JP2019512003A - コパンリシブバイオマーカー - Google Patents

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Abstract

本発明は、緩慢性および侵攻性のNHLならびにCLLといったリンパ腫における、コパンリシブ処置に応答するおよび/またはこれからの無増悪生存期間がより長い患者と応答しないおよび/またはこれからの無増悪生存期間がより短い患者とを判別することができる、遺伝子発現プロファイリングに基づくバイオマーカーを提供する。本発明は、BCR、PI3K、NFkB、IL6、炎症および間質プロセスからの遺伝子の、限定されるものではないがNHLといった様々なヒトのがんの予測バイオマーカーとしての使用に関する。

Description

本発明は、コパンリシブ治療の遺伝子発現マーカーおよびシグネチャーならびにがんにおける使用方法に関し:これは、緩慢性および侵攻性の非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」という)ならびに慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」という)といったリンパ腫における、コパンリシブ処置に応答するおよび/またはこれからの無増悪生存期間がより長い患者と応答しないおよび/またはこれからの無増悪生存期間がより短い患者とを判別することができる、遺伝子発現プロファイリングに基づくバイオマーカーを提供する。本発明は、BCR、PI3K、NFkB、IL6、炎症および間質プロセスからの遺伝子の、限定されるものではないがNHLといった様々なヒトのがんの予測マーカーとしての使用に関する。
コパンリシブは、新規の汎クラスI PI3K阻害剤であってαおよびδアイソフォームに対して優勢な活性を有しており、重度に前処置された緩慢性および侵攻性のNHLを有する患者におけるフェーズ2試験において有望な単剤での抗腫瘍活性を示した。この作用メカニズム(図1参照)は、NHLにおける抗腫瘍活性につながることが示されている。コパンリシブへの感受性を予測するバイオマーカーの同定は、より有効な、バイオマーカーが動かすがんの標的化治療をもたらし得る。PIK3CAの活性化突然変異および/またはPTENの変化は感受性の決定要因であることが示されているが、一方でRAS/RAFの突然変異/活性化は前臨床モデルにおいてPI3K経路阻害への抵抗性をもたらし、臨床の場でのPI3K阻害剤のための予測マーカーは未だ定義されていない。
本発明者らは、腫瘍遺伝子発現プロファイリングおよびバイオインフォマティクス解析を用いて、コパンリシブ処置からの腫瘍応答およびベネフィット/アウトカムに関連する新規の遺伝子または経路を同定し、予測マーカーおよび新規の組み合わせの考慮のための理論的根拠を提供する。
本発明との関連で用いられる用語の定義:
本明細書中で用いられる用語「化合物」は、コパンリシブ、とりわけ薬理学的に許容されるその塩、特にコパンリシブジヒドロクロリド、すなわち本明細書中に定義される「適応症」の処置のために対象に投与される活性成分または活性物質を意味する。
本明細書中で用いられる用語「適応症」は、がんが本明細書中に定義される層別化特徴により特徴付けられる場合、このがんタイプを持つ患者は化合物での治療へのレスポンダーである可能性が高いことが見出された、がんタイプまたは腫瘍タイプを意味する。適応症は、本明細書中に定義される層別化特徴」により特徴付けられる。本明細書中で用いられる適応症は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である。
本明細書中で用いられる用語「層別化特徴」は、活性成分での処置が推奨される対象のがんタイプの特徴である。この特徴は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子(「特異的マーカー」ともいう)のアップレギュレーションである。
本明細書中に定義される遺伝子または遺伝子シグネチャーまたは遺伝子経路の「アップレギュレーション」(「高発現」ともいう)という用語は、測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(「カットオフ」ともいう)と比較することにより決定される。カットオフは、疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることができる。アップレギュレーション(または高発現):閾値(カットオフ)より高い。
用語「層別化特徴が陽性に決定される」とは、前記層別化特徴の存在(前記特異的マーカーの減少または不存在であることもある)が確認されたことを意味する。
用語「階層化方法」は、前記層別化特徴を決定する方法、例として前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルを例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング(nanostring)、RNAscopeなどの方法により決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法を意味する。
本明細書中で用いられる用語「試料」は、階層化方法において用いられる試料、例として腫瘍試料、組織試料、生物学的試料、血液試料、とりわけ腫瘍細胞の腫瘍組織を意味する。
本発明との関連のなかで、層別化特徴は、本明細書中に定義されるように、適応症または対象を特徴付けるために用いることができる。
本発明の第1の態様は、適応症が層別化特徴により特徴付けられる、コパンリシブのためのバイオマーカーに関する:
第1の態様の第1の特徴において、本発明は、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を処置するための薬剤の調製のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記適応症は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、前記使用に関する。
第1の態様の第1の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度が、特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記使用に関する。
第1の態様の第1の特徴の第2の実施形態において、本発明は、処置されることになる対象が、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において陽性に決定されている対象である、前記使用に関する。
第1の態様の第1の特徴の第3の実施形態において、本発明は、対象または前記対象のがんが、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、前記使用に関する。
第1の態様の第1の特徴の第3の実施形態の変形において、本発明は、対象、前記対象のがんが、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションであり、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される層別化特徴により特徴付けられる、前記使用に関する。
第1の態様の第1の特徴のある実施形態の変形において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を処置するための薬剤の製造における、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで対象は、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法に従った方法によってレスポンダーであると決定/階層化/同定されている、前記使用に関する。
第1の態様の第2の特徴において、本発明は、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置の方法のための薬剤の製造における、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記方法は:
a)対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ、ならびに
b)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を決定するステップ、ならびに
c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
を含む、前記使用に関する。
第1の態様の第3の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに好都合に応答する傾向を示す、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を持つ対象を同定する方法であって、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴の、対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞における検出を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第3の特徴の第1の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が腫瘍組織または腫瘍細胞において検出される、前記方法に関する。
第1の態様の第3の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記方法に関する。
第1の態様の第4の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を持つ対象であって、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより高い前記対象を同定する方法であって:
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を、インビトロで、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定すること;
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が存在するとき、対象はコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することを含む、前記方法に関する。
第1の態様の第5の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を持つ対象であって、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより低い前記対象を同定する方法であって:
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定すること;
a)前記層別化特徴が存在しないとき、対象はコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより低いと同定すること
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第6の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに好都合に応答する傾向を示す対象からの、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を層別化するための、腫瘍組織または腫瘍細胞の使用に関する。
第1の態様の第7の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を持つ対象がコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置に非応答性であるか/応答性であるか/応答するかを予測/決定する方法であって、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴の、対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞における検出を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第7の特徴のある実施形態において、本発明は、試料が腫瘍組織または腫瘍細胞である、前記方法に関する。
第1の態様の第7の特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記方法に関する。
第1の態様の第8の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症が、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置からのベネフィットを受ける見込みを決定する方法であって:
a)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を、インビトロで、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定すること、
b)前記層別化特徴が陽性に決定されたとき、対象はコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第9の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を持つ対象の処置の治療効能を、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより高いものとして最適化する方法であって:
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の存在を、対象の腫瘍組織または腫瘍細胞において決定すること、
a)前記層別化特徴が陽性に決定されたとき、対象をコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む治療に応答する可能性がより高いものとして同定すること;
b)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与すること;
c)治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドが投与された対象の腫瘍組織または腫瘍細胞中の前記層別化特徴が増加/減少したかを決定すること、
d)より少ない/多い投薬量、他の投薬レジメン等による処置を採用すること
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第10の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドで処置された非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を有する対象における処置応答をモニターする方法であって:
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴の、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞における検出、
a)前記層別化特徴を、レスポンダーおよびノンレスポンダーからの層別化特徴と比較すること、ならびに
b)対象がレスポンダーまたはノンレスポンダーいずれのパターンを持つかを同定して、処置が継続されることになるかを決定すること
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第10の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記方法に関する。
第1の態様の第11の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第1の態様の第11の特徴のある実施形態において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の特徴付けが、腫瘍組織または腫瘍細胞(または適用可能な場合は対応する組織試料)において実施される、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第1の態様の第11の特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第1の態様の第11の特徴のさらなる実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を有すると診断された対象を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドであって、ここで前記方法は、
a)対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
b)前記層別化特徴を決定するステップ;ならびに
c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
を含む、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第1の態様の第12の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置および/または予防のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用に関する。
第1の態様の第12の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記使用に関する。
第1の態様の第12の特徴の第2の実施形態において、本発明は、処置されることになる対象が、前記層別化特徴が対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている対象である、前記使用に関する。
第1の態様の第13の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴の、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置における階層化マーカーとしての使用に関する。
第1の態様の第13の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記使用に関する。
第1の態様の第13の特徴の第2の実施形態において、本発明は、処置されることになる対象が、前記層別化特徴が対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている対象である、前記使用に関する。
第1の態様の第14の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の、有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを用いた処置および/または予防の方法に関する。
第1の態様の第14の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記処置の方法に関する。
第1の態様の第14の特徴の第2の実施形態において、本発明は、処置されることになる対象が、前記層別化特徴が対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている対象である、前記処置の方法に関する。
第1の態様の第14の特徴の第2の実施形態の変形において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記処置の方法に関する。
第1の態様の第15の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症を有すると診断された対象の処置の方法であって:
a)対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を決定するステップ、ならびに
b)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第16の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症に罹患した対象を処置する方法であって、
治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴に基づいて前記治療のために選択された対象に投与すること、
それによって前記対象を処置すること
を含む、前記方法に関する。
第1の態様の第17の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置および/または予防の方法における使用のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせに関する。
第1の態様の第17の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬組み合わせに関する。
第1の態様の第17の特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記医薬組み合わせに関する。
第1の態様の第18の特徴において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置および/または予防のための薬剤の調製のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせの使用であって、ここでコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴は、対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記使用に関する。
第1の態様の第18の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬組み合わせの使用に関する。
第1の態様の第19の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置および/または予防の方法における使用のための、不活性、非毒性および/または薬学的に好適なアジュバントと組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬製剤に関する。
第1の態様の第19の特徴のある実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬製剤に関する。
第1の態様の第19の特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が、対象からの腫瘍細胞を含有する腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記医薬製剤に関する。
第1の態様の第19の特徴の第3の実施形態において、本発明は、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)である適応症の処置および/または予防(のための薬剤の製造)のための、不活性、非毒性および/または薬学的に好適なアジュバントと組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む前記医薬製剤の使用であって、
コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が、対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記使用に関する。
第1の態様の第19の特徴の第3の実施形態の変形において、本発明は、前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬製剤の使用に関する。
本発明の第2の態様は、対象が層別化特徴により特徴付けられる、コパンリシブのためのバイオマーカーに関する:
第2の態様の第1の特徴において、本発明は、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置するための薬剤の調製のためのコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記対象は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を持つことにより選択される、前記使用に関する。
第2の態様の第1の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記使用に関する。
第2の態様の第1の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料において陽性に決定されており、前記遺伝子の前記アップレギュレーションが決定されて、予め定められたカットオフ値における発現の程度と比較される、前記使用に関する。
第2の態様の第2の特徴において、本発明は、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置の方法のための薬剤の製造のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記対象は:
a)前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
b)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴を決定するステップ;
ならびに
c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
を含む方法によってレスポンダーであると決定され、階層化されて選択されている、前記使用に関する。
