JP2020524149A - Ａｐｒｉｌ−ｔａｃｉ間相互作用のモジュレーターを用いた制御性ｔ細胞、制御性ｂ細胞、及び免疫応答の調節方法 - Google Patents

Ａｐｒｉｌ−ｔａｃｉ間相互作用のモジュレーターを用いた制御性ｔ細胞、制御性ｂ細胞、及び免疫応答の調節方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、部分的に、ＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用のモジュレーターを用いた制御性Ｔ細胞、制御性Ｂ細胞、及び免疫応答の調節方法に基づく。対象における制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及び／または制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）の数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、治療上有効量の少なくとも１つの薬剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０１７年６月２０日に出願された米国仮出願第６２／５２２，１６７号、２０１７年１０月１７日に出願された米国仮出願第６２／５７３，２６４号、及び２０１８年５月２９日に出願された米国仮出願第６２／６７７，２６５号の利益を主張するものであり、該出願の各々の内容全体は、この参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
権利に関する陳述
本発明は、国立衛生研究所により授与された助成金第Ｐ５０ ＣＡ１００７０７号及び同第Ｒ０１ ＣＡ０５０９４７号の下で政府の支援を受けて行われた。政府は本発明において一定の権利を有する。
多発性骨髄腫（ＭＭ）の発症及び進行は、宿主免疫を抑制しながら悪性形質細胞（ＰＣ）の成長を促進する、骨髄（ＢＭ）微小環境において進展する遺伝子異常及び変化に関連する。実際、ＭＭは、免疫不全に起因する再発性の感染症、ならびに破骨細胞（ＯＣ）の機能亢進に起因する骨病変を特徴とする。その上、抑制性の免疫微小環境は、薬物耐性及び疾患再発の基礎となる。しかしながら、現在まで、ＭＭ関連の免疫細胞機能不全の制御機構は、特徴が完全に解明されていない。
制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）（慣例ではＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋と定義される）は、免疫の恒常性及び自己寛容を維持する免疫監視機構の必須の構成要素である（Ｓａｋａｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃｅｌｌ １３３：７７５−７８７）。Ｔｒｅｇは、系列により、ＣＤ４＋ＣＤ８＋ Ｔ細胞からの胸腺由来の天然型Ｔｒｅｇ（ｎＴｒｅｇ）及びナイーブＣＤ４＋ Ｔ細胞から誘導される末梢性Ｔｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ）に広く類別される（Ｋｎｕｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５６：２７１−２８５）。後者は、細胞間接触及び／またはサイトカイン依存性機構、すなわちＴＧＦ−β、ＩＬ−１０を介して生成されて、細胞性及び液性免疫応答を阻止する（Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７：５５３−５６１）。ｎＴｒｅｇ及びｉＴｒｅｇの機能はかなり似ており、それらを区別するのは困難である。最近、Ｔｒｅｇは、ＢＭ中の長期生存型のＰＣに関連付けられており、ＰＣ集団の恒常性を制御する上でのそれらの役割がさらに示唆される（Ｚａｒｅｔｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．１８：１９０６−１９１６）。
Ｔｒｅｇの増大が抗腫瘍免疫応答の機能障害に寄与し、固形がん及びＭＭを含む血液がんの免疫逃避及び進行をもたらすことを示す証拠が増えつつある（Ｆｒｉｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ１２：２９８−３０６、Ｔａｎａｋａ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．２７：１０９−１１８、Ｎｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：１−７、Ｋｉｎｉｗａ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１３：６９４７−６９５８、Ｂｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ１０７：３９４０−３９４９、Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．１４４：６８６−６９５、Ｒａｊａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ４７０７７、Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００）。腫瘍細胞は、腫瘍微小環境において、Ｔｒｅｇと正に相互作用して、腫瘍特異的ＣＤ８＋及びＣＤ４＋ Ｔエフェクター細胞機能を阻害し、エフェクター細胞を疲弊させ得る（Ｍａｒａｂｅｌｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２３：２４４７−２４６３、Ｂｕｌｌｉａｒｄ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．９２：４７５−４８０、Ｐａｉｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：１１５１−１１６２、Ａｒｃｅ Ｖａｒｇａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４６：５７７−５８６）。ＭＭ患者において、Ｔ細胞における機能的循環Ｔｒｅｇの比率が増加し、これは疾病負荷及びより高い進行リスクと相関していた（Ｂｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０７：３９４０−３９４９、Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．１４４：６８６−６９５、Ｒａｊａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ４７０７７、Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｇｉａｎｎｏｐｏｕｌｏｓ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １０６：５４６−５５２、Ｒａｊａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ４９４４６）。ＭＭ患者における亢進したＴｒｅｇのレベルまたは数は、腫瘍細胞及び腫瘍バイスタンダー細胞による刺激によってナイーブＣＤ４ Ｔ細胞からもたらされる可能性がある（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｗｈｉｔｅｓｉｄｅ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．１２：１３８３−１３９７、Ａｄｅｅｇｂｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：１９０、Ｆｒａｓｓａｎｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．９５：６５−７４）。エクスビボ共培養物中で示されるように、ＭＭ細胞は、ＴｃｏｎからのｉＴｒｅｇの生成を顕著に誘導する（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｆｒａｓｓａｎｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．９５：６５−７４、Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ３５９８１）。ＣＤ３８発現Ｔｒｅｇ（ｎＴｒｅｇ及びｉＴｒｅｇの両方）がＭＭ患者において同定され、免疫モジュレーターとして特徴評価された（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｋｒｅｊｃｉｋ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：３８４−３９４、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：３１８−３１９）。重要な点として、治療的ＣＤ３８標的化モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、ＣＤ３８発現Ｔｒｅｇを枯渇させ、エフェクターＴ及びＮＫ細胞機能を刺激する（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ８：１１２１６６−１１２１６７、Ｋｒｅｊｃｉｋ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：３８４−３９４）。ＢＭ試料中で過剰発現されたＦｏｘｐ３及びＣＴＬＡ−４は、ＭＭ微小環境における免疫抑制性Ｔｒｅｇの局所蓄積をさらに支持する（Ｂｒａｇａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６３：１１８９−１１９７）。最後に、ＭＭ細胞は、移植マウスモデルにおいて正のフィードバックループを介してＴｒｅｇを直接駆動して、疾患進行及び劣った転帰を促進する（Ｋａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．ＤＯＩ：１０．１１７２／ＪＣＩ８８１６９）。
必要不可欠なＰＣの成長及び生存因子である、増殖誘導リガンド（ＡＰＲＩＬ）は、全てのＭＭ患者の悪性ＰＣにおいて高レベルで発現される最も特異的なＭＭ抗原であるＢ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）に高い親和性で結合する（Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９：２０４８−２０６０、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｌｏｏｄ １２３：３１２８−３１３８）。直近では、新規の免疫療法薬によるＢＣＭＡの標的化が、再発性及び難治性ＭＭにおいて優れた臨床応答を達成した（Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９：２０４８−２０６０、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｌｏｏｄ １２３：３１２８−３１３８、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ７：１１８７−１１９９、Ａｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１６８８−１７００、Ｍｉｋｋｉｌｉｎｅｎｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ １３０：２５９４−２６０２）。ＡＰＲＩＬ／ＢＣＭＡシグナル伝達のインビボでの構成的活性化は、ＭＭ細胞進行及びＭＭ細胞における免疫阻害因子の誘導を促進する（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６）。加えて、ＡＰＲＩＬ欠損ＳＣＩＤマウスにおいてＭＭ細胞成長が顕著に低減され、このことはＡＰＲＩＬが単独でインビボでのＭＭ進行を誘導し得ることを示す（Ｍａｔｔｈｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２９：１９０１−１９０８）。骨髄腫を支持するＯＣは、ＢＭ中でＡＰＲＩＬ（Ｍｏｒｅａｕｘ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０６：１０２１−１０３０、Ｔｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔｏｌ．３９：７７３−７８３、Ｙａｃｃｏｂｙ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２２：４０６−４１３、Ａｂｅ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２０：１３１３−１３１５）及びＰＤ−Ｌ１を産生し（Ａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１５９０−１６０３）、ＯＣはさらに、ＰＤ−Ｌ１を含む免疫チェックポイント分子を介して自己Ｔ細胞増殖を遮断する（Ａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１５９０−１６０３）。しかしながら、ＴｒｅｇがＯＣ誘導性の免疫抑制を媒介するのかどうか、及びＡＰＲＩＬがこれらの過程を制御するのかどうかは未だ知られていない。
ＡＰＲＩＬはまた、膜貫通活性化因子及びカルシウムモジュレーター及びシクロフィリンリガンド相互作用体（ＴＡＣＩ）にも結合し（Ｍａｒｓｔｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌ．１０：７８５−７８８）、このＴＡＣＩは、ＢＣＭＡと比較したとき、患者のＭＭ細胞においてより低いレベルかつ低頻度で発現される（Ｍｏｒｅａｕｘ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０６：１０２１−１０３０、Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６６：６６７５−６６８２）。長期生存型で悪性のＰＣにおいてのみ重要であるが、正常Ｂ細胞においては重要でないＢＣＭＡとは異なり、ＴＡＣＩは、Ｂ細胞応答を負にも正にも制御し得る（Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：６３８−６４３、Ｃａｓｔｉｇｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０１：３５−３９、Ｓａｋｕｒａｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １０９：２９６１−２９６７、Ｔｓｕｊｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１８：５８３２−５８３９、Ｇａｒｃｉａ−Ｃａｒｍｏｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｂｌｏｏｄ １２５：１７４９−１７５８）。ＴＡＣＩ及びＡＰＲＩＬノックアウトマウスによる結果は、血清ＩｇＡ産生におけるそれらの役割を示し（Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：６３８−６４３、ｖｏｎ Ｂｕｌｏｗ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １４：５７３−５８２、Ｃａｓｔｉｇｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０１：３９０３−３９０８、Ｐｌａｎｅｌｌｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ６：３９９−４０８）、ＴＡＣＩは、ＡＰＲＩＬ誘導性ＩｇＡ産生のためにヘパラン硫酸プロテオグリカン（すなわち、ＣＤ１３８）を必要とする（Ｓａｋｕｒａｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １０９：２９６１−２９６７、Ｇｕａｄａｇｎｏｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１７：６８５６−６８６５）。しかしながら、ＡＰＲＩＬが、ＭＭにおいてエフェクターＴ細胞を下方制御するために、ＴＡＣＩを通して免疫制御性Ｔ系列細胞及びＢ系列細胞に直接作用するのかどうかは明確でない。
故に、ＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３高Ｔ細胞等の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は、それらが免疫エフェクター細胞を阻害する故に、免疫応答の重要な制御因子である（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．ＤＯＩ：１０．１１５８／１０７８−０４３２．ＣＣＲ−１６−３１９２、Ｈｏｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９９：１０５７−１０６１、Ｆｏｎｔｅｎｏｔ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：３３０−３３６、Ｖｉｇｎａｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：５２３−５３２、Ｊｏｓｅｆｏｗｉｃｚ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：５３１−５６４、Ｓｈｅｖａｃｈ ａｎｄ Ｔｈｏｒｎｔｏｎ（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５９：８８−１０２、Ｓｍｉｇｉｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５９：４０−５９）。同様に、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂ細胞等の制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）は、それらもまた免疫エフェクター細胞を阻害する故に、免疫応答の重要な制御因子である。特に、Ｂｒｅｇは、主に抗炎症性サイトカインインターロイキン１０（ＩＬ−１０）の産生を通して免疫応答を抑制し、またＣＤ４＋ Ｔ細胞の活性化及び分化も調節する（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．２４：ｅ５４７、Ｒｏｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４２：６０７−６１２）。Ｔｒｅｇ及びＢｒｅｇは自己免疫状態、がん、及び感染症等の多くの疾患に関与するため、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を調節することが所望される（Ｒｏｓｅｎｂｌｕｍ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．４：１２５ｓｒ１２１、Ｃｈａｐｍａｎ ａｎｄ Ｃｈｉ（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６：１２９５−１３１１、Ｂｌｕｅｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２５：２２０−２２６０）。しかしながら、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に調節することは、これらの細胞によって発現され、細胞成長、生存、及び／または阻害性免疫活性に関連する遺伝子及び経路が全般的に、エフェクターＴ細胞等の他の免疫調節細胞の遺伝子及び経路と共有されるため、当該分野における課題となっている。故に、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって選択的に発現される、それらの細胞成長、生存、及び／または阻害性免疫活性を制御する遺伝子及び経路を特定してそれらを標的とし、それによりＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの中でもこれらの特性を選択的に修飾できるようにすることに対する大きな必要性が当該技術分野に存在する。
したがって、腫瘍環境における免疫制御の機構を理解し、この経路においてがんの予防及び治療に有用な遺伝子を特定して標的化することに対する大きな必要性が当該技術分野に存在する。加えて、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって選択的に発現される、それらの細胞成長、生存、及び／または阻害性免疫活性を制御する経路を理解し、特定して、それらを標的化し、それによりＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの中でもこれらの特性を選択的に修飾できるようにすることに対する大きな必要性が当該技術分野に存在する。
Ｓａｋａｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃｅｌｌ １３３：７７５−７８７ Ｋｎｕｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５６：２７１−２８５ Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７：５５３−５６１ Ｚａｒｅｔｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．１８：１９０６−１９１６ Ｆｒｉｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ１２：２９８−３０６ Ｔａｎａｋａ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．２７：１０９−１１８ Ｎｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：１−７ Ｋｉｎｉｗａ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１３：６９４７−６９５８ Ｂｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０７：３９４０−３９４９ Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｂｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．１４４：６８６−６９５ Ｒａｊａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ４７０７７ Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００ Ｍａｒａｂｅｌｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２３：２４４７−２４６３ Ｂｕｌｌｉａｒｄ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．９２：４７５−４８０ Ｐａｉｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：１１５１−１１６２ Ａｒｃｅ Ｖａｒｇａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４６：５７７−５８６ Ｇｉａｎｎｏｐｏｕｌｏｓ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １０６：５４６−５５２ Ｒａｊａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ４９４４６ Ｗｈｉｔｅｓｉｄｅ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．１２：１３８３−１３９７ Ａｄｅｅｇｂｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：１９０ Ｆｒａｓｓａｎｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．９５：６５−７４ Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７：ｅ３５９８１ Ｋｒｅｊｃｉｋ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：３８４−３９４ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：３１８−３１９ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ８：１１２１６６−１１２１６７ Ｂｒａｇａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６３：１１８９−１１９７ Ｋａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．ＤＯＩ：１０．１１７２／ＪＣＩ８８１６９ Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９：２０４８−２０６０ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｌｏｏｄ １２３：３１２８−３１３８ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ７：１１８７−１１９９ Ａｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１６８８−１７００ Ｍｉｋｋｉｌｉｎｅｎｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ １３０：２５９４−２６０２ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６ Ｍａｔｔｈｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２９：１９０１−１９０８ Ｍｏｒｅａｕｘ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０６：１０２１−１０３０ Ｔｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔｏｌ．３９：７７３−７８３ Ｙａｃｃｏｂｙ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２２：４０６−４１３ Ａｂｅ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２０：１３１３−１３１５ Ａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１５９０−１６０３ Ｍａｒｓｔｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌ．１０：７８５−７８８ Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６６：６６７５−６６８２ Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：６３８−６４３ Ｃａｓｔｉｇｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０１：３５−３９ Ｓａｋｕｒａｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １０９：２９６１−２９６７ Ｔｓｕｊｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１８：５８３２−５８３９ Ｇａｒｃｉａ−Ｃａｒｍｏｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｂｌｏｏｄ １２５：１７４９−１７５８ ｖｏｎ Ｂｕｌｏｗ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １４：５７３−５８２ Ｃａｓｔｉｇｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０１：３９０３−３９０８ Ｐｌａｎｅｌｌｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ６：３９９−４０８ Ｇｕａｄａｇｎｏｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１７：６８５６−６８６５ Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．ＤＯＩ：１０．１１５８／１０７８−０４３２．ＣＣＲ−１６−３１９２ Ｈｏｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９９：１０５７−１０６１ Ｆｏｎｔｅｎｏｔ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：３３０−３３６ Ｖｉｇｎａｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：５２３−５３２ Ｊｏｓｅｆｏｗｉｃｚ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：５３１−５６４ Ｓｈｅｖａｃｈ ａｎｄ Ｔｈｏｒｎｔｏｎ（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５９：８８−１０２ Ｓｍｉｇｉｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５９：４０−５９ Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．２４：ｅ５４７ Ｒｏｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４２：６０７−６１２ Ｒｏｓｅｎｂｌｕｍ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．４：１２５ｓｒ１２１ Ｃｈａｐｍａｎ ａｎｄ Ｃｈｉ（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６：１２９５−１３１１ Ｂｌｕｅｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２５：２２０−２２６０
本発明は、少なくとも部分的に、ＡＰＲＩＬがＴＡＣＩとの相互作用を介してがん細胞における免疫抑制を促進するという発見に基づく。例えば、ＴＡＣＩを介したＡＰＲＩＬのシグナル伝達は、Ｔｒｅｇ及びＢｒｅｇの両方の増殖、生存、及び免疫阻害機能を有意に上方制御する。さらに、ＡＰＲＩＬの標的化は、単独で及びＰＤ１／ＰＤ−Ｌ１遮断と一緒になって、腫瘍微小環境におけるＯＣ誘導性の免疫抑制を減少させる。これらの知見は、免疫抑制に打ち勝ち、がん細胞の細胞傷害作用を強化し、患者の転帰を改善するためのＡＰＲＩＬ及び／またはＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用の標的化に向けた枠組みを提供する。
本発明はまた、少なくとも部分的に、ＡＰＲＩＬリガンドの２つの受容体のうちの１つであるＴＡＣＩが、ＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３高Ｔｒｅｇ等の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）によって顕著に発現されるが、一方で、ＣＤ４＋ＣＤ２５− Ｔ細胞等の通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ）は、ＴＡＣＩを目立つほどには発現しないという発見にも基づく。ＢＣＭＡとして知られる、ＡＰＲＩＬリガンドの他方の受容体は、ＴｒｅｇによってもＴｃｏｎによっても発現されない。同様に、制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）もまたＴＡＣＩを発現すると考えられる。ＴＡＣＩを発現する免疫細胞へのＡＰＲＩＬの結合が成長及び生存遺伝子の上方制御につながると考えられ、またＴＡＣＩがＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇによって選択的に発現されるため、ＡＰＲＩＬは、ＴｃｏｎではなくＴｒｅｇ／ＢｒｅｇにおいてＴＡＣＩを優先的に活性化して、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇにおける成長及び生存遺伝子を選択的に上方制御し、それによってＴｃｏｎよりもＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害因子免疫活性を増加させて、強化された阻害性免疫機能をもたらすと考えられる。故に、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ上でのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用を調節することは、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用調節の方向（例、それぞれ、強化するまたは減少させる）に基づいた、選択的修飾（例、強化されるまたは減少される）あるいはＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／またはそれらの阻害因子免疫活性を可能にすると考えられる。
一態様では、対象における制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及び／または制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）の数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、治療上有効量の少なくとも１つの薬剤を対象に投与することを含む、該方法が提供される。
多数の実施形態がさらに提供され、これらは本発明の任意の態様に適用され得、及び／または本明細書に記載される任意の他の実施形態と組み合わされ得る。例えば、一実施形態では、該薬剤は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を下方制御することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が減少される及び／またはＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が減少されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／または１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子（例、ＭＣＬ１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３）の発現が減少される。別の実施形態では、該薬剤は、小分子阻害剤、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ＲＮＡ干渉剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチドもしくはペプチド模倣体阻害剤、アプタマー、または抗体である。依然として別の実施形態では、ＲＮＡ干渉剤は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、またはｐｉｗｉ相互作用性ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）である。なおも別の実施形態では、ＲＮＡ干渉剤は、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）である。別の実施形態では、該薬剤は、ＴＡＣＩ受容体またはＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する遮断抗体またはその抗原結合断片を含む。依然として別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、マウス、キメラ、ヒト化、複合型（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ）、またはヒトである。なおも別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される。別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、細胞傷害性薬剤にコンジュゲートされている。依然として別の実施形態では、細胞傷害性薬剤は、化学療法剤、生物学的薬剤、毒素、及び放射性同位体からなる群から選択される。なおも別の実施形態では、該方法は、ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤を対象に投与することをさらに含む。別の実施形態では、該薬剤は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を上方制御することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が増加される及び／またはＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が増加されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／または１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子（例、ＭＣＬ１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３）の発現が増加される。依然として別の実施形態では、該薬剤は、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドもしくはその断片、ＡＰＲＩＬポリペプチドもしくはその断片、ＴＡＣＩ受容体もしくはＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する活性化抗体もしくはその抗原結合断片、またはＴＡＣＩ受容体及びＡＰＲＩＬリガンドの両方に特異的に結合する抗体をコードする、核酸分子である。なおも別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである。別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される。依然として別の実施形態では、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片は融合タンパク質である。なおも別の実施形態では、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片は、Ｆｃドメインに融合されている。別の実施形態では、該方法は、ＳＴＩＮＧ経路の活性化剤（例、ＳＴＩＮＧアゴニスト）を対象に投与することをさらに含む。依然として別の実施形態では、該方法は、少なくとも１つの免疫療法薬を対象に投与することをさらに含む。なおも別の実施形態では、免疫療法薬は、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される。別の実施形態では、免疫チェックポイントは、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される。依然として別の実施形態では、該薬剤は、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、ｉ）Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性を顕著に調節しない、及び／またはｉｉ）Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生を調節する。なおも別の実施形態では、対象はがんを有し、該薬剤は、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、がんにおける増殖性細胞の数を低減し、及び／またはがん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズを低減し、任意選択で、臨床的有用率、死亡までの生存期間、病理学的完全奏効、病理学的奏効の半定量的尺度、臨床的完全寛解、臨床的部分寛解、臨床的病勢安定、無再発生存期間、無転移生存期間、無病生存期間、循環腫瘍細胞の減少、循環マーカー応答、及びＲＥＣＩＳＴ基準からなる群から選択される少なくとも１つの基準によって測定される、ＡＰＲＩＬリガンドとのＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質を調節する薬剤に対する応答性を決定すること。別の実施形態では、該方法は、がんを治療するための少なくとも１つの追加の治療剤またはレジメンを対象に投与することをさらに含む。依然として別の実施形態では、該薬剤、ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤または活性化剤、免疫療法薬、及び／または少なくとも１つの追加の治療剤は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを含有する微小環境に非全身的に投与される。
別の態様では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、少なくとも１つの薬剤と、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを接触させることを含む、該方法が提供される。
上述したように、多数の実施形態がさらに提供され、これらは本発明の任意の態様に適用され及び／または本明細書に記載される任意の他の実施形態と組み合わされ得る。例えば、一実施形態では、該薬剤は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を下方制御することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が減少される及び／またはＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が減少されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／または１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子（例、ＭＣＬ１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３）の発現が減少される。別の実施形態では、該薬剤は、小分子阻害剤、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ＲＮＡ干渉剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチドもしくはペプチド模倣体阻害剤、アプタマー、または抗体である。依然として別の実施形態では、ＲＮＡ干渉剤は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、またはｐｉｗｉ相互作用性ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）である。なおも別の実施形態では、ＲＮＡ干渉剤は、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）である。別の実施形態では、該薬剤は、ＴＡＣＩ受容体またはＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する遮断抗体またはその抗原結合断片を含む。依然として別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである。なおも別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される。別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、細胞傷害性薬剤にコンジュゲートされている。依然として別の実施形態では、細胞傷害性薬剤は、化学療法剤、生物学的薬剤、毒素、及び放射性同位体からなる群から選択される。なおも別の実施形態では、該方法は、ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤を対象に投与することをさらに含む。別の実施形態では、該薬剤は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を上方制御することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が増加される及び／またはＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が増加されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／または１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子（例、ＭＣＬ１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３）の発現が増加される。依然として別の実施形態では、該薬剤は、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドもしくはその断片、ＡＰＲＩＬポリペプチドもしくはその断片、ＴＡＣＩ受容体もしくはＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する活性化抗体もしくはその抗原結合断片、またはＴＡＣＩ受容体及びＡＰＲＩＬリガンドの両方に特異的に結合する抗体をコードする、核酸分子である。なおも別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである。別の実施形態では、該抗体またはその抗原結合断片は、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される。依然として別の実施形態では、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片は融合タンパク質である。なおも別の実施形態では、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片は、Ｆｃドメインに融合されている。別の実施形態では、該方法は、ＳＴＩＮＧ経路の活性化剤（例、ＳＴＩＮＧアゴニスト）を対象に投与することをさらに含む。依然として別の実施形態では、該方法は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを少なくとも１つの免疫療法薬と接触させることをさらに含む。なおも別の実施形態では、免疫療法薬は、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される。別の実施形態では、免疫チェックポイントは、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される。依然として別の実施形態では、該薬剤は、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、Ｔｃｏｎの存在下でＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇと接触し、ｉ）Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性を顕著に調節しない、及び／またはｉｉ）Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生を調節する。なおも別の実施形態では、該薬剤は、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、Ｔｃｏｎ及びがん細胞の存在下でＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇと接触し、該薬剤は、単独でまたは免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、がんにおける増殖性細胞の数を低減し、及び／またはがん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズを低減する。別の実施形態では、該方法は、がん細胞を少なくとも１つの追加のがん治療剤またはレジメンと接触させることをさらに含む。依然として別の実施形態では、該薬剤、ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤、または免疫療法薬、及び／または少なくとも１つの追加の治療剤は、Ｔｒｅｇ、Ｂｒｅｇ、Ｔｃｏｎ、及び／またはがん細胞とインビトロまたはエクスビボで接触する。
依然として別の態様では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する薬剤についてスクリーニングするための細胞ベースのアッセイであって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを試験薬と接触させることと、試験薬がＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する能力を決定することとを含み、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する試験薬が、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する、該細胞ベースのアッセイが提供される。
上述したように、多数の実施形態がさらに提供され、これらは本発明の任意の態様に適用され及び／または本明細書に記載される任意の他の実施形態と組み合わされ得る。例えば、一実施形態では、接触させる工程は、インビボ、エクスビボ、またはインビトロで起こる。別の実施形態では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇは、ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤または活性化剤と接触させられる。依然として別の実施形態では、ＳＴＩＮＧ経路の活性化剤は、ＳＴＩＮＧアゴニストである。なおも別の実施形態では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇは、少なくとも１つの免疫療法薬と接触させられる。別の実施形態では、免疫療法薬は、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される。依然として別の実施形態では、免疫チェックポイントは、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される。なおも別の実施形態では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇは、Ｔｃｏｎの存在下で、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの試験薬と接触させられ、ｉ）Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性における顕著な調節の欠如、及び／またはｉｉ）Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生の調節が決定される。別の実施形態では、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇは、Ｔｃｏｎ及びがん細胞の存在下で、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の阻害剤もしくは活性化剤、または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの試験薬と接触させられ、増殖性がん細胞の数の低減及び／またはがん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズの低減が決定される。依然として別の実施形態では、がん細胞は、少なくとも１つの追加のがん治療剤またはレジメンとさらに接触させられる。
別の実施形態では、Ｔｒｅｇは、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋、ＣＤ４＋ＦＯＸＰ３＋、及び／またはＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋ Ｔｒｅｇ、例えば、ＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦＯＸＰ３＋ Ｔｒｅｇを含む。別の実施形態では、Ｔｒｅｇは、ＣＤ８＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋ Ｔｒｅｇを含む。依然として別の実施形態では、Ｂｒｅｇは、ＣＤ１９＋ＣＤ２４＋ＣＤ３８＋ Ｂｒｅｇ、例えば、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂｒｅｇを含む。なおも別の実施形態では、Ｔｃｏｎは、ＣＤ４＋ＣＤ２５− Ｔｃｏｎを含む。別の実施形態では、対象は、免疫応答の上方制御が有益であろう病態を有する。依然として別の実施形態では、対象は、がん、ウイルス感染症、細菌感染症、原虫感染症、蠕虫感染症、気道寛容の機能障害に関連する喘息、及び免疫抑制性疾患からなる群から選択される病態を有する。なおも別の実施形態では、対象はがんを有するか、または細胞集団ががん細胞を含む。別の実施形態では、がんは多発性骨髄腫である。依然として別の実施形態では、がんはがんの動物モデルであり、任意選択で、動物モデルはマウスモデルである。なおも別の実施形態では、対象は哺乳動物である。別の実施形態では、哺乳動物はマウスまたはヒトである。依然として別の実施形態では、哺乳動物はヒトである。
Ａｄｕｒｏ Ｂｉｏｔｅｃｈから得た抗ＡＰＲＩＬ遮断抗体０１ＡがＡＰＲＩＬ誘導性及びＯＣ誘導性の多発性骨髄腫（ＭＭ）細胞成長を遮断することを示す。 抗ＡＰＲＩＬモノクローナル抗体がＡＰＲＩＬ誘導性及びＯＣ誘導性のＭＭ細胞成長を用量依存的様態で遮断することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ抗体０１Ａが、親ＲＰＭＩ８２２６細胞におけるＡＰＲＩＬ誘導性細胞増殖の遮断と比較したとき、ＡＰＲＩＬ発現ＭＭ細胞の成長を強力に阻害することを示す。ＡＰＲＩＬ及び抗ＡＰＲＩＬは、Ａｄｉｐｏｇｅｎからのものである。 抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂがＡＰＲＩＬ発現ＭＭ細胞成長を強力に阻害することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ遮断抗体Ｃ４がＡＰＲＩＬ発現ＭＭ細胞の増殖を０１Ａよりも強力に遮断することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ遮断抗体Ｃ４がＡＰＲＩＬ誘導性のＭＭ細胞成長を０１Ａよりも強力に選択的に阻害することを示す。 ＭＭ細胞におけるＡＰＲＩＬのプレインキュベーションがダラツムマブ（Ｄａｒａ）によるＭＭ細胞溶解を保護し、それによって、抗ＡＰＲＩＬ薬剤とＤａｒａとの治療的組み合わせが指示されることを示す。 ＡＰＲＩＬがＪ６Ｍ０誘導性のＭＭ１Ｓ細胞溶解を用量依存的様態で阻止し、それによって、抗ＡＰＲＩＬ剤とＢＣＭＡ関連免疫療法薬との治療的組み合わせが指示されることを示す。Ｊ６Ｍ０は、ＢＣＭＡ特異的抗ＴＮＦＲＳＦ１７抗体である。 ＡＰＲＩＬがＪ６Ｍ０誘導性のＭＭ１Ｓ細胞溶解を用量依存的様態で阻止し、それによって、抗ＡＰＲＩＬ剤とＢＣＭＡ関連免疫療法薬との治療的組み合わせが指示されることをさらに示す。 Ｃ４（０１Ａ）が、レナリドマイド／ポマリドミド等の現在の抗ＭＭ治療に感受性のあるＭＭ細胞及び耐性のＭＭ細胞の、ＡＰＲＩＬにより遮断されるＪ６Ｍ０誘導性溶解に打ち勝つことを示す。 Ｃ４／０１Ａで前処理されたＰＢＭＣエフェクター細胞を用いたＪ６Ｍ０誘導性ＡＤＣＣを示す。 Ｃ４が、ＡＤＣＣアッセイの間に添加されたとき、抗ＢＣＭＡ ｍＡｂ誘導性のＭＭ細胞溶解を変化させなかったことを示す。 ＴＡＣＩが、同じＭＭ患者由来の自己Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいて差次的に発現されることを示す。参照のために、自己Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいて差次的に発現される他の遺伝子（ＩＬ−１０、ＣＤ３８、Ｆｏｘｐ３、ＣＴＬＡ−４、及びＴＧＦβ）の発現もまた示される（また、Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．７：ｅ５４７も参照されたい）。示されるＴｒｅｇ関連転写物のレベルをＴＡＣＩとともに患者試料中で検査した。 ＴＡＣＩが、自己Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいて差次的に発現されることを示す。異なるドナー（ＭＭ患者）由来のＣＤ３ Ｔ細胞（Ｔ）を用いてＴｒｅｇをＴｃｏｎから分離し、続いてＲＮＡ抽出を行って、ＴＡＣＩ転写物をｑＲＴ−ＰＣＲによって定量した。Ｆｏｘｐ３、ＣＴＬＡ−４、及びＴＧＦβは、Ｔｒｅｇを特定するための対照遺伝子としての役目を果たす。発現レベルを内部対照ＧＡＰＤＨによって正規化した後、Ｔｒｅｇ対Ｔｃｏｎにおける相対的発現レベルが示される。ＳＬＡＭＦ７は、自己設定においてＴｒｅｇと対比してＴｃｏｎにおいてより高度に有意に発現される。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＴＡＣＩタンパク質が、同じ個々の患者由来の骨髄及び末梢血区画のＴｃｏｎと比較してＴｒｅｇの表面上で有意により高いことを示す。９人のＭＭ患者由来のＴｒｅｇ対ペアのＴｃｏｎについてのＴＡＣＩ ＭＦＩが示される。 ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎと対比してＴＡＣＩ発現ＴｒｅｇにおいてＩＬ−１０発現を誘導することを示す。 ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎと対比してＴＡＣＩ発現ＴｒｅｇにおいてＢｃｌ２及びＢｃｌ−ｘＬの発現を誘導し、かかる発現の誘導がアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。精製したＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎ（ｎ＝５）をＡＰＲＩＬとともに種々の時間枠にわたってインキュベートした。次いでｑＲＴ−ＰＣＲを用いてＢＣＬ２及びＢＣＬ２Ｌ１の発現レベルを決定し、内部対照ＧＡＰＤＨによって正規化した。遮断性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、Ａ２）をＡＰＲＩＬ含有培地に添加して６時間及び１日置いた。対照（ｃｎｔ）、対照培地；Ａ２、クローンＡｐｒｉｌｙ−１−１。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎと対比してＴＡＣＩ発現ＴｒｅｇにおいてＣＣＮＤ１及びＣＣＮＤ２の発現を誘導し、かかる発現の誘導がアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。精製したＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎ（ｎ＝５）をＡＰＲＩＬとともに種々の時間枠にわたってインキュベートした。次いでｑＲＴ−ＰＣＲを用いてＣＣＮＤ１及びＣＣＮＤ２の発現レベルを決定し、内部対照ＧＡＰＤＨによって正規化した。遮断性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、Ａ２）をＡＰＲＩＬ含有培地に添加して６時間及び１日置いた。対照、対照培地；Ａ２、クローンＡｐｒｉｌｙ−１−１。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎと対比してＴＡＣＩ発現ＴｒｅｇにおいてＰＤ−Ｌ１の発現を誘導することを示す。 ＩＬ−１０が、Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいてＡＰＲＩＬにより優先的に誘導され、Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいてより高いＴＡＣＩに関連することを示す。 ＡＰＲＩＬがＴｒｅｇにおいて免疫制御及び抑制遺伝子を選択的に誘導するが、ペアのＴｃｏｎにおいては誘導しないことを示す。具体的には、ＡＰＲＩＬは、Ｆｏｘｐ３、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、及びＴＧＦβ１の発現を誘導し、かかる発現の誘導は、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止される。同じ個体（ｎ＝５）から新たに精製したＴｒｅｇ及びＴｃｏｎ細胞をＡＰＲＩＬとともに、単独で（左）またはアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、Ａ２；右）の存在下で、示される時間枠にわたってインキュベートした。対照、対照培地。示される遺伝子のｑＲＴ−ＰＣＲによる発現レベルを内部対照ＧＡＰＤＨ及び１８Ｓによって正規化した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがエクスビボ共培養物中でＣＤ４＋及びＣＤ８＋サブセットにおいてＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇを選択的に強化し、これが抗ＡＰＲＩＬ抗体によって遮断されることを示す。マイトマイシンＣで前処理されたＵ２６６またはＲＰＭＩ８２２６ ＭＭ細胞を洗浄し、ＡＰＲＩＬの存在下でＴ細胞と３日間及び７日間共培養した。中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１またはＡ２）もまた示されるように添加した。ＣＤ４ Ｔ細胞中でゲートをかけたＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇのパーセンテージをフローサイトメトリー分析によって決定した。ＴｃｏｎをＣｅｌｌ Ｔｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）で前染色し、ＡＰＲＩＬ含有培地中、Ｕ２６６ ＭＭ細胞と共培養した。ＣＴＶ希釈ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋）（ｎ＝４）のパーセンテージ及び代表的な実験のドットプロットが示される。ＣＤ８ Ｔ細胞中でゲートをかけたｉＴｒｅｇのパーセンテージもまた上記と同じ共培養物中で測定した。追加の代表的な実験のドットプロットにより、増殖性ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋）がＵ２６６ ＭＭ細胞によって０から４．１７％に誘導されたことが示され、これはＡＰＲＩＬによって４．１７から８．０２％にさらに強化された。ＣＴＶ希釈ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋）のパーセンテージが示される。ＣＤ４＋ Ｔ中の休止ｉＴｒｅｇ対増殖性ｉＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎ（ｎ＝３）のパーセンテージを上記のように示される条件下で決定した。ＡＰＲＩＬは、ＭＭ細胞によって誘導されるＣＴＶ−ＣＤ４＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇ％を選択的に増加させた。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがエクスビボ共培養物中でＣＤ４＋及びＣＤ８＋サブセットにおいてＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇを選択的に強化し、これが抗ＡＰＲＩＬ抗体によって遮断されることを示す。マイトマイシンＣで前処理されたＵ２６６またはＲＰＭＩ８２２６ ＭＭ細胞を洗浄し、ＡＰＲＩＬの存在下でＴ細胞と３日間及び７日間共培養した。中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１またはＡ２）もまた示されるように添加した。ＣＤ４ Ｔ細胞中でゲートをかけたＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇのパーセンテージをフローサイトメトリー分析によって決定した。ＴｃｏｎをＣｅｌｌ Ｔｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）で前染色し、ＡＰＲＩＬ含有培地中、Ｕ２６６ ＭＭ細胞と共培養した。ＣＴＶ希釈ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋）（ｎ＝４）のパーセンテージ及び代表的な実験のドットプロットが示される。ＣＤ８ Ｔ細胞中でゲートをかけたｉＴｒｅｇのパーセンテージもまた上記と同じ共培養物中で測定した。追加の代表的な実験のドットプロットにより、増殖性ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋）がＵ２６６ ＭＭ細胞によって０から４．１７％に誘導されたことが示され、これはＡＰＲＩＬによって４．１７から８．０２％にさらに強化された。ＣＴＶ希釈ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋）のパーセンテージが示される。ＣＤ４＋ Ｔ中の休止ｉＴｒｅｇ対増殖性ｉＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎ（ｎ＝３）のパーセンテージを上記のように示される条件下で決定した。ＡＰＲＩＬは、ＭＭ細胞によって誘導されるＣＴＶ−ＣＤ４＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇ％を選択的に増加させた。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ０１Ａが、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋サブセットにおいてＡＰＲＩＬにより増加する、ＭＭ細胞によって誘導されるｉＴｒｅｇを遮断することを示す。 ＡＰＲＩＬがＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇを上方制御し、これが遮断性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂによって遮断されることを示す。ＪＪＮ３及びＵ２６６ ＭＭ細胞を各々、ＣＤ３ Ｔと４日間共培養した。ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞のうちのｉＴｒｅｇの比率（％）を決定した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬが、エクスビボ共培養物中でＴｃｏｎ増殖のｉＴｒｅｇによる抑制をさらに促進し、Ｔｃｏｎ増殖の抑制が、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体（Ａ１またはＡ２）によって抑止されることを示す。ＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇを共培養物から精製し、ＣＦＳＥ希釈アッセイに供して、示される条件下で自己Ｔｃｏｎ増殖の割合を決定した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇにおいて免疫抑制マーカーを選択的に誘導することを示す。具体的には、ＡＰＲＩＬは、ＭＭ誘導性ｉＴｒｅｇ（ＣＤ４＋）及びｉＴｒｅｇ（ＣＤ８＋）においてＩＬ−１０、ＴＧＦβ、及びＣＤ１５ｓの遺伝子発現を誘導する。可能性のある３つのＴｒｅｇ抑制マーカーをＣＤ４＋ ｉＴｒｅｇにおいてＡＰＲＩＬの存在または不在下で評定した（上部パネル）。ＩＬ−１０及びＣＤ１５ｓをまた同じ培養物からのＣＤ８＋ ｉＴｒｅｇにおいても評価した（下部パネル）。ＴＧＦβレベルをまた同じ共培養物中の共培養物の上清中でＥＬＩＳＡによって決定した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＯＣが共培養物中でＭＭ細胞によるｉＴｒｅｇ誘導をさらに上方制御することを示す。 ＯＣが共培養物中で、細胞間接触を介してかつＡＰＲＩＬ依存的様態で、ＭＭ細胞によるｉＴｒｅｇ誘導をさらに上方制御することを示す。ｉＴｒｅｇ誘導は、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止される。破骨細胞（ＯＣ）をＭ−ＣＳＦ及びＲＡＮＫＬでの３週間の刺激に次いで、ＣＤ１４＋細胞から分化させ、次いで抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、１０μｇ／ｍｌ）の存在または不在下で自己Ｔ細胞と７日間共培養した。ｉＴｒｅｇの生成を、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞中でＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋にゲートをかけることによって決定した。ＣＤ３ Ｔ細胞を同じドナー由来のＯＣと７日間共培養した。フローサイトメトリー分析を用いて、同じ共培養物中でＣＤ４＋またはＣＤ８＋ Ｔ細胞中のＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇのパーセンテージもまた決定した。注記される場合、Ａ１（５０μｇ／ｍｌ）を添加した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＯＣ培養上清がＭＭ細胞によるｉＴｒｅｇ誘導を上方制御し、これがアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって特異的に遮断されることを示す。破骨細胞（ＯＣ）をＭ−ＣＳＦ及びＲＡＮＫＬでの３週間の刺激に次いで、ＣＤ１４＋細胞から分化させ、次いで抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、１０μｇ／ｍｌ）の存在または不在下で自己Ｔ細胞と７日間共培養した。ｉＴｒｅｇの生成を、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞中でＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋にゲートをかけることによって決定した。ＣＤ３ Ｔ細胞を同じドナー由来の３週間のＯＣ培養物からの上清（Ｓ）中で７日間培養した。フローサイトメトリー分析を用いて、同じ共培養物中でＣＤ４＋またはＣＤ８＋ Ｔ中のＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ ｉＴｒｅｇのパーセンテージもまた決定した。注記される場合、Ａ１またはＡ２（５０μｇ／ｍｌ）を添加した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 Ｔｃｏｎ増殖が自己ＯＣとの共培養によって阻害されることを示す。この阻害は、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって、ならびにより高い程度で抗ＡＰＲＩＬ抗体、抗ＰＤ１抗体、及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体の組み合わせによって抑止される。ＣＦＳＥで前染色したＣＤ３ Ｔ細胞を同じドナー由来のＯＣと、示される条件下で７日間共培養し、続いてフローサイトメトリー分析を行って、増殖性Ｔｃｏｎの割合を決定した。注記される場合、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ、Ａ１もしくはＡ２（５０μｇ／ｍｌ）または抗（α）−ＰＤ−１抗（α）−ＰＤ−Ｌ１ ｍＡｂ（１０μｇ／ｍｌ）を添加した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇをエクスビボで増加させ、これが遮断性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂによって遮断されることを示す。 図２３Ａは、ＡＰＲＩＬが、ＴＡＣＩを介して、マッチさせたＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇを有意に保護することを示す。ＡＰＲＩＬは、同じ個体において、Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇの成長及び生存率を優先的に増加させ、Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいてより高いＴＡＣＩに関連する。Ｔｒｅｇの成長及び生存率におけるＡＰＲＩＬ依存性の増加は、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止される。同じ患者由来の精製したＴｒｅｇ及びＴｃｏｎ細胞を、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、クローン０１Ａ）を含むまたは含まない低用量ＩＬ−２（５ｎｇ／ｍｌ）を含有する培地中、組換えヒトＡＰＲＩＬとともにインキュベートし、続いて発光細胞生存率ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（ＣＴＧ）及び［３Ｈ］チミジン取り込みアッセイを行った。時間経過解析（右パネル）のために、Ｔｃｏｎ及びＴｒｅｇサブセットを正常ドナーから新たに分離した。精製したＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎをＡＰＲＩＬ（２００ｎｇ／ｍｌ）とともに４日間及び７日間インキュベートし、続いてＣＴＧベースの生存アッセイ及びｃｐｍベースの増殖アッセイを行った。中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、Ａ２）を添加した。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。図２３Ｂは、ＡＰＲＩＬが、ＭＭ患者の自己Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいてカスパーゼ３／７及びカスパーゼ８活性を阻害し、かかる阻害がアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。同じ患者由来の精製したＴｒｅｇ及びＴｃｏｎ細胞を、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、クローン０１Ａ）を含むまたは含まない低用量ＩＬ−２（５ｎｇ／ｍｌ）を含有する培地中、組換えヒトＡＰＲＩＬとともにインキュベートし、続いてＣＴＧベースのカスパーゼ活性アッセイを行った。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 図２３Ａは、ＡＰＲＩＬが、ＴＡＣＩを介して、マッチさせたＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇを有意に保護することを示す。ＡＰＲＩＬは、同じ個体において、Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇの成長及び生存率を優先的に増加させ、Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいてより高いＴＡＣＩに関連する。Ｔｒｅｇの成長及び生存率におけるＡＰＲＩＬ依存性の増加は、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止される。同じ患者由来の精製したＴｒｅｇ及びＴｃｏｎ細胞を、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、クローン０１Ａ）を含むまたは含まない低用量ＩＬ−２（５ｎｇ／ｍｌ）を含有する培地中、組換えヒトＡＰＲＩＬとともにインキュベートし、続いて発光細胞生存率ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（ＣＴＧ）及び［３Ｈ］チミジン取り込みアッセイを行った。