JP2019148564A - 糖鎖解析方法、糖鎖解析システム、糖鎖解析用プログラム、及び糖鎖解析用キット - Google Patents
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Abstract
Description
a)試料中の糖鎖を蛍光標識する蛍光標識ステップと、
b)蛍光標識された糖鎖を含む試料を、レクチンが添加されていない緩衝液と該緩衝液に互いに異なるレクチンがそれぞれ添加された複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の分離用緩衝液を用いたマイクロチップ電気泳動法により分離して蛍光検出する測定ステップと、
c)前記二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得された複数のエレクトロフェログラムを比較することにより、前記試料中の糖鎖を同定する同定ステップと、
を有することを特徴としている。
a)試料中の成分を分離するマイクロチップ電気泳動部、及び該マイクロチップ電気泳動部で分離された成分を蛍光検出する検出部、を含む測定部と、
b)既知の糖鎖について、レクチンが添加されていない緩衝液と該緩衝液に互いに異なるレクチンがそれぞれ添加された複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得される複数のエレクトロフェログラムに関する情報又はその複数のエレクトロフェログラム上で観測されるピークの情報を収録した糖鎖同定用データベースと、
c)前記測定部を用い、蛍光標識された未知の糖鎖を含む試料を前記二種以上の分離用緩衝液の下でそれぞれ測定することで得られたエレクトロフェログラムについてピークを検出するピーク検出部と、
d)前記ピーク検出部によるピーク検出結果と前記糖鎖同定用データベースに収録されている情報とに基づいて、前記試料中の糖鎖を同定する同定処理部と、
を備えることを特徴としている。
a)蛍光標識された糖鎖を含む試料を、レクチンが添加されていない緩衝液と該緩衝液に複数種類のレクチンがそれぞれ添加された複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の分離用緩衝液を用いたマイクロチップ電気泳動法により分離して蛍光検出するように、マイクロチップ電気泳動部及び検出部を含む測定部の動作を制御する測定制御機能部と、
b)前記測定制御機能部による制御の下で前記二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得されたデータに基づいてそれぞれエレクトロフェログラムを作成し、該複数のエレクトロフェログラムを比較することによって前記試料中の糖鎖を同定する同定処理機能部と、
して動作させることを特徴としている。
分離用緩衝液として添加される複数種類のレクチンを含むことを特徴としている。
なお、この糖鎖解析用キットには、レクチンが添加されていない緩衝液、或いは該緩衝液を調製するため試薬類を含むようにしてもよい。
まず本発明に係る糖鎖解析方法について説明するに先立って、レクチンを用いた糖鎖分離の高精度化の原理を、図4を参照しつつ説明する。
ここでは、図4中に示すように、3種類の2分枝構造の糖鎖A、B、Cが混合している糖鎖混合物を試料として考える。この試料に含まれる糖鎖をそれぞれ蛍光標識したものを所定の緩衝液を用いたCE法により測定すると、質量電荷比が大きいほど移動時間(泳動時間)が長いため、図4(a)に示すようなエレクトロフェログラムが得られる。即ち、質量電荷比が相対的に小さい糖鎖A、B、Cの順に移動時間ta、tb、tcの位置にピークが観測される。ただし、図4(a)では三つのピークが完全に分離されているものの、それらピークの位置はかなり近いため、分離条件によっては(或いは糖鎖の種類によっては)、それらピークが必ずしも十分に分離されるとは限らず、隣接するピークが重なってしまうことがある。
従来のCAE法は糖鎖の分離にCE法を利用していたのに対し、本発明に係る糖鎖解析方法では糖鎖の分離にマイクロチップ電気泳動(ME)法を利用している。ME法を実施する装置については後で詳述するが、ME法では試料中の成分を分離するのに流路長が長くても数十mm程度の分離流路を用いるため、1回の試料の測定に要する時間がCE法に比べると格段に短い。また、分離流路が短いと、流路の洗浄や流路に緩衝液を充填する作業に掛かる時間も短くて済む。そのために、測定のスループットが高く、糖鎖の解析を迅速に行うことができる。
実測ではマイクロチップ電気泳動装置として島津製作所製のMCE-202を使用した。分離ゲルは一般的な緩衝液に中性ポリマーを添加することで生成することができるが、本発明者は幾つかの種類のポリマーとその濃度とを実験的に検討した結果、ここでは、2%のヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)を含む80mMのトリス酢酸緩衝液(pH 7.5)を使用した。一方、試料導入時や泳動時の電圧は使用したマイクロチップ電気泳動装置に組み込まれているソフトウェアに搭載されている電圧プログラムの中で実験的に最適なものを選択した。
このように、一般に入手可能なマイクロチップ電気泳動装置を用い適切な分離条件を設定することで、糖鎖解析に十分な分離能と感度とを実現できることが確認できた。
一つ目の試料は、ヒト血清由来α1-acid glycoprotein(AGP)由来のアシアロ糖鎖(N−アセチルノイラミン酸を有する糖鎖)である。この試料をレクチン無添加及び3種類のレクチンを用いて測定したときのエレクトロフェログラムの実測結果を図7に示す。ヒトAGPには、複合型2本鎖糖鎖、複合型3本鎖糖鎖とそのフコシル化糖鎖(フコース修飾を受けた糖鎖)、及び複合型4本鎖糖鎖とそのフコシル化糖鎖が、主要なN−結合型糖鎖骨格として含まれる。レクチンが添加されないレクチン無添加緩衝液の下で得られたエレクトロフェログラム(図7(d))には、そうした糖鎖に由来する4本のピークが観測される。
次に、本発明に係る糖鎖解析方法を実施するための糖鎖解析システムの一実施例について説明する。図2は本実施例の糖鎖解析システムの概略ブロック構成図、図3は本システムにおけるマイクロチップ電気泳動分離部に含まれる電気泳動用マイクロチップの概略斜視図である。
次に、上記糖鎖解析システムを用いて糖鎖同定を行う際の手順とシステムの各部の動作を説明する。図1はこの手順及び処理動作を示すフローチャートである。ここでは、解析対象である糖鎖が、タンパク質に結合して糖タンパク質を形成しているものであるとしている。
