JP2020000198A - 解析方法、情報処理装置、プログラム - Google Patents
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Abstract
Description
本発明の一実施形態に係る解析方法は、コンピュータを用いて、被検者から採取された試料の核酸配列を解析する解析方法である。この解析方法では、核酸配列から読み取られた配列情報に基づいて、所定変異(例えば、CDx対象の遺伝子変異)を特定し、試料に対応する疾患に応じて、所定変異を有する被検者に対する所定の薬剤の奏功性に関連する情報を表示するレポートを作成する。まず、この解析方法の概要について、図1を用いて説明する。図1は、本発明の一実施形態に係る解析方法を実行する情報処理装置1の処理の流れの概要を示すフローチャートである。
まず、本発明の一実施形態に係る情報処理装置1を含む遺伝子解析システム100の概略について、図3を用いて説明する。図3は、本発明の一実施形態に係る情報処理装置1を備える遺伝子解析システム100の構成例を示す図である。遺伝子解析システム100は、遺伝子の配列情報を解析するシステムであって、情報処理装置1、シーケンサー2、および管理サーバ3を備えている。
続いて、図3に示す遺伝子解析システム100の適用例における処理の流れについて、図4を用いてより具体的に説明する。図4は、遺伝子解析システム100において行われる主要な処理の例を示すシーケンス図である。なお、図4に示された処理は、各機関で行われる処理の一部分に過ぎない。
まず、遺伝子解析システム100の利用を希望する検査機関120は、情報処理装置1を導入する。そして、遺伝子解析システム100の利用を解析システム管理機関130に申請する(ステップS101)。S101は省略可能である。例えば、解析システム管理機関130が検査機関120と同一である場合、S101は省略される。
医療機関210では、医師等が必要に応じて、被検者の病変部位の組織および血液などの試料を採取する。採取した試料の解析を検査機関120に依頼する場合、例えば、医療機関210に設けられた通信端末5から解析依頼が送信される(ステップS105)。検査機関120に試料の解析を依頼する場合、医療機関210は、解析依頼の送信とともに、試料毎に付与された試料IDを検査機関120に提供する。試料毎に付与された試料IDは、各試料が採取された被検者に関する情報(例えば、患者IDなど)および該被検者の疾患を識別するための識別情報(例えば、疾患名および疾患ID)などと各試料とを対応付けるものである。なお、医療機関210から検査機関120に、試料IDと共に、被検者IDおよび疾患IDなども送信されてもよい。
情報処理装置1は、医療機関210から解析依頼を受信する(S106)。さらに、情報処理装置1は、該解析依頼の送信元である医療機関210から試料を受け取る。
遺伝子解析システム100は、遺伝子の配列情報を解析するシステムであって、少なくとも情報処理装置1と、管理サーバ3とを備える。情報処理装置1はイントラネットおよびインターネットなどの通信回線4を介して管理サーバ3と接続されている。
シーケンサー2は、試料に含まれる遺伝子の塩基配列を読み取るために利用される塩基配列解析装置である。
次に、管理サーバ3に格納されているデータについて、図5を用いて説明する。図5は、管理サーバ3に記憶されているデータのデータ構造の例を示す図である。解析システム管理機関130は、図5に示す各データに基づいて、各検査機関に請求するシステム利用料を決定する。管理サーバ3は、遺伝子の配列解析を行う検査機関120を特定する情報(例えば、検査機関ID)と、使用された遺伝子パネルに関する情報と、遺伝子の配列の解析状況に関する情報(例えば、解析実績)とを含む情報を、情報処理装置1から通信回線4を介して受信する。なお、図5では、「遺伝子パネルA」は「Aパネル」、「遺伝子パネルB」は「Bパネル」などと表記されており、「遺伝子パネルID」は「パネルID」と表記されている。
図6は情報処理装置1の構成の一例である。情報処理装置1は、シーケンサー2により読み取られたリード配列情報および解析対象となる複数の遺伝子を含む遺伝子パネルに関する情報とを取得する制御部11と、制御部11が取得した遺伝子パネルに関する情報に基づいた、リード配列情報の解析結果を出力する出力部13と、を備える装置である。情報処理装置1は、コンピュータを用いて構成することができる。例えば、制御部11は、CPU(Central Processing Unit)等のプロセッサであり、記憶部12は、ハードディスクドライブである。
ここでは、図4のステップS107に示す、遺伝子パネル関する情報の入力を受け付ける処理について、図7を用いて説明する。図7は、遺伝子パネル関する情報の入力を受け付ける処理の流れの一例を示すフローチャートである。
続いて、図8を用いて、遺伝子パネルに関する情報を操作者に入力させるGUIのいくつかの例について説明する。図8は、遺伝子パネルに関する情報の入力に用いられるGUIの例を示す図である。
次に、入力部17を介して遺伝子パネルに関する情報が入力された場合に、情報選択部112が参照する遺伝子パネル関連情報データベース121に記憶されているデータについて、図9を用いて説明する。図9は、遺伝子パネル関連情報データベース121のデータ構造の例を示す図である。
ここでは、遺伝子パネル関連情報データベース121に記憶されている情報の更新について、図12および図13を用いて説明する。図12および図13は、遺伝子パネル関連情報データベース121を操作者が更新する場合に用いられるGUIの例を示す図である。
管理部116は、解析実行部110が動作した動作回数、解析した遺伝子数、および同定した権威の総数などを含む解析実績を、遺伝子パネルID、遺伝子IDと関連付けて、随時、解析実績ログ151に記憶させる。管理部116は、任意の頻度(例えば、日毎、週毎、月毎)に、解析実績ログ151から解析実績などを含むデータを読み出して、該データを検査機関IDと対応付けて通信部14を介して管理サーバに送信する。
通信部14は、情報処理装置1が通信回線4を介して、管理サーバ3と通信するためのものである。通信部14から管理サーバ3に送信されるデータには、検査機関ID、遺伝子パネルID、遺伝子ID、解析実績、更新要求などが含まれ得る。また、管理サーバ3から受信するデータには、遺伝子パネルに関する情報、更新可能な遺伝子名などが含まれ得る。
