JP2019509054A - 自己架橋性抗体 - Google Patents

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Abstract

提供されるのは、自己架橋性のメディトープ利用可能抗体である。また、提供されるのは、自己架橋性のメディトープ利用可能抗体を用いて細胞表面抗原の分布を変えるための方法と、その方法での使用のための組成物と、治療および診断の方法および使用を含む同抗体を生産、使用、試験、およびスクリーニングする方法である。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、米国仮出願番号６２／２７６，８０３（出願日２０１６年１月８日）、および米国仮出願番号６２／３１７，３４２（出願日２０１６年４月１日）、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.セクション１１９（ｅ）に基づく優先権を主張する。両出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列リストの参照による組み込み
本出願は、電子フォーマットで配列リストと一緒に出願されている。本配列表は、２０１７年１月９日に作成された４９ＪＶ＿２２７２６２＿ＷＯ＿ＳＥＱ．ｔｘｔの名称として提出され、６０１キロバイトのサイズである。配列リストの電子フォーマットの情報は、参照によりその全体が組み込まれる。
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、多くの治療、診断、および研究の用途で使用されている。治療および診断の領域は、癌、抗ウイルス治療、自己免疫、炎症性疾患、アレルギー、心臓血管疾患、骨粗鬆症、リウマチを含む。
タンパク質工学などの取り組みは、改善された有効性とターゲティング（例えば、二重特異性ｍＡｂｓ）、改善された局在、組織浸透、および血液クリアランス（例えば、一本鎖Ｆａｂ可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、二重特異性抗体、ミニボディ、および他のフラグメント）および変更された免疫賦活、安全性、毒性、および／または改変されたＦｃ領域（例えば、変異またはグリコシル化を介して）を含む薬物動態／薬力学特性を有するｍＡｂｓを生成した。ｍＡｂｓは、再構築されて、改善された送達（例えば、ＴｈｉｏＭＡＢ）、またはそれらの同系エピトープ（例えば、無限親和性ｍＡｂｓ）に不可逆的に結合して、小分子の部位特異的抱合を可能とする。また、ｍＡｂｓは、生物活性ペプチドおよび他の生物（例えば、ＣｏｖＸ体）の循環および発現の改善を可能とするべく開発された。様々な薬剤とのコンジュゲーションにより、標的化された免疫療法および診断方法が可能になった。アビジンに融合したヘテロ多量体ｓｃＦｖおよびｓｃＦｖまたはｍＡｂｓが開発され、事前標的化療法および腫瘍イメージングの検出限界が改善された。
ｍＡｂｓは有効的であり小さな分子にアプローチする上で利点を有するが、既存の抗体および方法は、種々の制限を有する。これらは、標的外の相互作用および／または中でも抗体・薬物コンジュゲートの長い循環時間に起因する副次的な損傷に起因する有害な副作用を含む。加えて、いくつかの抗体は、細胞表面抗原上のエピトープに有効に結合することができるが、所望のまたは意図された結果を生じるためには細胞による内在化を必要とすることがある。同種抗原への単なる結合は、治療応答を誘発するのに十分ではないこともある。
細胞表面抗原の内在化の速度の増加は、抗体または抗体治療の有効性を改善できる。これら欠点の観点では、新規および既存の抗体の両方に対する、改善された有効性、相乗作用、特異性および安全性を提供することを含む、改善された抗体および関連する化合物およびそれらの方法および使用が必要とされている。本明細書では、ペプチドおよび他の分子を含む抗体、化合物および組成物、並びにそのような必要性に対処する関連する方法を提供する。
サマリー
いくつかの実施形態では、本明細書は、重鎖可変（ＶＨ）領域、重鎖定常領域（ＣＨ）またはその部分を含む重鎖、および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む軽鎖を含む、組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントを提供し、その各鎖は、アミノ酸末端、メディトープ結合部位、カルボキシ末端、剛性のアルファヘリックス型セグメント、第１のフレキシブルな不定形セグメント、およびアミノ末端を含むリンカーを含み、そのカルボキシ末端は、重鎖または軽鎖および環状ペプチドのアミノ末端に結合され、その環状ペプチドはリンカーのアミノ末端に結合され、その環状ペプチドはメディトープ結合部位に結合しない。
いくつかの実施形態では、前記リンカーのカルボキシ末端および前記環状ペプチドは、約１０〜１００オングストロームおよび１０〜８０オングストロームを含めて、１０〜１２０オングストロームの間の距離で隔てられている。いくつかの実施形態では、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントは、前記リンカーのカルボキシ末端を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーの第１のフレキシブルな不定形セグメントは、前記リンカーのアミノ末端を含む。
いくつかの実施形態では、前記軽鎖または重鎖のアミノ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのカルボキシ末端に結合され、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのアミノ末端に結合され、前記環状ペプチドは、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に結合される。
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、第２のフレキシブルな不定形セグメントをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントは、リンカーのカルボキシ末端を含む。いくつかの実施形態では、前記軽鎖または重鎖のアミノ末端は、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に結合され、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に結合され、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのアミノ末端に結合され、前記環状ペプチドは、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に結合される。
いくつかの実施形態では、前記剛性のアルファヘリックス型セグメントは、配列番号２６６〜２７４からなる群より選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５を含む。
いくつかの実施形態では、環状ペプチドは、第２メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位への結合を可能にする。いくつかの実施形態では、環状メディトープは、メディトープを含む。いくつかの実施形態では、メディトープは、以下の式を有するペプチドを含む：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
上記式中、
Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２は、Ｇｌｎまたは空であり；

Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｌｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である。
いくつかの実施形態では、メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、および２０７からなる群より選択されたアミノ酸配列またはそれらが由来の環状ペプチドを含む。
そのフラグメントを結合する組み換えメディトープ利用可能抗体の実施形態では、重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２６０〜２６１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２５８〜２５９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み；アルファヘリックス型セグメントは、配列番号２６６〜２７４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、前記第１のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５のアミノ酸配列を含み、前記環状ペプチドは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそこから得られる環状ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書は、配列番号２５５、２５６、２７７、２７８、２７９、２８０、または２８２のアミノ酸配列を含む重鎖を含む、組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントを提供する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントに結合する抗原は、細胞表面抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントに結合する抗原は、それらの細胞または組織の疾患または状態が発現する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、疾患または状態は癌である。
いくつかの実施形態では、前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントが、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブ・テトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、およびウレルマブからなる群より選択される抗体またはその抗原結合フラグメントと、抗原結合について競合するか、もしくは同じエピトープへ結合するか；または
前記メディトープ利用可能抗体またはフラグメントが、ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−アルファ、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン２受容体ａ鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、ＣＤ３０、ＩＬ−１ベータ、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫリガンド、Ｃ５もしくは他の補体タンパク質、ＣＤ１１ａ、アルファｖベータ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ１５、ＣＤ２０、インターフェロンガンマ、ＣＤ３３、ＣＡ−ＩＸ、ＣＴＬＡ−４、ＩＬ−５、ＣＤ３イプシロン、ＣＡＭ、アルファ−４−インテグリン、ＩｇＥ、ＩｇＥ Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗原、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）のＦ（または融合）タンパク質、ＮＣＡ−９０（顆粒球細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ベータ−アミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のアルファサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−アルファ、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＣＤ３２６、ＣＤ１９、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７からなる群から選択される抗原に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、治療剤または診断剤に結合されている。
いくつかの実施形態では、環状ペプチドは、治療剤または診断剤に結合されている。いくつかの実施形態では、前記治療剤が、化学療法剤、治療抗体、毒素、放射活性同位体、、酵素、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、染料、金属、金属合金、およびナノ粒子からなる群より選択されるか；または前記診断剤が、蛍光基質、発光基質、染料、および放射活性同位体からなる群より選択されるイメージング剤である。
いくつかの実施形態では、本明細書では、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとを架橋する方法、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体であり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープに接触させ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、細胞表面抗原の寄与を変えるための方法であって、細胞表面抗原を含む細胞を、本明細書に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であり、前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原の寄与を変えることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、細胞表面抗原または細胞表面受容体の共局在を増加させるための方法であって、細胞表面抗原を含む細胞を、本明細書に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること、および前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原の共局在を増加させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体の細胞への内在化を増加させるための方法であって、細胞表面抗原を含む細胞を、本明細書に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること、および前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原に結合する第１および第２のメディトープ利用可能抗体の細胞への内在化を増加させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、細胞表面抗原の細胞への内在化を増加させるための方法であって、細胞表面抗原を含む細胞を、本明細書に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること、および前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記第１および第２の細胞表面抗原の細胞への内在化を増加させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、抗体療法の効能を増加させる方法であって、本明細書に記載の有効量の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントを、それを必要とする対象に投与することであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、細胞表面抗原に結合することが可能であること、細胞表面抗原を含む細胞を、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのうちの第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはフラグメントに接触させること、および前記第１のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体のうちの第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２の抗体を架橋させることにより、前記抗体療法の効能を増加させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、対象で所望の治療効果を達成するのに必要な抗体療法の投薬量を減少させる方法であって、本明細書に記載の有効量の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントを、それを必要とする対象に投与することであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、細胞表面抗原に結合することが可能であること、細胞表面抗原を含む細胞を、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのうちの第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはフラグメントに接触させること、および前記第１のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体のうちの第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２の抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２の抗体を架橋させることにより、対象で前記所望の治療効果を達成するのに必要な前記抗体療法の投薬量を減少させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、第１および第２メディトープ利用可能抗体は、同じであるか異なっている。いくつかの実施形態では、前記第１もしくは第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのうち少なくとも１つは、それらの細胞または組織の疾患または状態が発現する抗原に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、前記疾患または状態は癌である。いくつかの実施形態では、前記細胞表面抗原は、受容体を介したエンドサイトーシスが可能な受容体である。
いくつかの実施形態では、前記細胞表面抗原は、複数の細胞表面抗原を含む。いくつかの実施形態では、複数の細胞表面抗原のうちの第１の細胞表面抗原は、前記複数の細胞表面抗原のうちの第２の細胞表面抗原とは異なっており、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体は、前記第１の細胞表面抗原に特異的に結合し、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体は、前記第２の細胞表面抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、第１の細胞表面分子は、前記第１の細胞表面抗原および前記第２の細胞表面抗原を含む。いくつかの実施形態では、第１の細胞表面分子は、前記第１の細胞表面抗原を含み、第２の細胞表面分子は、前記第２の細胞表面抗原を含む。
いくつかの実施形態では、前記方法は、前記第２のメディトープ利用可能抗体または第３のメディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位を接触される方法を含み、前記第３のメディトープ利用可能抗体は本明細書に提供される組み換えメディトープ利用可能抗体またはフラグメントのいくつかであり、その結果、前記第２と第３のメディトープ利用可能抗体の架橋となる。
いくつかの実施形態では、本明細書は、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を阻害する方法を提供し、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、組み換えメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントのいくつかの１つであり、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと遊離メディトープのメディトープ結合部位の接触を含む方法を提供し、それにより、前記第１メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位から前記第２メディトープ利用可能抗体のメディトープを阻害しその結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋となる。
いくつかの実施形態では、本明細書は、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を低減する方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させ、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープが前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に接触する能力を低減し、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を低減することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を途絶させる方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープを前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位から退かせ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を途絶させることを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を逆行させる方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープを前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位から退かせ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を逆行させることを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、有効量の組換えのメディトープ利用可能抗体を疾患または状態に罹っている対象に投与することを含む、治療の方法を提供する。いくつかの実施形態では、疾患または状態は癌である。いくつかの実施形態では、前記方法は化学療法剤を前記対象に投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本明細書は、疾患または状態の治療のための医薬の製造における、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの使用を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書は、疾患または状態の治療のための医薬の製造における、本明細書に記載の抗体薬剤コンジュゲートと化学療法剤との組合せの使用を提供する。いくつかの実施形態では、前記疾患または状態は癌である。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を投与されている対象に及ぼす前記抗体の効果を低減する方法であって、遊離メディトープを前記対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは以下の式を有するペプチドを含む：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２ （式Ｖ）
上記式中、
Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２は、Ｇｉｎまたは空であり；
Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ７は、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｌｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、:配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそこから得られる環状ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、前記方法は、遊離メディトープを前記対象に複数回で、任意選択で２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回以上で投与することを含む。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期と同じであるかまたはほぼ同じである。いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも長い。いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも短い。
いくつかの実施形態では、本明細書は、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の効果を一時的に制御する方法であって、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を、それを必要とする対象に投与すること、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体上のメディトープ結合部位に結合する１つまたは複数の遊離メディトープを前記対象に投与し、それによって、前記抗体の自己架橋する能力を低減することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の遊離メディトープを前記対象に投与する前記ステップは、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を投与するステップの後に起こる。いくつかの実施形態では、前記方法は、１つまたは複数の複数の遊離メディトープを複数回投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記１つまたは複数の遊離メディトープを複数回投与することが、何分間か、何時間か、何日間か、何ヶ月間か、または何年間かにわたって行われる。いくつかの実施形態では、前記１つまたは複数の遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも短い。
いくつかの実施形態では、前記方法は、１つまたは複数の遊離メディトープの投与を中止し、それによって、前記遊離メディトープのレベルが減少するにつれて前記抗体の自己架橋する能力を復活させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記方法は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体上のメディトープ結合部位に結合する１つまたは複数の遊離メディトープを、１回または複数回投与することを復活させ、それによって、前記抗体の自己架橋する能力を低減することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列を含む核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、遊離メディトープは、以下の式を有する、ペプチドを含む：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
上記式中、
Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２は、Ｇｉｎまたは空であり；
Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ７は、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｌｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である。
いくつかの実施形態では、遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７、からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらを由来とする環状ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記核酸分子によってコードされる遊離メディトープは、前記核酸分子によってコードされる前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント上の前記メディトープ結合部位に結合することが可能である。
いくつかの実施形態では、前記核酸は、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントおよび前記遊離メディトープの発現を制御するための動作可能に連結された少なくとも１つのプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記核酸は、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの発現を制御するための動作可能に連結された少なくとも１つのプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列および前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列は、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、自己切断ペプチドをコードするヌクレオチドの配列、リボソームスキップを引き起こすペプチドをコードするヌクレオチドの配列、任意選択でＴ２Ａペプチドによって隔てられている。いくつかの実施形態では、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列は、第１のプロモーターに動作可能に連結され、前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列は、第２のプロモーターに動作可能に連結され、前記第１および前記第２のプロモーターは、同じとすることも異なるものとすることもできる。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のうち少なくとも１つのプロモーターは、条件的プロモーターである。いくつかの実施形態では、前記条件的プロモーターは、誘導性プロモーターである。いくつかの実施形態では、前記条件的プロモーターは、Ｌａｃオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列、またはそれらの類似体である。いくつかの実施形態では、前記条件的プロモーターは、抑圧性プロモーターである。.いくつかの実施形態では、前記条件的プロモーターは、Ｌａｃリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサーを含むか、またはそれらの類似体である。前記１つまたは複数のプロモーターのうち少なくとも１つは、ＣＭＶ、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＥＦｌα、ＮＳＥ、ＳＶ４０、ＵＢＣ、ＣＡＧＧ、シナプシン、β−アクチン、およびＧＦＡＰからなる群より選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の核酸分子を含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、ｐＣＥＰ４ベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはガンマレトロウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の核酸分子またはベクターを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列を含む第１の核酸またはベクター、および遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列を含む第２の核酸またはベクターを含む細胞を提供する。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、以下の式を有するペプチドを含む：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
上式中、
Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２は、Ｇｉｎまたは空であり；
Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ７は、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｌｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である。
いくつかの実施形態では、遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７、またはまたはそれらを由来とする環状ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、前記第１のベクターは、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの発現を制御するための動作可能に連結された第１のプロモーターをさらに含み、前記第２のベクターは、前記遊離メディトープの発現を制御するために動作可能に連結された第２のプロモーターをさらに含み、前記第１のプロモーターおよび第２のプロモーターは同じとすることも異なるものとすることもできる。いくつかの実施計画では、前記第１のプロモーターまたは前記第２のプロモーターのうち少なくとも１つは、条件的プロモーターである。
いくつかの実施形態では、前記細胞は真核細胞である。いくつかの実施形態では、前記細胞は哺乳類細胞である。いくつかの実施形態では、前記細胞は、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ−２９３細胞、または２９３Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、本明細書は、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体またはその抗原結合フラグメントを作製する方法であって、前記組換えメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列の発現に適した条件下で、宿主細胞を培養すること；および前記抗体またはその抗原結合フラグメントを単離することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体またはその抗原結合フラグメントを作製する方法であって、前記組換えメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列と前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列との両方の発現に適した条件下で、宿主細胞を培養すること；および前記抗体またはその抗原結合フラグメントおよび遊離メディトープを単離することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、抗体結合フラグメントは、Ｆａｂ、 Ｆａｂ’、 Ｆｖ、 ｓｃＦｖ、またはＦ（ａｂ’）２フラグメントである。
いくつかの実施形態では、薬剤を前記抗体またはその抗原結合フラグメントにコンジュゲーションすることをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の方法によって生産される抗体またはその抗原結合フラグメントを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書は、本明細書に記載の方法によって生産される抗体薬剤コンジュゲートを提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書は、明細書に記載の複数の前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含む組成物、または本明細書に記載の核酸によってコードされるか、本明細書に記載のベクターによって発現されるか、または本明細書に記載の細胞によって発現されるか、本明細書に記載のいずれの方法によって生産される、組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、組成物は複数の遊離メディトープをさらに含む。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、明細書に記載の核酸によってコードされるか、請求項８０〜８１のいずれか１項に記載のベクターによって発現されるか、明細書に記載の細胞によって発現されるか、または明細書に記載の方法によって生産される、前記遊離メディトープを含む。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、以下の式を有するペプチドを含む：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
上式中、
Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２は、Ｇｉｎまたは空であり；
Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ７は、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａ；
Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｌｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、 ４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、 １８８、１８９、および２０７、からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらを由来とする環状ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと前記遊離メディトープとの比は、１：１と１：１，０００，０００，０００，０００の間であり、そのような比としては、約１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：１０、１：１５、１：２０、１：２５、１：５０、１：７５、１：１００、１：１５０、１：２００、１：２５０、１：３００、１：４００、１：５００、１：７５０、１：１０００、１：２０００、１：３，０００、１：４，０００、１：５，０００、１：１０，００００、１：２５，０００、１：５０，０００、１：１００，０００、１：２５０，０００、１：５００，０００、１：１，０００，０００、１：１，０００，０００，０００、および１：１，０００，０００，０００，０００が挙げられる。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体のうちの組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に、１０μΜ未満または約１０μΜ、５μΜ未満または約５μΜ、２μΜ未満または約２μΜ、１μΜ未満もしくは約１μΜ、５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ未満または約５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ、２００ピコモル以下の解離定数で結合する。
いくつかの実施形態では、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み、前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも大きい。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも２×と１，０００，０００×の間で大きい。
いくつかの実施形態では、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み；前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも大きい。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも２×と１，０００，０００×の間で小さい。
いくつかの実施形態では、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に、１０μΜ未満または約１０μΜ、５μΜ未満または約５μΜ、２μΜ未満または約２μΜ、１μΜ未満もしくは約１μΜ、５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ未満または約５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ、２００ピコモル以下の解離定数で結合する。
いくつかの実施形態では、１と７．３５の間または７．４５と１３の間のｐＨを有する。前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントおよび第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、いくつかの実施形態では、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントリンカーのアミノ末端に結合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性は、生理的ｐＨでは非生理的ｐＨであるよりも高い。
いくつかの実施形態では、前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、生理的ｐＨでは非生理的ｐＨであるよりも低い。いくつかの実施形態では、前記生理的ｐＨは、疾患または状態の細胞または組織でのｐＨである。
いくつかの実施形態では、本明細書は、医薬的に許容可能な担体、本明細書に記載の方法によって生産される本明細書に記載の細胞が発現する、本明細書に記載の核酸によってエンコードされた本明細書に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体もしくはその抗原結合フラグメントを含む医薬組成物を提供する。
図１は、メディトープ結合パラメーターを最適化するために使用され得る修飾されたＡｒｇ８残基を開示し、本明細書に記載される実施形態に従って使用され得る。
（Ｒ=アルキル、置換アルキル、芳香族またはＮＨＲ’’’（式中、Ｒ’’’ =アルキル、置換アルキルまたは芳香族である）。
図２は、いくつかの実施形態に従って、化学構造を開示する。丸印は、例えば、Ｆａｂに対するメディトープ親和性を改善するために修飾することができる位置を示す。「クリック」化学およびオレフィンメタセシス、それぞれ上部および下部の右のボックスは、メディトープを環化するための追加ルートである。
図３は、ＦＡＣＳ分析のためのメディトープ・バリアントおよびフルオレセインとのコンジュゲーション法を示す。この図は、ラクタムリンケージを含むメディトープについてのいくつかの実施形態による二量体および三量体メディトープの合成を示す。配列リジェンド（ＧＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＧ） 配列番号１７３；（ＧＫＬＲＲＴＳＬＤＦＱＧ）配列番号１７４。
図４Ａは、セツキシマブのフレームワークループに結合するメディトープペプチドを示す。セツキシマブＦａｂの複合体（軽鎖はＶＬおよびＣＬで示され；重鎖はＶＨおよびＣＨで示される）および環状ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ（陰影領域内に描かれ、「メディトープ」という語でラベル付けされている）（配列番号１）は、メディトープは、セツキシマブのＣＤＲループとは異なる、Ｆａｂフレームワークの界面に結合すること示す。
図４Ｂ（上）はｃＱＦＤメディトープのスティック、および（下）ｃＱＹＮメディトープのスティック表現を示す。Ｎ−およびＣ−末端システインは溶媒に曝露され、高い熱因子を示す。
図５は、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープが、以前に仮定されたように、セツキシマブのＣＤＲに結合しないことを示す。この図は、セツキシマブＦａｂおよびそのエピトープの１つであるＥＧＦＲドメインＩＩＩの１つ、ｃＱＦＤメディトープおよびセツキシマブＦａｂを示す２つの結晶構造のオーバーレイを示しており、ｃＱＦＤメディトープはセツキシマブＦａｂの中央空洞に結合する。その抗原、ＥＧＦＲドメインＩＩＩは、メディトープ結合部位から有意な距離で相補性決定領域に結合する。
図６は、ｓｃＦｖ−メディトープリンカーを示す。ｓｃＦｖは、１２−２０アミノ酸リンカー（典型的には（ＧＧＧＳ）３−５）を介して、軽鎖可変ドメインを重鎖可変ドメインに（またはその逆に）融合させることによって作製される。この例では、フレキシブルリンカーの部分は、メディトープ配列に置き換えられる。
図７Ａは、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識ＳｎＡＰ体バリアント１、ＳｎＡＰ体バリアント２、または対照抗体を用いた蛍光顕微鏡検査のために染色されたＣＤ３３発現細胞を示し、受容体媒介抗体エンドサイトーシス速度を決定する。
図７Ｂは、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識ＳｎＡＰ体バリアント１、ＳｎＡＰ体バリアント２または対照抗体で染色され、共焦点顕微鏡を用いて画像化された各細胞で検出された蛍光の量によって計算される抗体内在化の平均量を示す。より高い値は、受容体媒介抗体エンドサイトーシス率の増加を示す。
図８は、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識ＳｎＡＰ体バリアント１、ＳｎＡＰ体バリアント２、または対照抗体で染色したＣＤ３３発現細胞のヒストグラムプロットを示す。より高い値およびピークは、受容体媒介抗体エンドサイトーシス率の増加を示す。
また、図９Ａ〜９Ｄは、自己架橋性抗体モノマー、ダイマーおよびトリマーのサイズ排除クロマトグラフィーを示す。図９Ａは、抗体制御の結果を示す。図９Ｂは、ＳｎＡＰ体バリアント１の結果を示す。図９Ｃは、ＳｎＡＰ体バリアント２の結果を示す。図９Ｄは、ＳｎＡＰ体バリアント３の結果を示す。
図１０は、銀染色された未変性電気泳動ゲル中に描写された自己架橋抗体モノマー、二量体、三量体、および四量体を示す。対照抗体、ＳｎＡＰ体バリアント１、およびＳｎＡＰ体バリアント２を、１００ｎＭおよび１ｎＭの両方の濃度で用いた。
図１１は、銀染色された未変性電気泳動ゲルに描写されている自己架橋抗体モノマー、二量体、三量体、および四量体を示す。対照抗体、ＳｎＡＰ体バリアント１、ＳｎＡＰ体バリアント２、およびＳｎＡＰ体バリアント３を、１μＭｃＱＦＤメディトープペプチド（配列番号１）を添加した場合と添加しなかった場合の両方で行った。結果は、自己架橋がメディトープペプチドによって調節され得ることを示す。
図１２は、ＳｎＡＰ体で処置したＳＫ‐ＯＶ−３−Ｌｕｃ卵巣異種移植マウスモデルにおける腫瘍増殖の減少を示す。
図１３は、ＳｎＡＰ体を含む試験された薬剤に悪影響が観察されなかったことを示す。
詳細な説明
本明細書では、リンカーおよびメディトープを含む自己架橋性組換えメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントを提供する。本発明のリンカーは、メディトープリンカーがメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの相互作用または架橋を促進することを可能にする抗体、またはその抗原結合フラグメント上の位置で、メディトープおよび抗体または抗原結合フラグメントに付加するが、そのメディトープリンカーが付加する抗体中に存在するメディトープ結合部位に、メディトープが結合することを可能とはしない。自己架橋抗体またはそのフラグメントは、リンカーおよびメディトープを介して、他のメディトープ利用可能抗体の複合体を形成できる。一実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントは、細胞の表面に存在する１つまたは複数のエピトープに結合する。記載された自己架橋抗体またはその抗原結合フラグメントが複合体を形成する能力は、これらの抗体または抗原結合フラグメントが、複数の抗体またはその抗原結合フラグメントが結合する細胞表面抗原の分布を代替することを可能とする。標的抗原上の自己架橋抗体とそれらの同種エピトープとの相互作用による複合体形成は、複合体の内在化を増加または促進することができる細胞表面抗原の細胞上での、クラスター形成または共局在化を増加または促進することができる。次に、内在化の増大は、標的細胞の表面からの細胞表面抗原の濃度をクリアまたは減少させ、標的細胞への複合体の内在化の速度を増加させるために使用することができる。内在化の速度を増加は、ある治療の効果を増加できるか、または特定の治療の効果を達成するために必要な薬物の量を減少できる。細胞表面抗原のクラスター形成を増加または促進する方法は、細胞表面抗原に特異的に結合する１つまたは複数の自己架橋抗体を細胞に投与し、それによって標的細胞の表面上の細胞表面抗原のクラスター形成を促進することを含むことができる。ある実施形態では、自己架橋性抗体は、１つまたは複数の薬剤にコンジュゲートされる。

Ｉ．自己架橋性抗体
自己架橋性メディトープ利用可能抗体またはそれらの抗体結合フラグメントは、リンカー、メディトープ、およびメディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントを含む。リンカーは、剛性セグメントとフレキシブルセグメントを構成し、メディトープに結合するように適合される。
本明細書に記載のリンカーは、それに結合したメディトープが、概ね同じ抗体内に含まれるメディトープ結合部位に結合しないが、他のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント上のメディトープ結合部位に優先的に結合するように設計される。典型的には、リンカーは、アセンブルされた場合にリンカーが異なる構造的特徴を含むことを許容するアミノ酸といった反復単位を構成する。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーは、運動範囲の制限または減少を伴う剛性セグメントを含む。いくつかの実施形態では、この剛性は、メディトープ対応抗体に融合したメディトープが、同じ抗体またはその抗原結合フラグメント上のメディトープ結合部位に結合するのを防止または減少させることができる。
いくつかの実施形態では、リンカーは、フレキシブルおよび／または組織化されていないセグメントを含む。いくつかの実施形態では、フレキシブルまたは組織化されていないセグメントは、リンカーの屈曲および／または回転を可能にし、よって、メディトープが他の抗体のメディトープ結合部位に結合することを可能にする。
いくつかの実施形態では、リンカーがペプチドである場合、剛性セグメントは典型的に、領域の屈曲および／または回転する能力を制限するのに十分な剛性を伴うペプチドを生成するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、剛性セグメントは、アルファヘリックス型構造を伴うペプチドを生成するアミノ酸配列を構成する。他の実施形態では、フレキシブルおよび／または組織化されていないセグメントは、柔軟性領域が屈曲および／または回転することを可能にする十分なフレキシビリティを有するペプチドを生成するアミノ酸配列、メディトープがメディトープ結合部位に結合するのに十分なフレキシビリティを可能にする、アミノ酸配列を含む。
Ａ．リンカー
本明細書は、開示された自己架橋性メディトープ利用可能抗体または抗体結合フラグメントの構成物としてのリンカーを提供する。本明細書で使用される用語“リンカー”は、メディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントを含む、抗体またはその抗体結合フラグメントに結合または接続されるメディトープによる組織をいう。リンカーは、メディトープを抗体から結合および分離するのに適切な組織になり得る。例示的なリンカーとしては、いくつかの実施形態において修飾ペプチド骨格、スモール・ケミカル・スカフォールド、ビオチン−ストレプトアビジン、有機または無機ナノ粒子、ポリヌクレオチド配列、ペプチド−核酸、または有機ポリマーを有する、ペプチドを形成するために使用されることができる、１つまたは複数の天然または非天然のアミノ酸を含むことができる。
リンカーは、メディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントの部分に結合することができる。一実施形態では、リンカーは、メディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの重鎖または軽鎖のアミノ末端に結合する。いくつかの実施形態では、メディトープを伴うリンカーは、自己架橋性抗体またはフラグメントの、各重鎖または各軽鎖に結合する。いくつかの実施形態では、メディトープを伴うリンカーは、自己架橋性抗体の１つまたは複数または全ての重鎖または軽鎖に結合する。リンカーは、共有結合および／または非共有結合を介して、抗体に結合することが可能である。
１．リンカー構造
リンカーは、様々な機能や特性を提供する、様々な配列または他の組織の特徴を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、同じメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント上のメディトープ結合部位に結合する、リンカーの一端におけるメディトープの能力を、低下または阻害することが有利であり得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、剛性の組織化された、順番付けされた、または、いくつかの実施形態に従って、関連的に剛性の組織化された、または順番付けされた、１つまたは複数のセグメントを含むことができる。例示的な利点として、剛性セグメントは、リンカーの屈曲または運動能力を低下させることができ、それによって、屈曲、転回、または折り畳みの能力を低下させ、リンカーの一方の端のメディトープが、同一または異なるメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に接触することを可能とさせる。
好ましい実施形態では、リンカーは、メディトープ可能結合またはその抗体結合フラグメントの同一の側（例えば、同側）または逆側（例えば、反対側）に結合するメディトープを阻止するに十分な剛性を有する。メディトープ自己結合の本減少は、自己架橋抗体の他のメディトープ利用可能抗体を結合する能力を強化することを可能にし、例えば、他のメディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントに接続するメディトープに結合する、そのメディトープ結合部位を開放することによる。
剛性、リンカーの組織化されたセグメントは、リンカーの１つの末端でメディトープが同一のメディトープ結合部位または抗体の他のＦａｂ領域に接触することを可能にする仕方で、リンカーが屈曲、転回または折り畳みの能力を減少させる、ペプチド配列または化合物を含む事ができる。いくつかの実施形態では、剛性、構造化されたセグメントは、ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、剛性、アルファヘリックス型セグメント、領域、ドメイン、またはペプチドを含む１つまたは複数の構造素子を含むことができ、それらは、アルファヘリックス型を形成する傾向があるアミノ酸残基の配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、それぞれの配列は、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、Ｇｌｎ、Ａｒｇ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、およびプロアミノ酸を含むことができ、それらは、アルファヘリックス型構造を促進する役割を果たすことができる。
いくつかの実施形態では、疎水性残基は、タンパク質の異なるセグメントまたはドメイン間の相互作用を増加させることができる。疎水性残基は、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｈｅ、Ｐｒｏ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、およびＴｒｐを含む。ゆえに、いくつかの実施形態では、リンカーの剛性セグメントは、リンカーセグメント間および／またはリンカーとメディトープまたは抗体との間の相互作用を減少させるために、疎水性残基を含まないか、または減少した数の疎水性残基を含まない。いくつかの実施形態では、リンカーの剛性セグメントを含む複数のアルファヘリックス型間の相互作用を増加させるために、疎水性残基を含むことは、リンカーの剛性セグメントにとって有利である。複数のアルファヘリックス型を含む剛性セグメントの例は、４本のヘリックスバンドル１ＦＨＡ（配列番号２７２）およびミオグロビン３ＲＧＫ（配列番号２７３）を含む。
いくつかの実施形態では、剛性セグメント、構造化されたセグメントは、複数のアルファヘリックス型セグメント、領域、ドメイン、またはペプチドを含み、それらは、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上のアルファヘリックス型セグメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のアルファヘリックス型セグメントは、ターン、ループ、および／またはヘアピンを介して接続される。例示的なターンは、１つまたは複数のαターン、βターンγターン、δターン、およびπターンを含む。ヘアピンは、ベータヘアピンを含む。このようなターン、ループおよびヘアピンは、複数の剛性アルファヘリックス型セグメント間を折り畳むことを可能にする。折り畳むことは、アルファヘリックス型ドメイン間、およびこのような相互作用が剛性セグメントを強化することを可能とする。いくつかの実施形態では、剛性、構造化されたセグメントは、例えば、アルファヘリックス型のカルボキシまたはアミノ末端を含む３１０ヘリックスまたはπヘリックスを含む。
いくつかの実施形態では、他のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するリンカーを介して、抗体に接続するメディトープの能力を増加することが有利であると言える。ゆえに、いくつかの実施形態では、リンカーは、上述した結合を強化する構造の特徴を含む。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーは選択的に、構造化されていない、フレキシブルな、無秩序の、または比較的構造化されていない、フレキシブルな、または障害のある、１つまたは複数のセグメントを含む。例示的な利点として、フレキシブルまたは無秩序なセグメントは、リンカーまたはリンカーの一部が屈曲または運動する能力を増加させ、それにより、リンカーの一端でメディトープが、他のメディトープ利用可能抗体上に接触および／または結合を維持することを可能とする仕方で、リンカーが湾曲、回転、または折り畳みの能力を増加させる。
いくつかの局面では、リンカーのフレキシブルなセグメントは、ペプチド骨格の大きなコンフォメーション上の自由度を有するといった、生理的条件下で変性ペプチド配列のように挙動するようにデザインすることができる。いくつかの例では、これらのセグメントは、例えば、生理的条件下または水溶液中で、本質的に二次構造を欠く。いくつかの実施形態では、フレキシブルセグメントは、１つまたは複数の連続したグリシン残基を含む、１つまたは複数のグリセリン残基を含むことができる。グリセリン残基は、アルファヘリックス型を含む、タンパク質構造を分裂させることができる。この分裂は、ある部分では、グリシンの最小限の側鎖の故であり、これは柔軟性を増加させることができる。ゆえに、いくつかの実施形態では、リンカーのフレキシブルセグメントは、１、２、３、４、５、６、またはそれ以上の連続したグリセリン残基を含む、１、２、３、４、５、６、またはそれ以上のグリセリンを含む。いくつかの実施形態では、フレキシブルセグメントは、１つまたは複数のグリセリン残基および１つまたは複数のプロリン残基を含むことができる。いくつかの実施形態では、リンカーのフレキシブルセグメントは、配列番号２６５のアミノ酸配列を含む。
いくつかの側面では、リンカーは１つまたは複数の特性を有する：
非構造化立体配座、配座フレキシビリティ、改善された水溶性、高度のプロテアーゼ耐性、低免疫原性、哺乳動物レセプターへの低結合性、決められた電荷度合、および増加した流体力学的（またはストークス）半径である。いくつかの実施形態では、リンカーは、抗体／エピトープ相互作用、抗体／抗体相互作用、または抗体／メディトープ相互作用の立体障害を防止または引き起こすために体系的またはランダムにデザインされる。例示的な修飾には、アミノ酸の置換、付加、欠失、または修飾が含まれる。いくつかの実施形態では、立体障害は、受容体がクラスター化、シグナル伝達、または受容体介在性エンドサイトーシスを受けないようにすることができる。いくつかの実施形態では、立体障害を阻止することは、受容体のクラスター化、シグナル伝達、または受容体介在性エンドサイトーシスを受ける原因となる。
フレキシブルセグメントは単独で使用されるか、または本明細書に記載の１つまたは複数の剛性セグメントに結合されることができる。例えば、いくつかの実施形態では、下記の式を有する１つまたは複数の鎖（例えば、ポリペプチド鎖）を有する化合物である：
Ｌ１Ａ−Ｌ２Ａ （式Ｉ）
Ｌ１Ａは剛性の構造化されたセグメントであり、Ｌ２Ａはリンカーのフレキシブルセグメントである。
いくつかの実施形態では、リンカーは、下記の式を有する１つまたは複数の鎖（例えば、例えば、ポリペプチド鎖）を有する化合物である：
Ｌ２Ａ−Ｌ１Ａ （式ＩＩ）
Ｌ２Ａはフレキシブルな構造化されていないセグメントであり、Ｌ１Ａはリンカーの構造化され剛性のセグメントである。
いくつかの実施形態では、リンカーは、１つまたは複数のフレキシブルで構造化されていないセグメントを含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーは、下記の式を有する１つまたは複数の鎖（例えば、ポリペプチド鎖）を有する化合物である：
Ｌ２Ｂ−Ｌ１Ａ−Ｌ２Ａ （数式ＩＩＩ）
Ｌ１Ａは、剛性で、構造化されたセグメントであり、Ｌ２ＡおよびＬ２Ｂはリンカーのフレキシブルで、構造化されていないセグメントである。
いくつかの実施形態では、リンカーは、下記の式を有する１つまたは複数の鎖（例えば、ポリペプチド鎖）を有する化合物である：
Ｌ１Ａ−Ｌ２Ａ−Ｌ１Ｂ （数式ＩＶ）
Ｌ１ＡおよびＬ１Ｂは、剛性で、構造化されたセグメントであり、Ｌ２Ａは、リンカーのフレキシブルで構造化されていないセグメントである。例示的な剛性リンカーセグメントは、配列番号２６６−２７４のペプチド配列を含むが、これらには限されない。
２．リンカーおよびセグメントの長さ
リンカーの剛性およびフレキシブルセグメントの長さは、他の抗体上のメディトープ結合部位に結合するリンカーに結合することを可能にするよう任意的長さの十分な長さとすることができる。同一のメディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメント上のメディトープ結合部位に結合する、メディトープを阻止または低下させるに十分短いリンカーを使用することも有利である。いくつかの実施形態では、リンカーの長さは、少なくとも１０Åとすることができる。いくつかの実施形態ではリンカーの長さは、少なくとも１０Åであり、好ましくは８０Å以下である。
いくつかの実施形態における、同一の抗体における１つのＦａｂ領域の重鎖のアミノ末端と反対側のＦａｂ領域のメディトープ結合部位との間の距離は、８０Å以下である。この距離は、抗体の配列、構造、およびフレキシビリティにより変化することができる。いくつかの実施形態では、リンカーのカルボキシ末端およびメディトープは、１０〜８０、１０〜７０、１５〜６０、２０〜５０、または２５〜４０Åの間の距離で隔離される。いくつかの実施形態では、リンカーのカルボキシ末端およびメディトープの端部は、１０〜８０、１０〜７０、１５〜６０、２０〜５０、または２５〜４０Åの間の距離で隔離される。いくつかの実施形態では、リンカーまたはリンカーセグメントの長さは、適切なペプチド配列を選択することによって、変化することができる。
