JP2020529586A - 底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞の単一細胞タンパク質発現プロファイリングの方法 - Google Patents

底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞の単一細胞タンパク質発現プロファイリングの方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物を分析するインビトロの方法であって、a)前記細胞組成物の細胞またはその試料の細胞を抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗原結合分子と接触させることにより、前記細胞組成物または前記試料の細胞を標識するステップ、b)前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞のパーセンテージを決定するステップであって、前記細胞のタンパク質発現プロファイルにおいて、前記細胞の80〜100%がFOXA2について陽性、前記細胞の80〜100%がOTX2について陽性、前記細胞の10%未満がPAX6について陽性、かつ前記細胞の10%未満がNKX6.1について陽性であれば前記細胞組成物の細胞をヒト底板mesDA前駆細胞として適格とするステップを含む方法を提供する。前記方法に使用するための前記抗原結合分子を含むキットも提供される。

Description

本発明に繋がる研究は、助成金契約第602278号として、欧州連合の第7次フレームワークプログラムFP7/2007−2013からの資金を受けている。
技術分野
本発明は、ヒト底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞の単一細胞レベルにおけるタンパク質発現プロファイルを解析する方法に関する。
中脳ドーパミン作動性(DA)ニューロンは神経伝達物質であるドーパミンを分泌し、認知、記憶処理、運動制御、および運動等の様々な脳の機能において中心的な役割を果たしている。
これらは3つの明確な核、すなわち、黒質緻密部(A9群)、腹側被蓋領域(A10群)、および赤核後部野(A8群)に見出される。中脳の黒質緻密部(SNpc)におけるA9群の細胞体は、尾状核被殻、背外側線条体を刺激して黒質線条体経路を形成し、これが、投射するドーパミン作動性ニューロンからのドーパミンの制御放出によって運動機能を調節する。黒質におけるA9ドーパミン作動性ニューロンの変性は、ドーパミン系の機能不全および障害パーキンソン病(PD)として記載されるいくつかの運動徴候に主として関わっている。PDには他のニューロンのサブタイプの変性も関与しているが、黒質緻密部のドーパミン作動性ニューロンの損失がPDの症状に主として関わっており、細胞置換療法の一次的な目標となっている。
胎児発生の間、これらのDAニューロンの前駆体は、発生する中脳の腹側神経管で形成される。いわゆる底板領域からの前駆細胞は、転写因子FOXA2、LMX1A、およびOTX2の発現を特徴とする。これらの細胞はDA SNpcニューロン(A9群)およびDA腹側被蓋領域ニューロン(A10群)を生じる。胎児中脳から切除してパーキンソン患者の線条体に移植した胎児細胞は、線条体を機能的に再刺激し、ドーパミン作動性ニューロンの機能を復活させることが示された(Barker、2013;Kefalopoulou、2014)。しかし、胎児DA前駆体が入手困難であることと、この組織を用いることへの倫理的および運搬上の懸念があることから、これに代わる細胞源の必要性が強調された。
過去数年間において、多能性幹細胞(PSC)または人工多能性幹細胞(iPSC)の腹側中脳(mes)ドーパミン作動性(DA)前駆細胞への分化の成功のために重要な因子が同定され、治療に関連するmesDAニューロン発生のインビトロ分化プロトコルのための種々のプロトコルをもたらしたが(Kriks、2011;Kirkeby、2012;Kirkeby、2013;Grealih、2014;Kirkeby、2017)、それは、交接後6〜7.5週のヒト胚の腹側中脳の複雑な組成と類似しているので、PDの場合における臨床使用のための最も有望な細胞集団である(EP3061809)。
様々な研究によって、胚幹細胞から分化したmesDA前駆細胞が、i)サブタイプ特異的成熟、ii)ラットパーキンソンモデルにおける統合および投射の能力、iii)DA放出の調節、およびiv)パーキンソン症状の機能の回復に関して、ヒト胎児腹側中脳由来の細胞と同じ特徴を有することが示唆されている(Grealish、2014;Kirkeby、2012)。
プロトコルは、中脳へと運命付ける尾部化パターニングのためのWNTシグナル伝達を誘導するグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)の化学的阻害による神経変換および領域形成のための二重のSMAD阻害ならびに腹側へと運命付けるパターニングのためのソニック・ヘッジホッグ(SHH)シグナル伝達の活性化に基づいている(Kirkby、2013)。
プロトコルはドーパミン作動性ニューロン前駆細胞の産生のために最適化されているが、製造された細胞のロット間の相違は避けられない。分化のプロセスは高度に複雑で微妙な手順であり、実験結果は僅かな変動(たとえば使用者による取扱いの変動、細胞密度、分化の開始の前の細胞株、継代数および培養条件等の出発時の細胞組成の変動、ならびに増殖因子の能力等)に影響され得るので、インビトロで分化した細胞培養は、望ましくない細胞の運命または分化のステージを有する細胞を含む可能性があることが知られている。
したがって、GMPグレードのPSC/iPSC由来のmesDAニューロンの産生における1つのニーズは、細胞のロットの同一性および純度を決定することを可能にする包括的な細胞産生物の特徴解析のための信頼できるインビトロアッセイの設定である。さらに、アッセイは、生着して中脳ドーパミン作動性ニューロンに成熟する細胞の能力と相関し、かつ潜在的な腫瘍源性を明らかにしなければならない。
通常、LMX1A、FOXA2、およびOTX2等の中脳底板マーカーが、移植前に細胞のアイデンティティを確認するために用いられている。最近、KirkbyらはqRT−PCRによる細胞移植の成功を予測することができる1セットのインビトロマーカーを同定した(Kirkbyら、2017)。LMX1A、FOXA2、およびOTX2に加えて、移植の成功の結果の予測マーカーはEN1、ETV5、CNPY1、PAX8、およびSPRY1であった。さらに、EPHA3、FEZF1、およびWNT7B等の間脳ドメインマーカーは、移植の結果に負に相関していた。しかし、発現は大量の細胞(bulk of cells)についてmRNAレベルで解析されていた。これにはいくつかの欠点がある。第1に、遺伝子のmRNA発現レベルは、それがタンパク質として発現されまたは存在する可能性のみを反映することは周知である。多数の転写後調節機構、翻訳後修飾、ならびにタンパク質およびmRNAの異なる安定性および代謝回転に基づけば、mRNAの実際のタンパク質への変換は起こり得ることも、起こり得ないこともあり、起きたとしても、所定のタンパク質の多数の異なった、僅かに変化した形態をもたらし得る。さらに、遺伝子のmRNAは所定の時点には検出されないこともある一方、対応するタンパク質は数週間または数か月もまだ存在することがある。したがって、対応するmRNAを検出することによってある形態のタンパク質の存在を、ネガティブでもポジティブでも、決定的に予測することは可能ではない。重要なことは、調節RNAおよびリボザイムを除いて、細胞の状態およびその環境に影響を及ぼす機能を発揮するのはタンパク質のみであって、その対応するmRNAではないということである。
第2に、大量の細胞についての測定は単一細胞の真の状態を反映せず、むしろ単一細胞には存在しない可能性がある平準化された結果を産生する。しかし、所与の混合物中のある割合の細胞のみが対象の細胞または危険に曝されている細胞である可能性があるので、大量解析は、細胞混合物中における細胞の様々な表現型の真のかつ定量的表現を可能にする感度および識別力を有しない。さらに、PCRに基づく手法を用いる方法は時間がかかり、汚染を招きやすい。