時間経過解析（右パネル）のために、Ｔｃｏｎ及びＴｒｅｇサブセットを正常ドナーから新たに分離した。精製したＴｒｅｇ及びペアのＴｃｏｎをＡＰＲＩＬ（２００ｎｇ／ｍｌ）とともに４日間及び７日間インキュベートし、続いてＣＴＧベースの生存アッセイ及びｃｐｍベースの増殖アッセイを行った。中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、Ａ２）を添加した。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。図２３Ｂは、ＡＰＲＩＬが、ＭＭ患者の自己Ｔｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいてカスパーゼ３／７及びカスパーゼ８活性を阻害し、かかる阻害がアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。同じ患者由来の精製したＴｒｅｇ及びＴｃｏｎ細胞を、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、クローン０１Ａ）を含むまたは含まない低用量ＩＬ−２（５ｎｇ／ｍｌ）を含有する培地中、組換えヒトＡＰＲＩＬとともにインキュベートし、続いてＣＴＧベースのカスパーゼ活性アッセイを行った。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬがＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂｒｅｇを増加させて、ＩＬ−１０をさらに分泌させ、これが抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂによって阻害されることを示す。ＭＭ ＢＭ由来の制御性Ｂ細胞は、ＴＡＣＩを発現して、ＡＰＲＩＬ誘導性のＩＬ−１０産生を特異的に媒介する。ＭＭ患者由来の骨髄単核細胞（ＢＭＭＣ）を、抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂの存在下でＡＰＲＩＬとともに７日間インキュベートした。Ｂｒｅｇ及びＩＬ−１０＋ Ｂｒｅｇ（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高）のパーセンテージを、フローサイトメトリー分析を用いて決定した。左パネルは、代表的な実験のドットブロットを示す。＊ｐ＜０．０２、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＴＡＣＩが、ナイーブＢ細胞または記憶Ｂ細胞（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８低）と比較して、ＢＭ由来のＢｒｅｇ（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高）の表面上で高度に発現され、Ｂｒｅｇ上でのＴＡＣＩのこの高発現が、ＢｒｅｇからのＩＬ−１０産生を誘導するリポ多糖類（ＬＰＳ）の処理によってさらに強化されることを示す。ＭＭ患者から単離したＢＭ単核細胞をＬＰＳで処理し、ＴＡＣＩレベルを、示されるＢ細胞サブセット、すなわち、Ｂ制御性細胞（Ｂｒｅｇ）（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高として定義される）、ナイーブＢ細胞（ＣＤ１９＋ＣＤ３８中ＣＤ２４中として定義される）、及び記憶Ｂ細胞（ＣＤ１９＋ＣＤ２４−ＣＤ３８低／−として定義される）において検査した。中（ｉｎｔ）、中間；ＬＰＳ、リポ多糖。＊ｐ＜０．０２。 ＡＰＲＩＬが、ＣＦＳＥ希釈割合のパーセンテージの増加に基づいてＴｒｅｇの増殖を直接誘導することを示す。 ＡＰＲＩＬが、Ｔ細胞またはＴｃｏｎとのＭＭ細胞のエクスビボ共培養物中で、ＣＤ４＋及びＣＤ４＋ Ｔ細胞サブセットにおいて骨髄腫細胞誘導性Ｔｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ）を誘導することを示す。 ＡＰＲＩＬが、自己Ｔｃｏｎ増殖のＴｒｅｇによる抑制をＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎ比、用量、及び時間依存的様態でさらに促進し、Ｔｃｏｎ増殖の抑制が、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。精製したＴｃｏｎを５μＭのＣＦＳＥで染色し、次いで、ＡＰＲＩＬ（２００ｎｇ／ｍｌ）を含めてまたは含めずに、示されるＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎの比で、自己Ｔｒｅｇの存在または不在下においてＣＤ３／ＣＤ２８ビーズ（ビーズ）で刺激した。ビーズで刺激したＴｃｏｎを、ＡＰＲＩＬの段階希釈物（μｇ／ｍｌ）中、２つのより低いＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎの比で自己Ｔｒｅｇと４日間及び７日間共培養した。Ｔｃｏｎを、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（μｇ／ｍｌ）の存在または不在下で、ＡＰＲＩＬ（μｇ／ｍｌ）を含めて、低いＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎ比でＴｒｅｇと４日間及び７日間共培養した。Ｃ１、Ａ１（０１Ａ）のキメラホモログ。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＡＰＲＩＬが、自己Ｔｃｏｎ増殖のＴｒｅｇによる抑制をＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎ比、用量、及び時間依存的様態でさらに促進し、Ｔｃｏｎ増殖の抑制が、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ抗体によって抑止されることを示す。精製したＴｃｏｎを５μＭのＣＦＳＥで染色し、次いで、ＡＰＲＩＬ（２００ｎｇ／ｍｌ）を含めてまたは含めずに、示されるＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎの比で、自己Ｔｒｅｇの存在または不在下においてＣＤ３／ＣＤ２８ビーズ（ビーズ）で刺激した。ビーズで刺激したＴｃｏｎを、ＡＰＲＩＬの段階希釈物（μｇ／ｍｌ）中、２つのより低いＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎの比で自己Ｔｒｅｇと４日間及び７日間共培養した。Ｔｃｏｎを、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（μｇ／ｍｌ）の存在または不在下で、ＡＰＲＩＬ（μｇ／ｍｌ）を含めて、低いＴｒｅｇ／Ｔｃｏｎ比でＴｒｅｇと４日間及び７日間共培養した。Ｃ１、Ａ１（０１Ａ）のキメラホモログ。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ０１Ａが、ＢＣＭＡを介したＡＰＲＩＬ誘導性のＭＭ細胞増殖を特異的に阻害することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂが、ＡＰＲＩＬ誘導性のＭＭ細胞増殖を選択的に遮断することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ及び０１Ａが、ＢＣＭＡを介したＡＰＲＩＬ誘導性のＭＭ細胞増殖を選択的に遮断することを示す。 抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ及びＣ４／０１Ａが、ＡＰＲＩＬ誘導性のＭＭ細胞増殖を選択的に遮断することを示す。 ＡＰＲＩＬが、Ｔｃｏｎ増殖のＴｒｅｇ媒介性抑制を時間依存的様態でさらに促進することを示す。 ＴＡＣＩ表面発現がＴ細胞サブセットの間で様々であり、このうち最も高いのがＭＭ患者試料のＣＤ４＋（またはＣＤ８＋）ＣＤ２５高、続いてＣＤ４＋（またはＣＤ８＋）ＣＤ２５低及びＣＤ４＋（またはＣＤ８＋）ＣＤ２５−／陰性細胞であることを示す。フローサイトメトリー分析を用いて、ＭＭ患者（ｎ＝４７）由来のＰＢ及びＢＭ区画のＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞の示されるサブセットにおいてＴＡＣＩタンパク質レベルを測定した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＴＡＣＩタンパク質レベルが、ＣＤ４＋（またはＣＤ８＋）ＣＤ２５− Ｔｃｏｎと比較したとき、ＭＭ患者のＣＤ４＋（またはＣＤ８＋）ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇにおいて有意に亢進することを示す。フローサイトメトリー分析を用いて、ＭＭ患者（ｎ＝４７）由来のＰＢ及びＢＭ区画のＣＤ４＋ Ｔ細胞の示されるサブセットにおいてＴＡＣＩの蛍光強度の中央値（ＭＦＩ）を決定した。ＴＡＣＩタンパク質レベルは、制御性Ｔサブセット（Ｔｒｅｇ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋）、続いてＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３−サブセット上で最も高い。通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ、ＣＤ４＋ＣＤ２５−）におけるＴＡＣＩ ＭＦＩは、アイソタイプ対照Ａｂと同様である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＴＡＣＩレベルが、ＭＭ患者のペアの末梢血及び骨髄区画のＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−ＩＬ１０−細胞と比較したとき、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋ＩＬ１０＋ Ｔ細胞サブセットにおいて有意により高いことを示す。フローサイトメトリー分析を用いて、ＭＭ患者（ｎ＝４７）由来のＰＢ及びＢＭ区画のＣＤ４＋ Ｔ細胞の示されるサブセットにおいてＴＡＣＩタンパク質レベルを測定した。ＩＬ−１０及びＦｏｘｐ３のレベルに基づいてＣＤ４＋ Ｔサブセットのパーセンテージ及びＴＡＣＩ ＭＦＩを決定した。ＴＡＣＩレベルは、ＭＭ患者のＰＢ及びＢＭ中のＣＤ４＋ＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３＋サブセットにおいて最も高い。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＴＡＣＩレベルが、ＭＭ患者のペアの末梢血及び骨髄区画のＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−ＩＬ１０−細胞と比較したとき、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３高ＩＬ１０高Ｔ細胞サブセットにおいて有意により高いことを示す。フローサイトメトリー分析を用いて、ＭＭ患者（ｎ＝４７）由来のＰＢ及びＢＭ区画のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ ＴｒｅｇのうちのＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３高サブセットにおいて、ＩＬ−１０及びＴＡＣＩタンパク質のレベルを測定した。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。
ヒストグラムを含むあらゆる図に関して、各々目立たない（ｄｉｓｃｒｅｅｔ）測定値についての左から右へのバーは、示されるような図の凡例中の上から下への図のボックスに対応することに留意されたい。
制御性Ｔ及びＢ細胞は免疫応答を負に阻害し、免疫応答を調節するための有用な標的である。しかしながら、免疫細胞集団によって選択的に発現される遺伝子及び経路を特定し、免疫細胞集団のサブセットの免疫細胞数及び／または免疫活性を選択的に調節するためにかかる遺伝子及び経路を修飾することは困難となっている。本明細書において、ＡＰＲＩＬリガンドの受容体であるＴＡＣＩが、ＣＤ４＋ＣＤ２５− Ｔ細胞等の通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ）と比較したとき、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇ、及びＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３高Ｔｒｅｇ等のＴｒｅｇ上で顕著に発現されることが決定された。また、本明細書において、ＴＡＣＩが、ＣＤ８＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇ上で顕著に発現されることも決定された。また、ＢｒｅｇがＴｒｅｇのようにＴＡＣＩを選択的に発現するとも考えられている。ＴＡＣＩを発現する免疫細胞へのＡＰＲＩＬの結合が成長及び生存遺伝子の上方制御につながると考えられ、またＴＡＣＩがＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇによって選択的に発現されるため、ＡＰＲＩＬは、ＴｃｏｎではなくＴｒｅｇ／ＢｒｅｇにおけるＴＡＣＩを優先的に活性化して、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇにおける成長及び生存遺伝子を選択的に上方制御し、それによってＴｃｏｎよりもＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を増加させて、強化された阻害性免疫機能をもたらすと考えられる。故に、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ上のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用を調節することは、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用調節の質（例、それぞれ、強化するまたは減少させる）に基づいた、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾（例、強化されるまたは減少される）を可能にすると考えられる。
したがって、本発明は、部分的に、対象における制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及び／または制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）の数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、治療上有効量の少なくとも１つの薬剤を対象に投与することを含む、該方法に関する。別の態様では、本発明は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、少なくとも１つの薬剤と、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを接触させることを含む、該方法を提供する。依然として別の態様では、本発明は、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する薬剤についてスクリーニングするための細胞ベースのアッセイであって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを試験薬と接触させることと、試験薬がＴｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する能力を決定することとを含み、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する試験薬が、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する、該細胞ベースのアッセイを提供する。本発明の多数の他の態様及び実施形態が下記に記載される。
Ｉ．定義
冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書で、その冠詞の文法的対象の１つまたは１つよりも多く（すなわち、少なくとも１つ）を指すように使用される。例として、「（ａｎ）要素」とは、１つの要素または１つよりも多くの要素を意味する。
「投与すること」という用語は、薬剤がその意図される機能を果たすことを可能にする投与経路を含むことを意図する。身体の治療のために用いることができる投与経路の例としては、注射（皮下、静脈内、非経口、腹腔内、髄腔内等）、経口、吸入、及び経皮経路が挙げられる。注射はボーラス注射であり得るか、または持続注入であり得る。投与経路に応じて、薬剤は、それが意図される機能を果たす能力に有害な影響を及ぼし得る自然条件からそれを保護するために、選択の材料でコーティングされ得るか、またはその中に配置され得る。薬剤は、単独で、または薬学的に許容される担体と併せて投与されてもよい。薬剤はまたプロドラッグとして投与されてもよく、このプロドラッグはインビボでその活性型に変換される。
「変化した量」または「変化したレベル」という用語は、バイオマーカー核酸の増加したまたは減少したコピー数（例、生殖細胞及び／または体細胞）、例えば、対照試料中でのバイオマーカー核酸の発現レベルまたはコピー数と比較して、がん試料中での増加したまたは減少した発現レベルを指す。バイオマーカーの「変化した量」という用語はまた、正常な対照試料中での対応するタンパク質レベルと比較して、試料、例えばがん試料中でのバイオマーカータンパク質の増加したまたは減少したタンパク質レベルも含む。さらに、バイオマーカータンパク質の変化した量は、マーカーのメチル化状態等、バイオマーカータンパク質の発現または活性に影響を及ぼし得る翻訳後修飾を検出することによって決定されてもよい。
対象におけるバイオマーカーの量は、バイオマーカーの量が、正常または対照レベルよりも、量を評定するのに採用されるアッセイの標準誤差を超える量だけ、好ましくは、その量よりも少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、３５０％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、それぞれ多いかまたは少ない場合、バイオマーカーの正常量よりも「有意に」高いかまたは低い。代替的に、対象におけるバイオマーカーの量は、その量が、バイオマーカーの正常及び／または対照量よりも、少なくとも約２、好ましくは少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１０５％、１１０％、１１５％、１２０％、１２５％、１３０％、１３５％、１４０％、１４５％、１５０％、１５５％、１６０％、１６５％、１７０％、１７５％、１８０％、１８５％、１９０％、１９５％、２倍、３倍、４倍、５倍、もしくはそれを超えて、またはそれらの間の任意の範囲、例えば、５％〜１００％、それぞれ高いかまたは低い場合、正常及び／または対照量よりも「有意に」高いかまたは低いと見なされ得る。かかる顕著な調節値は、変化した発現レベル、変化した活性、がん細胞の過剰増殖成長における変化、がん細胞死における変化、バイオマーカー阻害における変化、試験薬の結合における変化等、本明細書に記載される任意の計量に適用することができる。
バイオマーカーの「変化した発現レベル」という用語は、発現またはコピー数を評定するのに採用されるアッセイの標準誤差を超えるかまたはそれ未満であり、好ましくは、対照試料（例、関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現レベルまたはコピー数、好ましくは、いくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルまたはコピー数の、少なくとも２倍、より好ましくは３倍、４倍、５倍、または１０倍以上である、試験試料、例えばがんを患う患者に由来する試料中での、バイオマーカーの発現レベルまたはコピー数を指す。変化した発現レベルは、発現またはコピー数を評定するのに採用されるアッセイの標準誤差を超えるかまたはそれ未満であり、好ましくは、対照試料（例、関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現レベルまたはコピー数、好ましくはいくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルまたはコピー数の、少なくとも２倍、より好ましくは３倍、４倍、５倍、または１０倍以上である。
バイオマーカーの「変化した活性」という用語は、正常な対照試料中でのバイオマーカーの活性と比較して、疾患状態で、例えばがん試料中で増加したまたは減少したバイオマーカーの活性を指す。バイオマーカーの変化した活性は、例えば、バイオマーカーの変化した発現、バイオマーカーの変化したタンパク質レベル、バイオマーカーの変化した構造、あるいは、例えば、当該バイオマーカーと同じもしくは異なる経路に関与する他のタンパク質との変化した相互作用または転写活性化剤もしくは阻害剤との変化した相互作用の結果であってもよい。
バイオマーカーの「変化した構造」という用語は、バイオマーカー核酸またはタンパク質内での変異またはアレルバリアント、例えば、正常または野生型遺伝子またはタンパク質と比較して、バイオマーカー核酸またはタンパク質の発現または活性に影響を及ぼす変異の存在を指す。例えば、変異には、置換、欠失、または付加変異が含まれるが、これらに限定されない。変異は、バイオマーカー核酸のコード領域または非コード領域に存在し得る。
本明細書で別途明記されない限り、「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ）」及び「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」という用語は、天然型の抗体（例、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ）及び組換え抗体、例えば、１本鎖抗体、キメラ及びヒト化抗体及び多重特異性抗体、ならびに前述のものの全ての断片及び誘導体（そのような断片及び誘導体は少なくとも抗原結合部位を有する）を広く包含する。抗体誘導体は、抗体にコンジュゲートされたタンパク質または化学部分を含んでもよい。
加えて、イントラボディ（ｉｎｔｒａｂｏｄｉｅｓ）は、抗体の特質を有するが、目的とする細胞内標的に結合する及び／またはそれを阻害するために細胞内で発現させることが可能である、周知の抗原結合分子である（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５：５９５−６０１）。１本鎖抗体（ｓｃＦｖｓ）の使用、超安定性に向けた免疫グロブリンＶＬドメインの修飾、還元的な細胞内環境に耐えるような抗体の修飾、細胞内安定性を増加させる及び／または細胞内局在を調節する融合タンパク質の生成等といった、細胞内部分を標的とする（例、阻害する）ように抗体を適合させる方法が、当該技術分野で周知である。細胞内抗体はまた、例えば、予防及び／または治療目的で（例、遺伝子療法として）、多細胞生物の１つまたは複数の細胞、組織、または臓器に導入し、そこにおいて発現させることができる（少なくともＰＣＴ公開ＷＯ０８／０２００７９、ＷＯ９４／０２６１０、ＷＯ９５／２２６１８、及びＷＯ０３／０１４９６０、米国特許第７，００４，９４０号、Ｃａｔｔａｎｅｏ ａｎｄ Ｂｉｏｃｃａ（１９９７）Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｌａｎｄｅｓ ａｎｄ Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ ｐｕｂｌｓ．）、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００４）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３４：１６３−１７０、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １７：２４４５−２４５６、Ａｕｆ ｄｅｒ Ｍａｕｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５０８：４０７−４１２、Ｓｈａｋｉ−Ｌｏｅｗｅｎｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．３０３：１９−３９を参照されたい）。
本明細書で使用される「抗体」という用語はまた、抗体の「抗原結合部分」（または単に「抗体部分」）も含む。本明細書で使用される「抗原結合部分」という用語は、抗原（例、バイオマーカーポリペプチドまたはその断片）に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数の断片を指す。抗体の抗原結合機能は完全長抗体の断片によって果たされ得ることが示されている。抗体の「抗原結合部分」という用語に包含される結合断片の例としては、（ｉ）Ｆａｂ断片、すなわちＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、及びＣＨ１ドメインからなる一価断片、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片、すなわちヒンジ領域でジスルフィド架橋により連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片、（ｉｉｉ）ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、（ｉｖ）抗体の１本のアームのＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６）、ならびに（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメインであるＶＬ及びＶＨは、別個の遺伝子によってコードされるものの、それらは、組換え法を用いて、ＶＬ及びＶＨ領域が対合して一価ポリペプチドを形成した１本のタンパク質鎖（１本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる）としてそれらが作製されることを可能にする合成リンカーによって、接合することができる（例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６、及びＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９−５８８３、及びＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．１９９８，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １６：７７８を参照されたい）。かかる１本鎖抗体もまた、抗体の「抗原結合部分」という用語に包含されることを意図する。完全なＩｇＧポリペプチドまたは他のアイソタイプをコードする発現ベクターを生成するために、具体的なｓｃＦｖのいずれのＶＨ及びＶＬ配列も、ヒト免疫グロブリン定常領域のｃＤＮＡまたはゲノム配列に連結することができる。ＶＨ及びＶＬはまた、タンパク質化学技術または組換えＤＮＡ技術のいずれかを用いて、Ｆａｂ、Ｆｖ、または免疫グロブリンの他の断片の生成において使用することもできる。ダイアボディ等の、他の形態の１本鎖抗体もまた包含される。ダイアボディは、ＶＨ及びＶＬドメインが１本のポリペプチド鎖上で発現されるが、同じ鎖上のこれら２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを用いることによって、それらのドメインが別の鎖の相補的ドメインと対合することを強いて、２つの抗原結合部位を作り出す、二価の二重特異性抗体である（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４−６４４８、Ｐｏｌｊａｋ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２：１１２１−１１２３を参照されたい）。
依然としてさらに、抗体またはその抗原結合部分は、１つまたは複数の他のタンパク質またはペプチドの抗体または抗体部分との共有結合性または非共有結合性会合によって形成される、より大きな免疫接着（ｉｍｍｕｎｏａｄｈｅｓｉｏｎ）ポリペプチドの一部であってもよい。かかる免疫接着ポリペプチドの例としては、４量体ｓｃＦｖポリペプチド（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ６：９３−１０１）を作製するためのストレプトアビジンコア領域の使用、ならびに二価及びビオチン化ｓｃＦｖポリペプチドを作製するためのシステイン残基、バイオマーカーペプチド、及びＣ末端ポリヒスチジンタグの使用が挙げられる（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１：１０４７−１０５８）。Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片等の抗体部分は、無傷の抗体のそれぞれパパインまたはペプシン消化等の従来の技法を用いて、無傷の抗体から調製することができる。その上、抗体、抗体部分、及び免疫接着ポリペプチドは、本明細書に記載されるような標準的な組換えＤＮＡ技法を用いて得ることができる。
抗体は、ポリクローナルもしくはモノクローナル；異種、同種、もしくは同系；またはその修飾形態（例、ヒト化、キメラ等）であってもよい。抗体はまた、完全ヒトであってもよい。好ましくは、本発明の抗体は、バイオマーカーポリペプチドまたはその断片に特異的にまたは実質的に特異的に結合する。本明細書で使用される「モノクローナル抗体」及び「モノクローナル抗体組成物」という用語は、抗原の特定のエピトープと免疫反応を起こすことが可能な、１つの種のみの抗原結合部位を含有する抗体ポリペプチドの集団を指すが、一方で、「ポリクローナル抗体」及び「ポリクローナル抗体組成物」という用語は、特定の抗原と相互作用することが可能な、複数の種の抗原結合部位を含有する抗体ポリペプチドの集団を指す。モノクローナル抗体組成物は典型的に、それが免疫反応を起こす特定の抗原に対して単一の結合親和性を示す。
抗体はまた、「ヒト化」であってもよく、ヒト化とは、ヒト細胞によって作製されるであろう抗体により酷似するように改変された可変及び定常領域を有する非ヒト細胞によって作製された、抗体を含むことを意図する。例えば、ヒト生殖細胞の免疫グロブリン配列において見出されるアミノ酸を組み込むように、非ヒト抗体のアミノ酸配列を改変することによる。本発明のヒト化抗体は、例えばＣＤＲにおいて、ヒト生殖細胞の免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例、ランダムもしくは部位特異的変異誘発によってインビトロで、または体細胞変異によってインビボで導入された変異）を含んでもよい。本明細書で使用される「ヒト化抗体」という用語はまた、マウス等の別の哺乳類種の生殖細胞に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列に移植された抗体も含む。
「割り当てスコア（ａｓｓｉｇｎｅｄ ｓｃｏｒｅ）」という用語は、患者試料中で測定された後にバイオマーカーの各々に対して指定された数値を指す。割り当てスコアは、試料中のバイオマーカーの不在、存在、または推測量と相関する。割り当てスコアは、手動で（例、目視検査によって）または画像取得及び分析用の機器の補助により生成することができる。ある特定の実施形態では、割り当てスコアは、定性的評定、例えば、段階的な尺度上での蛍光読取り値の検出、または定量的評定によって決定される。一実施形態では、「総計スコア」が決定され、これは複数の測定されたバイオマーカーからの割り当てスコアの組み合わせを指す。一実施形態では、総計スコアは、割り当てスコアの合計である。別の実施形態では、割り当てスコアの組み合わせは、割り当てスコアに対して数学的演算を実施してから、それらを総計スコアに組み合わせることを伴う。ある特定の実施形態では、総計スコアはまた、本明細書で「予測スコア」とも称される。
「バイオマーカー」という用語は、免疫応答を調節するのに有用である及び／または免疫調節性応答の予測となると判定された、本発明の測定可能な実体を含む。バイオマーカーには、限定されないが、表１、実施例、及び図に示されるものを含めた核酸及びタンパク質、ならびにかかる分子間の相互作用（例、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用）が含まれ得る。加えて、バイオマーカーには、本明細書にさらに記載されるような、Ｔｒｅｇ、Ｂｒｅｇ、及び／またはＴｃｏｎの数及び／または免疫活性、それらの比等といった、免疫調節活性を媒介する免疫細胞が含まれ得る。バイオマーカーには、がん及び／またはその抗がん治療に対する感度の診断において有用な、本明細書に列挙されるマーカーが含まれ、例えば、治療前、治療中、または治療後の腫瘍の過剰活性もしくは過小活性、出現、発現、成長、寛解、再発、または耐性もまた含まれる。マーカーの予測機能は、例えば、（１）例えば、ヒトがんの種類またはがん試料の約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％超、またはそれ超において、増加したもしくは減少したコピー数（例、ＦＩＳＨ、ＦＩＳＨプラスＳＫＹ、例えば、当該技術分野で少なくともＪ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，８６：２８９−３０１に記載されるような単分子シーケンシング、またはｑＰＣＲによる）、過剰発現もしくは過小発現（例、ＩＳＨ、ノーザンブロット、またはｑＰＣＲによる）、増加したもしくは減少したタンパク質レベル（例、ＩＨＣによる）、または増加したもしくは減少した活性（例えば、当該マーカーが関与する経路の調節によって決定される）、（２）生体試料、例えば、がんに罹患した対象、例えばヒト由来の組織、全血、血清、血漿、頬側掻き取り物（ｂｕｃｃａｌ ｓｃｒａｐｅ）、唾液、脳脊髄液、尿、便、または骨髄を含有する試料中での、その存在または不在、（３）がんを有する対象の臨床的サブセット（例、特定の療法に応答する者または耐性を発現する者）におけるその存在または不在によって、確認されてもよい。バイオマーカーにはまた、「代用マーカー」、例えば、がん進行の間接的マーカーであるマーカーも含まれる。「バイオマーカー」という用語にはまた、腫瘍のサイズ、がん細胞の増殖及び／または転移率、がん細胞の数、がんを有する対象の寿命等といった、抗がん治療の効果の分析において有用な本明細書に列挙されるマーカーも含まれる。バイオマーカーにはまた、Ｔｒｅｇ及び／または他のＴ細胞の数、Ｂｒｅｇ及び／または他のＢ細胞の数、ＴｒｅｇまたはＢｒｅｇ（Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ）のいずれかの数及び／または阻害性免疫活性（ａｃｔｉｃｉｔｙ）、種々のＴ細胞または他の免疫細胞の分化率及び／またはアポトーシス／細胞傷害作用率、Ｔ細胞または他の免疫細胞の細胞表面上で発現される種々のタンパク質の発現、抗原提示の有効性、種々のシグナルタンパク質（例、インターフェロン）の産生及びそれらの応答性遺伝子（ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｇｅｎｅｓ）、ＤＮＡメチル化及び転写有効性、老化／増殖状態等といった、細胞シグナル伝達経路における本明細書に列挙されるマーカーも含まれる。
「ＡＰＲＩＬ」という用語、別名、増殖誘導リガンド、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３（ＴＮＦＳＦ１３）、ＴＡＬＬ−２、ＺＴＮＦ２、及びＣＤ２５６は、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）リガンドタンパク質のファミリーを指す。ＡＰＲＩＬは、ＴＮＦＲＳＦ１７／ＢＣＭＡに対する、及びＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ／ＴＡＣＩに対するリガンドである。ＡＰＲＩＬ及びその受容体は両方とも、Ｂ細胞発達に重要である。インビトロ実験では、ＡＰＲＩＬが、それとＴＮＦＲＳＦ６／ＦＡＳ及びＴＮＦＲＳＦ１４／ＨＶＥＭ等の他のＴＮＦ受容体ファミリータンパク質との相互作用を通して、骨髄中の形質細胞の長期生存においてアポトーシスを誘導可能であり得ることが示されている（Ｒｏｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃｅｌｌ Ｄｅａｔｈ Ｄｉｆｆ．８：４０３−４１０）。ＡＰＲＩＬを欠損したマウスは、正常な免疫系発生を有する（Ｖａｒｆｏｌｏｍｅｅｖ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２４：９９７−１００６）。しかしながら、ＡＰＲＩＬ欠損マウスはまた、形質細胞生存を支持する能力の低減を持つことが報告されている（Ｂｅｌｎｏｕｅ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｂｌｏｏｄ １１１：２７５５−２７６４）。ＡＰＲＩＬは、腫瘍細胞成長の制御において役割を果たしており、単球／マクロファージ媒介性の免疫過程に関与し得る。ＡＰＲＩＬはまた、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５：３５４７８−３５４８５）及びＢ細胞活性化因子と相互作用する（Ｒｏｓｃｈｋｅ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：４３１４−４３２１）。ＡＰＲＩＬは、少なくともＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＭＩＦ媒介性グルココルチコイド制御、自然免疫細胞のＭＩＦによる制御、ＩＬ−６経路、ＳＴＡＴ３経路、エンドセリン−１シグナル伝達経路、サイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用、ＲＡＲ−ガンマ−ＲＸＲ−アルファ分解、脳内での全トランス型レチノイン酸シグナル伝達等）、ＥＲＫシグナル伝達（例、ＲｈｏファミリーＧＴＰａｓｅｓ）、プロテアソーム媒介性分解による活性化ＰＡＫ−２ｐ３４の制御（例、ＴＮＦＲ２非古典的ＮＦ−κＢ経路、ＡＵリッチ領域に結合するタンパク質によるｍＲＮＡ安定性の制御）、ＴＮＦスーパーファミリー経路（例、ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達）等を含む、複数の経路において機能する。ＡＰＲＩＬは、自己免疫疾患及びＢ細胞悪性疾患における標的であると考えられる（Ｒｙａｎ ａｎｄ Ｇｒｅｗａｌ（２００９）Ｇｒｅｗａｌ ＩＳ，ｅｄ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｔａｒｇｅｔｓ ｏｆ ｔｈｅ ＴＮＦ Ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ．ｐｐ．５２−６３）。ＡＰＲＩＬは、少なくともｉｇｇ４関連疾患、脳多形性膠芽腫、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、クリプトコッカス髄膜炎、関節リウマチ等を含む、複数の疾患及び障害に関連することが示唆される。少なくとも１つの抗ＡＰＲＩＬモノクローナル抗体、ＢＩＯＮ−１３０１が、多発性骨髄腫に対する第Ｉ相臨床試験に入ることが発表された（Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂアドレス、ｗｗｗ．ａｂｓｔｒａｃｔｓｏｎｌｉｎｅ．ｃｏｍ／ｐｐ８／＃！／４２９２／ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ／６０７７にて、Ｄｕｌｏｓらの（２０１７）ＡＡＣＲ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ ２０１７オンライン会報、セッションＰＯ．ＩＭ０２．１０、番号２６４５／４を参照されたい）。
代表的なヒトＡＰＲＩＬの核酸及びアミノ酸配列が、ＧｅｎＢａｎｋデータベース（遺伝子ＩＤ ８７４１）にて一般公開されており、また表１に示される。ＡＰＲＩＬの複数の転写物バリアント及びタンパク質アイソフォームには、少なくとも、最長の転写物バリアントアルファ及び最長のアイソフォームアルファを代表するＮＭ＿００３８０８．３及びＮＰ＿００３７９９．１、転写物バリアントベータ（バリアントアルファと比較して、中心的なコード領域において選択的インフレームエクソンを欠いている）及びコード化アイソフォームベータを代表するＮＭ＿１７２０８７．２及びＮＰ＿７４２０８４．１、転写物バリアントガンマ（バリアントアルファと比較して、３’コード領域及び３’ＵＴＲにおいて選択的セグメントを欠いている）及びコード化アイソフォームガンマ（アイソフォームアルファと比較して、独特のより短いＣ末端を有する）を代表するＮＭ＿１７２０８８．２及びＮＰ＿７４２０８５．１、転写物バリアントデルタ（バリアントアルファと比較して、５’コード領域において選択的インフレームセグメントを欠いている）及びコード化アイソフォームデルタを代表するＮＭ＿００１１９８６２２．１及びＮＰ＿００１１８５５５１．１、転写物バリアントゼータ（バリアントアルファと比較して、５’コード領域において選択的インフレームセグメントを欠いている）及びコード化アイソフォームゼータを代表するＮＭ＿００１１９８６２３．１及びＮＰ＿００１１８５５５２．１、ならびに転写物バリアントイータ（バリアントアルファと比較して、５’ＵＴＲにおいて異なり、下流の開始コドンを用い、５’コード領域において選択的インフレームセグメントを欠いている）及びコード化アイソフォームイータを代表するＮＭ＿００１１９８６２４．１及びＮＰ＿００１１８５５５３．１が含まれる。ＡＰＲＩＬポリペプチドのドメイン構造は周知であり、例えば、ＮＰ＿００３７９９．１のアミノ酸１１７〜２４８位を含むＴＮＦドメインを含めて、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢデータベースにおいて受託番号Ｏ７５８８８の下で入手可能である。
ヒト以外の生物におけるＡＰＲＩＬオルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、チンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）ＡＰＲＩＬ（ＮＭ＿００１２０５１３０．１及びＮＰ＿００１１９２０５９．１）、イヌＡＰＲＩＬ（ＮＭ＿００１２０５１６９．１及びＮＰ＿００１１９２０９８．１）、マウスＡＰＲＩＬ（より長い転写物バリアント１及びより長いコード化アイソフォーム１を代表するＮＭ＿０２３５１７．２及びＮＰ＿０７６００６．２、ならびに転写物バリアント２（バリアント１と比較して、中心的なコード領域において選択的インフレームスプライス部位を用いた）及びより短いコード化アイソフォーム２（アイソフォーム１と比較して、１つの内部アミノ酸を欠いている）を代表するＮＭ＿００１１５９５０５．１及びＮＰ＿００１１５２９７７．１）、ウシＡＰＲＩＬ（ＮＭ＿００１０３４６４７．２及びＮＰ＿００１０２９８１９．１）、及びドブネズミ（Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ）ＡＰＲＩＬ（ＮＭ＿００１００９６２３．１及びＮＰ＿００１００９６２３．１）が含まれる。
「ＡＰＲＩＬ活性」という用語は、ＡＰＲＩＬポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）がその基質及び／または生物活性に結合する能力を含む。ＡＰＲＩＬ活性はまた、その受容体への結合及び下流シグナル伝達経路の活性化、及び／または本明細書に開示されるその他等の機能のうちの１つまたは複数を含み得る。例えば、ＡＰＲＩＬは、形質細胞及び／またはＢ細胞生存等の細胞成長及び生存を促進するためにＴＮＦＲＳＦ１７／ＢＣＭＡと及び／またはＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ／ＴＡＣＩと相互作用し得る。ＡＰＲＩＬはまた、それが機能するために、切断、ユビキチン化、脱ユビキチン化、または本明細書に開示される他の様態等、タンパク分解性で修飾され得る。
「ＡＰＲＩＬ基質（複数可）」という用語は、ＡＰＲＩＬポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）の結合パートナー、例えば、複数のシグナル伝達経路のための細胞受容体及び／または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを指す。さらに、ＡＰＲＩＬ基質はまた、ＡＰＲＩＬがその受容体（複数可）に結合することによって活性化されるシグナル伝達経路における下流メンバーを指してもよい。
「ＡＰＲＩＬ制御性シグナル伝達経路（複数可）」という用語は、ＡＰＲＩＬ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が、その基質（例、その受容体）のうちの少なくとも１つに結合し、それを通して少なくとも１つの細胞機能及び／または活性及び／または細胞タンパク質プロファイルが変わる、シグナル伝達経路を含む。ＡＰＲＩＬ制御性シグナル伝達経路には、少なくとも、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＭＩＦ媒介性グルココルチコイド制御、自然免疫細胞のＭＩＦによる制御、ＩＬ−６経路、ＳＴＡＴ３経路、エンドセリン−１シグナル伝達経路、サイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用、ＲＡＲ−ガンマ−ＲＸＲ−アルファ分解、脳内での全トランス型レチノイン酸シグナル伝達等）、ＥＲＫシグナル伝達（例、ＲｈｏファミリーＧＴＰａｓｅｓ）、プロテアソーム媒介性分解による活性化ＰＡＫ−２ｐ３４の制御（例、ＴＮＦＲ２非古典的ＮＦ−κＢ経路、ＡＵリッチ領域に結合するタンパク質によるｍＲＮＡ安定性の制御）、ＴＮＦスーパーファミリー経路（例、ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達）等といった、本明細書に記載されるものが含まれる。
「ＡＰＲＩＬモジュレーター」という用語は、人間によって調製され、合成され、製造され、及び／または精製された、ＡＰＲＩＬ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が発現される、機能する、及び／または結合パートナーに結合する能力を調節することが可能である、任意の天然または非天然薬剤を含む。一実施形態では、本モジュレーターはＡＰＲＩＬを促進し、ＡＰＲＩＬ核酸、ポリペプチド、多量体、ＡＰＲＩＬを多量体化する活性化抗体等といった代表的な実施形態が本明細書に記載される。別の実施形態では、本モジュレーターは、ＡＰＲＩＬを阻害する。一実施形態では、かかる阻害剤は、ＡＰＲＩＬとその基質または他の結合パートナーとの間の結合／相互作用を低減するかまたは阻害する。依然として別の実施形態では、かかる阻害剤は、ＡＰＲＩＬの回転率を増加させるかまたは促進し、ＡＰＲＩＬの発現及び／または安定性（例、半減期）を低減するかまたは阻害し、及び／またはＡＰＲＩＬの細胞局在を変えて、少なくともＡＰＲＩＬレベル及び／または活性の減少をもたらし得る。かかる阻害剤は、小分子化合物、抗体またはイントラボディ、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤（少なくともｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ、及び他の周知の薬剤を含む）を含むが、これらに限定されない任意の分子であってもよい。かかる阻害剤は、ＡＰＲＩＬに特異的であっても、または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのうちの少なくとも１つをまた阻害してもよい。例えば、ＴＧＦβ２阻害剤であるトラベデルセン（ＡＰ１２００９）は、それによるＡＰＲＩＬの阻害について試験された（Ｔｓｅ（２０１３）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓ．１２：１７９）。アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇ）は、Ｂリンパ球刺激因子（ＢＬｙＳ）及び増殖誘導リガンド（ＡＰＲＩＬ）の結合部位を免疫グロブリンの定常領域と組み合わせた、組換え融合タンパク質である（Ｈａｒｔｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｔｈｅｒ Ａｄｖ Ｎｅｕｒｏｌ Ｄｉｓｏｒｄ．３：２０５−２１６）。アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇ）は、ＢＬｙｓ及びＡＰＲＩＬのＴＮＦＳＦ１３Ｂ／ＴＡＣＩへの結合を遮断し、故にＢ細胞を阻害し、自己免疫疾患を抑制する。アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇ）はまた、多発性骨髄腫、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病、及び非ホジキンリンパ腫を含めた、Ｂ細胞悪性疾患の治療に対しても研究されている（Ｖａｓｉｌｉｏｕ（２００８）Ｄｒｕｇｓ Ｆｕｔ．３３：９２１）。ＡＰＲＩＬポリペプチドのＲＮＡ干渉法は周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のヒト、マウス、またはラットｓｈＲＮＡ（カタログ番号ＴＦ３００９１１、ＴＦ５１５４９０、及びＴＦ７０１２７６）及びｓｉＲＮＡ（カタログ番号ＳＲ４０６７１９、ＳＲ５１０７８３、及びＳＲ３０５７５９）産物ならびにＣＲＩＳＰＲを介したヒトまたはマウス遺伝子ノックアウトキット（カタログ番号ＫＮ２０３４４６及びＫＮ３１７９９７）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｄａｌｌａｓ，Ｔｅｘａｓ）製のｓｉＲＮＡ／ｓｈＲＮＡ産物（カタログ番号ｓｃ−３９８２２、ｓｃ−３９８２３、及びｓｃ−１４１１７８）及びＣＲＩＳＰＲ産物（カタログ番号ｓｃ−４０３２９６、ｓｃ−４２７４５９、及びｓｃ−４０３１５０）、Ｖｉｇｅｎｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のパッケージ準備済み（Ｒｅａｄｙ−ｔｏ−ｐａｃｋａｇｅ）ＡＡＶ ｓｈＲＮＡクローン、カタログ番号ＳＨ８９５８７４及びＳＨ８９７１３３）。ＡＰＲＩＬの（例、抗ＡＰＲＩＬ抗体による）検出、精製、及び／または阻害方法もまた周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ製の複数の抗ＡＰＲＩＬ抗体（カタログ番号ＴＡ３０６０６９、ＴＡ３４９４９６、ＴＡ３５１８２８等）、Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，ＣＯ、カタログ番号ＮＢＰ１−９７５８７、ＭＡＢ８８４３、ＮＢＰ１−７６７６７等）、ａｂｃａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ、カタログ番号ａｂ６４９６７、ａｂ１６０８８等）、及びＳａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（カタログ番号ｓｃ−３７４６７３、ｓｃ−５７０３５等）。ヒトＡＰＲＩＬノックアウト細胞株もまた周知であり、Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙから市販されている（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ、カタログ番号ＨＺＧＨＣ８７４１）。モノクローナル抗体による選択的ＡＰＲＩＬ遮断は、マウスにおいて全身性エリテマトーデスを遅延させることが示された（Ｈｕａｒｄ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ７：ｅ３１８３７）。
「ＴＡＣＩ」という用語、別名、膜貫通活性化因子及びＣＡＭＬ相互作用体、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ）、ＣＤ２６７、及びＣＶＩＤ２は、主としてＢ細胞の表面上で見出されるＴＮＦ受容体スーパーファミリーの膜貫通タンパク質ファミリーメンバーを指す。ＴＡＣＩは、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）及びＡＰＲＩＬに結合し、これがＮＦＡＴ、ＡＰ−１、及びＮＦ−κＢ等のいくつかの転写因子の活性化を誘導し、細胞活性を調節する。ＴＡＣＩの機能における欠陥は、免疫系疾患につながり得、マウスにおいて致死的な自己免疫を引き起こすことが示されている（Ｓｅｓｈａｓａｙｅｅ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ．１８：２７９−２８８）。ＴＡＣＩは、Ｔ細胞非依存性のＢ細胞抗体応答、アイソタイプスイッチング、及びＢ細胞恒常性を制御する。ＴＡＣＩは、ＮＦ−ＡＴのカルシニューリン依存性活性化、ならびにＮＦ−κＢ及びＡＰ−１の活性化を媒介する。ＴＡＣＩは、Ｂ細胞及びＴ細胞機能の刺激ならびに液性免疫の制御に関与する。ＴＡＣＩは、少なくともＢ細胞活性化因子、ＴＲＡＦ６、ＴＲＡＦ５、ＴＮＦＳＦ１３／ＡＰＲＩＬ、ＴＲＡＦ２、及びＣＡＭＬＧを含む、複数の結合パートナーに結合することが示唆される（Ｘｉａ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９２：１３７−１４３）。ＴＡＣＩは、少なくともＴＮＦスーパーファミリー経路（ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達及びＴｅｃキナーゼシグナル伝達）、破骨細胞におけるＲＡＮＫシグナル伝達（例、ＡＰＲＩＬ経路、Ｂ細胞シグナル伝達、アポトーシス、及び生存におけるＢＡＦＦ等）、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＳＴＡＴ３経路及びサイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用）、ＴＲＡＦ経路、シンデカン２または４媒介性シグナル伝達事象を含む、複数の経路において機能する。ＴＡＣＩは、少なくとも分類不能型免疫不全症２（ＣＶＩＤ２、別名、ＴＡＣＩ欠損に起因する低ガンマグロブリン血症）、及び免疫グロブリンＡ欠損症２（ＩＧＡＤ２）を含む、複数の疾患及び障害に関連することが示唆される。
代表的なヒトＴＡＣＩの核酸及びアミノ酸配列が、ＧｅｎＢａｎｋデータベース（遺伝子ＩＤ ２３４９５）にて一般公開されており、また表１に示される（例、ＮＭ＿０１２４５２．２及びＮＰ＿０３６５８４．１）。ＴＡＣＩポリペプチドのドメイン構造は周知であり、例えば、ＮＰ＿０３６５８４．１のアミノ酸３４〜８６位、８９〜１７０位、及び１７２〜２３０位を含む３つのシステインリッチドメイン（ＣＲＤ）、ならびに、例えば、ＮＰ＿０３６５８４．１のアミノ酸１６６〜１８６位を含む膜貫通領域を含めて、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢデータベースにおいて受託番号Ｑ４ＡＣＸ１の下で入手可能である。
ヒト以外の生物におけるＴＡＣＩオルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、チンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）ＴＡＣＩ（ＸＭ＿００１１６１３６１．４及びＸＰ＿００１１６１３６１．３、ならびにＸＭ＿０１６９３２３５２．１及びＸＰ＿０１６７８７８４１．１）、アカゲザルＴＡＣＩ（ＸＭ＿０１５１１８７２２．１及びＸＰ＿０１４９７４２０８．１、ならびにＸＭ＿０１５１１８７２３．１及びＸＰ＿０１４９７４２０９．１）、イヌＴＡＣＩ（ＸＭ＿００５６２０１７７．２及びＸＰ＿００５６２０２３４．１、ならびにＸＭ＿００５６２０１７９．２及びＸＰ＿００５６２０２３６．１）、マウスＴＡＣＩ（ＮＭ＿０２１３４９．１及びＮＰ＿０６７３２４．１）、及びニワトリＴＡＣＩ（ＮＭ＿００１０９７５３７．１及びＮＰ＿００１０９１００６．１腫瘍）が含まれる。
「ＴＡＣＩ活性」という用語は、ＴＡＣＩポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）がその基質及び／または生物活性に結合する能力を含む。ＴＡＣＩ活性はまた、そのリガンドへの結合及び下流シグナル伝達経路の活性化、及び／または本明細書に開示されるその他等の機能のうちの１つまたは複数を含み得る。例えば、ＴＡＣＩは、Ｂ細胞生存／増殖を促進するためにＡＰＲＩＬと相互作用し得る。ＴＡＣＩはまた、それが機能するために、切断、ユビキチン化、脱ユビキチン化、または本明細書に開示される他の様態等、タンパク分解性で修飾され得る。
「ＴＡＣＩ基質（複数可）」という用語は、ＴＡＣＩポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）の結合パートナー、例えば、複数のシグナル伝達経路のためのリガンド及び／または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを指す。さらに、ＴＡＣＩ基質はまた、ＴＡＣＩがその受容体（複数可）に結合することによって活性化されるシグナル伝達経路における下流メンバーを指してもよい。
「ＴＡＣＩ制御性シグナル伝達経路（複数可）」という用語は、ＴＡＣＩ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が、その基質（例、そのリガンド）のうちの少なくとも１つに結合し、それを通して少なくとも１つの細胞機能及び／または活性及び／または細胞タンパク質プロファイルが変わる、シグナル伝達経路を含む。ＴＡＣＩ制御性シグナル伝達経路には、少なくとも、ＴＮＦスーパーファミリー経路（ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達及びＴｅｃキナーゼシグナル伝達）、破骨細胞におけるＲＡＮＫシグナル伝達（例、ＡＰＲＩＬ経路、Ｂ細胞シグナル伝達、アポトーシス、及び生存におけるＢＡＦＦ等）、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＳＴＡＴ３経路及びサイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用）、ＴＲＡＦ経路、シンデカン２または４媒介性シグナル伝達事象等といった、本明細書に記載されるものが含まれる。
「ＴＡＣＩモジュレーター」という用語は、人間によって調製され、合成され、製造され、及び／または精製された、ＴＡＣＩ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が発現される、機能する、及び／または結合パートナーに結合する能力を調節することが可能である、任意の天然または非天然薬剤を含む。一実施形態では、本モジュレーターはＴＡＣＩを促進し、ＴＡＣＩ核酸、ポリペプチド、多量体、ＴＡＣＩを多量体化する活性化抗体等といった代表的な実施形態が本明細書に記載される。別の実施形態では、本モジュレーターは、ＴＡＣＩを阻害する。一実施形態では、かかる阻害剤は、ＴＡＣＩとその基質または他の結合パートナーとの間の結合／相互作用を低減するかまたは阻害してもよい。依然として別の実施形態では、かかる阻害剤は、ＴＡＣＩの回転率を増加させるかまたは促進し、ＴＡＣＩの発現及び／または安定性（例、半減期）を低減するかまたは阻害し、及び／またはＴＡＣＩの細胞局在を変えて、少なくともＴＡＣＩレベル及び／または活性の減少をもたらし得る。かかる阻害剤は、小分子化合物、抗体またはイントラボディ、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤（少なくともｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ、及び他の周知の薬剤を含む）を含むが、これらに限定されない任意の分子であってもよい。かかる阻害剤は、ＴＡＣＩに特異的であっても、または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバー（細胞受容体等）のうちの少なくとも１つをまた阻害してもよい。ＴＡＣＩポリペプチドのＲＮＡ干渉法は周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のヒトまたはマウスｓｈＲＮＡ（カタログ番号ＴＦ３０８７３７及びＴＦ５０３３４８）及びｓｉＲＮＡ（カタログ番号ＳＲ３０８３１１及びＳＲ４０７０２６）産物ならびにＣＲＩＳＰＲを介したヒトまたはマウス遺伝子ノックアウトキット（カタログ番号ＫＮ２１１８５６及びＫＮ３１７９７７）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｄａｌｌａｓ，Ｔｅｘａｓ）製のｓｉＲＮＡ／ｓｈＲＮＡ産物（カタログ番号ｓｃ−４０２４３及びｓｃ−４０２４４）及びＣＲＩＳＰＲ産物（カタログ番号ｓｃ−４０６６９２及びｓｃ−４２５４６５）、Ｖｉｇｅｎｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のパッケージ準備済みＡＡＶ ｓｈＲＮＡクローン、カタログ番号ＳＨ８６００９４）。ＴＡＣＩの（例、抗ＴＡＣＩ抗体による）検出、精製、及び／または阻害方法もまた周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ製の複数の抗ＴＡＣＩ抗体（カタログ番号ＴＡ３０６０６４、ＴＡ３５２３７１、ＡＭ２６５５７ＡＦ−Ｎ等）、Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，ＣＯ、カタログ番号ＮＢＰ２−１１９３７、ＭＡＢ１７４、ＮＢＰ１−８４５９６等）、ａｂｃａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ、カタログ番号ａｂ７９０２３、ａｂ８９７４４等）、及びＳａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（カタログ番号ｓｃ−３２７７５、ｓｃ−３６５２５３等）。ヒトＴＡＣＩノックアウト細胞株もまた周知であり、Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙから市販されている（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ、カタログ番号ＨＺＧＨＣ２３４９５）。
「ＢＣＭＡ」という用語、別名、Ｂ細胞成熟抗原、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（ＴＮＦＲＳＦ１７）、ＢＣＭ、及びＣＤ２６９は、主として成熟Ｂ細胞の表面上で見出されるＴＮＦ受容体スーパーファミリーの膜貫通タンパク質のファミリーを指す。ＢＣＭＡは、Ｂ細胞発達及び自己免疫応答に重要である。この受容体は、腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリーのメンバー１３ｂ（ＴＮＦＳＦ１３Ｂ／ＴＡＬＬ−１／ＢＡＦＦ）に特異的に結合し、ＮＦ−κＢ及びＭＡＰＫ８／ＪＮＫ活性化をもたらすことが示されている。ＢＣＭＡはまた、種々のＴＲＡＦファミリーメンバーにも結合し、故に細胞生存及び増殖のためのシグナルを伝達し得る。ＢＡＦＦの他に、ＡＰＲＩＬもまたＢＣＭＡに対するリガンドである。他のＢＣＭＡ結合パートナーには、少なくともＴＲＡＦ１、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＦ３、ＴＲＡＦ５、及びＴＲＡＦ６が含まれる（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ ４２３：４９−５６）。ＢＣＭＡは、少なくともＴＮＦスーパーファミリー経路（ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達及びＴｅｃキナーゼシグナル伝達）、破骨細胞におけるＲＡＮＫシグナル伝達（例、ＡＰＲＩＬ経路、Ｂ細胞シグナル伝達、アポトーシス、及び生存におけるＢＡＦＦ等）、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＳＴＡＴ３経路及びサイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用）、及びＴＧＦ−ベータ経路（例、ＭＡＰＫファミリー経路、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路、ＪＮＫ経路、ｅＩＦ４及びｐ７０Ｓ６Ｋの制御、ＳＯＣＳ経路等）を含む、複数の経路において機能する。ＴＡＣＩは、少なくとも分類不能型免疫不全症（例、後天性無ガンマグロブリン血症）、クリプトコッカス髄膜炎、慢性リンパ球性白血病、青錐体１色型色覚異常（ｂｌｕｅ ｃｏｎｅ ｍｏｎｏｃｈｏｒｏｍａｃｙ）、白血病、リンパ腫、及び多発性骨髄腫）を含む、複数の疾患及び障害に関連することが示唆される。代表的なヒトＢＣＭＡの核酸及びアミノ酸配列が、ＧｅｎＢａｎｋデータベース（遺伝子ＩＤ ６０８）にて一般公開されており、また表１に示される（例、ＮＭ＿００１１９２．２及びＮＰ＿００１１８３．２）。ＢＣＭＡポリペプチドのドメイン構造は周知であり、例えば、ＮＰ＿００１１８３．２のアミノ酸７〜４１位を含むＴＮＦＲ−Ｃｙｓドメイン、ならびに、例えば、ＮＰ＿００１１８３．２のアミノ酸５５〜７７位を含む膜貫通領域を含めて、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢデータベースにおいて受託番号Ｑ０２２２３の下で入手可能である。２つのシステインリッチドメインは、例えば、ＮＰ＿００１１８３．２のアミノ酸４〜２１位及び２４〜１２６位を含む。
ヒト以外の生物におけるＢＣＭＡオルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、チンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）ＢＣＭＡ（ＸＭ＿５２３２９８．５及びＸＰ＿５２３２９８．２）、アカゲザルＢＣＭＡ（ＸＭ＿００１１０６８９２．３及びＸＰ＿００１１０６８９２．１）、イヌＢＣＭＡ（ＸＭ＿００５６２１５３０．２及びＸＰ＿００５６２１５８７．１）、ウシＢＣＭＡ（ＸＭ＿００２６９７９６６．４及びＸＰ＿００２６９８０１２．２）、マウスＢＣＭＡ（ＮＭ＿０１１６０８．１及びＮＰ＿０３５７３８．１）、及びラットＴＡＣＩ（ＮＭ＿０１１６０８．１及びＮＰ＿０３５７３８．１）が含まれる。
「ＢＣＭＡ活性」という用語は、ＢＣＭＡポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）がその基質及び／または生物活性に結合する能力を含む。ＢＣＭＡ活性はまた、そのリガンドへの結合及び下流シグナル伝達経路の活性化、及び／または本明細書に開示されるその他等の機能のうちの１つまたは複数を含み得る。例えば、ＢＣＭＡは、形質細胞生存／増殖を促進するためにＡＰＲＩＬと相互作用し得る。ＢＣＭＡはまた、それが機能するために、切断、ユビキチン化、脱ユビキチン化、または本明細書に開示される他の様態等、タンパク分解性で修飾され得る。
「ＢＣＭＡ基質（複数可）」という用語は、ＢＣＭＡポリペプチド（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）の結合パートナー、例えば、複数のシグナル伝達経路のためのリガンド（ＡＰＲＩＬ及びＢＡＦＦ等）及び／または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを指す。さらに、ＢＣＭＡ基質はまた、ＢＣＭＡがその受容体（複数可）に結合することによって活性化されるシグナル伝達経路における下流メンバーを指してもよい。
「ＢＣＭＡ制御性シグナル伝達経路（複数可）」という用語は、ＢＣＭＡ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が、その基質（例、そのリガンド）のうちの少なくとも１つに結合し、それを通して少なくとも１つの細胞機能及び／または活性及び／または細胞タンパク質プロファイルが変わる、シグナル伝達経路を含む。ＢＣＭＡ制御性シグナル伝達経路には、少なくともＴＮＦスーパーファミリー経路（ヒトリガンド−受容体間相互作用及びそれらの関連する機能）、ＡＫＴシグナル伝達（例、ｐ３８シグナル伝達及びＴｅｃキナーゼシグナル伝達）、破骨細胞におけるＲＡＮＫシグナル伝達（例、ＡＰＲＩＬ経路、Ｂ細胞シグナル伝達、アポトーシス、及び生存におけるＢＡＦＦ等）、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達（例、ＳＴＡＴ３経路及びサイトカイン−サイトカイン受容体間相互作用）、及びＴＧＦ−ベータ経路（例、ＭＡＰＫファミリー経路、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路、ＪＮＫ経路、ｅＩＦ４及びｐ７０Ｓ６Ｋの制御、ＳＯＣＳ経路等）等の、本明細書に記載されるものが含まれる。
「ＢＣＭＡモジュレーター」という用語は、人間によって調製され、合成され、製造され、及び／または精製された、ＢＣＭＡ（ならびに本明細書で考察されるその断片、ドメイン、及び／またはそのモチーフ）が発現される、機能する、及び／または結合パートナーに結合する能力を調節することが可能である、任意の天然または非天然薬剤を含む。一実施形態では、本モジュレーターはＢＣＭＡを促進し、ＢＣＭＡ核酸、ポリペプチド、多量体、ＢＣＭＡを多量体化する活性化抗体等といった代表的な実施形態が本明細書に記載される。別の実施形態では、本モジュレーターは、ＢＣＭＡを阻害する。一実施形態では、かかる阻害剤は、ＢＣＭＡとその基質または他の結合パートナーとの間の結合／相互作用を低減するかまたは阻害してもよい。依然として別の実施形態では、かかる阻害剤は、ＢＣＭＡの回転率を増加させるかまたは促進し、ＢＣＭＡの発現及び／または安定性（例、半減期）を低減するかまたは阻害し、及び／またはＢＣＭＡの細胞局在を変えて、少なくともＢＣＭＡレベル及び／または活性の減少をもたらし得る。かかる阻害剤は、小分子化合物、抗体またはイントラボディ、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤（少なくともｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ、及び他の周知の薬剤を含む）を含むが、これらに限定されない任意の分子であってもよい。かかる阻害剤は、ＢＣＭＡに特異的であっても、または他のＴＮＦスーパーファミリーメンバー（細胞表面受容体等）のうちの少なくとも１つをまた阻害してもよい。ＴＡＣＩポリペプチドのＲＮＡ干渉法は周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のヒトまたはマウスｓｈＲＮＡ（カタログ番号ＴＬ３０８７３５、ＴＦ５１４６７４、及びＴＦ７０４３５８）及びｓｉＲＮＡ（カタログ番号ＳＲ３００４１９、ＳＲ４０４５４８、及びＳＲ５０２４６１）産物ならびにＣＲＩＳＰＲを介したヒトまたはマウス遺伝子ノックアウトキット（カタログ番号ＫＮ２０８８５１及びＫＮ３１７９８０）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｄａｌｌａｓ，Ｔｅｘａｓ）製のｓｉＲＮＡ／ｓｈＲＮＡ産物（カタログ番号ｓｃ−４０２３３及びｓｃ−４０２３４）及びＣＲＩＳＰＲ産物（カタログ番号ｓｃ−４０３０５８及びｓｃ−４２３４４０）、Ｖｉｇｅｎｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）製のパッケージ準備済みＡＡＶ ｓｈＲＮＡクローン、カタログ番号ＳＨ８７３２６３）。ＢＣＭＡの（例、抗ＢＣＭＡ抗体による）検出、精製、及び／または阻害方法もまた周知であり、市販されている（例、Ｏｒｉｇｅｎｅ製の複数の抗ＢＣＭＡ抗体（カタログ番号ＴＡ３０６０６５、ＡＰ００２５０ＰＵ−Ｎ、ＴＡ３１１８４６等）、Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，ＣＯ、カタログ番号ＮＢＰ１−９７６３７、ＡＦ５９３、ＮＢＰ１−７６７７４等）、ａｂｃａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ、カタログ番号ａｂ５９７２、ａｂ１７３２３等）、及びＳａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（カタログ番号ｓｃ−１１７４６、ｓｃ−３９０１４７等）。ヒトＢＣＭＡノックアウト細胞株もまた周知であり、Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙから市販されている（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ、カタログ番号ＨＺＧＨＣ６０８）。別の代表的なＢＣＭＡ阻害剤はＧＳＫ２８５７９１６であり、これは、抗新生物活性の可能性がある、アウリスタチン類似体及び微小管阻害剤のモノメチルアウリスタチンフェニルアラニン（ＭＭＡＦ）にコンジュゲートされた、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）に対して向けられた脱フコシル化されたヒト化モノクローナル抗体からなる抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。抗ＢＣＭＡ ＡＤＣの抗ＢＣＭＡ抗体部分は、腫瘍細胞表面上のＢＣＭＡに選択的に結合する。細胞内に移行すると、ＭＭＡＦ部分はチューブリンに結合してその重合を阻害し、これによりＧ２／Ｍ期停止をもたらし、腫瘍細胞のアポトーシスを誘導する。加えて、ＧＳＫ２８５７９１６は、抗体依存性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）を誘導する。全体として、これは、ＢＣＭＡを過剰発現する腫瘍細胞における細胞増殖の阻害をもたらす。この抗体部分の脱フコシル化は、ＡＤＣＣを増加させる。
ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ、及びＴＡＣＩの間の相互作用、ならびにそれらの機能は、上述のように当該技術分野で周知である（例えば、Ｙｕ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：２５２−２５６を参照されたい）。
加えて、ある特定の免疫細胞またはそれらの状態が、本発明によるバイオマーカーであり得る。「免疫細胞」という用語は、免疫応答において役割を果たす細胞を指す。免疫細胞は、造血系起源であり、Ｂ細胞及びＴ細胞等のリンパ球；ナチュラルキラー細胞；単球、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、好塩基球、及び顆粒球等の骨髄系細胞が含まれる。例えば、抗原反応性Ｔ細胞は、抗原の認識に基づいて目的とする抗原に選択的に結合し、免疫学的応答を調節するＴ細胞である。免疫細胞は、末梢血中で見出され得る。「末梢血細胞サブタイプ」という用語は、好酸球、好中球、Ｔ細胞、単球、ＮＫ細胞、顆粒球、及びＢ細胞を含むが、これらに限定されない、末梢血中で通常見出される細胞型を指す。一部の免疫細胞は、「抗原提示細胞」であり、これにはプロフェッショナル抗原提示細胞（例、Ｂリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞）、ならびに他の抗原提示細胞（例、角化細胞、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞、及び乏突起膠細胞）が含まれる。本発明による免疫細胞は、本明細書に記載される特性を有するように選択、判定、及び／または修飾され得る。例えば、Ｔｒｅｇは、ＴＡＣＩの発現を示すが、ＢＣＭＡの発現は示さないように選択、判定、及び／または修飾され得る。
「Ｂ細胞」という用語は、抗原を提示し、サイトカインを分泌するとともに、成熟形質細胞になると抗体を分泌することができる、リンパ球サブタイプの一種の白血球を指す。「未成熟Ｂ細胞」とは、成熟Ｂ細胞へと発達することができる細胞である。一般に、プロＢ細胞（例えば、ＣＤ４５またはＢ２２０を発現する）は、免疫グロブリン重鎖再構成を経てプロＢプレＢ細胞となり、さらに免疫グロブリン軽鎖再構成を経て未成熟Ｂ細胞となる。未成熟Ｂ細胞には、Ｔ１及びＴ２ Ｂ細胞が含まれる。未成熟Ｂ細胞は、免疫グロブリン（例、ＩｇＡ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ）を産生し得る、成熟Ｂ細胞へと発達することができる。成熟Ｂ細胞は、ＣＤ２１及びＣＤ２３等の特徴的マーカーを発現するが、ＡＡ４１は発現しない。Ｂ細胞は、リポ多糖（ｌｉｐｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）（ＬＰＳ）またはＩＬ−４、及びＩｇＭに対する抗体等の薬剤によって活性化され得る。Ｂ細胞、それらのサブタイプ、及びそれらの発生段階は、当該技術分野で周知のバイオマーカーに基づいて決定することができる。例えば、ナイーブＢ細胞は、ＣＤ１９＋ＣＤ２４中ＣＤ３８中であり、記憶Ｂ細胞は、ＣＤ１９＋ＣＤ２４−ＣＤ３８低／−ＣＤ２７＋である。
