JP2021072841A - Tgf−rシグナリング阻害剤としてのアンチセンス−オリゴヌクレオチド - Google Patents

Tgf−rシグナリング阻害剤としてのアンチセンス−オリゴヌクレオチド Download PDF

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Abstract

【課題】TGF受容体II(TGF−RII)の発現阻害によりTGF受容体II(TGF−RII)の量を減少させ、TGF−β下流シグナリングを減少させることができる薬学的に活性な化合物を提供する。【解決手段】少なくとも10個のヌクレオチドの長さを有するアンチセンス−オリゴヌクレオチド(前記ヌクレオチドの少なくとも2個は、LNAである)、TGF−Rシグナリング阻害剤としてのそれらの使用、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物、並びに、神経学的疾患、神経変性疾患、線維性疾患、及び、過剰増殖性疾患の予防及び治療のための使用を提供する。【選択図】図4

Description

発明の詳細な説明
本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、TGF−Rシグナリング阻害剤としてのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用、当該アンチセンス−オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物、並びに神経学的疾患、神経変性疾患、腫瘍学的疾患を含む過剰増殖性疾患の予防および治療のためのそれらの使用に関する。
TGF−βは、ヒトにおいて、3つの公知のサブタイプ、TGF−β1、TGF−β2、TGF−β3が存在する。これらは、ALSのような神経変性疾患、いくつかのヒト癌において上方制御され、神経変性疾患、急性外傷、および神経炎症の病態並びに加齢において、この増殖因子の発現の上昇が実証されている。トランスフォーミング増殖因子β(TGF−β1)のイソ型は子癇前症の病因に関与することも考えられている。
活性化TGF−βは、3つの異なる受容体クラス:アクチビン様キナーゼ(ALK;53kDa)とも呼ばれるタイプI(TGFRI)、タイプII(TGFRII;70〜100kDa)、およびタイプIII(TGFRIII;200〜400kDa)を介して標的細胞に影響を及ぼす。TGF−β受容体は、単一パス セリン/スレオニンキナーゼ受容体である。タイプII受容体キナーゼは恒常的活性型である一方、タイプI受容体は、活性型にする必要がある。この過程は、TGFRIIへのリガンドの結合を介して開始され、これは、リガンドおよび受容体タイプIおよびIIを含む複合体の一時的形成を誘発する。リガンドの二量体型構成を考慮して、受容体複合体は、二対の各受容体型によって形成される三量体構造からなるのが最も可能性が高い。
TGF−βシグナル伝達は、当該受容体を介して起こり、Smadタンパク質を介して下流で起こる。Smad依存性細胞シグナル伝達は、特異的TGFRI/II受容体対に対するTGF−βイソ型の結合によって開始し、細胞内Smadのリン酸化、およびその後に特定の標的遺伝子発現に影響を与えるために核へのSmad複合体の移行につながる。他の経路へのシグナル分岐および近接のシグナル経路からの収束は、非常に複雑なネットワークを生成する。環境および細胞含有物に依存して、TGF−βシグナリングは、腫瘍細胞における細胞増殖、分化、運動性、およびアポトーシスのような様々な異なる細胞応答を結果的に生じる。癌において、TGF−βは、腫瘍の増殖に直接的に(TGF−βシグナリングの本質的効果とも呼ばれる)、または腫瘍の増殖を促進し、上皮間葉転換(EMT)を誘導し、抗腫瘍免疫応答を阻害し、腫瘍関連線維形成を増加させ、細胞外マトリックスおよび細胞遊走を調節し、最終的に血管新生を高めることによって、間接的に(外的効果とも呼ばれる)影響を及ぼすことができる。TGF−βシグナリングが腫瘍プロモーターまたはサプレッサー機能を有するかどうかを決定する因子(例えば、濃度、タイ
ミング、局所曝露など)は、激しい研究や議論の問題になる。現在、TGF−βシグナリ
ングの腫瘍サプレッサー機能は、他の腫瘍サプレッサーにおける劣性の機能喪失変異と同様に初期段階では失われると仮定されている。したがって、ガルニサーチブ(Galunisertib)およびTEW−7197(共にTGFRIの小分子阻害剤であり、臨床的検討、およびLY3022859で用いられており、TGFRIIに対する抗体である)の調査のように、TGF−βシグナル伝達経路を阻害することによる種々の癌治療のためのいくつかの薬理学的アプローチがある)。
トランスフォーミング増殖因子(TGF−β)ファミリーのタンパク質によって提供されるシグナルは、神経幹細胞が生理学的な条件下で制御されるが、類似の他の細胞型は、癌幹細胞への変換後に、この制御下から放出されるシステムを示す。TGF−βは、脳の
様々な生理学的および病態生理学的なプロセスに関与する多機能サイトカインである。TGF−βは、大人の脳において傷害または低酸素症後に、および神経変性の間に誘導され、炎症反応を調節し弱める。傷害後、TGF−βは一般に神経保護作用があるけれども、神経幹細胞の増殖を阻害し、瘢痕形成のために線維化/神経膠症を誘導することによって脳の自己修復を制限する。神経幹細胞に及ぼす当該影響と同様に、TGF‐βは、ほとんどの細胞型において抗増殖制御を明らかにするが、逆説的に、多くの腫瘍はTGF−β制御から逃れる。さらに、これらの腫瘍は、主に、マトリックス、移行および浸潤、血管新生、並びに最も重要なのは免疫回避機構に対する多数のTGF−β媒介効果を調製することによって、TGF−β抗増殖性効果を発癌の合図に変更するという機構を発達させる。したがって、TGF−βは、腫瘍の進行に関与する(図3参照)。
結果的に、TGF受容体II(トランスフォーミング増殖因子、ベータ受容体II;同義的に使用される記号:TGF−βタイプII受容体、TGFBR2;AAT3;FAA3;LDS1B;LDS2;LDS2B;MFS2;RIIC;TAAD2;TGFR−2;TGFベータ−RII、TGF−RII、TGF−RII)、および特に当該阻害は、ALSなどの神経変性疾患、並びに癌および線維性疾患などの過剰増殖性疾患の治療のための標的として確認された。
したがって、本出願の目的は、TGF受容体II(TGF−RII)の発現を阻害によりTGF受容体II(TGF−RII)の量を減少させ、TGF−β下流シグナリングを減少させることができる薬学的に活性な化合物を提供することである。
本発明の目的は、独立請求項の教示によって解決される。本発明のさらに有利な特徴、態様および詳細は、本発明の従属請求項、説明、図、および実施例から明らかである。
驚くべきことに、タンパク質ヌクレオチド複合体、siRNA、マイクロRNA(miRNA)、リボザイム、アプタマー、CpG−オリゴ、DNA−ザイム、ラフト、またはカベオリン修飾剤、ゴルジ体の修飾剤、抗体およびそれらの誘導体、特にキメラ、Fab−断片、およびFc−断片、LNA(LNA(登録商標)ロックド核酸)を含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドなどの数千もの候補物質の下で、本願において開示される使用のための最も有望な候補物質が発見された。
したがって、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチ
センス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)それぞれと相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『A
CTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID
No.4)と相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの
少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID
No.5)と相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチ
センス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID
No.6)と相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GGACGCGTAT』(Seq.
ID No.7)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID
No.7)と相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−R
IIをコードするmRNA領域は、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GTCTATGACG』(Seq.ID
No.8)と相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)とハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)と相補的な配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−
IIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子のオープンリーディングフレーム領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TTATTAATGC』(Seq.ID
No.9)と相補的な配列を含む。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含み、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、さらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニット、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、好ましくは3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に位置される。好ましくは、少なくとも1個以上、好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、3個〜10個のLNAユニットを含む本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びにそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。
したがって、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または
『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID
No.303)、『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、『TCCCTAAACAC』(Seq.ID
No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATT
AATGCC』(Seq.ID No.313)それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、または『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、または『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、または『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CTGGTCCATTC』(Seq.ID No.296)、『TGGTCCATTCA』(Seq.ID No.297)、または『CTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.298)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、または『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、または『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはT
GF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、または『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TCCCTAAACAC』(Seq.ID No.299)、『CCCTAAACACT』(Seq.ID No.300)、または『TCCCTAAACACT』(Seq.ID No.301)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、または『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、または『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、または『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CACTACCAAAT』(Seq.ID No.302)、『ACTACCAAATA』(Seq.ID No.303)、または『CACTACCAAATA』(Seq.ID No.304)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGACGCGTAT』(Seq.ID
No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、または『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、または『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『』GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、または『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TGGACGCGTAT』(Seq.ID No.305)、『GGACGCGTATC』(Seq.ID No.306)、または『TGGACGCGTATC』(Seq.ID No.307)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGTCTATGACG』(Seq.ID
No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、または『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、または『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、または『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GGTCTATGACG』(Seq.ID No.308)、『GTCTATGACGA』(Seq.ID No.309)、または『GGTCTATGACGA』(Seq.ID No.310)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTTATTAATGC』(Seq.ID
No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、また
は『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『TTTATTAATGC』(Seq.ID No.311)、『TTATTAATGCC』(Seq.ID No.312)、または『TTTATTAATGCC』(Seq.ID No.313)、それぞれと相補的な配列を含む。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、3個〜10個のLNAユニットを含み、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニット、並びにさらに好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、好ましくは3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に位置される。好ましくは、少なくとも1個以上、好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、3個〜10個のLNAユニットを含む本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びにそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。
したがって、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域と
ハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID
No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
代替的に、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID
No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『
CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID No.317)、または『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『ACTGGTCCATTC』(Seq.ID No.314)、『TGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.315)、『CTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.316)、『ACTGGTCCATTCA』(Seq.ID
No.317)、または『ACTGGTCCATTCAT』(Seq.ID No.318)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、また
はTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、または『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID
No.322)、または『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID No.322)、または『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CTCCCTAAACAC』(Seq.ID No.319)、『CCCTAAACACTA』(Seq.ID No.320)、『TCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.321)、『CTCCCTAAACACT』(Seq.ID
No.322)、または『CTCCCTAAACACTA』(Seq.ID No.323)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、または『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID
No.327)、または『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオ
チドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)『、ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID No.327)、または『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『ACACTACCAAAT』(Seq.ID No.324)、『ACTACCAAATAG』(Seq.ID No.325)、『CACTACCAAATAG』(Seq.ID No.326)、『ACACTACCAAATA』(Seq.ID
No.327)、または『ACACTACCAAATAG』(Seq.ID No.328)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、または『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID
No.332)、または『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『GTGGACGCGTAT』(Seq.ID No.329)、『GGACGCGTATCG』(Seq.ID No.330)、『TGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.331)、『GTGGACGCGTATC』(Seq.ID No.332)、『GTGGACGCGTATCG』(Seq.ID No.333)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、または『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID
No.337)、または『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID No.337)、または『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CGGTCTATGACG』(Seq.ID No.334)、『GTCTATGACGAG』(Seq.ID No.335)、『GGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.336)、『CGGTCTATGACGA』(Seq.ID
No.337)、または『CGGTCTATGACGAG』(Seq.ID No.338)、それぞれと相補的な配列を含む。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体にも関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TT
ATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID
No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む。
少し言い換えると、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドからなり、14個〜20個のヌクレオチド、より好ましくは14個〜18個のヌクレオチドのうちの少なくとも4個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、を含み、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、配列『CTTTATTAATGC』(Seq.ID No.339)、『TTATTAATGCCT』(Seq.ID No.340)、『TTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.341)、『CTTTATTAATGCC』(Seq.ID
No.342)、または『CTTTATTAATGCCT』(Seq.ID No.343)、それぞれと相補的な配列を含む。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、4個〜11個のLNAユニットを含み、より好ましくは4個〜10個のLNAユニット、さらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニット、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、好ましくは3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に位置される。好ましくは、少なくとも1個以上、好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、3個〜10個のLNAユニットを含む本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個以上、好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びにそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。
したがって、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少な
くとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、または5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)、または5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)、または5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)、または5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)、または5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、
ここで、
は、CATGGCAGACCCCGCTGCTC−、ATGGCAGACCCCGCTGCTC−、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCGG、を表し、
は、GGTGGGATCGTGCTGGCGAT−、GTGGGATCGTGCTGGCGAT−、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
は、−ACAGGACGATGTGCAGCGGC、−ACAGGACGATGTGCAGCGG、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、
は、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、
−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTC、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、
は、TGAATCTTGAATATCTCATG−、GAATCTTGAATATCTCATG−、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCACCA、−AGTATTCTAGAAACTCACC、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表し、
は、ATTCATATTTATATACAGGC−、TTCATATTTATATACAGGC−、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGGCTA、−AGTGCAAATGTTATTGGCT、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、
11は、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CAGAAGAGCTATTTGGTAG−、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCT、−GAGCCGTCTTCA
GGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
したがって、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、または5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)、または5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)、または5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)、または5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)、または5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、ここで、残基N〜N12は、特に、本願に開示されるような更なる限定される意味を有する。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、によって表され、ここで、
は、CATGGCAGACCCCGCTGCTC−、ATGGCAGACCCCGCTGCTC−、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCGG、を表す。
式S1(Seq.ID No.12)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニット、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは
、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、好ましくは3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に位置される。好ましくは、少なくとも1個以上、好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個以上、好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びにLNA断片の間では、好ましくは少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNA−ユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに、5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S1):
5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、CATGGCAGACCCCGCTGCTC−、ATGGCAGACCCCGCTGCTC−、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、および、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCGG、から選択される。
好ましくは、一般式(S1)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S1)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個はLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個はLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S1)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAヌクレオチドを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S1):
5’−N−『GTCATAGA』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、および、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、または−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、から選択される。
さらに好ましくは、式(S1):
5’−N−『GTCATAGA』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、および、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、または−CCGAGCCCCCAGCから選択される。
さらに好ましくは、式(S1):
5’−N−『GTCATAGA』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、および、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、または−CCGAGCCCから選択される。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12個〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列5’−N1A−『CGTCATAGAC』−N2A−3’(Seq.ID No.69)によって表され、ここで、
1Aは、CATGGCAGACCCCGCTGCT−、ATGGCAGACCCCGCTGCT−、TGGCAGACCCCGCTGCT−、GGCAGACCCCGCTGCT−、GCAGACCCCGCTGCT−、CAGACCCCGCTGCT−、AGACCCCGCTGCT−、GACCCCGCTGCT−、ACCCCGCTGCT−、CCCCGCTGCT−、CCCGCTGCT−、CCGCTGCT−、CGCTGCT−、GCTGCT−、CTGCT−、TGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、
2Aは、−C、−CG、−CGA、−CGAG、−CGAGC、−CGAGCC、−CGAGCCC、−CGAGCCCC、−CGAGCCCCC、−CGAGCCCCCA、−CGAGCCCCCAG、−CGAGCCCCCAGC、−CGAGCCCCCAGCG、−CGAGCCCCCAGCGC、−CGAGCCCCCAGCGCA、−CGAGCCCCCAGCGCAG、−CGAGCCCCCAGCGCAGC、−CGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CGAGCCCCCAGCGCAGCGGを表す。
好ましくは、N1Aは、TGGCAGACCCCGCTGCT−、GGCAGACCCCGCTGCT−、GCAGACCCCGCTGCT−、CAGACCCCGCTGCT−、AGACCCCGCTGCT−、GACCCCGCTGCT−、ACCCCGCTGCT−、CCCCGCTGCT−、CCCGCTGCT−、CCGCTGCT−、CGCTGCT−、GCTGCT−、CTGCT−、TGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
2Aは、−C、−CG、−CGA、−CGAG、−CGAGC、−CGAGCC、−CGAGCCC、−CGAGCCCC、−CGAGCCCCC、−CGAGCCCCCA、−CGAGCCCCCAG、−CGAGCCCCCAGC、−CGAGCCCCCAGCG、−CGAGCCCCCAGCGC、−CGAGCCCCCAGCGCA、−CGAGCCCCCAGCGCAG、または−CGAGCCCCCAGCGCAGCを表す。
より好ましくは、N1Aは、GACCCCGCTGCT−、ACCCCGCTGCT−、CCCCGCTGCT−、CCCGCTGCT−、CCGCTGCT−、CGCTGCT−、GCTGCT−、CTGCT−、TGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
2Aは、−C、−CG、−CGA、−CGAG、−CGAGC、−CGAGCC、−CGAGCCC、−CGAGCCCC、−CGAGCCCCC、−CGAGCCCCCA、−CGAGCCCCCAG、または−CGAGCCCCCAGCを表す。
さらにより好ましくは、N1Aは、CGCTGCT−、GCTGCT−、CTGCT−、TGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
2Aは、−C、−CG、−CGA、−CGAG、−CGAGC、−CGAGCC、または−CGAGCCCを表す。
好ましくは、一般式(S1A/Seq.ID No.69)のアンチセンス−オリゴヌ
クレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S1A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個はLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個はLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S1A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)によって表され、ここで、
は、GGTGGGATCGTGCTGGCGAT−、GTGGGATCGTGCTGGCGAT−、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
は、−ACAGGACGATGTGCAGCGGC、−ACAGGACGATGTGCAGCGG、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
式S2(Seq.ID No.98)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニット、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは
、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、好ましくは3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に位置される。好ましくは、少なくとも1個以上、好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びにLNA断片の間では、好ましくは少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNA−ユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに、5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S2):
、5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、GGTGGGATCGTGCTGGCGAT−、GTGGGATCGTGCTGGCGAT−、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACGATGTGCAGCGGC、−ACAGGACGATGTGCAGCGG、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
好ましくは、一般式(S2)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S2)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S2)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S2):
5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
さらに好ましくは、式(S2):
5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
さらに好ましくは、式(S2):
5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、
5’−N3A−『TACGCGTCCA』−N4A−3’(Seq.ID No.70)によって表され、ここで、
3Aは、GGTGGGATCGTGCTGGCGA−、GTGGGATCGTGCTGGCGA−、TGGGATCGTGCTGGCGA−、GGGATCGTGCTGGCGA−、GGATCGTGCTGGCGA−、GATCGTGCTGGCGA−、ATCGTGCTGGCGA−、TCGTGCTGGCGA−、CGTGCTGGCGA−、GTGCTGGCGA−、TGCTGGCGA−、GCTGGCGA−、CTGGCGA−、TGGCGA−、GGCGA−、GCGA−、CGA−、GA−、またはA−、を表し、
4Aは、−CAGGACGATGTGCAGCGGC、−CAGGACGATGTGCAGCGG、−CAGGACGATGTGCAGCG、−CAGGACGATGTGCAGC、−CAGGACGATGTGCAG、−CAGGACGATGTGCA、−CAGGACGATGTGC、−CAGGACGATGTG、−CAGGACGATGT、−CAGGACGATG、−CAGGACGAT、−CAGGACGA、−CAGGACG、−CAGGAC、−CAGGA、−CAGG、−CAG、−CA、または−Cを表す。
好ましくは、N3Aは、TGGGATCGTGCTGGCGA−、GGGATCGTGCTGGCGA−、GGATCGTGCTGGCGA−、GATCGTGCTGGCGA−、ATCGTGCTGGCGA−、TCGTGCTGGCGA−、CGTGCTGGCGA−、GTGCTGGCGA−、TGCTGGCGA−、GCTGGCGA−、CTGGCGA−、TGGCGA−、GGCGA−、GCGA−、CGA−、GA−、またはA−、を表し、および、
4Aは、−CAGGACGATGTGCAGCG、−CAGGACGATGTGCAGC、−CAGGACGATGTGCAG、−CAGGACGATGTGCA、−CAGGACGATGTGC、−CAGGACGATGTG、−CAGGACGATGT、−CAGGACGATG、−CAGGACGAT、−CAGGACGA、−CAGGACG、−CAGGAC、−CAGGA、−CAGG、−CAG、−CA、または−Cを表す。
より好ましくは、N3Aは、TCGTGCTGGCGA−、CGTGCTGGCGA−、GTGCTGGCGA−、TGCTGGCGA−、GCTGGCGA−、CTGGCGA−、TGGCGA−、GGCGA−、GCGA−、CGA−、GA−、またはA−、を表し、および、
4Aは、−CAGGACGATGTG、−CAGGACGATGT、−CAGGACGATG、−CAGGACGAT、−CAGGACGA、−CAGGACG、−CAGGAC、−CAGGA、−CAGG、−CAG、−CA、または−Cを表す。
さらにより好ましくは、N3Aは、CTGGCGA−、TGGCGA−、GGCGA−、GCGA−、CGA−、GA−、またはA−、を表し、および、
4Aは、−CAGGACG、−CAGGAC、−CAGGA、−CAGG、−CAG、−CA、または−Cを表す。
好ましくは、一般式(S2A/Seq.ID No.70)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個はL
NAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個はLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S2A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S2A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)によって表され、ここで、
11は、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CAGAAGAGCTATTTGGTAG−、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
式S3(Seq.ID No.10)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニットを含み、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に好ましくは位置される。好ましくは、少なくとも1個、より好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S3):
5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
11は、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CAGAAGAGCTATTTGGTAG−、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、および、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GA
GCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
好ましくは、一般式(S3)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S3)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S3)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S3):
5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
11は、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、および、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
さらに好ましくは、式(S3):
5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
11は、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−
、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、および、
12は、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
さらに好ましくは、式(S3):
5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
11は、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、および、
12は、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、
5’−N11A−『GTGTTTAGGG』−N12−3’(Seq.ID No.71)によって表され、ここで、
11Aは、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTA−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTA−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTA−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTA−、CCAGAAGAGCTATTTGGTA−、CAGAAGAGCTATTTGGTA−、AGAAGAGCTATTTGGTA−、GAAGAGCTATTTGGTA−、AAGAGCTATTTGGTA−、AGAGCTATTTGGTA−、GAGCTATTTGGTA−、AGCTATTTGGTA−、GCTATTTGGTA−、CTATTTGGTA−、TATTTGGTA−、ATTTGGTA−、TTTGGTA−、TTGGTA−、TGGTA−、GGTA−、GTA−、TA−、またはA−、を表し、
12Aは、−AGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−AGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−AGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−AGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−AGCCGTCTTCAGGAATCTT、−AGCCGTCTTCAGGAATCT、−AGCCGTCTTCAGGAATC、−AGCCGTCTTCAGGAAT、−AGCCGTCTTCAGGAA、−AGCCGTCTTCAGGA、−AGCCGTCTTCAGG、−AGCCGTCTTCAG、−AGCCGTCTTCA、−AGCCGTCTTC、−AGCCGTCTT、−AGCCGTCT、−AGCCGTC、−AGCCGT、−AGCCG、−AGCC、−AGC、−AG、または−Aを表す。
好ましくは、N11Aは、AGAAGAGCTATTTGGTA−、GAAGAGCTATTTGGTA−、AAGAGCTATTTGGTA−、AGAGCTATTTGGTA−、GAGCTATTTGGTA−、AGCTATTTGGTA−、GCTATTTGGTA−、CTATTTGGTA−、TATTTGGTA−、ATTTGGTA−、TTTGGTA−、TTGGTA−、TGGTA−、GGTA−、GTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
12Aは、−AGCCGTCTTCAGGAATC、−AGCCGTCTTCAGG
AAT、−AGCCGTCTTCAGGAA、−AGCCGTCTTCAGGA、−AGCCGTCTTCAGG、−AGCCGTCTTCAG、−AGCCGTCTTCA、−AGCCGTCTTC、−AGCCGTCTT、−AGCCGTCT、−AGCCGTC、−AGCCGT、−AGCCG、−AGCC、−AGC、−AG、または−Aを表す。
より好ましくは、N11Aは、AGCTATTTGGTA−、GCTATTTGGTA−、CTATTTGGTA−、TATTTGGTA−、ATTTGGTA−、TTTGGTA−、TTGGTA−、TGGTA−、GGTA−、GTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
12Aは、−AGCCGTCTTCAG、−AGCCGTCTTCA、−AGCCGTCTTC、−AGCCGTCTT、−AGCCGTCT、−AGCCGTC、−AGCCGT、−AGCCG、−AGCC、−AGC、−AG、または−Aを表す。
さらにより好ましくは、N11Aは、TTTGGTA−、TTGGTA−、TGGTA−、GGTA−、GTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
12Aは、−AGCCGTC、−AGCCGT、−AGCCG、−AGCC、−AGC、−AG、または−Aを表す。
好ましくは、一般式(S3A/Seq.ID No.71)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S3A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S3A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)によって表され、ここで、
は、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、
CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTC、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表す。
式S4(Seq.ID No.11)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニットを含み、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に好ましくは位置される。好ましくは、少なくとも1個、より好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びに両LNA断片の間では少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S4):
5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
は、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTC、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、から選択される。
好ましくは、一般式(S4)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S4)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S4)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S4):
5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
は、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGC
TA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、から選択される。
さらに好ましくは、式(S4):
5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
は、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
は、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、から選択される。
さらに好ましくは、式(S4):
5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、
式中、
は、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
は、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、から選択される。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、
5’−N5A−『ATTTGGTAGT』−N6A−3’(Seq.ID No.72)によって表され、ここで、
5Aは、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCT−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCT−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCT−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCT−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCT−、GCCTGCCCCAGAAGAGCT−、CCTGCCCCAGAAGAGCT−、CTGCCCCAGAAGAGCT−、TGCCCCAGAAGAGCT−、GCCCCAGAAGAGCT−、CCCCAGAAGAGCT−、CCCAGAAGAGCT−、CCAGAAGAGCT−、CAGAAGAGCT−、AGAAGAGCT−、GAAGAGCT−、AAGAGCT−、AGAGCT−、GAGCT−、AGCT−、GCT−
、CT−、またはT−、を表し、および、
6Aは、−GTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−GTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−GTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、−GTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−GTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−GTTTAGGGAGCCGTCTTC、−GTTTAGGGAGCCGTCTT、−GTTTAGGGAGCCGTCT、−GTTTAGGGAGCCGTC、−GTTTAGGGAGCCGT、−GTTTAGGGAGCCG、−GTTTAGGGAGCC、−GTTTAGGGAGC、−GTTTAGGGAG、−GTTTAGGGA、−GTTTAGGG、−GTTTAGG、−GTTTAG、−GTTTA、−GTTT、−GTT、−GT、または−G、を表す。
好ましくは、N5Aは、CCTGCCCCAGAAGAGCT−、CTGCCCCAGAAGAGCT−、TGCCCCAGAAGAGCT−、GCCCCAGAAGAGCT−、CCCCAGAAGAGCT−、CCCAGAAGAGCT−、CCAGAAGAGCT−、CAGAAGAGCT−、AGAAGAGCT−、GAAGAGCT−、AAGAGCT−、AGAGCT−、GAGCT−、AGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
6Aは、−GTTTAGGGAGCCGTCTT、−GTTTAGGGAGCCGTCT、−GTTTAGGGAGCCGTC、−GTTTAGGGAGCCGT、−GTTTAGGGAGCCG、−GTTTAGGGAGCC、−GTTTAGGGAGC、−GTTTAGGGAG、−GTTTAGGGA、−GTTTAGGG、−GTTTAGG、−GTTTAG、−GTTTA、−GTTT、−GTT、−GT、または−G、を表す。
より好ましくは、N5Aは、CCCAGAAGAGCT−、CCAGAAGAGCT−、CAGAAGAGCT−、AGAAGAGCT−、GAAGAGCT−、AAGAGCT−、AGAGCT−、GAGCT−、AGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
6Aは、−GTTTAGGGAGCC、−GTTTAGGGAGC、−GTTTAGGGAG、−GTTTAGGGA、−GTTTAGGG、−GTTTAGG、−GTTTAG、−GTTTA、−GTTT、−GTT、−GT、または−G、を表す。
さらにより好ましくは、N5Aは、AAGAGCT−、AGAGCT−、GAGCT−、AGCT−、GCT−、CT−、またはT−、を表し、および、
6Aは、−GTTTAGG、−GTTTAG、−GTTTA、−GTTT、−GTT、−GT、または−G、を表す。
好ましくは、一般式(S4A/Seq.ID No.72)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S4A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S4A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18
個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)によって表され、ここで、
は、TGAATCTTGAATATCTCATG−、GAATCTTGAATATCTCATG−、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCACCA、−AGTATTCTAGAAACTCACC、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表す。
式S6(Seq.ID No.100)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニットを含み、並びにさらに好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に好ましくは位置される。好ましくは、少なくとも1個、より好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、お
よび3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びに両LNA断片の間では少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S6):
5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TGAATCTTGAATATCTCATG−、GAATCTTGAATATCTCATG−、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCACCA、−AGTATTCTAGAAACTCACC、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
好ましくは、一般式(S6)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S6)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S6)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびL
NAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S6):
5’−N−『AATGGACC』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
さらに好ましくは、式(S6):
5’−N−『AATGGACC』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
さらに好ましくは、式(S6):
5’−N−『AATGGACC』−N−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、
5’−N7−『GAATGGACCA』−N8A−3’(Seq.ID No.73)によって表され、ここで、
7Aは、TGAATCTTGAATATCTCAT−、GAATCTTGAATATCTCAT−、AATCTTGAATATCTCAT−、ATCTTGAATATCTCAT−、TCTTGAATATCTCAT−、CTTGAATATCTCAT−、TTGAATATCTCAT−、TGAATATCTCAT−、GAATATCTCAT−、A
ATATCTCAT−、ATATCTCAT−、TATCTCAT−、ATCTCAT−、TCTCAT−、CTCAT−、TCAT−、CAT−、AT−、またはT−、を表し、
8Aは、−GTATTCTAGAAACTCACCA、−GTATTCTAGAAACTCACC、−GTATTCTAGAAACTCAC、−GTATTCTAGAAACTCA、−GTATTCTAGAAACTC、−GTATTCTAGAAACT、−GTATTCTAGAAAC、−GTATTCTAGAAA、−GTATTCTAGAA、−GTATTCTAGA、−GTATTCTAG、−GTATTCTA、−GTATTCT、−GTATTC、−GTATT、−GTAT、−GTA、−GT、または−Gを表す。
好ましくは、N7Aは、AATCTTGAATATCTCAT−、ATCTTGAATATCTCAT−、TCTTGAATATCTCAT−、CTTGAATATCTCAT−、TTGAATATCTCAT−、TGAATATCTCAT−、GAATATCTCAT−、AATATCTCAT−、ATATCTCAT−、TATCTCAT−、ATCTCAT−、TCTCAT−、CTCAT−、TCAT−、CAT−、AT−、またはT−、を表し、
8Aは、−GTATTCTAGAAACTCAC、−GTATTCTAGAAACTCA、−GTATTCTAGAAACTC、−GTATTCTAGAAACT、−GTATTCTAGAAAC、−GTATTCTAGAAA、−GTATTCTAGAA、−GTATTCTAGA、−GTATTCTAG、−GTATTCTA、−GTATTCT、−GTATTC、−GTATT、−GTAT、−GTA、−GT、または−Gを表す。
より好ましくは、N7Aは、TGAATATCTCAT−、GAATATCTCAT−、AATATCTCAT−、ATATCTCAT−、TATCTCAT−、ATCTCAT−、TCTCAT−、CTCAT−、TCAT−、CAT−、AT−、またはT−、を表し、
8Aは、−GTATTCTAGAAA、−GTATTCTAGAA、−GTATTCTAGA、−GTATTCTAG、−GTATTCTA、−GTATTCT、−GTATTC、−GTATT、−GTAT、−GTA、−GT、または−Gを表す。
さらにより好ましくは、N7Aは、ATCTCAT−、TCTCAT−、CTCAT−、TCAT−、CAT−、AT−、またはT−、を表し、
8Aは、−GTATTCT、−GTATTC、−GTATT、−GTAT、−GTA、−GT、または−Gを表す。
好ましくは、一般式(S6A/Seq.ID No.73)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S6A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S6A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ま
しくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、ここで、
は、ATTCATATTTATATACAGGC−、TTCATATTTATATACAGGC−、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGGCTA、−AGTGCAAATGTTATTGGCT、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表す。
式S7(Seq.ID No.101)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニットを含み、並びにさらにより好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、3’末端(terminal end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に好ましくは位置される。好ましくは、少なくとも1個、より好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びに両LNA断片の間では少なく
とも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S7):
5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、ATTCATATTTATATACAGGC−、TTCATATTTATATACAGGC−、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGGCTA、−AGTGCAAATGTTATTGGCT、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
好ましくは、一般式(S7)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S7)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S7)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S7):
5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
さらに好ましくは、式(S7):
5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
さらに好ましくは、式(S7):
5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
は、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−Aから選択される。
好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドからなり、12〜24個のヌクレオチドのうちの少なくとも3個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N9A−『CATTAATAAA』−N10A−3’(Seq.ID No.74)によって表され、ここで、
9Aは、ATTCATATTTATATACAGG−、TTCATATTTATATACAGG−、TCATATTTATATACAGG−、CATATTTATATACAGG−、ATATTTATATACAGG−、TATTTATATACAGG−、ATTTATATACAGG−、TTTATATACAGG−、TTATATACAGG−、TATATACAGG−、ATATACAGG−、TATACAGG−、ATACAGG−
、TACAGG−、ACAGG−、CAGG−、AGG−、GG−、またはG−、を表し、
10Aは、−GTGCAAATGTTATTGGCTA、−GTGCAAATGTTATTGGCT、−GTGCAAATGTTATTGGC、−GTGCAAATGTTATTGG、−GTGCAAATGTTATTG、−GTGCAAATGTTATT、−GTGCAAATGTTAT、−GTGCAAATGTTA、−GTGCAAATGTT、−GTGCAAATGT、−GTGCAAATG、−GTGCAAAT、−GTGCAAA、−GTGCAA、−GTGCA、−GTGC、−GTG、−GT、または−Gを表す。
好ましくは、N9Aは、TCATATTTATATACAGG−、CATATTTATATACAGG−、ATATTTATATACAGG−、TATTTATATACAGG−、ATTTATATACAGG−、TTTATATACAGG−、TTATATACAGG−、TATATACAGG−、ATATACAGG−、TATACAGG−、ATACAGG−、TACAGG−、ACAGG−、CAGG−、AGG−、GG−、またはG−、を表し、
10Aは、−GTGCAAATGTTATTGGC、−GTGCAAATGTTATTGG、−GTGCAAATGTTATTG、−GTGCAAATGTTATT、−GTGCAAATGTTAT、−GTGCAAATGTTA、−GTGCAAATGTT、−GTGCAAATGT、−GTGCAAATG、−GTGCAAAT、−GTGCAAA、−GTGCAA、−GTGCA、−GTGC、−GTG、−GT、または−Gを表す。
より好ましくは、N9Aは、TTTATATACAGG−、TTATATACAGG−、TATATACAGG−、ATATACAGG−、TATACAGG−、ATACAGG−、TACAGG−、ACAGG−、CAGG−、AGG−、GG−、またはG−、を表し、
10Aは、−GTGCAAATGTTA、−GTGCAAATGTT、−GTGCAAATGT、−GTGCAAATG、−GTGCAAAT、−GTGCAAA、−GTGCAA、−GTGCA、−GTGC、−GTG、−GT、または−Gを表す。
さらにより好ましくは、N9Aは、ATACAGG−、TACAGG−、ACAGG−、CAGG−、AGG−、GG−、またはG−、を表し、
10Aは、−GTGCAAA、−GTGCAA、−GTGCA、−GTGC、−GTG、−GT、または−Gを表す。
好ましくは、一般式(S7A/Seq.ID No.74)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S7A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S7A)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ま
しくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、8個〜18個、好ましくは10個〜28個のヌクレオチドからなり、8個〜28個、好ましくは10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNAであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’(Seq.ID No.99)によって表され、ここで、
13は、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、TGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCCAGAAGAGCTATTTG−、CCAGAAGAGCTATTTG−、CAGAAGAGCTATTTG−、AGAAGAGCTATTTG−、GAAGAGCTATTTG−、AAGAGCTATTTG−、AGAGCTATTTG−、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−
TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCT、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATC、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAAT、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TAGGGAGCCGTCTTCAG、−TAGGGAGCCGTCTTCA、−TAGGGAGCCGTCTTC、−TAGGGAGCCGTCTT、−TAGGGAGCCGTCT、−TAGGGAGCCGTC、−TAGGGAGCCGT、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、