いくつかの実施形態では、リンカーの長さは、リンカーまたはリンカーセグメントを含むアミノ酸の数によって決定することができる。以下に記載されるアルファヘリックス型セグメントは、一連のターンを含む。各らせんのターンは、約５．４Åのピッチを有することができ、約３．６アミノ酸残基を含むことができる。ゆえに、リンカーの長さは、アミノ酸の付加または削除によって調整可能である。いくつかの実施形態では、リンカーまたはリンカーセグメントの長さは、リンカーの二次または三次構造によって決定付けることができる。以下に記載するように、いくつかの実施形態では、リンカーまたはセグメントは、複数の折り畳みのアルファヘリックス型を含む、ペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、リンカーの長さは、このようなペプチドの二次または三次構造の修飾によって、調整可能である。
メディトープの位置の制御および他のメディトープ利用可能抗体にメディトープ結合位置に結合する能力は、いくつかの実施形態では、リンカーの長さの変化、またはリンカーの末端およびリンカーのもう１つの末端の間の距離の変化によって、強化することも可能である。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーの長さは、リンカーが接続する抗体鎖のアミノ末端、およびリンカーが結合するメディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントの同側のメディトープ結合部位の間の距離より短い。いくつかの実施形態では、リンカーの長さは、リンカーが接続する抗体鎖のアミノ末端、およびリンカーが結合するメディトープ利用可能抗体またはその抗体結合フラグメントの他の側のメディトープ結合部位の間の距離より短い。
メディトープの位置の制御は、いくつかの実施形態では、セグメントの長さおよびリンカーの構成物の変化によって強化されることも可能である。例えば、いくつかの実施形態では、１つまたは複数の剛性セグメントの長さは、１つまたは複数のフレキシブルセグメントの長さより長い。これは、メディトープが、フレキシブル領域よりも長い剛性領域を伴う抗体Ｆａｂ領域から離れてメディトープが伸長することによって、同一の抗体上のメディトープ結合部位に結合する可能性を低下させることを可能とする。
リンカーの長さは、クラスター化のジオメトリを代替することもできる。例えば、２つの受容体を近接させて、細胞内シグナル伝達分子のより高い活性を潜在的にもたらすことが有利なこともある。ここで、抗体とメディトープの間のリンカーは、およそ１０Å以上とすることができる。代替的に、受容体をある距離に保つことが有利な場合もある。ここで、抗体とメディトープとの間の剛性リンカーおよび／またはより長いリンカーを用いて、特異的受容体を「押し離す」ことができる。
いくつかの側面では、リンカーは、標的となる細胞の表面上の２つの受容体間の距離と、同一またはほぼ同一の長さを有するように設計される。いくつかの実施形態では、受容体は、同一または異なることができる。例えば、２つの受容体は、異なるアミノ酸配列および／または異なるエピトープを含むことができる。いくつかの状況において、単一の抗原上の異なるエピトープを認識する２つのｍＡｂｓは、相乗的に作用する（Ｋａｍａｔ， Ｖ． ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ Ｔｈｅｒ ７， ７２６−７３３ （２００８)を参照）。いくつかの例では、自己架橋性抗体は、メディトープ対応抗体と対にすることができるフレキシビリティを有することができる。いくつかの局面では、自己架橋性抗体の変化（例えば、リンカーのジオメトリを代替することによって生成される）は、さらに特異性および相乗効果を強化する。ゆえに、いくつかの例では、リンカーの長さは、細胞表面抗原に結合した自己架橋性抗体と、細胞表面抗原に結合した別の抗体のメディトープ結合部位との間の距離を、模倣または近似するように設計される。
様々な方法が、本技術においては所与のポリペプチド中の二次および三次構造の存在または非存在を識別するために、確立されている。特に、２次構造は、例えば“遠ＵＶ”スペクトル領域（１９０~２５０ｎｍ）における円二色性分光法によって、分光光度的に測定することができる。アルファヘリックス型およびベータシートなどの、二次構造要素は、それぞれＣＤスペクトルの特徴的な形状および大きさを生じさせる。
二次構造はまた、米国特許出願公開番号２００３０２２８３０９Ａ１に記載された、周知のＣｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルゴリズム（Ｃｈｏｕ，Ｐ．Ｙ．，ｅｔａｌ．（１９７４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， １３：２２２−４５）およびＧａｒｎｉｅｒ−Ｏｓｇｕｔｈｏｒｐｅ−Ｒｏｂｓｏｎ（“ＧＯＲ”）アルゴリズム（Ｇａｍｉｅｒ Ｊ，Ｇｉｂｒａｔ ＪＦ，Ｒｏｂｓｏｎ Ｂ．（１９９６）、アミノ酸配列からタンパク質二次構造を予測するためのＧＯＲ法。Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ ２６６：５４０−５５３）などの特定のコンピュータプログラムまたはアルゴリズムを介して、ポリペプチド配列について予測することもできる。所与の配列について、アルゴリズムは、例えばアルファヘリックス型またはベータシートを形成する配列の残基の総数および／またはパーセンテージもしくは、ランダムなコイル形成（二次構造を欠いている）をもたらすと予想される配列の残基のパーセンテージとして発現された、二次構造が何らかのまたは全く存在しないかどうかを予測することができる。
一実施形態では、リンカーは、Ｃｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定された５０％〜約９５％以上の範囲のアルファヘリックスパーセンテージを有する。他の実施形態では、リンカーは、Ｃｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定された０％〜約５％以下の範囲のベータ−シートパーセンテージを有する。いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｃｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定された５０％〜約９５％以上の範囲のアルファヘリックスパーセンテージおよび０％〜約５％以下の範囲のベータ−シートパーセンテージを有する。いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｃｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定された約６０％以上、約６５％以上、約７０％以上、約７５％以上、約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、または約９５％以上の範囲のアルファヘリックスパーセンテージを有する。
提供されるリンカーの中には、配列番号２６２、２６３、および２６４として示されるアミノ酸配配列を有するもの、またはそれらの修飾された変異があり、ここで残基のいずれか１つ、２つ、３つまたは４つは、リジン残基の代わりに、例えば、コンジュゲートされたアミノ酸で任意に置換される。
３．修飾
リンカーは、リンカーが誘導体化されることを可能にする、様々な機能または特性を提供する様々な配列または他の構造的特徴を含むことができる。例示的な構造要素は、プロテアーゼ切断部位、免疫原性配列、および例えばホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸および非天然アミノ酸を酸と適合するアルデヒドタグを含む残基、部位またはタグが存在するか、または存在しないものを挙げることができ、これらは、例えば、治療剤または診断剤のコンジュゲーションに使用することができる。
いくつかの局面では、例えば、ＭＭＰ切断部位、ＡＤＡＭ切断部位、および／またはカテプシン切断部位など、リソソーム区画に存在するプロテアーゼの切断部位といった、提供された化合物のリンカーである。
いくつかの局面では、アミノ酸がセリンまたはグリシンでない場合に、同一のアミノ酸が３つ以上連続していないものを含むか、または１０、９、８、７、６、５、４、３または２未満、またはまたは少なくともグリシンおよびセリン以外の１残基を含むサブ配列スコアを有するものを含む。いくつかの局面では、リンカーは任意の血清プロテアーゼの切断部位（または切断されない）を含まないか、または血液凝固経路ファミリーのタンパク質であって、因子ＸＨＩａ、Ｘｌｌａ、ＸＩａ、Ｘａ、ＩＸａ、およびＶｉｌａ、トロンビン、血漿カリクレイン、活性化ＰＣ、プロトロンビン、ｈＫｌ、ＰＳＡ／ｈＫ３、ｈＫ１０、ｈＫ１５、活性化タンパク質Ｃ（ＡＰＣ）、ヘゲマン因子（凝固因子ＸＩＩ）、因子Ｘａ、ＡＤＡＭＴＳ１３、フォンビルブラント因子切断プロテアーゼ（ＶＷＦＣＰ）、プロテアーゼネキシン２、プラスミン、トリプシン、α−キモトリプシン、マトリックスメタロプロテイナーゼ−２、マトリックスメタロプロテイナーゼ−９、エラスターゼ、ＭＡＳＰ−１（マンノース結合レクチン−関連セリンプロテアーゼ−１）、ＭＡＳＰ−２、ＭＡＳＰ−３、カテプシンＫ、カテプシンＢ、ストレプトキナーゼ、血漿プロカルボキシペプチダーゼＢ、トロンビン活性化線維素溶解阻害剤（ＴＡＦＩ）、プラスミノーゲンアクチベーターファミリー（組織プラスミノーゲンアクチベーター、尿中プラスミノーゲンアクチベーター（ｕＰＡ）など）、ウロキナーゼ、補体コンバターゼファミリータンパク質、Ｃ４ｂ２ａ、Ｃ３ｂＢｂおよびＣ３ｂＢｂＣ３ｂなどの因子Ｃｌｒ、 Ｃｌｓ、因子Ｄ、およびＣ３コンバターゼの１つまたは複数またはいずれかを含まない。
いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｔ細胞エピトープの可能性を最小限にするなど、潜在的な免疫原性を回避または低減するように設計される。抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に提示するための所定のＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するペプチドの能力は、ペプチドの一次配列を含む、因子の数による。一局面では、本開示のペプチドまたはリンカーは、その配列がＡＰＣｓにおける抗原プロセシングに対して耐性であるため、低い程度の免疫原性を有する。もう１つの局面では、本開示のペプチドまたはリンカーは、ＭＨＣ受容体に実質的に結合しないか、または免疫応答を誘発するのに十分な程度でＭＨＣ受容体に結合しない配列を有する。本開示は、リンカーおよびペプチドが、一次配列において実質的に非反復性であり、ＭＨＣＩＩ受容体との結合を低下させるように設計されるリンカーおよびペプチドを提供し、他の局面において、本開示のペプチドおよびリンカーは、Ｔ細胞受容体または抗体結合のためのエピトープを形成せずに、低い程度の免疫原性を生じさせる。一局面では、免疫原性の回避は、少なくとも部分的に、リンカー配列の配座フレキシビリティの結果に帰することができる；すなわち、アミノ酸残基の選択および順序による二次構造の欠如である。例えば、水溶液中または生理学的条件下でコンパクトに折り畳まれた立体配座に適応する傾向を有する配列は、水溶液中または生理学的条件下でコンパクトに折り畳まれた立体配座に適応する傾向が比較的低い配列よりも、立体配座エピトープをもたらす可能性がより高い。従来の治療法および投薬を用いた本開示のリンカーを含む融合タンパク質の投与は、一般的にはリンカー配列に対する中和抗体の形成をもたらさないであろう。一局面では、免疫原性の低いリンカー配列は、例えば、リンカーが融合してメディトープに結合している場合、融合パートナーの免疫原性を低下させる。
一実施形態では、リンカーは、ヒトＴ細胞によって認識されるエピトープを含み得るか、または実質的に含まない。より少ない免疫原性タンパク質を生成する目的での、そのようなエピトープの排除は以前に開示されている；例えばＷＯ９８／５２９７６、ＷＯ０２／０７９２３２、およびＷＯ００／３３１７は、これらは参照により本明細書に組み込まれる。同じ原理、例えば、エピトープの同定は、このようなエピトープをリンカーに導入するために使用することができる。ヒトＴ細胞エピトープのアッセイが記載されている（Ｓｔｉｃｋｌｅｒ，Ｍ．，ら（２００３）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，２８１：９５−１０８）。特に興味深いのは、Ｔ細胞エピトープまたは非ヒト配列を生成するか、または生成せずにオリゴマー化され得るペプチド配列である。これは、Ｔ細胞エピトープの存在および６〜１５ｍｅｒおよび特にヒトではない９ｍｅｒ配列の発生のためのこれらの配列の直接反復をテストし、次いでリンカーのデザインを変更することによって達成される、エピトープ配列を含むかまたは排除するか、または破壊する。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、ＭＨＣ受容体に結合すると予測されるリンカーのエピトープの数の制限によって、実質的に非免疫原性である。
ＭＨＣ受容体に結合することができるエピトープの数が減少すると、Ｔ細胞活性化ならびにＴ細胞ヘルパー機能、Ｂ細胞活性化またはアップレギュレーションの減少、および抗体産生の低下の可能性が付随して低下する。低程度の予測されたＴ細胞エピトープは、ＴＥＰＩＴＯＰＥ（Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．，ｅｔａｌ．（１９９９）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎol，１７：５５５−６１）のような、エピトープ予測アルゴリズムによって決定付けることができる。タンパク質内の所与のペプチドフレームのＴＥＰＩＴＯＰＥスコアは、そのペプチドフレームの、最も一般的なヒトＭＨＣ対立遺伝子の複数のものへの結合のＫd（解離定数、親和性）の対数であり、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．ｅｔａｌ．（１９９９） Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １７：５５５）に記載されている。スコアは、１０〜−１０（バインディング・コンストレインツで１０ｅ１０Ｋｄ〜１０ｅ−１０Ｋｄに相当する）で少なくとも２０ｌｏｇ以上の範囲であり、例えば、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ、ＦのようなＭＨＣ上のペプチドディスプレイ中のアンカー残基として働く疎水性アミノ酸を避けることによって減少させることができる。リンカー配列は、約−５、−６、−７、−８、または−９のＴＥＰＩＴＯＰＥ閾値スコア、もしくはＴＥＰＩＴＯＰＥスコア−１０で、予測されたＴ細胞エピトープを有さない。本明細書で使用する「−９」のスコアは、スコア−５よりも厳しいＴＥＰＩＴＯＰＥ閾値である。
９ｍｅｒペプチド配列のＴＥＰＩＴＯＰＥスコアは、ポケット電位を加えることによって計算することができ、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ［Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．，ら（１９９９）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，１７：５５５］に記載される。ＴＥＰＩＴＯＰＥスコアは、約−１０〜約＋１０の範囲のこの方法で計算される。
しかしながら、ＰＩ位置にある疎水性アミノ酸（ＦＫＬＭＶＷＹ）（配列番号２４０）を欠く９マーペプチドは、−１００９〜−９８９の範囲で計算されたＴＥＰＩＴＯＰＥスコアを有する。この値は生物学的に無意味であり、疎水性アミノ酸がＨＬＡ結合のアンカー残基として機能し、ＰＩ中の疎水性残基を欠くペプチドがＨＬＡに対する非結合体と考えられるという事実を反映する。
いくつかの実施形態では、リンカーは、例えば、エピトープ同定プログラムまたはアルゴリズムによって予想されるように、ＭＨＣクラスＩＩエピトープを含むことを予想されているか、または予想されていない。一実施形態では、本開示のリンカーは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個のＭＨＣクラスＩＩエピトープを有するか、または有すると予想される。他の実施形態では、本明細書に開示のリンカーは、約２を超えない、約３を超えない、約４を超えない、約５を超えない、約６を超えない、約７を超えない、約８を超えない、約９を超えない、約１０を超えない、約１１を超えない、約１２を超えない、約１３を超えない、約１４を超えない、約１５を超えない、約１６を超えない、約１７を超えない、約１８を超えない、約１９を超えない、約２０を超えない、約２１を超えない、約２２を超えない、約２３を超えない、約２４を超えない、約２５を超えない、約２６を超えない、約２７を超えない、約２８を超えない、約２９を超えないか、または約３０個を超えないＭＨＣクラスＩＩエピトープを有するか、または有すると予想される。
いくつかの実施形態では、リンカーは、ＰｒｏＰｒｅｄツールによって予測されるような、予測されたＭＨＣクラスＩＩエピトープを含んでもいなくてもよく、これは、Ｓｉｎｇｈ，Ｈ．およびＲａｇｈａｖａ，Ｇ．Ｐ．Ｓ．（２００１），ＰｒｏＰｒｅｄ： ＨＬＡ−ＤＲ結合部位の予測、バイオインフォマティクス、１７（１２）：１２３６−３７に記載されている。ＰｒｏＰｒｅｄは、は、抗体タンパク質配列中のＭＨＣクラスＩＩ結合領域を予測するための、グラフィカル・ウェブツールである。抗体一局面では、ＰｒｏＰｒｅｄツールを用いたＭＨＣクラスＩＩエピトープの予測は、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ，Ｔ．，ｅｔａｌ．（１９９９） Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，１７： ５５５由来の定量的マトリックスを利用する。
加えて、リンカー配列内の非反復配列およびエピトープの欠如は、Ｂ細胞がリンカーに結合するかまたはリンカーによって活性化される能力を制限または強化する。反復配列が認識され、少数のＢ細胞でも多価の接触を形成することができ、この結果として複数のＴ細胞非依存性レセプターの架橋し、Ｂ細胞の増殖および抗体産生を刺激することができる。対照的に、リンカーは、その長い配列にわたって多くの異なるＢ細胞と接触することができるが、個々のＢ細胞は、配列の反復性の欠如のために、個々のリンカーとの接触を１つまたは少数だけ行うことができる。一実施形態では、本開示のリンカーは、典型的には、Ｂ細胞の増殖、したがって免疫応答を刺激する傾向がはるかに低い。一実施形態では、リンカーに融合したメディトープは、リンカーに融合していない、対応するメディトープと比較して、低下した免疫原性を有する。
一実施形態では、非反復性のリンカーは、典型的に、高い度合いの反復性を伴うリンカーよりも、抗体へのより弱い接触を形成する。抗体は、多価の分子であり、例えばＩｇＧｓは、２つの同一の結合部位を有し、ＩｇＭｓは、１０個の同一の結合部位を有する。ゆえに、反復配列に対する抗体は、高い結合活性を有する上述した反復配列と多価の接触を形成することができ、これは、このような反復配列の効力および／または排除に影響することができる。対照的に、非反復リンカーに対する抗体は、一価相互作用のみを生じ、非反復リンカーを含むペプチドが増加した期間循環中に留まるような免疫クリアランスの可能性を低下させる可能性が高い。
リンカー配列は、例えば、ＭＨＣクラスＩエピトープの予測のためのアルゴリズムを使用する、候補ＭＨＣクラスＩエピトープを同定して評価することができる。多くの異なる予測プログラムは、潜在的なＭＨＣクラスＩエピトープの同定のために利用可能であり、例えば、エピトープは、所与のポリペプチド内のＭＨＣクラスＩエピトープにディスプレイされことが可能ある。多くの例示的なアルゴリズムは、ＷＯ２００９／０５１５５５に記載され、その開示は、全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。エピトープ同定プログラムの例は、以下の機関や施設のウェブサイトで閲覧できる：微生物学研究所（インド）、ＰｒｏＰｒｅｄ−Ｉ ｔｏｏｌ ａｓ ｄｅｓｃｒｉｂｅｄ ｉｎ Ｓｉｎｇｈ， Ｈ． ａｎｄ Ｒａｇｈａｖａに記載されたＰｒｏＰｒｅｄ−Ｉツール、Ｇ．Ｐ．Ｓ.バイオインフォマティクス２２；１９（８）：１００９−１４ （２００３）。Ｈａｎｓ−Ｇｅｏｒｇ Ｒａｍｍｅｎｓｅｅらにより記載されたＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９９）５０：２１３−２１９。免疫エピトープデータベース。Ｋｉｍ Ｙ， Ｓｉｄｎｅｙ Ｊ， Ｐｉｎｉｌｌａ Ｃ， Ｓｅｔｔｅ Ａ， Ｐｅｔｅｒｓ Ｂ、ＢＭＣバイオインフォマティクス１０：３９４ （２００９）。マックスプランク研究所・感染生物学研究所。Ｊ． Ｈａｋｅｎｂｅｒｇ， Ａ． Ｎｕｓｓｂａｕｍ、Ｈ． Ｓｃｈｉｌｄ， Ｈ−Ｇ、Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ， Ｃ． Ｋｕｔｔｌｅｒ， Ｈ．−Ｇ．Ｈｏｌｚｈｉｉｔｔｅｒ，Ｐ．−Ｍ．Ｋｌｏｅｔｚｅｌ，Ｓ．Ｈ．Ｅ．Ｋａｕｆｍａｎｎ，Ｈ．−Ｊ．Ｍｏｌｌｅｎｋｏｐｆ（２００３）ＭＡＰＰＰ−ＭＨＣ−Ｉ抗原ペプチドプロセシング予測。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２（３）：１５５−１５８。デンマーク工業大学、Ｎｉｅｌｓｅｎ Ｍ，Ｌｕｎｄｅｇａａｒｄ Ｃ，Ｌｕｎｄ Ｏ，Ｋｅｓｍｉｒ Ｃに記載されたＮｅｔＣｈｏｐ Ｓｅｒｖｅｒ、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ５‘（１−２）：３３−４１, ２００５。
これらの予測ウェブサイト内で使用されるアルゴリズムは、同じサイトで閲覧できる。以下は、適切な予測アルゴリズムを説明する非網羅的な参照リストである： Ｐａｒｋｅｒら（１９９４）個々のペプチド側鎖の独立した結合に基づいた、潜在的ＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドをランク付けするためのスキーム、Ｊ. Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２，１６３−１７５；Ｈａｎｓ−Ｇｅｏｒｇ Ｒａｍｍｅｎｓｅｅら（１９９９）ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ：ＭＨＣリガンドおよびペプチドモチーフのデータベース、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ５０：２１３−２１９；Ｒｅｃｈｅら（２００２）プロフィールモチーフを使用するＭＨＣクラスＩ結合ペプチドの予測。Ｈｕｍ Ｉｍｍｕｎｏｌ．６３（９）：７０１−９；Ｇｒｅｅｎｂａｕｍら（２００７）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ２０（２）：７５−８２。
一実施形態では、本開示のリンカーは、ＭＨＣ受容体のペプチドを含まない。一実施形態では、本開示のリンカーは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープを含まない。他の実施形態では、本開示のリンカーは、予測されたＭＨＣクラスＩエピトープ、例えば、エピトープ同定プログラムまたはアルゴリズムによって予想されたＭＨＣクラスＩエピトープを含まない。一実施形態では、本開示のリンカーは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０のＭＨＣクラスＩエピトープを有するか、有すると予想される。他の実施形態では、本開示のリンカーは、約２を超えない、約３を超えない、約４を超えない、約５を超えない、約６を超えない、約７を超えない、約８を超えない、約９を超えない、約１０を超えない、約１１を超えない、約１２を超えない、約１３を超えない、約１４を超えない、約１５を超えない、約１６を超えない、約１７を超えない、約１８を超えない、約１９を超えない、約２０を超えない、約２１を超えない、約２２を超えない、約２３を超えない、約２４を超えない、約２５を超えない、約２６を超えない、約２７を超えない、約２８を超えない、約２９を超えないか、または約３０個を超えないＭＨＣクラスＩエピトープを有するか、有すると予想される。
いくつかの実施形態では、リンカーは、反応性の機能を含んでおり、それは、誘導体化、例えば、メディトープのコンジュゲーション、基質またはリンカーを介して、例えば診断薬、例えば造影剤または治療剤といった薬剤に使用される。リンカーは、例えば、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、ＦＧＥ配列、またはコンジュゲーティングスカフォールドで使用できる非天然アミノ酸、リンカーまたは薬剤を含む、１つまたは複数のコンジュゲーション部位を含む。いくつかの実施形態では、コンジュゲーション部位の数および場所は、コンジュゲーション部位を追加または排除することによって制御でき、それによって配列的にコンジュゲートされた薬剤の量または場所を制御する。ＰＡＳ化配列、ソルターゼ配列、またはインテイン配列を含むリンカーは、さらに１つまたは複数のコンジュゲーション部位を含む。例えば、いくつかの実施形態では、メディトープは、例えばリンカーに含まれる１つまたは複数のＰＡＳ化配列を含む。ＰＡＳ化配列は、プロリン、アラニン、およびセリンを定義またはランダム配列を含むことができる。ＰＡＳ化配列は、したがって中性および疎水性アミノ酸を含むペプチドを含むことができる。配列番号２３１は、典型的な三価メディトープを開示する。配列は、Ｍｏｒａｔｈらによって開示されたＰＡＳ化を含む。Ｍｏｌ Ｐｈａｒｍ ２０１５年、５月４日；１２（５）：１４３１−４２。ＰＡＳ化は、薬物送達を改善し、血漿半減期を延長し得る。例えば、ＰＡＳ化は、タンパク質の流体力学的容積を増加させる頃ができ、したがって、腎臓濾過の前に循環を延長し、および／または生物活性を高める。
いくつかの実施形態では、チオール官能基は、リンカー上の任意の適切な位置に導入することができ、想像剤、他のタンパク質およびペプチド、金属キレート化剤、ｓｉＲＮＡｓ、ナノ粒子、細胞傷害性剤などの診断剤または治療剤を含む、多数の外部試薬を用いて選択的に修飾することができる。
例えば、いくつかの実施形態では、メディトープ、その装飾された装飾体、またはリンカーは、任意の１、２、３または４つの残基が、リジンなどのコンジュゲートされたアミノ酸で任意に置換された配列を含む。いくつかの実施形態の鎖は、コンジュゲートされたペプチジル部分を含み、それは金属イオンに結合した金属キレート剤、小分子、化学療法剤、治療抗体またはその機能的フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、オリゴヌクレオチド、有機または無機ナノ粒子、ＲＮＡｉ分子、ｓｉＲＮＡ、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、染料、蛍光物質または発光物質、酵素、増強剤、放射性物質またはキレート剤を含む。
Ｂ．メディトープ
本明細書では、細胞表面抗原の分布を代替えの開示された方法、ならびにベクター、細胞、ライブラリー、およびそれらを含有する他のシステムと共に使用するためのメディトープが提供される。
本明細書で使用される用語“メディトープ”は、メディトープ利用可能抗体またはその抗体フラグメントのメディトープ結合部位のような、中央空洞に結合するペプチドまたは複数のペプチドを参照し、その抗体またはその抗体結合フラグメントは、４０位のスレオニン、４１位のアスパラギン、およびその軽鎖の８５位のアスパラギン酸を有し、Ｋａｂａｔナンバリングにしたがうか、または本開示のセツキシマブのメディトープ結合部位、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ内の対応する残基を含むメディトープ結合部位を含む。いくつかの実施形態では、メディトープは、好ましくは開示されたリンカーを介して、抗体に融合することができる。いくつかの実施形態では、メディトープは、遊離メディトープである。例示的なメディトープは、ｃＱＦＤ（配列番号１）およびｃＱＹＮ（配列番号２）ペプチドおよびそのバリアント（“メディトープ・バリアント”または“バリアント・メディトープ”）を含むが、これらに限定されない。他の分子は、メディトープに類似した機能的特徴を有する、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合することもできる。“メディトープ・アナログ”として定義される上述した分子は、低分子、アプタマー、核酸分子、ペプチボディ、およびメディトープと同じメディトープ結合部位に結合することができる他の物質を含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、メディトープ配列は、本開示のように環化される。（例えば、末端（または末端近くの）システイン残基はジスルフィド結合を形成する）。
提供されたメディトープは、メディトープ・バリアント（バリアント・メディトープとも呼ばれる）であり、１つまたは複数の装飾、例えば、メディトープ１または２（メディトープ配列番号１または２）と比較した構造修飾、およびその製造方法を有する。いくつかの実施形態では、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープは、メディトープ・バリアントのデザインにおける出発点として、使用される。いくつかの局面では、メディトープ・バリアントは、親和性の増加または代替、ｐＨ依存の代替、または異なる親和性などの代替特性を、例えば、非修飾のメディトープ、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮと比較して、本開示のセツキシマブおよび他の抗体を含む、１つまたは複数の提供されたメディケート利用可能抗体の異なる生理的条件化で有するように設計される。メディトープ・バリアントは、種々の化学および生物物理学的方法を利用して、設計され製造される。
メディトープ・バリアントは、これに限定されるものではないが、メディトープへの修飾を含む、例えば、ｃＱＦＤ およびｃＱＹＮおよび他の本開示のバリアントを含む。適切な修飾には、限定されないが、ペプチド環化の様式および／または位置に対する修飾、環状ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸成分に対する修飾などの当技術分野で公知の任意のペプチド修飾が含まれるが、これらに限定されないか、または環状ペプチドから１つまたは複数のアミノ酸を付加または欠失させることである。具体的な例では、ｃＱＦＤは、下記の修飾を１つまたは複数伴って代替され得る：Ａｒｇ８の修飾、Ｐｈｅ３の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、ＬｅｕｌＯの修飾、ペプチド環化の様式への変化、および／または１つまたは複数の位置での水和可能なカルボニル官能性の取り込み、および１つまたは複数のアミノ酸の欠失または付加。ｃＱＹＮのケースでは、下記を１つまたは複数含み得る：Ａｒｇ８の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、ＬｅｕｌＯ修飾、ペプチド環化の様式への変化、および／または１つまたは複数の位置での水和可能なカルボニル官能性の取り込み、および１つまたは複数のアミノ酸の欠失または付加。メディトープ内の或るアミノ酸は、欠失されるか、または異なる天然アミノ酸または非天然アミノ酸に置換されるか、またはメディトープは、例えば、“クリック化学”を使用して、化学的にフラグメントにコンジュゲートされ得る。本明細書では、配列番号１のＡｒｇ９がシトルリンに変異したメディトープがセツキシマブに結合することが知られている。加えて、Ｆａｂへのさらなる接触を行うために、アミノおよびカルボキシ末端を、メディトープ・バリアントの環状部分を超えて（すなわち、付加的に）さらなるアミノ酸で伸長させることができる。例えば、タンパク質Ｌは、ｃＱＦＤメディトープのＣ末端に付加され、一次データはそれがより高い親和性に結合することを示す。
また、提供されるのは、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位への特異親和性を伴う、自己架橋性抗体である。いくつかの実施形態では、自己架橋性抗体は、例えば配列番号１または配列番号２と比較して、メディトープ結合部位の低いか、または低下した結合親和性を伴う、メディトープまたはバリアントを含む。いくつかの実施形態では、低い、または低下した結合親和性を伴うメディトープまたはバリアントを含む自己架橋性抗体は、ある条件下で自己架橋性を低下または排除することができる。例えば、より高い濃度で、および／または追加の遊離メディトープを必要とせずに、自己架橋能力を低下させた自己架橋抗体を、使用または貯蔵することが可能である。このような抗体は、生産または貯蔵中に溶液から析出したり、大きな凝集物を形成したりする可能性が低く、抗体―抗体自己架橋相互作用を促進するのに十分高い抗原濃度で、抗体または抗原内在化も改善する。
いくつかの実施形態では、自己架橋性抗体は、例えば、配列番号１または配列番号２と比較した、メディトープ結合部位の高いまたは増加した結合親和性を伴う、メディトープまたはそのバリアントを含む。いくつかの実施形態では、高いまたは増加した結合親和性を伴うメディトープまたはバリアントを含む自己架橋性抗体は、ある条件下で自己架橋性を増加することができる。これは、例えば、抗原の濃度が特に細胞の表面で低いまたは低下した場合、抗体または抗原の内在化の増加に利点的である。これは、また、自己架橋性抗体のより低い量または濃度の投与が望まれる場合に、有利である。
いくつかの実施形態では、メディトープは、表１および２にリストされたものと同時に、長さが１６アミノ酸までのものなどの、追加のアミノ酸を有するメディトープを含む。例えば、いくつかの局面では、メディトープは、メディトープ１、２または１５〜５５のうちの１つであり、第１の残基の前、すなわち０位にセリンをさらに含む。表１にリストされたメディトープは、ジスルフィド結合を用いてＣ末端とＮ末端とを連結するが、特定のメディトープは、連結が２つの末端残基の間にないような追加の配列、例えばテールまたはリーダーを含む。例示的なテールおよびリーダーの配列は、長さが１〜５０のアミノ酸を有し、例えば、長さが１および４０、１および３０、１および２５、１および２０、１および１５、１および１０、９、８、７、６、５、４、３、または２のアミノ酸を有し、本明細書では上述したテールはＲ５ＡおよびＲ５Ｂと記載されている。例示的なテールおよびリーダーの配列は、１つまたは複数のＧ、Ｓ、Ｐ、Ｋ、およびまたはＤ残基を含む。例示的なテールおよびリーダーは、ＧＧＧＳＫ、Ｇ、ＧＰＧＧＳＤＰＧおよびＧＰＧＧＳＤＰＧを含む。例えば、配列番号３１を有するメディトープは追加のテールを含み、ジスルフィド結合は、２つの末端残基の間にないことを意味する。同様に、表（配列番号１８７〜１９０、２０７）の或る他のメディトープは、テールおよび／またはリーダーを含み、末端残基以外の残基間の結合をもたらす。表２のペプチドについては、ラクタム架橋、ジスルフィド以外の結合（［３＋２］環化付加など）、または結合がない（例えば、非環式または線状バリアント）ものが使用される。本明細書に記載された実施形態に従って使用される追加のメディトープは、セツキシマブまたは任意の他の治療抗体の抗体フレームワーク結合界面（すなわち、Ｆａｂ軽鎖と重鎖との間）に結合する、本明細書で定義されるいずれかのメディトープを含む。例えば、環状ペプチドｃＱＦＤおよびｃＱＹＮに加え、いくつかの実施形態は、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮの１つまたは複数のバリアントを含む。
メディトープ・バリアントは、典型的にアミノ酸の５と１６の間の長さのアミノ酸配列を有し、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の長さのアミノ酸、８から１３の間の長さのアミノ酸、９から１２の間の長さのアミノ酸を有する。メディトープは、追加的にリンカーまたは薬剤を含むもう１つペプチドなどの、もう１つの分子に（融合タンパク質またはペプチドの一部として）コンジュゲートまたは連合されることができる。ゆえに、本ケースで、メディトープを含む化合物は、本パラグラフに記載された長さ以上の追加アミノ酸残基を含み、そのメディトープ部分は５および１６の間のアミノ酸を含み、複合体または化合物は、追加のアミノ酸を含む。実施例は本明細書に記載され、例えば上記配列番号３１である。
いくつかの実施形態では、バリアント・メディトープは環状ペプチドである。他の実施形態では、それらは直鎖または非環状ペプチドである。
メディトープは、ペプチドまたはそのようなペプチドに由来する環状ペプチドを含むことができ、例えば、ペプチドは、以下の式を有する：
上式中、
Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２ （式Ｖ）、
例えば：
Ｘ１＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空；
Ｘ２＝Ｇｉｎまたは空；
Ｘ３=Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β−β’―ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ―Ｌ―フェニルアラニン、３−ブロモ―Ｌ―フェニルアラニン、または４−ブロモ―Ｌ―フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ４＝ＡｓｐまたはＡｓｎ；
Ｘ５＝Ｌｅｕ；β―β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；Ｔｒｐ；Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファン、またはチロシンの非天然類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ６＝Ｓｅｒ；
Ｘ７＝ＴｈｒまたはＳｅｒ；
Ｘ８＝Ａｒｇ、Ｓｅｒ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニルまたはボロン酸含有残基；
Ｘ９＝Ａｒｇ、Ａｌａ；
Ｘ１０＝Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；Ｔｒｐ；Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファン、またはチロシンの非天然類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ１１＝Ｌｙｓ；および
Ｘ１２＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、
プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空、である。
いくつかの局面では、修飾されたＡｒｇは、図１に示される式の構造を有する。いくつかの局面では、修飾されたＰｈｅは、フェニル環に組み込まれた１つまたは複数のハロゲンを伴うＰｈｅである。いくつかの局面では、式Ｖは、配列番号１または配列番号２ではない。
いくつかの実施形態では、メディトープは、式（ＶＩ）の構造を有するペプチドである：
上式中、“＊”でマークされたセンターは、“Ｒ”または“Ｓ”の外形であり；
Ｒ３およびＲ３’は、独立したＨまたはフェニルであり、Ｃ１−４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードから、独立して選択される１個、２個または３個の置換基で置換されてもよく；
Ｒ５は、
（Ａ）Ｃ１−８アルキルであり、オキソ、アセチル、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、
−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈおよび−ＣＯＮＨ２から選択された、１つまたは複数の置換基で置換されてもよく；または
（Ｂ）以下で置換されたＣ１−４アルキル；
ａ）１または２のフェニルであって、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードから独立して選択される１個、２個または３個の置換基で置換されてもよく、 または
ｂ）ナフチル、イミダゾール、またはインドールであり；
Ｒ６は、−Ｃ１―４アルキレン―ＯＨまたは−Ｃ１―４アルキレン―ＳＨであり；
Ｒ７は、−Ｃ１―４アルキレン―ＯＨまたは−Ｃ１―４アルキレン―ＳＨであり；
ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
Ｒ８は：
（ａ）−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（０）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ Ｒｄ）Ｒｅであって；
Ｒａは、Ｈであり；
Ｒｂは、ＨまたはＣ１−８アルキルであり、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈおよび−ＣＯ２Ｃ１−４アルキルからなる群から選択された、１つまたは複数の置換基で置換されてもよく；
Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１−８アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、分枝アルキルまたはアリールであり；
Ｒｄは、ＨまたはＣ１−８アルキル、Ｃ２−８アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、Ｃ３−８シクロアルキル、分岐アルキル、アリール基であり、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ―ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群より選択された、１つまたは複数の置換基によってそれぞれ置換されても良く；
Ｒｅは、Ｈ、−ＮＨＲｄ、もしくはＣ１−１２アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、Ｃ２−１２アルケニル、Ｃ２−８アルキニルまたはアリール基であり、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２−４アセタール、Ｃ２−４ケタール、―Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、および−ＣＯ２−Ｃ１−４アルキルからなる群より選択された、１つまたは複数の置換基によって、それぞれ置換されることができるか、または
（ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、―Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ―ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１―４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１―４アルキル、または−Ｏ２Ｃ１―４アルキル；
Ｒ９は、Ｃ１−４アルキルまたは−Ｃ１−２アルキレン−Ｒｘであり；
Ｒｘは、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２であり；
Ｒ１０は：
（１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホネートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ―ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２からなる群より選択された、１つまたは複数の置換基によってに置換されることができる、Ｃ１−８アルキル；または
（２）１または２個のフェニル、１個のナフチル、イミダゾール、またはインドールによって置換されたＣ１−４アルキルであり、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードから独立して選択される１個、２個または３個の置換基で置換されることができ；
ｎは、０または１であり；
ｐは、０または１であり；
Ｘは、Ｃ１−８アルキレンまたはＣ２−８アルケニレンであり、それらの各炭素は、オキソ、−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨＣ（Ｏ）−、−ＣＯ２Ｈ、−ＨＮ２、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙによって置換できる；
上述したアルキレンの１つの炭素は、−Ｃ（０）ＮＨ−、５員ヘテロアリール環、または−Ｓ‐Ｓ‐によって置き換えができ； および
Ｒｙは、−Ｃ１―４アルキル、−ＣＨ（Ｒｚ）Ｃ（Ｏ）−または−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈであり；
Ｒｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、または−ＮＨ２によって置換可能な−Ｈまたは−Ｃ１−４アルキルであるか；
またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかのケースでは、ＸはＣ１−８アルキリンまたはＣ２−８アルケニレンであり、それらの各炭素は、オキソ−ＣＯ２Ｈ、−Ｈ２、または− ＨＣ（Ｏ）Ｒｙによって置換されてもよく；上述のアルキレンの１つの炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−ＨＮＣ（Ｏ）−、５員ヘテロアリール環、または−Ｓ‐Ｓ‐によって任意的に置き換えられ；上述のアルケニレンの１つ炭素は、−ＮＨＣ（Ｏ）−によって任意的に置き換えられ；Ｒｙは、−Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ（Ｒｚ）Ｃ（Ｏ）−または−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈであり；Ｒｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、または−ＮＨ２によって置換可能な−Ｈまたは−Ｃ１−４アルキルであるか；またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかのケースでは、ＸはＣ１−８アルキレンまたはＣ２−８アルケニレンであり、それらは−ＣＯ２Ｈ、−Ｈ２、または‐ＨＣ（Ｏ）Ｒｙであり；上述したアルキレンの１つの炭素は、‐Ｃ（Ｏ）Ｈ−、５員ヘテロアリール環、または−Ｓ‐Ｓ‐によって任意的に置き換えられ；Ｒｙは、−Ｃ１−４アルキルまたは−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈであり；Ｒｚは、‐ＯＨ、‐ＳＨ、または−ＮＨ２によって置換可能な−Ｈまたは−Ｃ１−４アルキルであるか；またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかのケースでは、それらのメディトープは配列番号１や２ではなく、またはこのような配列が由来の環状ペプチドでもなく、および／またはメディトープ１または２ではない。
式（ＶＩ）のメディトープのいくつかの実施形態では、ｍは、０、１、または２である。他の実施形態では、Ｒ３は、Ｈまたはフェニルであり、Ｒ３はフェニル、２−ブロモフェニル、３−ブロモフェニルまたは４−ブロモフェニルである。Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ‐ブチルまたはｔｅｒｔ‐ブチルであり、それぞれ、オキソ、‐Ｂ（ＯＨ）２、‐ＣＯ２Ｈ、または‐ＣＯＮＨ２基によって置換されるか、またはブロモまたはクロロ置換基によってそれぞれ置換された１つまたは２つのフェニル基によってそれぞれ置換できる。さらなる実施形態では、Ｒ８は、−ＯＨ、‐ＮＨ２、‐Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または‐Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。またさらなる実施形態では、ＲｃはＨまたはメチルであり、ＲｄはＨまたはＣ１−４アルキルであり、 ＲｅはＣ１−４アルキルまたは‐ＮＨ（Ｃ１―４アルキル）である。他の実施形態では、Ｒ９はメチルまたはエチルであり、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２によって置換される。さらに他の実施形態では、Ｒ１０は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ‐ブチルまたはｔｅｒｔ‐ブチルであり、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、または‐ＣＯＮＨ２基によってそれぞれ置換される。さらに他の実施形態では、‐Ｘ−ＮＨ‐は、‐Ｃｙｓ−Ｃｙｓ‐、‐Ｇｌｙ‐Ｇｌｙ‐、‐Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６−ＮＨ−、‐β‐Ａｌａ−ｐ‐Ａｌａ‐、‐Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、‐Ｃ（Ｏ）ＣＨ（Ｈ２）ＣＨ２ ＨＣ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−Ｈ−、−β−Ａｌａ―Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、または‐Ｃ（Ｏ）ＣＨ（Ｈ２）ＣＨ２―トリアジニル−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−である。
いくつかの実施形態では、メディトープは、式（ＶＩＩ）の構造を有するペプチドである：
“＊”でマークされたセンターは、“Ｒ”または “Ｓ”の形である。記号
は、Ｒ１ＡからＬ１Ａへの結合点を示す。
Ｒ３およびＲ３’は、それぞれ独立して、Ｈまたはフェニルであり、任意的にＣ１−４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードから独立して選択される１、２または３個の置換基で置換される。
Ｒ５は：（Ａ）Ｃ１−８アルキルであり、任意的にオキソ、アセタール、ケタール、‐Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、‐ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、 −ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２から選択された１つまたは複数の置換基によって置換されるか；もしくは
（Ｂ）Ｃ１−４アルキルであって：ａ）１つまたは複数のフェニル基であって、各フェニルは、任意的に−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードより独立して選択された、１、２、または３個の置換基で置換されるか；またはｂ）ナフチル基、イミダゾール基、またはインドール基によって置換される。
Ｒ６は、‐Ｃ１−４アルキレン−ＯＨ、または‐Ｃ１−４アルキレン−ＳＨである。Ｒ７は、Ｃ１−４アルキレン−ＯＨ、または‐Ｃ１−４アルキレン−ＳＨである。シンボルｍは、０、１、２、３、４、または５である。
Ｒ８は、‐ＯＨ、‐ＮＲａＲｂ、‐Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または‐Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。Ｒａ、はＨである。Ｒｂは、Ｈ、または、任意的にオキソ、アセタール、およびケタール−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ―Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、‐ＣＯ２Ｈ、または‐ＣＯ２Ｃ１−４アルキルより選択された１つまたは複数の置換基によって置換されるＣ１−８アルキルである。Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１−８アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、分岐アルキルまたはアリールである。Ｒｄは、ＨまたはＣ１−８アルキル、Ｃ２−８アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、Ｃ３−８シクロアルキル、分岐アルキル、またはアリールであり、それらは、任意的に−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ‐ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基より選択される１つまたは複数の置換基によって、置換される。ＲｅはＨであり；‐ＨＲｄ；またはＣ１−２アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、Ｃ２−１２アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、またはアリール基であり、それぞれ任意的に−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２−４アセタール、Ｃ２−４ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｏ２Ｃ１−４アルキル、および‐ＣＯ２Ｃ１−４アルキルから選択された１つまたは複数の置換基によって置換される。代替的に、Ｒ８は、Ｃ１−１２アルキルであり、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホン酸エステル、オルソエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、‐ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、または−ＣＯ２Ｃ１−４アルキルによって置換される。
Ｒ９はＣ１−４アルキルまたは−Ｃ１−２アルキレン−Ｒｘである。Ｒｘは、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＨ２、‐ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または‐ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）Ｈ２である。
Ｒ１０は：（１）Ｃ１−８アルキルであって、任意的にオキソ、アセタール、ケタール、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１―４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ Ｈ２から選択された１つまたは複数の置換基から置換されるか；または（２）Ｃ１−４アルキル基であって、１または２つのフェニル基、または１つのナフチル、イミダゾール、またはインドール基によって置換され、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードより独立して選択された１、２、または３つの置換基によって置換される；
記号ｎは、０または１である。記号ｐは０または１である。
Ｘは、（１）本明細書で論じるメディトープ環化ストラテジーのいずれかから生じるリンカーであり；（２）置換アルキレン、置換ヘテロアルキレン、置換シクロアルキレン、置換ヘテロシクロアルキレン、置換アリーレンまたは置換ヘテロアリーレンもしくは（３）Ｃ１−８アルキレンまたはＣ２−８アルケニレンであり、それらの各炭素は、オキソ、−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）−または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙによって任意的に置換される。ＸＣ１−８アルキレンの１つ炭素は、任意的に−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員ヘテロアリール環、または−Ｓ‐Ｓ‐によって置き換えられる。Ｒｙは、−Ｃ１−４アルキルまたは‐ＣＨ（Ｒｚ）Ｃ（Ｏ）−または‐ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈである。Ｒｚは、−Ｈまたは、任意的に−ＯＨ、−ＳＨ、または−ＮＨ２によって置換される−Ｃ１−４アルキルである。式ＶＩＩは、全ての適切な薬学的に許容される塩である。（１）では、Ｘはその化学的に三価のため、置換リンカーであると考えられる。Ｘは、任意的に上記のように（例えば、−ＮＨ２およびオキソ）更なる置換基を任意的に含むことができるためである。いくつかの実施形態では、Ｘは、：
であり、上式中、＊＊は、式ＶＩＩのＸに結合したグルタミンへの結合点を表し、***は、式ＶＩＩのＸおよびリジンに結合した窒素への結合点を示す。記号
は、分子の残りの部分へのＸの結合点を示す。
式ＶＩＩのメディトープのいくつかの実施形態では、ｍは、０、１、または２である。他の実施形態では、Ｒ３は、Ｈまたはフェニルであり、Ｒ３はフェニル、２−ブロモフェニル、３−ブロモフェニルまたは４−ブロモフェニルである。さらなる実施形態では、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ‐ブチルまたはｔｅｒｔ‐ブチルであり、それぞれ任意的にオキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、または−ＣＯＮＨ２基によって置換されるか、またはブロモまたはクロロ置換基にそれぞれ置換された１または２のフェニル基によって、それぞれ置換される。Ｒ８は、−ＯＨ、−ＮＨ２、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。またさらなる実施形態では、Ｒｃは、Ｈまたはメチル、Ｒｄは、ＨまたはＣ１‐４アルキル、ＲｅはＣ１‐４アルキル、または−ＮＨ（Ｃ１‐４アルキル）である。他の実施形態では、 Ｒ９は、メチルまたはエチルであり、任意的に−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯ ＮＨ２、‐ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または‐ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２に置換される。さらに他の実施形態では、Ｒ１０はメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ‐ブチル、またはｔｅｒｔ‐ブチルであり、それぞれ任意的に、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、または−ＣＯＮＨ２基で置換される。さらに他の実施形態では、−Ｘ−Ｈ−は、−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ‐（例えば、ジスルフィド架橋を介して結合している）、−Ｇｌｙ‐Ｇｌｙ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６−ＮＨ−、‐β‐Ａｌａ−β‐Ａｌａ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、−β‐Ａｌａ−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、または−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２−トリアジニル‐ＣＨ２−ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−である。
１．装飾
構造的および熱力学的データに基づいて、本明細書に記載のメディトープ１および２内の複数の位置が、修飾のための標的部位として同定されており、例えば、全体的な結合親和性を増強し、および／または本明細書に記載の別の特性を代替えするために、異なる天然または非天然アミノ酸で置換することができる。このような修飾は、ヘッド−テールの環状ラクタムペプチドを生成するｃＱＦＤまたはｃＱＹＮの修飾、Ａｒｇ８の修飾、３位の修飾（例えば、ｃＱＦＤのＰｈｅ３またはそのバリアント）、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、および／または水和可能なカルボニル官能性の組み込み（図２を参照）を含むが、これらに限定されない。本明細書に示すように、ｃＱＦＤのオリジナルのメディトープにおけるアラニンへのＰｈｅ３、Ｌｅｕ５およびＡｒｇ８のそれぞれの変異は、得られた化合物のメディトープ利用可能抗体結合界面に対する親和性を１０〜１４０倍低下させた。いくつかの局面では、バリアント・メディトープは、配列番号１または２、または表１または２にリストされた他のメディトープの１つまたは複数の位１、３、５、８、１０、および１２での修飾を有するものを含む。
ａ.位置８
いくつかの実施形態では、メディトープ・バリアントは、メディトープ１または２の位置８（Ａｒｇ８）に対応する、位置の修飾を含む。非修飾ペプチド（ｃＱＦＤ；配列番号１）、Ａｒｇ８は伸長され、メディトープが利用可能抗体重鎖のＱ１０５の重鎖カルボニルと水素結合を形成する。この残基に関する直接的な領域は、疎水性であるが溶媒に曝露されている。いくつかの局面では、メディトープは、本位置（例えば、修飾Ａｒｇ８）での修飾された残基を含む。いくつかの実施例では、修飾された残基は、メディトープ利用可能抗体Ｈ結合に有用なＡｒｇ８残基のイミニウム官能性を維持し、置換または非置換疎水性アームを導入して空洞を満たす。このような修飾は、リガンドドッキング計算によって支持されるように、エントロピー増加のために結合の有意な増加をもたらす。そのような修飾は、Ｎ―アルキルグアニジニウム基またはアルキル−アミジン官能基を使用することによって組み込むことができる。どちらの場合にも、末端Ｎ−原子の置換基は、アルキルまたはアリールになることができ、アルキルまたはアリール基の各位置は、グループ内の末端位置を含む追加の機能性に置換されることができる。一実施例では、修飾されたアルギニン（修飾されたＡｒｇ８）は、図１に示した構造を有し、例えば、ＮＨ２上のブチル基（ＮＨＲとして図１に示す）で、配列番号１または２のメディトープのＡｒｇ８のため置換される。いくつかの局面では、バリアント・メディトープは、８位のｎ−ブチル‐アルギニンまたはブチルアミジン修飾を含む。
ｂ.３位
いくつかの実施形態では、メディトープ・バリアントは、メディトープ１のＰｈｅ３のような３位に対応する位置で修飾を含む。メディトープ・バリアントＰｈｅ３Ｔｙｒ ｃＱＹＮ（配列番号２）のヒドロキシル基は、ｃＱＦＤ（配列番号１）と比較して、Ａｒｇ８側鎖の伸長された配座における代替例を有する。本明細書のデータによって、Ｆａｂへの水結合を伴う、好ましい水素結合ネットワークの形成が示唆される。エンタルピーによって駆動される最適化は、薬物デザインにおける多くの小分子手法で成功することが判明しており、提供するメディトープには、エントロピーの上昇を操作する機会がある。いくつかの実施形態では、メディトープデザインにおいてエンタルピーおよび／またはエントロピーを上昇させる手法を使用して、例えば、結合を最適化してバリアント・メディトープを生成する。
例えば、メディトープ利用可能抗体に結合すると、Ｐｈｅ３の疎水性フェニル環は、メディトープ利用可能抗体Ｆａｂの側鎖残基のかなり極性の配列に囲まれる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のハロゲンをこの残基のフェニル環に導入して、極性側鎖残基とのハロゲン結合相互作用を可能にする。ハロゲン結合は、水素結合と類似しているが、臭素または塩素（または他のハロゲン）などのハロゲンと酸素原子との相互作用を伴う比較的強い非共有結合である。いくつかの局面では、その位置での残基は、ハロゲン残基を組み込むよう修飾される。いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体との、例えば、メディトープ利用可能抗体のそれぞれ、Ｔｙｒ８７（軽鎖）、Ｇｌｎ３８、および／またはＴｙｒ９１（重鎖）位でのハロゲン結合に適した位置に臭素原子が位置するように、Ｐｈｅ３を、２−ブロモ−、３−ブロモ−、または４−ブロモフェニルアラニンで置き換える。そのようなフェニルアラニン誘導体は市販されており、いくつかの局面では、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）によって、環式ペプチド・メディトープ・バリアントに組み込まれる。例示的なバリアント・メディトープには、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、または４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンをメディトープ１のＰｈｅ３に対応する位置に含有するものを挙げることができる。
他の例では、メディトープに、追加のフェニル基をこの位置で、例えば、Ｐｈｅ３をβ，β’−ジフェニルアラニンに置き換えることによって組み込む。
ｃ．５および１０位（例えば、メディトープ１または２のＬｅｕ５、Ｌｅｕ１０）
いくつかの実施形態では、メディトープ・バリアントは、メディトープ１または２の５または１０位（Ｌｅｕ５またはＬｅｕ１０）に対応する位置に修飾を含有する。本明細書において示されているとおり、メディトープ１のＬｅｕ５およびＬｅｕ１０の側鎖は、疎水性をメディトープ利用可能Ｆａｂに接触させる。或る実施形態では、異なる天然アミノ酸または非天然アミノ酸を、これらの位置のうちの一方または両方に組み込み、例えばそれによって、伸長され得る表面積量を変え、メディトープの１つまたは複数の特性、例えば、親和性を代替する。一実施形態では、天然アミノ酸（Ｐｈｅ／Ｔｙｒ／Ｔｒｐ）および非天然類似体（例えば、β，β’−ジフェニル−Ｌ−アラニンまたは、分枝アルキル、ナフチルなどの伸長された芳香族、もしくは他の疎水基を包含する側鎖が組み込まれているアミノ酸）を、ＳＰＰＳを介して、一方または両方の位置に体系的に導入する。