「Ｂｒｅｇ」という用語は、制御性Ｂ細胞を指し、これは休止及び／または活性化Ｔ細胞を抑制するＢ細胞である。Ｂｒｅｇは、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許公開第２０１６／０３７５０５９号、米国特許公開第２０１６／０１５２９５１号、米国特許公開第２０１５／０１１０７３７号、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．７：ｅ５４７、及びＢｌａｉｒｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３２：１２９−１４０を参照されたい）。一実施形態では、Ｂｒｅｇは、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高を発現する。一般に、ＢｒｅｇはＩＬ−１９を産生し、ＩＬ−１９は強力な抗炎症性効果を有し、Ｔｈ１型免疫応答等の、Ｔ細胞によって媒介される炎症反応を阻害する。Ｂｒｅｇはまた、別の抗炎症性サイトカインであるＴＧＦ−βも産生することができる。一部の実施形態では、Ｂｒｅｇはまた、ＦａｓＬ及び／またはＰＤ−Ｌ１のような細胞表面分子も産生して、標的細胞死を引き起こすことができる。一部の実施形態では、Ｂｒｅｇは、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂｒｅｇであり得、これは末梢血区画中の同サブセットと比較したとき、ＭＭ患者（ｐａｔｉｔｅｎｔｓ）の骨髄穿刺液中で独特のサブセットである（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．２４：ｅ５４７）。この独特のＢｒｅｇサブセットは、ＭＭ患者の骨髄及び末梢血区画中のＣＤ１３８＋骨髄腫細胞の負荷量と緊密に相関する。Ｂｒｅｇと骨髄腫細胞との間の相互作用は、Ｂｒｅｇの生存に必要不可欠な役割を果たす。これらのＢｒｅｇは、それらがＰＭＡで刺激されると免疫阻害性サイトカインＩＬ−１０が誘導されるため、機能的である。さらに、これらのＢｒｅｇは、エクスビボでエロツズマブによって誘導される骨髄腫細胞溶解を減少させる。故に、このＢｒｅｇサブセットは、多発性骨髄腫細胞上のＳＬＡＭＦ７を標的とするエロツズマブのようなモノクローナル抗体ベースの免疫療法を含めた、抗多発性骨髄腫療法に対する治療応答を制御するのに非常に重要であると考えられる。
「Ｔ細胞」という用語は、例えば、ＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む。Ｔ細胞という用語はまた、ヘルパーＴ１型のＴ細胞及びヘルパーＴ２型のＴ細胞の両方も含む。「抗原提示細胞」という用語は、プロフェッショナル抗原提示細胞（例、Ｂリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞）、ならびに他の抗原提示細胞（例、角化細胞、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞、及び乏突起膠細胞）を含む。
「Ｔｒｅｇ」という用語は、制御性Ｔ細胞を指し、これは、循環ＣＤ４＋ Ｔ細胞集団の約５〜１０％を構成し、自己反応性のリンパ球を優勢的に抑制し、自然及び適応免疫応答を制御するように作用する天然型ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋ Ｔリンパ球である（Ｐｉｃｃｉｒｉｌｌｏ ａｎｄ Ｓｈｅｖａｃｈ（２００４）Ｓｅｍｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６：８１−８８、Ｆｅｈｅｒｖａｒｉ ａｎｄ Ｓａｋａｇｕｃｈｉ（２００４）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６：２０３−２０８、Ａｚｕｍａ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６３：４５１６−４５２０、Ｃｅｄｅｒｂｏｍ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：１５３８−１５４３、Ｍａｌｏｙ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９７：１１１−１１９、Ｓｅｒｒａ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １９：８７７−８８９、Ｔｈｏｒｎｔｏｎ ａｎｄ Ｓｈｅｖａｃｈ（１９９８）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８８：２８７−２９６、Ｊａｎｓｓｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７１：４６０４−４６１２、Ｇａｓｔｅｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２１０：１１６７−１１７８、Ｓｉｔｒｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２１０：１１５３−１１６５）。Ｔｒｅｇにはまた、機能的に抑制性であるＣＤ８＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋ Ｔリンパ球も含まれる（Ｃｏｒｒｅａｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｎｎｕ．Ｎｅｕｒｏｌ．６７：６２５−６３８）。Ｔｒｅｇは、少なくとも部分的に、通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ）の増殖、増大、及びエフェクター活性を阻害することによって、この抑制作用を達成する。それらはまた、Ｔ細胞の援助及び活性化を阻害することにより細胞間接触を通して、またはＩＬ−１０もしくはＴＧＦ−β等の免疫抑制性サイトカインの放出を通してのいずれかで、それらの（自己）標的を破壊することでエフェクターＴ細胞を抑制する。Ｔｒｅｇ細胞の枯渇により、ＩＬ−２誘導性抗腫瘍免疫が強化されることが示された（Ｉｍａｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．９８：４１６−２３）。
Ｔｒｅｇ及びＢｒｅｇの両方が免疫応答を阻害することから、別途指定されない限り、本明細書に記載されるＴｒｅｇのいずれの調節もＢｒｅｇに当てはまり、逆もまた同様である。
通常型Ｔ細胞、別名、ＴｃｏｎまたはＴｅｆｆは、それらによる１つまたは複数のＴ細胞受容体の発現に基づいて、免疫応答を増加させるエフェクター機能（例、サイトカイン分泌、細胞傷害活性等）を有する。Ｔｃｏｎは、Ｔｒｅｇではない任意のＴ細胞集団として定義され、これには、例えば、ナイーブＴ細胞、活性化Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、休止Ｔｃｏｎ、または、例えばＴｈ１もしくはＴｈ２系列へと分化したＴｃｏｎが含まれる。故に、Ｔｒｅｇの数の増加、Ｔｒｅｇ活性の増加、及び／またはＴｒｅｇ細胞死（例、アポトーシス）の減少は、様々な免疫障害（例、ｃＧＶＨＤ）に関連付けられる不要な免疫反応を抑制するのに有用である。例えば、マウスモデルにおいて、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ Ｔｒｅｇ及びＣＤ２５−エフェクターＴ細胞の１：１混合物をドナー骨髄幹細胞に加えると、移植後の悪性再発を増加させることなく同種免疫活性化及びＧＶＨＤが抑制された（Ｅｄｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１１４４−１１５０）。ヒトにおいて、活動性ｃＧＶＨＤでＨＳＣＴレシピエントにおけるＴｒｅｇ再構成の機能障害が起こる（Ｚｏｒｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０６：２９０３−２９１１）。活動性ｃＧＶＨＤを有する参加者において、Ｔｒｅｇ再構成の機能障害、低レベルのテロメラーゼ、及び短縮したテロメアは、Ｔｒｅｇの生存率減少に寄与すると考えられる（Ｚｏｒｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０６：２９０３−２９１１、Ｍａｔｓｕｏｋａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２０：１４７９−１４９３、Ｋａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１８：５０２１−５０３０）。Ｔｒｅｇ恒常性及び機能におけるＩＬ−２の役割は、抗免疫障害療法としてのその有効性が限定される主要因であり、またＩＬ−２に加えた同系Ｔ細胞枯渇ドナー骨髄のインビボ投与が、ＭＨＣミスマッチマウスの同種ＳＣＴ後に、ＧＶＬ応答に影響を与えることなくＧＶＨＤを予防するという知見を部分的に説明すると考えられる（Ｓｙｋｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：５６３３−５６４７、Ｓｙｋｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７１：６４５−６５８）。マウス同種ＨＳＣＴモデルにおいて、エクスビボで増大させたＴｒｅｇとＩＬ−２との共注入もまた、免疫再構成の改善及びＧＶＬ応答の保存とともにＧＶＨＤの抑制をもたらした（Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｂｌｏｏｄ ９９：３４９３−３４９９、Ｔｒｅｎａｄｏ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１１２：１６８８−１６９６）。Ｔｒｅｇはまた、炎症の抑制においても同様に重要である。継続中の炎症の関連において、治療が、ＧＶＨＤを悪化させ得る通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ）または他のエフェクターの活性化を伴わずに、Ｔｒｅｇを優先的に強化することは非常に重要である。Ｔｒｅｇのインビボでの有効な増強はまた、Ｔｒｅｇ機能不全が関わっているとの見方が高まっている、末梢性寛容の機能障害による他の障害（例、ＳＬＥ、Ｔ１Ｄ、ＭＳ、乾癬、ＲＡ、ＩＢＤ、脈管炎のような自己免疫疾患）と直接的関連性を持つ（Ｇｒｉｎｂｅｒｇ−Ｂｌｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０７：１８７１−１８７８、Ｂｕｃｋｎｅｒ（２０１０）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０：８４９−８５９、Ｈｕｍｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０７：２０４−２０９、Ｃａｒｂｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２０：６９−７４）。
「ナイーブＴｃｏｎ」とは、骨髄中で分化し、胸腺における正及び負の中枢性選択過程を成功裏に経たが、抗原への曝露による活性化を未だ経ていない、ＣＤ４＋ Ｔ細胞またはＣＤ８＋ Ｔ細胞である。ナイーブＴｃｏｎは、Ｌ−セレクチン（ＣＤ６２Ｌ）の表面発現、ＣＤ２５、ＣＤ４４、またはＣＤ６９等の活性化マーカーの不在、及びＣＤ４５ＲＯ等の記憶マーカーの不在を一般に特徴とする。したがって、ナイーブＴｃｏｎは、静止状態かつ非分裂性であり、恒常性生存（ｈｏｍｅｏｓｔａｔｉｃ ｓｕｒｖｉｖａｌ）のためにインターロイキン−７（ＩＬ−７）及びインターロイキン−１５（ＩＬ−１５）を必要とすると考えられる（少なくともＷＯ２０１０／１０１８７０を参照されたい）。かかる細胞の存在及び活性は、免疫応答を抑制する関連においては望まれない。
Ｔｒｅｇとは異なり、「エフェクターＴｃｏｎ」はアネルギー性ではなく、抗原ベースのＴ細胞受容体活性化に応答して増殖することができる（Ｌｅｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｐｈｉｌｏｓ．Ｔｒａｎｓ．Ｒ．Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄ．Ｂｉｏｌ．Ｓｃｉ．３５６：６２５−６３７）。エフェクターＴｃｏｎは、ＣＤ４＋またはＣＤ８＋ Ｔ細胞であり得る。それらは、それぞれＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に関連する抗原を認識し、全般的にＣＤ２５、ＣＤ４４、またはＣＤ６９等の活性化マーカーを発現するが、全般的にＣＤ４５ＲＯ等の記憶マーカーは発現しない。一般に、Ｔｒｅｇの数の増加、Ｔｒｅｇ活性の増加、及び／またはＴｒｅｇ細胞死（例、アポトーシス）の減少は、様々な免疫障害（例、ｃＧＶＨＤ）に関連付けられる不要な免疫反応を抑制するのに有用である。Ｔｒｅｇはまた、炎症の抑制においても同様に重要である。継続中の炎症の関連において、治療は、ＧＶＨＤを悪化させ得るＴｃｏｎまたは他のエフェクターの活性化を伴わずに、Ｔｒｅｇを優先的に強化し得る。Ｔｒｅｇのインビボでの有効な増強はまた、Ｔｒｅｇ機能不全が関わっているとの見方が高まっている、末梢性寛容の機能障害による他の障害（例、ＳＬＥ、Ｔ１Ｄ、ＭＳ、乾癬、ＲＡ、ＩＢＤ、脈管炎のような自己免疫疾患）と直接的関連性を持つ（Ｇｒｉｎｂｅｒｇ−Ｂｌｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０７：１８７１−１８７８、Ｂｕｃｋｎｅｒ（２０１０）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０：８４９−８５９、Ｈｕｍｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０７：２０４−２０９、Ｃａｒｂｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２０：６９−７４）。
「記憶Ｔｃｏｎ」とは、少なくとも３つの明確に異なるＴ細胞の亜集団によって代表される、抗原を経験したＴ細胞（すなわち、以前に抗原に曝露され、それに応答したことのあるＴ細胞）である。記憶Ｔｃｏｎは、抗原に再び曝露されると迅速に複製し、より強力な免疫応答を引き出すことができる。記憶Ｔｃｏｎ亜集団（ｓｕｂｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｃｓ）は、ケモカイン受容体ＣＣＲ７、及びＬ−セレクション（ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）（ＣＤ６２Ｌ）の差次的発現に基づいて識別され得る（Ｓａｌｌｕｓｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５１：１６７−１７１）。例えば、幹細胞記憶Ｔ細胞（Ｔｓｃｍ）は、ナイーブ細胞のように、ＣＤ４５ＲＯ−、ＣＣＲ７＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ６２Ｌ＋（Ｌ−セレクチン）、ＣＤ２７＋、ＣＤ２８＋、及びＩＬ−７Ｒα＋であるが、それらはまた大量のＣＤ９５、ＩＬ−２Ｒβ、ＣＸＣＲ３、及びＬＦＡ−１も発現し、記憶細胞に特有の多数の機能的特質を示す（Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１７：１２９０−１２９７）。セントラル記憶細胞（Ｔｃｍ）は、Ｌ−セレクチン及びＣＣＲ７を発現し、ＩＬ−２を分泌するが、ＩＦＮγもＩＬ−４も分泌しない。エフェクター記憶細胞（Ｔｅｍ）は、Ｌ−セレクチンもＣＣＲ７も発現しないが、エフェクターサイトカイン様ＩＦＮγ及びＩＬ−４を産生する。
「疲弊したＴｃｏｎ」とは、Ｔ細胞機能を次第に喪失したＴ細胞である。「疲弊」または「無応答性」とは、細胞が正常な入力シグナルに応答してその通常の機能または活動を行わない細胞の状態を指し、活性化受容体またはサイトカインを介した刺激等の刺激に対する免疫細胞の屈折性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）を含む。かかる機能または活動には、増殖または細胞分裂、細胞周期への進入、サイトカイン産生、細胞傷害作用、トラフィッキング、貪食活性、またはそれらの任意の組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。正常な入力シグナルには、受容体（例、Ｔ細胞受容体、Ｂ細胞受容体、共刺激受容体等）を介した刺激が含まれ得るが、これらに限定されない。
疲弊した免疫細胞は、同じ型の対応する対照免疫細胞と比べて、細胞傷害活性、サイトカイン産生、増殖、トラフィッキング、貪食活性、またはそれらの任意の組み合わせが少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれを超えて低減し得る。一実施形態では、疲弊した細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞（例、抗原特異的であるエフェクターＣＤ８＋ Ｔ細胞）である。ＣＤ８細胞は通常は、Ｔ細胞受容体及び／または共刺激受容体の刺激に応答して、ならびにＩＬ−２等のサイトカインに応答して増殖する（例、コロニー増大）。故に、疲弊したＣＤ８ Ｔ細胞は、正常な入力シグナルに応答して増殖しない及び／またはサイトカインを産生しないものである。エフェクター機能の疲弊は、やがて末期のまたは完全な疲弊、そして最終的には排除へとつながる、いくつかの段階に従って描写され得ることが周知である（Ｙｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２９：４７４−４８１、Ｗｈｅｒｒｙ ａｎｄ Ａｈｍｅｄ（２００４）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７８：５５３５−５５４５）。第１段階では、機能的Ｔ細胞は、「部分的疲弊Ｉ」期に入り、これはＩＬ−２産生の喪失、ＴＮＦα産生の低減、ならびに増殖能及び／またはエクスビボ溶解能力の低減を含めた、エフェクター機能のサブセットの喪失を特徴とする。第２段階では、部分的に疲弊したＴ細胞は、「部分的疲弊ＩＩ」期に入り、このとき抗原刺激に次ぐＩＬ−２産生及びＴＮＦα産生の両方が終止し、ＩＦＮγ産生が低減する。ＣＤ８＋ Ｔ細胞が、抗原刺激に次ぐＩＬ−２、ＴＮＦα、及びＩＦＮγの産生の欠如、ならびにエクスビボ溶解能力及び増殖能の喪失を含めて、全てのエフェクター機能を喪失するとき、「完全疲弊」または「末期疲弊」が起こる。完全に疲弊したＣＤ８＋ Ｔ細胞は、正常な入力シグナルに応答して増殖しない、標的細胞を溶解（細胞傷害作用）しない、及び／またはＩＬ−２、ＴＮＦα、もしくはＩＦＮγ等の適切なサイトカインを産生しないものである。かかるエフェクター機能の欠如は、抗原負荷が高く、及び／またはＣＤ４援助が低いときに起こり得る。この階層的な機能喪失はまた、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３等といった共阻害因子免疫受容体の発現にも関連する（Ｄａｙ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔｕｒｅ ４４３：３５０−４、Ｔｒａｕｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１２：１１９８−２０２、及びＵｒｂａｎｉ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８０：１３９８−１４０３）。末期的に疲弊したＴ細胞のマーカーとしての高エオメソデルミン（ｅｏｍｅｓｏｄｅｒｍｉｎ）（ＥＯＭＥＳ）及び低ＴＢＥＴ発現等、他の分子マーカーが免疫細胞疲弊の階層的段階を区別する（Ｐａｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３８：１２２０−１２２５）。Ｂｃｌ−ｂの低減及びＢＬＩＭＰ−１（Ｐｄｒｍ１）の産生の増加等、疲弊したＴ細胞の追加のマーカー。
免疫細胞は、単一の源または複数の源（例、単一の対象または複数の対象）から得ることができる。複数とは、少なくとも２つ（例、１つよりも多く）を指す。依然として別の実施形態では、非ヒト哺乳動物は、マウスである。目的とする細胞型が得られる動物は、成体、新生（例、生後４８時間未満）、未成熟、または子宮内であってもよい。目的とする細胞型は、初代細胞、幹細胞、樹立したがん細胞株、不死化初代細胞等であってもよい。
故に、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数の減少、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ活性の減少、及び／またはＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ細胞死（例、アポトーシス）の増加は全般的に、様々な免疫障害（例、がん、感染症等）に関連付けられる免疫反応を増加させるのに有用である。その逆もまた、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を上方制御することによって免疫反応を減少させるために適用可能である。例えば、Ｔｒｅｇのインビボでの有効な増強はまた、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ機能不全が関わっているとの見方が高まっている、末梢性寛容の機能障害による他の障害（例、ＳＬＥ、Ｔ１Ｄ、ＭＳ、乾癬、ＲＡ、ＩＢＤ、脈管炎のような自己免疫疾患）と直接的関連性を持つ（Ｇｒｉｎｂｅｒｇ−Ｂｌｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０７：１８７１−１８７８、Ｂｕｃｋｎｅｒ（２０１０）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０：８４９−８５９、Ｈｕｍｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０７：２０４−２０９、Ｃａｒｂｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２０：６９−７４）。
Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数／活性、Ｔｃｏｎの活性、Ｔｒｅｇ：Ｔｃｏｎ相互作用、及びＢｒｅｇ：Ｂｃｏｎ相互作用の調節は、当該技術分野で周知の方法に従って、また実施例に例示されるように決定することができる。例えば、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ及び／またはＴｃｏｎの増殖、活性、アポトーシス、サイトカイン産生レパートリー、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの活性、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇのアポトーシス、細胞バイオマーカーの発現（例、ＣＤ４、ＣＤ１９、ＣＤ２４、ＣＤ２５、ＣＤ３８、ＣＤ２５、ＦＯＸＰ３等の発現）等を分析することができる。その上、リンパ球サブセットの表現型分析、低減された免疫応答につながる免疫調節の機能的アッセイ、血漿中サイトカイン等を本明細書にさらに記載されるように分析することができる。
かかる周知の免疫細胞の特質をまた用いて、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇを精製、濃縮、及び／または単離することができるか、あるいは代替として、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇを調節する（例、低減する）またはＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの調節を決定する（例、低減を確認する）ことができる。例えば、「濃縮されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ」という用語は、他のＴ細胞に加えてＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇをある比率で含む組成物を指し、この比率は、当該組成物が少なくとも１：２、１：１．９、１：１．８、１：１．７、１：１．６、１：１．５、１：１．４、１：１．３、１：１．２、１：１．１、１：１、１：０．９、１：０．８、１：０．７、１：０．６、１：０．５、１：０．４、１：０．３、１：０．２、１：０．１、もしくはそれを超える、またはそれらの間の任意の範囲もしくはそれらの間の任意の値の、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ対Ｔｃｏｎ（すなわち、Ｔｒｅｇ対ＴｃｏｎまたはＢｒｅｇ対Ｔｃｏｎ）、ＣＤ３＋細胞、またはＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ対別の細胞ベンチマークの比を有するようなものである。かかる比は、ＣＤ２５＋細胞に対する正の選択と組み合わせたＣＤ８＋及びＣＤ１９＋共枯渇（ｃｏ−ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ）等の種々の手法で、Ｔ／Ｂ細胞を含む組成物を精製することによって達成することができる。かかる濃縮されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇは、細胞マーカー及び／または生存率の点からさらに定義され得る。例えば、濃縮されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ細胞組成物は、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％超、もしくはそれを超える、またはそれらの間の任意の範囲もしくはそれらの間の任意の値の総細胞生存率を有し得る。それは、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％超、もしくはそれを超える、またはそれらの間の任意の範囲もしくはそれらの間の任意の値の、特定のバイオマーカーの発現を有する細胞を含み得る。例えば、それは、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％超、もしくはそれを超える、またはそれらの間の任意の範囲もしくはそれらの間の任意の値のＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞を含み得る。同様に、「低減されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇという用語は、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの低減を指し、濃縮されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇに関して上記に提供される説明の逆の方式に従って、定量化及び定性化（ｑｕａｌｉｆｉｅｄ）することができる。「増加したＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ」という用語は、低減されたＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの反対を指す。
「遮断」抗体または抗体「アンタゴニスト」とは、それが結合する抗原（複数可）の少なくとも１つの生物活性を阻害するかまたは低減するものである。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される遮断抗体もしくはアンタゴニスト抗体またはその断片は、抗原（複数可）の所与の生物活性を実質的にまたは完全に阻害する。
「体液」という用語は、身体から排泄または分泌される流体ならびに通常は身体から排泄または分泌されない流体（例、羊水、房水、胆汁、血液及び血漿、脳脊髄液、耳垢及び耳滓、カウパー液または尿道球腺液（ｐｒｅ−ｅｊａｃｕｌａｔｏｒｙ ｆｌｕｉｄ）、乳糜、糜粥、便、膣液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、間質液、細胞内液、リンパ液、月経液、母乳、粘液、胸水、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、滑液、涙、尿、膣粘滑液、硝子体液、及び嘔吐物）を指す。
「がん」または「腫瘍」または「過剰増殖性」という用語は、無制御な増殖、不死性、転移能、急速な成長及び増殖速度、ならびにある特定の特徴的な形態学的特徴等の、発がん性細胞に典型的な特質を持つ細胞の存在を指す。一部の実施形態では、かかる細胞は、発がん遺伝子の発現及び活性、あるいは網膜芽細胞腫タンパク質（Ｒｂ）等の腫瘍抑制遺伝子の欠陥のある発現及び／または活性に部分的にまたは全体的に起因して、かかる特質を示す。がん細胞は腫瘍の形態であることが多いが、かかる細胞は、動物内で単独で存在してもよいし、または白血病細胞等の非腫瘍原性がん細胞であってもよい。本明細書で使用されるとき、「がん」という用語は、前悪性がんならびに悪性がんを含む。がんには、Ｂ細胞癌、例えば、多発性骨髄腫、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、例えば、アルファ鎖病、ガンマ鎖病、及びミュー鎖病等の重鎖病、良性モノクローナル高ガンマグロブリン血症、及び免疫細胞性アミロイドーシス、黒色腫、乳癌、肺癌、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳または中枢神経系癌、末梢性神経系癌、食道癌、子宮頸癌、子宮癌または子宮内膜癌、口腔または咽頭の癌、肝臓癌、腎臓癌、精巣癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織の癌等が含まれるが、これらに限定されない。本発明によって包含される方法に適用可能ながんの種類の他の非限定的な例としては、ヒト肉腫及び癌腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、肝臓癌、絨毛腫、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、骨癌、脳腫瘍、精巣癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ球性白血病及び急性骨髄球性白血病（骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、及び赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病及び慢性リンパ球性白血病）；ならびに真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病及び非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、及び重鎖病が挙げられる。一部の実施形態では、がんは、上皮性の性質であり、これには、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、婦人科癌、腎臓癌、喉頭癌、肺癌、口腔癌、頭頸部癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、または皮膚癌が含まれるが、これらに限定されない。他の実施形態では、がんは、乳癌、前立腺癌、肺癌、または結腸癌である。依然として他の実施形態では、上皮癌は、非小細胞肺癌、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（例、漿液性卵巣癌卵巣癌）、または乳癌である。上皮癌は、漿液性、類内膜性、粘液性、明細胞、ブレンナー、または未分化を含むが、これらに限定されない種々の他の方式で特徴評価され得る。
ある特定の実施形態では、がんは、多発性骨髄腫である。多発性骨髄腫、別名、形質細胞骨髄腫またはカーレル病は、通常は抗体の産生を担う白血球の一種である形質細胞のがんである。多発性骨髄腫においては、異常な形質細胞の集まりが骨髄中に蓄積し、そこでそれらが正常な血液細胞の産生を妨害する。骨髄腫のほとんどの症例はまた、腎臓の問題を引き起こし得る異常な抗体である、パラプロテインの産生も特徴とする。骨病変及び高カルシウム血症（高血中カルシウムレベル）もまた経験することが多い。多発性骨髄腫を診断するには、いずれの単一の検査の結果でも概して不十分である。診断は、患者による症状の説明、医師による患者の身体診察、ならびに血液検査及び任意選択のＸ線の結果を含めた因子の組み合わせに基づく。対象における多発性骨髄腫の診断は、当該技術分野で既知の任意の確立された診断手順を通して起こり得る。一般に、生検により形質細胞腫瘍が確証される場合、あるいは骨髄中の細胞の少なくとも１０％が形質細胞であり、これと併せて、Ｍタンパク質の血中レベルもしくは尿中レベルのいずれかがある特定のレベル（例、それぞれ３ｇ／ｄＬ及び１ｇ／ｄＬ）を上回るとの所見があるか、または腫瘍成長もしくは脆弱な骨（骨粗鬆症）に起因する骨の穴が画像診断で認められる場合、多発性骨髄腫と診断される。本明細書に記載されるがん療法に加えて、多発性骨髄腫及び他のがんは、一部の実施形態では、治療上有効量のプロテアソーム阻害剤、例えばボルテゾミブに応答し得る。ボルテゾミブは、細胞のプロテアソームの機能を可逆的に遮断して、がん細胞の成長及び生存に関連するものを含めた多数の生物学的経路に影響を及ぼす。多数の他の有効なプロテアソーム阻害剤が当該技術分野で既知であり、これには、例えば、カーフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ（ｏｐｒｏｚｏｍｉｂ）、ＡＭ−１１４、マリゾミブ、ＴＭＣ−９５Ａ、クルクゾン（ｃｕｒｃｕｓｏｎｅ）−Ｄ、及びＰＩ−１８４０が含まれる（例えば、米国特許公開第２０１７／０１０１６８４号を参照されたい）。ボルテゾミブは、過去に少なくとも１つの治療をすでに受けたことがあり、疾患が最後の治療から悪化しており、かつ骨髄移植術をすでに受けたことがあるか、または骨髄移植術が適さない、多発性骨髄腫を有する患者における使用に関して現在承認されている。ボルテゾミブは、多発性骨髄腫が再発した患者及び腎機能不全を患うＭＭ患者において顕著な活性を有する。ボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤の有効性は、デキサメタゾンと併用及びドキソルビシン等の他のがん薬物と併用する場合に増加することが知られている。故に、プロテアソーム阻害剤はしたがって、本開示において、単独で、またはメルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、抗体断片に基づく薬物を含めたモノクローナル抗体薬、キネシンスピンドルタンパク質（ｋｉｎｅｓｉｎ ｓｐｉｎｄｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、熱ショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、及びＢ−ＲＡＦ阻害剤等の、本明細書に記載される他の治療薬と組み合わせてのいずれかで使用され得る。
「コード領域」という用語は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域を指し、一方で、「非コード領域」という用語は、アミノ酸に翻訳されないヌクレオチド配列の領域（例、５’及び３’非翻訳領域）を指す。
「相補的」という用語は、２つの核酸鎖の領域間または同じ核酸鎖の２つの領域間での配列相補性の広い概念を指す。第１の核酸領域のアデニン残基は、第２の核酸領域の残基がチミンまたはウラシルである場合、第１の領域と逆平行であるその第２の核酸領域の残基と特定の水素結合を形成（「塩基対形成」）可能であることが知られている。同様に、第１の核酸鎖のシトシン残基は、第２の核酸鎖の残基がグアニンである場合、第１の鎖と逆平行であるその第２の核酸鎖の残基と塩基対を形成可能であることが知られている。核酸の第１の領域は、同じまたは異なる核酸の第２の領域に対して、これら２つの領域が逆平行の様式で配置されるときに第１の領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基が第２の領域のある残基と塩基対を形成可能である場合、相補的である。好ましくは、第１及び第２の部分が逆平行の様式で配置されるときに第１の部分のヌクレオチド残基の少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％が、第２の部分におけるヌクレオチド残基と塩基対を形成可能であるように、第１の領域は第１の部分を含み、第２の領域は第２の部分を含む。より好ましくは、第１の部分の全てのヌクレオチド残基が、第２の部分におけるヌクレオチド残基と塩基対を形成可能である。
「対照」という用語は、試験試料中の発現産物との比較を提供するのに好適な任意の参照標準を指す。一実施形態では、対照とは、「対照試料」を得ることを含み、この対照試料から発現産物レベルが検出され、試験試料からの発現産物レベルと比較される。かかる対照試料は、転帰が知られている対照患者由来の試料（保管された試料または以前の試料の測定値であり得る）；正常な患者もしくは目的とする病態（代表的な病態としてがんが下記で用いられる）を有する患者等の対象から単離された正常組織もしくは細胞、正常な対象もしくはがん患者等の対象から単離された培養初代細胞／組織、がん患者の同じ臓器もしくは身体部位から得られた隣接する正常細胞／組織、正常な対象から単離された組織もしくは細胞試料、または寄託機関から得られた初代細胞／組織を含むが、これらに限定されない、任意の好適な試料を含んでもよい。別の好ましい実施形態では、対照は、ハウスキーピング遺伝子、正常組織（または他の以前に分析された対照試料）由来の発現産物レベル範囲、患者の群、またはある特定の転帰（例えば、１年、２年、３年、４年等の生存率）を有するもしくはある特定の治療（例えば、標準治療によるがん療法）を受けている一組の患者に由来する試験試料内での以前に決定された発現産物レベル範囲を含むが、これらに限定されない、任意の好適な源に由来する参照標準の発現産物レベルを含んでもよい。かかる対照試料及び参照標準の発現産物レベルが本発明の方法において対照として組み合わせて使用され得ることが、当業者には理解されよう。一実施形態では、対照は、正常または非がん性細胞／組織試料を含んでもよい。別の好ましい実施形態では、対照は、一組のがん患者等の一組の患者について、またはある特定の治療を受けている一組のがん患者について、または１つの転帰対別の転帰を有する一組の患者についての発現レベルを含んでもよい。前者の場合、各患者の具体的な発現産物レベルが、パーセンタイル発現レベルに割り当てられ得るか、または参照標準の発現レベルの平均（ｍｅａｎ）もしくは平均（ａｖｅｒａｇｅ）よりも高いかもしくは低いかのいずれかとして表され得る。別の好ましい実施形態では、対照は、正常細胞、併用化学療法で治療された患者由来の細胞、及び良性がんを有する患者由来の細胞を含んでもよい。別の実施形態では、対照はまた、測定された値、例えば、ある集団における特定の遺伝子の、同じ集団におけるハウスキーピング遺伝子の発現レベルと比較した平均発現レベルを含んでもよい。かかる集団は、正常な対象、いずれの治療も受けたことがない（すなわち、治療未経験）がん患者、標準治療による療法を受けているがん患者、または良性がんを有する患者を含んでもよい。別の好ましい実施形態では、対照は、試験試料中での２つの遺伝子の発現産物レベルの比を決定し、それを参照標準における同じ２つの遺伝子の任意の好適な比と比較すること；試験試料中での２つ以上の遺伝子の発現産物レベルを決定し、任意の好適な対照中での発現産物レベルの差異を決定すること；及び試験試料中での２つ以上の遺伝子の発現産物レベルを決定し、それらの発現を試験試料中でのハウスキーピング遺伝子の発現に対して正規化し、任意の好適な対照と比較することを含むが、これらに限定されない、発現産物レベルの比の変換を含む。特に好ましい実施形態では、対照は、試験試料と同じ系列及び／または型に属する対照試料を含む。別の実施形態では、対照は、がんを有する全ての患者等の一組の患者試料内でまたは一組の患者試料に基づいて、パーセンタイルとして群分けされた発現産物レベルを含んでもよい。一実施形態では、対照の発現産物レベルが確立され、ここにおいて、例えば特定のパーセンタイルと比べて、より高いかまたはより低い発現産物のレベルが、転帰の予測の根拠として用いられる。別の好ましい実施形態では、転帰が知られているがん対照患者由来の発現産物レベルを用いて、対照の発現産物レベルが確立され、転帰の予測の根拠として試験試料由来の発現産物レベルが対照の発現産物レベルと比較される。下記のデータによって実証されるように、本発明の方法は、試験試料中での発現産物のレベルを対照と比較する際、具体的なカットポイントの使用に限定されない。
バイオマーカー核酸の「コピー数」とは、細胞（例、生殖細胞及び／または体細胞）における、特定の遺伝子産物をコードするＤＮＡ配列の数を指す。一般に、所与の１つの遺伝子について、哺乳動物は、各遺伝子の２つのコピーを有する。しかしながら、コピー数は、遺伝子増幅もしくは重複によって増加され得るか、または欠失によって低減され得る。例えば、生殖細胞のコピー数の変化には、１つまたは複数のゲノム座位における変化が含まれ、該１つまたは複数のゲノム座位は、対照における生殖細胞のコピーの正常な補数におけるコピー数（例、具体的な生殖細胞ＤＮＡ及び対応するコピー数が決定された種と同じ種についての生殖細胞ＤＮＡにおける正常なコピー数）によっては説明されない。体細胞のコピー数の変化には、１つまたは複数のゲノム座位における変化が含まれ、該１つまたは複数のゲノム座位は、対照の生殖細胞ＤＮＡにおけるコピー数（例、体細胞ＤＮＡ及び対応するコピー数が決定された対象と同じ対象についての生殖細胞ＤＮＡにおけるコピー数）によっては説明されない。
バイオマーカー核酸の「正常な」コピー数（例、生殖細胞及び／または体細胞）またはバイオマーカー核酸、もしくはタンパク質の「正常な」発現レベルは、対象、例えばがんに罹患していないヒト由来の、またはがんを有する同じ対象における対応する非がん性組織由来の、生体試料、例えば、組織、全血、血清、血漿、頬側掻き取り物、唾液、脳脊髄液、尿、便、及び骨髄を含有する試料中の、活性／発現レベルまたはコピー数である。
「対象に好適な治療レジメンを決定すること」という用語は、本発明による分析の結果に基づいてまたは本質的に基づいてまたは少なくとも部分的に基づいて開始される、変更される、及び／または終了される、対象に対する治療レジメン（すなわち、対象におけるがんの予防及び／または治療に用いられる単一の療法または異なる療法の組み合わせ）の決定を意味するように解釈される。１つの例は、免疫調節療法（例、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター療法）を提供するような、がんに対する標的療法を提供するかどうかを決定することである。別の例は、再発リスクの減少を目的とする外科手術後の補助療法を開始することであり、別の例は、特定の化学療法の投薬量を変更することであろう。決定は、本発明による分析の結果に加えて、治療されるべき対象の個体特有の特質に基づくことができる。ほとんどの場合、対象に好適な治療レジメンの実際の決定は、主治医または担当医（ａｔｔｅｎｄｉｎｇ ｐｈｙｓｉｃｉａｎ ｏｒ ｄｏｃｔｏｒ）によって行われよう。
「発現シグネチャ」または「シグネチャ」という用語は、２つ以上の協調的に発現されるバイオマーカーの群を指す。例えば、このシグネチャを構成する遺伝子、タンパク質等は、具体的な細胞系列、分化段階において、または特定の生物学的応答の間に発現され得る。バイオマーカーは、がんの起源細胞、生検試料中の非悪性細胞の性質、及びがんの原因となる発がん機構等の、それらが発現される腫瘍の生物学的側面を反映し得る。発現データ及び遺伝子発現レベルは、コンピュータ可読媒体、例えば、マイクロアレイまたはチップ読み取りデバイスと併用されるコンピュータ可読媒体に記憶させることができる。かかる発現データは、発現シグネチャを生成するように操作することができる。
分子は、それが基質と共有結合性または非共有結合性で会合し、それにより、実質的な割合の分子が基質から解離することなく基質を流体（例、標準クエン酸食塩水（ｓｔａｎｄａｒｄ ｓａｌｉｎｅ ｃｉｔｒａｔｅ）、ｐＨ７．４）ですすぐことができる場合、基質に「固定」または「固着」されている。
細胞のバイオマーカーの発現に関連する「高」、「低」、「中間」、及び「陰性」という用語は、１つまたは複数の参照細胞による細胞のバイオマーカーの発現と比べた、バイオマーカーの発現量を指す。バイオマーカーの発現は、限定されないが、１つまたは複数のバイオマーカーのゲノム核酸、リボ核酸、及び／またはポリペプチドの細胞レベル、活性、構造等の分析を含む、本明細書に記載される任意の方法に従って決定することができる。一実施形態では、これらの用語は、バイオマーカーをそれぞれ最も高い、中間の、または最も低いレベルで発現する細胞集団の定義されたパーセンテージを指す。かかるパーセンテージは、バイオマーカーを高度に発現するかまたは弱く発現するかのいずれかの細胞集団の上位０．１％、０．５％、１．０％、１．５％、２．０％、２．５％、３．０％、３．５％、４．０％、４．５％、５．０％、５．５％、６．０％、６．５％、７．０％、７．５％、８．０％、８．５％、９．０％、９．５％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％もしくはそれを超える、または境界値を含むそれらの間の任意の範囲として定義され得る。バイオマーカーを検出可能に発現しない細胞はバイオマーカーの発現に関して「陰性」であるため、「低」という用語は、かかる細胞を除外する。「中間」という用語は、バイオマーカーを発現するが、それを「高」レベルで発現する集団よりもそのレベルが低い細胞を含む。別の実施形態では、これらの用語はまた、定性的または統計的プロット領域によって特定されるバイオマーカーの発現の細胞集団を指すことができるか、または代替例ではそれらを指す。例えば、フローサイトメトリーを用いて選別された細胞集団は、当該技術分野で周知の方法に従って、例えば平均蛍光強度等に基づいて等、検出可能部分の分析に基づいて明確に異なるプロットを特定することによって、バイオマーカーの発現レベルを基にして弁別され得る。かかるプロット領域は、目的とするバイオマーカーに関して、当該技術分野で周知の方法に基づいて数、形状、重複等に従って精密化することができる。依然として別の実施形態では、これらの用語はまた、追加のバイオマーカーに関する発現の存在または不在に従って決定することができる。
「相同」という用語は、同じ核酸鎖の２つの領域間または２つの異なる核酸鎖の領域間のヌクレオチド配列の類似性を指す。両方の領域におけるあるヌクレオチド残基の位置が同じヌクレオチド残基によって占有される場合、それらの領域はその位置で相同である。第１の領域は第２の領域に対して、各領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基の位置が同じ残基によって占有される場合、相同である。２つの領域間の相同性は、同じヌクレオチド残基によって占有される、２つの領域のヌクレオチド残基の位置の比率の点から表される。例として、ヌクレオチド配列５’−ＡＴＴＧＣＣ−３’を有する領域及びヌクレオチド配列５’−ＴＡＴＧＧＣ−３’を有する領域は、５０％の相同性を共有する。好ましくは、第１の部分及び第２の部分の各々のヌクレオチド残基の位置の少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％が同じヌクレオチド残基によって占有されるように、第１の領域は第１の部分を含み、第２の領域は第２の部分を含む。より好ましくは、これらの部分の各々の全てのヌクレオチド残基の位置が、同じヌクレオチド残基によって占有される。
「ＳＴＩＮＧ」または「インターフェロン遺伝子の刺激因子」という用語、別名、膜貫通タンパク質１７３（ＴＭＥＭ１７３）は、ウイルス及び細菌感染に対する自然免疫応答の主要な制御因子として機能する５回膜貫通型タンパク質を指す。ＳＴＩＮＧは、外因性及び内因性両方のサイトゾル環状ジヌクレオチド（ＣＤＮ）、活性化ＴＢＫ１／ＩＲＦ３（インターフェロン制御性因子３）、ＮＦ−κＢ（核内因子κＢ）、及びＳＴＡＴ６（シグナル伝達兼転写活性化因子６）シグナル伝達経路を感知して、強固なＩ型インターフェロン及び炎症誘発性サイトカイン応答を誘導するサイトゾル受容体である。「ＳＴＩＮＧ」という用語は、その断片、バリアント（例、アレルバリアント）、及び誘導体を含むことを意図する。代表的なヒトＳＴＩＮＧ ｃＤＮＡ及びヒトＳＴＩＮＧタンパク質配列は当該技術分野で周知であり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）から一般に入手可能である。ヒトＳＴＩＮＧアイソフォームには、より長いアイソフォーム１（ＮＭ＿１９８２８２．３及びＮＰ＿９３８０２３．１）、及びより短いアイソフォーム２（ＮＭ＿００１３０１７３８．１及びＮＰ＿００１２８８６６７．１、これはより短い５’ＵＴＲを有し、３’コード領域においてエクソンを欠いており、それによりバリアント１と比較してより短い独特のＣ末端をもたらす）が含まれる。ヒト以外の生物におけるＳＴＩＮＧオルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、チンパンジーＣＤＨ１（ＸＭ＿０１６９５３９２１．１及びＸＰ＿０１６８０９４１０．１、ＸＭ＿００９４４９７８４．２及びＸＰ＿００９４４８０５９．１、ＸＭ＿００１１３５４８４．３及びＸＰ＿００１１３５４８４．１）、サルＣＤＨ１（ＸＭ＿０１５１４１０１０．１及びＸＰ＿０１４９９６４９６．１）、イヌＣＤＨ１（ＸＭ＿０２２４０８２６９．１及びＸＰ＿０２２２６３９７７．１、ＸＭ＿００５６１７２６０．３及びＸＰ＿００５６１７３１７．１、ＸＭ＿０２２４０８２４９．１及びＸＰ＿０２２２６３９５７．１、ＸＭ＿００５６１７２６２．３及びＸＰ＿００５６１７３１９．１、ＸＭ＿００５６１７２５８．３及びＸＰ＿００５６１７３１５．１、ＸＭ＿０２２４０８２５３．１及びＸＰ＿０２２２６３９６１．１、ＸＭ＿００５６１７２５７．３及びＸＰ＿００５６１７３１４．１、ＸＭ＿０２２４０８２４０．１及びＸＰ＿０２２２６３９４８．１、ＸＭ＿００５６１７２５９．３及びＸＰ＿００５６１７３１６．１、ＸＭ＿０２２４０８２５９．１及びＸＰ＿０２２２６３９６７．１、ＸＭ＿０２２４０８２６５．１及びＸＰ＿０２２２６３９７３．１）、ウシＣＤＨ１（ＮＭ＿００１０４６３５７．２及びＮＰ＿００１０３９８２２．１）、マウスＣＤＨ１（ＮＭ＿００１２８９５９１．１及びＮＰ＿００１２７６５２０．１、ＮＭ＿００１２８９５９２．１及びＮＰ＿００１２７６５２１．１、ＮＭ＿０２８２６１．１及びＮＰ＿０８２５３７．１）、及びラットＣＤＨ１（ＮＭ＿００１１０９１２２．１及びＮＰ＿００１１０２５９２．１）が含まれる。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、がんを治療するのに有用な治療薬であることが示されている。ＳＴＩＮＧのアゴニストは当該技術分野で周知であり、これには、例えば、ＭＫ−１４５４、ＳＴＩＮＧアゴニスト−１（ＭｅｄＣｈｅｍ Ｅｘｐｒｅｓｓカタログ番号ＨＹ−１９７１１）、環状ジヌクレオチド（ＣＤＮ）、例えば、環状ジ−ＡＭＰ（ｃ−ジ−ＡＭＰ）、環状−ジ−ＧＭＰ（ｃ−ジ−ＧＭＰ）、ｃＧＭＰ−ＡＭＰ（２’３’ｃＧＡＭＰまたは３’３’ｃＧＡＭＰ）、または１０−カルボキシメチル−９−アクリダノン（ＣＭＡ）（Ｏｈｋｕｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．２０１５；４（４）：ｅ９９９５２３）、合理的に設計された合成ＣＤＮ誘導体分子（Ｆｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１５：７（２８３）：２８３ｒａ５２．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｔｒａｎｓｌｍｅｄ．ａａａ４３０６）、及び５，６−ジメチル−キサンテノン−４−酢酸（ＤＭＸＡＡ）（Ｃｏｒｒａｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１５；１１（７）：１０１８−１０３０）が含まれる。これらのアゴニストはＳＴＩＮＧに結合してそれを活性化し、強力なＩ型ＩＦＮ応答をもたらす。一方で、小分子阻害剤によるｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路の標的化は、異常なＤＮＡ感知及びシグナル伝達に起因する過剰なＩ型ＩＦＮ産生に関連する、炎症性疾患及び自己免疫疾患等の重度の衰弱性疾患の治療に有益であろう。ＳＴＩＮＧ阻害剤もまた既知であり、これには、例えば、ＣＣＣＰ（ＭｅｄＣｈｅｍ Ｅｘｐｒｅｓｓ、カタログ番号ＨＹ−１００９４１）及び２−ブロモパルミテート（Ｔａｏ，ｅｔ ａｌ．，ＩＵＢＭＢ Ｌｉｆｅ．２０１６；６８（１１）：８５８−８７０）が含まれる。この用語がさらに、ＳＴＩＮＧ分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指して使用され得ることに留意すべきである。例えば、配列組成、同一性パーセンテージ、配列長、ドメイン構造、機能的活性等の任意の組み合わせが、本発明のＳＴＩＮＧ分子を説明するために使用され得る。
「ＳＴＩＮＧ経路」または「ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路」という用語は、サイトゾルＤＮＡ誘導性シグナル伝達事象を媒介する、ＳＴＩＮＧ制御性自然免疫経路を指す。サイトゾルＤＮＡがｃＧＡＳに結合してそれを活性化し、ｃＧＡＳがＡＴＰ及びＧＴＰからの２’３’−ｃＧＡＭＰの合成を触媒する。２’３’−ｃＧＡＭＰは、ＥＲアダプターＳＴＩＮＧに結合し、ＳＴＩＮＧがＥＲ−ゴルジ中間区画（ＥＲＧＩＣ）及びゴルジ体に移動する。次いでＳＴＩＮＧは、ＩＫＫ及びＴＢＫ１を活性化する。ＴＢＫ１はＳＴＩＮＧをリン酸化し、ＳＴＩＮＧが今度は、ＴＢＫ１によるリン酸化のためにＩＲＦ３を動員する。リン酸化されたＩＲＦ３は二量体化し、次いで核に進入し、そこでそれはＮＦ−ｋＢとともに、Ｉ型インターフェロン及び他の免疫調節分子の発現をオンにするように機能する。ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路は、多岐にわたるＤＮＡ含有病原体による感染に対する保護的な免疫防御を媒介するだけでなく、腫瘍由来のＤＮＡもまた検出し、内因性の抗腫瘍免疫を生成する。しかしながら、自己ＤＮＡによるｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路の異常な活性化はまた、自己免疫疾患及び炎症性疾患にもつながり得る。
「免疫療法」という用語は、例えば、がんワクチン及び／または感作された抗原提示細胞の使用を含み得る、標的療法の一形態を指す。例えば、腫瘍溶解性ウイルスは、正常細胞を無傷に保ちつつ、がん細胞に感染してそれを溶解させることが可能なウイルスであることから、それらは免疫調節療法において有用な可能性がある。腫瘍溶解性ウイルスの複製は、腫瘍細胞破壊を容易にするとともに、腫瘍部位において用量増幅（ｄｏｓｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）をももたらす。それらはまた、抗がん遺伝子のためのベクターとしても作用して、それらが腫瘍部位に特異的に送達されるようにし得る。免疫療法は、がん抗原または疾患抗原に対して向けられた既存（ｐｒｅ−ｆｏｒｍｅｄ）抗体の投与（例、任意選択で化学療法剤または毒素に連結された、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体の投与）によって達成される、宿主の短期的保護のための受動免疫を伴い得る。免疫療法はまた、細胞傷害性リンパ球により認識されるがん細胞株のエピトープの使用にも着目し得る。代替として、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチド等を用いて、腫瘍またはがんの開始、進行、及び／または病理に関連付けられる生体分子を選択的に調節することができる。上述したように、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４等といった免疫チェックポイント標的に対する免疫療法が有用である。
「免疫チェックポイント」という用語は、抗腫瘍免疫応答を下方調節するかまたは阻害することによって免疫応答を微調整する、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞の細胞表面上の分子の群を指す。免疫チェックポイントタンパク質は当該技術分野で周知であり、これには、限定されないが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲが含まれる（例えば、ＷＯ２０１２／１７７６２４を参照されたい）。この用語は、生物活性タンパク質の断片、ならびに完全長免疫チェックポイントタンパク質及びその生物活性タンパク質の断片をコードする核酸をさらに包含する。一部の実施形態では、この用語は、本明細書に提供される相同性に関する説明に従った任意の断片をさらに包含する。
免疫チェックポイント及びそれらの配列は当該技術分野で周知であり、代表的な実施形態が下記に記載される。例えば、「ＰＤ−１」という用語は、既知のリガンドとしてＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２を有する共阻害性受容体として機能する、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーのメンバーを指す。ＰＤ−１は、ＴＣＲ誘導性の活性化Ｔ細胞死の間に上方制御される遺伝子を選択するためのサブトラクションクローニングに基づく手法を用いて、以前に同定された。ＰＤ−１は、ＰＤ−Ｌ１に結合するその能力に基づくＣＤ２８／ＣＴＬＡ−４ファミリーの分子のメンバーである。ＣＴＬＡ−４と同様に、ＰＤ−１は、抗ＣＤ３に応答してＴ細胞の表面上で急速に誘導される（Ａｇａｔａ ｅｔ ａｌ．２５（１９９６）Ｉｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：７６５）。しかしながら、ＣＴＬＡ−４とは対照的に、ＰＤ−１はまた、Ｂ細胞の表面上でも誘導される（抗ＩｇＭに応答して）。ＰＤ−１はまた、胸腺細胞及び骨髄系細胞のサブセット上でも発現される（Ａｇａｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９６）（上記参照）、Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｉｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：７７３）。
「ＩＤＯ」という用語は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼを指し、これはキヌレニン経路におけるトリプトファン異化の第１のかつ律速段階を触媒する、単量体のヘム含有サイトゾル酵素である。ＩＤＯは、「ＩＤＯ１」遺伝子によってコードされ、例えば、Ｄ−トリプトファン、Ｌ−トリプトファン、５−ヒドロキシ−トリプトファン、トリプタミン、及びセロトニンを含めた、複数のトリプトファン基質に対して作用することができる。この用語は、その断片、バリアント（例、アレルバリアント）、及び誘導体を含むことを意図する。代表的なヒトＩＤＯ１ ｃＤＮＡ及びヒトＩＤＯタンパク質配列は当該技術分野で周知であり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）から、それぞれ受託番号ＮＭ＿００２１６４．５及びＮＰ＿００２１５５．１の下で一般に入手可能である。ヒト以外の生物におけるＩＤＯ１／ＩＤＯオルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、マウスＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＮＭ＿００８３２４．１及びＮＰ＿０３２３５０．１）、チンパンジーＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＸＭ＿００１１３７５３１．２及びＸＰ＿００１１３７３５３１．１）、サルＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＮＭ＿００１０７７４８３．１及びＮＰ＿００１０７０９５１．１）、イヌＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＸＭ＿５３２７９３．４及びＸＰ＿５３２７９３．１）、ウシＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＮＭ＿００１１０１８６６．２及びＮＰ＿００１０９５３３６．１）、及びラットＩＤＯ１／ＩＤＯ（ＮＭ＿０２３９７３．１及びＮＰ＿０７６４６３．１）が含まれる。抗ＩＤＯ抗体は当該技術分野で周知であり、これには、例えば、ＬＳ−Ｃ１２３８３３（Ｌｉｆｅｓｐａｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＧ−２０Ａ−００３５（Ａｄｉｐｏｇｅｎ）、ＭＣＡ５４３３Ｚ（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ）、ＨＰＡ０２３１４９（Ａｔｌａｓ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、ＯＡＡＢ０１４０６（Ａｖｉｖａ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ）、及び２１０−３０１−Ｅ５８（Ｒｏｃｋｌａｎｄ）が含まれる。加えて、ＩＤＯの他の阻害剤（例、小分子）が既知であり、これには、例えば、ＮＳＣ−７２１７８２（１−メチル−［Ｄ］−トリプトファン、Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１１：３１２−３１９）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｌｏｏｄ １１５：３５２０−３５３０）、及びその他が含まれる（例えば、Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｅｘｐ．Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｔａｒｇ．９：８３１−８４９を参照されたい）。この用語がさらに、ＩＤＯ１／ＩＤＯ分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指して使用され得ることに留意すべきである。例えば、配列組成、同一性パーセンテージ、配列長、ドメイン構造、機能的活性等の任意の組み合わせが、本発明のＩＤＯ１／ＩＤＯ分子を説明するために使用され得る。
ＩＤＯはまた、「ＩＤＯ２」遺伝子によってもコードされ、これは、ＩＤＯ１のように、例えば、Ｄ−トリプトファン、Ｌ−トリプトファン、５−ヒドロキシ−トリプトファン、トリプタミン、及びセロトニンを含めた、複数のトリプトファン基質に対して同様に作用することができるタンパク質をコードする（Ｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｇｅｎｅ ３９６：２０３−２１３）。故に、「ＩＤＯ」という用語への言及は、各タンパク質がＩＤＯまたはＩＤＯ２のいずれかとして具体的に定義されない限り、本明細書に記載される実施形態により所望に応じて、それらが同じ酵素活性を有することから、ＩＤＯタンパク質及びＩＤＯ２タンパク質の両方を包含する。この用語は、その断片、バリアント（例、アレルバリアント）、及び誘導体を含むことを意図する。代表的なヒトＩＤＯ２ ｃＤＮＡ及びヒトＩＤＯ２タンパク質配列は当該技術分野で周知であり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）から、それぞれ受託番号ＮＭ＿１９４２９４．２及びＮＰ＿９１９２７０．２の下で一般に入手可能である。ヒト以外の生物におけるＩＤＯ２／ＩＤＯ２オルソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、これには、例えば、マウスＩＤＯ２／ＩＤＯ２（ＮＭ＿１４５９４９．２及びＮＰ＿６６６０６１．３）、チンパンジーＩＤＯ２／ＩＤＯ２（ＸＭ＿５２８１１６．４及びＸＰ＿５２８１１６．４）、サルＩＤＯ２／ＩＤＯ２（ＸＭ＿００１０９５８３３．２及びＸＰ＿００１０９５８３３．２）、イヌＩＤＯ２／ＩＤＯ２（ＸＭ＿００５６２９８２４．１、ＸＰ＿００５６２９８８１．１、ＸＭ＿００５６２９８２７．１、ＸＰ＿００５６２９８８４．１、ＸＭ＿００５６２９８２６．１、ＸＰ＿０５６２９８８３．１、ＸＭ＿００５６２９８２５．１、ＸＰ＿００５６２９８８２．１、ＸＭ＿００５６２９８２８．１、及びＸＰ＿００５６２９８８５．１）、及びラットＩＤＯ２／ＩＤＯ２（ＸＭ＿００１０６１２２８．２、ＸＰ＿００１０６１２２８．２、ＸＭ＿００３７５２９２０．１、及びＸＰ＿００３７５２９６８．１）が含まれる。抗ＩＤＯ２抗体は当該技術分野で周知であり、これには、例えば、ＬＳ−Ｃ１６５０９８（Ｌｉｆｅｓｐａｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、６００−４０１−Ｃ６９及び２１０−３０１−Ｅ５９（Ｒｏｃｋｌａｎｄ）、ＯＡＡＢ０８６７２及びＯＡＥＢＢ０２０６７（Ａｖｉｖａ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ）、ＴＡ５０１３７８（Ｏｒｉｇｅｎｅ）、ＥＢ０９５４８（Ｅｖｅｒｅｓｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＰＡ５−１９１８０（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｉｎｃ．）、ｏｒｂ２０２８５及びｏｒｂ３０４１１（Ｂｉｏｒｂｙｔ）、ならびにＡＰ０９４４１ＰＵ−Ｎ（Ａｃｒｉｓ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）が含まれる。加えて、ＩＤＯ２の他の阻害剤（例、小分子）が既知であり、これには、例えば、テナトプラゾール（Ｂａｋｍｉｗｅｗａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２２：７６４１−７６４６）、１−Ｄ−メチルトリプトファン（Ｄ−１ＭＴ）（Ｙｕａｓａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｃｏｍｐ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｐｈｓｉｏｌ．Ｂ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０−１５）、及びその他が含まれる。この用語がさらに、ＩＤＯ２／ＩＤＯ２分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指して使用され得ることに留意すべきである。例えば、配列組成、同一性パーセンテージ、配列長、ドメイン構造、機能的活性等の任意の組み合わせが、本発明のＩＤＯ２／ＩＤＯ２分子を説明するために使用され得る。
「抗免疫チェックポイント」または「免疫チェックポイント阻害剤」または「免疫チェックポイント遮断」療法は、免疫チェックポイント核酸及び／またはタンパク質を阻害する薬剤の使用を指す。免疫チェックポイントは、免疫応答を抑制する阻害性シグナルを提供するという共通の機能を共有し、１つまたは複数の免疫チェックポイントの阻害により、阻害性シグナル伝達を遮断するかまたは別様に中和して、それによって、がんをより効果的に治療するために免疫応答を上方制御することができる。免疫チェックポイントの阻害に有用な例示的な薬剤には、免疫チェックポイントタンパク質もしくはその断片に結合する及び／または不活性化するか、または免疫チェックポイントタンパク質もしくはその断片を阻害するかのいずれかが可能な抗体、小分子、ペプチド、ペプチド模倣体、天然リガンド、及び天然リガンドの誘導体；ならびに、免疫チェックポイント核酸もしくはその断片の発現及び／または活性を下方制御することが可能なＲＮＡ干渉、アンチセンス、核酸アプタマー等が含まれる。免疫応答を上方制御するための例示的な薬剤には、タンパク質とその天然受容体（複数可）との間の相互作用を遮断する、１つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質に対する抗体、１つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質の非活性化型（例、ドミナントネガティブポリペプチド）、１つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質とその天然受容体（複数可）との間の相互作用を遮断する小分子またはペプチド、その天然受容体（複数可）に結合する融合タンパク質（例、抗体または免疫グロブリンのＦｃ部分に融合された免疫チェックポイント阻害タンパク質の細胞外部分）、免疫チェックポイント核酸の転写または翻訳を遮断する核酸分子等が含まれる。かかる薬剤は、１つまたは複数の免疫チェックポイントとその天然受容体（複数可）との間の相互作用を直接遮断して（例、抗体）、阻害性シグナル伝達を阻止し、免疫応答を上方制御することができる。代替として、薬剤は、１つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質とその天然受容体（複数可）との間の相互作用を間接的に遮断して、阻害性シグナル伝達を阻止し、免疫応答を上方制御することができる。例えば、安定化された細胞外ドメイン等の免疫チェックポイントタンパク質リガンドの可溶バージョンは、その受容体に結合して、適切なリガンドに結合するための当該受容体の有効濃度を間接的に低減することができる。一実施形態では、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、及び／または抗ＰＤ−Ｌ２抗体は、単独でまたは組み合わせてのいずれかで、免疫チェックポイントを阻害するために用いられる。これらの実施形態はまた、ＰＤ−１経路等の特定の免疫チェックポイントに対する特異的療法（例、抗ＰＤ−１経路療法、別名、ＰＤ−１経路阻害剤療法）にも適用可能である。例えば、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）（ペムブロリズマブ；抗ＰＤ−１抗体）、Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）（ニボルマブ；抗ＰＤ−１抗体）、Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）（アテゾリズマブ；抗ＰＤ−Ｌ１抗体）、デュルバルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体）等を含めた、多数の免疫チェックポイント阻害剤が既知であり、一般に入手可能である。
「免疫障害」という用語は、不要な免疫応答を特徴とする病態を指す。一部の実施形態では、免疫障害は、免疫障害に対する所望の応答が免疫応答の抑制であるようなものである。免疫応答の下方制御が所望されるような病態は当該技術分野で周知であり、これには、限定されないが、本明細書にさらに記載されるような、組織、皮膚、及び臓器移植術の状況、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の場合、炎症、または全身性エリテマトーデス、多発性硬化症等の自己免疫疾患の場合、アレルギー、過敏症反応、ならびに制御性Ｔ細胞の産生または機能の増加を必要とする障害が含まれる。他の実施形態では、免疫障害は、所望の応答が免疫応答の増加であるようなものである。免疫応答の上方制御が所望されるような病態は当該技術分野で周知であり、これには、限定されないが、ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の産生または機能の増加を必要とする障害、例えば、がんとの闘い、感染症（例、寄生虫感染症、細菌感染症、蠕虫感染症、またはウイルス感染症）、ワクチン接種効率の改善を必要とする障害等）が含まれる。
「免疫応答」という用語は、Ｔ細胞媒介性及び／またはＢ細胞媒介性免疫応答を含む。例示的な免疫応答には、Ｔ細胞応答、例えば、サイトカイン産生及び細胞傷害作用が含まれる。加えて、免疫応答という用語は、Ｔ細胞活性化によって間接的に影響を受ける免疫応答、例えば抗体産生（液性応答）、及びサイトカイン応答性細胞、例えばマクロファージの活性化を含む。
「免疫療法剤」という用語は、宿主の免疫系を刺激して、対象における腫瘍またはがんに対する免疫応答を生成し得る、任意の分子、ペプチド、抗体、または他の薬剤を含むことができる。種々の免疫療法剤が、本明細書に記載される組成物及び方法において有用である。
「阻害する」または「下方制御する」という用語は、例えば、特定の作用、機能、または相互作用の、減少、制限、または遮断を含む。一部の実施形態では、がんは、がんの少なくとも１つの症状が緩和されるか、終結されるか、緩徐化されるか、または予防される場合、「阻害される」。本明細書で使用されるとき、がんはまた、がんの再発または転移が低減されるか、緩徐化されるか、遅延されるか、または予防される場合、「阻害される」。同様に、タンパク質の機能等の生物学的機能は、それが基準状態、例えば野生型状態のような対照と比較して減少される場合、阻害される。例えば、薬剤がＡＰＲＩＬとＴＡＣＩ、例えばＴｒｅｇ及び／Ｒ Ｂｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩとの間の、目的とする物理的相互作用を低減する場合、ＡＰＲＩＬのＴＡＣＩへの結合は、その薬剤によって阻害される。かかる阻害または不全状態は、特定の時間及び／または場所での薬剤の適用によるもの等、誘導され得るか、あるいは遺伝的変異によるもの等、構成的であり得る。かかる阻害または不全状態はまた、部分的または完全（例、基準状態、例えば野生型状態のような対照と比較して、測定可能な活性が本質的にない）であり得る。本質的に完全な阻害または不全状態は、遮断されると称される。「促進する」または「上方制御する」という用語は、それとは反対の意味を有する。
２つの分子間の相互作用を参照するときの「相互作用」という用語は、これらの分子の互いとの物理的接触（例、結合）を指す。一般に、かかる相互作用は、該分子の一方または両方の活性（これは生物学的効果を生み出す）をもたらす。
「単離されたタンパク質」とは、細胞から単離されたかもしくは組換えＤＮＡ技法によって生産された場合には他のタンパク質、細胞物質、分離培地、及び培養基を実質的に含まない、または化学合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない、タンパク質を指す。「単離された」または「精製された」タンパク質またはその生物活性部分は、抗体、ポリペプチド、ペプチド、もしくは融合タンパク質の由来となる細胞もしくは組織源からの細胞物質もしくは他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、または化学合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という文言は、当該タンパク質が、それが単離されたかまたは組換え生産された源となる細胞の細胞構成成分から分離されている、バイオマーカーポリペプチドまたはその断片の調製物を含む。一実施形態では、「細胞物質を実質的に含まない」という文言は、約３０％未満（乾燥重量に基づく）の非バイオマーカータンパク質（本明細書で「夾雑タンパク質」とも称される）、より好ましくは約２０％未満の非バイオマーカータンパク質、依然としてより好ましくは約１０％未満の非バイオマーカータンパク質、最も好ましくは約５％未満の非バイオマーカータンパク質を有する、バイオマーカータンパク質またはその断片の調製物を含む。抗体、ポリペプチド、ペプチド、もしくは融合タンパク質、またはその断片、例えばその生物活性断片が組換え生産される場合、それはまた好ましくは、培養基を実質的に含まず、すなわち、培養基は、タンパク質調製物の体積の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、最も好ましくは約５％未満に相当する。
「キット」とは、本発明のマーカーの発現を特異的に検出する及び／またはそれに影響を及ぼすための少なくとも１つの試薬、例えばプローブまたは小分子を含む、任意の製造物（例、パッケージまたは容器）である。キットは、本発明の方法を行うための一式として販売促進されるか、流通されるか、または販売されてもよい。キットは、本発明の方法において有用な組成物を発現させるのに必要な１つまたは複数の試薬を含んでもよい。ある特定の実施形態では、キットは、参照標準、例えば、細胞成長、分裂、遊走、生存、またはアポトーシスを制御しているシグナル伝達経路に影響を及ぼさない、またはそれを制御しないタンパク質をコードする核酸をさらに含んでもよい。当業者は、一般的な分子タグ（例、緑色蛍光タンパク質及びベータ−ガラクトシダーゼ）、ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙ基準により細胞成長、分裂、遊走、生存、もしくはアポトーシスを包含する経路のいずれにも分類されないタンパク質、または至る所に存在する（ｕｂｉｑｕｉｔｏｕｓ）ハウスキーピングタンパク質を含むが、これらに限定されない、多くのかかる対照タンパク質を想定することができる。キット内の試薬は、個々の容器に入って、または単一の容器に入った２つ以上の試薬の混合物として、提供され得る。加えて、キット内の組成物の使用を説明する説明資料が含まれ得る。