要するに、単一細胞のタンパク質レベルでの定量的な読み出しを可能にし、対象に移植した後の底板mesDA前駆細胞の細胞プロセッシングおよび生着の成功を予測できる方法へのニーズがある。
本発明は、GMP条件の下でも用いることができる、単一細胞レベルでの底板mesDA前駆細胞のタンパク質プロファイリングのための新規でユーザーに優しい標準化された方法について記載する。予期しないことに、本発明者らは、細胞表現型の明確な表現を可能にするタンパク質レベルのマーカーの組合せを発見した。陽性および陰性の底板mesDA前駆細胞マーカーに特異的な抗体−蛍光色素コンジュゲート等の抗原結合分子は、たとえば細胞産生物の同一性の同定のための、分化した底板mesDA前駆細胞の単一細胞の定量的な標準化されたタンパク質プロファイリングをはじめて可能にする約2.5時間以内のフローサイトメトリーアッセイにおいて用いられる。
セットは、抗原結合分子、たとえば本明細書に開示したmesDAニューロンの陽性および陰性マーカー(陽性マーカー:FOXA2、OTX2、CD47、NKX2.1;陰性マーカー:OCT3/4、PAX6、SOX1、NKX6.1、KI−67)のいくつかまたは全てに特異的なモノクローナル抗体クローンからなる。これらの細胞マーカーのいくつかまたは全てについて陽性または陰性である細胞のパーセンテージは、細胞の表現型および純度の明確な図を表わす。
本発明者らは、発生中の胚の中脳の基底板ならびに後脳で発現されるマーカーNKX6.1が、分化した幹細胞の集団における後脳前駆体の運命(hindbrain progenitor fates)の存在を検出するための驚くほど有効なマーカーであることをさらに発見した。したがって、NKX6.1は、側部の中脳および後脳の細胞を中脳の底板パターン化細胞と識別する陰性マーカーとして働く。さらに驚くべきことに、本発明者らは、マーカーNKX2.1がフローサイトメトリーによってタンパク質レベルで評価するとPCRと比較して異なった発現をすることを発見した。NKX2.1のmRNAは底板中脳ドーパミン作動性ニューロンには存在しないが、本発明者らは、ヒトmesDA前駆細胞への変換の後、かなりのパーセンテージのNKX2.1陽性細胞が依然として存在することを発見した。したがって、タンパク質レベルでのNKX2.1の定量によって、底板中脳前駆体の培養におけるバッチ間の変動の可能性をモニタリングすることができる。
まとめると、本発明者らは、本明細書に開示したマーカーの定量および組合せならびにそれぞれのパーセンテージによって、細胞置換療法におけるPDに罹患した患者への細胞投与の前に、インビトロで産生された底板mesDA前駆細胞の適格性を認めることが可能になることをはじめて示す。
・FOXA2(80〜100%、優先的には90〜100%)
・OTX2(80〜100%、優先的には90〜100%)
・PAX6(10%未満、優先的には5%未満)
・NKX6.1(10%未満、優先的には5%未満)
・任意選択でNKX2.1(5〜90%、優先的には5〜70%)
・任意選択でOCT3/4(0.1%未満)(細胞がOCT3/4陽性細胞から産生された場合)
この組合せは、以下の3つのマーカーの少なくとも1つ(または全て)に拡張することができる。
・KI−67(10〜90%)
・IAP(80〜100%、優先的には90〜100%)
・SOX1(10%未満、優先的には5%未満)
ヒト胎児脳の概略図およびマーカー発現である。神経管は吻尾軸および背腹軸に沿って異なった領域に再分割することができる。神経管の最も吻側の部分は前脳と呼ばれ、中脳がこれに続き、最も尾側の部分が後脳を形成する。神経管の最も腹側の部分は底板と呼ばれる。異なった脳の領域の細胞は特定のマーカー発現によって特性解析される(前脳:PAX6、OTX2、NKX2.1)、腹側中脳:FOXA2、OTX2、NKX2.1、後脳:NKX6.1)。 図式的な分化のプロトコルである。ヒトES細胞およびiPS細胞は定義されたプロトコルによって底板mesDA前駆細胞に分化する。プロトコルは、吻尾パターニングのためのWNTシグナル伝達を誘導するCHIR99021によるグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)の阻害による神経変換および領域形成のための二重のSMAD阻害ならびに腹側化パターニングのためのソニック・ヘッジホッグ(SHH−C24II)の活性化に基づいている(Kirkby、2012、2013)。神経誘導(培地1)、神経増殖(培地2)、および神経分化(培地3)について異なった培地が最適化されている。示されたプロトコルは付着分化プロセスに従う。用いた細胞株に応じてプロトコルは改変することができ、たとえばチアゾビビンの代わりにY−27632を加え、1日目ならびに11日目にY−27632を加えることができる。 底板mesDA前駆細胞に分化したヒト胚幹細胞のFOXA2、OTX2、NKX6.1、およびPAX6の発現のフローサイトメトリー解析である。 底板mesDA前駆細胞に分化した人工多能性幹細胞のFOXA2、OTX2、NKX6.1、およびPAX6の発現のフローサイトメトリー解析である。 分化16日後の、腹側前脳、背側前脳、または腹側後脳の細胞に向けてパターン化された、多能性幹細胞由来の神経前駆体培養物のFOXA2、OTX2、NKX6.1、PAX6、OCT3/4、NKX2.1、IAP、KI−67、およびSOX1の発現のフローサイトメトリー解析である。 底板mesDA細胞に向けて分化した多能性幹細胞培養物における分化4日、8日、11日、および16日後のFOXA2、OTX2、NKX6.1、PAX6、OCT3/4、およびNKX2.1の発現のフローサイトメトリー解析である。 分化11日後の底板mesDA前駆細胞のFOXA2、OTX2、NKX6.1、およびPAX6の発現の免疫細胞化学解析である。
本発明は、本明細書に開示した細胞マーカーに関して細胞の発現プロファイルを決定することによる、ヒト底板mesDA前駆細胞およびおそらくその他の細胞を含む細胞組成物またはその試料の中の前記細胞の同定のために用いることができる細胞マーカーを開示する。
第1の態様では、本発明は、ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物を分析するインビトロの方法であって、
a)前記細胞組成物の細胞またはその試料の細胞を抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗原結合分子と接触させることにより、前記細胞組成物または前記試料の細胞を標識するステップ、
b)前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞のパーセンテージを決定するステップであって、前記細胞のタンパク質発現プロファイルが、
前記細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がFOXA2について陽性、
前記細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がOTX2について陽性、
前記細胞の10%未満、優先的には5%未満がPAX6について陽性、および
前記細胞の10%未満、優先的には5%未満がNKX6.1について陽性
であれば、前記細胞組成物の細胞をヒト底板mesDA前駆細胞として適格とするステップ
を含む方法を提供する。
前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
抗原は転写因子であり、前記細胞組成物または前記試料の細胞は、前記抗原結合分子と接触させる前に固定剤および界面活性剤で処理してもよく、したがって前記細胞組成物または前記試料の細胞(ステップa)は、固定され、透過処理された細胞であってもよい。