２．コンジュゲーション
ある実施形態では、メディトープは、治療剤、診断剤、または検出可能な薬剤のような薬剤にコンジュゲートされる。ペプチドは、化学リンカーのような適切な方法で、薬剤にコンジュゲートされる。或る実施形態では、化学リンカーは、共有リンカーである。実施形態では、化学リンカーは、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレンおよび／または置換または非置換ヘテロアリーレンを含む。
ある実施形態では、化学リンカーは、ＰＥＧリンカーを含む。ある実施形態では、化学リンカーは、ペプチド・リンカーを含む（例えば、グリシン、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、アスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン酸、グルタミン酸、などの１つまたは複数の天然アミノ酸、非天然アミノ酸）。
化学的リンカーは、Ｎ末端、Ｃ末端および／または側鎖のような、いかなる適切な位置でメディトープに結合することができる。或る実施形態では、化学リンカーは、Ｎ末端に結合する。もう１つの実施形態では、化学リンカーは、Ｃ末端に結合する。さらにもう１つの実施形態では、メディトープは１つまたは複数の化学リンカーを含み、その化学リンカーはＮ末端およびＣ末端に結合する。いくつかの実施形態では、化学リンカーは、アミノ酸配列ＧＧＧＫを含む。
本開示の或る実施形態では、化学リンカーは、抗体‐薬物コンジュゲートを形成するための当該分野で公知の市販のリンカーをさらに含み得る。従って、或る実施形態では、化学リンカーは、下記を構成する類から選択されたリンカーを含み得る：Ａｌａ‐Ａｌａ‐Ａｓｎ−ＰＡＢ、ＡＬＤ‐ＢＺ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐モノ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐モノ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、 ＡＬＤ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＢＣＯＴ−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ‐ジ‐ＥＧ‐Ｏｓｕ、ＢＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＢＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ―Ｏｓｕ、Ｂｏｃ‐ＮＭｅ‐ＤＡＥ、ＢｒＡＨ、Ｂｒ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｂｒ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｂｒ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐酢酸、ＣＯＴ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＤＨＡ、ＤＨＨ、Ｆｍｏｃ‐Ａｌａ‐Ａｌａ‐Ａｓｎ−ＰＡＢ―ＰＮＰ、Ｆｍｏｃ−Ｐｈｅ‐Ｌｙｓ（Ｔｒｔ）−ＰＡＢ‐ＰＮＰ、Ｆｍｏｃ‐Ｖａｌ‐Ｃｉｔ−ＰＡＢ、Ｆｍｏｃ−Ｖａｌ‐Ｃｉｔ−ＰＡＢ―ＰＮＰ、ＨＡＣ、ＭＡＨ、ＭＡＬ‐ｄｉ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐ＨＡ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＢＡ、ＭＣ―Ｖａｌ―Ｃｉｔ−ＰＡＢ―ＰＮＰ、ＭＤＢ、ＭＥＬ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＥＬ‐ｔｅｔｒａ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＥＬ‐トリ−ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＭＣ、Ｎ３ＢＡ、Ｎ３−ジ−ＥＧ−ＯＰＦＰ、Ｎ３−ジ‐ＥＧ−ＯＳｕ、Ｎ３−テトラ−ＥＧ−ＯＰＦＰ、Ｎ３−テトラ‐ＥＧ−ＯＳｕ、Ｎ３−トリ−ＥＧ−ＯＰＦＰ、Ｎ３−トリ‐ＥＧ−ＯＳｕ、ＰＡＢ、ＰＨＡ−ジ−ＥＧ−ＯＰＦＰ、ＰＨＡ−ジ−ＥＧ‐ＯＳｕ、ＰＨＡ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＰＨＡ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＰＨＡ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＰＨＡ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｐｈｅ−Ｌｙｓ（Ｆｍｏｃ）−ＰＡＢ、Ｐｈｅ−Ｌｙｓ（Ｔｒｔ）−ＰＡＢ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｂｕｔ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｂｕｔ‐ＯＳｕ、Ｐｙ‐ｄｓ‐ｄｍＢｕｔ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐ｄｍＢｕｔ‐ＯＳｕ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｐｒｐ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｐｒｐ‐ＯＳｕ、およびＶａｌ‐Ｃｉｔ−ＰＡＢ （ＡＬＢ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ｉｎｃ， Ｎｅｖａｄａ， Ｕ．Ｓ．）。
コンジュゲートされたメディトープペプチドの非限定的な例を、以下の表に示す。

ＭＭＡＤ：モノメチルオーリスタチン Ｄ
３．代替的な環化戦略およびジスルフィド架橋の置き換え
ある実施形態では、バリアント・メディトープは、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮとしての、ジスルフィド架橋を含む。ジスルフィド架橋は、２つのシステイン残基の側鎖の反応によって形成され得る。ある実施形態では、メディトープ（例えば、メディトープ１または２）のジスルフィド架橋は、代替のリンケージで置換されるか、または除去される。ゆえに、バリアント・メディトープの中には、元のメディトープのジスルフィド架橋がないか、または代替のリンケージを有するものがある。
いくつかの局面では、リンケージはアミノ酸鎖内で１つまたは複数の非天然アミノ酸間で作られる。非天然アミノ酸で製造されるリンケージの例は、（ｉ）アルデヒドまたはケトンを含む残基とアミン基を含む残基との反応によって製造された、安定ヒドラゾンまたはオキシムに基づくリンケージであって、アミン窒素が−ＮＨ２またはアルキルオキシ基で置換されている（例えば、ｐ−アセチルフェニルアラニン、ｍ−アセチルフェニルアラニン、もしくはｐ−（３−オキソブタノイル）−Ｌ−フェニルアラニン残基と、ｐ−（２−アミノ−３−ヒドロキシエチル）−フェニルアラニン残基との反応）、（ｉｉ）フェニルセレニジルアラニンを取り込むことによる反応性のチオール、（ｉｉｉ）ｐ−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニンを組み込むことによりベンゾフェノンを含有するＵＶ架橋剤；（ｉｖ）ｐ−イソプロピルチオカルボニル−フェニルアラニンまたはｐ−エチルチオカルボニル−フェニルアラニンを組み込むことによるアミン反応性；（ｖ）例えばアジド基を含む残基とＨｕｉｓｇｅｎ付加環化（例えば、ｐ−プロパギルオキシフェニルアラニン山気とｐ−アジドフェニルアラニン残基との反応）を介して、アルキン基を含有する残基との反応により製造される、トリアジン、チアゾール、チアゾリジンまたはオキサゾール結合のような複素環式リンケージ；（ｖ）１つの残基の酸基と他の残基のアミン基との反応によって作られるアミド結合；（ｖｉ）１つの残基の酸基と別の残基のアルコール、例えばセリンとの反応によって作られるエステル結合；（ｖｉｉ）末端オレフィンをそれぞれ含有する２つの残基、例えばオレフィンメタセシスによる反応によって作られた二重結合（例えば、２つのアリルグリシン残基または２つのＮ−アリール置換アミノ酸の反応）、または（ｖｉｉｉ）当該分野で公知の任意の他の対の適切な残基の反応によるものを含む。レビューとして、“ペプチドおよびデプシペプチドの環化”Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｃｉ．２００３，９，４７１−５０１を挙げることができる。一実施形態では、メディトープは、ｐ−アセチルフェニルアラニンなどのＦａｂに組み込まれた非天然アミノ酸に反応性基を指向させることができる。
メディトープの環化のための種々の方法を用いて、例えばｉｎ ｖｉｖｏでの安定性に対処し、その後のコンジュゲーション化学のための化学選択的制御を可能にすることができる。いくつかの実施形態では、環化ストラテジーは、ヘッド−テール（頭−尾）ラクタム環化（非環式ペプチドの末端残基間）および／または他の残基間のラクタムリンケージを含むラクタム環化ストラテジーである。ラクタム形成は、また、グリシン、β‐Ａｌａ、７−アミノヘプタン酸などの残基を非環式メディトープ環化前駆体に組み込んで、異なるラクタム環の大きさおよび連結様式を製造することによって行うことができる。「クリック」化学およびオレフィンメタセシスなどの付加環化ストラテジーも使用することができる（図２右のボックスを参照）。ペプチドおよびペプチド模倣環化の上述した方法は、当技術分野で周知である。
いくつかの実施形態では、ラクタム結合を含むメディトープはｉｎ ｖｉｖｏでより安定であり、例えば他の結合を有するメディトープと比較してｉｎ ｖｉｖｏでより安定なリンケージを有する。
いくつかの実施形態では、非環状ペプチドの末端残基は、反応して環状メディエート、例えば環状メディトープ・バリアントを形成する。いくつかの実施形態では、他の位置は、残基３と１１との間および４と１１との間を含む環化を受けやすい。ゆえに、いくつか局面では、メディトープは、Ｎ末端およびＣ末端残基以外の残基、例えば残基３と１１および／または４と１１の間、例えば１２アミノ酸ペプチドの間に形成されたリンケージを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、バリアント・メディトープは、反応性アミン官能基（例えば、Ｌｙｓ１１）を含み、これは、例えば、基質またはリンカー、または、例えば、本開示の造影剤といった診断薬、または治療剤といった薬剤に引き続いて連繋させるために使用することができる。例えば、図３は、ＦＡＣＳ分析のための、メディトープ・バリアントと、フルオレセインとを連携させるための手順を示し；このストラテジーは、ｉｎ ｖｉｖｏ ＰＥＴイメージングのためのＤＯＴＡを含む他のイメージングおよび他の薬剤に適用することができる。
Ａ．メディトープ利用可能抗体
提供されるのは、メディトープ結合部位を介して１つまたは複数のメディトープに結合することができるメディトープ利用可能抗体およびその抗原結合フラグメントである。いくつかのケースでは、メディトープ利用可能抗体は、配列番号１または２（メディトープ１または２）および／または１つまたは複数のそれらのバリアントに結合し、それらのメディトープは、１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、または５５（配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、または５５に記載の配列を有するペプチドを基本としたメディトープ）、またはいくつかのケースでは、１、２、または１５〜５５のいずれかのメディトープおよび／または配列番号１８６〜１９０および２０７のいずれかのメディトープである。提供されるメディトープ利用可能抗体の中には、セツキシマブと類似の親和性でメディトープまたはメディトープに結合するものがある。例えば、或る側面では、抗体は、約１０μＭ未満、約５μＭ未満、約２μＭ未満、￥約１μＭ未満、約５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ未満、約２００ピコモル未満の解離定数でメディトープに結合する。いくつかのケースでは、本明細書にリストされたいかなる解離定数は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）、蛍光、蛍光偏光、ＮＭＲ、ＩＲ、熱量測定滴定などの特定の技術、動態的排除；示差走査熱量測定法、または他の公知の方法によって測定することができる。例えば、いくつかのケースでは、アナローグまたはメディトープは、１０μＭ未満、５μＭ未満、２μＭ未満、１μＭ未満、５００、４００、３００、２００、１００ｎｍ未満の結合定数を示し、ＳＰＲによって測定されるか、またはＩＴＣによって測定されるか、またはこれらの方法のいずれかによって測定される。
いくつかの実施例では、メディトープ結合部位は、モノクローナル抗体セツキシマブの構造的特徴である。ゆえに、いくつかのケースでは、メディトープ結合部位は、セツキシマブのメディトープ結合部位内に応答する残基を含む。Ｘ線結晶学的分析は、配列番号１のペプチドが、重鎖および軽鎖の様々な残基によって定義されるセツキシマブＦａｂフラグメントの中央空洞内のメディトープ結合部位に結合することを明らかにした（図４Ａおよび５参照）約７００ｎＭまでの結合定数を有する。
ある実施形態では、メディトープとメディトープ結合部位との間の固有の相互作用が、追加のメディトープ対応抗体を生成するために利用される。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、セツキシマブまたはセツキシマブ以外の抗体（時として鋳型抗体と呼ばれる）を修飾することによって生成され、例えば、セツキシマブのものとは異なる１つまたは複数のＣＤＲを有する抗体など、提供されたメディトープ（例えば、配列番号１または２のメディトープまたはそのバリアント）の１つまたは複数に結合する能力を付与することができる。
鋳型抗体は、ヒトまたはヒト化抗体またはマウス抗体であり得る。いくつかの側面では、修飾には、典型的には、重鎖および軽鎖可変領域および／または定常領域のフレームワーク領域（ＦＲ）内のＦａｂフラグメントの中央空洞内の残基を置換して、鋳型抗体をメディエトープ利用可能にすることが含まれる。例えば、鋳型抗体がヒトまたはヒト化抗体である場合、その修飾は、概して、重鎖および軽鎖可変領域ＦＲ内の残基における置換を含む。いくつかの実施形態では、このような残基は、セツキシマブまたは同等のアミノ酸に存在する対応する残基で置換される。ゆえに、ある実施形態では、ヒトまたはヒト化抗体のＦＲ内の残基は、対応するマウス残基で置換され；或る実施形態では、それらは、メディトープと相互作用するための同様の官能基または部分を有する残基などの他の残基によって置換される。典型的に、対応するムリン（または他の）残基によって置換された残基は、中心Ｆａｂ空洞内に見出され、したがって、免疫系に曝露されない。このように、いくつかの実施形態では、ヒトまたはヒト化抗体にこれらのアミノ酸置換を導入することは、ヒト被験体への送達の状況において、修飾された鋳型抗体の抗原性を増加させず、または実質的に増加させることがない。加えて、点変異を有するヒト配列が抗原性であってはならないことを示すために、さらに、抗原性予測アルゴリズムをさらに使用することができる。
いくつかの実施形態では、メディトープ結合部位で置換される１つまたは複数の残基は、自己架橋性抗体に対して、特異的なメディトープの特異的な結合親和性を与えるように選択され、これは遊離メディトープ、リンカーを介して抗体に結合したメディトープ、またはその両方であり得る。例えば、自己架橋性抗体のいくつかの実施形態は、第１のメディトープに対する高いまたは増加した親和性、および第２のメディトープに対する低いまたは減少した親和性を示すメディトープ結合部位を含む。いくつかの実施形態では、本開示では、第１メディトープは遊離メディトープであり、第２メディトープは自己架橋性抗体に結合する。このような実施形態は、本開示では、例えば、遊離メディトープが抗体自己架橋性を制御または調整するために使用する場合に、有利である。他の実施形態では、第１メディトープはリンカーを介して自己架橋性抗体に結合し、第２メディトープは遊離メディトープである。このような実施形態は、例えば、遊離メディトープの高い濃度が使用される場合および／または抗体レベルか濃度が低いまたは減少した場合に、有利である。
いくつかの実施形態では、置き換えられた１つまたは複数の残基は、Ｋａｂａｔの番号付け（Ｋａｂａｔ Ｅ．Ａ．ら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版。ＮＩＨ出版番号９１−３２４２、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に従って、軽鎖フレームワーク残基数１０、３９〜４３、４５、８３、８５、１００および／または１０４より選択されおよび／またはＫａｂａｔの番号付けに従って、重鎖フレームワーク残基数４０、８９および／または１０５より選択される。概ね別段の指定がない限り、抗体の重鎖または軽鎖中のアミノ酸位置は、Ｋａｂａｔの番号付けを意味する。本開示はまた、例えば、セツキシマブ・メディトープ結合部位内の残基といった本明細書に記載のセツキシマブの残基に対応する他の抗体の残基が包含される。いくつかの実施形態では、軽鎖残基９、１０、３９、４０、４１、４２、４３、４５、８３、８５、１００および／または１０４に対応する鋳型抗体中の残基、および／または重鎖残基４０、８９、および／または１０５は、例えば、セツキシマブ内の上記の位置に存在するアミノ酸と置換される。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、軽鎖領域内（または１つまたは複数のＦＲ、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびまたはＦＲ−Ｌ４）に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％と同一の鋳型抗体と同様の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｌ）を含み；およびまたは重鎖フレーム領域内（または１つまたは複数のＦＲ、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびまたはＦＲ−Ｈ４）内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％と同一の鋳型抗体と同様の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）を含み；およびまたはＶＨ内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％と同一の鋳型抗体ＶＨ領域を含み；および／またはＶＬ内に、少なくとも１つの７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％と同一の鋳型抗体のＶＬ領域を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、鋳型抗体と比較して、重鎖および／または軽鎖内のＣＤＲの１つまたは複数（例えば、すべて）内に、すべてまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を含む。いくつかの局面では、鋳型抗体と比較して、軽鎖内（例えば、ＦＲ−Ｌ）に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の修飾を含む；および／または、鋳型抗体と比較して、重鎖（例えば、ＦＲ−Ｈ）に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の修飾を含む。
いくつかの実施形態では、置き換えられた１つまたは複数の残基は、Ｋａｂａｔの番号付けに従って、１０、４０、４１、８３および８５を含むが、これらに限定されない軽鎖フレーム残基である。いくつかの実施形態では、軽鎖残基４０はトレオニンに置き換えられ；軽鎖残基４１がアスパラギンに置き換えられ、軽鎖残基８３はイソロイシンまたはバリンに置き換えられ、および／または軽鎖残基８５はアスパラギン酸に置き換えられる。一実施形態では、軽鎖残基４０はトレオニンに置き換えられ；軽鎖残基４１がアスパラギンに置き換えられ；軽鎖残基８３はグルタミン酸塩に置き換えられ；および／または軽鎖残基８３がアスパラギンに置き換えられる。具体的な例では、軽鎖フレームワークＰｒｏ４０は、Ｔｈｒ（Ｐ４０Ｔ）またはＳｅｒ（Ｐ４０Ｓ）に置き換えられ、軽鎖フレームワークＧｌｙ４１はＡｓｎ （Ｇ４１Ｎ）に置き換えられ、軽鎖フレームワーク残基Ｐｈｅ８３は、Ｉｌｅ （Ｆ８３ｉ）、Ｖａｌ （Ｆ８３Ｖ）、またはグルタミン酸塩（Ｆ８３Ｅ）に置き換えられ、軽鎖フレームワーク残基Ｔｈｒ８５は、Ａｓｐ（Ｔ８５Ｄ）またはＡｓｎ（Ｔ８５Ｎ）に置き換えられる。例えばセツキシマブを含むいくつかの実施形態では、軽鎖フレームワーク残基Ｉｌｅ８３は、グルタミン酸塩（Ｉ８３Ｅ）に置き換えられる。
ゆえに、提供されたメディトープが可能な抗体の中には、セツキシマブまたは他のメディトープが可能な抗体のメディトープ結合部位内の位置に対応する残基（例えば、メディトープを含む、本明細書に記載されるもの）に１つまたは複数の修飾、トラスツズマブおよびメディトープ対応Ｍ５Ａが含まれる。抗体の中には、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、４０位にスレオニン、セリンまたはアスパラギン酸、４１位にグリシン以外の残基、８５位にアスパラギン酸またはアスパラギンを有するＶＬ領域を有するもの、例えば、４０位にスレオニン、４１位にアスパラギン、８５位にアスパラギン酸を有するＶＬ領域を含む。いくつかの実施形態では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、抗体は、４０位にセリン、８９位にイソロイシン、および／または４０位にセリンまたはプロリン、８９位にイソロイシン、チロシン、メチオニン、フェニルアラニンまたはトリプトファンを有するＶＨ領域を有する。いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、１０位にイソロイシンまたはロイシン、および／または８３位にイソロイシンまたは８３位にグルタミン酸を有する。いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、９位にバリンまたはイソロイシンおよび／または１００位にグルタミン以外の残基を有する。
いくつかの例では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、ＶＬ領域は、９位にバリンまたはイソロイシンを、１０位にイソロイシンまたはロイシンを、３９位にアルギニンを、４０位にスレオニンを、４１位にアスパラギンを、４２位にグリシンを、４３位にセリンを、８３位のイソロイシンまたはグルタミン酸、８５位のアスパラギン酸および１００位のアラニンを有し；並びにＶＨ領域は、４０位にセリン、８９位にイソロイシンを有する。いくつかの例では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、ＶＬ領域は、40位にプロリン、41位にグリシン、または85位にスレオニンを含まず、および／またはＫａｂａｔ番号付けに従って、ＶＨ領域は、４０位にアスパラギンまたはアラニンを、または８９位にバリンを含まない。いくつかの例では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、ＶＬ領域は、１０位にセリン、４０位にプロリン、４１位にグリシン、８３位にフェニルアラニン、または８５位にスレオニンを含まず、および／またはＶＨ領域は、４０位にアスパラギンまたはアラニンを、または８９位にバリンを含まない。
いくつかの局面では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、抗体はＰ８、Ｖ９もしくＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖を有し、および／またはＫａｂａｔ番号付けに従って、Ｑ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を有する。
いくつかの局面では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、抗体はＰ８、Ｖ９もしくはＩ９、Ｉ１０もしくはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、 Ｅ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖を有し、および／またはＫａｂａｔ番号付けに従って、Ｑ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を有する。
いくつかの実施形態では、メディトープ可能抗体は、ヒトまたはヒト化抗体のような抗体の軽鎖中の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１残基を変異させることによって生成され、 例えばトラスツズマブを（Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて）セツキシマブ中の対応する位置に似せることができる。いくつかの局面では、このような抗体は、ヒトまたはヒト化配列と比較して、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、軽鎖の９、１０、３９、４０、４１、４２、４３、４５、８３、８５、および１００位に変異残基を含む。一局面では、メディトープ利用可能抗体の軽鎖は、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、Ｖ９もしくはＩ９、Ｉ１０もしくはＬ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｉ８３もしくはＥ８３、Ｄ８５、およびＡ１００、例えばＶ９、Ｉ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｉ８３、Ｄ８５、およびＡ１００を含む。いくつかの実施形態では、他の点では抗体はヒトまたはヒト化されている。
いくつかの実施形態では、メディトープが可能な抗体は、ヒトなどの抗体の重鎖において１または２残基などの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１残基を変異させることによって生成されるか、またはヒト化抗体、例えばトラスツズマブを用いて、セツキシマブの対応する位置に似ている。いくつかの局面では、このような抗体は、ヒトまたはヒト化配列と比較して、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、重鎖内に４０または８９位の変異残基を含む。いくつかの局面では、重鎖は、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、Ｓ４０およびＩ８９を含む。いくつかの実施形態では、他の点では抗体はヒトまたはヒト化されている。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、例えばヒトまたはヒト化配列と比較して、１３個の変異を含む。一局面では、メディトープ利用可能抗体は、ヒトまたはヒト化配列と比較して、１１個の変異を有する軽鎖および２個の変異を有する重鎖を含む。一局面では、抗体は、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、Ｖ９もしくはＩ９、Ｉ１０もしくはＬ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｉ８３、Ｄ８５およびＡ１００を軽鎖に含み、Ｓ４０およびＩ８９を重鎖に含む。一局面では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、Ｖ９もしくはＩ９、Ｉ１０もしくはＬ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｅ８３、Ｄ８５、およびＡ１００を軽鎖に含み、Ｓ４０および Ｉ８９を重鎖に含む。一局面では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、抗体は、Ｖ９、Ｉ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｉ８３、Ｄ８５、およびＡ１００を軽鎖に含み、Ｓ４０およびＩ８９を重鎖に含む。一局面では、Ｋａｂａｔ番号付けに従って、抗体は、Ｖ９、Ｉ１０、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｒ４５、Ｅ８３、Ｄ８５およびＡ１００を軽鎖に含み、Ｓ４０およびＩ８９を重鎖に含む。いくつかの実施形態では、抗体および／またはそのフレームワーク領域は、他の点では抗体はヒトまたはヒト化されている。
いくつかの実施形態では、メディトープ対応抗体は、典型的には、メディトープ対応抗体の重鎖および／または軽鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ１〜〜３）を修飾することによって、ＣＤＲ移植を介して生成され、既存のまたは新しい抗体のＣＤＲのような他のＣＤＲとそれらを置き換えるために、本明細書に記載されているメディトープ利用可能抗体のいずれかのようなものである。ＣＤＲ移植は、ヒト化モノクローナル抗体を産生するために、例えばマウスのような非ヒト種で生成された抗体のＣＤＲを、ヒト抗体フレームワークに移植することによって標準的に行われている。米国特許番号５，５５８，８６４および８，１３３，９８２；Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈら、“ＣＤＲ移植によるマウスのモノクローナル抗体のヒト化：ループ構造上のフレームワーク残基の重要性”Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．，４：７７３−７８３（１９９１）を参照。ゆえに、ある実施形態では、メディトープ利用可能抗体の抗原特異性は、既存のまたは新たに生成された目的の抗体のＣＤＲを移植することによって代替される。提供されたメディトープ利用可能抗体の中にも、このようなＣＤＲ移植メディトープ利用可能抗体がある。
いくつかの実施形態では、鋳型配列として本明細書に開示される抗体（例えば、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブまたはメディトープ使用Ｍ５Ａ（抗ＣＥＡ）抗体）の１つを使用して、メディトープ可能抗体を生成し、１つまたは複数の既知の抗体、それを代替するための工学的方法、例えば、その抗原結合特性を代替すること、異なる特徴を有するメディトープ利用可能抗体を産生することがある。抗原結合および他の特性を代替委するために典型的に用いられる既知の抗体工学方法は、エラープローンＰＣＲ、スパイクＰＣＲ、部位特異的変異誘発、ファージディスプレイおよび他の選択方法を含む、様々なｉｎ ｖｉｔｒｏランダム化、親和性成熟、および選択方法を含む。また、そのような方法を実施するための構築物、ライブラリー、および発現系（ＧＰＩ連鎖発現系を含む）も提供される。ゆえに、ある実施形態では、提供されたメディトープ利用可能抗体は、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能なＭ５Ａ（またはこれらの抗体のＦＲと同一の、少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％のＦＲ）などのメディトープ利用可能抗体のフレームワーク領域または領域（ＦＲ）を伴う軽鎖および／または重鎖の可変領域を有する。
例えば、いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、軽鎖フレームワーク領域は、配列番号７１（または、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４、それらは、少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号７１のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４と同一）に記載の、軽鎖配列の、軽鎖フレーム領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４を含むアミノ酸配列、およびいくつかの局面では、配列番号７１に記載の軽鎖配列のＣＤＲより区別された少なくとも１つのＣＤＲ；およびまたは配列番号７２（または、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４、それらは、少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号７２のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４と同一）に記載の重鎖配列の、重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４を有する、アミノ酸配列を伴うＶＨ領域、およびいくつかの局面では、配列番号７２に記載の重鎖配列のＣＤＲより区別される少なくとも１つのＣＤＲを有する、アミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号９に記載の軽鎖配列の軽鎖配列領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４を含む、アミノ酸配列を有し、（またはＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４、それらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号９のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）およびいくつかの局面では、配列番号９に記載された軽鎖のＣＤＲより区別された少なくとも１つのＣＤＲ；および／または重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／または配列番号６に記載した重鎖配列のＦＲ−Ｈ４を有するアミノ酸配列を含むＶＨ領域（またはＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４、これらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号６のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４と同一である）、いくつかの局面では、配列番号６に記載された重鎖のＣＤＲより区別された少なくともの１つのＣＤＲを有するアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号６８に記載された軽鎖配列の、軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（またはＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４、これらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号６８のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４と同一である）、およびいくつかの局面では、配列番号６８に記載された軽鎖のＣＤＲより区別された少なくとも１つのＣＤＲ；および／または配列番号７０に記載された重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４、を有するアミノ酸配列を伴うＶＨ領域、（またはＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、 ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４、それらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号７０に記載のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４と同一である）、いくつかの局面では、配列番号７０に記載された重鎖配列のＣＤＲより区別された少なくとも１つのＣＤＲを含む、アミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号６１に記載された軽鎖の軽鎖フレーム領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３および／またはＦＲ−Ｌ４を有するアミノ酸配列、（またはＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、 ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４、これらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、 ９６、９７、９８、または９９％、配列番号６１のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３および／またはＦＲ−Ｌ４と同一である）、いくつかの局面では、配列番号６１に記載された軽鎖のＣＤＲより区別された少なくとも１つのＣＤＲ；および／または配列番号６３に記載された重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびまたはＦＲ−Ｈ４を有するアミノ酸配列を伴うＶＨ領域、（またはＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４、これらは少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号６１のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４と同一である）、いくつかの局面では、配列番号６３に記載された重鎖配列より区別された少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、配列番号６、７、９、１０、１２、１４、６１、６３、６８、６９、７０、７１、および／または７２に記載された、ＣＤＲより区別された１つまたは複数のＣＤＲを有する。
いくつかの実施形態では、抗体はセツキシマブ以外であり、ＥＧＦＲに特異的に結合せず、ＥＧＦＲ以外の抗原に結合し、および／またはセツキシマブに特異的に結合するＥＧＦＲ上のエピトープに特異的に結合しない。
いくつかの実施例では、メディトープ利用可能抗体は、以下の中から選択される鋳型抗体を基礎として生成される：アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルトモマブ、アルテモマブペンテエート、アナトモマブ、アナトモマブ・マフェナトックス、アークトモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクトモマブ、エクトモマブ、ベリムマブ、ベナリズマブ、ベバシズマブ、ブレンチキシマブ、カヤキナブ、カンプマブ、カンプマブペンデチド、カツマキソマブ、セトリツズマブ、クリバツズマブ・テトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、テルマキソマブ、ファノソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォンゾリズマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、ギレムキシマブ、ゴリムマブ、イブリトモマブ、イグボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリザブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネチツムマブニモツズマブ、オアツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サトモマブ、セツソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブ・チウセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウシキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロルダルマブ、アンスキンズマブ、バピネツズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニトマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モクセトモマブ・パズドトキシム、リトルムズマブ、シファリムマブ、タネツマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５、Ｂ６Ｈ１２．２、およびウレウマブによって産生される抗体、そのフラグメント、ＣＤＲおよび／またはその抗原結合領域を有する抗体、および／またはそのような抗体との結合を競合する抗体；およびまたは配列番号７８〜１２４および／または１２５〜１７０のいずれかに記載の配列を有する抗体、そのフラグメント、配列番号７８〜１２４、および／または１２５〜１７０のいずれかに記載の配列を有する抗体、そのフラグメント、ＣＤＲおよび／またはその抗原結合領域を有する抗体、および／またはそのような抗体との結合について競合する抗体。表３は、或る抗体のＣＡＳ（登録商標）の登録番号をリストする。
他の実施形態では、鋳型抗体は以下の中から選択される：アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルトモマブ、ペンテタイトアルトモマブ、アナトモマブ、アナトモマブ・マフェナトックス、アキトモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクトモマブ、エクトモマブ、ベリムマブ、ベナラリズマブ、ベバシズマブ、ブレントキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブ・テトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、ギレンテキシマブ、ゴリムマブ、イブリトモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビツマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サトモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブ・チウセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生された抗体、およびブロダルマブまたはチウゼタン。いくつかのこのような実施例では、いつ以上のＣＤＲは、これらの鋳型抗体内に存在し、および／または抗体はこのような抗体としての同一の抗原またはエピトープに特異的に結合し、および／またはそのような抗原との結合を競合する。
ゆえに、いくつかのケースでは、メディトープ利用可能抗体（そのフラグメントを含む）は、以下を構成する群から選択される抗原に特異的に結合する：ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−アルファ、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン２ロイキンａ鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、ＣＤ２３（ＦｃεＲＩＩ、ＦｃεＲＩＩ、ＦＣＥ２、ＣＬＥＣ４Ｊ、Ｃ型レクチンドメインファミリー４メンバーＪ、免疫グロブリンＥ結合因子、リンパ球ＩｇＥ受容体、ＢＬＡＳＴ−２またはＩＧＥＢＦとしても既知である）、ＣＤ３７（テトラスパイン２６、ＴＳＰＡＮ２６、ｔｓｐａｎ２６、またはＧＰ５２−４０としても既知である）、ムチン１、プロラクチン受容体（ＰＲＬ‐Ｒとしても既知である）、ＳＤＣ−１（ＣＤ１３８、シンデカンプロテオグリカン１、シンデカン１、またはヘパラン硫酸プロテオグリカン線維芽細胞増殖因子受容体としても既知である）、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン‐５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、 ＣＤ３０、ＩＬ−１ベータ、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫガンド、補体タンパク質、例えば、Ｃ５、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ１１Ａ、例えば、ヒトＣＤ１１ａ、インテグリン、例えば、アルファ−ｖ−ベータ３インテグリン、ビトロネクチン受容体アルファｖベータ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ３、ＣＤ１５、ＣＤ２０（小および／または大ループ）、インターフェロンガンマ、ＣＤ３３、ＣＡ―ＩＸ、ＴＮＦアルファ、ＣＴＬＡ−４、癌胎児性抗原、ＩＬ−５、ＣＤ３エプシロン、ＣＡＭ、アルファ−４−インテグリン、ＩｇＥ、例えば、ＩｇＥ、Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗体、例えば、呼吸器合胞体ウイルスの融合タンパク質（ＲＳＶ）、ＴＡＧ−７２、ＮＣＡ−９０（顆粒球細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ＩＬ１３、インターロイキン１ベータ、ベータアミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ―１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のアルファサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−アルファ、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ３２６、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７。いくつかの実施例では、メディトープが可能な抗原は、癌または他の疾患のような目的の疾患または状態において標的として同定された別の抗原に結合する。
１．ＣＤ１９
一実施形態では、鋳型抗体は、例えば、ヒトまたはヒト化された抗体またはＭＯＲ２８のようなＣＤ１９のマウス抗体、または抗体のような重鎖、軽鎖、ＶＨまたはＶＬを有する抗体、またはそのフラグメントといった抗ＣＤ１９抗体である。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ１９に特異的に結合する。ＣＤ１９（または分化のクラスター１９）は、例えば、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ_００１１７１５６９またはＵｎｉＰｒｏｔ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ Ｐ１５３９１によって同定される一局面では、ＣＤ１９は、Ｂ細胞芽細胞への発達中に最も早期に認識可能なＢ系列細胞からＢ細胞表面に見出されるが、形質細胞への成熟で失われる。一局面では、ＣＤ１９は、抗原受容体依存性刺激の閾値を低下させる調節分子である。
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は、配列番号２２６および／または配列番号２２７（リーダー配列を伴うまたは伴わない）を含み、それらの配列は、それぞれ上記のＭＯＲ２０８（ＸｍＡｂ（登録商標）５５７４）の軽鎖または重鎖アミノ酸配列であり、（ＣＤ１９に特異的に結合するモノクローナル抗体、例えば、未熟で成熟した悪性Ｂ細胞のＣＤ１９）、および／またはアミノ酸配列番号２４５ および／または２４６（リーダー配列を伴うまたは伴わない）を含み、それらは、それぞれ上記したＭＯＲ２０８のＶＬおよびＶＨアミノ酸配列である。
いくつかの局面では、配列番号２２６に記載された軽鎖配列のＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、つまりＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）または軽鎖またはＭＯＲ２０８のＶＬのＣＤＲを有し、および／または配列番号２２７に記載の重鎖のＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、つまりＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）または重鎖またはＭＯＲ２０８のＶＨのＣＤＲを有する。
いくつかの局面では、メディトープ利用抗体のＶＬ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾を有し、（それらは概してフレーム領域の中にある）、それは、リーダー配列を伴うまたは伴わない配列番号２４５に記載されたアミノ酸と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾を有し、（それらは概してフレームワークの領域の中にある）、それらは、それは、リーダー配列を伴うまたは伴わない配列番号２４６に記載されたアミノ酸と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０の修飾を有する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、軽鎖フレームワークの領域内に（または１つまたは複数のこのような領域、例えばＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ＭＯＲ２０８または配列番号２２６の軽鎖フレームワークの領域内に（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｌ）と同一性を含有し、および／または重鎖フレームワーク内に（または１つまたは複数のこのような領域、つまりＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、 ９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ＭＯＲ２０８または配列番号２２７の重鎖フレーム領域（または１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）の同一性を含有し；および／またはＶＨ領域内に少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ＭＯＲ２０８または配列番号２４６と同一性を含有し；および／またはＶＬ内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ＭＯＲ２０８または配列番号；２４５と同一性を含有する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＭＯＲ２０８と比較して（例えば、配列番号２２６または２２７のＣＤＲと比較して）、重鎖および／または軽鎖内のＣＤＲの１つまたは複数、例えばすべてのＣＤＲ内に、すべてまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を含有する。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体は、ＭＯＲ２０８に特異的に結合したＣＤ１９のエピトープに特異的に結合しないが、ＣＤ１９に特異的に結合するか、またはＭＯＲ２０８のＣＤＲを含まない、および／またはＭＯＲ２０８に結合する抗体と競合はしないが、ＣＤ１９に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号３０５のアミノ酸配列を含む軽鎖を有するが、および／または配列番号３０６のアミノ酸配列を含む重鎖を有する。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント３リンカーを含み、およびまたはメディトープ利用可能抗ＣＤ１９抗体（例えば、配列番号３０６）の重鎖に融合される。
２．ＣＤ２２
実施形態によっては、鋳型抗体は、抗ＣＤ２２抗体であり、例えば、エプラツヅマブやモキセツモマブなどＣＤ２２に対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能的フラグメントである。実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ２２に特異的に結合する。ＣＤ２２（または分化クラスター−２２）は、レクチンのＳＩＧＬＥＣファミリーに属する分子であり、例えば、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１７６２またはＵｎｉＰｒｏｔ識別子Ｐ２０２７３によって特定されるようなものがある。一態様では、ＣＤ２２は、成熟したＢ細胞の表面上に、および比較的少ない程度でいくつかの未成熟のＢ細胞上に見出される。ある種の態様では、ＣＤ２２は、免疫系の過剰活性化および自己免疫疾患の発達を防止する制御分子である。一実施形態では、ＣＤ２２に対する鋳型抗体は、配列番号１７５のアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、または配列番号１７６の核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、１つまたは複数のエピトープに特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、エプラツヅマブ（ＣＤ２２、例えば、成熟した悪性のＢ細胞のＣＤ２２に特異的に結合するヒト化モノクローナル抗体）の軽鎖および重鎖のアミノ酸配列がそれぞれ記載された配列番号１７７および／または配列番号１７８のアミノ酸配列（各配列中で配列内のアミノ酸位置によって特定されるリーダー配列を含むか含まない）を含み、および／またはエプラツヅマブのＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列がそれぞれ記載された配列番号１７９および／または１８３のアミノ酸配列（各配列中で配列内のアミノ酸位置によって特定されるリーダー配列を含むか含まない）を含む。
エプラツヅマブの軽鎖配列は、配列番号１７７に規定されており、配列番号１７７のアミノ酸１〜２０位に規定されたリーダー配列を含む。エプラツヅマブ重鎖配列は、配列番号１７８に規定されており、配列番号１７８のアミノ酸１〜１９位に規定されたリーダー配列を含む。エプラツヅマブの軽鎖可変（ＶＬ）領域配列は、配列番号１７９に規定されており、配列番号１７９のアミノ酸１〜２０位に規定されたリーダー配列を含む。エプラツヅマブの重鎖可変（ＶＨ）領域配列は、配列番号１８３に規定されており、配列番号１８３のアミノ酸１〜１９位に規定されたリーダー配列を含む。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号１７７もしくは配列番号１７９に規定される軽鎖もしくはＶＬの配列の、またはエプラツヅマブの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列配列番号１７８もしくは１８３に規定される重鎖もしくはＶＨの、またはエプラツヅマブの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号１７９に記載のアミノ酸配列に比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号１８３に記載のアミノ酸配列に比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、エプラツヅマブのまたは配列番号１７７もしくは１７９の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、エプラツヅマブのまたは配列番号１７８もしくは１８３の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、エプラツヅマブのＶＨ領域と（例えば、配列番号１８３のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、エプラツヅマブのＶＬ領域と（例えば、配列番号１７９のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、エプラツヅマブに比べて（例えば、配列番号１７７もしくは１７９または配列番号１７８もしくは１８３のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、エプラツヅマブが特異的に結合するＣＤ２２のエピトープには特異的に結合しないがＣＤ２２に特異的に結合するか、またはエプラツヅマブのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をエプラツヅマブと競合しないがＣＤ２２に特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、それぞれモキセツモマブ（抗ＣＤ２２マウスモノクローナル抗体）のＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列を規定する配列番号６５および／または配列番号６７（配列番号６７のＮ末端メチオニンであるリーダー配列／残基を含むか含まない）のアミノ酸配列を含み、および／またはモキセツモマブの重鎖アミノ酸配列を規定する配列番号６６（配列番号６６のＮ末端メチオニンであるリーダー配列を含むか含まない）アミノ酸配列を含む。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号６５に規定されるＶＬ配列の、またはモキセツモマブの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列配列番号６６もしくは６７に規定される重鎖もしくはＶＨの、またはモキセツモマブの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号６５に記載のアミノ酸配列またはモキセツモマブのＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９や２０などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号６７に記載のアミノ酸配列またはモキセツモマブのＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９や２０などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、モキセツモマブのまたは配列番号６５の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、モキセツモマブのまたは配列番号１７８もしくは１８３の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、モキセツモマブのＶＨ領域と（例えば、配列番号６７のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、モキセツモマブのＶＬ領域と（例えば、配列番号６５のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、モキセツモマブに比べて（例えば、配列番号１７７または１７９または配列番号１７８または１８３のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、モキセツモマブが特異的に結合するＣＤ２２のエピトープに特異的に結合しないがＣＤ２２に特異的に結合するか、またはモキセツモマブのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をモキセツモマブと競合しないがＣＤ２２に特異的に結合する。
２．ＣＤ２３
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は、抗ＣＤ２３抗体、例えば、ヒトまたはヒト化抗体、またはＣＤ２３に対するマウス抗体、例えばルミリキシマブ、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはその機能的フラグメントである。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ２３に特異的に結合する。ＣＤ２３は、ＦｃエプシロンＲＩＩまたはＦｃεＲＩＩとしても知られており、ＩｇＥの「低親和性」受容体、アレルギーおよび寄生虫耐性に関与する抗体アイソタイプであり、ＩｇＥレベルの調節において重要である。ＣＤ２３は、Ｃ型レクチンであり、例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ_００１１９３９４８．２またはＵｎｉＰｒｏｔ 識別子Ｐ０６７３４によって同定される。ＣＤ２３抗原は、いくつかの造血細胞型で発現される４５ｋＤａのＩＩ型膜貫通糖タンパク質である。いくつかの局面では、ＣＤ２３は、成熟Ｂ細胞、活性化マクロファージ、好酸球、濾胞性樹状細胞、および血小板上に発現される。ＣＤ２３は、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーに属さない唯一のＦｃＲである。ＣＤ２３の機能には、Ｂ細胞によるＩｇＥ産生の調節および胚中心由来のＢ細胞の生存を促進することが含まれる。ＣＤ２３の発現は、正常に活性化された濾胞性Ｂ細胞およびＣＬＬ細胞において高度にアップレギュレートされる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２３の鋳型抗体は、配列番号１７２のアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはタンパク質上の１つまたは複数のエピトープに特異的に結合するか、または配列番号１８４の核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはタンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は、配列番号１８５および／または配列番号１９０のアミノ酸配列（該当する場合、配列番号１８５のアミノ酸１〜２２に対応するリーダー配列／残基の有無にかかわらず、 配列番号１９０のアミノ酸１〜１９）、それぞれルミリキシマブのＶＬおよびＶＨアミノ酸配列を記載する。
ルミリキシマブ（ＩＤＥＣ−１５２、Ｐ５Ｅ８、ゴミリシマブ；Biogen Idecとしても既知である）は、カニクイザル可変領域およびヒト定常領域（ＩｇＧ１−Κ）を含む霊長類化された抗ＣＤ２３ｍＡｂである。これはもともと、活性化されたヒト末梢血Ｂ細胞によるＩｇＥの産生を阻害するために開発されたものであるが、しかしながら、後にそれは強力な抗ＣＤ２３ｍＡｂとして認定を受けた。前臨床データは、ルミキシマブが、主にアポトーシスの内因性経路によって、ＣＬＬ細胞およびＣＤ２３発現Ｂ細胞に対するその抗腫瘍効果を媒介することを示唆している（すなわち、抗アポトーシスタンパク質Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ―ＸＬおよびＸＩＡＰのダウンレギュレーション、Ｂａｘの活性化およびミトコンドリアシトクロムcの放出を誘導する）。相乗的細胞傷害性は、異種移植モデルにおいて、ルミキシマブをリツキシマブまたはフルダラビンと組み合わせた場合、ＣＤ２３発現Ｂ細胞系および原発性ＣＬＬ細胞においても示されている。重度に前処置した４６人のＣＬＬ患者の第Ｉ相臨床試験において、ルミキシマブは単一の薬剤として適度な臨床活性を示した。ルミキシキシマブは、客観的完全応答（ＣＲ）または部分応答（ＰＲ）は認められなかったが、患者の５２％ではリンパ節の大きさが縮小し、患者の９１％では末梢血リンパ球数が減少した。ルミリキシマブの安全性プロファイルは、有害事象（ＡＥｓ）の大部分が等級１/２に限定されることを実証したルミリキシマブは免疫抑制剤ではなく、ＭＴＤ（最大耐量）には達しなかった。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号１８５に記載のＶＬ配列のＣＤＲ（即ち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、 ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有するか、または配列番号１９０に記載のＶＨ配列の（即ち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有するか、または重鎖、またはルミリキシマブのＶＨを有する。
いくつかの局面では、リーダーの有無に関わらず、配列番号１８５に記載のアミノ酸配列と比較して、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾は（それらは概してフレームワーク領域にある）、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０といった修飾を含むか、またはリーダーの有無に関わらず、配列番号１９０のアミノ酸配列、またはルミリキシマブＶＨと比較して、ルミリキシマブまたはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾、それらは概してフレームワーク領域にある）、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０といった修飾を含む。.