第2の態様の第3の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第2の態様の第3の特徴のある実施形態において、本発明は、前記特徴付けが、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において実施される、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第2の態様の第3の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第2の態様の第4の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドであって、ここで前記方法は:
a)前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
b)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴を決定するステップ、
ならびに
c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
を含む、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。
第2の態様の第5の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答および/または短い無増悪生存期間(progression progress free survival)を予測する、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用に関する。
第2の態様の第5の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記使用に関する。
第2の態様の第5の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答および/または短い無増悪生存期間を予測する、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、前記使用に関する。
第2の態様の第6の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の、有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを用いた処置および/または予防の方法に関する。
第2の態様の第6の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記処置の方法に関する。
第2の態様の第6の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、前記処置の方法に関する。
第2の態様の第6の特徴の第2の実施形態の変形において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記処置の方法に関する。
第2の態様の第7の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防の方法における使用のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせに関する。
第2の態様の第7の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬組み合わせに関する。
第2の態様の第7の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬組み合わせに関する。
第2の態様の第7の特徴のさらなる実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、前記医薬組み合わせに関する。
第2の態様の第8の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための薬剤の調製のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせの使用に関する。
第2の態様の第8の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬製剤の使用に関する。
第2の態様の第8の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記医薬製剤の使用に関する。
第2の態様の第9の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防の方法における使用のための、不活性、非毒性および/または薬学的に好適なアジュバントと組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬製剤に関する。
第2の態様の第9の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬製剤に関する。
第2の態様の第9の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、前記医薬製剤に関する。
第2の態様の第9の特徴のさらなる実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、前記医薬製剤に関する。
第2の態様の第10の特徴において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための薬剤の調製のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせの使用に関する。
第2の態様の第10の特徴のある実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、前記医薬製剤の使用に関する。
第2の態様の第10の特徴の第2の実施形態において、本発明は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および/または炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
ならびに/または
・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
ならびに/または
・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
ならびに/または
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、前記医薬製剤の使用に関する。
第1の態様または第2の態様のさらなる特徴において、本発明は、
・対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるNFkBシグナル伝達を特徴付けるための、BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1から選択される1または複数のNFkB経路遺伝子のアップレギュレーション
を測定する、遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験に関する。
第2の態様の第1の態様のさらなる特徴において、本発明は、対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるIL6/JAK/STAT3経路遺伝子を特徴付けるための、
・A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1Aから選択される1または複数のIL6/JAK/STAT3経路遺伝子のアップレギュレーション
を測定する、遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験に関する。
第2の態様の第1の態様のさらなる特徴において、本発明は、対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象における間質遺伝子シグナル伝達を特徴付けるための、
・1または複数の間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIMのアップレギュレーション
を測定する、遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験に関する。
第2の態様の第1の態様のさらなる特徴において、本発明は、対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるMT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子のシグナル伝達を特徴付けるための、
・1または複数のMT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子のアップレギュレーション
を測定する、遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験に関する。
第1の態様または第2の態様のさらなる特徴において、本発明は、対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるNFkB遺伝子、間質遺伝子ならびにMT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子のシグナル伝達を特徴付けるための、
・BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1から選択される1または複数のNFkB経路遺伝子のアップレギュレーション
・A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1Aから選択される1または複数のIL6/JAK/STAT3経路遺伝子のアップレギュレーション
・COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIMから選択される1または複数の間質遺伝子のアップレギュレーション;
・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーション;
を測定する、遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験に関する。
第1の態様または第2の態様のさらなる特徴において、本発明は、上で定義される第1の態様または第2の態様の任意の実施形態による層別化特徴により特徴付けられ、これを決定する、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)に罹患した対象の選択のためのキットに関する。
第1の態様または第2の態様の前記さらなる特徴のある実施形態において、本発明は、前記処置が単剤治療または組み合わせ治療である、前記キットに関する。
第1の態様または第2の態様の前記さらなる特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞の試料において決定される、前記キットに関する。
第1の態様または第2の態様の付加的な特徴において、本発明は、上で定義される第1の態様または第2の態様の付加的な特徴の任意の実施形態において定義される層別化特徴により特徴付けられ、これを決定する、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)に罹患した対象の選択のためのキットに関する。
第1の態様または第2の態様の付加的な特徴のある実施形態において、本発明は、前記処置が単剤治療または組み合わせ治療である、前記キットに関する。
第1の態様または第2の態様の付加的な特徴の第2の実施形態において、本発明は、前記層別化特徴が前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞の試料において決定される、前記に関する。
本発明のコパンリシブの医薬製剤
上で言及されるように、本発明は、同時に、同時期に、別々にまたは逐次的に投与されるように使用調製済の医薬製剤の形態であり得るコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドに関する。構成成分は、互いに独立して、経口、静脈内、局所、局部設置(local installation)、腹腔内または経鼻の経路により投与され得る。
前記製剤または組成物は、それを必要とする患者への投与により所望の薬理学的効果を達成するために利用することができる。本発明の目的のための患者は、特定の症状または疾患のための処置を必要とする、ヒトを包含する哺乳動物である。したがって、本発明は、薬学的に許容される担体および薬学的有効量の前記コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬製剤組成物の形態であるコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを包含する。薬学的に許容される担体または助剤は、好ましくは、活性成分の有効な活性と一致した濃度で患者に対して比較的に非毒性かつ無害であり、そのため、担体に起因する何らかの副作用が構成成分および/または組み合わせの有益な効果を損なわない担体である。薬学的有効量の組み合わせは、好ましくは、処置される特定の症状に対して結果を生み出すまたは影響を及ぼす量である。本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドは、当該技術分野で周知の薬学的に許容される担体と共に、即時型、遅延型および持続型の放出製剤といった任意の有効な慣用的用量単位形態(dosage unit form)を用いて、経口で、非経口で、局所に、鼻に、眼に、光学的に(optically)、舌下に、直腸内に、膣などに投与することができる。
