JP2018535674A - Asct2特異的結合分子及びその使用 - Google Patents

Asct2特異的結合分子及びその使用 Download PDF

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Abstract

本開示は、ASCT2結合分子、例えば抗ASCT2抗体、及びその抗原結合断片を提供する。特定の態様において、本ASCT2結合分子は細胞傷害薬にコンジュゲートされ、例えば、ASCT2抗体−薬物コンジュゲート(ADC)である。特定の態様において、本抗ASCT2抗体及びその断片は、ハイブリドーマ由来のマウスモノクローナル抗体及びそのヒト化バージョンであり得る。特定の態様において、本ASCT2結合分子は、ASCT2を発現する細胞に特異的に結合し、及び一部の例では、細胞にインターナライズされる。加えて、本開示は、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば特定の種類の癌を診断及び治療するための組成物及び方法を提供する。詳細な実施形態において、本開示は、ASCT2 ADCを用いて癌を治療する方法を提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、ASCT2特異的結合分子及びその使用に関する。
溶質キャリア(SLC)ファミリーには、膜輸送タンパク質をコードする300を超える遺伝子が含まれ、これらは数十のサブファミリーに組織化されている。SLC1Aサブファミリーは、脊椎動物細胞におけるナトリウム依存性中性アミノ酸輸送を媒介する輸送系ASCを含む。アラニン、セリン、及びシステインがASC系の好ましい基質である。ASC系の2つのサブタイプ、ASCトランスポーター1(ASCT1、別名SLC1A4)及びASCトランスポーター2(ASCT2、別名SLC1A5)が同定されている。
ASCT2は、541アミノ酸の、8つの膜貫通ドメインを含む複数回貫通型膜タンパク質である。ASCT2の分子量は、多様なグリコシル化プロファイルに応じて55〜75KDまで異なる。L−アラニン、L−セリン、及びL−システインの輸送に加え、ASCT2はL−スレオニン及びL−グルタミンも輸送する。更に、ASCT2は、D型サルレトロウイルス及びC型ウイルスによって共有される細胞表面受容体として機能する。
ASCT2の過剰発現が、結腸直腸癌、頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)、前立腺癌、肺癌、膵癌、及び血液癌、例えば骨髄腫及びリンパ腫を含めた様々な癌で報告されている。ASCT2の過剰発現は免疫組織化学的分析(IHC)によって判定され、結腸直腸癌、前立腺癌、肺癌、及び膵癌を含め、様々な癌で予後不良を示す(K Kaira,et al.(2015)Histopathology;Shimizu,et al.(2014)BJC;D Witte,et al.(2002)Anticancer Research;R Li,et al.(2003)Anticancer Research)。ASCT2は、哺乳類ラパマイシン標的タンパク質(mTOR)シグナル伝達経路、従って腫瘍成長の1つのドライバーであることが報告されている(Nicklin P.et al.(2009)Cell)。
抗体−薬物コンジュゲート(ADC)は、抗体の特異性を細胞傷害性小分子又は毒素の効力と組み合わせることによって薬物関連毒性を低減しながらも癌をより有効に治療する有望な新規治療手法に相当する。ADCはサイトトキシンを含むことができ、サイトトキシンは、リンカーを含むように化学的に修飾されている小分子であり得る。次に、このリンカーを用いてサイトトキシンが抗体又はその抗原結合断片にコンジュゲートされる。ADCが標的陽性細胞の抗原表面に結合し、インターナライズされてリソソームに輸送されると、そこで切断可能なリンカーの(例えば、リソソームに存在するカテプシンBによる)タンパク質分解、又はサイトトキシンを抗体に取り付けるのに切断不可能なリンカーが使用される場合には抗体のタンパク質分解のいずれかを受けてサイトトキシンが放出され、細胞傷害が誘導される。次に、サイトトキシンはリソソームを出てサイトゾルへと移行し、次にそこでその作用機構に応じてその標的に結合し得る。典型的には、これらのサイトトキシンは細胞周期停止を誘導し、続いてそれがアポトーシスにつながる。イメージング剤を含む対応するコンジュゲートも、インビボ又はインビトロで癌細胞を検出する有望な新規方法に相当する。
本開示は、ASCT2に特異的に結合する分子、及びかかる分子の、例えば、ASCT2の検出、細胞への異種薬剤の送達、又はASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば癌の治療への使用方法を提供する。本開示は、ツブリシン誘導体又はピロロベンゾジアゼピンなどの細胞傷害薬にコンジュゲートされた抗ASCT2抗体(抗ASCT2−ADC)を提供する。本発明の抗体は、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば癌の治療に有用である。例えば、本発明者らは、抗ASCT2 ADCがヒト結腸直腸癌及び頭頸部癌の異種マウスモデルにおいて腫瘍退縮を生じさせることを明らかにしている。
本発明の主な態様の一部を以下に要約する。本開示の発明の詳細な説明、実施例、図面、及び特許請求の範囲の節に更なる態様が説明される。本開示の各節にある説明は、他の節と併せて読まれることが意図される。更に、本開示の各節に説明される様々な実施形態は、様々な異なる方法で組み合わせることができ、かかる組み合わせは全て本発明の範囲内に含まれることが意図される。
本開示は、ASCT2結合分子、例えば、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片、例えば、ASCT2との結合能を有するモノクローナル抗体を提供する。一部の態様において、本結合分子はサイトトキシンなどの薬剤にコンジュゲートされる。
一部の例では、ASCT2のエピトープに特異的に結合する単離結合分子又はその抗原結合断片は、17c10又は1e8の重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含む抗体又はその抗原結合断片と同じASCT2エピトープに特異的に結合する。
一部の例では、17c10のVHは配列番号1又は配列番号5を含み、及び17c10のVLは配列番号2又は配列番号6を含む。
一部の例では、1e8のVHは配列番号3又は配列番号7を含み、及び1e8のVLは配列番号4又は配列番号8を含む。
一部の例では、ASCT2に特異的に結合する単離結合分子又はその抗原結合断片は抗体VLを含み、このVLは、配列番号2、配列番号4、配列番号6及び配列番号8からなる群から選択される参照アミノ酸配列と少なくとも85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ASCT2に特異的に結合する単離結合分子又はその抗原結合断片は抗体VHを含み、このVHは、配列番号1、配列番号3、配列番号5、及び配列番号7からなる群から選択される参照アミノ酸配列と少なくとも85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ASCT2に特異的に結合する単離結合分子又はその抗原結合断片は、抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体又はその断片、検出可能標識、ポリエチレングリコール(PEG)、及び任意の前記薬剤の2つ以上の組み合わせからなる群から選択される薬剤にコンジュゲートされる。
一部の例では、ASCT2に特異的に結合する単離結合分子又はその抗原結合断片はサイトトキシンにコンジュゲートされる。特定の実施形態において、サイトトキシンは、AZ1508、SG3249、及びSG3315からなる群から選択される。
一部の例では、結合分子又はその断片は抗体又はその抗原結合断片を含む。
一部の例では、ASCT2に特異的に結合する単離抗体又はその抗原結合断片はVH及びVLを含み、このVH及びVLは、それぞれ配列番号1及び配列番号2、配列番号3及び配列番号4、配列番号5及び配列番号6、及び配列番号7及び配列番号8からなる群から選択される参照アミノ酸配列と少なくとも85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。一部の例では、VHはアミノ酸配列の配列番号5を含み、且つVLはアミノ酸配列の配列番号6を含む。一部の例では、VHはアミノ酸配列の配列番号7を含み、且つVLはアミノ酸配列の配列番号8を含む。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片は重鎖定常領域又はその断片を含む。一部の例では、重鎖定常領域又はその断片はIgG定常領域である。一部の例では、IgG定常領域はアミノ酸配列の配列番号9を含む。一部の例では、IgG定常領域はヒトIgG1定常ドメインである。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片は、ヒトκ定常領域及びヒトλ定常領域からなる群から選択される軽鎖定常領域を含む。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片は、マウス抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、多重特異性抗体、又はその抗原結合断片である。一部の例では、抗原結合断片は、Fv、Fab、F(ab’)2、Fab’、dsFv、scFv、及びsc(Fv)2である。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片はヒトASCT2及びカニクイザル(cyno)ASCT2に結合することができる。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片はヒトASCT1に特異的に結合しない。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片は、抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体又はその断片、検出可能標識、PEG、及び任意の前記薬剤の2つ以上の組み合わせからなる群から選択される薬剤にコンジュゲートされる。
一部の例では、抗体又はその抗原結合断片はサイトトキシンにコンジュゲートされる。特定の実施形態において、サイトトキシンは、AZ1508、SG3249、及びSG3315からなる群から選択される。
一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりの結合分子又はその断片をコードする核酸を含む単離ポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせを提供する。一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりの抗体又はその抗原結合断片をコードする核酸を含む単離ポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせを提供する。
一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。一部の例では、VHをコードする核酸を含むポリヌクレオチドと、VLをコードする核酸を含むポリヌクレオチドとが同じベクターにある。一部の例では、VHをコードする核酸を含むポリヌクレオチドと、VLをコードする核酸を含むポリヌクレオチドとが異なるベクターにある。
一部の例では、本発明は、(i)本明細書に記載されるとおりの結合分子又はその断片と、(ii)担体とを含む組成物を提供する。一部の例では、本発明は、(i)本明細書に記載されるとおりの抗体又はその抗原結合断片と、(ii)担体とを含む組成物を提供する。一部の例では、本発明は、(i)本明細書に記載されるとおりの抗体又はその抗原結合断片をコードする核酸と、(ii)担体とを含む組成物を提供する。一部の例では、本発明は、(i)本明細書に記載されるとおりのベクターと、(ii)担体とを含む組成物を提供する。一部の態様において、担体は薬学的に許容可能な担体である。
一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりのポリヌクレオチド、本明細書に記載されるとおりのベクター、又は本明細書に記載されるとおりの組成物を含む宿主細胞を提供する。
一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりの結合分子又は断片を作製する方法を提供し、この方法は、(a)本明細書に記載されるとおりの宿主細胞を培養するステップと、(b)結合分子又は断片を単離するステップとを含む。一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりの抗体又は抗原結合断片を作製する方法を提供し、この方法は、(a)本明細書に記載されるとおりの宿主細胞を培養するステップと、(b)抗体又は抗原結合断片を単離するステップとを含む。
一部の例では、本発明は、本明細書に記載されるとおりの結合分子又はその断片、又は本明細書に記載されるとおりの抗体又はその抗原結合断片を含む診断試薬又はキットを提供する。
一部の例では、ASCT2発現細胞に薬剤を送達する方法は、本明細書に記載されるとおりの、薬剤にコンジュゲートされた結合分子若しくは断片、又は本明細書に記載されるとおりの、薬剤にコンジュゲートされた抗体若しくはその抗原結合断片に細胞を接触させるステップを含み、ここで、薬剤は細胞によってインターナライズされる。一部の例では、薬剤は、抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体又はその断片、検出可能標識、PEG、及び任意の前記薬剤の2つ以上の組み合わせからなる群から選択することができる。一部の例では、薬剤はサイトトキシンであってもよい。
一部の例では、ASCT2発現細胞の死滅を誘導する方法は、本明細書に記載されるとおりの、サイトトキシンにコンジュゲートされた結合分子又は断片、又は本明細書に記載されるとおりの、サイトトキシンにコンジュゲートされた抗体又はその抗原結合断片に細胞を接触させるステップを含み、ここで、サイトトキシンは細胞によってインターナライズされる。好ましい一実施形態において、サイトトキシンは、AZ1508、SG3249、及びSG3315からなる群から選択される。
一部の例では、対象におけるASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば癌を治療する方法は、治療を必要としている対象に、本明細書に記載されるとおりの結合分子又は断片、又は本明細書に記載されるとおりの抗体又は抗原結合断片、又は本明細書に記載されるとおりの組成物の有効量を投与するステップを含む。
一部の例では、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば癌を治療する方法には、固形腫瘍から血液腫瘍に及ぶまでの広範囲の癌が含まれる。治療方法についてのかかる広範囲の有効性は一般的でなく、むしろ予想外である。固形及び血液腫瘍にわたって実証された広範囲の効果に加え、本明細書に記載される発明はまた、癌幹細胞(CSC)の存在を決定する方法及びCSCが関わる治療方法でも用いることができ、これにより本明細書に記載される本発明の用途及び予想外の効果の広さが更に裏付けられる。
一部の例では、癌は、結腸直腸癌、HNSCC、前立腺癌、肺癌、膵癌、黒色腫、子宮内膜癌、及び血液癌(急性骨髄性白血病(AML)、多発性骨髄腫(MM)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL))からなる群から選択される。加えて、方法は、CSCを標的化することを含む治療を含む。好ましくは、対象はヒト対象である。
一部の例では、試料中のASCT2発現レベルを検出する方法が、(a)本明細書に記載されるとおりの結合分子又は断片、又は本明細書に記載されるとおりの抗体又は抗原結合断片、又は本明細書に記載されるとおりの組成物に前記試料を接触させるステップと、(b)前記試料中のASCT2への結合分子又はその断片、又は抗体又はその抗原結合断片の結合を検出するステップとを含む。一部の例では、試料は細胞培養物である。一部の例では、試料は単離組織である。一部の例では、試料は、対象、好ましくはヒト対象に由来する。
図1A:健常試料の骨髄と比較したAML及びMM試料の骨髄穿刺液におけるASCT2高発現を実証するフローサイトメトリー解析の定量化を示す。図1B:白血病幹細胞集団(LSC)を定義する既報告のマーカーであるCD34+/CD38+集団におけるASCT2の高発現を示す。加えて、CD34+CD38−、CD34+CD38+及びCD34−CD38+集団などの他の全てのサブタイプでASCT2の発現を判定した。 図1C:MM試料の形質細胞(PC;CD138+/CD19−)及び幹細胞(SC;CD138−/CD19+)におけるASCT2発現を示す。図1D:膵臓CSCの既報告のマーカーであるEpCAM+/CD24+/CD44+細胞集団で判定したASCT2発現を示す。フローサイトメトリー解析は膵腫瘍におけるCSCのASCT2高発現を示唆する。 ASCT2−PBD ADC(抗体17c10がSG3249にコンジュゲートされている)によるインビボ処理後の膵腫瘍におけるCSC(EpCAM+/CD24+/CD44+)集団の除去を示す。 ヒトASCT2を発現するプラスミドをトランスフェクトした293F細胞への精製ヒト抗ASCT2 IgG 1e8、3f7、5a2、9b3、10c3、16b8、17c10、及び17a10の結合活性の倍数変化を描くグラフを示す。 図3A:陰性対照で処理(未処理);一次抗ASCT2抗体1e8及び17c10で処理;サポリンにコンジュゲートした抗ASCT2抗体で処理;又はサポリンに連結した対照抗体(hIgG−サポリン)で処理したASCT2発現293F細胞の未処理対照細胞に対する相対的生存率の棒グラフを示す。図3B:Sw48細胞におけるツブリシンAZ1508に古典的にコンジュゲートした抗ASCT2 1E8、抗ASCT2 17C10、及びアイソタイプ対照R347の細胞傷害性のグラフを示す。 フローサイトメトリーによって評価したときの、WiDr細胞又はASCT2発現のshRNAノックダウンを有するWiDr細胞への抗ASCT2抗体17c10及び1e8の結合を描く棒グラフを示す。 図5A:抗ASCT2抗体17c10及びアイソタイプ対照のインターナリゼーション反応速度を示す。図5B:細胞傷害性死滅によって計測したときのASCT2−ADC(AZ1508にコンジュゲートした抗体17c10)のインターナリゼーション反応速度を示す。細胞はそれぞれの時間にわたってASCT2−ADC(17c10−AZ1508)でパルスした。その後、ADCを含有する培地を新鮮培地に交換し、更に4日間インキュベートした。CTGキットを使用することにより細胞生存率を計測した。用量反応曲線は未処理対照細胞に対するパーセンテージとしてプロットした。 ASCT2発現細胞株への抗ASCT2抗体17c10及び1e8、及びアイソタイプ対照R347の結合から得られたフローサイトメトリープロットを示す。図6A、ヒト癌細胞株Cal27;図6B、ヒト癌細胞株FaDu;図6C ヒト癌細胞株SSC15;図6D ヒト癌細胞株WiDr。 ASCT2発現細胞株への抗ASCT2抗体17c10及び1e8、及びアイソタイプ対照R347の結合から得られたフローサイトメトリープロットを示す。図6E ヒトASCT2を安定に発現するCHOK1細胞;図6F cyno ASCT2を安定に発現するCHOK1細胞;図6G cyno癌細胞株CynoMK1;及び図6H モックトランスフェクトCHOK1細胞。 図7A:SKMEL−2細胞への抗ASCT2抗体17c10の結合はASCT1 shRNAによって変化しなかったが、ASCT2特異的shRNAノックダウン後にはこの結合が有意に低下したことを示す。図7B:抗ASCT2抗体ADC(AZ1508にコンジュゲートした抗体17c10)の細胞傷害性死滅はASCT1 shRNAノックダウン後には影響を受けなかったが、ASCT2 shRNAサイレンシング後には細胞傷害性死滅の有意な低下が観察されたことを示す。全てのshRNAノックダウン群のデータは未処理対照に対して正規化した。 ツブリシン1508にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10(図8A)及び1e8(図8B)がヒト若しくはcyno ASCT2タンパク質又は無関係の受容体を発現する安定CHO−K1細胞株に対して及ぼす細胞傷害効果を示す。 ヒトASCT2を発現する安定CHO−K1細胞株(図9A);cyano ASCT2を発現する安定CHO−K1細胞株(図9B);ASCT2を発現する結腸直腸癌細胞WiDr(図9C);及びモックトランスフェクト対照細胞(図9D)への17c10親抗体、17c10生殖細胞系列化抗体、及びR347アイソタイプ対照抗体の結合に関するフローサイトメトリープロットを示す。 膵癌細胞(図10A)、結腸癌細胞(図10B)、肺癌細胞(図10C)、HNSCC癌細胞(図10D)、前立腺癌細胞(図10E)、及び非ASCT2発現細胞株(図10F)に対するツブリシンAZ1508にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10及びツブリシンAZ1508にコンジュゲートしたR347アイソタイプ対照抗体で処理した癌細胞株の未処理対照細胞に対して正規化した相対的生存率(%)を示す。 図11A:SG3249にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10による、SG3249にコンジュゲートした対照抗体で処理した細胞に対して正規化した相対的生存率を示す。図11B:SG3315にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10による、SG3315にコンジュゲートした対照抗体で処理した細胞に対して正規化した相対的生存率を示す。 ツブリシン又はPBDにコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10による治療後のWiDr結腸直腸癌又は原発性膵癌異種移植モデルにおける腫瘍容積の経時変化を示す。図12A、17c10抗体がツブリシン1508にコンジュゲートされている。 ツブリシン又はPBDにコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10による治療後のWiDr結腸直腸癌又は原発性膵癌異種移植モデルにおける腫瘍容積の経時変化を示す。図12B、抗ASCT2抗体17c10がSG 3315にコンジュゲートされている。 ツブリシン又はPBDにコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10による治療後のWiDr結腸直腸癌又は原発性膵癌異種移植モデルにおける腫瘍容積の経時変化を示す。図12C、抗ASCT2抗体17c10がSG 3249にコンジュゲートされている。 図13A:播種性TF1α AMLマウスモデルにおけるASCT2−PBD ADC(抗体17c10がSG3249にコンジュゲートされている)の抗腫瘍有効性を示す。ADC及びアイソタイプ対照はQ1W×4スケジュールで投与した。罹患率及び死亡率を毎日モニタした。ADCの全ての用量レベル(0.05、0.1、0.25及び0.5mg/kg)が未治療対照群と比較して生存を有意に改善した。データは、各群内における個々の動物の運命を示すカプラン・マイヤー生存プロットで提供する。図13B:播種性MM.1S MMマウスモデルにおけるASCT2−PBD ADC(抗体17c10がSG3249にコンジュゲートされている)の抗腫瘍有効性を示す。マウスを図13Aに記載されるとおりADC又はアイソタイプ対照で治療した。罹患率及び死亡率を毎日モニタした。ADCの両方の用量レベル(0.1及び0.4mg/kg)が未治療対照群(55.5日)と比較して生存を有意に改善した(それぞれ117及び123.5日)。データは、各群内における個々の動物の運命を示すカプラン・マイヤー生存プロットで提供する。
本発明は、ASCT2に特異的に結合する抗体及びその抗原結合断片を提供する。特定の実施形態において、抗体、又は抗原結合断片は、薬剤、好ましくはサイトトキシンにコンジュゲートされる。抗体及びその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、そのポリヌクレオチドを含むベクター、及び抗体を発現する宿主細胞が含まれる。抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を含む組成物、及び抗ASCT2抗体及び抗原結合断片を作製する方法も提供される。診断適用又はASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば癌の治療方法などにおいて新規抗ASCT2抗体を使用する方法が更に提供される。
本発明を更に容易に理解し得るように、初めに特定の用語を定義する。追加的な定義は詳細な説明全体を通じて示される。
I.定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」及び「その(the)」は、文脈上特に明確に指示されない限り複数の指示対象を含む。用語「1つの(a)」又は「1つの(an)」、並びに用語「1つ以上」及び「少なくとも1つ」は、本明細書では同義的に使用することができる。
更に、「及び/又は」は、2つの指定される特徴又は構成要素の各々の、他方を伴う又は伴わない具体的な開示と解釈されるべきである。従って、用語「及び/又は」は、「A及び/又はB」などの語句で用いられるとき、A及びB、A又はB、A(単独)、及びB(単独)を含むことが意図される。同様に、用語「及び/又は」は、「A、B、及び/又はC」などの語句で用いられるとき、A、B、及びC;A、B、又はC;A又はB;A又はC;B又はC;A及びB;A及びC;B及びC;A(単独);B(単独);及びC(単独)を包含することが意図される。
実施形態が語句「含む」を用いて記載される場合には常に、「からなる」及び/又は「から本質的になる」によって記載される他の点で類似の実施形態が含まれる。