ここでは、試料および品質管理試料の遺伝子配列を解析するための処理の流れについて、図14を用いて説明する。図14は、試料の遺伝子配列を解析するための処理の流れの一例を示すフローチャートである。
続いて、図14のステップS31の前処理の手順について図15〜18に示す流れに沿って説明する。図15〜18は、試料DNAの塩基配列をシーケンサー2によって解析するための前処理の手順の一例を説明するフローチャートである。
一実施形態では、品質管理試料は、複数の標準遺伝子を含む組成物である。品質管理試料は、複数の標準遺伝子を混合することにより調製され得る。これらの標準遺伝子を混合して単一の容器に収容した試薬を品質管理試料として検査機関120に提供することができる。また、品質管理試料として複数の標準遺伝子を別々の容器に収容してキットの形態として検査機関120に提供されてもよい。品質管理試料は、溶液の状態であってもよいし、固体(粉末)の状態であってもよい。溶液で提供される場合の溶媒としては、水、TEバッファーなど当業者に公知の水性溶媒を使用することができる。
より取得してもよい。DNA合成機で合成した標準遺伝子を鋳型としてPCR増幅し、精製することにより取得してもよい。
続いて、図26〜図28を適宜参照しながら、図14のステップS32の手順について図25に示す流れに沿って説明する。図25は、試料DNAの塩基配列をシーケンサー2によって解析する手順の一例を説明するフローチャートである。
シーケンサー2によるリード配列の読み取りに用いられる遺伝子パネルは、上述したように、複数の解析対象を一度のランで解析するための解析キットを意味し、一実施形態において、複数の疾病に関する複数の遺伝子配列を解析するための解析キットであり得る。
続いて、解析実行部110の配列データ読取部111、データ調整部113、および変異同定部114の処理について、図30〜図38を適宜参照しながら、図29に示す処理の流れに沿って説明する。
まず、図29のステップS11において、配列データ読取部111は、シーケンサー2から提供されたリード配列情報を読み込む。データ読取部111は、核酸配列のエクソン領域から読み取られたリード配列情報を取得してもよく、少なくとも10Mb(1000万塩基)以上のエクソン領域から読み取られたリード配列情報を取得してもよい。
この式において、Eは、塩基割当が正しく行われない確率の推定値を表す。Q値が高いほど、エラーの確率が低いことを意味する。Q値が低いほど、そのリードは使用できない部分が大きくなる。
続いて、図29のステップS12において、データ調整部113は、配列データ読取部111が読み込んだリード配列情報に基づいて、リード配列情報に含まれる各核酸断片のリード配列のアライメントを実行する。
情報である。マップ品質は、当該リード配列に対応するマッピング品質を示す情報である。配列は、各リード配列に対応する塩基配列(例: …GTAAGGCACGTCATA…)を示す情報である。
続いて、図29に戻り、ステップS13において、変異同定部114は、被検者の病変部位から採取された試料を供して得られたリード配列がアライメントされた参照配列の配列(アライメント配列)と、同被検者の血液試料を供して得られたリード配列がアライメントされた参照配列の配列とを比較する。
り、参照塩基がTCG、変異塩基がTである変異は、欠失(Deletion)変異の例である。また、変異塩基がG]17:198982]、]13:123456]T、C[2:321682[、または、[17:198983[Aである変異は、他の染色体の一部の配列または逆相補配列が結合している変異の例である。
薬剤検索部118が薬剤に関する情報を含むリストを生成する処理の流れについて、図40を用いて説明する。図40は、薬剤検索部118が変異に関する薬剤のリストを生成する処理の一例を示すフローチャートである。
薬剤検索部118が薬剤データベース124を検索して薬剤リストを生成する場合に、薬剤データベース124に記憶されているデータ124Aについて、図41を用いて説明する。図41は、薬剤データベース124のデータ構造の例を示す図である。
レポート作成部115は、変異同定部114が出力した情報、情報選択部112から提供される遺伝子パネルに関する情報、および薬剤検索部118によって生成された薬剤リストに基づいてレポートを作成する(図4のステップS111、および図1に対応)。作成されるレポートに掲載される情報は、遺伝子パネルに関する情報、同定された遺伝子変異に関連する情報、および検出された遺伝子変異に関連する薬剤の情報を含んでいる。検査機関120が「CDx用途」のプランの契約を締結している場合には、レポート作成部115は、CDxに適用可能な薬剤の、所定の疾患を有する被検者に対する奏功性に関連する補助情報を含むレポートを作成することも可能である。
レポート作成部115は、変異同定部114が出力した情報、および薬剤検索部118が生成した薬剤リストの少なくとも1つと、図47に示すCDx情報データベース124Dとに基づいて、所定の薬剤の奏功性に関する補助情報を含むレポートを作成する。
遺伝子解析システム100を利用する検査機関120には、CDx情報データベース124Dが提供される。図47は、CDx情報データベースのデータ構造の例を示す図である。CDx情報データベース124Dは、データ124A〜124Cと同様に薬剤データベース124に記憶されていてもよいし、個別のデータベースとして記憶されていてもよい。
続いて、レポート作成部115によって作成されるレポートのいくつかの具体例を、図52〜図60を用いて説明する。図52〜図60はそれぞれ、作成されるレポートの一例を示す図である。
(1)試料に対応する疾患に応じてレポートを作成する。
(2)試料に対応する疾患、および試料の核酸配列において特定された遺伝子変異に応じてレポートを作成する。
(3)薬剤の奏功性に関連する情報(例えば、CDx用途)に対応付けられる遺伝子変異を、試料に対応する疾患、および試料の核酸配列において特定された遺伝子変異に応じて異ならせたレポートを作成する。
品質管理部117は、品質評価試料を測定することにより得られた配列情報に基づいて、遺伝子検査の品質を評価するための品質管理指標を生成する。CDx用途として遺伝子パネル検査の結果を用いる場合、遺伝子パネル検査で得られた分析結果の信頼性および精度などが所定の基準を満たしていることが要求される。
