JP2021103139A - 情報処理装置、粒子測定装置、粒子測定システム、粒子分取装置、粒子分取システム、情報処理方法、及び情報処理プログラム - Google Patents

情報処理装置、粒子測定装置、粒子測定システム、粒子分取装置、粒子分取システム、情報処理方法、及び情報処理プログラム Download PDF

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Abstract

【課題】粒子の解析技術において、粒子のポピュレーションを適切に可視化するための技術を提供する。【解決手段】粒子から得られる光データを受信し、受信した光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部11を有し、パラメータは、線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、第一のパラメータと第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置。【選択図】図1

Description

本技術は、情報処理装置に関する。より詳しくは、粒子の特性を光学的に測定する際に用いる情報処理装置、粒子測定装置、粒子測定システム、粒子分取装置、粒子分取システム、情報処理方法、及び情報処理プログラムに関する。
近年、分析手法の発展に伴い、細胞や微生物等の生体微小粒子、マイクロビーズ等の微小粒子などを流路中に通流させ、通流させる工程において、粒子等を個々に測定したり、測定した粒子等を解析又は分取したりする手法が開発されつつある。
このような粒子の解析又は分取の手法の代表的な一例として、フローサイトメトリーと呼ばれる分析手法の技術改良が急速に進んでいる。フローサイトメトリーとは、解析の対象となる粒子を流体中に整列させた状態で流し込み、該粒子にレーザー光等を照射することにより、各粒子から発せられた蛍光や散乱光を検出することで、粒子の解析や分取を行う分析手法である。
例えば、細胞の蛍光を検出する場合、蛍光色素により標識した細胞にレーザー光などの適当な波長かつ強度を有する励起光を照射する。そして、蛍光色素から発せられる蛍光をレンズなどで集光し、フィルタやダイクロイックミラー等の波長選択素子を用いて適当な波長域の光を選択し、選択された光をPMT(光電子倍増管:photo multiplier tube)
などの受光素子を用いて検出する。このとき、波長選択素子と受光素子とを複数組み合わせることによって、細胞に標識された複数の蛍光色素からの蛍光を同時に検出し、解析することも可能である。更に、複数波長の励起光を組み合わせることで、解析可能な蛍光色素の数を増やすこともできる。
フローサイトメトリーにおける蛍光検出には、フィルタなどの波長選択素子を用いて不連続な波長域の光を複数選択し、各波長域の光の強度を計測する方法の他に、連続した波長域における光の強度を蛍光スペクトルとして計測する方法もある。蛍光スペクトルの計測が可能なスペクトル型フローサイトメトリーでは、粒子から発せられる蛍光を、プリズム又はグレーティングなどの分光素子を用いて分光する。そして、分光された蛍光を、検出波長域が異なる複数の受光素子が配列された受光素子アレイを用いて検出する。受光素子アレイには、PMTやフォトダイオード等の受光素子を一次元に配列したPMTアレイ又はフォトダイオードアレイ、或いはCCD又はCMOS等の2次元受光素子などの独立した検出チャネルが複数並べられたものが用いられている。
フローサイトメトリー等に代表される粒子の解析では、分析対象となる粒子にレーザーなどの光を照射し、粒子から発せられる蛍光や散乱光を検出する光学的手法が多く用いられている。そして、検出された光学的情報をもとに、解析用コンピュータとソフトウェアでヒストグラムを抽出し、解析が行われる。
例えば、特許文献1では、血液サンプルの七次元フローサイトメトリーデータのような多次元データにおけるイベントの母集団、例えば、サンプル中の異なる白血球成分を表すデータ等を識別する方法が提案されている。
特開2007−132921号公報
Cytometry Part A 69A:541-551, 2006 Cytometry Part A 81A:273-277, 2012
フローサイトメータ等の粒子の解析技術において、例えば、前記非特許文献1及び2に記載された方法が、広く利用されている。しかしながら、前記非特許文献1及び2に記載された方法では、粒子のポピュレーションを適切に表示するためには、各種パラメータを適切に調整する必要があり、煩雑なマニュアル操作をともなう手間のかかる作業が必要であるといった問題がある。
また、前記非特許文献1及び2に記載された方法では、表示領域の下限値を特定する数値が固定されており、全データ中の値の小さい一定の割合のデータが表示されなくなるという問題もあり、多様なポピュレーションに対して、適切に表示されないケースが発生するといった問題もある。
そこで、本技術では、粒子の解析技術において、粒子のポピュレーションを適切に可視化するための技術を提供することを主目的とする。
本技術では、まず、粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置を提供する。
本技術に係る情報処理装置において、前記表示範囲は、線形軸と対数軸とからなる少なくとも二つの軸を有し、
前記情報処理部は、前記少なくとも二つの軸それぞれに対し前記パラメータを算出することができる。
