JP2021531031A - 新規なエステラーゼ及びその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
エステラーゼは、ポリエステルを含む各種のポリマーの加水分解を触媒可能である。この文脈において、エステラーゼは、食器洗浄及び洗濯用途のための洗剤として、バイオマス及び食品を加工するための分解酵素として、環境汚染物質の無毒化における生体触媒として又は織物産業におけるポリエステル布地の処理のためを含む、多くの産業用途において有望な効果を示している。ポリエチレンテレフタラート(PET)を加水分解するための分解酵素としてのエステラーゼの使用は特に興味深い。実際に、PETは、衣類、カーペットの製造又は包装もしくは自動車用プラスチック等の製造のための熱硬化性樹脂の形態等の多数の技術分野で使用されている。その結果、埋め立てごみ処理地におけるPETの蓄積は、ますます生態学的問題となっている。
本発明は、配列番号:1に示されるアミノ酸配列を有する親エステラーゼ又は野生型エステラーゼと比較して、向上した活性及び/又は向上した熱安定性を示す、新規なエステラーゼを提供する。この野生型エステラーゼは、Sulaiman et al., Appl Environ Microbiol. 2012 Marに記載されているメタゲノム由来クチナーゼのアミノ酸配列のアミノ酸36〜293に対応し、SwissProtのG9BY57に言及されている。本発明のエステラーゼは、プラスチック製品、とりわけ、PETを含有するプラスチック製品を分解するための方法に特に有用である。
定義
本開示は、下記定義を参照することにより最も良く理解されるであろう。
本発明は、親エステラーゼと比較して改善された活性及び/又は改善された熱安定性を有する新規なエステラーゼを提供する。とりわけ、本発明者らは、工業プロセスでの使用に特に適した新規な酵素を設計した。本発明のエステラーゼは、ポリエステル、とりわけ、PET(PET含有材料及び特に、PETを含有するプラスチック製品を含む)を分解するのに特に適している。特定の実施態様では、エステラーゼは、向上した活性及び向上した熱安定性の両方を示す。
本発明の目的は、エステラーゼ活性を有する新規な酵素を提供することである。特定の実施態様では、本発明の酵素は、クチナーゼ活性を示す。
本発明の更なる目的は、上記定義されたエステラーゼをコードする核酸を提供することである。
本発明の別の目的は、エステラーゼをコードする核酸を発現させ、場合により、エステラーゼを回収することを含む、本発明のエステラーゼの製造方法を提供することである。
(a)本発明のエステラーゼをコードする核酸を含むホスト細胞を、該核酸を発現させるのに適した条件下で培養することと、場合により
(b)細胞培養物から前記エステラーゼを回収することとを含む。
本発明の更なる目的は、本発明のエステラーゼ又はホスト細胞又はその抽出物を含む、組成物を提供することである。本発明の文脈において、「組成物」という用語は、本発明のエステラーゼ又はホスト細胞を含む、任意の種類の組成物を包含する。
本発明の更なる目的は、好気性又は嫌気性条件において、ポリエステル又はポリエステル含有材料を分解しかつ/又は再利用するための、本発明のエステラーゼを使用する方法を提供することである。本発明のエステラーゼは、PET及びPET含有材料を分解するのに特に有用である。
実施例1−エステラーゼの構築、発現及び精製
構築
本発明のエステラーゼを、プラスミド構築物pET26b−LCC−Hisを使用して生成した。このプラスミドは、NdeI及びXhoI制限部位間のEscherichia coli発現に最適化された、配列番号:1のエステラーゼをコードする遺伝子のクローニングからなる。エステラーゼ変異体を生成するために、供給元の推奨に従って、Agilent(Santa Clara, California, USA)製の2つの部位特異的突然変異誘発キット:QuikChange II Site-Directed Mutagenesisキット及びQuikChange Lightning Multi Site-Directedを使用した。
Stellar(商標)(Clontech, California, USA)系統及びE. coli One Shot(登録商標) BL21 DE3(Life technologies, Carlsbad, California, USA)系統を連続的に利用して、LB-Miller培地又はZYM自己誘引培地(Studier et al., 2005- Prot. Exp. Pur. 41, 207-234) 50mL中でクローニング及びリコンビナント発現を行った。LB-Miller培地中での誘引を0.5mM イソプロピル β−D−1−チオガラクトピラノシド(IPTG、Euromedex, Souffelweyersheim, France)により16℃で行った。培養をAvanti J−26 XP遠心分離機(Beckman Coulter, Brea, USA)における遠心分離(8000rpm、20分、10℃)により停止させた。