JP2019524115A - 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 - Google Patents
気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2019524115A JP2019524115A JP2019504069A JP2019504069A JP2019524115A JP 2019524115 A JP2019524115 A JP 2019524115A JP 2019504069 A JP2019504069 A JP 2019504069A JP 2019504069 A JP2019504069 A JP 2019504069A JP 2019524115 A JP2019524115 A JP 2019524115A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- pde8a
- editing
- patient
- site
- risk
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000010357 RNA editing Methods 0.000 title claims description 56
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 title claims description 56
- 208000019022 Mood disease Diseases 0.000 title claims description 16
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title description 45
- 101001117261 Homo sapiens High affinity cAMP-specific and IBMX-insensitive 3',5'-cyclic phosphodiesterase 8A Proteins 0.000 claims abstract description 127
- 102100024228 High affinity cAMP-specific and IBMX-insensitive 3',5'-cyclic phosphodiesterase 8A Human genes 0.000 claims abstract description 122
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 70
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 claims abstract description 34
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 29
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 29
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims abstract description 13
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims abstract description 11
- 230000008859 change Effects 0.000 claims abstract description 9
- 230000007170 pathology Effects 0.000 claims abstract description 9
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims abstract description 7
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims abstract description 4
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims abstract description 4
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 69
- 206010010144 Completed suicide Diseases 0.000 claims description 58
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 claims description 51
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 claims description 51
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 40
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 30
- 102100038191 Double-stranded RNA-specific editase 1 Human genes 0.000 claims description 24
- 101000742223 Homo sapiens Double-stranded RNA-specific editase 1 Proteins 0.000 claims description 24
- 102100029791 Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase Human genes 0.000 claims description 17
- 101000865408 Homo sapiens Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase Proteins 0.000 claims description 17
- 101100407336 Homo sapiens PDE8A gene Proteins 0.000 claims description 16
- 101150056256 PDE8A gene Proteins 0.000 claims description 16
- 206010042464 Suicide attempt Diseases 0.000 claims description 16
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 claims description 15
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 15
- 208000017194 Affective disease Diseases 0.000 claims description 14
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 claims description 14
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 12
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 claims description 12
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 12
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 claims description 12
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 11
- 230000006399 behavior Effects 0.000 claims description 9
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 9
- 208000020401 Depressive disease Diseases 0.000 claims description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 8
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 8
- 108020003584 RNA Isoforms Proteins 0.000 claims description 8
- 208000021384 Obsessive-Compulsive disease Diseases 0.000 claims description 6
- 206010065604 Suicidal behaviour Diseases 0.000 claims description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 6
- 208000028173 post-traumatic stress disease Diseases 0.000 claims description 6
- 208000011117 substance-related disease Diseases 0.000 claims description 6
- 208000020925 Bipolar disease Diseases 0.000 claims description 5
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 claims description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 5
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 5
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 5
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 4
- 230000003412 degenerative effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000000926 neurological effect Effects 0.000 claims description 4
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000013179 statistical model Methods 0.000 claims description 4
