JP2020521492A - トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 - Google Patents
トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020521492A JP2020521492A JP2019566238A JP2019566238A JP2020521492A JP 2020521492 A JP2020521492 A JP 2020521492A JP 2019566238 A JP2019566238 A JP 2019566238A JP 2019566238 A JP2019566238 A JP 2019566238A JP 2020521492 A JP2020521492 A JP 2020521492A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- allele
- plant
- chromosome
- resistance
- tbrfv
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 235000007688 Lycopersicon esculentum Nutrition 0.000 title claims abstract description 135
- 241000227653 Lycopersicon Species 0.000 title claims abstract description 88
- 241000700605 Viruses Species 0.000 title claims abstract description 75
- 241000723848 Tobamovirus Species 0.000 title description 7
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 569
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims abstract description 288
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 172
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 claims abstract description 166
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 109
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims abstract description 27
- 240000003768 Solanum lycopersicum Species 0.000 claims description 210
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 44
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims description 37
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 35
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 29
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 claims description 28
- 235000002262 Lycopersicon Nutrition 0.000 claims description 24
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims description 23
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims description 20
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 19
- 241001245662 Eragrostis rigidior Species 0.000 claims description 11
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 9
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 claims description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 9
- 206010061217 Infestation Diseases 0.000 claims description 8
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 claims description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 7
- 230000013011 mating Effects 0.000 claims description 6
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 5
- 210000002257 embryonic structure Anatomy 0.000 claims description 5
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 5
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 5
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 5
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 claims description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 3
- 206010020649 Hyperkeratosis Diseases 0.000 claims description 2
- 244000007853 Sarothamnus scoparius Species 0.000 claims description 2
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 claims 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 abstract description 12
- 241001653940 Tomato brown rugose fruit virus Species 0.000 description 118
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 26
- 241000723873 Tobacco mosaic virus Species 0.000 description 24
- 230000008569 process Effects 0.000 description 15
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 14
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 13
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 11
- 101100284397 Oryza sativa subsp. japonica HAZ1 gene Proteins 0.000 description 9
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 9
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 9
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 9
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 9
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 8
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 8
- PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N Ethyl methanesulfonate Chemical compound CCOS(C)(=O)=O PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 7
- 238000011161 development Methods 0.000 description 7
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 7
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 7
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 230000001010 compromised effect Effects 0.000 description 6
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 241000894007 species Species 0.000 description 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 5
- 241000082085 Verticillium <Phyllachorales> Species 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 5
