖ）ＨＬＡ－Ｂ１５；（ｘｖｉ）ＨＬＡ－Ｃ４；（ｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１２；（ｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ４９；（ｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ５１；（ｘｘｉ）ＨＬＡ－Ｃ１５；（ｘｘｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３０；（ｘｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ６８；（ｘｘｉｖ）ＨＬＡ－Ｃ２；（ｘｘｖ）ＨＬＡ－Ａ３２；（ｘｘｖｉ）ＨＬＡ－Ａ３３；（ｘｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５５；（ｘｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１；（ｘｘｖｉｘ）ＨＬＡ－Ｃ５；（ｘｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ３５または（ｘｘｘｉ）（ｉ）～（ｘｘｘ）の任意の組合せを発現する細胞と接触させた場合、ＩＦＮ－γを産生しないか、ならびに／または活性化（例えば、ＣＤ８発現、ＣＤ３発現、Ｎｕｒ７７発現）および／もしくは細胞傷害活性（例えば、特異的な殺滅、パーフォリンおよび／またはグランザイムの産生および放出）を示さない。
結合タンパク質を含む、コードする、および／または発現する組成物および組換え宿主細胞（例えば、免疫細胞、例えばＴ細胞）も提供される。本開示の実施形態のいずれかでは、結合タンパク質は、宿主Ｔ細胞による細胞表面上での発現が可能である。本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体への免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）の表面上で発現されるＭｓｌｎ特異的結合タンパク質による結合は、免疫細胞を活性化し、この場合、活性化は、必要に応じて、Ｎｕｒ７７の発現および／または活性によって決定される。
本開示の結合タンパク質は、同族Ｍｌｓｎペプチド抗原に高度な感受性を有する。ある特定の実施形態では、Ｎｕｒ７７発現は、免疫細胞が、約１０－２μＭのペプチド、約１０－１μＭのペプチド、約１μＭのペプチド、または約１０１μＭのペプチドの存在下にあるとき増加し、この場合、ペプチドは、必要に応じて抗原提示細胞によって提示され、すなわち、ペプチド：ＨＬＡ複合体の形態である。
別の態様では、本明細書に記載のようなメソテリン特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドが提供される。ある特定の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１～５、９～１３、１７～２１、２５～２７、および１２０のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％の配列同一性（すなわち、少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）を有するポリヌクレオチドを含む。ポリヌクレオチドを含有するベクターも提供される。
本開示の結合タンパク質、および組換え宿主細胞、ならびに関連する組成物は、メソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害、例えばがんなどを有する対象を処置するのに使用することができる。ある特定の実施形態では、がんは、固形がんである。ある特定の実施形態では、固形がんは、胆嚢がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんであるかまたはそれを含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物および組換え宿主細胞は、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドが、がんの腫瘍細胞上で発現されるがん、またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドが、がんの腫瘍細胞上で発現されるがん、例えば、中皮腫、膵臓がん、卵巣がん、または肺がんなどを処置するのに使用することができる。
本明細書で提供される結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクター、およびベクターを含む宿主細胞も本明細書で提供される。
本開示をより詳細に説明する前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を提供することはその理解に有益であり得る。特に別様の定義がない限り、本明細書で使用される技術用語は、当技術分野で理解される通常の意味を有する。追加の定義は、この開示にわたり記載される。
本明細書では、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲、または整数範囲は、別様の指示がない限り、挙げられている範囲内の任意の整数の値および適切な場合はその分数（例えば、整数の１０分の１および１００分の１など）を含むと理解されるべきである。また、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さなど、任意の物理的特徴に関して本明細書に挙げられている任意の数範囲は、別様の指示がない限り、挙げられている範囲内の任意の整数を含むと理解されるべきである。「約」は、本明細書で使用される場合、測定可能な値、範囲、または構造を指す場合、別段の指定がない限り、特定された値からの±２０％、±１０％、±５％、±１％、または±０．１％の変動を包含することを意味する。
用語「ａ」および「ａｎ」は、本明細書で使用される場合、列挙されている成分の「１つまたは複数」を指すことが理解されるべきである。選択肢の使用（例えば、「または」）は、選択肢のいずれか１つ、すべて、または任意の組合せを意味すると理解されるべきである。本明細書で使用される場合、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する（ｈａｖｅ）」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」は同義的に使用され、これらの用語およびその変化形は、非限定的であると解釈されることが意図されている。
「必要に応じた」または「必要に応じて」は、後に記載される要素、成分、事象、または状況が生じてもよくまたは生じなくともよいこと、ならびに本明細書は、要素、成分、事象、または状況が生じる場合およびそれらが生じない場合を含むことを意味する。
加えて、本明細書に記載の構造およびサブユニットの種々の組合せに由来する個々の構築物または構築物の群は、各構築物または構築物の群が個々に示されている場合と同程度に、本出願により開示されることが理解されるべきである。したがって、特定の構造または特定のサブユニットの選択は、本開示の範囲内にある。
用語「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価ではなく、請求項の指定の材料もしくはステップまたは特許請求されている主題の基本的特色に実質的に影響を及ぼさないものを指す。例えば、タンパク質ドメイン、領域、もしくはモジュール（例えば、結合性ドメイン、ヒンジ領域、またはリンカー）、またはタンパク質（１つまたは複数のドメイン、領域、またはモジュールを有してもよい）は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さの、組合せで多くとも２０％（例えば、多くとも１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％、または１％）に寄与する伸長、欠失、変異、またはそれらの組合せ（例えば、アミノ末端またはカルボキシ末端またはドメイン間のアミノ酸）を含み、ドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）、またはタンパク質（複数可）の活性（例えば、結合タンパク質の標的結合親和性）に実質的な影響を及ぼさない（つまり、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下など、活性を５０％よりも高度には低減させない）場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる」。
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸アナログおよびアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝子コードによりコードされるもの、ならびに後で修飾されるもの、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタメート、およびＯ－ホスホセリンである。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的化学構造を有する化合物、つまり水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合しているα－炭素、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのようなアナログは、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的化学構造を維持している。アミノ酸模倣物は、アミノ酸の一般的化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化学化合物を指す。
「変異」は、本明細書で使用される場合、それぞれ参照または野生型核酸分子またはポリペプチド分子と比較した、核酸分子またはポリペプチド分子の配列における変化を指す。変異は、ヌクレオチド（複数可）またはアミノ酸（複数可）の置換、挿入、または欠失を含む、幾つかの異なるタイプの変化を配列にもたらすことができる。ある特定の実施形態では、変異は、１または３つのコドンまたはアミノ酸の置換、１つから約５つのコドンまたはアミノ酸の欠失、またはそれらの組合せである。
「保存的置換」は、特定のタンパク質の結合特徴に有意に影響を与えずそれを変更しないアミノ酸置換を指す。一般に、保存的置換は、置換されるアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。保存的置換としては、以下の群の１つに見出される置換が挙げられる：群１：アラニン（ＡｌａまたはＡ）、グリシン（ＧｌｙまたはＧ）、セリン（ＳｅｒまたはＳ）、トレオニン（ＴｈｒまたはＴ）；群２：アスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）、グルタミン酸（ＧｌｕまたはＺ）；群３：アスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）、グルタミン（ＧｌｎまたはＱ）；群４：アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）、リジン（ＬｙｓまたはＫ）、ヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）；群５：イソロイシン（ＩｌｅまたはＩ）、ロイシン（ＬｅｕまたはＬ）、メチオニン（ＭｅｔまたはＭ）、バリン（ＶａｌまたはＶ）；群６：フェニルアラニン（ＰｈｅまたはＦ）、チロシン（ＴｙｒまたはＹ）、トリプトファン（ＴｒｐまたはＷ）。それに加えてまたはその代わりに、アミノ酸は、類似の機能、化学構造、または組成（例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有）により、保存的置換群にグループ分けすることができる。例えば、脂肪族グループ分けは、置換の目的では、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅを含んでいてもよい。他の保存的置換群には、以下のものが挙げられる：硫黄含有：Ｍｅｔおよびシステイン（ＣｙｓまたはＣ）；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、およびＧｌｎ；小型脂肪族の非極性またはわずかに極性の残基：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、およびＧｌｙ；極性負電荷残基とそれらのアミド：Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎ；極性正電荷残基：Ｈｉｓ、Ａｒｇ、およびＬｙｓ；大型脂肪族非極性残基：Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、およびＣｙｓ；ならびに大型芳香族残基：Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐ。追加の情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ （１９８４） Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙに見出すことができる。本開示のバリアントタンパク質、ペプチド、ポリペプチド、およびアミノ酸配列は、ある特定の実施形態では、参照アミノ酸配列に対して１つまたは複数の保存的置換を含んでいてもよい。
「タンパク質」または「ポリペプチド」は、本明細書で使用される場合、アミノ酸残基のポリマーを指す。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸ポリマー、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工的化学模倣物であるアミノ酸ポリマーおよび天然に存在しないアミノ酸ポリマーに該当する。
「融合タンパク質」は、本明細書で使用される場合、単鎖で少なくとも２つの別個のドメインまたはモチーフを有するタンパク質であって、これらのドメインまたはモチーフが、タンパク質中に一緒に天然に見出されない（例えば、指定された配置、順番、または数で見出されない、または全く見出されない）ものを指す。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、単一のペプチドまたはポリペプチド中に一緒に天然に見出されない少なくとも２つの別個のドメインまたはモチーフを含む。融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを、ＰＣＲまたは組換え遺伝子操作などを使用して構築してもよく、またはそのような融合タンパク質を合成してもよい。融合タンパク質は、タグ、リンカー、または形質導入マーカーなど、他の成分をさらに含有してもよい。ある特定の実施形態では、宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）によって発現または産生される融合タンパク質は、細胞表面に存在し、そこで融合タンパク質は、細胞膜に固定されており（例えば、膜貫通ドメインを介して）、細胞外の部分または成分を含み（例えば、結合ドメインを含有し、ある特定の実施形態では、リンカー、スペーサー、またはその両方を含有する）、細胞内の部分または成分を含む。
「接合部アミノ酸」または「接合部アミノ酸残基」は、結合性ドメインと隣接する定常ドメインとの間またはＴＣＲ鎖と隣接する自己切断性ペプチドとの間など、ポリペプチドの２つの隣接するモチーフ、領域、またはドメイン間にある１つまたは複数（例えば、約２～１０個）のアミノ酸残基を指す。接合部アミノ酸は、融合タンパク質の構築物設計に起因する場合がある（例えば、融合タンパク質をコードする核酸分子の構築中に制限酵素部位を使用することに起因するアミノ酸残基）。
「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」は、天然サブユニット（例えば、プリン塩基またはピリミジン塩基）または非天然サブユニット（例えば、モルホリン環）で構成されていてもよい、共有結合で連結されているヌクレオチドを含むポリマー化合物を指す。プリン塩基としては、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、およびキサンチンが挙げられ、ピリミジン塩基としては、ウラシル、チミン、およびシトシンが挙げられる。核酸分子としては、ポリリボ核酸（ＲＮＡ）、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、および合成ＤＮＡを含むポリデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）が挙げられ、これらはいずれも一本鎖であってもよくまたは二本鎖であってもよい。一本鎖の場合、核酸分子は、コード鎖であってもよくまたは非コード鎖（アンチセンス鎖）であってもよい。アミノ酸配列をコードする核酸分子は、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。また、ヌクレオチド配列の一部のバージョンは、イントロン（複数可）が共転写機序または転写後機序により除去される限り、イントロン（複数可）を含んでいてもよい。言い換えれば、異なるヌクレオチド配列は、遺伝子コードの冗長性または縮重の結果として、またはスプライシングにより、同じアミノ酸配列をコードすることができる。
この開示の核酸分子のバリアントも企図される。バリアント核酸分子は、本明細書に記載のような、既定の、または参照ポリヌクレオチドの核酸分子に、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、好ましくは９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であるか、または約６５～６８℃で、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、または約４２℃で、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、および５０％のホルムアミドのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドにハイブリダイズするものである。核酸分子バリアントは、標的分子と特異的に結合するなど、本明細書に記載の機能を有する融合タンパク質またはその結合性ドメインをコードする能力を維持する。
「パーセント配列同一性」は、配列を比較することによって決定した場合の、２つまたはそれより多くの配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、比較されている配列間に最良の一致が得られるように設計される。例えば、配列は、最適な比較目的のためにアライメントされる（例えば、最適なアライメントのために、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方に、ギャップを導入することができる）。さらに、非相同配列は、比較目的のために無視してもよい。本明細書で参照される配列同一性パーセントは、別様の指示がない限り、参照配列の長さにわたって計算される。配列同一性および類似性を決定するための方法は、公的に利用可能なコンピュータープログラムに見出すことができる。配列アライメントおよびパーセント同一性の計算は、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ２．０、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、またはＢＬＡＳＴＸ）を使用して実行することができる。ＢＬＡＳＴプログラムで使用される数学アルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２， １９９７に見出すことができる。この開示の文脈内で、分析のために配列分析ソフトウェアが使用される場合、分析の結果は、参照されたプログラムの「デフォルト値」に基づいていることが理解される。「デフォルト値」は、最初の初期設定のときに、元からソフトウェアに搭載されている値またはパラメーターのあらゆるセットを意味する。
当技術分野で理解されているように、２つのポリペプチド間の「類似性」は、ポリペプチドのアミノ酸配列およびそれに対する保存的アミノ酸置換を、第２のポリペプチドの配列と比較することにより決定される（例えば、ＧＥＮＥＷＯＲＫＳ（商標）、Ａｌｉｇｎ、Ｃｌｕｓｔａｌ（商標）、またはＢＬＡＳＴアルゴリズムなどを使用して）。ある特定の実施形態では、ＢＬＡＳＴアルゴリズムが好ましい。
用語「単離された」は、材料がその元の環境（例えば、それが天然に存在する場合、天然環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生きた動物中に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは単離されていないが、天然系中に共に存在する材料の一部または全部から分離された同じ核酸またはポリペプチドは、単離されている。そのような核酸は、ベクターの一部であってもよく、および／またはそのような核酸またはポリペプチドは、組成物（例えば、細胞溶解物）の一部であってもよく、そのようなベクターまたは組成物は、核酸またはポリペプチドにとって自然環境の一部ではないという点で依然として単離されていると言える。用語「遺伝子」は、ポリペプチド鎖の産生に関与するＤＮＡのセグメントを意味し、コード領域の前および後の領域（「リーダーおよびトレーラー」）、加えて個々のコードセグメント（エクソン）間の介在配列（イントロン）を含む。
一部の文脈において、用語「バリアント」は、本明細書で使用される場合、参照された全長配列の少なくとも１つの断片を指し、より具体的には、全長配列と比べて、一方または両方の末端で１つまたは複数のアミノ酸が切り取られた、１つまたは複数のアミノ酸配列または核酸配列を指す。このような断片は、元の配列またはそのバリアントの、少なくとも６、７、８、１０、１２、１５、２０、２５、５０、７５、１００、１５０、または２００個の連続したアミノ酸を有するペプチドを含むかまたはそれをコードする。バリアントの全体の長さは、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、またはそれより多くのアミノ酸であり得る。
一部の実施形態では、用語「バリアント」は、少なくとも１つの断片に関するだけでなく、参照される参照アミノ酸配列またはその断片と、少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその断片であって、生物学的活性またはポリペプチドの折り畳みもしくは構造に必須のアミノ酸以外のアミノ酸が欠失しているかまたは置換されており、１つまたは複数のこのような必須アミノ酸が、保存的な方式で置き換えられているか、および／またはポリペプチドの生物学的活性が保存されるようにアミノ酸が付加されているものに関する。最先端技術としては、２つの所与の核酸配列またはアミノ酸配列をアライメントし、同一性の程度を計算するのに使用可能な様々な方法が挙げられる（例えば、Ａｒｔｈｕｒ Ｌｅｓｋ （２００８）， Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ， ２００８， ３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎを参照）。一部の実施形態では、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗソフトウェアを、デフォルト設定を使用して使用することができる（Ｌａｒｋｉｎ， Ｍ． Ａ．， ｅｔ ａｌ． （２００７）． Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ ａｎｄ Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ ｖｅｒｓｉｏｎ ２．０． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２３， ２９４７－２９４８）。
ある特定の実施形態では、バリアントは、加えて、化学修飾、例えば、同位体標識または共有結合修飾、例えばグリコシル化、リン酸化、アセチル化、脱炭酸、シトルリン化、水酸化などを含んでいてもよい。ポリペプチドを修飾するための方法は公知であり、一般的に、ポリペプチドの所望の活性を無効にしたり実質的に低下させたりしないように使用する。
一実施形態では、核酸分子の「バリアント」という用語は、その相補鎖が、参照または野生型核酸に、例えばストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸を含む。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に決定可能であり、一般的に、プローブ長さ、洗浄温度、および塩濃度に依存する経験的な計算である。一般的に、より長いプローブは、適したアニーリングのためにより高い温度を必要とする一方で、より短いプローブはより低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般的に、その融解温度未満の環境に存在する相補鎖に再アニールする変性ＤＮＡの能力に依存する：プローブとハイブリダイゼーション可能な配列との間の所望の相同性の程度がより高いと、使用してよい相対的な温度もより高くなる。結果として、より高い相対的な温度は、反応条件をより高いストリンジェントにし、一方でより低い温度は、反応条件をより低いストリンジェントにする傾向があると予想される。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの追加の詳細および説明については、Ａｕｓｕｂｅｌ， Ｆ． Ｍ． （１９９５）， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ． Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ．を参照されたい。さらに、当業者であれば、ハイブリダイゼーションによりＤＮＡ配列を同定するための方法に関するマニュアルであるＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ ＧｍｂＨ （１９９３） Ｔｈｅ ＤＩＧ Ｓｙｓｔｅｍ Ｕｓｅｒｓ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ Ｆｉｌｔｅｒ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ， Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ ＧｍｂＨ， Ｍａｎｎｈｅｉｍ， ＧｅｒｍａｎｙおよびＬｉｅｂｌ， Ｗ．， Ｅｈｒｍａｎｎ， Ｍ．， Ｌｕｄｗｉｇ， Ｗ．， ａｎｄ Ｓｃｈｌｅｉｆｅｒ， Ｋ． Ｈ． （１９９１） Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ ４１： ２５５－２６０に記載されている指示に従うことができる。一実施形態では、ストリンジェントな条件は、あらゆるハイブリダイゼーションに適用され、すなわち、ハイブリダイゼーションは、プローブが標的配列と７０％またはそれより高く同一である場合のみに起こる。標的配列に対してより低い程度同一性を有するプローブがハイブリダイズする可能性があるが、このようなハイブリッドは不安定であり、ストリンジェントな条件下で、例えば、塩濃度を２×ＳＳＣに低くし、またはそれに続き必要に応じて、０．５×ＳＳＣに低くし、同時に、温度は、例えば、約５０℃～６８℃、約５２℃～６８℃、約５４℃～６８℃、約５６℃～６８℃、約５８℃～６８℃、約６０℃～６８℃、約６２℃～６８℃、約６４℃～６８℃、または約６６℃～６８℃である条件下での洗浄工程で除去される。一実施形態では、温度は、約６４℃～６８℃または約６６℃～６８℃である。塩の濃度は、０．２×ＳＳＣに調整することが可能であり、または０．１×ＳＳＣにも調整することが可能である。参照または野生型配列に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一性の程度を有する核酸配列を単離することが可能である。一実施形態では、核酸配列のバリアントという用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子コードの縮重に従って、参照核酸配列と同じアミノ酸配列をコードするあらゆる核酸配列およびそれらのバリアントを指す。
「機能的バリアント」は、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドが、親ポリペプチドの活性の、少なくとも５０％の効率で、好ましくは少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルで、コードされる親ポリペプチドの少なくとも１つの機能を実行することが可能であるように、この開示の親または参照化合物に構造的に類似した、または実質的に構造的に類似しているが、いくつかの状況において組成がわずかに異なっている（例えば、１つの塩基、原子または官能基が異なる、付加または除去されている；または１つまたは複数のアミノ酸が、変異している、挿入または欠失されている）ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指す。言い換えれば、この開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの機能的バリアントは、機能的バリアントが、結合親和性（例えば、会合（Ｋａ）または解離（ＫＤ）定数を測定するＢｉａｃｏｒｅ（登録商標）または四量体染色）、アビディティ、または宿主細胞の活性化を測定するためのアッセイなどの選択されたアッセイで、親または参照ポリペプチドと比較してパフォーマンスにおいて５０％以下の低下を呈示する場合、「類似の結合」、「類似の親和性」または「類似の活性」を有する。「機能的な部分」または「機能的な断片」は、本明細書で使用される場合、親または参照化合物のドメイン、モチーフ、部分または断片のみを含むポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親または参照化合物のドメイン、部分または断片に関連して、親ポリペプチドの活性の、少なくとも５０％の活性、好ましくは少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルを保持するか、または生物学的利益（例えば、エフェクター機能）を提供する。
本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの「機能的部分」または「機能的断片」は、機能的部分または機能的断片が、親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比較して、結合親和性を測定するためのアッセイまたはエフェクター機能（例えば、サイトカイン放出）を測定するためのアッセイなど、選択されたアッセイにおいて５０％以下（親和性に関しては、好ましくは、親または参照と比較して２０％以下または１０％以下または１ｌｏｇ差以下）のパフォーマンス低下を示す場合、「類似の結合性」または「類似の活性」を有する。ある特定の実施形態では、機能的部分は、エフェクター分子、エフェクタードメイン、共刺激分子、または共刺激ドメインの「シグナル伝達部分」を指す。
「変更されたドメイン」または「変更されたタンパク質」は、野生型モチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質（例えば、野生型のＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、ＴＣＲα定常ドメイン、またはＴＣＲβ定常ドメイン）と、少なくとも８５％（例えば、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％）の非同一配列同一性（ｎｏｎ－ｉｄｅｎｔｉｃａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するモチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を指す。
「異種性」または「非内因性」または「外因性」は、本明細書で使用される場合、宿主細胞または対象にとって天然ではないあらゆる遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、もしくは活性、または変更された宿主細胞または対象にとって天然のあらゆる遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、もしくは活性を指す。異種性、非内因性、または外因性は、天然の、および変更された遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子の間で構造、活性、またはその両方が異なるように変異した、またはそれ以外の方法で変更された遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子を含む。ある特定の実施形態では、異種性、非内因性、または外因性遺伝子、タンパク質、または核酸分子（例えば、受容体、リガンドなど）は、宿主細胞または対象にとって内因性でなくてもよいが、その代わりに、このような遺伝子、タンパク質、または核酸分子をコードする核酸が、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、エレクトロポレーションなどによって宿主細胞に付加されてもよく、その場合、付加される核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれていてもよいし、または染色体外の遺伝物質として（例えば、プラスミドまたは他の自己増殖ベクターとして）存在していてもよい。異種性ポリヌクレオチドを含む宿主細胞の場合において、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドを含有するように後代それ自体を操作した（例えば、形質導入した）か否かにかかわらず、宿主細胞の後代にとって「異種性」であることが理解される。
用語「相同な」または「相同体」は、宿主細胞、宿主種、または宿主株に見出される、またはそれ由来の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。例えば、異種性または外因性ポリヌクレオチドまたはポリペプチドをコードする遺伝子は、天然ポリヌクレオチドまたは遺伝子に相同であってもよく、相同なポリペプチドまたは活性をコードするが、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、変更された構造、配列、発現レベル、またはそれらの任意の組合せを有していてもよい。非内因性ポリヌクレオチドまたは遺伝子、加えてコードされるポリペプチドまたは活性は、同じ種由来であってもよいし、異なる種由来であってもよいし、またはそれらの組合せであってもよい。
本明細書で使用される場合、用語「内因性」または「天然」は、宿主細胞または対象に通常存在するポリヌクレオチド、遺伝子、タンパク質、化合物、分子、または活性を指す。
用語「発現」は、本明細書で使用される場合、ポリペプチドが遺伝子などの核酸分子のコード配列に基づいて産生されるプロセスを指す。このプロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはそれらの任意の組合せを含んでいてもよい。発現される核酸分子は、典型的には、発現制御配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結している。
用語「作動可能に連結した」は、一方の機能が他方により影響を受けるように、２つまたはそれよりも多くの核酸分子が単一の核酸断片において関連付けられていることを指す。例えば、プロモーターは、そのコード配列の発現に影響を及ぼすことが可能である場合（つまり、コード配列が、プロモーターの転写制御下にある場合）、コード配列と作動可能に連結している。「連結されていない」は、関連する遺伝学的エレメントが、互いに密接に関連付けられておらず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。
核酸分子を細胞へと挿入するという状況における「導入される」という用語は、「トランスフェクション」、または「形質転換」、または「形質導入」を意味し、真核細胞または原核細胞への核酸分子の組込みに対する言及を含み、その場合、核酸分子は、細胞のゲノムへと組み込まれてもよく（例えば、染色体、プラスミド、プラスチド、またはミトコンドリアＤＮＡ）、自律性レプリコンに変換されてもよく、または一過性に発現されてもよい（例えば、トランスフェクトされたｍＲＮＡ）。本明細書で使用される場合、用語「遺伝子操作された」、「組換えの」、または「非天然の」、または「修飾された」は、少なくとも１つの遺伝子変更を含むか、または外因性核酸分子の導入により修飾されている生物、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指し、そのような変更または修飾は、遺伝子操作（つまり、人為的介入）により導入される。遺伝子変更としては、例えば、タンパク質、融合タンパク質、もしくは酵素をコードする発現可能な核酸分子を導入する修飾、または他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝物質の他の機能的破壊が挙げられる。追加の修飾としては、例えば、修飾が、例えば、内因性核酸分子もしくは遺伝子の発現が、制御されるか、調節解除されるか、もしくは構成的になるように、ポリヌクレオチド、遺伝子、またはオペロンの発現を変更する非コード調節領域が挙げられ、そのような変更または修飾は遺伝子操作により導入することができる。遺伝子変更としては、例えば、１つもしくは複数のタンパク質もしくは酵素をコードする核酸分子（プロモーターなどの発現制御エレメントを含んでいてもよい）を導入する修飾、または他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝物質の他の機能的破壊もしくはそれに対する他の機能的追加を挙げることができる。例示的な修飾としては、参照分子または親分子の異種性または相同性ポリペプチドのコード領域またはそれらの機能的断片における修飾が挙げられる。
本明細書に記載のように、１つよりも多くの異種性核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロン性核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはそれらの任意の組合せとして宿主細胞へと導入されていてもよい。２つまたはそれよりも多くの異種性核酸分子が宿主細胞へと導入される場合、２つまたはそれよりも多くの異種性核酸分子は、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクターにて）、別々のベクターで導入されてもよく、単一の部位もしくは複数の部位にて宿主染色体へと組み込まれてもよく、またはそれらの任意の組合せであってもよいと理解される。参照される異種性核酸分子またはタンパク質活性の数は、宿主細胞へと導入される別々の核酸分子の数ではなく、コード核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。
用語「構築物」は、組換え核酸分子を含有するあらゆるポリヌクレオチドを指す。構築物は、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）に存在していてもよく、またはゲノムに組み込まれていてもよい。「ベクター」は、別の核酸分子を輸送することが可能な核酸分子である。ベクターは、例えば、染色体、非染色体、半合成または合成核酸分子を含み得る、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクターまたは直鎖状または環状ＤＮＡまたはＲＮＡ分子であってもよい。本開示のベクターとしてはまた、トランスポゾンシステム（例えば、スリーピングビューティー（Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ）、例えば、Ｇｅｕｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ８：１０８， ２００３： Ｍａｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． ４１：７５３， ２００９を参照されたい）も挙げられる。例示的なベクターは、自律複製が可能なもの（エピソームベクター）、ポリヌクレオチドを細胞ゲノムに送達することが可能なもの（例えば、ウイルスベクター）、またはそれらに連結されている核酸分子を発現することが可能なもの（発現ベクター）である。
本明細書で使用される場合、用語「宿主」は、目的のポリペプチドを産生するための異種性核酸分子による遺伝子改変の標的となる細胞（例えば、本明細書に記載のような免疫系細胞）または微生物を指す。ある特定の実施形態では、宿主細胞は、必要に応じて、例えば、異種性タンパク質の生合成に関連するまたは関連しない所望の特性を付与する他の遺伝子改変を既に保有していてもよくまたは含むように修飾されていてもよい（例えば、検出可能なマーカーの包含；内因性ＴＣＲの欠失、変更、もしくは短縮；または共刺激因子の発現増加）。