経口投与のため、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドは、固体または液体製剤、例えばカプセル、丸剤、錠剤、トローチ剤、舐剤、溶融物、散剤、溶液、懸濁液またはエマルションなどに製剤化することができ、医薬組成物の製造のための当該技術分野で公知の方法に従って調製され得る。固体単位剤形は、例えば、界面活性剤、滑沢剤および不活性充填剤、例えば乳糖、ショ糖、リン酸カルシウムおよびコーンスターチなどを含有する、普通のハードシェルまたはソフトシェルのゼラチンタイプであることができるカプセルであることができる。
別の実施形態において、本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドは、慣用的な錠剤基剤、例えば乳糖、ショ糖およびコーンスターチなどと共に、結合剤、例えばアカシア、コーンスターチまたはゼラチンなど、投与後に錠剤の分解および溶解を助けることが意図される崩壊剤、例えばジャガイモデンプン、アルギン酸、コーンスターチおよびグアーガム、トラガカントガム、アカシアなど、錠剤造粒の流れを改善し、錠剤の型および抜き型の表面への錠剤材料の付着を防ぐことが意図される滑沢剤、例えばタルク、ステアリン酸またはステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウムまたはステアリン酸亜鉛、錠剤の美的品質を高めてそれらを患者により許容されるようにすることが意図される色素、着色剤および香味剤、例えばペパーミント、冬緑油またはサクランボ香味料などと組み合わせて、錠剤化され得る。経口液体剤形における使用のために好適な添加剤としては、薬学的に許容される界面活性剤、懸濁剤または乳化剤の添加を伴うまたは伴わない、リン酸二カルシウムおよび希釈剤、例えば水およびアルコールなど、例えば、エタノール、ベンジルアルコールおよびポリエチレンアルコールが挙げられる。様々な他の材料がコーティングとしてまたはそうでなければ用量単位の物理的形態を改変するために存在し得る。例えば、錠剤、丸剤またはカプセルは、シェラック、糖またはその両方でコーティングされ得る。
分散性粉末および顆粒は、水性懸濁液の調製に適している。それらは、分散剤または湿潤剤、懸濁剤および1または複数の保存剤と混合された活性成分を提供する。好適な分散剤または湿潤剤および懸濁剤は、既に上で言及されているものによって例説される。追加の添加剤、例えば上記の甘味剤、香味剤および着色剤もまた存在し得る。
本発明の医薬組成物はまた、水中油型エマルションの形態であり得る。油相は、植物油、例えば液体パラフィンなどまたは植物油の混合物であり得る。好適な乳化剤は、(1)天然に存在するガム、例えばアカシアガムおよびトラガカントガムなど、(2)天然に存在するホスファチド、例えばダイズおよびレシチンなど、(3)脂肪酸およびヘキシトール無水物から誘導されるエステルまたは部分エステル、例えば、ソルビタンモノオレエート、(4)前記部分エステルとエチレンオキシドとの縮合物、例えば、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートであり得る。エマルションはまた、甘味剤および香味剤を含有し得る。
油性懸濁液は、活性成分を、植物油、例えば落花生油、オリーブ油、ゴマ油もしくはココナツ油などの中に、またはミネラルオイル、例えば液体パラフィンなどの中に懸濁させることにより製剤化され得る。油性懸濁液は、増稠剤、例えば蜜蝋、固形パラフィンまたはセチルアルコールなどを含有し得る。懸濁液はまた、1または複数の保存剤、例えば、p−ヒドロキシ安息香酸エチルまたはp−ヒドロキシ安息香酸n−プロピル;1または複数の着色剤;1または複数の香味剤;および1または複数の甘味剤、例えばショ糖またはサッカリンなどを含有し得る。
シロップおよびエリキシルは、甘味剤、例えばグリセロール、プロピレングリコール、ソルビトールまたはショ糖などと共に製剤化され得る。かかる製剤はまた、粘滑剤および保存剤、例えばメチルパラベンおよびプロピルパラベンなど、ならびに香味剤および着色剤を含有し得る。
本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドはまた、非経口的に、すなわち、皮下、静脈内、眼内、関節滑液嚢内、筋肉内または腹腔内に(interperitoneally)、好ましくは、医薬担体を伴う生理学的に許容される希釈剤中の注射用用量の化合物として投与され得て、この希釈剤は、滅菌された液体または液体の混合物、例えば水、生理食塩水、ブドウ糖水溶液および関連の糖溶液など、アルコール、例えばエタノール、イソプロパノールまたはヘキサデシルアルコールなど、グリコール、例えばプロピレングリコールまたはポリエチレングリコールなど、グリセロールケタール、例えば2,2−ジメチル−1,1−ジオキソラン−4−メタノールなど、エーテル、例えばポリ(エチレングリコール)400など、油、脂肪酸、脂肪酸エステルまたは脂肪酸グリセリドまたはアセチル化脂肪酸グリセリドであって、薬学的に許容される界面活性剤、例えば石けんまたは洗剤など、懸濁剤、例えばペクチン、カルボマー、メチセルロース(methycellulose)、ヒドロキシプロピルメチルセルロースもしくはカルボキシメチルセルロースなど、または乳化剤および他の医薬アジュバントの添加を伴うまたは伴わないものであることができる。
本発明の非経口製剤中で用いることができる油の例示は、石油、動物、植物または合成に由来するもの、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、ゴマ油、綿実油、コーン油、オリーブ油、ペトロラタムおよびミネラルオイルである。好適な脂肪酸としては、オレイン酸、ステアリン酸、イソステアリン酸およびミリスチン酸が挙げられる。好適な脂肪酸エステルは、例えば、オレイン酸エチルおよびミリスチン酸イソプロピルである。好適な石けんとしては、脂肪酸のアルカリ金属塩、アンモニウム塩およびトリエタノールアミン塩が挙げられ、好適な洗剤としては、カチオン性洗剤、例えばジメチルジアルキルアンモニウムハライド、アルキルピリジニウムハライドおよびアルキルアミンアセテート;アニオン性洗剤、例えば、アルキル、アリールおよびオレフィンのスルホネート、アルキル、オレフィン、エーテルおよびモノグリセリドのスルフェートおよびスルホサクシネート;非イオン性洗剤、例えば、脂肪アミンオキシド、脂肪酸アルカノールアミドおよびポリ(オキシエチレン−オキシプロピレン)またはエチレンオキシドコポリマーもしくはプロピレンオキシドコポリマー;ならびに両性の洗剤、例えば、アルキル−ベータ−アミノプロピオネートおよび2−アルキルイミダゾリン四級アンモニウム塩、同様に混合物が挙げられる。
本発明の非経口組成物は、典型的に、約0.5重量%から約25重量%の活性成分を溶液中に含有するものである。保存剤およびバッファーもまた好都合に用いられ得る。注射部位における刺激を最小化するまたは取り除くため、かかる組成物は、好ましくは約12から約17の親水性−親油性バランス(HLB)を持つ非イオン性界面活性剤を含有し得る。かかる製剤中の界面活性剤の量は、好ましくは約5重量%から約15重量%の範囲である。界面活性剤は、上のHLBを持つ単一の構成成分であることができ、または所望のHLBを持つ2もしくはそれより多い構成成分の混合物であることができる。
非経口製剤中で用いられる界面活性剤の例示は、ポリエチレンソルビタン脂肪酸エステル類、例えば、ソルビタンモノオレエート、およびプロピレンオキシドとプロピレングリコールとの縮合により形成される、エチレンオキシドと疎水性塩基との高分子量付加物である。
医薬組成物は、滅菌された注射用水性懸濁液の形態であり得る。かかる懸濁液は、公知の方法に従って、好適な分散剤または湿潤剤および懸濁剤、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、トラガカントガムおよびアカシアガムなど;天然に存在するホスファチド、例えばレシチンなど、アルキレンオキシドと脂肪酸との縮合物、例えば、ポリオキシエチレンステアレート、エチレンオキシドと長鎖脂肪族アルコールとの縮合物、例えば、ヘプタデカ−エチレンオキシセタノール、エチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトールから誘導される部分エステルとの縮合物、例えばポリオキシエチレンソルビトールモノオレエートなど、またはエチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトール無水物から誘導される部分エステルとの縮合物、例えばポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートなどであり得る分散剤または湿潤剤を用いて製剤化され得る。
滅菌された注射用製剤はまた、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中の滅菌された注射用溶液または懸濁液であり得る。使用され得る希釈剤および溶媒は、例えば、水、リンガー液、等張性塩化ナトリウム溶液および等張性グルコース溶液である。加えて、滅菌された不揮発性油は、溶媒または懸濁媒体として慣用的に使用される。この目的のため、合成のモノグリセリドまたはジグリセリドを包含する任意の無刺激性不揮発性油が使用され得る。加えて、脂肪酸、例えばオレイン酸などを注射剤の調製において用いることができる。
本発明の組成物はまた、薬物の直腸投与のための坐薬の形態で投与され得る。これらの組成物は、薬物を、常温では固体であるが直腸温度では液体であり、したがって直腸内で融解して薬物を放出する好適な非刺激性添加剤と混合することにより調製することができる。かかる材料は、例えば、カカオバターおよびポリエチレングリコールである。
本発明の方法において使用される別の製剤は、経皮送達デバイス(「パッチ」)を使用する。かかる経皮パッチは、制御された量での本発明の化合物の連続的または不連続的注入を提供するために用いられ得る。医薬の送達のための経皮パッチの構築および使用は、当該技術分野で周知である(例えば、1991年6月11日に発行された米国特許第5,023,252号を参照されたい、この文献は参照により本明細書中に組み込まれる)。かかるパッチは、医薬の連続的、パルス状またはオンデマンドの送達のために構築され得る。
非経口投与のための制御放出製剤としては、当該技術分野で公知のリポソーム製剤、ポリマーミクロスフェア製剤およびポリマーゲル製剤が挙げられる。
医薬組成物を機械的送達デバイスを介して患者に導入することが望ましくまたは必要であり得る。医薬の送達のための機械的送達デバイスの構築および使用は、当該技術分野で周知である。例えば、薬物を直接的に脳に投与するための直接的な技術は、通常、血液脳関門を迂回するために患者の心室系への薬物送達カテーテルの留置を要する。体の特定の解剖学的領域への剤の輸送のために用いられる1つのかかる埋め込み式の送達系は、1991年4月30日に発行された米国特許第5,011,472号中に記載されている。
本発明の組成物はまた、必要に応じてまたは所望の通りに、一般に担体または希釈剤と呼ばれる他の慣用の薬学的に許容される配合成分を含有することもできる。適当な剤形のかかる組成物を調製するための慣用的な手法を利用することができる。かかる成分および手法としては、以下の参考文献中に記載されているものが挙げられ、これらの文献の各々は参照により本明細書中に組み込まれる:Powell,M.F.et al.,“Compendium of Excipients for Parenteral Formulations” PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 1998,52(5),238−311;Strickley,R.G “Parenteral Formulations of Small Molecule Therapeutics Marketed in the United States(1999)−Part−1”,PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 1999,53(6),324−349;およびNema,S.et al.,“Excipients and Their Use in Injectable Products” PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 1997,51(4),166−171。
組成物をその意図された投与経路のために製剤化するのに適宜用いることができる慣例的に用いられる医薬成分としては、以下が挙げられる:
酸性化剤(例としては、限定されるものではないが、酢酸、クエン酸、フマル酸、塩酸、硝酸が挙げられる);
