JP2021509584A - 芳香族化合物による核酸重合の強化 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願に関連する配列表が、紙での複写物の代わりにテキスト形式で提供され、これにより引用により本明細書に組み込まれる。該配列表が入ったテキストファイルの名称は、870225_423WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。該テキストファイルは、14.9KBであり、2018年12月19日に作成されたものであり、EFS-Webを通じて電子的に提出されている。
本発明は、概して、新規化学物質に関し、より具体的には、無機成分を任意に有する新規有機分子(その組成物を含む)、並びにその生産のため、及び、特に、酵素の性能に影響を及ぼすことにおけるその利用のための方法に関する。
生体分子の測定は、現代の医学の基盤であり、医学研究において、より具体的には、診断及び治療において、並びに創薬において広く用いられる。核酸は、生物が機能し生殖するのに必要な情報をコードしており、本質的に、生命の設計図である。そのような設計図を決定することは、純粋な研究においても、応用科学においても有用である。医学においては、シーケンシングは、がん、心疾患、自己免疫障害、多発性硬化症、及び肥満症を含む種々の病態の診断のため、及びそれらの治療を開発するのに使用し得る。産業においては、シーケンシングを、改善された酵素プロセス又は人工生物を設計するのに使用することができる。生物学においては、このツールを、例えば、生態系の健全性を研究するのに使用することができ、従って、広い範囲で有用である。同様に、タンパク質及び他の生体分子の測定は、疾患及び病原体の伝播のマーカー及び理解を提供している。
手短にいうと、本開示は、核酸ポリメラーゼ活性を強化する化合物、組成物、及びそれらの使用を提供する。ある実施態様において、ポリメラーゼ活性が、該ポリメラーゼに対する1つ以上の課題を持ち込む条件、例えば、ポリメラーゼの進行性を損なう非天然のヌクレオチド類似体基質又はテンプレートモチーフを含む条件下での重合反応において強化される。そのような強化は、本明細書において、任意に、ポリメラーゼ強化分子又はPEMと称されることもある、1つ以上の本開示の化合物を、重合反応に追加することによって達成される。
1) 式(I)の化合物:
2) nが、0であり、かつmが、2であり、以下の式:
3) Ar1が、単環式炭素環式アリールである、実施態様1又は2記載の化合物。
4) mが、2であり、かつAr1が、以下:
5) Ar1が、単環式ヘテロ環式アリールである、実施態様1又は2記載の化合物。
6) mが、2であり、かつAr1が、以下:
7) Ar1が、二環式アリールである、実施態様1又は2記載の化合物。
8) mが、2であり、かつAr1が、以下:
9) Ar1が、以下:
10) Ar1が、三環式アリールである、実施態様1又は2記載の化合物。
11)Ar1が、以下:
12) Ar1が、以下:
13) Ar1が、以下:
14) Ar1が、非置換アリールである、実施態様1〜13のいずれか1つ記載の化合物。
15) Ar1が、置換アリールである、実施態様1〜13のいずれか1つ記載の化合物。
16) Ar1上の少なくとも1個の置換基が、ハロゲン、ヒドロキシル、メルカプタン、ニトロ、及びニトリルからなる群から選択される、実施態様15記載の化合物。
17) Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-SOR1、-S(O)2R1、-S(O)2NR2R3、-OR1、-OC(O)R3、-C(O)OR3、-C(O)R1、-C(O)NR2R3、-NR2R3、-N(R3)C(O)R1、及び-NS(O)2R3からなる群から選択され;かつR1の各出現が、独立に、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、及び置換又は非置換のヘテロアリールからなる群から選択され;かつR2及びR3の各出現が、独立に-H、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、及び置換又は非置換のヘテロアリールからなる群から選択される、実施態様15記載の化合物。
18) Ar1上の少なくとも1個の置換基が、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のアルケニル、置換又は非置換のアルキニル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、置換又は非置換のヘテロアリール、置換又は非置換のアリールアルキル、置換又は非置換のヘテロアリールアルキル、置換又は非置換のハロアルキル、及び置換又は非置換のハロアルコキシからなる群から選択される、実施態様15記載の化合物。
19) Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-R4-H(式中、R4は、1個以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンであり、該ヘテロ原子は、O、S、NH、又はそれらの組み合わせである)からなる群から選択される、実施態様15記載の化合物。
20) Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-O-(C1-6アルキル)、C1-6アルキル、C1-6ハロアルキル、-CO2-C1-6アルキル、-CONH-C1-6アルキル、-CONH2、CN、及び-NO2からなる群から選択される、実施態様15記載の化合物。
21) Ar2が、チオフェン、1,2-チアゾール、1,3-チアゾール、フラン、1,2-オキサゾール、1,3-オキサゾール、1H-ピロール、1H-ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、1,2,4-トリアゾール、1,2,3-トリアゾール、及び1H-イミダゾールからなる群から選択される5員の単環式芳香環である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
22) Ar2が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン、及びピラジンからなる群から選択される6員の単環式芳香環である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
23) Ar2が、ベンゾフラン、1,3-ベンゾオキサゾール、フロ[3,2-b]ピリジン、フロ[3,2-c]ピリジン、フロ[2,3-c]ピリジン、フロ[2,3-b]ピリジン、インドール、1H-ベンゾイミダゾール、1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン、1H-ピロロ[3,2-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン、ベンゾチオフェン、1,3-ベンゾチアゾール、チエノール[3,2-b]ピリジン、チエノ[3,2-c]ピリジン、チエノ[2,3-c]ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール、及びチエノ[2,3-b]ピリジンからなる群から選択される9員の縮合二環式芳香環系である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
24) Ar2が、ナフタレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、1,5-ナフチリジン、1,6-ナフチリジン、1,7-ナフチリジン、1,8-ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、2,6-ナフチリジン、及び2,7-ナフチリジンからなる群から選択される10員の縮合二環式芳香環系である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
25) Ar2が、以下:
から選択されるピリジニル環である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
26) Ar2が、以下:
の式のフェニル環である、実施態様1〜20のいずれか1つ記載の化合物。
27) Ar2が、以下:
28) 前記Ar2上の置換が、アミノを含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
29) 前記Ar2上の置換が、メトキシを含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
30) 前記Ar2上の置換が、カルボン酸を含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
31) 前記Ar2上の置換が、-CH2-CO2-CH3を含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
32) Ar2上の置換が、トリフルオロメチルを含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
33) Ar2上の置換が、ヒドロキシルを含む、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
34) Ar2上の置換が、1個のカルボン酸及び1個のヒドロキシルである、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
35) Ar2上の置換が、1個のカルボン酸及び1個のトリフルオロメチルである、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
36) ヒドロキシル、カルボン酸、及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも2つを含むAr2上の置換を有する、実施態様1〜24のいずれか1つ記載の化合物。
37) 以下の式:
38) 以下の式:
39) 以下の式:
40) 以下の式:
41) 以下の式:
42) キレートの形態である、実施態様1〜41のいずれか1つ記載の化合物。
43) 前記キレートが、銅キレートである、実施態様42記載の化合物。
44) 少なくとも4.9のlogPを有する、実施態様1〜41のいずれか1つ記載の化合物。
45) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物、及び分子クラウディング剤を含む組成物。
46) 前記分子クラウディング剤が、ポリアルキレングリコールである、実施態様45記載の組成物。
47)実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物、及び水性バッファーを含む組成物。
48) 前記水性バッファーが、水及びTris HClを含む、実施態様47記載の組成物。
49) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物、及びポリヌクレオチドを含む組成物。
50) 前記ポリヌクレオチドが、一本鎖ポリヌクレオチドである、実施態様49記載の組成物。
51) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物、及びタンパク質を含む組成物。
52) 前記タンパク質が、DNAポリメラーゼである、実施態様51記載の組成物。
53) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物、及びヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物。
54) 核酸ポリメラーゼ反応を強化する方法であって:
a. 以下:
i. テンプレート核酸,
ii 核酸ポリメラーゼ、
iii. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、及び
iv. 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物
を含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成させること;及び
b. 該核酸ポリメラーゼ反応組成物を、核酸重合反応を可能とする条件下でインキュベートすること
を含み、
該実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物が、該核酸ポリメラーゼ反応の進行性、速度、又は忠実度を増加させる、前記方法。
55) 前記実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物が、結果として得られる核酸生成物の長さを、該実施態様1〜44のいずれか1つ記載の化合物を欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して増加させる、実施態様54記載の方法。
56) 前記実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物が、実施態様1〜44のいずれか1つ記載の複数の化合物を含む、実施態様54記載の方法。
57) 前記核酸ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼである、実施態様54記載の方法。
58)前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、実施態様57記載の方法。
59) 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該ポリマー性のテザー部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様54記載の方法。
60) 前記核酸重合反応が、ヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生じさせ、該拡張可能なポリマーが、前記テンプレート核酸の核酸塩基配列情報をコードする、実施態様54記載の方法。
61) 前記核酸重合反応を可能とする条件が、好適な重合バッファー及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む、実施態様54記載の方法。
62) 前記好適なバッファーが、以下の群:Tris OAc、NH4OAc、PEG、水混和性有機溶媒、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2から選択される成分を含む、実施態様54記載の方法。
63) 前記反応混合物が、一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施態様54記載の方法。
64) 前記反応混合物が、尿素をさらに含む、実施態様54記載の方法。
65) 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施態様54記載の方法。
66) 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施態様65記載の方法。
67) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む、DNAポリメラーゼ反応の進行性、忠実度、又は速度を強化するための組成物。
68) 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物であって、
該実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物が、テンプレート依存性重合反応の間に娘鎖に取り込まれるヌクレオチド類似体の数及び正確度を、該実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物がない場合の同一の重合反応と比較して増加させる、前記組成物。
69) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様68記載の組成物。
70) Tris OAc、NH4OAc、PEG、水混和性有機溶媒、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2から選択される1種以上の成分を含むバッファーをさらに含む、実施態様68又は69記載の組成物。
71) 一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施態様68又は69記載の組成物。
72) 尿素をさらに含む、実施態様68又は69記載の組成物。
73) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施態様68又は69記載の組成物。
74) 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施態様73記載の組成物。
75) 実施態様67〜74のいずれか1つ記載の少なくとも1種の組成物を含む、核酸テンプレートをシーケンシングするためのキット。
76) DNAテンプレートをシーケンシングする方法であって、以下の工程:
a. 以下:
i. DNAテンプレート、
ii. 該テンプレートと複合体を形成する複製プライマー、
iii. DNAポリメラーゼ、
iv. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、
v. 実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物
を含むDNAポリメラーゼ反応組成物を形成させる工程;
b. DNA重合反応を可能とする条件下で該DNAポリメラーゼ反応組成物をインキュベートする工程であって、該実施態様1〜44のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物が、該DNAポリメラーゼ反応の速度、忠実度、又は進行性を増加させる、前記工程;及び
c. 結果として得られるヌクレオチド又はヌクレオチド類似体のポリマー内の該ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定する工程
を含む、前記方法。
77) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様76記載の方法。
78) 前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、実施態様76又は77記載の方法。
79) 前記結果として得られるヌクレオチド類似体のポリマーが、拡張可能なポリマーである、実施態様76又は77記載の方法。
80) 前記拡張可能なポリマーを、ホスホロアミデート切断剤と接触させて、拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを生成させる工程をさらに含む、実施態様79記載の方法。
81)前記ヌクレオチド類似体のそれぞれの前記ポリマー性のテザー部位が、該類似体の核酸塩基に対して一意的なレポーター部位を含む、実施態様76又は77記載の方法。
82) 前記レポーター部位が、特有の電子信号を生じさせる、実施態様77記載の方法。
83) 前記ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程が、ナノ細孔を通して前記拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを移動させる工程を含む、実施態様77記載の方法。
本開示の例示的な特徴、その性質、及びさまざまな利点が、添付の図面及び以下のさまざまな実施態様の詳細な説明から明らかとなるであろう。非限定的かつ非網羅的な実施態様が、添付の図面を参照して説明される。図面では、同様な標識又は参照番号は、特に明記されない限り、さまざまな図の全体にわたって同様な部分を指す。図面において要素の大きさ及び相対的な位置は、必ずしも縮尺に合わせて描かれたものではない。例えば、さまざまな要素の形状は、図面の見やすさを改善するよう選択、拡大、及び配置される。描かれている要素の特定の形状は、図面での認識の容易さのために選択されている。
本発明は、以下の本発明の好ましい実施態様の詳細な説明及び本明細書に含まれる実施例を参照することによって容易に理解され得る。別段の説明がされている場合を除き、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本件開示が属する分野の当業者により通常理解されるものと同じ意味を有する。
mは、1、2、又は3であり;
nは、0、1、又は2であり;
pは、0、1、又は2であり;
Ar1は、任意に置換されたアリールであり;