「結合ドメイン」（「結合領域」または「結合部分」とも呼ばれる）は、本明細書で使用される場合、標的分子（例えば、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチド（配列番号３１）またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチド（配列番号３２）、ある特定の実施形態では、ＨＬＡ分子との複合体の形態で）と、特異的に、非共有結合によって会合する、一体化する、またはそれと化合する能力を有する、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質などの分子を指す。結合性ドメインは、生物学的分子または他の目的の標的に対する、任意の天然に存在する、合成の、半合成の、または組換え的に産生された結合パートナーを含む。一部の実施形態では、結合性ドメインは、抗体またはＴＣＲまたは機能的結合性ドメインまたはそれらの抗原結合性断片などの抗原結合性ドメインである。例示的な結合性ドメインとしては、一本鎖抗体可変領域（例えば、単一ドメイン抗体、ｓＦｖ、ｓｃＦｖ、およびＦａｂ）、受容体外部ドメイン（例えば、ＴＮＦ－α）、リガンド（例えば、サイトカインおよびケモカイン）、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）などのＴＣＲの抗原結合性領域、生物学的分子、アプタマー、または単一ドメイン抗体（例えば、ラクダまたは魚由来の単一ドメイン抗体；例えば、Ａｒｂａｂｉ－Ｇｈａｈｒｏｕｄｉ Ｍ （２０１７） Ｆｒｏｎｔ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ８： １５８９を参照）に結合する特異的能力について選択された合成ポリペプチドが挙げられる。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、ＴＣＲα鎖もしくはβ鎖（またはγδＴＣＲの場合、γ鎖およびδ鎖）のドメイン、または抗原への結合に関与する抗体重鎖もしくは軽鎖のドメイン（すなわち、抗原と接触し結合をもたらすアミノ酸および／または他の構造を含有する）を指す。天然ＴＣＲのα鎖およびβ鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶαおよびＶβ）は、一般に類似の構造を有し、各ドメインは、４つの概して保存されているフレームワーク領域（ＦＲ）および３つのＣＤＲを含む。また、抗体重鎖（ＶＨ）および抗体軽鎖（ＶＬ）の可変ドメインは各々、一般に、４つの概して保存されているフレームワーク領域（ＦＲ）および３つのＣＤＲを含む。ＴＣＲおよび抗体の両方において、フレームワーク領域は、ＣＤＲを隔てており、ＣＤＲは、フレームワーク領域間に配置される（すなわち、一次構造で）。
天然ＴＣＲのα鎖およびβ鎖の可変ドメイン（それぞれＶαおよびＶβ）は、一般的に、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）および３つのＣＤＲを含む各ドメインと類似の構造を有する。Ｖαドメインは、２つの別個のＤＮＡセグメント、すなわち可変遺伝子セグメントおよび結合遺伝子セグメント（ｊｏｉｎｉｎｇ ｇｅｎｅ ｓｅｇｍｅｎｔ）（Ｖ－Ｊ）によりコードされ、Ｖβドメインは、３つの、５つの別個のＤＮＡセグメント（ｔｈｒｅｅ ５ ｓｅｐａｒａｔｅ ＤＮＡ ｓｅｇｍｅｎｔ）、すなわち、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、および結合遺伝子セグメント（Ｖ－Ｄ－Ｊ）によりコードされる。ヒトＴＣＲ Ｖ、Ｄ、およびＪ対立遺伝子は、そのヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列を含めて当技術分野において公知である。単一のＶαまたはＶβドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原と結合するＴＣＲは、抗原と結合するＴＣＲ由来のＶαまたはＶβドメインを使用して単離して、それぞれ相補的ＶαまたはＶβドメインのライブラリーをスクリーニングすることができる。
用語「相補性決定領域」、および「ＣＤＲ」は、「高度可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、一般的に、抗原特異性および／または結合親和性を付与し、一次構造でフレームワーク配列によって互いに隔てられている、ＴＣＲまたは抗体可変領域内のアミノ酸の配列を指すことが当技術分野において公知である。一部の場合において、フレームワークのアミノ酸は、結合にも寄与し得、例えば、抗原または抗原を含有する分子と接触する場合もある。一般に、各可変領域には３つのＣＤＲが存在する（つまり、ＴＣＲα鎖およびβ鎖可変領域の各々に３つのＣＤＲが存在する；抗体重鎖および軽鎖可変領域の各々に３つのＣＤＲが存在する）。ＴＣＲの場合において、ＣＤＲ３は、プロセシングされた抗原を認識することに関与する主要なＣＤＲと考えられる。ＣＤＲ１およびＣＤＲ２は、主として、または一部の場合において独占的に、ＭＨＣと相互作用する。可変ドメイン配列は、番号付けスキーム（例えば、Ｋａｂａｔ、ＥＵ、国際免疫遺伝学情報システム（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ：ＩＭＧＴ）およびＡｈｏ）にアラインすることができ、これらは、等価な残基位置に注釈を付けること、および抗原受容体番号付けおよび受容体分類（Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ：ＡＮＡＲＣＩ）ソフトウェアツール（２０１６， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １５：２９８－３００）を使用して異なる分子を比較することを可能にする。本明細書に記載のある特定の実施形態では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ番号付けシステムに従って番号付けされる。
「と特異的に結合する」は、本明細書で使用される場合、結合ドメイン、またはそれを含むタンパク質が、１０５Ｍ－１に等しいかまたはそれより大きい親和性またはＫａ（すなわち、単位１／Ｍでの特定の結合相互作用の平衡会合定数）で標的分子に会合または結合するが、サンプル中の他のいずれの分子または成分との有意に会合も結合（ｕｎｉｔｉｎｇ）もしないことを指す。結合性ドメイン（またはその融合タンパク質）は、「高親和性」結合性ドメイン（またはその融合タンパク質）または「低親和性」結合性ドメイン（またはその融合タンパク質）に分類することができる。「高親和性」結合ドメインは、少なくとも１０７Ｍ－１、少なくとも１０８Ｍ－１、少なくとも１０９Ｍ－１、少なくとも１０１０Ｍ－１、少なくとも１０１１Ｍ－１、少なくとも１０１２Ｍ－１、または少なくとも１０１３Ｍ－１のＫａを有する結合ドメインを指す。「低親和性」結合ドメインは、最大１０７Ｍ－１、最大１０６Ｍ－１、または最大１０５Ｍ－１のＫａを有する結合ドメインを指す。代替として、親和性は、単位Ｍでの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）（例えば、１０－５Ｍ～１０－１３Ｍ）と定義することができる。ある特定の実施形態では、結合ドメインは、「強化された親和性」を有していてもよく、これは、選択された、または操作された結合ドメインが、野生型（または親）結合ドメインより強く標的抗原に結合することを指す。例えば、増強された親和性は、標的抗原に対するＫａ（平衡会合定数）が野生型結合性ドメインよりも高いことによるものであってもよく、または標的抗原に対するＫｄが野生型結合性ドメインのＫｄよりも低いことによるものであってもよく、または標的抗原のオフレート（Ｋｏｆｆ）が野生型結合性ドメインのオフレートよりも低いことによるものであってもよい。特定の標的に特異的に結合する本開示の結合性ドメインを同定するための、ならびにウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、およびＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）分析など、結合性ドメインまたは融合タンパク質の親和性を決定するための様々なアッセイが公知である（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｎ． Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ５７： ６６０， １９４９；および米国特許第５，２８３，１７３号明細書または米国特許第５，４６８，６１４号明細書なども参照されたい）。
親和性または見かけの親和性または相対的な親和性を評価するためのアッセイは、公知である。ある特定の例において、ＴＣＲの見かけの親和性を、例えば標識した四量体を使用するフローサイトメトリーによって、様々な濃度の四量体への結合を評価することによって測定する。一部の例において、ＴＣＲの見かけのＫｄを、所定の濃度の範囲での標識した四量体（すなわち、ペプチド：ＭＨＣ四量体）の２倍希釈、それに続く非線形回帰による結合曲線の決定を使用して測定し、見かけのＫｄを、最大半量結合をもたらすリガンドの濃度として決定する。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８またはＭｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質としては、Ｍｓｌｎ２０－２８もしくはＭｓｌｎ５３０－５３８特異的免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質、またはそれぞれ、それらの結合部分が挙げられる。
「ＭＨＣ－ペプチド四量体染色」は、抗原特異的Ｔ細胞を検出するのに使用されるアッセイを指し、これは、ＭＨＣ分子の四量体が、それぞれ少なくとも１つのエピトープ（例えば、Ｍｓｌｎ２０－２８またはＭｓｌｎ５３０－５３８）と同族である（例えば、それと同一な、またはそれに関する）アミノ酸配列を有する同一なペプチドを含むことを特徴とし、複合体は、同族エピトープに特異的なＴＣＲに結合することが可能である。ＭＨＣ分子の各々を、ビオチン分子でタグ化することができる。ビオチン化ＭＨＣ／ペプチドは、ストレプトアビジンの添加によって四量体化され、これは、蛍光標識することができる。四量体は、蛍光標識を介したフローサイトメトリーによって検出してもよい。ある特定の実施形態では、ＭＨＣ－ペプチド四量体アッセイは、本開示の強化された親和性を有するＴＣＲを検出または選択するために使用される。サイトカインのレベルは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳｐｏｔ、細胞内サイトカイン染色、およびフローサイトメトリー、およびそれらの組合せ（例えば、細胞内サイトカイン染色およびフローサイトメトリー）を含む、本明細書に記載の方法および当技術分野で実施される方法に従って決定することができる。免疫応答の抗原特異的誘発または刺激に起因する免疫細胞増殖およびクローン性拡大は、末梢血細胞またはリンパ節に由来する細胞の試料中の循環リンパ球などのリンパ球を単離し、細胞を抗原で刺激し、トリチウム標識チミジンの組込み、またはＭＴＴアッセイなどの非放射性アッセイなどにより、サイトカイン産生、細胞増殖、および／または細胞生存率を測定することにより決定することができる。Ｔｈ１免疫応答とＴｈ２免疫応答とのバランスに対する本明細書に記載の免疫原の効果は、例えば、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１２、ＩＬ－２、およびＴＮＦ－βなどのＴｈ１サイトカインの、ならびにＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、およびＩＬ－１３などの２型サイトカインのレベルを決定することにより調査することができる。
「抗原」または「Ａｇ」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を誘発する免疫原性分子を指す。この免疫応答は、抗体産生、特定の免疫担当細胞（Ｔ細胞など）の活性化、または両方を伴ってもよい。抗原（免疫原性分子）は、例えば、ペプチド、糖ペプチド、ポリペプチド、糖ポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、または脂質などであってもよい。抗原は、合成してもよく、組換えにより産生してもよく、または生物学的試料に由来してもよいことは容易に明らかである。１つまたは複数の抗原を含有し得る例示的な生物学的試料としては、組織試料、腫瘍試料、細胞、生物学的流体、またはそれらの組合せを挙げることができる。抗原は、化学的に合成してもよいし、または抗原を発現するように改変または遺伝子操作された細胞によって産生してもよい。
用語「エピトープ」または「抗原エピトープ」は、免疫グロブリン、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、キメラ抗原受容体などの同族結合分子、または他の結合分子、ドメインもしくはタンパク質が認識し、特異的に結合するあらゆる分子、構造、アミノ酸配列またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般に、アミノ酸または糖側鎖などの、化学的に活性な分子の表面基を含有し、特定の三次元構造特色ならびに特定の電荷特色を有することができる。
「Ｍｓｌｎ２０－２８」および「Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチド」、ならびに「Ｍｓｌｎ２０ペプチド」は、本明細書で使用される場合、配列番号５０のメソテリンアミノ酸２０～２８（ヒトメソテリン、アイソフォーム１）、すなわち、ＳＬＬＦＬＬＦＳＬ（配列番号３１）を含むかまたはそれからなるペプチドを指し、このペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊２０１と会合することができる。
「Ｍｓｌｎ５３０－５３８」および「Ｍｓｌｎ５３０－５３８ペプチド」、「Ｍｓｌｎ５３０ペプチド」は、本明細書で使用される場合、配列番号５０のメソテリンアミノ酸５３０～５３８、例えば、ＶＬＰＬＴＶＡＥＶ（配列番号３２）を含むかまたはそれからなるペプチドを指し、このペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊２０１と会合することができる。
用語「Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質」は、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドに特異的に結合する、および／またはそれに特異的である、および／またはそれとの高いアビディティを有するかもしくはそれを付与するタンパク質またはポリペプチドを指す。一部の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドは、Ｍｓｌｎ２０－２８、例えば、ＭＨＣまたはＨＬＡ分子と複合体化したＭｓｌｎ２０－２８ペプチドに、例えば細胞表面上で、特定の親和性で、または少なくともおよその特定の親和性で結合する。Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチド、そのバリアント、またはその断片に結合し得る。例えば、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号３１（ＳＬＬＦＬＬＦＳＬ）のアミノ酸配列、または配列番号３１と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列に結合し得る。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、例えば同じアッセイによって測定した場合、Ｍｓｌｎ２０－２８－ペプチド：ＨＬＡ複合体（またはＭｓｌｎ２０－２８由来のペプチド：ＭＨＣ複合体）と、本明細書で提供される例示的なＭｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質、例えば本明細書で提供されるＭｓｌｎ２０－２８特異的ＴＣＲのいずれかによって示される親和性とおよそ同じ、少なくともおよそ同じ、またはそれよりも大きいかおよそ大きい親和性で結合する。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、本明細書で提供されるＭｓｌｎ２０－２８エピトープ、例えば、配列番号６０によるコンセンサスエピトープ配列に結合することができる。本明細書で開示のように、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、配列番号６０と高い配列相同性または同一性を有する非Ｍｓｌｎヒトタンパク質またはペプチドと結合しないか、または実質的に結合しない。
用語「Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質」は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８ペプチドに特異的に結合する、および／またはそれに特異的である、および／またはそれとの高いアビディティを有するかもしくはそれを付与するタンパク質またはポリペプチドを指す。一部の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドは、Ｍｓｌｎ５３０－５３８に結合し、例えばＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドは、例えば細胞表面上で、特定の親和性で、または少なくともおよその特定の親和性で、ＭＨＣまたはＨＬＡ分子と複合体化している。Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８ペプチド、そのバリアント、またはその断片に結合し得る。例えば、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号３２のアミノ酸配列（ＶＬＰＬＴＶＡＥＶ）、または配列番号３２と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列に結合し得る。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、例えば同じアッセイによって測定した場合、Ｍｓｌｎ５３０－５３８－ペプチド：ＨＬＡ複合体（またはＭｓｌｎ５３０－５３８由来のペプチド：ＭＨＣ複合体）と、本明細書で提供される例示的なＭｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質、例えば本明細書で提供されるＭｓｌｎ５３０－５３８特異的ＴＣＲのいずれかによって示される親和性とおよそ同じ、少なくともおよそ同じ、またはそれよりも大きいかおよそ大きい親和性で、結合する。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、本明細書で提供されるＭｓｌｎ５３０－５３８エピトープ、例えば、配列番号６１または６２によるコンセンサスエピトープ配列に結合することができる。本明細書で開示のように、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、配列番号６１または６２と高い配列相同性または同一性を有する非Ｍｓｌｎヒトタンパク質またはペプチドと結合しないか、または実質的に結合しない。
本開示の結合ドメインが特異的に結合する標的分子は、目的の細胞（「標的細胞」）上で、またはそれと会合して見出され得る。例示的な標的細胞としては、がん細胞、自己免疫疾患もしくは障害または炎症性疾患もしくは障害に関連する細胞、および感染性生物または細胞（例えば、細菌、ウイルス、またはウイルス感染細胞）が挙げられる。哺乳動物寄生虫などの感染性生物の細胞も、標的細胞として企図される。
用語「機能的なアビディティ」は、所与のリガンド濃度に対するｉｎ ｖｉｔｒｏにおける免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫ－Ｔ細胞）応答の生物学的な尺度または活性化の閾値を指し、生物学的な尺度としては、サイトカイン産生（例えば、ＩＦＮγ産生、ＩＬ－２産生など）、細胞傷害活性、および増殖を挙げることができる。例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、サイトカインを産生すること、細胞傷害性であること、または増殖することによって低い抗原用量に生物学的に（免疫学的に）応答するＴ細胞は、高い機能的なアビディティを有するとみなされ、一方でより低い機能的なアビディティを有するＴ細胞は、高いアビディティのＴ細胞に類似して、免疫応答が惹起される前に、より多くの量の抗原を必要とする。機能的なアビディティは、親和性およびアビディティと異なることが理解される。親和性は、結合タンパク質とその抗原／リガンドとの間のあらゆる所与の結合の強度を指す。一部の結合タンパク質は多価であり、複数の抗原に結合し、この場合、全体的な連結の強度がアビディティである。
機能的なアビディティと免疫応答の有効性との間に多数の相関が存在する。一部のｅｘ ｖｉｖｏの研究は、別個のＴ細胞の機能（例えば、増殖、サイトカイン産生など）は異なる閾値で引き起こされ得ることを示している（例えば、Ｂｅｔｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７２：６４０７， ２００４；Ｌａｎｇｅｎｋａｍｐ ｅｔ ａｌ．， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ３２：２０４６， ２００２を参照）。機能的なアビディティに影響を与える要因としては、（ａ）ｐＭＨＣ－複合体へのＴＣＲの親和性、すなわちＴＣＲとｐＭＨＣとの間の相互作用の強度（Ｃａｗｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １６７：２５７７， ２００１）、（ｂ）ＴＣＲおよびＣＤ４またはＣＤ８共受容体の発現レベル、および（ｃ）シグナル伝達分子の分布および組成（Ｖｉｏｌａ ａｎｄ Ｌａｎｚａｖｅｃｃｈｉａ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７３：１０４， １９９６）、加えて、Ｔ細胞の機能およびＴＣＲシグナル伝達を弱める分子の発現レベルが挙げられる。
指定された曝露時間後のベースラインの応答と最大応答との間の最大半量応答を誘導するのに必要な抗原の濃度は、「最大半量有効濃度」または「ＥＣ５０」と呼ばれる。ＥＣ５０値は、一般的に、モル濃度（モル／リットル）の量として示されるが、以下：－ｌｏｇ１０（ＥＣ５０）のように対数値に変換されることが多い。例えば、ＥＣ５０が１μＭ（１０－６Ｍ）に等しい場合、ｌｏｇ１０（ＥＣ５０）値は、－６である。使用される別の値は、ｐＥＣ５０であり、これは、ＥＣ５０の負の対数（－ｌｏｇ１０（ＥＣ５０））と定義される。上記の例において、１μＭに等しいＥＣ５０は、６のｐＥＣ５０値を有する。ある特定の実施形態では、この開示の結合タンパク質の機能的なアビディティは、Ｔ細胞によってＩＦＮγ産生を促進するその能力の尺度ということになり、これは、本明細書に記載のアッセイを使用して測定することができる。「高い機能的なアビディティ」のＴＣＲまたはその結合ドメインは、少なくとも１０－４Ｍ、少なくとも約１０－５Ｍ、または少なくとも約１０－６ＭのＥＣ５０を有するＴＣＲまたはその結合ドメインを指す。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のようなメソテリン特異的結合タンパク質またはドメインは、宿主Ｔ細胞によって発現させることができ、Ｔ細胞のアビディティ化または誘導の決定を含む、さらに抗原特異的なＴ細胞応答の決定も含むＴ細胞活性をアッセイするための多数の当技術分野で容認された方法論のいずれかに従って、機能的に特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、クラスＩ ＨＬＡ拘束性の方式でヒトメソテリンに対する抗原特異的Ｔ細胞応答を促進することが可能である。さらなる実施形態では、クラスＩ ＨＬＡ拘束性応答は、輸送体に関連しており、抗原プロセシング（ＴＡＰ）とは無関係である。ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞応答は、ＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答およびＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答の少なくとも１つを含む。関連の実施形態では、ＣＴＬ応答は、メソテリンを過剰発現する細胞に方向付けられる。Ｔ細胞活性をアッセイするための手法のさらなる例としては、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞サイトカイン放出、抗原特異的Ｔ細胞刺激、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞刺激、ＣＴＬ活性（例えば、事前にローディングした標的細胞からの５１Ｃｒ放出を検出することによって）、Ｔ細胞表現型のマーカー発現における変化、およびＴ細胞の機能の他の尺度の決定が挙げられる。これらのおよび類似のアッセイを実行するための手順は、例えば、Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌ： Ｔｈｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｓｏｕｒｃｅｂｏｏｋ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， １９９８）に見出すことができる。また、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ；Ｗｅｉｒ， Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｂｏｓｔｏｎ， ＭＡ （１９８６）；Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｇｉｉ （ｅｄｓ．） Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ， Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ （１９７９）；Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｒｅｅｄ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８１：１３０９ （１９９８）およびそこで引用された文献）も参照されたい。
「免疫系細胞」は、本明細書で使用される場合、骨髄中の造血幹細胞から生じる免疫系のあらゆる細胞を指し、造血幹細胞は、２つの主要な系統、すなわち、骨髄性前駆細胞（これは、骨髄性細胞、例えば単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球、および顆粒球を生じさせる）、およびリンパ性前駆細胞（これは、リンパ性細胞、例えばＴ細胞、Ｂ細胞、およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を生じさせる）を生じさせる。例示的な免疫系細胞としては、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、調節性Ｔ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、ナチュラルキラー細胞（例えば、ＮＫ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞）、Ｂ細胞、および樹状細胞が挙げられる。マクロファージおよび樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」と称することもでき、これらは、ペプチドと複合体化したＡＰＣの表面上の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）受容体が、Ｔ細胞の表面上でＴＣＲと相互作用すると、Ｔ細胞を活性化できる特殊化した細胞である。
「Ｔ細胞」または「Ｔリンパ球」は、胸腺で成熟し、ＴＣＲを産生する免疫系細胞である。Ｔ細胞は、ナイーブ（抗原に曝露されていない；ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ１２７、およびＣＤ４５ＲＡの発現が増加、ならびにＣＤ４５ＲＯの発現が減少）、メモリーＴ細胞（ＴＭ）（抗原を経験し、長命である）、およびエフェクター細胞（抗原を経験し、細胞傷害性である）であってもよい。ＴＭは、セントラルメモリーＴ細胞（ＴＣＭ、ナイーブＴ細胞と比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＯ、およびＣＤ９５の発現増加、およびＣＤ５４ＲＡの発現減少）およびエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ、ナイーブＴ細胞またはＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ４５ＲＡの発現減少、およびＣＤ１２７の発現増加）のサブセットにさらに分けることができる。
エフェクターＴ細胞（ＴＥ）は、ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８の発現が減少しており、グランザイムおよびパーフォリン陽性である、抗原を経験したＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球を指す。他の例示的なＴ細胞としては、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋（Ｆｏｘｐ３＋）調節性Ｔ細胞およびＴｒｅｇ１７細胞などの調節性Ｔ細胞、ならびにＴｒ１、Ｔｈ３、ＣＤ８＋ＣＤ２８－、およびＱａ－１拘束性Ｔ細胞が挙げられる。
ヘルパーＴ細胞（ＴＨ）は、サイトカインを放出することによって他の免疫細胞の活性に影響を与えるＣＤ４＋細胞である。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、適応免疫応答を活性化および抑制することができ、これら２つの機能のどれが誘導されるかは、他の細胞およびシグナルの存在に依存する。Ｔ細胞は、公知の技術を使用して収集でき、様々な部分集団またはそれらの組合せは、公知の技術によって、例えば抗体への結合親和性、フローサイトメトリー、または免疫磁気選択によって、富化または枯渇させることができる。
「Ｔ細胞系統の細胞」は、他のリンパ性細胞由来の細胞、および赤芽球系統または骨髄性系統の細胞と区別する、Ｔ細胞、またはそれらの前駆体もしくは前駆細胞の少なくとも１つの表現型の特徴を示す細胞を指す。このような表現型の特徴としては、Ｔ細胞に特異的な１つまたは複数のタンパク質（例えば、ＣＤ３＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋）の発現、またはＴ細胞に特異的な生理学的、形態学的、機能的、もしくは免疫学的な特徴を挙げることができる。例えば、Ｔ細胞系統の細胞は、Ｔ細胞系統に関係づけられる（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ）前駆細胞もしくは前駆体細胞；ＣＤ２５＋未成熟および不活性化Ｔ細胞；ＣＤ４もしくはＣＤ８系統（ｌｉｎａｇｅ）コミットメントを受けた細胞；ＣＤ４＋ＣＤ８＋二重陽性である胸腺細胞の前駆細胞；単一陽性ＣＤ４＋もしくはＣＤ８＋；ＴＣＲαβもしくはＴＣＲγδ；または成熟Ｔ細胞、および機能的もしくは活性化Ｔ細胞であり得る。
「造血前駆細胞」は、成熟した細胞型（例えば、Ｔ細胞系統の細胞）へのさらなる分化が可能な造血幹細胞（ＨＳＣ）または胎児組織由来の細胞である。ある特定の実施形態では、ＣＤ２４ｌｏＬｉｎ－ＣＤ１１７＋造血前駆細胞が有用である。本明細書で定義されているように、造血前駆細胞は、Ｔ細胞系統の細胞へとさらに分化することが可能な胚性幹細胞を含んでいてもよい。造血前駆細胞は、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物を含む種々の動物種に由来してもよい。「胸腺細胞の前駆細胞」または「胸腺細胞」は、胸腺中に存在する造血前駆細胞である。
「造血幹細胞」または「ＨＳＣ」は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける本質的に無制限の増殖のいずれかで自己再生が可能であり、Ｔ細胞系統の細胞などの他の細胞型への分化が可能な未分化造血細胞を指す。ＨＳＣは、例えば、これらに限定されないが、胎児肝臓、骨髄、および臍帯血から単離することができる。
「胚性幹細胞」、「ＥＳ細胞」、または「ＥＳＣ」は、発生中の胚の生殖細胞系に組み込まれ、その一部になる能力を有する未分化胚性幹細胞を指す。胚性幹細胞は、造血前駆細胞および任意の組織または器官へと分化することが可能である。本明細書での使用に好適な胚性幹細胞としては、Ｊ１ ＥＳ細胞株、１２９Ｊ ＥＳ細胞株、マウス幹細胞株Ｄ３（アメリカ培養細胞系統保存機関）に由来する細胞、１２９／Ｓｖマウスに由来するＲ１またはＥ１４Ｋ細胞株、Ｂａｌｂ ／ｃおよびＣ５７Ｂ１／６マウスに由来する細胞株、ならびにヒト胚性幹細胞（例えば、ＷＩＣＥＬＬ（登録商標）Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＷＩ；またはＥＳ ｃｅｌｌ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ、Ａｕｓｔｒａｌｉａ）が挙げられる。
用語「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲ）は、ＭＨＣ受容体に結合している抗原ペプチドと特異的に結合することが可能な免疫グロブリンスーパーファミリーメンバー（可変結合性ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、および短い細胞質尾部を有する；例えば、Ｊａｎｅｗａｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ： Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ， ３ｒｄ Ｅｄ．， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ， ｐ． ４：３３， １９９７を参照）を指す。ＴＣＲは、細胞の表面上に見出されてもよく、または可溶性形態であってもよく、一般に、α鎖およびβ鎖（それぞれＴＣＲαおよびＴＣＲβとしても知られている）もしくはγ鎖およびδ鎖（それぞれＴＣＲγおよびＴＣＲδとしても知られている）を有するヘテロ二量体で構成されている。免疫グロブリンと同様に、ＴＣＲ鎖の細胞外部分（例えば、α鎖およびβ鎖）は、２つの免疫グロブリンドメイン：Ｎ末端の可変ドメイン（例えば、α鎖可変ドメインすなわちＶα、β鎖可変ドメインすなわちＶβ；典型的にはカバット付番に基づきアミノ酸１～１１６（Ｋａｂａｔ， ｅｔ ａｌ．， ”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，” ＵＳ Ｄｅｐｔ． Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， １９９１， ５ｔｈ ｅｄ．））および細胞膜に隣接する１つの定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインすなわちＣα、典型的にはカバットに基づきアミノ酸１１７～２５９、β鎖定常ドメインすなわちＣβ、典型的にはカバットに基づきアミノ酸１１７～２９５）を含有する。また、免疫グロブリンと同様に、可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）により隔てられている相補性決定領域（ＣＤＲ）を含有する（例えば、Ｊｏｒｅｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ５７：９１３８， １９９０；Ｃｈｏｔｈｉａ， ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ． ７：３７４５， １９８８を参照；また、Ｌｅｆｒａｎｃ， ｅｔ ａｌ．， Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５， ２００３を参照）。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面に見出され、ＣＤ３複合体と会合する。本開示で使用されるＴＣＲの供給源は、ヒト、マウス、ラット、ネコ、イヌ、ヤギ、ウマ、または他の哺乳動物など、種々の動物種に由来してもよい。
「ＣＤ３」は、６つの鎖の多タンパク質複合体である（Ｂｏｒｓｔ Ｊ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ， ２５８（８）： ５１３５－４１， １９８３および上記のＪａｎｅｗａｙ， ｅｔ ａｌ．， ｐ．１７２ ａｎｄ １７８， １９９９を参照）。哺乳動物では、複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、およびＣＤ３ζ鎖のホモ二量体を含む。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖は、単一の免疫グロブリンドメインを含有する免疫グロブリンスーパーファミリーの関連細胞表面タンパク質である。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖の膜貫通領域は負に荷電されており、これは、こうした鎖がＴＣＲ鎖の正荷電領域と会合することが可能になると考えられている特色である。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖の細胞内尾部は各々、免疫受容体チロシンに基づく活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られている単一の保存されたモチーフを含有するが、各ＣＤ３ζ鎖は３つを有する。いずれか１つの理論により束縛されないが、ＩＴＡＭは、ＴＣＲ複合体のシグナル伝達能力にとって重要であると考えられている。本開示で使用されるＣＤ３は、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物を含む、種々の動物種に由来してもよい。
本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ複合体」は、ＣＤ３とＴＣＲとの会合により形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲα鎖、およびＴＣＲβ鎖で構成されていてもよい。あるいは、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲγ鎖、およびＴＣＲδ鎖で構成されていてもよい。
「ＴＣＲ複合体の成分」は、本明細書で使用される場合、ＴＣＲ鎖（つまり、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγ、またはＴＣＲδ）、ＣＤ３鎖（つまり、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、またはＣＤ３ζ）、または２つもしくはそれよりも多くのＴＣＲ鎖もしくはＣＤ３鎖により形成される複合体（例えば、ＴＣＲαおよびＴＣＲβの複合体、ＴＣＲγおよびＴＣＲδの複合体、ＣＤ３εおよびＣＤ３δの複合体、ＣＤ３γおよびＣＤ３εの複合体、またはＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、および２つのＣＤ３ε鎖の部分ＴＣＲ複合体）を指す。
「主要組織適合複合体」（ＭＨＣ）は、ペプチド抗原を細胞表面へと送達する糖タンパク質を指す。ＭＨＣクラスＩ分子は、膜を跨ぐα鎖（３つのαドメインを有する）および非共有結合で会合しているβ２ミクログロブリンを有するヘテロ二量体である。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、どちらも膜を跨ぐ２つの膜貫通糖タンパク質αおよびβで構成されている。各鎖は２つのドメインを有する。ＭＨＣクラスＩ分子は、細胞質ゾルを起源とするペプチドを細胞表面に送達し、そこでペプチド：ＭＨＣ複合体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞により認識される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、小胞系を起源とするペプチドを細胞表面に送達し、そこでペプチドはＣＤ４＋Ｔ細胞により認識される。ヒトＭＨＣは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と呼ばれる。
メソテリン特異的結合タンパク質
ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載のようなメソテリンペプチド抗原（例えば、配列番号３１または配列番号３２に示されているアミノ酸配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になるペプチド）に特異的に結合することが可能である結合タンパク質を提供する。本明細書に記載の結合タンパク質は、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲベータ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含む。本開示の実施形態のいずれかでは、メソテリン特異的結合タンパク質は、メソテリンペプチド：ＨＬＡ複合体、例えばメソテリンペプチド：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１複合体に特異的に結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、（ａ）配列番号３７または３９に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、およびＴＣＲ Ｖβであって、ＴＣＲ Ｖβは、必要に応じて、配列番号９９または１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８６％、８５％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよい、ＴＣＲ ＶαおよびＴＣＲ Ｖβ；（ｂ）配列番号３８または４０に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ、および（ｂ）ＴＣＲ Ｖαであって、必要に応じて、配列番号１００または１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８６％、８５％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよいＴＣＲ Ｖα；あるいは（ｃ）配列番号３７または３９に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号１００または１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよいＴＣＲ Ｖα、および配列番号３８または４０に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、必要に応じて、配列番号９９または１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよいＴＣＲ Ｖβを含むＭｓｌｎ－５３０－５３８特異的結合タンパク質が提供される。