特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本発明が関係する技術分野の当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。例えば、The Dictionary of Cell and Molecular Biology(5th ed.J.M.Lackie ed.,2013)、Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology(2d ed.R.Cammack et al.eds.,2008)、及びThe Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,P−S.Juo,(2d ed.2002)が、本明細書で用いられる一部の用語の一般的な定義を当業者に提供し得る。
単位、接頭辞、及び記号は、それらの国際単位系(SI)で認められている形式で示される。数値範囲は、その範囲を定義する数を含む。特に指示されない限り、アミノ酸配列は左から右にアミノからカルボキシ方向に記載する。本明細書に提供される見出しは、本明細書を全体として参照することによって有され得る本発明の種々の態様又は実施形態の限定ではない。従って、この直後に定義する用語は、本明細書を全体として参照することによって更に十全に定義される。
アミノ酸は、本明細書において、その一般に知られている三文字記号によるか、或いはIUPAC−IUB生化学命名委員会(Biochemical Nomenclature Commission)が推奨する一文字記号により参照される。ヌクレオチドも同様に、その一般に認められている一文字コードによって参照される。
用語「ASCT2」は、システムASCアミノ酸トランスポーター2タンパク質、及び/又はその活性断片を指す。ASCT2は、グルタミン、アラニン、及びセリン、システイン、及びスレオニンを含め、小さい中性アミノ酸の輸送をNa依存的に媒介する膜貫通タンパク質である。ASCT2のRNA、DNA、及びアミノ酸配列は当業者に公知であり、多くのデータベース、例えば国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)のデータベースで検索することができる。NCBIで検索されるこれらの配列の例は、GenBank受託番号NM_005628及びNP_005619を有するヒトASCT2配列;GenBank受託番号NM_001284054及びNP−001270983を有するカニクイザル(マカカ・ファスキキュラリス(Macaca fascicularis))ASCT2配列である。
用語「阻害する」、「遮断する」、及び「抑制する」は、本明細書では同義的に使用され、活性の完全な遮断を含め、生物学的活性の任意の統計学的に有意な減少を指す。例えば、「阻害」は、生物学的活性又はプロセスの約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は100%の減少を指し得る。
用語「抗体」又は「免疫グロブリン」は、本明細書で同義的に使用される。典型的な抗体は、ジスルフィド結合によって相互に接続した少なくとも2本の重(H)鎖及び2本の軽(L)鎖を含む。各重鎖は重鎖可変領域(本明細書ではVHと省略する)と重鎖定常領域とを含む。重鎖定常領域は3つのドメイン、CH1、CH2、及びCH3を含む。各軽鎖は軽鎖可変領域(本明細書ではVLと省略する)と軽鎖定常領域とを含む。軽鎖定常領域は1つのドメイン、Clを含む。VH及びVL領域は、フレームワーク領域(FW)と呼ばれるより保存された領域が間に入った、相補性決定領域(CDR)と呼ばれる超可変領域に更に細分することができる。各VH及びVLは、アミノ末端からカルボキシ末端に以下の順番:FW1、CDR1、FW2、CDR2、FW3、CDR3、FW4で並んだ3つのCDRと4つのFWとを含む。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体の定常領域は、種々の免疫系細胞(例えば、エフェクター細胞)及び古典的補体系の第1成分(C1q)を含めた宿主組織又は因子に対する免疫グロブリンの結合を媒介することができる。本開示の例示的抗体には、ハイブリドーマによって産生されたマウスモノクローナル抗体17c10及び1e8、これらの抗体のヒト化された、親和性最適化された、生殖細胞系列化された、及び/又は他のバージョン、及び血清半減期が最適化された抗ASCT2 YTE抗体(例えば、K44VHa−N56Q、K44VHa6−N56Q、又はK2Ha−N56Q)が含まれる。
用語「生殖細胞系列化」は、抗体の特定の位置にあるアミノ酸が生殖細胞系列のものに復帰突然変異することを意味する。
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも1つの抗原認識部位を介してタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、又は前述の組み合わせなどの標的を認識し、それに特異的に結合する免疫グロブリン分子を指し得る。本明細書で使用されるとき、用語「抗体」は、その抗体が所望の生物学的活性を呈する限りにおいて、インタクトなポリクローナル抗体、インタクトなモノクローナル抗体、抗体断片(Fab、Fab’、F(ab’)2、及びFv断片など)、単鎖Fv(scFv)突然変異体、少なくとも2つのインタクトな抗体から作成された二重特異性抗体などの多重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体の抗原決定部分を含む融合タンパク質、及び抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと称されるその重鎖定常ドメインのアイデンティティに基づき、5つの主要な免疫グロブリンクラス:IgA、IgD、IgE、IgG、及びIgM、又はそのサブクラス(アイソタイプ)(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2)のいずれかのものであり得る。異なる免疫グロブリンクラスは異なる周知のサブユニット構造及び三次元配置を有する。抗体は、ネイキッドであってもよく、又は毒素、放射性同位体等の他の分子にコンジュゲートしてもよい。
用語「ASCT2抗体」、「ASCT2に結合する抗体」又は「抗ASCT2」は、その抗体がASCT2の標的化において治療剤又は診断試薬として有用となるように十分な親和性でASCT2と結合する能力を有する抗体を指す。無関係の非ASCT2タンパク質に対する抗ASCT2抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)、BIACORE(登録商標)(分析物として組換えASCT2及びリガンドとして抗体を使用するか、又はその逆)、KINEXA(登録商標)、又は当該技術分野において公知の他の結合アッセイによって計測するときのASCT2に対するこの抗体の結合の約10%未満である。特定の実施形態において、ASCT2に結合する抗体は、解離定数(K)が≦1μM、≦100nM、≦10nM、≦1nM、≦0.1nM、≦10pM、≦1pM、又は≦0.1pMである。
用語「抗原結合断片」はインタクトな抗体の一部分を指し、インタクトな抗体の相補性決定可変領域を指す。完全長抗体の断片は、抗体の抗原結合断片であり得る。抗体断片の例としては、限定はされないが、Fab、Fab’、F(ab’)2、及びFv断片、線状抗体、一本鎖抗体(例えば、ScFv)、及び抗体断片で形成される多重特異性抗体が挙げられる。
「モノクローナル抗体」(mAb)は、単一の抗原決定基又はエピトープの高度に特異的な認識及び結合に関与する均質な抗体集団を指す。これは、典型的には異なる抗原決定基に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体と対照的である。用語「モノクローナル抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体及び完全長モノクローナル抗体の両方、並びに抗体断片(Fab、Fab’、F(ab’)2、Fvなど)、単鎖(scFv)変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、及び抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。更に、「モノクローナル抗体」は、限定はされないが、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、及びトランスジェニック動物を含めた、任意の方法で作製されたかかる抗体を指す。
用語「ヒト化抗体」は、最小限の非ヒト(例えば、マウス)配列を含むように改変された非ヒト(例えば、マウス)免疫グロブリンに由来する抗体を指す。典型的には、ヒト化抗体は、所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種(例えば、マウス、ラット、ウサギ、又はハムスター)の相補性決定領域(CDR)の残基によってCDRの残基が置き換えられているヒト免疫グロブリンである(Jones et al.,1986,Nature,321:522−525;Riechmann et al.,1988,Nature,332:323−327;Verhoeyen et al.,1988,Science,239:1534−1536)。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク領域(FW)残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種由来の抗体の対応する残基で置き換えられる。
ヒト化抗体は、抗体の特異性、親和性、及び/又は能力を洗練して最適化するため、Fvフレームワーク領域にあるか、及び/又は置き換えられた非ヒト残基内にある更なる残基の置換によって更に修飾することができる。一般に、ヒト化抗体は、非ヒト免疫グロブリンに対応するCDR領域の全て又は実質的に全てを含有する少なくとも1つ、典型的には2つ又は3つの可変ドメインの実質的に全てを含むことになり、一方、FR領域の全て又は実質的に全てはヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域又はドメイン(Fc)、典型的にはヒト免疫グロブリンのそれの少なくとも一部分も含み得る。ヒト化抗体の作成に用いられる方法の例が、米国特許第5,225,539号明細書又は同第5,639,641号明細書に記載される。
「薬学的に許容可能な担体」は、対象にとって非毒性である活性成分以外の医薬製剤中の一成分を指す。薬学的に許容可能な担体には、限定はされないが、緩衝液、賦形剤、安定剤、又は保存剤が含まれる。本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容可能な担体」には、生理学的に適合性であるあらゆる溶媒、分散媒、コーティング、抗細菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収/再吸収遅延剤などが含まれる。
抗体の「可変領域」は、単独での、或いは組み合わせでの、抗体軽鎖の可変領域又は抗体重鎖の可変領域を指す。重鎖及び軽鎖の可変領域は、各々、超可変領域としても知られる、3つの相補性決定領域(CDR)によってつながった4つのフレームワーク領域(FW)からなる。各鎖のCDRはFW領域によって近接して一体に保持されており、他方の鎖のCDRと共に抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。CDRの決定には少なくとも2つの技法がある:(1)異種間配列多様性に基づく手法(即ち、Kabat et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest,(5th ed.,1991,National Institutes of Health,Bethesda Md.));及び(2)抗原抗体複合体の結晶学的研究に基づく手法(Al−lazikani et al.(1997)J.Molec.Biol.273:927−948))。加えて、当該技術分野では、CDRの決定にこれらの2つの手法の組み合わせが用いられることもある。
「Kabat付番方式」は、概して、可変ドメインの残基(およそ軽鎖の残基1〜107及び重鎖の残基1〜113)を参照するときに用いられる(例えば、Kabat et al.,Sequences of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。
Kabatにあるとおりのアミノ酸位置付番は、Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991)における抗体の編成の重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインに用いられる付番方式を指す。この付番方式を用いると、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのFW又はCDRの短縮、又はそれへの挿入に対応するより少ない又は追加的なアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後に単一のアミノ酸挿入(Kabatによる残基52a)を含み、及び重鎖FW残基82の後に挿入された残基(例えば、Kabatによる残基82a、82b、及び82c等)を含み得る。
残基のKabat付番は、所与の抗体について、相同性領域において抗体の配列を「標準」Kabat付番配列とアラインメントすることにより決定し得る。Chothiaは、その代わりに構造ループの位置を参照する(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901−917(1987))。Kabat付番規則を用いて付番したときのChothia CDR−H1ループの末端は、ループの長さに応じてH32〜H34の間で異なる(これは、Kabat付番スキームがH35A及びH35Bに挿入を置くためである。35Aも35Bも存在しない場合、ループは32で終わり;35Aのみが存在する場合、ループは33で終わり;35A及び35Bの両方が存在する場合、ループは34で終わる)。AbM超可変領域は、Kabat CDRとChothia 構造ループとの妥協案に相当し、Oxford Molecular’s AbM抗体モデリングソフトウェアによって用いられている。以下の表1に、各方式による抗体の可変領域を含むアミノ酸の位置を掲載する。
Figure 2018535674
ImMunoGeneTics(IMGT)も、CDRを含めた免疫グロブリン可変領域の付番方式を提供する。例えば、Lefranc,M.P.et al.,Dev.Comp.Immunol.27:55−77(2003)を参照されたい。IMGT付番方式は、5,000を超える配列のアラインメント、構造データ、及び超可変ループの特徴付けに基づくものであり、あらゆる種の可変領域及びCDR領域の容易な比較を可能にする。IMGT付番スキーマによれば、VH−CDR1は26〜35位にあり、VH−CDR2は51〜57位にあり、VH−CDR3は93〜102位にあり、VL−CDR1は27〜32位にあり、VL−CDR2は50〜52位にあり、及びVL−CDR3は89〜97位にある。
本明細書全体を通じて用いられるとおり、記載されるVH CDR配列は古典的Kabat付番位置に対応し、即ち、Kabat VH−CDR1は31〜35位にあり、VH−CDR2は50〜65位にあり、及びVH−CDR3は95〜102位にある。VL−CDR1、VL−CDR2及びVL−CDR3も古典的Kabat付番位置、即ち、24〜34位、50〜56位及び89〜97位に対応する。
用語「ヒト抗体」は、ヒトにおいて産生される抗体、又は当該技術分野において公知の任意の技法を用いて作製されるヒトにおいて産生される抗体に対応するアミノ酸配列を有する抗体を意味する。ヒト抗体のこの定義には、インタクトな又は完全長の抗体、その断片、及び/又は少なくとも1つのヒト重鎖及び/又は軽鎖ポリペプチドを含む抗体、例えば、マウス軽鎖及びヒト重鎖ポリペプチドを含む抗体などが含まれる。
用語「キメラ抗体」は、免疫グロブリン分子のアミノ酸配列が2つ以上の種に由来する抗体を指す。典型的には、軽鎖及び重鎖の両方の可変領域が、所望の特異性、親和性、及び能力を有する哺乳動物の1つの種(例えば、マウス、ラット、ウサギ等)に由来する抗体の可変領域に対応し、一方、定常領域が、別のもの(通常、ヒト)に由来する抗体の配列と同種であり、その種における免疫応答の誘発が回避される。
用語「YTE」又は「YTE突然変異体」は、ヒトFcRnへの結合の増加をもたらし、且つこの突然変異を有する抗体の血清半減期を改善するIgG1 Fc内の突然変異を指す。YTE突然変異体は、IgG1の重鎖に導入された3つの突然変異の組み合わせ、M252Y/S254T/T256E(EU付番、Kabat et al.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,U.S.Public Health Service,National Institutes of Health,Washington,D.C.)を含む。米国特許第7,658,921号明細書(参照により本明細書に援用される)を参照されたい。YTE突然変異体は、同じ抗体の野生型バージョンと比較したときに抗体の血清半減期を約4倍増加させることが示されている(Dall’Acqua et al.,J.Biol.Chem.281:23514−24(2006);Robbie et al.,(2013)Antimicrob.Agents Chemother.57,6147−6153)。米国特許第7,083,784号明細書(本明細書によって全体として参照により援用される)も参照されたい。
「結合親和性」は、概して、分子(例えば、抗体)の単一の結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)との間の非共有結合性相互作用の総和の強度を指す。特に指示がない限り、本明細書で使用されるとき、「結合親和性」は、結合対(例えば、抗体と抗原)のメンバー間の1:1相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子XのそのパートナーYに対する親和性は、概して解離定数(K)によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含め、当該技術分野において公知の一般的な方法によって計測することができる。低親和性抗体は、概して抗原に緩徐に結合し、容易に解離する傾向があり、一方、高親和性抗体は、概して抗原に速やかに結合し、結合したまま長く留まる傾向がある。結合親和性を計測する種々の方法が当該技術分野において公知であり、本発明の目的上、そのいずれを用いることもできる。
結合分子の効力は、通常、特に指定されない限りng/ml単位のIC50値として表現される。IC50は、抗体分子の阻害濃度中央値である。機能アッセイでは、IC50は、生物学的反応をその最大値の50%低下させる濃度である。リガンド結合試験では、IC50は、受容体結合を最大特異的結合レベルの50%低下させる濃度である。IC50は、当該技術分野において公知の任意の手段によって計算することができる。
参照抗体と比較したときの本発明の抗体又はポリペプチドの効力の改善倍数は、少なくとも約2倍、少なくとも約4倍、少なくとも約6倍、少なくとも約8倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約30倍、少なくとも約40倍、少なくとも約50倍、少なくとも約60倍、少なくとも約70倍、少なくとも約80倍、少なくとも約90倍、少なくとも約100倍、少なくとも約110倍、少なくとも約120倍、少なくとも約130倍、少なくとも約140倍、少なくとも約150倍、少なくとも約160倍、少なくとも約170倍、又は少なくとも約180倍又はそれを超えることができる。
抗体の結合力価は、通常、特に指定されない限りnM又はpM単位でEC50値として表される。EC50は、ベースラインと指定曝露時間後の最大値との間の反応中央値を誘導する薬物濃度である。EC50は、当該技術分野において公知の幾つもの手段によって計算することができる。
「治療用抗体」は、疾患又は病態を治療又は予防するために対象に投与され得るものである。「対象」は、診断、予後判定、又は療法が所望される任意の個体、特に哺乳類である。哺乳類対象には、ヒト、家畜、農業動物、競技動物、及び動物園動物、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ウシ等が含まれる。
「治療する」とは、診断された病的状態又は障害を治癒し、それを減速させ、その症状を軽くし、及び/又はその進行を止める療法的手段を指す。従って、治療を必要としている者には、既に障害を有する者が含まれる。特定の実施形態において、患者が疾患又は障害に関連する症状の例えば全面的な、部分的な、又は一過性の軽減又は消失を示した場合、その対象は疾患又は障害、例えば癌に関して本明細書に提供される方法により成功裏に「治療される」。
「予防する」とは、標的とする病的状態又は障害の発生を防止し及び/又は遅らせる予防的又は防御的手段を指す。従って、予防を必要としている者には、障害に罹り易い又は障害に対する感受性が高い者が含まれる。特定の実施形態において、疾患又は障害は、本発明の方法に供されていない患者と比べて、患者が一過性に又は永久に発症する疾患又は障害に関連する症状が例えば少ない又はその重症度が低い、或いは疾患又は障害に関連する症状が遅発する場合、本明細書に提供される方法により成功裏に予防される。
用語「医薬組成物」は、活性成分の生物学的活性が有効であることが可能な形態の、且つその組成物が投与される対象にとって許容できないほど高毒性の追加の構成成分を含有しない製剤を指す。かかる組成物は無菌であってもよく、生理食塩水などの薬学的に許容可能な担体を含み得る。好適な医薬組成物は、緩衝液(例えば、酢酸塩、リン酸塩又はクエン酸塩緩衝液)、界面活性剤(例えば、ポリソルベート)、安定化剤(例えば、ヒトアルブミン)、保存剤(例えば、ベンジルアルコール)、及びバイオアベイラビリティを促進する吸収促進剤の1つ以上、及び/又は他の従来の可溶化剤又は分散剤を含み得る。
本明細書に開示されるとおりの抗体の「有効量」は、具体的に挙げられる目的を実行するのに十分な量である。「有効量」は、挙げられる目的との関連で、実験的に及び常法で決定することができる。
「標識」は、「標識された」結合分子又は抗体を作成するため結合分子又は抗体に直接又は間接的にコンジュゲートされる検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能であってもよく(例えば、放射性同位元素標識又は蛍光標識)、又は酵素標識の場合、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変化を触媒することができる。
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」は、本明細書では、任意の長さのアミノ酸のポリマーを指して同義的に使用される。ポリマーは線状又は分枝状であってもよく、それは修飾アミノ酸を含んでもよく、且つ非アミノ酸がそれを分断していてもよい。これらの用語はまた、天然で又は介入によって修飾されている(例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、又は任意の他の操作又は修飾、例えば標識成分とのコンジュゲーションなど)アミノ酸ポリマーも包含する。また、この定義内には、例えば、アミノ酸の1つ以上の類似体(例えば、非天然アミノ酸等を含む)、並びに当該技術分野において公知の他の修飾を含有するポリペプチドも含まれる。特定の実施形態において、ポリペプチドは単鎖又は会合鎖として存在し得る。
「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、1つ以上の「核酸」、「核酸分子」、又は「核酸配列」を含むことができ、任意の長さのヌクレオチドの重合体を指し、且つDNA及びRNAが含まれる。ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド又は塩基、及び/又はこれらの類似体、又はDNA若しくはRNAポリメラーゼによって重合体に組み込むことのできる任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びその類似体など、修飾ヌクレオチドを含み得る。前述の説明は、RNA及びDNAを含め、本明細書において言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
用語「ベクター」は、1つ以上の目的の遺伝子又は配列を宿主細胞に送達し、及び一部の実施形態では発現する能力を有する構築物を意味する。ベクターの例としては、限定はされないが、ウイルスベクター、ネイキッドDNA又はRNA発現ベクター、プラスミド、コスミド又はファージベクター、カチオン性縮合剤に会合したDNA又はRNA発現ベクター、リポソームに封入されたDNA又はRNA発現ベクター、及びプロデューサー細胞などの特定の真核細胞が挙げられる。
「単離されている」ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物は、天然には見られない形態のポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物である。単離されているポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞又は組成物には、もはや天然に見られる形態ではなくなる程度まで精製されているものが含まれる。一部の実施形態において、単離されている抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物は実質的に純粋である。
2つ以上の核酸又はポリペプチドに関連して、用語「同一の」又はパーセント「同一性」は、最大の一致となるように比較及びアラインメント(必要に応じてギャップを導入して)したとき、いかなる保存的アミノ酸置換も配列同一性の一部として考慮することなく、同じであるか、又は指定される割合の同じであるヌクレオチド又はアミノ酸残基を有する2つ以上の配列又は部分配列を指す。パーセント同一性は配列比較ソフトウェア又はアルゴリズムを用いるか、又は目視検査によって計測することができる。アミノ酸配列又はヌクレオチド配列のアラインメントを達成するために用い得る様々なアルゴリズム及びソフトウェアが当該技術分野において公知である。