Ar2は、5員及び6員の単環式芳香環、並びに一緒に縮合した2個の5員及び/又は6員の単環式環を含む9及び10員の縮合二環式環から選択され、ここで、該2つの単環式環の少なくとも一方は、芳香環であり、ここで、
Ar2は、ハライド、C1-C6アルキル、C1-C6ハロアルキル、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2、及びE-OR0から選択される1個以上の置換基で任意に置換され、ここで
Eは、直接の結合及びC1-C6アルキレンから選択され;かつ
R0は、H、C1-C6アルキル、及びC1-C6ハロアルキルから選択され、
Mは、水素、ハロゲン、及びC1-C4アルキルから選択され;かつ
Lは、連結基である;)及び
その溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート、又は塩である。
から選択される、単環式ヘテロ芳香族構造である。別の例示的な実施態様において、Ar1は、
から選択される単環式炭素環式構造である。別の例示的な実施態様において、Ar1は、
から選択される二環式炭素環式構造である。別の実施態様において、Ar1は、2個の6員環及び1個の5員環を有し、かつ1個の窒素環原子を有し、かつ
から選択される、多環式ヘテロ環式構造である。さらに別の例示的な実施態様において、Ar1は、3個の6員環及び2個の窒素環原子を有し、かつ
から選択される、多環式ヘテロ環式構造である。
(表1)
(表2)
(表3)
(表4)
(表5)
(表6)
から選択される、単環式ヘテロ芳香族構造である。別の例示的な実施態様において、式(II)の化合物におけるAr3は、以下:
から選択される単環式炭素環式構造である。別の例示的な実施態様において、式(II)の化合物におけるAr3は、以下:
から選択される二環式炭素環式構造である。別の実施態様において、式(II)の化合物におけるAr3は、2個の6員環及び1個の5員環、並びに1個の窒素環原子を有し、かつ以下:
から選択される多環式ヘテロ環式構造である。さらに別の例示的な実施態様において、式(II)の化合物におけるAr3は、3個の6員環及び2個の窒素環原子を有し、かつ以下:
から選択される多環式ヘテロ環式構造である。
式(II)の化合物(そのキレート及び塩を含む):
Ar3は、2個のトリアゾール環で置換された芳香族構造であり;かつ
Ar4は、フェニル及びピリジニルから選択される単環式芳香環であって、ここで、Ar4は、E-X、E-CO2R、E-CONH2、E-CHO、E-NR2、及びE-ORから選択される1個以上の置換基(G)で置換され得、
a. Eは、直接の結合、メチレン、エチレン、プロピレン、及びブチレンから選択され;
b. Xは、フルオリド、クロリド、ブロミド、及びヨージドから選択されるハライドであり;かつ
c. Rは、独立に、H及びC1-C6アルキルから選択される)。
1) Ar3が、以下:
から選択される単環式ヘテロ芳香族構造である、実施態様1記載の式(II)の化合物。
2) Ar3が、以下:
から選択される単環式炭素環式構造である、実施態様1記載の式(II)の化合物。
3) Ar3が、以下:
から選択される二環式炭素環式構造である、実施態様1記載の式(II)の化合物。
4) Ar3が、以下:
から選択される多環式ヘテロ環式構造である、実施態様1記載の式(II)の化合物。
5) Ar3が、以下:
から選択される多環式ヘテロ環式構造である、実施態様1記載の式(II)の化合物。
6) Ar4が、以下:
から選択されるピリジニル環である、実施態様1〜6のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
7) Ar4が、以下の式:
のフェニル環である、実施態様1〜6のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
8) Ar4が、以下:
9) 前記Ar4上の置換が、1個のカルボン酸基及び1個のヒドロキシル基である、実施態様1〜9のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
10)前記Ar4上の置換が、1個のアミノ基である、実施態様1〜9のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
11) 前記Ar4上の置換が、1個のメトキシ基である、実施態様1〜9のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
12) 前記Ar4上の置換が、1個のカルボン酸基である、実施態様1〜9のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
13) 前記Ar4上の置換が、1個の-CH2-CO2-CH3基である、実施態様1〜9のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
14) キレートの形態の、実施態様1〜14のいずれか1つ記載の式(II)の化合物。
15) 前記キレートが、銅キレートである、実施態様15記載の式(II)の化合物。
16) 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物、及びTris HClなどの水性バッファーを含む組成物。
17) 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物、及び20〜60merのオリゴヌクレオチドなどのポリヌクレオチドを含む組成物。
18) 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物、及びDNAポリメラーゼなどのタンパク質を含む組成物。
19) 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物、及びヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物。
20) 核酸ポリメラーゼ反応を強化する方法であって:
a. 以下:
i. テンプレート核酸,
ii. 核酸ポリメラーゼ、
iii. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、及び
iv. 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物
を含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成させること;及び
b. 該核酸ポリメラーゼ反応組成物を、核酸重合反応を可能とする条件下でインキュベートすることであって、該実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物が、該核酸ポリメラーゼ反応の進行性、速度、又は忠実度を増加させる、前記インキュベートすること
を含む前記方法。
21) 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物が、結果として得られる核酸生成物の長さを、該実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物を欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して増加させる、実施態様21記載の方法。
22) 前記実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物が、実施態様1〜16のいずれか1つ記載の複数の式(II)の化合物を含む、実施態様21記載の方法。
23) 前記核酸ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼである、実施態様21記載の方法。
24) 前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、実施態様24記載の方法。
25) 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該ポリマー性のテザー部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様21記載の方法。
26) 前記核酸重合反応が、ヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生じさせ、該拡張可能なポリマーが、前記テンプレート核酸の核酸塩基配列情報をコードする、実施態様21記載の方法。
27) 前記核酸重合反応を可能とする条件が、好適な重合バッファー及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む、実施態様21記載の方法。
28) 前記好適なバッファーが、Tris OAc、NH4OAc、PEG、DMF、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2を含む、実施態様21記載の方法。
29) 前記反応混合物が、一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施態様21記載の方法。
30) 前記反応混合物が、尿素をさらに含む、実施態様21記載の方法。
31) 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施態様21記載の方法。
32) 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施態様32記載の方法。
33) DNAポリメラーゼ反応の進行性、忠実度、又は速度を強化するのに適した組成物であって、実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む、前記組成物。
34) 少なくとも実施態様1〜16のいずれか1つ記載の式(II)の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物であって、任意に、該実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物が、テンプレート依存性重合反応の間に娘鎖に取り込まれるヌクレオチド類似体の数及び正確度を、該実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物が存在しない同一の重合反応と比較して増加させる、前記組成物。
35) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様35記載の組成物。