前記細胞組成物または前記試料の細胞と抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な蛍光色素コンジュゲート抗原結合分子との接触は連続的に行なってもよく、たとえばまずFOXA2に特異的な蛍光色素コンジュゲート抗原結合分子を前記細胞組成物またはその試料の細胞と接触させ、続いてFOXA2に特異的な前記抗原結合分子で標識された前記細胞のパーセンテージを決定し、本明細書に開示した次のマーカーに特異的な次の蛍光色素コンジュゲート抗原結合分子を続けるなどする。第1の抗原に特異的な抗原結合分子は、第2の抗原に特異的な第2の抗原結合分子を前記細胞組成物またはその試料の細胞と接触させる前に前記細胞組成物またはその試料の細胞から除去するなどしてもよいなど。あるいは、本方法のステップa)で提供される細胞組成物またはその試料は、いくつかのサブ試料に再分割され、本明細書に開示したマーカーの1つに特異的な各抗原結合分子が、1つのサブ試料の細胞と接触させられる。あるいは、用いられる抗原結合分子が標識された細胞の並行検出を可能にする蛍光色素等の識別可能な検出部分にコンジュゲートされている場合には、本明細書に開示したマーカーに特異的ないくつかまたは全ての抗原結合分子について、ステップa)で提供された同じ細胞組成物もしくはその試料または本方法のサブ試料は同時に使用される。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の前記細胞がOCT3/4陽性細胞に由来する場合は、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに抗原OCT3/4に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
前記細胞組成物または前記その試料の細胞の0.1%未満がOCT3/4について陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原OCT3/4に特異的な前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに、抗原NKX2.1に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
前記細胞組成物または前記その試料の細胞の5〜90%、優先的には5〜70%がNKX2.1について陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原NKX2.1に特異的な前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに抗原KI−67に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
前記細胞組成物または前記その試料の細胞の10〜90%がKI−67について陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原KI−67に特異的な前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに抗原IAPに特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
前記細胞組成物または前記その試料の細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がIAPについて陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原IAPに特異的な前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに抗原SOX1に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルにおいてさらに、
前記細胞組成物または前記その試料の細胞の10%未満、優先的には1%未満がSOX1について陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原SOX1に特異的な前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、ステップa)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞をさらに、抗原KI−67、IAP、およびSOX1からなる群から選択される抗原に特異的な少なくとも1つの抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
ステップa)においてKI−67に特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の10〜90%がKI−67について陽性であり、
ステップa)においてIAPに特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がIAPについて陽性であり、
ステップa)においてSOX1に特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞組成物または前記その試料の細胞の5%未満、優先的には1%未満がSOX1について陽性である、ことをさらに含む。
前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
前記方法は、前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞組成物または前記その試料の細胞のパーセンテージを決定する前記ステップが、フローサイトメトリーまたは免疫細胞化学法によって行なわれる。
前記方法は、ヒト底板mesDA前駆細胞を含む前記細胞組成物が、ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得るヒト細胞からインビトロ分化プロセスによって産生される、または産生過程にある。
前記底板mesDA前駆細胞に変換され得る前記ヒト細胞は、ヒトiPS細胞、ヒト胚幹細胞、またはダイレクトリプログラミングされたヒト体細胞からなる群から選択されてもよい。
前記抗原結合分子は抗体またはその抗原結合断片であってもよい。
別の態様では、本発明は抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗原結合分子を含む、ヒト底板mesDA前駆細胞のタンパク質プロファイルを解析するためのキットを提供する。
前記キットは、抗原Oct3/4に特異的な抗原結合分子をさらに含む。
前記キットは、抗原NKX2.1に特異的な抗原結合分子をさらに含む。
前記キットは、抗原KI−67に特異的な抗原結合分子をさらに含む。
前記キットは、抗原IAPに特異的な抗原結合分子をさらに含む。
前記キットは、抗原SOX1に特異的な抗原結合分子をさらに含む。
前記キットは、抗原KI−67、IAP、およびSOX1に対する抗原からなる群から選択される抗原に特異的な、少なくとも1つの抗原結合分子をさらに含む。
前記抗原結合分子は、蛍光色素にコンジュゲートされていてもよい。
ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得る多能性幹細胞等の細胞を含む出発細胞組成物からのヒト底板mesDA前駆細胞の産生は当該技術で周知であり、たとえばKriks、2011;Kirkeby、2012;Kirkeby、2013;Grealish、2015;Kirkeby、2017に開示されている。
定義
他に定義しない限り、本明細書で用いられる技術用語および科学用語は、本発明が属する技術における当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。用語「ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物」は、ヒト底板mesDA前駆細胞、およびたとえば他の神経アイデンティティを有する他の細胞を任意の比で含む(完全な)細胞組成物またはその試料を意味する。
ヒト底板mesDA前駆細胞を含む前記細胞組成物は、ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得るヒト細胞からインビトロ分化プロセスによって産生される、または産生過程にあってもよい。