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク内に（または１つまたは複数の領域内、すなわちＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および/またはＦＲ−Ｌ４内に）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ルミリキシマブまたは配列番号１８５の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｌ）との同一性を含み、および／または重鎖フレームワーク領域内に（または１つまたは複数の領域、すなわちＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、 ＦＲ−Ｈ３、および/またはＦＲ−Ｈ４内に）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、 ８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ルミリキシマブまたは配列番号１９０の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）と同一性を含み；および／またはＶＨ領域内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ルミリキシマブのＶＨ領域（例えば、配列番号１９０のアミノ酸配列）と同一性を含み；および／またはＶＬ領域内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ルミリキシマブのＶＬ領域（例えば、配列番号１８５のアミノ酸）と同一性を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、ルミキシマブと比較して（例えば、配列番号１８５または配列番号１９０のＣＤＲと比較して）、重鎖および／または軽鎖内のＣＤＲの１つまたは複数、例えばすべてのＣＤＲ内に、すべてまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を含む。
いくつかの局面では、メディトープ可能抗体は、ルミキシマブに特異的に結合するＣＤ２３のエピトープに特異的に結合しないが、ＣＤ２３に特異的に結合するか、またはルミキシマブのＣＤＲを含まず、かつ／またはルミキシマブとの抗原結合に競合しないＣＤ２３に特異的に結合する。
４．ＣＤ３３
一実施形態では、鋳型抗体は抗ＣＤ３３抗体、例えばゲムツズマブのようなヒトまたはヒト化抗体またはＣＤ３３に対するマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体であり、またはその機能的フラグメントである。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ３３に特異的に結合する。ＣＤ３３（または分化のクラスター３３）は、例えばＵｎｉＰｒｏｔ識別Ｐ２０１３８によって同定される。一局面では、ＣＤ３３は、骨髄細胞の表面上に見出される。
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は、それぞれゲムツズマブ（マイロターグ）の軽鎖および重鎖アミノ酸配列を示す配列番号２２４および／または配列番号２２５のアミノ酸配列（リーダー配列の有無にかかわらず）を含む。（ＣＤ３３に特異的に結合するモノクローナル抗体、例えば、未成熟で成熟した悪性Ｂ細胞のＣＤ３３）、および／または配列番号２４３および／または２４５のアミノ酸配列（リーダー配列の有無にかかわらず）それぞれ、ゲムツズマブのＶＬおよびＶＨアミノ酸配列を記載する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは配列番号２９３のアミノ酸配列を含む軽鎖を含み、および／または配列番号２９４のアミノ酸配列を含む重鎖を含む。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、１リンカーを含み、および／またはメディトープ利用可能ゲムツズマブ（例えば、配列番号２９４）の重鎖に融合される。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２９５のアミノ酸配列を含む軽鎖を有し、および／または配列番号２９６のアミノ酸配列を含む重鎖を有する。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント２リンカーを含み、および／またはメディトープ利用可能ゲムツズマブ（例えば、配列番号２９６）の重鎖に融合される。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２９７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含み、および／または配列番号２９８のアミノ酸配列を含む重鎖を含む。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント３リンカーを含み、および／またはメディトープ利用可能ゲムツズマブ（例えば、配列番号２９８）の重鎖に融合される。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２２４に記載の軽鎖配列のＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、すなわちＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有するか、または軽鎖またはゲムツズマブのＶＬを有し、および／または配列番号２２５に記載の重鎖のＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、すなわち、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）または重鎖またはゲムツズマブのＶＨを有する。
いくつかの局面では、リーダー配列の有無にかかわらず、配列番号２４３に記載のアミノ酸配列と比較して、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾（概してこれらはフレームワーク領域にある）、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を含み、および／またはリーダー配列の有無にかかわらず、配列番号２４４に記載のアミノ酸配列と比較して、メディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾（概して、それらはフレームワーク領域内にある）は、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を含む。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、軽鎖フレームワーク内に（または１つまたは複数のこのような領域、すなわちＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、 ＦＲ−Ｌ３、および/またはＦＲ−Ｌ４内に）少なくとも７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ゲムツズマブまたは配列番号２２４の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｌ）と同一性を含み、および／または重鎖フレームワーク領域内（１つまたは複数のこのような領域内に、すなわち、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および/またはＦＲ−Ｈ４）、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、 ９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ゲムツズマブ、または配列番号；２２５の重鎖フレームワーク内（それぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）との同一性を含み、gおよび／または、ＶＨ領域内に、少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、 ９８、または９９％、ゲムツズマブ、または配列番号；２２４のＶＨ領域との同一性を含み；および／または、ＶＬ領域内に、少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、ゲムツズマブ、または配列番号；２２３との同一性を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、重鎖および／または軽鎖内に、ゲムツズマブと比較して、（例えば、配列番号２２４または２２５のＣＤＲと比較して）、９５、９６、９７、９８、または９９％、１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲとの同一性を含む。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体は、ゲムツズマブに特異的に結合するＣＤ３３のエピトープに特異的に結合しないが、ＣＤ３３に特異的に結合するか、またはゲムツズマブのＣＤＲを含まない、および／またはゲムツズマブに結合する抗体と競合しないが、ＣＤ３３に特異的に結合する。
一実施形態では、本開示は、メディトープ利用可能リンツズマブを提供する。一実施形態では、メディトープ利用可能リンツズマブは、配列番号２８９、２９０、２９１または２９２の重鎖を含む。一実施形態では、メディトープ利用可能リンツズマブは、配列番号２８５、２８６、２８７または２８８の軽鎖を含む。リンツズマブのオリジナルのアミノ酸配列は、参考として、配列番号２８４（重鎖）および２８３（軽鎖）に提供される。
一実施形態では、鋳型抗体は抗ＣＤ３３抗体であり、例えば、リンタズマブなどのヒトまたはヒト化抗体またはＣＤ３３に対するマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨまたはＶＬを有する抗体、またはその機能的フラグメントである。いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ３３に特異的に結合する。ＣＤ３３（または分化のクラスター３３）は、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔ識別Ｐ２０１３８によって同定される。一局面では、ＣＤ３３は、骨髄細胞の表面上に見出される。
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は、配列番号２８５〜２８８および／または配列番号２８９〜２９２（下線で示された残基のリーター配列の有無にかかわらず）のアミノ酸配列を含み、それらは、リンツズマブの軽鎖および重鎖アミノ酸配列にそれぞれ記載した（ＣＤ３３に特異的に結合するモノクローナル抗体、例えば、未熟で成熟した悪性Ｂ細胞のＣＤ３３）。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２８４に記載された軽鎖、または軽鎖またはリンツズマブのＶＬのＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、すなわちＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有し、および／または配列番号２８３に記載された重鎖、または重鎖、またはリンツズマブのＶＨのＣＤＲ（例えば、１つまたは複数のＣＤＲ、すなわちＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３）を有する。
一局面では、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、１つまたは複数、概して、複数の修飾（それらはフレームワーク内にある）を有し例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を有する、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、１つまたは複数、概して複数の修飾（それらはフレームワーク内にある）を有し、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、 ９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を有する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、軽鎖領域内に（または１つまたは複数のこのような領域内、すなわち、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４内に）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、リンツズマブ、または配列番号２８５〜２８８の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１以上のＦＲ−Ｌ）との同一性を含み；および／または重鎖フレームワーク領域内に（または１つまたは複数のそのような領域、すなわち、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４内に）少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９%、リンツズマブ、または配列番号２８９〜２９２の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）との同一性を含み；および／またはＶＨ領域内に、少なくともまたは約７５、 ７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、 ８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、リンツズマブ、または配列番号 ２８９〜２９２のＶＨ領域との同一性を有し； および／またはＶＬ領域内に、少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、 ８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、リンツズマブ、または配列番号 ２８５〜２８８のＶＬ領域との同一性を有する。いくつかの実施形態では、抗体は、リンツズマブと比較して、（例えば、配列番号２８５〜２８８または２８９〜２９２のＣＤＲと比較して）すべてまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を、１つまたは複数、例えば、全てのＣＤＲを重鎖および／または軽鎖内に含む。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体は、リンツズマブに特異的に結合するＣＤ３３のエピトープに特異的に結合しないが、に特異的に結合するか、またはリンツズマブのＣＤＲを含まない、および／またはリンツズマブに結合する抗体と競合しないが、ＣＤ３３に特異的に結合する。
５．ＣＤ３７
一実施形態では、鋳型抗体は抗ＣＤ３７の抗体であり、例えば、ヒトまたはヒト化抗体またはオトレルツズマブなどのＣＤ３７に対するマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨまたはＶＬを有する抗体、またはその機能的フラグメントである。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、ＣＤ３７に特異的に結合する。ＣＤ３７は、ＧＰ５２−４０またはＴＳＰＡＮ２６としても既知であり、膜貫通４スーパーファミリーのメンバーであり、テトラスパニンファミリーとしても既知である。ＷＯ２０１１１１２９７８は、ＣＤ３７結合分子およびその免疫複合体を開示しており、その開示は、その全体がすべての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
一実施形態では、ＣＤ３７に対する鋳型抗体は、アミノ酸配列番号１９１を有するポリペプチドまたはタンパク質の１つまたは複数のエピトープに特異的に結合するか、または配列番号１９２の該核酸配列を含むポリヌクレオチドを有するポリペプチドまたはタンパク質を有する。
いくつかの実施形態では、鋳型抗体は配列番号１９３および／または１９４のアミノ酸配列を含み、オトレルツズマブのＶＬおよびＶＨアミノ酸配列をそれぞれ記載した。オトレルツズマブ（ＢｅｔａｌｕｔｉｎまたはＩＭＧＮ５２９としても既知である）は、ＮＨＬサブタイプのＣＤ２０と類似の発現プロファイルを有するＣＤ３７を標的とする。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号１９３に記載されたＶＬ配列、または軽鎖、またはオトレルツズマブのＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまはたそれ以上のＣＤＲ、例えばＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３）および／または配列番号１９４に記載されたＶＨ配列、または重鎖またはオトレルツマズのＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ例えばＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および/またはＣＤＲ３）を有する。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、配列番号１９３のアミノ酸、またはオトレルツズマブのＶＬと比較して、１つまたは複数、概して、複数の修飾（それらは概してフレームワーク領域内にある）を有し、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、配列番号１９４のアミノ酸配列、またはオトレルツズマブのＶＨと比較して、１つまたは複数、概して複数の修飾（それらは、概してフレームワーク領域内にある）を有し、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾を有する。
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、軽鎖フレームワーク領域内に（または１つまたは複数のこのような領域、すなわち、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３および／またはＦＲ−Ｌ４内に）、少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、 ９８、または９９％、オトレルツズマブの重鎖フレームワーク領域（またはＦＲ−Ｌ（ｓ）のそれぞれ１つまたは複数）または配列番号１９３の軽鎖フレームワーク領域との同一性を含み；および／または重鎖フレームワーク領域内に（または１つまたは複数のこのような領域、すなわち、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４内に）少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、配列番号１９４のオトレルツズマブの重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれ１つまたは複数のＦＲ−Ｈ）との同一性を含み；および／またはＶＨ領域内に、少なくとも、または約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、オトレルツズマブのＶＨ領域（例えば、アミノ酸配列番号１９４）との同一性を含み；および／またはそのＶＬ領域内に、少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、 ９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％、オトレルツズマブのＶＬ領域（例えば、アミノ酸配列番号１９３）のＶＬ領域との同一性を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、オトレルツズマブと比較して、（例えば、配列番号１９３または１９４と比較して）すべてまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性１つまたは複数、例えばすべてのＣＤＲを重鎖および／または軽鎖内に含む。
いくつかの局面では、メディトープ利用可能抗体は、オトレルツズマブに特異的に結合するＣＤ３７のエピトープに特異的に結合しないが、ＣＤ３７に特異的に結合するか、またはオトレルツズマブのＣＤＲを含まず、および／またはオトレルツズマブに結合する抗体と競合しないが、ＣＤ３７に特異的に結合する。
６．ムチン−１
一実施形態では、鋳型抗体は、抗ムチン−１抗体であり、例えば、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅ（クリバツズマブテトラキセタンとしても知られる）などムチン−１に対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能性フラグメントである。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、ムチン１に特異的に結合する。ムチン−１は、ムチン１、細胞表面関連（ＭＵＣ１）、または多型上皮ムチン（ＰＥＭ））としても知られ、ヒトではＭＵＣ１遺伝子によってコードされるムチンであり、その例としては、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ００１０１８０２１またはＵｎｉＰｒｏｔ識別子ＰＩ５９４１によって特定されるようなものがある。一実施形態では、ムチン−１に対する鋳型抗体は、配列番号１９５のアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、または配列番号１９６の核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、１つまたは複数のエピトープに特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅ（クリバツズマブテトラキセタンとしても知られる）のＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列がそれぞれ記載された配列番号１９７および／または１９８のアミノ酸配列を含む。国際特許出願公開第２０１００４２５６２号は、追加のムチン１抗体を開示し、その開示はあらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれている。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号１９７に規定されるＶＬの配列の、またはｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号１７８もしくは１９８に規定されるＶＨ配列の、またはｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号１９７に記載のアミノ酸配列、またはｈＰＡＭ４−ＣｉｄｅのＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号１９８のアミノ酸配列、またはｈＰＡＭ４−ＣｉｄｅのＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅのまたは配列番号１９７の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅのまたは配列番号１９８の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、ｈＰＡＭ４−ＣｉｄｅのＶＨ領域と（例えば、配列番号１９８のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、ｈＰＡＭ４−ＣｉｄｅのＶＬ領域と（例えば、配列番号１９７のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅに比べて（例えば、配列番号１９７または１９８のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。配列番号１９７は、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅの軽鎖可変（ＶＬ）領域配列を示し、配列番号１９８は、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅの重鎖可変（ＨＬ）領域配列を示す。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、ｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅが特異的に結合するムチン１のエピトープに特異的に結合しないがムチン１に特異的に結合するか、またはｈＰＡＭ４−ＣｉｄｅのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をｈＰＡＭ４−Ｃｉｄｅと競合しないがムチン１に特異的に結合する。
７．プロラクチン受容体
一実施形態では、鋳型抗体は、抗プロラクチン受容体（ＰＲＬＲ）抗体であり、例えば、ＬＦＡ−１０２や００２−Ｈ０８などプロラクチン受容体に対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能性フラグメントである。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、プロラクチン受容体に特異的に結合する。一態様では、プロラクチン受容体は、染色体５ｐ１３−１４上の遺伝子によってコードされ、膜貫通受容体としてプロラクチン分子と相互作用する。プロラクチン受容体は、プロラクチンに結合する細胞外領域、膜貫通領域、および細胞質領域を含有する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、ＬＦＡ−１０２のＶＬおよび／またはＶＨのアミノ酸配列を含み、ＬＦＡ−１０２は、ＩｇＧｌカッパサブタイプのヒト化モノクローナル抗体であり、リガンドのない競合的な様式でＰＲＬＲの推定二量体化領域に結合して、ＰＲＬにより誘導されるシグナル伝達を阻害する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ＬＦＡ−１０２のＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／またはＬＦＡ−１０２のＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、ＬＦＡ−１０２のＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、ＬＦＡ−１０２のＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、ＬＦＡ−１０２の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、ＬＦＡ−１０２の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、ＬＦＡ−１０２のＶＨ領域と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、ＬＦＡ−１０２のＶＬ領域と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、ＬＦＡ−１０２に比べて、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、ＬＦＡ−１０２が特異的に結合するプロラクチン受容体のエピトープには特異的に結合しないがプロラクチン受容体に特異的に結合するか、またはＬＦＡ−１０２のＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をＬＦＡ−１０２と競合しないがプロラクチン受容体に特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、００２−Ｈ０８のＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列がそれぞれ記載された配列番号２０８および／または２０９のアミノ酸配列を含む。米国特許出願公開第２０１２０３１５２７６号は、００２−Ｈ０８を含むプロラクチン受容体抗体を開示し、その開示はあらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれている。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２０８に規定されるＶＬ配列の、または００２−Ｈ０８の軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号２０９に規定されるＶＨ配列の、または００２−Ｈ０８の重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、配列番号２０８に記載のアミノ酸配列または００２−Ｈ０８のＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、配列番号２０９のアミノ酸配列または００２−Ｈ０８のＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、００２−Ｈ０８のまたは配列番号２０８の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、００２−Ｈ０８のまたは配列番号２０９の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、００２−Ｈ０８のＶＨ領域と（例えば、配列番号２０９のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、００２−Ｈ０８のＶＬ領域と（例えば、配列番号２０８のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、モキセツモマブに比べて（例えば、配列番号２０８または２０９のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、００２−Ｈ０８が特異的に結合するプロラクチン受容体のエピトープに特異的に結合しないがプロラクチン受容体に特異的に結合するか、または００２−Ｈ０８のＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合を００２−Ｈ０８と競合しないがプロラクチン受容体に特異的に結合する。
８．ＳＤＣ−１
一実施形態では、鋳型抗体は、抗ＳＤＣ−１抗体であり、例えば、インダツキシマブ・ラブタンシンなどＳＤＣ−１（シンデカン１またはＣＤ１３８としても知られる）に対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能性フラグメントである。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、ＳＤＣ−１に特異的に結合する。一態様では、ＳＤＣ−１は、膜貫通（Ｉ型）ヘパラン硫酸プロテオグリカンであり、シンデカンプロテオグリカンファミリーのメンバーである。このシンデカンは、細胞の結合、細胞のシグナル伝達、および細胞骨格の組織化を媒介し、シンデカン受容体は、ＨＩＶ−１ ｔａｔタンパク質の内在化に必要である。シンデカン−１タンパク質は、内在性膜タンパク質として機能し、細胞外マトリックスタンパク質に対するその受容体を介して、細胞の増殖、細胞の遊走、および細胞−マトリックスの相互作用に関与する。シンデカン−１の発現の変化が、異なる複数の腫瘍型で検出されている。この遺伝子には複数の転写物バリアントが存在する可能性があるとともに、完全長の形体はこれまでに２種のみ記載されている。これら２種は、この遺伝子の主要なバリアントを表し、同じタンパク質をコードする。一実施形態では、ＳＤＣ−１に対する鋳型抗体は、配列番号２１０のアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはタンパク質上の１つまたは複数のエピトープに特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、インダツキシマブ・ラブタンシンのＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列がそれぞれ記載された配列番号２１１および／または配列番号２１２のアミノ酸配列を含む。インダツキシマブ・ラブタンシン（ＢＴ−０６２、ＢＴ０６２、またはＢ−Ｂ４としても知られる）は、ＳＤＣ−１抗体である。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２１１に規定されるＶＬ配列の、またはインダツキシマブ・ラブタンシンの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号２１２に規定されるＶＨ配列の、またはインダツキシマブ・ラブタンシンの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、配列番号２１１に記載のアミノ酸配列、またはインダツキシマブ・ラブタンシンのＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号２１２のアミノ酸配列、またはインダツキシマブ・ラブタンシンのＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、インダツキシマブ・ラブタンシンのまたは配列番号２１１の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、インダツキシマブ・ラブタンシンのまたは配列番号２１２の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、インダツキシマブ・ラブタンシンのＶＨ領域と（例えば、配列番号２１２のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、インダツキシマブ・ラブタンシンのＶＬ領域と（例えば、配列番号２１１のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、インダツキシマブ・ラブタンシンに比べて（例えば、配列番号２１１または２１２のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、インダツキシマブ・ラブタンシンが特異的に結合するＳＤＣ−１のエピトープには特異的に結合しないがＳＤＣ−１に特異的に結合するか、またはインダツキシマブ・ラブタンシンのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をインダツキシマブ・ラブタンシンと競合しないがＳＤＣ−１に特異的に結合する。
９．ＨＥＲ−２
一実施形態では、鋳型抗体は、抗ＨＥＲ−２抗体であり、例えばトラスツズマブ（ハーセプチン（登録商標））などＨＥＲ−２（ＥＲＢＢ２としても知られる）に対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能性フラグメントである。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、ＨＥＲ−２に特異的に結合する。態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号３０３に規定されるＶＬ配列の、またはトラスツズマブの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号３０４に規定されるＶＨ配列の、またはトラスツズマブの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、トラスツズマブのアミノ酸配列に比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、トラスツズマブのアミノ酸配列に比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、トラスツズマブの軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、トラスツズマブの重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、トラスツズマブのＶＨ領域と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、トラスツズマブのＶＬ領域と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、トラスツズマブに比べて（例えば、配列番号６５または６６または６７のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、トラスツズマブが特異的に結合するＨＥＲ−２のエピトープには特異的に結合しないがＨＥＲ−２に特異的に結合するか、またはトラスツズマブのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をトラスツズマブと競合しないがＨＥＲ−２に特異的に結合する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号３０３のアミノ酸配列を含む軽鎖を有し、および／または配列番号３０４のアミノ酸配列を含む重鎖を有する。実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント３リンカーを含み、および／またはメディトープ利用可能なトラスツズマブ（例えば、配列番号３０４）の重鎖に融合されている。
１０．ＥＧＦＲ
一実施形態では、鋳型抗体は、抗ＥＧＦＲ抗体抗体であり、例えば、ＡＢＴ−８０６やザツキシマブなどＥＧＦＲに対するヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体、またはそのような抗体の重鎖、軽鎖、ＶＨもしくはＶＬを有する抗体、またはそれらの機能性フラグメントである。態様によっては、抗ＥＧＦＲ鋳型抗体は、セツキシマブではなく、セツキシマブの全てもしくはいくつかのＣＤＲを含有せず、および／または結合をセツキシマブと競合しない。
一実施形態では、ＥＧＦＲに対する鋳型抗体は、配列番号２１３のアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、または配列番号２１４の核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を有するポリペプチドもしくはタンパク質上の、１つまたは複数のエピトープに特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、ＥＧＦＲ抗体であるＡＢＴ−８０６（ｍＡｂ８０６／４１４としても知られる）のＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列をそれぞれ規定する配列番号２１５および／または配列番号２１６のアミノ酸配列を含み、および／またはＡＢＴ−８０６の軽鎖および重鎖の配列をそれぞれ規定する配列番号２１７および／または２１８のアミノ酸配列を含む。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２１５に規定されるＶＬ配列の、またはＡＢＴ−８０６の軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号２１６に規定される重鎖もしくはＶＨの、またはＡＢＴ−８０６の重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、配列番号２１５に記載のアミノ酸配列またはＡＢＴ−８０６のＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、リーダー配列を含むか含まない配列番号２１６に記載のアミノ酸配列またはＡＢＴ−８０６のＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、ＡＢＴ−８０６のまたは配列番号２１５の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、ＡＢＴ−８０６のまたは配列番号２１６の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、ＡＢＴ−８０６のＶＨ領域と（例えば、配列番号２１６のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、ＡＢＴ−８０６のＶＬ領域と（例えば、配列番号２１５のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、ＡＢＴ−８０６に比べて（例えば、配列番号２１５または２１６のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、ＡＢＴ−８０６が特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープには特異的に結合しないがＥＧＦＲに特異的に結合するか、またはＡＢＴ−８０６のＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をＡＢＴ−８０６と競合しないがＥＧＦＲに特異的に結合する。
実施形態によっては、鋳型抗体は、ザツキシマブのそれぞれＶＬおよびＶＨのアミノ酸配列を規定する配列番号２１９および／または配列番号２２０のアミノ酸配列を含み、ならびに／またはＥＧＦＲ抗体であるザツキシマブの軽鎖および重鎖の配列を規定する配列番号２２１および／もしくは２２２のアミノ酸配列を含む。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２１９に規定されるＶＬ配列の、またはザツキシマブの軽鎖もしくはＶＬのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）、および／または配列番号２２０に規定されるＶＨ配列の、またはザツキシマブの重鎖もしくはＶＨのＣＤＲ（すなわち、１つまたは複数のＣＤＲ，例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３）を有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体のＶＬ領域は、配列番号２１９に記載のアミノ酸配列またはザツキシマブのＶＬに比べて、１つまたは複数の、一般に複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変を含有し、および／またはメディトープ利用可能抗体のＶＨ領域は、配列番号２２０に記載のアミノ酸配列またはザツキシマブのＶＨに比べて、１つまたは複数の、例えば複数の改変（一般にフレームワーク領域中にある）を、例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個や２０個などの改変）を含有する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体は、その軽鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）内に、ザツキシマブのまたは配列番号２１９の軽鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｌ（複数可））と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはその重鎖フレームワーク領域（または１つもしくは複数のそのような領域内の、例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）内に、ザツキシマブのまたは配列番号２２０の重鎖フレームワーク領域（またはそれぞれの１つもしくは複数のＦＲ−Ｈ）と少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＨ領域内に、ザツキシマブのＶＨ領域と（例えば、配列番号２２０のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有し；および／またはそのＶＬ領域内に、ザツキシマブのＶＬ領域と（例えば、配列番号２２０のアミノ酸配列と）少なくともまたは約７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。実施形態によっては、抗体は、重鎖および／または軽鎖内の１つまたは複数の、例えば全てのＣＤＲ内に、ザツキシマブに比べて（例えば、配列番号２１９または２２０のＣＤＲ（複数可）に比べて）、完全にまたは少なくとも９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を含有する。
態様によっては、メディトープ利用可能抗体は、ザツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープには特異的に結合しないがＥＧＦＲに特異的に結合するか、またはザツキシマブのＣＤＲを含有しないか、および／または抗原結合をザツキシマブと競合しないがＥＧＦＲに特異的に結合する。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号２９９のアミノ酸配列を含む軽鎖を有し、および／または配列番号３００のアミノ酸配列を含む重鎖を有する。実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント３リンカーを含み、および／またはセツキシマブに融合されている。
実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、配列番号３０１のアミノ酸配列を含む軽鎖を有し、および／または配列番号３０２のアミノ酸配列を含む重鎖を有する。実施形態によっては、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントは、ｃＱＦＤメディトープ、バリアント３リンカーを含み、および／またはＩ８３Ｅ（Ｋａｂａｔナンバリング）として置換されたセツキシマブ、例えば配列番号３０２に融合されている。
メディトープ利用可能抗体は、概して、定常領域、典型的には重鎖および軽鎖の定常領域をさらに含み、これらの定常領域は概して、ヒトまたは部分的にヒトの定常領域である。態様によっては、重鎖定常領域は、ＣＨ１またはその一部を含む。態様によっては、軽鎖定常領域は、ＣＬまたはその一部を含む。実施形態によっては、定常領域の一部は、抗体をメディトープに、例えば必要な結合親和性を伴って結合可能とするのに充分である。態様によっては、定常領域は、セツキシマブまたはトラスツズマブの定常領域である、それゆえ、態様によっては、重鎖定常領域は、１つまたは複数のヒトＩｇＧｌ定常領域であり、態様によっては、軽鎖定常領域は、カッパ定常鎖領域である。他の例では、定常領域は、他のアイソタイプの物を含むことができ、そのようなものとしては、ヒト（または他の生物、例えばマウスやニワトリ）のＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＥ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、またはＩｇＭが挙げられ、またカッパまたはラムダの定常領域を含むことができる。それゆえ、提供されるメディトープ利用可能抗体の中には、ヒト、マウスやニワトリなどの他のＩｇＧ、または他のイムノグロブリンにおける残基の変異によって生成されるものがある。換言すれば、本明細書に提供されるメディトープ利用可能な方法は、任意の抗体に、すなわちＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、およびＩｇＭを含み、以下に限定されないがニワトリ、マウス、ラット、ウシ、ウサギ、霊長類、およびヤギを含めた抗体を産生する任意の生物に由来する抗体に、使用されてもよい。
例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４の第１定常領域（ＣＨ１）の配列は、セツキシマブのメディトープ結合領域内でない残基で異なっており、このことは、メディトープ利用可能技術がＩｇＧｌのセツキシマブ以外のアイソタイプに適用可能であることを裏付ける。別の例として、ＩｇＧｌとＩｇＥのＦａｂドメインとの配列および構造のアラインメントによって、ＩｇＥ上の残基がメディトープ結合部位の近くにあることが示されている。
モノクローナル抗体内でＦａｂ空洞のメディトープ部位移植を行うための提供される方法は、メディトープの結合のためのユニークな取っ手を作製することができ、既に開示されておりかつ新たに作出される抗体のための技術とともに使用することができる。ある特定の実施形態では、メディトープ結合部位を、既存のおよびあらゆる今後のモノクローナル抗体の上に作製することができる。
また提供されるのは、メディトープ利用可能抗体を改変するための、例えば、メディトープ利用可能抗体の様々な性質を変えるように改変するための方法であり、そのような性質としては、メディトープとの相互作用の面、例えば親和性、アビディティー、ｐＨ依存性、ならびに他の面、例えば抗体の薬物動態（ＰＫ）および薬力学（ＰＤ）が挙げられる。それゆえ、提供されるメディトープ利用可能抗体の中には、例えばファルマコフォア結合モデルを作出することによるなどの方法に従って、作出された改変抗体もあり、そのようなものとしては、下記の項目Ｆに記載の改変のうち任意の１つまたは複数を有する抗体が挙げられる。
またメディトープ利用可能抗体を作出するための鋳型抗体として使用される抗体の中には、ＣｏｖＸ−Ｂｏｄｙ（登録商標）などの改変抗体またはその一部もある。そのため、提供されるメディトープ利用可能抗体の中には、提供されるメディトープのうち１つまたは複数に、例えば本明細書に記載されるような親和性を伴って結合することを可能にするように改変された、ＣｏｖＸ−ｂｏｄｙがある。
また提供されるのは、本明細書に記載のいずれかの抗体など、メディトープ利用可能抗体に結合している１つまたは複数のメディトープを含有する複合体である。
また提供されるのは、メディトープ利用可能抗体をコードするｃＤＮＡ分子やＲＮＡ分子などの核酸、同上を含有するベクターおよびライブラリー、ならびにそれらの使用の方法であり、そのような方法としては、上記構築物を使用した選抜方法および発現方法、ならびにトランスジェニック動物を作出するための方法が挙げられる。
下記の表は、本願で参照される追加のリンカーおよびメディトープ利用可能抗体の配列を示す。
ＩＩ．自己架橋抗体を作出するための組成物および方法
Ａ．核酸、ベクター、および同上を含む細胞
また提供されるのは、本明細書に記載の任意の抗体をコードする単離された核酸である。実施形態によっては、核酸は、既に記載された任意の自己架橋性抗体をコードする核酸の発現に適したベクターをさらに含む。さらにいっそう特殊な態様では、ベクターは、その核酸の発現に適した宿主細胞中にある。さらにいっそう特殊な態様では、宿主細胞は、真核細胞または原核細胞である。さらにいっそう特殊な態様では、真核細胞は、哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）またはＨＥＫ−２９３やそれらのバリアントなどである。
実施形態によっては、核酸は、遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列をさらに含む。実施形態によっては、第１の核酸は、自己架橋性抗体をコードするヌクレオチドの配列を含み、第２の核酸は、遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列を含む。遊離メディトープは、本明細書に記載される環状ペプチドのいずれかを含むことができ、そのようなペプチドは、例えば、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７のいずれか、またはそれらに由来する環状ペプチドを含む。実施形態によっては、遊離メディトープは、上記核酸によってコードされる自己架橋性抗体上のメディトープ結合部位に結合することが可能である。
抗体またはその抗原結合フラグメントは、当技術分野に公知の方法を使用して作製されてもよく、そのような方法は、例えば、既に記載された任意の自己架橋性抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を発現に適した形態で含有する宿主細胞を、そのような抗体またはフラグメントを生産するのに適した条件下で培養すること、およびその抗体またはフラグメントを回収することを含む、プロセスによって行われるものである。
実施形態によっては、自己架橋性抗体は、組換え法を用いて生産することができる。抗抗原抗体の組換え生産に用いるために、抗体をコードする核酸を単離して、別途クローニング用（ＤＮＡの増幅）または発現用の複製可能なベクター内に挿入することができる。抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することが可能なオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離およびシークエンシングされることがある。数多くのベクターが利用可能であり、そのようなものとしては、例えばｐＣＥＰ４ベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはガンマレトロウイルスベクターが挙げられる。一般に、ベクターのコンポーネントとしては、以下に限定されないが、シグナル配列、複製起点、１つまたは複数のマーカー遺伝子、エンハンサー要素、プロモーター、および転写終結配列のうち１つまたは複数が挙げられる。
１．ポリシストロン性発現ベクター
実施形態によっては、発現ベクターは、自己架橋性抗体と遊離メディトープとの両方を共発現することが可能なバイシストロン性、トリシストロン性、またはポリシストロン性のベクター（マルチシストロン性ベクターとも呼ばれる）である。実施形態によっては、遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列と、自己架橋性抗体をコードするヌクレオチドの配列とは、動作可能に連結されているか、または自己切断ペプチドをコードするヌクレオチドの配列によって隔てられている。実施形態によっては、それらは、ピコルナウイルス２ＡリボソームスキップペプチドやＴ２Ａペプチドなど、リボソームスキップを引き起こすペプチドをコードするヌクレオチドの配列によって隔てられている。
実施形態によっては、遊離メディトープをコードする一連の核酸と、自己架橋性抗体をコードする一連の核酸とは、動作可能に連結されていつか、または内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）によって隔てられている。実施形態によっては、ＩＲＥＳ配列の前にある遺伝子は、ＩＲＥＳ配列の後ろにある遺伝子よりも高いレベルで発現する。遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列をＩＲＥＳ配列の前に、自己架橋性抗体をコードするヌクレオチドの配列をＩＲＥＳ配列の後ろに配することが、実施形態によっては有利であることがある。この配置によって、自己架橋性抗体に比べて過剰な遊離−メディトープペプチドの発現を可能にし、それによって、生産、単離の間および／または保存の間、抗体が自己架橋するのを低減または防止することができる。
２．シグナル配列コンポーネント
実施形態によっては、自己架橋性抗体は、組換えにより、直接的にのみでなく、異種ポリペプチドとの融合ポリペプチドとして生産されることがあり、この異種ポリペプチドは、シグナル配列とすることも、成熟したタンパク質またはポリペプチドのＮ末端に特異的な切断部位を有する他のポリペプチドとすることもできる。好ましく選択される異種のシグナル配列は、宿主細胞によって認識およびプロセシングされる（例えば、シグナルペプチダーゼによって切断される）ものである。天然の抗体シグナル配列を認識およびプロセッシングしない原核の宿主細胞については、シグナル配列を、例えば、アルカリホスファターゼリーダー、ペニシリナーゼリーダー、ｌｐｐリーダー、または熱安定性エンテロトキシンＩＩリーダーの群から選択される、原核シグナル配列に置換する。酵母の分泌については、天然のシグナル配列を、例えば、酵母のインベルターゼリーダー、因子リーダー（サッカロマイセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）およびクルイベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）のα−因子リーダー）または酸性ホスファターゼリーダー、カンジダ・アルビカンス（Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ）グルコアミラーゼリーダー、または国際特許出願公開第９０／１３６４６号に記載のシグナルに置換してもよい。哺乳類細胞の発現では、哺乳類のシグナル配列ならびにウイルス分泌リーダー、例えば単純ヘルペスのｇＤシグナルが利用可能である。
３．複製起点
発現ベクターとクローニングベクターはどちらも、一般に、１つまたは複数の選択された宿主細胞でベクターを複製することを可能にする、核酸配列を含有する。クローニングベクターでは、この配列を、ベクターが宿主の染色体ＤＮＡに非依存的に複製することを可能にするものとすることができ、複製起点または自律複製配列を含むものとすることができる。そのような配列は、種々の細菌、酵母、およびウイルスについて周知である。プラスミドｐＢＲ３２２由来の複製の起点は、多くのグラム陰性細菌に適しており、２μプラスミドの起点は、酵母に適しており、様々なウイルスの起点（ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、ＶＳＶ、またはＢＰＶ）は、哺乳類細胞におけるクローニングベクターに有用である。一般に、複製起点のコンポーネントは、哺乳類発現ベクターには必要とされないが、ＳＶ４０起点は、初期プロモーターを含有することから使用されることがある。
４．選択コンポーネント
発現ベクターおよびクローニングベクターは、選択遺伝子を含有し、それは選択可能マーカーともよばれる。典型的な選択遺伝子は、（ａ）抗生物質または他の毒素、例えば、アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキサート、もしくはテトラサイクリンに対する耐性を付与するか、（ｂ）栄養要求性欠損を相補するか、または（ｃ）複合培地から利用できない必須の栄養を供給する、タンパク質をコードし、例えば、バシラス（Ｂａｃｉｌｌｉ）に用いるＤ−アラニンラクタマーゼをコードする遺伝子がある。
選択スキームの一例では、宿主細胞の成長を阻止するための薬剤が利用される。異種遺伝子を用いて首尾良く形質転換された細胞は、薬剤耐性を付与するタンパク質を生産し、それゆえ選択レジメンを生き残る。そのような優性選択の例では、薬剤ネオマイシン、ミコフェノール酸、およびハイグロマイシンが使用される。
哺乳類細胞に適した選択可能マーカーの別の例は、抗体をコードする核酸を取り込む能力のある細胞を特定することを可能にするものであり、例えば、ＤＨＦＲ、グルタミンシンターゼ（ＧＳ）、チミジンキナーゼ、メタロチオネインＩおよびＩＩ、好ましくは霊長類のメタロチオネイン遺伝子、アデノシンデアミナーゼ、オルニチンデカルボキシラーゼなどである。
例えば、ＤＨＦＲ遺伝子を用いて形質転換された細胞は、ＤＨＦＲの競合アンタゴニストであるメトトレキサート（Ｍｔｘ）を含有する培養培地中で、形質転換体を培養することによって特定される。これらの条件下では、ＤＨＦＲ遺伝子は、共形質転換された任意の他の核酸と共に増幅する。内在性ＤＨＦＲの活性が欠損したチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株（例えば、ＡＴＣＣ ＣＲＬ−９０９６）を使用してもよい。
あるいは、ＧＳ遺伝子を用いて形質転換された細胞は、ＧＳの阻害剤であるＬ−メチオニンスルホキシミン（Ｍｓｘ）を含有する培養培地中で、形質転換体を培養することによって特定される。これらの条件下では、ＧＳ遺伝子は、共形質転換された任意の他の核酸と共に増幅する。ＧＳ選抜／増幅系を、上に記載のＤＨＦＲ選抜／増幅系と組み合わせて使用してもよい。
あるいは、目的の抗体、野生型ＤＨＦＲ遺伝子、およびアミノグリコシド３’−ホスホトランスフェラーゼ（ＡＰＨ）などの別の選択可能マーカーをコードするＤＮＡ配列を用いて形質転換または共形質転換された宿主細胞（具体的には、内在性のＤＨＦＲを含有する野生型の宿主）は、選択可能マーカーに対するアミノグリコシド系抗生物質などの選択薬剤、例えば、カナマイシン、ネオマイシン、またはＧ４１８を含有する培地中での、細胞の成長によって選択することができる。米国特許第４，９６５，１９９号を参照されたい。
酵母での使用に適した選択遺伝子は、酵母プラスミドＹＲｐ７に存在するｔｒｐ１遺伝子である（Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂら、Ｎａｔｕｒｅ、２８２巻、３９頁（１９７９年））。ｔｒｐ１遺伝子は、トリプトファン中で成長する能力を欠失した酵母の変異株、例えば、ＡＴＣＣ番号４４０７６またはＰＥＰ４−１に選択マーカーを与える。Ｊｏｎｅｓ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、８５巻、１２頁（１９７７年）。酵母宿主細胞ゲノムにｔｒｐ１の損傷が存在すると、トリプトファン非存在下での成長によって形質転換を検出するための有効な環境がもたらされる。同様に、Ｌｅｕ２欠損酵母株（ＡＴＣＣ２０，６２２または３８，６２６）は、Ｌｅｕ２遺伝子を担持する公知のプラスミドによって相補される。
さらに、１．６μｍの環状プラスミドｐＫＤ１に由来するベクターを、クルイベロマイセス酵母の形質転換に使用することができる。あるいは、組換えウシキモシンの大規模生産のための発現系が、クルイベロマイセス・ラクティス（Ｋ．ｌａｃｔｉｓ）について報告された。Ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｅｒｇ、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、８巻、１３５頁（１９９０年）。クルイベロマイセスの工業用株によって成熟した組換えヒト血清アルブミンを分泌するための、安定なマルチコピー発現ベクターもまた開示されている。Ｆｌｅｅｒら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、９巻、９６８〜９７５頁（１９９１年）。
５．プロモーターコンポーネント
発現ベクターおよびクローニングベクターは、一般に、宿主生物によって認識され、かつ抗体をコードする核酸に動作可能に連結された、プロモーターを含有する。実施形態によっては、ベクターは、自己架橋性抗体の転写を制御するための１つのプロモーターを含む。実施形態によっては、ベクターは、自己架橋性抗体と１つまたは複数の遊離メディトープとの両方をコードする核酸の配列に動作可能に連結された、１つのプロモーターを含む。別の実施形態では，ベクターは、第１のプロモーターに動作可能に連結された、組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列、および第２のプロモーターに動作可能に連結された遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列を含む。第１および第２のプロモーターは、同じとすることも異なるものとすることもできる。
実施形態によっては、遊離メディトープおよび自己架橋性抗体を異なるレベルで発現することが遊離である場合がある。例えば、生産、単離、または保存の間に自己架橋を防止するために、遊離メディトープを自己架橋性抗体よりも高いレベルで発現することが遊離である場合がある。そのため、実施形態によっては、一方のプロモーターが、他方よりも強いプロモーターである可能性があるか、他方よりも高い転写開始率に繋がることがあるか、またはＲＮＡポリメラーゼに対し他方よりも高い親和性を有する。実施形態によっては、プロモーターのうち一方または両方は、条件的プロモーターである。
原核宿主を用いる使用に適したプロモーターとしては、ｐｈｏＡプロモーター、β−ラクタマーゼプロモーター系およびラクトースプロモーター系、アルカリホスファターゼプロモーター、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系、およびｔａｃプロモーターなどのハイブリッドプロモーターが挙げられる。しかし、他の公知の細菌性プロモーターが適する。細菌系での使用のためのプロモーターは、抗体をコードするＤＮＡに動作可能に連結されたシャイン−ダルガルノ（Ｓ．Ｄ．）配列を含有することができる。
プロモーター配列は真核生物について公知である。実質的に全ての真核遺伝子は、転写が始まる部位からおよそ２５塩基から３０塩基上流に位置する、ＡＴに富んだ領域を有する。数多くの遺伝子の転写の開始点から７０塩基から８０塩基上流に見出される別の配列は、ＣＮＣＡＡＴ領域であり、ここで、Ｎは任意のヌクレオチドとしてよい。殆どの真核の遺伝子の３’端には、ＡＡＴＡＡＡ配列があり、これは、コーディング配列の３’端にポリＡテールを添加するシグナルとなることがある。これらの配列は全て、真核発現ベクターに適切に挿入される。．
酵母宿主を用いる使用に適したプロモーター配列の例としては、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、または他の解糖系酵素、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ、３−ホスホグリセリン酸ムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼやグルコキナーゼなどのプロモーターが挙げられる。