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 5
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 5
- UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 5,8-dihydroxy-2-methoxy-6-methyl-7-(2-oxopropyl)naphthalene-1,4-dione Chemical compound CC1=C(CC(C)=O)C(O)=C2C(=O)C(OC)=CC(=O)C2=C1O UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000223218 Fusarium Species 0.000 description 4
- 241000171505 Pepino mosaic virus Species 0.000 description 4
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 4
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 230000010152 pollination Effects 0.000 description 4
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 4
- 230000005070 ripening Effects 0.000 description 4
- 230000010153 self-pollination Effects 0.000 description 4
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 4
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 4
- 101100202647 Arabidopsis thaliana SDN3 gene Proteins 0.000 description 3
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 3
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 3
- 241000222291 Passalora fulva Species 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 3
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 3
- 230000021121 meiosis Effects 0.000 description 3
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 3
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- TWQHGBJNKVFWIU-UHFFFAOYSA-N 8-[4-(4-quinolin-2-ylpiperazin-1-yl)butyl]-8-azaspiro[4.5]decane-7,9-dione Chemical compound C1C(=O)N(CCCCN2CCN(CC2)C=2N=C3C=CC=CC3=CC=2)C(=O)CC21CCCC2 TWQHGBJNKVFWIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101100202645 Arabidopsis thaliana SDN1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100202646 Arabidopsis thaliana SDN2 gene Proteins 0.000 description 2
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 2
- 241000223221 Fusarium oxysporum Species 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- 244000017020 Ipomoea batatas Species 0.000 description 2
- 235000002678 Ipomoea batatas Nutrition 0.000 description 2
- ZRKWMRDKSOPRRS-UHFFFAOYSA-N N-Methyl-N-nitrosourea Chemical compound O=NN(C)C(N)=O ZRKWMRDKSOPRRS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 208000020584 Polyploidy Diseases 0.000 description 2
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N Sodium azide Chemical compound [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000896499 Solanum habrochaites Species 0.000 description 2
- 240000003040 Solanum lycopersicum var. cerasiforme Species 0.000 description 2
- 241001136583 Solanum pennellii Species 0.000 description 2
- 241000702308 Tomato yellow leaf curl virus Species 0.000 description 2
- 241001123668 Verticillium dahliae Species 0.000 description 2
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 2
- 230000036579 abiotic stress Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 2
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 2
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 2
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 2
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 238000003976 plant breeding Methods 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 230000001172 regenerating effect Effects 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 230000033458 reproduction Effects 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- FSSPGSAQUIYDCN-UHFFFAOYSA-N 1,3-Propane sultone Chemical compound O=S1(=O)CCCO1 FSSPGSAQUIYDCN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NOWKCMXCCJGMRR-UHFFFAOYSA-N Aziridine Chemical compound C1CN1 NOWKCMXCCJGMRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241000167854 Bourreria succulenta Species 0.000 description 1
- 238000010453 CRISPR/Cas method Methods 0.000 description 1
- 235000002566 Capsicum Nutrition 0.000 description 1
- 240000008574 Capsicum frutescens Species 0.000 description 1
- 235000008733 Citrus aurantifolia Nutrition 0.000 description 1
- 241000219104 Cucurbitaceae Species 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 208000035240 Disease Resistance Diseases 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 241000221785 Erysiphales Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241000611205 Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici Species 0.000 description 1
- 101150082239 G gene Proteins 0.000 description 1
- 206010017711 Gangrene Diseases 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 108010034791 Heterochromatin Proteins 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 241000976924 Inca Species 0.000 description 1
- 244000061323 Lycopersicon pimpinellifolium Species 0.000 description 1
- 241000243786 Meloidogyne incognita Species 0.000 description 1