アルカリ化剤(例としては、限定されるものではないが、アンモニア溶液、炭酸アンモニウム、ジエタノールアミン、モノエタノールアミン、水酸化カリウム、ホウ酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化ナトリウム、トリエタノールアミン、トロラミンが挙げられる);
吸着剤(例としては、限定されるものではないが、粉末セルロースおよび活性炭が挙げられる);
エアロゾル噴霧剤(例としては、限定されるものではないが、二酸化炭素、CCl、FClC−CClFおよびCClFが挙げられる)
空気置換剤(例としては、限定されるものではないが、窒素およびアルゴンが挙げられる);
抗真菌保存剤(例としては、限定されるものではないが、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウムが挙げられる);
抗微生物保存剤(例としては、限定されるものではないが、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、塩化セチルピリジニウム、クロロブタノール、フェノール、フェニルエチルアルコール、硝酸フェニル水銀およびチメロサールが挙げられる);
抗酸化剤(例としては、限定されるものではないが、アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン、次亜リン酸、モノチオグリセロール、没食子酸プロピル、アスコルビン酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、ホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウムが挙げられる);
結合材料(例としては、限定されるものではないが、ブロックポリマー、天然および合成のゴム、ポリアクリレート、ポリウレタン、シリコーン、ポリシロキサンおよびスチレン−ブタジエンコポリマーが挙げられる);
緩衝剤(例としては、限定されるものではないが、メタリン酸カリウム、リン酸二カリウム、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム無水物およびクエン酸ナトリウム二水和物が挙げられる)
担持剤(carrying agent)(例としては、限定されるものではないが、アカシアシロップ、芳香シロップ、芳香エリキシル、サクランボシロップ、ココアシロップ、オレンジシロップ、シロップ、コーン油、ミネラルオイル、ピーナッツ油、ゴマ油、静菌性塩化ナトリウム注射剤および注射用の静菌性水が挙げられる)
キレート剤(例としては、限定されるものではないが、エデト酸二ナトリウムおよびエデト酸が挙げられる)
着色料(例としては、限定されるものではないが、FD&C Red No.3、FD&C Red No.20、FD&C Yellow No.6、FD&C Blue No.2、D&C Green No.5、D&C Orange No.5、D&C Red No.8、カラメルおよび赤色酸化第二鉄が挙げられる);
清澄剤(例としては、限定されるものではないが、ベントナイトが挙げられる);
乳化剤(例としては、限定されるものではないが、アカシア、セトマクロゴール、セチルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、レシチン、モノオレイン酸ソルビタン、モノステアリン酸ポリオキシエチレン50が挙げられる);
封入剤(例としては、限定されるものではないが、ゼラチンおよび酢酸フタル酸セルロースが挙げられる)
香味料(例としては、限定されるものではないが、アニス油、シナモン油、ココア、メントール、オレンジ油、ペパーミント油およびバニリンが挙げられる);
保水剤(例としては、限定されるものではないが、グリセロール、プロピレングリコールおよびソルビトールが挙げられる);
研和剤(例としては、限定されるものではないが、ミネラルオイルおよびグリセリンが挙げられる);
油(例としては、限定されるものではないが、落花生油、ミネラルオイル、オリーブ油、ピーナッツ油、ゴマ油および植物油が挙げられる);
軟膏基剤(例としては、限定されるものではないが、ラノリン、親水性軟膏、ポリエチレングリコール軟膏、ペトロラタム、親水性ペトロラタム、白色軟膏、黄色軟膏およびバラ香水軟膏が挙げられる);
浸透促進剤(経皮送達)(例としては、限定されるものではないが、モノヒドロキシまたはポリヒドロキシアルコール、一価または多価アルコール、飽和または不飽和脂肪アルコール、飽和または不飽和脂肪エステル、飽和または不飽和ジカルボン酸、精油、ホスファチジル誘導体、セファリン、テルペン、アミド、エーテル、ケトンおよび尿素が挙げられる)
可塑剤(例としては、限定されるものではないが、フタル酸ジエチルおよびグリセロールが挙げられる);
溶媒(例としては、限定されるものではないが、エタノール、コーン油、綿実油、グリセロール、イソプロパノール、ミネラルオイル、オレイン酸、ピーナッツ油、精製水、注射用水、注射用滅菌水および灌注用滅菌水が挙げられる);
硬化剤(例としては、限定されるものではないが、セチルアルコール、セチルエステル蝋、微結晶性蝋、パラフィン、ステアリルアルコール、白色蝋および黄色蝋が挙げられる);
坐剤基剤(例としては、限定されるものではないが、カカオバターおよびポリエチレングリコール(混合物)が挙げられる);
界面活性剤(例としては、限定されるものではないが、塩化ベンザルコニウム、ノノキシノール10、オクストキシノール(oxtoxynol)9、ポリソルベート80、ラウリル硫酸ナトリウムおよびモノパルミチン酸ソルビタンが挙げられる);
懸濁剤(例としては、限定されるものではないが、寒天、ベントナイト、カルボマー、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カオリン、メチルセルロース、トラガカントおよびビーガム(veegum)が挙げられる);
甘味剤(例としては、限定されるものではないが、アスパルテーム、ブドウ糖、グリセロール、マンニトール、プロピレングリコール、サッカリンナトリウム、ソルビトールおよびショ糖が挙げられる);
錠剤抗付着剤(例としては、限定されるものではないが、ステアリン酸マグネシウムおよびタルクが挙げられる);
錠剤バインダー(例としては、限定されるものではないが、アカシア、アルギン酸、カルボキシメチルセルロースナトリウム、圧縮糖(compressible sugar)、エチルセルロース、ゼラチン、液状グルコース、メチルセルロース、非架橋ポリビニルピロリドンおよびα化デンプンが挙げられる);
錠剤およびカプセル希釈剤(例としては、限定されるものではないが、リン酸水素カルシウム、カオリン、乳糖、マンニトール、微結晶性セルロース、粉末セルロース、沈降炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、リン酸ナトリウム、ソルビトールおよびデンプンが挙げられる);
錠剤コーティング剤(例としては、限定されるものではないが、液状グルコース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、酢酸フタル酸セルロースおよびシェラックが挙げられる);
錠剤直接打錠賦形剤(例としては、限定されるものではないが、リン酸水素カルシウムが挙げられる);
錠剤崩壊剤(例としては、限定されるものではないが、アルギン酸、カルボキシメチルセルロースカルシウム、微結晶性セルロース、ポラクリリンカリウム、架橋ポリビニルピロリドン、アルギン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウムおよびデンプンが挙げられる);
錠剤滑剤(例としては、限定されるものではないが、コロイド状シリカ、コーンスターチおよびタルクが挙げられる);
錠剤滑沢剤(例としては、限定されるものではないが、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、ミネラルオイル、ステアリン酸およびステアリン酸亜鉛が挙げられる);
錠剤/カプセル不透明化剤(opaquant)(例としては、限定されるものではないが、二酸化チタンが挙げられる);
錠剤光沢剤(例としては、限定されるものではないが、カルヌバ蝋(carnuba wax)および白色蝋が挙げられる);
増稠剤(例としては、限定されるものではないが、蜜蝋、セチルアルコールおよびパラフィンが挙げられる);
等張化剤(例としては、限定されるものではないが、ブドウ糖および塩化ナトリウムが挙げられる);
増粘剤(例としては、限定されるものではないが、アルギン酸、ベントナイト、カルボマー、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン、アルギン酸ナトリウムおよびトラガカントが挙げられる);ならびに
湿潤剤(例としては、限定されるものではないが、ヘプタデカエチレンオキシセタノール、レシチン、モノオレイン酸ソルビトール、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビトールおよびステアリン酸ポリオキシエチレンが挙げられる)。
本発明による医薬組成物は、次のように例示することができる:
滅菌IV溶液:本発明の所望の化合物の5mg/mL溶液は、滅菌された注射用水を用いて作製することができ、必要な場合はpHが調整される。溶液は、投与のために滅菌5%ブドウ糖で1〜2mg/mLに希釈され、IV注入として約60分かけて投与される。
IV投与のための凍結乾燥粉末:滅菌調合剤は、(i)凍結乾燥粉末としての100〜1000mgの本発明の所望の化合物、(ii)32〜327mg/mLのクエン酸ナトリウム、および(iii)300〜3000mgのデキストラン40を使用して調製することができる。製剤は、滅菌された注射用生理食塩水または5%ブドウ糖を使用して10から20mg/mLの濃度に再構成され、これがさらに生理食塩水または5%ブドウ糖を使用して0.2〜0.4mg/mLに希釈され、IVボーラスまたはIV注入により15〜60分かけて投与される。
筋肉内懸濁液:次の溶液または懸濁液を筋肉内注射のために調製することができる:
50mg/mLの本発明の所望の水不溶性化合物
5mg/mL カルボキシメチルセルロースナトリウム
4mg/mL TWEEN 80
9mg/mL 塩化ナトリウム
9mg/mL ベンジルアルコール
ハードシェルカプセル:多数の単位カプセルが、標準的な2ピースのハードガランチン(galantine)カプセルに各々100mgの粉末活性成分、150mgの乳糖、50mgのセルロースおよび6mgのステアリン酸マグネシウムを充填することにより調製される。
ソフトゼラチンカプセル:可消化油、例えばダイズ油、綿実油またはオリーブ油などの中に活性成分の混合物を調製し、容量型ポンプによって溶融ゼラチン内に注入することで、100mgの活性成分を含有するソフトゼラチンカプセルが形成される。カプセルを洗浄し、乾燥させる。活性成分をポリエチレングリコール、グリセリンおよびソルビトールの混合物中に溶解することで、水混和性の薬混合物を調製することができる。
錠剤:単位投薬量が100mgの活性成分、0.2mgのコロイド状二酸化ケイ素、5mgのステアリン酸マグネシウム、275mgの微結晶性セルロース、11mgのデンプンおよび98.8mgの乳糖となるように、多数の錠剤が慣用的な手法により調製される。適切な水性および非水性のコーティングが、嗜好性の向上、見栄え(elegance)および安定性の改良または吸収の遅延のために適用され得る。
即時放出錠剤/カプセル:これらは、慣用的なおよび新規のプロセスにより作製される固体経口剤形である。これらの単位は、薬の即時溶解および送達のために、水を伴わずに経口的に摂取される。活性成分を、例えば糖、ゼラチン、ペクチンおよび甘味料などの成分を含有する液体中で混合する。これらの液体を、凍結乾燥および固相抽出技術により、固体錠剤またはカプレットへと固化する。薬物化合物を粘弾性および熱弾性の糖およびポリマーまたは発泡性の構成成分と共に圧縮することで、水を必要としない即時放出が意図された多孔性マトリックスが生産され得る。
がんを処置する方法
本発明との関連のなかで、用語「がん」は、限定されるものではないが、乳房、肺、脳、生殖器、消化管、尿路、肝臓、眼、皮膚、頭頸部、甲状腺、副甲状腺のがんおよびそれらの遠位転移を包含する。これらの障害はまた、多発性骨髄腫、リンパ腫、肉腫および白血病を包含する。
乳がんの例としては、限定されるものではないが、侵襲性腺管癌、侵襲性小葉癌、非浸潤性腺管癌および非浸潤性小葉癌が挙げられる。
呼吸器のがんの例としては、限定されるものではないが、小細胞および非小細胞肺癌、同様に気管支腺腫および胸膜肺芽腫が挙げられる。
脳のがんの例としては、限定されるものではないが、脳幹および視床下部の(hypophtalmic)神経膠腫、小脳および大脳の星状細胞腫、髄芽腫、上衣腫、同様に神経外胚葉および松果体腫瘍が挙げられる。
男性生殖器の腫瘍としては、限定されるものではないが、前立腺および精巣がんが挙げられる。女性生殖器の腫瘍としては、限定されるものではないが、子宮内膜、子宮頚部、卵巣、膣および外陰部がん、同様に子宮の肉腫が挙げられる。
消化管の腫瘍としては、限定されるものではないが、肛門、結腸、結腸直腸、食道、胆嚢、胃、膵臓、直腸、小腸および唾液腺がんが挙げられる。
