JP2022504191A - キメラ抗原受容体(car)群 - Google Patents

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Abstract

2、3、又は4つのCAR分子からなるキメラ抗原受容体(CAR)群が開示されており、ここで、CAR群の各メンバーはそのアミノ酸配列が互いに異なり、前記群の各CAR分子は、少なくとも膜貫通ドメインと外部ドメインとを含み、外部ドメインは、1つ又は2つの抗原結合部分、及び/又はそれぞれが少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる1つ又は2つの結合部位を含み、前記群の各CAR分子の外部ドメインはその一般的なコンフォメーションで、前記群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まず、前記群の各CAR分子は少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインを含む。

Description

本発明は、2、3、又は4つのCAR分子からなるキメラ抗原受容体(CAR)群に関する。
CAR T細胞、すなわちキメラ抗原受容体(CAR)を発現するように改変されたT細胞を用いる免疫療法は、癌治療において最も有望なアプロ-チの1つである。現在まで、この治療戦略の高い可能性は、B細胞悪性腫瘍の患者において優れた臨床応答によって証明されている。しかし、この成功を他の腫瘍にさらに適用することは、現在いくつかのハ-ドルによって妨げられている(Lim and June, Cell. 2017;168(4):724; Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)。例えば、現在のCAR T細胞は、典型的にはCARによって単一の規定された腫瘍関連抗原に対して向けられている。腫瘍関連抗原は常に健康な細胞でも発現されるため、この事実は、いわゆるオンタ-ゲット/オフ腫瘍毒性、すなわち、この抗原を発現する健康な組織の破壊をもたらす。CAR改変細胞の腫瘍特異性を改良するための既存の戦略は、第2の抗原に対するキメラ共抑制又は同時刺激受容体の同時発現、あるいは第2の抗原に対する同時発現されたキメラノッチベ-スの受容体によるCAR発現の転写調節に基づいている(Roybal and Lim, Annu Rev Immunol. 2017;35:229; Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)。
国際公開第2017/180993A1号は、サルベ-ジキメラ抗原受容体システムを開示しており、
Lanitis et al. (Cancer Immunol. Res. 1 (2013), 43-53) は、シグナル伝達ドメインが解離したキメラ抗原受容体T細胞が、インビボでの毒性の可能性の低い集中した抗腫瘍活性を示すことを報告しており、
Kloss et al. (Nat. biotechnol. 31 (2012), 71-75) は、バランスの取れたシグナル伝達を伴う組合せ抗原認識(combinatorial antigen recognition)が、工学作成されたT細胞による選択的な腫瘍根絶を促進することを報告している。
国際公開第2015/075468A1号は、活性化内部ドメインを含むCARを備えたCARシステムを開示しており、
Wu et al. (Science 350 (2015), 293 and aab4077-1 to aab4077-10) は、小分子ゲートキメラ受容体を介する治療用T細胞の遠隔制御について説明しており、
Ajina et al. (Mol. cancer therap. 17 (2018), 1795-1815)は、CAR強化シグナル伝達に対処するための戦略を概説している。
本発明の目的は、所望の標的細胞を認識する際のCAR改変細胞の特異性を改良するための新規戦略を提供することである。標的細胞に対するこの改良された特異性は、標的抗原の組み合わせの特異的認識、すなわち組合せ標的抗原認識によって達成される。より具体的には、新規CARはインビボで、特にヒト患者の治療のために、副作用のリスクなしに又は少なくとも副作用が減少した状態で、適用可能であるはずである。さらなる目的は、腫瘍治療のための手段、特に腫瘍治療のための免疫療法の概念を提供することである。
発明の要約
本発明は、2、3、又は4つのキメラ抗原受容体(CAR)分子からなるCAR群に基づく組合せ標的抗原認識のためのシステムを提供し、
ここで、CAR群の各メンバーは、そのアミノ酸配列が互いに異なり、
ここで、前記群の各CAR分子は、少なくとも膜貫通ドメインと外部ドメインとを含み、外部ドメインは、1つ又は2つの抗原結合部分、及び/又はそれぞれが少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる1つ又は2つの結合部位を含み、前記群の少なくとも1つのCAR分子は内部ドメインをさらに含み、これは、少なくとも1つの免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(ITAM)を介してシグナルを伝達することができる少なくともシグナル伝達領域を含み、
ここで、前記群の各CAR分子の内部ドメインは、各CAR分子が内部ドメインを含む場合、もし細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞内側に位置し、そして前記群の各CAR分子の外部ドメインは、もし細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞外側に移動し、そして前記群の各CAR分子の膜貫通ドメインは、もし細胞内で発現されるなら、細胞膜内に位置し、
ここで、前記群の各CAR分子の外部ドメインはその一般的なコンフォメーションで、前記群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まず、
ここで、前記群の異なるCAR分子の及び異なる他のポリペプチドの抗原結合部分は、互いに共有結合していない異なる標的抗原に特異的であり、
ここで、各標的抗原に対する前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分の親和性は、1mM~100nMであり、
ここで、各標的抗原に対する他のポリペプチドの個々の抗原結合部分の親和性、あるいは各CAR分子の結合部位に対するこの他のポリペプチドの親和性は、1mM~100nMであり、
ここで、前記群の各CAR分子は、前記群の他のCAR分子との規定されたヘテロ二量体化を仲介することができる少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインを含み、ヘテロ二量体化ドメインの対のこのヘテロ二量体化は調節分子とは独立して起きるか、又は調節分子の非存在下で起きて調節分子によって低減されるか、又は調節分子によって誘導され、任意選択的に他の調節分子によって低減され、ここで、調節分子は、生理学的条件下でヘテロ二量体化ドメインの対の少なくとも1つのメンバーに結合することができ、そしてヘテロ二量体化を誘導又は低減すると、2、3、又は4つのCAR分子からなる非共有結合的に複合体化されたCAR群の形成を誘導又は低減する。
CAR群の例示的な構成の略図を示す。 CAR群の例示的な構成の略図を示す。 CAR群の例示的な構成の略図を示す。 CAR群の例示的な構成の略図を示す。 CAR群の例示的な構成の略図を示す。 CAR群の例示的な構成の略図を示す。 ヒトEGFRに対するさまざまなrcSso7dベースの抗原結合部分のKd値を示す。 システインを形成する細胞外ジスルフィド結合が、CAR群のANDゲート機能に対する結合活性効果の使用を防ぐことができることを示す。 システインを形成する細胞外ジスルフィド結合が、CAR群のANDゲート機能に対する結合活性効果の使用を防ぐことができることを示す。 scFv含有CAR分子の二量体化/オリゴマー化が、ANDゲート機能を備えたCAR群を生成するための結合活性効果の使用を妨げることを示す。 scFv含有CAR分子の二量体化/オリゴマー化が、ANDゲート機能を備えたCAR群を生成するための結合活性効果の使用を妨げることを示す。 scFv含有CAR分子の二量体化/オリゴマー化が、ANDゲート機能を備えたCAR群を生成するための結合活性効果の使用を妨げることを示す。 HER2に対するアフィボディベースのCAR群の生成と機能を示す。 HER2に対するアフィボディベースのCAR群の生成と機能を示す。 HER2に対するアフィボディベースのCAR群の生成と機能を示す。 インビボで安定的に形質導入されたT細胞内で発現されるCAR群の機能の調節を示す。 インビボ実験に使用されるCAR改変T細胞の機能的なインビトロ特性解析を示す。 インビボ実験に使用されるCAR改変T細胞の機能的なインビトロ特性解析を示す。 インビボ実験に使用されるCAR改変T細胞の機能的なインビトロ特性解析を示す。 VEGFによるCAR群の結合活性の調節を示す。 VEGFによるCAR群の結合活性の調節を示す。 EGFR及びHER2に対して向けられ、調節分子によって制御できるCAR群の機能を示す。 EGFR及びHER2に対して向けられ、調節分子によって制御できるCAR群の機能を示す。 EGFR及びHER2に対して向けられ、調節分子によって制御できるCAR群の機能を示す。 3つ又は4つのCAR分子からなるCAR群を示す。 3つ又は4つのCAR分子からなるCAR群を示す。 構成的な複合体形成のためのヘテロ二量体化ドメインを含むCAR群の機能を示す。 構成的な複合体形成のためのヘテロ二量体化ドメインを含むCAR群の機能を示す。 異なる同時刺激ドメインを含むCAR群を示す。 異なる同時刺激ドメインを含むCAR群を示す。 異なるCARシグナル伝達骨格に融合された異なるrcSso7d及びアフィボディベースの結合部分を含むCAR分子の発現を示す。 異なるCARシグナル伝達骨格に融合された異なるrcSso7d及びアフィボディベースの結合部分を含むCAR分子の発現を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。 さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。
好適な実施態様の詳細な説明
本発明の組み合わせ抗原認識の根底にある原理はCAR群であり、ここで、この群の個々のCAR分子の個々の抗原結合部分は、それらの各標的抗原に対して低い親和性しか持たないため、一価の相互作用はCAR発現細胞で弱い細胞内シグナル伝達しか引き起こさないか、又はシグナル伝達をまったく引き起こさない。それぞれが少なくとも1つの抗原結合部分を含み、さらに群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドを使用する場合、他のポリペプチドの抗原結合部分とその各標的抗原との間の相互作用か、又は他のポリペプチドと群の各CAR分子上のその結合部位との間の相互作用は、親和性が低くなければならないため、一価の相互作用は、CAR発現細胞における弱い細胞内シグナル伝達のみを誘発するか、又はシグナル伝達を全く誘発しない。ただし、異なる結合特異性を有する群の2、3、又は4つのCAR分子の非共有結合的集合は、それぞれ2つ、最大3つ、又は最大4つの異なる標的抗原と直接に又は他のポリペプチドを介して間接的に、同時に相互作用できる多価CAR複合体の形成をもたらし、ここで、前記他のポリペプチドのそれぞれは少なくとも抗原結合部分を含み、群のCAR分子に結合することができる。異なる抗原とのこの多価相互作用は、低親和性、すなわち結合活性(avidity)の相乗的増幅をもたらす。最終的に、異なる標的抗原の選択された組み合わせとのこの多価相互作用は、前記CAR群を発現する細胞において増強されたシグナル伝達を誘発する。
従って、一価ではなく多価の相互作用のみが複合体化CAR群を効率的に誘発することを確保するために、群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、1mM~100nMであり、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性、又はこの他のポリペプチドのその各CAR分子の結合部位に対する親和性は、1mM~100nMである。好適な実施態様において、群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する各親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMであり、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその各標的抗原に対する親和性、又はこの別のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMである。他の好適な実施態様において、群のCAR分子の個々の抗原結合部分の各標的抗原に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMであり、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分の各標的抗原に対する親和性、又はこの他のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMである。他の好適な実施態様において、群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する各親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMであり、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性、又はこの他のポリペプチドのその各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMである。本明細書に示される任意の親和性値は、例えば実施例欄の例1と4で行われるように、定常状態分析を使用して、Biacore T200 デバイス(GE Healthcare)を用いてpH7.4、25℃で行われる表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定される親和性を指すことに留意されたい。
すでに説明したように、本発明のANDゲート機能を有するCARを生成する基本原理は、CAR群の定義されたヘテロ二量体化、ヘテロ三量体化、又はヘテロ四量体化に見出され、その各CAR分子は異なる標的抗原の低親和性認識を仲介する。次に、標的抗原認識時の異なる結合部分の低親和性の増幅(すなわち、結合活性効果)は、効率的なCARシグナル伝達を誘発することができる。本発明の群の個々のCAR分子間の非共有結合的相互作用(群のCAR分子の2重、3重、又は4重特異的複合体を生じる)は、構成的であるか、又は調節分子の有無に依存することがある。重要なことに、例えば分子間細胞外ジスルフィド結合の形成によって仲介されるように、同一の標的抗原特異性を有するCAR分子の二量体化又はオリゴマー化は単一の抗原に対する親和性を増幅し、それにより本発明CAR群のANDゲート機能を妨害するであろう。従って、同一の標的抗原特異性を有するCAR分子のそのような二量体化又はオリゴマー化は、できる限り防止されるか、又は少なくとも生物学的に可能な限り最小化される必要がある。
本発明のCAR群の定義されたヘテロ二量体化、ヘテロ三量体化、又はヘテロ四量体化を容易にするために、CAR群の各CAR分子は、2つのCAR分子のヘテロ二量体化を仲介することができ、それにより構成的に又は条件的方法で、2、3、又は4つのCAR分子の定義された非共有結合性複合体の形成を誘導することができる少なくとも1つのドメインを含む。これは、もしCAR群の個々の分子が細胞内で同時発現され、非共有結合性複合体に組み立てられるなら、前記CAR群(任意選択的に、それぞれが少なくとも抗原結合部分を含み、群のCAR分子に結合できる1つ以上の他のポリペプチドの存在に依存する)は、非標的細胞、すなわち標的抗原のみ又は選択された標的抗原の一部のみを発現する細胞と比較して、標的細胞、すなわち2つ以上の標的抗原の選択された組み合わせを発現する細胞中に応答する、それらの細胞の活性化増強を仲介することができることを意味する。これは、非共有結合性複合体化CAR群が、いくつかの入力、すなわち異なる標的抗原への結合を、定義された出力シグナル、すなわち前記CAR群を発現する細胞の活性化に、統合できることを意味する。前記CAR群のこの能力は、いわゆる論理ANDゲート機能を表し、標的細胞(すなわち、所定の標的の組み合わせを発現する細胞)を非標的細胞(すなわち、1つの抗原のみを発現する細胞)から区別するのに驚くほど効率的であった。
ロジックANDゲート機能を備えたCARを設計するための既存の概念は、異なる標的抗原に対する個々の分子の複数の結合部分の個々の親和性の相乗的増幅を使用していない(Roybal and Lim, Annu Rev Immunol. 2017;35:229; Chen et al., Curr Opin Immunol. 2018;51:103-110; Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)。しかしながら、2つの異なる標的抗原(抗原AとB)に対する結合部分がタンデムに融合されて、すなわち連続的に連結されて単一のポリペプチド鎖にされて、従来のCAR骨格になる戦略が存在する。このようなCAR(タンデムCARと呼ばれる)は、論理ORゲート機能を仲介するように設計されており、すなわちこれらのCARは、抗原A、又は抗原B、又は両方の抗原のいずれかを発現する標的細胞に応答して、前記CARを発現する細胞中で強いシグナルを誘発する。これは、それらの結合部分が高い親和性を有するため、これらのCARが一価の相互作用でもシグナルを誘発できるという事実によるものである(Hegde et al., J Clin Invest. 2016;126(8):3036-3052; Grada et al., Mol Ther Nucleic Acids. 2013;2:e105; Zah et al., Cancer Immunol Res. 2016;4(6):498-508; De Munter et al., Int J Mol Sci. 2018 Jan 30;19(2) pii: E403)。このようなCARの例は、米国特許出願公開第20170107285A1号及び米国特許出願公開第20180111992A1号に開示されている。報告されているCARのいくつかは、ANDゲート機能も備えている(Hedge et al., J Clin Invest. 2016;126(8):3036-3052)。しかし、これらの報告されたCARのANDゲート機能は、個々の結合部分の親和性が高いため、及び現在使用されているCAR骨格の少なくとも一部が細胞内で発現すると、細胞外システイン残基間の結合間のジスルフィド結合に起因するホモダイマーを形成するため、極めて制限される。
上述したように、同一の標的抗原特異性を有するCAR分子の二量体化又は多量体化の防止又は最小化は、本発明のANDゲート機能を有するCAR群を生成するための必須の前提条件である。同一のCAR分子の二量体化又は多量体化は、同一の標的抗原特異性を有する結合部分の親和性増幅をもたらし、それにより論理ANDゲート機能に対する結合活性効果(すなわち、抗原の組み合わせの特異的認識)の使用を防止する。
このため、本発明によれば、その「一般的なコンフォメーション」(すなわち、本来は折りたたまれたコンフォメーション)の群の各CAR分子の外部ドメインは、群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まない。言い換えれば、本発明の群のCAR分子の細胞外ドメインは、分子内ジスルフィド結合(すなわち、群の所定のCAR分子内に形成される)に関与しないシステインを、天然に折りたたまれたCARのコンフォメーション中に含んではならない。例えば、本来のコンフォメーションで分子間ジスルフィド結合を(つまり、群の他のCAR分子と)形成し得るCD8αのヒンジ領域のシステインは、例えば突然変異や欠失などによって除外する必要がある。一方、CAR分子の本来のコンフォメーションで分子内ジスルフィド結合に関与している(従って、他のCAR分子との分子間結合の形成にアクセスできない)システインは、本発明のCAR群のCAR中に存在することができる。一例として、分子内ジスルフィド結合を形成する抗体断片のIgドメイン内(例えば、scFv内)のシステインは、本発明のCAR群のCAR分子中に存在することができる。例えば、scFv内のシステインは分子内ジスルフィド結合に関与しているため、分子間ジスルフィド結合には使用できず(CAR分子が、一般的な、つまり本来のコンフォメーションで存在する場合)、これにより、群のホモ二量体又はホモオリゴマーのCAR分子の形成が回避される。
さらに、現在のCARの抗原結合部分は通常、個々の分子間の可変軽鎖(VL)ドメイン及び可変重鎖(V)ドメインの分子間ヘテロ二量体化のために、オリゴマー化する傾向がある1本鎖可変断片(scFv)に基づいている(Hudson et al., J Immunol Methods. 1999; 231(1-2):177-89; Long et al., Nat Med. 2015;21(6):581-90)。この制御されていない二量体化又はオリゴマー化は、同一のCAR分子(つまり、同じ抗原特異性を有するCAR分子)間でも発生する可能性があるため、これにより、効率的なANDゲート機能が妨げられる可能性がある。従って、本発明のCAR群の個々の分子は、好ましくは、群のCAR分子の望ましくないかつ制御されていない共有結合性又は非共有結合性複合体化をもたらす可能性のあるscFvベースの抗原結合部分又は他の分子成分を含まない。
一般に、CAR分子の他のドメインによって仲介される同一のCAR分子の非共有結合性二量体化又はオリゴマー化は、本発明の効率的なANDゲート機能を妨げるであろう。従って、そのような非共有結合性二量体化又はオリゴマー化は、そのようなドメインの排除又は工学作成によって、生物学的に可能な限り防止又は少なくとも最小限に抑える必要がある。
タンデムCARと比較して、本発明のCAR群の基本設計は、異なる標的抗原のそれぞれとの効率的な相互作用のための空間的要件を最適化するための、CAR分子のリンカー及びスペ-サ-の適応を容易にする。本発明のCAR群の構成は、CAR分子と標的抗原との間の引っ張り力の形状に関して、CAR分子の最適化をさらに容易にする。これは、アクトミオシン細胞骨格による抗原認識時に生成される機械的な力が、免疫シナプスの組織化に重要な役割を果たし、T細胞の活性化と標的細胞の死滅の効率を改善することがT細胞について知られているため、有利である(Basu and Huse, Trends Cell Biol. 2017;27(4):241-254)。接着ストリップを引き剥がすのと同様に、CAR分子の結合部分を介する力の伝達の形状が、標的抗原との相互作用の安定性に影響を及ぼし、それによってCAR分子のシグナル伝達効率に影響を与えると考えられる。すなわち、タンデム-CARでは、引っ張り力は、ほとんど(又は排他的に)膜貫通ドメインに隣接する結合部分に作用するが、本発明のCAR群では、引っ張り力は、群の各CAR分子において並行して伝達され、これにより、CAR分子上の結合部分と標的抗原の間の各相互作用が全体的な引っ張り力に寄与することが確保される。最後に、CAR群の構成は、個々のCAR分子のヘテロ二量体化を条件的にするだけで、CAR群の機能の可逆的調節を任意選択的に可能にする。従って、CAR工学の最先端技術であるタンデム-CARと比較して、本発明のCAR群は、いくつかの重要な利点を提供する:(i)各結合部分のリンカー長を個別に最適化する能力、(ii)引っ張り力の伝達の改善、及び(iii)条件的二量体化、三量体化、又は四量体化によってCAR機能を調整する選択肢。
本発明のCAR群の分子設計の基本的な構成は、論理ANDゲート機能を無効にすることなく、特定の部位で変えることができる。これにより、さまざまな要求にシステムを適応させることができる。例えばCAR群は、結合活性効果を増強するために、及び/又はそれぞれ3つ又は4つの異なる抗原の存在に依存するANDゲートCAR複合体を生成するために、又は論理ORゲート機能をCAR群に組み込みむために、例えば抗原B又は抗原Cのいずれかと組み合わせて抗原Aの認識を仲介するために、2つのCAR分子からなるか、あるいは3つ又は4つのCAR分子からなり得る。すなわち、これはAND/ORゲートと見なすことができ、それは、この例では、三量体CAR群が抗原Aと(AND)B又は(OR)抗原Aと(AND)C、すなわちAと(AND)B又は(OR)C)のいずれかに応答するためである。同様に、CARの四量体群は、抗原(A又は(OR)B)と(AND)(C又は(OR)D)に、又は抗原Aと(AND)(B又は(AND)C又は(AND)D)に応答するように設計することができる。CAR群はまた、可溶性タンパク質又は小分子のいずれかに機能的に依存するように簡単に設計することもできる。
CAR機能の条件的調節のための好適な実施態様において、CAR群は、それぞれが少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる、少なくとも細胞外結合部位をそれぞれ含むCAR分子からなり得る。そのような他のポリペプチドは、それによりCAR群に属さず、群のCAR分子の結合部位に非共有結合的に直接、又は、例えば共有結合したフルオレセインイソチオシアネート(FITC)分子などの他のポリペプチドの共有結合的改変を介して間接的に、結合できる可溶性タンパク質として定義される。この好適な実施態様において、この他のポリペプチドの定義された注入は、CAR群の機能の制御を可能にする。CAR分野でよく知られており(Cho et al., Cell. 2018;173(6):1426-1438; Ma et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113(4):E450-458; Urbanska et al., Cancer Res. 2012;72(7):1844-1852)、現在臨床の場で試験されている(Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)可溶性抗原結合タンパク質を投与することによってCAR機能を調節するこの戦略は、本発明のCAR群に組み込むこともできる。この場合、原則として、低親和性結合は、必ずしも他のポリペプチドの抗原結合部分を介して起きる必要はないが、少なくとも抗原結合を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位を介してCAR分子で起きることもできる。
あるいは、本発明のCAR群の機能はまた、条件的ヘテロ二量体化、ヘテロ三量体化、又はヘテロ四量体化によって調節することができる。従って、好適な実施態様において、群の2、3、又は4つのCAR分子の非共有結合性複合体の形成は、CAR群のヘテロ二量体化ドメインの対の少なくとも1つのメンバーに生理学的条件下で結合できる1つ以上の調節分子によって誘導される。原則として、調節分子は、少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインに結合し、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーの相互作用を誘導又は低減することができる任意の分子であり得る。これらの分子は通常、小分子であるが、例えば、腫瘍のストロマに蓄積する可溶性タンパク質である場合もあり、これはしばしば、それ自体が本来ヘテロ二量体化するタンパク質である(例えばIL-12などのヘテロ二量体サイトカインのサブユニット)。
異なる細胞間でのCAR分子の架橋によるフラトリサイド(fratricide )の可能性を排除するために、ヘテロ二量体化ドメインは、好ましくはCAR群のCAR分子の内部ドメイン及び/又は膜貫通ドメイン、より好ましくは内部ドメインに組み込まれる。
細胞内でCAR群を安定して発現するために使用されるベクターの負担を減らすために、CAR群は、好ましくは3つ、特に2つのCAR分子を含む。複雑さをさらに低減するために、群の各CAR分子は、好ましくは単一の抗原結合部分のみ、又は任意選択的に他のポリペプチドが結合できる単一の細胞外結合部位のみを含み、ここで他のポリペプチドは少なくとも抗原結合部分を含む。
例えば抗原B又は(OR)抗原Cのいずれかと組み合わせて抗原Aの認識を仲介するための、ORゲート機能をCAR群に組み込むために、群のCAR分子はまた、2つの抗原結合部分、又は他のポリペプチドは結合できる2つの細胞外結合部位を含むことができ、ここで他のポリペプチドは少なくとも抗原結合部分を含む。
CAR分子の潜在的な免疫原性を低減するために、CAR群のCAR分子は、好ましくは他のポリペプチドが結合できる細胞外結合部位を含み、ここで他のポリペプチドは少なくとも抗原結合部分を含む。
CAR機能の条件的調節が必要とされない用途の場合、群のCAR分子は、調節分子の存在を必要としないヘテロ二量体化ドメインを含むことができ、構成的な複合体形成をもたらす。場合により、意図しない悪影響の場合の安全手段として、CAR分子はまた、構成的ヘテロ二量体化を仲介するヘテロ二量体化ドメインを含むことができるが、ヘテロ二量体化ドメインの解離を誘導する調節分子にさらに結合することができる。
上述したように、本発明の群のCAR分子の基本的な構成は、異なる用途のニーズに適合させることができる。細胞外から細胞内への群のCAR分子のドメインの順序は、好ましくは細胞の表面上で以下の基本的構成に一致する:抗原結合部分又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位、任意選択的に、任意の第2の抗原結合部分又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる任意の第2の結合部位の空間的最適化のためのリンカー、好ましくは空間最適化のためのヒンジ領域、及び膜貫通ドメイン。膜貫通ドメインの後に好ましくは、少なくとも1つのCAR分子において、同時刺激ドメインを含むシグナル伝達領域が続き、好ましくはこの同時刺激シグナル伝達領域又は任意選択的に膜貫通ドメインの後に、少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインが続き、さらに、少なくとも1つのCAR分子において、少なくとも1つのITAMを含むシグナル伝達領域が続き、ここで、同時刺激シグナル伝達領域とITAM含有シグナル伝達領域の順序を逆にすることができる。ITAMを含まないCAR分子は同時刺激シグナル伝達領域を欠くか、又は1つの同時刺激シグナル伝達領域を含むか、又は2つの同時刺激シグナル伝達領域を含むか、又はさらにより多くの同時刺激シグナル伝達領域を含むが、しかし、好ましくは最大2つの同時刺激シグナル伝達領域を含むか、又はより好ましくは1つのみの同時刺激シグナル伝達領域を含む。一般に、その少なくとも1つが群の各CAR分子に必須であるヘテロ二量体化ドメインは、代替的又は追加的に外部ドメイン又は膜貫通ドメインに位置することができるが、しかし好ましくは膜貫通ドメインとシグナル伝達領域との間に、及び/又は特に2つのシグナル伝達領域の間に、及び/又は特にCAR分子の細胞内末端に位置することができる。最後に、群のCAR分子の任意の2つの隣接する成分(抗原結合部分、少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、シグナル伝達領域、二量体化ドメイン)は、任意選択的にリンカーによって分離され得る。
標的抗原の異なる組み合わせに対する異なるCAR群はまた、例えば、標的抗原の喪失によって引き起こされる腫瘍の免疫回避を抑制するために、細胞内で同時刺激され得る。CAR群は、特定の細胞内の別のタンパク質と同時発現させることもできる。
1. 抗原結合部分:
本発明のCAR群での使用に適した抗原結合部分は、任意の抗原結合ポリペプチド(Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)であり得、その多種多様性は当該分野で公知である(Simeon et al., Protein Cell. 2017; Gilbreth et al., Curr Opin Struct Biol. 2012;22(4):413-420; Koide et al., ACS Chem Biol. 2009;4(5):325-334; Traxlmayr et al., J Biol Chem. 2016;291(43):22496-22508)。一方、さらに多くの非抗体結合タンパク質が報告されており(Pluuckthun, Alternative Scaffolds: Expanding the options of antibodies. In: Little M, ed. New York: Cambridge University Press; 2009:244-271; Chapman et al., Cell Chem Biol. 2016;23(5):543-553; Binz et al., Nat Biotechnol. 2005;23(10):1257-1268; Vazquez-Lombardi et al., Drug Discov Today. 2015;20(10):1271-1283)、そして実際、合成ライブラリ-の設計と選択は、抗原結合部分としても機能する可能性のある任意のタンパク質に適用できる(Pluuckthun, Alternative Scaffolds: Expanding the options of antibodies. In: Little M, ed. New York: Cambridge University Press; 2009:244-271)。
ある場合には、抗原結合部分は、1本鎖Fv(scFv)、他の抗体ベースの認識ドメイン、例えばcAb V(ラクダ科抗体可変ドメイン)及びそのヒト化バージョン、IgNAR V(サメ抗体可変ドメイン)及びそのヒト化バージョン、sdAb V(単一ドメイン抗体可変ドメイン)、又は「ラクダ化」抗体可変ドメインであり得る。ある場合には、1本鎖TCR(scTv、VaVを含む1本鎖2ドメインTCR)などのT細胞受容体(TCR)ベースの認識ドメインも使用に適している可能性がある。好ましくは、CAR群の各分子の抗原結合部分は、1つのみのタンパク質ドメイン、好ましくは、ヒト又は非ヒトのV又はVL単一ドメイン抗体(ナノボディ)、又はブドウ球菌プロテインAのZドメインに基づいて工学作成された抗原結合部分、リポカリン、SH3ドメイン、フィブロネクチンIII型(FN3)ドメイン、ノッティン、Sso7d、rcSso7d、Sac7d、Gp2、DARPin、又はユビキチン;又は、低親和性結合及び同型相互作用の欠如のために選択又は工学作成されたリガンド、受容体、又は補助受容体を含む。リガンドには、例えばサイトカイン(例えばIL-13);増殖因子(例えばヘレグリン);などが含まれる。リガンドは、リガンドの受容体結合断片(例えば、HGFのペプチド(Thayaparan et al., Oncoimmunology. 2014;14;6(12):e1363137);インテグリン結合ペプチド(例えば、配列Arg-Gly-Aspを含むペプチド))でもよい。同様に、受容体は受容体のリガンド結合断片であり得る。適切な受容体には、例えば、サイトカイン受容体(例えば、IL-13受容体;IL-2受容体);細胞接着分子(例えばCD11a(Park et al., Sci Rep. 2017;7(1):14366));PD-1が含まれる。CAR群の各分子の抗原結合部分は、好ましくはCAR分子の望ましくない凝集を引き起こさない。上記のように、群のCAR分子のそのような望ましくない二量体化又はオリゴマー化は、単一陽性の非標的細胞との多価相互作用を引き起こす可能性がある。このため、抗原結合部分は、モノクロ-ナル抗体に由来する1本鎖可変断片(scFv)ではないことが好ましい。本発明のCAR群の臨床的応用性を目的として、抗原結合部分は、好ましくはヒト単一タンパク質ドメイン(例えばフィブロネクチンIII型ドメイン(FN3)ベースのモノボディ)に由来する。
2. ヒンジ領域:
いくつかの実施態様において、群のCAR分子の外部ドメインは、抗原結合部分(又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位)と膜貫通ドメインとの間に挿入されたヒンジ領域、好ましくはCD8アルファ(UniProtKB/Swiss-Prot P01732-1によるアミノ酸配列位置138~182)、又はCD28(UniProtKB/Swiss-Prot P10747によるアミノ酸配列位置114~152)、又はPD-1(UniProtKB/Swiss-Prot Q15116によるアミノ酸配列位置146~170)に由来するヒンジ領域を含み、ここで、CD8アルファ、CD28、又はPD-1に由来する配列は、N末端及び/又はC末端が切断されて、前記配列領域の境界内で任意の長さを有することができ、CD8アルファとCD28に由来する前記ヒンジのシステイン残基は、削除されているか、又は他のアミノ酸残基によって置き換えられている。原則として、より多くの受容体の柔軟な膜アンカー及び他の部分は、群のCAR分子のヒンジ領域及び/又は膜貫通ドメインでの使用に適している(Labanieh et al., Nat Biomed Eng. 2018; 2:377-391)が、ただしこれらは、必要に応じて、本発明の二量体化を防止するために改変される。
選択された標的抗原の最適な結合のための個々の構造要件に応じて、CAR分子のヒンジ領域は、約2アミノ酸~約50アミノ酸、例えば約4アミノ酸(aa)~約10aa、約10aa~約15aa、約15aa~約20aa、約20aa~約25aa、約25aa~約30aa、約30aa~約40aa、又は約40aa~約50aaの長さを有することができる。任意選択的に、ヒンジ領域は、例えば、構造化ドメインが組み込まれている場合、50を超えるアミノ酸を含むことができる(例えば、米国特許出願公開第2018/0094044A1号に開示されているように、CAR改変細胞の濃縮を促進するためのCD34 UniProt P28906-1 aa 42~140から)。
好ましくは、他のポリペプチド、好ましくはグリシン及びグリシン-セリンポリマーも、Gly及びSerの両方が比較的構造化されておらず、従ってCAR成分間の中性テザ-として機能し得るため、ヒンジに使用することができる。グリシンは、アラニンよりもはるかにファイ-プサイ空間にアクセスし易く、より長い側鎖を有する残基よりもはるかに制限が少ない(Scheraga, Rev. Computational Chem. 1992; 11173-11142)。従って、それらの標的抗原への最適な結合のためのCAR分子を調整するために、抗原結合部分(又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位)と膜貫通ドメインとの間に挿入されるヒンジ領域は、グリシンポリマー(G)n及び/又はグリシン-セリンポリマー(GS)n、(GSGGS)n、(GGS)n、(GGGS)n、(GGGGS)nを含み、ここで、nは少なくとも1の整数である。
3. 膜貫通ドメイン:
CAR群の各分子は、真核細胞膜に挿入するための膜貫通ドメインを含む。真核生物(例えば、哺乳動物)細胞の細胞膜へのポリペプチドの挿入を提供する任意の膜貫通(TM)ドメインが使用に適している。例えば、ヒトCD8アルファのTM配列IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC(Uniprot P01732、アミノ酸(aa)183~206)を使用することができる。適切なTM配列のさらなる例には以下が含まれる:ヒトCD8ベータ由来:LGLLVAGVLVLLVSLGVAIHLCC(Uniprot P10966、aa173~195);ヒトCD4由来:ALIVLGGVAGLLLFIGLGIFFCVRC(Uniprot P01730、aa398~422);ヒトCD3ゼータ由来:LCYLLDGILFIYGVILTALFLRV(Uniprot P20963、aa31~53);ヒトCD28由来:FWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWV(Uniprot P10747、aa154~179);ヒトCD134(OX40)由来:VAAILGLGLVLGLLGPLAILLALYLL(Uniprot P43489、aa215~240);ヒトCD27由来:ILVIFSGMFLVFTLAGALFLH(Uniprot P26842、aa192~212);ヒトCD278(ICOS)由来:FWLPIGCAAFVVVCILGCILI(Uniprot Q9Y6W8、aa141~161);ヒトCD279(PD-1)由来:VGVVGGLLGSLVLLVWVLAVI(Uniprot Q15116、aa171~191);ヒトDAP12由来:GVLAGIVMGDLVLTVLIALAV(Uniprot O43914、aa41~61);及びヒトCD7由来:ALPAALAVISFLLGLGLGVACVLA(Uniprot P09564、aa178~201)。
4. 免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(ITAM):
本発明によれば、CAR群の少なくとも1つの分子は、少なくとも1つの免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(ITAM)を介してシグナルを伝達することができる内部ドメインを含む。ITAMモチーフはYXL/Iであり、ここでXとXは独立して任意のアミノ酸である。ITAMを含む内部ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、又は12を超えるITAMモチーフを含むことができる。シグナル伝達内部ドメインのITAM含有部分は、好ましくは、任意のITAM含有タンパク質に由来し、それらが由来するタンパク質全体の配列全体を含む必要はない。適切なITAM含有ポリペプチドの例には以下が含まれる:DAP12;FCER1G(Fcイプシロン受容体Iガンマ鎖);CD3D(CD3デルタ);CD3E(CD3イプシロン);CD3G(CD3ガンマ);CD3Z(CD3ゼータ);及びCD79A(抗原受容体複合体関連タンパク質アルファ鎖)。
特に好適な実施態様において、CAR群の少なくとも1つのCAR分子中の少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖(CD3Z、T細胞受容体T3ゼータ鎖、CD247、CD3-ZETA、CD3H、CD3Q、T3Z、TCRZなどとしても知られている)の細胞質ドメインに由来する。例えば、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列(2つのアイソフォーム)
MKWKALFTAAILQAQLPITEAQSFGLLDPKLCYLLDGILFIYGVILTALFLRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR (Uniprot P20963-3) 又は
MKWKALFTAAILQAQLPITEAQSFGLLDPKLCYLLDGILFIYGVILTALFLRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR (Uniprot P20963-1)(ここで、ITAMモチーフは太字でかつ下線が引かれている)のいずれかの、約50アミノ酸~約60アミノ酸(aa)、約60aa~約70aa、約70aa~約80aa、約80aa~約90aa、約90aa~約100aa、約100aa~約110aa、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、又は約150aa~約160aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長CD3ゼータミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。すなわち、適切なITAM含有ドメインは、
アミノ酸配列
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR (Uniprot P20963-3 aa52~163),
NQLYNELNLGRREEYDVLDKR (Uniprot P20963-3 aa69~89),
EGLYNELQKDKMAEAYSEIGMK(Uniprot P20963-3 aa107~128),
DGLYQGLSTATKDTYDALHMQ (Uniprot P20963-3 aa138~158)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)のいずれかと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインはまた、T細胞表面糖タンパク質CD3デルタ鎖(CD3D;CD3-DELTA;T3D;CD3抗原、デルタサブユニット;CD3デルタ;CD3d抗原、デルタポリペプチド(TiT3複合体);OKT3、デルタ鎖;T細胞受容体T3デルタ鎖;T細胞表面糖タンパク質CD3デルタ鎖などとも呼ばれる)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、以下のアミノ酸配列(2つのアイソフォーム)(Uniprot P04234-1;Uniprot P04234-2)のいずれかの、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、又は約150aa~約170aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長CD3デルタアミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列DQVYQPLRDRDDAQYSHLGGN(Uniprot P04234-1 aa146~166)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインは、T細胞表面糖タンパク質CD3イプシロン鎖(CD3e、T細胞表面抗原T3/Leu-4イプシロン鎖、T細胞表面糖タンパク質CD3イプシロン鎖、AI504783、CD3、CD3イプシロン、T3eなどとも呼ばれる)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列Uniprot P07766-1の、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、又は約150aa~約205aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長CD3イプシロンアミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列NPDYEPIRKGQRDLYSGLNQR(Uniprot P07766-1 aa185~205)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインは、T細胞表面糖タンパク質CD3ガンマ鎖(CD3G、T細胞受容体T3ガンマ鎖、CD3-GAMMA、T3G、ガンマポリペプチド(TiT3複合体)などとしても知られている)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列
MEQGKGLAVLILAIILLQGTLAQSIKGNHLVKVYDYQEDGSVLLTCDAEAKNITWFKDGKMIGFLTEDKKKWNLGSNAKDPRGMYQCKGSQNKSKPLQVYYRMCQNCIELNAATISGFLFAEIVSIFVLAVGVYFIAGQDGVRQSRASDKQTLLPNDQLYQPLKDREDDQYSHLQGNQLRRN(Uniprot P09693-1)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)の、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、又は約150aa~約180aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長CD3ガンマアミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列DQLYQPLKDREDDQYSHLQGN(Uniprot P09693-1 aa157~177)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインは、DAP12(TYROBP;TYROタンパク質チロシンキナ-ゼ結合タンパク質;KARAP;PLOSL;DNAX活性化タンパク質12;KAR関連タンパク質;TYROタンパク質チロシンキナ-ゼ結合タンパク質;キラ-活性化受容体関連タンパク質;キラ-活性化受容体関連タンパク質などとしても知られている)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、以下のアミノ酸配列(4つのアイソフォーム)(Uniprot O43914-1;Uniprot O43914-2;Uniprot O43914-3;Uniprot X6RGC9-1)のいずれかと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長DAP12アミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、ESPYQELQGQRSDVYSDLNTQ(Uniprot O43914-1 aa88~108)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインは、FCER1G(FCRG;Fcイプシロン受容体Iガンマ鎖;Fc受容体ガンマ鎖;fc-イプシロンR1-ガンマ;fcRガンマ;fceRIガンマ;高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ;免疫グロブリンE受容体、高親和性、ガンマ鎖などとしても知られている)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列
MIPAVVLLLLLLVEQAAALGEPQLCYILDAILFLYGIVLTLLYCRLKIQVRKAAITSYEKSDGVYTGLSTRNQETYETLKHEKPPQ(Uniprot P30273)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長FCER1Gアミノ酸配列のITAMモチーフ含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列DGVYTGLSTRNQETYETLKHE(Uniprot P30273 aa62~82)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
ITAM含有ドメインは、CD79A(B細胞抗原受容体複合体関連タンパク質アルファ鎖;CD79a抗原(免疫グロブリン関連アルファ);MB-1膜糖タンパク質;ig-アルファ;膜結合免疫グロブリン関連タンパク質;表面IgM関連タンパク質などとしても知られている)に由来する場合もある。例えば、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列(2つのアイソフォーム)
MPGGPGVLQALPATIFLLFLLSAVYLGPGCQALWMHKVPASLMVSLGEDAHFQCPHNSSNNANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNGTLIIQNVNKSHGGIYVCRVQEGNESYQQSCGTYLRVRQPPPRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEKLGLDAGDEYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP(Uniprot P11912-1)又は
MPGGPGVLQALPATIFLLFLLSAVYLGPGCQALWMHKVPASLMVSLGEDAHFQCPHNSSNNANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNEPPPRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEKLGLDAGDEYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP(Uniprot P11912-2)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)のいずれかの、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約150aa、約150aa~約200aa、又は約200aa~約220aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
同様に、適切なITAM含有ドメインは、完全長CD79Aアミノ酸配列のITAM含有部分を含むことができる。従って、適切なITAM含有ドメインは、アミノ酸配列ENLYEGLNLDDCSMYEDISRG(Uniprot P11912-1 aa185~205)(ここで、ITAMは太字でかつ下線が引かれている)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
従って本発明によれば、CAR群の少なくとも1つのCAR分子の内部ドメインは、少なくとも1つのITAMを含み、前記ITAMは、好ましくはCD3ゼータ、DAP12、Fc-イプシロン受容体1ガンマ鎖、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD3ガンマ、及びCD79A(抗原受容体複合体関連タンパク質アルファ鎖)から選択される。
ITAMの数はCARのシグナル伝達効率と相関するため(James, Sci Signal. 2018;11(531))、CAR群は、全部で3つのITAMを含むことが好ましく、ここで、ITAMは群の単一のCAR分子のみに限定することができる。あるいは、群のいくつかの又はすべてのCAR分子は、少なくとも1つのITAMを含むことができる。いくつかの実施態様において、群のCAR分子の異なる内部ドメインにあるITAM含有部分は同じ受容体に由来するが、他の実施態様において、群のCAR分子の異なる内部ドメインにあるITAM含有部分は、異なる受容体に由来する。いくつかの実施態様において、CAR群は、好ましくはCD3ゼータに由来するITAM含有部分を含む1つの分子のみを含む。他の実施態様において、CAR群は2つの分子からなり、両方ともCD3ゼータに由来する細胞質ドメインの一部を含む。ベクターの負荷に関して、CAR群内のITAMの総数は3~6であることが好ましい。さらにITAM含有配列は、相同組換えのリスクを最小限にするために、好ましくはヌクレオチド配列の相同性を最小限にするように選択及び/又は工学作成される。
5. 同時刺激ドメイン:
好適な実施態様において、群の少なくとも1つのCAR分子の内部ドメインは、4-1BB(CD137)、CD28、ICOS、BTLA、OX-40、CD2、CD6、CD27、CD30、CD40、GITR、及びHVEMに由来する同時刺激ドメインを含むシグナル伝達領域を含み、これにより、CAR群に含まれる同時刺激ドメインは任意選択的に、異なる同時刺激受容体から誘導することができる。
CAR群のCAR分子の同時刺激シグナル伝達領域に含めるのに適した同時刺激ドメインは、約30aa~約70aaの長さを有することができ、例えば同時刺激ドメインは、約30aa~約35aa、約35aa~約40aa、約40aa~約45aa、約45aa~約50aa、約50aa~約55aa、約55aa~約60aa、約60aa~約65aa、又は約65aa~約70aaの長さを有することができる。任意選択的に同時刺激ドメインは、約70aa~約100aa、約100aa~約200aa、又は200aaを超える長さを有することができる。
特に好適な実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質4-1BB(TNFRSF9、CD137、4-1BB、CDw137、ILAなどとしても知られている)の細胞内部分に由来する。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot Q07011 aa214~255と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
好適な実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質CD28(Tp44としても知られている)の細胞内部分に由来する。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot P10747 aa177~220と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
特に好適な実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質ICOS(AILIM、CD278、及びCVID1としても知られている)の細胞内部分に由来する。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot Q9Y6W8 aa165~199と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
好適な実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質CD27(S 152、T14、TNFRSF7、及びTp55としても知られている)の細胞内部分に由来する。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot P26842 aa212~260と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
他の実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質OX-40(TNFRSF4、RP5-902P8.3、ACT35、CD134、OX40、TXGP1Lとしても知られている)の細胞内部分に由来し得る。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot P43489 aa241~277と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
他の実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質BTLA(BTLA1及びCD272としても知られている)の細胞内部分に由来し得る。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot Q7Z6A9 aa176~289と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
他の実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質GITR(TNFRSF18、RP5-902P8.2、AITR、CD357、及びGITR-Dとしても知られている)の細胞内部分に由来し得る。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot Q9Y5U5 aa188~241と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
他の実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質HVEM(TNFRSF14、RP3-395M20.6、ATAR、CD270、HVEA、HVEM、LIGHTR、及びTR2としても知られている)の細胞内部分に由来し得る。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸配列Uniprot Q92956 aa224~283と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
他の実施態様において、CAR群の少なくとも1つの分子における同時刺激ドメインは、膜貫通タンパク質CD30(TNFRSF8、D1S166E、及びKi-1としても知られている)の細胞内部分に由来し得る。例えば、適切な同時刺激ドメインは、アミノ酸のアミノ酸配列Uniprot P28908 aa409~595の約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~約130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、約150aa~約160aa、又は約160aa~約185aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
6. リンカー:
CAR群の分子は、任意の2つの隣接するドメイン(すなわち、CAR分子の成分)間にリンカーを含むことができる。例えば、リンカーは、膜貫通ドメインとシグナル伝達領域との間に配置することができる。別の例としてリンカーは、シグナル伝達領域とヘテロ二量体化ドメインとの間に配置することができる。別の例として、リンカーを2つのヘテロ二量体化ドメインの間に配置することができる。別の例としてリンカーは、2つのシグナル伝達領域の間に配置することができる。別の例としてリンカーは、膜貫通ドメインとヘテロ二量体化ドメインとの間に配置することができる。別の例としてリンカーは、2つの抗原結合部分の間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、他のポリペプチドが結合できる2つの結合部位の間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、抗原結合部分と膜貫通ドメインとの間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、他のポリペプチドが結合できる結合部位と膜貫通ドメインとの間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、シグナル配列と抗原結合部分との間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、シグナル配列と他のポリペプチドが結合できる結合部位との間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、シグナル配列とヘテロ二量体化ドメインとの間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、ヘテロ二量体化ドメインと抗原結合部分との間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。別の例としてリンカーは、ヘテロ二量体化ドメインと他のポリペプチドが結合できる結合部位との間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。さらに別の例としてリンカーは、抗原結合部分と他のポリペプチドが結合できる結合部位との間のCAR分子の外部ドメインに配置することができる。
リンカーは、約1~約40アミノ酸の長さを含むペプチドであり得る。連結ペプチドは、適切なリンカーが好ましくは一般に柔軟なペプチドをもたらす配列を有することを考慮すると、事実上任意のアミノ酸配列を有し得る。柔軟なペプチドを作成する際には、好ましくはグリシン、セリン、アラニンなどの小さなアミノ酸が使用される。そのような配列の作成は、当業者にとって日常的である。適切なリンカーは容易に選択することができ、例えば1アミノ酸(例えば、Gly)~20アミノ酸、2アミノ酸~15アミノ酸、3アミノ酸~12アミノ酸(4アミノ酸~10アミノ酸、5アミノ酸~9アミノ酸、6アミノ酸~8アミノ酸、又は7アミノ酸~8アミノ酸を含む)などの異なる長さでもよく、1、2、3、4、5、6、又は7アミノ酸でもよい。例示的な柔軟性リンカーには、グリシンポリマー(G)n、グリシン-セリンポリマー(例えば、(GS)n、(GSGGS)n、(GGS)n、及び(GGGS)nを含み、ここで、nは少なくとも1の整数である)、又はグリシン-アラニンポリマー、アラニン-セリンポリマー、及び当技術分野で知られている他の柔軟性リンカーを含む。例示的な柔軟性リンカーには、GGSG(配列番号1)、GGSGG(配列番号2)、GSGSG(配列番号3)、GSGGG(配列番号4)、GGGSG(配列番号5)、GSSSG(配列番号6)などが含まれる。通常の当業者は、上記した任意の要素に結合されたペプチドの設計が、すべて又は部分的に柔軟性であるリンカーを含むことができ、従ってリンカーは、柔軟性リンカー、並びにより柔軟性の低い構造を与える1つ以上の部分を含むことができることを認識するであろう。
7. 追加のドメイン:
対象CAR群の分子はさらに、1つ以上の追加のポリペプチドドメインを含むことができ、そのようなドメインは、例えばシグナル配列、エピトープタグ、及び/又は検出可能なシグナルを生成するポリペプチドを含む。対象CAR群での使用に適したシグナル配列には、任意の真核生物シグナル配列、例えば天然に存在するシグナル配列、合成(例えば人工)シグナル配列などが含まれる。適切なエピトープタグには、例えば血球凝集素(HA、例えばアミノ酸配列YPYDVPDYA(配列番号7))、FLAG(例えば、アミノ酸配列DYKDDDDK(配列番号8))、c-myc(例えば、アミノ酸配列EQKLISEEDL(配列番号9))、StrepII(例えば、アミノ酸配列NWSHPQFEK(配列番号81))、ヘキサヒスチジンタグ(6×HIS、例えば、アミノ酸配列HHHHHH(配列番号82))などが含まれる。適切な検出可能なシグナル生成タンパク質には、例えば蛍光タンパク質などが含まれる。適切な蛍光タンパク質には、例えば緑色蛍光タンパク質(GFP)又はその変種、GFPの青色蛍光変種(BFP)、GFPのシアン蛍光変種(CFP)、GFPの黄色蛍光変種(YFP)、増強GFP(EGFP)、拡張CFP(ECFP)、拡張YFP(EYFP)、GFPS65T、エメラルド、トパ-ズ(TYFP)、ビ-ナス、シトリン、mシトリン、GFPuv、不安定化EGFP(dEGFP)、不安定化ECFP(dECFP)、不安定化EYFP(dEYFP)、mCFPm、セルレアン、T-サファイア、CyPet、YPet、mKO、HcRed、t-HcRed、DsRed、DsRed2、DsRed-モノマ-、J-Red、ダイマー2、t-ダイマー2(12)、mRFP1、ポシロポリン、ウミシイタケGFP、モンスタ-GFP、paGFP、楓タンパク質及びキンドリングタンパク質、フィコビリタンパク質及びフィコビリタンパク質結合体、例えばB-フィコエリトリン、R-フィコエリトリン、及びアロフィコシアニンが含まれる。蛍光タンパク質の別の例には、mハニーデュー、mバナナ、mオレンジ、dトマト、tdトマト、mタンジェリン、mストロベリー、mチェリー、mグラペル、mラズベリー、mグレープ2、mプラム(Shaner et al. (2005) Nat. Methods 2:905-909)などがある。例えば、Matz et al. (1999) Nature Biotechnol. 17:969-973 に記載されているように、花虫類からの様々な蛍光及び着色タンパク質が使用に適している。
8. ヘテロ二量体化ドメイン:
2つのCAR分子を含むCAR群の複合体化は、1つのCAR分子につき1つのヘテロ二量体化ドメインによって仲介され得る。CAR群が3つ又は4つのCAR分子を含む実施態様において、ヘテロ二量体化による三量体又は四量体の形成を促進するために、群の少なくとも1つのCAR分子は、好ましくは2つ以上のヘテロ二量体化ドメインを含む。この場合、そのCAR分子のヘテロ二量体化ドメインは、群の2つ以上の同一のCAR分子を含む複合体の形成を防ぐために、ヘテロ二量体化ドメインの異なる対のメンバーであることが優先される。CAR分子のこのような同型相互作用の防止は、同型相互作用が単一タイプの標的抗原に対して高い結合活性を生成するため、重要である。結果として、これは、単一のタイプの標的抗原に応答してCAR群による効率的なシグナル伝達をもたらし、それにより、異なる標的抗原との多価相互作用への効率的なシグナル伝達の依存性を無効にする。
本発明によれば、群のCAR分子に組み込まれたヘテロ二量体化ドメインは、構成的ヘテロ二量体化を仲介することができるか、又は調節分子によって任意選択的に調節することができる。例えば、ヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化は、調節分子の存在によって誘導又は低減することができる。ヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化はまた、構成的であり得、調節分子に依存しない可能性がある。構成的ヘテロ二量体化を仲介するドメインは当技術分野でよく知られており、例えばコイルドコイル相互作用ドメインなどの異なる用途でうまく使用されている(Thompson et al., ACS Synth Biol. 2012; 1(4):118-29; Cho et al., Cell. 2018;173(6):1426-1438)が、自然界にはさらに多くの適切なドメインが存在する。一般に、互いに結合し、CAR分子で発現することができる任意のポリペプチド対は、本発明のCAR群の2つのCAR分子の構成的ヘテロ二量体化を仲介するのに適している。以下に、リポカリン折り畳み分子(lipocalin-fold molecule)ベースのシステムについて記載される(第8.1.2章)が、これは、条件的だけでなく、構成的ヘテロ二量体化のために工学作成することもできる。コイルドコイルドメインとは対照的に、リポカリン折り畳み分子ベースのシステムは、調節分子によるヘテロ二量体化のスイッチを切るように、さらに容易に工学作成することができる。
8.1. 条件的ヘテロ二量体化のためのドメイン:
8.1.1. 核内受容体からのリガンド結合ドメインに基づくCAR分子の条件的ヘテロ二量体化:
好適な実施態様において、本発明のCAR群の少なくとも2つのCAR分子は、核内受容体からのリガンド結合ドメイン(LBD)である1つのメンバーと、共調節ペプチドである第2のメンバーとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって、ヘテロ二量体化することができる。適切な小分子(すなわち、本発明の調節分子)の結合時に核内受容体に由来するLBDは、各共調節ペプチドとヘテロ二量体化することができる。このシステムは、目的のタンパク質のヘテロ二量体化に使用することができる。LBD及び共調節ペプチドの適切な配列は、適切な調節分子とともに、例えば、米国特許出願公開第2017/0306303A1号に開示されている。適切なLBDは、様々な核内受容体のいずれか、例えばER-アルファ、ER-ベータ、PR、AR、GR、MR、RAR-アルファ、RAR-ベータ、RAR-ガンマ、TR-アルファ、TR-ベータ、VDR、EcR、RXR-アルファ、RXR-ベータ、RXR-ガンマ、PPAR-アルファ、PPAR-ベータ、PPAR-ガンマ、LXR-アルファ、LXR-ベータ、FXR、PXR、SXR、構成性アドロストラン(Adrostrane)受容体、SF-1、LRH-1、DAX-1、SHP、TLX、PNR、NGF1-B-アルファ、NGF1-B-ベータ、NGF1-B-ガンマ、ROR-アルファ、ROR-ベータ、ROR-ガンマ、ERR-アルファ、ERR-ベータ、ERR-ガンマ、GCNF、TR2/4、HNF-4、COUP-TF-アルファ、COUP-TF-ベータ、及びCOUP-TF-ガンマーカーら選択することができる。
核内受容体(核内ホルモン受容体と同義語)の略語は次のとおりである。ER:エストロゲン受容体;PR:プロゲステロン受容体;AR:アンドロゲン受容体;GR:糖質コルチコイド受容体;MR:鉱質コルチコイド受容体;RAR:レチノイン酸受容体;TR-アルファ/ベータ:甲状腺受容体;VDR:ビタミンD3受容体;EcR:エクジソン受容体;RXR:レチノイン酸X受容体;PPAR:ペルオキシソ-ム増殖因子活性化受容体;LXR:肝臓X受容体;FXR:ファルネソイドX受容体;PXR/SXR:プレグナンX受容体/ステロイド及び生体異物受容体;SF-1:ステロイド産生因子1;DAX-1:X染色体上の用量感受性性転換-副腎形成不全先天性重要領域、遺伝子1;LRH-1:肝臓受容体ホモログ1;SHP:小さなヘテロダイマーパートナー;TLX:テールレス遺伝子;PNR:光受容体特異的核内受容体;NGF1-B:神経成長因子;ROR:RAR関連オーファン受容体;ERR:エストロゲン関連受容体;GCNF:生殖細胞核因子;TR2/4:精巣受容体;HNF-4:肝細胞核因子;COUP-TF:チキンオバルブミン上流プロモーター、転写因子。
8.1.1.1. LBD:
鉱質コルチコイド受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、鉱質コルチコイド受容体(MR)のLBDであり得る。例えばある場合には、LBDは、MR(Uniprot P08235)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、MRのLBDは、アミノ酸配列(Uniprot Q9IAC6.1 aa112~359;Uniprot Q91573.1 aa365~612;Uniprot Q157N1 aa734~981;GenBank CAG11072.1 aa173~501;PDB 2AA6_A aa28~275;PDB 2AA2_A aa28~275;PDB 2A3I_A aa6~253;PDB 2OAX_A aa9~256;PDB 1Y9R_A aa8~255;PDB 2ABI_A aa9~256)のいずれかと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸の長さ、又は225アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する;例えば、248アミノ酸の長さを有する)。
例えば、MRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P08235 aa686~984と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~299アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸の長さ、又は275アミノ酸~299アミノ酸の長さを有する)。
例えば、MRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P08235 aa737~984と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸の長さ、又は225アミノ酸~250アミノ酸の長さ、例えば248アミノ酸の長さを有する)。
例えば、MRのLBDは、S810L置換を有するアミノ酸配列Uniprot P08235 aa686~984と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~299アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸の長さ、又は275アミノ酸~299アミノ酸の長さを有する)。
例えば、MRのLBDは、S810L置換を有するアミノ酸配列Uniprot P08235 aa737~984と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸の長さ、又は225アミノ酸~250アミノ酸の長さ、例えば248アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがMRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列SLTARHKILHRLLQEGSPSDI(Uniprot Q15788 aa681~701)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約21アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば共調節ペプチドは、21アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがMRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列QEAEEPSLLKKLLLAPANTQL(Uniprot Q9UBK2 aa136~156)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約21アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば共調節ペプチドは、21アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがMRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列SKVSQNPILTSLLQITGNGGS(Uniprot Q15648 aa596~616)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約21アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば共調節ペプチドは、21アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
アンドロゲン受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、アンドロゲン受容体(AR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、AR(Uniprot P10275)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、ARのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10275 aa619~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、又は275アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10275 aa690~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、又は210アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、T877A置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa619~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、又は275アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、T877A置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa690~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、又は210アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、F876L置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa619~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、又は275アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、F876L置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa690~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、又は210アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、F876L及びT877A置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa619~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、又は275アミノ酸~301アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ARのLBDは、F876L及びT877A置換を有するアミノ酸配列Uniprot P10275 aa690~919と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、又は210アミノ酸~230アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがARのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列ESKGHKKLLQLLTCSSDDR(Uniprot Q9Y6Q9 aa614~632)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約19アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、19アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
プロゲステロン受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、プロゲステロン受容体(PR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、PR(Uniprot P06401)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、PRのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q8UVY3 aa456~703;Uniprot P07812.1 aa539~786;GenBank CAQ14518.1 aa306~553;PDB 1SR7_A aa12~259;PDB 1SQN_A aa14~261;PDB 1E3K aa11~258;PDB 1A28_A aa9~256)のいずれかと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列の同一性を有し、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~250アミノ酸、例えば、248アミノ酸の長さを有する)。
例えば、PRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P06401 aa678~933と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~256アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~256アミノ酸の長さ;例えば、256アミノ酸の長さを有する)。
例えば、PRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P06401 aa686~933と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~250アミノ酸の長さ;例えば、248アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがPRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列GHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSF(Uniprot O75376 aa2251~2275)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約25アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
甲状腺ホルモン受容体ベータ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、甲状腺ホルモン受容体ベータ(TR-ベータ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、TR-ベータ(Uniprot P10828)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、TR-ベータのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q4T8V6 aa223~502;Uniprot Q90382.1 aa159~401;Uniprot P18115.2 aa170~412;Uniprot Q9PVE4.2 aa141~392;Uniprot P10828.2 aa216~458;GenBank ABS11249.1 aa179~419;NCBI REF SEQ XP_001185977.1 aa186~416;PDB 1NAV_A aa17~259;PDB 2PIN_A aa8~250;PDB 3D57_A aa22~264;PDB 1N46_A aa13~255;PDB 1BSX_A aa15~257)のいずれかと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~230アミノ酸、230アミノ酸~240アミノ酸、又は240アミノ酸~250アミノ酸の長さを有する)。
例えば、TR-ベータのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10828 aa202~461と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~260アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~260アミノ酸、例えば260アミノ酸の長さを有する)。
例えば、TR-ベータのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10828 aa216~461と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~246アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~246アミノ酸、例えば、246アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがTR-ベータのLBDである場合、対の第2のメンバーは、例えばアミノ酸配列Uniprot Q9Y6Q9 aa627~829、又はUniprot Q9Y6Q9 aa673~750、又はUniprot Q15596 aa721~1021を含むNCOA3/SRC3ポリペプチドでもよい。
エストロゲン受容体-アルファ:
好適な実施態様において、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、エストロゲン受容体アルファ(ERアルファ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、ER-アルファ(Uniprot P03372)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、ER-アルファのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot P06212.1 aa304~541;Uniprot P81559.1 aa302~539;Uniprot Q7ZU32 aa280~517;GenBank ACB10649.1 aa303~529;GenBank ABQ42696.1 aa226~468;GenBank ACC85903.1 aa141~375;PDB 1XP9_A aa4~241;PDB 1YY4_A aa1~236)のいずれかと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~240アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~230アミノ酸、230アミノ酸~235アミノ酸、又は235アミノ酸~240アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P03372 aa305~533と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約180アミノ酸~229アミノ酸の長さを有する(例えば、180アミノ酸~200アミノ酸、又は200アミノ酸~229アミノ酸、例えば、229アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P03372 aa282~595と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~314アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、275アミノ酸~300アミノ酸、又は300アミノ酸~314アミノ酸、例えば、314アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P03372 aa310~547と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~238アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~220アミノ酸、又は220アミノ酸~238アミノ酸、例えば、238アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、置換D351Yを有するアミノ酸配列Uniprot P03372 aa305~533と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約180アミノ酸~229アミノ酸の長さを有する(例えば、180アミノ酸~200アミノ酸、又は200アミノ酸~229アミノ酸、例えば、229アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、置換D351Yを有するアミノ酸配列Uniprot P03372 aa282~595と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~314アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、275アミノ酸~300アミノ酸、又は300アミノ酸~314アミノ酸、例えば、314アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-アルファのLBDは、置換D351Yを有するアミノ酸配列Uniprot P03372 aa310~547と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~238アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~220アミノ酸、又は220アミノ酸~238アミノ酸、例えば、238アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがER-アルファのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列DAFQLRQLILRGLQDD(配列番号10)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約16アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば共調節ペプチドは、16アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがER-アルファのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列SPGSREWFKDMLS(配列番号11)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約13アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば共調節ペプチドは、13アミノ酸~15アミノ酸、15アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
エストロゲン受容体-ベータ(ER-ベータ):
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、エストロゲン受容体-ベータ(ER-ベータ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、ER-ベータ(Uniprot Q92731)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、ER-ベータのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot P06212.1 aa304~541;Uniprot P81559.1 aa302~539;Uniprot Q7ZU32 aa280~517;GenBank ACB10649.1 aa303~529;GenBank ABQ42696.1 aa226~468;GenBank ACC85903.1 aa141~375;PDB 1XP9_A aa4~241;PDB 1YY4_A aa1~236)と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~243アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~230アミノ酸、230アミノ酸~235アミノ酸、又は235アミノ酸~243アミノ酸の長さを有する)。
例えば、ER-ベータのLBDは、アミノ酸配列Uniprot Q92731 aa260~502と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~243アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~230アミノ酸、230アミノ酸~235アミノ酸、又は235アミノ酸~243アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがER-ベータのLBDである場合、二量体化対の第2のメンバーは、アミノ酸配列PRQGSILYSMLTSAKQT(配列番号12)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約17アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、17アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
ペルオキシソ-ム増殖因子活性化受容体-ガンマ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、ペルオキシソ-ム増殖因子活性化受容体-ガンマ(PPAR-ガンマ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、PPAR-ガンマ(Uniprot P37231)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、PPAR-ガンマのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q4H2X4 aa176~417;Uniprot P37233.1 aa129~395;Uniprot Q7T029 aa95~435;GenBank AAL26245.1 aa95~435;NCBI REF SEQ XP_781750.1 aa137~378;NCBI REF SEQ XP 784429.2 aa219~478;NCBI REF SEQ NP_001001460.1 aa207~474;PDB 2J14_A aa17~284;PDB 1FM6_D aa4~271)の1つと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~269アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~250アミノ酸、又は250アミノ酸~269アミノ酸の長さを有する)。
例えば、PPAR-ガンマのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P37231 aa174~475と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約150アミノ酸~202アミノ酸の長さを有する(例えば、150アミノ酸~160アミノ酸、160アミノ酸~170アミノ酸、170アミノ酸~190アミノ酸、又は190アミノ酸~202アミノ酸の長さを有する)。
例えば、PPAR-ガンマのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P37231 aa181~475と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~269アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~250アミノ酸、又は250アミノ酸~269アミノ酸の長さを有する)。
例えば、PPAR-ガンマのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P37231 aa205~475とと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~269アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸の長さ、225アミノ酸~250アミノ酸、又は250アミノ酸~271アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがPPAR-ガンマのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列CCPSSHSSLTERHKILHRLLQEGSPS(Uniprot Q15788-1 aa676~700)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約25アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、25アミノ酸~28アミノ酸、28アミノ酸~29アミノ酸、29アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがPPAR-ガンマのLBDである場合、対の第2のメンバーは、アミノ酸配列PKKENNALLRYLLDRDDPSDV(配列番号13)又はPKKKENALLRYLLDKDDTKDI(Uniprot Q15596-1 aa737~757)を含む共調節ペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約21アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、21アミノ酸~23アミノ酸、23アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
糖質コルチコイド受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、糖質コルチコイド受容体(GR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot P04150-3を有するGRのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、GRのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q4RIR9 aa110~356;Uniprot P49844.1 aa530~776;NCBI REF SEQ NP_001032915.1 aa526~772;PDB 1NHZ_A 34~280;PDB 1M2Z_A aa11~257;PDB 3BQD_A aa9~255;PDB 3CLD_A aa13~259)の1つと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~247アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、225アミノ酸~230アミノ酸、230アミノ酸~240アミノ酸、又は240アミノ酸~247アミノ酸の長さを有する)。
例えば、GRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P04150-3 aa532~778と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~247アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~225アミノ酸、又は225アミノ酸~247アミノ酸、例えば247アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがGRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、例えば、アミノ酸配列Uniprot Q15788 aa1172~1441若しくはその断片、又はUniprot Q15596 aa320~1021若しくはその断片を含むNCOA2/SRC2ポリペプチドでもよい。
ビタミンD受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、ビタミンD受容体(VDR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、VDR(Uniprot P11473)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、VDRのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot O42392.1 aa147~450;NCBI REF SEQ NP_001079288.1 aa125~421;PDB 2HBH_A aa5~301;PDB 1S0Z_A aa11~262)の1つと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~310アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、275アミノ酸~300アミノ酸、又は300アミノ酸~310アミノ酸の長さを有する)。
例えば、VDRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P11473 aa124~426と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~303アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸。275アミノ酸~300アミノ酸、又は300アミノ酸~303アミノ酸の長さを有する)。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがVDRのLBDである場合、対の第2のメンバーは、例えば、アミノ酸配列Uniprot Q15788 aa1172~1441若しくはその断片、又はUniprot Q15596 aa320~1021若しくはその断片を含む、NCOA1/SRC1ポリペプチドであり得る。
例えば、ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがVDRのLBDである場合、対のもう1つのメンバーは、アミノ酸配列Uniprot Q15596 aa744~751を含むNCOA2/SRC2ポリペプチドでもよく、ここで共調節ペプチドは、約8アミノ酸~約50アミノ酸の長さを有する(例えば、共調節ペプチドは、約8アミノ酸~10アミノ酸、10アミノ酸~15アミノ酸、15アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~23アミノ酸、23アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する)。
甲状腺ホルモン受容体-アルファ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、甲状腺ホルモン受容体-アルファ(TR-アルファ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、TR-アルファ(Uniprot P10827-2)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、TR-アルファのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q4T8V6 aa223~502;Uniprot Q90382.1 aa159~401;Uniprot P18115.2 aa170~412;Uniprot Q9PVE4.2 aa141~392;Uniprot P10828.2 aa216~458;GenBank ABS11249.1 aa179~419;NCBI REF SEQ XP_001185977.1 aa186~416;PDB 1NAV_A aa17~259;PDB 2PIN_A aa8~250;PDB 3D57_A aa22~264;PDB 1N46_A aa13~255;PDB 1BSX_A aa15~257)と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~約245アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、210アミノ酸~230アミノ酸、又は230アミノ酸~245アミノ酸の長さを有する)。
例えば、TR-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10827-2 aa162~404と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~約243アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~210アミノ酸、210アミノ酸~230アミノ酸、又は230アミノ酸~243アミノ酸の長さを有する)。
TR-アルファに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
レチノイン酸受容体-ベータ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、レチノイン酸受容体-ベータ(RAR-ベータ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、RAR-ベータ(Uniprot P10826-2)のLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、RAR-ベータのLBDは、以下のアミノ酸配列(Uniprot Q4H2W2 aa400~634;Uniprot P22448.2 aa186~416;Uniprot P28699.2 aa209~439;Uniprot Q91392.2 aa176~406;NCBI REF SEQ XP_779976.2 aa134~362;NCBI REF SEQ XP_002204386.1 aa179~409;PDB 1XAP_A aa32~262;PDB 1XDK_B aa34~264;PDB 1DKF_B aa5~235)と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約180アミノ酸~約235アミノ酸の長さを有する(例えば、180アミノ酸~200アミノ酸、200アミノ酸~220アミノ酸、又は220アミノ酸~235アミノ酸の長さを有する)。
例えば、RAR-ベータのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P10826-2 aa179-409と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約180アミノ酸~約231アミノ酸の長さを有する(例えば、180アミノ酸~200アミノ酸、200アミノ酸~220アミノ酸、又は220アミノ酸~231アミノ酸の長さを有する)。
RAR-ベータの適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがRAR-ベータのLBDである場合、二量体化対のもう1つのメンバーは、例えばアミノ酸配列Uniprot Q15788 aa1172~1441若しくはその断片を含むNCOA1/SRC1ポリペプチドでもよい。
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーがRAR-ベータのLBDである場合、二量体化対のもう1つのメンバーは、例えばアミノ酸配列Uniprot Q15596 aa320~1021若しくはその断片を含むNCOA2/SRC2ポリペプチドでもよい。
ファルネソイドX受容体:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、ファルネソイドX受容体(FXR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot Q96RI1-2を有するFXRのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、FXRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot Q96RT1-2 aa237~472と少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約100アミノ酸~約136アミノ酸の長さを有する(例えば、100アミノ酸~110アミノ酸、110アミノ酸~120アミノ酸、又は120アミノ酸~136アミノ酸の長さを有する)。
FXRに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
LXR-アルファ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、肝臓X受容体-アルファ(LXR-アルファ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot Q13133-1を有するLXR-アルファのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、LXR-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot Q13133-1 aa182~447と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~約266アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~220アミノ酸、220アミノ酸~240アミノ酸、又は240アミノ酸~266アミノ酸の長さを有する)アミノ酸配列を有することができる。
LXR-アルファに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
ROR-ガンマ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、レチノイド関連オ-ファン受容体ガンマ(ROR-ガンマ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot P51449-2を有するROR-ガンマのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、ROR-ガンマのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P51449-2 aa237~497と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約200アミノ酸~約261アミノ酸の長さを有する(例えば、200アミノ酸~220アミノ酸、220アミノ酸~240アミノ酸、又は240アミノ酸~261アミノ酸の長さを有する)。
ROR-ガンマに適切な共調節ペプチドは、NCORNRペプチド(CDPASNLGLEDIIRKALMGSFDDK、Uniprot Q7Z516-1 aa2160~2182)でもよい。
ROR-ガンマに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
RXR-アルファ:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、レチノイド-X受容体-アルファ(RXR-アルファ)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot P19793-1を有するRXR-アルファのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
例えば、RXR-アルファのLBDは、アミノ酸配列Uniprot P19793-1 aa225~462と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約190アミノ酸~約238アミノ酸の長さを有する(例えば、190アミノ酸~200アミノ酸、200アミノ酸~210アミノ酸、又は210アミノ酸~238アミノ酸の長さを有する)。
RXR-アルファに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
PXR:
ある場合には、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーとして含めるのに適したLBDは、プレグナンX受容体(PXR)のLBDでもよい。例えばある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot O75469-1を有するPXRのLBDと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。ある場合には、LBDは、アミノ酸配列Uniprot O75469-1のアミノ酸配列のアミノ酸143~428と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある場合には、LBDは、Uniprot O75469-1に示されているアミノ酸配列のアミノ酸205~434と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
例えば、PXRのLBDは、アミノ酸配列Uniprot O75469-1 aa130~434と、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、そして約250アミノ酸~約302アミノ酸の長さを有する(例えば、250アミノ酸~275アミノ酸、275アミノ酸~290アミノ酸、又は290アミノ酸~302アミノ酸の長さを有する)。
PXRに適切な共調節ペプチドは、SRC1ポリペプチド又はその断片(例えば、SRC1ポリペプチド由来の8アミノ酸~50アミノ酸の長さのペプチド)でもよい。
8.1.1.2. 共調節ポリペプチド:
適切な共調節ポリペプチドには、完全長の天然に存在する核ホルモン共調節ポリペプチドが含まれる。適切な共調節ポリペプチドには、天然に存在する核ホルモン共調節ポリペプチドの断片が含まれる。適切な共調節ポリペプチドには、合成又は組換え核ホルモン共調節ポリペプチドが含まれる。
適切な共調節ポリペプチドは、8アミノ酸~2000アミノ酸の長さを有することができる。適切な共調節ポリペプチドは、8アミノ酸~50アミノ酸の長さ、例えば8アミノ酸~10アミノ酸、10アミノ酸~15アミノ酸、15アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有することができる。適切な共調節ポリペプチドは、50アミノ酸~100アミノ酸の長さ、例えば50アミノ酸~60アミノ酸、60アミノ酸~70アミノ酸、70アミノ酸~80アミノ酸、80アミノ酸~90アミノ酸、又は90アミノ酸~100アミノ酸の長さを有することができる。適切な共調節ポリペプチドは、100アミノ酸~200アミノ酸、200アミノ酸~300アミノ酸、300アミノ酸~400アミノ酸、400アミノ酸~500アミノ酸、500アミノ酸~600アミノ酸、600アミノ酸~700アミノ酸、700アミノ酸~800アミノ酸、800アミノ酸~900アミノ酸、又は900アミノ酸~1000アミノ酸の長さを有することができる。適切な共調節ポリペプチドは、1000アミノ酸~2000アミノ酸の長さを有することができる。
適切な共調節ペプチドには、ステロイド受容体コアクチベータ-(SRC)-1、SRC-2、SRC-3、TRAP220-1、TRAP220-2、NR0B1、NRIP1、CoRNRボックス、アルファ-ベータV、TIF1、TIF2、EA2、TA1、EAB1、SRC1-1、SRC1-2、SRC1-3、SRC1-4a、SRC1-4b、GRIP1-1、GRIP1-2、GRIP1-3、AIB1-1、AIB1-2、AIB1-3、PGC1a、PGC1b、PRC、ASC2-1、ASC2-2、CBP-1、CBP-2、P300、CIA、ARA70-1、ARA70-2、NSD1、SMAP、Tip60、ERAP140、Nix1、LCoR、CoRNR1(N-CoR)、CoRNR2、SMRT、RIP140-C、RIP140-1、RIP140-2、RIP140-3、RIP140-4、RIP140-5、RIP140-6、RIP140-7、RIP140-8、RIP140-9、PRIC285-1、PRIC285-2、PRIC285-3、PRIC285-4、及びPRIC285-5が含まれる。
各LBD二量体化パートナーとのヘテロ二量体化に適した共調節ポリペプチドは、好ましくは、8アミノ酸~10アミノ酸、10アミノ酸~15アミノ酸、15アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有し;好ましくは、以下のアミノ酸配列の8~50の連続するアミノ酸のストレッチと、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有する:SRC1(Uniprot Q15788-1)、SRC2(Uniprot Q15596-1)、SRC3(Uniprot Q9Y6Q9-5)、PGC1a(Uniprot Q9UBK2-1)、PGC1b(Uniprot Q86YN6-1)、PPRC-1(Uniprot Q5VV67-1)、TRAP220(Uniprot Q15648-1)、NCOA6(Uniprot Q14686-1)、CREBBP(Uniprot Q92793-1)、EP300(Uniprot Q09472-1)、NCOA5(Uniprot Q9HCD5-1)、NCOA4(Uniprot Q13772-1)、TRIM24(Uniprot O15164-2)、NSD1(Uniprot Q96L73-1)、BRD8(Uniprot Q9H0E9-2)、KAT5(Uniprot Q92993-1)、NCOA7(Uniprot Q8NI08-1)、Nix1(Uniprot Q9BQI9-1)、LCoR(Uniprot Q96JN0-1)、N-CoR(Uniprot O75376-1)、NCOR2(Uniprot Q9Y618-1)、RIP140(Uniprot P48552-1)、PRIC285(Uniprot Q9BYK8-2)。
好適な実施態様において、適切な共調節ペプチドは、LXXLLモチーフを含み、ここでXは任意のアミノ酸であり、ここで共調節ペプチドは、8アミノ酸~50アミノ酸、例えば8アミノ酸~10アミノ酸、10アミノ酸~12アミノ酸、12アミノ酸~15アミノ酸、15アミノ酸~20アミノ酸、20アミノ酸~25アミノ酸、25アミノ酸~30アミノ酸、30アミノ酸~35アミノ酸、35アミノ酸~40アミノ酸、40アミノ酸~45アミノ酸酸、又は45アミノ酸~50アミノ酸の長さを有する。
