JP2021517701A - 蛍光画像位置合わせ方法、遺伝子シーケンサ及びシステム、記憶媒体 - Google Patents
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Abstract
Description
バイオチップの少なくとも1つの蛍光画像を取得するステップと、
前記蛍光画像の中間局所領域を選択するステップと、
第1方向と第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得するステップと、
テンプレートパラメータに基づいて、複数の第1テンプレート線を選択し、前記第1方向と前記第2方向における前記画素和特徴のそれぞれから、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値最小値をトラバース検索するステップと、
前記軌跡線位置の局所領域内において前記軌跡線に画素レベルの補正を行うステップと、
前記画素レベル軌跡交差点から前記バイオチップ上の他の軌跡交差点位置を取得して前記他の軌跡交差点に画素レベルの補正を行うステップと、
重心法に基づいて画素レベル軌跡線の位置を補正し、前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得するステップと、
ホモジニアスメッシュ法によりバイオチップの表面上に均等に分布するローカスのサブ画素レベルの位置を取得するステップと、を含み、
前記画素和の和値最小値に対応する位置は前記軌跡線位置であり、
前記画素レベル補正を行う軌跡線の交点は画素レベル軌跡交差点である。
第1方向と第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得するステップは、さらに、
複数の第二テンプレート線を選択するステップと、
前記第1方向と前記第2方向において、前記第2テンプレート線の前記蛍光画像中間局所領域を、それぞれ順次シフト動作させるステップと、
蛍光画像の中間局所領域における第2テンプレート線の位置に覆われた画素の階調値の重畳和を算出するステップと、を含み、前記の階調値の重畳和は前記第2テンプレート線の位置に覆われた画素の階調値の和である。
テンプレートパラメータに基づいて、複数の第一テンプレート線を選択するステップと、
前記第1方向と前記第2方向における画素和特徴を用いて、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値を算出するステップと、
前記画素和の和値の最小値を取得するステップと、を含む。
第1方向と第2方向における軌跡線位置の局所領域の画素和特徴を取得するステップと、
予め設定された距離で離れた複数の第3テンプレート線を選択して、前記軌跡線位置の局所領域の画素和特徴をトラバース検索するステップと、
前記予め設定された距離で離れた複数の第3テンプレート線に対応する画素和の和値の最小値を取得するステップと、
前記和値の最小値に対応する位置から前記軌跡線の画素レベル位置を取得するステップと、を含む。
前記和値の最小値に対応する位置から、W型線特徴における第1谷の画素レベル位置を取得するステップと、
前記第1谷の画素レベル位置に基づいて、前記軌跡線の画素レベル位置を取得するステップと、を含み、前記軌跡線位置の局所領域の画素和特徴には前記W型線特徴が含まれている。
画素レベル軌跡線の局所領域を選択するステップと、
前記画素レベル軌跡線の局所領域の重心位置を取得するステップと、
前記重心位置に基づいて前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得するステップと、を含む。
前記第1方向と前記第2方向において隣接する2つのサブ画素レベル軌跡の交差点からなるブロック領域であって、予め設定された規則に基づいて前記ローカスに配置されたブロック領域を取得するステップと、
ホモジニアスメッシュ法により前記ブロック領域上のローカスのサブ画素レベル位置を取得するステップと、を含む。
バイオチップの少なくとも1つの蛍光画像を取得する画像取得モジュールと、
前記蛍光画像の中間局所領域を選択する領域選択モジュールと、
第1方向と前記第1方向に垂直な第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得する画素和取得モジュールと、
テンプレートパラメータに基づいて、複数の第1テンプレート線を選択し、前記第1方向と前記第2方向における前記画素和特徴のそれぞれから、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値最小値をトラバース検索する和値最小値検索モジュールと、
前記軌跡線位置の局所領域内において前記軌跡線に画素レベルの補正を行う画素レベル補正モジュールと、