mは、0または1を表し、
nは、0または1を表し、
および、n+m=1または2である。
式S5(Seq.ID No.99)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、2個〜10個のLNAユニット、より好ましくは3個〜9個のLNAユニット、およびさらにより好ましくは4個〜8個のLNAユニットを含み、並びにさらに好ましくは少なくとも6個の非LNAユニット、より好ましくは、少なくとも7個の非LNAユニット、および最も好ましくは少なくとも8個の非LNAユニットを含む。非LNAユニットは、好ましくはDNAユニットである。LNAユニットは、3’末端(terminal
end)(3’末端(terminus)とも呼ばれる)、および5’末端(terminal end)(5’末端(terminus)とも呼ばれる)に好ましくは位置される。好ましくは、少なくとも1個、より好ましくは少なくとも2個のLNAユニットは、3’末端および/または5’末端に存在する。
したがって、好ましくは、2個〜10個のLNAユニットを含むギャップマーとして設計される本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1個〜5個のLNAユニット、および3’末端で1個〜5個のLNAユニットを含み、並びにLNAユニットの間では少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAユニットを含む。より好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、5’末端で2個〜4個のLNAユニット、および3’末端で2個〜4個のLNAユニットを含み、さらにより好ましくは、5’末端で3個〜4個のLNAユニット、および3’末端で3個〜4個のLNAユニットを含み、並びに両LNA断片の間では少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシルのような一般的な核酸塩基、並びに5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンのようなそれらの一般的な誘導体を含んでもよい。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスフェート結合の代わりにホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートのような修飾ヌクレオチド間結合も含んでもよい。当該修飾は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片にのみ、または非LNA断片にのみ存在してもよい。LNAユニットとして本願に開示される残基b〜bが特に好ましい。
したがって、好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、GCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CTGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、TGCCCCAGAAGAGCTATTTG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCCAGAAGAGCTATTTG−、CCAGAAGAGCTATTTG−、CAGAAGAGCTATTTG−、AGAAGAGCTATTTG−、GAAGAGCTATTTG−、AAGAGCTATTTG−、AGAGCTATTTG−、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCGTCTTC、−TAGGGAGCCGTCTT、−TAGGGAGCCGTCT、−TAGGGAGCCGTC、−TAGGGAGCCGT、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
好ましくは、一般式(S5)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S5)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S5)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
さらに好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、CCCCAGAAGAGCTATTTG−、CCCAGAAGAGCTATTTG−、CCAGAAGAGCTATTTG−、CAGAAGAGCTATTTG−、AGAAGAGCTATTTG−、GAAGAGCTATTTG−、AAGAGCTATTTG−、AGAGCTATTTG−、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
さらに好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、GAAGAGCTATTTG−、AAGAGCTATTTG−、AGAGCTATTTG−、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
さらに好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、CAGAAGAGCTATTTG−、AGAAGAGCTATTTG−、GAAGAGCTATTTG−、AAGAGCTATTTG−、AGAGCTATTTG−、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATCT、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAATC、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGAAT、−T
AGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TAGGGAGCCGTCTTCAG、−TAGGGAGCCGTCTTCA、−TAGGGAGCCGTCTTC、−TAGGGAGCCGTCTT、−TAGGGAGCCGTCT、−TAGGGAGCCGTC、−TAGGGAGCCGT、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
さらに好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、GAGCTATTTG−、AGCTATTTG−、GCTATTTG−、CTATTTG−、TATTTG−、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TAGGGAGCCGTCTTCAG、−TAGGGAGCCGTCTTCA、−TAGGGAGCCGTCTTC、−TAGGGAGCCGTCTT、−TAGGGAGCCGTCT、−TAGGGAGCCGTC、−TAGGGAGCCGT、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
さらに好ましくは、式(S5):
5’−(N13−『GTAGTGTT』−(N14−3’
のアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、ここで、
13は、ATTTG−、TTTG−、TTG−、TG−、またはG−、を表し、
14は、−TAGGGAGCCGTCT、−TAGGGAGCCGTC、−TAGGGAGCCGT、−TAGGGAGCCG、−TAGGGAGCC、−TAGGGAGC、−TAGGGAG、−TAGGGA、−TAGGG、−TAGG、−TAG、−TA、または−Tから選択され、mは、0または1を表し、nは、0または1を表し、および、n+m=1または2である。
好ましくは、一般式(S5/Seq.ID No.99)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜24個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも1個のLNAヌクレオチドを有する。LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。
より好ましくは、一般式(S5)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜22個のヌクレオチドを有し、3’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有し、5’末端では少なくとも2個のLNAヌクレオチドを有する。
さらにより好ましくは、一般式(S5)のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個、より好ましくは、13個〜19個、さらにより好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドを有し、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有する。好ましくは、アンチセ
ンス−オリゴヌクレオチドは、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーである。好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。
本発明の他の態様は、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、10個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、11個〜22個のヌクレオチドまたは12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個のヌクレオチド、および最も好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドの長さを有するアンチセンス−オリゴヌクレオチドに関し、ここで、少なくとも2個のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも3個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも4個のヌクレオチドはLNAであり、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、10個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、11個〜22個のヌクレオチドまたは12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個のヌクレオチド、および最も好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの配列は、次の群:
GAATCTTGAATATCTCATGAATGGACCAGTATTCTAGAAAC
(Seq.ID No.75:Seq.ID No.1の383〜423)
TTCATATTTATATACAGGCATTAATAAAGTGCAAATGTTAT
(Seq.ID No.77:Seq.ID No.1の2245〜2285)
TGAGGAAGTGCTAACACAGCTTATCCTATGACAATGTCAAAG
(Seq.ID No.78:Seq.ID No.1の2315〜2356)
GCCTGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAGTGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG
(Seq.ID No.79:Seq.ID No.1の2528〜2576)
CGCAGGTCCTCCCAGCTGATGACATGCCGCGTCAGGTACTCCTGTAGGT
(Seq.ID No.81:Seq.ID No.1の3205〜3253)
ATGTCGTTATTAACCGACTTCTGAACGTGCGGTGGGATCGTGCTGGCGATACGCGTCCACAGGACGATGTGCAGCGGC
(Seq.ID No.83:Seq.ID No.1の4141〜4218)
GGCCACAGGCCCCTGAGCAGCCCCCGACCCATGGCAGACCCCGCTGCTCGTCATAGACCGAGCCCCCAGCGCAG
(Seq.ID No.84:Seq.ID No.1の4216〜4289)
ATGTCGTTATTAACCGACTTCTGAACGTGCGGTGGGATCGTGCTGGCGATACGCGTCCACAGGACGATGTGCAGCGGCCACAGGCCCCTGAGCAGCCCCCGACCCATGGCAGACCCCGCTGCTCGTCATAGACCGAGCCCCCAGCGCAG
(Seq.ID No.86:Seq.ID No.1の4141〜4289)
TTGAATATCTCATGAATGGACCAGTATTCTA
(Seq.ID No.87:Seq.ID No.1の388〜418)
CAAGTGGAATTTCTAGGCGCCTCTATGCTACTG
(Seq.ID No.88:Seq.ID No.1の483〜515)
ATTTATATACAGGCATTAATAAAGTGCAAAT
(Seq.ID No.89:Seq.ID No.1の2250〜2280)
AAGTGCTAACACAGCTTATCCTATGACAATGT
(Seq.ID No.90:Seq.ID No.1の2320〜2351)
CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAGTGTTTAGGGAGCCGTCT
(Seq.ID No.91:Seq.ID No.1の2533〜2571)
CTGGTCGCCCTCGATCTCTCAACACGTTGTCCTTCATGCTTTCGACACAGGGGTGCTCCCGCACCTTGGAACCAAATG
(Seq.ID No.92:Seq.ID No.1の2753〜2830)
GTCCTCCCAGCTGATGACATGCCGCGTCAGGTACTCCTG
(Seq.ID No.93:Seq.ID No.1の3210〜3248)
CTCAGCTTCTGCTGCCGGTTAACGCGGTAGCAGTAGAAGA(Seq.ID No.94:Seq.ID No.1の3655〜3694)
GTTATTAACCGACTTCTGAACGTGCGGTGGGATCGTGCTGGCGATACGCGTCCACAGGACGATGTGCA
(Seq.ID No.95:Seq.ID No.1の4146〜4213)
CAGGCCCCTGAGCAGCCCCCGACCCATGGCAGACCCCGCTGCTCGTCATAGACCGAGCCCCCAG
(Seq.ID No.96:Seq.ID No.1の4221〜4284)
CACGCGCGGGGGTGTCGTCGCTCCGTGCGCGCGAGTGACTCACTCAACTTCA
(Seq.ID No.97:Seq.ID No.1の4495〜4546)から選択される配列中に含まれる。
ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体は、全ヒトトランスクリプトームに関してTGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とのみ、選択的にハイブリダイズすることができる。
配列No.75、77、78、79、81、83、84、86〜97に含まれる配列を有する前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、5’末端では2個〜5個、好ましくは、3個〜5個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニットを有し、LNA断片A−DNA断片−LNA断片Bの型のギャップマーの構造を好ましくは有し、LNAヌクレオチド(LNAユニット)として、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において、好ましくは章「好ましいLNA」において開示されるものが特に適しており、ヌクレオチド間結合として、章「ヌクレオチド間結合(IL)」において開示されるものが特に適している。好ましくは、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つのLNA断片の間において、少なくとも6個、より好ましくは、少なくとも7個、最も好ましくは少なくとも8個のDNAユニットのような非LNAユニットを含む。非LNAユニット、およびLNAユニットのための適切な核酸塩基は、章「核酸塩基」で開示される。前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの適切な例は、式(S1)〜(S7)、(S1A)〜(S4A)、(S6A)および(S7A)によって表される。
Seq.ID No.1は、ヒトトランスフォーミング増殖因子、ベータ受容体II(TGF−RII)、転写バリアント(transcript variant)2のcDNA(cDNA)(5’−3’アンチセンス−配列)のアンチセンス鎖を表す。
Seq.ID No.2は、ヒトトランスフォーミング増殖因子、ベータ受容体II(70/80kDa)(TGF−RII)、転写バリアント(transcript variant)2のcDNA(5’−3’センス−配列)のセンス鎖を表す。代替的に、ヒトトランスフォーミング増殖因子、ベータ受容体II(TGF−RII)、転写バリアント(transcript variant)2のmRNAの配列(Seq.ID No.3)を表すためのSeq.ID No.2の配列と見なすこともできるが、DNAコー
ドで書かれており、すなわち、G、C、A、Tコードで表されており、RNAコードではない。
Seq.ID No.3は、ヒトトランスフォーミング増殖因子、ベータ受容体II(TGF−RII)、転写バリアント(transcript variant)2のmRNA配列(5’−3’センス−配列)を表す。Seq.ID No.3で示されるmRNAは、RNAコードで書かれており、すなわちG、C、A、Uコードで表されていることは明らかである。
本願で使用される「コーディングDNA鎖」は、mRNAと同じであり(DNAコードで記載されているものは除く)、タンパク質翻訳のために使用されるコドンを包含するDNA鎖に関することは理解されるだろう。したがって、用語「コーディングDNA鎖」、「センスDNA鎖」、および「非鋳型DNA鎖」を、交換可能に使用することができる。さらに、本願に使用される「非コーディングDNA鎖」は、「コーディングDNA鎖」と相補的であり、mRNAへの転写のための鋳型として機能するDNA鎖に関する。したがって、用語「非コーディングDNA鎖」、「アンチセンスDNA鎖」、および「鋳型DNA鎖」を交換可能に使用することができる。
用語「アンチセンス−オリゴヌクレオチド」は、リボ核酸(RNA)もしくはデオキシリボ核酸(DNA)、またはホスホロチオエート結合のような修飾ヌクレオチド間結合を有するアンチセンス−オリゴヌクレオチド、および/または5−メチルシトシンのような一つ以上の修飾核酸塩基、および/またはβ−D−オキシ−LNAのようなLNAなどの一つ以上の修飾ヌクレオチドなどのようなそれらのミメティクス(mimetics)もしくはバリアント(variants)のオリゴマーまたはポリマーに関する。用語「アンチセンス−オリゴヌクレオチド」は、天然由来の核酸塩基、糖および共有結合性ヌクレオチド間(骨格)結合、並びに同様に機能する非天然由来部分を有するオリゴヌクレオチドから構成されるオリゴヌクレオチドを含む。当該修飾または置換オリゴヌクレオチドは、所望の特性、例えば細胞内取込みの向上、核酸標的への親和性の向上、ヌクレアーゼの存在における安定性の増加などのために、天然型よりもより好ましい。アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、標的核酸にハイブリダイズし、当該発現を阻害する短い触媒的RNAまたは触媒的オリゴヌクレオチドである。
用語「ヌクレオシド」は、当業者によく知られており、リボース、デオキシリボースのような、またはLNAのような修飾、もしくはロックドリボース、または修飾、もしくはロックドデオキシリボースのような、ペントース糖部分に関し、詳細に以下に開示される。核酸塩基は、グリコシド炭素原子(ペントースの1’位)に連結され、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオシドの3’酸素原子または硫黄原子、好ましくは3’酸素原子と隣接のヌクレオシドの5’酸素原子または硫黄原子、好ましくは5’酸素原子との間で形成されるが、ヌクレオシド間結合は、ヌクレオシドに属さない(図2参照)。
用語「ヌクレオチド」は、当業者によく知られており、リボース、デオキシリボースのような、またはLNAのような修飾、もしくはロックドリボース、または修飾、もしくはロックドデオキシリボースのような、ペントース糖部分に関し、詳細を以下に開示される。核酸塩基は、グリコシド炭素原子(ペントースの1’位)に結合され、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオチドの3’酸素原子または硫黄原子、好ましくは3’酸素原子と隣接のヌクレオチドの5’酸素原子または硫黄原子、好ましくは5’酸素原子との間で形成される、一方、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオチドの一部である(図2参照)。
核酸塩基
用語「核酸塩基」は、本願において「B」と略され、5個の標準的なヌクレオチド塩基アデニン(A)、チミン(T)、グアニン(G)、シトシン(C)、およびウラシル(U
)、並びにそれらの修飾体、もしくは類似体、または相補鎖における塩基とワトソン−クリック塩基対を形成するための能力を有する類似体に関する。修飾核酸塩基は、5−メチルシトシン(C)、5−ヒドロキシメチルシトシン、N−メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、7−デアザキサンチン、2−アミノアデニン、6−メチルアデニン、6−メチルグアニン、6−エチルアデニン、6−エチルグアニン、2−プロピルアデニン、2−プロピルグアニン、6−カルボキシウラシル、5−ハロウラシル、5,6−ジヒドロウラシル、5−ハロシトシン、5−プロピニルウラシル、5−プロピニルシトシン、6−アザウラシル、6−アザシトシン、6−アザチミン、5−ウラシル(シュードウラシル)4−チオウラシル、8−フルオロアデニン、8−クロロアデニン、8−ブロモアデニン、8−ヨードアデニン、8−アミノアデニン、8−チオールアデニン、8−チオアルキルアデニン、8−ヒドロキシルアデニン、8−フルオログアニン、8−クロログアニン、8−ブロモグアニン、8−ヨードグアニン、8−アミノグアニン、8−チオールグアニン、8−チオアルキルグアニン、8−ヒドロキシルグアニン、5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、5−トリフルオロメチルウラシル、5−フルオロシトシン、5−ブロモシトシン、5−クロロシトシン、5−ヨードシトシン、5−トリフルオロメチルシトシン、7−メチルグアニン、7−メチルアデニン、8−アザグアニン、8−アザアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザアデニン、7−デアザ−8−アザアデニン、3−デアザグアニン、3−デアザアデニン、2−チオウラシル、2−チオチミン、および2−チオシトシン、などのような、他の合成および天然核酸塩基を含み、好ましいのは、5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニン置換基であり、これらの修飾は、核酸二重鎖の安定性の増加を明らかに示している。
本発明の好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、核酸塩基類似体を含むことができる。アンチセンス−オリゴヌクレオチドの1個のヌクレオチドユニットの核酸塩基だけを、核酸塩基の類似体によって置き換えることが可能であり、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドの2個、3個、4個、5個の核酸塩基、もしくは全ての核酸塩基でさえも、5−メチルシトシン、またはN−メチル−アデニン、もしくは2−アミノアデニンのような核酸塩基の類似体によって、置き換えられることが可能である。好ましくは、LNAユニットは、5−メチルシトシンなどの核酸塩基類似体に連結されてもよい。
ヌクレオチドまたはモノマーの配列に関する場合、A、T、G、C、またはUのような塩基の配列に関することを認識されるだろう。しかしながら、表3〜表8に開示される特定の例を除いて、文字コードA、T、G、CおよびUによるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの表示は、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドが、本願に開示されるような任意の核酸塩基、本願に開示されるような任意の3’末端基、本願に開示されるような任意の5’末端基、および本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合(ヌクレオチド間架橋とも呼ばれる)を含んでもよいことは理解されなければならない。ヌクレオチドA、T、G、CおよびUは、LNAヌクレオチド、または好ましくはDNAヌクレオチドのような非LNAヌクレオチドであることも理解されなければならない。
表4〜表9に開示されるような特定の実施形態に関してのみ、核酸塩基、LNAユニット、非LNAユニット、ヌクレオチド間結合、および末端基は、表2の前の章「説明(Legend)」において概要としてさらに明記される。
本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチド、およびアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩は、TGF−RIIをコードする遺伝子、またはTGF−RIIをコードするmRNAである標的に相補的であると証明されており、すなわち、所望の阻害効果を与えるために、かなり十分に、並びに十分な特異性、および特に選択性でハイブリダイズする。
用語「塩」は、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの生理学的および/または薬学的に許容される塩に関する。アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アデニン、グアニン、チミン、シトシンまたはそれらの誘導体のような核酸塩基を含み、核酸塩基は、塩基性であり、塩化物またはメシル酸塩のような塩を形成する。ヌクレオチド間結合は、ナトリウム塩、リチウム塩、またはカリウム塩のような塩を形成する帯電した酸素原子または硫黄原子を好ましくは含む。したがって、薬学的に許容できる塩基付加塩は、無機塩基または有機塩基と共に形成される。適切な有機塩基および無機塩基の例は、例えばアルミニウム等の金属イオン由来、ナトリウムまたはカリウムのようなアルカリ金属イオン由来、カルシウムまたは、マグネシウムなどのアルカリ土類金属イオン由来、またはアミン塩イオン由来、またはアルカリ、もしくはアルカリ土類の水酸化物、炭酸塩もしくは重炭酸塩由来、の塩基である。例には、水性LiOH、NaOH、KOH、NHOH、炭酸カリウム、アンモニア、および炭酸水素ナトリウム、アンモニウム塩、第一級、第二級、および第三級アミン(例えば、テトラアルキルアンモニウム水酸化物;メチルアミンのような低級アルキルアミン;t−ブチルアミン;プロカイン;エタノールアミン;ジベンジルアミンおよびN,N−ジベンジルエチレンジアミンのようなアリールアルキルアミン;N−エチルピペリジンのような低級アルキルピペリジン;シクロヘキシルアミン、またはジシクロヘキシルアミンのようなシクロアルキルアミン;モルホリン;グルカミン;N−メチル−およびN,N−ジメチルグルカミン;1−アダマンチルアミン;ベンザチン;または、アルギニン、リシン、オルニチンのようなアミノ酸由来の塩;またはもともと中性のアミド;または酸性アミノ酸;クロロプロカイン;クロリン;プロカインなど)、または同様のものを含む。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、塩基性であるけれども、有機酸および無機酸と薬学的に許容される塩を形成する。このような酸添加塩の形成に適した酸の例は、塩化水素酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、酢酸、クエン酸、シュウ酸、マロン酸、サリチル酸、p−アミノサリチル酸、リンゴ酸、フマル酸、コハク酸、アスコルビン酸、マレイン酸、スルホン酸、ホスホン酸、過塩素酸、硝酸、ぎ酸、プロピオン酸、グルコン酸、乳酸、酒石酸、ヒドロキシマレイン酸、ピルビン酸、フェニル酢酸、安息香酸、p−アミノ安息香酸、p−ヒドロキシ安息香酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、亜硝酸、ヒドロキシエタンスルホン酸、エチレンスルホン酸、p−トルエンスルホン酸、ナフチルスルホン酸、スルファニル酸、カンファースルホン酸、キナ酸、マンデル酸、o−メチルマンデル酸、水素−ベンゼンスルホン酸、ピクリン酸、アジピン酸、D−o−トリル酒石酸、タルトロン酸、 トルイル酸、(o、m、p)−トルイル酸、ナフチルアミンスルホン酸、および他の鉱物、または当業者によく知られているカルボン酸である。塩は、従来の方法で塩を生産するために、遊離塩基を十分な量の所望の酸と接触させることによって調製される。
本発明において、「ハイブリダイゼーション」は、核酸ハイブリダイゼーションを意味し、ここで、一本鎖核酸(DNAまたはRNA)は、非常に類似または相補的な配列を有する他の一本鎖と相互作用する。したがって、相互作用は、特定の核酸塩基間(塩基対)の水素結合によって起こる。
本願で使用される、用語「相補性」(DNAおよびRNA塩基対相補性)は、2個の核
酸間の正確な対のための能力に関する。塩基対におけるヌクレオチドは、それらの形が水素結合によって共に結合することができる場合に、相補性である。したがって、アデニンおよびチミジン(またはウラシル)は2つの水素結合の対を形成し、シトシン−グアニンの対は、3つの水素結合を形成する。本願に使用される「相補的な配列」は、DNAまたはRNA配列を意味し、それらが互いに逆平衡に並べられる場合に、配列中の各位置でヌクレオチド塩基は、多くは鏡で見ているように、物質の逆を見ているように、相補的になるようなものである。
本願に使用される用語「明確にハイブリダイズ可能」は、安定および特異的な結合が、アンチセンス−オリゴヌクレオチドとDNAまたはRNA標的との間で起こるような、標的配列に対するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの十分な程度の相補性、または正確な塩基対を示す。本発明に係るアンチセンス−オリゴヌクレオチドの配列は、明確にハイブリダイズ可能であるために当該標的核酸の配列に100%相補的である必要はないが、100%の相補性が好ましい。したがって、「100%相補性」は、アンチセンス−オリゴヌクレオチドがミスマッチすることなく、標的の完璧な、または完全な長さにわたってハイブリダイズすることを意味する。言い換えると、本発明内で、アンチセンス化合物は、標的DNAまたはRNA分子に対するアンチセンス化合物の結合が、生理学的または病理学的条件の下で起こるが、非標的配列に対するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの非特異的結合が、高く起こりそうもない、または不可能でさえある場合に、明確にハイブリダイズ可能であると定義される。
したがって、本発明は、好ましくはアンチセンスオリゴヌクレオチドに関し、ここでアンチセンスオリゴヌクレオチドは、TGF RIIをコードするmRNAに100%の相補性で結合し、完全なヒトのトランスクリプトームにおける任意の他の領域に結合しない。さらに好ましくは、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関し、ここでアンチセンスオリゴヌクレオチドは、TGF RIIをコードするmRNAの完全な長さにわたって100%相補性を有し、オフターゲット効果を有しない。代替的に、本発明は、好ましくは、TGF RIIをコードするmRNAに対して100%相補性を有するが、ヒトのトランスクリプトームの他のmRNAに対して相補性はないアンチセンスオリゴヌクレオチドに関する。したがって、用語「ヒトのトランスクリプトーム」は、人間体における転写物の全セットに関し、全ての細胞型および環境条件(任意に与えられた時間で)の転写物を意味する。
特に、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子に、またはmRNAに結合する領域に関して、特異的であるという共通点を有する。本発明にしたがって、ヒトのトランスクリプトーム内で、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの完全な長さにわたってTGF−RIIをコードするmRNAとのみ100%相補性を有する。さらに、本発明の目的は、サル以外の哺乳類のトランスクリプトーム内で交差反応性なしのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを見つけることであり、特に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、大型類人猿のトランスクリプトームとのみ交差反応性を有する。このことはオフ効果を避けるだろう。したがって、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子、またはmRNAとのハイブリダイゼーションに関して、非常に特異的である。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、TGF−RIIをコードする遺伝子に対して、またはTGF−RIIをコードするmRNAに対して、100%の相補性でそれらの完全な長さにわたって結合し、完全なヒトのトランスクリプトームにおける任意の他の領域に結合しない。このことは、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ミスマッチをすることなく標的(TGF−RII mRNA)とハイブリダイズすることを意味する。
本願に使用される用語「mRNA」は、イントロンを含むmRNA(Pre−mRNAとも呼ばれる)並びに任意のイントロンを含まないmRNAの両方を含んでもよい。
本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Pre−mRNAおよび/またはmRNAと、結合またはハイブリダイズすることができる。このことは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、Pre−mRNAのイントロン領域で、またはイントロン領域内で、結合またはハイブリダイズすることができ、またはPre−mRNAの、オーバーラッピングするイントロン−エキソン領域で、結合またはハイブリダイズすることができ、または
Pre−mRNAのエキソン領域で、またはエキソン領域内で、およびmRNAのエキソン領域で結合、またはハイブリダイズすることができる、ことを意味する(図1参照)。好ましくは、Pre−mRNAおよびmRNAと結合、またはハイブリダイズすることができるアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。Pre−mRNAに対するアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の結合、またはハイブリダイゼーションは、5’キャップ形成を阻害し、mRNAを得るためのPre−mRNAのスプライシングを阻害し、Pre−mRNAを切断するRNase Hを活性化する。mRNAに対するアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の結合、またはハイブリダイゼーションは、mRNAを切断するRNaseHを活性化し、リボソームサブユニットの結合を阻害する。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、少なくとも10個〜28個以下、好ましくは、24個以下、より好ましくは20個以下のヌクレオチドからなり、結果的に、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、または20個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜20個、または11個〜19個、または12個〜19個、または13個〜19個、または13個〜18個のヌクレオチド、より好ましくは、14個〜18個のヌクレオチドからなり、ここで、これらのヌクレオチドの少なくとも2個、好ましくは、3個は、ロックド核酸(LNA)である。より短いアンチセンス−オリゴヌクレオチド、すなわち、10個未満のヌクレオチドを有するアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、可能でもあるが、より短いアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが、もはや十分に強くなく、選択性が低下する、または失われるだろうという危険性がより高い。非選択的アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ヒトのトランスクリプトームにおいて望まない領域に対して、およびTGF−RIIよりも他のタンパク質をコードする望まないmRNAに対して結合することによって、望まない副作用を引き起こすという危険性を有する。20個より多いヌクレオチドを有するより長いアンチセンス−オリゴヌクレオチドも可能であるが、長さの更なる増加は、当該アンチセンス−オリゴヌクレオチドの合成を、選択性の増加、またはハイブリダイゼーションの強さの増加、または分解に関してより良い安定性の増加という任意の更なる利益はなく、さらにより複雑で高価にする。
したがって、本発明は、10個〜20個のヌクレオチドからなるアンチセンス−オリゴヌクレオチドに関し、ここで少なくとも2個のヌクレオチド、好ましくは、3’および5’末端のヌクレオチドはLNAである。したがって、少なくとも3’末端のヌクレオチドはLNAであり、5’末端のヌクレオチドもLNAであると好ましい。2個より多いLNAが存在する場合、更なるLNAは、本願に開示されるようなギャップマーの場合と同様に、3’または5’末端に結合されると好ましい。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドに存在する一つのヌクレオチド骨格を、次の一般式(B1)および(B2)によって表すことができる。
Figure 2021072841
式中、
Bは核酸塩基を表し、
IL’は、−X’’−P(=X’)(X)−を表し、
Rは、−H、−F、−OH、−NH、−OCH、−OCHCHOCHを表し、およびRは−Hを表し、または、RおよびRは、共に、結合−R−R−を形成し、−R−R−は、−CH−O−、−CH−S−、−CH−NH−、−CH−N(CH)−、−CH−N(C)−、−CH−CH−O−、−CH−CH−S−、−CH−CH−NH−、−CH−CH−N(CH)−、または−CH−CH−N(C)−から選択され、
X’は、=O、または=Sを表し、
は、−O、−OH、−OR、−NHR、−N(R、−OCHCHOR、−OCHCHSR、−BH 、−R、−SH、−SR、または−Sを表し、
X’’は、−O−、−NH−、−NR−、−CH−、または−S−を表し、
Yは、−O−、−NH−、−NR−、−CH−、または−S−であり、
は、水素、およびC1〜4−アルキルから選択され、好ましくは、−CH、または−Cであり、最も好ましくは、−CHである。
好ましくは、Xは、−O、−OH、−OCH、−NHCH、−N(CH、−OCHCHOCH、−OCHCHSCH、−BH 、−CH、−SH、−SCH、または−Sを表し、より好ましくは、−O、−OH、−OCH、−N(CH、−OCHCHOCH、−BH 、−SH、−SCH、または−Sを表す。
IL’は、好ましくは、−O−P(O)(O)−、−O−P(O)(S)−、−O−P(S)(S)−、−S−P(O)(O)−、−S−P(O)(S)−、−S−P(S)(S)−、−O−P(O)(O)−、−O−P(O)(S)−、−S−P(O)(O)−、−O−P(O)(R)−、−O−P(O)(OR)−、−O−P(O)(NHR)−、−O−P(O)[N(R]−、−O−P(O)(BH )−、−O−P(O)(OCHCHOR)−、−O−P(O)(OCHCHSR)−、−O−P(O)(O)−、−N(R)−P(O)(O)−、を表し、ここでRは、水素およびC1〜4−アルキルから選択される。
基−O−P(O)(R)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(CH)−O−、
または−O−P(O)(C)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(CH)−O−である。
基−O−P(O)(OR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(OCH)−O−、または−O−P(O)(OC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCH)−O−である。
基−O−P(O)(NHR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(NHCH)−O−、または−O−P(O)(NHC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(NHCH)−O−である。
基−O−P(O)[N(R]−O−は、好ましくは、−O−P(O)[N(CH]−O−、または−O−P(O)[N(C]−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)[N(CH]−O−である。
基−O−P(O)(OCHCHOR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、または−O−P(O)(OCHCHOC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−である。
基−O−P(O)(OCHCHSR)−O−は,好ましくは、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、または−O−P(O)(OCHCHSC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−である。
基−O−P(O)(O)−NR−は、好ましくは、−O−P(O)(O)−NH−、または−O−P(O)(O)−N(CH)−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−NH−である。
基−N(R)−P(O)(O)−O−は、好ましくは、−NH−P(O)(O)−O−、または−N(CH)−P(O)(O)−O−であり、最も好ましくは、−NH−P(O)(O)−O−である。
さらにより好ましくは、IL’は、−O−P(O)(O)−、−O−P(O)(S)−、−O−P(S)(S)−、−O−P(O)(NHR)−、または−O−P(O)[N(R]−を表し、さらにより好ましくは、IL’は、−O−P(O)(O)−、−O−P(O)(S)−、または−O−P(S)(S)−を表し、最も好ましくは、IL’は、−O−P(O)(S)−、または−O−P(S)(S)−を表す。
好ましくは、Yは、−O−を表し、
好ましくは、Bは、A、T、G、C、Uから選択される標準的な核酸塩基を表し、
好ましくは、ILは、−O−P(=O)(S)−、または−O−P(=S)(S)−を表す。
B、Y、およびIL’の上記定義は、b〜bにも適用する。
したがって、次の一般式(B3)〜(B6)が好ましい:
Figure 2021072841
式中、
Bは、核酸塩基を表し、好ましくは、A、T、G、C、Uを表す。
Rは、−H、−F、−OH、−NH、−N(CH、−OCH、−OCHCHOCH、−OCHCHCHOH、−OCHCHCHNHを表し、好ましくは、−Hを表す。
は、下記に定義されるような部分−R−R−を表し、例えば、好ましくは、−C(R)−O−、−C(R)−NR−、−C(R)−S−、および−C(R)−C(R)−O−から選択され、ここで、置換基R、RおよびRは、本願に定義される通りの意味を有する。より好ましくは、Rは、−CH−O−、−CH−S−、−CH−NH−、−CH−N(CH)−、−CH−CH−O−、または−CH−CH−S−から選択され、より好ましくは、−CH−O−、−CH−S−、−CH−CH−O−、または−CH−CH−S−から選択され、さらにより好ましくは、−CH−O−、−CH−S−、または−CH−CH−O−から選択され、さらにより好ましくは、−CH−O−、または−CH−S−であり、最も好ましくは、−CH−O−である。
非LNAユニットである好ましいヌクレオチドの例は、次の通りである:
Figure 2021072841
Figure 2021072841
ヌクレオチド間結合(IL)
本願に記述されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドのモノマーは、ヌクレオチド間結合を介して共に結合される。適切に、各モノマーは、3’隣接モノマーに、ヌクレオチド間結合を介して連結される。本発明との関連で、オリゴマーの末端における5’モノマーは、5’末端基を含んでも、または含まなくてもよいが、5’ヌクレオチド間結合を含まないことを当業者は理解するだろう。用語「ヌクレオチド間結合」は、2個のヌクレオチド、2個のLNAのような2個のヌクレオチド類似体、並び1個のヌクレオチドおよび1個のLNAのような1個のヌクレオチド類似体を共に共有結合することができる基を意味するように意図される。特定の好ましい例は、リン酸基およびホスホロチオエート基を含む。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチド、またはその連続したヌクレオチド配列は、ヌクレオチド間結合を介して共に結合される。適切に各ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して5’位から3’位に連結される。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを、さまざまな異なる方法によって修飾することができる。骨格内の修飾は可能であり、当該アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間骨格において、ホスフェート基(リン酸ジエステル基とも呼ばれる)が部分的に、または完全に他の基によって置き換えられたアンチセンス−オリゴヌクレオチドに関する。好ましい修飾アンチセンス−オリゴヌクレオチドに骨格は、例えば、通常の3’−5’結合を有する、ホスホロチオエート;キラルホスホロチオエート;ホスホロジチオエート;ホスホトリエステル;アミノアルキルホスホトリエステル;3’−アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネートを含む、メチル、エチル、C〜C10−アルキルホスホネート;;ホスフィネート;3’−アミノホスホロアミデート、およびアミノアルキルホスホロアミデートを含むホスホロアミデート、チオノホスホロアミデート、;チオノアルキルホスホネート;チオノアルキルホスホトリエステル;並びにボラノホスフェート;これらの2’−5’結合類似体、および隣接のヌクレオチドユニットの対が3’−5’から5’−3’、または2’−5’から5’−2’に連
結されて極性反転を有するもの、を含む。それらの様々な塩、混合塩、および遊離酸も含まれ、更なる詳細において本願に開示される。
適切なヌクレオチド間結合は、WO2007/031091に列挙されるものを含み、例えば、WO2007/031091の34ページの最初の段落に列挙されるヌクレオチド間結合を含む(参照により本願に組み込まれる)。いくつかの実施形態において、当該通常のホスホジエステルから、ヌクレアーゼ攻撃により抵抗性を有するホスホロチオエート、またはボラノホスフェートのようなものに、ヌクレオチド間結合を修飾すると好ましく、ホスホロチオエート、またはボラノホスフェートの2つは、RNaseH媒介切断に受け入れられ、標的遺伝子の発現を減少させるアンチセンス阻害のルートも可能にする。
ヌクレオチド間結合は、以下の式(IL’Y)に示されるように、リボース部分の3’炭素原子に結合される基である基IL’、および隣接のリボース部分の5’炭素原子に結合される基である基Yからなり、
Figure 2021072841
ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。IL’は−X’’−P(=X’)(X)−を表すので、ILは、−X’’−P(=X’)(X)−Y−によって表され、ここで置換基X、X’、X’’、およびYは、本願に開示される意味を有する。
ヌクレオチド間結合IL=−X’’−P(=X’)(X)−Y−は、好ましくは、次からなる群から選択される:
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−S−P(S)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(R)−O−、−O−P(O)(OR)−O−、−O−P(O)(NHR)−O−、−O−P(O)[N(R]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOR)−O−、−O−P(O)(OCHCHSR)−O−、−O−P(O)(O)−NR−、−N(R)−P(O)(O)−O−、を表し、ここでRは、水素およびC1〜4−アルキルから選択される。
基−O−P(O)(R)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(CH)−O−、または−O−P(O)(C)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(CH)−O−である。
基−O−P(O)(OR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(OCH)−O−、または−O−P(O)(OC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCH)−O−である。
基−O−P(O)(NHR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(NHCH)−O−、または−O−P(O)(NHC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(NHCH)−O−である。
基−O−P(O)[N(R]−O−は、好ましくは、−O−P(O)[N(CH]−O−、または−O−P(O)[N(C]−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)[N(CH]−O−である。
基−O−P(O)(OCHCHOR)−O−は、好ましくは、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、または−O−P(O)(OCHCHOC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−である。
基−O−P(O)(OCHCHSR)−は、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、または−O−P(O)(OCHCHSC)−O−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−である。
基−O−P(O)(O)−NR−は、好ましくは、−O−P(O)(O)−NH−、または−O−P(O)(O)−N(CH)−であり、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−NH−である。
基−NR−P(O)(O)−O−は、好ましくは、−NH−P(O)(O)−O−、または−N(CH)−P(O)(O)−O−であり、最も好ましくは、−NH−P(O)(O)−O−である。
さらにより好ましくは、ILは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−O−P(O)(NHR)−O−、または−O−P(O)[N(R]−O−を表し、さらにより好ましくは、ILは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、または−O−P(S)(S)−O−を表し、最も好ましくは、ILは、−O−P(O)(S)−O−、または−O−P(O)(O)−O−を表す。
したがって、ILは、好ましくは、ホスフェート基(−O−P(O)(O)−O−)、ホスホロチオエート基(−O−P(O)(S)−O−)、またはホスホロジチオエート基(−O−P(S)(S)−O−)である。
ヌクレオチドユニット、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、互いにヌクレオチド間結合によって連結されるので、一つのアンチセンス−オリゴヌクレオチド内に、異なるヌクレオチド間結合が存在することができる。LNAユニットは、ホスフェート基ではないヌクレオチド間結合によって好ましくは連結される。LNAユニットは、基ILによって互いに連結され、基ILは、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−O−P(O)(NHR)−O−、および−O−P(O)[N(R]−O−から好ましくは選択され、より好ましくは、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択される。
非LNAユニットは、基ILによって互いに連結され、基ILは、−O−P(O)(O
)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−O−P(O)(NHR)−O−、および−O−P(O)[N(R]−O−から好ましくは選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択される。
非LNAユニットは、基ILによってLNAユニットに連結され、基ILは、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−O−P(O)(NHR)−O−、および−O−P(O)[N(R]−O−から好ましくは選択され、より好ましくは、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択される。
本願に使用される用語「LNAユニット」は、ロックされたヌクレオチド、すなわち、二環性の構造、特に二環性のリボース構造、より特に一般式(II)に示されるような二環性のリボース構造に関する。結合は、3’−エンド(ノース)配置においてリボースを「ロックする」。LNAヌクレオチドのリボース部分は、2’酸素および4’炭素を連結する別の架橋で修飾される。代替的に、LNAのために使用される用語は、二環性ヌクレオチドまたは架橋ヌクレオチドであり、したがって、LNAユニットの用語は、二環性ヌクレオチドユニット、または架橋ヌクレオチドユニットである。
本願に使用される用語「非LNAユニット」は、ロックされていないヌクレオチド、すなわち、二環性の糖部は有さない、特に二環性のリボース構造ではないもの、より特に一般式(II)に示されるような二環性のリボース構造ではないものに関する。非LNAユニットは、最も好ましくはDNAユニットである。
本願に使用される用語「DNAユニット」は、糖として2−デオキシリボースを含むヌクレオチドに関する。したがって、ヌクレオチドは、核酸塩基および2−デオキシリボースから構成される。
本願に使用される用語「ユニット」は、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの、部分(part)、断片、部分(moiety)に関する。したがって、「ユニット」は、完全な分子ではなく、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの他の部分(part)、断片、部分(moiety)に共有結合するための位置を少なくとも一つ有するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの、部分(part)、断片、部分(moiety)である。例えば、一般構造(B1)〜(B6)は、基YおよびIL’、または、−O−および−O−P(O)(S)−それぞれを通して、共有結合されることができるので、ユニットである。好ましくは、ユニットは、ペントース構造、ペントース構造に連結される核酸塩基、5’ラジカル基、およびIL’ラジカル基からなる。
本願に使用される用語「構成要素(building block)」、または「モノマー」は、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの合成に使用される分子、特にヌクレオシドに関する。例は、一般式(I)のLNA分子であり、式中、Yは5’末端基、およびIL’は3’末端基を表す。
さらに、純粋なジアステレオマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドが好ましい、好ましいのは、次に示されるように、Sp−、およびRp−ジアステレオマーである。
Figure 2021072841
本願に提供されるように適切な硫黄(S)を含むヌクレオチド間結合は好ましい。
好ましくは、少なくとも50%のヌクレオチド間結合がホスホロチオエート基である骨格におけるホスホロチオエート部分である。さらに好ましくは、LNAユニットが存在する場合、LNAユニットは、ヌクレオチド間結合としてホスホロチオエートを介して結合される。最も好ましくは、完全なホスホロチオエート骨格であり、すなわち、最も好ましくは、全てのヌクレオチドユニットおよび(存在する場合)LNAユニットが、次に定義されるホスホロチオエート基:−O−P(O,S)−O−、または−O−P(O)(S)−O−と同義である−O−P(O)(S)−O−、を介して互いに連結される。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドがギャップマーである場合、LNA領域は、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択されるヌクレオチド間結合を有し、非LNA領域は、真ん中部分で、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択されるヌクレオチド間結合を有し、LNA領域は、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択されるヌクレオチド間結合を介して非LNA領域に連結されることが好ましい。
全てのヌクレオチド間結合が10マーでは9個あり、20マーでは19個ある場合、−O−P(O)(S)−O−、および−O−P(S)(S)−O−から選択されるとさらにより好ましい。さらにより好ましくは、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエート基(−O−P(O)(S)−O−)またはホスホロジチオエート基(−O−P(S)(S)−O−)である。
ロックド核酸(LNA(登録商標))
アンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて、一般式(B1)または(B2)のいくつかのヌクレオチドは、いわゆるLNA(ロックド核酸)によって置き換えられると特に好ましい。略語LNAは登録商標であるが、本願において用語「LNA」は、もっぱら用語説明で使用される。
好ましくは、末端のヌクレオチドはLNAによって置き換えられ、より好ましくは、3’末端では最後の1〜4個のヌクレオチド、および/または5’末端では最後の1〜4個のヌクレオチドはLNAによって置き換えられる。3’末端および5’末端でそれぞれLNAによって置き換えられた末端ヌクレオチドを少なくとも有するとさらに好ましい。
本願に使用される用語「LNA」は、二環性ヌクレオチド類似体に関し、「ロックド核酸」として知られる。LNAモノマーに関してもよく、または、「LNAアンチセンス−オリゴヌクレオチド」、もしくは「LNAを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチド」という文脈において使用される場合は、LNAは、当該二環性ヌクレオチド類似体を一つ以上含むオリゴヌクレオチドに関する。LNAヌクレオチドは、リボース糖環のC2’およびC4’の間の(橋のような)リンカー基の存在によって特徴づけられ、例えば、下記に記述されるようなビラジカルR#−Rとして示される。本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて使用されるLNAは、好ましくは、一般式(I)の構造を有し、
Figure 2021072841
式中、全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置、またはS配置のどちらかで発見されてもよく、
式中、Xは、−O−、−S−、−N(R)−、−C(R)−、から選択され、好ましくは、Xは、−O−、であり、
Bは、水素、任意に置換されたC1−4−アルコキシ、任意に置換されたC1−4−アルキル、任意に置換されたC1−4−アシルオキシ、核酸塩基、および核酸塩基類似体から選択され、好ましくは、Bは、核酸塩基、または核酸塩基類似体であり、最も好ましくは、標準核酸塩基である。
Yは、一般式(I)の当該部分が本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNAユニットである場合には隣接ヌクレオチドに対する、または一般式(I)の当該部分が本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドを合成するためのモノマーまたは構成要素である場合には5’末端基に対するヌクレオチド間結合の部分を表す。5’炭素原子は、任意に、置換基RおよびRを含む。
IL’は、一般式(I)の当該部分が本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNAユニットである場合には隣接ヌクレオチドに対する、または一般式(I)の当該部分が本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドを合成するためのモノマーまたは構成要素である場合には3’末端基に対するヌクレオチド間結合の部分を表す。
R#およびRは共に、−C(R)−、−C(R)=(R)−、−C(R)=N−、−O−、−Si(R−、−S−、−SO−、−N(R)−、および>C=Zから選択される1個〜4個の基または原子からなる二価のリンカーを表し、ここで、Zは、−O−、−S−、および−N(R)−から選択され、R、R、およびRは、互いに独立して、水素、任意に置換されたC1−12−アルキル、任意に置換されたC2−6−アルケニル、任意に置換されたC2−6−アルキニル、ヒドロキシ、任意に置換されたC1−12−アルコキシ、C1−6−アルコキシ−C1−6−アルキル、C2−6−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12
アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキレニル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキレニル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲンから選択され、ここで、アリールおよびヘテロアリールは、任意に置換されてもよく、ここで2つのジェミナルな置換基RおよびRは共に、任意に置換されたメチレン(=CH2)を表してもよく、この場合において、全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよく、および
置換基R、R、R、R、R、R、およびRのそれぞれは、独立して、水素、任意に置換されたC1−12−アルキル、任意に置換されたC2−6−アルケニル、任意に置換されたC2−6−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C1−6−アルコキシ−C1−6−アルキル、C2−6−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ−(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲンから選択され、ここで、アリールおよびヘテロアリールは、任意に置換されてもよく、ここで2つのジェミナルな置換基は共に、オキソ、チオキソ、イミノ、または任意に置換されたメチレンを示してもよい。
ここで、Rは、水素およびC1−4−アルキルから選択され、ここで2個の隣接(非ジェミナル)置換基は、結果的に二重結合になる更なる結合を示してもよく、Rは、ビラジカルに存在し、ビラジカルに関与しない場合、水素およびC1−4−アルキル、並びにそれらの塩基性塩および酸付加塩から選択される。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。
好ましい実施形態において、RおよびRは共に、−C(R)−C(R)−、−C(R)−O−、−C(R)−NR−、−C(R)−S−、および−C(R)−C(R)−O−からなる群から選択される基からなるビラジカルを表し、ここで、R、R、およびRは、任意に独立して選択されてもよい。
いくつかの実施形態において、RおよびRは、水素、およびC1−6−アルキル(例えば、メチル)からなる群から任意に独立して選択されてもよく、好ましくは、水素である。
好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキル、から選択される。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどち
らかで発見されてもよい。
好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは水素である。
いくつかの実施形態において、R、R、およびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキル、から選択される。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。好ましい実施形態において、R、R、およびRは水素である。
好ましい実施形態において、RおよびRは、互いに独立して、−H、−CH、−CH−CH、−CH−O−CH、および−CH=CHからなる群から選択される。適切ないくつかの実施形態において、RまたはRのどちらかは水素であり、一方、他の基(RまたはRそれぞれ)は、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC1−6−アルキル、置換されたC2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルキニル、または置換されたアシル(−C(=O)−)から成る群から選択され、ここで、各置換基は、独立してハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、−OJ、−SJ、−NJ、−N、−COOJ、−CN、−O−C(=O)NJ、−N(H)C(=NH)NJ、または−N(H)C(=X)N(H)J、から選択される置換基を用いてモノ、またはポリ置換され、ここで、Xは、OまたはSであり、JおよびJそれぞれは、独立して、−H、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキル、置換されたC1−6−アミノアルキル、または保護基である。いくつかの実施形態において、RまたはRそれぞれは、置換されたC1−6−アルキルである。いくつかの実施形態において、RまたはRそれぞれは、置換されたメチレンであり、ここで好ましい置換基は、独立して−F、−NJ、−N、−CN、−OJ、−SJ、−O−C(=O)NJ、−N(H)C(=NH)NJ、または−N(H)C(=O)N(H)Jから選択される一つ以上の基を含む。いくつかの実施形態において、JおよびJそれぞれは、独立して、−H、またはC1−6−アルキルである。いくつかの実施形態において、RまたはRのどちらかは、メチル、エチル、またはメトキシメチルである。いくつかの実施形態において、RまたはRのどちらかは、メチルである。更なる実施形態において、RまたはRのどちらかは、エチレニルである。いくつかの実施形態において、RまたはRのどちらかは、置換されたアシルである。いくつかの実施形態において、RまたはRのどちらかは、−O−C(=O)NJである。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。当該5’修飾二環性ヌクレオチドは、WO2007/134181 Aに開示されており、当該全体の参照によって本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態において、Bは、例えばプリン、もしくはピリジン、または置換されたプリン、もしくは置換されたピリミジンなどの、例えば本願において言及される核酸塩基のなどの、例えば、アデニン、シトシン、チミン、アデニン、ウラシル、および/または例えば5−チアゾロ−ウラシル、2−チオ−ウラシル、5−プロピニル−ウラシル、2’チオ−チミン、5−メチルシトシン、5−チオゾロ−シトシン、5−プロピニル−シトシン、および2,6−ジアミノプリンなどの、修飾された、または置換された核酸塩基からなる群から選択される核酸塩基などの、核酸塩基類似体、および天然に存在する核酸塩基を含む、核酸塩基である。
好ましい実施形態において、RおよびRは共に、−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−C(R)−O−、−C(R)−O−C(R)−、−C(R)−O−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−、−C(R)−C(R)−C(R)−、−C(R)=C(R)−C(R)−、−C(R)−N(R)−、−C(R)−C(R)−N(R)−、−C(R)−N(R)−O−、−C(R)−S−、および−C(R)−C(R)−S−、からなる群から選択されるビラジカルを表し、ここで、R、R、R、R、R、およびRそれぞれは、独立して、水素、任意に置換されたC1−12−アルキル、任意に置換されたC2−6−アルケニル、任意に置換され たC2−6−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C1−6−アルコキシ−C1−6−アルキル、C2−6−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲンから選択され、ここで、アリールおよびヘテロアリールは、任意に置換されてもよく、ここで2つのジェミナルな置換基RおよびRは共に、任意に置換されたメチレン(=CH)を表してもよい。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。
更なる実施形態において、RおよびRは共に、−CH−O−、−CH−S−、−CH−NH−、−CH−N(CH)−、−CH−CH−O−、−CH−CH(CH)−、−CH−CH−S−、−CH−CH−NH−、−CH−CH−CH−、−CH−CH−CH−O−、−CH−CH−CH(CH)−、−CH=CH−CH−、−CH−O−CH−O−、−CH−NH−O−、−CH−N(CH)−O−、−CH−O−CH−、−CH(CH)−O−、−CH(CH−O−CH)−O−、−CH−CH−、および−CH=CH−から選択されるビラジカル(二価基)を表し。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。
いくつかの実施形態において、RおよびRは共に、ビラジカル−C(R)−N(R)−O−を表し、ここでR、およびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキル、からなる群から選択され、例えば水素などであり、ここで、Rは、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択され、好ましくは、水素である。
好ましい実施形態において、RおよびRは共に、ビラジカル−C(R)−O−
C(R)−O−を表し、ここでR、R、R、およびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキル、からなる群から選択され、好ましくは水素である。
好ましい実施形態において、RおよびRは、ビラジカル−CH(Z)−O−を形成し、ここでZは、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC1−6−アルキル、置換されたC2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルキニル、アシル、置換されたアシル、置換されたアミド、チオール、または置換されたチオールからな群から選択され、ここで、置換された基のそれぞれは、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシ、−OJ、−NJ、−SJ、−N、−OC(=X)J、−OC(=X)J、−NJC(=X)NJおよび−CNから選択される任意に保護された置換基を用いてモノ、またはポリ置換されており、ここで、各J、J、およびJは、独立して、−H、またはC1−6−アルキルであり、XはO、S、またはNJである。好ましい実施形態において、Zは、C1−6−アルキル、または置換されたC1−6−アルキルである。さらに好ましい実施形態において、Zはメチルである。好ましい実施形態において、Zは、置換されたC1−6−アルキルである。好ましい実施形態において、前記置換基は、C1−6−アルコキシである。いくつかの実施形態において、Zは、CHOCH−である。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。当該二環性ヌクレオチドは、US7,399,845に開示されており、当該全体の参照によって本明細書に組み込まれる。好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは水素である。好ましい実施形態において、R、R、およびRは水素であり、R、Rの一つ、または両方は、上記およびWO2007/134181に参照されるような水素以外であってもよい。