適切な共調節ペプチドの例は以下のとおりである:SRC1:Uniprot Q15788-1 aa676~700)CPSSHSSLTERHKILHRLLQEGSPS;SRC1-2:(Uniprot Q15788-1 aa682~702;SNP rs1049021 E685A)SLTARHKILHRLLQEGSPSDI;SRC3-1:(Uniprot Q9Y6Q9-5 aa614~632)ESKGHKKLLQLLTCSSDDR;SRC3:(配列番号13)PKKENNALLRYLLDRDDPSDV;PGC-1:(Uniprot Q9UBK2-1 aa138~154)AEEPSLLKKLLLAPANT;PGC1a:(Uniprot Q9UBK2-1 aa136~156)QEAEEPSLLKKLLLAPANTQL;TRAP220-1:(Uniprot Q15648-1 aa596~616)SKVSQNPILTSLLQITGNGGS;NCoR:(Uniprot O75376-1 aa2251~2275)GHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSF;NR0B1:(Uniprot P51843-1 aa74~90)PRQGSILYSMLTSAKQT;NRIP1:(Uniprot P48552-1 aa374~390)AANNSLLLHLLKSQTIP;TIF2:(Uniprot Q15596-1 aa737~757)PKKKENALLRYLLDKDDTKDI;CoRNR Box:(配列番号14)DAFQLRQLILRGLQDD;abV:(配列番号11)SPGSREWFKDMLS;TRAP220-2:(Uniprot Q15648-1 aa637~657)GNTKNHPMLMNLLKDNPAQDF;EA2:(配列番号15)SSKGVLWRMLAEPVSR;TA1:(配列番号16)SRTLQLDWGTLYWSR;EAB1:(配列番号17)SSNHQSSRLIELLSR;SRC2:(Uniprot Q15596-1 aa683~701)LKEKHKILHRLLQDSSSPV;SRC1-3:(Uniprot Q15788-1 aa1428~1441)QAQQKSLLQQLLTE;SRC1-1:(Uniprot Q15788-1 aa625~645)KYSQTSHKLVQLLTTTAEQQL;SRC1-2:(Uniprot Q15788-1 aa682~702;SNP rs1049021 E685A)SLTARHKILHRLLQEGSPSDI;SRC1-3:(Uniprot Q15788-1 aa741~761)KESKDHQLLRYLLDKDEKDLR;SRC1-4a:(Uniprot Q15788-1 aa1427~1441)PQAQQKSLLQQLLTE;SRC1-4b:(Uniprot Q15788-1 aa1427~1441 L1435R)PQAQQKSLRQQLLTE;GRIP1-1:(Uniprot Q15596-1 aa633~653)HDSKGQTKLLQLLTTKSDQME;GRIP1-2:(Uniprot Q15596-1 aa682~702)SLKEKHKILHRLLQDSSSPVD;GRIP1-3:(Uniprot Q15596-1 aa737~757)PKKKENALLRYLLDKDDTKDI;AIB1-1:(Uniprot Q9Y6Q9-5 aa613~633)LESKGHKKLLQLLTCSSDDRG;AIB1-2:(Uniprot Q9Y6Q9-5 aa677~697)LLQEKHRILHKLLQNGNSPAE;AIB1-3:(Uniprot Q9Y6Q9-5 aa730~750)KKKENNALLRYLLDRDDPSDA;PGC1a:(Uniprot Q9UBK2-1 aa136~156)QEAEEPSLLKKLLLAPANTQL;PGC1b:(Uniprot Q86YN6-1 aa148~168)PEVDELSLLQKLLLATSYPTS;PRC:(Uniprot Q5VV67-1 aa156~176)VSPREGSSLHKLLTLSRTPPE;TRAP220-1:(Uniprot Q15648-1 aa596~616)SKVSQNPILTSLLQITGNGGS;TRAP220-2:(Uniprot Q15648-1 aa637~657)GNTKNHPMLMNLLKDNPAQDF;ASC2-1:(Uniprot Q14686-1 aa879~899)DVTLTSPLLVNLLQSDISAGH;ASC2-2:(Uniprot Q14686-1 aa1483~1503)AMREAPTSLSQLLDNSGAPNV;CBP-1:(Uniprot Q92793-1 aa62~82)DAASKHKQLSELLRGGSGSSI;CBP-2:(Uniprot Q92793-1 aa350~370)KRKLIQQQLVLLLHAHKCQRR;P300:(Uniprot Q09472-1 aa73~93)DAASKHKQLSELLRSGSSPNL;CIA:(Uniprot Q9HCD5-1 aa337~357)GHPPAIQSLINLLADNRYLTA;ARA70-1:(Uniprot Q13772-1 aa84~104)TLQQQAQQLYSLLGQFNCLTH;ARA70-2:(Uniprot Q13772-1 aa320~340)GSRETSEKFKLLFQSYNVNDW;TIF1:(Uniprot O15164-2 aa718~738)NANYPRSILTSLLLNSSQSST;NSD1:(Uniprot Q96L73-1 aa899~919)IPIEPDYKFSTLLMMLKDMHD;SMAP:(Uniprot Q9H0E9-2 aa263~283)ATPPPSPLLSELLKKGSLLPT;Tip60:(Uniprot Q92993-1 aa481~501)VDGHERAMLKRLLRIDSKCLH;ERAP140:(Uniprot Q8NI08-1 aa514~534)HEDLDKVKLIEYYLTKNKEGP;Nix1:(Uniprot Q9BQI9-1 aa236~256)ESPEFCLGLQTLLSLKCCIDL;LCoR:(Uniprot Q96JN0-1 aa45~65)AATTQNPVLSKLLMADQDSPL;CoRNR1(N-CoR):(Uniprot O75376-1 aa239~268)MGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQV;CoRNR2(N-CoR):(Uniprot O75376-1 aa2260~2273)NLGLEDIIRKALMG;CoRNR1(SMRT):(Uniprot Q9Y618-1 aa2131~2170)APGVKGHQRVVTLAQHISEVITQDTYRHHPQQLSAPLPAP;CoRNR2(SMRT):(Uniprot Q9Y618-1 aa2347~2360)NMGLEAIIRKALMG;RIP140-C:(配列番号18)RLTKTNPILYYMLQKGGNSVA;RIP140-1:(Uniprot P48552-1 aa13~33)QDSIVLTYLEGLLMHQAAGGS;RIP140-2:(Uniprot P48552-1 aa125~145)KGKQDSTLLASLLQSFSSRLQ;RIP140-3:(Uniprot P48552-1 aa177~197)CYGVASSHLKTLLKKSKVKDQ;RIP140-4:(Uniprot P48552-1 aa258~278)KPSVACSQLALLLSSEAHLQQ;RIP140-5:(Uniprot P48552-1 aa372~392)KQAANNSLLLHLLKSQTIPKP;RIP140-6:(Uniprot P48552-1 aa493~513)NSHQKVTLLQLLLGHKNEENV;RIP140-7:(配列番号19)NLLERRTVLQLLLGNPTKGRV;RIP140-8:(Uniprot P48552-1 aa811~831)FSFSKNGLLSRLLRQNQDSYL;RIP140-9:(Uniprot P48552-1 aa928~948)RESKSFNVLKQLLLSENCVRD;PRIC285-1:(Uniprot Q9BYK8-2 aa458~518)ELNADDAILRELLDESQKVMV;PRIC285-2:(Uniprot Q9BYK8-2 aa541~561)YENLPPAALRKLLRAEPERYR;PRIC285-3:(Uniprot Q9BYK8-2 aa596~616)MAFAGDEVLVQLLSGDKAPEG;PRIC285-4:(Uniprot Q9BYK8-2 aa1435~1455)SCCYLCIRLEGLLAPTASPRP;及びPRIC285-5:(Uniprot Q9BYK8-2 aa1652~1672)PSNKSVDVLAGLLLRRMELKP。
ある場合には、所定のLBDは2つ以上の異なる共調節ポリペプチドと対を形成することができる。例えば、PPAR-ガンマ(Uniprot P37231)は、SRC1(Uniprot Q15788-1 aa625~645;Uniprot Q15788-1 aa676~700;Uniprot Q15788-1 aa682~702、SNP rs1049021 E685A;Uniprot Q15788-1 aa741~761;Uniprot Q15788-1 aa1428~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441 L1435R)、SRC2(Uniprot Q15596-1 aa683~701)、SRC3(配列番号13;Uniprot Q9Y6Q9-5 aa614~632)、又はTRAP220(Uniprot Q15648-1 aa596~616;Uniprot Q15648-1 aa637~657)と対を形成することができる。別の例として、ER-アルファ(Uniprot P03372)は、CoRNR(Uniprot O75376-1 aa239~268;Uniprot O75376-1 aa2260~2273;Uniprot Q9Y618-1 aa2131~2170;Uniprot Q9Y618-1 aa2347~2360)、アルファ-ベータV(配列番号11)、又はTA1(配列番号16)と対を形成することができる。別の例として、ER-ベータ(Uniprot Q92731)は、CoRNR(Uniprot O75376-1 aa239~268;Uniprot O75376-1 aa2260~2273;Uniprot Q9Y618-1 aa2131~2170;Uniprot Q9Y618-1 aa2347~2360)、アルファ-ベータV(配列番号11)、又はTA1(配列番号16)と対を形成することができる。別の例として、AR(Uniprot P10275)は、SRC1(Uniprot Q15788-1 aa625~645;Uniprot Q15788-1 aa676~700;Uniprot Q15788-1 aa682~702、SNP rs1049021 E685A;Uniprot Q15788-1 aa741~761;Uniprot Q15788-1 aa1428~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441 L1435R)、SRC2(Uniprot Q15596-1 aa683~701)、SRC3(配列番号13;Uniprot Q9Y6Q9-5 aa614~632)、又はTRAP220(Uniprot Q15648-1 aa596~616;Uniprot Q15648-1 aa637~657)と対を形成することができる。別の例として、PR(Uniprot P06401)は、SRC1(Uniprot Q15788-1 aa625~645;Uniprot Q15788-1 aa676~700;Uniprot Q15788-1 aa682~702、SNP rs1049021 E685A;Uniprot Q15788-1 aa741~761;Uniprot Q15788-1 aa1428~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441 L1435R)、SRC2(Uniprot Q15596-1 aa683~701)、SRC3(配列番号13;Uniprot Q9Y6Q9-5 aa614~632)、TRAP220(Uniprot Q15648-1 aa596~616;Uniprot Q15648-1 aa637~657)、NR0B1(Uniprot P51843-1 aa74~90)、PGC1B(Uniprot Q86YN6-1 aa148~168)、NRIP1(Uniprot P48552-1 aa374~390)、EA2(配列番号15)、又はEAB1(配列番号17)と対を形成することができる。別の例として、TR-ベータ(Uniprot P10828)は、SRC1(Uniprot Q15788-1 aa625~645;Uniprot Q15788-1 aa676~700;Uniprot Q15788-1 aa682~702、SNP rs1049021 E685A;Uniprot Q15788-1 aa741~761;Uniprot Q15788-1 aa1428~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441;Uniprot Q15788-1 aa1427~1441 L1435R)、SRC2(Uniprot Q15596-1 aa683~701)、SRC3(配列番号13;Uniprot Q9Y6Q9-5 aa614~632)、又はTRAP220(Uniprot Q15648-1 aa596~616;Uniprot Q15648-1 aa637~657)と対を形成することができる。
8.1.1.3. LBDベースのヘテロ二量体化のための調節分子:
ヘテロ二量体化ドメインの対の1つのメンバーが核ホルモン受容体のLBDである場合、使用される調節分子の少なくとも1つのタイプは群の最初のCAR分子のLBDに結合でき、これは、次に、群の第2のCAR分子内の共調節ペプチドとヘテロ二量体化することができる。
LBDベースのヘテロ二量体化システムに適した調節分子は当技術分野で知られている。LBDベースのヘテロ二量体化システムの調節分子の例には以下が含まれる:コルチコステロン((8S,9S,10R,11S,13S,14S,17S)-11-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);デオキシコルチコステロン((8S,9S,10R,13S,14S,17S)-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);コルチゾール((8S,9S,10R,11S,13S,14S,17R)-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);11-デオキシコルチゾール((8R,9S,10R,13S,14S,17R)-17-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);コルチゾン((8S,9S,10R,13S,14S,17R)-17-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,11-ジオン);18-ヒドロキシコルチコステロン((8S,9S,10R,11S,13R,14S,17S)-11-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-13-(ヒドロキシメチル)-10-メチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);1α-ヒドロキシコルチコステロン((1S,8S,9S,10R,11S,13S,14S,17S)-1,11-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);アルドステロン((8S,9S,10R,11S,13R,14S,17S)-11-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10-メチル-3-オキソ-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-13-カルバルデヒド);アンドロステンジオン((8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオン);4-ヒドロキシ-アンドロステンジオン((8R,9S,10R,13S,14S)-4-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオン);11β-ヒドロキシアンドロステンジオン((8S,9S,10R,11S,13S,14S)-11-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオン);アンドロスタンジオ-ル((3R,5S,8R,9S,10S,13S,14S)-10,13-ジメチル-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-テトラデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);アンドロステロン((3R,5S,8R,9S,10S,13S,14S)-3-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16-テトラデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-オン);エピアンドロステロン((3S,5S,8R,9S,10S,13S,14S)-3-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16-テトラデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-オン);アドレノステロン((8S,9S,10R,13S,14S)-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,11,17-トリオン);デヒドロエピアンドロステロン((3S,8R,9S,10R,13S,14S)-3-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-オン);デヒドロエピアンドロステロンサルフェ-ト([(3S,8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-ジメチル-17-オキソ-1,2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-イル]ハイドロジェンサルフェ-ト);テストステロン((8R,9S,10R,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);エピテストステロン((8R,9S,10R,13S,14S,17R)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);5α-ジヒドロテストステロン((5S,8R,9S,10S,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-テトラデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);5β-ジヒドロテストステロン((5R,8R,9S,10S,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-テトラデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);5β-ジヒドロテストステロン((5R,8R,9S,10S,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-テトラデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);11β-ヒドロキシテストステロン((8S,9S,10R,11S,13S,14S,17S)-11,17-ジヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);11-ケトテストステロン((8S,9S,10R,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,12,14,15,16,17-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,11-ジオン);エストロン((8R,9S,13S,14S)-3-ヒドロキシ-13-メチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-17-オン);エストラジオ-ル((8R,9S,13S,14S,17S)-13-メチル-6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);エストリオ-ル((8R,9S,13S,14S,16R,17R)-13-メチル-6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,16,17-トリオ-ル);プレグネノロン(1-[(3S,8S,9S,10R,13S,14S,17S)-3-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]エタノン);17-ヒドロキシプレグネノロン(1-[(3S,8R,9S,10R,13S,14S,17R)-3,17-ジヒドロキシ-10,13-ジメチル-1,2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]エタノン);プロゲステロン((8S,9S,10R,13S,14S,17S)-17-アセチル-10,13-ジメチル-1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);17-ヒドロキシプロゲステロン((8R,9S,10R,13S,14S,17R)-17-アセチル-17-ヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);T3((2S)-2-アミノ-3-[4-(4-ヒドロキシ-3-ヨ-ドフェノキシ)-3,5-ジヨ-ドフェニル]プロパン酸);T4((2S)-2-アミノ-3-[4-(4-ヒドロキシ-3,5-ジヨ-ドフェノキシ)-3,5-ジヨ-ドフェニル]プロパン酸);スピロノラクトン(S-[(7R,8R,9S,10R,13S,14S,17R)-10,13-ジメチル-3,5'-ジオキソスピロ[2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-7-イル]エタンチオエ-ト);エプレレノン(PubChem CID 443872);
シプロテロンアセテ-ト(PubChem CID 9880);ヒドロキシフルタミド(2-ヒドロキシ-2-メチル-N-[4-ニトロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]プロパンアミド);エアンザルタミド(4-[3-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-5,5-ジメチル-4-オキソ-2-スルファニリデンイミダゾリジン-1-イル]-2-フルオロ-N-メチルベンズアミド);ARN-509(4-[7-[6-シアノ-5-(トリフルオロメチル)ピリジン-3-イル]-8-オキソ-6-スルファニリデン-5,7-ジアザスピロ[3.4]オクタン-5-イル]-2-フルオロ-N-メチルベンズアミド);3,3'-ジインドリルメタン(DIM)(3-(1H-インドール3-イルメチル)-1H-インドール);ベクスロステリド((4aR,10bR)-8-クロロ-4-メチル-1,2,4a,5,6,10b-ヘキサヒドロベンゾ[f]キノリン-3-オン);ビカルタミド(N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-(4-フルオロフェニル)スルホニル-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド);N-ブチルベンゼン-スルホンアミド(NBBS)(N-ブチルベンゼンスルホンアミド);デュタステリド((1S,3aS,3bS,5aR,9aR,9bS,11aS)-N-[2,5-ビス(トリフルオロメチル)フェニル]-9a,11a-ジメチル-7-オキソ-1,2,3,3a,3b,4,5,5a,6,9b,10,11-ドデカヒドロインデノ[5,4-f]キノリン-1-カルボキサミド);エプリステリド((8S,9S,10R,13S,14S,17S)-17-(tert-ブチルカルバモイル)-10,13-ジメチル-2,7,8,9,11,12,14,15,16,17-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-カルボン酸);フィナステリド((1S,3aS,3bS,5aR,9aR,9bS,11aS)-N-tert-ブチル-9a,11a-ジメチル-7-オキソ-1,2,3,3a,3b,4,5,5a,6,9b,10,11-ドデカヒドロインデノ[5,4-f]キノリン-1-カルボキサミド);フルタミド(2-メチル-N-[4-ニトロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]プロパンアミド);イゾンステリド((4aR,10bR)-8-[(4-エチル-1,3-ベンゾチアゾール2-イル)スルファニル]-4,10b-ジメチル-2,4a,5,6-テトラヒドロ-1H-ベンゾ[f]キノリン-3-オン);ケトコナゾール(1-[4-[4-[[(2R,4S)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-2-(イミダゾール1-イルメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]メトキシ]フェニル]ピペラジン-1-イル]エタノン);N-ブチルベンゼン-スルホンアミド(N-ブチルベンゼンスルホンアミド);ニルタミド(5,5-ジメチル-3-[4-ニトロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]イミダゾリジン-2,4-ジオン);メゲストロ-ル((8R,9S,10R,13S,14S,17R)-17-アセチル-17-ヒドロキシ-6,10,13-トリメチル-2,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);ツロステリド((1S,3aS,3bS,5aR,9aR,9bS,11aS)-6,9a,11a-トリメチル-7-オキソ-N-プロパン-2-イル-N-(プロパン-2-イルカルバモイル)-2,3,3a,3b,4,5,5a,8,9,9b,10,11-ドデカヒドロ-1H-インデノ[5,4-f]キノリン-1-カルボキサミド);
ミフェプリストン((8S,11R,13S,14S,17S)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-13-メチル-17-プロパ-1-ynyl-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);リロプリストン((8S,11R,13S,14S,17R)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-17-[(Z)-3-ヒドロキシプロパ-1-エニル]-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);オナプリストン((8S,11R,13R,14S,17S)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-17-(3-ヒドロキシプロピル)-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);アソプリスニル((8S,11R,13S,14S,17S)-11-[4-[(E)-ヒドロキシイミノメチル]フェニル]-17-メトキシ-17-(メトキシメチル)-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);J912((8S,11R,13S,14S,17S)-17-ヒドロキシ-11-[4-[(Z)-ヒドロキシイミノメチル]フェニル]-17-(メトキシメチル)-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);CDB-2914((8S,13S,14S,17R)-17-アセチル-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);JNJ-1250132([(8S,11R,13S,14S,17R)-17-アセチル-13-メチル-3-オキソ-11-(4-ピペリジン-1-イルフェニル)-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]アセテ-ト);ORG-31710((6R,8S,11R,13S,14S,17R)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-6,13-ジメチルスピロ[1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-3-オン);ORG-33628((8S,11R,13S,14S,17R)-11-(4-アセチルフェニル)-13-メチル-3'-メチリデンスピロ[1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-3-オン);ORG-31806((7S,8S,11R,13S,14S,17R)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-7,13-ジメチルスピロ[1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-3-オン);ZK-112993((8S,11R,13S,14S,17S)-11-(4-アセチルフェニル)-17-ヒドロキシ-13-メチル-17-プロパ-1-イニル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);ORG-31376((8S,11R,13S,14R,17S)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-13-メチルスピロ[1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-3-オン);ORG-33245((8S,13S,14S,17R)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-13-メチル-3'-メチリデンスピロ[1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17,2'-オキソラン]-3-オン);ORG-31167;ORG-31343;RU-2992;RU-1479;RU-25056;RU-49295;RU-46556;RU-26819;LG1127;LG120753(3-(2,2,4-トリメチル-1H-キノリン-6-イル)ベンゾニトリル);LG120830(3-フルオロ-5-(2,2,4-トリメチル-1H-キノリン-6-イル)ベンゾニトリル);LG1447;LG121046;CGP-19984A(ナトリウム;メチル[(2Z)-3-メチル-2-[(Z)-[5-メチル-3-(2-メチルプロパ-2-エニル)-4-オキソ-1,3-チアゾリジン-2-イリデン]ヒドラジニリデン]-4-オキソ-1,3-チアゾリジン-5-イル]ホスフェート);RTI-3021-012(8S,11R,13S,14S,17R)-17-アセチル-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);RTI-3021-022((8S,11R,13S,14S,17R)-17-アセチル-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);RTI-3021-020;RWJ-25333((3,4-ジクロロフェニル)-(6-フェニル-4,5-ジヒドロ-3H-ピリダジン-2-イル)メタノン);ZK-136796;ZK-114043((8S,11R,13S,14S,17S)-11-(4-アセチルフェニル)-17-ヒドロキシ-17-[(E)-3-ヒドロキシプロパ-1-エニル]-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);ZK-230211((8S,11R,13S,14S,17S)-11-(4-アセチルフェニル)-17-ヒドロキシ-13-メチル-17-(1,1,2,2,2-ペンタフルオロエチル)-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);ZK-136798;ZK-98229;ZK-98734((8S,11R,13S,14S,17R)-11-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-17-ヒドロキシ-17-[(Z)-3-ヒドロキシプロパ-1-エニル]-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);ZK-137316;アソプリスニル((8S,11R,13S,14S,17S)-11-[4-[(E)-ヒドロキシイミノメチル]フェニル]-17-メトキシ-17-(メトキシメチル)-13-メチル-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);
4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-[O-(エチルアミノ)カルボニル]オキシム;(Z)-6′-(4-シアノフェニル)-9,11α-ジヒドロ-17β-ヒドロキシ-17α-[4-(1-オキソ-3-メチルブトキシ)-1-ブテニル]4′H-ナフト[3′,2′,1′;10,9,11]エストラ-4-エン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-17β-ヒドロキシ-17α-(1,1,2,2,2-ペンタ-フルオロエチル)エストラ-4,9-ジエン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-19,24-ジノル-17,23-エポキシ-17α-コラ-4,9,20-トリエン-3-オン;(Z)-11β,19-[4-(3-ピリジニル)-o-フェニレン]-17β-ヒドロキシ-17α-[3-ヒドロキシ-1-プロペニル]-4-アンドロステン-3-オン;11β-[4-(1-メチルエテニル)フェニル]-17α-ヒドロキシ-17β-β-ヒドロキシプロピル)-13α-エストラ-4,9-ジエン-3-オン;4′,5′-Diヒドロ-11β-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-6β-メチルスピロ[エストラ-4,-9-ジエン-17β,2′(3′H)-フラン]-3-オン;ドロスピレノン(PubChem CID 68873);
T3((2S)-2-アミノ-3-[4-(4-ヒドロキシ-3-ヨ-ドフェノキシ)-3,5-ジヨ-ドフェニル]プロパン酸);KB-141(2-[3,5-ジクロロ-4-(4-ヒドロキシ-3-プロパン-2-イルフェノキシ)フェニル]酢酸);ソベチロ-ム(2-[4-[(4-ヒドロキシ-3-プロパン-2-イルフェニル)メチル]-3,5-ジメチルフェノキシ]酢酸);GC-24(2-[4-[(3-benzyl-4-ヒドロキシフェニル)メチル]-3,5-ジメチルフェノキシ]酢酸);4-OH-PCB106(2-クロロ-4-(2,3,4,5-テトラクロロフェニル)フェノ-ル);エプロチロ-ム(3-[3,5-ジブロモ-4-(4-ヒドロキシ-3-プロパン-2-イルフェノキシ)アニリノ]-3-オキソプロパン酸);MB07811(PubChem CID 15942005);QH2(2-[(2E)-3,7-ジメチルオクタ-2,6-ジエニル]-5,6-ジメトキシ-3-メチルベンゼン-1,4-ジオ-ル);MB07344([4-[(4-ヒドロキシ-3-プロパン-2-イルフェニル)メチル]-3,5-ジメチルフェノキシ]メチルホスホン酸);タモキシフェン(2-[4-[(Z)-1,2-ジフェニルブタ-1-エニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン);4-OH-タモキシフェン(4-[(Z)-1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-フェニルブタ-1-エニル]フェノ-ル);ラロキシフェン([6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ベンゾチオフェン-3-イル]-[4-(2-ピペリジン-1-イルエトキシ)フェニル]メタノン);ラソフォキシフェン((5R,6S)-6-フェニル-5-[4-(2-ピロリジン-1-イルエトキシ)フェニル]-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オ-ル);バゼドキシフェン(1-[[4-[2-(アゼパン-1-イル)エトキシ]フェニル]メチル]-2-(4-ヒドロキシフェニル)-3-メチルインドール5-オ-ル);ファルソデックス((7R,8R,9S,13S,14S,17S)-13-メチル-7-[9-(4,4,5,5,5-ペンタフルオロペンチルスルフィニル)ノニル]-6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);クロミフェン(2-[4-[(E)-2-クロロ-1,2-ジフェニルエテニル]フェノキシ]-N,N-ジエチルエタンアミン);フェマレレ();オルメロキシフェン(1-[2-[4-[(3R,4R)-7-メトキシ-2,2-ジメチル-3-フェニル-3,4-ジヒドロクロメン-4-イル]フェノキシ]エチル]ピロリジン);トレミフィエン(2-[4-[(Z)-4-クロロ-1,2-ジフェニルブタ-1-エニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン);オスペミフェン(2-[4-[(Z)-4-クロロ-1,2-ジフェニルブタ-1-エニル]フェノキシ]エタノール);及びエチニルエストラジオ-ル((8R,9S,13S,14S,17R)-17-エチニル-13-メチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);エストラジオ-ル((8R,9S,13S,14S,17S)-13-メチル-6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-デカヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);エチニルエストラジオ-ル((8R,9S,13S,14S,17R)-17-エチニル-13-メチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,17-ジオ-ル);
チアゾリジンジオン:(例えばロシグリタゾン(5-[[4-[2-[メチル(ピリジン-2-イル)アミノ]エトキシ]フェニル]メチル]-1,3-チアゾリジン-2,4-ジオン);ピオグリタゾン(5-[[4-[2-(5-エチルピリジン-2-イル)エトキシ]フェニル]メチル]-1,3-チアゾリジン-2,4-ジオン);ロベグリタゾン(5-[[4-[2-[[6-(4-メトキシフェノキシ)ピリミジン-4-イル]-メチルアミノ]エトキシ]フェニル]メチル]-1,3-チアゾリジン-2,4-ジオン);トログリタゾン(5-[[4-[(6-ヒドロキシ-2,5,7,8-テトラメチル-3,4-ジヒドロクロメン-2-イル)メトキシ]フェニル]メチル]-1,3-チアゾリジン-2,4-ジオン))、ファルグリタザル((2S)-2-(2-ベンゾイルアニリノ)-3-[4-[2-(5-メチル-2-フェニル-1,3-オキサゾール4-イル)エトキシ]フェニル]プロパン酸);アレグリタザル((2S)-2-メトキシ-3-[4-[2-(5-メチル-2-フェニル-1,3-オキサゾール4-イル)エトキシ]-1-ベンゾチオフェン-7-イル]プロパン酸);及びフェノフィブリン酸(2-[4-(4-クロロベンゾイル)フェノキシ]-2-メチルプロパン酸);ベンゾピラノキノリンA 276575、マプラコラ-ト((2R)-1,1,1-トリフルオロ-4-(5-フルオロ-2,3-ジヒドロ-1-ベンゾフラン-7-イル)-4-メチル-2-[[(2-メチルキノリン-5-イル)アミノ]メチル]ペンタン-2-オ-ル);ZK216348(4-(2,3-ジヒドロ-1-ベンゾフラン-7-イル)-2-ヒドロキシ-4-メチル-N-(4-メチル-1-オキソ-2,3-ベンゾキサジン-6-イル)-2-(トリフルオロメチル)ペンタンアミド);55D1E1;デキサメタゾン((8S,9R,10S,11S,13S,14S,16R,17R)-9-フルオロ-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13,16-トリメチル-6,7,8,11,12,14,15,16-オクタヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);プレドニソロン((8S,9S,10R,11S,13S,14S,17R)-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);プレドニソン((8S,9S,10R,13S,14S,17R)-17-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-6,7,8,9,12,14,15,16-オクタヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3,11-ジオン);メチルプレドニソロン((6S,8S,9S,10R,11S,13S,14S,17R)-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-6,10,13-トリメチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);フルチカゾンプロピオネ-ト([(6S,8S,9R,10S,11S,13S,14S,16R,17R)-6,9-ジフルオロ-17-(フルオロメチルスルファニルカルボニル)-11-ヒドロキシ-10,13,16-トリメチル-3-オキソ-6,7,8,11,12,14,15,16-オクタヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]プロパノエ-ト);ベクロメタゾン-17-モノプロピオネ-ト([(8S,9R,10S,11S,13S,14S,16S,17R)-9-クロロ-11-ヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13,16-トリメチル-3-オキソ-6,7,8,11,12,14,15,16-オクタヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]プロパノエ-ト);ベタメタゾン((8S,9R,10S,11S,13S,14S,16S,17R)-9-フルオロ-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13,16-トリメチル-6,7,8,11,12,14,15,16-オクタヒドロシクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);リメキソロン((8S,9S,10R,11S,13S,14S,16R,17S)-11-ヒドロキシ-10,13,16,17-テトラメチル-17-プロパノイル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);パラメタゾン((6S,8S,9S,10R,11S,13S,14S,16R,17R)-6-フルオロ-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13,16-トリメチル-7,8,9,11,12,14,15,16-オクタヒドロ-6H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);及びヒドロコルチゾン((8S,9S,10R,11S,13S,14S,17R)-11,17-ジヒドロキシ-17-(2-ヒドロキシアセチル)-10,13-ジメチル-2,6,7,8,9,11,12,14,15,16-デカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-オン);
1,25-ジヒドロキシビタミンD3(カルシトリオ-ル)((1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R)-6-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1,3-ジオ-ル)、パリカリト-ル((1R,3R)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(E,2R,5S)-6-ヒドロキシ-5,6-ジメチルヘプタ-3-エン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]シクロヘキサン-1,3-ジオ-ル)、ドキセルカルシフェロール((1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(E,2R,5R)-5,6-ジメチルヘプタ-3-エン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1,3-ジオ-ル)、25-ヒドロキシビタミンD3(カルシフェジオ-ル)((1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R)-6-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1-オ-ル)、コレカルシフェロール((1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-7a-メチル-1-[(2R)-6-メチルヘプタン-2-イル]-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1-オ-ル)、エルゴカルシフェロール((1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(E,2R,5R)-5,6-ジメチルヘプタ-3-エン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1-オ-ル)、タカルシト-ル((1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,5R)-5-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1,3-ジオ-ル)、22-ジヒドロエルゴカルシフェロール((1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,5S)-5,6-ジメチルヘプタン-2-イル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-4-メチリデンシクロヘキサン-1-オ-ル)、(6Z)-タカルシオ-ル((1S)-3-[(Z)-2-[(1R,7aR)-7a-メチル-1-[(2R)-6-メチルヘプタン-2-イル]-1,2,3,3a,6,7-ヘキサヒドロインデン-4-イル]エテニル]-4-メチルシクロヘキサ-3-エン-1-オ-ル)、2-メチレン-19-ノル-20(S)-1α-ヒドロキシ-ビスホモプレグナカルシフェロール((1R,3R)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2S)-ブタ-2-ニル]-7a-メチル-2,3,3a,5,6,7-ヘキサヒドロ-1H-インデン-4-イリデン]エチリデン]-2-メチリデンシクロヘキサン-1,3-ジオ-ル)、19-ノル-26,27-ジメチレン-20(S)-2-メチレン-1アルファ,25-ジヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-1α,25-ジヒドロキシ-(17E)-17(20)-デヒドロ-19-ノル-ビタミンD3、2-メチレン-19-ノル-(24R)-1アルファ,25-ジヒドロキシビタミンD2、2-メチレン-(20R,25S)-19,26-ジノル-1アルファ,25-ジヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-19-ノル-1α-ヒドロキシ-プレグナカルシフェロール、1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノル-ホモプレグナカルシフェロール、(20R)-1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロール、2-メチレン-19-ノル-(20S)-1α-ヒドロキシ-トリスホモプレグナカルシフェロール、2-メチレン-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロ-1、2-メチレン-(20S)-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナン-カルシフェロール、(2-(3′ヒドロキシプロピル-1′,2′-イデン)-19,23,24-トリノル-(20S)-1α-ヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-18,19-ジノル-(20S)-1アルファ,25-ジヒドロキシビタミンD3など、
レチノイン酸((2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸)、オールトランス-レチノイン酸((2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸)、9-シス-レチノイン酸((2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸)、タミバロテン(4-[(5,5,8,8-テトラメチル-6,7-ジヒドロナフタレン-2-イル)カルバモイル]安息香酸)、13-シス-レチノイン酸((2Z,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸)、(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセンeyl)ノナ-2,4,6,-8-テトラエン酸、9-(4-メトキシ-2,3,6-トリメチル-フェニル)-3,7-ジメチル-ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸、6-[3-(1-アダマンチル)-4-メトキシフェニル]-2-ナフトエ酸、4-[1-(3,5,5,8,8-ペンタメチル-テトラリ-2-ニル)エテニル]安息香酸、レチノ安息香酸(4-[(5,5,8,8-テトラメチル-6,7-ジヒドロナフタレン-2-イル)カルバモイル]安息香酸)、6-[2-(4,4-ジメチルチオクロマン-6-イル)エチニル]ピリジン-3-カルボン酸エチル、レチノイルt-ブチレ-ト、レチノイルピナコ-ル及びレチノイルコレステロ-ル、
オベチコ-ル酸((4R)-4-[(3R,5S,6R,7R,8S,9S,10S,13R,14S,17R)-6-エチル-3,7-ジヒドロキシ-10,13-ジメチル-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-テトラデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-17-イル]ペンタン酸)、LY2562175(6-(4-((5-シクロプロピル-3-(2,6-ジクロロフェニル)イソキサゾリル-4-イル)メトキシ)ピペリジン-1-イル)-1-メチル-1H-インドール3-カルボン酸)、及びGW4064(3-[2-[2-クロロ-4-[[3-(2,6-ジクロロフェニル)-5-(1-メチルエチル)-4-イソキサゾリル-]メトキシ]フェニル]エテニル]安息香酸);T0901317(N-(2,2,2-Triフルオロエチル)-N-[4-[2,2,2-トリフルオロ-1-ヒドロキシ-1-(トリフルオロメチル)エチル]フェニル]ベンゼンスルホンアミド)、GW3965(3-[3-[[[2-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]メチル](2,2-ジフェニルエチル)アミノ]プロポキシ]ベンゼン酢酸ヒドロクロリド)、及びLXR-623(2-[(2-クロロ-4-フルオロフェニル)メチル]-3-(4-フルオロフェニル)-7-(トリフルオロメチル)インダゾール);GNE-3500(27,1-{4-[3-フルオロ-4-((3S,6R)-3-メチル-1,1-ジオキソ-6-フェニル-[1,2]チアジナン-2-イル-メチル)-フェニル]-ピペラジン-1-イル}-エタノン);7β,27-ジヒドロキシコレステロ-ル((3S,7R,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-17-[(2R)-7-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン-2-イル]-10,13-ジメチル-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,7-ジオ-ル)、及び7α,27-ジヒドロキシコレステロ-ル((3S,7S,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-17-[(2R)-7-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン-2-イル]-10,13-ジメチル-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-ドデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3,7-ジオ-ル);9-シスレチノイン酸((2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸)、LGD100268(6-[1-(3,5,5,8,8-ペンタメチル-6,7-ジヒドロナフタレン-2-イル)シクロプロピル]ピリジン-3-カルボン酸)、CD3254(3-[4-ヒドロキシ-3-(5,6,7,8-テトラヒドロ-3,5,5,8,8-ペンタメチル-2-ナフタレニル)-フェニル]-2-プロペン酸)、及びCD2915(Sorensen et al. (1997) Skin Pharmacol. 10:144)。
ヘテロ二量体化ドメインの対が鉱質コルチコイド受容体(MR)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子にはスピロノラクトンとエプレレノンが含まれる。スピロノラクトンは、10~35mg/日の範囲の用量、例えば25mg/日で投与することができる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がアンドロゲン受容体(AR)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、酢酸シプロテロン、ヒドロキシフルタミド、エンザルタミド、ARN-509、3,3'-ジインドリルメタン(DIM)、ベクスロステリド、ビカルタミド、N-ブチルベンゼン-スルホンアミド(NBBS)、デュタステリド、エプリステリド、フィナステリド、フルタミド、イゾンステリド、ケトコナゾール、N-ブチルベンゼン-スルホンアミド、ニルタミド、メゲストロ-ル、ステロイド性抗アンドロゲン、及びツロステリドが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がプロゲステロン受容体(PR)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、ミフェプリストン(RU-486;11β-[4N,N-ジメチルアミノフェニル]-17β-ヒドロキシ-17-(1-プロピニル)-エストラ-4,9-ジエン-3-オン);リロプリストン(11β-(4N,N-ジメチルアミノフェニル)-17β-ヒドロキシ-17-((Z)-3-ヒドロキシプロペニル)エストラ-4,9-ジエン-3-オン);オナプリストン(11β-(4N,N-ジメチルアミノフェニル)-17α-ヒドロキシ-17-(3-ヒドロキシプロピル)-13α-エストラ-4,9-ジエン-3-オン);アソプリスニル(ベンズアルデヒド、4-[(11β,17β)-17-メトキシ-17-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11-イル]-1-(E)-オキシム;J867);J912(4-[17β-ヒドロキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-(1E)-オキシム);及びCDB-2914(17α-アセトキシ-11β-(4-N,N-ジメチルアミノフェニル)-19-ノルプレグナ-4,9-ジエン-3,20-ジオン)が含まれる。他の適切な二量体化剤には、例えばJNJ-1250132、(6α,11β,17β)-11-(4-ジメチルアミノフェニル)-6-メチル-4',5'-ジヒドロスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17,2'(3'H)-フラン]-3-オン(ORG-31710);(11β,17α)-11-(4-アセチルフェニル)-17,23-エポキシ-19,24-ジノルコラ-4,9-、20-トリエン-3-オン(ORG-33628);(7β,11β,17β)-11-(4-ジメチルアミノフェニル-7-メチル]-4',5'-ジヒドロスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17,2'(3'H)-フラン]-3-オン(ORG-31806);ZK-112993;ORG-31376;ORG-33245;ORG-31167;ORG-31343;RU-2992;RU-1479;RU-25056;RU-49295;RU-46556;RU-26819;LG1127;LG120753;LG120830;LG1447;LG121046;CGP-19984A;RTI-3021-012;RTI-3021-022;RTI-3021-020;RWJ-25333;ZK-136796;ZK-114043;ZK-230211;ZK-136798;ZK-98229;ZK-98734;ZK-137316;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-オキシム;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-[O-(エチルアミノ)カルボニル]オキシム;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-[O-(エチルチオ)カルボニル]オキシム;(Z)-6'-(4-シアノフェニル)-9,11α-ジヒドロ-17β-ヒドロキシ-17α-[4-(1-オキソ-3-メチルブトキシ)-1-ブテニル]4'H-ナフト[3',2',1';10,9,11]エストル-4-エン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-17β-ヒドロキシ-17α-(1,1,2,2,2-ペンタ-フルオロエチル)エストラ-4,9-ジエン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-19,24-ジノル-17,23-エポキシ-17α-コラ-4,9,20-トリエン-3-オン;(Z)-11β,19-[4-(3-ピリジニル)-o-フェニレン]-17β-ヒドロキシ-17α-[3-ヒドロキシ-1-プロペニル]-4-アンドロステン-3-オン;11β-[4-(1-メチルエテニル)フェニル]-17α-ヒドロキシ-17β-β-ヒドロキシプロピル)-13α-エストラ-4,9-ジエン-3-オン;4',5'-ジヒドロ-11β-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-6β-メチルスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17β,2'(3'H)-フラン]-3-オン、及びドロスピレノンが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対が甲状腺受容体ベータ(TR-ベータ)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、T3(3,5,3'-トリヨード-L-チロニン);KB-141(3,5-ジクロロ-4-(4-ヒドロキシ-3-イソプロピルフェノキシ)フェニル酢酸);ソベチロ-ム(GC-1としても知られている)(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)-フェノキシ酢酸);GC-24(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-ベンジル)ベンジルフェノキシ酢酸);4-OH-PCB106(4-OH-2',3,3',4',5'-ペンタクロロビフェニル);エプロチロ-ム;MB07811((2R,4S)-4-(3-クロロフェニル)-2-[(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)フェノキシ)メチル]-2-オキシド-[1,3,2]-ジオキサホスホナン);QH2;及び(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)フェノキシ)メチルホスホン酸(MB07344)が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がエストロゲン受容体アルファ(ERアルファ)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、タモキシフェン、4-OH-タモキシフェン、ラロキシフェン、ラソフォキシフェン、バゼトキシフェン、ファルソデックス、クロミフェン、フェマレレ、オルメロキシフェン、トレミフィエン、オスペミフェン、及びエチニルエストラジオ-ルが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がエストロゲン受容体ベータ(ER-ベータ)のLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、エストラジオ-ル(E2;又は17-β-エストラジオ-ル)及びエチニルエストラジオ-ルが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がLBD PPAR-ガンマ及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、チアゾリジンジオン(例えばロシグリタゾン、ピオグリタゾン、ロベグリタゾン、トログリタゾン)、ファルグリタザ-ル、アレグリタザ-ル、及びフェノフィブリン酸が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がGRのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子は、選択的GRアゴニスト(SEGRA)又は選択的GRモジュレ-タ-(SEGRM)であり得る。