具体的には、ピーク検出部23は複数のエレクトロフェログラムそれぞれについて、所定のアルゴリズムに従ってピークを検出する。糖鎖同定処理部24は、レクチン無添加緩衝液の下で得られたエレクトロフェログラム上で検出された複数のピークと同じ移動時間にピークが存在するか否かを、レクチン無添加緩衝液以外の分離用緩衝液の下で得られたエレクトロフェログラムそれぞれについて判定する。そして、レクチン無添加緩衝液の下で得られたエレクトロフェログラム上で検出されたピークの移動時間と、各ピークに対応するレクチンの種類とピークの有無との組み合わせの情報を糖鎖同定用データベース25に照合して、各ピークに対応する糖鎖の種類を特定する。そして同定結果表示処理部26は同定された糖鎖を表示部4に表示する(ステップS6)。
10…電気泳動分離部
100…電気泳動チップ
101…基板
101a、101b…透明平板
102…試料導入流路
103…分離流路
104〜107…リザーバ
11…蛍光検出部
12…試料貯留部
13…緩衝液貯留部
2…制御・処理部
20…データ格納部
21…エレクトロフェログラム作成部
22…移動時間補正部
23…ピーク検出部
24…糖鎖同定処理部
25…糖鎖同定用データベース
26…同定結果表示処理部
27…測定制御部
3…入力部
4…表示部
Claims (11)
- a)試料中の糖鎖を蛍光標識する蛍光標識ステップと、
b)蛍光標識された糖鎖を含む試料を、レクチンが添加されていない緩衝液と該緩衝液に複数種類のレクチンがそれぞれ添加された複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の分離用緩衝液を用いたマイクロチップ電気泳動法により分離して蛍光検出する測定ステップと、
c)前記二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得された複数のエレクトロフェログラムを比較することにより、前記試料中の糖鎖を同定する同定ステップと、
を有することを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液は分子篩効果が生じる濃度の分離ゲルであることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液はタンパク質の電気泳動が実質的に無視できる濃度の分離ゲルであることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液はタンパク質との相互作用が実質的にないものであることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液はレクチンの添加によるpHの変化が実質的にないものであることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液の種類を含むマイクロチップ電気泳動法での分離条件は、イソマルトオリゴ糖混合物を測定したときに単糖から20糖までの範囲の重合度の異なる糖鎖がそれぞれ分離可能であるような条件であることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1に記載の糖鎖解析方法であって、
前記緩衝液の種類を含むマイクロチップ電気泳動法での分離条件は、レクチン無添加緩衝液とレクチン添加済み緩衝液とで、該レクチンについて非特異的である糖鎖の泳動時間が変化しないような条件であることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1〜7のいずれか1項に記載の糖鎖解析方法であって、
前記レクチンとして、SSA(日本ニワトコ樹皮レクチン)、MAM(イヌエンジュレクチン)、DSA(チョウセンアサガオレクチン)の少なくともいずれか一つを用いることを特徴とする糖鎖解析方法。 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載の糖鎖解析方法を実施するためのシステムであって、
a)試料中の成分を分離するマイクロチップ電気泳動部、及び該マイクロチップ電気泳動部で分離された成分を蛍光検出する検出部、を含む測定部と、
b)既知の糖鎖について、レクチン無添加緩衝液と複数種類の複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得される複数のエレクトロフェログラムに関する情報又はその複数のエレクトロフェログラム上で観測されるピークの情報を収録した糖鎖同定用データベースと、
c)前記測定部を用い、蛍光標識された未知の糖鎖を含む試料を前記二種以上の分離用緩衝液の下でそれぞれ測定することで得られたエレクトロフェログラムについてピークを検出するピーク検出部と、
d)前記ピーク検出部によるピーク検出結果と前記糖鎖同定用データベースに収録されている情報とに基づいて、前記試料中の糖鎖を同定する同定処理部と、
を備えることを特徴とする糖鎖解析システム。 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載の糖鎖解析方法を実施するためにコンピュータに搭載される糖鎖解析用プログラムであって、該コンピュータを、
a)蛍光標識された糖鎖を含む試料を、レクチンが添加されていない緩衝液と該緩衝液に複数種類のレクチンがそれぞれ添加された複数種類のレクチン添加済み緩衝液のうちの少なくとも二種以上の分離用緩衝液を用いたマイクロチップ電気泳動法により分離して蛍光検出するように、マイクロチップ電気泳動部及び検出部を含む測定部の動作を制御する測定制御機能部と、
b)前記測定制御機能部による制御の下で前記二種以上の異なる分離用緩衝液を用いた測定により取得されたデータに基づいてそれぞれエレクトロフェログラムを作成し、該複数のエレクトロフェログラムを比較することによって前記試料中の糖鎖を同定する同定処理機能部と、
して動作させることを特徴とする糖鎖解析用プログラム。 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載の糖鎖解析方法を実施するために使用される糖鎖解析用キットであって、
分離用緩衝液として添加される複数種類のレクチンを含むことを特徴とする糖鎖解析用キット。
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| 木下充弘、掛樋一晃: "糖鎖解析におけるキャピラリー電気泳動が果たす役割", 生物物理化学, vol. 52, no. 3, JPN7021002200, 15 September 2008 (2008-09-15), pages 111 - 116, ISSN: 0004683940 * |
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