細胞をTalonバッファー(20mM Tris−HCl、300mM NaCl、pH8) 20mLに懸濁させた。ついで、細胞懸濁液をFB 705超音波処理装置(Fisherbrand, Illkirch, France)により、振幅の30%(2秒ON及び1秒OFFのサイクル)で2分間超音波処理した。ついで、遠心分離の工程をEppendorf遠心分離機中において11000rpm、10℃、30分間で実現した。可溶性画分を収集し、親和性クロマトグラフィーに供した。この精製工程をTalon(登録商標)Metal Affinity Resin(Clontech, CA, USA)で完了した。タンパク質溶出を、イミダゾールを補充したTalonバッファーの工程で行った。精製タンパク質を、Talonバッファーで透析し、次いで、Bio-Radタンパク質アッセイを使用し、製造メーカーの説明書(Lifescience Bio-Rad, France)に従って定量し、+4℃で保存した。
エステラーゼの分解活性を決定し、配列番号:1のエステラーゼの分解活性と比較した。
(1)PET加水分解に基づく比活性
(2)固体状のポリエステルの分解に基づく活性
(3)100mLを超える反応器中でのPET加水分解に基づく活性
100mg 非晶質PET(粉末状、WO第2017/198786号に従って調製し、20%未満の結晶化度に達した)を秤量し、100mLのガラス瓶に導入した。Talonバッファー(20mM Tris−HCl、0.3M NaCl、pH8)中において、0.02又は0.03mg/mLに調製された配列番号:1のエステラーゼ(参照対照として)又は本発明のエステラーゼを含むエステラーゼ調製物 1mLをガラス瓶に導入した。最後に、0.1M リン酸カリウムバッファー(pH8) 49mLを加えた。
2.2 固体状のポリエステルの分解に基づく活性
誘引細胞、半精製タンパク質抽出物又は精製タンパク質を、このようなエステラーゼの活性を評価するための本発明のエステラーゼを含む組成物として使用することができる。
100mM リン酸カリウムバッファー(pH8) 80mL中で調製された、0.69μmol〜2.07μmol 精製エステラーゼを、500mLのMinibio反応器(Applikon Biotechnology, Delft, The Netherlands)中で20g 非晶質PET(WO第2017/198786号に従って調製、20%未満の結晶化度に達する)と混合した。60℃での温度レギュレーションを水浴浸漬により行い、1つのマリンインペラ(marine impeller)を使用して、250rpmで一定の撹拌を維持した。PET脱重合アッセイのpHを6N NaOHによりpH8にレギュレーションし、my-Control bio controllerシステム(Applikon Biotechnology, Delft, The Netherlands)により保証した。塩基消費をアッセイ中に記録し、PET脱重合アッセイの特徴決定に使用することができる。
本発明のエステラーゼの熱安定性を決定し、配列番号:1のエステラーゼの熱安定性と比較した。
(1)溶液中のタンパク質の円二色性
(2)所定の温度、時間及びバッファー条件下でタンパク質をインキュベーションした後の残留エステラーゼ活性
(3)所定の温度、時間及びバッファー条件下でタンパク質をインキュベーションした後の残留ポリエステル脱重合活性
(4)所定の温度、時間及びバッファー条件下でタンパク質をインキュベートションした後のアガープレート中に分散した固体ポリエステル化合物(例えば、PET又はPBATもしくは類似体)を分解する能力
(5)所定の温度、バッファー、タンパク質濃度及びポリエステル濃度の条件下でポリエステル脱重合アッセイを複数回行う能力
(6)示差走査フルオロメトリー(DSF)
円二色性(CD)を、配列番号:1のエステラーゼの融解温度(Tm)(Tm=84.7℃)を本発明のエステラーゼのTmと比較するために、Jasco 815装置(Easton, USA)により行った。技術的に、タンパク質サンプル 400μLをTalonバッファー中に0.5mg/mLで調製し、CDに使用した。タンパク質の正しいフォールディングに対応するCDの2つの最大強度を決定するために、280〜190nmの1回目のスキャンを実現した。ついで、2回目のスキャンをこのような最大強度に対応する長さの波で25℃〜110℃で行い、Sigmaplotバージョン11.0ソフトウェアにより分析された特定の曲線(シグモイド3パラメーター y=a/(1+e^((x−x0)/b)))を提供し、x=x0の場合に、Tmを決定した。得られたTmは、所定のタンパク質の熱安定性を反映している。Tmが高いほど、変異体は、高温でより安定である。