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000019901 Anxiety disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010013654 Drug abuse Diseases 0.000 claims description 3
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 claims description 3
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000036506 anxiety Effects 0.000 claims description 3
- 206010013663 drug dependence Diseases 0.000 claims description 3
- 230000020595 eating behavior Effects 0.000 claims description 3
- 208000019906 panic disease Diseases 0.000 claims description 3
- 201000000980 schizophrenia Diseases 0.000 claims description 3
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 claims description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 30
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 24
- 230000017156 mRNA modification Effects 0.000 description 22
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 21
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 17
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 15
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 15
- OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N n-methyl-1-(2-naphthalen-1-ylsulfanylphenyl)methanamine Chemical compound CNCC1=CC=CC=C1SC1=CC=CC2=CC=CC=C12 OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 12
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 9
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 9
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 7
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 7
- 230000004044 response Effects 0.000 description 7
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 7
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 6
- 238000010234 longitudinal analysis Methods 0.000 description 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 6
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 6
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 5
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 5
- IWUCXVSUMQZMFG-AFCXAGJDSA-N Ribavirin Chemical compound N1=C(C(=O)N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 IWUCXVSUMQZMFG-AFCXAGJDSA-N 0.000 description 5
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 5
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 5
- 229960000329 ribavirin Drugs 0.000 description 5
- HZCAHMRRMINHDJ-DBRKOABJSA-N ribavirin Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1N=CN=C1 HZCAHMRRMINHDJ-DBRKOABJSA-N 0.000 description 5
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 5
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 4
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 4
- 230000000994 depressogenic effect Effects 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 4
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 4
- 230000036651 mood Effects 0.000 description 4
- 238000000491 multivariate analysis Methods 0.000 description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 4
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 4
- 208000006154 Chronic hepatitis C Diseases 0.000 description 3
- 208000027534 Emotional disease Diseases 0.000 description 3
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 3
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 3
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 3
- 102100021699 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Human genes 0.000 description 2
- 101000896557 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Proteins 0.000 description 2
- 101000988834 Homo sapiens Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000001793 Wilcoxon signed-rank test Methods 0.000 description 2
- 101150081775 adaR gene Proteins 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 2
- 208000022531 anorexia Diseases 0.000 description 2
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 2
- 208000028683 bipolar I disease Diseases 0.000 description 2
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 206010061428 decreased appetite Diseases 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008451 emotion Effects 0.000 description 2
- 230000009610 hypersensitivity Effects 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 208000024714 major depressive disease Diseases 0.000 description 2
- 238000012067 mathematical method Methods 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 2
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 2
- 239000013643 reference control Substances 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000007473 univariate analysis Methods 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 101710194109 Double-stranded RNA-specific editase 1 Proteins 0.000 description 1
- 208000030814 Eating disease Diseases 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000019454 Feeding and Eating disease Diseases 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101001046426 Homo sapiens cGMP-dependent protein kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 1