ヘテロ二量体化ドメインの対がGRのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、ベンゾピラノキノリンA276575、マプラコラット、ZK216348、55D1E1、デキサメタゾン、プレドニゾロン、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、プロピオン酸フルチカゾン、ベタメタゾン-17-モノプロピオネート、ベタメタゾン、リメキソロン、パラメタゾン、及びヒドロコルチゾンが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がVDRのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子は、1,25-ジヒドロキシビタミンD3(カルシトリオ-ル)、パリカリト-ル、ドキセルカルシフェロール、25-ヒドロキシビタミンD3(カルシフェジオ-ル)、コレカルシフェロール、エルゴカルシフェロール、タカルシオ-ル、22-ジヒドロエルゴカルシフェロール、(6Z)-タカルシオ-ル、2-メチレン-19-ノル-20(S)-1α-ヒドロキシ-ビスホモプレグナカルシフェロール、19-ノル-26,27-ジメチレン-20(S)-2-メチレン-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-1α,25-ジヒドロキシ-(17E)-17(20)-デヒドロ-19-ノルビタミンD3、2-メチレン-19-ノル-(24R)-1α,25-ジヒドロキシビタミンD2、2-メチレン-(20R,25S)-19,26-ジノル-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-19-ノル-1α-ヒドロキシ-プレグナカルシフェロール、1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノル-ホモプレグナカルシフェロール、(20R)-1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロール、2-メチレン-19-ノル-(20S)-1α-ヒドロキシ-トリスホモプレグナカルシフェロール、2-メチレン-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロ-1,2-メチレン-(20S)-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナ-n-カルシフェロール、(2-(3'ヒドロキシプロピル-1',2'-イデン)-19,23,24-トリノル-(20S)-1α-ヒドロキシビタミンD3、2-メチレン-18,19-ジノル-(20S)-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3などでもよい。
ヘテロ二量体化ドメインの対がRAR-ベータのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子は、レチノイン酸、オ-ルトランスレチノイン酸、9-シス-レチノイン酸、タミバロテン、13-シス-レチノイン酸、(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセネイル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸、9-(4-メトキシ-2,3,6-トリメチル-フェニル)-3,7-ジメチル-ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸、6-[3-(1-アダマンチル)-4-メトキシフェニル]-2-ナフトエ酸、4-[1-(3,5,5,8,8-ペンタメチル-テトラリン-2-イル)エテニル]安息香酸、レチノ安息香酸、6-[2-(4,4-ジメチルチオクロマン-6-イル)エチニル]ピリジン-3-カルボン酸エチル、レチノイルt-ブチレ-ト、レチノイルピナコ-ル、及びレチノイルコレステロ-ルでもよい。
ヘテロ二量体化ドメインの対がFXR及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、オベチコ-ル酸、LY2562175(6-(4-((5-シクロプロピル-3-(2,6-ジクロロフェニル)イソオキサゾール4)-イル)メトキシ)ピペリジン-1-イル)-1-メチル-1H-インドール3-カルボン酸)、及びGW4064(3-[2-[2-クロロ-4-[[3-(2,6-ジクロロフェニル)-5-(1-メチルエチル)-4-イソキサゾリル-]メトキシ]フェニル]エテニル]安息香酸)が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がLXR-アルファのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、T0901317(N-(2,2,2-トリフルオロエチル)-N-[4-[2,2,2-トリフルオロ-1-ヒドロキシ-1-(トリフルオロメチル)エチル]フェニル]ベンゼンスルホンアミド)、GW3965(3-[3-[[[2-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]メチル](2,2-ジフェニルエチル)アミノ]プロポキシ]ベンゼン酢酸塩酸塩)、及びLXR-623(2-[(2-クロロ-4-フルオロフェニル)メチル]-3-(4-フルオロフェニル)-7-(トリフルオロメチル)インダゾール)が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がROR-ガンマのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、GNE-3500(27,1-{4-[3-フルオロ-4-((3S,6R)-3-メチル-1,1-ジオキソ-6-フェニル-[1,2]チアジナン-2-イル-メチル)-フェニル]-ピペラジン-1-イル}-エタノン)が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がROR-ガンマのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、7β,27-ジヒドロキシコレステロ-ル、及び7α,27-ジヒドロキシコレステロ-ルが含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がRXR-アルファのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子には、9-シスレチノイン酸、LGD100268、CD3254(3-[4-ヒドロキシ-3-(5,6,7,8-テトラヒドロ-3,5,5,8,8-ペンタメチル-2-ナフタレニル)-フェニル]-2-プロペン酸)、及びCD2915(Sorensen et al. (1997) Skin Pharmacol. 10:144)が含まれる。
ヘテロ二量体化ドメインの対がPXRのLBD及び対応する共調節ペプチドを含む場合、適切な調節分子は、リファンピシン、クロトリマゾール、及びロバスタチンであり得る。
8.1.2. リポカリン折り畳み分子に基づくCAR分子の条件的ヘテロ二量体化:
他の好適な実施態様において、本発明のCAR群の少なくとも2つのCAR分子は、リポカリン折り畳み分子である1つのメンバーと、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナー(2017年12月20日に提出されたEP17208924.5に開示されている)である第2のメンバーとを含む、ヘテロ二量体化ドメインの対によってヘテロ二量体化され得る。好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳みベースのヘテロ二量体化システムは、
(a)リポカリン折り畳み分子
(b)1500Da以下の低分子量のリポカリン折り畳みリガンド、及び
(c)リポカリン-フォールド結合相互作用パートナー、を含み、
ここで、リポカリン折り畳み分子は、リポカリン折り畳みリガンドに結合することができ、そして
ここで、リポカリン折り畳みリガンドに結合したリポカリン折り畳み分子は、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーに、リポカリン折り畳みリガンドに結合していないリポカリン折り畳み分子の親和性よりも少なくとも10倍高い親和性で結合し、
ここで、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーは、リポカリン折り畳みリガンドの存在下で天然に存在するリポカリン折り畳み分子に対して<10μMの親和性を有する天然に存在するタンパク質ではない。
さらに好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳みベースのヘテロ二量体化システムは、
(a)リポカリン折り畳み分子
(b)1500Da以下の低分子量のリポカリン折り畳みリガンド、及び
(c)リポカリン-フォールド結合相互作用パートナー、を含み、
ここで、リポカリン折り畳み分子は、リポカリン折り畳みリガンドがリポカリン折り畳み分子に結合していない場合、少なくとも第1のコンフォメーションを有し、リポカリン折り畳みリガンドがリポカリン折り畳み分子に結合している場合、少なくとも第2のコンフォメーションを有し、
ここで、第2のコンフォメーションでリポカリン折り畳みリガンドに結合したリポカリン折り畳み分子は、第1のコンフォメーションでリポカリン折り畳みリガンドに結合していないリポカリン折り畳み分子の親和性よりも少なくとも10倍高い親和性で、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーに結合し、
及び、ここで、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーは、任意のリポカリン折り畳みリガンドの存在下で、天然に存在するリポカリン折り畳み分子に対して<10μMの親和性を有する天然に存在するタンパク質ではない。
条件的ヘテロ二量体化のためのこのリポカリン折り畳み分子ベースのシステムは、一般に、リポカリン折り畳みリガンドが結合しているかどうかに応じて、リポカリン折り畳み分子のリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーに対する親和性の実質的な違いに依存する。親和性ウィンドウ(すなわち、リポカリン折り畳みリガンドに結合しているか又は結合していないリポカリン折り畳み分子に対する、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーの親和性)が、生理学的条件下でヘテロ二量体化を可能にする合理的な親和性範囲で存在することが好ましい。従って、リガンド結合状態のリポカリン折り畳み分子に対するリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーの親和性は、10μM未満、好ましくは2μM未満、特に400nM未満であることが好ましい。
リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーが、リポカリン折り畳みリガンドが充填されているか又はリポカリン折り畳みリガンドが充填されていないリポカリン折り畳み分子への結合のために工学作成されているかどうかに応じて、リポカリン折り畳み分子ベースのシステムを、それぞれ条件的ヘテロ二量体化(すなわちオンスイッチング用)のために又は構成的ヘテロ二量体化のために使用することができる。リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーは、リポカリン折り畳みリガンドの存在下ではなく非存在下でリポカリン折り畳み分子に結合するように工学作成することもできるため、このシステムは、ヘテロ二量体化を条件的に防止するためにも使用できる(すなわちオフスイッチング用)。原則として、リポカリン折り畳み分子ベースのシステムは、少なくとも2つの異なるリポカリン折り畳みリガンドを結合するように任意に工学作成することもでき、それに応じて選択されたリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーは、2つの異なって誘導されたコンフォメーション状態を区別することができ、これが、2つの異なるリポカリン折り畳みリガンドを順次追加することによる条件的オンスイッチング及びオフスイッチングを可能にする。
本発明のヘテロ二量体化ドメインとして使用することができるリポカリン折り畳み分子は、そこに(又はその中で)リポカリン折り畳みリガンドが結合し、リポカリン折り畳み結合相互作用パートナーへのリポカリン折り畳み分子の結合を可能にするリポカリン折り畳みの構造モチーフを含む、任意のタンパク質であり得る。
リポカリン折り畳み分子は、SCOPデータベ-ス(バージョン1.75)でリポカリンス-パ-ファミリ-に分類される天然に存在する分子、又はその変種として定義される。しかし、限られた数のアミノ酸のみを交換することが好ましい。
好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳み分子は、天然に存在するiLBP(細胞内脂質結合タンパク質)、天然に存在するリポカリン又はアンチカリン、及び1~30個のアミノ酸交換を有するこれらの分子の任意の誘導体、又はその断片と同一の分子である。他の好適な実施態様において、リポカリン折り畳み分子は、天然に存在するリポカリン又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、若しくは30個のアミノ酸交換を有するiLBPの誘導体である。
本発明の好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳み分子は、1つ以上のアミノ酸交換、挿入、及び/又は欠失によって工学作成されて、リポカリン折り畳みリガンド結合を最適化する。好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳み分子は、βバレル構造において少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、特に少なくとも90%の配列同一性を有する、天然に存在するか又はそうでなければ開示された(そのアミノ酸配列によって)リポカリン折り畳み分子の誘導体であり、これにより、このβバレル構造は、好ましくは以下から選択されるアミノ酸残基の領域に構造的に対応する領域として定義される:
- ヒトRBP4のアミノ酸残基21~30、41~47、52~58、71~78、85~88、102~109、114~120、及び132~138(PDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト涙リポカリンのアミノ酸残基14~23、37~43、48~54、62~69、76~79、84~91、96~102、及び111~117(TLC;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985によって規定されている)。これらはヒトTLCの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒトアポリポタンパク質Mのアミノ酸残基44~53、69~75、81~87、96~103、110~113、119~126、131~137、及び142~148(ApoM;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985によって規定されている)。これらはヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト細胞レチノイン酸結合タンパク質IIのアミノ酸残基5~12、41~45、50~54、61~65、71~73、81~87、93~96、108~112、119~124、及び129~135(CRABPII;PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトCRABP1Iの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト脂肪酸結合タンパク質1のアミノ酸残基5~12、39~43、48~52、59~63、69~71、79~85、91~94、99~103、109~114、及び119~125(FABP1;PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖を規定する。
好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳み分子は、リポカリン折り畳みの少なくとも構造的に保存されたβバレル構造をカバ-する、天然に存在するリポカリン、又は少なくとも80、好ましくは少なくとも100、特に少なくとも120アミノ酸の長さを有するその誘導体の断片であるか、又は、ここでリポカリン折り畳み分子は、リポカリン折り畳みの少なくとも構造的に保存されたβバレル構造をカバ-する、少なくとも80、好ましくは少なくとも85、特に少なくとも90アミノ酸の長さを有する天然に存在するiLPB又はその誘導体の断片であり、ここで、構造的に保存されたβバレル構造は、好ましくは以下から選択されるアミノ酸残基の領域に構造的に対応するアミノ酸位置を含むか又はそれからなる:
- ヒトRBP4のアミノ酸残基21~30、41~47、52~58、71~78、85~88、102~109、114~120、及び132~138(PDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト涙リポカリンのアミノ酸残基14~23、37~43、48~54、62~69、76~79、84~91、96~102、及び111~117(TLC;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985によって規定されている)。これらはヒトTLCの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒトアポリポタンパク質Mのアミノ酸残基44~53、69~75、81~87、96~103、110~113、119~126、131~137、及び142~148(ApoM;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985によって規定されている)。これらはヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト細胞レチノイン酸結合タンパク質IIのアミノ酸残基5~12、41~45、50~54、61~65、71~73、81~87、93~96、108~112、119~124、及び129~135(CRABPII;PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトCRABP1Iの構造的に保存されたβ鎖を規定する;
- ヒト脂肪酸結合タンパク質1のアミノ酸残基5~12、39~43、48~52、59~63、69~71、79~85、91~94、99~103、109~114、及び119~125(FABP1;PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖を規定する。
さらに好適な実施態様によれば、リポカリン折り畳み分子は、構造的に保存されたβバレル構造の外に、好ましくは以下から選択されるアミノ酸残基の領域に構造的に対応する、最大15、最大30、又は最大50アミノ酸の欠失、及び/又は最大15、最大30、又は最大50個のアミノ酸の挿入を有する、天然に存在するリポカリン又はiLBPの誘導体である:
- ヒトRBP4のアミノ酸残基1~20、31~40、48~51、59~70、79~84、89~101、110~113、121~131、及び139~183。これはPDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームによる、ヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する;
- ヒトTLCのアミノ酸残基1~13、24~36、44~47、55~61、70~75、80~83、92~95、103~110、及び118~158(Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985のアミノ酸残基の番号付けスキームによる)。これらはヒトTLCで構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する;
- ヒトApoMのアミノ酸残基1~43、54~68、76~80、88~95、104~109、114~118、127~130、138~141、及び149~188(Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985のアミノ酸残基の番号付けスキームによる)。これらはヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する;
- ヒトCRABPIIのアミノ酸残基1~4、13~40、46~49、55~60、66~70、74~80、88~92、97~107、113~118、125~128、及び136~137(PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトCRABPIIの構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する;
- ヒトFABP1のアミノ酸残基1~4、13~38、44~47、53~58、64~68、72~78、86~90、95~98、104~108、115~118、及び126~127(PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)。これらはヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する。
他のとの好適な実施態様において、リポカリン折り畳み分子は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30のアミノ酸交換を有するリポカリンス-パ-ファミリ-の天然に存在するメンバーの誘導体である。
さらに好適な実施態様によれば、本発明のヘテロ二量体化ドメインとして使用されるリポカリン折り畳み分子は、リポカリン、すなわち、+1トポロジ-に配置された8本鎖の上下のβバレルの後に、8番目のβ鎖のC末端の後にαヘリックスが続くタンパク質である。
本発明の調節分子として使用することができるリポカリン折り畳みリガンドは、「小分子」、例えばポリペプチドやタンパク質、例えばリポカリン折り畳み分子と比較して「小さい」。従って、リポカリン折り畳みリガンドの分子量は、1500Da以下、好ましくは1000Da以下、特に750Da以下である。リポカリン折り畳みリガンドの好ましいMw範囲は、50~1500Da、好ましくは75~1500Da、特に150~750Daである。好ましくは、リポカリン折り畳みリガンドは、リポカリン折り畳み構造のバレルとル-プ領域によって形成されるリポカリン折り畳み分子の顎部に結合することができる。
リポカリン折り畳みリガンドは、リポカリン折り畳み分子に対して1mM未満、好ましくは100μM未満、特に10μM未満の親和性を有することが好ましい。リポカリン折り畳みリガンドとリポカリン折り畳み分子とのこの親和性は、K(解離定数)値として定義され、自動MicroCal PEAQ-ITC機器(Malvern Instruments)を使用した等温滴定熱量測定(ITC)によって決定されることが好ましい。
リポカリン折り畳みリガンドを選択できる例は次のとおりである:

Nr データベ-スHMDB
1 ナフシリン
2 ゲルベリノ-ル
3 モンテルカスト
4 フルラゼパム
5 バルビツ-ル酸キニジン
6 グリセオリンI
7 グリセオリンII
8 (-)-シンプテロカルピン
9 カンゾノ-ルW
10 6α-ヒドロキシファセオリン
11 (1a,5b,6a)-7-プロトイルデン-1,5,6,14-テトロ-ル14-(2,4-ジヒドロキシ-6-メチル安息香酸)
12 4'-O-メチルカンゾノ-ルW
13 シクロキエビトン
14 リコフラノン
15 アルミラチン
16 2-(4-メチル-3-ペンテニル)アントラキノン
17 ソラフェニブベータ-D-グルクロニド
18 ヘテロフィリン
192 '-O-メチルファセオリンイソフラバン
20 チアプリド
21 グルテンエキソルフィンC
22 ムルベロフランM
23 ダルキサントンG
24 スクラレオ-ル
25 コルプドクスa
26 カンゾノ-ルF
27 マンゴスティノン
28 ガンカオニンX
29 ルブラフラボンD
30 シクロキエビトン水和物
31 グリセオリジンII
32 シクランデレイト
33 ダルキサントンE
34 モルシン
35 (E)-2',4,4'-トリヒドロキシ-3-プレニルカルコン
36 ダルキサントンH
37 ジュデオール
38 アルトニンE
39 カンゾノ-ルT
40 フラグランソールA
41 ダルキサントンF
42 ムルベロフランT
43 ガルシマンゴソンA
44 アルトニンB
45 アステルトキシン

データベ-スKEGG
46 オキシフェドリン
47 プロフルトリン
48 モンフルオロスリン
49 キシロイルスルファミン
50 塩酸セトチアミン水和物
51 塩酸ジセチアミン水和物
52 ジセタミン
53 オキソラミン
54 オクサラミン
55 メシル酸クリスナト-ル
56 イオフルベンズアミドI
57 セリチニブ
58 ジカディア
59 イミプロトリン
60 トリクラベンダゾール
61 ファシネックス
62 ブリバニブアラニネ-ト
63 トランスフルトリン
64 エノリカムナトリウム
65 エノリカムナトリウム一水和物
66 ジブカイン
67 シンコカイン
68 ヌペルカイン
69 トラメチニブ

データベ-スWDI
70 フルクロキサシリン
71 S-ファルネシルチオサリチル酸
72 2-フルオロトロパプリド
73 ブタンピシリン
74 硫酸ジクロキサシリン
75 フロキサシリン
76 イブシリン
77 プラゾシリン
78 サレタミド
79 テトラクロルサリチルアニリド
80 カルベニシリン
81 ジクロメチド
82 メチル-スルホメツロン
83 トリクロロサリチルアニリド
84 クロメトシリン
85 シストダイチン-F
86 データノサル
87 ディアバロ-ネ
88 ジクロフォプ
89 エピフェネチシリン
90 フタリル-メデイオール
91 塩酸サレタミド
92 塩酸チアプリド
93 トランキュリン-A
94 デオキシペンタレニルグルクローン
95 ラフルニムス
96 メラゾラム
97 ディブサド-ル
98 フェネチシリンカーリウム
99 プラノサル
100 ダレフォルミス
101 ジフェニシリン
102 塩酸フェノテロ-ル
103 巨酸
104 ハロリトラリン-B
105 イソプロピシリン
106 塩酸プログアニル
107 ピラノクントン-B
108 ツベロシン
109 ゾプフィエラミド-B
110 クロキサシリンナトリウム
111 塩酸レチミド
112 バイゲン-B
113 ビドウィロン-B
114 カルベニシリン二ナトリウム
115 ヒドロキシプロカイン
116 オクラトキシン-A
117 テロックス
118 マーカーランガフラバノン-B
119 メノキシマイシン-B
120 ペニシリン-S
121 ソラリジン
122 ルビジノン-C1
123 セコシュードプテロシン-E
124 アサジサルフィド
125 バラングカドイック酸-A
126 ベフェドン
127 メレドナル-B
128 ネラミノ-ル
129 フォモプソリド-A
130 堅牢酸
131 ゾプフィエラミド-A
132 シストダイチン-B
133 ジクロキサシリン
134 フルオロプロプラノロ-ル
135 イリオシコリン-B
136 インディカニン-B
137 ジャカリュ-ビン
138 コッタミド-C
139 メキソラミン
140 ミカペロキシド-H
141 オトギリン
142 塩酸オキソラミン
143 オキソプロパリン-A
144 プルバラノ-ル-A
145 ルビギノン-C2
146 テラクリルシコニン
147 クロジナフォップ-プロパルギル-エステル
148 マザティコル
149 セトキシジム
150 スルファグアノ-ル
151 バラペリドン
152 フルクロキサシリンナトリウム
153 ジオディアモリド-TA
154 ルカントン-スルホキシド
155 メレオライド-D
156 塩酸ナドキソロ-ル
157 ベクロブリック酸グルクロニド
158 クロキサシリン
159 ハイパ-ギノン-B
160 オリゴスポロール-A
161 塩酸プロポキシカイン
162 ロニフィブレート
163 ス-ダンブル-GN
164 トリコデルマミド-B
165 ボトリラミド-A
166 カルフェシリン
167 クレソディム
168 デュタドルピン
169 エピコクリオキノン-B-14
170 フルラゼパム
171 ヒドロキシフルクロキサシリン
172 リナカンチン-C
173 テフルベンズロン
174 ゼニサレ-ト
175 アンチマイシン-A8A
176 アルトインドネシアニン-U
177 ブロンコカイン
178 エノリカム
179 イパジリド
180 モ-ダントブラウン-1
181 プロプラノロ-ルフェノバルビタ-ル
182 プギイニン-A
183 アンフィビン-H
184 アルミラル酸
185 カリンダシリン
186 クロロビオケ-ト
187 クロロプログアニル
188 シンリンドロール-B
189 エクリプタルビン
190 ガルシゲリン-A
191 O-デメチルクロロトリシン
192 サンゲノン-C
193 テトラプテロ-ル-G
194 クロルスルフロン
195 デキサメタゾンジエチルアミノアセテ-ト
196 ジエチキシム
197 ピリドベリシン
198 スベエンダゾール
199 チオカイン
200 トラペジフォリキサントン
201 トリクラザン
202 3',4'ジクロロベンザミル
203 カエトビリジン-C
204 シクログレガチン
205 フルラゼパム一塩酸塩
206 フシジラクトン-B
207 グリセオケリンメチルエステル
208 イソブチルシコニン
209 ミシニケート
210 アジュダゾールB
211 シストジチン-E
212 デメチルプレカンソン-A
213 デストルキシン-A
214 ジフェニド-ルエンボネ-ト
215 ディスコキオリド-B
216 イルマノリド-2
217 ラクトキノマイシン
218 ネオボルニルバル
219 サロスラレン-D
220 アビスシノン-V
221 アキチローム
222 クロルフルアズロン
223 コンドリリジエン-18,20
224 ユーグロバル-G2
225 塩酸イダルビシン
226 ムチシコウマラノン-A
227 3-O-メチルカロポカルピン
228 塩酸アロクラミド
229 アノプテリン
230 ジオキサチオン
231 ユーグロバル-IIC
232 イリシコリン-C
233 ミシノリド-II
234 スイリン
235 トコトリエノ-ル-ガンマ
236 インドミシノン-ベータ
237 イソチオルバミン
238 メベベリン
239 ムチシコウマラノン-D
240 ニンフェオール-C
241 プルソカイン
242 ジメト-20-84
243 2,4-D-ブトキシプロピル
244 アビシノン-IV
245 バイゲン-A
246 クリソクラム酸
247 エポロン-B
248 エトキシカイン
249 フルオレナミル
250 メフェナム酸グアヤコ-ル
251 マキシマ-イソフラボン-C
252 サルコジクチイン-B
253 トリクラベンダゾール
254 アキヨフラン
255 アステリキノン
256 ジエチルグリコレ-ト-トリヒドラジド
257 マロトフィリペンス-D
258 ナフトキサ-ト
259 パチジクチオール-A-エポキシド
260 ラトジャドン
261 塩酸サルベリン
262 4-メナヒドロキノン
263 ボトリラミド-C
264 エルサミシン
265 フェンフルトリン
266 ムチシフェノン-A
267 サンゲノン-A
268 シュヴァインフルチン-A
269 バニリジロ-ル
270 4-O-メチルメレオリド
271 アセチルビスミオン-F
272 塩酸アルフェンタニル
273 アスペルテロニン-A
274 ベータ-ヒドロキシイソバレリルシコニン
275 カルビソカイン
276 塩酸クロルログアニル
277 クリプトフィシン-52
278 ジデメチルトコトリエノ-ル
279 フルオソル-DA
280 ピリドキシフェン
281 塩酸ティアゼシム
282 ブトクタミド
283 デオキシシコニン
284 ガンビエリン酸-A
285 リコフラノン
286 プレドニリデン-ジエチルアミノアセテ-ト
287 シュ-ドプテロシン-G
288 トリケンディオ-ル
289 ゾアパタノ-ル
290 エルゴキニン-C
291 塩酸ペンタモキサン
292 スキャンデニン
293 アクチノピロン-C
294 アミトン
295 クラトキシアルボレノン-C
296 シモポール
297 ドキシサイクリン-ヒクレート
298 フラビデュロ-ル-C
299 フラン-12
300 ミリアポロン-3
301 オリノシノリド
302 トナベルサット
303 ビスミオン-B
304 アミケリン
305 塩酸ブタモキサン
306 クロロビオシン
307 シクロコムニン
308 フェナザフロール
309 ビスミオン-D
310 3-トリクロロレメタホス
311 アミノプロピロンフェニルブタゾン
312 ジオクレノール
313 グリフォリン
314 ハイパ-ジョビノ-ル-A
315 タモラリジン
316 トメントール
317 トランス-デルタ-トコトリエノール酸
318 塩酸ジアセトロール
319 デュトマイシン
320 リグロブストシド-O
321 レスパイロール-B
322 エレクトキオン-A
323 サロトラレン-A
324 シタマキン
325 トリコポリン-II
326 3-ヒドロキシトルファゼパム
327 ジメトプラミド
328 フェノテロ-ル臭化水素酸塩
329 フェンカプトン
330 クラトキシアルボレノン-B
331 塩酸エトモキサン
332 イソセントラテリン
333 カリマンタシン-A
334 ヒスパグラブリジン-A
335 ランカシクリノ-ル
336 マクルラキサントン
337 塩酸ピバンピシリン
338 プルラフラビン-A
339 シグモイディン-I
340 フェナラミド
341 ヒドロキシクラシノマイシン-M,2
342 ソフォラディン
343 アスコクロリン
344 ベータ-ヒドロキシサンシュ-ル
345 ビストラミド-K
346 ホウ酸クロルテトラサイクリン
347 デヒドロアスコクロリン-8+,9+
348 塩化ジメチアリウム
349 マーカーランギン
350 マルセロマイシン
351 ベンゾイルゴミシン-H
352 塩酸クリンダマイシン
353 ヒドロキシアスコクロリン-8+
354 ネオカルジリン-A
355 カエトビリジン-B
356 クロルテトラサイクリン重硫酸塩
357 ナピラジオマイシン-C1
358 サロアスピジン-B
359 サラシン
360 エレクトン-B
361 ホモハルジアン酸
362 アステリキノン-B1
363 データミド
364 ルブラキサントン
365 ドラスタチン-19
366 エデトール
367 ファセオリジン
368 ゲドカルニル
369 マヌマイシン-B
370 サンタロ-ル-ベータ-サリチル酸塩
371 コワニン
372 インジブリン
373 コワノ-ル
374 カラタビシン
375 ピクロキシジン
376 プロキサゾール
377 ストロビルリン-E
378 エレクトキノン-B
379 スリカイニド
380 ジエチルアミノメチルルチン
381 トロペシン
382 塩酸ピクロキシジン
383 HEX-1
384 デクロバニロビオシン

データベ-ス MDDR
385 ルビジノンC2
386 フロブフェン
387 テトロノチオジン
388 ラフルニムス
389 マイカペロキシドA
390 塩酸フルラゼパム
391 ルビジノンC1
392 メシル酸クリスナト-ル
393 ドラスタチンD
394 エポラクタエン
395 レキシパファント

データベ-ス CHEMBL
396 カルベニシリン
397 ジクロフォップ
398 エピフェニチシリン
399 フロブフェン
400 巨酸
401 フェネチシリンカーリウム
402 ジフェニシリン

データベ-ス Pubchem
403 アコチアミド
404 アコジボローレ
405 アクマピモッド
406 アパルタミド
407 ASP3026
408 AZD1480
409 BIIB021
410 ブランプラム
411 ブレキナ-ル
412 クロルプログアニル
413 エムリカサン
414 エナシデニブ
415 エノリカム
416 フルラゼパム
417 ILX295501
418 インジブリン
419 メトクロプラミド
420 メバスタチン
421 MK0686
422 ナバリキシン
423 ネファゾドン
424 パントプラゾール
425 パビネタント
426 SCYX-7158
427 シカニン
428 スルホグアノ-ル
429 スニチニブ
430 スボレキサント
431 チアプリド
432 トナベルサット
433 ウリモレリン
434 キシパムミド
435 MGGBYMDAPCCKCT-UHFFFAOYSA-N
436 VNBRGSXVFBYQNN-UHFFFAOYSA-N
437 YUHNXUAATAMVKD-PZJWPPBQSA-N
8.1.3. 条件的ヘテロ二量体化のためのさらなるシステム:
本発明によれば、例えばCAR群の2つのCAR分子のヘテロ二量体化のためのヘテロ二量体化ドメインの対は、以下からも選択され得る。
a)FKBP及びFKBP-ラパマイシン関連タンパク質(FRB、変異T82L)、
b)GAI及びGID1、
c)FKBP及びカルシニュ-リン触媒性サブユニットA(CnA)、
d)FKBP及びシクロフィリン、
e)PYL及びABI。
これらのヘテロ二量体化ドメインの配列、並びにこれらのヘテロ二量体化ドメインの二量体化に適した調節分子の配列は、当技術分野で公知であり(Rutkowska et al., Angew Chem Int Ed Engl. 2012;51(33):8166)、例えば国際公開第2014127261号に開示されている。
GAI、GID1、FKBP、CnA、シクロフィリン、PYL、及びABIから選択されるヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーは、約50アミノ酸~約300アミノ酸以上の長さを有することができ、例えば、ヘテロ二量体化ドメインの対のメンバーは、約50aa~約100aa、約100aa~約150aa、約150aa~約200aa、約200aa~約250aa、約250aa~約300aa、又は300aa以上の長さを有することができる。
例えば、好ましいヘテロ二量体化ドメインは、FKBPに由来することができ、アミノ酸配列Uniprot P62942-1と少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、カルシニュ-リン触媒性サブユニットA(PPP3CA;CALN;CALNA;CALNA1;CCN1;CNA1;PPP2B;CAM-PRP触媒性サブユニット;カルシニュ-リンAアルファ;カルモジュリン依存性カルシニュ-リンAサブユニットアルファアイソフォーム;タンパク質ホスファタ-ゼ2B、触媒性サブユニット、アルファアイソフォームなどとしても知られている)に由来することができ、アミノ酸配列Uniprot Q08209-1アミノ酸(aa)56~347(PP2Acドメイン)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、シクロフィリン(シクロフィリンA、PPIA、CYPA、CYPH、PPIア-ゼAなどとしても知られている)に由来することができ、アミノ酸配列Uniprot P62937-1と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、MTOR(FKBP-ラパマイシン関連タンパク質、FK506結合タンパク質12-ラパマイシン関連タンパク質1;FK506結合タンパク質12-ラパマイシン関連タンパク質2;FK506結合タンパク質12-ラパマイシン複合体関連タンパク質1;FRAP;FRAP1;FRAP2;RAFT1;及びRAPT1としても知られている)に由来することができ、アミノ酸配列Uniprot P42345-1 aa2021~2113(「Frb」としても知られている:Fkbp-ラパマイシン結合ドメイン)と、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、PYLタンパク質(アブシジン酸受容体及びRCARとしても知られている)に由来することができ、以下のアミノ酸配列(PYL10(Uniprot Q8H1R0-1);PYL11(Uniprot Q9FJ50);PYL12(Uniprot Q9FJ49-1);PYL13(Uniprot Q9SN51-1);PYL1(Uniprot Q8VZS8-1);PYL2(Uniprot O80992-1);PYL3(Uniprot Q9SSM7-1);PYL4(Uniprot O80920-1);PYL5(Uniprot Q9FLB1-1);PYL6(Uniprot Q8S8E3-1);PYL7(Uniprot Q1ECF1-1);PYL8(Uniprot Q9FGM1-1);PYL9(Uniprot Q84MC7-1);PYR1(Uniprot O49686-1))のいずれかと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、ABIタンパク質(アブシジン酸非感受性としても知られている)に由来することができ、及びシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)のタンパク質ABI1(アブシジン酸非感受性1、プロテインホスファタ-ゼ2C 56、AtPP2C56、P2C56、及びPP2C ABI1としても知られている)及び/又はABI2(P2C77、プロテインホスファタ-ゼ2C 77、AtPP2C77、アブシジン酸非感受性2、プロテインホスファタ-ゼ2C ABI2、及びPP2C ABI2としても知られている)に由来することができる。例えば、適切なヘテロ二量体化ドメインは、以下のアミノ酸配列ABI1(Uniprot P49597-1);ABI2(Uniprot O04719-1)のいずれかの、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、約150aa~約160aa、約160aa~約170aa、約170aa~約180aa、約の180aa~約190aa、又は約190aa~約200aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、GAIシロイヌナズナタンパク質(ジベレリン酸非感受性、及びDELLAタンパク質GAIとしても知られている)に由来することができ、アミノ酸配列Uniprot Q9LQT8-1の、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、約150aa~約160aa、約160aa~約170aa、約170aa~約180aa、約の180aa~約190aa、又は約190aa~約200aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
別の例として、ヘテロ二量体化ドメインは、GID1シロイヌナズナタンパク質(ギベレリン受容体GID1としても知られている)に由来することができ、以下のアミノ酸配列(GID1A(Uniprot Q9MAA7-1);GID1B(Uniprot Q9LYC1-1);GID1C(Uniprot Q940G6-1))のいずれかの、約100アミノ酸~約110アミノ酸(aa)、約110aa~約115aa、約115aa~約120aa、約120aa~130aa、約130aa~約140aa、約140aa~約150aa、約150aa~約160aa、約160aa~約170aa、約170aa~約180aa、約の180aa~約190aa、又は約190aa~約200aaの連続ストレッチと、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、又は100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
8.1.3で説明されているヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化は、異なる調節分子(ヘテロ二量体化ドメインの対に続く括弧内に示されている):
b)FKBP及びCnA(ラパマイシン);
c)FKBP及びシクロフィリン(ラパマイシン);
d)FKBP及びFRG(ラパマイシン);
h)PYL及びABI(アブシジン酸);
j)GAI及びGID1(ジベレリン又はジベレリン類似体GA-3M)、によって達成できる。
上記のように、ラパマイシン(PubChem CID 5284616)は調節分子として機能する。あるいは、ラパマイシン誘導体又は類似体を使用することができる。例えば、国際公開第96/41865号;国際公開第99/36553号;国際公開第01/14387号;及びYe et al (1999) Science 283:88-91を参照されたい。例えば、ラパマイシンに構造的に関連する類似体、同族体、誘導体、及び他の化合物(「ラパログ」)には、特にラパマイシンに対して以下の修飾のうちの1つ以上を有するラパマイシンの変種が含まれる:C7、C42、及び/又はC29でのメトキシの脱メチル化、脱離、又は置換。;CI3、C43、及び/又はC28でのヒドロキシの脱離、誘導体化、又は置換;C14、C24、及び/又はC30でのケトンの還元、脱離、又は誘導体化;6員のピペコリン酸環を5員のプロリル環で置換;及び、シクロヘキシル環上の代替置換、又は置換シクロペンチル環によるシクロヘキシル環の置換。追加情報は、例えば、米国特許第5,525,610号;5,310,903号;5,362,718号;及び5,527,907号に提示されている。C-28ヒドロキシル基の選択的エピマ-化が報告されている;例えば、国際公開第01/14387号を参照されたい。ラパマイシンの代替として使用するのに適した追加の合成調節分子には、米国特許公開第2012/0130076号に記載されているもの、例えば28-エピラパマイシン(PubChem CID 131668123)が含まれる。
ラパログとしても適切なのは、次の式の化合物である。
Figure 2022504191000001
(例えば米国特許出願公開第7067526B1号に開示されている)、式中、nは1又は2であり;R28及びR43は、独立してH、又は置換若しくは非置換の脂肪族若しくはアシル部分であり;R7aとR7bの1つはHで、もう他の1つはハロ、R、OR、SR、-OC(O)R、-OC(O)NR、-NR、-NRC(OR)R、NRC(O)OR、-NRSO、又はNRSONRB'であり;又は、R7aとR7bは一緒にテトラエン部分のHであり:
Figure 2022504191000002
式中、Rは、H又は置換若しくは非置換脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、又はヘテロアリール部分であり、R及びRB'は、独立してH、OH、又は置換若しくは非置換脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、又はヘテロアリール部分である。
8.1.4. 分泌された可溶性因子による細胞外二量体化:
本発明のCAR群の少なくとも2つのCAR分子の非共有結合性複合体化はまた、分泌された可溶性因子、例えば腫瘍間質に蓄積するタンパク質によって誘導することができ、それによりしばしば、これらのタンパク質は、それ自体がホモ又はヘテロ二量体化することができる。この場合、これらの可溶性因子は本発明の調節分子として機能する。次に、二量体化ドメインは、例えば、可溶性因子が結合できる天然の受容体(又はそれに由来する短いペプチド;例えば、Young et al., J Biol Chem. 2004;279(46):47633-42)のドメイン、又は選択された可溶性因子に結合するように工学作成された任意の抗原結合ポリペプチド(第1章「抗原結合部分」ですでに説明したように)(例えば、Dotor et al., Cytokine. 2007;39(2):106-15); Lobner et al., MAbs. 2017;9(7):1088-1104) (実施例6のCAR群の複合体化に使用されるVEGF結合ドメイン)であり得る。
9. 標的抗原:
本発明の好適な実施態様において、CAR群の各抗原結合部分、及び前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの各抗原結合部分は、細胞上に存在する標的抗原、好ましくは細胞の、固体表面上の、又は脂質2重層上の標的抗原に結合する。
本発明によれば、CAR群の抗原結合部分によって、あるいは前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分によって特異的に認識される特定の標的抗原は、天然に存在する細胞表面抗原に結合した天然に存在する細胞表面抗原、又はポリペプチド、炭水化物、又は脂質でもよい。
CAR群の抗原結合部分、及び前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分が結合できる抗原の例には、例えば以下が含まれる:CD19、CD20、CD22、CD23、CD28、CD30、CD33、CD35、CD38、CD40、CD42c、CD43、CD44、CD44v6、CD47、CD49D、CD52、CD53、CD56、CD70、CD72、CD73、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD82、CD85A、CD85B、CD85D、CD85H、CD85K、CD96、CD107a、CD112、CD115、CD117、CD120b、CD123、CD146、CD148、CD155、CD185、CD200、CD204、CD221、CD271、CD276、CD279、CD280、CD281、CD301、CD312、CD353、CD362、BCMA、CD16V、CLL-1、Igカッパ、TRBC1、TRBC2、CKLF、CLEC2D、EMC10、EphA2、FR-a、FLT3LG、FLT3、ルイス-Y、HLA-G、ICAM5、IGHA1/IgA1、IL-1RAP、IL-17RE、IL-27RA、MILR1、MR1、PSCA、PTCRA、PODXL2、PTPRCAP、ULBP2、AJAP1、ASGR1,CADM1、CADM4、CDH15、CDH23、CDHR5、CELSR3、CSPG4、FAT4、GJA3、GJB2、GPC2、GPC3、IGSF9、LRFN4、LRRN6A/LINGO1、LRRC15、LRRC8E、LRIG1、LGR4、LYPD1、MARVELD2、MEGF10、MPZLI1、MTDH、PANX3、PCDHB6、PCDHB10、PCDHB12、PCDHB13、PCDHB18、PCDHGA3、PEP、SGCB、ベザチン、DAGLB、SYT11、WFDC10A、ACVR2A、ACVR2B、未分化リンパ腫キナ-ゼ、カドヘリン24、DLK1、GFRA2、GFRA3、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EFNB1、EPOR、FGFR2、FGFR4、GALR2、GLG1、GLP1R、HBEGF、IGF2R、UNC5C、VASN、DLL3、FZD10、KREMEN2、TMEM169、TMEM198、NRG1、TMEFF1、ADRA2C、CHRNA1、CHRNB4、CHRNA3、CHRNG、DRD4、GABRB3、GRIN3A、GRIN2C、GRIK4、HTR7、APT8B2、NKAIN1、NKAIN4、CACNA1A、CACNA1B、CACNA1I、CACNG8、CACNG4、CLCN7、KCNA4、KCNG2、KCNN3、KCNQ2、KCNU1、PKD1L2、PKD2L1、SLC5A8、SLC6A2、SLC6A6、SLC6A11、SLC6A15、SLC7A1、SLC7A5P1、SLC7A6、SLC9A1、SLC10A3、SLC10A4、SLC13A5、SLC16A8、SLC18A1、SLC18A3、SLC19A1、SLC26A10、SLC29A4、SLC30A1、SLC30A5、SLC35E2、SLC38A6、SLC38A9、SLC39A7、SLC39A8、SLC43A3、TRPM4、TRPV4、TMEM16J、TMEM142B、ADORA2B、BAI1、EDG6、GPR1、GPR26、GPR34、GPR44、GPR56、GPR68、GPR173、GPR175、LGR4、MMD、NTSR2、OPN3、OR2L2、OSTM1、P2RX3、P2RY8、P2RY11、P2RY13、PTGE3、SSTR5、TBXA2R、ADAM22、ADAMTS7、CST11、MMP14、LPPR1、LPPR3、LPPR5、SEMA4A、SEMA6B、ALS2CR4、LEPROTL1、MS4A4A、ROM1、TM4SF5、VANGL1、VANGL2、C18orf1、GSGL1、ITM2A、KIAA1715、LDLRAD3、OZD3、STEAP1、MCAM、CHRNA1、CHRNA3、CHRNA5、CHRNA7、CHRNB4、KIAA1524、NRM.3、RPRM、GRM8、KCNH4、DLK1、GFRA2、GFRA3、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EFNB1、EPOR、FGFR2、FGFR4、GLP1R、HBEGF、IGF2R、UNC5C、VASN、DLL3、FZD10、KREMEN2、TMEM169、TMEM198、NRG1、TMEFF1、ADRA2C、CHRNA1、CHRNB4、CHRNA3、CHRNG、DRD4、GABRB3、GRIN3A、GRIN2C、GRIK4、NKAIN4、CACNA1A、CACNA1B、CACNA1I、CACNG8、CACNG4、CLCN7、KCNA4、KCNG2、KCNN3、KCNQ2、KCNU1、PKD1L2、PKD2L1、SLC5A8、SLC6A2、SLC6A6、SLCA10、SLC6A2、SLC6A6、SLC6A SLC13A5、SLC16A8、SLC18A1、SLC18A3、SLC19A1、SLC26A10、SLC29A4、SLC30A1、SLC30A5、SLC35E2、SLC38A6、SLC38A9、SLC39A7、SLC39A8、SLC43A3、TRPM4、TRPV4、TMEM GPR44、GPR56、GPR68、GPR173、GPR175、LGR4、MMD、NTSR2、OPN3、OR2L2、OSTM1、P2RX3、P2RY8、P2RY11、P2RY13、PTGE3、SSTR5、TBXA2R、ADAM22、ADAMTS7、CST11、MMP14、LP1 SEMA4A、SEMA6B、ALS2CR4、LEPRO TL1、MS4A4A、ROM1、TM4SF5、VANGL1、VANGL2、C18orf1、GSGL1、ITM2A、KIAA1715、LDLRAD3、OZD3、STEAP1、MCAM、CHRNA1、CHRNA3、CHRNA5、CHRNA7、CHRNB4、KIAA1524、NRM.3、RPC、GRM8、KCNH4、メラノコルチン1受容体、PTPRH、SDK1、SCN9A、SORCS1、CLSTN2、エンドセリン変換酵素様-1、リゾリン酸受容体2、LTB4R、TLR2、神経向性チロシンキナ-ゼ1、MUC16、B7-H4、上皮成長因子受容体(EGFR)、ERBB2、HER3、EGFR変種III(EGFRvIII)、HGFR、FOLR1、MSLN、CA-125、MUC-1、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、メソセリン、上皮細胞接着分子(EpCAM)、L1-CAM、CEACAM1、CEACAM5、CEACAM6、VEGFR1、VEGFR2、高分子量メラノ-マ関連抗原(HMW-MAA)、MAGE-A 1、IL-13R-α2、ジシアロガングリオシド(GD2及びGD3)、腫瘍関連炭水化物抗原(CA-125、CA-242、Tn、及びシアリールTn)、4-1BB、5T4、BAFF、炭酸アンヒドラ-ゼ9(CA-IX)、C-MET、CCR1、CCR4、FAP、フィブロネクチンエクストラドメインB(ED-B)、GPNMB、IGF-1受容体、インテグリンα5β1、インテグリンαvβ3、ITB5、ITGAX、エンビギン、PDGF-Rα、ROR1、シンデカン1、TAG-72、テネイシンC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、NKG2D-リガンド、腫瘍特異的ペプチドエピトープを提示する主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子、好ましくはPR1/HLA-A2、系統特異的又は組織特異的組織抗原、好ましくはCD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD24、CD25、CD34、CD80、CD86、CD133、CD138、CD152、CD319、エンドグリン、MHC分子など。
10. 核酸、細胞の調製、治療上の使用:
本発明の別の態様は、本発明のCAR群のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸に関する。本発明の核酸は、いくつかの実施態様において、例えば発現ベクターを含むDNA又はRNAである。本発明の核酸はまた、他の形態、例えばウイルスベクターで提供され得る。核酸は、細胞内で活性又は条件的に活性であり得、いくつかの実施態様において、RNA、例えばインビトロで合成されたRNAとして存在し得る。宿主細胞へのRNA又はDNAの導入は、インビトロ又はエクスビボ又はインビボで行うことができる。例えば、宿主細胞(例えばNK細胞、細胞傷害性Tリンパ球)は、CAR群のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含むRNAを用いて、インビトロ又はエクスビボで電気穿孔することができる。
ある場合には、本開示の核酸は、2、3、又は4つのCAR分子のいずれかからなる、本発明のCAR群のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む。ある場合には、本開示の核酸は、それぞれが2、3、又は4つのCAR分子のいずれかからなるCAR群の1つの分子をコードする、1、2、3、又は4つの別個のヌクレオチド配列を含む。
CAR群のCAR分子が異なる核酸分子によってコードされる場合、本発明は、CAR群の1、2、3、又は4つの分子をコードする少なくとも2つの核酸のキットを提供し、ここで、再度核酸は、好ましくはDNA、RNA、又はインビトロで転写されたRNAから選択される。
本発明はまた、本発明の核酸(すなわち、CAR群のCAR分子をコードする)を含むベクター、及び/又は核酸(CAR群のCAR分子をコードする)のキットを提供する。