- 241000582786 Monoplex Species 0.000 description 1
- FUSGACRLAFQQRL-UHFFFAOYSA-N N-Ethyl-N-nitrosourea Chemical compound CCN(N=O)C(N)=O FUSGACRLAFQQRL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CAUBWLYZCDDYEF-UHFFFAOYSA-N N-Nitroso-N-methylurethane Chemical compound CCOC(=O)N(C)N=O CAUBWLYZCDDYEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000061176 Nicotiana tabacum Species 0.000 description 1
- 235000002637 Nicotiana tabacum Nutrition 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 244000124853 Perilla frutescens Species 0.000 description 1
- 235000004348 Perilla frutescens Nutrition 0.000 description 1
- 241000233614 Phytophthora Species 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 235000014443 Pyrus communis Nutrition 0.000 description 1
- 241001361634 Rhizoctonia Species 0.000 description 1
- 241000208292 Solanaceae Species 0.000 description 1
- 241001263532 Solanum lycopersicoides Species 0.000 description 1
- 235000002560 Solanum lycopersicum Nutrition 0.000 description 1
- 101100425597 Solanum lycopersicum Tm-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100314027 Solanum lycopersicum Tm-2(2) gene Proteins 0.000 description 1
- 235000003953 Solanum lycopersicum var cerasiforme Nutrition 0.000 description 1
- 244000061458 Solanum melongena Species 0.000 description 1
- 235000002597 Solanum melongena Nutrition 0.000 description 1
- 241000896502 Solanum neorickii Species 0.000 description 1
- 241000371621 Stemphylium Species 0.000 description 1
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 description 1
- 240000002657 Thymus vulgaris Species 0.000 description 1
- 235000007303 Thymus vulgaris Nutrition 0.000 description 1
- 235000011941 Tilia x europaea Nutrition 0.000 description 1
- 241000016010 Tomato spotted wilt orthotospovirus Species 0.000 description 1
- 241000543828 Tomato yellow leaf curl Sardinia virus Species 0.000 description 1
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 241000223259 Trichoderma Species 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 101000872823 Xenopus laevis Probable histone deacetylase 1-A Proteins 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000011681 asexual reproduction Effects 0.000 description 1
- 230000010165 autogamy Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 239000001390 capsicum minimum Substances 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 1
- 239000002962 chemical mutagen Substances 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 235000019693 cherries Nutrition 0.000 description 1
- 235000019219 chocolate Nutrition 0.000 description 1
- 235000019506 cigar Nutrition 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 230000009137 competitive binding Effects 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 238000012272 crop production Methods 0.000 description 1
- 238000009402 cross-breeding Methods 0.000 description 1
- 230000010154 cross-pollination Effects 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000000249 desinfective effect Effects 0.000 description 1
- DENRZWYUOJLTMF-UHFFFAOYSA-N diethyl sulfate Chemical compound CCOS(=O)(=O)OCC DENRZWYUOJLTMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940008406 diethyl sulfate Drugs 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 230000024346 drought recovery Effects 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000006353 environmental stress Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 230000037406 food intake Effects 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004345 fruit ripening Effects 0.000 description 1
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 1
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 239000004009 herbicide Substances 0.000 description 1
- 210000004458 heterochromatin Anatomy 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 230000015784 hyperosmotic salinity response Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 1
- 235000008960 ketchup Nutrition 0.000 description 1
- 239000004571 lime Substances 0.000 description 1
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008450 motivation Effects 0.000 description 1
- 239000003471 mutagenic agent Substances 0.000 description 1
- 231100000707 mutagenic chemical Toxicity 0.000 description 1
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000005645 nematicide Substances 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 description 1
- 239000000575 pesticide Substances 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000001902 propagating effect Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 235000015067 sauces Nutrition 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 230000014639 sexual reproduction Effects 0.000 description 1
