JP2021502122A - 主要組織適合複合体ベースのキメラ受容体および自己免疫疾患を治療するためのその使用 - Google Patents

主要組織適合複合体ベースのキメラ受容体および自己免疫疾患を治療するためのその使用 Download PDF

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Abstract

自己反応性免疫細胞の標的化において使用するための主要組織適合複合体ベースのキメラ受容体(MHC−CAR)。多発性硬化症などの自己免疫疾患の治療において使用するためのMHC−CARを発現する遺伝子操作された免疫細胞もまた本明細書において提供される。【選択図】図1

Description

関連出願
本出願は、2017年11月10日に出願された米国仮出願第62/584,449号の出願日の利益を主張する。この参照出願の内容全体は参照することにより本明細書に組み込まれる。
自己免疫疾患は、自己抗原に対する異常な免疫応答により特徴付けられ、組織の損傷または破壊に繋がる。多発性硬化症(multiple sclerosis;MS)は、中枢神経系の自己免疫疾患であり、活性化された自己反応性T細胞が血液脳関門に侵入し、ミエリン破壊および軸索喪失に繋がる炎症応答を開始させる。MSの病因、その発症および進行と関連付けられる機序、ならびにそのアウトカムの決定は解明されないままであるが、全ての利用可能な証拠は、MSに関与する病的な免疫細胞を特異的に標的化する療法は、利用可能な療法に対して向上した治療アウトカムを有することを示唆する。Reinhard et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, 101(suppl 2):14599-14606; 2004。この戦略は、関節リウマチを含む類似の機序を有する他の免疫障害に拡張され得る。Carol et al., Nature Reviews Immunology, 2(2):85-95, 2002。
ヒトにおいてヒト白血球(HLA)として公知の主要組織適合複合体(MHC)は、外来作用物質を認識するために免疫系にとって必須の細胞表面タンパク質のセットである。MHC複合体は病原体に由来する抗原に結合し、それをT細胞に提示し、次にT細胞が活性化され、外来抗原を提示する細胞の除去に繋がる。MHC複合体はまた、インタクトな、および一部の場合にはミスフォールディングした、宿主由来タンパク質をB細胞に提示し、それにより、自己免疫障害に特徴的な自己抗体応答を誘導することがある。Jiang et al., International immunology, 25(4):235-246 (2013)、およびBusch et al., The EMBO journal, 15(2):418, (1996)。
態様では、本開示は、主要組織適合複合体(MHC)ベースのキメラ受容体(CAR)であって、(i)自己免疫疾患に関与する抗原からの抗原ペプチドに共役したMHC分子の細胞外ドメイン、および(ii)細胞質シグナル伝達ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、またはその組合せを含む、MHCベースのCARを特徴とする。MHCベースのCARは、(i)と(ii)との間に位置するヒンジドメインをさらに含んでもよい。抗原ペプチドは自己免疫障害に依存し、ミエリン塩基性タンパク質(MBP)、プロテオリピドタンパク質(PLP)、インスリン、グルタミン酸デカルボキシラーゼ、または表1に記載されるような追加の例示的な自己抗原からのものであってもよい。
一部の例では、MHCベースのキメラ受容体は、少なくとも1つの共刺激ドメインを含み、少なくとも1つの共刺激ドメインは、4−1BB(CD137)からの共刺激ドメイン、CD28からの共刺激ドメイン、またはその組合せであってもよい。他の例では、本明細書に記載されるようなMHCベースのキメラ受容体は、細胞質シグナル伝達ドメインを含まなくてもよい。代替的または追加的に、MHC−CARは、CD3ζの細胞質シグナル伝達ドメインを含む。
一部の実施形態では、MHC−CAR中のMHC分子は、クラスI MHC、例えば、ヒトクラスI MHCである。一部の事例では、キメラ受容体の細胞外ドメインは、抗原ペプチドに融合したクラスI MHCのアルファ鎖の細胞外ドメインを含む。例えば、キメラ受容体は、(i)クラスI MHC分子の細胞外ドメイン、および(ii)細胞質ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、またはその組合せを含む融合ポリペプチドであってもよい。一例では、キメラ受容体は融合ポリペプチドであり、融合ポリペプチドは、N末端からC末端へ、シグナルペプチド、第1のペプチドリンカー、抗原ペプチド、第2のペプチドリンカー、マクログロブリンの細胞外ドメイン、第3のペプチドリンカー、クラスI MHC分子、膜貫通ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、およびCD3ζを含む。
他の実施形態では、本明細書に記載されるようなMHCベースのキメラ受容体は、クラスII MHC(例えば、ヒトMHC II)またはその部分を含む。そのようなキメラ受容体は、第1のMHCクラスIIの細胞外ドメインを含む第1のポリペプチド、および第2のMHCクラスIIのベータ鎖の細胞外ドメインを含む第2のポリペプチドを含んでもよく、かつ、抗原ペプチドは、第1のポリペプチドまたは第2のポリペプチドのいずれかに融合しており、かつ、第1のポリペプチドまたは第2のポリペプチドのいずれかは、細胞質シグナル伝達ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、またはその組合せをさらに含む。一部の例では、キメラ受容体は、(i)第1のMHCクラスII分子のアルファ鎖の細胞外ドメイン、(ii)第2のMHCクラスII分子のベータ鎖の細胞外ドメイン、(iii)抗原ペプチド、および(iv)細胞質シグナル伝達ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、またはその組合せを含む融合ポリペプチドであり得る。一部の例では、抗原タンパク質は、MHCクラスIIに連結されていなくてもよく、かつ、代わりに、代替的なシグナルペプチド(例えば、CD150からのもの、すなわち、MDPKGLLSLTFVLFLSLAFG(配列番号:388))を有する別々の融合ポリペプチドとして発現されてもよい。一部の例では、第1のMHCクラスIIはHLA−DRA*1010である。代替的または追加的に、第2のMHCクラスIIはHLA−DRB1*1501である。
別の態様では、本開示は、核酸または核酸セットであって、全体として本明細書に記載されるMHCベースのキメラ受容体のいずれかをコードする、核酸または核酸セットを特徴とする。一部の事例では、核酸または核酸セットは、1つまたは複数のベクター、例えば、ウイルスベクター中に位置し得る。
さらに、本開示は、遺伝子改変免疫細胞(例えば、T細胞)であって、本明細書に記載されるMHCベースのキメラ受容体のいずれかを発現する、遺伝子改変免疫細胞(例えば、T細胞)を提供する。一部の事例では、内因性T細胞受容体(TCR)の活性は抑制され得、該抑制は、内因性TCRのアルファ鎖、内因性TCRのベータ鎖、または両方を突然変異または欠失させて内因性TCRの表面発現を阻害することにより達成されてもよい。代替的または追加的に、内因性CD52の発現は阻害され得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるような遺伝子改変免疫細胞は、自殺遺伝子(例えば、RQR8)、マーカー遺伝子(例えば、GFP)、または両方をさらに発現してもよい。必要な場合、免疫細胞は、リンパ節または三次リンパ臓器への送達および保持のためにさらに改変され得る。例えば、免疫細胞は、VAP−1、L−セレクチン、CCR7、CXCR5、またはその組合せを過剰発現するようにさらに操作され得る。一部の事例では、内因性スフィンゴシン−1−リン酸受容体1の発現は、遺伝子改変免疫細胞中で阻害され得る。
一部の実施形態では、免疫細胞は、例えば、CCR6(例えば、Th17細胞の部位へ)、CXCR3もしくはCXCR4(例えば、血漿細胞の部位へ)などのケモカイン受容体を使用して、または膜連結型抗原標的化抗体を通じて、炎症の部位に移行するように操作され得る。代替的または追加的に、遺伝子改変免疫細胞は、PD−1シグナル伝達の遮断を結果としてもたらす遺伝子改変をさらに含んでもよい。必要があり、かつ障害が特に重篤な場合、MHC−CAR細胞はまた、バイスタンダーB細胞(CD19もしくはCD20−CARを用いる)または血漿細胞(CS1−CARおよび/もしくはCS1ノックアウトを用いる)を除去または不活性化する(inactive)ように設計され得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるような遺伝子改変免疫細胞は制御性T細胞であってもよく、制御性T細胞は、CD25+、および任意選択的にCD4+であり得る。一部の事例では、制御性T細胞は、末梢血単核細胞または臍帯血から単離されたCD25++CD45R+ T細胞に由来し得る。他の事例では、制御性T細胞は、CD25をコードする導入遺伝子を含んでもよい。本明細書に開示される任意のTreg細胞は、CD19に特異的なキメラ受容体、CS−1に特異的なキメラ受容体、または両方をさらに発現してもよい。代替的または追加的に、制御性T細胞は、CCR6、CXCR5、PD−1、またはその組合せをさらに発現してもよい。一部の例では、制御性T細胞は、MOGに特異的な抗体を提示してもよい。
さらに別の態様では、本開示は、自己免疫疾患(例えば、多発性硬化症)を有する対象において自己反応性免疫細胞を抑制する方法を提供する。方法は、対象に有効量の本明細書に記載されるような遺伝子改変免疫細胞を投与することを含んでもよく、該遺伝子改変免疫細胞はT細胞であり得る。
一部の実施形態では、遺伝子改変免疫細胞は自己細胞である。他の実施形態では、遺伝子改変免疫細胞は同種細胞である。任意の遺伝子改変免疫細胞が対象のリンパ節に投与されてもよい。一部の事例では、対象は、CD52に特異的な抗体を含む療法を受けている。
一部の実施形態では、対象は、多発性硬化症を有するまたはそのリスクがあるヒト患者であり、かつ、遺伝子改変T細胞は、本明細書に記載されるようなTreg細胞または細胞傷害性リンパ球(CTL)である。
一部の例では、ヒト患者は早期ステージMS患者であり、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の遺伝子改変:(i)PD−L1および/またはPD−1ノックアウト、(ii)CCR6および/またはCXCR5の表面発現、(iii)MOGに特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、ならびに(iv)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ種類の改変を有する細胞傷害性CTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性MSを有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)MOGに特異的な抗体または抗原結合断片の表面提示、および(ii)CCR6の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ種類の改変を有する細胞傷害性CTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性MSを有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現、および(ii)CXCR5の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、慢性進行性形態のMSを有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)CS−1を標的化するキメラ受容体の表面発現、ならびに(ii)作用物質CXCR4、CCR6、および/またはCXCR5の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の実施形態では、対象は、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、若年性特発性関節炎(若年性特発性関節炎としても公知)、シェーグレン症候群、全身性硬化症、強直性脊椎炎、1型糖尿病、自己免疫性甲状腺疾患(グレーブス病および橋本病)、多発性硬化症 重症筋無力症、炎症性腸疾患(クローン病または潰瘍性大腸炎)、乾癬、または表1に記載される疾患を有するまたはそのリスクがあるヒト患者であり、かつ、遺伝子改変T細胞は、本明細書に記載されるようなTreg細胞および/またはCTLである。
一部の例では、ヒト患者は、本明細書に記載される任意の自己免疫障害(例えば、表1に列記されるもの)の早期ステージ患者であり、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の遺伝子改変:(i)PD−L1および/またはPD−1ノックアウト、(ii)CCR6および/またはCXCR5の表面発現、(iii)その自己免疫障害について表1において自己抗原として記載される関連するタンパク質に特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、ならびに(iv)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、本明細書に記載されるような任意の自己免疫障害(例えば、表1に列記されるもの)の中等度に重篤な病態を有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)その自己免疫障害について表1において自己抗原として記載される関連するタンパク質に特異的な抗体または抗原結合断片の表面提示、および(ii)CCR6の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、本明細書に記載されるような任意の自己免疫障害(例えば、表1に列記されるもの)の中等度に重篤な病態を有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現、および(ii)CXCR5の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
一部の例では、ヒト患者は、本明細書に記載される任意の自己免疫障害(例えば、表1に列記されるもの)の重篤な病態を有し、かつ、Treg細胞は、MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:(i)CS−1を標的化するキメラ受容体の表面発現、ならびに(ii)CXCR4、CCR6、および/またはCXCR5を標的化する作用物質の表面発現の1つまたは複数を有する。一部の例では、患者は、同じ改変を有するCTLを用いて最初に、同時に、または交互に治療されてもよい。
自己免疫疾患の治療において使用するための医薬組成物、Treg細胞などの本明細書に記載されるような遺伝子改変免疫細胞発現MHC−CARおよび薬学的に許容される担体を含む組成物、ならびに標的自己免疫疾患の治療において使用するための医薬の製造のためのそのような遺伝子改変免疫細胞の使用もまた本開示の範囲内である。
本発明の1つまたは複数の実施形態の詳細は、以下の記載に示される。本発明の他の特徴または利点は、以下の図面およびいくつかの実施形態の詳細な説明、そしてまた添付の特許請求の範囲から明らかとなる。
図1は、抗原特異的T細胞受容体(TCR)の発現のためのレンチウイルス発現ベクターの例示的な設計の概略図である。mRNAおよびマルチシストロン性mRNAの設計は類似である。 図2は、多発性硬化症(MS)に関与する病的なT細胞を標的化するためのミエリン塩基性タンパク質(MBP)ペプチドとの共役として指し示されるようなMHC−CARの様々な設計を発現するMHC−CAR T細胞の概略図である。任意選択的に、MHC−CAR T細胞は、内因性TCRおよび/またはCD52がノックアウトされていてもよい。MHC−CAR T細胞は、細胞表面上にRQR8をさらに発現してもよい。 図3は、様々なMHC−CARコンストラクトのための例示的な設計の概略図である。例示的なMHC−CARコンストラクトは、2つのサブユニット:リーダー配列、DRA*1010ドメイン、および細胞質ドメインを含有するα鎖、ならびにHLA−DRB1*1501からのリーダー配列、MBPからのペプチド、およびHLA−DRB1*1501からのドメインを含むβ鎖を有してもよい。mRNAを作製するために使用されるDNAは、単鎖を含有するか、またはマルチシストロン性でありかつオルソゴナル2A配列により分離されている。RQR8およびeBFP(またはGFP)は、細胞対照および標識化の両方のために使用される。 図4は、eBFP(もしくはGFP)またはRQR8をさらに含んでもよい、MBPペプチドを含有する様々なMHC−CARコンストラクトのための発現カセットの例示的な設計の概略図である。 図5は、MHC−CARならびに任意選択的にeBFPおよび/またはRQR8などの標識タンパク質のためのレンチウイルス発現コンストラクトの例示的な設計の概略図である。そのような発現カセットは、1つのレンチウイルスパッケージ中に含めるために充分に小さい。 図6は、タグ付加のための多数の部位を含んでもよい、MHC−CARの例示的な設計の概略図である。部位1は、ナイーブHLA−DRが発現されないか、またはCIITA編集に起因する場合のためのHLA−DR抗体結合部位である。部位2および3は、ポリヒスチジンタグモチーフのための潜在的な挿入部位である。部位4および5はそれぞれRQRおよびRQR8を表す。 図7は、抗原ペプチドに連結されたMHCクラスII部分の例示的な設計の概略図である。「N」はポリペプチドのN末端を指す。黒丸のドットは抗原ペプチドを指す。 図8Aおよび図8Bは、MHCクラスIの例示的なコンストラクトの概略図である。図8Aは、抗原ペプチドに連結されたMHCクラスI部分の例示的な設計を示す。「N」はポリペプチドのN末端を指す。黒丸のドットは抗原ペプチドを指す。 図8Bは、MHCクラスI CARコンストラクトのための例示的な発現カセットを示す。 図9は、MHC−CARを構築するためおよびサイトカインの共発現の考慮のための例示的な共刺激ドメインおよびその組合せを示す。 図10は、MHCクラスIおよびクラスIIの両方の成分を含有する複数鎖MHC−CARコンストラクトを含む、例示的な一本鎖および複数鎖MHCクラスIおよびクラスII MHC−CARコンストラクトを示す。 同上。 図11は、Cas9をコードするmRNA(「Cas9単独」)またはCas9をコードするmRNA(「Cas9単独」)およびT細胞受容体アルファドメイン(TRAC)をコードする遺伝子を標的化するsgRNA(「Cas9+TRAC gRNA」)をトランスフェクトした初代ヒト刺激CD3+ T細胞(TCELL−0028)上のCD3発現を示すプロットである。 図12は、殺傷アッセイにおける相対的な細胞生存を示すプロットである。コンストラクト1、コンストラクト2、またはコンストラクト1および2の両方をトランスフェクトしたHEK−293細胞を培地単独、リツキシマブ、補体、またはリツキシマブおよび補体の両方とインキュベートした。
自己反応性T細胞(例えば、多発性硬化症に関与するミエリン成分についてのもの)は、正常な個体中に存在する。疾患誘導の決定因子の大部分は、これらの自己反応性T細胞が自己免疫患者(例えば、MS患者)において誘発された場合に起こる免疫応答のクラスにある。病的な自己反応性T細胞の生成は、特定の主要組織適合複合体(MHC)および非MHC遺伝子の両方に好都合であり、個体が反応するタンパク質配列および免疫応答のクラスを決定する。
免疫攻撃が開始自己抗原(例えば、MSにおけるミエリン抗原)に対して始まると、他の自己抗原への反応性の拡大が起こり、すなわち、T細胞が1つの自己抗原(例えば、MSにおける脳タンパク質)を攻撃する場合、他の構造物が損傷し、それらは、「エピトープ拡大」と呼ばれるプロセスにおいて、追加のT細胞を増感して他の標的を攻撃することがあり、これは、全ての自己免疫障害に共有され、かつ一般に疾患応答に共通するプロセスである。
B細胞は、初期の自己反応性の攻撃により引き起こされる早期疾患病変、例えば、活性MS病変における免疫反応の通常成分である。B細胞の蓄積は、詰め込まれた凝集物または異所性のB細胞濾胞として起こる。Serafini et al., Brain Pathol. 14: 164-144 (2004);Wekerle, Autoimmunity, 50:1, 57-60 (2017);およびProbstel, et al., International journal of molecular sciences, 16(7), pp.16576-16592 (2015)。MSにおいて、B細胞は、RR、SP、およびPステージのMS患者の脳および脊髄において見出されることが報告された。直接的または間接的のいずれかでB細胞を標的化する治療処置は、MSなどの自己免疫疾患の治療において有益であることが証明されている。Wekerle, 2017。
CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞の両方がMS病変において存在し、疾患発症において中心的役割を果たすと考えられている。ミエリン反応性(MBP、PLP、およびMOG)CD4およびCD8細胞の頻度の増加が健常対照と比較してMS患者において見出される。Cao, et al., Sci. Transl. Med. 7 (287), 287ra74 (2014);Martin, et al., J. Exp. Med. 173 (Jan 1, 1991);Ota, et al., Nature 346, 183 (Jul 12, 1990);Pette, et al., Neurology 40, 1770 (1990);およびRaddassi, et al., J. Immunol. 187, 1039 (2011)。
IFN−ガンマを産生するTh1細胞およびTh17細胞は独特に病原性である。Th1細胞の発生に有利に働く因子がMS患者において上昇しており、そしてまたウイルス感染により誘発される:ガンマインターフェロン;IL−12。免疫系に影響しかつMSを助けるほぼ全ての治療において、ほぼ全てがTh1応答を減少させ、Th2およびTH3応答を増加させる。Th17細胞は組織炎症の部位に存在し、自己免疫/慢性炎症状態に関与する。Th17産生CD4およびCD8細胞は、患者の病変、血液、およびCSFにおいて増加している。[Tzartos 2008;Matusevicius 1999;Bruchlacher-Waldert 2009]。Th17細胞上のCCR6およびCD161は、炎症組織へのホーミング分子であると推定されている[Cosmi, 2008]。
Th17細胞はまた、全身性エリテマトーデス(sytemic lupus erythematosus)、関節リウマチ、若年性特発性関節炎(若年性特発性関節炎としても公知)、シェーグレン症候群、全身性硬化症、強直性脊椎炎、1型糖尿病、自己免疫性甲状腺疾患(グレーブス病および橋本病)、重症筋無力症、炎症性腸疾患(クローン病または潰瘍性大腸炎)、および乾癬などの多数の他の自己免疫疾患に関与する。Tabarkiewicz et al., Archivum immunologiae et therapiae experimentalis, 63(6):435-449 (2015)。
自己免疫疾患に対するあらゆる治療の究極的目標は、病理の完全な抑制である。多発性硬化症および他の自己免疫障害の場合、病的なリンパ球(B細胞およびT細胞の両方、ならびに必要な場合、非常に重篤な症例について血漿細胞)は、疾患経過を停止させるために除去または制御されることが期待され、疾患進行の異なるステージにおける介入は異なる細胞標的、およびしたがって治療用細胞を必要とする。
自己反応性T細胞などの自己反応性免疫細胞を標的化するための主要組織適合複合体(MHC)ベースのキメラ受容体(MHC−CAR)が本明細書に開示される。本明細書に記載されるようなMHC−CARは、1つまたは複数のMHCポリペプチドまたはその細胞外ドメインおよび1つまたは複数の細胞シグナル伝達ドメイン、例えば、細胞質シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ζからのもの)、少なくとも1つの共刺激ドメイン(例えば、4−1BBもしくはCD28からのもの)、または両方を含む。MHC−CARは、自己抗原または自己免疫応答の誘発において自己抗原を模倣する外来抗原からの抗原ペプチドをさらに含んでもよい。MHC−CARをコードする核酸、それを有するベクター、ならびにMHC−CARを発現するT細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞などの遺伝子操作された免疫細胞もまた本明細書にある。そのような遺伝子操作された免疫細胞は、自己反応性免疫細胞を標的化し、それにより、自己反応性免疫細胞を伴う自己免疫疾患の治療において利益を得るために使用され得る。
本明細書に開示されるようなMHCベースのキメラ受容体を発現する遺伝子改変制御性T(Treg)細胞もまた本明細書に開示される。そのようなTreg細胞は、T細胞および/またはB細胞表面マーカーを標的化するキメラ受容体(複数可)の他に、例えば、特定の組織部位(例えば、リンパ節もしくは炎症部位)を標的化するためまたは免疫応答をモジュレ―ト(例えば、チェックポイントモジュレーション)するための追加の遺伝子操作を用いてさらに改変されてもよい。遺伝子改変Treg細胞は、標的疾患の早期ステージにおいて病原性を阻害するため、疾患の中期ステージ(例えば、再発性もしくは寛解性MS)において疾患進行を制御するため、または、疾患の後期ステージ(例えば、慢性進行性MS)において、例えば病的なCD8+ T細胞の細胞傷害性の誘導を介して、病理を抑制するために使用されてもよい。
I.主要組織適合複合体(MHC)ベースのキメラ受容体(MHC−CAR)
本明細書に記載されるMHCベースのキメラ受容体(MHC−CAR)は、抗原ペプチド(例えば、ミスフォールディングしたもの)に共役したMHC部分、および細胞質シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3ζのもの)、1つもしくは複数の共刺激ドメイン(例えば、4−1BBもしくはCD28のもの)、またはその組合せであり得る少なくとも1つの細胞シグナル伝達部分を含む。一部の事例では、抗原ペプチドは、MHC−CARの融合ポリペプチドの部分であり得る。他の事例では、抗原ペプチドは、MHC−CARと融合ポリペプチドを形成せずにMHC−CARと複合体を形成する。本明細書において使用される場合、「共役した」という用語は、少なくとも2つの成分が、共有結合を介してまたは非共有結合性相互作用を介して、物理的に会合していることを意味する。
一部の例では、MHC−CARは、MHC部分、抗原ペプチド、および少なくとも1つの細胞シグナル伝達部分を含有する単一の融合ポリペプチドであり得る。そのような単一の融合ポリペプチドは、好適な免疫細胞中で発現された場合に内因性細胞膜タンパク質(例えば、β−ミクログロブリン)と複合体を形成してもよい。
他の例では、本明細書に記載されるMHC−CARは、抗原ペプチドを含む1つのポリペプチドを含む、複数鎖タンパク質複合体、例えば、ヘテロ二量体であってもよい。一部の事例では、抗原ペプチドまたはポリペプチドは、別々のポリペプチドとして発現されてもよく、該別々のポリペプチドは、MHC成分と複合体(例えば、三量体)を形成してもよい。抗原ポリペプチドは、MHCに結合するミスフォールディングした抗原タンパク質であり得る。任意選択的に、MHC−CARはヒンジドメインをさらに含んでもよく、ヒンジドメインは、抗原ペプチドおよび/もしくはMHC部分、N末端のシグナルペプチド、ならびに/または1つもしくは複数のタグ付加部位、例えば、ヒスチジンタンパク質タグおよび/もしくは殺傷スイッチ部位として追加的に作用するRQRドメインに隣接してもよい。
(i)MHC−CARの成分
(a)MHC部分
本明細書に開示されるMHC−CARコンストラクトはMHC部分を含み、MHC部分は、1つまたは複数のMHCポリペプチドまたはその細胞外ドメインを含んでもよい。MHC部分は、好適な供給源、例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物(例えば、サル、マウス、ラット、ウサギ、ブタなど)に由来してもよい。一部の事例では、MHC部分は、ヒトMHC分子(HLAとしても公知)からのものである。一部の事例では、他の細胞からの分子(TCRまたはBCR)と相互作用するドメインは、ヒトMHC分子からのものである。主に2つのクラスのMHC分子、MHCクラスI分子およびMHCクラスII分子があり、これらの両方は、本明細書に記載されるMHC−CARを構築するために使用され得る。様々な種(例えば、ヒト、非ヒト霊長動物、イヌ科動物、魚、オビッド(ovids)、ウシ科動物、ウマ科動物、イノシシ科動物、ネズミ科動物、およびガルス属動物)のMHCクラスIおよびクラスII分子の配列が公的な遺伝子データセット、例えば、EMBL−EBIにより提供されるIPD−MHCデータベースおよびIMGT/HLAデータベースならびに米国国立生物工学情報センター(NCBI)により提供されるdbMHCデータベースから入手可能である。
MHCクラスI分子は、アルファ鎖およびβ−ミクログロブリンを含有するヘテロ二量体である。アルファ鎖の細胞外ドメインは、3つのサブドメイン、α1、α2、およびα3を含む。一部の実施形態では、MHC部分は、MHCクラスI分子のアルファ鎖、またはその細胞外ドメイン、例えば、α1ドメイン、α2ドメイン、α3ドメイン、もしくはその組合せを含んでもよい。MHCクラスI分子は、ヒトHLA−A分子、ヒトHLA−B分子、またはヒトHLA−C分子であってもよい。一部の事例では、MHCクラスI分子のアルファ鎖は、β−ミクログロブリンと融合して、単鎖融合タンパク質を生じてもよい。一部の例では、MHCクラスI部分はHLA A3からのものであり、これはPLPペプチドと併用され得る。Honma et al., J. Neuroimmunol. 73:7-14 (1997)。他の例では、MHCクラスIはHLA A2からのものであり、これは同じPLPペプチドおよびTAXなどのウイルスペプチドの提示と共に使用され得る。TAXは、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス(system lupus erythematosus)、およびシェーグレン症候群などの疾患に関与する、ヒト神経タンパク質の分子模倣物であるタンパク質taxまたはp40(Genbankアクセッション番号BAB20130.1)およびHTLV−1ウイルスからのものである。Garboczi, et al. The Journal of Immunology, 157(12):5403-5410, 1996. Quaresma, et al., 2015. Viruses, 8(1):5 2015。クラスIタンパク質およびペプチドは、重鎖の位置84における不変チロシンのアラニンによる置換など、よりロバストなペプチドローディングを可能とするための改変を追加的に含有してもよく、または代替的に、ジスルフィドトラップを作製するためにペプチド−β2mリンカーの第2の位置が置換され得るように位置84のチロシンはシステインにより置換され得る。Hansen et al. Trends in immunology, 31(10):363 (2010)。
MHCクラスI分子と同様、MHCクラスII分子もまた、2つの相同ペプチド、α鎖およびβ鎖からなるヘテロ二量体である。α鎖およびβ鎖のそれぞれの細胞外ドメインは、2つのサブドメインα1/α2、およびβ1/β2を含有する。MHCクラスII分子がMHC−CARを構築するために使用される場合、MHC部分は、2つのサブユニットを含んでもよく、1つはα鎖またはその部分、例えば、その細胞外ドメイン(例えば、α1、α2、または両方)を含み、他方はb鎖またはその部分、例えば、その細胞外ドメイン(例えば、β1、β2、または両方)を含む。他の細胞種と相互作用する領域のみが使用される場合(すなわち、α1およびβ1)、ミニMHCのフォールディングを増進するために特定のアミノ酸改変が必要とされることがある;シェード領域を有するミニ配列およびBirnbaum et al.を参照。MHCクラスII分子は、ヒトHLA DP分子、ヒトHLA DM分子、ヒトHLA DOA分子、ヒトHLA DOB分子、ヒトHLA DQ分子、またはヒトHLA DR分子であってもよい。一部の例では、MHCクラスII分子はヒトHLA DR分子、例えば、HLA DR*1501である。
(b)抗原ペプチド
本明細書に記載されるMHC−CARの抗原ペプチドは、自己免疫疾患に関与する病原性免疫細胞(例えば、自己反応性T細胞またはB細胞)により認識可能な抗原ペプチドである。好適なMHC分子により提示される場合、そのような抗原ペプチドは、病原性T細胞の抗原特異的T細胞受容体と相互作用して、下流の免疫応答に繋がる。
一部の事例では、特定の抗原ペプチドは、当該技術分野において公知の方法を使用して、MS患者などの特定の自己免疫疾患患者のために設計され得る。NetMHCのようなプログラムは、患者MHCに特異的な抗原ペプチドの個別化された設計を可能とし、個別化されたがんワクチンを開発するために使用されている。Hacohen et al., Cancer immunology research, 1(1):11-15 (2013)。自己免疫障害のための個別化されたCAR TおよびTreg療法もまた本開示の範囲内である。非常に強いMHC関連性を有する障害(例えば、MS)について、個別化された療法を利用して、疾患の異なるステージにある大きい患者クラスを治療することができる。最近の研究はまた、自己免疫障害に関与するクラスII MHCおよび特にHLAは、プロセシングされたペプチドだけでなく抗原タンパク質全体を提示し得ることを実証している。Jiang et al., International immunology, 25(4):235-246, (2013)。これらのMHC−タンパク質複合体は、適切にフォールディングしたタンパク質に結合しない抗体の他に、特定の自己免疫障害を有する者に特異的な自己抗体を含む、自己免疫障害における自己抗体産生を誘導するようである。本発明者らは、MHC−CAR中の抗原タンパク質の提示は、多くの激しい試みにもかかわらずタンパク質へのその特異性が解明されていないオリゴクローナルバンドを生じさせるMSにおけるものなどの、自己免疫特異的B細胞を除去しまたは不活性化させる特定の経路を提供できるものと考える。Owens et al., Annals of neurology, 65(60):639-649, 2009;Chastre et al., New England Journal of Medicine, 374(15):1495-1496, 2016;Housley et al., Clinical Immunology, 161(1):51-58, 2015;Larman et al., 2013. Journal of autoimmunity, 43:1-9, 2013。抗原タンパク質がMHCに結合しない場合、その特定のMHC−CARは発現されないが、TregまたはCTLとしてそれは依然としてその他の特徴に依存しておよび異なる特異性を有するMHC−CAR TおよびTreg細胞の患者特異的集団の部分として免疫応答の調節におけるバイスタンダーの役割を果たすことができる。
本発明において使用される抗原ペプチドは、自己免疫疾患に関与する自己抗原、例えば、多発性硬化症に関与するミエリン塩基性タンパク質(MBP)、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質(MOG)、およびプロテオリピドタンパク質(PLP)、I型糖尿病に関与するインスリンおよびグルタミン酸デカルボキシラーゼ(GAD)、関節リウマチ(RA)に関与するトリプターゼ、ならびに以下の表1に含まれるタンパク質の断片であってもよい。代替的に、抗原ペプチドは、自己免疫疾患に関与する自己抗原に高度に相同的なウイルスまたは細菌タンパク質などの病原体タンパク質の断片であり得る。そのような抗原ペプチドはまた、病原性T細胞を標的化し得る。必要な場合、抗原ペプチドは、別々に発現されて本明細書に記載されるMHC−CARのMHC部分に直接的に結合し得る(典型的にミスフォールディングした)抗原タンパク質またはタンパク質断片であり得る。天然の状態(MHC−CARのMHC部分ではなくMHCに結合している)において、そのような抗原タンパク質/MHC複合体は、病原性B細胞を刺激して自己抗体を産生させる。関節リウマチにおけるIgGHまたはリウマトイド因子(Jin et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(10):3787-3792, 2014)、抗リン脂質症候群(Tanimura et al., Blood, 125(18):2835-2844, 2015)および再発性流産(Tanimura et al., Placenta, 46:108, 2016)におけるβ2−糖タンパク質I、自己免疫性肺胞蛋白症におけるGM−CSF(Hamano et al., ALVEOLAR MACROPHAGE BIOLOGY B32:A3147-A3147, 2016)、白斑におけるチロシナーゼ(Arase et al. Journal of Dermatological Science, 84(1):e87, 2016)、ならびに顕微鏡的多発血管炎におけるミエロペルオキシダーゼ(Hiwa et al., Arthritis & Rheumatology, 69(10):2069-2080, 2017)などのタンパク質について、ミスフォールディングしたバリアント/HLA複合体のHLA媒介性の表面提示、および一部の場合には自己抗体結合が起こり得る。
本明細書に記載されるMHC−CARにおいて使用するための抗原ペプチドは、20個までのアミノ酸残基、抗原タンパク質の細胞外ドメイン、または全長抗原タンパク質を含有してもよい。MHCクラスI部分と併用される場合、抗原ペプチドは、8〜10アミノ酸の長さであってもよい。そのような抗原ペプチドは、MHCクラスI分子のペプチド結合部位に良好にフィットする。MHCクラスII部分と併用される抗原ペプチドはより長くてもよく、例えば、抗原タンパク質の15〜24アミノ酸残基または全長までを含有し、その理由は、MHCクラスII分子の抗原結合溝は両方の末端において開いているが、クラスI分子上の対応する抗原結合溝は各末端において通常閉じているからである。自己免疫障害に関与するMHCクラスII分子の開いた抗原結合溝はまた、インタクトな(但し、例えば、ミスフォールディングした)抗原タンパク質またはスプライスバリアントを頻繁に提示し得る。Jiang et al., International immunology, 25(4):235-246, 2013。
一部の例では、ヒトMBPの断片は、本明細書に記載されるMHC−CARを構築するために使用される。ヒトMBPの例示的なアミノ酸配列を以下に提供する:
MASQKRPSQRHGSKYLATASTMDHARHGFLPRHRDTGILDSIGRFFGGDRGAPKRGSGKVPWLKPGRSPLPSHARSQPGLCNMYKDSHHPARTAHYGSLPQKSHGRTQDENPVVHFFKNIVTPRTPPPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKGFKGVDAQGTLSKIFKLGGRDSRSGSPMARRHHHHHH(配列番号:1)
例示的なMBP抗原ペプチドとしては以下が挙げられるがこれらに限定されない:
GSKYLATASTMDHARHGFLPRHRDTGILDSIGRFFGGDRG(配列番号:2)、KYLATASTMDHARHGFLPRH(配列番号:3)、ATASTMDHARHGFLPRHRDTGIL(配列番号:4)、RDTGILDSIGRFFGGDRGAP(配列番号:5)、IGRFFGGDRGAPKRGSGKDSHHPARTAHY(配列番号:6)、APKRGSGKDSHHAARTAHY(配列番号:7)、GSGKDSHHPARTAHYGSLPQ(配列番号:8)、HHPARTAHYGSLPQKSHGR(配列番号:9)、HAARTAHYGSLPQKSQGHR(配列番号:10)、SLPQKSHGRTQDENPVVHF(配列番号:11)、PQDENPVVHFFKNIVTPRTP(配列番号:12)、TQDENPVVHFFKNIVTPRTP(配列番号:13)、QDENPVVHFFKNIVTPRTP(配列番号:14)、DENPVVHFFKNIVTPRTPP(配列番号:15)、ENPVVHFFKNIVTPR(配列番号:16)、ENPVVHFFKNIVTPRTP(配列番号:17)、ENPVVHFFKNIVTP(配列番号:18)、NPVVHFFKNIVTPRTPPPSQ(配列番号:19)、VVHFFKNIVTPRT(配列番号:20)、VVHFFKNIVTPRTPPPSQGK(配列番号:21)、KNIVTPRTPPPSQGKGRGL(配列番号:22)、PSQGKGRGLSLSRFSWGAE(配列番号:23)、GKGRGLSLSRFSWGAEGQRP(配列番号:24)、LSRFSWGAEGQRPGFGYGG(配列番号:25)、QRPGFGYGGRASDYKSAHK(配列番号:26)、ASDYKSAHKGFKGVDAQGT(配列番号:27)、FKGVDAQGTLSKIFKLGGR(配列番号:28)、VDAQGTLSKIFKLGGRDSRS(配列番号:29)、およびSKIFKLGGRDSRSGSPMARR(配列番号:30)。
配列番号:15のMBP抗原ペプチドをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
GATGAGAATCCCGTGGTTCATTTTTTTAAGAACATCGTCACACCGCGCACCCCACCTG(配列番号:411)
特定の例としては、MBP13−32、MBP89−101、MBP83−99、MBP111−129、またはMBP146−170が挙げられる。
ヒトミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質、プロテオリピドタンパク質、およびミエリン結合糖タンパク質の例示的なアミノ酸配列を以下に提供する:
>CAA52617.1ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質[ホモサピエンス]
MASLSRPSLPSCLCSFLLLLLLQVSSSYAGQFRVIGPRHPIRALVGDEVELPCRISPGKNATGMEVGWYRPPFSRVVHLYRNGKDQDGDQAPEYRGRTELLKDAIGEGKVTLRIRNVRFSDEGGFTCFFRDHSYQEEAAMELKVEDPFYWVSPGVLVLLAVLPVLLLQITVGLVFLCLQYRLRGKLRAEIENLHRTFDPHFLRVPCWKITLFVIVPVLGPLVALIICYNWLHRRLAGQFLEELRNPF(配列番号:31)
例示的なMOG抗原ペプチドとしては、MOG1−20またはMOG35−55が挙げられる。
>AAA60117.1プロテオリピドタンパク質[ホモサピエンス]
Figure 2021502122
PLPの例示的な抗原断片を下線および太字としている。他の例としては、PLP139−151(4)またはPLP178−191が挙げられる。
>AAH93045.1ミエリン結合糖タンパク質[ホモサピエンス]
MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWYFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGDLGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGLGEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPPVIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAEDGVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIFKEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESHCAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQAQAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKKNVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESKEVSTLESH(配列番号:33)
以下の表1は、他の自己免疫疾患と関連付けられる追加の例示的な自己抗原を提供する。
表1.様々な自己免疫障害の自己抗原
Figure 2021502122
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以下の表2は、一般的に自己免疫障害と関連付けられるHLAおよびクラスを提供するが、例示的な場合において、HLAまたはHLAの部分は患者特異的であり、障害を患う患者の高分解能配列または血清学的同等物に由来する。
表2.一般的に自己免疫疾患と関連付けられるHLAの種類およびクラス
Figure 2021502122
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一部の実施形態では、本発明において使用される抗原ペプチドは、HLA−DR*1501、例えば、GADペプチドTYEIAPVFVLLFYVTLKKMR(配列番号:34)(I型糖尿病に関与する)、上記に列記されるMBPペプチド、以下のMPPペプチド(MSに関与する)LLECCARCLVGAPFASLVATGLCFFGVALFC(配列番号:35)、LVGAPFASLVATGLCFFGVA(配列番号:36)、FGVALFCGCEVEALTGTEKLIETYFSKNYQD(配列番号:37)、LFCGCGHEALTGTEKLIETY(配列番号:38)、TGTEKLIETYFSKNYQDYEY(配列番号:39)、TGTEKLIETYFSKNYQDYEYL(配列番号:40)、YFSKNYQDYEYLINVIHAFQYVIYGTASFFFL(配列番号:41)、GTASFFFLYGALLLAYGFYTTGAVRQIFGDYK(配列番号:42)、LYGALLLAEGFYTTGAVRQI(配列番号:43)、FYYTTGAVRQIFGDYKTTICG(配列番号:44)、AVRQIFGDYKTTICGKGLSATV(配列番号:45)、RQIFGDYKTTCGKGLSATVTGGQKGRGSRGQ(配列番号:46)、KGLSATVTGGQKGRGYRGQH(配列番号:47)、QKGRGSRGQHQAHSLERVCH(配列番号:48)、KGRGSRGQHQAHSLERVCHCLGCWLGHPDKFV(配列番号:49)、LGHPDKFVGITYALTVVWLLVFACSAVPVYIY(配列番号:50)、SAVPVYIYFNTWTTCQSIAAPCKTSASIGTLC(配列番号:51)、AVPVYIYFNTWTTCQSIAFP(配列番号:52)、WTTCQSIAFPSKTSASIGSL(配列番号:53)、SASIGTLCADARMYGVLPWNAFFGKVCGSNLL(配列番号:54)、KVCGSNLLSICKTAEFQMTFHLFIAAFVGAAA(配列番号:55)、AAFVGAAATLVSLLTFMIAATYNFAVLKLMGR(配列番号:56)、MIAATYNFAVLKLMGRGTKF(配列番号:57)、およびMAATYNFAVLKLMGRFTKF(配列番号:58)と関連付けられる。
一部の実施形態では、抗原ペプチドまたは抗原ポリペプチドは患者特異的であり、患者のMHCについて設計される。例えば、医師は、自己免疫障害を有する患者を診断し、疾患の重篤度を決定することができる。患者のクラスI(HLA−A、B、およびC)およびII(HLA−DR、DQ、DP)領域を型別することができ、型別は現在では、DNAシークエンシングを使用し、参照データベース(https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/)との比較を用いて高分解能で行うことができる。自己免疫関与の最も強い証拠を有する患者のクラスIおよびII MHCは、障害について同定され得る。特定の自己免疫障害と関連付けられることが既知のものを参照として使用することができる。例えば、表1および表2を参照。最も強い証拠ベースの抗原が障害(iedb.org/)および表1について同定される。患者自己免疫関与MHCに結合することが期待される個別化されたペプチド(cbs.dtu.dk/services/NetMHC/またはcbs.dtu.dk/services/NetMHCII/)およびタンパク質標的(クラスIIについて)のセットが同定され得る。
病原性免疫細胞の標的化を可能とするために、個別化されたMHC−CARレンチウイルスまたはmRNAが患者のために調製され得る。個別化されたレンチウイルスは、追加の治療法、病原性細胞との所望の相互作用、所望の位置への経路制御(病原性の炎症性もしくは炎症生成細胞との相互作用のため)、またはサイトカインの分泌(炎症を低減するため)との併用治療を可能とするために受容体または細胞改変と組み合わせることができる自己または同種T細胞(CTLおよび/またはTreg)を調製するために使用される。
(c)共刺激シグナル伝達ドメイン
多くの免疫細胞は、細胞増殖、分化および生存を促進する他に、細胞のエフェクター機能を活性化させるために、抗原特異的シグナルの刺激に加えて共刺激を必要とする。本明細書に記載されるMHC−CARは、1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含んでもよい。「共刺激シグナル伝達ドメイン」という用語は、本明細書において使用される場合、細胞内のシグナル伝達を媒介してエフェクター機能などの免疫応答を誘導するタンパク質の少なくとも一部分を指す。本明細書に記載されるMHC−CARの共刺激シグナル伝達ドメインは、シグナルを伝達し、T細胞、NK細胞、マクロファージ、好中球、または好酸球などの免疫細胞により媒介される応答をモジュレ―トする共刺激タンパク質からの細胞質シグナル伝達ドメインであり得る。
宿主細胞(例えば、免疫細胞)中の共刺激シグナル伝達ドメインの活性化は、サイトカインの産生および分泌、貪食特性、増殖、分化、生存、ならびに/または細胞傷害性を増加または減少させるように細胞を誘導してもよい。任意の共刺激分子の共刺激シグナル伝達ドメインは、本明細書に記載されるMHC−CARにおいて使用するために適合性であってもよい。キメラ受容体において使用するための共刺激シグナル伝達ドメインの例は、B7/CD28ファミリーのメンバー(例えば、B7−1/CD80、B7−2/CD86、B7−H1/PD−L1、B7−H2、CD28、CTLA−4、ICOS/CD278、またはPD−1);TNFスーパーファミリーのメンバー(例えば、4−1BB/TNFSF9/CD137、4−1BBリガンド/TNFSF9、CD40/TNFRSF5、CD40リガンド/TNFSF5、DR3/TNFRSF25、OX40/TNFRSF4、OX40リガンド/TNFSF4、またはTNF−アルファ);ならびに、特定の薬物分子の存在下でのみ共刺激が誘導されることを可能とするFRB、およびFKBFなどの他の分子(但し、ここでは、特有のヘテロ二量体MHC−CARとの関連)が挙げられるがこれらに限定されない共刺激タンパク質の細胞質シグナル伝達ドメインであり得る。Wu et al., Science, 350(6258):aab4077, 2015。一部の実施形態では、共刺激タンパク質の任意の細胞質シグナル伝達ドメインが、不活性バイスタンダーB細胞(例えば、CD19もしくはCD20−CARを用いる)または血漿細胞(例えば、CS1−CARおよび/もしくはCS1ノックアウトを用いる)を標的化する受容体において使用されてもよい。
一部の事例では、MHC−CARは、組合せ(例えば、2つまたは3つ)の共刺激ドメインを含んでもよく、これらの共刺激ドメインは、同じ共刺激受容体からのものまたは異なる共刺激受容体からのものであってもよい。例としては、CD28+4−1BB、CD28+FRB、CD28+FKBF、または4−1BB+FRBが挙げられる。図9も参照。一部の例では、MHC−CARは、CD28からの共刺激ドメイン、4−1BBからの共刺激ドメイン、または両方を含む。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、短いリンカーにより先行される。例えば、クラスII MHC−CARについて短いリンカーはTS(すなわち、MHC内部リンカー)であってもよく、クラスI MHC−CARについて短いリンカーは短いリンカーはPGであってもよい。
一部の事例では、本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトは、共刺激ドメインを含まなくてもよい。代替的に、それは非伝統的エレメントを含有してもよく、該エレメントは、TALENヌクレアーゼ、活性化因子、またはリプレッサーなどであり、これらは現在では、再コードまたは非反復含有TALドメインを使用して臨床応用可能なレンチウイルス形態で実施されてもよく、Notchに由来する膜ドメインを通じて単鎖MHC−CARに連結される。
本明細書に記載されるMHC−CARにおいて使用するための例示的な共刺激ドメインとしては、以下が挙げられるがこれらに限定されない:
41BB細胞内ドメイン:KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号:59)