36) Tris OAc、NH4OAc、PEG、DMF、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2を含むバッファーをさらに含む、実施態様35記載の組成物。
37) 一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施態様35記載の組成物。
38) 尿素をさらに含む、実施態様35記載の組成物。
39) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施態様35記載の組成物。
40) 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施態様40記載の組成物。
41) DNAテンプレートをシーケンシングする方法であって、以下の工程:
a. 以下:
i. DNAテンプレート、
ii. 該テンプレートと複合体を形成する複製プライマー、
iii. DNAポリメラーゼ、
iv. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、
v. 実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物
を含むDNAポリメラーゼ反応組成物を形成させる工程;
b. DNA重合反応を可能とする条件下で該DNAポリメラーゼ反応組成物をインキュベートする工程であって、該実施態様1〜16のいずれか1つ記載の少なくとも1種の式(II)の化合物が、該DNAポリメラーゼ反応の速度、忠実度、又は進行性を増加させる、前記工程;及び
c. 結果として得られるヌクレオチド又はヌクレオチド類似体のポリマー内の該ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定する工程
を含む前記方法。
42) 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、
該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、
該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、実施態様42記載の方法。
43) 前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、実施態様42記載の方法。
44) 前記結果として得られるヌクレオチド類似体のポリマーが、拡張可能なポリマーである、実施態様42記載の方法。
45) 前記拡張可能なポリマーを、ホスホロアミデート切断剤と接触させて、拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを生成させる工程をさらに含む、実施態様42記載の方法。
46) 前記ヌクレオチド類似体のそれぞれの前記ポリマー性のテザー部位が、該類似体の核酸塩基に対して一意的なレポーター部位を含む、実施態様42記載の方法。
47) 前記レポーター部位が、特有の電子信号を生じさせる、実施態様42記載の方法。
48) 前記ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程が、ナノ細孔を通して前記拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを移動させる工程を含む、実施態様42記載の方法。
表7に示される化合物を、本明細書で開示される一般実施例により調製した。
4-アジドサリチル酸及び2,6-ジブロモ-4-ピリジンカルボン酸は、Toronto Research Chemicals社(Toronto, ON, カナダ)から入手した。7-アミノ-2-ヒドロキシ-1,8-ナフチリジン-4-カルボン酸は、Enamine LLC (Monmouth, NJ)から入手した。トリス[(1-ベンジル-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)メチル]アミン(TBTA)、O-(7-アザベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N',N'-テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート(HATU)、1,3-ジエチニルベンゼン、2,6-ジエチニルピリジン、3,5-ジエチニルピリジン、3,6-ジエチニルカルバゾール、4-アジド安息香酸は、TCI America (Portland, OR, 米国)から入手した。4-メトキシ-2,6-ジブロモピリジン、4-ニトロ-2,6-ジブロモピリジン、及び2,6-ジブロモ-4-ピリジンカルボン酸は、Chem-Impex International社(Wood Dale, IL)から入手した。4-シアノ-2,6-ジブロモピリジンは、Ark Pharm社(Arlington Heights, IL)から入手した。テトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(0)、エチニルトリメチルシラン、DMSO、アスコルビン酸ナトリウム、硫酸銅、メチル 2,6-ジクロロピリジン-4-カルボキシレート、エチル 2,6-ジブロモピリジン-4-カルボキシレート、4-メチル-2,6-ジクロロピリジン、2-クロロ-4-シアノピリジン、4-アミノ-2-(トリフルオロメチル)安息香酸、2-ブロモ-4-シアノピリジン、メチルアジド アセテート、4-アジドアニリン塩酸塩、4-メトキシフェニル アジド、及びEDTAは、Sigma-Aldrich社(St. Louis, MO, 米国)から入手した。TLC及びフラッシュクロマトグラフィー溶媒は、Sigma-Aldrich又はThermo Fisher Scientific社(Waltham, MA, 米国)から入手した。
(表7)
本発明者らにより開発された拡張によるシーケンシング(SBX)方法体系は、ネイティブDNAと比較して、エクスパンドマーの配列リード効率及び正確度の著しい性能強化を提供する。しかしながら、はじめの天然DNAテンプレートの配列の測定可能なエクスパンドマー上への転写は、DNAポリメラーゼが基質としてXNTPを利用する能力に頼っている(XNTPの一般化された構造は、図1A及び図2を参照して本明細書で解説される)。本発明者らは、大部分のDNAポリメラーゼが、XNTPを効率的に重合させないことを見出だした。エクスパンドマーへのXNTP重合の効率及び正確度を改善しようとして、いくつかのPEMを、基質としてXNTPを用いるDNAポリメラーゼプライマー伸長反応を強化する能力に関してスクリーニングした。
XNTP重合のPEM依存性強化の正確度を調査するために、プライマー伸長生成物を、SBXプロトコルを用いてシーケンシングした。簡単に述べると、XNTP重合の拘束エクスパンドマー生成物を切断して、直線化されたエクスパンドマーを生成させる。これは、はじめに、伸長反応を100mM EDTA、2mM THPTA、及び2% Tween-20を含有する溶液でクエンチすることによって達成される。その後、試料を、DMF中の1M NaHCO3及び1M無水コハク酸の溶液でアミン修飾する。ホスホロアミデート結合の切断を、37% HClを用いて行い、直線化されたエクスパンドマーを、QIAquickカラム(QIAGEN社)で精製する。
長さが最高80個のヌクレオチドのテンプレートをエクスパンドマーへと正確に複製するのに成功した後に、XNTP重合反応を、長さが88、127、227、及び277個のヌクレオチドからなる4つのより長いテンプレートを用いて行った。C4552(配列番号:1)と呼ばれるDPO4 DNAポリメラーゼのバリアントを、これらの重合反応で用い、反応条件は、PEM化合物1の存在下でのC4552活性に最適化した。他の好適なDPO4ポリメラーゼバリアントとしては、配列番号:2〜5のものが挙げられるが、これらに限定されない。1mMの化合物1に加えて、反応添加剤には、1mMの尿素及び2.75μgの一本鎖結合タンパク質(Eco SSB)が含まれていた。伸長反応は、最終体積が10μLの0.85pmolのテンプレート、0.5pmolのオリゴヌクレオチドプライマー、及び1nmolの各XNTPを用いて行われた。反応は、5% NMS、3又は4nmolの量のポリホスフェートPP-60.20、及び2mMのMnCl2を追加した、50mMのTrisCl、pH 8.84、200mMのNH4OAc、及び20%のPEG8Kから構成されたバッファー中で実施された。1.2μgの精製組換えDNAポリメラーゼタンパク質を、各伸長反応で用い、反応を、23℃で1〜2時間実施した。より長いテンプレートを用いる代表的な伸長反応の結果を、図8に示す。特に、化合物1の存在下で、ポリメラーゼは、XNTPを重合させて、長さが88(レーン1及び6)〜277(レーン5及び10)個のヌクレオチドの範囲の長いテンプレートのそれぞれの完全なエクスパンドマーのコピーを生じさせることができた。レーン1〜5及び6〜10は、PP-60.20添加剤の量を除いて同一の伸長反応を表し、PP-60.20添加剤の量は、レーン1〜5では3nmol、レーン6〜10では4nmolであった。これらの結果は、DNAポリメラーゼによる非天然の高度に置換されたヌクレオチド類似体の重合を必要とする反応において化合物1によって付与される驚くべき利点を強調し、かつ本化合物及び他のPEMが、SBXシーケンシングプロトコルの可能性を大きく広げ得ることを示唆する。
PEM化合物1で観察された有利な性質に基づいて、PEM化合物の次世代を、これに限定されないが、分子の水溶性などのある種の性質を改善する目的で設計した。代表的な次世代PEM構造は、実施例9〜34及び表7に記載される。
Claims (103)
- 核酸ポリメラーゼ反応を強化する方法であって:
a. 以下:
i. テンプレート核酸、
ii. 核酸ポリメラーゼ、
iii. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、及び
iv. 少なくとも1種の式(I)の化合物
を含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成させること;及び
b. 該核酸ポリメラーゼ反応組成物を、核酸重合反応を可能とする条件下でインキュベートすることであって、該少なくとも1種の式(I)の化合物が、該核酸ポリメラーゼ反応の進行性、速度、又は忠実度を増加させる、前記インキュベートすること
を含み;
該式(I)の化合物が:
mは、1、2、又は3であり;
nは、0、1、又は2であり;
pは、0、1、又は2であり;
Ar1は、任意に置換されたアリールであり;
Ar2は、5員及び6員の単環式芳香環、並びに一緒に縮合した2個の5員及び/又は6員の単環式環を含む9及び10員の縮合二環式環から選択され、ここで、該2つの単環式環の少なくとも一方は、芳香環であり、ここで、
Ar2は、ハライド、C1-C6アルキル、C1-C6ハロアルキル、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2、及びE-OR0から選択される1個以上の置換基で任意に置換され、ここで、
Eは、直接の結合及びC1-C6アルキレンから選択され;かつ
R0は、H、C1-C6アルキル、及びC1-C6ハロアルキルから選択され、
Mは、水素、ハロゲン、及びC1-C4アルキルから選択され;かつ
Lは、連結基である;)
によって表されるか、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート、もしくは塩である、前記方法。 - Ar1が、単環式炭素環式アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar1が、単環式ヘテロ環式アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar1が、二環式アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar1が、三環式アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar1が、非置換アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar1が、置換アリールである、請求項1記載の方法。
- Ar2が、チオフェン、1,2-チアゾール、1,3-チアゾール、フラン、1,2-オキサゾール、1,3-オキサゾール、1H-ピロール、1H-ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、1,2,4-トリアゾール、1,2,3-トリアゾール、及び1H-イミダゾールからなる群から選択される5員の単環式芳香環である、請求項1記載の方法。
- Ar2が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン、及びピラジンからなる群から選択される6員の単環式芳香環である、請求項1記載の方法。
- Ar2が、ベンゾフラン、1,3-ベンゾオキサゾール、フロ[3,2-b]ピリジン、フロ[3,2-c]ピリジン、フロ[2,3-c]ピリジン、フロ[2,3-b]ピリジン、インドール、1H-ベンゾイミダゾール、1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン、1H-ピロロ[3,2-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン、ベンゾチオフェン、1,3-ベンゾチアゾール、チエノール[3,2-b]ピリジン、チエノ[3,2-c]ピリジン、チエノ[2,3-c]ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール、及びチエノ[2,3-b]ピリジンからなる群から選択される9員の縮合二環式芳香環系である、請求項1記載の方法。
- Ar2が、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、1,5-ナフチリジン、1,6-ナフチリジン、1,7-ナフチリジン、1,8-ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、2,6-ナフチリジン、及び2,7-ナフチリジンからなる群から選択される10員の縮合二環式芳香環系である、請求項1記載の方法。
- 前記Ar2上の置換が、カルボン酸を含む、請求項1記載の方法。
- Ar2上の置換が、トリフルオルメチル(trifluormethyl)を含む、請求項1記載の方法。
- Ar2上の置換が、ヒドロキシルを含む、請求項1記載の方法。
- Ar2上の置換が、ヒドロキシル、カルボン酸、及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも2つを含む、請求項1記載の方法。
- 前記式(I)の化合物が、キレートの形態にある、請求項1記載の方法。
- 前記キレートが、銅キレートである、請求項17記載の方法。
- 前記式(I)の化合物が、少なくとも4.9のlogPを有する、請求項1記載の方法。
- 前記式(I)の化合物が、以下:
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピリジン-3,5-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
3,6-ビス(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-9H-カルバゾール;
4,4'-((4-メトキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-カルボキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-ニトロピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
5,5'-((4-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-メチルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
5,5'-((4-(エトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(メトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(メチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-カルバモイルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピラジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,4-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
2,6-ビス(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)ピリジン;
4-(4-(3-(1-(4-カルボキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ安息香酸;
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4'-((3,5-ジメチルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4l3-ピリジン-2,6-ジイル)ビス(5-ヨード-1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-アセトアミドピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9-アセチル-9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(N,2-ジヒドロキシベンズアミド);
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシベンズアミド);
4,4'-((4-カルボキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((1,10-フェナントロリン-2,9-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(トリフルオロメチル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((3-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((3-ニトロピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
3,3'-((4-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(tert-ブトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4-(4-(4-シアノピリジン-2-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ安息香酸;
5-(4-(6-(4-(3-カルボキシ-4-ヒドロキシ-5-メチルフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-4-(メトキシカルボニル)ピリジン-2-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ-3-安息香酸;