- 238000002791 soaking Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 1
- 239000001585 thymus vulgaris Substances 0.000 description 1
- 235000015193 tomato juice Nutrition 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000012250 transgenic expression Methods 0.000 description 1
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 239000000341 volatile oil Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H6/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their botanic taxonomy
- A01H6/82—Solanaceae, e.g. pepper, tobacco, potato, tomato or eggplant
- A01H6/825—Solanum lycopersicum [tomato]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H5/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
- A01H5/08—Fruits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8241—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology
- C12N15/8261—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield
- C12N15/8271—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield for stress resistance, e.g. heavy metal resistance
- C12N15/8279—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield for stress resistance, e.g. heavy metal resistance for biotic stress resistance, pathogen resistance, disease resistance
- C12N15/8283—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield for stress resistance, e.g. heavy metal resistance for biotic stress resistance, pathogen resistance, disease resistance for virus resistance
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Abstract
Description
「抵抗性」という用語は、害虫または病原体に対する植物の反応、および野菜種子産業の非生物的ストレスを記述するためのISF(国際種子連盟)野菜および観賞作物セクションによって定義されている。具体的には、抵抗性とは、特定された害虫または病原体の成長および発達を制限する植物品種の能力、および/または同様の環境条件および害虫または病原体の圧力下での易感染性の植物品種と比較した場合にそれらが引き起こす損傷を意味する。抵抗性品種は、重い害虫または病原体の圧力下で、いくつかの病気の症状または損傷を示し得る。
a)改変されるトマト植物のM0種子を変異誘発剤で処理してM1種子を得ことと、
b)このようにして得られたM1種子から植物を成長させてM1植物を取得することと、
c)M1植物の自家受精によるM2種子の生産することと、
d)任意選択により、ステップb)およびc)をn回繰り返して、M1+n種子を取得すること、を含み得る。
a)TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子NCIMB42758またはその子孫から成長した植物と、好ましくは上記QTLを欠く、最初のS.リコペルシカム植物とを交配するステップ、
b)このようにして得られた子孫において、本発明のQTL1、QTL2、および/またはQTL3のうちの1つ、2つ、または3つを有する1つの植物を選択するステップ、
c)任意選択により、ステップb)で得られた植物を1回または数回自家受粉し、このようして得られた子孫において、子孫の植物に存在するQTLに応じて、果実の耐性、葉の耐性、またはその両方でもよいTBRFVに対する耐性を有する植物を選択するステップ。
a1)TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子(NCIMB42758)またはその子孫に対応する植物と、好ましくは上記QTLを欠く、最初のS.リコペルシカム植物とを交配するステップ、
a2)自殖によってF1交雑種を増殖し、F2集団を生成するステップ。
d)ステップb)またはc)で選択した抵抗性植物をS.リコペルシカム植物と戻し交配するステップ、
e)最初の植物に関して、本発明のQTL1、QTL2、および/またはQTL3のうちの1つ、2つ、または3つを有する植物を選択するステップ。
a)TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758またはその子孫を発芽させることにより得られた植物を商業用のS.リコペルシカム植物と戻し交配するステップ、
b)本発明のQTL1、QTL2、および/またはQTL3のうちの1つ、2つ、または3つを有する植物を選択するステップ。
本発明者らは、トマト褐色縮葉フルーツウイルスに感染した、イスラエルの異なる生産地域(北、中央、および南イスラエル)由来の異なる分離株の収集物を作成した:7つの異なる分離株を収集し、Salemらによって記載されたプロトコルに従って分析した。ヨルダンのトマト褐色縮葉フルーツウイルスとの配列比較により、イスラエルの分離株がすべて、ヨルダンの分離株と同一であることが示され、同じウイルスが両国に存在することを確認した。
本発明者らは、イスラエルの主要なトマト作物生産地域であるイスラエル南部のBsor地域にある自然感染した温室中でトマト育種遺伝物質をスクリーニングした。約443の異なるトマトをスクリーニングした。各トマトを温室中の異なる場所に、1反復あたり10の植物で、2反復で植え付けた。
耐性/抵抗性表現型の基礎をなす遺伝学をよりよく理解し、1回目のスクリーニングで同定されたリードを検証するために、本発明者らは、1回目のスクリーニングの条件と同様の条件下で2回目のスクリーニングを行った:自然感染下の温室中の各列は120の植物を含み、各列において、易感染性の対照(10の植物)を植え付けた。対照を温室中の異なる場所に広げるために、対照を温室中の異なる列に沿って斜めに配置した。
トマト植物Hazera第1号およびHazera第2号を使用して、F2二親性マッピング集団を構築した。トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する抵抗性表現型(果実および葉)を示すトマト植物Hazera第1号を、易感染性植物と交配してF1を作成し、その後、これを使用してF2分離集団を生成した。Hazera第3号およびHazera第4号に基づく検証(葉のQTL)に使用される追加の二親性集団を同じ方法で作成した(実施例6を参照のこと)。
・多型/対立遺伝子頻度
・表現ワールドワイドバリエーション(Representing world wide variation)
・SNPクラスターの除去
・物理的マップ距離に従って均等に配置されたSNP
・ヘテロクロマチン(動原体周辺(pericentromeric))領域での低い表現−高LD。
Affymetrix Axiomチップアレイでの遺伝子型解析を、製造業者が推奨する標準プロトコルを使用して行った。手順には、以下のステップ:DNA増幅、断片化、沈殿、再懸濁およびハイブリダイゼーション調製、チップへのハイブリダイゼーション、洗浄、ライゲーション、染色、ならびに走査が含まれる。最後の2つのステップは、AffymetrixのGeneTitan機器によって行われる。分析は、Affymetrixが開発したクラスタリングの自動アルゴリズムによって行われる。
TBRFウイルスに対する葉の耐性と最も関連する1つマーカーが、抵抗性遺伝子に近い候補マーカーであるQTL3領域の端において定義された。このSNPは、SNP monoplex KASPar技術向けに設計された:検証に使用されるKASParアッセイを、KBioscience(LGC Group、テディントン、ミドルセックス、英国)のKASP法に基づいて行った。
トマト植物Hazera第3号およびHazera第4号を使用して、F2二親性マッピング集団を構築した。トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の抵抗性表現型を示すトマト植物Hazera第3号を易感染性の植物Hazera第4号と交配してF1を作成し、その後、これを使用してF2分離集団を生成した。
品種ごとに約2000個の種子を0.5%(w/v)EMSまたは0.7%EMSのいずれかの通気溶液に室温で24時間浸漬することにより、トマト品種の種子をEMSで処理する。
Claims (31)
- トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性に対応する改善された表現型を植物に付与する染色体11の量的形質遺伝子座QTL3をホモ接合でゲノム中に含む、ソヌラム・リコペルシカム植物であって、前記QTL3が、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、ソヌラム・リコペルシカム植物。
- トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する果実の耐性に対応する改善された表現型を植物に独立して付与する染色体6上の第1の量的形質遺伝子座(QTL)であるQTL1または染色体9上の第2のQTLであるQTL2をゲノムにホモ接合でゲノム中に含む、ソヌラム・リコペルシカム植物であって、前記QTL1およびQTL2が、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、ソヌラム・リコペルシカム植物。
- 前記QTLが、QTL1について、TO−0005197(配列番号1)およびTO−015581(配列番号2)により区切られた染色体領域内の染色体6上に見出され、QTL2について、TO−0180955(配列番号3)およびTO−0196109(配列番号6)で区切られた染色体領域内の染色体9上に見出され、QTL3について、TO−0122252(配列番号7)およびTO−0162427(配列番号18)により区切られた染色体領域内の染色体11上に見出される、請求項1または2に記載のソヌラム・リコペルシカム植物。
- 前記QTLが、以下の遺伝子座:
・染色体6上のTO−0005197(配列番号1)を含む遺伝子座、
・染色体6上のTO−0145581(配列番号2)を含む遺伝子座、
・染色体9上のTO−0180955(配列番号3)を含む遺伝子座、
・染色体9上のTO−0196724(配列番号4)を含む遺伝子座、
・染色体9上のTO−0145125(配列番号5)を含む遺伝子座、
・染色体9上のTO−0196109(配列番号6)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0182276(配列番号7)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0122252(配列番号8)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0144317(配列番号9)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0142294(配列番号10)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0142303(配列番号11)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0142306(配列番号12)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0182276(配列番号13)を含む遺伝子座
・染色体11上のTO−0181040(配列番号14)を含む遺伝子座
・染色体11上のTO−0123057(配列番号15)を含む遺伝子座、
・染色体11上のTO−0125528(配列番号16)を含む遺伝子座
・染色体11上のTO−0162432(配列番号17)を含む遺伝子座、および
・染色体11上のTO−0162427(配列番号18)を含む遺伝子座
のうちの1つ以上で見出され、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、請求項1または2に記載のS.リコペルシカム植物。 - 以下の対立遺伝子:
・QTL1の存在についての、TO−0005197の対立遺伝子Tおよび/または
・TO−0145581の対立遺伝子、
・QTL2の存在についての、TO−0180955の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0196724の対立遺伝子Cおよび/または
・TO−0145125の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0196109の対立遺伝子G、
・QTL3の存在についての、TO−0122252の対立遺伝子Tおよび/または
・TO−0144317の対立遺伝子Cおよび/または
・TO−0142270の対立遺伝子Tおよび/または
・TO−0142294の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0142303の対立遺伝子Aおよび/または
・TO−0142306の対立遺伝子Aおよび/または
・TO−0182276の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0181040の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0123057の対立遺伝子Gおよび/または
・TO−0125528および/または
・TO−0162432および/または
・TO−0162427
のうちの少なくとも1つが前記S.リコペルシカム植物のゲノム中に存在することを特徴とする、請求項1〜4のいずれか一項に記載の植物。 - 前記植物が、種子HAZTBRFVRES1(NCIMB受託番号42758)の子孫である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の植物。
- TBRFウイルスに対する果実または葉の耐性に対応する改善された表現型を付与する、前記染色体6上のQTL1、前記染色体9上のQTL2、および/または前記染色体11上のQTL3をゲノム中に含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載のS.リコペルシカム植物の細胞。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載のS.リコペルシカム植物の植物部分、特に、種子、外植片、生殖材料、接ぎ穂、挿し木、種子、果実、根、台木、花粉、胚珠、胚、プロトプラスト、葉、葯、茎、葉柄、または花であって、前記植物部分が請求項9に記載の細胞を含む、S.リコペルシカム植物の植物部分。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載の植物に成長する、S.リコペルシカム植物の種子。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載の植物の再生可能細胞の組織培養物であって、前記再生可能細胞は、胚、プロトプラスト、分裂組織細胞、カルス、花粉、葉、葯、茎、葉柄、根、根先、種子、花、子葉、および/または胚軸に由来し、TBRFウイルスに対する果実または葉の耐性に対応する改善された表現型を付与する、前記染色体6上のQTL1、前記染色体9上のQTL2、および/または前記染色体11上のQTL3をゲノム中に含む、植物の再生可能細胞の組織培養物。
- 種子HAZTBRFVRES1(NCIMB受託番号42758)のゲノム中に見出される染色体11上の1つのQTLを有するS.リコペルシカム植物を検出および/または選択する方法であって、前記QTLは、トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性に対応する改善された表現型を付与し、前記方法は、選択される前記植物の遺伝物質試料中に、以下のマーカー、TO−0122252の対立遺伝子T、TO−0144317の対立遺伝子C、TO−0142270の対立遺伝子T、TO−0142294の対立遺伝子G、TO−0142303の対立遺伝子A、TO−0142306の対立遺伝子A、TO−0182276の対立遺伝子G、TO−0181040の対立遺伝子G、TO−0123057の対立遺伝子G、TO−0125528の対立遺伝子A、TO−0162432の対立遺伝子C、およびTO−0162427の対立遺伝子Tのうちの少なくとも1つを検出することを含む、方法。
- トマトゲノム中のQTLを同定するためのマーカーの使用であって、前記QTLは、トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する果実の耐性を付与し、前記マーカーは、
TO−0005197およびTO−015581により染色体6上で区切られた染色体領域内に位置するか、もしくは
TO−0180955およびTO−0196109により染色体9上で区切られた染色体領域内に位置するか、または
TO−0005197、TO−015581、TO−0180955、TO−0196724、TO−0145125、もしくはTO−0196109の遺伝子座から2メガベース単位未満に位置し
前記マーカーは、0.05以下のp値で、以下のSNP対立遺伝子:TO−0005197の対立遺伝子T、TO−0145581の対立遺伝子C、TO−0180955の対立遺伝子G、TO−0196724の対立遺伝子C、TO−0145125の対立遺伝子G、およびTO−0196109の対立遺伝子Gのうちの少なくとも1つと関連する、使用。 - トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性を付与するトマトゲノム中のQTLを同定するためのマーカーの使用であって、前記マーカーは、
TO−0122252およびTO−0162427により、もしくはTO−0142270およびTO−0125528により染色体11上で区切られた染色体領域に位置するか、または
TO−0122252、TO−0144317、TO−0142270、TO−0142294、TO−0142303、TO−0142306、TO−0182276、TO−0181040、TO−0123057、TO−0125528、TO−0162432およびTO−0162427の遺伝子座から2メガベース単位未満に位置し、
前記マーカーは、0.05以下のp値で、以下のSNP対立遺伝子:TO−0122252の対立遺伝子T、TO−0144317の対立遺伝子C、TO−0142270の対立遺伝子T、TO−0142294の対立遺伝子G、TO−0142303の対立遺伝子A、TO−0142306の対立遺伝子A、TO−0182276の対立遺伝子G、TO−0181040の対立遺伝子G、TO−0123057の対立遺伝子G、TO−0125528の対立遺伝子A、TO−0162432の対立遺伝子C、および/またはTO−0162427の対立遺伝子Tのうちの少なくとも1つに関連と関連する、使用。 - TBRFウイルスに対する果実の耐性を付与するQTLに関連する分子マーカーを同定する方法であって、
TO−0005197(配列番号1)およびTO−015581(配列番号2)により染色体6上で区切られた染色体領域にあるか、もしくはTO−0180955(配列番号3)およびTO−0196109(配列番号6)により染色体9上で区切られた染色体領域にあるか、またはTO−0005197、TO−015581、TO−0180955、TO−0196724、TO−0145125、またはTO−0196109の遺伝子座から2メガベース単位未満にある、分子マーカーを同定することと、