41BBe細胞内ドメイン:pgKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELaha(配列番号:60)

CD28細胞内ドメイン:RSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS(配列番号;61)

CD28e細胞内ドメイン:pgRSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSaha(配列番号:62)

FRB:EMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVKDLLQAWDLYYHVFRRI(配列番号:63)

リンカーを有するFBP
(GSSS)−EMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVKDLLQAWDLYYHVFRRI−(GSSS)(配列番号:64)

FKRB
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号:65)

リンカーを有するFKBP
(GSSS)−GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE−(GSSS)(配列番号:66)
(d)細胞質シグナル伝達ドメイン
本明細書に記載されるキメラ受容体を構築するために、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)を含む任意の細胞質シグナル伝達ドメインが使用され得る。「ITAM」は、本明細書において使用される場合、多くの免疫細胞中で発現されるシグナル伝達分子のテイル部分に一般に存在する保存されたタンパク質モチーフである。モチーフは、6〜8アミノ酸により分離されたアミノ酸配列YxxL/Iの2つのリピートを含んでもよく、各xは独立して、保存されたモチーフYxxL/Ix(6〜8)YxxL/Iを生成する任意のアミノ酸である。一部の例では、ITAMを含む細胞質シグナル伝達ドメインは、CD3ζのものである。一部の例では、MHC−CARは、共刺激ドメインを含まず、かつ、細胞質シグナル伝達ドメインは短いリンカーにより先行されている。例えば、クラスII MHC−CARについて、短いリンカーはTS(すなわち、MHC内部リンカー)であってもよい。例えば、クラスI MHC−CARについて、短いリンカーはPGであってもよい。一部の場合には、リンカーは、AHAであるか、または存在しなくてもよく、これは共刺激ドメインがシグナル伝達ドメインの前に存在するある特定の事例などである。
一部の実施形態では、MHC−CARは、細胞質シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ζのものを含まなくてもよい。そのようなCD3ζ非含有MHC−CARは、標的細胞に対する抑制効果を有し、または標的細胞の死を誘導する。Moisini, et al., The Journal of Immunology, 180(5), pp.3601-3611。
CD3ζからの例示的な細胞質シグナル伝達ドメインを以下に提供する:
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:67)
CD3ζからの細胞質シグナル伝達ドメインをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
AGAGTAAAGTTTTCCCGAAGTGCGGACGCTCCCGCGTATCAGCAAGGTCAAAACCAGCTTTACAACGAACTGAACTTGGGACGACGCGAAGAGTACGATGTTCTTGATAAGCGGAGAGGGCGCGATCCCGAAATGGGGGGAAAGCCTCGGAGGAAGAACCCACAAGAAGGCCTTTATAATGAACTGCAGAAGGACAAGATGGCGGAGGCGTATTCCGAAATAGGCATGAAGGGTGAACGGAGGAGAGGAAAGGGACATGACGGACTTTATCAAGGATTGTCTACCGCAACTAAAGACACCTATGACGCGTTGCACATGCAGGCTCTCCCTCCGAGA(配列番号:410)

CGGGTCAAATTTAGCAGATCCGCTGACGCACCGGCCTACCAGCAGGGCCAGAACCAACTCTACAACGAGCTGAATCTCGGCCGACGGGAAGAGTATGACGTACTCGACAAGCGGAGAGGTCGAGACCCTGAGATGGGCGGTAAACCGAGACGGAAAAATCCCCAAGAGGGTCTTTATAATGAACTCCAGAAGGATAAGATGGCTGAAGCCTATTCTGAGATAGGGATGAAAGGCGAGCGGCGGAGGGGTAAGGGCCATGATGGCCTTTACCAGGGACTCTCCACGGCAACCAAAGATACTTACGACGCCCTTCACATGCAAGCCCTCCCGCCACGC(配列番号:422)
(e)追加の成分
本明細書に記載されるMHC−CARは、以下の成分:ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、シグナル(リーダー)ペプチド、およびペプチドリンカーの1つまたは複数を任意選択的にさらに含んでもよい。
一部の事例では、抗原ペプチドは、結果として得られるMHC−CARの免疫標的化活性を増進するためおよび/またはMHC−TCR複合体への標的細胞による抗体応答を低減するためにヒンジペプチドに連結されてもよい。一部の例では、ヒンジペプチドを含有するMHC−CARは、細胞質ドメインを含まなくてもよい(例えば、CD3ζドメインを含まない)。ヒンジペプチドを含有するMHC−CARコンストラクトはまた、MHCクラスI部分を含んでもよい。ヒンジドメインは、約10〜100アミノ酸、例えば、15〜75アミノ酸、20〜50アミノ酸、または30〜60アミノ酸を含有してもよい。一部の実施形態では、ヒンジドメインは、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65、70、または75アミノ酸の長さであってもよい。
一部の例では、以下のペプチドリンカーがクラスI MHC−CARにおいて使用され得る:
MHCIリンカー1:GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号:68)
MHCIリンカー2:GGGGGGSGGSGGSGG(配列番号:69)
MHCIリンカー3:GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号:70)
MHCIリンカー4:GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号:68)
クラスII MHC−CARのための例示的なペプチドリンカーは、GSGSGSGS(MHCIIリンカー1;配列番号:72)、GGGGSGGGGSGGGGS(MHC IIリンカーII;配列番号:68)、GGGGSGGGGSGGS(配列番号:400)、またはMHCIリンカーとして本明細書に記載されるもの(すなわち、MHCIリンカー1〜4)であり得る。クラスII MHC−CARのための例示的なプレペプチドリンカーは、ASもしくはGSまたはASもしくはGSのいずれかの1もしくは2コピーであり得る。
配列番号:400により提供されるペプチドリンカーをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する。
GGGGGAGGCGGATCTGGCGGAGGCGGGAGTGGAGGCTCA(配列番号:401)
本明細書に記載されるMHC−CARにおいて使用するためのヒンジペプチドは、天然に存在する受容体に由来してもよい。ヒンジドメインを含むことが当該技術分野において公知の任意のタンパク質のヒンジドメインは、本明細書に記載されるキメラ受容体において使用するために適合性である。一部の実施形態では、ヒンジドメインは、CD8αのヒンジドメインの部分、例えば、CD8αのヒンジドメインの少なくとも15(例えば、20、25、30、35、または40)個の連続するアミノ酸を含有する断片である。代替的に、それは合成ペプチドであってもよい。
例示的なヒンジドメインとしては、IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号:73)、およびIWAPLAGICVALLLSLIITLI(配列番号:74)が挙げられる。追加の例を以下に提供する:
FKBP/FRB−CD8ヒンジ:
Figure 2021502122
GS短ヒンジ:GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号:68)
GS長ヒンジ:GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号:76)
H2−Kbヒンジ:LRWEPPPSTVSNM(配列番号:77)
HLA−A2ヒンジ:LRWEPSSQPTIPI(配列番号:78)
HLA−A3ヒンジ:LRWELSSQPTIPI(配列番号:79)

DAP10ヒンジ:QTTPGERSSLPAFYPGTSGSCSGCGSLSLP(配列番号:80)
リンカーを有するDAP10ヒンジ:(GSSS)QTTPGERSSLPAFYPGTSGSCSGCGSLSLP(配列番号:81)
DAP12ヒンジ:LRPVQAQAQSDCSCSTVSP(配列番号:82)
リンカーを有するDAP12ヒンジ:(GSSS)LRPVQAQAQSDCSCSTVSP(配列番号:83)

FcIgGIIIaヒンジ:GLAVSTISSFFPPGYQ(配列番号:84)
CD8αヒンジ:TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号:85)

IgGlヒンジ:
EPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号:86)