4,4'-((4-(ジメチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロプロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ブタ-3-イン-1-イルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジエチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(tert-ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(モルホリン-4-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(プロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(フェニルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-((2-アセトアミドエチル)カルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(4-シクロプロピルピペラジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(カルバムイミドイルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ピペリジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((1,10-フェナントロリン-3,8-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロペンチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジプロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジ-sec-ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ナフタレン-2,7-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ナフタレン-2,3-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-((2-ヒドロキシエチル)カルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロヘキシルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ベンジルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(4-メチルピペラジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4',4'',4'''-((((ブタン-1,4-ジイルビス(アザンジイル))ビス(カルボニル))ビス(ピリジン-4,2,6-トリイル))テトラキス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))テトラキス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(3,5,6-トリクロロピコリン酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-(トリフルオロメチル)安息香酸);
7,7'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ-1,8-ナフチリジン-4-カルボン酸);
5,5'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-(トリフルオロメチル)安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-フルオロ安息香酸);
5,5'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(3-フルオロ安息香酸);及び
2-(1-(1H-ベンゾ[d]イミダゾール-4-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-6-(1-(1H-ベンゾ[d]イミダゾール-7-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-N-エチルイソニコチンアミド
から選択される、請求項1記載の方法。 - 前記式(I)の化合物が、結果として得られる核酸生成物の長さを、該式(I)の化合物を欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して増加させる、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 該少なくとも1種の式(I)の化合物が、複数の式(I)の化合物を含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記核酸ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼである、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、請求項23記載の方法。
- 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、
該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、
該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該ポリマー性のテザー部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。 - 前記核酸重合反応が、ヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生じさせ、該拡張可能なポリマーが、前記テンプレート核酸の核酸塩基配列情報をコードする、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記核酸重合反応を可能とする条件が、好適な重合バッファー及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記好適なバッファーが、Tris OAc、NH4OAc、PEG、水混和性有機溶媒、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2のうちの少なくとも1種を含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記反応混合物が、一本鎖結合タンパク質をさらに含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記反応混合物が、尿素をさらに含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、請求項1〜20のいずれか1項記載の方法。
- 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、請求項31記載の方法。
- DNAテンプレートをシーケンシングする方法であって、以下の工程:
a. 以下:
i. DNAテンプレート、
ii. 該テンプレートと複合体を形成する複製プライマー、
iii. DNAポリメラーゼ、
iv. ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、
v. 少なくとも1種の式(I)の化合物
を含むDNAポリメラーゼ反応組成物を形成させる工程;
b. DNA重合反応を可能とする条件下で該DNAポリメラーゼ反応組成物をインキュベートする工程であって、該少なくとも1種の式(I)の化合物が、該DNAポリメラーゼ反応の速度、忠実度、又は進行性を増加させる、前記工程;及び
c. 結果として得られるヌクレオチド又はヌクレオチド類似体のポリマー内の該ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定する工程;
を含み、
該式(I)の化合物が:
mは、1、2、又は3であり;
nは、0、1、又は2であり;
pは、0、1、又は2であり;
Ar1は、任意に置換されたアリールであり;
Ar2は、5員及び6員の単環式芳香環、並びに一緒に縮合した2個の5員及び/又は6員の単環式環を含む9及び10員の縮合二環式環から選択され、ここで、該2つの単環式環の少なくとも一方は、芳香環であり、ここで、
Ar2は、ハライド、C1-C6アルキル、C1-C6ハロアルキル、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2、及びE-OR0から選択される1個以上の置換基で任意に置換され、ここで、
Eは、直接の結合及びC1-C6アルキレンから選択され;かつ
R0は、H、C1-C6アルキル、及びC1-C6ハロアルキルから選択され、
Mは、水素、ハロゲン、及びC1-C4アルキルから選択され;かつ
Lは、連結基である;)
であるか、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート、もしくは塩である、前記方法。 - 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、
該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、
該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、請求項33記載の方法。 - 前記DNAポリメラーゼが、DPO4又はそのバリアントである、請求項34記載の方法。
- 前記結果として得られるヌクレオチド類似体のポリマーが、拡張可能なポリマーである請求項35記載の方法。
- 前記拡張可能なポリマーを、ホスホロアミデート切断剤と接触させて、拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを生成させる工程をさらに含む、請求項36記載の方法。
- 前記ヌクレオチド類似体のそれぞれの前記ポリマー性のテザー部位が、該類似体の核酸塩基に対して一意的なレポーター部位を含む、請求項34記載の方法。
- 前記レポーター部位が、特有の電子信号を生じさせる、請求項34記載の方法。
- 前記ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程が、ナノ細孔を通して前記拡張されたヌクレオチド類似体のポリマーを移動させる工程を含む、請求項34記載の方法。
- 式(I)の化合物:
mは、1、2、又は3であり;
nは、0、1、又は2であり;
pは、0、1、又は2であり;
Ar1は、任意に置換されたアリールであり;
Ar2は、5員及び6員の単環式芳香環、並びに一緒に縮合した2個の5員及び/又は6員の単環式環を含む9及び10員の縮合二環式環から選択され、ここで、該2つの単環式環の少なくとも一方は、芳香環であり、ここで、
Ar2は、ハライド、C1-C6アルキル、C1-C6ハロアルキル、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2、及びE-OR0から選択される1個以上の置換基で任意に置換され、ここで