尿路の腫瘍としては、限定されるものではないが、膀胱、陰茎、腎臓、腎盂、輸尿管、尿道およびヒト乳頭状腎がんが挙げられる。
眼のがんとしては、限定されるものではないが、眼球内黒色腫および網膜芽細胞腫が挙げられる。
肝臓がんの例としては、限定されるものではないが、肝細胞癌(線維層板型変異を伴うまたは伴わない肝細胞癌)、胆管癌(肝内胆管癌)および混合型肝細胞胆管癌が挙げられる。
皮膚がんとしては、限定されるものではないが、扁平上皮細胞癌、カポジ肉腫、悪性黒色腫、メルケル細胞皮膚がんおよび非黒色腫皮膚がんが挙げられる。
頭頸部がんとしては、限定されるものではないが、喉頭、下咽頭、鼻咽頭、中咽頭がん、口唇および口腔がんならびに扁平細胞が挙げられる。
リンパ腫としては、限定されるものではないが、AIDS関連リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキン病および中枢神経系のリンパ腫が挙げられる。
肉腫としては、限定されるものではないが、軟組織の肉腫、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、リンパ肉腫および横紋筋肉腫が挙げられる。
白血病としては、限定されるものではないが、急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病およびヘアリー細胞白血病が挙げられる。
本発明は、本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを用いて、下に記載されるようながん、とりわけ哺乳動物のNSCLC、CRC、黒色腫、膵臓がん、肝細胞癌または乳がんを処置する方法に関する。本発明の塩は、がん、特にNSCLC、CRC、黒色腫、膵臓がん、肝細胞癌または乳がんの処置または予防において、細胞増殖および/もしくは細胞分裂を阻害、遮断、低減、減少等させるために、ならびに/またはアポトーシスを生み出すために利用することができる。この方法は、ヒトを包含するそれを必要とする哺乳動物に、がん、特にNSCLC、CRC、黒色腫、膵臓がん、肝細胞癌または乳がんの処置または予防のために有効な量の本発明の組み合わせ、または薬学的に許容されるその塩、異性体、多形、代謝物、水和物、溶媒和物もしくはエステルなどを投与することを含む。
本文書の全体にわたって述べられている用語「処置すること」または「処置」は、慣用的に用いられ、例として、疾患または障害、例えば癌腫などの症状を根絶する、緩和する、低減させる、軽減する、改善する目的のための対象の管理またはケアである。
用量および投与
がん、特にNSCLC、CRC、黒色腫、膵臓がん、肝細胞癌または乳がんの処置または予防のために有用な化合物を調べることが知られている標準的な実験技術に基づいて、標準的な毒性試験により、および哺乳動物における上で特定される症状の処置の決定のための標準的な薬理学的アッセイにより、およびこれらの結果とこれらの症状を処置するために用いられる公知の薬剤の結果との比較により、適応症の処置のための本発明の塩の有効投薬量を容易に決定することができる。症状の処置において投与されることになる活性成分の量は、限定されるものではないが、使用される特定の組み合わせおよび投薬単位、投与の様式、処置の期間、処置される患者の年齢および性別、ならびに処置される症状の性質および程度といった多くの考慮事項に応じて、広範囲に変えることができる。
投与されることになる活性成分の総量は、一般に、約0.001mg/kg体重/日から約200mg/kg体重/日、好ましくは約0.01mg/kg体重/日から約20mg/kg体重/日の範囲にある。臨床的に有用な投薬スケジュールは、1日に1から3回の投薬から4週毎に1回の投薬の範囲にある。加えて、患者が一定期間薬物を服用しない「休薬日」は、薬理学的効果と耐容性との全体的バランスに有益であり得る。単位投薬量は、約0.5mgから約1,500mgの活性成分を含有し得て、1日あたり1もしくは複数回または1日あたり1回未満、投与することができる。静脈内、筋肉内、皮下および非経口の注射といった注射ならびに注入技術の使用による投与のための平均1日投薬量は、好ましくは、0.01から200mg/kg総体重である。平均1日直腸投薬レジメンは、好ましくは、0.01から200mg/kg総体重である。平均1日膣投薬レジメンは、好ましくは、0.01から200mg/kg総体重である。平均1日局所投薬レジメンは、好ましくは、1日1から4回の間の投与で0.1から200mgである。経皮濃度は、好ましくは、0.01から200mg/kgの1日用量を維持するために必要とされるものである。平均1日吸入投薬レジメンは、好ましくは、0.01から100mg/kg総体重である。
各患者についての具体的な初期および継続投薬レジメンは、担当診断医により決定される症状の性質および重症度、使用される具体的な組み合わせの活性、患者の年齢および全身状態、投与時間、投与経路、薬物排出速度、薬物の塩などに応じて変わる。本発明の組み合わせまたは薬学的に許容されるその塩もしくはエステルもしくは組成物の所望の処置様式および投薬回数は、当業者により慣用的な処置試験を用いて確認することができる。
本発明の塩を用いた治療:1または複数のさらなる医薬
本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドは、単独の医薬として、または結果として得られる本発明の塩とさらなる活性成分との組み合わせが許容されない有害作用を引き起こさない場合に1もしくは複数の活性成分と組み合わせて投与することができる。例えば、本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドは、さらなる活性成分、例えば公知の抗血管新生剤、抗過剰増殖剤、抗炎症剤、鎮痛剤、免疫制御剤、利尿剤、抗不整脈剤(antiarrhytmic)、抗高コレステロール血症剤、抗脂質異常症剤、抗糖尿病剤または抗ウイルス剤など、同様にこれらの混合物およびその塩と組み合わせることができる。
前記さらなる活性成分は、以下から選択され得る:
131I−chTNT、アバレリックス、アビラテロン、アクラルビシン、アド−トラスツズマブ エムタンシン、アファチニブ、アフリバーセプト、アルデスロイキン、アレムツズマブ、アレンドロン酸、アリトレチノイン、アルトレタミン、アミホスチン、アミノグルテチミド、ヘキシルアミノレブリン酸、アムルビシン、アムサクリン、アナストロゾール、アンセスチム、アネトール ジチオレチオン、アンジオテンシンII、アンチトロンビンIII、アプレピタント、アルシツモマブ、アルグラビン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、アキシチニブ、アザシチジン、バシリキシマブ、ベロテカン、ベンダムスチン、ベリノスタット、ベバシズマブ、ベキサロテン、ビカルタミド、ビサントレン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブセレリン、ボスチニブ、ブレンツキシマブ ベドチン、ブスルファン、カバジタキセル、カボザンチニブ、ホリナートカルシウム、レボホリナートカルシウム、カペシタビン、カプロマブ、カルボプラチン、カルフィルゾミブ、カルモフール、カルムスチン、カツマキソマブ、セレコキシブ、セルモロイキン、セリチニブ、セツキシマブ、クロラムブシル、クロルマジノン、クロルメチン、シドフォビル、シナカルセト、シスプラチン、クラドリビン、クロドロン酸、クロファラビン、クリサンタスパーゼ、シクロホスファミド、シプロテロン、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダルベポエチンアルファ、ダブラフェニブ、ダサチニブ、ダウノルビシン、デシタビン、デガレリクス、デニロイキン ジフチトクス、デノスマブ、デプレオチド、デスロレリン、デクスラゾキサン、塩化ジブロスピジウム、ジアンヒドロガラクチトール、ジクロフェナク、ドセタキセル、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、ドキソルビシン+エストロン、ドロナビノール、エクリズマブ、エドレコロマブ、酢酸エリプチニウム、エルトロムボパグ、エンドスタチン、エノシタビン、エンザルタミド、エピルビシン、エピチオスタノール、エポエチンアルファ、エポエチンベータ、エポエチンゼータ、エプタプラチン、エリブリン、エルロチニブ、エソメプラゾール、エストラジオール、エストラムスチン、エトポシド、エベロリムス、エキセメスタン、ファドロゾール、フェンタニル、フィルグラスチム、フルオキシメステロン、フロクスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルタミド、フォリン酸、フォルメスタン、ホスアプレピタント、フォテムスチン、フルベストラント、ガドブトロール、ガドテリドール、ガドテル酸メグルミン、ガドベルセタミド、ガドキセト酸、硝酸ガリウム、ガニレリクス、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツズマブ、グルカルピダーゼ、グルトキシム、GM−CSF、ゴセレリン、グラニセトロン、顆粒球コロニー刺激因子、ヒスタミンジヒドロクロリド、ヒストレリン、ヒドロキシカルバミド、I−125シード、ランソプラゾール、イバンドロン酸、イブリツモマブ チウキセタン、イブルチニブ、イダルビシン、イホスファミド、イマチニブ、イミキモド、イムプロスルファン、インジセトロン、インカドロン酸、インゲノールメブテート、インターフェロンアルファ、インターフェロンベータ、インターフェロンガンマ、イオビトリドール、ヨーベングアン(123I)、イオメプロール、イピリムマブ、イリノテカン、イトラコナゾール、イキサベピロン、ランレオチド、ラパチニブ、IASOコリン(Iasocholine)、レナリドマイド、レノグラスチム、レンチナン、レトロゾール、リュープロレリン、レバミソール、レボノルゲストレル、レボチロキシンナトリウム、リスリド、ロバプラチン、ロムスチン、ロニダミン、マソプロコール、メドロキシプロゲステロン、メゲストロール、メラルソプロール、メルファラン、メピチオスタン、メルカプトプリン、メスナ、メサドン、メトトレキセート、メトキサレン、アミノレブリン酸メチル、メチルプレドニゾロン、メチルテストステロン、メチロシン、ミファムルチド、ミルテホシン、ミリプラチン、ミトブロニトール、ミトグアゾン、ミトラクトール、マイトマイシン、ミトタン、ミトキサントロン、モガムリズマブ、モルグラモスチム、モピダモール、塩酸モルヒネ、硫酸モルヒネ、ナビロン、ナビキシモルス、ナファレリン、ナロキソン+ペンタゾシン、ナルトレキソン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネララビン、ネリドロン酸、ニボルマブペンテトレオチド(nivolumabpentetreotide)、ニロチニブ、ニルタミド、ニモラゾール、ニモツズマブ、ニムスチン、ニトラクリン、ニボルマブ、オビヌツズマブ、オクトレオチド、オファツムマブ、オマセタキシン メペサクシネート、オメプラゾール、オンダンセトロン、オプレルベキン、オルゴテイン、オリロチモド、オキサリプラチン、オキシコドン、オキシメトロン、オゾガマイシン、p53遺伝子治療、パクリタキセル、パリフェルミン、パラジウム−103シード、パロノセトロン、パミドロン酸、パニツムマブ、パントプラゾール、パゾパニブ、ペグアスパルガーゼ、PEG−エポエチンベータ(メトキシPEG−エポエチンベータ)、ペンブロリズマブ、ペグフィルグラスチム、ペグインターフェロンアルファ−2b、ペメトレキセド、ペンタゾシン、ペントスタチン、ペプロマイシン、ペルフルブタン、ペルホスファミド、ペルツズマブ、ピシバニール、ピロカルピン、ピラルビシン、ピクサントロン、プレリキサホル、プリカマイシン、ポリグルサム、リン酸ポリエストラジオール、ポリビニルピロリドン+ヒアルロン酸ナトリウム、ポリサッカライド−K、ポマリドミド、ポナチニブ、ポルフィマーナトリウム、プララトレキセート、プレドニムスチン、プレドニゾン、プロカルバジン、プロコダゾール、プロプラノロール、キナゴリド、ラベプラゾール、ラコツモマブ、塩化ラジウム−223、ラドチニブ、ラロキシフェン、ラルチトレキセド、ラモセトロン、ラムシルマブ、ラニムスチン、ラスブリカーゼ、ラゾキサン、レファメチニブ、レゴラフェニブ、リセドロン酸、レニウム−186 エチドロネート、リツキシマブ、ロミデプシン、ロミプロスチム、ロムルチド、ロニシクリブ、サマリウム(153Sm) レキシドロナム、サルグラモスチム、サツモマブ、セクレチン、シプロイセル−T、シゾフィラン、ソブゾキサン、グリシジダゾールナトリウム、ソラフェニブ、スタノゾロール、ストレプトゾシン、スニチニブ、タラポルフィン、タミバロテン、タモキシフェン、タペンタドール、タソネルミン、テセロイキン、テクニチウム(99mTc) ノフェツモマブ メルペンタン、99mTc−HYNIC−[Tyr3]−オクトレオチド、テガフール、テガフール+ギメラシル+オテラシル、テモポルフィン、テモゾロミド、テムシロリムス、テニポシド、テストステロン、テトロホスミン、サリドマイド、チオテパ、チマルファシン、甲状腺刺激ホルモンアルファ、チオグアニン、トシリズマブ、トポテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラベクテジン、トラマドール、トラスツズマブ、トラスツズマブ エムタンシン、トレオスルファン、トレチノイン、トリフルリジン+チピラシル、トリロスタン、トリプトレリン、トラメチニブ、トロホスファミド、トロンボポエチン、トリプトファン、ウベニメクス、ヴァラチニブ(valatinib)、バルルビシン、バンデタニブ、バプレオチド、ベムラフェニブ、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビンフルニン、ビノレルビン、ビスモデギブ、ボリノスタット、ボロゾール、イットリウム−90ガラス微小球、ジノスタチン、ジノスタチン スチマラマー、ゾレドロン酸、ゾルビシン。