DRA*0101ヒンジ:EFDAPSPLPETTE(配列番号:87)
DRB1*1501ヒンジ:VEWRARSESAQSK(配列番号:88)
DRA*0101ヒンジをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する。
GAGTTCGACGCCCCATCACCGCTTCCAGAAACGACTGAA(配列番号:417)
DRB1*1501ヒンジをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する。
GTTGAGTGGAGGGCGCGGTCAGAGAGCGCACAATCTAAA(配列番号:404)
一部の実施形態では、本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトは、膜貫通ドメインをさらに含む。MHC−CARにおいて使用するための任意の膜貫通ドメインは、当該技術分野において公知の任意の形態であり得る。本明細書において使用される場合、「膜貫通ドメイン」は、細胞膜、好ましくは真核細胞膜中で熱力学的に安定な任意のタンパク質構造を指す。本発明において使用されるキメラ受容体において使用するために適合性の膜貫通ドメインは、天然に存在するタンパク質から得られたものであってもよい。代替的に、それは、合成の、天然に存在しないタンパク質セグメント、例えば、細胞膜中で熱力学的に安定な疎水性のタンパク質セグメントであり得る。
膜貫通ドメインは、膜貫通ドメインの三次元構造に基づいて分類される。例えば、膜貫通ドメインは、アルファヘリックス、1つより多くのアルファヘリックスの複合体、ベータバレル、または細胞のリン脂質二重層を貫通することができる任意の他の安定な構造を形成してもよい。さらには、膜貫通ドメインは、追加的または代替的に、膜貫通ドメインが膜を貫通する回数およびタンパク質の配向を含む、膜貫通ドメインのトポロジーに基づいて分類されてもよい。例えば、1回膜貫通タンパク質は細胞膜を1回貫通し、複数回貫通膜タンパク質は細胞膜を少なくとも2回(例えば、2、3、4、5、6、7またはより多くの回数)貫通する。
膜タンパク質は、細胞の内側および外側に対するそれらの末端および膜貫通セグメント(複数可)のトポロジーに依存してI型、II型またはIII型として定義され得る。I型膜タンパク質は単一の膜貫通領域を有し、タンパク質のN末端が細胞の脂質二重層の細胞外側に存在し、かつタンパク質のC末端が細胞質側に存在するように配向している。II型膜タンパク質もまた単一の膜貫通領域を有するが、タンパク質のC末端が細胞の脂質二重層の細胞外側に存在し、かつタンパク質のN末端が細胞質側に存在するように配向している。III型膜タンパク質は複数の膜貫通セグメントを有し、膜貫通セグメントの数ならびにN末端およびC末端の位置に基づいてさらに下位分類されることがある。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるMHC−CARの膜貫通ドメインは、I型1回膜貫通タンパク質、例えば、CD8α、CD8β、4−1BB/CD137、またはCD28に由来する。複数回貫通膜タンパク質からの膜貫通ドメインもまた、本明細書に記載されるキメラ受容体において使用するために適合性のことがある。複数回貫通膜タンパク質は、複合体(少なくとも2、3、4、5、6、7もしくはより多くの)アルファヘリックスまたはベータシート構造を含んでもよい。好ましくは、複数回貫通膜タンパク質のN末端およびC末端は、脂質二重層の対向する側に存在し、例えば、タンパク質のN末端は脂質二重層の細胞質側に存在し、かつタンパク質のC末端は細胞外側に存在する。複数回貫通膜タンパク質からの1または複数のヘリックス通過を本明細書に記載されるキメラ受容体バリアントを構築するために使用することができる。
本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトの構築において使用するための例示的な膜貫通ドメインを以下に提供する:
CD8a膜貫通ドメイン:IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC(配列番号:89)
HLA−A2膜貫通ドメイン:VGIIAGLVLFGAVITGAVVAAVMW(配列番号:90)
HLA−A3膜貫通ドメイン:VGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMW(配列番号:91)
CD3ゼータ膜貫通ドメイン:LCYLLDGILFIYGVILTALFL(配列番号:92)
DR*1501膜貫通ドメイン:MLSGVGGFVLGLLFLGAGLFI(配列番号:93)
DR*1501e膜貫通ドメイン:MLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQ(配列番号:94)
DRA*0101膜貫通ドメイン:NVVCALGLTVGLVGIIIGTIFII(配列番号:416)
DRA*0101e膜貫通ドメイン:NVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIKGL(配列番号:418)
DR*1501e膜貫通ドメインをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
ATGCTGTCAGGAGTAGGCGGATTTGTACTCGGACTCCTCTTTTTGGGCGCTGGGTTGTTTATCTACTTTAGAAACCAA(配列番号:406)
DRA*0101e膜貫通ドメインをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
AACGTTGTCTGCGCTCTTGGCCTGACAGTGGGCCTGGTAGGCATTATTATCGGGACCATCTTTATCATCAAAGGTTTG(配列番号:419)

Notch膜貫通ドメイン:
ILDYSFTGGAGRDIPPPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRR(配列番号:95)

Notch 2膜貫通ドメイン:
PCVGSNPCYNQGTCEPTSENPFYRCLCPAKFNGLLCHILDYSFTGGAGRDIPPPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRR(配列番号:96)
一部の実施形態では、MHC−CARはまた、ポリペプチドのN末端においてシグナルペプチド(シグナル配列またはリーダーペプチドとしても公知)を含んでもよい。一般に、シグナル配列は、細胞中の所望の部位にポリペプチドを標的化するペプチド配列である。一部の実施形態では、シグナル配列は、MHC−CARを細胞の分泌経路に標的化し、脂質二重層へのMHC−CARの組込みおよびアンカリングを可能とする。本明細書に記載されるキメラ受容体において使用するために適合性の、天然に存在するタンパク質のシグナル配列または合成の天然に存在しないシグナル配列を含むシグナル配列は当業者に明らかであろう。一部の実施形態では、CD8αからのシグナル配列である。一部の実施形態では、シグナル配列はCD28からのものである(例えば、MLRLLLALNLFPSIQVTG(配列番号:97))。
例示的なシグナルペプチドとしては、ベータ−2−ミクログロブリンシグナルペプチド(例えば、MSRSVALAVLALLSLSGLEA(配列番号:98))、HLA A3シグナルペプチド(例えば、MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWA(配列番号:99)、または)、DRA*0101シグナルペプチド(例えば、MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWA(配列番号:100))、DRB1*1501シグナルペプチド(例えば、MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLAL(配列番号:101))、およびDRB5シグナルペプチド(例えば、MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALA(配列番号:102))が挙げられるがこれらに限定されない。例示的なシグナルペプチドには、AS、GS、ASAS、GSGSなどの柔軟なプレペプチドリンカーが後続してもよい。一部の実施形態では、柔軟なプレペプチドリンカーは、シグナルペプチドがクラスIIであり、かつ導入されるペプチドが後続する場合に使用される。本明細書に記載されるMHC−CARをコードする任意のコンストラクトは、上記のプレペプチドリンカーのいずれかをコードする核酸配列を含んでもよく、例えば、ASは核酸配列GCATCTによりコードされてもよく、TSは核酸配列ACAAGTによりコードされてもよい。
ベータ−2−ミクログロブリンシグナルペプチドをコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
ATGGTATGCTTGAAGCTCCCGGGCGGGTCCTGCATGACCGCTCTCACTGTTACTCTTATGGTCCTTAGTTCACCGCTTGCCCTG(配列番号:397)

ATGGCAATATCTGGTGTTCCTGTCCTCGGGTTTTTTATCATAGCCGTACTGATGTCAGCACAGGAATCATGGGCG(配列番号:414)
一部の実施形態では、本明細書に記載されるMHC−CARは、本明細書に記載されるような他の成分の間の1つまたは複数のペプチドリンカーを含んでもよい。例としては、(GlySer)リンカー(xおよびnは独立して、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、またはより大きいものを含む、3〜12の整数であり得る)が挙げられる。一部の例では、ペプチドリンカーは(GlySer)(配列番号:103)(nは3〜20の整数であり得る)であり得る。特定の例としては、(GlySer)(配列番号:68)、(GlySer)(配列番号:69)、(GlySer)(配列番号:76)、(GlySer)12(配列番号:105)、および(GlySer)15(配列番号:106)が挙げられる。
(ii)MHC−CARの構成
本明細書に記載される1つまたは複数の成分を含む本明細書に開示されるMHC−CARコンストラクトは、任意の好適なフォーマットで構成されていてもよい。例示的なMHCクラスIコンストラクトおよびMHCクラスIIコンストラクトを図7および図8に提供する。
本明細書に記載されるようなMHCクラスI部分を含有するMHC−CARコンストラクトは、MHCクラスI部分、抗原ペプチド、およびシグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激ドメイン、細胞質シグナル伝達ドメイン、またはその組合せ)、ならびに任意選択的に本明細書に記載される追加の成分の1つまたは複数を含む単一の融合ポリペプチドであってもよい。例えば、図8を参照。一部の例では、MHCクラスI CARコンストラクトは、抗原ペプチドに隣接するヒンジドメインを含有する。MHCクラスI CARは、β2−ミクログロブリン(b2m)を含有しなくてもよい。細胞表面上に発現される場合、そのようなMHC−CARは、内因性のb2mとヘテロ二量体を形成してもよい。代替的に、MHCクラスI CARはまた、b2mを含んでもよく、b2mは、アルファ鎖と融合して単一のポリペプチドを生じてもよい。一部の事例では、MHCクラスI CARは、2つのサブユニットを含有してもよく、1つはアルファ鎖またはその部分(例えば、細胞外ドメイン)を含んでもよく、かつ、他方はb2mまたはその部分(例えば、細胞外ドメイン)を含んでもよい。一部の例では、抗原ペプチドはアルファ鎖に融合していてもよい。他の例では、抗原ペプチドはb2mに融合していてもよい。任意選択的に、MHCクラスI CARは、2つの成分の間にペプチドリンカーを含有してもよい。一例を図8Bに提供する。
一部の例では、MHC−CARは、クラスI分子またはその部分、例えば、HLA A3またはHLA A2、およびクラスI分子による提示のために好適な抗原ペプチド(例えば、PLP断片KLIETYFSK(配列番号:107)またはTAX断片LLFGYPVYV(配列番号:108))を含む。任意選択的に、MHC−CARはb2mをさらに含んでもよい。代替的に、b2m分子は、クラスI MHC−CARとは別々に発現されてもよい。クラスI分子およびb2m配列の例を以下に提供する:
HLA A2:
GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLT(配列番号:109)
HLA A3:
GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQIMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHEAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLT(配列番号:110)
上記についての微小拡張:LRWE(配列番号:111)

H−2Kアルファ3ドメイン(下線/斜体)を有するHLA A2
Figure 2021502122
H−2Kアルファ3ドメイン(下線/斜体)を有するHLA A3
Figure 2021502122
上記についての微小拡張:LRWE(配列番号:111)

ベータ−2−ミクログロブリン(ヒト):
IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM(配列番号:114)

ベータ−2−ミクログロブリン(マウス):
IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM(配列番号:115)
図7は、MHCクラスII CARコンストラクトの多数の例示的な設計を提供する。典型的に、MHCクラスII CARコンストラクトは2つのサブユニットを含有し、1つはアルファ鎖またはその部分(例えば、細胞外ドメイン)を含み、かつ他方はベータ鎖またはその部分(例えば、細胞外ドメイン)を含む。抗原ペプチドは、アルファ鎖またはベータ鎖のいずれかに融合され得る。一部の事例では、MHCクラスII CARはまた、単一の融合ポリペプチドのフォーマットであり得、該フォーマットでは、アルファ鎖およびベータ鎖は融合して単一のポリペプチドを形成する。MHCクラスII CARのアルファ鎖およびベータ鎖は同じMHCクラスII分子に由来してもよい。代替的に、それらは異なるMHCクラスII分子からのものであってもよい。例えば、MHCクラスII CARは、HLA DRA*1010からのアルファ鎖およびHLA DRB1*1501からのベータ鎖を含有してもよく、それはMBPペプチドなどの抗原ペプチドと融合していてもよい。
一部の例では、MHC−CARは、クラスII分子またはその部分、例えば、DRB1*1501またはDRA*0101、およびクラスII分子による提示のために好適な抗原ペプチド(例えば、MBP断片DENPVVHFFKNIVTPRTPP(配列番号:15))を含む。クラスII分子配列の例を以下に提供する;
DRB1*1501:
GDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLT(配列番号:117)

DRA*0101
IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHW(配列番号:118)

DRB1*1501ヒト/IA−Dベータマウス(突然変異残基を太字および下線としている)
Figure 2021502122
DRA*0101ヒト/IA−Dアルファマウス(突然変異残基を太字および下線としている)
Figure 2021502122
DR−2ベータミニ(突然変異残基を太字および下線としている)
Figure 2021502122
DR−2アルファミニ
Figure 2021502122
DRB1*1501をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
GGAGACACAAGACCCCGATTCTTGTGGCAGCCCAAAAGGGAGTGCCATTTTTTCAATGGGACGGAACGAGTTCGCTTCCTTGATCGGTACTTTTACAACCAAGAAGAGAGTGTACGGTTCGACTCAGATGTCGGCGAGTTCCGAGCGGTTACGGAATTGGGGCGACCTGACGCGGAGTACTGGAACTCCCAAAAGGATATTTTGGAGCAGGCACGAGCAGCTGTGGACACCTATTGTCGACATAATTATGGTGTGGTGGAATCCTTTACAGTTCAGCGGCGGGTGCAACCTAAAGTGACCGTGTATCCATCTAAAACGCAACCCCTCCAACACCATAACCTCCTGGTGTGTTCCGTAAGCGGCTTCTATCCCGGGTCAATTGAGGTCAGGTGGTTCCTCAACGGTCAGGAGGAGAAGGCCGGAATGGTAAGTACTGGTCTTATCCAGAACGGAGACTGGACCTTCCAAACTTTGGTAATGTTGGAAACGGTGCCGCGATCCGGGGAGGTGTATACATGCCAAGTTGAACACCCGAGTGTTACGAGCCCCCTGACG(配列番号:402)
DRA*0101をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
ATAAAAGAAGAGCACGTGATAATACAGGCGGAGTTTTATTTGAACCCGGACCAGAGCGGTGAGTTCATGTTCGATTTTGATGGCGACGAGATATTTCACGTTGACATGGCAAAAAAGGAAACGGTGTGGAGACTTGAGGAGTTTGGACGATTCGCATCATTTGAGGCACAAGGAGCACTCGCCAATATCGCGGTGGACAAGGCCAACCTGGAGATCATGACAAAACGCTCCAATTATACGCCTATCACTAATGTGCCCCCTGAGGTTACTGTGCTCACAAATTCTCCCGTAGAACTTAGGGAACCTAACGTCCTCATATGTTTCATCGACAAGTTCACTCCTCCGGTGGTCAATGTAACGTGGCTTCGGAATGGTAAGCCGGTCACCACGGGTGTCTCAGAGACCGTATTTCTGCCCAGAGAAGACCACCTCTTCCGCAAATTTCATTACCTTCCCTTTCTTCCTTCAACGGAAGACGTTTACGACTGCAGGGTCGAACATTGGGGGCTTGACGAGCCACTTCTCAAGCATTGG(配列番号:415)
本明細書に記載される任意のMHCクラスIおよびMHCクラスIIコンストラクトは、1つまたは複数のシグナル伝達ドメインおよび任意選択的に追加の成分の1つまたは複数にさらに融合され得る。一部の事例では、本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトはシグナル伝達ドメインを含まない。
好ましくは、本明細書に記載されるようなMHC−CARは、マッチしたMHC部分および抗原ペプチド、例えば、天然の状態において抗原ペプチドまたは相同アナログを提示するMHC分子を含有する。一部の事例では、本明細書に記載されるMHC−CARは、HLA DRB1*1501からのアルファ鎖またはベータ鎖およびこのHLAアレルと関連付けられる抗原ペプチド、例えば、本明細書に記載されるMBPペプチドおよび他のものを含有してもよい。自己免疫疾患に関与する抗原ペプチドと特定のHLAアレルとの間の関連は当該技術分野において周知であり、または常用の実施、例えば、ライブラリースクリーニングを介して同定され得る。
1つの例示的なMHC−CARは、以下のフォーミュラを有してもよい(+/−は、特定の成分は任意選択的であることを意味する):
単鎖(MHCクラスIまたはII+ペプチド)(+/−ヒンジ)+単鎖CD28/4−1BB(+/−ジロイシンモチーフ)(+/−CD3ゼータ))。(以前に記載されたように追加の短いペプチドリンカーを成分間に付加することができる。)
他の例示的なMHC−CAR設計(単鎖および複数鎖)を図10に示す。複数鎖コンストラクトの場合、1つまたは複数の短ヒンジを使用してMHC−CARの発現の成功を増進してもよい。さらに、構造の部分をマウスドメインからの保存されたドメインと置換して交差反応性を予防することが望ましいことがある。なお、一部の場合には、内部ドメインは鎖の1つにのみ取り付けられてもよい。
MHC−CAR結合(MBPを提示する)TCRのアミノ酸配列を以下に提供する:
TCRアルファMBP:
METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATAAVGGFKTIFGAGTRLFVKANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:123)

TCRベータMBP
MLLLLLLLGLAGSGLGAVVSQHPSWVISKSGTSVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSARDLTSGANNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号;124)

TCRアルファクラスI
mamllgasvl ilwlqpdwvn sqqkndd
QQVKQNSPSLSVQEGRISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNADGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYFCAAMEGAQKLVFGQGTRLTINPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS
Cdvklve ksfetdtnln fqnlsvigfr illlkvagfn llmtlrlwss(配列番号:125)

TCRベータクラスI:
msigllccaa lsllwagpv
NAGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASSYPGGGFYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQDPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD
cgftse syqqgvlsat ilyeillgka tlyavlvsal vlmamvkrkd srg(配列番号:126)
例示的なCD19標的化CARコンストラクトのアミノ酸配列を以下に提供する(なお、これらの設計は、cd28ドメインにより置換されてもよい4−1BBドメインを含有する):
4G7−CARバージョン1:
MALPVTALLLPLALLLHAARPEVQLQQSGPELIKPGASVKMSCKASGYTFTSYVMHWVKQKPGQGLEWIGYINPYNDGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAVYYCARGTYYYGSRVFDYWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQAAPSIPVTPGESVSISCRSSKSLLNSNGNGSGSGTAFTLRISRVEAEDVGVYYCMQHLEYPFTAGTKLELKRSDPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:127)