そのようなベクターは、選択可能なマーカー、複製起点、及びベクターの複製及び/又は維持を提供する他の特徴を含むことができる。適切なベクターには、例えばプラスミド、ウイルスベクターなどが含まれる。多数の適切なベクター及びプロモーターが当業者に知られており、多くが、本発明の組換え構築物を作成するために市販されている。以下のベクターは、例として提供されている。細菌用:pBs、ファ-ジスクリプト、PsiX 174、pBluescript SK、pBs KS、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46a(Stratagene, La Jolla, Calif., USA);pTrc99A、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、及びpRIT5(Pharmacia, Uppsala, Sweden)。真核生物用:pWLneo、pSV2cat、pOG44、PXR1、pSG(Stratagene)pSVK3、pBPV、pMSG、及びpSVL(Pharmacia)。ベクターは、異種タンパク質をコードする核酸配列の挿入を提供するために、プロモーター配列の近くに位置する便利な制限部位を有することができる。発現宿主で機能する選択可能なマーカーが存在してもよい。適切なベクターには、ウイルスベクター(例えば、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、SV40、単純ヘルペスウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、レトロウイルスベクター(例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、及びレトロウイルスに由来するベクター、例えばラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、鳥類白血病ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、及び乳腺腫瘍ウイルスに由来するベクターなど)が含まれる。形質導入された細胞のゲノムに効率的に組み込まれる能力のために、好ましいベクターは、レトロウイルスベクター、特にガンマレトロウイルスベクター、及びレンチウイルスベクター、すなわちレトロウイルスゲノムの少なくとも一部に由来するベクターである。好ましいレトロウイルスベクターの例は、自己不活化レンチウイルスベクターである(Milone et al., Mol Ther. 2009;17(8):1453-1464に提供されている)。臨床で使用され得るレンチウイルスベクターの他の例には、例えば、Oxford BioMedicaからのLENTIVECTOR(登録商標)遺伝子送達技術、LentigenからのLENTIMAX(商標)ベクターシステムなどが含まれる。非臨床型のレンチウイルスベクターも使用可能であり、当業者に周知されているであろう。トランスフェクトされた細胞のゲノムに効率的に組み込むことができる他のタイプの好ましいベクターは、トランスポゾンベクター、好ましくはPiggyBACベースのベクター及びSleeping beautyベースのベクターである。目的の遺伝子を細胞のゲノムに組み込むためのさらに重要な非ウイルス戦略は、部位特異的ヌクレア-ゼ技術(例えば、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)又は転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)に基づく)、又はCRISPR/Cas技術(例えば、Gaj et al., Trends Biotechnol. 2013;31(7):397-405; 及び Ren et al., Protein Cell 2017;8(9):634-643)に基づいている。これらの技術は、任意のDNA分子(1本鎖DNA又は2本鎖DNA;ベクター、PCRアンプリコンなどの形態)から規定されたヌクレオチド配列の組み込みを可能にし、目的の遺伝子を内因性プロモーターの下流のゲノムに組み込むことができるため魅力的である(例えば、Eyquem et al., Nature. 2017;543(7643):113-117に記載されている)。
本発明はまた、少なくとも2つのベクターのキットを提供し、各ベクターは、本発明のCAR群の1、2、3、又は4つのCAR分子をコードする核酸配列を含む。ベクターは、同じか又は異なる宿主系(例えば、ベクターによる形質転換又は増殖後にベクターがCAR分子を発現する適切な細胞)での発現を達成するために、同じか又は異なる調節配列を備え得る。
本発明のベクター又はベクターのキットにおいて、CAR群のCAR分子をコードする核酸は、転写制御要素に作動可能に連結されて、発現ベクターを生じることができる。そのような転写制御要素は、プロモーター、エンハンサーなどでもよく、適切なプロモーター及びエンハンサー要素が当技術分野で知られている。細菌細胞での発現に適切なプロモーターには、lac1、lacZ、T3、T7、gpt、ラムダP、及びtrcが含まれる。真核生物細胞での発現に適したプロモーターには、軽鎖及び/又は重鎖免疫グロブリン遺伝子プロモーター及びエンハンサー要素、サイトメガロウイルス前初期プロモーター、単純ヘルペスウイルスチミジンキナ-ゼプロモーター、初期及び後期SV40プロモーター、レトロウイルスからの長い末端反復に存在するプロモーター(例えば、ガンマレトロウイルスの5'-LTR、又はモロニ-マウス白血病ウイルス(MMLV)の5'-LTRのサブ要素R及びU3を含むプロモーター配列)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)に存在するプロモーター、マウスメタロチオネイン-Iプロモーター、イントロンを含むか又は含まないEF1-アルファ、ホスホグリセリン酸キナ-ゼ(PGK)のプロモーター、及び当技術分野で知られている様々な組織特異的プロモーターが含まれる。可逆的誘導性プロモーターを含む適切な可逆的プロモーターは、当技術分野で知られている。そのような可逆的プロモーターは、例えば真核生物や原核生物などの多くの生物から単離及び誘導することができる。第2の生物で使用するための第1の生物に由来する可逆的プロモーターの改変、例えば第1の原核生物と第2の真核生物、第1の真核生物と第2の原核生物などは、当技術分野で公知である。そのような可逆的プロモーター、及びそのような可逆的プロモーターに基づき追加の制御タンパク質も含むシステムには、アルコ-ル調節プロモーター(例えば、アルコ-ル脱水素酵素I(alcA)遺伝子プロモーター、アルコールトランスアクチベータ-タンパク質(AlcR)に応答するプロモーターなど)、テトラサイクリン調節プロモーター(例えば、TetActivators、TetON、TetOFFなどを含むプロモーターシステム)、ステロイド調節プロモーター(例えば、ラット糖質コルチコイド受容体プロモーターシステム、ヒトエストロゲン受容体プロモーターシステム、レチノイドプロモーターシステム、甲状腺プロモーターシステム、エクジソンプロモーターシステム、ミフェプリストンプロモーターシステムなど)、金属調節プロモーター(例えば、メタロチオネインプロモーターシステムなど)、病因関連調節プロモーター(例えば、サリチル酸調節プロモーター、エチレン調節プロモーター、ベンゾチアジアゾール調節プロモーターなど)、温度調節プロモーター、例えば熱ショック誘導性プロモーター(例えば、HSP-70、HSP-90、大豆熱ショックプロモーターなど)、光調節dプロモーター、合成誘導性プロモーターなどが含まれる。
ある場合には、適切なプロモーターを含む遺伝子座又は構築物又はトランス遺伝子は、誘導性システムの誘導を通じて不可逆的に切り替えることができる。不可逆スイッチの誘導に適したシステムは当技術分野で公知であり、例えば、不可逆スイッチの誘導は、Cre-lox仲介組換えを使用することができる。当技術分野で知られているリコンビナ-ゼ、エンドヌクレア-ゼ、リガ-ゼ、組換え部位などの任意の適切な組み合わせを使用して、不可逆的に切り替え可能なプロモーターを作成することができる。本明細書の別の場所に記載されている、部位特異的組換えを実施するための方法、メカニズム、及び要件は、不可逆的に切り替えられるプロモーターを作成する際に使用され、当技術分野でよく知られている。ある場合にはプロモーターは、CD8細胞特異的プロモーター、CD4細胞特異的プロモーター、好中球特異的プロモーター、又はNK特異的プロモーターである。例えば、CD4遺伝子プロモーターを使用することができる。別の例として、CD8遺伝子プロモーターを使用することができる。NK細胞特異的発現は、Neri(p46)プロモーターを使用することで達成できる。いくつかの実施態様において、例えば酵母細胞での発現の場合、適切なプロモーターは、構成性プロモーター、例えばADH1プロモーター、PGK1プロモーター、ENOプロモーター、PYK1プロモーター;又は、調節可能なプロモーター、例えばGAL1プロモーター、GAL10プロモーター、ADH2プロモーター、PH05プロモーター、CUP1プロモーター、GAL7プロモーター、MET25プロモーター、MET3プロモーター、CYClプロモーター、HIS3プロモーター、ADH1プロモーター、PGKプロモーター、GAPDHプロモーター、ADC1プロモーター、TRP1プロモーター、URA3プロモーター、LEU2プロモーター、ENOプロモーター、TP1プロモーター、及びAOX1(例えば、ピキア属で使用するため)である。適切なベクター及びプロモーターの選択は、当業者の技術レベルの範囲内である。原核生物の宿主細胞で使用するのに適したプロモーターには、バクテリオファ-ジT7RNAポリメラ-ゼプロモーター;trpプロモーター;lacオペロンプロモーター;ハイブリッドプロモーター、例えばlac/tacハイブリッドプロモーター、tac/trcハイブリッドプロモーター、trp/lacプロモーター、T7/lacプロモーター;trcプロモーター;tacプロモーターなど;araBADプロモーター;インビボ調節プロモーター、例えばssaGプロモーター又は関連プロモーター、pagCプロモーター、nirBプロモーターなど;sigma70プロモーター、例えばコンセンサースsigma70プロモーター(例えば、GenBank受け入れ番号AX798980、AX798961、及びAX798183を参照);固定相プロモーター、例えばdpsプロモーター、spvプロモーター;病原性島SPI-2に由来するプロモーター;actAプロモーター;rpsMプロモーター;tetプロモーター;SP6プロモーター;などが含まれる。大腸菌などの原核生物で使用するのに適した強力なプロモーターには、Trc、Tac、T5、T7、及びPLambdaが含まれる。細菌宿主細胞で使用するためのオペレ-タ-の例には、ラクトースプロモーターオペレーター(Laciリプレッサ-タンパク質は、ラクトースと接触すると構造が変化し、それによってLaciリプレッサ-タンパク質がオペレ-タ-に結合するのを防ぐ)、トリプトファンプロモーターオペレーター(トリプトファンと複合体を形成した場合、TrpRリプレッサ-タンパク質は、オペレーターに結合するコンフォメーションを有する;トリプトファンがない場合、TrpRリプレッサ-タンパク質はオペレ-タ-に結合しないコンフォメーションを有する)、そしてtacプロモーターオペレーターが含まれる。
本発明の好適な実施態様によれば、ベクター又は少なくとも2つのベクターのキットは、CAR群のCAR分子をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結している、Tリンパ球特異的プロモーター、又はNK細胞特異的プロモーター、又はEF1-アルファプロモーターを含む。
さらなる態様によれば、本発明はまた、本発明のCAR群のすべてのCAR分子を産生するように改変された遺伝子改変細胞に関する。本発明の細胞はまた、本発明のベクターを産生する(例えば、ウイルス又はプラスミド上清として)ために使用することができ、これらはそこからさらに精製され、これらのベクターを増幅及び精製された形態で提供することができる。
好適な実施態様によれば、細胞は、本発明のCAR群のCAR分子を産生するように遺伝子改変された哺乳動物細胞である。好ましい哺乳動物細胞は、幹細胞、前駆細胞、又は幹細胞若しくは前駆細胞に由来する細胞、好ましくはリンパ球である。本発明に従って遺伝子改変されるさらに好ましい細胞は、初代細胞及び不死化細胞株である。製薬用途では、ヒト細胞、特にリンパ球が特に好ましい。しかしながら、非ヒト初代細胞及び細胞株もまた、特に本発明のシステムで科学的疑問に対処するために、適切な細胞型、例えば非ヒト霊長類細胞株、げっ歯類(例えば、マウス、ラット)細胞株であり得る。
本発明のさらに好ましい細胞は、HeLa細胞(例えば、アメリカンタイプカルチャ-コレクション(ATCC)番号CCL-2)、CHO細胞(例えば、ATCC番号CRL9618、CCL61、CRL9096)、293細胞(例えば、ATCC番号CRL-1573)、ベロ細胞、NIH 3T3細胞(例えばATCC番号CRL-1658)、Huh-7細胞、BHK細胞(例えば、ATCC番号CCL10)、PC12細胞(ATCC番号CRL1721)、COS細胞、COS-7細胞(ATCC番号CRL1651)、RAT1細胞、マウスL細胞(ATCC番号CCL1.3)、ヒト胚性腎臓(HEK)細胞(ATCC番号CRL1573)、HLHepG2細胞、Hut-78、ジャーカット(Jurkat)、HL-60、NK細胞株(例えば、NKL、NK92、及びYTS)などでもよい。いくつかの好ましい例では、本発明の細胞は、不死化細胞株ではなく、個体から得られた細胞(例えば、初代細胞)である。例えばある場合には、細胞は個人から得られた免疫細胞である。一例として、細胞は個体から得られたTリンパ球である。別の例として、細胞は、個体から得られた細胞傷害性細胞である。別の例として、細胞は、個体から得られた幹細胞又は前駆細胞である。
特に好適な実施態様によれば、本発明のCAR群の個々のCAR分子をコードするベクター又は少なくとも2つのベクターのキットで形質転換される本発明の哺乳動物細胞は、T細胞又はNK細胞である。
さらなる態様によれば、本発明は、本発明の核酸、本発明の核酸のキット、本発明のベクター又はベクターのキット、又は本発明の細胞若しくは細胞のキットを含む医薬調製物に関する。
本開示は、組合せ抗原認識が可能な細胞を作成する方法を提供する。この方法は、一般に、本開示のCAR群の分子をコードするヌクレオチド配列を含む、ベクター又はベクターのキット、又はRNA(例えば、インビトロ転写されたRNA)で、哺乳動物細胞を遺伝子改変することを含む。遺伝子改変は、インビボ、インビトロ、又はエクスビボで実施することができる。細胞は、免疫細胞(例えば、Tリンパ球又はNK細胞)、幹細胞、前駆細胞などであり得る。
遺伝子改変は、好ましくはエクスビボで実施される。例えば、Tリンパ球(すなわちT細胞)、幹細胞、又はNK細胞は、個体から得ることができ、個体から得られた細胞は、本開示のCAR群を発現するように遺伝子改変される。ある場合には、遺伝子改変細胞はエクスビボで活性化される。遺伝子改変細胞が個体(例えば、その細胞が得られた個体)に導入される場合、遺伝子改変細胞は、個体の細胞の表面上で生理学的発現レベルで存在する標的抗原の選択された組み合わせと接触すると、インビボで活性化される。例えば、遺伝子改変細胞がTリンパ球又はNK細胞である場合、遺伝子改変細胞は、CAR群(及び/又は他のポリペプチドの抗原結合部分)が結合するその表面に、生理学的発現レベルで標的抗原の選択された組み合わせを提示する細胞に対して細胞毒性を示すことができる。条件的に活性なCAR群の場合、遺伝子改変細胞は、個体において生理学的発現レベルで細胞の表面に存在する標的抗原の選択された組み合わせと接触し、そして、1つ以上の調節分子及び/又はそれぞれがCAR群の分子の結合部位に結合することができ少なくとも抗原結合部分を含む1つ以上の他のポリペプチドを、個体に投与時したときにのみ効率的に活性化される。他のいくつかの場合において、個体の生理学的発現レベルで細胞の表面に存在する標的抗原と接触したとき遺伝子改変細胞の活性化は、調節分子を個体に投与すると減少する。
本開示は、対象CAR群を使用する様々な治療方法を提供する。
本発明のCAR群は、Tリンパ球又はNK細胞に存在する場合、標的細胞に対する細胞毒性を仲介することができる。本発明の非共有結合的に複合体化されたCAR群は、ある場合には、標的抗原に結合する他のポリペプチドの存在に依存して、標的細胞上に存在する標的抗原の選択された組み合わせに結合することができ、それにより、CAR群を生成するように遺伝子改変されたTリンパ球又はNK細胞による標的細胞の死滅を仲介する。
標的細胞には癌細胞が含まれる。従って本開示は、標的癌細胞を死滅させるか、又はその増殖を阻害する方法を提供し、この方法は、標的癌細胞に、対象CAR群を生成するように遺伝子改変された細胞傷害性免疫エフェクター細胞(例えば、細胞傷害性T細胞又はNK細胞)を接触させることを含み、その結果、Tリンパ球又はNK細胞は、標的癌細胞の表面に存在する標的抗原の選択された組み合わせを認識し、標的細胞の死滅を仲介する。
本開示は、癌を有する個体の癌を治療する方法を提供する。好適な実施態様において、この方法は、以下を含む:i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、本発明のCAR群の各CAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも1つのベクターを用いて遺伝子改変し、ここでCAR群の抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる;ii)遺伝子組み換え細胞を個体に導入する;iii)群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減するための、好ましくは群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導するための、少なくとも1つの調節分子の有効量を前記個体に投与し、それによってCAR群の非共有結合性複合体化を誘導又は低減し、好ましくはCAR群の非共有結合性複合体化を誘導し、ここで、非共有結合性複合体化したCAR群は、生理学的発現レベルで各標的抗原の組み合わせを発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変された細胞の活性化を仲介し、これは癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする。他の好適な実施態様において、この方法は、以下を含む:i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、本発明のCAR群の各CAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも1つのベクターを用いて遺伝子改変し、ここで、前記群のCAR分子の抗原結合部分、及び/又は群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、ここで前記群の各CAR分子のヘテロ二量体化は調節分子の投与を必要とせず、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる;ii)遺伝子組み換え細胞を個体に導入する;iii)少なくとも1つの抗原結合部分を含み、前記CAR群のCAR分子の結合部位に結合できる少なくとも1つの調節分子の有効量を前記個体に投与し、ここで、これは、生理学的発現レベルで各標的抗原の組み合わせを発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変された細胞の活性化を仲介し、これは癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする。さらに他の好適な実施態様において、この方法は、以下を含む:i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、本発明のCAR群の各CAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも1つのベクターを用いて遺伝子改変し、ここで群のCAR分子の結合部分は個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、群の各CAR分子のヘテロ二量体化は調節分子の投与を必要とせず、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる;ii)遺伝子改変された細胞を個体に導入し、これが癌細胞の死滅を可能にし、それによって癌を治療する。
本明細書に開示される方法により治療できる可能性がある癌には、食道癌、肝細胞癌、基底細胞癌(皮膚癌の形態)、扁平上皮癌(様々な組織)、移行細胞癌(膀胱の悪性新生物)を含む膀胱癌、気管支原性癌、結腸癌、結腸直腸癌、胃癌、肺の小細胞癌及び非小細胞癌を含む肺癌、副腎皮質癌、甲状腺癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄質癌、腎細胞癌、インサイチュ又は胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、子宮癌、精巣癌、骨形成癌、上皮癌、及び鼻咽頭癌が含まれる。本明細書に開示される方法により治療できる可能性がある肉腫には、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、骨形成肉腫、骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜肉腫、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、及びその他の軟部肉腫が含まれる。本明細書に開示される方法により治療できる可能性がある他の固形腫瘍には、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫瘍、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、及び網膜芽細胞腫が含まれる。本明細書に開示される方法により治療できる可能性がある白血病には、以下が含まれる。a)慢性骨髄増殖性症候群(多能性造血幹細胞の腫瘍性障害);b)急性骨髄性白血病(多能性造血幹細胞又は系統可能性が制限された造血細胞の新生物形質転換);c)慢性リンパ性白血病(CLL;免疫学的に未成熟で機能的に機能不全の小リンパ球のクローン性増殖)、B細胞CLL、T-細胞CLL前リンパ性白血病、及び毛状細胞白血病を含む;d)急性リンパ芽球性白血病(リンパ芽球の蓄積を特徴とする)。対象の方法を使用して治療することができるリンパ腫には、B細胞リンパ腫(例えば、バーキットリンパ腫);ホジキンリンパ腫;非ホジキンリンパ腫などが含まれる。本明細書に開示される方法により治療できる可能性がある他の癌には、非定型髄膜腫(脳)、膵島細胞癌(膵臓)、髄様癌(甲状腺)、間葉腫(腸)、肝細胞癌(肝臓)、肝芽腫(肝臓)、明細胞癌(腎臓)、及び縦隔神経線維腫が含まれる。
対象の方法はまた、炎症状態及び自己免疫疾患を治療するために使用することができる。対象CAR群は、免疫調節法で使用するために、Tヘルパ-細胞又は制御性T(Treg)細胞内で発現させることができる。免疫調節法には、例えば、病原体に対する哺乳動物被験体の免疫応答の増強;免疫不全被験体の免疫反応の増強;炎症反応の低減;例えば自己免疫疾患を治療するための、自己抗原にさらされている哺乳動物被験体の免疫応答の低減;臓器又は組織の拒絶反応を減らすための、移植された臓器又は組織にさらされている哺乳動物被験体の免疫応答の低減が含まれる。この方法が自己抗原に対する免疫応答を低減させることを含む場合、CAR群を活性化するために使用される標的抗原の少なくとも1つは、好ましくは自己抗原である。この方法が移植された器官又は組織に対する免疫応答を低減させることを含む場合、CAR群を活性化するために使用される抗原の少なくとも1つは、好ましくは移植臓器に特異的な抗原である。
上記のように、好ましい場合における本開示の治療方法は、それを必要とする個体への、有効量の1つ以上の異なる調節分子及び/又は1つ以上の異なる他のポリペプチドの投与を含み、ここで他のポリペプチドのそれぞれは、少なくとも抗原結合部分を含み、CAR群のCAR分子の細胞外結合部位に結合できる。
本発明に従ってCAR群を発現するTリンパ球又はNK細胞(「エフェクター細胞」)を投与された必要な個体に投与される各調節分子の必要な有効量は、必要な各調節分子の存在下と非存在下で、各抗原の組み合わせを発現する標的細胞と接触したときの、これらのエフェクター細胞の異なる応答によって規定される。これによりこれらのエフェクター細胞の応答は、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の分泌、及び/又はエフェクター細胞の脱顆粒によって規定され、ここで細胞の脱顆粒は、好ましくはそれらの表面にCD107aを移動させるエフェクター細胞の割合によって、すなわち脱顆粒アッセイを使用したフローサイトメトリー解析(例えば、Proff et al., Front Micro-biol. 2016 ;7 :844に記載されているように)によって検出されるCD107a陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、これは、任意選択的に、少なくとも抗原結合部分を含みCAR群のCAR分子の結合部位に結合できる、各必要な他のポリペプチドの有効濃度の存在下で、細胞あたり100,000分子を超える各標的抗原を発現する標的細胞との接触後に行われる。好適な実施態様において、各必要な調節分子の有効濃度の存在下対非存在下でのエフェクター細胞の応答は、少なくとも20%、好ましくは少なくとも50%、又はさらにより好ましくは少なくとも100%異なり、ここで、各必要な調節分子の有効濃度は、それを必要とする個体に1回以上の投与で、各必要な調節分子の有効量を投与することによって達成される濃度である。少なくとも抗原結合部分を含みCAR群に結合できる必要な他の各ポリペプチドの有効濃度は、完全に複合体化された対象CAR群(すなわち、CAR群に含まれるすべての二量体化ドメイン)の応答によって規定され、これは、少なくとも抗原結合部分を含みCAR群に結合できる必要な他の各ポリペプチドの存在下対非存在下で、細胞1個あたり100,000分子を超える各標的抗原を発現する標的細胞との接触後に行われ、ここで、応答は好ましくは少なくとも20%、好ましくは少なくとも50%、又はさらにより好ましくは少なくとも100%異なり、ここで、少なくとも抗原結合部分を含みCAR群に結合できる各必要な他のポリペプチドの有効濃度は、対象CAR群を発現するTリンパ球又はNK細胞を投与されたそれを必要とする個体に1回以上の投与で、これらの他のポリペプチドのそれぞれの有効量を投与することによって達成される濃度である。
本発明のCAR群のCAR分子に結合できる調節分子と抗原特異的な他のポリペプチドの両方は、以後まとめて「CAR群に特異的に結合する薬剤」と呼ぶ。
対象の方法において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、所望の治療効果又は診断効果をもたらすことができる任意の便利な手段を使用して、宿主に投与することができる。すなわち「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、治療的投与のための様々な製剤に組み込むことができる。より詳しくは「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、適切な医薬的に許容し得る担体又は希釈剤と組み合わせることによって医薬組成物に処方することができ、固体、半固体、液体、又は気体の形態の調製物、例えば錠剤、カプセル、粉末、顆粒、軟膏、溶液、坐剤、注射剤、吸入剤、エアロゾールなどに処方することができる。医薬剤形において「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、それらの医薬的に許容し得る塩の形態で投与することができ、又は、それらはまた単独で又は適切に組み合わせて、並びに他の医薬的に活性な化合物と組み合わせて使用することができる。以下の方法及び賦形剤は単なる例示である:
適切な賦形剤ビヒクルは、例えば、水、食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、及びそれらの組み合わせであり得る。さらに、所望であればビヒクルは、湿潤剤又は乳化剤又はpH緩衝剤などの少量の補助物質を含むことができる。そのような剤形を調製する実際の方法は、当業者に知られているか又は明らかになるであろう。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pennsylvania, 17th edition, 1985を参照されたい。いずれにしても、投与される組成物又は製剤は、治療される被験体の所望の状態を達成するのに十分な量の必要な「CAR群に特異的に結合する薬剤」を含有する。ビヒクル、アジュバント、担体、又は希釈剤などの医薬的に許容し得る賦形剤は、一般に容易に入手可能である。さらに、pH調整剤及び緩衝剤、張性調整剤、安定剤、湿潤剤などの医薬的に許容し得る補助物質は、一般に容易に入手可能である。経口製剤の場合、「CAR群に特異的に結合する薬剤」を単独で又は適切な添加剤と組み合わせて使用して、従来の添加剤、例えばラクトース、マンニト-ル、コーンスターチ、ジャガイモ澱粉を用いて;結合剤、例えば結晶セルロース、セルロ-ス誘導体、アカシア、コーンスターチ、又はゼラチンを用いて;崩壊剤、例えばコーンスターチ、ジャガイモ澱粉、又はカルボキシメチルセルロースナトリウムを用いて;滑沢剤、例えばタルクやステアリン酸マグネシウムを用いて;及び所望であれば、希釈剤、緩衝剤、保湿剤、防腐剤、香料を用いて、錠剤、粉末、顆粒、又はカプセルを製造することができる。
「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、これらを、水性又は非水性溶媒、例えば植物油又は他の同様の油、合成脂肪族酸グリセリド、高級脂肪酸のエステル又はプロピレングリコ-ルのエステル中に、所望であれば、通常の添加剤、例えば可溶化剤、等張剤、懸濁剤、乳化剤、安定剤、及び防腐剤を用いて、溶解、懸濁、又は乳化することにより、注射用製剤に処方することができる。
「CAR群に特異的に結合する薬剤」を含む医薬組成物は、所望の純度を有する「CAR群に特異的に結合する薬剤」を、任意の生理学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、界面活性剤、緩衝剤、及び/又は張性剤と混合することによって調製することができる。許容される担体、賦形剤、及び/又は安定剤は、好ましくは、使用される投薬量及び濃度で受容者に対して無毒であり、緩衝剤、例えばリン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸;酸化防止剤、例えばアスコルビン酸、グルタチオン、システイン、メチオニン、及びクエン酸;防腐剤、例えばエタノール、ベンジルアルコ-ル、フェノ-ル、m-クレゾール、p-クロル-m-クレゾール、メチル又はプロピルパラベン、塩化ベンザルコニウム、又はそれらの組み合わせ;アミノ酸、例えばアルギニン、グリシン、オルニチン、リジン、ヒスチジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、イソロイシン、ロイシン、アラニン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、メチオニン、セリン、プロリン、及びそれらの組み合わせ;単糖、二糖、及び他の炭水化物;低分子量(約10残基未満)のポリペプチド;タンパク質、例えばゼラチン及び血清アルブミン;EDTAなどのキレ-ト剤;糖、例えばトレハロース、スクロース、ラクトース、グルコ-ス、マンノ-ス、マルトース、ガラクトース、フルクトース、ソルボ-ス、ラフィノ-ス、グルコサミン、N-メチルグルコサミン、ガラクトサミン、及びノイラミン酸;及び/又は非イオン性界面活性剤、例えばツイーン、ブリジプルロニック、トリトンX、又はポリエチレングリコ-ル(PEG)が含まれる。
医薬組成物は、液体形態、凍結乾燥形態、又は凍結乾燥形態から復元された液体形態でもよく、ここで凍結乾燥調製物は、投与前に無菌溶液で復元されるものである。凍結乾燥された組成物を復元するための標準的な手順は通常、ある量の純水(通常、凍結乾燥中に除去された量と同等)を追加することであるが、抗菌剤を含む溶液を、非経口投与用の医薬組成物の製造に使用することができる。Chen (1992) Drug Dev Ind Pharm 18, 1311-54も参照されたい。
「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、任意選択的に制御放出製剤で製剤化することもできる。徐放性調製物は、当技術分野で公知の方法を使用して調製することができる。徐放性調製物の適切な例には、「CAR群に特異的に結合する薬剤」を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、このマトリックスは成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例には、ポリエステル、L-グルタミン酸とエチル-L-グルタミン酸のコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、ヒドロゲル、ポリラクチド、分解性乳酸-グリコ-ル酸コポリマー、及びポリ-D-(-)-3-ヒドロキシ酪酸が含まれる。生物学的活性の喪失の可能性は、適切な添加剤を使用し、水分含有量を制御し、特定のポリマーマトリックス組成物を開発することにより防ぐことができる。
適切な投与量は、主治医又は他の資格のある医療関係者がさまざまな臨床的要因に基づいて、決定することができる。医学分野でよく知られているように、一人の患者の投与量は、患者の大きさ、体表面積、年齢、投与される特定の「CAR群に特異的に結合する薬剤」、患者の性別、投与の時間と経路、全身の健康、及び同時に投与されている他の薬剤などの多くの要因に依存する。「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、1投与あたり1ng/kg体重~20mg/kg体重の量、例えば0.1mg/kg体重~10mg/kg体重、例えば0.5mg/kg体重~5mg/kg体重で投与され得るが、特に前述の要因を考慮して、この例示的な範囲より少ないか又は多い用量が想定される。処方が持続注入である場合、それはまた、毎分体重1キログラムあたり1μg~10mgの範囲であり得る。
熟練者は、用量レベルが、特定の「CAR群に特異的に結合する薬剤」、症状の重症度、及び副作用に対する被験体の感受性の関数として変化し得ることを容易に理解するであろう。所定の化合物の好ましい投与量は、様々な手段によって当業者が容易に決定可能である。
1つ以上の「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、薬物送達に適した任意の使用可能な方法及び経路、例えばインビボ及びエクスビボ方法、並びに全身及び局所投与経路を使用して個体に投与することができる。従来の医薬的に許容し得る投与経路には、腫瘍内、腫瘍周囲、筋肉内、気管内、頭蓋内、皮下、皮内、局所適用、静脈内、動脈内、直腸内、鼻内、経口、及び他の経腸及び非経口投与経路が含まれる。投与経路は、必要に応じて組み合わせるか、又は「CAR群に特異的に結合する薬剤」及び/又は所望の効果に応じて調整することができる。「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、単回投与又は複数回投与で投与することができる。条件的に活性なCAR群の好適な実施態様において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、経口的又は代替的に静脈内投与され得る。他の実施態様において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、吸入経路を介して投与することができる。さらに他の実施態様において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、鼻腔内、局所的、又は腫瘍内にも投与することができる。さらに他の実施態様において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」を腫瘍周囲に投与することができる。脳腫瘍の治療のための条件的に活性なCAR群を有する好適な実施態様において、「CAR群に特異的に結合する薬剤」は頭蓋内に投与することができる。
「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、全身経路又は局所経路を含む、従来の薬物の送達に適した任意の使用可能な従来方法及び経路を使用して宿主に投与することができる。一般に、本発明によって企図される投与経路には、経腸、非経口、又は吸入経路が含まれる。吸入投与以外の非経口投与経路には、局所、経皮、皮下、筋肉内、眼窩内、被膜内、脊髄内、胸骨内、腫瘍内、腫瘍周囲、及び静脈内経路が含まれる。非経口投与は、「CAR群に特異的に結合する薬剤」の全身的又は局所的送達をもたらすために実施することができる。全身送達が望まれる場合、投与は通常、医薬製剤の侵襲的又は全身的に吸収された局所又は粘膜投与を伴う。「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、経腸投与によって被験体に送達することもできる。経腸投与経路には、経口及び直腸(例えば坐剤を使用する)送達が含まれる。
治療とは、少なくとも宿主を苦しめている病的状態に関連する症状の改善を意味し、ここで改善は、広義には少なくとも、例えば癌などの治療中の病的状態に関連するパラメ-ター、例えば症状の大きさの減少を指すために使用される。従って、治療には、病的状態又は少なくともそれに関連する症状が完全に抑制されている状況、例えば、発生が防止されているか又は停止されている、例えば終了している状態が含まれ、従って、宿主は、病的状態又は少なくとも病的状態を特徴付ける症状に苦しむことがない。
「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、注射及び/又は送達によって、例えば脳動脈の部位に又は直接脳組織に投与することができる。「CAR群に特異的に結合する薬剤」はまた、例えば、直接注射によって、浸透圧ポンプ又は徐放性粒子などの薬物送達デバイスの移植によって、標的部位への微粒子銃送達によって、標的部位に直接投与することができる。さらに「CAR群に特異的に結合する薬剤」は、標準的な癌治療に対する補助療法として投与することができる。標準的な癌治療には、外科手術(例えば、癌性組織の外科的除去)、放射線療法、骨髄移植、化学療法剤治療、抗体治療、生物学的応答改変物質治療、及び前述の特定の組み合わせが含まれる。
様々な被験体が、癌を治療する対象方法による治療に適している。適切な被験体には、任意の個人、例えば癌を有するか、癌と診断されたか、癌を発症するリスクがあるか、癌を有し癌の再発のリスクがあるか、他の治療法で治療されたがそのような治療に反応しなかったか、又はそのような治療への最初の応答後に再発したヒト又は非ヒト人動物が含まれる。
対象の免疫調節法による治療に適した被験体には、自己免疫障害を有する個人、臓器又は組織移植の受容者である個人など、免疫無防備状態の個人、そして病原体に感染している個人が含まれる。
図1:CAR群の例示的な構成の略図。図1Aは、抗原結合部分がCAR分子に組み込まれているバージョン(左)と、CAR分子が、1つの抗原結合部分又は2つの抗原結合部分(異なる標的抗原に対して向けられる)を例示的に含む他のポリペプチドの結合部位に結合する結合部位を含むバージョンにおける、CAR群のCAR分子の基本的な構造を概略的に示す。低親和性相互作用は、抗原結合部分と標的抗原の間、又はCAR分子の結合部位と、CAR分子の結合部位に結合する他のポリペプチドの結合部位との間のいずれかで起きる。CAR群のCAR分子の少なくとも1つは、少なくとも1つのITAMを含む少なくとも1つのシグナル伝達領域を含まなければならない。示されているCAR分子の例では、内部ドメインは、例示的に単一のシグナル伝達領域を含む。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。ヘテロ二量体化ドメイン(その少なくとも1つは群の各CAR分子に必須である)及び任意選択的な追加ドメイン又は成分は示されていない。
図1Bは、2つの抗原結合部分、又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる2つの結合部位を含むか、又は抗原結合部分と、少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位との組み合わせを含む、CAR分子のバージョンを概略的に示す。示されているCAR分子の例では、内部ドメインは、例示的に、単一のシグナル伝達領域を含む。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。ヘテロ二量体化ドメイン及び任意選択的な追加ドメイン又は成分は示されていない。
図1Cは、2、3、又は4つのCAR分子からなるCAR群内のいくつのCAR分子が少なくとも1つのシグナル伝達領域を含むことができるかを、概略的に示す(所定のCAR分子のシグナル伝達領域の全体は、白い四角の記号によって表される)。少なくとも1つのシグナル伝達領域を含むCAR分子のうち、全ての又は一部の、しかし少なくとも1つのCAR分子は、少なくとも1つのITAMを含む。簡単にするために、外部ドメイン、ヘテロ二量体化ドメイン、及び任意選択的な追加ドメイン若しくは成分は示されていない。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。
図1Dは、2つのCAR分子からなるCAR群の例を用いて、シグナル伝達領域の配置を概略的に示す。描かれている例は、異なる配置の可能な組み合わせの一部のみを示す。例えばCAR分子は、2つ以上のITAM含有シグナル伝達領域、又は2つ以上の同時刺激シグナル伝達領域を含むことができる。簡単にするために、外部ドメイン、ヘテロ二量体化ドメイン、及び任意選択的な追加ドメイン又は成分は示されていない。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。
図1E~1Kは、CAR群の非共有結合性複合体化に、ヘテロ二量体化ドメインをどのように使用できるかを概略的に示す。描かれている例は、可能な配置の一部のみを示す。記載の例では、ヘテロ二量体化ドメインの異なる対が、それぞれが1つ又は2つのシグナル伝達領域を例示的に含む、CAR分子中の異なる位置に示されている。簡単にするために、図は、シグナル伝達領域、膜貫通ドメイン、及びヘテロ二量体化ドメインのみを示す。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。ヘテロ二量体化ドメインの同様の配置は、細胞外に組み込むこともできる。
図1Lは、調節分子として作用する細胞外可溶性因子によるCAR群の非共有結合性複合体化を例示す。調節分子は、天然にヘテロ二量体化するタンパク質を用いて概略的に例示されている。示されるCAR分子は、例示的に1つのシグナル伝達領域と、1つの抗原結合部分、又は他のポリペプチドが結合できる1つの結合部位のみを含む。任意選択的な追加のヘテロ二量体化ドメイン及び任意選択的な追加のドメイン又は成分は示されていない。抗原結合ドメイン(又は結合部位)及び二量体化ドメインの順序は逆にすることもできる。すなわち、抗原結合ドメイン(又は結合部位)はまた、ヘテロ二量体化ドメインよりも原形質膜に近接していてもよい。示されているCAR分子の各成分間の線は、任意選択的なリンカーを示す。
図2は、3つの補完的な方法で決定されたヒトEGFRに対する異なるrcSso7dベースの抗原結合部分(ス-パ-フォルダ-GFP(sfGFP)に融合)のK値を示す。(a)高レベルの末端切断型EGFR(tEGFR)を発現するジャーカット(Jurkat)T細胞に結合した異なるsfGFP融合タンパク質の量のフローサイトメトリーによる定量、(b)及び(c)IgG1のFcドメインに融合したEGFRの細胞外ドメインを含むキメラEGFRタンパク質でコ-ティングされたマトリックスを使用することによる表面プラズモン共鳴(SPR)分析。親和性は、速度論的モード(b)又は定常状態分析モード(c)のいずれかで決定した。
図3:システインを形成する細胞外ジスルフィド結合は、ANDゲート機能の結合活性効果の使用を防ぐ。(A)S-8cys-BB-3z(「Cys」)のCARシグナル伝達骨格「Cys」、及びS-8ser-BB-3z(「Ser」)のCARシグナル伝達骨格「Ser」の構成の略図であり、これらは、それぞれジスルフィド結合が可能であるか又は可能ではない。これらのシグナル伝達骨格は、異なるrcSso7dベースの抗原結合部分に融合され、初代ヒトT細胞での機能試験のために発現された。(B)初代ヒトT細胞で5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の、典型的なCAR発現(「Cys」又は「Ser」CAR骨格のいずれかに融合したrcSso7d変種「E11.4.1-WT」で示されている)。トランス遺伝子を発現しない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。(C)tEGFRをコードする3μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の、標的細胞として使用されたジャーカット細胞におけるtEGFRの発現。構築物のないジャ-カットT細胞(「構築物なし」)及び各アイソタイプ対照(「アイソタイプ対照」)を陰性対照とした。CARの機能は、標的細胞の死滅(D)及びIFN-γ産生(E)について、異なるCARで改変された初代ヒトT細胞の能力を決定することによって試験された。4人の異なるドナ-(異なる記号で示されている)のT細胞を、示されたCAR構築物の5μgのmRNAで電気穿孔し、翌日、ジャーカットT細胞(3μgのtEGFR-mRNAで電気穿孔した)とエフェクター:標的(E:T)比2:1で37℃で4時間同時培養した。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。
図4:scFv含有CAR分子の二量体化/多量体化は、ANDゲート機能の結合活性効果の使用を防ぐ。(A)実験で使用されたCARの略図。(B、C、D)各5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後の、ヒト初代T細胞におけるCAR構築物の発現。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。(E)tEGFRをコードする5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後の、標的細胞として使用されたジャーカット細胞におけるtHER2の発現。構築物のない(「構築物なし」)ジャーカットT細胞を陰性対照とした。CAR T細胞とジャーカット-tHER2細胞をE:T比2:1で、37℃で4時間同時培養した。図4F及び4GはCARの能力を示し、ここでscFv 4D5-5を2つの異なるCARシグナル伝達骨格に融合し(ジスルフィド結合が可能か又は可能ではない、すなわち4D5-5-8cys-BB-3zの「Cys」(配列番号61)及び4D5-5-8ser-BB-3zの「Ser」(配列番号62))、細胞毒性(G)及びIFN-ガンマ産生(F)を誘発した。VとVが2つの別々のポリペプチド(「VとV」;4D5-5(スプリット)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z(配列番号58及び配列番号59)に融合されたCARの機能は(H)に示されている。単量体シグナル伝達骨格が4D5-5-scFvに融合されたCAR 4D5-5-8ser-BB-3z(配列番号62)を発現する初代T細胞を陽性対照とした。3人の異なるドナ-のCAR T細胞(異なる記号で示されている)を、tHER2でトランスフェクトしたジャーカットT細胞とトランスフェクトしていないジャーカットT細胞の混合物と、E:T比4:1:1で、37℃で4時間同時培養し(T細胞:tHER2posジャ-カット細胞:tHER2negジャ-カット細胞)、生存活性のあるtHER2pos及びtHER2neg標的細胞の比率をフローサイトメトリーによって決定した。二量体化を誘導するために、T細胞を二量体化剤AP20187で前処理した(10nM、30分、37℃)。同じ濃度のDMSOによる処理を対照条件とした。CARを含まないT細胞(「CARなし」)及びV鎖のみを発現するT細胞(「4D5-5(V)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号59))を陰性対照とした。
図5:本発明のCAR群での使用に適したアフィボディベースの結合部分のスクリ-ニング。エピトープ結合に関与する可能性のあるすべてのアミノ酸をアラニンで置き換えることにより、アフィボディzHER2-WTの親和性が低下した。zHER2-WTのさまざまな変種を、条件的二量体化のための細胞内ホモ二量体化ドメインFKBP(F36V)を含むCARシグナル伝達骨格8ser-BB-FKBP(36V)-3zに融合した。これらのCARの構成を(A)に示す。(BとC)それぞれ、ジャ-カットT細胞における標的抗原tHER2の発現と、初代T細胞におけるアフィボディベースのCARの発現。初代T細胞とジャーカットT細胞を、各構築物をコードする5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後に発現を測定した。構築物を発現しない初代T細胞及びジャ-カットT細胞(それぞれ「CARなし」及び「構築物なし」)を陰性対照として使用した。(D)初代T細胞における13の異なるアフィボディベースのCARの発現(それぞれ「L9A」、「R10A」、「Q11A」、「Y13A」、「W14A」、「Q17A」、「W24A」、「T25A」、「S27A」」、「R28A」、「R32A」、「Y35A」、及び「zHER2-WT」)(CARシグナル伝達骨格に融合されたアフィボディベースの抗原結合部分の配列は、配列番号26~配列番号38に示されている。初代T細胞を各構築物をコードする5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後に発現を測定した。構築物を発現しない(「CARなし」)T細胞を陰性対照として使用した。(E)アフィボディベースのCARの二量体化誘導活性化。2人のドナ-からの初代T細胞(異なる記号で示されている)に、各構築物について5μgを電気穿孔した。標的細胞の特異的溶解は、異なるCAR T細胞をtHER2トランスフェクトと同時インキュベーションした後のルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイで決定された(37℃で4時間、E:T比2:1)。CARの二量体化は、T細胞をAP20187で前処理することによって誘導された(10nM、30分、37℃)。同じ濃度のDMSOによる処理を対照条件とした。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。図5Fは、IgG1のFcドメインに融合したHER2の細胞外ドメインを含むキメラHER2タンパク質でコ-ティングされたマトリックスを使用して、SPR分析によって決定された、ヒトHER2に対するそれぞれのアフィボディベースの結合部分(ス-パ-フォルダ-GFP(sfGFP)に融合)のK値を示す。親和性は速度論的モードで決定された。
図6:NSGマウスモデルにおけるインビボで安定的に形質導入されたCAR T細胞の機能の調節。(A)インビボNSGマウスモデルにおけるCARの二量体化誘導性活性化の有効性。9~16週齢のNSGマウスに、ルシフェラーゼ及びtEGFRをコードするベクターを安定的に形質導入した0.5x10のNalm6細胞(「Nalm6-tEGFR-fLuc」)を静脈内注射した。3日後、NSGマウスは、10x10CAR T細胞の静脈内投与によって治療された(抗CD3/CD28抗体被覆ビ-ズによる活性化の14日後、すなわち、安定的形質導入の13日後)。リン酸緩衝化生理食塩水(PBS)の注射を対照条件とした。4匹のマウスからなるS(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z(配列番号49)で処置された群を除いて、5匹のNSGマウスが各処置群に使用された。二量体化は、2mg/kgのホモ二量体化剤AP20187を11日間(注射の日数を矢印で示す)にわたって腹腔内投与することによって誘導された。二量体化剤を投与されなかった群は、対照条件として各ビヒクル溶液を腹腔内投与された。腫瘍サイズ(各処置群の平均)は、NSGマウスの全身を含む目的領域内で決定された総光子束として示されている。(B)は、S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z(配列番号46)CAR T細胞で処置されたが、11日目まで二量体化剤AP20187を投与されなかったマウスにおける二量体化剤の投与の延長が、効率的なCARの活性化と腫瘍増殖の制御をもたらすことを示す。
図7:インビトロで安定的に形質導入されたCAR T細胞の機能の調節。(A)実施例5のインビボ実験に使用されたホモ二量体化CAR分子の略図。(B)抗CD3/CD28抗体被覆ビ-ズによる活性化の14日後(すなわち、各CAR構築物による安定的形質導入の13日後)の初代ヒトT細胞における、EGFRに対して高親和性又は低親和性を有する抗原結合部分を含むCAR分子の発現(すなわち、それぞれS(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z「E11.4.1-WT」(配列番号49)及びS(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z「E11.4.1-G32A」(配列番号46))。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。(C)抗CD3/CD28抗体被覆ビ-ズによる活性化の14日後(すなわち、安定的形質導入の13日後)の初代ヒトT細胞における、抗CD19 CAR CD19-8cys-BB-3z「CD19-BBz」(配列番号60)の発現。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。(D及びE)それぞれNalm6-fLuc及びNalm6-tEGFR-fLuc細胞におけるtEGFRの発現。未染色の細胞と各アイソタイプ対照を陰性対照とした。(F及びG)異なるCAR分子を発現する初代ヒトT細胞によるNalm6-fLuc及びNalm6-tEGFR-fLuc細胞の溶解。3人のドナ-の初代T細胞(異なる記号で示されている)は、rcSso7dベースのCAR(S(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z「E11.4.1-WT」及びS(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z「E11.4.1-G32A」)、又はCD19に対するscFvベースのCAR(CD19-8cys-BB-3z「CD19-BBz」)(これを陽性対照とした)をコードするベクターで安定的に形質導入された。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。AP20187を、「E11.4.1-WT」(S(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z)及び「E11.4.1-G32A」(S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z)の非共有結合性二量体化の調節分子とした。二量体化は、T細胞を10nMのAP20187で37℃で30分間前処理することにより誘導された。同じ濃度のDMSOを用いる処理を対照条件とした。改変T細胞の細胞毒性は、E:T比10:1で37℃で4時間同時培養した後、生存活性のあるルシフェラーゼ発現標的細胞を定量することによって決定された。
図8:腫瘍微小環境に蓄積する細胞外因子の例としてのVEGFによって調節できるCARの生成。示されている例では、可溶性因子VEGFを調節分子として使用し、EGFR特異的抗原結合部分E11.4.1-G32Aを抗原結合部分として使用した。それぞれのCARの構成の略図を(A)と(B)に示す。5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後のジャーカットT細胞における標的抗原tEGFRの発現を(C)に示す。初代ヒトT細胞における2つのポリペプチドの発現は、抗IgG1抗体を使用して検出した(D)。VEGF結合部位を含むCAR分子(膜貫通ドメインを含まないJanus-CT6-Fcドメイン)の検出、及びIgG-Fcドメインを含まない対照CARのために、抗StrepII-タグ抗体が追加的に使用された。初代T細胞のさまざまなCARによって引き起こされる細胞毒性は、FACSベースの細胞毒性アッセイで決定された(E)。3人の異なるドナ-(異なる記号で示されている)からのCAR T細胞を、tEGFRをトランスフェクトしたジャーカット細胞と、E:T比4:1:1(T細胞:tEGFRposジャーカット細胞:tEGFRnegジャーカット細胞)で37℃で4時間同時培養した。CARの二量体化は、T細胞をVEGFで前処理することによって誘導された(示された濃度、30分、37℃)。CARのない(「CARなし」)T細胞は陰性対照とし、CAR S(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3zのあるT細胞は陽性対照とした。
図9:EGFRとHER2を同時発現している標的細胞を特異的に認識できるCAR T細胞の機能的特性評価。(A)細胞外システイン残基がセリン残基で置換されたシグナル伝達骨格に融合した低親和性結合部分E11.4.1-G32A(EGFRを標的とする)及びzHER2-R10A(HER2を標的とする)を含む、CAR群「S(G32A)-8ser-BB-FKBP-3z+A(R10A)-8ser-BB-FRB-3z」(配列番号48及び配列番号54)の略図。2つの無関係なエピトープタグ(FLAGタグとStrepIIタグ)を使用すると、両方の鎖の発現を効率的に検出できる。ヘテロ二量体化ドメインFKBP及びFRBは、調節分子AP21967を介してCAR分子の特異的ヘテロ二量体化を仲介する。(B)2つの異なる低親和性結合部分(E11.4.1-G32A及びzHER2-R10A)が、単一のCAR分子の外部ドメインに(柔軟な2xGSリンカーを介して)連続して組み込まれる、タンデム-CAR「A(R10A)-S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号71)の略図。(C及びD)各5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後のヒト初代T細胞におけるCAR構築物の発現。CARのない(「CARなし」)初代T細胞を陰性対照とした。(E及びF)各5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後の、ジャーカットT細胞におけるtEGFR又はtHER2あるいはその両方の発現。トランス遺伝子を発現しない(「構築物なし」)ジャーカットT細胞を陰性対照とした。調節分子AP21967の存在下及び非存在下でのCAR群の機能を(G)に示す。CAR群「S(G32A)-8ser-BB-FKBP-3z+A(R10A)-8ser-BB-FRB-3z」又はタンデム-CAR「A(R10A)-S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」又はCARなし(示されている)を発現する3つの異なるドナ-からのT細胞(異なる記号で示される)を、tEGFR(「EGFR」)又はtHER(「HER2」)又は両方(「EGFR/HER2」)を発現するジャ-カットT細胞と同時培養した。T細胞との同時培養(E:T比4:1:1(T細胞:トランス遺伝子pos ジャーカット細胞:トランス遺伝子neg ジャーカット細胞)で37℃で4時間)後の、標的抗原発現ジャーカット細胞の溶解を、フローサイトメトリーにより定量化した。群のCAR分子の二量体化は、T細胞を500nMのAP21967で37℃で30分間前処理することによって誘導された。同じ濃度のエタノールによる処理を対照条件とした。CARのない(「CARなし」)T細胞を陰性対照とした。
図10:3つ及び4つのCAR分子からなるCAR群の機能的特性評価。(A及びB)それぞれ3つ又は4つのCAR分子からなるCAR群の略図。(C及びD)各構築物の5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後の、ジャーカットT細胞における三量体及び四量体CAR群の発現。構築物を発現しない(「CARなし」)ジャーカットT細胞を陰性対照として使用した。
図11:構成的な複合体形成のためのヘテロ二量体化ドメインを含むCAR群の機能的特性評価。(A)それぞれがロイシンジッパ-ベースのヘテロ化ドメイン(「EE」及び「RR」)を含む2つのCAR分子からなるCAR群の略図。(B及びC)各構築物の5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後のジャーカットT細胞におけるCAR群の発現。構築物を発現しない(「CARなし」)ジャーカットT細胞を陰性対照として使用した。(D及びE)各構築物の5μgのmRNAの電気穿孔から20時間後の、初代ヒトT細胞におけるCAR群の発現。構築物を発現しない(「CARなし」)初代ヒトT細胞を陰性対照として使用した。4人の異なるドナ-の初代ヒトT細胞(異なる記号で示されている)におけるCAR群の機能を(F)に示す。EGFRとHER2の両方、又はEGFR若しくはHER2のみを発現する標的細胞に応答するT細胞の細胞毒性を、FACSベースの細胞毒性アッセイを使用して決定した。構築物を発現しないT細胞(「CARなし」)及び示された構築物を発現するCAR T細胞を、各ジャ-カットT細胞(「tEGFR」、「tHER2」、又は「tEGFR/tHER2」)と37℃で4時間、E:T比4:1:1(T細胞:トランス遺伝子posジャーカット細胞:トランス遺伝子negジャーカット細胞)で同時培養した。統計的有意性は、一元配置分散分析(GraphPad PRISMソフトウェアを用いて)を使用して計算された(*=p<0.05;ns=p>0.05)。