- 101710156592 Putative TATA-binding protein pB263R Proteins 0.000 description 1
- 101001000154 Schistosoma mansoni Phosphoglycerate kinase Proteins 0.000 description 1
- 206010042458 Suicidal ideation Diseases 0.000 description 1
- 102100040296 TATA-box-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 101710145783 TATA-box-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 102100022422 cGMP-dependent protein kinase 1 Human genes 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 210000003710 cerebral cortex Anatomy 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000002247 constant time method Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000006866 deterioration Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 235000014632 disordered eating Nutrition 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002996 emotional effect Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000010468 interferon response Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 1
- 230000006996 mental state Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 1
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M phenylmercury acetate Chemical compound CC(=O)O[Hg]C1=CC=CC=C1 XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000000946 synaptic effect Effects 0.000 description 1
- 238000009966 trimming Methods 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Medical Treatment And Welfare Office Work (AREA)
Abstract
Description
このことが本発明の目的である。
編集酵素であるADAR1a、ADAR1b、及びADAR2のうちの少なくとも1つとPDE8Aとを発現する細胞を含有する前記患者の体液試料から
(a)前記細胞含有血液試料から得られた同じ細胞内RNA抽出物における
(i)PDE8A mRNAの発現レベル、及び
(ii)PDE8A遺伝子上の編集可能な部位であって、好ましくは前記病態と関連する部位のうち、少なくとも1つ又はその組み合わせにおける、PDE8A RNA編集のレベル、及び/又は、
発現可能であり好ましくは前記病態と関連する少なくとも1つのPDE8Aアイソフォーム若しくはPDE8Aアイソフォームの組み合わせ又は非編集転写物(Ne)の、発現レベル
を決定する工程;
(b)工程(a)で得られた結果から、前記RNA編集部位の相対割合及び/又は前記PDE8A mRNA発現レベルに対する前記PDE8Aアイソフォームレベルの相対割合を決定する工程;及び
(c)前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかを識別する工程であって、
(i)工程(b)で得られた前記RNA編集部位及び/又は前記アイソフォームの相対的な割合を、前記病態を示すこと若しくは示さないことが既知の患者、又は前記病態を発症するリスクがあること若しくは無いことが既知の患者の対照体液試料から得られた前記部位におけるRNA編集及び/又は前記アイソフォームの相対的な割合と比較し、且つ/又は
(ii)工程(b)において選択された前記編集部位及び/又は前記アイソフォーム、又はそれらの組み合わせを用いて、識別能力を示すアルゴリズム又は統計モデルを適用し、且つ、
工程(c)の(i)又は(ii)において得られた結果又は終値を用いて、前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかを判定する工程
を含む前記方法に関する。
(a)ある比率の精神疾患を発症するリスクを有すると注釈付けられた患者、又はそのリスクを有しないと注釈付けられた患者からなる患者コレクション、又は患者が精神疾患を発現することを確認するための患者コレクションを選択し、
1つ又は幾つかのPDE8A RNA編集部位及び/又はアイソフォーム、又はそれらの組み合わせを選択する工程、
(b)その標的PDE8A RNA編集部位又は標的アイソフォームを分析して前記標的部位のRNA編集レベル及び/又は前記標的アイソフォームの割合を前記コレクションの患者の各々について得る工程、
(c)−(i)各RNA編集部位及び/又は各アイソフォームについて精神疾患などの前記病態を発症するリスクを識別するための、又は患者が前記病態を発現していることを確認するためのその閾値及び/又はその精度と能力を単変量統計分析方法によって評価する工程、及び/又は
(c)−(ii)RNA編集部位及び/又はアイソフォームのそれぞれの組み合わせについて前記病態、特に精神疾患を発症するリスクを識別するための、又は患者が前記病態を発現していることを確認するためのその精度及びその能力を多変量統計分析方法によって評価する工程、及び
(c)−(iii)許容可能な識別能力を示す編集部位及び/又はアイソフォーム、又はそれらの組み合わせを選択する工程、及び
(e)選択した編集部位及び/又はアイソフォームの前記組み合わせを使用してアルゴリズムを構築し、所与の患者が前記病態、特に精神疾患を発症するリスクを予測するために、又は前記患者が前記病態を発現していることを確認するためにそのようにして得られた前記アルゴリズムを使用する工程
を含む方法によって獲得可能である。
ROCのAUC(曲線下面積)を最大にするmROCプログラム、特に一次結合を特定するためのプログラムであって、個々の結合の方程式が、aiが算出された係数であり、且つ、(バイオマーカーi)がRNA編集部位又はアイソフォーム標的の個々のレベルの相対的な割合である次の式
Z=a1・(バイオマーカー1)+a2・(バイオマーカー2)+...ai・(バイオマーカーi)+....an・(バイオマーカーn)
として提供され、且つ、新しい仮想マーカーZとして使用可能である前記プログラム、及び/又は
様々なRNA編集部位レベル又はアイソフォーム値における患者の相対的なリスクを見積もるための単変量分析及び多変量分析に適用されるロジスティック回帰モデル、及び/又は
RNA編集部位及び/又はアイソフォームの組み合わせを評価するために適用されるCART(分類回帰木)アプローチ、及び/又は
RNA編集部位及び/又はアイソフォームの組み合わせを評価するために適用されるランダムフォレスト(RF)アプローチ、具体的にはそれらのRNA編集部位及び/又はアイソフォームの重要性を等級付けし、且つ、「相対的なリスク」を分類するために最良のRNA編集部位及び/又はアイソフォームを組み合わせるためのアプローチ、及び/又は所望により
「相対的なリスク」についてRNA編集部位及び/又はアイソフォームの組み合わせを評価するために適用される多変量分析であって、例えば
サポートベクターマシン(SVM)アプローチ、
人工ニューラルネットワーク(ANN)アプローチ、
ベイジアンネットワークアプローチ、
WKNN(加重k最近傍)アプローチ、
部分的最小二乗判別分析(PLS−DA)、
一次及び二次判別分析(LDA/QDA)、及び
バイオマーカーを組み合わせる他のあらゆる数理的方法
からなる群より選択される前記多変量分析
をはじめとする多変量方法によって実施される。
工程(a)が、同じ細胞抽出物中の編集酵素ADAR1a、ADAR1b及び/又はADAR2の発現量を決定することを含み、
工程(c)において、前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかが
(i)さらに、工程(b)で得られた編集酵素ADAR1a、ADAR1b及び/又はADAR2の発現量を、正常な患者について得られた発現量、及び所望によりさらにPDE8A転写物上におけるA−to−I編集の変化に付随する病態を呈する患者について得られた発現量と、比較すること、及び/又は
(ii)工程(a)及び(b)において選択された前記編集部位及び/又は前記アイソフォーム、及びADAR類の発現量、又はそれらの組み合わせを用いて、識別能力を示すアルゴリズム又は統計モデルを適用すること
によって判定される前記方法に関する。
Z=a1・(バイオマーカー1)+a2・(バイオマーカー2)+...ai・(バイオマーカーi)+....an・(バイオマーカーn)
として提供され、且つ、新しい仮想マーカーZとして使用可能である前記プログラム、及び/又は
様々な編集部位値及び/又はアイソフォーム値及び/又はADAR類値における所与の患者の相対的なリスクを見積もるための単変量分析及び多変量分析に適用されるロジスティック回帰モデル、又は
バイオマーカーを組み合わせる他のあらゆる数理的方法
を含む。
フォワードプライマーとしてのSeq1−フォワード(配列番号2)又はSeq2−フォワード(配列番号3);
リバースプライマーとしてのSeq1−リバース(配列番号4)、Seq2−リバース(配列番号5)又はSeq3−リバース(配列番号6);並びに
次の選択基準、すなわち
(i)18ヌクレオチド長〜27ヌクレオチド長の間のオリゴである
(ii)好ましくは60℃近辺(57℃〜63℃)の融点を有する
(iii)50%(±5%)近辺の最適なGC含量を有する
(iiii)許容可能な最大反復長が5モノヌクレオチドである、及び
(vi)図1に示される目的領域を特異的に増幅する