配列アラインメントアルゴリズムの1つのかかる非限定的な例は、Karlin et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:5873−5877(1993)によって修正され、且つNBLAST及びXBLASTプログラム(Altschul et al.,Nucleic Acids Res.25:3389−3402(1991)))に組み込まれた、Karlin et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,87:2264−2268(1990)に記載されるアルゴリズムである。特定の実施形態では、Altschul et al.,Nucleic Acids Res.25:3389−3402(1997)によって記載されるとおり、ギャップ付きBLASTを用いることができる。BLAST−2、WU−BLAST−2(Altschul et al.,Methods in Enzymol.266:460−480(1996))、ALIGN、ALIGN−2(Genentech、South San Francisco,CA)又はMegalign(DNASTAR)が、配列のアラインメントに用いることのできる更なる公的に利用可能なソフトウェアプログラムである。特定の実施形態において、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、GCGソフトウェアパッケージのGAPプログラムを用いて(例えば、NWSgapdna.CMP行列及びギャップ加重40、50、60、70、又は90及び長さ加重1、2、3、4、5、又は6を使用して)決定される。特定の代替的実施形態において、Needleman and Wunsch(J.Mol.Biol.48:444−453(1970))のアルゴリズムを組み込むGCGソフトウェアパッケージのGAPプログラムを用いて2つのアミノ酸配列間の同一性パーセントを(例えば、BLOSUM 62行列又はPAM250行列のいずれか、及びギャップ加重16、14、12、10、8、6、又は4及び長さ加重1、2、3、4、5を使用して)決定することができる。或いは、特定の実施形態において、ヌクレオチド又はアミノ酸配列間の同一性パーセントは、Myers and Miller(CABIOS 4:11−17(1989))のアルゴリズムを用いて決定される。例えば、同一性パーセントは、ALIGNプログラム(バージョン2.0)を用いて、及び残基テーブルのPAM120、12のギャップ長ペナルティ及び4のギャップペナルティを使用して決定することができる。当業者は、特定のアラインメントソフトウェアによる最大限のアラインメントに適切なパラメータを決定することができる。特定の実施形態において、アラインメントソフトウェアのデフォルトパラメータが使用される。
特定の実施形態において、第1のアミノ酸配列の第2の配列アミノ酸に対するパーセンテージ同一性「X」は、100×(Y/Z)(式中、Yは、第1及び第2の配列のアラインメント(目視検査によるか、又は特定の配列アラインメントプログラムによってアラインメントしたとき)において同一のマッチとしてスコア化されるアミノ酸残基の数であり、Zは、第2の配列の残基の総数である)として計算される。第1の配列の長さが第2の配列より長い場合、第1の配列の第2の配列に対するパーセント同一性は第2の配列の第1の配列に対するパーセント同一性より高くなる。
「保存的アミノ酸置換」は、あるアミノ酸残基が、同様の側鎖を有する別のアミノ酸残基に置き換えられているものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、塩基性側鎖(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β分枝側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)及び芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含め、当該技術分野において定義されている。例えば、フェニルアラニンのチロシンとの置換は保存的置換である。特定の実施形態において、本発明の結合分子、抗体、及び抗原結合断片のアミノ酸配列における保存的置換は、そのアミノ酸配列を含有する結合分子、抗体、又は抗原結合断片による1つ又は複数の抗原、即ちその結合分子、抗体、又は抗原結合断片が結合するASCT2への結合を無効にしない。抗原結合性を消失させないヌクレオチド及びアミノ酸保存的置換を同定する方法は当該技術分野において周知である。例えば、Brummell et al.,Biochem.32:1180−1 187(1993);Kobayashi et al.,Protein Eng.12(10):879−884(1999);Burks et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:.412−417(1997)を参照されたい。
II.抗ASCT2抗体及び抗原結合断片
本発明は、ASCT2に特異的に結合する抗ASCT2抗体及びその抗原結合断片を提供する。ヒト及びカニクイザルASCT2の完全長アミノ酸(aa)及びヌクレオチド(nt)配列は当該技術分野において公知であり、少なくとも、国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)データベースで検索することができる。NCBIデータベースはオンラインで利用可能である。一部の実施形態において、本明細書に提供される抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片はヒト化抗体又はヒト抗体である。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体はサイトトキシンにコンジュゲートされ、従って抗ASTC2 ADCと称される。
一部の実施形態において、本発明の抗ASCT2抗体は細胞の表面上のASCT2に結合し、細胞にインターナライズされる。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体はASCT2発現細胞に約100ng/ml〜約1μg/ml、約100ng/ml〜約500ng/ml、約100ng/ml〜約250ng/ml、約250ng/ml〜約500ng/ml、約350ng/ml〜約450ng/ml、約500ng/ml〜約1μg/ml、約500ng/ml〜約750ng/ml、約750ng/ml〜約850ng/ml、又は約900ng/ml〜約1μg/mlの10分時IC50でインターナライズされる。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体はASCT2発現細胞に約100ng/ml〜約1μg/ml、約100ng/ml〜約500ng/ml、約100ng/ml〜約250ng/ml、約250ng/ml〜約500ng/ml、約250ng/ml〜約350ng/ml、約350ng/ml〜約450ng/ml、約500ng/ml〜約1μg/ml、約500ng/ml〜約750ng/ml、約750ng/ml〜約850ng/ml、又は約900ng/ml〜約1μg/mlの30分時IC50でインターナライズされる。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体はASCT2発現細胞に約50ng/ml〜約500ng/ml、約50ng/ml〜約100ng/ml、約100ng/ml〜約200ng/ml、約200ng/ml〜約300ng/ml、約300ng/ml〜約400ng/ml、又は約400ng/ml〜約500ng/mlの120分時IC50でインターナライズされる。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体はASCT2発現細胞に約5ng/ml〜約250ng/ml、約10ng/ml〜約25ng/ml、約25ng/ml〜約50ng/ml、約50ng/ml〜約100ng/ml、約100ng/ml〜約150ng/ml、約150ng/ml〜約200ng/ml、又は約200ng/ml〜約250ng/mlの8時間時IC50でインターナライズされる。一部の例では、サイトトキシンにコンジュゲートした抗ASCT2抗体が抗ASCT2 ADCである。
特定の態様において、本開示は、3つの重鎖相補性決定領域(HCDR)と3つの軽鎖相補性決定領域(LCDR)とを含む抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を提供する。特定の態様において、HCDR1は、配列番号10及び配列番号16から選択されるアミノ酸配列を有し、HCDR2は、配列番号22、配列番号11、及び配列番号17から選択されるアミノ酸配列を有し、HCDR3は、配列番号23、配列番号12、及び配列番号18から選択されるアミノ酸配列を有し、LCDR1は、配列番号13及び配列番号19から選択されるアミノ酸配列を有し、LCDR2は、配列番号14、配列番号20、及び配列番号24から選択されるアミノ酸配列を有し、LCDR3は、配列番号15、配列番号21、及び配列番号25から選択されるアミノ酸配列を有する。本明細書に提供されるとおり、VHは配列番号1又は配列番号5のアミノ酸配列を含み、且つVLは配列番号2又は配列番号6のアミノ酸配列を含む。一部の態様において、抗ASCT2抗体は、配列番号5のアミノ酸配列のVHと配列番号6のアミノ酸配列のVLとを含む。任意選択で、抗ASCT2抗体は、配列番号3又は配列番号7のアミノ酸配列のVHと、配列番号4又は配列番号8のアミノ酸配列のVLとを含む。一部の実施形態において、抗ASCT2抗体は、配列番号7のアミノ酸配列のVHと配列番号8のアミノ酸配列のVLとを含む。
更に、本開示は、VHとVLとを含むASCT2に特異的に結合する単離抗体又はその抗原結合断片を提供し、このVH及びVLは、参照アミノ酸配列のそれぞれ配列番号1及び配列番号2、配列番号3及び配列番号4、配列番号5及び配列番号6、又は配列番号7及び配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。
一態様において、本開示は、VHアミノ酸配列の配列番号5とVLアミノ酸配列の配列番号6とを含む抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本開示は、VHアミノ酸配列の配列番号7とVLアミノ酸配列の配列番号8とを含む抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を提供する。
本明細書に記載されるとおりの抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、例えば、マウス抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、多重特異性抗体、又はこれらの任意の組み合わせであってもよい。抗ASCT2抗体抗原結合断片は、Fv断片、Fab断片、F(ab’)2断片、Fab’断片、dsFv断片、scFv断片、又はsc(Fv)2断片であってもよい。
一態様において、本開示は、種をまたがってASCT2分子に結合することのできる抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を提供し、例えば、本抗体又は断片は、マウスASCT2、ラットASCT2、ウサギASCT2、ヒトASCT2及び/又はカニクイザルASCT2に結合することができる。例えば、本抗体又は断片は、ヒトASCT2及びカニクイザルASCT2に結合することができる。更なる例において、本抗体又は断片はまた、マウスASCT2にも結合することができる。
本明細書に提供される特定の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片はASCT2、例えばヒトASCT2及びカニクイザルASCT2に特異的に結合することができ、しかし、ヒトASCT1には特異的に結合しない。
本明細書に記載されるとおりの抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、VH及びVLに加えて、重鎖定常領域又はその断片を含み得る。特定の態様において、重鎖定常領域はヒト重鎖定常領域、例えばヒトIgG定常領域、例えばヒトIgG1定常領域である。一部の実施形態において、特に抗体又はその抗原結合断片が細胞傷害剤などの薬剤にコンジュゲートされる場合、IgG1のCH2領域のアミノ酸S239及びV240間にシステイン残基が挿入される。このシステインは「239挿入」又は「239i」と称される。
特定の態様において、重鎖定常領域又はその断片、例えば、ヒトIgG定常領域又はその断片は、野生型IgG定常ドメインと比べて1つ以上のアミノ酸置換を含むことができ、ここで、修飾されたIgGは、野生型IgG定常ドメインを有するIgGの半減期と比較して増加した半減期を有する。例えば、IgG定常ドメインは、位置251〜257、285〜290、308〜314、385〜389、及び428〜436[アミノ酸位置の付番は、Kabatに規定されるとおりのEUインデックスに従う]にアミノ酸残基の1つ以上のアミノ酸置換を含むことができる。特定の態様において、IgG定常ドメインは、Kabat位置252のアミノ酸のチロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、又はスレオニン(T)による置換、Kabat位置254のアミノ酸のスレオニン(T)による置換、Kabat位置256のアミノ酸のセリン(S)、アルギニン(R)、グルタミン(Q)、グルタミン酸(E)、アスパラギン酸(D)、又はスレオニン(T)による置換、Kabat位置257のアミノ酸のロイシン(L)による置換、Kabat位置309のアミノ酸のプロリン(P)による置換、Kabat位置311のアミノ酸のセリン(S)による置換、Kabat位置428のアミノ酸のスレオニン(T)、ロイシン(L)、フェニルアラニン(F)、又はセリン(S)による置換、Kabat位置433のアミノ酸のアルギニン(R)、セリン(S)、イソロイシン(I)、プロリン(P)、又はグルタミン(Q)による置換、又はKabat位置434のアミノ酸のトリプトファン(W)、メチオニン(M)、セリン(S)、ヒスチジン(H)、フェニルアラニン(F)、又はチロシンによる置換の1つ以上を含むことができる。より具体的には、IgG定常ドメインは、Kabat位置252のアミノ酸のチロシン(Y)による置換、Kabat位置254のアミノ酸のスレオニン(T)による置換、及びKabat位置256のアミノ酸のグルタミン酸(E)による置換を含め、野生型ヒトIgG定常ドメインと比べてアミノ酸置換を含有することができる。本開示は、重鎖がヒトIgG1 YTE突然変異体である抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を提供する。
例えば上記に記載したとおりの、本明細書に提供される抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、VH及びVL、及び任意選択で重鎖定常領域又はその断片に加えて、軽鎖定常領域又はその断片を含み得る。特定の態様において、軽鎖定常領域はκλ軽鎖定常領域、例えば、ヒトκ定常領域又はヒトλ定常領域である。
上述のとおり、VH及び/又はVLアミノ酸配列は、例えば、本明細書に示される配列と85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の類似性であってもよく、及び/又は本明細書に示される配列と比べて1、2、3、4、5個又はそれを超える置換、例えば保存的置換を含んでもよい。VH領域又はVL領域と特定のパーセント類似性を有するVH及びVL領域を有する、又は1つ以上の置換、例えば保存的置換を有するASCT2抗体は、本明細書に記載されるVH及び/又はVL領域をコードする核酸分子の突然変異誘発(例えば、部位特異的又はPCR媒介性突然変異誘発)、及び続くコードされた改変抗体のASCT2への結合に関する試験、並びに任意選択で、本明細書に記載される機能アッセイを用いた機能の保持に関する試験によって得ることができる。
抗原に対する抗体の親和性又はアビディティは、当該技術分野において周知の任意の好適な方法、例えば、フローサイトメトリー、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、又はラジオイムノアッセイ(RIA)、又は反応速度(例えば、KINEXA(登録商標)又はBIACORE(商標)分析)を用いて実験的に決定することができる。直接結合アッセイ並びに競合的結合アッセイフォーマットは、容易に用いることができる。(例えば、Berzofsky et al.,Antibody−Antigen Interactions,In Fundamental Immunology,Paul,W.E.,Ed.,Raven Press:New York,N.Y.(1984);Kuby,Immunology,W.H.Freeman and Company:New York,N.Y.(1992);及び本明細書に記載される方法を参照されたい。)特定の抗体抗原相互作用の親和性計測値は、異なる条件下(例えば、塩濃度、pH、温度)で計測した場合に異なり得る。従って、親和性及び他の抗原結合パラメータ(例えば、K又はKd、Kon、Koff)の計測は、抗体及び抗原の標準化した溶液、及び当該技術分野において公知のとおりの標準化した緩衝液で行われる。
一部の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、フローサイトメトリーによって計測したとき、約500nM未満、約350nM未満、約250nM未満、約150nM未満、約100nM未満、約75nM未満、約60nM未満、約50nM未満、約40nM未満、約30nM未満、約20nM未満、約15nM未満、約10nM未満、約5nM未満、約1nM未満、約500pM未満、約350pM未満、約250pM未満、約150pM未満、約100pM未満、約75pM未満、約60pM未満、約50pM未満、約40pM未満、約30pM未満、約20pM未満、約15pM未満、約10pM未満、又は約5pM未満のIC50でASCT2発現細胞に結合することができる。
III.抗ASCT2抗体及びその抗原結合断片と同じエピトープに結合する結合分子
特定の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される抗ASCT2抗体が結合するのと同じエピトープに結合する抗ASCT2抗体を提供する。用語「エピトープ」は、本発明の抗体との結合能を有する標的タンパク質決定基を指す。エピトープは、通常、アミノ酸又は糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基からなり、通常、特異的な三次元構造特性、並びに特異的な電荷特性を有する。立体エピトープと非立体エピトープとは、変性溶媒の存在下で前者への結合は失われるが、後者への結合は失われない点で区別される。かかる抗体は、本明細書において標準的なASCT2結合又は活性アッセイに記載されるものなど、抗体と交差競合する(例えば、それの結合を統計学的に有意な形で競合的に阻害する)その能力に基づき同定することができる。
従って、一実施形態において、本発明は、ASCT2への結合に関してマウスモノクローナル抗体17c10又は1e8などの本発明の別の抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片、又は本明細書に開示されるとおりのヒト化変異体と競合する抗ASCT2抗体及びその抗原結合断片、例えばモノクローナル抗体を提供する。ある試験抗体が例えば17c10又は1e8の結合を阻害する能力は、その試験抗体がASCT2への結合に関してその抗体と競合し得ることを実証するものである。かかる抗体は、非限定的な理論によれば、それが競合する抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片とASCT2上の同じ又は関連する(例えば、構造的に類似の、又は空間的に近接した)エピトープに結合することができる。一実施形態において、例えばマウスモノクローナル抗体17c10又は1e8とASCT2上の同じエピトープに結合する抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片である。
IV.抗ASCT2抗体及び抗原結合断片の調製
モノクローナル抗ASCT2抗体は、Kohler and Milstein,Nature 256:495(1975)によって記載されるものなどのハイブリドーマ法を用いて調製することができる。ハイブリドーマ法の使用では、マウス、ハムスター、又は他の適切な宿主動物を上記に記載したとおり免疫し、免疫抗原に特異的に結合し得る抗体のリンパ球による産生を誘発する。リンパ球はまた、インビトロで免疫することもできる。免疫後、リンパ球を単離し、例えばポリエチレングリコールを使用して好適な骨髄腫細胞株と融合することによりハイブリドーマ細胞を形成し、次にそこから未融合のリンパ球及び骨髄腫細胞を選択によって除くことができる。次に、免疫沈降、免疫ブロット法によるか、又はインビトロ結合アッセイ、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)若しくは酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)によって決定するとき選択の抗原を特異的に対象とするモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを、標準方法を用いたインビトロ培養か(Goding,Monoclonal Antibodies:Principles and Practice,Academic Press,1986)、或いは動物の腹水腫瘍としてインビボで増殖させることができる。次に、公知の方法を使用してモノクローナル抗体を培養培地又は腹水から精製することができる。
或いは、抗ASCT2モノクローナル抗体はまた、米国特許第4,816,567号明細書に記載されるとおり組換えDNA方法を用いて作製することもできる。成熟B細胞又はハイブリドーマ細胞から、その抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子を特異的に増幅するオリゴヌクレオチドプライマーを使用したRT−PCRによるなどして、モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドを単離し、従来の手順を用いてその配列を決定する。次に、重鎖及び軽鎖をコードする単離ポリヌクレオチドを好適な発現ベクターにクローニングし、本来免疫グロブリンタンパク質を産生しない大腸菌(E.coli)細胞、サルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、又は骨髄腫細胞などの宿主細胞にその発現ベクターをトランスフェクトすると、宿主細胞によってモノクローナル抗体が生成される。また、McCafferty et al.,Nature 348:552−554(1990);Clarkson et al.,Nature,352:624−628(1991);及びMarks et al.,J.Mol.Biol.222:581−597(1991)に記載されるとおり、所望の種のCDRを発現するファージディスプレイライブラリから、所望の種の組換え抗ASCT2モノクローナル抗体又はその抗原結合断片を単離することもできる。
抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドは、組換えDNA技術を用いた何らかの種々の方法で更に修飾することができ、それにより代替的な抗体を作成し得る。一部の実施形態では、例えばマウスモノクローナル抗体の軽鎖及び重鎖の定常ドメインが、(1)例えばヒト抗体のそれらの領域に置換されてキメラ抗体が作成されるか、又は(2)非免疫グロブリンポリペプチドに置換されて融合抗体が作成され得る。一部の実施形態では、定常領域がトランケートされるか、又は除去されて、モノクローナル抗体の所望の抗体断片が作成される。可変領域の部位特異的又は高密度突然変異誘発を用いてモノクローナル抗体の特異性、親和性等を最適化することができる。
特定の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片はヒト抗体又はその抗原結合断片である。ヒト抗体は、当該技術分野において公知の様々な技法を用いて直接調製することができる。インビトロで免疫されるか、又は標的抗原に対する抗体を産生する免疫された個体から単離された固定化ヒトBリンパ球を作成することができる。例えば、Cole et al.,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,p.77(1985);Boemer et al.,J.Immunol.147(1):86−95(1991);米国特許第5,750,373号明細書を参照されたい。
また、例えば、Vaughan et al.,Nat.Biotech.14:309−314(1996);Sheets et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95:6157−6162(1998);Hoogenboom and Winter,J.Mol.Biol.227:381(1991);及びMarks et al.,J.Mol.Biol.222:581(1991)に記載されるとおり、抗ASCT2ヒト抗体又はその抗原結合断片はファージライブラリから選択することもでき、ここで、そのファージライブラリはヒト抗体を発現する)。抗体ファージライブラリを作成及び使用する技術は、米国特許第5,969,108号明細書、同第6,172,197号明細書、同第5,885,793号明細書、同第6,521,404号明細書;同第6,544,731号明細書;同第6,555,313号明細書;同第6,582,915号明細書;同第6,593,081号明細書;同第6,300,064号明細書;同第6,653,068号明細書;同第6,706,484号明細書;及び同第7,264,963号明細書;及びRothe et al.,J.Molec.Biol.376:1182−1200(2008)(これらの各々は、全体として参照により援用される)にも記載されている。