図12:異なる同時刺激分子を含むCAR群の発現と機能。(A)それぞれがその同時刺激シグナル伝達領域にCD28又はICOS又はOX40の同時刺激ドメインのいずれかを含む2つのCAR分子からなるCAR群の略図。(B及びC)それぞれジャーカットT細胞又は初代ヒトT細胞における5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後のCAR分子の発現(赤いヒストグラム)。構築物を発現しない(「CARなし」)ジャ-カットT細胞又は初代ヒトT細胞を、それぞれ陰性対照として使用した(塗りつぶした青いヒストグラム)。(D)S(G32A)-8ser-OX40-FKBP(36V)-3zをコードする5μgのmRNAで電気穿孔したジャーカットT細胞におけるNF-κB及びNF-ATプロモーターの誘導。これらの細胞は、AP20187の存在下又は非存在下で、tEGFRをコードする5μgのmRNAで電気穿孔したジャーカットT細胞と、さらに20時間同時培養したか又は同時培養しなかった。CARを発現するレポーター細胞におけるNF-κB及びNF-ATプロモーターの誘導は、それぞれ、増強された緑色蛍光タンパク質(eGFP)とGFPのシアン蛍光変種(CFP)の発現のフローサイトメトリー分析によって検出された。示されたCAR分子を発現する初代ヒトT細胞の細胞毒性を(E)に示す。各CAR分子をコードする5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後、T細胞を標的細胞とE:T比4:1:1(T細胞:tEGFRposジャ-カット細胞:tEGFRnegジャ-カット細胞)で、37℃でさらに4時間又は20時間同時培養した。群のCAR分子の二量体化は、ジャーカット細胞(D)と初代ヒトT細胞(E)を、10nMのAP20187で37℃で30分間前処理することによって誘導された。同じ濃度のDMSOによる処理を対照条件とした。
図13:異なるCARシグナル伝達骨格に融合されたrcSso7d及びアフィボディベースの結合部分を含むCAR分子の発現。(A)各5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の初代ヒトT細胞における、CAR構築物「Myc-S(18.4.2)-8cys-BB-3z」(配列番号39)、「S(18.4.2)-8cys-BB-3z」(配列番号40)、及び「S(18.4.2)-G4S-8cys-BB-3z」(配列番号41)の発現。CARのない初代T細胞を陰性対照とした(塗りつぶしたヒストグラム)。発現は、ヒトEGFRの細胞外ドメイン、IgG1のFcドメイン、及び抗ヒトIgG1抗体からなる融合タンパク質を使用して検出した。(B)各5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の初代ヒトT細胞における、CAR構築物「S(WT)-G4S-myc-8cys-BB-3z」(配列番号42)、「S(WT)-G4S-StrepII-8cys-BB-3z」(配列番号43)、及び「S(WT)-G4S-his-8cys-BB-3z」(配列番号45)の発現。CARのない初代T細胞を陰性対照とした(塗りつぶしたヒストグラム)。CARの発現は、それぞれ抗c-myc抗体、抗StrepII抗体、又は抗ヘキサヒスチジン抗体のいずれかを使用して検出した。(C)各5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の初代ヒトT細胞における、CAR構築物「S(WT)-8cys-BB-3z」(配列番号79)、「S(G25A)-8cys-BB-3z」(配列番号77)、「S(G32A)-8cys-BB-3z」(配列番号43)、「S(WT)-8ser-BB-3z」(配列番号80)、「S(G25A)-8ser-BB-3z」(配列番号78)、「S(G32A)-8ser-BB-3z」(配列番号44)の発現。CARのない初代T細胞を陰性対照とした(塗りつぶしたヒストグラム)。発現は抗StrepII抗体を使用して検出した。(D)各5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後の初代ヒトT細胞における、CAR構築物「S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号46)、「S(G32A)-8ser-BB-FRB-3z」(配列番号47)、「S(G32A)-8ser-BB-FKBP-3z」(配列番号48)、「A(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号52)、「A(WT)-8ser-BB-FRB-3z」(配列番号53)、「A(R10A)-8ser-BB-FRB-3z」(配列番号54)の発現。CARのない初代T細胞を陰性対照とした(塗りつぶしたヒストグラム)。示されているように、発現は、抗FLAG抗体、抗StrepII抗体、又は抗ヘキサヒスチジン抗体のいずれかを使用して検出した。
図14は、さまざまなCAR分子の設計の略図を示す。対応するアミノ酸配列を図15に示す。
図15は、さまざまなCAR分子のアミノ酸配列を示す。
実施例1
本発明のCAR群で使用するためのrcSso7dに基づく低親和性単一ドメイン抗原結合部分の作成
第1の実施例は、本発明のCAR群での抗原結合部分としての使用に適した、低親和性の抗原結合部分を作成するための戦略を示す。電荷の低減したSso7d(rcSso7d)は、古細菌スルホロブス・ソルファタリカス(Sulfolobus solfataricus)からの小さな(約7kDa)DNA結合タンパク質の電荷低減バージョンである。電荷低減は、静電相互作用の低下により非特異的結合を最小限に抑える。rcSso7dは、高い熱安定性と単量体挙動を示す単一ドメインのタンパク質抗原結合部分であるため、適切な結合足場の例である。19nMのKでヒトEGFRに結合する十分に特性解析された抗原結合部分rcSso7d E11.4.1(Traxlmayr et al., J Biol Chem. 2016;291(43):22496-22508)から出発して、我々は、エピトープ結合に関与する可能性のあるすべてのアミノ酸をアラニンに置き換えるアラニンスキャンを実行することにより、すなわち、各変種において抗原結合に関与する1つの位置をアラニンに変異させることにより、低親和性変異体を作成した。rcSso7d E11.4.1の変異体をsfGFPに融合し、細菌発現系で可溶性タンパク質として発現した。融合タンパク質の構成の略図を図14Gに示す。結合親和性は、(i)高レベルの各標的抗原EGFRを発現するようにmRNA電気穿孔によって工学作成されたジャ-カットT細胞上で、sfGFPとの結合部分の可溶性融合タンパク質の力価測定実験を行うことによって、及び(ii)IgG-Fcに融合したEGFRの細胞外ドメインを充填したプロテインAチップでSPR実験を行うことによって、決定された。アラニンスキャンの結果と抗原結合部分の得られた親和性を図2に示す。
タンパク質抗原結合部分のアラニンスキャン:
エピトープ結合に関与するすべてのアミノ酸の部位特異的変異誘発は、QuikChange Lightning 部位特異的変異誘発キット(Agilent Genomics)を使用して、製造業者の指示に従って行った。プライマ-はQuikChangePrimer Design ソフトウェア(Agilent Genomics)を使用して工学作成され、オリコヌクレオチドはBiomersによって合成された。
rcSso7dベースの抗原結合部分の発現と精製:
結合足場は、pE-SUMOベクター(Life Sensors)を使用して、sfGFP融合タンパク質(rcSso7d又はアフィボディとsfGFPが後に続くN末端ヘキサヒスチジンタグから成る)として発現された。sfGFPレポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列は、Addgeneから得られた(プラスミド#54737)。簡単に説明すると、大腸菌細胞(Tuner DE3)は、配列が検証されたプラスミドを用いて熱ショック形質転換を使用して形質転換された。37℃で一晩培養した後、培養物を、カナマイシン(50μg/mL)を補足した素晴らしいブロス(TB)培地(12g/Lトリプトン、24g/L酵母エキス、4%グリセロール、2.31g/L KHPO、及び16.43g/L KHPO・3HO)で1:100に希釈し、37℃で振盪しながらインキュベートした。培養物が約2のA600に達したとき、1mMのイソプロピルβ-D-1-チオガラクトピラノシド(IPTG)の添加によりトランス遺伝子の発現を誘導し、細胞をさらに20℃で一晩培養した。細胞を遠心分離(5000g、20分、4℃)して回収し、超音波処理緩衝液(50mMリン酸ナトリウム、300mM NaCl、3%グリセロール、1%トリトンX-100、pH8.0)に再懸濁し、超音波処理(2x90秒、デュ-ティサイクル50%、振幅を5に設定)し、再度遠心分離して細胞片を除去した。ヘキサヒスチジンタグ付き融合タンパク質は、粗細胞抽出物からTALON金属親和性樹脂(Clontech Laboratories)を使用して精製した。10mMイミダゾールを添加後、超音波処理した上清を樹脂に2回適用し、続いてイミダゾールの量を増やしながら(5~15mM)、平衡化緩衝液(50mMリン酸ナトリウム、300mM NaCl、pH8.0)による洗浄工程を行った。250mMイミダゾールを補足した平衡化緩衝液を適用することにより、結合足場を溶出した。Amicon Ultra-15 10K 遠心フィルタ-(Merck Millipore)を使用して緩衝液をPBSに交換した後、各モル吸光係数を使用して280nmの吸光度を測定することにより濃度を決定し、最後にタンパク質を-80℃で直接凍結した。
ヒト細胞株の維持:
ジャーカットT細胞は、Children's Cancer Research Institute(CCRI)のDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS(Sigma Aldrich)と1%ペニシリン-ストレプトマイシン(Thermo Scientific)を補足したRPMI-1640(Thermo Scientific)で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はドイツのMultiplexionで行われた。細胞密度は、フローサイトメーターベースの細胞計数プラットフォームであるAccuCheck計数ビ-ズ(Thermo Scientific)を用いてモニタ-された。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キット(Ambion)を製造業者の指示に従って使用して行われた。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キット(Qiagen)を使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液は、RLT緩衝液(Qiagen)、エタノール(Merck)、及び2-メルカプトエタノール(Merck)の混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレア-ゼ不含水(Thermo Scientific)で行われ、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結された。一過性のトランス遺伝子発現のために、ジャーカットT細胞を、Gene Pulser(Biorad)を使用してさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー:
ジャーカットT細胞をFACS緩衝液(PBS(Thermo Scientific)、0.2%ヒトアルブミン(CSL Behring)、0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色した細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、BD LSRFortessaを用いて直接処理した。工学作成された標的抗原tEGFRの発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)のいずれかを用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
細胞膜上の結合親和性の決定:
ジャーカットT細胞は、各腫瘍抗原を高レベルで発現するように工学作成された。従って、tEGFRをコードする3μgのmRNAでジャーカットT細胞を電気穿孔し、1日後にエフェクター細胞と同時培養した。PBSで洗浄した後、細胞を0.1%BSA(Sigma Aldrich)を含むPBSに再懸濁し、sfGFPに融合したさまざまな濃度のバインダ-タンパク質とインキュベートして、各腫瘍抗原に対する抗原結合部分の親和性を決定した。振盪しながら4℃で1時間インキュベートした後、プレートを遠心分離し(450g、7分、4℃)、上清を廃棄し、BD LSRFortessaを用いて細胞を取得した。エンドサイトーシスを避けるために、細胞を氷上に置いた。Kは、Microsoft Excel(Microsoft Corporation)を使用してカーブフィッティングによって得た。
表面プラズモン共鳴(SPR)を使用した結合親和性の決定:
Biacore T200機器(GE Healthcare)を使用して、SPR実験を行った。すべての実験は、0.1%BSA及び0.05%ツイーン-20(Merck Millipore)を含有する脱気及び濾過されたPBS、pH7.4中で25℃で行った。hEGFR-Fc(R&D)を、プロテインAセンサーチップ(GE Healthcare)に10μL/分の流速で60秒間、6.67μg/mLの濃度で固定化した。rcSso7dベースの抗原結合部分の親和性を決定するために、各タンパク質の5つの濃度(抗原結合部分の予想されるKに応じて)を30μL/分の流速で15秒間、単一サイクル速度論モードで注入し、続いて解離工程(30秒)を行った。再生は、10mMグリシン-HCl、pH1.7を使用し、流速30μL/分で30秒間行った。Kは、Biacore T200評価ソフトウェア(GE Healthcare)を使用してカーブフィッティングによって得た。
実施例2
細胞外ジスルフィド結合形成システインはCAR群のANDゲート機能に対する結合活性効果の完全な使用を防ぐ
例えばCD8αなどの細胞外ヒンジ領域における細胞外ジスルフィド結合形成システインは、本発明の結合活性効果の使用を防ぐことができる。これは、実施例2で証明され、ここで、実施例1の結合部分「E11.4.1 G32A」の低親和性変異体はCARシグナル伝達骨格に融合され、ここで、CD8αのヒンジ領域にある2つの細胞外システイン残基(UniProt ID P01732、位置C164及びC181)は、それぞれセリン残基で置換されたか又は置換されなかった。システイン含有CAR変種(「Cys」)が標的細胞に応答してT細胞活性化を効率的に誘発したのに対し、セリン含有変種(「Ser」)はT細胞を誘発しなかったか、又は弱く誘発した。従ってこの実施例は、本発明のCAR群での使用に適したCAR分子を作成するためのジスルフィド結合形成を防止することの重要性を示す。図3A中の図は、試験された構築物の工学作成を示す。図3B及び3Cは、CAR及び標的抗原の発現を示す。初代ヒトT細胞を、各構築物の5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後にStrepIIタグを介してCAR発現を検出した。ジャーカットT細胞を、EGFRの末端切断型バージョン(tEGFR)をコードする3μgのmRNAで電気穿孔した。完全長EGFRをN末端とC末端の両方で切断して機能的に不活性なヒトポリペプチドを作成し、これは、その天然のリガンドEGFに結合できないことと、キナ-ゼドメインが存在しないことのために、二量体化特性が低下させた(Wang et al., Blood. 2011;118(5):1255-1263)。得られたトランス遺伝子は、顆粒球マクロファージコロニ-刺激因子2受容体アルファサブユニット(GM-CSF-Ra)のリ-ダ-配列と、2つの細胞外膜近位ドメイン及び膜貫通ドメインとを含むヒトEGFRのアミノ酸334~675(Uniprot P00533)で構成された。トランス遺伝子の発現は、EGFRに対する抗体を介する電気穿孔の20時間後に検出された。T細胞を電気穿孔してから20時間後、CARの機能は、ルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイ(図3D)を使用し、及びT細胞から放出されたサイトカインをELISAを使用して定量することによって決定された(図3E)。図3D及び3Eは、試験された親和性が最も低い抗原結合部分(「E11.4.1-G32A」)が、標的細胞との二価相互作用の場合にのみT細胞を誘発できることを示し、すなわち、CD8αヒンジ(「Cys」)中にシステインを含むCARに融合した場合にのみ誘発できるが、これらのシステインがセリン(「Ser」)に置換されたCARに融合した場合は、誘発できないか、弱く誘発した。逆に、親和性が上昇した抗原結合部分(E11.4.1-WT及びE11.4.1-G25A)は、「Ser」CAR骨格に融合した場合は、一価の相互作用でも強力な細胞毒性を誘発した。まとめると、この例は、システインを含むCAR分子はホモ二量体化して、単一陽性の標的細胞(つまり、1つの抗原のみを発現する標的細胞)によるCARの活性化をもたらし得ることを示す。しかしながら、本発明の目的は、所定の抗原の組み合わせ(すなわち、ANDゲートCAR機能)を発現する標的細胞を特異的に認識するCAR群を構築することである。従って、本発明のCAR群の各CAR分子の外部ドメインは、群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まない。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレ-シス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用して負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSO(Sigma Aldrich)を補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズ(Thermo Scientific)を用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2(Peprotech)を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレア-ゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞又をジャーカットT細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を1次抗体として使用して、及びPE-又はAPC-結合2次抗体(eBioscience)を使用して検出した。工学作成された標的抗原tEGFRの発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)のいずれかを用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築:
シグナルペプチドCD33、ヒトCD8αヒンジ、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S、及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GenScriptによって合成された。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgeneから得られた(プラスミド#11011)。StrepIIタグ(NWSHPQFEK)と柔軟性リンカーの挿入はPCRによって行った。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックス(Gibson Assembly Master Mix)(New England BioLabs)を使用して、製造業者の指示に従って行った。図と配列をそれぞれ図14と図15に示す。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
ルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイ:
ルシフェラーゼ発現腫瘍細胞を、CAR T細胞とE:T細胞比2:1で、白い丸底96ウェルプレート(Sigma Aldrich)中で、フェノ-ル不含RPMI(Thermo Scientific)、10%FCS、1%L-グルタミン(Thermo Scientific)、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンからなる細胞毒性アッセイ培地の10,000個の標的細胞/ウェルを、37℃で4時間同時培養した。最後に、残りの生細胞は、同時培養物の残留ルシフェラーゼ活性を測定することによって定量化した。室温で10分間平衡化した後、ルシフェリンを細胞懸濁液(150μg/mL最終濃度;Perkin Elmer)に添加し、ルシフェラーゼ活性を20分後にENSPIREマルチモードプレートリ-ダ-を使用して測定した。具体的な溶解の割合は、次の式で決定した:
%特異的溶解=100-((エフェクターと標的細胞の同時培養物を含むウェルからのRLU)/(標的細胞のみを含むウェルからのRLU)x100))。
CAR T細胞によるサイトカイン放出:
初代CAR T細胞のサイトカイン分泌は、標的細胞とE:T比1:1又は2:1で平底96ウェルプレート中で、37℃で4時間又は24時間同時培養することにより評価した。いくつかの実験では、放出されたサイトカインは、細胞毒性を決定するための同時培養実験からの上清で定量化した。上清を遠心分離(1600rpm、7分、4℃)して残りの細胞と破片を除去し、続いて-80℃で凍結した。分泌されたIFN-γの分析のために、ヒトIFNガンマELISA Ready-SET-Go!(登録商標)キット(eBioscience)を製造業者の指示に従って使用して、ELISAを行った。測定は、ENSPIREマルチモードプレートリ-ダ-を使用して行った。
実施例3
1本鎖可変断片(scFv)は細胞膜でCARのクラスター化を誘発し、それによって抗原の組み合わせを特異的に認識するための結合活性効果の使用を防ぐことができる
第3の例は、car分子へのscFvベースの結合部分の組み込みが、抗原の組み合わせの特異的な認識のための結合活性効果の使用を防ぐことができることを示す。図4Aに示されているCAR構築物の略図は、試験されたCAR変種(4D5-5-8cys-BB-3z、4D5-5-8ser-BB-3z、4D5-5(split)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z)の設計を示す。示されている例では、HER2に対するscFv4D5-5は抗原結合部分として使用し、単量体(「Ser」)又は二量体(「Cys」)のCARシグナル伝達骨格のいずれかに組み込んだ。図4Bは、初代T細胞におけるCARの発現を示す。scFv4D5-5の有効な結合親和性は1.1μMであると報告されており(Liu et al., Cancer Res. 2015;75(17):3596-3607)、これはE11.4.1-G32Aの親和性に匹敵する。末端切断型のHER2(tHER2)を発現するジャーカットT細胞は標的細胞株とした(図4E)。セリン含有CAR「4D5-5-8ser-BB-3z」によって誘発されるCAR T細胞によるIFN-ガンマ分泌(図4F)及び標的細胞の溶解(図4G)は、低親和性scFvにもかかわらず、システイン含有CAR「4D5-5-8cys-BB-3z」と比較してわずかに減少し、これは、実施例2(図3)のCAR S(G32A)-8ser-BB-3z(配列番号44))の低親和性rcSso7dベースの抗原結合部分での観察とはまったく対照的である。ダイアボディ形成で観察されるように、T細胞の表面でscFv中で一緒に結合されたVとVは、同じ1本鎖分子内(つまり同じCAR分子内)で二量体化できるだけでなく、分子間リンク(つまり異なるCAR分子間)を形成することもできる。これは、精製されたscFvタンパク質について報告されているように二量体化又はオリゴマー化さえも仲介し(Atwell et al., Protein Eng. 1999;12(7):597-604)、以前に観察されたCARクラスター化(Long et al., Nat Med. 2015;21(6):581-590)を説明するであろう。最終的に、scFvのこの二量体化又はオリゴマー化は、単量体のCAR骨格に基づいている場合でさえ、二価又は多価のCARの形成をもたらすであろう。従ってVとVの間のリンカーを切断するとオリゴマー化が防止され、従って単量体のCAR骨格に基づく低親和性CARの活性化が防止される。さらに我々は、リンカーのないV及びVドメインでも、T細胞の表面で少なくとも部分的にヘテロ二量体化して機能的なV/Vヘテロ二量体(すなわちFv)を形成できると仮定した。Fv間に非特異的な粘着性がない場合、これらのFvは、その親和性が低いため(4D5-5の場合はKd 1.1μM)、2つのFvの制御された二量体化(V運搬鎖に細胞内で融合したFKBP F36Vドメインを介して)によってのみT細胞の活性化を誘発できるはずである。実際、図4Hは、低親和性scFv 4D5~5のV及びVを2つの別個の膜に固定された分子(配列番号58及び配列番号59)上に分離することによって示されるように、これが事実であることを示している。予測されたように、これらの構築物を発現するCAR T細胞(図4C及び4D)は、tHER2pos標的細胞によって活性化されなかった。ただし、V構築物がAP20187によってホモ二量体化された場合、T細胞はこれらの標的細胞によって活性化された(図4H)。二量体の存在下でのこのT細胞の活性化は、2つの別々の構築物が実際にT細胞表面に機能的なFvを形成し、二量体の非存在下での活性化の欠如がFvの一価的性質によるものであることを確認した。これは、4D5-5の低い親和性に一致し、及び実施例2のrcSso7dベースの抗原結合部分で得られた観察結果に一致する。比較のために我々は、scFvバージョン(つまり、リンカー「218」によって接続されたVとV)の発現を、V構築物で得られた発現レベル(図4C)まで大マーカーに調整した。これは、低発現にもかかわらず、CAR T細胞の強力な活性化をもたらした(図4H)。まとめると図4のデータは、少なくとも特定のバージョンのscFvが、T細胞表面上の隣接する分子間のVとVの分子間ヘテロ二量体化によって部分的に二量体化(又はオリゴマー化)することを強く示唆している。システインアミノ酸残基によって引き起こされる二量体化又はオリゴマー化(上記で説明)と同様に、少なくとも特定のscFvs変種によって仲介されるCAR分子の制御されていない二量体化又はオリゴマー化は、同一のCAR分子のホモ二量体化を引き起こす可能性がある。これは、次に、単一の陽性細胞に遭遇したときに結合活性効果をもたらす可能性があり、従って、本発明のCAR群による標的細胞上の抗原組み合わせの所望の特異的認識を妨げる。従って、好適な実施態様において、CAR群のCAR分子の抗原結合部分も、本発明の群のCAR分子に結合する他のポリペプチドの抗原結合部分も、scFvではない。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレ-シス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテルを使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレア-ゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞又はジャーカットT細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を又はFLAGタグを介して、抗FLAGタグ抗体(クローンL5、BioLegend)を1次抗体として使用し、StrepIIタグ抗体の場合は、PE-又はAPC-結合2次抗体を使用して検出した。工学作成された標的抗原tHER2の発現は、PE-結合抗HER2抗体(クローン24D2、BioLegend)を用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築:
GM-CSF-Raシグナルペプチド、抗ヒトCD19 scFv FMC63、ヒトCD8αヒンジ、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S、及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GenScriptによって合成された。シグナルペプチドIgGk、抗ヒトHER2 scFv4D5-5、及び二量体化ドメインFKBP F36Vをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。HER2の細胞外ドメインと膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgene(プラスミド#16257)から得た。StrepIIタグ(NWSHPQFEK)又はFLAGタグ(DYKDDDDK)及び柔軟性リンカーの挿入は、PCRによって行った。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
ルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイ:
ルシフェラーゼ発現腫瘍細胞を、CAR T細胞とE:T細胞比2:1で同時培養し、白い丸底96ウェルプレート中の10,000個の標的細胞/ウェルを、37℃で4時間、フェノ-ル不含RPMI、10%FCS、1%L-グルタミン、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンからなる細胞毒性アッセイ培地で培養した。最後に、残りの生細胞は、同時培養物の残留ルシフェラーゼ活性を測定することによって定量化した。室温で10分間平衡化した後、ルシフェリンを細胞懸濁液に添加し(150μg/mL最終濃度)、ルシフェラーゼ活性を20分後にENSPIREマルチモードプレートリ-ダ-を使用して測定した。具体的な溶解の割合は、次の式で決定した:
%特異的溶解=100-((エフェクターと標的細胞の同時培養物を含むウェルからのRLU)/(標的細胞のみを含むウェルからのRLU)x100))。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団を生成した:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で、丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間同時培養した。CAR T細胞を添加していない標的細胞を対照条件とした(「標的のみ」)。インキュベ-ション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞は、PBS、0.2%ヒトアルブミン、0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁した。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は以下の式で計算した:
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
CAR T細胞によるサイトカイン放出:
初代CAR T細胞のサイトカイン分泌を、標的細胞とE:T比1:1又は2:1で平底96ウェルプレート中で、37℃で4時間又は24時間同時培養することにより評価した。いくつかの実験では、放出されたサイトカインは、細胞毒性を決定するための同時培養実験からの上清で定量化した。上清を遠心分離(1600rpm、7分、4℃)して残りの細胞と破片を除去し、続いて-80℃で凍結した。分泌されたIFN-γの分析のために、ヒトIFNガンマELISA Ready-SET-Go!(登録商標)キット(eBioscience)を製造業者の指示に従って使用して、ELISAを行った。測定は、ENSPIREマルチモードプレートリ-ダ-を使用して行った。
トランス遺伝子のインビトロ二量体化:
トランス遺伝子の二量体化は、同時培養実験の前に誘導された。初代T細胞を各細胞培養培地で最終細胞濃度に希釈した。ホモ二量体化剤AP20187(MedChemExpress)を細胞培養培地で希釈し、10nMの最終濃度で添加した。同じ濃度の各ビヒクル対照DMSOの添加を対照とした。トランス遺伝子の効率的な二量体化とその後のインビトロ実験を確実にするために、細胞を37℃で30分間インキュベートし、その後インビトロ実験で使用した。
実施例4
HER2に対するアフィボディベースのCAR群の生成と機能
第4の例で我々は、本発明のCAR群での使用に適したHER2に対するアフィボディベースの結合部分を作成及び同定した。ここでも我々は、ヒトHER2への高親和性結合のために工学作成された十分に特性解析された既存の抗原結合部分から開始した(Wikman et al., Protein Eng Des Sel. 2004;17(5):455-462)。潜在的なN-グリコシル化部位を排除し、IgG結合を減らすために、2つの点突然変異(N23A及びS33K)を結合足場のフレ-ムワ-ク領域に導入すると(Feldwisch et al., J. Mol. Biol. 2010;398(2):232-47)、これは抗原結合部分「zHER2-WT」をもたらした。「zHER2-WT」のアラニンスキャンを実行して、抗原結合に関与するすべてのアミノ酸を連続的にアラニンに変異させて、それぞれ1つのアラニン変異を含むさまざまな変種をもたすことによって、低親和性変異体を作成した。大腸菌で13の変種を発現させ、適切な抗原結合部分を選択するためのそれらの親和性を決定する代わりに、我々は、条件的にホモ二量体化することができる(図5A)すべての変種をCAR骨格(配列番号52中のバインダ-zHER2-WT(WT)で例示)に直接組み込むことにより、機能的スクリ-ニングを行った。このようにして、異なるCARを発現するT細胞を、tHER2をコードする5μgのmRNAで電気穿孔したジャーカットT細胞との同時培養において、ホモ二量体の存在下及び非存在下での活性化について直接スクリ-ニングすることができる。図5Bは、ジャーカット細胞におけるtHER2の発現を示す。各CAR構築物について初代ヒトT細胞を5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後にヘキサヒスチジンタグを介して発現を検出した(図5C)。13の異なるアフィボディベースのCARすべての発現は同等であった(図5D)。構築物を発現しない初代T細胞を陰性対照として使用した。機能的スクリ-ニングのために、CAR分子の二量体化は、CAR T細胞を10nMのAP20187で37℃で30分間処理し、次にジャーカットT細胞と同時培養することによって誘導した。ビヒクル対照DMSOを対照とした。E:T比2:1で37℃で4時間同時培養した後、細胞毒性を誘発するCARの能力をルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイを実施することによって決定した。10nMのAP20187の存在下又は非存在下でT細胞の細胞毒性を誘発するさまざまなCARの能力を、図5Eに示す。高親和性アフィボディ抗原結合部分zHER2-WTは、AP20187の存在に依存しない効率的な標的細胞溶解を誘発した。同様に、変異体Q11A、Q17A、W24A、T25A、S27A、及びR28Aを含むCARは、二量化体の存在に対して有意な依存性を示さなかった。置換Y13A及びW14Aを有するアフィボディ抗原結合部分を含むCARによって細胞毒性が誘発されることはなかったが、Y35Aは低レベルで細胞毒性を誘発した。二量体化誘導活性化は、変異体L9A-、R10A-、及びR32Aで観察され、従ってこれらは、本発明のCAR分子への組み込みに適した結合部分である。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレ-シス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、ヘキサヒスチジンタグを介して、AF647結合抗ペンタヒスチジンタグ抗体(Qiagen)を使用して検出した。工学作成された標的抗原tHER2の発現は、PE-結合抗HER2抗体(クローン24D2、BioLegend)を用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレア-ゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞又はジャーカットT細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
トランス遺伝子構築物の構築:
CD33シグナルペプチド、アフィボディzHER2-WT、ヘキサヒスチジンタグ、柔軟なGSリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S、及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、二量体化ドメインFKBP F36V、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GenArtによって合成された。HER2の細胞外ドメインと膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgene(プラスミド#16257)から得た。柔軟性リンカーの挿入は、PCRによって行った。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
タンパク質抗原結合部分のアラニンスキャン:
エピトープ結合に関与するすべてのアミノ酸の部位特異的変異誘発は、QuikChange Lightning 部位特異的変異誘発キットを使用して、製造業者の指示に従って行った。プライマ-はQuikChangePrimer Design ソフトウェア(Agilent Genomics)を使用して工学作成され、オリコヌクレオチドはBiomersによって合成された。
ルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイ:
ルシフェラーゼ発現腫瘍細胞を、CAR T細胞とE:T細胞比2:1で、白い丸底96ウェルプレート(Sigma Aldrich)中で、フェノール不含RPMI(Thermo Scientific)、10%FCS、1%L-グルタミン(Thermo Scientific)、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンからなる細胞毒性アッセイ培地の10,000個の標的細胞/ウェルを、37℃で4時間同時培養した。最後に、残りの生細胞は、同時培養物の残留ルシフェラーゼ活性を測定することによって定量化した。室温で10分間平衡化した後、ルシフェリンを細胞懸濁液(150μg/mL最終濃度)に添加し、ルシフェラーゼ活性を20分後にENSPIREマルチモードプレートリーダーを使用して測定した。具体的な溶解の割合は、次の式で決定した:
%特異的溶解=100-((エフェクターと標的細胞の同時培養物を含むウェルからのRLU)/(標的細胞のみを含むウェルからのRLU)x100))。
トランス遺伝子のインビトロ二量体化:
トランス遺伝子の二量体化は、同時培養実験の前に誘導された。初代T細胞を各細胞培養培地で最終細胞濃度に希釈した。ホモ二量体化剤AP20187を細胞培養培地で希釈し、10nMの最終濃度で添加した。同じ濃度の各ビヒクル対照DMSOの添加を対照とした。トランス遺伝子の効率的な二量体化とその後のインビトロ実験を確実にするために、細胞を37℃で30分間インキュベートし、その後インビトロ実験で使用した。
アフィボディベースの抗原結合部分の発現と精製:
結合足場は、pE-SUMOベクターを使用して、sfGFP融合タンパク質(N末端ヘキサヒスチジンタグとそれに続くrcSso7d又はアフィボディとsfGFPのいずれかで構成される)として発現された。融合タンパク質の構成の略図を図14Gに示す。アフィボディベースのバインダーzHER2のさまざまな変異体を、図14Gに示すものと同じ方法でsfGFPに融合させた。sfGFPレポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列は、Addgeneから得られた(プラスミド#54737)。簡単に説明すると、大腸菌細胞(Tuner DE3)を、熱ショック形質転換を使用して、配列が検証されたプラスミドで形質転換した。37℃で一晩培養した後、培養物を、カナマイシン(50μg/mL)を補足したTB培地(12g/Lトリプトン、24g/L酵母エキス、4%グリセロール、2.31g/L KHPO、及び16.43g/L KHPO・3HO)で1:100に希釈し、37℃で振盪しながらインキュベートした。培養物が約2のA600に達したとき、1mMのIPTGの添加によりトランス遺伝子の発現を誘導し、細胞をさらに20℃で一晩培養した。細胞を遠心分離(5000g、20分、4℃)して回収し、超音波処理緩衝液(50mMリン酸ナトリウム、300mM NaCl、3%グリセロール、1%トリトンX-100、pH8.0)に再懸濁し、超音波処理(2x90秒、デューティサイクル50%、振幅を5に設定)し、再度遠心分離して細胞片を除去した。ヘキサヒスチジンタグ付き融合タンパク質は、TALON金属親和性樹脂を使用して粗細胞抽出物から精製した。10mMイミダゾールを添加した後、超音波処理した上清を樹脂に2回適用し、続いて、イミダゾールの量を増やしながら(5~15mM)平衡化緩衝液(50mMリン酸ナトリウム、300mM NaCl、pH8.0)による洗浄工程を行った。250mMイミダゾールを補足した平衡化緩衝液を適用することにより、結合足場を溶出した。Amicon Ultra-15 10K 遠心フィルタ-を使用して、緩衝液をPBSに交換した後、各モル吸光係数を使用して280nmの吸光度を測定することにより濃度を決定し、最後にタンパク質を-80℃で直接凍結した。
表面プラズモン共鳴(SPR)を使用した結合親和性の決定:
Biacore T200機器(GE Healthcare)を使用して、SPR実験を行った。すべての実験は、0.1%BSA及び0.05%ツイーン-20(Merck Millipore)を含有する脱気及び濾過されたPBS、pH7.4中で25℃で行った。hHER2-Fc(R&D)を、プロテインAセンサーチップに10μL/分の流速で60秒間、4μg/mLの濃度で固定化した。アフィボディベースの抗原結合部分の親和性を決定するために、各タンパク質の5つの濃度(抗原結合部分の予想されるKdに応じて)を30μL/分の流速で15秒間(zHER2-R10A及びzHER2-R32A)又は60秒間(zHER2-WT)、単一のサイクル速度論モードで注入し、続いて解離工程(zHER2-R10A及びzHER2-R32Aの場合は60秒、zHER2-WTの場合は180秒)を行った。再生は、10mMグリシン-HCl、pH1.5を使用し、流速30μL/分で30秒間行った。Kdは、Biacore T200評価ソフトウェア(GE Healthcare)を使用してカーブフィッティングによって得た。
実施例5
薬物投与によってその結合活性を制御することができるCAR群を発現する安定に形質導入されたT細胞による担癌マウスの治療
実施例5では、免疫不全NOD.Cg-PrkdcScid 112rgtm1WJ1/SzJ(NSG)マウスを用いる白血病モデルで、腫瘍増殖が、低親和性CAR「S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号46)を発現するレンチウイルスで形質導入されたT細胞によって、調節分子の存在下では効率的に阻害できるが、非存在下では阻害できないことを示す。現在、長期のインビボ実験に適した条件的ヘテロ二量体化に使用できるシステムが存在しないため、ホモ二量体化にFKBPベースのシステムを使用して、CAR分子の結合活性を調節することによりT細胞の機能を調節するというインビボ概念証明を行った。これは、単一特異性の低親和性CAR「S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」が、その複合体状態すなわち二量体状態の二価の抗EGFR/EGFR-CARであり、原理的には2重陽性の標的細胞(すなわち二価の相互作用)を認識する抗EGFR/HER2-CARに匹敵するという結論に基づいている。
インビボモデルでは、生物発光イメージングを使用して腫瘍増殖をインビボで定量化するために、tEGFRの高発現用ベクター(細胞あたり約1x10 個のtEGFR分子)で形質導入したB-ALL細胞株Nalm6と、ホタルルシフェラーゼを使用した。0.5x10 個のNalm6-tEGFR-fLuc細胞のNSGマウスへの静脈内(i.v.)注射は、未治療のマウスで指数関数的な腫瘍増殖をもたらした。しかしながら図6Aは、NSGマウスにおけるこの細胞株の増殖が、腫瘍細胞注入の3日後に抗CD19-8cys-BB-3z(配列番号60)又は高親和性抗EGFR CAR「S(WT)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号49)のいずれかを発現する10x10 個のT細胞を静脈内注射した場合に、効率的に阻害されたことを示す。重要なことに、低親和性EGFR-CAR「S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号46)を有するT細胞もまた白血病の増殖を阻害したが、これは、ホモ二量体化剤AP20187、すなわち調節分子を定期的に投与した場合(図6A)はわずかにしか阻害されず、CAR S(G32A)-ser8-BB-FKBP(36V)-3zが二量体状態(すなわち、複合体化CAR群=オン状態)の場合にのみ、完全な活性があることを示す。二量体化剤が存在しない(すなわち、複合体化されていないCAR=オフ状態)場合、中程度の増殖阻害しか観察されなかった(図6A)。T細胞注射の11日後にこの後者の群のマウスに、二量体化剤すなわち調節分子が投与された場合、CAR分子の誘発された複合体化は、2匹のマウスで腫瘍負荷の強力な低減と3匹の他のマウスで中程度の阻害をもたらした(図6B)。まとめると、これらのインビボ実験は、我々のインビトロデータを確認しており、CAR分子がCAR群に複合体化(すなわち組み立て)され、それによって結合活性が生じた場合にのみ、低親和性抗原結合部分を有するCAR分子を発現する細胞が効率的に誘発されることを証明している。
CARの発現は、rcSso7dベースのCARの場合は抗StrepIIタグ抗体を用いて検出し、CD19特異的CARの場合はプロテインLを用いて検出した(それぞれ図7A及び7B)。インビトロでの機能的特性評価のために、CAR T細胞を、EGFRを発現していないNalm6細胞(「Nalm6-fLuc」)又は高レベルのEGFRを発現しているNalm6細胞(「Nalm6-tEGFR-fLuc」)とともに(図7E及び7F)、37℃で4時間、E:T比10:1で同時培養した。標的細胞との同時培養の前に、T細胞に10nMのAP20187を添加することによってCARホモ二量体化が誘導された。ビヒクル対照であるDMSOの添加を対照とした。図7C及び7Dは、それぞれNalm6-fLuc又はNalm6-EGFR-fLuc細胞と同時培養されたCAR T細胞の細胞溶解能力を示す。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレ-シス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテルを使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニターした。
T細胞及び細胞株の形質導入:
汎親和性VSV-Gシュ-ドタイプ化レンチウイルスのウイルス産生は、Lenti-X 293T細胞から、第3世代ピューロマイシン選択可能pCDHトランス遺伝子ベクターと第2世代ウイルスパッケージングプラスミドpMD2.G及びpsPAX2(どちらもAddgeneから得られ、それぞれプラスミド#12259及び#12260)を用いて行った。同時トランスフェクションは、Purefection Transfection試薬を製造業者の指示に従って使用して実施した。トランスフェクションの1日後と2日後に上清を採取し、Lenti-X濃縮器を製造業者の指示に従って使用して濃縮した。
レンチウイルス形質導入の24時間前に、初代T細胞を、抗CD3/28ビ-ズを使用して製造業者の指示に従って活性化した。細胞培養プレートをRetroNectinで製造業者の指示に従ってコーティングして、レンチウイルスと初代T細胞の同時局在を促進した。細胞を濃縮レンチウイルス上清に1日間曝露した後、ウイルス粒子を除去した。3日後、T細胞を1μg/mLピュ-ロマイシンで処理して、トランス遺伝子の高く均一な発現を確保した。T細胞は、2%オクタプラス、1%L-グルタミン、2.5%ヘペス、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したAIM-VからなるT細胞形質導入培地で増殖させた。
レンチウイルス形質導入の24時間前に細胞株を分割して、形質導入の時点で指数関数的な細胞増殖を確保した。細胞をさまざまな濃度のレンチウイルス上清に1日間曝露した。形質導入されていない細胞を除外するために、1~8μg/mLの異なる濃度で形質導入の3日後に、ピューロマイシン選択を行った。
トランス遺伝子構築物の構築:
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSso7d変種E11.4.1-G32A、StrepIIタグ(NWSHPQFEK)、柔軟性G4Sリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、二量体化ドメインFKBP F36V、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。GM-CSF-Raシグナルペプチド及び抗ヒトCD19scFvFMC63をコードするヌクレオチド配列はGenScriptによって合成された。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードするヌクレオチド配列は、Addgene(プラスミド#11011)から得られた。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を、又はCD19-BBzCARの場合はプロテンLを1次抗体として、及びPE-又はAPC-結合2次抗体を使用して検出した。EGFRの発現は、PE-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)を用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
ルシフェラーゼベースの細胞毒性アッセイ:
ルシフェラーゼ発現腫瘍細胞を、CAR T細胞とE:T細胞比2:1で同時培養し、白い丸底96ウェルプレート中の10,000個の標的細胞/ウェルを、37℃で4時間、フェノ-ル不含RPMI、10%FCS、1%L-グルタミン、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンからなる細胞毒性アッセイ培地で培養した。最後に、残りの生細胞は、同時培養物の残留ルシフェラーゼ活性を測定することによって定量化した。室温で10分間平衡化した後、ルシフェリンを細胞懸濁液に添加し(150μg/mL最終濃度)、ルシフェラーゼ活性を20分後にENSPIREマルチモードプレートリーダーを使用して測定した。具体的な溶解の割合は、次の式で決定した:
%特異的溶解=100-((エフェクターと標的細胞の同時培養物を含むウェルからのRLU)/(標的細胞のみを含むウェルからのRLU)x100))。
トランス遺伝子のインビトロ二量体化:
トランス遺伝子の二量体化は、同時培養実験の前に誘導された。初代T細胞を各細胞培養培地で最終細胞濃度に希釈した。ホモ二量体化剤AP20187を細胞培養培地で希釈し、10nMの最終濃度で添加した。同じ濃度の各ビヒクル対照DMSOの添加を対照とした。トランス遺伝子の効率的な二量体化を確実にするために、細胞を37℃で30分間インキュベートし、その後インビトロ実験で使用した。
インビボ標的細胞死滅:
OD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1WJI/SzJ(NSG)マウスを、動物繁殖のためにAnna Spiegel施設に収容した。以後の実験のために、マウスをウィーン医科大学の前臨床研究所(PIL)に移した。すべての操作は、the Magistratsabteilung 58, Viennaによって承認されたとおりに行った(GZ:813267/2015/24)。
初代T細胞は、「T細胞及び細胞株の形質導入」に示されているプロトコールを使用して、CD19特異的対照CAR(CD19-BBz)、EGFR特異的高親和性CAR及び低親和性CAR(それぞれ「E11.4.1-WT」及び「E11.4.1-G32A」)を発現するように工学作成された。形質導入後、CAR T細胞を14日以上増殖させた後、インビボ実験で十分な細胞数を作成した。
ホモ二量体化剤AP20187(Clontech Laboratories)を、製造業者の指示に従ってビヒクル溶液に溶解した。簡単に説明すると、AP20187をまず、エタノールに12.5mg/mLの濃度で激しく確認しながらボルテックス混合した。次に、化合物を、水中のPEG-400(Sigma Aldrich)とツイーン80(Sigma Aldrich)の適切な混合物を使用して、最終使用濃度0.5mg/mLに希釈した。得られたビヒクル溶液は、注射用水中の4%エタノール、10%PEG-400、及び1.7%ツイーン80から構成されていた。AP20187の使用ストックは、注入の直前に調製し、滅菌濾過し、30分以内に使用した。
高レベルのtEGFR-FKBP及びfLucを発現するように工学作成されたNalm6細胞(「Nalm6-tEGFR-fLuc」)をPBSに再懸濁し、35μmセルストレーナー(Corning Falcon)で濾過し、最終濃度を5x10/mLに設定した。0.5x10個の細胞を各NSGマウス(オスとメスマウスの混合、Jackson Laboratory)の尾静脈に静脈内(i.v.)注射した。3日後、マウスを各CAR T細胞(尾静脈への10x10 個のCAR T細胞のi.v.)で処理し、続いてホモ二量体化剤AP20187(2mg/kg投与)の又はビヒクル対照を腹腔内(i.p.)注射を使用して注射した。二量体化剤AP20187(2mg/kg)又はビヒクル対照を、0日目(T細胞注射の直後)、記載されている1日目、2日目、4日目、7日目、9日目、及び11日目に投与した。すべての対照条件は、各ビヒクル対照(注射用水中の4%エタノール、10%PEG-400、及び1.7%ツイーン80)で処理された。腫瘍増殖と制御は、生物発光イメージング(BLI)によって追跡された。実験の最後に、マウスを頸椎脱臼により殺処分した。
生物発光イメージング(BLI):
腫瘍増殖のBLIイメージングは、ウィーン医科大学の前臨床研究所(PIL)で、IVISスペクトルインビボイメージングシステム(Perkin Elmer)を使用して実施された。D-ルシフェリン基質(Perkin Elmer)をPBSに溶解して最終濃度を15mg/mLにし、滅菌濾過した。マウスをイソフルランで麻酔し、腹腔内投与した。ルシフェリン使用ストック(最終用量150mg/kg体重)を腹腔内注射した。15~20分後、1~3匹のマウスをIVISイメージングシステムに移し、中程度のビニングモードで1秒~2分の取得時間で生物発光を測定して、不飽和画像を得た。ルシフェラーゼ活性をLiving Image フトウェア(Caliper)で解析し、マウスの全身を含む目的領域内で光子束を測定した。
実施例6
VEGFによるCAR群の結合活性の調節
第6の例は、細胞外可溶性因子によって複合体化することができるCAR群を生成するための戦略を示しており、この場合、この因子は本発明の調節分子として機能する。示されている例では、VEGFは、CAR S(G32A)-J.CT6-8ser-BB-3z(配列番号66及び配列番号67)のホモ二量体化のための潜在的な二量体化剤(すなわち調節分子)として使用された。この目的のために、工学作成されたCH2-CH3-IgG1-FcドメインをCAR分子の外部ドメイン(配列番号67)に組み込み、CH2-CH3-Fcドメイン「JanusCT6」(配列番号66)を含む可溶性構築物と同時刺激させた。前記構築物は、VEGFへの高親和性結合のために工学作成され(Lobner et al., MAbs. 2017;9(7):1088-1104)、CAR分子の外部ドメイン中のCH2-CH3-Fcドメインとジスルフィド架橋を形成して共有結合的にヘテロ二量体化する。両方の構築物のCH2-CH3ドメインは、ホモ二量体化を最小限に抑えるように工学作成された(Lobner et al., MAbs. 2017;9(7):1088-1104)。与えられた例では、E11.4.1-G32Aは、協調的結合に依存しているため、抗原結合部分として使用された。図8Aは、2つの構築物(配列番号66及び配列番号67)を含むVEGF依存性EGFR特異的CARの略図を示し、図8Bは、VEGFの添加の効果を示す。ジャーカットT細胞をtEGFRの5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後に発現を検出した(図8C)。初代ヒトT細胞を各構築物の5μgのmRNAで電気穿孔した。次にT細胞は、単量体の第2世代CARシグナル伝達骨格(配列番号67)を含むCAR分子を発現し、前記骨格は、Janus-CT6-Fcドメインに融合した低親和性E11.4.1-G32A結合部分を含む構築物と結合し、膜貫通ドメイン(配列番号66)を含まなかった。2つの構築物を発現するCAR T細胞(図8D)をさまざまな量のVEGFで処理し、高レベルのtEGFRを発現するジャーカットT細胞と同時培養した(図8C)。図8Eは、FACSベースの細胞毒性アッセイを使用して決定された細胞毒性を誘発する能力を示す。図8Eは、CAR群が、標的細胞に対するT細胞の細胞傷害性をVEGF(すなわち調節分子)依存的に誘発したことを示す。これは、VEGFなどの細胞外可溶性因子が調節分子として機能し、それにより本発明のCAR群の複合体化を促進できることを証明している。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレーシス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテルを使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS(Sigma Aldrich)及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2(Peprotech)を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して、抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を、又はFcドメインを介してビオチン化抗ヒトIgG1抗体(クローンJDC-10、Biozol)を1次抗体として、及びPE結合ストレプトアビジンを2次染色試薬として使用して行われた。工学作成された標的抗原tEGFRの発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)のいずれかを用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築:
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSso7d変種E11.4.1-G32A、StrepIIタグ(NWSHPQFEK)、柔軟なGSリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。CH2-CH3-Fcドメイン「JanusCT6」と変異した「WT」CH2-CH3-Fcドメインを含むプラスミドは、ウィ-ンのUniversity of Natural Resources and Life SciencesのElisabeth Lobnerからの親切な供与であった。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードするヌクレオチド配列は、Addgene(プラスミド#11011)から得られた。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレア-ゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞又はジャーカットT細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団を生成した:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間同時培養した。CAR T細胞を添加していない標的細胞を対照条件とした(「標的のみ」)。インキュベ-ション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞は、PBS、0.2%ヒトアルブミン、0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁した。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は以下の式で計算した:
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
VEGFの組換え発現と精製:
末端切断型のヒトVEGF(残基14~108)の組換え発現は、すでに(Lobner et al., MAbs. 2017;9(7):1088-1104)に記載されている。
実施例7
EGFR及びHER2に対して向けられ、調節分子によって制御され得るCAR群の生成
実施例7において我々は、調節分子AP21967によって条件的に複合体を形成でき、標的細胞上のEGFRとHER2の複合発現の特異的認識を可能にするCAR群を生成するための戦略を例示した。この目的のために我々は、2つの異なる単一ドメイン結合足場、すなわちrcSso7dベースのEGFR特異的抗原結合部分E11.4.1の低親和性変異体(Traxlmayr et al., J Biol Chem. 2016;291(43):22496-22508)とアフィボディベースのHER2特異的抗原結合部分(et al., Protein Eng Des Sel. 2004;17(5):455-462)とを、ヘテロ二量体化ドメインFKBP又はFRBのいずれかを含む第2世代シグナル伝達骨格を移植した。すなわち、それぞれ「S(G32A)-8ser-BB-FKBP-3z」(配列番号48)及び「A(R10A)-ser8-BB-FRB-3z」(配列番号54)(図9A)。さらに我々は、両方の結合部分が単一のCAR分子の外部ドメインに連続的に組み込まれた(柔軟な2xGSリンカーによって分離された)タンデムCAR「A(R10A)-S(G32A)-8ser-BB-FKBP(36V)-3z」(配列番号71)」を生成した(図9B)。初代T細胞を各構築物について5μgで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後に発現を検出した(図9C及び図9D)。tEGFRの場合は5μgのmRNA、tHER2の場合は5μgのmRNA、又は両方の構築物の5μgのいずれかで電気穿孔したジャーカットT細胞を、標的細胞として使用した。図9E及び図9Fは、電気穿孔の20時間後のジャーカットT細胞における両方のトランス遺伝子の発現を示す。37℃で4時間、E:T比4:1:1で同時培養した後、FACSベースの細胞毒性アッセイを使用して、細胞毒性を誘発する能力を決定した。図9Gは、それぞれEGFR及びHER2に特異的な2つのCAR分子を発現する初代T細胞が、AP21967と複合体を形成すると、tEGFRとtHER2とを発現するジャーカットT細胞では細胞死を効率的に誘発できるが、2つの標的抗原の一方のみを発現するジャーカット細胞では、誘発できないことを示す。AP21967が存在しない場合、つまり複合体化されていない状態では、CAR群は2重陽性の標的細胞に対する応答は不活性であった。タンデム-CARは、2重陽性の標的細胞に対して中程度の活性を示し、AP21967の存在に依存しなかった。従ってこれらのデータは、本発明の非共有結合的に複合体化されたCAR群が、標的細胞上の抗原の組み合わせを特異的に認識することを確認している。さらに、これらのデータは、CAR群の活性が条件的ヘテロ二量体化によって任意選択的に調節できることも示す。
ヒト細胞株の維持:
初代ヒトT細胞は、アフェレーシス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、使用するまで、20%FCS及び10%DMSO(Sigma Aldrich)を補足したRPMI-1640培地で凍結保存された。CD3pos T細胞は、製造業者の指示に従って抗CD3/CD28ビーズ(Thermo Scientific)で活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2(Peprotech)を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニターした。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔:
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレアーゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞又はジャーカットT細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールを各細胞タイプに使用した:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー:
初代ヒトT細胞又は腫瘍細胞株をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を使用して、又はFLAGタグを介して抗FLAGタグ抗体(クローンL5、BioLegend)を1次抗体として使用し、PE-又はAPC-結合2次抗体(eBioscience)を使用して検出した。工学作成された標的抗原tEGFR及びtHER2の発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)を用いて、又はPE-結合抗HER2抗体(クローン24D2、BioLegend)を用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築:
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSsso7d変種E11.4.1-G32A、低親和性アフィボディ変種zHER2-R10A、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、二量体化ドメインFKBP F36V、及びFRB、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。二量体化ドメインFKBPをコードするヌクレオチド配列はGenscriptによって合成された。EGFR及びHER2の細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgeneから得られた(それぞれ、プラスミド#11011及び#16257)。柔軟性リンカー、FLAGタグ、及びStrepIIタグは、各PCRプライマーを使用して挿入された。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックス(New England Biolabs)を使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団を生成した:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で、丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間同時培養した。CAR T細胞を添加していない標的細胞を対照条件とした(「標的のみ」)。インキュベーション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞は、PBS、0.2%ヒトアルブミン、0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁した。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は以下の式で計算した:
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
トランス遺伝子のインビトロ二量体化:
トランス遺伝子の二量体化は、同時培養実験の前に誘導された。初代T細胞を各細胞培養培地で最終細胞濃度に希釈した。ホモ二量体化剤AP21967(Clontech Laboratories)を細胞培養培地で希釈し、500nMの最終濃度で添加した。対照条件は、同じ濃度のエタノールで処理された(ビヒクル対照)。トランス遺伝子の効率的な二量体化を確実にするために、細胞を37℃で30分間インキュベートし、その後、インビトロ実験に使用した。
実施例8
3つ又は4つのCAR分子を含むCAR群の生成
2つの直交二量体化プラットフォーム(AP21967を使用するFKBP/FRB、AP20187を使用するFKBP F36V/FKBP F36V)と低親和性抗原結合部分E11.4.1-G32Aを使用することにより、我々は、3つのCAR分子(2つの構築物(配列番号69)及び(配列番号48)を含む)又は4つのCAR分子(2つの構築物(配列番号70)及び(配列番号48)を含む)含む条件的に活性なCAR群を、複合体化状態で生成するための方策を例示する。図10A及び図10Bは、それぞれ三量体及び四量体のCARの略図を示す。ジャーカットT細胞を、3量体又は4量体のCAR群の2つの別々の鎖をコードする5μgのmRNAで電気穿孔し、各シグナル伝達鎖に応じて、StrepIIタグ又はFLAGタグを介する電気穿孔の20時間後にCAR発現を検出した。図10Cは、三量体及び四量体のCAR群の発現を示す。この例では、CAR群はEGFRのみに向けられていた。本発明のCAR群において、複合体化されたCAR群におけるすべてのCAR分子は、異なる標的抗原に対して向けられるであろう。
ヒト細胞株の維持
初代ヒトT細胞は、アフェレーシス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。NF-κB依存性eGFP遺伝子及びNF-AT依存性CFP遺伝子を用いて工学作成されたジャーカットTレポーター細胞株は、ウィーン医科大学のDr. Peter Steinbergerから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを製造業者の指示に従って使用して行われる。50~200ngのカラム精製PCR産物が反応テンプレートとして使用される。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製される。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈される。混合物はRNeasyカラムに充填され、製造業者の指示に従って精製される。溶出はヌクレアーゼ不含水で行われ、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結される。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、ジャーカットT細胞はさまざまな量の各mRNAで電気穿孔される。以下のプロトコールが使用される:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー
初代ヒトT細胞及びジャーカットT細胞をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理する。細胞は各1次抗体を用いて4℃で25分間染色される。染色された細胞はFACS緩衝液で2回洗浄された後、2次抗体で4℃で25分間染色されるか、BD LSRFortessaで直接処理される。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を使用して、又はFLAGタグを介して抗FLAGタグ抗体(クローンL5、BioLegend)を1次抗体として使用し、抗StrepIIタグ抗体の場合はPE-又はAPC-結合2次抗体を使用して検出される。工学作成された標的抗原tEGFRの発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(クローンAY13、BioLegend)を用いて検出される。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSsso7d変種E11.4.1-G32A、StrepIIタグ、柔軟性G4Sリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、二量体化ドメインFKBP F36V、及びFRB、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成される。二量体化ドメインFKBPをコードするヌクレオチド配列はGenscriptによって合成される。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgeneから得られる(プラスミド#11011)。柔軟性リンカー及びFLAGタグは、各PCRプライマ-を使用して挿入される。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、製造業者の指示に従って行われる。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅され、その後インビトロ転写に使用される。
ジャーカットTレポーター細胞株による転写因子活性の測定
ジャーカットTレポーター細胞株は、異なる蛍光タンパク質で異なって標識されて、同じウェル内で各腫瘍抗原を発現するジャーカットTレポーター細胞とジャーカットT標的細胞の効率的な分化を可能にする。適切な蛍光タンパク質は、dKeima(Addgene #54618)、mAmetrine(Addgene #54505)、又はレポータータンパク質とのクロストークが最小の同様のタンパク質である。各CARを発現するジャーカットTレポーター細胞における転写因子NFAT及びNFκBの活性は、丸底96ウェルプレート中で標的細胞とE:T比0.25:1、0.5:1、1:1、又は2:1で、37℃で4時間、8時間、16時間、又は24時間の同時培養によって評価される。細胞はBD LSRFortessaを使用して得られ、ジャーカットTレポーター細胞の活性化は、各レポータータンパク質の蛍光強度の幾何平均を、又はレポータータンパク質陽性細胞の割合を、測定することによって決定される。
トランス遺伝子のインビトロ二量体化
トランス遺伝子の二量体化は、同時培養実験の前に誘導される。初代T細胞とジャーカットT細胞は、各細胞培養培地で最終細胞濃度に希釈される。ホモ二量体化剤AP20187及びヘテロ二量体化剤AP21967は細胞培養培地で希釈され、それぞれ10nM及び500nMの最終濃度で添加される。同じ濃度の各ビヒクル対照DMSO又はエタノールの添加を、それぞれ対照とした。トランス遺伝子の効率的な二量体化を確実にするために、細胞を37℃で30分間インキュベートし、その後インビトロ実験に使用する。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団が生成される:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で、丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間又は24時間同時培養する。CAR T細胞を添加していない標的細胞を対照条件とする(「標的のみ」)。インキュベーション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞は、PBS、0.2%ヒトアルブミン、0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁される。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は以下の式で計算される:
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
実施例9
構成的な複合体形成のためのヘテロ二量体化ドメインを含むCAR群の生成
ヘテロ二量体化ロイシンジッパー(Moll et al., Protein Sci. 2001;10(3):649-655)、低親和性抗原結合部分E11.4.1-G32A、及びzHER2-R10Aを使用して、調節分子の存在とは無関係に効率的にヘテロ二量体化することができるドメインを含むCAR分子によって形成されるCAR群を生成するための方策を例示する。図11Aは、構築物S(G32A)-8Ser-BB-RR-3z(配列番号72)及びA(R10A)-8ser-BB-EE-3z(配列番号73)を含むCAR群の略図を示す。ジャーカットTレポーター細胞と初代T細胞を、2つの別々のCAR分子をコードする5μgのmRNAで電気穿孔し、電気穿孔の20時間後にStrepIIタグ又はFLAGタグを介してCAR発現を検出した(図11B~Eを参照)。図11Fは、EGFRとHER2の複合認識のためのこのCAR群を発現する初代ヒトT細胞が、EGFR又はHER2のいずれかのみを発現する同じタイプの標的細胞(すなわちジャーカット細胞)と比較して、両方の標的抗原(すなわちEGFRとHER2)を発現する標的細胞において、より効率的に細胞死を誘導できることを示す。
ヒト細胞株の維持
初代ヒトT細胞は、アフェレーシス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビーズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビーズを用いてモニタ-した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレアーゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールが使用される:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー
初代ヒトT細胞をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を又はFLAGタグを介して、抗FLAGタグ抗体(クローンL5、BioLegend)を1次抗体として使用し、抗StrepIIタグ抗体の場合は、PE-又はAPC-結合2次抗体を使用して検出した。工学作成された標的抗原tEGFR及びtHER2の発現は、PE-結合抗EGFR抗体(AY13、BioLegend)を用いて、又はPE結合抗HER2抗体(クローン24D2、BioLegend)を用いて、検出された。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSsso7d変種E11.4.1-G32A、StrepIIタグ、柔軟性G4Sリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。EE及びRRロイシンジッパーをコードするヌクレオチド配列は、Biocatによって合成された。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgene(プラスミド#11011)から得られた。柔軟性リンカーとFLAGタグは、各PCRプライマーを使用して挿入された。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団を生成した:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で、丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間及び24時間同時培養された。CAR T細胞を添加していない標的細胞を対照条件とした(「標的のみ」)。インキュベーション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞は、PBS、0.2%ヒトアルブミン、0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁した。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は以下の式で計算した:
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
実施例10
CAR分子の同時刺激シグナル伝達領域に異なる同時刺激ドメインを含むCAR群の生成
過去20年間で、異なる同時刺激ドメインを含む第2世代のCAR分子がT細胞を効率的に活性化できることが証明されている。実施例10は、それらの同時刺激シグナル伝達領域に異なる同時刺激ドメインを含むCAR分子が、標的抗原との一価及び多価相互作用を区別するための本発明のCAR群の状況においても機能することを示す。図12Aは、同時刺激シグナル伝達領域にCD28又はICOS又はOX40のいずれかを含む、EGFR特異的CAR分子S(G32A)-8ser-28-FKBP(36V)-3z(配列番号74)、S(G32A)-8ser-ICOS-FKBP(36V)-3z(配列番号75)、及びS(G32A)-8ser-OX40-FKBP(36V)-3z(配列番号76)の構成を示す。ジャーカット細胞及び初代ヒトT細胞におけるこれらのCAR分子の発現を、それぞれ図12B及びCに示す。発現は、各5μgのmRNAの電気穿孔の20時間後に、組み込まれたStrepIIタグを介してフローサイトメトリーによって分析した。ジャーカット細胞でプロモーターNF-κB及びNF-ATを活性化し、初代ヒトT細胞中で細胞毒性エフェクター機能を誘発する非複合体化(すなわち一価)及び複合体化(すなわち二価)状態のこれらのCAR分子の能力を、それぞれ図12D及びEに示す。図12Dは、S(G32A)-8ser-OX40-FKBP(36V)-3zが、NF-kB及びNF-ATレポーターで安定して形質導入されたジャーカット細胞内で発現された場合、調節分子AP20187によって二価のCAR群に複合体化されるときはNF-κB及びNF-ATを効率的に誘発できるが、複合体化されていない一価状態では誘発できないことを示す。同様に、CAR分子がAP20187によってそれぞれCAR群に複合体化された(図12E)場合のみ、CAR分子S(G32A)-8ser-ICOS-FKBP(36V)-3z及びS(G32A)-8ser-OX40-FKBP(36V)-3zによって、初代ヒトT細胞で特異的溶解が効率的に誘発された。まとめるとこれは、本発明のCAR群のCAR分子の同時刺激シグナル伝達領域における同時刺激ドメインのタイプを変え得ることを確認している。
ヒト細胞株の維持
初代ヒトT細胞は、アフェレーシス後の匿名の健康なドナ-の血液から得た(Austrian Red Cross, Vienna, Austriaからのバフィーコート)。CD3pos T細胞は、RosetteSep ヒトT細胞濃縮カクテル(STEMCELL Technologies)を使用する負の選択によって濃縮された。単離及び精製されたT細胞は、20%FCS及び10%DMSOを補足したRPMI-1640培地で、使用するまで凍結保存された。CD3pos T細胞は、抗CD3/CD28ビ-ズを用いて製造業者の指示に従って活性化され、10%FCS、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び200IU/mL組換えヒトIL-2を補足したRPMI-1640からなるヒトT細胞培地で増殖された。実験を行う前に、初代T細胞は少なくとも14日間培養された。ジャーカットT細胞は、CCRIのDr. Sabine Strehlから供与され、10%FCS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。NFκB依存性eGFP遺伝子とNFAT依存性CFP遺伝子で工学作成されたジャーカットTレポーター細胞株は、ウィーン医科大学のDr. Peter Steinbergerから供与され、10%FCSと1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補足したRPMI-1640で維持された。細胞株はマイコプラズマ汚染について定期的に試験し、認証はMultiplexion, Germanyで行われた。細胞密度は、AccuCheck計数ビ-ズを用いてモニタ-した。
mRNAのインビトロ転写と電気穿孔
インビトロ転写は、mMessage mMachine T7 Ultra キットを使用して製造業者の指示に従って行った。50~200ngのカラム精製PCR産物を反応テンプレートとして使用した。得られたmRNAは、RNeasyカラム精製キットを使用して、適合プロトコールを用いて精製した。簡単に説明すると、mRNA溶液を、RLT緩衝液、エタノール、及び2-メルカプトエタノールの混合物で希釈した。混合物はRNeasyカラムに充填し、製造業者の指示に従って精製した。溶出はヌクレアーゼ不含水で行い、精製されたmRNAは電気穿孔のときまで-80℃で凍結した。一過性のトランス遺伝子発現のために、Gene Pulser(Biorad)を使用して、初代T細胞をさまざまな量の各mRNAで電気穿孔した。以下のプロトコールが使用される:初代T細胞(方形波プロトコール、500V、5ms、及び4mmキュベット)、ジャーカットT細胞(方形波プロトコール、500V、3ms、及び4mmキュベット)。
抗体とフローサイトメトリー
初代ヒトT細胞をFACS緩衝液(PBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウム)に再懸濁し、10%ヒト血清で4℃で10分間処理した。細胞を各1次抗体を用いて4℃で25分間染色した。染色された細胞をFACS緩衝液で2回洗浄した後、2次抗体で4℃で25分間染色したか、又はBD LSRFortessaで直接処理した。CAR構築物の発現は、StrepIIタグを介して抗StrepIIタグ抗体(クローン5A9F9、Genscript)を1次抗体として使用し、PE-又はAPC-結合2次抗体を使用して検出した。工学作成された標的抗原tEGFRの発現は、PE-又はAPC-結合抗EGFR抗体(AY13、BioLegend)を用いて検出した。分析はFlowJoソフトウェアによって行った。
トランス遺伝子構築物の構築
CD33シグナルペプチド、低親和性rcSso7d変種E11.4.1-G32A、StrepIIタグ、柔軟性G4Sリンカー、ヒト単量体CD8αヒンジ(UniProt ID P01732、C164S及びC181S)、及びCD8α膜貫通ドメイン、4-1BB同時刺激ドメイン、二量体化ドメインFKBP F36V、及びCD3ζ ITAMシグナル伝達ドメインをコードするヌクレオチド配列は、GeneArt(Thermo Scientific)によって合成された。CD28、ICOS、及びOX40の細胞内ドメインをコードするヌクレオチド配列は、cDNAクローン(Sino Biological)から得られた。EGFRの細胞外ドメイン及び膜貫通ドメインをコードする配列は、Addgene(プラスミド#11011)から得られた。各PCRプライマーを使用して、柔軟性リンカーを挿入した。機能的トランス遺伝子へのヌクレオチド配列の組み立ては、ギブソン組み立てマスターミックスを使用して製造業者の指示に従って行った。図と配列はそれぞれ図14と15に示される。得られた構築物はPCRにより増幅し、その後インビトロ転写に使用した。
ジャーカットTレポーター細胞株による転写因子活性の測定
ジャーカットTレポーター細胞株は、異なる蛍光タンパク質で異なって標識されて、同じウェル内で各腫瘍抗原を発現するジャーカットTレポーター細胞とジャーカットT標的細胞の効率的な分化を可能にした。適切な蛍光タンパク質は、dKeima(Addgene #54618)、mAmetrine(Addgene #54505)、又はレポータータンパク質とのクロスト-クが最小の同様のタンパク質であった。各CARを発現するジャーカットTレポーター細胞における転写因子NFAT及びNFκBの活性は、丸底96ウェルプレート中で標的細胞とE:T比0.25:1、0.5:1、1:1、又は2:1で、37℃で24時間の同時培養によって評価された。細胞はBD LSRFortessaを使用して採取され、ジャーカットTレポーター細胞の活性化は、各レポータータンパク質の蛍光強度の幾何平均を、又はレポータータンパク質陽性細胞の割合を、測定することによって決定された。
FACSベースの細胞毒性アッセイ:
FACSベースの細胞毒性アッセイでは、2つの標的細胞集団を生成した:(i)eGFPをコードするmRNAと各標的抗原をコードするRNAで電気穿孔されたジャーカット細胞、及び(ii)mCherryをコードするmRNAのみで電気穿孔されたジャーカット細胞。これらの2つの集団を1:1の比率で混合し、CAR T細胞とE:T細胞比4:1:1で、丸底96ウェルプレートで20,000個の標的細胞/ウェルと37℃で4時間又は24時間同時培養した。CAR T細胞を添加していない標的細胞は、対照条件とした(「標的のみ」)。インキュベ-ション時間後、同時培養物を遠心分離し(5分、1600rpm、4℃)、その後のサイトカイン測定のために上清を採取し、残りの細胞をPBS、0.2%ヒトアルブミン、及び0.02%アジ化ナトリウムからなる100μLのFACS緩衝液に再懸濁した。標的抗原pos細胞及び標的抗原neg細胞集団の生存活性を、BD LSRFortessaフローサイトメーターを使用して決定し、特異的溶解は次の式で計算された。
%特異的溶解=(1-(((試料のeGFPpos細胞%)/(試料のmCherrypos細胞%)/(「標的のみ」対照のeGFPpos細胞%)/(「標的のみ」対照のmCherrypos細胞%))))×100。
従って本発明は、以下の好適な実施態様を開示する。
1. 2、3、又は4つのキメラ抗原受容体(CAR)分子からなるCAR群であって、
ここで、前記CAR群の各メンバーはそのアミノ酸配列が互いに異なり、
ここで、前記群の各CAR分子は、少なくとも膜貫通ドメインと外部ドメインとを含み、外部ドメインは、1つ又は2つの抗原結合部分を、及び/又はそれぞれが少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる1つ又は2つの結合部位を含み、前記群の少なくとも1つのCAR分子は、内部ドメインを内部ドメイン含み、これは少なくとも1つの免疫受容体であるチロシンベースの活性化モチーフ(ITAM)を介してシグナルを伝達することができる少なくともシグナル伝達領域を含み、
ここで、前記群の各CAR分子の内部ドメインは、各CAR分子が内部ドメインを含む場合、細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞内側に位置し、前記群の各CAR分子の外部ドメインは、細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞外側に移動し、前記群の各CAR分子の膜貫通ドメインは、細胞内で発現されるなら細胞膜に位置し、
ここで、そ前記群の各CAR分子の外部ドメインはその一般的なコンフォメーションで、前記群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まず、
ここで、前記群の異なるCAR分子及び異なる他のポリペプチドの抗原結合部分は、互いに共有結合していない異なる標的抗原に特異的であり、
ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその各標的抗原に対する親和性は、1mM~100nMであり、
ここで、その各標的抗原に対する他のポリペプチドの個々の抗原結合部分の親和性は、あるいはその各CAR分子の結合部位に対するこの他のポリペプチドの親和性は、1mM~100nMであり、
ここで、前記群の各CAR分子は、前記群の他のCAR分子との定義されたヘテロ二量体化を仲介することができる少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインを含み、ここで、ヘテロ二量体化ドメインの対のこのヘテロ二量体化は、調節分子とは独立して起きるか、又は調節分子の非存在下で起き、調節分子によって低減されるか、又は調節分子によって誘導され、かつ任意選択的に他の調節分子によって低減され、ここで調節分子は、生理学的条件下で、ヘテロ二量体化ドメインの対の少なくとも1つのメンバーに結合することができ、ヘテロ二量体化を誘導又は低減することにより、2、3、又は4つのCAR分子からなる非共有結合的に複合体化されたCAR群の形成を誘導又は低減する。
2. 前記抗原結合部分は1つのタンパク質ドメインのみを含む、実施態様1に記載のCAR群。
3. 実施態様1又は2に記載のCAR群であって、ここで、前記抗原結合部分は1つのタンパク質ドメインのみを含み、ヒト細胞の表面に発現されたときにその群のCAR分子の二量体化又はオリゴマー化を引き起こさず、及び
ここで、前記タンパク質ドメインは、好ましくは、ヒト又は非ヒトのV又はVL単一ドメイン抗体(ナノボディ)、又はブドウ球菌プロテインAのZドメインに基づいて工学作成された抗原結合部分、リポカリン、SH3ドメイン、フィブロネクチンタイプIII型(FN3)ドメイン、ノッティン(knottin)、Sso7d、rcSso7d、Sac7d、Gp2、ダーピン(DARPin)、ユビキチン、受容体、受容体のリガンド、又は補助受容体から成る群から選択される。
4. 実施態様1~3のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMであり、及び
ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドのその各CAR分子の結合部位に対する親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMである。
5. 実施態様1~3のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMであり、及び
ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMである。
6. 実施態様1~3のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分の各標的抗原に対する親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMであり、及び
ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMである。
7. 実施態様1~6のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群の又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの、抗原結合部分によって特異的に認識される標的抗原は、天然に存在する細胞表面抗原、あるいは天然に存在する細胞表面抗原に結合したポリペプチド、炭水化物、又は脂質である。
8. 実施態様1~7のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群の、及び前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分は、細胞上に存在する少なくとも2つの異なる標的抗原、好ましくは固体表面上又は脂質2重層上の細胞の少なくとも2つの異なる標的抗原に結合する。
9. 実施態様1~8のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群の又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの、抗原結合部分は、好ましくは以下から選択される分子に特異的に結合するか又はそれらを含む、CAR群:CD19、CD20、CD22、CD23、CD28、CD30、CD33、CD35、CD38、CD40、CD42c、CD43、CD44、CD44v6、CD47、CD49D、CD52、CD53、CD56、CD70、CD72、CD73、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD82、CD85A、CD85B、CD85D、CD85H、CD85K、CD96、CD107a、CD112、CD115、CD117、CD120b、CD123、CD146、CD148、CD155、CD185、CD200、CD204、CD221、CD271、CD276、CD279、CD280、CD281、CD301、CD312、CD353、CD362、BCMA、CD16V、CLL-1、Igカッパ、TRBC1、TRBC2、CKLF、CLEC2D、EMC10、EphA2、FR-a、FLT3LG、FLT3、ルイス-Y、HLA-G、ICAM5、IGHA1/IgA1、IL-1RAP、IL-17RE、IL-27RA、MILR1、MR1、PSCA、PTCRA、PODXL2、PTPRCAP、ULBP2、AJAP1、ASGR1、CADM1、CADM4、CDH15、CDH23、CDHR5、CELSR3、CSPG4、FAT4、GJA3、GJB2、GPC2、GPC3、IGSF9、LRFN4、LRRN6A/LINGO1、LRRC15、LRRC8E、LRIG1、LGR4、LYPD1、MARVELD2、MEGF10、MPZLI1、MTDH、PANX3、PCDHB6、PCDHB10、PCDHB12、PCDHB13、PCDHB18、PCDHGA3、PEP、SGCB、ベザチン、DAGLB、SYT11、WFDC10A、ACVR2A、ACVR2B、未分化リンパ腫キナ-ゼ、カドヘリン24、DLK1、GFRA2、GFRA3、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EFNB1、EPOR、FGFR2、FGFR4、GALR2、GLG1、GLP1R、HBEGF、IGF2R、UNC5C、VASN、DLL3、FZD10、KREMEN2、TMEM169、TMEM198、NRG1、TMEFF1、ADRA2C、CHRNA1、CHRNB4、CHRNA3、CHRNG、DRD4、GABRB3、GRIN3A、GRIN2C、GRIK4、HTR7、APT8B2、NKAIN1、NKAIN4、CACNA1A、CACNA1B、CACNA1I、CACNG8、CACNG4、CLCN7、KCNA4、KCNG2、KCNN3、KCNQ2、KCNU1、PKD1L2、PKD2L1、SLC5A8、SLC6A2、SLC6A6、SLC6A11、SLC6A15、SLC7A1、SLC7A5P1、SLC7A6、SLC9A1、SLC10A3、SLC10A4、SLC13A5、SLC16A8、SLC18A1、SLC18A3、SLC19A1、SLC26A10、SLC29A4、SLC30A1、SLC30A5、SLC35E2、SLC38A6、SLC38A9、SLC39A7、SLC39A8、SLC43A3、TRPM4、TRPV4、TMEM16J、TMEM142B、ADORA2B、BAI1、EDG6、GPR1、GPR26、GPR34、GPR44、GPR56、GPR68、GPR173、GPR175、LGR4、MMD、NTSR2、OPN3、OR2L2、OSTM1、P2RX3、P2RY8、P2RY11、P2RY13、PTGE3、SSTR5、TBXA2R、ADAM22、ADAMTS7、CST11、MMP14、LPPR1、LPPR3、LPPR5、SEMA4A、SEMA6B、ALS2CR4、LEPROTL1、MS4A4A、ROM1、TM4SF5、VANGL1、VANGL2、C18orf1、GSGL1、ITM2A、KIAA1715、LDLRAD3、OZD3、STEAP1、MCAM、CHRNA1、CHRNA3、CHRNA5、CHRNA7、CHRNB4、KIAA1524、NRM.3、RPRM、GRM8、KCNH4、メラノコルチン1受容体、PTPRH、SDK1、SCN9A、SORCS1、CLSTN2、エンドセリン変換酵素様-1、リゾホスファチジン酸受容体2、LTB4R、TLR2、神経向性チロシンキナ-ゼ1、MUC16、B7-H4、表皮増殖因子受容体(EGFR)、ERBB2、HER3、EGFR変種III (EGFRvIII)、HGFR、FOLR1、MSLN、CA-125、MUC-1、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、メソセリン、上皮細胞接着分子(EpCAM)、L1-CAM、CEACAM1、CEACAM5、CEACAM6、VEGFR1、VEGFR2、高分子量メラノ-マ関連抗原(HMW-MAA)、MAGE-A l、IL-13R-α2、ジシアロガングリオシド(GD2及びGD3)、腫瘍関連炭水化物抗原(CA-125、CA-242、Tn、及びシアリールTn)、4-1BB、5T4、BAFF、炭酸アンヒドラ-ゼ9(CA-IX)、C-MET、CCR1、CCR4、FAP、フィブロネクチンエクストラドメインB(ED-B)、GPNMB、IGF-1受容体、インテグリンα5β1、インテグリンαvβ3、ITB5、ITGAX、エンビギン、PDGF-Rα、ROR1、シンデカン1、TAG-72、テナシンC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、NKG2D-リガンド、腫瘍特異的ペプチドエピトープ、好ましくはPR1/HLA-A2、系統特異的若しくは組織特異的抗原を提示する主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子、好ましくはCD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD24、CD25、CD34、CD80、CD86、CD133、CD138、CD152、CD319、エンドグリン、及びMHC分子。
10. 実施態様1~9のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の外部ドメインは、抗原結合部分と膜貫通ドメインとの間に挿入された構造的に柔軟なヒンジ領域、好ましくはCD8アルファに由来するヒンジ領域(UniProtKB/Swiss-Prot P01732-1によるアミノ酸配列位置138~182)、又はCD28に由来するヒンジ領域(UniProtKB/Swiss-Prot P10747によるアミノ酸配列位置114~152)、又はPD-1に由来するヒンジ領域(UniProtKB/Swiss-Prot Q15116によるアミノ酸配列位置146~170)を含み、ここで、CD8アルファ、CD28、又はPD-1に由来する配列は、N末端及び/又はC末端が末端切断されていてもよく、及び前記配列領域の境界内で任意の長さを有することができ、及びここで、CD8アルファ及びCD28に由来する前記ヒンジのシステイン残基は削除されるか、又は他のアミノ酸残基によって置き換えられる。
11. 実施態様1~10のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、CAR分子のドメインは、異なるタンパク質に由来し、これらのドメインの少なくとも2つはアミノ酸リンカー配列を介して接続され、リンカーは好ましくは1~40アミノ酸の長さを含む。
12. 実施態様1~11のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子の、好ましくは前記群のすべてのCAR分子の、ヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化は、調節分子の結合によって増強される。
13. 実施態様1~12のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子の、好ましくは前記群のすべてのCAR分子の、ヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化は、調節分子の結合を必要としない。
14. 実施態様1~13のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、CAR分子内の少なくとも2つのヘテロ二量体化ドメインの場合、前記群の2つ以上の同一のCAR分子を含む複合体の形成を防ぐために、そのCAR分子のヘテロ二量体化ドメインは細胞膜によって分離されており、及び/又は調節分子の存在下及び非存在下で互いに結合することができないヘテロ二量体化ドメインの異なる対のメンバーである。
15. 実施態様1~14のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の各CAR分子は、少なくとも1つの免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(ITAM)を介してシグナルを伝達することができる少なくともシグナル伝達領域を含む。
16. 実施態様1~15のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化ドメインは、FK506結合タンパク質12(FKBP12、FKBP)、FKBP-ラパマイシン関連タンパク質(FRB)変異体T82L、カルシニュ-リン触媒性サブユニットA(CnA)、シクロフィリン、GAI、GID1、PYL、及びABIから選択される。
17. 実施態様1~16のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、FKBP及びFKBP-ラパマイシン関連タンパク質(FRB、変異体T82L)を含むヘテロ二量体化ドメインの対、及び/又は相互作用性コイルドコイルドメインの対によって仲介される。
18. 実施態様1~17のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、核内受容体からのリガンド結合ドメインと共調節ペプチドとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介される。
19. 実施態様1~18のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、リポカリン折り畳み分子とリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介される。
20. 実施態様1~19のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、核内受容体からのリガンド結合ドメインと共調節ペプチドとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介され、かつ核内受容体由来のリガンド結合ドメインは、エストロゲン受容体、エクジソン受容体、糖質コルチコイド受容体、アンドロゲン受容体、甲状腺ホルモン受容体、ミネラルコルチコイド受容体、プロゲステロン受容体、ビタミンD受容体、PPARγ受容体、PPARβ受容体、PPARα受容体、プレグナンX受容体、肝臓X受容体、ファルネソイドX受容体、レチノイドX受容体、RAR関連オ-ファン受容体、レチノイン酸受容体、及びSRC1、GRIP1、AIB1、PGC1a、PGC1b、PRC、TRAP220、ASC2、ASC2-1、ASC2-2、CBP、CBP-1、CBP-2、P300、CIA、ARA70、ARA70-1、ARA70-2、NSD1、SMAP、Tip60、ERAP140、Nix1、LCoR、N-CoR、SMRT、RIP140、RIP140-1、RIP140-2、RIP140-3、RIP140-4、RIP140-5、RIP140-6、RIP140-7、RIP140-8、RIP140-9、PRIC285、PRIC285-1、PRIC285-2、PRIC285-3、PRIC285-4、PRIC285-5、SRC1-1、SRC1-2、SRC1-3、SRC1-4a、SRC1-4b、SRC2、SRC3、SRC3-1、PGC1、TRAP220-1、TRAP220-2、NR0B1、NRIP1、TIF1、TIF2、CoRNRボックス、CoRNR1、CoRNR2、αβV、EA2、TA1、EAB1、GRIP1-1、GRIP1-2、GRIP1-3、AIB1-1、AIB1-2、AIB1-3、PGC1a、PGC1bから選択される核受容体のそれぞれの適合性のある共調節因子、から選択される。
21. 実施態様1~20のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、リポカリン折り畳み分子とリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介され、リポカリン折り畳み分子は、天然に存在するリポカリンの、又は最大15、最大30、又は最大50のアミノ酸欠失を、及び/又は構造的に保存されたβバレル構造の外側への最大15、最大30、又は最大50のアミノ酸挿入を有するiLBPの誘導体であり、好ましくは、
- PDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームに従って、ヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する、ヒトRBP4のアミノ酸残基1~20、31~40、48~51、59~70、79~84、89~101、110~113、121~131、及び139~183、
- ヒトTLCの構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する、ヒトTLCのアミノ酸残基1~13、24~36、44~47、55~61、70~75、80~83、92~95、103~110、及び118~158(Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985のアミノ酸残基の番号付けスキームによる)、
- ヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する、ヒトApoMのアミノ酸残基1~43、54~68、76~80、88~95、104~109、114~118、127~130、138~141、及び149~188(Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985のアミノ酸残基の番号付けスキームによる)、
- ヒトTLCBPIIの構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する、ヒトCRABPIIのアミノ酸残基1~4、13~40、46~49、55~60、66~70、74~80、88~92、97~107、113~118、125~128、及び136~137(PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
-ヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖に隣接する領域を規定する、ヒトFABP1のアミノ酸残基1~4、13~38、44~47、53~58、64~68、72~78、86~90、95~98、104~108、115~118、及び126~127(PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
から選択されるアミノ酸残基の領域に構造的に対応する
22. 実施態様1~21のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、リポカリン折り畳み分子とリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介され、リポカリン折り畳み分子は、天然に存在するリポカリンの、又はβバレル構造において少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、特に少なくとも90%の配列同一性を有するiLBPの誘導体であり、これにより、このβバレル構造は、
- ヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒトRBP4のアミノ酸残基21~30、41~47、52~58、71~78、85~88、102~109、114~120、及び132~138(PDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
- ヒトTLCの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト涙リポカリンのアミノ酸残基14~23、37~43、48~54、62~69、76~79、84~91、96~102、及び111~117(TLC;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985により規定される)、
- ヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒトアポリポタンパク質Mのアミノ酸残基44~53、69~75、81~87、96~103、110~113、119~126、131~137、及び142~148(ApoM;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985により規定される)、
- ヒトCRABPIIの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト細胞レチノイン酸結合タンパク質IIのアミノ酸残基5~12、41~45、50~54、61~65、71~73、81~87、93~96、108~112、119~124、及び129~135(CRABPII;PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
- ヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト脂肪酸結合タンパク質1のアミノ酸残基5~12、39~43、48~52、59~63、69~71、79~85、91~94、99~103、109~114、及び119~125(FABP1;PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
から選択されるアミノ酸残基の領域に構造的に対応することが好ましい領域として規定される。
23. 実施態様1~22のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記群の少なくとも2つのCAR分子のヘテロ二量体化は、リポカリン折り畳み分子とリポカリン折り畳み結合相互作用パートナーとを含むヘテロ二量体化ドメインの対によって仲介され、リポカリン折り畳み分子は、天然のリポカリン又はその誘導体の断片であり、リポカリン折り畳みの少なくとも構造的に保存されたβバレル構造をカバ-する、少なくとも80、好ましくは少なくとも100、特に少なくとも120のアミノ酸の長さを有するか、又はリポカリン折り畳み分子は、天然のiLBP又はその誘導体の断片であり、リポカリン折り畳みの少なくとも構造的に保存された場合βバレル構造をカバーする、少なくとも80、好ましくは少なくとも85、特に少なくとも90のアミノ酸の長さを有し、
ここで、構造的に保存されたβバレル構造は、
- ヒトRBP4の構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒトRBP4のアミノ酸残基21~30、41~47、52~58、71~78、85~88、102~109、114~120、及び132~138(PDBエントリー1RBPのアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
- ヒトTLCの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト涙リポカリンのアミノ酸残基14~23、37~43、48~54、62~69、76~79、84~91、96~102、及び111~117(TLC;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985により規定される)、
- ヒトApoMの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒトアポリポタンパク質Mのアミノ酸残基44~53、69~75、81~87、96~103、110~113、119~126、131~137、及び142~148(ApoM;Schiefner et al., Acc Chem Res. 2015;48(4):976-985により規定される)、
- ヒトCRABPIIの構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト細胞レチノイン酸結合タンパク質IIのアミノ酸残基5~12、41~45、50~54、61~65、71~73、81~87、93~96、108~112、119~124、及び129~135(CRABPII;PDBエントリー2FS6のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
- ヒトFABP1の構造的に保存されたβ鎖を規定する、ヒト脂肪酸結合タンパク質1のアミノ酸残基5~12、39~43、48~52、59~63、69~71、79~85、91~94、99~103、109~114、及び119~125(FABP1;PDBエントリー2F73のアミノ酸残基番号付けスキームによる)、
から選択されるアミノ酸残基の領域に、好ましくは構造的に対応するアミノ酸位置を含むか又はそれらからなる。
24. 実施態様1~23のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、調節分子は、ヒトの体内の生理学的環境において、又は細胞内の生理学的条件下で、細胞の表面で、又は標準化された生理学的条件下で、好ましくはPBS条件下で達成され得る濃度で可溶性である分子であり、ここでPBS条件は、137mM NaCl、2.7mM KCl、10mM NaHPO、及び18mM KHPOである。
25. 実施態様1~24のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、少なくとも1つの調節分子は、ラパマイシン、ラパマイシン類似体、アブシジン酸、ジベレリン、又はジベレリン類似体GA3-AMから選択される。