本明細書に記載の実施形態のいずれかでは、この開示のコードされるポリペプチド（例えば、ＴＣＲ可変ドメインまたはＴＣＲ鎖）は、「シグナルペプチド」（リーダー配列、リーダーペプチド、またはトランジットペプチドとしても公知）を含んでいてもよい。シグナルペプチドは、新たに合成されたポリペプチドを細胞の内部または外部の適切な箇所に標的化する。シグナルペプチドは、局在化もしくは分泌中に、または局在化もしくは分泌が完了したら、ポリペプチドから除去されてよい。シグナルペプチドを有するポリペプチドは、本明細書では「プレタンパク質」と呼ばれ、そのシグナルペプチドが除去されたポリペプチドは、本明細書では、「成熟」タンパク質またはポリペプチドと呼ばれる。代表的なシグナルペプチドとしては、配列番号６、１４、２２、２８、または２９のいずれか１つの１～１９位；配列番号７の１～１７位；配列番号１５の１～２２位；配列番号２３の１～２１位のアミノ酸配列が挙げられる。例示的な成熟ポリペプチド配列は、配列番号９５～１１９に提供される。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号１００または１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、および／または配列番号９９または１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβを含んでいてもよい。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、参照されたＴＣＲ可変ドメイン配列のバリアントを含むが、ただし結合タンパク質のＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、参照されたＴＣＲ可変ドメイン配列によれば配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号３９に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号４０に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９３に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号９４に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８３、８４、もしくは９１のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および／または配列番号９２に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。さらなる実施形態では、Ｖαは、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、ＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１５個の連続するアミノ酸であるＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＡＶ２１＊０１またはＴＲＡＶ２１＊０２によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０７個のアミノ酸であるＴＲＡＶ２１＊０１またはＴＲＡＶ２１＊０２によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＢＶ５－４＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個のアミノ酸であるＴＲＢＶ５－４＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＡＪ５７＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸であるＴＲＡＪ５７＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖαおよび配列番号１０１に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖβを含む。
他の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号３７に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３８に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８９に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号９０に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８３または８７のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号８８に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、ＴＲＡＶ４－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個のアミノ酸であるＴＲＡＶ４－１＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＡＪ１８＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１個のアミノ酸であるＴＲＡＪ１８＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＢＪ１－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個のアミノ酸であるＴＲＢＪ１－１＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／またはＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個のアミノ酸であるＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、配列番号１００に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖαおよび配列番号９９に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号３２の残基３、５、６、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６１に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、配列番号３２の残基１、５、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６２に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
本明細書で開示のようなＭｓｌｎ特異的結合タンパク質を、有利には、非Ｍｓｌｎ標的、例えば健康な組織で発現する非Ｍｓｌｎ標的に対するアロ反応性の低いリスクからリスクがないことを示す。簡単に言えば、本開示は、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、本明細書で提供されるＭｓｌｎペプチド抗原との配列相同性を有するヒトタンパク質と反応しないか、または実質的に反応しないことを示す。したがって、結合タンパク質は、Ｍｓｌｎペプチド抗原に高度に特異的である。
例えば、ある特定の実施形態では、本開示のＭｓｌｎ５３０－５３８特異的結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体と結合しないか、またはＭｓｌｎ５３０－５３８への結合と比べてそれに特異的に結合せず、このペプチドは、配列番号６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、および７７のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、ＨＬＡは、必要に応じて、ＨＬＡ－Ａ２、例えばＨＬＡ－Ａ：０２＊０１を含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、（ａ）配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、およびＴＣＲ Ｖβであって、ＴＣＲ Ｖβは、必要に応じて、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有する、ＴＣＲ ＶαおよびＴＣＲ Ｖβ；（ｂ）配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ、および（ｂ）ＴＣＲ Ｖαであって、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有する、ＴＣＲ Ｖα；あるいは（ｃ）配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖαおよび配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβであって、ＴＣＲ Ｖαは、必要に応じて、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよく、ＴＣＲ Ｖβは、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよい、ＴＣＲ ＶαおよびＴＣＲ Ｖβを含むＭｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質が提供される。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号９６もしくは９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖα、および／または配列番号９５もしくは９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβを含んでいてもよい。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、参照されたＴＣＲ可変ドメイン配列のバリアントを含むが、ただし結合タンパク質のＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、参照されたＴＣＲ可変ドメイン配列によると配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質（Ｍｓｌｎ２０－２８－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）は、配列番号３３に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３４に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８０に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号８１または１１８に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号７８、８３、または８４のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号７９に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号９６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、（ｉ）（ａ）ＴＲＢＶ１２－４＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個の連続するアミノ酸であるＴＲＢＶ１２－４＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有するアミノ酸配列；および／または（ｂ）ＴＲＢＪ２－７＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のアミノ酸であるＴＲＢＪ２－７＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖβ；ならびに／あるいは（ｉｉ）（ａ）ＴＲＡＶ１－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０７個の連続するアミノ酸であるＴＲＡＶ１－１＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｂ）ＴＲＡＪ３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸であるＴＲＡＪ３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｃ）ＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個のアミノ酸であるＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列（ｒ ａｎ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を含むＴＣＲ Ｖαを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号９６に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖα、および配列番号９５に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号３５に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列および配列番号３６に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号８５に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、配列番号８６または１１９に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、配列番号８２、８３、または８４のいずれか１つに示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、および配列番号７９に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、Ｖαは、配列番号９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／またはＶβは、配列番号９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、必要に応じてＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ１β、および／またはＣＤＲ２βにおける変更はない。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＡＶ１２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、または１０８個の連続するアミノ酸であるＴＲＡＶ１２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｂ）ＴＲＡＪ２９＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個のアミノ酸であるＴＲＡＪ２９＊０１によりコードされるアミノ酸配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列、および／または（ｃ）および／またはＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされるアミノ酸配列と（例えば、長さが少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個のアミノ酸であるＴＲＢＪ２－３＊０１によりコードされる配列と）少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲ Ｖαを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、配列番号９８に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖαおよび配列番号９７に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲ Ｖβを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号３１の残基１、２、７、８、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質による結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８特異的結合タンパク質は、例えば本明細書で開示のようなペプチド：ＨＬＡ複合体の形態で、配列番号６０に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドに結合することが可能である。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、Ｍｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、Ｍｓｌｎペプチドは、配列番号３１または３２に示されているアミノ酸配列を含み、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ２、例えばＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるかまたはそれを含む。
本開示の実施形態のいずれかでは、この開示のＭｓｌｎ特異的結合タンパク質を発現する免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）は、本明細書で提供されるＭｓｌｎペプチドの非存在下の場合、（ｉ）ＨＬＡ－Ｃ６：０２：０１；（ｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１ではなくＨＬＡ－Ｂ１３：０１：０１；（ｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３；（ｉｖ）ＨＬＡ－Ａ２９；（ｖ）ＨＬＡ－Ｂ４０；（ｖｉ）ＨＬＡ－Ｂ４４；（ｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ３；（ｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１６；（ｉｘ）ＨＬＡ－Ａ１；（ｘ）ＨＬＡ－２４；（ｘｉ）ＨＬＡ－Ｂ７；（ｘｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５７；（ｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ７；（ｘｉｖ）ＨＬＡ－Ａ１１；（ｘｖ）ＨＬＡ－Ｂ１５；（ｘｖｉ）ＨＬＡ－Ｃ４；（ｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１２；（ｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ４９；（ｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ５１；（ｘｘｉ）ＨＬＡ－Ｃ１５；（ｘｘｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３０；（ｘｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ６８；（ｘｘｉｖ）ＨＬＡ－Ｃ２；（ｘｘｖ）ＨＬＡ－Ａ３２；（ｘｘｖｉ）ＨＬＡ－Ａ３３；（ｘｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５５；（ｘｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１；（ｘｘｖｉｘ）ＨＬＡ－Ｃ５；（ｘｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ３５または（ｘｘｘｉ）（ｉ）～（ｘｘｘ）の任意の組合せを発現する細胞と接触させた場合、ＩＦＮ－γを産生しないか、ならびに／または活性化（例えば、ＣＤ８発現、ＣＤ３発現、Ｎｕｒ７７発現）および／もしくは細胞傷害活性（例えば、特異的な殺滅、パーフォリンおよび／またはグランザイムの産生および放出）を示さない。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、宿主細胞の表面上で発現される場合、ＣＤ８の非存在下で、またはＣＤ８とは独立して、本明細書で開示のようなＭｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能である。
ある特定の実施形態では、本開示による結合タンパク質は、約９μＭ、約８μＭ、約７μＭ、約６μＭ、約５μＭ、約４μＭ、約３μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、またはそれ未満のＭｓｌｎペプチドのＥＣ５０を有する。
本開示の実施形態のいずれかでは、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、ＣＤ３タンパク質とより効率的に会合することが可能である、および／またはＭｓｌｎ特異的結合タンパク質が宿主Ｔ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞中で発現される場合、内因性ＴＣＲと比べて細胞表面での発現の増加を示す。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲ、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、またはＣＡＲである。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲである。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲ Ｖβ、ＴＣＲ Ｃβ、ＴＣＲ Ｖα、およびＴＣＲ Ｃαを含み、ＶβおよびＣβは、一緒にＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、ＶαおよびＣαは、一緒に、ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）を含み、ＴＣＲβおよびＴＣＲαは、会合して二量体を形成することが可能である。さらなる実施形態では、ＴＣＲ Ｃβは、アミノ酸５７位において天然セリンの代わりにシステインアミノ酸を含み（例えば、ＧＶ（Ｓ→Ｃ）ＴＤ）、ＴＣＲ Ｃαは、アミノ酸４８位において天然トレオニンの代わりにシステインアミノ酸を含む（例えば、ＤＫ（Ｔ→Ｃ）ＶＬ；例えば、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ６７（８）： ３８９８－３９０３ （２００７）を参照）。
さらなる実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、ＴＣＲβおよびＴＣＲαを含むＴＣＲであり、ＴＣＲβおよびＴＣＲαはそれぞれ、配列番号（ｉ）１０３もしくは６（ＴＣＲβ）および１０４もしくは７（ＴＣＲα）；（ｉｉ）１０５もしくは１４（ＴＣＲβ）および１０６もしくは１５（ＴＣＲα）；（ｉｉｉ）１０７もしくは２２（ＴＣＲβ）および１０８もしくは２３（ＴＣＲα）；または（ｉｖ）１０９もしくは２８（ＴＣＲβ）および１１０もしくは２９（ＴＣＲα）に示されているアミノ酸配列と、少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一性、またはそれより高い同一性を有するアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、可溶性ＴＣＲであり、これは、必要に応じて細胞傷害性および／または検出可能なエレメントまたは作用物質を含むかまたはそれとカップリングされる。（例えば、Ｗａｌｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０１１９５５９ （２０１５）を参照）。組換え的に産生された可溶性ＴＣＲを単離および精製するために有用な方法は、例として、組換え可溶性ＴＣＲを培養培地へと分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ること、および次いで市販のフィルターを使用して培地を濃縮することを含んでいてもよい。濃縮した後、濃縮物を、単一の好適な精製マトリックスに、または親和性マトリックスもしくはイオン交換レジンなどの一連の好適なマトリックスにアプライしてもよい。１つまたは複数の逆相ＨＰＬＣステップを使用して、組換えポリペプチドをさらに精製してもよい。こうした精製方法は、免疫原をその天然環境から単離する際にも使用することができる。本明細書に記載の単離／組換え可溶性ＴＣＲの１つまたは複数を大規模産生するための方法は、適切な培養条件を維持するためにモニターおよび制御されるバッチ細胞培養を含む。可溶性ＴＣＲの精製は、本明細書に記載されており、当技術分野で公知であり、国内外の規制当局の法律およびガイドラインに準じる方法に従って実施することができる。
一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの別個のポリペプチドドメインまたは配列は、リンカー（例えば、ｓｃＴＣＲまたはＣＡＲの状況では、ＴＣＲＶαおよびＴＣＲＶβ）によって接続される。「リンカー」は、２つのタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域、またはモチーフを接続し、得られたポリペプチドが標的分子への特異的結合親和性（例えば、ｓｃＴＣＲ）を保持するか、またはシグナル伝達活性（例えば、ＴＣＲ複合体）を保持するように、２つのサブ結合ドメインの相互作用に適合可能なスペーサー機能を提供することができるアミノ酸配列を指す。ある特定の実施形態では、リンカーは、約２～約３５個のアミノ酸、約４～約２０個のアミノ酸、約８～約１５個のアミノ酸、約１５～約２５個のアミノ酸、または別の好適な数のアミノ酸で構成される。一般的に、リンカーは、好ましくは化学的に不活性であり、フレキシブルであり、非免疫原性であるか、または最小限の免疫原性を有する。リンカー配列は、例えば、連結されたドメインによる、またはそれらの間の所望のタンパク質相互作用を容易にするために、所望の長さが達成されるように繰り返されていてもよい。例示的なリンカー（グリシン－セリンリンカーを含む）およびリンカーの特性は、例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｄｖ． Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ， ６５（１０）：１３５７－１３６９ （２０１３）で、さらに、ｖａｎ Ｒｏｓｍａｌｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５６（６０）：６５６５－６５７４ （２０１７）で論じられており、これらのリンカーのアミノ酸配列および設計特性は、参照により本明細書に組み込まれる。
特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、ｓｃＴＣＲ（例えば、単鎖αβＴＣＲタンパク質、例えばＶα－Ｌ－Ｖβ、Ｖβ－Ｌ－Ｖα、Ｖα－Ｃα－Ｌ－Ｖα、またはＶα－Ｌ－Ｖβ－Ｃβであり、式中、ＶαおよびＶβは、それぞれＴＣＲαおよびβ可変ドメインであり、ＣαおよびＣβは、それぞれＴＣＲαおよびβ定常ドメインであり、Ｌは、リンカーである）であるかまたはそれを含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、ＣＡＲであるかまたはそれを含む。「キメラ抗原受容体」（ＣＡＲ）は、天然に存在しない、または宿主細胞中に天然に存在しない方法で一緒に連結された２つまたはそれより多くの天然に存在する（または操作された）アミノ酸配列を含有するように操作された本開示の融合タンパク質を指し、このような融合タンパク質は、細胞の表面上に存在する場合、受容体として機能することができる。本開示のＣＡＲは、膜貫通ドメインおよび１つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメイン（必要に応じて共刺激ドメイン（複数可）を含有していてもよい）に連結した抗原結合ドメイン（例えば、免疫グロブリンまたは免疫グロブリン様分子、例えば、がん抗原に特異的な抗体またはＴＣＲ由来のｓｃＦｖもしくはｓｃＴＣＲから得られるかまたはそれに由来するもの、またはＮＫ細胞からのキラー免疫受容体に由来するかそれから得られる、または抗原に特異的に結合する能力を有するかまたは有するように操作されている、別のタンパク質（天然、組換え、または合成）に由来するかまたはそれから得られる抗原結合ドメイン）を含む細胞外部分を含む（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．， ３（４）：３８８ （２０１３）を参照；またＨａｒｒｉｓ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ， Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｃｉ．， ３７（３）：２２０ （２０１６）；Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．， ６３（１１）：１１６３ （２０１４）も参照）。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、抗原特異的ＴＣＲ結合性ドメインを含むＣＡＲを含む（例えば、Ｗａｌｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ７： １０７１３， ２０１７を参照；この文献のＴＣＲ ＣＡＲ構築物および方法は、参照により全体が本明細書に組み込まれる）。
ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞
この開示のＭｓｌｎ特異的結合タンパク質、またはその部分（例えば、ＴＣＲ可変ドメイン）をコードするポリヌクレオチドも本明細書で提供される。当業者であれば、遺伝子コードの縮重のため、本明細書に記載のような結合タンパク質またはその部分をコードする多数のヌクレオチド配列が存在することを理解されたい。一部のそのようなポリヌクレオチドは、天然の、元の、または同定されたポリヌクレオチド配列のヌクレオチド配列と、限定的なまたは最小限の配列同一性しか有しない場合がある。にもかかわらず、コドン使用頻度の違いにより異なるポリヌクレオチドは、本開示により明示的に企図される。
ある特定の実施形態では、宿主細胞、例えば哺乳類細胞における発現のためにコドン最適化された配列が具体的に企図される。コドン最適化は、公知の技術およびツールを使用して、例えば、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＯｐｔｉｍｕｍＧｅｎｅ（商標）ツールを使用して実行することができる。コドン最適化配列としては、少なくとも部分的にコドン最適化されている（すなわち、１つまたは複数のコドンが、宿主細胞における発現のために最適化されている）配列、および完全にコドン最適化されている配列が挙げられる。ある特定の免疫宿主細胞における発現のためのコドン最適化は、例えば、Ｓｃｈｏｌｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １１９：１３５， ２００６に記載されている。
本開示のＴＣＲ鎖をコードする例示的なポリヌクレオチド配列は、配列番号１～４、９～１２、１７～２０、２５、および２６で提供される。したがって、ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１～４、９～１２、１７～２０、２５、および２６のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％（すなわち、少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号（ｉ）それぞれ１および３；（ｉｉ）それぞれ２および４；（ｉｉｉ）それぞれ９および１１；（ｉｖ）それぞれ１０および１２；（ｖ）それぞれ１７および１９；（ｖｉ）それぞれ１８および２０；または（ｖｉｉ）それぞれ２５および２６に示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する、ＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドおよびＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドが提供される。
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質またはＴＣＲの２つまたはそれよりも多くの成分または部分をコードするポリヌクレオチドは、単一のオープンリーディングフレームに動作可能なように関連付けられている２つまたはそれよりも多くのコード配列を含む。そのような配置は、有利には、例えば、それらが約１：１比で産生されるようにＴＣＲのアルファ鎖およびベータ鎖を同時発現させるなど、所望の遺伝子産物の協調的発現を可能にすることができる。ある特定の実施形態では、ＴＣＲ（例えば、アルファ鎖およびベータ鎖）など、本開示の結合タンパク質の２つまたはそれよりも多くの置換遺伝子産物（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔ）は、別々の分子として発現され、翻訳後に会合する。さらなる実施形態では、本開示の結合タンパク質の２つまたはそれよりも多くの置換遺伝子産物は、切断可能なまたは除去可能なセグメントにより隔てられている部分を有する単一のペプチドとして発現される。
例えば、自己切断性ペプチド（「リボソームスキップエレメント」とも呼ばれる）は、単一のポリヌクレオチドまたはベクターによりコードされる分離可能なポリペプチドの発現に有用であり、これらは、当技術分野において公知であり、その例としては、例えば、配列番号４１～４６のいずれか１つに示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによりコードされるＰ２Ａペプチド、トセアアシグナ（Ｔｈｏｓｅａａｓｉｇｎａ）ウイルス２Ａ（Ｔ２Ａ）ペプチド、例えば配列番号４７に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによりコードされるペプチド、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）２Ａ（Ｅ２Ａ）ペプチド、例えば配列番号４８に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによりコードされるペプチド、および口蹄疫ウイルス２Ａ（Ｆ２Ａ）ペプチド、例えば配列番号４９に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによりコードされるペプチドが挙げられる。自己切断性ペプチドの例示的なアミノ酸配列は、配列番号１１３～１１７に提供される。
本開示のＭｓｌｎ特異的ＴＣＲをコードする例示的なポリヌクレオチドであって、ＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドとＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドが配置されているものとしては、配列番号８、１６、２４、および３０のいずれか１つに示されているアミノ酸配列をコードするものが挙げられる。例示的なこのようなポリヌクレオチドは、配列番号５、１３、２１、２７、および１２０のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列を有し；ある特定の実施形態では、配列番号５、１３、２１、２７、および１２０のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有するポリヌクレオチドが提供される。
さらなる実施形態では、結合タンパク質は、コードする導入遺伝子構築物の一部として発現されるか、および／または結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主免疫細胞はさらに、１つまたは複数の追加のアクセサリータンパク質、例えばセーフティスイッチタンパク質；タグ、選択マーカー；ＣＤ８共受容体β鎖；ＣＤ８共受容体α鎖もしくは両方；またはそれらの任意の組合せをさらにコードしていてもよい。結合タンパク質をコードおよび発現するのに有用なポリヌクレオチドおよび導入遺伝子構築物およびアクセサリー成分（例えば、セーフティスイッチタンパク質、選択マーカー、ＣＤ８共受容体β鎖、またはＣＤ８共受容体α鎖の１つまたは複数）は、公開されたＰＣＴ出願国際公開第２０１８／０５８００２号パンフレットに記載されており、前記ポリヌクレオチド、導入遺伝子構築物、およびアクセサリー成分は、そのヌクレオチド配列およびそのアミノ酸配列を含め、本明細書によって参照により組み込まれる。本開示の結合タンパク質、セーフティスイッチタンパク質、タグ、選択マーカー、ＣＤ８共受容体β鎖、またはＣＤ８共受容体α鎖のいずれかまたはすべては、単一の核酸分子にコードされていてもよく、または別々の核酸分子であるかまたは別々の核酸分子に存在するポリヌクレオチド配列によりコードされていてもよいことが理解される。
例示的なセーフティスイッチタンパク質としては、以下のものが挙げられる：例えば、細胞外Ｎ末端リガンド結合性ドメインおよび細胞内受容体チロシンキナーゼ活性を欠くが、その天然アミノ酸配列を保持し、Ｉ型膜貫通細胞表面局在化を有し、医薬品等級の抗ＥＧＦＲモノクローナル抗体、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）ｔＥＧＦ受容体（ｔＥＧＦｒ；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１８： １２５５－１２６３， ２０１１）に対する立体構造的にインタクトな結合性エピトープを有する短縮型ＥＧＦ受容体ポリペプチド（ｈｕＥＧＦＲｔ）；カスパーゼポリペプチド（例えば、ｉＣａｓｐ９；Ｓｔｒａａｔｈｏｆ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０５： ４２４７－４２５４， ２００５；Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ． ３６５： １６７３－１６８３， ２０１１；Ｚｈｏｕ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎｅｒ， Ｅｘｐ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ｐｉｉ： Ｓ０３０１－４７２Ｘ （１６） ３０５１３－６． ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｅｘｐｈｅｍ．２０１６．０７．０１１）、ＲＱＲ８（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １２４： １２７７－１２８７， ２０１４）；ヒトｃ－ｍｙｃタンパク質（Ｍｙｃ）に由来する１０個アミノ酸のタグ（Ｋｉｅｂａｃｋ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０５： ６２３－６２８， ２００８）；ならびにＲＱＲ（ＣＤ２０＋ＣＤ３４；Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．， ２０１４）などのマーカー／セーフティスイッチポリペプチド。
本開示の組換え宿主細胞に有用な他のアクセサリー成分は、細胞の同定、選別、単離、富化、または追跡を可能にするタグまたは選択マーカーを含む。例えば、所望の特色を有する標識化細胞（例えば、抗原特異的ＴＣＲおよびセーフティスイッチタンパク質）を試料中の非標識化細胞から選別して、所望の純度の産物に包含させるためにより効率的に活性化および拡大することができる。