40mg/L(Talonバッファー中) 配列番号:1のエステラーゼ又は本発明のエステラーゼの溶液 1mLを、種々の温度(65、70、75、80及び90℃)で10日間インキュベーションした。サンプルを定期的に採取し、0.1M リン酸カリウムバッファー(pH8.0)で1〜500倍に希釈し、パラニトロフェノール−ブチラート(pNP−B)アッセイを実現した。サンプル 20μLを1M リン酸カリウムバッファー(pH8.0) 175μL及び2−メチル−2ブタノール中のpNP−B溶液(40mM) 5μLと混合する。酵素反応を撹拌下、30℃で15分間行い、405nmでの吸光度をマイクロプレート分光光度計(Versamax, Molecular Devices, Sunnyvale, CA, USA)により取得した。pNP−B加水分解の活性(μmol pNPB/分で表現される初速度)を、加水分解曲線の直線部分における遊離したパラニトロフェノールについての検量線を使用して決定した。
40mg/L(Talonバッファー中) 配列番号:1のエステラーゼ及び本発明のエステラーゼそれぞれの溶液 10mLを、種々の温度(65、70、75、80及び90℃)で1〜30日間インキュベーションした。サンプル 1mLを定期的に採取し、250〜500μmに微粉化した100mg 非晶質PET(WO第2017/198786号に従って調製、20%未満の結晶化度に達する)及び0.1M リン酸カリウムバッファー(pH8.0) 49mLを含有するボトルに移し、65℃でインキュベーションした。バッファー 150μLを定期的にサンプリングした。必要に応じて、サンプルを0.1M リン酸カリウムバッファー(pH8)で希釈した。ついで、メタノール 150μL及び6N HCl 6.5μLをサンプル又は希釈液 150μLに加えた。混合し、0.45μmのシリンジフィルターでろ過した後、サンプルをUHPLCにロードして、テレフタル酸(TA)、MHET及びBHETの遊離をモニターした。使用したクロマトグラフィーシステムは、ポンプモジュール、オートサンプラー、25℃に温度調節されたカラムオーブン及び240nmでのUV検出器を含むUltimate 3000 UHPLCシステム(Thermo Fisher Scientific, Inc. Waltham, MA, USA)とした。使用したカラムは、Discovery(登録商標)HS C18 HPLCカラム(150×4.6mm、5μm、プレカラムを備える、Supelco, Bellefonte, USA)とした。TA、MHET及びBHETを1mM H2SO4中のMeOHの勾配(30%〜90%)を使用して1mL/分で分離した。インジェクションは、サンプル 20μLとした。TA、MHET及びBHETを市販のTA及びBHET並びに自社合成したMHETからサンプルと同じ条件で作成した検量線に従って測定した。PET加水分解の活性(μmol 加水分解されたPET/分又はmg 生成された当量のTA/時間)を加水分解曲線の直線部分において決定し、このような曲線を最初の24時間の間に異なる時点で行ったサンプリングにより設定した。当量のTAは、測定されたTAと、測定されたMHET及びBHETに含まれるTAとの合計に相当する。
40mg/L(Talonバッファー中) 配列番号:1のエステラーゼ及び本発明のエステラーゼそれぞれの溶液 1mLを、種々の温度(65、70、75、80及び90℃)で1〜30日間インキュベーションした。酵素調製物 20μLを、PETを含有するアガープレート中に作製されたウェルに規則正しく入れた。PETを含有するアガープレートの作製を、500mg PETをヘキサフルオロ−2−プロパノール(HFIP)に可溶化し、この媒体を水溶液 250mLに注ぐことにより実現した。140mbar下、52℃でのHFIPの蒸発後、溶液を、3% アガーを含有する0.2M リン酸カリウムバッファー(pH8)とv/v混合した。混合物 約30mLを使用して、各オムニトレイを作製し、4℃で保存した。
エステラーゼが連続回のポリエステル脱重合アッセイを行う能力を酵素反応器で評価した。Minibio 500反応器(Applikon Biotechnology B.V., Delft, The Netherlands)を、3g 非晶質PET(WO第2017/198786号に従って調製、20%未満の結晶化度に達する)及び3mg LC−エステラーゼを含有する10mM リン酸カリウムバッファー(pH8) 100mLで開始した。攪拌は、マリンインペラを使用して250rpmに設定した。バイオリアクターを外付け水浴に浸漬させることにより、60℃、65℃又は70℃で温度調節した。pHを3M KOHの添加により8にレギュレーションした。種々のパラメーター(pH、温度、撹拌、塩基の添加)を、BioXpertソフトウェアV2.95によりモニターした。1.8g 非晶質PETを20時間毎に加えた。反応媒体 500μLを定期的にサンプリングした。