「ネオアジュバント療法」という用語は、一次治療の前に施される治療を指す。ネオアジュバント療法の例としては、化学療法、放射線療法、及びホルモン療法が挙げられ得る。
バイオマーカーの「正常な」発現レベルとは、がん等の病態に罹患していない対象、例えばヒト患者の細胞における、バイオマーカーの発現レベルである。バイオマーカーの「過剰発現」または「有意により高い発現レベル」とは、発現を評定するのに採用されるアッセイの標準誤差を超える、好ましくは、対照試料（例、バイオマーカーに関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現活性またはレベル、好ましくはいくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルよりも、少なくとも１０％、より好ましくは１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍以上高い、試験試料中での発現レベルを指す。バイオマーカーの「有意により低い発現レベル」とは、対照試料（例、バイオマーカーに関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現レベル、好ましくはいくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルよりも、少なくとも１０％、より好ましくは１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍以上低い、試験試料中での発現レベルを指す。バイオマーカーの「過剰発現」または「有意により高い発現レベル」とは、発現を評定するのに採用されるアッセイの標準誤差を超える、好ましくは、対照試料（例、バイオマーカーに関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現活性またはレベル、好ましくはいくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルよりも、少なくとも１０％、より好ましくは１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍以上高い、試験試料中での発現レベルを指す。バイオマーカーの「有意により低い発現レベル」とは、対照試料（例、バイオマーカーに関連する疾患を有しない健常な対象由来の試料）中でのバイオマーカーの発現レベル、好ましくはいくつかの対照試料中でのバイオマーカーの平均発現レベルよりも、少なくとも１０％、より好ましくは１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍以上低い、試験試料中での発現レベルを指す。
かかる「有意」レベルはまた、例えば、発現、阻害、細胞傷害作用、細胞成長等に関する、本明細書に記載される任意の他の測定されたパラメータにも適用することができる。
「既定の」バイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）という用語は、例にすぎないが、特定の治療のために選択され得る対象を評価するため、単独でのまたは１つもしくは複数の免疫療法薬と組み合わせた１つもしくは複数のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター等の治療薬に対する応答を評価するため、及び／または疾患状態を評価するために用いられる、バイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）であってもよい。既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、がんを有するまたは有しない患者の集団において決定されてもよい。既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、あらゆる患者に等しく適用可能である単一の数であり得るか、あるいは既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、具体的な患者の亜集団に応じて異なり得る。対象の年齢、体重、身長、及び他の因子が、個体の既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）に影響を及ぼし得る。さらに、既定のバイオマーカーの量及び／または活性は、各対象につき個々に決定することができる。一実施形態では、本明細書に記載される方法において決定される及び／または比較される量は、絶対測定値に基づく。別の実施形態では、本明細書に記載される方法において決定される及び／または比較される量は、比（例、細胞比、またはハウスキーピングバイオマーカーもしくは別様に概して一定のバイオマーカーの発現に対して正規化した血清中バイオマーカー）等の相対測定値に基づく。既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、任意の好適な標準であり得る。例えば、既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、患者選択の評定対象となっている同じまたは異なるヒトから得ることができる。一実施形態では、既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、同じ患者の以前の評定から得ることができる。そのようにして、患者の選択の進行を経時的にモニタリングすることができる。加えて、対象がヒトである場合、対照は、別のヒトまたは複数のヒト、例えば、選択されたヒトの群の評定から得ることができる。そのようにして、選択の評定対象となっているヒトの選択の範囲を、好適な他のヒト、例えば、同様のもしくは同じ病態（複数可）を患う者及び／または同じ民族に属する者等、目的とするヒトと同様の状況にある他のヒトと、比較することができる。
「予測的」という用語は、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）等の免疫調節療法に対するがんの応答の尤度を決定するための、バイオマーカー核酸及び／またはタンパク質の状態、例えば、治療前、治療中、または治療後の腫瘍の過剰活性もしくは過小活性、出現、発現、成長、寛解、再発、または耐性の使用を含む。バイオマーカーのかかる予測的使用は、例えば、（１）例えば、アッセイされたヒトがんの種類またはがん試料の約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、１００％超、またはそれ超において、増加したもしくは減少したコピー数（例、ＦＩＳＨ、ＦＩＳＨプラスＳＫＹ、例えば、当該技術分野で少なくともＪ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，８６：２８９−３０１に記載されるような単分子シーケンシング、またはｑＰＣＲによる）、バイオマーカー核酸の過剰発現もしくは過小発現（例、ＩＳＨ、ノーザンブロット、またはｑＰＣＲによる）、増加したもしくは減少したバイオマーカータンパク質（例、ＩＨＣによる）及び／またはバイオマーカー標的、または増加したもしくは減少した活性、（２）生体試料、例えば、対象、例えばがんに罹患したヒト由来の組織、全血、血清、血漿、頬側掻き取り物、唾液、脳脊髄液、尿、便、または骨髄を含有する試料中でのその絶対または相対的に調節された存在または不在、（３）がんを有する患者の臨床的サブセット（例、特定の免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する者またはそれに対して耐性を発現する者）におけるその絶対または相対的に調節された存在または不在によって、確認されてもよい。
「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔ）」、「予防すること（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」、「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）」、「予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）処置」等の用語は、疾患、障害、または病態を有しないが、それを発症するリスクがあるかまたはそれを発症しやすい対象において、疾患、障害、または病態を発症する確率を低減することを指す。
「プローブ」という用語は、具体的に意図される標的分子、例えば、バイオマーカー核酸によってコードされるかまたはそれに対応するヌクレオチド転写物またはタンパク質に選択的に結合可能な、任意の分子を指す。プローブは、当業者によって合成されるか、または適切な生物学的製剤に由来するかのいずれかであり得る。標的分子の検出目的で、プローブは、本明細書に記載されるように、標識されるように特に設計されてもよい。プローブとして利用され得る分子の例としては、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体、及び有機分子が挙げられるが、これらに限定されない。
「予後」という用語は、がんの蓋然的な経過及び転帰または当該疾患からの回復の尤度の予測を含む。一部の実施形態では、統計アルゴリズムの使用により、個体におけるがんの予後が得られる。例えば、予後は、外科手術、がんの臨床的サブタイプ（例、肺癌、黒色腫、及び腎細胞癌等の固形腫瘍）の発症、１つもしくは複数の臨床的因子の発症、腸癌の発症、または当該疾患からの回復であり得る。
「療法に対する応答」（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）という用語は、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する任意の応答に関し、がんの場合、好ましくは、ネオアジュバントまたはアジュバント化学療法の開始後のがん細胞数、腫瘍量、及び／または体積の変化に関する。過剰増殖性障害応答は、例えば、有効性に関してまたはネオアジュバントもしくはアジュバント状況で評定されてもよく、その場合、全身的介入後の腫瘍のサイズが、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波、または触診によって測定した、最初のサイズ及び寸法と比較され得る。応答はまた、生検または外科的切除後の腫瘍のカリパス測定または病理検査によって評定されてもよい。応答は、腫瘍体積の変化パーセンテージのような定量的様式で、または「病理学的完全奏効」（ｐＣＲ）、「臨床的完全寛解」（ｃＣＲ）、「臨床的部分寛解」（ｃＰＲ）、「臨床的病勢安定」（ｃＳＤ）、「臨床的病勢進行」（ｃＰＤ）、もしくは他の定性的基準のような定性的様式で記録されてもよい。過剰増殖性障害応答の評定は、ネオアジュバントまたはアジュバント療法を始めてから早期に、例えば、数時間、数日、数週間、または好ましくは数ヶ月後に、行われ得る。応答評定の典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了後あるいは残存腫瘍細胞及び／または腫瘍床の外科的除去後である。これは典型的に、ネオアジュバント療法の開始から３ヶ月後である。一部の実施形態では、本明細書に記載される治療的処置の臨床的有効性は、臨床的有用率（ＣＢＲ）を測定することによって決定されてもよい。臨床的有用率は、治療の終わりまであと少なくとも６ヶ月の時点で、完全な寛解（ＣＲ）状態にある患者、部分寛解（ＰＲ）状態にある患者の数、及び病勢安定（ＳＤ）を有する患者の数のパーセンテージの合計を決定することによって測定される。この式の省略表現は、ＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤが６ヶ月超、である。一部の実施形態では、特定のがん療法レジメンについてのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、またはそれ超である。がん療法に対する応答を評価するための追加の基準は、「生存期間」に関連し、これには以下の全てが含まれる：死亡までの生存期間、別名、全生存期間（該死亡は、原因とは無関係であるかまたは腫瘍関連であるかのいずれであってもよい）；「無再発生存期間」（再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（疾患という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。該生存期間の長さは、規定の開始点（例、診断時または治療開始時）及びエンドポイント（例、死亡、再発、または転移）を参照して算出され得る。加えて、治療の有効性に関する基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の時間枠内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張することができる。例えば、適切な閾値を決定するために、特定のがん療法レジメンが対象の集団に施与され得、転帰が、任意の免疫調節療法の施与前に決定されたバイオマーカー測定値に相関付けられ得る。転帰の測定は、ネオアジュバント設定において施される療法に対する病理学的奏効であってもよい。代替として、全生存期間及び無病生存期間等の転帰の尺度が、バイオマーカー測定値が知られている対象に関して、免疫調節療法に次いで一定期間にわたってモニタリングされ得る。ある特定の実施形態では、投与される用量は、がん治療剤に関して当該技術分野で既知の標準的用量である。対象がモニタリングされる一定期間は異なり得る。例えば、対象は、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０ヶ月間、モニタリングされてもよい。
「耐性」という用語は、がん試料または哺乳動物の、免疫調節療法に対する獲得耐性または自然耐性（すなわち、当該治療的処置に対して非応答性であるか、または当該治療的処置に対して低減されたもしくは限定された応答を有すること）、例えば、治療的処置に対して５％以上、例えば、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％以上、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍以上低減された応答を有することを指す。応答の低減は、耐性を獲得する前の同じがん試料もしくは哺乳動物と比較することによって、または当該治療的処置に対して耐性を有しないことが知られている異なるがん試料もしくは哺乳動物と比較することによって、測定され得る。化学療法に対する典型的な獲得耐性は、「多剤耐性」と呼ばれる。多剤耐性は、Ｐ糖タンパク質によって媒介され得るか、もしくは他の機構によって媒介され得るか、またはそれは哺乳動物がある多剤耐性微生物もしくは微生物の組み合わせに感染するときに起こり得る。治療的処置に対する耐性の決定は、当該技術分野で通例であり、臨床専門家の技能範囲内で、例えば、本明細書で「感作すること」として説明されるような細胞増殖アッセイ及び細胞死アッセイによって測定され得る。一部の実施形態では、「耐性を逆転させる」という用語は、一次がん療法（例、化学療法または放射線療法）単独では無処置の腫瘍の腫瘍体積と比較して腫瘍体積の統計的に有意な減少をもたらすことができない状況下で、第２の薬剤を一次がん療法（例、化学療法または放射線療法）と併用することにより、無処置の腫瘍の腫瘍体積と比較したときに統計的に有意なレベルで（例、ｐ＜０．０５）腫瘍体積の有意な減少をもたらすことが可能であることを意味する。これは全般的に、無処置の腫瘍が対数関数的（ｌｏｇ ｒｈｙｔｈｍｉｃａｌｌｙ）に成長している時点で行われる腫瘍体積測定に当てはまる。
「応答」または「応答性」という用語は、療法に対する応答を指す。例えば、抗がん応答には、腫瘍サイズの低減または腫瘍成長の阻害が含まれる。この用語はまた、例えば、最初の事象としての第２の原発がんもしくは再発の証拠のない死亡を打ち切り（ｃｅｎｓｏｒｉｎｇ）とした最初の再発までの期間である、再発までの時間の増加、または、治療から任意の原因による死亡までの期間である、全生存期間の増加によって反映されるような、予後の改善を指すこともできる。応答するまたは応答を有するとは、刺激に曝露されたときに有益なエンドポイントを達成することを意味する。代替として、刺激への曝露時にマイナスのまたは有害な症状が最小化されるか、鎮静されるか、または減弱される。腫瘍または対象が有利な応答を示す尤度を評価することは、腫瘍または対象が有利な応答を示さない（すなわち、応答の欠如を示す、または非応答性である）尤度を評価することと同等であることが理解されよう。
本明細書で使用される「ＲＮＡ干渉剤」とは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって標的バイオマーカー遺伝子の発現に干渉するかまたはそれを阻害する任意の薬剤として定義される。かかるＲＮＡ干渉剤には、本発明の標的バイオマーカー遺伝子に相同なＲＮＡ分子またはその断片、短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及びＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって標的バイオマーカー核酸の発現に干渉するかまたはそれを阻害する小分子を含めた核酸分子が含まれるが、これらに限定されない。
「ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）」とは、標的バイオマーカー核酸と同一のまたはそれに高度に類似した配列のＲＮＡの発現または導入が、その標的とされる遺伝子から転写されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の配列特異的分解または特異的転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）をもたらし（Ｃｏｂｕｒｎ，Ｇ．ａｎｄ Ｃｕｌｌｅｎ，Ｂ．（２００２）Ｊ．ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７６（１８）：９２２５を参照されたい）、それによって標的バイオマーカー核酸の発現を阻害する、進化的に保存された過程である。一実施形態では、ＲＮＡは、２本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）である。この過程は、植物、無脊椎動物、及び哺乳類細胞において説明されている。自然界において、ＲＮＡｉは、長いｄｓＲＮＡの、ｓｉＲＮＡと称される２本鎖断片への加工性の（ｐｒｏｃｅｓｓｉｖｅ）切断を促進する、ｄｓＲＮＡ特異的エンドヌクレアーゼＤｉｃｅｒによって開始される。ｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡを認識して切断するタンパク質複合体に組み込まれる。ＲＮＡｉはまた、標的バイオマーカー核酸の発現を阻害するもしくはサイレンシングするための核酸分子、例えば、合成ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、または他のＲＮＡ干渉剤を導入することによっても開始され得る。本明細書で使用されるとき、「標的バイオマーカー核酸発現の阻害」または「マーカー遺伝子発現の阻害」とは、標的バイオマーカー核酸または標的バイオマーカー核酸によってコードされるタンパク質の発現またはタンパク質活性もしくはレベルにおける任意の減少を含む。この減少は、ＲＮＡ干渉剤により標的化されていない標的バイオマーカー核酸の発現または標的バイオマーカー核酸によってコードされるタンパク質の活性もしくはレベルと比較して、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくは９９％またはそれを超えるものであり得る。
ＲＮＡｉに加えて、ゲノム編集を用いて、ＡＰＲＩＬ及び／またはＴＡＣＩ等の目的とするバイオマーカーの構成的または誘導性ノックアウトまたは変異等、目的とするバイオマーカーのコピー数または遺伝子配列を調節することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系をゲノム核酸の精密な編集に（例、非機能的変異またはヌル変異を作り出すために）用いることができる。かかる実施形態では、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ及び／またはＣａｓ酵素を発現させてもよい。例えば、ガイドＲＮＡのみを含有するベクターが、Ｃａｓ９酵素を遺伝子導入した動物または細胞に投与され得る。同様の戦略が用いられ得る（例、デザイナー亜鉛フィンガー、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）、またはホーミングメガヌクレアーゼ）。かかる系は当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第８，６９７，３５９号、Ｓａｎｄｅｒ ａｎｄ Ｊｏｕｎｇ（２０１４）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．３２：３４７−３５５、Ｈａｌｅ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃｅｌｌ １３９：９４５−９５６、Ｋａｒｇｉｎｏｖ ａｎｄ Ｈａｎｎｏｎ（２０１０）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ３７：７、米国特許公開第２０１４／００８７４２６号及び同第２０１２／０１７８１６９号、Ｂｏｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２９：１３５−１３６、Ｂｏｃｈ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２６：１５０９−１５１２、Ｍｏｓｃｏｕ ａｎｄ Ｂｏｇｄａｎｏｖｅ（２００９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２６：１５０１、Ｗｅｂｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：ｅ１９７２２、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３９：６３１５−６３２５、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２９：１４９−１５３、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２９：１４３−１４８、Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４２：ｅ４７を参照されたい）。かかる遺伝子戦略では、当該技術分野で周知の方法に従って構成的発現系または誘導性発現系を用いることができる。
「小分子」という用語は、当該技術分野の用語であり、約１０００未満の分子量または約５００未満の分子量の分子を含む。一実施形態では、小分子は、ペプチド結合から排他的に構成されるものではない。別の実施形態では、小分子は、オリゴマーではない。活性についてスクリーニングされ得る例示的な小分子化合物には、ペプチド、ペプチド模倣体、核酸、炭水化物、小有機分子（例、ポリケチド）（Ｃａｎｅ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８２：６３）、及び天然産物抽出ライブラリが含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、化合物は、小さい有機非ペプチド性化合物である。さらなる実施形態では、小分子は、生合成のものでない。
少なくとも１つのバイオマーカーの存在またはレベルを検出するかまたは決定することに関して用いられる「試料」という用語は典型的に、全血、血漿、血清、唾液、尿、便（例、糞便）、涙、及び任意の他の体液（例、「体液」の定義の下で上述される通り）、または小腸、結腸試料、もしくは外科的切除組織等の組織試料（例、生検試料）である。ある特定の事例では、本発明の方法は、試料中の少なくとも１つのマーカーの存在またはレベルを検出するかまたは決定する前に試料を個体から得ることをさらに含む。
生物活性剤に適用される「選択的モジュレーター」または「選択的に調節する」という用語は、標的との直接的または相互作用相互作用（ｉｎｔｅｒａｃｔ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）を介して、オフターゲット細胞集団のシグナル伝達活性等と比較して細胞集団等の標的のシグナル伝達活性等を調節する、薬剤の能力を指す。例えば、ＡＰＲＩＬとＢＣＭＡ等の別の受容体との間の別の相互作用よりもＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用を選択的に阻害する、及び／または目的とする細胞集団（例、可溶性）上のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用を選択的に阻害する薬剤は、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用に対して、その薬剤の少なくとも１つの他のＡＰＲＩＬ受容体に対する活性よりも少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、２ｘ（倍）またはそれを超えて高い活性を有してもよい（例、少なくとも約３ｘ、４ｘ、５ｘ、６ｘ、７ｘ、８ｘ、９ｘ、１０ｘ、１５ｘ、２０ｘ、２５ｘ、３０ｘ、３５ｘ、４０ｘ、４５ｘ、５０ｘ、５５ｘ、６０ｘ、６５ｘ、７０ｘ、７５ｘ、８０ｘ、８５ｘ、９０ｘ、９５ｘ、１００ｘ、１０５ｘ、１１０ｘ、１２０ｘ、１２５ｘ、１５０ｘ、２００ｘ、２５０ｘ、３００ｘ、３５０ｘ、４００ｘ、４５０ｘ、５００ｘ、６００ｘ、７００ｘ、８００ｘ、９００ｘ、１０００ｘ、１５００ｘ、２０００ｘ、２５００ｘ、３０００ｘ、３５００ｘ、４０００ｘ、４５００ｘ、５０００ｘ、５５００ｘ、６０００ｘ、６５００ｘ、７０００ｘ、７５００ｘ、８０００ｘ、８５００ｘ、９０００ｘ、９５００ｘ、１００００ｘ、もしくはそれ超、または境界値を含むそれらの間の任意の範囲）。かかる測定基準は典型的に、相互作用／活性を半分だけ低減するのに必要とされる薬剤の相対量の点から表される。
より全般的には、「選択的」という用語は、優先的作用または機能を指す。「選択的」という用語は、目的とする特定の標的における、他の標的と比べた優先的効果の点から定量され得る。例えば、測定された変数（例、他の細胞、例えばＴｃｏｎのような他の免疫細胞と対比したＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの調節）は、意図されないまたは望まれない標的と対比して目的とする標的において、１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、もしくはそれ超または境界値を含むそれらの間の任意の範囲（例、５０％〜１６倍）だけ異なり得る。同じ倍率解析を用いて、Ｔｒｅｇ：Ｔｃｏｎ比、Ｂｒｅｇ：Ｔｃｏｎ比、過剰増殖性細胞の成長速度または体積、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ増殖速度または数等といった、所与の組織、細胞集団、測定された変数、測定された効果等における効果の規模を確認することができる。
対照的に、「特異的」という用語は、排他的な作用または機能を指す。例えば、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用の特異的調節とは、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用の排他的調節を指し、ＡＰＲＩＬとＢＣＭＡ等の別の受容体との調節は指さない。別の例では、既定の抗原への抗体の特異的結合とは、抗体が、他の抗原に結合することなく目的とする抗原に結合する能力を指す。典型的には、抗体は、分析物として目的とする抗原を及びリガンドとして抗体を用いて、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）アッセイ機器において表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術によって決定するとき、およそ１×１０−７Ｍ未満、例えば、およそ１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、１０−１０Ｍ、１０−１１Ｍ未満、またはそれよりもさらに低い親和性（ＫＤ）で結合し、また、既定の抗原または密接に関連する抗原以外の非特異的抗原（例、ＢＳＡ、カゼイン）への結合に対するその親和性よりも、既定の抗原に少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２．０倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍、４．０倍、４．５倍、５．０倍、６．０倍、７．０倍、８．０倍、９．０倍、もしくは１０．０倍またはそれ超の親和性で結合する。加えて、ＫＤは、ＫＡの逆数である。「抗原を認識する抗体」及び「抗原に特異的な抗体」という語句は、本明細書で「抗原に特異的に結合する抗体」という用語と互換的に使用される。
「感作する」という用語は、がん細胞または腫瘍細胞等の細胞を、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）でのより有効な治療を可能にするように変化させることを意味する。一部の実施形態では、正常細胞は、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）によって正常細胞の過度の損傷を引き起こす程度にまでは影響を受けない。治療的処置に対する増加した感受性または低減された感受性は、本明細書で下記に記載される特定の治療及び方法に関して、細胞増殖アッセイ（Ｔａｎｉｇａｗａ Ｎ，Ｋｅｒｎ Ｄ Ｈ，Ｋｉｋａｓａ Ｙ，Ｍｏｒｔｏｎ Ｄ Ｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １９８２；４２：２１５９−２１６４）、細胞死アッセイ（Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｓｈｏｅｍａｋｅｒ Ｒ Ｈ，Ｍａｒｓｄｅｎ Ｊ Ａ，Ｄｉｌｌ Ｐ Ｌ，Ｂａｋｅｒ Ｊ Ａ，Ｍｏｒａｎ Ｅ Ｍ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １９８４；９４：１６１−１７３、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｌｉｐｐｍａｎ Ｍ Ｅ，Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｐ １９８５；６９：６１５−６３２、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｉｎ：Ｋａｓｐｅｒｓ Ｇ Ｊ Ｌ，Ｐｉｅｔｅｒｓ Ｒ，Ｔｗｅｎｔｙｍａｎ Ｐ Ｒ，Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｖｅｅｒｍａｎ Ａ Ｊ Ｐ，ｅｄｓ．Ｄｒｕｇ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ Ｌｅｕｋｅｍｉａ ａｎｄ Ｌｙｍｐｈｏｍａ．Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ，Ｐ Ａ：Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９３：４１５−４３２、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｃｏｎｔｒｉｂ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｂｓｔｅｔ １９９４；１９：８２−９０）を含むが、これらに限定されない当該技術分野で既知の方法に従って測定される。感受性または耐性はまた、動物において、一定期間、例えば、ヒトの場合は６ヶ月間及びマウスの場合は４〜６週間にわたる腫瘍サイズの低減を測定することによって測定されてもよい。ある組成物または方法は、治療感受性の増加または耐性の低減が、かかる組成物または方法の不在下での治療感受性または耐性と比較して５％以上、例えば、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％以上、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍以上である場合、治療的処置に対する応答を感作する。治療的処置に対する感受性または耐性の決定は、当該技術分野で通例であり、臨床専門家の技能範囲内にある。免疫調節薬の有効性を強化するための本明細書に記載されるいずれの方法も、過剰増殖性細胞またはがん性細胞（例、耐性細胞）を当該療法に対して感作するための方法に等しく適用され得ることを理解されたい。
「相乗効果」という用語は、２つ以上のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーターと免疫療法薬、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター等といった、２つ以上の治療剤の併用効果が、抗がん剤単独での別個の効果の和よりも大きくなり得ることを指す。
本明細書で「低分子干渉ＲＮＡ」とも称される、「短干渉ＲＮＡ」（ｓｉＲＮＡ）とは、例えばＲＮＡｉによって、標的バイオマーカー核酸の発現を阻害するように機能する薬剤として定義される。ｓｉＲＮＡは、化学合成されてもよいし、インビトロ転写によって産生されてもよいし、または宿主細胞内で産生されてもよい。一実施形態では、ｓｉＲＮＡは、約１５〜約４０ヌクレオチド長、好ましくは約１５〜約２８ヌクレオチド、より好ましくは約１９〜約２５ヌクレオチド長、より好ましくは約１９、２０、２１、または２２ヌクレオチド長の２本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子であり、各鎖上に、約０、１、２、３、４、または５ヌクレオチドの長さを有する３’及び／または５’オーバーハングを含有してもよい。オーバーハングの長さは２本の鎖の間で非依存性であり、すなわち、１本の鎖上のオーバーハングの長さは、第２の鎖上のオーバーハングの長さに依存しない。好ましくは、ｓｉＲＮＡは、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の分解または特異的転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）を通してＲＮＡ干渉を促進可能である。
別の実施形態では、ｓｉＲＮＡは、低分子ヘアピン型（ステムループとも呼ばれる）ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一実施形態では、これらのｓｈＲＮＡは、短い（例、１９〜２５ヌクレオチド）アンチセンス鎖、続いて５〜９ヌクレオチドのループ、及び類似のセンス鎖から構成される。代替として、センス鎖がヌクレオチドループ構造に先行してもよく、アンチセンス鎖が後続してもよい。これらのｓｈＲＮＡは、プラスミド、レトロウイルス、及びレンチウイルスに含有され、例えば、ｐｏｌ ＩＩＩ Ｕ６プロモーター、または別のプロモーターから発現されてもよい（例えば、参照により本明細書に援用される、Ｓｔｅｗａｒｔ，ｅｔ ａｌ．（２００３）ＲＮＡ Ａｐｒ；９（４）：４９３−５０１を参照されたい）。
ＲＮＡ干渉剤、例えばｓｉＲＮＡ分子を、がんを有するかまたはがんを有するリスクがある患者に投与して、がんにおいて過剰発現されるバイオマーカー遺伝子の発現を阻害し、それによって対象においてがんを治療するか、予防するか、または阻害してもよい。
「対象」という用語は、任意の健常な動物、哺乳動物、もしくはヒト、または、がん、例えば、多発性骨髄腫、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、及び結腸癌に罹患した任意の動物、哺乳動物、もしくはヒトを指す。「対象」という用語は、「患者」と互換的である。
「生存期間」という用語は、以下の全てを含む：死亡までの生存期間、別名、全生存期間（該死亡は、原因とは無関係であるかまたは腫瘍関連であるかのいずれであってもよい）；「無再発生存期間」（再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（疾患という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。該生存期間の長さは、規定の開始点（例、診断時または治療開始時）及びエンドポイント（例、死亡、再発、または転移）を参照して算出され得る。加えて、治療の有効性に関する基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の時間枠内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張することができる。
「治療効果」という用語は、動物、特に哺乳動物、より特定するとヒトにおける、薬理活性物質によって引き起こされる局所効果または全身効果を指す。故に、この用語は、動物またはヒトにおける疾患の診断、治癒、鎮静、治療、もしくは予防における、または望ましい身体的もしくは精神的発達及び状態の強化における使用を意図した任意の物質を意味する。「治療上有効量」という語句は、いずれの治療にも適用可能な合理的なベネフィット／リスク比で、何らかの所望の局所効果または全身効果を生み出すような物質の量を意味する。ある特定の実施形態では、治療上有効量の化合物は、その治療指数、溶解性等に左右されよう。例えば、本発明の方法によって発見されるある特定の化合物は、かかる治療に適用可能な合理的なベネフィット／リスク比を生み出すのに十分な量で投与されてもよい。
本明細書で使用される「治療上有効量」及び「有効量」という用語は、いずれの医学的治療にも適用可能な合理的なベネフィット／リスク比で、動物における細胞の少なくとも亜集団において何らかの所望の治療効果を生み出すのに有効である、本発明の化合物、材料、または本発明の化合物を含む組成物の量を意味する。対象化合物の毒性及び治療有効性は、例えば、ＬＤ５０及びＥＤ５０を決定するための、細胞培養物または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定されてもよい。大きい治療指数を示す組成物が好ましい。一部の実施形態では、ＬＤ５０（致死薬量）が測定され得、それは、薬剤について、当該薬剤の無投与と比べて、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれを超えて低減され得る。同様に、ＥＤ５０（すなわち、症状の半数（ｈａｌｆ−ｍａｘｉｍａｌ）阻害を達成する濃度）が測定され得、それは、薬剤について、当該薬剤の無投与と比べて、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれを超えて増加され得る。同じく同様に、ＩＣ５０（すなわち、がん細胞に対して半数細胞傷害または細胞分裂停止効果を達成する濃度）が測定され得、それは、薬剤について、当該薬剤の無投与と比べて、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれを超えて増加され得る。一部の実施形態では、アッセイにおいてがん細胞成長は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはさらには１００％阻害され得る。がん細胞死は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはさらには１００％促進され得る。別の実施形態では、がん細胞数及び／または固形悪性腫瘍における少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはさらには１００％の減少が達成され得る。
「転写されたポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド転写物」とは、バイオマーカー核酸の転写及び該当する場合、ＲＮＡ転写物の正常な転写後プロセシング（例、スプライシング）、ならびにＲＮＡ転写物の逆転写によって作製された、成熟ｍＲＮＡの全てまたは一部分に相補的であるかまたはそれと相同であるポリヌクレオチド（例、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはかかるＲＮＡもしくはｃＤＮＡの類似体）である。
特定のタンパク質のアミノ酸配列と、そのタンパク質をコードすることができるヌクレオチド配列との間で既知の確定的な対応関係が存在し、これは遺伝コード（下記に示される）によって定義される通りである。同様に、特定の核酸のヌクレオチド配列と、その核酸によってコードされるアミノ酸配列との間で既知の確定的な対応関係が存在し、これは遺伝コードによって定義される通りである。
遺伝コード
アラニン（Ａｌａ、Ａ） ＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、ＧＣＴ
アルギニン（Ａｒｇ、Ｒ） ＡＧＡ、ＡＣＧ、ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、ＣＧＴ
アスパラギン（Ａｓｎ、Ｎ） ＡＡＣ、ＡＡＴ
アスパラギン酸（Ａｓｐ、Ｄ） ＧＡＣ、ＧＡＴ
システイン（Ｃｙｓ、Ｃ） ＴＧＣ、ＴＧＴ
グルタミン酸（Ｇｌｕ、Ｅ） ＧＡＡ、ＧＡＧ
グルタミン（Ｇｌｎ、Ｑ） ＣＡＡ、ＣＡＧ
グリシン（Ｇｌｙ、Ｇ） ＧＧＡ、ＧＧＣ、ＧＧＧ、ＧＧＴ
ヒスチジン（Ｈｉｓ、Ｈ） ＣＡＣ、ＣＡＴ
イソロイシン（Ｉｌｅ、Ｉ） ＡＴＡ、ＡＴＣ、ＡＴＴ
ロイシン（Ｌｅｕ、Ｌ） ＣＴＡ、ＣＴＣ、ＣＴＧ、ＣＴＴ、ＴＴＡ、ＴＴＧ
リジン（Ｌｙｓ、Ｋ） ＡＡＡ、ＡＡＧ
メチオニン（Ｍｅｔ、Ｍ） ＡＴＧ
フェニルアラニン（Ｐｈｅ、Ｆ）ＴＴＣ、ＴＴＴ
プロリン（Ｐｒｏ、Ｐ） ＣＣＡ、ＣＣＣ、ＣＣＧ、ＣＣＴ
セリン（Ｓｅｒ、Ｓ） ＡＧＣ、ＡＧＴ、ＴＣＡ、ＴＣＣ、ＴＣＧ、ＴＣＴ
トレオニン（Ｔｈｒ、Ｔ） ＡＣＡ、ＡＣＣ、ＡＣＧ、ＡＣＴ
トリプトファン（Ｔｒｐ、Ｗ）ＴＧＧ
チロシン（Ｔｙｒ、Ｙ） ＴＡＣ、ＴＡＴ
バリン（Ｖａｌ、Ｖ） ＧＴＡ、ＧＴＣ、ＧＴＧ、ＧＴＴ
終結シグナル（末端） ＴＡＡ、ＴＡＧ、ＴＧＡ
遺伝コードの重要な周知の特徴はその冗長性であり、それによって、タンパク質を作製するのに用いられるアミノ酸のほとんどについて、１つよりも多くのコードヌクレオチド３つ組が採用され得る（上記に例示説明される）。したがって、いくつかの異なるヌクレオチド配列が所与のアミノ酸配列をコードし得る。かかるヌクレオチド配列は、それらが全ての生物において同じアミノ酸配列の生産をもたらすため、機能的に同等と見なされる（ただし、ある特定の生物は一部の配列を、それが他の配列を翻訳するよりも効率的に翻訳し得る）。その上、時折、所与のヌクレオチド配列においてプリンまたはピリミジンのメチル化バリアントが見出される場合がある。かかるメチル化は、トリヌクレオチドコドンと対応するアミノ酸との間のコード関係に影響しない。
上記に照らして、バイオマーカー核酸をコードするＤＮＡまたはＲＮＡのヌクレオチド配列（またはその任意の部分）を用いて、遺伝コードを用いてＤＮＡまたはＲＮＡをアミノ酸配列へと翻訳しながら、そのポリペプチドのアミノ酸配列を導き出すことができる。同様に、ポリペプチドのアミノ酸配列について、そのポリペプチドをコードすることができる対応するヌクレオチド配列を遺伝コードから演繹することができる（これは、その冗長性のため、任意の所与のアミノ酸配列につき複数の核酸配列をもたらすことになる）。故に、本明細書において、あるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の説明及び／または開示は、そのヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列の説明及び／または開示をも含むものと見なされるべきである。同様に、本明細書において、ポリペプチドのアミノ酸配列の説明及び／または開示は、そのアミノ酸配列をコードすることができる全ての可能なヌクレオチド配列の説明及び／または開示をも含むものと見なされるべきである。
最後に、本発明の座位及びバイオマーカーならびに関連のバイオマーカー（例、表１に列挙されるバイオマーカー）に関する核酸及びアミノ酸配列情報は、当該技術分野で周知であり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）等の一般に入手可能なデータベースで容易に入手可能である。例えば、一般に入手可能な配列データベースに由来する例示的な核酸及びアミノ酸配列が下記に提供される。
上述のバイオマーカーの代表的な配列が下記で表１に提示される。上述の用語がさらに、バイオマーカーに関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指して使用され得ることに留意すべきである。例えば、配列組成、同一性パーセンテージ、配列長、ドメイン構造、機能的活性等の任意の組み合わせが、本発明のバイオマーカーを説明するために使用され得る。
＊ＲＮＡ核酸分子（例、チミンをウリジン（ｕｒｅｄｉｎｅ）で置き換えた）、コード化タンパク質のオルソログをコードする核酸分子、ならびに、ＤＮＡまたはＲＮＡ核酸配列の全長にわたって、表１に列挙される任意の配列番号の核酸配列、またはその一部分との少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える同一性を有する核酸配列を含むＤＮＡまたはＲＮＡ核酸配列が表１に含まれる。かかる核酸分子は、本明細書にさらに記載されるような完全長核酸の機能を有することができる。
＊タンパク質のオルソログ、ならびに、ポリペプチド分子の全長にわたって、表１に列挙される任意の配列番号のアミノ酸配列、またはその一部分との少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド分子が表１に含まれる。かかるポリペプチドは、本明細書にさらに記載されるような完全長ポリペプチドの機能を有することができる。
＊ＡＰＲＩＬとその受容体ＴＡＣＩとの間；ＡＰＲＩＬとその受容体ＢＣＭＡとの間；及びＡＰＲＩＬとその受容体ＴＡＣＩ及びＢＣＭＡとの間の相互作用、ならびに本明細書に記載されるような任意の既知のＡＰＲＩＬ、ＴＡＣＩ、及びＢＣＭＡ核酸及びポリペプチド配列及びそのバリアントが表１に含まれる。
ＩＩ．対象
一実施形態では、対象は、免疫応答の上方制御または下方制御が有益であろう病態を有する。対象は、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーターで治療され得る。対象は、哺乳動物（例、マウス、ラット、霊長動物、非ヒト哺乳動物、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ等の飼育動物）であり得、好ましくはヒトである。「対象」という用語は、任意の健常な動物、哺乳動物、もしくはヒト、または免疫障害に罹患した任意の動物、哺乳動物、もしくはヒトを指す。「対象」という用語は、「患者」と互換的である。
本発明の方法の別の実施形態では、対象は、化学療法、放射線療法、標的療法、及び／または免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬による療法と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）等の治療を受けたことがない。依然として別の実施形態では、対象は、化学療法、放射線療法、標的療法、及び／または免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）等の治療を受けたことがある。なおも別の実施形態では、対象は、免疫応答性または免疫不応答性である。「免疫応答性」の対象とは、抗原への曝露に次いで正常なまたは所望の免疫応答を確立するのに必要とされる免疫細胞及び免疫機能を有する対象である。「免疫不応答性」の対象とは、抗原への曝露に次いで正常レベルまたは所望レベルの少なくとも１つの免疫応答を確立するための１つもしくは複数の免疫細胞型を欠いたまたはその免疫機能を欠いた対象である。免疫不応答性の対象は、日和見感染症、例えばウイルス感染症、真菌感染症、原虫感染症、または細菌感染症、プリオン病、及びある特定の新生物により感染しやすい。「免疫不全」の対象とは、重度の複合免疫不全（ＳＣＩＤ）マウスに見られるように、生来の宿主免疫応答が何ら開始されない場合がある対象である。「免疫無防備」の対象は、免疫応答性の対象と比べて少なくとも１つの免疫機能が実質的に低減されている。いずれの場合も、免疫機能及び／または免疫細胞型の低減または不在は、多くの様々な周知の様態で発生し得る。例えば、全ての免疫細胞を生じさせる造血幹細胞（ＨＳＣ）はその任意の計画であり、発生、機能、分化、生存等において悪影響を受け得る。免疫不応答性の対象は、当該技術分野で周知の多くの異なる方式で発生させることができる。それらは、多数の組み合わせでの種々のパラメータの機能及び／または数を調節することからもたらされ得る。例えば、所望の免疫不応答状態を達成するために、休止中、有糸分裂中、最終分化した、有糸分裂後、不活性化した、活性化した、及び同様の免疫細胞集団を調節の標的とすることができる。「休止」細胞は、非複製状態である、細胞周期にない（ｎｏｎ−ｃｙｃｌｉｎｇ）細胞を指す。休止細胞は活性化されると複製し、分裂する能力を有し得るが、それらは細胞周期にないため静止状態である。故に、「休止」細胞は、分裂するように刺激され、次いで静止状態の非分裂期に復帰するように操作された、単に操作された免疫細胞ではない。休止細胞は「ナイーブ」であり得、ナイーブとは、それらが骨髄中で分化し、胸腺における正の選択及び負の選択を成功裏に経て、成熟しているが、活性化されておらずかつ記憶細胞ではない免疫細胞であることを意味する。ナイーブＴ細胞は、Ｌ−セレクチン（ＣＤ６２Ｌ）の表面発現、活性化マーカーＣＤ２５、ＣＤ４４、またはＣＤ６９の不在、及び記憶ＣＤ４５ＲＯアイソフォームの不在を一般に特徴とする。それらまた、サブユニットＩＬ−７受容体−αであるＣＤ１２７、及び共通γ鎖であるＣＤ１３２からなる、機能的ＩＬ−７受容体も発現する。ナイーブ状態では、Ｔ細胞は、静止状態かつ非分裂性であり、恒常性生存機構のために共通ガンマ鎖サイトカインＩＬ−７及びＩＬ−１５を必要とすると考えられる。対照的に、活性化Ｔ細胞は、表面マーカーＣＤ２５、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ低、及びＣＤ６９を発現するかまたはその発現を上方制御し、記憶Ｔ細胞へとさらに分化し得る。ナイーブＢ細胞は、記憶Ｂ細胞または抗体を分泌する形質細胞のいずれかになろうため、抗原に曝露されたことがない。一実施形態では、休止細胞は、それが複製または倍化の状態に入るよう誘発されるとき「活性化される」ようになり、これには、細胞周期、細胞分裂、または有糸分裂に入ろうとしている細胞が含まれ得る。別の実施形態では、休止細胞はまた、それが抗原またはサイトカイン等の外部シグナルに遭遇するときにも「活性化される」ようになり得、これにより、最終分化した成熟免疫細胞が免疫応答（例、Ｔ細胞またはＢ細胞機能）を生成する活動が開始される。
一部の実施形態では、対象は、免疫応答の阻害を取り除くために、例えばＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を低減することによって、上方制御された免疫応答を必要とする。一部の実施形態では、対象は、免疫応答の阻害を促進するために、例えばＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を増加させることによって、下方制御された免疫応答を必要とする。本発明による免疫応答を上方制御する方法及び下方制御する方法が下記に記載される。
本発明の方法を用いて、上述される障害等の対象における多くの異なる障害の、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する応答性を決定することができる。
本発明により有用な対象及びその特質はまた、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーターと接触させられる、該対象から得られた細胞及び／または対象由来の細胞の特性を有する細胞、例えばがん細胞等の、本発明により用いられる細胞にも当てはまる。
ＩＩＩ．試料採集、調製、及び分離
一部の実施形態では、対象由来の試料中でのバイオマーカーの存在、不在、量、及び／または活性測定値（複数可）、例えば、ベースラインＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇ数、Ｔｒｅｇ比、Ｂｒｅｇ比、バイオマーカーの発現レベル、サイトカイン発現等が、既定の対照（標準）試料と比較される。対象由来の試料は典型的に、がん細胞または組織等の患部組織に由来するが、血清または本明細書に記載される他の身体由来試料等、目的とする任意の組織であり得る。対照試料は、同じ対象に由来することも、または異なる対象に由来することもできる。対照試料は典型的に、正常な非患部試料である。しかしながら、一部の実施形態では、疾患の病期分類のためまたは治療の有効性の評価のため等で、対照試料は、患部組織に由来し得る。対照試料は、いくつかの異なる対象由来の試料の組み合わせであり得る。一部の実施形態では、対象由来のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、既定のレベルと比較される。この既定のレベルは典型的に、試験試料が得られたのと同じ種の一員の細胞もしくは組織型、または試験試料が得られた対象由来の非患部細胞もしくは組織におけるバイオマーカーの正常なコピー数、量、または活性等、正常試料から得られる。本明細書に記載されるとき、「既定の」バイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、例にすぎないが、治療のために選択され得る対象を評価する、免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する応答を評価する、及び／または併用免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する応答を評価するために用いられる、バイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）であり得る。既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、がん等の目的とする病態を有するまたは有しない患者の集団において決定されてもよい。既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、あらゆる患者に等しく適用可能である単一の数であり得るか、あるいは既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、具体的な患者の亜集団に応じて異なり得る。対象の年齢、体重、身長、及び他の因子が、個体の既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）に影響を及ぼし得る。さらに、既定のバイオマーカーの量及び／または活性は、各対象につき個々に決定することができる。一実施形態では、本明細書に記載される方法において決定される及び／または比較される量は、絶対測定値に基づく。別の実施形態では、本明細書に記載される方法において決定される及び／または比較される量は、比（例、ハウスキーピング遺伝子の発現に対して正規化したバイオマーカーの発現、または種々の時点での遺伝子発現）等の相対測定値に基づく。
既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、任意の好適な標準であり得る。例えば、既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、患者選択の評定対象となっている同じまたは異なるヒトから得ることができる。一実施形態では、既定のバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）は、同じ患者の以前の評定から得ることができる。そのようにして、患者の選択の進行を経時的にモニタリングすることができる。加えて、対象がヒトである場合、対照は、別のヒトまたは複数のヒト、例えば、選択されたヒトの群の評定から得ることができる。そのようにして、選択の評定対象となっているヒトの選択の範囲を、好適な他のヒト、例えば、同様のもしくは同じ病態（複数可）を患う者及び／または同じ民族に属する者等、目的とするヒトと同様の状況にある他のヒトと、比較することができる。
本発明の一部の実施形態では、バイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）の、既定のレベルからの変化は、約０．５倍、約１．０倍、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、もしくは約５．０倍以上である。一部の実施形態では、倍率変化は、約１未満、約５未満、約１０未満、約２０未満、約３０未満、約４０未満、または約５０未満である。他の実施形態では、既定のレベルと比較したバイオマーカーの量及び／または活性測定値（複数可）における倍率変化は、約１超、約５超、約１０超、約２０超、約３０超、約４０超、または約５０超である。
生体試料は、核酸及び／またはタンパク質を含む体液試料、細胞試料、または組織試料を含めた、患者由来の様々な源から採集することができる。「体液」とは、身体から排泄または分泌される流体ならびに通常は身体から排泄または分泌されない流体（例、羊水、房水、胆汁、血液及び血漿、脳脊髄液、耳垢及び耳滓、カウパー液または尿道球腺液（ｐｒｅ−ｅｊａｃｕｌａｔｏｒｙ ｆｌｕｉｄ）、乳糜、糜粥、便、膣液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、間質液、細胞内液、リンパ液、月経液、母乳、粘液、胸水、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、滑液、涙、尿、膣粘滑液、硝子体液、嘔吐物）を指す。好ましい実施形態では、対象及び／または対照試料は、細胞、細胞株、組織学的スライド（ｓｌｉｄｅｓ）、パラフィン包埋組織、生検試料、全血、乳頭吸引液、血清、血漿、頬側掻き取り物、唾液、脳脊髄液、尿、便、及び骨髄からなる群から選択される。一実施形態では、試料は、血清、血漿、または尿である。別の実施形態では、試料は、血清である。
試料は、個体から、縦断的な一定期間（例、およそ数日、数週間、数ヶ月間、毎年、半年等に１回以上）にわたって繰り返し採集することができる。ある個体から一定期間にわたって多数の試料を得ることを用いて、先の検出からの結果を検証する及び／または、例えば疾患進行、薬物治療等の結果としての、生物学的パターンの変化を特定することができる。例えば、対象試料を、本発明により毎月、２ヶ月に１回、または１ヶ月、２ヶ月、もしくは３ヶ月間隔の組み合わせで採取し、モニタリングすることができる。加えて、経時的に得られた対象のバイオマーカーの量及び／または活性測定値を、モニタリング期間中、互いに、ならびに正常対照のそれらと好都合に比較し、それによって、長期的モニタリングのための内部対照、すなわち個体特有の対照としての対象自身の値を提供することができる。
試料調製及び分離は、採集された試料の種類及び／またはバイオマーカー測定値（複数可）の分析に応じて、手順のうちのいずれかを伴い得る。かかる手順には、例にすぎないが、濃縮、希釈、ｐＨの調整、多量に存在するポリペプチド（例、アルブミン、ガンマグロブリン、及びトランスフェリン等）の除去、防腐剤及び検量体の添加、プロテアーゼ阻害剤の添加、変性剤の添加、試料の脱塩、試料タンパク質の濃縮、脂質の抽出及び精製が含まれる。
試料調製はまた、非共有結合複合体中で他のタンパク質（例、担体タンパク質）に結合した分子を単離することもできる。この過程は、特定の担体タンパク質（例、アルブミン）に結合した分子を単離してもよいし、または、タンパク質変性（例えば酸を用いて）を介して結合分子を全ての担体タンパク質から解放し、続いて担体タンパク質を除去する等の、より全般的過程を用いてもよい。
望まれないタンパク質（例、多量に存在する、情報価値のない、または検出不能なタンパク質）の試料からの除去は、高親和性試薬、高分子量フィルタ、超遠心分離、及び／または電気透析を用いて達成することができる。高親和性試薬には、多量に存在するタンパク質に選択的に結合する抗体または他の試薬（例、アプタマー）が含まれる。試料調製はまた、イオン交換クロマトグラフィー、金属イオン親和性クロマトグラフィー、ゲル濾過、疎水性クロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、吸着クロマトグラフィー、等電点電気泳動、及び関連技法を含むことも可能である。分子量フィルタは、サイズ及び分子量に基づいて分子を分離する膜を含む。かかるフィルタは、逆浸透、ナノ濾過、限外濾過、及び精密濾過をさらに採用してもよい。
超遠心分離は、望まれないポリペプチドを試料から除去する方法である。超遠心分離は、光学系を用いて粒子の沈降（またはその欠如）をモニタリングしながらの、約１５，０００〜６０，０００ｒｐｍでの試料の遠心分離である。電気透析は、電位勾配の影響下でイオンが半透膜を通して１つの溶液から別の溶液に輸送される過程において、電気膜または半透（ｓｅｍｉｐｅｒｍａｂｌｅ）膜を用いる手順である。電気透析において用いられる膜は、正電荷もしくは負電荷を有するイオンを選択的に輸送し、反対の電荷のイオンを拒絶する能力、またはサイズ及び電荷に基づいて種が半透（ｓｅｍｉｐｅｒｍａｂｌｅ）膜を通して移動することを許容する能力を有し得るため、それは電気透析を電解質の濃縮、除去、または分離に有用なものとする。
本発明における分離及び精製は、キャピラリー電気泳動（例、キャピラリー中またはオンチップ）またはクロマトグラフィー（例、キャピラリー、カラム中、またはチップ上）等の当該技術分野で既知の任意の手順を含んでもよい。電気泳動は、電場の影響下でイオン性分子を分離するために用いられ得る方法である。電気泳動は、ゲル、キャピラリー中で、またはチップ上のマイクロチャネル中で実施することができる。電気泳動に用いられるゲルの例としては、デンプン、アクリルアミド、ポリエチレンオキシド、アガロース、またはそれらの組み合わせが挙げられる。ゲルは、その架橋結合、洗剤または変性剤の添加、酵素または抗体（親和性電気泳動）または基質（ザイモグラフィー）の固定化、及びｐＨ勾配の組み込みによって修飾され得る。電気泳動に用いられるキャピラリーの例としては、エレクトロスプレーとインターフェース接続するキャピラリーが挙げられる。
キャピラリー電気泳動（ＣＥ）は、複合体の親水性分子及び高荷電の溶質を分離するのに好ましい。ＣＥ技術はまた、マイクロ流体チップ上でも実装され得る。用いられるキャピラリー及び緩衝液の種類に応じて、ＣＥは、キャピラリーゾーン電気泳動（ＣＺＥ）、キャピラリー等電点電気泳動（ＣＩＥＦ）、キャピラリー等速電気泳動（ｃＩＴＰ）、及びキャピラリー電気クロマトグラフィー（ＣＥＣ）等の分離技法にさらに分割され得る。ＣＥ技法をエレクトロスプレーイオン化と結びつける実施形態は、揮発性溶液、例えば、揮発性酸及び／または塩基ならびにアルコールまたはアセトニトリル等の有機物を含有する水性混合物の使用を伴う。
キャピラリー等速電気泳動（ｃＩＴＰ）は、分析物がキャピラリーを通って一定速度で移動するが、それでも、それらのそれぞれの移動度によって分離される技法である。キャピラリーゾーン電気泳動（ＣＺＥ）、別名、自由溶液ＣＥ（ＦＳＣＥ）は、分子上の電荷、及び分子が移動中に遭遇する摩擦抵抗（これは分子のサイズに正比例することが多い）によって決定される、種の電気泳動移動度の差異に基づく。キャピラリー等電点電気泳動（ＣＩＥＦ）は、弱イオン性の両性分子がｐＨ勾配下で電気泳動によって分離されることを可能にする。ＣＥＣは、慣習的な高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）とＣＥとの間のハイブリッド技法である。
本発明で用いられる分離及び精製技法は、当該技術分野で既知のいずれのクロマトグラフィー手順も含む。クロマトグラフィーは、ある特定の分析物の差次的吸着及び溶出、すなわち移動相と固定相との間での分析物の分割に基づき得る。クロマトグラフィーの様々な例としては、液体クロマトグラフィー（ＬＣ）、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）等が挙げられるが、これらに限定されない。
ＩＶ．バイオマーカー核酸及びポリペプチド
本発明の一態様は、ＡＰＲＩＬ、ＴＡＣＩ、ＢＣＭＡ、サイトカイン様ＩＬ−１０等といったバイオマーカーポリペプチドまたはかかるポリペプチドの一部分をコードするバイオマーカー核酸に対応する、単離された核酸分子の使用に関する。本明細書で使用されるとき、「核酸分子」という用語は、ＤＮＡ分子（例、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）及びＲＮＡ分子（例、ｍＲＮＡ）ならびにヌクレオチド類似体を用いて生成されたＤＮＡまたはＲＮＡの類似体を含むことを意図する。核酸分子は、１本鎖でも２本鎖でもあることができるが、好ましくは２本鎖ＤＮＡである。
「単離された」核酸分子は、その核酸分子の天然源において存在する他の核酸分子から分離されたものである。好ましくは、「単離された」核酸分子は、その核酸の由来となる生物のゲノムＤＮＡにおいて天然ではその核酸の両側に位置する配列（好ましくはタンパク質コード配列）（すなわち、核酸の５’及び３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態では、単離された核酸分子は、その核酸の由来となる細胞のゲノムＤＮＡにおいて天然ではその核酸分子の両側に位置するヌクレオチド配列を約５ｋＢ、４ｋＢ、３ｋＢ、２ｋＢ、１ｋＢ、０．５ｋＢ、または０．１ｋＢ未満で含有し得る。その上、「単離された」核酸分子、例えばｃＤＮＡ分子は、組換え技法によって生産された場合には他の細胞物質もしくは培養基を実質的に含まない、または化学合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないことが可能である。
本発明のバイオマーカー核酸分子は、標準的な分子生物学技法及び本明細書に記載されるデータベース記録にある配列情報を用いて単離することができる。かかる核酸配列の全てまたは一部分を用いて、本発明の核酸分子は、標準的なハイブリダイゼーション及びクローニング技法を用いて単離することができる（例、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９に記載される通り）。
本発明の核酸分子は、標準的なＰＣＲ増幅技法に従って、テンプレートとしてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡ、及び適切なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅することができる。そのようにして増幅された核酸分子を適切なベクターにクローニングし、ＤＮＡ配列分析によって特徴評価することができる。さらに、本発明の核酸分子の全てまたは一部分に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技法によって、例えば自動ＤＮＡ合成装置を用いて、調製することができる。
その上、本発明の核酸分子は、核酸配列の一部分のみを含むことができ、ここで完全長核酸配列は、本発明のマーカーを含むか、または本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードする。かかる核酸分子は、例えば、プローブまたはプライマーとして用いられ得る。プローブ／プライマーは典型的に、１つまたは複数の実質的に精製されたオリゴヌクレオチドとして用いられる。オリゴヌクレオチドは典型的に、ストリンジェントな条件下で、バイオマーカー核酸配列の少なくとも約７個、好ましくは約１５個、より好ましくは約２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、または４００個以上の連続したヌクレオチドにハイブリダイズする、ヌクレオチド配列の領域を含む。バイオマーカー核酸分子の配列に基づくプローブを用いて、本発明の１つまたは複数のマーカーに対応する転写物またはゲノム配列を検出することができる。プローブは、それに結合させた標識基、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子を含む。
遺伝コードの縮重に起因して、当該バイオマーカーに対応するタンパク質をコードする核酸分子のヌクレオチド配列とは異なり、故に同じタンパク質をコードする、バイオマーカー核酸分子もまた企図される。
加えて、当業者には、アミノ酸配列の変化につながるＤＮＡ配列多型が集団（例、ヒト集団）内で存在し得ることが理解されよう。かかる遺伝子多型は、天然のアレル多様性に起因して集団内の個体の間で存在し得る。アレルは、所与の遺伝子座で代替として起こる遺伝子の群のうちの１つである。加えて、その遺伝子の全体的発現レベルに影響を及ぼし得る（例、制御または分解に影響を及ぼすことによって）、ＲＮＡ発現レベルに影響を及ぼすＤＮＡ多型もまた存在し得ることが理解されよう。
本明細書で「アレルバリアント」と互換的に使用される、「アレル」という用語は、遺伝子またはその一部分の代替形態を指す。アレルは、相同染色体上で同じ座位すなわち位置を占有する。対象がある遺伝子の２つの同一のアレルを有するとき、その対象は、その遺伝子またはアレルに関してホモ接合型といわれる。対象がある遺伝子の２つの異なるアレルを有するとき、その対象は、その遺伝子またはアレルに関してヘテロ接合型といわれる。例えば、バイオマーカーのアレルは、単一ヌクレオチド、またはいくつかのヌクレオチドにおいて互いに異なり得、ヌクレオチドの置換、欠失、及び挿入を含むことができる。遺伝子のアレルはまた、１つまたは複数の変異を含有する遺伝子の形態であり得る。
本明細書で互換的に使用される、「遺伝子の多型領域のアレルバリアント」または「アレルバリアント」という用語は、集団における遺伝子のその領域に見出されるいくつかの可能なヌクレオチド配列のうちの１つを有する、遺伝子の代替形態を指す。本明細書で使用されるとき、アレルバリアントは、機能的アレルバリアント、非機能的アレルバリアント、ＳＮＰ、変異、及び多型を包含することを意図する。
「一塩基多型」（ＳＮＰ）という用語は、単一ヌクレオチドによって占有され、アレル配列間で多様な部位である多型部位を指す。この部位には通常、アレルの高度に保存された配列（例、集団のうち１／１００または１／１０００未満の成員において異なる配列）が先行及び後続する。ＳＮＰは通常、多型部位における１つのヌクレオチドの別のヌクレオチドでの置換に起因して発生する。ＳＮＰはまた、参照アレルと比べたヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入からも発生し得る。典型的には、多型部位は、参照塩基以外の塩基によって占有される。例えば、参照アレルが多型部位において塩基「Ｔ」（チミジン）を含有する場合、変化したアレルは、多型部位において「Ｃ」（シチジン）、「Ｇ」（グアニン）、または「Ａ」（アデニン）を含有し得る。ＳＮＰはタンパク質コード核酸配列において起こることがあり、この場合、それらは欠陥のあるもしくはそうでなくても異型のタンパク質、または遺伝子疾患を生じさせる場合がある。かかるＳＮＰは、遺伝子のコード配列を変化させ、したがって、別のアミノ酸を指定する場合があるか（「ミスセンス」ＳＮＰ）、またはＳＮＰは終止コドンを導入する場合がある（「ナンセンス」ＳＮＰ）。ＳＮＰがタンパク質のアミノ酸配列を変化させない場合、ＳＮＰは「サイレント」と呼ばれる。ＳＮＰはまた、ヌクレオチド配列の非コード領域において起こることもある。これは、例えば選択的スプライシング（ｓｐｉｃｉｎｇ）の結果として、欠陥のあるタンパク質発現をもたらし得るか、またはそれはタンパク質の機能に何ら影響を有しない場合がある。
本明細書で使用されるとき、「遺伝子」及び「組換え遺伝子」という用語は、本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含む、核酸分子を指す。かかる天然のアレル多様性は典型的に、所与の遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の相違をもたらし得る。代替的なアレルは、いくつかの異なる個体において目的とする遺伝子を配列決定することによって特定することができる。これは、ハイブリダイゼーションプローブを用いて、様々な個体において同じ遺伝子座を特定することによって、容易に実施することができる。天然のアレル多様性の結果であり、機能的活性を変化させない、ありとあらゆるかかるヌクレオチド多様性及び結果として生じたアミノ酸多型または多様性が、本発明の範囲内にあることが意図される。
別の実施形態では、バイオマーカー核酸分子は、少なくとも７、１５、２０、２５、３０、４０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５５０、６５０、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２２００、２４００、２６００、２８００、３０００、３５００、４０００、４５００ヌクレオチド長以上であり、ストリンジェントな条件下で、本発明のマーカーに対応する核酸分子に、または本発明のマーカーに対応するタンパク質をコードする核酸分子にハイブリダイズする。本明細書で使用されるとき、「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という用語は、互いに少なくとも６０％（６５％、７０％、７５％、８０％、好ましくは８５％）同一なヌクレオチド配列が典型的に互いにハイブリダイズされたままである、ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を説明することを意図する。かかるストリンジェントな条件は当業者に既知であり、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）の６．３．１〜６．３．６節に見出すことができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の好ましい非限定的な例は、６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２Ｘ ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中、５０〜６５℃での１回または複数回の洗浄である。
集団中に存在し得る、本発明の核酸分子の天然型アレルバリアントに加えて、当業者であれば、変異により配列変化を導入し、それによって、そのアミノ酸配列によりコードされるタンパク質の生物活性を改変することなく、コード化タンパク質のアミノ酸配列の変化をもたらし得ることをさらに理解しよう。例えば、「非必須」アミノ酸残基におけるアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換を行うことができる。「非必須」アミノ酸残基は、生物活性を改変することなく野生型配列から改変され得る残基であり、一方で、「必須」アミノ酸残基は生物活性に必要とされる。例えば、種々の種のホモログの間で保存されていないかまたは半保存的にすぎないアミノ酸残基は、活性に非必須であり得、故に改変の適当な標的であろう。代替として、種々の種（例、マウス及びヒト）のホモログの間で保存されたアミノ酸残基は、活性に必須であり得、故に改変の適当な標的とはならないであろう。
したがって、本発明の別の態様は、活性に必須でないアミノ酸残基の変化を含有する、本発明のポリペプチドをコードする核酸分子に関する。かかるポリペプチドは、本発明のマーカーに対応する天然型タンパク質とはアミノ酸配列が異なるが、なおも生物活性を保持する。一実施形態では、バイオマーカータンパク質は、本明細書に記載されるバイオマーカータンパク質のアミノ酸配列と少なくとも約４０％同一、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８３％、８５％、８７．５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一である、アミノ酸配列を有する。
バリアントタンパク質をコードする単離された核酸分子は、コード化タンパク質に１つまたは複数のアミノ酸残基置換、付加、または欠失が導入されるように、本発明の核酸ヌクレオチド配列に１つまたは複数のヌクレオチド置換、付加、または欠失を導入することによって、作り出すことができる。変異は、部位特異的変異誘発及びＰＣＲ媒介性変異誘発等の標準的技法によって導入することができる。好ましくは、保存的アミノ酸置換は、１つまたは複数の予測される非必須アミノ酸残基において行われる。「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が、同様の側鎖を有するアミノ酸残基と置き換えられるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野で定義されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖（例、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例、アスパラギン酸、グルタミン酸）、極性無電荷側鎖（例、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖（例、トレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖（例、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸を含む。代替として、変異は、例えば飽和変異誘発によって、コード配列の全てまたは一部に沿ってランダムに導入することができ、結果として生じた変異体を生物活性についてスクリーニングして、活性を保持する変異体を特定することができる。変異誘発に次いで、コード化タンパク質を組換え発現させることができ、タンパク質の活性を決定することができる。