に合致する、フォワードプライマーとリバースプライマーとのセット
から選択されるフォワードプライマーとリバースプライマーとのセットにより、PDE8A mRNAの発現レベル及び/又は部位毎のRNA編集レベルがqPCRにより決定される。
(1)分析することで前記病態を引き起こすリスクが判定できる終値を得るために本発明の方法を適用するための指示書であって、ROC曲線を含むか又は含まない前記指示書、及び
(2)フォワードプライマーとしてのSeq1−フォワード(配列番号2)又はSeq2−フォワード(配列番号3);
リバースプライマーとしてのSeq1−リバース(配列番号4)、Seq2−リバース(配列番号5)又はSeq3−リバース(配列番号6);並びに
次の選択基準、すなわち
(i)18ヌクレオチド長〜27ヌクレオチド長の間のオリゴである
(ii)好ましくは60℃近辺(57℃〜63℃)の融点を有する
(iii)50%(±5%)近辺の最適なGC含量を有する
(iiii)許容可能な最大反復長が5モノヌクレオチドである、及び
(vi)図1に示される目的領域を特異的に増幅する
に合致するフォワードプライマーとリバースプライマーのセット
からなる群より選択される、フォワードプライマーとリバースプライマーとのセット
を含む前記キットに関する。
1)ヒト参加者
2つの異なるコホートに由来するデータを提示する。1つのコホートは自殺未遂歴を有する、又は有しないうつ病患者を含み(自殺企図者調査及び追跡調査と呼ぶ)、1つはC型肝炎ウイルスに感染しており、且つ、インターフェロンαで治療された患者を分析する縦断的調査である(インターフェロン調査と呼ぶ)。調査の目的と必要事項についての詳しい議論の後に全ての対象から書面によるインフォームドコンセントを得た。全ての対象が研究の目標と手段について詳細に説明しているインフォームドコンセントを理解することができた。本研究は認可要件及び医薬品臨床試験実施基準に従って地域の治験審査委員会により認可された。
2.1 自殺企図者調査
本調査にはフランス、モンペリエのCHUの緊急及び緊急後精神科(n=17)又はスペイン、オビエドの精神療養センター(n=21)で診察を受けている38人のうつ病患者が登録した。本精神科診断は構造的臨床面接基準によって確立されたものである。精神科診断法を精神障害の診断と統計マニュアルIV(DSM−IV)に従って判定した。標本には20人の自殺企図者(SA)(52.63%)と18人の非自殺企図者(情動障害対照、AC)(47.37%)が含まれた(表I(A)参照)。
この追跡調査にはフランス、モンペリエのCHUの救急精神科及び救急後精神科で診察を受けている28人のうつ病自殺未遂患者が登録した。これらの患者は6か月の期間にわたって追跡調査を受けた(表I(B)参照)。追跡調査中に28人のうちの8人の患者(28.6%)が自殺を新たに1回又は数回試みたが(「反復自殺企図者」、RSA)、20人の患者(71.4%)は自殺を新たに試みなかった(「非反復自殺企図者」、NRSA)。自殺企図者調査についてこれまでに言及したように患者の精神医学的評価を行った。3種類の尺度、すなわちハミルトンうつ病尺度(HAMD)、モントゴメリー・アスベルグうつ病評価尺度(MADRS)、及びベックうつ病自己評価(BDI)尺度を用いてベースライン評価時及び追跡評価時のうつ病の重症度を評価した。
本調査にはマルセイユ、ナンシー、及びストラスブール(フランス)の3か所のCHU(大学付属中央病院)の診療科の10人の患者が登録した。精神疾患のどの基準にも合致しないC型肝炎ウイルス(HCV)感染患者が抗ウイルス剤治療の開始前に登録し、抗ウイルス剤治療の開始から最大で12週間にわたって追跡調査された。初期血液試料を治療の4週間前(−4)に得た。治療開始時にPAXgeneチューブ中に採血し、最大で12週間にわたって2週間毎に採血した(図8)。
各患者から2.5mlの体積の全血試料をPAXgene血液RNAチューブ中に採取し、2か月にわたって−20℃で貯蔵し、その後で−80℃に移した。PAXgene(商標)血液RNAチューブ(PreAnalytix社)はRNA分子をリボヌクレアーゼによる分解と遺伝子発現の生体外での変化から守る試薬を含む。異なる回の抽出の中で試料を無作為に配分した。PAXgene(商標)血液RNAキット(参照番号28704、PreAnalytix社)を使用して2.5mlの全血に由来する総RNAを抽出した。PAXgene血液RNAパート1、自動化プロトコルについての製造業者のプロトコルに従ってQiagen QIAcubeシステムを使用して抽出したRNAを単離した。試料調製とRNA抽出の間に標準的な注意事項を採用してリボヌクレアーゼによるRNA分解を回避した。Qubitフルオロメーター(Invitrogen社)及びQuant−IT RNA BRアッセイ(Invitrogen社)を用いて総RNA濃度を決定した。
PDE8A遺伝子の第9イントロン内の目的領域を選択的にシーケンシングするために2ステップPCR法を用いてNGSライブラリーを調製した。図1に示されているように、これまでに記載された編集部位とは別に新しい編集部位がその目的領域内に特定された。検証済みのPCRプライマー(Seq2フォワード及びSeq3リバース)を使用してPCRにより目的領域を増幅した(表II及び図1)。
Miseqシーケンサー(Illumina社)からシーケンシングデータをfastqファイルとしてダウンロードした。シーケンシングの品質を評価するためにFastQCソフトウェア(バージョン0.11.3)を使用してそれぞれの生fastqファイルの初期品質調査を実施した。アダプター配列の除去及び配列サイズと品質スコアに応じた配列のフィルタリングからなる前処理工程を実施した(全てのショートリード(50nt未満)と30未満の平均QCを有するリードを除去した)。次に配列アラインメントを容易にし、その質を向上させるためにIllumina NGSデータ向けのリードトリミング及びフィルタリングツール(fastxツールキットvO.0.14及びprinseqバージョン0.20.4)を使用した。前処理工程を実施した後にさらに配列処理を実施する前に追加の品質管理をそれぞれのクリーンアップしたfastqファイルについて実施した。
Takara社のキット(PrimeScript RT、Takara社、参照番号RR037A)を使用して逆転写を実施した。それにより生じたcDNAを20μlの最終体積中にTaqManユニバーサルPCRマスターミックス(Applied Biosystems社、参照番号4369016)及び次の特定の遺伝子プローブ、すなわちADAR1a(Hs01020780)、ADAR1b(Hs01017596)、ADAR2(Hs00210562)、PDE8A(Hs00400174)、GAPDH(Hs02758991)、β2Μ(Hs00984230)、HPRT1(Hs02800695)、PGK(Hs99999906)及びTBP(Hs00427620)(Life Technologies社のApplied Biosystems社)と混合した。StepOnePlusリアルタイムPCR機(Applied Biosystems社)上の96ウェルプレート中で、又はLightCycler 480リアルタイムPCR機(Roche社)上の384ウェルプレート中で定量的PCRを実施した。うつ病患者及び自殺企図者について実施される前記調査のために全ての患者における標的遺伝子発現の定量をGAPDH及びβ2Μの発現に対して正規化し、各試料における標的遺伝子の発現変化を2−ΔΔCtによって計算した。慢性C型肝炎ウイルス(HCV)患者について実施される前記調査のために二次導関数絶対的定量を用い、4種類のハウスキーピング遺伝子(GAPDH、HPRT1、PGK、及びTBP)の幾何平均により正規化して分析を実施した。
「R/Bioconductor」統計オープンソースソフトウェアとGraphPad Prismソフトウェア(バージョン7.0)[12、13]を使用して全ての統計学と数字を計算した。通常、バイオマーカー(すなわちPDE8AのRNA編集部位とアイソフォーム及びADAR類のmRNA発現)の値は平均値±標準誤差(SEM)として提示される。マン・ホイットニー検定を用いて差の分析を実施し、0.05未満のp値を統計学的に有意であると見なした。全てのデータ分布はそれぞれのバイオマーカーの有意性について中央値と棒グラフ又は箱ひげ図として示されている。
調整された編集値*=(RNA編集値×相対的な転写物レベル)/100
Z=a×バイオマーカー1+b×バイオマーカー2+c×バイオマーカー3、
式中、a、b、cは算出された係数であり、バイオマーカー1、2、3はバイオマーカーのレベルである。
本臨床調査に含まれた患者の特徴が表Iに示されている。この有望な調査には精神疾患を有すると診断された38人の患者が登録し、自殺を試みることが無かった18人の患者からなる群(情動障害対照、AC)に対して全員が自殺を少なくとも一回試みている20人の患者からなる群(SA)を比較した。患者の年齢は20歳から77歳の範囲であった(平均値±SD:50.16±13.5)。そのコホートは9人の男性(23.68%)と29人の女性(76.32%)によって構成された。全ての患者が抑うつ障害を発現した。自殺未遂回数は1回から20回の範囲であり、3.4±4.52の平均値±SDであった。
我々はキャピラリー電気泳動一本鎖高次構造多型(CE−SSCP)法(2011年6月24日に出願された国際出願PCT/EP2011/060444号明細書)を用いてPDE8A mRNAの編集プロファイルを決定するために使用される方法を以前に説明した。本発明において我々は、試験される全ての部位について確実な定量を可能にする充分な塩基当たりの深度を提供する次世代シーケンシング(NGS)に基づいたPDE8A RNAの編集レベルを定量する新しい実験系を開発した。この方法はPCRベースであるので我々は最初に目的のPDE8A mRNA領域を増幅するために幾つかのプライマーペア(表II)を選択した。その領域を特異的に増幅するために次の選択基準に合致する異なるプライマーの組み合わせを試験した。すなわち、1)18〜27ヌクレオチド長の間のオリゴであり、2)好ましくは60℃近辺(57〜63℃)の融点を有し、3)50%近辺の最適なGC含量を有し、4)許容可能な最大反復長が5モノヌクレオチドであり、且つ、5)図1に示されている目的の領域を特異的に増幅すること。RNA編集の正確な定量に干渉する非特異的増幅産物を生成するプライマーペアもあったため、Seq2−フォワード及びSeq−3リバースを含む最適なプライマーペアを提供する(表II参照)。
Orlowskiと共同研究者はこれまでにヒトPDE8A遺伝子の第9イントロン内に8か所の編集部位(AからHまで)を特定している(表III参照)[10]。その後、我々はこの同じ領域内にさらに6か所の編集部位(IからNまで)を特定した(2011年6月24日に出願された国際出願PCT/EP2011/060444号明細書)。大半のADAR活性はまとまって生じることが幾つかの研究から指摘された[19、20]。当然のことながら我々はSH−SY5Yヒト神経芽細胞腫細胞株に対してNGSベースシーケンシングを使用してヒトPDE8A遺伝子の第9イントロン内に以前に特定された編集部位を確認し、且つ、新しいA−to−I編集部位を特定した。これらの新しい編集部位はO、P、Q、R、S、T、U、V、W、X、Y、Z、及びZZと名付けられた(表III、図1参照)。うつ病患者及び自殺企図者を用いる本研究の幾人かの患者に由来する血液試料中にこれらの編集部位の大半(A〜H、J〜M、O、P、R〜U、及びX〜ZZ)が存在することも確認された。