本明細書で使用される場合、用語「選択マーカー」は、選択マーカーを含むポリヌクレオチドを形質導入した免疫細胞の検出および正の選択を可能にする同定可能な変化を細胞に付与する核酸構築物（およびコードされる遺伝子産物）を含む。ＲＱＲは、ＣＤ２０の主要な細胞外ループおよび２つの最小ＣＤ３４結合部位を含む選択マーカーである。一部の実施形態では、ＲＱＲをコードするポリヌクレオチドは、１６個アミノ酸のＣＤ３４最小エピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ＣＤ３４最小エピトープは、ＣＤ８共受容体ストークドメイン（Ｑ８）のアミノ末端位置に組み込まれる。さらなる実施形態では、ＣＤ３４最小結合部位配列は、ＣＤ２０に対する標的エピトープと一緒になって、Ｔ細胞（ＲＱＲ８）に対するコンパクトなマーカー／自殺遺伝子を形成することができる（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．， ２０１４、この文献は参照により本明細書に組み込まれる）。この構築物は、臨床的に承認されている医薬品抗体リツキシマブを使用し、導入遺伝子を発現するように遺伝子操作されたＴ細胞の選択的欠失を可能にする、例えば磁気ビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）に結合されているＣＤ３４特異的抗体を用いた、この構築物を発現する免疫細胞の選択を可能にする（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．， ２０１４）。
また、さらなる例示的な選択マーカーとしては、以下のものが挙げられる：通常はＴ細胞上では発現されない幾つかの短縮型Ｉ型膜貫通タンパク質：短縮型低親和性神経成長因子、短縮型ＣＤ１９、および短縮型ＣＤ３４（例えば、Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ． ３６５： １６７３－１６８３， ２０１１；Ｍａｖｉｌｉｏ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ ８３： １９８８－１９９７， １９９４；Ｆｅｈｓｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． １： ４４８－４５６， ２０００を参照；これらの文献の各々は全体が本明細書に組み込まれる）。ＣＤ１９およびＣＤ３４の有用な特徴は、臨床等級選別のためのこうしたマーカーを標的とすることができる既製のＭｉｌｔｅｎｙｉ ＣｌｉｎｉＭＡＣｓ（商標）選択系が利用できることである。しかしながら、ＣＤ１９およびＣＤ３４は、ベクターのパッケージング能力および組込みベクターの転写効率に負担をかけ得る比較的大きな表面タンパク質である。細胞外非シグナル伝達ドメインまたは種々のタンパク質（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＬＮＧＦＲ）を含有する表面マーカーも使用することができる。任意の選択マーカーを使用することができ、それは医薬品等の製造管理及び品質管理に関する基準（Ｇｏｏｄ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｐｒａｃｔｉｃｅ）に適合しなければならない。ある特定の実施形態では、選択マーカーは、目的の遺伝子産物（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲなど、本開示の結合タンパク質）をコードするポリヌクレオチドと共に発現される。選択マーカーのさらなる例としては、例えば、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β－ｇａｌ、またはクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）などのレポーターが挙げられる。ある特定の実施形態では、例えばＣＤ３４などの選択マーカーを細胞で発現させ、ＣＤ３４を使用して、本明細書に記載の方法で使用するための目的の形質導入細胞を選択的に富化または単離することができる（例えば、免疫磁気選択により）。本明細書で使用される場合、ＣＤ３４マーカーは、抗ＣＤ３４抗体、または例えば、ＣＤ３４に結合するｓｃＦｖ、ＴＣＲ、または他の抗原認識部分とは区別される。
ある特定の実施形態では、選択マーカーは、ＲＱＲポリペプチド、短縮型低親和性神経成長因子（ｔＮＧＦＲ）、短縮型ＣＤ１９（ｔＣＤ１９）、短縮型ＣＤ３４（ｔＣＤ３４）、またはそれらの任意の組合せを含む。
本開示の様々な実施形態を実施することにおいて、組換えＤＮＡ、ペプチド、およびオリゴヌクレオチド合成；イムノアッセイ；組織培養；および形質転換（例えば、エレクトロポレーションおよびリポフェクション）のための標準的な技術を使用することができる。酵素反応および精製技法は、製造業者の仕様に従って、または当技術分野で一般的に達成されるように、または本明細書に記載のように実施することができる。こうしたおよび関連する技法および手順は、一般に、当技術分野で周知の従来方法に従って、微生物学、分子生物学、生化学、分子遺伝学、細胞生物学、ウイルス学、および免疫学技法における種々の一般的でより具体的な文献に記載のように実施することができる。これらの文献は、本明細書全体にわたって引用および考察されている（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ３ｄ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， ｕｐｄａｔｅｄ Ｊｕｌｙ ２００８）；Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ． Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ；Ｇｌｏｖｅｒ， ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｖｏｌ． Ｉ ＆ ＩＩ （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ ＵＳＡ， １９８５）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ （Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ： Ｊｏｈｎ Ｅ． Ｃｏｌｉｇａｎ， Ａｄａ Ｍ． Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ， Ｄａｖｉｄ Ｈ． Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ， Ｅｔｈａｎ Ｍ． Ｓｈｅｖａｃｈ， Ｗａｒｒｅｎ Ｓｔｒｏｂｅｒ ２００１ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＮＹ， ＮＹ）；Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ： Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｊｕｌｉｅ Ｌｏｇａｎ， Ｋｉｒｓｔｉｎ Ｅｄｗａｒｄｓ ａｎｄ Ｎｉｃｋ Ｓａｕｎｄｅｒｓ， ２００９， Ｃａｉｓｔｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｏｒｆｏｌｋ， ＵＫ；Ａｎａｎｄ， Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｇｅｎｏｍｅｓ， （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９２）；Ｇｕｔｈｒｉｅ ａｎｄ Ｆｉｎｋ， Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９１）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ （Ｎ． Ｇａｉｔ， Ｅｄ．， １９８４）；Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ， Ｅｄｓ．， １９８５）；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ， Ｅｄｓ．， １９８４）；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ （Ｒ． Ｆｒｅｓｈｎｅｙ， Ｅｄ．， １９８６）；Ｐｅｒｂａｌ， Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ （１９８４）；Ｎｅｘｔ－Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ （Ｊａｎｉｔｚ， ２００８ Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ）；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｐａｒｋ， Ｅｄ．， ３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， ２０１０ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ Ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， １９８６）；ｔｈｅ ｔｒｅａｔｉｓｅ， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．， Ｎ．Ｙ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ Ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ （Ｊ． Ｈ． Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ． Ｐ． Ｃａｌｏｓ ｅｄｓ．， １９８７， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ， Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．， １９９８）；Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｃｅｌｌ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ｍａｙｅｒ ａｎｄ Ｗａｌｋｅｒ， ｅｄｓ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｌｏｎｄｏｎ， １９８７）；Ｈａｎｄｂｏｏｋ Ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＶ （Ｄ． Ｍ． Ｗｅｉｒ ａｎｄ ＣＣ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ， ｅｄｓ．， １９８６）；Ｒｏｉｔｔ， Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， ６ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， （Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， １９８８）；Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００２）；Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ： Ｖｏｌｕｍｅ Ｉ： Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００６）；Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ： Ｖｏｌｕｍｅ ＩＩ： Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ Ｍｏｄｅｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００６）；Ｈｕｍａｎ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ Ｅｄ．， ２００６）；Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｄａｒｗｉｎ Ｊ． Ｐｒｏｃｋｏｐ， Ｄｏｎａｌｄ Ｇ． Ｐｈｉｎｎｅｙ， ａｎｄ Ｂｒｕｃｅ Ａ． Ｂｕｎｎｅｌｌ Ｅｄｓ．， ２００８）；Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ） （Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ａ． Ｋｌｕｇ， ａｎｄ Ｃｒａｉｇ Ｔ． Ｊｏｒｄａｎ Ｅｄｓ．， ２００１）；およびＨｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｅｖｉｎ Ｄ． Ｂｕｎｔｉｎｇ Ｅｄ．， ２００８） Ｎｅｕｒａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｌｅｓｌｉｅ Ｐ． Ｗｅｉｎｅｒ Ｅｄ．， ２００８）を参照）。
本開示によるポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。本明細書で開示のような例示的な発現ベクターを含む、任意の好適な発現ベクターを使用することができる。さらに、発現ベクターは、ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達するように構成されていてもよく、または送達することが可能であってもよい。
典型的なベクターは、それに連結されているか、または宿主生物にて複製が可能である別の核酸を輸送することが可能な核酸分子を含んでいてもよい。本明細書で考察されているように、ベクターの一部の例としては、プラスミド、ウイルスベクター、およびコスミドなどが挙げられる。
一部のベクターは、それらが導入される宿主細胞において自律複製が可能であってもよいが（例えば、細菌複製起点を有する細菌ベクターおよびエピソーム性哺乳動物ベクター）、他のベクターは、宿主細胞へと導入されると宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それにより宿主ゲノムと共に複製される。加えて、一部のベクターは、それらが動作可能なように連結している遺伝子の発現を指図することが可能である（こうしたベクターは、「発現ベクター」と呼ばれる場合がある）。関連の実施形態によれば、１つまたは複数の作用物質（例えば、本明細書に記載のようなＭｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのバリアント）を対象に共投与する場合、各作用物質は、別々の、または同じベクターに存在していてもよく、複数のベクター（それぞれ異なる作用物質または同じ作用物質を含有する）が細胞または細胞集団に導入されてもよいし、または対象に投与されてもよいことがさらに理解される。
「発現ベクター」は、本明細書で使用される場合、好適な宿主中で核酸分子の発現を実行することが可能な好適な制御配列に作動可能に連結されている核酸分子を含有するＤＮＡ構築物を指す。そのような制御配列としては、転写をもたらすプロモーター、そのような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、好適なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列が挙げられる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単に潜在的なゲノムインサートであってもよい。好適な宿主へと形質転換されると、ベクターは、宿主ゲノムとは独立して複製および機能してもよく、または一部の場合では、ゲノム自体へと組み込まれてもよい。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」および「ベクター」は、しばしば同義的に使用される。
ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、標的に特異的なポリペプチドをコードする非内因性核酸配列を導入するのに使用される。ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターであり得る。またウイルスベクターとしては、形質導入マーカーをコードする核酸配列も挙げることができる。
本開示の組成物との使用に好適なウイルスベクターとしては、ヒトの遺伝子治療適用のために同定されたものが挙げられる（Ｐｆｅｉｆｅｒ ａｎｄ Ｖｅｒｍａ， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅｔ． ２： １７７， ２００１を参照）。好適なウイルスベクターとしては、ＲＮＡウイルスに基づくベクター、例えばレトロウイルス由来ベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来ベクターが挙げられ、さらに、より複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えば、レンチウイルス由来ベクターが挙げられる。ＨＩＶ－１由来ベクターは、このカテゴリーに属する。
ウイルスベクターとしては、以下のものが挙げられる：レトロウイルス；アデノウイルス；パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）；コロナウイルス；オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルスおよび水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）などのマイナス鎖ＲＮＡウイルス；ピコルナウイルスおよびアルファウイルスなどのプラス鎖ＲＮＡウイルス；ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型および２型、エプスタインバーウイルス、およびサイトメガロウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、およびカナリア痘）を含む二本鎖ＤＮＡウイルス。他のウイルスとしては、これらに限定されないが、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血症－肉腫、哺乳動物Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ－ＢＬＶ群、レンチウイルス、およびスプマウイルスが挙げられる（Ｃｏｆｆｉｎ， Ｊ． Ｍ．， Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ： Ｔｈｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｂ． Ｎ． Ｆｉｅｌｄｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｅｄｓ．， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， １９９６）。
「レトロウイルス」は、ＲＮＡゲノムを有するウイルスであり、これは、逆転写酵素を使用してＤＮＡに逆転写され、次いで逆転写されたＤＮＡは宿主細胞ゲノムに取り込まれる。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。ガンマレトロウイルスの例としては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられる。
「レンチウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、遺伝子送達用のＨＩＶに基づくレンチウイルスベクターを指し、組込み型であってもよくまたは非組込み型であってもよく、比較的大きなパッケージング容量を有してもよく、一連の異なる細胞型に形質導入することができる。レンチウイルスベクターは、通常は、３つまたはそれよりも多くのプラスミド（パッケージング、エンベロープ、およびトランスファー）を産生細胞へと一過性にトランスフェクトした後で生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面にある受容体との相互作用を介して標的細胞に進入する。進入すると、ウイルスＲＮＡは逆転写を受け、逆転写はウイルス逆転写酵素複合体により媒介される。逆転写の産物は、二本鎖線状ウイルスＤＮＡであり、これは、感染細胞のＤＮＡへのウイルス組込みの基質である。「レンチウイルス」は、分裂細胞および非分裂細胞に感染することが可能なレトロウイルスの属を指す。レンチウイルスの幾つかの例としては、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス：１型ＨＩＶおよび２型ＨＩＶを含む）；ウマ伝染性貧血ウイルス；ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）；ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）；およびサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）が挙げられる。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ伝染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディビスナウイルス（ヒツジレンチウイルス）由来のレンチウイルスベクターが挙げられる。
キメラ抗原受容体導入遺伝子を含有するウイルス粒子を哺乳動物宿主細胞に形質導入するためにレトロウイルスおよびレンチウイルスウイルスベクターおよびパッケージング細胞を使用するための方法は、当技術分野で公知であり、以下の文献において以前に記載されている：例えば、米国特許第８，１１９，７７２号明細書；Ｗａｌｃｈｌｉ， ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：３２７９３０， ２０１１；Ｚｈａｏ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４：４４１５， ２００５；Ｅｎｇｅｌｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １４： １１５５， ２００３；Ｆｒｅｃｈａ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ７５： １７４８， ２０１０；およびＶｅｒｈｏｅｙｅｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ５０６：９１， ２００９。レトロウイルスおよびレンチウイルスベクター構築物および発現系も市販されている。
ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、ガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来ベクターであってもよい。他の実施形態では、ウイルスベクターは、より複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えば、レンチウイルス由来ベクターであってもよい。ＨＩＶ－１由来ベクターは、この範疇に属する。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ伝染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディビスナウイルス（ヒツジレンチウイルス）に由来するレンチウイルスベクターが挙げられる。ＴＣＲまたはＣＡＲ導入遺伝子を含有するウイルス粒子を哺乳動物宿主細胞に形質導入するためにレトロウイルスおよびレンチウイルスウイルスベクターおよびパッケージング細胞を使用するための方法は、当技術分野で公知であり、以下の文献において以前に記載されている：例えば、米国特許第８，１１９，７７２号明細書；Ｗａｌｃｈｌｉ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６： ３２７９３０， ２０１１；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４： ４４１５， ２００５；Ｅｎｇｅｌｓ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １４：１１５５， ２００３；Ｆｒｅｃｈａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． １８：１７４８， ２０１０；およびＶｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ５０６： ９７， ２００９。レトロウイルスおよびレンチウイルスベクター構築物および発現系も市販されている。例えば、アデノウイルスに基づくベクターおよびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくベクターを含むＤＮＡウイルスベクター；アンプリコンベクター、複製欠損ＨＳＶ、および弱毒化ＨＳＶを含む単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）に由来するベクターを含む他のウイルスベクターも、ポリヌクレオチド送達に使用することができる（Ｋｒｉｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ５： １５１７， １９９８）。
遺伝子治療に使用するために開発された他のベクターも、本開示の組成物および方法と共に使用することができる。そのようなベクターとしては、バキュロウイルスおよびαウイルスに由来するもの（Ｊｏｌｌｙ， Ｄ Ｊ． １９９９． Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ． ｐｐ ２０９－４０ ｉｎ Ｆｒｉｅｄｍａｎｎ Ｔ． ｅｄ． Ｔｈｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ． Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂ）、またはプラスミドベクター（Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙまたは他のトランスポゾンベクターなど）が挙げられる。
ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞において別々の転写物として発現される複数のポリヌクレオチドを含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性またはマルチシストロン性発現を可能にする２つ（またはそれよりも多く）の転写物間に追加の配列を含んでいてもよい。ウイルスベクターで使用されるそのような配列の例としては、内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）、フューリン切断部位、ウイルス２Ａペプチド、またはそれらの任意の組合せが挙げられる。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、ベクターの１つまたは複数のある特定のエレメントに動作可能なように連結されていてもよい。例えば、それらがライゲートされているコード配列の発現およびプロセシングをもたらすために必要なポリヌクレオチド配列が、動作可能なように連結していてもよい。発現制御配列としては、適切な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列；スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を増強する配列（つまり、コザックコンセンサス配列）；タンパク質安定性を増強する配列；およびおそらくはタンパク質分泌を増強する配列を挙げることができる。発現制御配列は、それらが目的の遺伝子、およびトランスでまたは遠隔で作用して目的の遺伝子を制御する発現制御配列と隣接している場合、動作可能なように連結していてもよい。一部の実施形態では、ウイルスまたはプラスミドベクターは、形質導入マーカー（例えば、緑色蛍光タンパク質、ｔＥＧＦＲ、ｔＣＤ１９、ｔＮＧＦＲなど）をさらに含む。
ある特定の実施形態では、ベクターは、ポリヌクレオチド構築物を宿主細胞（例えば、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞）に送達することが可能である。具体的な実施形態では、ベクターは、構築物を、例えば、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せなどのヒト免疫系細胞に送達することが可能である。さらなる実施形態では、ベクターは、構築物を、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せに送達することが可能である。一部の実施形態では、本開示の構築物をコードするベクターは、宿主細胞にて染色体ノックアウトを実施するために使用することができる（例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓエンドヌクレアーゼまたは本明細書に開示のような別のエンドヌクレアーゼ）、または遺伝子治療の代替（ｇｅｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ）もしくは遺伝子修復療法において治療用導入遺伝子もしくはその部分を宿主細胞に送達するために使用することができるヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドをさらに含んでいてもよい。あるいは、染色体ノックアウトまたは遺伝子置き換えまたは遺伝子修復療法に使用されるヌクレアーゼは、本開示の構築物をコードするベクターとは独立して宿主細胞に送達してもよい。
Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質を組換え的に産生するために使用される発現ベクターの構築は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ． （１９８９ ａｎｄ ２００１ ｅｄｉｔｉｏｎｓ； Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， ＮＹ）およびＡｕｓｕｂｅｌ， ｅｔ ａｌ． （Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （２００３））に記載のような、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、およびＤＮＡ配列決定の使用を含む、当技術分野で公知の任意の好適な分子生物学操作技法を使用することにより達成することができる。効率的な転写および翻訳を得るために、各組換え発現構築物中のポリヌクレオチドは、目的のタンパク質またはペプチドをコードするヌクレオチド配列に作動可能に（つまり、動作可能なように）連結したリーダー配列、特にプロモーターなど、少なくとも１つの適切な発現制御配列（調節配列とも呼ばれる）を含む。
ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ２０－２８またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドに特異的な結合タンパク質をコードする核酸分子は、養子移入療法における使用のために宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）にトランスフェクト／形質導入するのに使用される。ＴＣＲ配列決定の進歩は、記載されており（例えば、Ｒｏｂｉｎｓ， ｅｔ ａｌ， ２００９ Ｂｌｏｏｄ １１４： ４０９９； Ｒｏｂｉｎｓ， ｅｔ ａｌ， ２０１０ Ｓｃｉ． Ｔｒａｎｓｌａｔ． Ｍｅｄ． ２：４７ｒａ６４， ＰＭＩＤ： ２０８１１０４３；Ｒｏｂｉｎｓ， ｅｔ ａｌ． ２０１１ （Ｓｅｐｔ． １０） Ｊ． ｌｍｍ． Ｍｅｔｈ． Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ， ＰＭＩＤ： ２１９４５３９５；およびＷａｒｒｅｎ， ｅｔ ａｌ．， ２０１１ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． ２１： ７９０）、本開示による実施形態を実施する過程で使用することができる。
同様に、所望の核酸でＴ細胞をトランスフェクト／形質導入するための方法（例えば、ＵＳ２００４／００８７０２５）は、例えば、所望の抗原特異性を有するＴ細胞を使用する養子移入手順を有するとして記載されており（例えば、Ｓｃｈｍｉｔｔ， ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎ． ２０： １２４０， ２００９；Ｄｏｓｓｅｔｔ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ７７：７４２， ２００９；Ｔｉｌｌ ｅｔ ａｌ， Ｂｌｏｏｄ １１２：２２６１， ２００８；Ｗａｎｇ， ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １８：１１２， ２００７；Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ， Ｂｌｏｏｄ １０９：２３３１， ２００７；ＵＳ２０１１／０２４３９７２；ＵＳ２０１１／０１８９１４１；およびＬｅｅｎ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２５：２４３， ２００７）、ＨＬＡ受容体と複合体化したＭｓｌｎ２０－２８（配列番号３１）またはＭｓｌｎ５３０－５３８（配列番号３２）ペプチドに特異的な結合タンパク質を対象とするものなどの本明細書における教示に基づいて、これらの方法論の本開示の実施形態への適合が企図される。
組換え発現ベクターとしては、例えば、リンパ組織特異的な転写調節エレメント（ＴＲＥ）、例えばＢリンパ球、Ｔリンパ球、または樹状細胞特異的ＴＲＥが挙げられる。リンパ組織特異的ＴＲＥは、当技術分野において公知である（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ． ７２：１０４３， （１９９２）；Ｔｏｄｄ ｅｔ ａｌ， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． １７７： １６６３， （１９９３）；およびＰｅｎｉｘ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． ７７５： １４８３， （１９９３）を参照）。
本明細書で開示のようなＭｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードする（例えば、それをコードする異種性ポリヌクレオチドを含む）および／または発現する組換え（例えば、改変された）宿主細胞も提供される。一部の実施形態では、宿主細胞は、造血前駆細胞、またはヒト免疫系細胞など、本明細書に開示のような免疫系細胞であってもよい。本開示の実施形態のいずれかでは、免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラー（ｎａｔｕｒａｌ ｋｉｌｌ）Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである。加えて、Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せであってもよい。ある特定の実施形態では、宿主細胞は、本明細書に開示のようなベクターを使用して、異種性ポリヌクレオチドを含むかまたは含有するように修飾されている。
組換え宿主細胞は、同種異系、同系、または自己性であってもよい（例えば、治療のために宿主細胞を受ける対象に対して）。宿主細胞が内因性ＴＣＲをコードするある特定の実施形態では、Ｔ細胞により発現される異種性結合タンパク質またはＴＣＲは、内因性ＴＣＲと比較して、ＣＤ３タンパク質とより効率的に会合することが可能である。一部の実施形態では、宿主Ｔ細胞により発現されるＭｓｌｎ特異的結合タンパク質は、ＣＤ３複合体と会合することができ、機能的表面発現および免疫活性、例えば、サイトカインの産生および／または抗原発現標的細胞の殺滅を示す。ある特定の実施形態では、Ｍｓｌｎ特異的結合タンパク質は、内因性ＴＣＲと比較して、より高い細胞表面発現を有してもよい。
本開示の実施形態のいずれかでは、宿主免疫細胞などの宿主細胞は、例えば、ＰＤ－１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ成分、またはＴＣＲ成分、またはそれらの任意の組合せなどの内因性免疫細胞タンパク質の染色体遺伝子ノックアウトを含んでいてもよい。本明細書で使用される場合、用語「染色体遺伝子ノックアウト」は、宿主細胞による機能的に活性な内因性のポリペプチド産物の産生を防止する（例えば、低減、遅延、抑制、または阻止する）遺伝子変更または宿主細胞に導入された阻害性作用物質を指す。染色体遺伝子ノックアウトをもたらす変更としては、例えば、ナンセンス変異の導入（未成熟終止コドンの形成を含む）、ミスセンス変異、遺伝子欠失、および鎖切断、ならびに宿主細胞における内因性遺伝子発現を阻害する阻害性核酸分子の異種性発現を挙げることができる。
染色体遺伝子ノックアウトは、ノックアウト手順または作用物質の使用後に、宿主免疫細胞のＤＮＡを配列決定することにより直接的に確認することができる。染色体遺伝子ノックアウトは、ノックアウト後に、遺伝子発現の非存在（例えば、遺伝子によりコードされるｍＲＮＡまたはポリペプチド産物の非存在）から推測することもできる。
ある特定の実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトまたは遺伝子ノックインは、宿主細胞の染色体編集により行われる。染色体編集は、例えば、エンドヌクレアーゼを使用して実施することができる。本明細書で使用される場合、「エンドヌクレアーゼ」は、ポリヌクレオチド鎖内のホスホジエステル結合を触媒切断することが可能な酵素を指す。ある特定の実施形態では、エンドヌクレアーゼは、標的遺伝子を切断することが可能であり、それにより標的遺伝子を不活性化または「ノックアウト」する。エンドヌクレアーゼは、天然に存在する、組換えの、遺伝子改変された、または融合エンドヌクレアーゼであってもよい。エンドヌクレアーゼによって引き起こされる核酸鎖切断は、一般的に、相同組換えまたは非相同末端結合（ＮＨＥＪ）の異なる機序により修復される。相同組換え中、ドナー遺伝子「ノックイン」のために、標的遺伝子「ノックアウト」のために、および必要に応じてドナー遺伝子ノックイン事象または標的遺伝子ノックアウト事象により標的遺伝子を不活性化するために、ドナー核酸分子を使用することができる。ＮＨＥＪは、切断部位のＤＮＡ配列に変化をもたらすこと（例えば、少なくとも１つのヌクレオチドの置換、欠失、または付加）が多いエラープローン修復プロセスである。ＮＨＥＪを使用して、標的遺伝子を「ノックアウト」してもよい。エンドヌクレアーゼの例としては、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、およびｍｅｇａＴＡＬが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「ジンクフィンガーヌクレアーゼ」（ＺＦＮ）は、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼなどの非特異的ＤＮＡ切断ドメインに融合されたジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質を指す。約３０個アミノ酸の各ジンクフィンガーモチーフは、約３塩基対のＤＮＡに結合し、ある特定の残基のアミノ酸を変化させて、トリプレット配列特異性を変更することができる（例えば、Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ９０：２２５６－２２６０， １９９３； Ｗｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２８５： １９１７－１９３４， １９９９を参照）。複数のジンクフィンガーモチーフを縦列に連結して、約９～約１８塩基対の範囲の長さを有する領域など、所望のＤＮＡ配列への結合特異性を作出することができる。背景として、ＺＦＮは、ゲノムにおける部位特異的ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）の形成を触媒することによりゲノム編集を媒介し、ＤＳＢ部位のゲノムに相同性であるフランキング配列を含む導入遺伝子の標的化組込みは、相同組換え修復により促進される。あるいは、ＺＦＮによる生成されるＤＳＢは、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）による修復を介して標的遺伝子のノックアウトをもたらすことができる。これは、切断部位におけるヌクレオチドの挿入または欠失をもたらすエラープローン細胞修復経路である。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＺＦＮ分子を使用して行われる、挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含む。