一部の実施形態では、本発明は、抗バイオマーカーアンチセンス核酸分子、すなわち、本発明のセンス核酸に相補的、例えば、本発明のマーカーに対応する２本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的または本発明のマーカーに対応するｍＲＮＡ配列に相補的である分子の使用をさらに企図する。したがって、本発明のアンチセンス核酸分子は、本発明のセンス核酸に水素結合する（すなわち、それとアニールする）ことができる。アンチセンス核酸は、コード鎖全体に、またはその一部分にのみ、例えば、タンパク質コード領域（またはオープンリーディングフレーム）の全てまたは一部に、相補的であり得る。アンチセンス核酸分子はまた、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非コード領域の全てまたは一部に対してもアンチセンスであり得る。非コード領域（「５’及び３’非翻訳領域」）は、コード領域の両側に位置する５’及び３’配列であり、アミノ酸に翻訳されない。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０ヌクレオチド長以上であり得る。アンチセンス核酸は、当該技術分野で既知の手順を用いた化学合成及び酵素的ライゲーション反応を用いて構築することができる。例えば、アンチセンス核酸（例、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然型ヌクレオチドを用いて化学合成することができるか、または、分子の生物学的安定性を増加させるかもしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二重鎖の物理的安定性を増加させるように設計された、多様な修飾ヌクレオチド、例えば、ホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドを用いることができる。アンチセンス核酸を生成するために用いることができる修飾ヌクレオチドの例としては、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−Ｄ−ガラクトシルキューオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、ベータ−Ｄ−マンノシルキューオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、及び２，６−ジアミノプリンが挙げられる。代替として、アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向に（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡが、目的とする標的核酸に対してアンチセンス方向にある（以下の小節でさらに記載される））サブクローニングされた発現ベクターを用いて、生物学的に生産することができる。
本発明のアンチセンス核酸分子は典型的に、対象に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果、それらは本発明の選択されるマーカーに対応するポリペプチドをコードする細胞ｍＲＮＡ及び／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするかまたはそれに結合して、それによって、例えば転写及び／または翻訳を阻害することによって、マーカーの発現を阻害する。ハイブリダイゼーションは、安定した二重鎖を形成するような従来のヌクレオチド相補性によるか、または、例えば、ＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的相互作用を通してのものであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位でのアンチセンス核酸の直接注射、または血液関連もしくは骨髄関連の体液中へのアンチセンス核酸の注入が挙げられる。代替として、アンチセンス核酸分子は、選択される細胞を標的とするように修飾され、次いで全身投与され得る。例えば、全身投与の場合、アンチセンス分子は、例えば、アンチセンス核酸分子を細胞表面受容体または抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって、それらが選択される細胞表面上で発現される受容体または抗原に特異的に結合するように修飾され得る。アンチセンス核酸分子はまた、本明細書に記載されるベクターを用いて細胞に送達することもできる。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ ＩＩまたはｐｏｌ ＩＩＩプロモーターの制御下に配置されているベクター構築物が好ましい。
本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子であり得る。α−アノマー核酸分子は、通常のα−ユニットとは対照的に、鎖が互いに平行に延びる相補的ＲＮＡを有する、特異的な２本鎖ハイブリッドを形成する（Ｇａｕｌｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体（Ｉｎｏｕｅ ｅｔ ａｌ．，１９８７，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）も含むことができる。
本発明はまた、リボザイムも包含する。リボザイムは、それらが相補的領域を有するｍＲＮＡ等の１本鎖核酸を切断することが可能なリボヌクレアーゼ活性を有する、触媒ＲＮＡ分子である。故に、リボザイム（例、Ｈａｓｅｌｈｏｆｆ ａｎｄ Ｇｅｒｌａｃｈ，１９８８，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５８５−５９１に記載されるようなハンマーヘッド型リボザイム）を用いて、ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断して、それによって、ｍＲＮＡによりコードされるタンパク質の翻訳を阻害することができる。本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸分子に対して特異性を有するリボザイムを、マーカーに対応するｃＤＮＡのヌクレオチド配列に基づいて設計することができる。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が切断すべきヌクレオチド配列に相補的である、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ Ｌ−１９ ＩＶＳ ＲＮＡの誘導体を構築することができる（Ｃｅｃｈらの米国特許第４，９８７，０７１号、及びＣｅｃｈらの米国特許第５，１１６，７４２号を参照されたい）。代替として、本発明のポリペプチドをコードするｍＲＮＡを用いて、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡをＲＮＡ分子のプールから選択することができる（例えば、Ｂａｒｔｅｌ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，１９９３，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１４１１−１４１８を参照されたい）。
本発明はまた、３重らせん構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、バイオマーカータンパク質の発現は、当該ポリペプチドをコードする遺伝子の制御領域（例、プロモーター及び／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化して、標的細胞において遺伝子の転写を阻止する３重らせん構造を形成することによって阻害され得る。全般的に、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．６（６）：５６９−８４、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６、及びＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ １４（１２）：８０７−１５を参照されたい。
種々の実施形態では、本発明の核酸分子は、塩基部分、糖部分、またはリン酸骨格において、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーション、または溶解性を改善するように修飾され得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースリン酸骨格が、ペプチド核酸分子を生成するように修飾され得る（Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４（１）：５−２３を参照されたい）。本明細書で使用されるとき、「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」という用語は、デオキシリボースリン酸骨格が疑似ペプチド骨格によって置き換えられ、４つの天然核酸塩基のみが保持された、核酸模倣物、例えばＤＮＡ模倣物を指す。中性のＰＮＡ骨格は、低イオン強度の条件下でＤＮＡ及びＲＮＡへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐ ｅｔ ａｌ．（１９９６）（上記参照）、Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１４６７０−６７５に記載されるような標準的な固相ペプチド合成プロトコルを用いて行うことができる。
ＰＮＡは、治療用途及び診断用途において用いることができる。例えば、ＰＮＡは、例えば、転写もしくは翻訳停止を誘導するかまたは複製を阻害することによる、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンスまたは抗原薬剤として用いることができる。ＰＮＡはまた、例えば、遺伝子における単一塩基対変異の分析において、例えば、ＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピング（ＰＮＡ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ＰＣＲ ｃｌａｍｐｉｎｇ）によって、他の酵素、例えばＳ１ヌクレアーゼ（Ｈｙｒｕｐ（１９９６）（上記参照）と併用する際の人工制限酵素として、またはＤＮＡ配列及びハイブリダイゼーションのためのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐ，１９９６（上記参照）、Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１４６７０−６７５）用いることもできる。
別の実施形態では、ＰＮＡは、親油基もしくは他の補助基（ｈｅｌｐｅｒ ｇｒｏｕｐｓ）をＰＮＡに結合させることによって、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によって、またはリポソームもしくは当該技術分野で既知の他の薬物送達技法の使用によって、例えば、それらの安定性または細胞取り込みを強化するように修飾され得る。例えば、ＰＮＡ及びＤＮＡの有利な特性を組み合わせ得るＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。かかるキメラは、ＤＮＡ認識酵素、例えば、ＲＮＡＳＥ Ｈ及びＤＮＡポリメラーゼがＤＮＡ部分と相互作用できるようにする一方で、ＰＮＡ部分が高結合親和性及び特異性を提供するであろう。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基の積み重ね、核酸塩基間の結合の数、及び配向の点から選択される適切な長さのリンカーを用いて連結され得る（Ｈｙｒｕｐ，１９９６（上記参照））。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐ（１９９６）（上記参照）及びＦｉｎｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４（１７）：３３５７−６３に記載されるように行うことができる。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホロアミダイトカップリング化学反応及び修飾ヌクレオシド類似体を用いて固体支持体上で合成することができる。５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホロアミダイト等の化合物が、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間のつなぎとして用いられ得る（Ｍａｇ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：５９７３−８８）。次いでＰＮＡ単量体を段階的にカップリングさせて、５’ＰＮＡセグメント及び３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子が生産される（Ｆｉｎｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４（１７）：３３５７−６３）。代替として、５’ＤＮＡセグメント及び３’ＰＮＡセグメントを有するキメラ分子を合成することができる（Ｐｅｔｅｒｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７５，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９−１１１２４）。
他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ペプチド等の他の付加基（ａｐｐｅｎｄｅｄ ｇｒｏｕｐｓ）（例、インビボでの宿主細胞受容体の標的化のため）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６５５３−６５５６、Ｌｅｍａｉｔｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：６４８−６５２、ＰＣＴ公開第ＷＯ８８／０９８１０号を参照されたい）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ８９／１０１３４号を参照されたい）を通過した輸送を容易にする薬剤を含むことができる。加えて、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ−ｔｒｉｇｇｅｒｅｄ ｃｌｅａｖａｇｅ ａｇｅｎｔｓ）（例えば、Ｋｒｏｌ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８−９７６）または挿入剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８，Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９）により修飾され得る。この目的で、オリゴヌクレオチドは、別の分子、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発性架橋結合剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤等にコンジュゲートされ得る。
本発明の別の態様は、バイオマーカータンパク質及びその生物活性部分の使用に関する。一実施形態では、マーカーに対応する天然ポリペプチドは、標準的なタンパク質精製技法を用いた適切な精製スキームによって細胞または組織源から単離することができる。別の実施形態では、本発明のマーカーに対応するポリペプチドは、組換えＤＮＡ技法によって生産される。組換え発現の代替として、本発明のマーカーに対応するポリペプチドは、標準的なペプチド合成技法を用いて化学合成することができる。
「単離された」または「精製された」タンパク質またはその生物活性部分は、タンパク質の由来となる細胞もしくは組織源からの細胞物質もしくは他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、または化学合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という文言は、当該タンパク質が、それが単離されたまたは組換え生産された源となる細胞の細胞構成成分から分離されている、タンパク質の調製物を含む。故に、細胞物質を実質的に含まないタンパク質は、約３０％、２０％、１０％、または５％未満（乾燥重量に基づく）の異種タンパク質（本明細書で「夾雑タンパク質」とも称される）を有するタンパク質の調製物を含む。タンパク質またはその生物活性部分が組換え生産される場合、それはまた好ましくは培養基を実質的に含まず、すなわち、培養基は、タンパク質調製物の体積の約２０％、１０％、または５％未満に相当する。タンパク質が化学合成によって生産される場合、それは好ましくは化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まず、すなわち、それはタンパク質の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質から分離されている。したがって、タンパク質のかかる調製物は、目的とするポリペプチド以外に約３０％、２０％、１０％、５％（乾燥重量に基づく）未満の化学的前駆体または化合物を有する。
バイオマーカーポリペプチドの生物活性部分は、本明細書に記載されるバイオマーカータンパク質のアミノ酸配列と十分に同一のまたはそれに由来するアミノ酸配列を含むが、完全長タンパク質よりも少数のアミノ酸を含み、かつ対応する完全長タンパク質の活性のうちの少なくとも１つを示す、ポリペプチドを含む。典型的に、生物活性部分は、対応するタンパク質の活性のうちの少なくとも１つを有するドメインまたはモチーフを含む。本発明のタンパク質の生物活性部分は、例えば、１０、２５、５０、１００アミノ酸長以上である、ポリペプチドであり得る。その上、タンパク質の他の領域が欠失された他の生物活性部分を組換え技法によって調製し、本発明のポリペプチドの天然型の機能的活性のうちの１つまたは複数について評価することができる。
好ましいポリペプチドは、本明細書に記載される核酸分子によってコードされるバイオマーカータンパク質のアミノ酸配列を有する。他の有用なタンパク質は、これらの配列のうちの１つと実質的に同一（例、少なくとも約４０％、好ましくは５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８３％、８５％、８８％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）であり、対応する天然型タンパク質のタンパク質の機能的活性を保持しながらも、天然のアレル多様性または変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なる。
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の同一性パーセントを決定するために、配列は、最適な比較を得る目的でアライメントされる（例、第２のアミノまたは核酸配列との最適なアライメントを得るために第１のアミノ酸または核酸配列の配列においてギャップが導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列における位置が第２の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占有される場合、その分子は、その位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、それらの配列によって共有される同一の位置の数の関数である（すなわち、同一性％＝同一の位置の数／位置の総数（例、重複位置）×１００）。一実施形態では、２つの配列は、同じ長さである。
２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて遂行することができる。２つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの好ましい非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：２２６４−２２６８のアルゴリズムを、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３−５８７７にあるように修正したものである。かかるアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０のＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラムに組み込まれている。本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、ＮＢＬＡＳＴプログラムにより、スコア＝１００、ワード長（ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ）＝１２として行うことができる。本発明のタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラムにより、スコア＝５０、ワード長＝３として行うことができる。比較目的でギャップが挿入されたアライメントを得るためには、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴをＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２に記載されるように利用することができる。代替として、ＰＳＩ−Ｂｌａｓｔを用いて、分子間の遠隔の関係性を検出する反復検索を行うことができる。ＢＬＡＳＴ、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ、及びＰＳＩ−Ｂｌａｓｔプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例、ＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを用いることができる。Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）のウェブサイト（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）を参照されたい。２つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの別の好ましい非限定的な例は、Ｍｙｅｒｓ ａｎｄ Ｍｉｌｌｅｒ，（１９８８）Ｃｏｍｐｕｔ Ａｐｐｌ Ｂｉｏｓｃｉ，４：１１−７のアルゴリズムである。かかるアルゴリズムは、ＧＣＧ配列アライメントソフトウェアパッケージの一部であるＡＬＩＧＮプログラム（第２．０版）に組み込まれている。アミノ酸配列の比較のためにＡＬＩＧＮプログラムを利用する場合、ＰＡＭ１２０重み残基表（ｗｅｉｇｈｔ ｒｅｓｉｄｕｅ ｔａｂｌｅ）、ギャップ長ペナルティ１２、及びギャップペナルティ４を用いることができる。局所的な配列類似性及びアライメントの領域を特定するためのなおも別の有用なアルゴリズムは、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４−２４４８に記載されるようなＦＡＳＴＡアルゴリズムである。ヌクレオチドまたはアミノ酸配列の比較のためにＦＡＳＴＡアルゴリズムを用いる場合、ＰＡＭ１２０重み残基表を、例えば、ｋ−タプル値２とともに用いることができる。
２つの配列間の同一性パーセントは、ギャップを許容しつつまたは許容せずに、上述したものと同様の技法を用いて決定することができる。同一性パーセントを算出する際は、厳密な一致のみが数えられる。
本発明はまた、バイオマーカータンパク質に対応するキメラタンパク質または融合タンパク質も提供する。本明細書で使用されるとき、「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」とは、異種ポリペプチド（すなわち、当該マーカーに対応するポリペプチド以外のポリペプチド）に作動可能に連結された、本発明のマーカーに対応するポリペプチドの全てまたは一部（好ましくは生物活性部分）を含む。融合タンパク質において、「作動可能に連結された」という用語は、本発明のポリペプチド及び異種ポリペプチドがインフレームで互いに融合されていることを示すことを意図する。異種ポリペプチドは、本発明のポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に融合され得る。
有用な融合タンパク質には、本発明のマーカーに対応するポリペプチドがＧＳＴ配列またはＦｃドメインのカルボキシル末端にそれぞれ融合されている、ＧＳＴ融合タンパク質またはＦｃドメイン融合タンパク質が含まれる。かかる融合タンパク質は、本発明の組換えポリペプチドの精製を容易にし得る。
別の実施形態では、融合タンパク質は、異種シグナル配列、免疫グロブリン融合タンパク質、毒素、または他の有用なタンパク質配列を含有する。本発明のキメラタンパク質及び融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技法によって生産することができる。別の実施形態では、融合遺伝子は、自動ＤＮＡ合成装置を含む従来の技法によって合成することができる。代替として、２つの連続した遺伝子断片の間に相補的オーバーハングを生じさせるアンカープライマーを用いて、遺伝子断片のＰＣＲ増幅を実施することができ、その後、それをアニーリングし、再増幅させて、キメラ遺伝子配列を生成することができる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（上記参照）を参照されたい）。その上、融合部分（例、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードする、多くの発現ベクターが市販されている。本発明のポリペプチドをコードする核酸を、融合部分がインフレームで本発明のポリペプチドに連結されるように、かかる発現ベクターにクローニングすることができる。
シグナル配列を用いて、分泌タンパク質または目的とする他のタンパク質の分泌及び単離を容易にすることができる。シグナル配列は典型的に、疎水性アミノ酸のコアを特徴とし、これは概して、１つまたは複数の切断事象において分泌中に成熟タンパク質から切断される。かかるシグナルペプチドは、成熟タンパク質が分泌経路を通過するときに成熟タンパク質からのシグナル配列の切断を可能にする、プロセシング部位を含有する。故に、本発明は、シグナル配列を有する記載のポリペプチド、ならびにシグナル配列がタンパク分解性で切断されたポリペプチドに関する（すなわち、切断産物）。一実施形態では、シグナル配列をコードする核酸配列は、発現ベクターにおいて、通常は分泌されないかまたはそうでなくても単離が困難であるタンパク質等の、目的とするタンパク質に作動可能に連結され得る。シグナル配列は、発現ベクターで形質転換させた真核宿主等からのタンパク質の分泌を指示し、シグナル配列はその後または同時に切断される。次いでタンパク質は、当該技術分野で認識される方法によって細胞外培地から容易に精製することができる。代替として、シグナル配列は、ＧＳＴドメインを用いて等、精製を容易にする配列を用いて、目的とするタンパク質に連結され得る。
本発明はまた、本明細書に記載されるバイオマーカーポリペプチドのバリアントにも関する。かかるバリアントは、アゴニスト（模倣体）としてまたはアンタゴニストとしてのいずれかで機能し得る、変化したアミノ酸配列を有する。バリアントは、変異誘発、例えば個別的な点変異または短縮化によって、生成され得る。アゴニストは、天然型のタンパク質の生物活性と実質的に同じもの、またはそのサブセットを保持し得る。タンパク質のアンタゴニストは、例えば、目的とするタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流または上流メンバーに競合的に結合することによって、天然型のタンパク質の活性のうちの１つまたは複数を阻害し得る。故に、機能が限定されたバリアントでの治療によって特定の生物学的効果が引き出され得る。天然型のタンパク質の生物活性のサブセットを有するバリアントでの対象の治療は、天然型のタンパク質での治療と比べて対象における副作用がより少ない可能性がある。
アゴニスト（模倣体）としてまたはアンタゴニストとしてのいずれかで機能するバイオマーカータンパク質のバリアントは、本発明のタンパク質の変異体、例えば短縮型変異体のコンビナトリアルライブラリをアゴニストまたはアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることによって、特定することができる。一実施形態では、バリアントの多彩なライブラリがコンビナトリアル変異誘発によって核酸レベルで生成され、多彩な遺伝子ライブラリによってコードされる。バリアントの多彩なライブラリは、例えば、縮重した一組の可能性のあるタンパク質配列が個々のポリペプチドとして、または代替的には一組のより大きな融合タンパク質として（例、ファージディスプレイのために）発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を遺伝子配列に酵素的にライゲーションすることによって生産することができる。縮重オリゴヌクレオチド配列から本発明のポリペプチドの可能性のあるバリアントのライブラリを生産するために用いることができる様々な方法がある。縮重オリゴヌクレオチドの合成方法は、当該技術分野で既知である（例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ３９：３、Ｉｔａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３、Ｉｔａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８：１０５６、Ｉｋｅ ｅｔ ａｌ．，１９８３ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１１：４７７を参照されたい）。
加えて、本発明のマーカーに対応するポリペプチドのコード配列の断片のライブラリを用いて、スクリーニング及びその後のバリアントの選択のためにポリペプチドの多彩な集団を生成することができる。例えば、コード配列断片のライブラリは、目的とするコード配列の２本鎖ＰＣＲ断片をヌクレアーゼにより、１分子当たり約１回のみ切れ目の形成が起こる条件下で処理し、２本鎖ＤＮＡを変性させ、ＤＮＡを再生させて切れ目の入った異なる産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る２本鎖ＤＮＡを形成させ、Ｓ１ヌクレアーゼでの処理により再形成された二重鎖から１本鎖部分を除去し、結果として生じた断片のライブラリを発現ベクターにライゲーションすることによって、生成され得る。この方法によって、アミノ末端及び目的とするタンパク質の種々のサイズの内部断片をコードする発現ライブラリが導き出され得る。
点変異または短縮化によって作製されたコンビナトリアルライブラリの遺伝子産物をスクリーニングするため、及び選択される特性を有する遺伝子産物についてｃＤＮＡライブラリをスクリーニングするための、いくつかの技法が当該技術分野で既知である。高スループット分析に適合する、大きな遺伝子ライブラリをスクリーニングするための最も広く用いられる技法は典型的に、遺伝子ライブラリを複製可能な発現ベクターにクローニングすることと、結果として生じたベクターのライブラリにより適切な細胞を形質転換することと、所望の活性を検出することで、産物が検出された元の遺伝子をコードするベクターの単離が容易となるような条件下で、コンビナトリアル遺伝子を発現させることとを含む。ライブラリにおける機能的変異体の頻度を高める技法である、リカーシブアンサンブル変異誘発（Ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ ｅｎｓｅｍｂｌｅ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）を、本発明のタンパク質のバリアントを特定するためのスクリーニングアッセイと併用することができる（Ａｒｋｉｎ ａｎｄ Ｙｏｕｒｖａｎ，１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７８１１−７８１５、Ｄｅｌｇｒａｖｅ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ６（３）：３２７−３３１）。
本明細書に記載されるバイオマーカー核酸及び／またはバイオマーカーポリペプチド分子の生産及び使用は、標準的な組換え技法を用いることによって容易となり得る。一部の実施形態では、かかる技法は、バイオマーカーポリペプチドまたはかかるポリペプチドの一部分をコードする核酸を含有するベクター、好ましくは発現ベクターを用いる。本明細書で使用されるとき、「ベクター」という用語は、連結させた別の核酸を輸送することが可能な核酸分子を指す。１つの種類のベクターは「プラスミド」であり、これは追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状２本鎖ＤＮＡループを指す。別の種類のベクターはウイルスベクターであり、ここにおいて追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノムにライゲーションされ得る。ある特定のベクターは、それらが導入された宿主細胞において自律複製が可能である（例、細菌の複製起点を有する細菌ベクター及びエピソーマル哺乳類ベクター）。他のベクター（例、非エピソーマル哺乳類ベクター）は、宿主細胞に導入されると宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それによって宿主ゲノムとともに複製される。その上、ある特定のベクター、つまり発現ベクターは、それらが作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示することが可能である。一般に、組換えＤＮＡ技法において実用的な発現ベクターは、プラスミド（ベクター）の形態であることが多い。しかしながら、本発明は、ウイルスベクター（例、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス及びアデノ随伴ウイルス）のような、同等の機能を果たす他の形態の発現ベクターを含むことを意図する。
本発明の組換え発現ベクターは、本発明の核酸を宿主細胞における核酸の発現に好適な形態で含む。これは、組換え発現ベクターが、発現すべき核酸配列に作動可能に連結された、発現に使用すべき宿主細胞に基づいて選択された１つまたは複数の制御配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結された」とは、目的とするヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列の発現（例、インビトロ転写／翻訳系でまたはベクターが宿主細胞に導入される場合は宿主細胞中で）を可能にするように制御配列（複数可）に連結されていることを意味することを意図する。「制御配列」という用語は、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御要素（例、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。かかる制御配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（１９９１）に記載される。制御配列には、多くの種類の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指示するもの及びある特定の宿主細胞においてのみヌクレオチド配列の発現を指示するもの（例、組織特異的制御配列）が含まれる。発現ベクターの設計は、形質転換すべき宿主細胞の選定、タンパク質の所望の発現レベル等のような因子に左右され得ることが当業者には理解されよう。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それによって、本明細書に記載されるような核酸によってコードされる、融合タンパク質またはペプチドを含めたタンパク質またはペプチドを産生させることができる。
本発明において使用するための組換え発現ベクターは、本発明のマーカーに対応するポリペプチドを、原核細胞（例、Ｅ．ｃｏｌｉ）または真核細胞（例、昆虫細胞｛バキュロウイルス発現ベクターを用いて｝、酵母細胞、または哺乳類細胞）において発現させるために設計することができる。好適な宿主細胞がＧｏｅｄｄｅｌ（上記参照）においてさらに考察される。代替として、組換え発現ベクターは、例えばＴ７プロモーター制御配列及びＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写され、翻訳され得る。
原核生物におけるタンパク質の発現は、ほとんどの場合、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指示する構成的または誘導性プロモーターを含有するベクターを含む、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて実施される。融合ベクターは、その中でコードされるタンパク質に、通常は組換えタンパク質のアミノ末端に、いくつかのアミノ酸を付加する。かかる融合ベクターは典型的に、１）組換えタンパク質の発現を増加させること、２）組換えタンパク質の溶解性を増加させること、及び３）親和性精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製を補助すること、の３つの目的を果たす。大抵の場合、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解切断部位が融合部分と組換えタンパク質との接合部で導入されて、融合タンパク質の精製に後続して組換えタンパク質の融合部分からの分離を可能にする。かかる酵素、及びそれらの同種認識配列には、第Ｘａ因子、トロンビン、及びエンテロキナーゼが含まれる。典型的な融合発現ベクターには、それぞれグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはタンパク質Ａを標的組換えタンパク質に融合する、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｉｎｃ、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎ，１９８８，Ｇｅｎｅ ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）、及びｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）が含まれる。
好適な誘導性の非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｇｅｎｅ ６９：３０１−３１５）及びｐＥＴ １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，ｐ．６０−８９，Ｉｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，１９９１）が挙げられる。ｐＴｒｃベクターからの標的バイオマーカー核酸の発現は、ハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃ融合プロモーターからの宿主ＲＮＡポリメラーゼによる転写に依存する。ｐＥＴ １１ｄベクターからの標的バイオマーカー核酸の発現は、共発現されるウイルスＲＮＡポリメラーゼ（Ｔ７ ｇｎ１）によって媒介されるＴ７ ｇｎ１０−ｌａｃ融合プロモーターからの転写に依存する。このウイルスポリメラーゼは、ｌａｃＵＶ ５プロモーターの転写制御下で、Ｔ７ ｇｎ１遺伝子を内部に持つ常在型プロファージからの宿主株ＢＬ２１（ＤＥ３）またはＨＭＳ１７４（ＤＥ３）によって供給される。
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化する１つの戦略は、組換えタンパク質をタンパク質分解性で切断する能力に障害を来たした宿主細菌においてタンパク質を発現させることである（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ｐ．１１９−１２８，Ｉｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，１９９０）。別の戦略は、発現ベクターに挿入すべき核酸の核酸配列を改変して、各アミノ酸に対する個々のコドンをＥ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるものとすることである（Ｗａｄａ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８）。本発明の核酸配列のかかる改変は、標準的なＤＮＡ合成技法によって実施することができる。
別の実施形態では、発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおける発現のためのベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉ ｅｔ ａｌ．，１９８７，ＥＭＢＯ Ｊ．６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（Ｋｕｒｊａｎ ａｎｄ Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ，１９８２，Ｃｅｌｌ ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅ ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、及びｐＰｉｃＺ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）が挙げられる。
代替として、発現ベクターは、バキュロウイルス発現ベクターである。培養された昆虫細胞（例、Ｓｆ９細胞）におけるタンパク質の発現に利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃ系列（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．３：２１５６−２１６５）及びｐＶＬ系列（Ｌｕｃｋｌｏｗ ａｎｄ Ｓｕｍｍｅｒｓ，１９８９，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７０：３１−３９）が挙げられる。
なおも別の実施形態では、本発明の核酸は、哺乳類発現ベクターを用いて哺乳類細胞において発現される。哺乳類発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，１９８７，Ｎａｔｕｒｅ ３２９：８４０）及びｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８７，ＥＭＢＯ Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳類細胞において用いられるとき、発現ベクターの制御機能は、ウイルス制御要素によって提供されることが多い。例えば、一般的に用いられるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、及びシミアンウイルス４０に由来する。原核細胞及び真核細胞の両方に対する他の好適な発現系については、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上記参照）の第１６章及び第１７章を参照されたい。
別の実施形態では、組換え哺乳類発現ベクターは、特定の細胞型において優先的に核酸の発現を指示することが可能である（例、組織特異的制御要素を用いて核酸を発現させる）。組織特異的制御要素は、当該技術分野で既知である。好適な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的）（Ｐｉｎｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ系特異的プロモーター（Ｃａｌａｍｅ ａｎｄ Ｅａｔｏｎ，１９８８，Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）、特にＴ細胞受容体のプロモーター（Ｗｉｎｏｔｏ ａｎｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，１９８９，ＥＭＢＯ Ｊ．８：７２９−７３３）及び免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｃｅｌｌ ３３：７２９−７４０、Ｑｕｅｅｎ ａｎｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，１９８３，Ｃｅｌｌ ３３：７４１−７４８）、神経細胞特異的プロモーター（例、神経細線維プロモーター）（Ｂｙｒｎｅ ａｎｄ Ｒｕｄｄｌｅ，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：９１２−９１６）、及び乳腺特異的プロモーター（例、乳清プロモーター）（米国特許第４，８７３，３１６号及び欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生過程で制御される（Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｌｙ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ）プロモーター、例えばマウスｈｏｘプロモーター（Ｋｅｓｓｅｌ ａｎｄ Ｇｒｕｓｓ，１９９０，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３７４−３７９）及びα−胎児タンパク質プロモーター（Ｃａｍｐｅｒ ａｎｄ Ｔｉｌｇｈｍａｎ，１９８９，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．３：５３７−５４６）もまた包含される。
本発明は、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされたＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターをさらに提供する。つまり、ＤＮＡ分子は、本発明のポリペプチドをコードするｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写により）を可能にするように、制御配列に作動可能に連結されている。様々な細胞型においてアンチセンスＲＮＡ分子の連続発現を指示する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された制御配列、例えばウイルスプロモーター及び／またはエンハンサーを選定することができるか、あるいはアンチセンスＲＮＡの構成的、組織特異的、または細胞型特異的発現を指示する制御配列を選定することができる。アンチセンス発現ベクターは、アンチセンス核酸が高効率制御領域の制御下で生産される、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化ウイルスの形態であり得、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の制御の考察については、（Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｖｏｌ．１（１））を参照されたい。
本発明の別の態様は、本発明の組換え発現ベクターが導入された宿主細胞に関する。「宿主細胞」及び「組換え宿主細胞」という用語は、本明細書で互換的に使用される。かかる用語は、特定の対象細胞だけでなく、かかる細胞の子孫または可能性のある子孫も指すことが理解される。変異または環境的影響のいずれかに起因して、後続の世代においてある特定の修飾が起こる場合があるため、かかる子孫は、実際には親細胞と同一でない場合があるが、依然として本明細書で使用される用語の範囲内に含まれる。
宿主細胞は、任意の原核細胞（例、Ｅ．ｃｏｌｉ）または真核細胞（例、昆虫細胞、酵母、または哺乳類細胞）であり得る。
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換またはトランスフェクション技法を介して原核細胞または真核細胞に導入することができる。本明細書で使用されるとき、「形質転換」及び「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈法、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介性トランスフェクション法、リポフェクション法、またはエレクトロポレーション法を含めた、外来性核酸を宿主細胞に導入するための当該技術分野で認識される様々な技法を指すことを意図する。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするのに好適な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上記参照）、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。
哺乳類細胞の安定したトランスフェクションに関して、用いられる発現ベクター及びトランスフェクション技法に応じて、ごく一部の細胞のみが外来性ＤＮＡをそれらのゲノムに組み込み得ることが知られている。これらの組み込み体を特定し、選択するために、選択可能マーカー（例、抗生物質に対する耐性のため）をコードする遺伝子が概して、目的とする遺伝子とともに宿主細胞に導入される。好ましい選択可能マーカーには、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、及びメトトレキサート等の薬物に対する耐性を付与するものが含まれる。導入された核酸で安定にトランスフェクトされた細胞は、薬物選択（例、選択可能マーカー遺伝子を組み込んだ細胞は生存する一方で、その他の細胞は死滅する）によって特定することができる。
Ｖ．バイオマーカー核酸、ポリペプチド、及び細胞の分析
バイオマーカー核酸及び／またはバイオマーカーポリペプチドは、本明細書に記載される方法及び本発明に有用なかかる遺伝子変化または発現変化を特定するための当業者に既知の技法に従って分析することができ、これには、１）バイオマーカー転写物またはポリペプチドのレベルの変化、２）バイオマーカー遺伝子からの１つまたは複数のヌクレオチドの欠失または付加、４）バイオマーカー遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドの置換、５）発現制御領域等の、バイオマーカー遺伝子の異常な修飾等が含まれるが、これらに限定されない。
ａ．コピー数及び／またはゲノム核酸変異の検出方法
バイオマーカー核酸のコピー数及び／またはゲノム核酸状態（例、変異）の評価方法は、当業者に周知である。染色体獲得または喪失の存在または不在が、本明細書で特定される領域またはマーカーのコピー数の決定によって簡便に評価され得る。
一実施形態では、生体試料は、ゲノムマーカーを含有するゲノム座位におけるコピー数変化の存在について試験される。
バイオマーカーの座位のコピー数の評価方法には、ハイブリダイゼーションベースのアッセイが含まれるが、これらに限定されない。ハイブリダイゼーションベースのアッセイには、サザンブロット、インサイチュハイブリダイゼーション（例、ＦＩＳＨ及びＦＩＳＨプラスＳＫＹ）法等の慣習的な「直接プローブ（ｄｉｒｅｃｔ ｐｒｏｂｅ）」法、及び比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、例えばｃＤＮＡベースまたはオリゴヌクレオチドベースのＣＧＨ等の「比較プローブ（ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｐｒｏｂｅ）」法が含まれるが、これらに限定されない。これらの方法は、基質（例、膜またはガラス）結合法またはアレイベースの手法が含まれるが、これらに限定されない多種多様な形式で用いることができる。
一実施形態では、試料中のバイオマーカー遺伝子コピー数の評価は、サザンブロットを伴う。サザンブロットにおいては、ゲノムＤＮＡ（典型的には断片化され、電気泳動ゲル上で分離されている）が、標的領域に特異的なプローブにハイブリダイズされる。標的領域に対するプローブからのハイブリダイゼーションシグナルの強度の、正常ゲノムＤＮＡ（例、同じまたは関連する細胞、組織、臓器等の非増幅部分）の分析から得た対照プローブシグナルとの比較により、標的核酸の相対的コピー数の推定が得られる。代替として、試料中のコード核酸のコピー数を評価するためにノーザンブロットが利用されてもよい。ノーザンブロットにおいては、ｍＲＮＡが、標的領域に特異的なプローブにハイブリダイズされる。標的領域に対するプローブからのハイブリダイゼーションシグナルの強度の、正常ＲＮＡ（例、同じまたは関連する細胞、組織、臓器等の非増幅部分）の分析から得た対照プローブシグナルとの比較から、標的核酸の相対的コピー数の推定が得られる。代替として、ＲＮＡを検出するための当該技術分野で周知の他の方法を用いることができ、それにより、適切な対照（例、同じまたは関連する細胞、組織、臓器等の非増幅部分）と比べてより高いかまたはより低い発現から、標的核酸の相対的コピー数の推定が得られる。
ゲノムコピー数を決定するための代替手段は、インサイチュハイブリダイゼーション（例、Ａｎｇｅｒｅｒ（１９８７）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ １５２：６４９）である。一般に、インサイチュハイブリダイゼーションは、以下の工程を含む：（１）分析すべき組織または生物学的構造の固定、（２）標的ＤＮＡの接近性を高めるため、及び非特異的結合を低減するための生物学的構造のプレハイブリダイゼーション処理、（３）核酸の混合物の、生物学的構造または組織における核酸へのハイブリダイゼーション、（４）ハイブリダイゼーションにおいて結合していない核酸断片を除去するためのポストハイブリダイゼーション洗浄、ならびに（５）ハイブリダイズされた核酸断片の検出。これらの工程の各々で用いられる試薬及び使用条件は、特定の用途に応じて異なる。典型的なインサイチュハイブリダイゼーションアッセイにおいて、細胞は、固体支持体、典型的にはガラススライドに固定される。核酸がプロービング対象である場合、細胞は典型的に、熱またはアルカリで変性される。次いで細胞は、当該タンパク質をコードする核酸配列に特異的な標識プローブのアニーリングを許容するように、適度な温度でハイブリダイゼーション溶液と接触させられる。次いで標的（例、細胞）は典型的に、既定のストリンジェンシーにてまたはストリンジェンシーを高めながら適切なシグナル対ノイズ比が得られるまで洗浄される。プローブは典型的に、例えば、放射性同位体または蛍光レポーターで標識される。一実施形態では、プローブは、ストリンジェントな条件下で標的核酸（複数可）と特異的にハイブリダイズするように十分に長い。プローブは全般的に、約２００塩基〜約１０００塩基の範囲の長さである。一部の用途では、反復配列のハイブリダイゼーション能力をブロックすることが必要である。故に、一部の実施形態では、非特異的ハイブリダイゼーションをブロックするためにｔＲＮＡ、ヒトゲノムＤＮＡ、またはＣｏｔ−Ｉ ＤＮＡが用いられる。
ゲノムコピー数を決定するための代替手段は、比較ゲノムハイブリダイゼーションである。一般に、ゲノムＤＮＡは、試験細胞（例、腫瘍細胞）からのみならず、正常な参照細胞からも単離され、必要であれば増幅される。これら２つの核酸は、区別して標識され、次いでインサイチュで参照細胞の分裂中期染色体にハイブリダイズされる。参照ＤＮＡ及び試験ＤＮＡの両方における反復配列は、除去されるか、あるいは何らかの手段によって、例えば、適切なブロッキング核酸によるプレハイブリダイゼーション及び／または該ハイブリダイゼーション中にかかる該反復配列に対するブロッキング核酸配列を含めることによって、それらのハイブリダイゼーション能力が低減されるかのいずれかである。次いで、結合した標識ＤＮＡ配列が、必要であれば、可視化された形態で表現される。試験細胞における、増加したまたは減少したコピー数にある染色体領域は、２つのＤＮＡからのシグナルの比が変化している領域を検出することによって特定することができる。例えば、試験細胞においてコピー数が減少した領域は、ゲノムの他の領域と比較して試験ＤＮＡからのシグナルが参照ＤＮＡよりも比較的より低いであろう。試験細胞においてコピー数が増加した領域は、試験ＤＮＡからのシグナルが比較的より高いであろう。染色体欠失またはコピー数増加（ｍｕｌｔｉｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）が存在する場合、これら２つの標識からのシグナルの比における差異が検出され、その比によりコピー数の尺度が得られるであろう。ＣＧＨの別の実施形態であるアレイＣＧＨ（ａＣＧＨ）では、固定化される染色体要素が、アレイ上で固体支持体に結合した一まとまりの標的核酸と置き換えられ、高パーセンテージまたは全パーセンテージのゲノムが固体支持体に結合した一まとまりの標的において表されることを可能にする。標的核酸は、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、オリゴヌクレオチド（例、一塩基多型を検出するため）等を含み得る。アレイベースのＣＧＨはまた、（対照及び可能性のある腫瘍試料を２つの異なる色素で標識し、ハイブリダイゼーション前にそれらを混合することにより、アレイ上でのプローブの競合ハイブリダイゼーションに起因した比をもたらすのではなく）単色標識で行われてもよい。単色ＣＧＨにおいては、対照が標識されて１つのアレイにハイブリダイズされ、絶対シグナルが読み取られ、可能性のある腫瘍試料が標識されて第２のアレイ（同一の内容物を有する）にハイブリダイズされ、絶対シグナルが読み取られる。これら２つのアレイからの絶対シグナルに基づいてコピー数の差異が算出される。固定化した染色体またはアレイの調製方法及び比較ゲノムハイブリダイゼーションの実施方法は、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第６，３３５，１６７号、同第６，１９７，５０１号、同第５，８３０，６４５号、及び同第５，６６５，５４９号、ならびにＡｌｂｅｒｔｓｏｎ（１９８４）ＥＭＢＯ Ｊ．３：１２２７−１２３４、Ｐｉｎｋｅｌ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：９１３８−９１４２、ＥＰＯ公開第４３０，４０２号、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．３３：Ｉｎ ｓｉｔｕ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｃｈｏｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．（１９９４）等を参照されたい）。別の実施形態では、Ｐｉｎｋｅｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２０：２０７−２１１、またはＫａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８９：５３２１−５３２５（１９９２）のハイブリダイゼーションプロトコルが用いられる。
依然として別の実施形態では、増幅ベースのアッセイを用いて、コピー数を測定することができる。かかる増幅ベースのアッセイにおいて、核酸配列は、増幅反応（例、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））におけるテンプレートとして作用する。定量的増幅において、増幅産物の量は、元の試料中のテンプレートの量に比例するであろう。適切な対照、例えば健常組織との比較により、コピー数の尺度が得られる。
「定量的」増幅方法は、当業者に周知である。例えば、定量ＰＣＲは、同じプライマーを用いて既知の量の対照配列を同時に共増幅することを伴う。これは、ＰＣＲ反応の較正に用いられ得る内部標準を提供する。定量ＰＣＲに関する詳細なプロトコルは、Ｉｎｎｉｓ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎ．Ｙ．）に提供される。定量ＰＣＲ分析を用いたマイクロサテライト座位におけるＤＮＡコピー数の測定は、Ｇｉｎｚｏｎｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６０：５４０５−５４０９に記載される。遺伝子に対する既知の核酸配列は、当業者がプライマーを通例のように選択して遺伝子の任意の部分を増幅できるようにするのに十分である。蛍光発生定量（Ｆｌｕｏｒｏｇｅｎｉｃ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ）ＰＣＲもまた本発明の方法において用いられ得る。蛍光発生定量ＰＣＲにおいて、定量は、蛍光シグナル、例えば、ＴａｑＭａｎ及びＳＹＢＲグリーンの量に基づく。
他の好適な増幅方法には、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ（１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ，ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７、及びＢａｒｒｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｇｅｎｅ ８９：１１７を参照されたい）、転写増幅（Ｋｗｏｈ，ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３）、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４）、ドットＰＣＲ、及びリンカーアダプターＰＣＲ等が含まれるが、これらに限定されない。
ヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）及び主コピー比率（ｍａｊｏｒ ｃｏｐｙ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ）（ＭＣＰ）マッピング（Ｗａｎｇ，Ｚ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６４（１）：６４−７１、Ｓｅｙｍｏｕｒ，Ａ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５４，２７６１−４、Ｈａｈｎ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５５，４６７０−５、Ｋｉｍｕｒａ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｇｅｎｅｓ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ Ｃａｎｃｅｒ １７，８８−９３、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，（２００８）ＭＢＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．９，２０４−２１９）もまた、増幅または欠失の領域を特定するために用いられてもよい。
ｂ．バイオマーカー核酸発現の検出方法
バイオマーカーの発現は、転写された分子またはタンパク質の発現を検出する多種多様な周知の方法のうちのいずれによって評定されてもよい。かかる方法の非限定的な例としては、分泌された細胞表面タンパク質、細胞質タンパク質、または核タンパク質の免疫学的検出方法、タンパク質精製法、タンパク質機能または活性アッセイ、核酸ハイブリダイゼーション法、核酸逆転写法、及び核酸増幅法が挙げられる。
好ましい実施形態では、特定の遺伝子の活性が、遺伝子の転写物（例、ｍＲＮＡ）の尺度によって、翻訳されたタンパク質の量の尺度によって、または遺伝子産物活性の尺度によって特徴評価される。バイオマーカーの発現は、ｍＲＮＡレベル、タンパク質レベル、またはタンパク質活性の検出によるものを含めて、様々な方式でモニタリングすることができ、これらのうちのいずれも標準的技法を用いて測定することができる。検出は、遺伝子発現レベル（例、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質、または酵素活性）の定量を伴い得るか、または代替として、特に対照レベルと比較した、遺伝子発現レベルの定性的評定であり得る。検出されているレベルの種類は、前後関係から明らかとなろう。
別の実施形態では、バイオマーカー、及びその断片またはその遺伝子変化（例、その制御領域またはプロモーター領域における）を含む、その機能的に同様のホモログの発現レベルを検出するかまたは決定することは、目的とするマーカーについてのＲＮＡレベルを検出するかまたは決定することを含む。一実施形態では、試験されるべき対象由来の１つまたは複数の細胞が得られ、ＲＮＡがそれらの細胞から単離される。好ましい実施形態では、乳房組織細胞の試料が対象から得られる。
一実施形態では、ＲＮＡは、単一細胞から得られる。例えば、細胞は、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）によって組織試料から単離され得る。この技法を用いて、細胞を、染色組織切片を含めた組織切片から単離し、それによって、所望の細胞が単離されることを確実にし得る（例えば、Ｂｏｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７８：１４８１、Ｅｍｍｅｒｔ−Ｂｕｃｋ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７４：９９８、Ｆｅｎｄ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈ．１５４：６１、及びＭｕｒａｋａｍｉ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ．５８：１３４６を参照されたい）。例えば、Ｍｕｒａｋａｍｉら（上記参照）は、予め免疫染色された組織切片からの細胞の単離について記載している。
ＲＮＡが抽出され得るより大きな細胞集団を得る目的等で、細胞を対象から得て、その細胞をインビトロで培養することもまた可能である。非形質転換細胞の培養物、すなわち初代細胞培養物を樹立するための方法は、当該技術分野で既知である。
ＲＮＡを個体由来の組織試料または細胞から単離する際、組織または細胞が対象から取り出された後に遺伝子発現におけるいずれのさらなる変化も阻止することが重要であり得る。発現レベルの変化は、撹乱、例えば、熱ショックまたはリポ多糖（ＬＰＳ）もしくは他の試薬での活性化に次いで、急速に変わることが知られている。加えて、それらの組織及び細胞におけるＲＮＡは、迅速に分解されるようになる場合がある。したがって、好ましい実施形態では、対象から得られた組織または細胞は、可能な限り速やかに急速凍結される。
ＲＮＡは、様々な方法、例えば、チオシアン酸グアニジン溶解、続いてＣｓＣｌ遠心分離（Ｃｈｉｒｇｗｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９７９，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １８：５２９４−５２９９）によって、組織試料から抽出することができる。単一細胞からのＲＮＡは、Ｄｕｌａｃ，Ｃ．（１９９８）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．３６、２４５及びＪｅｎａ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １９０：１９９に記載される方法等の、単一細胞からのｃＤＮＡライブラリの調製方法に記載されるように得ることができる。例えばＲＮＡｓｉｎを組み込むことによって、ＲＮＡ分解を回避するよう配慮する必要がある。
次いでＲＮＡ試料は特定の種において濃縮され得る。一実施形態では、ポリ（Ａ）＋ＲＮＡがＲＮＡ試料から単離される。一般に、かかる精製は、ｍＲＮＡ上のポリＡ尾部を活用する。特に、上述のように、ポリＴオリゴヌクレオチドが、ｍＲＮＡに対する親和性リガンドとしての役目を果たすように固体支持体上で内部に固定化されてもよい。この目的でのキット、例えば、ＭｅｓｓａｇｅＭａｋｅｒキット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ）が市販されている。
好ましい実施形態では、ＲＮＡ集団は、マーカー配列において濃縮される。濃縮は、例えば、プライマー特異的ｃＤＮＡ合成、またはｃＤＮＡ合成及びテンプレート指向性インビトロ転写に基づく複数回の線形増幅によって、着手され得る（例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９８９）ＰＮＡＳ ８６，９７１７、Ｄｕｌａｃ ｅｔ ａｌ．（上記参照）、及びＪｅｎａ ｅｔ ａｌ．（上記参照）を参照されたい）。
ＲＮＡの集団は、特定の種または配列において濃縮されていてもいなくても、さらに増幅され得る。本明細書で定義されるとき、「増幅過程」とは、ＲＮＡ内の分子を強くするか、増加させるか、または増強するように設計される。例えば、ＲＮＡがｍＲＮＡである場合、シグナルが検出可能であるかまたは検出が強化されるように、ＲＴ−ＰＣＲ等の増幅過程を利用して、ｍＲＮＡを増幅することができる。かかる増幅過程は、特に生体試料、組織試料、または腫瘍試料のサイズまたは体積が小さい場合に、有益である。
種々の増幅方法及び検出方法を用いることができる。例えば、ｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写し、続いてポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を行うこと、または、米国特許第５，３２２，７７０号に記載されるように、両工程に対して単一の酵素を用いること、または、Ｒ．Ｌ．Ｍａｒｓｈａｌｌ，ｅｔ ａｌ．，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ４：８０−８４（１９９４）によって記載されるように、ｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写し、続いて対称ギャップリガーゼ連鎖反応（ｓｙｍｍｅｔｒｉｃ ｇａｐ ｌｉｇａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ）（ＲＴ−ＡＧＬＣＲ）を行うことが、本発明の範囲内にある。リアルタイムＰＣＲもまた用いられてもよい。
本明細書で利用することができる他の既知の増幅方法には、ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８７：１８７４−１８７８（１９９０）に記載され、またＮａｔｕｒｅ ３５０（Ｎｏ．６３１３）：９１−９２（１９９１）にも記載される、いわゆる「ＮＡＳＢＡ」または「３ＳＲ」技法、公開された欧州特許出願（ＥＰＡ）第４５４４６１０号に記載されるようなＱ−ベータ増幅、鎖置換増幅（ｓｔｒａｎｄ ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（Ｇ．Ｔ．Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４２：９−１３（１９９６）及び欧州特許出願第６８４３１５号に記載される通り）、ＰＣＴ公開ＷＯ９３２２４６１によって記載されるような標的媒介性増幅、ＰＣＲ、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４，５６０（１９８９）、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１，１０７７（１９８８）を参照されたい）、自家持続配列複製法（ＳＳＲ）（例えば、Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７、１８７４（１９９０）を参照されたい）、及び転写増幅（例えば、Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６，１１７３（１９８９）を参照されたい）が含まれるが、これらに限定されない。
絶対及び相対遺伝子発現レベルを決定するための多くの技法が最新技術において既知であり、本発明で使用するのに好適な一般的に用いられる技法には、ノーザン分析、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（ＲＰＡ）、マイクロアレイ及びＰＣＲベースの技法、例えば、定量ＰＣＲ及びディファレンシャルディスプレイＰＣＲが含まれる。例えば、ノーザンブロッティングは、ＲＮＡの調製物を変性アガロースゲル上で泳動させ、それを活性化セルロース膜、ニトロセルロース膜、またはガラスもしくはナイロン膜等の好適な支持体に転写することを伴う。次いで、放射標識されたｃＤＮＡまたはＲＮＡが調製物にハイブリダイズされ、洗浄され、オートラジオグラフィーによって分析される。
インサイチュハイブリダイゼーションの可視化をまた採用してもよく、この場合、放射性物質で標識されたアンチセンスＲＮＡプローブが生検試料の薄切片を用いてハイブリダイズされ、洗浄され、ＲＮａｓｅで切断され、オートラジオグラフィー用に感光乳剤に曝露される。試料は、試料の組織学的組成を示すようにヘマトキシリンで染色されてもよく、好適な光フィルタを用いた暗視野撮像により、現像された乳剤が現れる。ジゴキシゲニン等の非放射性標識もまた用いられてもよい。
代替として、ｍＲＮＡ発現は、ＤＮＡアレイ、チップ、またはマイクロアレイ上で検出することができる。対象から得られた試験試料の標識された核酸が、バイオマーカーＤＮＡを含む固体表面にハイブリダイズされ得る。バイオマーカー転写物を含有する試料では、陽性のハイブリダイゼーションシグナルが得られる。ＤＮＡアレイの調製方法及びそれらの使用方法は、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第６，６１８，６７９６号、同第６，３７９，８９７号、同第６，６６４，３７７号、同第６，４５１，５３６号、同第５４８，２５７号、Ｕ．Ｓ．２００３０１５７４８５、ならびにＳｃｈｅｎａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０，４６７−４７０、Ｇｅｒｈｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｔｒｅｎｄｓ Ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２４，１６８−１７３、及びＬｅｎｎｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ ５，５９−６５を参照されたく、これらの文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される）。遺伝子発現連続解析（Ｓｅｒｉａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）（ＳＡＧＥ）もまた行うことができる（例えば、米国特許出願第２００３０２１５８５８号を参照されたい）。
ｍＲＮＡレベルをモニタリングするために、例えば、ｍＲＮＡは、試験されるべき生体試料から抽出され、逆転写され、蛍光標識されたｃＤＮＡプローブが生成される。次いで、マーカーｃＤＮＡにハイブリダイズすることが可能なマイクロアレイが、標識されたｃＤＮＡプローブによりプロービングされ、スライドが走査され、蛍光強度が測定される。この強度は、ハイブリダイゼーション強度及び発現レベルと相関する。
本明細書に記載される方法において用いられ得るプローブの種類には、ｃＤＮＡ、リボプローブ、合成オリゴヌクレオチド、及びゲノムプローブが含まれる。用いられるプローブの種類は概して、例えば、インサイチュハイブリダイゼーション用のリボプローブ、及びノーザンブロッティング用のｃＤＮＡ等の特定の状況によって規定されよう。一実施形態では、プローブは、ＲＮＡに固有のヌクレオチド領域に向けられる。プローブは、マーカーｍＲＮＡ転写物を区別して認識するのに必要とされるだけの短さであってもよく、例えば、１５塩基ほどの短さであってもよいが、少なくとも１７、１８、１９、または２０塩基以上のプローブを用いることができる。一実施形態では、プライマー及びプローブは、ストリンジェントな条件下で、マーカーに対応するヌクレオチド配列を有するＤＮＡ断片に特異的にハイブリダイズする。本明細書で使用されるとき、「ストリンジェントな条件」という用語は、ヌクレオチド配列において少なくとも９５％の同一性が存在する場合にのみハイブリダイゼーションが起こることを意味する。別の実施形態では、「ストリンジェントな条件」下でのハイブリダイゼーションは、配列間に少なくとも９７％の同一性が存在するときに起こる。