4G7−CARバージョン2:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG EVQLQQSGPE LIKPGASVKM SCKASGYTFT SYVMHWVKQK PGQGLEWIGY INPYNDGTKY NEKFKGKATL TSDKSSSTAY MELSSLTSED SAVYYCARGT YYYGSRVFDY WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQAAPSIPVT PGESVSISCR SSKSLLNSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DRFSGSGSGT AFTLRISRVE AEDVGVYYCM QHLEYPFTFG AGTKLELKRS DPTTTPAPRP PTPAPTIASQ PLSLRPEACR PAAGGAVHTR GLDFACDIYI WAPLAGTCGV LLLSLVITLY CKRGRKKLLY IFKQPFMRPV QTTQEEDGCS CRFPEEEEGG CELRVKFSRS ADAPAYQQGQ NQLYNELNLG RREEYDVLDK
RRGRDPEMGG KPRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ ALPPR(配列番号:128)
例示的なCD19標的化CARコンストラクトの核酸配列を以下に提供する。
4G7−CARバージョン2
atggagacagacactcttctcctttgggtcttgctgctgtgggttcccggaagcacaggagaagtacagttgcaacagtctgggccagaactcatcaaacccggagcttctgtaaaaatgtcatgcaaagctagtggatatacatttacttcttacgtgatgcactgggtaaaacagaaacctggtcaggggcttgagtggatcgggtacattaacccatataatgacggcaccaaatataacgagaaattcaagggaaaggctacgcttacatcagataagtccagtagcaccgcttatatggaacttagcagccttacttccgaagattccgcggtgtattactgcgcgagagggacttactactacgggagtcgagtattcgattattggggtcaaggcacgacgctcacggtgagctcaggtggtggagggtctgggggtggcggcagtggtggggggggctcagacatcgtgatgacccaggcagcaccttctatcccggtaaccccaggcgagtctgtatctatcagttgtcggtccagcaagtctcttctcaacagtaatggcaatacatatctttactggttcctccaaaggcctgggcaaagtcctcaacttcttatatatcggatgtccaatcttgcgagtggcgtacccgacaggttttcagggtctgggagcggaacagcttttacgttgagaatatccagggtagaagctgaggacgtcggtgtatattattgcatgcaacatctcgaatacccctttaccttcggcgctggtacaaagctcgaattgaaacgcagcgatccaaccacgacgccagcgccacgaccacctacgcccgctccaactattgcctcccagcccctgagtcttcggccagaagcgtgtagacctgctgccggcggggccgttcatacgcggggccttgactttgcatgtgatatctatatatgggctcctttggcgggaacttgcggagtgcttcttttgtcactcgtgataacgttgtattgtaaaaggggtcgaaagaaactcctctatatatttaagcagccctttatgaggcccgtgcaaacaacacaagaagaggacggatgctcttgtcgattcccggaagaggaggagggggggtgtgagcttagggtcaagttttctcgctctgccgacgcgccagcctatcaacagggccaaaaccagctgtataacgaactcaacctcgggcgccgggaagagtatgacgtccttgacaaacggcgcggtcgcgaccctgaaatgggtggaaaaccgaggcgaaagaacccccaggagggactttacaacgaattgcaaaaagacaagatggccgaagcctattccgaaattggaatgaaaggcgagcggagacgaggtaaggggcatgacggcctgtatcaagggctctctacggccacgaaggatacttacgacgcccttcatatgcaagctcttccaccacgg(配列番号:390)
MHC−CAR1部分B(MHC−DRB CAR)−HLA DRB1*1501(シグナルペプチド)、MBPペプチド、HLA DRB1*1501(外側、ヒンジ、膜貫通)CD3ζ(細胞質シグナル伝達ドメイン)を含有するMHC−CAR1を以下に提供する:
MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALASDENPVVHFFKNIVTPRTPPGGGGSGGGGSGGSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:412)
MHC−CAR1部分B(MHC−DRB CAR)−HLA DRB1*1501(シグナルペプチド)、MBPペプチド、HLA DRB1*1501(外側、ヒンジ、膜貫通)CD3ζ(細胞質シグナル伝達ドメイン)を含有するMHC_CAR1をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
ATGGTATGCTTGAAGCTCCCGGGCGGGTCCTGCATGACCGCTCTCACTGTTACTCTTATGGTCCTTAGTTCACCGCTTGCCCTGGCATCTGATGAGAATCCCGTGGTTCATTTTTTTAAGAACATCGTCACACCGCGCACCCCACCTGGGGGAGGCGGATCTGGCGGAGGCGGGAGTGGAGGCTCAGGAGACACAAGACCCCGATTCTTGTGGCAGCCCAAAAGGGAGTGCCATTTTTTCAATGGGACGGAACGAGTTCGCTTCCTTGATCGGTACTTTTACAACCAAGAAGAGAGTGTACGGTTCGACTCAGATGTCGGCGAGTTCCGAGCGGTTACGGAATTGGGGCGACCTGACGCGGAGTACTGGAACTCCCAAAAGGATATTTTGGAGCAGGCACGAGCAGCTGTGGACACCTATTGTCGACATAATTATGGTGTGGTGGAATCCTTTACAGTTCAGCGGCGGGTGCAACCTAAAGTGACCGTGTATCCATCTAAAACGCAACCCCTCCAACACCATAACCTCCTGGTGTGTTCCGTAAGCGGCTTCTATCCCGGGTCAATTGAGGTCAGGTGGTTCCTCAACGGTCAGGAGGAGAAGGCCGGAATGGTAAGTACTGGTCTTATCCAGAACGGAGACTGGACCTTCCAAACTTTGGTAATGTTGGAAACGGTGCCGCGATCCGGGGAGGTGTATACATGCCAAGTTGAACACCCGAGTGTTACGAGCCCCCTGACGGTTGAGTGGAGGGCGCGGTCAGAGAGCGCACAATCTAAAATGCTGTCAGGAGTAGGCGGATTTGTACTCGGACTCCTCTTTTTGGGCGCTGGGTTGTTTATCTACTTTAGAAACCAAACAAGTAGAGTAAAGTTTTCCCGAAGTGCGGACGCTCCCGCGTATCAGCAAGGTCAAAACCAGCTTTACAACGAACTGAACTTGGGACGACGCGAAGAGTACGATGTTCTTGATAAGCGGAGAGGGCGCGATCCCGAAATGGGGGGAAAGCCTCGGAGGAAGAACCCACAAGAAGGCCTTTATAATGAACTGCAGAAGGACAAGATGGCGGAGGCGTATTCCGAAATAGGCATGAAGGGTGAACGGAGGAGAGGAAAGGGACATGACGGACTTTATCAAGGATTGTCTACCGCAACTAAAGACACCTATGACGCGTTGCACATGCAGGCTCTCCCTCCGAGA(配列番号:413)
MHC−CAR1部分A(MHC−DRA CAR)HLA−DRA*1010(シグナルペプチド、外側、ヒンジ、膜貫通)、CD3ζ(細胞質シグナル伝達ドメイン)を含有するMHC−CARを以下に提供する:
MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIKGLTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:423)
MHC−CAR1部分A(MHC−DRA CAR)HLA−DRA*1010(シグナルペプチド、外側、ヒンジ、膜貫通)、CD3ζ(細胞質シグナル伝達ドメイン)をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
ATGGCAATATCTGGTGTTCCTGTCCTCGGGTTTTTTATCATAGCCGTACTGATGTCAGCACAGGAATCATGGGCGATAAAAGAAGAGCACGTGATAATACAGGCGGAGTTTTATTTGAACCCGGACCAGAGCGGTGAGTTCATGTTCGATTTTGATGGCGACGAGATATTTCACGTTGACATGGCAAAAAAGGAAACGGTGTGGAGACTTGAGGAGTTTGGACGATTCGCATCATTTGAGGCACAAGGAGCACTCGCCAATATCGCGGTGGACAAGGCCAACCTGGAGATCATGACAAAACGCTCCAATTATACGCCTATCACTAATGTGCCCCCTGAGGTTACTGTGCTCACAAATTCTCCCGTAGAACTTAGGGAACCTAACGTCCTCATATGTTTCATCGACAAGTTCACTCCTCCGGTGGTCAATGTAACGTGGCTTCGGAATGGTAAGCCGGTCACCACGGGTGTCTCAGAGACCGTATTTCTGCCCAGAGAAGACCACCTCTTCCGCAAATTTCATTACCTTCCCTTTCTTCCTTCAACGGAAGACGTTTACGACTGCAGGGTCGAACATTGGGGGCTTGACGAGCCACTTCTCAAGCATTGGGAGTTCGACGCCCCATCACCGCTTCCAGAAACGACTGAAAACGTTGTCTGCGCTCTTGGCCTGACAGTGGGCCTGGTAGGCATTATTATCGGGACCATCTTTATCATCAAAGGTTTGACTTCCCGGGTCAAATTTAGCAGATCCGCTGACGCACCGGCCTACCAGCAGGGCCAGAACCAACTCTACAACGAGCTGAATCTCGGCCGACGGGAAGAGTATGACGTACTCGACAAGCGGAGAGGTCGAGACCCTGAGATGGGCGGTAAACCGAGACGGAAAAATCCCCAAGAGGGTCTTTATAATGAACTCCAGAAGGATAAGATGGCTGAAGCCTATTCTGAGATAGGGATGAAAGGCGAGCGGCGGAGGGGTAAGGGCCATGATGGCCTTTACCAGGGACTCTCCACGGCAACCAAAGATACTTACGACGCCCTTCACATGCAAGCCCTCCCGCCACGC(配列番号:424)
コンストラクト1(CD19 CARおよびCCR6領域)を以下に提供する:
METDTLLLWVLLLWVPGSTGEVQLQQSGPELIKPGASVKMSCKASGYTFTSYVMHWVKQKPGQGLEWIGYINPYNDGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAVYYCARGTYYYGSRVFDYWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQAAPSIPVTPGESVSISCRSSKSLLNSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLRISRVEAEDVGVYYCMQHLEYPFTFGAGTKLELKRSDPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEMLLCSLQEVRQFSRLFVPIAYSLICVFGLLGNILVVITFAFYKKARSMTDVYLLNMAIADILFVLTLPFWAVSHATGAWVFSNATCKLLKGIYAINFNCGMLLLTCISMDRYIAIVQATKSFRLRSRTLPRSKIICLVVWGLSVIISSSTFVFNQKYNTQGSDVCEPKYQTVSEPIRWKLLMLGLELLFGFFIPLMFMIFCYTFIVKTLVQAQNSKRHKAIRVIIAVVLVFLACQIPHNMVLLVTAANLGKMNRSCQSEKLIGYTKTVTEVLAFLHCCLNPVLYAFIGQKFRNYFLKILKDLWCVRRKYKSSGFSCAGRYSENISRQTSETADNDNASSFTM(配列番号:425)
コンストラクト1(CD19 CAR、CCR6、GFP領域)を以下に提供する:
METDTLLLWVLLLWVPGSTGEVQLQQSGPELIKPGASVKMSCKASGYTFTSYVMHWVKQKPGQGLEWIGYINPYNDGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAVYYCARGTYYYGSRVFDYWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQAAPSIPVTPGESVSISCRSSKSLLNSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLRISRVEAEDVGVYYCMQHLEYPFTFGAGTKLELKRSDPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEMLLCSLQEVRQFSRLFVPIAYSLICVFGLLGNILVVITFAFYKKARSMTDVYLLNMAIADILFVLTLPFWAVSHATGAWVFSNATCKLLKGIYAINFNCGMLLLTCISMDRYIAIVQATKSFRLRSRTLPRSKIICLVVWGLSVIISSSTFVFNQKYNTQGSDVCEPKYQTVSEPIRWKLLMLGLELLFGFFIPLMFMIFCYTFIVKTLVQAQNSKRHKAIRVIIAVVLVFLACQIPHNMVLLVTAANLGKMNRSCQSEKLIGYTKTVTEVLAFLHCCLNPVLYAFIGQKFRNYFLKILKDLWCVRRKYKSSGFSCAGRYSENISRQTSETADNDNASSFTMGSGATNFSLLKQAGDVEENPGPVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKANFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK(配列番号:429)
コンストラクト1(CD19 CAR、CCR6、GFP領域)をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
atggagacagacactcttctcctttgggtcttgctgctgtgggttcccggaagcacaggagaagtacagttgcaacagtctgggccagaactcatcaaacccggagcttctgtaaaaatgtcatgcaaagctagtggatatacatttacttcttacgtgatgcactgggtaaaacagaaacctggtcaggggcttgagtggatcgggtacattaacccatataatgacggcaccaaatataacgagaaattcaagggaaaggctacgcttacatcagataagtccagtagcaccgcttatatggaacttagcagccttacttccgaagattccgcggtgtattactgcgcgagagggacttactactacgggagtcgagtattcgattattggggtcaaggcacgacgctcacggtgagctcaggtggtggagggtctgggggtggcggcagtggtggggggggctcagacatcgtgatgacccaggcagcaccttctatcccggtaaccccaggcgagtctgtatctatcagttgtcggtccagcaagtctcttctcaacagtaatggcaatacatatctttactggttcctccaaaggcctgggcaaagtcctcaacttcttatatatcggatgtccaatcttgcgagtggcgtacccgacaggttttcagggtctgggagcggaacagcttttacgttgagaatatccagggtagaagctgaggacgtcggtgtatattattgcatgcaacatctcgaatacccctttaccttcggcgctggtacaaagctcgaattgaaacgcagcgatccaaccacgacgccagcgccacgaccacctacgcccgctccaactattgcctcccagcccctgagtcttcggccagaagcgtgtagacctgctgccggcggggccgttcatacgcggggccttgactttgcatgtgatatctatatatgggctcctttggcgggaacttgcggagtgcttcttttgtcactcgtgataacgttgtattgtaaaaggggtcgaaagaaactcctctatatatttaagcagccctttatgaggcccgtgcaaacaacacaagaagaggacggatgctcttgtcgattcccggaagaggaggagggggggtgtgagcttagggtcaagttttctcgctctgccgacgcgccagcctatcaacagggccaaaaccagctgtataacgaactcaacctcgggcgccgggaagagtatgacgtccttgacaaacggcgcggtcgcgaccctgaaatgggtggaaaaccgaggcgaaagaacccccaggagggactttacaacgaattgcaaaaagacaagatggccgaagcctattccgaaattggaatgaaaggcgagcggagacgaggtaaggggcatgacggcctgtatcaagggctctctacggccacgaaggatacttacgacgcccttcatatgcaagctcttccaccacggggttcgagcggcagtggagagggcagaggaagtctgctaacatgcggtgacgtcgaggagaatcctggcccaatgagtggggaaagtatgaacttcagcgatgtatttgactcctccgaagattactttgtatctgtgaatacgagctattactccgtcgatagtgaaatgctgctctgtagtctccaagaagtccgccaattcagtcgcctcttcgttcccatcgcgtactcccttatttgtgtttttggccttctgggtaacatcctggttgtaatcacattcgctttctataaaaaagctcggagtatgactgatgtttaccttcttaacatggctatagcggacattctttttgtgcttactctcccattctgggctgtgagccatgcaacaggggcgtgggttttttcaaatgccacatgtaagctgcttaaagggatctatgcaataaacttcaattgcgggatgctcctgctgacatgcatcagtatggatcgatacatagctatagtacaggcgactaagtccttccgcctgcgatcccgcacactgcctaggagcaaaattatttgcctcgtcgtatgggggctctcagtgatcatctcctccagtacgtttgtctttaaccagaaatataacacacagggttctgatgtatgtgaaccaaagtatcagacagtgagtgaaccaatacggtggaagttgcttatgttgggcttggagctgctttttgggtttttcatcccactgatgttcatgattttctgttatacatttattgttaagaccttggttcaggcgcaaaatagcaagagacataaggcaattcgagtcatcattgccgtggtgttggtcttcttggcctgtcagatcccccataatatggttctgctcgtcaccgccgctaacttgggtaagatgaatcgatcttgtcagtccgagaagttgatcggatacaccaaaactgtgacagaagtgctggccttccttcactgttgtctgaacccagttttgtatgcttttataggacagaagtttcgaaattacttcttgaaaatcctcaaggacctctggtgtgttcgaaggaagtacaagagctctggctttagttgcgctgggcgctacagtgagaatatatcccggcagacctccgagactgctgataatgacaacgcaagttccttcactatgggatccggcgcaacaaacttctctctgctgaaacaagccggagatgtcgaagagaatcctggaccggtgagcaagggcgaggagctgttcaccggggtggtgcccatcctggtcgagctggacggcgacgtaaacggccacaagttcagcgtgtctggcgagggcgagggcgatgccacctacggcaagctgaccctgaagttcatctgcaccaccggcaagctgcccgtgccctggcccaccctcgtgaccaccctgacctacggcgtgcagtgcttcagccgctaccccgaccacatgaagcagcacgacttcttcaagtccgccatgcccgaaggctacgtccaggagcgcaccatcttcttcaaggacgacggcaactacaagacccgcgccgaggtgaagttcgagggcgacaccctggtgaaccgcatcgagctgaagggcatcgacttcaaggaggacggcaacatcctggggcacaagctggagtacaactacaacagccacaacgtctatatcatggccgacaagcagaagaacggcatcaaggcgaacttcaagatccgccacaacatcgaggacggcagcgtgcagctcgccgaccactaccagcagaacacccccatcggcgacggccccgtgctgctgcccgacaaccactacctgagcacccagtccgccctgagcaaagaccccaacgagaagcgcgatcacatggtcctgctggagttcgtgaccgccgccgggatcactctcggcatggacgagctgtacaagtaa(配列番号:430)
コンストラクト2 MHC CAR領域(MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A領域)を以下に提供する:
MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALASDENPVVHFFKNIVTPRTPPGGGGSGGGGSGGSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIKGLTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:431)
コンストラクト2 MHC CAR領域(MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A)をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
atggtatgcttgaagctcccgggcgggtcctgcatgaccgctctcactgttactcttatggtccttagttcaccgcttgccctggcatctgatgagaatcccgtggttcatttttttaagaacatcgtcacaccgcgcaccccacctgggggaggcggatctggcggaggcgggagtggaggctcaggagacacaagaccccgattcttgtggcagcccaaaagggagtgccattttttcaatgggacggaacgagttcgcttccttgatcggtacttttacaaccaagaagagagtgtacggttcgactcagatgtcggcgagttccgagcggttacggaattggggcgacctgacgcggagtactggaactcccaaaaggatattttggagcaggcacgagcagctgtggacacctattgtcgacataattatggtgtggtggaatcctttacagttcagcggcgggtgcaacctaaagtgaccgtgtatccatctaaaacgcaacccctccaacaccataacctcctggtgtgttccgtaagcggcttctatcccgggtcaattgaggtcaggtggttcctcaacggtcaggaggagaaggccggaatggtaagtactggtcttatccagaacggagactggaccttccaaactttggtaatgttggaaacggtgccgcgatccggggaggtgtatacatgccaagttgaacacccgagtgttacgagccccctgacggttgagtggagggcgcggtcagagagcgcacaatctaaaatgctgtcaggagtaggcggatttgtactcggactcctctttttgggcgctgggttgtttatctactttagaaaccaaacaagtagagtaaagttttcccgaagtgcggacgctcccgcgtatcagcaaggtcaaaaccagctttacaacgaactgaacttgggacgacgcgaagagtacgatgttcttgataagcggagagggcgcgatcccgaaatggggggaaagcctcggaggaagaacccacaagaaggcctttataatgaactgcagaaggacaagatggcggaggcgtattccgaaataggcatgaagggtgaacggaggagaggaaagggacatgacggactttatcaaggattgtctaccgcaactaaagacacctatgacgcgttgcacatgcaggctctccctccgagaggttcgagcggcagtggagagggcagaggaagtctgctaacatgcggtgacgtcgaggagaatcctggcccaatggcaatatctggtgttcctgtcctcgggttttttatcatagccgtactgatgtcagcacaggaatcatgggcgataaaagaagagcacgtgataatacaggcggagttttatttgaacccggaccagagcggtgagttcatgttcgattttgatggcgacgagatatttcacgttgacatggcaaaaaaggaaacggtgtggagacttgaggagtttggacgattcgcatcatttgaggcacaaggagcactcgccaatatcgcggtggacaaggccaacctggagatcatgacaaaacgctccaattatacgcctatcactaatgtgccccctgaggttactgtgctcacaaattctcccgtagaacttagggaacctaacgtcctcatatgtttcatcgacaagttcactcctccggtggtcaatgtaacgtggcttcggaatggtaagccggtcaccacgggtgtctcagagaccgtatttctgcccagagaagaccacctcttccgcaaatttcattaccttccctttcttccttcaacggaagacgtttacgactgcagggtcgaacattgggggcttgacgagccacttctcaagcattgggagttcgacgccccatcaccgcttccagaaacgactgaaaacgttgtctgcgctcttggcctgacagtgggcctggtaggcattattatcgggaccatctttatcatcaaaggtttgacttcccgggtcaaatttagcagatccgctgacgcaccggcctaccagcagggccagaaccaactctacaacgagctgaatctcggccgacgggaagagtatgacgtactcgacaagcggagaggtcgagaccctgagatgggcggtaaaccgagacggaaaaatccccaagagggtctttataatgaactccagaaggataagatggctgaagcctattctgagatagggatgaaaggcgagcggcggaggggtaagggccatgatggcctttaccagggactctccacggcaaccaaagatacttacgacgcccttcacatgcaagccctcccgccacgc(配列番号:71)
コンストラクト2殺傷スイッチおよびMHC CAR領域(RQR8、MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A領域)を以下に提供する:
MGTSLLCWMALCLLGADHADACPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTACPYSNPSLCSGGGGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRPVVRSGSGQCTNYALLKLAGDVESNPGPPTGMVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALASDENPVVHFFKNIVTPRTPPGGGGSGGGGSGGSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIKGLTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:211)
コンストラクト2殺傷スイッチおよびMHC CAR領域(RQR8、MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A領域)をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
atgggtacttcactgttgtgctggatggcactttgtcttttgggtgccgatcatgctgatgcatgtccgtactccaatcctagcctgtgctccggggggggagggagtgaactccctacacagggaaccttctctaatgtctccaccaacgtctcccctgcaaaaccgaccacaacagcttgcccctatagtaacccttccctctgtagtggaggggggggttcacctgctccacgccctcctacccccgcgccaacgatcgcgtcacaaccgctcagtcttaggccggaagcctgtaggccagcggctggcggtgcggttcatacgcggggattggattttgcctgcgacatttacatttgggctccgctggccggtacttgtggggtattgctgttgtctcttgttattacgctttattgcaatcacaggaacaggcgacgagtatgcaaatgcccgcggcccgtcgtgagatctgggtccggccaatgtactaactacgctttgttgaaactcgctggcgatgttgaaagtaaccccggtcctccaacaggtatggtatgcttgaagctcccgggcgggtcctgcatgaccgctctcactgttactcttatggtccttagttcaccgcttgccctggcatctgatgagaatcccgtggttcatttttttaagaacatcgtcacaccgcgcaccccacctgggggaggcggatctggcggaggcgggagtggaggctcaggagacacaagaccccgattcttgtggcagcccaaaagggagtgccattttttcaatgggacggaacgagttcgcttccttgatcggtacttttacaaccaagaagagagtgtacggttcgactcagatgtcggcgagttccgagcggttacggaattggggcgacctgacgcggagtactggaactcccaaaaggatattttggagcaggcacgagcagctgtggacacctattgtcgacataattatggtgtggtggaatcctttacagttcagcggcgggtgcaacctaaagtgaccgtgtatccatctaaaacgcaacccctccaacaccataacctcctggtgtgttccgtaagcggcttctatcccgggtcaattgaggtcaggtggttcctcaacggtcaggaggagaaggccggaatggtaagtactggtcttatccagaacggagactggaccttccaaactttggtaatgttggaaacggtgccgcgatccggggaggtgtatacatgccaagttgaacacccgagtgttacgagccccctgacggttgagtggagggcgcggtcagagagcgcacaatctaaaatgctgtcaggagtaggcggatttgtactcggactcctctttttgggcgctgggttgtttatctactttagaaaccaaacaagtagagtaaagttttcccgaagtgcggacgctcccgcgtatcagcaaggtcaaaaccagctttacaacgaactgaacttgggacgacgcgaagagtacgatgttcttgataagcggagagggcgcgatcccgaaatggggggaaagcctcggaggaagaacccacaagaaggcctttataatgaactgcagaaggacaagatggcggaggcgtattccgaaataggcatgaagggtgaacggaggagaggaaagggacatgacggactttatcaaggattgtctaccgcaactaaagacacctatgacgcgttgcacatgcaggctctccctccgagaggttcgagcggcagtggagagggcagaggaagtctgctaacatgcggtgacgtcgaggagaatcctggcccaatggcaatatctggtgttcctgtcctcgggttttttatcatagccgtactgatgtcagcacaggaatcatgggcgataaaagaagagcacgtgataatacaggcggagttttatttgaacccggaccagagcggtgagttcatgttcgattttgatggcgacgagatatttcacgttgacatggcaaaaaaggaaacggtgtggagacttgaggagtttggacgattcgcatcatttgaggcacaaggagcactcgccaatatcgcggtggacaaggccaacctggagatcatgacaaaacgctccaattatacgcctatcactaatgtgccccctgaggttactgtgctcacaaattctcccgtagaacttagggaacctaacgtcctcatatgtttcatcgacaagttcactcctccggtggtcaatgtaacgtggcttcggaatggtaagccggtcaccacgggtgtctcagagaccgtatttctgcccagagaagaccacctcttccgcaaatttcattaccttccctttcttccttcaacggaagacgtttacgactgcagggtcgaacattgggggcttgacgagccacttctcaagcattgggagttcgacgccccatcaccgcttccagaaacgactgaaaacgttgtctgcgctcttggcctgacagtgggcctggtaggcattattatcgggaccatctttatcatcaaaggtttgacttcccgggtcaaatttagcagatccgctgacgcaccggcctaccagcagggccagaaccaactctacaacgagctgaatctcggccgacgggaagagtatgacgtactcgacaagcggagaggtcgagaccctgagatgggcggtaaaccgagacggaaaaatccccaagagggtctttataatgaactccagaaggataagatggctgaagcctattctgagatagggatgaaaggcgagcggcggaggggtaagggccatgatggcctttaccagggactctccacggcaaccaaagatacttacgacgcccttcacatgcaagccctcccgccacgc(配列番号:403)
コンストラクト2(RQR8、MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A、GFP領域)を以下に提供する。
MGTSLLCWMALCLLGADHADACPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTACPYSNPSLCSGGGGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRPVVRSGSGQCTNYALLKLAGDVESNPGPPTGMVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALASDENPVVHFFKNIVTPRTPPGGGGSGGGGSGGSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIKGLTSRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRGSGATNFSLLKQAGDVEENPGPVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKANFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK*(配列番号:405)
コンストラクト2(RQR8、MHC−CAR1部分B、MHC−CAR1部分A、GFP領域)をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する:
atgggtacttcactgttgtgctggatggcactttgtcttttgggtgccgatcatgctgatgcatgtccgtactccaatcctagcctgtgctccggggggggagggagtgaactccctacacagggaaccttctctaatgtctccaccaacgtctcccctgcaaaaccgaccacaacagcttgcccctatagtaacccttccctctgtagtggaggggggggttcacctgctccacgccctcctacccccgcgccaacgatcgcgtcacaaccgctcagtcttaggccggaagcctgtaggccagcggctggcggtgcggttcatacgcggggattggattttgcctgcgacatttacatttgggctccgctggccggtacttgtggggtattgctgttgtctcttgttattacgctttattgcaatcacaggaacaggcgacgagtatgcaaatgcccgcggcccgtcgtgagatctgggtccggccaatgtactaactacgctttgttgaaactcgctggcgatgttgaaagtaaccccggtcctccaacaggtatggtatgcttgaagctcccgggcgggtcctgcatgaccgctctcactgttactcttatggtccttagttcaccgcttgccctggcatctgatgagaatcccgtggttcatttttttaagaacatcgtcacaccgcgcaccccacctgggggaggcggatctggcggaggcgggagtggaggctcaggagacacaagaccccgattcttgtggcagcccaaaagggagtgccattttttcaatgggacggaacgagttcgcttccttgatcggtacttttacaaccaagaagagagtgtacggttcgactcagatgtcggcgagttccgagcggttacggaattggggcgacctgacgcggagtactggaactcccaaaaggatattttggagcaggcacgagcagctgtggacacctattgtcgacataattatggtgtggtggaatcctttacagttcagcggcgggtgcaacctaaagtgaccgtgtatccatctaaaacgcaacccctccaacaccataacctcctggtgtgttccgtaagcggcttctatcccgggtcaattgaggtcaggtggttcctcaacggtcaggaggagaaggccggaatggtaagtactggtcttatccagaacggagactggaccttccaaactttggtaatgttggaaacggtgccgcgatccggggaggtgtatacatgccaagttgaacacccgagtgttacgagccccctgacggttgagtggagggcgcggtcagagagcgcacaatctaaaatgctgtcaggagtaggcggatttgtactcggactcctctttttgggcgctgggttgtttatctactttagaaaccaaacaagtagagtaaagttttcccgaagtgcggacgctcccgcgtatcagcaaggtcaaaaccagctttacaacgaactgaacttgggacgacgcgaagagtacgatgttcttgataagcggagagggcgcgatcccgaaatggggggaaagcctcggaggaagaacccacaagaaggcctttataatgaactgcagaaggacaagatggcggaggcgtattccgaaataggcatgaagggtgaacggaggagaggaaagggacatgacggactttatcaaggattgtctaccgcaactaaagacacctatgacgcgttgcacatgcaggctctccctccgagaggttcgagcggcagtggagagggcagaggaagtctgctaacatgcggtgacgtcgaggagaatcctggcccaatggcaatatctggtgttcctgtcctcgggttttttatcatagccgtactgatgtcagcacaggaatcatgggcgataaaagaagagcacgtgataatacaggcggagttttatttgaacccggaccagagcggtgagttcatgttcgattttgatggcgacgagatatttcacgttgacatggcaaaaaaggaaacggtgtggagacttgaggagtttggacgattcgcatcatttgaggcacaaggagcactcgccaatatcgcggtggacaaggccaacctggagatcatgacaaaacgctccaattatacgcctatcactaatgtgccccctgaggttactgtgctcacaaattctcccgtagaacttagggaacctaacgtcctcatatgtttcatcgacaagttcactcctccggtggtcaatgtaacgtggcttcggaatggtaagccggtcaccacgggtgtctcagagaccgtatttctgcccagagaagaccacctcttccgcaaatttcattaccttccctttcttccttcaacggaagacgtttacgactgcagggtcgaacattgggggcttgacgagccacttctcaagcattgggagttcgacgccccatcaccgcttccagaaacgactgaaaacgttgtctgcgctcttggcctgacagtgggcctggtaggcattattatcgggaccatctttatcatcaaaggtttgacttcccgggtcaaatttagcagatccgctgacgcaccggcctaccagcagggccagaaccaactctacaacgagctgaatctcggccgacgggaagagtatgacgtactcgacaagcggagaggtcgagaccctgagatgggcggtaaaccgagacggaaaaatccccaagagggtctttataatgaactccagaaggataagatggctgaagcctattctgagatagggatgaaaggcgagcggcggaggggtaagggccatgatggcctttaccagggactctccacggcaaccaaagatacttacgacgcccttcacatgcaagccctcccgccacgcggatccggcgcaacaaacttctctctgctgaaacaagccggagatgtcgaagagaatcctggaccggtgagcaagggcgaggagctgttcaccggggtggtgcccatcctggtcgagctggacggcgacgtaaacggccacaagttcagcgtgtctggcgagggcgagggcgatgccacctacggcaagctgaccctgaagttcatctgcaccaccggcaagctgcccgtgccctggcccaccctcgtgaccaccctgacctacggcgtgcagtgcttcagccgctaccccgaccacatgaagcagcacgacttcttcaagtccgccatgcccgaaggctacgtccaggagcgcaccatcttcttcaaggacgacggcaactacaagacccgcgccgaggtgaagttcgagggcgacaccctggtgaaccgcatcgagctgaagggcatcgacttcaaggaggacggcaacatcctggggcacaagctggagtacaactacaacagccacaacgtctatatcatggccgacaagcagaagaacggcatcaaggcgaacttcaagatccgccacaacatcgaggacggcagcgtgcagctcgccgaccactaccagcagaacacccccatcggcgacggccccgtgctgctgcccgacaaccactacctgagcacccagtccgccctgagcaaagaccccaacgagaagcgcgatcacatggtcctgctggagttcgtgaccgccgccgggatcactctcggcatggacgagctgtacaagtaa`(配列番号:409)
例示的なCS−1標的化CARコンストラクトのアミノ酸配列を以下に提供する(なお、これらの設計は、CD28ドメインにより置換されてもよい4−1BBを含有する):
抗CS1−CAR−v1(Luc63−V1 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPEVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSRYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSTINYTPSLKDKFIISRDNAKNTLYLQMSKVRSEDTALYYCARPDGNYWYFDVWGAGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVGIAVAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYSSYPYTFGGGTKLEIKGLAVSTISSFFPPGYQKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:129)

抗CS1−CAR−v2(Luc63−V2 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPEVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSRYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSTINYTPSLKDKFIISRDNAKNTLYLQMSKVRSEDTALYYCARPDGNYWYFDVWGAGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVGIAVAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYSSYPYTFGGGTKLEIKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:130)

抗CS1−CAR−v3(Luc63−V3 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPEVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSRYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSTINYTPSLKDKFIISRDNAKNTLYLQMSKVRSEDTALYYCARPDGNYWYFDVWGAGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVGIAVAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYSSYPYTFGGGTKLEIKEPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:131)

抗CS1−CAR−v4(Luc90−V1 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQPGAELVRPGASVKLSCKASGYSFTTYWMNWVKQRPGQGLEWIGMIHPSDSETRLNQKFKDKATLTVDKSSSTAYMQLSSPTSEDSAVYYCARSTMIATRAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSQKSMSTSVGDRVSITCKASQDVITGVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISNVQAEDLAVYYCQQHYSTPLTFGAGTKLELKGLAVSTISSFFPPGYQKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:132)

抗CS1−CAR−v5(Luc90−V2 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQPGAELVRPGASVKLSCKASGYSFTTYWMNWVKQRPGQGLEWIGMIHPSDSETRLNQKFKDKATLTVDKSSSTAYMQLSSPTSEDSAVYYCARSTMIATRAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSQKSMSTSVGDRVSITCKASQDVITGVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISNVQAEDLAVYYCQQHYSTPLTFGAGTKLELKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:133)

抗CS1−CAR−v6(Luc90−V3 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQPGAELVRPGASVKLSCKASGYSFTTYWMNWVKQRPGQGLEWIGMIHPSDSETRLNQKFKDKATLTVDKSSSTAYMQLSSPTSEDSAVYYCARSTMIATRAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSQKSMSTSVGDRVSITCKASQDVITGVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISNVQAEDLAVYYCQQHYSTPLTFGAGTKLELKEPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:134)

抗CA1−CAR−v7(Luc34−V1 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFTSYWMQWVKQRPGQGLEWIGAIYPGDGDTRYTQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLASEDSAVYYCARGKVYYGSNPFAYWGQGTLVTVSAGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSSSYLSVSLGGRVTITCKASDHINNWLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGVPSRFSGSGSGKDYTLSITSLQTEDVATYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIKGLAVSTISSFFPPGYQKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:135)

抗CS1−CAR−v8(Luc34−V2 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFTSYWMQWVKQRPGQGLEWIGAIYPGDGDTRYTQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLASEDSAVYYCARGKVYYGSNPFAYWGQGTLVTVSAGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSSSYLSVSLGGRVTITCKASDHINNWLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGVPSRFSGSGSGKDYTLSITSLQTEDVATYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:136)

抗CS1−CAR−v9(Luc34−V3 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFTSYWMQWVKQRPGQGLEWIGAIYPGDGDTRYTQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLASEDSAVYYCARGKVYYGSNPFAYWGQGTLVTVSAGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSSSYLSVSLGGRVTITCKASDHINNWLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGVPSRFSGSGSGKDYTLSITSLQTEDVATYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIKEPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:137)

抗CS1−CAR−v10(LucX1−V1 CAR)
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYAFSSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDTKYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSTMIATGAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSETTVTQSPASLSMAIGEKVTIRCITSTDIDDDMNWYQQKPGEPPKLLISEGNTLRPGVPSRFSSSGYGTDFVFTIENMLSEDVADYYCLQSDNLPLTFGGGTKLEIKGLAVSTISSFFPPGYQKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:138)

抗CS1−CAR−v11(LucX1−V2 CAR)
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFTSYWMQWVKQRPGQGLEWIGAIYPGDGDTRYTQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLASEDSAVYYCARGKVYYGSNPFAYWGQGTLVTVSAGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSSSYLSVSLGGRVTITCKASDHINNWLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGVPSRFSGSGSGKDYTLSITSLQTEDVATYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:139)

抗CS1−CAR−v12(LucX1−V3 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYAFSSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDTKYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSTMIATGAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSETTVTQSPASLSMAIGEKVTIRCITSTDIDDDMNWYQQKPGEPPKLLISEGNTLRPGVPSRFSSSGYGTDFVFTIENMLSEDVADYYCLQSDNLPLTFGGGTKLEIKEPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:140)

抗CS1−CAR−v13(LucX2−V1 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYAFSSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDTKYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSTMIATGAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPPYTFGGGTKLEIKGLAVSTISSFFPPGYQKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:141)

抗CS1−CAR−v14(LucX2−V2 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYAFSSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDTKYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSTMIATGAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPPYTFGGGTKLEIKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFADIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:142)