親和性成熟戦略及びチェインシャッフリング戦略が当該技術分野において公知であり、高親和性ヒト抗体又はその抗原結合断片の作成に用いることができる。Marks et al.,BioTechnology 10:779−783(1992)(これは全体として参照により援用される)を参照されたい。
一部の実施形態において、抗ASCT2モノクローナル抗体はヒト化抗体であってもよい。非ヒト又はヒト抗体の改変、ヒト化又はリサーフェシング方法も用いることができ、当該技術分野において周知である。ヒト化抗体、リサーフェシング抗体、又は同様の改変抗体は、非ヒト、例えば、限定はされないが、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類又は他の哺乳動物である供給源由来の1つ以上のアミノ酸残基を有し得る。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「インポート」残基と称される残基によって置き換えられ、インポート残基は、典型的には既知のヒト配列の「インポート」可変、定常又は他のドメインから取られる。かかるインポートされた配列を用いて、免疫原性を低減し、又は結合性、親和性、on速度、off速度、アビディティ、特異性、半減期、若しくは当該技術分野において公知のとおりの任意の他の好適な特性を低減し、増強し、若しくは変更することができる。一般に、ASCT2結合への影響としては、CDR残基が直接的且つ最も実質的に関与する。従って、非ヒト又はヒトCDR配列の一部又は全てを維持する一方で、可変領域及び定常領域の非ヒト配列はヒト又は他のアミノ酸に置き換えることができる。
抗体はまた、任意選択で、抗原ASCT2に対する高親和性及び他の有利な生物学的特性を保持しつつ改変されたヒト化抗体、リサーフェシング抗体、改変抗体又はヒト抗体であってもよい。この目標を達成するため、任意選択で、ヒト化(又はヒト)又は改変抗ASCT2抗体及びリサーフェシング抗体を、親配列、改変配列、及びヒト化配列の三次元モデルを使用した親配列及び様々な概念的ヒト化産物及び改変産物の分析プロセスによって調製することができる。三次元免疫グロブリンモデルは一般に利用可能であり、当業者は熟知している。選択した候補免疫グロブリン配列の推定上の三次元立体構造を図解及び表示するコンピュータプログラムが利用可能である。これらの表示を調べることにより、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の見込まれる役割の分析、即ち、候補免疫グロブリンがASCT2などのその抗原に結合する能力に影響を及ぼす残基の分析が可能になる。このようにして、コンセンサス配列及びインポート配列からFW残基を選択して組み合わせることにより、標的抗原に対する親和性の増加など、所望の抗体特性を実現することができる。
本発明の抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片のヒト化、リサーフェシング又は改変は、限定はされないが、Jones et al.,Nature 321:522(1986);Riechmann et al.,Nature 332:323(1988);Verhoeyen et al.,Science 239:1534(1988);Sims et al.,J.Immunol.151:2296(1993);Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901(1987);Carter et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:4285(1992);Presta et al.,J.Immunol.151:2623(1993);米国特許第5,639,641号明細書、同第5,723,323号明細書;同第5,976,862号明細書;同第5,824,514号明細書;同第5,817,483号明細書;同第5,814,476号明細書;同第5,763,192号明細書;同第5,723,323号明細書;同第5,766,886号明細書;同第5,714,352号明細書;同第6,204,023号明細書;同第6,180,370号明細書;同第5,693,762号明細書;同第5,530,101号明細書;同第5,585,089号明細書;同第5,225,539号明細書;同第4,816,567号明細書;同第7,557,189号明細書;同第7,538,195号明細書;及び同第7,342,110号明細書;PCT/米国特許出願第98/16280号明細書;PCT/米国特許出願第96/18978号明細書;PCT/米国特許出願第91/09630号明細書;PCT/米国特許出願91/05939号明細書;PCT/米国特許出願94/01234号明細書;PCT/英国特許出願第89/01334号明細書;PCT/英国特許出願第91/01134号明細書;PCT/英国特許出願92/01755号明細書;国際公開第90/14443号パンフレット;国際公開第90/14424号パンフレット;国際公開第90/14430号パンフレット;及び欧州特許第229246号明細書(これらの各々は、そこに引用される文献を含め、全体として参照により本明細書に援用される)に記載されるものなど、任意の公知の方法を用いて実施することができる。
抗ASCT2ヒト化抗体及びその抗原結合断片はまた、免疫時に内因性免疫グロブリンを産生することなくヒト抗体の完全レパートリーを産生する能力を有するヒト免疫グロブリン遺伝子座を含有するトランスジェニックマウスでも作製することができる。この手法は、米国特許第5,545,807号明細書;同第5,545,806号明細書;同第5,569,825号明細書;同第5,625,126号明細書;同第5,633,425号明細書;及び同第5,661,016号明細書に記載されている。
特定の実施形態において、抗ASCT2抗体断片が提供される。抗体断片の作製について様々な技法が公知である。従来、これらの断片は、例えば、Morimoto et al.,J.Biochem.Biophys.Meth.24:107−117(1993)及びBrennan et al.,Science 229:81(1985)に記載のとおり、インタクトな抗体のタンパク質分解による消化によって得られている。特定の実施形態において、抗ASCT2抗体断片は組換えで作製される。Fab、Fv、及びscFv抗体断片は、いずれも大腸菌(E.coli)又は他の宿主細胞で発現させて、そこから分泌させることができ、このようにしてこれらの断片を大量に作製することが可能である。かかる抗ASCT2抗体断片はまた、上記で考察した抗体ファージライブラリから単離することもできる。抗ASCT2抗体断片はまた、米国特許第5,641,870号明細書に記載されるとおりの線状抗体であってもよい。抗体断片の他の作製技法が当業者に明らかであろう。
本発明によれば、ASCT2に特異的な一本鎖抗体の作製技法を適合させることができる。例えば、米国特許第4,946,778号明細書を参照されたい)。加えて、ASCT2に対して所望の特異性を有するモノクローナルFab断片、又はその誘導体、断片、類似体若しくは相同体の迅速且つ有効な同定を可能にするFab発現ライブラリの構築方法を適合させることができる。例えば、Huse et al.,Science 246:1275−1281(1989)を参照されたい。抗体断片は、限定はされないが、抗体分子のペプシン消化によって作製されるF(ab’)2断片;F(ab’)2断片のジスルフィド架橋の還元によって生成されるFab断片;抗体分子をパパイン及び還元剤で処理することによって生成されるFab断片;又はFv断片を含め、当該技術分野で公知の技法によって作製することができる。
特定の態様において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、その血清半減期が増加するように修飾することができる。これは、例えば、抗体又は抗体断片の適切な領域の突然変異によって抗体又は抗体断片にサルベージ受容体結合エピトープを組み込むことによるか、又は後に抗体又は抗体断片にいずれかの末端若しくは中央で(例えば、DNA又はペプチド合成によって)融合するペプチドタグにそのエピトープを組み込むことによるか、又はYTE突然変異によって達成し得る。抗体又はその抗原結合断片の血清半減期を増加させる他の方法、例えば、PEGなどの異種分子とのコンジュゲーションが、当該技術分野において公知である。
本明細書に提供されるとおりの修飾抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、抗体又はポリペプチドとASCT2との会合をもたらす任意のタイプの可変領域を含み得る。この点で、可変領域は、所望の抗原に対して体液性応答を開始して免疫グロブリンを生成するように誘導することのできる任意のタイプの哺乳動物を含み得るか、又はそれに由来し得る。従って、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片の可変領域は、例えば、ヒト、マウス、非ヒト霊長類(例えば、カニクイザル、マカク等)又はルピナス起源のものであり得る。一部の実施形態では、修飾抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片の可変領域及び定常領域の両方がヒトである。他の実施形態では、適合抗体(通常非ヒト供給源に由来する)の可変領域が、分子の結合特性が向上し又は免疫原性が低下するように改変され又は特異的に調整される。この点で、本発明において有用な可変領域はヒト化されるか、又は他に移入アミノ酸配列を含めることによって変更されてもよい。
特定の実施形態では、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片の重鎖及び軽鎖の両方の可変ドメインが、1つ以上のCDRの少なくとも部分的な置換、並びに/又は部分的フレームワーク領域置換及び配列変化によって変更される。CDRは、フレームワーク領域が由来する抗体と同じクラス又は更にはサブクラスの抗体に由来し得るが、CDRが異なるクラスの抗体、特定の実施形態では異なる種の抗体に由来することが想定される。ある可変ドメインの抗原結合能を別の可変ドメインに移すために、全てのCDRをドナー可変領域の完全なCDRに置き換える必要はない。むしろ、抗原結合部位の活性の維持に必要な残基を移しさえすれば十分である。米国特許第5,585,089号明細書、同第5,693,761号明細書及び同第5,693,762号明細書に記載される説明を所与とすれば、ルーチンの実験を実施して、免疫原性が低下した機能性抗体を得ることは、十分に当業者の能力の範囲内にある。
可変領域の変更にも関わらず、当業者は、本発明の修飾抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片に、定常領域ドメインの1つ以上の少なくとも一部が欠失しているか、又は他に変更されている抗体(例えば、完全長抗体又はその抗原結合断片)が含まれてもよく、天然の又は変更されていない定常領域を含むほぼ同じ免疫原性の抗体と比較したときに腫瘍局在の増加又は血清半減期の低下などの所望の生化学的特性がもたらされるようにし得ることを理解するであろう。一部の実施形態において、修飾抗体の定常領域はヒト定常領域を含み得る。本発明と適合性がある定常領域の修飾は、1つ以上のドメインにおける1つ以上のアミノ酸の付加、欠失又は置換を含む。即ち、本明細書に開示される修飾抗体は、3つの重鎖定常ドメイン(CH1、CH2又はCH3)の1つ以上及び/又は軽鎖定常ドメイン(CL)に対する変更又は修飾を含み得る。一部の実施形態では、1つ以上のドメインが部分的又は完全に欠失している修飾定常領域が企図される。一部の実施形態において、修飾抗体は、CH2ドメイン全体が取り除かれたドメイン欠失コンストラクト又は変異体(ΔCH2コンストラクト)を含み得る。一部の実施形態において、削除された定常領域ドメインは、典型的には欠けている定常領域によって付与される分子可動性の一部を提供する短いアミノ酸スペーサー(例えば、10残基)に置き換えられ得る。
その構成に加えて、当該技術分野では、定常領域が幾つかのエフェクター機能を媒介することが知られている。例えば、抗体はFc領域を介して細胞に結合し、ここで、抗体Fc領域上のFc受容体部位が細胞上のFc受容体(FcR)に結合する。IgG(γ受容体)、IgE(η受容体)、IgA(α受容体)及びIgM(μ受容体)を含め、異なる抗体クラスに特異的なFc受容体が幾つもある。抗体が細胞表面上のFc受容体に結合すると、抗体被覆粒子の貪食及び破壊、免疫複合体のクリアランス、キラー細胞による抗体被覆標的細胞の溶解(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害、又はADCCと呼ばれる)、炎症性メディエーターの放出、胎盤通過及び免疫グロブリン産生の制御を含めた幾つもの重要且つ多様な生物学的反応が惹起される。
特定の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、変更されたエフェクター機能を提供し、従って投与される抗体又はその抗原結合断片の生物学的プロファイルが影響を受ける。例えば、定常領域ドメインを(点突然変異又は他の手段によって)欠失又は不活性化させると、循環中の修飾抗体のFc受容体結合が低下し得る。他の場合、定常領域を修飾すると、本発明と一致して、補体結合が調節され、従ってコンジュゲートした細胞毒の血清半減期及び非特異的な会合が低下し得る。定常領域の更に他の修飾を用いると、抗原特異性又は抗体可動性の増加による局在化の増進を可能にするジスルフィド結合又はオリゴ糖部分を除去することができる。同様に、本発明における定常領域に対する修飾は、十分に当業者の範囲内にある周知の生化学的又は分子工学的技法を用いて容易に作製することができる。
特定の実施形態において、抗体又はその抗原結合断片であるASCT2結合分子は、1つ以上のエフェクター機能を有しない。例えば、一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は抗体依存性細胞傷害(ADCC)活性及び/又は補体依存性細胞傷害(CDC)活性を有しない。特定の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片はFc受容体及び/又は補体因子に結合しない。特定の実施形態において、抗体又はその抗原結合断片はエフェクター機能を有しない。
特定の実施形態において、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、それぞれの修飾抗体又はその断片のCH3ドメインがヒンジ領域に直接融合するように改変し得る。他のコンストラクトでは、ヒンジ領域と修飾CH2及び/又はCH3ドメインとの間にペプチドスペーサーを挿入し得る。例えば、適合性コンストラクトを発現させることができ、ここで、CH2ドメインが欠失しており、且つ残りのCH3ドメイン(修飾又は非修飾)が5〜20アミノ酸のスペーサーでヒンジ領域に結合している。かかるスペーサーを加えると、例えば、定常ドメインの調節エレメントが空いて利用可能なままであること、又はヒンジ領域が可動なままであることが確実になり得る。ある場合には、アミノ酸スペーサーが免疫原性で、且つコンストラクトに対する望ましくない免疫応答を誘導することが判明し得る。従って、特定の実施形態では、修飾抗体の所望の生化学的品質を維持するため、コンストラクトに加えられる任意のスペーサーは比較的免疫原性が低いか、又は更には完全に省かれてもよい。
全定常領域ドメインの欠失に加えて、本明細書に提供される抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、定常領域における数個又は更には単一のアミノ酸の部分欠失又は置換によって修飾することができる。例えば、CH2ドメインの選択された範囲にある単一のアミノ酸の突然変異が、Fc結合を実質的に低下させて、それにより腫瘍局在を増加させるのに十分であり得る。同様に、エフェクター機能(例えば、補体C1Q結合)を制御する1つ以上の定常領域ドメインを完全に又は部分的に欠失させることができる。定常領域のかかる部分欠失は、インタクトな対象定常領域ドメインに付随する他の望ましい機能はそのままにしておきながら抗体又はその抗原結合断片の選択された特性(例えば、血清半減期)を改善することができる。更に、開示される抗ASCT2抗体及びその抗原結合断片の定常領域は、得られるコンストラクトのプロファイルを強化する1つ以上のアミノ酸の突然変異又は置換によって修飾することができる。この点で、修飾抗体又はその抗原結合断片の構成及び免疫原性プロファイルを実質的に維持しながら、保存された結合部位によって提供される活性(例えば、Fc結合)を破壊することが可能である。特定の実施形態は、エフェクター機能の低下若しくは増加などの望ましい特性を増強し、又はより多くの細胞毒又は炭水化物結合を提供するため、定常領域に対する1つ以上のアミノ酸の付加を含み得る。かかる実施形態では、選択された定常領域ドメインに由来する特定の配列を挿入又は複製することが望ましい場合もある。
本発明は、本明細書に示されるマウス、キメラ、ヒト化又はヒト抗ASCT2抗体、又はその抗原結合断片と実質的に相同な変異体及び均等物を更に包含する。これらは、例えば、保存的置換突然変異、即ち1つ以上のアミノ酸の、同様のアミノ酸による置換を含み得る。例えば、保存的置換は、アミノ酸を同じ一般クラス内の別のアミノ酸で置換すること、例えば、ある酸性アミノ酸を別の酸性アミノ酸で置換すること、ある塩基性アミノ酸を別の塩基性アミノ酸で置換すること、又はある中性アミノ酸を別の中性アミノ酸によって置換することを指す。保存的アミノ酸置換によって意味されるものは、当該技術分野において周知である。
抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片は、通常、そのタンパク質の一部でない追加的な化学的部分を含むように更に修飾することができる。それらの誘導体化部分は、タンパク質の溶解度、生物学的半減期又は吸収を向上させることができる。これらの部分はまた、タンパク質の任意の望ましい副作用などを低減し又は消失させることもできる。それらの部分についての概要は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,22nd Ed.Lloyd V.Allen,Jr.(2012)を参照することができる。
V.抗ASCT2抗体コンジュゲート
本開示は、異種薬剤にコンジュゲートされた、上記に記載したとおりの抗ASCT2抗体又はその断片を更に提供する。本発明の目的上、「コンジュゲートされた」は、共有結合又はイオン結合によって連結されていることを意味する。特定の態様において、薬剤は、抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体又はその断片、検出可能標識、PEG、又は任意の前記薬剤の2つ以上の組み合わせであってもよい。一部の実施形態において、かかるASCT2結合分子はASCT2−ADCである。
従って、本開示はまた、少なくとも1つの細胞傷害剤を更に含む、本明細書に開示される抗ASCT2抗体を含むADCも提供する。一部の態様において、本ADCは少なくとも1つの任意選択のスペーサーを更に含む。一部の態様において、この少なくとも1つのスペーサーはペプチドスペーサーである。一部の態様において、少なくとも1つのスペーサーは非ペプチドスペーサーである。
細胞傷害剤又はサイトトキシンは、細胞の機能を阻害し又は妨げる、及び/又は細胞の破壊(細胞死)を引き起こす、及び/又は抗新生物/抗増殖効果を及ぼす当該技術分野において公知の任意の分子であり得る。幾つものクラスの細胞傷害剤がADC分子において潜在的な有用性を有することが知られている。これらとしては、限定はされないが、アマニチン、アウリスタチン、ダウノマイシン、ドキソルビシン、デュオカルマイシン、ドラスタチン、エンジイン、レキシトロプシン、タキサン、ピューロマイシン、メイタンシノイド、ビンカアルカロイド、ツブリシン及びピロロベンゾジアゼピン(PBD)が挙げられる。かかる細胞傷害剤の例は、AFP、MMAF、MMAE、AEB、AEVB、アウリスタチンE、パクリタキセル、ドセタキセル、CC−1065、SN−38、トポテカン、モルホリノドキソルビシン、リゾキシン、シアノモルホリノドキソルビシン、ドラスタチン−10、エキノマイシン、コンブレタスタチン、カリケアミシン、メイタンシン、DM−1、ビンブラスチン、メトトレキサート、及びネトロプシン、並びにこれらの誘導体及び類似体である。ADCにおける使用に好適なサイトトキシンに関する更なる開示は、例えば、国際公開第2015/155345号パンフレット及び同第2015/157592号パンフレット(全体として参照により本明細書に援用される)を参照することができる。
一実施形態において、細胞傷害剤はツブリシン又はツブリシン誘導体である。ツブリシンAは以下の化学構造を有する。
Figure 2018535674
ツブリシンは、粘液細菌種から単離された天然産物のクラスのメンバーである(Sasse et al.,J.Antibiot.53:879−885(2000))。細胞骨格と相互作用する薬剤として、ツブリシンは、チューブリン重合を阻害して細胞周期停止及びアポトーシスをもたらす細胞分裂毒である(Steinmetz et al.,Chem.Int.Ed.43:4888−4892(2004);Khalil et al.,Chem.Biochem.7:678−683(2006);Kaur et al.,Biochem.J.396:235−242(2006))。本明細書で使用されるとき、用語「ツブリシン」は、集合的にも個別的にも、天然に存在するツブリシン並びにツブリシンの類似体及び誘導体を指す。ツブリシンの例示的な例が、例えば、国際公開第2004005326A2号パンフレット、国際公開第2012019123A1号パンフレット、国際公開第2009134279A1号パンフレット、国際公開第2009055562A1号パンフレット、国際公開第2004005327A1号パンフレット、米国特許第7776841号明細書、米国特許第7754885号明細書、米国特許出願公開第20100240701号明細書、米国特許第7816377号明細書、米国特許出願公開第20110021568号明細書、及び米国特許出願公開第20110263650号明細書(参照により本明細書に援用される)に開示されている。かかる誘導体には、例えば、ツブリシンプロドラッグ又は1つ以上の保護基(protection group)若しくは保護基(protecting group)、1つ以上の連結部分を含むツブリシンが含まれることが理解されるべきである。
特定の態様において、ツブリシンは、本明細書で「AZ1508」とも称され、且つ国際公開第2015157594号パンフレット(参照により本明細書に援用される)に更に詳細に記載される、以下の構造を有するツブリシン1508である。
Figure 2018535674
別の実施形態において、細胞傷害剤はピロロベンゾジアゼピン(PBD)又はPBD誘導体であってもよい。PBDは核に移行し、そこでDNAを架橋して有糸分裂の間の複製を妨げ、一本鎖切断を誘導することによりDNAに損傷を与え、続いてアポトーシスをもたらす。一部のPBDは、DNAの特異的配列を認識してそれに結合する能力を有する。好ましい配列はPuGPuである。PBDは以下の一般構造である。
Figure 2018535674
PBDは、その芳香族A環及びピロロC環の両方における置換基の数、種類及び位置、並びにC環の飽和度が異なる。B環には、N10〜C11位にイミン(N=C)、カルビノールアミン(NH−CH(OH))、又はカルビノールアミンメチルエーテル(NH−CH(OMe))のいずれかがあり、これがDNAのアルキル化に関与する求電子中心である。公知の天然産物は全てがキラルC11a位に(S)配置を有し、そのため、PBDには、C環からA環の方に見たとき右回りのねじれが付与される。これによりPBDはB型DNAの副溝を含むイソヘリシティに適切な三次元形状となり、結合部位に密に嵌まることにつながる(Kohn,In Antibiotics III.Springer−Verlag,New York,pp.3−11(1975);Hurley and Needham−VanDevanter,Acc.Chem.Res.,19,230−237(1986))。副溝に付加物を形成するその能力により、PBDはDNAプロセシングの妨害と、従って抗腫瘍薬剤としてのその使用とが可能となる。
最初のPBD抗腫瘍抗生物質アントラマイシンは、1965年に発見された(Leimgruber et al.,J.Am.Chem.Soc.87:5793−5795(1965);Leimgruber et al.,J.Am.Chem.Soc.87:5791−5793(1965))。それ以降、幾つもの天然に存在するPBDが報告されており、種々の類似体に至る10を超える合成経路が開発されている(Thurston et al.,Chem.Rev.1994:433−465(1994);Antonow,D.and Thurston,D.E.,Chem.Rev.111:2815−2864(2011))。ファミリーメンバーには、アベイマイシン(Hochlowski et al.,J.Antibiotics 40:145−148(1987))、チカマイシン(Konishi et al.,J.Antibiotics 37:200−206(1984))、DC−81(特開昭58−180487号公報;Thurston et al.,Chem.Brit.26:767−772(1990);Bose et al.,Tetrahedron 48:751−758(1992))、マゼトラマイシン(Kuminoto et al.,J.Antibiotics 33:665−667(1980))、ネオトラマイシンA及びB(Takeuchi et al.,J.Antibiotics 29:93−96(1976))、ポロトラマイシン(Tsunakawa et al.,J.Antibiotics 41:1366−1373(1988))、プロトラカルシン(Shimizu et al.,J.Antibiotics 29:2492−2503(1982);Langley and Thurston,J.Org.Chem.52:91−97(1987))、シバノミシン(DC−102)(Hara et al.,J.Antibiotics 41:702−704(1988);Itoh et al.,J.Antibiotics 41:1281−1284(1988))、シビロマイシン(Leber et al.,J.Am.Chem.Soc.110:2992−2993(1988))及びトママイシン(Arima et al.,J.Antibiotics 25:437−444(1972))が含まれる。PBD及びそれを含むADCはまた、国際公開第2015/155345号パンフレット及び同第2015/157592号パンフレット(参照により本明細書において全体として参照により援用される)にも記載されている。