本技術に係る情報処理装置において、前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含むことも可能である。
本技術に係る情報処理装置において、前記情報処理部は、前記第一のパラメータを下記数式(1)により算出することができる。
W=Log (abs (r) / (d)) ・・・(1)
(r=(n) percentile ×(m))
本技術に係る情報処理装置において、前記情報処理部は、前記第二のパラメータを下記数式(2)により算出することができる。
Min= (c) percentile ・・・(2)
本技術に係る情報処理装置において、前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含み、
前記情報処理装置は、前記第三のパラメータを下記数式(3)により算出することができる。
Max= (a) percentile×(b) ・・・(3)
本技術に係る情報処理装置において、前記パラメータは、更に前記光データのうち負の領域のデータの前記線形軸の範囲を特定する第四のパラメータを含み、
前記情報処理部は、前記第四のパラメータを下記数式(4)により算出することができる。
A=Log (Min/r) ・・・(4)
(r=(n) percentile ×(m))
本技術に係る情報処理装置において、前記情報処理部は、ユーザーの指示に基づき前記パラメータを算出することができる。
本技術に係る情報処理装置には、更に前記光データを記憶する記憶部を有し、
前記情報処理部は、前記ユーザーの指示に基づき前記記憶部から受信した光データに基づき前記パラメータを算出することもできる。
本技術に係る情報処理装置において、前記情報処理部は、前記パラメータに基づき特定した表示方法を用いた表示範囲上に、前記光データを図示したグラフを作成することができる。
本技術に係る情報処理装置には、更に前記グラフを記憶する記憶部を備えることもできる。
本技術では、次に、流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
を有する、粒子測定装置を提供する。
本技術では、また、流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
を有する、粒子測定システムを提供する。
本技術では、さらに、流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取部と、
を有する、粒子分取装置を提供する。
本技術では、また、流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取装置と、
を有する、粒子分取システムを提供する。
本技術では、粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理工程を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理方法を提供する。
本技術では、粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理機能を、コンピュータに実現させるための情報処理プログラムを提供する。
本技術において、「粒子」には、細胞や微生物、リポソーム等の生体関連微小粒子、或いはラテックス粒子やゲル粒子、工業用粒子等の合成粒子などが広く含まれるものとする。
生体関連微小粒子には、各種細胞を構成する染色体、リポソーム、ミトコンドリア、オルガネラ(細胞小器官)などが含まれる。細胞には、動物細胞(例えば、血球系細胞等)及び植物細胞が含まれる。微生物には、大腸菌等の細菌類、タバコモザイクウイルス等のウイルス類、イースト菌等の菌類などが含まれる。更に、生体関連微小粒子には、核酸やタン
パク質、これらの複合体等の生体関連高分子も包含され得る。また、工業用粒子は、例えば、有機若しくは無機高分子材料、金属等であってもよい。有機高分子材料には、ポリスチレン、スチレン・ジビニルベンゼン、ポリメチルメタクリレート等が含まれる。無機高分子材料には、ガラス、シリカ、磁性体材料等が含まれる。金属には、金コロイド、アルミ等が含まれる。これらの粒子の形状は、一般には球形であるのが普通であるが、本技術では、非球形であってもよく、また、その大きさ、質量等も特に限定されない。
本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子測定装置2の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。 本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子測定システム20の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。 本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子分取装置3の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。 本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子分取システム30の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。 情報処理部11によって算出されたパラメータに基づいて特定した表示範囲上に、光データを図示したグラフの一例を示す図面代用グラフである。 X軸およびY軸、X軸のみ、Y軸のみ、それぞれパラメータの算出を行い、プロット表示を更新した例を示す図面代用グラフである。 ゲート内に存在する粒子データのみを対象として、新たにプロット(子プロット)を生成する例を示す図面代用グラフである。