プローブの標識化の形態は、放射性同位体、例えば、３２Ｐ及び３５Ｓの使用等、任意の適切なものであってよい。放射性同位体での標識化は、プローブが化学合成されていてもまたは生物学的に合成されていても、好適に標識された塩基の使用によって達成され得る。
一実施形態では、生体試料は、試験対象由来のポリペプチド分子を含有する。代替として、生体試料は、試験対象由来のｍＲＮＡ分子または試験対象由来のゲノムＤＮＡ分子を含有し得る。
別の実施形態では、本方法は、対照生体試料を対照である対象から得ることと、この対照試料を、マーカーポリペプチド、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはその断片を検出することが可能な化合物または薬剤と接触させて、マーカーポリペプチド、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはその断片の存在が生体試料中で検出されるようにすることと、対照試料中でのマーカーポリペプチド、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはその断片の存在を、試験試料中でのマーカーポリペプチド、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはその断片の存在と比較することとをさらに伴う。
ｃ．バイオマーカータンパク質発現の検出方法
バイオマーカータンパク質の活性またはレベルは、発現されたポリペプチドを検出するかまたは定量することによって、検出され及び／または定量され得る。当該ポリペプチドは、当業者に周知のいくつかの手段によって検出され、定量され得る。バイオマーカー核酸、及びその断片またはその遺伝子変化（例、その制御領域またはプロモーター領域における）を含む、その機能的に同様のホモログによってコードされるポリペプチドの、異常なレベルのポリペプチド発現は、免疫調節療法（例、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター療法）に対するがんの応答の尤度に関連する。ポリペプチドを検出するための当該技術分野で既知の任意の方法を用いることができる。かかる方法には、免疫拡散法、免疫電気泳動法、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光測定法、ウェスタンブロット法、リガンド結合法（ｂｉｎｄｅｒ−ｌｉｇａｎｄ ａｓｓａｙｓ）、免疫組織化学的技法、凝集法、補体アッセイ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、高拡散クロマトグラフィー（ｈｙｐｅｒｄｉｆｆｕｓｉｏｎ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）等が含まれるが、これらに限定されない（例、参照により援用される、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｓｉｔｅｓ ａｎｄ Ｔｅｒｒ，ｅｄｓ．，Ａｐｐｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，Ｃｏｎｎ．ｐｐ ２１７−２６２，１９９１）。リガンド結合免疫測定法が好ましく、これは、抗体をエピトープ（単数または複数）と反応させ、標識されたポリペプチドまたはその誘導体を競合的に置き換えることを含む。
例えば、ＥＬＩＳＡ及びＲＩＡ手順は、所望のバイオマーカータンパク質標準が標識され（１２５Ｉもしくは３５Ｓ等の放射性同位体、または西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ等の測定可能な（ａｓｓａｙａｂｌｅ）酵素により）、未標識試料と一緒に、対応する抗体と接触させられ、その上に第２の抗体を用いて第１の抗体を結合し、放射能または固定化酵素がアッセイされる（競合アッセイ）ように実施され得る。代替として、試料中のバイオマーカータンパク質が対応する固定化抗体と反応させられ、放射性同位体標識または酵素標識された抗バイオマーカータンパク質抗体がこの系と反応させられ、放射能または酵素がアッセイされる（ＥＬＩＳＡサンドイッチアッセイ）。他の従来的方法もまた適宜採用してもよい。
上記の技法は、本質的に「一工程」または「二工程」アッセイとして実施され得る。「一工程」アッセイは、抗原を固定化抗体と接触させることと、洗浄することなく、この混合物を標識抗体と接触させることとを伴う。「二工程」アッセイは、混合物を標識抗体と接触させる前に洗浄することを伴う。他の従来的方法もまた適宜採用してもよい。
一実施形態では、バイオマーカータンパク質レベルの測定方法は、生体検体を、バイオマーカータンパク質に選択的に結合する抗体またはそのバリアント（例、断片）と接触させる工程と、該抗体またはそのバリアントが該試料に結合しているかどうかを検出し、それによって、バイオマーカータンパク質のレベルを測定する工程とを含む。
バイオマーカータンパク質及び／または抗体の酵素標識化及び放射標識化は、従来の手段によって成し遂げられ得る。かかる手段は概して、酵素の活性に悪影響を及ぼさないように、酵素を当該抗原または抗体に特異的に、例えばグルタルアルデヒドによって、共有結合性で連結することを含み、これはつまり、酵素がその基質と相互作用することが依然として可能でなければならないことを意味するが、アッセイを成し遂げることを可能にするのに十分な酵素が活性なままである限り、酵素の全てが活性である必要はない。実際、酵素を結合するためのいくつかの技法は非特異的（ホルムアルデヒドを用いる等）であり、ある比率の活性酵素をもたらすのみである。
通常は、アッセイ系の１つの構成要素を支持体に固定化し、それによって、その系の他の構成要素がその構成要素と接触させられ、面倒で時間のかかる労力を伴わずに容易に除去できるようにすることが望ましい。第２の相を第１の相と離して固定化することが可能であるが、通常は１つの相で十分である。
酵素自体を支持体に固定化することが可能であるが、固相酵素が必要とされる場合、これは概して、抗体に結合させ、その抗体を支持体に固着させることによって達成されるのが最良であり、このためのモデル及び系が当該技術分野で周知である。簡便なポリエチレンが好適な支持体を提供し得る。
標識化のために採用可能な酵素は、特に限定されないが、例えば、オキシダーゼ群の成員から選択され得る。これらは、それらの基質との反応によって過酸化水素の生産を触媒し、グルコースオキシダーゼが、その良好な安定性、入手の容易さ及び安さ、ならびにその基質（グルコース）の入手のしやすさから用いられることが多い。オキシダーゼの活性は、当該技術分野で周知の制御された条件下での酵素標識抗体と基質との反応後に形成された過酸化水素の濃度を測定することによって、アッセイされ得る。
本開示に基づいて、実践者の好みに従って他の技法を用いてバイオマーカータンパク質を検出してもよい。１つのかかる技法は、ウェスタンブロット法（Ｔｏｗｂｉｎ ｅｔ ａｔ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７６：４３５０（１９７９））であり、この場合、好適に処理された試料がＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で泳動させられた後、ニトロセルロースフィルタ等の固体支持体に転写される。次いで抗バイオマーカータンパク質抗体（未標識）が支持体と接触させられ、標識されたタンパク質Ａまたは抗免疫グロブリン（好適な標識には１２５Ｉ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、及びアルカリホスファターゼが含まれる）等の二次的な免疫学的試薬によってアッセイされる。クロマトグラフ検出もまた用いられてもよい。
免疫組織化学的検査を用いて、例えば生検試料中でのバイオマーカータンパク質の発現を検出してもよい。好適な抗体が、例えば、細胞の薄層と接触させられ、洗浄され、次いで第２の標識抗体と接触させられる。標識化は、蛍光マーカー、ペルオキシダーゼ等の酵素、アビジン、または放射標識化によるものでよい。アッセイは、顕微鏡法を用いて可視的にスコア化される。
例えば、対象の細胞及び組織におけるバイオマーカータンパク質の存在を検出するために、撮像目的でイントラボディ等の抗バイオマーカータンパク質抗体もまた用いられてもよい。好適な標識には、放射性同位体、ヨウ素（１２５Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１２Ｉｎ）、及びテクネチウム（９９ｍＴｃ）、フルオレセイン及びローダミン等の蛍光標識、ならびにビオチンが含まれる。
インビボでの撮像目的において、抗体はそれ自体では身体の外側から検出可能でないため、検出を許容するためには標識されるか、または別様に修飾されなければならない。この目的でのマーカーは、抗体結合を実質的に妨害しないが、外部からの検出を可能にする任意のものであってよい。好適なマーカーには、Ｘ線撮影、ＮＭＲ、またはＭＲＩによって検出され得るものが含まれ得る。Ｘ線撮影技法の場合、好適なマーカーには、検出可能な放射線を放出するが、対象にとって明白に（ｏｖｅｒｔｌｙ）有害でない任意の放射性同位体、例えば、バリウムまたはセシウム等が含まれる。ＮＭＲ及びＭＲＩに好適なマーカーには概して、ジュウテリウム等の、検出可能な特徴的スピンを有するものが含まれ、これは、例えば、関連性のあるハイブリドーマのための栄養素（ｎｕｔｒｉｅｎｔｓ）の好適な標識化によって、抗体に組み込まれ得る。
対象のサイズ、及び用いられる撮像系が、診断画像を生成するのに必要とされる画像化部分の量を決定するであろう。放射性同位体部分の場合、ヒト対象に関して、注射される放射能の量は通常、約５〜２０ミリキュリーの範囲のテクニチウム−９９であろう。次いで標識された抗体または抗体断片は、バイオマーカータンパク質を含有する細胞の位置に優先的に蓄積することになる。次いで、既知の技法を用いて標識された抗体または抗体断片を検出することができる。
バイオマーカータンパク質を検出するために用いられ得る抗体には、天然または合成、完全長またはその断片、モノクローナルまたはポリクローナルに関わらず、検出されるべきバイオマーカータンパク質に十分に強力かつ特異的に結合する任意の抗体が含まれる。抗体は、最大でも約１０−６Ｍ、１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、１０−１０Ｍ、１０−１１Ｍ、または１０−１２ＭのＫｄを有し得る。「特異的に結合する」という語句は、例えば、同一または同様のエピトープ、抗原、または抗原決定基の第２の調製物により結合が置換され得るかまたはそれと結合を競合し得るような様態での、ある抗体の、エピトープまたは抗原または抗原決定基への結合を指す。抗体は、関連のタンパク質等の他のタンパク質と比べて、バイオマーカータンパク質に優先的に結合し得る。
抗体は市販されているか、または当該技術分野で既知の方法に従って調製され得る。
用いられ得る抗体及びその誘導体は、ポリクローナルもしくはモノクローナル抗体、キメラ、ヒト、ヒト化、霊長類化（ｐｒｉｍａｔｉｚｅｄ）（ＣＤＲ移植）、ベニヤ化（ｖｅｎｅｅｒｅｄ）、または１本鎖抗体、ならびに抗体の機能的断片、すなわち、バイオマーカータンパク質結合断片を包含する。例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、及びＦ（ａｂ’）２断片を含むが、これらに限定されない、バイオマーカータンパク質またはその部分に結合することが可能な抗体断片を用いることができる。かかる断片は、酵素的切断によって、または組換え技法によって生産することができる。例えば、パパインまたはペプシン切断により、それぞれＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２断片が生成され得る。必須の基質特異性を有する他のプロテアーゼもまた、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２断片を生成するために用いることができる。抗体はまた、天然の終止部位の上流に１つまたは複数の終止コドンが導入された抗体遺伝子を用いて、様々な短縮型として生産することができる。例えば、Ｆ（ａｂ’）２重鎖部分をコードするキメラ遺伝子が、重鎖のＣＨ、ドメイン及びヒンジ領域をコードするＤＮＡ配列を含むように設計され得る。
合成抗体及び操作された抗体は、例えば、Ｃａｂｉｌｌｙらの米国特許第４，８１６，５６７号、Ｃａｂｉｌｌｙらの欧州特許第０，１２５，０２３ Ｂ１号、Ｂｏｓｓらの米国特許第４，８１６，３９７号、Ｂｏｓｓらの欧州特許第０，１２０，６９４ Ｂ１号、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｍ．Ｓ．らのＷＯ８６／０１５３３、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｍ．Ｓ．らの欧州特許第０，１９４，２７６ Ｂ１号、Ｗｉｎｔｅｒの米国特許第５，２２５，５３９号、Ｗｉｎｔｅｒの欧州特許第０，２３９，４００ Ｂ１号、Ｑｕｅｅｎらの欧州特許第０４５１２１６ Ｂ１号、及びＰａｄｌａｎ、Ｅ．Ａ．らのＥＰ ０５１９５９６ Ａ１に記載される。また、霊長類化抗体に関しては、Ｎｅｗｍａｎ，Ｒ．ｅｔ ａｌ．，ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：１４５５−１４６０（１９９２）、１本鎖抗体に関しては、Ｌａｄｎｅｒらの米国特許第４，９４６，７７８号及びＢｉｒｄ，Ｒ．Ｅ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４２：４２３−４２６（１９８８））も参照されたい。ライブラリ、例えば、ファージディスプレイライブラリから生産された抗体もまた用いられてもよい。
一部の実施形態では、バイオマーカータンパク質に特異的に結合する、抗体以外の薬剤、例えばペプチドが用いられる。バイオマーカータンパク質に特異的に結合するペプチドは、当該技術分野で既知の任意の手段によって特定することができる。例えば、ペプチドファージディスプレイライブラリを用いて、バイオマーカータンパク質に特異的なペプチド結合剤についてスクリーニングすることができる。
ｄ．バイオマーカーの構造的変化の検出方法
以下の例示説明的な方法を用いて、例えば、鉄硫黄クラスター生合成関連遺伝子の翻訳に影響を及ぼす配列または薬剤を特定するために、バイオマーカー核酸及び／またはバイオマーカーポリペプチド分子における構造的変化の存在を特定することができる。
ある特定の実施形態では、変化の検出は、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ ＰＣＲ等のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号及び同第４，６８３，２０２号を参照されたい）における、または代替として、ライゲーション（ｌｉｇａｔｉｏｎ）連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７−１０８０、及びＮａｋａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３６０−３６４を参照されたい）におけるプローブ／プライマーの使用を伴い、このうち後者は、バイオマーカー遺伝子等のバイオマーカー核酸において点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照されたい）。この方法は、細胞試料を対象から採集する工程と、核酸（例、ゲノム、ｍＲＮＡ、または両方）を試料の細胞から単離する工程と、バイオマーカー遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーション及び増幅が起こるような条件下で、核酸試料を、バイオマーカー遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと接触させる工程と、増幅産物の存在または不在を検出する工程、あるいは増幅産物のサイズを検出して、その長さを対照試料と比較する工程とを含み得る。ＰＣＲ及び／またはＬＣＲは、本明細書に記載される変異を検出するために用いられる技法のうちのいずれかと併せて、予備増幅工程として用いるのが望ましい場合があることが予期される。
代替の増幅方法には、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，Ｊ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅系（Ｋｗｏｈ，Ｄ．Ｙ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−ベータレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ，Ｐ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、または任意の他の核酸増幅方法が含まれ、続いて当業者に周知の技法を用いて、増幅された分子を検出する。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に少数で存在する場合の核酸分子の検出にとりわけ有用である。
代替の実施形態では、試料細胞由来のバイオマーカー核酸における変異は、制限酵素切断パターンの変化によって特定することができる。例えば、試料及び対照ＤＮＡが単離され、増幅され（任意選択で）、１つまたは複数の制限エンドヌクレアーゼで消化され、断片長のサイズがゲル電気泳動によって決定され、比較される。断片長のサイズにおける試料と対照ＤＮＡとの間の差異が、試料ＤＮＡにおける変異を示す。その上、配列特異的リボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照されたい）を用いて、リボザイム切断部位の発生または喪失に基づいて具体的な変異の存在についてスコア化することができる。
他の実施形態では、バイオマーカー核酸における遺伝子変異は、試料及び対照の核酸、例えばＤＮＡまたはＲＮＡを、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含有する高密度アレイにハイブリダイズすることによって、特定することができる（Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．７：２４４−２５５、Ｋｏｚａｌ，Ｍ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９）。例えば、バイオマーカーの遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）（上記参照）に記載されるような光生成されたＤＮＡプローブを含有する２次元アレイにおいて特定することができる。簡潔に述べると、プローブの第１のハイブリダイゼーションアレイを用いて、試料及び対照中のＤＮＡの長い連なりにわたって走査して、連続的な重複プローブの線形アレイを作製することによってこれらの配列間の塩基変化を特定することができる。この工程により点変異の特定が可能となる。この工程に続いて、第２のハイブリダイゼーションアレイにおいて、検出された全てのバリアントまたは変異に相補的なより小さい特化したプローブアレイを用いることによって、具体的な変異の特徴評価を可能にする。各変異のアレイは、パラレルなプローブの組から構成され、このうち一方は野生型遺伝子に相補的であり、他方は変異体遺伝子に相補的である。かかるバイオマーカーの遺伝子変異は、例えば、生殖細胞変異及び体細胞変異を含めて、様々な関連において特定することができる。
なおも別の実施形態では、当該技術分野で既知の様々な配列決定反応のうちのいずれかを用いて、バイオマーカー遺伝子を直接配列決定し、試料バイオマーカーの配列を対応する野生型（対照）配列と比較することによって変異を検出することができる。配列決定反応の例としては、Ｍａｘａｍ ａｎｄ Ｇｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７４：５４６３によって開発された技法に基づくものが含まれる。診断アッセイ（Ｎａｅｖｅ（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８−５３）を行う際、質量分析法による配列決定を含めた、様々な自動配列決定手順のうちのいずれかが利用され得ることもまた企図される（例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９４／１６１０１号、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２、及びＧｒｉｆｆｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照されたい）。
バイオマーカー遺伝子における変異の他の検出方法には、切断剤からの保護を用いて、ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が含まれる（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２）。一般に、当該技術分野の「ミスマッチ切断」技法は、野生型バイオマーカー配列を含有する（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織試料から得られた変異体の可能性があるＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズすることによって形成されるヘテロ二重鎖を用意することから開始する。２本鎖を形成している二重鎖は、例えば対照鎖と試料鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在する二重鎖の１本鎖領域等の、二重鎖の１本鎖領域を切断する薬剤で処理される。ミスマッチ領域を酵素的に消化させるために、例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖はＲＮａｓｅで処理され、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳＩヌクレアーゼで処理され得る。他の実施形態では、ミスマッチ領域を消化させるために、ＤＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖のうちのいずれかが、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、及びピペリジンで処理され得る。ミスマッチ領域の消化後、結果として生じた物質は次いで、変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズに基づいて分離されて、変異部位が決定される。例えば、Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：４３９７及びＳａｌｅｅｂａ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照されたい。好ましい実施形態では、対照ＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
依然として別の実施形態では、ミスマッチ切断反応は、細胞試料から得られたバイオマーカーｃＤＮＡにおける点変異を検出し、マッピングするための既定の系において、２本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つまたは複数のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を用いる。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおいてＡを切断し、ＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおいてＴを切断する（Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７−１６６２）。例示的な実施形態によれば、バイオマーカー配列、例えば、野生型バイオマーカーに基づくプローブがＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理され、該当する場合、切断産物が電気泳動プロトコル等により検出され得る（例、米国特許第５，４５９，０３９号）。
他の実施形態では、電気泳動移動度の変化を用いて、バイオマーカー遺伝子における変異を特定することができる。例えば、１本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）を用いて、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動移動度における差異を検出してもよい（Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ８６：２７６６、また、Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４及びＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９も参照されたい）。試料及び対照バイオマーカー核酸の１本鎖ＤＮＡ断片を変性し、復元させる。１本鎖核酸の二次構造は配列に応じて異なり、結果として生じた電気泳動移動度の変化により、一塩基の変化であっても検出が可能となる。ＤＮＡ断片は、標識されるかまたは標識プローブで検出されてもよい。アッセイの感度は、二次構造が配列の変化により高感度である（ＤＮＡよりも）ＲＮＡを用いることによって強化され得る。好ましい実施形態では、対象となる方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動移動度の変化に基づいて２本鎖を形成しているヘテロ二重鎖分子を分離する（Ｋｅｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５）。
なおも別の実施形態では、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）を用いて、濃度勾配のある変性剤を含有するポリアクリルアミドゲル中での変異体または野生型断片の移動がアッセイされる（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５）。ＤＧＧＥが分析方法として用いられる場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲによりおよそ４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、それが完全に変性しないことを確実にするよう修飾される。さらなる実施形態では、変性剤濃度勾配の代わりに温度勾配を用いて、対照及び試料ＤＮＡの移動度における差異が特定される（Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ ａｎｄ Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３）。
点変異を検出するための他の技法の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、既知の変異が中心に配置されたオリゴヌクレオチドプライマーが調製され、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされ得る（Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３、Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６２３０）。かかるアレル特異的オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドをハイブリダイズ用の膜に付着させ、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズさせるとき、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたはいくつかの異なる変異にハイブリダイズする。
代替として、選択的ＰＣＲ増幅に依存するアレル特異的増幅技術が、本発明と併用されてもよい。特異的増幅のためのプライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドは、目的とする変異を分子の中心（増幅が差次的ハイブリダイゼーションに依存するように）（Ｇｉｂｂｓ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）、または、適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸長を阻止もしくは低減し得るように、一方のプライマーの３’最末端に保有し得る（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ １１：２３８）。加えて、変異の領域に新規の制限部位を導入して、切断に基づく検出を作り出すことが望ましい場合がある（Ｇａｓｐａｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｂｅｓ ６：１）。ある特定の実施形態では、増幅はまた、増幅用のＴａｑリガーゼを用いて行われ得ることが予期される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ８８：１８９）。そのような場合、５’配列の３’末端において完全なマッチが存在する場合にのみライゲーションが起こることから、増幅の存否について調べることによって、特異的部位における既知の変異の存在を検出することが可能となる。
ｅ．細胞バイオマーカーの検出方法
細胞は、当該技術分野で周知の方法に従って分析することができる。例えば、一実施形態では、フローサイトメトリーとも称される蛍光標識細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、異なる細胞集団を選別し、分析する。目的とする細胞マーカーまたは他の特異的マーカーを有する細胞が、細胞マーカーに結合する抗体、または典型的には抗体の混合物でタグ付けされる。異なるマーカーに向けられた各抗体は、検出可能分子、特に蛍光色素にコンジュゲートされ、この蛍光色素は他の抗体にカップリングした他の蛍光色素から区別され得る。タグ付けしたまたは「染色した」細胞の流れを、蛍光色素を励起する光源に通過させ、細胞からの発光スペクトルを検出して、特定の標識抗体の存在を決定する。当該技術分野で多色蛍光細胞選別（ｍｕｌｔｉｃｏｌｏｒ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）とも称される、異なる蛍光色素の同時検出によって、異なる細胞マーカーの組を表す細胞が特定され、集団中の他の細胞から単離され得る。限定ではなく例として、側方散乱（ＳＳＣ）、前方散乱（ＦＳＣ）、及び生体染色色素（例、ヨウ化プロピジウムにより）を含む、他のＦＡＣＳパラメータにより、サイズ及び生存率に基づく細胞の選択が可能となる。ＨＳＣ及び関連の系列細胞のＦＡＣＳ選別及び分析は当該技術分野で周知であり、例えば、米国特許第５，１３７，８０９号、同第５，７５０，３９７号、同第５，８４０，５８０号、同第６，４６５，２４９号、Ｍａｎｚ ｅｔ ａｌ．（２０２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９：１１８７２−１１８７７、及びＡｋａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２００）Ｎａｔｕｒｅ ４０４：１９３−１９７に記載される。蛍光標識細胞選別についての一般指針は、例えば、Ｓｈａｐｉｒｏ（２００３）Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ（２００３）及びＯｒｍｅｒｏｄ（２０００）Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓに記載される。
有用な細胞集団を単離する別の方法は、具体的な細胞表面マーカーと相互作用する抗体またはリガンドを結合させた、固体基板または不溶性基板を伴う。免疫吸着技法においては、細胞が、抗体を含有する基板（例、ビーズのカラム、フラスコ、磁性粒子等）と接触させられ、いずれの未結合の細胞も除去される。免疫吸着技法は、臨床的採取物において多数の細胞を直接取り扱うために拡張され得る。好適な基板には、限定ではなく例として、プラスチック、セルロース、デキストラン、ポリアクリルアミド、アガロース、及び当該技術分野で既知のその他（例、Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ６ ＭＢマクロビーズ）が含まれる。磁性または常磁性ビーズを含む固体基板が用いられる場合、ビーズに結合した細胞は、磁気分離機によって容易に単離され得る（例えば、Ｋａｔｏ ａｎｄ Ｒａｄｂｒｕｃｈ（１９９３）Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ １４：３８４−９２を参照されたい）。親和性クロマトグラフィーによる細胞の分離は典型的に、表面に固定化された選択的リガンドを保有する支持体の上に細胞の懸濁液を通過させることを伴う。リガンドは、細胞上のその特異的標的分子と相互作用し、マトリックス上に捕捉される。結合した細胞は、溶出剤をカラムの泳動用緩衝液に添加することによって解放され、遊離した細胞はカラムから洗い流され、均一集団として採取される。当業者には明らかであろうが、吸着技法は、特異的抗体を採用するものに限定されず、非特異的吸着を用いてもよい。例えば、シリカへの吸着が、細胞調製物から食細胞を除去するための簡便な手順である。
ＦＡＣＳ及びほとんどのバッチ式の免疫吸着技法は、正の選択手順及び負の選択手順の両方に適合され得る（例えば、米国特許第５，８７７，２９９号を参照されたい）。正の選択においては、所望の細胞が抗体で標識され、残りの未標識／不要な細胞から取り出される。負の選択においては、不要な細胞が標識され、除去される。採用され得る別の種類の負の選択では、抗体／補体処理または免疫毒素を用いて、不要な細胞を除去する。
細胞の精製または単離はまた、上述の方法の組み合わせも含むことを理解されたい。典型的な組み合わせは、不要な細胞及び細胞物質の大部分を除去するのに有効な最初の手順、例えば白血球フェレーシス（ｌｅｕｋｏｐｈａｒｅｓｉｓ）を含んでもよい。第２の工程は、前駆細胞集団のうちの１つまたは複数に共通のマーカーを発現する細胞の、基板に結合させた抗体上への免疫吸着による単離を含んでもよい。異なる細胞型のより高い分解能を可能にする追加の工程、例えば、一組の具体的な細胞マーカーに対する抗体を用いたＦＡＣＳ選別を用いて、所望の細胞の実質的に純粋な集団を得てもよい。
３．免疫調節療法
インビトロ、エクスビボ、及び／または対象においてインビボで使用するための、免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）が本明細書に提供される。一実施形態では、かかる療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）または療法の組み合わせ（例、ワクチン、化学療法、放射線、エピジェネティック修飾物質、標的療法等をさらに含む）は、所望の対象に、または対象が療法に対するレスポンダーである可能性が高いことが示されると施与され得る。別の実施形態では、かかる療法（単数または複数）は、対象が当該療法（単数または複数）に対するレスポンダーである可能性が低いことが示されると回避され得、代替の治療レジメンが施与され得る。
下記にさらに記載されるように、免疫応答は、インビトロ、エクスビボ、及び／またはインビボで上方制御され得る。例示的なエクスビボ手法は、例えば、免疫細胞を患者から取り出すことと、免疫細胞をインビトロで本明細書に記載される薬剤と接触させることと、インビトロで調節された免疫細胞を患者に再導入することとを伴う。
一部の実施形態では、特定の併用療法もまた企図され、これは、例えば、１つもしくは複数の化学療法剤及び放射線、１つもしくは複数の化学療法剤及びＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫療法薬、あるいは１つもしくは複数の化学療法剤、放射線、及び化学療法を含むことができ、これらの各組み合わせは、本明細書に記載される療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）であるか、またはそれとともにしたものであり得る。例えば、免疫応答をさらに増強するために、免疫応答を上方制御する他の薬剤、例えば、共刺激受容体を介してシグナルを伝達する他のＢ７ファミリーメンバーの形態をさらに投与することが望ましい場合がある。かかる追加の薬剤及び療法は下記にさらに記載される。加えて、１つよりも多くの薬剤を有する組み合わせが、組み合わされた単一の組成物として投与され得るか、または別個に（同時に及び／または順次に）投与され得ることを理解されたい。例えば、ある特定の効果（例、ＭＨＣ発現を増加させる、Ｔｒｅｇを低減する等）を達成するために少なくとも１つの薬剤が前投与されてから、その後、その少なくとも１つの薬剤と、免疫応答を上方制御する１つまたは複数の追加の薬剤または療法との組み合わせが投与され得る。
免疫応答を上方制御する薬剤は、種々のポリペプチド（例、病原体に由来するポリペプチド）に対するワクチンにおいて予防的に用いることができる。病原体（例、ウイルス）に対する免疫は、適切なアジュバント中で、免疫応答を上方制御する薬剤とともにウイルスタンパク質をワクチン接種することによって誘導され得る。
別の実施形態では、本明細書に記載されるような免疫応答機能の上方制御または強化は、腫瘍免疫の誘導において有用である。
別の実施形態では、免疫応答は、既存の寛容、クローン除去、及び／または疲弊（例、Ｔ細胞疲弊）に打ち勝つように、本明細書に記載される方法によって刺激され得る。例えば、対象が顕著な免疫応答を開始することができない抗原、例えば、腫瘍特異的抗原等の自己抗原に対する免疫応答が、免疫応答を上方制御する本明細書に記載される適切な薬剤の投与によって誘導され得る。一実施形態では、腫瘍特異的抗原等の自己抗原が共投与され得る。別の実施形態では、対象となる薬剤は、能動免疫獲得過程で外来性抗原に対する応答をブーストするためのアジュバントとして用いることができる。
一実施形態では、免疫細胞が対象から得られ、免疫細胞の集団を増大させるため及び／または免疫細胞活性化を強化するために、本明細書に記載されるような薬剤の存在下でエクスビボで培養される。さらなる実施形態では、免疫細胞は次いで対象に投与される。免疫細胞は、当該技術分野で既知であるように、例えば、免疫細胞に一次活性化シグナル及び共刺激シグナルを提供することによって、インビトロで刺激され得る。種々の薬剤もまた用いて、免疫細胞の増殖を共刺激することができる。一実施形態では、免疫細胞は、ＰＣＴ出願第ＷＯ９４／２９４３６号に記載される方法に従ってエクスビボで培養される。共刺激ポリペプチドは、可溶性で、細胞膜に付着され得るか、またはビーズ等の固体表面に付着され得る。
依然として別の実施形態では、免疫応答を上方制御するのに有用な本明細書に記載される薬剤はさらに、当該技術分野で既知の技法、例えば架橋結合を用いて、または組換えＤＮＡ技法を介して、毒素に連結され得るか、または毒素に作動的に結合され得る。かかる薬剤は、所望の細胞の細胞破壊をもたらすことができる。一実施形態では、毒素は、二重特異性抗体等の抗体にコンジュゲートされ得る。かかる抗体は、例えば、ある特定の細胞型でのみ見出されるマーカーを用いて、具体的な細胞集団を標的化するのに有用である。免疫毒素の調製は概して、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第４，３４０，５３５号、及びＥＰ４４１６７を参照されたい）。毒素部分をポリペプチドにコンジュゲートするために首尾よく採用され得る、多数の種類のジスルフィド結合を含有するリンカーが知られている。一実施形態では、インビボでより安定性が高い故に、作用部位における結合前の毒素部分の放出を阻止することから、立体「障害」のあるジスルフィド結合を含有するリンカーが好ましい。本発明のポリペプチドまたは抗体にコンジュゲートされ得る多種多様な毒素が知られている。例としては、多数の有用な植物、真菌、またはさらには細菌由来の毒素が挙げられ、これらには、例として、種々のＡ鎖毒素、特にリシンＡ鎖、サポリンまたはゲロニン等のリボソーム不活性化タンパク質、α−サルシン、アスペルギリン、レストリクトシン、胎盤リボヌクレアーゼ等のリボヌクレアーゼ、アンジオゲニン（ａｎｇｉｏｇｅｎｉｃ）、ジフテリア毒素、及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素等が含まれる。本発明に関連した使用に好ましい毒素部分は、炭水化物残基を修飾または除去するように処理された毒素Ａ鎖、すなわち脱グリコシル化Ａ鎖である（米国特許第５，７７６，４２７号）。かかる細胞傷害性薬剤（例、リシン融合体）のうちの１つまたはそれらの組み合わせを患者に注入することにより、免疫細胞の死滅がもたらされ得る。
特に、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター及びＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用の阻害に有用な例示的な薬剤、または本明細書に記載される他のバイオマーカーが上述されている。
本発明の方法において有用な他の免疫調節療法もまた当該技術分野で周知である。
「標的療法」という用語は、選定の生体分子と選択的に相互作用して、それによってがんを治療する薬剤、例えば免疫療法薬の投与を指す。例えば、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））は、腫瘍成長に伴う血管新生を阻害するために血管内皮細胞成長因子を標的とする、ヒト化モノクローナル抗体である（例えば、米国特許公開第２０１３／０１２１９９９号、ＷＯ２０１３／０８３４９９、及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９を参照されたい）。場合によっては、標的療法は、標的が免疫調節機能を制御するかどうかによって、免疫療法の形態であり得る。別の例では、免疫チェックポイント阻害剤の阻害に関する標的療法（ｔａｒｇｅｔｅｄ ｔｈｅｒｅｐｙ）が、本発明の方法と組み合わせて有用である。「免疫チェックポイント阻害剤」という用語は、抗腫瘍免疫応答を下方調節するかまたは阻害することによって免疫応答を微調整する、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞の細胞表面上の分子の群を意味する。免疫チェックポイントタンパク質は当該技術分野で周知であり、これには、限定されないが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲが含まれる（例えば、ＷＯ２０１２／１７７６２４を参照されたい）。１つまたは複数の免疫チェックポイント阻害剤の阻害により、阻害性シグナル伝達を遮断するかまたは別様に中和して、それによって、がんをより効果的に治療するために免疫応答を上方制御することができる。
免疫療法は、例えば、がんワクチン及び／または感作された抗原提示細胞の使用を含み得る、標的療法の一形態である。例えば、腫瘍溶解性ウイルスは、正常細胞を無傷に保ちつつ、がん細胞に感染してそれを溶解させることが可能なウイルスであることから、それらはがん療法において有用な可能性がある。腫瘍溶解性ウイルスの複製は、腫瘍細胞破壊を容易にするとともに、腫瘍部位において用量増幅をももたらす。それらはまた、抗がん遺伝子のためのベクターとしても作用して、それらが腫瘍部位に特異的に送達されるようにし得る。免疫療法は、がん抗原または疾患抗原に対して向けられた既存抗体の投与（例、任意選択で化学療法剤または毒素に連結された、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体の投与）によって達成される、宿主の短期的保護のための受動免疫を伴い得る。例えば、抗ＶＥＧＦ及びｍＴＯＲ阻害剤は、腎細胞癌の治療において有効であることが知られている。免疫療法はまた、細胞傷害性リンパ球により認識されるがん細胞株のエピトープの使用にも着目し得る。代替として、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチド等を用いて、腫瘍またはがんの開始、進行、及び／または病理に関連付けられる生体分子を選択的に調節することができる。
その上、ある特定の免疫療法を用いて、免疫応答を促進することができる。免疫療法は、がん抗原または疾患抗原に対して向けられた既存抗体の投与（例、任意選択で化学療法剤または毒素に連結された、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体の投与）によって達成される、宿主の短期的保護のための受動免疫を伴い得る。免疫療法はまた、細胞傷害性リンパ球により認識されるがん細胞株のエピトープの使用にも着目し得る。代替として、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチド等を用いて、免疫応答を促進する活動の開始及び／または進行に関連付けられる生体分子を選択的に調節して、それによって免疫応答を阻害することができる。例えば、かかる薬剤を用いて、上述した及び下記の節における免疫促進性応答に対抗することができる。
一実施形態では、免疫療法は、養子細胞ベースの免疫療法を含む。周知の養子細胞ベースの免疫療法による治療法には、限定されないが、自己もしくは同種腫瘍細胞の照射、腫瘍溶解物もしくはアポトーシス性腫瘍細胞、抗原提示細胞ベースの免疫療法、樹状細胞ベースの免疫療法、養子Ｔ細胞移入、養子ＣＡＲ Ｔ細胞療法、自己免疫強化療法（ＡＩＥＴ）、がんワクチン、及び／または抗原提示細胞が含まれる。かかる細胞ベースの免疫療法は、免疫応答をさらに調節するために、ＧＭ−ＣＳＦのようなサイトカインを発現する等１つもしくは複数の遺伝子産物を発現するように、及び／またはＭａｇｅ−１、ｇｐ−１００、患者特異的新生抗原ワクチン等といった腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）抗原を発現するようにさらに修飾され得る。
別の実施形態では、免疫療法は、非細胞ベースの免疫療法を含む。一実施形態では、ワクチン強化アジュバントの有無に関わらず、抗原を含む組成物が用いられる。かかる組成物は、ペプチド組成物、腫瘍溶解性ウイルス、融合タンパク質を含む組換え抗原等といった、多くの周知の形態で存在する。依然として別の実施形態では、ＩＬ−２、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３等といった免疫調節性インターロイキン、ならびにそのモジュレーター（例、遮断抗体またはより強力なもしくはより長期的に持続する形態）が用いられる。なおも別の実施形態では、インターフェロン、Ｇ−ＣＳＦ、イミキモド、ＴＮＦアルファ等といった免疫調節性サイトカイン、ならびにそのモジュレーター（例、遮断抗体またはより強力なもしくはより長期的に持続する形態）が用いられる。別の実施形態では、ＣＣＬ３、ＣＣＬ２６、及びＣＸＣＬ７等といった免疫調節性ケモカイン、ならびにそのモジュレーター（例、遮断抗体またはより強力なもしくはより長期的に持続する形態）が用いられる。別の実施形態では、ＳＴＡＴ３シグナル伝達モジュレーター、ＮＦカッパＢシグナル伝達モジュレーター、及び免疫チェックポイントモジュレーター等の免疫抑制を標的とする免疫調節分子が用いられる。「免疫チェックポイント」及び「抗免疫チェックポイント療法」という用語は上述される。
「非標的療法」という用語は、選定の生体分子と選択的に相互作用しないが、なおもがんを治療する薬剤の投与を指す。非標的療法の代表的な例としては、限定されないが、化学療法、遺伝子療法、及び放射線療法が挙げられる。
例えば、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＣ等といった、免疫応答を強化する栄養補助食品が当該技術分野で周知であり（例えば、米国特許第４，９８１，８４４号及び同第５，２３０，９０２号ならびにＰＣＴ公開第ＷＯ２００４／００４４８３号を参照されたい）、本明細書に記載される方法において用いられ得る。
同様に、免疫療法以外のまたは免疫療法と組み合わせた薬剤及び療法を用いて、免疫応答を刺激して、それによって、そのような薬剤及び療法が有益であろう病態を治療することができる。例えば、化学療法、放射線、エピジェネティック修飾物質（例、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）修飾物質、メチル化修飾物質、リン酸化修飾物質等）等が当該技術分野で周知である。
一実施形態では、化学療法が用いられる。化学療法は、化学療法剤の投与を含む。かかる化学療法剤は、以下の化合物の群、すなわち白金化合物、細胞傷害性抗生物質、代謝拮抗薬、抗有糸分裂薬、アルキル化剤、ヒ素化合物、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤、タキサン、ヌクレオシド類似体、植物アルカロイド、及び毒素、ならびにそれらの合成誘導体から選択されるものであり得るが、これらに限定されない。例示的な化合物には、アルキル化剤、すなわちシスプラチン、トレオスルファン、及びトロホスファミド、植物アルカロイド、すなわちビンブラスチン、パクリタキセル、ドセタキソール（ｄｏｃｅｔａｘｏｌ）、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤、すなわちテニポシド、クリスナトール、及びマイトマイシン、抗葉酸剤、すなわちメトトレキサート、ミコフェノール酸、及びヒドロキシ尿素、ピリミジン類似体、すなわち５−フルオロウラシル、ドキシフルリジン、及びシトシンアラビノシド、プリン類似体、すなわちメルカプトプリン及びチオグアニン、ＤＮＡ代謝拮抗薬、すなわち２’−デオキシ−５−フルオロウリジン、アフィジコリングリシネート（ａｐｈｉｄｉｃｏｌｉｎ ｇｌｙｃｉｎａｔｅ）、及びピラゾロイミダゾール（ｐｙｒａｚｏｌｏｉｍｉｄａｚｏｌｅ）、ならびに抗有糸分裂薬、すなわちハリコンドリン、コルヒチン、及びリゾキシンが含まれるが、これらに限定されない。１つまたは複数の化学療法剤を含む組成物（例、ＦＬＡＧ、ＣＨＯＰ）もまた用いられてもよい。ＦＬＡＧは、フルダラビン、シトシンアラビノシド（Ａｒａ−Ｃ）、及びＧ−ＣＳＦを含む。ＣＨＯＰは、シクロホスファミド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、及びプレドニゾンを含む。別の実施形態では、ＰＡＲＰ（例、ＰＡＲＰ−１及び／またはＰＡＲＰ−２）阻害剤が用いられ、かかる阻害剤は、当該技術分野で周知である（例、オラパリブ、ＡＢＴ−８８８、ＢＳＩ−２０１、ＢＧＰ−１５（Ｎ−Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．）、ＩＮＯ−１００１（Ｉｎｏｔｅｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．）、ＰＪ３４（Ｓｏｒｉａｎｏ ｅｔ ａｌ．、２００１、Ｐａｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００２ｂ）、３−アミノベンズアミド（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、４−アミノ−１，８−ナフタリミド、（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、６（５Ｈ）−フェナントリジノン（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、ベンズアミド（米国特許Ｒｅ．３６，３９７）、及びＮＵ１０２５（Ｂｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．）。作用機序は全般的に、ＰＡＲＰ阻害剤がＰＡＲＰに結合してその活性を減少させる能力に関連する。ＰＡＲＰは、ベータ−ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤ＋）からニコチンアミド及びポリＡＤＰリボース（ＰＡＲ）への変換を触媒する。ポリ（ＡＤＰリボース）及びＰＡＲＰの両方が、転写、細胞増殖、ゲノム安定性、及び発がんの制御に関連付けられている（Ｂｏｕｃｈａｒｄ Ｖ．Ｊ．ｅｔ．ａｌ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ ３１，Ｎｕｍｂｅｒ ６，Ｊｕｎｅ ２００３，ｐｐ．４４６−４５４（９）、Ｈｅｒｃｅｇ Ｚ．、Ｗａｎｇ Ｚ．−Ｑ．Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ／Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，Ｖｏｌｕｍｅ ４７７，Ｎｕｍｂｅｒ １，２ Ｊｕｎ．２００１，ｐｐ．９７−１１０（１４））。ポリ（ＡＤＰリボース）ポリメラーゼ１（ＰＡＲＰ１）は、ＤＮＡ１本鎖切断（ＳＳＢ）の修復における鍵分子である（ｄｅ Ｍｕｒｃｉａ Ｊ．ｅｔ ａｌ．１９９７．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９４：７３０３−７３０７、Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ Ｖ，Ｄａｎｔｚｅｒ Ｆ，Ａｍｅ Ｊ Ｃ，ｄｅ Ｍｕｒｃｉａ Ｇ（２００６）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ７：５１７−５２８、Ｗａｎｇ Ｚ Ｑ，ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ １１：２３４７−２３５８）。ＰＡＲＰ１機能の阻害によるＳＳＢ修復のノックアウトにより、ＤＮＡ２本鎖切断（ＤＳＢ）が誘導され、これは相同組換え（ｈｏｍｏｌｏｇｙ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ）ＤＳＢ修復に欠陥のあるがん細胞において合成致死性を誘発し得る（Ｂｒｙａｎｔ Ｈ Ｅ，ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１３−９１７、Ｆａｒｍｅｒ Ｈ，ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１７−９２１）。化学療法剤の前述の例は、例示説明であり、限定することを意図しない。
別の実施形態では、放射線療法が用いられる。放射線療法において用いられる放射線は、電離放射線であり得る。放射線療法はまた、ガンマ線、Ｘ線、または陽子ビームでもあり得る。放射線療法の例としては、体外照射療法、放射性同位体（Ｉ−１２５、パラジウム、イリジウム）の組織内移植、ストロンチウム−８９等の放射性同位体、胸部放射線療法、腹腔内Ｐ−３２放射線療法、及び／または全腹部及び骨盤放射線療法が挙げられるが、これらに限定されない。放射線療法の概観については、Ｈｅｌｌｍａｎ，Ｃｈａｐｔｅｒ １６：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ：Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｔｈｅｒａｐｙ，６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１，ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａを参照されたい。放射線療法は、放射線が遠隔線源から向けられる、体外照射すなわち遠隔照射療法として施与することができる。放射線治療はまた、放射線源が身体の内側のがん細胞または腫瘍塊に近接して配置される、内部療法すなわち近接照射療法として施与することもできる。ヘマトポルフィリン及びその誘導体、ベルテポルフィン（ＢＰＤ−ＭＡ）、フタロシアニン、光増感剤Ｐｃ４、デメトキシ−ヒポクレリンＡ、ならびに２ＢＡ−２−ＤＭＨＡ等の光増感剤の投与を含む、光線力学的療法の使用もまた包含される。
依然として別の実施形態では、免疫細胞分裂停止薬、グルココルチコイド、細胞分裂停止薬、イムノフィリン及びそのモジュレーター（例、ラパマイシン、カルシニューリン阻害剤、タクロリムス、シクロスポリン（サイクロスポリン）、ピメクロリムス、アベチムス（ａｂｅｔｉｍｕｓ）、グスペリムス、リダフォロリムス、エベロリムス、テムシロリムス、ゾタロリムス等）、ヒドロコルチゾン（コルチゾール）、酢酸コルチゾン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、ベータメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン、酢酸フルドロコルチゾン、酢酸デオキシコルチコステロン（ＤＯＣＡ）アルドステロン、非グルココルチコイドステロイド、ピリミジン合成阻害剤、レフルノミド、テリフルノミド、葉酸類似体、メトトレキサート、抗胸腺細胞グロブリン、抗リンパ球グロブリン、サリドマイド、レナリドマイド、ペントキシフィリン、ブプロピオン、クルクミン、カテキン、オピオイド、ＩＭＰＤＨ阻害剤、ミコフェノール酸、ミリオシン、フィンゴリモド、ＮＦ−ｘＢ阻害剤、ラロキシフェン、ドロトレコギンアルファ、デノスマブ、ＮＦ−ｘＢシグナル伝達カスケード阻害剤、ジスルフィラム、オルメサルタン、ジチオカルバメート、プロテアソーム阻害剤、ボルテゾミブ、ＭＧ１３２、Ｐｒｏｌ、ＮＰＩ−００５２、クルクミン、ゲニステイン、レスベラトロール、パルテノライド、サリドマイド、レナリドマイド、フラボピリドール、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、三酸化ヒ素、デヒドロキシメチルエポキシキノマイシン（ＤＨＭＥＱ）、Ｉ３Ｃ（インドール−３−カルビノール）／ＤＩＭ（ジ−インドールメタン（ｄｉ−ｉｎｄｏｌｍｅｔｈａｎｅ））（１３Ｃ／ＤＩＭ）、Ｂａｙ １１−７０８２、ルテオリン、細胞透過性ペプチドＳＮ−５０、ＩＫＢａ．−超リプレッサー過剰発現（ＩＫＢａ．−ｓｕｐｅｒ ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）、ＮＦＫＢデコイオリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）、またはこれらのうちのいずれかの誘導体もしくは類似体等の、免疫調節薬が用いられる。なおも別の実施形態では、免疫調節抗体またはタンパク質が用いられる。例えば、ＣＤ４０、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、ＯＸ−４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７、または４−１ＢＢに結合する抗体、Ｔ細胞二重特異性抗体、抗ＩＬ−２受容体抗体、抗ＣＤ３抗体、ＯＫＴ３（ムロモナブ）、オテリキシズマブ、テプリズマブ、ビジリズマブ、抗ＣＤ４抗体、クレノリキシマブ、ケリキシマブ、ザノリムマブ、抗ＣＤ１１抗体、エファリズマブ、抗ＣＤ１８抗体、エルリズマブ（ｅｒｌｉｚｕｍａｂ）、ロベリズマブ（ｒｏｖｅｌｉｚｕｍａｂ）、抗ＣＤ２０抗体、アフツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、パスコリズマブ（ｐａｓｃｏｌｉｚｕｍａｂ）、リツキシマブ、抗ＣＤ２３抗体、ルミリキシマブ、抗ＣＤ４０抗体、テネリキシマブ（ｔｅｎｅｌｉｘｉｍａｂ）、トラリズマブ、抗ＣＤ４０Ｌ抗体、ラプリズマブ（ｒｕｐｌｉｚｕｍａｂ）、抗ＣＤ６２Ｌ抗体、アセリズマブ（ａｓｅｌｉｚｕｍａｂ）、抗ＣＤ８０抗体、ガリキシマブ、抗ＣＤ１４７抗体、ガビリモマブ、Ｂリンパ球刺激因子（ＢＬｙＳ）阻害抗体、ベリムマブ、ＣＴＬＡ−４−Ｉｇ融合タンパク質、アバタセプト、ベラタセプト、抗ＣＴＬＡ−４抗体、イピリムマブ、トレメリムマブ、抗エオタキシン１抗体、ベルチリムマブ（ｂｅｒｔｉｌｉｍｕｍａｂ）、抗ａ４−インテグリン抗体、ナタリズマブ、抗ＩＬ−６Ｒ抗体、トシリズマブ、抗ＬＦＡ−１抗体、オデュリモマブ（ｏｄｕｌｉｍｏｍａｂ）、抗ＣＤ２５抗体、バシリキシマブ、ダクリズマブ、イノリモマブ、抗ＣＤ５抗体、ゾリモマブ（ｚｏｌｉｍｏｍａｂ）、抗ＣＤ２抗体、シプリズマブ、ネレリモマブ（ｎｅｒｅｌｉｍｏｍａｂ）、ファラリモマブ（ｆａｒａｌｉｍｏｍａｂ）、アトリズマブ（ａｔｌｉｚｕｍａｂ）、アトロリムマブ（ａｔｏｒｏｌｉｍｕｍａｂ）、セデリズマブ（ｃｅｄｅｌｉｚｕｍａｂ）、ドルリモマブアリトクス（ｄｏｒｌｉｍｏｍａｂ ａｒｉｔｏｘ）、ドルリキシズマブ（ｄｏｒｌｉｘｉｚｕｍａｂ）、フォントリズマブ、ガンテネルマブ（ｇａｎｔｅｎｅｒｕｍａｂ）、ゴミリキシマブ（ｇｏｍｉｌｉｘｉｍａｂ）、レブリリズマブ（ｌｅｂｒｉｌｉｚｕｍａｂ）、マスリモマブ（ｍａｓｌｉｍｏｍａｂ）、モロリムマブ（ｍｏｒｏｌｉｍｕｍａｂ）、パキセリズマブ、レスリズマブ、ロベリズマブ（ｒｏｖｅｌｉｚｕｍａｂ）、タリズマブ、テリモマブアリトクス（ｔｅｌｉｍｏｍａｂ ａｒｉｔｏｘ）、バパリキシマブ（ｖａｐａｌｉｘｉｍａｂ）、ベパリモマブ（ｖｅｐａｌｉｍｏｍａｂ）、アフリベルセプト、アレファセプト、リロナセプト、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト、アナキンラ、抗ＩＬ−５抗体、メポリズマブ、ＩｇＥ阻害剤、オマリズマブ、タリズマブ、ＩＬ１２阻害剤、ＩＬ２３阻害剤、ウステキヌマブ等。
別の実施形態では、ホルモン療法が用いられる。ホルモン療法処置は、例えば、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト（例、フルタミド、ビカルタミド、タモキシフェン、ラロキシフェン、酢酸ロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ）、ＬＨ−ＲＨアンタゴニスト）、ホルモン生合成及びプロセシングの阻害剤、ならびにステロイド類（例、デキサメタゾン、レチノイド、デルトイド（ｄｅｌｔｏｉｄｓ）、ベータメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、プレドニゾン、デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、ミネラルコルチコイド、エストロゲン、テストステロン、プロゲスチン）、ビタミンＡ誘導体（例、全トランス型レチノイン酸（ＡＴＲＡ））；ビタミンＤ３類似体；抗ゲスターゲン（ａｎｔｉｇｅｓｔａｇｅｎｓ）（例、ミフェプリストン、オナプリストン）、または抗アンドロゲン（例、酢酸シプロテロン）を含み得る。
別の実施形態では、身体組織が高温（最大１０６°Ｆ［約４１℃］）に曝される処置である温熱療法が用いられる。熱は、細胞に損傷を与えるか、または細胞からそれらの生存に必要な物質を奪うことによって、腫瘍を収縮させる一助となり得る。温熱療法は、外部及び内部加熱デバイスを用いた、局部、局所、及び全身温熱療法であり得る。温熱療法はほぼ常に、他の形態の療法（例、放射線療法、化学療法、及び生物学的療法）の有効性を増加させる試みでそれらと併用される。局部温熱療法は、熱が腫瘍等の非常に小さい領域に適用されることを指す。当該領域は、身体の外側のデバイスから高周波の狙いを腫瘍に定めることにより外部的に加熱されてもよい。内部加熱を達成するためには、細い加熱ワイヤまたは温水で満たされた中空管、埋め込まれたマイクロ波アンテナ、及び高周波電極を含めた、数種類の滅菌プローブのうちの１つが用いられ得る。局所温熱療法においては、臓器または肢が加熱される。高エネルギーを生み出す磁石及びデバイスが、加熱すべき領域に当たるように配置される。灌流と呼ばれる別の手法においては、患者の血液の一部が取り出され、加熱され、次いで内部加熱対象である領域にポンプ送血される（灌流される）。全身加熱は、身体全体に広がった転移がんを治療するために用いられる。それは温水ブランケット、ホットワックス、誘導コイル（電気ブランケットにあるような）、またはサーマルチャンバ（大型インキュベーターと同様）を用いて遂行され得る。温熱療法は、放射線副作用または合併症のいかなる著しい増加も引き起こさない。しかしながら、皮膚に直接適用される熱は、治療された患者の約半分で不快感またはさらには顕著な局部痛を引き起こす場合がある。それはまた水疱も引き起こす場合があるが、これは概して速やかに治る。
依然として別の実施形態では、光線力学的療法（ＰＤＴ、光放射線療法、光線療法、または光化学療法とも呼ばれる）が一部の種類のがんの治療に用いられる。それは、光感作性薬剤として知られるある特定の化学物質が、単細胞生物が特定の種類の光に曝されるとその生物を殺傷し得るという発見に基づく。ＰＤＴは、光感作性薬剤と組み合わせた固定周波数レーザー光の使用によりがん細胞を破壊する。ＰＤＴにおいて、光感作性薬剤は血流中に注射され、身体のいたるところの細胞によって吸収される。薬剤は、正常細胞におけるよりもがん細胞においてより長時間留まる。治療されるがん細胞がレーザー光に曝されると、光感作性薬剤は光を吸収し、治療されるがん細胞を破壊する活性化型の酸素を生み出す。光感作性薬剤のほとんどが健常細胞から出たが、がん細胞には依然として存在するときに光曝露が起こるように、光曝露のタイミングを注意深く調整しなければならない。ＰＤＴに用いられるレーザー光は、光ファイバー（非常に細いガラスストランド）を通して導くことができる。光ファイバーは、適正な量の光を送達するためにがんに近接して配置される。光ファイバーは、肺癌の治療の場合は肺の中に挿入された気管支鏡を通して、または食道癌の治療の場合は食道の中に挿入された内視鏡を通して導くことができる。ＰＤＴの利点は、それが健常組織に対して引き起こす損傷が最小限であるということである。しかしながら、現在使用されているレーザー光は、約３センチメートルよりも大きい組織（１ １／８インチよりもやや大きい）を通過することができないため、ＰＤＴは主に、皮膚上もしくは皮膚のすぐ下にあるかまたは内臓の上皮にある腫瘍を治療するために用いられる。光線力学的療法により、皮膚及び眼は治療後６週間以上にわたって光に敏感となる。患者は、少なくとも６週間は直射日光及び明るい室内灯を避けるよう忠告される。患者が屋外に出なければならない場合、サングラスを含めて保護衣を着用する必要がある。ＰＤＴの他の一時的副作用は具体的な領域の治療に関連し、これには、咳、嚥下困難、腹痛、及び呼吸の際の痛みまたは息切れが含まれ得る。１９９５年１２月、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）は、閉塞を引き起こしている食道癌の症状を軽減する目的での、またレーザー単独では十分に治療することができない食道癌に対して、ポルフィマーナトリウム、またはＰｈｏｔｏｆｒｉｎ（登録商標）と呼ばれる光感作性薬剤を承認した。１９９８年１月、ＦＤＡは、肺癌に対する通常の治療が適切でない患者における早期非小細胞肺癌の治療に対して、ポルフィマーナトリウムを承認した。米国国立がん研究所及び他の機関は、膀胱癌、脳癌、喉頭癌、及び口腔癌を含めた数種類のがんに対する光線力学的療法の使用を評価するための治験（研究試験）を支援している。
なおも別の実施形態では、高光強度を利用してがん細胞を破壊するためにレーザー療法が用いられる。この技法は、とりわけがんが他の治療では治癒できない場合に、出血または閉塞等のがんの症状を軽減するために用いられることが多い。それはまた、腫瘍を収縮させるかまたは破壊することによってがんを治療するために用いられてもよい。「レーザー」という用語は、放射線の誘導放出による光増幅を表す。電球からの光等の通常光は多波長を有し、全方向に広がる。一方で、レーザー光は特定波長を有し、狭ビームにおいて集光される。この種の高光強度は、大量のエネルギーを含む。レーザーは非常に強力であり、鋼を切り通すためまたはダイヤモンドを成形するために用いられ得る。レーザーはまた、眼の損傷した網膜を修復するまたは組織を切り通す（外科用メスの代わりに）等、非常に精密な外科的作業にも用いることができる。いくつかの異なる種類のレーザーが存在するが、以下の３種類のみが医学において広く採用されてきた：二酸化炭素（ＣＯ２）レーザー。この種類のレーザーは、より深い層に透過することなく皮膚の表面から薄い層を除去し得る。この技法は、皮膚の深部に広がっていない腫瘍及びある特定の前がん状態の治療において特に有用である。慣習的な外科用メスによる外科手術の代替例として、ＣＯ２レーザーはまた皮膚を切断することができる。レーザーをこのようにして用いて、皮膚がんを除去する。ネオジム：イットリウム・アルミニウム・ガーネット（Ｎｄ：ＹＡＧ）レーザー。このレーザーからの光は、他の種類のレーザーからの光よりも組織のより深部に透過することができ、血液をより迅速に凝固させ得る。それは光ファイバーを通して、身体のより到達し辛い部分に送られ得る。この種類のレーザーは、咽頭癌を治療するために用いられることがある。アルゴンレーザー。このレーザーは、組織の表面層のみを通過することができ、したがって皮膚病学及び眼科外科において有用である。それはまた、光線力学的療法（ＰＤＴ）として知られる処置において、腫瘍を治療するために感光性色素とともに用いられる。レーザーは、標準的な外科用ツールに勝るいくつかの利点を有し、これには以下が含まれる：レーザーは外科用メスよりも精密である。周囲の皮膚または他の組織との接触がほとんどないため、切開部付近の組織が保護される。レーザーによって生み出される熱が手術部位を滅菌し、故に感染症のリスクを低減する。レーザーの精度により切開がより小さくて済むので、必要とされる手術時間がより少ない可能性がある。レーザー熱が血管を封止することにより、出血、膨張、または瘢痕化がより少ないため、治癒時間がしばしば短縮される。レーザー手術は複雑性がより低い可能性がある。例えば、光ファイバーを用いると、レーザー光は、大きな切開を作製することなく身体の部分に導くことができる。さらなる処置が外来ベースで行われ得る。レーザーは、熱により腫瘍を収縮させるかもしくは破壊することによってがんを治療する、または光感作性薬剤として知られる、がん細胞を破壊する化学物質を活性化することによってがんを治療する、の２つの方式で用いることができる。ＰＤＴにおいて、光感作性薬剤はがん細胞において保持され、光によって刺激されて、がん細胞を殺傷する反応を引き起こし得る。ＣＯ２及びＮｄ：ＹＡＧレーザーを用いて、腫瘍を収縮させるかまたは破壊する。それらは、医師が膀胱等の身体のある特定の領域を見通すことを可能にする管である内視鏡とともに用いられてもよい。一部のレーザーからの光は、光ファイバーを取り付けた可撓性内視鏡を通して伝達され得る。これは、医師が外科手術を除いて他の手段では到達し得ない身体の部分を見て、作業することを可能にし、したがって、レーザービームの非常に精密な狙いを可能にする。レーザーはまた低出力顕微鏡とともに用いて、治療されている部位の明確な視野を医者に提供してもよい。他の機器とともに用いることで、レーザー系は、極細の糸の幅未満である直径２００ミクロンほどに小さい切断領域をもたらすことができる。レーザーを用いて、多くの種類のがんが治療される。レーザー手術は、ある特定の病期の声門（声帯）癌、子宮頸癌、皮膚癌、肺癌、腟癌、外陰癌、及び陰茎癌に対する標準治療である。がんを破壊するためのその用途に加えて、レーザー手術はまた、がんによって引き起こされる症状を軽減する一助とするためにも用いられる（緩和ケア）。例えば、レーザーを用いて、患者の気管（喉笛）を妨害している腫瘍を収縮させるかまたは破壊して、呼吸をより容易にし得る。それはまた、結腸直腸癌及び肛門癌における緩和に用いられることもある。レーザー誘起間質温熱療法（ＬＩＴＴ）は、レーザー療法における直近の開発成果のうちの１つである。ＬＩＴＴは、熱が細胞に損傷を与えるか、または細胞からそれらの生存に必要な物質を奪うことによって、腫瘍を収縮させる一助となり得るという、温熱療法と呼ばれるがん治療と同じ着想を用いる。この治療において、レーザーは、身体の間質領域（臓器間の領域）に導かれる。次いでレーザー光は、腫瘍の温度を上昇させ、これによりがん細胞を損傷するかまたは破壊する。
免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）による治療の持続期間及び／または用量は、特定のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーターまたはそれらの併用療法に応じて異なり得る。特定のがん治療剤についての適切な治療時間は、当業者に理解されよう。本発明は、各がん治療剤についての最適な治療スケジュールの継続した評定を企図し、ここにおいて、本発明の方法によって決定された対象のがんの表現型が最適な治療用量及びスケジュールを決定する上での因子である。
ヒトもしくは非ヒトである哺乳動物、またはその細胞へのポリヌクレオチドの導入のためのいずれの手段も、本発明の種々の構築物を意図されるレシピエントに送達するための本発明の実施に適合され得る。本発明の一実施形態では、ＤＮＡ構築物は、トランスフェクションによって、すなわち「裸の」ＤＮＡの送達によって、またはコロイド分散系との複合体として、細胞に送達される。コロイド系には、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、ならびに水中油型乳剤、ミセル、混合ミセル、及びリポソームを含めた脂質ベース系が含まれる。本発明の好ましいコロイド系は、脂質複合体化ＤＮＡまたはリポソーム製剤化ＤＮＡである。前者の手法においては、例えば脂質との、ＤＮＡの製剤化前に、所望のＤＮＡ構築物を保有する導入遺伝子を含有するプラスミドがまず、発現のために実験的に最適化され得る（例、５’非翻訳領域におけるイントロンの組み込み及び不必要な配列の排除（Ｆｅｌｇｎｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ ＮＹ Ａｃａｄ Ｓｃｉ １２６−１３９，１９９５）。次いで、例えば種々の脂質またはリポソーム材料との、ＤＮＡの製剤化が、既知の方法及び材料を用いて成し遂げられ、レシピエント哺乳動物に送達され得る。例えば、Ｃａｎｏｎｉｃｏ ｅｔ ａｌ，Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １０：２４−２９，１９９４、Ｔｓａｎ ｅｔ ａｌ，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ ２６８、Ａｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．５：１３５−１４２，１９９３、及びＣａｒｓｏｎらによる米国特許第５，６７９，６４７号を参照されたい。
リポソームの標的化は、解剖学的因子及び機構的因子に基づいて分類され得る。解剖学的分類は、選択性のレベル、例えば、臓器特異的、細胞特異的、及び細胞小器官特異的であるかに基づく。機構的標的化は、それが受動的であるかまたは能動的であるかに基づいて区別され得る。受動的標的化は、洞様毛細血管を含む臓器における細網内皮系（ＲＥＳ）の細胞に分布する、リポソームの天然の傾向を利用する。一方で、能動的標的化は、リポソームをモノクローナル抗体、糖、糖脂質、もしくはタンパク質等の特定のリガンドにカップリングすることによる、または天然に生じる局在部位以外の臓器及び細胞型への標的化を達成するためにリポソームの組成もしくはサイズを変えることによる、リポソームの改変を伴う。
標的化送達系の表面は、様々な方式で修飾されてもよい。リポソームによる標的化送達系の場合、標的化リガンドをリポソーム二重層と安定に会合した状態で維持するために、脂質群がリポソームの脂質二重層に組み込まれ得る。脂質鎖を標的化リガンドに接合するために種々の連結基が用いられ得る。送達ビヒクル、例えばリポソームに会合される、裸のＤＮＡまたはＤＮＡは、対象のいくつかの部位に投与され得る（下記を参照されたい）。
核酸は、任意の所望のベクターにおいて送達され得る。これらには、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、及びプラスミドベクターを含めた、ウイルスまたは非ウイルスベクターが含まれる。例示的なウイルスの種類には、ＨＳＶ（単純ヘルペスウイルス）、ＡＡＶ（アデノ随伴ウイルス）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全症ウイルス）、ＢＩＶ（ウシ免疫不全症ウイルス）、及びＭＬＶ（マウス白血病ウイルス）が含まれる。核酸は、ウイルス粒子において、リポソームにおいて、ナノ粒子において、及びポリマーに複合体化されて等、十分に効率的な送達レベルを提供する任意の所望の形式で投与され得る。
あるタンパク質をコードする核酸すなわち目的とする核酸は、プラスミドもしくはウイルスベクター、または当該技術分野で既知の他のベクター内にあってもよい。かかるベクターは周知であり、特定の用途のために任意のものを選択することができる。本発明の一実施形態では、遺伝子送達ビヒクルは、プロモーター及び脱メチル化酵素コード配列を含む。好ましいプロモーターは、組織特異的プロモーター及び細胞増殖によって活性化されるプロモーター、例えば、チミジンキナーゼ及びチミジル酸シンターゼプロモーターである。他の好ましいプロモーターには、ウイルスでの感染によって活性化可能なプロモーター、例えば、α−及びβ−インターフェロンプロモーター、ならびにエストロゲン等のホルモンによって活性化可能なプロモーターが含まれる。用いられ得る他のプロモーターには、ＭｏｌｏｎｅｙウイルスＬＴＲ、ＣＭＶプロモーター、及びマウスアルブミンプロモーターが含まれる。プロモーターは、構成的であってもまたは誘導性であってもよい。