前記分子マーカーの対立遺伝子または状態が、TBRFウイルスに対する果実耐性を示す植物から生じた分離集団におけるTBRFウイルスに対する果実耐性の表現型に関連するかどうかを決定することと、を含む、方法。 - TBRFウイルスに対する葉の耐性を付与するQTLに関連する分子マーカーを同定する方法であって、
TO−0122252およびTO−0162427によりもしくはTO−0142270およびTO−0125528により染色体6上で区切られた染色体領域にあるか、またはTO−0180955(配列番号3)およびTO−0196109(配列番号6)により染色体11上で区切られた染色体領域、またはTO−0122252、TO−0144317、TO−0142270、TO−0142294、TO−0142303、TO−0142306、TO−0182276、TO−0181040、TO−0123057、TO−0125528、TO−0162432、もしくはTO−0162427の遺伝子座からの2メガベース単位未満にある、分子マーカーを同定することと、
前記分子マーカーの対立遺伝子または状態が、TBRFウイルスに対する葉耐性を示す植物から生じた分離集団におけるTBRFウイルスに対する葉耐性の表現型に関連するかどうかを決定することと、を含む、方法。 - 前記分離集団が、TO−0005197の対立遺伝子T、TO−0145581の対立遺伝子C、TO−0180955の対立遺伝子G、TO−0196724の対立遺伝子C、TO−0145125の対立遺伝子G、TO−0196109の対立遺伝子G、TO−0122252の対立遺伝子T、TO−0144317の対立遺伝子C、TO−0142270の対立遺伝子T、TO−0142294の対立遺伝子G、TO−0142303の対立遺伝子A、TO−0142306の対立遺伝子A、TO−0182276の対立遺伝子G、TO−0181040の対立遺伝子G、TO−0123057の対立遺伝子G、TO−0125528の対立遺伝子A、TO−0162432の対立遺伝子CおよびTO−0162427の対立遺伝子Tのうちの少なくとも1つを含むTBRFウイルスに対して耐性である植物から生じる、請求項14または15に記載の方法。
- S.リコペルシカム植物、好ましくはTBRFVに易感染性のS.リコペルシカム植物に対する耐性および/または抵抗性を付与するための育種プログラムにおける育種パートナーとしての、TBRFV感染に対する耐性または抵抗性を付与するQTLをホモ接合で有する、受託番号NCIMB42758でNCIMBに寄託されたS.リコペルシカムの植物もしくは種子またはそれらの子孫の使用。
- TBRFVに対する耐性をS.リコペルシカム植物に付与する方法であって、
a)TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子NCIMB42758またはその子孫から成長させた植物と、好ましくは前記QTLを欠いた最初のS.リコペルシカム植物とを交配するステップと、
b)このようにして得られた子孫において、QTL1、QTL2、および/またはQTL3のうちの1つ、2つ、または3つを有する植物を選択するステップと、
c)任意選択により、ステップb)で得られた前記植物を1回以上自家受粉し、このようにして得られた前記子孫において、TBRFVに対する耐性を有する植物を選択するステップと、を含む、方法。 - TBRFVに対する耐性をS.リコペルシカム植物に付与する方法であって、
a)TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子NCIMB42758またはその子孫から成長させた植物と、好ましくは前記QTLを欠いた最初のS.リコペルシカム植物とを交配し、それによりF1集団を生成するステップと、
a2)F1交雑種を自殖して、F2集団を生成するステップと、
b)このようにして得られた子孫において、TBRFVに対する耐性を有する個体を選択するステップと、を含む、方法。 - SNPマーカーが、TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する植物を選択するためにステップb)および/またはc)で使用される、請求項18または19に記載の方法。
- 前記選択が、以下の対立遺伝子:TO−0005197の対立遺伝子T、TO−0145581の対立遺伝子C、TO−0180955の対立遺伝子G、TO−0196724の対立遺伝子C、TO−0145125の対立遺伝子G、TO−0196109の対立遺伝子G、TO−0122252の対立遺伝子T、TO−0144317の対立遺伝子C、TO−0142270の対立遺伝子T、TO−0142294の対立遺伝子G、TO−0142303の対立遺伝子A、TO−0142306の対立遺伝子A、TO−0182276の対立遺伝子G、TO−0181040の対立遺伝子G、TO−0123057の対立遺伝子G、TO−0125528の対立遺伝子A、TO−0162432の対立遺伝子C、およびTO−0162427の対立遺伝子Tのうちの少なくとも1つの検出により行われる、請求項18〜20のいずれか一項に記載の方法。
- TBRFVに対する耐性を有するS.リコペルシカム植物を育種する方法であって、TBRFV耐性を付与するQTL1、QTL2、および/またはQTL3を有する寄託された種子NCIMB42758またはその子孫から成長した植物を、前記QTLを欠失した最初のS.リコペルシカム植物と交配するステップを含む、方法。
- 請求項18〜22のいずれか一項に記載の方法により得られるS.リコペルシカム植物。
- TBRFVに対する葉の抵抗性をS.リコペルシカム植物に付与する染色体11上のQTLと関連するSNPマーカーTO−0122252、TO−0144317、TO−0142270、TO−0142294、TO−0142303、TO−0142306、TO−0182276、TO−0181040、TO−0123057、TO−0125528、TO−0162432、およびTO−0162427のうちの少なくとも1つの、前記QTLと関連する代替分子マーカーを同定するための使用であって、前記代替分子マーカーが、TO−0122252およびTO−0162427もしくはTO−0142270およびTO−0125528により染色体11上で区切られた染色体領域にあるか、またはTO−0122252、TO−0144317、TO−0142270、TO−0142294、TO−0142303、TO−0142306、TO−0182276、TO−0181040、TO−0123057、TO−0125528、TO−0162432、もしくはTO−0162427の遺伝子座から2メガベース単位未満にある、使用。
- TBRFVに外寄生された環境でのトマト植物の収量を改善する方法であって、前記植物にTBRFVに対する抵抗性または耐性を付与する染色体6のQTL1、染色体9のQTL2、および/または染色体11のQTL3をホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、方法。
- TBRFVに外寄生された環境でのトマト植物の収量を改善する方法であって、前記植物にTBRFVに対する抵抗性または耐性を付与する染色体11のQTLをホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、方法。
- TBRFV外寄生の状態におけるトマト生産の損失を低減する方法であって、前記植物にTBRFVに対する抵抗性または耐性を付与する染色体6のQTL1、染色体9のQTL2、および/または染色体11のQTL3をホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、方法。
- 前記植物にTBRFVに対する葉の耐性を付与する染色体11のQTL3をそのゲノム中に含むTBRFVに耐性であるトマト植物を同定することであって、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、同定することと、
TBRFVに外寄生された環境またはTBRFV外寄生の状態で前記植物を成長させることと、を含む、請求項25〜27のいずれか一項に記載の方法。 - トマト植物の畑、通路、または温室をTBRFV外寄生から保護する方法であって、前記植物にTBRFVに対する抵抗性または耐性を付与する染色体6のQTL1、染色体9のQTL2、および/または染色体11のQTL3をホモ接合でゲノム中に含む抵抗性または耐性トマト植物を成長させることを含み、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、方法。
- 畑、通路、または温室のTBRFV外寄生を制御するためのTBRFVに耐性であるトマト植物の使用であって、前記トマト植物は、前記植物にTBRFVに対する耐性を付与する染色体6のQTL1、染色体9のQTL2、および/または染色体11のQTL3をホモ接合でゲノム中に含み、前記QTLが、種子HAZTBRFVRES1 NCIMB受託番号42758の植物のゲノム中に存在する、方法。
- TBRFV感染に対する耐性に関連する少なくとも1つの遺伝子マーカーの存在についてS.リコペルシカム植物またはトマト生殖質の遺伝子型解析をする方法であって、検査される前記植物または生殖質のゲノム中において、TO−0005197の対立遺伝子T、TO−0145581の対立遺伝子C、TO−0180955の対立遺伝子G、TO−0196724の対立遺伝子C、TO−0145125の対立遺伝子G、TO−0196109の対立遺伝子G、TO−0122252の対立遺伝子T、TO−0144317の対立遺伝子C、TO−0142270の対立遺伝子T、TO−0142294の対立遺伝子G、TO−0142303の対立遺伝子A、TO−0142306の対立遺伝子A、TO−0182276の対立遺伝子G、TO−0181040の対立遺伝子G、TO−0123057の対立遺伝子G、TO−0125528の対立遺伝子A、TO−0162432の対立遺伝子C、および/またはTO−0162427の対立遺伝子Tのうちの少なくとも1つを含む核酸を決定または検出するステップを含む、方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023123276A JP2023153180A (ja) | 2017-06-01 | 2023-07-28 | トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP17305644.1 | 2017-06-01 | ||
EP17305644.1A EP3409106A1 (en) | 2017-06-01 | 2017-06-01 | Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv) |