前記細胞組成物のヒト底板mesDA前駆細胞は、ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得るヒト細胞、たとえばヒトiPS細胞、ヒト胚幹細胞、またはダイレクトリプログラミングされたヒト体細胞から、たとえばKriks、2011;Kirkeby、2012;Ladewig、2012;Kirkeby、2013;Grealish、2015;Kirkeby、2017等の、当該分野で周知の分化またはダイレクトリプログラミングのプロトコルを用いて得られたものでもよい。本明細書に開示した本方法は、幹細胞をヒト底板mesDA前駆細胞として適格とされる細胞に分化するこのプロセス中、細胞の状態をモニタリングおよび/または同定するために用いてもよい。
ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物を解析する場合における用語「解析する」は、たとえば細胞組成物または試料の細胞の本明細書に開示した発現プロファイルを決定することによって、前記細胞組成物または前記試料中のヒト底板mesDA前駆細胞を同定することを意味する。
試料は、ヒト底板mesDA前駆細胞を含む(完全な)細胞組成物、たとえば1つまたは複数のアリコートから取り出してもよい。次いで、本明細書に開示した方法は、ステップa)の前に、「前記細胞組成物から試料を用意する」ステップを含んでもよい。
用語「前記細胞、すなわち、前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞組成物の細胞またはその試料の細胞のパーセンテージを決定するステップ」は、本明細書で用いられる場合、細胞組成物中または細胞組成物から取り出された試料中の、それぞれの抗原についてたとえば蛍光標識された細胞の量を決定することを意味し、たとえば前記細胞組成物または前記試料中で10個のうち9個の細胞が抗原FOXA2で標識されている場合には、細胞組成物または試料の細胞の90%がFOXA2について陽性であり、同じ細胞組成物または試料中で10個のうち8個の細胞が抗原OTX2で標識されている場合には、同じ細胞組成物または試料の細胞の80%がOTX2についても陽性である。いくつかまたは全ての細胞がマーカーについて二重陽性であるかどうかは、決定には無関係である。
用語「ヒト底板mesDA前駆細胞として適格とする」は、本明細書で用いられる場合、PDに罹患した対象に移植した後に線条体を機能的に再刺激して、パーキンソン症状を少なくとも部分的に回復させるまでにドーパミン作動性ニューロンの機能を復活させることができるエクスビボ細胞を意味する。
用語「ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物が、ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得るヒト細胞からインビトロ分化プロセスによって産生される、または産生過程にある」は、底板mesDA前駆細胞への分化の成功のために重要な因子を含む分化プロトコルが適用された、または適用される細胞集団の細胞を意味する。したがって、このプロセスによって多能性細胞をヒト底板mesDA前駆細胞に分化させることが可能になるが、このプロセスは望ましくない細胞の運命または分化ステージにある細胞を含むことがある。
ヒト底板mesDA前駆細胞に変換され得るヒト細胞は、OCT3/4陽性ヒトiPS細胞、OCT3/4陽性ヒト胚幹細胞、またはOCT3/4陰性のダイレクトリプログラミングされたヒト体細胞であってもよい。ヒト胚幹細胞は、たとえばWO03/046141に開示されているように、破壊せずに胚から単離することができる。
用語「多能性幹細胞」は、本明細書で用いられる場合、自己再生することができ、胎児胚葉の内胚葉、中胚葉、および外胚葉のいずれかならびにこれに由来する細胞に分化する可能性を有する細胞を意味する。これらの基準は胚幹細胞(ESC)および人工多能性幹細胞(iPSC)について当てはまる。優先的にはこれらの細胞はヒトである。当該分野において、「プライム状態の」多能性幹細胞、「ナイーブ状態の」多能性幹細胞、または「リセット段階の」多能性幹細胞と称される異なった多能性の程度が知られている。
用語、胚幹細胞(ESC)は、本明細書で用いられる場合、移植前の早期の段階における胚盤胞の内部細胞集団由来の多能性幹細胞を意味する。ESCは自己再生することができ、胎児胚葉の内胚葉、中胚葉、および外胚葉のいずれかならびにこれに由来する細胞に分化する可能性を有する。ESCは多能性マーカーOCT3/4の発現を示す。
用語「人工多能性幹細胞(iPSC)」は、本明細書で用いられる場合、より低い能力を有する細胞、すなわち、より分化した細胞、典型的には体細胞から多能性の状態に変換することによって産生された多能性細胞を意味し、得られた細胞は自己再生することができ、胎児胚葉の内胚葉、中胚葉、および外胚葉のいずれかならびにこれに由来する細胞に分化する潜在能力を有する。iPSCは多能性マーカーOCT3/4の発現を示す。リプログラミングは、核移植、細胞融合、または因子誘導リプログラミング(すなわち、限定されるものではないが、OCT3/4、SOX2、KLF4、C−MYC、NANOG、LIN28等の1つまたは複数のリプログラミング因子の発現誘導)などの当該分野で既知の方法によって達成することができる。リプログラミング因子は、核酸として、またはウイルス形質導入もしくはトランスフェクションによるタンパク質として導入してもよい。様々な培養条件およびリプログラミング因子の組合せによって、「プライム状態の」多能性幹細胞、「ナイーブ状態の」多能性幹細胞、または「リセット段階の」多能性幹細胞と称される異なった多能性の程度が生じる。
用語「ヒト底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞(mesDA)」は、本明細書で用いられる場合、FOXA2(80〜100%)、OTX2(80〜100%)、PAX6(10%未満)、NKX6.1(10%未満)の発現を特徴とするインビトロ分化細胞を意味する。この組成物は、交接後6〜7.5週のヒト胚の腹側中脳に存在するmesDA前駆体と同様のプロファイルを有する高純度のmesDA前駆細胞を反映しており、PD治療における臨床使用のための最も有望な細胞集団である。
細胞は、限定されるものではないが、胚幹細胞、人工多能性幹細胞、リプログラミング可能な体細胞等の様々な出発細胞組成物からインビトロで得られたものでもよい。
用語「分化」は、本明細書で用いられる場合、細胞の分化を意味し、発生生物学で用いられる用語であり、専門性の低い細胞がより専門性の高い細胞型になるプロセスを記述する。インビトロでは、幹細胞の分化は自発的に起こることがあり、または特別の培養培地、サイトカイン、レセプターアンタゴニストまたは小分子等の分化誘導物質を培養培地に添加することによって意図的に誘導される。また、培養マトリックス、すなわち、細胞培養用具のコーティングを用いて、細胞と接触する様々なタンパク質または化学物質を提供することによって、分化のプロセスを偏らせることができる。
用語「マーカー」は、本明細書で用いられる場合、ある細胞型によって特異的に発現される細胞抗原を意味する。マーカーは、本明細書に開示したFOXA2、IAP、NKX2.1、およびOTX2等の陽性選択マーカーであってよく、または本明細書で用いたOCT3/4、PAX6、SOX1、NKX6.1、KI−67等の陰性選択マーカーであってよい。
用語「発現」は、本明細書で用いられる場合、細胞中のプロモーターによって促進される特定のヌクレオチド配列の転写および/または翻訳として定義される。
「タンパク質発現プロファイル」または細胞集団もしくは細胞組成物もしくはその試料の細胞の「タンパク質シグネチュア」は、これらの細胞によってどの遺伝子が発現されるかを示す。
用語「蛍光色素にコンジュゲートされた抗原結合分子」は、本明細書で用いられる場合、抗原結合分子、たとえば抗体またはその抗原結合断片の蛍光色素へのカップリングまたはコンジュゲーションを意味する。いくつかの場合には、コンジュゲーションは抗原結合分子の蛍光色素への直接的なカップリングまたは結合である。他の場合には、コンジュゲーションは抗原結合分子の蛍光色素への、たとえばビオチンとストレプトアビジンを介する間接的なカップリングまたは結合である。抗原は抗原結合分子(たとえば一次抗体)に結合し、次いでコンジュゲートされた蛍光色素を有する第2の分子(たとえば二次抗体)が抗原結合分子に結合してもよい。
解析の方法には、たとえばフローサイトメトリーに基づく方法または蛍光顕微鏡法が含まれる。