抗CS1−CAR−v15(LucX2−V3 CAR):
MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYAFSSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDTKYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSTMIATGAMDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPPYTFGGGTKLEIKEPKSPDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMIARTPEVCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号:143)
(iii)MHC−CARの調製
本明細書に記載される任意のMHC−CARコンストラクトは、組換え技術などの常用の方法により調製され得る。本発明におけるキメラ受容体を調製する方法は、MHC−CARコンストラクト(単一のポリペプチドまたは2つのサブユニットを含む)をコードするまたは全体としてコードする核酸または核酸セットの生成を伴う。一部の実施形態では、核酸はまた、MHC−CARの2つのサブユニットのためのコーディング配列の間、またはMHC−CARのためのコーディング配列と宿主細胞中でMHC−CARと共発現される他の遺伝子のためのコーディング配列との間において自己切断性ペプチド(例えば、P2A、T2A、またはE2Aペプチド)をコードする(以下の議論を参照)。
MHC−CARの各成分の配列は、常用の技術、例えば、当該技術分野において公知の様々な供給源のいずれか1つからのPCR増幅を介して得られてもよい。一部の実施形態では、MHC−CARの成分の1つまたは複数の配列は、ヒト細胞から得られる。代替的に、MHC−CARの1つまたは複数の成分の配列は合成され得る。各成分(例えば、ドメイン)の配列は、PCR増幅またはライゲーションなどの方法を使用して、直接的または間接的に(例えば、ペプチドリンカーをコードする核酸配列を使用して)連結されて、MHC−CARをコードする核酸配列を形成し得る。代替的に、MHC−CARをコードする核酸は合成されてもよい。一部の実施形態では、核酸はDNAである。他の実施形態では、核酸はRNAである。
任意のMHC−CARタンパク質、それをコードする核酸、およびその核酸を有する発現ベクターは全て本開示の範囲内であり、薬学的に許容される担体と混合されて医薬組成物を形成することができ、これもまた本開示の範囲内である。「許容される」は、担体が、組成物の活性成分(例えば、核酸、ベクター、細胞、または治療的抗体)と適合性であり、かつ組成物(複数可)が投与される対象に負の影響を与えないことを意味する。本発明の方法において使用される任意の医薬組成物は、凍結乾燥形態または水溶液の形態で薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤を含み得る。
緩衝液を含む薬学的に許容される担体は当該技術分野において周知であり、リン酸、クエン酸、および他の有機酸;アスコルビン酸およびメチオニンを含む酸化防止剤;防腐剤;低分子量ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;アミノ酸;疎水性ポリマー;単糖;二糖;および他の炭水化物;金属錯体;ならびに/または非イオン性界面活性剤を含んでもよい。例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy 20th Ed. (2000) Lippincott Williams and Wilkins, Ed. K. E. Hooverを参照。
II.MHC−CARを発現する遺伝子操作された免疫細胞
(i)MHC−CAR発現免疫細胞
本明細書に記載されるMHC−CARを発現する免疫細胞は、MHC/ペプチド−TCRのエンゲージメントを介して自己免疫疾患に関与する病原性細胞(例えば、自己反応性T細胞)を認識できる細胞の特定の集団を提供する。MHC−CARのMHCペプチド部分と病原性細胞上のコグネイトTCRとの間の相互作用は、MHC−CARのシグナル伝達ドメイン(複数可)を介してMHC−CAR発現免疫細胞を活性化させて(任意選択的に免疫細胞の細胞膜シグナル伝達分子を局在化させることによる)、MHC−CAR発現免疫細胞の増殖および/またはエフェクター機能に繋がり、次にそれが病原性細胞を除去する。免疫細胞は、T細胞、NK細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、またはその任意の組合せであり得る。一部の実施形態では、免疫細胞はT細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞はNK細胞である。特定の例は以下の実施例において提供される。
免疫細胞の集団は、末梢血単核細胞(PBMC)、骨髄、組織、例えば、脾臓、リンパ節、胸腺、腫瘍組織、または確立された細胞株などの任意の供給源から得られ得る。所望の免疫細胞の種類を得るために好適な供給源は当業者に明らかである。一部の実施形態では、免疫細胞の集団はPBMCに由来する。所望の免疫細胞の種類(例えば、T細胞、NK細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、またはその任意の組合せ)は、細胞を刺激分子と共にインキュベートすることにより得られる細胞の集団内で拡大増殖されてもよく、例えば、抗CD3および抗CD28抗体がT細胞の拡大増殖のために使用されてもよい。
本明細書に記載される任意のMHC−CARコンストラクトを発現する免疫細胞を構築するために、キメラ受容体コンストラクトの安定または一過性発現用の発現ベクターは、本明細書に記載されるような従来法を介して構築されて、免疫宿主細胞に導入されてもよい。例えば、MHC−CARをコードする核酸は、好適なプロモーターに作動可能に連結されたウイルスベクター(例えば、レンチウイルスベクター)などの好適な発現ベクター中にクローニングされてもよい。核酸およびベクターを制限酵素と好適な条件下で接触させて、互いにペア形成することができ、かつリガーゼを用いて連結され得る各分子上の相補的な末端を作製してもよい。代替的に、合成核酸リンカーは、キメラ受容体をコードする核酸の末端にライゲートされ得る。合成リンカーは、ベクター中の特定の制限部位に対応する核酸配列を含有してもよい。発現ベクター/プラスミド/ウイルスベクターの選択は、キメラ受容体の発現のための宿主細胞の種類に依存するが、真核細胞中での組込みおよび複製のために好適であるべきである。
本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトの発現のために様々なプロモーターを使用することができ、該プロモーターとしては、サイトメガロウイルス(CMV)中初期プロモーター、ウイルスLTR、例えば、ラウス肉腫ウイルスLTR、HIV−LTR、HTLV−1 LTR、シミアンウイルス40(SV40)初期プロモーター、単純ヘルペスtkウイルスプロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。キメラ受容体の発現のための追加のプロモーターとしては、免疫細胞中で構成的に活性な任意のプロモーターが挙げられる。代替的に、発現が免疫細胞内でモジュレ―トされ得るように、任意の調節可能なプロモーターが使用されてもよい。
さらに、ベクターは、例えば、以下の一部または全てを含有してもよい:選択マーカー遺伝子、例えば、宿主細胞中での安定または一過性トランスフェクタントの選択のためのネオマイシン遺伝子;高レベルの転写のためのヒトCMVの最初期遺伝子からのエンハンサー/プロモーター配列;mRNAの安定性のためのSV40からの転写終結およびRNAプロセシングシグナル;適切なエピソーム複製のためのSV40ポリオーマ複製起点およびColE1;内部リボソーム結合部位(IRES)、汎用マルチクローニングサイト;センスおよびアンチセンスRNAのin vitro転写のためのT7およびSP6 RNAプロモーター;誘発された時に、ベクターを有する細胞の死を引き起こす「自殺スイッチ」または「自殺遺伝子」(例えば、HSVチミジンキナーゼ、iCasp9などの誘導性カスパーゼ)、ならびにMHC−CARの発現を評価するためのレポーター遺伝子。
一部の実施形態では、本開示において使用するためのマーカー/選別/自殺分子は、リツキシマブを用いる殺傷のためおよび/またはQBENDを用いる選別のために使用され得る。Philip et al., Blood 124(8):1277-87; 2014)。一例はRQR8であり、これはリツキシマブミモトープおよびQBEND−10エピトープを含有する。例示的な配列を以下に提供する:
MGTSLLCWMALCLLGADHADACPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTACPYSNPSLCSGGGGSPAPPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRPVV(配列番号:144)

MGTSLLCWMALCLLGADHADACPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTACPYSNPSLCSGGGGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRPVV(配列番号:394)
RQR8をコードする例示的な核酸配列を以下に提供する。
ATGGGTACTTCACTGTTGTGCTGGATGGCACTTTGTCTTTTGGGTGCCGATCATGCTGATGCATGTCCGTACTCCAATCCTAGCCTGTGCTCCGGGGGGGGAGGGAGTGAACTCCCTACACAGGGAACCTTCTCTAATGTCTCCACCAACGTCTCCCCTGCAAAACCGACCACAACAGCTTGCCCCTATAGTAACCCTTCCCTCTGTAGTGGAGGGGGGGGTTCACCTGCTCCACGCCCTCCTACCCCCGCGCCAACGATCGCGTCACAACCGCTCAGTCTTAGGCCGGAAGCCTGTAGGCCAGCGGCTGGCGGTGCGGTTCATACGCGGGGATTGGATTTTGCCTGCGACATTTACATTTGGGCTCCGCTGGCCGGTACTTGTGGGGTATTGCTGTTGTCTCTTGTTATTACGCTTTATTGCAATCACAGGAACAGGCGACGAGTATGCAAATGCCCGCGGCCCGTCGTG(配列番号:395)
別の例では、以下の例示的なRQR配列タグを本明細書に開示されるようなMHC−CARコンストラクトに取り付けることができる:
Figure 2021502122
太字の断片はリツキシマブミモトープ(rituximab minotope)であり、下線/斜体の断片はQBEND−10エピトープである。
導入遺伝子を含有するベクターを製造するための好適なベクターおよび方法は、当該技術分野において周知かつ利用可能である。本明細書に記載されるMHC−CARコンストラクトをコードする核酸配列を含む任意のベクターもまた本開示の範囲内である。そのようなベクターは、好適な方法により宿主免疫細胞に送達されてもよい。免疫細胞にベクターを送達する方法は当該技術分野において周知であり、DNAエレクトロポレーション、RNAエレクトロポレーション、トランスフェクション試薬、例えば、リポソーム、またはウイルス形質導入を含んでもよい。一部の実施形態では、MHC−CARの発現のためのベクターは、ウイルス形質導入により宿主細胞に送達される。送達のための例示的なウイルス法としては、組換えレトロウイルス(例えば、PCT国際公開第WO90/07936号パンフレット、同第WO94/03622号パンフレット、同第WO93/25698号パンフレット、同第WO93/25234号パンフレット、同第WO93/11230号パンフレット、同第WO93/10218号パンフレット、同第WO91/02805号パンフレット、米国特許第5,219,740号明細書および同第4,777,127号明細書、GB特許第2,200,651号明細書、およびEP特許第0345242号明細書を参照)、アルファウイルスベースのベクター、およびアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター(例えば、PCT国際公開第WO94/12649号パンフレット、同第WO93/03769号パンフレット、同第WO93/19191号パンフレット、同第WO94/28938号パンフレット、同第WO95/11984号パンフレットおよび同第WO95/00655号パンフレットを参照)が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、キメラ受容体の発現のためのベクターはレトロウイルスである。一部の実施形態では、キメラ受容体の発現のためのベクターはレンチウイルスである。
キメラ受容体をコードするベクターがウイルスベクターを使用して宿主細胞に導入される例では、免疫細胞に感染することができかつベクターを有するウイルス粒子は、当該技術分野において公知の任意の方法により製造されてもよく、例えば、PCT出願第WO1991/002805A2号パンフレット、同第WO1998/009271A1号パンフレット、および米国特許第6,194,191号明細書において見出すことができる。ウイルス粒子は細胞培養上清から回収され、ウイルス粒子を免疫細胞と接触させる前に単離および/または精製されてもよい。
宿主細胞への本明細書において提供される任意のMHC−CARをコードするベクターの導入後に、細胞は、キメラ受容体の発現を可能とする条件下で培養される。MHC−CARをコードする核酸が調節可能なプロモーターにより調節される例では、宿主細胞は、調節可能なプロモーターが活性化される条件において培養される。一部の実施形態では、プロモーターは誘導性プロモーターであり、かつ、免疫細胞は、誘導分子の存在下または誘導分子が産生される条件において培養される。MHC−CARが発現されるかどうかの決定は当業者に明らかであり、任意の公知の方法、例えば、定量的逆転写酵素PCR(qRT−PCR)によるキメラ受容体コーディングmRNAの検出またはウエスタンブロッティング、蛍光顕微鏡法、およびフローサイトメトリーを含む方法によるキメラ受容体タンパク質の検出により評価されてもよい。以下の実施例も参照。代替的に、MHC−CARの発現は、免疫細胞が対象に投与された後にin vivoで起こってもよい。
代替的に、本明細書に開示される任意の免疫細胞中でのMHC−CARコンストラクトの発現は、MHC−CARコンストラクトをコードするRNA分子を導入することにより達成され得る。そのようなRNA分子は、in vitro転写または化学合成により調製され得る。RNA分子は次に、例えばエレクトロポレーションにより、免疫細胞(例えば、T細胞、NK細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、またはその任意の組合せ)などの好適な宿主細胞に導入され得る。例えば、RNA分子は、Rabinovich et al., Human Gene Therapy, 17:1027-1035およびWO WO2013/040557号パンフレットに記載される方法にしたがって合成され、宿主免疫細胞に導入され得る。
本明細書に記載される任意のMHC−CARを発現する宿主免疫細胞を調製する方法は、宿主免疫細胞をex vivoで拡大増殖することを含んでもよい。宿主免疫細胞を拡大増殖することは、MHC−CARを発現する細胞の数の増加を結果としてもたらす任意の方法、例えば、宿主細胞が増幅することを可能とすることまたは宿主細胞を刺激して増幅させることを伴ってもよい。宿主細胞の拡大増殖を刺激する方法は、キメラ受容体の発現のために使用される宿主細胞の種類に依存し、当業者に明らかである。一部の実施形態では、本明細書に記載される任意のMHC−CARを発現する宿主免疫細胞は、対象への投与の前にex vivoで拡大増殖され得る。
(ii)追加の遺伝子改変
1つまたは複数の追加の遺伝子改変は、MHC−CARコンストラクション(MHC-CAR construction)のトランスフェクションの前、同時、または後に宿主免疫細胞に導入され得る。例えば、1つまたは複数のマーカーおよび/または自殺遺伝子が宿主免疫細胞に導入されてもよい。例としては、緑色蛍光タンパク質(GFP)、強化型青色蛍光タンパク質(eBFP)、およびRQR8(CD34およびCD20からの標的エピトープを組み合わせたT細胞用の小型マーカー/自殺遺伝子。Philip et al., Blood 124(8):1277-87; 2014)などのRQR遺伝子が挙げられる。そのようなマーカー/自殺遺伝子は、MHC−CAR成分を用いて1つの発現カセット中で構築されてもよい。
GFPのアミノ酸配列の例を以下に提供する:
VSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKANFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK(配列番号:427)
GFPをコードする核酸配列の例を以下に提供する:
gtgagcaagggcgaggagctgttcaccggggtggtgcccatcctggtcgagctggacggcgacgtaaacggccacaagttcagcgtgtctggcgagggcgagggcgatgccacctacggcaagctgaccctgaagttcatctgcaccaccggcaagctgcccgtgccctggcccaccctcgtgaccaccctgacctacggcgtgcagtgcttcagccgctaccccgaccacatgaagcagcacgacttcttcaagtccgccatgcccgaaggctacgtccaggagcgcaccatcttcttcaaggacgacggcaactacaagacccgcgccgaggtgaagttcgagggcgacaccctggtgaaccgcatcgagctgaagggcatcgacttcaaggaggacggcaacatcctggggcacaagctggagtacaactacaacagccacaacgtctatatcatggccgacaagcagaagaacggcatcaaggcgaacttcaagatccgccacaacatcgaggacggcagcgtgcagctcgccgaccactaccagcagaacacccccatcggcgacggccccgtgctgctgcccgacaaccactacctgagcacccagtccgccctgagcaaagaccccaacgagaagcgcgatcacatggtcctgctggagttcgtgaccgccgccgggatcactctcggcatggacgagctgtacaagtaa(配列番号:428)
一部の事例では、内因性TCR(アルファ鎖、ベータ鎖、または両方)は、宿主免疫細胞が内因性TCRを発現しないように破壊され得る。内因性TCRの欠損は、望ましくないT細胞活性化を回避し得る。代替的または追加的に、ある特定の細胞表面受容体はノックアウトされ得る。そのような表面受容体は、疾患治療用の標的受容体、例えば、MS治療のための標的であるCD52であってもよい。MHC−CAR免疫細胞からのそのような標的受容体のノックアウトは、標的受容体に特異的な治療剤(例えば、アレムツズマブなどの抗CD52抗体)とのMHC−CAR免疫細胞の併用を可能とする。
一部の実施形態では、宿主免疫細胞は、特定の臓器または組織、例えば、リンパ節、三次リンパ臓器、または炎症の部位における保持を増進するために合成の表面タンパク質を用いて改変されてもよい。そうすることは、血液脳関門の通過または末梢血を通じた免疫細胞の自由な移行に起因する致死的なオフターゲット効果を最小化しながら、改変された免疫細胞が標的病原性細胞に接近することを可能とする。T細胞分化経路の早期の細胞(例えば、ナイーブ、幹細胞メモリー、およびセントラルメモリーT細胞)は、自由にリンパ節に移行する。分化が進むにつれて、ほとんどのエフェクターT細胞はリンパ節を離れる。病的な免疫細胞もまた、炎症の部位に移行して蓄積し得る。活性化CAR−T細胞による治療は、それらが望ましくない標的と反応する場合に多数の望ましくない効果を有する。心臓組織との相互作用は心臓タンパク質に対して致死的であり得、脳の通過は致死的な脳浮腫に繋がり得る。最近、CD19 CAR T療法を使用するがんのための全身性治療におけるよりも低用量のCAR T療法を使用する脳のがん膠芽腫(gliobastoma)の治療において進展が為された。Brown et al., New England Journal of Medicine, 375(26):2561-2569, 2016。炎症の解消は、病的な環境を保護的な環境に変える可能性を有する。Gagliani et al., Nature, 523(7559):221-225, 2015。
免疫細胞へのリンパ節保持タンパク質の1つまたは複数の導入は、リンパ節中での免疫細胞の保持を増進することができ、免疫細胞は依然として標的病原性細胞へのアクセスを有するが、上述の望ましくない効果は有意に低減され得る。ナイーブリンパ球は高内皮小静脈(HEV)を介してリンパ節に入る。したがって、HEVアンカリングおよび/またはエントリーに関与するタンパク質の発現または過剰発現は、免疫細胞がリンパ節に入ることを促進し得る。例示的なリンパ節保持タンパク質としては、CCR7(ケモカイン受容体)、MECA79(末梢リンパ節アドレシン)、血管接着タンパク質−1(VAP−1)およびCD62(セレクチン、細胞接着分子のファミリー)が挙げられるがこれらに限定されない。Azzi et al., Blood 124(4):476-477, 2016;Streeter et al., J. Cell. Biol. 107:1853-186; 1988;Michie et al., Amer, J. Path. 143:1688-1698; 1993;Berg et al., J. Cell. Biol. 114:343-349; 1991;Berg et al., Nature 366:695-698; 1993;およびHemmerich et al., J. Exp. Med. 180:2219-2226; 1994。代替的に、胸腺およびリンパ臓器からのリンパ球排出に関与するタンパク質(例えば、スフィンゴシン−1−リン酸受容体−1またはS1P)をコードする遺伝子は免疫細胞からノックアウトされ得る。
炎症の部位へのトラフィッキングを促進するケモカイン受容体および接着受容体はまた、免疫疾患を拡大させる病原性細胞とMHC−CAR免疫細胞を接触させ得る。[Barreiro et al., Cardiovascular research, 86(2):174-182, 2010]表3および表4を参照。炎症を拡大させる免疫細胞の局在化に関与する受容体としては、三次リンパ臓器(CXCL13、CCL19、CCL20、CCL21が発現される)に局在化される受容体(すなわち、CXCR5、CCR7、CCR6)が挙げられる。
他の臓器/組織、例えば、脳/CNS、骨髄、膵臓、腸、肝臓、肺、脾臓、および/または胸腺の標的化に関与するタンパク質をコードする1つまたは複数の遺伝子は、免疫細胞に導入または免疫細胞からノックアウトされてもよい。
治療用細胞中でのウイルス誘導性または一過性RNA媒介性発現(場合により内因性遺伝子のノックアウトと組み合わせられる)により、遺伝子(表3および表4における遺伝子)は、TregもしくはCTL細胞のいずれかを所望の位置に経路制御するためまたは所望の細胞を処置/除去するために使用されてもよい。Barreiro, et al. Cardiovascular research, 86(2):174-182, 2010。mRNAトランスフェクションが利用される場合、それは1週間のケモカインまたは接着受容体の発現を可能とし得る。Wang and Riviere. Molecular Therapy-Oncolytics, 3:16015 2016。
表3.ケモカイン受容体および天然の状況
Figure 2021502122
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AAC51124.1により提供されるCCR6のアミノ酸配列を以下に示す:
MSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEMLLCSLQEVRQFSRLFVPIAYSLICVFGLLGNILVVITFAFYKKARSMTDVYLLNMAIADILFVLTLPFWAVSHATGAWVFSNATCKLLKGIYAINFNCGMLLLTCISMDRYIAIVQATKSFRLRSRTLPRSKIICLVVWGLSVIISSSTFVFNQKYNTQGSDVCEPKYQTVSEPIRWKLLMLGLELLFGFFIPLMFMIFCYTFIVKTLVQAQNSKRHKAIRVIIAVVLVFLACQIPHNMVLLVTAANLGKMNRSCQSEKLIGYTKTVTEVLAFLHCCLNPVLYAFIGQKFRNYFLKILKDLWCVRRKYKSSGFSCAGRYSENISRQTSETADNDNASSFTM(配列番号:391)
CCR6の例示的な核酸配列を以下に示す。
atgagtggggaaagtatgaacttcagcgatgtatttgactcctccgaagattactttgtatctgtgaatacgagctattactccgtcgatagtgaaatgctgctctgtagtctccaagaagtccgccaattcagtcgcctcttcgttcccatcgcgtactcccttatttgtgtttttggccttctgggtaacatcctggttgtaatcacattcgctttctataaaaaagctcggagtatgactgatgtttaccttcttaacatggctatagcggacattctttttgtgcttactctcccattctgggctgtgagccatgcaacaggggcgtgggttttttcaaatgccacatgtaagctgcttaaagggatctatgcaataaacttcaattgcgggatgctcctgctgacatgcatcagtatggatcgatacatagctatagtacaggcgactaagtccttccgcctgcgatcccgcacactgcctaggagcaaaattatttgcctcgtcgtatgggggctctcagtgatcatctcctccagtacgtttgtctttaaccagaaatataacacacagggttctgatgtatgtgaaccaaagtatcagacagtgagtgaaccaatacggtggaagttgcttatgttgggcttggagctgctttttgggtttttcatcccactgatgttcatgattttctgttatacatttattgttaagaccttggttcaggcgcaaaatagcaagagacataaggcaattcgagtcatcattgccgtggtgttggtcttcttggcctgtcagatcccccataatatggttctgctcgtcaccgccgctaacttgggtaagatgaatcgatcttgtcagtccgagaagttgatcggatacaccaaaactgtgacagaagtgctggccttccttcactgttgtctgaacccagttttgtatgcttttataggacagaagtttcgaaattacttcttgaaaatcctcaaggacctctggtgtgttcgaaggaagtacaagagctctggctttagttgcgctgggcgctacagtgagaatatatcccggcagacctccgagactgctgataatgacaacgcaagttccttcactatg(配列番号:392)