PCT/EP2018/064055 WO2018219941A1 (en) | 2017-06-01 | 2018-05-29 | Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv) |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023123276A Division JP2023153180A (ja) | 2017-06-01 | 2023-07-28 | トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020521492A true JP2020521492A (ja) | 2020-07-27 |
JP2020521492A5 JP2020521492A5 (ja) | 2021-07-26 |
Family
ID=59034689
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019566238A Pending JP2020521492A (ja) | 2017-06-01 | 2018-05-29 | トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 |
JP2023123276A Pending JP2023153180A (ja) | 2017-06-01 | 2023-07-28 | トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023123276A Pending JP2023153180A (ja) | 2017-06-01 | 2023-07-28 | トバモウイルスであるトマト褐色縮葉フルーツウイルス(tbrfv)に対するソヌラム・リコペルシカム植物における耐性 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US11452276B2 (ja) |
EP (2) | EP3409106A1 (ja) |
JP (2) | JP2020521492A (ja) |
CA (1) | CA3064508A1 (ja) |
IL (1) | IL270952A (ja) |
MA (2) | MA54578B1 (ja) |
MX (1) | MX2019014334A (ja) |
WO (1) | WO2018219941A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2021505165A (ja) * | 2017-12-08 | 2021-02-18 | ライク・ズワーン・ザードテールト・アン・ザードハンデル・ベスローテン・フェンノートシャップ | Tbrfv抵抗性トマト植物 |
Families Citing this family (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3808761A1 (en) | 2015-07-17 | 2021-04-21 | Nunhems B.V. | New species of tobamovirus |
WO2020249996A1 (en) | 2019-06-14 | 2020-12-17 | Vilmorin & Cie | Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus |
US11730135B2 (en) | 2017-06-01 | 2023-08-22 | Vilmorin & Cie. | Resistance in plants of Solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus |
EP3409106A1 (en) * | 2017-06-01 | 2018-12-05 | Vilmorin et Cie | Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv) |
AU2019306267A1 (en) | 2018-07-20 | 2020-12-17 | Seminis Vegetable Seeds, Inc. | Tomato plants with improved disease resistance |
WO2020147921A1 (en) * | 2019-01-14 | 2020-07-23 | Enza Zaden Beheer B.V. | Tomato plant resistant to tomato brown rugose fruit virus |
CN110129478B (zh) * | 2019-05-21 | 2022-06-21 | 上海市农业科学院 | 一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记及应用 |
NL2024170B1 (en) | 2019-11-06 | 2021-07-20 | Hw Innovations B V | Compositions, uses and methods for prevention and treatment of viral plant infections. |
JP6810946B1 (ja) * | 2020-02-12 | 2021-01-13 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | トバモウイルス抵抗性トマト植物、トバモウイルス抵抗性トマト植物の生産方法、トマト植物におけるトバモウイルス抵抗性の付与方法、トバモウイルス抵抗性トマト植物のスクリーニング方法およびトマト植物におけるトバモウイルス抵抗性の検出方法 |
WO2021170868A1 (en) * | 2020-02-28 | 2021-09-02 | Rijk Zwaan Zaadteelt En Zaadhandel B.V. | Albino3-like gene involved in virus resistance |
CN116056566A (zh) | 2020-04-23 | 2023-05-02 | 纽海姆有限公司 | 具有改进的烟草花叶病毒抗性的番茄植物 |
IL298618A (en) * | 2020-06-05 | 2023-01-01 | Vilmorin & Cie | Tobrfv resistance of Solanum lycopersicum plants |
EP4185098A4 (en) * | 2020-07-23 | 2024-05-08 | Philoseed Ltd | TOMATO PLANTS INCLUDING DOMINANT RESISTANCE GENES AGAINST TOMATO BROWN AND ROUGH FRUIT VIRUS |
WO2022117884A1 (en) * | 2020-12-03 | 2022-06-09 | Vilmorin & Cie | Tomato plants resistant to tobrfv, tmv, tomv and tommv and corresponding resistance genes |
WO2023156569A1 (en) | 2022-02-17 | 2023-08-24 | Syngenta Crop Protection Ag | Novel tomato plants with tobrfv resistance |
NL2033161B1 (en) * | 2022-09-27 | 2024-04-05 | Enza Zaden Beheer Bv | Method for selecting an s. lycopersicum plant tolerant to high temperature conditions |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013064641A1 (en) * | 2011-11-02 | 2013-05-10 | Rijk Zwaan Zaadteelt En Zaadhandel B.V. | Pepino mosaic virus resistant tomato plant |
US20160242376A1 (en) * | 2015-02-20 | 2016-08-25 | Hm.Clause, Inc. | Hybrid tomato plant hmx4909 |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2474486C (en) | 2002-01-23 | 2013-05-14 | The University Of Utah Research Foundation | Targeted chromosomal mutagenesis using zinc finger nucleases |
SG181601A1 (en) | 2009-12-10 | 2012-07-30 | Univ Minnesota | Tal effector-mediated dna modification |
US9181535B2 (en) | 2012-09-24 | 2015-11-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Transcription activator-like effector nucleases (TALENs) |
EP4234696A3 (en) | 2012-12-12 | 2023-09-06 | The Broad Institute Inc. | Crispr-cas component systems, methods and compositions for sequence manipulation |
DK2898075T3 (en) | 2012-12-12 | 2016-06-27 | Broad Inst Inc | CONSTRUCTION AND OPTIMIZATION OF IMPROVED SYSTEMS, PROCEDURES AND ENZYME COMPOSITIONS FOR SEQUENCE MANIPULATION |
WO2014093694A1 (en) | 2012-12-12 | 2014-06-19 | The Broad Institute, Inc. | Crispr-cas nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation in eukaryotes |