情動障害対照群から0.1%超のカットオフ値で評価されたRNA編集部位(平均値±SEM)だけが表IV及び図3に報告されている(表IV及び図3参照)。
我々はTaqMan(登録商標)リアルタイムPCRアッセイを用いていわゆるデルタデルタCT法によりADAR1a遺伝子、ADAR1b遺伝子、及びADAR2遺伝子のmRNA発現を分析した(それぞれ図4A、図4B、及び図4C)。ADAR1a、ADAR1b、及びADAR2の発現レベルはACにおいてそれぞれ2.6から25まで(平均値±SD:10.2±6)、2.04から14.09まで(平均値±SD:5.9±3.3)、及び1.25から50.5まで(平均値±SD:12.4±13.1)変化した。SA(n=20)ではADAR1a、1b、及びADAR2のmRNA発現レベルはそれぞれ4.2と49.5の間(平均値±SD:17.8±11.7)、3と33.8の間(平均値±SD:10.6±7)、及び3.8と62の間(平均値±SD:17.8±16.1)で構成された。ADAR1a遺伝子とADAR1b遺伝子の発現はACと比較してSAにおいて有意に高く、平均値がそれぞれ10.2及び5.9に対して17.8及び10.6であった(p=0.0435及び0.0047)。
同様にAC群と比較してSA群においてPDE8A発現レベルの変化が観察された(図4D)。実際、PDE8A発現はACにおいて4.7から19.9まで(平均値±SD:9.2±3.3)変化し、一方でそのレベルはSAにおいて7.5と32.8の間(平均値±SD:15.7±7.1)の範囲であった。ADAR類と同様にPDE8A発現も情動障害群よりもSA群において有意に高かった(p=0.0013)(図4D)。このことは自殺行動についての追加のバイオマーカーがPDE8Aによって提供される可能性もあることを示唆する。
A)PDE8Aの部位BにおけるmRNA編集
我々はNGSアッセイを用いてAC患者とSA患者の間でPDE8A mRNA編集プロファイルを分析した。図5Aに示されているように、我々は部位Bにおいて編集されたPDE8A mRNAの相対的な割合がACと比較してSAにおいて高いことを発見した。AC(n=18)ではPDE8A編集転写物は11.2〜21.8%の範囲内にあり、平均値は17.4%(SD±2.8%)であった。SA(n=20)では編集変異体のレベルは12.3〜26.7%の範囲内にあり、平均値は20.2%(SD±3.7%)であった。ACの値とSAの値の間には有意差があった(p=0.01)。さらに、我々はPDE8A遺伝子の部位BにおけるRNA編集の相対的な割合をPDE8A mRNA(部位B*)の相対的な発現レベルに対して調整した。図5Bに結果が提示されている。部位BにおけるRNA編集を調整することでp値によって示されるAC群とSA群との間の差がさらに強調された(p<0.0001)。
我々は情動障害対照(AC)及び自殺企図者(SA)における非編集型PDE8A転写物の相対的な割合を分析した。非編集型PDE8A転写物の相対的な割合はSAと比較してACにおいて高い。ACではPDE8A非編集型転写物の相対的な割合は77.1〜87.9%の範囲内であり、平均値は81.7%(SD±2.9%)であった。SAでは非編集型転写物のレベルは71.5〜87.2%の範囲内であり、平均値は78.9%(SD±3.8%)であった。ACの値とSAの値の間には有意差があった(p=0.0094)。
我々は自殺傾向のバイオマーカーとしてADAR類及びPDE8Aの発現(表V(A)参照)、調整済みの様々な部位におけるPDE8A mRNA編集(部位A*〜G*、Z*、及びZZ*、表V(B))、及び様々なアイソフォーム(表V(C))を使用する本診断の成績を、受信者操作特性(ROC)曲線を用いて評価した。表Vは個々のバイオマーカーについての結果を示している。我々は0.878という値を有する最大の曲線下面積(AUC)をPDE8Aの部位B*におけるmRNA編集に見出した(表VB)。PDE8A mRNAアイソフォームBを用いて同じ結果が得られた(表V(C))。
慢性C型肝炎ウイルス(HCV)感染症のIFN−α療法時の大うつ病は一般的であり、発生率は最大45%である[21]。このモデルは短い期間(数週間)内でうつ病及び/又は薬原性精神的副作用について個人を評価するユニークな機会である。縦断的調査は各患者が自身の基準対照として作用し、遺伝的変異性及び環境的影響を除外するという大きな利点を有する。さらに、ADAR1aはインターフェロンによる刺激によって誘導可能である[22]。本調査では我々はHCV患者のIFN−α治療中にPDE8A mRNA編集が変化するか調査する。6人のHCV患者を事前に治療4週間前に評価し、12週間のIFN−αとリバビリンによる治療期間にわたって2週間毎に評価した(図8)。概して我々は、IFN−α治療後に全ての患者で部位BにおけるPDE8A mRNA編集が増加することを観察した。例えば、2人の代表的な患者においてPDE8Aの個々の部位におけるRNA編集の相対的な割合及びADAR類の遺伝子発現をさらに分析することで、我々はIFN−α治療に対する応答についての個人間の明確な差を観察することができた。患者1では、IFN−αに応答したADAR類遺伝子発現の誘導を観察することができなかったがPDE8A RNA編集の緩やかな増加を観察することができた(図9A、9C)。逆に患者2では、ADAR類の発現の急速で力強い増加(図9B)、並びにPDE8A RNA編集の急速で力強い増加を観察することができた(図9D)。概して、k−メジアンアプローチを用いることで6人全ての患者のクラスター化により異なるIFN−α介在性応答が確認され、2つの異なる患者群が示唆された(図10)。第1の患者群(クラスター1)は、曲線の急な傾きによって認められるように、ADAR1a転写物レベルと部位BにおけるPDE8A編集の両方に対して顕著で急速なIFN−α介在性応答を有する(図10)。第2の患者群(クラスター2)は、患者1について観察されたように、他の患者と比較して緩やかな応答を有する(図9A〜9C)。MADRS(モントゴメリー・アスベルグうつ病尺度)検査、MINI(精神疾患簡易構造化面接法)検査、MAThyS(躁うつ病寛解状態多面的評価尺度)検査、及びYMRS(ヤング躁病評価尺度)検査を用いて全ての患者を臨床的に評価した。上述の検査によって測定される過敏状態及び/又は抑うつ状態などの気分の変化が精神医学的評価によって明確に示された。
自殺未遂は将来の自殺企図についての最も強力なリスク因子のうちの1つを構成する[23、24]。自殺から1年の間の自殺再企図率は12〜15%の範囲である[25、26]。28人の患者を含む追跡調査(表1(B))において我々は初回の通院時と6か月後のこれらの患者の臨床評価を分析した。我々は自殺を再度試みなかった(NRSA)第1の群(n=20)とその期間に少なくとも一回は自殺を試みた患者(RSA)からなる第2の群(n=8)2つの異なる亜群に群全体を分割した。6か月の追跡調査期間におけるこの群の自殺未遂の平均回数は1.875回であった。3種類の独立した臨床評価スコア(ハミルトン、MADRS、及びBDI)を用いてそれらの患者をモニターし、NRSA群では追跡調査中に著しい改善がBDIスコアに見られた(図11A)。他方、RSA群の臨床評価には改善が見られず、MADRSスコアの著しい悪化さえ見られた(図11B)。それらの臨床評価を前記バイオマーカー(PDE8A遺伝子のRNA編集)に対して比較するために我々は追跡評価時のこれらの患者の白血球におけるRNA編集を分析した(図11C及び11D)。我々はPDE8A mRNA編集が6か月の期間に非反復自殺企図者(NRSA)と反復自殺企図者(RSA)との間で変調するか調査した。興味深いことに、RSA群では部位Bだけが変化する一方でNRSA群では全てのPDE8A mRNA編集部位が著しい変化を示しており、それらの患者の精神状態の改善を示唆的に示した。
慢性C型肝炎ウイルス(HCV)感染症のIFN−α療法時の大うつ病は一般的であり、発生率は最大45%である[21]。このモデルは短い期間(数週間)内でうつ病及び/又は薬原性精神的副作用について個人を評価するユニークな機会である。本調査では我々は充分な文献があり、且つ、充分に特徴解析された、IFN及びリバビリンを使用する抗ウイルス剤治療を受けているC型肝炎ウイルス感染患者において観察される気分の変化を活用した。精神疾患の履歴が無いC型肝炎ウイルスを有する10人の個人からなる小コホートをフランスの異なる病院で動員した。患者は調和のとれた精神医学的評価を動員時に受け、そして治療期間中に一定の間隔で繰り返し受けた。この特定の設定では各患者が自身の対照として作用し、その患者における進展を経時的にモニターすることができる。MADRS(モントゴメリー・アスベルグうつ病尺度)検査、MINI(精神疾患簡易構造化面接法)検査、MAThyS(躁うつ病寛解状態多面的評価尺度)検査、及びYMRS(ヤング躁病評価尺度)検査を用いて全ての患者を臨床的に評価した。上述の検査によって測定される過敏状態及び/又は抑うつ状態などの気分の変化が精神医学的評価によって明確に示された。IFNを使用して治療される各患者に起こる事象をより詳細にさらに調査するため、我々は12週間の治療期間のMADRSスコアを分析した。我々は情動反応性と共に高いMADRSスコアを有する各患者が気分を変化させる(うつ病になる)と考えた。10人の患者のうち3人の患者が抑うつエピソードを有すると分類された。
1. Ernst C, Deleva V, Deng X, Sequeira A, Pomarenski A, et al. (2009) Alternative splicing, methylation state, and expression profile of tropomyosin-related kinase B in the frontal cortex of suicide completers. Arch Gen Psychiatry 66: 22-32.
2. Bani-Fatemi A, Howe AS, De Luca V (2015) Epigenetic studies of suicidal behavior. Neurocase 21: 134-143.
3. Kaminsky Z, Wilcox HC, Eaton WW, Van Eck K, Kilaru V, et al. (2015) Epigenetic and genetic variation at SKA2 predict suicidal behavior and post-traumatic stress disorder. Transl Psychiatry 5: e627.