26. 実施態様1~25のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、少なくとも1つの調節分子は、核内受容体からのリガンド結合ドメインに結合し、以下から選択される、CAR群:コルチコステロン(11β,21-ジヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);デオキシコルチコステロン(21-ヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);コルチゾール(11β,17,21-トリヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);11-デオキシコルチゾール(17,21-ジヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);コルチゾン(17,21-ジヒドロキシ-4-プレグネン-3,11,20-トリオン);18-ヒドロキシコルチコステロン(11β,18,21-トリヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);1.α-ヒドロキシコルチコステロン(1α,11β,21-トリヒドロキシ-4-プレグネン-3,20-ジオン);11β,21-ジヒドロキシ-3,20-ジオキソ-4-プレグナン-18-a1のアルドステロン18,11-ヘミアセタ-ル;アンドロステンジオン(4-アンドロステン-3,17-ジオン);4-ヒドロキシ-アンドロステンジオン;11β-ヒドロキシアンドロステンジオン(11β-4-アンドロステン-3,17-ジオン);アンドロスタンジオ-ル(3-β,17-β-アンドロスタンジオ-ル);アンドロステロン(3α-ヒドロキシ-5α-アンドロスタン-17-オン);エピアンドロステロン(3β-ヒドロキシ-5α-アンドロスタン-17-オン);アドレノステロン(4-アンドロステン-3,11,17-トリオン);デヒドロエピアンドロステロン(3β-ヒドロキシ-5-アンドロステン-17-オン);デヒドロエピアンドロステロン硫酸塩(3β-スルホキシ-5-アンドロステン-17-オン);テストステロン(17β-ヒドロキシ-4-アンドロステン-3-オン);エピテストステロン(17α-ヒドロキシ-4-アンドロステン-3-オン);5α-ジヒドロテストステロン(17β-ヒドロキシ-5α-アンドロスタン-3-オン5β-ジヒドロテストステロン;5-β-ジヒドロキシテストステロン(17β-ヒドロキシ-5β-アンドロスタン-3-オン);11β-ヒドロキシテストステロン(11β,17β-ジヒドロキシ-4-アンドロステン-3-オン);11-ケトテストステロン(17β-ヒドロキシ-4-アンドロステン-3,17-ジオン);エストロン(3-ヒドロキシ-1,3,5(10)-エストラトリエン-17-オン);エストラジオ-ル(1,3,5(10)-エストラトリエン-3,17β-ジオ-ル);エストリオ-ル1,3,5(10)-エストラトリエン-3,16α,17β-トリオ-ル;プレグナン(3-β-ヒドロキシ-5-プレグナン)-20-オン);17-ヒドロキシプレグネノロン(3-β,17-ジヒドロキシ-5-プレグナン-20-オン);プロゲステロン(4-プレグナン-3,20-ジオン);17-ヒドロキシプロゲステロン(17-ヒドロキシ-4-プレグナン-3,20-ジオン);プロゲステロン(プレグナ-4-エン-3,20-ジオン);T3;T4;スピロノラクトン;エプレレノン;酢酸シプロテロン、ヒドロキシフルタミド;エンザルタミド;ARN-509;3,3'-ジインドリルメタン(DIM);ベクスロステリド;ビカルタミド;N-ブチルベンゼン-スルホンアミド(NBBS);デュタステリド;エプリステリド;フィナステリド;フルタミド;イゾンステリド;ケトコナゾール;N-ブチルベンゼン-スルホンアミド;ニルタミド;メゲストロール;ツロステリド;ミフェプリストン(RU-486;11β-[4N,N-ジメチルアミノフェニル]-17β-ヒドロキシ-17-(1-プロピニル)-エストラ-4,9-ジエン-3-オン);リロプリストン(11β-(4N,N-ジメチルアミノフェニル)-17β-ヒドロキシ-17-((Z)-3-ヒドロキシプロペニル)エストラ-4,9-ジエン-3-オン);オナプリストン(11β-(4N,N-ジメチルアミノフェニル)-17α-ヒドロキシ-17-(3-ヒドロキシプロピル)-13α-エストラ-4,9-ジエン-3-オン);アソプリスニル(ベンズアルデヒド、4-[(11β,17β)-17-メトキシ-17-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11-イル]-1-(E)-オキシム;J867);J912(4-[17β-ヒドロキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-(1E)-オキシム);CDB-2914(17α-アセトキシ-11β-(4-N,N-ジメチルアミノフェニル)-19-ノルプレグナ-4,9-ジエン-3,20-ジオン);JNJ-1250132(6α,11β,17β)-11-(4-ジメチルアミノフェニル)-6-メチル-4',5'-ジヒドロスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17,2'(3'H)-フラン]-3-オン(ORG-31710);(11β,17α)-11-(4-アセチルフェニル)-17,23-エポキシ-19,24-ジノルコラ-4,9,20-トリエン-3-オン(ORG-33628);(7β,11β,17β)-11-(4-ジメチルアミノフェニル-7-メチル]-4',5'-ジヒドロスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17,2'(3'H)-フラン]-3-オン(ORG-31806);ZK-112993;ORG-31376;ORG-33245;ORG-31167;ORG-31343;RU-2992;RU-1479;RU-25056;RU-49295;RU-46556;RU-26819;LG1127;LG120753;LG120830;LG1447;LG121046;CGP-19984A;RTI-3021-012;RTI-3021-022;RTI-3021-020;RWJ-25333;ZK-136796;ZK-114043;ZK-230211;ZK-136798;ZK-98229;ZK-98734;ZK-137316;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-オキシム;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-[O-(エチルアミノ)カルボニル]オキシム;4-[17β-メトキシ-17α-(メトキシメチル)-3-オキソエストラ-4,9-ジエン-11β-イル]ベンズアルデヒド-1-(E)-[O-(エチルチオ)カルボニル]オキシム;(Z)-6'-(4-シアノフェニル)-9,11α-ジヒドロ-17β-ヒドロキシ-17α-[4-(1-オキソ-3-メチルブトキシ)-1-ブテニル]4'H-ナフト[3',2',1';10,9,11]エストラ-4-エン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-17β-ヒドロキシ-17α-(1,1,2,2,2-ペンタ-フルオロエチル)エストラ-4,9-ジエン-3-オン;11β-(4-アセチルフェニル)-19,24-ジノル-17,23-エポキシ-17α-コラ-4,9,20-トリエン-3-オン;(Z)-11β,19-[4-(3-ピリジニル)-o-フェニレン]-17β-ヒドロキシ-17α-[3-ヒドロキシ-1-プロペニル]-4-アンドロステン-3-オン;11β-[4-(1-メチルエテニル)フェニル]-17α-ヒドロキシ-17β-β-ヒドロキシプロピル)-13α-エストラ-4,9-ジエン-3-オン;4',5'-ジヒドロ-11β-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-6β-メチルスピロ[エストラ-4,9-ジエン-17β,2'(3'H)-フラン]-3-オン;ドロスピレノン;T3(3,5,3'-トリヨード-L-サイロニン);KB-141(3,5-ジクロロ-4-(4-ヒドロキシ-3-イソプロピルフェノキシ)フェニル酢酸);ソベチロ-ム(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)-フェノキシ酢酸);GC-24(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-ベンジル)ベンジルフェノキシ酢酸);4-OH-PCB106(4-OH-2',3,3',4',5'-ペンタクロロビフェニル);エプロチロ-ム;MB07811((2R,4S)-4-(3-クロロフェニル)-2-[(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)フェノキシ)メチル]-2-オキシド-[1,3,2]-ジオキサホスホナン);QH2;(3,5-ジメチル-4-(4'-ヒドロキシ-3'-イソプロピルベンジル)フェノキシ)メチルホスホン酸(MB07344);タモキシフェン;4-OH-タモキシフェン;ラロキシフェン;ラソフォキシフェン、バゼドキシフェン;ファルソデクス;クロミフェン;フェマレル;オルメロキシフェン;トレミフィエン;オスペミフェン;エストラジオ-ル(17-β-エストラジオ-ル);エチニルエストラジオ-ル;チアゾリジンジオン(好ましくはロシグリタゾン、ピオグリタゾン、ロベグリタゾン、トログリタゾン);ファルグリタザ-ル;アレグリタザ-ル;フェノフィブリン酸;ベンゾピラノキノリンA276575;マプラコラト;ZK216348;55D1E1;デキサメタゾン;プレドニゾロン;プレドニゾン;メチルプレドニゾロン;プロピオン酸フルチカゾン;ベクロメタゾン-17-モノプロピオン酸;ベタメタゾン;リメキソロン;パラメタゾン;ヒドロコルチゾン;1,25-ジヒドロキシビタミンD3(カルシトリオ-ル);パリカリト-ル;ドキセルカルシフェロール;25-ヒドロキシビタミンD3(カルシフェジオ-ル);コレカルシフェロール;エルゴカルシフェロール;タカルシオ-ル;22-ジヒドロエルゴカルシフェロール;(6Z)-タカルシオ-ル;2-メチレン-19-ノル-20(S)-1α-ヒドロキシ-ビスホモプレグナカルシフェロール;19-ノル-26,27-ジメチレン-20(S)-2-メチレン-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3;2-メチレン-1α,25-ジヒドロキシ-(17E)-17(20)-デヒドロ-19-ノル-ビタミンD3;2-メチレン-19-ノル-(24R)-1α,25-ジヒドロキシビタミンD2;2-メチレン-(20R,25S)-19,26-ジノル-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3;2-メチレン-19-ノル-1α-ヒドロキシ-プレグナカルシフェロール;1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノルホモプレグナカルシフェロール;(20R)-1α-ヒドロキシ-2-メチレン-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロール;2-メチレン-19-ノル-(20S)-1α-ヒドロキシ-トリスホモプレグナカルシフェロール;2-メチレン-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナカルシフェロール;2-メチレン-(20S)-23,23-ジフルオロ-1α-ヒドロキシ-19-ノル-ビスホモプレグナン-カルシフェロール;(2-(3'-ヒドロキシプロピル-1',2'-イデン)-19,23,24-トリノル-(20S)-1α-ヒドロキシビタミンD3;2-メチレン-18,19-ジノル-(20S)-1α,25-ジヒドロキシビタミンD3;レチノイン酸;オ-ルトランスレチノイン酸;9-シス-レチノイン酸;タミバロテン;13-シス-レチノイン酸;(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸;9-(4-メトキシ-2,3,6-トリメチル-フェニル)-3,7-ジメチル-ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸;6-[3-(1-アダマンチル)-4-メトキシフェニル]-2-ナフトエ酸;4-[1-(3,5,5,8,8-ペンタメチル-テトラリン-2-イル)エテニル]安息香酸;レチノ安息香酸;6-[2-(4,4-ジメチルチオクロマン-6-イル)エチニル]ピリジン-3-カルボン酸エチル-ト;レチノイルt-ブチレ-ト;レチノイルピナコ-ル;レ
チノイルコレステロ-ル;オベチコ-ル酸;LY2562175(6-(4-((5-シクロプロピル-3-(2,6-ジクロロフェニル)イソキサゾール4-イル)メトキシ)ピペリジン-1-イル)-1-メチル-1H-インドール3-カルボン酸);GW4064(3-[2-[2-クロロ-4-[[3-(2,6-ジクロロフェニル)-5-(1-メチルエチル)-4-イソキサゾリル]メトキシ]フェニル]エテニル]安息香酸);T0901317(N-(2,2,2-トリフルオロエチル)-N-[4-[2,2,2-トリフルオロ-1-ヒドロキシ-1-(トリフルオロメチル)エチル]フェニル]ベンゼンスルホンアミド);GW3965(3-[3-[[[2-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]メチル](2,2-ジフェニルエチル)アミノ]プロポキシ]ベンゼン酢酸塩酸塩);LXR-623;GNE-3500(27,1-{4-[3-フルオロ-4-((3S,6R)-3-メチル-1,1-ジオキソ-6-フェニル-[1,2]チアジナン-2-イルメチル)-フェニル]-ピペラジン-1-イル}-エタノン);7β,27-ジヒドロキシコレステロ-ル;7α,27-ジヒドロキシコレステロ-ル;9-シスレチノイン酸;LGD100268;CD3254(3-[4-ヒドロキシ-3-(5,6,7,8-テトラヒドロ-3,5,5,8,8-ペンタメチル-2-ナフタレニル)フェニル]-2-プロペン酸);CD2915(Sorensen et al. (1997) Skin Pharmacol. 10:144);リファンピシン;クロトリマゾール;及びロバスタチン。
27. 実施態様1~26のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、少なくとも1つの調節分子がタモキシフェンであり、核内受容体からの、好ましくはエストロゲン受容体アルファ又はエストロゲン受容体ベータからのリガンド結合ドメインに結合する。
28. 実施態様1~27のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、少なくとも1つの調節分子は、リポカリン折り畳み分子に結合し、以下から選択される、CAR群:フェンレチニド(Pubchem CID 5288209)、N-エチルレチナミド(Pubchem CID 5288173)、オールトランスレチノイン酸(Pubchem CID 444795)、アキセロフテン(Pubchem CID 5287722)、A1120(Pubchem CID 25138295)及びそれらの誘導体(Cioffi et al., J Med Chem. 2014;57(18):7731-7757; Cioffi et al., J Med Chem. 2015;58(15):5863-5888)、1,4-ブタンジオ-ル(Pubchem CID 8064)、スフィンゴシン-1-ホスフェ-ト(Pubchem CID 5283560)、テトラデカン酸(Pubchem CID 11005)、インジカキサンチン(Pubchem CID 6096870及び12310796)、ブルガキサンチンI(Pubchem CID 5281217)、モンテルカスト(Pubchem CID 5281040)、シクランデレート(Pubchem CID 2893)、オキソールアミド(Pubchem CID 13738)、マザチコール(Pubchem CID 4019)、ブトクタミド(Pubchem CID 65780)、トナベルサト(Pubchem CID 6918324)、ノバジン(Pubchem CID 65734)、ジフェニドール(Pubchem CID 3055)、アロクラミド(Pubchem CID 71837)、ジアセトール(Pubchem CID 50894)、アコチアミド(Pubchem CID 5282338)、アコジボロール(Pubchem CID 44178354)、アクマピモード(Pubchem CID 11338127)、アパルタミド(Pubchem CID 24872560)、ASP3026(Pubchem CID 25134326)、AZD1480(Pubchem CID 16659841)、BIIB021(Pubchem CID 16736529)、ブラナプラム(Pubchem CID 89971189)、ブレキナル(Pubchem CID 57030)、クロロプログアニル(Pubchem CID 9571037)、シリンダマイシン(Pubchem CID 446598)、エムリカサン(Pubchem CID 12000240)、エナシデニブ(Pubchem CID 89683805)、エノリカム(Pubchem CID 54679203)、フルラゼパム(Pubchem CID 3393)、ILX-295501(Pubchem CID 127737)、インジブリン(Pubchem CID 2929)、メトクロプラミド(Pubchem CID 4168)、メバスタチン(Pubchem CID 64715)、MGGBYMDAPCCKCT-UHFFFAOYSA-N(Pubchem CID 25134326)、MK0686 (Pubchem CID 16102897)、ナバリキシン(Pubchem CID 11281445)、ネファゾドン(Pubchem CID 4449)、パントプラゾール(Pubchem CID 4679)、パビネタント(Pubchem CID 23649245)、プロキサゾール(Pubchem CID 8590)、SCYX-7158(Pubchem CID 44178354)、シッカニン(Pubchem CID 71902)、スルファグアノール(Pubchem CID 9571041)、スニチニブ(Pubchem CID 5329102)、スボレキサント(Pubchem CID 24965990)、チアプリド(Pubchem CID 5467)、トナベルサット(Pubchem CID 6918324)、VNBRGSXVFBYQNN-UHFFFAOYSA-N(Pubchem CID 24794418)、YUHNXUAATAMVKD-PZJWPPBQSA-N(Pubchem CID 44548240)、ウリモレリン(Pubchem CID 11526696)、キシパミド(Pubchem CID 26618)、トロペシン(Pubchem CID 47530)、トリクラベンダゾール(Pubchem CID 50248)、トリクラベンダゾールスルホキシド(Pubchem CID 127657)、トリクラベンダゾールスルホン(Pubchem CID 10340439)、及びトラメチニブ(Pubchem CID 11707110)。
29. 実施態様1~28のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、少なくとも1つの調節分子は、ラパマイシン、ラパマイシン類似体、タモキシフェン、エムリカサン、及びA1120から選択される。
30. 実施態様1~29のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、細胞外側から細胞表面の細胞内側への前記群のCAR分子中のドメインの順序は以下である、CAR群:抗原結合部分又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる結合部位、任意選択的に、任意の第2の抗原結合部分又は少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる任意の第2の結合部位の空間的最適化のためのリンカー、好ましくは空間最適化のためのヒンジ領域、及び膜貫通ドメイン、ここで膜貫通ドメインの後に好ましくは、少なくとも1つのCAR分子において、同時刺激ドメインを含むシグナル伝達領域が続き、好ましくはこの同時刺激シグナル伝達領域又は任意選択的に膜貫通ドメインの後に、少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインが続き、さらに、少なくとも1つのCAR分子において、少なくとも1つのITAMを含むシグナル伝達領域が続き、ここで、同時刺激シグナル伝達領域とITAM含有シグナル伝達領域の順序を逆にすることができ、及びITAMを含まないCAR分子は同時刺激シグナル伝達領域を欠くか、又は1つの同時刺激シグナル伝達領域を含むか、又は2つの同時刺激シグナル伝達領域を含むか、又はさらにより多くの同時刺激シグナル伝達領域を含むが、しかし、好ましくは3つ以上の同時刺激シグナル伝達領域は含まず、又はより好ましくは1つのみの同時刺激シグナル伝達領域を含み、及び
ここで、CAR分子の任意の2つの隣接する成分は、任意選択的にリンカーによって分離することができ、及び
ここで、その少なくとも1つが群の各CAR分子に必須であるヘテロ二量体化ドメインは、代替的又は追加的に外部ドメイン又は膜貫通ドメインに位置することができるが、しかし好ましくは膜貫通ドメインとシグナル伝達領域との間に、及び/又は特に2つのシグナル伝達領域の間に、及び/又は特にCAR分子の細胞内末端に位置することができる。
31. ヘテロ二量体化ドメインは、前記群のCAR分子の内部ドメイン及び/又は膜貫通ドメイン、好ましくは内部ドメインに位置する、実施態様1~30のいずれか1つに記載のCAR群。
32. 前記群の少なくとも2つのCAR分子の外部ドメインは、好ましくは1つのタンパク質ドメインのみを含むヘテロ二量体化ドメインを含み、調節分子は、細胞から分泌されて前記二量体化ドメインの二量体化を誘導する、実施態様1~30のいずれか1つに記載のCAR群。
33. 前記群の少なくとも1つのCAR分子は、少なくとも1つのITAMを介してシグナルを伝達することができるシグナル伝達領域を含む内部ドメインを含み、前記CAR群は好ましくは少なくとも3つのITAMを含む、実施態様1~32のいずれか1つに記載のCAR群。
34. 前記群の少なくとも1つのCAR分子の内部ドメインは、少なくとも1つのITAMを含み、前記ITAMは、CD3ゼータ、DAP12、Fc-イプシロン受容体1ガンマ鎖、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD3ガンマ、及びCD79A(抗原受容体複合体関連タンパク質アルファ鎖)、好ましくはCD3ゼータから選択される、実施態様1~33のいずれか1つに記載のCAR群。
35. 前記群のCAR分子の内部ドメインにおける同時刺激シグナル伝達領域の同時刺激ドメインは、4-1BB(CD137)、CD28、ICOS、BTLA、OX-40、CD2、CD6、CD27、CD30、CD40、GITR、及びHVEM、好ましくは4-1BB及びICOSに由来する、実施態様1~34のいずれか1つに記載のCAR群。
36. 前記群が2つ又は3つのCAR分子、好ましくは2つのCAR分子からなる、実施態様1~35のいずれか1つに記載のCAR群。
37. 各CAR分子の外部ドメインは、単一の抗原結合部分又は他のポリペプチドが結合できる単一の結合部位を含み、他のポリペプチドは少なくとも1つの抗原結合部分を含む、実施態様1~36のいずれか1つに記載のCAR群。
38. 各CAR分子の外部ドメインは、1つ又は2つの抗原結合部分、好ましくは1つの抗原結合部分を含む、実施態様1~36のいずれか1つに記載のCAR群。
39. 前記群のCAR分子は抗原結合部分を含まないが、それぞれが少なくとも抗原結合を含み、前記群のCAR分子の結合部位に結合できる他のポリペプチドの結合を介して、間接的にのみ標的抗原に結合することができ、
及び群の各CAR分子は、その内部ドメインに少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインを含み、ヘテロ二量体化ドメインのヘテロ二量体化は、好ましくは調節分子の存在を必要としない、実施態様1~36のいずれか1つに記載のCAR群。
40. 前記核酸は、DNA、RNA、又はインビトロ転写されたRNAから選択される、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
41. 前記核酸は、DNA、RNA、又はインビトロ転写されたRNAから選択される、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子のキット。
42. 前記核酸分子は、ベクター中に存在し、好ましくはDNA又はRNAとして感染性ウイルス粒子にパッケージされている、実施態様41に記載の核酸分子のキット。
43. 前記核酸配列は、リンパ球における強力で安定なトランス遺伝子発現を仲介する配列に連結されており、そのような配列は、好ましくはガンマレトロウイルスの5´-LTR、又はモロニ-ネズミ白血病ウイルス(MMLV)の5´-LTRのサブ要素R及びU3、又はネズミ幹細胞ウイルス(MSCV)のプロモーター、又はホスホグリセリン酸キナ-ゼ(PGK)のプロモーター、又はさらにより好ましくは、ヒト伸長因子1(EF-1)アルファプロモーターを含む、実施態様40~42のいずれか1つに記載の核酸分子又は核酸分子のキット。
44. 実施態様41~43のいずれか1つに記載の核酸分子のキットであって、第1の核酸は前記群の第1のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第2の核酸は前記群の第2のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、及び任意選択的に、前記CAR群が少なくとも3つの異なるCAR分子からなる場合、前記キットはさらに第3の核酸を含み、前記第3の核酸は前記群の第3のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、及び任意選択的に、前記CAR群が4つの異なるCAR分子からなる場合、前記キットはさらに第4の核酸を含み、前記第4の核酸は前記群の第4のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む。
45. 前記核酸はDNA又はRNAである、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含むベクター又はベクターのキット。
46. ベクターは、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクター又はトランスポゾンベクター、好ましくは「眠れる森の美女(Sleeping Beauty)」トランスポゾンベクター又は「ピギーバック(PiggyBac)」トランスポゾンベクターであるか、又はベクターは、レトロウイルスベクター、好ましくはガンマレトロウイルスベクター又はレンチウイルスベクターである、実施態様45に記載のベクター又はベクターのキット。
47. 前記ベクターは、発現ベクター、好ましくはヌクレオチド配列が、リンパ球における強力で安定なトランス遺伝子発現を仲介する配列に作動可能に連結されている発現ベクターであり、そのような配列は、好ましくはガンマレトロウイルスの5'-LTR、又はモロニ-マウス白血病ウイルス(MMLV)の5'-LTRのサブ要素R及びU3、又はマウス幹細胞ウイルス(MSCV)のプロモーター、又はホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)のプロモーター、又はさらにより好ましくはヒト伸長因子1(EF-1)アルファプロモーターを含む、実施態様45又は46に記載のベクター又はベクターのキット。
48. 実施態様45~47のいずれか1つに記載のベクターのキットであって、前記第1のベクターは前記群の第1のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第2のベクターは前記群の第2のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、及び任意選択的に、CAR群が少なくとも3つの異なるCAR分子からなる場合、キットはさらに第3のベクターを含み、前記第3のベクターは前記群の第3のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含み、及び任意選択的に、CAR群が4つの異なるCAR分子からなる場合、キットはさらに第4のベクターを含み、前記第4のベクターは前記群の第4のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む。
49. 実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群の個々のCAR分子を産生するために、実施態様40~44のいずれか1つに記載の核酸分子又は核酸分子のキットを用いて、又は実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキットを用いて、インビトロ又はエクスビボで改変された細胞、又は前記改質細胞の2つ以上を含むキット。
50. 前記細胞は、哺乳動物細胞、好ましくは造血幹細胞(HSC)、又はHSCに由来する細胞、より好ましくはNK細胞又はT細胞、特にT細胞である、実施態様49に記載の細胞又は細胞のキット。
51. 前記細胞は、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクターを用いて、又はベクターのキットを用いてトランスフェクト又は形質導入された、実施態様49又は50に記載の細胞又は細胞のキット。
52. 前記細胞は、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群をコードするヌクレオチド配列をそのゲノムに安定して組み込んだ、実施態様49~51のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキット。
53. 前記細胞は、部位特異的ヌクレア-ゼ技術の使用により、好ましくは亜鉛フィンガーヌクレアーゼ又はTALENの使用により、又はさらにより好ましくはCRISPR/Cas技術の使用により、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群をコードするヌクレオチド配列を、そのゲノムに安定に組み込んだ、実施態様49~51のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキット。
54. 実施態様40~44のいずれか1つに記載の核酸又は核酸のキット、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキット、又は実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキットを含む、医薬製剤。
55. 前記ウイルスベクターは好ましくは感染性ウイルス粒子内に含まれる、実施態様54に記載の医薬製剤。
56. 実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞を作製する方法であって、実施態様40~44のいずれか1つに記載の核酸分子又は核酸分子のキットを、又は実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキットを、インビトロ又はエクスビボで、細胞に導入すること、好ましくは細胞のゲノムに安定して組み込むことを含む。
57. 個体の癌の治療方法で使用するための実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群であって、前記方法は、
i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、CAR群の各CAR分子をコードする配列を含む少なくとも1つの核酸分子で遺伝子改変する工程であって、ここで、前記群のCAR分子の抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる工程と;
ii)遺伝子改変細胞を個体に導入する工程と;
iii)群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減するために、好ましくは群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減するために、少なくとも1つの調節分子の有効量を個体に投与し、それによって、CAR群の非共有結合性複合体化を誘導又は低減し、好ましくはCAR群の非共有結合性複合体化を誘導する工程であって、ここで、非共有結合性複合体化CAR群は、各標的抗原の組み合わせを生理学的発現レベルで発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変された細胞の活性化を仲介し、それが癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする工程とを含む。
58. 個体の癌の治療方法で使用するための、実施態様1~11、13~15、17、19、21~23、30、31、又は33~39のいずれか1つに記載のCAR群であって、前記方法は、
i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、CAR群の各CAR分子をコードする配列を含む少なくとも1つの核酸分子で遺伝子改変する工程であって、ここで、前記群のCAR分子の抗原結合部分、及び/又は群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記群の各CAR分子のヘテロ二量体化は調節分子の投与を必要とせず、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる工程;
ii)遺伝子改変細胞を個体に導入する工程と;
iii)少なくとも抗原結合部分を含み、CAR群のCAR分子の結合部位に結合できる少なくとも1つの他のポリペプチドの有効量を個体に投与する工程であって、前記ポリペプチドは、各標的抗原の組み合わせを生理学的発現レベルで発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変細胞の活性化を仲介し、それが癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする工程とを含む。
59. 個体の癌の治療方法で使用するための、実施態様1~11、13~15、17、19、21~23、30、31、又は33~38のいずれか1つに記載のCAR群であって、前記方法は、
i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、CAR群の各CAR分子をコードする配列を含む少なくとも1つの核酸分子で遺伝子改変する工程であって、ここで、前記群のCAR分子の抗原結合部分は個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記群の各CAR分子のヘテロ二量体化は調節分子の投与を必要とせず、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる工程と;
ii)遺伝子改変細胞を個体に導入する工程であって、それが癌細胞の死滅を可能にし、それによって癌を治療する工程とを含む。
60. CAR群の抗原結合部分が個体の癌細胞上の標的抗原に特異的である、個体の癌の治療方法で使用するための実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞であって、前記方法は、
i)細胞を個体に導入する工程と;
ii)群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減し、好ましくは群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導し、それによってCAR群の非共有結合性複合体化を誘導又は低減し、好ましくはCAR群の非共有結合性複合体化を誘導するために、少なくとも1つの調節分子の有効量を個体に投与する工程であって、ここで、非共有結合性複合体化CAR群は、各標的抗原を発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変細胞の活性化を仲介し、それが癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする工程とを含む。
61. 個体の癌の治療方法で使用するための、実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞であって、前記群のCAR分子の抗原結合部分、及び/又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記群の各CAR分子のヘテロ二量体化は、調節分子の投与を必要とせず、前記方法は、
i)細胞を個体に導入する工程と;
ii)少なくとも抗原結合部分を含み、CAR群のCAR分子の外部ドメインの結合部位に結合できる少なくとも1つの他のポリペプチドの有効量を個体に投与する工程であって、前記ポリペプチドは、各標的抗原を発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変細胞の活性化と各標的抗原を発現する癌細胞の死滅を仲介し、それによって癌の治療を可能にする工程とを含む。
62. 個体の癌の治療方法で使用するための、実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞であって、ここで、前記群のCAR分子の抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記群の各CAR分子のヘテロ二量体化は調節分子の投与を必要とせず、前記方法はさらに、細胞を個体に導入する工程を含み、これが癌細胞の死滅を可能にし、それによって調節分子に依存せずに癌を治療する、細胞。
63. 以下を含むキット:
- 1つ、2つ、又は3つの調節分子、好ましくは2つ、さらにより好ましくは1つの調節分子、及び
- 実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキット、又は実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキット。
64. 実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキット、又は実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキットを含むキット。
65. 以下を含むキット:
- 少なくとも1つの調節分子、及び/又は前記群のCAR分子の各結合部位に結合できる少なくとも1つの他のポリペプチド、及び
- 実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキット、又は実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキット。
66. 細胞上の標的抗原にTリンパ球又はNK細胞を結合させる必要性を特徴とする疾患の治療に使用するための、好ましくは腫瘍患者の治療に使用するための、特にユ-イング肉腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、骨形成性肉腫、中皮腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、平滑筋肉腫、黒色腫、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、乏突起膠腫、髄膜腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管腫、聴神経腫、慢性骨髄増殖症候群、急性骨髄性白血病、B細胞CLL、T細胞CLL、前リンパ球性白血病及び毛細胞白血病を含む慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性リンパ芽球性白血病、B細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、食道癌、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮癌、膀胱癌、移行細胞癌、気管支原性癌、結腸癌、結腸直腸癌、胃癌、肺癌(肺の小細胞癌及び非小細胞癌を含む)、副腎皮質癌、甲状腺癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腺癌、汗腺癌、脂漏性腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄質癌、腎細胞癌、管癌、胆管癌、絨毛癌、セミノ-マ、胚性癌、ウィルムス腫瘍、頸部癌、子宮癌、精巣癌、骨形成癌、上皮癌、及び鼻咽頭癌、非定型髄膜腫、膵島細胞癌、髄質癌、間葉腫、肝細胞癌、肝芽腫、明細胞癌、及び縦隔神経線維腫から選択される腫瘍を有する腫瘍患者の、治療に使用するための、実施態様1~39又は67~71のいずれか1つに記載のCAR群、実施態様45~48のいずれか1つに記載のベクター又はベクターのキット、実施態様49~53のいずれか1つに記載の細胞又は細胞のキット、特にTリンパ球又はNK細胞、又は実施態様41~48若しくは63~65のいずれか1つに記載のキット。
67. 実施態様1~37のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群は、NK細胞又は好ましくはTリンパ球で発現された場合、その非共有結合的に複合体化された状態で、及び少なくとも抗原結合部分を含みCAR群によって構成されるCAR分子の結合部位に結合できるそれぞれ必要な他のポリペプチドの存在下で、標的抗原を発現する標的細胞との接触時に、宿主細胞中で応答を誘発し、この応答は、細胞脱顆粒後に及び/又は細胞脱顆粒による、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の排出によって規定され、細胞脱顆粒は、好ましくはCD107a陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、この応答は、CAR分子に及びCAR群に結合できる他のポリペプチドに含まれるその抗原結合部分を介して、CAR群によって認識されるそれらの標的抗原のうちの1つのみの同数の分子を発現する標的細胞に接触後の応答と比較して、CAR分子に及びCAR群に結合できる他のポリペプチドに含まれるその抗原結合部分を介して、CAR群によって認識されるそれらの標的抗原の少なくとも100,000分子を発現する標的細胞に接触後は、少なくとも20%高く、好ましくは少なくとも50%高く、及びさらにより好ましくは少なくとも100%高い。
68. 実施態様1~38のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群は、NK細胞又は好ましくはTリンパ球で発現された場合、その非共有結合的に複合体化された状態で、標的抗原を発現する標的細胞との接触時に、宿主細胞中で応答を誘発し、この応答は、細胞脱顆粒後に及び/又は細胞脱顆粒による、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の排出によって規定され、細胞脱顆粒は、好ましくはCD107a陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、この応答は、このCAR群によって認識されるそれらの標的抗原のうちの1つのみの同数の分子を発現する標的細胞に接触後の応答と比較して、群のCAR分子中の抗原結合部分を介して、その標的抗原と排他的に相互作用するCAR群によって認識される各標的抗原の少なくとも100,000分子を発現する標的細胞に接触後に、少なくとも20%高く、好ましくは少なくとも50%高く、及びさらにより好ましくは少なくとも100%高い。
69. 実施態様1~37及び39のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群は、NK細胞又は好ましくはTリンパ球で発現された場合、その非共有結合的に複合体化された状態で、及び少なくとも抗原結合部分を含みCAR群によって構成されるCAR分子の結合部位に結合できるそれぞれ必要な他のポリペプチドの存在下で、標的抗原を発現する標的細胞との接触時に、宿主細胞中で応答を誘発し、この応答は、細胞脱顆粒後に及び/又は細胞脱顆粒による、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の排出によって規定され、及びこの細胞脱顆粒は、好ましくはCD107a陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、この応答は、このCAR群に結合できる他のポリペプチドによって認識されるそれらの標的抗原のうちの1つのみの同数の分子を発現する標的細胞に接触後の応答と比較して、CAR群に結合できる他のポリペプチドに含まれる抗原結合部分を介して間接的にその標的抗原と排他的に相互作用するCAR群によって認識される各標的抗原の少なくとも100,000分子を発現する標的細胞に接触後に、少なくとも20%高く、好ましくは少なくとも50%高く、及びさらにより好ましくは少なくとも100%高い。
70. 実施態様1~38のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群は、そのCAR分子に含まれる抗原結合部分を介して、直接的にのみその標的抗原と相互作用し、そしてCAR群の非共有結合性複合体化は、1種類以上の調節分子の有効濃度の存在を必要とし、CAR群は、NK細胞又は好ましくはTリンパ球で発現されると、CAR群によって認識される各標的抗原の少なくとも100,000分子を発現する標的細胞と接触すると、その非共有結合性複合体化状態で、宿主細胞において応答を誘発し、この応答は、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の排出によって、及び/又は細胞の脱顆粒によって規定され、この細胞脱顆粒は、好ましくはCD107a陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、CAR群の非共有結合性複合体化に必要なすべての調節分子の有効濃度の存在下で誘発される応答は、調節分子の非存在下で誘発される応答よりも、少なくとも20%高く、好ましくは少なくとも50%高く、さらにより好ましくは少なくとも100%高く、ここで、各必要な調節分子の有効濃度は、それを必要とする個体への1回以上の投与量中の各必要な調節分子の有効量を投与する工程によって達成される濃度である。
71.実施態様1~37及び39のいずれか1つに記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群は、そのCAR分子に結合できる1つ以上の他のポリペプチドに含まれる抗原結合部分を介して間接的にのみその標的抗原と相互作用し、そしてCAR群は、調節分子の非存在下で非共有結合性複合体化され、CAR群は、NK細胞又は好ましくはTリンパ球で発現されると、CAR群に結合できる他のポリペプチドによって認識される各標的抗原の少なくとも100,000分子を発現する標的細胞と接触すると、宿主細胞中で応答を誘発し、この応答は、インターフェロンガンマ、及び/又はマクロファージ炎症性タンパク質-1(MIP-1)アルファ、及び/又はMIP-1ベータ、及び/又はグランザイムB、及び/又はIL-2、及び/又はTNF、及び/又はIL-10、及び/又はIL-4の排出によって、及び/又は細胞の脱顆粒によって規定され、この細胞脱顆粒は、好ましくはCD107陽性エフェクター細胞の割合によって検出され、少なくとも抗原結合部分を含みCAR群に結合できる全ての必要な他のポリペプチドの有効濃度の存在下で誘発される応答は、少なくとも抗原結合部分を含みCAR群に結合できる他のポリペプチドの非存在下で誘発される応答よりも、少なくとも20%高く、好ましくは少なくとも50%高く、さらにより好ましくは少なくとも100%高く、ここで、これらの必要な他の各ポリペプチドの有効濃度は、それを必要とする個体への1回以上の投与量中の各必要な他のポリペプチドの有効量を投与する工程によって達成される濃度である。

Claims (15)

  1. 2、3、又は4つのキメラ抗原受容体(CAR)分子からなるCAR群であって、
    ここで、前記CAR群の各メンバーはそのアミノ酸配列が互いに異なり、
    ここで、前記群の各CAR分子は、少なくとも膜貫通ドメインと外部ドメインとを含み、外部ドメインは、1つ又は2つの抗原結合部分を、及び/又はそれぞれが少なくとも抗原結合部分を含む他のポリペプチドが結合できる1つ又は2つの結合部位を含み、前記群の少なくとも1つのCAR分子は、内部ドメインを追加的に含み、これは少なくとも1つの免疫受容体であるチロシンベースの活性化モチーフ(ITAM)を介してシグナルを伝達することができる少なくともシグナル伝達領域を含み、
    ここで、前記群の各CAR分子の内部ドメインは、各CAR分子が内部ドメインを含む場合、細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞内側に位置し、前記群の各CAR分子の外部ドメインは、細胞内で発現されるなら、細胞膜の細胞外側に移動し、前記群の各CAR分子の膜貫通ドメインは、細胞内で発現されるなら細胞膜に位置し、
    ここで、前記群の各CAR分子の外部ドメインはその一般的なコンフォメーションで、前記群の他のCAR分子とそれぞれ分子間ジスルフィド結合を形成することができるシステインアミノ酸部分を含まず、
    ここで、前記群の異なるCAR分子の及び異なる他のポリペプチドの抗原結合部分は、互いに共有結合していない異なる標的抗原に特異的であり、
    ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその各標的抗原に対する親和性は、1mM~100nMであり、
    ここで、その各標的抗原に対する他のポリペプチドの個々の抗原結合部分の親和性は、あるいはその各CAR分子の結合部位に対するこの他のポリペプチドの親和性は、1mM~100nMであり、
    ここで、前記群の各CAR分子は、前記群の他のCAR分子との定義されたヘテロ二量体化を仲介することができる少なくとも1つのヘテロ二量体化ドメインを含み、ここで、ヘテロ二量体化ドメインの対のこのヘテロ二量体化は、調節分子とは独立して起きるか、又は調節分子の非存在下で起き、調節分子によって低減されるか、又は調節分子によって誘導され、かつ任意選択的に他の調節分子によって低減され、ここで調節分子は、生理学的条件下で、ヘテロ二量体化ドメインの対の少なくとも1つのメンバーに結合することができ、ヘテロ二量体化を誘導又は低減することにより、2、3、又は4つのCAR分子からなる非共有結合的に複合体化されたCAR群の形成を誘導又は低減する、CAR群。
  2. 請求項1に記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMであり、及び
    ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドのその各CAR分子の結合部位に対する親和性は、1mM~150nM、好ましくは1mM~200nM、より好ましくは1mM~300nM、特に1mM~400nMである、CAR群。
  3. 請求項1に記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMであり、及び
    ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~100nM、好ましくは250μM~100nM、より好ましくは125μM~100nM、特に50μM~100nMである、CAR群。
  4. 請求項1に記載のCAR群であって、ここで、前記群のCAR分子の個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMであり、及び
    ここで、他のポリペプチドの個々の抗原結合部分のその標的抗原に対する親和性は、又はこの他のポリペプチドの各CAR分子の結合部位に対する親和性は、500μM~150nM、好ましくは250μM~200nM、より好ましくは125μM~300nM、特に50μM~400nMである、CAR群。
  5. 請求項1~4のいずれか1項に記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群の又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの、抗原結合部分によって特異的に認識される標的抗原は、天然に存在する細胞表面抗原、あるいは天然に存在する細胞表面抗原に結合したポリペプチド、炭水化物、又は脂質である、CAR群。
  6. 請求項1~5のいずれか1項に記載のCAR群であって、ここで、前記CAR群の又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの、抗原結合部分は、好ましくは以下から選択される分子に特異的に結合するか又はそれらを含む、CAR群:CD19、CD20、CD22、CD23、CD28、CD30、CD33、CD35、CD38、CD40、CD42c、CD43、CD44、CD44v6、CD47、CD49D、CD52、CD53、CD56、CD70、CD72、CD73、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD82、CD85A、CD85B、CD85D、CD85H、CD85K、CD96、CD107a、CD112、CD115、CD117、CD120b、CD123、CD146、CD148、CD155、CD185、CD200、CD204、CD221、CD271、CD276、CD279、CD280、CD281、CD301、CD312、CD353、CD362、BCMA、CD16V、CLL-1、Igカッパ、TRBC1、TRBC2、CKLF、CLEC2D、EMC10、EphA2、FR-a、FLT3LG、FLT3、ルイス-Y、HLA-G、ICAM5、IGHA1/IgA1、IL-1RAP、IL-17RE、IL-27RA、MILR1、MR1、PSCA、PTCRA、PODXL2、PTPRCAP、ULBP2、AJAP1、ASGR1、CADM1、CADM4、CDH15、CDH23、CDHR5、CELSR3、CSPG4、FAT4、GJA3、GJB2、GPC2、GPC3、IGSF9、LRFN4、LRRN6A/LINGO1、LRRC15、LRRC8E、LRIG1、LGR4、LYPD1、MARVELD2、MEGF10、MPZLI1、MTDH、PANX3、PCDHB6、PCDHB10、PCDHB12、PCDHB13、PCDHB18、PCDHGA3、PEP、SGCB、ベザチン、DAGLB、SYT11、WFDC10A、ACVR2A、ACVR2B、未分化リンパ腫キナ-ゼ、カドヘリン24、DLK1、GFRA2、GFRA3、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EFNB1、EPOR、FGFR2、FGFR4、GALR2、GLG1、GLP1R、HBEGF、IGF2R、UNC5C、VASN、DLL3、FZD10、KREMEN2、TMEM169、TMEM198、NRG1、TMEFF1、ADRA2C、CHRNA1、CHRNB4、CHRNA3、CHRNG、DRD4、GABRB3、GRIN3A、GRIN2C、GRIK4、HTR7、APT8B2、NKAIN1、NKAIN4、CACNA1A、CACNA1B、CACNA1I、CACNG8、CACNG4、CLCN7、KCNA4、KCNG2、KCNN3、KCNQ2、KCNU1、PKD1L2、PKD2L1、SLC5A8、SLC6A2、SLC6A6、SLC6A11、SLC6A15、SLC7A1、SLC7A5P1、SLC7A6、SLC9A1、SLC10A3、SLC10A4、SLC13A5、SLC16A8、SLC18A1、SLC18A3、SLC19A1、SLC26A10、SLC29A4、SLC30A1、SLC30A5、SLC35E2、SLC38A6、SLC38A9、SLC39A7、SLC39A8、SLC43A3、TRPM4、TRPV4、TMEM16J、TMEM142B、ADORA2B、BAI1、EDG6、GPR1、GPR26、GPR34、GPR44、GPR56、GPR68、GPR173、GPR175、LGR4、MMD、NTSR2、OPN3、OR2L2、OSTM1、P2RX3、P2RY8、P2RY11、P2RY13、PTGE3、SSTR5、TBXA2R、ADAM22、ADAMTS7、CST11、MMP14、LPPR1、LPPR3、LPPR5、SEMA4A、SEMA6B、ALS2CR4、LEPROTL1、MS4A4A、ROM1、TM4SF5、VANGL1、VANGL2、C18orf1、GSGL1、ITM2A、KIAA1715、LDLRAD3、OZD3、STEAP1、MCAM、CHRNA1、CHRNA3、CHRNA5、CHRNA7、CHRNB4、KIAA1524、NRM.3、RPRM、GRM8、KCNH4、メラノコルチン1受容体、PTPRH、SDK1、SCN9A、SORCS1、CLSTN2、エンドセリン変換酵素様-1、リゾホスファチジン酸受容体2、LTB4R、TLR2、神経向性チロシンキナ-ゼ1、MUC16、B7-H4、表皮増殖因子受容体(EGFR)、ERBB2、HER3、EGFR変種III (EGFRvIII)、HGFR、FOLR1、MSLN、CA-125、MUC-1、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、メソセリン、上皮細胞接着分子(EpCAM)、L1-CAM、CEACAM1、CEACAM5、CEACAM6、VEGFR1、VEGFR2、高分子量メラノ-マ関連抗原(HMW-MAA)、MAGE-A l、IL-13R-α2、ジシアロガングリオシド(GD2及びGD3)、腫瘍関連炭水化物抗原(CA-125、CA-242、Tn、及びシアリールTn)、4-1BB、5T4、BAFF、炭酸アンヒドラ-ゼ9(CA-IX)、C-MET、CCR1、CCR4、FAP、フィブロネクチンエクストラドメインB(ED-B)、GPNMB、IGF-1受容体、インテグリンα5β1、インテグリンαvβ3、ITB5、ITGAX、エンビギン、PDGF-Rα、ROR1、シンデカン1、TAG-72、テナシンC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、NKG2D-リガンド、腫瘍特異的ペプチドエピトープを提示する主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子、好ましくはPR1/HLA-A2、系統特異的若しくは組織特異的抗原、好ましくはCD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD24、CD25、CD34、CD80、CD86、CD133、CD138、CD152、CD319、エンドグリン、及びMHC分子。
  7. 核酸は、DNA、RNA、又はインビトロ転写されたRNAから選択される、請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
  8. 核酸は、DNA、RNA、又はインビトロ転写されたRNAから選択される、請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子のキット。
  9. 核酸は、DNA又はRNAである、請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群の個々のCAR分子をコードするヌクレオチド配列を含むベクター又はベクターのキット。
  10. 請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群の個々のCAR分子を生成するために、請求項7又は8に記載の核酸分子又は核酸分子のキットを用いて、又は請求項9に記載のベクター又はベクターのキットを用いて、インビトロ又はエクスビボで改変された細胞、又は前記改質細胞の2つ以上を含むキット。
  11. 請求項7又は8に記載の核酸又は核酸のキット、請求項9に記載のベクター又はベクターのキット、又は請求項10に記載の細胞又は細胞のキットを含む、医薬製剤。
  12. 個体の癌の治療方法で使用するための、請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群であって、前記方法は、
    i)個体から得られたNK細胞又は好ましくはTリンパ球を、CAR群の各CAR分子をコードする配列を含む少なくとも1つのベクターで遺伝子改変する工程であって、ここで、前記CAR群の抗原結合部分及び/又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分は、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的であり、前記遺伝子改変はインビトロ又はエクスビボで行われる工程;
    ii)遺伝子改変細胞を個体に導入する工程;そして任意選択的に
    iii)群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減するために、好ましくは群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導するために、少なくとも1つの他のポリペプチド(これは、少なくとも1つの抗原結合部分を含み、前記CAR群のCAR分子中の結合部位に結合できる)の有効量を、及び/又は少なくとも1つの調節分子の有効量を、個体に投与する工程であって、ここで、非共有結合的に複合体化されたCAR群は、各標的抗原の組み合わせを生理学的発現レベルで発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変された細胞の活性化を仲介し、それが癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする工程、を含むCAR群。
  13. CAR群の抗原結合部分、及び/又は前記群のCAR分子に結合できる他のポリペプチドの抗原結合部分が、個体の癌細胞上の標的抗原に特異的である、個体の癌の治療方法で使用するための請求項10に記載の細胞であって、前記方法は、
    i)細胞を個体に導入する工程;そして
    ii)群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導又は低減するために、好ましくは群の各CAR分子のヘテロ二量体化を誘導するために、少なくとも抗原結合部分を含み、個体に、CAR群のCAR分子の結合部位に結合できる少なくとも1つの他のポリペプチド有効量を、及び/又は少なくとも1つの調節分子の有効量を、個体に投与する工程であって、非共有結合性複合体化したCAR群は、各標的抗原を発現する癌細胞と接触すると、遺伝子改変細胞の活性化を仲介し、それが癌細胞の死滅につながり、それによって癌の治療を可能にする工程、を含むCAR群。
  14. 以下を含むキット:
    - 請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群、請求項9に記載のベクター又はベクターのキット、又は請求項10に記載の細胞又は細胞のキット、及び
    - 少なくとも抗原結合部分を含み、CAR群のCAR分子の結合部位及び/又は少なくとも1つの調節分子に結合できる少なくとも1つの他のポリペプチド。
  15. 細胞上の標的抗原にTリンパ球又はNK細胞を結合させる必要性を特徴とする疾患の治療に使用するための、好ましくは腫瘍患者の治療に使用するための、特にユ-イング肉腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、骨形成性肉腫、中皮腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、平滑筋肉腫、黒色腫、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、乏突起膠腫、髄膜腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管腫、聴神経腫、慢性骨髄増殖症候群、急性骨髄性白血病、B細胞CLL、T細胞CLL、前リンパ球性白血病及び毛細胞白血病を含む慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性リンパ芽球性白血病、B細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、食道癌、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮癌、膀胱癌、移行細胞癌、気管支原性癌、結腸癌、結腸直腸癌、胃癌、肺癌(肺の小細胞癌及び非小細胞癌を含む)、副腎皮質癌、甲状腺癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腺癌、汗腺癌、脂漏性腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄質癌、腎細胞癌、管癌、胆管癌、絨毛癌、セミノ-マ、胚性癌、ウィルムス腫瘍、頸部癌、子宮癌、精巣癌、骨形成癌、上皮癌、及び鼻咽頭癌、非定型髄膜腫、膵島細胞癌、髄質癌、間葉腫、肝細胞癌、肝芽腫、明細胞癌、及び縦隔神経線維腫から選択される腫瘍を有する腫瘍患者の、治療に使用するための、請求項1~6のいずれか1項に記載のCAR群、請求項9に記載のベクター又はベクターのキット、請求項10に記載の細胞又は細胞のキット、特にTリンパ球又はNK細胞、又は請求項8、9、若しくは14に記載のキット。
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