Eは、直接の結合及びC1-C6アルキレンから選択され;かつ
R0は、H、C1-C6アルキル、及びC1-C6ハロアルキルから選択され、
Mは、水素、ハロゲン、及びC1-C4アルキルから選択され;かつ
Lは、連結基である;)
又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート、もしくは塩。 - Ar1が、単環式炭素環式アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1が、単環式ヘテロ環式アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1が、二環式アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1が、三環式アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1が、非置換アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1が、置換アリールである、請求項41記載の化合物。
- Ar1上の少なくとも1個の置換基が、ハロゲン、ヒドロキシル、メルカプタン、ニトロ、及びニトリルからなる群から選択される、請求項55記載の化合物。
- Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-SOR1、-S(O)2R1、-S(O)2NR2R3、-OR1、-OC(O)R3、-C(O)OR3、-C(O)R1、-C(O)NR2R3、-NR2R3、-N(R3)C(O)R1、及び-NS(O)2R3からなる群から選択され;かつ
R1の各出現が、独立に、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、及び置換又は非置換のヘテロアリールからなる群から選択され;かつ
R2及びR3の各出現が、独立に、-H、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、及び置換又は非置換のヘテロアリールからなる群から選択される、請求項55記載の化合物。 - Ar1上の少なくとも1個の置換基が、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のアルケニル、置換又は非置換のアルキニル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクリル、置換又は非置換のアリール、置換又は非置換のヘテロアリール、置換又は非置換のアリールアルキル、置換又は非置換のヘテロアリールアルキル、置換又は非置換のハロアルキル、及び置換又は非置換のハロアルコキシからなる群から選択される、請求項55記載の化合物。
- Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-R4-H(式中、R4は、1個以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンであり、該ヘテロ原子は、X、S、NH、又はそれらの組み合わせである)からなる群から選択される、請求項55記載の化合物。
- Ar1上の少なくとも1個の置換基が、-O-(C1-6アルキル)、C1-6アルキル、C1-6ハロアルキル、-CO2-C1-6アルキル、-CONH-C1-6アルキル、-CONH2、CN;及び-NO2からなる群から選択される、請求項55記載の化合物。
- Ar2が、チオフェン、1,2-チアゾール、1,3-チアゾール、フラン、1,2-オキサゾール、1,3-オキサゾール、1H-ピロール、1H-ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、1,2,4-トリアゾール、1,2,3-トリアゾール、及び1H-イミダゾールからなる群から選択される5員の単環式芳香環である、請求項41記載の化合物。
- Ar2が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン、及びピラジンからなる群から選択される6員の単環式芳香環である、請求項41記載の化合物。
- Ar2が、ベンゾフラン、1,3-ベンゾオキサゾール、フロ[3,2-b]ピリジン、フロ[3,2-c]ピリジン、フロ[2,3-c]ピリジン、フロ[2,3-b]ピリジン、インドール、1H-ベンゾイミダゾール、1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン、1H-ピロロ[3,2-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-c]ピリジン、1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン、ベンゾチオフェン、1,3-ベンゾチアゾール、チエノール[3,2-b]ピリジン、チエノ[3,2-c]ピリジン、チエノ[2,3-c]ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール、及びチエノ[2,3-b]ピリジンからなる群から選択される9員の縮合二環式芳香環系である、請求項41記載の化合物。
- Ar2が、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、1,5-ナフチリジン、1,6-ナフチリジン、1,7-ナフチリジン、1,8-ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、2,6-ナフチリジン、及び2,7-ナフチリジンからなる群から選択される10員の縮合二環式芳香環系である、請求項41記載の化合物。
- 前記Ar2上の置換が、アミノを含む、請求項41記載の化合物。
- 前記Ar2上の置換が、メトキシを含む、請求項41記載の化合物。
- 前記Ar2上の置換が、カルボン酸を含む、請求項41記載の化合物。
- 前記Ar2上の置換が、-CH2-CO2-CH3を含む、請求項41記載の化合物。
- Ar2上の置換が、トリフルオルメチル(trifluormethyl)を含む、請求項41記載の化合物。
- Ar2上の置換が、ヒドロキシルを含む、請求項41記載の化合物。
- Ar2上の置換が、1個のカルボン酸及び1個のヒドロキシルである、請求項41記載の化合物。
- Ar2上の置換が、1個のカルボン酸及び1個のトリフルオロメチルである、請求項41記載の化合物。
- キレートの形態である、請求項41記載の化合物。
- 前記キレートが、銅キレートである、請求項76記載の化合物。
- 少なくとも4.9のlogPを有する、請求項41記載の化合物。
- ヒドロキシル、カルボン酸、及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも2つを含むAr2上の置換を有する、請求項41記載の化合物。
- 以下:
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピリジン-3,5-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-((9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
3,6-ビス(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-9H-カルバゾール;
4,4'-((4-メトキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-カルボキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-ニトロピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
5,5'-((4-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-メチルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
5,5'-((4-(エトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(メトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(メチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-カルバモイルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピラジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,4-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-(1,3-フェニレンビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジアニリン;
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ジ安息香酸;
2,6-ビス(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)ピリジン;
4-(4-(3-(1-(4-カルボキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ安息香酸;
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4'-((3,5-ジメチルピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4l3-ピリジン-2,6-ジイル)ビス(5-ヨード-1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-アセトアミドピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((9-アセチル-9H-カルバゾール-3,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(N,2-ジヒドロキシベンズアミド);
4,4'-(ピリジン-2,6-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシベンズアミド);