好ましい実施形態において、RおよびRは、共に、ビラジカルを表し、ビラジカル−CH−N(R)−のような結合における置換されたアミノ基を含む。ここでRはC1-12−アルきるオキシである。好ましい実施形態において、RおよびRは、共に、ビラジカル−Cq−NOR−を表し、ここで、qおよびqは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキル、からなる群から選択され、ここで、各置換基は、独立して、ハロゲン、−OJ、−SJ、−NJ、−COOJ、−CN、−OC(=O)NJ、−NH−C(=NH)NJ、または−NH−C(=X)NHJから選択される置換基を用いてモノ、またはポリ置換されており、ここで、XはO、またはSであり、各J、およびJは、独立して、−H、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキル、または保護基である。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。当該二環性ヌクレオチドは、WO2008/150729に開示されており、当該全体の参照によって本明細書に組み込まれる。好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。好ましい実施形態において、R、R
、R、およびRは水素である。好ましい実施形態において、R、R、およびRは水素であり、R、Rの一つ、または両方は、上記およびWO2007/134181に参照されるような水素以外であってもよい。
好ましい実施形態において、RおよびRは共に、ビラジカル(二価の基)−C(R)−O−を表し、ここでR、およびRは、それぞれ独立して、ハロゲン、C1−12−アルキル、置換されたC1−12−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、C1−12−アルコキシ、置換されたC1−12−アルコキシ、−OJ、−SJ、−S(O)J、−SO−J−、−NJ、−N、−CN、−C(=O)OJ、−C(=O)NJ、−C(=O)J、−OC(=O)NJ、−NH−C(=NH)NJ、−NH−C(=O)NJ、または−NH−C(=S)NJ、であり、またはRおよびRは、共に、=C(q)(q)であり、qおよびqは、それぞれ、独立して、−H、ハロゲン、C1−12−アルキル、または置換されたC1−12−アルキル、であり、各置換基は、独立して、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、−OJ、−SJ、−NJ、−N、−CN、−C(=O)OJ、−C(=O)NJ、−C(=O)J、−OC(=O)NJ、−NH−C(=O)NJ、または−NH−C(=S)NJ、から選択される置換基を用いてモノ、またはポリ置換されており、各J、およびJは、独立して、−H、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキル、置換されたC1−6−アミノアルキル、または保護基である。当該化合物は、WO2009006478Aに開示されており、当該全体の参照によって本明細書に組み込まれる。
好ましい実施形態において、RおよびRは、ビラジカル−Q−を形成し、ここで、Qは、−C(q)(q)C(q)(q)−、−C(q)=C(q
−、−C[=C(q)(q)]−C(q)(q)−、または−C(q)(q)−C[=(q)(q)]−であり、
、q、q、qは、互いに独立して、それぞれ、−H、ハロゲン、C1−12−アルキル、置換されたC1−12−アルキル、C2−6−アルケニル、置換された1−12−アルコキシ、−OJ、−SJ、−S(O)J、−SO−J−、−NJ、−N、−CN、−C(=O)OJ、−C(=O)NJ、−C(=O)J、−OC(=O)NJ、−NH−C(=NH)NJ、−NH−C(=O)NJ、または−NH−C(=S)NJ、であり、各JおよびJは、互いに独立して、−H、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキル、または保護基であり、任意に、Qが−C(q)(q)C(q)(q)−であり、qまたはqの一つが−CHである場合、他のqまたはqの少なくとも一つ、または、qおよびqの一つは、−H以外である。好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは、水素である。全てのキラル中心のために、非対称基は、R配置またはS配置のどちらかで発見されてもよい。当該二環性ヌクレオチドは、WO2008/154401に開示されており、当該全体の参照によって本明細書に組み込まれる。好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは、互いに独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、または置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシ、置換されたC1−6−アルコキシ、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキル、または置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。好ましい実施形態において、R、R、R、R、およびRは水素である。好ましい実施形態におい
て、R、R、およびRは水素であり、R、Rの一つ、または両方は、上記およびWO2007/134181、またはWO2009/067647(アルファ−L−二環性核酸類似体)に参照されるような水素以外であってもよい。
本願に使用される用語「C1−−アルキル」は、−CH、−C、−C、−CH(CH、−C、−CH−CH(CH、−CH(CH)−C、−C(CH、−C11、−CH(CH)−C、−CH−CH(CH)−C、−CH(CH)−CH(CH、−C(CH−C、−CH−C(CH、−CH(C、−C−CH(CH、−C13、−C−CH(CH、−C−CH(CH)−C、−CH(CH)−C、−CH−CH(CH)、−C、−CH(CH)、−CH−CH(CH、−CH(CH)−CH(CH)−C、−CH−CH(CH)−CH(CH、−CH−C(CH−C、−C(CH−C、−C(CH−CH(CH、−C−C(CH、−CH−CH(C、および−CH(CH)−C(CHに関する。用語「C1−−アルキル」は、シクロ−C、シクロ−C、シクロ−C、および、シクロ−C11のような「C1−−シクロアルキル」も含むであろう。
好ましくは、−CH、−C、−C、−CH(CH、−C、−CH−CH(CH、−CH(CH)−C、−C(CH、および−C11である。特に好ましくは、−CH、−C、−C、および−CH(CHである。
用語「C1−−アルキル」は、シクロ−C、シクロ−C、シクロ−C、および、シクロ−C11のような「C1−−シクロアルキル」も含むであろう。
本願に使用される用語「C1−12−アルキル」は、C1−−アルキル、−C15、−C17、−C19、−C1021、−C1123、−C1225に関する。
本願に使用される用語「C1−−アルキレニル」は、−CH−、−C−、−CH(CH)−、−C−、−CH−CH(CH)−、−CH(CH)−CH−、−C(CH−、−C−、−CH−C(CH−、−C(CH−CH−、−C−CH(CH)−、−CH(CH)−C−、−CH−CH(CH)−CH−、−CH(CH)−CH(CH)−、−C10−、−CH(CH)−C−、−CH−CH(CH)−C−、−C−CH(CH)−CH−、−C−CH(CH)−、−C−C(CH−、−C(CH−C−、−CH−C(CH−CH−、−CH−CH(CH)−CH(CH)−、−CH(CH)−CH−CH(CH)−、−CH(CH)−CH(CH)−CH−、−CH(CH)−CH(CH)−CH(CH)−、−C(CH−C−、−CH−C(CH−C−、−C−C(CH−CH−、−C−C(CH−、−CH(CH)−C−、−C12−、−CH−CH(CH)−C−、−C−CH(CH)−C−、−C−CH(CH)−CH−、−C−CH(CH)−、−C−CH(CH)−CH(CH)−、−CH−CH(CH)−CH(CH)−CH−、−CH−CH(CH)−CH−CH(CH)−、−CH(CH)−C−CH(CH)−、−CH(CH)−CH−CH(CH)−CH−、および−CH(CH)−CH(CH)−
−に関する。
本願に使用される用語「C2−−アルケニル」は、−CH=CH、−CH−CH=CH、−C(CH)=CH、−CH=CH−CH、−C−CH=CH、−CH−CH=CH−CH、−CH=CH−C、−CH−C(CH)=CH、−CH(CH)−CH=CH、−CH=C(CH、−C(CH)=CH−CH、−CH=CH−CH=CH、−C−CH=CH、−C−CH=CH−CH、−CH−CH=CH−C、−CH=CH−C、−CH−CH=CH−CH=CH、−CH=CH−CH=CH−CH、−CH=CH−CH−CH=CH、−C(CH)=CH−CH=CH、−CH=C(CH)−CH=CH、−CH=CH−C(CH)=CH、−C−C(CH)=CH、−CH−CH(CH)−CH=CH、−CH(CH)−CH−CH=CH、−CH−CH=C(CH、−CH−C(CH)=CH−CH、−CH(CH)−CH=CH−CH、−CH=CH−CH(CH、−CH=C(CH)−C、−C(CH)=CH−C、−C(CH)=C(CH、−C(CH−CH=CH、−CH(CH)−C(CH)=CH、−C(CH)=CH−CH=CH、−CH=C(CH)−CH=CH、−CH=CH−C(CH)=CH、−C−CH=CH、−C−CH=CH−CH、−C−CH=CH−C、−CH−CH=CH−C、−CH=CH−C、−C−C(CH)=CH、−C−CH(CH)−CH=CH、−CH−CH(CH)−CH−CH=CH、−CH(CH)−C−CH=CH、−C−CH=C(CH、−C−C(CH)=CH−CH、−CH−CH(CH)−CH=CH−CH、−CH(CH)−CH−CH=CH−CH、−CH−CH=CH−CH(CH、−CH−CH=C(CH)−C、−CH−C(CH)=CH−C、−CH(CH)−CH=CH−C、−CH=CH−CH2−CH(CH、−CH=CH−CH(CH)−C、−CH=C(CH)−C、−C(CH)=CH−C、−CH−CH(CH)−C(CH)=CH、−CH(CH)−CH−C(CH)=CH、−CH(CH)−CH(CH)−CH=CH、−CH−C(CH−CH=CH、−C(CH−CH−CH=CH、−CH−C(CH)=C(CH、−CH(CH)−CH=C(CH、−C(CH−CH=CH−CH、−CH(CH)−C(CH)=CH−CH、−CH=C(CH)−CH(CH、−C(CH)=CH−CH(CH、−C(CH)=C(CH)−C、−CH=CH−C(CH、−C(CH−C(CH)=CH、−CH(C)−C(CH)=CH、−C(CH)(C)−CH=CH、−CH(CH)−C(C)=CH、−CH−C(C)=CH、−CH−C(C)=CH−CH、−CH(C)−CH=CH−CH、−C(C)=CH、−C(C)=CH−CH、−C(C)=CH−C、−C(C)=C(CH、−C[C(CH]=CH、−C[CH(CH)(C)]=CH、−C[CH−CH(CH]=CH、−C−CH=CH−CH=CH、−CH−CH=CH−CH−CH=CH、−CH=CH−C−CH=CH、−CH−CH=CH−CH=CH−CH、−CH=CH−CH−CH=CH−CH、−CH=CH−CH=CH−C、−CH−CH=CH−C(CH)=CH、−CH−CH=C(CH)−CH=CH、−CH−C(CH)=CH−CH=CH、−CH(CH)−CH=CH−CH=CH、−CH=CH−CH−C(CH)=CH、−CH=CH−CH(CH)−CH=CH、−CH=C(CH)−CH−CH=CH、−C(CH)=CH−CH−CH=CH、−CH=CH−CH=C(CH、−CH=CH−C(CH)=CH−CH、−CH=C(CH)−CH=CH−CH、−C(CH)=CH−CH=CH−CH、−CH=C(CH
−C(CH)=CH、−C(CH)=CH−C(CH)=CH、−C(CH)=C(CH)−CH=CH、および−CH=CH−CH=CH−CH=CHに関する。
好ましくは、−CH=CH、−CH−CH=CH、−C(CH)=CH、−CH=CH−CH、−C−CH=CH、−CH−CH=CH−CHである。特に好ましくは、−CH=CH、−CH−CH=CH、および−CH=CH−CHである。
本願に使用される用語「C2−−アルキニル」は、−C≡CH、−C≡C−CH、−CH−C≡CH、−C−C≡CH、−CH−C≡C−CH、−C≡C−C、−C−C≡CH、−C−C≡C−CH、−CH−C≡C−C、−C≡C−C、−CH(CH)−C≡CH、−CH−CH(CH)−C≡CH、−CH(CH)−CH−C≡CH、−CH(CH)−C≡C−CH、−C−C≡CH、−C−C≡C−CH、−C−C≡C−C、−CH−C≡C−C、−C≡C−C、−C−CH(CH)−C≡CH、−CH−CH(CH)−CH−C≡CH、−CH(CH)−C−C≡CH、−CH−CH(CH)−C≡C−CH、−CH(CH)−CH−C≡C−CH、−CH(CH)−C≡C−C、−CH−C≡C−CH(CH、−C≡C−CH(CH)−C、−C≡C−CH−CH(CH、−C≡C−C(CH、−CH(C)−C≡C−CH、−C(CH−C≡C−CH、−CH(C)−CH−C≡CH、−CH−CH(C)−C≡CH、−C(CH−CH−C≡CH、−CH−C(CH−C≡CH、−CH(CH)−CH(CH)−C≡CH、−CH(C)−C≡CH、−C(CH)(C)−C≡CH、−C≡C−C≡CH、−CH−C≡C−C≡CH、−C≡C−C≡C−CH、−CH(C≡CH)、−C−C≡C−C≡CH、−CH−C≡C−CH−C≡CH、−C≡C−C−C≡CH、−CH−C≡C−C≡C−CH、−C≡C−CH−C≡C−CH、−C≡C−C≡C−C、−C≡C−CH(CH)−C≡CH、−CH(CH)−C≡C−C≡CH、−CH(C≡CH)−CH−C≡CH、−C(C≡CH)−CH、−CH−CH(C≡CH)、−CH(C≡CH)−C≡C−CHに関する。好ましくは−C≡CH、および−C≡C−CHである。
用語「C1−6−アルコキシル」は、「C1−−アルキル−O−」に関する。
用語「C1−12−アルコキシル」は、「C1−12−アルキル−O−」に関する。
用語「C1−6−アミノアルキル」は、「HN−C1−−アルキル−」に関する。
用語「C2−−アルケニルオキシ」は、「C2−−アルケニル−O−」に関する。
用語「C1−6−アルキルカルボニル」は、「C1−−アルキル−CO−」に関する。「アシル」とも呼ばれる。
用語「C1−12−アルキルカルボニル」は、「C1−12−アルキル−CO−」に関する。「アシル」とも呼ばれる。
用語「C1−6−アルコキシカルボニル」は、「C1−−アルキル−O−CO−」に関する。
用語「C1−12−アルコキシカルボニル」は、「C1−12−アルキル−O−CO−」に関する。
用語「C1−−アルカノイルオキシ」は、「C1−−アルキル−CO−O−」に関する。
用語「C1−6−アルキルチオ」は、「C1−−アルキル−S−」に関する。
用語「C1−6−アルキルスルホニルオキシ」は、「C1−−アルキル−SO−O−」に関する。
用語「C1−6−アルキルカルボニルアミノ」は、「C1−−アルキル−CO−NH−」に関する。
用語「C1−6−アルキルアミノ」は、「C1−−アルキル−NH−」に関する。
用語「(C1−6−)アルキルアミノ」は、「[C1−−アルキル][C1−−アルキル]N−」のようなジアルキルアミノ基に関する。
用語「C1−6−アルキルアミノカルボニル」は、「C1−−アルキル−NH−CO−」に関する。
用語「(C1−6−)アルキルアミノカルボニル」は、「[C1−−アルキル][C1−−アルキル]N−CO−」のようなジアルキルアミノカルボニル基に関する。
用語「アミノ−C1−6−アルキルアミノカルボニル」は、「HN−[C1−−アルキレニル]−NH−CO−」に関する。
用語「C1−6−アルキル−アミノ−C1−6−アルキルアミノカルボニル」は、「C1−6−アルキル−HN−[C1−−アルキレニル]−NH−CO−」に関する。
用語「(C1−6−アルキル−アミノ1−6−アルキルアミノカルボニル」は、「[C1−6−アルキル][C1−6−アルキル]N−[C1−6−アルキレニル]−NH−CO−」に関する。
用語「アリール」は、フェニル、トルイル、置換されたフェニル、および置換されたトルイルに関する。
用語「アリールオキシ」は、「アリール−O−」に関する。
用語「アリールカルボニル」は、「アリール−CO−」に関する。
用語「アリールオキシカルボニル」は、「アリール−O−CO−」に関する。
用語「ヘテロアリール」は、置換されたヘテロ芳香族基、または置換されていない4個〜9個の原子を有するヘテロ芳香族基に関し、4個〜9個の原子うちの1個〜4個は、O、N、および/またはSから選択される。好ましい「ヘテロアリール」基は、5−、または6−員芳香族環に1個、または2個のヘテロ原子を有する。単環システムおよび二環性環システムを含む。典型的に「ヘテロアリール」基は、ピリジル、フリル、チエニル、ピロリル、オキサゾイル、チアゾリル、イミダゾリル、イソキサゾリル、イソチアゾリル、オキサジアゾリル、ピリダジニル、ピリミジル、ピラジニル、1,3,5−トリアジニル、1,2,3−トリアゾリル、1,3,4−チアジアゾリル、インドリジニル、インドリル、イソインドリル、ベンゾ[b]フリル、ベンゾ[b]チエニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、プリニル、キノリジニル、キノリル、イソキノリル、キナゾリニル、キノキサリニル、1,8−ナフチリジニル、テトラヒドロキノリル、ベンゾオキサゾリル、クロム−2−オニル、インダゾリル、および同類のものである。
用語「ヘテロアリールオキシ」は、「ヘテロアリール−O−」に関する。
用語「ヘテロアリールカルボニル」は、「ヘテロアリール−CO−」に関する。
用語「ヘテロアリールオキシカルボニル」は、「ヘテロアリール−O−CO−」に関する。
用語「置換された」は、基において一つ以上の水素原子が、一つ以上の次の置換基:−OH、−OCH、−OC、−OC、−O−シクロ、−OCH(CH、−OCHPh、−F、−Cl、−COCH、−COC、−COC、−CO−シクロ−C、−COCH(CH、−COOH、−CONH、−NH、−NHCH、−NHC、−NHC、−NH−シクロ−C、−NHCH(CH、−N(CH、−N(C、−N(C、−N(シクロ−C、−N[CH(CH、−SOH、−OCF、−OC、シクロ−C、−CH、−C、−C、−CH(CH、−CH=CH、−CH−CH=CH、−C≡CHおよび/または−C≡C−CH、によって置き換えられる基に関する。
一般構造(I)が、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドを合成するためのモノマーまたは構成要素を表す場合、末端基YおよびIL’は、互いに独立して、水素、アジド、ハロゲン、シアノ、ニトロ、ヒドロキシ、PG−O−、AG−O−、メルカプト、PG−S−、AG−S−、C1−6−アルキルチオ、アミノ、PG−N(R)−、AG−N(R)−、モノ−またはジ(C1−6−アルキル)アミノ、任意に置換されたC1−6−アルコキシ、任意に置換されたC1−6−アルキル、任意に置換されたC2−6−アルケニル、任意に置換されたC2−6−アルケニルオキシ、任意に置換されたC2−6−アルキニル、任意に置換されたC2−6−アルキニルオキシ、モノホスフェート、モノチオホスフェート、ジホスフェート、ジチオホスフェート、トリホスフェート、トリチオホスフェート、カルボキシ、スルホノ、ヒドロキシメチル、PG−O−CH−、AG−O−CH−、アミノメチル、PG−N(R)−CH−、AG−N(R)−CH−、カルボキシメチル、スルホノメチル、から選択され、ここで、PGは、−OH、−SH、および−NH(R)、それぞれのための保護基であり、AGは、−OH、−SH、および−NH(R)、それぞれのための活性化基であり、Rは水素およびC1−6−アルキルから選択される。
ヒドロキシ置換基の保護基PGは、例えば、4,4’−ジメトキシトリチル(DMT);4−モノメトキシトリチルなどの置換されたトリチル;任意に置換された9−(9−フェニル)キサンテニル(ピクシル);任意に置換されたメトキシテトラヒドロピラニル(mthp);例えば、トリメチルシリル(TMS)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、tert−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、トリエチルシリル、および、フェニルジメチルシリルなどのシリル;tert−ブチルエステル、アセタール(2つのヒドロキシ基を含む);アセチル、または例えばクロロアセチル、もしくはフルオロアセチルなどのハロゲン置換されたアセチル;イソブチリル、ピバロイル、ベンゾイル、および置換されたベンゾイルなどのアシル:メトキシメチル(MOM);ベンジルエステル;または2,6−ジクロロベンジル(2,6−ClBzl)のような置換されたベンジルエステル、を含む。代替的に、YまたはIL’がヒドロキシルである場合、YまたはIL’は、任意にリンカーを介して固体支持体に結合することによって保護されてもよい。
YまたはIL’がアミノ基である場合、アミノ保護基の例は、フルオレニルメトキシカルボニル(Fmoc)、tert−ブチルオキシカルボニル(BOC)、トリフルオロアセチル、アリルオキシカルボニル(allocまたはAOC)、ベンジルオキシカルボニル(ZまたはCbz)、2−クロロベンジルオキシカルボニル(2−ClZ)のような置換されたベンジルオキシカルボニル、モノメトキシトリチル(MMT)、ジメトキシトリチル(DMT)、フタロイル、および9−(9−フェニル)キサンテニル(pixl)である。
Actは、−OH、−SH、および−NH(R)、それぞれのための活性化基を表す。当該活性化基は、例えば、任意に置換されたO−ホスホロアミダイト、任意に置換されたO−ホスホロトリエステル、任意に置換されたO−ホスホロジエステル、任意に置換されたH−ホスホネート、および任意に置換されたO−ホスホネートから選択される。
本願の文脈において、用語「ホスホロアミダイト」は、式−P(OR)−N(Rを意味し、式中、Rは、例えば、メチル、2−シアノエチル、またはベンジルなどの任意に置換されたアルキル基、Rのそれぞれは、例えば、エチル、またはイソプロピルなどの任意に置換されたアルキル基を示し、または−N(Rは、モルホリノ基(−N(CHCHO)を形成する。Rは、好ましくは、2−シアノエチルを示し、2つのRは、好ましくは同一であり、イソプロピルを示す。したがって、特に適当なホルホロアミダイトは、N,N−ジイソプロピル−O−(2−シアノエチル)−ホスホロアミダイトである。
LNAモノマー、またはLNA構成要素
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの合成において出発物質として使用されるLNAモノマー、またはLNA構成要素は、好ましくは、次の一般式のLNAヌクレオチドである。
Figure 2021072841
LNA構成要素は、4つの異なる核酸塩基:アデニン(A)、グアニン(G)、5−メチル−シトシン(C)、およびチミン(T)と共にLNAホスホロアミダイトとして通
常提供される。LNAユニットを含む本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、標準的なホスホロアミダイト化学によって合成される。LNA構成要素において、核酸塩基は保護される。プリン塩基のアミノ基のための好ましい保護基は、ベンゾイル基(Bz)であり、ABzとして示される。5−メチルピリミジノン塩基のアミノ基のための好ましい保護基は、ベンゾイル基(Bz)であり、CBzとして示される。プリノン塩基のアミノ基のための好ましい保護基は、ジメチルホルムアミド(DMF)基、ジエチルホルムアミド(DEF)基、ジプロピルホルムアミド(DPF)基、ジブチルホルムアミド(DBF)基、またはイソ−ブチリル(−CO−CH(CH)基、であり、GDMF、GDEF、GDPF、GDBF、またはGiBu、として示される。したがって、−NDMF基は、−N=CH−N(CHに関する。DMTは4,4’−ジメトキシトリチルに関する。
したがって、LNA−Tは、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホルホロアミダイト−チミジンLNAに関する。LNA−C*Bzは、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホルホロアミダイト−4−N−ベンゾイル−5−メチル−2’−シチジンLNAに関する。LNA−ABzは、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホルホロアミダイト−6−N−ベンゾイル−2’−アデノシンLNAに関する。LNA−GDMFは、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホルホロアミダイト−2−N−ジメチルホルムアミジン−2’−グアノシンLNAに関する。LNA−GiBuは、5’−O−(4,4’−ジメトキシ−トリチル)−3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホルホロアミダイト−2−N−ブチリル−2’−グアノシンLNAに関する。
末端基
Yは、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’−末端基を表す場合、残基Yは、Y5’とも呼ばれ、−OH、−O−C1−6−アルキル、−S−C1−6−アルキル、−O−C6−9−フェニル、−O−C7−10−ベンジル、−NH−C1−6−アルキル、−N(C1−6−アルキル)、−O−C2−6−アルケニル、−S−C2−6−アルケニル、−NH−C2−6−アルケニル、−N(C2−6−アルケニル)、−O−C2−6−アルキニル、−S−C2−6−アルキニル、−NH−C2−6−アルキニル、−N(C2−6−アルキニル)、−O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル、−O−[C1−6−アルキレニル−O]−C1−6−アルキル、−O−CO−C1−6−アルキル、−O−CO−C2−6−アルケニル、−O−CO−C2−6−アルキニル、−O−S(O)−C1−6−アルキル、−O−SO−C1−6−アルキル、−O−SO−O−C1−6−アルキル、−O−P(O)(O、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(S、−O−P(O)(S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(S)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(NH−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)(NH−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)[N(C1−6−アルキル)]、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)[N(C1−6−アルキル)]、−O−P(O)(O)(BH )、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)(BH )、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキレニル−S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキレニル−S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(OCHCHO−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(OCHCHO−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(OCHCHS−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(OCHCHS−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P
(O)(S)OCOH、−O−P(S)(S)OCOH、を表し、
ここで、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、−O−C6−9−フェニル、または−O−C7−10−ベンジルは、−F、−OH、C1−4−アルキル、C2−4−アルケニル、および/またはC2−4−アルキニルによってさらに置換されてもよく、ここでmは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10から選択される。
より好ましくは、−OCH、−OC、−OC、−O−シクロ−C、−OCH(CH、−OC(CH、−OC、−OPh、−OCH−Ph、−O−COCH、−O−COC、−O−COC、−O−CO−シクロ−C、−O−COCH(CH、−OCF、−O−S(O)CH、−O−S(O)C、−O−S(O)C、−O−S(O)−シクロ−C、−O−SOCH、−O−SO、−O−SO、−O−SO−シクロ−C、−O−SO−OCH、−O−SO−OC、−O−SO−OC、−O−SO−O−シクロ−C、−O(CHN[(CHOH]、−O(CHN[(CH−H]、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P(O)(S)OCOH、である。
さらにより好ましくは、−OCH、−OC、−OCHCHOCH(MOEとも知られている)、−OCHCH−N(CH(DMAOEとも知られている)、−O[(CHO]CH、−O(CHOCH、−O(CHNH、−O(CHN(CH、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P(O)(S)OCOH、であり、
ここで、nは、1、2、3、4、5、または6から選択され、
ここで、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10から選択される。
IL’は、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの3’−末端基を表す場合、残基IL’は、IL’3’とも呼ばれ、
−OH、−O−C1−6−アルキル、−S−C1−6−アルキル、−O−C6−9−フェニル、−O−C7−10−ベンジル、−NH−C1−6−アルキル、−N(C1−6−アルキル)、−O−C2−6−アルケニル、−S−C2−6−アルケニル、−NH−C2−6−アルケニル、−N(C2−6−アルケニル)、−O−C2−6−アルキニル、−S−C2−6−アルキニル、−NH−C2−6−アルキニル、−N(C2−6−アルキニル)、−O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル、−O−[C1−6−アルキレニル−O]−C1−6−アルキル、−O−CO−C1−6−アルキル、−O−CO−C2−6−アルケニル、−O−CO−C2−6−アルキニル、−O−S(O)−C1−6−アルキル、−O−SO−C1−6−アルキル、−O−SO−O−C1−6−アルキル、−O−P(O)(O、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(S、−O−P(O)(S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(S)(O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(NH−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)(NH−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)[N(C1−6−アルキル)]、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)[N(C1−6−アルキル)]、−O−P(O)(O)(BH )、−O−P(O)(O−C1−6−アルキル)(BH )、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキレニル−O−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(O−C1−6−アルキレニル−S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O−C1−6−アルキレニル−S−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(OCHCHO−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(OCHCHO−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)(OCH
CHS−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(OCHCHS−C1−6−アルキル)、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P(O)(S)OCOH、−を表し、
ここで、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、−O−C6−9−フェニル、または−O−C7−10−ベンジルは、−F、−OH、C1−4−アルキル、C2−4−アルケニル、および/またはC2−4−アルキニルによってさらに置換されてもよく、
ここでmは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10から選択される。
より好ましくは、−OCH、−OC、−OC、−O−シクロ−C、−OCH(CH、−OC(CH、−OC、−OPh、−OCH−Ph、−O−COCH、−O−COC、−O−COC、−O−CO−シクロ−C、−O−COCH(CH、−OCF、−O−S(O)CH、−O−S(O)C、−O−S(O)C、−O−S(O)−シクロ−C、−O−SOCH、−O−SO、−O−SO、−O−SO−シクロ−C、−O−SO−OCH、−O−SO−OC、−O−SO−OC、−O−SO−O−シクロ−C、−O(CHN[(CHOH]、−O(CHN[(CH−H]、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P(O)(S)OCOH、である。
さらにより好ましくは、−OCH、−OC、−OCHCHOCH(MOEとも知られている)、−OCHCH−N(CH(DMAOEとも知られている)、−O[(CHO]CH、−O(CHOCH、−O(CHNH、−O(CHN(CH、−O−P(O)(O)OCOH、−O−P(O)(S)OCOH、であり、
ここで、nは、1、2、3、4、5、または6から選択され、
ここで、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10から選択される。
好ましいLNA
好ましい実施形態において、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドに使用されるLNAユニットは、一般式(II)
Figure 2021072841
の構造を有し、
部分−C(R)−X−は、好ましくは、−C(R)−O−、−C(R)−NR−、−C(R)−S−、および−C(R)−C(R)−O−を表し、ここで、置換基R、R、およびRは、本願に定義される意味を有し、
好ましくはC1−6−アルキルであり、より好ましくはC1−4−アルキルである。より好ましい−C(R)−X−は、−CH−O−、−CH−S−、−CH−NH−、−CH−N(CH)−、−CH−CH−O−、または−CH−CH−S−から選択され、より好ましくは−CH−O−、−CH−S−、−CH−CH−O−、または−CH−CH−S−から選択され、さらにより好ましくは、−CH−O−、−CH−S−、または−CH−CH−O−、から選択され、さらにより好ましくは、−CH−O−、または−CH−S−、から選択され、最も好ましくは−CH−O−である。
全てのキラル中心および非対称基は(もしあれば)、R配置、またはS配置のどちらかであることができる。例えば、2つの代表的な立体化学的異性体は、以下に示されるようなベータ−D−異性体、およびアルファ−L−異性体である。
Figure 2021072841
好ましいLNAユニットは、一般式(b)〜(b):
Figure 2021072841
から選択される。
用語「チオ−LNA」は、ロックドヌクレオチドを含み、ロックドヌクレオチドにおいて、一般式(II)のXは、−S−、または−CH−S−から選択される。チオ−LNAは、ベータ−D−配置、およびアルファ−L−配置の両方であることができる。
用語「アミノ−LNA」は、ロックドヌクレオチドを含み、ロックドヌクレオチドにおいて、一般式(II)のXは、−NH−、−N(R)−、−CH−NH−、および−CH−N(R)−から選択され、ここでRは、水素およびC1−4−アルキルから選択される。アミノ−LNAは、ベータ−D−配置、およびアルファ−L−配置の両方であることができる。
用語「オキシ−LNA」は、ロックドヌクレオチドを含み、ロックドヌクレオチドにおいて、一般式(II)のXは、−O−である。オキシ−LNAは、ベータ−D−配置、およびアルファ−L−配置の両方であることができる。
用語「ENA」は、ロックドヌクレオチドを含み、ロックドヌクレオチドにおいて、一般式(II)のXは、−CH−O−である(ここで、−CH−O−の酸素原子は、塩基Bに関して2’位に連結される)。R、およびRは、互いに独立して、水素、またはメチルである。
好ましい代表的な実施形態において、LNAは、ベータ−D−オキシ−LNA、アルファ−L−オキシ−LNA、ベータ−D−アミノ−LNA、およびベータ−D−チオ−LNAから選択され、特にベータ−D−オキシ−LNAである。
さらにより好ましくは、次のアンチセンス−オリゴヌクレオチド(表1)である。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
表1〜表3のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、特に表4〜表9のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのような本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド、好ましくはDNAヌクレオチドからなり、非LNAユニット(本願において非LNAヌクレオチドとも呼ばれる)およびLNAユニット(本願においてLNAヌクレオチドとも呼ばれる)である。
明白に示されていないけれども、表1の配列Seq.ID No.s 102a〜218aのアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜4個のLNAヌクレオチド(LNAユニット)、5’末端で2個〜4個のLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含む。明白に示されていないけれども、LNAユニットに関する表2の「C」は、核酸塩基として5−メチルシトシン(C)を好ましくは含む。
明白に示されていない限り、次のコードA、C、G、T、およびUによって示される本発明の、または本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示される任意のヌクレオチド間結合、任意の末端基、および任意の核酸塩基を含んでもよいことを意味する。さらに、本発明の、または本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で少なくとも1個のLNAユニット、および5’末端で少なくとも1個のLNAユニットを有する本願に開示される任意のギャップマー構造のギャップマーである。さらに、本願に開示される任意のLNAユニットを、本発明の、または本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチド内で使用することができる。したがって、例えば、アンチセンス−オリゴヌクレオチドGCTC『GTCATAGA』CCGA(Seq.ID No.13)、またはCGAT『ACGCGTCC』ACAG(Seq.ID N
o.14)、またはGTAG『TGTTTAGG』GAGC(Seq.ID No.15)、またはGCTA『TTTGGTAG』TGTT(Seq.ID No.16)、または
CATG『AATGGACC』AGTA(Seq.ID No.17)、またはAGGC
『ATTAATAA』AGTG(Seq.ID No.18)は、本願に開示される5’
末端で少なくとも1個のLNAユニット、および3’末端で少なくとも1個のLNAユニット、任意の核酸塩基、任意の3’末端基、任意の5’末端基、任意のギャップマー構造、および任意のヌクレオチド間結合を含み、そのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体も含む。
LNAユニットの使用は、特に、3’末端および5’末端で使用されると好ましい。したがって、特に、本願に開示される配列の、特に、表1のSeq.ID No.s 102a〜218aにおける、3’末端の最後の1個〜5個のヌクレオチド、さらに5’末端の最後の1個〜5個のヌクレオチドが、LNAユニット(LNAヌクレオチドとも呼ばれる)である場合、3’末端および5’末端での1個〜5個のLNAユニットの間において2〜14個、好ましくは3〜12個、より好ましくは4個〜10個、より好ましくは5個〜9個、さらにより好ましくは6個〜8個、の非LNAユニット(非LNAヌクレオチドとも呼ばれる)が存在すると好ましい。当該ある種のアンチセンス−オリゴヌクレオチド
は、ギャップマーと呼ばれ、下記により詳細に開示される。3’末端および5’末端でのLNAユニットの間において、好ましくは4個〜10個、より好ましくは5個〜9個、さらにより好ましくは6個〜8個の非LNAユニットを有するアンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて、より好ましくは、3’末端で2個〜5個のLNAヌクレオチドおよび5’末端で2個〜5個のLNAヌクレオチドであり、または3’末端で1個〜4個のLNAヌクレオチドおよび5’末端で1個〜4個のLNAヌクレオチドであり、さらにより好ましくは、3’末端で2個〜4個のLNAヌクレオチドおよび5’末端で2個〜4個のLNAヌクレオチドである。
さらに、LNAユニット間でのヌクレオチド間結合、並びにLNAユニットおよび非LNAユニットの間でのヌクレオチド間結合として、ホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートの使用、好ましくはホスホロチオエートの使用が好ましい。
したがって、更に好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて、50%を超える、好ましくは60%を超える、より好ましくは70%を超える、さらにより好ましくは80%を超える、最も好ましくは90%を超えるヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートまたはホスフェートであり、より好ましくはホスホロチオエート結合であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて、3’末端の最後の1個〜4個、または2個〜5個のヌクレオチドはLNAユニットであり、5’末端の最後の1個〜4個、または2個〜5個のヌクレオチドはLNAユニットであり、末端におけるLNAユニットの間では、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、好ましくは8個〜11個、より好ましくは8個〜10個のヌクレオチド配列が存在し、それらは非LNAユニットであり、好ましくはDNAユニットである。
さらに、ギャップマーの型におけるこれらのアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、全体で12個〜20個、好ましくは12個〜18個のヌクレオチドに存在すると好ましい。ギャップマー
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、両DNAヌクレオチドを含むヌクレオチド配列からなってもよく、両DNAヌクレオチドは、非LNAヌクレオチドおよびLNAヌクレオチドであり、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ギャップマーの型で配列されてもよい。
したがって、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくはギャップマーである。ギャップマーは、中間部分がDNAヌクレオチドユニットからなり、ロックされていないので、非LNAユニットである。この中間部分のDNAヌクレオチドは、互いに、本願に開示されるようなヌクレオチド間結合(IL)に連結されることが可能であり、ヌクレオチド間結合は、好ましくは、ホスフェート基、ホスホロチオエート基、またはホスホロジチオエート基であってもよく、この中間部分のDNAヌクレオチドは、5−プロピニルシトシン、7−メチルグアニン、7−メチルアデニン、2−アミノアデニン、2−チオチミン、2−チオシトシン、または5−メチルシトシン、のような核酸塩基類似体を含んでもよい。DNAユニット、またはDNAヌクレオチドは、二環性ペントース構造ではない。LNAユニットからなる配列が中間部分の非LNAユニットの3’末端、および5’末端に隣接する。したがって、ギャップマーは一般式:
LNA配列1−非LNA配列−LNA配列2、または領域A−領域B−領域C
を有する。
非LNAユニットであるDNAヌクレオチドからなるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの中間部分は、相補的な標的RNAと二本鎖が形成される場合、RNaseをリクルートすることができる。3’末端および5’末端ヌクレオチドユニットは、好ましくはアルファ−L配置であるLNAユニットであり、特に好ましくは、ベータ−D−オキシ−LN
A、およびアルファ−L−オキシ−LNAである。
したがって、ギャップマーは、RNaseHのようなRNaseをリクルートすることができる非LNAユニットである少なくとも6個または7個のDNAヌクレオチド領域のようなDNAヌクレオチドの連続ストレッチを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、本願において、真ん中部分、または領域Bと称され、ここで領域Bは、LNAユニットである親和性が高いヌクレオチド類似体の領域によって5’および3’の両方で隣接されており、真ん中部分、または領域Bは、例えばRNaseをリクルートすることができるDNAヌクレオチドの連続ストレッチに対する1個〜6個のLNAユニットの5’末端〜3’末端であり、これらの隣接領域は、それぞれ領域Aおよび領域Cと称される。
好ましくは、ギャップマーは、式(5’−3’)A−B−C、または任意にA−B−C−D、またはD−A−B−Cの(ポリ)ヌクレオチド配列を含み、ここで領域A(5’領域)は、少なくとも1個のLNAユニットのような、少なくとも1個〜6個のLNAユニットのような、少なくとも1個のヌクレオチド類似体からなり、領域Bは少なくとも5個の連続したDNAヌクレオチドからなり、DNAヌクレオチドは非LNAユニットであり、RNaseをリクルートすることができ(標的mRNAのような、相補的なRNA分子と二本鎖を形成する)、領域C(3’領域)は、少なくとも1個のLNAユニットのような、1個〜6個のLNAユニットのような、少なくとも1個のヌクレオチド類似体からなり、領域Dは、存在する場合、非LNAユニットである1個、2個、または3個のDNAヌクレオチドからなる。
いくつかの実施形態において、領域Aは、2個〜5個のLNAユニットのような、3個、または4個のLNAユニットのような、1個、2個、3個、4個、5個、または6個のLNAユニットからなり、および/または領域Cは、2個〜5個のLNAユニットのような、3個、または4個のLNAユニットのような、1個、2個、3個、4個、5個、または6個のLNAユニットからなる。
いくつかの実施形態においてBは、RNaseをリクルートすることができる5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、または12個の連続したDNAヌクレオチドからなり、またはRNaseをリクルートすることができる8個の連続したヌクレオチドのような6個〜10個、もしくは7個〜9個の連続したヌクレオチドからなる。いくつかの実施形態において領域Bは、1個〜12個のDNAヌクレオチドユニット、好ましくは4個〜12個のDNAヌクレオチドユニット、より好ましくは6個〜10個のDNAヌクレオチドユニット、さらにより好ましくは7個〜10個のDNAヌクレオチドユニット、最も好ましくは8個、9個、または10個のDNAヌクレオチドユニットのような、少なくとも1個のDNAヌクレオチドユニットからなり、DNAヌクレオチドユニットは非LNAユニットである。
いくつかの実施形態において領域Aは、3個または4個のLNAからなり、領域Bは、7個、8個、9個、または10個のDNAヌクレオチドユニットからなり、領域Cは、3個または4個のLNAユニットからなる。当該設計は、(A−B−C):1−7−2、2−7−1、2−7−2、3−7−1、3−7−2、1−7−3、2−7−3、3−7−3、2−7−4、3−7−4、4−7−2、4−7−3、4−7−4、1−8−1、1−8−2、2−8−1、2−8−2、1−8−3、3−8−1、3−8−3、2−8−3、3−8−2、4−8−1、4−8−2、1−8−4、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、1−9−1、1−9−2、2−9−1、2−9−2、2−9−3、3−9−2、3−9−3、1−9−3、3−9−1、4−9−1、1−9−4、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、1−10−1、1−10−2、2−10−1、2−10−2、1−10−3、3−10−1、2−10−2、2−10−3、3
−10−2、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、1−11−1、1−11−2、2−11−1、2−11−2、1−11−3、3−11−1、2−11−2、2−11−3、3−11−2、3−11−3、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、4−11−4、を含み、さらに領域Dを含んでもよく、領域Dは、1個または2個のDNAヌクレオチドユニットを有し、DNAヌクレオチドユニットは非LNAユニットである。
更なるギャップマー設計は、WO2004/046160Aに開示されており、参照によって本明細書に組み込まれる。US仮出願、60/977409は
参照によって本明細書に組み込まれ、「ショートマー」ギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドに関し、本発明にも適切である。
いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、全体で10個、11個、12個、13個、または14個のヌクレオチドユニット(LNAユニットおよび非LNAユニットの両方である)の連続したヌクレオチド配列からなり、ここで、連続したヌクレオチド配列は、式(5’−3’)A−B−C、または任意にA−B−C−D、またはD−A−B−Cの配列であり、ここで、Aは、1個、2個、または3個のLNAユニットからなり、Bは、7個、8個、または9個の連続したDNAヌクレオチドユニットからなり、連続したDNAヌクレオチドユニットは、非LNAユニットであり、(標的mRNAのような)相補的なRNA分子と二本鎖を形成する場合RNaseをリクルートすることができ、Cは、1個、2個、または3個のLNAユニットからなる。存在する場合、Dは非LNAユニットである単一のDNAヌクレオチドユニットからなる。
いくつかの実施形態において、Aは1個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Aは2個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Aは3個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Cは1個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Cは2個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Cは3個のLNAユニットからなる。いくつかの実施形態において、Bは非LNAユニットである7個のDNAヌクレオチドユニットからなる。いくつかの実施形態において、Bは8個のDNAヌクレオチドユニットからなる。いくつかの実施形態において、Bは9個のDNAヌクレオチドユニットからなる。いくつかの実施形態において、Bは、2個、3個、4個、5個、6個、7個、または8個のDNAヌクレオチドユニットのような1個〜9個のDNAヌクレオチドユニットからなる。DNAヌクレオチドユニットは常に非LNAユニットである。いくつかの実施形態において、Bは、1個、2個、または3個のLNAユニットを含み、LNAユニットは、好ましくはアルファ−L配置であり、より好ましくはアルファ−L−オキシLNAユニットである。いくつかの実施形態において、A−B−Cに存在するヌクレオチド数は、(LNAユニット−領域B−LNAユニット、より好ましくは、アルファ−L−オキシLNAユニット(領域A)−領域B−(領域C)アルファ−L−オキシLNAユニット):1−8−1、1−8−2、2−8−1、2−8−2、1−8−3、3−8−1、3−8−3、2−8−3、3−8−2、4−8−1、4−8−2、1−8−4、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、1−9−1、1−9−2、2−9−1、2−9−2、2−9−3、3−9−2、3−9−3、1−9−3、3−9−1、4−9−1、1−9−4、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、1−10−1、1−10−2、2−10−1、2−10−2、1−10−3、3−10−1、2−10−2、2−10−3、3−10−2、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、1−11−1、1−11−2、2−11−1、2−11−2、1−11−3、3−11−1、2−11−2、2−11−3、3−11−2、3−11−3、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、4−11−4、
からなる群から選択される。さらに好ましい実施形態において、A−B−Cにおけるヌク
レオチド数は、3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4,4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4,4−11−2、3−11−4、および4−11−3からなる群から選択され、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3、である。
ホスホロチオエート、ホスフェート、またはホスホロジチオエート、特にホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、特にギャップマー領域Bのためにも好ましい。ホスホロチオエート、ホスフェート、またはホスホロジチオエート結合、特にホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、隣接領域のために使用されてもよい(AおよびC、並びに連結するAまたはCからDのために、存在する場合領域D内で)。
領域A、B、およびCは、しかしながら、ホスホロチオエート、またはホスホロジチオエート以外のホスホジエステル連結のようなヌクレオチド間結合を含んでもよく、特に、例えば、領域AおよびCがLNAユニットからなる場合のような、ヌクレオチド類似体の使用は、エンド−ヌクレアーゼ分解から領域AおよびC内でのヌクレオチド間結合を保護する。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチド間結合は、標的RNAのRNaseH切断をさせるように、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートまたはボラノホスフェートであってもよい。ホスホロチオエート、またはホスホロジチオエートは、ヌクレアーゼ耐性を向上させるために、および、調製の容易さのような他の理由のために好ましい。本発明のオリゴマーの一つの態様において、LNAユニットおよび/または非LNAユニットは、ホスホロチオエート基の手段によって共に連結される。
他のホスホロチオエートアンチセンス−オリゴヌクレオチドにおいて、特にLNAユニット間、またはLNAユニットに隣接して、例えば一つ、または二つの連結にホスホロジエステル結合が含まれると、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの生物学的利用能および/または生体分布を変更することができることが認識される(WO2008/053314A参照、参照により本明細書に組み込まれる)。
いくつかの実施形態において、本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの配列において、適切であり、明確に示されていない場合、全ての残存するヌクレオチド間結合基は、ホスホジエステル基、もしくはホスホロチオエート基のどちらか、またはそれらの混合物である。
いくつかの実施形態において、全てのヌクレオチド間結合基は、ホスホロチオエート基である。本願に提供されるような、特異的なギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチド配列に関する場合、様々な実施形態において、結合がホスホロチオエート結合、本願に開示されるような代替的な結合が使用されてもよい場合、例えば、ホスフェート(ホスホジエステルとも呼ばれる)結合が使用されてもよく、特に、LNAユニットのようなヌクレオチド類似体間での結合のために使用されてもよい、ことを理解するであろう。同様に、本願に提供されるような、特異的なギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチド配列に関する場合、様々な実施形態において、C残基が5’−メチル修飾シトシンとして注釈をつけられる場合、様々な実施形態において、オリゴマーに存在する一つ以上のCは、未修飾C残基であってもよい。
説明
本願に使用される略語b、d、s、ssは、次の意味を有する:
b LNAユニット、またはLNAヌクレオチド(b〜bから選択されるいずれか)b β−D−オキシ−LNA
β−D−チオ−LNA
β−D−アミノ−LNA
α−L−オキシ−LNA
β−D−ENA
β−D−(NH)−LNA
β−D−(NCH)−LNA
d 2−デオキシ、2−デオキシリボースユニットを意味する(例えば、R=−Hを有する式B3またはB5)
メチル−C(5−メチルシトシン);[したがって、dCは、5−メチル−2’−デオキシシチジンである。]
2−アミノアデニン;[したがって、dAは、2−アミノ−2’−デオキシアデノシンである。]
s ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート基(−O−P(O)(S)−O−)
ss ヌクレオチド間結合は、ホスホロジチオエート基(−O−P(S)(S)−O−)
/5SpC3/ アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端基で−O−P(O)(O)OCOH
/3SpC3/ アンチセンス−オリゴヌクレオチドの3’末端基で−O−P(O)(O)OCOH
/5SpC3s/ アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端基で−O−P(O)(S)OCOH
/3SpC3s/ アンチセンス−オリゴヌクレオチドの3’末端基で−O−P(O)(S)OCOH
太字のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドである。なお、表を除く明細書本文及び、特許請求の範囲本文においては、太字列を、『と、』とで挟んで太字列であることを表している。
太字でないヌクレオチドは、非LNAヌクレオチドである。
ギャップマー配列
表2〜表9、より好ましくは表4〜表9に列挙されるギャップマーの形の次のアンチセンス−オリゴヌクレオチドが特に好ましい。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチド
次に本発明の好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドを開示する。
したがって、本発明は、好ましくは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜29個、または14個〜18個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端で1〜5個のヌクレオチド、および3’末端で1〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端および3’末端でのLNAヌクレオチドの間では、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチドが存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、または5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)、または5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)、または5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)、または5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)、または5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、
ここで、
は、CATGGCAGACCCCGCTGCTC−、ATGGCAGACCCCGCTGCTC−、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGA
GCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCGG、を表し、
は、GGTGGGATCGTGCTGGCGAT−、GTGGGATCGTGCTGGCGAT−、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
は、−ACAGGACGATGTGCAGCGGC、−ACAGGACGATGTGCAGCGG、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、
は、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTC、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、
は、TGAATCTTGAATATCTCATG−、GAATCTTGAATATCTCATG−、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCACCA、−AGTATTCTAGAAACTCACC、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表し、
は、ATTCATATTTATATACAGGC−、TTCATATTTATATACAGGC−、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGGCTA、−AGTGCAAATGTTATTGGCT、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、
11は、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CAGAAGAGCTATTTGGTAG−、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表し、または、ここで、N〜N12は、本願に開示されるような残基の制限されたリストのいずれかを表す。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、によって表され、ここで、
は、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC
−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、または−CCGAGCCCCCAGCGCAG、を表す。
および/またはNは、本願に開示されるような3’残基および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表もしてもよい。
特に好ましい、一般式
S1:5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)
S1
に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の:
CCGCTGCT『CGTCATAGAC』(Seq.ID No.19)
CGCTGCT『CGTCATAGACC』(Seq.ID No.20)
GCTGCT『CGTCATAGAC』CG(Seq.ID No.21)
CTGCT『CGTCATAGAC』CGA(Seq.ID No.22)
TGCT『CGTCATAGAC』CGAG(Seq.ID No.23)
GCT『CGTCATAGAC』CGAGC(Seq.ID No.24)
CT『CGTCATAGAC』CGAGCC(Seq.ID No.25)
T『CGTCATAGAC』CGAGCCC(Seq.ID No.26)
『CGTCATAGAC』CGAGCCCC(Seq.ID No.27)
CGCTGCT『CGTCATAGAC』(Seq.ID No.28)
GCTGCT『CGTCATAGACC』(Seq.ID No.29)
CTGCT『CGTCATAGAC』CG(Seq.ID No.30)
TGCT『CGTCATAGAC』CGA(Seq.ID No.31)
GCT『CGTCATAGAC』CGAG(Seq.ID No.32)
CT『CGTCATAGAC』CGAGC(Seq.ID No.33)
T『CGTCATAGAC』CGAGCC(Seq.ID No.34)
『CGTCATAGAC』CGAGCCC(Seq.ID No.35)
GCTGCT『CGTCATAGAC』(Seq.ID No.36)
CTGCT『CGTCATAGACC』(Seq.ID No.37)
TGCT『CGTCATAGAC』CG(Seq.ID No.38)
GCT『CGTCATAGAC』CGA(Seq.ID No.39)
CT『CGTCATAGAC』CGAG(Seq.ID No.40)
T『CGTCATAGAC』CGAGC(Seq.ID No.41)
『CGTCATAGAC』CGAGCC(Seq.ID No.42)
CTGCT『CGTCATAGAC』(Seq.ID No.43)
TGCT『CGTCATAGACC』(Seq.ID No.44)
GCT『CGTCATAGAC』CG(Seq.ID No.45)
CT『CGTCATAGAC』CGA(Seq.ID No.46)
T『CGTCATAGAC』CGAG(Seq.ID No.47)
『CGTCATAGAC』CGAGC(Seq.ID No.48)
TGCT『CGTCATAGAC』(Seq.ID No.49)
GCT『CGTCATAGACC』(Seq.ID No.50)
CT『CGTCATAGAC』CG(Seq.ID No.51)
T『CGTCATAGAC』CGA(Seq.ID No.52)
『CGTCATAGAC』CGAG(Seq.ID No.53)
である。
ギャップマーの形の(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、一つのDNA断片は、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる。
式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような一般的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるようなもの、を含んでもよい。式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるようなもの、を含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかにしている。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、
の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3である。
式S1のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全ては、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b
)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、増加している特別な3’末端または5’末端は、見つかっておらず、その結果。それで、3’末端および5’末端は、可能な基はあるが、明確に好ましい基はない。
様々なヌクレオチド間結合またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合は、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、によって表され、ここで、
は、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、C
TGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、または−CCGAGCCCCCAGCGCAG、を表し、および
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、Nは、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、または−CCGAGCCCCCAGCGC、を表す。
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチ
センス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『GTCATAGA』−N−3’(Seq.ID No.12)、によって表され、ここで、
は、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、好ましくは、Nは、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、および、
は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、または−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、または−CCGAGCCCCCAG、を表し、好ましくは、Nは、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、または−CCGAGCCCCC、を表し、
および、LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.19〜Seq.ID No.53のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.19〜Seq.ID
No.53のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含む。
さらに特に好ましくは、表4(Seq.No.232a〜244b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレ
オチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)によって表され、ここで、
は、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
は、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表す。
および/またはNは、本願に開示されるような、3’および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表してもよい。
特に好ましくは、一般式S2:
5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98) S2
に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、
次の:
GCTGGCGA『TACGCGTCCA』(Seq.ID No.54)
CTGGCGA『TACGCGTCCA』C(Seq.ID No.55)
TGGCGA『TACGCGTCCA』CA(Seq.ID No.56)
GGCGA『TACGCGTCCA』CAG(Seq.ID No.57)
GCGA『TACGCGTCCA』CAGG(Seq.ID No.58)
CGA『TACGCGTCCA』CAGGA(Seq.ID No.59)
GA『TACGCGTCCA』CAGGAC(Seq.ID No.60)
A『TACGCGTCCA』CAGGACG(Seq.ID No.61)
『TACGCGTCCA』CAGGACGA(Seq.ID No.62)