ATGAGCGGGGAATCAATGAATTTCAGCGATGTTTTCGACTCCAGTGAAGATTATTTTGTGTCAGTCAATACTTCATATTACTCAGTTGATTCTGAGATGTTACTGTGCTCCTTGCAGGAGGTCAGGCAGTTCTCCAGGCTATTTGTACCGATTGCCTACTCCTTGATCTGTGTCTTTGGCCTCCTGGGGAATATTCTGGTGGTGATCACCTTTGCTTTTTATAAGAAGGCCAGGTCTATGACAGACGTCTATCTCTTGAACATGGCCATTGCAGACATCCTCTTTGTTCTTACTCTCCCATTCTGGGCAGTGAGTCATGCCACTGGTGCGTGGGTTTTCAGCAATGCCACGTGCAAGTTGCTAAAAGGCATCTATGCCATCAACTTTAACTGCGGGATGCTGCTCCTGACTTGCATTAGCATGGACCGGTACATCGCCATTGTACAGGCGACTAAGTCATTCCGGCTCCGATCCAGAACACTACCGCGCACGAAAATCATCTGCCTTGTTGTGTGGGGGCTGTCAGTCATCATCTCCAGCTCAACTTTTGTCTTCAACCAAAAATACAACACCCAAGGCAGCGATGTCTGTGAACCCAAGTACCAGACTGTCTCGGAGCCCATCAGGTGGAAGCTGCTGATGTTGGGGCTTGAGCTACTCTTTGGTTTCTTTATCCCTTTGATGTTCATGATATTTTGTTACACGTTCATTGTCAAAACCTTGGTGCAAGCTCAGAATTCTAAAAGGCACAAAGCCATCCGTGTAATCATAGCTGTGGTGCTTGTGTTTCTGGCTTGTCAGATTCCTCATAACATGGTCCTGCTTGTGACGGCTGCAAATTTGGGTAAAATGAACCGATCCTGCCAGAGCGAAAAGCTAATTGGCTATACGAAAACTGTCACAGAAGTCCTGGCTTTCCTGCACTGCTGCCTGAACCCTGTGCTCTACGCTTTTATTGGGCAGAAGTTCAGAAACTACTTTCTGAAGATCTTGAAGGACCTGTGGTGTGTGAGAAGGAAGTACAAGTCCTCAGGCTTCTCCTGTGCCGGGAGGTACTCAGAAAACATTTCTCGGCAGACCAGTGAGACCGCAGATAACGACAATGCGTCGTCCTTCACTATG(配列番号:393)
表4.接着受容体および天然の状況
Figure 2021502122
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代替的または追加的に、免疫細胞機能、例えば、増殖、細胞傷害性などを増進し得る遺伝子もまた、免疫細胞に導入または免疫細胞からノックアウトされ得る。例としては、TNF/TNFR2過剰発現(短い寿命であるがより効果的なCD8 T細胞のため)、gld(FasL突然変異体;リンパ球増殖のため;CTLはFas−FasL経路を介して殺傷しない);lpr(Fas突然変異体;FasLの上方調節のため − FasL媒介性アポトーシスに耐性の標的細胞);グランザイムB*の欠損(標的細胞における核内アポトーシス変化の遅延);グランザイムAおよびB*の欠損(標的細胞における核内アポトーシス変化の遅延);パーフォリンの欠損(顆粒媒介性アポトーシスの完全な非存在);パーフォリンおよびFasLの欠損(欠陥のある顆粒媒介性およびFas媒介性アポトーシス);カテプシンC(ジペプチジル−ペプチダーゼI)の欠損(活性グランザイムおよび一部の造血セリンプロテアーゼを産生しない);FAS(CD95)の過小発現;ならびに/またはFASLの過剰発現が挙げられる。
以下の表5は、MHC−CAR T細胞の追加の遺伝子改変または本明細書に記載される併用治療およびそれから生じる付随する利点を列記する。
表5.遺伝子改変または併用治療およびその利益
Figure 2021502122
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一部の実施形態では、PD遮断に繋がる遺伝子改変は、本明細書に記載されるようなMHC−CARを発現する免疫細胞に導入され得る。そのような改変としては、PD−1ノックアウト、PD−L1もしくはL2過剰発現、またはPD−L1ノックアウトの1つまたは複数が挙げられる。PD遮断は、免疫阻害剤(例えば、CTLA−4、TIM−3、LAG3、TIGIT、IDO、もしくはアルギナーゼ、もしくはCTLA−4Ig分泌物のノックアウト)、免疫刺激剤(例えば、抗OX40、抗CD137、IL−2、TLRリガンド、もしくはSTING)、および/またはキナーゼ阻害剤(例えば、Braf阻害剤もしくはMEK阻害剤)と組み合わせられてもよい。
以下の表6は、PD遮断、免疫阻害剤、細胞死受容体、免疫刺激剤、toll様受容体、キナーゼ阻害、マスター調節因子、サイトカインシグナリング、細胞相互作用の低減、および薬物相互作用関連の編集のための例示的な遺伝子改変を提供する。表はまた、T細胞におけるCas9を使用するガイドRNA用の標的配列の他に、発現/過剰発現のために使用され得る配列のGenBankアクセッション番号を提供する。gRNAを使用するゲノム編集は、所望のgRNAを含有するレンチウイルス(lentiCRISPRv2)およびStreptococcus pyogenes Cas9ヌクレアーゼの形質導入を通じて行われる。これは、プロトコールにおけるTALEN RNAの送達に対する代替として行われ得る。Sanjana, et al. Nature methods, 11(8):783-784, 2014。
表6.遺伝子改変のための例示的な遺伝子および対応するCas9媒介性編集
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以下の表は、TALEN編集用の標的配列の他にタンパク質配列を提供する。
表7.主にTALEN媒介性の編集
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(iii)例示的な遺伝子改変アプローチ
任意の従来の遺伝子改変アプローチを使用して、本明細書に記載されるような方式で免疫細胞を遺伝子改変することができる。一部の実施形態では、遺伝子改変は、ゲノム編集を使用して行われる。「ゲノム編集」は、生物の任意のタンパク質コーディングまたは非コーディングヌクレオチド配列を含むゲノムを改変して標的遺伝子の発現をノックアウトする方法を指す。一般に、ゲノム編集方法は、例えば標的化されるヌクレオチド配列において、ゲノムの核酸を切断することができるエンドヌクレアーゼの使用を伴う。ゲノム中の二本鎖切断の修復が修復されて突然変異が導入されてもよく、かつ/または外因性核酸が標的化される部位に挿入されてもよい。
ゲノム編集方法は、一般に、標的核酸中の二本鎖切断の生成に関与するエンドヌクレアーゼの種類に基づいて分類される。これらの方法としては、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターベースヌクレアーゼ(TALEN)、メガヌクレアーゼ、およびCRISPR/Casシステムの使用が挙げられる。
一部の事例では、本明細書に記載されるような免疫細胞の遺伝子改変は、当該技術分野において公知のTALEN技術を使用して行われる。TALENは、操作された制限酵素であり、所望の標的DNA分子に特異的に結合して切断することができる。TALENは、典型的に、DNA切断ドメインに融合した転写活性化因子様エフェクター(TALE)DNA結合ドメインを含有する。DNA結合ドメインは、位置12および13において異なる2アミノ酸RVD(リピート可変ジペプチドモチーフ)を有する高度に保存された33〜34アミノ酸配列を含有してもよい。RVDモチーフは核酸配列への結合特異性を決定し、所望のDNA配列に特異的に結合するように当業者に公知の方法にしたがって操作され得る(例えば、Juillerat, et al. (January 2015). Scientific reports, 5;Miller et.al. (February 2011). Nature Biotechnology 29 (2): 143-8;Zhang et.al. (February 2011). Nature Biotechnology 29 (2): 149-53;Geiβler, et al., Boch, (2011), PLoS ONE 6 (5): e19509; Boch (February 2011). Nature Biotechnology 29 (2): 135-6;Boch, et.al. (December 2009). Science 326 (5959): 1509-12;およびMoscou et al, (December 2009). Science 326 (5959): 1501を参照。DNA切断ドメインは、多くの異なる細胞種において活性のFokIエンドヌクレアーゼに由来してもよい。FokIドメインは二量体として機能し、適切な配向および間隔で標的ゲノム中の部位のための特有のDNA結合ドメインを有する2つのコンストラクトを必要とする。TALE DNA結合ドメインとFokI切断ドメインとの間のアミノ酸残基の数および2つの個々のTALEN結合部位の間の塩基数の両方が、高レベルの活性を達成するための重要なパラメーターのようである。Miller et al. (2011) Nature Biotech. 29: 143-8。
目的の標的遺伝子(例えば、TCR、CD52、MHC、および本明細書に記載される他のもの)中の配列に特異的なTALENは、モジュール成分を使用する様々なスキームを含む当該技術分野において公知の任意の方法を使用して構築され得る。Zhang et al. (2011) Nature Biotech. 29: 149-53;Geibler et al. (2011) PLoS ONE 6: e19509。
目的の標的遺伝子に特異的なTALENは、二本鎖切断(DSB)を生成するために細胞内で使用され得る。修復機構が非相同末端結合を介して切断を不適切に修復する場合、突然変異が切断部位において導入され得る。例えば、不適切な修復はフレームシフト突然変異を導入することがある。代替的に、所望の配列を有する外来DNA分子は、TALENと共に細胞に導入され得る。外来DNAの配列および染色体配列に依存して、このプロセスは、欠陥を訂正するためまたはDNA断片を目的の標的遺伝子に導入するため、またはそのような欠陥を内因性遺伝子に導入し、したがって標的遺伝子の発現を減少させるために使用され得る。
一部の事例では、本明細書に(herin)記載されるような免疫細胞の遺伝子改変は、当該技術分野において公知のようなCRISPR技術(CRISPR/Casシステム)を使用して行われる。そのような改変は欠失を含んでもよく、または、目的の標的遺伝子中の配列の突然変異は、CRISPR−Casシステムを使用して構築され得、Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)−Casシステムは、操作された、天然に存在しないCRISPR−Casシステムである。本開示は、目的の標的遺伝子中の標的配列とハイブリダイズするCRISPR/Casシステムを利用し、CRISPR Casシステムは、Casエンドヌクレアーゼおよび操作されたcrRNA/tracrRNA(またはシングルガイドRNA(「sgRNA」)を含む。一部の実施形態では、CRISPR/Casシステムは、crRNAを含み、かつtracrRNA配列を含まない。CRISPR/Cas複合体は、系列特異的なタンパク質ポリヌクレオチドに結合してタンパク質ポリヌクレオチドの切断を可能とし、それにより、ポリヌクレオチドを改変することができる。
本開示のCRISPR Casシステムは、目的の標的遺伝子内の目的の領域、該遺伝子内もしくは該遺伝子に隣接する目的の領域、例えば、リーダー配列、トレイラー配列もしくはイントロンなど、またはコーディング領域の上流もしくは下流のいずれかの非転写領域内の目的の領域に結合しかつ/または該領域を切断してもよい。本開示において使用されるガイドRNA(gRNA)は、gRNAがゲノム中の予め決定された切断部位(標的部位)にCas酵素−gRNA複合体の結合を方向付けるように設計されてもよい。切断部位は、未知の配列の領域、またはSNP、ヌクレオチド挿入、ヌクレオチド欠失、組換えなどを含有する領域を含有する断片を放出するように選択されてもよい。遺伝子領域の切断は、Cas酵素により標的配列の位置において1つまたは2つの鎖を切断することを含んでもよい。一実施形態では、そのような切断は、標的遺伝子の転写の減少を結果としてもたらし得る。別の実施形態では、切断は、外因性鋳型ポリヌクレオチドを用いる相同組換えにより切断された標的ポリヌクレオチドを修復することをさらに含み得、修復は、標的ポリヌクレオチドの1つまたは複数のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換を結果としてもたらす。
「gRNA」、「ガイドRNA」および「CRISPRガイド配列」という用語は全体を通じて交換可能に使用されることがあり、CRISPR/CasシステムのCas DNA結合タンパク質の特異性を決定する配列を含む核酸を指す。gRNAは、宿主細胞のゲノム中の標的核酸配列にハイブリダイズする(部分的または完全に相補的である)。標的核酸にハイブリダイズするgRNAまたはその部分は、15〜25ヌクレオチド、18〜22ヌクレオチド、または19〜21ヌクレオチドの長さであってもよい。一部の実施形態では、標的核酸にハイブリダイズするgRNA配列は、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、標的核酸にハイブリダイズするgRNA配列は、10〜30、または15〜25ヌクレオチドの長さである。
標的核酸に結合する配列に加えて、一部の実施形態では、gRNAはまた、スキャフォールド配列を含む。標的核酸に相補的な配列およびスキャフォールド配列の両方をコードするgRNAの発現は、標的核酸への結合(ハイブリダイズ)および標的核酸へのエンドヌクレアーゼの局在化の両方という二重の機能を有し、部位特異的なCRISPR活性を結果としてもたらすことがある。一部の実施形態では、そのようなキメラgRNAは、シングルガイドRNA(sgRNA)と称されることがある。
本明細書において使用される場合、tracrRNAとも称される「スキャフォールド配列」は、相補的なgRNA配列に結合(ハイブリダイズ)した標的核酸にCasエンドヌクレアーゼを局在化させる核酸配列を指す。少なくとも1つのステムループ構造を含み、かつエンドヌクレアーゼを局在化させる任意のスキャフォールド配列が、本明細書に記載される遺伝子エレメントおよびベクターにおいて使用されてもよい。例示的なスキャフォールド配列は当業者に明らかであり、例えば、Jinek, et al. Science (2012) 337(6096):816-821、Ran, et al. Nature Protocols (2013) 8:2281-2308、PCT出願第WO2014/093694号パンフレット、およびPCT出願第WO2013/176772号パンフレットに見出すことができる。一部の実施形態では、CRISPR−CasシステムはtracrRNA配列を含まない。
一部の実施形態では、gRNA配列はスキャフォールド配列を含まず、かつ、スキャフォールド配列は別々の転写物として発現される。そのような実施形態では、gRNA配列は、スキャフォールド配列の部分に相補的であり、かつスキャフォールド配列に結合(ハイブリダイズ)してエンドヌクレアーゼを標的核酸に局在化させる追加の配列をさらに含む。
一部の実施形態では、gRNA配列は、標的核酸に少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または少なくとも100%相補的である(米国特許第8,697,359号明細書も参照;該文献は、標的ポリヌクレオチド配列とのgRNA配列の相補性の教示について参照することにより組み込まれる)。CRISPRガイド配列と標的核酸の3’末端付近の標的核酸との間のミスマッチはヌクレアーゼ切断活性を無効にする場合があることが実証されている(Upadhyay, et al. Genes Genome Genetics (2013) 3(12):2233-2238)。一部の実施形態では、gRNA配列は、標的核酸の3’末端(例えば、標的核酸の3’末端の最後の5、6、7、8、9、または10ヌクレオチド)に少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または少なくとも100%相補的である。
T細胞受容体アルファ定常(TRAC)遺伝子を標的化する、修飾sgRNAおよび非修飾sgRNAの両方を含む、例示的なsgRNA配列が本明細書において提供される。当業者に明らかなように、sgRNA配列の選択は、予測されるオンターゲットおよび/またはオフターゲット結合部位の数などの要因に依存することがある。一部の実施形態では、sgRNA配列は、潜在的なオンターゲット部位を最大化しかつ潜在的なオフターゲット部位を最小化するように選択される。
一部の実施形態では、Casエンドヌクレアーゼは、Cas9ヌクレアーゼ(もしくはそのバリアント)またはCpflヌクレアーゼ(もしくはそのバリアント)である。Cas9エンドヌクレアーゼは、標的核酸の二本鎖DNAを切断して平滑末端を結果としてもたらす一方、Cpf1ヌクレアーゼを用いた切断は、核酸の付着末端を結果としてもたらす。
一般に、標的核酸は、3’側または5’側においてプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)により隣接されており、PAMは、エンドヌクレアーゼと相互作用し、標的核酸に対するエンドヌクレアーゼ活性の標的化にさらに関与することがある。標的核酸に隣接するPAM配列は、エンドヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼの由来となる供給源に依存すると一般に考えられている。例えば、Streptococcus pyogenesに由来するCas9エンドヌクレアーゼについてPAM配列はNGGであるが、PAM配列NAGおよびNGAはより低い効率で認識されることがある。Staphylococcus aureusに由来するCas9エンドヌクレアーゼについてPAM配列はNNGRRTである。Neisseria meningitidisに由来するCas9エンドヌクレアーゼについてPAM配列はNNNNGATTである。Streptococcus thermophilusに由来するCas9エンドヌクレアーゼ、StlCas9 dSt3Cas9、PAM配列はそれぞれNNAGAAWおよびNGGNGである。Treponema denticolaに由来するCas9エンドヌクレアーゼについてPAM配列はNAAAACである。一部の実施形態では、CasエンドヌクレアーゼはCpflヌクレアーゼである。Cas9エンドヌクレアーゼとは対照的に、Cpflエンドヌクレアーゼは、一般に、tracrRNA配列を必要とせず、標的核酸の5’末端に位置するPAM配列を認識する。CpflヌクレアーゼについてPAM配列はTTTNである。一部の実施形態では、CasエンドヌクレアーゼはMAD7(Eubacterium rectaleからのCpflヌクレアーゼとも称される)であり、かつ、PAM配列はYTTTNである。
一部の実施形態では、細胞を遺伝子操作することはまた、Casエンドヌクレアーゼ、またはそれをコードする核酸配列(例えば、CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNA)を細胞に導入することを含む。一部の実施形態では、CasエンドヌクレアーゼおよびgRNAをコードする核酸は、同じ核酸(例えば、ベクター)上で提供される。一部の実施形態では、CasエンドヌクレアーゼおよびgRNAをコードする核酸は、異なる核酸(例えば、異なるベクター)上で提供される。一部の実施形態では、Casエンドヌクレアーゼは、CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNAとして提供され、かつ、gRNAは修飾gRNA分子として提供される。代替的または追加的に、Casエンドヌクレアーゼは、タンパク質の形態で提供または細胞に導入されてもよい。
一部の実施形態では、CasエンドヌクレアーゼはCas9酵素またはそのバリアントである。一部の実施形態では、Cas9エンドヌクレアーゼは、Streptococcus pyogenes、Staphylococcus aureus、Neisseria meningitidis、Streptococcus thermophilus、またはTreponema denticolaに由来する。一部の実施形態では、Casエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞中での発現のために最適化されたコドンであってもよい。一部の実施形態では、エンドヌクレアーゼはCas9ホモログまたはオルソログである。
一部の実施形態では、Cas9エンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、タンパク質の活性を変化させるためにさらに改変されている。一部の実施形態では、Cas9エンドヌクレアーゼは、エンドヌクレアーゼの1つまたは複数の触媒性残基(resides)を不活化するように改変されている。一部の実施形態では、Cas9エンドヌクレアーゼは、エンドヌクレアーゼの触媒性残基の1つを不活化するように改変されており、「ニッカーゼ」または「Cas9n」と称される。Cas9ニッカーゼエンドヌクレアーゼは、標的核酸の1つのDNA鎖を切断する。一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、2つの別個の切断反応を伴い、1つのCas9ニッカーゼは、標的核酸の1つのDNA鎖を切断するように方向付けられ、かつ、Cas9ニッカーゼは、標的核酸の第2のDNA鎖を切断するように方向付けられる。
(iv)MHC−CAR制御性T細胞(Treg)
本明細書に開示される任意のMHC−CAR発現T細胞は制御性T細胞(Treg)であり得、Tregは、濾胞性制御性細胞の免疫モジュレーション活性を模倣するものであってもよい。本明細書において使用される場合、サプレッサーT細胞としても公知である制御性T細胞またはTreg細胞は、免疫系をモジュレ―トし、自己抗原への寛容を維持し、かつ/または自己免疫疾患を予防するT細胞の亜集団を指す。Treg細胞は免疫抑制因子として機能して、自己免疫疾患に関与する病的なCD4+および/またはCD8+細胞などのエフェクターT細胞の誘導および/または増殖を抑制または下方調節する。
本明細書に開示される遺伝子改変Treg細胞は、天然にTreg細胞と関連付けられるバイオマーカーの1つまたは複数、例えば、CD4、FOXP3、CD25、CD45R(例えば、CD45RAもしくはCD45RO)、またはその組合せを発現する。Treg細胞は、好適なドナー(例えば、治療に供されるヒト患者)から単離された末梢血単核細胞(PBMC)を使用して調製されてもよい(該PBMCに由来してもよい)。PBMCからTreg細胞の亜集団を単離する方法は当該技術分野において周知であり、例えば、細胞選別である。好適なMHC−CARコンストラクトの他に、他の遺伝子改変(例えば、本明細書に記載されるもの)のための発現ベクターは、本明細書に記載されるような方法、または当該技術分野において公知の他の方法を介してTreg亜集団に導入され得る。代替的に、遺伝子改変Treg細胞は、CD25をコードする導入遺伝子および/または他のTreg細胞マーカーを好適なT細胞に導入することにより調製されてもよく、該T細胞は、MHC−CARおよび任意選択的に本明細書に記載されるような他の遺伝子改変のための発現カセットを導入するようにさらに改変され得る。
一部の実施形態では、遺伝子改変Treg細胞は、特定の種類の病的細胞(例えば、CD4+細胞もしくはCD8+細胞)を標的化する(例えば、表面発現もしくは表面結合)分子を提示するようにかつ/または特定の組織部位(例えば、リンパ節もしくは炎症部位)を標的化する分子を提示するようにさらに改変されてもよい。
一部の例では、遺伝子改変Treg細胞は、B細胞表面マーカー、例えば、CD19に特異的な単鎖抗体(scFv)などの細胞外ドメインを含むキメラ受容体(CAR)をさらに発現する。代替的または追加的に、Treg細胞は、T細胞表面マーカー、例えば、CS−1に特異的な細胞外ドメイン(例えば、scFv)を含むキメラ受容体をさらに発現してもよい。そのようなキメラ受容体は、単一のタンパク質上に一緒には天然に見出されない組合せで細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメイン(例えば、共刺激ドメイン、細胞質シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ζ、またはその組合せ)を含む細胞表面受容体であり得る。
Treg細胞はさらに、リンパ節および/もしくは胚中心を標的化する分子、例えば、CXCR5を提示してもよく、かつ/または、炎症部位を標的化する分子、例えば、CCR6を提示してもよい。胚中心B細胞(GC B細胞)を標的化することは、専門家されたヘルパーT細胞サブセット、CXCR5highPD−1high T濾胞性ヘルパー(TFH)細胞により、少なくとも部分的に、媒介されてもよい。Foxp3+ Tregは、Bcl6の発現およびB細胞とのSAP媒介性相互作用を介してTFHリプレッサーとなるように転向され得る。結果として生じる濾胞性制御性T細胞(TFR)は、TFH細胞およびTreg細胞の両方の特徴を共有し、胚中心に局在化し、かつTFH細胞集団および胚中心のサイズをin vivoにおいて調節することが期待される。
さらに、本明細書に開示されるTreg細胞は、本明細書に記載されるような追加の遺伝子改変の1つまたは複数、例えば、チェックポイント分子ノックアウトを含んでもよい。
B細胞またはT細胞特異的CARを発現するTreg細胞は、自己免疫疾患に関与する病的なB細胞および/またはT細胞を標的化してもよい。例えば、本明細書に記載されるような遺伝子改変Treg細胞は、濾胞性制御性細胞に類似の機能を呈することが期待され、例えば、B細胞、T細胞、および/または樹状細胞を標的化し、それにより、例えば、B細胞刺激を下方調節し、胚中心の活性化を阻害し得る抑制性サイトカインを分泌し(GCB細胞(例えば、Il−10およびTGF−ベータ)、Tfh(MHC CARを通じて)およびGC)B(例えば、CD19 CARを通じて)の細胞溶解を誘導し、かつ/または、GC B細胞もしくはT濾胞性ヘルパー(Tfh)細胞へのシグナル伝達を機械的に妨害する(例えば、GC BおよびMHCペプチドTfhへの結合を通じて)。代替的または追加的に、Treg細胞は、ヘルパーT細胞、B細胞、および/もしくは抗原提示細胞の両方へのエンゲージメント、または一部の事例では、エンゲージメントを物理的に遮断することが可能であってもよい。
III.免疫療法におけるMHC−CARを発現する免疫細胞の応用
本明細書に記載されるMHC−CAR(それを含むコーディング核酸またはベクター)を発現する宿主免疫細胞は、MS、I型糖尿病、ループス、関節リウマチなどの自己免疫疾患に関与する病原性細胞の標的化および除去のために有用である。一部の実施形態では、対象は哺乳動物、例えば、ヒト、サル、マウス、ウサギ、または家畜哺乳動物である。一部の実施形態では、対象はヒト、例えば、自己免疫疾患(例えば、MS)を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがあるヒト患者である。
MHC−CAR発現免疫細胞は、薬学的に許容される担体と混合されて医薬組成物を形成することができ、該医薬組成物もまた本開示の範囲内である。本明細書に記載される方法を行うために、本明細書に記載される任意のMHC−CARコンストラクトを発現する有効量の免疫細胞は、治療を必要とする対象に投与され得る。免疫細胞は、対象にとって自己のものであってもよく、すなわち、免疫細胞は、治療を必要とする対象から得られ、MHC−CARコンストラクトの発現のために遺伝子操作されかつ任意選択的に本明細書に記載されるような追加の遺伝子改変の1つまたは複数を含有し、そして次に同じ対象に投与される。対象への自己細胞の投与は、非自己細胞の投与と比較して免疫細胞の拒絶の低減を結果としてもたらすことがある。代替的に、免疫細胞は同種細胞であり、すなわち、細胞は、第1の対象から得られ、MHC−CARコンストラクトの発現のために遺伝子操作され、第1の対象とは異なるが同じ種の第2の対象に投与される。例えば、同種免疫細胞は、ヒトドナーに由来して、ドナーとは異なるヒトレシピエントに投与されてもよい。
一部の実施形態では、免疫細胞は、標的免疫疾患のための治療剤、例えば、MSを治療するためのアレムツズマブと併用される。そのような免疫療法は、免疫療法が対象において有用と考えられる標的免疫疾患の症状を治療し、軽減し、または低減するために使用される。
MHC−CAR免疫療法の有効性は、当該技術分野において公知の任意の方法により評価されてもよく、熟練した医療専門家に明らかである。例えば、免疫療法の有効性は、対象の生存および/または対象における疾患症状の低減により評価されてもよい。
一部の実施形態では、本明細書に開示される任意のMHC−CARを発現する免疫細胞は、自己免疫疾患のための治療剤を用いて治療されたまたは治療されている対象に投与される。本明細書に開示されるMHC−CARのいずれか1つを発現する免疫細胞は、治療剤と併用投与されてもよい。例えば、免疫細胞は、治療剤と同時にヒト対象に投与されてもよい。代替的に、免疫細胞は、治療剤を伴う治療の過程の間にヒト対象に投与されてもよい。一部の例では、免疫細胞および治療剤は、少なくとも4時間の間隔、例えば、少なくとも12時間の間隔、少なくとも1日の間隔、少なくとも3日の間隔、少なくとも1週間の間隔、少なくとも2週間の間隔、または少なくとも1ヶ月の間隔でヒト対象に投与され得る。
本明細書に開示される方法を実施するために、MHC−CARを発現する有効量の免疫細胞またはその組成物は、静脈内投与などの好適な経路を介して治療を必要とする対象(例えば、ヒトMS患者)に投与され得る。MHC−CARを発現する任意の免疫細胞またはその組成物は、有効量で対象に投与されてもよい。本明細書において使用される場合、有効量は、投与により対象に治療効果を付与する各々の剤(例えば、MHC−CARを発現する免疫細胞またはその組成物)の量を指す。本明細書に記載される細胞または組成物の量が治療効果を達成したかどうかの決定は当業者に明らかである。当業者により認識されるように、有効量は、治療されている特定の状態、状態の重篤度、年齢、身体条件、身長、性別および体重を含む個々の患者のパラメーター、治療の継続時間、同時的な療法(存在する場合)の性質、特定の投与経路ならびに医療従事者の知識および専門技術内の同様の要因に依存して変動する。一部の実施形態では、有効量は、対象における任意の疾患または障害の症状を軽減し、緩和し、寛解させ、改善し、低減し、または進行を遅延させる。一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象はヒトがん患者である。
一部の実施形態では、対象は、自己免疫疾患を患うヒト患者であり、自己免疫疾患は、正常な身体部分を攻撃する異常な免疫応答により特徴付けられる。自己免疫疾患の例としては、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、若年性特発性関節炎(若年性特発性関節炎としても公知)、シェーグレン症候群、全身性硬化症、強直性脊椎炎、1型糖尿病、自己免疫性甲状腺疾患(グレーブス病および橋本病)、多発性硬化症 重症筋無力症、炎症性腸疾患(クローン病もしくは潰瘍性大腸炎)、乾癬、または表1に記載される疾患が挙げられる。
一般に、自己免疫疾患が影響され得る、免疫カスケードにおける多数のステージがある。本明細書に開示される方法が含む編集の組合せにより可能となる介入の連続体がある。例えば、MHC−CARに加えて、表面分子の別個のセットを提示するTreg細胞は、異なるステージの自己免疫疾患を治療するために使用され得る。
MSを含む多くの免疫障害の早期ステージにおいて、調節機構における解明されていない障害が存在しかつ/または寛容誘導がMSにおいて存在し、T細胞による神経系に対する繰返しの攻撃が始まる。好適なMHC−CARおよび抗CD19 CAR(任意選択的に本明細書に記載されるような他の遺伝子改変を伴う)を発現するTreg細胞は、介入のために使用されてもよい。
自己反応性Treg細胞の利点は、「バイスタンダー」抑制因子として作用して、罹患した組織により局所的に発現されるコグネイト抗原に応答して部位特異的な方式で炎症を減弱させる能力である。制御性T細胞の誘導(自己抗原による)は、様々な自己抗原がある場合であっても(または開始/一次)自己抗原が未知の場合でも、疾患進行を抑制し得る。Tregは、比較的自由に移行して、T細胞およびB細胞を阻害し、かつ炎症性環境に戻ることを予防し得る。これらの自己反応性Tregは、バイスタンダー抑制因子として作用して、罹患した組織により局所的に発現されるコグネイト抗原に応答して部位特異的な方式で炎症を減弱させる能力において有利である。
したがって、遺伝子改変Treg細胞は、自己反応性Treg細胞の抑制機能を模倣するように設計されてもよい。そのようなTreg細胞は、例えば、PD−L1/PD−1をノックアウトし、CCR6および/またはMOGを標的化するscFvを提示して炎症の部位への経路制御を行い、好適なMHC−CARおよび/または抗CD19−CARを発現する
ように改変されてもよい。代替的に、Treg細胞は、例えば、PD−L1/PD−1をノックアウトし、CXCR5を提示して胚中心および/または異所性リンパ節への経路制御を行い、好適なMHC−CARおよび/または抗CD19−CARを発現するように改変されてもよい。Treg細胞のこれらの種類は、炎症の部位において病原性細胞と相互作用
し、病原性相互作用を遮断し、かつ/または炎症性環境を緩和してもよい。それらは、早期疾患ステージにおいて(病原性を阻害するため)または細胞傷害性療法の後(炎症性環境に戻ることを予防するため)に使用され得る。
再発寛解性MS(中期ステージ)は天然に自己調節され、これらの天然の調節機構を増大させる治療は、疾患プロセスの制御を助ける。疾患治療の成功において、Th1細胞からTh2およびTh3細胞へのシフト、ならびに他の制御性細胞の出現がある。このステージにおいて、治療標的は、病原性B細胞および病原性T細胞の両方を含む。そのような中期ステージ疾患を治療するためのTreg細胞は、本明細書に記載されるような好適なMHC−CAR、およびB細胞を標的化する(例えば、抗CD19 CAR)またはCD8+細胞などのT細胞を標的化する追加のCARを発現してもよい。Treg細胞は、CXCR5をさらに提示してもよく、またはCXCR5標的化を含まなくてもよい。抗CD19 CARを発現するTreg細胞は、胚中心においてB細胞を除去するために使用されてもよい。
MSが再発寛解性形態から慢性進行性形態(後期ステージ)に変化する場合、T細胞は慢性活性化の状態に入り、変性プロセスが起こる。細胞傷害性CD8+ T細胞に対する積極的治療は、充分に細胞傷害性であるCAR増強(CAR augmentation)を必要とする。この時点において、治療は、主にTreg細胞により推進されるものからMHC−CAR CD8+ T細胞およびさらにはMHC−CAR CS−1細胞により推進されるものにシフトしてもよい。究極的目標は同じままであり、バイスタンダー効果により増進される細胞傷害性を通じて病理を抑制することである。この疾患ステージにおける使用のための遺伝子操作されたT細胞は、好適なMHC−CAR、および疾患の後期ステージに関与する病的なT細胞、例えば、CD8+ T細胞を標的化する追加のCARを発現してもよい。一部の例では、追加のCARは、CS−1(SLAMF7としても公知)を標的化してもよく、CS−1は、CD8+ T細胞上に発現される糖タンパク質である。CS1は、CD8+ T細胞および血漿細胞を標的化および殺傷するために使用され得る有望な抗原である。CS1−CAR T細胞は、より多くのIFN−ガンマの他にIL−2を分泌し、より高レベルの活性化マーカーCD69を発現し、脱顆粒のためのより高い能力を有し、かつ増進された細胞傷害性を示す。抗CS1 CARはCD8+ T細胞を標的化する。遺伝子改変T細胞は、CXCR4などの血漿細胞の骨髄標的化、およびCXCR3を用いた炎症組織への標的化のための分子をさらに提示してもよい。
Hiepe et al., Nature Reviews Rheumatology, 7(3):170-178, 2011。例としては、ループスにおける血漿細胞の標的化が挙げられる。
IV.治療的使用のためのキット
本開示はまた、自己免疫における自己反応性T細胞などの病原性免疫細胞の抑制において使用するためのMHC−CAR発現免疫細胞の使用のためのキットを提供する。そのようなキットは、本明細書に記載されるものなど)のMAR−CARを発現する免疫細胞、および薬学的に許容される担体を含む組成物を含む1つまたは複数の容器を含んでもよい。
一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載される任意の方法において使用するための指示を含み得る。含まれる指示は、治療を必要とする対象、例えば、MS患者へのMHC−CAR発現免疫細胞の投与の説明を含み得る。キットは、対象が治療を必要としているかどうかの同定に基づく治療のための好適な対象の選択の説明をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、指示は、治療を必要としている対象への免疫細胞の投与の説明を含む。
本明細書に記載されるMHC−CARを発現する免疫細胞の使用に関する指示は、一般に、意図する治療のための投与量、投与スケジュール、および投与経路に関する情報を含む。容器は、単位用量、バルクパッケージ(例えば、複数用量パッケージ)または単位用量未満であってもよい。本開示のキット中に供給される指示は、典型的に、ラベルまたはパッケージ挿入物上の書面による指示である。ラベルまたはパッケージ挿入物は、医薬組成物は、対象における発症を治療し、遅延させ、かつ/または疾患もしくは障害を軽減するために使用されることを指し示す。
本明細書において提供されるキットは、好適な包装中にある。好適な包装としては、バイアル、ボトル、ジャー、および柔軟性包装などが挙げられるがこれらに限定されない。特定のデバイスと組み合わせた使用のための包装もまた想定される。キットは無菌アクセスポートを有してもよい(例えば、容器は、皮下注射針により貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグまたはバイアルであってもよい)。容器もまた、無菌アクセスポートを有してもよい。医薬組成物中の少なくとも1つの活性剤は、本明細書に記載されるようなMHC−CARを発現する免疫細胞である。
キットは、任意選択的に、緩衝液および判断情報などの追加の成分を提供してもよい。通常、キットは、容器および容器上または容器に付随したラベルまたはパッケージ挿入物(複数可)を含む。一部の実施形態では、本開示は、上記されるキットの内容物を含む製造物を提供する。
さらなる説明なしに、当業者は、上記の記載に基づいて、本発明をその最も完全な程度まで利用できると考えられる。以下の特定の実施形態は、したがって、単に説明的なものであると解されるべきであり、いかなる意味でも本開示の残りの部分の限定として解されるべきではない。本明細書において参照される全ての刊行物は、本明細書において参照される目的または主題のために参照することにより組み込まれる。
以下の実施例は、治療的T細胞をMSに関与するミエリン塩基性タンパク質(MBP)特異的Tリンパ球に対して選択的に向け直すためにキメラ受容体を利用する細胞性免疫療法の開発に焦点を当てる[16]。このプログラムの結果は、病的な自己特異的Tリンパ球に対抗できる向け直された治療的T細胞のさらなる開発をサポートすることができ、かつ、MSにおける治療標的としてのヒト化されたMBP−DR2キメラ受容体を詳細に検証する[29]。
実施例1:ミエリン塩基性タンパク質に特異的な改変T細胞の構築
MBPロード主要組織適合複合体−キメラ抗原受容体(MHC−CAR)を標的化する抗原特異的T細胞受容体(TCR)のためのコンストラクトをアッセイ用のTCRノックアウトを有する細胞への再導入のために設計する。TCRコンストラクトの設計は、刊行された構造を有する抗原特異的TCRおよびヒト細胞株において検証されたTCR発現コンストラクトに基づく[17、46、51、52]。標識化のために緑色蛍光タンパク質(eGFP)またはルシフェラーゼを遺伝学的にコードさせる[28]。TCRコンストラクトおよびレポーティング遺伝子を含む例示的なレンチウイルス発現ベクターを図1に提供する。
いくつかの細胞株をTCR発現および活性を試験するために選択し、該細胞株には、Jurkat E6−1(TCRを発現する対照株)、Jurkat J.RT3−T3.5(TCRbを欠いた株)、SupT1(損傷したTCRaを有する株)、および初代ヒトT細胞(TCRクロノタイプの多様な集団を含有する)が含まれる。
Jurkat E6−1細胞は、末梢血からの確立されたヒトTリンパ球細胞株である。それは、TCRを発現する対照細胞株として使用される[15、18]。
Jurkat RT3−T3.5は、TCR β鎖の発現を不可能にする突然変異に起因してTCRβを欠いている。それはまた、表面CD3を発現せずかつT細胞受容体α,βヘテロ二量体を産生しない。それは、したがって、T細胞受容体遺伝子移入を検証するために使用される[1、6、21、49]。
SupT1は、複数のT系列マーカーを発現するヒトリンパ芽球株であり、非機能的な受容体をコードし、TCRαを発現しないため使用される[49]。
PMBC由来初代ヒトT細胞は、TCRクロノタイプの多様なレパートリーを含有する。
図1に示されるような抗原特異的TCRを含有するレンチウイルスベクターを使用して、少なくとも1つのTCR鎖を欠いたがん細胞株への形質導入を行った後、蛍光活性化細胞選別(FACs)を使用して発現について評価する。抗原特異的TCRを含有するがん細胞株において、マウス研究におけるその使用を可能とする安定発現の成功にしたがってルシフェラーゼを細胞株に加える。
mRNA、マルチシストロン性mRNA、およびレンチウイルス形質導入のためのTCRコンストラクトは、遺伝学的にコードされたeGFPおよび抗TCRまたは抗CD3抗体を用いる標識化に基づくスクリーニングを介して直接的に進行する[3、19]。
実施例2:MHCベースのキメラ受容体(MHC−CAR)の構築およびそれを発現するT細胞
(i)MHC−CARコンストラクトの設計
MBP 84−102エピトープをヒト白血球抗原HLADR2に遺伝学的に関連付ける養子細胞療法用の受容体を生成し、これはキメラ細胞内シグナル伝達ドメインを組み込んでいるかまたは欠いている[29]。抗原−主要組織適合複合体(Ag−MHC)ドメインは受容体として働き、MBP特異的標的細胞のTCRに結合する。Ag−MHC−CARは、CD3−ζ(すなわち、第一世代シグナル伝達ドメイン)を有する前臨床マウスモデルにおいて検証されており、[9、25]において提供される方法論にしたがって、ヒトにおける有効性のために追加の共刺激シグナル伝達ドメイン(すなわち、第二または第三世代シグナル伝達ドメイン)と任意選択的に組み合わせてもよい。MHC−CARの様々な設計の概略図を図2に提供する。
MHC−CARをHLA−DRの構造に基づいて設計し、様々な内部細胞質共刺激ドメインと組み合わせる。MHC−CARは、2つのサブユニット:(i)リーダー配列、DRA*1010ドメイン、および細胞質ドメインを含有するα鎖、ならびに(ii)リーダー配列(HLA−DRB1*1501から)、ペプチド(ミエリン塩基性タンパク質からのDENPVVHFFKNIVTPRTPP(配列番号:15))、ドメイン(HLA−DRB1*1501から)、および細胞質シグナルドメイン、例えば、CD3zを含有するβ鎖を有する[29]。図3。mRNAを作製するために使用されるDNAは、単鎖(図4において一実施形態として示される)を含有するか、またはマルチシストロン性でありかつ図5に示されるようにオルソゴナル2A配列により分離されているかのいずれかである。遺伝学的にコードされるeBFPまたはRQR8を細胞標識化のためまたは枯渇のための機構を提供するために細胞に導入する[4、5、37、40]。図3および図5。
図6に示されるように、設計されたMHC−CARは、タグ付加のための多数の部位を有する。部位1は、天然のHLA−DRがCIITA編集に起因して発現されない場合のためのHLA−DR抗体結合部位である[26、38]。部位2および3は、ポリヒスチジンタグモチーフのための潜在的な挿入部位である[24]。部位4および5は、それぞれRQRおよびRQR8を表す[37]。多発性硬化症は血液脳関門透過性に影響することが示されているため、治療的MHC−CARの安全性を増進するために、遺伝学的にコードされるRQRは、重篤なMSの治療において適応外使用されるキメラモノクローナル抗体治療であるリツキシマブの投与によりMHC−CAR T細胞の急速な枯渇を可能とする[42]。
(ii)MHC−CARを発現するT細胞株の構築
以下において議論する多数の細胞株は、MHC−CARコンストラクトを試験するために選択される。臨床転換可能なプロトコールを確立するためにアッセイを次にヒトT細胞において継続する。
K56細胞はクラスIおよびクラスII MHCを欠いており、抗体を使用するHLA−DR発現のタグなし検証を可能とする(HLA−DRはMHC−CARの成分である)[45]。発現アッセイは、フローサイトメトリーを使用するRQR8発現と比べたMHC−CAR発現の評価を可能とし、同じレンチウイルスコンストラクトは次にPMBC由来T細胞において使用される[23]。
KM−H2は、HLA−DR陽性対照株として使用され得るヒトホジキンリンパ腫株である[34、44]。上記のように、Jurkat E6−1は、CIITAの送達によりHLA−DRを条件付きで発現し、CIITAノックアウトが使用される場合にCIITA TALENを評価するために使用され得る[33]。
加えて、初代ヒトT細胞が使用され得る。PMBC由来初代ヒトT細胞を全血から精製および濃縮した後、活性化させる。形質導入を濃縮の後に行う。細胞を組換えヒトインターロイキン−2(および/またはIL−7および/またはIL−15)とインキュベートする[7、12、43]。前臨床研究および予期される治療的過程に基づいて、所望の細胞種は、幹細胞メモリーTSCM、セントラルメモリーTCM、およびナイーブ細胞TNの分子的および機能的特徴を有するCD8+ T細胞である[11、22、32、35]。抗体染色は、細胞のイムノタイピングを可能とする[27]。
シグナル伝達ドメイン(CD3z、41BB、CD28)の並べ替えを含む初期コンストラクトをK562細胞においてmRNA、マルチシストロン性mRNA、およびレンチウイルス戦略を使用して発現させる。細胞株がMHCクラスIおよびIIを欠くことにより、成功裡に用いられた戦略[29]にしたがって、HLA−DR抗体を使用するMHC−CAR発現のタグなしの検証が可能となる。治療的T細胞を含むより臨床的に関連する細胞株における発現効率の定量化はコンストラクトに依存し、遺伝学的にコードされる蛍光レポーター(BFP)またはRQR部位、ポリヒスチジン−(HIS)−タグ、もしくはMHCCAR(TALENを使用してCIITAが不活性化される場合、HLA−DR抗体を用いる)の抗体染色を使用して測定される。標識化部位を図6に指し示す。潜在的な治療ベクターとしてのMHC−CAR送達率を試験するために、BFPをコンストラクトから除去し、枯渇制御を提供するためにRQRを保持する。臨床的に関連するコンストラクトの発現率を編集後の抗体染色を使用して測定する。
転写活性化因子様エフェクター技術(TALEN)もまた、MHC−CARを発現するT細胞を調製するために使用することができる。ヒトT細胞株を活性化させ、TALENをトランスフェクトし、MHC−CARをトランスフェクトまたは形質導入する。それらを次に染色し、フローサイトメトリーにより解析してTALEN遺伝子不活性化およびMHC−CAR発現を評価する。
所望の細胞株におけるコンストラクトの発現が検証されたら、ヒトT細胞株へのTALEN形質導入(上記のようにTCRaおよびCD52またはCIITA)を行う。TALENを活性化ヒトT細胞株に導入した後、評価のためにMHC−CARを同じT細胞株に導入する。ヒトT細胞の改変をこの順序で行うことで、天然のTCRに起因するMHC改変細胞の偶然の同胞殺傷を予防することができる[10]。TALEN編集MHC−CAR T細胞の活性が確認される。
(iii)転写活性化因子様エフェクター(TALEN)を介するMHC−CAR発現T細胞の改変
ヒトT細胞を選択して、TALENによるTCRa、およびCD52またはCIITA遺伝子の不活性化を確認した後、TALENを使用して、MHC−CARと組み合わせて評価を行う。転写活性化因子様エフェクター(TALEN)は、配列特異的な方式でDNAに結合する。DNA結合ドメインは、特異的なヌクレオチド認識を付与する異なる2アミノ酸RVD(リピート可変ジペプチドモチーフ)を有する高度に保存された33〜34アミノ酸配列を含有する[23、31]。
TCRのα鎖およびβ鎖のいずれかの突然変異は、表面TCR発現の阻害のために充分である[15、36]。TALENを使用して、望ましくない転座を通じた増殖上の利点を導入することなく治療用細胞における2つの遺伝子の発現を阻害する[39][47]。移植片対宿主病(GvHD)を予防し、かつ同種療法の生成を可能とするために、TCR発現はTRAC標的化TALENを通じて阻害される[15、39、47]。
アレムツズマブ適合性のためにCD52の欠失を行うことができる。アレムツズマブは、ヒト化された抗CD52 IgG1モノクローナル抗体であり、循環性TおよびBリンパ球を標的化して枯渇させる[41]。アレムツズマブは、重篤発症MSにおけるレスキュー療法またはファーストライン薬物として使用することができ[50]、ヒト患者集団において併用投与される。TALENノックアウトは、MHC−CARを患者における同時治療と適合性にする[14、39]。さらに、MHC−CARにおけるHLA−DRの特徴付けのためにCIITAの欠失を行うことができる。CIITAは、HLAクラスIIプロモーターの転写活性のために必須のタンパク質コーディング遺伝子である[26]。ノックアウトは、MHC−CAR発現の特徴付けのために抗体を使用するHLA−DRの直接的な測定を可能とする[38、53]。CD52発現の阻害は、多発性硬化症のためにFDAに承認された治療であるレムトラダR(アレムツズマブ)との同時治療を可能とする[42]。アレムツズマブはまた、CAR T療法の生着を補助するリンパ枯渇/リンパ抑制剤として使用される[39]。TRACおよびCD52標的化TALENを用いて改変されたCAR T細胞療法は現在、臨床試験において試験されている[38、40、43]。
CD52の代わりにMHCクラスIIトランスアクチベーター(CIITA)を不活化するTALENは、CIITAの不活性化として、HLA−DR発現を阻害することが期待され[26][38]、したがって、HLA−DR抗体染色によるMHC−CAR含有細胞の直接的な同定を可能とする。
検証されるTALEN(TRAC:TTGTCCCACAGATATCCagaaccctgaccctgCCGTGTACCAGCTGAGA(配列番号:376)、CD52:TTCCTCCTACTCACCATcagcctcctggttatGGTACAGGTAAGAGCAA(配列番号:371)、CIITA:TTCCCTCCCAGGCAGCTCacagtgtgccaccaTGGAGTTGGGGCCCCTA(配列番号:366))はCellectisから得られ、または以前に検証された部位を標的化するために設計される[38、43]。
ヒトT細胞を活性化させ、3つの異なるTALENのバリアントをコードするmRNAをエレクトロポレートする:TCR−アルファ定常鎖、CD52、およびCIITA。細胞を抗CD3または抗TCR(TCR−アルファ定常鎖)、抗CD52(CD52)、または抗HLA−DR(CIITA)を用いて表面染色した後、フローサイトメトリーにより解析する。
TALEN発現アッセイにおいて、不活性標的遺伝子に対する以前に検証されたTALENの能力を再検証する[39]。転座研究およびオフターゲット研究を再び行い、いくつかの全ゲノム配列により結果を確認する。GUIDE−seqを全ゲノムシークエンシングの代替として使用してオンおよびオフターゲット編集を確認することができる[8]。
以下の内因性遺伝子の1つまたは複数(one of more)を編集して他の細胞との相互作用を低減する:TCR(TCRアルファまたはベータ鎖を通じて;望まない細胞への標的化を低減するため)、CIITA(MHCクラスII遺伝子の発現を調節する;欠失を試験する(taster)ための標的細胞)、B7−1(CD80)および/またはB7−2(CD86)ノックアウト、ならびにNKG2DリガンドまたはUL18と共にb2m(MHCクラスI遺伝子の発現を調節する)。
さらに、以下の遺伝子の1つまたは複数を編集して、相互作用する細胞の機能を改変することができる:PD−L1+/−CTLA4−Ig過剰発現;PD−L1/2過剰発現+/−PD−1ノックアウト;FasL過剰発現+/−Fasノックアウト;ガレクチン9過剰発現+/−TIM3ノックアウト;および/またはPVT/CD155過剰発現+/−TIGITノックアウト。PD−1、Fas、TIm3、TIGITにおける欠陥は、患者に自己免疫の素因を与える。一部の薬物は機能を回復させ得る(例えば、Tim3、グラチラマー酢酸塩およびIFN−ベータ)。自己免疫疾患を患う患者からの自己細胞が利用される場合、それらは、CTLおよびTreg機能に影響を及ぼす欠陥性遺伝子の患者特異的な補正を必要とすることがある。それらの個人的な突然変異セットはまた、CTLまたはTreg細胞が最も治療的に関連するかどうか、および自己細胞または同種細胞のいずれかが使用される場合に何らかの細胞改変が効果的であるかどうかを決定することがある。
さらに、以下の編集は、細胞の位置および/または機能を改変することがある(例えば、より濾胞性制御性細胞様とするため):
− MHC−CAR−(FOX3P)−(CS1またはCD19 CAR)/(CS−1 CARのために必要とされるCS−1ノックアウト)
− MHC−CAR−(FOX3P)−(CCR7またはCXCR5)
さらに、以下の編集は、自己免疫疾患のための併用療法(例えば、MS特異的治療法)を可能とし得る。
− RQRタグ:操作されたT細胞は、リツキシマブ(殺傷スイッチ)を用いて除去され得る。新たに承認された抗CD20抗体Ocrevusのためのタグが生成され得る。
− ラパマイシンスイッチ:患者がラパマイシン(タクロリムス)を用いて治療される場合にのみ不活性/活性のCAR
− CD52ノックアウト:存在する免疫細胞の数を減少させるためのレムトラダ(アレムツズマブ)を用いる事前治療を可能とする
− VLA−4ノックアウト:病原性免疫細胞を末梢に移動させるためにタイサブリを用いて治療し得るが、操作された細胞はそこに留まることを強いられる(脳脊髄にスタックした細胞として確立されたMSを有する患者にとって理想的でないことがあるが、VLA−4の同時のmRNA発現はそれらの位置への一時的な接近を提供し得る)
− 操作されたT細胞からのIL−6抗体(トシリズマブ(Toclizumab))の分泌:操作されたT細胞が脳および脊髄に接近しないとならないが、BBBに起因してこの薬物は該位置に接近できない場合に役立つ
実施例3:MHC−CAR活性の調査
(i)MHC−CARを発現する初代T細胞の調製
初代T細胞は、以下のように調製され得る。T細胞を末梢血単核細胞から単離し(EasySep Human T Cell Enrichment Kit、Stemcell Technologies)、(X−VIVO 15培地、Lonza;20mg/mlのIl−2、Miltenyi;5%のヒトAB血清、Seralab)を用いて活性化させる(Dynabeads Human T−Activator CD3/CD28、Life Technologies)。MBP抗原ペプチドを含有する好適なMHC−CARコンストラクトを従来の方法を使用して初代T細胞に導入する。MHC−CARコンストラクトの表面発現をFACSおよび抗体染色により検証する。
(ii)in vitroでのMHC−CAR活性試験
コンストラクトのトラフィッキングおよび発現(mRNA、マルチシストロン性mRNA、レンチウイルスを用いる)が検証されたら、活性試験をin vitroで実行する。全ての試験を異なるエフェクター:標的(E:F)細胞濃度において実行する。in vitro試験は、MHC−CARシグナル伝達ドメインおよびT細胞サブセットの初期評価を提供する。
(iii)IL−2産生によるシグナル伝達ドメインの評価
エレクトロポレーションの24時間後に、MHC−CARを用いて一過的に操作されたヒトT細胞をプレート結合HLA−DR抗体を用いて刺激して、MHC−CAR(様々なシグナル伝達ドメインを含有する)が機能的かどうかを決定する。Il−2産生をStemCell IL−2 ELISAキットを使用して24時間後に測定する。この試験は、バリアントを再操作または放棄すべきかどうかに関する迅速なアッセイを提供する[29]。
(iv)増殖アッセイを通じたMHC−CAR細胞および病原性TCR細胞の相互作用
TCRを一過的に発現する標的細胞株をエレクトロポレーションの24時間後にTCR発現について磁気的に選別し、照射を行って、抗原特異的TCRとのMHC−CARのエンゲージメントがT細胞を含有するMHC−CARの増殖を刺激するかどうかを試験する。代替的に、TCRを安定に発現する標的細胞株に照射を行う。(+/−抗原特異的)TCRを提示する照射された細胞をCFSE標識MHCCAR細胞とインキュベートし、異なるT:E比での培養後に増殖を測定する[30]。
(v)脱顆粒アッセイ
CAR T細胞をRQR上のエピトープ(使用される標的細胞上で発現されていない)またはT細胞マーカーの代わりにeBFPを通じて標識する。一過性または安定発現(一過性発現の例を記載する)を有する細胞株についてアッセイを行う。エレクトロポレーションの24時間後に、RQR8またはBFPのいずれかを有するMHC−CARヒトT細胞を標的(抗原特異的TCR SupT1もしくはJurkat)または対照(+/−TCR JurkatもしくはTCR− SupT1)細胞と6時間共培養する。一過性発現(および後に安定発現)の標的細胞に抗原特異的TCRをエレクトロポレートし、エレクトロポレーション後にCD3磁気ビーズを用いて選別する。RQR+またはBFP+ MHC−CAR T細胞(抗リツキシマブ抗体、QBEnd10抗体を用いて同定される)をフローサイトメトリーにより解析して、表面上の脱顆粒マーカーCD107aの発現を検出する[2]。
(vi)サイトカイン分泌アッセイ
一過性または安定発現(一過性発現を記載する)を有する細胞株についてアッセイを行う。MHC−CARを一過的に発現するヒトT細胞をエレクトロポレーションの24時間後に標的細胞との共培養後のサイトカイン分泌について評価する。MHC−CARを一過的に発現するヒトT細胞を標的(抗原特異的TCR含有JurkatもしくはSupT1細胞)または対照(+/−非抗原特異的JurkatもしくはSupT1)細胞と24時間共培養する。抗原特異的TCRを次にアッセイ前の照射により殺傷する。上清を回収し、TH1/TH2 cytokine cytometric bead array kitを使用して解析してT細胞により産生されるサイトカインを定量化する[13]。MHC−CAR T細胞は、抗原特異的TCR発現標的細胞との共培養でIFNおよび他のサイトカインを産生するが、対照細胞との共培養では産生しない。
(vii)IFNγ放出アッセイ
様々なレベルのMHC−CAR発現細胞を、トランスフェクションの24時間後に照射したTCR T細胞とインキュベートする。共培養物を24時間維持する。インキュベーションおよび遠心分離後、上清をELISAによるIFNγ検出を用いて試験する。
(viii)細胞傷害性アッセイ
TCR T細胞を治療的MHC−CARの他に対照細胞とインキュベートする。MHC−CAR T細胞との共培養の前に標的および対照細胞を蛍光細胞内色素(CFSEまたはCell Trace Violet)を用いて標識する。共培養物を4時間インキュベートする。このインキュベーション期間後、細胞を固定可能生存色素(fixable viability dye)を用いて標識し、フローサイトメトリーにより解析する。各細胞集団(標的または陰性対照)の生存を決定し、特異的細胞溶解のパーセンテージを算出する。細胞傷害性アッセイを形質導入の48時間後に実行する。
(ix)阻害アッセイ
PBMCを、MHC−CARコンストラクトを発現する照射またはミトマイシン処理した操作されたT細胞と共培養する。対照として、PBMCを、MHC−CARコンストラクトを発現しない照射またはミトマイシン処理した操作されたT細胞と共培養する。7日後、ヒト患者ドナーAからの細胞増殖をXTT比色アッセイまたはCFSE希釈(FACS分析)により測定する。細胞増殖が対照において観察されるが、操作されたT細胞が、分泌されるFPを発現する場合、細胞増殖は期待されないか、または限られた細胞増殖が期待される。この実験からの結果は、MHC−CAR発現T細胞がFPを発現する場合にアロ反応性T細胞の増殖は阻害されることを示すことを目的とする。
(x)増殖
抗原特異的TCRとのMHC−CARのエンゲージメントがMHC−CAR含有T細胞の増殖を刺激するかどうかを試験するために、TCRを一過的に発現する標的細胞株をエレクトロポレーションの24時間後にTCR発現について磁気的に選別し、照射を行う。代替的に、TCRを安定に発現する標的細胞株に照射を行う。(+/−抗原特異的)TCRを提示する照射された細胞をCFSE標識MHC−CAR細胞とインキュベートし、異なるT:E比での培養後に増殖を測定する。
(xi)in vivo試験
マウスT細胞中のMHC−CAR(マウスおよびヒトMHCを有する)は、多発性硬化症についてのマウスモデルである実験的アレルギー性脳脊髄炎において治療効果を以前に示している[25、29]。ここで我々は、ヒト細胞中のMHC−CARがヒトT細胞株中のヒトTCRを標的化できるかどうかを、以前のCAR T前臨床研究におけるものと類似のin vivoマウスモデルを使用して試験する[39]。in vivo試験は、MHC−CARシグナル伝達ドメインおよびT細胞サブセットのさらなる評価を可能とする。
図7に示されるように、MHC−CAR T細胞のin vivo活性をマウス異種移植モデルにおいて検証することができる。
免疫不全(Immunodefficient)NOGマウスの静脈内にMS異種移植マウスモデルとして抗原特異的TCR−ルシフェラーゼ発現T細胞を注射する。マウスに次に、腫瘍細胞株を用いる注射の2または7日後に、異なる用量において試験される静脈内用量のMHC−CAR T細胞を与える。CARレンチウイルスベクターを形質導入されないT細胞を用いる静脈注射は、対照として働く。異なる動物におけるTCR−ルシフェラーゼ発現細胞の拡大増殖を追跡するために、T細胞注射の日(D0)、T細胞注射後のD7、14、21、28および40において生物発光シグナルを決定する[39]。
ここに示すものと類似のバックグラウンド改変(天然のTCRを不活化しかつ移植片対宿主を最小化するためのTALEN、CD52を不活化しかつアレムツズマブとの同時の治療を可能とするためのTALEN、および枯渇を可能とするためのRQR8)を有するCAR T細胞はマウスモデルにおいて以前に検証されており、今回UCART19臨床試験において使用される[39]。
(xii)殺傷スイッチの検証
形質導入T細胞を25%の乳仔ウサギ補体(AbD Serotec)に4時間、医薬的補体(リツキシマブ、タイサブリ、またはアレムツズマブ)を含めてまたは含めずに曝露して、補体依存性細胞傷害性(CDC)媒介性感受性を調べる。Miltenyi CD34磁気ビーズ選択形質導入RQR8 T細胞を同様に処理されたQ8形質導入T細胞の集団に対して比較してCDC媒介性欠失の特異性を実証する。CDCアッセイパラメーターのさらなる調査は、12.5、25、50、および100mg/mLの医薬的補体とインキュベートされたRQR8形質導入T細胞を使用する経時/用量滴定アッセイおよび1〜120分の範囲内の時点評価を通じて達成された。
実施例4:MHC−CARを発現する制御性T細胞(Treg)
多発性硬化症および他の自己免疫疾患に関与する病的なTリンパ球を抗原特異的に標的化する療法は、抗原非特異的な療法と比較して向上した治療指数を有することが期待される。この実施例は、治療的T細胞をMSに関与するミエリン塩基性タンパク質特異的Tリンパ球に対して選択的に向け直すためにキメラ抗原受容体を使用する例示的な細胞性免疫療法を提供する。
Treg細胞の選別、形質導入、および拡大増殖
CD4+ T細胞をRosetteSep(STEMCELL Technologies)を介してPMBCから単離し、CD25+細胞について濃縮した後(Miltenyi Biotec)、FACSにより生CD4+CD45RO−CD45RA+CD25+ TregおよびCD4+CD45RO−CD45RA+CD25−対照T細胞に選別する。選別したT細胞を、Tregまたは非reg対照Tについてそれぞれ1,000U/mlまたは100U/mLのIL−2中のαCD3 mAbをロードした人工APC(aAPC)を用いて刺激する。1日後、細胞にレンチウイルスを用いて形質導入する。7日目に、ΔNGFR+細胞を磁気選択(Miltenyi Biotec)を用いて精製した後、上記のようなaAPCを用いて再刺激し、6〜7日間拡大増殖させた。
フローサイトメトリー:
表現型解析のために、細胞を固定可能生存色素(FVD)(65−0865−14および65−0866−14、eBioscience)を用いて染色し、表面マーカーについて固定/透過処理の前にFOXP3/Transcription Factor Staining Buffer Set(eBioscience)を用いて染色した後、細胞内タンパク質について染色を行った。サイトカイン産生の解析のために、細胞をブレフェルジンA(10μg/ml)の存在下で10ng/mlのPMAおよび500ng/mlのイオノマイシン(全てSigma−Aldrich)を用いて4時間刺激した。試料をフローサイトメトリーにより解析した。
顕微鏡法:
PBMCをPKH26またはPKH67(Sigma−Aldrich、PKH26GL−1KTおよびPKH67GL−1KT)を用いて標識し、Tregを細胞増殖色素(CPD)eFluor450(eBiosciences、65−0842−85)を用いて標識した後、製造者の一般的3Dゲルプロトコールにしたがって1×DMEMおよび10%のFCSから構成される1.5%のラットテイルコラーゲンI型の3Dゲル(Ibidi)中に懸濁する。細胞懸濁液をピペットで採ってμ−Slide Chemotaxis3Dに入れ、Leica TCS SP8共焦点顕微鏡上で35℃および5%のCO2の加湿インキュベーター(Tokai Hit)中で30分間重合させる。外チャンバーを1×DMEMで満たし、×10/0.30対物レンズを使用して2分毎に3時間画像を記録する。eFluor450、PKH67、およびPKH26を405nm、488nm、および561nmにおいて励起し、蛍光発光をそれぞれ415〜470nm、495〜525nm、および570〜650nmにおいて収集する。CAR−Tregと標的または対照細胞のいずれかとの間の相互作用の数を20分毎に定量化する。動かない細胞は解析から除外した。視野当たりの各標識細胞種の総数は、ImageJ(imagej.nih.gov/ij/)におけるanalyze particles機能を使用して計数することができる。
Treg特異的脱メチル化領域(TSDR)の解析
安定なFoxp3のTreg安定発現は、Foxp3遺伝子座内のTSDRの選択的な脱メチル化と関連付けられる。安定発現について試験するために、凍結T細胞ペレットからのDNAをDNeasy Blood and Tissue Kit(QIAGEN)を用いて単離し、EZ Direct Kit(Zymo Research)を用いてバイサルファイト変換した。BisDNAのPCRをHuman FOXP3 Kit(Epigen DX)を用いて行い、PyroMark buffer(QIAGEN)を使用するパイロシークエンシングのために調製した後、Biotage PyroMark Q96 MD pyrosequencer(QIAGEN)でアッセイした。結果をPyro Q−CpG software(Biotage)を用いて算出した。
サイトカイン産生
サイトカイン産生を測定するために、T細胞株をK562細胞(1のK562:2のT細胞)を用いて48時間刺激する。上清を回収し、サイトカイン濃度をHuman Th1/Th2/Th17 Cytokine Kit(BD Biosciences)により決定し、解析した。
MHC CAR特異的増殖の抑制
標的に特異的なTregはCD4+ T細胞増殖を抑制することもできたかどうかを試験するために、MHC CAR特異的CD4+ Tクローンを単離する。エプスタインバーウイルス形質転換Bリンパ芽球様(B lymphablastoid)細胞株にレンチウイルスを使用してMHC−CARを形質導入した。EBV細胞株を終夜生育し、150Gyで照射し、CAR発現Tregまたは従来のT細胞の非存在下または存在下でCPD標識MHC CAR特異的CD4+ Tクローンと共培養した。増殖を4日後に決定し、MHC CAR特異的クローンの抑制のパーセンテージを以下のように増殖のパーセンテージを使用して算出する:(100−[(増殖MHC CAR+試験の%)/(増殖MHC CAR単独の%)]×100)。
コンストラクトのトラフィッキングおよび発現(mRNA、マルチシストロン性mRNA、および/またはレンチウイルスを用いる)が検証されたら、活性試験をin vitroで始める。全ての試験を異なるエフェクター:標的(E:F)細胞濃度において実行する。in vitro試験は、MHC−CARシグナル伝達ドメインおよびT細胞サブセットの初期評価を提供することが期待される。
T細胞におけるケモカインおよび接着受容体の一過性またはレンチウイルス発現
モノ/ポリシストロン性mRNAのエレクトロポレーションまたはレンチウイルス形質導入後に受容体をヒトT細胞において発現させる。受容体の発現をフローサイトメトリーを使用して解析する。要約すると、抗CD3/CD28コートビーズおよびIL2を用いて数日(3〜5)予備活性化させた5×10個のT細胞をcytoporation buffer T中に再懸濁し、45μgのmRNAをエレクトロポレートした。エレクトロポレーションの24時間後、複数鎖CARをコードするポリシストロン性mRNAを使用して操作されたヒトT細胞を固定可能生存色素eFluor−780およびPE共役ヤギ抗マウスIgG F(ab’)2断片特異的を用いて標識し、フローサイトメトリーにより解析した。代替的に、受容体をレンチウイルス中にベクター化し、発現させ、同様に解析した。
in vitro走化性アッセイ
形質導入T細胞を以前に記載された通りに走化性アッセイにおいて使用した[Burkle et al., Blood, 110(9):3316-3325, 2007;Wu and Hwang, Journal of immunology, 168(10):5096, 2002.;Singh et al., Journal of immunology, 180(1):214-221, 2008.;Ryu et al., Molecules and Cells, 39.12:898-908, 2016.]。細胞(培地中の約20,000細胞、100万細胞、5×10/mL)を5μm孔径フィルターの上部に2連で置いた一方、ケモカインありおよびなしの培地を下チャンバーに入れた。37℃での30分、1h、3h、5hr、24hr後、プレートの底に落ちた移動細胞を以下の通りに処理した:
A.4×対物レンズを使用して撮影した。2つのウェルのそれぞれからの3つのランダムな視野をImage Pro Plus(Media Cybernetics、Silver Spring、MD)を使用して計数した。3つの独立した実験を行ったところ類似の結果であった。
B.400μLの細胞懸濁液をリン酸緩衝生理食塩水(PBS)中の4×10−7MのFITC標識ファロイジン、0.5mg/mLの1−アルファ−リゾホスファチジルコリン(共にSigma、St Louis、MO)、および7%のホルムアルデヒドを含有する100μLの溶液に加えた。固定した細胞をFACSCaliburでフローサイトメトリーにより解析し、ケモカインの添加前の試料の平均相対傾向に対して全ての時点をプロットする。
C.下チャンバー中の細胞をCountess II FL(Thermo Fisher Scientific、USA)を使用して計数し、または450nmにおけるO.D.値をVersamax microplate reader(Molecular Devices)を使用して測定した。
実施例5:HEK293細胞中でのMHCベースのキメラ受容体(MHC−CAR)の発現
MHC−CARをコードするコンストラクトを実施例2に議論したように構築し、HEK293細胞中での発現について評価した。簡潔に述べれば、コンストラクト1は、EF1アルファ短プロモーター、CD19 CAR(4G7−CAR)、CCR6、およびGFPを含み(配列番号:426により提供される);コンストラクト2は、EF1アルファ短プロモーター、RQR8、MHC−CAR1部分B MHC−CAR1部分A、およびGFPを含む(配列番号:409により提供される)。
コンストラクト1、2、または培地対照(非トランスフェクト)をHEK293細胞にトランスフェクトし、培養した。細胞をGFP発現に基づいて顕微鏡法により発現について評価した。GF陽性細胞の集団が、コンストラクト1またはコンストラクト2をトランスフェクトし群において観察された。細胞をフローサイトメトリーによりコンストラクトによりコードされる成分の発現についても評価した。表8および表9。
コンストラクト1の発現
CCR6の検出のために、細胞をAPC(17−1969−42、eBioscience)に共役した抗CCR6モノクローナル抗体とインキュベートし、CD19の検出のために、細胞をビオチン化CD19(Acro CD9−H8259、Acro Biosystems)の後にストレプトアビジン−PE(405203、BioLegend(登録商標))とインキュベートした。
表8:コンストラクト1の発現
Figure 2021502122
コンストラクト2の発現
RQR8中に含まれるエピトープからのCD34発現の検出のために、細胞を抗CD34 APC共役モノクローナル抗体とインキュベートし、MHC−CAR発現の検出のために、細胞を抗HLA−DR抗体とインキュベートした。
表9:コンストラクト2の発現
Figure 2021502122
コンストラクト1の核酸配列(配列番号:426)
atggagacagacactcttctcctttgggtcttgctgctgtgggttcccggaagcacaggagaagtacagttgcaacagtctgggccagaactcatcaaacccggagcttctgtaaaaatgtcatgcaaagctagtggatatacatttacttcttacgtgatgcactgggtaaaacagaaacctggtcaggggcttgagtggatcgggtacattaacccatataatgacggcaccaaatataacgagaaattcaagggaaaggctacgcttacatcagataagtccagtagcaccgcttatatggaacttagcagccttacttccgaagattccgcggtgtattactgcgcgagagggacttactactacgggagtcgagtattcgattattggggtcaaggcacgacgctcacggtgagctcaggtggtggagggtctgggggtggcggcagtggtggggggggctcagacatcgtgatgacccaggcagcaccttctatcccggtaaccccaggcgagtctgtatctatcagttgtcggtccagcaagtctcttctcaacagtaatggcaatacatatctttactggttcctccaaaggcctgggcaaagtcctcaacttcttatatatcggatgtccaatcttgcgagtggcgtacccgacaggttttcagggtctgggagcggaacagcttttacgttgagaatatccagggtagaagctgaggacgtcggtgtatattattgcatgcaacatctcgaatacccctttaccttcggcgctggtacaaagctcgaattgaaacgcagcgatccaaccacgacgccagcgccacgaccacctacgcccgctccaactattgcctcccagcccctgagtcttcggccagaagcgtgtagacctgctgccggcggggccgttcatacgcggggccttgactttgcatgtgatatctatatatgggctcctttggcgggaacttgcggagtgcttcttttgtcactcgtgataacgttgtattgtaaaaggggtcgaaagaaactcctctatatatttaagcagccctttatgaggcccgtgcaaacaacacaagaagaggacggatgctcttgtcgattcccggaagaggaggagggggggtgtgagcttagggtcaagttttctcgctctgccgacgcgccagcctatcaacagggccaaaaccagctgtataacgaactcaacctcgggcgccgggaagagtatgacgtccttgacaaacggcgcggtcgcgaccctgaaatgggtggaaaaccgaggcgaaagaacccccaggagggactttacaacgaattgcaaaaagacaagatggccgaagcctattccgaaattggaatgaaaggcgagcggagacgaggtaaggggcatgacggcctgtatcaagggctctctacggccacgaaggatacttacgacgcccttcatatgcaagctcttccaccacggggttcgagcggcagtggagagggcagaggaagtctgctaacatgcggtgacgtcgaggagaatcctggcccaatgagtggggaaagtatgaacttcagcgatgtatttgactcctccgaagattactttgtatctgtgaatacgagctattactccgtcgatagtgaaatgctgctctgtagtctccaagaagtccgccaattcagtcgcctcttcgttcccatcgcgtactcccttatttgtgtttttggccttctgggtaacatcctggttgtaatcacattcgctttctataaaaaagctcggagtatgactgatgtttaccttcttaacatggctatagcggacattctttttgtgcttactctcccattctgggctgtgagccatgcaacaggggcgtgggttttttcaaatgccacatgtaagctgcttaaagggatctatgcaataaacttcaattgcgggatgctcctgctgacatgcatcagtatggatcgatacatagctatagtacaggcgactaagtccttccgcctgcgatcccgcacactgcctaggagcaaaattatttgcctcgtcgtatgggggctctcagtgatcatctcctccagtacgtttgtctttaaccagaaatataacacacagggttctgatgtatgtgaaccaaagtatcagacagtgagtgaaccaatacggtggaagttgcttatgttgggcttggagctgctttttgggtttttcatcccactgatgttcatgattttctgttatacatttattgttaagaccttggttcaggcgcaaaatagcaagagacataaggcaattcgagtcatcattgccgtggtgttggtcttcttggcctgtcagatcccccataatatggttctgctcgtcaccgccgctaacttgggtaagatgaatcgatcttgtcagtccgagaagttgatcggatacaccaaaactgtgacagaagtgctggccttccttcactgttgtctgaacccagttttgtatgcttttataggacagaagtttcgaaattacttcttgaaaatcctcaaggacctctggtgtgttcgaaggaagtacaagagctctggctttagttgcgctgggcgctacagtgagaatatatcccggcagacctccgagactgctgataatgacaacgcaagttccttcactatg(配列番号:426)