以下、本技術を実施するための好適な形態について図面を参照しながら説明する。以下に説明する実施形態は、本技術の代表的な実施形態の一例を示したものであり、これにより本技術の範囲が狭く解釈されることはない。なお、説明は以下の順序で行う。
1.情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30
(1)流路P
(2)光照射部21
(3)光検出部22
(4)情報処理装置1
(4−1)情報処理部11
(4−2)記憶部12
(4−3)表示部13
(4−4)ユーザーインターフェース14
(5)分取部31
2.情報処理方法、粒子測定方法、粒子分取方法
3.情報処理プログラム
<1.情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30>
図1は、本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子測定装置2の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。図2は、本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子測定システム20の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。図3は、本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子分取装置3の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。図4は、本技術に係る情報処理装置1を用いることが可能な粒子分取システム30の実施形態の一例を模式的に示す模式概念図である。本技術に係る粒子測定装置2、および粒子測定システム3は、少なくとも、光検出部22と、情報処理部11(情報処理装置1)と、を備える。本技術に係る粒子分取装置4、および粒子分取システム5は、少なくとも、光検出部22と、情報処理部11(情報処理装置1)と、分取部31とを備える。また、必要に応じて、流路P、光照射部21、記憶部12、表示部13、およびユーザーインターフェース14等を備えることができる。
なお、情報処理部11、記憶部12、表示部13、およびユーザーインターフェース14等については、図1に示す粒子測定装置2や図3に示す粒子分取装置3のように、それぞれ独立して設けてもよいし、図2に示すように、情報処理部11、記憶部12、表示部13、およびユーザーインターフェース14を備える情報処理装置1と、粒子測定装置2と、からなる粒子測定システム20としてもよい。さらに、図4に示すように、それぞれ独立した情報処理部11、記憶部12、表示部13、およびユーザーインターフェース14を、粒子分取装置3の光検出部22と、ネットワークを介して接続した粒子分取システム30とすることもできる。
さらに、情報処理部11、記憶部12、表示部13を、クラウド環境に設けて、ネットワークを介して、粒子測定装置2や粒子分取装置3と接続することも可能である。より好ましくは、情報処理部11を情報処理装置1内に設け、記憶部12、および表示部13をクラウド環境に設けて、ネットワークを介して、粒子測定装置2や粒子分取装置3と接続することも可能である。この場合、情報処理部11における情報処理の記録等を、クラウド上の記憶部12に記憶して、記憶部12に記憶された各種情報を、複数のユーザーで共有することも可能である。
以下、各部の詳細について、測定の時系列に沿って説明する。
(1)流路P
本技術に係る粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30では、フローセル(流路P)中で一列に整列させた粒子から得られる光学的情報を検出することにより、粒子の解析や分取を行うことができる。
流路Pは、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30に予め備えていてもよいが、市販の流路Pや流路Pが設けられた使い捨てのチップなどを設置して解析又は分取を行うことも可能である。
流路Pの形態も特に限定されず、自由に設計することができる。例えば、図1、図2、および図4に示すような2次元又は3次元のプラスチックやガラス等の基板T内に形成した流路Pに限らず、図3に示すように、従来のフローサイトメータで用いられているような流路Pも、粒子測定装置2に用いることができる。
また、前記流路Pの流路幅、流路深さ、流路断面形状も、層流を形成し得る形態であれば特に限定されず、自由に設計することができる。例えば、流路幅1mm以下のマイクロ流路も、粒子測定装置2に用いることが可能である。特に、流路幅10μm以上1mm以下程度のマイクロ流路は、本技術に好適に用いることができる。
粒子の送流方法は特に限定されず、用いる流路Pの形態に応じて、流路P内を通流させることができる。例えば、図1、図2、および図4に示す基板T内に形成した流路Pの場合を説明する。粒子を含むサンプル液はサンプル液流路P11に、また、シース液は2本のシース液流路P12a、P12bに、それぞれ導入される。サンプル液流路P11とシース液流路P12a、P12bは合流して主流路P13となる。サンプル液流路P11内を送液されるサンプル液層流と、シース液流路P12a、P12b内を送液されるシース液層流と、は主流路P13内において合流し、サンプル液層流がシース液層流に挟み込まれたシースフローを形成することができる。