成長状態によって転写が制御されるという追加の利点を持つ誘導性プロモーターである、他の酵母プロモーターは、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソシトクロムＣ、酸性ホスファターゼ、窒素代謝に関連する分解酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、およびマルトースおよびガラクトースの利用に関わる酵素のプロモーター領域である。酵母発現での使用に適したベクターおよびプロモーターは、欧州特許出願公開第７３，６５７号にさらに記載されている。酵母エンハンサーもまた、酵母プロモーターとともに有利に使用される。
哺乳類宿主細胞内でのベクターからの抗体の転写は制御することができ、例えば、宿主細胞システムに互換性のあるプロモーターとして提供される、ポリオーマウィルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス（アデノウイルス２といった）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）といったウイルスのゲノムから得られるプロモーター、または例えば、アクチンプロモーターや免疫グロブリンプロモータといった異種の哺乳動物プロモーター、または熱ショックプロモーターにより制御することができる。
ＳＶ４０ウイルスの初期および後期プロモーターは、また、複製のＳＶ４０ウイルス起源を含むＳＶ４０制限フラグメントとして利便性良く得ることができる。ヒトサイトメガロウイルの直接的な早期プロモーターは、Ｈｉｎｄ ＩＩＩ Ｅ制限フラグメントとして利便性良く得られる。ウシパビローマウイルスをベクターとして使用する哺乳類ホスト内でのＤＮＡ発現のためのシステムは、米国特許第４，４１９，４４６号に開示されている。このシステムの修正は、米国特許第４，６０１，９７８号に記載されている。また、単純ヘルペスウイルスからのチミジンキナーゼプロモーターの制限下、マウス細胞内でのヒトβ−インターフェロンｃＤＮＡの発現については、Ｒｅｙｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ２９７：５９８−６０１（１９８２）を参照されたい。これとは別に、ラウス肉腫ウイルスの長い末端反復、ＰＧＫ、ＥＦ１α、ＮＳＥ、ＵＢＣ、ＣＡＧＧ、シナプシン、β−アクチンまたはＧＦＡＰは、プロモーターとして使用することができる。
実施形態によっては、発現は、条件的なプロモーター、エンハンサー、またはトランスアクティベーターの制御下にある。実施形態によっては、自己架橋性抗体の発現は、条件的なプロモーター、エンハンサー、またはトランスアクティベーターの制御下にあり、遊離メディトープの発現は、恒常的に活性のプロモーターの制御下にある。例示的な利点として、そのような実施形態は、生産される自己架橋性抗体の量、発現のタイミング、および自己架橋性抗体と遊離メディトープトの比の制御を可能にすることができる。実施形態によっては、自己架橋性抗体の発現は、恒常的に活性のプロモーター、エンハンサー、またはトランスアクティベーターの制御下にあり、遊離メディトープの発現は、条件的プロモーターの制御下にある。例示的な利点として、そのような実施形態は、生産、単離、または保存の間．に抗体の自己架橋を変調させる必要がある場合にのみ、遊離メディトープの発現を可能にすることができる。実施形態によっては、条件的なプロモーター、エンハンサー、またはトランスアクティベーターは、誘導性のプロモーター、エンハンサー、もしくはトランスアクティベーター、抑圧性のプロモーター、エンハンサー、もしくはトランスアクティベーター、または組織−特異的なプロモーター、エンハンサー、もしくはトランスアクティベーターである。．
実施形態によっては、本明細書に記載のいずれのペプチドまたは核酸の発現も、調節因子、例えばドキシサイクリン、テトラサイクリンやそれらの類似体などを用いて細胞を処理することによって、外部から制御されることがある。テトラサイクリンの類似体としては、例えば、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメチルクロロテトラサイクリン、メタサイクリン、ドキシサイクリン、およびミノサイクリンが挙げられる。
実施形態によっては、誘導型の転写および／または発現は、トランスアクティベーターをトランスアクティベーター誘導プロモーターと共に使用して実行することができる。実施形態によっては、そのようなトランスアクティベーター誘導プロモーターは、目的の導入遺伝子または核酸の転写を増強または抑制するための制御因子を含む。制御因子としては、制限はないが、オペレーター、エンハンサー、およびプロモーターが挙げられる。実施形態によっては、トランスアクティベーター誘導性プロモーターは、トランスアクティベーターが結合した際に、例えば上記に挙げたものから選択される因子を変調させることによって、転写的に活性となり、ここでトランスアクティベーターは、特異的な一連の条件下で、例えば化学的シグナルの特殊な組合せの存在下または非存在下で、次々に活性化される。
トランスアクティベーター誘導プロモーターは、複数のｔｅｔオペロン配列、例えば３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のｔｅｔオペロン配列などのトランスアクティベーター結合配列を組み入れるように改変されている、本明細書に記述される任意のプロモーターとしてもよい。実施形態によっては、ｔｅｔオペロン配列は縦列に並んでいる。
調節因子の存在下で発現を誘導する転写調節因子ドメインの具体的な例としては、以下に限定されないが、以下の転写調節因子に見られる転写調節因子ドメイン、すなわち、Ｔｅｔ−Ｏｎ転写調節因子、ならびにＴｅｔ−Ｏｎ Ａｄｖａｎｃｅｄ転写調節因子およびＴｅｔ−Ｏｎ ３Ｇ転写調節因子が挙げられ、これらは全て、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、マウンテンビュー、カリフォルニア州から入手可能である。調節因子の非存在下で発現を誘導する転写調節因子ドメインの具体的な例としては、以下に限定されないが、以下の転写調節因子に見られる転写調節因子ドメイン、すなわち、Ｔｅｔ−ｏｆｆ転写調節因子およびＴｅｔ−Ｏｆｆ Ａｄｖａｎｃｅｄ転写調節因子が挙げられ、どちらともＣｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、マウンテンビュー、カリフォルニア州から入手可能である。当技術分野に周知であるおよび当業者に馴染みのあるものとなる手順に従って、これらの系を適応および使用することができる。
実施形態によっては、トランスアクティベーター誘導プロモーターは、阻害的な核酸分子に動作可能に連結された複数のトランスアクティベーター結合配列を含む。
トランスアクティベーターは、トランスアクティベーターをコードする配列に動作可能に連結された調節因子依存的なプロモーターを含む、同じ発現ベクターまたは異なる発現ベクター内の、核酸配列によって提供されてもよい。用語「異なる発現ベクター」は、核酸のデリバリのための任意の媒体、例えば、ウイルス、プラスミド、コスミド、またはトランスポゾンを含むことが意図されている。前記核酸配列の使用に適したプロモーターとしては、例えば、恒常的な、調節的な、組織−特異的な、またはユビキタスなプロモーターが挙げられ、それらは細胞由来、ウイルス由来、または合成由来であってもよく、例えばＣＭＶ、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＥＦ１α、ＮＳＥ、シナプシン、β−アクチン、ＧＦＡＰなどがある。
いくつかの実施形態による例示的なトランスアクティベーターは、ｒｔＴＡ２−Ｍ２のＤＮＡ結合ドメインとＯｃｔ−２Ｑ（Ｑ→Ａ）活性化ドメインとから構成される、ｒｔＴＡ−Ｏｃｔ．２トランスアクティベーターである。いくつかの実施形態による別の例示的なトランスアクティベーターは、Ｔｅｔリプレッサータンパク質（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））のＤＮＡ結合ドメインとＯｃｔ−２Ｑ（Ｑ→Ａ）活性化ドメインとから構成される、ｒｔＴＡ−Ｏｃｔ．３トランスアクティベーターである。どちらも国際特許出願公開第２００７／００４０６２号に記載されている。
６．エンハンサー因子コンポーネント
高等真核生物による、この発明の抗体をコードするＤＮＡの転写は、多くの場合、ベクター内にエンハンサー配列を挿入することによって増加する。数多くのエンハンサー配列が、哺乳類遺伝子（グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテイン、およびインシュリン）を由来として今では公知である。しかし、典型的には、真核細胞ウイルス由来のエンハンサーを使用するものとなる。例としては、ＳＶ４０の複製起点（ｂｐ１００〜２７０）の後期側のエンハンサー、サイトメガロウイルスの初期プロモーターのエンハンサー、ポリオーマの複製起点の後期側のエンハンサー、およびアデノウイルスのエンハンサーが挙げられる。また、真核プロモーターの活性化のための増強因子に関してはＹａｎｉｖ、Ｎａｔｕｒｅ、２９７巻１７〜１８頁（１９８２年）を参照されたい。エンハンサーは、抗体をコードする配列の５’位または３’位でベクター内に接合されていることがあるが、好ましくはプロモーターの５’部位に位置する。
７．転写終結コンポーネント
真核宿主細胞（酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、または他の多細胞生物由来の有核細胞）で使用される発現ベクターはまた、転写の終結およびｍＲＮＡの安定化に必要な配列を含むものとなる。そのような配列は、真核またはウイルスのＤＮＡまたはｃＤＮＡの５’の、および場合によっては３’の非翻訳領域を由来として、一般に利用可能である。これらの領域は、ポリアデニル化フラグメントとして転写されるヌクレオチドのセグメントを、抗体をコードするｍＲＮＡ非翻訳部分に含有する。有用な転写終結コンポーネントの１つは、ウシ成長ホルモンポリアデニル化領域である。国際特許出願公開第９４／１１０２６号およびそこに開示されている発現ベクターを参照されたい。
８．宿主細胞の形質転換の選択
本明細書のベクター中のＤＮＡをクローニングまたは発現するのに適した宿主細胞は、上に記載された原核生物、酵母、または高等真核細胞である。この目的に適した原核生物は、グラム陰性またはグラム陽性の生物などの真正細菌が挙げられ、例えば、エシェリキアなどの腸内細菌科、例えば大腸菌；エンテロバクター属；エルウィニア属；クレブシエラ属；プロテウス属；サルモネラ属、例えばマウスチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）；セラチア属、例えばセラチア・マルセッセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ）；およびシゲラ属；ならびにバチルス綱、例えば枯草菌（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）やバチルス・リシェニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）（例えば、１９８９年４月１２日に公開されたＤＤ２６６，７１０に開示されたバチルス・リシェニフォルミス４１Ｐ）など；シュードモナス属、例えば緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）；およびストレプトマイセス属がある。好適な大腸菌クローニング宿主の１つは、大腸菌２９４（ＡＴＣＣ３１，４４６）であるが、もっとも、他の株、例えば大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ３１，５３７）や大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７，３２５）なども適する。これらの例は、限定するというよりも例証的なものである。
完全長抗体、抗体融合タンパク質、および抗体フラグメントは、細菌で生産することができ、それは具体的には、グリコシル化およびＦｃのエフェクター機能が必要でない際に、例えば、それ自体で腫瘍細胞の破壊の有効性を示す細胞毒性剤（例えば毒素）に、治療抗体がコンジュケートされている際などである。完全長抗体は、循環系内でより長い半減期を有する。大腸菌での生産は、より早く、よりコスト効率が良い。細菌での抗体フラグメントおよびポリペプチドの発現のためには、例えば、発現および分泌を最適化するための翻訳開始領域（ＴＩＲ）およびシグナル配列が記載されている、米国特許第５，６４８，２３７号（Ｃａｒｔｅｒら）、米国特許第５，７８９，１９９号（Ｊｏｌｙら）、米国特許第５，８４０，５２３号（Ｓｉｍｍｏｎｓら）を参照されたい。また、大腸菌での抗体フラグメントの発現を記載している、Ｃｈａｒｌｔｏｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２４８巻（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ編、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、トトワ、ニュージャージー州、２００３年）、２４５〜２５４頁も参照されたい。発現後、抗体を可溶性画分中の大腸菌細胞のペーストから単離してもよく、例えば、アイソタイプに応じてプロテインＡまたはＧカラムを通じて、精製することができる。最終的な精製は、例えばＣＨＯ細胞で発現される抗体を精製するプロセスと同様に、実施することができる。
原核に加えて、糸状菌や酵母などの真核微生物は、抗体をコードするベクターに適したクローニング宿主または発現宿主である。サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）または一般的なパン酵母は、下等真核宿主微生物の中でも最も一般的に使用される。しかし、数多くの他の属、種、および株が、一般に利用可能でかつ本明細書では有用であり、例えば、シゾサッカロマイセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）；クルイベロマイセス宿主、例えばクルイベロマイセス・ラクティス（Ｋ．ｌａｃｔｉｓ）、クルイベロマイセス・フラジリス（Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）（ＡＴＣＣ１２，４２４）、クルイベロマイセス・ブルガリカス（Ｋ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）（ＡＴＣＣ１６，０４５）、クルイベロマイセス（Ｋ．ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ）（ＡＴＣＣ２４，１７８）、クルイベロマイセス・ワルティ（Ｋ．ｗａｌｔｉｉ）（ＡＴＣＣ５６，５００）、クルイベロマイセス・ドロソフィラルム（Ｋ．ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ）（ＡＴＣＣ３６，９０６）、クルイベロマイセス・サーモトレランス（Ｋ．ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）やクルイベロマイセス・マルシアヌス（Ｋ．ｍａｒｘｉａｎｕｓ）など；ヤロウイア（欧州特許出願公開第４０２，２２６号）；ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）（欧州特許出願公開第１８３，０７０号）；カンジダ；トリコデルマ・レーシア（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ）（欧州特許出願公開第２４４，２３４号）；アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）；シュワニオマイセス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ）、例えばシュワニオマイセス・オクシデンタリス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ）など；ならびに糸状菌、例えば、アカパンカビ属（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、アオカビ属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、トリポクラジウム属（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）、およびアスペルギルス・ニデュランス（Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ）やクロコウジカビ（Ａ．ｎｉｇｅｒ）などのコウジカビ属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）宿主がある。治療タンパク質の生産に用いる酵母および糸状菌の使用を議論している総説については、例えば、Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．、２２巻、１４０９〜１４１４頁（２００４年）を参照されたい。
グリコシル化経路が「ヒト化」されており、その結果として部分的にまたは完全にヒトのグリコシル化パターンを持つ抗体を生産する、ある特定の真菌株および酵母株が選択されることがある。例えば、Ｌｉら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．、２４巻、２１０〜２１５頁（２００６年）（ピキア・パストリスのグリコシル化経路のヒト化を記載している）；および前掲のＧｅｒｎｇｒｏｓｓなどを参照されたい。
グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎生物および脊椎動物）にも由来する。無脊椎動物細胞の例としては、植物および昆虫細胞が挙げられる。非常に多くのバキュロウイルス株およびバリアントと、宿主由来の対応の受動昆虫宿主細胞とが特定されており、宿主としては例えば、ヨトウガ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（イモムシ）、ネッタイシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｅｇｙｐｔｉ）（蚊）、ヒトスジシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ）（蚊）、キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）（ミバエ）、およびカイコガ（Ｂｏｍｂｙｘ ｍｏｒｉ）がある。トランスフェクションに用いる種々のウイルス株は、公的に利用可能であって、例えば、キンウワバ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）ＮＰＶのＬ−ｌバリアントおよびカイコガＮＰＶのＢｍ−５株があり、そのようなウイルスは、本発明による本明細書のウイルスとして、具体的にはヨトウガ細胞をトランスフェクションするために、使用されることがある。
また、ワタ、ジャガイモ、ダイズ、ペチュニア、トマト、ウキクサ（ウキクサ亜科（Ｌｅｎｉｎａｃｅａｅ））、アルファルファ（タルウマゴヤシ（Ｍ．ｔｒｕｎｃａｔｕｌｄ））、およびタバコの植物細胞培養物も、宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、第６，０４０，４９８号、第６，４２０，５４８号、第７，１２５，９７８号、および第６，４１７，４２９号（トランスジェニック植物で抗体を生産するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（登録商標）技術を記載）を参照されたい。
脊椎動物細胞を宿主として使用してもよく、培養（組織培養）で脊椎動物細胞を増殖させることは、定型の手順となりつつある。有用な哺乳類宿主細胞株の例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ１６５１）；ヒト胚性腎臓株（浮遊培養における成長のためにサブクローニングされた細胞を含む、２９３細胞もしくはＨＥＫ−２９３細胞、Ｇｒａｈａｍら、Ｊ．Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．、３６巻、５９頁（１９７７年）；またはＦＲＥＥＳＴＹＬＥ（登録商標）２９３−Ｆ細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カールスバッド、カリフォルニア州）を含む、他のバリアント）；仔ハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ１０）；マウスセルトーリ細胞ｓ（ＴＭ４、Ｍａｔｈｅｒ、Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．、２３巻、２４３〜２５１頁（１９８０年））；サル腎臓細胞（ＣＶ１ ＡＴＣＣ ＣＣＬ７０）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６、ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１５８７）；ヒト子宮頸癌腫細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ２）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ３４）；バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ３Ａ、ＡＴＣＣ ＣＲＬ１４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ７５）；ヒト肝臓細胞（Ｈｅｐ Ｇ２、ＨＢ８０６５）；マウス乳腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Ｍａｔｈｅｒら、Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、３８３巻、４４〜６８頁（１９８２））；ＭＲＣ５細胞；ＦＳ４細胞；およびヒト肝癌株（Ｈｅｐ Ｇ２）である。
他の有用な哺乳類宿主細胞株としては、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７７巻、４２１６頁（１９８０年））を含む、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞；およびＮＳ０やＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が挙げられる。抗体生産に適したいくつかの哺乳類宿主細胞株を概観するには、例えば、ＹａｚａｋｉおよびＷｕ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２４８巻（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，編、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、トトワ、ニュージャージー州、２００３年）、２５５〜２６８頁を参照されたい。
宿主細胞は、抗体生産のために、上述の発現ベクターまたはクローニングベクターを用いて形質転換されて、プロモーターを誘導するために、形質転換体を選択するために、または所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適切となるように改変された、従来の栄養培地中で培養される。
９．宿主細胞の培養
自己架橋性抗体を生産するのに使用される宿主細胞は、種々の培地で培養されてもよい。ハムＦ１０（Ｓｉｇｍａ）、最小必須培地（（ＭＥＭ）、（Ｓｉｇｍａ）、ＲＰＭＩ−１６４０（Ｓｉｇｍａ）、およびダルベッコ改変イーグル培地（（ＤＭＥＭ）、Ｓｉｇｍａ）などの商業的に利用可能な培地が、宿主細胞を培養するのに適している。さらに、Ｈａｍら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚ．、５８巻、４４頁（１９７９年）、Ｂａｒｎｅｓら、Αｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１０２巻、２５５頁（１９８０）、米国特許第４，７６７，７０４号、第４，６５７，８６６号、第４，９２７，７６２号、第４，５６０，６５５号、または第５，１２２，４６９号、国際特許出願公開第９０／０３４３０号、国際特許出願公開第８７／００１９５号、または米国再発行特許第３０，９８５号に記載されているいずれかの培地を、宿主細胞のための培養培地として使用してもよい。これらの培地のいずれかに、必要に応じて、ホルモン、および／または他の成長因子（インシュリン、トランスフェリンや上皮成長因子など）、塩（塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、およびリン酸塩など）、緩衝剤（ＨＥＰＥＳなど）、ヌクレオチド（アデノシンやチミジンなど）、抗生物質（ＧＥＮＴＡＭＹＣＩＮ（登録商標）薬剤）、微量元素（通常はマイクロモルの範囲の終濃度で存在する無機化合物として定義される）、およびグルコースまたは同等のエネルギー源を補充してもよい。他の任意の必要な補充物も、当業者に公知であろう適切な濃度で含まれることがある。培養条件、例えば温度、ｐＨなどは、発現用に選択された宿主細胞を用いて既に使用されているものであり、当業者には明らかとなるものである。
Ｂ．抗体の精製
組換え手法を使用する際に、抗体を細胞内で、ペリプラズム内で、または培地内に直接的に分泌させて、生産することができる。抗体を細胞内で生産する場合には、第１のステップとして、宿主細胞または溶解したフラグメントのどちらかである微粒子の残骸を、例えば、遠心分離または限外濾過によって除去する。Ｃａｒｔｅｒら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１０巻、１６３〜１６７頁（１９９２年）は、大腸菌のペリプラズム空間に分泌される抗体を単離するための手順を記載している。簡単に述べれば，細胞ペーストを、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、およびフッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）の存在下で、約３０分間にわたって解凍する。細胞の残骸は、遠心分離によって除去することができる。抗体を培地中に分泌する際には、そのような発現系から得られた上清を、商業的に利用可能なタンパク質濃縮フィルター、例えばＡｍｉｃｏｎまたはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｐｅｌｌｉｃｏｎ限外濾過ユニットを使用して、概ね最初に濃縮する。ＰＭＳＦなどのプロテアーゼ阻害剤を、タンパク質分解を阻害するために任意の上述にステップに含めてもよく、抗生物質を、偶発的な汚染物の成長を防止するために含めてもよい。
細胞から調製される抗体組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、およびアフィニティクロマトグラフィーを使用し、親和性クロマトグラフィーを典型的に好適な精製ステップのうちの１つとして用いて、精製することができる。アフィニティリガンドとしてのプロテインＡの適合性は、抗体に存在する任意のイムノグロブリンＦｃドメインの種およびアイソタイプに依存する。プロテインＡを使用して、ｂａｓｅｄｏｎヒトγ１、γ２、またはγ４の重鎖に基づく抗体を精製することができる（Ｌｉｎｄｍａｒｋら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．、６２巻、１〜１３頁（１９８３））。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプおよびヒトγ３に推奨される（Ｇｕｓｓら、ＥＭＢＯ Ｊ．、５巻、１５６７１５７５頁（１９８６））。アフィニティリガンドが付加するマトリックスは、殆どの場合はアガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。物理的に安定なマトリックス、例えば制御された多孔ガラスやポリ（スチレンジビニル）ベンゼンなどは、アガロースを用いて達成するよりも流速を速く、プロセス時間を短くすることを可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む際には、Ｂａｋｅｒｂｏｎｄ ＡＢＸ（登録商標）樹脂（Ｊ．Ｔ．Ｂａｋｅｒ、フィリップスバーグ、ニュージャージー州）が精製に有用である。タンパク質精製のための他の手法、例えばイオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンＳＥＰＨＡＲＯＳＥ（登録商標）でのクロマトグラフィー、陰イオンまたは陽イオン交換樹脂（ポリアスパラギン酸カラムなど）でのクロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、および硫酸アンモニウム沈殿などもまた、回収される抗体に応じて利用可能である。
概して、研究、試験、および臨床で使用するための抗体を調製するための様々な方法論は、当技術分野では充分に確立されており、上述の方法論と一貫性があり、および／または当技術分野の当業者によって具体的な目的の抗体には適切であると考えられるようなものである。
Ｃ．自己架橋性抗体−薬剤コンジュゲートを含む組成物
ある特定の実施形態では、自己架橋性抗体は、１つまたは複数の治療剤または診断剤、例えばイメージング剤、治療有効量の治療有効剤もしくは化合物またはその両方にコンジュゲーションされる。提供されるのは、そのような複合体であり、実施形態によっては、その複合体は、複数のメディトープ、１つまたは複数のリンカー、および１つまたは複数の剤を含む。
現時点の開示は、疾患または状態を治療、予防、診断、またはモニターするために、治療用または診断用（例えばイメージング用）の剤または化合物をメディトープもしくはそれらのバリアント、リンカー、および／または抗体にコンジュゲーションすることを想定している。一態様では、そのような自己架橋性抗体と剤とのコンジュゲーションは、疾患を治療および検出するためのｍＡｂベースの治療法およびイメージング法を大幅に改善する、高度に応用の利くプラットフォーム技術を提供する。
剤は、当技術分野に公知の任意の手段によってコンジュゲーションすることができる。実施形態によっては、剤は、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、ホルミルグリシン、もしくはアルデヒドのタグ、非天然アミノ酸などにコンジュゲーションされる。ホルミルグリシンまたはアルデヒドのタグは、反応性アルデヒド基を生成するホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）によって認識され標的とされる、６アミノ酸（ＬＣＴＰＳＲ、配列番号２４７）または１３アミノ酸（ＬＣＴＰＳＲＧＳＬＦＴＧＲ、配列番号２４８）の配列を含むことがある。反応性アルデヒド基は、メディトープを剤にコンジュゲーションすることを含むそれ以降の反応において、有用となることがある。Ｃａｒｒｉｃｏら、Ｎａｔｕｒｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ、３巻、３２１〜３２２頁（２００７年）を参照されたい。
診断剤および治療剤としては、関連の技術分野に周知である任意のそのような剤が挙げられる。イメージング剤の中には、蛍光物質および発光物質があり、そのようなものとしては、以下に限定されないが、一般に「染料」、「標識」、または「指示剤」と称する種々の有機のまたは無機の小分子が挙げられる。例としては、フルオレセイン、ローダミン、アクリジン染料、Ａｌｅｘａ染料、およびシアニン染料が挙げられる。本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用されることがある酵素は、以下に限定されないが、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、酸性ホスファターゼ、グルコースオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコロニダーゼ（ｇｌｕｃｏｒｏｎｉｄａｓｅ）、またはβ−ラクタマーゼが挙げられる。このような酵素は、検出可能なシグナルを生成する、クロモゲン、蛍光発生化合物、または発光発生化合物と組み合わせて使用されることがある。
本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用されることがある放射活性物質としては、以下に限定されないが、１８Ｆ、３２Ｐ、３３Ｐ、４５Ｔｉ、４７Ｓｃ、５２Ｆｅ、５９Ｆｅ、６２Ｃｕ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａ、６８Ｇａ、７７Ａｓ、８６Ｙ、９０Ｙ、８９Ｓｒ、８９Ｚｒ、９４Ｔｃ、９４Ｔｃ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１０５Ｐｄ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１２３Ｉ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１４２Ｐｒ、１４３Ｐｒ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１５４−１５８１Ｇｄ、１６１Ｔｂ、１６６Ｄｙ、１６６Ｈｏ、１６９Ｅｒ、１７５Ｌｕ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１８９Ｒｅ、１９４Ｉｒ、１９８Ａｕ、１９９Ａｕ、２１１Ａｔ、２１１Ｐｂ、２１２Ｂｉ、２１２Ｐｂ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａおよび２２５Ａｃが挙げられる。本開示の実施形態に従って追加のイメージング剤として使用されることがある常磁性イオンとしては、以下に限定されないが、遷移金属およびランタノイド金属のイオン（例えば２１〜２９、４２、４３、４４、または５７〜７１の原子番号を持つ金属）が挙げられる。これらの金属としては、Ｃｒ、Ｖ、Ｍｎ、Ｆｅ、Ｃｏ、Ｎｉ、Ｃｕ、Ｌａ、Ｃｅ、Ｐｒ、Ｎｄ、Ｐｍ、Ｓｍ、Ｅｕ、Ｇｄ、Ｔｂ、Ｄｙ、Ｈｏ、Ｅｒ、Ｔｍ、Ｙｂ、およびＬｕのイオンが挙げられる。
イメージング剤が放射活性金属または常磁性イオンである際には、これらのイオンに結合させるために１つまたは複数のキレート基が付加されたロングテールを有する別のロングテール試薬に、剤を反応させることがある。このロングテールは、ポリリジン、ポリサッカライド、または金属またはイオンを結合のために追加されることがあるペンダント基を有する他の誘導体のもしくは誘導体化可能な鎖など、ポリマーとしてもよい。本開示に従って使用されることがあるキレート基の例としては、以下に限定されないが、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、ＤＯＴＡ、ＮＯＴＡ、ＮＥＴＡ、ＴＥＴＡ、ポルフィリン、ポリアミン、クラウンエーテル、ビス−チオセミカルバゾン、ポリオキシム、および同様の基が挙げられる。キレートは通常、最小限の免疫反応性の喪失、最小限の凝集および／または内部の架橋を伴って分子との結合の形成を可能にする基によって、ＰＳＭＡ抗体または機能性抗体フラグメントに連結される。同じキレートは、マンガン、鉄やガドリニウムなどの非放射活性金属と複合体を形成させると、ＭＲＩに用いる際に、本明細書に記載の抗体および担体と共に使用される場合に有用である。ＮＯＴＡ、ＤＯＴＡやＴＥＴＡなどの大環状キレートが、以下に限定されないが、それぞれガリウム、イットリウム、および銅の放射性核種を含む種々の金属および放射性金属とともに使用される。ＲＡＩＴ用の２２３Ｒａなどの核種を安定的に結合するために重要な大環状ポリエーテルなど、他の環型キレートが使用されることがある。ある特定の実施形態では、ＰＥＴ分析での使用のためのＡ１−１８Ｆ複合体などのＰＥＴイメージング剤を標的化分子に付加させるために、キレート部分が使用されることがある。
例示的な治療剤としては、以下に限定されないが、薬剤、化学療法剤、治療抗体および抗体フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素（例えば、腫瘍の部位でプロドラッグを細胞毒性剤に切断する酵素）、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡｉ分子（例えば、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ）、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、および染料が挙げられる。治療剤はまた、キレート剤に結合している金属、金属合金、金属間物、またはコアシェルナノ粒子を含み、上記キレート剤は、標的細胞の放射線療法への感度を健康な細胞に比べてさらに高いものとする、放射線増感剤として機能する。さらに、治療剤は、ＭＲＩ造影剤用の常磁性ナノ粒子（例えば、磁鉄鉱またはＦｅ３Ｏ４）を含んでいてもよく、他のタイプの療法（例えば、光線力学療法および温熱療法およびイメージング（例えば、蛍光イメージング（ＡｕおよびＣｄＳｅ））と共に使用されてもよい。
化学療法剤は、多くの場合、細胞毒性または細胞分裂抑制性を本質的に有し、アルキル化剤、代謝拮抗剤、抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤 ホルモン療法、標的療法剤、および免疫療法剤を含むことがある。実施形態によっては、本開示の実施形態に従う治療剤として使用される化学療法剤としては、以下に限定されないが、１３−ｃｉｓ−レチノイン酸、２−クロロデオキシアデノシン、５−アザシチジン、５−フルオロウラシル、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アクチノマイシン−Ｄ、アドリアマイシン、アルデスロイキン、アレムツズマブ、アリトレチノイン、ａｌｌ−ｔｒａｎｓレチノイン酸、アルファインターフェロン、アルトレタミン、アメトプテリン、アミホスチン、アナグレリド、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、三酸化ヒ素、アムサクリン、アミノカンプトテシン、アミノグルテチミド、アスパラギナーゼ、アウリスタチン、ジメチルバリン−バリン−ドライソロイシン−ドラプロイン−フェニルアラニン−ｐ−フェニレンジアミン（ＡＦＰ）、ドバリン−バリン−ドライソロイシン−ドラプロイン−フェニルアラニン（ＭＭＡＦ）、モノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、オーレオマイシン、アザシチジン、カルメット−ゲラン棹菌（ＢＣＧ）、ベンダムスチン、ベバシズマブ、エタネルセプト、ベキサロテン、ビカルタミド、ビスマス、ボルテゾミブ、ブレオマイシン、ブスルファン、カルシウムロイコボリン、シトロボラム因子、カペシタビン、カネルチニブ、カルボプラチン、カルムスチン、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、クラドリビン、コルチゾン、シクロホスファミド、シタラビン、ｃｃｌ０６５、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、デシタビン、デニロイキンジフチトクス、デキサメタゾン、デキサゾン、デクスラゾキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ダカルバジン、ドセタキセル、ドロスタチン、ドキソルビシン、ドキシフルリジン、エニルウラシル、エピルビシン、エポエチンアルファ、エルロチニブ、エベロリムス、エキセメスタン、エストラムスチン、エチジウムブロミド、エトポシド、フィルグラスチム、フルオキシメステロン、フルベストラント、フラボピリドール、フロクスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルタミド、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツズマブ、リンツズマブ、オゾガマイシン、ゴセレリン、顆粒球コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ヘキサメチルメラミン、ヒドロコルチゾンヒドロキシ尿素、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ、インターロイキン−２、インターロイキン−１１、イソトレチノイン、イクサベピロン、イダルビシン、メシル酸イマチニブ、イホスファミド、イリノテカン、ラパチニブ、レナリドマイド、レトロゾール、ロイコボリン、リュープロリド、リポソームＡｒａ−Ｃ、ロムスチン、メクロレタミン、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メトトレキサート、メチルプレドニゾロン、マイトマイシンＣ、ミトタン、ミトキサントロン、マイタンシノイド、ネララビン、ニルタミド、オクトレオチド、オプレルベキン、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペメトレキセド、パニツムマブ、ＰＥＧインターフェロンペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ、ペントスタチン、プリカマイシン、プレドニゾロン、プレドニゾン、プロカルバジン、ラロキシフェン、リシン、リシンＡ鎖、リツキシマブ、ロミプロスチム、ラリトレキセド、サパシタビン、サルグラモスチム、サトラプラチン、ソラフェニブ、スニチニブ、セムスチン、ストレプトゾシン、タキソール、タモキシフェン、テガフール、テガフール−ウラシル、テムシロリムス、テモゾラミド、テニポシド、サリドマイド、チオグアニン、チオテパ、トポテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、トリミトレキサート、アルルビシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデスチン、ビノレルビン、ボリノスタット、またはゾレドロン酸が挙げられる。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある治療抗体およびその機能性フラグメントとしては、以下に限定されないが、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、エドレコロマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、イブリツモマブチウキセタン、パニツムマブ、リツキシマブ、トシツモマブ、およびトラスツズマブ、ならびに本明細書に列挙されている具体的な疾患に関連する他の抗体が挙げられる。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある毒素としては、以下に限定されないが、リシン、アブリン、リボヌクレアーゼ（ＲＮase）、ＤＮaseＩ、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ、ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、ゲロニン、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素、およびシュードモナス内毒素が挙げられる。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある放射性同位体としては、以下に限定されないが、３２Ｐ、８９Ｓｒ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１３１Ｉ、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａ、および２２５Ａｃが挙げられる。
Ｄ．自己架橋性抗体および遊離メディトープを含む組成物
また本明細書に提供されるのは、自己架橋性抗体および遊離メディトープを含む組成物である。本明細書に記載されるように、そのような組成物は、発現、製剤、および保存の間の自己架橋を変調または調節する際に、または本明細書に記載のいずれかの方法を用いた使用のために、有利であることがある。遊離メディトープは、上に記載されるように自己架橋性抗体と共発現するか、または組成物に別々に添加することができる。
実施形態によっては、組成物は、自己架橋性抗体に比べて高濃度の遊離メディトープを含む。例えば、実施形態によっては、自己架橋性抗体と遊離メディトープとの比は、１：１と１：１，０００の間であり、そのような比としては、約１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：１０、１：１５、１：２０、１：２５、１：５０、１：７５、１：１００、１：１５０、１：２００、１：２５０、１：３００、１：４００、１：５００、および１：７５０が挙げられる。
実施形態によっては、組成物は、自己架橋性抗体のメディトープ結合部位に対し、自己架橋性抗体にリンカーを介して付加しているメディトープよりも高い親和性を持つ、遊離メディトープを含む。実施形態によっては、組成物は、自己架橋性抗体のメディトープ結合部位に対し、自己架橋性抗体にリンカーを介して付加しているメディトープよりも低い親和性を持つ、遊離メディトープを含む。実施形態によっては、自己架橋性抗体のメディトープ結合部位は、上に記載のように１つまたは複数のメディトープに対する結合親和性を変える、１つまたは複数の置換を含む。例えば、メディトープ結合部位は、遊離メディトープに対し、自己架橋性抗体に融合されているメディトープよりも大きな親和性を示すか、またはその逆である可能性がある。
様々な濃度と親和性との組合せも想定される。遊離メディトープが自己架橋抗体のメディトープ結合部位に対し高い親和性を有する際に、低濃度の自己架橋性抗体と高濃度の遊離メディトープとを含む組成物は、実施形態によっては有利である場合がある。例えば、そのような実施形態は、自己架橋性抗体の生産もしくは保存の間に、自己架橋を最小にすることがあるか、またはさらに高い自己架橋能を持つ自己架橋性抗体の生産、保存、および使用を可能にすることがある。実施形態によっては、組成物は、高濃度の自己架橋性抗体と、自己架橋性抗体のメディトープ結合部位に対し高い親和性を持つ高濃度の遊離メディトープとを含む。例示的な利点としては、そのような実施形態によって、自己架橋性抗体の組成物をさらに濃縮することが可能になることがある。
既に記載されているように、実施形態によっては、製剤は、あるｐＨを有し、そこでは、遊離メディトープが、第１の自己架橋またはメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に対し、増加した親和性を有する。実施形態によっては、選択されたｐＨにおける遊離メディトープのこの増加した親和性は、第１の自己架橋またはメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に対する第２の自己架橋性抗体のメディトープの親和性よりも高い。実施形態によっては、そのような神話性の差は、抗体の自己架橋活性を防止または低減する際に有利となることがある。
さらに、実施形態によっては、自己架橋性抗体のメディトープは、同系抗原の部位に存在するｐＨでは、メディトープ結合部位に対し、遊離メディトープよりも高い親和性を示す。実施形態によっては、同系抗原の部位は、がんを含めた疾患または障害を有する細胞または組織を含む、標的の細胞または組織である。
Ｅ．自己架橋性抗体の特性解析
メディトープ利用可能抗体へのメディトープの結合性を、ＳＰＲおよびＩＴＣを含む任意の複数の公知の方法によって特徴付けて、例えば、自己架橋性抗体とのコンジュゲーションがメディトープ−Ｉｇ相互作用に影響を及ぼさないことを保証することができる。場合によっては、そのような測定は、一般にこれらのアプローチが細胞表面（腫瘍細胞の表面など）に存在する抗原を含まないことを考えると、それらの能力を相乗的な効果に限定する可能性がある。そのため、態様によっては、ＦＡＣＳ分析および／または細胞生存能アッセイを使用して、抗体によって認識される抗原を発現している細胞（例えば、セツキシマブのコンテキストでは、ＥＧＦＲを過剰発現している細胞）の上に直接的に存在する、自己架橋性抗体の効果を定量する。概して、自己架橋性抗体によって認識される抗原を発現（例えば過剰発現）している細胞株を、細胞上に発現する抗原に抗体が結合する条件下で、自己架橋性抗体と共にインキュベーションする。場合によっては、様々な濃度の抗体を使用する。適切なインキュベーションの時間および洗浄を実施する。多価または一価のメディトープに係合された非自己架橋型のメディトープ利用可能抗体を、それぞれ陽性対照および陰性対照として使用してもよい。抗体およびメディトープを、フローサイトメトリーまたは顕微鏡によって検出可能な周知の剤を用いて標識化してもよい。例によっては、例えば非自己架橋性抗体を比べた際などの、自己架橋性抗体の存在下でのシフト（ＦＡＣＳの場合）またはシグナルの増加は、相乗的または相加的な効果を標示する。別の例では、自己架橋性抗体の相加的な効果をさらに確認するために、非標識の一価のメディトープを競合アッセイに使用して、それが他の抗原結合自己架橋性抗体との結合について、標識化された自己架橋性抗体と競合するか否かを決定することができる。
他の例では、細胞生存能アッセイを使用して、自己架橋性抗体の殺細胞効果を増強する能力を決定する。例えば、目的の抗原を発現する細胞を、様々な濃度の自己架橋性抗体と共にインキュベーションしてもよい。非自己架橋メディトープ利用可能抗体に再度結合する多価のメディトープおよび一価のメディトープが、対照として有用である。例によっては、ＭＴＴ（３−（４，５−ジメチルチアゾール−２−イル）−２，５−ジフェニルテトラゾリウムブロミド）を使用して、生細胞の数またはパーセンテージを定量する。細胞の生存能、増殖、および／または死を測定するための他のアプローチは、当技術分野に公知であり、使用されることがある。
別の例では、そのようなアッセイで活性を示す自己架橋性抗体について、ウェスタンブロット分析または他の生化学的もしくはシグナル伝達のアプローチを実施して、細胞表面の受容体（例えば、セツキシマブの場合、ＥＧＦＲシグナル伝達経路の一部であるＥＧＦＲ、ＡＫＴ、ＭＡＰのリン酸化の状態を追うために）など、特定の抗原に関連するシグナル伝達の阻害を精査する。そのような研究から得られるデータを、メディトープ利用可能抗体（すなわち、メディトープがない）のみを用いて、一価のメディトープを用いて、多価のメディトープを用いて、および／またはチロシンキナーゼまたは他の公知の阻害剤（ＡＧ１４７８など）を用いて処理した、細胞から得たデータと比較してもよい。例によっては、自己架橋性抗体の濃度の関数として細胞死の増加が観察され、このことは、自己架橋性抗体の相乗的な殺細胞効果を示す。
Ｆ．生物活性抗体の選択
上に記載されたように生産された抗体は、治療上の見地から有益な性質を持つ抗体を選択するための、または抗体の生物活性を保持する処方および状態を選択する、１種または複数の「生物活性」アッセイに供されてもよい。抗体は、それを樹立した際の標的の抗原に結合する能力について試験されてもよい。実施形態によっては、抗体の結合は、例えば、飽和結合、ＥＬＩＳＡ、および／または競合アッセイ（例えばＲＩＡ）よって決定されることがある。また、抗体は、例えば、治療法としてのその有効性を評価するために、他の生物活性アッセイに供されてもよい。そのようなアッセイは、当技術分野に公知であり、標的とする抗原および抗体の目的とする用途に依存する。
目的の抗原上の特定のエピトープに結合する抗体をスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ編（１９８８年）に記載されるものなど、定型の交差遮断アッセイを実施することができる。あるいは、エピトープマッピング、例えばＣｈａｍｐｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７０巻、１３８８〜１３９４頁（１９９５年）に記載されるようなものを実施して、抗体が目的のエピトープに結合するか否かを決定することができる。
Ｇ．製剤の調製
目的の抗体の調製（例えば、本明細書に記載されるように製剤化することのできる抗体を生産するための手法は、下記に詳述され、当技術分野に公知である）の後、それを含む医薬製剤を調製する。ある特定の実施形態では、製剤化される抗体は、予め凍結乾燥には供されておらず、本明細書の目的の製剤は、水性製剤である。ある特定の実施形態では、抗体は、完全長の抗体である。一実施形態では、製剤中の抗体は、Ｆ（ａｂ’）２などの抗体フラグメントであり、その際には、完全長の抗体には起こらないと思われる事例の問題（抗体がＦａｂに切り取られるなど）に対処する必要がある場合がある。製剤中に存在する抗体の治療有効量は、例えば、所望の用量の体積および投与の方式（複数可）を考慮して、決定される。約２５ｍｇ／ｍＬから約１５０ｍｇ／ｍＬまで、または約３０ｍｇ／ｍＬから約１４０ｍｇ／ｍＬまで、または約３５ｍｇ／ｍＬから約１３０ｍｇ／ｍＬまで、または約４０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約１３０ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約１２５ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約１１０ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約１００ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約９０ｍｇ／ｍＬまで、または約５０ｍｇ／ｍＬから約８０ｍｇ／ｍＬまで、または約５４ｍｇ／ｍＬから約６６ｍｇ／ｍＬまでが、製剤中の例示的な抗体濃度である。
実施形態によっては、製剤は、遊離メディトープをさらに含む。遊離メディトープは、自己架橋性抗体が生産、単離、および／または保存中に自己架橋するのを低減または防止することができる。そのような遊離メディトープは、上に記載されるように自己架橋性抗体と共に発現および単離するか、または別々に生産して組成物および製剤に添加することができる。過剰の遊離のメディトープペプチドを含有する実施形態もある。実施形態によっては、遊離メディトープの量を、自己架橋性抗体の量に化学量論的に関連付けることができる。例えば、実施形態によっては、自己架橋性抗体と遊離メディトープとの比は、１：１と１：１，０００の間であり、そのようなものとしては、約１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：１０、１：１５、１：２０、１：２５、１：５０、１：７５、１：１００、１：１５０、１：２００、１：２５０、１：３００、１：４００、１：５００、および１：７５０が挙げられる。実施形態によっては、メディトープペプチドの遊離量は、例えば約０．１ｍｇ／ｍＬから約１５０ｍｇ／ｍＬまでを含めた、濃度によって決定される。
水性製剤は、ｐＨ緩衝溶液中に抗体を含んで調製される。この発明の緩衝剤は、約５．０から約７．０までの範囲のｐＨを有する。ある特定の実施形態ではｐＨは、約５．０から約６．５までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約６．４までの範囲にあるか、約５．０から約６．３までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約６．２までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約６．１までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．５から約６．１までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約５．９までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．０から約５．８までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．１から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．２から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．３から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．４から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．５から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．６から約６．０までの範囲にあるか、ｐＨは、約５．７から約６．０までの範囲にあるか、またはｐＨは、約５．８から約６．０の範囲にある。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、６．０または約６．０のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．９または約５．９のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．８または約５．８のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．７または約５．７のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．６または約５．６のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．５または約５．５のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．４または約５．４のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．３または約５．３のｐＨを有する。本発明のある特定の実施形態では、製剤は、５．２または約５．２のｐＨを有する。
この範囲内にｐＨを制御するものとなる緩衝剤の例としては、ヒスチジン（Ｌ−ヒスチジンなど）または酢酸ナトリウムが挙げられる。ある特定の実施形態では、緩衝剤は、ヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムを約１５ｍＭから約２５ｍＭの濃度で含有する。本発明のある特定の実施形態では、緩衝剤は、ヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムを、約１５ｍＭから約２５ｍＭ、約１６ｍＭから約２５ｍＭ、約１７ｍＭから約２５ｍＭ、約１８ｍＭから約２５ｍＭ、約１９ｍＭから約２５ｍＭ、約２０ｍＭから約２５ｍＭ、約２１ｍＭから約２５ｍＭ、約２２ｍＭから約２５ｍＭ、約１５ｍＭ、約１６ｍＭ、約１７ｍＭ、約１８ｍＭ、約１９ｍＭ、約２０ｍＭ、約２１ｍＭ、約２２ｍＭ、約２３ｍＭ、約２４ｍＭ、または約２５ｍＭの濃度で含有する。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．０の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．１の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．２の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．３の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．４．の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．５の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．６の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．７の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．８の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ５．９の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ６．０の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ６．１の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ６．２の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２０ｍＭ、ｐＨ６．３の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．２の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．３の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．４の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．５の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．６の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、〜の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。約２５ｍＭ、ｐＨ５．７．一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．８の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ５．９の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ６．０の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ６．１の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ６．２の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。一実施形態では、緩衝剤は、約２５ｍＭ、ｐＨ６．３の量のヒスチジン酢酸塩または酢酸ナトリウムである。
製剤は、ショ糖を約６０ｍＭから約２４０ｍＭの量でさらに含むことができる。実施形態によっては、製剤中のショ糖は、約６０ｍＭから約２３０ｍＭ、約６０ｍＭから約２２０ｍＭ、約６０ｍＭから約２１０ｍＭ、約６０ｍＭから約２００ｍＭ、約６０ｍＭから約１９０ｍＭ、約６０ｍＭから約１８０ｍＭ、約６０ｍＭから約１７０ｍＭ、約６０ｍＭから約１６０ｍＭ、約６０ｍＭから約１５０ｍＭ、約６０ｍＭから約１４０ｍＭ、約８０ｍＭから約２４０ｍＭ、約９０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１００ｍＭから約２４０ｍＭ、約１１０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１２０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１３０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１４０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１５０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１６０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１７０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１８０ｍＭから約２４０ｍＭ、約１９０ｍＭから約２４０ｍＭ、約２００ｍＭから約２４０ｍＭ、約８０ｍＭから約１６０ｍＭ、約１００ｍＭから約１４０ｍＭ、または約１１０ｍＭから約１３０ｍＭである。実施形態によっては、製剤中のショ糖は、約６０ｍＭ、約７０ｍＭ、約８０ｍＭ、約９０ｍＭ、約１００ｍＭ、約１１０ｍＭ、約１２０ｍＭ、約１３０ｍＭ、約１４０ｍＭ、約１５０ｍＭ、約１６０ｍＭ、約１７０ｍＭ、約１８０ｍＭ、約１９０ｍＭ、約２００ｍＭ、約２１０ｍＭ、約２２０ｍＭ、約２３０ｍＭ、または約２４０ｍＭである。
実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約４０ｍｇ／ｍＬから約１２５ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約４０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬから約１１０ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬから約１００ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬから約９０ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬから約８０ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬから約７０ｍｇ／ｍＬ、約５０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、約６０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、約７０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、約８０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、約９０ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬ、または約１００ｍｇ／ｍＬから約１２０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約６０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約６５ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約７０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約７５ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約８０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約８５ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約９０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約９５ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約１００ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約１１０ｍｇ／ｍＬである。実施形態によっては、製剤中の抗体濃度は、約１２５ｍｇ／ｍＬである。