一般に、本発明のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとの組み合わせにおけるさらなる活性成分としての細胞障害剤および/または細胞増殖抑制剤の使用は、以下に役立つ:
(1)いずれかの剤単独の投与と比較して、腫瘍増殖の低減においてより良好な効力を生じさせるか、もしくは腫瘍を消失させさえすること、
(2)投与される化学治療剤の量がより少ない投与を提供すること、
(3)単剤化学治療およびある種の他の組み合わせ治療で観察されるよりも有害な薬理学的合併症が少ない、患者において良好に耐容される化学治療処置を提供すること、
(4)哺乳動物、特にヒトにおいて広範囲の異なるがん種の処置を提供すること、
(5)処置された患者の間でより高い応答率を提供すること、
(6)標準的な化学治療処置と比較して、処置された患者の間でより長い生存期間を提供すること、
(7)より長い腫瘍進行の時間を提供すること、ならびに/または
(8)他のがん剤の塩が拮抗作用を生み出す公知の例と比較して、単独で用いられた剤のそれと少なくとも同程度に良好に効能および耐容性の結果を生じさせること。
図1は、B細胞悪性腫瘍における腫瘍の増殖および生存におけるPI3Kシグナル伝達経路を示す。 図2は、最良応答およびBCR最良応答−WGSにより順序付けられたBCRシグナル伝達遺伝子の発現レベルを示すヒートマップを示す。 図3は、最良応答およびPI3K最良応答―WGSにより順序付けられたPI3K経路遺伝子の発現レベルを示すヒートマップを示す。 図4は、BCR PFS−WGSによるPFSのカプランマイヤー解析を示す。 図5は、PI3K PFS−WGSによるPFSのカプランマイヤー解析を示す。
実験セクション
コパンリシブおよびコパンリシブジヒドロクロリドは、欧州特許出願第11161111.7号中に、およびWO2012/136553の下で公開されたPCT出願第PCT/EP2012/055600号中に記載されるように合成することができ、これらの文献は参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
方法:
臨床試験Aにおいてコパンリシブ治療を受けたNHL患者のベースラインでの腫瘍病変からの個々のホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料を、AltheaDx Inc.(San Diego、CA、USABLE)によるAffymetrix Genes ST 1.0アレイ上でのRNA遺伝子発現研究に供した。独立したレビュー評価からの最良応答状態および無増悪生存期間(以下、「PFS」という)を遺伝子発現解析のために用いた。濾胞性リンパ腫(以下、「FL」という)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」という)、マントル細胞リンパ腫(「MCL」)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」という)、形質転換した緩慢性リンパ腫またはCLLを有する、3名の完全奏功のレスポンダー(1名は確認されており(以下、「CR」という)、2名は未確認である(以下、「CRu」という))、および5名の部分奏功のレスポンダー(以下、「PR」という)、11名の安定疾患の患者(以下、「SD」という)および5名の進行性疾患患者(以下、「PD」という)を包含する、十分な量および質のベースラインRNA発現プロファイリングデータを持つ合計24名の患者を、表1(実験セクション中に与えられる)中に列挙される遺伝子発現解析のために用いた。
バイオインフォマティクスおよび統計解析を、24名全てのNHL患者について行った。遺伝子セット濃縮解析(以下、「GSEA」という)(参考文献1)および単一遺伝子多変量適応二方向フィルタリングアプローチ(参考文献2)の両方を用いて、リンパ腫におけるコパンリシブ応答に関連する潜在的な予測マーカーおよび共通のシグナル伝達経路を同定した。
GSEA(http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp)は、演繹的に定義された遺伝子セットが2つの生物学的状態(例として表現型、本ケースでは臨床アウトカムに基づく)間で統計的に有意で一致した差異を示すかどうかを決定する計算方法であり、これを用いてリンパ腫におけるコパンリシブ応答または応答の欠如に関連する共通のシグナル伝達経路を同定した。GSEAについては、アポトーシス、B細胞受容体(以下「BCR」という)のシグナル伝達、IL6/JAK/STAT3、サイトカイン/ケモカイン、MAPK、MYC、MYD88、NFAT、NFkB、NOTCH、PI3Kまたは腫瘍微小環境(参考文献3および4)における重要な生物学的機能/プロセスを共有する34の遺伝子セット(表2および3参照)を選択し、作成した。正規化濃縮スコア(以下、「NES」という)の大きさおよび偽発見率(以下、「FDR」という)q値を計算して、本研究におけるコパンリシブ応答/応答の欠如に影響を及ぼす上位候補を同定する際の各遺伝子セットの有効性を調べた。遺伝子セットは、コパンリシブ治療に対する
腫瘍応答に関連するNES値(プラスの数が大きいほど、患者がコパンリシブに対する応答を示す可能性が高い)および低いFDR q値(ランダムな偶然による関連の見込みが低いことを指し示す)に基づいて、応答との関連についてランク付けした。対照的に、遺伝子セットは、マイナスのNES値(マイナスの数が小さいほど、患者がコパンリシブに対する応答の欠如を示す可能性が高い)および低いFDR q値(ランダムな偶然による関連の見込みが低いことを指し示す)に基づいて、応答の欠如との関連についてランク付けした。
表2.:新規経路遺伝子
Figure 2019512003
表3.:GSEA MSigDBからの経路遺伝子
Figure 2019512003
各遺伝子セットについての全体的な発現レベルを反映する重み付け遺伝子発現スコア(以下「WGS」という)を、ロジスティック回帰およびCox比例ハザードモデルから生成し、それぞれ、応答状態(最良応答−WGS)およびPFS(PFS−WGS)との関連を評価した。
経路解析のため、特定の患者jについての目的の遺伝子セットに関するWGSを次のように定義した:
Figure 2019512003
目的の各遺伝子セットについて、以下のWGSモデル(疑似コード表現)を用いてWGSと最良応答との関連を推定し、PFSについては同じ予測因子を有するCox比例ハザードモデルとなるようにモデルを調整した:
Figure 2019512003
最良応答−WGS、同様にPFS−WGSの両方を、ロジスティック回帰またはCox回帰モデルにおいて順番に用いて、いずれかのWGSとエンドポイントとの関連を評価した。さらに、生の最良応答WGSを用いて、レスポンダー(CR+PR)およびノンレスポンダー(SD+PD)分類に関する交差検証されていないAUC推定値を計算した。
加えて、少数の最も情報価値のある遺伝子を節約的に選択する適応二方向フィルタリングアプローチを実施して、本研究におけるコパンリシブ応答に関連する任意の単一の遺伝子を同定した(参考文献2)。
結果:
FL(n=10)、MZL(n=2)、MCL(n=2)、DLBCL(n=5)、形質転換緩慢性(n=2)またはCLL(n=3)の診断を有する、3名のCR、5名のPR、11名のSDおよび5名のPDを包含する24名の解析可能な患者を表1中に列挙する。全ての解析は、多変量モデルにおける疾患タイプの緩慢性または侵攻性の性質を説明するNHLの全集団に対して実施した。
表1:臨床試験Aからの患者の応答状態およびPFS:
Figure 2019512003
Figure 2019512003
*データのカットオフ 2015年2月:CLL調査者評価のため、独立評価を用いた。
レスポンダー:CR+CRu+PR=8;ノンレスポンダー:SD+PD=16
0=打ち切られていない;1=打ち切られた
コパンリシブ応答状態およびPFSに関連する遺伝子シグネチャーおよび経路を表4中に列挙する。
表4.コパンリシブ応答状態およびPFS(進行)に関連するGSEA解析シグネチャーおよび経路
Figure 2019512003
NES:正規化濃縮スコア。FDR:偽発見率。応答または進行可能性の欠如 増加したもの(緑色のハイライト):より高い発現量を有する遺伝子セットは、応答NESがプラスでFDRが低く、これは遺伝子と応答との相関を指し示しており;進行NESがマイナスでFDRが低く、これは遺伝子と進行欠如との相関を指し示す。応答または進行可能性の欠如 減少したもの(青色):より高い発現量を有する遺伝子セットは、応答NESがマイナスでFDRが低く、これは遺伝子と応答欠如との相関を指し示しており、進行NESがプラスでFDRが低く、これは遺伝子と進行との相関を指し示している。
表4中に示されるように、24名のNHLの全セットの中の、GSEAによって同定された目的応答(プラスのNES値≧1.4、FDRq≦0.17)およびより長いPFS(進行の欠如、マイナスのNES≦−1.4、FDRq≦0.12)の両方に関連する上位の遺伝子セットは、アップレギュレートされたPI3K経路およびBCRシグナル伝達を反映するものである。GESA応答解析の場合、代表的なBCR遺伝子セット(CD19、CD20、BTKおよび図2中に示される他の遺伝子を包含する)およびPI3K遺伝子セット(それぞれPI3Kα、β、γおよびδ触媒サブユニットをコードするPIK3CA、PIK3CB、PIK3CGおよびPIK3CD、ならびに図3中に示される他の遺伝子を包含する)は、それぞれ0.014および0.087の偽発見率(FDR)で、1.92および1.62の正規化濃縮スコア(NES)を有する(表5)。したがって、目的奏効率は、高いBCR経路重み付け遺伝子発現スコア(WGS、遺伝子セットの全体的発現レベルを反映する)を有する患者間で、低い患者(公称p=0.060、WGSベースのAUC=0.81)と比較して増加し(表5および図2)、高いPI3K経路 WGSを有する患者において低い患者(公称p=0.069、WGSベースのAUC=0.75)と比較して増加する(表5および図3)。カットオフ値としてWGSの中央値(BCR、WGS中央値=41.7;PI3K、WGS中央値=19.0)を用いると、BCR WGSが高いコパンリシブ処置NHL患者におけるPFS(377日vs62日、HR=0.035、公称Coxモデルp<0.0001;図4)およびPI3K WGSが高い患者(288日vs104日、HR=0.242、公称Coxモデルp=0.022;図5)におけるPFSは、低値の患者と比較して長い。
Figure 2019512003
他方、24名のNHLの全セットの中で、GSEAは、コパンリシブ応答の欠如および/またはより短いPFSに関連する上位の遺伝子セットも同定した(表4)。間質/転移および炎症プロセスに関与する遺伝子セット/経路は、コパンリシブ応答の欠如(マイナスのNES≦−1.77、FDRq≦−0.01)およびより短いPFS(プラスの進行NES値≧1.46、FDRq≦0.12)と関連する。IL6/JAK/STAT3およびNFkB経路はいずれも、コパンリシブ応答の欠如((マイナスのNES≦−1.45、FDRq≦0.1)と関連しているが、PFSとは関連していない。
加えて、少数の最も情報価値のある遺伝子を節約的に選択する適応二方向フィルタリングアプローチ(参考文献2)を用いて、MT2A(メタロチオネイン−2)、NOP10(NOP10リボ核タンパク質およびCSTBシスタチンB(ステフィンB)遺伝子の高発現レベルが、それぞれトレーニングAUC 0.86(0.71−1.0)、0.74(0.54−0.94)および0.85(0.70−1.0)を使用して応答の欠如を潜在的に予測し、およびおそらくより短いPFSを有すると予測することを同定した(カットオフとして遺伝子発現レベル中央値を用いたもの、CSTB:HR=3.3(0.9−12)、p=0.07、PFS中央値 74日および288日;ROC−AUC 0.85(0.70−1.0);一致値 0.713;NOP10:HR=1.9(0.7−5.4) p=0.23 PFS中央値 104日および336日 ROC−AUC 0.84(0.67−1.0) 一致値 0.66;MT2A:HR=1.3(0.8−2.2) p=0.30 PFS中央値 106日および336日 ROC−AUC 0.76(0.56−0.95);一致値 0.66)。
参考文献
1.Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, Mesirov JP. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25;102(43):15545-50.