CDx対象の遺伝子における遺伝子変異を解析対象とする遺伝子パネルを用いたパネル検査か否かに応じて、レポート作成部115が異なるレポートを作成する構成であってもよい。図50は、レポート作成部115が、使用された遺伝子パネルがCDx対象であるか否かに応じて、CDxの奏功性に関する補助情報を含むレポートを作成する処理の一例を示すフローチャートである。なお、既に説明された工程については、同じステップ番号を付してその説明を省略する。
レポート作成部115によって作成されたレポートは、リード配列情報の解析結果として、出力部13から、医療機関210に設置された通信端末5にデータ送信されてもよい(図4のステップS112に対応)。あるいは、情報処理装置1と接続されているプリンタ(図示せず)に送信され、該プリンタによって印刷された後に、紙媒体として、検査機関120から医療機関210へ送付されてもよい。
品質評価指標は、例えば、以下のようなものが挙げられる。
・指標(ii):解析対象の複数の遺伝子に含まれる塩基のうちシーケンサー2で読み取られた塩基の割合を示す品質評価指標。
・指標(iii):リード配列情報のデプスを示す品質評価指標。
・指標(iv):リード配列情報のデプスのばらつきを示す品質評価指標。
・指標(v):品質管理試料に含まれる各標準遺伝子が有する変異が全て検出されたか否かを示す品質評価指標。
指標(i−1):クオリティスコア、および
指標(i−2):クラスター濃度
が含まれ得る。
クオリティスコアは、シーケンサー2によって読み取られた遺伝子配列中の各塩基の正確さを示す指標である。
シーケンサー2は、フローセル上で多数の1本鎖DNA断片を局所的に増幅固定させて、クラスターを形成する(図27の「9」参照)。そして、蛍光顕微鏡を用いてフローセル上のクラスター群を撮像し、A、C、G、Tそれぞれに対応する蛍光色(すなわち、蛍光波長が異なっている)を検出することによって配列を読み取っていく。クラスター密度は、シーケンシングを行うときのフローセル上に形成した、各遺伝子のクラスターがどの程度近接し合っているかを示す指標である。
この指標は、シーケンサー2により読み取られた塩基(ターゲット領域以外も含む)のうち、どれだけのターゲット領域の塩基が読み取られたかを示す指標であり、読み取られた塩基の総数と、ターゲット領域の塩基の総数との比として算出され得る。
2 シーケンサー
3 管理サーバ
4 通信回線
11 制御部
111 配列データ読取部
112 情報選択部
114 変異同定部
115 レポート作成部
118 薬剤検索部
Claims (55)
- コンピュータを用いて、試料の核酸配列を解析する解析方法であって、
前記核酸配列から読み取られた配列情報に基づいて所定変異を特定し、
前記試料に対応する疾患に応じて、前記所定変異に対応する所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含むレポートを作成する
ことを特徴とする解析方法。 - 前記試料に対応する疾患を識別し、
所定の疾患の識別に応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1に記載の解析方法。 - 前記試料に対応する疾患を識別し、
所定の疾患における前記所定変異の検出に応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1または2に記載の解析方法。 - 前記配列情報に基づいて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異および前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異の有無を判定する
ことを特徴とする請求項1から3のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異と、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異とが区別されている前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から4のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定変異と前記所定の薬剤の奏功性に関する情報とが関連付けられた前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から5のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定の薬剤の奏功性に関する前記所定変異を表示する第一領域と、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異を表示する第二領域と、を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から6のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異を表示するレポートと、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異を表示するレポートと、を作成する
ことを特徴とする請求項1から7のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定の薬剤の奏功性に関連することを示すアイコンが前記所定変異に関連付けられた前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から8のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定変異が、前記所定の薬剤が奏効する可能性のある被検者の選択に使用可能であることを示す情報を表示する前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から9のいずれか1項に記載の解析方法。 - 品質評価指標が所定の基準を満たしていることに応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関する情報を表示する前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項1から10のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標は、シーケンサーによって読み取られた前記配列情報中の各塩基の読取の正確さを示す