4,4'-((4-カルボキシピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((1,10-フェナントロリン-2,9-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(トリフルオロメチル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((3-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((3-ニトロピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
3,3'-((4-シアノピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(tert-ブトキシカルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4-(4-(4-シアノピリジン-2-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ安息香酸;
5-(4-(6-(4-(3-カルボキシ-4-ヒドロキシ-5-メチルフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-4-(メトキシカルボニル)ピリジン-2-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)-2-ヒドロキシ-3-安息香酸;
4,4'-((4-(ジメチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロプロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ブタ-3-イン-1-イルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジエチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(tert-ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(モルホリン-4-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(プロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(フェニルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-((2-アセトアミドエチル)カルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(4-シクロプロピルピペラジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(カルバムイミドイルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ピペリジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((1,10-フェナントロリン-3,8-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロペンチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジプロピルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジ-sec-ブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ナフタレン-2,7-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-(ナフタレン-2,3-ジイルビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ジブチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-((2-ヒドロキシエチル)カルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(シクロヘキシルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(ベンジルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(4-メチルピペラジン-1-カルボニル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4-(4-(3-(1-(4-メトキシフェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)フェニル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)安息香酸;
4,4',4'',4'''-((((ブタン-1,4-ジイルビス(アザンジイル))ビス(カルボニル))ビス(ピリジン-4,2,6-トリイル))テトラキス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))テトラキス(2-ヒドロキシ安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(3,5,6-トリクロロピコリン酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-(トリフルオロメチル)安息香酸);
7,7'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-ヒドロキシ-1,8-ナフチリジン-4-カルボン酸);
5,5'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-(トリフルオロメチル)安息香酸);
4,4'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(2-フルオロ安息香酸);
5,5'-((4-(エチルカルバモイル)ピリジン-2,6-ジイル)ビス(1H-1,2,3-トリアゾール-4,1-ジイル))ビス(3-フルオロ安息香酸);及び
2-(1-(1H-ベンゾ[d]イミダゾール-4-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-6-(1-(1H-ベンゾ[d]イミダゾール-7-イル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)-N-エチルイソニコチンアミド
から選択される、請求項41記載の化合物。 - 請求項41〜85のいずれか1項記載の化合物、及び分子クラウディング剤を含む組成物。
- 前記分子クラウディング剤が、ポリアルキレングリコールである、請求項86記載の組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の化合物、及び水性バッファーを含む組成物。
- 前記水性バッファーが、Tris HClである、請求項88記載の組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の化合物、及びポリヌクレオチドを含む組成物。
- 前記ポリヌクレオチドが、20〜60merオリゴヌクレオチドである、請求項90記載の組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の化合物、及びタンパク質を含む組成物。
- 前記タンパク質が、DNAポリメラーゼである、請求項92記載の組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の化合物、及びヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の少なくとも1種の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む、DNAポリメラーゼ反応の進行性、忠実度、又は速度を強化するための組成物。
- 請求項41〜85のいずれか1項記載の少なくとも1種の化合物、及びヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物であって、該請求項41〜85のいずれか1項記載の少なくとも1種の化合物が、テンプレート依存性重合反応の間に娘鎖に取り込まれるヌクレオチド類似体の数及び正確度を、該請求項41〜85のいずれか1項記載の少なくとも1種の化合物がない場合の同一の重合反応と比較して増加させる、前記組成物。
- 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホロアミデートを含み、
該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基、並びにポリマー性のテザー部位を含み、
該ポリマー性のテザー部位の第1末端が、該核酸塩基に取り付けられ、かつ該重合体のエーテル部位の第2末端が、該ヌクレオシドトリホスホロアミデートのα-リン酸に取り付けられて、ホスホロアミデート結合の切断による該ヌクレオチド類似体の拡張が利用可能とされている、請求項96記載の組成物。 - Tris OAc、NH4OAc、PEG、水混和性有機溶媒、ポリホスフェート60、NMS、及びMnCl2のうちの少なくとも1つから選択されるバッファー成分をさらに含む、請求項96記載の組成物。
- 一本鎖結合タンパク質をさらに含む、請求項96記載の組成物。
- 尿素をさらに含む、請求項96記載の組成物。
- 前記ヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、請求項96記載の組成物。
- 前記検出可能な標識が、発光標識、化学発光標識、蛍光標識、蛍光発生標識、発色団標識、又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、請求項101記載の組成物。
- 請求項86〜102のいずれか1項記載の少なくとも1種の組成物を含む、核酸テンプレートをシーケンシングするためのキット。
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