流路Pを通流させる粒子は、1種又は2種以上の蛍光色素等の色素で標識することができる。この場合、本技術で使用可能な蛍光色素としては、例えば、Cascade Blue、Pacific Blue、Fluorescein isothiocyanate(FITC)、Phycoerythrin(PE)、Propidium iodide(PI)、Texas red(TR)、Peridinin chlorophyll protein(PerCP)、Allophycocyanin(APC)、4’,6-Diamidino-2-phenylindole(DAPI)、Cy3、Cy5、Cy7、Brilliant Violet(BV421)等が挙げられる。
(2)光照射部21
本技術に係る粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30には、光照射部21を備えることができる。光照射部21では、前記流路Pを通流する粒子への光の照射が行われる。本技術に係る粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30において、光照射部21は必須ではなく、外部の光照射装置等を用いて流路Pを通流する粒子への光照射を行うことも可能である。
光照射部21には、異なる波長の励起光を照射できるように、複数の光源を備えることもできる。
光照射部21から照射される光の種類は特に限定されないが、粒子から蛍光や散乱光を
確実に発生させるためには、光方向、波長、光強度が一定の光が望ましい。一例としては、レーザー、LED等を挙げることができる。レーザーを用いる場合、その種類も特に限定されないが、アルゴンイオン(Ar)レーザー、ヘリウム−ネオン(He-Ne)レーザー、ダイ(dye)レーザー、クリプトン(Cr)レーザー、半導体レーザー、または、半導体レーザーと波長変換光学素子を組み合わせた固体レーザー等を、1種又は2種以上、自由に組み合わせて用いることができる。
(3)光検出部22
光検出部22では、流路P内を流通する粒子の光学的な検出が行われる。具体的には、粒子から発せられた蛍光や散乱光を検出して、電気信号へ変換する。そして、該電気信号を後述する情報処理部11へと出力する。
本技術において、光検出部22に用いることができる光検出器としては、粒子からの光信号の検出ができれば、その具体的な光検出方法は特に限定されず、公知の光検出器に用いられている光検出方法を自由に選択して採用することができる。例えば、蛍光測定器、散乱光測定器、透過光測定器、反射光測定器、回折光測定器、紫外分光測定器、赤外分光測定器、ラマン分光測定器、FRET測定器、FISH測定器その他各種スペクトラム測定器、PMTやフォトダイオード等の受光素子を一次元に配列したPMTアレイ又はフォトダイオードアレイ、或いはCCD又はCMOS等の2次元受光素子などの独立した検出チャネルが複数並べられたもの、等に用いられている光検出方法を1種又は2種以上自由に組み合わせて採用することができる。
(4)情報処理装置1
本技術に係る情報処理装置1は、粒子から得られる光データを受信し、受信した光データを処理する装置であって、少なくとも情報処理部11を備える。また、必要に応じて、記憶部12、表示部13、およびユーザーインターフェース14等を備えることができる。
(4−1)情報処理部11
情報処理部11では、受信した光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータの算出が行われる。この際の表示範囲は、線形軸と対数軸とからなる少なくとも二つの軸を有し、少なくとも二つの軸それぞれに対し前記パラメータを算出することもできる。
本技術において、前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含む。そして、前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出することを特徴とする。本技術では、このように、線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを、異なる参照値に基づいて算出することで、粒子の多様なポピュレーションに対しても、適切に可視化することが可能となる。
また、情報処理部11では、前記第一のパラメータおよび第二のパラメータに加え、表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータや、光データのうち負の領域のデータの線形軸の範囲を特定する第四のパラメータの算出も行うことができる。以下、各パラメータの具体的な算出方法を説明する。
(a)第一のパラメータ
第一のパラメータは、線形軸の範囲を特定するパラメータである。この第一のパラメータは、例えば、下記数式(1)により算出することができる。
W=Log (abs (r) / (d)) ・・・(1)
(r=(n) percentile ×(m))
前記数式(1)において、n,m,dの具体的な数値は、目的に応じて適宜設定することができる。例えば、n=1〜3,m=1〜5,d=10〜20等の数値に設定することができる。
(b)第二のパラメータ
第二のパラメータは、表示範囲の下限値を特定するパラメータである。この第二のパラメータは、例えば、下記数式(2)により算出することができる。
Min= (c) percentile ・・・(2)