本明細書で使用される場合、「転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）は、ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン、およびＦｏｋＩエンドヌクレアーゼなどのＤＮＡ切断ドメインを含む融合タンパク質を指す。「ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン」または「ＴＡＬＥ」は、各々が、一般に１２番目および１３番目のアミノ酸が多岐にわたる、高度に保存された３３～３５個アミノ酸の配列を有する１つまたは複数のＴＡＬＥ反復ドメイン／ユニットで構成されている。ＴＡＬＥ反復ドメインは、ＴＡＬＥと標的ＤＮＡ配列との結合に関与する。こうした多岐にわたるアミノ酸残基は、反復可変二残基（ＲＶＤ）と呼ばれ、特異的なヌクレオチド認識と関連する。こうしたＴＡＬＥのＤＮＡ認識のための天然（標準）コードは、ＴＡＬＥの１２位および１３位のＨＤ（ヒスチン－アスパラギン酸）配列が、シトシン（Ｃ）に対するＴＡＬＥ結合をもたらし、ＮＧ（アスパラギン－グリシン）がＴヌクレオチドに結合し、ＮＩ（アスパラギン－イソロイシン）がＡに結合し、ＮＮ（アスパラギン－アスパラギン）がＧまたはＡヌクレオチドに結合し、ＮＧ（アスパラギン－グリシン）がＴヌクレオチドに結合するように決定されている。非標準（非定型）ＲＶＤも公知である（例えば、米国特許出願公開第２０１１／０３０１０７３号明細書を参照。この文献の非定型ＲＶＤは、参照により全体が本明細書に組み込まれる）。ＴＡＬＥＮを使用して、Ｔ細胞のゲノムの部位特異的二本鎖切断（ＤＳＢ）を指図することができる。非相同末端結合（ＮＨＥＪ）は、アニーリングのための配列の重複がほとんどまたはまったくない二本鎖切断の両側からＤＮＡをライゲートし、それにより遺伝子発現をノックアウトするエラーを導入する。あるいは、相同組換え修復は、導入遺伝子に相同性フランキング配列が存在する場合、導入遺伝子をＤＳＢ部位に導入することができる。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＴＡＬＥＮ分子を使用して行われる、挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含む。
本明細書で使用される場合、「クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート／Ｃａｓ」（ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）ヌクレアーゼ系は、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）誘導Ｃａｓヌクレアーゼを使用して、塩基対相補性によりゲノム内の標的部位（プロトスペーサーとして知られている）を認識し、短い保存されたプロトスペーサー関連モチーフ（ＰＡＭ）が相補性標的配列の３’直後に続く場合はＤＮＡを切断する系を指す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓヌクレアーゼの配列および構造に基づいて３つの型（つまり、Ｉ型、ＩＩ型、およびＩＩＩ型）に分類される。Ｉ型およびＩＩＩ型のｃｒＲＮＡ誘導監視複合体は、複数のＣａｓサブユニットを必要とする。最も研究されているＩＩ型系は、少なくとも３つの成分：ＲＮＡ誘導Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、ｃｒＲＮＡ、およびトランス作用性ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）を含む。ｔｒａｃｒＲＮＡは、二重鎖形成領域を含む。ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと相互作用し、ｃｒＲＮＡのスペーサーとＰＡＭの上流にある標識ＤＮＡのプロトスペーサーとの間のワトソンクリック塩基対形成によりＣａｓ９／ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を標的ＤＮＡの特定の部位へと誘導することが可能な二重鎖を形成する。Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ｃｒＲＮＡスペーサーにより画定される領域内で二本鎖切断（ｄｏｕｂｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ ｂｒｅａｋ）を切断する。ＮＨＥＪによる修復は、標的遺伝子座の発現を妨害する挿入および／または欠失をもたらす。あるいは、相同性フランキング配列を有する導入遺伝子を、相同組換え修復によりＤＳＢ部位に導入することができる。ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡは、単一のガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡまたはｇＲＮＡ）へと遺伝子操作することができる（例えば、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７： ８１６－２１， ２０１２を参照）。さらに、標的部位に相補的なガイドＲＮＡの領域は、所望の配列を標的とするように変更またはプログラムすることができる（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．， ＰＬＯＳ Ｏｎｅ ９： ｅ１００４４８， ２０１４；米国特許出願公開第２０１４／００６８７９７号明細書、米国特許出願公開第２０１４／０１８６８４３号明細書；米国特許第８，６９７，３５９号明細書、およびＰＣＴ公報国際公開第２０１５／０７１４７４号パンフレット；これらの文献の各々は参照により組み込まれる）。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ系を使用して行われる、挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含む。
免疫細胞タンパク質をコードする内因性遺伝子をノックアウトするための例示的なｇＲＮＡ配列およびそれを使用するための方法としては、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２３（９）： ２２５５－２２６６ （２０１７）に記載のものが挙げられる。この文献のｇＲＮＡ、ＣＡＳ９ ＤＮＡ、ベクター、および遺伝子ノックアウト技法は、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、「メガヌクレアーゼ」は、「ホーミングエンドヌクレアーゼ」とも呼ばれ、大きな認識部位（約１２～約４０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列）により特徴付けられるエンドデオキシリボヌクレアーゼを指す。メガヌクレアーゼは、配列および構造モチーフに基づいて、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧ（配列番号１２１）、ＧＩＹ－ＹＩＧ（配列番号１２２）、ＨＮＨ、Ｈｉｓ－Ｃｙｓボックス、およびＰＤ－（Ｄ／Ｅ）ＸＫ（配列番号１２３）の５つのファミリーに分けることができる。例示的なメガヌクレアーゼとしては、以下：Ｉ－ＳｃｅＩ、Ｉ－ＣｅｕＩ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＰＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅＩＶ、Ｉ－ＣｓｍＩ、Ｉ－ＰａｎＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩ、Ｉ－ＰｐｏＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－ＣｒｅＩ、Ｉ－ＴｅｖＩ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ、およびＩ－ＴｅｖＩＩＩが挙げられ、これらの認識配列は公知である（例えば、米国特許第５，４２０，０３２号明細書および米国特許第６，８３３，２５２号明細書；Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５： ３３７９－３３８８， １９９７；Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ８２： １１５－１１８， １９８９；Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２２： １１２５－１１２７， １９９４；Ｊａｓｉｎ， Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ． １２： ２２４－２２８， １９９６；Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２６３： １６３－１８０， １９９６；Ａｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２８０： ３４５－３５３， １９９８を参照）。
ある特定の実施形態では、天然に存在するメガヌクレアーゼを使用して、ＰＤ－１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡをコードする遺伝子、またはＴＣＲ成分をコードする遺伝子から選択される標的の部位特異的ゲノム修飾を促進することができる。
他の実施形態では、標的遺伝子に対する新規の結合特異性を有する遺伝子操作されたメガヌクレアーゼが、部位特異的ゲノム修飾に使用される（例えば、Ｐｏｒｔｅｕｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ２３： ９６７－７３， ２００５；Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３４２： ３１－４１， ２００４；Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３１： ２９５２－６２， ２００３；Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃ． Ｃｅｌｌ １０： ８９５－９０５， ２００２；Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ４４１： ６５６－６５９， ２００６；Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ７： ４９－６６， ２００７；米国特許出願公開第２００７／０１１７１２８号明細書；米国特許出願公開第２００６／０２０６９４９号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１５３８２６号明細書；米国特許出願公開第２００６／００７８５５２号明細書；および米国特許出願公開第２００４／０００２０９２号明細書を参照）。さらなる実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、ｍｅｇａＴＡＬとして知られている融合タンパク質を作製するためにＴＡＬＥＮのモジュラーＤＮＡ結合ドメインで修飾されているホーミングエンドヌクレアーゼを使用して生成される。ｍｅｇａＴＡＬは、１つまたは複数の標的遺伝子をノックアウトするだけでなく、目的のポリペプチドをコードする外因性ドナー鋳型と組み合わせて使用する場合は、異種性または外因性ポリヌクレオチドを導入（ノックイン）するためにも使用することができる。
ある特定の実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種性ポリヌクレオチドを含む宿主細胞（例えば、免疫細胞）に導入される阻害性核酸分子を含み、阻害性核酸分子は、標的特異的阻害剤をコードし、コードされる標的特異的阻害剤は、宿主免疫細胞において、内因性遺伝子発現（つまり、ＰＤ－１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ成分、またはＴＣＲ成分、またはそれらの任意の組合せの）を阻害する。
ある特定の実施形態では、目的の結合タンパク質は、例えば、目的のポリヌクレオチドを宿主細胞にノッキングするのに有用な本開示の技術または試薬のいずれかを使用して宿主細胞にノックインしてもよい。一部の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、宿主細胞にノックインされ、内因性染色体に、例えば細胞核中に組み込まれない。一部の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、内因性遺伝子座で宿主細胞にノックインされ、必要に応じて内因性遺伝子座のコード配列を崩壊させる。ある特定の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、内因性ＴＣＲ遺伝子座にノックインされ、それによって内因性ＴＣＲがノックアウトされ、目的のタンパク質がノックインされる。例えば、Ｅｙｑｕｅｍ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ５４３（７６４３）：１１３－１１７ （２０１７）を参照されたい。
一部の実施形態では、メソテリン特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド（例えば、配列番号６～８、１４～１６、２２～２４、２８～４０、７８～１１０、１１８、１１９のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になるポリペプチド）が、宿主細胞にノックインされる。本明細書に記載の結合タンパク質は、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲベータ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含む。本開示の実施形態のいずれかでは、メソテリン特異的結合タンパク質は、メソテリンペプチド：ＨＬＡ複合体、例えばメソテリンペプチド：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１複合体に特異的に結合することが可能である。
一部の実施形態では、遺伝子ノックインは、本明細書に記載のようなメソテリンペプチド抗原（例えば、配列番号６～８、１４～１６、２２～２４、２８～４０、７８～１１０、１１８、または１１９のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％（すなわち、少なくとも約８６％、８５％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）同一性を有するアミノ酸配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になるペプチド）に特異的に結合することが可能な結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを導入するのに使用することができる。
ある特定の実施形態では、メソテリン特異的結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）をコードするポリヌクレオチドが宿主細胞にノックインされ、宿主細胞は、異なる結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、異なる結合タンパク質は、宿主細胞にとって異種である。他の実施形態では、異なる結合タンパク質は、宿主細胞にとって内因性である。ある特定の実施形態では、異なる結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、宿主細胞にノックインされる。ある特定の実施形態では、異なる結合タンパク質は、異なる抗原（例えば、異なるＭｓｌｎ抗原、または異なるタンパク質もしくは標的由来の抗原、例えば、ＢＣＭＡ、ＣＡ１９－９、ＢＲＡＦ、ＣＤ３、ＣＥＡＣＡＭ６、ｃ－Ｍｅｔ、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＥｐｈＡ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＧＤ２、Ｏ－アセチルＧＤ２、Ｏ－アセチルＧＤ３、ＧＨＲＨＲ、ＧＨＲ、ＦＬＴ１、ＫＤＲ、ＦＬＴ４、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ１５１、ＣＡ１２５、ＣＥＡ、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＢＴＬＡ、ＴＧＦＢＲ２、ＴＧＦＢＲ１、ＩＬ６Ｒ、ｇｐ１３０、ルイスＡ、ルイスＹ、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＨＶＥＭ、ＭＡＧＥ－Ａ（例えば、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ３、およびＭＡＧＥ－Ａ４など）、ＫＲＡＳ、ＨＥＲ２、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＰＳＭＡ、ＲＡＮＫ、ＲＯＲ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、ＴＷＥＡＫ－Ｒ、ＨＬＡ、ＨＬＡに結合した腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、ＨＬＡに結合したｈＴＥＲＴペプチド、ＨＬＡに結合したチロシナーゼペプチド、ＬＴβＲ、ＬＩＦＲβ、ＬＲＰ５、ＭＵＣ１、ＯＳＭＲβ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ１７１、ＣＤ２７６、Ｂ７Ｈ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ９、ＰＴＣＨ１、ＷＴ－１、ＨＡ１－Ｈ、Ｒｏｂｏ１、α－フェトプロテイン（ＡＦＰ）、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ、ＯＸ４０、ＰＲＡＭＥ、およびＳＳＸ－２など）に特異的な結合タンパク質である。例えば、宿主細胞は、Ｍｓｌｎ抗原：ＨＬＡ複合体に特異的に結合する結合タンパク質をコードするノックインされたポリヌクレオチド、およびＣＡ１９－９抗原に特異的に結合する結合タンパク質をコードする（例えば、ノックインされた）ポリヌクレオチド（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）を含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、本開示のＭｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードする、および／または発現する宿主免疫細胞は、ｉｎ ｖｉｖｏで腫瘍などの同族Ｍｓｌｎ抗原を発現する標的組織中に優先的に移動するかまたは局在化することが可能であるが、同じタイプの隣接しない組織中では統計学的に有意な低減された量で存在する。実例として、宿主免疫細胞は、肺腫瘍に存在してもよいが（例えば、コードされる結合タンパク質のＴＣＲ Ｖ領域のディープシーケンシングを使用して決定される）、腫瘍に隣接していない同じ肺の組織ではより低いレベルで存在するか、またはまったく存在しない。一部の実施形態では、非隣接組織は、疾患組織または悪性組織から少なくとも３ｃｍ除去された組織を含むかまたはそれを指す。
ある特定の実施形態では、宿主細胞は、対象に投与することができるものなど、細胞の組成物中で富化されている。本明細書で使用される場合、混合物中の細胞型の量に関する「富化」または「枯渇」は、１つまたは複数の富化または枯渇プロセスまたはステップに起因する細胞の混合物中の「富化」型の数の増加、「枯渇」細胞の数の減少、または両方を指す。したがって、富化プロセスに供される細胞の原集団の供給源に応じて、混合物または組成物は、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％、またはそれよりも多くの（数またはカウントで）「富化」細胞を含有してもよい。枯渇プロセスに供された細胞は、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、または１％パーセント、またはそれ未満の（数またはカウントで）「枯渇」細胞を含有する混合物または組成物をもたらすことができる。ある特定の実施形態では、ＣＤ４＋細胞を富化させるがＣＤ８＋細胞は枯渇させること、またはＣＤ６２Ｌ＋細胞を富化させるがＣＤ６２Ｌ－細胞は枯渇させること、またはそれらの組合せなど、混合物中の特定の細胞型の量を富化させ、異なる細胞型の量を枯渇させる。
使用
別の態様では、本開示は、有効量の本明細書に記載のような組成物（例えば、結合タンパク質、組換え宿主細胞、ポリヌクレオチド、ベクター、または関連の組成物）を対象に投与することによって、それを必要とする対象（すなわち、メソテリン抗原に関連する疾患または障害を有する、またはそれを有する疑いのある対象）を処置する方法を提供する。このような疾患の処置における使用のための、またはこのような疾患の処置のための医薬品を製造するための、このような組成物も提供される。そのような疾患としては、固形がんおよび血液悪性腫瘍など、種々の形態の増殖性疾患または過剰増殖性疾患が挙げられる。
「処置する」または「処置」または「軽快させる」は、対象（例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えば霊長類、ウマ、ネコ、イヌ、ヤギ、マウス、またはラット）の疾患、障害、または状態の医学的管理を指す。一般的に、本開示の結合タンパク質を発現する宿主細胞、および必要に応じてアジュバントを含む適切な用量または処置レジメンは、治療または予防的利益を引き出すのに十分な量で投与される。治療的または予防的／防止的利益としては、臨床転帰の向上；疾患に関連付けられる症状の軽減または緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の縮小；疾患状態の安定化；疾患進行の遅延；寛解；生存；長期生存；またはそれらの任意の組合せが挙げられる。
本明細書で使用される場合、用語「養子免疫療法（ａｄｏｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ）」または「養子免疫療法（ａｄｏｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」および「養子細胞療法」は、天然に存在する、または遺伝子操作された、疾患抗原特異的免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）の投与を指す。養子細胞免疫療法は、自己性（免疫細胞はレシピエントに由来する）であってもよく、同種異系（免疫細胞は同じ種のドナーに由来する）であってもよく、または同系（免疫細胞はレシピエントと遺伝的に同一のドナーに由来する）あってもよい。
この開示の結合タンパク質または宿主細胞の「治療有効量」または「有効量」は、統計学的に有意な様式で、臨床転帰の向上；疾患に関連する症状の軽減または緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の縮小、疾患状態の安定化；疾患進行の遅延；寛解；生存；または長期生存などの治療効果をもたらすのに十分な結合タンパク質または宿主細胞の量を指す。治療有効量は、単独で投与される個々の活性成分または単一の活性成分を発現する細胞を指す場合、単独のその成分またはその成分を発現する細胞の作用を指す。治療有効量は、組合せを指す場合、連続的に投与されるかまたは同時に投与されるかに関わらず、活性成分または組み合わされた補助的な活性成分と、活性成分を発現する細胞との、治療効果をもたらす組み合わされた量を指す。組合せはまた、１つより多くの活性成分、例えば、本開示の抗原または融合タンパク質に特異的に結合する２つの異なる結合タンパク質を発現する細胞であってもよい。
「統計学的に有意な」は、本明細書で使用される場合、スチューデントのｔ検定を使用して計算した場合、０．０５０またはそれ未満のｐ値を指し、測定している特定の事象または結果が偶然に起こった可能性が低いことを示す。
「過剰増殖性障害」は、本明細書で使用される場合、正常細胞または非疾患細胞と比較して過剰な成長または増殖を指す。例示的な過剰増殖性障害としては、腫瘍、がん、新生物性組織、癌、肉腫、悪性細胞、前悪性細胞、ならびに非新生物性または非悪性過剰増殖性障害（例えば、腺腫、線維腫、脂肪腫、平滑筋腫、血管腫、線維症、再狭窄、ならびに関節リュウマチ、骨関節炎、乾癬、または炎症性腸疾患などの自己免疫疾患）が挙げられる。過剰増殖性疾患という状況ではよりゆっくり生じる異常または過剰な成長を伴うある特定の疾患は、「増殖性疾患」と呼ばれる場合があり、その例としては、ある特定の腫瘍、がん、新生物組織、癌、肉腫、悪性細胞、前悪性細胞、ならびに非新生物または非悪性障害が挙げられる。
さらに、「がん」は、あらゆる細胞の促進された増殖を指す場合もあり、これは、固形腫瘍、腹水腫瘍、血液もしくはリンパ液または他の悪性腫瘍；結合組織の悪性腫瘍；転移性疾患；臓器または幹細胞移植後の微小残存病変；多剤耐性がん、一次または二次性悪性腫瘍、悪性腫瘍に関する新脈管形成（ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、またはがんの他の形態を含む。
本開示の結合タンパク質、宿主細胞、ポリヌクレオチド、ベクター、および組成物は、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドをがんの腫瘍細胞上で発現する、および／またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するがんを処置するため、またはその処置のための医薬を製造するために有用であり、処置のための例示的ながんとしては、中皮腫、膵臓がん、卵巣がん、および肺がんが挙げられる。
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質、宿主細胞、ポリヌクレオチド、ベクター、および組成物は、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍などのがんを処置するために、および／またはその処置のための医薬品の製造において有用である。ある特定の実施形態では、固形がんは、胆嚢がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんから選択されるか、またはそれを含む。
ある特定の実施形態では、本開示の方法および使用に従って処置可能ながんは、癌、肉腫、神経膠腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、またはそれらの任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、がんは、頭または頸部のがん、黒色腫、膵臓がん、胆管癌、肝細胞がん、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を含む乳がん、胃がん、非小細胞肺がん、前立腺がん、食道がん、中皮腫、小細胞肺がん、結腸直腸がん、膠芽腫、またはそれらの任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、がんは、アスキン腫瘍、ブドウ状肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、ＰＮＥＴ、悪性血管内皮腫、悪性シュワン鞘腫、骨肉腫、胞巣状軟部肉腫、血管肉腫、葉状嚢肉腫、隆起性皮膚線維肉腫（ＤＦＳＰ）、類腱腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、類上皮肉腫、骨外性軟骨肉腫、骨外性骨肉腫、線維肉腫、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、血管周囲細胞腫、血管肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、リンパ肉腫、未分化多形肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、未分化多形肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、形成性胃組織炎（ｌｉｎｉｔｉｓ ｐｌａｓｔｉｃ）、ビポーマ、胆管癌、肝細胞癌、腺様嚢胞癌、腎細胞癌、グラビッツ腫瘍、上衣細胞腫、星細胞腫、乏突起神経膠腫、脳幹神経膠腫、視神経膠腫（ｏｐｔｉｃｅ ｎｅｒｖｅ ｇｌｉｏｍａ）、混合膠腫、ホジキンリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、バーキットリンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、およびマントル細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、ＣＤ３７＋樹状細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾性辺縁帯リンパ腫、粘膜関連リンパ組織（ＭＡＬＴ）型の節外性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫、節外性ＮＫ／Ｔ細胞リンパ腫、鼻型、腸症関連Ｔ細胞リンパ腫、肝脾Ｔ細胞リンパ腫、芽球型ＮＫ細胞リンパ腫、セザリー症候群、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、またはそれらの任意の組合せを含む。
ある特定の実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。一部の実施形態では、固形腫瘍は、肉腫または癌である。ある特定の実施形態では、固形腫瘍は、軟骨肉腫；線維肉腫（線維芽細胞肉腫）；隆起性皮膚線維肉腫（ＤＦＳＰ）；骨肉腫；横紋筋肉腫；ユーイング肉腫；消化管間質腫瘍；平滑筋肉腫；血管肉腫（血管の肉腫）；カポジ肉腫；脂肪肉腫；多形肉腫；または滑膜肉腫から選択される。
ある特定の実施形態では、固形腫瘍は、肺癌（例えば、腺癌、扁平上皮癌（類表皮癌）；扁平上皮癌；腺癌；腺扁平上皮癌；未分化癌；大細胞癌；小細胞癌；乳癌（例えば、腺管上皮内癌（非浸潤性）、上皮内小葉癌（非浸潤性）、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、非浸潤性癌）；肝臓癌（例えば、肝細胞癌、胆管癌または胆嚢がん）；大細胞未分化癌、細気管支肺胞癌）；卵巣癌（例えば、表層上皮性－間質性腫瘍（腺癌）または卵巣上皮癌（これは、漿液性腫瘍、類内膜腫瘍および粘液性嚢胞腺癌を含む）、類表皮（扁平上皮癌）、胎児性癌および絨毛癌（胚細胞腫瘍））；腎臓癌（例えば、腎腺癌、副腎腫、移行上皮癌（腎盂）、扁平上皮癌、ベリーニ管癌、明細胞腺癌、移行上皮癌、腎盂のカルチノイド腫瘍）；副腎癌（例えば、副腎皮質癌）、精巣の癌（例えば、生殖細胞癌（精上皮腫、絨毛癌、胎児性癌、奇形癌）、漿液性癌）；胃癌（例えば、腺癌）；腸癌（例えば、十二指腸の腺癌）；結腸直腸癌；または皮膚癌（例えば、基底細胞癌、扁平上皮癌）から選択される。ある特定の実施形態では、固形腫瘍は、卵巣癌、卵巣上皮癌、子宮頸部腺癌もしくは小細胞癌、膵臓癌、結腸直腸癌（例えば、腺癌または扁平上皮癌）、肺癌、乳管癌、または前立腺の腺癌である。
本開示の実施形態のいずれかでは、宿主細胞は、同種異系細胞、同系細胞、または自己細胞である。本発明によって処置できる対象は、一般的に、ヒトおよび他の霊長類対象であり、例えば獣医学の目的のためのサルおよび類人猿である。前述の実施形態のいずれかでは、対象は、ヒト対象であり得る。対象は、雄または雌であってもよく、乳児、若年、青年、成人、および老人対象を含むあらゆる好適な年齢であってもよい。本開示による細胞は、医学技術における当業者によって決定した通りに、処置しようとする疾患、状態、または障害に適切な方式で投与することができる。上記実施形態のいずれかにおいて、本明細書に記載のような融合タンパク質を含む細胞は、除去されるタグを有する細胞と遭遇するように、静脈内に、腹腔内に、腫瘍内に、骨髄に、リンパ節に、または脳脊髄液に投与される。組成物の適切な用量、好適な持続時間、および投与頻度は、患者の状態；疾患、状態、または障害のサイズ、タイプ、および重症度；タグを有する細胞の望ましくないタイプまたはレベルまたは活性、活性成分の特定の形態；および投与方法のような要因によって決定される。
一般に、適切な投与量および処置レジメンは、利益を提供するのに十分な量の活性分子または細胞を提供する。そのような反応は、未処置対象と比較して、処置した対象の臨床転帰の向上（例えば、より頻繁な寛解、完全なもしくは部分的なまたはより長い無病生存期間）を確立することによりモニターすることができる。腫瘍タンパク質に対する既存の免疫応答の増加は、一般に、臨床転帰の向上と相関する。そのような免疫応答は、一般に、日常的である標準的な増殖、細胞傷害性、またはサイトカインアッセイを使用して評価することができる。
予防的使用の場合、用量は、疾患または障害に関連付けられる疾患の防止、発症遅延、または重症度の減弱に十分であるべきである。本明細書に記載の方法に従って投与される免疫原性組成物の予防的利益は、前臨床研究（ｉｎ ｖｉｔｒｏ研究およびｉｎ ｖｉｖｏ動物研究を含む）および臨床研究を実施し、そこから得られたデータを、適切な統計的、生物学的、および臨床的な方法および技法で分析することにより決定することができ、これらはすべて当業者であれば容易に実施することができる。
養子細胞療法の場合、有効量は、処置したヒトまたは非ヒト哺乳動物において臨床的に望ましい結果をもたらすことが可能な、養子移入で使用されるＭｓｌｎ特異的結合タンパク質をコードまたは発現する宿主細胞の量（すなわち、統計学的に有意な様式で、Ｍｓｌｎ特異的抗原応答、例えば細胞傷害性Ｔ細胞応答を発現する細胞に対して特異的なＴ細胞免疫応答を誘導または強化するのに十分な量）である。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである。
本明細書で開示のようなＭｓｌｎ特異的結合タンパク質、宿主（すなわち、修飾）免疫細胞、ポリヌクレオチド、またはベクター、および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む医薬組成物（組成物）も企図される。用語「薬学的に許容される賦形剤または担体」または「生理学的に許容される賦形剤または担体」は、ヒトまたは他の非ヒト哺乳類対象への投与に好適であり、安全であるかまたは重篤な有害事象を引き起こさないと一般的に認識されている、生体適合性の媒体、例えば、生理食塩水を指し、これらは、本明細書においてより詳細に記載される。好適な賦形剤としては、水、食塩水、デキストロース、またはグリセロールなど、およびそれらの組合せが挙げられる。実施形態では、本明細書に開示のような融合タンパク質または宿主細胞を含む組成物は、好適な注入媒体をさらに含む。好適な注入媒体は、任意の等張性媒体製剤、典型的にはノーマルセーライン、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ Ｒ（Ａｂｂｏｔｔ）またはＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ Ａ（Ｂａｘｔｅｒ）、水中５％デキストロース、乳酸リンゲル液であってもよい。注入媒体に、ヒト血清アルブミンまたは他のヒト血清成分を補充していてもよい。
医薬組成物は、医学分野の当業者により決定されるように、処置（または防止）しようとする疾患または状態に適切な様式で投与することができる。組成物の適切な用量ならびに好適な投与期間および投与頻度は、患者の健康状態、患者の大きさ（つまり、体重、嵩、または体面積）、患者の状態のタイプおよび重症度、活性成分の特定の形態、および投与方法などの要因により決定される。一般に、適切な用量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利益を（より頻繁な完全なまたは部分的な寛解、またはより長い無病生存期間および／もしくは全生存期間、または症状の重症度の軽減など、臨床転帰の向上を含む、本明細書に記載のものなど）提供するのに十分な量の組成物（複数可）を提供する。
本明細書には、有効量の修飾免疫細胞または修飾免疫細胞を含む組成物を含む単位用量も提供される。ある特定の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない（つまり、同等の数のＰＢＭＣを有する患者試料と比較して、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満、または約１％未満（ｌｅｓｓ ｔｈｅｎ）のナイーブＴ細胞の集団が単位用量中に存在する）。
一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約５０％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約５０％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。さらなる実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約６０％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約６０％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。またさらなる実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約７０％の操作されたＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約７０％の操作されたＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８０％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８０％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８５％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８５％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約９０％の修飾ＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約９０％の修飾ＣＤ８＋ Ｔ細胞とを含む組成物を約１：１比の組合せで含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。
組成物または単位用量中の細胞の量は、少なくとも１つの細胞（例えば、１つの組換えＣＤ８＋ Ｔ細胞部分集団（例えば、必要に応じてメモリーおよび／またはナイーブＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む）；１つの組換えＣＤ４＋ Ｔ細胞部分集団（例えば、必要に応じてメモリーおよび／またはナイーブＣＤ４＋ Ｔ細胞を含む））であるか、またはより典型的には１０２個よりも多くの細胞、例えば、最大で１０４個、最大で１０５個、最大で１０６個、最大で１０７個、最大で１０８個、最大で１０９個、または１０１０個よりも多くの細胞である。ある特定の実施形態では、細胞は、約１０４～約１０１０細胞／ｍ２の範囲で、好ましくは、約１０５～約１０９細胞／ｍ２の範囲で投与される。一部の実施形態では、投与される用量は、最大で約３．３×１０５細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態では、投与される用量は、最大で約１×１０６細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態では、投与される用量は、最大で約３．３×１０６細胞／ｋｇを含む。一部の実施形態では、投与される用量は、最大で約１×１０７細胞／ｋｇを含む。ある特定の実施形態では、組換え宿主細胞は、最大で約５×１０４細胞／ｋｇ、５×１０５細胞／ｋｇ、５×１０６細胞／ｋｇ、または最大で約５×１０７細胞／ｋｇを含む用量で対象に投与される。ある特定の実施形態では、組換え宿主細胞は、少なくとも約５×１０４細胞／ｋｇ、５×１０５細胞／ｋｇ、５×１０６細胞／ｋｇ、または最大で約５×１０７細胞／ｋｇを含む用量で対象に投与される。細胞の数は、組成物が意図される最終的な使用、ならびにそこに含まれる細胞のタイプに依存する。例えば、結合タンパク質を発現またはコードするように修飾された細胞は、そのような細胞の少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれよりも多くを含有する細胞集団を含む。本明細書で提供される使用の場合、細胞は、一般に、１リットルもしくはそれ未満、５００ｍｌもしくはそれ未満、２５０ｍｌもしくはそれ未満、または１００ｍｌもしくはそれ未満の体積中にある。実施形態では、所望の細胞の密度は、典型的には１０４細胞／ｍｌよりも大きく、一般に１０７細胞／ｍｌよりも大きく、一般に１０８細胞／ｍｌまたはそれよりも大きい。細胞は、単回注入として投与してもよく、またはある時間範囲にわたる複数回注入で投与してもよい。ある特定の実施形態では、臨床的に関連する数の細胞を、累積で１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、または１０１１個に等しいかまたはそれを超える細胞の複数回の注入に配分してもよい。ある特定の実施形態では、細胞の単位用量は、同種異系ドナーに由来する造血幹細胞と共に共投与してもよい（例えば、同時にまたは同時期に（ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｎｅｏｕｓｌｙ））。一部の実施形態では、単位用量に含まれる細胞の１つまたは複数は、対象に対して自己性である。