特定の態様において、PBDは、本明細書で「SG3249」とも称され、且つ国際公開第2014/057074号パンフレット(参照により本明細書に援用される)に更に詳細に記載される、以下の構造を有するPBD3249である。
Figure 2018535674
特定の態様において、PBDは、本明細書で「SG3315」とも称され、且つ国際公開第2015/052322号パンフレット(参照により本明細書に援用される)に更に詳細に記載される、以下の構造を有するPBD3315である。
Figure 2018535674
本明細書に開示される抗ASCT2抗体及びその抗原断片は、部位特異的又は非部位特異的コンジュゲート方法を用いて異種薬剤にコンジュゲートすることができる。一部の態様において、ADCは、1、2、3、4つ又はそれを超える治療用部分を含む。一部の態様において、全ての治療用部分が同じである。
抗体又はその抗原結合断片の従来のコンジュゲーション戦略は、リジン又はシステインを介してペイロードを抗体又は断片にランダムにコンジュゲートすることに頼るものである。従って、一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片は薬剤に対し、例えば抗体又は断片の部分的還元と、続くリンカー部分が付加された又は付加されていない所望の薬剤との反応によってランダムにコンジュゲートされる。抗体又は断片はDTT又は同様の還元剤を使用して還元し得る。次に、リンカー部分が付加された又は付加されていない薬剤を、DMSOの存在下で還元された抗体又は断片にモル過剰で加えることができる。コンジュゲーション後、過剰量の遊離システインを加えて未反応の薬剤をクエンチし得る。次に、この反応混合物を精製し、PBSで緩衝液交換し得る。
他の態様では、特異的な位置にある反応性アミノ酸残基を使用した治療用部分の抗体への部位特異的なコンジュゲーションにより、一様な化学量論比の均一なADC調製物が得られる。部位特異的コンジュゲーションは、システイン残基又は非天然アミノ酸を介することができる。一実施形態において、細胞傷害剤又はイメージング剤は少なくとも1つのシステイン残基を介して抗体又はその抗原結合断片にコンジュゲートされる。一部の態様において、各治療用部分はFc領域における特異的なKabat位置でアミノ酸の側鎖に化学的にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、細胞傷害剤又はイメージング剤は、位置239、248、254、273、279、282、284、286、287、289、297、298、312、324、326、330、335、337、339、350、355、356、359、360、361、375、383、384、389、398、400、413、415、418、422、440、441、442、443及び446(付番はKabatのEUインデックスに対応する)の少なくとも1つのシステイン置換によって抗体又はその抗原結合断片にコンジュゲートされる。一部の態様において、特異的なKabat位置は、239、442、又は両方である。一部の態様において、特異的な位置は、Kabat位置442、Kabat位置239及び240間のアミノ酸挿入、又は両方である。一部の態様において、薬剤はチオール−マレイミド連結を介して抗体又はその抗原結合断片にコンジュゲートされる。一部の態様において、アミノ酸側鎖はスルフヒドリル側鎖である。
一実施形態において、ASCT2結合分子、例えば、ASCT2−ADC、抗ASCT2抗体、又はその抗原結合断片は細胞傷害性ペイロードをASCT2発現細胞に送達し、増殖を少なくとも10%、又は少なくとも20%、又は少なくとも30%、又は少なくとも40%、又は少なくとも50%、又は少なくとも60%、又は少なくとも70%、又は少なくとも80%、又は少なくとも90%又は約100%阻害又は抑制する。細胞増殖は、細胞分裂速度、及び/又は細胞集団内において細胞分裂を起こす細胞の割合、及び/又は終末分化又は細胞死に起因する細胞集団からの細胞損失率(例えば、チミジン取込み)を計測する当該技術分野で認められている技法を用いてアッセイすることができる。
VI.ASCT2結合分子をコードするポリヌクレオチド及びその発現
本開示は、ASCT2に特異的に結合するポリペプチド又はその抗原結合断片をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを提供する。例えば、本発明は、抗ASCT2抗体をコードするか、又はかかる抗体の抗原結合断片をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを提供する。本発明のポリヌクレオチドはRNAの形態であっても、又はDNAの形態であってもよい。DNAには、cDNA、ゲノムDNA、及び合成DNAが含まれ;且つ二本鎖又は一本鎖であってもよく、及び一本鎖の場合、コード鎖又は非コード鎖(アンチセンス鎖)であってもよい。
特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは単離されてもよい。特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは実質的に純粋であってもよい。特定の実施形態において、ポリヌクレオチドはcDNAであってもよく、又はcDNAに由来する。特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは組換え産生されてもよい。特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、同じリーディングフレームでポリヌクレオチドに融合した、例えば宿主細胞からのポリペプチドの発現及び分泌を促進する成熟ポリペプチドのためのコード配列(例えば、細胞からのポリペプチドの輸送を制御するための分泌配列として機能するリーダー配列)を含んでもよい。リーダー配列を有するポリペプチドはプレタンパク質であり、リーダー配列が宿主細胞によって切断されると成熟形態のポリペプチドを形成し得る。ポリヌクレオチドはまた、成熟タンパク質+追加の5’アミノ酸残基であるASCT結合プロタンパク質をコードしてもよい。
本開示は、抗体VHをコードする核酸を含む単離ポリヌクレオチドを更に提供し、このVHは、配列番号1、配列番号3、配列番号5、及び配列番号7からなる群から選択される参照アミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。
更に、本開示は、抗体VLをコードする核酸を含む単離ポリヌクレオチドを提供し、このVLは、配列番号2、配列番号4、配列番号6、及び配列番号8からなる群から選択される参照アミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本開示は、抗体VHをコードする核酸であって、VHが参照アミノ酸配列の配列番号1と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸と、抗体VLをコードする核酸であって、VLが参照アミノ酸配列の配列番号2と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸とを含む単離ポリヌクレオチドを提供する。特定の実施形態において、本開示は、抗体VHをコードする核酸であって、VHが参照アミノ酸配列の配列番号3と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸と、抗体VLをコードする核酸であって、VLが参照アミノ酸配列の配列番号4と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸とを含む単離ポリヌクレオチドを提供する。特定の実施形態において、本開示は、抗体VHをコードする核酸であって、VHが参照アミノ酸配列の配列番号5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸と、抗体VLをコードする核酸であって、VLが参照アミノ酸配列の配列番号6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸とを含む単離ポリヌクレオチドを提供する。特定の実施形態において、本開示は、抗体VHをコードする核酸であって、VHが参照アミノ酸配列の配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸と、抗体VLをコードする核酸であって、VLが参照アミノ酸配列の配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む核酸とを含む単離ポリヌクレオチドを提供する。
特定の態様において、上記に記載したとおりのポリヌクレオチドによってコードされるVH又はVLを含む抗体又はその抗原結合断片は、ASCT2、例えばヒト又はカニクイザルASCT2に特異的に結合することができる。特定の場合、かかる抗体又はその抗原結合断片は、17c10又は1e8のVH及びVLを含む抗体又はその抗原結合断片と同じエピトープに特異的に結合することができる。特定の態様において、本開示は、ASCT2に特異的に結合する結合分子、例えば抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせを提供する。
更に、上記に記載したとおりのポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。好適なベクターは本明細書に記載され、及び当業者に公知である。
特定の態様において、本開示は、上記に記載したとおりのポリヌクレオチド又はベクターを含み、任意選択で1つ以上の担体、希釈剤、賦形剤、又は他の添加剤を更に含む組成物、例えば医薬組成物を提供する。
上記に記載したとおりのポリヌクレオチド組成物において、VHをコードする核酸を含むポリヌクレオチドと、VLをコードする核酸を含むポリヌクレオチドとは単一のベクターに存在してもよく、又は別個のベクター上にあってもよい。従って、本開示は、上記に記載されるポリヌクレオチド組成物を含む1つ以上のベクターを提供する。
本開示は、上記に提供されるとおりのポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド組成物、又はベクターを含む宿主細胞を更に提供し、ここで、宿主細胞は、一部の例では、ASCT2に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片を発現することができる。かかる宿主細胞は、本明細書に提供されるとおりの抗体又はその抗原結合断片を作製する方法において利用することができ、この方法は、(a)宿主細胞を培養するステップと、(b)宿主細胞から発現した抗体又はその抗原結合断片を単離するステップとを含む。
特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、例えばコードされたポリペプチドの精製を可能にするマーカー配列に同じリーディングフレーム内で融合した成熟ASCT2結合ポリペプチド、例えば抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片のコード配列を含む。例えば、マーカー配列は、細菌宿主の場合にpQE−9ベクターによって供給されるヘキサヒスチジンタグであってもよく、それによりマーカーに融合した成熟ポリペプチドの精製が提供され、又はマーカー配列は、哺乳類宿主(例えば、COS−7細胞)を使用するときは、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するヘマグルチニン(HA)タグであってもよい。
ポリヌクレオチド変異体も提供される。ポリヌクレオチド変異体は、コード領域、非コード領域、又は両方に変化を含み得る。一部の実施形態において、ポリヌクレオチド変異体は、サイレント置換、付加、又は欠失を生じさせるが、コードされるポリペプチドの特性又は活性を変化させない変化を含む。一部の実施形態において、ポリヌクレオチド変異体は、遺伝子コードの縮重によるサイレント置換によって作製される。ポリヌクレオチド変異体は、種々の理由で、例えばコドン発現を特定の宿主に最適化する(ヒトmRNAのコドンを大腸菌(E.coli)などの細菌宿主に好ましいコドンに変更する)ために作製され得る。本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクター及び細胞も提供される。
一部の実施形態において、ASCT2結合分子をコードするDNA配列は、オリゴヌクレオチド合成機を使用した化学合成によって構築することができる。かかるオリゴヌクレオチドは、所望のポリペプチドのアミノ酸配列、及び目的の組換えポリペプチドが産生される宿主細胞において有利なコドンの選択に基づき設計することができる。標準方法を適用して、目的の単離ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド配列を合成することができる。例えば、完全なアミノ酸配列を使用して逆翻訳遺伝子を構築することができる。更に、特定の単離ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含有するDNAオリゴマーを合成することができる。例えば、所望のポリペプチドの一部分をコードする幾つかの小さいオリゴヌクレオチドを合成し、次にライゲートすることができる。個々のオリゴヌクレオチドは、典型的には相補的アセンブリのための5’又は3’オーバーハングを含有する。
アセンブル後(合成、部位特異的突然変異誘発又は別の方法による)、目的とする特定の単離ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は発現ベクターに挿入され、所望の宿主におけるそのタンパク質の発現に適切な発現制御配列に作動可能に連結され得る。適切なアセンブリは、例えば、ヌクレオチドシーケンシング、制限マッピング、及び/又は好適な宿主における生物学的に活性なポリペプチドの発現によって確認することができる。宿主におけるトランスフェクトした遺伝子の高い発現レベルを達成するために、その遺伝子を、選択の発現宿主で機能する転写及び翻訳発現制御配列に作動可能に連結するか又はそれに会合させ得る。
特定の実施形態では、組換え発現ベクターを使用して、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片をコードするDNAを増幅し、発現させる。組換え発現ベクターは、哺乳類、微生物、ウイルス又は昆虫遺伝子に由来する好適な転写又は翻訳調節エレメントに作動可能に連結された、抗ASCT2抗体及び/又はその抗原結合断片のポリペプチド鎖をコードする合成又はcDNA由来のDNA断片を有する複製可能なDNAコンストラクトである。転写単位は、概して、本明細書で更に詳細に記載するとおり、(1)遺伝子発現において調節的役割を有する1つ又は複数の遺伝エレメント、例えば転写プロモーター又はエンハンサーと、(2)mRNAに転写され且つタンパク質に翻訳される構造又はコード配列と、(3)適切な転写及び翻訳開始及び終結配列との集合を含む。かかる調節エレメントは、転写を制御するためオペレーター配列を含み得る。一般に複製起点によって付与される宿主における複製能、及び形質転換体の認識を促進する選択遺伝子が、更に組み込まれ得る。DNA領域は、それらが機能上互いに関係しているとき、作動可能に連結している。例えば、シグナルペプチド(分泌リーダー)のDNAは、それがポリペプチドの分泌に関与する前駆体として発現する場合、そのポリペプチドのDNAに作動可能に連結している。プロモーターは、それが配列の転写を制御する場合、コード配列に作動可能に連結しているか、又はリボソーム結合部位は、それが翻訳を可能にするような位置にある場合、コード配列に作動可能に連結している。酵母発現系での使用が意図される構造エレメントは、宿主細胞による翻訳タンパク質の細胞外分泌を可能にするリーダー配列を含む。或いは、組換えタンパク質がリーダー配列又は輸送配列なしに発現する場合、このタンパク質はN末端メチオニン残基を含み得る。この残基は、任意選択で、後に発現した組換えタンパク質から切断されて、最終産物を提供し得る。
発現制御配列及び発現ベクターの選択は、宿主の選択に依存することになる。幅広い種類の発現宿主/ベクターの組み合わせを用いることができる。真核生物宿主に有用な発現ベクターとしては、例えば、SV40、ウシパピローマウイルス、アデノウイルス及びサイトメガロウイルス由来の発現制御配列を含むベクターが挙げられる。細菌宿主に有用な発現ベクターとしては、pCR 1、pBR322、pMB9及びそれらの誘導体を含めた大腸菌(E.coli)由来のプラスミドなどの公知の細菌プラスミド、M13及び繊維状一本鎖DNAファージなどのより広い宿主域のプラスミドが挙げられる。
ASCT2結合分子、例えば抗ASCT2抗体の発現に好適な宿主細胞には、適切なプロモーターの制御下にある原核生物、酵母、昆虫又は高等真核生物細胞が含まれる。原核生物には、グラム陰性又はグラム陽性生物、例えば大腸菌(E.coli)又は桿菌が含まれる。高等真核生物細胞には、本明細書に記載するとおりの哺乳類起源の樹立細胞株が含まれる。無細胞翻訳系も用いることができる。抗体作製を含めたタンパク質作製方法に関する更なる情報については、例えば、米国特許出願公開第2008/0187954号明細書、米国特許第6,413,746号明細書、及び同第6,660,501号明細書、並びに国際特許公開国際公開第04009823号パンフレット(これらの各々は本明細書によって全体として参照により本明細書に援用される)を参照することができる。
種々の哺乳類又は昆虫細胞培養系も、組換えASCT2結合分子の発現に有利に用いることができる。哺乳類細胞における組換えタンパク質の発現を実施してもよく、なぜならかかるタンパク質は概して正しく折り畳まれ、適切に修飾され、且つ完全に機能性であるためである。好適な哺乳類宿主細胞株の例としては、HEK−293及びHEK−293T、Gluzman,Cell 23:175(1981)によって記載されるサル腎細胞のCOS−7株、及び他の細胞株、例えば、L細胞、C127、3T3、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)、HeLa及びBHK細胞株が挙げられる。哺乳類発現ベクターは、非転写エレメント、例えば、複製起点、発現させる遺伝子に連結した好適なプロモーター及びエンハンサー、及び他の5’又は3’フランキング非転写配列、及び5’又は3’非翻訳配列、例えば、必須リボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライス供与・受容部位、及び転写終結配列などを含み得る。昆虫細胞における異種タンパク質産生用のバキュロウイルス系が、Luckow and Summers,BioTechnology 6:47(1988)によってレビューされている。
形質転換宿主によって産生されるASCT2結合分子は、任意の好適な方法によって精製することができる。かかる標準方法には、クロマトグラフィー(例えば、イオン交換、アフィニティー及びサイズ排除カラムクロマトグラフィー)、遠心、溶解度差、又は任意の他の標準的なタンパク質精製技法によるものが含まれる。ヘキサヒスチジン、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列及びグルタチオン−S−トランスフェラーゼなどのアフィニティータグをタンパク質に付加すると、適切なアフィニティーカラムに通過させることによる容易な精製が可能となり得る。単離されたタンパク質はまた、タンパク質分解、核磁気共鳴及びX線結晶学などの技法を用いて物理的に特徴付けることもできる。
例えば、組換えタンパク質を培養培地中に分泌する系からの上清を、初めに市販のタンパク質濃縮フィルタ、例えばAmicon又はMillipore Pellicon限外ろ過ユニットを使用して濃縮し得る。この濃縮ステップ後、濃縮物を好適な精製マトリックスに適用し得る。或いは、陰イオン交換樹脂、例えば、ペンダントジエチルアミノエチル(DEAE)基を有するマトリックス又は基質を用いてもよい。マトリックスは、アクリルアミド、アガロース、デキストラン、セルロース又はタンパク質精製において一般的に用いられる他のタイプであってもよい。或いは、陽イオン交換ステップが用いられてもよい。好適な陽イオン交換体としては、スルホプロピル基又はカルボキシメチル基を含む種々の不溶性マトリックスが挙げられる。最後に、疎水性RP−HPLC媒体、例えばペンダントメチル基又は他の脂肪族基を有するシリカゲルを用いる1つ以上の逆相高速液体クロマトグラフィー(RP−HPLC)ステップを用いて、ASCT2結合分子を更に精製することができる。均一な組換えタンパク質を提供するため、前述の精製ステップの一部又は全てを様々に組み合わせて用いることもできる。
細菌培養で産生された組換えASCT2結合分子は、例えば、細胞ペレットからの初期抽出と、続く1つ以上の濃縮、塩析、水性イオン交換又はサイズ排除クロマトグラフィーステップによって単離することができる。最終精製ステップには、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いることができる。組換えタンパク質の発現に用いられる微生物細胞は、凍結融解サイクル処理、音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤の使用を含めた、任意の好都合な方法によって破壊することができる。
抗体及び他のタンパク質を精製するための当該技術分野において公知の方法としてはまた、例えば、米国特許出願公開第2008/0312425号明細書、同第2008/0177048号明細書、及び同第2009/0187005号明細書(これらの各々は、本明細書によって全体として参照により本明細書に援用される)に記載されるものも挙げられる。
VII.医薬組成物及び投与方法
本明細書に提供されるASCT2結合分子を調製し、それを必要としている対象に投与する方法は、当業者に周知であり、当業者によって容易に決定される。ASCT2結合分子の投与経路は、例えば、経口、非経口、吸入による、又は局所であり得る。用語の非経口とは、本明細書で使用されるとき、例えば、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、直腸、又は腟内投与を含む。これらの投与形態は全て、明らかに本発明の範囲内にあるものとして企図されるが、投与形態の別の例を挙げるのであれば、注射用、詳細には静脈内若しくは動脈内注射又は点滴用の溶液であろう。通常、好適な医薬組成物は、緩衝液(例えば、酢酸塩、リン酸塩又はクエン酸塩緩衝液)、界面活性剤(例えば、ポリソルベート)、任意選択で安定剤(例えば、ヒトアルブミン)等を含み得る。本明細書の教示と適合性のある他の方法において、本明細書に提供されるASCT2結合分子は有害な細胞集団の部位に直接送達してもよく、それにより罹患組織の治療剤への曝露を増加させることができる。一実施形態において、投与は、例えば吸入又は鼻腔内投与による、気道への直接の投与である。
本明細書で考察するとおり、本明細書に提供されるASCT2結合分子は、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば、結腸直腸癌、HNSCC、前立腺癌、肺癌、膵癌、黒色腫、子宮内膜癌、血液癌(AML、MM、DLBCL)、及びCSCを含む癌のインビボ治療に薬学的に有効な量で投与することができる。これに関連して、本開示の結合分子は、活性薬剤の投与を容易にし、且つ安定性を促進するように製剤化し得ることが理解されるであろう。本発明における医薬組成物は、生理食塩水、非毒性緩衝液、保存剤など、薬学的に許容可能な非毒性の無菌担体を含み得る。本願の目的上、ASCT2結合分子の薬学的に有効な量とは、標的への有効な結合を実現すると共に、利益を実現する、例えば疾患又は病態の症状を改善したり、或いは物質又は細胞を検出したりするのに十分な量を意味する。本明細書に開示される治療方法における使用に好適な製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,22nd ed.,Ed.Lloyd V.Allen,Jr.(2012)に記載される。
本明細書に提供される特定の医薬組成物は、例えば、カプセル、錠剤、水性懸濁液、又は溶液を含めた許容可能な剤形で経口的に投与することができる。特定の医薬組成物はまた、鼻エアロゾル又は吸入によって投与することもできる。かかる組成物は、ベンジルアルコール又は他の好適な保存剤、バイオアベイラビリティを向上させる吸収促進剤、及び/又は他の従来の可溶化剤又は分散剤を用いて、生理食塩水中の溶液として調製することができる。
単一の剤形を作製するため担体材料と組み合わせることのできるASCT2結合分子の量は、治療対象及び詳細な投与方法に応じて変わり得る。本組成物は、単回用量、複数回用量として、又は輸液で確立された期間にわたって投与することができる。投薬レジメンも最適な所望の反応がもたらされるように調整することができる。
本開示の範囲を踏まえて、ASCT2結合分子は、治療効果を生じさせるのに十分な量で前述の治療方法に従いヒト又は他の動物に投与することができる。本明細書に提供されるASCT2結合分子は、本発明のASCT2結合分子を従来の薬学的に許容可能な担体又は希釈剤と公知の技法に従い組み合わせることにより調製された従来の剤形でかかるヒト又は他の動物に投与することができる。薬学的に許容可能な担体又は希釈剤の形態及び特性は、それを組み合わせる活性成分の量、投与経路及び他の周知の変数に左右され得る。本発明のASCT2結合分子の1つ以上の種、例えば、ASCT2−ADC、抗ASCT2抗体、又はその抗原結合断片、変異体、若しくは誘導体を含むカクテルも使用することができる。