前記数式(2)において、cの具体的な数値は、目的に応じて適宜設定することができる。例えば、c=0.3〜1等の数値に設定することができる。
(c)第三のパラメータ
第三のパラメータは、表示範囲の上限値を特定するパラメータである。従来の粒子の解析技術においては、表示範囲の上限値が固定されていたため、多様なポピュレーションに対して適切に表示がされないといった問題があったが、本技術では、この第三のパラメータを用いることで、多様なポピュレーションに応じて、表示範囲の上限値を適切に表示することができる。この第三のパラメータは、例えば、下記数式(3)により算出することができる。
Max= (a) percentile×(b) ・・・(3)
前記数式(3)において、a,bの具体的な数値は、目的に応じて適宜設定することができる。例えば、a=98〜99.5,b=3〜5等の数値に設定することができる。
なお、第3のパラメータの算出結果が特定の数値範囲に含まれない場合には、その範囲内に値を調整する処理を加えても良い。特定の数値範囲には、例えば1000以上1000000以下の値を設定することができる。
(d)第四のパラメータ
第四のパラメータは、光データのうち負の領域のデータの線形軸の範囲を特定するパラメータである。この第四のパラメータは、例えば、下記数式(4)により算出することができる。
A=Log (Min/r) ・・・(4)
(r=(n) percentile ×(m))
前記数式(4)において、n,mの具体的な数値は、目的に応じて適宜設定することができる。例えば、n=1〜3,m=1〜5等の数値に設定することができる。
(e)第五のパラメータ
第五のパラメータは、光データの全体の表示を規定するパラメータである。この第五のパラメータは、例えば、下記数式(5)により算出することができる。
M=Log(Max)・・・(5)
また、前記第四のパラメータを設定する場合には、第五のパラメータは、例えば、下記数式(6)により算出することができる。
M=Log(Max)+A・・・(6)
以上のように算出したパラメータを、例えば、下記に示す数式(7)のような変換式に代入することで、スケーリングを行うことができる。
Figure 2021103139

W:線形軸の範囲を特定するパラメータ
M:全体の表示範囲を規定するパラメータ
T:表示領域の上限値(前記第三のパラメータ(Max))
X:表示領域の座標値
S:入力値
また、前記第四のパラメータを設定する場合には、下記に示す数式(8)のような変換式に代入することで、スケーリングを行うことができる。
Figure 2021103139

W:線形軸の範囲を特定するパラメータ
M:全体の表示範囲を規定するパラメータ
T:表示領域の上限値(前記第三のパラメータ(Max))
X:表示領域の座標値
S:入力値
情報処理部11は、このように算出したパラメータに基づいて特定した表示範囲上に、光データを図示したグラフを作成することができる。情報処理部11によって算出されたパラメータに基づいて特定した表示範囲上に、光データを図示したグラフの一例を図5に示す。
図5に示すように、パラメータ適用前のグラフは、正の領域のデータ(ポジティブデータ)と負の領域のデータ(ネガティブデータ)の判別が難しいが、パラメータ適用後のグラフでは、明確に判別することができる。
情報処理部11は、ユーザーの指示に基づき前記パラメータを算出することができる。例えば、各種パラメータの算出を実施するトリガーとして、後述する表示部13上に各種アイコンを用意し、該当のアイコンをユーザーがクリックした際に、該当するパラメータの算出を実施して、プロット表示を更新することも可能である。より具体的には、例えば、後述する表示部13上にX軸およびY軸、X軸のみ、Y軸のみ、の3つのアイコンを用意し、クリックされたアイコンに従って、該当するパラメータの算出を行い、プロット表示を更新することができる。図6に、X軸およびY軸、X軸のみ、Y軸のみ、それぞれパラメータの算出を行い、プロット表示を更新した例を示す。
このように最適化された表示範囲上に光データを図示したグラフを作成した後、図7に示すように、ユーザーがゲートを設定し、そのゲート内に存在する粒子データのみを対象として、新たにプロット(子プロット)を生成し、これを繰り返すことも可能である。子プロットを生成する際も、前述と同様に、情報処理部11が各種パラメータを算出することで、解析に適した子プロットの表示を得ることができる。
一般的に、セルソーター等の粒子分取装置の場合、メモリ制約などから、取り得るパラメータセットに制限があるが、パラメータセットの制限を本技術の情報処理手法に組み込むことで、セルソーター等の粒子分取装置3上でも適用することが可能である。
また、本技術の情報処理手法を、クラスタリング手法を用いた粒子解析の事前処理として、行うことも可能である。近年、粒子解析技術分野において、解析対象の色数やデータ量が増加していることから、各種解析に要する時間が増加している。この問題に対する解決策として、クラスタリングなどのいわゆるアドバンスドな解析手法を用いて、データ解析を自動化する試みが盛んに行われている。クラスタリングによる解析の自動化を行う場合、クラスタリングへの入力値はプロット表示座標における座標値となることが一般的である。プロット表示座標値を入力する場合、センサ値が同一であったとしても、対象のプロットのスケーリング設定によってクラスタリング手法への入力値が変わってしまうことになる。また、パラメータ算出の自動化を実現しない限り、解析フロー全体の自動化を実現できないという課題がある。そこで、クラスタリング手法を用いた粒子解析の事前処理として、本技術の情報処理手法を行うことで、パラメータ算出の自動化と、パラメータ値の一貫性の実現が可能となる。