フローサイトメトリーは、たとえば細胞を流体の流れの中に懸濁して電子検出装置に通過させることにより、たとえば細胞の分類およびバイオマーカーの検出において採用される、レーザーまたはインピーダンスに基づく生物物理学的技術である。これにより、1秒あたり数千個までの粒子の物理的および化学的な特性の同時かつ多パラメーターの解析が可能になる。蛍光活性化細胞分類(FACS(商標))は、フローサイトメトリーの特殊型である。それにより、それぞれの細胞の特定の光散乱および蛍光特性に基づいて、生物学的細胞の不均一な混合物を一度に1個、2つ以上の容器に分類する方法が提供される。
免疫細胞化学法(ICC)は、たとえば特定のタンパク質または抗原に結合する特定の一次抗体を用いて、細胞中のタンパク質または抗原の局在を解剖学的に可視化するために用いられる一般的な実験室的手法である。一次抗体によって、これが蛍光色素に直接コンジュゲートされる場合、またはたとえばコンジュゲートされた蛍光色素を有する二次抗体に結合している場合に、蛍光顕微鏡下にタンパク質を可視化することができる。ICCによって、特定の試料中の細胞が問題の抗原を発現しているか否かを評価することができる。
用語「抗原結合分子」は、本明細書で用いられる場合、細胞の所望の標的分子、すなわち、抗原に、好ましくは結合し、または特異的である任意の分子を意味する。用語「抗原結合分子」は、たとえば抗体またはその抗原結合断片を含む。
用語「抗体」は、本明細書で用いられる場合、ポリクローナルまたはモノクローナル抗体を意味し、これらは当業者に周知の方法で産生することができる。抗体は任意の種、たとえばマウス、ラット、ヒツジ、ヒトのものであってもよい。
用語「抗体」は、未変性の分子およびFab、Fab’、F(ab’)2、Fv、および一本鎖抗体等の抗体断片(抗原結合断片)の両方を含む。さらに、用語「抗原結合分子」は、細胞の所望の標的分子に優先的に結合する抗体またはその抗原結合断片以外の任意の分子を含む。好適な分子には、限定なしに、所望の標的分子に結合するアプタマーとして知られるオリゴヌクレオチド、炭水化物、レクチン、または他の任意の抗原結合タンパク質(たとえば受容体−リガンド相互作用)が含まれる。抗体と蛍光色素との間の連結(カップリング)は、共有結合でも非共有結合でもよい。非共有連結はたとえばビオチン−アビジンを介する。抗体を蛍光色素にカップリングする方法は当業者には周知である。
用語「特異的に結合する」または「〜に特異的な」は、抗原結合分子、たとえば抗体またはその抗原結合断片に関しては、本明細書に開示したように細胞組成物または試料中の特定の抗原を認識してこれに結合するが、前記細胞組成物または前記試料中の他の抗原は実質的に認識せず、これと結合しない抗原結合分子(抗原結合ドメインに対する抗体またはその断片の場合)を意味する。1つの種からの抗原に特異的に結合する抗体またはその断片の抗原結合ドメインは、別の種からのその抗原にも結合し得る。この異種間反応性は、本明細書で用いられる「〜に特異的」の定義に反しない。ある抗原に特異的に結合する抗体またはその断片の抗原結合ドメインは、前記抗原の様々なバリアント(アレレバリアント、スプライスバリアント、アイソフォーム、その他)にも実質的に結合し得る。この交差反応性は、抗原に対して特異的であるとの抗原結合ドメインの定義に反しない。
フォークヘッドボックスタンパク質A2(FOXA2)は、ヒトではFOXA2遺伝子によってコードされるタンパク質である。
ホメオボックスタンパク質OTX2は、ヒトではOTX2遺伝子によってコードされるタンパク質である。
ペアードボックスタンパク質PAX6は、ヒトではPAX6遺伝子によってコードされるタンパク質である。
ホメオボックスタンパク質NKX6.1(NKX6−1も)は、ヒトではNKX6−1遺伝子によってコードされるタンパク質である。
Oct−3/4(オクタマー結合転写因子3/4、Oct−3またはOct−4としても知られている)は、ヒトではPOU5F1遺伝子によってコードされるタンパク質である。
NK2ホメオボックス1(NKX2−1、NKX2.1、またはTTF−1)は、ヒトではNKX2−1遺伝子によってコードされるタンパク質である。
抗原KI−67は、Ki−67またはMKI67としても知られており、ヒトではMKI67遺伝子によってコードされるタンパク質(モノクローナル抗体 抗Ki−67によって同定される抗原)である。
IAP(インテグリン関連タンパク質)はCD47(分化のクラスター47)としても知られており、ヒトではCD47遺伝子によってコードされる膜貫通タンパク質である。
SOX1は、HMG(高移動性群)DNA結合ドメインにおける転写因子をコードする遺伝子であり、神経発生において一次的に機能する。
実施形態
本発明の第1の実施形態では、ヒト底板mesDA前駆細胞を含んでいることが予想される細胞組成物から、1つの試料またはいくつかの試料を取り出す。細胞組成物の細胞を、たとえば実施例1に記載した胚様体(EB)に基づくプロトコルを用いて、ヒトiPS細胞からヒト底板mesDA前駆細胞にインビトロで分化した。
分化状態をモニタリングするため、分化の手順を開始した後のいくつかの時点、たとえば4、6、8、11、14、16、および/または18日目に、前記細胞組成物から前記試料を取り出す。固定および透過処理の後、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗原結合分子に試料の細胞を接触させ、それにより前記試料の細胞を標識する。任意選択で、抗原OCT3/4、NKX2.1、KI−67、IAP、SOX1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた以下の抗原結合分子の1つ、それ以上、または全てにも、前記試料を接触させる。試料の細胞のタンパク質発現プロファイルを、たとえばフローサイトメトリーによって決定する。
以下のタンパク質発現プロファイルを示す試料の細胞は、ヒト底板mesDA前駆細胞としての試料の細胞として適格とされる。
前記試料の細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がFOXA2について陽性である。
前記試料の細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がOTX2について陽性である。
前記試料の細胞の10%未満、優先的には5%未満がPAX6について陽性である。
前記試料の細胞の10%未満、優先的には5%未満がNKX6.1について陽性である。
また任意選択で、
前記試料の細胞の0.1%未満がOCT3/4について陽性であり、および/または
前記試料の細胞の5〜90%、優先的には5〜70%がNKX2.1について陽性であり、および/または
前記試料の細胞の10〜90%がKI−67について陽性であり、および/または
前記試料の細胞の80〜100%、優先的には90〜100%がIAPについて陽性であり、および/または
前記試料の細胞の10%未満、優先的には5%未満がSOX1について陽性である。
前記試料の細胞は、その試料が取り出された前記細胞組成物中の細胞の組成を反映している。したがって、たとえば分化プロセス後16日目に取り出された試料が上に示したタンパク質発現プロファイルを示すならば、その細胞組成物の細胞はヒト底板mesDA前駆細胞として適格とされ、たとえばパーキンソン病について治療を必要とする患者に移植してもよい。これらの細胞は、移植後に線条体に統合されてドーパミン作動性ニューロンの機能を復活させる可能性を有する底板mesDA前駆細胞として適格とされる。
本発明の別の実施形態では、ヒト底板mesDA前駆細胞を含んでいることが予想される細胞組成物から、1つの試料またはいくつかの試料を取り出す。細胞組成物の細胞を、たとえば実施例1に記載したEBに基づくプロトコルを用いて、ヒトiPS細胞からヒト底板mesDA前駆細胞にインビトロで分化させた。
分化状態をモニタリングするため、分化手順を開始した後のいくつかの時点、たとえば4、6、8、11、14、16、および/または18日目に、前記細胞組成物から前記試料を取り出す。試料の細胞を再分割し、底板mesDA分化前駆細胞のタンパク質発現プロファイリングについて記載したマーカーの組合せと接触させる。