US8697359B1 (en) | 2012-12-12 | 2014-04-15 | The Broad Institute, Inc. | CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products |
ES2576128T3 (es) | 2012-12-12 | 2016-07-05 | The Broad Institute, Inc. | Modificación por tecnología genética y optimización de sistemas, métodos y composiciones para la manipulación de secuencias con dominios funcionales |
PT2921557T (pt) | 2012-12-12 | 2016-10-19 | Massachusetts Inst Technology | Engenharia de sistemas, métodos e composições guia otimizadas para a manipulação de sequências |
EP3808761A1 (en) | 2015-07-17 | 2021-04-21 | Nunhems B.V. | New species of tobamovirus |
EP3409106A1 (en) * | 2017-06-01 | 2018-12-05 | Vilmorin et Cie | Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv) |
WO2019110130A1 (en) | 2017-12-08 | 2019-06-13 | Rijk Zwaan Zaadteelt En Zaadhandel B.V. | Tbrfv resistant tomato plant |
-
2017
- 2017-06-01 EP EP17305644.1A patent/EP3409106A1/en not_active Withdrawn
-
2018
- 2018-05-29 US US16/616,825 patent/US11452276B2/en active Active
- 2018-05-29 JP JP2019566238A patent/JP2020521492A/ja active Pending
- 2018-05-29 WO PCT/EP2018/064055 patent/WO2018219941A1/en unknown
- 2018-05-29 EP EP18727798.3A patent/EP3629711A1/en active Pending
- 2018-05-29 MA MA54578A patent/MA54578B1/fr unknown
- 2018-05-29 CA CA3064508A patent/CA3064508A1/en active Pending
- 2018-05-29 MA MA47551A patent/MA47551B2/fr unknown
- 2018-05-29 MX MX2019014334A patent/MX2019014334A/es unknown
-
2019
- 2019-11-26 IL IL270952A patent/IL270952A/en unknown
-
2022
- 2022-09-09 US US17/930,907 patent/US11889812B2/en active Active
-
2023
- 2023-07-28 JP JP2023123276A patent/JP2023153180A/ja active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013064641A1 (en) * | 2011-11-02 | 2013-05-10 | Rijk Zwaan Zaadteelt En Zaadhandel B.V. | Pepino mosaic virus resistant tomato plant |
US20160242376A1 (en) * | 2015-02-20 | 2016-08-25 | Hm.Clause, Inc. | Hybrid tomato plant hmx4909 |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
AM. J. PLANT SCI., vol. 2, JPN7022002896, 2011, pages 180 - 189, ISSN: 0004803838 * |
ARCH. VIROL., vol. 161, JPN6022025652, 2016, pages 503 - 506, ISSN: 0004803836 * |
EUPHYTICA, vol. 190, JPN6022025653, 2013, pages 297 - 308, ISSN: 0004803837 * |
NAT. GENET., vol. 46, no. 9, JPN6022025651, 2014, pages 1034 - 1038, ISSN: 0005021736 * |
PLOS ONE, vol. 12(1), e0170429, JPN7022002895, 2017, ISSN: 0004803835 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2021505165A (ja) * | 2017-12-08 | 2021-02-18 | ライク・ズワーン・ザードテールト・アン・ザードハンデル・ベスローテン・フェンノートシャップ | Tbrfv抵抗性トマト植物 |
JP7220217B2 (ja) | 2017-12-08 | 2023-02-09 | ライク・ズワーン・ザードテールト・アン・ザードハンデル・ベスローテン・フェンノートシャップ | Tbrfv抵抗性トマト植物 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2023153180A (ja) | 2023-10-17 |
US20210171975A1 (en) | 2021-06-10 |
US11889812B2 (en) | 2024-02-06 |
CA3064508A1 (en) | 2018-12-06 |
MX2019014334A (es) | 2020-01-27 |
MA47551A1 (fr) | 2021-03-31 |
IL270952A (en) | 2020-01-30 |
MA54578B1 (fr) | 2023-04-28 |
US11452276B2 (en) | 2022-09-27 |
EP3629711A1 (en) | 2020-04-08 |
EP3409106A1 (en) | 2018-12-05 |
MA54578A1 (fr) | 2022-09-30 |
MA47551B2 (fr) | 2023-04-28 |
US20230079261A1 (en) | 2023-03-16 |
WO2018219941A1 (en) | 2018-12-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11889812B2 (en) | Tolerance in plants of Solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (TBRFV) | |
JP7220217B2 (ja) | Tbrfv抵抗性トマト植物 | |
US11864511B2 (en) | Resistance to ToLCNDV in melons | |
US11730135B2 (en) | Resistance in plants of Solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus | |
US20220279748A1 (en) | Tolerance to tolcndv in cucumber | |
US20230276763A1 (en) | Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobrfv | |
US20220304272A1 (en) | Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus | |
US10271503B2 (en) | Resistance to geminiviruses in watermelons | |
CN110891416A (zh) | 腐霉属抗性的遗传基础 | |
WO2023012325A1 (en) | Resistance to leveillula taurica in pepper | |
WO2023194548A1 (en) | Tolerance to cgmmv in cucumber | |
WO2021094805A1 (en) | Resistance to acidovorax valerianellae in corn salad |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20191129 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210527 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210527 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220621 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20220920 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20221216 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20230328 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230728 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20230907 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20231110 |