4. Cavarec L, Vincent L, Le Borgne C, Plusquellec C, Ollivier N, et al. (2013) In vitro screening for drug-induced depression and/or suicidal adverse effects: a new toxicogenomic assay based on CE-SSCP analysis of HTR2C mRNA editing in SH-SY5Y cells. Neurotox Res 23: 49-62.
5. Karanovic J, Svikovic S, Pantovic M, Durica S, Brajuskovic G, et al. (2015) Joint effect of AD ARB 1 gene, HTR2C gene and stressful life events on suicide attempt risk in patients with major psychiatric disorders. World J Biol Psychiatry 16: 261-271.
6. Dracheva S, Patel N, Woo DA, Marcus SM, Siever LJ, et al. (2008) Increased serotonin 2C receptor mRNA editing: a possible risk factor for suicide. Mol Psychiatry 13: 1001-1010.
7. Dracheva S, Chin B, Haroutunian V (2008) Altered serotonin 2C receptor RNA splicing in suicide: association with editing. Neuroreport 19: 379-382.
8. Simmons M, Meador- Woodruff JH, Sodhi MS (2010) Increased cortical expression of an RNA editing enzyme occurs in major depressive suicide victims. Neuroreport 21: 993-997.
9. Wang P, Wu P, Egan RW, Billah MM (2001) Human phosphodiesterase 8A splice variants: cloning, gene organization, and tissue distribution. Gene 280: 183-194.
10. Orlowski RJ, O’Rourke KS, Olorenshaw I, Hawkins GA, Maas S, et al. (2008) Altered editing in cyclic nucleotide phosphodiesterase 8A1 gene transcripts of systemic lupus erythematosus T lymphocytes. Immunology 125: 408-419.
11. Morse DP, Aruscavage PJ, Bass BL (2002) RNA hairpins in noncoding regions of human brain and Caenorhabditis elegans mRNA are edited by adenosine deaminases that act on RNA. Proc Natl Acad Sci U S A 99: 7906-7911.
12. Youngchao Ge SD, Terence P. Speed (2003) Resampling-based multiple testing for microarray data analysis. Test 12: 1-77.
13. Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, et al. (2004) Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biol 5: R80.
14. Kramar A FD, Fortune A, Reiser B (2001) mROC: A computer program for combining tumour predicting disease states. Comput Methods Programs Biomed 66: 199-207.
15. Su JQ LJ (1993) Linear combinations of multiple diagnostic markers. Journal of the American Statistical Association. Journal of the American Statistical Association: 1350-1355.
16. Wang H (2007) A note on iterative marginal optimization: a simple algorithm for maximum rank correlation estimation. Computational Statistics and Data Analysis 2803-2812.
17. Staack A, Badendieck S, Schnorr D, Loening SA, Jung K (2006) Combined determination of plasma MMP2, MMP9, and TIMPl improves the non-invasive detection of transitional cell carcinoma of the bladder. BMC Urol 6: 19.
18. Soukas A, Cohen P, Socci ND, Friedman JM (2000) Leptin-specific patterns of gene expression in white adipose tissue. Genes Dev 14: 963-980.
19. Levanon EY, Eisenberg E, Yelin R, Nemzer S, Hallegger M, et al. (2004) Systematic identification of abundant A-to-I editing sites in the human transcriptome. Nat Biotechnol 22: 1001-1005.
20. Porath HT, Carmi S, Levanon EY (2014) A genome-wide map of hyper-edited RNA reveals numerous new sites. Nat Commun 5: 4726.21. Asnis GM, De La Garza R, 2nd (2006) Interferon-induced depression in chronic hepatitis C: a review of its prevalence, risk factors, biology, and treatment approaches. J Clin Gastroenterol 40: 322-335.
21. Asnis GM, De La Garza R, 2nd (2006) Interferon-induced depression in chronic hepatitis C: a review of its prevalence, risk factors, biology, and treatment approaches. J Clin Gastroenterol 40: 322-335.
22. George CX, Samuel CE (1999) Human RNA-specific adenosine deaminase ADAR1 transcripts possess alternative exon 1 structures that initiate from different promoters, one constitutively active and the other interferon inducible. Proc Natl Acad Sci U S A 96: 4621-4626.
23. Borges G, Angst J, Nock MK, Ruscio AM, Walters EE, et al. (2006) A risk index for 12-month suicide attempts in the National Comorbidity Survey Replication (NCS-R). Psychol Med 36: 1747-1757.
24. Brown GK, Beck AT, Steer RA, Grisham JR (2000) Risk factors for suicide in psychiatric outpatients: a 20-year prospective study. J Consult Clin Psychol 68: 371-377.
25. Cedereke M, Ojehagen A (2005) Prediction of repeated parasuicide after l-12 months. Eur Psychiatry 20: 101-109.
26. Heyerdahl F, Bjornaas MA, Dahl R, Hovda KE, Nore AK, et al. (2009) Repetition of acute poisoning in Oslo: 1-year prospective study. Br J Psychiatry 194: 73-79.