実施形態によっては、界面活性剤が、抗体製剤に添加される。例示的な界面活性剤としては、非イオン性界面活性剤、例えば、ポリソルベート（例えばポリソルベート２０、８０など．）やポロキサマー（例えばポロキサマー１８８など）などが挙げられる。添加される界面活性剤の量は、製剤化される抗体の凝集を低減する、および／または製剤中の粒子の形成を最小にする、および／または吸着を低減するような量である。例えば、界面活性剤は、製剤中に約０．００１％から約０．５％（ｗ／ｖ）までの量で存在することがある。実施形態によっては、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、約０．００５％から約０．２％まで、約０．００５％から約０．１％まで、約０．００５％から約０．０９％まで、約０．００５％から約０．０８％まで、約０．００５％から約０．０７％まで、約０．００５％から約０．０６％まで、約０．００５％から約０．０５％まで、約０．００５％から約０．０４％まで、約０．００８％から約０．０６％まで、約０．０１％から約０．０６％まで、約０．０２％から約０．０６％まで、約０．０１％から約０．０５％まで、または約０．０２％から約０．０４％までである。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．００５％または約０．００５％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）ｉｓｐｒｅｓｅｎｔｉｎ製剤ｉｎａｎ量ｏｆ０．００６％ｏｒ約０．００６％．ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．００７％または約０．００７％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．００８％または約０．００８％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．００９％または約０．００９％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０１％ｏｒ約０．０１％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０２％または約０．０２％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０３％または約０．０３％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０４％または約０．０４％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０５％または約０．０５％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０６％または約０．０６％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０７％または約０．０７％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．０８％または約０．０８％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．１％または約０．１％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．２％または約０．２％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．３％または約０．３％の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．４％または約０．４％）の量で存在する。ある特定の実施形態では、界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０）は、製剤中に０．５％または約０．５％の量で存在する。
一実施形態では、製剤は、上記に特定された剤（例えば、抗体、緩衝剤、ショ糖、および／または界面活性剤）を含有し、１つまたは複数の保存剤、例えばベンジルアルコール、フェノール、ｍ−クレゾール、クロロブタノール、およびベンゼトニウムＣｌなどが本質的に遊離している。別の実施形態では、保存剤が製剤に含まれていてもよく、具体的にはその製剤は、複数回用量製剤である。保存剤の濃度は、約０．１％から約２％まで、好ましくは約０．５％から約１％までの範囲にあるものとしてもよい。１つまたは複数の他の医薬的に許容可能な担体、賦形剤、または安定化剤、例えばＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、第１６版、Ｏｓｏｌ，Ａ編（１９８０年）に記載されるものなどが、提供される製剤中に含まれていてもよく、それらは、不利益な影響を製剤の所望の特徴に及ぼさないものである。許容可能な担体、賦形剤、または安定化剤は、採用された投薬量および濃度ではレシピエントに非毒性であり、追加の緩衝剤；共溶媒；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；ＥＤＴＡなどのキレート剤；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；ポリエステルなどの生分解性ポリマー；および／または塩を形成する対イオンが挙げられる。本明細書の例示的な医薬的に許容可能な担体は、可溶性の中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）などの間質薬剤分散剤、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）などのヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質をさらに含む。ある例示的なｓＨＡＳＥＧＰおよび使用方法は、ｒＨｕＰＨ２０を含み、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号および第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰを、１つまたは複数の追加のグリコサミノグリカナーゼ、例えばコンドロイチナーゼと組み合わせる。
本明細書の製剤はまた、治療されている特有の適応のために必要に応じて、２つ以上のタンパク質を、好ましくは不利益な影響を他のタンパク質に及ぼさない相補的な活性を持つものを、含有していてもよい。例えば、自己架橋性抗体を、１つまたは複数の追加の剤（例えば、化学療法剤、抗新生物剤、またはイメージング剤）と組み合わせてもよい。
実施形態によっては、製剤中の抗体の物理的安定性、化学的安定性、または生物活性を評価および測定する。当技術分野に公知の、および本明細書の実施例に記載の任意の方法を使用して、製剤中の抗体の安定性および生物活性を評価してもよい。例えば、製剤中の抗体の安定性は、以下に限定されないが、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣまたはＳＥ−ＨＰＬＣ）、画像化キャピラリー等電点フォーカシング（ＩＣＩＥＦ）、ペプチドマッピング、小容量光遮蔽（ＨＩＡＣ）アッセイ、およびＣＥ−ドデシル硫酸ナトリウム（ＣＥ−ＳＤＳ）分析やＣＥ−グリカン分析などのキャピラリー電気泳動（ＣＥ）手法によって、測定することができる。実施形態によっては、製剤中の抗体は、−２０℃で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約８ヶ月間、少なくとも約１０ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１４ヶ月間、少なくとも約１６ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、少なくとも約２０ヶ月間、少なくとも約２１ヶ月間、少なくとも約２２ヶ月間、少なくとも約２３ヶ月間、少なくとも約２４ヶ月間、少なくとも約３年間、または少なくとも約４年間、安定である。実施形態によっては、製剤中の抗体は、２℃から８℃（例えば５℃）で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約８ヶ月間、少なくとも約１０ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１４ヶ月間、少なくとも約１６ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、少なくとも約２０ヶ月間、少なくとも約２１ヶ月間、少なくとも約２２ヶ月間、少なくとも約２３ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月間、安定である。実施形態によっては、抗体（すなわち、抗体単量体）の安定性を、保存後の製剤中のサイズ排除クロマトグラフィーによって測定する。実施形態によっては、抗体（すなわち、抗体単量体）の安定性を、保存後の製剤中の画像化キャピラリー等電点フォーカシングによって測定する。実施形態によっては、総タンパク質（例えば、抗体および凝集体を含む）に比較した際の製剤中の抗体単量体のパーセントは、−２０℃で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月間保存した後には、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、または約９５％よりも大きい。実施形態によっては、（例えば、抗体および凝集体を含む）に比較した際の製剤中の抗体単量体のパーセントは、２℃から８℃（例えば５℃）で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月間保存した後には、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、または約９５％よりも大きい。実施形態によっては、（例えば、抗体および凝集体を含む）に比較した際の製剤中の抗体単量体のパーセントは、室温（例えば、約１５℃から２５℃）で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月間振盪した後には、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、または約９５％よりも大きい。実施形態によっては、製剤中の総凝集体（例えば、高分子量種および低分子量種）のパーセントは、−２０℃で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月保存した後には、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、または約１０％のいずれかよりも小さい。実施形態によっては、製剤中の総凝集体（例えば、高分子量種および低分子量種）のパーセントは、２℃から８℃（例えば５℃）で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月保存した後には、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、または約１０％のいずれかよりも小さい。実施形態によっては、製剤中の総凝集体（例えば、高分子量種および低分子量種）のパーセントは、室温（例えば、約１５℃から２５℃）で、少なくとも約６ヶ月間、少なくとも約１２ヶ月間、少なくとも約１８ヶ月間、または少なくとも約２４ヶ月振盪した後には、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、または約１０％のいずれかよりも小さい。本明細書の実施形態のうちいずれかでは、安定な製剤を、ガラスバイアル、金属合金容器、または静脈内注入（ＩＶ）バッグに保存することができる。実施形態によっては、金属合金は、３１６Ｌのステンレス鋼またはハステロイである。
ｉｎ ｖｉｖｏ投与に使用される製剤は、滅菌されたものであるべきである。これは、製剤の調製の前に、または後に、滅菌された濾過膜を通して濾過することによって容易に達成される。
ＩＩＩ．使用の方法
また本明細書に記載されるのは、自己架橋性抗体の方法および使用である。提供される方法の中には、コンジュゲーションされた剤を任意選択で含む、自己架橋性抗体およびその抗原結合フラグメントを、その自己架橋性抗体によって認識される抗原を発現する細胞および組織にデリバリする方法がある。実施形態によっては、自己架橋性抗体は、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を含めて、メディトープ利用可能抗体を架橋する。実施形態によっては、抗体は、細胞表面抗原を標的とする。例示的な抗原としては、その細胞または組織の疾患または状態が発現する抗原、または受容体を介したエンドサイトーシスが可能である細胞表面受容体が挙げられる。
Ａ．細胞表面抗原の分布を変えるための方法
提供されるのは、細胞表面抗原を標的とし、かつ宿主細胞の表面のそれらの抗原の分布に変化を生じるために、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を含めて自己架橋性抗体を使用するための方法である。例えば、腫瘍関連抗原、ＧＰＣＲなどの受容体、受容体チロシンキナーゼ、ＣＴＬＡ４などの他のシグナル伝達分子、および細胞表面タンパク質上に存在する他のエピトープなど、細胞表面抗原の提示は、それらの抗原上のエピトープを認識する自己架橋性抗体を使用することを介して操作および／または再組織化することができる。受容体およびシグナル伝達分子の再組織化は、シグナル伝達経路および細胞性応答に深い効果を有する。
ｉｎ ｖｉｖｏでは、このタイプの再組織化は、細胞−細胞接触を通じて起こり、ここでは、ある細胞由来のリガンドは、他の細胞上の受容体と繋合し、効果的に多価の相互作用を作り上げる。この接触点を通じて、受容体／リガンドは、局在化するかまたは互いに近接するようになり、シグナル伝達「シナプス」を作り上げる。シグナル伝達シナプスは、細胞内で翻訳後修飾を開始し、例えば、アクチンおよび微小管の組織化、またはタンパク質のリン酸化を変えることができ、最終的に、特異的な転写事象に導く。
自己架橋性抗体を同様の様式で使用して、細胞表面抗原の分布を変えることができる。実施形態によっては、この方法は、標的細胞上の細胞表面抗原の共局在、凝集、またはクラスター化を増強するかまたは増加させる。態様によっては、この増加は、自己架橋性抗体の添加の前もしくは添加がない際に、またはメディトープ架橋物のない抗体の存在下で、観察されるものと比べた場合の、程度、スピード、および／または持続期間の増加である。特に、１つまたは複数の自己架橋性抗体を投与して、細胞の表面の標的とされている抗原に密に結合させることを可能にすることができる。この効果は、２種の自己架橋メディトープ利用可能抗体の使用によって説明される。この組合せによって、第１のメディトープ利用可能抗体のＦａｂアームにリンカーを介して融合しているあるメディトープが、第２のメディトープ利用可能抗体のＦａｂアームに繋合することが可能になる。この結合によって、同系抗原に結合している連結された抗体が複合体を形成することが可能になる。このシナリオでは、細胞表面抗原に結合している２種の自己架橋メディトープ利用可能抗体が「線状に」配列されることが予想されよう。態様によっては、メディトープは、隣接する抗体、例えばＩｇＧに「ラッチオン（ｌａｔｃｈ−ｏｎ）」して、細胞表面抗原に結合している自己連結抗体からなる「デイジーチェーン」様のまたはクモの巣様のアレイを形成することができる。これらの抗体は、互いに会合して、互いの方に表面抗原を引き寄せるかまたは架橋し、細胞の表面のそれらの抗原の提示を効果的に変える。それゆえ、さらに数多くの自己架橋性抗体の使用を、例えば、腫瘍細胞で抗原密度が高いことを考慮して、腫瘍抗原を標的とする抗体に用いることができる。
実施形態によっては、自己架橋性抗体またはその抗原結合フラグメントの各アームは、抗体またはそのフラグメントに結合しているメディトープを含む。既に記載されたように、リンカーを、実施形態によっては、一方もしくは両方の重鎖、一方もしくは両方の軽鎖、または１つまたは複数の重鎖および軽鎖の組合せに付加することができる。そのため、実施形態によっては、自己架橋性抗体上の各メディトープは、独立して１つまたは複数の抗体上のメディトープ結合部位に結合することができる。例えば、実施形態によっては、自己架橋性抗体は、別のメディトープ利用可能抗体の各アーム上のメディトープ結合部位に結合することができる。実施形態によっては、このことによって、自己架橋性抗体の他の抗体との結合親和性が変わるかまたは増加する。別の例として、実施形態によっては、自己架橋性抗体の各メディトープは、異なる抗体上のメディトープ結合部位に結合することができる。そのような結合は、相互に接続された自己架橋性抗体の数を増加させることができ、この数は、結合ジオメトリ、表面抗原の分布、または抗体-抗原複合体をさらに変えることができる。
異なる実施形態では、自己架橋性抗体を使用して、免疫応答に特異的な細胞を印付けすることができる。この場合、自己架橋性抗体に会合する受容体のクラスター化によって、Ｔ細胞上のＦｃＲに対し「高」濃度のＦｃドメインが提示される。数の限られた点変位によりＦｃドメインを特異的に調整して適切な応答を誘発できることが、複数の検討で実証されている。
提供されるのは、標的細胞上の細胞表面抗原を内在化および／または分解を増強または増加するための抗体をデリバリするための方法である。実施形態によっては、この方法は、細胞表面抗原（複数可）特異的に結合する１つまたは複数の自己架橋性抗体を細胞に投与することによって実施され、抗体にリンカーを介して係合されたメディトープを含む。実施形態によっては、抗原の内在化および／または分解が促進、増強、または増加される。態様によっては、内在化の増加は、自己架橋性抗体の添加の前もしくは添加がない際に、またはメディトープのない抗体の存在下で、観察されるものと比べた場合の、程度、スピード、および／または持続期間の増加である。実施形態によっては、この方法は、内在化または細胞内輸送を変えることができる。実施形態によっては、この方法は、細胞間または細胞内のシグナル伝達を変えることができる。
内在化速度を促進するかまたは変えるための代替のアプローチは、ある特定の実施形態で本明細書に記載されるように、細胞に結合している受容体の凝集を促進または制御することによるものである。本明細書での実施形態によっては、自己架橋性抗体を用いて、共局在化、クラスター化、凝集、内在化、および／または細胞内輸送もしくは選別が、達成、反復、または増強もしくは変更される。本明細書に観察されるのは、そのような受容体抗原を認識する自己架橋性抗体が細胞へ投与された後に、リンカーを介して融合されているメディトープを含まない抗体を含めた非自己架橋性抗体の投与を比べると、上記の表面受容体のクラスター化および／または内在化に差があるということである。提供される実施形態の中には、メディトープ利用可能抗体が認識する表面抗原の共局在およびクラスター化、および／または受容体など細胞表面抗原を含むそのような抗原の内在化／輸送／選別を、促進する自己架橋性抗体がある。内在化を強いられる宿主細胞上の細胞表面タンパク質は、同系リガンドとの相互作用にあまり利用できないものとなり、このことは、宿主細胞がそのリガンドに応答する能力に影響を与えることがある。
研究では、細胞膜に局在する粒子のサイズが、いくつかの内在化の機構に重要であることが実証されており（Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．、２００４年１月１日；３７７巻（パート１）：１５９〜６９頁；Ｊ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、２０１４年２月３日；１２巻：５頁、ｄｏｉ：１０．１１８６／１４７７−３１５５−１２−５）、このことは、関連のリガンドのサイズが、いくつかの内在化経路に影響を及ぼすことがあることを示唆する。自己架橋性抗体の使用によって、細胞表面抗原に結合されている単一抗体に比べて、より粒子のサイズの大きいリガンドの外観が作り出されるものとなる。実施形態によっては、より大きなこの粒子のサイズによって、抗原または細胞表面受容体の内在化を増強することができる。
別の実施形態では、抗体治療の効能は、ｉ）抗体に係合されたメディトープの、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に対する結合親和性を操作することによって、ｉｉ）標的抗原上の同系エピトープに対する好適な結合親和性を持つ、メディトープ利用可能抗体を選択することによって、またはｉｉｉ）自己架橋メディトープ利用可能抗体複合体の標的化の寿命ならびに特異性を最適化するために、両方の特長を操作することによって、変更または改善することができる。特に、相互作用の寿命は、速度論的な離脱速度に関連がある。いくつかの例では、あり得る最も長い寿命が有利になるものと想定することができる。他の例では、中程度の寿命（ｔａｕ＝１０ミリ秒から１０分）が有利になる。後者の場合では、腫瘍組織上で過剰発現されているが、ある種の健康な組織にもより低いレベル（１０倍、１００倍、または１０００倍）ではあるものの発現されている、特異的な受容体（例えば、ＥＧＦＲまたはＨｅｒ２）がある。臨床的には、腫瘍に結合し、健康な組織には結合しないことが望ましい場合がある。中程度の寿命を持つ自己架橋性抗体の組合せを使用することによって、この選択性が増強される。特に、正常細胞に見られるような低い抗原濃度では、メディトープ利用可能抗体は、抗原に結合することができよう。しかし、第２のメディトープ利用可能抗体が抗原に繋合する見込みは低く、抗体の架橋は防止される。いくつかの病態を含めて高い抗原濃度の状態では、隣接するメディトープ利用可能抗体が抗原に繋合する見込みはさらに高く、２つ以上の自己架橋性抗体関連抗原の間を橋渡しすることが可能になる。
既に記載されたように、実施形態によっては、方法は、細胞表面抗原の内在化の程度および／またはスピードの増加をもたらす。内在化の増加および加速は、表面受容体または疾患の進行に関連するかもしくはその原因となる他の表面抗原の下方制御を促進するために抗体がデリバリされる際に、有利となることがある。また、それは、例えば、細胞の表面の受容体または他の表面抗原の量を低減することによって、例えば、分解するためにそれを標的とすることによって、有利となることがある。共受容体を含めて、そのような受容体のいくつかは、細胞のシグナル伝達をもたらすかまたは媒介することが可能である。
それゆえ、本明細書に記載の方法は、実施形態によっては、有害な細胞シグナル伝達を低減、干渉、または排除することができる。実施形態によっては、本明細書に記載の組成物および方法は、抗原の内在化を、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、７５倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍またはそれ以上に増加させることができる。実施形態によっては、本明細書に記載の組成物および方法は、細胞の表面に存在する抗原の量を、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、７５倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍またはそれ以上に低減することができる。実施形態によっては、本明細書に記載の組成物および方法は、内在化率の低い抗体の内在化を含めて、抗体の内在化を、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、７５倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍またはそれ以上に増加させることができる。
より程度の低いまたはより速度の遅い内在化が、状況によっては望ましいことがあり、そのような状況としては、ＡＤＣＣおよび／または補体を介した溶解などのエフェクター機能を促進するために、および／または細胞表面受容体抗原を介したシグナル伝達を繋合および促進するために、抗体がデリバリされる場合などがある。実施形態によっては、この方法は、細胞表面抗原を介したシグナルの程度および／または結合している抗体を介して媒介されるエフェクター機能を、促進または増強する。
実施形態によっては、非内在化抗原とは、リンカーを介して結合しているメディトープのない単一異的な二価抗体が結合する結果として、抗原の内在化がないものであり、この内在化の程度は、代謝回転の結果もしくは抗原に特異的な抗体の非存在下を超えない程度であるか、または代謝回転の結果もしくは抗原特異的な抗体の非存在下より２倍を超えない程度である。実施形態によっては、リンカーを介して結合しているメディトープのない単一特異的な二価抗体と共にインキュベーションした後の抗原は、代謝回転の結果または抗原特異的な抗体の非存在下より３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、または９倍大きな速度では内在化しない。
実施形態によっては、非内在化抗原は、細胞表面抗原に対する天然の結合パートナーまたはリガンドのみの結合の結果として、抗原の内在化がないか、あるいは代謝回転の結果またはパートナーもしくはリガンドの非存在下を超えない内在化の程度となるか、または代謝回転の結果もしくはリガンド／結合パートナーの非存在下より２倍を超えない内在化の程度となるものである。実施形態によっては、天然のリガンドまたは結合パートナーと共に細胞をインキュベーションした後の抗原は、代謝回転の結果またはリガンドもしくは結合パートナーの非存在下より３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、または９倍大きな速度では内在化しない。実施形態によっては、抗原は、リンカーを介して結合しているメディトープのない単一特異的な二価抗体、または天然のリガンド、または結合パートナーとの結合の後に、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは１６時間またはそれ以上の半減期で内在化される。
Ｂ．抗体療法の効能を増加させるための方法
また、提供されるのは、抗体を細胞にデリバリするための方法であり、この方法は、抗体に係合された剤を含む、抗体を含む。実施形態によっては、この方法は、細胞表面抗原（複数可）に特異的に結合し、かつリンカーを介して抗体に係合されたメディトープを含む、１つまたは複数の自己架橋性抗体を細胞に投与することによって実施される。
実施形態によっては、この方法は、細胞による抗体の内在化を増加させる。内在化の増加またはさらに速やかな内在化は、例えば、ＡＤＣまたは他の用途のコンテキストで有利になることがある。そのコンテキストでは、抗体を使用して剤を細胞にデリバリするか、または、抗体をデリバリして、がんなどの疾患の進行に関連するかもしくはその原因となる表面受容体もしくは他の表面抗原の下方制御を、分解のための標的化によって促進する。
他の実施形態では、提供される方法は、細胞の性質を利用し、コンジュゲーションされた生物薬剤の内在化および選別経路を変えて、自己架橋性抗体に会合する剤を効率良く放出する。既に議論されたように、研究により、細胞膜に局在化される粒子のサイズがいくつかの内在化機構に重要であることが実証されており、このことは、関連のリガンドのサイズがいくつかの内在化経路に影響を及ぼすことを示唆する。自己架橋性抗体を使用することによって、細胞表面抗原に結合している単一の抗体に比較してさらに大きな粒子サイズを有するリガンドの出現を生じることになる。
また、提供されるのは、遊離メディトープを含めたメディトープをデリバリする際のそのような自己架橋性抗体の方法および使用であり、そのようなメディトープとしては、多価のメディトープ、および他のタンパク質またはタンパク質ドメインに融合されているメディトープが含まれる。いくつかのメディトープは、例えば、治療方法およびイメージング方法の際に、剤に係合することができる。例示的な方法は、メディトープに係合されている治療剤やイメージング剤などの剤のデリバリを達成するものであり、そのようなメディトープには、多価のメディトープが含まれ、任意選択で、リンカーを介して抗体に融合されていないメディトープが含まれる。
標的細胞の表面に豊富に存在する特異的な抗原を認識する、有用となる可能性のあるいくつかの抗体は、「内在化能が乏しい」（Ｍａｔｚｋｕら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、１９８８年、２巻、１１〜１４頁；Ｒｅｉｌｌｙら、Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔ．、１９９５年、２８巻、１２６〜１４２頁）。内在化が乏しいかまたは準最適であることによって、標的とする器官または組織での細胞内デリバリおよび蓄積が減少する（Ｍａｔｚｋｕら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、１９８８年、２巻、１１〜１４頁；Ｒｅｉｌｌｙら、Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔ．、１９９５年、２８巻、１２６〜１４２頁）。そのため、これらの「内在化能が乏しい」抗体は、細胞内ターゲティングには最適化されていない。したがって、抗体のターゲティングおよび細胞による内在化を増強する抗体系が求められている。
いくつかの抗体は、細胞に進入した後に治療効果を発揮する。実施形態によっては、内在化の増加またはさらに速やかな内在化によって、抗体の効力または効能が増加する。したがって、実施形態によっては、さらに低い投薬量を使用して、同じ治療効果を達成することができる。実施形態によっては、自己架橋性抗体の投与により、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、７５倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍少ない薬剤を用いて、抗体のみの投与と同じ治療効果を達成することができる。
実施形態によっては、内在化の増加またはさらに速やかな内在化の結果、エンドソームへの抗体のデリバリの増加またはさらに速やかなデリバリが生じる。いくつかの抗体は、タンパク質分解切断部位を含むリンカーを含む。リンカーは、イメージング剤および治療剤を含めて剤にコンジュゲートすることができ、それらの剤は内在化すると、次いで、抗体によって放出される。実施形態によっては、リンカーの切断は、エンドソームまたはリソソームで起こる。そのため、エンドソームまたはリソソームへの抗体のデリバリの増加またはさらに速やかなデリバリによって、抗体の効力および効能が増加することがある。
実施形態によっては、メディトープ、リンカー、または抗体は、化学療法剤、細胞毒素や放射性標識剤などの治療剤または診断剤に、例えばＡＤＣや放射免疫療法（ＲＩＴ）などで使用するために、係合される。実施形態によっては、本明細書に記載の方法は、抗体が標的とする抗原を発現する細胞もしくは組織へ抗体を介してデリバリするための剤または他の方法を、増強するのに有用である。実施形態によっては、これらの方法は、非内在化抗原、例えば癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、腫瘍関連糖タンパク質（ＴＡＧ−７２）、ＫＳ１／４などのコンテキストでは、抗原、その抗原に結合している抗体、およびその抗体に関連する剤のクラスター化とそれゆえの内在化とを促進するという点で有利である（Ｓｃｈｍｉｄｔら、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．、２００８年１２月；５７巻（１２）、１８７９〜１８９０頁；Ｍｙｅｒら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、１９９３年；５３巻、３９５６〜３９６３を参照）。
同様に、イメージング剤などの様々な剤にコンジュゲーションされている抗体を用いると、細胞をクラスター化または共局在化するおよび／または表面抗原を内在化する能力が重要となることがある。例えば、抗体−薬剤コンジュゲート（ＡＤＣ）など、薬剤をコンジュゲーションされた生物薬剤は、一般に、標的組織内に、多くの場合は標的組織の細胞内もしくは腫瘍細胞などの標的細胞内に、剤、例えば活性薬剤を、選択的にデリバリすることを目標として設計される。標的化生物薬剤、例えば、抗体は、一般に、目的の細胞に優先的に結合するように設計される。そして、標的細胞または組織上にのみ存在する、および／または他の組織上に非常に低い量でもしくは稀に存在する、抗原への選択的な結合は、特に望ましいことがある。特に、疾患細胞、例えば腫瘍細胞を標的として直接的に向かう、薬剤コンジュゲート抗体については、剤コンジュゲート抗体が、細胞表面上の標的抗原との結合に続いて標的細胞内に内在化されることが、望ましいかまたは重要であることがある。例えば、Ｔｒａｉｌら、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、２０１３年、２巻、１１３〜１２９頁；Ｈ．Ｌ．Ｐｅｒｅｚら、Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ（２０１３年）を参照されたい。コンテキストによっては、結果として抗原の内在化を生じる抗体は、放射免疫療法（ＲＩＴ）の状況でも望ましい。Ｂｏｕｄｏｕｓｑ Ｖら、ＰＬｏＳ ＯＮＥ、８巻（７）、ｅ６９６１３（２０１３年）を参照されたい。概して、コンジュゲーションされた剤、例えば薬剤は、標的細胞内で放出され、活性である。コンテキストによっては、例えば、腫瘍環境に特異的なある特定の細胞外マトリックスコンポーネントおよび／または抗原を標的とする際に、内在化は必要でないことがある。Ａｃｋｅｒｍａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ、２００８年７月、５７巻（７）、１０１７〜１０２７頁を参照されたい。
実施形態によっては、提供される方法は、腫瘍細胞の性質を利用し、コンジュゲーションされた生物薬剤の内在化および選別の経路を変えて、効率良く剤を放出する。実施形態によっては、この方法は、抗原および／またはメディトープ利用可能抗体の共局在化、クラスター化、凝集、内在化、および／または細胞内輸送もしくは選別、および／またはその反復もしくは増強もしくは変化を達成する。本明細書に観察されるのは、細胞への投与後、非自己架橋性抗体に比べて、自己架橋性抗体のクラスター化および／または内在化に差があるということである。
ＴＤＭ１、すなわちＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）として上市されている抗Ｈｅｒ２のＡＤＣの開発が成功したとはいえ、コンジュゲーションされた薬剤のうち少量の画分（約２％）しか腫瘍にデリバリされない。そのようにデリバリの歩留まりが低いものとなる正確な理由は不明であるが、異なる内在化経路（例えば、クラスリンを介したエンドサイトーシスおよび／またはカベオラを介したエンドサイトーシスおよび／またはマクロピノサイトーシス）を細胞が利用すること、ならびにひとたび細胞の内部（リサイクリングエンドソームまたは後期エンドソームまたはリソソーム）にエンドサイトーシスされた物質はルーティングされることに起因するものと思われる。ジスルフィドリンカーを介して抗体にコンジュゲーションされた薬剤は、細胞の細胞質の還元環境を原因に放出されることがある。あるいは、オーリスタチンなど、薬剤コンジュゲートによっては、エンドソーム小胞中で活性を持つ特異的なプロテアーゼによって放出されることがある。異なるリンカーを使用した他の研究では、コンジュゲーションの化学に関わらず、薬剤の放出においてリソソームが有効な手段であることが示されている。さらに、ジスルフィドが血清中で低減することがあり、プロテアーゼが健康な組織で活性となることがある。実施形態によっては、提供される方法、抗体（自己架橋性抗体を含む）、およびメディトープによって、疾患を治療するための毒素などの剤をさらに特異的かつ有効にデリバリするなどの改善がもたらされる。
腫瘍免疫療法では、多くの抗原が、腫瘍特異的であるものとは対照的に、単に腫瘍に関連しているか、または高いレベルで腫瘍細胞／環境上に発現される。例えば、Ｈｅｒ２およびＥＧＦＲが、Ｈｅｒ２＋乳がんや結腸直腸がんなどの腫瘍組織で著しく過剰発現される一方で、それらは、健康な組織にも発現され、その結果、標的特異的で組織非特異的な毒性（ｏｎ−ｔａｒｇｅｔ，ｏｆｆ−ｔｉｓｓｕｅ ｔｏｘｉｃｉｔｉｅｓ）を生じることがある。腫瘍組織にのみ、および／またはその他最小限に、もしくはある特定の発生の段階で発現される、他のタイプの抗原（腫瘍−特異的抗原や腫瘍胎児性抗原、例えば、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）など）もある。同一抗原上のユニークなエピトープを認識するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の組合せによって、相乗的な効果を生じることができ、そのような効果としては、様々な抗体のエフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、補体依存的溶解、シグナル伝達阻害）の増強、細胞死の増進、およびがん標的化抗体の場合は腫瘍成長の阻害の増強が挙げられる。例えば、Ｄｅｃｈａｎｔ Ｍら、「Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌ ｌｙｓｉｓ ｔｒｉｇｇｅｒｅｄ ｂｙ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、２００８年７月ｌ日、６８巻（１３）、４９９８〜５００３頁；Ｓｃｈｅｕｅｒ Ｗら、「Ｓｔｒｏｎｇｌｙ ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ ａｎｄ ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｎ ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｈｕｍａｎ ｘｅｎｏｇｒａｆｔ ｔｕｍｏｒ ｍｏｄｅｌｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、２００９年１２月１５日、６９巻（２４）、９３３０〜６頁；Ｃａｒｄａｒｅｌｌｉ ＰＭら、「Ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ＣＤ２０ ｂｙ ａｎｔｉ−Ｂｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｏｒ Ｆ（ａｂ’）（２） ｉｓ ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｉｎ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ、２００２年、３月、５１巻（１）、１５〜２４頁、電子公開２００１年１２月１８日を参照されたい。
態様によっては、自己架橋性抗体を、二重特異性抗体の代わりに使用して、メディトープ利用可能抗体との組合せで相乗効果を達成する。態様によっては、自己架橋性抗体は、同一抗原上の２つの別々のエピトープを認識する二重特異性抗体の使用に比べて、利点をもたらす。例えば、自己架橋性抗体の生産は、二重特異性抗体の製造に比べた際に、さらに効率が良く費用効果の高いものであることがある。態様によっては、自己架橋性抗体はまた、比較的容易に、腫瘍などの疾患部位に標的として向けることができる。メディトープ結合部位（抗体のＣＤＲとは隔てられている、メディトープ結合部位内）の本質と、選ばれた任意の抗体をメディトープ利用可能にするための本明細書に示される広く適用可能な方法とを前提にすれば、自己架橋性抗体およびメディトープ利用可能抗体はまた、治療的に許容可能な特徴を有する二重特異性抗体を生成する必要がなく、その開発の関連の甚大なコストがなく、広範な治療抗体に容易に適用可能であるという利点を有する。
実施形態によっては、化合物および方法は、相乗的な腫瘍阻害を導く際に有用であり（Ｋａｍａｔ，Ｖ．ら、Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ Ｔｈｅｒ、７巻、７２６〜７３３頁（２００８年）；Ｋｏｅｆｏｅｄ Ｋら（２０１１年）、ＭＡｂｓ、３巻（６）、５８４〜５９５頁；Ｓｐａｎｇｌｅｒ ＪＢら（２０１０年）、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、１０７巻（３０）、１３２５２〜１３２５７頁）、それは、トラスツズマブ−ペルツズマブの組合せに観察される通りである（ＢａｓｅｌｇａＪら（２０１２年）、Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ、３６６巻（２）、１０９〜１１９頁）。例によっては、自己架橋性抗体は、第２の「ｍＡｂ」様分子として、しかし適合する任意のメディトープ利用可能抗体と対になることができるようなフレキシビリティを伴って、機能する。態様によっては、このことによって、第２の治療ｍＡｂを特定および開発する費用が低減する。実施形態によっては、多価のメディトープのバリアント（例えば、結合価および／またはリンカーのジオメトリを変えることによって生成される）は、さらに特異性および相乗効果を増強する。
同様に、実施形態によっては、同一細胞の表面に発現する異なる抗原にそれぞれ特異的に結合する２種の自己架橋メディトープ利用可能抗体を、二価抗体の代わりに使用する。実施形態によっては、方法は、抗原（例えば受容体）の凝集の増進を、および／または２種の抗原の細胞表面での密度もしくは存在の互いに対する比に関わらずいくらかのレベルの凝集をもたらす。態様によっては、方法は、細胞表面での抗原のクラスター化および／または共局在化を増強する。一実施形態では、２種以上の自己架橋性抗体を使用して、複数の異なる抗原を認識すると共にそのようなクラスター化を達成する。そのため、実施形態によっては、抗体の各アームがそれぞれの抗原に結合している場合にのみクラスター化が起こる二重特異性抗体に比べると、そのような実施形態におけるクラスター化は、抗体の一方に結合される抗原が他方によって結合される抗原に比べてはるかに高い密度で細胞表面に存在する場合であっても、達成されることがある。さらに、実施形態によっては、２種の細胞表面抗原間の距離が二重特異性抗体の２つのアーム間の距離を超えるところでは、２種の自己架橋性抗体の使用によって、効能を増強することもできる。そのような実施形態では、リンカー長は、上に記載されたように、細胞表面抗原間の実際のまたは予想される距離に適応するように変わることがある。
実施形態によっては、自己架橋性抗体は、二価抗体を超える利点および／または二価抗体の改善をもたらす。実施形態によっては、自己架橋性抗体は、二重特異的なメディトープ利用可能抗体であり、二重特異性抗体のみの使用に比べて、例えば、二重特異性抗体の異なるアームによって結合される２種の抗原、例えば細胞表面抗原の凝集を増進するための、例えば、親和性、抗体によって誘導されるシグナル伝達、エフェクター機能、および／または内在化を増強するためのものである。そのため、態様によっては、自己架橋性の二重特異的なメディトープ利用可能抗体は、例えば、二重特異性抗体のみに比べて追加的な程度のクラスター化に起因して、効能のレベルの増加をもたらす。
提供される抗体および結合性化合物（例えばメディトープ）は、実用的な有用性を持ち、実施形態によっては、利用可能なｍＡｂベースの技術に付随する障害を克服することができる。実施形態によっては、提供される化合物および方法は、非天然の試薬によって起こる可能性がある抗原性の問題、例えば、抗原性を持ち得る新しい表面を非天然の試薬が露出するなど、および／またはそのような分子の安定性および製造時のスケーラビリティに伴う懸念（Ｎｅｌｓｏｎ ＡＬ（２０１０年）、Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ：ｈｏｐｅ ａｎｄ ｈｙｐｅ．ＭＡｂｓ、２号（ｌ）、７７〜８３頁）に対処する。セツキシマブは、臨床での使用に成功しており、安定であり、大規模に生産されている。実施形態によっては、メディトープ結合部位を裏打ちする残基のユニークな組合せは、配列上遠くにあり（すなわち、ペプチドＴ−細胞エピトープとはなりそうにない）、深い空洞内に位置する（すなわち、表面に露出しているＢ−細胞エピトープとなりそうもない））。そのため、実施形態によっては、メディトープ結合部位を含有するｍＡｂは、免疫原性ではない。
実施形態によっては、利用可能な方法による有効なＡＤＣの開発に典型的に影響を及ぼす不均一性およびコンジュゲーション効率の問題を回避する際に有用な、特異的なコンジュゲーション地点として、メディトープ結合部位を使用する。実施形態によっては、毒素を担持するメディトープは、特異性および単位の化学量論の点で有利に、反応性の化学物質をＦａｂの空洞に向かわせることができる。
態様によっては、中程度の親和性のメディトープ（例えば、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープ）が、多価のアプローチ（（Ｍａｍｍｅｎ Ｍ、Ｃｈｏｉ Ｓ＆Ｗｈｉｔｅｓｉｄｅｓ Ｇ（１９９８年）、Ｐｏｌｙｖａｌｅｎｔ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍｓ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｕｓｅ ｏｆ ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ ｌｉｇａｎｄｓ ａｎｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．、Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇ、３７巻、２７５５頁））を考える際などに有利であり、実施形態によっては、異なる非天然アミノ酸、環化ストラテジー、および／またはスクリーニング方法を使用して、親和性および／または薬物動態／薬力学／毒性を改善する。本明細書に実証されるように、実施形態によっては、メディトープ結合部位を適応させて、メディトープの変化を変調させることが同様に可能である。
Ｃ．医薬組成物の治療用および診断用の使用
一実施形態では、自己架橋性抗体を、疾患または状態の治療、診断（例えばイメージング）のために、治療剤、診断剤（例えばイメージング剤）、またはそれらの組合せをデリバリするために使用する。自己架橋性抗体−薬剤コンジュゲートを、治療抗体が標的とすることのできる疾患または状態において、特定のタイプの細胞または細胞集団に対し治療を方向付けるための方法に使用してもよい。そのような治療の方法は、疾患または状態にある対象に、適した任意の投与経路を介して治療有効量の医薬組成物を投与することを含むことがある。その医薬組成物は、自己架橋性抗体またはその機能性フラグメントを含むことがある。
実施形態によっては、提供される自己架橋性抗体およびその複合体は、疾患または状態の治療、診断、またはイメージングに使用され、そのような疾患または状態としては、治療抗体を使用して治療されるかもしくは標的とされることがある任意のがん、疾患、または他の状態が挙げられる。がんは、免疫系を積極的に抑制することによって、免疫監視を回避する。この免疫抑制を打ち消すために想定される方法の１つは、腫瘍細胞がユニークに発現しているかまたは過剰発現している抗原のエピトープを用いたワクチン接種を介する。例えば、シグナル伝達経路を遮断し、成長因子を隔絶し、および／または免疫応答を誘導する、自己架橋性抗体は、がんおよび他の疾患を治療するために臨床に組み込むことに成功している。
このように、上記疾患および状態は、治療用モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を用いて標的とされるものを含めて、任意のがん、ならびに他の疾患および状態を含んでおり、そのようなものとしては、以下に限定されないが、白血病およびリンパ腫（例えば、アレムツマブ、ベクツモマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、ＦＢＴＡ０５、イブリツモマブチウキセタン、オファツムマブ、リツキシマブ、トシツモマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、乳がん（例えば、トラスツズマブ、アデカツムマブ、エルツマキソマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、前立腺がん（例えば、アデカツムマブ、カプロマブペンデチド、エタラシズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、結腸直腸がん（例えば、ラベツズマブ、パニツムマブ、ペンテト酸アルツムマブ、ボツムマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、胃腸がん（例えば、アルシツモマブ，カツマキソマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、卵巣がん（例えば、アバゴボマブ，カツマキソマブ，エタラシズマブ，イゴボマブ，オレゴボマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、肺がん（例えば、アナツモマブマフェナトクスの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、膵臓がん（例えば、クリバツズマブテトラキセタンの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、腎がん（例えば、ギレンツキシマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、黒色腫がん（例えば、エタラシズマブ、イピリムマブ、ＴＲＢＳ０７の自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、神経膠腫（例えば、ニモツズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、骨転移（例えば、デノスマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、頭頸部がん（例えば、ザルツムマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、心血管疾患（例えば、アブシキシマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、自己免疫障害（例えば、アダリムマブ、インフリキシマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、関節リウマチ（例えば、アトリズマブ、ゴリムマブ、インフリキシマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、移植拒絶（例えば、バシリキシマブ、ダクリズマブ、ムロモナブ−ＣＤ３の自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、クローン病（例えば、セルトリズマブ、フォントリズマブ、ナタリズマブ、インフリキシマブ，ビシリズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、ヘモグロビン尿症（エクリズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、乾癬（例えば、エファリズマブ、インフリキシマブ、ウステキヌマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、多発性硬化症（例えば、ナタリズマブ、ウステキヌマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、喘息（例えば、ベンラリズマブ、メポリズマブ、オマリズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）（例えば、パリビズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、黄斑変性症（例えば、ラニビズマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、虫垂炎（例えば、ファノレソマブの自己架橋バージョンを使用して、治療またはイメージングできるもの）、および抗体を用いて標的とされるかまたは治療されることがある任意の他の状態が挙げられる。上記の一覧にある抗体および関連の疾患または障害は、例に過ぎず、プラットフォームを限定するものではない。
ある特定の実施形態では、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体は、１つまたは複数の遊離メディトープ、メディトープバリアント、多価メディトープ係留剤（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ａｇｅｎｔ）または多価メディトープバリアント係留剤によって結合することができる。そのようなメディトープは、１つまたは複数のイメージング剤、治療有効量の治療的に有効な剤もしくは化合物、またはその両方に、コンジュゲーションされていることがある。メディトープまたはそのバリアントによって治療有効化合物に結合しているメディトープ利用可能な自己架橋性抗体を投与することによって、疾患または状態が治療、予防、診断、またはモニタリングされることがある。高親和性および／または多価のメディトープがメディトープ利用可能なｍＡｂｓに係合されているそのようなコンジュゲーションは、疾患を治療および検出するためのｍＡｂペースの治療法およびイメージング方法を大幅に改善する、極めて汎用性のあるプラットフォーム技術をもたらす。
実施形態によっては、提供される方法および化合物は、ｓａｒｅｕｓｅｆｕｌｉｎ抗体工学、抗体−薬剤コンジュゲート（ＡＤＣ）、抗体誘導性酵素プロドラッグ療法（ＡＤＥＰＴ）、免疫系の繋合［例えば、Ｆｃの改変（Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ＪＲ＆Ｌａｚａｒ ＧＡ（２０１１年）、Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｅｘｐ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ、３１７巻（９）、１２７８〜１２８５頁）、ケモカインの融合、二重特異的なＴ細胞エンゲージャー（ｅｎｇａｇｅｒ）（Ｗｏｌｆ Ｅ、Ｈｏｆｍｅｉｓｔｅｒ Ｒ、Ｋｕｆｅｒ Ｐ、Ｓｃｈｌｅｒｅｔｈ Ｂ＆Ｂａｅｕｅｒｌｅ ＰＡ（２００５年）、ＢｉＴＥｓ：ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ ｗｉｔｈ ｕｎｉｑｕｅ ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ、１０巻（１８）、１２３７〜１２４４頁）、および疾患のイメージング［例えば、免疫ＰＥＴおよびプレターゲティング放射性核種イメージング（ＧｏｌｄｅｎｂｅｒｇＤＭら（２０１２年）Ｐｒｅｔａｒｇｅｔｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｍａｇｉｎｇ ａｎｄ ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ、２巻（５）、５２３〜５４０頁；ＰａｇｅｌＪＭら（２００６年）、Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ａ ｔｅｔｒａｖａｌｅｎｔ ｓｉｎｇｌｅ−ｃｈａｉｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ ｆｕｓｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｎｄ ａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｆｏｒ ｐｒｅ−ｔａｒｇｅｔｅｄ ａｎｔｉ−ＣＤ２０ ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｍａｓ．Ｂｌｏｏｄ、１０８巻（ｌ）、３２８〜３３６頁）。
態様によっては、提供される方法および化合物は、そのような利用可能な方法、例えば、翻訳後の化学的改変または遺伝子配列の操作を用いるものであって、例えば、治療およびイメージングの用途に有害な望ましくない結果に繋がり得るものに観察される課題を克服する。例えば、利用可能な方法を用いて疾患部位を標的として細胞毒素を向かわせるＡＤＣでは、毒素の化学コンジュゲーション（典型的にはｍＡｂ上のリジン、還元システイン、または糖を伴う）によって、不均一な混合物が生産されることがあり、そのような混合物は、ｍＡｂの特異性および安定性に不利な影響を及ぼし、その生体内分布を変えることがある。
他の実施形態では、腫瘍または他の組織をイメージングするための方法が提供される。そのような方法では、イメージング剤を用いて標識化された自己架橋性抗体が、任意の適した投与経路を介して投与され、標的の腫瘍または組織に結合している治療抗体に結合することになる。イメージング剤の例としては、以下に限定されないが、放射標識（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、および１５３Ｓｍ）、金属標識もしくは磁気標識（例えば、金、鉄、ガドリニウム）、ビオチン、キレート剤（例えば、１，４，７，１０−テトラアザシクロドデカン−Ｎ，Ｎ’，Ｎ’’，Ｎ’’’−四酢酸（「ＤＯＴＡ」））、または上に記載の任意の剤が挙げられる。一実施形態では、本明細書に記載の方法を用いて使用されるイメージング剤は、ＤＯＴＡである。
別の例として、腫瘍での浸透を促進し、利用可能な方法を用いたイメージングを増強するために、ｍＡｂのサイズをＦａｂフラグメント（例えば、単鎖Ｆａｂ可変ドメイン（ｓｃＦｖｓ））に低減することによって、元のｍＡｂに比べて、結合価が低減し、それゆえ親和性と組織特異性の両方に影響が及ぶことがある。他の場合では、利用可能な方法を用いて、検出を増強するためのプレターゲティングイメージングのプロトコールの一部としては、ストレプトアビジンにコンジュゲーションされたｍＡｂ、または足場を通じて共に綴じ合わされた複数のＦａｂ／ｓｃＦｖ（例えば、「ドック・ロック（ｌｏｃｋ−ａｎｄ−ｄｏｃｋ）」）は、免疫原性であり、血清中で不安定であり、技術的に生産が、特に臨床用途に必要な規模では難しく高価であることがある。提供される化合物および方法は、実施形態によっては、そのような難題を、例えば、がん、および他の疾患および状態に用いる代替のｍＡｂプラットフォームおよび改良型のｍＡｂベースのデリバリ系を提供することによって、克服する際に有用である。
Ｄ．自己架橋性抗体の効果の変調
また、提供されるのは、遊離メディトープを用いて自己架橋性抗体の効果を変えるための方法である。実施形態によっては、遊離メディトープは、メディトープ結合部位への結合を、自己架橋性抗体に融合されたメディトープと競合することができる。概して、この方法は、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させることを含む。メディトープ結合部位と遊離メディトープとの間の結合は、メディトープ結合部位を占有し、それによって、自己架橋性抗体由来のメディトープがメディトープ結合部位に接触または結合するのを阻害、低減、または防止することができる。実施形態によっては、この遊離メディトープは、リンカーを介して自己架橋性抗体に融合されたメディトープを退かせるかまたは途絶させることができる。メディトープとメディトープ結合部位との間の結合は、一般に非共有結合性であることから、そのような結合は、一時的または可逆的であることがある。
実施形態によっては、この方法は、自己架橋性抗体の効果を逆転または低減する。そのような効果は、例えば、細胞表面抗原の分布、共局在化、または内在化を変えるための、自己架橋性抗体の能力を、逆転または低減することを含む。また、そのような効果は、例えば、抗体の内在化率、抗体の効能を変えるかもしくは増加させるか、または所望の治療効果を達成するのに必要な抗体療法の投薬量を減少させるための、自己架橋性抗体の能力を、逆転または低減することを含む。
例示的な利点として、そのような方法によって、時間と共にある特定の治療を変調させることが可能になることがある。例えば、実施形態によっては、半減期の長い自己架橋性抗体が投与されても、抗体の効果は、半減期の短い遊離メディトープの投与によって変調される。実施形態によっては、この遊離メディトープのより短い半減期により、遊離メディトープのレベルが分解またはクリアランスのために低下するまで、抗体の自己架橋を一時的に阻害することが可能になる。遊離メディトープのレベルが低下すると、このペプチドは自己架橋の阻害に対し効果が少なくなるため、自己架橋が再開する。そのような半減期は、遊離メディトープの構造とそれを使用する状態に応じて、分、時間、日、または週の長さとすることができる。
これらの効果は、自己架橋性抗体療法を含めた抗体療法の副産物となり得る副作用を、変調するかまたは最小限にする際に、有用である可能性がある。例えば、実施形態によっては、遊離メディトープは、自己架橋性抗体の投与と同時に、直前に、または直後に投与される。実施形態によっては、方法は、自己架橋性抗体および遊離メディトープの両方を含む組成物を使用するか、または自己架橋性抗体を含む第１の組成物と遊離メディトープを含む第２の組成物とを使用することを含む。実施形態によっては、遊離メディトープは、抗体がその同系抗原に結合する前に、自己架橋およびそれゆえの凝集を低減または防止する。実施形態によっては、このことによって、血中に生じる自己架橋の量を低減することができ、それによって、毛細血管中に堆積する可能性がある自己架橋性抗体の量を低減することができる。実施形態によっては、自己架橋および凝集を低減することによって、腎臓または肝臓によりクリアランスされる抗体の量が低減する。このように、自己架橋性抗体を、遊離メディトープ、例えば自己架橋性抗体よりも半減期の短い遊離メディトープペプチドと共に投与することによって、自己架橋を一時的に低減するかまたは遅延させることができる。そのような低減または遅延によって、自己架橋性抗体が他の抗体との自己架橋を始める前にその同系抗原に結合する時間を与え、それによって、抗体の標的として意図されていない血管、組織、または器官における自己架橋または凝集を低減することができる。
別の例示的な方法では、自己架橋性抗体の効果を逆転するか、低減するか、または変えるために、既に自己架橋性抗体を受けている対象に遊離メディトープを投与することができる。そのような方法は、自己架橋性抗体に起因する治療効果または副作用を低減する際に、有用であることがある。実施形態によっては、それは、自己架橋を一時的に制御するのに有用であることがある。既に記載されたように、自己架橋性抗体を使用して、細胞の表面の抗原の分布を変えるか、または抗体または抗原の内在化の率を増加させることができる。実施形態によっては、それは、自己架橋を低減または阻害することによって、これらの効果を制御または低減するのに有利であることがある。そのような方法は、遊離メディトープの投与を含むことがある。
実施形態によっては、遊離メディトープは、長い半減期を有し、それによって、永続的にまたは準永続的に自己架橋を変える。実施形態によっては、自己架橋性抗体の半減期よりも半減期の短い遊離メディトープが投与される。実施形態によっては、半減期の短い遊離メディトープの投与は、自己架橋の一時的な低減または阻害を引き起こす。実施形態によっては、対象は、複数の遊離メディトープの投与を受ける。そのような投与は、阻害または低減された遊離メディトープの効果を延長または拡大するための「ブースター用量」としてデリバリされることがある。あるいは、そのような投与は、さらに長期にわたってデリバリされ、それによって、抗体の自己架橋能を時間と共に阻害および回復することが可能になることがある。そのような実施形態では、高レベルの遊離メディトープが、自己架橋を阻害することができる。遊離メディトープはクリアランスまたは分解されることから、より少ない量が、自己架橋性抗体のメディトープ結合部位を占有するのに利用可能にあり、それによって、抗体の自己架橋が回復する。続いて追加の遊離メディトープペプチドを投与することで、抗体の自己架橋を再度低減または阻害することができる。
自己架橋の阻害または低減の程度は、実施形態によっては、さらに高いまたは低い投薬量の遊離メディトープを投与することによって変調させる。実施形態によっては、より多い用量の遊離メディトープを投与することによって、より少ない用量よりも阻害効果が大きくなる。そのような投薬量は、例えば、遊離メディトープと自己架橋性抗体との比として、所望の時間にわたって治療効果を生じるのに必要な量として、相対または絶対ＩＣ５０として、または重量もしくは体積により算出される量として、算出することができる。
自己架橋の阻害または低減の程度は、実施形態によっては、メディトープ結合部位に特異的な親和性を有する遊離メディトープを投与することによって変調させることができる。例えば、実施形態によっては、親和性の高い遊離メディトープは、より親和性の低い遊離メディトープよりも高いか、強いか、または長期の効果を自己架橋の阻害または低減に及ぼす。実施形態によっては、より親和性の高い遊離メディトープは、より親和性の低い遊離メディトープよりも強く、または長い離脱速度でメディトープ結合部位に結合する。実施形態によっては、抗体の自己架橋は、より少ない量のより親和性の高い遊離メディトープを用いると、同じ効果を達成するのに必要なより親和性の低い遊離メディトープの量に比べて低減または阻害することができる。
実施形態によっては、より親和性の低い遊離メディトープを使用して、より控えめまたは一時的な効果を自己架橋に及ぼすことができる。実施形態によっては、そのようなメディトープを使用して、特定の抗体療法の効能を調整することができる。