DSFを使用して、タンパク質集団の半分がアンフォールドされる温度である融解温度(Tm)を決定することにより、野生型タンパク質(配列番号:1)及びその変異体の熱安定性を評価した。タンパク質サンプルを14μM(0.4mg/mL)の濃度で調製し、20mM Tris HCl(pH8.0)、300mM NaClからなるバッファーA中に保存した。DMSO中のSYPROオレンジ色素5000×ストック溶液を、最初に水で250×に希釈した。タンパク質サンプルを白色透明96ウェルPCRプレート(Bio-Rad cat# HSP9601)上にロードした。ここで、各ウェルは25μlの最終容量を含有した。各ウェル中のタンパク質及びSYPROオレンジ色素の最終濃度はそれぞれ、5μM(0.14mg/ml)及び10×であった。ウェル当たりにロードされた容量を以下のとおりとした:バッファーA 15μL、0.4mg/mL タンパク質溶液 9μL及び250×Syproオレンジ希釈溶液 1μL。ついで、PCRプレートを光学品質シールテープでシールし、2000rpm、室温で1分間回転させた。ついで、DSF実験を、450/490励起及び560/580発光フィルターを使用するように設定されたCFX96リアルタイムPCRシステムを使用して行った。サンプルを0.3℃/秒の速度で25〜100℃に加熱した。1回の蛍光測定を0.03秒毎に行った。融解温度をBio-Rad CFX Managerソフトウェアを使用して、融解曲線の一次導関数のピークから決定した。
Claims (24)
- (i)配列番号:1に示される全長アミノ酸配列に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の同一性を有し、(ii)配列番号:1のアミノ酸配列と比較して、F208、D203、S248、V170、V177、T176、T61、S65、N211又はY92から選択される位置に少なくとも4つの置換を含有し、(iii)配列番号:1のエステラーゼと比較して、向上したポリエステル分解活性及び/又は向上した熱安定性を示す、
エステラーゼ。 - 前記エステラーゼが、F208+D203+S248の位置における置換の組み合わせ及びV170、V177、T176、T61、S65、N211又はY92から選択される位置における1つの置換を少なくとも含む、請求項1記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、F208I+D203C+S248C又はF208W+D203C+S248Cから選択される置換の組み合わせ及びV170I、V177I、T176N、T61M、S65T、N211D/M又はY92G/P/Fから選択される1つの置換を少なくとも含む、請求項1又は2記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、F208+D203+S248の位置における置換の組み合わせ及びV170又はY92の位置に1つ又は2つの置換を少なくとも含む、請求項1〜3のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、F208I+D203C+S248C+S170I、F208I+D203C+S248C+Y92G、F208I+D203C+S248C+V170I+Y92G、F208W+D203C+S248C+V170I、F208W+D203C+S248C+Y92G又はF208W+D203C+S248C+V170I+Y92Gから選択される置換の組み合わせを少なくとも含む、請求項1〜4のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、さらに、S130、D175又はH207から選択される少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、さらに、T11、R12、A14、W69、R73、A205、N214、A215、A216、I217、F238、V242、D244、P245、A246、L247、D94、R138、D158、Q182、F187、P10、L15、D18、N87、S88、S95、Q99、K159、A174、A125、S218、S13、T16、L202、N204、S212、V219、Y220、Q237、L239、N241、N243、A62、L67、D91、P93、M131、P210、A209、P179、R30、G37、R72、S98、A68、R96、H156、H183、A17、T27、S48、F90、L82、G135、A140、N143、S145、A149、S164、V167、S206、N213、T252、E173、G53、A121、T157、N211、Y60、D63又はS66から選択される残基に対応する位置に少なくとも1つの置換を含む、請求項1〜6のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、さらに、A121S、N213P、S212F/T/I/L、A125G、N204D/I/L/Y/H/F、G135A、W69R、N214D/I/L/F/Y/H、N241P、N243P、R12F/Y/H、P179E、V242Y、V167Q又はN211D/Mから選択される少なくとも1つの置換を含む、請求項1〜7のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、表1、表2及び表3のいずれか1つに列記された置換の組み合わせから選択される置換の組み合わせを含む、請求項1〜8のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 