Claims (18)
- 患者がPDE8A転写物上でのA−to−I編集の変化に付随する精神疾患又は神経学的症候群、免疫学的症候群、及び変性症候群からなる群より選択される病態を発現している(present)リスクを予測するための、又は患者に前記病態を発症する(develop)リスクがあるか判定するための、インビトロ方法であって、
編集酵素であるADAR1a、ADAR1b、及びADAR2のうちの少なくとも1つとPDE8Aとを発現する細胞を含有する前記患者の体液試料から
(a)前記細胞含有血液試料から得られた同じ細胞内RNA抽出物における
(i)PDE8A mRNAの発現レベル、及び
(ii)PDE8A遺伝子上の編集可能な部位であって、好ましくは前記病態と関連する部位のうち、少なくとも1つ又はその組み合わせにおける、PDE8A RNA編集のレベル、及び/又は、
発現可能であり、好ましくは前記病態と関連する少なくとも1つのPDE8Aアイソフォーム又はPDE8Aアイソフォームの組み合わせの、発現レベル
を決定する工程;
(b)工程(a)で得られた結果から、前記RNA編集部位の相対割合及び/又は前記PDE8A mRNA発現レベルに対する前記PDE8Aアイソフォームレベルの相対割合を決定する工程;及び
(c)工程(b)で得られた前記RNA編集部位及び/又は前記アイソフォームの相対的な割合を、(i)前記病態を示すこと若しくは示さないことが既知の患者、又は前記病態を発症するリスクがあること若しくは無いことが既知の患者の対照体液試料から得られた前記部位におけるRNA編集及び/又は前記アイソフォームの相対的な割合と比較すること、及び/又は
(ii)工程(b)において選択された前記編集部位及び/又は前記アイソフォーム、又はそれらの組み合わせを用いて、識別能力を示すアルゴリズム又は統計モデルを適用すること
によって、前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかを識別する工程、並びに、
工程(c)の(i)又は(ii)において得られた結果又は終値を用いて、前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかを決定する工程
を含む前記方法。 - 前記病態が精神疾患である、請求項1に記載の方法。
- 前記病態が抑うつ障害、精神障害、双極性障害、精神分裂病、パニック障害、社交不安症、外傷後ストレス障害(PTSD)、薬物依存/乱用、異常摂食行動、強迫性障害(OCD)、早期アルツハイマー病、及びパーキンソン病からなる群より選択される、請求項1又は請求項2に記載の方法。
- 前記患者が精神疾患を発現すしていることが既に確認されており、且つ自殺未遂歴が有るか又は無い患者の中から選択され、工程(c)においては前記患者が自殺行動を発現しているかどうか、又は自殺行動を発症するリスクを有するかどうかが識別される、請求項1に記載の方法。
- 前記患者が非精神疾患の治療を既に受けた患者である、請求項1に記載の方法。
- 患者が自殺を試みるリスクを予測するための方法であって、工程(c)の(i)においては情動障害対照群の患者から対照体液試料を得る、請求項1に記載の方法。
- 患者がうつ病を示すかどうか判定するための方法であって、工程(c)の(i)においては健常群の患者から対照体液試料を得る、請求項1に記載の方法。
- 患者をモニターし、及び/又は、患者を治療応答者と治療非応答者に分けることを可能とする、請求項1に記載の方法。
- 工程(a)が、同じ細胞抽出物中の編集酵素ADAR1a、ADAR1b及び/又はADAR2の発現量を決定することを含み、
工程(c)において、前記患者が前記病態を発現しているかどうか、又は前記病態を発症するリスクを有するかどうかが
(i)さらに、工程(b)で得られた編集酵素ADAR1a、ADAR1b及び/又はADAR2の発現量を、正常な患者について得られた発現量、及び所望によりさらにPDE8A転写物上におけるA−to−I編集の変化に付随する病態を呈する患者について得られた発現量と、比較すること、及び/又は
(ii)工程(a)及び(b)において選択された前記編集部位及び/又は前記アイソフォーム、及びADAR類の発現量、又はそれらの組み合わせを用いて、識別能力を示すアルゴリズム又は統計モデルを適用すること
によって判定される、請求項1〜請求項8のいずれか一項に記載の方法。 - 前記体液試料が血液試料、尿試料、及び唾液試料から選択され、好ましくはPBMC(末梢血単核細胞)を含む試料であり、より好ましくは血液試料である、請求項1〜請求項9のいずれか一項に記載の方法。
- 工程(a)において、部位毎のPDE8A RNA編集の決定が、表IIIに記載される編集部位から選択される少なくとも1つの部位について行われ、好ましくは表IIIの部位O〜ZZのうち少なくとも1つの部位を含む複数の部位について行われ、より好ましくは部位A、B、C、D、E、F、G、Z、及びZZからなる群より選択される部位について行われる、請求項1〜請求項10のいずれか一項に記載の方法。
- 工程(a)において、前記PDE8A mRNA発現レベルに対しての前記1つの編集部位又は複数の編集部位を含むPDE8Aアイソフォームレベルの相対的な割合を決定する、請求項1〜請求項11のいずれか一項に記載の方法。
- 工程(a)において、アイソフォームB、BC、D、E、Ne(非編集型)、BE、G、BG、BF、A、Z、C、F、BZ、及びBDからなる群より選択される前記PDE8A RNAアイソフォームの相対的割合が決定される、請求項12に記載の方法。
- 工程(c)において、前記アルゴリズムが表VIに記載される組み合わせからなるmROCの組み合わせの群より選択される、請求項1〜請求項13のいずれか一項に記載の方法。
- 工程(a)及び工程(b)において、qPCRによってPDE8A mRNA発現レベルが決定される、及び/又は、NGS(次世代シーケンシング)法によって部位毎のRNA編集レベルが決定される、請求項1〜請求項14のいずれか一項に記載の方法。
- フォワードプライマーとしてのSeq1−フォワード(配列番号2)又はSeq2−フォワード(配列番号3);
リバースプライマーとしてのSeq1−リバース(配列番号4)、Seq2−リバース(配列番号5)又はSeq3−リバース(配列番号6);並びに
次の選択基準、すなわち
(i)18ヌクレオチド長〜27ヌクレオチド長の間のオリゴである
(ii)好ましくは60℃近辺(57℃〜63℃)の融点を有する
(iii)50%(±5%)近辺の最適なGC含量を有する
(iiii)許容可能な最大反復長が5モノヌクレオチドである、及び
(vi)図1に示される目的領域を特異的に増幅する
に合致する、フォワードプライマーとリバースプライマーとのセット
からなる群より選択されるプライマーのセットにより、PDE8A mRNAの部位毎のRNA編集レベルが決定される、請求項1〜請求項15のいずれか一項に記載の方法。 - 患者がPDE8A転写物上でのA−to−I編集の変化に付随する精神疾患又は神経学的症候群、免疫学的症候群、及び変性症候群からなる群より選択される病態を発現しているリスクを有するかどうかを判定するための、又は患者が前記病態を発症するリスクを有するかどうかを判定するための、キットであって、
(1)分析することで前記病態を引き起こすリスクが判定できる終値を得るために請求項1〜請求項16のいずれか一項に記載の方法を適用するための、ROC曲線を含むか又は含まない指示書と、
(2)フォワードプライマーとしてのSeq1−フォワード(配列番号2)又はSeq2−フォワード(配列番号3);
リバースプライマーとしてのSeq1−リバース(配列番号4)、Seq2−リバース(配列番号5)又はSeq3−リバース(配列番号6);並びに
次の選択基準、すなわち
(i)18ヌクレオチド長〜27ヌクレオチド長の間のオリゴである
(ii)好ましくは60℃近辺(57℃〜63℃)の融点を有する
(iii)50%(±5%)近辺の最適なGC含量を有する
(iiii)許容可能な最大反復長が5モノヌクレオチドである、及び
(vi)図1に示される目的領域を特異的に増幅する
に合致する、フォワードプライマーとリバースプライマーとのセット
からなる群より選択されるプライマーのセットと、
を含む、前記キット。 - 前記プライマーのセットがSeq2−フォワード(配列番号3)とSeq3−リバース(配列番号6)とからなるセットである、請求項16に記載の方法又は請求項17に記載のキット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2022100602A JP2022130525A (ja) | 2016-07-28 | 2022-06-22 | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP16181619.4 | 2016-07-28 | ||
EP16181619 | 2016-07-28 | ||
PCT/EP2017/069250 WO2018020042A1 (en) | 2016-07-28 | 2017-07-28 | Rna editing as biomarkers for mood disorders test |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022100602A Division JP2022130525A (ja) | 2016-07-28 | 2022-06-22 | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019524115A true JP2019524115A (ja) | 2019-09-05 |
Family
ID=56555257
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019504069A Pending JP2019524115A (ja) | 2016-07-28 | 2017-07-28 | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 |
JP2022100602A Pending JP2022130525A (ja) | 2016-07-28 | 2022-06-22 | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022100602A Pending JP2022130525A (ja) | 2016-07-28 | 2022-06-22 | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20190185937A1 (ja) |
EP (1) | EP3491146A1 (ja) |
JP (2) | JP2019524115A (ja) |
CN (1) | CN109642256A (ja) |
AU (2) | AU2017302132A1 (ja) |
BR (1) | BR112019001446A2 (ja) |
CA (1) | CA3031364A1 (ja) |
IL (1) | IL264377A (ja) |
WO (1) | WO2018020042A1 (ja) |
ZA (1) | ZA201900795B (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110246544B (zh) * | 2019-05-17 | 2021-03-19 | 暨南大学 | 一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统 |
EP3819387A1 (en) * | 2019-11-08 | 2021-05-12 | Alcediag | Differential diagnosis of bipolar disorder and unipolar depression by blood rna editing biomarkers |
EP3819386A1 (en) * | 2019-11-08 | 2021-05-12 | Alcediag | Diagnosing of mood disorders using blood rna editing biomarkers |