CTGGCGA『TACGCGTCCA』(Seq.ID No.63)
TGGCGA『TACGCGTCCA』C(Seq.ID No.64)
GGCGA『TACGCGTCCA』CA(Seq.ID No.65)
GCGA『TACGCGTCCA』CAG(Seq.ID No.66)
CGA『TACGCGTCCA』CAGG(Seq.ID No.67)
GA『TACGCGTCCA』CAGGA(Seq.ID No.68)
A『TACGCGTCCA』CAGGAC(Seq.ID No.349)
『TACGCGTCCA』CAGGACG(Seq.ID No.350)
TGGCGA『TACGCGTCCA』(Seq.ID No.351)
GGCGA『TACGCGTCCA』C(Seq.ID No.352)
GCGA『TACGCGTCCA』CA(Seq.ID No.353)
CGA『TACGCGTCCA』CAG(Seq.ID No.354)
GA『TACGCGTCCA』CAGG(Seq.ID No.355)
A『TACGCGTCCA』CAGGA(Seq.ID No.356)
『TACGCGTCCA』CAGGAC(Seq.ID No.357)
GGCGA『TACGCGTCCA』(Seq.ID No.358)
GCGA『TACGCGTCCA』C(Seq.ID No.359)
CGA『TACGCGTCCA』CA(Seq.ID No.360)
GA『TACGCGTCCA』CAG(Seq.ID No.361)
A『TACGCGTCCA』CAGG(Seq.ID No.362)
『TACGCGTCCA』CAGGA(Seq.ID No.363)
GCGA『TACGCGTCCA』(Seq.ID No.364)
CGA『TACGCGTCCA』C(Seq.ID No.365)
GA『TACGCGTCCA』CA(Seq.ID No.366)
A『TACGCGTCCA』CAG(Seq.ID No.367)
『TACGCGTCCA』CAGG(Seq.ID No.368)
である。
ギャップマーの形の(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、一つのDNA断片は、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる。
式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような標準的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるようなもの、を含んでもよい。式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるようなもの、を含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかにしている。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3である。
式S2のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全ては、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、増加している特別な3’末端または5’末端は、見つかっておらず、その結果、3’末端および5’末端は、可能な基はあるが、明確に好ましい基はない。
様々なヌクレオチド間架橋またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される、ヌクレオチド間結合ILである。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、ア
ンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)によって表され、ここで、
は、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
は、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、および
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、Nは、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、
−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ACGCGTCC』−N−3’(Seq.ID No.98)によって表され、ここで、
は、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、好ましくは、Nは、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、および、
は、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、好ましくは、Nは、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.54〜Seq.ID No.68、およびSeq.ID No.349〜Seq.ID No.368のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.54〜Seq.ID No.68、およびSeq.ID No.349〜Seq.ID No.368のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)
−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含む。
さらに特に好ましくは、表5(Seq.No.245a〜257b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)によって表され、ここで、
11は、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す。
11および/またはN12は、本願に開示されるような、3’および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表してもよい。
特に好ましくは、一般式S3:
5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10) S3
に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、
次の:
ATTTGGTA『GTGTTTAGGG』(Seq.ID No.369)
TTTGGTA『GTGTTTAGGG』A(Seq.ID No.370)
TTGGTA『GTGTTTAGGG』AG(Seq.ID No.371)
TGGTA『GTGTTTAGGG』AGC(Seq.ID No.372)
GGTA『GTGTTTAGGG』AGCC(Seq.ID No.373)
GTA『GTGTTTAGGG』AGCCG(Seq.ID No.374)
TA『GTGTTTAGGG』AGCCGT(Seq.ID No.375)
A『GTGTTTAGGG』AGCCGTC(Seq.ID No.376)
『GTGTTTAGGG』AGCCGTCT(Seq.ID No.377)
TTTGGTA『GTGTTTAGGG』(Seq.ID No.378)
TTGGTA『GTGTTTAGGG』A(Seq.ID No.379)
TGGTA『GTGTTTAGGG』AG(Seq.ID No.380)
GGTA『GTGTTTAGGG』AGC(Seq.ID No.381)
GTA『GTGTTTAGGG』AGCC(Seq.ID No.382)
TA『GTGTTTAGGG』AGCCG(Seq.ID No.383)
A『GTGTTTAGGG』AGCCGT(Seq.ID No.384)
『GTGTTTAGGG』AGCCGTC(Seq.ID No.385)
TTGGTA『GTGTTTAGGG』(Seq.ID No.386)
TGGTA『GTGTTTAGGG』A(Seq.ID No.387)
GGTA『GTGTTTAGGG』AG(Seq.ID No.388)
GTA『GTGTTTAGGG』AGC(Seq.ID No.389)
TA『GTGTTTAGGG』AGCC(Seq.ID No.390)
A『GTGTTTAGGG』AGCCG(Seq.ID No.391)
『GTGTTTAGGG』AGCCGT(Seq.ID No.392)
TGGTA『GTGTTTAGGG』(Seq.ID No.393)
GGTA『GTGTTTAGGG』A(Seq.ID No.394)
GTA『GTGTTTAGGG』AG(Seq.ID No.395)
TA『GTGTTTAGGG』AGC(Seq.ID No.396)
A『GTGTTTAGGG』AGCC(Seq.ID No.397)
『GTGTTTAGGG』AGCCG(Seq.ID No.398)
GGTA『GTGTTTAGGG』(Seq.ID No.399)
GTA『GTGTTTAGGG』A(Seq.ID No.400)
TA『GTGTTTAGGG』AG(Seq.ID No.401)
A『GTGTTTAGGG』AGC(Seq.ID No.402)
『GTGTTTAGGG』AGCC(Seq.ID No.403)
である。
ギャップマーの形(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる一つのDNA断片を含む。
式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような標準的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるようなもの、を含んでもよい。式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるようなもの、を任意に含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかに
している。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3である。
式S3のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全てが、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、または増加している特別な3’末端または5’末端は、見つかっておらず、その結果、3’末端および5’末端は、可能な基はあるが、明確に好ましい基はない。
様々なヌクレオチド間架橋またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))
−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される、ヌクレオチド間結合ILである。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)によって表され、ここで、
11は、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表し、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−
、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、N11は、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表し、
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N11−『TGTTTAGG』−N12−3’(Seq.ID No.10)によって表され、ここで、
11は、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、好ましくは、N11は、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
12は、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表し、好ましくは、N12は、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5
’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.369〜Seq.ID No.403のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.369〜Seq.ID No.403のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含んでもよい。
さらに特に好ましくは、表6(Seq.No.258a〜270b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、次の配列5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)によって表され、ここで、
は、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表す。
および/またはNは、本願に開示されるような、3’および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表してもよい。
特に好ましい一般式S4:
5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11) S4
に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、
次の:
GAAGAGCT『ATTTGGTAGT』(Seq.ID No.404)
AAGAGCT『ATTTGGTAGT』G(Seq.ID No.405)
AGAGCT『ATTTGGTAGT』GT(Seq.ID No.406)
GAGCT『ATTTGGTAGT』GTT(Seq.ID No.407)
AGCT『ATTTGGTAGT』GTTT(Seq.ID No.408)
GCT『ATTTGGTAGT』GTTTA(Seq.ID No.409)
CT『ATTTGGTAGT』GTTTAG(Seq.ID No.410)
T『ATTTGGTAGT』GTTTAGG(Seq.ID No.411)
『ATTTGGTAGT』GTTTAGGG(Seq.ID No.412)
AAGAGCT『ATTTGGTAGT』(Seq.ID No.413)
AGAGCT『ATTTGGTAGT』G(Seq.ID No.414)
GAGCT『ATTTGGTAGT』GT(Seq.ID No.415)
AGCT『ATTTGGTAGT』GTT(Seq.ID No.416)
GCT『ATTTGGTAGT』GTTT(Seq.ID No.417)
CT『ATTTGGTAGT』GTTTA(Seq.ID No.418)
T『ATTTGGTAGT』GTTTAG(Seq.ID No.419)
『ATTTGGTAGT』GTTTAGG(Seq.ID No.420)
AGAGCT『ATTTGGTAGT』(Seq.ID No.421)
GAGCT『ATTTGGTAGT』G(Seq.ID No.422)
AGCT『ATTTGGTAGT』GT(Seq.ID No.423)
GCT『ATTTGGTAGT』GTT(Seq.ID No.424)
CT『ATTTGGTAGT』GTTT(Seq.ID No.425)
T『ATTTGGTAGT』GTTTA(Seq.ID No.426)
『ATTTGGTAGT』GTTTAG(Seq.ID No.427)
GAGCT『ATTTGGTAGT』(Seq.ID No.428)
AGCT『ATTTGGTAGT』G(Seq.ID No.429)
GCT『ATTTGGTAGT』GT(Seq.ID No.430)
CT『ATTTGGTAGT』GTT(Seq.ID No.431)
T『ATTTGGTAGT』GTTT(Seq.ID No.432)
『ATTTGGTAGT』GTTTA(Seq.ID No.433)
AGCT『ATTTGGTAGT』(Seq.ID No.434)
GCT『ATTTGGTAGT』G(Seq.ID No.435)
CT『ATTTGGTAGT』GT(Seq.ID No.436)
T『ATTTGGTAGT』GTT(Seq.ID No.437)
『ATTTGGTAGT』GTTT(Seq.ID No.438)
である。
ギャップマーの形(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる一つのDNA断片を含む。
式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む
。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような標準的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるもの、を含んでもよい。式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるもの、を任意に含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかにしている。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3である。
式S4のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全てが、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、または増加している特別な3’末端または5’末端は、見つかっておらず、その結果、3’末端および5’末端は、可能な基はあるが、明確に好ましい基なない。
様々なヌクレオチド間架橋またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−
、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される、ヌクレオチド間結合ILである。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)によって表され、ここで、
は、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、Nは、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
は、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表す。
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『TTTGGTAG』−N−3’(Seq.ID No.11)によって表され、ここで、
は、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、好ましくは、Nは、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、および、
は、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、好ましくは、Nは、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−T
GTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の修飾3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.404〜Seq.ID No.438のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.404〜Seq.ID No.438のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含んでもよい。
さらに特に好ましくは、表7(Seq.No.271a〜283b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)によって表され、ここで、
は、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAAT
ATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表す。
および/またはNは、本願に開示されるような、3’および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表してもよい。
特に好ましい一般式S6:
5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100) S6に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、
次の:
TATCTCAT『GAATGGACCA』(Seq.ID No.439)
ATCTCAT『GAATGGACCA』G(Seq.ID No.440)
TCTCAT『GAATGGACCA』GT(Seq.ID No.441)
CTCAT『GAATGGACCA』GTA(Seq.ID No.442)
TCAT『GAATGGACCA』GTAT(Seq.ID No.443)
CAT『GAATGGACCA』GTATT(Seq.ID No.444)
AT『GAATGGACCA』GTATTC(Seq.ID No.445)
T『GAATGGACCA』GTATTCT(Seq.ID No.446)
『GAATGGACCA』GTATTCTA(Seq.ID No.447)
ATCTCAT『GAATGGACCA』(Seq.ID No.448)
TCTCAT『GAATGGACCA』G(Seq.ID No.449)
CTCAT『GAATGGACCA』GT(Seq.ID No.450)
TCAT『GAATGGACCA』GTA(Seq.ID No.451)
CAT『GAATGGACCA』GTAT(Seq.ID No.452)
AT『GAATGGACCA』GTATT(Seq.ID No.453)
T『GAATGGACCA』GTATTC(Seq.ID No.454)
『GAATGGACCA』GTATTCT(Seq.ID No.455)
TCTCAT『GAATGGACCA』(Seq.ID No.456)
CTCAT『GAATGGACCA』G(Seq.ID No.457)
TCAT『GAATGGACCA』GT(Seq.ID No.458)
CAT『GAATGGACCA』GTA(Seq.ID No.459)
AT『GAATGGACCA』GTAT(Seq.ID No.460)
T『GAATGGACCA』GTATT(Seq.ID No.461)
『GAATGGACCA』GTATTC(Seq.ID No.462)
CTCAT『GAATGGACCA』(Seq.ID No.463)
TCAT『GAATGGACCA』G(Seq.ID No.464)
CAT『GAATGGACCA』GT(Seq.ID No.465)
AT『GAATGGACCA』GTA(Seq.ID No.466)
T『GAATGGACCA』GTAT(Seq.ID No.467)
『GAATGGACCA』GTATT(Seq.ID No.468)
TCAT『GAATGGACCA』(Seq.ID No.469)
CAT『GAATGGACCA』G(Seq.ID No.470)
AT『GAATGGACCA』GT(Seq.ID No.471)
T『GAATGGACCA』GTA(Seq.ID No.472)
『GAATGGACCA』GTAT(Seq.ID No.473)
である。
ギャップマーの形(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる一つのDNA断片を含む。
式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような標準的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるもの、を含んでもよい。式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるもの、を任意に含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかにしている。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−4、および4−11−3である。
式S6のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全てが、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、または増加している特別な3’末端基または5’末端基は、見つかっておらず、その結果、3’末端基および5’末端基は、可能な基はあるが、明確に好ましい基なない。
様々なヌクレオチド間架橋またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される、ヌクレオチド間結合ILである。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、、5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)によって表され、ここで、
は、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、Nは、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
は、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表す。
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス
−オリゴヌクレオチドは、次の配列、、5’−N−『AATGGACC』−N−3’(Seq.ID No.100)によって表され、ここで、
は、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、好ましくは、Nは、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、および、
は、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表し、好ましくは、Nは、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aを表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.439〜Seq.ID No.473のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.439〜Seq.ID No.473のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含んでもよい。
さらに特に好ましくは、表8(Seq.No.219a〜231b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
さらに、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド
、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、ここで、
は、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表す。
および/またはN10は、本願に開示されるような、3’および5’残基の更なる制限されたリストのいずれかを表してもよい。
特に好ましい一般式S7:
5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101) S7
に該当するギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、
次の:
TATACAGG『CATTAATAAA』(Seq.ID No.474)
ATACAGG『CATTAATAAA』G(Seq.ID No.475)
TACAGG『CATTAATAAA』GT(Seq.ID No.476)
ACAGG『CATTAATAAA』GTG(Seq.ID No.477)
CAGG『CATTAATAAA』GTGC(Seq.ID No.478)
AGG『CATTAATAAA』GTGCA(Seq.ID No.479)
GG『CATTAATAAA』GTGCAA(Seq.ID No.480)
G『CATTAATAAA』GTGCAAA(Seq.ID No.481)
『CATTAATAAA』GTGCAAAT(Seq.ID No.482)
ATACAGG『CATTAATAAA』(Seq.ID No.483)
TACAGG『CATTAATAAA』G(Seq.ID No.484)
ACAGG『CATTAATAAA』GT(Seq.ID No.485)
CAGG『CATTAATAAA』GTG(Seq.ID No.486)
AGG『CATTAATAAA』GTGC(Seq.ID No.487)
GG『CATTAATAAA』GTGCA(Seq.ID No.488)
G『CATTAATAAA』GTGCAA(Seq.ID No.489)
『CATTAATAAA』GTGCAAA(Seq.ID No.490)
TACAGG『CATTAATAAA』(Seq.ID No.491)
ACAGG『CATTAATAAA』G(Seq.ID No.492)
CAGG『CATTAATAAA』GT(Seq.ID No.493)
AGG『CATTAATAAA』GTG(Seq.ID No.494)
GG『CATTAATAAA』GTGC(Seq.ID No.495)
G『CATTAATAAA』GTGCA(Seq.ID No.496)
『CATTAATAAA』GTGCAA(Seq.ID No.497)
ACAGG『CATTAATAAA』(Seq.ID No.498)
CAGG『CATTAATAAA』G(Seq.ID No.499)
AGG『CATTAATAAA』GT(Seq.ID No.500)
GG『CATTAATAAA』GTG(Seq.ID No.501)
G『CATTAATAAA』GTGC(Seq.ID No.502)
『CATTAATAAA』GTGCA(Seq.ID No.503)
CAGG『CATTAATAAA』(Seq.ID No.504)
AGG『CATTAATAAA』G(Seq.ID No.505)
GG『CATTAATAAA』GT(Seq.ID No.506)
G『CATTAATAAA』GTG(Seq.ID No.507)
『CATTAATAAA』GTGC(Seq.ID No.508)
である。
ギャップマーの形(LNA断片1−DNA断片−LNA断片2)の式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる5’末端でのLNA断片を含み、2個〜5個、好ましくは2個〜4個のLNAユニットからなる3’末端でのLNA断片を含み、2つのLNA断片の間では、6個〜14個、好ましくは7個〜12個、より好ましくは8個〜11個のDNAユニットからなる一つのDNA断片を含む。
式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、本願に開示されるようなLNAヌクレオチド(LNAユニット)を含み、特に、章「ロックド核酸(LNA(登録商標)」において開示されるもの、好ましくは、章「好ましいLNA」において開示されるものを含む。LNAユニットおよびDNAユニットは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)のような標準的な核酸塩基を含んでもよいが、章「核酸塩基」に開示されるような修飾核酸塩基も含んでもよい。式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチド、またはアンチセンス−オリゴヌクレオチドのLNA断片およびDNA断片は、本願に開示されるような任意のヌクレオチド間結合、特に、章「ヌクレオチド間結合(IL)」に開示されるもの、を含んでもよい。式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端における、および/または5’末端における末端基、特に、章「末端基」に開示されるもの、を任意に含んでもよい。
実験は、修飾核酸塩基が、試験された神経学的および腫瘍学的徴候に関して、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性を重大に増加または変更しないことを明らかにしている。修飾核酸塩基5−メチルシトシン、または2−アミノアデニンは、特に、5−メチルシトシンがLNAヌクレオチドのみにおいて、またはLNAヌクレオチドおよびDNAヌクレオチドにおいて使用される場合、および/または2−アミノアデニンがDNAヌクレオチドにおいて使用されLNAヌクレオチドにおいて使用されない場合に、式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの活性をさらに増加させることを証明している。
式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの好ましいギャップマー構造は、次の:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、の通りであり、さらにより好ましくは、3−8−3、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、3−10−4、4−10−3、4−10−4、3−11−
4、および4−11−3である。
式S7のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのためのLNAユニットとして、特に、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、が好ましい。実験は、これらのLNAユニットb、b、b、b、b、b、b、およびbの全てが、必要な努力で合成され、同等な安定性および活性のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにつながることができることを示している。しかしながら、実験に基づいて、LNAユニットb、b、b、b、b、およびbはさらに好ましい。さらに更なる好ましくは、LNAユニットb、b、b、b、およびbであり、さらにより好ましくは、LNAユニットb、bであり、化学合成の複雑さに関しても、最も好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)である。
これまで、腫瘍学的または神経学的徴候のための安定性、または活性が非常に変化し、または増加している特別な3’末端基または5’末端基は、見つかっておらず、その結果、3’末端基および5’末端基は、可能な基はあるが、明確に好ましい基はない。
様々なヌクレオチド間架橋またはヌクレオチド間結合が可能である。本願に開示される式において、ヌクレオチド間結合ILは、−IL’−Y−によって表される。したがって、IL=−IL’−Y−=−X’’−P(=X’)(X)−Y−であり、ここで、ILは、好ましくは、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、
からなる群から選択される。
好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−から選択され、より好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、さらにより好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−から選択され、最も好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、および−O−P(O)(S)−O−、から選択される、ヌクレオチド間結合ILである。
したがって、本発明は、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチド、好ましくは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個
〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での1個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での1個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、ここで、
は、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
10は、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−ENA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、β−D−(NCH)−LNA(b)、β−D−(ONH)−LNA(b)、およびβ−D−(ONCH)−LNA(b)、から選択され、好ましくは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(CH)−O−、−O−P(O)(OCH)−O−、−O−P(O)(NH(CH))−O−、−O−P(O)[N(CH]−O−、−O−P(O)(BH )−O−、−O−P(O)(OCHCHOCH)−O−、−O−P(O)(OCHCHSCH)−O−、−O−P(O)(O)−N(CH)−、−N(CH)−P(O)(O)−O−、から選択され、好ましくは、−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
より好ましくは、Nは、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、および、
10は、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT
、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表す。
さらに、更なる好ましくは、本発明は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びにアンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体に関し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、11個〜24個のヌクレオチド、より好ましくは、12個〜20個のヌクレオチド、さらにより好ましくは、13個〜19個、または14個〜18個のヌクレオチド、からなるギャップマーの形であり、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’末端での2個〜5個のヌクレオチド、および3’末端での2個〜5個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、5’末端、および3’末端でのLNAヌクレオチドの間は、少なくとも7個、好ましくは少なくとも8個のDNAヌクレオチド配列が存在し、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列、5’−N−『ATTAATAA』−N10−3’(Seq.ID No.101)によって表され、ここで、
は、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、好ましくは、Nは、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、および
10は、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、好ましくは、N10は、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、および、
LNAヌクレオチドは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(NCH)−LNA(b)、から選択され、および、
ヌクレオチド間結合は、
−O−P(O)(O)−O−、−O−P(O)(S)−O−、−O−P(S)(S)−O−、−S−P(O)(O)−O−、−S−P(O)(S)−O−、−O−P(O)(O)−S−、−O−P(O)(S)−S−、−S−P(O)(O)−S−、から選択され、および好ましくは、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基として5−メチルシトシンおよび/または2−アミノアデニンを含んでもよい。
特に好ましくは、Seq.ID No.474〜Seq.ID No.508のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、Seq.ID No.474〜Seq.ID No.508のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、5’末端で2個〜5個、好ましくは、2個〜4個、より好ましくは、3個〜4個のLNAユニット断片を含み、およびLNAユニットの2個の断片の間には少なくとも6個、好ましくは7個、より好ましくは8個のDNAユニット断片を含み、ここで、LNAユニットは、β−D−オキシ−LNA(b)、β−D−チオ−LNA(b)、α−L−オキシ−LNA(b)、β−D−(NH)−LNA(b)、およびβ−D−(N
CH)−LNA(b)、から選択され、ヌクレオチド間結合は、ホスフェート、ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートから選択される。当該好ましいアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、任意の修飾3’末端および5’末端を含まなくてもよく、または任意の3’末端基および5’末端基を含まなくてもよく、修飾核酸塩基としてLNAユニット、好ましくは全てのLNAユニットにおいて、5−メチルシトシンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて2−アミノアデニンを、および/または、いくつかの、もしくは全てのDNAユニットにおいて5−メチルシトシンを含んでもよい。
さらに特に好ましくは、表9(Seq.No.284a〜236b)のギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドである。
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医薬組成物
本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、好ましくは、実質的に無毒な薬学的に許容される担体、賦形剤、アジュバント、溶媒、または希釈剤を任意に使用してそれらの薬学的に活性な塩の形態で投与される。本発明の医薬品は、従来の固体もしくは液体担体、または希釈剤で、および公知の方法で適切な用量レベルで従来の薬学的に作られるアジュバントで調製される。好ましい調製物および製剤は、輸液または注射(髄腔内、脳室内、
頭蓋内、静脈内、実質内、腫瘍内、眼内または眼外、腹腔内、筋肉内、皮下)、脳への局
所投与、吸入、固体腫瘍への局所投与、または経口投与に適切な投与可能形態である。しかしながら、上皮ライニング、または粘膜皮膚ライニング(口腔粘膜、直腸ライニングおよび腟上皮ライニング、鼻咽頭粘膜、腸粘膜)を介する吸収、直腸的に、経皮的に、局所的に、皮内に(intradermally)、胃内に、皮内に(intracutaneously)、膣内に、管内に(intravasally)、鼻腔内に、口腔内に(intrabuccally)、経皮的に(percutaneously)、舌下に適用、または医薬分野内で利用できる任意の他の手段、のような、他の適用形態が可能である。
投与可能製剤は、例えば、注射用液体製剤、遅延性製剤、特に吸入用の散剤、ピル、錠剤、フィルム錠、被覆錠剤、分散性顆粒、糖衣錠、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁剤、エマルジョン、カプセル及び沈殿物を含む。他の投与可能ガレン製剤は、埋め込み式ポンプまたはカテーテルを介して脳内への連続的な注入のようなのも可能である。
本願において使用される用語「薬学的に許容できる」は、製剤中の有効成分としてアンチセンス−オリゴヌクレオチドの生物活性の有効性と干渉せず、投与される宿主に対して毒性を持たない任意の担体に関する。好適な医薬担体の例は、当該技術分野ではよく知られており、リン酸緩衝生理食塩液、水、油/水エマルジョンのようなエマルジョン、各種湿潤剤、滅菌液等を含む。当該担体を、慣習的な方法で製剤化することができ、活性化合物を有効な用量で患者に投与することができる。
「有効用量」は、疾患の進路および重症度に影響を与え、当該病理の減少または寛解につながるのに十分である有効成分としてのアンチセンスオリゴヌクレオチドの量に関する。これらの疾患や障害を治療および/または予防するのに有用な「有効用量」は、当業者に公知の方法を用いて決定されてもよい。さらに、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、リポソーム、錯体形成剤、受容体標的分子、溶媒、防腐剤および/または希釈剤と共に混合、および投与されてもよい。
好ましくは、有効成分の連続放出のための、特に、本発明の少なくとも1つのアンチセンスオリゴヌクレオチドの髄こう内投与、脳室内投与、または頭蓋内投与のための連続輸液のための、輸液又は固体マトリックスの形態での医薬製剤である。また、好ましくは、脳内への局所投与に適した溶液または固体マトリックスの形態の医薬製剤である。肺の線維性疾患には、吸入製剤が特に好ましい。
滅菌液を使用するための準備は、例えば、1〜10mg/ml、好ましくは、5〜10mg/mlの範囲の濃度で少なくとも1つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、ショ糖、乳糖、マンニトール又はソルビトールなどの糖類の中から選択される等張剤を含む。溶液pHを6〜8(好ましくは7〜8)に制御するための好適な緩衝剤を含んでもよい。製剤における他の任意成分は、トゥイーン(Tween)20やトゥイーン80などの非イオン性界面活性剤であることができる。
使用のために再構成される滅菌凍結乾燥粉末は、少なくとも1つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、および任意に増量剤(例えば、マンニトール、トレハロース、ソル
ビトール、グリシン)および/または凍結保護物質(例えば、トレハロース、マンニトール)を含む。再構成のための溶媒は、pH6〜8に制御する緩衝塩の有無にかかわらず注入
可能な化合物のために水であることもできる。
吸入に適したエアロゾル製剤は、溶液や粉末状の固体を含んでいてもよく、例えば窒素などの不活性圧縮ガスなどの薬学的に許容される担体と併用してもよい。
特に好ましい医薬組成物は、吸入または静脈内投与による投与に適した凍結乾燥(フリ
ーズドライ)製剤(凍結乾燥物)である。好ましい凍結乾燥製剤を調製するために、本発明
の少なくとも1つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを4〜5%(w/v)マンニトール溶液に可溶化し、その後、溶液を凍結乾燥させる。マンニトール溶液は、上述の適切な緩衝液で調製することもできる。
さらに適切な冷凍/凍結保護剤(そうでなければ、増量剤または安定剤と称する)は、チオール遊離アルブミン、免疫グロブリン、ポリアルキレンオキシド(例えば、PEG、ポ
リプロピレングリコール)、トレハロース、グルコース、スクロース、ソルビトール、デ
キストラン、マルトース、ラフィノース、スタキオースおよび他の糖類(例えば、WO9
7/29782参照)を含み、マンニトールが好ましくは使用される。これらは従来の凍
結技術で従来の量で使用することができる。凍結の方法は、医薬製剤を調製する当該分野においてよく知られている。
吸入投与のために凍結乾燥製剤の粒子径は、好ましくは2〜5μm、より好ましくは、3〜4μmである。凍結乾燥製剤は、例えば、OPTINEB(登録商標)、またはVENTA−NEB(登録商標)吸入器(NEBU−TEC、エルゼンフェルト(Elsenfeld)、ドイツ)を用いた投与に特に適切である。凍結乾燥製品は、吸入投与のため
に滅菌蒸留水または任意の他の適切な液体に再水和されることができる。代替的に、静脈内投与のために凍結乾燥製品を、滅菌蒸留水または任意の他の適切な液体に再水和するとができる。
滅菌蒸留水または他の適切な液体における投与のための再水和後、凍結乾燥製剤は、再水和ペプチド製剤のための標的組織、すなわち、静脈内投与のための血液、または吸入投与のための肺組織のおおよその生理学的モル浸透圧濃度を有するべきである。従って、再水和製剤は実質的に等張であると好ましい。
静脈内、経口、または吸入投与のいずれに対しても好ましい投与濃度は、10〜2000μmol/ml、より好ましくは200〜800μmol/mlである。
錠剤やカプセルの形での経口投与のために、少なくとも1つのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを、ラクトース、デンプン、スクロース、セルロース、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウム、硫酸カルシウム、タルク、マンニトール、エチルアルコール(液体の形態)などのような任意の経口無毒な薬学的に許容できる不活性担体と組み合わせてもよい。さらに、所望される、または、必要とされる場合、適切な結合剤、潤滑剤、崩壊剤、および着色剤を混合物に包含されてもよい。
粉末および錠剤は、約5%〜約95%の発明組成物から構成されていてもよい。
適切な結合剤は、デンプン、ゼラチン、天然糖、トウモロコシ甘味料、アカシアのような天然および合成ガム、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチル−セルロース、ポリエチレングリコールおよびワックスを含む。潤滑剤の中で、ホウ酸、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム等が、これらの剤形で使用するために挙げられてもよい。崩壊剤は、デンプン、メチルセルロース、グアーガム等を含む。
さらに、本発明の組成物は、治療効果を最適化するための少なくとも1つのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの速度制御放出を提供するために徐放性形態で製剤化されてもよい。持続性放出のための適切な投与形態は、少なくとも1つのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを含む持続性放出のための埋込型生分解性マトリックスを含み、少なくとも1つのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを含浸させた種々の崩壊率のまたは制御放出のポリマーマトリックス層を含む層状錠剤を含む。
液体形態製剤は、溶液、懸濁液およびエマルジョンを含む。例として、非経口注射用の水、もしくは水−ポリエチレングリコール、または経口溶液、懸濁液およびエマルジョンのための、甘味料および乳白剤の添加が挙げらえてもよい。
適切な希釈剤は、通常、組成物または投与形態の主要部分を構成する物質である。適切な希釈剤は、ラクトース、スクロース、マンニトールおよびソルビトール等の糖類、小麦、トウモロコシ、米、およびジャガイモ由来のデンプン、並びに、微結晶セルロースなどのセルロースを含む。組成物中の希釈剤の量は、組成物全体の約5重量%〜約95重量%、好ましくは、約25重量%〜約75重量%の範囲であることができる。
用語崩壊剤は、組成物が分解(崩壊)し、薬物を解放するのを助けるために組成物に添加される材料に関する。適切な崩壊剤は、デンプン、カルボキシメチルデンプンナトリウム等の「冷水可溶」変性澱粉、イナゴ豆、カラヤ、グアーガム、トラガカントおよび寒天などの天然および合成ガム、メチルセルロースおよびカルボキシメチルセルロースナトリウムなどのセルロース誘導体、微結晶性セルロース、クロスカルメロースナトリウムなどのクロスリンクされた微結晶性セルロース、アルギン酸およびアルギン酸ナトリウムなどのアルギネート、ベントナイトなどの粘土、並びに発泡性混合物を含む。組成物中の崩壊剤の量は、組成物の約1〜約40重量%、好ましくは、組成物の2〜30重量%、より好ましくは、組成物の約3〜20重量%、最も好ましくは、組成物の約5〜10重量%の範囲であることができる。
結合剤は、粉末を共に結合し、または「接着」し、顆粒を形成することにより、粉末を凝集させるので、製剤において「接着剤」として機能する物質と特徴付ける。結合剤は、希釈剤または増量剤においてすでに利用可能な凝集力を追加する。適切な結合剤は、スクロースなどの糖、小麦、トウモロコシ、米、およびジャガイモ由来の澱粉;アカシア、ゼラチン、およびトラガカントなどの天然ガム;アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、およびアルギン酸アンモニウムカルシウムなどの海藻類の誘導体;メチルセルロース、およびカルボキシメチルセルロースナトリウム、およびヒドロキシプロピル−メチルセルロースなどのセルロース系材料;ポリビニルピロリドン;ケイ酸マグネシウムアルミニウムなど
の無機物、を含む。組成物中の結合剤の量は、組成物の約1〜30重量%、好ましくは、組成物の約2〜約20重量%、より好ましくは、約3〜約10重量%、さらにより好ましくは、約3〜約6重量%の範囲であることができる。
潤滑剤は、圧縮された後の錠剤、顆粒などを、摩擦や磨耗を低減することによりモールド(mold)またはダイ(die)から離すことを可能にするために剤形に添加される物質に関する。適切な潤滑剤は、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、またはステアリンカリウムなどの金属ステアレート、ステアリン酸;高融点ワックス;例えば、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、オレイン酸ナトリウム、ポリエチレングリコールおよびD,L−ロイシンなどの水溶性潤滑剤を含む。潤滑剤は顆粒の表面に、および顆粒と錠剤圧縮部分との間に存在する必要があるので、通常、圧縮する前に、非常に最後のステップで加えられる。組成物中の潤滑剤の量は、組成物の約0.05〜約15重量%、好ましくは、組成物の0.2〜約5重量%、より好ましくは、組成物の約0.3〜約3重量%、最も好ましくは、組成物の約0.3〜約1.5重量%の範囲であることができる。
滑剤は、固化を防止し、流れが滑らかで均一になるように顆粒の流動特性を向上させる材料である。適切な滑剤は、二酸化ケイ素およびタルクを含む。組成物中の滑剤の量は、組成物の約0.01〜10重量%、好ましくは、全組成物の0.2〜約7重量%、より好ましくは、約0.2〜5重量%、最も好ましくは、約0.5〜約2重量%の範囲であることができる。
本願に開示される医薬組成物において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩の形で、任意にアンチセンス−オリゴヌクレオチドの安定性を増加させる、RNaseHのリクルートを増加させる、標的の発見特性を増加させる、細胞内取込みを向上させる他の成分、および同様のものと共に含まれる。これらの目標を達成するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、これらの目的を達成するために有用な更なる成分の使用の代わりに、または加えて、化学修飾されてもよい。従って本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞取込み等を向上させる部分または成分に化学的に連結されていてもよい。当該部分は、例えばコレステロール部分、コール酸、チオエーテル、ヘキシル−S−トリチルチオール、チオコレステロールなどの脂質部分、例えば、ドデカンジオール、またはウンデシル残基などの脂肪族鎖、例えば、ジヘキサデシル−rac−グリセロールまたはトリエチルアンモニウム−1,2−ジ−O−ヘキサデシル−rac−グリセロ−3H−ホスホネートなどのリン脂質、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンチン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミン、またはへキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分を含む。本発明は、キメラ化合物であるアンチセンスオリゴヌクレオチドも含む。本発明の文脈における「キメラ」アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、2つ以上の化学的に異なる領域を含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドであり、1つは、細胞取り込みを増加させ、ヌクレアーゼ分解に対する耐性を増加させ、標的核酸に対する結合親和性を増加させ、RNaseHのリクルートを増加させるなどのための部分または成分に接続される本願に開示されるオリゴヌクレオチド配列である。例えば、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの付加領域または部分または成分は、RNA:DNAハイブリッド、またはRNA:RNA分子を切断することができる酵素の基質として機能してもよい。例として、RNaseHは、RNA:DNA二本鎖のRNA鎖を切断する細胞エンドリボヌクレアーゼである。RNaseHの活性化は、TGF−RIIをコードするmRNAである標的RNAの切断を起こすので、遺伝子発現のアンチセンス−オリゴヌクレオチド阻害の効率を大きく高めることになる。その結果、キメラオリゴヌクレオチドを用いた場合には、より短いオリゴヌクレオチドを用いて同等の成果を得られることが多い。
指示(Indications)
本発明は、中枢神経系(CNS)の感染後および炎症性疾患を含む、神経変性疾患、神経外傷、神経血管性および神経炎症性疾患の予防および治療のために本願に開示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの使用に関する。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、損傷した神経経路の再生や機能的再結合を促進するのに、および/または、神経幹細胞複製における年齢誘導減少の治療および補償に、特に有用である。
したがって、本発明の別の態様は、神経新生を活性化することにより再生神経組織を促進し、神経細胞の分化および移動を可能にし、新たな神経細胞の解剖学的および機能的神経回路への統合を誘導するための、本願に開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関する。
本発明の更なる態様は、神経系に損傷を有する、または線維化もしくは幹細胞ターンオーバーの損失によって誘導される他の臓器系に損傷を有する患者における再生および臨床的(構造的)修復を促進するための、本願において開示されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関する。
さらに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、年齢、炎症または遺伝子欠損によって誘発される神経幹細胞複製の減少における補償および処置のために有用である。
本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RII発現を阻害し、その結果、上方調節された、または向上したTGF−RIIおよび/またはTGF−RIIレベルに関連する疾患の治療に用いられる。
したがって、本発明の別の態様は、神経変性疾患、神経炎症性疾患、外傷性、または外傷後疾患、血管性、またはより正確には神経血管性疾患、低酸素障害、感染後中枢神経系疾患、線維性疾患、過剰増殖性疾患、癌、腫瘍、老人性難聴、および老人性遠視の予防および治療におけるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関する。
用語「神経変性疾患」または「神経疾患」または「神経炎症性障害」は、中枢または末梢神経系に影響を与える任意の疾患、障害、または状態に関し、ADHD、エイズ−神経合併症、透明中隔の欠損、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、副腎白質ジストロフィー、脳梁の欠損、認知不能症、アイカルディ症候群、アレクサンダー病、アルパーズ病、交代性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、無酸素症、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド−キアリ奇形、動静脈奇形、アスパルテーム、アスペルガー症候群、毛細血管拡張性運動失調症、運動失調症、注意欠陥多動性障害、自閉症、自律神経機能障害、背痛、バース症候群、バッテン病、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本能性眼瞼けいれん、良性限局性筋委縮、良性頭蓋内圧亢進症、ベルナール−ロス症候群、ビンスワンガー病、眼瞼痙攣、ブロッホ−ザルツバーガー症候群、腕神経叢出生時外傷、腕神経叢外傷、ブラッドベリー−エグルストン症候群、脳動脈瘤、脳損傷、脳および脊髄腫瘍、ブラウン−セカール症候群、球脊髄性筋萎縮症、カナヴァン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿血管腫、海綿状奇形、中央頸髄症候群、中心性脊髄症候群、中枢性疼痛症候群、頭部障害、小脳変性症、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化、脳萎縮、脳性脚気、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳−眼−顔−骨格症候群、シャルコー−マリー−トゥース病、キアリ奇形、舞踏病、有棘赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎(CIDP)、慢性起立失調、慢性疼痛、コケイン症候群タイプII、コフィン−ローリー症候群、遷延性植物状態を含む昏睡、複合局所疼痛症候群、先天性顔面神経対まひ、先天性重症筋無力症、先天性ミオパシー、先天性血管海綿状奇形、基底核変性症、頭蓋動脈炎、頭蓋骨癒合
、クロイツフェルト−ヤコブ病、累積外傷性障害、クッシング症候群、巨大細胞封入体病(CIBD)、サイトメガロウイルス感染、ダンシングアイ−ダンシング脚症候群、ダンディ−ウォーカー症候群、ドーソン病、ドモルシア症候群、デジェリン−クルンプケ麻痺、多発梗塞性認知症、皮質性痴呆、レビー小体型認知症、皮膚筋炎、発達性統合運動障害、デビック症候群、糖尿病性神経障害、びまん性硬化症、ドラベ症候群、自律神経障害、書字障害、失読症、嚥下困難、統合運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん脳症、エンプティセラ症候群、脳炎嗜眠性脳炎、脳炎および髄膜炎、脳瘤、脳症、脳3叉神経領域血管腫症、てんかん、エルブ麻痺、エルブ−デュシェンヌおよびデジェリン−クルンプケ麻痺、ファブリ病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化、家族性痙攣麻痺、熱性発作(例えば、GEFSおよびGEFSプラス)、フィッシャー症候群、フロッピー乳児症候群、フリードライヒ運動失調症、ゴーシェ
病、ゲルストマン症候群、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー病、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、球様細胞白質萎縮症、舌咽神経痛、ギラン−バレー症候群、HTLV−1関連脊髄症、ハレルフォルデン−スパッツ病、頭部外傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面痙攣、交代性片麻痺、遺伝性神経障害、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、耳帯状疱疹、帯状疱疹、平山症候群、全前脳欠損症、ハンチントン病、水頭無脳症、正常圧水頭症正常圧、水頭症(特に、TGF−β誘発水頭症)、水脊髄症、副腎皮質機能亢進、過眠症、高血圧症、低血圧症、低酸素症、免疫介在脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、乳児低血圧症、乳児フィタン酸蓄積症、乳児レフサム病、乳児けいれん、炎症性筋疾患、腸性リポジストロフィー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内高血圧、アイザック症候群、ジュベール症候群、カーンズセイヤー症候群、ケネディー病、キンスボーン(Kinsbourne)症候群、クライン−レビン症候群、クリッペル−フェイル症候群、クリッペル−トレノニー症候群(KTS)、クリューヴァー−ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルバーグ−ヴェランダー病、クールー病、ランバート−イートン筋無力症候群、ランドー−クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、外側髄症候群、学習障害、リー病、レノックス−ガストー症候群、レッシュ−ナイハン症候群、白質ジストロフィー、レヴァイン−クリッチュリー症候群、レビー小体型認知症、間脳腫瘍、ロックイン症候群、ルーゲーリッグ病、神経学的後遺症、ライム病の神経学的合併症、マチャド−ジョセフ病、巨大脳髄症、巨脳症、メルカーソン−ローゼンタール症候群、髄膜炎、メンケス病、知覚異常性大腿神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラーフィッシャー症候群、軽度の脳卒中、ミトコンドリア筋症、メビウス症候群、単肢筋萎縮症、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピド症、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症(MS)、多系統萎縮症(MSA−CおよびMSA−P)、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、ミエリン破壊性びまん性硬化症(myelinoclastic diffuse sclerosis)、乳児のミオクロニー脳症、ミオクローヌス、先天性ミオパシー、甲状腺中毒性ミオパシー、ミオパシー、先天性筋緊張症、筋緊張症、ナルコレプシー、神経有棘赤血球症、脳鉄蓄積を有する神経変性症、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、エイズの神経学的合併症、ポンペ病の神経症状、視神経オプティカ、神経性筋緊張病、神経セロイドリポフスチン症、神経遊走障害、遺伝性ニューロパシー、神経サルコイドーシス、神経毒性、海綿静脈母斑、ニーマン−ピック病、オサリバン−マクラウド症候群、後頭神経痛、オカルト脊椎管癒合異常配列、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌスミオクローヌス、起立性低血圧、濫用症候群、慢性疼痛、腫瘍随伴症候群、感覚異常、パーキンソン病、先天性パラミオトニア、発作性舞踏病、発作性片側頭痛、ペイリー−ロンベルグ病、ペリツェウス−メルツバッハー病、ペナ ショッカー症候群II型、神経周囲嚢胞、周期性麻痺、末梢神経障害、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フィタン酸貯留病、ピック病、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポストポリオ症候群、帯状疱疹後神経痛、後感染性脳脊髄炎、体位性低血圧、体位性起立性頻拍症候群、体位頻拍症候群、原発性側索硬化症、プリオン病、進行性顔面半側萎縮症、進行性脊髄ろう、進行性多病巣性白質脳症、進行性硬化
性ポリオジストロフィー、進行性核上性麻痺、偽性脳腫瘍、ピリドキシン依存性およびピリドキシン応答性発作性疾患、ラムジーハント症候群I型、ラムジーハント症候群タイプII型、ラスムッセン脳炎および他の自己免疫てんかん、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、乳児レフスム病、レフスム病、反復運動障害、反復的ストレス傷害、むずむず脚症候群、レトロウイルス関連脊髄症、レット症候群、ライ症候群、ライリー−デイ症候群、SUNCT頭痛、仙骨神経根嚢胞、聖ヴァイタス舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、発作性疾患、中隔視神経異形成症、乳児重症ミオクロニーてんかん(SMEI)、揺さぶられっ子症候群、帯状疱疹、シャイ−ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙縮、脊椎披裂、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳萎縮、スティール−リチャードソン−オルシェウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、脳卒中、スタージ−ウェーバー症候群、亜急性硬化性汎脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、嚥下障害、シデナム舞踏病、失神、梅毒脊髄硬化症、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄癆、遅発性ジスキネジア、ターロブ嚢胞、テイ−サックス病、側頭動脈炎、繋留脊髄症候群、トムセン病、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパシー、三叉神経痛、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性虚血発作、伝染性海綿脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、震え、三叉神経痛、熱帯性痙性不全対麻痺症、結節性硬化症、血管勃起性腫瘍、側頭動脈炎を含む血管炎、フォンエコーノモ病、フォンヒッペル−リンダウ病(VHL)、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルク症状群、ウェルドニッヒ−ホフマン病、ウェルニッケ−コルサコフ症候群、ウェスト症候群、ウィップル病、ウィリアムス症候群、ウイルソン病、X連鎖球脊髄性筋萎縮症、ゼルウィガー症候群を含む。
神経変性疾患および神経炎症性疾患の好ましい例は、
アルツハイマー病、パーキンソン病、クロイツフェルトヤコブ病(CJD)、クロイツフェルトヤコブ病の新しい変異体(nvCJD)、ハレルフォルデン スパッツ病、ハンチントン病、多系統萎縮症、認知症、前頭側頭型認知症、複数の自発的または遺伝的背景の運動ニューロン障害、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、脊髄筋萎縮症、小脳萎縮症(SCAs)、統合失調症、情動障害、大うつ病、髄膜脳炎、細菌性髄膜脳炎、ウイルス性髄膜脳炎、CNS自己免疫疾患、多発性硬化症(MS)、急性虚血性/低酸素性病変脳卒中、CNSおよび脊髄外傷、頭および脊椎の外傷、脳外傷性傷害、動脈硬化、アテローム性動脈硬化症、微小血管症性認知症痴呆、ビンスワンガー病(白質希薄化)、網膜変性症、蝸牛変性症、黄斑変性症、蝸牛難聴、エイズ関連認知症、網膜色素変性症、脆弱X関連震え/失調症候群(FXTAS)、進行性核上性麻痺(PSP)、線条体黒質変性症(SND)、オリーブ橋小脳変性症(OPCD)、シャイドレーガー症候群(SDS)、年齢依存性記憶欠損、認知症関連神経発達障害、ダウン症候群、シヌクレイノパチー、スーパーオキシドジスムターゼ変異、ハンチントン病気のようなトリヌクレオチド反復障害、外傷、低酸素症、血管疾患、血管炎症、CNS老化、
を含む、またはからなる群から選択される。また幹細胞更新の年齢依存的減少であってもよい。
神経変性疾患および神経炎症性疾患の特に好ましい例は、
アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、水頭症(特に、TGFβ−誘導水頭症)、脊髄損傷などの、CNSの、および脊髄の、外傷、頭部の、および脊椎の外傷、脳外傷性傷害、網膜変性症、黄斑変性症、蝸牛難聴、エイズ関連認知症、ハンチントン病のようなトリヌクレオチド反復障害、およびCNS老化、
を含む、または、からなる群から選択される。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、線維性疾患の予防および治療にも有用である。線維化または線維性疾患は、修復性または反応性プロセスにおける器官または組織の過剰
な繊維状結合組織の形成である。これは、反応性、良性、または病理学的状態であることができる。損傷に応答して、これは瘢痕と呼ばれ、線維化が単一細胞系列から発生する場合、線維腫と呼ばれる。生理学的に、これは、細胞外マトリックスを堆積させるために作用し、基になる器官または組織の構造および機能を消し去ることができる。線維化は、繊維組織の過剰堆積の病理学的状態、および治療における結合組織堆積の過程を説明するために使用することができる。線維化は、コラーゲンおよびグリコサミノグリカンを含む結合組織を形作るために刺激された細胞を含む過程である。続いて間質の間のマクロファージおよび損傷を受けた組織は、TGF−βを放出する。TGF−βは、結合組織を堆積させる線維芽細胞の増殖および活性化を刺激する。TGF−βレベルを減らすことは、結合組織の形成を減少させるので、線維化を防ぎ、治療する。
線維性疾患の例は、
肺:・肺線維症
・特発性肺線維症(特発性は原因が不明であることを意味する)
・嚢胞性線維症
肝臓:・多発性起源肝硬変
心臓:・心筋線維症
・古い心筋梗塞
・心房線維症
その他:・縦隔線維症(縦隔の軟組織)
・緑内障(眼、眼の)
・骨髄線維症(骨髄)
・後腹膜線維症(後腹膜腔の軟組織)
・進行性塊状線維症(肺);石炭労働者じん肺症の合併症
・腎性全身性線維症(皮膚)
・クローン病(腸管)