該エステラーゼが、配列番号:2に示されるアミノ酸配列及びF208、D203、S248、V170、V177、T61、T176、S65、N211又はF92から選択される少なくとも4つの置換を有し、ここで、該位置は、配列番号:2に示されるアミノ酸配列を参照してナンバリングされ、配列番号:1のエステラーゼと比較して、向上したポリエステル分解活性及び/又は向上した熱安定性を示す、請求項1〜9のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 該エステラーゼが、配列番号:2に示されるアミノ酸配列及びF208、D203、S248、V170、V177、T61、N211又はF92から選択される位置に少なくとも4つの置換を有し、ここで、該位置は、配列番号:2に示されるアミノ酸配列を参照してナンバリングされ、配列番号:1のエステラーゼと比較して、向上したポリエステル分解活性及び/又は向上した熱安定性を示す、請求項1〜10のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、F208+D203+S248の位置における置換の組み合わせ及びV170、V177、T176、T61、S65、N211又はF92から選択される位置に1つの置換を少なくとも含む、請求項10又は11記載のエステラーゼ。
- 前記エステラーゼが、F208I+D203C+S248C又はF208W+D203C+S248Cから選択される置換の組み合わせ及びV170I、V177I、T176N、T61M、S65T、N211D/M又はF92G/Pから選択される1つの置換を少なくとも含む、請求項10〜12のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- 該エステラーゼが、さらに、配列番号:3に示される全長アミノ酸配列に対して少なくとも55%、65%、75%、85%又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をN末端に含む、請求項1〜13のいずれか一項記載のエステラーゼ。
- N末端アミノ酸配列が、配列番号:4、配列番号:5、配列番号:6又は配列番号:7に示されるアミノ酸配列からなる群より選択される、請求項14記載のエステラーゼ。
- 請求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼをコードする、
核酸。 - 請求項16記載の核酸を含む、
発現カセット又はベクター。 - 請求項16記載の核酸又は請求項17記載の発現カセットもしくはベクターを含む、
ホスト細胞。 - 請求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼ又は請求項18記載のホスト細胞もしくはその抽出物を含む、
組成物。 - ポリエステルを分解する方法であって、
(a)ポリエステルを請求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼ又は請求項18記載のホスト細胞又は請求項19記載の組成物と接触させることと、場合により、
(b)モノマー及び/又はオリゴマーを回収することとを含む、
方法。 - ポリエステル含有材料の少なくとも1種のポリエステルを分解する方法であって、
(a)ポリエステル含有材料を求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼ又は請求項18記載のホスト細胞又は請求項19記載の組成物と接触させることと、場合により、
(b)モノマー及び/又はオリゴマーを回収することとを含む、
方法。 - 該ポリエステルが、ポリエチレンテレフタラート(PET)、ポリトリメチレンテレフタラート(PTT)、ポリブチレンテレフタラート(PBT)、ポリエチレンイソソルビドテレフタラート(PEIT)、ポリ乳酸(PLA)、ポリヒドロキシアルカノアート(PHA)、ポリブチレンスクシナート(PBS)、ポリブチレンスクシナートアジパート(PBSA)、ポリブチレンアジパートテレフタラート(PBAT)、ポリエチレンフラノアート(PEF)、ポリカプロラクトン(PCL)、ポリ(エチレンアジパート)(PEA)、ポリエチレンナフタラート(PEN)及びこれらの材料のブレンド/混合物、好ましくは、ポリエチレンテレフタラートから選択される、請求項20又は21記載の方法。
- 請求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼ又は請求項18記載のホスト細胞又は請求項19記載の組成物を含有する、
ポリエステル含有材料。 - 請求項1〜15のいずれか一項記載のエステラーゼ又は請求項18記載のホスト細胞又は請求項19記載の組成物を含む、
洗剤組成物。
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