本技術の情報処理手法を用いれば、粒子のポピュレーションを適切に可視化することができ、ユーザーが粒子解析を簡便に実施することができる。また、粒子のポピュレーション全体を適切に表示することで、測定データを正しく適切に解析することが可能となる。一般に、測定データが軸上に存在する場合に、そのデータをユーザーが見落としてしまうことで、解析・データの解釈に疑義が生じることが想定されるが、本技術の情報処理手法を用いれば、そのリスクを大きく軽減することが可能である。
(4−2)記憶部12
本技術に係る情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30には、各種データを記憶させる記憶部12を備えることができる。記憶部12では、例えば、光検出部22によって検出された粒子からの光データ、情報処理部11による情報処理の記録、情報処理部11によって得られたグラフ等の情報等、測定や解析に関わるあらゆる事項を記憶することができる。
また、前述したとおり、本技術では、記憶部12をクラウド環境に設けることができるため、ネットワークを介して、各ユーザーがクラウド上の記憶部12に記録された各種情報を、共用することも可能である。
なお、本技術において、記憶部12は必須ではなく、外部の記憶装置等を用いて、各種データの記憶を行うことも可能である。
(4−3)表示部13
本技術に係る情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30には、各種情報を表示する表示部13を備えることができる。表示部13では、例えば、光検出部22によって検出された粒子からの光データ、情報処理部11による情報処理の記録、情報処理部11によって得られたグラフ等の情報等、測定や解析に関わるあらゆる事項を表示することができる。
本技術において、表示部13は必須ではなく、外部の表示装置を接続してもよい。表示部13としては、例えば、ディスプレイやプリンタなどを用いることができる。
(4−4)ユーザーインターフェース14
本技術に係る情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30には、ユーザーが操作するための部位であるユーザーインターフェース14を更に備えることができる。ユーザーは、ユーザーインターフェース14を通じて、各部にアクセスし、各部を制御することができる。
本技術において、ユーザーインターフェース14は必須ではなく、外部の操作装置を接続してもよい。ユーザーインターフェース14としては、例えば、マウスやキーボード等を用いることができる。
(5)分取部31
本技術に係る粒子分取装置3、および粒子分取システム30には、分取部31を備えることができる。分取部31では、前記光検出部22により検出された光データに基づいて、粒子の分取が行われる。例えば、分取部31では、光データから解析された粒子の大きさ、形態、内部構造等の解析結果に基づいて、流路Pの下流において、粒子の分取を行うことができる。以下、各実施形態に分けて分取方法を説明する。
例えば、図3に示す粒子分取装置3では、例えば、所定の振動数で振動する振動素子31aなどを用いて、主流路P13の全体若しくは一部に振動を加えることで、主流路P13の吐出口から液滴を発生させる。なお、この場合、用いる振動素子31aは特に限定されず、公知のものを自由に選択して用いることができる。一例としては、ピエゾ振動素子などを挙げることができる。また、サンプル液流路P11とシース液流路P12a、P12b、及び主流路P13への送液量、吐出口の径、振動素子の振動数などを調整することにより、液滴の大きさを調整し、粒子を一定量ずつ含む液滴を発生させることができる。
次に、前記光検出部22により検出された光学的情報に基づいて解析された粒子の大きさ、形態、内部構造等の解析結果に基づいて、プラスまたはマイナスの電荷を荷電する(図2及び図3中符号31b参照)。そして、荷電された液滴は、電圧が印加された対向電極31cによって、その進路が所望の方向へ変更され、分取される。
また、例えば、図4に示す実施形態では、基板Tに形成された主流路P13の下流に、分取流路P14、及び、廃棄流路P15a、P15bの3つの分岐流路を設け、所定の光学特性を満たすと判定された分取対象の粒子を分取流路P14に取り込み、所定の光学特性を満たさないと判定された非分取対象の粒子は、分取流路P14内に取り込まれることなく、2本の廃棄流路P15a、P15bのいずれか一方に流れるようにすることで分取することができる。
分取対象の粒子の分取流路P14内への取り込みは、公知の方法を用いて行うことができるが、例えば、ピエゾ素子等の振動素子31aによって分取流路P14内に負圧を発生させ、この負圧を利用して分取対象の粒子を含むサンプル液及びシース液を分取流路P14内に吸い込むことによって行うことができる。また、図示しないが、バルブ電磁力、または流体ストリーム(気体または液体)等を用いて、層流方向の制御または変化を行うことで、分取対象の粒子の分取流路P14内への取り込みを行うことも可能である。
図4に示す実施形態では、サンプル液流路P11にサンプル液貯留部B1を、シース液流路P12a、P12bにシース液貯留部B2を、分取流路P14に分取液貯留部B3を、廃棄流路P15a、P15bに廃液貯留部B4a、B4bを、それぞれ連通させて接続することで、完全閉鎖型の分取装置とすることができる。例えば、分取対象の粒子が、細胞製剤等に使用するための細胞等である場合は、滅菌環境を維持し、コンタミネーションを防止するため、図4に示す実施形態のような(外部環境と隔離し)完全閉鎖型になるように設計することが好ましい。