本開示の単位用量、組成、または処置レジメンは、本明細書に記載のようなＭｓｌｎ特異的結合タンパク質または組換え宿主細胞を含んでいてもよく、さらに、異なる抗原（例えば、異なるＭｓｌｎ抗原、または異なるタンパク質もしくは標的由来の抗原、例えば、ＢＣＭＡ、ＣＡ１９－９、ＢＲＡＦ、ＣＤ３、ＣＥＡＣＡＭ６、ｃ－Ｍｅｔ、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＥｐｈＡ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＧＤ２、Ｏ－アセチルＧＤ２、Ｏ－アセチルＧＤ３、ＧＨＲＨＲ、ＧＨＲ、ＦＬＴ１、ＫＤＲ、ＦＬＴ４、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ１５１、ＣＡ１２５、ＣＥＡ、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＢＴＬＡ、ＴＧＦＢＲ２、ＴＧＦＢＲ１、ＩＬ６Ｒ、ｇｐ１３０、ルイスＡ、ルイスＹ、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＰＤ１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＨＶＥＭ、ＭＡＧＥ－Ａ（例えば、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ３、およびＭＡＧＥ－Ａ４など）、ＫＲＡＳ、ＨＥＲ２、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＰＳＭＡ、ＲＡＮＫ、ＲＯＲ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、ＴＷＥＡＫ－Ｒ、ＨＬＡ、ＨＬＡに結合した腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、ＨＬＡに結合したｈＴＥＲＴペプチド、ＨＬＡに結合したチロシナーゼペプチド、ＬＴβＲ、ＬＩＦＲβ、ＬＲＰ５、ＭＵＣ１、ＯＳＭＲβ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ１７１、ＣＤ２７６、Ｂ７Ｈ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ９、ＰＴＣＨ１、ＷＴ－１、ＨＡ１－Ｈ、Ｒｏｂｏ１、α－フェトプロテイン（ＡＦＰ）、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ、ＯＸ４０、ＰＲＡＭＥ、およびＳＳＸ－２など）に特異的な結合タンパク質を発現する（例えば、修飾）免疫細胞も含むことが理解される。例えば、単位用量または治療レジメンは、ＣＡ１９－９抗原に特異的に結合する結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）を発現するＭｓｌｎ抗原：ＨＬＡ複合体および修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞（および／または修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞）に特異的に結合する結合タンパク質を発現する修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含んでいてもよい。
本明細書に記載の実施形態のいずれかでは、単位用量は、等しい、またはおよそ等しい数の操作されたＣＤ４５ＲＡ－ＣＤ３＋ＣＤ８＋および修飾ＣＤ４５ＲＡ－ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＴＭ細胞を含む。
本明細書に記載の医薬組成物は、密封されたアンプルまたはバイアルなど、単位用量または複数用量の容器で提供することができる。そのような容器は、患者に注入されるまで製剤の安定性を保持するために凍結されていてもよい。
本明細書で使用される場合、組成物の投与は、例えば、静脈内、経口、膣、直腸、または皮下などの送達経路または送達モードに関わらず、それを対象に送達することを指す。投与は、継続的または断続的におよび非経口的に行うことができる。投与は、認識されている状態、疾患、または疾患状態を有することが既に確認されている対象を処置するためであってもよく、またはそのような状態、疾患、もしくは疾患状態を発症し易いかもしくは発症するリスクがある対象を処置するためのものであってもよい。補助療法との共投与は、任意の順序および任意の投薬スケジュールでの複数の薬剤の同時送達および／または逐次送達を含んでいてもよい（例えば、組換え宿主細胞を、１つまたは複数のサイトカイン；カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤などの免疫抑制療法剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらの任意の組合せと共に）。
本主題の組成物が非経口的に投与される場合、組成物は、滅菌水性または油性液剤または懸濁剤も含むことができる。好適な非毒性で非経口的に許容される希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張性塩溶液、１，３－ブタンジオール、エタノール、プロピレングリコール、または水との混合物中のポリエチレングリコールが挙げられる。水性液剤または懸濁剤は、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウム、または酒石酸ナトリウムなど、１つまたは複数の緩衝剤をさらに含んでいてもよい。無論、任意の投与量単位製剤を調製する際に使用される任意の材料は、薬学的に純粋であり、使用される量において実質的に無毒性であるべきである。加えて、活性化合物は、徐放性調製物および製剤に組み込まれてもよい。投与量単位形態は、本明細書で使用される場合、処置する対象のための１単位の投与量に適した物理的に別個の単位を指し、各単位は、適切な医薬担体と共に、所望の治療効果を生み出すように計算された所定量の組換え細胞または活性化合物を含有してもよい。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の組成物（例えば、組換え宿主細胞）の複数の用量を対象に投与し、組成物は、約２～約４週間の投与間隔で対象に投与してもよい。
本開示の処置方法または防止方法は、処置過程またはレジメンの一部として対象に施すことができ、本開示の単位用量、細胞、または組成物の投与前または投与後の追加の処置を含んでいてもよい。例えば、ある特定の実施形態では、例えば、組換え宿主細胞の単位用量を受ける対象は、造血細胞移植（ＨＣＴ；骨髄破壊的および非骨髄破壊的ＨＣＴを含む）を受けているかまたは以前に受けたことがある。ＨＣＴを実施するための技法およびレジメンは、当技術分野で公知であり、臍帯血、骨髄、もしくは末梢血に由来する細胞、造血幹細胞、動員された幹細胞、または羊水に由来する細胞など、任意の好適なドナー細胞の移植を含んでいてもよい。したがって、ある特定の実施形態では、本開示の１つの組換え宿主細胞は、改変型ＨＣＴ療法では造血幹細胞と共にまたはその直ぐ後で投与することができる。一部の実施形態では、ＨＣＴは、ＨＬＡ成分をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、ＴＣＲ成分をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、または両方を含むドナー造血細胞を含む。
ＣＴＬ免疫応答のレベルは、本明細書に記載されており、当技術分野で日常的に実施されている多数の免疫学的方法のいずれか１つにより決定することができる。ＣＴＬ免疫応答のレベルは、本明細書に記載のＭｓｌｎ特異的結合タンパク質（またはそれらをコードするおよび／または発現する宿主細胞）または免疫原性組成物のいずれか１つの投与前にまたは投与後に決定してもよい。ＣＴＬ活性を決定するための細胞傷害性アッセイは、当技術分野で日常的に実施されている幾つかの技法および方法のいずれか１つを使用して実施することができる（例えば、Ｈｅｎｋａｒｔ， ｅｔ ａｌ．， ”Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ－Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ” ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｐａｕｌ （ｅｄ．） （２００３ Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， ＰＡ）， ｐａｇｅｓ １１２７－５０、およびそこに引用されている文献を参照）。
抗原特異的Ｔ細胞応答は、典型的には、本明細書に記載のＴ細胞機能パラメーター（例えば、増殖、サイトカイン放出、ＣＴＬ活性、細胞表面マーカー表現型の変更など）のいずれかにより観察されるＴ細胞応答を比較することにより決定され、比較は、適切な状況にて同族抗原に曝露されたＴ細胞（例えば、免疫適合性の抗原提示細胞により提示された際にＴ細胞を初期刺激または活性化するために使用される抗原）と、その代わりに構造的に異なるかまたは無関係の対照抗原に曝露された同じ供給源集団に由来するＴ細胞との間で行ってもよい。同族抗原に対する応答が、対照抗原に対する応答よりも統計的に有意に大きいことは、抗原特異性であることを意味する。
本明細書に記載のようなＭｓｌｎペプチドに対する免疫応答の存在およびレベルを決定するために、対象から生物学的試料を得ることができる。「生物学的試料」は、本明細書で使用される場合、血液試料（それから血清または血漿を調製することができる）、生検標本、体液（例えば、肺洗浄液、腹水、粘膜洗浄液、滑液など）、骨髄、リンパ節、組織外植片、臓器培養物、または対象もしくは生物学的供給源に由来する任意の他の組織もしくは細胞調製物であってもよい。また、生物学的試料は、いずれの免疫原性組成物も受ける前の対象から得ることができ、この生物学的試料は、ベースライン（つまり、免疫前）データを確立するための対照として有用である。
一部の実施形態では、本発明の組成物を受ける対象は、これまでに化学療法、例えばリンパ球枯渇化学療法を受けたことがある。さらなる実施形態では、リンパ球枯渇化学療法は、シクロホスファミド、フルダラビン、抗胸腺細胞グロブリン、オキサリプラチン、またはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、本発明の組成物は、これまでに、放射線療法、サイトカイン、抗体、抗体－薬物コンジュゲート、もしくはＦｃ融合タンパク質を含む免疫療法、アンチセンスヌクレオチド療法、遺伝子治療、ワクチン、または外科手術、またはそれらの任意の組合せを受けたことがある。
本開示による方法および使用は、併用療法において疾患または障害を処置するために１つまたは複数の追加の薬剤を投与することをさらに含んでいてもよい。例えば、ある特定の実施形態では、併用療法は、組成物（例えば、任意の１つまたは複数の結合タンパク質、それらをコードするおよび／または発現する修飾宿主細胞、ポリヌクレオチド、ベクター）を、免疫チェックポイント阻害剤と共に（併せて、同時に、または逐次的に）投与することを含む。一部の実施形態では、併用療法は、本開示の組成物を、刺激性免疫チェックポイント作用物質のアゴニストと共に投与することを含む。さらなる実施形態では、併用療法は、本開示の組成物を、二次療法、例えば化学療法剤、放射線療法、外科手術、抗体、抗体薬物コンジュゲート、サイトカイン、アンチセンス療法、遺伝子治療、ワクチン、またはそれらの任意の組合せと共に投与することを含む。
本明細書で使用される場合、用語「免疫抑制剤（ｉｍｍｕｎｅ ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｇｅｎｔ）」または「免疫抑制作用物質（ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｇｅｎｔ）」は、免疫応答の制御または抑制を支援するための阻害シグナルを提供する１つまたは複数の細胞、タンパク質、分子、化合物、または複合体を指す。例えば、免疫抑制剤としては、免疫刺激を部分的または完全に遮断する；免疫活性化を減少、防止、もしくは遅延させる；または免疫抑制を増加、活性化、もしくは上方制御する分子が挙げられる。標的とする（例えば、免疫チェックポイント阻害剤を用いて）例示的な免疫抑制作用物質としては、以下のものが挙げられる：ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＣＤ２４４／２Ｂ４、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＫＩＲ、ＰＶＲ１Ｇ（ＣＤ１１２Ｒ）、ＰＶＲＬ２、アデノシン、Ａ２ａＲ、免疫抑制性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１ＲＡ、ＩＬ－３５）、ＩＤＯ、アルギナーゼ、ＶＩＳＴＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、ＣＥＡＣＡＭ－５、Ｔｒｅｇ細胞、またはそれらの任意の組合せ。
免疫抑制剤阻害剤（免疫チェックポイント阻害剤とも呼ばれる）は、化合物、抗体、抗体断片、または融合ポリペプチド（例えば、ＣＴＬＡ４－ＦｃまたはＬＡＧ３－ＦｃなどのＦｃ融合）、アンチセンス分子、リボザイム、またはＲＮＡｉ分子、または低分子量有機分子であってもよい。本明細書に開示の実施形態のいずれかでは、方法は、以下の免疫抑制成分のいずれか１つの１つまたは複数の阻害剤を単独でまたは任意の組合せで含む本開示の組成物を含んでいてもよい。
したがって、ある特定の実施形態では、本開示による処置方法は、ＰＤ－１阻害剤を対象に投与することをさらに含んでいてもよい。
ＰＤ－１阻害剤は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））；ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標））；イピリムマブ＋ニボルマブ（ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）＋ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））；セミプリマブ；ＩＢＩ－３０８；ニボルマブ＋リラトリマブ；ＢＣＤ－１００；カムレリズマブ；ＪＳ－００１；スパルタリズマブ；チスレリズマブ；ＡＧＥＮ－２０３４；ＢＧＢＡ－３３３＋チスレリズマブ；ＣＢＴ－５０１；ドスタルリマブ；デュルバルマブ＋ＭＥＤＩ－０６８０；ＪＮＪ－３２８３；パゾパニブ塩酸塩＋ペムブロリズマブ；ピジリズマブ；ＲＥＧＮ－１９７９＋セミプリマブ；ＡＢＢＶ－１８１；ＡＤＵＳ－１００＋スパルタリズマブ；ＡＫ－１０４；ＡＫ－１０５；ＡＭＰ－２２４；ＢＡＴ－１３０６；ＢＩ－７５４０９１；ＣＣ－９０００６；セミプリマブ＋ＲＥＧＮ－３７６７；ＣＳ－１００３；ＧＬＳ－０１０；ＬＺＭ－００９；ＭＥＤＩ－５７５２；ＭＧＤ－０１３；ＰＦ－０６８０１５９１；Ｓｙｍ－０２１；チスレリズマブ＋パミパリブ；ＸｍＡｂ－２０７１７；ＡＫ－１１２；ＡＬＰＮ－２０２；ＡＭ－０００１；アルツハイマー病に関してＰＤ－１をアンタゴナイズする抗体；ＢＨ－２９２２；ＢＨ－２９４１；ＢＨ－２９５０；ＢＨ－２９５４；固形腫瘍に関してＣＴＬＡ－４およびＰＤ－１をアンタゴナイズする生物製剤；腫瘍学に関してＰＤ－１およびＬＡＧ－３を標的とする二重特異性モノクローナル抗体；ＢＬＳＭ－１０１；ＣＢ－２０１；ＣＢ－２１３；ＣＢＴ－１０３；ＣＢＴ－１０７；細胞性免疫療法＋ＰＤ－１阻害剤；ＣＸ－１８８；ＨＡＢ－２１；ＨＥＩＳＣＯＩＩＩ－００３；ＩＫＴ－２０２；ＪＴＸ－４０１４；ＭＣＬＡ－１３４；ＭＤ－４０２；ｍＤＸ－４００；ＭＧＤ－０１９；腫瘍学に関してＰＤＣＤ１をアンタゴナイズするモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＰＤ－１をアンタゴナイズするモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＰＤ－１を阻害する腫瘍溶解性ウイルス；ＯＴ－２；ＰＤ－１アンタゴニスト＋ロペグインターフェロンアルファ－２ｂ；ＰＥＧＭＰ－７；ＰＲＳ－３３２；ＲＸＩ－７６２；ＳＴＩＡ－１１１０；ＴＳＲ－０７５；腫瘍学に関してＨＥＲ２およびＰＤ－１を標的とするワクチン；腫瘍学および自己免疫障害に関してＰＤ－１を標的とするワクチン；ＸｍＡｂ－２３１０４；腫瘍学に関してＰＤ－１を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド；ＡＴ－１６２０１；腫瘍学に関してＰＤ－１を阻害する二重特異性モノクローナル抗体；ＩＭＭ－１８０２；固形腫瘍および血液腫瘍に関してＰＤ－１およびＣＴＬＡ－４をアンタゴナイズするモノクローナル抗体；ニボルマブバイオシミラー；腫瘍学に関してＣＤ２７８およびＣＤ２８をアゴナイズし、ＰＤ－１をアンタゴナイズする組換えタンパク質；自己免疫障害および炎症性障害に関してＰＤ－１をアゴナイズする組換えタンパク質；ＳＮＡ－０１；ＳＳＩ－３６１；ＹＢＬ－００６；ＡＫ－１０３；ＪＹ－０３４；ＡＵＲ－０１２；ＢＧＢ－１０８；固形腫瘍に関してＰＤ－１、Ｇａｌ－９、およびＴＩＭ－３を阻害する薬物；ＥＮＵＭ－２４４Ｃ８；ＥＮＵＭ－３８８Ｄ４；ＭＥＤＩ－０６８０；転移性黒色腫および転移性肺がんに関してＰＤ－１をアンタゴナイズするモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＰＤ－１を阻害するモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＣＴＬＡ－４およびＰＤ－１を標的とするモノクローナル抗体；ＮＳＣＬＣに関してＰＤ－１をアンタゴナイズするモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＰＤ－１およびＴＩＭ－３を阻害するモノクローナル抗体；腫瘍学に関してＰＤ－１を阻害するモノクローナル抗体；血液悪性腫瘍および固形腫瘍に関してＰＤ－１およびＶＥＧＦ－Ａを阻害する組換えタンパク質；腫瘍学に関してＰＤ－１をアンタゴナイズする小分子；Ｓｙｍ－０１６；イネビリズマブ＋ＭＥＤＩ－０６８０；転移性黒色腫に関してＰＤＬ－１およびＩＤＯを標的とするワクチン；膠芽腫に関する抗ＰＤ－１モノクローナル抗体＋細胞性免疫療法；腫瘍学に関してＰＤ－１をアンタゴナイズする抗体；血液悪性腫瘍および細菌感染症に関してＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を阻害するモノクローナル抗体；ＨＩＶに関してＰＤ－１を阻害するモノクローナル抗体；および／または固形腫瘍に関してＰＤ－１を阻害する小分子を含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＬＡＧ５２５、ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ７０１、９Ｈ１２、ＢＭＳ－９８６０１６、またはそれらの任意の組合せなどのＬＡＧ３阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＣＴＬＡ４の阻害剤と組み合わせて使用される。ある特定の実施形態では、組成物は、イピリムマブ、トレメリムマブ、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ融合タンパク質（例えば、アバタセプト、ベラタセプト）、またはそれらの任意の組合せなど、ＣＴＬＡ４特異的抗体またはその結合性断片と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、エノブリツズマブ（ＭＧＡ２７１）、３７６．９６、または両方など、Ｂ７－Ｈ３特異的抗体またはその結合性断片と組み合わせて使用される。Ｂ７－Ｈ４抗体結合性断片は、例えば、Ｄａｎｇａｊ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ７３：４８２０， ２０１３に記載のようなｓｃＦｖまたはその融合タンパク質、ならびに米国特許第９，５７４，０００号明細書およびＰＣＴ特許公報国際公開第２０１６４０７２４号Ａ１パンフレットおよび国際公開第２０１３／０２５７７９号Ａ１パンフレットに記載のものであってもよい。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＣＤ２４４の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＢＬＴＡ、ＨＶＥＭ、ＣＤ１６０、またはそれらの任意の組合せの阻害剤と組み合わせて使用される。抗ＣＤ－１６０抗体は、例えば、ＰＣＴ公報国際公開第２０１０／０８４１５８号パンフレットに記載されている。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＴＩＭ３の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、Ｇａｌ９の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、デコイアデノシン受容体など、アデノシンシグナル伝達の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、Ａ２ａＲの阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、リリルマブ（ＢＭＳ－９８６０１５）など、ＫＩＲの阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、阻害性サイトカイン（典型的には、ＴＧＦβ以外のサイトカイン）またはＴｒｅｇ発生もしくは活性の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、レボ－１－メチルトリプトファン、エパカドスタット（ＩＮＣＢ０２４３６０；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１５：３５２０－３０， ２０１０）、エブセレン（Ｔｅｒｅｎｔｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｃｈｅｍ． ４９：５９１－６００， ２０１０）、インドキシモド、ＮＬＧ９１９（Ｍａｕｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．， Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １０４ｔｈ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ ２０１３； Ａｐｒ ６－１０， ２０１３）、１－メチル－トリプトファン（１－ＭＴ）－チラ－パザミン、またはそれらの任意の組合せなどのＩＤＯ阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、Ｎ（オメガ）－ニトロ－Ｌ－アルギニンメチルエステル（Ｌ－ＮＡＭＥ）、Ｎ－オメガ－ヒドロキシ－ノル－ｌ－アルギニン（ノル－ＮＯＨＡ）、Ｌ－ＮＯＨＡ、２（Ｓ）－アミノ－６－ボロノヘキサン酸（ＡＢＨ）、Ｓ－（２－ボロノエチル）－Ｌ－システイン（ＢＥＣ）、またはそれらの任意の組合せなどのアルギナーゼ阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＣＡ－１７０（Ｃｕｒｉｓ、Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、Ｍａｓｓ．）など、ＶＩＳＴＡの阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、例えばＣＯＭ９０２（Ｃｏｍｐｕｇｅｎ、Ｔｏｒｏｎｔｏ、Ｏｎｔａｒｉｏ Ｃａｎａｄａ）など、ＴＩＧＩＴの阻害剤、例えばＣＯＭ７０１（Ｃｏｍｐｕｇｅｎ）など、ＣＤ１５５の阻害剤、または両方と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＰＶＲＩＧ、ＰＶＲＬ２、または両方の阻害剤と組み合わせて使用される。抗ＰＶＲＩＧ抗体は、例えば、ＰＣＴ公報国際公開第２０１６／１３４３３３号パンフレットに記載されている。抗ＰＶＲＬ２抗体は、例えば、ＰＣＴ公報国際公開第２０１７／０２１５２６号パンフレットに記載されている。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＬＡＩＲ１阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、ＣＥＡＣＡＭ－５、またはそれらの任意の組合せの阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、本開示の組成物は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を増加させる（つまり、アゴニストである）薬剤と組み合わせて使用される。例えば、組成物は、以下のものと組み合わせて使用することができる：ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）アゴニスト（例えば、ウレルマブなど）、ＣＤ１３４（ＯＸ－４０）アゴニスト（例えば、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ６３８３、またはＭＥＤＩ０５６２など）、レナリドミド、ポマリドミド、ＣＤ２７アゴニスト（例えば、ＣＤＸ－１１２７など）、ＣＤ２８アゴニスト（例えば、ＴＧＮ１４１２、ＣＤ８０、またはＣＤ８６など）、ＣＤ４０アゴニスト（例えば、ＣＰ－８７０，８９３、ｒｈｕＣＤ４０Ｌ、またはＳＧＮ－４０など）、ＣＤ１２２アゴニスト（例えば、ＩＬ－２など）、ＧＩＴＲのアゴニスト（例えば、ＰＣＴ特許公報国際公開第２０１６／０５４６３８号パンフレットに記載のヒト化モノクローナル抗体など）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）のアゴニスト（例えば、ＧＳＫ３３５９６０９、ｍＡｂ８８．２、ＪＴＸ－２０１１、Ｉｃｏｓ１４５－１、Ｉｃｏｓ３１４－８、またはそれらの任意の組合せなど）。本明細書に開示の実施形態のいずれかでは、方法は、上述のもののいずれかを単独でまたは任意の組合せで含む、刺激性免疫チェックポイント分子の１つまたは複数のアゴニストと共に、本開示の組成物を投与することを含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、併用療法は、本開示の組成物と、非炎症性固形腫瘍により発現されるがん抗原に特異的な抗体もしくはその抗原結合性断片、放射線処置、外科手術、化学療法剤、サイトカイン、ＲＮＡｉ、またはそれらの任意の組合せの１つまたは複数を含む二次療法とを含む。
ある特定の実施形態では、併用療法の方法は、本開示の組成物を投与すること、および放射線処置または外科手術をさらに施すことを含む。放射線療法は、当技術分野で周知であり、ガンマ線照射などのＸ線療法、および放射性医薬品療法を含む。対象における所与のがんを処置するのに適切な外科手術および外科的技法は、当業者に周知である。
免疫抗がんまたは抗腫瘍応答の促進に有用なサイトカインとしては、本開示の組成物と共に単独でまたは任意の組合せで用いられる、例えば、ＩＦＮ－α、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＩＬ－１６、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、ＩＬ－２１、ＩＬ－２４、およびＧＭ－ＣＳＦが挙げられる。さらなる実施形態では、サイトカインは逐次的に投与されるが、ただし対象には、サイトカイン投与前に、Ｍｓｌｎ特異的組成物が少なくとも３回または４回投与されていた。ある特定の実施形態では、サイトカインは皮下投与される。一部の実施形態では、対象は、カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらの任意の組合せなどの免疫抑制療法を受けたことがあるか、またはさらに受けている。またさらなる実施形態では、治療されている対象は、非骨髄破壊的または骨髄破壊的造血細胞移植を受けたことがあり、処置は、非骨髄破壊的造血細胞移植の少なくとも２か月後～少なくとも３か月後に施されてもよい。
ある特定の実施形態では、併用療法の方法は、本開示に従って本開示の組成物を投与すること、および化学療法剤をさらに投与することを含む。化学療法剤としては、これらに限定されないが、以下のものが挙げられる：クロマチン機能の阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、微小管阻害薬、ＤＮＡ損傷剤、代謝拮抗剤（葉酸アンタゴニスト、ピリミジンアナログ、プリンアナログ、および糖修飾アナログなど）、ＤＮＡ合成阻害剤、ＤＮＡ相互作用物質（挿入剤など）、およびＤＮＡ修復阻害剤。例示的な化学療法剤としては、これらに限定されないが、以下の群が挙げられる：ピリミジンアナログ（５－フルオロウラシル、フロクスウリジン、カペシタビン、ゲムシタビン、およびシタラビン）、およびプリンアナログ、葉酸アンタゴニスト、および関連阻害剤（メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン、および２－クロロデオキシアデノシン（クラドリビン））などの代謝拮抗剤／抗がん剤；ビンカアルカロイド（ビンブラスチン、ビンクリスチン、およびビノレルビン）などの天然産物、タキサン（パクリタキセル、ドセタキセル）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロン、およびナベルビンなどの微小管破壊剤、エピジポドフィロトキシン（エトポシド、テニポシド）、ＤＮＡ損傷剤（アクチノマイシン、アムサクリン、アントラサイクリン、ブレオマイシン、ブスルファン、カンプトテシン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、シトキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ヘキサメチルメラミンオキサリプラチン、イホスファミド（ｉｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、メルファラン、メルクロレタミン（ｍｅｒｃｈｌｏｒｅｈｔａｍｉｎｅ）、マイトマイシン、ミトキサントロン、ニトロソ尿素、プリカマイシン、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、テニポシド、トリエチレンチオホスホルアミド、およびエトポシド（ＶＰ１６））を含む抗増殖剤／抗有糸分裂剤；ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、イダルビシン、アントラサイクリン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）、およびマイトマイシンなどの抗生物質；酵素（Ｌ－アスパラギンを全身性に代謝し、それら自体のアスパラギンを合成する能力を有しない細胞を欠乏させるＬ－アスパラギナーゼ）；抗血小板剤；窒素マスタード（メクロレタミン、シクロホスファミドおよびアナログ、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミンおよびメチルメラミン（ヘキサメチルメラミンおよびチオテパ）、アルキルスルホネート－ブスルファン、ニトロソ尿素（カルムスチン（ＢＣＮＵ）およびアナログ、ストレプトゾシン）、トラゼン－ダカルバジニン（ｔｒａｚｅｎｅｓ－ｄａｃａｒｂａｚｉｎｉｎｅ）（ＤＴＩＣ）などの抗増殖性／抗有糸分裂性アルキル化剤（ＤＴＩＣ）；葉酸アナログ（メトトレキセート）などの抗増殖性／抗有糸分裂性代謝拮抗剤；白金配位錯体（シスプラチン、カルボプラチン）、プロカルバジン、ヒドロキシ尿素、ミトタン、アミノグルテチミド；ホルモン、ホルモンアナログ（エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミド、ニルタミド）、およびアロマターゼ阻害剤（レトロゾール、アナストロゾール）；抗凝固剤（ヘパリン、合成ヘパリン塩、およびトロンビンの他の阻害剤）；線維素溶解剤（組織プラスミノーゲンアクチベーター、ストレプトキナーゼ、およびウロキナーゼなど）、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジン、クロピドグレル、アブシキシマブ；抗遊走剤；抗分泌剤（ブレベルジン）；免疫抑制剤（シクロスポリン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、シロリムス（ラパマイシン）、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル）；抗血管新生化合物（ＴＮＰ４７０、ゲニステイン）および成長因子阻害剤（血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）阻害剤、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）阻害剤）；アンジオテンシン受容体遮断剤；一酸化窒素ドナー；アンチセンスオリゴヌクレオチド；抗体（トラスツズマブ、リツキシマブ）；キメラ抗原受容体；細胞周期阻害剤および分化誘導剤（トレチノイン）；ｍＴＯＲ阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤（ドキソルビシン（アドリアマイシン）、アムサクリン、カンプトテシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、エニポシド（ｅｎｉｐｏｓｉｄｅ）、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、イリノテカン（ＣＰＴ－１１）、およびミトキサントロン、トポテカン、イリノテカン）、コルチコステロイド（コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルペドニソロン（ｍｅｔｈｙｌｐｅｄｎｉｓｏｌｏｎｅ）、プレドニゾン、およびプレニゾロン（ｐｒｅｎｉｓｏｌｏｎｅ））；成長因子シグナル伝達キナーゼ阻害剤；ミトコンドリア機能障害誘導剤、コレラ毒素、リシン、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）外毒素、ボルデテラ・パータシス（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）アデニル酸シクラーゼ毒素、またはジフテリア毒素などの毒素、およびカスパーゼ活性化因子；ならびにクロマチン破壊因子。
一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースのワクチンを投与することをさらに含む療法を使用してもよい（例えば、ＰＣＴ公報国際公開第２０１７／１９２９２４号を参照、そこに記載のＴ細胞ワクチン、免疫原性エンハンサー、トランスポゾン発現構築物、および関連方法は、その全体が（ｉｎ ｔｈｅｉｒ ｅｎｔｉｒｅｔｉｅｓ ｅｎｔｉｒｅｔｙ）参照により組み込まれる）。ある特定の実施形態では、ワクチン組成物（ｖａｃｃｉｎｅ ｃｏｍｐｏｉｓｔｉｏｎ）は、リポソームＲＮＡ調製物を含む（例えば、Ｋｒｅｉｔｅｒ， ｅｔ ａｌ， Ｎａｔｕｒｅ ５２０： ６９２， ２０１５を参照、そこに記載の調製物およびそれらの製造方法は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。ある特定の実施形態では、ワクチン組成物は、ペプチドでパルスした樹状細胞または他の抗原提示細胞を調製するために使用され、これは、ｅｘ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで実行することができる。
本開示はまた、抗原でパルスした抗原提示細胞を調製するための方法も提供する。一部の実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、抗原のプロセシングおよび提示に十分な条件および時間で抗原提示細胞と接触させて、（ｉ）対象と免疫適合性である抗原提示細胞の集団、および（ｉｉ）本明細書に記載のようなポリヌクレオチド、ペプチド、免疫原性組成物、および／または発現ベクターを生じさせ、それによって、本明細書に記載のようなＭｓｌｎペプチドに対する抗原特異的Ｔ細胞応答を惹起することが可能な、抗原でパルスした抗原提示細胞を得ることを含む。本方法は、Ｍｓｌｎ特異的Ｔ細胞を生成するのに十分な条件下および時間にわたって、抗原パルス抗原提示細胞を１つまたは複数の免疫適合性Ｔ細胞と接触させることをさらに含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏにおいて、このようにして決定された結合タンパク質をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを免疫細胞の集団にトランスフェクトまたは形質導入し、それによって、細胞が対象に投与されたときに、必要に応じて、Ｍｓｌｎ抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を養子移入または付与するのに有効な量で、操作されたＭｓｌｎ特異的免疫細胞の集団を得ることをさらに含む。
一部の実施形態では、免疫細胞株は、Ｈｏら（２００６ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ３１０ （１－２）： ４０－５２）を参照）により記載のように生成することができる。例えば、樹状細胞（ＤＣ）は、ＧＭ－ＣＳＦ（８００Ｕ／ｍｌ）およびＩＬ－４（１０００Ｕ／ｍｌ）を補充したＤＣ培地（ＣＥＬＬＧＥＮＩＸ（商標）、Ｆｒｅｉｂｕｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）中で２日間にわたって（－２日目～０日目）培養することにより、ＰＢＭＣのプラスチック付着画分から得ることができる。－１日目に、成熟サイトカインＴＮＦα（１１００Ｕ／ｍｌ）、ＩＬ－１β（２０００Ｕ／ｍｌ）、ＩＬ－６（１０００Ｕ／ｍｌ）、およびＰＧＥ２（１μｇ／ｍｌ）を添加してもよい。０日目に、ＤＣを回収し、洗浄し、無血清ＤＣ培地中にて２～４時間にわたってペプチド（１０μｇ／ｍｌの単一ペプチドまたは２μｇ／ｍｌのペプチドプール）でパルスしてもよい。ＣＤ８ Ｔ細胞を、抗ＣＤ８マイクロビーズ（ＭＩＬＴＥＮＹＩ ＢＩＯＴＥＣ（商標）、Ａｕｂｕｒｎ、Ｃａｌｉｆ．）を使用してＰＢＭＣから単離し、ＩＬ－２１（３０ｎｇ／ｍｌ）の存在下で１：５～１：１０のエフェクター標的（Ｅ：Ｔ）比のＤＣで刺激してもよい。３日目に、ＩＬ－２（１２．５Ｕ／ｍｌ）、ＩＬ－７（５ｎｇ／ｍｌ）、およびＩＬ－１５（５ｎｇ／ｍｌ）を添加してもよい。細胞を、ＩＬ－２１の存在下で２時間にわたってペプチドパルスした後、照射した自己ＰＢＭＣのプラスチック付着画分を抗原提示細胞（ＡＰＣ）として使用して１０日目～１４日目に再刺激してもよい。再刺激後、細胞を１日目からＩＬ－２（２５Ｕ／ｍｌ）、ＩＬ－７（５ｎｇ／ｍｌ）、およびＩＬ－１５（５ｎｇ／ｍｌ）を補充してもよい。限界希釈の細胞をプレーティングし、ＯＫＴ３（ＯＲＴＨＯ ＢＩＯＴＥＣＨ（商標）、Ｂｒｉｄｇｅｗａｔｅｒ、Ｎ．Ｊ．）でコーティングしたＴＭ－ＬＣＬおよびフィーダーとしての同種異系ＰＢＭＣを用いて拡大させることにより（ＲＥＰプロトコール）、（Ｈｏ， ｅｔ ａｌ．， ２００６ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ３１０ （１－２）： ４０－５２を参照）に記載のようにＴ細胞クローンを生成することができる。
本開示は、他の実施形態のなかでも、以下の実施形態を提供する。