・ケロイド(皮膚)
・強皮症/全身性硬化症(皮膚、肺)
・関節線維化(膝、肩、他の関節)
・ペイロニー病(陰茎)
・デュプイトラン拘縮(手、指)
・癒着性関節包炎のいくつかの形態(肩)
・ループスエリテマトーデス後のレジデュー(residuums)
である。
したがって、本発明の他の態様は、肺線維症、嚢胞性線維症、肝硬変、心内膜心筋線維症、陳旧性心筋梗塞、心房線維症、縦隔線維症、骨髄線維症、後腹膜線維症、進行性塊状線維症、腎性全身性線維症、原発開放隅角緑内症のような緑内障、クローン病、ケロイド、全身性硬化症、関節線維症、ペイロニー病、デュプイトラン拘縮、およびループスエリテマトーデス後のレジデューの、予防および/もしくは治療のためのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用、または、予防および/もしくは治療のための医薬組成物の調製のためのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関する。
本発明の更に別の態様は、過剰増殖性疾患、癌、腫瘍およびそれらの転移の予防および/または治療のためのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関し、または、過剰増殖性疾患、癌、腫瘍およびそれらの転移の予防および/または治療のための医薬組成物の調製のためのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用に関する。
過剰増殖性疾患、癌、腫瘍の例は、腺癌、黒色腫、急性白血病、聴神経腫瘍、乳頭部癌腫、肛門癌、星状細胞腫、基底細胞癌、膵癌、デスモイド腫瘍、膀胱癌、気管支癌、非小
細胞肺癌(NSCLC)、乳癌、バーキットリンパ腫、コーパス癌、CUP−症候群(原発不明の癌腫)、大腸癌、小腸癌、小腸腫瘍、卵巣癌、子宮内膜癌、上衣腫、上皮癌型、
ユーイング腫瘍、消化管腫瘍、胃癌、胆嚢癌、胆嚢癌腫、子宮癌、子宮頸癌、子宮頸部、神経膠芽細胞腫、婦人科腫瘍、耳、鼻および喉の腫瘍、血液学的新生組織形成、有毛細胞白血病、尿道癌、皮膚癌、皮膚精巣癌、脳腫瘍(星状細胞腫、乏突起膠細胞、髄芽細胞腫
、PNET、混合膠腫、などのグリオーマ)、脳転移、睾丸癌、脳下垂腫瘍、カルチノイ
ド、カポジ肉腫、喉頭癌、生殖細胞腫、骨癌、結腸直腸癌、頭頸部腫瘍(耳、鼻、喉領域の腫瘍)、大腸癌、頭蓋咽頭腫、口腔癌(口領域および唇上の癌)、中枢神経系の癌、肝臓癌、肝転移、白血病、眼瞼腫瘍、肺癌、リンパ節癌(ホジキン/非ホジキン)、リンパ腫、胃癌、悪性黒色腫、悪性新生物、悪性消化管腫瘍、乳癌、直腸癌、髄芽腫、メラノーマ、髄膜腫、ホジキン病、菌状息肉腫、鼻癌、神経鞘腫、神経芽細胞腫、腎癌、腎細胞癌、非ホジキン病リンパ腫、乏突起膠腫、食道癌、溶骨性癌、および骨形成性癌、骨肉腫、卵巣癌、膵癌、陰茎癌、形質細胞腫、頭頸部扁平上皮癌(SCCHN),前立腺癌、咽頭癌、直腸癌、網膜芽細胞腫、腟癌、甲状腺癌、シュネーベルガー病、食道癌、スピナリオムズ(spinalioms)、T−細胞リンパ腫(菌状息肉症)、胸腺腫、管癌、眼(eye)/眼(ocular)腫瘍、尿道癌、泌尿器腫瘍、尿路上皮癌、外陰部癌、疣贅出現(wart appearance)、軟部組織腫瘍、軟組織肉腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、および舌癌、を含む、または、からなる群から選択される。
用語「癌」は、好ましくは、
肺癌腫のような肺癌;肝細胞癌などの肝臓癌;黒色腫、または悪性黒色腫;膵上皮癌または膵腺癌などの膵癌;結腸直腸腺癌などの大腸癌;胃癌または胃癌腫;乳癌;悪性星細胞腫;前立腺癌;胃癌腫のような;急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、単球性白血病、前骨髄球性白血病、リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、リンパ性白血病および急性リンパ性白血病などの白血病;組織球性リンパ腫などのリンパ腫、
からなる、または含む群から選択される癌に関する。
過剰増殖性疾患、癌、腫瘍およびそれらの転移の治療のために、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、例えば、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、または13日のような3日〜2週間の間、例えば、6日、7日、または8日のような約1週間、の定期的な間隔(投与間隔、DI)で投与してもよい。適切に少なくとも2回投与は、3、4、5、6、7、8、9、または10用量などが、2回投与の間にDI期間で、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの各投与間のそれぞれの投与間隔(DI)で提供される。各投与量間のDl期間は、例えば、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、または13日のような3日〜2週間の間、例えば、6日、7日、または8日のような約1週間と同じでよい。
好ましくは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの各用量は、例えば、約0.5mg/kg、約1mg/kg、約2mg/kg、約3mg/kg、約4mg/kg、約5mg/kg、約6mg/kg、約7mg/kg、約8mg/kg、約9mg/kgなどの、約0.25mg/kg〜約10mg/kgであってもよい。いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの各用量は、約2mg/kg〜約8mg/kg、または約4mg/kg〜約6mg/kg、または約4mg/kg〜約5mg/kgであってもよい。いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの各用量は、例えば、2、3、4、5、6、7、または8mg/kg、例えば、6mg/kgなどのような、少なくとも2mg/kgである。いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドのための投与計画は、初期投与計画の後に、例えばアンチセンス−オリゴヌクレオチドが投与されていない休止期間後に繰り返されてもよい。このような休止期間などは、約3週間もしくは約4週間、または約5週間もしくは約6週間のような期間で2週間を超えてもよい。いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドの
ための投与計画は、一週間投与であり、3回、4回、または5回と繰り返される。この投与計画は、その後、例えば、約4週間のような約3〜5週間などの休止期間後に、繰り返される。いくつかの実施形態において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、初期投与計画の間に、2〜10投与が4日〜13日の定期的な投与間隔(DI)で投与される。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドの投与は、通常、皮下、筋肉内、静脈内または腹腔内投与などの非経口投与によって行われる。
図1は、アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の阻害効果を示す。DNAは細胞の核にあるPre−mRNAに転写され、アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)は、(右側から第一のASO、および左側から第一のASOによって表されるような)エキソン内で、または(右側から第二のASOによって表されるような)イントロン内で、または、(左側から第二のASOによって表されるような)エキソン領域および隣接イントロン領域からなるアロケーションで、相補的な配列に結合、またはハイブリダイズすることができる。転写後修飾によって、すなわちスプライシングによって、mRNAは、蛋白質配列へとmRNAの翻訳するのを阻害するために細胞の細胞質において、結合、またはハイブリダイズすることができるように形成される。したがって、ASOは、標的遺伝子およびタンパク質発現を選択的にノックダウンする。 図2は、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドがギャップマーである場合に特に領域Bにおいて、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドに含まれていてもよい、非LNAユニットである、ヌクレオシドユニット(ヌクレオチド間結合なし)、またはヌクレオチドユニット(ヌクレオチド間結合あり)を示す。 図3は、TGF−βおよび神経幹細胞、癌幹細胞、および腫瘍へのTGF−βの影響を示す。TGF−βは、神経幹細胞の増殖を阻害する。これは、癌幹細胞への移行に影響を与え得り、このことはTGF−β成長制御から逃れるかもしれない。後に、腫瘍の進行において、TGF−βは癌遺伝子として作用し;さらに血管新生を促進し、免疫系を抑制することで腫瘍の増殖を促進する。さらに、細胞遊走を促進することにより細胞を転移に駆動させる。 図4は、5’末端で3個のLNAユニット(『C』および『Ab』および『Tb』)、および3’末端で4個のLNAユニット(『Ab』および『Gb』および『Tb』および『Ab』)、およびLNA断片の間に9個のDNAヌクレオチド(dG、dA、dA、dT、dG、dG、dA、dC、およびdC)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最初のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)である、16個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.218bのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5’−3'
4217 16 218b『C*b1sAb1sTb1』sdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCs『Ab1sGb1sTb1sAb1
図5:ASO(Seq.ID No.218b)処理は、細胞内pSmad2タンパク質減少につながる。A549(図5A)およびReNcell CX(登録商標)(図5B)細胞において、それぞれ72時間または96時間、ASO Seq.ID No.218bを用いて裸の(gymnotic)転移後、pSmad2(左カラム、赤)に対する抗体で標識化する。核DNAはDAPI(中央カラム、青)を用いて染色された。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b。 図6:ASO(Seq.ID No.218c)処理は、細胞内pSmad2タンパク質減少につながる。A549(図6A)およびReNcell CX(登録商標)(図6B)細胞において、それぞれ72時間または96時間、ASO Seq.ID No.218cを用いて裸の(gymnotic)転移後、pSmad2(左カラム、赤)に対する抗体で標識化する。核DNAはDAPI(中央カラム、青)を用いて染色された。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218c。 図7:TGF−β1の存在下で、ASO(Seq.ID No.218b)処理は、TGF−RIImRNAの下方調節につながる。TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図7A)およびReNcell CX(登録商標)(図7B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後、TGF−RIImRNAの強力な下方調節。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。mRNAの発現レベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1、±=SEM、p<0.05、Aに関して**p<0.01、E+Bに関して++p<0.01。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「テューキー(Tukey’s)」ポストホック比較(post hoc comparison)によって算出された。 図8:TGF−β1の存在下で、ASO(Seq.ID No.218c)処理は、TGF−RIImRNAの下方調節につながる。TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図8A)およびReNcell CX(登録商標)(図8B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後、TGF−RIImRNAの強力な下方調節。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。mRNAの発現レベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、D=Seq.ID No.218c、E=TGF−β1、±=SEM、p<0.05、Aに関して**p<0.01、E+Bに関して++p<0.01。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「テューキー(Tukey’s)」ポストホック比較(post hoc comparison)によって算出された。 図9は、5’末端で2個のLNAユニット(『Gb』および『Tb』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『Ab』および『Gb』および『C』)、およびLNA断片の間に11個のDNAヌクレオチド(dA、dG、dT、dG、dT、dT、dT、dA、dG、dG、およびdG)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最後のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)である、16個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.209yのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5'−3'
2064 16 209y 『Gb1sTb1s』dAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGs『Ab1sGb1sC*b1

図10は、5’末端で4個のLNAユニット(『Gb』および『C』および『Tb』および『Ab』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『Gb』および『Tb』および『Tb』)、およびLNA断片の間に9個のDNAヌクレオチド(dT、dT、dT、dG、dG、dT、dA、dG、およびdTs)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から二番目のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)である、16個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.210qのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5'−3'
2072 16 210q 『Gb1sC*b1sTb1sAb1s』dTsdTsdTsdGsdGsdTsdAsdGsdTs
『Gb1sTb1sTb1
図11:TGF−β1の存在下で、ASO(Seq.ID No.218b)処理は、CTGFmRNAの下方調節につながる。TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図11A)およびReNcell CX(登録商標)(図11B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後、CTGFmRNAの強力な下方調節。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。mRNAの発現レベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子GNB2L1と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1、±=SEM、p<0.05、Aに関して**p<0.01、E+Bに関して++p<0.01。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「テューキー(Tukey’s)」ポストホック比較(post hoc comparison)によって算出された。 図12:TGF−β1存在下において、ASO(Seq.ID No.218b)処理は、CTGF細胞内タンパク質の減少につながる。CTGFタンパク質発現は、TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図12A)およびReNcell CX(登録商標)(図12B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後に減少した。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。細胞をCTGFに対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図13:TGF−β1存在下において、ASO(Seq.ID No.218b)処理は、細胞内pSmad2タンパク質の減少につながる。pSmad2タンパク質発現は、TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図13A)およびReNcell CX(登録商標)(図13B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後に減少した。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。細胞をpSmad2に対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図14:TGF−β1存在下において、ASO(Seq.ID No.218c)処理は、CTGFmRMAの下方調節につながる。TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図14A)およびReNcell CX(登録商標)(図14B)細胞における、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後のCTGFmRNAの強力な下方調節。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。mRNA発現レベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子GNB2L1と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、D=Seq.ID No.218c、E=TGF−β1、±=SEM、p<0.05、Aに関して**p<0.01。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「ダネット(Dunnett’s)」ポストホック比較(post hoc comparisons)を用いて算出された。異なるスケールに注意する。 図15:TGF−β1存在下において、ASO(Seq.ID No.218c)処理は、CTGF細胞内タンパク質の減少につながる。CTGFタンパク質発現は、TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後に減少した。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間インキュベートされた。細胞をCTGFに対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218c、E=TGF−β1。 図16:TGF−β1存在下において、ASO(Seq.ID No.218c)処理は、細胞内pSmad2タンパク質の減少につながる。pSmad2タンパク質発現は、TGF−β1プレインキュベートされた(48時間)A549(図16A)およびReNcell CX(登録商標)(図16B)細胞において、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後に減少した。ASOは、TGF−β1の存在下で72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。細胞をpSmad2に対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、D=Seq.ID No.218c、E=TGF−β1。 図17:ASO(Seq.ID No.218c)プレ処理、および続くTGF−β1共曝露は、TGF−RII膜タンパク質の減少につながる。TGF−RIIタンパク質は、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後、続くTGF−β1(48時間)A549(図17A)およびReNcell CX(登録商標)(図17B)細胞の共曝露によって減少した。ASOは、48時間TGF−β1の共曝露の前に、72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。細胞をTGF−RIIに対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図18:ASO(Seq.ID No.218b)プレ処理、および続くTGF−β1共曝露は、細胞内pSmad3タンパク質の減少につながる。pSmad3タンパク質発現は、TGF−RII特異的ASOの裸の(gymnotic)転移後、続くTGF−β1(48時間)A549(図18A)およびReNcell CX(登録商標)(図18B)細胞の共曝露によって減少した。ASOは、48時間TGF−β1の共曝露の前に、72時間、または96時間、それぞれインキュベートされた。細胞をpSmad3に対する抗体を用いて標識化した(左カラム、赤)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図19:ヒト神経前駆体ReNcell CX(登録商標)細胞における神経発生をASO(Seq.ID No.218b)は、向上させ、TGF−β1は減少させる。神経発生マーカーDCXmRNAは、本発明のASOの繰り返される裸の(gymnotic)転移後(2×96時間)にReNcell CX(登録商標)細胞において上方調節される。DCXmRNA発現の強い減少は、8日のTGF−β1曝露後に確認された。mRNAレベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子GNB2L1と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「テューキー(Tukey’s)」多重ポストホック比較(post hoc comparisons)を用いて算出された。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1、±=SEM、C 2.5μMに関して+p<0.05、C 10μMに関して#p<0.05。 図20:ヒト神経前駆体ReNcell CX(登録商標)細胞における神経発生をASO(Seq.ID No.218b)は向上させ、TGF−β1は減少させる。増殖マーカーKi67タンパク質発現は、本発明のASOの繰り返される裸の(gymnotic)転移後(2×96時間)にReNcell CX(登録商標)細胞において増加する。減少したKi67タンパク質発現を、8日のTGF−β1曝露後に確認した。細胞をKi67に対する抗体を用いて標識化した(左カラム、緑)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図21:増殖条件にもかかわらず、ASO(Seq.ID No.218b)は、ヒト神経前駆体ReNcell CX(登録商標)細胞における分化を向上させる。ReNcell CX(登録商標)における神経マーカーNeuN(図23A、左カラム、赤)、およびβIII−チューブリン(図23A、左カラム、赤)を観察した。ASO処理を、増殖条件下、最初の4日間適用し、続いて、さらに4日間、増殖条件下(+EGF/FGF)、または分化条件下(−EGF/FGF)にした。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1、+EGF/FGF=増殖、−EGF/FGF=分化。 図22:TGF−β誘導神経幹細胞増殖停止からのASO−介在(Seq.ID No.218b)レスキュー。ヒト神経前駆体ReNcell CX(登録商標)細胞増殖は、7日間のTGF−β1曝露、続いて8日間のASO処理の有り、または無しで観察された。TGF−β1プレ−インキュベーション後7日でGFAP(図24A)、Ki67(図24B)およびDCX(図24C)の上方調節は、幹細胞増殖の回復を示す。mRNAの発現レベルを、定量的リアル−タイムRT−PCRを用いてハウスキーピング遺伝子GNB2L1と比較して定量化し、未処理コントロールに正規化した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1、±=SEM、Aに関してp<0.05、統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いて「テューキー(Tukey’s)」ポストホック比較(post hoc comparison)を用いて算出された。 図23:ASOは、ヒト肺癌細胞(A549)の増殖を減少させる。増殖マーカーKi67タンパク質発現は、本発明のASOの裸の(gymnotic)転移後(72時間)にA549細胞において減少する。減少したKi67タンパク質発現を確認した(左カラム、緑)。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図24:ASOは、様々なヒト腫瘍細胞系列の増殖を減少させる。HPAFII、K562、MCF−7、Panc−1、およびHTZ−19細胞を、4×72時間、本発明のASOに曝し、増殖を光学顕微鏡検査によって分析した(ニコン(Nikon)、TS−100(登録商標)F LED)。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b。 図25:ASO処理は、神経抗線維性効果を媒介し、細胞ストレスを改善する。ReNcell CX(登録商標)細胞は、TGF−β1プレインキュベーション(48時間)、続いて、本発明のASOの裸の(gymnotic)転移、および96時間のTGF−β1処理を伴う共曝露後に観察された。細胞を、CTGF(図29A、左カラム、赤)、FN(図29B、左カラム、緑)およびファロイジン(アクチン−細胞骨格、図29C、左カラム、赤)に対する抗体を用いて標識化した。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図26:ASO処理は、腫瘍抗線維性効果を媒介し、細胞ストレスを改善する。A549細胞は、TGF−β1、または本発明のASOの裸の(gymnotic)転移を用いる処理後(72時間)に観察された。細胞を、FN(図30A、左カラム、緑)、ファロイジン(アクチン−細胞骨格、図30B、左カラム、赤)に対する抗体を用いて標識化した。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図27:ASO処理は、腫瘍抗線維性効果を媒介する。A549ヒト肺癌細胞は、TGF−β1プレインキュベーション(48時間)、続いて、本発明のASOの裸の(gymnotic)転移、および72時間のTGF−β1処理を伴う共曝露後に観察された。細胞を、CTGF(図31A、左カラム、赤)、FN(図31B、左カラム、緑)に対する抗体を用いて標識化した。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、C=Seq.ID No.218b、E=TGF−β1。 図28:ASO処理は、腫瘍抗線維性効果を媒介する。A549ヒト肺癌細胞は、TGF−β1プレインキュベーション(48時間)、続いて、本発明のASOの裸の(gymnotic)転移、および72時間のTGF−β1処理を伴う共曝露後に観察された。細胞を、CTGF(図32A、左カラム、赤)、およびFN(図32B、左カラム、緑)に対する抗体を用いて標識化した。核DNAはDAPIを用いて染色された(中央カラム、青)。細胞の試験は、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss) アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行われた。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。A=未処理のコントロール、B=Ref.1、D=Seq.ID No.218c、E=TGF−β1。 図29は、5’末端で2個のLNAユニット(『Gb』および『Tb』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『Ab』および『Gb』および『C』)、およびLNA断片の間に11個のDNAヌクレオチド(dA、dG、dT、dG、dT、dT、dT、dA、dG、dG、およびdG)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最後のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)を有し、5’末端および3’末端での末端基として−O−P(O)(S)OCOHを有する、16個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.209Xのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5'−3'
2064 16 209x /5SpC3s/『Gb1sTb1s』dAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGs
『Ab1sGb1sC*b1』/3SpC3s/
図30は、5’末端で4個のLNAユニット(『C』および『Gb』および『Ab』および『Tb』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『Ab』および『C』および『Ab』)、およびLNA断片の間に8個のDNAヌクレオチド(dA、dC、dG、dC、dG、dT、dC、およびdC)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最初および最後から二番目のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)を有する、15個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.152hのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列, 5'−3'
429 15 152h 『C*b1sGb1sAb1sTb1s』dAsdCsdGsdCsdGsdTsdCsdCs『Ab1sC*b1sAb1
図31は、5’末端で2個のLNAユニット(『C』および『Tbs』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『C』および『C』および『Gb』)、およびLNA断片の間に9個のDNAヌクレオチド(dC、dG、dT、dC、dA、dT、dA、dGおよびdA)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最初、最後から三番目、および二番目のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)を有する、14個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.143hのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5'−3'
355 14 143h 『C*b1sTb1s』dCsdGsdTsdCsdAsdTsdAsdGsdAs『C*b1sC*b1sGb1
図32は、5’末端で3個のLNAユニット(『C』および『Ab』および『Gb』)、および3’末端で3個のLNAユニット(『Gb』および『Tb』および『Gb』)、およびLNA断片の間に11個のDNAヌクレオチド(dG、dC、dA、dT、dT、dA、dA、dT、dA、dAおよびdA)を有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、5’末端から最初のLNAユニットは核酸塩基5−メチルシトシン(C)を有する、17個のヌクレオチドからなるギャップマーの形のSeq.ID No.213kのアンチセンス−オリゴヌクレオチドを示す。
SP L Seq ID
No 配列,5'−3'
2355 17 213k 『C*b1sAb1sGb1s』dGsdCsdAsdTsdTsdAsdAsdTsdAsdAsdAs
『Gb1sTb1sGb1
実施例
材料および方法
本願に使用されるほとんどのアンチセンス−オリゴヌクレオチド、およびオリゴヌクレオチドのコントロールまたは参照は、発明者/出願人の必要性に従って、カスタムオリゴヌクレオチドとしてEXIQONによって合成された。次の配列を有するオリゴヌクレオチドは、参照として使用された:
Ref.0=dCsdAsdGsdCsdCsdCsdCsdCsdGsdAsdCsdCsdCsdAsdTsdG(Seq.ID No.147c);
Ref.1=Ab1sAb1sCb1sdAsdCsdGsdTsdCsdTsdAsdTsdAsCb1sGb1sCb1(Seq.ID No.76);
Ref.2=Cb1sAb1sGb1sdCsdCsdCsdCsdCsdGsdAsdCsdCsdCsAb1sTb1sGb1(Seq.ID No.147m);
Ref.3=TTGAATATCTCATGAATGGA;2’−MOE−ウィングス(5ユニット5’および3’)およびホスホロチオエート連結を有する(Seq.ID No.80);
Ref.4=;CAGAAGAGCTATTTGGTAGT、2’−MOE−ウィングス(5ユニット5’および3’)およびホスホロチオエート連結を有する(Seq.ID No.82);
Ref.5=TGGTAGTGTTTAGGGAGCCG(Seq.ID No.85),
Ref.6=GTGCAGGGGAAAGATGAAAA(Seq.ID No.344),
Ref.7=GAGCTCTTGAGGTCCCTGTG(Seq.ID No.345),
Ref.8=AGCCTCTTTCCTCATGCAAA(Seq.ID No.346),
Ref.9=CCTTCTCTGCTTGGTTCTGG(Seq.ID No.347),および
Ref.10=GCCATGGAGTAGACATCGGT(Seq.ID No.348)。
標準手順プロトコール
細胞培養:
Figure 2021072841
Figure 2021072841
材料:
FCS(ATCC#30−2020)
ピルビン酸ナトリウム(シグマ(Sigma)#8636)
重炭酸ナトリウム(シグマ(Sigma)#S8761−100ML)
トランスフェリン(シグマ(Sigma)#T8158−100MG)
亜セレン酸ナトリウム(シグマ(Sigma)#S5261−10G)
ペニシリン/ストレプトマイシン(P/S)(シグマ−アルドリッチ(Sigma−Al
drich)#P4458)
非必須アミノ酸(AS)100×(シグマ(Sigma)#M7145)
抗生物質/抗真菌薬(シグマ(Sigma)#A5955)
MEMビタミン溶液(シグマ(Sigma)#M6895)
PBS(シグマ(Sigma)#D8537)
FGF塩基性 ヒト(ミリポア(Millipore)#GF003)
EGF ヒト(ミリポア(Millipore)#GF144)
N−2サプリメント(ライフテクノロジーズ(Life Technologies)#
17502048)
ReNcell神経幹細胞維持培地(ミリポア(Millipore)#SCM005)培養および播種細胞:
培地を除去後、細胞をPBSで洗浄し、アクターゼ(accutase)(シグマ−ア
ルドリッチ#P4458)と共にインキュベートした(5分、RT)。培養後、細胞をピー
ニングし、全培地(3ml、会社:各細胞株については表10参照)を加えた。その後、
細胞を、5mlのエッペンドルフカップに移し、遠心分離した(5分、1000rpm、RT)。1 T75−ボトル(ザルスタッド(Sarstedt)#833.910.3
02)からのペレットを、2.5mlの新鮮な培地に再懸濁した。細胞懸濁液の細胞数を、アクリジンオレンジ/ヨウ化プロピジウムアッセイ生存率キット(バイオジム(Biozym)#872045)を用いて染色することにより、ルナ(Luna)−FL(商標)自動細胞カウンター(バイオジム(Biozym)#872040)を用いて決定した。2μg/cmの濃度での実験用の細胞を播種する前に、ディッシュのラミニンコーティング(ミリポア#CC095)がReNcellCX(登録商標)細胞の接着には必要であった。ラミニン−PBS溶液のそれぞれの量を、ウェルおよびフラスコに直接与え、1.5時間37℃でインキュベートした。実験のために細胞を、それぞれの実験章の方法の部分で述べられるように播種し、収穫した。37℃、5%COで細胞を一晩インキュベーションした後、細胞を、それぞれの実験的記述に説明されているように処理した。500μlの残りの細胞懸濁液を、細胞を培養するために、10mlの新鮮な完全な培地で満たされた新しいT75−ボトルに与えた。
RNA−解析
cDNA合成のための全RNAを、製造業者の指示に従って、innuPREP(登録商標)RNAミニキット(Analytik Jena(アナリティク イエナ) #845−KS−2040250)を用いて、単離した。cDNAを合成するために、全RNA含量を、フォトメーター(エッペンドルフ、バイオフォトメーター(BioPhotometer) D30#6133000907)を用いて決定し、ヌクレアーゼフリーの水を用いて希釈した。その後、最初cDNA鎖を、製造業者の推薦に従って、iScript(商標)cDNA合成キット合成キット(バイオラッド(BioRad)#170−8891)を用いて調製した。mRNA解析のために、リアル−タイムRT−PCRを、
CFX96 Touch(商標)リアルタイムPCR検出システム(バイオラッド(BioRad#185−5196)を用いて行った。
全てのプライマーペアは、製造業者の指示(バイオラッド(BioRad)プライム(Prime) PCR クイック(Quick) ガイド(Guide))に従って、すぐに使用可能に標準化され、それぞれ使用準備済みのマスターミックス液(SsoAdvanced(商標)Universial SYBR(登録商標)Green Supermix(バイオラッド(BioRad)#172−5271)と混合された。インビボ(in vivo)実験のためのプライマーペアは個々の種に従って適合させた。
Figure 2021072841
テンプレートとして、1μlの各cDNAを使用した。逆転写されなかったRNAは、リアル−タイムRT−PCRのネガティブコントロールとして役立った。相対定量のために、ハウスキーピング遺伝子グアニンヌクレオチド−結合タンパク質サブユニット ベータ−2様1(GNB2L1)を用いた。リアル−タイムRT−PCRを、次のプロトコルで行った。
Figure 2021072841
その後、バイオラッド(BioRad) CFX マネージャー(Manager) 3.1を、GNB2L1mRNAと相対的な各mRNA−レベルの定量化に使用し、その後、未処理コントロールに正規化した。
ウェスタンブロット:
タンパク質分析のために、細胞/組織を、製造業者の指示に従って、それぞれ、M−PER(登録商標)哺乳類タンパク質抽出試薬/T−PER(登録商標)組織タンパク質抽出試薬(サーモ サイエンティフィック、#78501/#78510)を使用して溶解した。SDS−アクリルアミド−ゲル(10%)を、製造業者の指示に従って、TGX
染色(Stain) フリー(Free)(商標) ファースト(Fast) キャスト(Cast)(商標)アクリルアミドキット(バイオラッド(BioRad)#161−0183)を使用して生産した。タンパク質サンプル(20μl)を、ラムリ(Lammli)−緩衝液(6.5μl、ロティ(登録商標)−ロード(Load)1、ロス(Roth)#K929.1)を用いて1:5に希釈し、60℃で30分間インキュベートし、
タンパク質溶液の全容量をゲル上にロードした。タンパク質の分離を、パワーパック(PowerPac)(商標)ベーシック(Baseic) パワー(Power) サプライ(Supply)(バイオラッド(BioRad)#164−5050−SP)およびミニ−プロテアン(Mini−PROTEAN)(登録商標)テトラセル(Tetra cell)電気泳動チャンバー(バイオラッド(BioRad)#165−8001−SP)(200V、45分)を使用して電気泳動によって行った。電気泳動後、タンパク質
を、トランス−ブロット(Trans−Blot)(登録商標)ターボ(Turbo)転送(Transfer)システム(バイオラッド(BioRad)#170−4155SP)を使用してブロットした。ウェスタンブロッティングのための全ての材料を、トランス−ブロット(Trans−Blot)(登録商標)ターボ(Turbo)RTA PVDF−ミディ(Midi)キット(バイオラッド(BioRad#170−4273)に含めた。
ブロッティング手順のためのPVDF−膜を、メタノール(メルク#1.06009.2511)で活性化し、1×転写バッファーで平衡化した。ブロッティング(25V、1A、30分)に続いて、膜を、0.5mlのトゥイーン(Tween−20(ロス(Roth) #9127.1)を含む1×TBS(ロス(Roth)#10.60.1)を用いて洗浄(3×、10分、RT)した。その後、膜を、TBS−Tを用いて希釈された5%BSA(アルブミン−IgG−フリー、ロス(Roth)#3737.3)を用いて1時間RTでブロックし、一次抗体(TBS−T中に0.5%BSAに希釈、表13)を加え、4℃で2日インキュベートした。インビボ(in vivo)実験のための抗体を、種特異性に従って選択した。
Figure 2021072841
次の工程において、膜をTBS−T(3×10分、RT)を用いて洗浄し、2次抗体(1時間、RT、表13)を用いてインキュベートした。インキュベーション後、ブロットを、TBS−Tを用いて洗浄し、Luminata(商標)Forte ウェスタンHRP基質(ミリポア(Millipore)#WBLUF0500)を用いて出現させ、バンドを蛍光画像アナライザ(イメージクアント(ImageQuant)(商標)LAS
4000、GE ヘルスケア)を用いて検出した。その後、ブロットをTBS−Tで洗
浄し(3×10分、RT)、TBS−Tで希釈された5%BSAを有する溶液ブロックした(1時間、RT)。
ハウスキーパー比較のために、膜をHRP−共役抗アルファ−チューブリンを用いてインキュベートした(0.5%BSA溶液で1:2000、4℃、一晩)。次の日、ブロットを、Luminata(商標)Forte ウェスタンHRP基質(ミリポア(Millipore)#WBLUF0500)を用いて出現させ、バンドを蛍光画像アナライザを用いて検出した。最後に、ブロットを、TBS−Tを用いて洗浄し(3×、5分)、1×ロティ(Roti)(登録商標)−ブルー溶液(ロス(Roth)#A152.2)を
使用して染色し、RTで乾燥した。
免疫細胞化学
細胞を前記したように処理し、採取した。8ウェルのロティ(登録商標)−ヒストフィックス4%(Histofi)(ロス(Roth)#P087.4)を用いて細胞の固定
化後、、細胞培養スライドディッシュ(6分、RT)をPBSを用いて3回洗浄した。ブロッキング液(Zytomed #ZUC007−100)を用いて1時間RTで細胞を
ブロッキング後、細胞を表14に記載の各一次抗体と共にインキュベートし、4℃で一晩インキュベートした。
その後、細胞培養用スライドを、二次抗体を用いてインキュベートした後(1時間、RT)、PBSを用いて3回洗浄した。全ての抗体希釈液を、抗体希釈液(Zytomed#ZUC025−100)を用いて調製した。
Figure 2021072841
二次抗体を用いてのインキュベーションに続いて、細胞を、PBSを用いて3回洗浄し、カバーガラスを、細胞培養ディッシュから分離し、DAPIを有するVECTASHIELD(登録商標) HardSet(商標)(バイオゾル(Biozol)#VEC−
H−1500)に定着させた。スライドを、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss)、アク
シオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)の前に4℃で一晩乾燥した。画像を
、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて解析した。
インビボ(in vivo)実験
末梢血単核細胞(PBMC)アッセイ
PBMCを、500mlの完全な輸血ユニットに対応するバフィーコートから単離した。各ユニットを、健康的なボランティアから得て、クエン酸グルコースを、抗凝着剤として使用した。バフィーコート血液は、輸血医学研究所の血液銀行ズール(Blood Bank Suhl of the Institute for Transfusion Medicine)、ドイツ、によって調製され送達された。各献血は、HIV抗体
、HCV抗体、HBs抗原、TPHA、HIV RNA、およびSPGT(ALAT)のために監視された。感染症因子に対して陰性であり、通常のSPGT値を有する唯一の試験された血液サンプルを、低速遠心分離によって白血球および赤血球の分離のために使用された。PBMCの分離を、献血に続いて、フィコール−ヒストパック(Ficoll−Histopague)(登録商標)1077(ヘレウス(Heraeus)(商標)マルチフュージ(Multifuge)(商標)3SR)を用いてグラジエント遠心分離により約40時間行った。IFNαアッセイのために、PBMCを100μl完全培地プラス添加剤(RPMI1640、+L−Glu、+10%FCS、+PHA−P(5μg/ml)、+IL−3(10μg/ml)に100,000細胞/96ウェルで播種し、試験テスト化合物(5μl)を直接インキュベーションのために加えた(24時間、37℃、5%CO)。TFNαアッセイのために、PBMCを100μl完全培地w/o添加剤(RPMI1640、+L−Glu、+10%FCS)に100,000細胞/96ウェルで播種し、試験テスト化合物(5μl)を直接インキュベーションのために加えた(24時間、37℃、5%CO)。huIFNα(イーバイオサイエンス(eBioscience)、♯BMS216INSTCE)のためにELISA(プールされた上清を除く二重反復測定、20μl)を製造業者のプロトコルに従って行った。huTNFα(
イーバイオサイエンス(eBioscience)、♯BMS223INSTCE)のためにELISA(プールされた上清を除く二重反復測定、20μl)を製造業者のプロト
コルに従って行った。
bDNAアッセイ
TGF−RII mRNAレベルを、製造業者の指示に従って、bDNAアッセイによって肝臓、腎臓、および肺の溶解物で決定した(クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)キット、パノミクス(Panomics)/アフィメトリクス(Affimetrix))。
免疫蛍光
パラフィン埋め込み脊髄および頭脳の組織を、5μm断片(物質プレートごとに3〜4
スライド)に切った。パラフィン断片は、電子レンジでクエン酸バッファー中で加熱する
ことにより(10mM、40分)、脱パラフィンおよび脱マスクした。その後、脱パラフィン化断片を、0.3%Hを用いてインキュベートし(30分、RT)、PBSを用いて洗浄し(10分、RT)、ブロッキング溶液(Zytomed #ZUC007−100)を用いて30分間ブロッキングした。ブロッキング溶液(Zytomed)を用
いて1時間RTでブロッキング後、断片を、150μlの各一次抗体を用いてインキュベートし、4℃で一晩インキュベートした。PBSを用いて洗浄後(3回、5分RT)、断片を、2次抗体を用いて1時間RTでインキュベートした。全ての抗体希釈液を、抗体希釈液(Zytomed#ZUC025−100)を用いて調製した。その後、断片を、PBSを用いて再び洗浄し(3回、5分、RT)、DAPIを有するVECTASHIELD(登録商標)マウンティング(Mounting)培地(ベクター(Vector))を用いて定着させた。免疫蛍光のための抗体は、細胞培養実験に相当し、各種に適合した。
電気化学発光
免疫学的および血液学的変化のために、電気化学発光の技術(メソスケール ディスカ
バリー(MesoScale Discovery)(登録商標)、メリーランド州、米国)を使用した。各アッセイのために、25μlのタンパク質、血液、およびアルコール試料を使用し、手順を製造業者の指示に従って行った。
BrdUアッセイ
分裂細胞の標識化を、チミジン類似体BrdU(シグマ(Sigma)、シュタインハイム、ドイツ)の50mg/体重kgでの腹腔内注射によって、0.9%(w/v)NaCl溶液中に10mg/mlのBrdUを溶解した滅菌溶液を用いて行った。BrdU注射は、最後の実験週内に毎日行われた。
外科処置
慢性の中心静脈注入のために、動物は、アルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ミニポンプ(マウス、ラット、注入率:0.25μl/h、アルゼット(Alzet)(登録商標)、モデル2004年、クパチーノ(Cupertino)、米国)、またはガ
ス圧ポンプ(カニクイザル、注入率0.25ml/24時間、Tricumed(登録商標)、モデルIP2000V、ドイツ)に取り付けられたicvカニューレのために外科
処置を受けた。カニューレおよびポンプを、ケタミン/キシラチン(xylacin)麻酔(バクスター(Baxter)、GmbH、ドイツ)および半滅菌条件の下で定位的に
埋め込んだ。各浸透圧ミニポンプ/ガス圧ポンプを、動物の首に皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植され、シリコーンチューブによって、icvカニューレと接続された。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレを、右側脳室へと降ろした。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)−Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのスチール製のネジで固定した。首
の皮を縫合で閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、動物を局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)
を用いて処置し、抗生物質(sc,バイトリル(Baytril)(登録商標)2.5%
バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。チューブを、各溶液で満たした。血液、アルコール、
および組織を分析のために収集した。icv移植部位の組織学的検証を、40μm冠状面のクレシルバイオレット染色脳断片で行った。
結果パラメーターおよび機能解析
症候性疾患の発症、初期麻痺の発症および生存を、インビボ(in vivo)エンドポイントとして使用した。症候性疾患の発症を、尾懸垂に反応する脚のストレッチの欠如として定義した。歩行障害が最初に検出された時点(例えば、よろよろ歩き(hobbl
ing)またはよたよた歩く(waddling)を、初期麻痺の発症として分類された。これらのパラメーターを、年齢40日に開始して毎日決定した。
病気の進行を監視するために、ランニングホイールテスト(running wheel testing)(LMTB、ベルリン、ドイツ)を行った。動物を年齢33日に始
まるランニングホイールへのアクセスと別にケージに入れた。運動活性は、ランニングホイールにおいて各動物によって生成される1分あたりの回転と直接相関した。ホイールの各フルターンは、2つの電磁信号を誘因するホイールの各フルターンは、最大120ホイールに接続されたコンピュータに直接供給された。ランニングホイールデータを、「マウス バイタル(Maus Vital)」ソフトウェア(Laser− und Medizin−Technoligie、ベルリン、ドイツ)で分析した。評価時間は午後6
時〜午前6時の12時間持続した。
空間学習試験(モリス−水−迷路)
行動試験を、8:00と13:00との間で行った。
ラットは、可視の白色標的(直径10cm、水表面より上に約1cm上げられる)を見つけるために黒い円形のプール(直径1.4m、高さ50cm、30cmの高さに20℃
温水で満たされた)で訓練され、同じ想像上の象限(近位の手がかり)の中心に全研究が
置かれる。各動物は、12のトライアル/セッション、1日あたり1つのセッションおよび10〜20秒の試行間間隔(inter−trial−interval)を有する3つの連続したセッションにおいてプラットフォームに移動するように訓練された。
微生物学的分析
アンチセンス−オリゴヌクレオチド試料は、Phに応じて微生物学的に分析された。Eur.2.6.12、USP30<61> 全好気性微生物数(TAMC)、および酵母とカビの全合計数(TYMC)に関する。
アニオン交換高速液体クロマトグラフィー(AEX−HPLC)
アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)試料の完全性および安定性を、AKTAexplore(商標)システム(GE ヘルスケア(healthcare)、フライブルク(Freiburg)、ドイツ)を用いてAEX−HPLCによって決定した。精
製されたASO試料をエタノール沈殿により脱塩した。ASOの同一性を、エレクトロスプレーイオン化質量分析法(ESI−MS)によって確認され、純度を、Dionex DNAPac(商標)200(4×250mm)カラムを用いてAEX−HPLCによって決定した。
実施例1:mRNAレベルにおける本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの阻害活性の決定
1.1アンチセンス−オリゴヌクレオチドのトランスフェクション
TGF−RIIに向けられるいくつかのアンチセンスオリゴヌクレオチドの阻害活性を、ヒト上皮肺癌細胞(A549)で試験した。TGF−RIImRNAを、TGF−RII特異的オリゴヌクレオチドとともにインキュベートした細胞から分離された全mRNAにおける分岐DNAアッセイにより定量した。
方法の説明:
細胞を上述のように得て、培養した。アンチセンス−オリゴヌクレオチドのトランスフェクションを、96ウェルプレート上で10,000A549細胞/ウェルを播種した後に直接行い、製造業者によって記述されるように、リポフェクトアミン(登録商標)2000(インビトロジェン GmbH、カールスルーエ(Karlsruhe)、ドイツ、cat.No.11668−019)を用いて行った。4反復で行われた2つの独立した
単回投与実験において、オリゴヌクレオチドは、20nMの濃度でトランスフェクトされた。トランスフェクション後、細胞を加湿器(ヘレウス(Heraeus)GmbH、ハ
ーナウ(Hanau)、ドイツ)で24時間、37℃で、5%COでインキュベートし
た。TGF−RIImRNAの測定のために、細胞を、分岐DNA(bDNA)の単離のために、QuantiGene(登録商標)Exploreキット(パノミクス(Panomics)、フリーモント(Fremont)、カリフォルニア州、米国、cat.No.QG0004)の製造業者によって推奨される手順にしたがって、収穫し、53℃で溶解した。ハウスキーピング遺伝子グリセルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)mRNAの定量のために、クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)Exploreキットを使用し、一方、TGF−RIImRNAの定量を、クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)2.0(Axolabs GmbH、ク
ルムバッハ(Kulmbach)、ドイツのカスタム製造)を用いて行った。インキュベ
ートおよび溶解後、10μl溶解物を、ヒトTGF−RIIおよびヒトGAPDHに特異的なプローブセットと共にインキュベートした。両方の反応型を、それぞれのクアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)キットのための製造業者のプロトコルに従って処理した。化学発光を、ベクター(Vector)(商標)マルチラベル(multilabel)カウンター(counter)(パーキン エルマー(Perkin Elmer)、ヴィースバーデン(Wiesbaden)、ドイツ)で、RLU(相対光単
位)として測定し、TGF−RIIプローブセットを用いて得られた値を、ウェル毎にそれぞれのGAPDHに正規化し、その後、モック処理細胞から対応するmRNAの読み出し(readout)に正規化した。
結果
結果は、A549細胞のトランスフェクション後に様々なASOによりTGF−RIIの効率的な下方調節を示す。参照オリゴヌクレオチドRef.6〜Ref.10のトランスフェクション後の下方調節は、効率的ではないとして60%を超える下方調節に結果的にならなかった。
Figure 2021072841
結果
TGF−RIImRNAは、本発明のASOによって効果的に標的にされた。言及されたASOは、A549細胞のトランスフェクション後の効率的な標的mRNA下方調節を
達成した。
1.2 アンチセンス−オリゴヌクレオチドの裸の(Gymnotic)取り込み
1.2.1a A549およびPanc−1−細胞における裸の(gymnotic)送達による本発明のASOおよび先行技術配列の両方の標的ノックダウンの比較
TGF−RIIに向けられる様々なアンチセンス−オリゴヌクレオチドの下方調節活性を、ヒト上皮肺腫瘍細胞においてトランスフェクション試薬なしの直接的な取り込み(「裸の(gymnotic)取り込み」)によって試験した。TGF−RIImRNAを、TGF−RII特異的オリゴヌクレオチドと共にインキュベートした細胞から単離された全mRNAにおいて、分岐DNAアッセイにより定量化した。
方法の説明
細胞を一般的な方法に記載されるように得て、培養した。アンチセンス−オリゴヌクレオチドの裸の(Gymnotic)送達を、各アンチセンス−オリゴヌクレオチドと共に96ウェルプレートを調製し、続いて10,000細胞(Panc−1)または8,000細胞(A549)/ウェルを播種することによって、行った。実験を4反復で行い、オリゴヌクレオチドを、最終濃度5μM(Panc−1)および7.5μM(A549)で使用した。細胞を加湿インキュベーター(ヘレウス(Heraeus)GmbH、ハーナ
ウ(Hanau)、ドイツ)で72時間、37℃で、および5%COでインキュベート
した。TGF−RIImRNAの測定のために、細胞を、分岐DNA(bDNA)のために、クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)Exploreキット(パノミクス(Panomics)、フリーモント(Fremont)、カリフォルニア州、米国、cat.No.QG0004)の製造業者によって推奨される手順に従って、収穫し、53℃で溶解した。ハウスキーピング遺伝子GAPDHmRNAの定量のために、クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)Exploreキットを使用し、一方、TGF−RIImRNAの定量を、クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)2.0(Axolabs GmbH、クルムバッハ(Kulmbach)、ドイツの
カスタム製造)を用いて行った。インキュベートおよび溶解後、10μl溶解物を、ヒト
TGF−RIIおよびヒトGAPDHに特異的なプローブセットと共にインキュベートした。両方の反応型を、それぞれのクアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)キットのための製造業者のプロトコルに従って処理した。化学発光を、ベクター(Vector)(商標)マルチラベル(multilabel)カウンター(counter)(パーキン エルマー(Perkin Elmer)、ヴィースバーデン(Wiesbaden)、ドイツ)で、RLU(相対光単位)として測定し、TGF−RIIプローブ
セットを用いて得られた値を、ウェル毎にそれぞれのGAPDHに正規化し、その後、PBS処理細胞から対応するmRNAの読み出し(readout)に正規化した。
選択された結果を、表16aに示す。Seq.ID No.209ay、Seq.ID
No.209ax、およびSeq.ID No.209yの更なる修飾体、すなわち、明細書の表6において列挙されるASOは、これら3個のアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同程度の値を示した。さらに、Seq.ID No.152hの修飾体、すなわち、明細書の表5において列挙されるASOは、このアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同程度の値を示した。Seq.ID No.218bの修飾体、すなわち、明細書の表8において列挙されるASOは、このアンチセンス−オリゴヌクレオチドSeq.ID No.218bと同程度の値を示した。Seq.ID No.213kの修飾体、すなわち、明細書の表9において列挙されるASOは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドSeq.ID No.213kと同程度の値を示した。さらに、Seq.ID No.210qの修飾体、すなわち、明細書の表7において列挙されるASOは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドSeq.ID No.210qと同程度の値を示した。最後に、Seq.ID No.143hの修飾体、すなわち、明細書の表4において列挙されるASOは、アンチセンス−オリゴヌクレオチドSeq.ID No.143hと同程度の値を示した。表4〜表9に列挙されるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの送達は、試験された参照配
列の送達と比較した標的TGF−RIImRNAのより強力な下方調節になるという結果になった(A549:下方調節<0.5;Panc1細胞:下方調節<0.4)。
Figure 2021072841
結論
本発明のASOの裸の(Gymotic)送達は、試験された参照配列の送達よりも標的TGF−RIImRNAの連続的な強い下方調節をもたらす。クレームされたアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、選択されたヒト細胞株とは独立して、先行技術から公知の全ての試験された配列より優れていた。それにもかかわらず、一般的に12個〜20個のヌクレオチドの長さを有するアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、より短い、またはより長いアンチセンス−オリゴヌクレオチドよりも標的TGF−RIImRNAのより効果的な下方調節をもたらす。この効果は、一般的に最も強力な効果を示す14個〜18個のヌクレオチドの長さを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドではさらにより顕著であった。
1.2.1b 分岐DNAアッセイによるA549細胞における裸の(gymnotic)送達の分析
トランスフェクションスクリーンからTGF−RIIに対する最も効果的なアンチセン
ス−オリゴヌクレオチドを、A549細胞における裸の(gymnotic)取り込みによってさらに特徴付けた。TGF−RIImRNAを、TGF−RII特異的オリゴヌクレオチドと共にインキュベートした細胞から単離された全mRNAにおいて、分岐DNAにより定量化した。
方法の説明
A549細胞を、標準的な条件下、前に記述されるように培養した。単回投与、および投与−応答実験のために、80,000細胞 A549細胞/ウェルを、6ウェル培養ディッシュに播種し、7.5μMの濃度でオリゴヌクレオチドと直接的にインキュベートした。TGF−RIImRNAの測定のために、細胞を、上記(1.1参照)に記述されるようにクアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)Exploreキット(パノミクス(Panomics)、フリーモント(Fremont)、カリフォルニア州、米国、cat.No.QG0004)の製造業者によって推奨される手順に従って、収穫し、53℃で溶解し、分岐DNAアッセイによって分析した。
結果
表16bにおいて列挙されたASOは、A549細胞におけるハウスキーピング遺伝子GAPDHと比較してTGF−RIIの標的mRNAレベルの低下を示した。10個の最も効率的なASOは、阻害濃度50(IC50)も試験された。Seq.ID No.209t、Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218cおよびSeq.ID No.209yは全体的に、低濃度レベルでのTGF−RIIの最も適切なノックダウンにつながった。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
最も効率的な本発明のASOの標的下方調節は、トランスフェクション試薬なしで再び優れていた。したがって、裸の(gymnotic)送達が可能であり、さらなる薬剤開発に好適な方法である。
1.2.2 A549およびReNcell CX(登録商標)細胞における裸の(gymnotic)取り込みの分析
アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)による標的mRNAに対する阻害活性を、皮質脳領域からのヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標)細胞、ミリポア(Millipore)#SCM007)において決定した。治療対象として成人の神経新生に関する問題を、最も効果的なASOを用いる裸の(gymnotic)送達試験によって評価した。A549細胞を、参照細胞線株として用いた。
方法の説明
A549およびReNcell CX(登録商標)細胞を上述のように培養した。治療試験のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。A549およびReNcell CX(登録商標)細胞治療のために、培地を除去し、新しい全培地(24ウェルに0.5ml)に交換した。その後、Ref.1、Seq.ID No.218bを有するASO、およびSeq.ID No.218cを有するASOを、異なる時点(A549細胞:18時間、72時間、6日、ReNcell CX(登録商標)細胞:18時間、96時間、8日)での標的下方調節の分析のために、37℃および5%COで、2.5μMおよび10μMの濃度で培地に添加した。収穫のために、細胞を、PBSを用いて二回洗浄し、−20℃で凍結した。リアル−タイムRT−PCRによるmRNAの分析のために、細胞を上述のように処理した。リアル−タイムRT−PCRのために使用準備済の、および標準的なプライマーペア(表11参照)を使用し、製造業者の指示(バイオラッド(BioRad)プライム(Prime) PCR クイック(Quick) ガイド(Guide))に従って、それぞれ使用準備済みのマスターミックス液(SsoAdvanced(商標)Universial SYBR(登録商標)Green Supermix(バイオラッド(BioRad)#172−5271)と混合した。プローブを3反復として分析し、データを、バイオラッド(BioRad) CFX マネージャー(Manager)(商標) 3.1を用いてGNB2L1mRNAと比較して定量化し、その後、未処理コントロールに正規化した。統計は、Ordinary−one−way−ANOVA、続いてダネット(Dunnett’s)」ポストホック比較(post hoc comparison)を用いて算出された。
結果:
結果は、Seq.ID No.218bおよび218cを用いての裸の(gymnotic)送達は、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)において、用量および時間依存的方法で適切な下方調節をもたらすことを示した(表17)。A549細胞
における標的mRNAは、18時間後に重大に減少し、72時間および6日後にさらにより効率的に減少した。18時間後、ReNcell CX(登録商標)において、10μMの裸の(gymnotic)取り込み後のTGF−RIImRNAの低下のみが観察され得るが、標的下方調節は、両方の試験濃度で72時間後に有意であり、8日目まで安定していた。
Figure 2021072841
結論
ASOの裸の(gymnotic)取り込みによる標的mRNAの効率的および安定した下方調節は、長期間の適用においても達成される。したがって、ReNcell CX(登録商標)細胞は、患者の治療オプションとして例えば成人の神経新生の回復に対処する実験のために使用することも可能である。同じことが、A549実験によって示される
ような他の指示に適用する。
まとめると、TGF−RIIの効率的な下方調節は、送達方法および細胞型から独立して適している。ASOの裸の(Gymnotic)取り込みは、臨床応用において好ましい送達方法であり、追加のトランスフェクション剤の不在は、患者に対する安全性が高いことを示唆する。
実施例2:タンパク質レベルにおけるTGF−RIIに対するアンチセンス-オリゴヌク
レオチドの阻害活性の決定
ウェスタンブロット分析および免疫細胞化学は、TGF−RIImRNAレベルを減少させるかどうかを決定するために行われ、ヒト肺癌細胞(A549)およびヒト神経前駆体細胞(ReNcell CX(登録商標))における本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)による媒介は、標的タンパク質の減少をもたらす。
方法の説明
細胞を上述のように培養した。治療のために、細胞を6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300,80,000細胞/ウェル)
および、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802、10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。A549およびReNcell CX(登録商標)細胞の裸の(gymnotic)送達のために、培地を除去し、新しい全培地(6ウェルに1ml、8ウェルに0.5ml)に交換した。その後、Ref.1(スクランブルコントロール)、各本発明のASOを、A549細胞においては72時間後、ReNcell CX(登録商標)細胞においては96時間後の標的下方調節の分析のために、2.5μMおよび10μMのタンパク質濃度で培地に添加した。細胞を溶解し、一般的な方法部分に記述されるようにウェスタンブロットによって試験した。一次抗体抗TGF−RIIをTBS−T中に0.5%BSAを有する溶液で希釈し、4℃で2日間インキュベートした。その後、膜を、TBS−T中に0.5%BSAを有する溶液で希釈された2次抗体抗−ウサギIgG HRP−連結を用いてインキュベートした(1時間、RT)。インキュベーション後、 ブロットを、TBS−Tを用いて洗浄し、Luminata(商標)Forte
ウェスタンHRP基質(ミリポア(Millipore)#WBLUF0500)を用いて出現させ、バンドを蛍光画像アナライザ(イメージクアント(ImageQuant)(商標)LAS 4000、GE ヘルスケア)を用いて検出した。ハウスキーパー比
較のために、膜をHRP−共役抗−GAPDHを用いてインキュベートした(0.5%Blottoで1:1000、4℃、一晩)。デンシトメトリー(Densitometric)定量を、GAPDHと比較して算出し、その後イメージ(image)スタジオ(Studio)(商標)ライフ(Life)ソフトウェア(Software)を用いて未処理コントロールに正規化した。免疫細胞化学のための手順を、標準的なプロトコルに記述されるように行った。標的−下方調節の検証のために、抗−TGF−RIIを希釈し、4℃で一晩インキュベートした。Cy3ヤギ−抗−ウサギを二次抗体として使用した。全ての抗体希釈液を、抗体希釈液(Zytomed(登録商標)#ZUC025−100)を用いて調製した。細胞の試験を、蛍光顕微鏡(ツァイス(Zeiss)、アクシオ(Axio)(登録商標)オブザーバー.Z1)によって行った。画像を、イメージ(image) J ソフトウェアおよびコーレルドロー(CorelDRAW)(登録商標)X7ソフトフェアを用いて分析した。
結果および裸の(gymnotic)送達
ウェスタンブロット分析および免疫細胞化学は、TGF−RIIタンパク質レベルの減少を確認するのに使用された。裸の(gymnotic)送達後の72時間で、TGF−RIIタンパク質は、A549細胞における未処理コントロールと比較して、本発明に係る高濃度の異なるASOを用いて重大に減少した(表18)。減少したTGF−RIIレベルは、ReNcell CX(登録商標)細胞においても観察された(表18)。両方の細胞株について、TGF−RIIタンパク質レベルの減少は、ウェスタンブロット分析
によって示された。免疫細胞化学は、未処理細胞およびスクランブルコントロール処理細胞に比べて両方の細胞株におけるTGF−RIIタンパク質の強力な用量依存的減少を明らかにした。
Figure 2021072841
結論