<2.情報処理方法、粒子測定方法、粒子分取方法>
本技術に係る情報処理方法は、粒子から得られる光データを受信し、受信した光データを処理する方法であって、少なくとも情報処理工程を行う。また、必要に応じて、記憶工程、表示工程等を行うことができる。本技術に係る粒子測定方法は、少なくとも、光検出工程と、情報処理工程と、を行う。また、必要に応じて、光照射工程、記憶工程、表示工程等を行うことができる。本技術に係る粒子分取方法は、少なくとも、光検出工程と、情報処理工程と、分取工程と、を行う。また、必要に応じて、光照射工程、記憶工程、表示工程等を行うことができる。なお、各工程の詳細は、前述した本技術に係る情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30の各部が行う工程と同一であるため、ここでは説明を割愛する。
<3.情報処理プログラム>
本技術に係る情報処理プログラムは、粒子から得られる光データを受信し、受信した光データの処理に用いるプログラムであって、受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する前記光データの表示範囲を特定するパラメータを算出し、前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理機能を、コンピュータに実現させるためのプログラムである。
本技術に係る情報処理プログラムは、適切な記録媒体に記録される。また、本技術に係る情報処理プログラムは、クラウド環境等に格納して、ユーザーがネットワークを通じて、パーソナルコンピュータ等にダウンロードして用いることも可能である。なお、本技術に係る情報処理プログラムにおける前記情報処理機能は、前述した情報処理装置1、粒子測定装置2、粒子測定システム20、粒子分取装置3、粒子分取システム30の情報処理部11が行う情報処理機能と同一であるため、ここでは説明を省略する。
なお、本技術では、以下の構成を取ることもできる。
(1)
粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置。
(2)
前記表示範囲は、線形軸と対数軸とからなる少なくとも二つの軸を有し、
前記情報処理部は、前記少なくとも二つの軸それぞれに対し前記パラメータを算出する、(1)に記載の情報処理装置。
(3)
前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含む、(1)または(2)に記載の情報処理装置。
(4)
前記情報処理部は、前記第一のパラメータを下記数式(1)により算出する、(1)から(3)のいずれかに記載の情報処理装置。
W=Log (abs (r) / (d)) ・・・(1)
(r=(n) percentile ×(m))
(5)
前記情報処理部は、前記第二のパラメータを下記数式(2)により算出する、(4)に記載の情報処理装置。
Min= (c) percentile ・・・(2)
(6)
前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含み、
前記情報処理装置は、前記第三のパラメータを下記数式(3)により算出する、(5)に記載の情報処理装置。
Max= (a) percentile×(b) ・・・(3)
(7)
前記パラメータは、更に前記光データのうち負の領域のデータの前記線形軸の範囲を特定する第四のパラメータを含み、
前記情報処理部は、前記第四のパラメータを下記数式(4)により算出する、(5)または(6)に記載の情報処理装置。
A=Log (Min/r) ・・・(4)
(r=(n) percentile ×(m))
(8)
前記情報処理部は、ユーザーの指示に基づき前記パラメータを算出する、(1)から(7)のいずれかに記載の情報処理装置。
(9)
前記情報処理装置は、更に前記光データを記憶する記憶部を有し、
前記情報処理部は、前記ユーザーの指示に基づき前記記憶部から受信した光データに基づき前記パラメータを算出する、(8)に記載の情報処理装置。
(10)
前記情報処理部は、前記パラメータに基づき特定した表示方法を用いた表示範囲上に、前記光データを図示したグラフを作成する、(1)から(9)のいずれかに記載の情報処理装置。
(11)
前記情報処理装置は、更に前記グラフを記憶する記憶部を有する、(10)に記載の情報処理装置。
(12)
流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
を有する、粒子測定装置。
(13)
流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
を有する、粒子測定システム。
(14)
流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取部と、
を有する、粒子分取装置。
(15)
流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
検出された光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取装置と、
を有する、粒子分取システム。
(16)
粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理工程を有し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理方法。