実施形態によっては、遊離メディトープは、複数回で、例えば、任意選択で２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回回以上で投与される、実施形態によっては、投与は、何分間か、何時間か、何日間か、何ヶ月間か、または何年間かにわたって行われる。実施形態によっては、複数の遊離メディトープが投与され、その複数が、同じであるかまたは異なっている遊離メディトープを含むことができる。例えば、実施形態によっては、第１の遊離メディトープは、メディトープ結合部位について第１の親和性を含むことができ、第２の遊離メディトープは、そのメディトープ結合部位について第２の親和性を含むことができる。第１および第２の遊離メディトープは、半減期またはＩＣ５０が異なるものとすることができる。第１および／または第２の遊離メディトープを投与することによって、メディトープの自己架橋を変えるための追加の機構をもたらすことができる。
ＩＶ．投与の方法
製剤は、抗体を用いた治療を必要とする哺乳動物、好ましくはヒトに、静脈内投与（例えば、ボーラスとして、または一定期間にわたる継続的な輸液によって）などの公知の方法を踏まえて、ｂｙ筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑液嚢内、くも膜下腔内、経口、局所、または吸入の経路によって、投与される。一実施形態では、製剤は、静脈内投与によって、哺乳動物に投与される。そのような目的のために、製剤は、例えば、シリンジを使用して、またはＩＶ経路を介して注入されてもよい。一実施形態では、製剤は、皮下投与によって、哺乳動物に投与される。
抗体の適切な投薬量（「治療有効量」）は、例えば、治療される状態、状態の重症度および経過、抗体が予防目的で投与されるか治療目的で投与されるかに関わらず、過去の療法、患者の臨床歴および抗体に対する応答、使用される抗体のタイプ、および担当医の判断に依存するものとなる。抗体は、１回、または一連の治療にわたって、適切に患者に投与され、診断以降はいつでも患者に投与されてもよい。抗体は、唯一の治療として投与されてもよいし、問題となっている状態を治療するのに有用な他の薬剤または療法との併用で投与されてもよい。
一般命題として、ヒトに投与される抗体の治療有効量は、投与が１回であろうと複数回であろうと、患者の体重当たり約０．０１から約５０ｍｇ／ｋｇの範囲となる。実施形態によっては、使用される抗体は、例えば、約０．０１から約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１から約１ｍｇ／ｋｇ、毎日投与される。実施形態によっては、抗体は、１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかし、他の投薬レジメンが有用であることがある。一実施形態では、本明細書に記載の自己架橋性抗体は、２１日周期の１日目に、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、または約１４００ｍｇの用量で、ヒトに投与される。用量は、輸液などで、単回用量としても複数回用量（例えば、２回または３回の用量）としても投与されてもよい。併用治療で投与される抗体の用量は、単独治療に比べて低減されていてもよい。この療法の進捗は、従来の手法によって容易にモニターすることができる。
実施形態によっては、疾患または障害とは、がんである。実施形態によっては、がんは、局所的に進行性であるかまたは転移性である。実施形態によっては、がんは、固形腫瘍、血液がん、膀胱がん、脳がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、神経膠腫、頭部がん、白血病、肝臓がん、肺がん（例えば非小細胞肺がん）、リンパ腫、骨髄腫、頸部がん、卵巣がん、黒色腫、膵臓がん、腎がん、唾液腺がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、胸腺上皮がん、甲状腺がん、および頭頸部の扁平上皮細胞癌腫からなる群から選択される。
実施形態によっては、疾患または障害とは、感染である。実施形態によっては、感染とは、持続性の感染である。実施形態によっては、感染とは、ウイルス感染、細菌感染、糸状菌感染、蠕虫感染、または原虫感染である。実施形態によっては、ウイルス感染は、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、麻疹ウイルス、インフルエンザ、ヒト免疫不全症ウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、呼吸器多核体ウイルス、および／またはライノウイルスからなる群から選択される。実施形態によっては、細菌感染は、ヘリコバクター属、マイコバクテリウム属、ポルフィロモナス属、クラミジア属、サルモネラ属、リステリア属、ストレプトコッカス属、ヘモフィルス属、ナイセリア属、クレブシエラ属、ボレリア属、バクテロイデス属、およびトレポネーマ属からなる群から選択される。実施形態によっては、原虫感染は、リーシュマニア属、熱帯熱マラリア原虫、住血吸虫属、トキソプラズマ属、トリパノソーマ属、および条虫属からなる群から選択される。実施形態によっては、糸状菌感染は、ブラストミセス症、コクシジオイデス症（ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｏｄｍｙｃｏｓｉｓ）、ヒストプラズマ症、カンジダ症、クリプトコッカス症、アスペルギルス症、ムコール症（ｍｕｃｏｍｙｃｏｓｉｓ）、およびニューモシスチス症からなる群から選択される。
実施形態によっては、疾患または障害とは、炎症性疾患である。実施形態によっては、炎症性疾患は、急性散在性脳脊髄炎、アジソン病、アルツハイマー病、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、アテローム性動脈硬化、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、関節炎、ベーチェット病、ベルジェ病、水疱性類天疱瘡、セリアック病、シャーガス病、胆管炎、クローン病、皮膚筋炎、糖尿病１型、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、移植片対宿主病、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、蕁麻疹、高ＩｇＥ症候群、特発性血小板減少性紫斑病、紅斑性狼瘡、ループス腎炎、多発性硬化症、器官移植拒絶、パーキンソン病、天疱瘡、悪性貧血、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、レイノー症候群、関節リウマチ、強皮症、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、甲状腺炎、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、血管炎、およびウェゲナー肉芽腫症からなる群から選択される。
実施形態によっては、抗体を含有する製剤は、疾患または障害を治療するために、別の治療剤とともに対象または個体に投与されてもよい。例えば、がんを治療するために、本明細書に記載の自己架橋性抗体製剤が、別の抗がん治療（例えば、化学療法または異なる抗体治療）とともに投与されてもよい。
Ｖ．製造物またはキット
また、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載の実施形態のいずれかの水性の医薬製剤を保持し、任意選択でその使用のための手引き書を提供する容器を含む、製造品またはキットである。適した容器としては、例えば、ビン、バイアル、バッグ、およびシリンジが挙げられる。容器は、ガラス、プラスチック（ポリ塩化ビニルやポリオレフィンなど）や金属合金（ステンレス鋼やハステロイなど）などの種々の材料から形成される。例示的な容器の１つは、３００ｃｃの金属合金容器（例えば−２０℃で保存するための）である。別の例示的な容器は、１０〜５０ｃｃのガラスバイアル（例えば２〜８℃で保存するための）であることがある。例えば、容器は、１０ｃｃ、１５ｃｃ、２０ｃｃ、または５０ｃｃのガラスバイアルであることがある。容器は製剤および表面のラベルを保持するか、または関連して、容器は使用のための指示を標示する。製造品は、商用および使用の検知から望ましい他の材料をさらに含むことがあり、そのようなものとしては、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および使用のための手引きを付したパッケージ同封書が挙げられる。実施形態によっては、製造品は、１つまたは複数の別の剤（例えば、化学療法剤、および抗新生物剤）をさらに含む。１つまたは複数の剤に適した容器としては、例えば、ビン、バイアル、バッグ、およびシリンジが挙げられる。
実施形態および説明的な例を参照して本発明が記載されていることから、当業者は、記載および説明されるような本発明に対する、本明細書に開示されるような本発明の趣旨および範囲を逸脱しない改変を認識することがある。例示は、本発明の理解に役立てるために記載されているが、形はどうあれ、その範囲を限定するものと解釈されることを意図するものではなく、そう解釈されるべきではない。これらの例示は、従来の方法の詳細な記載を含まない。そのような方法は、当業者に周知であり、数多くの刊行物に記載されている。さらに、上記および下記の実施例に引用されている参考文献は全て、本明細書に完全に記載されるかのように、参照によりその全体がここに組み込まれる。
以下の文書、すなわち２０１２年２月１０日出願の米国特許出願第６１／５９７，７０８号；２０１１年１０月１０日出願の米国特許出願第１３／２７０，２０７号であり、現在では米国特許第８，６５８，７７４号；２０１１年１０月１０日出願の国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０５５６５６；２０１２年４月１０日出願の国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ１２／３２９３８；２０１２年４月１０日出願の米国特許出願第１３／４４３，８０４号であり、現在では米国特許第８，９６２，８０４号；２０１２年２月１０日出願の米国特許出願第６１／７４９，８３０号；および２０１３年２月１１日出願の米国特許出願第１３／７６４，７６２号は、あらゆる目的のために、参照によりその全体をここに組み込まれる。
ＶＩ．定義
「抗体」は、本明細書に使用される際に、抗原もしくはエピトープに特異的に結合するかまたは免疫学的に反応性であるイムノグロブリン分子を指し、ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体の両方、ならびに機能性抗体フラグメントを含み、そのようなものとしては、以下に限定されないが、フラグメント抗原結合（Ｆａｂ）フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆｖフラグメント、組換えＩｇＧ（ｒｌｇＧ）フラグメント、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、および単ドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）フラグメントが挙げられる。用語「抗体」は、遺伝子工学的に操作されたかまたはその他改変されたイムノグロブリンの形態を含み、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、メディトープ利用可能抗体やヘテロコンジュゲート抗体（例えば、二重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、タンデムジ−ｓｃＦｖ、タンデムトリ−ｓｃＦｖ）などがある。特段に明記されない限り、用語「抗体」は、その機能的性抗体フラグメントを包含するものと理解されるべきである。
用語「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」は、抗原特異性および結合親和性をもたらす、抗体可変領域内の不連続なアミノ酸の配列を指すことが、当技術分野に公知である。一般に、各重鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３）があり、各軽鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３）がある。「フレームワーク領域」および「ＦＲ」は、部分重鎖および軽鎖の可変領域の非ＣＤＲを指すことが、当技術分野に公知である。一般に、各重鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびＦＲ−Ｈ４）があり、各軽鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４）がある。
所与のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列の境界は、複数の周知のスキームのいずれかを使用して容易に決定することができ、そのようなスキームとしては、Ｋａｂａｔら（１９９１）年、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」、第５版、公衆衛生局、国立衛生研究所、ベセズダ、メリーランド州（「Ｋａｂａｔ」ナンバリングスキーム）、Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら（１９９７年）、ＪＭＢ、２７３巻、９２７〜９４８頁（「Ｃｈｏｔｈｉａ」ナンバリングスキーム）、ＭａｃＣａｌｌｕｍら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２６２巻、７３２〜７４５頁（１９９６年）、「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：Ｃｏｎｔａｃｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ」、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２６２巻、７３２〜７４５頁「（Ｃｏｎｔａｃｔ」ナンバリングスキーム）、Ｌｅｆｒａｎｃ ＭＰら、「ＩＭＧＴ ｕｎｉｑｕｅ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ ａｎｄ Ｉｇ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ Ｖ−ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎｓ」、Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００３年１月、２７巻（ｌ）、５５〜７７頁（「ＩＭＧＴ」ナンバリングスキーム）、およびＨｏｎｅｇｇｅｒ ＡおよびＰｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ、「Ｙｅｔ ａｎｏｔｈｅｒ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｓｃｈｅｍｅ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ：ａｎ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌ」、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ、２００１年１月８日、３０９巻（３）、６５７〜７０頁（ＡＨｏナンバリングスキーム）に記載されたものがある。
所与のＣＤＲまたはＦＲの境界は、特定のために使用されるスキームに応じて変わることがある。例えば、Ｋａｂａｔスキームは、構造的なアラインメントに基づくのに対し、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは、構造情報に基づく。ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａの両方のスキームについてのナンバリングは、最も共通する抗体領域配列の長さに基づき、いくつかの抗体に現れる挿入文字、例えば「３０ａ」によって調整される挿入、および欠失を有する。この２つのスキームは、いくらかの挿入および欠失（「ｉｎｄｅｌ」）を異なる位置に配し、その結果、異なるナンバリングが生じる。Ｃｏｎｔａｃｔスキームは、複合体の結晶構造の解析に基づき、数多くの点でＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキームに類似している。
下記の表４は、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、およびＣｏｎｔａｃｔのスキームによってそれぞれ特定されたＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、およびＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３の位置の一覧である。ＣＤＲ−Ｈ１については、残基のナンバリングは、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａの両方のナンバリングスキームを使用した一覧で示されている。ＫａｂａｔナンバリングスキームがＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂに挿入を配することから、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｈ１ループの終端は、Ｋａｂａｔナンバリング方式を用いて数えた際に、ループの長さに応じてＨ３２とＨ３４の間で変わることに留意されたい。
１−Ｋａｂａｔら（１９９１年）、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」、第５版、公衆衛生局、国立衛生研究所、ベセズダ、メリーランド州
２−Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら（１９９７年）、ＪＭＢ、２７３巻、９２７〜９４８頁
それゆえ、特段に指定のない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域などの「ＣＤＲ」または「相補性決定領域」または個々の指定されたＣＤＲ（例えば、「ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２）は、公知のスキームのいずれかによって規定されるような、ある（またはある特異的な）相補性決定領域を包含するものと理解されるべきである。同様に、特段に指定のない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域などの「ＦＲ」または「フレームワーク領域」または個々の指定されたＦＲ（例えば、「ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２）は、公知のスキームのいずれかによって規定されるような、ある（またはある特異的な）フレームワーク領域を包含するものと理解されるべきである。いくつかの例では、具体的なＣＤＲ、ＦＲ、または複数のＦＲもしくは複数のＣＤＲを特定するためのスキームが指定されており、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、またはＣｏｎｔａｃｔの方法によって規定されるようなＣＤＲなどがある。他の場合では、ＣＤＲまたはＦＲの具体的なアミノ酸配列が与えられる。
用語「メディトープ利用可能な」抗体および「メディトープ利用可能抗体」および「メディトープ利用可能抗体」とは、メディトープ結合部位を介してメディトープに結合することが可能な抗体またはその機能性フラグメントを指す。メディトープ利用可能抗体の例としては、以下に限定されないが、セツキシマブおよび本明細書に記載の他のものが挙げられる。「メディトープ結合部位」とは、結合しているメディトープと相互作用するアミノ酸残基を含有する、メディトープ利用可能抗体の領域であり、上記残基は、重鎖および軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）残基を含む。抗体のＦａｂフラグメントまたはＦａｂ部分に関して、メディトープ結合部位は、Ｆａｂフラグメントまたは部分の中央空洞内に位置する。
Ｆａｂの３次元構造に関する「中央空洞」とは、重鎖および軽鎖の可変領域および定常領域の一部によって０されている、Ｆａｂの内部空洞を指す。そのため、中央空洞は、ＶＨ領域、ＶＬ領域、ＣＨ１領域、およびＣＬ領域の残基によって裏打ちされ、抗原結合部位を含まない。
実施形態によっては、メディトープ結合部位は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと、メディトープ利用可能抗体の軽鎖の残基４０、４１、８３、および８５、および／またはＫａｂａｔナンバリングに従うと、メディトープ利用可能抗体の重鎖の残基３９、８９、１０５、および１０８を含む。
実施形態によっては、メディトープ結合部位は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと、抗体の軽鎖の残基８、９、１０、３８、３９、４０、４１ ４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および１７３、および重鎖の６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１１１、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および１８７によって形成される、空洞内に位置する。
メディトープ利用可能抗体のＦａｂ部分に関しては、メディトープ結合部位は、中央空洞内に残基を含む。メディトープ−結合部位は、典型的には、定常領域の残基をさらに含む。
「治療剤」とは、本明細書に使用される際には、疾患または状態の治療の際に有用な原子、分子、または化合物である。
「治療有効量」、「治療有効濃度」、または「治療有効用量」は、標的とする状態を予防もしくは治療すること、その状態に関連する症状を緩和すること、所望の生理的効果を生じることや、疾患もしくは状態の治療に繋がる状態のイメージングまたは診断を可能にすることなど、対象に所望の治療効果を生じる化合物の量である。正確な治療有効量は、所与の対象における治療の効能に関して、最も有効な結果をもたらす組成物の量である。この量は、種々の要因に応じて変わるものとなり、そのような要因としては、以下に限定されないが、治療化合物の特徴（活性、薬物動態、薬力学、および生物学的利用能を含む）、対象の生理的状態（年齢、性別、疾患のタイプおよび段階、全身状態、所与の投薬量および薬物治療のタイプに対する反応性を含む）、製剤中の医薬的に許容可能な１種または複数の担体の性質、および投与経路が挙げられる。臨床分野および薬理学分野の当業者であれば、日常的な実験を介して、すなわち、化合物の投与に対する対象の反応をモニタリングし、それにしたがって投薬量を調整することによって、治療有効量を決定することができる。例として、実施形態によっては、抗体の治療有効量は、約１から約１０００ｍｇ／ｍ２まで、または代替的に、１から約１０００ｍｇ／ｍ２まで、１から約１０００ｍｇ／ｍ２まで、１から約１０００ｍｇ／ｍ２まで、１０から約９００ｍｇ／ｍ２まで、２０から約８００ｍｇ／ｍ２まで、３０から約７００ｍｇ／ｍ２まで、４０から約６００ｍｇ／ｍ２まで、５０から約５００ｍｇ／ｍ２まで、１００から約４００ｍｇ／ｍ２まで、１から約５００ｍｇ／ｍ２まで、１０から約４００ｍｇ／ｍ２まで、５０から約３００ｍｇ／ｍ２まで、１００から約１０００ｍｇ／ｍ２まで、１５０から約９００ｍｇ／ｍ２まで、２００から約８００ｍｇ／ｍ２まで、２５０から約７００ｍｇ／ｍ２までである。追加のガイダンスについては、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ、第２１版、Ｕｎｉｖ．ｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｉｎＰｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（ＵＳＩＰ）、ＬｉｐｐｉｎｃｏｔｔＷｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ、フィラデルフィア、ペンシルバニア州、２００５年を参照されたい。
「医薬的に許容可能な担体」とは、目的の化合物をある組織、器官、または身体の一部から、別の組織、器官、または身体の一部へと運搬または輸送することに関与する医薬的に許容可能な材料、組成物、または媒体を指す。例えば、この担体は、液体または固体の増量剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、もしくは被包材、またはいくつかのそれらの組合せとしてもよい。担体の各構成成分は、担体が製剤の他の成分と相容性でなければならないという点で「医薬的に許容可能」でなければならない。また、それは、遭遇し得るいずれの組織、器官、または身体の一部との接触にも適するものでなければならず、このことは、それが、毒性、刺激作用、アレルギー性応答、免疫原性、またはその治療効果を上回る何らかの他の合併症のリスクを持っていてはならないことを意味している。
「投与経路」とは、当技術分野に公知の任意の投与経路を指すことがあり、そのようなものとしては、以下に限定されないが、エアロゾル、腸内、鼻、眼、経口、非経口、直腸、経皮、または膣が挙げられる。「経皮」投与は、局所用クリーム剤もしくは軟膏剤を使用して、または経皮パッチによって、達成されることがある。「非経口」とは、一般に注射に関連する投与経路を指し、そのようなものとしては、眼窩内、輸液、動脈内、嚢内、心臓内、皮内、筋肉内、腹腔内、肺内、脊髄内、胸骨内、くも膜下腔内、子宮内、静脈内、くも膜下、嚢下、皮下、経粘膜、または経気管が挙げられる。
「組み合わせて」または「と組み合わせて」は、複数の剤、治療法、または治療のコンテキストにおいて本明細書に使用される際には、対象で同じ疾患または状態を治療する過程において、２種以上の剤、薬剤、治療レジメン、治療様式、またはそれらの組合せ（例えば、メディトープと組み合わせた抗体またはメディトープ）を任意の順序で投与することを意味する。このようなものとしては、同時投与（または「共投与」）、第２の剤を投与する前または後に第１の剤を投与すること、ならびに、最大で数日間の間隔で一時的に空けた順番で投与することが挙げられる。また、そのような併用治療は、任意の１種または複数の剤、薬剤、治療レジメン、または治療様式の単回を超える投与を含むことがある。さらに、２種以上の剤、薬剤、治療レジメン、治療様式、またはそれらの組合せの投与は、同じ投与経路によるものでも異なる投与経路によるものでもよい。
「治療抗体」とは、がん、自己免疫疾患、移植拒絶、心血管疾患、または本明細書に記載されるものなど他の疾患および状態を治療するのに使用される、任意の抗体またはその機能性フラグメントを指すことがある。本明細書に記載の実施形態に従って使用されることがある治療抗体の例としては、以下に限定されないが、マウス抗体、マウス化もしくはヒト化キメラ抗体、またはヒト抗体が挙げられ、そのようなものとしては、以下に限定されないが、アービタックス（セツキシマブ）、レオプロ（アブシキシマブ）、シムレクト（バシリキシマブ）、レミケード（インフリキシマブ）；オルソクローンＯＫＴ３（ムロモナブ−ＣＤ３）；リツキサン（リツキシマブ）、ベクサール（トシツモマブ） ヒュミラ（アダリムマブ）、キャンパス（アレムツマブ）、シムレクト（バシリキシマブ）、アバスチン（ベバシズマブ）、シムジア（セルトリズマブペゴル）、ゼナパックス（ダクリズマブ）、ソリリス（エクリズマブ）、ラプティバ（エファリズマブ）、マイロターグ（ゲムツズマブ）、リンツズマブ、ゼバリン（イブリツモマブチウキセタン）、タイサブリ（ナタリズマブ）、ゾレア（オマリズマブ）、シナジス（パリビズマブ）、ベクティビックス（パニツムマブ）、ルセンティス（ラニビズマブ）、およびハーセプチン（トラスツズマブ）が挙げられる。
ある状態をの「治療すること」またはその「治療」はその状態を予防すること、その状態の発症または発生速度を遅らせること、その状態が発生するリスクを低減すること、その状態に関連した症状の発生を予防するかまたは遅延させること、その状態に関連する症状を低減また終了させること、その状態の完全なまたは部分的な退縮を生じること、またはいくつかのそれらの組合せを指すことがある。
本明細書に使用される際に、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、オープンの非限定的な意味合いで使用される。
本明細書に使用される際に、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、特段に明確な指示のない限り、複数の指示物を含む。
さらに簡明な記載を提供するために、本明細書に示される定量表現のいくつかは、用語「約」を用いて適格化されていない。用語「約」が明示的に使用されているか否かに関わらず、本明細書に示されるあらゆる数量は、実際に示される値を指すことを意味すること；ならびに、それはまた、所与の値の概算を指し、この概算は、そのような所与の値のための実験上および／または測定上の条件に起因する等量および概その量を含めて、当技術分野の通常の技量に基づき合理的に推測されるものであることを理解されたい。
本明細書に使用される際に、「アルキル」とは、１個から１２個までの炭素原子を有する、飽和の直鎖または分岐鎖の炭化水素基を指す。代表的なアルキル基としては、以下に限定されないが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、２−メチル−ｌ−プロピル、２−メチル−２−プロピル、２−メチル−ｌ−ブチル、３−メチル−１−ブチル、２−メチル−３−ブチル、２，２−ジメチル−ｌ−プロピル、２−メチル−１−ペンチル、３−メチル−１−ペンチル、４−メチル−ｌ−ペンチル、２−メチル−２−ペンチル、３−メチル−２−ペンチル、４−メチル−２−ペンチル、２，２−ジメチル−ｌ−ブチル、３，３−ジメチル−ｌ−ブチル、２−エチル−ｌ−ブチル、ブチル、イソブチル、ｔ−ブチル、ｎ−ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ｎ−ヘキシルなど、およびさらに長いアルキル基、例えばヘプチル、オクチルなどが挙げられる。用語「Ｃｘ−ｙアルキル」とは、ｘ〜ｙ個の炭素原子を持つアルキルを指し、上式でｘおよびｙは整数である。
本明細書に使用される際に、「アルケニル」は、１つまたは複数の二重結合をその中に有し、２個から１２個までの炭素原子を有する、直鎖または分岐鎖の炭化水素基を指す。実例となるアルケニル基としては、以下に限定されないが、エチレニル、ビニル、アリル、ブテニル、ペンテニル、ヘキセニル、ブタジエニル、ペンタジエニル、ヘキサジエニル、２−エチルヘキセニル、２−プロピル−２−ブテニル、４−（２−メチル−３−ブテン）−ペンテニルなどが挙げられる。用語「Ｃｘ−ｙアルケニル」とは、ｘ〜ｙ個の炭素原子を持つアルケニルを指し、上式でｘおよびｙは整数である。
用語「アルキレニル」または「アルキレン」は、二価のアルキル基を指す。用語「アルケニレン」または「アルケニレン」は、二価のアルケニル基を指す。
本明細書に使用される際に、「アルキニル」とは、１つまたは複数の三重結合をその中に有し、２個から１０個までの炭素原子を有する、直鎖または分岐鎖の炭化水素基を指す。例示的なアルキニル基としては、以下に限定されないが、エチニル、プロピニル、ブチニル、ペンチニルヘキシニル、メチルプロピニル、４−メチル−１−ブチニル、４−プロピル−２−ペンチニル、４−ブチル−２−ヘキシニルなどが挙げられる。
用語「ヘテロアルキル」は、それ自体で、または別の用語と組み合わせて、特段に明記されない限りは、少なくとも１つの炭素原子と、Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓｉ、およびＳからなる群から選択される少なくとも１つのヘテロ原子とを含む、安定な直鎖もしくは分岐鎖、またはそれらの組合せを意味し、ここで、窒素原子および硫黄原子は、任意選択で酸化されていてもよく、窒素ヘテロ原子は、任意選択で四級化されていてもよい。ヘテロ原子（複数可）Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、およびＳｉは、ヘテロアルキル基の任意の内部の位置に、またはアルキル基が残りの分子に付加されている任意の位置に、配されていてもよい。例としては、以下に限定されないが、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２、−Ｓ（Ｏ）−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ（Ｏ）２−ＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｏ−ＣＨ３、−Ｓｉ（ＣＨ３）３、−ＣＨ２−ＣＨ＝Ｎ−ＯＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ３、および−ＣＮが挙げられる。２つまたは３つまでのヘテロ原子が、連続していてもよく、例えば、−ＣＨ２−ＮＨ−ＯＣＨ３や−ＣＨ２−Ｏ−Ｓｉ（ＣＨ３）３などがある。
同様に、用語「ヘテロアルキレン」は、それ自体で、または別の置換基の一部として、特段に明記されない限り、ヘテロアルキルに由来する二価の基を意味し、以下に限定されないが、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−および−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｈ−ＣＨ２−によって例示される。ヘテロアルキレン基について、ヘテロ原子もまた、鎖の端（例えば、アルキレンオキシ、アルキレンジオキシ、アルキレンアミノ、アルキレンジアミノなど）のどちらかまたは両方を占めることがある。さらに、アルキレン連結基およびヘテロアルキレン連結基について、連結基の式が書かれている方向によって含意される連結基の起点はない。例えば、式−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−は、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−および−Ｒ’Ｃ（Ｏ）２−の両方を表す。上に記載されるように、ヘテロアルキル基は、本明細書に使用される際に、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＯＲ’、−ＳＲ’および／または−ＳＯ２Ｒ’など、ヘテロ原子を通じて残りの分子に付加している基を含む。「ヘテロアルキル」が記載された後に、−ＮＲ’Ｒ”などの具体的なヘテロアルキル基の記載がある際には、用語ヘテロアルキルおよび−ＮＲ’Ｒ”は、重複していたり、相互に排他的であったりしないことが理解されよう。むしろ、具体的なヘテロアルキル基は、明確性を加えるために記載される。それゆえ、用語「ヘテロアルキル」は、本明細書では、−ＮＲ’Ｒ”などの具体的なヘテロアルキル基を除外するものとして解釈されるべきではない。
用語「シクロアルキル」および「ヘテロシクロアルキルとは、それら自体で、または他の用語と組み合わせて、特段に明記されない限りそれぞれ「アルキル」および「ヘテロアルキル」の環状バージョンを意味する。さらに、ヘテロシクロアルキルについて、ヘテロ原子は、残りの分子に付加している位置を占めることができる。シクロアルキルの例としては、以下に限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、１−シクロヘキセニル、３−シクロヘキセニル、シクロヘプチルなどが挙げられる。ヘテロシクロアルキルの例としては、以下に限定されないが、ｌ−（ｌ，２，５，６−テトラヒドロピリジル）、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、４−モルホリニル、３−モルホリニル、テトラヒドロフラン−２−イル、テトラヒドロフラン−３−イル、テトラヒドロチエン−２−イル、テトラヒドロチエン−３−イル、１−ピペラジニル、２−ピペラジニルなどが挙げられる。「シクロアルキレン」および「ヘテロシクロアルキレン」は、単独で、または別の置換基の一部としてそれぞれシクロアルキルおよびヘテロシクロアルキルに由来する二価の基を意味する。
用語「アリール」は、特段に明記されない限り、ポリ不飽和の芳香族炭化水素置換基を意味し、単環とすることも、共に融合している（すなわち融合環アリール）かまたは共有結合で連結されている多環（好ましくは１環から３環まで）とすることもできる。融合環アリールとは、共に融合している多環を指し、そこでは、融合環のうち少なくとも１つがアリール環である。用語「ヘテロアリール」とは、Ｎ、ＯやＳなどの少なくとも１つのヘテロ原子を含有するアリール基（または環）を指し、そこでは、窒素原子および硫黄原子が任意選択で酸化されており、窒素原子（複数可）は任意選択で四級化されている、そのため、用語「ヘテロアリール」は、融合環のヘテロアリール基（すなわち、融合環のうち少なくとも１つがヘテロ芳香環である、共に融合している多環）を含む。５，６融合環ヘテロアリーレンとは、ある環が５員を有し、他の環が６員を有し、少なくとも１つの環がヘテロアリール環である、共に融合している２環を指す。同様に、６，６融合環ヘテロアリーレンとは、ある環が６員を有し、他の環が６員を有し、少なくとも１つの環がヘテロアリール環である、共に融合している２環を指す。６，５融合環ヘテロアリーレンとは、ある環が６員を有し、他の環が５員を有し、少なくとも１つの環がヘテロアリール環である、共に融合している２環を指す。ヘテロアリール基は、炭素またはヘテロ原子を介して残りの分子に付加していることがある。アリール基およびヘテロアリール基の非限定的な例としては、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、４−ビフェニル、１−ピロリル、２−ピロリル、３−ピロリル、３−ピラゾリル、２−イミダゾリル、４−イミダゾリル、ピラジニル、２−オキサゾリル、４−オキサゾリル、２−フェニル−４−オキサゾリル、５−オキサゾリル、３−イソキサゾリル、４−イソキサゾリル、５−イソキサゾリル、２−チアゾリル、４−チアゾリル、５−チアゾリル、２−フリル、３−フリル、２−チエニル、３−チエニル、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−ピリミジル、４−ピリミジル、５−ベンゾチアゾリル、プリニル、２−ベンゾイミダゾリル、５−インドリル、１−イソキノリル、５−イソキノリル、２−キノキサリニル、５−キノキサリニル、３−キノリル、および６−キノリルが挙げられる。上述の各アリール環系およびヘテロアリール環系の置換基は、下に記載の許容可能な置換基の群から選択される。「アリーレン」および「ヘテロアリーレン」は、単独でまたは別の置換基の一部として、それぞれアリールおよびヘテロアリールに由来する二価の基を意味する。ヘテロアリール基の非限定的な例としては、ピリジニル、ピリミジニル、チオフェニル、フラニル、インドリル、ベンゾキサジアゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキサニル、チアナフタニル、ピロロピリジニル、インダゾリル、キノリニル、キノキサリニル、ピリドピラジニル、キナゾリノニル、ベンゾイソキサゾリル、イミダゾピリジニル、ベンゾフラニル、ベンゾチオフェニル、フェニル、ナフチル、ビフェニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、ピラジニル、オキサゾリル、イソキサゾリル、チアゾリル、フリルチエニル、ピリジル、ピリミジル、ベンゾチアゾリル、プリニル、ベンゾイミダゾリル、イソキノリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、ピロリル、ジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ベンゾチアジアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾロピリミジニル、ピロロピリミジニル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾオキサゾリル、またはキノリルが挙げられる。上記の例は、置換としても非置換としてもよく、上記の各ヘテロアリール例の二価の基は、ヘテロアリーレンの非限定的な例である。
用語「ホウ素エステル」とは、置換基−Ｂ（ＯＲ）２を指し、上式で、各Ｒ基が独立してＣ１−４アルキルであるか、または２つのＲ基が併せてＣ２−６アルキレンを形成する。
用語「アセタール」とは、−ＣＨ（ＯＲ）２基を指し、上式で、各Ｒ基が独立してＣ１−４アルキルであるか、または２つのＲ基が併せてＣ２−６アルキレンを形成する。例示的なアセタール基としては、ジメチルアセタールもしくはジエチルアセタール、または環状アセタールが挙げられる。用語「ケタール」とは、−Ｃ（ＯＲ）２−基を指し、上式で、各Ｒ基が独立してＣ１−４アルキルであるか、または２つのＲ基が併せてＣ２−６アルキレンを形成する。例示的なケタールとしては、ジメチルケタールもしくはジエチルケタール、または環状ケタールが挙げられる。
用語「ハロ」とは、クロロ、フルオロ、ブロモ、またはヨードを表す。実施形態によっては、ハロとはクロロ、フルオロ、またはブロモである。用語「ハロゲン」とは、本明細書に使用される際に、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素を指す。用語「オルトエステル」とは、−Ｃ（ＯＲ）３基を指し、上式で、各Ｒ基が独立してＣ１−４アルキルであるか、または２つのＲ基が併せてＣ２−６アルキレンを形成する。用語「オキソ」とは、＝Ｏ基を意味し、炭素原子または硫黄原子に付加していることがある。用語「リン酸エステル」とは、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ）２基を指し、上式で、各Ｒ基が独立してＣ１−４アルキルであるか、または２つのＲ基が併せてＣ２−６アルキレンを形成する。
本明細書に使用される際に、用語「シクロアルキル」とは、３個から１５個の環炭素原子を有する、飽和または部分的に飽和の、単環式、融合型多環式、架橋型多環式、またはスピロ多環式の炭素環を指す。シクロアルキル基の非限定的なカテゴリーは、３個から６個の炭素原子を有する、飽和または部分的に飽和の単環式の炭素環である。シクロアルキル基の説明的な例としては、以下に限定されないが、以下の部分が挙げられる。
本明細書に使用される際に、用語「５員ヘテロアリール」とは、炭素、酸素、窒素、および硫黄から選択される５つの環原子を有する、単環式の芳香族複素環を指す。５員ヘテロアリール基の例としては、以下に限定されないが、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、フラニル、チエニル、イソキサゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソチアゾリル、ピロリル、およびチアジアゾリルが挙げられる。５員ヘテロアリールの具体的な例としては、アジドとプロパルギル基との間のヒュスゲン反応などの１，３−シクロ付加反応によって形成される場合があるものが挙げられる。
本明細書に使用される際に、用語「置換」とは、指定の基または部分が１つまたは複数の適切な置換基を担持することを意味する。本明細書に使用される際に、用語「非置換」とは、指定の基が置換基を担持しないことを意味する。本明細書に使用される際に、用語「任意選択で置換」とは、指定の基が非置換であるか、または指定の数の置換基に置換されていることを意味する。用語「置換」が構造系を記載するために使用される際に、置換とは、系上の結合価の許容された任意の位置で起こることを意味する。本明細書に使用される際に、表現「１つまたは複数の置換基」とは、系上の結合価の許容された任意の位置で起こり得る、１から最大の可能な数の置換（複数可）を指す。ある実施形態では、「１つまたは複数の置換基」とは、１個、２個、３個、４個、または５個の置換基を意味する。別の実施形態では，１つまたは複数の置換基とは、１個、２個、または３個の置換基を意味する。
「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」または「置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」とは、本明細書に使用される際に、以下の部分から選択される基を意味する。
・（Ａ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
・（Ｂ）以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール：
ｉ．オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
ｉｉ．以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール：
１．オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
２．以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール：オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール。
「サイズの限定された置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「サイズの限定された置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」とは、本明細書に使用される際に、「置換基」について上に記載された置換基の全てから選択される基を意味し、そこでは、各置換または非置換のアルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルであり、各置換または非置換のヘテロアルキルは、置換または非置換の２員から２０員のヘテロアルキルであり、各置換または非置換のシクロアルキルは、置換または非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキルであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３員から８員のヘテロシクロアルキルであり、各置換または非置換のアリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、各置換または非置換のヘテロアリールは、置換または非置換の５員から１０員のヘテロアリールである。「低度の置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「低度の置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」とは、本明細書に使用される際に、「置換基」について上に記載された置換基の全てから選択される基を意味し、そこでは、各置換または非置換のアルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、各置換または非置換のヘテロアルキルは、置換または非置換の２員から８員のヘテロアルキルであり、各置換または非置換のシクロアルキルは、置換または非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキルであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３員から７員のヘテロシクロアルキルであり、各置換または非置換のアリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、各置換または非置換のヘテロアリールは、置換または非置換の５員から９員のヘテロアリールである。
実施形態によっては、本明細書中の化合物に記載されている置換された各基は、少なくとも１つの置換基によって置換されている。さらに具体的には、実施形態によっては、本明細書中の化合物に記載されている各置換アルキル、置換ヘテロアルキル、置換シクロアルキル、置換ヘテロシクロアルキル、置換アリール、置換ヘテロアリール、置換アルキレン、置換ヘテロアルキレン、置換シクロアルキレン、置換ヘテロシクロアルキレン、置換アリーレン、および／または置換ヘテロアリーレンが、少なくとも１つ置換基によって置換されている。他の実施形態では、これらの基のうち少なくとも１つまたは全てが、サイズの限定された少なくとも１つの置換基によって置換されている。他の実施形態では、これらの基のうち少なくとも１つまたは全てが、少なくとも１つのより低度の置換基によって置換されている。
本明細書の他の実施形態では、各置換または非置換のアルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルであることがあり、各置換または非置換のヘテロアルキルは、置換または非置換の２員から２０員のヘテロアルキルであり、各置換または非置換のシクロアルキルは、置換または非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキルであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３員から８員のヘテロシクロアルキルであり、各置換または非置換のアリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、および／または各置換または非置換のヘテロアリールは、置換または非置換の５員から１０員のヘテロアリールである。本明細書の化合物の実施形態によっては、各置換または非置換のアルキレンは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキレンであり、各置換または非置換のヘテロアルキレンは、置換または非置換の２員から２０員のヘテロアルキレンであり、各置換または非置換のシクロアルキレンは、置換または非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキレンであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキレンは、置換または非置換の３員から８員のヘテロシクロアルキレンであり、各置換または非置換のアリーレンは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリーレンであり、および／または各置換または非置換のヘテロアリーレンは、置換または非置換の５員から１０員のヘテロアリーレンである。
実施形態によっては、各置換または非置換のアルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、各置換または非置換のヘテロアルキルは、置換または非置換の２員から８員のヘテロアルキルであり、各置換または非置換のシクロアルキルは、置換または非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキルであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３員から７員のヘテロシクロアルキルであり、各置換または非置換のアリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、および／または各置換または非置換のヘテロアリールは、置換または非置換の５員から９員のヘテロアリールである。実施形態によっては、各置換または非置換のアルキレンは、置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキレンであり、各置換または非置換のヘテロアルキレンは、置換または非置換の２員から８員のヘテロアルキレンであり、各置換または非置換のシクロアルキレンは、置換または非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキレンであり、各置換または非置換のヘテロシクロアルキレンは、置換または非置換の３員から７員のヘテロシクロアルキレンであり、各置換または非置換のアリーレンは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリーレンであり、および／または各置換または非置換のヘテロアリーレンは、置換または非置換の５員から９員のヘテロアリーレンである。
原子価の満たされていないいかなる原子も、その原子の原子価を満たすために充分な数の水素原子を有するものと想定される。アルキル、Ｒ３やＲ５などのいかなる可変部も、本明細書に示される任意の式または記載の複数の場所に表される際には、各存在時のその可変部の定義は、他の各存在における定義とは無関係である。数値的な範囲は、本明細書に使用される際には、連続的な全体の数を含むことを意図される。例えば、「０から４まで」または「０〜４」と表現される範囲は、０、１、２、３、および４を含む。多機能の部分が示されている際には、コアへの付加の点は、線またはハイフンによって標示される。例えば、−ＯＨとは、酸素原子が残りの分子へのヒドロキシル基の付加の点となる部分を指す。
本明細書に示されるいかなる式も、構造式ならびにいくらかのバリエーションおよび形態によって図示される構造を有する化合物を表すことが意図される。例えば、本明細書のいかなる式の化合物も、不斉中心またはキラル中心を有し、それゆえ異なる立体異性体の形態で存在することがある。光学異性体、エナンチオマー、およびジアステレオマーを含めて、一般式の化合物の立体異性体、ならびにそれらの混合物は全て、その式の範囲内にあるものと考えられる。さらに、或る構造は、幾何異性体（すなわち、ｃｉｓ異性体およびｔｒａｎｓ異性体）として、互変異性体として、またはアトロプ異性体として、存在することがある。そのような異性体の形態およびそれらの混合物は全て、本発明の一部として本明細書に企図される。それゆえ、本明細書に示されるいかなる式も、ラセミ体、１つまたは複数のエナンチオマーの形態、１つまたは複数のジアステレオマーの形態、１つまたは複数の互変異性体もしくはアトロプ異性体の形態、およびそれらの混合物を表すことが意図される。
ジアステレオマー混合物は、物理化学的な差異に基づき、当業者に周知の方法によって、例えば、クロマトグラフィーおよび／または分別晶析法によって、個々のジアステレオマーに分離されてもよい。エナンチオマーは、適切な光学活性化合物（例えば、キラルアルコールやモッシャー酸塩化物などのキラル補助剤、またはジアステレオマー塩の混合物の形成）を用いた反応によりエナンチオマー混合物をジアステレオマー混合物に変換し、ジアステレオマーを分離し、個々のジアステレオマーを対応の純粋なエナンチオマーに変換する（例えば、加水分解または脱塩する）ことによって分離されてもよい。エナンチオマーはまた、キラルＨＰＬＣカラムを使用することによって分離されてもよい。本発明の化合物のキラル中心は、ＩＵＰＡＣ１９７４の推奨に規定されている通りに「Ｒ」または「Ｓ」と称されてもよいし、ペプチドの文献に合わせて「Ｄ」または「Ｌ」の名称としてもよい。
本明細書に使用される際に、下付き文字と共に描かれた構造の一部の周囲の枠は、枠内に表示される構造的フラグメントが、下付き文字の通りに繰り返されることを示す。例えば、準構造：
［上式で、ｘは、０、１、または２である］は、フラグメントがその構造にはないか、−フラグメント−でるか、−フラグメント−フラグメント−であることを標示する。例えば、式ＶＩＩ内では、以下の準構造：
［上式で、ｐが０または１である］は、枠内の−Ｘ−Ｈ−基がその構造にはない（ｐが０である）か、または１回のみ存在する（ｐが１である）ことを意味する。
本発明の化合物は、医薬的に許容可能な塩を形成することができ、この塩も本発明の範囲内にある。「医薬的許容可能な塩」とは、非毒性であり、生理的に耐容可能であり、それを製剤化した医薬組成物と相容性であり、かつその他製剤および／または対象への投与に適している、本明細書に記載の化合物の遊離酸または遊離塩基の塩を指す。本明細書の化合物についての言及は、別段に示されていない限り、前記化合物の医薬的に許容可能な塩についての言及を含むことが理解される。
化合物塩としては、無機酸および／または有機酸を用いて形成される酸性塩、ならびに無機塩基および／または有機塩基を用いて形成される塩基性塩が挙げられる。さらに、所与の化合物が、以下に限定されないがピリジンやイミダゾールなどの塩基性部分と、以下に限定されないがカルボン酸などの酸性部分との両方を含有する際に、当業者は、その化合物が双性イオン（「内塩」）として存在する場合があることを認識することになる。そして、そのような塩は、本明細書に使用されるような用語「塩」の中に含まれる。本発明の化合物の塩は、例えば、塩が中で沈殿する媒質中でまたは水性媒質中で、ある量の、例えば同量などの適切な酸または塩基に化合物を反応させた後、凍結乾燥することによって、調製することができる。
例示的な塩としては、以下に限定されないが、硫酸塩、クエン酸塩、酢酸塩、シュウ酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硝酸塩、硫酸水素塩、リン酸塩、酸性リン酸塩、イソニコチン酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、酸性クエン酸塩、酒石酸塩、オレイン酸塩、タンニン酸塩、パントテン酸塩、酒石酸水素塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、ゲンチシン酸塩、フマル酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、サッカリン酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩（「メシル酸塩」）、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、およびパモ酸塩（すなわち、１，１’−メチレン−ビス（２−ヒドロキシ−３−ナフトアート））が挙げられる。医薬的に許容可能な塩は、酢酸イオン、コハク酸イオンや他の対イオンなど、別の分子の含有を伴うことがある。対イオンは、親化合物上の電荷を安定させる任意の有機または無機部分であることがある。さらに、医薬的に許容可能な塩は、その構造中に１個超の荷電原子を有することがある。複数の荷電原子が医薬的に許容可能な塩の一部である場合は、複数の対イオンを有することができる。したがって、医薬的に許容可能な塩は、１つもしくは複数の荷電原子および／または１つもしくは複数の対イオンを有することができる。
例示的な酸付加塩としては、酢酸塩、アスコルビン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、硫酸水素塩、ホウ酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、フマル酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、ナフタレンスルホン酸塩、硝酸塩、シュウ酸塩、リン酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩（トシル酸塩としても知られる）などが挙げられる。
例示的な塩基性塩としては、アンモニウム塩；ナトリウム塩、リチウム塩やカリウム塩などのアルカリ金属塩；カルシウム塩やマグネシウム塩などのアルカリ土類金属塩；ジシクロヘキシルアミン、ｔ−ブチルアミンなどの有機塩基（例えば有機アミン）を有する塩；ならびにアルギニン、リジンなどのアミノ酸との塩などが挙げられる。塩基性窒素含有基は、低級アルキルハロゲン化物（例えば、塩化、臭化、およびヨウ化メチル、エチル、およびブチル）、ジアルキル硫酸塩（例えば硫酸ジメチル、ジエチルおよびジブチル）、長鎖ハロゲン化物（例えば、塩化、臭化、およびヨウ化デシル、ラウリル、およびステアリル）、アルキルハロゲン化物（例えば、臭化ベンジルおよびフェネチル）などの剤で四級化することができる。
医薬化合物から医薬的に有用な塩を形成するのに適すると一般に考えられている酸および塩基は、例えば、Ｐ．Ｓｔａｈｌら、Ｃａｍｉｌｌｅ Ｇ．（編）Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳａｌｔｓ．Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ．（２００２年）チューリヒ：Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ；Ｓ．Ｂｅｒｇｅら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（１９７７年）６６巻（１）１〜１９頁；Ｐ．Ｇｏｕｌｄ、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊ．ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ（１９８６年）３３巻、２０１〜２１７頁；Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｔｈｅ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９６年）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク；およびＯｒａｎｇｅ Ｂｏｏｋ（米国食品医薬品局、メリーランド州、ＦＤＡから入手可能）により議論されている。これらの開示は、参照により本明細書に組み込まれている。
本明細書に記載の化合物はいずれも、そのような化合物の任意の非溶媒和形態、または水和物、溶媒和物、もしくは多形、およびその混合物も指すことが、そのような形態が明確に列挙されていなくても意図されている。「溶媒和物」は、本発明の化合物と１つまたは複数の溶媒分子との物理的な会合を意味する。この物理的な会合は、水素結合を含めて、様々な程度のイオン結合および共有結合を含む。ある場合には、例えば１つまたは複数の溶媒分子が結晶質固体の結晶格子中に組み込まれている際には、溶媒和物を単離することが可能となる。「溶媒和物」は、溶液相および単離可能な溶媒和物の両方を包含する。適切な溶媒和物としては、水、エタノールなどの医薬的に許容可能な溶媒と共に形成されるものが挙げられる。実施形態によっては、溶媒は水であり、溶媒和物は水和物である。
本明細書に示される式はいずれも、化合物の標識されていない形態、ならびに同位体標識された形態をも表すことが意図されている。同位体標識された化合物は、選択された原子質量または質量数を有する原子に１つまたは複数の原子が置き換えられていることを除いて、本明細書に示される式によって図示される構造を有する。本発明の化合物内に組み込むことができる同位体の例としては、水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素、塩素、およびヨウ素の同位体が挙げられ、それらはそれぞれ、２Ｈ、３Ｈ、１１Ｃ、１３Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、１７Ｏ、３１Ｐ、３２Ｐ、３５Ｓ、１８Ｆ、３６Ｃｌ、および１２５Ｉなどである。そのような同位体で標識された化合物は、代謝研究（例えば１４Ｃを用いる）、反応速度論研究（例えば２Ｈまたは３Ｈを用いる）、薬剤もしくは基質の組織分布アッセイを含む検出もしくはイメージング手法［陽電子放射型断層撮影法（ＰＥＴ）や単光子放射型コンピューター断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）など］において、または患者の放射線治療において、有用である。具体的には、１８Ｆまたは１１Ｃで標識された化合物は、ＰＥＴまたはＳＰＥＣＴ研究に特に適することがある。さらに、ジュウテリウム（すなわち２Ｈ）などのさらに重い同位体で置換することによって、代謝安定性がさらに大きくなる結果、例えばｉｎ ｖｉｖｏ半減期が増すかまたは必要投薬量が低減される結果、ある種の治療上の利点を得ることがある。この発明の同位体標識された化合物、およびそのプロドラッグは、一般に、下記に記載されるスキーム、または実施例および調製に開示されている手順を実施することによって調製することができ、この手順を、容易に利用可能な同位体標識された試薬を同位体標識されていない試薬の代わりに用いることによって実施する。
ＶＩＩ．実施例
以下の実施例は、例証の目的のためにのみ含まれ、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１ メディトープＦｃの結合
ポリグリシン−セリンリンカーを介してメディトープをＦｃドメインのＮ末端に融合することによって、メディトープ−Ｆｃ構築物を生成した。このメディトープ−Ｆｃ構築物の遺伝子を、ＤＮＡ２．０により構築し（３７残基のリンカーを介してｃＱＦＤメディトープをヒトＩｇＧガンマ重鎖３（受入番号ＡＡＷ６５９４７）残基２２〜２４１に連結した）、ｐＡｃＧＰ６７Ａベクター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）内にクローニングし、Ｓｆ９細胞中で生産した。プロテインＡおよびサイズ排除クロマトグラフィーを用いて、タンパク質を精製した。メディトープ−Ｆｃは、以下の配列番号５７（下記にリーダー（「Ｇ」）を１位に、メディトープを太字で、リンカーをイタリック体で、Ｆｃ部分を平明な文字で示す）に記載のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
ＧＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣＧＧＳＲＳＧＧＴＳＧＧＧＳＶＰＧＳＧＳＳＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＳＧＱＡＳＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号：５７）。
この構築物を用いて、セツキシマブＦａｂ、ＥＧＦＲｄｌｌｌ、およびメディトープが複合体を形成することが、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によって実証された。メディトープ−Ｆｃ構築物を、ＥＧＦＲｄｌｌｌとセツキシマブＦａｂとの化学量論的複合体に添加すると、新しいピークが観察され、それは、Ｆａｂ−ＥＧＦＲｄｌｌｌ複合体よりもはるかに早く溶出され、水力学的な量の増加に一致した。この新しいピークのＳＤＳ−ＰＡＧＥでは、３つのタンパク質全ての存在が示された。これらの研究によって、メディトープが抗原認識に大きくは干渉しなかったことがさらに裏付けられた。
実施例２ メディトープ利用可能なトラスツズマブの生成