前記画素レベル軌跡交差点から前記バイオチップ上の他の軌跡交差点位置を取得して前記他の軌跡交差点に画素レベルの補正を行う他の軌跡交差点位置取得モジュールと、
重心法に基づいて画素レベル軌跡線の位置を補正し、前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得する重心法補正モジュールと、
ホモジニアスメッシュ法によりバイオチップの表面上に均等に分布するローカスのサブ画素レベルの位置を取得するサブ画素ローカス取得モジュールと、を含み、
前記画素和の和値最小値に対応する位置は前記軌跡線位置であり、
前記画素レベル補正を行う軌跡線の交点は画素レベル軌跡交差点である。
暗線線枠の局所範囲において、結像歪みを無視できる。
図10を参照すると、図10は、本発明の実施例に係る画素レベルの軌跡交差点を利用して他の軌跡交差点を導出する模式図である。図10に示すように、淡灰色丸点は、既取得の画素レベル軌跡交差点位置を示す。前記バイオチップ上において、前記第1群軌跡線と前記第2群軌跡線との並びは規則的であり、前記軌跡交差点の並びも規則的である。取得した画素レベルの軌跡交差点位置に基づいて、対応する規則によって、前記生体チップ上の他の軌跡交差点(濃灰色丸点が示す他の軌跡交差点である)の位置を取得する。このとき得られる他の軌跡交差点の位置は略位置であり、他の軌跡交差点を画素レベル修正して、他の軌跡交差点の画素レベル位置を得る必要がある。
10 メモリ
20 ディスプレイパネル
30 プロセッサ
11 画像取得モジュール
12 領域選択モジュール
13 画素和取得モジュール
14 和値最小値検索モジュール
15 画素レベル補正モジュール
16 他の軌跡交差点位置取得モジュール
17 重心法補正モジュール
18 サブ画素レベルローカス取得モジュール
Claims (10)
- 軌跡線間の画素距離がテンプレートパラメータであるバイオチップに適用される蛍光画像位置合わせ方法であって、
前記バイオチップの少なくとも1つの蛍光画像を取得するステップと、
前記蛍光画像の中間局所領域を選択するステップと、
第1方向と前記第1方向に垂直な第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得するステップと、
前記テンプレートパラメータに基づいて、複数の第1テンプレート線を選択し、前記第1方向と前記第2方向における前記画素和特徴のそれぞれから、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値最小値をトラバース検索するステップと、
軌跡線位置の局所領域内において前記軌跡線に画素レベルの補正を行うステップと、
画素レベル軌跡交差点から前記バイオチップ上の他の軌跡交差点位置を取得して前記他の軌跡交差点を画素レベル補正するステップと、
重心法に基づいて画素レベル軌跡線の位置を補正し、前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得するステップと、
ホモジニアスメッシュ法により前記バイオチップの表面上に均等に分布するローカスのサブ画素レベルの位置を取得するステップと、を含み、
前記和値最小値に対応する位置は前記軌跡線位置であり、
前記画素レベル補正を行う軌跡線の交点は前記画素レベル軌跡交差点であることを特徴とする蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記第1方向と前記第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得するステップと、
複数の第二テンプレート線を選択するステップと、
前記第1方向と前記第2方向のそれぞれにおいて、順次前記第2テンプレート線を前記蛍光画像中間局所領域で、シフト動作させるステップと、
前記蛍光画像中間局所領域における前記第2テンプレート線の位置に覆われた画素の階調値の重畳和を算出するステップと、を含み、前記の階調値の重畳和は前記第2テンプレート線の位置に覆われた画素の階調値の和であることを特徴とする請求項1に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記テンプレートパラメータに基づいて、複数の第1テンプレート線を選択し、前記第1方向と前記第2方向における前記画素和特徴のそれぞれから、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値最小値をトラバース検索するステップは、
前記テンプレートパラメータに基づいて、複数の前記第一テンプレート線を選択するステップと、
前記第1方向と前記第2方向における画素和特徴を用いて、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値を算出するステップと、