たとえば、抗原FOXA2に特異的でAPCにカップリングした抗体の染色を、IAPに特異的でPEにカップリングした抗体およびOTXに特異的でFITCにカップリングした抗体と組み合わせる。さらに、PAX6、OCT3/4、KI−67、およびNKX2.1、NKX6.1、SOX1を組み合わせる一方、組み合わせた抗体を様々な蛍光色素とコンジュゲートする。
本発明の1つの実施形態では、細胞組成物の細胞を、たとえば実施例2に記載した付着分化プロトコルを用いて、iPS細胞またはヒト胚幹細胞等のヒト多能性幹細胞からヒト底板mesDA前駆細胞にインビトロで分化させる。
細胞のタンパク質発現プロファイルを、いくつかの時点の後で、上述のように決定する。前記試料の細胞は、その試料が取り出された前記細胞組成物中の細胞の組成を反映している。したがって、たとえば分化プロセス後16日目に取り出された試料が本発明に記載したタンパク質発現プロファイルを示すならば、その細胞組成物の細胞は、移植後に線条体に統合されてドーパミン作動性ニューロンの機能を復活させる可能性を有する底板mesDA前駆細胞として適格とされる。
本発明の別の実施形態では、細胞組成物の細胞を、たとえば実施例2に記載した付着分化プロトコルを用いて、ヒトES細胞からヒト底板mesDA前駆細胞にインビトロで分化させた。
完全な細胞組成物を、底板mesDA分化前駆細胞のタンパク質発現プロファイリングについて本明細書に開示したマーカーの組合せと接触させる。
たとえば、抗原FOXA2に特異的でAPCにカップリングした抗体の染色を、IAPに特異的でPEにカップリングした抗体およびOTXに特異的でFITCにカップリングした抗体と組み合わせる。さらに、PAX6、KI−67、およびNKX2.1、NKX6.1、SOX1を組み合わせる一方、組み合わせた抗体を様々な蛍光色素とコンジュゲートする。
細胞組成物の細胞の染色が本明細書に開示したタンパク質発現プロファイルを生じるならば、分化のプロトコルによって治療に関連するmesDAニューロンの産生が可能になることが示される。
本発明の1つの実施形態では、細胞組成物の細胞は、当技術で既知の方法(プロトコル)によって、OCT3/4陰性ヒト体細胞からヒト底板mesDA前駆細胞にダイレクトリプログラミングされる。
分化状態をモニタリングするため、分化の手順を開始した後のいくつかの時点、たとえば4、6、8、11、14、16、および/または18日目に、前記細胞組成物から前記試料を取り出す。試料の細胞を再分割し、底板mesDA分化前駆細胞のタンパク質発現プロファイリングについて記載したマーカーの組合せと接触させる。
たとえば、抗原FOXA2に特異的でAPCにカップリングした抗体の染色を、IAPに特異的でPEにカップリングした抗体およびOTXに特異的でFITCにカップリングした抗体と組み合わせる。さらに、PAX6、KI−67、およびNKX2.1、NKX6.1、SOX1を組み合わせる一方、組み合わせた抗体を様々な蛍光色素とコンジュゲートする。
本発明の別の実施形態では、たとえば実施例2に記載した付着分化プロトコルを用いて底板mesDA前駆細胞を産生させ、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗原結合分子を用いて、分化の16日後に免疫細胞化学法によって解析する。
実施例1:胚葉体(EB)形成に基づくヒト胚幹細胞の底板mesDA前駆細胞への分化およびインビトロ16日後のフローサイトメトリーを用いられる単一細胞タンパク質プロファイリング
ヒト胚幹細胞を底板mesDA前駆細胞に分化させた。プロトコルはKirkbyら、2012、2013を改変した。分化のために、ヒト胚幹細胞をTrypLE(Life Technologies、12563−029)で収穫した。単一細胞を低付着プレートに播種し(2×10/2ml/6ウェル)、DMEM−F12:MACS Neuro(1:1)、N2サプリメント(1:100、Gibco、17052−48)、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:50、Miltenyi Biotec 130−097−263)、2mM L−グルタミン中でEBを形成させた。最初の2日間はROCKインヒビター(チアゾビビン 2μM、Miltenyi Biotec 130−104−461)を加えた。4日目に、ポリオルニチン(PO、15μg/ml、Sigma P3655)、フィブロネクチン(FN、5μg/ml、BIOPUR AG 11−50−1104)およびラミニン(LN、5μg/ml、Sigma L20−20)でコートしたプラスチック器具に細胞を播種した。0日目から9日目まで、以下の神経誘導因子およびパターニング因子が存在した。SB431542(10μM、Miltenyi Biotec 130−105−336)、LDN193189(100nM、Miltenyi Biotec 130−103−925)、CHIR99021(0.8μM、Miltenyi Biotec 130−103−926)、hSHH−C24−II(200ng/ml、Miltenyi Biotec 130−095−727)。2日目から9日目まで、培地にプルモルファミン(0.5μM、Miltenyi Biotec 130−104−465)を加えた。分化の11日目に、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、MACS Neuro培地、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:50)、BDNF(20ng/ml、Miltenyi Biotec 130−096−285)、GDNF(10ng/ml、Miltenyi Biotec 130−096−290)およびアスコルビン酸(200μM、Sigma A5960)中、10,000細胞/μlの液滴で、乾燥したPO/LN/FNコートプレートに再播種した。
分化プロセスの11日目に単一細胞タンパク質発現プロファイリングを行なった。そのため、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させ、それにより前記試料の細胞を標識した。
手短かに述べると、細胞を固定し、FoxP3緩衝液セット(Miltenyi Biotec 130−093−142)を用いて透過処理した。次いで、0.5×10E6個の細胞を用いて、様々な蛍光色素に連結したFOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗体で染色し、フローサイトメトリーによって陽性細胞のパーセンテージを決定して、細胞が本発明によるヒト底板mesDA前駆細胞としてそれらを適格とするタンパク質発現プロファイルを示すか否かを解析した。
実施例2:ヒト胚幹細胞の底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞への付着分化およびインビトロ16日後のフローサイトメトリーを用いる単一細胞タンパク質プロファイリング
ヒト胚幹細胞(hES細胞)を底板mesDA前駆細胞に分化させた。プロトコルはKirkbyら、2012、2013を改変し、一方、EBに基づくプロトコルを完全付着培養に改変した(図2)。分化のために、hES細胞をTrypLE(Life Technologies、12563−029)で収穫した。単一細胞を、12ウェルあたり90,000個の細胞密度(23684個/cm)で、DMEM−F12:MACS Neuro(1:1)、N2サプリメント(1:100、Gibco、17502−48)、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:50、Miltenyi Biotec 130−097−263)、2mM L−グルタミンを含む神経誘導培地(培地1)中、Laminin−111(Biolamina、LN111)上に播種した。最初の2日間はROCKインヒビター(チアゾビビン 2μM、Miltenyi Biotec 130−104−461)を加えた。4日目に、DMEM−F12:MACS Neuro(1:1)、N2サプリメント(1:200)、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:100)、および2mM L−グルタミンを含む神経増殖培地(培地2)に培地を交換した。