(17)
粒子から得られる光データを受信し、
受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理機能を、コンピュータに実現させるための情報処理プログラム。
1 情報処理装置
2 粒子測定装置
20 粒子測定システム
3 粒子分取装置
30 粒子分取システム
P 流路
21 光照射部
22 光検出部
11 情報処理部
12 記憶部
13 表示部
14 ユーザーインターフェース
31 分取部

Claims (17)

  1. 粒子から得られる光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置。
  2. 前記表示範囲は、線形軸と対数軸とからなる少なくとも二つの軸を有し、
    前記情報処理部は、前記少なくとも二つの軸それぞれに対し前記パラメータを算出する、請求項1に記載の情報処理装置。
  3. 前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含む、請求項1に記載の情報処理装置。
  4. 前記情報処理部は、前記第一のパラメータを下記数式(1)により算出する、請求項1に記載の情報処理装置。
    W=Log (abs (r) / (d)) ・・・(1)
    (r=(n) percentile ×(m))
  5. 前記情報処理部は、前記第二のパラメータを下記数式(2)により算出する、請求項4に記載の情報処理装置。
    Min= (c) percentile ・・・(2)
  6. 前記パラメータは、更に前記表示範囲の上限値を特定する第三のパラメータを含み、
    前記情報処理装置は、前記第三のパラメータを下記数式(3)により算出する、請求項5に記載の情報処理装置。
    Max= (a) percentile×(b) ・・・(3)
  7. 前記パラメータは、更に前記光データのうち負の領域のデータの前記線形軸の範囲を特定する第四のパラメータを含み、
    前記情報処理部は、前記第四のパラメータを下記数式(4)により算出する、請求項5に記載の情報処理装置。
    A=Log (Min/r) ・・・(4)
    (r=(n) percentile ×(m))
  8. 前記情報処理部は、ユーザーの指示に基づき前記パラメータを算出する、請求項1に記載の情報処理装置。
  9. 前記情報処理装置は、更に前記光データを記憶する記憶部を有し、
    前記情報処理部は、前記ユーザーの指示に基づき前記記憶部から受信した光データに基づき前記パラメータを算出する、請求項8に記載の情報処理装置。
  10. 前記情報処理部は、前記パラメータに基づき特定した表示方法を用いた表示範囲上に、前記光データを図示したグラフを作成する、請求項1に記載の情報処理装置。
  11. 前記情報処理装置は、更に前記グラフを記憶する記憶部を有する、請求項10に記載の情報処理装置。
  12. 流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
    検出された光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
    を有する、粒子測定装置。
  13. 流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
    検出された光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
    を有する、粒子測定システム。
  14. 流路を通流する粒子から光データを検出する光検出部と、
    検出された光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理部と、
    検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取部と、
    を有する、粒子分取装置。
  15. 流路を通流する粒子から光データを検出する光検出装置と、
    検出された光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理部を有し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づき算出される、情報処理装置と、
    検出された光データに基づいて、粒子を分取する分取装置と、
    を有する、粒子分取システム。
  16. 粒子から得られる光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出する情報処理工程を有し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理方法。
  17. 粒子から得られる光データを受信し、
    受信した前記光データに基づき、線形軸と対数軸とからなる少なくとも一つの軸を有する表示範囲における前記光データの表示方法を特定するパラメータを算出し、
    前記パラメータは、前記線形軸の範囲を特定する第一のパラメータと、前記表示範囲の下限値を特定する第二のパラメータとを含み、
    前記第一のパラメータと前記第二のパラメータは、異なる参照値に基づいて算出する、情報処理機能を、コンピュータに実現させるための情報処理プログラム。
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