前記画素和の和値の最小値を取得するステップと、を含むことを特徴とする請求項2に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記軌跡線位置の局所領域内において前記軌跡線を画素レベル補正するステップは、
前記第1方向と前記第2方向における前記軌跡線位置の局所領域の画素和特徴を取得するステップと、
予め設定された距離で離れた複数の第3テンプレート線を選択して、前記軌跡線位置の局所領域の画素和特徴をトラバース検索するステップと、
前記予め設定された距離で離れた複数の第3テンプレート線に対応する画素和の和値最小値を取得するステップと、
前記和値最小値に対応する位置から前記軌跡線の画素レベル位置を取得するステップと、を含むことを特徴とする請求項3に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記和値最小値に対応する位置から前記軌跡線の画素レベル位置を取得するステップは、
前記和値最小値に対応する位置から、W型線特徴における谷の画素レベル位置を取得するステップと、
前記谷の画素レベル位置に基づいて、前記軌跡線の画素レベル位置を取得するステップとを含み、前記軌跡線位置の局所領域の画素和特徴には、前記W型線特徴が含まれていることを特徴とする請求項4に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記重心法に基づいて画素レベル軌跡線の位置を補正するステップは、
前記画素レベル軌跡線の局所領域を選択するステップと、
前記画素レベル軌跡線の局所領域の重心位置を取得するステップと、
前記重心位置に基づいて前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得するステップと、を含むことを特徴とする請求項5に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 前記ホモジニアスメッシュ法により前記バイオチップの表面上に均等に分布するローカスのサブ画素レベルの位置を取得するステップは、
前記第1方向と前記第2方向において隣接する2つのサブ画素レベル軌跡の交差点からなるブロック領域であって、予め設定された規則に基づいて前記ローカスに配置されたブロック領域を取得するステップと、
前記ホモジニアスメッシュ法により前記ブロック領域上のローカスのサブ画素レベル位置を取得するステップと、を含むことを特徴とする請求項6に記載された蛍光画像位置合わせ方法。 - 軌跡線間の画素距離がテンプレートパラメータであるバイオチップに適用される遺伝子配列決定システムであって、
前記バイオチップの少なくとも1つの蛍光画像を取得する画像取得モジュールと、
前記蛍光画像の中間局所領域を選択する領域選択モジュールと、
第1方向と前記第1方向に垂直な第2方向における前記蛍光画像の中間局所領域の画素和特徴を取得する画素和取得モジュールと、
前記テンプレートパラメータに基づいて、複数の第1テンプレート線を選択し、前記第1方向と前記第2方向における前記画素和特徴のそれぞれから、前記複数の第1テンプレート線に対応する画素和の和値最小値をトラバース検索する和値最小値検索モジュールと、
軌跡線位置の局所領域内において前記軌跡線を画素レベル補正する画素レベル補正モジュールと、
画素レベル軌跡交差点から前記バイオチップ上の他の軌跡交差点位置を取得して前記他の軌跡交差点を画素レベル補正する他の軌跡交差点位置取得モジュールと、
重心法に基づいて画素レベル軌跡線の位置を補正し、前記軌跡線のサブ画素レベル位置を取得する重心法補正モジュールと、
ホモジニアスメッシュ法により前記バイオチップの表面上に均等に分布するローカスのサブ画素レベルの位置を取得するサブ画素ローカス取得モジュールと、を含み、
前記画素和の和値最小値に対応する位置は前記軌跡線位置であり、
前記画素レベル補正を行う軌跡線の交点は画素レベル軌跡交差点であることを特徴とする遺伝子配列決定システム。 - プロセッサを含む遺伝子シーケンサであって、前記プロセッサはメモリに記憶されたコンピュータプログラムを実行することにより請求項1〜7のいずれかに記載された蛍光画像位置合わせ方法のステップを実現することを特徴とする遺伝子シーケンサ。
- 不揮発性のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、プロセッサによって実行されることにより、請求項1〜7のいずれかに記載された蛍光画像位置合わせ方法のステップを実現することを特徴とする記憶媒体。
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