コンストラクト2の核酸配列(配列番号:409)
Figure 2021502122
実施例6:CD3の発現
CD3の発現を評価して、T細胞受容体アルファ定常(TRAC)遺伝子を標的化するCRISPR法の有効性を決定した。簡潔に述べれば、TRAC遺伝子を標的化するsgRNAを、フォワードプライマー(5’−AGCGCTCTCGTACAGAGTTGG−3’(配列番号:385))およびリバースプライマー(5’−AAAAAAAGCACCGACTCGGTGCC−3’(配列番号:386)を使用して標的部位を増幅することにより生成した。
非修飾sgRNAは、核酸配列:
5’− GAG AAU CAA AAU CGG UGA AUG UUU UAG AGC UAG AAA UAG CAA GUU AAA AUA AGG CUA GUC CGU UAU CAA CUU GAA AAA GUG GCA CCG AGU CGG UGC UUU U −3(配列番号:384)
により提供される。
修飾sgRNAは、核酸配列:
5’− 2’OMe(G(ps)A(ps)G(ps))AAU CAA AAU CGG UGA AUG UUU UAG AGC UAG AAA UAG CAA GUU AAA AUA AGG CUA GUC CGU UAU CAA CUU GAA AAA GUG GCA CCG AGU CGG UGC 2’OMe(U(ps)U(ps)U(ps)U −3’(配列番号:387)
により提供される。2’OMe=2’O)−メチルRNAおよびps=ホスホロチオエート。
初代ヒト刺激CD3+ T細胞にCas9をコードするmRNA(Cas9単独)またはCas9をコードするmRNAおよびTRAC遺伝子を標的化するsgRNAの両方をトランスフェクトした。トランスフェクションの7日後、CD3の発現をフローサイトメトリーにより評価した。細胞を1:100の希釈の抗CD3−APC抗体(クローンOKT3;BioLegend(登録商標)商品番号317318)とインキュベートした。図11に示すように、Cas9をコードするmRNAおよびTRAC遺伝子を標的化するsgRNAのトランスフェクションは、CD3発現の大幅な低減を結果としてもたらした。
実施例7:殺傷スイッチの検証
例示的なコンストラクト2においてコードされるRQR8殺傷スイッチの有効性を細胞生存アッセイを使用して評価した。簡潔に述べれば、HEK細胞に培地単独、コンストラクト1(配列番号:X)、コンストラクト2(リツキシマブ媒介性RQR8殺傷スイッチをコードする;配列番号:X)、またはコンストラクト1およびコンストラクト2の両方をトランスフェクトした。トランスフェクトされたHEK293細胞を回収し、計数し、1×10^6細胞/mLで再懸濁した。300uLの細胞懸濁液を48ウェル組織培養プレートの4つのウェルのそれぞれに移した。100uLの完全培地および4uLのリツキシマブを第2のウェルに加え、100uLの新たに調製した乳仔ウサギ補体および4uLのリツキシマブを第4のウェルに加えた。プレートを2、4、または24時間インキュベートした。1uLの冷却したアネキシンV緩衝液(150mMのNaCl、10mMのHEPES、10mMのCaCl)を加えることによりアッセイを終了させた後、試料を3mLのアネキシンV緩衝液を含有する事前調製したフローサイトメトリーチューブに移した。
試料を遠心分離により回収し、任意の残留緩衝液をペーパータオルで吸い取った。試料を次に1uLのアネキシンV APCを用いて染色し、ボルテックスし、やわらかな光下に15分間置いた。試料を次にアネキシンV緩衝液を用いて洗浄し、緩衝液1mL当たり5uLのヨウ化プロピジウム(propridium iodide)を添加し、最終懸濁の直後にフローサイトメトリーを行うまで氷上に置いた。
GFP陽性細胞のパーセンテージを定量化して、RQR8殺傷スイッチにより誘導される殺傷を定量化した。図12に示すように、補体単独とのインキュベーションは、一部の細胞死を結果としてもたらしたが、生存のこの低減は全ての細胞群において観察された。細胞死は、リツキシマブと補体との組合せの存在でコンストラクト2またはコンストラクト1および2の両方を発現する細胞中で観察され、特異的RQR8媒介性細胞死を指し示した。
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他の実施形態
本明細書に開示される特徴の全てを任意の組合せで組み合わせてもよい。本明細書に開示される各特徴は、同じ、同等の、または類似の目的を果たす代替的な特徴により置換されてもよい。したがって、別段の明示的な記載がなければ、開示される各特徴は、同等または類似の特徴の包括的シリーズの例に過ぎない。
上記の記載から、当業者は、本発明の必須の特徴を容易に把握することができ、その精神および範囲から離れることなく、本発明の様々な変更および改良を行って、それを様々な用法および条件に適合させることができる。したがって、他の実施形態もまた特許請求の範囲内である。