標的mRNA下方調節に加えて、Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c、Seq.ID No.210q、Seq.ID No.213k、Seq.ID No.143h、Seq.ID No.152h、Seq.ID No.209az、およびSeq.ID No.209yの裸の(gymnotic)送達は、A549細胞および ReNcell(登録商標)細胞におけるタンパク質レベルの優れた減少をもたらした。TGF−RIIの染色は、両細胞株において、これらのASOを用いての治療後に用量依存的低減を明らかにした。
更なるASOを用いての裸の(gymnotic)送達後の結果
タンパク質分析は、試験されたASOのA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞の裸の(gymnotic)送達におけるTGF−RIIの量の減少を示した(10μM、表19)。このことは、免疫細胞化学によっても確認された。両細胞株ののために、試験されたASOの裸の(gymnotic)送達によるTGF−RIIタンパク質レベルの減少は、未処理細胞およびスクランブルコントロール処理細胞と比較して検出され得る。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
まとめると、A549細胞および ReNcell CX(登録商標)細胞における裸の(gymnotic)送達によるTGF−RIImRNAの用量−依存的下方調節は、タンパク質レベルの用量−依存的減少をもたらした。本発明のASOは、A549細胞および ReNcell CX(登録商標)細胞において示されるようにタンパク質標的下方調節に影響を及ぼす。
実施例3:TGF−RIIの下流のシグナル伝達経路に対するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの効果の分析
機能分析をヒト肺癌細胞(A549)およびヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標))において行った。TGF−RIImRNAの効果的な下方調節および本発
明のASOにおける裸の(gymnotic)送達によるタンパク質レベルの減少に続いて、TGF−β下流シグナル伝達経路を分析した。したがって、TGF−βの下流−メディエーターとしても知られる結合組織成長因子(CTGF)のmRNAおよびタンパク質レベルを評価した。さらに、Smad2(マザーズアゲンストデカペンタプレジックホモログ2(mothers against decapentaphlegic homolog2))のリン酸化を試験した。Smad2のリン酸化は、TGF−β経路の活性化、続く、下流標的遺伝子CTGFの上方調節のためのマーカーである。
方法の説明
細胞を上述のように培養した。処理のために、細胞を6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(80,000細胞/ウェル)および、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。裸の(gymnotic)送達のために、A549およびReNcell CX(登録商標)細胞の培地を除去し、新しい全培地(6ウェルに1ml、および8ウェルに0.5ml)に交換した。その後、Ref.1(スクランブルコントロール)、配列識別番号218b(Seq.ID No.218b)、No.218c(Seq.ID No.218c)を有するASOを、2.5μMおよび10μMの濃度で培地に添加し、各分析を、A549細胞においては72時間後、ReNcell CX(登録商標)細胞においては96時間後に行った。CTGFmRNAレベルにおける効果を評価するために、リアル−タイムPCRを、以前に記述されるように行った。CTGF分析のためのプライマーペアは、使用準備済みであり、標準化された。CTGFおよびpSmad2タンパク質レベルをチェックするために、ウェスタンブロットおよび免疫細胞化学を、以前に記述されるように行った。各方法のための型および使用される希釈液を表13および表14に列挙した。
3.1.Seq.ID No.218bの結果
3.1.1CTGFmRNAおよびタンパク質レベルにおける効果
CTGFmRNAは、A549細胞(72時間)、およびReNcell CX(登録商標)細胞(96時間)においてASO Seq.ID No.218bを用いた裸の(gymnotic)送達後に、大幅に、および用量−依存的に減少した。TGF−βの下流−メディエーターは、10μMのSeq.ID No.218bを用いた裸の(gymnotic)送達後に、ReNcell CX(登録商標)細胞においては52%±0.02に、A549細胞においては39%±0.03に減少した(表20)。これらの下方調節されたCTGFmRNAレベルにしたがって、CTGFタンパク質発現の強い減少を、A549細胞において観察した(表21)。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
TGF−βシグナリングの機能的阻害は、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞において標的CTGFmRNAの下方調節およびCTGFタンパク質レベルの減少によって示されるように、Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達を用いて達成された。
3.1.2 pSmad2タンパク質レベルにおける効果
ASO媒介TGF−βシグナリング阻害の特異的結果としてのCTGF下方調節を証明するために、pSmad2タンパク質レベルを分析した。
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後のA549細胞においては72時間後、ReNcell CX(登録商標)細胞においては96時間後のpSmad2に対する染色は、Smad2リン酸化の用量−依存的阻害を示した(図5)。ASO Seq.ID No.218bによるpSmad2発現レベルの減少は、A549細胞におけるウェスタンブロット分析によって確認された(表22)。
Figure 2021072841
結論
A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるSeq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、TGF−βシグナリングの下流メディエーターの用量−依存的阻害をもたらした。CTGFおよびSmad2のリン酸化は、ASO Seq.ID No.218bによって減少し、共に、阻害されたTGF−β経路を示した。
3.2.Seq.ID No.218cの結果
3.2.1CTGFmRNAおよびpSmad2タンパク質レベルにおける効果
A549細胞、およびReNcell CX(登録商標)細胞においてASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達は、CTGFmRNAを下流調節する(表23)。pSmad2に対する免疫細胞化学は、TGF−βシグナリングの阻害を確認した(図6)。したがって、CTGFmRNAの下流調節は、TGF−βシグナリングの直接的な減少効果である。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cは、標的TGF−RIImRNAの下流調節後のTGF−βシグナリング阻害に効果的であった。このことは、CTGFmRNAの決定によって試験され、TGF−βシグナリングのためのマーカーとしてpSmad2タンパク質レベルを減少させた。
まとめると、本発明のASOは、TGF−RIIの下流調節によるTGF−βシグナリングの機能的阻害を媒介するのに効果的である。したがって、本発明のASOは、例えば、神経疾患、線維症および腫瘍進行などの上昇したTGF−βレベルが関与する医学的適応に有利であるだろう。
実施例4:TGF−β1処理細胞において、標的mRNAレベルにおける本発明のASOの阻害活性
4.1 TGF−β1前処理後のA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるASOの裸の(gymnotic)取り込み
病理学的条件下、皮質脳領域からのヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標)におけるアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の阻害活性を分析するために、細胞をトランスフォーミング成長因子−β1(TGF−β1)を用いて前処理した。以前の研究から、TGF−β1は、例えばALSなどの全ての神経疾患の脳脊髄液(CSF)において高濃度で見られると知られている。したがって、TGFβ−シグナリングにおけるASOの阻害活性を、前処理後、TGF−β1の存在で試験した。A549細胞は参照細胞株として使用された。
方法の説明
A549およびReNcell CX(登録商標)を上述のように培養した。処理研究のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。A549およびReNcell CX(登録商標)細胞処理のために、培地を除去し、新しい全培地(24ウェルに0.5ml)に交換した。48時間TGF−β1(10ng/ml、プロモセル(PromoCell)#C−63499)に続いて、培地を交換した。TGF−β1再処理を、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、ASO Seq.ID No.218b(10μM)、またはA
SO Seq.ID No.218c(10μM)を有する培地と組み合わせて行った。A549細胞をさらに72時間インキュベートし、一方、ReNcell CX(登録商標)細胞を96時間後に収穫した。収穫のために、細胞を、PBSを用いて二回洗浄し、続いて、以前に記述されるようなRNA単離(24ウェルディッシュ)を使用した。リアル−タイムRT−PCRのために使用されたプライマーペアを表11に列挙する。
4.1.1 Seq.ID No.218bの結果
ASO Seq.ID No.218bによるTGF−RIIのmRNA下方調節における効果は、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞においてTGF−β1プレインキュベーションによって影響されなかった(表24、図7)。A549細胞における標的mRNAは、ASOを用いての単回処理後(残存mRNA:15%±0.05)に重大に下方調節したが、前処理に続くTGF−β1の存在下での処理後(残存mRNA:7%±0.01)も重大に下方調節した。ReNcell CX(登録商標)細胞において、ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β1の非存在下で(25%±0.01)、またはTGF−β1前処理に続く、TGF−β1の存在下で(17%±0.02)TGF−RII mRNA阻害の同様の効力を示した。
Figure 2021072841
結論
標的mRNAは、両試験された細胞株におけるプレ−インキュベーションに続いて、TGF−β1の存在下で、本発明のASOの裸の(gymnotic)取り込みによって約20%に効果的に下方調節した。
4.1.2 Seq.ID No.218cの結果
ASO Seq.ID No.218cによるTGF−RIImRNAの下方調節は、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞においてTGF−β1存在下で効果的であった(表25、図8)。両試験された細胞における標的mRNAは、ASO
Seq.ID No.218cを用いての単回処理にもかかわらず、またはTGF−β1の存在下で、重大に下方調節した。
Figure 2021072841
結論
まとめると。本発明のASOは、TGF−β1の存在下で、TGF−RIImRNAを下方調節するのに効果的であり、ASOが病理学的条件下で機能的であることを示す。
実施例5:TGF−β1処理細胞において、標的タンパク質レベルにおける本発明のASOの阻害活性
病理学的条件下、皮質脳領域からのヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標)におけるアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の阻害活性を分析するために、細胞をトランスフォーミング成長因子−β1(TGF−β1)を用いて前処理した。以前の研究から、TGF−β1は、例えばALSなどの全ての神経疾患の脳脊髄液(CSF)において高濃度で見られると知られている。したがって、TGFβ−シグナリングにおけるASOの阻害活性を、前処理後、TGF−β1の存在で試験した。A549細胞は参照細胞株として使用された。
方法の説明
細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されたように培養した。処理のために、細胞を6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(80,000細胞/ウェル)および、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。裸の(gymnotic)送達効果の調査のために(A549およびReNcell CX)、TGF−β1(プロモセル(Promocell)#C−63499)を用いたプレインキュベーション後、培地を除去し、新しい全培地(6ウェルディッシュ、および8ウェル細胞培養スラ
イドディッシュに1ml)に交換した。TGF−β1(10ng/ml、48時間)の曝露後、培地を交換し、TGF−β1(10ng/ml)、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、および本発明のASO(10μM)を細胞に組み合わせ、単回処理で加えた。A549細胞を、さらに72時間インキュベートし、一方、ReNcell
CX(登録商標)細胞を96時間後収穫した。続いて、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、その後、ウェスタンブロット分析に続くタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)のために、または細胞の免疫細胞化学試験(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中で)のために使用した。使用された技術のための手順は、以前に記述されるように行った。各方法のために使用された抗体および希釈液を、表13および14に列挙する
裸の(gymnotic)送達後の結果
A549細胞のウェスタンブロットおよび免疫細胞化学分析は、Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c、Seq.ID No.210q、Seq.ID No.213k、Seq.ID No.143h、Seq.ID No.152h、Seq.ID No.209az、Seq.ID No.209yが、TGF−β1の存在下で強力な標的下方調節を生じることを示した(表26)。固定化ReNcell CX(登録商標)細胞でのTGFRIIの染色は、A549細胞において観察された結果を確認した。試験されたASOは、単回処理後、TGF−β1の存在下でも、強力な標的下方調節を明らかにした。
Figure 2021072841
結論
TGF−β1プレインキュベーションに続いてSeq.ID No.218b、Seq.ID No.218c、Seq.ID No.210q、Seq.ID No.213k、Seq.ID No.143h、Seq.ID No.152h、Seq.ID No.209az、およびSeq.ID No.209yの裸の(gymnotic)送達後は、標的mRNA下方調節に加えて、A549細胞およびReNcell CX(登録
商標)細胞におけるタンパク質レベルの減少をもたらした。
更なるASOを用いての裸の(gymnotic)送達後の結果
ウェスタンブロット分析は、未処理細胞およびスクランブルコントロールを用いて処理された細胞と比較して、72時間の裸の(gymnotic)送達後のA549細胞におけるTGF−RIIタンパク質量の減少を示した(表27)。TGF−β1のプレインキュベーションに続く、試験されたASOの裸の(gymnotic)送達は、TGF−β1を用いて前処理に続く、スクランブルコントロールを用いた裸の(gymnotic)送達が行われた細胞と比較して、減少を誘発した。TGF−RIIに対する染色後のA549および ReNcell CX(登録商標)の免疫細胞化学試験は、試験されたASOが、TGF−β1の前処理で、またはTGF−β1の前処理をしないで裸の(gymnotic)送達後に、標的タンパク質の強力な減少を媒介したことを示した。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
TGF−β1プレインキュベーション後でさへも、本発明のASOの裸の(gymnotic)送達は、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるTGF−RIIタンパク質の減少をもたらす。
実施例6:TGF−β1プレインキュベーション後のTGF−RIIの下流のシグナル伝達経路に対する本発明のASOの効果の分析
機能分析をヒト肺癌細胞(A549)およびヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標))において行った。TGF−β1の存在下でのTGF−RIImRNAの効果的な下方調節および本発明のASOにおける裸の(gymnotic)送達によるタンパク質レベルの減少に続いて、TGF−β下流シグナル伝達経路を分析した。したがって、TGF−β1の下流−メディエーターとして知られる結合組織成長因子(CTGF)の
mRNAおよびタンパク質レベルを評価した。さらに、Smad2(マザーズアゲンストデカペンタプレジックホモログ2(mothers against decapentaphlegic homolog2))のリン酸化を試験した。Smad2のリン酸化は、TGF−β経路の活性化、続く、下流標的遺伝子CTGFの上方調節のためのマーカーである。
方法の説明
細胞を標準的なプロトコルで上述のように培養した。処理のために、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(80,000細胞/ウェル)および、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。裸の(gymnotic)送達効果の調査のために、TGF−β1を用いてプレインキュベーション後、培地を除去し、新しい全培地(6ウェルディッシュ、および8ウェル細胞培養スライドディッシュに1ml)に交換した。TGF−β1の曝露(10ng/ml)に続いて、培地を交換し、TGF−β1(10ng/ml)、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、Seq.ID No.218bを有するASO(10μM)、Seq.ID No.218cを有するASO(10μM)を、組み合わせて、および単回処理で細胞に加えた。A549細胞をさらに72時間インキュベートし、一方、ReNcell CX(登録商標)細胞を、96時間後に収穫した。その後、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA(24−ウェルディッシュ)、およびタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)、または細胞の免疫細胞化学試験(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中で)のために使用した。CTGFmRNAレベルにおける効果を評価するために、リアル−タイムPCRを、以前に記述されるように行った。CTGF分析のためのプライマーペアは、使用準備済みであり、標準化された。CTGFおよびpSmad2タンパク質レベルをチェックするために、ウェスタンブロットおよび免疫細胞化学を、以前に記述されるように行った。各方法のための型および使用される希釈液を表13および表14に列挙する。
6.1.Seq.ID No.218bの結果
6.1.1 CTGFmRNAおよびタンパク質レベルにおける効果
A549細胞(72時間、0.52±0.05)、およびReNcell CX(登録商標)細胞(96時間、0.70±0.25)においてASO Seq.ID No.218bを用いた裸の(gymnotic)送達後に、CTGFmRNAは、下方調節され、一方、5日間(A549:48時間+72時間、6.92±2.32)、または6日間(ReNcell CX:48時間+96時間、1.60±015)のTGF−β1インキュベーションは、それぞれ、CTGFmRNAの重大な上方調節を引き起こした。ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β1の存在下でTGF−β1の効果を阻害することによるCTGFmRNA下方調節を誘発するのに十分効力があった(表28、図11)。mRNAレベルの観察によると、CTGFに対して染色する免疫細胞化学も、タンパク質レベルにおけるこのような観察を確認した(図12)。
Figure 2021072841
結論
TGF−β1の存在で、続くASO Seq.ID No.218bの処理は、最初にTGF−RIImRNAの下方調節をもたらし、二番目にCTGFmRNA並びにA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるタンパク質レベルの減少をもたらした。このことは、ASO Seq.ID No.218bは、高TGF−β1病理学的条件下で十分強力に活性であり、TGF−β1媒介効果から救うことができることを示す。
6.1.2 pSmad2タンパク質レベルにおける効果
CTGF下方調節が、TGF−β1存在下でASO Seq.ID No.218bにより媒介される特異的なTGF−βシグナリング阻害の結果であるかどうかを証明するために、pSmad2タンパク質レベルを分析した。
TGF−β1プレインキュベーション続くASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後の平行的なTGF−β1発現を伴うpSmad2染色は、両試験された細胞株においてSmad2リン酸化の阻害につながる(図13)。さらに、減少したpSmad2タンパク質レベルを、A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるウェスタンブロット分析によって証明した(表29)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β1の存在でA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるTGF−βシグナリングの機能的阻害をもたらし、pSmad2のリン酸化の減少が確認された。
6.2.Seq.ID No.218cの結果
6.2.1 CTGFmRNAおよびタンパク質レベルにおける効果
データは、スクランブルコントロールおよびTGF−β1の組み合わせ処理(A549:5.89、ReNcell CX(登録商標):1.25)と比較して、ASO Seq.ID No.218cおよびTGF−β1の組み合わせ処理(A549:0.86、ReNcell CX(登録商標):0.23)後のCTGFmRNA下流調節を示す(表30および図14)。これらの観察に加えて、CTGFにおける免疫細胞化学的染色は、ASO Seq.ID No.218cによるタンパク質レベルにおけるTGF−β1媒介効果の防止を確認した(図15)。
Figure 2021072841
結論
データは、ASO Seq.ID No.218cによるCTGFmRNAおよびタンパク質レベルにおけるTGF−β1誘導効果の効果的な防止を確認した。
6.2.2 pSmad2タンパク質レベルにおける効果
CTGF下方調節が、TGF−β1プレインキュベーションの存在でさへも、ASO Seq.ID No.218cによって媒介されるTGF−β1シグナリング阻害の結果であるかどうかを証明するために、pSmad2タンパク質レベルを分析した。
pSmad2のリン酸化は、TGF−β1インキュベーションによって誘導され(1.52±0.19)、一方、ASOの裸の(gymnotic)送達は、A549細胞におけるpSmad2の減少を媒介した(0.89±0.05)。
TGF−β1プレインキュベーションに続く組み合わせ処理は、Smad2のリン酸化におけるTGF−β1効果の抑制をもたらす(ウェスタンブロット分析、表31)。免疫細胞化学は、ウェスタンブロット分析によって観察されるデータを支持した(図16)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cは、TGF−β1プレインキュベーションに続くASOの裸の(gymnotic)送達後のTGF−βシグナリングを効果的に阻害している。このことは、下流のpSmad2タンパク質レベルの試験によって示された。
まとめると、本発明のASOは、TGF−RIImRNAを効果的に下流調節することによって、病理学的に、高いTGF−β1レベルの存在で、TGF−βシグナリングの機能的阻害を媒介することが並外れてできる。したがって、本発明のASOは、例えば、神経疾患、線維症および腫瘍進行などの上昇したTGF−βレベルが関与する医学的適応に有利であるだろう。
実施例7:mRNAレベルにおけるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの予防活性の決定(TGF−β1処理後)
皮質脳領域からのヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標)におけるアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の予防活性を分析するために、ASOを、トランスフォーミング成長因子−β1(TGF−β1)処理に続く裸の取り込みによって細胞に移した。
方法の説明
A549およびReNcell CX(登録商標)細胞を以前に記述されたように培養した。予防処理研究のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。その後、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、またはSeq.ID No.218bを有するASO(10μM)を、72時間(A549)、または96時間(ReNcell CX(登録商標))
培地に加えた。裸の(gymnotic)送達後のインキュベーション時間に続いて、TGF−β1(10ng/ml プロモセル(Promocell) #C−63499))を、培地置換なしで、細胞にさらに48時間で加えた。収穫するために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いて、リアル−タイムRT−PCRによるmRNA分析後のRNA単離(24−ウェルディッシュ)のために使用した。リアル−タイムRT−PCRのための使用準備済みのおよび標準化されたプライマーペアを使用し、製造業者の指示(バイオラッド(BioRad)プライム(Prime) PCR クイック(Quick)
ガイド(Guide))に従って、それぞれ使用準備済みのマスターミックス液(SsoAdvanced(商標)Universial SYBR(登録商標)Green Supermix(バイオラッド(BioRad)#172−5271)と混合した。方法は、以前に記述されたように行った。
7.1.Seq.ID No.218bの結果
ASO Seq.ID No.218bによるTGF−RIImRNAにおける効果は、A549およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるTGF−β1のポストインキュベーションによって影響されなかった(表32)。ReNcell CX(登録商標)細胞における標的mRNAの重大な減少は、ASO Seq.ID No.218bを用いて単回処理後に示された(0.33±0.11)。TGF−β1の後処理を伴うASOの裸の(gymnotic)送達は、標的TGF−RIImRNAを強く減少させた。A549細胞において、Seq.ID No.218bは、単回処理(0.25±0.07)またはTGF−β1のポストインキュベーションを伴う組み合わせ処理(0.24±0.06)においてTGF−RIImRNAを阻害するのに同様の有効性を示した。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)取り込みに続くT
GF−β1のポストインキュベーションは、標的TGF−RIImRNA下方調節において有効であり、ASO Seq.ID No.218bは、医学的適応における予防処理に適している。
実施例8:TGF−β1処理に続くタンパク質レベルにおける本発明のASOの阻害活性の決定
皮質脳領域からのヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標))における本発明のASOの予防活性を分析するために、ASOを、TGF−β1処理に続く裸の取り込みによって細胞に移した。
方法の説明
細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されるように培養した。処理のために、細胞を8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。その後、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、またはASO配列特定ナンバー218b(Seq.ID No.218b、10μM)を、72時間(A549細胞)、または96時間(ReNcell CX(登録商標))培地に加えた。裸の(gymnotic)送達に続いて、TGF−β1(10ng/ml、プロモセル(Promocell)#C−63499))を、培地置換なしで、さらに48時間で細胞に加えた。収穫するために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いて、免疫細胞化学分析に使用した。手順を、以前に記述されたように行った。各方法に使用される抗体および希釈液を表13および表14に列挙する。
8.1 TGF−β1処理に続くSeq.ID No.218b、を用いた裸の(gymnotic)送達後のTGF−RIIタンパク質減少の結果
A549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞に対する免疫細胞化学分析は、ASO Seq.ID No.218bが、続くTGF−β1処理後に強力なTGF−RIImRNA標的下方調節を生成することを示した(図17)。
結論
TGF−β1処理に続くASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、標的mRNA下方調節、並びにA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞における強いTGF−RIIタンパク質レベルの減少をもたらす。
まとめると、TGF−β1のポスト処理と組み合わせてASO Seq.ID No.218bによって媒介されるTGF−RIIタンパク質を下方調節する効果が、さらに与えられ、本発明のASOは、医学的応用に効果があるという結論をだす。
実施例9:TGF−β1処理に続くTGF−RIIの下流のシグナル伝達経路におけるASO処理効果
TGF−βシグナリングの阻害を媒介することにおける本発明のASOの効果は、ヒト肺癌細胞(A549)およびヒト神経前駆細胞(ReNcell CX(登録商標))におけるTGF−β1処理に続く裸の(gymnotic)送達を評価した。したがって、TGF−βシグナリングの下流分子、Smad2(マザーズアゲンストデカペンタプレジックホモログ3(mothers against decapentaphlegic
homolog 3)および結合組織成長因子(CTGF)を分析した。
方法の説明
細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されるように行った。処理のために、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)および、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。その後、Ref.1(スクランブルコントロール、10μM)、またはASO Seq.ID No.218b(10μM)を、培地に72時間(A549)、または96時間(ReNcell CX(登録商標))で加えた。裸の(gymnotic)送達に続いて、TGF−β1(
10ng/ml、プロモセル(Promocell)#C−63499)を、培地の交換なしに、さらに48時間で加えた。収穫するために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)、または細胞の免疫細胞化学試験(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中で)のために使用した。CTGFmRNAレベルにおける効果を評価するために、リアル−タイムRT−PCRを、以前に記述されるように行った。CTGF分析のためのプライマーペアは、使用準備済みであり、標準化された。pSmad3タンパク質レベルを決定するために、免疫細胞化学を、以前に記述されるように使用した。各方法のための型および使用される希釈液を表13および表14に列挙する。
9.1.Seq.ID No.218bの結果
9.1.1 CTGFmRNAおよびpSmad3タンパク質レベルにおける効果
CTGFmRNAは、A549細胞(5日:0.67±0.02)、およびReNcell CX(登録商標)細胞(6日:0.70±0.02)においてASO Seq.ID No.218bを用いた裸の(gymnotic)送達後に減少した。それぞれ、72時間、または96時間後にTGF−β1を添加し、細胞は、CTGFmRNAの増加に反応するが、TGF−β1処理に続くスクランブルコントロールの裸の(gymnotic)送達と比較して、CTGFmRNAの誘導は強く減少した(表33)。CTGFmRNA下流調節は、TGF−βシグナリング阻害の結果であり、続くTGF−β1処理後でも、ASO Seq.ID No.218bによって媒介されるかどうかを検証するために、pSmad3タンパク質レベルを試験した。図18は、TGF−βシグナリングが、A549細胞(図18A)およびReNcell CX(登録商標)細胞(図18B)において、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達によって、事実上阻害されたことを示す。この効果は、TGF−β1処理に続く試験されたASOの裸の(gymnotic)送達後も存在した。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、TGF−β1処理に独立して、TGF−RIImRNAの下方調節、並びにA549細胞およびReNcell CX(登録商標)細胞におけるCTGFmRNAおよびpSmad3タンパク質レベルの減少をもたらした。
このことは、ASO Seq.ID No.218bは、進行中のTGF−β1媒介効果を再開する、または減少させるための医学的条件下でも十分強力に活性であることを示す。
実施例10:アンチセンス−オリゴヌクレオチドの潜在的な炎症性および毒性効果の分析

10.1 末梢血単核細胞(PBMC)アッセイ
免疫賦活特性のためアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の免疫賦活特性を分析するために、末梢血単核細胞(PBMC)を、コントロールASOおよび試験化合物とインキュベートし、続いてIFNαおよびTGFαのためにELISAを行った。
方法の説明
PBMCを500mlの全輸血ユニットに対応するバフィーコートから単離した。各ユニットを、健康なボランティアから得て、クエン酸グルコースを、抗接着剤として使用した。バフィーコートは、輸血医学研究所の血液銀行ズール(Blood Bank Suhl of the Institute for Transfusion Medicine)、ドイツ、によって調製され送達された。各献血は、HIV抗体、HCV抗体
、HBs抗原、TPHA、HIVRNA、およびSPGT(ALAT)のために監視された。感染症因子に対して陰性であり、通常のSPGT値を有する唯一の試験された血液サンプルを、低速遠心分離によって白血球および赤血球の分離のために使用した。PBMCの分離を、献血に続いて、フィコール−ヒストパック(Ficoll−Histopague)(登録商標)1077(ヘレウス(Heraeus)(商標)マルチフュージ(Multifuge)(商標)3SR)を用いてグラジエント遠心分離により約40時間行った。IFNαアッセイのために、PBMCを100μl完全培地プラス添加剤(RPMI1640、+L−Glu、+10%FCS、+PHA−P(5μg/ml)、+IL−3(10μg/ml)に100,000細胞/96ウェルで播種し、試験テスト化合物(5μl)を直接インキュベーションのために加えた(24時間、37℃、5%CO)。TFNαアッセイのために、PBMCを100μl完全培地w/o添加剤(RPMI1640、+L−Glu、+10%FCS)に100,000細胞/96ウェルで播種し、試験化合物(5μl)を直接インキュベーションのために加えた(24時間、37℃、5%CO)。huIFNα(イーバイオサイエンス(eBioscience)、♯BMS216INSTCE)のためにELISA(プールされた上清を除く二重反復測定、20μl)を製造業者のプロトコルに従って行った。huTNFα(イーバイオサイエンス(
eBioscience)、♯BMS223INSTCE)のためにELISA(プールされた上清を除く二重反復測定、20μl)を製造業者のプロトコルに従って行った。
結果
ASOインキュベーションに対して検出できるIFNα(表34)およびTNFα(表35)分泌がないことによって、PBMCにおけるASO処理の免疫賦活効果はないことが示された。分析機能は、免疫賦活化、コレステロール共役siRNA(XD−01024;IFNα)、および(二本鎖RNAの合成類似体であり、TLR3に結合し、免疫システムを刺激する)ポリイノシン:ポリシチジン酸(polyI:C;インビボジェン(InvivoGen)#tlrl−pic)における免疫賦活効果によって証明される。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
10.2 本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドのインビボ毒性学
アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)の毒性特性を分析するために、C57/Bl6Nマウスは、ASO静脈注射を3回受け、続いて殺処分され、血清、肝臓、および腎臓内のトランスアミナーゼレベルを調べた。
方法の説明
年齢6週の雌のC57/Bl6Nマウスを、試験化合物(Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c)を用いて7日間処理した。ASO(200μl、1
5mg/kg/BW)を、治療期間の1日目、2日目、および3日目に静脈内に注射した
。体重の進展(Seq.ID No.218c)を連続して毎日監視し、1日につき4回の血清を、静脈ファシキュラリス(Vena fascicularis)から採集めた。8日目に動物を殺処分し(CO)、大静脈、肝臓(〜50mgの破片)、腎臓、および肺からの血清を、mRNAおよびトランスアミナーゼの定量のために採集した。TGF−RII mRNAレベルを、bDNAアッセイによって肝臓、腎臓、および肺の溶解物で決定した(クアンチジーン(QuantiGene)(登録商標)キット、パノミクス(Panomics)/アフィメトリクス(Affimetrix))。アスパラギン酸トランスアミナーゼ(ASP)およびアラニントランスアミナーゼ(ALT)を、コバス(Cobas) インテグラ(Integra)(登録商標)400で1:10希釈血清から測定した。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論:PBMCまたはC57/Bl6Nマウスにおける適切な本発明のASOの炎症性または毒性効果はなかった。したがって、TGF−RIIを標的とするASO処理は、様々なTGF−β関連疾患を治療するために安全な方法と考える。
実施例11:インビボ(in vivo)においてTGF−β誘導神経幹阻害および神経前駆細胞増殖における本発明のASOの脳室内注入の決定
本研究の目標は、インビボ(in vivo)において神経幹および神経前駆細胞増殖におけるTGF−β1誘導効果をi)防ぐために、およびii)処理するためにTGF−RIIに対する本発明のASOの可能性を評価することであった。
方法の説明
11.1 神経発生のTGF−β1関連下流調節の防止
2ヶ月歳の雌のフィッシャー(Fischer)−344ラット(n=32)は、ステンレススチール製カニューレに接続された浸透圧ミニポンプ(2002年モデル、アルゼ
ット(Alzet))を介して脳室内注入を受けた。ミニポンプの外科的移植を、筋肉内
注射を使用して深麻酔下行った。動物は、本発明に係る本発明のASO(ポンプ内に1.
64mM濃度存在)、スクランブルASO(ポンプ内に1.64mM濃度存在)、またはC
SF(人工髄液)を7日間注入された。8日目にポンプが変更され、動物は、i)CSF、ii)TGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)、iii)TGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)+スクランブルASO(ポンプ内に1.64mM濃度存在)、またはiv)TGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)+本発明のASO(ポンプ内に1.64mM濃度存在)を14日間注入された。注入期間の終わりに、全ての動物を、4%パラホルムアルデヒドを用いて経心腔的灌流した。脳を、カニューレ管局在のために分析し、不適切なカニューレ配置を有する動物を、分析から除外した。ポンプ期間の最後の24時間の間に、動物は、200mg/kgブロモ−デオキシウリジン(BrdU)の腹腔内注入を受けた。
組織を、40μm矢状断面においてBrdU陽性細胞の色素生成免疫検出のために処理した。BrdU陽性細胞を、脳室下帯の最下端部、中間部、上部に位置される断片ごとに3つの50μm×50μmのカウンティングフレーム内で数えた。最上部の焦点面(除外
平面)またはカウンティングフレームの側面除外境界を交差した陽性プロファイルは数え
られなかった。海馬の分析のため、海馬の用量を決定し、境界内のおよび境界に隣接するすべての陽性細胞が数えられた。各構造体のBrdU陽性細胞数の予測値を得るために、陽性プロファイルの総数を、試料容量に対する参照容量の比率によって乗算した。すべての推定を、1つの大脳半球のために算出し、総脳値を表すために倍増するべきである。データを平均値±標準偏差(SD)として表す。統計分析を、TGF−β1処理群およびコントロール群間で、不対の、両側t検定比較−スチューデント(Student’s)t検定を用いて行った(グラフパッド(GraphPad)プリズム(Prism)4ソフトウェア、米国)。有意レベルをP<0.05に仮定した。
11.2 神経発生のTGF−β1関連下流調節の治療
動物は、CSFまたは組換え体ヒトTGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)のどちらかを、毎時0.5μlの流速で14日間受けた。14日後、ポンプを変更し、動物は、i)CSF、ii)組換え体ヒトTGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)、またはiii)本発明のASO(ポンプ内に1.64mM濃度存在)+組換え体ヒトTGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)を有する共注入体、またはiv)スクランブルASO(ポンプ内に1.64mM濃度存在)+組換え体ヒトTGF−β1(ポンプ内に500ng/ml存在)を有する共注入体のどれかを用いて注入された。注入期間の終わりに、全ての動物を、4%パラホルムアルデヒドを用いて経心腔的灌流した。脳を、カニューレ管局在のために分析し、不適切なカニューレ配置を有する動物を、分析から除外した。ポンプ期間の最後の24時間の間に、動物は、200mg/kgブロモ−デオキシウリジン(BrdU)の腹腔内注入を受けた。組織学的分析は、上述のように行った(11.1)。
結果:
ASO Seq.ID No.143aj、Seq.ID No.143h、およびSeq.ID No.210qを用いた処理は、明確に、および部分的に、海馬における、および室壁における細胞増殖のTGF−β1効果を減少させた。本発明のASOを用いる処置は、神経新生におけるTGF−β1の阻害効果から明確におよび部分的に救助する。結論:齧歯動物との交差反応性を示す本発明のASOは、このインビボ実験における神経新生を誘導する。交差反応性を示さない本発明のASOは、インビボ実験において、大抵は、より多くの潜在的な効果を及ぼす。結果として、これらの本発明のASOは、インビボセットアップにおいて、非ヒト霊長類およびヒトにとってより有効でもあり、したがって、TGF−β1誘導の神経幹阻害および前駆細胞増殖を予防する、または治療するための非常に強力な薬として機能する。
実施例12:増殖に対する本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの効果、およびヒト神経前駆細胞の特異的マーカーの分析
筋萎縮性側索硬化症(ALS)は、今までのところ効果的な治療のない神経変性致死疾患である。現在の分子遺伝的キャンペーンは、この致命的な病気の分子病態をますます解明しており、以前の研究から、TGF−βはALS患者の脳脊髄液(CSF)において高濃度に発見されることが知られている。TGF−βの高レベルの循環は、幹細胞の静止を促進するので、脳の脳室下帯(SVZ)内の成体の神経新生の阻害を引き起こすことが知られている。したがって、変性神経の再生は、高められたTGF−βシグナリングによって予防されるようである。 本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドによって媒介されるTGF−βシグナリングの選択的阻害が、成体の神経新生の再活性化を許可する可能性があるかどうかを見つけ出すだめに、TGF−β媒介細胞周期の停止の証拠を、証明しなければならない。
方法の説明
細胞周期停止研究 細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されるように培養した。実験
のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。増殖条件下(+EGF/FGF)(Millipore(ミリポア):EGF#GF144、bFGF♯GF003)、または分化条件下(−EG
F/FGF)で細胞周期におけるTGF−β1媒介効果の決定のために、細胞を、各培地の除去および交換後に、TGF−β1(プロモセル(Promocell)#C−63499、10ng/ml、または50ng/ml)を用いて4日間処理した。4日目に培地をリフレッシュし、TGF−β1処理を7日目まで繰り返した。7日目に、残存細胞を、PBSを用いて2回洗浄することによって収穫し、続いて上述されるようにRNA(24−ウェルディッシュ)単離のために使用した。リアル−タイムRT−PCRによって細胞周期におけるTGF−β1媒介効果を評価するために、増殖マーカーKi67の、腫瘍抑制遺伝子p53の、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤1(p21)の、および神経新生マーカーダブルコルチン(Doublecortin)(DCX)のmRNAを分析した。各プライマーペアを、表11に列挙する。
ヒト神経前駆細胞におけるASO Seq.ID No.218bの効果のためのmRNA分析 細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されるように培養した。実験のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。本実験のために細胞培地を変更し、Ref.1(スクランブルコントロール、2.5μMおよび10μM)、Seq.ID No.218bのASO(2.5μMおよび10μM)、またはTGF−β1(10ng/ml、プロモセル(Promocell)#C−63499)を、96時間細胞に加えた。インキュベーション時間後、培地をもう一度交換し、更なる処理を、更に96時間行った。処理の8日後に細胞を収穫した。細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA(24−ウェルディッシュ)単離のために使用した。前駆細胞に及ぼす効果を評価するために、ネスチン(Nestin)(初期神経細胞マーカー)、ソックス2(Sox2)(初期神経細胞マーカー)、DCX(神経新生のインジケーター)、およびKi67(増殖マーカー)mRNAレベルを、以前に記述されるようにリアル−タイムRT−PCRによって決定した。各プライマーペアを、表11に列挙する。
ReNcell CX(登録商標)細胞における裸の(gymnotic)送達によるTGFRII特異的ASOの増殖性効果および分化効果:次の目的は、TGF−RII特異的ASOが、ReNcell CX(登録商標)細胞の増殖に影響を与えるかどうかを調査することであった。したがって、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)または、8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。増殖曲線を得るために、細胞を、培地交換後、72時間、Ref.1(スクランブルコントロール、2.5μMおよび10μM)、およびASO Seq.ID No.218b(2.5μMおよび10μM)を用いて処理した。インキュベーション時間後、培地を交換し、処理を2回繰り返した。上澄みを採集後、残存細胞を、細胞数の決定のために24ウェルディッシュから収穫した。この目的のために、残存細胞を、PBSを用いて洗浄し(2×)、アクターゼ(500μl/ウェル)を用いて処理し、5分間37℃でインキュベートした。その後、500μl培地を加え、細胞数を、製造業者の指示に従って、ルナ(Luna)−FL(商標)自動細胞カウンター蛍光および明視野(Bright Field)(バイオジム(Biozym)872040)を用いて決定した。簡単に、18μlの細胞懸濁液を、2μlのアクリジンオレンジ/ヨウ化プロピジウムアッセイ生存率キット(バイオジム(Biozym)#872045)に加えた。セッティングの1分後、10μlを、細胞カウントスライド(Cell Counting Slide)(バイオジム(Biozym)#872011)に加え、細胞をカウントし、全細胞/mlおよび死細胞と比較して生存細胞の割合を算出した。Ref.1
(10μM)、Seq.ID No.218b(10μM)の送達、および8日間のTGF−β1(10ng/ml)の対応する処理の後に、8−ウェル細胞培養スライドディッシュの細胞を固定し、Ki67キットに対する抗体を用いて染色した。裸の(gymnotic)送達後のReNcell CX(登録商標)細胞の分化能力を調査するために、他の8−ウェル細胞培養スライドディッシュを、Ref.1(10μM)、Seq.ID
No.218b(10μM)を用いて処理し、増殖条件下(+EGF/FGF)、96時間、TGF−β1(10ng/ml)の対応する処理をした。その後、細胞の一部をさらに96時間増殖条件下で処理し、一方、細胞の他の部分を、処理し、分化条件下(−EGF/FGF)に保持した。細胞の染色に続いて、ニューロフィラメント N (NeuN)およびβIII−チューブリン発現レベルを蛍光顕微鏡によって決定した。細胞を収穫し、固定し、染色するプロトコルは、以前に記述され、各抗体希釈液を表14に列挙する。
TGF−β1プレ−インキュベーションに続く裸の(gymnotic)送達後の増殖および神経新生のためのマーカーのmRNA分析:細胞を標準的なプロトコルで以前に記述されるように培養した。実験のために、細胞を24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。細胞周期停止を誘導するために、ReNcell CX(登録商標)細胞を、TGF−β1を用いて4日間処理した。その後、培地を変更し、TGF−β1(10ng/ml)を新たに加えた。1日に8個の培地をもう一度交換し、裸の(gymnotic)送達を、Ref.1(10μM)、Seq.ID No.218b(10μM)をTGF−β1(10ng/ml)と組み合わせて加えることによって96時間行った。細胞を、インキュベーション後にPBSを用いて2回洗浄することによって収穫した。続くRNA単離およびリアル−タイムRT−PCRによるmRNA分析を、記述されるように行った。
12.1.1 ヒト神経前駆細胞におけるTGF−β1による細胞周期停止の媒介
幹細胞静止マーカーの検出は、TGF−β1が細胞の曝露後7日で細胞周期停止を媒介することを示した。増殖マーカーKi67mRNA発現は用量依存的に減少した。さらに、腫瘍抑制遺伝子p53のmRNA発現は、TGF−β1濃度と相関して下方調節された。対照的に、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤1(p21)は、TGF−β1によって重大に上方調節された。要約すると、これらの結果は、TGF−β1によって誘導される幹細胞静止を示す。興味深いことに、神経新生のためのマーカー、DCXは、TGF−β1によって強く減少した(表41)。
Figure 2021072841
結論
ReNcell CX(登録商標)細胞の増殖はTGF−β1によって阻害された。
12.1.2 ヒト神経幹細胞のマーカーに及ぼすアンチセンス−オリゴヌクレオチド効果の結果
幹細胞マーカーに及ぼすASO Seq.ID No.218bの効果を見つけ出すために、ReNcell CX(登録商標)細胞において繰り返しの裸の(gymnotic)送達後8日で初期神経前駆細胞の異なるマーカーを試験した(表42)。ネスチンおよびSox2遺伝子発現レベルは、ASO Seq.ID No.218bによって影響されなかった。GFAPmRNAは、10μMのASO Seq.ID No.218bを用いた裸の(gymnotic)送達後にわずかに上方調節し、対照的に、DCXは、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)取り込み後に明らかに誘導された。全ての試験されたマーカーの発現は、TGF−β1処理後(8日)に強く減少した(表42、図19)。
Figure 2021072841
結論:
mRNA分析の結果、ASO Seq.ID No.218bは、さらに多くの幹細胞様状態の方向にReNcell CX(登録商標)細胞を導く(GFAP上方調節)、さらに、DCXの誘導は、神経新生の上昇を示す。TGF−β1処理は、反対の方向になるという結果をもたらす。
12.1.3 ヒト神経幹細胞の増殖に及ぼすアンチセンス−オリゴヌクレオチド効果の結果
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、繰り返しの裸の(gymnotic)送達(3×72時間)後9日の細胞をカウントすることによる増殖速度、および裸の(gymnotic)取り込み(2×96時間)後8日のKi67タンパク質レベルの決定、に真に効果を有するかどうか調査するために行った。
結果
細胞数は、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)取り込み後、細胞の免疫化学染色において観察された増殖マーカーKi67のタンパク質発現の上昇にしたがって、上昇した(表43、図20)。免疫細胞化学染色の蛍光分析も、TGF−β1によって媒介される増殖ステップを明らかにした。
Figure 2021072841
結論
ReNcell CX(登録商標)細胞においてASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、Ki67タンパク質発現の向上と並行して、細胞数の増加をもたらし、全体的に神経前駆体の増殖の増加を示す。
12.1.3 ヒト神経幹細胞における分化能力に及ぼすアンチセンス−オリゴヌクレオチドの効果の結果
分化するための細胞能力に及ぼすASO Seq.ID No.218bの影響を除外するために、ASO Seq.ID No.218bを、増殖条件下(+EGF/FGF)、96時間、裸の(gymnotic)取り込みによって細胞に移した。インキュベーション時間後、培地を交換し、細胞増殖培地の一部に加え、一方、細胞分化培地の他の部分(−EGF/FGF)に加えた。その後、 TGF−β1(10ng/ml)の対応する処理をした。その後、96時間の他の裸の(gymnotic)送達を行った。細胞を、神経細胞マーカーのニューロフィラメント N (NeuN)およびβIII−チューブリンの発現レベルもよって分析した。
結果
NeuN(図23A)およびβIII−チューブリン(図23B)に対する免疫化学染色は、増殖条件下の裸の(gymnotic)ASO送達に続く、分化条件下の裸の(gymnotic)送達後に分化する能力に影響を及ぼさないことを示す。ヒト神経特異的タンパク質であるβIII−チューブリンのシグナルは、分化条件下でASO Seq.ID No.218bによって影響されず、未処理コントロールに匹敵した。NeuN発現も、分化条件下の裸の(gymnotic)送達後に影響されなかった。したがって、細胞は、未だに神経細胞に分化することができる。驚くべきことに、ReNcell CX(登録商標)細胞は、増殖条件下(2×96時間)、両期間で、ASOの裸の(gymnotic)送達後の神経マーカーNeuNおよびβIII−チューブリンを発現し、ASOの裸の(gymnotic)送達は、増殖条件下でさへ神経の分化へ特異的シフトを促進し得ることを示す。さらに、神経前駆細胞の増殖率の上昇を観察した(表43、図20)。さらに、NeuNに対する染色は、ASO Seq.ID No.218bを用いて処理された細胞が、全ての他の処理と比較して、より生存できるように見えることを明らかにした(図21A)。明らかに、TGF−β1を用いて処理された細胞は、増殖性が重大に低かった。
結論
分化能力は、本発明のASO Seq.ID No.218bによって影響されなかった。興味深いことに、ReNcell CX(登録商標)細胞は、増殖および分化条件下
で裸の(gymnotic)送達後に神経に分化することを示した。このことは、本文中で増加した増殖速度の観察において示しており、本発明のASO Seq.ID No.218bは、神経分化の上昇傾向を伴う神経新生を促進することを示す。
12.1.4 TGF−β1プレインキュベーション後のヒト神経幹細胞の増殖における本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの結果
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達が、ReNcell CX(登録商標)細胞における逆のTGF−β1媒介効果に効果的であるかどうか分析するために、更なる研究を、7日間のTGF−β1プレインキュベーション、続く8日間の裸の(gymnotic)送達(2×96時間)と共に行った。
結果
初期神経マーカーとしてGFAP(表44、図22A)、増殖マーカーとしてKi67(表44、図22B)、および神経新生マーカーとしてDCX(表44、図22C)の遺伝子発現は、単回のASO処理後に上昇し、一方、TGF−β1は反対の結果をもたらした。さらに、TGF−β1プレインキュベーション後7日に、本発明のASO処理は、TGF−β1誘導効果を逆転させた。したがって、分析は、ASO Seq.ID No.218bが幹細胞および増殖マーカーに対してTGF−β1媒介効果を回復させること影響を及ぼすことを示す。
Figure 2021072841
結論
結果は、成体の神経新生が、本発明のTGF−RII特異的ASO−媒介TGF−βシグナリング阻害によって再活性化され得ることを示す。
まとめると、TGF−RII特異的ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β媒介幹細胞静止から救助し、分化に影響を及ぼさない成体神経新生を促進する。このことは、TGF−RII特異的ASO Seq.ID No.218bを脳修復のための理想的な治療薬にする。
実施例13:SOD1マウスにおいて本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドにおけるALSの疾患進行の治療活性の決定
筋萎縮性側索硬化症(ALS)のための薬としてASOの治療可能性を分析するために、雄および雌のトランスジェニックのSOD1 G93Aマウスを、浸透圧アルゼット(ALZET)(登録商標)ミニポンプを介して側脳室にicvカニューレによって本発明のASOの異なる投与量を用いて処理した。さらに、リルゾール(riluzole)を参照として使用した。リルゾールは筋萎縮性側索硬化症を治療するために使用される薬であり、サノフィ(Sanofi) ファーマシューティカルズ(Pharmaceuticals)社によって販売される。選択された患者において、人工呼吸器依存性または気管切開の発現を遅延し、約2〜3ヶ月生存率を高め得る。
方法の説明:
長期の中心静脈注入のために、アルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ミニポンプ(注入率:0.25μl/h、アルゼット(Alzet)(登録商標)、モデル2004年、クパチーノ(Cupertino)、米国)に取り付けられたicvカニューレを
、イソフルラン麻酔(バクスター(Baxter)、GmbH、ドイツ)および半滅菌条
件の下で定位的に埋め込んだ。各浸透圧ミニポンプを、マウスの首に1cmの長さの皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植し、シリコーンチューブによって、icvカニューレと接続した。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレ(23G、3mm長さ)を、右側脳室へと降ろした(ブレグマ(bregma)に対して相対的に後部0.3mm、側部1mm、深さ3mm)。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて
2つのステンレススチール製のネジで固定した。首の皮を縫合で閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、マウスを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)を用いて処置し、0.1mlの抗生
物質(sc,バイトリル(Baytril)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。チューブを、各溶液で満たした。ASO効果をALSの発展および進行、症
状の発症、不全麻痺、並びに生存率をインビボ(invivo)エンドポイントとして使用した。9週の年齢のマウスを殺処分し、脳を神経病理学分析のために除去した。icv移植部位の組織学的検証を、40μm冠状面、クレシルバイオレット染色脳断片で行った。
本発明のASOはインビトロ(in vitro)実験において潜在的な効果を及ぼす。相当一致して、齧歯類交差反応性のSeq.ID No.143aj、Seq.ID No.143h、およびSeq.ID No.210qのASOは、ALSモデル動物の治療効果を証明する上記実験においても効果的であった。交差反応性を示さない本発明のASOは、インビトロ(in vitro)実験において、より多くの潜在的な効果を及ぼす。結果として、これらの本発明のASOは、非ヒト哺乳類およびヒトのためのインビボ(in vivo)セットアップにおいても効果的であり、したがって、神経幹および神経前駆体の増殖の阻害を誘導するTGF−β1を予防または治療し、そのことによって、ALSおよび他の神経変性疾患を治療するための非常に強力な薬として作用すると推測される。
実施例14:R6/2マウスにおいてハンチントン病の疾患発展および進行におけるTGF−RIIに関するアンチセンス−本発明のASOの治療活性の決定
ハンチントン症(HD)のための薬としてASOの治療可能性を分析するために、雄および雌のトランスジェニックR6/2マウスを、浸透圧ミニポンプを介して側脳室にicv用法によって本発明のTGF−RII特異的ASOの異なる投与量を用いて処理した。方法の説明:
慢性の中心静脈注入のために、マウスは、5週の年齢で、アルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ミニポンプ(注入率:0.25μl/h、アルゼット(Alzet)(登録商標)、モデル2004年、クパチーノ(Cupertino)、米国)に取り付け
られたicvカニューレのために外科処置を受けた。カニューレおよびポンプを、ケタミン/キシラシン(xylacin)麻酔(バクスター(Baxter)、GmbH、ドイツ)および半滅菌条件の下で定位的に埋め込んだ。各浸透圧ミニポンプを、マウスの首に
1cmの長さの皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植し、シリコーンチューブによって、icvカニューレと接続した。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレ(23G、3mm長さ)を、右側脳室へと降ろした(ブレグマ(bregma)に対して相対的に後部0.3mm、側部1mm、深さ3mm)。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのステンレススチール製のネジで固定した。首の皮を縫合で閉じ
た。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、マウスを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)を用いて処置し
、0.1mlの抗生物質(sc,バイトリル(Baytril)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。チューブを、各溶液で満たした。HDの発展および進行
、症状の発症、握力、一般的な運動性、並びに生存率をインビボ(invivo)エンドポイントとして使用した。9週の年齢のマウスを殺処分し、脳を組織学的分析のために除去した。icv移植部位の組織学的検証を、40μm冠状面、クレシルバイオレット染色脳断片で行った。
本発明のASOはインビトロ(in vitro)実験において潜在的な効果を及ぼす。相当一致して、齧歯類交差反応性のSeq.ID No.143aj、Seq.ID No.143h、およびSeq.ID No.210qの本発明のASOは、ハンチントンモデル動物の治療の効果を証明する上記実験においても効果的であった。交差反応性を示さない本発明のASOは、インビトロ(in vitro)実験において、より多くの潜在的な効果を及ぼす。結果として、これらの本発明のASOは、非ヒト哺乳類およびヒトのためのインビボ(in vivo)セットアップにおいてもより効果的であるので、神経幹および神経前駆体の増殖の阻害を誘導するTGF−β1を予防または治療するための非常に強力な薬として作用し、そのことによって、HDおよび他の神経変性疾患を治療すると推測される。
実施例15:フィッシャー−344ラットにおけるTGF−β1誘導の水頭症およびこれに伴う認知障害の疾患進行における本発明のASOの治療活性の決定
本研究の目標は、本発明のASOの脳室内注入によって、容量依存的手法でi)神経幹細胞増殖および神経新生、ii)水頭症の形成、およびiii)空間学習障害、におけるTGF−β1誘導効果に苦しむ動物を治療することである。
方法の説明:脳室内注入のための浸透圧ミニポンプを、180g〜200g体重の雌のフィッシャー(Fischer)−344ラット(n全体=70、nグループ=10)に移植した。注入は、コントロールとしてa)人工脳脊髄液(aCSF:148.0mM NaCl、3.0mM KCl、1.4mM CaCl 0.8mM MgCl、1.5mM NaHPO、0.2mM NaHPO、100μg/mlラット血清アルブミン、50μg/ml ゲンタマイシン、pH7.4)、またはb)aCSF中に1μg/mlのTGF−β1を有する溶液をアルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ポンプ2004を用いて0.25μl/hの流速で14日間行った。14日後にポンプは
変更され、アルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ポンプ2004(流速0.25μl/h)は、次の注入:aCSF、または様々な濃度のTGF−RIIASO(1.1mmol/L、3.28mmol/L、9.84mmol/L、)と組み合わせたTGF−β1(1μg/ml)、のために使用され、またはスクランブルASO(3.28mmol/l)を注入した(2×4週)。注入期間の最後の4日の間に、動物は、増殖細胞を標識するために、毎日、BrdU(50mg/kg体重)の腹腔内注入を受けた。ポンプを除去し、二週間後の動物を、14日間空間学習試験(モリス−水−迷路)で機能分析し
た。1日後、動物を、0.9%NaClを用いてかん流し、脳を除去し、PCNA、BrdU、DCX、BrdU/NeuN、およびBrdU/GFAPの定量的組織学的分析のために、および水頭症の測定として側脳室の容量の立体解析のために、4%パラホルムアルデヒド中に後で添加した。対側半球をさらに解剖し、異なる領域(心室壁、海馬、皮質)を、TGF−RII発現レベルを分析する定量的RT−PCRのために処理する。MR画像を、ポンプ移植4日前、ポンプ移植後1週、最初のポンプ変更日、および、その後から、注入期間の終わりまで2週間毎に、グループ1、グループ3、およびグループ6のうちの4匹の動物から撮った。icv移植部位の組織学的検証を、40μm冠状面、クレシルバイオレット染色脳断片で行った。
Figure 2021072841
本発明のASOはインビトロ(in vitro)実験において潜在的な効果を及ぼす。相当一致して、齧歯類交差反応性のSeq.ID No.143aj、Seq.ID No.143h、およびSeq.ID No.210qの本発明のASOは、水頭症モデル動物の治療の効果を証明する上記実験においても効果的であった。交差反応性を示さない本発明のASOは、インビトロ(in vitro)実験において、より多くの潜在的な効果を及ぼす。結果として、これらの本発明のASOは、非ヒト哺乳類およびヒトのためのインビボ(in vivo)セットアップにおいてもより効果的であり、したがって、神経幹および神経前駆体の増殖の阻害を誘導するTGF−β1を予防または治療し、そのことによって、水頭症および他の神経変性疾患を治療するための非常に強力な薬として作用すると推測される。
実施例16:フィッシャー344ラットにおいて脊髄損傷のリハビリテーションにおけるTGF−RIIに関するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの治療活性の決定
脊髄損傷(SCI)のための薬としてASOの治療可能性を分析するために、雄および雌のフィッシャー−344ラットを、浸透圧ミニポンプを介して側脳室にicv投与によ
って本発明のASOの異なる投与量を用いて処理した。
方法の説明:
SCIを、C3レベルで頸部タングステンワイヤーナイフの脊柱離脱によって刺激した。次のステップにおいて、慢性の中心静脈注入のために、ラット(180g〜200g体重)は、アルゼット(Alzet)(登録商標)浸透圧ミニポンプ(注入率:0.25μl/h、アルゼット(Alzet)(登録商標)、モデル2004年、クパチーノ(Cupertino)、米国)に取り付けられたicvカニューレのために外科処置を受けた
。カニューレおよびポンプを、ケタミン/キシラシン(xylacin)麻酔(バクスター(Baxter)、GmbH、ドイツ)および半滅菌条件の下で定位的に埋め込んだ。
各浸透圧ミニポンプを、ラットの首に1cmの長さの皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植し、シリコーンチューブによって、icvカニューレと接続した。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレ(23G、3mm長さ)を、右側脳室へと降ろした(ブレグマ(bregma)に対して相対的に後部1.0mm、側部1.0mm、深さ1.8mm)。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)−Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのステンレスス
チール製のネジで固定した。首の皮を縫合で閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、ラットを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)を用いて局所的に処理し、0.5ml抗生物質(sc,
バイトリル(Baytril)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。
チューブを、各溶液で満たした。SCIに続くリハビリテーションにおけるASOの効果を決定するために、外科処理後4週で、インビボMRI構造分析を行った(3T MRI、アレグラ(Allegra) シーメンス(Siemens)、フェーズトアレイ(phased array)−小動物コイル)。手術後6週で、動物を殺処分し、脊髄を組織学的、および免疫組織学的分析のために除去した。icv移植部位の組織学的検証を、40μm冠状面、クレシルバイオレット染色脳断片で行った。
本発明のASOはインビトロ(in vitro)実験において潜在的な効果を及ぼす。相当一致して、齧歯類交差反応性のSeq.ID No.143aj、Seq.ID No.143h、およびSeq.ID No.210qの本発明のASOは、フィッシャー344−ラット脊髄対麻痺モデルの治療の効果を証明する上記実験においても効果的であった。MRI画像および神経病理学的分析において、本発明のASOは高い処理効果を示した。交差反応性を示さない本発明のASOは、インビトロ(in vitro)実験において、より多くの潜在的な効果を及ぼす。結果として、これらの本発明のASOは、非ヒト哺乳類およびヒトのためのインビボ(in vivo)セットアップにおいてもより効果的であるので、神経幹および神経前駆体の増殖の阻害を誘導するTGF−β1を予防または治療するための非常に強力な薬として作用し、そのことによって、脊髄損傷および他の神経変性疾患を治療すると推測される。