メディトープ結合部位をヒトｍＡｂフレームワーク上に移植して、メディトープ利用可能抗体（メディトープ利用可能抗体）、特にメディトープ利用可能抗体トラスツズマブを生成した。セツキシマブおよびトラスツズマブの配列をアラインメントして、配列の同一性をトラスツズマブの原子モデル（１Ｎ８Ｚ、Ｃｈｏら、Ｎａｔｕｒｅ、４２１巻、７５６〜７６０頁（２００３年）を参照）上にマッピングした。このマッピングと、ｃＱＦＤ−セツキシマブおよびトラスツズマブの構造の重ね合わせとに基づいて、セツキシマブとトラスツズマブの間で異なっており、かつその側鎖がメディトープと直接的な接触を成すか、またはメディトープの結合に間接的に影響を及ぼす可能性がある、１３の（１３）残基を特定した。これらの残基は、軽鎖中のＴｈｒ４０、Ａｓｎ４１、Ａｓｐ８５（上記を参照）；非結合のリン酸基を配位し、例によっては軽鎖中のＴｈｒ４０およびＡｓｎ４１を含有するループを安定化する、軽鎖中のＡｒｇ３９およびＡｒｇ４５；メディトープ中のＬｅｕ１０の側鎖の近くの浅い疎水性表面の形成に関わるＶａｌ９およびＩｌｅ１０；および軽鎖のＧｌｙ４２、Ｓｅｒ４３、Ｉｌｅ８３、およびＡｌａ１００；ならびに重鎖のＳｅｒ４０およびＩｌｅ８９である。このメディトープ利用可能抗体の軽鎖配列は、配列番号３０３に記載され、重鎖は、配列番号３０４に示されている（メディトープペプチド配列およびリンカー配列を含まず）。
トラスツズマブ配列中の同等の位置を変異させ（Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、軽鎖中のＴｈｒ４０、Ａｓｎ４１、Ａｓｐ８５、Ａｒｇ３９、Ａｒｇ４５、Ｉｌｅ９、Ｌｅｕ１０、Ｇｌｙ４２、Ｓｅｒ４３、Ｉｌｅ８３、およびＡｌａ１００、ならびに重鎖中のＳｅｒ４０およびＩｌｅ８９に）、タンパク質を生産し精製した。ＳＰＲを用いたところ、ｃＱＦＤメディトープがセツキシマブと同様の親和性（ＫＤ＝１．２μΜ）で移植トラスツズマブＦａｂに結合することが示された。また、メディトープ利用可能なトラスツズマブＦａｂが、商用供給源から単離されたＦａｂと同様の親和性で可溶性ＨＥＲ２に結合することが観察され、このことにより、それらの変異が抗原結合に悪影響を及ぼさないことが確認された。メディトープ利用可能なトラスツズマブ、ｓＨＥＲ２、およびメディトープ−Ｆｃが共溶出されることが、サイズ排除クロマトグラフィーによって実証された。
点変異がＦａｂの全体構造を大きくは乱さないことをさらに確かめるために、トラスツズマブのメディトープ利用可能抗体のＦａｂを、ｃＱＦＤメディトープの有るものと無いもので結晶化した。良好に回折する結晶を、プロテインＡおよびプロテインＬの存在下で得て、結晶化を促進した。欠如したメディトープ利用可能抗体トラスツズマブおよびメディトープ含有複合体の構造を、それぞれ１．９５Åおよび２．０Åで解析した。プロテインＡおよびプロテインＬに結合した親のトラスツズマブＦａｂも結晶化し、分解能２．０８Åに解析した。欠如した親トラスツズマブＦａｂまたはＨＥＲ２に結合した親トラスツズマブＦａｂ（２２）のどちらかを、「欠如した」メディトープ利用可能抗体トラスツズマブに重ね合わせると、全体構造には僅かな変化が明示されたに過ぎなかった（４３３番および４３１番のＣα原子にわたってそれぞれＲＭＳＤ＝０．２２Åおよび０．５６Å）。「欠如した」かつメディトープでリガンドされたメディトープ利用可能抗体トラスツズマブを重ね合わせると、セツキシマブに観察されたのと同様に、メディトープの占有によって重鎖のループ（残基ｓ３９−４４）が開かれた立体配座に安定化され、一部が僅かに高いＲＭＳＤを占めることが示された。さらに重要なことに、配列マッピングによって特定された残基（Ｔｈｒ４０、Ａｓｎ４１、およびＡｓｐ８５）は、「欠如した」かつメディトープでリガンドされたメディトープ利用可能抗体は、本質的に、セツキシマブでのカウンターパートと同じ位置にあり、メディトープとの同様の相互作用を形成していた。メディトープの重要な側鎖回転異性体もまた、本質的に、ｃＱＦＤ−セツキシマブの構造にあるものと同じであった。セツキシマブにあったように、ＣＤＲループの大きな変化は観察されなかった。
これらのデータは、抗原結合に大きく影響を及ぼすことなく、メディトープ結合部位をヒトのＦａｂのフレームワーク上に移植することに成功したことを示す。メディトープ部位の移植の成功によって、回折データおよび相互作用の特異性を通じて得られた当初のセツキシマブ−メディトープモデルが、さらに妥当であるものと認められた。このデータによって、アビディティーを介してメディトープ結合親和性を増強することの実行可能性がさらに裏付けられ、二価のメディトープが、抗原を過剰発現する細胞に対し、同系のメディトープ利用可能抗体の存在下だけでではなく、特異的であり、かつ高い親和性で結合することが示された。
実施例３ メディトープ融合抗体の架橋を用いた抗体内在化の増加
ＳｎＡＰボディ（リンカーを介して重鎖のＮ末端に融合されたメディトープを含む、メディトープ利用可能抗体）を、標的抗原を発現する細胞によって内在化される能力について検討した。
Ａ．抗体の生産
３種の異なる抗体を哺乳類発現系で生産した。各抗体は、配列番号２５４のアミノ酸配列を含む、メディトープ利用可能なゲムツズマブ軽鎖を含んでいた。ＳｎＡＰボディ・バリアント１は、リンカーを介してメディトープに融合されたメディトープ利用可能なゲムツズマブＩｇＧｌ重鎖配列（配列番号２５５）を含む、重鎖を有していた。ＳｎＡＰボディ・バリアント２は、リンカーを介してメディトープに融合されたメディトープ利用可能なゲムツズマブＩｇＧｌ重鎖配列（配列番号２５６）を含む重鎖を有していた。対照抗体は、メディトープ利用可能なゲムツズマブＩｇＧｌ重鎖のアミノ酸配列（配列番号２５７）を有したが、メディトープまたはＮ末端に融合されるリンカーを含まなかった。
配列番号２５４〜２５７をコードする核酸を、ＥＢＶ複製起点を含有するＣＭＶベースのｐＣＥＰ４発現ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）内にクローニングした。発現ベクターをヒト胚性腎臓２９３細胞株（ＨＥＫ−２９３）内にトランスフェクションし、この操作には、１μｇのエンドトキシン不含ＤＮＡでのＥｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス（ＥＢＶ）／１０６個の細胞が含まれ、ポリエチレンイミンのトランスフェクション試薬（ＦｕＧＥＮＥ（登録商標）ＨＤ、Ｐｒｏｍｅｇａ）が使用された。２５μｇ／ｍＬ ハイグロマイシンＢ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）および０．１％Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）Ｆ６８（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補ったＦＲＥＥＳＴＹＬＥ（登録商標）２９３発現培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カールスバッド、カリフォルニア州）中で、細胞を６日間から７日間培養した。次いで、細胞の培養上清を、０．２２μΜフィルターを用いて滅菌し、精製まで４℃で保存した。
抗体を、タンパク質Ａカラムに続いてサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）カラムで精製し、純度９５％かつエンドトキシンレベル＜ｌＥＵ／ｍｇの産物を得た。抗体を、２０ｍＭ ヒスチジンおよび５％ショ糖を含有する滅菌緩衝液中に、終濃度５ｍｇ／ｍＬで製剤化した。濃度を分光測光法（Ｎａｎｏｄｒｏｐ ２０００ｃ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）によって決定した。無傷の抗体が生産されたことを、標準的なタンパク質ゲル上で可視化することによって確認した。
Ｂ．抗体の標識化
ＳｎＡＰボディ・バリアント１、ＳｎＡＰボディ・バリアント２、および対照抗体を、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）Ｒｅｄ ＳＥ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，ウォルサム、メリーランド州）を用いて、製造業者の指示書に従って標識した。ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）染料は、ｐＨ感受性であり、その蛍光は、ｐＨの減少に伴って増加する。そのため、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識抗体の蛍光の定量は、抗体のエンドサイトーシスの率を示す。簡単に述べれば、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）を乾燥ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で調製して、終濃度２〜５μΜの染料とした。２ｍｇの抗体を、２ｍＬのリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）にｐＨ９で溶解した。次いで、ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）染料を、４回の５０ｕＬの増分でゆっくりと抗体溶液に添加し、各添加に対し１５分間、室温で振動させながらインキュベーションした。
Ｃ．蛍光顕微鏡観察
ＣＤ３３を発現するＨＬ−６０細胞を、氷上でインキュベーションした後、抗体を添加した。細胞を、蛍光顕微鏡観察のためにｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識されたＳｎＡＰボディ・バリアント１、ＳｎＡＰボディ・バリアント２、または対照抗体で染色し、受容体を介した抗体エンドサイトーシス率を決定した。標識された細胞を、３７℃の水浴中で１５分間インキュベーションした。細胞を氷冷緩衝液（１％ＢＳＡを補ったＰＢＳ）で洗浄し、１００μＬの緩衝液に再懸濁し、１００μＬの４％パラホルムアルデヒドの添加によって固定した。次いで、細胞を、１スライド当たり８穴（０．７ｃｍ２／穴）を備えたイメージング用のＮｕｎｃ（登録商標）Ｌａｂ−Ｔｅｋ（登録商標）ＩＩチャンバースライドシステムに添加した。その後、スライドをＦｌｕｏｒｏｍｏｕｎｔ Ｇ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、バーミングハム、アラバマ州）中にマウントした。
ｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識抗体用の適切な波長設定を使用し、共焦点顕微鏡を用いて、図７Ａに示すように細胞をイメージングした。Ｚセクショニングによって、内在化された物質を可視化させ、同じ所定の高さで全ての定量測定を行った。３０個超の細胞を可視化して、各可視化事例について、３つの共焦点視野を用いて各時点で定量化した。イメージングされた各細胞の蛍光を、ＩｍａｇｅＪを用いて計算し、各状態について平均化し、対照に対し正規化した。ＳｎＡＰボディ・バリアント１の総染色は、対照の２．５倍超の大きさであった。ＳｎＡＰボディ・バリアント２の総染色は、図７Ｂに示すように対照の２．０倍超であった。この結果は、ＨＬ−６０細胞が、自己架橋ＳｎＡＰボディを非架橋の対照抗体．の２倍超の率で内在化させることを示す。
実施例４ メディトープ融合抗体の架橋を使用した抗体の内在化の増加
ＣＤ３３を発現するＨＬ−６０細胞を、氷上でインキュベーションした後、抗体を添加した。細胞を、実施例１に記載されたようにフローサイトメトリー分析用にｐＨｒｏｄｏ（登録商標）標識ＳｎＡＰボディ・バリアント１、ＳｎＡＰボディ・バリアント２、または対照抗体を用いて染色して、受容体を介した抗体のエンドサイトーシスの率を決定した。標識細胞を３７℃の水浴中で１５分間インキュベーションした。細胞を氷冷緩衝液（１％ＢＳＡを補ったＰＢＳ）で洗浄して、１００μＬの緩衝液中に再懸濁した。
細胞を、ＣｙｔｏＦＬＥＸフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて分析し、ＦｌｏＪｏバージョン９を用いてヒストグラムで解析した。自己架橋性抗体（ＳｎＡＰボディ・バリアント１および２）のデータでは、対照に比べて強度の増加した追加のピークが示され、このことは、ＨＬ−６０細胞が対照に比べて増加した率で自己架橋性抗体を内在化することを示す（図８）。
実施例５ メディトープ−抗体融合体を使用した抗体の架橋の増加
４種の異なる抗体を哺乳類発現系で生産した。各抗体はは、配列番号２５４のアミノ酸配列を含む、メディトープ利用可能なゲムツズマブ軽鎖を含んでいた。ＳｎＡＰボディ・バリアント１および２を、実施例１に記載されたように生産した。ＳｎＡＰボディ・バリアント３は、リンカーを介してメディトープに融合されたメディトープ利用可能なゲムツズマブＩｇＧｌ重鎖配列（配列番号２７９）を含む、重鎖を有していた。対照抗体は、メディトープ利用可能なゲムツズマブＩｇＧｌ重鎖のアミノ酸配列（配列番号２５７）を有したが、メディトープまたはＮ末端に融合されるリンカーを含まなかった。配列を発現ベクター内にクローニングして、実施例１に記載されたように発現した。
次いで、Ｓｅｐａｘ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから得たＳＲＴ−１０Ｃ ＳＥＣカラムを使用したサイズ排除クロマトグラフィーによって、抗体を精製し分析した。このカラムは、親水性かつ中性のナノメートル厚さのフィルムで被覆された５〜１０μｍのシリカ粒子を含有していた。この粒子はまた、１００Åの孔を含有していた。カラムをまず、ヒスチジン−ショ糖緩衝液（ヒスチジン２０ｍＭ、ｐＨ６、ショ糖５％）で平衡化した。試料をロードし、同じ緩衝液中１ｍＬ／分で溶出した。２８０ｎＭに設定したＵＶ検出器を用いて、クロマトグラムを記録した。
データでは、ゲムツズマブ対照抗体が単一のモノマーのピークとして溶出したのに対し（図９Ａ）、より小さい早期のピークによって明示されるように、自己架橋ＳｎＡＰボディ・バリアント１、２、および３は、二量体および多量体を形成することができることが示された（それぞれ図９Ｂ〜図９Ｄ）。
実施例６ 抗体の自己架橋は濃度依存的とすることができる
実施例１で得たＳｎＡＰボディ・バリアント１、ＳｎＡＰボディ・バリアント２、および対照ゲムツズマブ抗体を、リン酸緩衝生理的食塩水溶液中１ｎＭおよび１００ｎＭの試料としてそれぞれ調製した。このＰＢＳは、１３７ｎＭのＮａＣｌ、２．７ｍＭのＫＣ１、１０ｍＭのＮａ２ＨＰＯ４、および１．８ｍＭのＫＨ２ＰＯ４を含有していた。各試料を、６２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、２５％グリセロール、および１％ブロモフェノールブルーからなる等体積の２×試料緩衝液と、それら混合した。次いで、ラン用緩衝液（５０ｍＭ ＢｉｓＴｒｉｓ、１０ｍＭトリシン、ｐＨ６．８）を含有するゲル電気泳動チャンバー中、ポリアクリルアミドゲル［３〜１２％ポリアクリルアミド勾配ＮａｔｉｖｅＰＡＧＥ（登録商標）Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ Ｇｅｌｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）］内に試料をロードした。ゲルを１５０Ｖ一定で９０〜１１５分間ランさせた。次いで、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから得たＰｉｅｒｃｅ銀染色キット（カタログ番号２４６１２）を用いて、製造業者の指示書に従って、ゲルを染色した。
その結果、自己架橋性抗体が、濃度依存的に、二量体、三量体、および四量体を含めて多量体を形成することが示された（図１０）。対照ゲムツズマブ抗体のみが単量体を形成し、自己架橋しなかった。．
実施例７ 抗体の自己架橋は遊離メディトープペプチドによって変調させることができる
実施例１および３で得たＳｎＡＰボディ・バリアント１、ＳｎＡＰボディ・バリアント２、および対照ゲムツズマブ抗体を、リン酸緩衝生理的食塩水溶液中１００ｎＭの試料としてそれぞれ調製した。次いで、遊離メディトープ（ｃＱＦＤ、配列番号１）を、試料の１つに終濃度１μＭで添加し、３０分間インキュベーションした。各試料を、６２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、２５％グリセロール、および１％ブロモフェノールブルーからなる等体積の２×試料緩衝液と、それら混合した。次いで、ラン用緩衝液（５０ｍＭ ＢｉｓＴｒｉｓ、１０ｍＭトリシン、ｐＨ６．８）を含有するゲル電気泳動チャンバー中、ポリアクリルアミドゲル［３〜１２％ポリアクリルアミド勾配ＮａｔｉｖｅＰＡＧＥ（登録商標）Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ Ｇｅｌｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）］内に試料をロードした。ゲルを１５０Ｖ一定で９０〜１１５分間ランさせた。次いで、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから得たＰｉｅｒｃｅ銀染色キット（カタログ番号２４６１２）を用いて、製造業者の指示書に従って、ゲルを染色した。
その結果、自己架橋性抗体の自己架橋能に遊離メディトープが干渉できることが示された。ＳｎＡＰボディ・バリアント１、２、および３は、遊離メディトープの非存在下で、二量体、三量体、および四量体を形成する能力をそれぞれ示す（図１１）。しかし、過剰の遊離メディトープが添加された際に、検出可能な多量体は殆どまたは全くなかった。
実施例８ ヌードマウスの卵巣異種移植モデルにおけるＳｎＡＰボディの効能
この試験は、ＨＥＲ２発現ＳＫ−ＯＶ−３−Ｌｕｃ卵巣の皮下異種移植モデルに対するＡＤＣ構築物の効能を評価するために、生物発光イメージングおよび古典的な腫瘍のノギス測定を使用して実施した。６５頭の４週齢の雌の胸腺欠損ヌードを、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒから入手した。標準的な組織培養手法を用いて、ＳＫ−ＯＶ−３−Ｌｕｃ細胞を拡大培養した。移植の当日に、３０％マトリゲルを含む不完全培地中の２．５×１０６個の細胞を、各マウスの右脇腹下部に移植した。動物は、処置のために、ｐｉ１０日目での総フラックス（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ ＩＶＩＳ Ｌｕｍｉｎａ ＸＲＭＳ ＩＩ）に基づき、マウス８頭からなる７つの群に階層化した。動物を週２回、腫瘍の測定と併せて秤量した。生物発光イメージングを週１回実施した。腫瘍の質量を、以下の式を用いて算出した。
質量（ｍｇ）＝腫瘍体積（ｍｍ３）＝ｄ２×Ｄ／２［上式でｄおよびＤは、それぞれ最短および最長のｍｍ直径である］
動物を以下の表に従って処置した（ＢＩＷ：週２回；ＱＷ：週１回、ＤＭ１：メルタンシン、ＭＭＡＤ：モノメチルオーリスタチンＤ、ＡＤＣ：抗体−薬剤コンジュゲート）
ＭＢＩ Ｈｅｒ２ Ｓｎａｐｂｏｄｙの配列は、配列番号３０３および３０４に示されている。ＭＢＩ Ｈｅｒ２抗体の軽鎖および重鎖は、Ｓｎａｐｂｏｄｙと同じであるが、Ｈｅｒ２抗体は、メディトープおよびリンカー配列を含まない（同様に実施例２の記載を参照）。結果を図１２に示した。腫瘍は、ｐｉ１０日目に生物発光によって検出可能であった。媒体群の腫瘍体積は、試験の終了まで増加し続けた。ｐｉ６６日目に媒体群と比べると、グループ２（Ｇ２、９ｍｇ／ｋｇでトラスツズマブを処置）のＨＥＲ２発現腫瘍は、完全な退縮を示した。カドサイラ（マイタンシノイド毒素にコンジュゲーションされたトラスツズマブ）は、３ｍｇ／ｋｇで効能を示した。ＡＤＣおよびＳｎＡＰボディによる治療群は全て、腫瘍成長の低減または抑制を示した。腫瘍は、より早くパクリタキセル（２０ｍｇ／ｋｇ）に応答したが、全体的に最小限（２．８０％ＴＧＩ、ｐｉ５２日目）の阻害を示した。殆どの動物が、試験を通じて各処置に対し副作用を示さず、全ての群の体重が、試験の終了まで増加し続けた（図１３）。
この試験は、ＨＥＲ２発現卵巣の皮下異種移植モデルに対するＡＤＣ構築物の効能を実証している。個々の抗体およびＡＤＣは、予想された効能を示した。ＭＢＩ ＡＤＣおよびＳｎＡＰボディによる治療群は全て、腫瘍成長の低減または抑制を示した。カドサイラ（旧来のＡＤＣコンジュゲーション）とＭＢＩ ＤＭ１コンジュゲートＡＤＣとは、同様に比肩する結果を示し、このことは、ＳｎＡＰボディ技術が抗体の活性を保持することを実証している。
本発明は、具体的に開示された実施形態の範囲に限定されることを意図するものではなく、これらの実施形態は、例えば、本発明の様々な態様を説明するために提供されている。記載されている組成物および方法への様々な改変は、本明細書の記載および教示から明らかになろう。そのようなバリエーションは、本開示の真の範囲および趣旨から逸脱することなく実践されることがあり、本開示の範囲内にあることを意図するものである。

Claims (114)

  1. 各鎖がアミノ末端を含む、重鎖可変(ＶＨ)領域、重鎖定常領域(CH)またはその部分を含む重鎖、および軽鎖可変(ＶＬ)領域を含む軽鎖;
    メディトープ結合部位;
    カルボキシ末端、剛性のアルファヘリックス型セグメント、第1のフレキシブルな不定形セグメント、およびアミノ末端を含み、前記カルボキシ末端が、前記重鎖または前記軽鎖のアミノ末端に係合されているリンカー;および
    前記リンカーのアミノ末端に係合され、メディトープ結合部位に結合しない、環状ペプチド
    を含む組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  2. 前記リンカーのカルボキシ末端および前記環状ペプチドは、約１０〜１００オングストロームおよび１０〜８０オングストロームを含めて、１０〜１２０オングストロームの間の距離で隔てられている、請求項１に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  3. 前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントは、前記リンカーのカルボキシ末端を含む、請求項１〜２のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  4. 前記リンカーの第１のフレキシブルな不定形セグメントは、前記リンカーのアミノ末端を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  5. 前記軽鎖または重鎖のアミノ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのカルボキシ末端に係合され、
    前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのアミノ末端に係合され、
    前記環状ペプチドは、前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に係合されている、
    請求項１〜３のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体。
  6. 前記リンカーは、第２のフレキシブルな不定形セグメントをさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  7. 前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントは、前記リンカーのカルボキシ末端を含む、請求項６のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  8. 前記軽鎖または重鎖のアミノ末端は、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントのカルボキシ末端に係合され、
    前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントのアミノ末端に係合され、
    前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントのカルボキシ末端は、前記リンカーの剛性のアルファヘリックス型セグメントのアミノ末端に係合され、
    前記環状ペプチドは、前記リンカーのアミノ末端に係合されている、
    請求項６または７に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体。
  9. 前記剛性のアルファヘリックス型セグメントは、配列番号２６６〜２７４からなる群より選択される配列を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  10. 前記リンカーの前記第１のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５を含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  11. 前記リンカーの前記第２のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５を含む、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  12. 前記環状ペプチドは、第２のメディトープ利用可能な抗体のメディトープ結合部位に結合することが可能である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  13. 前記環状ペプチドは、メディトープを含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  14. 式：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
    を有し、上式で、
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
    Ｘ２は、Ｇｉｎまたは空であり；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｉｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
    Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｉｎ；Ｇｌｕ；β，β’ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である、
    ペプチドを含む、請求項１３に記載のメディトープ。
  15. 配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、および２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそこから得られる環状ペプチドを含む、請求項１に記載のメディトープ。
  16. 前記重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２６０〜２６１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２５８〜２５９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記剛性のアルファヘリックス型セグメントは、配列番号２６６〜２７４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記第１のフレキシブルな不定形セグメントは、配列番号２６５のアミノ酸配列を含み；
    前記環状ペプチドは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそこから得られる環状ペプチドを含む、
    請求項１〜１５のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  17. 配列番号２５５、２５６、２７７、２７８、２７９、２８０、または２８２のアミノ酸配列を含む重鎖を含む、組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  18. 前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、特異的に細胞表面抗原に結合する、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  19. 前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、それらの細胞または組織の疾患または状態が発現する抗原に特異的に結合する、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント。
  20. 前記疾患または状態はがんである、組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメント請求項１９。
  21. 前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントが、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、およびウレルマブからなる群より選択される抗体またはその抗原結合フラグメントと、抗原結合について競合するか、もしくは同じエピトープへ結合するか；または
    前記メディトープ利用可能抗体またはフラグメントが、ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−アルファ、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン２受容体ａ鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、ＣＤ３０、ＩＬ−１ベータ、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫリガンド、Ｃ５もしくは他の補体タンパク質、ＣＤ１１ａ、アルファｖベータ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ１５、ＣＤ２０、インターフェロンガンマ、ＣＤ３３、ＣＡ−ＩＸ、ＣＴＬＡ−４、ＩＬ−５、ＣＤ３イプシロン、ＣＡＭ、アルファ−４−インテグリン、ＩｇＥ、ＩｇＥ Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗原、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）のＦ（または融合）タンパク質、ＮＣＡ−９０（顆粒球細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ベータ−アミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のアルファサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−アルファ、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＣＤ３２６、ＣＤ１９、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７からなる群から選択される抗原に特異的に結合する、
    請求項１〜２０のいずれか１項に記載のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメント。
  22. 前記メディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、治療剤または診断剤に係合されている、請求項１〜２１のいずれか１項に記載のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメント。
  23. 前記環状ペプチドは、治療剤または診断剤に係合されている、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメント。
  24. 前記治療剤が、化学療法剤、治療抗体、毒素、放射活性同位体、、酵素、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、染料、金属、金属合金、およびナノ粒子からなる群より選択されるか；または
    前記診断剤が、蛍光基質、発光基質、染料、および放射活性同位体からなる群より選択されるイメージング剤である、
    請求項２２または２３に記載のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメント。
  25. 第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとを架橋する方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体であり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープに接触させ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることを含む、方法。
  26. 細胞表面抗原の寄与を変えるための方法であって、
    細胞表面抗原を含む細胞を、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること；および
    前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原の寄与を変えること
    を含む方法。
  27. 細胞表面抗原または細胞表面受容体の共局在を増加させるための方法であって、
    細胞表面抗原を含む細胞を、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること；および
    前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原の共局在を増加させること
    を含む方法。
  28. メディトープ利用可能抗体の細胞への内在化を増加させるための方法であって、
    細胞表面抗原を含む細胞を、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること；および
    前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記細胞表面抗原に結合する第１および第２のメディトープ利用可能抗体の細胞への内在化を増加させること
    を含む方法。
  29. 細胞表面抗原の細胞への内在化を増加させるための方法であって、
    細胞表面抗原を含む細胞を、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントに接触させることであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、前記細胞表面抗原に結合することが可能であること；および
    前記複数のメディトープ利用可能抗体の第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体由来の第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体を架橋させることにより、前記第１および第２の細胞表面抗原の細胞への内在化を増加させること
    を含む方法。
  30. 抗体療法の効能を増加させる方法であって、
    請求項１〜２４のいずれか１項に記載の有効量の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントを、それを必要とする対象に投与することであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、細胞表面抗原に結合することが可能であること；
    細胞表面抗原を含む細胞を、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのうちの第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはフラグメントに接触させること；および
    前記第１のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体のうちの第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２の抗体を架橋させることにより、前記抗体療法の効能を増加させること
    を含む方法。
  31. 対象で所望の治療効果を達成するのに必要な抗体療法の投薬量を減少させる方法であって、
    請求項１〜２４のいずれか１項に記載の有効量の複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントを、それを必要とする対象に投与することであって、前記組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントは、細胞表面抗原に結合することが可能であること；
    細胞表面抗原を含む細胞を、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのうちの第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはフラグメントに接触させること；および
    前記第１のメディトープ利用可能抗体または抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を、前記複数のメディトープ利用可能抗体のうちの第２のメディトープ利用可能抗体から得られるメディトープに接触させて、その結果、前記第１と第２の抗体の架橋を生じることであって、前記第１と第２の抗体を架橋させることにより、対象で前記所望の治療効果を達成するのに必要な前記抗体療法の投薬量を減少させること
    を含む方法。
  32. 前記第１および第２のメディトープ利用可能抗体は、同じであるか異なっている、請求項２５〜３１いずれか１項に記載の方法。
  33. 前記第１もしくは第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのうち少なくとも１つは、それらの細胞または組織の疾患または状態が発現する抗原に特異的に結合する、請求項２５〜３１のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記疾患または状態はがんである、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記細胞表面抗原は、受容体を介したエンドサイトーシスが可能な受容体である、請求項２６〜３４のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記細胞表面抗原は、複数の細胞表面抗原を含む、請求項２６〜３５のいずれか１項に記載の方法。
  37. 複数の細胞表面抗原のうちの第１の細胞表面抗原は、前記複数の細胞表面抗原のうちの第２の細胞表面抗原とは異なっており、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体は、前記第１の細胞表面抗原に特異的に結合し、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体は、前記第２の細胞表面抗原に特異的に結合する、請求項３６に記載の方法。
  38. 第１の細胞表面分子は、前記第１の細胞表面抗原および前記第２の細胞表面抗原を含む、請求項３７に記載の方法。
  39. 第１の細胞表面分子は、前記第１の細胞表面抗原を含み、第２の細胞表面分子は、前記第２の細胞表面抗原を含む、請求項３７に記載の方法。
  40. 前記第２のメディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位を、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントである第３のメディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープに接触させ、その結果、前記第２と第３のメディトープ利用可能抗体の架橋を生じることをさらに含む、請求項２５〜３９のいずれか１項に記載の方法。
  41. 第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を阻害する方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープが前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に接触することを阻害し、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を阻害することを含む、方法。
  42. 第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を低減する方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープが前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に接触する能力を低減し、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を低減することを含む、方法。
  43. 第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を途絶させる方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープを前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位から退かせ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を途絶させることを含む、方法。
  44. 第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと第２のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントとの架橋を逆行させる方法であって、前記第２のメディトープ利用可能抗体は、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントであり、前記方法は、前記第１のメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位を遊離メディトープに接触させて、それによって、前記第２のメディトープ利用可能抗体のメディトープを前記第１のメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位から退かせ、その結果、前記第１と第２のメディトープ利用可能抗体の架橋を逆行させることを含む、方法。
  45. 請求項１〜２４のいずれか１項に記載の有効量の組換えのメディトープ利用可能抗体を疾患または状態に罹っている対象に投与することを含む、治療の方法。
  46. 前記疾患または状態はがんである、請求項４５に記載の治療の方法。
  47. 化学療法剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項４５または４６に記載の治療の方法。
  48. 疾患または状態の治療のための医薬の製造における、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体の使用。
  49. 疾患または状態の治療のための医薬の製造における、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の抗体薬剤コンジュゲートと化学療法剤との組合せの使用。
  50. 前記疾患または状態はがんである、請求項４８または請求項４９に記載の使用。
  51. メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を投与されている対象に及ぼす前記抗体の効果を低減する方法であって、遊離メディトープを前記対象に投与することを含む方法。
  52. 前記遊離メディトープは、式：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
    ［上式で、
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
    Ｘ２は、Ｇｌｎまたは空であり；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β,β’-ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
    Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｉｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である］
    を有するペプチドを含む、請求項５１に記載の方法。
  53. 前記遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらに由来する環状ペプチドを含む、請求項５１に記載の方法。
  54. 遊離メディトープを前記対象に複数回で、任意選択で２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回以上で投与することを含む、請求項５１〜５３のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期と同じであるかまたはほぼ同じである、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも長い、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
  57. 前記遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも短い、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
  58. メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の効果を一時的に制御する方法であって、
    メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を、それを必要とする対象に投与すること；
    前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体上のメディトープ結合部位に結合する１つまたは複数の遊離メディトープを前記対象に投与し、それによって、前記抗体の自己架橋する能力を低減すること
    を含む方法。
  59. １つまたは複数の遊離メディトープを前記対象に投与する前記ステップは、メディトープ利用可能な自己架橋性抗体を投与するステップの後に起こる、請求項５８に記載の方法。
  60. １つまたは複数の遊離メディトープを複数回投与することをさらに含む、請求項５８または請求項５９に記載の方法。
  61. 前記１つまたは複数の遊離メディトープを複数回投与することが、何分間か、何時間か、何日間か、何ヶ月間か、または何年間かにわたって行われる、請求項６０に記載の方法。
  62. 前記１つまたは複数の遊離メディトープの半減期は、前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体の半減期よりも短い、請求項５８〜６１のいずれか１項に記載の方法。
  63. １つまたは複数の遊離メディトープの投与を中止し、それによって、前記遊離メディトープのレベルが減少するにつれて前記抗体の自己架橋する能力を復活させることをさらに含む、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記メディトープ利用可能な自己架橋性抗体上のメディトープ結合部位に結合する１つまたは複数の遊離メディトープを、１回または複数回投与することを復活させ、それによって、前記抗体の自己架橋する能力を低減することをさらに含む、請求項６３に記載の方法。
  65. 請求項１〜２１のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列を含む核酸分子。
  66. 遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列をさらに含む、請求項６５に記載の核酸分子。
  67. 前記遊離メディトープは、式：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
    ［上式で、
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
    Ｘ２は、Ｇｌｎまたは空であり；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
    Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｉｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である］
    を有するペプチドを含む、請求項６６に記載の核酸分子。
  68. 前記遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらに由来する環状ペプチドを含む、請求項６６に記載の核酸分子。
  69. 前記核酸分子によってコードされる遊離メディトープは、前記核酸分子によってコードされる前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメント上の前記メディトープ結合部位に結合することが可能である、請求項６６〜６８のいずれか１項に記載の核酸分子。
  70. 前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの発現を制御するための動作可能に連結された少なくとも１つのプロモーターをさらに含む、請求項６５〜６９のいずれか１項に記載の核酸分子。
  71. 前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントおよび前記遊離メディトープの発現を制御するための動作可能に連結された少なくとも１つのプロモーターをさらに含む、請求項６６〜６９のいずれか１項に記載の核酸分子。
  72. 前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列および前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列は、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、自己切断ペプチドをコードするヌクレオチドの配列、リボソームスキップを引き起こすペプチドをコードするヌクレオチドの配列、任意選択でＴ２Ａペプチドによって隔てられている、請求項６６〜６９または７１のいずれか１項に記載の核酸分子。
  73. 前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列は、第１のプロモーターに動作可能に連結され、前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列は、第２のプロモーターに動作可能に連結され、前記第１および前記第２のプロモーターは、同じとすることも異なるものとすることもできる、請求項６６〜６９または７１のいずれか１項に記載の核酸分子。
  74. 前記１つまたは複数のプロモーターのうち少なくとも１つは、条件的プロモーターである、請求項７０〜７３のいずれか１項に記載の核酸分子。
  75. 前記条件的プロモーターは、誘導性プロモーターである、請求項７４に記載の核酸分子。
  76. 前記条件的プロモーターは、Ｌａｃオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列、もしくはドキシサイクリンオペレーター配列、またはそれらの類似体である、請求項７４に記載の核酸分子。
  77. 前記条件的プロモーターは、抑圧性プロモーターである、請求項７４のいずれか１項に記載の核酸分子。
  78. 前記条件的プロモーターは、Ｌａｃリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサーを含むか、またはそれらの類似体である、請求項７４に記載の核酸分子。
  79. 前記１つまたは複数のプロモーターのうち少なくとも１つは、ＣＭＶ、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＥＦｌα、ＮＳＥ、ＳＶ４０、ＵＢＣ、ＣＡＧＧ、シナプシン、β−アクチン、およびＧＦＡＰからなる群より選択される、請求項７０〜７８のいずれか１項に記載の核酸分子。
  80. 請求項６５〜７９のいずれか１項に記載の核酸分子を含むベクター。
  81. ｐＣＥＰ４ベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはガンマレトロウイルスベクターである、請求項８０に記載のベクター。
  82. 請求項６５〜７９のいずれか１項に記載の核酸分子または請求項８０〜８１に記載のベクターを含む細胞。
  83. 請求項１〜２１のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列を含む第１の核酸またはベクター、および遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列を含む第２の核酸またはベクターを含む細胞。
  84. 前記遊離メディトープは、式：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
    ［上式で、
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
    Ｘ２は、Ｇｌｎまたは空であり；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
    Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｉｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である］
    を有するペプチドを含む、請求項８３に記載の細胞。
  85. 前記遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、もしくは２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらに由来する環状ペプチドを含む、請求項８３に記載の細胞。
  86. 前記第１のベクターは、前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの発現を制御するための動作可能に連結された第１のプロモーターをさらに含み、前記第２のベクターは、前記遊離メディトープの発現を制御するために動作可能に連結された第２のプロモーターをさらに含み、前記第１のプロモーターおよび第２のプロモーターは同じとすることも異なるものとすることもできる、請求項８３〜８５のいずれか１項に記載の細胞。
  87. 前記第１のプロモーターまたは前記第２のプロモーターのうち少なくとも１つは、条件的プロモーターである、請求項８３〜８６のいずれか１項に記載の細胞。
  88. 前記細胞は真核細胞である、請求項８２〜８７のいずれか１項に記載の細胞。
  89. 前記細胞は哺乳類細胞である、請求項８２〜８８のいずれか１項に記載の細胞。
  90. 前記細胞は、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ−２９３細胞、または２９３Ｔ細胞である、請求項８２〜８９のいずれか１項に記載の細胞。
  91. メディトープ利用可能な自己架橋性抗体またはその抗原結合フラグメントを作製する方法であって、
    ｉ）前記組換えメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列の発現に適した条件下で、請求項８２〜９０のいずれか１項に記載の宿主細胞を培養すること；および
    ｉｉ）前記抗体またはその抗原結合フラグメントを単離すること
    を含む方法。
  92. メディトープ利用可能な自己架橋性抗体またはその抗原結合フラグメントを作製する方法であって、
    ｉ）前記組換えメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチドの配列と前記遊離メディトープをコードするヌクレオチドの配列との両方の発現に適した条件下で、請求項８２〜９０のいずれか１項に記載の宿主細胞を培養すること；および
    ｉｉ）前記抗体またはその抗原結合フラグメントおよび遊離メディトープを単離すること
    を含む方法。
  93. 前記抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはＦ（ａｂ’）２フラグメントである、請求項９１または請求項９２に記載の方法。
  94. 薬剤を前記抗体またはその抗原結合フラグメントにコンジュゲーションすることをさらに含む、請求項９１〜９３のいずれか１項に記載の方法。
  95. 請求項９１〜９３のいずれか１項に記載の方法によって生産される抗体またはその抗原結合フラグメント。
  96. 請求項９４に記載の方法によって生産される抗体薬剤コンジュゲート。
  97. 請求項１〜２４、９５または９６のいずれか１項に記載されているか、または請求項６５〜７９のいずれか１項に記載の核酸によってコードされるか、請求項８０〜８１のいずれか１項に記載のベクターによって発現されるか、請求項８２〜８７のいずれか１項に記載の細胞によって発現されるか、または請求項９１〜９４のいずれか１項に記載の方法によって生産される、複数の前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含む組成物。
  98. 複数の遊離メディトープをさらに含む、請求項９７に記載の組成物。
  99. 前記遊離メディトープは、請求項６６〜７９のいずれか１項に記載の核酸によってコードされるか、請求項８０〜８１のいずれか１項に記載のベクターによって発現されるか、請求項８２〜８７のいずれか１項に記載の細胞によって発現されるか、または請求項９２〜９４いずれか１項に記載の方法によって生産される、前記遊離メディトープを含む、請求項９８に記載の組成物。
  100. 前記遊離メディトープは、式：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｖ）
    ［上式で、
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
    Ｘ２は、Ｇｌｎまたは空であり；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、ＡｓｐまたはＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、ＳｅｒまたはＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、またはＣｙｓであり；
    Ｘ８は、Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基もしくはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ９は、ＡｒｇまたはＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ；Ｇｉｎ；Ｇｌｕ；β，β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然の類似体；水和可能なカルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、または空である、
    を有するペプチドを含む、請求項９８に記載の組成物。
  101. 前記遊離メディトープは、配列番号１、２、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、１８６、１８７、１８８、１８９、および２０７からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはそれらに由来する環状ペプチドを含む、請求項９８に記載の組成物。
  102. 前記組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントと前記遊離メディトープとの比は、１：１と１：１，０００，０００，０００，０００の間であり、そのような比としては、約１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：１０、１：１５、１：２０、１：２５、１：５０、１：７５、１：１００、１：１５０、１：２００、１：２５０、１：３００、１：４００、１：５００、１：７５０、１：１０００、１：２０００、１：３，０００、１：４，０００、１：５，０００、１：１０，００００、１：２５，０００、１：５０，０００、１：１００，０００、１：２５０，０００、１：５００，０００、１：１，０００，０００、１：１，０００，０００，０００、および１：１，０００，０００，０００，０００が挙げられる、請求項９８〜１０１のいずれか１項に記載の組成物。
  103. 前記遊離メディトープは、前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体のうちの組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に、１０μΜ未満または約１０μΜ、５μΜ未満または約５μΜ、２μΜ未満または約２μΜ、１μΜ未満もしくは約１μΜ、５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ未満または約５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ、２００ピコモル以下の解離定数で結合する、請求項９８〜１０２のいずれか１項に記載の組成物。
  104. 前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み、
    前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも大きい、
    請求項９８〜１０３のいずれか１項に記載の組成物。
  105. 前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも２×と１，０００，０００×の間で大きい、請求項１０４に記載の組成物。
  106. 前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み、
    前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも大きい、
    請求項９８〜１０３のいずれか１項に記載の組成物。
  107. 前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性よりも２×と１，０００，０００×の間で小さい、請求項１０６に記載の組成物。
  108. 前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１および第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントを含み、
    前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位に、１０μΜ未満または約１０μΜ、５μΜ未満または約５μΜ、２μΜ未満または約２μΜ、１μΜ未満もしくは約１μΜ、５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ未満または約５００、４００、３００、２００、１００ｎＭ、２００ピコモル以下の解離定数で結合する、
    請求項９７〜１０７のいずれか１項に記載の組成物。
  109. １と７．３５の間または７．４５と１３の間のｐＨを有する、請求項９７〜１０８のいずれか１項に記載の組成物。
  110. 前記複数の組換えのメディトープ利用可能抗体またはそれらの抗原結合フラグメントは、第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントおよび第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、
    前記第２の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントリンカーのアミノ末端に係合された環状ペプチドの持つ、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントの前記メディトープ結合部位との親和性は、生理的ｐＨでは非生理的ｐＨであるよりも高い、
    請求項１０９に記載の組成物。
  111. 前記遊離メディトープは、前記第１の組換えのメディトープ利用可能抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位との親和性を有し、その親和性は、生理的ｐＨでは非生理的ｐＨであるよりも低い、請求項９８〜１１０のいずれか１項に記載の組成物。
  112. 前記生理的ｐＨは、疾患または状態の細胞または組織でのｐＨである、請求項１１０または請求項１１１に記載の組成物。
  113. 医薬的に許容可能な担体；および請求項９１〜９４のいずれか１項に記載の方法によって生産される請求項８２〜９０のいずれか１項に記載の細胞が発現する、請求項６５〜７９のいずれか１項に記載の核酸によってコードされた請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組換えのメディトープ利用可能抗体もしくはその抗原結合フラグメントもしくは請求項８０〜８１に記載のベクター；または
    請求項９７〜１１２のいずれか１項に記載の組成物
    を含む医薬組成物。
  114. ヒトの単位剤形である、請求項１１３に記載の医薬組成物。
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