0日目から9日目まで、以下の神経誘導因子およびパターニング因子が存在した。SB431542(10μM、Miltenyi Biotec 130−105−336)、ノギン(100ng/ml、Miltenyi Biotec 130−103−456)、CHIR99021(0.7μM、Miltenyi Biotec 130−103−926)、hSHH−C24−II(600ng/ml、Miltenyi Biotec 130−095−727)。9日目に、FGF8b(100ng/ml、Miltenyi Biotec 130−095−740)を加えた。分化の11日目に、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、MACS Neuro培地、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:50)、2mM L−グルタミン(培地3)中、800,000細胞/cmの密度で、Laminin−111でコートしたプレートに再播種した。さらに、BDNF(20ng/ml、Miltenyi Biotec 130−096−286)およびアスコルビン酸(200μM、Sigma A5960)を加えた(図2)。
分化プロセスの16日目に単一細胞タンパク質発現プロファイリングを行なった。そのため、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させ、それにより前記試料の細胞を標識した。
手短かに述べると、細胞を固定し、FoxP3緩衝液セット(Miltenyi Biotec 130−093−142)を用いて透過処理した。次いで、以下の抗体コンジュゲートを用いて細胞を染色した。ここでそれぞれの染色に0.5×10E6個の細胞を用いた。
− 抗FoxA2−APC、
− 抗Otx2−FITC、
− 抗Pax6−PE、
− 抗Nkx6.1−AlexaFluoro647。
フロー解析により、FOXA2で92.6%、OTX2で93.1%、PAX6で0.83%、NKX6.1で2.6%の陽性細胞が示された。
まとめると、細胞は、本発明によるヒト底板mesDA前駆細胞としてそれらを適格とするタンパク質発現プロファイルを示した(図3)。
実施例3:人工多能性幹細胞の底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞への付着分化およびインビトロ16日後のフローサイトメトリーを用いる単一細胞タンパク質プロファイリング
実施例2に記載した分化プロトコルに従って、人工多能性ヒト幹細胞(iPS細胞)を底板mesDA前駆細胞に分化させた。0日目から9日目まで、以下の神経誘導因子およびパターニング因子が存在した。SB431542(10μM、Miltenyi Biotec 130−105−336)、ノギン(100ng/ml、Miltenyi Biotec 130−103−456)、CHIR99021(1μM、Miltenyi Biotec 130−103−926)、hSHH−C24−II(400ng/ml、Miltenyi Biotec 130−095−727)。分化の11日目に、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、MACS Neuro培地、NeuroBrew−21(ビタミンAなし)(1:50)、2mM L−グルタミン(培地3)中、800,000細胞/cmの密度で、Laminin−111でコートしたプレートに再播種した。さらに、FGF8b(100ng/ml、Miltenyi Biotec、130−095−740)、BDNF(20ng/ml、Miltenyi Biotec 130−096−286)およびアスコルビン酸(200μM、Sigma A5960)を加えた。
分化プロセスの16日目に単一細胞タンパク質発現プロファイリングを行なった。そのため、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させ、それにより前記試料の細胞を標識した。
フロー解析により、FOXA2で93.8%、OTX2で94.4%、PAX6で1.3%、NKX6.1で1.2%の陽性細胞が示された。
まとめると、細胞は、本発明によるヒト底板mesDA前駆細胞としてそれらを適格とするタンパク質発現プロファイルを示した(図4)。
実施例4:様々な濃度のCHIRによるヒト胚幹細胞の付着分化およびインビトロ16日後のフローサイトメトリーを用いる単一細胞タンパク質プロファイリング
実施例2に記載した付着分化プロトコルに従って、ヒト胚幹細胞を分化させた。細胞を腹側前脳、背側前脳、および腹側後脳の同一性に向けてパターン化するため、パターン化因子CHIR99021(Miltenyi Biotec 130−103−926)およびhSHH−C24−II(Miltenyi Biotec 130−095−727)を種々の濃度で適用した。
A 腹側前脳:CHIR99021:0μM、hSSH−C24−II:800ng/ml
B 背側前脳:CHIR99021:0μM、hSSH−C24−II:0ng/ml
C 腹側後脳:CHIR99021:4μM、hSSH−C24−II:800ng/ml
分化プロセスの16日目に単一細胞タンパク質発現プロファイリングを行なった。そのため、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、固定して、FoxP3緩衝液セット(Miltenyi Biotec 130−093−142)を用いて透過処理した。次いで、細胞を3つのサブ試料に再分割して、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、NKX6.1、OCT3/4、NKX2.1、IAP、KI−67、SOX1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させた。ここでそれぞれの染色に0.5×10E6個の細胞を用いた。
3つの抗原結合分子の同時染色のため、以下の抗体蛍光色素を組み合わせた。
− 抗FoxA2−APC、抗Otx2−FITC、抗IAP−PE
− 抗Pax6−PE、抗Oct3/4−APC、抗Ki−67−FITC
− 抗Nkx6.1−AlexaFluor647、抗Nkx2.1−AlexaFluor488、抗Sox1−PE
様々な試料中でFOXA2の発現が80%未満、背側前脳および後脳試料でPAX6の発現が10%超、腹側前脳試料のNKX2.1の発現が90%超、腹側後脳試料でOTX2が80%未満、ならびにNKX6.1の発現が10%超で、細胞は底板mesDA前駆細胞表現型を示さず、移植には適格ではないことが明らかに示された(図1、図5)。
実施例5:ヒト胚幹細胞の底板中脳ドーパミン作動性前駆細胞への付着分化およびインビトロ4、8、11、および16日後のフローサイトメトリーを用いる単一細胞タンパク質プロファイリング
実施例2に記載した付着分化プロトコルに従って、ヒト胚幹細胞を分化させた。それぞれ0.7μMおよび600ng/mlの濃度のパターン化因子CHIR99021(Miltenyi Biotec 130−103−926)およびhSHH−C24−II(Miltenyi Biotec 130−095−727)を適用した。
分化プロセスの4、8、11、および16日目に単一細胞タンパク質発現プロファイリングを行なった。そのため、細胞をTrypLEで単一細胞に解離し、固定して、FoxP3緩衝液セット(Miltenyi Biotec 130−093−142)を用いて透過処理した。次いで、細胞を3つのサブ試料に再分割して、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、NKX6.1、OCT3/4、NKX2.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させた。ここでそれぞれの染色に0.5×10E6個の細胞を用いた。
3つの抗原結合分子の同時染色のため、以下の抗体蛍光色素を組み合わせた。
− 抗FoxA2−APC、抗Otx2−FITC
− 抗Pax6−PE、抗Oct3/4−APC
− 抗Nkx6.1−AlexaFluor647、抗Nkx2.1−AlexaFluor488