CN111524596A (zh) * | 2020-04-07 | 2020-08-11 | 上海市精神卫生中心(上海市心理咨询培训中心) | 一种判断青少年双相障碍发病风险的方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010528672A (ja) * | 2007-06-13 | 2010-08-26 | ビオコールテク | 5HTR2CmRNA編集機構の変更のマーカーとしての5HTR2Cおよび/またはADARを発現する細胞を含有する末梢組織サンプル、ならびにその適用 |
JP2013513103A (ja) * | 2009-12-04 | 2013-04-18 | ランドックス ラボラトリーズ リミテッド | アルツハイマー病の診断法 |
JP2013529465A (ja) * | 2010-06-24 | 2013-07-22 | ビオコールテク | PDE8AmRNA前駆体の編集プロファイリング:治療効力および/もしくは有効性または潜在的薬物副作用を診断するため、ならびに予測および評価するための、ヒト組織における特異的バイオマーカーとしてのADARs活性の使用 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20150284793A1 (en) * | 2014-04-03 | 2015-10-08 | Ramot At Tel-Aviv University Ltd. | Methods and kits for diagnosing schizophrenia |
-
2017
- 2017-07-28 EP EP17752042.6A patent/EP3491146A1/en active Pending
- 2017-07-28 BR BR112019001446A patent/BR112019001446A2/pt unknown
- 2017-07-28 CA CA3031364A patent/CA3031364A1/en active Pending
- 2017-07-28 JP JP2019504069A patent/JP2019524115A/ja active Pending
- 2017-07-28 WO PCT/EP2017/069250 patent/WO2018020042A1/en unknown
- 2017-07-28 US US16/318,790 patent/US20190185937A1/en active Pending
- 2017-07-28 AU AU2017302132A patent/AU2017302132A1/en not_active Abandoned
- 2017-07-28 CN CN201780047137.4A patent/CN109642256A/zh active Pending
-
2019
- 2019-01-21 IL IL264377A patent/IL264377A/en unknown
- 2019-02-07 ZA ZA2019/00795A patent/ZA201900795B/en unknown
-
2022
- 2022-06-22 JP JP2022100602A patent/JP2022130525A/ja active Pending
-
2023
- 2023-12-01 AU AU2023274212A patent/AU2023274212A1/en active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010528672A (ja) * | 2007-06-13 | 2010-08-26 | ビオコールテク | 5HTR2CmRNA編集機構の変更のマーカーとしての5HTR2Cおよび/またはADARを発現する細胞を含有する末梢組織サンプル、ならびにその適用 |
JP2013513103A (ja) * | 2009-12-04 | 2013-04-18 | ランドックス ラボラトリーズ リミテッド | アルツハイマー病の診断法 |
JP2013529465A (ja) * | 2010-06-24 | 2013-07-22 | ビオコールテク | PDE8AmRNA前駆体の編集プロファイリング:治療効力および/もしくは有効性または潜在的薬物副作用を診断するため、ならびに予測および評価するための、ヒト組織における特異的バイオマーカーとしてのADARs活性の使用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
IMMUNOLOGY, 2008, VOL.125, PP.408-419, JPN6021016281, ISSN: 0004498134 * |
J. VIS. EXP., 2012, VOL.63, E3998 (PP.1-14), JPN6021016283, ISSN: 0004860406 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN109642256A (zh) | 2019-04-16 |
AU2017302132A1 (en) | 2019-02-21 |
WO2018020042A1 (en) | 2018-02-01 |
EP3491146A1 (en) | 2019-06-05 |
JP2022130525A (ja) | 2022-09-06 |
IL264377A (en) | 2019-02-28 |
CA3031364A1 (en) | 2018-02-01 |
AU2023274212A1 (en) | 2024-02-15 |
BR112019001446A2 (pt) | 2019-05-07 |
ZA201900795B (en) | 2022-12-21 |
US20190185937A1 (en) | 2019-06-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
AU2021204489B2 (en) | Methods of monitoring immunosuppressive therapies in a transplant recipient | |
JP2022130525A (ja) | 気分障害検査用バイオマーカーとしてのrna編集 | |
Brynedal et al. | Gene expression profiling in multiple sclerosis: a disease of the central nervous system, but with relapses triggered in the periphery? | |
Bousman et al. | Positive symptoms of psychosis correlate with expression of ubiquitin proteasome genes in peripheral blood | |
US20230348980A1 (en) | Systems and methods of detecting a risk of alzheimer's disease using a circulating-free mrna profiling assay | |
JP2020072741A (ja) | 個人の喫煙ステータスを予測するためのシステムおよび方法 | |
Félix Garza et al. | Characterization of disease-specific cellular abundance profiles of chronic inflammatory skin conditions from deconvolution of biopsy samples | |
Hernández et al. | ZNF718, HOXA4, and ZFP57 are differentially methylated in periodontitis in comparison with periodontal health: epigenome‐wide DNA methylation pilot study | |
CN104428426B (zh) | 多发性硬化的诊断miRNA概况 | |
Kennel et al. | Longitudinal profiling of circulating miRNA during cardiac allograft rejection: a proof‐of‐concept study | |
US20230272472A1 (en) | Differential diagnosis of bipolar disorder and unipolar depression by blood rna editing biomarkers | |
WO2015079060A2 (en) | Mirnas as advanced diagnostic tool in patients with cardiovascular disease, in particular acute myocardial infarction (ami) | |
Gelfand et al. | Molecular endotypes contribute to the heterogeneity of asthma | |
Liew | Expressed genome molecular signatures of heart failure | |
JP2022134134A (ja) | 活性化合物によって誘発される特定の効果を選択するための、rna編集に基づくアルゴリズム及びインビトロの方法 | |
Maggio et al. | Comprehensive gene expression analysis detects global reduction of proteasome subunits in schizophrenia | |
JP2022097303A (ja) | 疲労マーカー及びそれを用いた疲労の検出方法 | |
EP4341444A1 (en) | Cancer classification and prognosis based on silent and non-silent mutations |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20200728 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20210428 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210511 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20210811 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20211011 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20211110 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20220222 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220622 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20220622 |
|
C11 | Written invitation by the commissioner to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11 Effective date: 20220705 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220707 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20220727 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20220802 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20220902 |
|
C211 | Notice of termination of reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C211 Effective date: 20220906 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20221223 |