「治療有効用量又は治療有効量」又は「有効量」とは、投与したときに、治療すべき疾患又は病態を有する患者の治療に関連して好ましい治療応答をもたらすASCT2結合分子の量が意図される。
本発明の組成物の治療有効用量は、特定の癌など、ASCT2が過剰発現する疾患又は障害の治療について、投与手段、標的部位、患者の生理学的状態、患者がヒトであるか動物であるか、及び投与される他の医薬を含め、多くの異なる要因に応じて変わる。通常、患者はヒトであるが、トランスジェニック哺乳類を含めた非ヒト哺乳類も治療され得る。治療的投薬量は、当業者に公知の常法を用いて安全性及び有効性を最適化することにより用量設定することができる。
少なくとも1つのASCT2結合分子の投与量は、本開示を所与とすれば当業者によって過度の実験を行うことなく容易に決定される。投与方法及びそれぞれの、少なくとも1つのASCT2結合分子の量に影響を与える要因としては、限定はされないが、疾患の重症度、その疾患の病歴、並びに治療を受ける個体の年齢、身長、体重、健康、及び体調が挙げられる。同様に、ASCT2結合分子の投与量は、投与方法及び対象がこの薬剤の単一用量を受けるか、それとも複数用量を受けるかに依存することになる。
本開示はまた、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば、結腸直腸癌、HNSCC、前立腺癌、肺癌、膵癌、又は血液癌の治療に用いられる、ASCT2結合分子、例えば、ASCT2−ADC、抗ASCT2抗体、又はその抗原結合断片、変異体、若しくは誘導体の使用も提供する。
本開示はまた、ASCT2の過剰発現によって特徴付けられる疾患又は障害、例えば、結腸直腸癌、HNSCC、前立腺癌、肺癌、膵癌、又は血液癌の治療用医薬の製造における、ASCT2結合分子、例えば、ASCT2−ADC、抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片、変異体、若しくは誘導体の使用も提供する。
VIII.診断
本開示は、特定の癌など、ASCT2過剰発現によって特徴付けられる疾患の診断において有用な診断方法を更に提供し、この方法は、個体の細胞又は組織におけるASCT2の発現レベルを計測するステップと、計測された発現レベルを正常細胞又は組織における標準的なASCT2発現と比較するステップとを含み、ここで、標準と比較した発現レベルの増加は、本明細書に提供されるASCT2結合分子によって治療可能な障害であることを示す。
本明細書に提供されるASCT2結合分子は、当業者に公知の古典的な免疫組織学的方法を用いた生体試料のASCT2タンパク質レベルのアッセイに用いることができる。Jalkanen et al.,J.Cell Biol.105:3087−3096(1987);Jalkanen,et al.,J.Cell.Biol.101:976−985(1985)を参照されたい。ASCT2タンパク質発現の検出に有用な他の抗体ベースの方法としては、イムノアッセイ、例えば、ELISA、免疫沈降、又はウエスタンブロッティングが挙げられる。
「ASCT2ポリペプチドの発現レベルをアッセイする」とは、第1の生物学的試料中のASCT2ポリペプチドのレベルを直接(例えば、絶対タンパク質レベルを決定又は推定することによる)、或いは相対的に(例えば、第2の生物学的試料中の疾患関連ポリペプチドレベルと比較することによる)、定性的又は定量的に計測又は推定することが意図される。第1の生物学的試料中のASCT2ポリペプチド発現レベルを計測又は推定して標準ASCT2ポリペプチドレベルと比較することができ、この標準は、障害を有しない個体から得た第2の生物学的試料から取られるか、又は障害を有しない個体集団のレベルを平均することにより決定される。当該技術分野では理解されるであろうとおり、一度「標準」ASCT2ポリペプチドレベルが分かれば、それを比較の標準として繰り返し使用することができる。
「生物学的試料」とは、潜在的にASCT2を発現する個体、細胞株、組織培養物、又は他の細胞供給源から得られる任意の生物学的試料が意図される。哺乳動物から組織生検及び体液を得る方法は、当該技術分野において周知である。
IX.ASCT2結合分子を含むキット
本開示は、本明細書に記載されるASCT2結合分子を含む、且つ本明細書に記載される方法の実施に使用することのできるキットを更に提供する。特定の実施形態において、キットは1つ以上の容器に少なくとも1つの精製抗ASCT2抗体又はその抗原結合断片を含む。一部の実施形態において、キットは1つ以上の容器に少なくとも1つの精製ASCT2−ADCを含む。一部の実施形態において、キットには、全ての対照、アッセイの実施に関する説明書、並びに結果の分析及び発表に必要な任意のソフトウェアを含め、検出アッセイの実施に必要及び/又は十分な構成要素の全てが含まれる。当業者は、本開示のASCT2結合分子を当該技術分野において周知の確立されたキットフォーマットの1つに容易に組み込み得ることを容易に認識するであろう。
X.イムノアッセイ
本明細書に提供されるASCT2結合分子は、当該技術分野において公知の任意の方法による免疫特異的結合に関するアッセイにおいて使用することができる。用いることのできるイムノアッセイとしては、限定はされないが、ウエスタンブロット、RIA、ELISA、ELISPOT、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降反応、ゲル内拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集反応アッセイ、補体結合アッセイ、イムノラジオメトリックアッセイ、蛍光イムノアッセイ、及びプロテインAイムノアッセイなどの技法を用いた競合及び非競合アッセイシステムが挙げられる。かかるアッセイは常法であり、当該技術分野において周知である。例えば、Ausubel et al.,eds,(1994)Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley&Sons,Inc.,NY)Vol.1(参照により全体として本明細書に援用される)を参照されたい。
本明細書に提供されるASCT2結合分子は、例えばASCT2又はその保存された変異体若しくはペプチド断片のインサイチュー検出のため、免疫蛍光法、免疫電子顕微鏡法、又は非免疫学的アッセイにあるように、組織学的に利用することができる。インサイチュー検出は、患者から組織標本を採取して、それに標識ASCT2結合分子を適用することにより(例えば、標識ASCT2結合分子を生体試料上に重ね合わせることにより適用される)達成することができる。かかる手順を用いることにより、ASCT2、又は保存された変異体若しくはペプチド断片の存在のみならず、被験組織におけるその分布も決定することが可能である。本発明を用いることにより、当業者は、かかるインサイチュー検出を実現するため、多種多様な組織学的方法の任意のもの(染色手順など)を変更し得ることを容易に理解するであろう。
ASCT2結合分子の所与のロットの結合活性は、周知の方法により決定することができる。当業者は、ルーチンの実験を用いて各決定に有効且つ最適なアッセイ条件を決定することができるであろう。
単離ASCT2結合分子の結合特性の決定に好適な方法及び試薬は、当該技術分野において公知であり、及び/又は市販されている。かかる反応速度論的分析用に設計された機器及びソフトウェアは市販されている(例えば、BIAcore(登録商標)、BIAevaluation(登録商標)ソフトウェア、GE Healthcare;KINEXA(登録商標)ソフトウェア、Sapidyne Instruments)。
本発明の実施には、特に指示されない限り、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、トランスジェニック生物学、微生物学、組換えDNA、及び免疫学の従来技術が用いられ、それらは当該技術分野の技術の範囲内にある。かかる技法は、文献に十全に説明されている。例えば、Sambrook et al.,ed.(1989)Molecular Cloning A Laboratory Manual(2nd ed.;Cold Spring Harbor Laboratory Press);Sambrook et al.,ed.(1992)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,(Cold Springs Harbor Laboratory,NY);D.N.Glover ed.,(1985)DNA Cloning,Volumes I and II;Gait,ed.(1984)Oligonucleotide Synthesis;Mullis et al.米国特許第4,683,195号明細書;Hames and Higgins,eds.(1984)Nucleic Acid Hybridization;Hames and Higgins,eds.(1984)Transcription And Translation;Freshney(1987)Culture Of Animal Cells(Alan R.Liss,Inc.);Immobilized Cells And Enzymes(IRL Press)(1986);Perbal(1984)A Practical Guide To Molecular Cloning;the treatise,Methods In Enzymology(Academic Press,Inc.,N.Y.);Miller and Calos eds.(1987)Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells,(Cold Spring Harbor Laboratory);Wu et al.,eds.,Methods In Enzymology,Vols.154 and 155;Mayer and Walker,eds.(1987)Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology(Academic Press,London);Weir and Blackwell,eds.,(1986)Handbook Of Experimental Immunology,Volumes I−IV;Manipulating the Mouse Embryo,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,(1986);及びAusubel et al.(1989)Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons,Baltimore,Md.)を参照されたい。
抗体工学の一般原理は、Borrebaeck,ed.(1995)Antibody Engineering(2nd ed.;Oxford Univ.Press)に記載される。タンパク質工学の一般原理は、Rickwood et al.,eds.(1995)Protein Engineering,A Practical Approach(IRL Press at Oxford Univ.Press,Oxford,Eng.)に記載される。抗体及び抗体−ハプテン結合の一般原理は、Nisonoff(1984)Molecular Immunology(2nd ed.;Sinauer Associates,Sunderland,Mass.);及びSteward(1984)Antibodies,Their Structure and Function(Chapman and Hall,New York,N.Y.)に記載される。加えて、当該技術分野において公知の、具体的には記載されない免疫学の標準方法が、Current Protocols in Immunology,John Wiley&Sons,New York;Stites et al.,eds.(1994)Basic and Clinical Immunology(8th ed;Appleton&Lange,Norwalk,Conn.)及びMishell and Shiigi(eds)(1980)Selected Methods in Cellular Immunology(W.H.Freeman and Co.,NY)にあるとおり、一般に用いられる。
免疫学の一般原理について記載する標準的な参考文献としては、Current Protocols in Immunology,John Wiley&Sons,New York;Klein(1982)J.,Immunology:The Science of Self−Nonself Discrimination(John Wiley&Sons,NY);Kennett et al.,eds.(1980)Monoclonal Antibodies,Hybridoma:A New Dimension in Biological Analyses(Plenum Press,NY);Campbell(1984)“Monoclonal Antibody Technology”in Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology,ed.Burden et al.,(Elsevere,Amsterdam);Goldsby et al.,eds.(2000)Kuby Immunnology(4th ed.;H.Freemand&Co.);Roitt et al.(2001)Immunology(6th ed.;London:Mosby);Abbas et al.(2005)Cellular and Molecular Immunology(5th ed.;Elsevier Health Sciences Division);Kontermann and Dubel(2001)Antibody Engineering(Springer Verlan);Sambrook and Russell(2001)Molecular Cloning:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Press);Lewin(2003)Genes VIII(Prentice Hall2003);Harlow and Lane(1988)Antibodies:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Press);Dieffenbach and Dveksler(2003)PCR Primer(Cold Spring Harbor Press)が挙げられる。
本開示に引用される全ての参考文献が、本明細書によって全体として参照により援用される。加えて、本明細書に引用又は言及される任意の製品の任意の製造者説明書又はカタログが参照によって援用される。本明細書に参照によって援用される資料、又はそれらにある任意の教示は、本発明の実施において用いることができる。本明細書に参照によって援用される資料が先行技術であると承認するものではない。
XI.実施形態
実施形態1.中性アミノ酸トランスポーター2(ASCT2)のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、重鎖可変領域(VH)の3つの重鎖相補性決定領域(HCDR)と軽鎖可変領域(VL)の3つの軽鎖相補性決定領域(LCDR)[HCDR1のアミノ酸配列は配列番号10に示され、HCDR2のアミノ酸配列は配列番号22に示され、HCDR3のアミノ酸配列は配列番号23に示され、LCDR1のアミノ酸配列は配列番号13に示され、LCDR2のアミノ酸配列は配列番号24に示され、及びLCDR3のアミノ酸配列は配列番号25に示される]とを含む抗体又はその抗原結合断片と同じASCT2エピトープに特異的に結合する、抗体又はその抗原結合断片。
実施形態2.配列番号10又は配列番号16のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号11又は配列番号17のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号12又は配列番号18のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13又は配列番号19のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号14又は配列番号20のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号15又は配列番号21のアミノ酸配列のLCDR3を含む、実施形態1の抗体又は抗原結合断片。
実施形態3.VHが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、及び配列番号7から選択されるアミノ酸配列を含み、VLが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、及び配列番号8から選択されるアミノ酸配列を含む、実施形態1又は実施形態2のいずれかの抗体又は抗原結合断片。
実施形態4.VHが配列番号5のアミノ酸配列を含み、且つVLが配列番号6のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜3のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態5.VHがアミノ酸配列の配列番号7を含み、且つVLがアミノ酸配列の配列番号8を含む、実施形態1〜3のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態6.IgG定常領域が位置239のセリン(S)と位置240のVとの間にシステイン(C)挿入を含む、実施形態1〜5のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態7.抗体が配列番号9のアミノ酸配列の重鎖を含む、実施形態6に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態8.抗体が細胞表面上のASCT2に結合すると、抗体が細胞にインターナライズする、実施形態1〜7のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態9.ヒトκ定常領域及びヒトλ定常領域からなる群から選択される軽鎖定常領域を含む、実施形態1〜8のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態10.抗体が配列番号26のヒトκ定常領域を含む、実施形態9に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態11.抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体、異種抗体の断片、検出可能標識、ポリエチレングリコール(PEG)、放射性同位元素、及び任意の前記サイトトキシンの2つ以上の組み合わせからなる群から選択されるサイトトキシンに更にコンジュゲートされる、実施形態1〜10のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態12.サイトトキシンにコンジュゲートされる、実施形態11に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態13.サイトトキシンがツブリシン誘導体及びピロロベンゾジアゼピンから選択される、実施形態12に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態14.ツブリシン誘導体がツブリシンAZ1508である、実施形態13に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態15.ピロロベンゾジアゼピンがSG3315及びSG3249から選択される、実施形態13に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態16.ピロロベンゾジアゼピンがSG3315である、実施形態15に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態16A.ピロロベンゾジアゼピンがSG3249である、実施形態15に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態17.抗体がヒトASCT2及びカニクイザルASCT2に結合する、実施形態1〜16のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態18.抗体がヒトASCT1に特異的に結合しない、実施形態1〜17のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態19.実施形態1〜18のいずれか1つの抗体又は抗原結合断片と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
実施形態20.実施形態1〜19のいずれか1つに係る抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせ。
実施形態21.実施形態20に係るポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせを含むベクター。
実施形態22.請求項20に係るポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせ又は実施形態21に係るベクターを含む宿主細胞。
実施形態23.配列番号10のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号22のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号23のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号24のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号23のアミノ酸配列のLCDR3を含み、サイトトキシンにコンジュゲートされる、抗体又はその抗原結合断片。
実施形態23A.配列番号10のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号22のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号23のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号24のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号25のアミノ酸配列のLCDR3を含み、サイトトキシンにコンジュゲートされる、抗体又はその抗原結合断片。
実施形態24.アミノ酸配列の配列番号7を含むVHドメインと、アミノ酸配列の配列番号8を含むVLドメインとを含む、実施形態23に係る抗体又はその抗原結合断片。
実施形態24A.アミノ酸配列の配列番号5を含むVHドメインと、アミノ酸配列の配列番号6を含むVLドメインとを含む、実施形態23に係る抗体又はその抗原結合断片。
実施形態25.サイトトキシンが、抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体、異種抗体の断片、検出可能標識、ポリエチレングリコール(PEG)、放射性同位元素、及び任意の前記サイトトキシンの2つ以上の組み合わせからなる群から選択される、実施形態23又は実施形態24に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態26.サイトトキシンがツブリシン誘導体及びピロロベンゾジアゼピンから選択される、実施形態23又は実施形態24に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態27.ツブリシン誘導体がツブリシンAZ1508である、実施形態26に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態28.ピロロベンゾジアゼピンがSG3315及びSG3249から選択される、実施形態26に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態29.ピロロベンゾジアゼピンがSG3315である、実施形態28に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態29A.ピロロベンゾジアゼピンがSG3249である、実施形態28に係る抗体又は抗原結合断片。
実施形態30.実施形態23〜29に係る抗体又は抗原結合断片と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
実施形態31.抗体又はその抗原結合断片を作製する方法であって、実施形態22の宿主細胞を培養するステップと、抗体又は抗原結合断片を単離するステップとを含む方法。
実施形態32.実施形態1〜18又は23〜29のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片を含む診断試薬。
実施形態33.実施形態1〜18若しくは23〜29のいずれか1つに係る抗体若しくは抗原結合断片、又は実施形態19若しくは30に係る組成物を含むキット。
実施形態34.ASCT2発現細胞に薬剤を送達する方法であって、実施形態23〜29のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片に細胞を接触させるステップを含み、薬剤が細胞によってインターナライズされる、方法。
実施形態35.ASCT2発現細胞の死滅を誘導する方法であって、実施形態23〜29のいずれか1つに係る抗体又は抗原結合断片を細胞に接触させるステップを含み、サイトトキシンにコンジュゲートされた抗体がASCT2発現細胞の死滅を誘導する、方法。
実施形態36.対象におけるASCT2の過剰発現によって特徴付けられる癌を治療する方法であって、治療を必要としている対象に、実施形態1〜18若しくは23〜29のいずれか1つに係る抗体若しくは抗原結合断片、又は実施形態19若しくは実施形態30に係る組成物の有効量を投与するステップを含む方法。