別の実施形態では、裸のポリヌクレオチド分子は、ＷＯ９０／１１０９２及び米国特許第５，５８０，８５９号に記載されるような遺伝子送達ビヒクルとして用いられる。かかる遺伝子送達ビヒクルは、成長因子ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかであり得、ある特定の実施形態は、殺傷されたアデノウイルスに連結される。Ｃｕｒｉｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｒ．３：１４７−１５４、１９９２。任意選択で用いられ得る他のビヒクルには、ＤＮＡ−リガンド（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１６９８５−１６９８７，１９８９）、脂質−ＤＮＡ複合体（Ｆｅｌｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７４１３ ７４１７，１９８９）、リポソーム（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：７８５１−７８５５，１９８７）、及びマイクロプロジェクタイル（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８：２７２６−２７３０，１９９１）が含まれる。
遺伝子送達ビヒクルは、任意選択で、ウイルス複製起点またはパッケージングシグナル等のウイルス配列を含むことができる。これらのウイルス配列は、アストロウイルス、コロナウイルス、オルソミクソウイルス、パポーバウイルス、パラミクソウイルス、パルボウイルス、ピコルナウイルス、ポックスウイルス、レトロウイルス、トガウイルス、またはアデノウイルス等のウイルスから選択され得る。好ましい実施形態では、成長因子遺伝子送達ビヒクルは、組換えレトロウイルスベクターである。組換えレトロウイルス及びその種々の使用は、Ｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ３３：１５３，１９８３、Ｃａｎｅ ａｎｄ Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６３４９，１９８４、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５−１４，１９９０、米国特許第４，４０５，７１２号、同第４，８６１，７１９号、及び同第４，９８０，２８９号、ならびにＰＣＴ出願第ＷＯ８９／０２，４６８号、同第ＷＯ８９／０５，３４９号、及び同第ＷＯ９０／０２，８０６号を含めた、多数の参考文献に記載されている。多数のレトロウイルス遺伝子送達ビヒクルが本発明において利用され得、これには例えば、ＥＰ０，４１５，７３１、ＷＯ９０／０７９３６、ＷＯ９４／０３６２２、ＷＯ９３／２５６９８、ＷＯ９３／２５２３４、米国特許第５，２１９，７４０号、ＷＯ９３１１２３０、ＷＯ９３１０２１８、Ｖｉｌｅ ａｎｄ Ｈａｒｔ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：３８６０−３８６４，１９９３、Ｖｉｌｅ ａｎｄ Ｈａｒｔ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：９６２−９６７，１９９３、Ｒａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：８３−８８，１９９３、Ｔａｋａｍｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｒｅｓ．３３：４９３−５０３，１９９２、Ｂａｂａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．７９：７２９−７３５，１９９３（米国特許第４，７７７，１２７号、ＧＢ２，２００，６５１、ＥＰ０，３４５，２４２、及びＷＯ９１／０２８０５）に記載されるものが含まれる。
本発明のポリヌクレオチドを送達するために用いられ得る他のウイルスベクター系は、ヘルペスウイルス、例えば単純ヘルペスウイルス（１９９７年５月２０日に発行されたＷｏｏらによる米国特許第５，６３１，２３６号及びＮｅｕｒｏｖｅｘによるＷＯ００／０８１９１）、ワクシニアウイルス（Ｒｉｄｇｅｗａｙ（１９８８）Ｒｉｄｇｅｗａｙ，“Ｍａｍｍａｌｉａｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒｓ，” Ｉｎ：Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ Ｒ Ｌ，Ｄｅｎｈａｒｄｔ Ｄ Ｔ，ｅｄ．Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ ｓｕｒｖｅｙ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌｏｎｉｎｇ ｖｅｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｕｓｅｓ．Ｓｔｏｎｅｈａｍ：Ｂｕｔｔｅｒｗｏｒｔｈ，、Ｂａｉｃｈｗａｌ ａｎｄ Ｓｕｇｄｅｎ（１９８６）“Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ａｎｉｍａｌ ＤＮＡ ｖｉｒｕｓｅｓ：Ｔｒａｎｓｉｅｎｔ ａｎｄ ｓｔａｂｌｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｒｒｅｄ ｇｅｎｅｓ，” Ｉｎ：Ｋｕｃｈｅｒｌａｐａｔｉ Ｒ，ｅｄ．Ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｕｐａｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｇｅｎｅ，６８：１−１０）、及びいくつかのＲＮＡウイルスからもたらされてきた。好ましいウイルスには、アルファウイルス、ポックスウイルス（ｐｏｘｉｖｉｒｕｓ）、アレナウイルス、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス等が含まれる。それらは、種々の哺乳類細胞に対していくつかの魅力的な特徴を提示する（Ｆｒｉｅｄｍａｎｎ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１２７５−１２８１、Ｒｉｄｇｅｗａｙ，１９８８（上記参照）、Ｂａｉｃｈｗａｌ ａｎｄ Ｓｕｇｄｅｎ，１９８６（上記参照）、Ｃｏｕｐａｒ ｅｔ ａｌ．，１９８８、Ｈｏｒｗｉｃｈ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，６４：６４２−６５０）。
他の実施形態では、ゲノムにおける標的ＤＮＡは、当該技術分野で周知の方法を用いて操作することができる。例えば、ゲノムにおける標的ＤＮＡは、欠失、挿入、及び／または変異によって操作することができ、レトロウイルス挿入、人工染色体技法、遺伝子挿入、組織特異的プロモーターのランダム挿入、遺伝子標的化、転位因子、及び／または外来性ＤＮＡを導入するかもしくは修飾ＤＮＡ／修飾核ＤＮＡを生産するための任意の他の方法である。他の修飾技法には、ＤＮＡ配列をゲノムから欠失させること及び／または核ＤＮＡ配列を改変することが含まれる。核ＤＮＡ配列は、例えば、部位特異的変異誘発によって改変されてもよい。
他の実施形態では、組換えバイオマーカーポリペプチド、及びその断片が対象に投与され得る。一部の実施形態では、強化された生物学的特性を有する融合タンパク質が構築され、投与され得る。加えて、バイオマーカーポリペプチド、及びその断片は、増加した生物学的利用能及び減少したタンパク質分解等、望ましい生物活性をさらに強化するために、当該技術分野で周知の薬理学的方法（例、ペグ化、グリコシル化、オリゴマー化等）に従って修飾され得る。
４．臨床的（Ｃｌｉｎｃａｌ）有効性
臨床的有効性は、当該技術分野で既知の任意の方法によって測定され得る。例えば、本明細書に記載される療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する応答は、がん、例えば腫瘍の、療法に対する応答等の免疫応答、好ましくは、ネオアジュバントまたはアジュバント化学療法の開始後の腫瘍量及び／または体積の変化に関する。例えば、腫瘍応答は、ネオアジュバントまたはアジュバント状況で評定され得、ここにおいて、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波、または触診によって測定して、全身的介入後の腫瘍のサイズが最初のサイズ及び寸法と比較され得、腫瘍の細胞充実度が組織学的に推定され、治療の開始前に採取した腫瘍生検試料の細胞充実度と比較され得る。応答はまた、生検または外科的切除後の腫瘍のカリパス測定または病理検査によって評定されてもよい。応答は、腫瘍体積もしくは細胞充実度の変化パーセンテージのように定量的様式で、または残存がんの量（ｂｕｒｄｅｎ）等半定量的スコアリング系を用いて（Ｓｙｍｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．（２００７）２５：４４１４−４４２２）、またはＭｉｌｌｅｒ−Ｐａｙｎｅスコア（Ｏｇｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｂｒｅａｓｔ（Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）１２：３２０−３２７）を用いて、「病理学的完全奏効」（ｐＣＲ）、「臨床的完全寛解」（ｃＣＲ）、「臨床的部分寛解」（ｃＰＲ）、「臨床的病勢安定」（ｃＳＤ）、「臨床的病勢進行」（ｃＰＤ）もしくは他の定性的基準のように定性的様式で記録されてもよい。腫瘍応答の評定は、ネオアジュバントまたはアジュバント療法を始めてから早期に、例えば、数時間、数日、数週間、または好ましくは数ヶ月後に、行われてもよい。応答の評定の典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了後あるいは残存腫瘍細胞及び／または腫瘍床の外科的除去後である。
一部の実施形態では、本明細書に記載される治療的処置の臨床的有効性は、臨床的有用率（ＣＢＲ）を測定することによって決定されてもよい。臨床的有用率は、治療の終わりまであと少なくとも６ヶ月の時点で、完全な寛解（ＣＲ）状態にある患者、部分寛解（ＰＲ）状態にある患者の数、及び病勢安定（ＳＤ）を有する患者の数のパーセンテージの合計を決定することによって測定される。この式の省略表現は、ＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤが６ヶ月超、である。一部の実施形態では、特定のＣＤＫ４及び／またはＣＤＫ６阻害剤療法レジメンについてのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、またはそれ超である。
療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）を評価するための追加の基準は、「生存期間」に関連し、これには以下の全てが含まれる：死亡までの生存期間、別名、全生存期間（該死亡は、原因とは無関係であるかまたは腫瘍関連であるかのいずれであってもよい）；「無再発生存期間」（再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（疾患という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。該生存期間の長さは、規定の開始点（例、診断時または治療開始時）及びエンドポイント（例、死亡、再発、または転移）を参照して算出され得る。加えて、治療の有効性に関する基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の時間枠内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張することができる。
例えば、適切な閾値を決定するために、特定のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター療法レジメンが対象の集団に施与され得、転帰が、目的とする任意の療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）の施与前に決定されたバイオマーカー測定値に相関付けられ得る。転帰の測定は、ネオアジュバント設定において施与される療法に対する病理学的奏効であってもよい。代替として、全生存期間及び無病生存期間等の転帰の尺度が、バイオマーカー測定値が知られている対象に関して、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に次いで一定期間にわたってモニタリングされ得る。ある特定の実施形態では、同じ用量のＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター薬剤が各対象に投与される。関連の実施形態では、投与される用量は、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター薬剤に関して当該技術分野で既知の標準的な用量である。対象がモニタリングされる一定期間は異なり得る。例えば、対象は、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０ヶ月間、モニタリングされてもよい。療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）による転帰と相関するバイオマーカー測定閾値は、本明細書に提供される実施例の節及び説明に記載される方法等の方法を用いて決定することができる。例えば、感染症、免疫障害等といった、がん以外の設定における治療応答が本明細書に提供され、治療有効性の尺度として有用である。
５．本発明のさらなる使用及び方法
本明細書に記載される組成物は、表１に列挙されるバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーに関して、様々な診断、予後判定、及び治療用途で用いることができる。診断方法、予後判定方法、治療方法、またはそれらの組み合わせ等の本明細書に記載される任意の方法において、本方法の全ての工程は、一人の行為者、または代替として、一人よりも多くの行為者によって行われ得る。例えば、診断は、治療的処置を提供する行為者によって直接行われ得る。代替として、治療剤を提供する人物は、診断アッセイの実施を依頼することができる。診断医及び／または治療介入医は、診断アッセイ結果を解釈して、治療戦略を決定し得る。同様に、かかる代替の過程は、予後判定アッセイ等の他のアッセイに適用され得る。
ａ．スクリーニング方法
本発明の一態様は、非細胞ベースのアッセイを含めたスクリーニングアッセイに関する。一実施形態では、本アッセイは、がん等の障害が療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する可能性が高いかどうか、及び／または薬剤が、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する可能性が低いがん細胞の成長を阻害するかもしくはがん細胞を殺傷する等、障害を調節し得るかどうかを特定するための方法を提供する。
一実施形態では、本発明は、表１に列挙される少なくとも１つのバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーに結合するか、またはその生物活性を調節する試験薬をスクリーニングするためのアッセイに関する。一実施形態では、かかる薬剤を特定するための方法は、薬剤が表１に列挙される少なくとも１つのバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーを調節する、例えば阻害する能力を決定することを伴う。
一実施形態では、アッセイは、表１に列挙される少なくとも１つのバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーを試験薬と接触させることと、例えば、基質の直接結合を測定することによって、または下記に記載されるような間接的パラメータを測定することによって、試験薬がバイオマーカーの酵素活性を調節する（例、阻害する）能力を決定することとを含む、無細胞または細胞ベースのアッセイである。
別の実施形態では、アッセイは、表１に列挙される少なくとも１つのバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーを試験薬と接触させることと、例えば、基質の直接結合を測定することによって、または下記に記載されるような間接的パラメータを測定することによって、試験薬がバイオマーカーのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用及び／または免疫チェックポイントを制御する能力を調節する能力を決定することとを含む、無細胞または細胞ベースのアッセイである。
例えば、間接的結合アッセイにおいて、バイオマーカータンパク質（またはそれらのそれぞれの標的ポリペプチドまたは分子）は、結合が複合体において標識タンパク質または分子を検出することによって決定され得るように、放射性同位体または酵素標識とカップリングされ得る。例えば、標的は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈにより直接的または間接的のいずれかで標識され得、放射性同位体が放射線放出の直接的計数によって、またはシンチレーション計数によって検出され得る。代替として、標的は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼにより酵素的に標識され得、酵素標識が適切な基質から生成物への変換の決定によって検出され得る。バイオマーカーと基質との間の相互作用の決定はまた、標準的な結合アッセイまたは酵素分析アッセイを用いて遂行することもできる。上述のアッセイ法の１つまたは複数の実施形態では、当該タンパク質または分子の一方または両方の複合体化形態を非複合体化形態から分離するのを容易にするため、ならびにアッセイの自動化に対応するために、ポリペプチドまたは分子を固定化することが望ましい場合がある。
試験薬の標的への結合は、反応物を収容するのに好適な任意の容器中で遂行することができる。かかる容器の非限定的な例としては、マイクロタイタープレート、試験管、及び微量遠心管が挙げられる。本発明の抗体の固定化形態はまた、膜、セルロース、ニトロセルロース、もしくはガラス繊維等の多孔質、ミクロ多孔質（平均孔径が約１ミクロン未満）、もしくはマクロ多孔質（平均孔径が約１０ミクロン超）材料、アガロースもしくはポリアクリルアミドもしくはラテックス製のもの等のビーズ、またはポリスチレン製のもの等のディッシュ、プレート、もしくはウェルの表面のような固相に結合した抗体も含み得る。
代替の実施形態では、薬剤がバイオマーカーとその天然結合パートナーとの間の相互作用を調節する能力の決定は、試験薬が、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用経路内のその位置の下流または上流で機能するポリペプチドまたは他の生成物の活性を調節する能力を決定することによって、遂行され得る。
本発明はさらに、上述のスクリーニングアッセイによって特定された新規の薬剤にも関する。したがって、本明細書に記載されるように特定された薬剤を適切な動物モデルにおいてさらに用いることが本発明の範囲内にある。例えば、本明細書に記載されるように特定された薬剤を動物モデルにおいて用いて、かかる薬剤による治療の有効性、毒性、または副作用を決定することができる。代替として、本明細書に記載されるように特定された抗体を動物モデルにおいて用いて、かかる薬剤の作用機序を決定することができる。
ｂ．予測医学
本発明はまた、診断アッセイ、予後判定アッセイ、及び治験モニタリングを予後判定（予測）目的で用いて、それによって個体を予防的に処置する、予測医学の分野にも関する。したがって、本発明の一態様は、生体試料（例、血液、血清、細胞、または組織）の関連において、表１に列挙されるバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーの存在、不在、量、及び／または活性レベルを決定して、それによって、例えば原発がんまたは再発がんにおいて、がんに罹患した個体が療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する可能性が高いかどうかを決定するための診断アッセイに関する。かかるアッセイを予後判定または予測目的で用いて、それによって、バイオマーカーポリペプチド、核酸発現、または活性を特徴とするかまたはそれに関連する障害の発症前または再発後に個体を予防的に処置することができる。当業者であれば、いずれの方法も表１に列挙されるバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーのうちの１つまたは複数（例、組み合わせ）を用い得ることを理解しよう。
本発明の別の態様は、薬剤（例、薬物、化合物、及び小さい核酸ベースの分子）が表１に列挙されるバイオマーカーの発現または活性に及ぼす影響をモニタリングすることに関する。これら及び他の薬剤が以下の節でさらに詳述される。
当業者であればまた、ある特定の実施形態において、本発明の方法がコンピュータプログラム及びコンピュータシステムを実装することも理解しよう。例えば、コンピュータプログラムを用いて、本明細書に記載されるアルゴリズムを実施することができる。コンピュータシステムはまた、本発明の方法を実装する上でコンピュータシステムによって用いられ得る複数のバイオマーカーシグナル変化／プロファイルを含む、本発明の方法によって生成されたデータを記憶し、操作することができる。ある特定の実施形態では、コンピュータシステムは、バイオマーカーの発現データを受信し、（ｉｉ）そのデータを記憶し、（ｉｉｉ）そのデータを本明細書に記載されるいくつもの方式で比較して（例、適切な対照と比べた解析）、がん性または前がん性組織由来の情報価値のあるバイオマーカーの状態を決定する。他の実施形態では、コンピュータシステムは、（ｉ）決定された発現バイオマーカーレベルを閾値と比較し、（ｉｉ）該バイオマーカーレベルが顕著に調節されているかどうか（例、閾値を上回るまたは下回る）の指示、または該指示に基づく表現型を出力する。
ある特定の実施形態では、かかるコンピュータシステムもまた、本発明の一部と見なされる。多数の種類のコンピュータシステムを用いて、生命情報科学及び／またはコンピュータ技術分野の専門家が有する知識に従って本発明の解析方法を実装することができる。かかるコンピュータシステムの動作中にいくつかのソフトウェア構成要素がメモリにロードされ得る。ソフトウェア構成要素は、当該技術分野で標準的なソフトウェア構成要素及び本発明に特有の構成要素の両方を含み得る（例、Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２０，１２３３−１２４０に記載されるｄＣＨＩＰソフトウェア、当該技術分野で既知の放射基底機械学習アルゴリズム（ｒａｄｉａｌ ｂａｓｉｓ ｍａｃｈｉｎｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ）（ＲＢＭ））。
本発明の方法はまた、等式の記号入力、及び使用すべき具体的なアルゴリズムを含めた処理の高レベルの指定を許容する数学ソフトウェアパッケージにおいて、プログラミングまたはモデル化することができ、それによって、ユーザが個々の等式及びアルゴリズムを手順に従ってプログラミングする必要性を取り除く。かかるパッケージには、例えば、Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ（Ｎａｔｉｃｋ，Ｍａｓｓ．）製のＭａｔｌａｂ、Ｗｏｌｆｒａｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｃｈａｍｐａｉｇｎ，Ｉｌｌ．）製のＭａｔｈｅｍａｔｉｃａ、またはＭａｔｈＳｏｆｔ（Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈ．）製のＳ−Ｐｌｕｓが含まれる。
ある特定の実施形態では、コンピュータは、バイオマーカーデータの格納のためのデータベースを含む。より後の時点で目的とする比較を行うためにかかる格納されたプロファイルにアクセスし、これを用いることができる。例えば、対象の非がん性組織に由来する試料のバイオマーカーの発現プロファイル及び／または同じ種の関連性のある集団における目的とする情報価値のある座位の集団ベースの分布から生成されたプロファイルが格納され、後に対象のがん性組織または対象のがん性であることが疑われる組織に由来する試料のそれと比較され得る。
本明細書に記載される例示的なプログラム構造及びコンピュータシステムに加えて、他の代替のプログラム構造及びコンピュータシステムが当業者には容易に明らかとなろう。したがって、趣旨または範囲のいずれの点でも上述のコンピュータシステム及びプログラム構造から逸脱しない、かかる代替のシステムは、添付の特許請求の範囲内に包含されることを意図する。
ｃ．診断アッセイ
本発明は、部分的に、生体試料が、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する可能性が高いがんに関連するかどうかを正確に分類するための方法、システム、及びコードを提供する。一部の実施形態では、本発明は、統計アルゴリズム及び／または経験的データ（例、表１に列挙される少なくとも１つのバイオマーカー等の本明細書に記載されるバイオマーカーの量または活性）を用いて、試料（例、対象由来）を、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に対する応答または不応答に関連するもの、またはそのリスクがあるものとして分類するのに有用である。
表１に列挙されるバイオマーカーの量または活性を検出するための、またそれ故、試料が、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答する可能性が高いかまたは低いかを分類するのに有用な、例示的な方法は、生体試料を試験対象から得ることと、生体試料を、生体試料中のバイオマーカーの量または活性を検出することが可能な、抗体もしくはその抗原結合断片のようなタンパク質結合剤、またはオリゴヌクレオチドのような核酸結合剤等の薬剤と接触させることとを伴う。例えば、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇ上でのＴＡＣＩタンパク質の発現及び／またはＡＰＲＩＬリガンドの存在は、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーターが有用な効果を有する可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、少なくとも１つの抗体またはその抗原結合断片が用いられ、ここにおいて、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くのかかる抗体または抗体断片が組み合わせて（例、サンドイッチＥＬＩＳＡにおいて）、または連続して用いられ得る。ある特定の事例では、統計アルゴリズムは、単一の学習統計的分類子システム（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）である。例えば、単一の学習統計的分類子システムを用いて、予測値または確率値及びバイオマーカーの存在またはレベルに基づいて試料を分類することができる。単一の学習統計的分類子システムの使用では典型的に、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の感度、特異度、陽性予測値、陰性予測値、及び／または全体正確度で、試料を、例えば、免疫調節療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）の有力なレスポンダーまたはプログレッサー（ｐｒｏｇｒｅｓｓｏｒ）試料として分類する。
他の好適な統計アルゴリズムが当業者に周知である。例えば、学習統計的分類子システムは、複合データセット（例、目的とするマーカーのパネル）に適合し、かかるデータセットに基づいて決断を下すことが可能な機械学習アルゴリズム技法を含む。一部の実施形態では、分類木（例、ランダムフォレスト）等の単一の学習統計的分類子システムが用いられる。他の実施形態では、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの学習統計的分類子システムの組み合わせが、好ましくはタンデムで用いられる。学習統計的分類子システムの例としては、帰納学習（例、ランダムフォレスト等の決定／分類木、分類及び回帰木（Ｃ＆ＲＴ）、ブーステッド木（ｂｏｏｓｔｅｄ ｔｒｅｅｓ）等）、確率的で近似的に正しい（Ｐｒｏｂａｂｌｙ Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ Ｃｏｒｒｅｃｔ）（ＰＡＣ）学習、コネクショニスト学習（ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｉｓｔ ｌｅａｒｎｉｎｇ）（例、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）、ニューロファジィネットワーク（ｎｅｕｒｏ ｆｕｚｚｙ ｎｅｔｗｏｒｋｓ）（ＮＦＮ）、ネットワーク構造、多層パーセプトロン等のパーセプトロン、多層フィードフォワードネットワーク（ｍｕｌｔｉ−ｌａｙｅｒ ｆｅｅｄ−ｆｏｒｗａｒｄ ｎｅｔｗｏｒｋｓ）、ニューラルネットワークの応用、信念ネットワークにおけるベイジアン学習（Ｂａｙｅｓｉａｎ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｉｎ ｂｅｌｉｅｆ ｎｅｔｗｏｒｋｓ）等）、強化学習（例、ナイーブ学習、適応動的学習、及び時間的差分学習等の既知の環境における受動的学習、未知の環境における受動的学習、未知の環境における能動的学習、学習行動価値関数、強化学習の応用等）、ならびに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミングを用いるものが挙げられるが、これらに限定されない。他の学習統計的分類子システムには、サポートベクターマシン（例、カーネル法）、多変量適応型回帰スプライン（ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ａｄａｐｔｉｖｅ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｓｐｌｉｎｅｓ）（ＭＡＲＳ）、レーベンバーグ・マルカートアルゴリズム、ガウス・ニュートンアルゴリズム、混合ガウス、勾配降下アルゴリズム、及び学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）が含まれる。ある特定の実施形態では、本発明の方法は、試料分類結果を臨床医、例えば腫瘍医に送信することをさらに含む。
別の実施形態では、対象の診断に続いて、診断に基づいて定められた治療薬の治療上有効量がその個体に投与される。
一実施形態では、本方法は、対照生体試料（例、がんを有しないか、もしくはがんが療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に影響されやすい対象由来の生体試料、寛解中の対象由来の生体試料、または療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）にもかかわらず進行しているがんの発症に対して治療中の対象由来の生体試料）を得ることをさらに伴う。
ｄ．予後判定アッセイ
本明細書に記載される診断方法をさらに利用して、療法（例、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路のモジュレーター及び／または免疫チェックポイント阻害療法薬等の免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの、少なくとも１つのＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用モジュレーター）に応答性である可能性が高いかまたは低い、がん等の障害を有するかまたはそれを発症するリスクがある対象を特定することができる。前述の診断アッセイまたは以下のアッセイ等の本明細書に記載されるアッセイを利用して、がんの場合等、表１に記載されるバイオマーカー等の少なくとも１つのバイオマーカーの量または活性の誤制御に関連する障害を有するかまたはそれを発症するリスクがある対象を特定することができる。代替として、予後判定アッセイを利用して、がんの場合等、少なくとも１つのバイオマーカーの誤制御に関連する障害を有するかまたはそれを発症するリスクがある対象を特定することができる。さらに、本明細書に記載される予後判定アッセイを用いて、対象が、異常なバイオマーカーの発現または活性に関連する疾患または障害を治療するために薬剤（例、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣体、ポリペプチド、ペプチド、核酸、小分子、または他の薬物候補）を投与され得るかどうかを決定することができる。
ｅ．治療方法
本発明の別の態様は、治療目的での、本明細書に記載される１つまたは複数のバイオマーカー（例、表１及び実施例に列挙されるバイオマーカー、またはその断片）の発現または活性の調節方法に関する。本発明のバイオマーカーは、免疫調節性介入を特定するのに有用であることが実証されている。したがって、がんの場合等で、免疫応答を調節するために、バイオマーカーの活性及び／または発現、ならびに１つまたは複数のバイオマーカーまたはその断片とその天然結合パートナー（複数可）またはその断片（複数可）との間の相互作用が調節され得る。
本発明の調節方法は、細胞を、表１及び実施例に列挙される１つまたは複数のバイオマーカーまたはその断片を含めた、本発明の１つまたは複数のバイオマーカーを含めた、本発明のバイオマーカーの１つまたは複数のモジュレーター、または当該細胞に関連するバイオマーカー活性の活性のうちの１つまたは複数を調節する薬剤と接触させることを伴う。バイオマーカー活性を調節する薬剤は、核酸もしくはポリペプチド、バイオマーカーの天然型結合パートナー（例、可溶型）、バイオマーカーに対する抗体、バイオマーカーに対する抗体と他の免疫関連標的に対する抗体との組み合わせ、１つもしくは複数のバイオマーカーアゴニストもしくはアンタゴニスト、１つもしくは複数のバイオマーカーアゴニストもしくはアンタゴニストのペプチド模倣体、１つもしくは複数のバイオマーカーのペプチド模倣体、他の小分子、または１つもしくは複数のバイオマーカー核酸遺伝子発現産物に対して向けられた低分子ＲＮＡもしくはその模倣物等の、本明細書に記載されるような薬剤であり得る。
表１及び実施例に列挙される１つまたは複数のバイオマーカーまたはその断片を含めた、本発明の１つまたは複数のバイオマーカーを含めた、本発明の１つまたは複数のバイオマーカーの発現を調節する薬剤は、例えば、アンチセンス核酸分子、ＲＮＡｉ分子、ｓｈＲＮＡ、成熟ｍｉＲＮＡ、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ＊、抗ｍｉＲＮＡ、もしくはｍｉＲＮＡ結合部位、もしくはそのバリアント、または他の低分子ＲＮＡ分子、三重鎖オリゴヌクレオチド、リボザイム、または１つもしくは複数のバイオマーカーポリペプチドの発現用の組換えベクターである。例えば、１つまたは複数のバイオマーカーポリペプチドの翻訳開始部位の周りの領域に相補的なオリゴヌクレオチドが合成され得る。１つまたは複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞培地に典型的に２００μｇ／ｍｌで添加するか、または患者に投与して、１つまたは複数のバイオマーカーポリペプチドの合成を阻止することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは細胞によって取り込まれ、１つまたは複数のバイオマーカーｍＲＮＡにハイブリダイズして、翻訳を阻止する。代替として、２本鎖ＤＮＡに結合して三重鎖構築物を形成することで、ＤＮＡがほどけること及びＤＮＡの転写を阻止するオリゴヌクレオチドを用いることができる。いずれの結果としても、バイオマーカーポリペプチドの合成が遮断される。バイオマーカーの発現が調節される場合、かかる調節は、バイオマーカー遺伝子のノックアウト以外の手段によって起こることが好ましい。
発現を調節する薬剤はまた、それらが細胞におけるバイオマーカーの量を制御するという事実に基づいて、細胞におけるバイオマーカーの総活性量も調節する。
一実施形態では、薬剤は、表１及び実施例に列挙される１つまたは複数のバイオマーカーまたはその断片を含めた、本発明の１つまたは複数のバイオマーカーの１つまたは複数の活性を刺激する。かかる刺激剤の例としては、活性バイオマーカーポリペプチドまたはその断片及び細胞に導入されたバイオマーカーまたはその断片をコードする核酸分子（例、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、低分子ＲＮＡ、成熟ｍｉＲＮＡ、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ＊、抗ｍｉＲＮＡ、もしくはｍｉＲＮＡ結合部位、もしくはバリアント、または当業者に既知の他の機能的に同等の分子）、ならびにＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用を促進する多価リガンド、活性化抗体等といった他の形態が挙げられる。別の実施形態では、薬剤は、１つまたは複数のバイオマーカー活性を阻害する。一実施形態では、薬剤は、バイオマーカーとその天然結合パートナー（複数可）との相互作用を阻害するかまたは強化する。かかる阻害剤の例としては、アンチセンス核酸分子、抗バイオマーカー抗体、バイオマーカー阻害剤、及び本明細書に記載されるスクリーニングアッセイにおいて特定される化合物が挙げられる。
これらの調節方法は、インビトロで（例、細胞を薬剤と接触させることによって）、または代替として、インビボで（例、薬剤を対象に投与することによって）薬剤を細胞と接触させることによって、行うことができる。したがって、本発明は、表１及び実施例に列挙される本発明の１つまたは複数のバイオマーカーまたはその断片の上方調節または下方調節が有益であろう病態または障害、例えば、バイオマーカーまたはその断片の不要な、不十分な、または異常な発現または活性を特徴とする障害に罹患した個体の治療方法を提供する。一実施形態では、本方法は、バイオマーカーの発現もしくは活性を調節する（例、上方制御するかまたは下方制御する）薬剤（例、本明細書に記載されるスクリーニングアッセイによって特定された薬剤）、または薬剤の組み合わせを投与することを伴う。別の実施形態では、本方法は、低減された、異常な、または不要なバイオマーカーの発現または活性を補うための療法として１つまたは複数のバイオマーカーポリペプチドまたは核酸分子を投与することを伴う。
バイオマーカー活性の刺激は、バイオマーカーが異常に下方制御される及び／または増加したバイオマーカー活性が有益な効果を有する可能性が高い状況で望ましい。同様に、バイオマーカー活性の阻害は、バイオマーカーが異常に上方制御される及び／または減少したバイオマーカー活性が有益な効果を有する可能性が高い状況で望ましい。
加えて、これらの調節剤はまた、例えば、化学療法剤、ホルモン、抗血管新生薬（ａｎｔｉａｎｇｉｏｇｅｎｓ）、放射標識、化合物と、あるいは外科手術、凍結療法、及び／または放射線療法と併用療法で投与され得る。前述の治療方法は、他の形態の従来療法（例、当業者に周知のがんに対する標準治療）とともに、従来療法と逐次的に、従来療法の前または後のいずれかで併用投与され得る。例えば、これらの調節剤は、治療上有効な用量の化学療法剤とともに投与され得る。別の実施形態では、これらの調節剤は、化学療法剤の活性及び有効性を強化するために化学療法と併用投与される。医師用添付文書集（ＰＤＲ）は、種々のがんの治療に用いられてきた化学療法剤の投薬量を開示している。これらの上述の化学療法薬の、治療上有効である投薬レジメン及び投薬量は、治療されている特定の黒色腫、疾患の範囲、及び当該技術分野の技能を有する医師が熟知している他の因子に左右されることになり、当該医師により決定され得る。
一部の実施形態では、本発明の方法を用いて、Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害因子免疫活性を増加させ、免疫障害を治療することができる。活性化された免疫細胞の機能は、免疫細胞応答を下方制御することによって、免疫細胞において特異的アネルギーを誘導することによって、またはその両方によって阻害され得る。例えば、本発明の方法を用いて、抗原をかかる方法の治療組成物と共投与することによって、特異的抗原に対する寛容を誘導することができる。寛容は、特異的タンパク質に対して誘導され得る。一実施形態では、免疫応答が望ましくない、アレルゲン（例、食物アレルゲン）に対する、または外来性タンパク質に対する免疫応答が阻害され得る。例えば、第ＶＩＩＩ因子を受ける患者において、この凝固因子に対する抗体が生成することが頻繁にある。本発明の方法における組換え第ＶＩＩＩ因子の共投与（または、例えば架橋結合によって、第ＶＩＩＩ因子に物理的に連結されることにより）は、免疫応答の下方調節をもたらすことができる。同様の様態で、クローン除去の低減及び／または疲弊（例、Ｔ細胞疲弊）の増加が誘導され得る。
免疫応答の下方制御は、限定されないが、組織、皮膚、及び他の実質臓器移植術の状況（例、腎臓、肝臓、心臓、及び血管柄付複合組織移植術における移植）、造血幹細胞移植拒絶反応（例、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ））の場合、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症等の自己免疫疾患の場合、アレルギー、移植、過敏症反応、ＣＤ４＋ Ｔ細胞の産生または機能の増加を必要とする障害の場合、ワクチン接種効率の改善を必要とする障害の場合、ならびに制御性Ｔ細胞の産生または機能の増加を必要とする障害の場合を含む、本発明によるいくつかの他の「免疫障害」を治療するのに有用である。例えば、免疫細胞機能の遮断は、組織移植術において組織破壊の低減をもたらす。典型的に、組織移植においては、免疫細胞がそれを外来性であると認識することにより移植片の拒絶が開始され、続いてその移植片を破壊する免疫反応が起こる。本明細書に記載される薬剤の移植前または移植時点での投与は、阻害性シグナルの生成を促進し得る。その上、阻害はまた、免疫細胞をアネルギー化し、それによって対象において寛容を誘導するのに十分であり得る。長期的寛容の誘導により、これらの遮断試薬の反復投与の必要性が回避される。
免疫応答の下方調節はまた、１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）及び多発性硬化症等の自己免疫疾患の治療において有用である。多くの自己免疫障害は、自己組織に対して反応性であり、疾患の病理に関与するサイトカイン及び自己抗体の産生を促進する、免疫細胞の不適切な活性化の結果である。自己反応性免疫細胞の活性化を阻止することにより、疾患症状が低減または排除され得る。本明細書に記載される薬剤の投与は、疾患過程に関与し得る自己抗体またはサイトカインの生成を阻止するのに有用である。追加として、本発明の方法は、自己反応性免疫細胞の抗原特異的寛容を誘導することができ、これは疾患の長期的軽減につながる可能性がある。自己免疫障害の予防または緩和における試薬の有効性は、特徴がよく解明されているいくつかのヒト自己免疫疾患の動物モデルを用いて決定することができる。例としては、マウスの実験的自己免疫性脳炎、ＭＲＬ／ｌｐｒ／ｌｐｒマウスまたはＮＺＢハイブリッドマウスにおける全身性エリテマトーデス、マウスの自己免疫コラーゲン関節炎、ＮＯＤマウス及びＢＢラットにおける真性糖尿病、ならびにマウスの実験的重症筋無力症が挙げられる（例えば、Ｐａｕｌ ｅｄ．，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ １９９３，ｃｈａｐｔｅｒ ３０を参照されたい）。
免疫細胞活性化の阻害はまた、例えばＩｇＥ産生を阻害することによって、アレルギー及びアレルギー反応の治療においても治療上有用である。アレルギー反応は、アレルゲンの侵入経路及び肥満細胞または好塩基球上でのＩｇＥの沈着パターンに応じて、全身性または局所性の性質であり得る。故に、本発明の方法による局所性または全身性の免疫細胞媒介性アレルギー応答（例、食物に対する）の阻害。一実施形態では、アレルギーは、アレルギー性喘息である。
免疫細胞活性化の阻害はまた、免疫細胞の寄生虫感染症及びウイルス感染症においても治療上重要であり得る。例えば、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）においては、免疫細胞活性化によってウイルス複製が刺激される。これらの相互作用の調節は、ウイルス複製の阻害をもたらし、それによってＡＩＤＳの経過を改善させ得る。これらの相互作用の調節はまた、妊娠の維持を促進する上でも有用であり得る。胎芽または胎児への免疫拒絶反応の故に自然流産のリスクがある女性（例、以前に自然流産を経験したことがある者または妊娠が困難であった者）は、これらの相互作用を調節する薬剤で治療され得る。
本発明の方法による免疫応答の下方制御はまた、自己組織の自己免疫攻撃の治療においても有用であり得る。したがって、自己免疫障害等の自己免疫攻撃によって悪化した病態、ならびに心疾患、心筋梗塞、及びアテローム性動脈硬化症等の病態を調節することが、本発明の範囲内にある。
好ましい実施形態では、免疫障害は、移植片対宿主病（例、慢性ＧＶＨＤ）である。血液学的悪性疾患を有する多くの患者に関して、同種造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）は、治癒に向けた唯一の機会を提示する。残念ながら、顕著な障壁、とりわけ疾患再発及びＧＶＨＤが残っている。ＨＳＣＴを受ける患者の４０％超が再発を経験する一方で、５０％超がｃＧＶＨＤ、すなわち、相当の罹患率及び死亡率に関連する多臓器系免疫発現を伴う衰弱性の病態を発症する（Ｋａｈｌ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １１０：２７４４−２７４８、Ｐｅｒｅｚ−Ｓｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｂｉｏｌ．Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．１４：１１６３−１１７１）。小児集団における発生率はより低いものの、ｃＧＶＨＤは、ＨＳＣＴ後１００日間を超えて生存している小児の２０〜５０％で起こり、悪性疾患に対する同種ＨＳＣＴ後の非再発性罹患及び死亡の主因にとどまる（Ｂａｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｃｌｉｎ．Ｎｏｒｔｈ Ａｍ．５７：２９７−３２２）。ドナー細胞媒介性免疫応答がＧＶＬ及びＧＶＨＤ反応の原因である。新たに移植されたドナー免疫系による残存腫瘍細胞の不十分な認識及び破壊が患者の悪性腫瘍の再発を許容する一方で、宿主抗原に対する無制御な反応はＧＶＨＤにつながる（Ａｎｔｉｎ（１９９３）Ｂｌｏｏｄ ８２：２２７３−２２７７、Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｌａｎｃｅｔ ３７３：１５５０−１５６１）。慢性ＧＶＨＤの病理発生は、同種（ドナー／レシピエント多型）及び自己（ドナー／レシピエント非多型）抗原に対する炎症性Ｔ細胞及びＢ細胞の応答を伴い、それは同種ＨＳＣＴ後によく見られる問題であるとともに主要な治療課題のままであり、長期生存者は生活の質の低下及び晩期死亡率の増加を経験することが多い（Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２１：８５３−８５９）。ＨＣＴ用の幹細胞の源として骨髄ではなく動員された末梢血中の前駆細胞の使用が高まっており、ｃＧＶＨＤの発生率の明らかな増加をもたらしている（Ｃｕｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１９：３６８５−３６９１、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １１０：４５７６−４５８３）。小児患者におけるｃＧＶＨＤの発生率は、同種ＨＳＣＴが鎌状赤血球貧血、免疫不全症、及び先天性代謝疾患等の非悪性疾患の適応症に対してますます行われるようになるにつれて上昇することが予想される。成人及び小児のいずれにおいても、ｃＧＶＨＤに関連する炎症性または線維性変化は、皮膚、眼、口腔、肝臓、及び気道に影響することが最も一般的である。幹細胞療法、臓器移植術等といった任意の養子細胞療法に先立って、ＰＤ−１発現及び／または阻害が下方制御され得る。
対照的に、本発明はまた、上記にさらに記載されるように、免疫応答を上方制御するためにＴｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害因子免疫活性を減少させる方法も提供する。免疫応答を上方制御する薬剤は、現存の免疫応答を強化するかまたは最初の免疫応答を引き出す形態にあり得る。故に、対象となる組成物及び方法を用いて免疫応答を強化することは、がんの治療に有用であるが、同時に、感染性疾患（例、細菌、ウイルス、または寄生虫）、気道寛容の機能障害に関連する喘息、寄生虫感染症、及び免疫抑制性疾患の治療にも有用であり得る。
例示的な感染性障害には、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｔ細胞性白血病ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、麻疹、パポーバウイルス、肝炎ウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、パピローマウイルス、プリオン等を含むが、これらに限定されないウイルスによる感染症、ならびにヘルペスまたは帯状疱疹等のウイルス性皮膚疾患（この場合、かかる薬剤は皮膚に局所的に送達され得る）が含まれる。感染症からもたらされる慢性病態の非限定的な例としては、Ｂ型肝炎（Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）によって引き起こされる）及びＣ型肝炎（Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）によって引き起こされる）アデノウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、単純ヘルペスウイルス１、単純ヘルペスウイルス２、ヒトヘルペスウイルス６、水痘帯状疱疹ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、パピローマウイルス、パルボウイルスＢ１９、ポリオーマウイルスＢＫ、ポリオーマウイルスＪＣ、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、ヒトＴ細胞白血病ウイルスＩ、及びヒトＴ細胞白血病ウイルスＩＩが挙げられる。例えば、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ、及びＥｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎによる感染症の結果として、寄生虫性持続感染が生じ得る。加えて、インフルエンザ、感冒、及び脳炎等の全身ウイルス性疾患は、例えば、鼻腔内、肺吸入、肺沈着、及び当該技術分野で周知の関連経路等の呼吸ベースの投与を用いることによって、治療することができる。ある特定の実施形態では、対象は、例えば血液区画浄化によって、がん性組織または前がん性組織を除去するための外科手術を受けたことがある。他の実施形態では、例えば、がん性組織が、生命に必須の組織に位置する、または外科的手技が患者に対して害をもたらす相当のリスクがある領域に位置する等、身体の手術不可能な領域に位置する場合があり、がん性組織は除去されていない。
免疫応答はまた感染患者において、エクスビボ手法を通して、例えば、免疫細胞を患者から取り出し、免疫細胞をインビトロで本明細書に記載される薬剤と接触させ、インビトロで刺激された免疫細胞を患者に再導入することによって、強化され得る。
６．薬学的組成物
別の態様では、本発明は、１つまたは複数の薬学的に許容される担体（添加剤）及び／または希釈剤と一緒に製剤化された、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、増加させるまたは減少させる）治療上有効量の薬剤を含む、薬学的に許容される組成物を提供する。下記に詳述されるように、本発明の薬学的組成物は、以下のために適合されたものを含めて、固体または液体形態での投与用に特別に製剤化されてもよい：（１）経口投与、例えば、飲薬（水性または非水性液剤または懸濁剤）、錠剤、巨丸剤、散剤、顆粒剤、パスタ剤、（２）非経口投与、例えば、滅菌溶液もしくは懸濁剤としての、例えば、皮下、筋肉内、もしくは静脈内注射によるもの、（３）局所適用、例えば、皮膚に適用されるクリーム、軟膏、もしくはスプレー剤としてのもの、（４）腟内もしくは直腸内、例えば、ペッサリー、クリーム、もしくは泡沫としてのもの、または（５）エアロゾル、例えば、化合物を含有する水性エアロゾル、リポソーム調製物、もしくは固体粒子としてのもの。
本明細書で使用される「治療上有効量」という語句は、合理的なベネフィット／リスク比で何らかの所望の治療効果を生み出すのに有効な、例えばがん治療に有効な、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤の量を意味する。
「薬学的に許容される」という語句は、本明細書において、賢明な医療判断の範囲内で、合理的なベネフィット／リスク比に見合って、過度の毒性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴わずにヒト及び動物の組織と接触して使用するのに好適な、薬剤、材料、組成物、及び／または剤形を指して用いられる。
本明細書で使用される「薬学的に許容される担体」という語句は、対象となる化学物質を１つの臓器または身体部分から別の臓器または身体部分に運搬または輸送することに関与する、液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、またはカプセル封入材料等の、薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であるとともに、対象にとって有害でないという意味で「許容される」必要がある。薬学的に許容される担体としての役目を果たすことができる材料のいくつかの例としては、（１）ラクトース、グルコース、及びスクロース等の糖、（２）トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン等のデンプン、（３）ナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、及び酢酸セルロース等のセルロース及びその誘導体、（４）トラガカント末、（５）麦芽、（６）ゼラチン、（７）タルク、（８）ココアバター及び坐剤ワックス等の賦形剤、（９）ピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及び大豆油等の油、（１０）プロピレングリコール等のグリコール、（１１）グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール等のポリオール、（１２）オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル等のエステル、（１３）寒天、（１４）水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム等の緩衝剤、（１５）アルギン酸、（１６）発熱物質不含水、（１７）等張食塩水、（１８）リンゲル液、（１９）エチルアルコール、（２０）リン酸緩衝液、ならびに（２１）薬学的製剤に採用される他の無毒の適合性物質が挙げられる。
「薬学的に許容される塩」という用語は、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤の比較的無毒の無機及び有機酸付加塩を指す。これらの塩は、呼吸脱共役剤（ｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ ｕｎｃｏｕｐｌｉｎｇ ａｇｅｎｔｓ）の最終単離及び精製中にインサイチュで、または遊離塩基形態にある精製された呼吸脱共役剤を好適な有機もしくは無機酸と別々に反応させ、そのようにして形成された塩を単離することによって、調製することができる。代表的な塩には、臭化水素酸塩、塩酸塩、硫酸塩、重硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、酢酸塩、吉草酸塩、オレイン酸塩、パルミチン酸塩、ステアリン酸塩、ラウリン酸塩、安息香酸塩、乳酸塩、リン酸塩、トシル酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、ナフチル酸塩（ｎａｐｔｈｙｌａｔｅ）、メシル酸塩、グルコヘプトン酸塩、ラクトビオン酸塩、及びラウリルスルホン酸塩（ｌａｕｒｙｌｓｕｌｐｈｏｎａｔｅ）等が含まれる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．（１９７７）“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ”，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．６６：１−１９を参照されたい）。
他の場合では、本発明の方法において有用な薬剤は、１つまたは複数の酸性官能基を含有してもよく、故に、薬学的に許容される塩基とともに薬学的に許容される塩を形成することが可能である。これらの事例における「薬学的に許容される塩」という用語は、バイオマーカーの発現を調節する（例、阻害する）薬剤の比較的無毒の無機及び有機塩基付加塩を指す。これらの塩も同様に、呼吸脱共役剤の最終単離及び精製中にインサイチュで、または遊離酸形態にある精製された呼吸脱共役剤を好適な塩基、例えば、薬学的に許容される金属陽イオンの水酸化物、炭酸塩、または重炭酸塩と、アンモニアと、または薬学的に許容される有機一級、二級、もしくは三級アミンと別々に反応させることによって、調製することができる。代表的なアルカリ塩またはアルカリ土類塩には、リチウム塩、ナトリウム塩、カリウム塩、カルシウム塩、マグネシウム塩、及びアルミニウム塩等が含まれる。塩基付加塩の形成に有用な代表的な有機アミンには、エチルアミン、ジエチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン等が含まれる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．（上記参照）を参照されたい）。
ラウリル硫酸ナトリウム及びステアリン酸マグネシウム等の湿潤剤、乳化剤、及び滑沢剤、ならびに着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤及び芳香剤、防腐剤及び酸化防止剤もまた組成物中に存在し得る。
薬学的に許容される酸化防止剤の例としては、（１）水溶性酸化防止剤、例えば、アスコルビン酸、システイン塩酸塩、重硫酸ナトリウム、二亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム等、（２）油溶性酸化防止剤、例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチルヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファ−トコフェロール等、及び（３）金属キレート剤、例えば、クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸等が挙げられる。
本発明の方法において有用な製剤には、経口、鼻腔、局所（頬側及び舌下を含む）、直腸、膣内、エアロゾル、及び／または非経口投与に好適なものが含まれる。製剤は、単位剤形で好都合に提示されてもよく、薬学分野で周知の任意の方法によって調製されてもよい。担体材料と組み合わせて単一の剤形を生み出すことができる活性成分の量は、治療されている宿主、特定の投与様式に応じて異なるであろう。担体材料と組み合わせて単一の剤形を生み出すことができる活性成分の量は概して、治療効果を生み出すような化合物の量であろう。概して、１００パーセントのうち、この量は、約１パーセント〜約９９パーセント、好ましくは約５パーセント〜約７０パーセント、最も好ましくは約１０パーセント〜約３０パーセントの活性成分の範囲であろう。
これらの製剤または組成物の調製方法は、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤を担体及び任意選択で１つまたは複数の副成分と会合させる工程を含む。一般に、製剤は、呼吸脱共役剤を液体担体、もしくは微細化した固体担体、または両方と均一かつ緊密に会合させ、次いで必要であれば、生成物を造形することによって調製される。
経口投与に好適な製剤は、カプセル剤、カシェ剤、丸剤、錠剤、ロゼンジ（香味付けされた基剤、通常はスクロース及びアカシアまたはトラガカントを用いた）、散剤、顆粒剤、または水性液体もしくは非水性液体中の液剤もしくは懸濁剤として、または水中油型もしくは油中水型液状乳剤として、またはエリキシルもしくはシロップとして、またはトローチとして（ゼラチン及びグリセリン、またはスクロース及びアカシア等の不活性基剤を用いた）、及び／または洗口剤として等の形態であってもよく、各々が活性成分として既定の量の呼吸脱共役剤を含有する。化合物はまた、巨丸剤、舐剤、またはパスタ剤として投与されてもよい。
経口投与（カプセル剤、錠剤、丸剤、糖衣錠、散剤、顆粒等）用の固体剤形において、活性成分は、クエン酸ナトリウムまたはリン酸二カルシウム等の１つまたは複数の薬学的に許容される担体、及び／または以下のうちのいずれかと混合される：（１）充填剤または増量剤、例えばデンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、及び／またはケイ酸、（２）結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース及び／またはアカシア等、（３）保湿剤、例えば、グリセロール、（４）崩壊剤、例えば、寒天−寒天、カルシウム炭酸塩、ジャガイモまたはタピオカデンプン、アルギン酸、ある特定のシリケート、及び炭酸ナトリウム、（５）溶解遅延剤（ｓｏｌｕｔｉｏｎ ｒｅｔａｒｄｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、例えば、パラフィン、（６）吸収促進剤、例えば、四級アンモニウム化合物、（７）湿潤剤、例えば、アセチルアルコール及びグリセロールモノステアレート等、（８）吸収剤、例えば、カオリン及びベントナイトクレイ、（９）滑沢剤、例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、及びそれらの混合物、ならびに（１０）着色剤。カプセル剤、錠剤、及び丸剤の場合、本薬学的組成物はまた、緩衝剤を含んでもよい。同様の種類の固体組成物がまた、ラクトースすなわち乳糖のような賦形剤、ならびに高分子量ポリエチレングリコール等を用いた軟質充填及び硬質充填ゼラチンカプセルにおける充填剤として採用されてもよい。
錠剤は、圧縮または成形によって、任意選択で１つまたは複数の副成分とともに作製され得る。圧縮錠剤は、結合剤（例えば、ゼラチンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース）、滑沢剤、不活性希釈剤、防腐剤、崩壊剤（例えば、グリコール酸ナトリウムデンプンまたは架橋ナトリウムカルボキシメチルセルロース）、界面活性剤、または分散剤を用いて調製され得る。成形錠剤は、好適な機械において、不活性液体希釈剤で湿らせた粉末化ペプチドもしくはペプチド模倣体の混合物を成形することによって作製され得る。
錠剤、ならびに糖衣錠、カプセル剤、丸剤、及び顆粒剤等の他の固体剤形は、任意選択で刻み目が付けられ（ｓｃｏｒｅｄ）てもよいし、または腸溶性コーティング及び医薬製剤学分野で周知の他のコーティング等のコーティング及び外殻により調製されてもよい。それらはまた、例えば、所望の放出プロファイルを提供するような様々な比率のヒドロキシプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリックス、リポソーム、及び／またはミクロスフェアを用いて、その中の活性成分の緩徐放出または制御放出を提供するように製剤化されてもよい。それらは、例えば、細菌保持フィルタに通した濾過によって、または、使用直前に滅菌水もしくは何らかの他の滅菌注射用媒体中に溶解することができる滅菌された固体組成物の形態で滅菌剤を組み込むことによって、滅菌され得る。これらの組成物はまた、任意選択で乳白剤を含有してもよく、それらが活性成分（複数可）を消化管のある特定の部分でのみ、またはその部分で優先的に、任意選択で遅延した様態で放出する組成物に属してもよい。用いられ得る埋め込み用組成物の例としては、ポリマー物質及びワックスが挙げられる。活性成分はまた、適切であれば、上述の賦形剤のうちの１つまたは複数とともにした、マイクロカプセル化形態にあることができる。
経口投与用の液体剤形には、薬学的に許容される乳剤、微粒子乳剤、液剤、懸濁剤、シロップ、及びエリキシルが含まれる。活性成分に加えて、液体剤形は、例えば、水または他の溶媒等の当該技術分野で一般的に用いられる不活性希釈剤、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、油（特に、綿実油、ピーナッツ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、及びゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、及びソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物等の可溶化剤及び乳化剤を含有してもよい。
不活性希釈剤の他に、経口組成物はまた、湿潤剤、乳化剤及び懸濁化剤、甘味剤、香味剤、着色剤、芳香剤、及び防腐剤等のアジュバントを含むことができる。
懸濁剤は、活性剤に加えて、例えば、エトキシル化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール及びソルビタンエステル、微晶質セルロース、アルミニウムメタヒドロキシド（ａｌｕｍｉｎｕｍ ｍｅｔａｈｙｄｒｏｘｉｄｅ）、寒天−寒天及びトラガカント、ならびにそれらの混合物として、懸濁化剤を含有してもよい。
直腸または膣内投与用の製剤は、坐剤として提示されてもよく、坐剤は１つまたは複数の呼吸脱共役剤を、例えば、ココアバター、ポリエチレングリコール、坐剤ワックス、またはサリシレートを含む１つまたは複数の好適な非刺激性の賦形剤または担体と混合することによって調製され得、これは室温で固体であるが、体温では液体であるため、直腸または膣腔で融解して活性剤を放出する。
膣内投与に好適な製剤にはまた、当該技術分野で適切であることが知られている担体を含有するペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、パスタ剤、泡沫、またはスプレー製剤も含まれる。
バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤の局所または経皮投与用の剤形には、散剤、スプレー剤、軟膏、パスタ剤、クリーム、ローション、ゲル、液剤、貼付剤、及び吸入剤が含まれる。活性構成成分は、滅菌条件下で、薬学的に許容される担体、及び必要とされ得る任意の防腐剤、緩衝液、または噴射剤と混合され得る。
軟膏、パスタ剤、クリーム、及びゲルは、呼吸脱共役剤に加えて、動物性及び植物性脂肪、油、ワックス、パラフィン、デンプン、トラガカント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、タルク、及び酸化亜鉛、またはそれらの混合物等の賦形剤を含有してもよい。
散剤及びスプレーは、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤に加えて、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウム、及びポリアミド粉末、またはこれらの物質の混合物等の賦形剤を含有することができる。スプレー剤は、クロロフルオロハイドロカーボン（ｃｈｌｏｒｏｆｌｕｏｒｏｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎｓ）ならびにブタン及びプロパン等の揮発性非置換炭化水素等の通例の噴射剤を追加として含有することができる。
バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤は代替として、エアロゾルによって投与することができる。これは、化合物を含有する水性エアロゾル、リポソーム調製物、または固体粒子を調製することによって遂行される。非水性（例、フルオロカーボン噴射剤）懸濁剤を用いることも可能である。化合物の分解をもたらし得るせん断への薬剤の曝露を最小限に抑えることから、音波噴霧器が好ましい。
通常は、水性エアロゾルが、薬剤の水溶液または水性懸濁剤を従来の薬学的に許容される担体及び安定剤と一緒に製剤化することによって作製される。担体及び安定剤は、特定の化合物の必要条件により異なるが、典型的には、非イオン性界面活性剤（Ｔｗｅｅｎｓ、Ｐｌｕｒｏｎｉｃｓ、またはポリエチレングリコール）、血清アルブミンのような無害のタンパク質、ソルビタンエステル、オレイン酸、レシチン、グリシン等のアミノ酸、緩衝液、塩、糖、または糖アルコールを含む。エアロゾルは全般的に、等張液から調製される。
経皮吸収型貼付剤は、呼吸脱共役剤の身体への制御性送達を提供するという追加的利点を有する。かかる剤形は、薬剤を適正な媒体中に溶解させるかまたは分散させることによって作製することができる。皮膚を通したペプチド模倣体の流入（ｆｌｕｘ）を増加させるために吸収向上剤もまた用いることができる。かかる流入の速度は、速度制御膜を設けることによって、またはペプチド模倣体をポリマーマトリックスもしくはゲル中に分散させることによって制御することができる。
眼科用製剤、眼軟膏、散剤、液剤等もまた、本発明の範囲内にあることが企図される。
非経口投与に好適な本発明の薬学的組成物は、酸化防止剤、緩衝液、静菌剤、製剤を意図されるレシピエントの血液と等張性にする溶質、または懸濁化もしくは増粘剤を含有し得る、１つまたは複数の薬学的に許容される等張性の水性もしくは非水性滅菌液剤、分散剤、懸濁剤、もしくは乳剤、または使用直前に滅菌注射液もしくは滅菌注射用分散液中に再構成され得る滅菌散剤と組み合わせた、１つまたは複数の呼吸脱共役剤を含む。
本発明の薬学的組成物において採用され得る好適な水性及び非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール等）、及びそれらの好適な混合物、オリーブ油等の植物油、ならびにオレイン酸エチル等の注射用有機エステルが挙げられる。適正な流動性は、例えば、レシチン等のコーティング材料の使用によって、分散剤の場合には要求される粒径の維持によって、及び界面活性剤の使用によって、維持することができる。
これらの組成物はまた、防腐剤、湿潤剤、乳化剤、および分散化剤等のアジュバントを含有してもよい。微生物の作用の阻止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸等の組み込みによって徹底されてもよい。また、糖、塩化ナトリウム等といった等張剤を組成物中に含めることも望ましい場合がある。加えて、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン等の吸収を遅延させる薬剤の組み込みによって、注射用剤型の長期的吸収がもたらされ得る。
場合によっては、薬物の効果を長期化するために、皮下注射または筋肉内注射からの薬物の吸収を緩徐化することが望ましい。これは、水溶解度の低い結晶質材料または非晶質材料の液体懸濁液の使用によって遂行され得る。すると、薬物の吸収速度はその溶解速度に左右され、溶解速度が今度は結晶サイズ及び結晶形態に左右され得る。代替として、非経口投与された薬物の吸収遅延は、薬物を油性ビヒクル中に溶解させるかまたは懸濁させることによって遂行される。
注射用デポー形態は、バイオマーカーの発現及び／または活性を調節する（例、阻害する）薬剤のマイクロカプセル化（ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｕｌｅ）マトリックスを、ポリラクチド−ポリグリコリド等の生分解性ポリマー中で形成させることによって作製される。薬物対ポリマーの比、及び採用される特定のポリマーの性質に応じて、薬物放出速度が制御され得る。他の生分解性ポリマーの例としては、ポリ（オルトエステル）及びポリ（無水物）が挙げられる。デポー注射用製剤はまた、薬物を、身体組織と適合性であるリポソームまたは微粒子乳剤に封入することによっても調製される。
本発明の呼吸脱共役剤が医薬品としてヒト及び動物に投与される場合、それらは、それ自体で、または薬学的に許容される担体と組み合わせて、例えば、０．１〜９９．５％（より好ましくは０．５〜９０％）の活性成分を含有する薬学的組成物として、与えられ得る。
本発明の薬学的組成物中の活性成分の実際の投薬量レベルは、対象にとって有毒であることなく、特定の対象、組成物、及び投与様式に対して所望の治療応答を達成するのに有効である活性成分の量を得るように、本発明の方法によって決定されてもよい。
本発明の核酸分子はベクターに挿入され、遺伝子療法のベクターとして用いられ得る。遺伝子療法のベクターは、対象に、例えば、静脈内注射、局所投与によって（米国特許第５，３２８，４７０号を参照されたい）、または定位的注入によって（例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４ ３０５７を参照されたい）送達され得る。遺伝子療法のベクターの薬学的調製物は、許容される希釈剤中に遺伝子療法のベクターを含めることができるか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれた緩徐放出マトリックスを含み得る。代替として、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞、例えばレトロウイルスベクターから無傷で生産され得る場合、本薬学的調製物は、遺伝子送達系をもたらす１つまたは複数の細胞を含むことができる。
本発明はまた、本明細書に記載されるバイオマーカーを検出する及び／または調節するためのキットも包含する。本発明のキットはまた、本明細書に提供されるような開示される本発明の方法における、開示される本発明のキットまたは抗体の使用を開示または説明する説明資料を含んでもよい。キットはまた、キットが設計される目的の特定の用途を容易にするための追加の構成要素を含んでもよい。例えば、キットは、標識を検出する手段（例、酵素標識のための酵素基質、蛍光標識、ヒツジ抗マウス−ＨＲＰ等といった適切な二次標識を検出するためのフィルタセット）及び対照（例、対照生体試料または標準）に必要な試薬を追加として含有してもよい。キットは、緩衝液及び開示される本発明の方法における使用に関して認識される他の試薬を追加として含んでもよい。非限定的な例としては、担体タンパク質または洗剤等の、非特異的結合を低減するための薬剤が挙げられる。
本発明の他の実施形態は、以下の実施例に記載される。本発明は、以下の実施例によってさらに例示説明され、これらの実施例はさらに限定するものとして解釈されるべきでない。
実施例１：実施例２〜１０についての材料及び方法
ａ．Ｔ細胞精製及び単離
ヒトＴ細胞濃縮カクテル（ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（商標）、ＳＴＥＭＣＥＬＬ）を用いて、Ｔ細胞をドナー及びＭＭ患者のＰＢから精製した。抗ＣＤ２５マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）及びＣＤ２５高集団に対するＦＡＣＳ選別によって、Ｔ細胞を通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ、ＣＤ４＋ＣＤ２５−）及びＴ制御性細胞（Ｔｒｅｇ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋）へとさらに分離した。ＣＤ４＋ＣＤ２５＋制御性Ｔ細胞のアネルギー性及び抑制性特徴を、ＣＤ３／ＣＤ２８マイクロビーズで刺激したＴｃｏｎ増殖に対するそれらの阻害によってさらに確認した。別途言及されない限り、Ｔｒｅｇは１０％ＦＢＳ及び５ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−２（Ｓｉｇｍａ）を含むＲＰＭＩ−１６４０中で培養した。
ｂ．細胞株及び初代細胞
全てのヒトＭＭ細胞株を、１０％ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを含むＲＰＭＩ−１６４０中で成長させた。インフォームドコンセントを提供した後、健常なドナー及びＭＭ患者の試料を得た。ヘルシンキ宣言に従って、全ての症例において書面によるインフォームドコンセントを得た。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いた密度勾配遠心分離を介して、単核細胞（ＭＣ）を末梢血（ＰＢ）及び骨髄（ＢＭ）から単離した。抗ＣＤ１４マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を用いてＣＤ１４＋細胞をＰＢＭＣから精製した。次いで細胞を、ＤＣ分化に関してはＧＭ−ＣＳＦ（２０ｎｇ／ｍＬ、Ｒ＆Ｄ）／ＩＬ−４（２０ｎｇ／ｍＬ、Ｒ＆Ｄ）で、またはＯＣ分化に関してはＭ−ＣＳＦ（２５ｎｇ／ｍＬ、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）／ＲＡＮＫＬ（５０ｎｇ／ｍＬ、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）で刺激した。