ことを特徴とする請求項11に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標は、読み取られた前記配列情報のデプスを示す
ことを特徴とする請求項11に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標は、読み取られた前記配列情報のデプスのばらつきを示す
ことを特徴とする請求項11に記載の解析方法。 - 前記配列情報は、フローセル上で増幅された前記核酸配列のクラスター群から読み取られた情報であり、
前記品質評価指標は、前記クラスター群におけるクラスターの近接度合を示す
ことを特徴とする請求項11に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標が前記所定の基準を満たしていないことに応じて、前記核酸配列の解析結果が参考情報であることを示す情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項11から15のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標が前記所定の基準を満たしていないことに応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関する情報を含まない前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項11から16のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記品質評価指標が前記所定の基準を満たさないことに応じて、特定された前記所定変異が、前記所定の薬剤が奏効する可能性のある被検者の選択に使用不可であることを示す情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項11から17のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定変異は、ヌクレオチドの置換、欠失、もしくは挿入、多型、遺伝子のコピー数異常または遺伝子融合である
ことを特徴とする、請求項1から18のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記配列情報は、前記核酸配列のエクソン領域から読み取られた配列情報である
ことを特徴とする請求項1から19のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記配列情報は、1000万塩基以上のエクソン領域から読み取られた配列情報である
ことを特徴とする請求項1から20のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記配列情報を、通信回線を介して取得する
ことを特徴とする請求項1から21のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記コンピュータの操作者の入力に基づいて、前記試料に対応する情報を取得する
ことを特徴とする請求項1から22のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記試料に対応する疾患に関する情報を、前記試料に付された識別情報に基づいて取得する、
ことを特徴とする請求項1から23のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記試料に対応する疾患に関する情報を、通信回線を介して取得する、
ことを特徴とする請求項1から24のいずれか1項に記載の解析方法。 - 前記所定変異に対する薬剤の奏功性に関する情報を、通信回線を介して取得する、
ことを特徴とする請求項1から25のいずれか1項に記載の解析方法。 - コンピュータを用いて、試料の核酸配列を解析する解析方法であって、
前記核酸配列から読み取られた配列情報に基づいて所定変異を特定し、
前記試料に対応する疾患を識別し、
所定の疾患の試料における所定変異の検出に応じて、前記所定変異に対応する所定の薬剤の奏功性に関する情報を含むレポートを作成する
ことを特徴とする解析方法。 - 前記コンピュータにより前記所定変異の有無を判定し、
前記コンピュータにより前記レポートを作成する、
ことを特徴とする請求項1から27のいずれか1項に記載の解析方法。 - 試料の核酸配列を解析する情報処理装置であって、
前記核酸配列から読み取られた配列情報を取得する配列データ読取部と、
前記配列情報に基づいて、前記核酸配列における所定変異を特定する変異同定部と、
前記試料に対応する疾患を識別する情報選択部と、
所定の疾患の識別に応じて、前記所定変異に対応する所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含む前記レポートを作成するレポート作成部と、
を備えることを特徴とする情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、所定の疾患の識別に応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、所定の疾患における所定変異の検出に応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29または30に記載の情報処理装置。 - 前記配列情報に基づいて、前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異および前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異を判定する薬剤検索部をさらに備える