実施形態37.癌が、結腸直腸癌、頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)、前立腺癌、肺癌、膵癌、黒色腫、子宮内膜癌、及び血液癌(AML、MM、DLBCL)からなる群から選択される、実施形態36に係る方法。
実施形態37A 癌がCSCを含む、実施形態36に係る方法。
実施形態38.血液癌が、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、急性単球性白血病(AMoL)、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び多発性骨髄腫から選択される、実施形態37に係る方法。
実施形態39.試料中のASCT2発現レベルを検出する方法であって、実施形態1〜18若しくは又は23〜29のいずれか1つに係る抗体若しくはその抗原結合断片、又は実施形態19若しくは実施形態30に係る組成物に試料を接触させるステップと、試料中のASCT2への抗体又はその抗原結合断片の結合を検出するステップとを含む方法。
実施形態40.試料が細胞培養物である、実施形態39に係る方法。
実施形態41.試料が単離組織である、実施形態39に係る方法。
実施形態42.試料がヒト由来である、実施形態39に係る方法。
実施形態43.配列番号10のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号11のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号12のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号14のアミノ酸配列のLCDR2、配列番号15のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、ツブリシンAZ1508とを含むASCT2抗体−薬物コンジュゲート(ASCT2−ADC)。
実施形態44.配列番号10のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号11のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号12のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号14のアミノ酸配列のLCDR2、配列番号15のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、PBD SG3249とを含むASCT2−ADC。
実施形態45.配列番号10のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号11のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号12のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号14のアミノ酸配列のLCDR2、配列番号15のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、ツブリシンと、PBD SG3315とを含むASCT2−ADC。
実施形態46.配列番号16のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号17のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号18のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号19のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号20のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号21のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、ツブリシンAZ1508とを含むASCT2−ADC。
実施形態47.配列番号16のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号17のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号18のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号19のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号20のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号21のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、PBD SG3249とを含むASCT2−ADC。
実施形態48.配列番号16のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号17のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号18のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号19のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号20のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号21のアミノ酸配列のLCDR3を含む抗体又はその抗原結合断片と、PBD SG3315とを含むASCT2−ADC。
以下の例は、限定としてではなく、例示として提供される。
本開示の実施形態は、以下の非限定的な例を参照することによって更に定義され得る。これらの例は、本開示の特定の抗体の調製及び本開示の抗体の使用方法を詳細に記載するものである。当業者には、本開示の範囲から逸脱することなく材料及び方法の両方に対して多くの変更を行い得ることが明らかであろう。
実施例1.ヒト正常組織及び癌組織におけるASCT2発現
IHCによって分析した正常組織及び腫瘍組織におけるASCT2タンパク質発現
ASCT2のタンパク質発現を評価するため、正常ヒト及びヒト腫瘍ホルムアルデヒド固定組織の切片でIHCを行った。クエン酸塩緩衝液(pH=6.0)による抗原回復処理後、製造者のプロトコルに従い抗ASCT2ウサギポリクローナル抗体(EMD Millipore、Billerica,MA;カタログ番号ABN73)によって組織を試験した。HT29細胞株を陽性対照として使用し、及び初代ヒトヘパトサイト細胞を陰性対照として使用してプロトコルの最適化を実施した。
正常組織では、肝臓、心臓、肺細胞、糸球体、及び脳にASCT2の染色は観察されなかった。
ヒト腫瘍におけるASCT2発現
様々な癌性組織にわたってASCT2発現をIHCによって判定した。結腸癌、肺扁平上皮癌、頭頸部癌、及び前立腺癌組織を含めた固形腫瘍、並びにAML、MM、及びDLBCLなどの血液癌に強力なASCT2膜発現が観察された。加えて、卵巣子宮内膜癌組織及び黒色腫組織にASCT2高発現が観察された。以下の表2は、ヒト癌組織におけるASCT2発現の概要を提供する。
Figure 2018535674
AML及びMMの癌幹細胞にASCT2発現が観察された。癌幹細胞におけるASCT2は、フルオロフォアAlexa 647をコンジュゲートしたASCT2抗体17c10を使用したフローサイトメトリーによって判定した。図1Aに示されるとおり、AML及びMM患者におけるASCT2の発現は正常骨髄よりも実質的に高かった。CD38、CD38、CD34;CD34;CD38及びCD34;並びにCD38及びCD34など、種々のサブ集団を分類するフローサイトメトリーを用いることにより、細胞を単離し、各サブ集団でクローン原性アッセイを実施することによりその幹細胞特性を更に特徴付けた。本発明者らは、CD38、CD34細胞のみがコロニーを形成したことを見出し、これは文献に記載されている知見を更に裏付けるものである(Lapidot T et al.,Nature 1994;367(6464):645−8;Bonnet D et al.Nat Med 1997;3(7):730−7)。上記に記載されるサブ集団の全てにおいてASCT2発現を判定した。図1Bは、AML患者試料の白血病幹細胞集団、即ち、CD38、CD34集団におけるASCT2高発現を示す。同様に、ASCT2発現はまた、図1Cに示されるとおり、AMLにおけるバルク又は非白血病幹細胞集団でも高い。更に、MM腫瘍のCD138+、CD19−(形質細胞)及びCD138−、CD19+(幹細胞)細胞でもASCT2発現を判定した。図1Cのヒストグラムは、MMの幹細胞と比較した形質細胞におけるASCT2高発現を示唆する。このデータは、健常ドナーの骨髄と比較してAML及びMM患者試料の骨髄でASCT2発現が観察されたことを裏付けている。更に、ASCT2はAML患者試料の白血病幹細胞(LSC)(CD34/CD38)で高度に過剰発現する。更に、MM形質細胞としても定義されるCD138、CD19細胞が、幹細胞集団(CD138、CD19)と比較してより高いASCT2発現を示す。
ASCT2発現はまた、膵腫瘍の癌幹細胞にも観察された。膵臓固形腫瘍断片をIII型コラーゲンで消化して単一細胞懸濁液を作製した。解離した細胞を、細胞表面タンパク質、EpCAM、CD44、CD24に対する抗体、及び先述のASCT2抗体で染色した。膵癌幹細胞の細胞表面タンパク質シグネチャは十分に特徴付けられている。EpCAM CD44 CD24細胞が、膵腫瘍の癌幹細胞として定義される(Li,C et al.Cancer Res.2007;67:1030−1037)。CSC集団(EpCAM+、CD44+、CD24+)におけるASCT2発現の例が図1Dに示される。この同じ戦略を用いて、ASCT2−PBD ADC又はアイソタイプ対照ADCによる単回投与処理後の膵腫瘍の癌幹細胞集団におけるASCT2発現を判定した。図1Eは、ASCT2−PBD ADCが癌幹細胞集団を除去することを実証している。本明細書におけるデータは、ASCT2のターゲティングが固形腫瘍のみならず、血液癌及び癌幹細胞でも有効となり得ることを実証している。
実施例2.抗ASCT2抗体の作成
免疫化及びハイブリドーマ作成
ヒトASCT2遺伝子を有するプラスミドのDNA免疫化(Chowdhury et al.,J.Immunol.Methods 249:147,2001)により、ASCT2に対する抗体を作成した。ヒトASCT2の遺伝子を発現プラスミドpcDNA3.1(Invitrogen、Carlsbad,CA)にクローニングした。8週齢VelocImmune IIマウス(Regeneron、Tarrytown,NY)の尾基底部に100μgのASCT2発現プラスミドをPBS中1mg/mLで1週間おきに皮内注射した。初回の注射後28日目から開始して2週間間隔で被験血液を採取し、フローサイトメトリーによってASCT2特異抗体をアッセイした。被験血液の段階希釈物を、ASCT2又は無関係の細胞表面タンパク質のいずれかを発現する293F細胞と共にインキュベートした。56日目及び70日目、比力価が最も高いマウスを犠牲にした。リンパ節及び脾臓からリンパ球を単離し、ポリエチレングリコール(Roche Diagnostics、Indianapolis,IN)融合方法に従い骨髄腫細胞株P3x/63Ag8.653と1:1比で融合させた。ヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン(HAT)含有ハイブリドーマ成長培地で融合した細胞を選択した。
フローサイトメトリースクリーニングアッセイ
ASCT2を発現するHEK 293F細胞への結合に関してハイブリドーマ上清を評価した。ASCT2を発現するHEK 293F細胞に特異的に結合することがフローサイトメトリーによって分かった上清について、ASCT2発現癌細胞株のパネルによるフローサイトメトリー染色によってASCT2特異的結合を更に確認した。最後に、確認された上清を更なる結合評価のためヒトIgG1に変換した。
ヒト抗ASCT2 IgG mAb及びFabのクローニング及び発現
ハイブリドーマを限界希釈によってサブクローニングした。プロテインAアフィニティー精製IgGサブクローンの上清を親ハイブリドーマについて上記に記載したとおりフローサイトメトリーによってASCT2特異抗体に関してスクリーニングした。サブクローニングしたハイブリドーマのmRNAをDynabeads mRNA Directキット(Invitrogen)を使用して単離した。SuperScript III逆転写酵素(Invitrogen)及びランダムヘキサマープライマーを使用してcDNAの第1の鎖を合成した。ヒトIg VL及びVH遺伝子をNovagen(登録商標)変性Ig−プライマー(EMD Millipore、カタログ番号69830)のセットでPCR増幅した。PCR増幅したVL及びVH産物をプラスミドpCR2.1−TOPO(Invitrogen)にクローニングし、シーケンシングした。各ハイブリドーマからのVH及びVL遺伝子をPCRによって再増幅して、ヒトIgGκ pOEベクターにクローニングするための制限酵素部位を加え、ここで、VLは、ヒトc−κと融合したBssHII/BsiWI部位にクローニングされ、及びVHは、ヒトIgG−1重鎖定常領域(又はFab作成についてはCH1領域)と融合したBsrGI/SalI部位にクローニングされた。得られたpOEプラスミドをDNAシーケンシングによって確認した。
抗ASCT2抗体をHek293F細胞(Invitrogen)又はCHO−G22細胞のいずれかで一過性に発現させた。Hek293F細胞での発現については、製造者のプロトコルに従い293fectin(商標)(Invitrogen;カタログ番号12347−019)を使用してトランスフェクションを実施した。この細胞をFreeStyle(商標)293発現培地(Invitrogen;カタログ番号12338−018)で培養し、トランスフェクション後3及び6日目に培養容積を二倍にした。トランスフェクトHek293F細胞を合計11日間培養した。CHO−G22細胞での発現については、製造者のプロトコルを用いて25kDa線状ポリエチレンイミン(Polysciences、Warrington,PA)を使用して細胞をトランスフェクトした。この細胞をCD CHO培地(Invitrogen)で培養し、インハウスフィードを隔日で供給した。トランスフェクトしたCHO−G22細胞を合計12日間培養した。
プロテインAクロマトグラフィーによる完全長ヒトIgGの単離後、結合をフローサイトメトリーによって再度評価した。図2は、モックトランスフェクト細胞と比較したときのヒトASCT2を発現する細胞への単離ヒトIgGの1e8、3f7、5a2、9b3、10c3、16b8、17c10、及び17a10の結合の倍数変化を示す棒グラフを描く。この図に見られるとおり、完全長ヒトIgGの幾つかはASCT2結合活性を保持することが分かった。
実施例3.抗体−薬物コンジュゲート(ADC)としてのASCT2結合抗体
ASCT2結合抗体のADC媒介細胞傷害性の評価
親抗体のインターナリゼーションを確かめるため、及びそれらが細胞傷害性ペイロードを送達することができるかどうかを予測するため、製造者の指示に従いHum−ZAP抗体インターナリゼーションアッセイ(Advanced Targeting Systems、San Diego,CA)で親抗体を試験した。簡潔に言えば、ASCT2陽性WiDr細胞を組織培養処理96ウェルプレートの1ウェル当たり1,000細胞の密度で培養培地に播き、37℃/5%COで一晩接着させた。被験物質を調製するため、リボソーム不活性化タンパク質であるサポリンにコンジュゲートした二次抗体(ヤギ抗ヒトIgG)と共に各親抗体を室温で30分間インキュベートして二次コンジュゲートを形成した。次に、この二次コンジュゲートの段階希釈物を調製し、細胞が入ったウェルに加えた。
37℃/5%COで72時間インキュベートした後、CellTiter−Glo(登録商標)発光生存率アッセイ(Promega、Madison,WI)を使用して相対的細胞傷害性を決定した。簡潔に言えば、各ウェルにCellTiter−Glo(登録商標)試薬を加え、軽く振盪しながら室温で10分間インキュベートさせておいた。各試料の吸光度をPerkin Elmer EnVision(登録商標)ルミノメーターを使用して560nMで読み取った。親抗体1E8又は17C10、サポリンに化学的に連結した抗ASCT2抗体(hIgG−サポリン)、又はサポリンに化学的に連結したアイソタイプ対照で処理した細胞の相対的増殖率(%)を未処理対照細胞の相対的生存率と比較した。図3Aに示されるとおり、サポリンに化学的に連結されていない抗ASCT2抗体で処理した細胞では、サポリンコンジュゲート抗体で処理した細胞と比べて相対的細胞増殖率が低かった。
ツブリシンペイロードと古典的にコンジュゲートした抗ASCT2抗体のADC媒介細胞傷害性の評価
ツブリシンペイロードにコンジュゲートした抗ASCT2抗体によるADC媒介死滅を確認するため、リード抗体1E8及び17C10をツブリシンクラスの毒素と直接コンジュゲートし、コンジュゲート抗体による細胞傷害性死滅をASCT2陽性結腸癌細胞で試験した。簡潔に言えば、SW48細胞を組織培養処理96ウェルプレートの1ウェル当たり1,000細胞の密度で培養培地に播き、37℃/5%COで一晩接着させた。被験物質を調製するため、ツブリシンペイロードとコンジュゲートした各抗体(ASCT2リード1E8及び17C10、及びアイソタイプ対照)を段階希釈し、それぞれのウェルに加えた。37℃/5%CO2で72時間インキュベートした後、上記に記載したとおり、CellTiter−Glo(登録商標)発光生存率アッセイを用いて相対的細胞傷害性を決定した。
パーセント細胞生存率は、以下の式:(処理した試料の平均発光/対照試料の平均発光)×100によって計算した。IC50値はGraphPad Prismソフトウェアでロジスティック非線形回帰分析を用いて決定した。図3Bは、ツブリシンAZ1508に古典的にコンジュゲートした抗ASCT2 1E8、抗ASCT2 17C10、及びアイソタイプ対照R347の細胞傷害性のグラフを示す。この図は、両方の抗ASCT2抗体が同程度の細胞傷害性を有することを示す。計算されたIC50値を以下の表3に示す。
Figure 2018535674
部位特異的コンジュゲーション用のシステイン突然変異のクローニング
標準的なオーバーラップPCR方法を用いて、抗ASCT2抗体1E8及び17C10のCH2領域のアミノ酸S239及びV240間にシステイン残基を導入した。「239挿入」又は「239i」と称されるこのシステインは、抗ASCT2 ADC抗体の調製において細胞傷害薬のコンジュゲーション部位として働くことになる。Maia挿入を含む重鎖骨格のアミノ酸配列を配列番号9に示す。導入されたシステインを含む抗体を、本質的に以下に記載するとおり、ツブリシンペイロード(ツブリシンAZ1508)又はピロロベンゾジアゼピン(PBD)ペイロード(SG3249又はSG3315)にコンジュゲートした。
マレイミド含有薬物のコンジュゲーション
ADCペイロード(AZ1508、SG3249、SG3315)に関して判定した全ての化合物が、リンカー及び抗体のチオール残基に容易にコンジュゲートするマレイミド基を含み、チオール−マレイミド連結を形成する。マレイミド基を含むサイトトキシン(例えば、ツブリシン1508)は、本発明の抗ASCT2抗体(例えば、17c10、1e8)に操作して入れた特異的システイン残基にコンジュゲートし得る。或いは又は任意選択で、古典的なコンジュゲーション方法を用いて細胞傷害剤を記載の抗体に付加してもよい。サイトトキシンを抗体上の天然のリジン及びシステイン残基にコンジュゲートする方法は、当該技術分野において周知である。部位特異的コンジュゲーション(操作されたシステイン残基における)及び古典的コンジュゲーション(天然システイン残基における)の代表的な方法を以下に提供する。
代表的な部位特異的抗体−薬物コンジュゲーション方法は、(a)誘導体化可能なアミノ酸(例えば、システイン)の側鎖のキャップを除去するステップ、(b)酸化ステップ、(c)ペイロード(例えば、ツブリシン1508などの細胞傷害剤)をコンジュゲートするステップ、及び(d)コンジュゲーション試薬及び非反応性ペイロードを取り除くことによるポリッシングステップを含む。例えば、操作されたシステインへのコンジュゲーションは、1×PBS中の抗体を1mMエチレンジアミン四酢酸(EDTA)と共に配合することにより行ってもよい。1抗体当たり40当量のトリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン塩酸塩を加えて37℃で3時間インキュベートすることにより、軽い還元を用いて遊離チオールを生じさせる。1mM EDTAを含む1×PBSでの3回連続の透析を用いてトリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン塩酸塩を除去する。或いは、脱塩カラムを用いてトリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン塩酸塩を除去してもよい。約20当量のデヒドロアビエチン酸(dhAA)を加えて室温で約4時間インキュベートすることにより、抗体鎖間ジスルフィド結合を再形成させた。
コンジュゲーション調製において、抗ASCT2抗体に10%v/vとなるようにジメチルスルホキシドを加えた。ジメチルスルホキシド中8又は12当量のツブリシン1508ペイロード(それぞれ2T及び4T薬物負荷用)を加え、この混合物を室温で約1時間インキュベートした。或いは、インキュベーションは4℃で約16時間行うことができる。1ペイロード当たり約4モル当量(即ち、32又は48)のN−アセチルシステイン(NAC)を加えることにより反応をクエンチした。製造者の推奨に従いセラミックヒドロキシアパタイトを使用することにより、コンジュゲート抗体から遊離ペイロードを除去した。必要に応じて最終産物を緩衝液交換に供してもよい。純度及び重鎖へのコンジュゲーションを確認するため、コンジュゲート抗体は当該技術分野において公知の任意の方法により分析し得る。一部の例では、非還元及び還元SDS−PAGEを用いて純度及び重鎖へのコンジュゲーションを確認してもよい。
薬物が天然システイン残基にランダムにコンジュゲートされたADCは、抗体の部分的還元と、続く所望のリンカー−薬物との反応によって調製する。pH8.0の約3モル当量のDTTを加え、続いて約37℃で約2時間インキュベートすることにより、5mg/mLの濃度の抗体を部分的に還元する。次に、還元反応物を氷で冷却し、過剰なDTTを例えばダイアフィルトレーションによって除去する。次に、リンカー−薬物を約1:10のリンカー−薬物/チオールモル比で加える。約10%v/vのDMSOの存在下でコンジュゲーション反応を行う。コンジュゲーション後、過剰な遊離システイン(リンカー−薬物に対して約2倍のモル比)を加えて未反応のリンカー−薬物をクエンチすると、システイン−リンカー−薬物付加物が生成される。この反応混合物を(例えば、疎水性相互作用クロマトグラフィーによって)精製し、PBSでの緩衝液交換に供した。疎水性相互作用クロマトグラフィー及び還元逆相クロマトグラフィーなど、標準方法を用いて薬物負荷分布を決定した。
実施例4.ASCT2結合mAb及びADCの特徴付け
結腸直腸癌細胞におけるASCT2抗体のASCT2特異的結合
特定のハイブリドーマクローンの結合がASCT2抗原に特異的であったかどうかを決定するため、ASCT2発現のshRNAノックダウン後に結合を評価した。簡潔に言えば、WiDr細胞に、ASCT2 shRNA又は非標的shRNA(NTshRNA)を発現するレンチウイルスを形質導入した。感染後72時間で2つの抗ASCT2ハイブリドーマクローン17c10及び1e8の結合を評価した。図4に見られるとおり、ASCT2発現をノックダウンすると、それぞれのクローンの結合が有意に消失し、ASCT2 mAb 17c10及び1e8の抗原特異的結合が更に確認された。
抗ASCT2非コンジュゲート抗体のインターナリゼーション反応速度
標的抗原との結合時における抗体のインターナリゼーションは、所望のADC効果の実現に必須である。従って、ASCT2抗体のインターナリゼーション特性を調べた。Alexa 488にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10(17c10−Alexa 488)と共にWiDr細胞を様々な時間にわたってインキュベートした。次に、細胞を洗浄し、抗Alexa 488抗体と共に又は無しで氷上で45分間インキュベートして細胞表面シグナルをクエンチした。総シグナル及びクエンチされたシグナル(インターナライズされた抗体を表す)の蛍光強度をフローサイトメトリー解析によって計測した。図5Aに見られるとおり、抗ASCT2抗体17c10は、インターナリゼーションを示さなかったアイソタイプ対照抗体と比較して、時間と共にインターナリゼーションの増加を示した。
細胞傷害性死滅によって計測したASCT2−ADC(17c10AZ1508)のインターナリゼーション反応速度
ツブリシンAZ1508にコンジュゲートした抗ASCT2抗体(17C10−AZ1508)で細胞を様々な時間にわたってパルスした。その後、ADC含有培地を新鮮培地に交換し、細胞を更に4日間インキュベートした。CTGキットを使用することにより細胞生存率を計測した。未処理対照細胞に対するパーセンテージとして用量反応曲線をプロットし、代表的なグラフを図5Bに示す。上記に記載したとおりIC50値を計算し、結果を以下の表4に要約する。
Figure 2018535674
親和性測定(ASCT2発現細胞株に対する17c10及び1e8の結合)
ASCT2を発現するヒト、カニクイザル、及びCHO由来細胞株を利用して、ASCT2特異抗体の結合親和性及び交差反応性を評価した。フルオロフォア標識抗体を力価測定することにより見かけの親和性を計測した。代表的な結果を以下の表6に要約し、及び図6に示す。