Claims (76)

  1. 主要組織適合複合体(MHC)ベースのキメラ受容体であって、
    (i)自己免疫疾患に関与する抗原からの抗原ペプチドに共役したMHC分子の細胞外ドメイン、および
    (ii)細胞質シグナル伝達ドメイン、少なくとも1つの共刺激ドメイン、またはその組合せ
    を含む、MHCベースのキメラ受容体。
  2. 前記少なくとも1つの共刺激ドメインを含む、請求項1に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  3. 前記少なくとも1つの共刺激ドメインが、4−1BB(CD137)からの共刺激ドメイン、CD28からの共刺激ドメイン、またはその組合せである、請求項2に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  4. 前記MHCベースのキメラ受容体が、細胞質シグナル伝達ドメインを含まない、請求項2または請求項3に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  5. (i)と(ii)との間に位置するヒンジドメインをさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  6. CD3ζの細胞質シグナル伝達ドメインを含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  7. 前記抗原ペプチドが、ミエリン塩基性タンパク質(MBP)、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質(MOG)、プロテオリピドタンパク質(PLP)、インスリン、グルタミン酸デカルボキシラーゼ、または表1に記載されるものからの抗原ペプチドである、請求項1〜3のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  8. 前記MHC分子がクラスI MHCである、請求項1〜7のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  9. 前記クラスI MHCがヒトクラスI MHCである、請求項8に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  10. 前記キメラ受容体の前記細胞外ドメインが、前記抗原ペプチドに融合した前記クラスI MHCのアルファ鎖の細胞外ドメインを含む、請求項8または請求項9に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  11. 前記キメラ受容体が、(i)前記クラスI MHC分子の前記細胞外ドメイン、および(ii)前記細胞質ドメイン、前記少なくとも1つの共刺激ドメイン、または前記その組合せを含む融合ポリペプチドである、請求項10に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  12. 前記キメラ受容体が融合ポリペプチドであり、前記融合ポリペプチドが、N末端からC末端へ、シグナルペプチド、第1のペプチドリンカー、前記抗原ペプチド、第2のペプチドリンカー、マクログロブリンの細胞外ドメイン、第3のペプチドリンカー、前記クラスI MHC分子、膜貫通ドメイン、前記少なくとも1つの共刺激ドメイン、およびCD3ζを含む、請求項11に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  13. 前記MHC分子がクラスII MHCである、請求項1〜7のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  14. 前記クラスII MHCがヒトMHC IIである、請求項13に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  15. 前記キメラ受容体が、第1のMHCクラスIIの細胞外ドメインを含む第1のポリペプチド、および第2のMHCクラスIIのベータ鎖の細胞外ドメインを含む第2のポリペプチドを含み、かつ、前記抗原ペプチドが、前記第1のポリペプチドまたは前記第2のポリペプチドのいずれかに融合しており、かつ、前記第1のポリペプチドまたは前記第2のポリペプチドのいずれかが、前記細胞質シグナル伝達ドメイン、前記少なくとも1つの共刺激ドメイン、または前記その組合せをさらに含む、請求項13または請求項14に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  16. 前記キメラ受容体が、(i)第1のMHCクラスII分子のアルファ鎖の細胞外ドメイン、(ii)第2のMHCクラスII分子のベータ鎖の細胞外ドメイン、(iii)前記抗原ペプチド、および(iv)前記細胞質シグナル伝達ドメイン、前記少なくとも1つの共刺激ドメイン、または前記その組合せを含む融合ポリペプチドである、請求項13または請求項14に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  17. 前記第1のMHCクラスIIがHLA−DRA*1010である、請求項13〜16のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  18. 前記第2のMHCクラスIIがHLA−DRB1*1501である、請求項13〜17のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体。
  19. 全体として請求項1〜18のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体をコードする、核酸または核酸セット。
  20. 前記核酸または核酸セットがウイルスベクター中に位置する、請求項19に記載の核酸または核酸セット。
  21. 請求項1〜18のいずれか1項に記載のMHCベースのキメラ受容体を発現する、遺伝子改変免疫細胞。
  22. T細胞である、請求項21に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  23. 内因性T細胞受容体(TCR)の活性が抑制される、請求項22に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  24. 前記内因性TCRのアルファ鎖、前記内因性TCRのベータ鎖、または両方が、前記内因性TCRの表面発現を阻害するように突然変異または欠失している、請求項23に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  25. 内因性CD52の発現が阻害される、請求項22〜24のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  26. 自殺遺伝子、マーカー遺伝子、または両方をさらに発現する、請求項21〜25のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  27. 前記自殺遺伝子がRQR8である、請求項26に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  28. 前記マーカー遺伝子が蛍光タンパク質遺伝子である、請求項26に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  29. 前記免疫細胞が、リンパ節への送達および保持のためにさらに改変されている、請求項21〜28のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  30. 前記免疫細胞が、VAP−1、L−セレクチン、CCR7、またはその組合せを過剰発現するようにさらに操作されている、請求項29に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  31. 内因性スフィンゴシン−1−リン酸受容体1の発現が前記免疫細胞において阻害されている、請求項29または請求項30に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  32. 前記免疫細胞が、三次リンパ節または異所性リンパ節への送達および保持のための1つまたは複数の表面分子を発現するようにさらに改変されている、請求項21〜28のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  33. 前記免疫細胞が、IL6STノックアウト、IL6Rノックアウト、または両方を用いて改変されている、請求項21〜32のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  34. 前記免疫細胞が、ケモカイン受容体を発現または過剰発現するようにさらに改変されている、請求項21〜33のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  35. 前記ケモカイン受容体が、炎症組織への病的細胞の遊走に関与する、請求項34に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  36. 前記ケモカイン受容体が、CCR5、CXCR3、CCR4、CCR3、CCR6、CXCR3、CXCR4、CXCR5、またはその組合せを含む、請求項35に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  37. 前記免疫細胞が、接着受容体を発現または過剰発現するようにさらに改変されている、請求項21〜36のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  38. 前記接着受容体が、炎症領域への病的な免疫細胞のトラフィッキングに関与する、請求項37に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  39. 前記接着受容体が、VLA−4、αβ、αβ7、αβ、またはその組合せを含む、請求項38に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  40. PD−1シグナル伝達の遮断を結果としてもたらす遺伝子改変をさらに含む、請求項21〜39のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  41. 前記改変が、PD−1ノックアウト、PD−L1ノックアウト、またはその組合せである、請求項40に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  42. 制御性T細胞であり、前記制御性T細胞がCD25+である、請求項21〜41のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  43. 前記制御性T細胞が、末梢血単核細胞から単離されたCD25++CD45R+ T細胞に由来する、請求項42に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  44. 前記制御性T細胞が、CD25をコードする導入遺伝子を含む、請求項42に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  45. 前記制御性T細胞が、FoxP3をコードする導入遺伝子を含む、請求項42〜44のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  46. 前記制御性T細胞が、CD19に特異的なキメラ受容体、CS−1に特異的なキメラ受容体、または両方をさらに発現する、請求項42〜45のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  47. 前記制御性T細胞が、CCR6、CXCR5、PD−1、またはその組合せをさらに発現する、請求項42〜46のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  48. 前記制御性T細胞がCD4+である、請求項42〜47のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  49. 前記制御性T細胞が、自己抗原に特異的な抗体を提示する、請求項42〜48のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  50. 前記自己抗原が、表1に列記される自己抗原である、請求項49に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  51. 前記自己抗原がMOGである、請求項50に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  52. 前記細胞が抗炎症性サイトカインを分泌する、請求項42〜51のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  53. 前記抗炎症性サイトカインが、Il−35、IL−10、および/またはTGF−ベータを含む、52に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  54. 細胞傷害性リンパ球であり、前記細胞傷害性T細胞がCD8+である、請求項22〜41のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  55. 前記細胞傷害性T細胞が、末梢血単核細胞から単離されたCD8+ T細胞に由来する、請求項54に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  56. 前記細胞傷害性T細胞が、CD19に特異的なキメラ受容体、CS−1に特異的なキメラ受容体、または両方をさらに発現する、請求項54または請求項55に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  57. 前記細胞傷害性T細胞が、CCR6、CXCR5、PD−1、またはその組合せをさらに発現する、請求項54〜56のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞。
  58. 自己免疫疾患を有する対象において自己反応性免疫細胞を抑制する方法であって、前記対象に有効量の請求項21〜57のいずれか1項に記載の遺伝子改変免疫細胞を投与することを含む、方法。
  59. 前記遺伝子改変免疫細胞がT細胞である、請求項58に記載の方法。
  60. 前記自己免疫疾患が多発性硬化症である、請求項58または請求項59に記載の方法。
  61. 前記遺伝子改変免疫細胞が自己細胞である、請求項58〜60のいずれか1項に記載の方法。
  62. 前記遺伝子改変免疫細胞が同種細胞である、請求項58〜60のいずれか1項に記載の方法。
  63. 前記遺伝子改変免疫細胞が前記対象のリンパ節に投与される、請求項58〜62のいずれか1項に記載の方法。
  64. 前記対象が、CD52に特異的な抗体を含む療法を受けている、請求項58〜63のいずれか1項に記載の方法。
  65. 前記対象が、多発性硬化症を有するまたはそのリスクがあるヒト患者であり、かつ、前記改変T細胞が、請求項33〜43のいずれか1項に記載のTreg細胞である、請求項58〜64のいずれか1項に記載の方法。
  66. 前記ヒト患者が早期ステージMS患者であり、かつ、前記Treg細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の遺伝子改変:
    (i)PD−L1および/またはPD−1ノックアウト、
    (ii)CCR6および/またはCXCR5の表面発現、
    (iii)MOGに特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、ならびに
    (iv)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項65に記載の方法。
  67. 前記ヒト患者が、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性を有し、かつ、前記Treg細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:
    (i)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現、および
    (ii)CXCR5の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項66に記載の方法。
  68. 前記ヒト患者が、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性を有し、かつ、前記Treg細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:
    (i)MOGに特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、および
    (ii)CCR6の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項66に記載の方法。
  69. 前記ヒト患者が、慢性進行性形態のMSを有し、かつ、前記Treg細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:
    (i)CS−1を標的化するキメラ受容体の表面発現、ならびに
    (ii)CXCR4および/またはCXCR3を標的化する作用物質の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項66に記載の方法。
  70. 前記ヒト患者が早期ステージMS患者であり、かつ、前記細胞傷害性CD8 T細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の遺伝子改変:
    (i)PD−L1および/またはPD−1ノックアウト、
    (ii)CCR6および/またはCXCR5の表面発現、
    (iii)MOGに特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、ならびに
    (iv)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項66に記載の方法。
  71. 前記対象が、多発性硬化症を有するまたはそのリスクがあるヒト患者であり、かつ、前記遺伝子改変T細胞が、請求項54〜57のいずれか1項に記載の細胞傷害性CD8+ T細胞である、請求項58〜67のいずれか1項に記載の方法。
  72. 前記ヒト患者が、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性を有し、かつ、前記細胞傷害性CD8 T細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ、以下の改変:
    (i)CD19を標的化するキメラ受容体の表面発現、および
    (ii)CXCR5の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項71に記載の方法。
  73. 前記ヒト患者が、再発寛解性MSまたは早期ステージ進行性を有し、かつ、前記細胞傷害性CD8 T細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:
    (i)MOGに特異的な抗体またはその抗原結合断片の表面提示、および
    (ii)CCR6の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項71に記載の方法。
  74. 前記ヒト患者が、慢性進行性形態のMSを有し、かつ、前記細胞傷害性CD8 T細胞が、前記MHC−CARを発現し、かつ以下の改変:
    (i)CS−1を標的化するキメラ受容体の表面発現、ならびに
    (ii)CXCR4および/またはCXCR3を標的化する作用物質の表面発現
    の1つまたは複数を有する、請求項71に記載の方法。
  75. 前記ヒト患者が、請求項33〜43のいずれか1項に記載のTreg細胞、および請求項54〜57のいずれか1項に記載の細胞傷害性細胞の両方を投与される、請求項58〜74のいずれか1項に記載の方法。
  76. 前記Treg細胞および前記細胞傷害性細胞が、同時または逐次的に投与される、請求項75に記載の方法。

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