フローサイトメトリー解析により、細胞は、本発明による分化の4日目、8日目、および16日目に、底板ドーパミン作動性ニューロンとしてそれらを適格とする発現プロファイルと類似していなかったことが示された。分化プロセスの11日目の細胞のみが、本発明によるヒト底板mesDA前駆細胞としてそれらを適格とするタンパク質発現プロファイルを示した(図6)。
実施例6:ラットにおける移植研究のためのヒト胚幹細胞の付着分化
実施例2に記載した付着分化プロトコルに従って、ヒト胚幹細胞を分化させた。それぞれ0.7μMおよび600ng/mlの濃度のパターン化因子CHIR99021(Miltenyi Biotec 130−103−926)およびhSHH−C24−II(Miltenyi Biotec 130−095−727)を適用した。
分化プロセスの16日目に細胞をTrypLEで単一細胞に解離した。試料を取り出して細胞を固定し、FoxP3緩衝液セット(Miltenyi Biotec 130−093−142)を用いて透過処理した。次いで、細胞を3つのサブ試料に再分割して、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、NKX6.1、OCT3/4、NKX2.1、IAP、KI−67、SOX1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させた。ここでそれぞれの染色に0.5×10E6個の細胞を用いた。
3つの抗原結合分子の同時染色のため、以下の抗体蛍光色素を組み合わせた。
− 抗FoxA2−APC、抗Otx2−FITC、抗IAP−PE
− 抗Pax6−PE、抗Oct3/4−APC、抗KI−67−FITC
− 抗Nkx6.1−AlexaFluor647、抗Nkx2.1−AlexaFluor488、抗Sox1−PE
底板ドーパミン作動性ニューロンとして適格とする発現プロファイルを示した分化した生細胞の試料と、底板ドーパミン作動性ニューロンとして適格とする発現プロファイルと類似しない分化した生細胞の試料を、ラットへの移植研究に用いた。インビボ移植の後、第1の試料は良好な生着およびドーパミン作動性ニューロンの高い収率と相関した一方、第2の試料はインビボでドーパミン作動性ニューロンの顕著に低い収率を生じた。
実施例7:分化16日後のFOXA2、OTX2、NKX6.1、およびPAX6の発現の免疫細胞化学解析
実施例2に記載した付着分化プロトコルに従って、ヒト胚幹細胞を分化させた。それぞれ0.7μMおよび600ng/mlの濃度のパターン化因子CHIR99021(Miltenyi Biotec 130−103−926)およびhSHH−C24−II(Miltenyi Biotec 130−095−727)を適用した。
次いで、分化プロセスの16日目に免疫細胞化学染色を行なった。そのため、細胞を4%のパラホルムアルデヒドで固定し、0.2% Triton−X−100を用いて透過処理した。そこで、4つのサブ試料を、抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な、蛍光色素にコンジュゲートされた抗体と接触させた。
免疫細胞化学解析により高いパーセンテージのFOXA2およびOTX2陽性細胞が示された一方、細胞はPAX6およびNKX6.1に陰性であった(図7)。
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Claims (14)

  1. ヒト底板mesDA前駆細胞を含む細胞組成物を分析するインビトロの方法であって、
    a)前記細胞組成物の細胞またはその試料の細胞を抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗原結合分子と接触させることにより、前記細胞組成物または前記試料の細胞を標識するステップ、
    b)前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞のパーセンテージを決定するステップであって、前記細胞のタンパク質発現プロファイルが、
    前記細胞の80〜100%がFOXA2について陽性、
    前記細胞の80〜100%がOTX2について陽性、
    前記細胞の10%未満がPAX6について陽性、および
    前記細胞の10%未満がNKX6.1について陽性
    であれば、前記細胞組成物の細胞をヒト底板mesDA前駆細胞として適格とするステップ
    を含む方法。
  2. ステップa)において、前記細胞がOCT3/4陽性細胞に由来する場合は、前記細胞をさらに抗原OCT3/4に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
    前記細胞の0.1%未満がOCT3/4に陽性である
    ことをさらに含む、請求項1に記載の方法。
  3. ステップa)において、前記細胞をさらに抗原NKX2.1に特異的な抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
    前記細胞の5〜90%がNKX2.1について陽性である
    ことをさらに含む、請求項1または2に記載の方法。
  4. ステップa)において、前記細胞をさらに、抗原KI−67、IAP、およびSOX1からなる群から選択される抗原に特異的な少なくとも1つの抗原結合分子と接触させ、ステップb)において、前記細胞の前記タンパク質発現プロファイルが、
    ステップa)においてKI−67に特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞の10〜90%がKI−67について陽性であり、
    ステップa)においてIAPに特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞の80〜100%がIAPについて陽性であり、
    ステップa)においてSOX1に特異的な抗原結合分子が用いられる場合は、前記細胞の10%未満がSOX1について陽性である、
    ことをさらに含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記抗原結合分子が蛍光色素にコンジュゲートされており、前記抗原のそれぞれについて前記抗原結合分子で標識された前記細胞のパーセンテージを決定する前記ステップが、フローサイトメトリーまたは免疫細胞化学法によって行なわれる、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
  6. 底板mesDA前駆細胞を含む前記細胞組成物が、底板mesDA前駆細胞に変換され得る細胞からインビトロ分化プロセスによって産生される、または産生過程にある、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
  7. 底板mesDA前駆細胞に変換され得る前記細胞が、ヒトiPS細胞、ヒト胚幹細胞、またはダイレクトリプログラミングされたヒト体細胞からなる群から選択される、請求項6に記載の方法。
  8. 前記抗原結合分子が抗体またはその抗原結合断片である、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
  9. 抗原FOXA2、OTX2、PAX6、およびNKX6.1に特異的な抗原結合分子を含む、ヒト底板mesDA前駆細胞のタンパク質プロファイルを解析するためのキット。
  10. 抗原Oct3/4に特異的な抗原結合分子をさらに含む、請求項9に記載のキット。
  11. 抗原NKX2.1に特異的な抗原結合分子をさらに含む、請求項9または10に記載のキット。
  12. 抗原KI−67、IAP、およびSOX1に特異的な抗原結合分子をさらに含む、請求項9から11のいずれか一項に記載のキット。
  13. 前記抗原結合分子が抗体またはその抗原結合断片である、請求項9から12のいずれか一項に記載のキット。
  14. 前記抗原結合分子が蛍光色素にコンジュゲートされている、請求項9から13のいずれか一項に記載のキット。
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