一実施形態では、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲβ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含む結合タンパク質であって、（ａ）Ｖαは、配列番号３９または３７に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖβは、必要に応じて、配列番号１０１または９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、（ｂ）Ｖβは、配列番号４０または配列番号３８に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖαは、必要に応じて、配列番号１０２または１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／あるいは（ｃ）Ｖαは、配列番号３９または３７に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖβは、配列番号４０または３８に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含む結合タンパク質が存在し、該結合タンパク質は、メソテリン（Ｍｓｌｎ）ペプチド：ＨＬＡ複合体に特異的に結合することが可能である。一実施形態では、（ｉ）本明細書で開示される結合タンパク質の（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）のＶαは、配列番号１０２または１００に記載のアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただしＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有し、および／あるいは（ｉｉ）本明細書で開示される結合タンパク質の（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）のＶβは、配列番号１０１または９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただしＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する。さらに、一実施形態に記載の結合タンパク質は、（ａ）配列番号９３に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、（ｂ）配列番号９４に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、（ｃ）配列番号３９に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号９１に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、（ｅ）配列番号９２に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および（ｆ）配列番号４０に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列を含んでいてもよい。さらにその上、一実施形態に記載の結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＢＪ２－３＊０１、（ｂ）ＴＲＡＶ２１＊０１もしくはＴＲＡＶ２１＊０２、（ｃ）ＴＲＢＶ５－４＊０１、（ｄ）ＴＲＡＪ５７＊０１、および／または（ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよい。さらにその上、一実施形態に記載の結合タンパク質は、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶα、および配列番号１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶβを含んでいてもよい。一部の場合において、実施形態は、Ｖαが、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、Ｖβが、配列番号１０１に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、結合タンパク質を含んでいてもよい。さらにその上、一実施形態における結合タンパク質は、ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含んでいてもよく、ＴＣＲαは、配列番号１１０または２９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／またはＴＣＲβは、配列番号１０９または２８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態は、ＴＣＲαが、配列番号１１０または２９に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、ＴＣＲβが、配列番号１０９または２８に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、結合タンパク質を含んでいてもよい。さらなる実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）配列番号８９に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、（ｂ）配列番号９０に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、（ｃ）配列番号３７に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８７に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、（ｅ）配列番号８８に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列、および（ｆ）配列番号３８に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＢＪ１－１＊０１もしくはＴＲＢＪ２－３＊０１、（ｂ）ＴＲＡＶ４－１＊０１、（ｃ）ＴＲＡＪ１８＊０１、および／または（ｄ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含んでいてもよい。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶαを含んでいてもよく、Ｖβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号１００に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶαを含んでいてもよく、Ｖβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態において、結合タンパク質は、ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、ＴＣＲαは、配列番号１０８または２３に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／またはＴＣＲβは、配列番号１０７または２２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態において、結合タンパク質は、配列番号１０８または２３に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲαを含み、ＴＣＲβは、配列番号１０７または２２に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態では、結合タンパク質は、配列番号３２：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に特異的に結合することが可能な結合タンパク質を含み、一部のこのような例において、ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ＊２０１を含む。一部の実施形態では、配列番号３２の残基３、５、６、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、結合タンパク質によるＭｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体への結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。一部の実施形態において、結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、ペプチドは、配列番号６１に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態では、配列番号３２の残基１、５、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、結合タンパク質によるＭｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体への結合を阻止しないか、または実質的に損なわない。一部の実施形態では、結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、ペプチドは、配列番号６２に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一部の実施形態では、結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合しないかまたは特異的に結合せず、ペプチドは、配列番号６３～７７のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、ＨＬＡは、必要に応じてＨＬＡ－Ａ：０２＊０１である。
一実施形態では、結合タンパク質は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲβ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含み、（ａ）Ｖαは、配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖβは、必要に応じて、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、（ｂ）Ｖβは、配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖαは、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み；および／あるいは（ｃ）Ｖαは、配列番号３３または３５に示されるＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、Ｖβは、配列番号４０または３８に示されるＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、結合タンパク質は、メソテリン（Ｍｓｌｎ）ペプチド：ＨＬＡ複合体に特異的に結合することが可能である。一実施形態では、（ｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）のＶαは、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただしＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有し、および／または（ｉｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）のＶβは、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただしＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有するＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する。一実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）配列番号８０に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、（ｂ）配列番号８１または１１８に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、（ｃ）配列番号３３に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号７８に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、（ｅ）配列番号７９に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および（ｆ）配列番号３４に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＢＪ２－７＊０１もしくはＴＲＢＪ２－３＊０１、（ｂ）ＴＲＡＶ１－１＊０１、（ｃ）ＴＲＢＶ１２－４＊０１、（ｄ）ＴＲＡＪ３＊０１、および／または（ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶα、および配列番号９５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶβを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９６に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶα、および配列番号９５に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶβを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、ＴＣＲαは、配列番号１０４または７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／またはＴＣＲβは、配列番号１０３または６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号１０４または７に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲαを含み、ＴＣＲβは、配列番号１０３または１０６に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）配列番号８５に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、（ｂ）配列番号８６または１１９に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、（ｃ）配列番号３５に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号８２に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、（ｅ）配列番号７９に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および（ｆ）配列番号３６に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、（ａ）ＴＲＢＪ２－３＊０１、（ｂ）ＴＲＡＶ１２－３＊０１、（ｃ）ＴＲＢＶ１２－３＊０１、（ｄ）ＴＲＡＪ２９＊０１、および／または（ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１またはＴＲＢＤ２＊０２によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶα、および配列番号９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むＶβを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号９８に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶα、および配列番号９７に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶβを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、ＴＣＲαは、配列番号１０６または１５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／またはＴＣＲβは、配列番号１０５または１４に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号１０６または１５に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲα、および配列番号１０５または１４に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＴＣＲβを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、配列番号３１：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に特異的に結合することが可能であり、ＨＬＡは、必要に応じてＨＬＡ－Ａ＊２０１である。一実施形態では、結合タンパク質は、必要に応じて可溶性であるＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合断片、ｓｃＴＣＲ、またはＣＡＲであるかまたはそれを含む。一実施形態では、結合タンパク質は、ヒトであるか、ヒト化されているか、またはキメラである。一実施形態では、結合タンパク質は、ＣＤ８の非存在下で、またはＣＤ８とは独立して、メソテリン：ＨＬＡ複合体に結合することが可能である。
一実施形態では、結合タンパク質は、約９μＭ、約８μＭ、約７μＭ、約６μＭ、約５μＭ、約４μＭ、約３μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、またはそれ未満のＭｓｌｎペプチドのＥＣ５０を有する。
一実施形態では、本明細書に記載の結合タンパク質、および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む組成物が提供される。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載の結合タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、宿主細胞における発現のためにコドン最適化されており、宿主細胞は、必要に応じて、ヒト免疫系細胞であり、好ましくはＴ細胞である。また一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１～４、９～１２、１７～２０、２５、および２６のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ｉ）それぞれ配列番号１および３、（ｉｉ）それぞれ配列番号２および４、（ｉｉｉ）それぞれ配列番号９および１１、（ｉｖ）それぞれ配列番号１０および１２、（ｖ）それぞれ配列番号１７および１９；（ｖｉ）それぞれ配列番号１８および２０、または（ｖｉｉ）それぞれ配列番号２５および２６に示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する、ＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドおよびＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドと、ＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、コードされるポリペプチドは、配列番号８、１６、２４、および３０のいずれか１つに示されているアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、配列番号５、１３、２１、２７、および１２０のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する。特定の実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１２０に示されているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる。
一部の実施形態では、発現制御配列に作動可能に連結した本明細書に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクターが提供される。一部の実施形態では、発現ベクターは、宿主細胞にポリヌクレオチドを送達することが可能である。一部の実施形態では、宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。一部の実施形態では、免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、免疫系細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、発現ベクターは、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターまたはγ－レトロウイルスベクターである。
一実施形態では、組換え宿主細胞は、本明細書に記載のような結合タンパク質をコードする異種性ポリヌクレオチドおよび／または本明細書に記載のような発現ベクターを含み、組換え宿主細胞は、その細胞表面上で、コードされる結合タンパク質を発現することが可能である。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、Ｔ細胞である。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、内因性ＴＣＲをコードするＴ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞であり、異種性ポリヌクレオチドによりコードされるメソテリン特異的結合タンパク質は、内因性ＴＣＲと比較して、ＣＤ３タンパク質とより効率的に会合することが可能である。一部の実施形態では、宿主細胞が、約１０－２μＭのペプチド、約１０－１μＭのペプチド、約１μＭのペプチド、または約１０１μＭのペプチドの濃度の、コードされる結合タンパク質が結合するＭｓｌｎペプチドの存在下にある場合、Ｎｕｒ７７発現は、組換え宿主細胞において増加し、ペプチドは、必要に応じて、抗原提示細胞によって宿主細胞に提示される。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、組換え宿主細胞が、コードされる結合タンパク質が結合するメソテリンペプチドが存在しないという条件で、（ｉ）ＨＬＡ－Ｃ６：０２：０１、（ｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１ではなくＨＬＡ－Ｂ１３：０１：０１、（ｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３；（ｉｖ）ＨＬＡ－Ａ２９；（ｖ）ＨＬＡ－Ｂ４０；（ｖｉ）ＨＬＡ－Ｂ４４；（ｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ３；（ｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１６；（ｉｘ）ＨＬＡ－Ａ１；（ｘ）ＨＬＡ－２４；（ｘｉ）ＨＬＡ－Ｂ７；（ｘｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５７；（ｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ７；（ｘｉｖ）ＨＬＡ－Ａ１１；（ｘｖ）ＨＬＡ－Ｂ１５；（ｘｖｉ）ＨＬＡ－Ｃ４；（ｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１２；（ｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ４９；（ｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ５１；（ｘｘｉ）ＨＬＡ－Ｃ１５；（ｘｘｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３０；（ｘｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ６８；（ｘｘｉｖ）ＨＬＡ－Ｃ２；（ｘｘｖ）ＨＬＡ－Ａ３２；（ｘｘｖｉ）ＨＬＡ－Ａ３３；（ｘｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５５；（ｘｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１；（ｘｘｖｉｘ）ＨＬＡ－Ｃ５；（ｘｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ８；（ｘｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ３５または（ｘｘｘｉ）（ｉ）～（ｘｘｘ）の任意の組合せを発現する細胞と接触させた場合、ＩＦＮ－γを産生しないか、ならびに／または活性化および／もしくは細胞傷害活性を示さないものである。一部の実施形態では、組換え宿主細胞は、内因性ＴＣＲをコードするＴ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞を含み、異種性ポリヌクレオチドによりコードされる結合タンパク質は、内因性ＴＣＲと比較してより高い細胞表面発現を有する。
一実施形態では、本明細書に記載の組換え宿主細胞、および薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤を含む細胞組成物が提供される。
一実施形態では、有効量の本明細書に記載の組換え宿主細胞または細胞組成物を含む単位用量が提供される。
一実施形態では、対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、有効量の本明細書に記載の結合タンパク質、本明細書に記載の組換え宿主細胞、本明細書に記載の組成物、または本明細書に記載の単位用量を対象に投与することを含む、方法が提供される。一実施形態では、本方法は、対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、疾患または障害は、過剰増殖性疾患または増殖性疾患である、方法を含む。一実施形態では、本方法は、対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、疾患または障害は、がんであり、必要に応じて、がんは、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍である、方法を含む。一実施形態では、本方法は、対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、疾患または障害は、胆嚢がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんの１つである、方法を含む。一実施形態では、本方法は、対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、疾患または障害は、膵臓がん、卵巣がん、乳がん、胃がん、結腸直腸がん、中皮腫、または肺がんの１つである、方法を含む。一実施形態では、結合タンパク質、宿主細胞、組成物、または単位用量は、非経口的に、または静脈内に投与される。一実施形態では、本方法は、複数の用量の結合タンパク質、宿主細胞、組成物、または単位用量を対象に投与することを含み、必要に応じて、複数の用量は、約２～約４週間の投与間隔で投与される。一実施形態では、方法は、サイトカインを対象に投与することをさらに含む。一実施形態では、本方法は、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、またはそれらの任意の組合せを投与することを含む。一実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤、刺激性免疫チェックポイント作用物質のアゴニスト、放射線療法、抗体、抗体－薬物コンジュゲート、Ｆｃ融合タンパク質、アンチセンスヌクレオチド療法、遺伝子治療、ワクチン、外科手術、化学療法、またはそれらの任意の組合せをさらに受けているか、または受けたことがある対象を含む。
一実施形態では、本明細書に記載の結合タンパク質、本明細書に記載の組成物、本明細書に記載のポリヌクレオチド、本明細書に記載の発現ベクター、本明細書に記載の組換え宿主細胞、本明細書に記載の細胞組成物、または本明細書に記載の単位用量は、メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害の処置における使用のためのものである。
一実施形態では、本明細書に記載の結合タンパク質、本明細書に記載の組成物、本明細書に記載のポリヌクレオチド、本明細書に記載の発現ベクター、本明細書に記載の組換え宿主細胞、本明細書に記載の細胞組成物、または本明細書に記載の単位用量は、メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害の養子免疫療法における使用のためのものである。
一実施形態では、本明細書に記載の結合タンパク質、本明細書に記載の組成物、本明細書に記載のポリヌクレオチド、本明細書に記載の発現ベクター、本明細書に記載の組換え宿主細胞、本明細書に記載の細胞組成物、または本明細書に記載の単位用量は、メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害を処置するための医薬品の製造で使用するためのものである。
一実施形態では、メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害が、中皮腫、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがん、またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがんである、本明細書に記載の使用のための結合タンパク質、組成物、ポリヌクレオチド、発現ベクター、組換え宿主細胞、細胞組成物、または単位用量。
一実施形態では、メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害が、膵臓がん、卵巣がん、乳がん、胃がん、結腸直腸がん、中皮腫、または肺がんである、本明細書に記載の使用のための結合タンパク質、組成物、ポリヌクレオチド、発現ベクター、組換え宿主細胞、細胞組成物、または単位用量。
一実施形態では、配列番号３２：ＨＬＡ－Ａ：０２＊０１複合体に特異的に結合することが可能である結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、配列番号１２０に示されているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる、ポリヌクレオチドが提供される。一実施形態では、配列番号３２：ＨＬＡ－Ａ：０２＊０１複合体に特異的に結合することが可能である結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターであって、ポリヌクレオチドが、発現制御配列に作動可能に連結した配列番号１２０に示されているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる、発現ベクターが提供される。このような実施形態では、発現ベクター（ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒ， ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒ）は、宿主細胞にポリヌクレオチドを送達することが可能である。このような実施形態では、宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。このような実施形態では、発現ベクター免疫系細胞（ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒ ｉｍｍｕｎｅ ｓｙｓｔｅｍ ｃｅｌｌ）は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである。このような実施形態では、発現ベクター免疫系細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである。発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項８６～９０のいずれか一項に記載の発現ベクター。このような実施形態では、発現ベクターは、レンチウイルスベクターまたはγ－レトロウイルスベクターであるウイルスベクターである。
一実施形態では、本明細書に記載のポリヌクレオチドおよび／または本明細書に記載の発現ベクターを含む組換え宿主細胞であり、前記組換え宿主細胞が、その細胞表面上で、コードされる結合タンパク質を発現することが可能である。このような実施形態では、組換え宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。このような実施形態では、組換え宿主細胞は、免疫系細胞であり、免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである。このような実施形態では、組換え宿主細胞は、Ｔ細胞である。このような実施形態では、組換え宿主細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである。
（実施例１）
Ｍｓｌｎ２０またはＭｓｌｎ５３０に特異的なＴＣＲの同定および選択。
例示的なＭｓｌｎ２０またはＭｓｌｎ５３０に特異的なＴＣＲクローンは、それぞれ図１Ａおよび１Ｂに示され、本明細書で示されたＴＣＲ単離のための次世代シーケンシング（ＮＧＳ）ベースの方法における各ＴＣＲクローン型の富化スコアがＴ細胞頻度と比較される。ｙ軸における富化スコアは、ペプチド：ＨＬＡ四量体への結合の大きさと相関する。全てのＴＣＲを合成し、レポーターＴ細胞株および一次ＣＤ８＋ＰＢＭＣで発現されたときの機能に関して試験した。最大の機能的なアビディティを有するＴＣＲは、レシピエントのＣＤ８＋Ｔ細胞に移行したときに、取り囲まれる（ｅｎｃｉｒｃｌｅｄ）。これらのデータは、最大の機能的な活性を有すると同定されたＴＣＲが、最大規模の四量体結合を有さず、ペプチド拡大Ｔ細胞集団でまれであったことを示す。理論に縛られることはないが、これは、これらのアビディティが高い（ｈｉｇｈｌｙ ａｖｉｄ）クローン型によるＴＣＲ表面発現の減少に部分的に起因し得る。１００種より多くのＴＣＲ構築物を合成し、評価した（Ｍｓｌｎ２０＝６０種のＴＣＲを合成した；Ｍｓｌｎ５３０＝４２種のＴＣＲを合成した）。メソテリン特異的なＴ細胞株を１８人のドナーから生成した。細胞を滴定した濃度の四量体で染色し、ソートし、単一細胞ＴＣＲシーケンシングによって分析した（合計で約８回のソーティング実験）。
（実施例２）
Ｍｓｌｎ５３０ＴＣＲによる四量体結合
Ｍｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲをコードする構築物を、内因性ＴＣＲ α／β鎖が欠如したＣＤ８－Ｊｕｒｋａｔ Ｔ細胞にレンチウイルスで形質導入し（Ｊｕｒｋａｔ７６－暗い灰色のプロット）、またはＪｕｒｋａｔ７６細胞に、ＣＤ８αβを発現するように形質導入した（Ｊｕｒｋａｔ７６－ＣＤ８αβ－明るい灰色のプロット）（図２を参照）。ＴＣＲα／β鎖の非存在下で、ＣＤ３は、細胞表面で発現できない。それゆえに、ＣＤ３発現は、これらの細胞においてＴＣＲ表面発現の代用であり、ＴＣＲ表面発現に対応する四量体結合を評価することを可能にする。図２を参照すれば、ＴＣＲは、ＣＤ３発現に対応する四量体結合の順に提示され、示されたラインより上のＴＣＲは、ＣＤ８とは無関係とみなされ、これは高親和性に特徴的である。
（実施例３）
抗原特異的Ｔ細胞応答の評価
最大レベルの四量体結合を示した４つのＴＣＲを、Ｎｕｒ７７遺伝子座にノックインされたｔｄＴｏｍａｔｏ導入遺伝子を有するレポーターＪｕｒｋａｔ Ｔ細胞株を使用して、抗原特異的な機能に関して評価した。Ｔ２標的細胞を、滴定した濃度のペプチドでパルスし、図３Ａに示された通り、ＴＣＲ発現Ｔ細胞を、ｔｄＴｏｍａｔｏ発現に関して評価した。各ペプチド濃度で検出されたｔｄＴｏｍａｔｏ陽性細胞のパーセンテージをプロットし、非線形回帰によって用量応答曲線に当てはめた（図３Ｂ）。各ＴＣＲの計算したＥＣ５０をプロットし、ＴＣＲ Ｂ１１（本明細書では１１Ｂとも呼ばれる）を最もアビディティが高いＴＣＲとして同定した（図３Ｂおよび３Ｃにおける矢印を参照）。最大レベルの四量体結合を有する２つのＴＣＲ（Ａ１６およびＡ３、これらはそれぞれ１６Ａおよび３Ａとも呼ばれる）は、より低い抗原感受性を有することが見出され、これらも図３Ｂにおいて矢印で示される。
（実施例４）
Ｍｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲの機能的な評価
上位４つの四量体結合体に関して機能は四量体結合と相関していなかったため、全ての選択されたＭｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲを、抗原感受性の代用として、より低い濃度のペプチド（０．１μｍ）に応答するｔｄＴｏｍａｔｏ発現に関して評価した（図４を参照）。より低いレベルで四量体と結合した２つのＴＣＲ（Ｂ９およびＡ１１）は、抗原に応答して高レベルのｔｄＴｏｍａｔｏ発現を媒介することが見出された。図４において、これらおよび他のＴＣＲからのデータは、囲みで示され；これらは、さらなる研究のための一連のＴＣＲを含んでいた。Ｂ９およびＡ１１を含む数種のＴＣＲが、より低い四量体結合にもかかわらず、高い抗原特異的な活性を付与する。図４において、ＴＣＲは、四量体結合の順で提示される。
（実施例５）
選択されたＴＣＲの機能的な評価
図５Ａ～５Ｃを参照して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をドナーＰＢＭＣから精製し、Ｍｓｌｎ５３０またはＭｓｌｎ２０に特異的なＴＣＲでレンチウイルスにより形質導入した（これを実施例３および４に記載されるものと類似のプロセスを介して選択した）。８日後、四量体ｈｉ細胞をソートし、さらに８～１０日拡大した。形質導入したＴ細胞を四量体およびＣＤ８で染色して、純度および一様の高いレベルのＣＤ８発現を確認した。
図６Ａ～６Ｃで示されるように、Ｍｓｌｎ２０（Ａ）またはＭｓｌｎ５３０（Ｂ）に特異的なＴＣＲを形質導入したエフェクターＣＤ８＋Ｔ細胞を、ペプチドでパルスしたＴ２標的細胞と共にインキュベートし、用量依存性ＩＦＮ－γ産生を、細胞内ＩＦＮ－γのフローサイトメトリー分析によって評価した（エフェクター細胞＝ＴＣＲを形質導入した一次ＣＤ８＋Ｔ細胞（ソートした）；標的＝ペプチドでパルスしたＴ２細胞）。各ペプチド濃度で検出されたＩＦＮ－γ陽性細胞のパーセンテージをプロットし、非線形回帰によって用量応答曲線に当てはめた。各ＴＣＲの計算されたＥＣ５０をプロットした。図６Ｃにおいて、各エピトープに特異的な最もアビディティが高いＴＣＲ（それぞれ「２０－Ｂ３」および「５３０－Ｂ１１」）は、矢印で示される。
（実施例６）
ＴＣＲを形質導入したＣＤ８＋Ｔ細胞による腫瘍細胞殺滅
Ｍｓｌｎ、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１およびＭＤＡ－ＭＢ－４６８を発現する２つの腫瘍細胞株を、特異的な腫瘍細胞溶解を測定するクロム放出アッセイを使用して、滴定した比率のソートおよび精製したＭｓｌｎ特異的ＴＣＲを形質導入したＣＤ８＋Ｔ細胞によって標的化した（図７Ａ～７Ｃを参照）。ＴＣＲ Ｍｓｌｎ５３０－Ｂ１１の結果は、最大アビディティのＴＣＲの同定であり、矢印で示される。
（実施例７）
Ｍｓｌｎ２０およびＭｓｌｎ５３０ペプチドのアラニンスキャニングによるエピトープ分析
図８は、Ｍｌｓｎ標的ペプチド配列のそれぞれの連続したアミノ酸をアラニンで置き換え、ＴＣＲを形質導入したＴ細胞を、バリアントペプチドでパルスしたＨＬＡ－Ａ２＋標的細胞と共にインキュベートしたエピトープ分析アッセイを示す。図の下に、Ｍｓｌｎ２０特異的ＴＣＲによる各バリアントペプチドに応答したＩＦＮ－γ産生の代表的なデータを示す。
４つの試験したＴＣＲのそれぞれにつき各アラニンで置換したペプチドに応答したＩＦＮ－γ＋Ｔ細胞のパーセントを示すアラニンスキャンアッセイの結果は、図９Ａ～９Ｄに示される。必須の残基は、それらの１文字アミノ酸コードによって同定され、非必須の残基は、Ｘによって示される。
（実施例８）
ヒトプロテオームにおけるＭｓｌｎ５３０に相同なエピトープのための分析
Ｍｓｌｎ特異的ＴＣＲとの潜在的な交差反応性を有すると予測されたヒトペプチドを、図１０で例示されるように、ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅツールを使用して、示したＭｓｌｎ５３０特異的ＴＣＲ（Ａ１１およびＢ１１）のそれぞれの示したコンセンサスエピトープモチーフについてヒトプロテオームを検索することによって同定した。得られたペプチドを、３つの異なる予測アルゴリズム：ＳＩＴＨＰＡＴＨＩ、ＰａｎＭＨＣｎｅｔ、およびＩＥＤＢを使用して、ＨＬＡ－Ａ２結合に関して分析した。各アプローチの推奨されたカットオフは、アルゴリズムの名称の隣に、括弧内に列挙する。潜在的な交差反応するペプチドは、図の記号で示された通りであり、これらをさらなる分析のために合成した。
（実施例９）
ヒトプロテオームにおけるＭｓｌｎ５３０に潜在的な相同性を有する合成されたペプチドの分析
Ｔ２標的細胞を、Ｍｓｌｎ５３０－Ａ１１および－Ｂ１１ＴＣＲとの交差反応性について潜在性を有するペプチドでパルスし、これらのＴＣＲを発現するように形質導入したＴ細胞と共にインキュベートし、純度でソートした（図１１Ａ～１１Ｂを参照；エフェクターＴ細胞＝四量体でソートしたＴＣＲを形質導入したＣＤ８＋Ｔ細胞；標的細胞＝１０μＭのペプチドでパルスしたＴ２細胞）。潜在的な反応性を検出するために、高用量のペプチド（１０μＭ）を使用した。Ｍｓｌｎ５３０－１１ＡおよびＭｓｌｎ５３０－１１Ｂに関して、図１１ＡにＩＦＮ－γ陽性ＴＣＲを形質導入したＴ細胞のパーセンテージを示す。グラフの右側に、１０μＭの野生型Ｍｓｌｎ５３０ペプチドでの応答、および非特異的なＴ細胞活性化カクテルで得られた最大反応を示す。１つのみのペプチド（＃１０）が、１０μＭのペプチドで、ＴＣＲ Ｍｓｌｎ５３０－１１Ｂを形質導入したＴ細胞からの低いレベル（＜２０％）の応答を惹起した。図１１Ｂにおけるグラフは、生理学的なレベルでの反応性を決定するための、Ｍｓｌｎ５３０ペプチドに対するＭｓｌｎ５３０－１１Ｂを形質導入したＴ細胞の反応性と、それに対するペプチド＃１０を含むいくつかの潜在的交差反応性ペプチドの用量応答曲線を示す。パーセントＩＦＮ－γ＋データを、非線形回帰によって用量応答曲線に当てはめ、ＥＣ５０値を計算した。これをグラフの下に示す。これらのデータは、ペプチド＃１０のＭｓｌｎ５３０－１１ＢのＥＣ５０が、Ｍｓｌｎ５３０のものより３０００倍大きいことを示し、それゆえに、Ｍｓｌｎ５３０－１１Ｂは、Ｍｓｌｎ５３０に、ペプチド＃１０より一層大きい特異性を有する。
（実施例１０）
多様なドナー由来のＬＣＬを標的化することによるアロ反応性の分析
Ｍｓｌｎ２０－３ＢまたはＭｓｌｎ５３０－１１Ａもしくは－１１Ｂを発現するＴ細胞の潜在的アロ反応性を決定するために、ＴＣＲを形質導入したＴ細胞を、より一般的な対立遺伝子の多くを含む多様なＨＬＡ対立遺伝子を天然に発現する同種異系ＬＣＬと共に培養した。図１２Ａの表中に、ＬＣＬ株および対応するＨＬＡ対立遺伝子発現を列挙する。各細胞株につき（図１２Ｂ～１２Ｉ）、ＩＦＮ－γ発現のパーセンテージは、付加したＭｓｌｎ５３０ペプチド（これは、ＬＣＬ細胞株がＨＬＡ－Ａ２発現を欠く場合に、形質導入したＴ細胞によって提示される）の存在または非存在下で、Ｔ細胞およびＬＣＬ細胞を共培養した場合に示される。
図１３Ａ～１３Ｈに、多様なＬＣＬ細胞株のＴ細胞標的化のさらなる分析を示す。Ｍｓｌｎ２０－３ＢまたはＭｓｌｎ５３０－１１Ａもしくは－１１Ｂを発現するＴ細胞の潜在的アロ反応性を決定するために、ＴＣＲを形質導入したＴ細胞を、より一般的な対立遺伝子の多くを含む多様なＨＬＡ対立遺伝子を天然に発現する同種異系ＬＣＬと共に培養した。図１３Ａの表中に、ＬＣＬ株および対応するＨＬＡ対立遺伝子発現を列挙する。各細胞株につき、ＩＦＮ－γ発現のパーセンテージは、付加したＭｓｌｎ５３０ペプチド（これは、ＬＣＬ細胞株がＨＬＡ－Ａ２発現を欠く場合に、形質導入したＴ細胞によって提示される）の存在または非存在下で、標的およびエフェクター細胞を共培養した後に示される。この第２のセットのＬＣＬは、連鎖不平衡を示し、一般的に一緒に見出されるＨＬＡ－Ｃ６およびＨＬＡ－Ｂ１３を発現する数々の株を含む。これらのＬＣＬのうち数種が、Ｍｓｌｎ５３０－１１Ｂを形質導入したＴ細胞からの応答を惹起した。これらのデータは、ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１を発現する細胞のみが応答を惹起するが、ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１ではなくＨＬＡ－Ｃ６：０２：０１またはＨＬＡ－Ｂ１３：０１：０１を発現する細胞は応答を惹起しないことから、ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１が、アロ反応性対立遺伝子であることを示す。