実施例17:ヒト肺癌細胞株A549の増殖におけるASO−媒介効果
Ki67、p53、カスパーゼ8(Caspase 8)およびDNA−結合タンパク質阻害剤2(ID2)のmRNAを、いくつかの腫瘍細胞の増殖における代表するマーカーとして分析した。以前の研究から、腫瘍抑制遺伝子p53およびID2の発現は、腫瘍組織においてしばしば劇的に上昇した。Ki67は増殖マーカーであり、Casp8は、アポトーシスの指標となる。さらに、細胞数を裸の(gymnotic)送達後に決定した。
方法の説明
A549細胞を上述のように培養した。処理細胞のために、培地は除去され、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarste
dt)#83.3920.300)(50,000細胞/ウェル)、または8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(20,000細胞/ウェル)(24−ウェルおよび8−ウェル細胞培養スライドディッシュには0.5ml、6−ウェルディッシュには1ml)に新しい全培地によって置換され、37℃および5%COで一晩インキュベートした。mRNA発現および増殖における影響を分析するために、細胞を、Ref.1(スクランブルコントロール)、およびASO Seq.ID No.218bを用いて、2.5μMおよび10μMの濃度で処理し、72時間、37℃および5%COでインキュベートした。培地交換を含む処理は、72時間毎に3回(全体で12日)繰り返された。増殖(Ki67)の免疫細胞化学的分析のために、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、72時間に制限された。その後、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)、免疫細胞化学(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中に)、増殖曲線およびRNA単離(24−ウェルディッシュ)、のために使用した。RNA、タンパク質、および免疫細胞化学のためのプロトコルは、上述のように行った。増殖曲線のために、残存細胞を細胞数の決定のために24−ウェルディッシュから収穫した。この目的のために、残存細胞を、PBSを用いて洗浄し(2×)、アクターゼ(500μl/ウェル)を用いて処理し、7分間37℃でインキュベートした。その後、500μl培地を加え、細胞数を、製造業者の指示に従って、ルナ(Luna)−FL(商標)自動細胞カウンター蛍光および明視野(バイオジム(Biozym)、#872040)を用いて決定した。簡単に、18μlの細胞懸濁液を、2μlのアクリジンオレンジ/ヨウ化プロピジウムアッセイ生存キット(バイオジム(Biozym)#872045)に加えた。セッティングの1分後、10μlを、細胞カウンティングスライド(バイオジム(Biozym)#872011)に加えた。細胞をカウントし、生存細胞および死細胞を区別して算出した。
17.1 ASO Seq.ID No.218bの結果
mRNA分析は、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後12日のKi67、p53およびID2発現レベルの減少を示した。対照的に、Casp8は、低レベルのASO Seq.ID No.218bで上昇した(表46)。これらの結果は、減少した腫瘍成長が、アポトーシス細胞のわずかな増加と関連しているということを示す。さらに、ウェスタンブロット分析は、本発明のASOの裸の(gymnotic)送達後12日のKi67、およびpAkt12のタンパク質レベルの減少を示した(表47)。ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後のA549細胞の免疫化学試験は、適用された両濃度では、スクランブルコントロールと比較してKi67シグナルの減少したレベルを示した(図23)。最後に、A549細胞数は、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後の12日に約50%近く減少した(表48)。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
これらの結果は、減少した腫瘍成長がアポトーシス細胞の増加と関連していることを示す。特に、腫瘍において可能な治療標的遺伝子ID2はTGF−RII特異的ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後に減少した。
まとめると、ASO Seq.ID No.218bは、増殖速度を最小にすることに効果的であり、腫瘍進行遺伝子発現を減少させる。
実施例18:いくつかの腫瘍細胞株の増殖におけるASO裸の(gymnotic)送達の効果
TGF−βシグナリングは、癌発展において重要な経路である。一方、TGF−βは、腫瘍抑制に機能する因子を促進するが、他方、この成長因子は、細胞遊走、細胞浸潤、細胞増殖、免疫調節の刺激につながり、腫瘍細胞の進行および遊走に利点である環境再編成を促進する。したがって、TGF−βは、癌治療において鍵となる標的である。増殖マーカー(Ki67)のmRNAおよびタンパク質レベル、並びに細胞数を、腫瘍細胞の増殖速度のマーカーとして本発明のASOにおける裸の(gymnotic)取り込み後に決定した。さらに、腫瘍抑制遺伝子p53の、およびDNA結合タンパク質阻害剤2(ID2)の腫瘍抑制遺伝子を試験した。
方法の説明
いくつかの腫瘍細胞株を上述されるように培養した(表10)。細胞を治療するために、培地を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(50,000細胞/ウェル)(24−ウェルには0.5ml、6−ウェルディッシュには1ml)の新しい全培地によって置換し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。mRNA発現および増殖における影響を分析するために、細胞を、Ref.1(スクランブルコントロール)、およびASO Seq.ID No.218bを用いて、2.5μMおよび10μMの濃度で処理し、72時間、37℃および5%COでインキュベートした。培地交換を含む処理は、72時間毎に3回(全体で12日)繰り返された。収穫のために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)、タンパク質単離(6−ウェルディッシュ)、または増殖曲線のために使用した。RNAおよびタンパク質単離のためのプロトコルは、上述されるように行われた。増殖曲線のために細胞をカウント
する前に、細胞を、光学顕微鏡(ニコン(Nikon、TS−100 F LED #MFA33500)を用いることによって分析した。残存細胞を、その後、細胞数の決定のために24−ウェルディッシュから収穫した。この目的のために、残存細胞を、PBSを用いて洗浄し(2×)、アクターゼ(500μl/ウェル)を用いて処理し、5〜7分間37℃でインキュベートした。その後、500μl培地を加え、細胞数を、製造業者の指示に従って、ルナ(Luna)FL(商標)自動細胞カウンター蛍光および明視野(バイオジム(Biozym)、#872040)を用いて決定した。簡単に、18μlの細胞懸濁液を、2μlのアクリジンオレンジ/ヨウ化プロピジウムアッセイ生存キット(バイオジム(Biozym)#872045)に加えた。セッティングの1分後、10μlを、細胞カウンティングスライド(バイオジム(Biozym)#872011)に加えた。細胞をカウントし、生存細胞および死細胞を区別して算出した。
18.1 Seq.ID No.218bの結果
Ki67mRNAレベルは、使用されたASO濃度に独立して(A549、L3.6pI、Panc−1)、または依存して(HT−29、Panc−1、CaCo2)、裸の(gymnotic)送達後12日に効果的に減少した(表40)。p53の遺伝子発現レベルは、試験されたASOによって、A549、HT−29、K562、KG−1、CaCo2およびTMK−1においても影響を及ぼした(表50)。減少したKi67タンパク質発現の検証は、A549、L3.6pI、TMK−1、HT−29、およびK562で示された(表51)。特に、ID2 mRNA発現は、ASO Seq.ID No.218bによって媒介されるA549、HT−29、K562およびTMK−1細胞において首尾一貫して効率的および用量依存的な下方調節を示した(表51)。さらに、ASO Seq.ID No.218bは、いくつかの腫瘍細胞株の増殖速度の減少をもたらした(表53)。細胞数の用量依存的減少は、HPAFII、MCF−7、KG1、K562、U937、およびHTZ−19細胞で認められた。肺癌細胞(A549)は、ASO Seq.ID No.218bによって誘発された約50%の細胞数の減少を示した。減少した細胞数は、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後12日にHPAFII、K562、MCF−7、Panc−1およびHTZ−1で光学顕微鏡によってさらに確認した(図24)。
同等の結果を、Seq.ID No.s 141d、141g、141i、143r、143w、143af、143ag、143ah、143j、143p、143q、233d、234d、235b、235d、237b、237c、237i、237m、238c、238f、239e、240c、241b、242a、246e、247d、248b、248e、248g、152k、152s、152t、152u、152ab、152ag、152ah、152ai、249c、249e、250b、250g、251c、251f、252e、253c、254b、255a、259e、260d、261b、261e、261g、262d、262e、209s、209v、209w、209x、209ai、209an、209at、209au、209av、210o、210v、210w、210x、210ab、210ac、210ad、210af、210am、263b、263c、263i、263m、264e、264h、265e、266c、267b、268a、272e、273d、274a、274d、274f、275g、275i、276b、276c、276j、276k、277d、277e、278f、279c、280b、281a、218ad、218n、218t、218u、218v、218ah、218an、218ao、218ap、220d、221d、222b、222c,222f、223c、223f、224i、224m、225c、225f、226e、227c、213o、213p、213q、213s、213y、213z、213aa、213af、228b、229a、285d、286d、287d、287e、287f、288e、288i、289d、289h、289o、289p、289q、290c、290f、290i、291c、292c、293b、および294aのアンチセンス−オリゴヌクレオチドで得ることができる。前述のアンチセンス−オリ
ゴヌクレオチドの多くは、Seq.ID No.218bおよび218cを負かすことは可能ではないだろうが、当該技術分野のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの場合よりまだかなりより有利である。したがって、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、癌および腫瘍のような高増殖性疾患の治療に非常に有用である。
Figure 2021072841
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結論
ASO Seq.ID No.218bによるKi67、p53、およびID2のmRNAの調節は、いくつかの組織において、および異なる組織と共に腫瘍拡大を弱めるのに有利な効果を示す。Ki67、ID2およびp53は、異なる癌タイプにおいて上方調節され細胞増殖を促進するることが知られている。増殖マーカーKi67、p53、およびID2は、効果的に下方調節された。裸の(gymnotic)送達後12日のいくつかの腫瘍細胞における細胞カウントおよび光学顕微鏡は、細胞増殖を減少させるために強力な物質としてASO Seq.ID No.218bを明らかにした。
まとめると、TGF−RII特異的ASO Seq.ID No.218bは、Ki67、p53、およびID2の認識されたmRNA調節に並行して、増殖速度を効果的に減少させていた。これらのデータは、本発明のASOは、腫瘍細胞進行および腫瘍細胞の転移を弱めるための薬物候補物を促進していることを示す。
実施例19:いくつかの腫瘍細胞株における血管新生に対するアンチセンス−オリゴヌクレオチドの効果の分析
血管新生の調節は、組織成長および修復に必須である。血管成長の不均衡は、例えば腫瘍成長、虚血、炎症、および免疫疾患などのような、種々の病気に貢献している。TGF−βは、血管新生促進の因子であると知られている。TGF−βは、過大応答(overshooting)血管新生が疾患進行に責任がある場合に、炎症性および腫瘍性のプロセスにおいて最も関連があり得る。これらの効果は、TGF−β1誘導線維化を伴ってもよい。したがって、TGF−RII特異的ASOによるTGF−βシグナリングの阻害は、適切な治療アプローチを表してもよい。この仮定を試験するために、これらのASOは、裸の(gymnotic)取り込みによっていくつかの腫瘍細胞株に移された。繰り返しの裸の(gymnotic)送達後12日に、細胞上清を、多重分析によって、血管新生促進因子におけるタンパク質レベルのために分析した。この技術は、電気化学発光による複数の血管新生促進タンパク質(VEGF、Tie−2、FLt−1、PIGF、およびbFGF)の調査を可能にした。血管内皮増殖因子(VEGF)は、血管新生を促進し、それと共に例えば腫瘍増殖などに貢献する強力な腫瘍分泌サイトカインである。Tie−2は、活発に成長する血管から発現されるタンパク質である。Fms様チロシンキナーゼ1(Flt−1)は、血管内皮細胞増殖因子受容体1(VEGFR1)としても知られており、血管内皮細胞において高く発現される膜貫通型チロシン受容体キナーゼであり、胎盤成長因子(PlGF)は、VEGFとともに作用し、例えば腫瘍形成などの病理学的条件下で上方調節される。さらに、塩基性線維芽細胞成長因子(bFGF)は、血管新生も誘導する成長因子である。PAI−1は、TGF−βの標的遺伝子であり、TGF−βの瘢痕形成および血管新生効果を仲介する。したがって、PAI−1は、腫瘍浸潤および転移にも重要な因子を示す。PAI−1が高濃度を示す患者は、例えば乳癌、肺癌、大腸癌、および胃癌などにおいて不良予後因子と見なされます。PAI−1の高濃度は、血栓症の役割を果たしている疾患(例えば、心筋梗塞、脳卒中など)の危険因子でもある。したがって、TGF−β特異的アンチセンス−オリゴヌクレオチドによるPAI−1mRNA調節も試験された。
方法の説明
腫瘍細胞株を上述されるように培養した(表10)。細胞を処理するために、培地を除去し、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)の新しい全培地によって置換し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。次の日、Ref.1(スクランブルコントロール)、およびASO Seq.ID No.218bを、2.5μMおよび10μMの濃度でリフレッシュした培地に加え、72時間、37℃および5%COでインキュベートした。培地交換を含む処理は、72時間毎に3回(全体で12日)繰り返された。その後、細胞上清を集め、メソスケール(MesoScale) ディスカバリー(Disco
very)(登録商標)アッセイ(MSD ディスカバリー(Discovery))によって分析した。この技術は、電気化学発光によって複数の血管新生促進タンパク質(VEGF、Tie−2、FLt−1、PIGF、およびbFGF)の調査を可能にした。個々の成長因子に関する実験パフォーマンスおよび情報を、製造業者の指示(MSD メソスケール(MesoScale) ディスカバリー(Discovery)(登録商標)、♯K15198G)によって抽出した。結果を、グラフパッド(GraphPad)プリズム(Prism)(登録商標)ソフトウェアによって評価した。
その後、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)のために使用し、リアル−タイムRT−PCRによってASOの裸の(gymnotic)送達が、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−1のmRNAレベルを調節し得るかどうか分析した。プロトコルおよびプライマーは、以前に記述されるように使用され列挙された。
19.1 Seq.ID No.218bの結果
表54は、PAI−1mRNAが、ASO Seq.ID No.218bの繰り返しの裸の(gymnotic)送達後に、いくつかの試験された癌細胞(A549:肺癌、HPAFII:膵腺癌、HT−29:大腸腺癌、HTZ−19:メラノーマ、TMK−1:胃癌、THP−1:単球性白血病)において用量依存的に下方調節されたことを示す。
さらに、刺激された細胞上清におけるVEGFも、A549、HTZ−19、HPAFII、およびPC3M(前立腺癌)において用量依存的減少を示した。HPAFIIおよびPC3M細胞の下方調節は重要であった(表55)。bFGFに対するASO Seq.ID No.218bの影響は、VEGFでの観察で確認され、ASO Seq.ID No.218bが血管新生を抑制する能力があることを意味する(表56)。A549およびPC3Mにおける結果は、bFGFの重大な減少も示した。細胞上清におけるPIGFのタンパク質量は、わずかだが、A549およびHTZ−19細胞において用量依存的に減少した。PC3M細胞において基本的な内因性PIGFレベルは、全ての他の試験された細胞より高く、ASO効果もより強かった(表57)。最後に、HT−29細胞におけるFlt−1タンパク質の下方調節(表58)、並びにHTZ−19(ASO Seq.ID No.218b 2.5μM)およびMCF−7(乳癌、10μM)におけるTie−2減少を検出することが可能である(表59)。
同等の結果を、Seq.ID No.s 141d、141g、141i、143r、143w、143af、143ag、143ah、143j、143p、143q、152k、152s、152t、152u、152ab、152ag、152ah、152ai、209s、209v、209w、209x、209ai、209an、209at、209au、209av、210o、210v、210w、210x、210ab、210ac、210ad、210af、210am、213o、213p、213q、213s、213y、213z、213aa、213af、218ad、218n、218t、218u、218v、218ah、218an、218ao、218ap、220d、221d、222b、222c,222f、223c、223f、224i、224m、225c、225f、226e、227c、228b、229a、233d、234d、235b、235d、237b、237c、237i、237m、238c、238f、239e、240c、241b、242a、246e、247d、248b、248e、248g、249c、249e、250b、250g、251c、251f、252e、253c、254b、255a、259e、260d、261b、261e、261g、262d、262e、263b、263c、263i、263m、264e、264h、265e、266c、267b、268a、272e、273d、274a、274d、274f、275g、275i、276b、276c、276j、276k、277d、277e、278f、279c、280b、281a、285d、286d、287d、287e、287f、288e、288i、289d、289h、289o、289p、2
89q、290c、290f、290i、291c、292c、293b、および294aのアンチセンス−オリゴヌクレオチドで得ることができる。前述のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの多くは、Seq.ID No.218bおよび218cを負かすことは可能ではないだろうが、当該技術分野のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの場合よりまだかなりより有利である。したがって、本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、癌および腫瘍のような高増殖性疾患の治療に非常に有用である。
Figure 2021072841
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結論
全ての分析された血管新生促進因子(VEGF、bFGF、PIGF、Flt−1、およびTie−2)は、腫瘍進行および向上した血管新生に依存する他の病理学的メカニズムの抑制に有利な影響を有する方法において、ASO Seq.ID No.218bによって調節される可能性がある。さらに、PAI−1mRNAは、ASO Seq.ID
No.218bによって、用量依存的に減少した。この因子、TGF−β標的遺伝子、および例えば乳癌における承認された予後マーカーなどは、用量依存的に下方調節もされた。
まとめると、全ての試験された本発明のASOは、腫瘍の進行、転移、炎症、血栓症に有利になる血管新生プロセスを減らすことに効率的であった。したがって、TGF−RIIに対して向けられる本発明のASOは、癌および血栓症関連疾患のさまざまな種類における強力な治療候補物である。
実施例20:線維症に対する本発明のASOの効果の分析。
TGF−βは、細胞増殖、転移、創傷治癒、血管新生および細胞間相互作用などのような多くのプロセスに関与している。いくつかの研究から、この因子は、原発開放隅角緑内症、アルツハイマー病、肺線維症および糖尿病性腎症を含むいくつかの疾患の発病の間に頻繁に上昇することが知られている。これらの疾患は、細胞外マトリックス(ECM)およびアクチン−細胞骨格における病理学的調節に関連している。多くの場合、これらの観察された調節は、重大疾患進行および治療への抵抗性(腫瘍の上皮間葉転換−EMT−)と互いに関係がある。結合組織成長因子(CTGF)は、TGF−βの下流メディエーターであり、TGF−βにおける線維化効果を媒介する。したがって、CTGFは、ECMの堆積を媒介し、アクチン−細胞骨格の再編を調節することが示される。本発明のASOがTGF−βシグナリングを阻害することによる線維化工程の解決に貢献するかどうかを調査するために、CTGFレベルを、評価し、さらに、いくつかの異なる癌細胞における
ECMの2つの主な要素であるフィブロネクチン(FN)、およびコラーゲンIV(ColIV)を評価した。さらに、CTGF、FN、およびアクチン−細胞骨格におけるASOの効果を、神経前駆体細胞(ReNcell CX)およびヒト肺癌細胞(A549)において試験した。
20.1 神経変性における線維症
方法の説明
細胞を標準的なプロトコルにおいて上述されるように培養した。処理するために、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(80,000細胞/ウェル)、及び8−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。TGF−β1に対するReNcell CX(登録商標)細胞の応答を調査するために、細胞を、TGF−β1(2ng/mlおよび10ng/ml、プロモセル(PromoCell)#63499)を用いた培地のリフレッシュ後、48時間処理し、続いてCTGFのためのmRNA分析を行った。ReNcell CX(登録商標)細胞において、ASOがCTGF、およびFNに影響を及ぼすことを理解するために、培地を除去し、新しい全培地(6−ウェルに1ml、8ウェルに0.5ml)に置き換えた。Ref.1(スクランブルコントロール)、ASO Seq.ID No.218b、およびSeq.ID No.218bを、その後、2.5μMおよび10μMの濃度で培地に加え、各分析(リアル−タイムRT−PCR、ウェスタンブロット分析、および免疫細胞化学)を96時間後に行った。TGF−β1を用いてのプレインキュベーション試験後のASOの効果を試験するために、培地は除去され、新しい全培地置き換えられた(6−ウェルディッシュおよび8−ウェル細胞培養スライドディッシュに1ml)。TGF−β1(10ng/ml、48時間)の曝露に続いて培地を交換し、TGF−β1(10ng/ml)、Ref.1(10μM)、Seq.ID No.218bのASO(10μM)、およびSeq.ID No.218cのASO(10μM)を組み合わせ処理で、および単回処理で細胞に加えた。ReNcell CX(登録商標)細胞を、その後、裸の(gymnotic)送達後、96時間で収穫した。そのために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)、およびタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)、または細胞の免疫細胞化学試験(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中に)のために使用した。プロトコル、抗体、希釈液、およびプライマーは、以前に記述されるように使用した。
20.1.1 神経前駆体細胞(ReNcell CX)におけるTGF−β1効果の結果
TGF−β1曝露に対するReNcell CX(登録商標)の反応については全く知られていなかった。したがって、ReNcell CX(登録商標)細胞を、2つの異なる濃度のTGF−β1と48時間処理した(表60)。リアル−タイムRT−PCRの評価は、CTGF−およびTGF−β1遺伝子発現の用量依存的誘導を明らかにした。
Figure 2021072841
結論
ReNcell CX(登録商標)細胞は、TGF−β1の自己誘導を示すTGF−β1曝露に対する応答、およびTGF−β1標的遺伝子CTGFの上昇を示した。まとめると、ReNcell CX(登録商標)細胞は、TGF−β1効果に対処する問題を試験するために理想的である。
20.1.2 Seq.ID No.218bの結果
20.1.2.1 裸の(gymnotic)送達の効果
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、CTGFおよびFNの用量依存的および重大な減少をもたらす(表61)。ASO Seq.ID
No.218bのこの効果は、FNタンパク質レベルで確かめられた。FNタンパク質レベルは、試験されたASOの裸の(gymnotic)送達96時間後に約70%までに減少し、一方、ReNcell CX(登録商標)細胞のTGF−β1処理は、FNの3.4倍の誘導をもたらした(表62)。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bは、ヒト神経前駆体細胞においてCTGFおよびFNのmRNAレベルを下方調節するのに効果がある。ASO Seq.ID No.218b処理は、裸の(gymnotic)送達96時間後にFNタンパク質を減少させ
た。したがって、TGF−RII特異的ASOは、ReNcell CX(登録商標)細胞において、TGF−β誘導線維性効果の阻害を媒介する。
20.1.2.2 TGF−βプレ−インキュベーション後の裸の(gymnotic)送達の効果
ASO Seq.ID No.218bは、病理学的条件下、TGF−βによって媒介される線維性効果を阻害する効果もあるかどうかを分析するために、ReNcell CX(登録商標)細胞を、TGF−βプレ−インキュベーションでインキュベーションし、続いて96時間裸の(gymnotic)送達をした。その後、CTGFおよびFNの決定されたmRNAレベルは、CTGFおよびFN遺伝子発現のTGF−β誘導後も、ASO Seq.ID No.218bにおける強力な抗線維性効果を示す(表63)。CTGF(図25A)およびFN(図25B)の免疫細胞化学染色は、mRNA分析からのデータを確認した。さらに、アクチン−細胞骨格の分析のためのファロイジン染色は、TGF−β処理後のストレス−ファイバーの誘導を示し、一方、ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β媒介ストレスファイバー誘導を阻害するのに効果的であった(図25C)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bは、模擬の病理学的条件下(TGF−β1プレ−インキュベーション)、強力な抗−線維性効果を示した。ECMの一つの主要な構成要素としてFNの下方調節は別として、アクチン−細胞骨格は、線維性疾患においてより良い結果になるのに有益になり得る方法において本発明のASOによっても影響を及ぼされた。
20.1.3 Seq.ID No.218cの結果
20.1.3.1 裸の(gymnotic)送達の効果
ASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達は、10μMのASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達後に、CTGFmRNAの強力および重大な減少をもたらす(表64)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cは、CTGFmRNAの用量依存的減少に効果的であった。
20.1.3.2 TGF−βプレ−インキュベーション後の裸の(gymnotic)送達の効果
TGF−β1プレ−インキュベーションに続くASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達の結果は、CTGFmRNAレベルにおけるTGF−β1誘導効果の効果的な阻害を確かめた(表65)。ASOは、CTGFにおけるTGF−β1効果を阻害することにおいて、このように有力であり、組み合わせ処理は、ASO Seq.ID No.218c単回処理に匹敵している。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cは、人工的な病理学的条件下(TGF−β1プレ−インキュベーション)でさえCTGFmRNAおよびタンパク質の強い下方調節を示した。
まとめると、強い抗−線維性効果とは別に、TGF−RII特異的ASOは、アクチン−細胞骨格の調節を示した。ストレスファイバーの誘導は、細胞の硬直性および剛性の上昇を引き起こし得り、アルツハイマー病および他の神経変性疾患などにおいて役割を担ってもよい。ECM沈着は、原発開放隅角緑内障などにおいて、初期の病原性の調節を媒介してもよい。したがって、ECM沈着の減少およびストレスファイバー形成の抑制は、線維性関連の神経疾患のよりよい予後のために有益になり得る。それによって、TGF−RII特定ASOは、例えばアルツハイマー病および原発開放隅角緑内障の強力な治療薬になる。
20.2.肺線維症
方法の説明
肺におけるECMおよびアクチン−細胞骨格に対するASO効果を調査するために、ヒト肺癌(A549)細胞を試験し、以前に記述されるように培養した。処理のために、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(50,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(80,000細胞/ウェル)、および8−ウェル細胞培養スライドディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#94.
6140.802)(10,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。TGF−β1に対するA549細胞の応答を調査するために、細胞を、TGF−β1(2ng/mlおよび10ng/ml、プロモセル(PromoCell)#C63499)を用いて培地のリフレッシュ後、48時間処理し、続いてCTGFのためのmRNA分析を行った。A549細胞において、CTGF、およびFNに対するASOの影響を調査するために、培地を除去し、新しい全培地(6−ウェルに1ml、8−×−ウェルに0.5ml)に置き換えた。Ref.1(スクランブルコントロール)、ASO Seq.ID No.218b、およびSeq.ID No.218bを、その後、2.5μMおよび10μMの濃度で培地に加え、各分析(リアル−タイムRT−PCR、ウェスタンブロット分析、および免疫細胞化学)をReNcell CX(登録商標)細胞において72時間後に行った。TGF−β1を用いてのプレインキュベーション後の可能なASOの効果を示すために、培地は除去され、新しい全培地置き換えられた(6−ウェルディッシュおよび8−ウェル細胞培養スライドディッシュに1ml)。TGF−β1(10ng/ml、48時間)の曝露に続いて培地を交換し、TGF−β1(10ng/ml)、Ref.1(10μM)、Seq.ID No.218bのASO(10μM)、およびSeq.ID No.218cのASO(10μM)を組み合わせ処理で、および単回処理で細胞に加えた。A549細胞を、その後、裸の(gymnotic)送達後、72時間で収穫した。そのために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)、およびタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)、または細胞の免疫細胞化学試験(8−ウェル細胞培養スライドディッシュ中に)のために使用した。使用されたプロトコル、抗体、希釈液、およびプライマーは、以前に記述される通りであった。
20.2.1 肺癌細胞(A549)におけるTGF−β1効果の結果
TGF−β1曝露に反応するためのA549細胞の能力を調査するために、細胞を、2つの異なる濃度のTGF−β1と48時間処理した(表66)。リアル−タイムRT−PCRの評価は、CTGF−およびTGF−β1自身の遺伝子発現の用量依存的誘導を明らかにした。
Figure 2021072841
結論
A549細胞は、TGF−β1曝露に対する用量依存的およびCTGFの重大なmRNA上方調節を示した。さらに、TGF−β1の自己誘導を観察した。まとめると、A549細胞は、肺および肺癌においてTGF−β効果に対処する問題を試験するためによいモデルである。
20.2.2 Seq.ID No.218bの結果
20.2.2.1 裸の(gymnotic)送達の効果の効果
ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、CTGF遺伝子発現の用量依存的および高く重大な減少をもたらす(表67)。FNmRNAレベルも試験されたASOによって影響を受けたが、用量依存的ではなかった。対照的に、FNに対する染色は、スクランブルコントロールと比較してFNの用量依存的減少を明らかにした(図260A)。さらに、アクチン−細胞骨格に対するASOおよびTGF−β1効果を試験した。図26Bは、用量依存的方法においてA549細胞のTGF−β1処理後のストレス−ファイバー形成を含むアクチン−ファイバーの誘導を示し、一方、A549細胞におけるASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後のシグナルは、TGF−β1媒介効果の認識される逆戻り(reversion)と並行して重大に下方調節した。タンパク質分析のために、CTGFが当該繊維性効果を媒介することによりpErk1/2の阻害と並行したCTGFの適切な下方調節を示した(表68)。
さらに、ASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達後72時間で、ECMの主な構成要素FNおよびCoIIVの両方の減少は、顕著であった(表68)。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達は、ヒト肺癌細胞において、ECM沈着およびアクチン−細胞骨格再構築に関与している調節因子に効果的であった。
20.2.2.2 TGF−β1プレ−インキュベーション後の裸の(gymnotic)送達の効果の結果
TGF−β1プレ−インキュベーションに続くASO Seq.ID No.218bの裸の(gymnotic)送達の結果は、CTGFおよびFNmRNAレベルにおける強いTGF−β1誘導効果の効果的な阻害を確認した(表69)。CTGF(図27A)およびFN(図27B)に対して染色する免疫細胞化学は、タンパク質レベルにおけるmRNA検出を確認した。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218bは、TGF−β1の過剰濃度が模倣される人工的な病理学的条件下、A549細胞において抗−線維性効果を媒介するのに効果的であった。
20.2.3 Seq.ID No.218cの結果
20.2.3.1 裸の(gymnotic)送達の効果の結果
ASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達は、A549細胞において裸の(gymnotic)送達後72時間に、CTGFmRNAの強い用量依存的および重大な減少を媒介する(表70)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達は、TGF−β下流メディエーターCTGFのmRNAの減少に効果的であった。
20.2.2.2 TGF−βプレ−インキュベーション後の裸の(gymnotic)送達の効果
TGF−β1プレ−インキュベーションに続くASO Seq.ID No.218cの裸の(gymnotic)送達の結果は、CTGFmRNAレベルにおける強いTGF−β1誘導効果の阻害を確かめた(表71)。CTGFに対して染色する免疫細胞化学は、タンパク質レベルにおけるこれらの結果を確認した(図28)。
Figure 2021072841
結論
ASO Seq.ID No.218cは、過剰なTGF−β1濃度によって模倣される人工的な病理学的条件下、A549細胞において抗−線維性効果を媒介するのに効果的であった。
まとめると、ASO Seq.ID No.218cは、肺線維症の病理学は、CTGF、FN、およびCOlIVを減少させることによって減速させることが可能であるので、ASO Seq.ID No.218cは、効果的な治療薬になる。さらに、ストレス−ファイバー形成は、TGF−RII特異的ASOによって効果的に減少させることができ、本発明のASOを理想的な治療薬にする。
20.3.いくつかの癌細胞の効果
方法の説明
ECM(CTGF、FN、ColIV)に対処するASO効果の調査のために、細胞を、標準的なプロトコルに以前に記述されるように使用し、培養した(表10)。処理のために、細胞を、24−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.1836.300)(30,000細胞/ウェル)、6−ウェル培養ディッシュ(ザルスタット(Sarstedt)#83.3920.300)(50,000細胞/ウェル)に播種し、37℃および5%COで一晩インキュベートした。mRNA発現、並びに、CTGFの、FNの、ColIVのmRNAおよびタンパク質レベルに対する影響を分析するために、細胞を、Ref.1(スクランブルコントロール)、またはASO Seq.ID No.218bを用いて、2.5μMおよび10μMの濃度で処理し、72時間、37℃で、および5%COでインキュベートした。培地置換を含む処理を、72時
間毎に3回(全体で12日)繰り返した。収穫のために、細胞を、PBSを用いて2回洗浄し、続いてRNA単離(24−ウェルディッシュ)、またはタンパク質単離(6−ウェルディッシュ)のために使用した。RNAの、およびタンパク質単離のためのプロトコル、並びに使用される抗体、および希釈液は、以前に記述されるように行った。
20.3.1 Seq.ID No.218bの結果
抗−線維性効果を、CTGFmRNA、FNmRNA、ColIVmRNAおよびタンパク質レベルの分析によって検出した。CTGFmRNA(表72)は、HT−29、HTZ−19、MCF−7、およびTHP−1細胞においてSeq.ID No.218bによって用量依存的に減少した。KG−1細胞では、TGF−β下流メディエーターの下方調節が2.5μMのASO Seq.ID No.218bで確認された。A549、Panc−1、およびCaCo2細胞では、FNの減少が、THP−1、HTZ−19、およびL3.6pl細胞(表65)においてColIVmRNA(表74)の用量依存的減少にしたがって、証明された(表73)。ウェスタンブロット分析は、HT−29、MCF−7、TMK−1、およびL3.6pl細胞においてCTGFタンパク質の強い減少を明らかにした。MCF−7の結果は重大であった(表75)。さらに、A549、およびTMK−1細胞におけるErk1/2のリン酸化は、ASO Seq.ID No.218bによって阻害された。pErk1/2は、TGF−β媒介線維性効果を減少させるためにCTGFによって通常、活性化される(表76)。FN(A549、MCF−7、HT−29、HTZ−19、HPAFII)およびColIV(A549、HTZ−19、HPAFII、PC3M)(表77および78)では、ECMの二つの主な構成要素のタンパク質レベルは、約50%まで最小化した。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
結論
TGF−β1によって媒介されるECMの増加した沈着は、当該下流−メディエーターCTGFを介して、異なる腫瘍細胞株において、TGF−RII特異的本発明のASOによって効果的に逆転させることが可能である。ECM構成要素の減少レベルは、腫瘍進行における攻撃性をより少なくすることに貢献することが可能である。まとめると、試験されたASOは、異なる線維症−関連疾患において新しい治療戦略を示してもよい。
実施例21:カニクイザルにおいて用量−漸増パラダイムを使用して慢性の脳室内投与に
よる本発明のASOの毒性の閾値。
GLP−毒性研究の理想的な用量範囲を評価するために、漸増用量で慢性の脳室内(icv)アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)を用いる予備実験を、カニクイザルにおいて行った。投与パラダイムの間に、動物の免疫学的、血液学的、および生理学的変化を監視した。
方法の説明:
雄および雌のカニクイザルにおける慢性中心ASO注入のために、ガス圧ポンプ(0.25ml/24時間、Tricumed−IP 2000V(登録商標)は、シリコーンカテーテルに連結され、右側脳室を標的に、ケタミン/キシラチン(xylacin)麻酔、および半滅菌条件の下で定位的に埋め込んだ。一匹の雄および一匹の雌サルを、各処理条件(Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c、表79に与えられた濃度)に使用した。各ポンプを、サルの首に10cmの長さの皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植し、シリコーンカテーテルによって、icvカニューレと接続した。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレを、右側脳室へと降ろした。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)−Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのステンレススチール製のネジで
固定した。首の皮を縫合で閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、サルを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)を用いて局所的に処理し、1ml抗生物質(sc,バイトリル(Baytr
il)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。チューブおよび各ポンプ
を、各処理溶液で満たした。ASO注入間隔(各投与1週間)を、0.9%NaClのみを用いて投与するだけの1週間の洗い流し期間によって中断した。全投与パラダイム中の体重発展および摂食量を監視した。さらに、血液およびCSF試料を、全身のASO濃度だけでなく、血液学的変更および免疫学的変更を決定するために、一週間に一度採取した。最後の日に、動物を殺処分し、組織(肝臓、腎臓、脳)を除去し、増殖、アポトーシス、mRNAノックダウン、および腫瘍形成を分析した。
Figure 2021072841
結論
全ての試験された、本発明のASOは、1〜6週では少なくとも非毒性であり、したがって、更なる研究および毒物学的試験に使用された。しかしながら、Ref.0およびRef.5だけでなくアンチセンス−オリゴヌクレオチドSeq.ID No.214、Seq.ID No.138b、Seq.ID No.172bも、上記スキームにおいて初期に毒性効果をもたらした。したがって、これらのアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、治療薬として適切ではなく、更なる研究に使用されなかった。
実施例22:中心アンチセンス−オリゴヌクレオチド投与に続く行動学的および生理学的異常の決定
この研究の目標は、ラットにおいて、神経学的、および結果的に生じる行動学的パラメ
ーターにおける単一の脳室内(icv)アンチセンスーオリゴヌクレオチド投与の効果を調査することであった。
方法の説明:
定位手順は、ケタミン/キシラチン(xylacin)麻酔、および半滅菌条件の下で行われた。続く戦略で、ラットは、回復のため2日有した。
icvガイドカニューレの移植
動物を、定位フレームに配置し、ガイドカニューレ(12mm)を、左側脳室の上2mmに移植し(ブレグマ(bregma)に対する相対座標:1.0mm後部、正中線の側方−1.6mm、頭蓋骨の表面の下1.8mm。ガイドカニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのステンレススチール製のネジで固定し、ダミーカニュー
レを用いて閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、マウスを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)
を用いて処置し、0.1mlの抗生物質(sc,バイトリル(Baytril)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。
ICV注入
わずかに拘束されたラットは、27−ゲージのカニューレを用いてASO(2μM/5μl、10μM/5μl、50μM/5μl、250μM/5μl)またはビヒクル(5μl、0.9%NaCl、pH7.4、ブラウン)のどちらかのicv注入を受けた。27−ゲージのカニューレは、ガイドカニューレを2mm超えて拡張し、拡散させるために30秒間所定の位置に残した。ラットは、行動学的反応、運動活性、CNS興奮、姿勢、運動調整、筋肉の緊張、反射、および体温のためにicv投与後15分、30分、60分、および120分監視された。
カニューレおよびマイクロダイアリシスプローブ配置の検証
殺処分後、脳を除去し、急速凍結し、分析まで−80℃で保存した。icv移植の組織学的検証を、40μm冠状面のクレシルバイオレット染色脳断片で行った。
本結果は、異なる用量の(Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218cの両配列の)単一のASOが、神経学的パラメーターに影響のないことにより、ラットにおいて安全で確実な技術になることを示す。
実施例23:カニクイザルGLP−毒性研究(ラットにおけるプレ毒性実験)のための理想的な用量範囲の決定。
ラットにおいて、毎日の静脈内(iv)アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)投与におけるいくつかの一般的な毒物学的効果を調査するために、およびGLPプレ毒性研究のために完全な用量範囲に局在化させるために、ラットにおいてプレ毒性実験を行った。
方法の説明
繰り返しの静脈内ASO注入のために、20匹の雄および20匹の雌のラットを、4つの処理グループであるビヒクル(vehicle)グループ、ASO低い、ASO中間、ASO高いグループに分けた。このパラダイムは、Seq.ID No.218b、およびSeq.ID No.218cで行われた。ラットは、連続する15日間に毎日ivボーラスASO注射を受けた。ラットは、死亡(1日2回)、臨床徴候(1日1回、体重発展(1週1回)、摂食量(1週1回)を監視された。実験パラダイムの15日目に、動物を殺処分し、組織(肝臓、腎臓、脳)を除去し、動脈血を集めた。その後、組織および血液は、免疫学的および血液学的な変化を分析された。
本研究の結果は、2つのASO Seq.ID No.218bおよびSeq.ID
No.218cが、低い、および中間の用量で投与された場合、毒性効果を有さずに種々の異なる疾患に安全な薬剤になることを示す。
実施例24:繰り返しの静脈内アンチセンス−オリゴヌクレオチド注入による任意の一般的な毒物学的効果の決定
この研究の目標は、ラットにおいて、毎日の静脈内(iv)アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)投与が、任意の一般的な毒物学的効果を及ぼすかを調査することであった。
方法の説明
繰り返しの静脈内ASO注入のために、80匹の雄および80匹の雌のラットを、4つの処理グループであるビヒクル(vehicle)グループ、ASO低い、ASO中間、ASO高いグループに分けた。ラットは、連続する29日間に毎日ivボーラスASO注射を受けた。ラットは、死亡(1日2回)、臨床徴候(1日1回、体重発展(1週1回)、摂食量(1週1回)を監視された。実験パラダイムの29日目に、動物を殺処分し、組織(肝臓、腎臓、脳)を除去し、動脈血を集めた。さらに、骨髄の塗抹標本を集めた。その後、組織および血液は、免疫学的および血液学的、並びに病理組織学的な変化を分析された。
本研究の結果は、2つのASO Seq.ID No.218bおよびSeq.ID No.218cが、低い、および中間の用量で投与された場合、毒性効果を有さずに種々の異なる疾患に安全な薬剤になることを示す。
実施例25:カニクイザルにおける慢性中心アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)投与投与の毒物学的特性の決定
毒性用量の効果を決定するために、および確認するために、雄および雌のカニクイザルは、慢性の脳室内投与によって異なる用量の本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)を受けた。投与パラダイムの間、動物は、免疫学的、血液学的、および生理学的な変化を監視された。
方法の説明:
雄および雌のカニクイザルにおける慢性中心ASO注入のために、ガス圧ポンプ(0.25ml/24時間、Tricumed−IP 2000V(登録商標)は、シリコーンカテーテルに連結され、右側脳室を標的に、ケタミン/キシラチン(xylacin)麻酔、および半滅菌条件の下で定位的に埋め込まれた。三匹の雄および三匹の雌サルを、各処理条件(表79に与えられたビヒクル(vehicle)、ASO低い、ASO高い濃度)に使用した。さらに、回復のための時間フレームを調査するために、二匹の雄および二匹の雌のサル(ビヒクル(vehicle)、およびASO高い)を、ASO投与が終了した4週間後に殺処分した。各ポンプを、サルの首に10cmの長さの皮膚切開を介して腹部領域に皮下移植し、シリコーンカテーテルによって、icvカニューレと接続した。動物を、定位フレームに配置し、icvカニューレを、右側脳室へと降ろした。カニューレを、歯科用セメント(Kallocryl、Speiko(登録商標)−Dr.Speier GmbH、ミュンスター、ドイツ)を用いて2つのステンレススチール製のネ
ジで固定した。首の皮を縫合で閉じた。外科処置中、体温を加温パッドによって維持した。外科処置後の感染を避けるために、サルを局所的にbetaisodona(登録商標)(ムンディファーマ(Mundipharma) GmbH、リンブルグ(Limburg)、ドイツ)を用いて局所的に処理し、1ml抗生物質(sc,バイトリル(Bay
tril)(登録商標)2.5% バイエルバイタル(Bayer Vital)GmbH、レバークーゼン(Leverkusen)、ドイツ)を受けた。チューブを、各処理
溶液で満たした。全投与パラダイム中の体重発展および摂食量を監視した。さらに、血液およびCSF試料を、全身のASO濃度だけでなく、血液学的変更および免疫学的変更を決定するために、一週間に一度採取した。最後の日に、主な研究の動物を殺処分し、組織(肝臓、腎臓、脳)を除去し、増殖、アポトーシス、mRNAノックダウン、および腫瘍形成を分析した。57週後、回復期間を調査するために使用された更なる動物も殺処分さ
れ、同じリードアウトパラメーターを決定した。
Figure 2021072841
本研究の結果は、慢性の脳室内ASO投与が、種々の異なる疾患の治療のための非毒性および安全な薬剤であることを示す。
実施例26:異なるビヒクル(vehicle)溶液におけるアンチセンス−オリゴヌクレオチドの安定性および生物学的活性の決定
アンチセンス−オリゴヌクレオチド(Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c)と注入溶液との任意の相互作用効果があるかどうかを調査するために、29日の予備実験を行った。そのため、2つのASOは、異なるエンドトキシンフリーのビヒクル溶液(PBS、注入用の水[WFI]、0.9%NaCl)に再構成され、それぞれ異なる条件で保存された。試料を単一週ごとに集め、AEX−HPLCによって、pH値、ASO安定性、含有物、および完全性を分析した。効果条件の任意の変化を、各試料を用いて、それぞれ、細胞培養アッセイにおいてTGF−RII mRNAのノックダウンの効果を証明することによって試験した。
方法の説明
凍結乾燥されたASOを、滅菌条件(ラミナーフロー(laminar flow)、BIOWIZARD ゴールデン(Golden) GL−170 エルゴサイエンス(Ergoscience)(登録商標)、S1条件)下、各ビヒクル(vehicle)溶液(注入用水、0.9%NaCl、PBS)を用いて希釈した。1.5mlのエッペンドルフカップを標識し、100μl(AEX−HPLC)、または250μl(標的ノックダウン)の各ASO溶液で満たした(全てのステップは、ラミナーフロー(laminar flow)、BIOWIZARD ゴールデン(Golden) GL−170 エルゴサイエンス(Ergoscience)(登録商標)、S1条件であり、表81のピペッティング/標識付け スキーム参照)、次のステップにおいて、全ての試料を、各保存条件で保存し、試料を単一週ごとに集め(表82試料採取 スキーム参照)、分析まで−80℃で保存した。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Seq.ID No.218b、およびSeq.ID No.218cの安定性、含有物、および完全性における任意のビヒクル(vehicle)溶液の影響はなかったので、0.9%NaClをASO−使用中(in−use)−安定性実験のために使用した。実施例27:ビヒクル(vehicle)溶液における本発明のアンチセンス−オリゴヌクレオチドの使用中(in−use)の安定性および生物学的活性の決定
アンチセンス−オリゴヌクレオチド(ASO)(Seq.ID No.218b、Seq.ID No.218c)と、ガス圧ポンプまたはカテーテルとの任意の相互作用効果があるかどうかを調査するために、29日の予備実験を行った。そのため、2つのASOは、0.9%NaCl溶液中に再構成され、ポンプおよびカテーテルは、製造業者の説明にしたがって満たされた。試料を単一週ごとに集め、AEX−HPLCによって、pH値、微生物学、オリゴ安定性、含有物、および完全性を分析した。効果条件の任意の変化を、各試料を用いて、それぞれ、細胞培養アッセイにおいてTGF−RII mRNAのノックダウンの効果を証明することによっても試験した。
方法の説明
凍結乾燥されたASOを、滅菌条件(ラミナーフロー(laminar flow)、BIOWIZARD ゴールデン(Golden) GL−170 エルゴサイエンス(Ergoscience)(登録商標)、S1条件)下、0.9%NaClを用いて希釈した。5mlのエッペンドルフカップを、滅菌条件(ラミナーフロー(laminar flow)、BIOWIZARD ゴールデン(Golden) GL−170 エルゴサイエンス(Ergoscience)、S1条件)下、標識付けスキーム(表83参照)にしたがって標識した。2つのガス圧ポンプ(Tricumed Model IP−2000 V(登録商標))およびカテーテル(脊髄カテーテルセット4000)を、各ASO溶液を用いて製造業者の説明にしたがって満たした(全てのステップは、ラミナーフロー(laminar flow)、BIOWIZARD ゴールデン(Golden) GL−170 エルゴサイエンス(Ergoscience)(登録商標)、S1条件であり、表83のピペッティング/標識付け スキーム参照)。次のステップにおいて、ポンプを、5mlのエッペンドルフカップのふたに接続されたカテーテルに接続し、残りのポンプを、任意の汚染を避けるために、全ての開口をパラフィルム(Parafilm)(登録商標)を用いて閉じて保存ボックスに保存した。単一週ごとに試料を集め、分析まで−80℃に保存し、5mlのエッペンドルフカップのふたに接続されたカテーテルを、試料採取手順に続けるために、次のカップに移した。さらに、一つの試料を、ボーラ
スポート(bolus port)を介してポンプから直接取り、−80℃に保存した。最後の日に、微生物学的分析のための更なる試料を集めた。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Seq.ID No.218b、およびSeq.ID No.218cの安定性、含有物、および完全性におけるポンプおよびカテーテルの影響はなく、顕著な微生物学的問題もなかったので、この適用パラダイムは、カニクイザルおよびヒトにおいて髄腔内投与および脳室内投与に最適な技術を示す。
化学合成
略語
Pybop:(ベンゾトリアゾール−1−イル−オキシ)トリピロリジノホスホニウム−ヘキサフルオロホスフェート
DCM:ジクロロメタン
DMF:ジメチルホルムアミド
DMAP:4−ジメチルアミノピリジン
DMT:4,4’−ジメトキシトリチル
LCAA:長鎖−アルキルアミノ
TRIS:トリス(ヒドロキシメチル)−アミノメタン
TRIS−HCl:トリス(ヒドロキシメチル)−アミノメタン塩酸塩
DEPC:二炭酸ジエチル
ギャップマーアンチセンス−オリゴヌクレオチドの合成および精製
ギャップマーの形でのアンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ホスホロアミダイトオリゴマー化化学にしたがって、ABI3900もしくはABI394合成機、またはエクスペダイト(Expedite(商標))(アプライドバイオシステムズ(Applied
Biosystems))で組み立てられた。ABI3900において、固体支持体は
、UnySupport(グレンリサーチ(Glen Research)、スターリング、バージニア州、米国から購入)を用いてロードされるポリスチレンであり、0.2μmolの合成スケールを与えた。ABI394において、固体支持体は、ケムジェーンズ(Chemgenes)((ウィルミントン、マサチューセッツ州、米国)から購入され
るUnylinker(商標)を用いてロードされる500Aの制御孔ガラス(CPG)であり、3μmolの合成スケールを与えた。
DNAホスホロアミダイトだけでなく、「デブロック(Deblock)」、「酸化剤」、「CapA」、「CapB」のような補助的な合成試薬もSAFC Proligo(ハンブルク、ドイツ)から得られた。
特に、デオキシチミジン(dT)の5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−,3’−O−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトモノマー、4−N−ベンゾイル−2’−デオキシ−シチジン(dCBz)、6−N−ベンゾイル−2’−デオキシ−アデノシン(dABz)、および2−N−イソブチリル−2’−デオキシ−グアノシン(dGiBu)をDNA結合ユニットとして使用した。5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジン−グアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(LNA−GDMF)、5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]ホスホロアミダイト(LNA−Tb)、5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(LNA−ABz)、5’−O−DMT−2’−O−,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(LNA−C*Bz)を、LNA結合ユニットとして使用した。LNAホスホロアミダイトを、エキシコン(Exiqon)社(ヴェドベック、デンマーク)から購入した。
表85のLNAの実験によって示されるように、ホスホロアミダイトを、乾燥アセトニトリル中に溶解し、LNA−C*Bzを除いて0.07M−オリゴヌクレオチドを与え、LNA−C*Bzを、THF/アセトニトリル(25/75(v/v)の混合物中に溶解した。
Figure 2021072841
β−D−チオ−LNAである、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メルカプト−2’−S,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メルカプト−2’−S,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メルカプト−2’−S,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メルカプト−2’−S,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、および5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−アミノ−2’−N,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイトを、J.Org.Chem.1998,63,6078−6079に記述されるように合成した。
β−D−アミノ−LNAである、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−アミノ−2’−N,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−アミノ−2’−N,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−アミノ−2’−N,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メチルアミノ−2’−N,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、および5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メチルアミノ−2’−N,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メチルアミノ−2’−N,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、5’−O−DMT−2’−デオキシ−2’−メチルアミノ−2’−N,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイトの合成を、文献の方法(J.Org.Chem.1998,63,6078−6079にしたがって、行った。
α−L−オキシ−LNAであるα−L−5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、α−L−5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、α−L−5’−O−DMT−2’−O−,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、およびα−L−5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]ホスホロアミダイトを、文献(J.Am.Chem.Soc.2002,124,2164−2176;Angew.Chem.Int.Ed.200,39,1656−1659)に記述される方法と同様に行った。
ホスホロチオエート骨格を有するオリゴヌクレオチドの合成のために、(β−ベンゾイルメルカプト)エチル)ピロリジノチオホスホロアミダイトを、Caruthers(J.Org.Chem.1996,61,4272−4281)によって報告されるプロトコルに類似して調製した。
「ホスホロアミダイト−C3」である(3−(4,4−ジメトキシトリチルオキシ)プロピル−1−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト、および「3’−スペーサー C3 CPG」である(1−ジメトキシトリチルオキシ−プロパンジオール−3−スクシノイル)−長鎖アルキルアミノ−CPGをグレンリサーチ(Glen Research)社から購入した。
一般的な方法
LNA−固体支持体の調製
1)LNA−スクシニルヘミエステルの調製(WO2007/112754)
5’−O−DMT−3’−ヒドロキシ−ヌクレオシドモノマー、無水コハク酸(1.2eq)、およびDMAP(1.2e.q)を35mlのジクロロメタン(DCM)に溶解した。反応を室温で一晩撹拌した。NaHPO 0.1M pH5.5(2×)および塩水(1×)を用いて抽出後、有機相を、さらに無水NaSOを用いて乾燥し、濾過し、蒸発させた。ヘミエステル誘導体を、95%の収率で得て、更なる精製なしで使用し
た。
2)LNA−支持体の調製(WO2007/112754)
上記で調製されたヘミエステル誘導体(90μmol)を、最小量のDMF中に溶解し、DIEAおよびpyBOP(90μmol)を加え、1分間共に撹拌した。このプレ活性化された混合物を、マニュアル合成機においてLCAA−CPG(500Å、80〜120メッシュサイズ、300mg)と結合させ、撹拌した。室温で1.5時間後、支持体をろ過して取り除き、DMF、DCM、およびMeOHを用いて洗浄した。乾燥後、ロードを、57μmol/gになるように決定した(参照、Tom Brown,Dorcas J.S.Brown.Modern machine−aided methods
of oligodeoxyribonucleotide synthesis.In:F.Eckstein,editor.Oligonucleotides and
35 Analogues A Practical Approach.Oxford:IRL Press,1991:13−14)。
オリゴヌクレオチドの伸長(カップリング)
活性剤として5−エチルチオ−1H−テトラゾール(ETT)(アセトニトリル中に0.5M有する)を、ホスホロアミダイトのカップリングに使用した。ETTの代わりに、WO2007/112754に開示されるような4,5−ジシアノイミダゾール(DCI)、5−ベンジルチオ−1H−テトラゾール、またはサッカリン−1−メチルイミダゾールなどの他の試薬を活性化剤として使用することができる。アセトニトリル中に0.25MのDClを有する溶液をLNAとのカップリングのために使用した。
キャッピング
THF(HPLC等級)中に10%の無水酢酸(AcO)を有する溶液、およびTHF/ピリジン(8:1)中に10%のN−メチルイミダゾール(NMI)を有する溶液を加え、反応させた。
酸化
グレンリサーチ(Glen Research)社から購入されたTHF/ピリジン/HO中に0.02Mのヨウ素を有するヨウ素/THF/ピリジン/HO溶液、またはグレンリサーチ(Glen Research)社からの無水アセトニトリル中に0.5Mの1S)−(+)−(10−カンファースルホニル)−オキサジリジン(CSO)を有する溶液で、リン(III)をリン(V)へと通常は行われる。
ホスホロチオエートヌクレオチド間結合が調製される場合、チオール化ステップは、無水アセトニトリル/ピリジン(1:1v/v)中に3−((ジメチルアミノ−メチリデン)アミノ)−3H−1,2,4−ジチアゾール−3−チオン(DDTT、ケムジェーンズ(Chemgenes)社(ウィルミントン、マサチューセッツ州、米国)から得られた)を0.05M有する溶液を用いて行われる。LNAを使用する場合、チオール化は、無水アセトニトリル中に0.2Mの3H−1,2−ベンゾチオール−3−オン1,1−ジオキシド(ビューケイジ(Beaucage)試薬)を有する溶液を用いて行われた。
一般的に、チオール化は、WO2007/112754に記述されるようにキサンタンクロリド(アセトニトリル/ピリジン10%中に0.01M)を用いることによっても行われることができる。
代替的に、キサンタンヒドリド(5−イミノ−(1,2,4)ジチアゾリジン−3−チオン)、フェニルアセチルジスルフィド(PADS)のような、チオール化ステップのための他の試薬を適用することができる。
ホスホロジチオエートを合成した場合、結果的に生じるチオホスファイトトリエステルを、ピリジン/アセトニトリル(4:1v/v)中に0.05MのDDTT(3−((ジメチルアミノ−メチリデン)アミノ)−3H−1,2,4−ジチアゾール−3−チオン)
を有する溶液を添加することによって、ホスホロチオトリエステルに酸化した。
固体支持体からの切断および脱保護
固相合成の終わりに、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、「DMT−オン」または「DMT−オフ」のどちらかで切断することができる。「DMT−オフ」は、最後の5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)基が「デブロック(Deblock)」試薬をもちいて合成機上で除去されたことを意味し、DMT−オンは、DMT基は、オリゴヌクレオチドが固体支持体から切断される間は存在していることを意味する。DMT基は、トリクロロ酢酸を用いて除去された。
「DMT−オフ」
固相合成の終了時に、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去するために、アセトニトリル中に20%ジエチルアミンを有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて処理された。続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、1mL〜5mLの濃アンモニア水(シグマアルドリッチ社から得られる)を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
オリゴヌクレオチドが、ホスホロジチオエートトリエステルを含む場合、チオール基は、チオフェノール:トリエチルアミン:ジオキサン、1:1:2、v/v/vを用いて24時間で脱保護され、その後、オリゴヌクレオチドは、アンモニア水を用いて1〜2時間、室温で固体支持体から切断し、4時間65℃でさらに脱保護された。
「DMT−オン」
オリゴヌクレオチドを、アンモニア水を用いて1〜2時間室温で、固体支持体から切断し、4時間、65℃でさらに脱保護した。オリゴヌクレオチドを、逆相HPLC(RP−HPLC)によって生成し、その後、DMT−基を、トリクロロ酢酸を用いて除去する。
オリゴヌクレオチドは、ホスホロジチオエートトリエステルを含む場合、固体支持体からの切断、およびチオール基の脱保護は、濃エタノール中に850μlのアンモニアを有する溶液(アンモニア/エタノール 3:1 v/v)を55℃で15時間〜16時間添加することによって行われた。
末端基
アンチセンス−オリゴヌクレオチドの5’−末端の末端基
固体支持されたオリゴヌクレオチドを、ジクロロメタン(w/v)中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液を用いて処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。さらに、化合物を、シアノエチル−N,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト部分を有する適切な末端基で変換した。リン(III)をリン(V)へと酸化した後、固体支持体からの分離、および脱保護の連鎖を、上述されるように行った。
精製
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。アンチセンス−オリゴヌクレオチドの分析学的同一性を、エレクトロスプレーイオン化マススペクトロメトリー
(ESI−MS)によって確認し、分析的オリゴプロ(OligoPro)キャピラリー(Capilary)エレクトロフォレーシス(Electrophoresis)(CE)によって精製した。
ジチオエートの精製を、モノ(Mono)Q10/100GLカラムに適したアマシャム(Amersham)バイオサイエンスズ(Biosciences)社P920FPLC機器で行った。バッファーをDEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例28
GbsTbsdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsAbsGbsC(Seq.ID No.209y)
LCAA CPGに連結される5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾキシルシチジン−3’−O−スクシノイル(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸1400μlと60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μ
lのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリル
を用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。シス
テムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミン溶液を有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20秒間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファー
Aと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、93.7%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5387.3
Da;計算値:5387.80 Da。
実施例29
GbTbdAdGdTdGdTdTdTdAdGdGdGAbGb(Seq.ID No.209u)
LNAを一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも、実施例28に記述されるように行った。キャッピングステップ後、システムを、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素0.02Mを有する溶液400μlを、45秒間カラムに挿入した。システムを、酸化ステップ後に24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、95.3%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5146.80 Da;計算値:5146.4 Da。
実施例30
/5SpC3s/GbsTbsdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsAbsGbsC(Seq.ID No.209v)
化合物を一般的な方法にしたがって、実施例28において例示されるような適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて合成した。最後のヌクレオチドが
オリゴヌクレオチドにカップリングされた後を除くが、続く、酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液236μlを加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを実施例28に記述されるように行った。精製後、アンチセンス オリゴヌクレオチドは、97.4%の純度が認められた。HRMS(ESI):実験値:5540.70 Da;計算値:5541.4 Da。
実施例31
GbsTbsdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsAbsGbsC/3SpC3s/(Seq.ID No.209w)
3’−スペーサーC3CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例28に記述されるように行った。精製後、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、92.7%の純度が認められた。ESI−sMS:実験値:5541.70 Da;計算値:5541.4 Da。
実施例32
GbssTbssAbssdGssdTssdGssdTssdTssdTssdAssdGssdGssdGssAbssGbssC(Seq.ID No.209an)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾキシルシチジン−3’−O−スクシノイル連結されるLCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/V)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を同じ方法で行った。
固相合成の完了において、固体支持体からのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの切断、およびチオール基を脱保護するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、濃エタノール中にアンモニア(アンモニア/エタノール 3:1v/v)を有する溶液850μlを55℃で15〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q 10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーをDEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例33
GbsTbsAbsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsG
bsAbsGbsC(Seq.ID No.218az)
化合物を、表28に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、90.5%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5442.9Da;計算値:5443.3Da。
実施例34
GbsTbsAbsGbsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsGbsAbsGbsC(Seq.ID No.209ba)
化合物を、表28に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、89.4%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5469.9Da;計算値:5471.3Da。
実施例35
GbsTbsAbsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsdAsGbsC(Seq.ID No.209bb)
化合物を、表28に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、88.4%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5386.5Da;計算値:5387.3Da。
実施例36
GbTbdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsAbGb(Seq.ID No.209s)
化合物を、適切なDNA、DNA−誘導体、およびLNA結合ユニットを用いて実施例28および実施例29に記述されるような方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、96.8%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5323.30Da;計算値:5323.0Da。
実施例37
GbsTbsdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAsdGsdGsdGsAbsGbsC(Seq.ID No.209t)
化合物を、適切なDNA、およびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法、および実施例28に記述されるような方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、91.4%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5416.30Da;計算値:5417.3Da。
実施例38
/5SpC3s/GbsTbsdAsdGsdTsdGsdTsdTsdTsdAs
dGsdGsdGsAbsGbsC/3SpC3s/(Seq.ID No.209x)
化合物を、実施例28、実施30、および実施例31に例示されるような適切なDNA、およびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、95.1%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5696.30Da;計算値:5695.5Da。
実施例39〜132
表6における他のオリゴヌクレオチドを、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で行った。
実施例133
GbsCsTbsAbsdTsdTsdTsdGsdGsdTsdAsdGsdTsGbsTbsTb(Seq.ID No.210q)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−O−スクシノイルが連結されたLCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システム
を320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(
0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸in
THF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミン溶液を有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20秒間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、87.1%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5384.30Da;計算値:5384.3Da。
実施例134
『GbTbAb』dTdTdTdGdGdTdAdGdT『GbTbTb』(Seq.ID No.210r)
LNAを、一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも、実施例133に記述されるように行った。キャッピングステップ後、システムを、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素(0.02M)を有する溶液400μlを、45秒間カラムに挿入した。システムを、酸化ステップ後、24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、95.3%の純度が認められた。
実施例135
/5SpC3s/『GbsCsTbsAbs』dTsdTsdTsdGsdGsdTsdAsdGsdTs『GbsTbsTb』(Seq.ID No.210v)
化合物を、実施例133に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。最後のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドに結合された後を除くが、続く酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを、実施例133に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、93.9%の純度が認められた。
実施例136
『GbsCsTbsAbs』dTsdTsdTsdGsdGsdTsdAsdGsdTs『GbsTbsTb』/3SpC3s/(Seq.ID No.210w)
3’−スペーサー C3 CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例133に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、89.7%の純度が認められた。
実施例137
GbTbAbdTsdTsdTsdGsdGsdTsdAsdGsdTsGbTbTb(Seq.ID No.210o)
化合物を、実施例133および実施例134に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、83.8%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5288.10Da;計算値:5287.9Da。
実施例138
GbsCsTbsAbsdTsdTsdTdGsdGsdTsdAsdGsdTsGbsTbsTb(Seq.ID No.210p)
化合物を、実施例133に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、80.7%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5398.40Da;計算値:5399.3Da。
実施例139
『GbssCssTbss』dAssdTssdTssdTssdGssdGssdTssdAssdGssdTss『GbssTbssTb』(Seq.ID No.210af)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリ
ルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を、同じ方法で行った。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、チオール基を脱保護するために、濃エタノール中にアンモニアを有する溶液(アンモニア/エタノール 3:1 v/v)850μlを用いて55℃15時間〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーを、DEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は次の通りであった:バッファーA:25mMトリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mMトリス−HCl、1mM EDTA、1M NaCl、pH8.0。
実施例140〜233
表7の他のオリゴヌクレオチドは、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で調製した。
実施例234
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb(Seq.ID No.218b)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N −ベンゾイルアデノシン−3’−O−スクシネート
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン(500mg、0.73mmol)、95mgの無水コハク酸(0.95mmol、1.2eq.)、および116mgのDMAP(0.95mmol、1.2eq.)を、35mlのジクロロメタンに溶解した。反応を、室温で一晩撹拌した。反応溶液を、10mlのNaHPO(0.1M、pH5.5)を用いて2回洗浄し、10ml塩水を用いて1回洗浄した。有機相を無水NaSO下で乾燥させ、濾過し、乾燥させるために真空内で濃
縮した。ヘミエステル誘導体を、95%収率で得て、次のステップで更なる精製なしで使用した。
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N −ベンゾイルアデノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG
70mgのヘミエステル誘導体(90μmol)を、0.3mlのDMF中に溶解し、11.6μlのDIEA(90μmol)およびpyBOP(90μmol)を加えて、1分間、共に混合した。この混合物を、手動合成機でLCAA−CPG(500Å、80〜120メッシュサイズ、300mg)と結合させ、室温で1.5時間撹拌した。支持体を濾別し、DMF、DCM、およびMeOHを用いて洗浄した。乾燥後、ローディングを57μmol/gになるように決定した。
伸長
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)
を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μl
のビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.
25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O−,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミン溶液を有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20秒間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。
アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、94.8%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5365.80Da;計算値:5365.30Da。
実施例235
AbTbdGdAdAdTdGdGdAdCdCAbGbTbAb(Seq.ID No.218r)
LNAを一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも実施例234に記述されるように行った。キャッピングステップの後、システムを、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素を有する溶液0.02Mの400μlを45秒間カラムに挿入した。システムを、酸化ステップ後、24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、97.8%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5125.10Da;計算値:5124.4Da。
実施例236
/5SpC3s/『CsAbsTbs』dGsdAsdAsdTsdGsdG
sdAsdCsdCs『AbsGbsTbsAb』(Seq.ID No.218t)
化合物を、実施例234に例示されるように、適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。最後のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドに結合された後を除くが、続く酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを、実施例234に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.2%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5519.60Da;計算値:5519.4Da。
実施例237
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAbs/3SpC3/
(Seq.ID No.218u)
3’−スペーサー C3 CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例234に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.3%の純度が認められた。ESI−MS:実験値:5519.10Da;計算値:5519.4Da。
実施例238
『CssAbssTbss』dGssdAssdAssdTssdGssdGssdAssdCssdCss『AbssGbssTbssAb』(Seq.ID No.218aa)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/V)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メ
チルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流しだし、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を同じ方法で行った。
固相合成の完了において、固体支持体からのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの切断、およびチオール基を脱保護するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、濃エタノール中にアンモニア(アンモニア/エタノール 3:1v/v)を有する溶液850μlを55℃で15〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q 10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーを、DEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例239
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb
(Seq.ID No.218m)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、93.8%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5394.00Da;計算値:5393.3Da。
実施例240
AbTbdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbGbTbAb(Seq.ID No.218n)
化合物を、実施例234および実施例235に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.7%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5297.30Da;計算値:5297.0Da。
実施例241
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb(Seq.ID No.218o)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを
用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、92.8%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5410.40Da;計算値:5410.3Da。
実施例242
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb
(Seq.ID No.218p)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、95.3%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5437.40Da;計算値:5438.4Da。
実施例243
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb(Seq.ID No.218q)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、93.9%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5378.80Da;計算値:5379.3Da。
実施例244
sAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAb(Seq.ID No.218c)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、92.9%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5379.10Da;計算値:5379.3Da。
実施例245
sAbsTbsdGdAdAdTdGdGdAdCsdCsAbsGbsTbsAb(Seq.ID No.218s)
化合物を、実施例234に例示されるように適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.5%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5152.70Da;計算値:5152.4Da。
実施例246
/5SpC3/SCsAbsTbsdGsdAsdAsdTsdGsdGsdAsdCsdCsAbsGbsTbsAbs/3SpC3/(Seq.ID No.218v)
化合物を、実施例234、実施例236、および実施例237に例示されるように適切なDNA結合ユニットおよびLNA結合ユニットを用いて一般的方法にしたがって合成した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.4%の純度が確認された。ESI−MS:実験値:5673.50Da;計算値:5673.5Da
実施例247〜実施例335
表8における他のオリゴヌクレオチドを、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で行った。
実施例336
sGbsAbsTbsdAsdCsdGsdCsdGsdTsdCsdCsAbsCsAb(Seq.ID No.152h)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3
’−O−スクシノイル連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。シス
テムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(
0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミン溶液を有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20分間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。
実施例337
『CGbAbTb』dAdCdGdCdGdTdCdC『AbAb』(Seq.ID No.152q)
LNAを、一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも実施例336に記述されるように行った。カップリングステップ後、システムを、800μlのアセトニトリルを用いて洗い流し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素(0.02M)を有する溶液の400μlを、45秒間カラムに挿入した。酸化ステップ後、システムを、24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、93.1%の純度が確認された。
実施例338
『/5SpC3s/CsGbsAbsTbs』dAsdCsdGsdCsdGsdTsdCsdCs『AbsCsAb』(Seq.ID No.152s)
化合物を、実施例336に例示されるように、適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。最後のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドに結合された後を除くが、続く酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを、実施例336に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、96.5%の純度が認められた。
実施例339
『CsGbsAbsTbs』dAsdCsdGsdCsdGsdTsdCsdCs『AbsCsAb/3SpC3s/』(Seq.ID No.152t)
3’−スペーサー C3 CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μl
のアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例336に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、92.1%の純度が認められた。
実施例340
『CssGbssAbss』dTssdAssdCssdGssdCssdGssdTssdCssdCss『AbssCssAb』(Seq.ID No.152aa)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/V)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を同じ方法で行った。
固相合成の完了において、固体支持体からのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの切断、およびチオール基を脱保護するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、濃エタノール中にアンモニア(アンモニア/エタノール 3:1v/v)を有する溶液850μlを55℃で15〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q 10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーを、
DEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例341〜実施例433
表5における他のオリゴヌクレオチドを、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で行った。
実施例434
sTbsdCsdGsdTsdCsdAsdTsdAsdGsdAsCsCsGb(Seq.ID No.143h)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−O−スクシノイル連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。シス
テムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行う
ようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダ
イト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O−,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミン溶液を有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20分間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)
社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。
実施例435
『CTb』dCdGdTdCdAdTdAdGdA『CGb』(Seq.ID No.143ad)
LNAを、一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも実施例434に記述されるように行った。カップリングステップ後、システムを、800μlのアセトニトリルを用いて洗い流し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素(0.02M)を有する溶液の400μlを、45秒間カラムに挿入した。酸化ステップ後、システムを、24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、88.7%の純度が確認された。
実施例436
『/5SpC3s/CsTbs』dCdGdTdCdAdTdAdGdAs『CsCsGb』(Seq.ID No.143af)
化合物を、実施例434及び実施例435に例示されるように、適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。最後のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドに結合された後を除くが、続く酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを、実施例434および実施例435に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、94.4%の純度が認められた。実施例437
『CsTbs』dCdGdTdCdAdTdAdGdAs『CsCsGb/3SpC3s/』(Seq.ID No.143ag)
3’−スペーサー C3 CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジエメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例434、および実施例435に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、91.6%の純度が認められた。
実施例438
『CssTbssCss』dGssdTssdCssdAssdTssdAssdGssdAss『CssCssGb』(Seq.ID No.143t)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/V)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を同じ方法で行った。
固相合成の完了において、固体支持体からのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの切断、およびチオール基を脱保護するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、濃エタノール中にアンモニア(アンモニア/エタノール 3:1v/v)を有する溶液850μlを55℃で15〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q 10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーを、DEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例439〜実施例534
表4における他のオリゴヌクレオチドを、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で行った。
実施例535
sAbsGbsdGsdCsdAsdTsdTsdAsdAsdTsdAsdAsdAsGbsTbsGb(Seq.ID No.213k)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−O−スクシノイル連結CAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレンチミジン3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのア
セトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl
、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−デオキシチミジン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。シ
ステムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ベンゾイルアデノシン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル
中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O−,4’−C−メチレン−5−メチル−N−ベンゾイルシチジン−3’−(2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
固相合成の完了において、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、アセトニトリル中に20%ジエチルアミンを有する溶液(Biosolve BV、ファルケンスワールト、オランダ)を用いて20分間処理し、リン酸骨格におけるシアノエチル保護基を除去した。
続いて、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、固体支持体から切断し、さらに、5mLの濃アンモニア水を用いて、16時間55℃で脱保護した。固体支持体を、濾過、または遠心分離によってアンチセンス−オリゴヌクレオチドから分離した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、AKTA エクスプローラー(Explorer) システム(System)(GE ヘルスケア(Healthcare)社、フライブルク、ドイツ)におけるアニオン−交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびソース(Source) Q15を用いてパックされたカラム(GE ヘルスケア(Healthcare)社)によって精製した。バッファーAは、10mM過塩素酸ナトリウム、20mMトリス、1mMEDTA、pH7.4であり、20%アセトニトリルを含み、バッファーBは、500mM過塩素酸ナトリウムを除外してバッファーAと同じであった。32カラム容量(CV)内に15%B〜55%Bのグラジエントを使用した。280nmでのUVトレース(traces)を記録した。適切なフラクションをプールし、3MのNaOAc、pH=5.2、および70%エタノールを用いて沈殿させた。最後に、ペレットを、70%エタノールを用いて洗浄した。
実施例536
『CAbGb』dGdCdAdTdTdAdAdTdAdAdA『GbTbGb』(Seq.ID No.213n)
LNAを、一般的な方法にしたがってCPGに結合した。カップリング反応およびキャッピングステップも実施例535に記述されるように行った。カップリングステップ後、
システムを、800μlのアセトニトリルを用いて洗い流し、THF/ピリジン/HO中にヨウ素(0.02M)を有する溶液の400μlを、45秒間カラムに挿入した。酸化ステップ後、システムを、24μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、91.4%の純度が確認された。
実施例537
『/5SpC3s/CsAbsGbs』dGsdCsdAsdTsdTsd
AsdAsdTsdAsdAsdAs『GbsTbsGb』(Seq.ID No.213o)
化合物を、実施例535に例示されるように、適切なDNAおよびLNA結合ユニットを用いて一般的な方法にしたがって合成した。最後のヌクレオチドがオリゴヌクレオチドに結合された後を除くが、続く酸化およびキャッピングステップを行い、アセトニトリル中にホスホロアミダイト−C3(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl加えた。カップリングを250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出した。続くステップを、実施例535に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、87.1%の純度が認められた。
実施例538
『CsAbsGbs』dGsdCsdAsdTsdTsdAsdAsdTsdAsdAsdAs『GbsTbsGb/3SpC3s/』(Seq.ID No.213p)
3’−スペーサー C3 CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジエメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(0.07M)を有する溶液を80μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、640μlのビューケイジ(Beaucage)(0.2M)を、180秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。続く反応を、実施例535に記述されるように行った。精製後、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、95.7%の純度が認められた。
実施例539
『CssAbssGbss』dGssdCssdAssdTssdTssdAssdAssdTssdAssdAss『AbssGbssTbssGb』(Seq.ID No.213ae)
5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−O−スクシノイル−連結LCAA CPG(0.2μmol)を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。全量800μlのアセトニトリルを用いて数回洗浄後、カップリング反応を、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/V)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−チミジン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬
を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
カップリングを、アセトニトリル中に10%ジクロロメタン(v/v)を有する溶液に5’−O−DMT−2’−O,4’−C−メチレン−N−ジメチルホルムアミジングアノシン−3’−[(β−ベンゾイルメルカプト)エチル]ピロリジノールチオホスホロアミダイト(0.15M)を有する溶液を38μl、およびアセトニトリル中にDCl(0.25M)を有する溶液を236μl用いて行った。カップリング反応を、250秒間行うようにし、過剰な試薬を、800μlのアセトニトリルを用いて流し出し、900μlのDDTT(ピリジン/アセトニトリル 4:1v/v中に0.05M)を、240秒間カラムに挿入した。システムを320μlのアセトニトリルを用いて洗い流した。キャッピングステップのために、THF中に無水酢酸を有する溶液(無水酢酸inTHF 1:9v/v)を448μl、およびN−メチルイミダゾール(NMI)/THF/ピリジン(1:8:1)を448μl加えて、45秒間反応させた。このサイクルの終わりに、システムを480μlのアセトニトリルを用いて洗浄した。化合物を、ジクロロメタン中に3%トリクロロ酢酸を有する溶液1400μlを用いて60秒間処理し、5’−DMT保護基を完全に除去した。
オリゴヌクレオチドの更なる伸長を同じ方法で行った。
固相合成の完了において、固体支持体からのアンチセンス−オリゴヌクレオチドの切断、およびチオール基を脱保護するために、アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、濃エタノール中にアンモニア(アンモニア/エタノール 3:1v/v)を有する溶液850μlを55℃で15〜16時間処理した。
次に、粗アンチセンス−オリゴヌクレオチドを、モノ(Mono)Q 10/100GLカラムを用いてアニオン−交換クロマトグラフィーによって精製した。バッファーを、DEPC処理水を用いて調製し、それらの成分は、次の通りであった:バッファーA:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH8.0;バッファーB:25mM トリス−HCl、1mM EDTA、1M NACl、pH8.0。
実施例540〜実施例640
表9における他のオリゴヌクレオチドを、一般的な方法にしたがって、および実施例に示されるように合成した。β−D−チオ−LNA、α−L−オキシ−LNA、β−D−(NH)−LNA、またはβ−D−(NCH)−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドの調製を、β−D−オキシ−LNAユニットを含むアンチセンス−オリゴヌクレオチドと同じ方法で行った。
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841
Figure 2021072841

Claims (13)

  1. アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体であって、
    前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、10個〜28個のヌクレオチドからなり、前記10個〜28個のヌクレオチドのうちの少なくとも2個はLNA(LNAの塩基配列は『』で囲まれるか、又は太字で示した。)であり、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、TGF−RIIをコードする遺伝子領域、またはTGF−RIIをコードするmRNA領域とハイブリダイズすることができ、ここで、前記TGF−RIIをコードする遺伝子領域、または前記TGF−RIIをコードするmRNA領域は、配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)を含み、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(Seq.ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)それぞれとハイブリダイズすることができる配列を含む、アンチセンス−オリゴヌクレオチド、並びに前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドの塩、および光学異性体。
  2. 前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、前記TGF−RIIをコードする遺伝子領域、または前記TGF−RIIをコードするmRNA領域の配列『TGGTCCATTC』(Seq.ID No.4)、または配列『CCCTAAACAC』(Seq.ID No.5)、または配列『ACTACCAAAT』(Seq.ID No.6)、または配列『GGACGCGTAT』(Seq.ID No.7)、または配列『GTCTATGACG』(配列ID No.8)、または配列『TTATTAATGC』(Seq.ID No.9)とのみ選択的にハイブリダイズする、請求項1に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  3. 前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、12個〜20個のヌクレオチドの長さを有し、ここで、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、3’末端で1個〜5個のLNAユニット、5’末端で1個〜5個のLNAユニットを有するギャップマー(GAPmer)構造を有し、および/または、ここで、前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合としてホスフェート、ホスホロチオエート、および/またはホスホロジチオエートを有する、請求項1または請求項2に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  4. 前記アンチセンス−オリゴヌクレオチドは、次の配列:
    Figure 2021072841
    によって表され、
    ここで、
    は、CATGGCAGACCCCGCTGCTC−、ATGGCAGACCCCGCTGCTC−、TGGCAGACCCCGCTGCTC−、GGCAGACCCCGCTGCTC−、GCAGACCCCGCTGCTC−、CAGACCCCGCTGCTC−、AGACCCCGCTGCTC−、GACCCCGCTGCTC−、ACCCCGCTGCTC−、CCCCGCTGCTC−、CCCGCTGCTC−、CCGCTGCTC−、CGCTGCTC−、GCTGCTC−、CTGCTC−、TGCTC−、GCTC−、CTC−、TC−、またはC−、を表し、
    は、−C、−CC、−CCG、−CCGA、−CCGAG、−CCGAGC、−CCGAGCC、−CCGAGCCC、−CCGAGCCCC、−CCGAGCCCCC、−CCGAGCCCCCA、−CCGAGCCCCCAG、−CCGAGCCCCCAGC、−CCGAGCCCCCAGCG、−CCGAGCCCCCAGCGC、−CCGAGCCCCCAGCGCA、−CCGAGCCCCCAGCGCAG、−CCGAGCCCCCAGCGCAGC、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCG、または、−CCGAGCCCCCAGCGCAGCGG、を表し、
    は、GGTGGGATCGTGCTGGCGAT−、GTGGGATCGTGCTGGCGAT−、TGGGATCGTGCTGGCGAT−、GGGATCGTGCTGGCGAT−、GGATCGTGCTGGCGAT−、GATCGTGCTGGCGAT−、ATCGTGCTGGCGAT−、TCGTGCTGGCGAT−、CGTGCTGGCGAT−、GTGCTGGCGAT−、TGCTGGCGAT−、GCTGGCGAT−、CTGGCGAT−、TGGCGAT−、GGCGAT−、GCGAT−、CGAT−、GAT−、AT−、またはT−、を表し、
    は、−ACAGGACGATGTGCAGCGGC、−ACAGGACGATGTGCAGCGG、−ACAGGACGATGTGCAGCG、−ACAGGACGATGTGCAGC、−ACAGGACGATGTGCAG、−ACAGGACGATGTGCA、−ACAGGACGATGTGC、−ACAGGACGATGTG、−ACAGGACGATGT、−ACAGGACGATG、−ACAGGACGAT、−ACAGGACGA、−ACAGGACG、−ACAGGAC、−ACAGGA、−ACAGG、−ACAG、−ACA、−AC、または、−A、を表し、
    は、GCCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CAGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、AGCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CCTGCCCCAGAAGAGCTA−、CTGCCCCAGAAGAGCTA−、TGCCCCAGAAGAGCTA−、GCCCCAGAAGAGCTA−、CCCCAGAAGAGCTA−、CCCAGAAGAGCTA−、CCAGAAGAGCTA−、CAGAAGAGCTA−、AGAAGAGCTA−、GAAGAGCTA−、AAGAGCTA−、AGAGCTA−、
    GAGCTA−、AGCTA−、GCTA−、CTA−、TA−、またはA−、を表し、
    は、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGAA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGGA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAGG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCAG、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTCA、−TGTTTAGGGAGCCGTCTTC、−TGTTTAGGGAGCCGTCTT、−TGTTTAGGGAGCCGTCT、−TGTTTAGGGAGCCGTC、−TGTTTAGGGAGCCGT、−TGTTTAGGGAGCCG、−TGTTTAGGGAGCC、−TGTTTAGGGAGC、−TGTTTAGGGAG、−TGTTTAGGGA、−TGTTTAGGG、−TGTTTAGG、−TGTTTAG、−TGTTTA、−TGTTT、−TGTT、−TGT、−TG、または、−T、を表し、
    は、TGAATCTTGAATATCTCATG−、GAATCTTGAATATCTCATG−、AATCTTGAATATCTCATG−、ATCTTGAATATCTCATG−、TCTTGAATATCTCATG−、CTTGAATATCTCATG−、TTGAATATCTCATG−、TGAATATCTCATG−、GAATATCTCATG−、AATATCTCATG−、ATATCTCATG−、TATCTCATG−、ATCTCATG−、TCTCATG−、CTCATG−、TCATG−、CATG−、ATG−、TG−、またはG−、を表し、
    および
    は、−AGTATTCTAGAAACTCACCA、−AGTATTCTAGAAACTCACC、−AGTATTCTAGAAACTCAC、−AGTATTCTAGAAACTCA、−AGTATTCTAGAAACTC、−AGTATTCTAGAAACT、−AGTATTCTAGAAAC、−AGTATTCTAGAAA、−AGTATTCTAGAA、−AGTATTCTAGA、−AGTATTCTAG、−AGTATTCTA、−AGTATTCT、−AGTATTC、−AGTATT、−AGTAT、−AGTA、−AGT、−AG、または、−Aから選択され、
    は、ATTCATATTTATATACAGGC−、TTCATATTTATATACAGGC−、TCATATTTATATACAGGC−、CATATTTATATACAGGC−、ATATTTATATACAGGC−、TATTTATATACAGGC−、ATTTATATACAGGC−、TTTATATACAGGC−、TTATATACAGGC−、TATATACAGGC−、ATATACAGGC−、TATACAGGC−、ATACAGGC−、TACAGGC−、ACAGGC−、CAGGC−、AGGC−、GGC−、GC−、またはC−、を表し、
    10は、−AGTGCAAATGTTATTGGCTA、−AGTGCAAATGTTATTGGCT、−AGTGCAAATGTTATTGGC、−AGTGCAAATGTTATTGG、−AGTGCAAATGTTATTG、−AGTGCAAATGTTATT、−AGTGCAAATGTTAT、−AGTGCAAATGTTA、−AGTGCAAATGTT、−AGTGCAAATGT、−AGTGCAAATG、−AGTGCAAAT、−AGTGCAAA、−AGTGCAA、−AGTGCA、−AGTGC、−AGTG、−AGT、−AG、または、−A、を表し、
    11は、TGCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、GCCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CCAGAAGAGCTATTTGGTAG−、CAGAAGAGCTATTTGGTAG−、AGAAGAGCTATTTGGTAG−、GAAGAGCTATTTGGTAG−、AAGAGCTATTTGGTAG−、AGAGCTATTTGGTAG−、GAGCTATTTGGTAG−、AGCTATTTGGTAG−、GCTATTTGGTAG−、CTATTTGGTAG−、TATTTGGTAG−、ATTTGGTAG−、TTTGGTAG−、TTGGTAG−、TGGTAG−、GGTAG−、GTAG−、TAG−、AG−、またはG−、を表し、
    12は、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTCC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTTC、−GAGCCGTCTTCAGGAATCTT、−GAGCCGTCTTCAGGAATCT、−GAGCCGTCTTCAGGAATC、−GAGCCGTCTTCAGGAAT、−GAGCCGTCTTCAGGAA、−GAGCCGTCTTCAGGA、−GAGCCGTCTTCAGG、−GAGCCGTCTTCAG、−GAGCCGTCTTCA、−GAGCCGTCTTC、−GAGCCGTCTT、−GAGCCGTCT、−GAGCCGTC、−GAGCCGT、−GAGCCG、−GAGCC、−GAGC、−GAG、−GA、または、−Gを表す、請求項1〜請求項3のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  5. 前記5’末端の最後から2〜4個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、前記3’末端の最後から2〜4個のヌクレオチドは、LNAヌクレオチドであり、前記5’末端の前記LNAヌクレオチドと前記3’末端の前記LNAヌクレオチドとの間は、少なくとも6個の連続するヌクレオチドが存在しており、前記少なくとも6個の連続するヌクレオチドは、非LNAヌクレオチド、またはDNAヌクレオチドである、請求項1〜請求項4のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  6. 前記LNAヌクレオチドは、ホスホロチオエート基、またはホスホロジチオエート基を介して互いに連結される、または全てのヌクレオチドは、ホスフェート基、ホスホロチオエート基、またはホスホロジチオエート基を介して互いに連結される、請求項1〜請求項5のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  7. 前記LNAヌクレオチドは、次の基:
    Figure 2021072841
    から選択され、
    式中、
    IL’は、−X’’−P(=X’)(X)−を表し、
    X’は、=O、または=Sを表し、
    は、−O、−OH、−OR、−NHR、−N(R、−OCHCHOR、−OCHCHSR、−BH 、−R、−SH、−SR、または−Sを表し、
    X’’は、−O−、−NH−、−NR−、−CH−、または−S−を表し、
    およびRは、互いに独立して、水素およびC1〜4−アルキルから選択され、
    Bは、次の基:
    アデニン、チミン、グアニン、シトシン、ウラシル、5−メチルシトシン、5−ヒドロキシメチルシトシン、N−メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、7−デアザキ
    サンチン、2−アミノアデニン、6−メチルアデニン、6−メチルグアニン、6−エチルアデニン、6−エチルグアニン、2−プロピルアデニン、2−プロピルグアニン、6−カルボキシウラシル、5,6−ジヒドロウラシル、5−プロピニルウラシル、5−プロピニルシトシン、6−アザウラシル、6−アザシトシン、6−アザチミン、5−ウラシル、4−チオウラシル、8−フルオロアデニン、8−クロロアデニン、8−ブロモアデニン、8−ヨードアデニン、8−アミノアデニン、8−チオールアデニン、8−チオアルキルアデニン、8−ヒドロキシルアデニン、8−フルオログアニン、8−クロログアニン、8−ブロモグアニン、8−ヨードグアニン、8−アミノグアニン、8−チオールグアニン、8−チオアルキルグアニン、8−ヒドロキシルグアニン、5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、5−トリフルオロメチルウラシル、5−フルオロシトシン、5−ブロモシトシン、5−クロロシトシン、5−ヨードシトシン、5−トリフルオロメチルシトシン、7−メチルグアニン、7−メチルアデニン、8−アザグアニン、8−アザアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザアデニン、7−デアザ−8−アザアデニン、3−デアザグアニン、3−デアザアデニン、2−チオウラシル、2−チオチミン、および2−チオシトシン、
    から選択される核酸塩基を表す、
    請求項1〜請求項6のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  8. 次のギャップマー構造:3−8−3、4−8−2、2−8−4、3−8−4、4−8−3、4−8−4、3−9−3、4−9−2、2−9−4、4−9−3、3−9−4、4−9−4、3−10−3、2−10−4、4−10−2、3−10−4、4−10−3、4−10−4、2−11−4、4−11−2、3−11−4、4−11−3、
    の一つを有する、請求項1〜請求項7のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  9. 次の基:
    Figure 2021072841
    Figure 2021072841
    Figure 2021072841
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    から選択されるアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  10. 損傷した神経経路の再生および機能的再接続を促進するための、並びに/または神経幹細胞再生における年齢誘導性減少の治療および補償のための、請求項1〜請求項10のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  11. 神経変性疾患、神経炎症性疾患、外傷性または外傷後疾患、神経血管性疾患、低酸素性疾患、感染後中枢神経系疾患、線維性疾患、過剰増殖性疾患、癌、腫瘍、老人性難聴、および老眼の予防および治療に使用するための請求項1〜請求項10のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  12. 前記神経変性疾患、および前記神経炎症性疾患は、アルツハイマー病、パーキンソン病、クロイツフェルトヤコブ病、クロイツフェルトヤコブ病の新しい変異体、ハレルフォルデン(Hallervorden)スパッツ病、ハンチントン病、多系統萎縮症、認知症、前頭側頭型認知症、運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳萎縮症、統合失調症、情動障害、大うつ病、髄膜脳炎、細菌性髄膜脳炎、ウイルス性
    髄膜脳炎、CNS自己免疫疾患、多発性硬化症、急性虚血性/低酸素性病変、脳卒中、CNSおよび脊髄の外傷、頭部および脊髄外傷、脳外傷性損傷、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、細小血管性認知症、ビンスワンガー(Binswanger)病、網膜変性症、蝸牛変性症、黄斑変性症、蝸牛性難聴、エイズ関連認知症、網膜色素変性症、脆弱X関連震え/失調症候群、進行性核上麻痺、線条体黒質変性症、オリーブ橋小脳変性症、シャイ(Shy)ドレーガー(Drager)症候群、年齢依存性記憶障害、認知症と関連する神経発達障害、ダウン症候群、シヌクレイン症、スーパーオキシドディスムターゼ変異、トリヌクレオチド反復障害、外傷、低酸素症、血管疾患、血管炎症、およびCNS老化から成る群から選択され、前記線維性疾患、肺線維症、嚢胞性線維症、肝硬変、心内膜心筋線維症、陳旧性心筋梗塞、心房線維症、縦隔線維症、骨髄線維症、後腹膜線維症、進行性塊状線維症、腎性全身性線維症、クローン病、ケロイド、全身性硬化症、関節線維症、ペイロニー病、デュピュイトラン拘縮、および全身性エリテマトーデス後残留物(residuum)から成る群から選択される、請求項12に記載の使用のためのアンチセンス−オリゴヌクレオチド。
  13. 少なくとも一つの薬学的に許容できる担体、賦形剤、アジュバント、溶媒、または希釈剤と共に請求項1〜請求項10のいずれか一項に記載のアンチセンス−オリゴヌクレオチドを少なくとも一つ含む医薬組成物。
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Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3020813A1 (en) * 2014-11-16 2016-05-18 Neurovision Pharma GmbH Antisense-oligonucleotides as inhibitors of TGF-R signaling
WO2019010226A1 (en) * 2017-07-03 2019-01-10 The Regents Of The University Of California CHEMICALLY MODIFIED MICROARN-214 ANTISENS AND USE THEREOF FOR THE TREATMENT OF HEMORRHAGIC RECTOCOLITE AND PROCTITE
MX2020006430A (es) * 2017-12-22 2020-09-17 Roche Innovation Ct Copenhagen As Oligonucleotidos que comprenden un enlace internucleosidico de fosforoditioato.
WO2019122277A1 (en) * 2017-12-22 2019-06-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel thiophosphoramidites
TW201934750A (zh) * 2017-12-22 2019-09-01 丹麥商羅氏創新中心哥本哈根有限公司 包含二硫代磷酸酯核苷間連結之間隙子(gapmer)寡核苷酸
JP2023548597A (ja) * 2020-10-29 2023-11-17 エー. ガルシア-ブランコ,マリアーノ がんを処置するための可溶性インターロイキン-7受容体(sIL7R)変調療法
CN114588160A (zh) * 2020-12-07 2022-06-07 四川大学华西医院 具有抗肺纤维化作用的次黄碱衍生物
CN113992687B (zh) * 2021-12-28 2022-04-08 浙江宇视科技有限公司 智能业务集群调度方法、装置、电子设备及存储介质

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005504522A (ja) * 2001-06-21 2005-02-17 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド トランスフォーム増殖因子β受容体II発現のアンチセンスモジュレーション
JP2007502284A (ja) * 2003-08-13 2007-02-08 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ ユニヴァーシティー オブ イリノイ siRNAによるTGFベータII型受容体発現のサイレンシング
JP2007521815A (ja) * 2004-02-09 2007-08-09 レゲニオン ゲーエムベーハー Cns疾患の治療のためのtgf−rシグナリングのインヒビター
US20130045188A1 (en) * 2011-08-18 2013-02-21 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Reduction of tgf beta signaling in myeloid cells in the treatment of cancer

Family Cites Families (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0885016B1 (en) 1996-02-19 2003-04-16 Amersham Health AS Thermally stabilized contrast agent
EP2141233B1 (en) 2002-11-18 2016-10-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Antisense design
WO2007031091A2 (en) 2005-09-15 2007-03-22 Santaris Pharma A/S Rna antagonist compounds for the modulation of p21 ras expression
KR20130042043A (ko) 2006-01-27 2013-04-25 아이시스 파마수티컬즈 인코포레이티드 6-변형된 바이시클릭 핵산 유사체
CA3042781C (en) 2006-04-03 2021-10-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Pharmaceutical composition comprising anti-mirna antisense oligonucleotides
WO2007134181A2 (en) 2006-05-11 2007-11-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs
CN101554074B (zh) 2006-10-30 2012-08-22 诺基亚公司 为用户设备提供运营商控制的移动性的方法、设备和系统
WO2008109546A2 (en) 2007-03-02 2008-09-12 Mdrna, Inc. Nucleic acid compounds for inhibiting tgfbr gene expression and uses thereof
US8278425B2 (en) 2007-05-30 2012-10-02 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
ES2386492T3 (es) 2007-06-08 2012-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
AU2008272918B2 (en) 2007-07-05 2012-09-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
US20110119781A1 (en) * 2008-07-15 2011-05-19 Birgit Bramlage Compositions and Methods for Inhibiting Expression of TGF-BETA Receptor Genes
CN102762215A (zh) * 2009-10-16 2012-10-31 葛兰素集团有限公司 Hbv反义抑制剂
WO2011154542A1 (en) * 2010-06-11 2011-12-15 Artisense Pharma Gmbh Method for selective oligonucleotide modification
CN104004762B (zh) * 2014-05-20 2016-03-30 南京医科大学附属南京儿童医院 Tgf-r反义序列及其在制备抗气道炎症反应药物中的应用
EP3020813A1 (en) * 2014-11-16 2016-05-18 Neurovision Pharma GmbH Antisense-oligonucleotides as inhibitors of TGF-R signaling

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005504522A (ja) * 2001-06-21 2005-02-17 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド トランスフォーム増殖因子β受容体II発現のアンチセンスモジュレーション
JP2007502284A (ja) * 2003-08-13 2007-02-08 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ ユニヴァーシティー オブ イリノイ siRNAによるTGFベータII型受容体発現のサイレンシング
JP2007521815A (ja) * 2004-02-09 2007-08-09 レゲニオン ゲーエムベーハー Cns疾患の治療のためのtgf−rシグナリングのインヒビター
US20130045188A1 (en) * 2011-08-18 2013-02-21 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Reduction of tgf beta signaling in myeloid cells in the treatment of cancer

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LIN, H. Y. ET AL.: "Expression Cloning of the TGF-β Type II Receptor, a Functional Transmembrane Serine/Threonine Kinas", CELL, vol. 68, JPN6019042162, 21 February 1992 (1992-02-21), pages 775 - 785, XP002011269, ISSN: 0004497908 *
VEEDU, R. N. AND WENGEL, JESPER: "Locked Nucleic Acids: Promising Nucleic Acid Analogs for Therapeutic Applications", CHEMISTRY & BIODIVERSITY, vol. 7, JPN6019038491, 2010, pages 536 - 542, XP072354851, ISSN: 0004497906, DOI: 10.1002/cbdv.200900343 *
ZHAO, J. ET AL.: "Abrogation of Transforming Growth Factor-β Type II Receptor Stimulates Embryonic Mouse Lung Branchi", DEVELOPMENTAL BIOLOGY, vol. 180, JPN6019042161, 1996, pages 242 - 257, XP002957237, ISSN: 0004497907, DOI: 10.1006/dbio.1996.0298 *

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