図6は、ASCT2発現細胞株への抗ASCT2抗体17c10及び1e8、及びアイソタイプ対照R347の結合から得られたフローサイトメトリープロットを示す。ヒト癌細胞株Cal27の結果を図6Aに示す;ヒト癌細胞株FaDuの結果を図6Bに示す;ヒト癌細胞株SSC15の結果を図6Cに示す;ヒト癌細胞株WiDrの結果を図6Dに示す;ヒトASCT2を安定に発現するCHOK1細胞の結果を図6Eに示す;cyno ASCT2を安定に発現するCHOK1細胞の結果を図6Fに示す);cyno癌細胞株CynoMK1の結果を図6Gに示す;及びモックトランスフェクトCHOK1細胞の結果を図6Hに示す。ASCT2発現細胞株への17c10及び1e8結合のEC50値は、以下の表5に示す。
Figure 2018535674
ASCT2抗原に対する17c10抗体の特異性
抗ASCT2抗体17c10は、SLC1Aファミリーの他のメンバーであるASCT1(SLC1A4)に対して親和性を有しない。shRNAによってASCT1発現をサイレンシングしても、図7Aに示されるグラフに見られるとおり、SKMEL−2細胞における17c10のASCT2特異的結合は消失しない。shRNAのノックダウン効率をウエスタンブロット分析によって更に確認した。更に、図7Bに示されるグラフに見られるとおり、それぞれのshRNAによってASCT1発現をサイレンシングした細胞の細胞傷害プロファイルに変化は観察されなかった。結果を表6に要約する。
Figure 2018535674
Cyno ASCT2に対するASCT2−ADC抗体の交差反応性及び細胞傷害性
ツブリシンAZ1508にコンジュゲートした抗ASCT2抗体クローン17c10及び1e8について、CHOK1細胞で安定に発現するcyno ASCT2、CHOK1細胞で安定に発現するヒトASCT2、及びCHOK1細胞で発現する対照分子に対する結合を評価した。ASCT2抗体17c10(図8A)及びASCT2抗体1e8(図8B)は、ツブリシン1508ペイロードにコンジュゲートしたとき、ヒトASCT2及びcyno ASCT2を発現するCHOK1細胞において強力な細胞傷害活性を示すが、非トランスフェクトCHOK1又はCHOK1−ABCB5では示さない。これらの結果を以下の表7に要約する。
Figure 2018535674
17c10の生殖細胞系列化
17c10のVH及びVLドメインのアミノ酸配列をVBASEデータベースにある既知のヒト生殖系列配列とアラインメントし、最も近縁の生殖細胞系列を配列類似性によって同定した。VHドメインについて、これはIgVh4−34*01であった。VLドメインについて、これはIgKv1−5*03であった。17c10は、生殖細胞系列化プロセスにVHドメインの1フレームワーク残基及びVLドメインの5残基を復帰させることが含まれた。VHドメインにおいて、復帰突然変異はKabat位置82aであり、ここではスレオニン(T)をセリン(S)に復帰させた。VLドメインにおいて、突然変異はKabat位置13、21、39、70、及び76であり、ここではKabat位置13でスレオニン(T)をアラニン(A)に復帰させ;Kabat位置21でロイシン(L)をイソロイシン(I)に復帰させ;Kabat位置39でアスパラギン(N)をリジン(K)に復帰させ;Kabat位置70でアスパラギン酸塩(D)をグルタミン酸塩(E)に復帰させ、及びKabat位置76でスレオニン(T)をセリン(S)に復帰させた。これらの変化は、これらの突然変異を含むVH及びVLドメインを合成し、且つ制限消化及びライゲーションを用いて既存のVH及びVLを置き換えることにより作製した。生殖細胞系列化した17c10及び元の(非生殖細胞系列化)17c10の両方ともにIgGとして発現させ、複数のASCT2発現細胞株に対するそれらの親和性をフローサイトメトリーによって評価した。図9A〜図9Dに見られるとおり、WiDr細胞、又はHuASCT2若しくはCyASCT2を発現するCHO細胞に対する生殖細胞系列化17c10又は親17c10の結合に差はなかった。
実施例5.様々な癌におけるASCT2−ADCによる細胞傷害性死滅
17c10抗体をPBD(SG3315)又はツブリシン(AZ1508)ペイロードと上記に記載したとおり部位特異的コンジュゲーション部位でコンジュゲートした。各アッセイについて薬物−抗体比(DAR)は約2.0と推定された。膵癌、結腸癌、肺癌、頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)、前立腺癌、及びASCT2陰性肺癌など、様々な適応からの癌細胞を用いて細胞傷害アッセイを実施した。図10A〜図10Fに示されるとおり、AZ1508にコンジュゲートした17c10 ADC抗体は、ツブリシンに結合した対照抗体よりも高い細胞傷害活性を有した。SG3249又はSG3315にコンジュゲートした抗ASCT2抗体17c10も、ツブリシンAZ1508に結合した、又はPBD SG3249に結合した、又はSG3315に結合した対照抗体よりも高い細胞傷害活性を有した。SG3249にコンジュゲートした17c10を用いた細胞傷害アッセイの結果を示すグラフを図11Aに示し、及びSG3315にコンジュゲートした17c10を用いた細胞傷害アッセイの結果を示すグラフを図11Bに示す。以下の表8にIC50値を要約する。
Figure 2018535674
実施例6.ASCT2−ADCはインビボで腫瘍成長を阻害する
全てのインビボ手順はAAALAC認証施設の施設内ガイドラインに従い実施し、MedImmune,LLC施設内動物管理・使用委員会によって承認された。ASCT2−ADC抗体が腫瘍細胞を死滅させる能力を試験するため、WiDr(100μl/10細胞/マウス)又は原発性膵腫瘍(PDX)を雌3〜5週齢ヌードマウス(Charles River Laboratories、Wilmington,MA)の右側腹部に皮下接種した。マウスを数週間生かして腫瘍を発達させた。腫瘍が約150〜200mmに達したところでマウスを無作為化して治療群(10匹マウス/群)に割り付けた。その後、マウスに種々の用量の抗ASCT2 ADC(17c10−Az1508又は17c10−SG3315又は17c10−SG3249)又はアイソタイプ対照薬物−コンジュゲート抗体を静脈内注射した。治療した異種移植マウスの体重及び腫瘍容積をそれぞれの時間にわたってモニタした。腫瘍容積は、以下の式:(最も短い直径)×(最も長い直径)×0.5を用いて計算し、及び結果を図12A、図12B、及び図12Cに示す。
加えて、様々なレベルのASCT2を発現する種々のサブ集団を代表する血液学的悪性腫瘍モデルのパネルにおいて17c10−SG3249のインビボ有効性を判定した。播種性腫瘍異種移植モデルにおいてADCを0.4mg/kg(又は0.5mg/kg)及び0.1mg/kgの用量で週1回、合計4用量にわたって投与した。カプラン・マイヤー曲線は、図13A及び図13Bに示されるとおり、未治療又はアイソタイプADC対照と比較して17c10−SG3249コホートについての生存利益の有意な増加を実証する。幾つかのAML異種移植腫瘍モデルにおける17c10−SG3249の投与は、SOC、未治療及びアイソタイプ対照ADCなどの他のコホートと比較して生存利益の実質的な増加を示した。TF1a AMLモデルでは、17c10−SG3249は、アイソタイプ対照ADC(66日)と比較して優れた活性(生存期間中央値>205日)を実証した。同様に、17c10−SG3249は幾つかのMM1.S多発性骨髄腫(MM)モデルにおいてロバストな腫瘍成長阻害及び生存利益を実証した(生存期間中央値123.5日対未治療対照55.5日)。幾つかの血液学的悪性腫瘍における17c10−SG3249の結果を以下の表9に要約する。
Figure 2018535674
実施例7.化学的部分を抗ASCT2抗体にコンジュゲートすることによるADCの形成
抗ASCT2 mAbの精製方法を開発した。簡潔に言えば、回収した細胞培養液をMAbSelect Sure樹脂(GE Healthcare)を使用して実施されるプロテインA捕捉ステップに供して細胞培養上清からタンパク質を捕捉し、工程関連及び生成物関連の不純物を除去した。全ての工程ステップを300cm/時の線形流量で実施した。樹脂は50mMトリス、pH7.4で平衡化し、及びカラムに30g/L樹脂のロードチャレンジとなるように馴化培地をロードした。カラムを50mMトリス、pH7.4で再平衡化し、次に、馴化培地中に存在する不純物が低下し且つ過剰な軽鎖が減少するように最適化した2回の洗浄ステップに曝した。最初の洗浄ステップは50mMトリス、500mM塩化ナトリウム、pH7からなり、2回目の洗浄は50mM酢酸ナトリウム、500mM塩化ナトリウム、pH5.0を含んだ。次に、カラムを50mMトリス、pH7.4で再平衡化し、25mM酢酸ナトリウム、pH3.6で生成物を溶出させた。溶出ピークの上り側の0.5ODから下り側の0.5ODまでの生成物を回収した。各精製サイクル後、カラムを100mM酢酸でストリッピングし、次に50mMトリス、pH7.4で再平衡化し、0.1N水酸化ナトリウムで衛生化し、及び2%(v/v)ベンジルアルコール、100mM酢酸ナトリウム、pH5.0に保存した。このステップの典型的な収率は70〜75%である。
ウイルス不活性化のため低pH処理を実施した。簡潔に言えば、1M酢酸を添加することによりMAbSelect Sure生成物を3.5の目標pHに調整した。60分の保持時間後、1Mトリスを7.4の目標pHとなるように添加してこの溶液を中和した。続いて、この生成物をろ過した。
中間精製ステップとして、樹脂Capto Adhere樹脂(GE Healthcare)を使用して混合モードクロマトグラフィーを実施した。このカラムはフロースルーモードで動作させた。カラムを50mMトリス、pH7.4で平衡化し、中和したタンパク質溶液をカラムにロードした。不純物が樹脂に結合し、一方、生成物はフロースループール中に回収される。典型的なステップ収率は80〜84%であった。
陽イオン交換樹脂HS 50(POROS)を使用してポリッシングステップを実施した。このステップは結合−溶出モードで実施され、工程関連不純物を更に減少させることを促進する。カラムを50mMトリス、pH7.4で平衡化し、混合モードクロマトグラフィーステップからの生成物をカラムにロードした。続いて、カラムを50mMトリス、pH7.4、次に50mMトリス、150mM塩化ナトリウム、pH7.4で洗浄し、次に50mMトリス、400mM塩化ナトリウム、pH7.4で溶出させた。溶出ピークの上り側の0.5ODから下り側の0.5ODまでの生成物を回収した。各精製サイクル後、カラムを50mMトリス、500mM塩化ナトリウム、pH7.4を用いてストリッピングし、1N水酸化ナトリウムで衛生化し、及び0.1N NaOHに保存した。このステップの典型的な収率は95〜98%であった。
30kDa分子量カットオフ(MWCO)のPellicon 3 Ultracel膜を使用して精製mAb中間体を濃縮し、ダイアフィルトレーションによって製剤化緩衝液(20mMヒスチジン、240mMスクロース pH6.0)に移した。最終的なタンパク質濃度は約20mg/mlであった。必要に応じて、タンパク質はコンジュゲーションまで−80℃で凍結保存した。以下の表10は、モノクローナル抗体精製工程における生成物品質を要約する。
Figure 2018535674
抗ASCT2抗体とツブリシンAZ1508とのコンジュゲーション
ツブリシン(AZ1508)をマレイミド化学によって2つの操作された遊離システイン残基に部位特異的にコンジュゲートすることにより抗体−薬物コンジュゲートを調製した。
精製したmAb中間体を解凍し、1Mトリス塩基を添加することによりpHをpH7.0に調整した。タンパク質溶液を20mMヒスチジン緩衝液、pH7.0で7.5mg/mlの最終濃度に希釈し、EDTAを添加して1mMの最終濃度にした。このタンパク質を好適な反応ベッセルに移し、温度を37℃に調整した。還元剤トリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン(TCEP)を調製したての50mMストック溶液からTCEP:mAb=30:1のモル比で添加した。この溶液を軽く撹拌しながら37℃で3時間インキュベートした。このインキュベーション時間後、20mMヒスチジン/1mM EDTA緩衝液、pH7.0での透析又はダイアフィルトレーションによって還元剤を除去した。回収された生成物を0.22μmフィルタでろ過した。酸化のため、タンパク質溶液をデヒドロアスコルビン酸(DHA)と共に10:1(DHA:mAb)のモル比でインキュベートした。インキュベーションは軽く(50rpmの混合速度で)撹拌しながら22〜25℃で4時間実施した。この時間後、ツブリシンペイロード(AZ1508)をDMSO中10mMストック溶液から8:1ペイロード:mAbのモル比で添加した。更なるDMSOを10%(v/v)の最終濃度に達するように滴下して添加した。この混合物を軽く撹拌しながら22〜25℃で1時間インキュベートして、抗体−薬物コンジュゲートを形成させた。次に、N−アセチルシステイン(NAC)を100mMストック溶液から5:1のNAC:ツブリシンのモル比で添加することにより反応をクエンチした。
タンパク質断片、凝集物、及び過剰な遊離ツブリシンペイロードを除去するため、セラミックヒドロキシアパタイト(CHT)I型(Biorad)を使用してコンジュゲーション後精製を実施した。カラムは結合−溶出モードで180cm/時の線形流量で動作させた。クエンチした抗体−薬物コンジュゲート混合物に、300mMストック溶液から10mMの最終濃度となるようにリン酸ナトリウムを添加した。CHTカラムは300mMリン酸ナトリウム、pH6.5で予備平衡化し、10mMリン酸ナトリウム、pH6.5で平衡化した。抗体−薬物コンジュゲート混合物を20g/Lのロードチャレンジまでロードし、カラムを10mMリン酸ナトリウム、pH6.5で再平衡化した。10カラム容積にわたる10mMリン酸ナトリウム中1M塩化ナトリウム、pH6.5への線形グラジエントで溶出を実施した。溶出ピークを分画し、画分をHP SECによって分析した。モノマー純度>95%のコンジュゲートタンパク質を含有する画分をプールした。各精製サイクル後、カラムを300mMリン酸ナトリウム、pH6.5でストリッピングし、1N水酸化ナトリウムで衛生化し、及び0.1N水酸化ナトリウムに保存した。
プールした抗体薬コンジュゲート(ADC)を濃縮し、30kDa MWCOの再生セルロース又はPES膜のいずれかを使用したタンジェンシャルフローろ過によって最終製剤化緩衝液に交換した。10%ストック溶液から賦形剤PS80をスパイクした。最終ADC濃度は、20mMヒスチジン、240mMスクロース、0.02%PS80、pH6.0中5mg/mlであった。これらの条件下で、生成されたADCは、<12%の非コンジュゲート重鎖、75〜82%のモノコンジュゲート重鎖、及び1.8〜1.9の薬物対抗体比を示した。
抗ASCT2抗体とピロロベンゾジアゼピン(PBD)SG3249とのコンジュゲーション
PBD(SG3249)をマレイミド化学によって2つの操作された遊離システイン残基に部位特異的にコンジュゲートすることにより、抗体−薬物コンジュゲートを調製した。工程順序は、上記に要約したツブリシンコンジュゲーションについての考察と同じであり、但し正確な条件は異なる。
精製したmAb中間体を解凍し、1Mトリス塩基を添加することによりpHをpH7.0に調整した。PBDコンジュゲートの還元、酸化、及びコンジュゲーションステップを、20mMヒスチジン、1mm EDTA、pH7.0中20mg/mlのタンパク質濃度で実施した。このタンパク質を好適な反応ベッセルに移し、温度を37℃に調整した。還元剤ジチオスレイトール(DTT)を調製したての50mMストック溶液からDTT:mAb=30:1のモル比で添加した。この溶液を軽く撹拌しながら37℃で1時間インキュベートした。このインキュベーション時間後、20mMヒスチジン/1mM EDTA緩衝液、pH7.0での透析又はダイアフィルトレーションによって還元剤を除去した。回収された生成物を0.22μmフィルタでろ過した。酸化のため、タンパク質溶液をデヒドロアスコルビン酸(DHA)と共に10:1(DHA:mAb)のモル比でインキュベートした。インキュベーションは軽く(50rpmの混合速度で)撹拌しながら22〜25℃で1時間実施した。この時間後、PBDペイロード(SG3249)をDMSO中10mMストック溶液から8.5:1のペイロード:mAbのモル比で添加した。この反応に更なるDMSOは添加せず、DHA及びペイロードの添加に起因する有効DMSO濃度は約11.4%であった。この混合物を軽く撹拌しながら22〜25℃で1時間インキュベートして、抗体−薬物コンジュゲートを形成させた。次に、N−アセチルシステイン(NAC)を100mMストック溶液から4:1のNAC:PBDのモル比で添加することにより反応をクエンチした。
タンパク質断片、凝集物、及び過剰な遊離PBDペイロードを除去するため、セラミックヒドロキシアパタイト(CHT)I型(BioRad)を使用してコンジュゲーション後精製を実施した。カラムは結合−溶出モードで180cm/時の線形流量で動作させた。1Mトリス塩基を添加することにより、クエンチした抗体−薬物反応混合物のpHをpH7.0に調整した。CHTカラムは300mMリン酸ナトリウム、pH6.5で予備平衡化し、10mMリン酸ナトリウム、pH6.5で平衡化した。抗体−薬物コンジュゲート混合物を20g/Lのロードチャレンジまでロードし、カラムを10mMリン酸ナトリウム、pH6.5で再平衡化した。次に、結合したタンパク質を10mMリン酸ナトリウム、25mMカプリル酸ナトリウム、pH6.5で洗浄して過剰な遊離薬物を除去し、続いて10mMリン酸ナトリウム、pH6.5で再平衡化した。10カラム容積にわたる10mMリン酸ナトリウム、pH6.5中0.3〜1M塩化ナトリウムの線形グラジエントで溶出を実施した。溶出ピークを分画し、全ての画分をHP SECによって分析した。モノマー純度>95%のコンジュゲートタンパク質を含有する画分をプールした。各精製サイクル後、カラムを2M塩化ナトリウムでストリッピングし、1N水酸化ナトリウムで衛生化し、及び0.1N水酸化ナトリウムに保存した。
ADCを濃縮し、30kDa MWCOの再生セルロース又はPES膜のいずれかを使用したタンジェンシャルフローろ過によって最終製剤化緩衝液に交換した。10%ストック溶液から賦形剤PS80をスパイクした。最終ADC濃度は、20mMヒスチジン、240mMスクロース、0.02%PS80、pH6.0中5mg/mlであった。
アミノ酸配列:
元の17c10 VH;配列番号1
Figure 2018535674
元の17c10 VL;配列番号2
Figure 2018535674
元の1e8 VH;配列番号3
Figure 2018535674
元の1e8 VL;配列番号4
Figure 2018535674
生殖細胞系列化17c10 VH;配列番号5
Figure 2018535674
生殖細胞系列化17c10 VL;配列番号6
Figure 2018535674
生殖細胞系列化1e8 VH;配列番号7
Figure 2018535674
生殖細胞系列化1e8 VL;配列番号8
Figure 2018535674
Maia重鎖骨格(システイン挿入は囲み線及び太字);配列番号9
Figure 2018535674
17c10生殖細胞系列化HCDR1(Kabat付番)配列番号10
GYYWS
17c10生殖細胞系列化HCDR2(Kabat付番);配列番号11
EIHHSGGANYNPSLKS
17c10生殖細胞系列化HCDR3(Kabat付番);配列番号12
GQGKNWHYDYFDY
17c10生殖細胞系列化LCDR1(Kabat付番);配列番号13
RASQSIRSWLA
17c10生殖細胞系列化LCDR2(Kabat付番);配列番号14
KASILKI
17c10生殖細胞系列化LCDR3(Kabat付番);配列番号15
QQYYSYSRT
1e8生殖細胞系列化HCDR1 (Kabat付番);配列番号16
GYYWS
1e8生殖細胞系列化HCDR2(Kabat付番);配列番号17
EIHHSGSTNYNPSLKS
1e8生殖細胞系列化HCDR3(Kabat付番);配列番号18
GQGKNWNYDYFDY
1e8生殖細胞系列化LCDR1(Kabat付番);配列番号19
RASQSIRSWLA
1e8生殖細胞系列化LCDR2(Kabat付番);配列番号20
KASSLKS
1e8生殖細胞系列化LCDR3(Kabat付番);配列番号21
QQYYSFSRT
コンセンサスHCDR2;配列番号22
EIHHSGX1X2NYNPSLKS;式中、X1はS又はGであり、及びX2はA又はTである
コンセンサスHCDR3;配列番号23
GQGKNWX1YDYFDY;式中、X1はH又はNである
コンセンサスLCDR2;配列番号24
KASX1LKX2;式中、X1はI又はSであり、及びX2はI又はSである
コンセンサスLCDR3;配列番号25
QQYYSX1SRT;式中、X1はY又はFである
ヒトκ軽鎖;配列番号26
Figure 2018535674
具体的な実施形態の前出の説明は、本発明の一般的性質を十分に完全に明らかにするものであり、従って第三者が、当該技術分野の範囲内の知識を適用することにより、本発明の一般的概念から逸脱することなく、過度の実験を行うことなしにかかる具体的な実施形態を容易に改良し及び/又はそれを様々な適用に適合させることができる。従って、かかる適合形態及び改良形態は、本明細書に提供される教示及び指針に基づけば、開示される実施形態の均等物の意味及び範囲内にあることが意図される。本明細書における用語法又は表現法は、限定ではなく、説明を目的とするものであり、従って本明細書の用語法又は表現法は当業者によって教示及び指針を踏まえて解釈されるべきであることが理解されなければならない。本発明は以下の特許請求の範囲によって更に記載される。

Claims (20)

  1. 中性アミノ酸トランスポーター2(ASCT2)のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、重鎖可変領域(VH)の3つの重鎖相補性決定領域(HCDR)と軽鎖可変領域(VL)の3つの軽鎖相補性決定領域(LCDR)とを含み、配列番号10又は配列番号16のアミノ酸配列のHCDR1、配列番号11又は配列番号17のアミノ酸配列のHCDR2、配列番号12又は配列番号18のアミノ酸配列のHCDR3、配列番号13又は配列番号19のアミノ酸配列のLCDR1、配列番号14又は配列番号20のアミノ酸配列のLCDR2、及び配列番号15又は配列番号21のアミノ酸配列のLCDR3を含む、抗体又はその抗原結合断片。
  2. 前記VHが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、及び配列番号7から選択されるアミノ酸配列を含み、前記VLが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、及び配列番号8から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の抗体又は抗原結合断片。
  3. 前記VHが配列番号5のアミノ酸配列を含み、且つ前記VLが配列番号6のアミノ酸配列を含む、請求項1又は2に記載の抗体又は抗原結合断片。
  4. 前記VHがアミノ酸配列の配列番号7を含み、且つ前記VLがアミノ酸配列の配列番号8を含む、請求項1又は2に記載の抗体又は抗原結合断片。
  5. 位置239のセリン(S)と位置240のバリン(V)との間にシステイン(C)挿入を含むIgG定常領域を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  6. 前記抗体が配列番号9のアミノ酸配列の重鎖を含む、請求項5に記載の抗体又は抗原結合断片。
  7. 前記抗体が細胞表面上のASCT2に結合すると、前記抗体が細胞にインターナライズする、請求項1〜6のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  8. ヒトκ定常領域及びヒトλ定常領域からなる群から選択される軽鎖定常領域を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  9. 前記抗体が配列番号26のヒトκ定常領域を含む、請求項9に記載の抗体又は抗原結合断片。
  10. 抗菌剤、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、脂質、生物学的反応修飾物質、医薬品、リンホカイン、異種抗体、異種抗体の断片、検出可能標識、ポリエチレングリコール(PEG)、放射性同位元素からなる群から選択されるサイトトキシン又は任意の前記サイトトキシンの2つ以上の組み合わせからなる群から選択されるサイトトキシンに更にコンジュゲートされる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  11. サイトトキシンにコンジュゲートされる、請求項10に記載の抗体又は抗原結合断片。
  12. 前記サイトトキシンがツブリシン誘導体及びピロロベンゾジアゼピンから選択される、請求項11に記載の抗体又は抗原結合断片。
  13. 前記ツブリシン誘導体がツブリシンAZ1508である、請求項12に記載の抗体又は抗原結合断片。
  14. 前記ピロロベンゾジアゼピンがSG3315及びSG3249から選択される、請求項12に記載の抗体又は抗原結合断片。
  15. 前記抗体がヒトASCT2及びカニクイザルASCT2に結合する、請求項1〜14のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  16. 前記抗体がヒトASCT1に特異的に結合しない、請求項1〜15のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片。
  17. 請求項1〜16のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
  18. 請求項1〜16のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組み合わせ。
  19. 請求項18に記載のポリヌクレオチドを含む宿主を培養するステップを含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片を作製する方法。
  20. 対象におけるASCT2の過剰発現によって特徴付けられる癌を治療する方法であって、治療を必要としている対象に、請求項1〜16のいずれか一項に記載の抗体若しくは抗原結合断片又は請求項17に記載の医薬組成物の有効量を投与するステップを含む方法。
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