表１は、異なる集団におけるＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１およびＨＬＡ－Ａ２：０１：０１の共発現の頻度を示す。ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１に特異的なある程度のアロ反応性を検出した。しかしながら、集団内の小さいハプロタイプ頻度を考慮すれば、これは、患者が交差反応性である対立遺伝子を呈示することはまれな事象である。
Figure 2022506781000002
上記に記載の種々の実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を提供することができる。２０１８年１１月９日に出願された米国特許仮出願第６２／７５８，３９７号明細書を含む、本明細書で言及されているおよび／または出願データシートに列挙されている米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および非特許刊行物はすべて、参照により全体が本明細書に組み込まれる。実施形態の態様は、必要な場合、種々の特許、出願、および刊行物の概念を使用して、またさらなる実施形態を提供するように改変することができる。
上記の詳細な説明に照らして、こうしたおよび他の変化を実施形態になすことができる。一般に、以下の特許請求の範囲では、使用される用語は、特許請求の範囲を、明細書および特許請求の範囲に開示されている特定の実施形態に限定するものとは解釈されるべきではなく、そのような特許請求の範囲の権利内にある均等物の完全な範囲と共にすべての考え得る実施形態を含むと解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は本開示により限定されない。

Claims (97)

  1. Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲβ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含む結合タンパク質であって、
    （ａ）前記Ｖαは、配列番号３９または３７に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、必要に応じて、配列番号１０１または９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    （ｂ）前記Ｖβは、配列番号４０または配列番号３８に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖαは、必要に応じて、配列番号１０２または１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／あるいは
    （ｃ）前記Ｖαは、配列番号３９または３７に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号４０または３８に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、
    前記結合タンパク質が、メソテリン（Ｍｓｌｎ）ペプチド：ＨＬＡ複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
  2. （ｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の前記Ｖαは、配列番号１０２または１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただし前記ＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは配列に変化がなく、配列変化を有する前記ＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有し、および／あるいは
    （ｉｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の前記Ｖβは、配列番号１０１または９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただし前記ＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは配列に変化がなく、配列変化を有する前記ＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する、請求項１に記載の結合タンパク質。
  3. （ａ）配列番号９３に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、
    （ｂ）配列番号９４に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、
    （ｃ）配列番号３９に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、
    （ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号９１に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、
    （ｅ）配列番号９２に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および
    （ｆ）配列番号４０に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列
    を含む、請求項１または２に記載の結合タンパク質。
  4. （ａ）ＴＲＢＪ２－３＊０１、
    （ｂ）ＴＲＡＶ２１＊０１もしくはＴＲＡＶ２１＊０２、
    （ｃ）ＴＲＢＶ５－４＊０１、
    （ｄ）ＴＲＡＪ５７＊０１、および／または
    （ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２
    によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  5. 前記Ｖαは、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号１０１に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  6. 前記Ｖαは、配列番号１０２に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記Ｖβは、配列番号１０１に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項５に記載の結合タンパク質。
  7. ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、前記ＴＣＲαは、配列番号１１０または２９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／または前記ＴＣＲβは、配列番号１０９または２８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１～６のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  8. 前記ＴＣＲαは、配列番号１１０または２９に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記ＴＣＲβは、配列番号１０９または２８に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項７に記載の結合タンパク質。
  9. （ａ）配列番号８９に示されているＣＤＲ１αのアミノ酸配列、
    （ｂ）配列番号９０に示されているＣＤＲ２αのアミノ酸配列、
    （ｃ）配列番号３７に示されているＣＤＲ３αのアミノ酸配列、
    （ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８７に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、
    （ｅ）配列番号８８に示されているＣＤＲ２βのアミノ酸配列、および
    （ｆ）配列番号３８に示されているＣＤＲ３βのアミノ酸配列
    を含む、請求項１または２に記載の結合タンパク質。
  10. （ａ）ＴＲＢＪ１－１＊０１もしくはＴＲＢＪ２－３＊０１、
    （ｂ）ＴＲＡＶ４－１＊０１、
    （ｃ）ＴＲＡＪ１８＊０１、および／または
    （ｄ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２
    によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１、２、または９のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  11. 前記Ｖαは、配列番号１００に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１、２、９、または１０のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  12. 前記Ｖαは、配列番号１００に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記Ｖβは、配列番号９９に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１１に記載の結合タンパク質。
  13. ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、前記ＴＣＲαは、配列番号１０８または２３に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／または前記ＴＣＲβは、配列番号１０７または２２に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１、２、または９～１２のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  14. 前記ＴＣＲαは、配列番号１０８または２３に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記ＴＣＲβは、配列番号１０７または２２に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１３に記載の結合タンパク質。
  15. 配列番号３２：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に特異的に結合することが可能である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  16. ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ＊２０１を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  17. 配列番号３２の残基３、５、６、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、前記結合タンパク質による前記Ｍｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体への結合を阻止しないか、または実質的に損なわない、請求項１５または１６に記載の結合タンパク質。
  18. 前記結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、前記ペプチドは、配列番号６１に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１５～１７のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  19. 配列番号３２の残基１、５、または９のいずれか１つまたは複数のアラニン変異誘発は、前記結合タンパク質による前記Ｍｓｌｎペプチド：ＨＬＡ複合体への結合を阻止しないか、または実質的に損なわない、請求項１５～１８のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  20. 前記結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合することが可能であり、前記ペプチドは、配列番号６２に示されているコンセンサスアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１５～１９のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  21. 前記結合タンパク質は、ペプチド：ＨＬＡ複合体に結合しないかまたは特異的に結合せず、前記ペプチドは、配列番号６３～７７のいずれか１つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記ＨＬＡは、必要に応じてＨＬＡ－Ａ：０２＊０１である、請求項１～２０のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  22. Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変ドメイン（Ｖα）およびＴＣＲβ鎖可変ドメイン（Ｖβ）を含む結合タンパク質であって、
    （ａ）前記Ｖαは、配列番号３３または３５に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、必要に応じて、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    （ｂ）前記Ｖβは、配列番号３４または３６に示されているＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖαは、必要に応じて、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／あるいは
    （ｃ）前記Ｖαは、配列番号３３または３５に示されるＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号４０または３８に示されるＣＤＲ３アミノ酸配列を含み、
    前記結合タンパク質が、メソテリン（Ｍｓｌｎ）ペプチド：ＨＬＡ複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
  23. （ｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の前記Ｖαが、配列番号９６または９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただし前記ＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有する前記ＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有し、および／あるいは
    （ｉｉ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の前記Ｖβは、配列番号９５または９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むが、ただし前記ＣＤＲの少なくとも３つまたは４つは、配列に変化がなく、配列変化を有する前記ＣＤＲは、最大でわずか２つのアミノ酸置換、最大で連続する５つのアミノ酸欠失、またはそれらの組合せを有する、請求項２２に記載の結合タンパク質。
  24. （ａ）配列番号８０に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、
    （ｂ）配列番号８１または１１８に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、
    （ｃ）配列番号３３に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、
    （ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号７８に示されているＣＤＲ１βのアミノ酸配列、
    （ｅ）配列番号７９に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および
    （ｆ）配列番号３４に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列
    を含む、請求項２２または２３に記載の結合タンパク質。
  25. （ａ）ＴＲＢＪ２－７＊０１もしくはＴＲＢＪ２－３＊０１、
    （ｂ）ＴＲＡＶ１－１＊０１、
    （ｃ）ＴＲＢＶ１２－４＊０１、
    （ｄ）ＴＲＡＪ３＊０１、および／または
    （ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２
    によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２２～２４のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  26. 前記Ｖαは、配列番号９６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号９５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２２～２５のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  27. 前記Ｖαは、配列番号９６に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記Ｖβは、配列番号９５に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項２６に記載の結合タンパク質。
  28. ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、前記ＴＣＲαは、配列番号１０４または７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／または前記ＴＣＲβは、配列番号１０３または６に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項２２～２７のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  29. 前記ＴＣＲαは、配列番号１０４または７に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記ＴＣＲβは、配列番号１０３または１０６に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項２８に記載の結合タンパク質。
  30. （ａ）配列番号８５に示されているＣＤＲ１αアミノ酸配列、
    （ｂ）配列番号８６または１１９に示されているＣＤＲ２αアミノ酸配列、
    （ｃ）配列番号３５に示されているＣＤＲ３αアミノ酸配列、
    （ｄ）配列番号８３に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、必要に応じて配列番号８４に示されている、さらに必要に応じて配列番号８２に示されているＣＤＲ１βアミノ酸配列、
    （ｅ）配列番号７９に示されているＣＤＲ２βアミノ酸配列、および
    （ｆ）配列番号３６に示されているＣＤＲ３βアミノ酸配列
    を含む、請求項２２または２３に記載の結合タンパク質。
  31. （ａ）ＴＲＢＪ２－３＊０１、
    （ｂ）ＴＲＡＶ１２－３＊０１、
    （ｃ）ＴＲＢＶ１２－３＊０１、
    （ｄ）ＴＲＡＪ２９＊０１、および／または
    （ｅ）ＴＲＢＤ１＊０１もしくはＴＲＢＤ２＊０２
    によりコードされるアミノ酸配列と少なくとも８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２２、２３、または３０のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  32. 前記Ｖαは、配列番号９８に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβは、配列番号９７に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２２、２３、３０、または３１のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  33. 前記Ｖαは、配列番号９８に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記Ｖβは、配列番号９７に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項３２に記載の結合タンパク質。
  34. ＴＣＲα鎖（ＴＣＲα）およびＴＣＲβ鎖（ＴＣＲβ）を含み、前記ＴＣＲαは、配列番号１０６または１５に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、および／または前記ＴＣＲβは、配列番号１０５または１４に示されているアミノ酸配列と少なくとも約８５％同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項２２、２３、または３０～３３のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  35. 前記ＴＣＲαは、配列番号１０６または１５に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、前記ＴＣＲβは、配列番号１０５または１４に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項３４に記載の結合タンパク質。
  36. 配列番号３１：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に特異的に結合することが可能である、請求項２２～３５のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  37. 前記ＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ＊２０１を含む、請求項２２～３５のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  38. 前記結合タンパク質は、ＴＣＲであるかまたはそれを含み、前記ＴＣＲは、必要に応じて、可溶性、ＴＣＲの抗原結合断片、ｓｃＴＣＲ、またはＣＡＲである、請求項１～３５のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  39. ヒトであるか、ヒト化されているか、またはキメラである、請求項１～３８のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  40. ＣＤ８の非存在下で、またはＣＤ８とは独立して、前記メソテリン：ＨＬＡ複合体に結合することが可能である、請求項１～３８のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  41. 約９μＭ、約８μＭ、約７μＭ、約６μＭ、約５μＭ、約４μＭ、約３μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、またはそれ未満のＭｓｌｎペプチドのＥＣ５０を有する、請求項１～４０のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
  42. 請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
  43. 請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
  44. 前記ポリヌクレオチドは、宿主細胞における発現のためにコドン最適化されており、前記宿主細胞は、必要に応じて、ヒト免疫系細胞であり、好ましくはＴ細胞である、請求項４３に記載のポリヌクレオチド。
  45. 配列番号１～４、９～１２、１７～２０、２５、および２６のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項４３または４４に記載のポリヌクレオチド。
  46. （ｉ）それぞれ配列番号１および３、
    （ｉｉ）それぞれ配列番号２および４、
    （ｉｉｉ）それぞれ配列番号９および１１、
    （ｉｖ）それぞれ配列番号１０および１２、
    （ｖ）それぞれ配列番号１７および１９、
    （ｖｉ）それぞれ配列番号１８および２０、または
    （ｖｉｉ）それぞれ配列番号２５および２６
    に示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する、ＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドおよびＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項４３～４５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  47. ＴＣＲβ鎖をコードするポリヌクレオチドと、ＴＣＲα鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項４３～４６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  48. コードされるポリペプチドは、配列番号８、１６、２４、および３０のいずれか１つに示されているアミノ酸配列を含む、請求項４７に記載のポリヌクレオチド。
  49. 前記結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドは、配列番号５、１３、２１、２７、および１２０のいずれか１つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも約５０％同一性を有する、請求項４７または４８に記載のポリヌクレオチド。
  50. 発現制御配列に作動可能に連結した請求項４３～４９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  51. 前記ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達することが可能である、請求項５０に記載の発現ベクター。
  52. 前記宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、請求項５１に記載の発現ベクター。
  53. 前記免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項５２に記載の発現ベクター。
  54. 前記Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項５３に記載の発現ベクター。
  55. ウイルスベクターである、請求項５０～５４のいずれか一項に記載の発現ベクター。
  56. 前記ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターまたはγ－レトロウイルスベクターである、請求項５５に記載の発現ベクター。
  57. 請求項４３～４９のいずれか一項に記載の異種性ポリヌクレオチドおよび／または請求項５０～５６のいずれか一項に記載の発現ベクターを含む組換え宿主細胞であって、その細胞表面上で、コードされる前記結合タンパク質を発現することが可能である組換え宿主細胞。
  58. 前記組換え宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、請求項５７に記載の組換え宿主細胞。
  59. 前記免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項５８に記載の組換え宿主細胞。
  60. 前記免疫系細胞は、Ｔ細胞である、請求項５８または５９に記載の組換え宿主細胞。
  61. 前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項６０に記載の組換え宿主細胞。
  62. 前記宿主細胞は、内因性ＴＣＲをコードするＴ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞であり、前記結合タンパク質が、前記内因性ＴＣＲと比較して、ＣＤ３タンパク質とより効率的に会合することが可能である、請求項５７～６１のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
  63. 前記宿主細胞が、約１０－２μＭのペプチド、約１０－１μＭのペプチド、約１μＭのペプチド、または約１０１μＭのペプチドの濃度の、前記結合タンパク質が結合する前記Ｍｓｌｎペプチドの存在下にある場合、前記宿主細胞におけるＮｕｒ７７発現が増加し、前記ペプチドは、必要に応じて、抗原提示細胞によって前記宿主細胞に提示される、請求項５７～６２のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
  64. 前記組換え宿主細胞が、コードされる前記結合タンパク質が結合する前記メソテリンペプチドが存在しないという条件で、
    （ｉ）ＨＬＡ－Ｃ６：０２：０１
    （ｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ１３：０２：０１ではなくＨＬＡ－Ｂ１３：０１：０１；
    （ｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３；
    （ｉｖ）ＨＬＡ－Ａ２９；
    （ｖ）ＨＬＡ－Ｂ４０；
    （ｖｉ）ＨＬＡ－Ｂ４４；
    （ｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ３；
    （ｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１６；
    （ｉｘ）ＨＬＡ－Ａ１；
    （ｘ）ＨＬＡ－２４；
    （ｘｉ）ＨＬＡ－Ｂ７；
    （ｘｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５７；
    （ｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ７；
    （ｘｉｖ）ＨＬＡ－Ａ１１；
    （ｘｖ）ＨＬＡ－Ｂ１５；
    （ｘｖｉ）ＨＬＡ－Ｃ４；
    （ｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１２；
    （ｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ８；
    （ｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ４９；
    （ｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ５１；
    （ｘｘｉ）ＨＬＡ－Ｃ１５；
    （ｘｘｉｉ）ＨＬＡ－Ａ３０；
    （ｘｘｉｉｉ）ＨＬＡ－Ａ６８；
    （ｘｘｉｖ）ＨＬＡ－Ｃ２；
    （ｘｘｖ）ＨＬＡ－Ａ３２；
    （ｘｘｖｉ）ＨＬＡ－Ａ３３；
    （ｘｘｖｉｉ）ＨＬＡ－Ｂ５５；
    （ｘｘｖｉｉｉ）ＨＬＡ－Ｃ１；
    （ｘｘｖｉｘ）ＨＬＡ－Ｃ５；
    （ｘｘｉｘ）ＨＬＡ－Ｂ８；
    （ｘｘｘ）ＨＬＡ－Ｂ３５または
    （ｘｘｘｉ）（ｉ）～（ｘｘｘ）の任意の組合せ
    を発現する細胞と接触させた場合、ＩＦＮ－γを産生しないか、ならびに／または活性化および／もしくは細胞傷害活性を示さない、請求項５７～６３のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
  65. 前記宿主細胞は、内因性ＴＣＲをコードするＴ細胞またはＮＫ－Ｔ細胞であり、前記異種性ポリヌクレオチドによりコードされる前記結合タンパク質は、前記内因性ＴＣＲと比較してより高い細胞表面発現を有する、請求項５７～６４のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
  66. 請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞、および薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤を含む細胞組成物。
  67. 請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞または請求項６６に記載の組成物を含む単位用量。
  68. 対象におけるメソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害を処置する方法であって、有効量の請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質、請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞、請求項６６に記載の組成物、または請求項６７に記載の単位用量を前記対象に投与することを含む、方法。
  69. メソテリンの発現および／または活性に関連する疾患または障害は、過剰増殖性疾患または増殖性疾患である、請求項６８に記載の方法。
  70. メソテリンの発現および／または活性に関連する前記疾患または障害は、がんである、請求項６８または６９に記載の方法。
  71. 前記がんは、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍である、請求項７０に記載の方法。
  72. 前記がんは、胆嚢がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんを含む、請求項７０または７１に記載の方法。
  73. 前記がんは、膵臓がん、卵巣がん、乳がん、胃がん、結腸直腸がん、中皮腫、または肺がんを含む、請求項７０または７１に記載の方法。
  74. 前記結合タンパク質、宿主細胞、組成物、または単位用量は、非経口的に、または静脈内に投与される、請求項６８～７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 複数の用量の前記結合タンパク質、宿主細胞、組成物、または単位用量を前記対象に投与することを含む、請求項６８～７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記複数の用量が、約２～約４週間の投与間隔で投与される、請求項７５に記載の方法。
  77. サイトカインを前記対象に投与することをさらに含む、請求項６８～７６のいずれか一項に記載の方法。
  78. 前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記対象が、免疫チェックポイント阻害剤、刺激性免疫チェックポイント作用物質のアゴニスト、放射線療法、抗体、抗体－薬物コンジュゲート、Ｆｃ融合タンパク質、アンチセンスヌクレオチド療法、遺伝子治療、ワクチン、外科手術、化学療法、またはそれらの任意の組合せをさらに受けているか、または受けたことがある、請求項７８に記載の方法。
  80. メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害の処置における使用のための、請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質、請求項４２に記載の組成物、請求項４３～４９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５０～５６のいずれか一項に記載の発現ベクター、請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞、請求項６６に記載の細胞組成物、または請求項６７に記載の単位用量。
  81. メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害の養子免疫療法における使用のための、請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質、請求項４２に記載の組成物、請求項４３～４９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５０～５６のいずれか一項に記載の発現ベクター、請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞、請求項６６に記載の細胞組成物、または請求項６７に記載の単位用量。
  82. メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる疾患または障害を処置するための医薬品の製造における使用のための、請求項１～４１のいずれか一項に記載の結合タンパク質、請求項４２に記載の組成物、請求項４３～４９のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５０～５６のいずれか一項に記載の発現ベクター、請求項５７～６５のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞、請求項６６に記載の細胞組成物、または請求項６７に記載の単位用量。
  83. メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる前記疾患または障害は、中皮腫、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、Ｍｓｌｎ２０－２８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがん、またはＭｓｌｎ５３０－５３８ペプチドを、がんの腫瘍細胞上で発現するそのがんである、請求項８０～８２のいずれか一項に記載の使用のための前記結合タンパク質、組成物、ポリヌクレオチド、発現ベクター、組換え宿主細胞、細胞組成物、または単位用量。
  84. メソテリンの発現および／または活性によって特徴付けられる前記疾患または障害が、膵臓がん、卵巣がん、乳がん、胃がん、結腸直腸がん、中皮腫、または肺がんである、請求項８０～８３のいずれか一項に記載の使用のための前記結合タンパク質、組成物、ポリヌクレオチド、発現ベクター、組換え宿主細胞、細胞組成物、または単位用量。
  85. 配列番号３２：ＨＬＡ－Ａ：０２＊０１複合体に特異的に結合することが可能である結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、配列番号１２０に示されているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる、ポリヌクレオチド。
  86. 発現制御配列に作動可能に連結した請求項８５に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  87. 宿主細胞に前記ポリヌクレオチドを送達することが可能である、請求項８６に記載の発現ベクター。
  88. 前記宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、請求項８７に記載の発現ベクター。
  89. 前記免疫系細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項８８に記載の発現ベクター。
  90. 前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項８９に記載の発現ベクター。
  91. ウイルスベクターである、請求項８６～９０のいずれか一項に記載の発現ベクター。
  92. 前記ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターまたはγ－レトロウイルスベクターである、請求項９１に記載の発現ベクター。
  93. 請求項８５に記載のポリヌクレオチドおよび／または請求項８６～９２のいずれか一項に記載の発現ベクターを含む組換え宿主細胞であって、その細胞表面上で、コードされる前記結合タンパク質を発現することが可能である組換え宿主細胞。
  94. 造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、請求項８３に記載の組換え宿主細胞。
  95. 前記免疫系細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４－ＣＤ８－二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項９４に記載の組換え宿主細胞。
  96. 前記免疫系細胞が、Ｔ細胞である、請求項９４または９５に記載の組換え宿主細胞。
  97. 前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項９６に記載の組換え宿主細胞。
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