抗ＣＤ１３８マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を用いて初代ＣＤ１３８＋形質細胞をＢＭ穿刺液から精製した。残存するＣＤ１３８−細胞を、１０％ＦＢＳを含むＲＰＭＩ−１６４０中で培養して、ＢＭ間質細胞を生成させた。
ｃ．リアルタイム定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）
示される試料由来のＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ（登録商標）Ｍｉｎｉ ＫｉｔまたはＲＮｅａｓｙ（登録商標）Ｍｉｃｒｏ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を用いて抽出し、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＶＩＬＯ ｃＤＮＡ合成キット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に供して、第１の鎖ｃＤＮＡを生成させた。遺伝子発現を、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）及びＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７３００ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ ＳｙｓｔｅｍによるＴａｑＭａｎ遺伝子発現アッセイプライマーセットを用いて、リアルタイムｑＲＴ−ＰＣＲによって調査し、解析には７３００システムＳＤＳ ｖ１．４ソフトウェアを用いた。遺伝子発現を、ＧＡＰＤＨ及び１８Ｓを用いて正規化した。
ｄ．フローサイトメトリー分析及び細胞選別
ＢＤ ＦＡＣＳＣａｎｔｏ（商標）ＩＩ及びＢＤ ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ（商標）フローサイトメーターを用いて免疫蛍光分析を行った。データは、ＦｌｏｗＪｏ第８．６．６版（ＴｒｅｅＳｔａｒ Ｉｎｃ）及びＦＡＣＳＤｉｖａ第５．０版取得／解析ソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて解析した。抗ＣＤ３（ＡＰＣ／Ｃｙ７、ＳＫ７）、抗ＣＤ８（ＦＩＴＣ、ＳＫ１）、抗ＣＤ８（ＡＰＣ／Ｃｙ７、ＳＫ１）、抗ＦＯＸＰ３（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６４７、２５９Ｄ／Ｃ７）、抗ＣＤ１５ｓ（ＦＩＴＣ、ＣＳＬＥＸ１）、及び抗ＣＤ４（ＦＩＴＣ、ＲＰＡ−Ｔ４）をＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから得た。抗ＣＤ４（Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ４２１、ＲＰＡ−Ｔ４）、抗ＣＤ２５（ＰＥ、Ｍ−Ａ２５１）、抗ＴＡＣＩ（ＰＥ、１Ａ１）、抗ＴＡＣＩ（ＰＥ／Ｃｙ７、１Ａ１）、抗ＣＤ３８（ＰＥ／Ｃｙ７、１−１Ｂ−７）、抗ＩＬ−１０（ＦＩＴＣ、ＪＥＳ３−９Ｄ７）及び抗ＩＬ−１０（ＰＥ／Ｃｙ７、ＪＥＳ３−９Ｄ７）、ならびに抗ＴＧＦβ１（ＰＥ、ＴＷ４−６１−１１０）をＢｉｏＬｅｇｅｎｄ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）から得た。ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、生存細胞を特定した。
Ｂｒｅｇ分析に関しては、ＮＤＭＭのＢＭ試料由来のＢＭＭＣを、１０μｇ／ｍｌリポ多糖類（ＬＰＳ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ血清型０１１１：Ｂ４、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を含有するＲＰＭＩ １６４０培地中に１日、再懸濁させて（１×１０６細胞／ｍｌ）、ＴＡＣＩ発現が３つのＢ細胞サブセットの細胞膜上で変わったかどうかを評定した。
細胞内サイトカイン染色に関しては、タンパク質輸送阻害剤（ブレフェルジンＡ／ＢＦＡ及びモネンシン）を添加して５％ＣＯ２とともに３７℃で６時間置いた。次いで細胞を、Ｃｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍキット（ＢＤ）の説明書に従って、透過処理し、固定し、抗Ｆｏｘｐ３または抗ＩＬ−１０、抗ＴＧＦβ１について染色した。
ｅ．Ｔｃｏｎ抑制アッセイ
ＴｃｏｎをＣｅｌｌＴｒａｃｅ ＣＦＳＥまたはＶｉｏｌｅｔ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によって染色し、ＴｒｅｇをＣｅｌｌ Ｔｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によって染色した。Ｔｃｏｎ（５０，０００細胞／ウェル）を９６ウェルプレート中、単独でまたは自己Ｔｒｅｇとともに種々の比で、ＡＰＲＩＬ含有培地（４００ｎｇ／ｍｌ）またはアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂのクローンの存在下で培養した。次いでＴｃｏｎを、製造業者の推奨に従って、抗ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）で刺激した。示される細胞の増殖（ＣＦＳＥ希釈割合またはＣＴＶ希釈割合）をＦＡＣＳ分析によって測定した。
ｆ．エクスビボ共培養物中でのｉＴｒｅｇの生成
増殖を阻止するためにマイトマイシンＣ（Ｓｉｇｍａ）で前処理したＭＭ細胞を２回洗浄し、次いで９６ウェル培養プレート中、ＣＤ３ Ｔ細胞またはＴｃｏｎ（ＣＤ４＋ＣＤ２５−）と共培養した。１２個のＴ細胞またはＴｃｏｎ単独を対照として用いた。組換えヒトＡＰＲＩＬ（指定されない限り、２００ｎｇ／ｍｌ）及び／またはアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ（Ａ１、クローン０１Ａ（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６、Ｇｕａｄａｇｎｏｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１７：６８５６−６８６５）、Ａ２、クローンＡｐｒｉｌｙ−１−１、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を共培養物中に添加して４日間または７日間置いた。４日目に培養基を補充した。細胞を採集してＦＡＣＳ分析を行い、ｉＴｒｅｇの頻度及び表現型を決定した。
ｇ．増殖アッセイ
ＴｃｏｎまたはＴｒｅｇを、ＡＰＲＩＬ（４００ｎｇ／ｍｌ）を含めてまたは含めずに４日間または７日間培養し、続いて製造業者の推奨に従って、［３Ｈ］−チミジン取り込みアッセイ及びＣｅｌｌＴｉｔｅｒ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）アッセイを１８時間行った。
ｈ．ＣＦＳＥ希釈ベースの増殖アッセイ
ＴｃｏｎまたはＴｒｅｇをＣｅｌｌＴｒａｃｅ ＣＦＳＥまたはＶｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によって前染色し、次いでＡＰＲＩＬ及び／または抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂを含めてまたは含めずに、抗ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）の存在または不在下でプレートした。４日または７日後、細胞を採集し、ＦＡＣＳ分析によって分析した。
ｉ．統計分析
実験は３連で行い、３回以上繰り返した。別途示される場合を除いて、図については代表的な実験（平均＋標準偏差）が選択された。２つの群間の比較はスチューデントｔ検定により行った。多数の群（＞３）は一元配置分散分析によって分析し、ペアの群は二元配置分散分析またはスチューデントｔ検定によって分析した。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄソフトウェア（Ｐｒｉｓｍ第７．０３版、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）により行った。ｐ値＜０．０５を統計的に有意と見なした。
実施例２：制御性Ｔ及びＢ細胞の数及び／または阻害性免疫機能の調節
免疫応答を媒介する上での制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の役割は、Ｔｒｅｇ機能とＣＤ３８レベルとの間の関係等、様々な免疫学的関連において研究されてきた（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００）。しかしながら、免疫細胞集団によって選択的に発現される遺伝子及び経路を特定し、免疫細胞集団のサブセットの免疫細胞数及び／または免疫活性を選択的に調節するためにかかる遺伝子及び経路を修飾することは困難となっている。
本明細書において、ＡＰＲＩＬとその受容体のうちの１つであるＴＡＣＩとの間の相互作用が制御性（ｒｅｕｌｇａｔｏｒｙ）Ｔ細胞及びＢ細胞の数及び／または阻害性免疫を調節すること、ならびにＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ間相互作用の調節がいくつかの関連において免疫応答を調節し得ることが決定された（図１〜３４）。例えば、ＴＡＣＩは、ＣＤ４＋ＣＤ２５− Ｔ細胞等の通常型Ｔ細胞（Ｔｃｏｎ）と比較したとき、ＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３高Ｔｒｅｇ等のＴｒｅｇ上で顕著に発現される（図１３〜１４、及び３３〜３４）。ＢＣＭＡとして知られる他方のＡＰＲＩＬ受容体は、Ｔ細胞のいずれのサブセット上でも発現されない。ＡＰＲＩＬが、例えばＴ細胞によって媒介される炎症反応を抑制する、免疫阻害性タンパク質（サイトカイン）であるＩＬ１０の発現を（図１５〜１６、及び２０）、Ｔｒｅｇにおいては誘導するが、Ｔｃｏｎにおいては誘導しないことがさらに決定された。この結果は、ＩＬ−１０のような免疫阻害性サイトカインのＴｒｅｇ媒介性分泌を介した、Ｔｃｏｎに対するＡＰＲＩＬの抑制性の役割をさらに支持する。ＡＰＲＩＬは、Ｔｃｏｎと比較して、ＴＡＣＩ発現Ｔｒｅｇにおいて抗アポトーシス遺伝子ＢＣＬ２及びＢｃｌ−ｘＬ、細胞周期促進遺伝子ＣＣＮＤ１及びＣＣＮＤ２、ならびにＰＤ−Ｌ１遺伝子を有意に誘導する（図１５〜１６）。
ＡＰＲＩＬは、ＴＡＣＩを介してＮＦカッパＢ及びＥＲＫ１／２等の成長及び生存シグナル伝達を刺激する可能性があることから、Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて亢進したＴＡＣＩレベルと相関するように、ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇの成長及び生存を有意に増加させることが決定された（図２３、２５、及び３２）。Ｔｒｅｇの増殖の増加は、ＣＦＳＥ希釈割合の増加によってさらに明確化された一方で、抗ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズにより示される効果はごくわずかである（図２５）。ＴｒｅｇはＭＭ患者において増加し、これは疾患進行に関連すると考えられる。エクスビボ培養物中で、ＡＰＲＩＬがＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞において、Ｔ細胞またはＴｃｏｎと共培養したときの複数の多発性骨髄腫細胞株によるＴｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ）の誘導を強化することが決定された（図１７〜１９、２２、及び２６）。中和抗ＡＰＲＩＬモノクローナル抗体は、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞においてＡＰＲＩＬにより強化されるｉＴｒｅｇを遮断し、このことはｉＴｒｅｇの生成におけるＡＰＲＩＬの必要不可欠な役割を支持する。加えて、ＡＰＲＩＬはそれ自体では、ＴｃｏｎをｉＴｒｅｇへと変換できず、このことは自己ＴｃｏｎにおけるＴＡＣＩ発現の不在による直接的影響の欠如を裏付ける。
その上、ＡＰＲＩＬが抗ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズによって刺激されるＴｃｏｎの増殖をさらに遮断したことが実証され、これは用いられたエクスビボ共培養物中等でＴｒｅｇのＴｃｏｎに対する抑制効果をさらに阻害すると考えられる（図２０、２７、及び３２）。さらに、ＡＰＲＩＬは、ＩＬ−１０をさらに産生するＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂｒｅｇを上方制御し、これは遮断性ＡＰＲＩＬモノクローナル抗体によって遮断され得る。故に、ＡＰＲＩＬは、エクスビボ共培養物中で骨髄腫細胞により促進されるＢｒｅｇの数及び免疫阻害機能を刺激し得る（図２４）。
ＡＰＲＩＬは、可能性のある成長及び生存遺伝子の上方制御を介して、Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいてＴＡＣＩを優先的に活性化し、それによってＴｃｏｎよりもＴｒｅｇの生存率をより強力に増加させて、強化された阻害性免疫機能をもたらすと考えられる。故に、ＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用の調節により、Ｔｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が調節されると考えられる。例えば、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ等の、ＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用を阻害するかまたは遮断する薬剤は、ＴｒｅｇのＴｃｏｎに対する抑制機能を復帰させ、多発性骨髄腫において等の骨髄微小環境における免疫抑制にさらに打ち勝つことができると考えられる。
さらに、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高細胞等の制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．７：ｅ５４７）は、ＴＡＣＩを発現するが、ＢＣＭＡは発現しないと考えられ、ここでＡＰＲＩＬは、Ｔｒｅｇに関して上述した場合と同様に、Ｂｒｅｇをさらに保護するためにそのシグナル伝達カスケードを活性化する可能性がある。故に、ＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用の調節により、上述のＴｒｅｇの場合と同様に、Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性もまた調節され得ると考えられる。
Ｔｒｅｇ／Ｂｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を調節するためのＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用の調節は、Ｔｒｅｇ及びＢｒｅｇが、自己免疫、がん、及び感染症等の多くの疾患に関与し、所望の免疫調節に応じて免疫応答を上方制御するかまたは下方制御するよういずれにも調節され得ることから、本明細書にさらに記載されるようないくつかの用途を有すると考えられる。
例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ）等のがんは、免疫応答の上方制御が有益であり得る。Ｂｒｅｇは、活動性のＭＭ病期に有意に関連するが、治療に応答した患者由来のＭＭ試料には関連しない。ＡＰＲＩＬは主として、骨髄微小環境において骨髄腫ではない腫瘍細胞によって産生され、その受容体のうちの１つであるＢＣＭＡは、ＭＭ細胞上で、高レベルで広く発現されるため、ＡＰＲＩＬを標的とすることにより、ＭＭ細胞の成長及び生存の両方が阻害されると考えられる。加えて、それらがＴＡＣＩを発現するが、ＢＣＭＡは発現しないこと、及びＴｃｏｎのＴＡＣＩが同じ個体由来のＴｒｅｇと比較したときに未検出であるという事実に起因して、ＡＰＲＩＬは、自己Ｔｃｏｎへの影響が最小限でありながら、Ｔｒｅｇの成長及び生存を顕著に強力な様態で誘導する可能性がある。さらに、ＩＬ−１０を分泌するＢｒｅｇは、ＡＰＲＩＬによって、ＢＣＭＡではなくＴＡＣＩを介して活性化され得ると考えられる。
ＭＭ患者の大多数は免疫不全の状態にあるため、例えば遮断性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂまたは融合タンパク質を用いて、ＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用を阻害することにより、亢進したレベルのＴＡＣＩを発現するＴｒｅｇを選択的に標的化することによって、抑制性の免疫微小環境が軽減されると考えられる。ＭＭ患者は、相当量のＡＰＲＩＬを分泌する破骨細胞の機能亢進によって誘導される重度の骨病変を有するため、ＡＰＲＩＬ及び／またはＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ間相互作用の標的化はまた、破骨細胞により阻害される、Ｔ細胞によるＭＭ細胞の殺傷をさらに遮断するとも考えられる。これは、抗ＭＭ免疫を取り戻すために、骨髄微小環境における全体的な免疫抑制状態に打ち勝つと考えられる。
下記に記載される実施例３〜１０は、これらの知見をさらに裏付ける。
実施例３：制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は、ペアの通常型Ｔ（Ｔｃｏｎ）よりも有意により高いＴＡＣＩを発現する
ＢＣＭＡ発現を欠いているＴ細胞に対するＡＰＲＩＬの可能性のある免疫制御を明確化するために、平均蛍光強度（ＭＦＩ）としてのＴＡＣＩタンパク質レベルを、ＭＭ患者から採取したＴ細胞サブセットの細胞膜上で、フローサイトメトリー分析を用いて評定した。ＭＭ患者（ｎ＝４７）の末梢血（ＰＢ）または骨髄（ＢＭ）穿刺液から新たに単離したＴ細胞のうち、ＣＤ４＋（及びＣＤ８＋）ＣＤ２５高Ｔ細胞は、ＣＤ４＋（及びＣＤ８＋）ＣＤ２５低Ｔ細胞よりもＴＡＣＩ発現が＞３〜５倍高い（図３３）。また、ＣＤ４＋（及びＣＤ８＋）ＣＤ２５−通常型Ｔ（Ｔｃｏｎ）よりもＣＤ４＋（及びＣＤ８＋）ＣＤ２５低Ｔ細胞上で有意により高いＴＡＣＩレベルが観察された。ＴＡＣＩはＴｃｏｎ上では、ＴＡＣＩ及びアイソタイプ対照についてのＭＦＩがほぼ重ね合わせられることから、ほとんど検出されない。Ｔｃｏｎ（ＣＤ４＋ＣＤ２５−）とは対照的に、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋）は、最も高いＴＡＣＩレベルを発現する（図３４）。機能的に抑制性であり（Ｃｏｒｒｅａｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｎｎｕ．Ｎｅｕｒｏｌ．６７：６２５−６３８）、ＭＭ患者において増加する（Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ ｏｎｅ ７：ｅ３５９８１）ＣＤ８ ＴｒｅｇであるＣＤ８＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞もまた、ＣＤ８＋ＣＤ２５− Ｔｃｏｎよりも高いレベルのＴＡＣＩを発現する（図３４）。次に、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ Ｔｒｅｇ内で抑制性サイトカインＩＬ−１０をＴＡＣＩ及びＦｏｘｐ３と同時に測定した。最も高いＴＡＣＩ発現するＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３高サブセットにおいて、最も高いＩＬ−１０レベルが見出された（図３４Ｃ）。さらに、ＴＡＣＩレベルは、ＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３＋ Ｔ細胞サブセット上で、ＣＤ４＋ Ｔ細胞内でのそれらの頻度が低い（＜２％）にもかかわらず（図３４Ｂ、左下パネル）最も高い。約９５％のＣＤ４ Ｔ細胞を占有し、ＴＡＣＩ発現を欠いているＩＬ−１０−Ｆｏｘｐ３−細胞とは対照的に、＜２〜４％のＣＤ４＋Ｔ細胞を占めるＩＬ−１０−Ｆｏｘｐ３＋及びＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３＋サブセットは、６〜８倍高いＴＡＣＩ発現を有する（図３４Ｂ、右下パネル）。
ＴＡＣＩタンパク質レベルは、同じＭＭ患者（ｎ＝９、ｐ＜０．０２）由来のＰＢ区画及びＢＭ区画の両方において、自己Ｔｃｏｎと比較したときＴｒｅｇ上で有意に亢進する（図１４）。ペアのＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて、ＴＡＣＩ ＭＦＩの４〜４０倍及び３〜１５倍超の増加が見られた。有意な点として、ＴＡＣＩ転写物は、正常ドナー（ｎ＝２、ｐ＜０．０１、図１３）及びＭＭ患者（ｎ＝９、図１３Ａ及び１３Ｂ、ｐ＜０．０００１）由来のマッチさせたＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいてより高い。具体的には、それぞれ正常ドナー及びＭＭ患者由来のＴｒｅｇにおいて、Ｔｃｏｎよりも４倍〜１２倍超及び＞１７倍〜５２倍高いレベルのＴＡＣＩ転写物が検出された。ペアのＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて、亢進したレベルのＦｏｘｐ３（＞７〜１６倍）及びＣＴＬＡ−４（＞３〜９倍）が確認された。ＴＡＣＩレベルは、ＣＴＬＡ−４と有意に相関する（ｒ＝０．９７１５、ｐ＜０．０００１）。ＴＧＦβ（ｐ＜０．０００１、図１３）及びＩＬ−１０（ｐ＜０．０００３、図３４）を含む追加的な負の免疫制御因子は、ＭＭ患者のペアのＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて有意に増加する（図１３Ａ及び１３Ｂ）。Ｔｒｅｇにおいて、Ｔｃｏｎよりもそれぞれ３〜３４倍及び２〜３２倍超高いＴＧＦβ及びＩＬ−１０が見出された。故に、ＴＡＣＩのｍＲＮＡ及びタンパク質及び転写物は、同じ個体由来のＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて有意に増加したレベルで発現される。
実施例４：ＡＰＲＩＬは、重要な成長及び生存遺伝子のＴＡＣＩ媒介性誘導に依存して、Ｔｒｅｇの生存率を有意に支持し、そのアポトーシスを遮断する
ＴＡＣＩ発現がＴｒｅｇ上で機能的であるかどうかを決定するために、ＡＰＲＩＬを、新たに精製したＴｒｅｇ対自己Ｔｃｏｎに添加し、続いて発光ベースの細胞生存率及び［３Ｈ］チミジン取り込みアッセイを行った。Ｔｒｅｇ及びＴｃｏｎを、ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズを含めずに低ＩＬ−２（５ｎｇ／ｍｌ）を含有する培地中で培養して、ＡＰＲＩＬがＴＡＣＩへの結合に次いでＴｒｅｇに影響を及ぼすかどうかを決定した。ＡＰＲＩＬは、時間依存的様態で、同じ個体（図２３におけるＭＭ患者及び正常ドナー）由来のＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇの生存率を促進した。さらに、ＡＰＲＩＬは、ＭＭ患者由来のＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて、カスパーゼ３／７及びカスパーゼ８活性を有意に阻害し、ＡＰＲＩＬがＴｒｅｇにおいてアポトーシスを遮断することが示された（図２３）。それとは逆に、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬモノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、ＡＰＲＩＬにより誘導されるＴｒｅｇの成長／増殖及び生存を抑止した。抗ＴＡＣＩ遮断ｍＡｂは、Ｔｒｅｇ上でのみＡＰＲＩＬにより誘導される効果を有意に中和したが、Ｔｃｏｎにおいては中和しなかった（図２３Ａ）。
次に、定量ｑＲＴ−ＰＣＲを用いて、重要な成長及び生存遺伝子を、同じ個体（ｎ＞３）から精製したＴｃｏｎと比較してＴｒｅｇにおいてアッセイし、これを低用量ＩＬ−２培養基中でＡＰＲＩＬを含めてまたは含めずに培養した。６時間のインキュベーションに次いで、ＡＰＲＩＬは、Ｔｒｅｇにおいて細胞周期進行遺伝子ＣＣＮＤ１及びＣＣＮＤ２、ならびに抗アポトーシス遺伝子ＢＣＬ２及びＢＣＬ２Ｌ１／ＢＣＬｘＬの発現を有意に誘導したが、Ｔｃｏｎにおいては誘導しなかった（図１５）。ＡＰＲＩＬを１日おきに追加することで、Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいてこれらの標的遺伝子の上方制御がさらに持続した（データは図示せず）。中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、これらの標的遺伝子のＡＰＲＩＬ誘導性発現を完全に遮断したことから（図１５）、ＡＰＲＩＬ刺激に応答した、自己Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて特異的なＴＡＣＩの依存性が確認された。さらに、これらの結果により、新たに単離されたＴｃｏｎ（ＣＤ４＋ＣＤ２５−）がＴＡＣＩをほとんど発現しないことが確認された（図３４）。
実施例５：ＴＡＣＩを介したＡＰＲＩＬのシグナル伝達は、Ｔｒｅｇにおいて免疫抑制遺伝子を有意に誘導し、それによって自己Ｔｃｏｎに対するＴｒｅｇの阻害効果を強化する
ＡＰＲＩＬがＴｒｅｇの免疫制御機能を調節するかどうかを決定するために、Ｔｒｅｇにおける重要な抑制分子の、ＡＰＲＩＬ刺激に次ぐ発現の変化を検査した。Ｔｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて、それぞれＦｏｘｐ３、ＩＬ−１０、及びＴＧＦβの１１倍、４倍、及び５倍超高いｍＲＮＡ発現が見られた（図１６Ｂ）。重要な点として、ＡＰＲＩＬは、Ｔｒｅｇにおいて６時間時点でＦｏｘｐ３及びＩＬ−１０の遺伝子発現を強化したが、一方で、ＡＰＲＩＬは、１日目から３日目までＰＤ−Ｌ１及びＴＧＦβ１の遺伝子発現を上方制御した（図１６）。それとは対照的に、ＡＰＲＩＬは、ペアのＴｃｏｎにおいて、これらの免疫阻害性サイトカイン及びチェックポイント遺伝子の発現を誘導しなかった。アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂの存在下で、ＡＰＲＩＬにより誘発されるＦｏｘｐ３、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ１、及びＰＤ−Ｌ１の発現増加は、６時間時点で完全に遮断され、処理の１日後まで持続した（図１６）。故に、ＡＰＲＩＬは、必要不可欠な免疫抑制性サイトカイン及びチェックポイント遺伝子をＴｒｅｇにおいて選択的に増強するが、Ｔｃｏｎにおいては増強しない。これらのデータは、ＴＡＣＩ発現がＡＰＲＩＬにより誘導されるＴｒｅｇの免疫抑制作用を特異的に媒介することをさらに示す。
実施例６：ＡＰＲＩＬは、ＴＡＣＩを介してＴｃｏｎ増殖のＴｒｅｇ媒介性阻害を強化する
次に、Ｔｃｏｎ増殖のＴｒｅｇ媒介性阻害に対するＡＰＲＩＬの効果を検査した。ＡＰＲＩＬをＣＦＳＥで前標識した精製Ｔｃｏｎの共培養物に添加し、自己Ｔｒｅｇ対Ｔｃｏｎの種々の比にて、ＣＤ３／ＣＤ２８マイクロビーズで刺激した。フローサイトメトリー分析を用いて、増殖性Ｔｃｏｎの割合を表すＣＦＳＥ希釈Ｔｃｏｎのパーセントを決定した。ＴｒｅｇのＴｃｏｎへの添加（１：１）は、Ｔｃｏｎの増殖を完全に遮断した（図２７）。Ｔｒｅｇ対Ｔｃｏｎの比がより低い場合、ＴｒｅｇによるＴｃｏｎ増殖の阻害は比例的に低減された。Ｔｒｅｇ対Ｔｃｏｎの最も低い比では（１：１６）、Ｔｒｅｇは増殖性Ｔｃｏｎを阻害しなかった（図２７）。重要な点として、ＡＰＲＩＬは 用量及び時間依存的様態でＴｃｏｎ成長のＴｒｅｇによる阻害を強めた（図２７）。それとは逆に、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬにより強化される、Ｔｃｏｎ増殖のＴｒｅｇによる抑制に打ち勝った（図２７）。これらの結果により、Ｔｒｅｇに対するＡＰＲＩＬの作用（ＴＡＣＩを介した相互作用）がペアのＴｃｏｎのＴｒｅｇによる抑制をさらに強化することがさらに確認される。
実施例７：ＭＭ細胞によって誘導される機能的Ｔｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ）の生成は、ｉＴｒｅｇ増殖の増加に依存してＡＰＲＩＬによってさらに増強される
次に、エクスビボ共培養物中で、疾患進行中に増加するＴｒｅｇと類似した、ＣＤ３ Ｔ細胞からのＭＭ誘導性ｉＴｒｅｇの生成に対するＡＰＲＩＬの効果を検査した。３日間の共培養に次いで、それらの増殖を停止させるためにマイトマイシンＣで前処理したＭＭ細胞（すなわち、Ｕ２６６、ＲＰＭＩ８２２６、ＪＪＮ３）は、ＣＤ４＋ Ｔサブセット内でｉＴｒｅｇ（ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋）パーセントを＞１０〜２５倍まで有意に誘導した（図１７）。ｉＴｒｅｇのパーセンテージは７日目時点で上昇し続けた（図１７）。ＣＤ８ ｉＴｒｅｇ（ＣＤ８＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋）の割合もまた、＞１−ｌｏｇまで有意に増加した（図１７及び１９）。ＡＰＲＩＬは、ＭＭ細胞とＴ細胞とのエクスビボ共培養物中で、３日目時点でＣＤ４＋ Ｔ細胞内及びＣＤ８ Ｔ細胞内の両方でｉＴｒｅｇの生成をさらに増強し、７日目まで続いた（図１７）。ＡＰＲＩＬは、ＣＤ４ Ｔ細胞において、対照培地と比較してｉＴｒｅｇの＞１．５〜４倍の増加を誘発した。それとは逆に、抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬにより強化される、ＭＭ細胞によって誘導されるｉＴｒｅｇを特異的に遮断した。
ＡＰＲＩＬにより強化されるＭＭ誘導性ｉＴｒｅｇの機構をさらに明確化するために、Ｔｃｏｎ細胞（ＣＤ４＋ＣＤ２５−）をＣｅｌｌＴｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）で前標識してから、ＡＰＲＩＬを含めてまたは含めずに、Ｕ２６６ ＭＭ細胞と共培養した。ＣＴＶ−Ｔ細胞パーセントの定量により、ＭＭ細胞が増殖性ｉＴｒｅｇ細胞の割合を有意に刺激することが実証された（図１７）。ＭＭ細胞は、増殖性ｉＴｒｅｇ細胞の割合を有意に刺激した。ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋ＣＤ２５＋パーセントは、７日間の共培養に次いで０％から７．２４±０．２７％に増加した（ｎ＝３、ｐ＜０．０００１）（図１７）。代表的なドットプロット（図１７）は、増殖性ｉＴｒｅｇ及び休止ｉＴｒｅｇ（ＣＴＶ＋Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋ＣＤ２５＋）のパーセンテージにおける、それぞれ０％から６．７１％、及び０．３３％から５．３８％の増加を示した。重要な点として、ＡＰＲＩＬは、増殖性ｉＴｒｅｇパーセントを６．７１％から１３．４％までさらに上方制御した（図１７）。３回の反復実験により、ＡＰＲＩＬが増殖性ｉＴｒｅｇを７．２４±０．２７％から１１．２８±１．１％までさらに増加させた（ｎ＝３、ｐ＜０．０２）ことが示される（図１７）。ＡＰＲＩＬ処理に次ぐ休止ｉＴｒｅｇ割合の若干の増加は、無処理の群と比較したとき統計的有意性に達しなかった（図１７）。それとは対照的に、増殖性Ｔｃｏｎ（ＣＴＶ−Ｆｏｘｐ３−ＣＤ４＋）の割合は、無変化のままであったか、または若干減少した（図１７）。さらに、ＴＡＣＩ ＭＦＩは、ｉＴｒｅｇ上で最も高いままであり、ＡＰＲＩＬは、エクスビボ共培養物中で、ｉＴｒｅｇ上でＴＡＣＩをさらには増加させなかった（データは図示せず）。それとは逆に、抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬにより強化される、ＭＭ細胞によって誘導されるｉＴｒｅｇを特異的に遮断した（図１７）。
実施例８：ＩＬ−１０及びＴＧＦβの上方制御はＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇにおいてＡＰＲＩＬにより誘発される免疫抑制の必要不可欠なメディエーターであり、ＡＰＲＩＬはＩＬ−１０依存性及び非依存性機構でＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇにおいて免疫抑制効果を誘発する
ＡＰＲＩＬがｉＴｒｅｇ機能を強化することを確認するために、ｉＴｒｅｇをエクスビボ共培養物から精製し、Ｔｃｏｎの増殖に対するその阻害を評定した。ｉＴｒｅｇ対Ｔｃｏｎの高い比で、ｉＴｒｅｇは、以前の報告と一致するように（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｆｒａｓｓａｎｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．９５：６５−７４）、自己Ｔｃｏｎの成長を有意に遮断した（データは図示せず）。より低いｉＴｒｅｇ対Ｔｃｏｎ比（１：１６）での培養物はＴｃｏｎの成長を変えなかったが、ＡＰＲＩＬを添加すると、Ｔｃｏｎ増殖に対するｉＴｒｅｇ依存性遮断がもたらされた（ｐ＜０．００５、図１７）。それとは逆に、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬにより強化される、ｉＴｒｅｇのＴｃｏｎに対する抑制効果に打ち勝った。
次に、Ｔｃｏｎの抑制をさらに強化する可能性がある、Ｔｒｅｇにおける免疫阻害性サイトカインの発現に対するＡＰＲＩＬの効果を検査した。ＣＤ４ Ｔ細胞内のＩＬ１０＋及びＴＧＦβ＋ ｉＴｒｅｇのパーセンテージは、ＭＭ細胞の不在下での対照Ｔ細胞と比較したとき、有意に増加したことがさらに示された（ｐ＜０．０００１、図２０Ｂ）。重要な点として、ＡＰＲＩＬは、ＩＬ１０＋ ＴＧＦβ＋ ｉＴｒｅｇパーセントをさらに増強した（ｐ＜０．０５、図２０）。活性化された、最も抑制性のエフェクターＴｒｅｇの高度に特異的な別のマーカーである、ＣＤ１５ｓ（シアリルルイスＸ）（Ｍｉｙａｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１１２：７２２５−７２３０）もまたｉＴｒｅｇにおいて有意に増加した。ＩＬ１０＋及びＣＤ１５ｓ＋ ＣＤ８＋ ｉＴｒｅｇの割合もＡＰＲＩＬによって同様に増加した（図２０Ｂ）。ＴＧＦβ分泌は、エクスビボ共培養物中でＡＰＲＩＬによって有意に増加した（図２０Ｂ）。これらのデータは、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、及びＣＤ１５ｓがＡＰＲＩＬにより強化される、ＭＭ細胞誘導性ｉＴｒｅｇの免疫抑制能を制御することを強く示す。
実施例９：抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂはＯＣ誘導性ｉＴｒｅｇを遮断し、ＴｒｅｇはＴｃｏｎに対する破骨細胞（ＯＣ）誘導性の免疫抑制に寄与する
ＴｃｏｎのｉＴｒｅｇによる抑制に対するＯＣの効果を検査した。ＯＣがＴｃｏｎを遮断するようｉＴｒｅｇを誘導するかどうかを検査した。ＯＣによって産生される、ＡＰＲＩＬ及びＰＤ−Ｌ１（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６、Ａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１５９０−１６０３）が、Ｔｃｏｎに対するＯＣによる抑制を制御するかどうかをさらに確認した。ＯＣは、７日間の共培養後にＴ細胞からのＣＤ４＋及びＣＤ８＋ ｉＴｒｅｇの生成を有意に誘導した（図２１Ｂ）。アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＯＣ誘導性ｉＴｒｅｇを部分的に低減した。ＯＣ培養上清は、ＭＭ細胞誘導性ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ ｉＴｒｅｇ細胞をさらに上方制御し、これは抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂの存在下で特異的かつ有意に遮断された（図２１）。ＭＭ誘導性ｉＴｒｅｇのパーセンテージは、Ｔ細胞をＭＭ細胞及びＯＣと共培養したときにさらに増加した（図２１）。故に、ＯＣは、ＡＰＲＩＬ及び細胞間接触を介してＭＭ誘導性ｉＴｒｅｇをさらに強化する。ＯＣはＴｃｏｎの増大を阻害したが、一方で抗ＡＰＲＩＬ、または抗ＰＤ１、または抗ＰＤ−Ｌ１ ｍＡｂは、ＯＣにより阻害されたＴｃｏｎ増殖を部分的に復帰させた（図２１Ｄ）。さらに、抗ＡＰＲＩＬと抗ＰＤ１または抗ＰＤ−Ｌ１のいずれかとの併用処理は、Ｔｃｏｎに対するＯＣによる抑制にさらに打ち勝った。これらの結果は、ＯＣにより下方制御されるＴｃｏｎの数が、増加したＴｒｅｇならびにＡＰＲＩＬ及びＰＤ−Ｌ１を含めた可溶性因子によって媒介されることを示す。
実施例１０：ＡＰＲＩＬはＴＡＣＩを介してＢＭ由来のＭＭ Ｂｒｅｇの機能に影響を及ぼす
ＢｒｅｇはＴｒｅｇの免疫生物学的作用を制御し得、またＢＭ由来のＢｒｅｇ（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高）は、ＢＭ微小環境においてＭＭ細胞と密接に相互作用して、モノクローナル抗体（すなわち、エロツズマブ）治療に対する応答を鎮静し、それを抑止し得ることから（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．７：ｅ５４７）、ＭＭ患者由来のＢｒｅｇ上でのＴＡＣＩの発現を検査した。Ｂｒｅｇは、ナイーブＢ細胞（ＣＤ１９＋ＣＤ２４低／−ＣＤ３８低）と比較したとき、有意に亢進したＴＡＣＩレベルを示した（ｐ＜０．０２、図２４Ｂ）。ＢＣＭＡは、Ｂｒｅｇ、ナイーブＢ細胞、及び記憶Ｂ（ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８低／−）細胞において検出不能である（データは図示せず）。ＢｒｅｇからのＩＬ−１０産生を有意に誘導するリポ多糖類（ＬＰＳ）での処理に次いで（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．７：ｅ５４７）、ＴＡＣＩレベルはＢｒｅｇにおいて有意に増加するが（ｐ＜０．０２）、ナイーブＢ細胞及びまたは記憶Ｂ細胞においては増加しない。
ＭＭ患者由来のＢＭ単核細胞（ＢＭＭＣ）を、阻害性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂの存在または不在下でＡＰＲＩＬとともにさらにインキュベートし、続いてフローサイトメトリー分析を行って、Ｂ細胞中のＢｒｅｇパーセント及びＢｒｅｇにおけるＩＬ−１０産生パーセントを定量した。ＡＰＲＩＬは、Ｂ細胞中のＢｒｅｇパーセントを（図２４Ａ）１４．５９±１．３６％から２５．２±０．６９％に有意に上方制御した（ｐ＝０．０００４、ｎ＝４、図２４）。重要な点として、ＡＰＲＩＬは、ＢｒｅｇにおけるＩＬ−１０産生が１５．０２±０．８８％から２９．２２±３．３３％に有意に強化されたことから、機能的Ｂｒｅｇをさらに増加させた（ｐ＜０．００７、図２４）。それとは逆に、抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、Ｂｒｅｇの数及びＩＬ−１０産生におけるＡＰＲＩＬ誘導性の増加を消失させた。
本明細書に提供される説明に基づいて、ＴＡＣＩを介したＡＰＲＩＬのシグナル伝達の新たな機能が本明細書で特定される。ＭＭ患者のＴｒｅｇ及びＢｒｅｇにおけるＴＡＣＩを介したＡＰＲＩＬのシグナル伝達はエフェクターＴ細胞を阻害し、それによって、免疫抑制性のＢＭ微小環境を促進する。ＭＭ促進性ＯＣから豊富に分泌されるＡＰＲＩＬは、ＴＡＣＩに依存してＴｒｅｇの生存促進能及び増殖能ならびに抑制能を有意に上方制御する。ＡＰＲＩＬは、Ｆｏｘｐ３、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ１５ｓを含めた免疫抑制分子を上方制御することによって、ＭＭ細胞由来及びＯＣ由来のｉＴｒｅｇを選択的に強化して、Ｔｃｏｎに対するそれらの阻害効果を強める。それとは逆に、単独で及びＰＤ１／ＰＤ−Ｌ１チェックポイント阻害剤とともにアンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂを用いてＡＰＲＩＬ−ＴＡＣＩ軸を遮断すると、これらの免疫制御性細胞が下方制御され、それによって抑制性のＢＭ微小環境が緩和される。
第１に、Ｔｒｅｇ（ＣＤ４＋／ＣＤ８＋ ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋）は、同じ個体から新たに採取したマッチさせたＴｃｏｎ（ＣＤ４＋／ＣＤ８＋ ＣＤ２５−）と比較したとき、有意に亢進したＴＡＣＩを有することが示された。ペアのＴｃｏｎと対比してＴｒｅｇにおいて増加したＴＡＣＩタンパク質及びｍＲＮＡは、Ｆｏｘｐ３、ＣＴＬＡ−４、ＴＧＦβ、及びＩＬ−１０等の、Ｔｒｅｇ特定及び機能に必要不可欠な遺伝子の有意に増加した発現によってさらに確認される。重要な点として、ＴＡＣＩレベルはＣＴＬＡ−４（ｒ＝０．９７１５、ｐ＜０．０００１）と高度に相関し、このことはＴＡＣＩがＴｒｅｇの免疫抑制機能を直接制御し得ることを示す。ＴＡＣＩ発現はまた、ＩＬ−１０−Ｆｏｘｐ３−ＣＤ４＋ Ｔ細胞と比較したとき、ＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３−ＣＤ４＋Ｔ細胞上でも有意により高い（図３４）。ＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３−ＣＤ４＋サブセットは、ＣＤ４＋Ｔ細胞内で、ＩＬ−１０−Ｆｏｘｐ３−ＣＤ４＋（＞９５％）と比較したときＩＬ１０＋Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋サブセットと同程度に小さい（約＜２〜４％）。Ｔ細胞（ＩＬ−１０＋Ｆｏｘｐ３−）のこの小さい亜集団は、増殖性Ｔｃｏｎ（ＣＤ４＋ＣＤ２５−）を、ＩＬ−１０非依存性様態でかつＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋ Ｔｒｅｇと同様の効率で阻害し得る（Ｖｉｅｉｒａ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７２：５９８６−５９９３）。ＴＡＣＩはまた活性化Ｔｃｏｎ細胞においても誘導されるものの、ＴＡＣＩレベルは、活性化Ｔｃｏｎよりも免疫抑制性Ｔｒｅｇ上で有意により高い。それらの源を問わず、これらの結果は、Ｔｒｅｇが複数のマーカーを有する多様で不均一なサブセットを含むことをさらに示す。重要な点として、Ｔｒｅｇの免疫生物学的作用のＡＰＲＩＬ依存性機構が本明細書で描写され、これは新規のがん免疫療法に対する枠組みを提供する。
ＡＰＲＩＬは、ＣＣＮＤ１／２、ＢＣＬ２、ＢＣＬ２Ｌ１／ＢＣＬｘＬを含む遺伝子のＴＡＣＩ依存性誘導を介してＴｒｅｇの増殖及び生存を有意に刺激する。重要な点として、Ｔｃｏｎと対比してＡＰＲＩＬにより増加したＴｒｅｇの成長及び生存は、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂ及び抗ＴＡＣＩ ｍＡｂによって阻害された。ＡＰＲＩＬは、カスパーゼ３／７及び８活性を阻害すること、ならびに抗アポトーシス分子を誘導することによって、Ｔｒｅｇをさらに保護する。最も重要な点として、ＡＰＲＩＬは、ＴｒｅｇにおいてＦｏｘｐ３、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、及びＰＤ−Ｌ１を含めた免疫阻害因子の産生を増強する。それとは対照的に、これらの必須のＴｒｅｇ関連遺伝子は、同じ個体から精製されたＴｃｏｎにおいては低レベルでしか発現されず、それらの発現はＡＰＲＩＬによって影響を受けない。予想通り、Ｔｒｅｇは、Ｔｒｅｇ対Ｔｃｏｎ比に依存する様態で、ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズで刺激された自己Ｔｃｏｎの増殖を抑止する。ＡＰＲＩＬは、用量及び時間依存的様式で、低いＴｒｅｇ対Ｔｃｏｎ比であってもＴｒｅｇによるＴｃｏｎの抑制を促進する。それとは逆に、アンタゴニスト性抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬにより強化される、Ｔｒｅｇによって誘導される免疫抑制を遮断する。
エクスビボ共培養物中でのＴｃｏｎからのＭＭ細胞誘導性変換の結果としてもたらされたｉＴｒｅｇは、ｎＴｒｅｇと同程度に高度に抑制性である（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：４２９０−４３００、Ｆｒａｓｓａｎｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈａｅｍａｔｏｌ．９５：６５−７４、Ｆｅｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰｌｏＳ ｏｎｅ ７：ｅ３５９８１、Ｋａｗａｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．ＤＯＩ：１０．１１７２／ＪＣＩ８８１６９）。重要な点として、本明細書における結果は、ＡＰＲＩＬがＴｃｏｎ増殖のｉＴｒｅｇ媒介性阻害を選択的に強化することを実証する。ＴＡＣＩレベルは、ＭＭ細胞との共培養物中でＴｃｏｎよりもｉＴｒｅｇにおいて有意により高い。有意な点として、ＭＭ細胞の存在下で、ＡＰＲＩＬは、ｉＴｒｅｇ（ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋）サブセットの増殖を優先的に上方制御するが、残りのＴｃｏｎ（ＣＤ２５−Ｆｏｘｐ３−）の増殖は上方制御しない（図１７）。ｉＴｒｅｇ上で亢進したＴＡＣＩタンパク質は、ＡＰＲＩＬにより誘導される下流標的が免疫抑制性ｉＴｒｅｇの増大をさらに促進することを許容する可能性が高い。重要な点として、ＩＬ−１０依存性及び非依存性（すなわち、ＴＧＦβ１、ＣＤ１５ｓ）機構は、同じ個体由来のＴｃｏｎの増殖を遮断する精製ｉＴｒｅｇにおいて起こり、この効果はＡＰＲＩＬによってさらに強められる。これらの結果により、Ｔｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ及びｎＴｒｅｇの両方）の、マッチさせたＴｃｏｎに対する免疫抑制能を強化する上でのＴＡＣＩを介したＡＰＲＩＬのシグナル伝達の重要性が確認される。
ＡＰＲＩＬがＴｒｅｇにおいてＴＡＣＩを介してＦｏｘｐ３を誘導することが本明細書で初めて実証される。Ｔｒｅｇの発生、機能、及び系列拘束に必要不可欠なマスター転写因子である、Ｆｏｘｐ３がＴｒｅｇ特異的マーカーとして広く用いられてきた。本明細書における結果は、ＡＰＲＩＬ媒介性の能動免疫抑制がＴＡＣＩ発現に依存することを強く示す。中和抗ＴＡＣＩ試薬は、ＡＰＲＩＬにより誘導されるこれらの標的を阻害した。ＡＰＲＩＬは、ＴｒｅｇにおけるＩＬ−１０及びＦｏｘｐ３上方制御に次いで、より後の時点でＴＧＦβ及びＰＤ−Ｌ１をさらに増加させる。故に、ＡＰＲＩＬは、ＴＡＣＩを介して、Ｔｒｅｇにおいて複数の免疫阻害因子及びチェックポイント分子を優先的に誘導して、局所的な抑制性腫瘍環境をさらに持続させる。ＡＰＲＩＬはまた、ＢＣＭＡではなくＴＡＣＩを介して、ＭＭ ＢＭに由来するＩＬ−１０＋Ｂｒｅｇも上方制御する。Ｂｒｅｇは、Ｔ細胞のＴｒｅｇへの変換を容易にするとともに、ＩＬ−１０依存性機構及び非依存性機構の両方を介してエフェクターＴ細胞を阻害することができ（Ｂｌａｉｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３２：１２９−１４０、Ｍａｕｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２７：７７２−７７９）、本明細書における結果は、ＢｒｅｇがＭＭ ＢＭ環境において、少なくとも部分的にＩＬ−１０によって媒介される、ＡＰＲＩＬ誘導性Ｔｒｅｇをさらに上方制御することを示す。重要な点として、中和抗ＡＰＲＩＬ ｍＡｂは、ＡＰＲＩＬ誘導性のＢｒｅｇの数及びＩＬ−１０産生の増加を抑止する。
本明細書における結果は、ＭＭ ＢＭにおいてＡＰＲＩＬ及びＰＤ−Ｌ１の重要な源であるＯＣが、Ｔｃｏｎ増殖を抑制するようｉＴｒｅｇを刺激することを示し、このことは、最近示されたように、ＴｒｅｇがＯＣにより阻害される免疫抑制を媒介する極めて重要な細胞因子であることを立証する（Ａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２８：１５９０−１６０３）。これらの結果は、ＭＭ細胞においてＡＰＲＩＬによって誘導される免疫抑制分子と併せて（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６）、免疫回避及びＭＭ進行をさらに悪化させる、悪性ＰＣ、Ｔｒｅｇ、及びＢｒｅｇ間の正のフィードバックループを特定する。本明細書における結果により、複数のヒトがん及び関連の動物モデルにおいての腫瘍進行及び薬物耐性におけるＡＰＲＩＬの免疫抑制性の役割がさらに確認される（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｂｌｏｏｄ １２７：３２２５−３２３６、Ｍａｔｔｈｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２９：１９０１−１９０８、Ｐｌａｎｅｌｌｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ６：３９９−４０８、Ｍｏｒｅａｕｘ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｂｌｏｏｄ １０３：３１４８−３１５７、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰｌｏＳ ｏｎｅ ８：ｅ５５２９８）。
参照による援用
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかもそれぞれ個々の刊行物、特許、及び特許出願が参照により援用されるよう具体的かつ個々に示されているかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。矛盾がある場合、本明細書のいずれの定義も含めて本明細書が優位に立つ。
また、Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ上でＩｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＴＩＧＲ）及び／またはＷｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ上でＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）により維持されるデータベース等の、公的データベースへのエントリに相関する受託番号を参照する任意のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列も参照によりそれらの全体が援用される。
均等物
当業者であれば、ほんの日常的な実験を用いて、本明細書に記載される本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物を認識するか、または確認可能であろう。かかる均等物は、添付の特許請求の範囲によって包含されることを意図する。

Claims (74)

  1. 対象における制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及び／または制御性Ｂ細胞（Ｂｒｅｇ）の数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、治療上有効量の少なくとも１つの薬剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  2. 前記薬剤が、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現される前記ＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を下方制御することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が減少される及び／または前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が減少されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／またはＭＣＬＡ、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３等の１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子の発現が減少される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記薬剤が、小分子阻害剤、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ＲＮＡ干渉剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチドもしくはペプチド模倣体阻害剤、アプタマー、または抗体である、請求項２に記載の方法。
  4. 前記ＲＮＡ干渉剤が、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、またはｐｉｗｉ相互作用性ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）である、請求項３に記載の方法。
  5. 前記ＲＮＡ干渉剤がＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）である、請求項３に記載の方法。
  6. 前記薬剤が、前記ＴＡＣＩ受容体または前記ＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する遮断抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項３に記載の方法。
  7. 前記抗体またはその抗原結合断片が、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである、請求項６に記載の方法。
  8. 前記抗体またはその抗原結合断片が、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される、請求項６または７に記載の方法。
  9. 前記抗体またはその抗原結合断片が、細胞傷害性薬剤にコンジュゲートされている、請求項６〜８のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記細胞傷害性薬剤が、化学療法剤、生物学的薬剤、毒素、及び放射性同位体からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
  11. ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
  12. 前記薬剤が、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現される前記ＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を上方制御することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が増加される及び／または前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が増加されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／またはＭＣＬＡ、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３等の１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子の発現が増加される、請求項１に記載の方法。
  13. 前記薬剤が、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドもしくはその断片、ＡＰＲＩＬポリペプチドもしくはその断片、前記ＴＡＣＩ受容体もしくは前記ＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する活性化抗体もしくはその抗原結合断片、または前記ＴＡＣＩ受容体及び前記ＡＰＲＩＬリガンドの両方に特異的に結合する抗体をコードする、核酸分子である、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記抗体またはその抗原結合断片が、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである、請求項１２に記載の方法。
  15. 前記抗体またはその抗原結合断片が、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. 前記ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片が融合タンパク質である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 前記ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片が、Ｆｃドメインに融合されている、請求項１６に記載の方法。
  18. ＳＴＩＮＧ経路の活性化剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１２〜１７のいずれか１項に記載の方法。
  19. ＳＴＩＮＧ経路の前記活性化剤がＳＴＩＮＧアゴニストである、請求項１８に記載の方法。
  20. 少なくとも１つの免疫療法薬を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
  21. 前記免疫療法薬が、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記免疫チェックポイントが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記薬剤が、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、ｉ）Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性を顕著に調節しない、及び／またはｉｉ）前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生を調節する、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記対象ががんを有し、前記薬剤が、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、前記がんにおける増殖性細胞の数を低減し、及び／または前記がん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズを低減し、任意選択で、臨床的有用率、死亡までの生存期間、病理学的完全奏効、病理学的奏効の半定量的尺度、臨床的完全寛解、臨床的部分寛解、臨床的病勢安定、無再発生存期間、無転移生存期間、無病生存期間、循環腫瘍細胞の減少、循環マーカー応答、及びＲＥＣＩＳＴ基準からなる群から選択される少なくとも１つの基準によって測定される、ＡＰＲＩＬリガンドとの前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現される前記ＴＡＣＩ受容体タンパク質を調節する前記薬剤に対する応答性を決定することである、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記がんを治療するための少なくとも１つの追加の治療剤またはレジメンを前記対象に投与することをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記薬剤、ＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤、免疫療法薬、及び／または少なくとも１つの追加の治療剤が、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを含有する微小環境に非全身的に投与される、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  27. Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性の選択的修飾方法であって、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性が選択的に修飾されるようにする、少なくとも１つの薬剤と、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを接触させることを含む、前記方法。
  28. 前記薬剤が、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現される前記ＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を下方制御することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が減少される及び／または前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が減少されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／またはＭＣＬＡ、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３等の１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子の発現が減少される、請求項に２７記載の方法。
  29. 前記薬剤が、小分子阻害剤、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ＲＮＡ干渉剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチドもしくはペプチド模倣体阻害剤、アプタマー、または抗体である、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記ＲＮＡ干渉剤が、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、またはｐｉｗｉ相互作用性ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）である、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記ＲＮＡ干渉剤がＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）である、請求項２９に記載の方法。
  32. 前記薬剤が、前記ＴＡＣＩ受容体または前記ＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する遮断抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項２９に記載の方法。
  33. 前記抗体またはその抗原結合断片が、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記抗体またはその抗原結合断片が、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される、請求項３２または３３に記載の方法。
  35. 前記抗体またはその抗原結合断片が、細胞傷害性薬剤にコンジュゲートされている、請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記細胞傷害性薬剤が、化学療法剤、生物学的薬剤、毒素、及び放射性同位体からなる群から選択される、請求項３５に記載の方法。
  37. ＳＴＩＮＧ経路の阻害剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２７〜３６のいずれか１項に記載の方法。
  38. 前記薬剤が、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現される前記ＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの間の相互作用を上方制御することにより、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数が増加される及び／または前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの阻害性免疫活性が増加されるようにし、任意選択で、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、及び／またはＭＣＬＡ、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、及び／またはＢＩＲＣ３等の１つもしくは複数の成長もしくは生存遺伝子の発現が増加される、請求項２７に記載の方法。
  39. 前記薬剤が、ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドもしくはその断片、ＡＰＲＩＬポリペプチドもしくはその断片、前記ＴＡＣＩ受容体もしくは前記ＡＰＲＩＬリガンドに特異的に結合する活性化抗体もしくはその抗原結合断片、または前記ＴＡＣＩ受容体及び前記ＡＰＲＩＬリガンドの両方に特異的に結合する抗体をコードする、核酸分子である、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記抗体またはその抗原結合断片が、マウス、キメラ、ヒト化、複合型、またはヒトである、請求項３８に記載の方法。
  41. 前記抗体またはその抗原結合断片が、検出可能に標識され、エフェクタードメインを含み、Ｆｃドメインを含み、及び／またはＦｖ、Ｆａｖ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ｓｃ（Ｆｖ）２、及びダイアボディ断片からなる群から選択される、請求項３９または４０に記載の方法。
  42. 前記ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片が融合タンパク質である、請求項２７〜４１のいずれか１項に記載の方法。
  43. 前記ＡＰＲＩＬリガンドポリペプチドまたはその断片が、Ｆｃドメインに融合されている、請求項４２に記載の方法。
  44. ＳＴＩＮＧ経路の活性化剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項３８〜４３のいずれか１項に記載の方法。
  45. ＳＴＩＮＧ経路の前記活性化剤がＳＴＩＮＧアゴニストである、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを少なくとも１つの免疫療法薬と接触させることをさらに含む、請求項２７〜４５のいずれか１項に記載の方法。
  47. 前記免疫療法薬が、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
  48. 前記免疫チェックポイントが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される、請求項４７に記載の方法。
  49. 前記薬剤が、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、Ｔｃｏｎの存在下で前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇと接触し、ｉ）前記Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性を顕著に調節しない、及び／またはｉｉ）前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生を調節する、請求項２７〜４８のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記薬剤が、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、Ｔｃｏｎ及びがん細胞の存在下で前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇと接触し、前記薬剤が、単独であるいは前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかで、前記がんにおける増殖性細胞の数を低減し、及び／または前記がん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズを低減する、請求項２７〜４９のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記がん細胞を少なくとも１つの追加のがん治療剤またはレジメンと接触させることをさらに含む、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記薬剤、ＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤、または免疫療法薬、及び／または少なくとも１つの追加の治療剤が、前記Ｔｒｅｇ、Ｂｒｅｇ、Ｔｃｏｎ、及び／またはがん細胞とインビトロまたはエクスビボで接触する、請求項２７〜５１のいずれか１項に記載の方法。
  53. Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する薬剤についてスクリーニングするための細胞ベースのアッセイであって、Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを試験薬と接触させることと、前記試験薬が前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する能力を決定することとを含み、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇによって発現されるＴＡＣＩ受容体タンパク質とＡＰＲＩＬリガンドとの相互作用を調節する試験薬が、前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇの数及び／または阻害性免疫活性を選択的に修飾する、前記細胞ベースのアッセイ。
  54. 前記接触させる工程がインビボ、エクスビボ、またはインビトロで起こる、請求項５３に記載の細胞ベースのアッセイ。
  55. 前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇをＳＴＩＮＧ経路の阻害剤または活性化剤と接触させることをさらに含む、請求項５３または５４に記載の細胞ベースのアッセイ。
  56. ＳＴＩＮＧ経路の前記活性化剤がＳＴＩＮＧアゴニスト（ａｇａｏｎｉｓｔ）である、請求項５５に記載の細胞ベースのアッセイ。
  57. 前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを少なくとも１つの免疫療法薬と接触させることをさらに含む、請求項５３〜５６のいずれか１項に記載の細胞ベースのアッセイ。
  58. 前記免疫療法薬が、細胞ベースの免疫療法薬、がんワクチン、ウイルス、免疫チェックポイント阻害剤、及び免疫調節性サイトカインからなる群から選択される、請求項５７に記載の細胞ベースのアッセイ。
  59. 前記免疫チェックポイントが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ−Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ−１、ＴＩＭ−３、ＴＩＭ−４、ＬＡＧ−３、ＧＩＴＲ、４−ＩＢＢ、ＯＸ−４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、及びＡ２ａＲからなる群から選択される、請求項５８に記載の細胞ベースのアッセイ。
  60. 前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを、Ｔｃｏｎの存在下で、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの前記試験薬と接触させることと、ｉ）前記Ｔｃｏｎの数及び／または免疫活性における顕著な調節の欠如、及び／またはｉｉ）前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇにおける免疫調節性サイトカイン産生の調節を決定することとをさらに含む、請求項５３〜５９のいずれか１項に記載の細胞ベースのアッセイ。
  61. 前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇを、Ｔｃｏｎ及びがん細胞の存在下で、単独であるいはＳＴＩＮＧ経路の前記阻害剤もしくは前記活性化剤及び／または前記免疫療法薬と組み合わせてのいずれかでの前記試験薬と接触させることと、増殖性がん細胞の数の低減及び／または前記がん細胞を含む腫瘍の体積もしくはサイズの低減を決定することとをさらに含む、請求項５３〜６０のいずれか１項に記載の細胞ベースのアッセイ。
  62. 前記がん細胞を少なくとも１つの追加のがん治療剤またはレジメンと接触させることをさらに含む、請求項５９〜６１のいずれか１項に記載の細胞ベースのアッセイ。
  63. 前記Ｔｒｅｇが、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋、ＣＤ４＋ＦＯＸＰ３＋、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋ＩＬ１０＋、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３高ＩＬ１０高、及び／またはＣＤ４＋ＣＤ２５高ＦＯＸＰ３＋ Ｔｒｅｇを含む、請求項１〜６２のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  64. 前記Ｂｒｅｇが、ＣＤ１９＋ＣＤ２４高ＣＤ３８高Ｂｒｅｇを含む、請求項１〜６３のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  65. 前記Ｔｃｏｎが、ＣＤ４＋ＣＤ２５− Ｔｃｏｎを含む、請求項１〜６４のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  66. 前記対象が、免疫応答の上方制御が有益であろう病態を有する、請求項１〜６５のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  67. 前記対象が、がん、ウイルス感染症、細菌感染症、原虫感染症、蠕虫感染症、気道寛容の機能障害に関連する喘息、及び免疫抑制性疾患からなる群から選択される病態を有する、請求項６６に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  68. 前記対象ががんを有するか、または細胞集団ががん細胞を含む、請求項１〜６７のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  69. 前記がんが多発性骨髄腫である、請求項６８に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  70. 前記がんが前記がんの動物モデルであり、任意選択で、前記動物モデルがマウスモデルである、請求項６８または６９に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  71. 前記対象が哺乳動物である、請求項１〜６９のいずれか１項に記載の方法または細胞ベースのアッセイ。
  72. 前記哺乳動物がマウスまたはヒトである、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記哺乳動物がヒトである、請求項７２に記載の方法。
  74. ＢＣＭＡのモジュレーターを前記対象に投与すること、あるいは前記Ｔｒｅｇ及び／またはＢｒｅｇをＢＣＭＡのモジュレーターと接触させることをさらに含む、請求項１〜１０及び２７〜４５のいずれか１項に記載の方法。
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