2.Cheng J. et al., An adaptive feature selection method for microarray data analysis, International conference of bioinformatics and biomedicine, 2012
3.Lenz G, Wright G, Dave SS, Xiao W, Powell J, Zhao H, Xu W, Tan B, Goldschmidt N, Iqbal J, Vose J, Bast M, Fu K, Weisenburger DD, Greiner TC, Armitage JO, Kyle A, May L, Gascoyne RD, Connors JM, Troen G, Holte H, Kvaloy S, Dierickx D, Verhoef G, Delabie J, Smeland EB, Jares P, Martinez A, Lopez-Guillermo A, Montserrat E, Campo E, Braziel RM, Miller TP, Rimsza LM, Cook JR, Pohlman B, Sweetenham J, Tubbs RR, Fisher RI, Hartmann E, Rosenwald A, Ott G, Muller-Hermelink HK, Wrench D, Lister TA, Jaffe ES, Wilson WH, Chan WC, Staudt LM, Stromal gene signatures in large-B-cell lymphomas. N Engl J Med. 2008 Nov 27;359(22):2313-23. doi: 10.1056/NEJMoa0802885.
4.Dave SS, Wright G, Tan B, Rosenwald A, Gascoyne RD, Chan WC, Fisher RI, Braziel RM, Rimsza LM, Grogan TM, Miller TP, LeBlanc M, Greiner TC, Weisenburger DD, Lynch JC, Vose J, Armitage JO, Smeland EB, Kvaloy S, Holte H, Delabie J, Connors JM, Lansdorp PM, Ouyang Q, Lister TA, Davies AJ, Norton AJ, Muller-Hermelink HK, Ott G, Campo E, Montserrat E, Wilson WH, Jaffe ES, Simon R, Yang L, Powell J, Zhao H, Goldschmidt N, Chiorazzi M, Staudt LM. Prediction of survival in follicular lymphoma based on molecular features of tumor-infiltrating immune cells. N Engl J Med. 2004 Nov 18;351(21):2159-69.

Claims (36)

  1. 対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置するための薬剤の調製のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記対象は、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴を持つことにより選択される、前記使用。
  2. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項1に記載の使用。
  3. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料において陽性に決定されており、前記遺伝子の前記アップレギュレーションが決定されて、予め定められたカットオフ値における発現の程度と比較される、請求項1または2に記載の使用。
  4. 対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置の方法のための薬剤の製造のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用であって、ここで前記対象は:
    a)前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
    b)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴を決定するステップ、
    ならびに
    c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
    を含む方法によってレスポンダーであると決定され、階層化されて選択されている、前記使用。
  5. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリド。
  6. 前記特徴付けが、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において実施される、請求項5に記載のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリド。
  7. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項5または6に記載のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリド。
  8. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)を処置する方法における使用のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドであって、前記方法は:
    a)前記対象の腫瘍組織または腫瘍細胞である試料を、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によってアッセイするステップ;ならびに
    b)コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴を決定するステップ、ならびに
    c)前記層別化特徴が陽性に決定された場合、治療的有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを投与するステップ
    を含む、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリド。
  9. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための、コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドの使用。
  10. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項9に記載の使用。
  11. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、請求項9または10に記載の使用。
  12. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測する、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の、有効量のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを用いた処置および/または予防の方法。
  13. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項12に記載の処置の方法。
  14. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、請求項12または13に記載の処置の方法。
  15. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答および/または短い無増悪生存期間を予測する、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項14に記載の処置の方法。
  16. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測する、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防の方法における使用のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせ。
  17. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項16に記載の医薬組み合わせ。
  18. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項16または17に記載の医薬組み合わせ。
  19. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、請求項16から18のいずれか一項に記載の医薬組み合わせ。
  20. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測する、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための薬剤の調製のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせの使用。
  21. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項20に記載の医薬製剤の使用。
  22. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、請求項20または21に記載の医薬製剤の使用。
  23. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測する、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防の方法における使用のための、不活性、非毒性および/または薬学的に好適なアジュバントと組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬製剤。
  24. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項23に記載の医薬製剤。
  25. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、請求項23または24に記載の医薬製剤。
  26. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定されている、請求項23から25のいずれか一項に記載の医薬製剤。
  27. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測する、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである層別化特徴により特徴付けられる、対象における非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)の処置および/または予防のための薬剤の調製のための、少なくとも1または複数のさらなる活性物質と組み合わせたコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドを含む医薬組み合わせの使用。
  28. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の発現レベルをAffymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeにより決定し、例えば、前記アップレギュレーションの程度を特定の経路内にある遺伝子についての重み付け遺伝子発現スコア(WGS)中央値およびカットオフ値としての単一の遺伝子についてのaffymetrixアレイの遺伝子発現シグナルレベル中央値を用いて統計的に確かめる階層化方法によって決定される、請求項23から26のいずれか一項に記載の医薬製剤の使用。
  29. コパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドへの低い応答を予測し、それゆえにコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドとNFkB、IL6/JAK/STAT3、腫瘍微小環境および炎症プロセスを標的とする剤との組み合わせ治療のための指標である、以下:
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子;
    から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーションである前記層別化特徴が、前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞において決定される、請求項23から26または28に記載の医薬製剤の使用。
  30. − 対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるNFkBシグナル伝達を特徴付けるための、
    ・BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1から選択される1または複数のNFkB経路遺伝子のアップレギュレーション
    を測定する遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
    ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能であり、
    − 対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるIL6/JAK/STAT3シグナル伝達を特徴付けるための、
    ・A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1Aから選択される1または複数のIL6/JAK/STAT3経路遺伝子のアップレギュレーション
    を測定する遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
    ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験。
  31. 対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象における間質遺伝子シグナル伝達を特徴付けるための、
    ・COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIMから選択される1または複数の間質遺伝子のアップレギュレーション
    を測定する遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
    ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験。
  32. 対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるMT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子のシグナル伝達を特徴付けるための、
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子から選択される1または複数の遺伝子のアップレギュレーション
    を測定する遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
    ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験。
  33. 対象のコパンリシブ、とりわけコパンリシブジヒドロクロリドでの処置への適合性を評価するため、対象におけるNFkB経路遺伝子、IL6/JAK/STAT3経路遺伝子、間質遺伝子ならびにMT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子のシグナル伝達を特徴付けるための、
    ・NFkB経路遺伝子:BATF、BATF3、BCL2A1、BIRC3、BTG1、C10orf10、C20orf27、CARD11、CD14、CLU、ECE1、GADD45B、ICAM1、IL4I1、IRF1、KCNN4、LAT2、LYPLA2、MREG、MYD88、NDE1、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、PAX5、PTGER4、RASGRP1、RASSF4、SGK1、SGPP2、SIRPA、SOCS3、STAT5A、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TRAF1;
    ・IL6/JAK/STAT3経路遺伝子:A2M、ACVRL1、CCL7、CCR1、CD14、CD36、CD9、CEBPB、CSF1、CSF2RA、CSF2RB、CXCL1、CXCL10、CXCL11、EBI3、FAS、HAX1、HMOX1、IFNGR1、IL17RA、IL18R1、IL1B、IL1R1、IL2RG、IL3RA、IL6、IL9R、JAK1、JAK3、LTB、MET、OSMR、PDGFC、PF4、PLA2G2A、PTGIR、SPHK1、SOCS1、STAT3、TLR2、TNF、TNFRSF12A、TNFRSF1A
    ・間質遺伝子:COL1A1、COL5A2、FN1、MMP9、S100A8、S100A9、SPARC、THBS1、THBS2、TLR4、VEGFA、VIM;
    ・MT2A、NOP10およびCSTBシスタチンB遺伝子
    を測定する遺伝子発現シグネチャーについての試験であって、
    ここで前記試験は次の方法、例えば:Affymetrixアレイ、RT−PCR、RNAseq、ナノストリング、RNAscopeのうちの1つを用いた前記遺伝子および遺伝子シグネチャー(パターン)の測定であり、前記アップレギュレーション(または高発現)の程度は測定からの遺伝子発現レベル、またはシグネチャーもしくは経路における全ての遺伝子の発現レベルから算出される/これに由来するスコア(例えばWGS)を閾値(カットオフとしても知られる)と比較することにより決定され、前記カットオフは疾患の適応症から採取された腫瘍から生成される、または遺伝子の発現レベルもしくは遺伝子シグネチャースコアとコパンリシブの処置による効能との間の関係を調べる臨床試験から確立される中央値であることが可能である、前記試験。
  34. 請求項30から33のいずれか一項に記載の層別化特徴により特徴付けられ、これを決定する、非ホジキンリンパ腫(以下、「NHL」と短縮する)、とりわけ難治性/不応性、緩慢性もしくは侵攻性の非ホジキンリンパ腫(NHL)、特に濾胞性リンパ腫(以下、「FL」と短縮する)、慢性リンパ性白血病(以下、「CLL」と短縮する)、辺縁帯リンパ腫(以下、「MZL」と短縮する)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(以下、「DLBCL」と短縮する)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、形質転換したリンパ腫(以下、「TL」と短縮する)または末梢T細胞リンパ腫(以下、「PTCL」と短縮する)に罹患した対象の選択のためのキット。
  35. 前記処置が単剤治療または組み合わせ治療である、請求項34に記載のキット。
  36. 前記層別化特徴が前記対象からの腫瘍組織または腫瘍細胞の試料において決定される、請求項34または35に記載のキット。
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