ことを特徴とする請求項29から31のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異と、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異とが区別されている前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から32に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記所定変異と前記所定の薬剤の奏功性に関する情報とが関連付けられた前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から33のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、所定の薬剤の奏功性に関する前記所定変異を表示する第一領域と、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異を表示する第二領域と、を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から34のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記所定の薬剤の奏功性に関連する前記所定変異を表示するレポートと、前記所定の薬剤の奏功性に関連しない他の変異を表示するレポートと、を作成する
ことを特徴とする請求項29から35のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記所定の薬剤の奏功性に関連することを示すアイコンが所定変異に関連付けられた前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から36のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記所定変異が、前記所定の薬剤が奏効する可能性のある被検者の選択に使用可能であることを示す情報を表示する前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から37のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、品質評価指標が所定の基準を満たしていることに応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関する情報を表示する前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項29から38のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記品質評価指標は、シーケンサーによって読み取られた前記配列情報中の各塩基の読取の正確さを示す
ことを特徴とする請求項39に記載の情報処理装置。 - 前記品質評価指標は、読み取られた前記配列情報のデプスを示す
ことを特徴とする請求項39に記載の情報処理装置。 - 前記品質評価指標は、読み取られた前記配列情報のデプスのばらつきを示す
ことを特徴とする請求項39に記載の情報処理装置。 - 前記配列データ読取部は、フローセル上で増幅された前記核酸配列のクラスター群から読み取られた前記配列情報を取得し、
前記品質評価指標は、前記クラスター群におけるクラスターの近接度合を示す
ことを特徴とする請求項39に記載の情報処理装置。 - 前記品質評価指標が前記所定の基準を満たしていないことに応じて、前記核酸配列の解析結果が参考情報であることを示す情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項39から43のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記品質評価指標が前記所定の基準を満たしていないことに応じて、前記所定の薬剤の奏功性に関する情報を含まない前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項39から44のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記レポート作成部は、前記品質評価指標が前記所定の基準を満たさないことに応じて、特定された前記所定変異が、前記所定の薬剤が奏効する可能性のある被検者の選択に使用不可であることを示す情報を含む前記レポートを作成する
ことを特徴とする請求項39から45のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記変異同定部は、前記配列情報に基づいて、前記核酸配列におけるヌクレオチドの置換、欠失、もしくは挿入、多型、遺伝子のコピー数異常または遺伝子融合を特定する
ことを特徴とする、請求項29から46のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記配列データ読取部は、前記核酸配列のエクソン領域から読み取られた配列情報を取得する
ことを特徴とする請求項29から47のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記配列データ読取部は、1000万塩基以上のエクソン領域から読み取られた配列情報を取得する
ことを特徴とする請求項29から48のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記配列データ読取部は、前記配列情報を、通信回線を介して取得する
ことを特徴とする請求項29から49のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記情報選択部は、操作者によって入力された前記試料に対応する疾患に関する情報を取得する
ことを特徴とする請求項29から50のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記情報選択部は、前記試料に対応する疾患に関する情報を、前記試料を識別するための識別情報に基づいて取得する、
ことを特徴とする請求項29から51のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記情報選択部は、前記試料に対応する疾患に関する情報を、通信回線を介して取得する、
ことを特徴とする請求項29から52のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - 前記所定変異に対する薬剤の奏功性に関する情報を、通信回線を介して取得する、
ことを特徴とする請求項29から53のいずれか1項に記載の情報処理装置。 - コンピュータに、
試料の核酸配列から読み取られた配列情報に基づいて所定変異を特定する工程と、
前記試料に対応する疾患に応じて、前記所定変異に対応する所定の薬剤の奏功性に関連する情報を含むレポートを作成する工程と、
を実行させるためのプログラム。
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